Khomeinin palattua Iraniin vallankumouksen jälkeen hän vetosi Irakin šiialaisiin pyytäen näitä osallistumaan mielenosoituksiin Baath-puoluetta vastaan islamilaisen valtion tuomiseksi Irakiin. As-Sadr puolsi kamppailua hallintoa vastaan ja hänet pidätettiin ja surmattiin Bagdadissa vuonna 1980. Tuhansia hänen kannattajiaan pidätettiin ja surmattiin Najafissa ja muualla maassa. Irakin kärsittyä tappion Persianlahden sodan jälkeen vuonna 1991 kaupungissa syntyi kapina, jonka tasavaltalaiskaarti kuitenkin kukisti verisesti. Vuonna 1992 hallinto tunnusti Muhammad Sadiq as-Sadrin suurajatollahina toivoen, että tämä olisi ohjailtavissa. Vuodesta 1998 hän alkoi kuitenkin tehdä pesäeroa itsensä ja hallinnon välillä. Vuonna 1999 hänet murhattiin Najafissa perjantairukousten jälkeen. Häntä pidetään edelleen merkittävänä hahmona Sadr Cityssä, Bagdadin šiialaisessa kaupunginosassa.