Durante il XVI secolo, Mukačevo entrò a far parte del Principato di Transilvania . Il XVII secolo (dal 1604 al 1711) fu un periodo di continue lotte contro le intenzioni espansionistiche dell'Impero asburgico verso il Principato. Nel 1687 la rivolta anti-asburgica di Imre Thököly iniziò da Mukačevo. La regione ha anche svolto un ruolo importante nella Guerra di Indipendenza di Rákóczi.