南北戦争が勃発すると、マクレーは兵卒としてモンロー軽歩兵隊に入隊。その後ノースカロライナ第15歩兵連隊のB中隊で大尉に任官された。1892年4月、中佐に昇任。半島方面作戦および第二次マナサスの戦いでは、ノースカロライナ第15歩兵連隊はハウエル・コブの旅団に所属した。アンティータムの戦いでは数週間に渡る戦闘で250人にまで減少した旅団の指揮を執った。マクレーの旅団は北軍の攻撃を3度に渡って撃退したが、その後は50人程度の戦力しか残っておらず、供給された弾薬を全て使い果たした状態となった。続くフレデリックスバーグの戦い、ノースカロライナ第15歩兵連隊はメアリーズハイツで戦闘に臨んだ。戦いの後、ノースカロライナ第15歩兵連隊はジョン・ロジャース・クック准将率いるノースカロライナ旅団に移ることとなった。クック准将はフレデリックスバーグの戦いでの重傷のため、1863年4月まで旅団に戻ることはなかった。1863年2月、マクレーは大佐に昇任した。ノースカロライナ旅団はゲティスバーグ方面作戦後まで、ノースカロライナ州やバージニア州南東部での任務に当たった。北バージニア軍に再び加わった後、マクレーはブリストー駅の戦いでの勇敢さを讃えられた。1864年、ウィリアム・ウェッドビー・カークランド准将がコールドハーバーの戦いで負傷すると、マクレーは一時的に准将の階級に昇任し、カークランドの旅団指揮を割り当てられた（この旅団は元々、ジョンストン・ペティグルー准将の旅団でもあった）。