W tym samym 2003 roku Thompson został powołany przez meksykańskiego selekcjonera Víctor Manuela Aguado na kolejny Złoty Puchar CONCACAF, gdzie podobnie jak przed dwunastoma miesiącami Gwatemala odpadła w fazie grupowej, za to sam zawodnik wystąpił w dwóch meczach. Był kluczowym piłkarzem reprezentacji podczas eliminacji do Mistrzostw Świata 2006, kiedy to rozegrał aż siedemnaście spotkań, nie zdobywając bramki, jednak Gwatemalczycy nie zakwalifikowali się na mundial. W 2005 roku po raz trzeci wziął udział w Złotym Pucharze CONCACAF, gdzie jego zespół ponownie odpadł z rozgrywek po zaledwie dwóch spotkaniach.