Harte fikk sin debut for i en kamp mot i 1996 og deltok i Irlands kvalifiseringskamper til VM i fotball 1998. Han spilte også alle kvalifiseringskampene mot VM i fotball 2002 som den eneste irske spilleren, og ble følgelig en del av den endelige troppen som fikk delta i mesterskapet. I perioden etter VM fikk han konkurranse om plassen på landslaget av John O'Shea, og ble flere ganger oversett av landslagstrener Brian Kerr. Hans siste kamp for Irland kom i 2007, og han har siden ikke blitt tatt ut.