21 grudnia 1941 roku USS S-38 zatopił dodatkowo japoński statek handlowy „Hayo Maru”. Po zajęciu przez Japonię Filipin i utracie bazy w Cavite okręt wszedł w skład ABDA mającej chronić Holenderskie Indie Wschodnie. 28 lutego jednostka podjęła 54 rozbitków z brytyjskiego niszczyciela HMS „Electra” (H27), a po klęsce sił alianckich w bitwie na Morzu Jawajskim USS S-38 popłynął do Australii, gdzie 13 marca zawinął do Fremantle. 8 sierpnia 1942 roku zatopił transportowiec „Meiyo”. W listopadzie tego roku okrętu zawinął do San Diego na Zachodnim Wybrzeżu, gdzie przeszedł połączony z modernizacją remont – otrzymał wówczas między innymi nowy układ klimatyzacji oraz radar.