Ačkoliv se Roger Waters narodil v hrabství Surrey, vyrůstal v Cambridgi. Jeho otec Eric Fletcher Waters padl v roce 1944 ve druhé světové válce v bojích u Anzia, když bylo synovi pět měsíců. Roger Waters byl touto událostí, která jej provází celý život, velice ovlivněn a na ztrátu svého otce narážel v mnoha skladbách, které později složil (od „Corporal Clegg“ přes „Free Four“ až po „When the Tigers Broke Free“ a „The Fletcher Memorial Home“).