Yamamoto wird heute wie auch Tōgō Heihachirō in Japan als Nationalheld verehrt. So gibt es im Museum der von Yamamoto besuchten Marineakademie auf der Insel Eta einen separaten Raum, in dem persönliche Gegenstände ausgestellt sind. Yamamoto wird auch im Museum des Yasukuni-Schreines besonders gewürdigt, der immer wieder in der Kritik steht, da dort alle japanischen Gefallenen einschließlich der in den Kriegsverbrecherprozessen von Tokio verurteilten Kriegsverbrecher als "kami" verehrt werden; dem Museum im Speziellen wird zudem vorgeworfen, ein Geschichtsbild zu vermitteln, das die japanische Militärgeschichte in einem verharmlosenden Licht darstellt.