È stato scelto da Javier Aguirre per disputare la Coppa d'Asia 2015 giocata in Australia, in cui realizza il primo gol, tirando dalla distanza con un tiro speculativo, contro la Palestina, battendo il portiere del Smouha, Ramzi Saleh, nella quale, quest'ultimo, in quella partita, subisce poi altre tre reti. Nella partita successiva, contro l'Iraq, Endō gioca la sua 150ª presenza in Nazionale, senza però siglare nessun gol. Al termine della partita, vinta 1-0 grazie a un calcio di rigore realizzato da Keisuke Honda, festeggia, lui e i suoi compagni di squadra, le sue 150 presenze. La partita dopo, nei quarti di finale, contro gli Emirati Arabi Uniti, perdono la Coppa d'Asia 2015 ai calci di rigore: in quella partita, Endō è uscito dal campo al 54º per dar posto al suo erede, Gaku Shibasaki, che dopo 27 minuti di gioco porta il Giappone ai calci di rigore, grazie ad un suo gol. Al posto di Javier Aguirre è subentrato Vahid Halilhodžić, che ha deciso di non convocare più Endō, il calciatore ancora più presente sul campo nipponico (152 presenze), a causa della sua longevità.