В 2013 году в составе молодёжной сборной Мексики Эдгардо стал чемпионом КОНКАКАФ среди молодёжных команд. На турнире он сыграл в матчах против молодёжных команд Ямайки, США и дважды Сальвадора. Летом того же года Марин поехал с молодёжной командой на чемпионат мира в Турцию. На турнире он сыграл в матчах против команд Греции, Парагвая, Мали и Испании. В 2013 и 2014 годах Эдгардо принимал участие в Турнире в Тулоне.