In 1991 werd Mazowiecki mensenrechtenrapporteur inzake voormalig Joegoslavië. Hij werkte ook aan een rapport uit 1993 over de mensenrechtenschendingen in voormalig Joegoslavië. In 1995 nam hij ontslag uit protest tegen de beperkte reactie van de internationale gemeenschap tegen de wreedheden in de Bosnische oorlog, in het bijzonder die begaan door het Servische leger te Srebrenica dat jaar.