Von April 1907 bis März 1908 war Waldemar Vollerthun Erster Offizier auf dem Linienschiff SMS "Wittelsbach" und danach bis zum 31. März 1910 in der "Abteilung für militärische Fragen der Schiffskonstruktion und Waffenausbildung" (A V) des Reichsmarineamtes eingesetzt. Am 1. April 1910 übernahm er dann den Kleinen Kreuzer SMS "Emden" als Kommandant. Mit der "Emden" verließ Vollerthun am 12. April 1910 Deutschland mit dem Ziel Südamerika und anschließender Weiterfahrt nach Tsingtau. So nahm die "Emden" im Mai 1910 an den 100-Jahr-Feiern zur Unabhängigkeit Argentiniens teil und Ende Juli 1910 kam nach weiteren Zwischenstopps der Anschluss an das Ostasiengeschwader. Anschließend wurde Tsingtau erreicht. Zusammen mit SMS "Nürnberg" war die "Emden" dann von Januar bis März 1911 an der Niederschlagung des Aufstandes der Sokehs beteiligt. Diese als Strafaktion angelegte Unternehmung wurde durch Vollerthun als dienstältestem Offizier geplant und geleitet. Danach folgte eine Überholung in der Werft von Tsingtau. Vollerthun, seit dem 20. April 1910 Fregattenkapitän und seit dem 11. November 1911 Kapitän zur See, gab sein Kommando über die "Emden" am 22. November 1911 wieder ab und kehrte am 31. März 1912 nach Deutschland zurück.