Göggingen liegt etwa fünf Kilometer westlich von Krauchenwies in der landwirtschaftlich Region des Ablachtales, eine durch rißeiszeitliche Gletscher geformt flachhüglige Landschaft, die von größeren Waldflächen durchzogen ist. Dieses Gebiet steigt zum Voralpengebiet und Bodensee zur Donauhochfläche hin auf. Die Ablach wird bei Göggingen durch den Talbach (Dorfbach) gespeist. Der Lautenbach bildet die Gemarkungsgrenze nach Ringgenbach.