Rok 1946 przyniósł jednak partii poważne straty, wywołane jej postawą podczas kryzysu irańskiego. Związek Radziecki popierał oddzielenie się od Iranu Republiki Mahabadzkiej (Kurdyjskiej) oraz Autonomicznej Republiki Azerbejdżanu; irańscy komuniści musieli w tej sprawie przyjąć stanowisko Moskwy, chociaż, jak wspominał Iradż Eskandari, byli taką linią polityczną skonsternowani, a wręcz zszokowani. Drugim postulatem, który musieli wprowadzić do programu na żądanie ZSRR było przyznanie temu państwu koncesji naftowej w północno-zachodnim Iranie. Żądanie to zostało źle odebrane przez irańskie społeczeństwo, kojarzyło się z polityką carskiej Rosji wobec Persji. Stało także w sprzeczności z wezwaniami do nacjonalizacji przemysłu naftowego, które wcześniej głosiła partia.