En 1649, Louis XIV, préférant concentrer les efforts sur Gravelines et Dunkerque, ordonne la destruction des fortifications de Bourbourg. Profitant des troubles de la Fronde, en 1651, l'Espagne reprend Bergues, le fort de Lynck et Bourbourg qu'elle fortifie légèrement de nouveau pour en faire un poste avancé. En 1652, elle s'empare de Gravelines puis de Dunkerque et fait venir des troupes pour monter la garde sur l'Aa de 1654 à 1657. L'attitude de ces soldats pendant toute cette période, ainsi que la présence et/ou le passage des troupes augmentant les dégâts, font monter le ressentiment contre les Espagnols et provoquent un nouvel exode d'une grande partie de la population. Les Français reprennent Bourbourg en 1657, les Espagnols lors de la retraite ravagent Loon-Plage et Saint-Georges-sur- l'Aa. Le maréchal de Schomberg (Frédéric-Armand de Schomberg) passe l'hiver à Bourbourg avec de 4 à dont une moitié d'Anglais (l'Angleterre est alors alliée de la France) qu'il faut donc héberger, nourrir; de plus les Anglais sont protestants, ce qui provoque l'exil d'une partie de la population par crainte de l'hérésie. En 1658, Turenne prend Dunkerque (Bataille des Dunes), le maréchal de la Ferté se rend à Gravelines pour l'assiéger et dans cet objectif fait abattre plusieurs maisons de Bourbourg pour en utiliser le bois pour le siège.