En noviembre de 1865, Kilpatrick fue nombrado ministro en Chile por el presidente Andrew Johnson. Este nombramiento se anunció al mismo tiempo que la inclusión del nombre de Kilpatrick en una lista de republicanos arrestados por soborno. Como ministro estadounidense en Chile, participó en un intento de arbitraje entre los combatientes de la Guerra de las Islas Chincha tras el bombardeo de Valparaíso (1866). El intento fracasó, ya que la principal condición del almirante español Méndez Núñez era la devolución de la Covadonga capturada. Kilpatrick pidió al comandante de la marina estadounidense, el comandante John Rodgers, que defendiera el puerto y atacara a la flota española. El almirante Méndez Núñez respondió célebremente: "Me veré obligado a hundirlos [a los barcos estadounidenses], porque aunque me quede un barco procederé al bombardeo. España, la Reina y yo preferimos honor sin barcos a barcos sin honor". ("España prefiere honor sin barcos a barcos sin honor").