Im Zuge der Asienkrise 1997 und 1998 verloren der indonesische Staat und die Garuda Indonesia viel Kapital. Darauf wurde mit diversen Streckenkürzungen im interkontinentalen Bereich reagiert, es wurden nur noch Amsterdam, Frankfurt und London angeflogen. Infolge der Terroranschläge am 11. September 2001 und dem Bombenanschlag auf Bali am 12. Oktober 2002 waren auch die letzten beiden Europaverbindungen unrentabel geworden und wurden eingestellt. 2001 wurden Garuda Indonesia und Merpati Nusantara Airlines von ihrer gemeinsamen Muttergesellschaft getrennt und agieren seitdem eigenständig.