Scholes dính chấn thương dây chằng đầu gối trong buổi tập trước trận đấu bảng F Champions League với Dynamo Kiev vào ngày 23 tháng 10 năm 2007, và phải nghỉ thi đấu đến cuối tháng 1 năm 2008. Anh quay trở lại và vào thay người trong trận thắng 3–1 trước Tottenham Hotspur tại vòng 4 Cúp FA. Ngày 23 tháng 4 năm 2008, Scholes có trận đấu thứ 100 tại Champions League trong trận bán kết hòa 0–0 trước Barcelona, và ghi bàn thắng duy nhất trong chiến thắng 1–0 ở trận lượt về giúp United lọt vào trận chung kết. Trong trận chung kết gặp Chelsea, anh bị dính chấn thương và nhận thẻ vàng sau khi có va chạm với Claude Makélélé; anh được thay ra bởi Giggs ở phút 87 và không tham gia vào loạt sút luân lưu mà United đã thắng 6–5 sau khi cả hai đội hòa 1–1 trong hiệp phụ.