Für die folgende EM 1999 verpasste man wie vier Jahre zuvor erneut die Endrundenteilnahme und damit auch die Möglichkeit zur Qualifikation für den Basketballwettbewerb der Olympischen Spiele 2000. Für die EM 2001 gelang zwar die Qualifikation für das Endrundenturnier, doch nach einem Sieg über Frankreich im zweiten Spiel verpasste man im abschließenden Gruppenspiel nach einer hohen Niederlage gegen die israelische Nationalmannschaft, die damit den direkten Vergleich gewann, die Qualifikation für die Zwischenrunde. Ohne Platzierungsrunde bei diesem Turnier in der Türkei wurde die Mannschaft auf dem drittletzten und 14. Platz der Endrunde eingestuft. Bei der folgenden EM-Endrunde 2003 in Schweden blieb man sieglos in drei Gruppenspielen. Da die anderen drei Gruppenletzten ebenfalls sieglos blieben, erfolgte erneut eine Einstufung auf dem drittletzten und 14. Tabellenplatz. Ähnliches ereignete sich bei der EM-Endrunde 2005. Nach einer Auftaktniederlage gegen Russland mit zwölf Punkten Differenz folgten zwei desaströse Niederlagen gegen Deutschland und Italien mit jeweils mehr als 25 Punkten Differenz. Die Ukraine wurde am Ende auf dem 16. und letzten Platz der Endrunde eingestuft. Anschließend gelang zweimal nicht die Qualifikation für die Endrunde der Basketball-Europameisterschaft.