キリスト教は6世紀、東ローマ帝国ユスティニアヌス王朝の第2代皇帝ユスティニアヌス1世によって導入され、中世後期のグルジアの王によってより一層強制されてきた。16世紀、オスマン帝国の支配下となったときスーフィズムの伝道者や北方のアディゲ族（大多数がイスラム教徒）からの圧力によってキリスト教の影響力が低下し、アブハジアに居住する者の多くはイスラム教徒となった。その後アブハジアはコーカサス戦争によって1810年にロシアに併合され、1864年には自治を廃止されてスフミ軍管区となったが、このときロシア側は、アブハジアの正教・ロシア化を狙ってロシア人修道士団をピツンダに移住させ、1875年12月にはアトスにある聖パンテレイモン修道院のロシア支部「新アトス修道院」の建設をピツンダで始めている。こうしたロシアの植民地的支配を嫌ったアブハズ人は1866年にアブハジア蜂起を起こし、1877年-78年の露土戦争の後にはアブハズ人を含むカフカースのイスラム教スンナ派諸部族の間にオスマン帝国領に移住しようとする動き（ムハージェルン運動）が起こった。この結果、アブハジアからは人口の半ばを越える6万人ほど（或いは数万人）がオスマン帝国へと移住した。