Salva Kiir Mayardit urodził się w regionie Bahr el Ghazal. Pochodzi z najliczniejszego na południu Sudanu plemienia Dinka. Jest katolikiem. W latach 60. przyłączył się do rebelianckich sił Anya Nya w południowych prowincjach Sudanu prowadzących walki z północą (I wojna domowa w Sudanie). Do czasu ustanowienia pokoju w 1972 roku był oficerem sił rebelianckich. Po zakończeniu działań wstąpił do sudańskiej armii. Jednak po wznowieniu konfliktu między północną a południową częścią Sudanu w 1983 roku, wspólnie z Johnem Garangiem, tworzył Ludowy Ruch Wyzwolenia Sudanu (SPLM), stając się jednym z przywódców jego zbrojnego skrzydła, Ludowej Armii Wyzwolenia Sudanu (SPLA) oraz szefem sztabu Garanga.