Kaudella 1999–00 Ivanković valmensi Saksan 2. bundesliigassa pelannut Hannoveria ennen siirtymistään Kroatian maajoukkueluotsi Mirko Jozićin apuvalmentajaksi 2001 MM-karsintojen ajaksi. Tammikuussa 2002 hän siirtyi Iranin jalkapallomaajoukkueen päävalmentajaksi seuraten tehtävässä Miroslav Blaževićia, jonka kanssa hän oli aiemmin työskennellyt Kroatian maajoukkueessa.