W 1999 roku N’Diaye wraz z reprezentacją Mali U-20 zajął 3. miejsce na młodzieżowych Mistrzostwach Świata. Z kolei w 2004 roku z kadrą olimpijską wystąpił na Igrzyskach Olimpijskich w Sydney. W dorosłej reprezentacji zadebiutował w 2001 roku. W 2010 roku został powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki 2010.