Después de una epidemia de ganado en 1897 en África del Sudoeste Alemana, los herero había extendido su ganado sobreviviente mucho más allá del territorio colonial alemán. Estos pastos habían sido vendidos previamente a los terratenientes, quienes ahora reclamaban el ganado de los herero. En 1904, la situación finalmente generó la rebelión de los herero y nama, frente a la cual la fuerza colonial no estaba en igualdad de condiciones. El gobierno del Reich envió una fuerza expedicionaria naval y refuerzos posteriores del Schutztruppe. Con un total de aproximadamente 15.000 hombres bajo el mando del teniente general Lothar von Trotha, la rebelión herero fue aplastada en agosto de 1904 en la batalla de Waterberg. Trotha emitió la llamada "orden de exterminio", después de la cual los sobrevivientes fueron expulsados ​​al desierto. De los herero sobrevivientes de la batalla, llegaron a la Bechuanalandia británica unos 1800 a fines de noviembre de 1904, miles huyeron a África noroccidental y miles perecieron en el desierto. De las aproximadamente 50.000 personas del pueblo herero, probablemente la mitad de ellas fueron asesinadas en 1908. Alrededor de la mitad de los nama fueron asesinados, con 10 000 víctimas. Estos habían luchado previamente por parte de los alemanes como una fuerza auxiliar hasta el final de 1904 contra los herero.