Employé en 1806 à l'état-major de l'armée d'Italie, Gougeon passa le au , et fait la campagne de 1809. Il assiste aux batailles de Sacile et Caldiero; au passage de la Piave, en présence de l'armée autrichienne, et traverse le premier ce fleuve à la tête d'un bataillon de voltigeurs ; enfin, il combat vaillamment à Wagram, où il est blessé d'un coup de feu au bras droit. Envoyé peu après au Tyrol, le chef de bataillon Gougeon, à la tête de 300 hommes, dispersa et mit en fuite 4000 insurgés dans la vallée de Windischmatrey le ; le suivant, il en battit 7000 devant Prunecken.