Durante el asedio de Petersburg, Alexander adaptó sus tácticas artilleras a la guerra de trincheras, lo que incluyó experimentar con varios morteros. Estaba seguro de que las fuerzas estadounidenses intentaban abrir un túnel por debajo de las fuerzas confederadas, pero, antes de actuar, fue herido por un francotirador. Antes de partir hacia Georgia, informó a Lee de su suposición. Tras intentar encontrar actividades tuneladoras, la Batalla del Cráter sorprendió a los confederados, aunque terminó con una derrota importante de los EE. UU. Alexander volvió al Ejército en febrero de 1865, y supervisó las defensas de Richmond. Se retiró con el ejército de Lee en la Campaña de Appomattox.