Si riprese però per i Mondiali di Edmonton del 2001, dove eguagliò il record di Greg Foster vincendo il terzo titolo iridato nei 110 m ostacoli in 13"04. Due anni dopo, vinse il secondo titolo mondiale indoor sui 60 m ostacoli, e ai Mondiali superò Foster diventando campione del mondo sui 110 m ostacoli per la quarta volta. Il tempo con cui Allen Johnson vinse la finale, precedendo il connazionale Terrence Trammell e il cinese Liu Xiang, fu insolitamente alto per i suoi standard, 13"12; sulla stessa pista circa un mese prima aveva corso in 12"97 durante un meeting.