Το Τατζίκικο Μπανταχσάν βίωσε έντονες μάχες κατά τη διάρκεια του Τατζικικού Εμφυλίου Πολέμου στη δεκαετία του '90. Στο αποκορύφωμα της δύναμης των Ταλιμπάν κατά τη διάρκεια του Αφγανικού Εμφυλίου Πολέμου γύρω στο 2000, το Αφγανικό Μπανταχσάν ήταν οχυρό της Βόρειας Συμμαχίας.