Twee jaar later won Bayern alsnog zijn eerste Champions League. De Duitse topclub stond in de finale tegenover het Spaanse Valencia. De wedstrijd werd gekleurd door strafschoppen. Na 120 minuten stond het 1-1, elk team had van op de stip gescoord. Vervolgens moest een strafschoppenreeks de winnaar bepalen. Na in totaal 14 penalty's (5-4) mocht Bayern de beker met de grote oren in ontvangst nemen. De 52-jarige Hitzfeld werd door de UEFA in 2001 uitgeroepen tot trainer van het jaar. In november 2001 won Bayern ook de wereldbeker voor clubs door met 1-0 te winnen van het Argentijnse Boca Juniors.