Alors que les talibans pakistanais continuent de s'étendre dans la province de Khyber Pakhtunkhwa, l'accord de cessez-le-feu avec les autorités pakistanaises vole en éclats et l'armée pakistanais entame en 2009 de vastes opérations militaires dans la région, marquant un changement de stratégie du pays. Rapidement défait après des combats sanglants, Fazlullah fuit vers les régions tribales puis en Afghanistan. Il se cacherait dans la province de Kounar ou du Nouristan. Il est annoncé plusieurs fois mort ou sérieusement blessé lors de bombardements, mais toutes ces allégations se sont révélées fausses.