In 1798 trok Kléber zich terug uit het leger, maar niet lang daarna accepteerde hij op verzoek van Napoleon Bonaparte het bevel over een divisie en nam hij deel aan Napoleons expeditie naar Egypte. Al kort na de landing, bij Alexandrië, raakte hij gewond aan zijn hoofd. Door zijn verwondingen kon Kléber niet langer aan de veldtocht deelnemen. Hij werd daarop benoemd tot gouverneur van Alexandrië.