Sein Debüt für die nigrische Nationalmannschaft gab Boubacar im Jahr 2011. Seitdem bestritt er 17 Länderspiele und schoss dabei zwei Tore. Mit dem Niger nahm er 2013 am Afrika-Cup 2013 teil. Boubacar stand ebenfalls beim 3:0-Sieg des Nigers bei der Qualifikation zur Fußball-Weltmeisterschaft 2010 gegen Gabun auf dem Platz, das Land schied jedoch im weiteren Qualifikationsmodus aus. 2012 und 2013 nahm er mit dem Niger an der Afrikameisterschaft teil.