В мае 1919 года был призван в РККА и направлен в Волчанский ударный батальон. В его составе воевал с войсками генерала А. И. Деникина на Южном фронте в районах Белый Колодезь, Волчанск, Белгород. В июне под Белгородом батальон влился в 1-й Грайворонский революционный полк, в его составе участвовал в боях в районе Тамаровка, Сумовская (Курской губ.). С августа 1919 года находился по болезни в полевом лазарете, затем был направлен в город Курск и назначен в 605-й стрелковый полк 2-й отдельной бригады. В его составе сражался с белогвардейскими войсками под Курском и Орлом. После взятия Орла бригада была сведена в 79-й стрелковый полк, а Куропатенко сражался с ним под Малоархангельском, Курском и Старым Осколом. В декабре 1919 года направлен на учебу на 1-е Московские советские пехотные курсы. После их окончания в октябре 1920 года назначен командиром взвода 74-го стрелкового полка 9-й стрелковой дивизии, затем в том же полку исполнял должность инструктора для поручений при командире батальона. В составе этого полка участвовал в боях с войсками генерала П. Н. Врангеля, весной 1921 года — в Тифлисской операции по установлению советской власти в Грузии.