В 1834 году русский губернатор Иван Паскевич передал костёл Русской православной церкви. В 1835—1837 годах храм был перестроен и адаптирован к православной литургии. Башни дополнились луковицами, убран барочный декор храма, на башнях повешены колокола, отлитые из пушек, отбитых у поляков во время ноябрьского восстания. Храм пиаритов был переименован в Собор Св. Троицы, кафедру варшавско-новогеоргиевской епархии.