In 1569 of 1570 trouwde Walburgis voor de tweede keer. Haar nieuwe echtgenoot was haar jongere neef Adolf van Nieuwenaer, heer van Alpen (ca. 1545-1589). In eerste instantie woonden zij in Meurs en Alpen. In 1578 erfde Walburgis met haar man het graafschap Meurs van haar kinderloos gestorven broer Herman van Nieuwenaer-Meurs. Na het verlies van de protestantse partijen in de Keulse oorlog weken zij uit naar de Republiek. In 1584 werd Adolf van Nieuwenaer stadhouder van Gelderland en in 1585 ook stadhouder van Utrecht. Vanaf 1585 woonde het echtpaar in de stad Utrecht. De graaf van Leicester, die als Engels landvoogd ook een tijd in Utrecht woonde, beschrijft Walburgis in brieven als een wijze vrouw die hem nuttige informatie geeft. De relaties werden verstoord toen de secretaris van Leicester roddels over Walburgis begon te verspreiden.