En 1989-1990, Van Basten est, avec 19 buts, "Capocannoniere" (meilleur buteur du championnat italien) et l'AC Milan conserve son titre de champion d'Europe face à Lisbonne (1-0). En décembre de la même année, toujours associé à Gullit et Rijkaard, il contribue à la seconde victoire d'affilée du club milanais en Coupe intercontinentale, face à Olimpia Asuncion (3-0). Pour la deuxième année consécutive il remporte aussi la Supercoupe d'Europe.