Am 3. März 1861 quittierte Bee seinen Dienst beim US-Heer, ging zurück nach Charleston und diente als Oberstleutnant im 1. South Carolina-Infanterie-Regiment. Am 17. Juni des gleichen Jahres wurde er zum Brigadegeneral befördert und mit seiner Brigade Richtung Manassas Junction in Marsch gesetzt. Am 21. Juli 1861 nahm er unter dem Kommando von General Beauregard bei der Ersten Schlacht am Bull Run teil und wurde tödlich verwundet, als die Konföderierten die Schlacht zu ihren Gunsten entscheiden konnten. Bee starb an seinen Verletzungen einen Tag später.