Vénérant l'Empereur en tant que symbole de l'unité, des extrémistes canalisèrent la violence contre le "bakufu" et les étrangers. Les représailles étrangères du bombardement de Kagoshima conduisirent à la signature d'un nouveau traité commercial en 1865, mais Yoshitomi fut incapable de faire respecter ce nouveau traité. En 1866, l'alliance Satchō est signée entre les clans Chōshū et Satsuma, la même année l'armée shogunale fut vaincue lors d'une seconde expédition à Chōshū.