1787-1788 företog Bruncrona med hemligt uppdrag ombord på fregatten "Gåpå" rekognoseringar längs den ryska gränsen och i skärgården öster om Sveaborg. Han blev därefter sekond ombord på "Odin" och förde under den ordinarie fartygschefens sjukdom befälet ombord på fartyget. Bruncrona bevistade som adjutant vid lätta eskadern sjödrabbningen vid Korkiansaari och som adjutant hos Carl August Ehrensvärd slaget vid Svensksund, där han av ett druvhagelskott sårades i vänstra axeln och armen. Då amiralsskeppet "Björn Järnsida" under reträtten tvingades stryka flagg råkade Bruncrona i rysk fångenskap och fördes till Sankt Petersburg, där han dock blev väl behandlad. 2 september återfick han på kejsarinnan Katarinas order sin värja. Efter freden kom han 1 november åter till Sverige, där han fick tjänstgöra vid Åboeskadern och Sveaborgseskadern. Han befordrades 1790 till löjtnant och 1793 till kapten. Bland hans uppdrag under denna tid märks en hemlig expedition till Reval 1795. Efter att 1798 ha använts som lärare för Sveaborgseskaderns underofficerare blev kom han 1799-1820 att fungera som kvartersmästare vid krigsakademin på Karlberg och lärare i skeppsbyggeri där. Han undervisade en tid även i navigation, manöver och taktik.