Kanouté, 6.500.000€ bedelle 17 Ağustos 2005 tarihinde Sevilla'ya satılmıştır. Middlesbrough karşısında 2006 UEFA Kupası Finali'nde kulübü adına ikinci yarıda oyuna girmiş ve 89. dakikada gol atmıştır. Sevilla, maçı 4-0 kazanmış ve UEFA Kupası'nda şampiyonluğa ulaşmıştır.