במרץ 2004 האשים שופט צרפתי את קגאמה שהוא זה שנתן את ההוראה להפיל את מטוסו של נשיא רואנדה הבירימנה בשנת 1994, אירוע שהיה המצת של רצח העם ברואנדה. בנובמבר 2006, ניתקה רואנדה את הקשרים הדיפלומטיים עם צרפת והורתה לכל הנציגים הדיפלומטיים של צרפת לעזוב את רואנדה תוך יממה, לאחר שהשופט Bruguiere הוציא כתבי אישום בדירוג גבוהה כנגד תשעה רואנדים שהואשמו בהפלת המטוס של הנשיא ז'ובנל הבירימנה, והאשים את קגאמה במתן ההוראה להפיל את המטוס. היחסים עם צרפת חודשו בנובמבר 2009 ובפברואר 2010 ביקר ניקולא סרקוזי ברואנדה. בינואר 2012 התפרסם דוח חקירה חדש של שופט צרפתי, שלפיו הופל מטוסו של הבריאמנה על ידי קיצונים מבני הוטו, שהתנגדו לפשרות שעשה עם הטוטסי.