Door de veranderde oorlogsvoering en de als gevolg daarvan gestaag uitdijende buitenwerken, raakten de stadspoorten vanaf eind 15e eeuw steeds meer ingekapseld. Waarschijnlijk werd ook de Lindenkruispoort in deze periode gemoderniseerd en uitgebouwd tot een barbacane van mergelsteen. De oude torens werden omstreeks 1544 ingekort en volgestort met aarde, zodat deze als bolwerk voor het geschut gebruikt konden worden. Tijdens het Beleg van Maastricht in 1579 deden 600 Maastrichtenaren vanuit de Lindenkruispoort een uitval naar de Spanjaarden. Na 1676 werd aan de veldzijde van de poort een aarden wal opgeworpen, waardoor de poort haar hoofdfunctie verloor.