Впевнена гра футболіста у складі клубу у 1983 році привернула увагу тренерського штабу олімпійської збірної СРСР, у складі якої він відіграв 4 гри. А вже у червні 1984 року Алейніков дебютував в матчах основної збірної Радянського Союзу. У складі збірної СРСР — учасник фінальних турнірів чемпіонатів світу 1986 та 1990 років. На чемпіонаті Європи 1988 року разом з командою виборов срібні нагороди континентальної першості.