W czerwcu 1941 roku, po ataku Niemiec na Związek Radziecki, do klasztoru przewieziono polskich więźniów politycznych z lwowskich „Brygidek”. Podczas wkraczaniu Wehrmachtu udało się im uciec. Klasztor i kościół zostały spalone. Władze radzieckie oskarżyły o to wojska niemieckie, które miały użyć pocisków zapalających. Niemcy odpowiedzialnością obciążyli Rosjan, którzy wycofując się mieli podpalić zabudowania klasztorne.