Ο Ζάουκεν συμμετείχε στην εισβολή στη Σοβιετική Ένωση το καλοκαίρι του 1941 και τραυματίστηκε κοντά στον ποταμό Δνείπερο, ενώ το Δεκέμβριο της ίδιας χρονιάς ανέλαβε τη διοίκηση της 4ης Μεραρχίας Πάντσερ και προήχθη σε υποστράτηγο (Generalmajor) την Πρωτοχρονιά του 1942. Πέντε μέρες αργότερα έλαβε το Σταυρό των Ιπποτών του Σιδηρού Σταυρού για την επιτυχημένη διοίκησή του στην αμυντική μάχη για το Μπολχόβ. Ωστόσο, αναγκάστηκε να παραδώσει τη διοίκηση της μεραρχίας στο Βίλιμπαλτ φον Λάνγκερμαν ουντ Έρλενκαμπ λόγω μιας βαριάς ασθένειας λίγες μέρες αργότερα. Τον Αύγουστο του 1942, έχοντας πλέον αναρρώσει, ο Ζάουκεν διοικούσε τη Σχολή των Τεθωρακισμένων Τμημάτων στο Κράμπνιτς. Το Μάιο του 1943 επέστρεψε στο μέτωπο και ανέλαβε εκ νέου τη διοίκηση της 4ης Μεραρχίας Πάντσερ.