Христо Гъбенски е роден на 15 ноември 1866 г. в град Габрово. Останал сирак, заедно с брат си Петър и две сестри. Бащата, свещеник Иван Гъбенски (Петков) е обесен след потушаването на Априлското въстание, заедно с Цанко Дюстабанов и Еким Цанков на 15 юли 1876 г. в гр. Търново.