Ngày 25 tháng 7 năm 1261, viên tướng của Mikhael VIII là Alexios Strategopoulos đã chiếm được thành Constantinopolis từ vị Hoàng đế Latinh cuối cùng Baldwin II. Mikhael VIII cùng đại quân tiến vào thành phố vào ngày 15 tháng 8 và tự mình đăng quang cùng với người con Andronikos Palaiologos II. Khi Mikhael VIII đặt chân vào thành phố, dân số lúc đó vào khoảng 35.000 người và đến cuối thời ông dân số đã tăng lên đến 70.000 người. Tháng 12, Mikhael hạ lệnh đày ải vị hoàng đế bị phế truất Iohannes IV đến Nicaea, chọc mù mắt và đẩy vào một tu viện hẻo lánh. Giáo trưởng Arsenios ngay lập tức đã rút phép thông công Mikhael VIII mãi cho đến khi hoàng đế bổ nhiệm vị Giáo trưởng mới Joseph I vào năm 1268. Cho rằng Iohannes IV không đủ điều kiện lên ngôi, Mikhael VIII đã nhanh chóng gả những người chị em của Iohannes IV cho người nước ngoài, để con cháu của họ không thể đe dọa đến ngôi vị hợp pháp của con mình sau này. Ngay khi vừa tiếp quản Constantinopolis, Mikhael VIII Palaiologos đã ra lệnh bãi bỏ tất cả các phong tục tập quán của người Latinh và khôi phục lại nghi lễ và cơ cấu hành chính đã tồn tại từ trước cuộc Thập tự chinh thứ tư, cho di dân đến thủ đô và tu sửa các giáo đường, tu viện và công trình công cộng bị hư hỏng nặng. Ông tỏ ra có nhận thức sâu sắc về mối hiểm họa từ phía người Latinh của phương Tây, đặc biệt là các nước láng giềng ở Ý (Charles I đảo Sicilia, Giáo hoàng Martin IV và Venezia) sẽ đoàn kết chống lại ông và cố gắng khôi phục sự thống trị của người Latinh ở Constantinopolis.