Вторжения Тамерлана в Грузию в 1386—1403 годах положили конец процветанию Дманиси. В 1486 году город был опустошён в результате нападения Якуба ибн Узун-Хасана, правителя Ак-Коюнлу. После окончательного распада Грузинского царства в 1490-х годах он вошёл в состав Картлийского царства. Затем Дманиси был пожалован княжескому роду Бараташвили, разделившегося потом на две ветви, которые и разделили весь город и его владения между собой в 1536 году. Дманиси был взят и укреплён османскими войсками в 1578 году, но отвоёван обратно картлийским царём Симоном I в 1583 году. Впоследствии Дманиси служил всего лишь военным форпостом, принадлежавшим Бараташвили. Незначительное возрождение экономической и церковной жизни в Дманиси, тогда также известном как Дбаниси, в начале XVIII века оказалось недолгим. Упадок Дманиси в результате очередной войны и политической анархии сопровождался упразднением его епископского престола в середине XVIII века. Дманиси и окружающая местность в значительной степени обезлюдели, пока новые сельские поселения не начали появляться вокруг бывшего города уже во время установления владычества Российской империи над Грузией в начале XIX века. Одно из них, Башкичети, было переименовано в честь исторического города в 1947 году.