Aufgrund einer Verletzung musste Coe fast die gesamte Saison 1987 pausieren. Im darauf folgenden Jahr wurde er nicht für das britische Team der Olympischen Spiele 1988 nominiert, nachdem er sich bei den Ausscheidungen in Birmingham über 1500 Meter nicht hatte qualifizieren können. Der Daily Mirror startete eine Medienkampagne und IOC-Präsident Juan Antonio Samaranch setzte sich vergeblich dafür ein, die Regeln zugunsten Coes zu ändern. Indien, das Heimatland seiner Mutter, bot ihm einen Startplatz an, doch er lehnte ab. 1989 gewann Coe nochmals den britischen Meistertitel über 1500 Meter. Zu Beginn des Jahres 1990 trat er zurück, nachdem er wegen einer Brustinfektion die Commonwealth Games 1990 in Auckland verpasst hatte.