1866-ban az amerikai hadsereg is megjelent, hogy felügyelje a gőzhajózást, illetve azért is, mert az aranyláz és a fokozódó emberi tevékenység konfliktusokat váltott ki. A mai Montana területén számos ütközetet vívott egymással a katonaság és az indiánok. Közülük a leghírhedtebbek a Marias-mészárlás, a Little Bighorn-i csata, a Big Hole-i csata, és a Bear Paw-i csata. Az utolsó összecsapások 1887-ben voltak, a békét aláíró indiánokat pedig rezervátumokba kényszerítették.