১৯৮৯ সালের বিপ্লবের পরে তিনি আয়াতুল্লাহ খোমেনিয়ের অন্যতম সহযোগী হন। তাকে জাতীয় রেডিও এবং টিভিতে ইরানের কাউন্সিলের খোমেনির প্রতিনিধি মনোনীত করা হয়েছিল কিন্তু জিম্মি হওয়ার কারণে প্রতিপক্ষ বনি সদর রাষ্ট্রপতি হওয়ার পরে এবং পদত্যাগের ইঞ্জিনিয়ারিংয়ের পরে তিনি এই পদটি হারিয়েছিলেন। তিনি ছিলেন ১৯৭৯ সালের ৪ নভেম্বর আমেরিকান দূতাবাসের কর্মীদের জিম্মি করে ইমামের লাইনের মুসলিম ছাত্র অনুসারীদের আধ্যাত্মিক নেতা। আশির দশকের গোড়ার দিকে তিনি মজলসের ডেপুটি স্পিকারের পদে অধিষ্ঠিত ছিলেন বলে জানা গেছে। ১৯৮০-এর দশকের মাঝামাঝি সময়ে আয়াতুল্লাহ ইউসুফ সানাইকে খোমেনেই প্রসিকিউটর জেনারেল পদে নিয়োগ দিয়েছিলেন। তারপরে খোইনিহাকে সুপ্রিম জুডিশিয়াল কাউন্সিলের সদস্য এবং এক্সপিডেন্সি কাউন্সিলের সদস্য করা হয়। ১৯৮৯ সালে, তিনি সংবিধান পর্যালোচনা করার জন্য গঠিত সংবিধান পরিষদে তার প্রতিনিধি হিসাবে খোমেনাই নিযুক্ত হন।