Boje medzi Michalom VIII. a Karolom z Anjou pokračovali i napriek uzavretiu únie. Gregor X. v roku 1276 zomrel a noví pápeži Inocent V., Hadrián V. a Ján XXI. vládli len krátko, takže veľký pokrok vo vzťahoch nenastal. Až v roku 1277 zvolili kardináli Mikuláša III., ktorý sa ukázal byť rozhodným odporcom neapolského kráľa. Mikuláš zakázal Karolovi útočiť na Konštantínopol, no zároveň sa obrátil na byzantského cisára s viacerými kategorickými požiadavkami, ktoré mali dokázať skutočnosť cirkevnej únie. Trval na zjednotení liturgických rítov a chcel taktiež do Konštantínopola vyslať ako trvalého pápežského legáta svojho kardinála. Z pápežových plánov sa však moc nesplnilo. Spory medzi Byzanciou a Sicíliou neustali a v náboženskom plnení požiadavok Konštantínopol mlčal. V auguste 1280 Mikuláš zomrel a nový francúzsky pápež Martin IV. sa netajil svojou antipatiou k Byzancii a spojenectvom s Neapolom. 18. októbra 1281 dokonca Michala VIII. exkomunikoval a proti Byzancii opätovne vznikla koalícia obdobná predošlej, tento raz i s podporou Benátok. Byzancia opäť hľadala spojencov v Uhorsku, medzi Mongolmi, v Egypte a okrem toho aj Aragónskom kráľovstve. Chystaná križiacka výprava proti Byzancii sa však neuskutočnila, pretože v roku 1282 sa na Karolovej Sicílii uskutočnilo povstanie známe ako Sicílske nešpory. I vďaka byzantskej finančnej pomoci sa moci nad Sicíliou ujalo Aragónsko a koalícia proti Byzancii sa rozpadla. V tom istom roku však zomrel cisár Michal VIII. a krátko na to patriarcha Gregor II. úniu na miestnej synode odvolal.