Ai campionati europei, la Croazia è stata presente nelle qualificazioni sin dalla prima edizione sperimentale del 1996 dove nel girone A giunse seconda dietro ai Paesi Bassi. Agli Europei di Spagna del 1999 è riuscita per la prima volta a partecipare alla fase finale dove è stata eliminata da Spagna e Paesi Bassi. La Croazia si è riqualificata anche per il successivo appuntamento in Russia nel 2001 ma è nuovamente stata eliminata al primo turno da Spagna e Ucraina.