Henry Mordaunt, 2. Earl of Peterborough, war der älteste Sohn von John Mordaunt, 1. Earl of Peterborough († 1642) und seiner Ehefrau Elizabeth, Tochter von William Howard, 3. Baron Howard of Effingham (1577–1615). Er erhielt in Eton von Sir Henry Wotton (1568–1639) Privatunterricht und wurde kurz vor dem Ausbruch des Ersten Englischen Bürgerkrieges nach Frankreich geschickt, um dort in Sicherheit zu sein. Nach Ausbruch des Krieges kehrte er aber 1642 nach England zurück und diente eine kurze Weile in der parlamentarischen Armee, wo er den dahinsiechenden Pferdetrupp seines Vaters kommandierte. Nach dessen Tod desertierte er im April 1643 und lief zu den Royalisten unter Karl I. in Oxford über. Als neuer Earl of Peterborough trat er der Kavallerie bei und nahm 1643 an den Schlachten von Bristol, Gloucester und Newbury teil. Bei der Schlacht von Newbury am 20. September 1643 wurde er am Arm und Oberschenkel verwundet, als sein Pferd unter ihm erschossen wurde. Während des folgenden Sommers und Winters 1644 kommandierte er ein Regiment im Westen, welches er auf seine eignen Kosten ausgehoben hatte, und nahm mit diesem an den Schlachten von Cropredy Bridge und Lostwithiel teil.