En mars 2020, il est visé par une plainte déposée à Paris pour Crimes contre l'humanité, aux côtés de son frère, Bachar el-Assad, pour deux attaques chimiques au sarin commises en août 2013 dans la Ghouta : le 5 août sur Adra et Douma, et le 21 août, le massacre de la Ghouta, qui a fait plus de 1 400 morts, essentiellement civils. Selon les trois ONG qui ont déposé plainte et des témoignages d'anciens responsables, Maher el-Assad aurait donné l'ordre de lancer les attaques. Cela rejoint les témoignages collectés par l'Open Society Justice Initiative, qui a déposé une plainte en Allemagne concernant l'attaque du 21 août et l'attaque de Khan Cheikoun en avril 2017