La puissance écrasante de Charles Quint pousse le diplomate à faire campagne en faveur d'une alliance entre les Etats régionaux italiens et la France afin de tenter de sauvegarder l'indépendance de la péninsule. L'accord est signé à Cognac en 1526 mais tourne rapidement à l'échec ; c'est à cette époque qu'il rédige le "Dialogo del reggimento di Firenze", en deux volumes écrits entre 1521 et 1526, dans lesquels il présente de nouveau son modèle de république aristocratique ; en 1527, la Ligue de Cognac subit une cuisante défaite et Rome est mise à sac par les lansquenets, tandis qu'à Florence les Médicis sont renversés et la république rétablie pour la troisième et dernière fois. Impliqué dans ces vicissitudes et considéré avec méfiance par les républicains en raison de son passé au service des Médicis, Guichardin décide de se retirer en exil volontaire dans sa villa de Finocchieto, dans les environs de Florence. Il y compose deux oraisons, l'"Oratio accusatoria" et la "defensoria", ainsi qu'une "Lettera Consolatoria", selon le modèle de l"'oratio ficta", dans laquelle il expose les accusations portées contre lui en même temps qu'il les réfute, et feint de recevoir les consolations d'un ami. En 1529 il écrit les "Considérations en réponse aux "Discours" de Machiavel sur la première décade de Tite-Live" ("Considerazioni intorno ai "Discorsi" del Machiavelli " sopra la prima deca di Tito Livio)", dans lesquelles il réfute le pessimisme de son concitoyen. Il complète également la rédaction définitive des "Ricordi".