Arrivato in comproprietà nel 2004 alla Lazio nell'ambito dell'affare che ha portato Dejan Stanković all'Inter, realizza il suo primo gol con la maglia biancoceleste in Coppa UEFA contro il nella gara in trasferta vinta per 3-0 il 16 settembre 2004. Nella stessa partita realizza il suo primo gol anche il compagno d'attacco Tommaso Rocchi, con cui si trova subito in sintonia. Il 28 novembre successivo segna il suo primo gol in campionato con i biancocelesti, nella sfida casalinga persa per 2-3 contro il . Pandev si ripete nella gara successiva contro la , terminata con il punteggio di 2-1 per i bianconeri. Questo suo gol sarà ricordato dal giocatore macedone come uno dei più belli della sua intera carriera. La Lazio chiude la stagione al tredicesimo posto in classifica e Pandev totalizza 25 presenze e 3 reti.