После окончања НАТО агресије на СРЈ, повлачења југословенских снага безбедности и доласка француских снага КФОРа у тај део јужне српске покрајине, црква Самодрежа је крајем јуна 1999. године демолирана и запаљена изнутра, од стране албанских екстремиста. Један од тада направљених графита имао је исцртано срце, унутар кога су били натписи: "НАТО", "ОВК" и "Француска". Самодрежа се и током Мартовског погрома над Србима 2004. године, нашла на удару албанских екстремиста, а данас је претворена у јавну депонију и тоалет, за људе и стоку.