W reprezentacji Urugwaju Flores zadebiutował 13 grudnia 1997 roku w wygranym 2:0 meczu Pucharu Konfederacji ze Zjednoczonymi Emiratami Arabskimi. Na tamtym turnieju, zakończonym przez Urugwaj na 4. miejscu, zagrał jeszcze w pojedynkach z Czechami (2:1), Australią (0:0, 0:1 po dogrywce) oraz ponownie z Czechami (0:1).