עם פרוץ המלחמה העות'מאנית-רוסית (1787–1792), רפנין חזר לפעילות צבאית. הוא היה פעיל במצור אוצ'קוב וכיבושו, כיבוש איזמאיל וקרבות נוספות. בשנת 1791, כאשר גריגורי פוטיומקין נסע לסנקט פטרבורג, הוא התמנה למפקד העליון של הכוחות בשטח. בניגוד להנחיות של פוטיומקין הוא החל בפעילות התקפית. בקרב מצ'ין הוא הביס את הכוח הטורקי. לאור הניצחון המוחץ כבר למחרת הטורקים החלו בשיחות על הפסקת הלחימה. למרות ההצלחות הוא לא התמנה לגנרל-פלדמרשל ככל הנראה לאור הפעילות שלו במסגרת הבונים החופשיים שלא הייתה לרוחה של הקיסרית.