Da disse bøger udkom, havde Møller med den både i private og offentlige forhold hjem- og fredløse natur allerede misfornøjet vendt Danmark ryggen; 1845 var der bevilget ham offentlig rejseunderstøttelse, og 1846 begav han sig af sted. Det var hans hensigt, at han efter et længere besøg i fremmede lande ville vende hjem og fortsætte udgivelsen af sine prosaiske skrifter i 5-6 bind; men ingen af disse planer blev iværksat. Ved det slesvig-holstenske oprørs udbrud 1848 opholdt han sig i Tyskland og forsvarede da i "Nordischer Telegraph" og flere tyske aviser Danmarks sag, samtidig med at han i det førstnævnte blad skrev biografier af danske digtere. Også deltog han i tyske oversættelser af H.C. Ørsteds skrifter, J.F. Schouws naturskildringer og Christian Winthers noveller.