A la vez que el poderío militar otomano se debilitaba, la Ciudadela comenzó a perder su importancia militar. En 1798, durante la expedición francesa de Egipto, cayó bajo las tropas de Francia, principalmente debido a la debilidad de la guarnición de la misma y el poder de las modernas armas francesas de la época. En el interior, los franceses hallaron armas de las cruzadas, que databan de la campaña de Luis IX, posiblemente botines de la batalla y captura de El-Mansura.