Rahmon wurde 1952 mit dem Namen () in der südwesttadschikischen Stadt Danghara geboren. Nach dem Studium der Wirtschaftswissenschaften an der Tadschikischen Staatlichen Universität war er als Parteisekretär in einem landwirtschaftlichen Betrieb tätig. Mit Hilfe des Präsidenten Rahmon Nabijew () stieg er später zum Direktor einer Sowchose in seiner Heimatregion auf. Nach dem Zerfall der Sowjetunion wurde Rahmonow am 20. November 1992 während des Bürgerkriegs vom nach wie vor „Oberster Sowjet“ genannten Parlament zum Vorsitzenden gewählt und schließlich am 6. November 1994 zum Präsidenten Tadschikistans. Die Opposition und ausländische Beobachter kritisierten die Wahlen wegen Unregelmäßigkeiten. Im Zuge der Präsidentschaftswahl in Tadschikistan 1999 wurde er für eine weitere, nun siebenjährige, Amtsperiode als Präsident bestätigt. Bei der darauffolgenden Präsidentschaftswahl in Tadschikistan 2006 gewann Rahmon erneut im ersten Wahlgang mit mehr als 80 % der Stimmen und wurde so bis 2013 im Amt des Präsidenten legitimiert. Am 22. März 2007 änderte er seinen bisherigen Namen in Emomalij Rahmon. Dies sei, laut Rahmon, Teil der neuen Identitätsfindung Tadschikistans. Er ist Träger des Titels Held Tadschikistans.