Toujours à la tête de la section de mortiers du  bataillon de la  demi-brigade qu'il a commandé pendant la guerre, Rudolf Eggs est promu sous-lieutenant en et part combattre en Indochine. Il reçoit ses galons de lieutenant en 1948 et est blessé pour la troisième fois de sa carrière en au Tonkin. Muté en 1954 au 4e régiment étranger basé au Maroc, il y commande une compagnie de combat et est promu capitaine avant de participer à la guerre d'Algérie de 1957 à 1959. De retour en France, il est basé à Strasbourg jusqu'en 1960, date à laquelle il repart pour l'Algérie où il sert jusqu'en 1962 au sein du 3e régiment étranger d'infanterie. Prenant sa retraite en 1964 avec le grade de commandant, il se retire en Bourgogne. Naturalisé français le , il meurt le à Beaune et est inhumé à Ivry-en-Montagne.