Po wybuchu I wojny brytyjsko-afgańskiej w 1839 r. Burnes towarzyszył Armii Indusu, a po opanowaniu Kabulu został tam brytyjskim agentem politycznym. 2 listopada 1841 r. tłum zaatakował siedzibę Burnesa w Kabulu. Burnes próbował uciec w afgańskim przebraniu, ale został rozpoznany i porąbany na kawałki.