Ahonius saapui takaisin Suomeen vänrikiksi ylennettynä jääkärien pääjoukon mukana 25. helmikuuta 1918. Ahonius komennettiin sisällissodassa 2. Jääkärirykmentin 4. jääkäripataljoonaan adjutantiksi ja myöhemmin komppanianpäälliköksi. Hän otti osaa Kalevankankaan, Tampereen, Rajamäen, Tarpilan ja Raivolan taisteluihin.