Na de Roemeense Revolutie in december 1989 keerde Comănescu terug naar het ministerie van Buitenlandse Zaken. Tussen 1990 en 1995 was hij achtereenvolgens raadsman en voorzitter (1994-95) van de Roemeense vertegenwoordiging bij de Europese Gemeenschappen en later bij de Europese Unie. In 1995 werd Comănescu benoemd tot directeur-generaal van het Roemeens ministerie van Buitenlandse Zaken. In hetzelfde jaar werd hij benoemd tot staatssecretaris van Buitenlandse Zaken. Deze functie bekleedde hij tot en met 1998.