בשנת 1999 המשיך היינקס את הנדידה באירופה בכיוון בירת פורטוגל ושם אימן את בנפיקה ליסבון לעונה אחת בלבד. בין השנים 2001-2003 חזר היינקס לקבוצתו הראשונה בה אימן בספרד, אתלטיק בילבאו. בשנת 2003 הגיע הצעה ממועדון הכדורגל הגרמני שאלקה 04 וגם שם הפרידה מיהרה להגיע לאחר עונת אימון אחת בלבד. בין השנים 2006-2008 חזר היינקס לאמן את קבוצת נעוריו בורוסיה מנשנגלדבך אך פוטר כאשר הקבוצה שקעה אל מתחת לקו האדום בטבלה. באותה עונה קיבל הצעה מבאיירן מינכן לאימון של שישה מחזורי ליגה בלבד וענה עליה בחיוב. לאחר מכן אימן יופ היינקס את מועדון הכדורגל הגרמני באייר לברקוזן. לאחר הצלחה בליגה עם תפיסת המקום השני בעונת 2010/11, קיבל היינקס הצעה לשוב ולאמן את באיירן מינכן לקנדציה נוספת. עם באיירן זכה שוב בליגת האלופות בעונת 2012/13, לאחר ניצחון במשחק הגמר על בורוסיה דורטמונד. הוא זכה עימה גם באליפות הבונדסליגה ובתואר הגביע הגרמני ובכך השלים טרבל (תואר משולש) היסטורי עבור המועדון. בעקבות הצלחתו הגדולה של היינקס בעונה זו, הוא נבחר כמאמן השנה בגרמניה.