Боевой путь Багиров начал в составе 773-го артиллерийского полка 317-й стрелковой дивизии 57-й армии в Харьковской области на Юго-Западном фронте, был командиром взвода. Первые выстрелы Багиров услышал когда эшелон, в котором он ехал, минуя Ворошиловград, был подвергнут огню противника у станции Святогорск. В мае 1942 года в ходе Харьковской операции войска Юго-Западного фронта попали в окружение и понесли тяжёлые потери. В окружение попал и полк лейтенанта Багирова, а сам он, будучи раненым, попал в плен. Так, в окресностях городов Барвенково и Лозовая, Багиров был контужен и получил тяжёлые ранения в голову, челюсть и ногу, когда подрывал оружие, чтобы оно не досталось врагу. Будучи в плену, Багиров заболел тифом. В конце июня 1942 года, когда Багиров, находясь в концентрационном лагере в городе Проскурове, лежал без сознания, болея тифом, фашисты тавром выжгли на его голове цифру «27». От боли Багиров пришёл в сознание. Позднее Багиров узнал, что это было сделано после того, как в лагерь прибыл некий немецкий доктор, который из числа умирающих выбирал жертвы для опытов на мозге. Вот как Багиров вспоминает о днях, проведённых в плену: