W okresie od stycznia 1940 do września 1943 był szefem Oddziału Organizacyjnego Sztabu Komendy Głównej Związku Walki Zbrojnej – Armii Krajowej. We wrześniu 1943 roku wyznaczony został na stanowisko szefa Oddziału III Operacyjnego Sztabu KG AK. 1 października tego roku został awansowany do stopnia generała brygady. Na podstawie Instrukcji dla Kraju, otrzymanych z Londynu, opracował plan „Burza”. Na jesieni 1943 roku doszło do kryzysu wewnątrz Komendy Głównej AK. Generał Tatar uważany był wówczas za trzecią najważniejszą osobę w Komendzie Głównej – po dowódcy Armii Krajowej generale Komorowskim oraz szefie sztabu Komendy Głównej generale Pełczyńskim. Ich współpraca układała się coraz gorzej, gdyż generał Tatar nie miał dobrego mniemania o umiejętnościach operacyjnych Komorowskiego i Pełczyńskiego. Z całej trójki to on właśnie miał najwięcej cech twardego dowódcy, szybko podejmującego decyzję. 28 października 1943 roku na miesięcznej odprawie Komendy Głównej Armii Krajowej generał Tatar wystąpił z tezą o konieczności politycznego porozumienia z ZSRR, zanim Armia Czerwona dotrze do granic państwa polskiego. Był to powód, by generała Tatara pozbyć się z Warszawy. Wyjazd Tatara do Londynu drogą lotniczą (w ramach Operacji Most), dokąd wysłano go pod pretekstem zaprezentowania stanu przygotowań do przeprowadzania powstania powszechnego, nastąpił 16 kwietnia 1944 roku.