José ist der Sohn des Freiheitskämpfers Nicolau dos Reis Lobato und seiner Frau Isabel Barreto. Isabel wurde am Tag nach der indonesischen Invasion am 7. Dezember 1975 auf der Werft von Dili hingerichtet. In Gefangenschaft konnte sie im letzten Moment José an ihre Schwester "Olímpia Barreto" geben, bevor Isabel zur Exekution gebracht wurde. José wurde von "Olímpia Barreto" und ihrem Mann José Gonçalves adoptiert, nahm zusätzlich deren Familiennamen "Gonçalves" an und wurde in Jakarta großgezogen, wo seine Herkunft geheim gehalten wurde.