Im Juli 1936 wurden zunächst 20 Maschinen zur Legion Condor in den Spanischen Bürgerkrieg geschickt. Aus den insgesamt 48 Ju 52 (spanischer Spitzname „Pablo“) warfen die deutschen Legionäre von November 1936 bis Januar 1937 Spreng-, Splitter- und Brandbomben auf Madrid, setzten mit einer 250-Kilogramm-Bombe das republikanische Schlachtschiff „Jaime I“ außer Gefecht und zerstörten unter anderem die baskische Stadt Gernika (span. Guernica). Diese militärischen Erfolge veranlassten Hitler zu dem Ausspruch: „Franco sollte der Ju 52 ein Denkmal setzen“. Bald darauf zeigte sich, dass die Maschinen als Bomber nur bedingt geeignet waren, insbesondere ihre geringe Geschwindigkeit machte sie verwundbar. Ab Mai 1937 wurden sie nicht mehr als Bomber verwendet, sondern wieder als (militärische) Transportflugzeuge genutzt.