Jantjies si formò nel settore giovanile dei , squadra con la quale esordì durante la Vodacom Cup 2010. L'annata successiva lo vide protagonista della vittoria in Currie Cup: nella finale contro i segnò, infatti, ventiquattro punti ed ottenne il riconoscimento di "man of the match". Durante la medesima stagione debuttò anche in Super Rugby con la franchigia dei . La retrocessione della compagine di Johannesburg al termine del Super Rugby 2012 lo portò a trasferirsi agli dove rimase solo un anno. Poté, infatti, ritornare a vestire la maglia dei Lions dopo la loro promozione nel Super Rugby 2014. A partire dalla stagione 2014-15 smise di disputare la Currie Cup con i Golden Lions poiché firmò un contratto con gli che lo vedeva impiegato nella Top League giapponese nello stesso periodo dell'anno. Nel 2016 contribuì al raggiungimento della prima finale di Super Rugby nella storia dei Lions; nonostante la sconfitta per mano degli , ricevette il riconoscimento personale di miglior giocatore sudafricano della competizione. L'insuccesso in finale si ripeté anche nelle edizioni 2017, dove fu il miglior marcatore di punti, e 2018. Proprio in quest'ultimo anno, dopo quattro stagioni in Giappone, tornò a disputare la Currie Cup con i Golden Lions raggiungendo la finale. Al termine dell'incontro con i , valido per il Super Rugby 2019, divenne il quinto giocatore in assoluto a superare quota 1000 punti segnati nella competizione. Secondo un'analisi dell'aprile 2020, Jantjies è stato, per statistiche complessive, il miglior giocatore sudafricano negli ultimi dieci anni di Super Rugby.