Peu de temps après son retour, il prend part au parcours de l'équipe en Coupe de Russie qui la voit remporter la compétition à l'issue de la finale face au Rotor Volgograd. La saison 1996 est la plus prolifique de sa carrière, le voyant inscrire douze buts en trente-deux matchs de championnat, ce qui lui permet de se classer parmi les dix meilleurs buteurs de la compétition. Kobelev prend part l'année suivante à une nouvelle finale de Coupe de Russie, cette fois perdue face au Lokomotiv Moscou. La saison 1998 est cependant plus décevante, le Dynamo terminant neuvième du championnat tandis qu'une partie des cadres du club est fortement critiquée. Poussé vers la sortie, il décide de quitter Moscou pour rallier Saint-Pétersbourg et le club du Zénith en fin d'année.