W 1653 kasztelanowa krakowska Teofila z Daniłowiczów Sobieska ufundowała i uposażyła kościół i klasztor dominikanów w intencji zamordowanego w 1652 przez Kozaków po bitwie pod Batohem syna - Marka Sobieskiego, brata późniejszego króla Jana III Sobieskiego. Miało to być drugie mauzoleum rodzinne oraz sanktuarium maryjne. Główne prace w kościele zakończono w 1655, a konsekracja nastąpiła w 1677. Natomiast barokowy klasztor z lat 1754–1792, zwano z racji opiekunów klasztorem królewskim "Conventus Regalis". Kościół był niszczony kilkakrotnie przez pożary. Jan III Sobieski ufundował matce Teofili Sobieskiej i bratu Markowi piękne późnobarokowe nagrobki, znacznie zniszczone po 1945, ale zachowane do dzisiaj. Dominikanie jako nieliczni przetrwali kasatę józefińską. W czasach ZSRR zespół pełnił funkcje magazynu i budynków administracyjnych.