L'origine resta ignota e oggetto di speculazioni accademiche. L'odierno toponimo ricorre dalla metà del XII secolo in diverse forme, fra quali "Sassaris, Sassaro, Sasser, Sacer" alternato con "Thathari, Thathar, Táttari", essendo non raro il passaggio "ss-th" in sardo. Secondo Massimo Pittau troverebbe riscontro in altre località sarde come Sassareddu (Olbia), Sassara (Genoni), sa Sássara (Tonara), Sassái (Olbia, Silius), Sassalái (Samugheo), Sassalu (Osilo), Sassuni (Sanluri), Satzái (Villagrande Strisaili) e sarebbe traducibile come "ciottoli di fiume" ("sássari, sátzari, sátzeri, perda'e sássari, perda'e sassu, sássinu-a") dal sardiano, antecedente al latino "saxum". Ciò è confermato dagli insediamenti, in epoca nuragica e prenuragica, nelle valli sassaresi, ricche di sorgenti e corsi d'acqua.