Watson verhuisde naar Everton in augustus 1986. Everton had £ 950.000 veil voor de centrale verdediger. Hij debuteerde voor Everton op de eerste speeldag van het seizoen, op 23 augustus 1986. Everton versloeg Nottingham Forest in eigen huis met 2-0. In de wedstrijden die volgden op zijn debuut eiste Watson direct de positie van Europacup II-winnaar Derek Mountfield op, naast aanvoerder Kevin Ratcliffe. Hij werd meteen een sterkhouder en in zijn eerste seizoen op Goodison Park veroverde hij de Engelse landstitel. Hij bereikte met Everton de finale van de FA Cup in 1989, maar na verlengingen verloor Everton van stadsrivaal Liverpool met 3-2. Everton zakte daarna weg naar de middenmoot. Vanaf het seizoen 1992-1993 kwam hij als aanvoerder met Everton uit in de Premier League, maar eindigde steeds buiten de top vijf.