В мае 1940 года, вскоре после немецкого вторжения в Нидерланды, Веркман организует подпольное издательство, "De Blauwe Schuit" ("«Синяя баржа»"), где было выпущено до сорока публикаций, и все из них были оформлены и проиллюстрировал Веркманом. В журнале, помимо прочего, печатались хасидские сюжеты из легенды о Бааль Шем Тове. 13 марта 1945 года сотрудники гестапо арестовали Веркмана. Он был расстрелян вместе с девятью другими заключенными в лесу возле деревни Баккевеен 10 апреля, за три дня до освобождения Гронингена. Многие из его картин и гравюр, которые были конфискованы гестапо, были потеряны в результате пожара, который вспыхнул во время городских боёв.