Angesichts der Flüchtlingskrise 2015 stellte Söder das Grundrecht auf Asyl in Frage. Er kritisierte Bundeskanzlerin Angela Merkel und forderte einen besseren Schutz der Außengrenzen Europas. Dazu spekulierte er über mögliche Zäune an der Grenze zu Österreich, was CSU-Parteichef Horst Seehofer zurückwies. Die Verknüpfung seiner Position zur Asylpolitik mit den Terroranschlägen vom 13. November 2015 in Paris brachte ihm vor allem Kritik ein, erneut von Seehofer und anderen Politikern der Union.