nazajutrz, po przekazaniu dowodzenia kompanii por. mar. Franciszkowi Rydzewskiemu, objął komendę nad okrętem. Po agresji radzieckiej dowódca SGO „Polesie” gen. bryg. Franciszek Kleeberg nakazał 17 września zniszczenie i zatopienie jednostek pływających Flotylli Pińskiej z powodu niemożliwości ewakuacji ze względu na niskie stany wód. ORP „Generał Szeptycki” otrzymał jednak rozkaz obrony dostępu do Pińska od zachodu do czasu przewidywanego zajęcia miasta przez Armię Czerwoną, a wtedy dowódca miał zniszczyć statek wraz ze stojącymi nieopodal krypami i z załogą dotrzeć do Morocznej. 17 września o godz. 11:00 okręt odpędził ogniem działa kal. 75 mm nadlatujący od zachodu nad Pińsk niemiecki samolot bombowy, jednak przy późniejszym nalocie dwóch radzieckich bombowców nie mógł otworzyć ognia z powodu operowania samolotów na wyższym pułapie.