A situação chegou ao extremo depois da crise que a aviação enfrentou após os atentados de 11 de setembro de 2001 e posteriormente devido ao avanço da novata Gol Linhas Aéreas, que bem capitalizada e com uma frota de Boeing 737 bem mais moderna, avançada e econômica, além das tarifas inferiores praticadas pela mesma, a Fly não encontrou mais espaço e acabou encerrando suas operações. Após isso, ainda chegou a realizar voos fretados, mas durou pouco tempo.