Le départ de Gamsakhourdia est le prélude à une guerre civile qui fait tomber la Géorgie dans le chaos jusqu'en 1994. Quelques mois après son départ, Gamsakhourdia retourne en Géorgie, arrivant de l'Abkhazie, pour faire base à Zougdidi, la capitale régionale de la Mingrélie. Après avoir expulsé les troupes du nouveau gouvernement central, Gamsakhourdia et ses partisans, qui se nomment « zviadistes », établissent un gouvernement d'opposition en Géorgie occidentale, entraînant la Mingrélie dans une guerre civile jusqu'à sa mort le . Durant les années 1990, la Mingrélie deviendra la cible de persécutions violentes orchestrées par le "Mkhedrioni".