Мерку довірили обслуговувати фінал чемпіонату Європи 2004 року. Зустрічалися господиня чемпіонату збірна Португалії й головна сенсація турніру збірна Греції. Матч закінчився сенсаційною перемогою греків з рахунком 1:0, єдиний гол після розіграшу стандарту забив головою Ангелос Харістеас. На адресу Мерка посипалися критика та погрози від португальців з огляду на те, що він відверто засуджував португальців. Приводом стало те, що тренер греків Отто Рехагель був особистим клієнтом Мерка. Проте, УЄФА визнала відмінну якість роботи Мерка.