Poza tym Mahmud zmagał się z tymi samymi problemami co Selim, to jest kolejnymi wojnami i rebeliami, których skutkiem były brak pieniędzy i choćby chwili oddechu na spokojne przeprowadzenie reform. Jak pisze Virginia Aksan: „Okres 1798–1838 jest być może najbardziej burzliwym w całej historii domu Osmanów”. Po Selimie Mahmud odziedziczył kolejną wojnę z Rosją, która w 1812 zakończyła się traktatem w Bukareszcie, przewidującym oddanie Rosji Besarabii oraz przyznanie Serbii autonomii. W 1822 udało mu się pokonać jednego z najpotężniejszych âyan, rządzącego w Janinie Ali Paszę, zaś w 1831 obalić reżim mameluków w Bagdadzie. Najważniejszy z namiestników prowincji, Muhammad Ali, pozostawał jednak całkowicie poza jego kontrolą. Co więcej, kiedy doszło do rewolty w Grecji i okazało się że osmańska armia nie jest w stanie jej stłumić własnymi siłami sułtan był zmuszony poprosić Muhammada Alego o pomoc.