Kariernya sebagai pemain bola sepak profesional adalah selama 18 tahun, 10 tahun bermain di dalam La Liga bersama Espanyol dimana dia menjaringkan 13 gol dalam 275 perlawanan. Dia juga pernah bermain di Perancis bersama dua kelab iaitu Paris Saint-Germain dan Bordeaux. Dia memulakan kariernya bersama Newell's Old Boys. Seorang pemain kebangsaan Argentina, Pochettino mewakili negaranya di Piala Dunia FIFA 2002 dan Copa América 1999.