Gdy Hitler zajął Austrię w 1938 r., Hildebrand ponownie został zmuszony do ucieczki. Spędził jedenaście miesięcy w Szwajcarii, niedaleko Fryburga, do której mógł się udać dzięki dziedzicznemu obywatelstwu uzyskanemu przez dziadka. Potem przeniósł się do Fiac we Francji, niedaleko Tuluzy, gdzie wykładał na Katolickim Uniwersytecie w Tuluzie. Gdy naziści najechali Francję w 1940 roku, zaczął się ukrywać, póki po wielu trudach i bohaterskiej pomocy Francuzów, m.in. Edmonda Micheleta, udało mu się zbiec wraz z żoną, synem i synową do Portugalii. Stamtąd udali się statkiem do Brazylii, a potem w 1940 do Nowego Jorku, gdzie Hildebrand podjął pracę wykładowcy filozofii na prywatnym jezuickim Uniwersytecie Fordham w Rose Hill, Bronx.