Als 1964 der indische Ministerpräsident Jawaharlal Nehru verstarb, sah Ayub hierin eine Schwächung Indiens in der seit Jahren ungeklärte Frage der Selbstbestimmung Kaschmirs, das er nun gewaltsam erobern zu können glaubte. Er zettelte 1965 den Zweiten Indisch-Pakistanischen Krieg an. Dies sollte zum Wendepunkt seines Regimes werden. Trotz militärischer Erfolge beeinträchtigte der Krieg die positive Entwicklung der pakistanischen Wirtschaft beträchtlich. Durch das diplomatische Eingreifen der UdSSR kam es zur Friedenskonferenz von Taschkent, und noch im gleichen Jahr wurden die Streitigkeiten beigelegt, allerdings ohne den Kaschmir-Konflikt zu lösen, der bis heute andauert.