Kenraali Oskar Potiorekin johtaman Serbian sotaretken epäonnistuttua ensimmäisen maailmansodan alkuvaiheessa Eugen nimettiin 27. joulukuuta 1914 eteläisen rintaman komentajaksi Balkanille. Yleisesikunnan päällikkö Franz Conrad von Hötzendorfin sekä saksalaisten jatkuva sekaantuminen kuitenkin rajoitti hänen toimintaansa. Toukokuussa 1915 Eugenin alaisuuteen liitettiin myös lounainen rintama, minkä jälkeen hän vastasi kaikista sotatoimista Italiaa vastaan. Samassa yhteydessä hänet ylennettiin kenraalieverstiksi ja 23. marraskuuta 1916 sotamarsalkaksi. Caporetton taistelun jälkeen 11. tammikuuta 1918 Italian-rintaman johto järjestettiin uudelleen, jolloin Eugen käytännössä syrjäytettiin.