Po upadku Związku Radzieckiego w 1991 i ogłoszeniu przez Kirgistan niepodległości rozpoczęto okres całkowitego wyjścia Kościoła katolickiego z podziemia. W 1991 biszkecką parafię podporządkowano administraturze apostolskiej w Karagandzie. 22 grudnia 1997 papież Jan Paweł II utworzył dla Kirgistanu – Misję „sui iuris”, którą bezpośrednio podporządkował Stolicy Apostolskiej. Jego następca – Benedykt XVI, podniósł Misję 18 marca 2006 do rangi Administratury apostolskiej.