La începutul celui de al Doilea Război Mondial, Polonia a fost invadată de Germania Nazistă și de Uniunea Sovietică, iar orașul a fost la început ocupat de URSS, ca urmare a Pactului Molotov-Ribbentrop. El a fost încorporat în RSS Bielorusă între 1939 și 1941, fiind reședința regiunii Belastok. După atacul nazist asupra Uniunii Sovietice în 1941, zona a fost preluată de germani și orașul a devenit reședința "bezirk"ului Białystok, regiune separată în Polonia sub ocupație germană, până în 1944.