В 1837 году Никонов, в чине капитана 2-го ранга, командовал фрегатом «Архипелаг» и принимал участие в боевых действиях против горцев, при высадке и занятии мыса Адлер. Переведённый вскоре в Балтийский флот, Никонов 3 декабря 1839 года за выслугу 25 лет в офицерских чинах был награждён орденом св. Георгия 4-й степени (№ 6063 по списку Григоровича — Степанова) и в 1839 году произведён в капитаны 1-го ранга с назначением командиром фрегата «Венус».