В этой роли он принял участие в сражении при Чэмпион-Хилл. Ему удалось контратакой буквально разрезать надвое армию гранта, однако его атака поддержана не была и ему пришлось отступить. Пембертон отступил в Виксберг и поручил Боуэну прикрывать отступление. Боуэн занял позицию на реке Блэк-Ривер, но понес тяжелое поражение в сражении при Блэк-Ривер-Бридж. Он отвел остатки своих сил в Виксберг и принял участие в обороне Виксберга, однако вскоре заболел дизентерией. Он участвовал в переговорах с Грантом (с которым дружил в довоенный период) которые привели к капитуляции 4 июля. В плену у него обострилась дизентерия и он умер в Эдвардсе через 9 дней после капитуляции (13 июля).