Klub został założony przez Anglika Mitchela Ince’a w 1907 roku. Swój pierwszy sukces osiągnął w 1924 roku, wygrywając Puchar Egiptu. Swoje pierwsze mistrzostwo klub zdobył w 1949 roku jako pierwszy mistrz w historii rozgrywek ligowych. Obok Zamaleku jest jedynym klubem, który nie spadł z ligi od chwili jej założenia. 1 lutego 2012 roku po piłkarskim meczu Al-Masry Port Said i Al-Ahly Kair, w Port Said doszło do zamieszek, w których zginęły 74 osoby.