Pada tahun 1809 dalam perang koalisi Kelima melawan Prancis, Ferdinand memimpin tentara Austria yang terdiri dari 36.000 orang. Pada bulan April ia menyerbu Kadipaten Warsawa dengan harapan dapat mendorong pemberontakan setempat melawan Napoleon (lihat Perang Polandia–Austria). Tapi orang-orang Polandia bersatu dengan Pangeran Józef Antoni Poniatowski. Ferdinand dikalahkan saat Pertempuran Raszyn, tetapi berhasil menduduki Warsawa. Namun pada bulan Juni, Ferdinand dipaksa menarik diri dari Warsawa, dan juga untuk menyerahkan Kraków dan Galicia .