Für die dänische Nationalmannschaft bestritt Møller 51 Länderspiele, in denen sie 139 Tore erzielte. Mit der Nationalmannschaft nahm sie 2008 an den Europameisterschaften in Mazedonien teil. Den Start bei der Handball-Weltmeisterschaft der Frauen 2009 in China musste sie kurz vor Turnierbeginn wegen Verletzung absagen.