En septembre 1990, l'escadron prend part au pont aérien sur Riyad lors de l'opération Bouclier du désert puis durant Tempête du désert. En juillet 1992, il participe au pont aérien sur Sarajevo puis cinq mois plus tard à l'opération "Restore Hope" en Somalie. En juillet 1994, les C-130 prennent par à l'opération Turquoise au Rwanda. En juin 1997, l'escadron participe à l'évacuation des ressortissants étrangers de la République du Congo lors de l'opération Pélican, lors de cette mission l'ET 2/61 est cité à l'ordre de la division aérienne.