Le , Louis Jacquinot entre comme sous-secrétaire d'État à l’Intérieur dans le gouvernement de Paul Reynaud. Il a 41 ans et commence ainsi une longue carrière ministérielle. Il sort du gouvernement le , jour de l'attaque de l'Allemagne contre la Belgique, en même temps que d'autres secrétaires d'État et part au combat. Gravement blessé le , ce qui lui vaudra une seconde croix de guerre. Il a déjà pris parti contre l'armistice et la politique du maréchal Pétain mais, immobilisé pour plusieurs mois, ne peut prendre part au vote des pleins pouvoirs à Philippe Pétain le 10 juillet 1940.