Vuonna 1701 puhjenneessa Espanjan perimyssodassa Maksimilian Emanuel asettui Ranskan liittolaiseksi keisarikuntaa vastaan, ilmeisesti toiveenaan saada oma sukunsa, Wittelsbachit, nostettua keisarikunnan johtoon Habsburgien tilalle. Kärsittyään tappion Blenheimin taistelussa vuonna 1704 hän joutui lähtemään maanpakoon keisarillisten joukkojen miehittäessä Baijerin. Vuoden 1706 tappiollisen Ramilliesin taistelun jälkeen hän menetti valtansa myös Espanjan Alankomaissa ja samana vuonna uusi keisari Joosef I asetti hänet valtakunnanpannaan. Maksimilian Emanuel joutui asumaan seuraavat yhdeksän vuotta Ranskan hovin suojissa. Hän sai kuitenkin valtaistuimensa takaisin ja valtakunnanpanna peruttiin vuoden 1713 Utrechtin rauhan ja vuoden 1714 Badenin rauhan seurauksena, ja hän palasi pääkaupunkiinsa Müncheniin vuonna 1715. Hänen seuraajakseen tuli vuonna 1726 hänen poikansa Kaarle Albert, josta tuli myöhemmin myös keisari nimellä Kaarle VII.