В связи с началом русско-шведской войны 1788—1790 годов в корпусе был произведён досрочный выпуск, и гардемарин Лисянский был назначен на 38-пушечный фрегат «Подражислав» Балтийского флота. Участвовал на нём в Гогландском, Эландском, Ревельском и Выборгском морских сражениях. В марте 1789 года произведён в мичманы «за отличия», а в 1793 году — в лейтенанты.