Нови господар Додеканеза било је османско царство од 1522. године Власт османлија због посебног положаја Додеканеза није била претерано крута и имала је особине месне аутономије (пореске олакшице, ограничена управна и судска аутономија). Постојање аутономије и велика повезаност, пословна умешност и спрегнутост месних трговаца са влашћу у османском царству били су главни чиниоци невеликог учествовања месног становништва у Грчком устанку 20их година 19. века, што је острва спасило већег разарања, али и допринело дугој османској владавини над Додеканезом. Може се чак рећи и да је 19. век донео многе благодети становништву Додеканеза, који је тада био један од најбогатијих делова османског царства.