Геррейру мав право грати як за збірну Франції, так і Португалії. В кінцевому рахунку, він вирішив представляти історичну батьківщину і 21 березня 2013 року під час товариського матчу зі Швецією, дебютував в молодіжній збірній Португалії до 21 року. Через два роки у її складі Рафаел став фіналістом молодіжного Євро-2015, де був основним захисником і дійшов з командою до фіналу, за що був включений у символічну збірну турніру. Всього на молодіжному рівні зіграв у 13 офіційних матчах.