Balaguer föddes i Dominikanska republiken med en puertoricansk far och en dominikansk mor. Efter studier i juridik vid Sorbonne återvände han till Dominikanska republiken och började 1930 arbeta för militären Rafael Trujillos presidentkampanj och spelade en roll som förhandlare med den haitiska regeringen om kompensationer efter Persiljemassakern 1937. År 1957 valdes Balaguer till vicepresident och tillträdde presidentposten tre år senare, sedan Trujillo tvingat sin bror, som formellt besatte presidentposten, att avgå. Sedan Trujillo lönnmördats 1961 manövrerade Balaguer framgångsrikt genom krisen som utbröt och lyckades få Trujillos familj att lämna landet men avgick några månader senare till förmån för den vänsterorienterade Juan Bosch och flydde till USA. År 1963 störtades Boschs regering i en militärkupp, men två år senare revolterade militärofficerare mot juntan för att försöka återinsätta Bosch. USA:s president Lyndon B. Johnson grep in och skickade trupper på 20 000 man för att slå ner upproret. År 1966 blev Balaguer president med USA:s stöd och förblev på posten till 1978 då han förlorade makten på laglig väg till Antonio Guzmán Fernández, ledare av Dominikanska Revolutionspartiet.