В начале сезона «Рома» попала в неприятную ситуацию: в матче Лиги чемпионов с киевским «Динамо» болельщики римской команды закидали поле и арбитра встречи, Андерса Фриска, мелкими предметами; за это «Роме» было засчитано техническое поражение 0:3. После матча Тотти обвинил арбитра встречи в пристрастности к игрокам «джалоросси». 27 сентября Франческо забил первый мяч в сезоне, поразив ворота «Болоньи»; в той же игре он сознательно наступил на упавшего игрока соперника, за что получил жёлтую карточку. 3 октября Тотти забил свой 100-й гол в Серии А, поразив ворота «Интера» ударом со штрафного. В ноябре 2004 года Ческо в очередной раз сыграл грубо, прыгнув обеими ногами на Карстена Рамелова, который лежал на поле. 2 декабря Тотти забил 2 гола в ворота «Сиены», а 19 декабря забил свои 107 и 108 голы за «Рому», которые сделали его лучшим бомбардиром в истории римского клуба: он опередил Роберто Пруццо. Всего в сезоне 2004/05 Тотти провёл 40 матчей и забил 16 мячей; «Рома» заняла 8-е место в чемпионате и вышла в финал Кубка страны, где проиграла 0:1 «Интеру».