Баррера дебютировал за сборную Никарагуа 22 января 2009 года в матче Кубка наций Центральной Америки против Сальвадора (1:1). В матче против Белиза (1:1) на этом турнире футболист забил свой первый гол за сборную. На этом турнире сборная Никарагуа заняла пятое место и впервые в истории пробилась на Золотой кубок КОНКАКАФ. На этом турнире футболист во всех трёх матчах группового этапа выходил на замену. После завершения карьеры в сборной Давида Солорсано в 2014 году Хуан Баррера стал новым капитаном сборной Никарагуа. 28 марта 2017 года футболист в ответном матче плей-офф за выход на Золотой кубок КОНКАКАФ против Гаити при счёте 0:0 забил хет-трик за шесть минут. Так как в первом матче счёт был 3:1 в пользу Гаити, то по сумме двух матчей счёт стал 3:4, что обеспечило сборной Никарагуа победу и выход на турнир. Баррера был включён в состав сборной Никарагуа на Золотой кубок КОНКАКАФ 2019.