14 апреля 1865 года двенадцатилетний Тэд присутствовал в на спектакле «Аладдин и волшебная лампа», в то время как его родители отправились на представление «Наш американский кузен» в театр Форда. В тот вечер отец Тэда был смертельно ранен сторонником Южан Джоном Уилксом Бутом. Когда новость о покушении на президента достигла театра Гровера, управляющий театром публично объявил о случившемся. Тэд начал в панике метаться и кричать: «Они убили папу! Они убили папу!». Мальчика сопроводили обратно в Белый дом, хотя его мать умоляла, чтобы Тэда доставили к смертному одру отца в ; Мэри твердила: «Приведите Тэда — он хочет поговорить с Тэдом — он так его любит». Требование Первой леди так и не было выполнено, и поздно ночью безутешный Тэд был уложен спать швейцаром Белого дома. Президент Линкольн скончался на следующее утро — в субботу 15 апреля в 7:22 утра. После смерти отца Тэд сказал своей няне: «Па умер. Не могу поверить, что больше никогда его не увижу. Теперь я должен научиться заботиться о себе. Да, Па умер, и я теперь всего лишь Тэд Линкольн, маленький Тэд, как и другие маленькие мальчики. Теперь я не сын президента. У меня больше не будет подарков. Ну, я постараюсь быть хорошим мальчиком и надеюсь когда-нибудь отправиться к Па и брату Вилли на небеса».