Henderson spillede desuden 79 kampe for USA's landshold, hvori han scorede tre mål. Han var en del af den amerikanske trup til VM i 1990 i Italien, og deltog desuden ved både OL i 1992 og Confederations Cup 1992. Han var også med på det amerikanske hold, der vandt det nordamerikanske mesterskab CONCACAF Gold Cup i 1991.