Quan s'amplià el recinte urbà amb les noves muralles del 1356, aquesta inclogué el recinte de Sant Agustí. Aquest fet, però, condicionava les futures ampliacions en el solar dels agustins i rebé una compensació pels prejudicis. La documentació també registra la necessitat de reparar l'església el 1369, coincidint amb un període de gran activitat constructiva a la ciutat després de la guerra amb Castella (1356-1365). Noves obres de reconstrucció eren urgents el 1441 per haver-se arruïnat part del temple.