În 46 î.Hr. Cezar a mers către nordul Africii pentru a se ocupa de rămășițele pro-Pompei care încercau să se regrupeze sub conducerea lui Cato cel Tânăr și a lui Titus Labienus. A întâlnit un mic pas-înapoi în Bătălia de la Ruspina înainte de a-i învinge în Bătălia de la Thapsus. Sinuciderea lui Cato i-a cauzat multă amărăciune lui Cezar. El își dorea să-l ierte pe Cato, refractarul său inamic, pentru a câștiga popularitate printr-o astfel de clemență. În 45 î.Hr., a mers în Spania și a câștigat în lupta finală împotriva trupelor pro-Pompei în îngrozitoarea Bătălie de la Munda. Spunea că înainte luptase întotdeauna pentru victorie, dar în Munda a luptat pentru viața sa. S-a întors la Roma. Avea mai puțin de un an de trăit.