Il Bari passò così tre anni in serie cadetta e dopo i primi due sotto la guida del già conosciuto Catuzzi, in cui mancò nuovamente per poco la promozione in A, nel 1988 (anno in cui lasciarono Rideout e Cowans) sedette in panchina Gaetano Salvemini, che portò i biancorossi a vincere il campionato di Serie B 1988-89 (a pari punti con il Genoa capolista, che aveva una migliore differenza reti). Nell'estate del 1989 arrivarono i brasiliani Gérson Caçapa e João Paulo; quest'ultimo divenuto presto idolo della tifoseria ed è uno dei giocatori più ricordati.. Con Salvemini, nella stagione 1989-1990 la squadra giunse a metà campionato a ridosso della zona UEFA e poi chiuse la competizione al 10º posto, mostrando la classe dei centravanti Joao Paulo e Maiellaro (quest'ultimo nei biancorossi dall'87). In virtù del piazzamento in Serie B nell'anno precedente, il Bari partecipò nella primavera del 1990 al torneo di Coppa Mitropa dove, dopo aver superato le qualificazioni vinse la finale a Bari, il 21 maggio (in turno secco), battendo 1-0 il Genoa (il goal fu di Perrone al 14º minuto del primo tempo). La Coppa Mitropa, per il Bari, è stato il primo trofeo internazionale vinto.