Guardado werd in 1993 opgenomen in de jeugdopleiding van Atlas Guadalajara. Hiervoor maakte hij in augustus 2005 zijn competitiedebuut in het eerste elftal, tijdens een 3-2-overwinning op CF Pachuca. Guardado speelde twee seizoenen in de hoofdmacht van de club, waarna hij in 2007 de overstap naar Europa maakte. PSV kwam tot een akkoord met Atlas over de transfer van de toen negentienjarige Mexicaan, die zijn handtekening zou zetten in Eindhoven zodra hij terug was van de Gold Cup 2005. Voor het zover was kwam Deportivo La Coruña niettemin met een hoger bod op Guardado, waarop Atlas hem aan de Spaanse club verkocht.