Pada tahun 2008, Marzuki dipanggil oleh Lynn Pascoe, Wakil Sekretaris Jenderal Perserikatan Bangsa-Bangsa, untuk berpartisipasi dalam penyelidikan PBB atas pembunuhan mantan Perdana Menteri Pakistan Benazir Bhutto. Dia menerimanya, dan komite menghabiskan sembilan bulan untuk menyelidiki insiden tersebut sampai tahun 2009. Pada bulan Juni 2010, ia ditunjuk sebagai panel yang terdiri dari tiga orang untuk menulis Laporan Panel Ahli Sekretaris Jenderal tentang Akuntabilitas di Sri Lanka, yang menangani dugaan kejahatan perang selama Perang Saudara Sri Lanka. Laporan tersebut, yang menemukan bukti banyak kejahatan perang dan mengutuk baik pemerintah Sri Lanka maupun Komisi Pembelajaran dan Rekonsiliasi, diterima dengan buruk di Sri Lanka, menyebabkan Marzuki dibakar dalam bentuk patung dan ditolak masuk ke negara pulau itu.