A 2001. szeptember 11-ei terrortámadás után Karzai együttműködött az USA ügynökeivel, hogy a eltávolítsák a tálibokat Afganisztán éléről. Az afgán vezetők 2001. december 5-én, a németországi Bonnban tartott gyűlésén Karzait a 29 fős ideiglenes kormány elnökévé választották. A hatalomátadás ünnepi eseményeire december 22-én került sor. Politikai elemzők bírálni kezdték, mivel régebben állítólag az Unoca amerikai olajtársaságnak dolgozott, mely nem sokkal ezután, december 27-én olajkitermelési szerződést írt alá. A cégnek Közép-Kelet-Ázsiában olaj- és gázérdekeltségei vannak.