Mario Innauer debuterte i verdenscupen 4. januar 2007 i Bergiselbakken, det tredje rennet i hoppuka. Han endte på 16.-plass, og sikret seg dermed sine første verdenscuppoeng. Tre dager senere, i hoppukas avslutningsrenn i Bischofshofen, kom han på 15.-plass. Noen uker senere kom han på 5.-plass i et renn i Titisee-Neustadt, hans beste plassering i den første verdenscupsesongen. Han var med i Østerrikes tropp til VM i Sapporo i 2007, men fikk ikke hoppe noen av konkurransene.