Nach der italienischen Besetzung der benachbarten Dodekanes im Italienisch-Türkischen Krieg, bereitete Malachias im Juli 1912 einen Aufstand gegen die türkische Garnison auf Ikaria vor. Am Abend des 9. Juli, dem Tag des geplanten Beginns der Revolte, wurde er jedoch verhaftet. Acht Tage später wurde die Insel durch die Aufständischen befreit und Malachias als Vorsitzender des neunköpfigen Verwaltungsrates erster und einziger Staatschef des fünf Monate existierenden Freistaates.