З 1939 року, після того як Чехословаччина була окупована Третім рейхом і був створений протекторат Богемії та Моравії, «Славія» знову стала найсильнішою командою в регіоні. Чеські команди не стали виступати у чемпіонаті Німеччини і продовжили розігрувати окремий чемпіонат Богемії та Моравії, який «Славія» виграла чотири рази поспіль з 1940 по 1943 рік. Крім цього у 1941 і 1942 роках «червоно-білі» також ставали володарями Кубку Чехії, що став розігруватись з 1940 року. У сезоні 1943/44 «Славія» вперше не стала чемпіоном, пропустивши вперед «Спарту», втім Йозеф Біцан забив у тому розіграші 57 голів, встановивши абсолютний рекорд за кількістю голів в історії чемпіонатів Чехії та Чехословаччини. Наступний сезон 1944/45 не відбувся через радянське вторгнення у Чехословаччину.