Zum Schutz der Banyamulenge gegenüber diesen Rebellengruppierungen – insbesondere gegenüber den Génocidaires der FDLR – und marodierenden Angehörigen der kongolesischen Streitkräfte gründete sich zudem der Nationalkongress zur Verteidigung des Volkes (CNDP) unter Laurent Nkunda. Nach verschiedenen Zwischenfällen kam es 2006 zu einer Eskalation, dem Dritten Kongokrieg, in dessen Verlauf sich die CNDP zu unterschiedlichen Zeiten Gefechte mit den desolaten Truppen der regulären Armee, Truppen der UN-Friedensmission MONUC und verschiedensten Rebellengruppierungen lieferte. Nach mehreren erfolglosen Waffenstillstandsversuchen rief Nkunda 2008 zum Sturz des Präsidenten Joseph Kabila auf und eroberte während einer folgenden Offensive innerhalb kürzester Zeit wichtige Städte. Nkunda verzichtete auf eine Eroberung von Goma und organisierte neue Verhandlungen zur Lösung des FDLR-Problems. Im Januar 2009 erklärte Bosco Ntaganda, bisher hochrangiger General unter Nkunda, diesen für abgesetzt, erklärte den Krieg für beendet und kündigte die Integrierung der CNDP- und PARECO-Soldaten in die kongolesischen Streitkräfte (FARDC) an. Ein am 23. März 2009 unterschriebener Friedensvertrag garantierte die vorgesehene Integrierung und verlieh der CNDP den Status einer politischen Partei.