Франсиско де Киньонес родился в 1540 году в Майорге, его родителями были Педро де Вильяпадьерна-и-Гусман и Беатрис де Прадо Киньонес, принадлежавшие к дворянству Леона. В 1559 году он служил в Италии в испанских терциях. Потом его войска были погружены на эскадру вице-короля Неаполя, направленную на борьбу с турецкими пиратами, которая в 1560 году была разгромлена у острова Джерба. Франсиско де Киньонес попал в число пяти тысяч пленных и был продан в рабство в Стамбуле, но впоследствии был выкуплен, и снова воевал в Италии и Фландрии. По возвращении в Испанию женился на Гриманесе де Могровехо, сестре инквизитора Гранады Торибио де Могровехо.