Efter andra världskrigets slut åtalades Kaltenbrunner vid Nürnbergprocessen 1945-1946 som högste överlevande representant för SS. Rättsförhandlingarna inleddes den 20 november 1945, men eftersom Kaltenbrunner drabbades av en hjärnblödning, kunde han inte infinna sig i rättssalen förrän den 10 december. Han förklarade sig då "icke skyldig" enligt anklagelseakten.