במהלך רצח קנדי ב-22 בנובמבר 1963, היה רוברט בביתו עם עוזריו ממחלקת המשפטים, כשג'ון אדגר הובר התקשר לבשר לו על החדשות. לפני שיכול היה לשאול שאלות, ניתק הובר. קנדי טען שהובר נהנה לספר לו את החדשות. לאחר מכן נודע לו על מות אחיו. מעט לאחר מכן טלפן למקג'ורג' באנדי בבית הלבן, וביקש ממנו להחליף מנעולים לתיקיות של הנשיא. הוא ציווה על השירות החשאי לפרק את מערכת ההקלטה הסודית בחדר הסגלגל. לאחר מכן שאל את ראש ה-CIA האם היה מעורב במותו של אחיו.