Обосновавшись в Куме, аятолла лично руководил политикой страны, назначая по своему усмотрению членов Совета по наблюдению за осуществлением конституции. Ирано-иракская война (1980—1988) ещё более сплотила приверженцев Хомейни, хотя Ирану в конце концов пришлось подписать резолюцию № 598 Совета безопасности ООН о прекращении огня в июле 1987 года и согласиться с условиями мирного договора, максимально учитывавшего интересы Ирака. 18 июля 1987 года он заявил: