Pendant plusieurs années, Procházková s'est concentrée sur les guerres en Tchétchénie et était à Grozny lorsquelle est bombardée pour la première fois. En , lors du raid de prise d'otages à Boudionnovsk dans le sud de la Russie, elle s'est offerte en échange d'otages enlevés de l'hôpital. Procházková a relaté les horreurs de la première et de la deuxième guerre tchétchène, souvent à la consternation des autorités russes. Pendant ce temps, elle a commencé à organiser des secours pour les familles ravagées par la guerre. En 2000, elle a limité son travail de journaliste et s'est consacrée au travail humanitaire en créant un refuge pour orphelins à Groznyi. Sa critique de la politique russe en Tchétchénie a été sanctionnée - en 2000, il lui a été interdit d'entrer en Russie (elle n'y est retournée que fin 2011).