Till Afrikanska mästerskapet 2000 kvalade man in. Gabon kom tvåa i kvalgruppen men gick vidare som en av de bästa grupptvåorna. Öppningsmatchen gick inte alls bra för man förlorade med 3-1 mot Sydafrika respektive Algeriet, men Gabonerna ordnade 1 poäng mot grupptrean Zaire. 0-0 och Gabon blev återigen sist.