В течение 90-х годов, вплоть до 1999 года свидетели Иеговы несмотря на отсутствие официальной регистрации своей религиозной организации, открыто и регулярно проводили свои собрания по всей стране, довольно открыто проповедовали. В арендованных помещениях в Ташкенте открыто и регулярно проводились конгрессы, куда съезжались даже делегаты из соседних стран. Положение свидетелей Иеговы Узбекистана начало ухудшаться после начала «закручивания гаек» во всех аспектах жизни в стране после февральских терактов 1999 года в Ташкенте, а после андижанских событий 2005 года, власти начали массовые гонения и преследования всех религиозных людей, особенно религиозные меньшинства, кроме православных и «традиционных» мусульман. Особенно жёсткие гонения на свидетелей Иеговы происходили в период между второй половиной 2005 года и вплоть до конца 2016 года. В этот период происходили массовые задержания, обыски, уголовные дела и реальные сроки.