Johnson behielt nach seinem Amtsantritt Lincolns Außenminister William H. Seward bis zum Ende seiner Amtszeit 1869 bei. Beide Politiker kamen überein, dass es keine Neuausrichtung der Außenpolitik geben werde. Damals spielten aufgrund der starken Fokussierung auf die Reconstruction auswärtige Angelegenheiten nur eine untergeordnete Rolle. Zur Zeit von Johnsons Amtsübernahme hatte Frankreich bereits in Mexiko interveniert, mit dem Ziel, den Konservativen in Mexiko nach dem bereits verlorenen Bürgerkrieg nachträglich zur Macht zu verhelfen und eine von Frankreich abhängige Monarchie zu installieren. Die US-Regierung verurteilte dieses Vorgehen entschieden und forderte Frankreich zum Abzug seiner Truppen auf. Die Präsenz der europäischen Macht in einem Nachbarland der USA wurde gemäß der Monroe-Doktrin als unzulässige Einmischung in die amerikanische Hemisphäre angesehen. Johnson konnte sich zunächst eine harte, sogar eine gewaltsame Reaktion auf das französische Vorgehen vorstellen, doch Seward trat mehr für Diplomatie hinter den Kulissen ein. Damit konnte er auch den Präsidenten überzeugen, der ihm bei den Gesprächen freie Hand ließ. Sewards Bemühungen zeigten insofern Wirkung, als sich die französische Regierung zum schrittweisen Abzug ihrer Soldaten bereit erklärte, was bis November 1867 vollzogen wurde.