2015 год Паттон провел в Крейтонском университете на правах «Redshirt». Его тренер, Грег Макдермотт, выбрал стратегию «Redshirt» по разным причинам. Пэттон был слишком молод и ему нужно было улучшать игру. Кроме того, Джастину пришлось бы проводить мало времени на площадке из-за наличия основного центрового Джоффа Гроссела. Макдермотт был убежден, что Паттону нужно подучиться, как нужно конкурировать с другими игроками на подобном уровне, и усвоить важность правильного питания и распорядка дня. В своей первой игре за колледж в 2016 году он набрал 12 очков и 8 подборов. Свой рекорд сезона в 25 очков он установил в игре против колледжа Сэнт-Джонс 4 января 2017 года. После этого были 13 последовательных игр с двузначными показателями, вплоть до проигрыша 4 февраля 2017 года от университета Ксавье. После своего первого сезона Пэттон был назван новичком года восточной конференции NCAA. 5 апреля 2017 года Пэттон отказался от игр за колледж, заявил о намерении выставить кандидатуру на Драфт НБА 2017 года и заключил договор с агентом.