Viktor Pečovský působil v různých mládežnických reprezentacích Slovenska včetně výběru do 21 let. V roce 2002 se zúčastnil Mistrovství Evropy hráčů do 19 let v Norsku, kde získal s týmem bronzové medaile. Díky tomu postoupilo Slovensko o rok později na Mistrovství světa hráčů do 20 let 2003 ve Spojených arabských emirátech, jehož se Pečovský také zúčastnil (Slovensko prohrálo v osmifinále 1:2 po prodloužení s Brazílií). Ve třetím posledním střetnutí Slovenska v základní skupině proti Panamě 4. prosince 2003 vstřelil gól a rozhodl tak o výhře 1:0.