Kun Iso-Britannia vuonna 1877 liitti Transvaalin väkisin valtapiiriinsä, Pretorius kohosi buurien passiivisen vastarinnan johtohahmoksi ja hänet vangittiin lyhyeksi aikaa. Buurien ryhdyttyä joulukuussa 1880 aseelliseen kapinaan ja julistettua Transvaalin uudelleen itsenäiseksi Pretorius valittiin maan johtoon asetetun triumviraatin jäseneksi. Hän oli yksi vuoden 1881 Pretorian rauhansopimuksen allekirjoittajista. Triumviraatin kausi päättyi toukokuussa 1883 kun Paul Kruger valittiin presidentiksi, minkä jälkeen Pretorius vetäytyi lopullisesti päätöksenteosta. Hän kuoli toisen buurisodan aikana hieman ennen kuin Transvaal menetti lopullisesti itsenäisyytensä.