W miejscu drewnianej kaplicy, w latach 1658–1687, zbudowano dzisiejszy kościół. Autorem projektu i kierownikiem budowy był Krzysztof Bonadura Starszy, a po jego śmierci pracę przejął jego syn, Krzysztof Bonadura Młodszy oraz Jerzy Catenazzi. Przyjmuje się, że poznańska świątynia miała architektonicznie nawiązywać do rzymskich wzorców, mianowicie karmelitańskich kościołów Santa Maria della Scala oraz Santa Maria della Vittoria. W 1801 roku, pomimo czynnego oporu wiernych, którzy przez osiem dni okupowali świątynię, władze pruskie usunęły zakonników, a kościół zmieniono najpierw na szpital wojskowy, następnie na koszary, a w końcu na magazyn słomy i siana. W 1804 kościół przekazano luteranom. W lutym 1813 wojska rosyjskie przeznaczyły obiekt na lazaret dla żołnierzy napoleońskich, przeniesionych tu z seminarium na Ostrowie Tumskim, gdzie z kolei położono poszkodowanych Rosjan. Moskale doszczętnie obrabowali rannych i chorych Francuzów także z odzieży. Z powodu silnych mrozów śmiertelność w lazarecie była bardzo wysoka. Od 1830 pełnił rolę kościoła ewangelicko-augsburskiego garnizonowego. Protestanci w 1831 zamurowali w fasadzie nisze przeznaczone dla figur świętych, dodali sygnaturkę, usunęli ołtarze a dodali empory. Po I wojnie światowej kościół przejęli ponownie katolicy. Przeprowadzono wtedy remont pod kierunkiem Mariana Andrzejewskiego i pod nadzorem Witolda Dalbora, m.in. rozebrano empory. W latach 1934–1939 świątynia ponownie przejęła na siebie funkcję kościoła garnizonowego.