Az 1526-os mohácsi csata után ez a vidék rövidesen Habsburg Ferdinánd fennhatósága alá került. Bocskai István felkelő hajdúi 1605-ben sikertelenül ostromolták, de Bethlen Gábor erdélyi fejedelem előtt megnyitották a városkapukat 1619-ben. Az utolsó katonai események a kuruc szabadságharc időszakában játszódtak körülötte, de az erős védőművei mögött védekező császári helyőrséggel Vak Bottyán kuruc generális katonái sem bírtak 1705 végén.