Lama-kelamaan pemerintahan Sepanyol banyak menyumbang kepada kesatuan politik bagi negeri-negeri yang berpecah-belah di kepulauan. Dari 1565 hingga 1821, Filipina ditadbir sebagai wilayah dalam Kewizuraian Sepanyol Baru yang bertapak di Mexico, selepas itu ditadbir secara langsung dari Madrid selepas Perang Kemerdekaan Mexico. Geliung Manila, kapal-kapal kayu terbesar pernah wujud, dipasang di Bicol dan Cavite. Kapal-kapal geliung Manila diiringi oleh armada tentera laut besar-besaran dalam perjalanan ulang-alik antara Manila dan Acapulco. Kapal geliung ini berlayar sekali dua setahun dari abad ke-16 hingga ke-19. Geliung Manila membawa sekali barang-barangan, settlers dan pengukuhan tentera dari Amerika Latin ke Filipina.