En enero de 1945 fue arrestado por orden del "Gauleiter" Paul Giesler por sospechas de conspiración y por su asociación al "Bayern Freiheitsaktion", un grupo opuesto al nacionalsocialismo. Fue hospitalizado en el hospital de Bad Nauheim debido de una enfermedad del corazón hacía el fin de la guerra. El 9 de mayo de 1945, un empleado en el hospital alertó a los agentes del cuerpo de contrainteligencia de los Estados Unidos que Ritter von Epp estaba en ese lugar. Fue arrestado y enviado a un campo de prisioneros en Múnich, a la espera de juicio en los tribunales de Núremberg.