В чемпионате 1996 года команда стала серебряным призёром: в первом круге она лидировала, но значительно сдала во втором круге, поравнявшись по очкам с московским «Спартаком» и только благодаря резкому рывку в последних турах не позволив отдать сразу чемпионство москвичам. Исход борьбы решился в «золотом» матче в Санкт-Петербурге, в котором московский «Спартак», тренером которого тогда был Георгий Ярцев, победил со счётом 2:1, вернув себе титул лучшей команды России. Этот сезон ознаменовался для «Алании» скандальным матчем 24 марта против московского «Динамо», в котором отмечались жёсткие стыки на поле и вне поля и напряжённая атмосфера на трибунах. Сама игра завершилась ничьёй 1:1 отчасти в связи с тем, что судья Юрий Чеботарёв назначил крайне спорный пенальти в ворота «динамовцев». После матча звучали обвинения в адрес Газзаева, якобы подкупившего судью; самого Чеботарёва, проявившего некомпетентность и пристрастие, и даже игроков «Динамо» в сдаче матча. Из-за этого между Валерием Газзаевым и генеральным директором московского «Динамо» Николаем Толстых сформировались крайне неприязненные и конфликтные отношения, а в дальнейшем обвинения в адрес «Алании» в предвзятом домашнем судействе поступали и от других команд, которые иногда уходили в знак протеста с поля. Все обвинения в том, что «Спартак-Алания» добивался своих успехов благодаря «работе с судьями», Газзаев отвергал начисто, заявив на одной из конференций ПФЛ о целенаправленной атаке на клуб: по мнению Елены Вайцеховской, её развязал московский «Спартак», не смирившийся с первой за долгие годы утратой титула в 1995 году.