לאחר הקמתה של הקונפדרציה הארגנטינאית הופעלו הנחתים במלחמת ארגנטינה–ברזיל בשנות ה-20 של המאה ה-19, ולאחר מכן נטלו חלק במלחמת האזרחים באורוגוואי (1839–1850). במקביל לחמו הנחתים בצד כוחות צי וצבא נגד צי משותף של בריטניה וצרפת בקרב וואלטה דה אובליגדו (Vuelta de Obligado), ב-1845. בקרב זה ניסו הכוחות הארגנטינאיים למנוע מספינות מסחר בריטיות וצרפתיות לנוע במעלה שפך ריו דה לה פלטה ללא אישור משלטונות ארגנטינה. הקרב היה ניצחון פירוס עבור הצי הצרפתי-בריטי, שהצליח לגבור על ההתנגדות הארגנטינאית אך במחיר כבד מאוד. שתי המעצמות חתמו על הסכמים עם ארגנטינה בחודשים שלאחר מכן, וקיבלו למעשה את הדרישה הארגנטינאית. באותה שנה, 1845, השתתפו הנחתים במלחמת הברית המשולשת, בין ארגנטינה, ברזיל ואורוגוואי לבין פרגוואי, מלחמה שבה הובסה האחרונה במחיר כבד מאוד, בנפש ובשטח.