Quando se faziam os preparativos para o ataque que marcaria o início da Primeira Guerra Anglo-Afegã, Stoddart foi enviado como emissário ao emir de Bucara para lhe assegurar que nada tinha a temer com a ofensiva britânica no Afeganistão. Além disso, foi incumbido de propor um tratado de amizade com o Reino Unido e de tentar convencer o emir a libertar os escravos russos do emirado, a fim de que o czar russo ficasse sem pretexto para o atacar.