Михаил Саенко родился 25 сентября 1918 года в селе Снагость (ныне — Кореневский район Курской области). После окончания семи классов школы работал бухгалтером. В 1938 году Саенко был призван на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. Участвовал в боях на реке Халхин-Гол. В 1940 году Саенко окончил курсы младших лейтенантов. С начала Великой Отечественной войны — на её фронтах.