После войны с Германией и последовавшей оккупацией страны активно начал работать над подготовкой сопротивления. В начале июля близ его села был сформирован 1-й шумадийский партизанский отряд, в котором Милан был назначен заместителем командира. Он участвовал во многих действиях отряда: так, особенно известным стала битва за Рудник. Личным примером Илич доказал, как нужно бороться с врагом, используя опыт Первой мировой войны. Немцы в конце августа 1941 года сожгли его дом, а в начале 1942 года объявили партизана в розыск, назначив за его голову награду в 50 тысяч динаров.