В период с 29 ноября по 3 декабря 1941 года крейсер перешёл на Кваджалейн. После вступления Японии во Вторую мировую войну «Юбари» (флаг контр-адмирала Кадзиока) вышел в море 8 декабря вместе с 18-й дивизией крейсеров («Тэнрю» и «Тацута») и шестью эсминцами 6-й ЭЭМ, приняв участие в первой попытке захвата Уэйка. В 5:22 11 декабря с дальности 7,3 км крейсера открыли огонь по целям на южном побережье острова, добившись возгорания цистерн с дизельным топливом, с трудом затем потушенных американцами. После наступления рассвета в 6:00 «Юбари» изменил курс и сократил расстояние с берегом до 4 км. В ходе короткой перестрелки около 6:15 с батареей «А» (два 127-мм орудия) на юго-восточной оконечности атолла командовавший ею лейтенант Барнинджер заявил о 5 попаданиях в крейсер, хотя фактически были только накрытия. Вскоре после этого береговой артиллерией и авиацией американцев были потоплены эсминцы «Хаятэ» и «Кисараги», и Кадзиока приказал отступить. На Кваджалейн соединение вернулось 13-го. В ходе второго штурма Уэйка «Юбари» с 21 по 29 декабря находился восточнее острова. В период с 31 декабря по 3 января 1942 года он вместе с другими кораблями перешёл с Кваджалейна обратно на Трук.