El 1798 va dirigir una expedició a Egipte, que es trobava sota domini de l'Imperi Otomà, per tallar la ruta britànica cap a l'Índia. Encara que va conquerir aquest país, la seua flota va ser destruïda per l'almirall britànic Horatio Nelson en la Batalla del Nil, i el militar francès va quedar aïllat al nord d'Àfrica. Bonaparte no es va desanimar davant d'aquest contratemps i es va dedicar a la reforma de l'administració i legislació egípcies: la servitud i el feudalisme van ser abolits i els drets bàsics dels ciutadans garantits. Els erudits francesos que l'havien acompanyat en el viatge van començar a estudiar la història de l'antic Egipte i a realitzar diverses excavacions arqueològiques. No va aconseguir conquerir Síria el 1799, però va assolir una victòria indiscutible sobre els otomans a Abukir. Mentrestant, França feia front a una nova situació internacional: l'Arxiducat d'Àustria, Rússia, el Regne de Nàpols i Portugal s'havien aliat amb Gran Bretanya, configurant la Segona Coalició.