Durch seine Lage nahe der nordöstlichen Ecke der ostfriesischen Halbinsel war Horumersiel bei Sturmfluten stark gefährdet. Seit dem 15. Jahrhundert gingen dadurch mehrere Deiche und Ländereien verloren, die später wieder zurückgewonnen wurden. Die Weihnachtsflut 1717 riss in den Seedeich zwischen Schillig und Horumersiel einen Kolk von 82 m Breite und 7 m Tiefe, der heute in die Kuranlagen einbezogen ist. Die Orkanflut 1962 vernichtete fast die gesamten Strandanlagen. Gegenwärtig wird im Rahmen des Bau- und Finanzierungsprogramms für Küstenschutz 2021 auch die Seedeichanlage zwischen Horumersiel und Schillig instand gesetzt.