Под давлением ООН Нидерланды согласились возобновить переговоры с Индонезией, которые завершились в июне 1949 года подписанием двух соглашений, известных как соглашения Рума - Ван Ройена — по имени подписавших их министров иностранных дел Индонезии и Нидерландов Мохаммада Рума и . По условиям этих соглашений стороны прекращали боевые действия; Нидерланды обязывались освободить всех военнопленных и вернуть Джокьякарту Индонезии. Устанавливалось, что в ближайшее время в Гааге будет созвана конференция круглого стола, на которой будет решён вопрос о признании независимости Индонезии. В конце июня начался вывод голландских войск с захваченных территорий, и уже в начале июля правительство Индонезии вернулось в Джокьякарту. Сукарно, вернувшийся к исполнению обязанностей президента, приказал Судирману также прибыть в Джокьякарту, обещав предоставить ему помощь врачей, однако Судирман, недовольный соглашениями, отказался. Он считал, что соглашения были заключены в самый неподходящий момент, когда НАИ была способна нанести голландцам полное поражение. Он согласился приехать только после того, как получил письмо — по разным источникам, его отправителем был либо Хаменгкубувоно IX, либо близкий друг Судирмана генерал . 10 июля Судирман вернулся в Джокьякарту; его тепло приветствовали как простые жители города, так и представители политической элиты. Журналист писал в 1973 году, что «Судирман был вынужден вернуться в Джокьякарту, чтобы опровергнуть слухи о расколе среди высших руководителей республики».