לעומת זאת דגל בתגבור הכוחות האמריקאים באפגניסטן על-מנת לטפל ב"שורש הבעיה". במסגרת המלחמה באפגניסטן אובמה תגבר את הכוחות הלוחמים ואף הורה על יציאה למבצע רחב היקף במחוז הלמנד שבדרום המדינה. בפברואר 2013 אמר אובמה כי הכוחות האמריקאים באפגניסטן ירדו מרמה של 68,000 חיילים ל-34,000 עד פברואר 2014. בסוף שנת 2014 השאירה ארצות הברית כוחות מצומצמים בסדר של מעל לכ-9,000 חיילים שישמרו על הסדר באפגניסטן.