La tentative échouée pour reconduire Viktor Tchernomyrdine comme président du gouvernement (la Douma s'y opposa en septembre 1998) conduit Eltsine à se tourner vers Primakov, susceptible de réaliser le compromis. Primakov met en œuvre des réformes difficiles, mais réussies pour la plupart (réforme fiscale notamment). Son opposition à l'unilatéralisme américain lui vaut une grande popularité en Russie, mais la posture défiante vis-à-vis de l'Occident adoptée lors des frappes au Kosovo empêche la Russie de peser sur l'évolution de l'ex-Yougoslavie. Il fait sensation le en ordonnant en plein vol au commandant de bord de son avion qui devait se rendre aux États-Unis, afin qu'il puisse effectuer une visite officielle à Washington, de rentrer immédiatement à Moscou en signe de protestation, alors que les premières bombes de l'OTAN s'abattent sur Belgrade.