Bodin, der seit dem 9. November 1941 im Rang eines Generalleutnants stand, erregte durch seine Erfolge die Aufmerksamkeit des sowjetischen Generalstabes. Im März 1942 wechselte er daher als zweiter Stellvertreter des Chefs des Generalstabes der Roten Armee, Marschall B.M. Schaposchnikow, nach Moskau. Ab April 1942 leitete er hier bei Abwesenheit Generalleutnant A.M. Wassilewskis die wichtige Operative Verwaltung. Dennoch reiste er als Repräsentant der Stawka VGK auch zu verschiedenen Kommandostellen. Als jedoch im Sommer 1942 die neue deutsche Sommeroffensive (→ "Fall Blau") die Rote Armee wieder unter Druck setzte, kehrte Bodin an die Front zurück. Er löste am 26. Juni 1942 den in der Schlacht bei Charkow erfolglosen Generalleutnant Hovhannes Baghramjan als Chef des Generalstabes der Südwestfront ab. Trotzdem blieben Baghramjan und Bodin, die bereits im Herbst 1941 im gleichen Stab gedient hatten, Freunde. Baghramjan berichtete über Bodin später: