В ноябре 1937 года, в связи с болезнью Мацуи, принц Ясухико стал временным командующим японскими войсками, наступающими на Нанкин, и, скорее всего, именно он отдал приказ «убить всех пленных», положивший начало «нанкинской резне»; во всяком случае он, будучи командующим, не сделал никаких распоряжений об остановке насилия. Широкий международный резонанс, вызванный этими событиями, вынудил японское правительство сместить руководящий состав участвовавших в них войск, и в феврале 1938 года принц Ясухико был отозван в Японию, тем не менее, он до конца войны оставался членом Высшего военного совета. В августе 1939 года принц Ясухико получил звание генерала, однако войсками он больше не командовал. Ближе к концу войны он стал участником заговора, который в июле 1944 года после падения Сайпана привёл к смещению Тодзио.