Arrêté par Augereau lors du 18 fructidor avec les autres députés royalistes, Aubry est condamné à la déportation. Embarqué à Rochefort, il parvient à s’évader une fois arrivé en Guyane avec sept compagnons dont Pichegru et l'ancien directeur Barthélémy. Mais il meurt peu après son arrivée au Suriname, le 17 juillet 1798. Il avait cinquante ans.