Авиабаза на острове Сан-Томе была построена в середине XX века. До 1974 года здесь располагалась база военно-воздушных сил Португалии, а также бараки португальской армии. С 1967 по 1970 годы в ходе Гражданской войны в Нигерии аэропорт Сан-Томе являлся основной базой для международных организаций, осуществлявших гуманитарную помощь жителям восточной Нигерии.