Als Teilnehmer an der Sonderversammlung der Bischofssynode zum Nahen Osten im Oktober 2010 erklärte Marayati, dass ihm im „Grundlagentext der Synode, dem Instrumentum laboris, der Hinweis auf den Genozid an den armenischen Christen und auf den Genozid überhaupt an Christen, der heute noch anhält…fehle. Wir fragen uns: Gibt es etwa ein Projekt mit dem Ziel, den Nahen Osten christenfrei zu machen?“ Zur Lage der Christen im Heiligen Land sprach Boutros Marayati über eine Krise im ökumenischen Gespräch. „Ausdruck dieser Krise sei die schwierige Lage der orientalischen Kirchen, die in ihren jeweiligen Ländern jahrelang im ökumenischen Gespräch in vorderster Reihe mitgewirkt hätten“. Marayati äußerte zugleich „die Hoffnung, dass es sich nur um eine vorübergehende Abkühlung im Verhältnis zwischen den Kirchen handele und ein «neues Kapitel» im ökumenischen Gespräch aufgeschlagen werde. Dieses müsse über Bürokratie, Projekte und finanzielle Belange hinaus zu einem Geist der Brüderlichkeit, des Dialoges und der Gemeinschaft zwischen den Kirchen ermutigen“.