Agadir alkoi kasvaa Ranskan valtakaudella. Sen satama rakennettiin vuonna 1914 ja samalla alkoi myös Susin sisämaan mineraalivarojen ja rannikon kalavarantojen hyödyntäminen. Vuonna 1960 kaupunki kärsi merkittäviä tuhoja maanjäristyksessä ja sitä seuranneessa hyökyaallossa. Surmansa sai noin 12 000 henkilöä. Onnettomuuden jälkeen Agadirille rakennettiin uusi kaupunginkeskusta vanhasta keskuksesta etelään.