В 1996 году после массового отъезда из клуба игроков основного состава «Спартака» и прихода на пост главного тренера Георгия Ярцева стал выступать за основу клуба, провёл 25 матчей, забил 3 гола и в первый же год выиграл чемпионат России. Дальнейшей карьеру Джубанова помешала травма: в матче кубка Содружества он сломал мизинец на ноге и на некоторое время выбыл из игры. Также Джубанову помешали вдруг «свалившиеся» на него деньги, до этого года игроки дубля получали, в основе своей лишь премиальные за матчи, к тому же молодые футболисты, в числе которых был и Джубанов, почувствовали себя «звёздами», которым можно было не тренироваться. В результате всех этих причин, Джубанов, бывший игроком основного состава, был переведён в «дубль», а затем отдан в аренду в «Локомотив» из Нижнего Новгорода, за который провёл 4 матча в чемпионате России и 5 — в Кубке Интертото (и ещё 3 игры — за «дубль» нижегородских железнодорожников).