Hernando föddes i Trujillo (Extremadura), i Spanien, och var son till kaptenen Gonzalo Pizarro y Rodríguez de Aguilar (senior) (1446-1522) – som hade tjänstgjort som överste i infanteriet i Italienska kriget under Gonzalo Fernández de Córdoba y Aguilar och med viss framgång i Navarra, – och Isabel de Vargas.