Manuskrypt powstał w benedyktyńskim klasztorze w Podlažicach, niedaleko miasta Chrudim, który został zniszczony w XV wieku. Nieznane są inne rękopisy wyprodukowane w tym klasztorze. Zapiski w kodeksie kończą się na roku 1229. Kodeks został później oddany w zastaw klasztorowi cystersów w Sedlcu, następnie został odkupiony przez benedyktyński klasztor w Břevnovie. Od 1477 do 1593 był przechowywany w klasztornej bibliotece w Broumovie, do czasu, kiedy to został przeniesiony do Pragi w 1594, by stać się częścią kolekcji Rudolfa II Habsburga. W roku 1648, w czasie oblężenia Pragi pod koniec wojny trzydziestoletniej, cała kolekcja Rudolfa została zagrabiona przez szwedzkie wojska. 7 maja 1697 roku, podczas pożaru w zamku królewskim w Sztokholmie, ucierpiała biblioteka królewska. Kodeks został uratowany poprzez wyrzucenie przez okno. Kodeks doznał szkód ze strony osób trzecich, niektóre z jego kart zostały wtedy utracone i brakuje ich do dnia dzisiejszego.