Ξεκινώντας στις 7 Οκτωβρίου του 2001, οι Ηνωμένες Πολιτείες άρχισαν πάλι στρατιωτικές επιχειρήσεις από το Ντιέγκο Γκαρσία χρησιμοποιώντας βομβαρδιστικά αεροπλάνα Β-1, Β-2, και Β-52 για να επιτεθούν σε εχθρικούς στόχους στο Αφγανιστάν μετά τις επιθέσεις στη Νέα Υόρκη και στο Πεντάγωνο. Στις 12 Δεκεμβρίου του 2001, ένα βομβαρδιστικό Β-1 είχε χαθεί λόγο μηχανικής βλάβης λίγο μετά την απογείωση από το νησί, αλλά το πλήρωμα επέζησε και διασώθηκε από το USS Russell (DDG-59). Οι πολεμικές επιχειρήσεις επαναλήφθηκαν την άνοιξη του 2003, με MPSRON 2 στον Περσικό Κόλπο για τον πόλεμο του Ιράκ, και οι βομβαρδισμοί ξεκίνησαν και πάλι, αυτή τη φορά εναντίον του Ιράκ. Οι επιχειρήσεις των βορβανδιστικών από το Ντιέγκο Γκαρσία σταμάτησαν στις 15 Αυγούστου του 2006.