Laut der US-amerikanischen Journalistin Linda Melvern genehmigte Boutros-Ghali im Jahr 1990 einen geheimen Verkauf von Waffen an das Hutu-Regime in Ruanda in Höhe von 26 Millionen USD. Diese Waffen sollen zur Niederschlagung des Aufstandes der RPF von Paul Kagame und zur Vorbereitung des Völkermordes im Jahr 1994 gedient haben.