Od momentu wybuchu konfliktu w Darfurze w 2004 roku, rząd NCP był stale oskarżany o wspieranie na szeroką skalę Dżandżawidów w walce przeciw ludom niearabskim zamieszkującym Darfur. W regionie tym dochodziło masowych mordów, gwałtów i deportacji ludności. Ocenia się, że 200-400 tys. osób zginęło, a 2,5 mln zostało zmuszonych do ucieczki. 14 lipca 2008 został wydany międzynarodowy list gończy wydany przez Międzynarodowy Trybunał Karny w celu aresztowania Umara al-Baszira.