Die größte Herausforderung als Premierminister hatte Qavam allerdings nach Ende des Zweiten Weltkriegs mit der Irankrise im März 1946 zu bestehen. Josef Stalin weigerte sich, die sowjetischen Besatzungstruppen entgegen dem mit dem Iran und Großbritannien vereinbarten Dreimächteabkommen 6 Monate nach Ende des Krieges abzuziehen. Qavam reiste nach Moskau, um direkt mit Stalin zu verhandeln. Er sagte eine von der Sowjetunion geforderte Ölkonzession im Norden Irans zu, um mit der Erfüllung dieser Forderung keinen Grund für ein weiteres Verbleiben sowjetischer Truppen im Iran zu liefern. Nachdem US-Präsident Harry S. Truman Stalin unter Druck gesetzt hatte, dass die USA ihre Truppenpräsenz im Iran verstärken und auch vor einer militärischen Konfrontation nicht zurückschrecken würden, zog Stalin die russischen Truppen aus dem Iran schließlich ab. Das iranische Parlament verweigerte allerdings nach Abzug der russischen Truppen auf Betreiben Qavams die Bestätigung des mit der Sowjetunion geschlossenen Konzessionsvertrags, so dass dieser keine Rechtsgültigkeit erlangte und damit hinfällig war. Qavam hatte einen großen diplomatischen Sieg errungen. Er hatte den Iran von der russischen Besatzung befreit, ohne seine Russland gegenüber gemachten Zusagen einhalten zu müssen.