Karimovs regering fick utstå särskilt mycket internationell kritik efter massakern på demonstranter i Andizjan den 13 maj 2005. Även USA kom då öppet med kritik mot de uzbekiska myndigheterna vilket resulterade i att relationerna mellan länderna försämrades. Därefter försökte Karimov knyta starkare band med Ryssland och Kina.