De wereldkampioenschappen van 1997 in Parijs kon Masterkova niet aan haar overwinningenlijst toevoegen. Wegens een achillespeesblessure moest ze opgeven in de voorrondes van de 1500 m. In het seizoen hierna was ze wederom succesvol: Op de Europese kampioenschappen van 1998 in Boedapest won ze de 1500 m en op de WK van 1999 in Sevilla won ze brons op de 800 m en goud op de 1500 m.