Cissé a francia válogatottban 21 évesen, 2002. május 18-án debütált Belgium ellen David Trezeguet cseréjeként a 48. percben. Az akkori menedzser, Roger Lemerre benevezte őt a 23 fős, 2002-es világbajnokságra készülő keretbe. Franciaország a világbajnokságon már a csoportkörben elvérzett, Cissé mindhárom mérkőzésen, Uruguay, Dánia, és Szenegál ellen is lehetőséget kapott. Továbbá a francia támadó bekerült a 2003-as konföderációs kupa keretébe, a válogatott megnyerte a tornát. Cissé szerezte a Kolumbia elleni meccsen a döntő gólt tizenegyesből.