Война России с Англией помешала утвердиться на святой горе православной святыне. Керчь оккупировали иностранные войска и возведенную часовню использовали в военных целях, превратив в конюшню. Только после заключения мирного договора вновь встал вопрос о возрождении разоренной часовни и, по ходатайству Преосвященного Иннокентия, устроения монастыря. Проектные работы взял на себя керченский архитектор Василий Гущин.