В результате строительства пограничных укреплений юго-восток Закамья постепенно заселялся, и вокруг крепостей возникли десятки новых населённых пунктов. Так, на месте современного села Черемшан на территории одноимённой крепости появилось поселение пахотных солдат. Вокруг крепостных земель, в черте современного Черемшанского района, появились деревни Нижняя и Верхняя Кармалка, Лагерна, Мордовское Афонькино, Ишлинка, Амирово и другие. Историк и краевед Николай Флоров отмечает, что с 1744 года действующие военные были переведены в Оренбург, а на территории Шешминской и Черемшанской крепостей стали селить отставных солдат. К 1768 году свободных земель в крае уже не осталось, а в самом Черемшане жили более тысячи человек. Помимо солдат, здесь селились беглые русские крестьяне, татары, оседлые башкиры, мордва и чуваши. Одним из наиболее важных моментов в истории Черемшанской крепости стало Пугачёвское восстание. Согласно воспоминаниям свидетелей событий и другим историческим свидетельствам, в январе 1774 года сподвижник Пугачёва ясачный татарин Аит Разматеев во главе крестьянского войска подошёл к Черемшанским укреплениям и потребовал сдачи крепости. Комендант оповестил об этом генерал-майора А. И. Миллера, который, узнав о размещении повстанцев, выслал около тысячи гренадёров и казаков для противостояния. В бою у деревни Салейкино восставшие были разгромлены, а их предводитель отправлен в столицу, где вскоре умер под пытками.