Kowalski wurde 1735 zunächst Gefreitenkorporal im Infanterieregiment „von Botzheim“ der Preußischen Armee. Dort wurde er am 10. März 1739 Fähnrich. Im Ersten Schlesischen Krieg nahm er an den Schlachten bei Mollwitz und Chotusitz teil. In der Zwischenzeit wurde er am 5. August 1741 Sekondeleutnant mit Patent vom 7. August 1741. Im nachfolgenden Zweiten Schlesischen Krieg kämpfte Kowalski bei der Belagerung von Prag sowie in der Schlacht bei Hohenfriedberg, wo er verwundet wurde, und im Gefecht bei Katholisch-Hennersdorf. In dieser Zeit wurde er am 31. Mai 1745 Premierleutnant. Zwischen den Kriegen wurde er am 20. Oktober 1747 Stabskapitän und am 14. Juni 1752 bei einer Parade zum Kapitän befördert sowie zum Kompaniechef ernannt.