Cu Benfica, a câștigat campionatul de cinci ori (1955, 1957, 1960, 1961 și 1963), the Cupa Portugaliei de șapte ori, fiind golgeterul campionatului de cinci ori. Înainte de apariția lui Eusébio al echipa lusitană, Águas a condus echipa din postura de căpitan spre câștigarea Cupelor Campionlor Europeni din 1961 în care Benfica a învins-o pe FC Barcelona cu scorul de 3–2 și 1962 în care a câștigat meciul cu Real Madrid cu scorul de 5–3, înscriind și câte primul gol în ambele finale. Nu a jucat în finala din 1963.