Pela Seleção Sueca, Ekström disputou 47 jogos e marcou treze gols entre 1986 e 1995. Atuou na fracassada campanha da seleção na Copa de 1990, onde os suecos cairam na primeira fase. Militou também na Eurocopa de 1992 realizada na Suécia. Era a grande chance dos amarelos conquistarem seu primeiro título a nível internacional, mas Ekström e seus companheiros acabaram derrotados pela Alemanha. Preterido para a Copa de 1994, Ekström deixou a seleção em 1995.