Μετά από μια συμμαχία πο συνήψαν το 1912, η Βουλγαρία, η Ελλάδα, η Σερβία και το Μαυροβούνιο κήρυξαν τον πόλεμο στην Οθωμανική Αυτοκρατορία. Ο στόχος τους ήταν να εκδιώξουν οριστικά τους Τούρκους από την Ευρώπη. Ο Α΄ Βαλκανικός Πόλεμος ξεκίνησε στις 8 Οκτωβρίου 1912 και διήρκεσε έξι εβδομάδες. Ο Οθωμανικός στρατός δεν μπορούσε να αντέξει έναντι του ενιαίου μετώπου Μαυροβουνίου, Ελλάδας, Σερβίας και Βουλγαρίας κατά τον Πρώτο Βαλκανικό Πόλεμο. Όταν μερικές βδομάδες αργότερα έφθασαν ενισχύσεις στο Σερβικό βασιλικό στρατό κατά τη μάχη του Κουμάνοβο (50 χλμ. βορειοανατολικά των Σκοπίων), αυτή αποδείχθηκε αποφασιστική για την οριστική αποβολή των Οθωμανών από όλη τη Μακεδονία. Στις 26 Οκτωβρίου 1912 το Βασίλειο της Σερβίας κατέλαβε τα Σκόπια και το επίσημο όνομα της πόλης άλλαξε από το Τουρκικό "Ουσκούμπ" στο Σερβικό "Σκόπλιε". Οι τουρκικές δυνάμεις είχαν εγκαταλείψει την πόλη την προηγούμενη ημέρα πριν. Η Σερβική προσάρτηση οδήγησε στη φυγή πολλών Τούρκων: 725 τουρκικές οικογένειες έφυγαν από την πόλη στις 27 Ιανουαρίου 1913. Το ίδιο έτος ο πληθυσμός της πόλης εκτιμήθηκε σε 37.000 από τις αρχές της Σερβίας. Η Συνθήκη του Λονδίνου του 1913, επικύρωσε τη Σερβική εξουσία στη βόρεια Μακεδονία. Τα Σκόπια παρέμειναν υπό την κυριαρχία του Βασιλείου της Σερβίας κατά το Β΄ Βαλκανικό Πόλεμο του 1913 όταν το πρώην ενιαίο μέτωπο διασπάστηκε.