Durante os ataques aéreos da OTAN contra a Iugoslávia em 1999 em relação à Guerra do Kosovo, Otpor cessou suas atividades. Após o bombardeio da OTAN, a organização iniciou uma campanha política voltada diretamente contra o presidente da Iugoslávia, Slobodan Milošević. Isso resultou na repressão policial nacional contra ativistas de Otpor, durante a qual quase 2.000 foram presos, alguns espancados.