Megabates adalah jenderal dan laksamana Persia pada akhir abad ke-6 dan awal abad ke-5 SM. Dia terkenal karena disebutkan dalam catatan Herodotos atas partisipasi gabungannya dalam Pengepungan Naxos yang gagal tahun 499 SM. Dia dikirim oleh Darius Agung bersama dengan Aristagoras dan 200 kapal untuk menaklukan pulau kecil di Laut Aigea dengan tujuan memperluas Kekaisaran Persia.