Nach der deutschen Besetzung Norwegens forschte Epstein für das Oslo Council of Health zur Tuberkulose. Er wurde am 25. Oktober 1942 durch die Norwegische Staatspolizei auf Anordnung der Gestapo verhaftet und am 27. Oktober in das KZ Berg bei Tønsberg verbracht. Auf Intervention des Roten Kreuzes wurde ihm hier gestattet, im Krankenraum zu behandeln. Am 27. November wurde auch seine Ehefrau Ottilie verhaftet. Am 28. November 1942 wurden die Epsteins mit dem Dampfer "Donau" nach Stettin gebracht und von dort nach Auschwitz deportiert. Bald nach ihrer Ankunft wurde Epsteins Ehefrau ermordet.