Au , le Malzieu, catholique, doit faire face à la Réforme protestante et aux guerres de Religions qui s'ensuivent. Lors du massacre de la Saint-Barthélémy, le baron Astorg de Peyre, d'un village voisin, est assassiné dans la chambre du roi : sa veuve engage alors un jeune homme, Matthieu Merle, afin de venger la mort de son époux. Dans un contexte d'affaiblissement de l'autorité royale sous Charles IX de troubles dans le Languedoc, le , Merle et ses troupes se dirigent vers le Malzieu et pénètrent dans la cité par la ruse. Ils entrent par le lit d'un ruisseau qui passe sous les murailles, le « trou de Merle ». Là, ils massacrent les treize prêtres de la ville, ainsi que le curé de Rimeize. Ils rançonnent les habitants fortunés, puis détruisent l'église. Merle devient ensuite maître de Grèzes, puis d'une grande partie du Gévaudan.