През 1990 г. социалистите (бившите комунисти) губят властта си в полза на етническите сепаратистки партии в хода на първите многопартийни избори в страната, освен в Сърбия и Черна гора, където Милошевич и съюзниците му печелят. Националистическата реторика от всички страни става все по-гореща. Между юни 1991 г. и април 1992 г. четири републики обявяват независимост (само Сърбия и Черна гора остават във федерация), но статутът на етническите сърби извън Сърбия и Черна гора и този на етнически хървати извън Хърватия остава неразрешен. След поредица от междуетнически инциденти, избухват Югославските войни, първо в Хърватия, а след това в Босна и Херцеговина, където сраженията са най-тежки. Войните оставят след себе си тежки икономически и политически щети в региона.