Nach der Liberalen Revolution ab 1821 und dem folgenden Miguelistenkrieg wurden die religiösen Orden 1834 in Portugal geschlossen und enteignet. In dem Zusammenhang wurde auch das hiesige Kloster geschlossen und später an privat versteigert, und die Klosterkirche wurde zur Gemeindekirche. Santa Maria do Bouro wurde nun dem Kreis Santa Marta do Bouro untergliedert. Nach dessen Auflösung 1855 wurden Santa Maria und Santa Marta beide eigene Gemeinden des neugeschaffenen Kreises Amares.