Der Niedergang des Klosters begann bereits vor der Reformation. In den Kämpfen um die Vorherrschaft im Harlingerland, der Sächsische Fehde ließ der ostfriesische Graf Edzard I. das Kloster plündern. Alleine aus Marienkamp stahlen seine Truppen 210 Ochsen, 19 Kühe, 50 Schafe 19 Schweine und zahlreiche Wertgegenstände, weitere Tiere raubten die Ostfriesen in den Vorwerken Schoo und Margens. Im Zuge der weiteren Auseinandersetzungen mit den Grafen von Ostfriesland brannte der harlingerländische Häuptling, Junker Balthasar von Esens, Marienkamp im Jahre 1530 nieder und eignete sich dessen Güter an. Dabei wurden wohl auch das Archiv und die Bibliothek zerstört, die bis auf wenige Reste (bisher sind lediglich fünf in Marienkamp entstandene Handschriften bekannt) verschwunden sind. Von der Ausstattung des Klosters blieben lediglich Teile der Orgel erhalten, welche die St.-Bartholomäus-Kirche in Dornum übernahm. Von diesem Instrument sind nach dem Neubau von Gerhard von Holy bis heute einige Register erhalten geblieben. Die verbliebenen Mönche zogen nach der Zerstörung von Marienkamp nach Pansath, das Balthasar offenbar fünf Jahre später auflösen ließ. Auf der Wüstung entstand ein Hof, den die Landesherrn mit dem Grundbesitz in Erbpacht vergaben. Als Ostfriesland ab dem Jahre 1744 eine preußische Provinz wurde, ließen die neuen Eigner den Hof 1777 privatisieren. Im Jahre 1917 zerstörte ein Feuer den Hof, der danach nicht wieder aufgebaut wurde.