エストニア公国（－こうこく、瑞語:Hertigdömet Estland）は1561年から1721年までスウェーデン帝国の自治領であった地域。スウェーデン・エストニアとしても知られる。リヴォニア戦争の最中、現代のエストニアの北部でスウェーデンの法が敷かれた際に、スウェーデンの統治が始まった。レヴァル(Reval)とハリュ地区(Harjumaa)、西ヴィル地区(Lääne Virumaa)、ラプラ地区(Raplamaa)、イェルヴァ地区(Järvamaa)は1561年に降伏し、ラーネ地区(Läänemaa)も1581年に征服された。エストニア公国全体は1595年にロシアとの講和条約によって確定した。レヴァルは、スウェーデン帝国内で特別な地位を獲得し、この地の騎士階級とバルト・ドイツ人の貴族は独自の特権と貴族身分を与えられた。さらに地方議会を代表する権利と広範な自治、特権を獲得した。一方、スウェーデンより派遣された行政官は、この地の安全確保と収税であり、スウェーデンが絶対君主制を確立するまではエストニアへの干渉は僅かであった。