В составе сборной Бразилии Жуниор дебютировал 10 августа 1997 года в товарищеском матче с командой Южной Кореи (2:1). В том же году он выиграл с национальной командой Кубок конфедераций. В следующем году Байано с Бразилией поехал на чемпионат мира, где бразильцы дошли до финала, проиграв в решающем матче Франции. Эта игра стала последней для Жуниора в футболке сборной Бразилии.