Als 1809 im Fünften Koalitionskrieg das Gebiet um Regensburg und auch die Stadt selbst nördlich und südlich der Donau erneut zum Schlachtfeld wurde, gerieten die Steinerne Brücke, der Schwarze Turm und ganz Stadtamhof erneut in den Mittelpunkte der Kämpfe diesmal zwischen französischen und österreichischen Truppen. Letztere flüchteten nach Niederlagen südlich von Regensburg und nach hinhaltendem Widerstand auf den Stadtmauern von Regensburg von Süd nach Nord über die Steinerne Brücke nach Stadtamhof und wurden von französischen Truppen verfolgt. Österreichischer Artillerie – stationiert oberhalb von Stadtamhof auf dem Dreifaltigkeitsberg – beschoss die Verfolger und zerstörte den Baubestand von Stadtamhof. Auch der Schwarze Turm wurde so stark beschädigt, dass er samt allen zugehörigen Wehranlagen 1810 abgebrochen und beseitigt wurde. Anstelle der geschleiften Anlagen entstanden nach 1824 die biedermeierlich, bürgerlich anmutenden heutigen erdgeschossigen Basarbauten am ehemaligen Stadtamhofer Brückenkopf. Auch wenn fast alle Basargebäude nachträglich verändert wurden, haben sie noch heute eine idyllische Wirkung und umschließen einen rechteckigen Platz, den ehemaligen Standort des Schwarzen Turms.