Године 499. п. н. е. јонски градови предвођени Милетом дижу устанак. Придружили су им се Карија и делови Кипра уз ограничену подршку Атине и Еретрије. Персијанцима је требало пет година да угуше устанак. Коначан резултат био је казнени напад на Атину и Еретрију који је завршен поразом Персијанаца у бици на Маратонском пољу 490. године п. н. е. Персијанци ипак нису изгубили никакву територију. Дарије је наставио Камбизов покушај да овлада западним египатским оазама. Завршио је прокопавање канала који повезује Средоземно и Црвено море који је започео египатски фараон Нехо II. Тиме је покушао да отвори велики поморски трговачки пут од источног Средоземља до Персијског залива. Дарије је започео два велика грађевинска пројекта — изградњу два краљевска града, Сузе и Персепоља. Умро је 486. године п. н. е.