A Indonésia invadiu Timor-Leste em 1975 e anexou a antiga colónia portuguesa. Os sistemas de crenças animistas timorenses não encaixaram a monoteísta Constituição da Indonésia, resultando nas conversões em massa para o cristianismo. O clero português foi substituído por sacerdotes indonésios e a missa latina e portuguesa foi substituída pela missa indonésia. A Igreja desempenhou um papel importante na sociedade durante a ocupação indonésia de Timor-Leste. Enquanto apenas 20% dos timorenses declaravam-se católicos no momento da invasão de 1975, o índice atingiu 95% no final da primeira década após a invasão. Durante a ocupação, o bispo Carlos Filipe Ximenes Belo tornou-se um dos mais proeminentes defensores dos direitos humanos em Timor-Leste e muitos sacerdotes e freiras arriscaram as suas vidas na defesa dos cidadãos contra os abusos militares. A visita do papa João Paulo II em 1989 a Timor-Leste expôs a situação do território ocupado aos meios de comunicação mundiais e forneceu um catalisador para os ativistas independentes para buscar apoio global. Oficialmente neutro, o Vaticano desejou manter boas relações com a Indonésia, a maior nação muçulmana do mundo. Após a sua chegada a Timor-Leste, o papa beijou simbolicamente uma cruz e pressionou-a no chão, aludindo à sua prática habitual de beijar o chão à chegada a uma nação, e ainda evitando sugerir abertamente que Timor-Leste era um país soberano. Ele falou fervorosamente contra os abusos no seu sermão, evitando nomear as autoridades indonésias como as responsáveis. O papa falou contra a violência em Timor-Leste, e pediu que ambos os lados mostrassem contenção, implorando os timorenses a "amar e rezar pelos seus inimigos".