С 1868 по 1876 год принимал активное участие в Реконструкции Юга на территории штата Миссисипи: с 1868 по 1870 и с 1874 по 1876 год был губернатором штата, а с 1870 по 1874 год — сенатором от него. В период Реконструкции неоднократно обвинялся белыми землевладельцами Юга в поддержке интересов чернокожего населения и так называемых «саквояжников» — белых иммигрантов с Севера. В декабре 1874 года, когда разгорелись беспорядки в Виксбурге на расовой почве, принял активное участие в их подавлении и запросил в Вашингтоне предоставление дополнительных войск, чтобы подавить бунты и вернуть посты свергнутым чернокожим должностным лицам. Это ещё больше ополчило против него южан, и в конце 1876 года им удалось инициировать его отставку: его обвинили в коррупции и вынудили пойти на сделку со следствием, согласившись оставить губернаторское кресло в обмен на прекращение уголовного дела.