Aldrete debuteerde op 22 augustus 2007 in het Mexicaans voetbalelftal. Op die dag werd met 1–0 verloren van Colombia. De verdediger mocht van bondscoach Hugo Sánchez in de basis beginnen en het gehele duel meespelen. In 2013 was hij basisspeler voor Mexico op de CONCACAF Gold Cup 2013, waarin in de halve finale van Panama werd verloren. Twee jaar later maakte Aldrete deel uit van de Mexicaanse selectie voor de Copa América 2015 en speelde hij mee in twee groepswedstrijden, die beide eindigden in een gelijkspel.