Im September 1805 zum neuerrichteten 13. Linieninfanterie-Regiment versetzt, wurde Fleischmann am 21. Oktober 1805 zum Oberleutnant in seinem Regiment befördert. Als solcher nahm in den Jahren 1806 und 1807 während des Vierten Koalitionskrieges gegen Preußen und Russland teil. Im folgenden Feldzug gegen Österreich 1809 erhielt er am 5. Juni 1809 seine Beförderung zum Hauptmann 2. Klasse im neuerrichteten Jägerkorps, mit dem er an dem Kämpfen gegen die Aufständischen in Tirol teilnahm.