Med anledning av Folkmordet i Rwanda 1994 flydde bortåt två miljoner rwandier landet, i huvudsak hutuer som var rädda för tutsiernas vedergällning; omkring 1,5 miljoner till Zaire, och 500 000 till Burundi och Tanzania och omkring 500 000 blev internflyktingar mellan april och juni, vilket torde vara en av de största flyktingströmmarna i historien. När tutsierna slog ner hutuerna blev det en ökande flyktingström, och 600 000 hutuer flydde under tre dagar i juli, huvudsakligen till Goma, Zaire. Situationen i dessa rwandiska läger blev fruktansvärd, med svåra epidemier som kolera, varmed hundratals flyktingar dog varje dag. Samtidigt skedde en mindre uppmärksammad etnisk rensning av tutsier i Burundi, vilket också lett till stora flyktingströmmar av hutuer.