Indonesian sijainti Tyynenmeren, Euraasian ja Australian mannerlaattojen reunoilla on synnyttänyt maan alueelle lukuisia tulivuoria ja aiheuttaa usein maanjäristyksiä. Indonesiassa on ainakin 150 aktiivista tulivuorta, joihin kuuluvat Krakatau ja Tambora. Molemmat ovat kuuluisia tuhoisista purkauksistaan 1800-luvulla. Tobajärven supertulivuoren purkaus noin 70 000 vuotta sitten oli yksi kaikkien aikojen suurimmista purkauksista ja maailmanlaajuinen luonnonkatastrofi. Viimeaikaisiin seismisen aktiivisuuden aiheuttamiin katastrofeihin kuuluvat vuoden 2004 Intian valtameren maanjäristys, joka surmasi arviolta 167 736 henkeä Pohjois-Sumatralla, ja Jaavan maanjäristys vuonna 2006. Vulkaaninen tuhka on kuitenkin merkittävä tekijä maan hedelmällisyydessä, ja se on mahdollistanut Jaavan ja Balin tiheän asutuksen.