Με τον θάνατο του πατέρα της, την περίοδο (1224 - 1230), τη Θεοδώρα ανέλαβε υπό την προστασία του ο Δεσπότης της Ηπείρου Θεόδωρος Κομνηνός Δούκας. Ο Θεόδωρος συνετρίβη στην Μάχη της Κλοκοτνίτσας (1230) σε μια περιοχή ανάμεσα στην Φιλιππούπολη και την Αδριανούπολη, ο Βούλγαρος τσάρος Ιβάν Ασέν Β΄ τον συνέλαβε αιχμάλωτο και αργότερα τον τύφλωσε. Ο διάδοχος του στο Δεσποτάτο ήταν ο νόθος ανιψιός του Μιχαήλ Β' Κομνηνός Δούκας, νόθος γιος του ετεροθαλούς αδελφού του Μιχαήλ Α΄ Κομνηνού Δούκα του ιδρυτή του Δεσποτάτου. Ο Μιχαήλ Β΄ περνώντας από την Σερβία που ζούσε η Θεοδώρα εντυπωσιάστηκε από την ομορφιά της και την παντρεύτηκε αμέσως μετά την άνοδο του στο Δεσποτάτο αν και ήταν ακόμα μικρό κορίτσι (1231). Αναφέρεται ότι ο Μιχαήλ παντρεύτηκε την Θεοδώρα σε μια προσπάθεια να επεκτείνει την εξουσία του.