Seit dem Bombenanschlag in Bali des Jahres 2002, der vor allem australische Staatsbürger das Leben kostete, zählte Howard zu den stärksten Unterstützern von George W. Bush in seinem „Krieg gegen den Terrorismus“. Im März 2003 begründete John Howard die Entsendung australischer Truppen und Schiffe zur Unterstützung der USA und Großbritanniens bei der Invasion des Irak mit der Notwendigkeit, Saddam Hussein von der Macht zu entfernen, da dieser Massenvernichtungswaffen besitze. Die australische Meinung über den Irakkrieg war deutlich gespalten und Howards Popularitätswerte fielen deutlich, als keine Massenvernichtungswaffen gefunden wurden.