Thomas Jaggar fait ses études à l'université Harvard où il décroche un doctorat de géologie en 1897. Il est ensuite employé dans le laboratoire de géologie de l'université. En 1902, il fait partie de la délégation américaine de scientifiques partis étudier la montagne Pelée après son éruption de 1902. Ses voyages dans le monde entier se poursuivront après son entrée au Massachusetts Institute of Technology en 1906, notamment sur les lieux d'importants séismes et éruptions : Italie, îles Aléoutiennes, Japon, Amérique centrale, etc.