Začátkem roku 1999 Atta dokončil svou diplomovou práci a srpnu 1999 ji úspěšně obhájil. Koncem roku 1999 se Atta spolu s dalšími čtyřmi členy buňky rozhodli odcestovat do Čečenska a bojovat v druhé čečenské válce. Dva z nich se však náhodně ve vlaku seznámili s osobou, která jim doporučila kontaktovat Mohameda Ould Slahiho, spolupracovníka Al-Káidy, a probrat s ním jejich plány. Ten je přesvědčil, aby místo cesty do Čečenska jeli raději na výcvik do Afghánistánu. Doporučil jim cestovat do pákistánského Karáčí a poté v Kvétě vyhledat v kanceláři Tálibánu Umara al-Masuriho.