In den ersten Tagen der indonesischen Invasion im Dezember 1975 wurden Mota und seine Frau von den Indonesiern gefangen genommen. Er verbrachte drei Jahre in Gefangenschaft, seine Frau 18 Monate. Eine Gerichtsverhandlung gab es nicht. 1982 ging Mota mit Frau und Kindern nach Portugal ins Exil. Er starb Anfang der 1990er-Jahre an Tuberkulose, die sich bereits durch die indonesische Gefangenschaft im Gefängnis Comarca (Balide, Dili) verschlimmert hatte.