Mathilde bood vervolgens haar diensten aan de invloedrijke paus Innocentius III. Deze kon Mathilde's politieke ervaring goed gebruiken. Mathilde bemiddelde in Rome de benoeming van haar stiefbroer Alfons tot grootmeester van de Orde van Malta (1202). Zij hielp de paus bij de keuze van edelen voor de Vierde Kruistocht. In 1212 was zij aan het Portugese hof in Coimbra, bij het overlijden van haar broer, koning Sancho I. Haar neef, Sancho II, volgde op in een sfeer van ruzies aan het Portugese hof. Later trok de 60-jarige Mathilde zich meer en meer terug in zuidelijk Vlaanderen. Zij verdronk in een moeras in de buurt van Veurne, toen haar koets er zich vast reed (1218).