У ході підготовки до Берлінської операції, в кінці березня 1945 року 1-ша гвардійська танкова армія отримала 27 СУ-100, крім того, 14 квітня армії був підпорядкований 11-й танковий корпус, який мав 14 САУ цього типу. 2-га гвардійська танкова армія отримала наприкінці 31 березня СУ-100, а на початку квітня — ще 15 машин цього типу. 4-та гвардійська танкова армія до моменту початку Берлінської операції також була поповнена технікою і мала у своєму складі 28 СУ-100 (10 машин в 6-му механізованому корпусі і 18 в 10-м танковому корпусі у складі 416-го гвардійського самохідно-артилерійського полку). З самого початку берлінської наступальної операції СУ-100 взяли в ній найактивнішу участь, що призводило до неминучих втрат — так, 17 квітня при прориві в районі Зеєловських висот 1-я гвардійська танкова армія втратила 2 СУ-100 (у тому числі одна згоріла), 19 квітня — 7 машин даного типу. 2-я гвардійська танкова армія з 16 по 21 квітня втратила 5 СУ-100, 4-та гвардійська танкова армія з 16 по 22 квітня — 18 СУ-100 (в тому числі 6 безповоротно, причому дві машини стали жертвами Фаустпатронів). Застосовувалися СУ-100 і безпосередньо при штурмі Берліна, зокрема, вступаючи в бій за місто, 1-ша гвардійська танкова армія мала 17 боєготових СУ-100. В умовах міських боїв, самохідки придавались окремим стрілецькою частинам і підрозділам в цілях їх посилення; так, станом на 24 квітня зі складу 95 танкова бригада 9 танкового корпусу (7 Т-34-85 і 5 СУ-100) була додана 7-му стрілецькому корпусу . Станом на 28 квітня, у складі штурмуючої Берлін 3-ї ударної армії було в наявності 33 СУ-100 у складі 1818-го, 1415-го та 1049-го самохідно-артилерійських полків і 95-ї танкової бригади. За підсумками Берлінської операції, 2-га гвардійська танкова армія втратила безповоротно 7 СУ-100, в тому числі 5 машин безпосередньо в місті, 3-тя — 4 СУ-100, 4-я — 3 СУ-100 (з 23 квітня по 2 травня). Основною причиною втрат став артвогонь супротивника.