במלחמת ששת הימים היו בטייסת, שהייתה עדיין בשלבי הקמה, ארבעה מסוקים בלבד ושמונה טייסים שהיו בשלבי הכשרה. למרות זאת השתתפה הטייסת בלחימה לפי הצורך, במשימות חילוץ טייסים נוטשים, פינוי פצועים ותובלה. במבצע אורים, ב־7 ביוני, הנחיתו מסוקי סופר פרלון ו־S-58 150 צנחנים בשארם א־שייח'. מסוק אחד גם נשלח לפנות מלחים אמריקאים מספינת הביון "ליברטי" שנפגעה בתקיפה בשגגה על ידי חיל האוויר, אך צוות הספינה סירבו לקבלו והוא שב ריק. מסוק סופר פרלון הנחית את לוחמי צה"ל הראשונים על החרמון ביומה האחרון של המלחמה.