Mit Beginn des Ersten Weltkrieges besuchte Issakow ab dem 15. September 1914 Spezialkurse der Gardemarine, die er im März 1917 als Fähnrich zur See beendete. Er wurde auf dem Zerstörer „Isjaslaw“ eingesetzt und wurde im Herbst 1917 von der Mannschaft zum Offiziersältesten und damit zum Vorsitzenden des ZENTROBALT auf dem Boot gewählt. 1918 nahm Issakow am sogenannten Eismarsch der Baltischen Flotte teil, diente anschließend auf dem Minensuchboot „Riga“ und begann Kommandeurslehrgänge im Minenräumen. Nach Beendigung der Lehrgänge im Juli 1919 wurde er Kommandeursgehilfe (Wachoffizier) des Wachschiffs „Kobtschik“, der an der Abwehr englischer Torpedoboote und Flugzeuge auf Schiffe in Kronstadt teilgenommen hatte. 1920 wurde Issakow Kommandant des Zerstörers „Dejatjelny“ der Kaspischen Flottille und kämpfte im Russischen Bürgerkrieg gegen die Weißgardisten und englischen Interventen.