Sofie Junge Pedersen har spillet næsten 50 kampe på de danske ungdomslandshold og var blandt andet med U/17-landsholdet til VM i New Zealand. Hun debuterede på A-landsholdet i 2011. Hun har siden været med til EM-slutrunderne i 2013 og 2017. Hun nåede i foråret at komme i tilstrækkelig kampform til EM i 2017, men var ikke som udgangspunkt en del af startopstillingen. Hun fik dog et par kampe som indskifter og kom på grund af skader til at spille finalen fra start.