Srna è stato convocato per il Euro 2004, per il Mondiale di Germania 2006, per Euro 2008, per Euro 2012, per il Mondiale di Brasile 2014 e per Euro 2016. Nel settembre 2006 il CT croato Slaven Bilić ha allontanato Srna e i suoi compagni di squadra Ivica Olić e Boško Balaban dal ritiro della nazionale dopo che i tre erano rientrati a tarda notte da una discoteca di Zagabria. Dal 2009 ne è anche il capitano dopo il ritiro dei fratelli Niko Kovač e Robert Kovač.