Il est créé le à la suite, selon la terminologie officielle, d'une « visite historique des zones d'ombre de Zwakra et Barrama » (deux localités du nord-ouest du pays) effectuée par le président Zine el-Abidine Ben Ali quatre jours auparavant. D'ailleurs, la loi n°92-122 votée le précise que « les différentes interventions "[sont]" décidées par le chef de l'État » et ne font donc l'objet d'aucun contrôle parlementaire. Le fonds est ensuite complété par la Banque tunisienne de solidarité créée en 1998 pour financer les projets et le Fonds national de l'emploi 21-21. Après la révolution tunisienne de 2011, le transfert de sa tutelle au ministère des Affaires sociales est envisagé.