Emily Haber ist Tochter des Diplomaten Dirk Oncken, der sowohl Leiter des Planungsstabes des Auswärtigen Amtes als auch Botschafter in Griechenland, Indien und der Türkei war. Sie studierte Geschichte an der Universität zu Köln und promovierte bei Andreas Hillgruber mit der Arbeit "Panthersprung nach Agadir: Die deutsche Politik während der zweiten Marokkokrise 1911", über die deutsche Außenpolitik in der Marokkokrise. Emily Haber ist mit dem deutschen Diplomaten Hansjörg Haber verheiratet und hat zwei Kinder.