Garnett nació en Mauldin, Carolina del Sur, hijo de Shirley Garnett y O'Lewis McCullough. Jugó tres años en el Instituto Mauldin, donde fue nombrado Mr. Basketball por el Estado de South Carolina en 1994. Sin embargo, durante el verano previo a su año sénior, Garnett fue arrestado por motivos raciales, por lo que decidió dejar Mauldin. Se trasladó a la Farragut Career Academy en Chicago, Illinois, para disputar su cuarto año de instituto, en el cual lideró al equipo, que conseguiría un balance de 28-2; Garnett fue nombrado Mejor Jugador Nacional de Instituto del Año por "USA Today" y Mr. Basketball por el Estado de Illinois tras promediar 25.2 puntos, 17.9 rebotes, 6.7 asistencias y 6.5 tapones con un 66.7% en tiros de campo. También fue elegido en el primer equipo del All-America por Parade Magazine. En cuatro años en el instituto, Garnett completó 2533 puntos, 1807 rebotes y 739 tapones. Fue nombrado Jugador Más Destacado en el McDonald's All-American Game, donde consiguió 18 puntos, 11 rebotes, 4 asistencias y 3 tapones. Posteriormente, se declaró elegible para el Draft de la NBA de 1995.