1997 trat er bei sieben Rennen der FIA-GT-Meisterschaft an und blieb auch hier ohne Punkte. Für die Saison 1998 wurde er von Ferrari als Formel-1-Testfahrer unter Vertrag genommen. Nachdem er 1998 keine Rennen bestritten hatte, kehrte er 1999 – parallel zu seinem Engagement als Testfahrer – für Minardi als Einsatzpilot in die Formel 1 zurück. Nachdem sich Michael Schumacher während der ersten Runde zum Großen Preis von Großbritannien in Silverstone das rechte Bein gebrochen hatte, machte sich Badoer berechtigte Hoffnungen, Schumachers Ersatzpilot zu werden. Die Scuderia aus Maranello entschied sich jedoch gegen ihren Testfahrer, der in der Regel immer auch der Ersatzfahrer war, und für den Finnen Mika Salo. Jean Alesi, dem zunächst das Cockpit angeboten worden war, kritisierte sein ehemaliges Team für die Entscheidung gegen Badoer. Beim Großen Preis von Europa auf dem Nürburgring sah es lange Zeit nach einem Achtungserfolg für Badoer aus: Bis 13 Runden vor Schluss lag Badoer auf einem für Minardi ungewohnten vierten Platz. Allerdings kam es zu einem Getriebeschaden an seinem Minardi. Er musste das Rennen beenden und brach in Tränen aus nachdem er das Auto verlassen hatte. Ironischerweise profitierte sein Teamkollege Marc Gené, der zunächst Siebter war, von Badoers Ausfall und holte die ersten Punkte für Minardi in der Saison.