1453년 오스만 제국이 콘스탄티노폴리스를 정복했을 때(콘스탄티노폴리스의 함락), 총대주교청도 단절되었다. 하지만 동로마 제국을 무너뜨린 정복 군주 메흐메트 2세는 자신의 손으로 직접 무너뜨린 동로마 황제의 직계 상속인이 되었음을 대내외에 천명하기 위해 스스로 ‘로마인들의 황제’(Kayser-i-Rûm)를 칭하면서 총대주교청을 다시 회복시켰다. 1454년 그는 서방의 라틴과의 일치에 반대한 것으로 잘 알려진 저명한 동로마 학자이자 수사인 겐나디오스 스홀라리오스(겐나디오스 2세)를 총대주교로 임명했다.