לופס חזר מההשאלה לוולנסיה, ודרכו המחודשת עמה החלה עם זכייה בסופר קאפ הספרדי, אחרי ניצחון בתוצאה מצטברת של 4-3 על קבוצת נעוריו, ברצלונה. בעונה זו, עונת 1999/2000, הפך לשחקן משמעותי בקבוצה. שערו הראשון במדי ולנסיה היה שער השוויון מול באיירן מינכן בליגת האלופות, ב-28 בספטמבר 1999. לאחר מכן עזר לוולנסיה לנצח את ריאל מדריד בתוצאה 3-2 בביתה, כשכבש את השער השני במשחק. ולנסיה החלה את העונה עם קשיים רבים והייתה אף במקום ה-18, מתוך 20, במחזור ה-11, אך מצבה של ולנסיה השתפר עם התקדמות העונה והיא הגיעה עד למקום ה-3 בסוף העונה. לופס שותף להתאוששות זו, עם 33 הופעות בליגה בהן כבש 4 שערים. במשחק הראשון של רבע גמר ליגת האלופות, נגד לאציו ב-5 באפריל 2000, כבש לופס שלושער וולנסיה ניצחה 5-2. ולנסיה העפילה לחצי הגמר למרות הפסד 1-0 בגומלין, שם פגשה את ברצלונה. ולנסיה, עם לופס בהרכבה, גברה על ברצלונה בתוצאה מצטברת 5-3, ועלתה למשחק הגמר. במשחק זה הפסידה ולנסיה לריאל מדריד בתוצאה 3-0.