Tra carcere e arresti domiciliari, Mindszenty trascorse otto anni, durante i quali non poté leggere testi sacri e col divieto di inginocchiarsi. Le guardie che lo avevano in custodia dovevano interromperlo qualora iniziasse a pregare. Durante la prigionia si ammalò di tubercolosi, a causa del duro regime carcerario. Il 1956 fu l'anno dell'insurrezione popolare e il cardinale fu liberato dagli insorti guidati dal maggiore Antal Pallavicini. Recatosi a Budapest, tenne un discorso alla radio dichiarando il proprio appoggio ad Imre Nagy. Quando le truppe sovietiche sedarono nel sangue l'insurrezione, si rifugiò nell'ambasciata statunitense di Budapest, dove restò sino al 1971, non potendo così partecipare ai conclavi del 1958 e del 1963.