Die Entwicklung der Stadt wurde mit dem deutschen Überfall auf Polen unterbrochen. Die Wehrmacht besetzte Myślenice am 5. September. Am 17. September besetzte die Sowjetunion den Rest Polens. Unter der nach Osten geflohenen Bevölkerung befanden sich auch der Bürgermeister Jan Dunin Brzezinski und der Polizeikommandant Peter Jurczak, die später in Katyn ermordet wurden. Der Widerstand gegen die Besatzung begann sich in den umliegenden Wälder zu organisieren. Am 22. August 1942 wurden die jüdischen Einwohner von Myślenice deportiert.