Η έναρξη της Ελληνικής επανάστασης του 1821 βρήκε τον Ευγένιο Καραβία στην Αγχίαλο. Τον αφορισμό της Επανάστασης από το Πατριαρχείο και την επικύρωση της εγκυκλίου του, ελάχιστοι μητροπολίτες αρνήθηκαν να υπογράψουν. Μεταξύ αυτών, ο Μητροπολίτης Ευγένιος δεν υπέγραψε τον αφορισμό, αλλά και αρνήθηκε να τον διαβάσει δημόσια όταν το ζήτησαν οι Τούρκοι. Οι τουρκικές αρχές τον συνέλαβαν και τον φυλάκισαν στην Κωνσταντινούπολη στις φυλακές του Μποσταντζή μαζί με τους συλληφθέντες επίσης επισκόπους Θεσσαλονίκης Ιωσήφ, Αδριανουπόλεως Δωρόθεο, Δέρκων Γρηγόριο, Εφέσου Διονύσιο, Νικομηδείας Αθανάσιο και Τυρνόβου Ιωαννίκιο.