臺灣在明治28年（1895年）被割讓給日本後，日方於同年5月派遣日軍來台接收，並爆發了抗日的乙未戰爭，除了戰事造成的傷亡外，臺灣的氣候及衛生等問題亦造成了大量人員損失，故日本赤十字社於後派遣醫生及護士等救護人員來談從事救護工作，並在同年6月設立「日本赤十字社台北委員部」。明治29年（1896年），改為「日本赤十字社台北支部」。明治30年（1897年）2月，設立台中、台南、澎湖支部；在同年5月的地方官制改正後，在六縣三廳設立支部，並由地方長官擔任支部長。在1898年3月改為三縣三廳後，支部亦隨之更動。明治35年（1902年）4月1日，「日本赤十字社台灣支部」正式成立，由後藤新平擔任臺灣支部長，各地方廳長任委員長。