Därpå började kriget i vilket Österrike understöddes av alla mellanstaterna med undantag av de båda storhertigdömena Mecklenburg och storhertigdömet Oldenburg. De små thüringska och nordtyska staterna höll sig i allmänhet till Preussen. Kriget blev ett oavbrutet segerlopp för preussarna. I västra Tyskland segrade Eduard Vogel von Falckenstein och Manteuffel över hannoverarna (vid Langensalza, 27 juni), hessare (vid Laufach, 13 juli) och sydtyskar (bland annat vid Tauberbischofsheim, 24 juli), och på östra krigsskådeplatsen vann än mer avgörande segrar. Sachsen ockuperades och de preussiska trupperna inryckte sedermera i tre avdelningar i Böhmen under kronprinsen Fredrik Vilhelm, prins Fredrik Karl och general Herwarth von Bittenfeld. Överbefälet hade kungen själv med Helmuth von Moltke som stabschef, österrikarna, vilkas operationer leddes av general Ludwig von Benedek, blev slagna i en mängd drabbningar (vid Huhnerwasser och Liebenau, Podol, Münchengrätz, Gitschin, Nachod, Burgersdorf, Skalitz och Schweinschädel) och drevs tillbaka samt koncentrerade sig vid Königgrätz (Sadowa), där det avgörande slaget stod 3 juli. Efter ett tappert motstånd bröts där fullständigt den österrikiska armén och flydde. Preussarna framryckte under nya segrar och stod snart utanför Wien.