בפרוץ מלחמת יום הכיפורים הייתה היחידה, תחת פיקודו של סא"ל משה ספקטור, יוצא חטיבת גולני, שבעברו היה מפקד "סיירת גולני". כל יחידות סיירת שקד היו פרוסות בחצי האי סיני בקו המוצבים הקדמי, סיירת שקד הייתה בין היחידות שניסו לבלום את יחידות הקומנדו והמודיעין של הצבא המצרי. בימי הלחימה הראשונים ספגה הסיירת אבדות רבות. כוח מן היחידה, בפיקודו של ספקטור, לחם תחת פיקוד חטיבה 14 בקרב החווה הסינית, בצליחת תעלת סואץ ובקרב על מתחם אורחה. כמו כן בין היתר, השתתפו כוחות של הסיירת בניסיונות חילוץ ממעוז בודפשט וממתחם "חמוטל". פלוגה ה' מן היחידה, עליה פיקד אביחי רונצקי, יוצא הצנחנים, סופחה לגדוד שריון. בין היתר הוביל רונצקי את פלוגתו בקרבות בראס סודר כנגד לוחמי קומנדו מצריים שהונחתו באזור.