A nivell de seleccions nacionals, Rakitić juga amb la selecció de futbol de Croàcia. Tot i que va néixer a Suïssa i va disputar diversos partits per aquest país en categories inferiors, Rakitić es va comprometre amb la selecció croata, d'on provenien els seus pares. El seu debut es va produir el 2007, i des de llavors ha representat el país en l'Eurocopa 2008, l'Eurocopa 2012, el Mundial del 2014 l'Eurocopa 2016, i el Mundial del 2018, en el qual va ser subcampió.