Fort stworzono w celu zakwaterowania wojskowych oraz nielicznych cywilów, którzy mieli chronić zasoby parku. Dzięki temu, że szybko zdano sobie sprawę z niezwykłości terenów Yellowstone w znacznym stopniu zaczęto czynnie ograniczać zarówno wycinkę drzew jak i kłusownictwo oraz wandalizm. Ochrona cywilna szybko okazała się niewystarczająca, stąd rząd w 1886 roku podjął decyzję o zaangażowaniu Armii Stanów Zjednoczonych. Niewielkie zasoby finansowe dopiero z czasem pozwoliły na wybudowanie kwater wojskowych zachowanych do dziś. Po bitwie pod Little Bighorn wojsko szukało miejsca do stworzenia bazy wypadowej w celu obserwacji Siuksów. Wtedy dogodnym miejscem okazały się tereny Parku Yellowstone, stąd utworzenie tzw. "Yellowstone Department", czyli późniejszego fortu. W czasie swojego urzędowania wojskowi ustanowili specjalny regulamin, wykorzystywany do dziś, który jasno określa granice wykorzystywania zasobów naturalnych i ochronę przyrody. W 1918 roku oficjalnie opiekę nad Parkiem oraz fortem przejęła nowo utworzona organizacja National Park Service. Pracownicy tej służby zapożyczyli od wojska wygląd swoich kapeluszy.