ニューヨーク合意の結果、当初から国際的な性格を帯びていたアンゴラ内戦はアンゴラ人同士の戦いに戻った。合意後UNITAは攻勢を強めたものの、MPLA政権はUNITAとの和平を打ち出した。和平交渉は当初ザイールのモブツの調停に担われたものの、モブツは調停に失敗したため調停役はポルトガルに担われ、1991年5月31日にMPLAのドス・サントスとUNITAのサヴィンビはビセッセ合意を調印した。翌1992年9月には18の政党が参加して選挙が行われ、大統領選挙ではMPLAのドス・サントスが49.57%、UNITAのサヴィンビが40.07%の得票を獲得し、議会選挙ではMPLAが220議席中129議席、UNITAが70議席を獲得した。しかし、選挙で敗北したことを受け入れることが出来なかったサヴィンビは結果を遵守せず、翌10月に内戦を再開させた。MPLAの方が選挙のための武装解除を積極的に進めていたこともあって、UNITAは準備の整わないMPLAに対して優位に立ち、早期からダイヤモンド鉱山を確保して軍事的優位を確立した。しかし、このようなやり方は支持者であったアメリカ合衆国の下院をしてUNITA非難決議を出させ、MPLA政権を合衆国に承認させるなどサヴィンビにとって不利な結果となった。内戦は拡大する一方、MPLAとUNITAの交渉も進み、1994年11月20日にUNITAの武装解除や国民和解政府を樹立することを定めたが調印されたが、ルサカ合意は実施されることなくその後も内戦は続いた。その後UNITAは1997年に国際連合から制裁がなされ、そうした国際的孤立化とともに内部分裂が進行した。一方MPLA政権はザイールが崩壊した第一次コンゴ戦争に於けるローラン・カビラ政権の成立やコンゴ共和国のドニ・サスヌゲソ政権の成立に一定の役割を果たし、地域大国として浮上するようになった。1998年12月以降MPLA政権のUNITAへの攻勢は激化した。