Onder de regering van koning Karel II van Napels, van het Huis Anjou, werd gestart met de bouw van de kloosterkerk. Volgens de traditie stichtte Karel II van Napels het convent als gevolg van een smeekbede om zijn leven te redden tijdens de Siciliaanse Vespers (1282). De eerste kerk was in Gotische-Angevijnse stijl. Zij werd gebouwd bovenop de afgesmeten 10e-eeuwse abdijkerk. Aan de kerk werd gebouwd van 1283 tot 1324. Koning Karel II gaf de opdracht aan Pietro Cavallini om fresco’s in een zijkapel aan te brengen, genaamd de "Cappella degli Affreschi". De fresco’s verhalen het leven van verschillende heiligen onder wie Johannes de Evangelist, Petrus en Andreas, Maria Magdalena, alsook de kruisiging van Jezus. De kapel wordt gerekend tot de nationale kunstschatten van Italië omwille van de gelijkenissen met deze van Giotto di Bondone.