Agrippa a participat probabil la campania lui Caesar împotriva lui Gnaeus Pompeius din 46-45 î.Hr., campanie încheiată prin victoria lui Caesar de la Munda. Aici Agrippa câștigă aprecierea lui Caesar, astfel încât acesta îl trimite împreună cu Augustus la legiunile Macedoniei, în Apollonia. La patru luni de la sosirea în Macedonia, Agrippa și Augustus sunt înștiințați despre asasinarea lui Caesar de la Roma. În ciuda sfatului lui Agrippa de a mărșălui asupra Romei în fruntea trupelor cantonate în Macedonia pentru a îi asigura integritatea, Augustus hotărăște să plece la Roma cu un efectiv redus de trupe. Ajuns la Roma, Augustus află că a fost adoptat de Caesar și astfel devine moștenitor legal al său.