Pada 12 November 2006, Seedorf dipanggil buat pertama kali sejak Jun 2004 untuk menggantikan Wesley Sneijder yang mengalami kecederaan. Beliau mula bermain dan beraksi 90 minit penuh pada perlawanan terikat seri 1-1 bertemu England. Pada perlawanan kelayakan Euro 2008, Seedorf hanya bermain selama sepuluh minit menentang Romania (0–0 at home) and Slovenia. Jurulatih pasukan kebangsaan, Marco Van Basten lebih memilih pemain-pemain muda seperti Rafael van der Vaart, Wesley Sneijder dan Robin van Persie. Pada 13 Mei 2008, Seedorf mengumumkan beliau tidak akan mengambil bahagian dalam Euro 2008 kerana beliau masih berkonflik dengan Van Basten.