Во время второй чеченской кампании С. В. Кустов отличился в январе 2000 года. Одно из подразделений внутренних войск попало в засаду под селом Мескер-Юрт Шалинского района. Раненный в ногу начальник разведки остался в боевых порядках и с успехом руководил боем. За проявленное мужество был первый раз представлен к званию Героя, но награждён медалью Жукова. Отмечен также благодарностью верховного главнокомандующего Вооружёнными силами Российской Федерации В. В. Путина за самоотверженность, отвагу, проявленные при защите Отечества.