Po niemieckim ataku na Holandię w maju 1940 roku, skutkującym przystąpieniem tego kraju do wojny, „Van Nes” brał udział w eskortowaniu alianckich konwojów na Oceanie Indyjskim. Po przystąpieniu do wojny Japonii w grudniu 1941 roku i następującym po nim ataku na wyspy Archipelagu Malajskiego, działał głównie na Morzu Jawajskim, nie biorąc jednak udziału w większych akcjach floty.