Al Gran Premio della Malesia 2003 conquistò la prima pole position. Fu così che diventò il più giovane pilota a partire in prima fila in Formula 1. Il fu anche l'anno del primo grave incidente; durante il GP del Brasile, arrivato troppo velocemente nel luogo dell'incidente di Mark Webber, colpì una ruota di quest'ultimo e si schiantò a 290 km/h contro le barriere di protezione. Alonso venne trasportato in ospedale per accertamenti e la gara sospesa dai giudici. Ciononostante, il fuori pista non gli impedì di andare sul podio in quanto, per la classifica finale, vennero prese in considerazione le posizioni risalenti al giro precedente, con il pilota della Renault terzo.