Viene confermato alla guida della squadra partenopea anche nella stagione 2008-2009. Superata con successo l'Intertoto sconfiggendo i greci del Panionios sia al San Paolo che al Nea Smyrni, entrambe per 1-0, il tecnico goriziano esordisce in Coppa UEFA dove, dopo aver vinto i preliminari contro gli albanesi del Vllaznia per 3-0 allo Stadio Loro-Boriçi e per 5-0 al San Paolo, viene eliminato al primo turno dal Benfica, vincendo per 3-2 in casa, ma perdendo per 2-0 all'Estádio da Luz.