Мрачным эпизодом правления Сергея Александровича стала катастрофа на Ходынском поле. В катастрофической давке, по официальным данным, погибли 1389 человек и 1300 получили тяжёлые увечья. Преступная халатность организаторов вызвала общественное возмущение в России. Народная молва в произошедшем винила московского генерал-губернатора Сергея Александровича (прозванного «князем Ходынским»). Правительство произвело следствие, московский оберполицмейстер и ряд второстепенных чиновников были смещены со своих постов. Противники Сергея Александровича использовали «Ходынку» как повод к требованиям его отставки, однако в том же 1896 году он был назначен командующим войсками Московского военного округа.