Ingeborg Hanssen föddes i Sønderborg och var dotter till Hans Peter Hanssen, som arbetade vid tidningen Dybbøl-Posten och var redaktör för "Sønderjyske Årbøger", och dennes hustru Helene Lucie Hanssen, född Iversen. När Ingeborg Hanssen var två år gammal flyttade familjen till Åbenrå, då fadern hade blivit chefredaktör för den danskspråkiga tidningen Heimdal. Sønderjylland (Nordslesvig) var vid denna tid en del av Tyskland (sedan Danmark förlorade kriget mot Tyskland 1864) och det rådde motsättningar mellan danskspråkiga respektive tyskspråkiga. Efter att ha genomgått sin utbildning i tysk skola blev Hanssen elev vid Hejls efterskole 1904 och sedan vid Ubberup Højskole i Kalundborg under vintern 1906-1907. Därefter gjorde hon ett studieuppehåll vid Marie Kruses skole i Köpenhamn 1907-1908 innan hon avlade studentexamen vid Kolding højere Almenskole 1910. Därefter återvände hon till Köpenhamn för att studera på universitetet och avlade där en Examen philosophicum. Hon planerade att studera journalistik, men hon gifte sig 1911 med redaktören och landshövdingen (amtmand) Kresten Refslund Thomsen och bosatte sig i Åbenrå. Tillsammans fick de barnen Nanna (1912), Vibeke (1914), Gudrun (1915), Estrid (1922) och Ingeborg (1924).