Bucer creia que es podria convèncer els catòlics del Sacre Imperi d'unir-se a la Reforma. A través d'una sèrie de conferències organitzades per l'emperador Carles V, va tractar d'unir protestants i catòlics per crear una església nacional alemanya independent de l'autoritat papal. Va fallar en el seu propòsit, ja que diversos esdeveniments polítics van conduir a la Guerra d'Esmalcalda i el retrocés del protestantisme a l'Imperi. El 1548 va ser persuadit, sota coacció, de signar l'Ínterim d'Augsburg, que va imposar certes pràctiques d'origen catòlic. No obstant això, va continuar promovent reformes fins que la ciutat d'Estrasburg va acceptar l'Ínterim i el van expulsar.