La fortuna stava ad ogni modo nuovamente per mutare. Nel 1645, gli olandesi persero la battaglia di Tabocas nell'entroterra portoghese, che fu la prima di molte sconfitte in Brasile. Nel frattempo, i notevoli costi per queste operazioni avevano trascinato la compagnia alla bancarotta. Nel 1647, la compagnia venne ricapitalizzata con la somma di 1.500.000 di gulden dalla Compagnia olandese delle Indie orientali e la Repubblica Olandese ne prese il pieno controllo per quanto riguardava le operazioni militari in Brasile. Luanda venne ricatturata dal Portogallo nel 1648, e le due battaglie di Guararapes, la prima nel 1648 e la seconda nel 1649, posero fine ai tentativi olandesi di colonizzare il Brasile. Tra il 1652 ed il 1654, gli olandesi tentarono di ricatturare Recife, ma senza successo. Il "Groot Desseyn" poteva dirsi così fallito.