Omonia foi fundada em 1948, um ano que marca um marco na história do futebol cipriota. Em 1948, houve agitação política na Grécia devido ao conflito entre direita e esquerda na guerra civil grega. A situação na Grécia também mudou para Chipre e penetrou tanto na vida política do país quanto no esporte. A maioria dos atletas também estavam envolvidos na política. Atletas de esquerda foram descartados pelos clubes da temporada e o clima nacional prevalecente foi atingido. Por causa dessas limitações, os atletas de esquerda e os fãs criaram novos clubes. Em 7 de março de 1948, Nea Salamina foi fundada em Famagusta e em 10 de abril de 1948, Alky em Larnaca.