Alfa estuvo activo durante la Segunda Guerra Chechena que comenzó en 1999, así como durante la subsiguiente insurgencia en el Cáucaso Norte. Durante la Batalla de Komsomolskoye de 2000, se desplegaron francotiradores Alfa adscritos al Grupo Occidental de fuerzas federales de Vladimir Shamanov en un intento de reprimir a los francotiradores de Ruslan Gelayev en la aldea. Según los veteranos de la unidad, las operaciones en las que participó Alfa llevaron al arresto del comandante checheno Salman Raduyev en 2000, el asesinato del comandante checheno Arbi Barayev en 2001 o el asesinato del presidente separatista checheno Aslan Masjádov en 2005.