Von August bis November 1941 absolvierte er wegen des Krieges in beschleunigter Form Höhere Führerkurse an der Generalstabsakademie. Von Dezember 1941 bis Januar 1942 war er Kommandeur der unabhängigen 64. Marinebrigade im Raum Bely, welche im Abschnitt der 20. Armee (General Wlassow) bei der Gegenoffensive im Raum Wolokolamsk eingesetzt wurde. Er wurde am 17. Januar 1942 zum Generalmajor befördert, erhielt den Rotbannerorden und übernahm in dieser Zeit das Kommando von Panfilows 8. Garde-Schützendivision bei der Westfront. Zwischen April 1942 und September 1942 kommandierte er das 2. Garde-Schützenkorps bei der 3. Stoßarmee im Verband von Konjews Kalininfront. Während der Schlacht um Stalingrad befehligte er von September 1942 bis Oktober 1942 die 1. Gardearmee und danach die 21. Armee der Donfront. Nach der erfolgreichen Beteiligung seiner Truppen an der Einschließung der deutschen 6. Armee wurde seine 21. Armee am 22. April 1943 zur 6. Gardearmee umbenannt. Tschistjakow war am 18. Januar 1943 zum Generalleutnant befördert worden und nahm im Bereich der Woronescher Front an der Charkower Angriffsoperation (Februar 1943), an der Schlacht von Kursk (bei Prochorowka) und der Befreiung von Charkow (August 1943) teil. Im Juni 1944 nahm die 6. Gardearmee im Bereich der 1. Baltischen Front (Armeegeneral Baghramjan) an der Operation Bagration teil. Der erfolgreiche Durchbruch in Richtung auf Lepel schloss das deutsche LIII. Armeekorps im Raum Witebsk ein. Dieser Erfolg brachte ihm am 28. Juni die Beförderung zum Generaloberst und am 22. Juli den Titel Held der Sowjetunion ein. Von Oktober 1944 bis Mai 1945 war seine Armee in Lettland an der Blockade der deutschen Heeresgruppe Kurland beteiligt.