В июне 1943 года направлен на учёбу на ускоренный курс Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова, после окончания которого в мае 1944 года направлен на 2-й Украинский фронт, где 1 июня был назначен на должность командира 180-й стрелковой дивизии, которая вскоре принимала участие в боевых действиях в ходе Ясско-Кишинёвской, Дебреценской и Будапештской наступательных операций. 25 января 1945 года Киндюхин был снят с должности и зачислен в резерв Военного совета 46-й армии.