1992 р. Степан Месич обирається Головою Сабору Республіки Хорватія. 1994 р. розходиться в поглядах із президентом Франьо Туджманом, залишає ХДС і засновує партію «Хорватські незалежні демократи». 1997 р. разом із ХНД входить до Хорватської народної партії, де дістає посаду виконавчого заступника голови партії й голови Загребської парторганізації. Після того, як у грудні 1999 р. помирає Франьо Туджман, на виборах у лютому 2000 р. Месича в два тури обирають президентом РХ. Ще будучи в опозиції до особистості Франьо Туджмана, Месич багато разів обирався найпопулярнішим політиком у Хорватії. Одначе в жодному з опитувань він не досяг такого відсотку популярності, який мав Туджман. На виборах 2005 р. Месич був висуванцем вісьмох політичних партій і одержав майже половину голосів виборців, але до абсолютної більшості не добрав декілька відсотків. У другому турі Месич зіткнувся з пізнішим (з 2009 по 2011 р.) прем'єр-міністром Хорватії Ядранкою Косор і переміг. У 2010 р. на посту очільника держави Месича змінив Іво Йосипович.