Vor Beginn des Bürgerkriegs in Sierra Leone wurde Yenga vom Distrikt Kailahun Sierra Leones verwaltet. Im Jahr 2001, während des Bürgerkriegs, entsandte die Republik Guinea Truppen nach Yenga, um der Armee von Sierra Leone die Unterdrückung der Rebelleneinheit RUF zu erleichtern. Nach dem Sieg über die Rebellen verblieben die guineischen Soldaten in Yenga. 2002 wurde zwischen Sierra Leone und Guinea ein Abkommen geschlossen, in dem die Rückgabe von Yenga an Sierra Leone vereinbart wurde, sobald Guineas Grenzen gesichert wurden. 2005 wurde ein weiteres Abkommen zwischen Sierra Leone und Guinea geschlossen, wonach Yenga zu Sierra Leone gehört. Die beiden Staatsoberhäupter legten die diesbezüglichen Streitigkeiten im Jahr 2013 bei.