Im Vierten Koalitionskrieg (Verbündetes Preußen gegen Frankreich) wurde er zum Kommandierenden General über mehr als 20.000 Mann ernannt und unterstand als Führer der 2. Division dem preußischen General Fürst Hohenlohe-Ingelfingen. Ein Teil dieser Division war am 8. und 9. Oktober 1806 gemeinsam mit der Heeresabteilung des Generals von Tauentzien in das Gefecht bei Schleiz verwickelt. Zezschwitz nahm dessen Abteilung bei Mittelpöllnitz auf, sicherte ihren Rückzug und blieb dort bis zum 10. Oktober stehen, bis das ebenfalls unglückliche Gefecht bei Saalfeld, wo auch sächsische Truppen kämpften, ihn nötigte nach Jena zurückzugehen. In der am 14. Oktober geschlagenen Schlacht bei Jena und Auerstedt gab er den ihm angewiesenen Posten an der „Schnecke“ erst auf, als jede Hoffnung eines günstigen Ausganges verschwunden war. Dann zog er mit der geordnet zurückgehenden Infanteriebrigade Nehrhoff ab. Man drang ihn, die Infanterie zurückzulassen und sich mit drei Schwadronen sächsischer Karabiniers, welche zur Stelle waren, durchzuschlagen. Als dies glückte, ließ er die weit zerstreuten Reste seines Corps zum großen Teil in Barby an der Elbe zusammenkommen. Er hatte Barby – nicht Magdeburg, wohin der preußische Rückzug ging – gewählt, weil die Stadt innerhalb der kursächsischen Landesgrenzen lag, und erhielt hier am 21. Oktober den erwarteten Befehl, aufgrund des abgeschlossenen Neutralitätsvertrages in die Friedensgarnisonen abzumarschieren.