Fin 2003, un grave accident au volant d'un véhicule tout-terrain le laisse avec le bassin brisé. On pense sa carrière compromise, mais Unser Jr revient à la compétition dès le début de la saison 2004. Mais après quelques courses décevantes au sein de la modeste écurie Patrick Racing, il annonce officiellement sa retraite en , retraite dont il sort ponctuellement en 2006 et 2007 afin de disputer les d'Indianapolis.