W reprezentacji Portugalii Carlos Manuel zadebiutował 26 marca 1980 roku w przegranym 1:4 meczu eliminacji do Euro 80 ze Szkocją. W 1984 roku został powołany przez selekcjonera Fernanda Cabritę do kadry na Euro 84. Na tym turnieju był podstawowym zawodnikiem Portugalii i wystąpił we wszystkich trzech spotkaniach: z RFN (0:0), z Hiszpanią (1:1) i z Rumunią (1:0). W 1986 roku na Mistrzostwach Świata w Meksyku także zagrał w trzech meczach swojej drużyny: z Anglią (1:0 i gol w 75. minucie), z Polską (0:1) i z Marokiem (1:3). Od 1980 do 1986 roku rozegrał w kadrze narodowej 42 mecze i zdobył 8 goli.