Er zijn suggesties dat de Krakatau een overblijfsel is van de Proto-Krakatau uit een tijd dat de eilanden Java en Sumatra verbonden waren. Het is onduidelijk wanneer de Proto-Krakatau uitgebarsten is en de eilanden Verlaten, Lang en Krakatau gevormd zijn. In het Javaanse boek Pararaton wordt een uitbarsting beschreven die mogelijk in het jaar 416 plaatsvond. Andere aanwijzingen wijzen op het jaar 535, een jaar met extreme weersomstandigheden (maar ook andere vulkanen worden voorgesteld als oorzaak hiervan). In de 19e eeuw bevonden zich op het eiland Krakatau drie pieken: de Rakata (820 m), Danan (450 m) en Perboewatan (120 m). Voor 1883 zou de laatste uitbarsting geweest zijn in 1680/81.