El álbum alcanzó el número dos del Catalog charts en febrero de 2003 y el número 39 en el Reino Unido en marzo de 2007. Después de la muerte de Jackson en junio de 2009, "Thriller" experimentó una nueva fase de popularidad. En EE.UU. vendió más de 100.000 copias en una semana, situándose en el número dos en la lista del Top Pop Catalog Albums. Las canciones de "Thriller" también ayudaron a Jackson en convertirse en el primer artista en vender más de un millón de descargas de canciones en una semana, y según Nielsen SoundScan, ese año fue el 14º álbum más vendido en los Estados Unidos con 1,27 millones de copias comercializadas. También en 2009 el álbum fue certificado de Platino en Europa por la IFPI, a modo de acreditación de ventas legales de 1 millón de copias solo en ese año.