1991 löste sich die Sowjetunion endgültig auf, Tadschikistan wurde ein unabhängiger Staat und Duschanbe dessen Hauptstadt. Unmittelbar nach der Unabhängigkeit stürzte das Land jedoch in den fünf Jahre andauernden Tadschikischen Bürgerkrieg, infolgedessen ein Großteil der nicht-tadschikischen Einwohner das Land verließ. 1996 wurde Mahmadsaid Ubaidullojew Bürgermeister der Stadt und bekleidete dieses Amt bis 2017. Der Bürgerkrieg endete 1997 mit einem Friedensvertrag in Moskau und einer Regierungsbeteiligung der Opposition. Seit den 2000er Jahren hat sich die allgemeine Lage im Land teilweise wieder stabilisiert.