Roku 1511 však byla Malaka dobyta Portugalci, čímž byla zahájena éra evropského kolonialismu v jihovýchodní Asii. Roku 1641 dobyli Malakku Nizozemci, kteří v zemi zůstali téměř 200 let. S Nizozemci ovšem obchod s kořením začal upadat. Roku 1795 dočasně získali Malaku Britové. Vrátili ji sice Nizozemcům v roce 1818, ale rok poté dobyli přístav Singapur. Roku 1824 Britové znovu získali i Malakku a roku 1826 sjednotili Penang, Malakku a Singapur v tzv. Průlivové osady. Od 70. let 19. století začali postupně ovládat i vnitrozemí Malajského poloostrova kvůli kontrole obchodu s cínem, čímž postupně vytvořili tzv. Britské Malajsko sestávající z Průlivových osad, Federovaných a Nefederovaných států. Na severu Bornea založil anglický dobrodruh James Brooke roku 1841 dynastii bílých rádžů ze Sarawaku, jež vládla oblasti 100 let. Britové Malajsii proměnili i etnicky – na práci v dolech dováželi především Číňany a na práci na kaučukovníkových plantážích Indy, především Tamily, čímž změnili demografickou mapu země. Číňané se později chopili obchodu ve velkých městech a stali se obchodní elitou. Po odchodu Britů se ukázalo, že malajsko-čínský etnický konflikt je velmi vážný a není dořešen dodnes. Za druhé světové války bylo po bitvě o Malajsko celá země okupována Japonci. Na okupovaném malajském území se Japonci snažili využít protibritských nálad a cíleně pěstovali malajský nacionalismus. Stejně tak proti sobě stavěli Malajce a Číňany.