Va arribar el grau de tinent general el 1779, però el seu servei actiu no va ser tan brillant com la seva carrera científica. Va participar en el Setge a Gibraltar el 1779 i el 1780, i comandant de la flota d'Açores. Va fracassar en la reconquesta de la Florida, per això va ser jutjat en una cort marcial que el va declarar innocent, però li exonerar de les seves responsabilitats de comandament, i després va ser designat director general de l'Armada espanyola, càrrec que ocuparia fins a la seva mort, el 1795.