Президентът изпраща военни части на два пъти в бивша Югославия, за да се спре започналото етническо насилие, особено в Косово. В допълнение Клинтън заповядва нанасянето на въздушни удари в Ирак като наказание за нарушенията на санкциите на ООН и заради опита на иракското разузнаване да убие бившия президент Джордж Буш. Клинтън не се намесва военно, за да се спре геноцида в Руанда – решение, което по-късно той нарича „личен провал“.