Nel 2002 pubblicò un libro (""), finanziato da Berezovskij, in cui accusava gli agenti del FSB di essere i veri responsabili della serie di attentati esplosivi occorsi in Russia tra l'agosto e il settembre del 1999 e che fecero più di trecento vittime. Gli attentati, ufficialmente attribuiti ai separatisti ceceni, sarebbero stati realizzati per giustificare la ripresa delle operazioni militari russe in Cecenia (vedi Seconda guerra cecena). In un suo libro successivo ("Gang from Lubyanka") Litvinenko accusò Putin di esserne il mandante.