Bystrow ma za sobą występy w młodzieżowej reprezentacji Rosji. Natomiast w pierwszej kadrze zadebiutował 7 czerwca 2003 roku w zremisowanym 2:2 meczu ze Szwajcarią. Rok później znalazł się w składzie na Euro 2004. Tam wystąpił w grupowym spotkaniu z Portugalią. Bystrow pojechał także na kolejną edycję Mistrzostw Europy. Rosja dotarła do półfinału, zaś on sam zagrał w dwóch meczach fazy grupoowej.