Los gérmenes de la Reforma protestante nacieron en Borgoña desde 1520. La fe luterana hizo su aparición en Auxerre alrededor de 1525, luego en Mâcon y en Dijon. Inmediatamente comenzó la represión. Llegado desde Ginebra, el calvinismo comenzó a predicarse alrededor de 1550. La adhesión a la nueva doctrina fue numerosa. Se dividen personas de vestimenta (garnachas), burgueses, comerciantes, artesanos e incluso clérigos. A partir de 1561, los protestantes de Borgoña comienzan a unirse y a rebelarse. El conde de Tavanes, Gaspard de Saulx, un católico intransigente, dirigió la represión católica; las personas reformadas fueron expulsadas, las ejecuciones se multiplicaron. El Edicto de Pacificación de Amboise despertó la resistencia del Parlamento de Dijon, que terminó grabándolo en presencia de Carlos IX y de Catalina de Medici el 24 de mayo de 1564. Un período de calma se estableció durante tres años. La lucha armada se reanudó en 1567 en Mâcon y en Auxerrois. Luego, después de la alianza concluida entre los reformistas franceses, alemanes y los rebeldes de Bélgica y los Países Bajos bajo la autoridad de Guillermo el Taciturno, después de su hijo, las fuerzas protestantes extranjeras ingresaron en Borgoña (fue el «passage des reîtres»), donde ejercieron sus pillajes: el duque Wolfgang des Deux-Ponts, en 1569, en 1570 en Arnay-le-Duc el almirante de Coligny cuyos soldados saquearon las grandes abadías. El episodio de Saint-Barthélemy perdonó a Borgoña gracias a que Léonor Chabot, llamada «Chabot-Charny» y a Pierre Jeannin decidieron suspender la orden exigiendo la masacre, imitados por Philibert de La Guiche, gobernador del Mâconnais. El protestantismo no había tenido éxito en su implantación en Borgoña. «De religiosas, las guerras se volvieron solamente políticas».