Viimeisessä istunnossaan 5. syyskuua 1991 kansanedustajien kongressi hyväksyi Gorbatšovin esityksen Neuvostoliiton valtarakenteiden tilapäiseksi tarkoitetusta uudelleenjärjestelystä, jonka mukaan valta siirrettäisiin presidentin ja neuvostotasavaltojen edustajien muodostamalle valtioneuvostolle sekä pääasiassa tasavaltoja edustavalle uudelle parlamentille. Muodollisesti kansanedustajien kongressi lakkasi olemasta Neuvostoliiton hajotessa joulukuussa 1991.