I 1955 opstod en væbnet motstandsbevægelse mod Batistas styre i landets bjergegne og skovområder ledet af Fidel Castro, som ankom til øen fra Mexiko dette år efter at være blevet frigivet under en almindelig amnesti. På samme tid, 1957-1958, brød USA sine venskabelige forbindelser med Batista og stoppede sidst nævnte år med at eksportere våben til ham, for at senere samme år igen støtte den siddende regering. Lederne af Den cubanske revolution tog magten efter, at Batista var flygtet fra landet i januar 1959, hvorefter Castro dannede en regering med sine guerillasoldater. Omkring 700 Batista-trofaste personer dømtes til døden og henrettedes, og 110 præster fra den romersk-katolske kirke blev udvist.