A partir de 1639 comienzan las llamadas Guerras de los tres reinos, una sucesión de conflictos interconectados que se sucederían en Escocia, Irlanda e Inglaterra hasta 1651, entre los que se incluye también la Guerra Civil Inglesa, en la que intervinieron tropas irlandesas. Las guerras estallaron con la rebelión del 22 de octubre de 1641, cuando los nativos se declararon en insurrección contra el dominio de sus tierras por parte de los ingleses. En 1642 los rebeldes organizaron su propio gobierno, conocido como la Confederación de irlandeses católicos que duró hasta la reconquista de 1649 cuando Oliver Cromwell derrotó a los católicos. Después de la guerra, casi todas sus tierras fueron confiscadas y concedidas a los protestantes. Además, la guerra, el hambre y las enfermedades causaron la muerte de hasta una tercera parte de la población.