Fra il 1994 e il 1995, Atta collabora con due suoi colleghi universitari (Ralph Bodenstein e Volker Hauth) nella stesura di un rapporto sui lavori di ristrutturazione delle mura antiche di varie città intrapresi dal Governo egiziano. Contemporaneamente, Atta si reca più volte ad Aleppo (Siria), talvolta assieme ad Hauth, per raccogliere dati sulla sua tesi. I suoi amici tedeschi lo descrivono come un uomo intelligente, religioso e fortemente contrario alla politica occidentale riguardo al Vicino Oriente, compresi gli Accordi di Oslo e la Guerra del Golfo. Ralph Bodenstein dice di lui in un'intervista alla NBC durante lo speciale "The Making of the Death Pilots":