В 1796 году с Францией был заключен мирный договор, однако уже в 1798 году, во время египетской экспедиции Наполеона и после победы адмирала Нельсона в битве при Абукире, Мария Каролина уговорила Фердинанда начать войну с Францией ещё раз. В сентябре 1798 года Нельсон лично прибыл в Неаполь, где был восторженно принят. Неаполитанская армия из 70 000 человек под командованием австрийского генерала Карла фон Мака уже 29 октября вошла в Рим, который был оставлен французами и восстановила папскую власть. Но после внезапной французской контратаки неаполитанским войскам пришлось отступить, и в конце концов они были разбиты.