Kentin denizyolu ulaşım tarihi kendisi kadar eskidir. Denizyolu ile ulaşımın sağlandığı şehir Anadolu'yu Kırım'a bağlayan bir ticaret merkezi olup Selçuklular ve beylikler dönemlerinde Anadolu içlerinden gelen ticaret kervanlarının Sivas yoluyla Karadeniz'e ulaştığı limanlar arasında yer almıştır. Anadolu menşeli ürünlerin toplanma noktası olan Samsun Kırım Savaşı sırasında ittifak ordularının tedarik merkezlerinden biri olarak öne çıkmış, savaş sonrasında da Fransız, Yunan ve Rus gemileri şehrin Suriye, Tuna ve Rumeli vilayetlerinin yanı sıra Yunanistan, İtalya ve Fransa'daki limanlarla bağlantı kurmasını sağlamıştır. Şehre modern bir liman inşa edilmesi 19. yüzyılın ortalarında gündeme girse de bu fikir ancak 1950'lerde somutlaşmıştır. 4 Nisan 1954 tarihinde yapılan temel atma töreni ile inşası başlayan liman 14 Aralık 1960 tarihinde kullanıma açılmış, 2010 yılında ise özelleştirilerek Ceynak Lojistik'e devredilmiştir. Samsun Limanı'nın hâricinde 2005 yılında hizmete giren Toros Gübre Limanı ve 2008 yılında açılan Yeşilyurt Limanı ile birlikte Samsun'da üç liman bulunmaktadır. Samsun Limanı Karadeniz'in en büyük, Türkiye'nin ise 5. büyük limanı olmakla birlikte 2017 yılında 12.325.083 ton yükün elleçlendiği limanlarıyla Samsun Türkiye'nin en yoğun yedinci denizyoludur.