Trotz mehrerer Einsätze in der Qualifikation zur Weltmeisterschaft 2006 wurde er von Trainer José Pekerman nicht für den WM-Kader nominiert, stattdessen nahm er Lionel Scaloni mit. Diese Entscheidung empörte viele Fans und die Medien. "Ich weiß nicht, ob es irgendwelche fußballerischen oder nicht fußballerischen Gründe gab. Aber ich kann ruhig schlafen, weil ich diesem Land so viel gegeben habe, und ich mich immer noch als ein Spieler der argentinischen Nationalmannschaft fühle", wurde Zanetti zitiert, nachdem er von der Nichtnominierung des Turniers mitbekam. Im Sommer 2007 nahm er wiederum an der Copa América teil. Zanetti kam im Laufe des Turniers mehrfach zum Einsatz und führte die Mannschaft als Kapitän an. Der Turniersieg blieb ihm allerdings verwehrt, da Argentinien, wie bereits 2004, im Endspiel gegen Brasilien unterlag.