Los territorios disputados, así como las zonas aledañas, se ubican en el desierto de Atacama, y en aquel tiempo tenían acceso expedito solo por mar. En los primeros seis meses, Chile logró la supremacía naval, indispensable para conquistar las zonas costeras del desierto. Antes de fines de 1879 ocupó la provincia peruana de Tarapacá y, a comienzos de 1880, la zona de Tacna y Arica, tras lo cual Bolivia abandonó militarmente la guerra. Luego, en enero de 1881, tras vencer en las batallas de San Juan y Chorrillos y Miraflores al ejército peruano, las fuerzas chilenas ocuparon Lima. Después de estas campañas, la guerra entre Chile y Perú continuó por dos años más entre los remanentes del ejército, guerrillas y montoneros peruanos contra las fuerzas chilenas de ocupación, hasta la firma del Tratado de Ancón en 1883, en la que Perú, entre otras cosas, cedió el Departamento de Tarapacá y le fueron retenidas las provincias de Arica y Tacna.