В 1651 году Ян Замойский сражался против восставших украинских казаков в битве при Берестечке. Во время войны со шведами (1655—1660) Ян Замойский сохранил верность польскому королю Яну II Казимиру и отказался признавать верховную власть шведского короля Карла Х Густава. В 1656 г. руководил обороной собственной крепости Замостье, осаждённой шведской армией. В том же 1656 г. участвовал в трехдневной битве под Варшавой, где командовал хоругвью драгун (300 чел.) и хоругвью гусар (137 чел.). В 1658 г. был назначен воеводой киевским, а в следующем 1659 г. получил должность воеводы сандомирского. В 1659 году он вооружил за свой счёт войско и воевал с украинскими казаками. В 1663 году ему удалось привести конфедератов к покорности Яну Казимиру.