В 2004 году президент Аргентины Нестор Киршнер назначил Нисмана на должность федерального прокурора. В 2008 году прокурор Нисман делал запрос на задержание экс-президента Карлоса Менема, но его наиболее известным делом стало расследование взрыва здания Еврейской ассоциации Аргентины в Буэнос-Айресе () в 1994 году.