Η φτώχεια την εποχή που διετέλεσε ο Νεκτάριος διευθυντής της Ριζαρείου ήταν κανόνας και ταυτόχρονα το ηθικό των Ελλήνων, ειδικά μετά την αποτυχία, το 1897 με τον ελληνοτουρκικό πόλεμο, βρισκόταν στο ναδίρ. Ο ίδιος όμως με την ελεημοσύνη ως όπλο και το λόγο του ευαγγελίου τόνωνε την τότε αθηναϊκή κοινωνία, η οποία προσέτρεχε συχνά στα κηρύγματά του για να πάρει τη συμβουλή του. Ο ίδιος διετέλεσε διευθυντής της Ριζαρείου Σχολής 14 συναπτά έτη ως και το 1908, οπότε και για λόγους υγείας εγκατέλειψε τη θέση του.