Zum Generalmajor (bzw. Konteradmiral) avancierte Córdova erst 1773, zum Generalleutnant (bzw. Vizeadmiral) und Befehlshaber des Geschwaders von Cádiz 1774 oder 1775. Entscheidende Kommandos erhielt er erst während des Amerikanischen Unabhängigkeitskriegs. Inzwischen schon 73 Jahre alt, befehligte Córdova 1779 eine Flotte von 30 bzw. 36 Linienschiffen, die sich mit ebenso vielen französischen Linienschiffen in Brest zu einer Landung in England vereinen sollte, aber schon auf dem Weg dahin in Stürmen zerstreut wurde. Während die Franzosen fortan vor allem im Nordatlantik und in der Karibik kämpften, verlagerte sich der Schwerpunkt des Seekriegs zwischen Spaniern und Briten demgegenüber auf den Kampf um Gibraltar. Es gelang Córdova aber weder, die britische Royal Navy in Gibraltar zu blockieren noch die Meerenge von Gibraltar zu sperren. Stattdessen war er im Kaperkrieg erfolgreich und erbeutete 1780 mehrere Schiffe zweier britischer Konvois. Daraufhin wurde Córdova zum Oberbefehlshaber (Generalkapitän) der spanischen Marine ernannt und 1781 erneut als Oberbefehlshaber einer vereinten spanisch-französischen Flotte gegen England in den Ärmelkanal entsandt. Entgegen dem Rat und Drängen des französischen Admirals de Guichen, die nach Torbay geflohene britische Kanalflotte dort vor Anker anzugreifen und zu vernichten, segelte Córdova nach Cádiz zurück und überließ der Royal Navy kampflos den Kanal. Trotz einer größeren Anzahl von Schiffen konnte er die Briten im Oktober auch 1782 in einer Seeschlacht vor Kap Spartel nicht schlagen. Erst 1791 wurde Córdova wegen seines hohen Alters aus dem Dienst verabschiedet.