Podczas drugiej wojny baronów, Bonifacy, jak się wydaje, początkowo stanął po stronę angielskich biskupów przeciwko królowi Henrykowi, ale później wziął stronę monarchy. W 1262 roku udał się do Francji, gdzie ekskomunikował baronów, którzy wystąpili przeciwko włądcy. Nie został wezwany do parlamentu w Londynie w styczniu roku 1265, bowiem przebywał za granicą. Po triumfie stronnictwa króla w 1265 roku wrócił do Anglii, przybywając tam w maju 1266.