À Brøndby, Vilfort retrouve la sélection à partir de . Toujours sélectionné en équipe nationale, il participe aux championnats d'Europe de 1988, 1992 et 1996. Il remporte l'édition 1992, au cours de laquelle il marque le second but en finale face à l'Allemagne. Le drame personnel qu'il vit simultanément avec la maladie de sa fille (qui meurt finalement peu de temps après le tournoi) émeut les médias. Il annonce la fin de sa carrière internationale après l'Euro 1996, sur un bilan de 77 sélections et 14 buts avec le Danemark.