Laporte maakte op 28 november 2012 zijn profdebuut, in een Europa League-duel tegen Hapoel Ironi Kiryat Shmona. Hij speelde de volledige wedstrijd. Laporte was na Bixente Lizarazu de tweede Fransman in het shirt van Athletic Bilbao, dat enkel Basken in haar eerste elftal laat spelen. Zowel Lizarazu als Laporte zijn Franse Basken. Hij maakte op 9 december 2012 zijn competitiedebuut, als invaller in de slotminuut tegen Celta de Vigo. Een week later werd hij door coach Marcelo Bielsa in de basiself geposteerd voor een duel tegen Mallorca. Athletic Bilbao won net als in de wedstrijd tegen Celta de Vigo met het kleinste verschil. Op 14 januari 2013 kreeg hij het rugnummer 4, dat de voorgaande acht seizoenen werd gedragen door Ustaritz Aldekoaotalora. Onder trainer Ernesto Valverde werd Laporte een onbetwiste basiskracht, soms ook opgesteld als linksback. Zijn eerste doelpunt kopte Laporte op 28 oktober 2013 binnen tegen Getafe CF, de enige goal van de wedstrijd. Omdat Athletic Bilbao in het seizoen 2013/14 vierde eindigde in de Primera División, mocht Laporte met Athletic Bilbao deelnemen in de &lt;a href="UEFA%20Champions%20League%202013/14"&gt;Champions League in het seizoen 2014/15&lt;/a&gt;. Datzelfde seizoen bereikte Athletic Bilbao de finale van de Copa del Rey. FC Barcelona was echter te sterk. Wel mocht Athletic Bilbao het tegen hetzelfde Barcelona opnemen in de Supercopa de España 2015. Over twee wedstrijd won Athletic Bilbao met 5-1, waardoor ze voor het eerst in dertig jaar een prijs wonnen. In juni 2015 ondertekende Laporte een nieuw contract bij Athletic Bilbao, dat hem tot 2019 aan de club bond. Een jaar later tekende hij opnieuw een nieuw contract, tot 2020. Laporte speelde bij Athletic Bilbao 222 wedstrijden in vijf en een halve seizoen.