В 2000 году в возрасте 17 лет попал в «Зенит-2», тренером которого был Лев Бурчалкин. Летом 2001 года стал привлекаться к основному составу команды. Первый матч за «Зенит» провёл 14 апреля 2001 года, выйдя на замену Александру Кержакову в матче против воронежского «Факела». Всего в дебютном сезоне в «Зените» Астафьев вышел на поле в 9 играх чемпионата России, в которых отметился 3 забитыми голами и помог команде завоевать бронзовые медали. В 2002 году вышел на поле в 12 матчах Премьер-лиги и забил 2 гола. В 2003 году стал реже попадать в состав команды, проведя лишь 4 матча в сезоне, в котором команде из Санкт-Петербурга удалось завоевать серебряные медали чемпионата. В основном же выступал в турнире дублёров РФПЛ'.