Erik XIV ville däremot ta tillvara Sveriges intressen i Svärdsriddarordens dödsbo och erövrade Estland. Det korsade Danmarks, Polens och Rysslands utvidgningsplaner på samma håll. Detta och att Danmark förnyade sina anspråk på att unionen skulle återställas gjorde att det Nordiska sjuårskriget bröt ut 1563. Det avslutades 1570 sedan Erik XIV:s avsatts. I stället gjorde erövringen av Estland att Johan III invecklades i ett krig mot Ryssland som varade tills Ryssland avstod anspråken på detta land vid freden i Teusina 18 maj 1595.