Дипломатические отношения между двумя государствами были установлены, когда Таджикистан после распада СССР стал независимым государством, и оставались достаточно напряженными из-за ситуации в Афганистане, граничащим с обеими странами. Несмотря на это, сотрудничество и торговля между Пакистаном и Таджикистаном, неуклонно растут. За последние годы было проведено несколько саммитов по улучшению торговли между двумя государствами.