Службу лётчика-истребителя Николай Савельевич начал в марте 1940 года в 126-м истребительном авиационном полку 9-й смешанной авиационной дивизии Белорусского особого военного округа. Начало Великой Отечественной войны застало старшего лётчика Н. С. Путько на приграничном аэродроме Долубово. В боях с немецко-фашистскими захватчиками Николай Савельевич с 22 июня 1941 года. Боевое крещение принял в Белостокско-Минском сражении. В первые дни войны старший лётчик Н. С. Путько на самолётах И-16 и МиГ-3 произвёл 37 боевых вылетов, сбил лично немецкий самолёт-разведчик Хеншель 126 и вражеский бомбардировщик Юнкерс 88 в составе группы. 27 июля 1941 года самолёт Путько был сбит. Тяжело контуженный лётчик сумел выпрыгнуть с парашютом и приземлиться в расположении своих наземных войск. После лечения в госпиталях Воронежа и Арзамаса в июле 1941 года Николая Савельевича направили в Ростов-на-Дону, где на базе 11-го запасного истребительного полка он прошёл переобучение на истребителе ЛаГГ-3.