1941年（昭和16年）12月2日、摩耶は馬公泊地に入港し、開戦に備えた。太平洋戦争緒戦で摩耶は第十六戦隊（軽巡洋艦長良を除く）や、特設水上機母艦讃岐丸、駆逐艦2隻と共に比島部隊主隊としてフィリピン進攻作戦に参加した。主隊の任務はフィリピンのビガン攻略を行なう第二急襲隊の支援であった。讃岐丸を除く主隊の摩耶、重巡洋艦足柄、軽巡洋艦球磨、駆逐艦朝風、松風は12月7日に澎湖諸島馬公から出撃。12月10日、主隊はアメリカ海軍第10哨戒航空団のPBYに発見され、続いて哨戒航空団の飛行艇（500ポンド爆弾4発搭載）5機による攻撃を受けたが命中弾はなかった。この後、主隊は碣石湾を経て12月14日に馬公に帰投した。