Următorul mare turneu internațional la care Berger a participat a fost Euro 2000. După ce a fost suspendat pentru primele două meciuri ale națiunii sale, după ce a fost eliminat într-un meci de calificare împotriva Insulelor Feroe, Berger a jucat un singur meci. Berger și-a anunțat retragerea de la națională în martie 2002 la vârsta de 28 de ani. A jucat în 44 de meciuri pentru echipele naționale, dintre care 42 pentru Cehia și 2 pentru Cehoslovacia. A marcat 18 goluri, toate pentru Cehia.