Но накануне первого Кубка Европа (в дальнейшем преобразованного в чемпионат Европы) в 1960 году Гавриил Дмитриевич вновь стал старшим тренером сборной СССР, которая в полуфинале крупно обыграла сборную Чехословакии (3:0), а в финале вновь сошлась с югославской сборной. Команда СССР благодаря решающему голу Виктора Понедельника одержала победу и выиграла второй крупный турнир в своей истории. В 1962 году Качалин повёз советскую сборную на свой второй чемпионат мира. Советские футболисты достаточно уверенно заняли первое место в группе, но в четвертьфинале вновь, как и четыре года назад уступили хозяевам турнира (на этот раз это была сборная Чили). После этого Качалин вновь был снят со своего поста и сосредоточился на клубной работе.