В юношестве и молодости Марцоратти выступал за различные команды своего возраста, в 2005 году принял участие в молодёжном чемпионате мира. Сыграл на турнире все 5 матчей, Италия вылетела в 1/4 финала. В 2009 поехал на чемпионат Европы для игроков не старше 21 года, однако не сыграл там ни одного матча.