Mãi sau khi cuộc đảo chính năm 1963 với nền Đệ Nhất Cộng hòa bị lật đổ và Tổng thống Ngô Đình Diệm bị sát hại thì các đảng phái chính trị đối lập, trong đó có Đại Việt, mới hoạt động trở lại. Tuy nhiên, giữa các lãnh đạo của Đảng đã có sự phân hóa trầm trọng. Trung ương đảng sau năm 1964 không nhóm họp nữa vì những chia rẽ nội bộ. Nguyên do chính là khác biệt căn bản về đường lối đấu tranh. Nguyễn Ngọc Huy chủ trương bỏ phương thức cách mạng quân sự mà theo hẳn phương pháp ôn hòa qua lá phiếu.