В 1988 році увійшов до Міжклубної партійної групи, ціллю якої було сприяння справжньої перебудови і демократизації в КПРС. У травні 1989 року з Міжклубної партгрупи вийшла найбільш радикальна половина на чолі з Ігорем Чубайсом та В. Лисенко, утворивши Московський партійний клуб (Комуністи за перебудову). Разом з Ігорем Чубайсом Володимир Лисенко став ініціатором створення в 1990 року «Демократичної платформи в КПРС» — найбільшої опозиційної течії всередині Компартії часів перебудови. Був вибраний делегатом Установчого з'їзду КП РРФСР і XXVIII з'їзду КПРС. В червні 1990 виступав в КПЗ від імені Демократичної платформи з програмою реформування КПРС в соціал-демократичну партію.