Akdeniz’de devriye gezen Britanya donanmasını 10-13 Haziran’da yenilgiye uğratıp stratejik öneme sahip Malta'yı işgal eden Fransız donanması, 1 Temmuz’da İskenderiye önüne demir attı; İskenderiye’yi işgal ettikten sonra Kahire’ye yöneldi. Mısır resmen Osmanlı toprağı sayılsa da güç, Memluk Beylerinin elindeydi. Memluk Beyi’nin ordusunu Piramitler Muharebesi’nde yendikten sonra 22 Temmuz’da Kahire’ye muzaffer bir komutan olarak girdi. İslam padişahının dostu olduğunu, Memlûk Beyleri’nin nüfuzunu sona erdirmek üzere Kahire’ye girdiğini iddia eden Napolyon yaptığı din propagandası ile halkı yanına çekmeye çalıştı. Merkez ve eyaletlerde kurduğu divanlara ulemaları atayarak ülkeyi divanlar aracılığıyla yönetmeye başladı.