В ряды Рабоче-крестьянской Красной Армии А. Д. Ваганов был призван Вятско-Полянским райвоенкоматом Кировской области 27 октября 1942 года. После окончания курсов пулемётчиков сержант А. Д. Ваганов получил назначение в 383-й стрелковый полк 121-й стрелковой дивизии, сражавшейся в составе 60-й армии Воронежского фронта, где был зачислен на должность командира пулемётного расчёта 2-й пулемётной роты. На Воронежском фронте Александр Дмитриевич принимал участие в Воронежско-Касторненской операции и операции «Звезда», освобождении городов Семилуки и Щигры, сёл Латное и Нижнедевинск.