Am 10. Oktober 2014 debütierte Murillo beim 3:0-Sieg im Freundschaftsspiel gegen El Salvador in der A-Nationalmannschaft. Im Juni 2015 nahm er mit der Mannschaft an der Copa América in Chile teil. Dort kam er zu vier Einsätzen und unterlag im Viertelfinale den Argentiniern im Elfmeterschießen. Anschließend wurde er als bester junger Spieler ausgezeichnet und in die Mannschaft des Turniers aufgenommen. Für die Copa América Centenario 2016 in den Vereinigten Staaten wurde Murillo erneut in den kolumbianischen Kader berufen. Im Turnier kam er in fünf Spielen seiner Mannschaft zum Einsatz, die im Halbfinale mit an Chile scheiterte und anschließend das Spiel um Platz 3 mit 1:0 gegen den Gastgeber gewann.