A finales de 1936 en el Gabinete de Información y control del Ministerio de la Guerra continuó confeccionando nuevas fichas personales sobre militares del nuevo Ejército Popular durante el resto de la contienda, vigilando las fidelidades de antiguos y nuevos militares incorporados a la guerra. Su labor se intensificó especialmente cuando la República empezó a perder la guerra después de la caída del Frente Norte, en busca de traiciones e infiltraciones de la quinta columna franquista. Debido a sus cualidades, fue uno de los fundadores del Servicio de Información Militar (SIM), la nueva agencia de inteligencia y seguridad creada por el gobierno republicano a mediados de 1937; en los primeros tiempos se encargaría de la selección de sus agentes y mandos aunque posteriormente se viera apartado del mismo. A principios de 1937 tuvo un enfrentamiento directo con el presidente del gobierno Francisco Largo Caballero, a cuenta de su dirección de la guerra y llegándole a calificar de «senil» e «incapaz de dirigir la guerra». En los últimos momentos de la guerra, con la caída de Cataluña, hubo de salir hacia el exilio en Francia, contando por entonces con el grado de coronel.