Ende des 14. Jahrhunderts erobern die Osmanen unter Sultan Murad I. Florina und bezeichnen das Gebiet nachfolgend als "Fiurina". Die Bezeichnung "Florina" blieb ebenfalls gebräuchlich. Im 15. Jahrhundert siedelten sich Menschen jüdischen Glaubens in Florina an. Florina und seine umgebende Region waren in den Jahren 1630 bis 1634 bemessen anhand osmanischer Kopfsteuerlisten ein eigenständiges Vilayet. Dem Vilayet als Verwaltungsstruktur übergeordnet war die Liva von Pasha. Im weiteren Verlauf änderte sich die Verwaltungsstruktur: Manastir (Monastir, heutiges Bitola) wurde Sitz eines gleichnamigen Vilayets und umfasste auch das Gebiet der heutigen Gemeinde Florina, welches den Status eines Vilayets verlor und zu einer untergeordneten Verwaltungseinheit, der Kaza, wurde (Kaza Florina). Die osmanische Herrschaft wurde bis zur Eroberung Florinas durch griechische Truppen am 20. November 1912 nicht unterbrochen. Der griechische Befreiungskrieg von 1821 bis 1829 erfasste zwar auch die Region Makedonien und damit auch Florina, vor allem von 1821 bis zu den ersten Monaten des Jahres 1822. Ein Erfolg der Aufständischen blieb aber aus; die osmanische Besatzungsmacht schlug die Aufständischen nieder. 1836 gehört Florina zum Paschalik (Vilâyet) Manastir (Bitola). 1837 wird Nizam Pascha Verwalter des Vilayets Manastir, zu dem auch die Regionen um Kailar (Ptolemaida), Prilip (Prilep), Ochrid, Prespa, Siatista, Grevena und Koritsa (Korce) gehören. Die mit griechischen Unabhängigkeitskrieg gewalttätig sichtbar gewordenen nationalistischen Tendenzen bestimmen nachfolgend erheblich den Verlauf der Geschichte der Stadt und der Region Florina sowie der Region Makedonien insgesamt.