Vuonna 1991 alueen johto julisti sen itsenäiseksi. Kansanryhmien väliset konfliktit voimistuivat. Armenian alueella järjestämässä kansanäänestyksessä selvä enemmistö tuki itsenäisyyttä, mutta azerit boikotoivat äänestystä. Vuosina 1992–1994 käytiin sota, jossa Armenia valtasi Vuoristo-Karabahin alueen. Tulitauko solmittiin 12. toukokuuta 1994. Vuoristo-Karabahin ja sitä ympäröivän alueen johtoon jäivät etniset armenialaiset.