Sezon 2000 wypadł jednak w wykonaniu Jordana znacznie gorzej – mimo całkiem dobrych pozycji w kwalifikacjach i dwóch trzecich miejsc Frentzena zespół zdobył zaledwie 17 punktów i zajął dopiero 6 miejsce w klasyfikacji konstruktorów. Jeszcze słabsze wyniki były w kolejnym sezonie, tym razem zawodnicy w żółtych wozach po raz pierwszy od 1996 nie wywalczyli ani jednego miejsca na podium. Całkowity dorobek punktowy zespołu był jednak nieco większy i wynosił 19 punktów, co pozwoliło zająć 5 miejsce. W sezonie 2002 do zespołu wrócił Fisichella. Było jednak coraz gorzej – kierowcy wywalczyli przez cały sezon zaledwie 9 punktów (choć dało to, podobnie jak 2 sezony wcześniej 6 miejsce). Po sezonie zmieniono dostawcę silników – zamiast Hondy zdecydowano się na Coswortha. Jordan zaczął powoli staczać się na dno. Pojawiły się kłopoty finansowe. Choć sezon 2003 zespół zakończył z nieco większym dorobkiem punktowym – 13 punktów, jednak wystarczyło to zaledwie na 9 miejsce w klasyfikacji konstruktorów. Warto też zauważyć, że aż 10 z tych 13 punktów zdobył Fisichella po swoim dość szczęśliwym zwycięstwie w Grand Prix Brazylii. Kolejny sezon był jeszcze słabszy – Nick Heidfeld i Giorgio Pantano (zastąpiony w ostatnich trzech wyścigach przez Timo Glocka) zdobyli zaledwie 5 punktów, co pozwoliło wyprzedzić tylko od lat najsłabszy zespół – Minardi.