Die Rücktritte zweier Bischöfe (Friedrich von Wied und Salentin von Isenburg) und, wichtiger noch, die Reformationsversuche durch Hermann V. von Wied 1543 und insbesondere Gebhard Truchseß von Waldburg 1582, welche das Ziel hatten, das Erzbistum Köln in ein erbliches, protestantisches Herzogtum zu verwandeln, hinterließen aufgrund der Niederlage Gebhards im Truchsessischen Krieg keine langfristigen Folgen für das Erzbistum. Die Neigungen Hermanns und, mehr noch, Gebhards wurden trotzdem von der Gegenseite als äußerst gefährlich empfunden. Der katholischen Fraktion im Reich stand mit der möglichen Protestantisierung des Erzbistums nämlich nicht zu Unrecht ein Kippen der Konfessionsverhältnisse auf breiter Ebene vor Augen: Da der Kölner Kurfürst eines von sieben Voten bei der Wahl des Kaisers besaß, schien sogar langfristig ein protestantisches Kaisertum mit ungeahnten Folgen für das gesamte Herrschaftsgefüge auf europäischer Ebene möglich.