Als der König von der Bischofsweihe erfuhr, vertrieb er am 11. Juli 1207 die Mönche aus Canterbury und blieb bei seinem Konfrontationskurs mit dem Papst, der daraufhin am 24. März 1208 das Interdikt über England verhängte und im November 1209 den König exkommunizierte. Langton zog nach Frankreich, wo er zumeist im Zisterzienserkloster Pontigny wohnte, wo bereits Thomas Becket Teile seines Exils verbracht hatte. 1222 vermachte er zum Dank dem Kloster eine jährliche Zahlung in Höhe von 50 Mark, die von der Kirche in Romney aufgebracht wurde. Infolge des Interdikts verließen fast alle Bischöfe England und schlossen sich Langton im Exil an. König Johann rächte sich an Langtons Familie. Sein Vater musste nach St Andrews in Schottland fliehen, wo er starb. Auch sein Bruder Walter musste vermutlich ins Ausland gehen, denn 1211 nahm er am Albigenserkreuzzug in Südfrankreich teil. Im Oktober 1209 reiste Langton nach Melun, wo er Hugh of Wells zum Bischof von Lincoln weihte. Im nächsten Jahr vermittelte er in Cambrai in einem Streit zwischen der Stadt und Bischof Jean de Béthune. 1211 leitete er in Paris die Beisetzung des im Exil verstorbenen William de Braose, der vor König Johann aus England geflohen war. Den Winter 1212 bis 1213 verbrachte Langton in Rom, und zwischen 1210 und 1213 hatte er zusammen mit Robert von Courson eine Predigtreise durch Flandern unternommen, während der sie gegen Wucher gepredigt hatten.