После смерти Андроника III возглавила регентский совет при своём малолетнем сыне императоре Иоанне V Палеологе. Вместе в ней регентом был назначен соратник Андроника III Иоанн Кантакузин. При дворе начались интриги и конфликт между сторонниками Иоанна Кантакузина и Анны Савойской. Основными сторонниками Анны Савойской выступали константинопольский патриарх Иоанн Калека и великий дука Алексей Апокавк. Уже через несколько дней в регентский совет был включён Иоанн Калека. Позже, воспользовавшись отсутствием Иоанна Кантакузина в столице, партия Анны организовала погром в Константинополе, в ходе которого было убито и арестовано множество сторонников Кантакузина, а их дома разграблены и конфискованы. Это привело к началу гражданской войны в Византии. 26 октября 1341 года в Дидимотике сторонники Кантакузина провозгласили его императором, а 9 ноября того же года состоялась коронация Иоанна V Палеолога, регентом при котором была объявлена Анна Савойская. Помимо неё в регентский совет вошёл Иоанн Калека. Однако несмотря на то что Иоанн Кантакузин провозгласил себя императором Иоанном VI, в своих грамотах, рассылаемых по стране, он никогда не ставил под сомнение императорский титул Иоанна V и право на регентство Анны Савойской, подчёркивая, что воюет против окружения императорской семьи, прежде всего против Алексея Апокавка, и упоминая в своих указах себя и свою супругу Ирину Асень исключительно после Иоанна V и Анны Савойской.