En octubre de 2004, el gobierno de al-Bashir negoció un fin a la segunda Guerra Civil Sudanesa, una de las más largas y mortales guerras del siglo XX, concediendo autonomía limitada a Sudán del Sur. Desde entonces, sin embargo, ha habido un violento conflicto en Darfur que ha resultado en un número de muertes disputado, para el cual las cifras varían desde los "miles de muertos" hasta las 400,000 muertes.