Im Jänner 2010 hat Wagner in einem „Kurier“-Interview auf die Frage, ob beim Erdbeben in Haiti ein strafender Gott am Werk war, geantwortet: "„Das weiß ich nicht. Gott lässt sich nicht in seine Karten schauen. Aber es ist schon interessant, dass in Haiti 90 Prozent Anhänger von Voodoo-Kulten sind.“" Das Ausländer-Thema werde man sich genauer betrachten müssen, denn dabei gehe es um die Ausbreitung des Islam. Außerdem plädierte Wagner für eine Volksbefragung zu einem Minarettverbot nach Vorbild der Schweiz. Im vielbeachteten Fall Arigona Zogaj konstatierte Wagner, man müsse „gegebenenfalls auch den Mut haben, jemanden zurückzuschicken“. Und er habe nichts gegen Homosexuelle, er liebe sie wie jemanden, der lügt. Er habe etwas dagegen, „dass man eine Lebensform praktiziert, die nicht dem Plan Gottes entspricht.“ Zu Wagners Haiti-Kommentar ließ die Diözese Linz verlauten, Naturkatastrophen heute „mit einem Strafhandeln des Schöpfergottes“ in Verbindung zu bringen, wäre „Ausdruck einer geradezu zynischen, fundamentalistischen Bibelinterpretation“.