V dubnu 1777 byl St. Clair poslán bránit pevnost Ticonderoga. Jeho malá posádka nemohla odolat britské přesile generála Johna Burgoyna v bitvě u Saratogy. St. Clair byl nucený 5. července 1777 ustoupit u Fort Ticonderogy, stáhl své síly a v bitvě už nehrál žádnou roli. V roce 1778 stál před válečným soudem za ztrátu Ticonderogy. Soud jej sice osvobodil a on se vrátil k vojenské službě, ale už nedostal žádné bojové úkoly. I nadále však sloužil jako aide-de-camp (pobočník) generála Washingtona, který o něm měl stále vysoké mínění. St. Clair byl v Yorktownu, když se Lord Cornwallis se svou britskou armádou vzdal Američanům.