В 1966 году КПБ поддержала на этапе подготовки партизанскую войну, начатую группой под руководством Че Гевары в Боливии, в районе Ньянкауасу. Однако позднее, после встречи лидера Компартии Марио Монхе с командиром повстанцев, на которой им не удалось достичь согласия по вопросу о руководстве герильей, Компартия прекратила материально-техническую помощь возглавляемой Че Армии национального освобождения. В итоге, хотя у Гевары были отдельные бойцы как из маоистской, так и из просоветской компартий (погибшие Мойсес Гевара и Инти Передо) соответственно, их руководители не оказали партизанам обещанной помощи, за что их резко раскритиковал Фидель Кастро.