Berikutan kejayaan Itali meraih trofi Piala Dunia keempatnya, Inzaghi kemudian membuat enam kemunculan di bawah pengurus baru, Roberto Donadoni dalam kempen kelayakan UEFA Euro 2008 dengan menjaringkan tiga gol. Beliau tidak dipanggil ke kejohanan akhir dan beliau membuat kemunculan terakhirnya untuk Itali pada 8 September 2007 menentang Perancis dan kedua-dua pasukan terikat seri 0-0 di Milan.