După asasinarea lui Lincoln în aprilie 1865, Stevens a intrat în conflict cu noul președinte, Johnson, care a încercat restaurarea rapidă a statelor separatiste fără garanții pentru sclavii eliberați. Diferența de opinii a provocat o luptă continuă între Johnson și Congres, Stevens aflându-se în fruntea republicanilor radicali. După avansul obținut în alegerile din 1866, radicalii au luat frâiele Reconstrucției de la Johnson. Ultima mare bătălie a lui Stevens a fost să asigure în Cameră împotriva lui Johnson, deși Senatul nu l-a condamnat pe președinte. Perspectiva istoriografică asupra lui Stevens a basculat dramatic de-a lungul anilor, de la o viziune de la începutul secolului al XX-lea în care Stevens apărea nesăbuit și motivat de ură față de albii din Sud, la o perspectivă a din anii 1950 și de după aceea, care l-au aplaudat pentru vederile sale .