朝鲜东学党起义爆发后，日本介入，朝议大多主战。及至甲午战争爆发，清军连败，张百熙與文廷式等五十馀名京官撰《聯衔纠参督臣植黨疏》，上疏弹劾李鸿章表面备战，私下主和的行为。指出左宝贵、聂士成等人均勇敢善战，只因军饷、器械供应不济，导致战败，其过失在于李鸿章。继而弹劾礼亲王世铎争权纳贿，战事一起，一味依仗李鸿章，贻误战机。幷曝出李鸿章之子李經方暗通不久前被天津縣捕獲的日本奸细、在日本開設洋行等。然而弹劾疏文均未被上报。当时正值慈禧太后六旬万寿庆典，承办典礼的官员在国难之际仍然大举铺张，张百熙上奏将其罢免。又与侍讲学士陆宝忠等一起弹劾当权高官“朋比误国”等十项大罪。不久，重臣孙毓汶称病归里，恭亲王奕䜣重入军机，百熙出督广东学政。