אלנבי קיבל דרגת פילדמרשל ב-1919, וב-6 באוגוסט של אותה שנה קיבל את תואר האצולה "הויקונט הראשון אלנבי ממגידו". הוא נותר במזרח התיכון ומונה לנציב העליון של מצרים וסודאן עד 1925. את כהונתו שם פתח בדיכוי מהומות 1919: התקוממות לאומנית כנגד הבריטים, אך פעל לקידום מה שנקרא 'מודוס ויוונדי' וזאת כתוצאה מהכרזתה החד־צדדית של בריטניה על מתן עצמאות למצרים בפברואר 1922. לקראת סוף כהונתו במצרים עמד בפני משבר חמור ביחסים עם מצרים בשל רצח סר לי סטאק הבריטי המפקד הראשי של הצבא המצרי והמושל הכללי של סודאן האנגלו־מצרי (בנובמבר 1924). אלנבי ניסה לפתור את המשבר בתגובה חריפה, כאשר הגיש למצרים אולטימטום חריף ומשפיל. הוא הועבר מתפקידו עוד קודם שהמשבר נפתר.