Die Herkunft des heutigen Ortsnamens ist nicht geklärt, wird jedoch den Alemannen zugesprochen. Bis 1033 gehörte Münsingen zum hochburgundischen Königshof. Im 13. und 14. Jahrhundert unterstand Münsingen der Herrschaft der Ritter Senn, von welchen das heutige Gemeindewappen stammt. Deren bekanntester Vertreter war der Basler Bischof Johann Senn von Münsingen († 1365), in dessen Amtszeit u. a. das Erdbeben von Basel (1356) Stadt und Umgebung stark beschädigte.