Vídeň, vyjma krátkého období vojenské správy na čele s generálem Josipem Filipovićem, razila politiku konfesní vyváženosti mezi zdejšími muslimy, pravoslavnými, katolíky a židy. Na čele okupační moci stála Zemská vláda, přímo podřízená společné rakousko-uherské vládě, resp. ministerstvu financí. S nástupem ministra Benjámina Kállaye (v úřadu 1882–1903) byla dále rozvíjena politika všestranné izolace Bosny a Hercegoviny od dění v sousedních jihoslovanských zemí, které si činily nárok na její území a zdejší obyvatele považovaly za Srby nebo Chorvaty. V rámci tohoto úsilí došlo k osamostatnění katolické a pravoslavné církve na území Bosny a Hercegoviny a po několikaletém vyjednávání rovněž muslimské obce. Roku 1882 pak vzniklo nezávislé Islámské společenství, v jehož čele stanul reisu-l-ulema (bosensky "reisu-l-ulema", dříve též "reis-ul-ulema" nebo "reis-el-ulema"), nominálně i sarajevský muftí. Za rakousko-uherské okupace byla muslimům garantována všechna náboženský práva, což stvrdila tzv. Cařihradská konvence mezi podunajskou monarchií a Tureckem z roku 1879 a nakonec i zemská ústava, vyhlášená císařem Františkem Josefem I. roku 1910. Nicméně muslimská komunita měla k habsburské moci značně rezervovaný vztah, který se zprvu projevoval odmítáním všech zaváděných novinek, včetně světského školství, státní služby a povinného odvodu do vojska. Zavedení vojenské povinnosti bylo i záminkou pro ozbrojené povstání muslimů a pravoslavných v Hercegovině roku 1882. Nespokojenost se Zemskou vládou se projevovala i setrvalým vystěhovalectvím do Turecka. Běžné odhady hovoří o 140–150 000 muslimských emigrantů v letech 1878–1912, vystěhovalectví zesílilo po vyhlášení anexe provincie roku 1908 a náhle je přerušily balkánské války.