1479年はスペインが統一された年であり、カタルーニャにとっては政治的独自性を奪われた年であるとされる。14世紀と15世紀にカタルーニャの人口は激減し、地中海の覇権はオスマン帝国に奪われた。さらには大航海時代が到来したことで、ヨーロッパにおける商業活動の中心は地中海から大西洋に移っていた。カタルーニャはアメリカ大陸との貿易や植民活動から排除され、16世紀と17世紀はカタルーニャにとって「衰退の時代」となった。地方の自由は尊重されたものの中央集権的な傾向は強まり、フェルナンド2世は副王を置いてカタルーニャを統治した。1640年から収穫人戦争（カタルーニャ反乱）が10年あまり続いたが、降伏したバルセロナはスペイン王国のフェリペ4世の支配下に戻っている。フランス・スペイン戦争（1635年-1659年）後の1659年に結ばれたピレネー条約では、カタルーニャの意思とは無関係に北カタルーニャがフランスへ割譲された。