Die &lt;a href="Snooker-Saison%202008/09"&gt;Profisaison 2008/09&lt;/a&gt; begann Lee zwar mit einer Auftaktniederlage, beim Shanghai Masters besiegte er aber Rodney Goggins und Martin Gould und erreichte zum ersten Mal die Runde der Letzten 64. Dies gelang ihm auch beim Grand Prix und bei den China Open. Bei allen anderen Turnieren verlor er aber jeweils schon das erste Spiel. Insbesondere bei den höherwertigen Turnieren, der UK Championship und der Weltmeisterschaft, vergab er viele Punkte für die Weltrangliste. Als 83. von 96 Spielern in der Endabrechnung konnte er seinen Main-Tour-Platz nicht halten.