С началом Второй англо-бурской войны в октябре 1899 года, генерал-майор Хантер (в действительности занимавший должность начальника штаба при генерале Редверсе Буллере в 1-м армейском корпусе) находился в штабе отряда Джорджа Уайта. Участвовал в битве при Ледисмите в Натале и в последующее 118 дней оставался в осаде. 8 декабря провёл успешный рейд против буров, уничтожив их 155-мм орудие Creusot Long Tom и гаубицу.