W reprezentacji Mali Doukantié zadebiutował w 2001 roku. W 2002 roku był powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki 2002. Rozegrał na nim 2 mecze: z Algierią (2:0) i półfinale z Kamerunem (0:3). Z Mali zajął 4. miejsce w tym turnieju. W kadrze narodowej grał do 2007 roku i rozegrał w niej 17 meczów, w których strzelił 1 gola.