Skorzeny pasó los dos años siguientes en diferentes centros para prisioneros de guerra en Alemania. Se le juzgó en Núremberg. Allí se lo acusó de la matanza de varios soldados aliados durante la Batalla de las Ardenas (la Matanza de Malmedy), pero fue declarado inocente. Después se le acusó de intentar matar a Eisenhower, pero esta nueva acusación carecía de fundamentos. Al final fue acusado de ordenar a sus hombres que utilizaran el uniforme enemigo durante la Operación Greif. Esto constituía un crimen de guerra y Skorzeny no pudo negarlo. Sin embargo, la acusación se vino abajo cuando el famoso jefe de escuadrón y espía inglés Yeo-Thomas, conocido bajo el apodo de «Conejo Blanco», vino en su ayuda y testificó que los británicos también habían usado el uniforme enemigo durante la guerra.