К началу Отечественной войны 1812 года генерал-майор Колюбакин командовал 12-й пехотной дивизией. В сражении под Салтановкой был ранен и оставил армию. Осенью 1812 года вернулся в строй и вновь получил в командование 12-ю пехотную дивизию, во главе которой отличился в сражениях при Малоярославце и Красном. Во время Заграничных походов 1813 и 1814 годов отличился при осаде Данцига.