ב-1 בספטמבר 2008 חתם במנצ'סטר יונייטד תמורת סכום העברה של 30.75 מיליון פאונד והשאלתו של פרייזר קמפבל, וערך את הופעת הבכורה, בה אף בישל שער לקרלוס טבס שלוש דקות מהפתיחה, בהפסד החוץ 1–2 לליברפול. בעונת הבכורה שלו היה ברבאטוב לכובש השלישי בטיבו בקבוצה במשחקי הליגה, אחרי כריסטיאנו רונאלדו וויין רוני, עם תשעה שערים, והרביעי בכל המסגרות עם 14. הוא סייע לקבוצה לזכות באליפות שלישית ברציפות, בגביע הפוטבול ליג, באליפות העולם לקבוצות ולהעפיל עד לגמר ליגת האלופות 2009 בו הפסידה לברצלונה. יונייטד העפילה עד לשלב חצי הגמר של הגביע האנגלי בו הודחה בבעיטות עונשין מ-11 מטרים מול אברטון. ברבאטוב ספג ביקורת קשה כשהחמיץ את הפנדל הראשון עם בעיטה חלשה למרכז השער, אותה עצר טים האוורד, שוערה של אברטון, בלא מאמץ.