Axmann va ser arrestat el desembre de 1945 quan es va descobrir un moviment nazi clandestí que ell havia preparat. Jutjat a Nuremberg va ser condemnat a tres anys de presó. Durant el judici va dir que havia sentit el tret de Hitler en suïcidar-se. Després de la guerra i de la seva pena de presó va continuar la militància nazi, entre d'altres a la fraternitat a l'entorn de Werner Naumann, un excol·laborador estret de Joseph Goebbels i secretari d'Estat al «Ministeri d'informació popular i propaganda».