При підписанні Договору про дружбу та кордон між СРСР та Німеччиною 28 вересня 1939 року, з ініціативи СРСР був підписаний спеціальний Таємний протокол , яким пункт 1 Таємного додаткового протоколу від 23 серпня 1939 року мав бути «виправлений», «відбиваючи той факт, що територія Литовської держави відійшла до сфери впливу СРСР». Передбачалося також, що «Уряд СРСР вживе спеціальних заходів на Литовській території для захисту своїх інтересів».