Banyak ekoregion Australia, dan spesies di kawasan itu, terancam oleh kegiatan manusia, dan spesies binatang atau tumbuhan yang diperkenalkan di Australia. "Undang-Undang Federal Tahun 1999 tentang Perlindungan Lingkungan dan Cagar Keanekaragaman Hayati" adalah kerangka hukum perlindungan hewan-hewan yang terancam. Banyak kawasan yang dilindungi telah dibuat menurut "Strategi Nasional untuk Perlindungan Keanekaragaman Hayati Australia" untuk melindungi, dan melestarikan berbagai macam ekosistem yang unik; 65 lahan basah didaftarkan di bawah Konvensi Ramsar, dan 15 Situs Warisan Dunia UNESCO alami telah didirikan. Australia menduduki peringkat ke-51 dari 163 negara di dunia pada Indeks Kinerja Lingkungan 2010.