De manera que San Martín va haver de fer la seva projectada campanya sense suport argentí, el que va ser reemplaçat pel de Xile en el militar i Gran Bretanya en el naval i econòmic. Al setembre de 1820, l'Exèrcit de Sant Martín va desembarcar al sud del Perú, encara que no va atacar frontalment; després de diverses negociacions, durant les quals el virrei va ser enderrocat i reemplaçat per José de la Serna, aquest es va veure obligat a evacuar Lima i instal·lar el seu govern a Cusco. Sant Martín va ingressar a Lima al juliol, va proclamar la Independència del Perú i va ser nomenat Protector del Perú.