În parteneriat cu sora ei, Helene, Emilie Flöge a devenit începând din 1894 o femeie de afaceri de succes și proprietară a salonului de modă haute couture cunoscut sub numele de Schwestern Flöge (Surorile Flöge) pe o stradă importantă a Vienei, Mariahilfer Strasse. În acest salon, care a fost proiectat în Jugendstil de arhitectul Josef Hoffmann, Emilie a prezentat îmbrăcăminte creată de ea în stilul Wiener Werkstätte. Flöge a conceput articole vestimentare personalizate, în special rochii largi, cu modele în stilul reformei (o mișcare numită și reforma rochiei victoriene). Acest stil a fost promovat de mișcarea feministă din Viena și a fost caracterizat prin corsaje înalte, o siluetă largă și mâneci ondulate. S-a crezut că acest tip de rochie este mai bun pentru sănătatea femeilor și permitea o gamă mai mare de mișcări. În timpul călătoriilor sale la Londra și Paris, ea s-a familiarizat cu ultimele tendințe în modă de la Coco Chanel și Christian Dior, dar totuși, după Anexarea Austriei de către Al Treilea Reich în 1938, Flöge și-a pierdut cei mai importanți clienți și a trebuit să-și închidă stabilimentul, care devenise principalul salon de modă al societății vieneze. După 1938 a lucrat de la ultimul etaj al casei sale, situate pe Ungargasse nr. 39.