Toisen maailmansodan aikana Inkerinmaa käytännössä tyhjennettiin inkeriläisistä. Länsi- ja Keski-Inkeri joutui saksalaisten miehittämäksi syksyllä 1941. Suomen kanssa tehdyn sopimuksen mukaan alueen suomalaisväestö (myös vatjalaiset ja inkeroiset) evakuoitiin Suomeen maaliskuun 1943 ja kesäkuun 1944 välisenä aikana. Saksalaisten miehittämille alueelle jäi yhteensä yli 76 000 inkeriläistä, mukaan lukien lähes 9 000 inkerikkoa ja vajaa 700 vatjalaista. Kaikkiaan Suomeen tuli yli 63 000 inkeriläistä. Heistä 80 prosenttia oli naisia ja lapsia. Erityisesti suomalaiset heimojärjestöt ajoivat heidän asemansa turvaamista. Suomeen tulleet inkeriläiset koottiin ensin Virossa Kloogan ja Pölkkylän pakolaisleireille. Taudit ja nälkä uuvuttivat sotapakolaisia, ja noin 1 500 menehtyi tauteihin odottaessaan pääsyä turvaan. Põllkülan metsässä näkyy edelleen inkeriläisten joukkohautojen kumpuja. Alue jäi vuosiksi saavuttamattomiin Paldiskin sotilasalueen sisään. Nykyisin alueella on viitoin osoitettu muistolehto, jota kunnostetaan talkoin. Monilla inkerinsuomalaisella on joku sukulainen, joka on kulkenut Pölkkyläksi kutsutun kylän kautta evakkoon Suomeen tai menehtynyt matkalla. Leireiltä heidät kuljetettiin Paldiskin satamaan ja sieltä laivoilla Hankoon. Hangosta inkeriläiset kuljetettiin junilla ympäri Suomea, heille etsittiin asunnot sekä työtä ja lapset pääsivät suomenkielisen opetuksen pariin.