A Lituânia e os outros estados bálticos, foram vítimas do pacto Molotov-Ribbentrop. Este acordo foi assinado entre a URSS e a Alemanha Nazista em Agosto de 1939, levando primeiro que a que a Lituânia fosse invadida pelo Exército Vermelho em 15 de Junho de 1940 e depois a sua anexação e incorporação na União Soviética em 3 de Agosto de 1940. A anexação soviética resultou num terror em massa, negação de liberdades civis, destruição do sistema econômico do país e a supressão da cultura lituana. Entre 1940 e 1941, milhares de lituanos foram presos e centenas de prisioneiros políticos foram arbitrariamente executados. Mais de 17 mil pessoas foram deportadas para a Sibéria em Junho de 1941. Após o ataque alemão à União Soviética, o incipiente aparelho político soviético foi destruído ou recuou para o leste. A Lituânia foi então ocupada pela Alemanha Nazista por pouco mais de três anos. Em 1944, a União Soviética reocupou a Lituânia após a Derrota das Tropas Alemãs na Região. Após a II Guerra Mundial e a subseqüente supressão dos irmãos da floresta da Lituânia, as autoridades soviéticas executaram milhares de combatentes da resistência e civis acusados de ajudá-los. Cerca de 300 mil lituanos foram deportados ou condenados em termos de prisões por motivos políticos. Estima-se que a Lituânia perdeu cerca de 780 mil cidadãos como resultado da ocupação soviética, sendo cerca de 440 mil refugiados de guerra.