В ході війни Виговський покинув московський протекторат, перейшовши за Гадяцькою угодою як третій рівноправний член («Велике Князівство Руське») двосторонньої унії Польщі і Литви до складу Речі Посполитої. В битві при Конотопі 1659 року українські козаки та їхні союзники кримські татари розгромили цвіт московської армії, але скористатися з цієї перемоги не змогли. Непопулярний союз Виговського з поляками позбавив його підтримки більшої частини козацтва, насамперед Запорозької Січі та лівобережних полків.