Stalin siirsi jatkuvasti vastahakoisten etnisten ryhmien osia: puolalaiset (1939-1941 ja 1944-1945), romanialaiset (1941 ja 1944-1953), liettualaiset, latvialaiset, virolaiset (1941 ja 1945-1949), Volgan saksalaiset (1941-1945), karjalansuomalaiset (1940-1941, 1944), Krimin tataarit, ukrainankreikkalaiset, kalmukit, balkaarit, karatshit,šetšeeni meskhetianturkkilaiset, karapakit, korealaiset (1937), tšetšeenit ja inguušit (1944). Toisen maailmansodan aikana, hieman ennen ja hieman jälkeen Stalin suoritti erityisen suuria väestönsiirtoja. Vuosina 1941-48 arviolta 3,3 miljoonaa ihmistä siirrettiin Siperiaan ja Keski-Aasiaan. Eräiden arvioiden mukaan jopa 43 % siirretystä väestöstä kuoli aliravitsemukseen ja tartuntatauteihin.