Vom Juli 1989 bis zum Mai 1991 diente Shelton als stellvertretender Divisionskommandeur der 101. US-Luftlandedivision in Fort Campbell, Kentucky, unter dem Kommando von Major General J. H. Binford Peay III. Dabei war er vom August 1990 bis zum März 1991 mit der Division in Saudi-Arabien im Rahmen der Operation "Desert Storm" eingesetzt. Vom Mai 1991 bis zum Mai 1993 übernahm Shelton schließlich das Kommando über die 82. US-Luftlandedivision und wurde in dieser Verwendung am 1. Oktober 1991 zum Major General befördert. Danach wurde er am 7. Juni 1993 zum Lieutenant General ernannt und führte von da an bis zum Februar 1996 das übergeordnete XVIII. US-Luftlandekorps. In dieser Verwendung leitete er vom September bis Oktober 1994 die "Joint Task Force Haiti" (dt. etwa: Verbundkommando), die bei der "Operation Uphold Democracy" auf Haiti eingesetzt wurde.