После конца советской власти Прокофьев с единомышленниками возродил Российское антропософское общество, позже переехал в центр Всемирного антропософского общества — швейцарский Дорнах, местонахождение Гётеанума. В 2001 году Сергей Прокофьев был избран одним из шести членов исполнительного комитета общества. Считался одним из лидеров всемирного антропософского движения. Последние лекции Прокофьева в Гётеануме собирали до 700 человек.