W latach 1991–1994 Novotný rozegrał dwanaście spotkań dla reprezentacji Czechosłowacji. Po rozpadzie Czechosłowacji wychowanek Sparty Praga zaczął grać dla drużyny narodowej Czech. W 2000 roku Jozef Chovanec powołał go do 22–osobowej kadry na mistrzostwa Europy. Czesi zajęli trzecie miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju, a sam Novotný pełnił rolę rezerwowego i nie zagrał w żadnym ze spotkań. Łącznie dla reprezentacji Czech zanotował 21 występów i zdobył dwa gole.