1 октября 1918 года вступил в Красную армию. Временно исполнял должность начальника штаба 35-й стрелковой дивизии, входившей в состав экспедиционного корпуса РККА в Монголии. Затем был назначен начальником артиллерии этой дивизии. А спустя некоторое время возглавил штаб всех экспедиционных сил. Участвовал в допросе захваченного в плен барона Унгерна. Деятельность Г. М. Черемисинова в годы Гражданской войны отмечена орденом Красного Знамени (РСФСР) и Почётным революционным оружием. Несколько позже, за участие в событиях 1919—1921 гг. в составе экспедиционных сил РККА на территории Монголии он будет награждён монгольским орденом Красного Знамени и монгольскими медалями: «50 лет Монгольской Народной Революции» и «50 лет Монгольской Народной Армии». Так правительство Монголии отметило его вклад в дело монгольской революции.