Disputou ainda três edições da Copa América (1987, 1989 e 1991), além da Copa Rei Fahd de 1992 e a Copa Artemio Franchi de 1993. Problemas com o técnico Daniel Passarella inviabilizaram a presença de Caniggia na Copa de 1998, além das edições de 1995 e 1997 da Copa América.