W XIV wieku po walkach z arcybiskupem ryskim zakon inflancki zyskał pozycję hegemona w Inflantach, lecz stracił ją po przegranej przez Krzyżaków wojnie w latach 1409–1411. W jej wyniku doszło do rozłamu w państwie krzyżackim i gałąź inflancka odzyskała pełną niezależność. W XVI wieku Inflanty stały się celem podboju Iwana IV Groźnego. W 1558 wojska Wielkiego Księstwa Moskiewskiego uderzyły na zakon, rozpoczynając tym samym wojny inflanckie. Państwo zakonu inflanckiego pozostało niezależne do 1561 roku, kiedy ostatni wielki mistrz Gotthard Kettler złożył hołd królowi polskiemu Zygmuntowi II Augustowi. Z części ziem utworzono Księstwo Kurlandii i Semigalii pod władaniem Kettlerów, natomiast reszta znalazła się pod wspólnym władaniem Korony i Litwy.