1997-ben Ahmed Jászín Hamász-vezető irodafőnöke lett, majd Jásszin nemsokára a Palesztin Nemzeti Hatóság szóvivőjének nevezte ki. 2003-ban egy öngyilkos merénylet miatti megtorlásként az Izraeli Légierő támadást hajtott végre a Hamász vezetőség ellen, de Hanije túlélte a támadást, enyhébb sérüléseket szerezve. A második intifáda idején Hanije pozíciója ugrásszerűen megnőtt, Jásszin 2004-es meggyilkolása után őt választották meg a Hamász vezetőjének, majd 2006-ban a Palesztin Nemzeti Hatóság miniszterelnökévé nevezték ki. Erre válaszul Izrael és az Amerikai Egyesült Államok szankciókat léptetett életbe a Nemzeti Hatóság ellen, Izrael pedig blokád alá vonta a Gázai övezetet. A helyzetet tovább súlyosbította, mikor a Fatáh és a Hamász között nyílt fegyveres konfliktus tört ki. Ennek eredményeként a Hamász uralma alá hajtotta a Gázai övezetet, míg a Fatah Ciszjordániában fészkelte be magát. Mahmúd Abbász palesztin elnök 2007-ben Hanijét hivatalosan felmentette a miniszterelnöki tisztségből, helyére szövetségesét, Szalám Fajjádot nevezve ki. Abbász lépést azonban a Hamász nem ismerte el, továbbra is Hanijét tartva a Nemzeti Hatóság törvényes miniszterelnökének.