Sự kiện Thảm sát ngã ba phố Hàng Bún - ngõ Yên Ninh ngày 17/12/1946 và tối hậu thư của Pháp một ngày sau đó đã khiến các thỏa thuận hòa bình giữa hai nước bị vô hiệu hóa, điều này đã buộc Chủ tịch Hồ Chí Minh phải đưa ra lời kêu gọi Toàn quốc kháng chiến chống Pháp vào ngày 19/12/1946. Do tình hình chiến tranh, các hoạt động liên quan đến bóng đá đã bị ngừng lại. Việt Nam mới giành được độc lập lại phải tiếp tục bước vào một cuộc chiến mới nên chưa kịp thành lập 1 đội tuyển quốc gia chính thức (dù đã có 1 đội tuyển tạm thời đại diện cho Việt Nam từ ngày 20 tháng 4 năm 1947). Cuộc chiến với Pháp kết thúc ngày 07/05/1954 với chiến thắng Điện Biên Phủ của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Pháp phải ký Hiệp định Genève và dẫn tới Việt Nam tạm thời bị chia cắt thành hai vùng tập kết quân sự từ ngày 21 tháng 7 năm 1954 đến ngày 2 tháng 7 năm 1976. Điều này dẫn đến việc có song song hai đội tuyển gồm đội tuyển Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đại diện cho vùng tập kết quân sự phía Bắc giới tuyến quân sự tạm thời ở vỹ tuyến 17 và đội tuyển Việt Nam Cộng hòa ở phía Nam giới tuyến. Năm 1961, Hội bóng đá Việt Nam (VNDCCH), tiền thân của Liên đoàn bóng đá Việt Nam, được thành lập; và tham gia FIFA từ năm 1964. Ở miền Nam, Hội Túc cầu giáo cũng được thành lập và tham gia FIFA và AFC.