All'inizio della stagione 1990-1991, Zola sembrò vicino al passaggio al , ma all'ultimo momento il club partenopeo decise di confermarlo in squadra. Alla fine di questa stagione, il 17 febbraio 1991 (Napoli-), ereditò la maglia numero 10 di Maradona, che lasciò il club proprio in quell'anno. Maradona, prima di andarsene, consigliò alla dirigenza partenopea di puntare su Zola, ritenendolo il suo ideale sostituto. Nella stagione 1991-1992, il Napoli guidato da Claudio Ranieri, terminò il campionato al quarto posto; Zola disputò tutte le partite, realizzando complessivamente 12 reti. Dopo un'altra stagione, Zola concluse la sua esperienza a Napoli con 105 partite e 32 gol.