Останнім місцем тренерської роботи була національна збірна Іспанія, яку Мігель Муньйос очолював як головний тренер з 1982 по 1988 рік. Збірна під його керівництвом була учасником чемпіонату Європи 1984 року у Франції, де поступилася лише у фіналі господарям турніру, збірній Франції, і здобула «срібло». Згодом іспанці під керівництвом Муньйоса брали участь у чемпіонаті світу 1986 року в Мексиці та чемпіонаті Європи 1988 року у ФРН. На останньому турнірі збірна Іспанії не змогла подолати груповий турнір, що було розцінено як однозначний провал і Муньйос подав у відставку з посади очільника збірної.