Pous Innocentius IX is gebore as Giovanni Antonio Facchinetti (of Giovanni Antonio Nocetti) op 20 Julie 1519 in Bologna, Italië, die seun van Antonio Facchinetti en Francesca Cini. Hy was 'n regsgeleerde wat promoveer aan die Universiteit van Bologna. Op 11 Maart 1544 word hy tot priester gewy. Hy word sekretaris van kardinaal Nicolò Ardinghelli en vervolgens van kardinaal Alessandro Farnese, broer van die hertog van Parma. Farnese, wat biskop van Avignon was, het Giovanni aangestel as sy saakgelastigde en maak hom ook goewerneur van Parma van 1556 tot 1558. Op 26 Januarie 1560 word Giovanni biskop van Nicastro in Calabrië en hy neem deel aan die konsilie van Trente. Pous Pius V stuur hom as nuntius na Venesië om die alliansie met Spanje en Venesië teen die Turke te versterk. Die alliansie sorg uiteindelik vir die oorwinning van Lepanto in 1571. Op 12 November 1576 (of 1575) word hy Latyns patriarg van Jerusalem (titulêr). Pous Gregorius XIII maak hom kardiaal op 12 Desember 1583. Op 29 Oktober 1591 volg hy Pous Gregorius XIV op en word gekroon op 3 November 1591 deur kardinaal Andreas van Austria. Hy regeer tot sy dood op 30 Desember 1591 en word opgevolg deur Pous Clemens VIII.