W trakcie II wojny światowej trafił do getta warszawskiego, gdzie prawdopodobnie sprawował funkcję wyższego urzędnika w Wydziale Poczty Judenratu. Przed wybuchem powstania w getcie warszawski wydostał się na tzw. aryjską stronę. Początkowo ukrywał się w bardzo trudnych warunkach w komórce na węgiel. Następnie schronienia udzielił mu jego przedwojenny znajomy Alfred Osmycki, który pośredniczył również w uzyskaniu przez Merlińskiego fałszywych dokumentów na nazwisko Maliński. W obawie przez aresztowaniem Merliński kilkakrotnie zmieniał miejsce swojego ukrycia. Okoliczności śmierci Michała Merlińskiego pozostają nieznane. Wiadomo jednak, że został on zatrzymany i przekazany Niemcom przez policję granatową.