Исидор стал монахом, а затем иеромонахом в монастыре Ксанфопулон в Константинополе, в итоге стал его настоятелем (отсюда именование Ксанфопулос). Вместе с Геннадием Схоларием участвовал в Ферраро-Флорентийском соборе и был одним из подписавших протест против унии.