Apesar de sua insatisfação com o fracasso de McClellan, Lincoln estava desesperado, e restaurou-o no comando de todas as forças ao redor de Washington para o espanto de seu gabinete, exceto Seward. Dois dias após McClellan retornar ao comando, as forças do general Robert E. Lee atravessaram o Rio Potomac à Maryland, liderando a Batalha de Antietam em setembro de 1862. A vitória da União nesta que foi a batalha mais sangrenta da história americana garantiu a confiança e o anúncio Proclamação de Emancipação em janeiro. Tendo já estado pronto a Proclamação, Lincoln esperou por uma vitória militar para que pudesse publicá-la sem parecer um ato desesperado. McClellan resistiu ao pedido do presidente em perseguir Lee aproveitando o recuo deste e expondo o exército, enquanto que o seu colega, o general Don Carlos Buell também recusou as ordens de mover o Exército de Ohio contra rebeldes no leste do Tennessee. Como resultado, Lincoln substituiu Buell por William Rosecrans, e após as eleições de 1862, McClellan foi substituído pelo republicano Ambrose Burnside. Ambas as substituições foram por políticos moderados e que fossem mais favoráveis ao comandante-em-chefe.