19 июня 1796 года Наполеон (тогда ещё только генерал), прибыл в Болонью и провозгласил падение папского господства, взамен которого восстанавливалась древняя форма самоуправления. 4 декабря 1796 года на собрании в базилике Св. Петрония была провозглашена Конституция Республики Болонья. Властные полномочия перешли к Сенату, в котором получили своё представительство также делегаты от «третьего сословия». Этим шагом Наполеон обеспечил себе расположение болонской аристократии, и Болонья встала на путь социального и культурного обновления, присущий новой Европе — светской и буржуазной. Однако, спустя несколько месяцев была провозглашена Циспаданская республика со столицей в Реджо, Болонья вошла в конфедерацию с Реджо, Моденой и Феррарой. В 1797 году Циспаданская республика была объединена с Транспаданской, образовав Цизальпинскую республику со столицей в Милане. В 1799 году отряд австрийского генерала Отта из состава русско-австрийских войск под командованием А. В. Суворова вошёл в Болонью, где впоследствии австрийские власти установили жёсткий репрессивный режим. 28 июня 1800 года французский генерал отбил город у австрийцев. Тяготы военного времени вскоре привели к серии восстаний в сельской местности. В 1802 году Болонья стала административным центром департамента Рено вновь образованного Королевства Италия. 21 июня 1805 года Наполеон совершил триумфальный визит в Болонью, но продолжающиеся войны привели в последующие годы к дальнейшему отчуждению итальянцев от интересов империи. 28 января 1814 года неаполитанский король Иоахим Мюрат в союзе с австрийскими войсками захватил Болонью, которая в результате вновь оказалась под контролем Австрийской империи. 2 апреля 1815 года войска Гульельмо Пепе заняли город, когда Мюрат попытался в период Ста дней Наполеона объединить Италию под своей властью, но уже 16 апреля австрийцы их разгромили.