Es gab Pläne zur Ausdehnung der Föderation auch auf die noch unter britischer Herrschaft stehenden Gebiete Singapur, Sarawak, Brunei und Sabah, was durch die Cobbold-Kommission untersucht wurde. Diese wurden von Brunei am 7. Dezember 1962 zurückgewiesen. Als die Philippinen am 5. August 1963 rechtliche Ansprüche auf Sabah geltend machten, wandten sie sich damit gegen den geplanten Staatenbund und reichten Klage beim Internationalen Gerichtshof ein. Am 16. September 1963 stellte sich auch Indonesien gegen die Eingliederung der auf der Insel Borneo liegenden Staaten Sarawak und Sabah in die vorgesehene Föderation, unterstützte die Philippinen in ihrem Anspruch und begann die Konfrontasi. Die Föderation Malaya wurde dennoch durch Sarawak und Sabah sowie durch Singapur erweitert. Der neue Staatenbund erhielt den Namen "Föderation Malaysia". Brunei blieb britisches Protektorat und wurde am 1. Januar 1984 unabhängig.