Basen ble etablert i 1941 for å trene piloter for det spanske luftforsvaret. Morón var en av en rekke spansk-amerikanske flybaser i Spania etablert under den kalde krigen. I 1957 kom den første flighten B-47 for å operere fra basen, tett fulgt av KC-97 tankfly. På 1960-tallet dabbet aktiveten ved basen av til fordel for andre spanske baser. Spanjolene brukte den til en viss grad for F-5 Freedom Fighter på 1980-tallet. På 1990-tallet ble basen brukt for å støtte operasjoner i Gulfkrigen og Kosovo-krigen. I 2001 ble den brukt i forbindelse med Operasjon Enduring Freedom og i 2003 til støtte for invasjonen av Irak.