Il est désigné capitaine de la sélection en 2009. Alors que son pays natal vit une période agitée, Karim Haggui est l'un des premiers sportifs à s'exprimer publiquement sur ces évènements et à prendre position. Il est ensuite écarté par le sélectionneur, Sami Trabelsi parce que, d'après ce dernier, il n'est pas prêt à accepter son nouveau statut de remplaçant. Haggui fait toutefois son retour dans un match amical face à l'Algérie, le et récupère par la même occasion son brassard de capitaine.