1998 року дебютував у складі національної збірної Китаю. Два роки по тому Бора Мілутінович викликав його до збірної для участі в Кубку Азії. На тому турнірі китайська збірна посіла 4-те місце, а Ян Чень зіграв у всіх матчах збірної та відзначився 3-ма голами. У 2002 році Ян потрапив до списку з 23-ох гравців для участі в Мундіалі. Його збірна на груповому етапі посіла 4-те місце й не кваліфікувалася для участі в наступній стадії, а Чень зіграв у 2-ох матчах на турнірі. Протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 10 років, провів у формі головної команди країни 35 матчів, забивши 11 голів.