10 сентября 1943 приказом наркома ВМФ Н. Г. Кузнецова Исаков был восстановлен в кадрах флота с присвоением ему звания капитана 1-го ранга, и назначен заместителем начальника тыла АКВФ и командиром Хабаровского военного порта. Затем служил начальником тыла Амурской военной флотилии; в этой должности участвовал в Советско-японская войне. По окончании войны с него была снята судимость. В 1945—1947 — начальник тыла Дунайской военной флотилии. Согласно записи в послужной карте, хранящейся в ЦВМА, скончался в Ялтинском госпитале от туберкулёза в 1947 году.