Mezitím byla nacisty uvedena v chod genocida především židovského obyvatelstva (holokaust). V lednu 1942 uspořádaly nacistické špičky konferenci ve Wannsee, na níž bylo rozhodnuto o konečném řešení židovské otázky („"Endlösung"“). Židé z celé okupované Evropy byli odvezeni do koncentračních a vyhlazovacích táborů v obsazeném Polsku. V Osvětimi, Treblince, Majdanku a na mnoha jiných místech bylo do konce války vyvražděno kolem 6 milionů evropských Židů. Je prokázáno, že podobný úděl chystali nacisté také dalším etnickým a národnostním skupinám označeným za podřadné, především Slovanům a Romům. Říšský vedoucí SS Heinrich Himmler vypracoval se souhlasem Hitlera Generalplan Ost, který plánoval po vítězné válce proti Sovětskému svazu vystěhovat na východ za Ural, zotročit nebo fyzicky zlikvidovat většinu Poláků, Čechů, Ukrajinců, Bělorusů a Rusů z evropské části Sovětského svazu. Takto uvolněné teritorium na východě mělo posloužit k vytvoření životního prostoru (Lebensraum) pro „germánskou rasu“. Zlikvidovány měly být rovněž fyzicky nebo mentálně postižené osoby. Ve válce zahynulo celkem přes 20 milionů občanů Sovětského svazu, včetně více než 3 milionů sovětských válečných zajatců. Německá okupace Polska si vyžádala životy více než dvou milionů Poláků.