מוראלס ידוע בביקורתו כלפי ישראל. בינואר 2009, כאות מחאה על מבצע עופרת יצוקה נגד חמאס בעזה, החליט הנשיא לנתק את היחסים הדיפלומטיים עם ישראל. במהלך 2014 ביטל הסכם ארוך שנים שנחתם כבר ב-1972 על תנועה חפשית (ללא ויזה) בין שתי המדינות. מוראלס קרא בפומבי לישראל "מדינת טרור". בשנת 2011 ניהל פגישה ידידותית עם אחמד וחידי, שר ההגנה האיראני, שתכנן את הפיגוע בבניין הקהילה היהודית בבואנוס איירס ב-1994, בו נרצחו 85 איש ונפצעו 330 (וחידי מבוקש על ידי הרשויות בארגנטינה מאז הפיגועים). לאחר לחץ פוליטי משלל ארגונים יהודיים, התנצל מוראלס בפני הקהילה היהודית בארגנטינה.