Under kriget 1742 flydde Juslenius andra gången över till Sverige och återvände sedan inte mer till Finland. Han kom till Stockholm och deltog som medlem av prästeståndet i riksdagen 1742–1743, där han var medlem i sekreta utskottet. En riksdag där han också såsom medlem av rannsakningskommissionen var med och dömde generallöjtnanten Henrik Magnus von Buddenbrock och generalen Charles Emil Lewenhaupt till döden, med stöd av åtskilliga anförda bibelställen tillskrev han Buddenbrock felsteg i krigsoperationerna. Juslenius hade tidigare varit med vid flera andra riksdagar och representerade Skara stift så sent som på riksdagen 1751–1752.