היפנים פלשו למינדנאו כחלק מהמערכה בפיליפינים (1941–1942). דבאו נכבשה בדצמבר 1941, והכוחות האמריקנים-פיליפיניים באי נכנעו במאי 1942. באי קמה תנועת גרילה שפעלה כל זמן המלחמה. באפריל 1945 נחתו כוחות אמריקניים במינדנאו והשלימו את כיבוש האי עד יוני 1945.