Vuonna 1963 Baath-puolue kaappasi vallan Syyriassa. Palestiinalaisleireillä perustettiin tuolloin Israelia vastustavia järjestöjä. Monet paikalliset palestiinalaisnuoret liittyivät järjestöihin kuten Fatah ja Palestiinan vapautuksen kansanrintama. Useita satoja henkiä kuoli sittemmin yhteenotoissa Israelin armeijan kanssa etenkin Libanonin sodan aikana vuonna 1982. 1980-luvulla myös Syyrian hallinnon asenne Jarmukin leiriin alkoi muuttua. Leiri alettiin nähdä opposition tukilinnakkeena sen jälkeen, kun presidentti Hafez al-Assad esti Fatahin ja PLO:n johtaja Jasser Arafatin pääsyn maahan vuonna 1983. PLO:n ja Fatahin jättämän tyhjiön täytti Hamas, jonka poliittinen johtaja Khaled Meshaal asui Jarmukissa Syyrian sisällissodan alkamiseen saakka. Vuoteen 2012 mennessä Hamasin poliittinen siipi oli siirtänyt toimintansa Jarmukista Egyptiin ja Qatariin.