Op 8 juli, amper 10 weken na zijn aantreden, trad Tupper af en werd Laurier minister-president. Tupper bleef echter wel leider van de Conservatieve Partij en oppositieleider in het Lagerhuis. Tijdens de Boerenoorlog (1899-1902) stond Tupper weer tegenover Laurier die hij ditmaal verweet alleen halfslachtig Canada aan de oorlog te laten deelnemen. Bij verkiezingen in 1900 voor het Federale parlement leverde Lauriers stellingname in de Boerenoorlog - hij zette slechts enkele vrijwilligers legioenen in - te weinig stemmen op in Engelstalig Canada om Tuppers Conservatieven weer aan de macht te helpen en Tupper verloor zelfs zijn eigen zetel in het parlement.