В мае 1942 года А. И. Шебунин участвовал в Харьковской операции, окончившейся неудачей, войска Южного фронта начали отступление к Дону. Немецким войскам удалось перерезать железную дорогу в районе Калача-на-Дону и отрезать фронтовые базы. А. И. Шебунин приказал сжечь фронтовые склады, чтобы они не достались врагу, за что его позднее попытались привлечь к ответственности, но высшее командование признало необходимость таких действий.