Efter krigsslutet 1945 kom antalet divisioner att reduceras till två flygdivisioner, samma antal divisioner som flottiljen hade innan krigsutbrottet 1939. Tanken efter kriget var även att det svenska försvaret skulle nedrustas, vilket framgick i försvarskommitténs betänkande från 1945, där det bland annat föreslogs att Roslagens flygflottilj skulle avvecklas. Istället för en avkylning av det säkerhetspolitiska läget i Europa efter kriget, inleddes en ny säkerhetspolitik genom det kalla krig, som kan sägas inleddes genom Pragkuppen. Detta fick försvarsministern att istället förespråka en förstärkning av Flygvapnet. I december 1947 föll försvarskommitténs förslag och istället beslutades det genom försvarsbeslutet 1948 om en förstärkning. En förstärkning som bland annat innebar att jaktflyget inom Flygvapnet skulle utökas med 50 procent. Rollen som Roslagens flygflottilj haft, det vill säga marinflygflottilj, fanns det inget dock inget behov av längre. Detta då radarn i princip hade ersatt spaning med sjöflyg. Då flottiljen även saknade permanenta rullbanor, fanns det inte heller någon möjlighet till att omorganisera flottiljen till en annan roll. Istället avvecklades flottiljen den 30 juni 1949. I dess ställe organiserades Roslagens flygkår (F 2), vilket blev ett renodlat markskoleförband inom Flygvapnet. Roslagens flygkår kom att tillföras ett antal olika funktionsskolor inom Flygvapnet, bland annat som försöksanläggning för Robotsystem 68, luftbevakning och stridsledning.