Durante su mandato como ministro de Interior retomó la reforma del Código Penal y consiguió la aprobación de la Ley del Menor y la Ley de Enjuiciamiento Civil. Durante su mandato al frente de Interior se produjeron avances en la lucha contra ETA, aunque su etapa final como ministro de Interior estuvo marcada por su gestión en los días que siguieron a los atentados islamistas del 11 de marzo de 2004 en Madrid. Dicha gestión fue muy controvertida, ya que mientras los medios internacionales y la mayoría de medios nacionales achacaban el atentado al terrorismo de origen islamista, él y su gobierno primaron la autoría de la banda terrorista ETA incluso cuando la investigación fue sumando pruebas en su contra. Según afirmaron tras los atentados y durante los días siguientes, consideraron que la opción de ETA era la más plausible debido a las matanzas llevadas a cabo por esta en los treinta años anteriores en su país, y a las entonces recientes detenciones realizadas a miembros de la banda por intentar colocar bombas en trenes en diciembre de 2003. Y todo ello en vísperas de las elecciones legislativas del 14 de marzo de 2004 en las que el PP se jugaba la continuidad en el Gobierno, lo que podría haber influido, según numerosos analistas nacionales e internacionales que cuestionan la actitud moral de los responsables del PP en esos días, en la atribución de la autoría de ETA, aún a sabiendas de la acumulación de indicios acerca de la responsabilidad de los islamistas. En la sentencia del día 31 de octubre de 2007, emitida por los magistrados del caso sobre los atentados del 11M, se resuelve que ninguna prueba apunta a la organización terrorista ETA.