En la Guerra austro-prusiana de 1866, Werder se distinguió en gran medida en Gitschin y Königgratz a la cabeza de la 3.ª división. Volvió a casa con el rango de teniente-general y con la Orden Pour le Mérite. En 1870, en un principio empleado en el Cuartel General del 3º Ejército y al mando de las fuerzas de Wurtemberg y Baden, después de la Batalla de Worth se le confió los operaciones contra la ciudad de Estrasburgo, que capturó tras un largo y famoso asedio.