A su vez formó parte de la Selección Colombia, con la que fue campeón de la Copa América 2001. Igualmente estuvo presente en la Copa FIFA Confederaciones 2003, en cuya semifinal fue el primero, junto con Jairo Patiño, en intentar salvarle la vida al camerunés Marc-Vivien Foé, que murió en la cancha. El Chocolatín Becerra también estuvo en la selección que no lograría clasificar a la Copa Mundial de 2006.