Vuonna 2000 alkoivat jälleen uuden albumin äänitykset. Tällä kertaa albumin nimi, "A Night at the Opera", lainattiin Queenilta ja tuottajaksi tuli Charlie Bauerfeind. Levyn hiomiseen käytettiin jopa yhtyeen omalla mittapuulla huikeat 14 kuukautta. Leijonanosa ajasta ja rahasta meni 14-minuuttiseen Troijan sodasta kertovaan kappaleeseen, singlenäkin julkaistuun ”And Then There Was Silenceen” (2001). Albumi julkaistiin lopulta maaliskuussa 2002, neljä vuotta edellisen "Nightfall in Middle-Earthin" jälkeen. Albumi jakoi vahvasti mielipiteitä, toisten pitäessä sitä ylituotettuna ja liian mahtipontisena floppina, kun taas toiset nostivat levyn yhtyeen aikaisempien huippujen joukkoon. Levyä seuranneelta kiertueelta äänitettiin ensin yhtyeen toinen livealbumi "Live" (2003) ja sitten kiertueen huipentaneelta kaksipäiväiseltä Blind Guardian Open Air -festivaalilta yhtyeen ensimmäinen DVD "Imaginations through the Looking Glass" (2004), joka nousi Suomen musiikki-DVD-listalla sijalle seitsemän. Tämä jäi yhtyeen alkuperäisen rumpalin Thomen Stauchin viimeiseksi julkaisuksi Blind Guardianin kanssa, sillä seuraavana vuonna hän erosi yhtyeestä 18 vuoden jälkeen.