Javlinski kuului Neuvostoliiton kommunistiseen puolueeseen 1985–1991. Hän oli myös Neuvostoliiton ministerineuvoston jäsenenä. Neuvostoliiton hajotessa Javlinski ehdotti 500 päivän talousohjelmaa markkinatalouteen siirtymiseksi. Hän toimi perustamansa Jabloko-puolueen puheenjohtajana 1993–2008. Hän osallistui presidentinvaaleihin 1996, joissa hän sai yli 5,5 miljoonaa ääntä prosenttiosuudella 7,34 ja sijoittui neljänneksi Boris Jeltsinin, Gennadi Zjuganovin ja Aleksandr Lebedin jälkeen voittaen kuitenkin Vladimir Žirinovskin. Vuoden 2000 vaaleissa hänen äänisaaliinsa oli yli 4,3 miljoonaa, prosenttiosuus 5,80, ja hänen edellään olivat jo ensimmäisellä kierroksella valittu Vladimir Putin sekä Zjuganov.