Dne 8. dubna 1992 byla v souvislosti s přerůstáním politické krize a vypuknutím války v Bosně a Hercegovině reorganizována; vedení teritoriální obrany bylo nově podřízeno Předsednictvu BiH, nikoli Jugoslávské lidové armádě jako dříve. V té době měla republiková teritoriální obrana k dispozici cca 75 000 lidí. Při vypuknutí konfliktu však vojáci Jugoslávské lidové armády zajistili většinu skladů munice, čímž získali oproti slabě vyzbrojené teritoriální obraně značnou výhodu. V polovině roku 1992 se z ní stala Armáda Republiky Bosny a Hercegoviny. Kromě původní teritoriální obrany byly do nové armády začleněny také paravojenské jednotky muslimských (Patriotska liga, Zelene beretke) a chorvatských obránců, které samovolně vznikaly od roku 1991.