Під час повстання у Венеції 1848 Австрія втратила частину своїх кораблів, зосередивши решту флоту у портах Хорватії. Після захоплення 1849 Венеції військами фельдмаршала Йозефа Радецького відновлення і реорганізацію австрійського флоту імператор Франц Йосиф I доручив данському комендору 1 класу Гансу Далерупу, який отримав звання віце-адмірала. Було закладено нові кораблі, школи навчання офіцерів, цісарсько-королівську морську академію у Фіумі (1856). Задля унеможливлення впливу подій в Італії на стан флоту було закладено бази флоту в Трієсті, морський арсенал у Пулі, що дозволяло проводити блокаду Венеції, перекладено італійські назви кораблів на німецьку мову, введено німецьку мову як єдину службову (1850). Через послаблення флот не брав участі в Сардинській війні (1859). Наступного року до флоту було введено флотилії лагуни, озера Гарда, Дунайську. У 1861/62 було закладено перші три панцирні фрегати.