Till säsongen 2004 bytte Fernández och teamet till IndyCar, vilket gav honom möjligheten att köra Indianapolis 500 för första gången sedan 1995. Han slutade sjua på Indy, men hade i övrigt sin bästa säsong med sitt eget team, då han vann på Kentucky, Chicagoland och Fontana. De tre segrarna gjorde att han slutade femma i mästerskapet. Efter säsongen slutade han med formelbilsracing, och fokuserade istället på att driva teamet. Dock hade de inte finanser för att vara annat än ett stödteam för att få in japanen Kosuke Matsuura i serien. Resultaten blev begränsade, och inga sponsorer tillkom. Stallets verksamhet i IndyCar lades ned efter 2006, och istället körde Fernández i sportvagnar, med en klasstitel i LMP2 i American Le Mans Series 2009 som höjdpunkt. Det blev Fernández Racings sista säsong, då man inte kunde driva stallet vidare.