Metro, které dnes tvoří pět linek, bylo uvedeno do provozu v roce 1955 (s prvními osmi stanicemi). V roce 1995 došlo k zatopení tunelu uprostřed linky Kirovsko-Vyborgskaja, ta byla poté rozdělena (na příštích devět let) do dvou samostatných částí. V dubnu 2017 došlo mezi stanicemi "Technologičeskij institut" a "Sennaja ploščaď" k bombovému útoku.