У 1979—1980 роках Нджамена була частково зруйнована під час громадянської війни у Чаді. У 1980—1981 роках під час чадсько-лівійського конфлікту місто було окуповане Лівією.У ці роки майже все населення покинуло місто і перебралося в Камерун, на протилежний берег річки Шарі. Жителі стали повертатися назад після закінчення збройних зіткнень. До 1984 року товари підлягали суворому нормуванню, а школи залишалися закритими.