Baker si trovò, nel suo nuovo ruolo politico, a dover fronteggiare l'implosione dei regimi comunisti. Con il crollo del muro di Berlino, Baker divenne una figura di primo piano nel processo di riunificazione delle Germanie. Un altro dei temi caldi di politica estera affrontato dall'amministrazione Bush fu la prima guerra del Golfo nel 1990. Baker e Bush negoziarono con i leader mondiali per formare una forza militare internazionale che intervenisse nel Kuwait invaso dalle truppe di Saddam Hussein.