In den folgenden Jahrzehnten konzentrierte sich die RAAF auf die logistische Luftunterstützung bei militärischen Interventionen und Friedenseinsätzen der Vereinten Nationen, wobei die Transporthubschrauber 1989 außer Dienst gestellt und ein Teil an die australischen Heeresflieger zum Weiterbetrieb abgegeben wurde. Besondere Beachtung erfuhr 1999 die Friedensmission in Osttimor (INTERFET), die unter australischem Kommando stattfand. Während des Irakkrieges 2003 wurden zum ersten Mal seit dem Vietnamkrieg wieder australische Kampfflugzeuge eingesetzt. &lt;a href="McDonnell%20Douglas%20F/A-18"&gt;F/A-18&lt;/a&gt; flogen gemeinsam mit britischen Tornados mehrere Bombenangriffe auf Ziele im Zentrum des Irak. Auch waren australische Kampfflugzeuge an der Überwachung des Luftraums beteiligt. Kritisiert wurde, dass von offizieller Seite keine Angaben über die Einsätze gemacht wurden.