Karabatić debuterte på landslaget 2. november 2002. Han spilte på laget som vant EM 2006, OL 2008, VM 2009, EM 2010, VM 2011, OL 2012, EM 2014, VM 2015 og VM 2017. Han har dessuten sølvmedalje fra OL 2016 og bronsemedaljer fra VM 2003, VM 2005 og EM 2008.