Пытаясь восстановить свою независимость, уйгуры подняли в 1820-х годах восстание, которое было подавлено к 1827 году. В 1830 году вспыхнуло новое восстание, поддержанное кокандским ханом, но оно было разгромлено в том же году. В 1847 году было поднято новое восстание, известное в истории по числу его руководителей как «восстание семи ходжей»; оно также было подавлено в том же году. В 1862 году восстание дунган отрезало синьцзянские власти от центра страны и лишило их дотаций из казны наместничества Шэньганя. Местная бюрократия попыталась компенсировать эту потерю путём повышения налогов и незаконных изъятий. Всё это привело население на грань всеобщего восстания, разразившегося в 1864 году. На территории Восточного Туркестана образовалось сепаратистское государство Йеттишар. В связи с огромными трудностями, переживаемыми в это время Цинской империей, в Пекине нашлись сторонники признания независимости этих земель, однако в ходе последовавшей дискуссии победили «ястребы». В 1875 году Цзо Цзунтан отправился в Западный поход, и к концу 1870-х годов восстановил в Синьцзяне власть династии Цин.