Nejedlý jako duch nestálý nevydržel u jedné látky, přebíhal, inspirován novými podněty, od tématu k tématu. Šíře jeho badatelských zájmů však není nahodilá, Nejedlý se snaží vždy vystihnout progresivní prvky národních dějin, které vedou k pokroku, demokracii, humanitě. Tak vidí progresivního činitele nejen v husitské revoluci, ale i v národním obrození, politickém a kulturním kvasu konce 19. století, i v ruské říjnové revoluci. Nejedlý chápe poslání historika nejen v poznání skutečnosti, ale i ve vztahu k dnešku, k vyzvednutí pozitivních hodnot. To je patrné dále jak na knize "Bílá hora, Habsburg a český národ" (1918), v níž tvrdě odsoudil stavovské povstání jako nelidové, nečeské a zpátečnické, tak i v názoru, že komunisté jsou dědicové nejen husitských a národně obrozeneckých tradic, ale i dovršitelé Masarykova díla (viz "Komunisté – dědici velikých tradic českého národa", 1946). Tím se paradoxně Nejedlý zcela odchyluje od poúnorové komunistické linie.