Отношения в 2006 году ухудшились в связи с осуждениями президента Уго Чавеса в отношении израильско-ливанского конфликта 2006 года и отчасти из-за внешней политики Чавеса в отношении Ирана и политической оппозиции Израиля к ней. Чавес также противопоставлял себя на мировой арене международной политике США — США и Израиль являются партнерами в области обороны и международных отношений, в частности, их взгляды совпадают по решению проблем Ближнего Востока. После конфликта между Израилем и Газой в 2008—2009 годах Венесуэла нарушила все дипломатические отношения с Израилем, осудив его действия. 27 апреля 2009 года министр иностранных дел Венесуэлы Николас Мадуро встретился с министром иностранных дел Палестинской национальной администрации Риядом аль-Малики в Каракасе, где были установлены официальные дипломатические отношения.