Partyzáni vázali i část represivních sil, které byly určeny na potlačování povstání v Praze i v jiných městech. V této pro nacisty bezvýchodné situaci stále ještě docházelo k brutalitě a teroru vůči civilnímu obyvatelstvu, přičemž stačil jen náznak podezření ze spolupráce s partyzány. 5. května byla dokonce srovnána se zemí moravská obec Javoříčko a všichni muži byli zastřeleni. O den později obklíčilo německé vojsko obce Zlatníky a Dolní Břežany a povraždili muže, kteří byli přítomni. V Psárech u Jílového bylo postříleno a ubito 11 mužů jako pomsta za to, že se německá vojska zdržela při odstraňování záseků, které postavili partyzáni. Vraždění bezbranných civilistů v souvislosti s odbojem a partyzánským bojem pokračovalo v posledních dnech války na mnoha dalších místech. V samém závěru války docházelo i k otevřeným bojovým střetnutím partyzánských skupin s německou armádou (Podkrkonoší, Českomoravská vysočina, jižní Čechy).