Nel 1527, la città venne conquistata da Fatahillah (o Faletehan), un giovane capo di un vicino regno settentrionale. Fatahillah cambiò il nome di Kalapa in Jayakarta (che significa "vittoriosa e prosperosa" in giavanese) il 22 giugno 1527. Questa particolare data viene considerata come la nascita ufficiale di Giacarta. Gli olandesi arrivarono a Jayakarta alla fine del XVI secolo. Nel 1619 le forze della Compagnia Olandese delle Indie Orientali, guidate da Jan Pieterszoon Coen, conquistarono la città e la ribattezzarono da Jayakarta a Batavia, il nome latino di una tribù che visse nei Paesi Bassi in epoca romana. Il 4 marzo 1621 venne formato il governo della città, chiamato "Stad Batavia". Batavia fu la capitale delle Indie Orientali Olandesi del periodo coloniale. All'inizio del XVIII secolo, la città si espanse quando gli olandesi iniziarono a muoversi verso sud, in zone più elevate, ritenute essere più salubri. Le opportunità commerciali nella capitale della colonia olandese attirarono gli indigeni ma soprattutto cinesi e immigrati arabi. Questa improvvisa crescita della popolazione creò gravami sulla città. Le tensioni sfociarono in violenza quando il governo coloniale cercò di limitare la migrazione cinese attraverso le deportazioni. A seguito di una rivolta, il 9 ottobre 1740 e l'anno seguente, tra i 5.000 e i 10.000 cinesi (secondo le fonti) furono massacrati dagli olandesi e dagli indigeni; i restanti residenti cinesi vennero trasferiti a Glodok, al di fuori delle mura della città.