Die Miljacka entsteht aus dem Zusammenfluss der aus dem Romanija-Gebirge kommenden Miljacka Mokranjska („Miljacka aus Mokro“) und der am Nordhang der Jahorina entspringenden Miljacka Paljanska („Miljacka aus Pale“) in einer Schlucht knapp östlich der Sarajevoer Altstadt. Beide Quellflüsse sowie die vereinigte Miljacka bilden für die Region typische Schluchten im Kalkstein. Die Miljacka durchfließt nach ihrem Austritt aus der Schlucht die gesamte Sarajevoer Innenstadt von Ost nach West und passiert dabei u. a. die Vijećnica, die Kaisermoschee, die aschkenasische Synagoge und die Akademie der Künste. Danach verläuft sie parallel zur Allee "Zmaja od Bosne", jener Hauptverkehrsachse, welche während der Belagerung der Stadt im Bosnienkrieg den unrühmlichen Namen "Sniper Alley" erhielt, weil Zivilisten, die sie in dieser Zeit überquerten, von den umliegenden Anhöhen aus beschossen wurden.