14 августа 1943 года его жену и двоих сыновей депортировали в Треблинку. Кацнельсон принял участие в восстании в гетто, выключая боевые действия. В мае 1943 года подпольщики снабдили Каценельсона документами гражданина Гондураса. С этими документами он был интернирован во Францию, а оттуда 29 апреля 1944 года депортирован в Освенцим.