En 1992 llegó a la Juventus F. C., club al que se adaptó fácilmente. Después de la salida de Gianluca Vialli y Fabrizio Ravanelli del club bianconero, Conte asumió la capitanía del club, gracias a sus características de líder dentro del campo de juego. Con la llegada de Marcello Lippi al banquillo de la Juventus en la temporada 2001-02, fue relegado a la banca de suplentes debido a su avanzada edad y cedió la cinta de capitán a Alessandro Del Piero. Conte permaneció en el club turinés durante trece temporadas, disputó 419 encuentros y marcó 44 goles.