בשנת 1797, במסגרת הסכם קמפו פורמיו שחתם את מלחמת הקואליציה הראשונה, הועברה השליטה על השטח לממשלת צרפת. בעקבות חוק צרפתי מאותה תקופה שקבע איסור על קיום אוניברסיטאות בשטחה של צרפת, נסגרה האוניברסיטה ב-25 באוקטובר 1797. רכושה של האוניברסיטה וספריה הועברו ל-École centrale, שנחשב ליורשה המשפטי של האוניברסיטה. ה-École centrale נסגר בשנת 1802.