Nommé chef d'état-major des Forces navales françaises libres en juillet 1940, il participe à l'expédition de Dakar, dirigeant la délégation de parlementaires envoyés auprès des autorités vichystes le 23 septembre. La délégation est très mal accueillie. Elle doit se retirer sous le feu et il est sérieusement blessé. En novembre, il dirige les opérations navales lors de la campagne du Gabon.