Nach 177 Abschüssen und der kurz zuvor erfolgten Verleihung des Eichenlaubs kam Krupinski am 18. April 1944 in die Reichsverteidigung und führte von nun an die 1. Staffel des Jagdgeschwaders 5. Am 1. Mai 1944 zum Hauptmann befördert, wurde er Mitte Mai 1944 als Nachfolger von Günther Rall Kommandeur der II. Gruppe des Jagdgeschwaders 11, mit der er auch an der Invasionsfront in der Normandie eingesetzt war. Ab dem 27. September 1944 führte er die III. Gruppe des Jagdgeschwaders 26. Bei Kriegsende hatte er 1100 Feindflüge absolviert; ihm waren insgesamt 197 Luftsiege zuerkannt worden.