1940年秋までに2,000人以上の志願兵が集まり、1940年11月にはJ・C・ヘイドン准将によって4個大隊規模の（Special Service Brigade）に再編成された。この特殊任務旅団はまもなく12個部隊による編成となり、コマンドス（Commandos）と呼ばれるようになる。コマンドスに所属する各コマンド部隊は、おおむね450人の将兵によって構成され、指揮官は中佐が務めた。またコマンド部隊には75人ずつの小隊（troops）と15人ずつの分隊（section）という下級編成が存在した。所属する隊員らの身分は各原隊からの出向という形をとっており、彼らはベレーに原隊の連隊章を着用し、給与も各原隊から支払われていた。コマンドスはに直属して作戦行動を行った。最初に合同作戦司令部司令官として選ばれたのは、第一次世界大戦中にガリポリの戦いやゼーブルッヘ襲撃に参加した海軍大将である。キースは1941年10月に職を退き、ルイス・マウントバッテン中将がこれを継いだ。そして1943年10月にマウントバッテンから職を継いだ少将が最後の合同作戦本部司令官となる。