В 1902 г. центр союза был перенесён из Томска в Иркутск. В 1903 г. союз вступил в РСДРП и изменил своё название на Сибирский социал-демократический союз — Комитет РСДРП. На II съезде РСДРП делегатами союза были избраны Л. Д. Троцкий и В. Е. Мандельберг, которые заняли меньшевистские позиции. В ноябре того же года центр союза вновь был переведён в Томск.