Литовское дворянство обратилось в католичество, но языческие обычаи ещё долго преобладали и тайно практиковались среди простых людей Литвы. Там не было преследования языческих жрецов и приверженцев старой веры. Тем не менее, в XVII веке, после Контрреформации (1545 — 1648 годы), католическая вера взяла верх над язычеством. Христианизация и её политические последствия оставили значительный след в истории Литвы. Большинство населения Великого княжества Литовского за пределами этнической Литвы было православным. Элита постепенно обращалась в католицизм, и возрастала религиозная напряжённость. Некоторые из православных Гедиминовичей покинули Литву и уехали в Московское княжество, где они дали начало таким княжеским родам как Голицыны и Трубецкие. Православное население современной Украины и восточной Белоруссии часто сочувствовало московским князьям, которые изображали себя защитниками православия. Эти процессы приводили к московско-литовским войнам. Поражение литовцев в Ведрошской битве подорвало позиции Литвы в качестве доминирующей силы в Восточной Европе. По результатам русско-литовской войны 1500 — 1503 годов к Русскому государству отошла треть территории Великого княжества Литовского. С другой стороны, переход к католичеству способствовал интеграции Литвы в культуру Западной Европы. Был проложен путь к политическому союзу Литвы и Польши, в окончательном виде как Люблинская уния 1569 года.