Začiatkom roku 1945 práce na atómovej bombe pokročili natoľko, že vedci pracujúci na jej vývoji boli presvedčení, že do augusta bude bomba hotová a bude pripravená na skúšku. Už v tomto období si však mnohí z nich začali uvedomovať možné riziká reálneho použitia tejto zbrane vo vojne. Szilárd ešte v marci 1945 poslal ďalší list prezidentovi Rooseveltovi, v ktorom vyjadril hlboké znepokojenie v súvislosti s možným bombardovaním japonských miest atómovými bombami. Prezident Franklin D. Roosevelt však umrel 12. apríla 1945 a na jeho miesto nastúpil jeho dovtedajší viceprezident Harry S. Truman. Keďže Projekt Manhattan bol prísne utajovaný, Truman, hoci zastával druhú najvyššiu ústavnú funkciu v Spojených štátoch, o príprave atómovej bomby vôbec nevedel, tak isto ako ani Ministerstvo zahraničných vecí až do zahájenia Jaltskej konferencie.