1931年には第二共和政が成立し、バスク民族主義党はカトリックを基調とし、バスク4県をほぼ独立した国家として扱うエステーリャ憲章（バスク自治憲章案）を採択して国会に提出したが、特にスペイン社会労働党(PSOE)による反対運動で廃案となった。この一方で、1933年にはカトリックを基調としないバスク自治憲章案（修正版）がナバーラ県を除くバスク3県の住民投票によって承認され、バスクの歴史上初めてアラバ、ビスカヤ、ギプスコアの3県が法制的にまとめられた。第二共和政下では各政治勢力の主張が交錯し、バスク民族主義党はアラバ県やナバーラ県の支持を取り付けることに失敗したことで、バスクの地方自治の実現が遅れたとされる。1932年には「祖国の日」が制定され、バスク地方では例年復活祭と同時期にバスク国の復活が祝われている。1936年には共和国議会でバスク自治憲章の公布が認められ、ホセ・アントニオ・アギーレをレンダカリ（政府首班）とするバスク自治政府が承認された。バスク自治政府はバスク大学の設立に着手し、グアルディア・シビル（治安警察）やグアルディア・アサルト（治安突撃隊）を解体してバスク警察を設立し、バスク軍を再編した。1930年代後半のスペイン内戦では、ビスカヤ県とギプスコア県のバスク民族主義党は共和国側に立ってフランシスコ・フランコの反乱軍と戦ったが、アラバ県とナバーラ県は反乱軍に味方した。ナバーラ王国を継ぐナバーラ県はバスク地方の中心的存在だったが、ナバーラ県内の住民投票でもバスク3県への併合を拒否してバスク3県から分離された。1937年4月にはバスクの自治の象徴であるゲルニカが、反乱軍と組んだドイツ軍によるゲルニカ爆撃を受け、1937年6月にはバスク軍最後の拠点であるビルバオが陥落した。バスク自治政府は支配領域をすべて失い、政治的独立の試みが頓挫して亡命政府となった。