W 1999 został wydany album "Adios". W trakcie prac nad nim do zespołu dołączyła Nina Hagen. Jednakże zespół rozpadł się wkrótce po jego wydaniu przez nasilające się tarcia między członkami KMFDM. Ponadto w dniu wydania albumu "Adios" 20 kwietnia 1999 doszło do masakry w Columbine High School, w której zginęło 15 osób, w tym dwaj napastnicy-samobójcy, a 24 zostały ranne i której nastoletni sprawcy Eric Harris i Dylan Klebold byli ogromnymi fanami zespołu KMFDM, a także Nine Inch Nails i Marilyn Mansona, co zaczęły wykorzystywać media, rozpowszechniając tezę jakoby sprawcy rzekomo inspirowali się "brutalną" muzyką. Konietzko wydał oświadczenie w imieniu zespołu, w którym potępił zamach i odciął się od zarzutów ze strony mediów. Zespół był nieaktywny przez prawie 3 lata, w 2002 ukazał się album "Attak". Wówczas do zespołu dołączyła Lucia Cifarelli. Zespół po "ożywieniu" po trzyletniej nieaktywności grał wtedy w składzie Konietzko, Cifarelli, Rieflin, Skold i Watts. Konietzko i Cifarelli nawiązali ze sobą bliższą znajomość i wkrótce zostali parą. W 2003 ukazał się album "WWIII", który był bardzo polityczny – teksty piosenek z albumu krytykują wojny na Bliskim Wschodzie i polityczną rzeczywistość Ameryki. W tym czasie Tim Skold odszedł z KMFDM i dołączył do zespołu Marilyn Manson, a do KMFDM dołączyli Jules Hodgson, Steve White i Andy Selway.