Nachdem er im März 1968 auf einer Diskussionsveranstaltung in Halle (Saale) die politische Verfolgung Robert Havemanns verurteilt, den Verfassungsentwurf von 1968 kritisiert, sich offen für Informationsfreiheit und Demokratie ausgesprochen und dabei auf die reformkommunistische Bewegung Alexander Dubčeks in der ČSSR verwiesen hatte, leitete die Staatssicherheit den Operativen Vorgang „Ökonom“ gegen ihn ein und plante die Verhaftung von Eisenfeld und seinen Brüdern Ulrich und Peter. Mit beiden reiste Bernd Eisenfeld im Mai 1968 ohne Kenntnis der Stasi für drei Tage nach Prag. In zahlreichen, nie veröffentlichten Leserbriefen an DDR-Zeitungen nahm er den „Prager Frühling“ gegen Medienangriffe in Schutz. Aus Kritik an der gewaltsamen Niederschlagung durch die Truppen des Warschauer Pakts verfasste er am 23. August ein Solidaritätstelegramm mit dem Inhalt „Halten Sie stand – Behalten Sie Hoffnung.“ an die tschechoslowakische Botschaft.