בעקבות פיגועי 11 בספטמבר בארצות הברית גינה קדאפי בחריפות את ארגון הטרור אל-קאעידה, שתכנן וביצע את הפעולות. בשנת 2002 פרסם התנצלות רשמית על מעורבותו בפיצוץ המטוס מעל לוקרבי, והציע לשלם פיצויים למשפחות הקורבנות. קדאפי התראיין לרשת הטלוויזיה האמריקנית ABC.