Durante la Segunda Guerra Mundial, la invasión del Tercer Reich a Bohemia y Moravia, permitió la independencia de Eslovaquia entre 1939 y 1945. Durante este corto período, nació la primera Selección Eslovaca, que jugó un total de 14 partidos, principalmente con selecciones de países del Eje. Tras ese período, los eslovacos siguieron participando como miembros de Checoslovaquia, la cual obtuvo el subcampeonato de la Copa Mundial de Fútbol de 1934 y de 1962 y el título de la Eurocopa 1976.