Илија Петковић је у два наврата био селектор националног тима. Први пут је радио од јула 2000. до фебруара 2001. године. У том раздобљу „плави” су остварили победу у првој утакмици Прве групе квалификација за Светско првенство 2002. године, а савладан је Луксембург у гостима. Такође, национални тим Југославије у јануару 2001. освојио је прво место на „Сахара купу“ одржаном у Индији.