Anche l'inizio del nuovo secolo fu problematico per la FISASCAT, i cui iscritti, soprattutto quelli operanti nel settore turistico e nel commercio, subirono le conseguenze degli Attentati dell'11 settembre 2001. A peggiorare le cose il mese successivo il ministro Roberto Maroni pubblicò il suo “Libro Bianco”, con il quale si tentava di deregolamentare il mercato del lavoro e di marginalizzare il ruolo delle organizzazioni sindacali.