La città si aprì a migranti giunti sia dall'est che dall'ovest: Oltre ai vecchi cittadini, iniziarono a conformarsi in maniera più nitida comunità ebraiche, ortodosse e tedesche più numerose. Ogni gruppo rivestì diversi ruoli in ambiti differenti, quali ad esempio l'artigianato, il commercio e la scienza. Nel XVII secolo, i cittadini di etnia polacca o polonizzati raggiunsero la maggioranza culturale e, probabilmente, anche numerica. Nel 1655, nel corso della guerra russo-polacca nel 1654–1667, Vilnius venne espugnata dalle forze dello zar russo e saccheggiata, per poi essere bruciata e subire profondi massacri tra fila dei civili. Il bilancio delle circa 20.000 vittime comprendeva un'ampia percentuale di ebrei di Vilnius. La crescita della città perse il suo slancio per molti anni, ma l'incremento demografico non si arrestò mai del tutto. Nel periodo di declino della Confederazione, Vilnius divenne nota come "Gerusalemme del Nord" per via della foltissima comunità semita che risiedeva in Europa orientale.