Le janvier 1992 l'Union soviétique est dissoute et est remplacée par une structure plus lâche : la Communauté des États indépendants. La crise économique s'accentue et la Russie, qui a repris l'essentiel du programme spatial et des charges associées, n'a plus les moyens de payer les déplacements de la flotte chargée d'assurer le suivi de vols. Celle-ci est rapatriée dans son port d'attache en mer Noire. En 1993, les responsables du programme spatial russe annoncent l'arrêt des programmes Bourane et Energia. Les dépenses spatiales ne représentent plus en 1994 que 0,23 % du budget national et le secteur n'emploie plus que de .