Durante la guerra, Mannion fece registrare 4 presenze in partite considerate come non ufficiali: il suo esordio ufficiale risale al 28 settembre 1946, nella prima partita dell' del dopoguerra, giocata a Belfast contro l': Manning segnò una tripletta. Dopo numerose presenze da titolare venne convocato per il Campionato mondiale di calcio del 1950 giocatosi in Brasile, nel quale scese in campo nella vittoria contro il e nella sconfitta con gli , che costò all'Inghilterra l'eliminazione dalla competizione e passata alla storia come il "Miracolo di Belo Horizonte". Dopo l'episodio della sua esclusione dal Middlesbrough, rimase fuori dalla Nazionale per oltre un anno (dal maggio 1948 al maggio dell'anno successivo): l'ultima sua convocazione fu il 3 ottobre 1951 nel pareggio per 2-2 contro la . Complessivamente, Mannion marcò 26 presenze con la Nazionale maggiore, nella quale segnò 11 reti, a cui vanno sommate 2 presenze ufficiali e due non ufficiali con la maglia dell'.