Намерението на правителството е искрено – да се установи религиозна толерантност и умиротворяване на изморената страна. То обаче не предвижда реакцията на католическата партия, ръководена от лотарингския херцог Анри дьо Гиз. Възмутени от отстъпките на еретиците и от засиленото влияние на Колини върху краля, те организират кървавите кланета на хугеноти през Вартоломеевата нощ (24 август 1572), с което слагат край на мира от Сен Жермен. Религиозните войни са подновени и не стихват в следващите 25 години.