Becsületszavának megszegése miatt sokan vádolták és mellőzték, de aztán 1804-ben ismét szükség lett a hadbiztosi szolgálataira, hogy előkészítse a háborút Franciaországgal. Megtette mindazt, ami lehetséges lehetett a hadsereg reformjához a rendelkezésre álló időn belül, ő lett a vezérkar irányítója német földön a tapasztalatlan, névlegesen parancsoló Habsburg–Estei Ferdinánd Károly József főherceg mellett. Ő volt a valódi, felelős parancsnok, aki Bajorországban irányította az osztrák seregeket Napóleon ellen, bár a rangja és helyzete miatt sokan lenézték. Bizonytalansága és a vezérkar bátortalansága miatt az ulmi csatában 1805. október 16-án Napóleon körülzárta Mack egész hadseregét, és három nappal később a tábornok megadta magát.