Во время англо-американской войны 1812-14 годов Уилкинсона повысили в звании до генерал-майора. Он без боя, путём переговоров, захватил испанский форт в Мобиле (Испанская Западная Флорида). Затем он был отозван на границу с Канадой, но после поражения в 26 октября 1813 года он поссорился с генералом и ушёл в отставку.