1919 wurde er zusammen mit Seán Ó Ceallaigh als Vertreter nach Paris entsandt um bei der dortigen Friedenskonferenz für die Unterstützung einer eigenen Republik Irland zu werben. Allerdings waren beide erfolglos in ihren Bemühungen und erreichten nicht einmal eine Zulassung an den Konferenztisch, da die anderen Nationen ihre Zulassung nicht ohne einen Affront gegen das Vereinigte Königreich gewähren konnten. Duffy verblieb allerdings in Paris und versuchte in der Folgezeit für die irische Frage in der Presse zu werben. Im September 1920 erhielt er allerdings seitens der französischen Regierung unter Premierminister Alexandre Millerand die Aufforderung Frankreich binnen 24 Stunden zu verlassen, wenn er die anti-britische Propaganda nicht unterlassen würde.