De retour à l’été 2003 pour sa dernière année de contrat, il retrouve son entraîneur du Raja Casablanca, Vahid Halilhodžić. Le Bosnien, s’il ne fait pas du Marocain un titulaire, s’appuie tout de même très largement sur lui. Régulièrement titulaire, El Karkouri fait à nouveau de nombreuses piges, dès qu’il y a un blessé, un suspendu, ou une modification tactique. À chacune de ses apparitions, l’ex-joueur du Raja se montre solide, et il réalise sa meilleure saison parisienne, mais aussi la plus dense avec 27 matches de championnats joués — malgré son absence durant la CAN, où il atteint la finale. Il est à nouveau vice-champion et gagne la Coupe de France. Il est titulaire en finale face à LB Châteauroux.