Puis le contexte des Indes orientales néerlandaises après 1939 n'est pas favorable au football : la Seconde Guerre mondiale entraîne à la fois l'invasion de la métropole en mai 1940 et l'invasion de la colonie par les Japonais (décembre 1941-février 1943). Cela entraîne l'interruption des activités footballistiques dans la colonie et la NIVU est mise en sommeil en 1942.