Nell'aprile del 1204, Costantinopoli cadde per mano dei soldati della Quarta Crociata e, come molti leader bizantini, Irenico fuggì dalla città e cercò rifugio in Asia Minore. Lì Teodoro fu tonsurato come monaco. Nel 1209, il neo proclamato imperatore di Nicea, Teodoro I Lascaris, lo nominò "cartophylax" del Patriarcato di Costantinopoli, ristabilito in esilio a Nicea. Lascaris gli conferì anche il titolo di "hypatos ton philosophon", un titolo prestigioso assegnato al capo della facoltà di filosofia di Costantinopoli.