המורדים הצליחו להשתלט על שליש משטח המדינה וכן על מחצית מכוחות הצבא. סנחורחו מת ב-20 ביולי בהתרסקות מטוס, ומאותה העת החל מאבק בין מולה לפרנקו על הנהגת הלאומנים. פרנקו השתלט על צבא אפריקה ונחת עימו בסביליה על מנת לבסס את שלטון הלאומנים בדרום. במקביל פעל מולה עם כוחותיו בצפון המדינה. ההצלחות הצבאיות שקצר פרנקו בחודשים הראשונים למלחמה סייעו לו עד מהרה להאפיל על דמותו של מולה. למורת רוחו של מולה פרנקו הוכתר ב-29 בספטמבר כגנרליסימו וקאודיו, וכן כראש הממשלה והצבא הלאומניים. באוקטובר יצאו הלאומנים למתקפה גדולה על מדריד הבירה. לקראת המתקפה על העיר התגאה מולה כי סביב מדריד יש ללאומנים ארבעה גייסות, ו"גיס חמישי" נוסף בתוכה, המייצג את תומכיהם ואלו שלכאורה יצטרפו אליהם ברגע שכוחותיהם ייכנסו אליה. המתקפה נכשלה, ולאחר קרב עקוב מדם המערכה על מדריד נכנסה לקיפאון. לאור הכישלון במדריד מולה היה נחוש להביא להישגים בגזרתו שבצפון המדינה. עבורו הייתה זאת הזדמנות לשקם את מעמדו הציבורי אל מול הפופולריות הגואה של פרנקו, ולהעביר את חבלי החוף של מפרץ ביסקאיה לידי הלאומנים. ב-31 במרץ יצאו כוחותיו של מולה למתקפה כשיעדם הוא כיבוש העיר בילבאו. הלאומנים התקדמו בהתמדה מעיירה לעיירה ומכפר לכפר, כאשר הם מנצלים את הסיוע האווירי שלהם עד תום. אחת מהעיירות באזור שנפלה קורבן להפצצות של הלאומנים השיטתיות הייתה גרניקה שהפצצתה גרמה לזעזוע רב בעולם והפכה לאחד מסמלי המלחמה כולה.