מעט לאחר תחילת כהונתו של פרס, בשנת 1864, השתתפה צ'ילה במלחמת ספרד–אמריקה הדרומית. במסגרת העימות תמכה צ'ילה בהתנגדותה של פרו לכיבוש איי צ'ינצ'ה (Chincha) העשירים בגואנו בידי ספרד. חלקה של צ'ילה במשבר החל עם סרובה לצייד ספינה ספרדית בפחם, בנימוק כי המחצב מהווה אספקה צבאית ואינו אפשרי בשם הנייטרליות הצ'יליאנית בסכסוך. בתגובה הטיל האדמירל הספרדי מצור ימי על צ'ילה, ועל אף שלמעשה היה בכוחו להטיל מצור על נמל ולפראיסו בלבד, הרי ששיתוקו של נמל עיקרי זה הסב לצ'ילה נזק כלכלי משמעותי. ב-17 בספטמבר, יום לפני חגיגת עצמאותה של צ'ילה, סירבו הצ'יליאנים לכבד ספינה ספרדית בנמל ולפראיסו במטח כבוד ושבוע לאחר מכן, ב-24 בספטמבר 1865, הכריזה צ'ילה מלחמה על ספרד. עוד בטרם חברו פרו וצ'ילה באופן רשמי הנחיל הצי הצ'יליאני תבוסה צורבת לזה הספרדי בקרב פפודו (Papudo) ב-26 בנובמבר 1865, בעקבותיה התאבד האדמירל הספרדי על סיפון ספינתו. בתחילת דצמבר נחתם הסכם צבאי בין צ'ילה ופרו ובאמצע ינואר הכריזה גם פרו מלחמה על ספרד. ב-31 בינואר 1866 הפגיז הצי הספרדי את נמל ולפראיסו, שרף את העיר והשמיד את צי הסוחר הצ'יליאני. משם פנו הספרדים לנמל קייאו הפרואני המבוצר. בו בזמן הצטרפו גם אקוודור ובוליביה לברית כנגד ספרד, והצי המשותף הועמד תחת פיקודו של איש הצבא והנשיא הצ'ילאיני לשעבר בלנקו אנקלדה. ב-2 במאי 1866 התחולל קרב קייאו, אולם הוא לא הוכרע צבאית בצורה ברורה. לאחר הפגזת הנמל נסוגו הספרדים ובכך הסתיים העימות.