Vuonna 2008 kansainvälisen rikostuomioistuimen ICC:n syyttäjä Luis Moreno-Ocampo asetti Bashirin syytteeseen sotarikoksista ja rikoksista ihmisyyttä vastaan Darfurin konfliktissa vuosina 2003–2008. Kansainvälinen rikosoikeustuomioistuin nosti tuolloin ensimmäisen kerran syytteen istuvaa valtionpäämiestä vastaan. Myöhemmin syytelistaan lisättiin syyte kansanmurhasta, joka kohdistui fur-, masalit- ja zaghawa-heimoihin. Etsintäkuulutuksesta huolimatta Bashiria ei ole luovutettu ICC:lle, vaikka hän on tehnyt joitakin valtiovierailuja etsintäkuulutuksen alaisena jopa ICC:n jäsenmaihin Tšadiin ja Keniaan. Helmikuussa 2020 Sudanin hallinto ilmoitti, että al-Bashir luovutetaan kansainväliselle rikostuomioistuimelle.