Akar permasalahannya adalah Genosida Armenia dan Konflik Nagorno-Karabakh. Sejak 1970-an, Pakistan mendukung kebijakan Turki yang menyangkal genosida Armenia. Daerah Nagorno-Karabakh dihuni oleh mayoritas etnis Armenia sesudah perang, tetapi secara internasional diakui sebagai wilayah "de jure" Azerbaijan. Republik Artsakh yang secara "de facto" menguasai daerah tersebut dengan bantuan Armenia hanya diakui oleh Abkhazia, Ossetia Selatan, dan Transnistria, tiga negara yang sama-sama tidak diakui oleh dunia internasional. Pakistan mendukung Azerbaijan dalam Perang Nagorno-Karabakh sampai sekarang. Pakistan menganggap Pembantaian Khojaly sebagai tindakan genosida. Pakistan adalah negara ketiga setelah Turki dan Rumania yang mengakui Azerbaijan dan membina hubungan erat dengan Azerbaijan. Azerbaijan mendukung sikap Pakistan dalam konflik Kashmir. Karena kebijakan Pakistan dinilai pro-Azerbaijan dan pro-Turki, Armenia menjalin hubungan erat dengan India dan mendukung sikap India dalam konflik Kashmir.