Howlett s'oppose au Brexit. À la suite du résultat du Référendum sur l'appartenance du Royaume-Uni à l'Union européenne, il soutient que la Grande-Bretagne devrait rester dans le marché unique européen. En , il demande au ministre d'État aux Universités et aux Sciences Jo Johnson d'exclure les étudiants internationaux des chiffres de l'immigration afin de garantir que les universités britanniques restent attractives sur la scène mondiale.