Після чемпіонату світу Комленович не викликався до складу збірної на перші матчі відбіркового турніру до чемпіонату Європи 2000 року. Слободан зіграв лише в двох матчах відбірної кампанії у вересні 1999 року проти Ірландії (1:2) і Македонії (4:2). Однак, незважаючи на це Комленович був включений до складу збірної тренером Вуядином Бошковим на чемпіонат Європи 2000 року. Першу гру зі словенцями Комленович пропустив, однак у всіх наступних матчах Слободан взяв участь. У драматичному поєдинку проти збірної Іспанії, Комленович зумів забити один з трьох м'ячів у ворота суперника, однак цього виявилося недостатньо для перемоги (3:4). У матчі 1/8 фіналу проти голландців югослави були розгромлені з рахунком 1:6 і припинили виступи на континентальній першості.