Pályafutását az Electroputere Craiova csapatánál kezdte, ahol mindössze 17 évesen bemutatkozhatott a felnőtt csapatban. 1992-ben profi szerződést kapott, miután az együttes egyik legjobban teljesítő játékosává vált a 30 mérkőzésen szerzett 12 góljának köszönhetően. 1993-ban a Steaua Bucureștihez igazolt, ahol három idényt töltött. 1996-ban a török Galatasaray szerződtette, ahonnan másfél év után távozott. A következő csapata a spanyol Valencia lett. Az 1997–98-as szezon második felében 17 bajnokin 12 alkalommal volt eredményes, ami által a csapat első számú gólfelelősévé lépett elő. 1999-ben megnyerte a spanyol kupát és szuperkupát., a 2000-es bajnokok ligája döntőben csereként lépett pályára. Az ezt követő idényben több alkalommal is sérülések hátráltatták és egy idő után kikerült a csapatból, majd 2002-ben felbontották a szerződését, abban az évben, amikor a Valencia spanyol bajnoki címet szerzett. Ezt követően a Deportivo Alavéshez igazolt, ahol a 2002–03-as bajnokság során szerepelt. Az idény végén az Alavés kiesett, Ilie pedig a török Beşiktaşhoz írt alá. Itt szintén egy idényt játszott, aztán távozott a svájci Zürich csapatához. A következő évben, 2005-ben a korábbi térdsérülése nem jött teljesen rendbe, emiatt úgy döntött befejezi az aktív játékot.