La legione prese parte alla guerra civile tra Cesare e Pompeo, combattendo nella battaglia di Farsalo (48 a.C.) e in quella di Munda (45 a.C.). Alla morte di Cesare la III entrò a far parte dell'esercito di Marco Antonio, uno dei membri del secondo triumvirato. La legione combatté nell'esercito opposto da Fulvia e Lucio Antonio contro Ottaviano che si arrese al futuro primo imperatore romano a Perugia, nell'inverno del 41 a.C.