Po abchazské válce začala Konfederace skomírat, hlavně kvůli vnitřním sporům mezi pro- a protikremelsky orientovanými frakcemi. Krátkou renesanci zažila organizace v počátcích první války v čečensku, když Šanibov zorganizoval po celém Kavkazu tisícihlavou dobrovolnickou armádu, která blokovala příjezdové cesty do Grozného. Avšak díky jeho další prohře v Kabardsku-Balkarsku s místním silně prokremelským vůdcem ztratil svůj vliv a byl v roce 1996 nucen odejít z funkce. Od jeho odchodu již Konfederace horských národů Kavkazu nikdy nezasáhla do politiky na severním Kavkazu. Jeho nástupcem se stal Jusup Soslanbekov, který byl 27. července 2000 zavražděn. Od jeho smrti je Konfederace neaktivní, ale formálně dosud existuje.