במהלך שהותו באזור היה תומסון עֵד מקרוב לאירועים קשים. ב-1837 הגיע לצפת כשבועיים לאחר רעידת האדמה ההרסנית בלוויית רופא והגיש סיוע לנפגעים. הדוח המפורט שמסר תומסון על האסון זכה לפרסום רב והועתק בספרים רבים. ב-1840, במהלך המלחמה המצרית-עות'מאנית השנייה, פוּנה עם יתר המיסיונרים האמריקנים לקפריסין למשך כחודש עד שהסתיימה הפגזת החופים. באותה שנה פרצו קרבות בין הדרוזים למארונים בלבנון שפגעו גם בעבודתו. ב-1845 חזרו והתגלעו באזור סכסוכי דמים בין הדרוזים למארונים, ותומסון היה מעורב בהשכנת השלום במקום. ב-1851 עקר לצידון ומשם ניהל את תחנת המיסיון בחאצביא. ב-1857 חזר לארצות הברית למשך שנתיים שבהן טיפל בהפקת ספרו על ארץ המקרא. ב-1860 פרצה מלחמת אזרחים בין הדרוזים למארונים בהר הלבנון שהייתה מלווה במעשי טבח. תומסון סייע לנפגעים בחלוקת מזון, ביגוד ותרופות וכן שימש יועץ לדיפלומט הבריטי, הלורד דפרין, במשלחת שחקרה את הגורמים לסכסוכים העדתיים הרצחניים בלבנון. תומסון כונה בפי המקומיים בשם "אבו טנג'רה" (ابو طَنْجَرَة, "אבי הסיר") בשל כובעו רחב השוליים. הוא חזר לארצו ב-1876, חי שנים אחדות בניו יורק ועבר ב-1890 לדנבר, קולורדו, שבה מת ב-1894.