בעקבות הכשלונות להעפיל למונדיאל 1994 ולמונדיאל 1998, ובעיקר לאחר הנזק התדמיתי הכבד של פרשת נערות הליווי, פוטר שלמה שרף מאימון הנבחרת. ההתאחדות החליטה למנות את המאמן הדני ריצ'רד מולר נילסן, שנחשב כבעל סיכויים טובים להוביל את ישראל למונדיאל ראשון מזה 32 שנים כיוון שזכה עם ביורו 1992. הטורניר המשמעותי הראשון בו השתתפה הנבחרת היה מוקדמות מונדיאל 2002. ישראל החלה את הטורניר ב-3 בספטמבר 2000 בניצחון 2–0 על , והמשיכה עם הפסד חוץ 0–2 ל באצטדיון סנטיאגו ברנבאו. לאחר מכן גברה ישראל על במשחק ביתי, ספגה הפסד חוץ 1–2 ל, וגברה על 2–0 במשחק חוץ. המשחק הבא, מול ספרד, הסתיים בתיקו 1–1. בעקבות התיקו 0–0 מול בוסניה והרצגובינה בסרייבו דורגה ישראל במקום השלישי בבית, בפער של שתי נקודות מאוסטריה שבמקום השני. המשחק המכריע בין ישראל לאוסטריה נערך באצטדיון רמת גן ב-27 בספטמבר, והסתיים בתיקו 1–1 לאחר שער שוויון של אנדריאס הרצוג בתוספת הזמן של המשחק. נילסן החליט להתפטר מתפקידו בעקבות הכישלון להעפיל למונדיאל ובעקבות הפסדים אחדים במשחקי ידידות, שהכבד מביניהם היה 1–7 ל, במשחק ידידות שנערך בקייזרסלאוטרן ב-13 בפברואר 2002. התבוסה לגרמניה הייתה הגדולה ביותר בתולדות הנבחרת, וזהה לזו שנחלה הנבחרת מול במסגרת מוקדמות מונדיאל 1934.