Seit Anfang 2006 betreute er die Nationalmannschaft Gabuns, mit der in der Qualifikation zur Fußball-Weltmeisterschaft 2010 an Kamerun scheiterte. Als Gruppenzweiter konnte sich Gabun aber für den Afrika-Cup 2010 qualifizieren, wo Gabun in der Vorrunde scheiterte. Aufgrund des frühen Ausscheidens aus diesem Wettbewerb gab der gabunische Fußballverband im Februar 2010 bekannt, dass der Vertrag mit Giresse nicht verlängert wird. Im Anschluss unterschrieb Giresse einen Vertrag als Nationaltrainer Malis. Beim Afrika-Cup 2012 führte er die Nationalmannschaft Malis in die kontinentale Spitze, indem seine „Adler“ – als "Aigles" werden die malischen Spieler bezeichnet – das Spiel um Platz 3 gegen Ghana mit 2:0 gewannen. Im Mai 2012 trat Giresse jedoch von seinem Amt als Nationaltrainer zurück, da er die bis 2014 angedachte Laufzeit des vom Verband vorgelegten Verlängerungsvertrags als zu lang empfand. Im Januar 2013 unterschrieb Giresse einen Zweijahresvertrag als Nationaltrainer im Senegal, der nach dem Vorrundenaus bei der Afrika-Cup 2015 endete. Von Dezember 2018 bis August 2019 war er Trainer der Fußballnationalmannschaft von Tunesien.