В январе 1995 года Янагимото был избран в состав сборной Японии на Кубок короля Фахда 1995 года. На этом соревновании 8 января он дебютировал против Аргентины. После дебюта он стал постоянным игроком на правом фланге. В 1996 году он играл во всех матчах, включая Кубок Азии 1996 года. Однако на квалификации чемпионата мира 1998 года в марте 1997 года он получил травму. После этого он больше не был в составе сборной Японии. С 1995 по 1997 год он сыграл за национальную сборную Японии 30 матчей.