La Première Guerre balkanique commence le et dure six semaines. La Serbie, qui a mobilisé soldats, l'emporte rapidement avec la victoire écrasante de Kumanovo et son armée atteint Üsküb le 26 octobre. L'armée ottomane a déserté la ville la veille. Les soldats serbes, rejoints par des paysans venus de toute la Serbie pour célébrer la victoire, massacrent des Albanais de la ville, et dans les environs, comme au Kosovo, des villages sont pillés et incendiés. Le traité de Bucarest, signé le 10 août 1913, entérine le partage de la Macédoine et donc l'appartenance d'Üsküb, désormais « Skoplje », au royaume de Serbie. Cette annexion entraîne l'exode de nombreux Turcs ; 725 familles turques quittent par exemple la ville le 27 janvier 1913. Un recensement organisé par les Serbes la même année fait état de habitants à Skopje.