ในระหว่างยุทธการที่เบอร์ลิน โมนเคอได้บัญชาการในหน่วยรบ Kampfgruppe Mohnke โดยได้รับมอบหมายหน้าที่ในการปกป้องกรุงเบอร์ลินในเขตอำเภอภาครัฐ รวมทั้งทำเนียบรัฐบาลไรช์และอาคารรัฐสภาไรชส์ทาค เขาได้ถูกสอบสวนหลังสงครามในข้อหาก่ออาชญกรรมสงครามรวมทั้งข้อกล่าวหาว่าเขาเป็นผู้รับผิดชอบต่อการตายของเชลยศึกในประเทศฝรั่งเศสใน ค.ศ. 1940, นอร์ม็องดีในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1944 และเบลเยียมในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1944 เขาได้พ้นข้อกล่าวหา เขาและกองร้อยของเขาเป็นกองร้อยสุดท้ายที่ยอมจำนนต่อกองทัพโซเวียตใน ค.ศ. 1945