In den nächsten 4 Jahren versuchte er erfolglos die Wiederqualifikation über die Challenge Tour. Die Ergebnisse bei den jährlich 4 Turnieren waren mäßig, nur 2003 erreichte er einmal ein Halbfinale, das er gegen Kurt Maflin verlor. Das war aber viel zu wenig, da er sonst nie über die Runde der Letzten 32 hinauskam. Als 2005 auf die 8-teilige PIOS-Tour umgestellt wurde, gab der Schotte mit 33 Jahren seine Profikarriere endgültig auf. Er blieb danach als Amateur aktiv und erfolgreich. 2010 qualifizierte er sich bei einem Turnier in Glasgow für die World Open und 2015 durfte er als eingeladener Spieler an der 6-Red World Championship teilnehmen. Dies waren seine letzten beiden Beteiligungen an Main-Tour-Turnieren. Bei den nationalen Turnieren blieb MacGillivray, der seit 2011 in seiner Heimatstadt Edinburgh als Taxifahrer arbeitet, aber ein Topspieler. 2013 und 2014 stand er auf Platz 1 der schottischen Rangliste und 2016 und 2017 wurde er Vizemeister.