В конце 70-х годов в Египте участились антикоптские выступления исламских фундаменталистов, следствием которых стали межрелигиозные столкновения и антикоптские погромы. После того, как патриарх Шенуда в 1981 году отказался отменить публичные торжества по случаю Пасхи, президент Египта Анвар Садат поместил его под домашний арест в монастыре. Заключению также подверглись 8 епископов и 24 священника Коптской церкви. Садат объявил о низложении патриарха и назначил для руководства коптами «комитет» из пяти епископов. Священный Синод церкви, однако, не признал отстранение Шенуды III и законность «комитета». 2 января 1985 года по прошествии более чем трёх лет после убийства Садата президент Хосни Мубарак распорядился освободить патриарха. Пятью днями позднее тот уже служил Рождественскую литургию в Каире.