1896 brach die Philippinische Revolution aus. Obwohl Luna zunächst kein Revolutionär war, führten seine politischen Aktivitäten zur Anklage wegen Bildung einer terroristischen Vereinigung. Das Urteil im Jahre 1897 lautete auf Ausweisung nach Spanien und 12 Monate Haft im Carcel Modelo de Madrid. Nach der Verbüßung dieser Haftstrafe begab sich Luna nach Belgien. Dort machte er die Bekanntschaft des späteren Generals Gérard Mathieu Léman, bei dem er sich in militärischer Taktik und Strategie unterweisen ließ. 1898 ging er auf die Philippinen zurück.