Koğacıoğlu, 1999 yılında Boğaziçi Üniversitesi Sosyoloji bölümünde öğretim görevlisi olarak çalışmaya başladı. 1999 Gölcük depremi sonrası İzmit Doğukışla Rehabilitasyon Merkezi'nde Kadının İnsan Hakları Projesi'nin travma yaşamış çocuklara yönelik çalışmasında proje koordinatörlüğü yaptı ve yine aynı dönemde, Müslüman Toplumlarda "Kadın ve Cinsellik" kitabının editör yardımcılığını yürüttü.