Nel 1986, in seguito al disastro di Černobyl, Nemcov organizza un movimento di protesta nella città di Gor'kij, per impedire la costruzione di una nuova centrale elettronucleare nella regione. Nello stesso anno, si propone come candidato indipendente per le elezioni del Congresso dei Deputati del Popolo Sovietico (Parlamento) come candidato indipendente, ma la commissione elettorale locale, controllata dal Partito Comunista, glielo impedisce.