Il 4 luglio 2016 viene comunicato ufficialmente il suo passaggio alla Sampdoria. Nella prima stagione conduce i blucerchiati al decimo posto, con l'importante doppio successo nei derby: non accadeva dal 1959-60 che entrambe le sfide cittadine si risolvessero a favore dei doriani. Spiccano anche le vittorie contro le milanesi, nei confronti delle quali la Sampdoria ottiene 9 punti su 12 disponibili. In Coppa Italia viene eliminato agli ottavi dalla Roma (4-0).