7 сентября 2002 года в матче квалификационного раунда Евро—2004 против сборной Кипра Сиссе забил свой первый гол за сборную. Нападающий был включён в заявку национальной команды для участия в Кубке конфедераций 2003. Свой единственный гол на турнире он забил с пенальти в матче против сборной Колумбии. В составе национальной команды нападающий стал обладателем золотых медалей.