En 1570, les deux tours sont endommagées durant les bombardements des forces ottomanes, lors du Siège de Famagouste. La cathédrale devient mosquée en 1571, après la victoire ottomane. En raison de la tradition iconoclaste de l'islam sunnite, la plupart des têtes humaines et d'animaux ornant l'édifice ont été détruites. Plus tard, la mosquée a été surmontée d'un minaret. Depuis cette époque, et jusqu'à la prise de possession de Chypre par les Britanniques en 1878, l'entrée de l'édifice était interdite aux chrétiens.