Ayant vivement dénoncé le nazisme en chaire, le pasteur Caskie choisit de fuir Paris lors de l'invasion allemande de la France en 1940. Au lieu de rejoindre le Royaume-Uni selon les recommandations insistantes de l'Église d'Écosse, il fuit vers le sud, via Bordeaux, refusa de prendre place sur le dernier bateau pour la Grande-Bretagne prévu pour appareiller de Bayonne pour finalement aboutir à Marseille. Là, dans les locaux de la Mission des marins britanniques de Marseille (la "Seamen's mission", située au 46 rue de Forbin, près du Vieux-Port), il mit en place un refuge pour les militaires britanniques égarés. En effet, tous les militaires britanniques n'avaient pas pu être évacués à Dunkerque ; il y avait ceux qui avaient combattu pour défendre la poche de Dunkerque et n'avaient pas pu embarquer ou combattaient trop au sud et avaient été coupés de leur corps expéditionnaire, auxquels s'ajoutaient bien entendu les aviateurs abattus au-dessus de la France. Leur meilleure chance de retour au pays était de rejoindre la zone sud puis l'Espagne. Il envoyait même des télégrammes codés à l'Église d'Écosse à Édimbourg, les informant du nom et des adresses des familles des militaires britanniques évadés se trouvant à Marseille. L’Église d’Écosse pouvait alors informer les familles. Avec l'aide d'Albert Guérisse alias Pat O'Leary (un médecin militaire belge organisateur d'une importante filière d'évasion depuis Marseille par l'Espagne, décoré ultérieurement de la Croix de Saint-Georges), des services de renseignement britanniques, du pasteur marseillais Marcel Heuzé, les autorités consulaires américaines et d'autres, Donald Caskie aida quelque alliés à fuir la France.