Το 1987 επέστρεψε στην Κύπρο. Ένα άρθρο που έγραψε για το πραξικόπημα του 1974 έγινε η αιτία να ζητήσει ο υποψήφιος πρόεδρος στις προεδρικές εκλογές του 1988 Γιώργος Βασιλείου να τον γνωρίσει. Ο Γιώργος Βασιλείου ζήτησε από τον Γιώργο Λιλλήκα να ενταχθεί στο στο εκλογικό επιτελείο του. Μετά την εκλογή του Γιώργου Βασιλείου, ο Γιώργος Λιλλήκας διετέλεσε ειδικός σύμβουλος του και Γενικός Γραμματέας Νέας Γενιάς (1988-1993). Στις προεδρικές εκλογές του 1993 εργάστηκε για επανεκλογή του Γιώργου Βασιλείου, κάτι που δεν έγινε.