Kıta Ablukası'ını genişletmek umuduyla İber Yarımadası'ını işgal eden İmparator Napolyon, 1808'de kardeşi Joseph Bonaparte'ı İspanya kralı ilan etti. İspanyollar ve Portekizliler Birleşik Krallık'ın desteği ile isyan ettiler. Yarımada Savaşı (İspanyol Bağımsızlık Savaşı) adıyla bilinen savaş 6 yıl sürmüş ve acımasız bir gerilla savaşı olarak tarihe geçmiştir. Savaş, Fransa’nın yenilgisi ile sonuçlandı. 1808'de Avusturya da Fransızlara karşı ayrı bir mücadele başlatmıştı. Avusturyalıları Wagram Muharebesi'nde yenen Napolyon, Fransa’ya karşı oluşturulan Beşinci Koalisyon'u dağıttı. Beşinci Koalisyon Savaşı’nı sonlandıran Schönbrunn Antlaşması (1809)'nın ardından eşi Josephine’den boşanıp II. Franz'ın kızı Avusturya Prensesi Marie Louise ile evlendi (1810).