Радикальные перемены принесла Французская революция и период революционных войн. С отменой Национальным собранием всех феодальных прав, базельские епископы и капитул потеряли свои владения в Эльзасе, в 1790 году, кроме того, присоединённом к новому епископству Кольмар. В том же году с возникновением революционных клубов в базельском княжестве-епископстве вспыхнули беспорядки, подавленные лишь с помощью австрийской армии.