С 1999 года генерал-майор Малофеев участвовал в антитеррористической операции на Северном Кавказе, занимая пост начальника отдела боевой подготовки 58-й армии Северо-Кавказского военного округа — заместителя командующего группировкой федеральных войск «Север» в Чеченской Республике.