2002 tauchte er unter. Dennoch wurde er im Oktober 2002 in einem Gemeindehaus in Südlondon festgenommen und ins Belmarsh-Gefängnis verbracht. Er kam zwar im März 2005 per Kaution vorübergehend frei, wurde aber im August abermals mit dem Ziel einer Auslieferung nach Jordanien in Haft genommen. Abu Dahdah, einer der Hauptverdächtigen der Anschläge von Madrid, hatte Qatada über 25-mal mit Geld und Gesinnungsgenossen besucht. Er hat unvermindert eine große islamistische Gefolgschaft. Im Juni 2007 scheiterte der Versuch von Islamisten der Terrororganisation Armee des Islam, Qatada gegen den im Gaza-Streifen entführten Journalisten Alan Johnston auszutauschen. Im Februar 2009 genehmigte der Oberste Gerichtshof Großbritanniens eine Ausweisung Abu Qatadas nach Jordanien.