דוגמה למלחמת אזרחים על רקע דתי בימינו היא מלחמת יוגוסלביה שגבתה את חייהם של רבים בסופה של המאה ה-20 ובתחילת המאה ה-21. החלוקה האתנית בין סרבים קרואטים סלובנים ואחרים, הייתה אך חלק מן הרקע לסכסוך, שכלל אף מאבק בין המוסלמים והנוצרים באזורים המעורבים כבוסניה והרצגובינה, קוסובו ואזורים אחרים. סכסוך זה מעיד כי כוחה של הדת ביצירת סכסוכים פנימיים עודו רב, וכי קווי חלוקה דתיים עודם מהווים קו שבר רב עוצמה במדינות רב לאומיות. על רקע זה יש להזכיר אף את הסכסוך בצ'צ'ניה הנושא, לפחות בחלקו רקע דתי. עם תחילת המאה ה-21 נראה כי רבים מן הסכסוכים בחלקים רבים של העולם הם על רקע דתי, ובמיוחד על רקע המאבק באסלאם הקיצוני, כגון מלחמת האזרחים האלג'יראית אשר גבתה את חייהם של מאה אלף בני אדם בעשור האחרון של המאה ה-20.