Aleksanteri Suuri valtasi Magnesian vuonna 334 eaa. Se vaihtoi usein omistajaa hänen kuolemaansa seuranneissa diadokkisodissa. Filippos V antoi Myuksen alueen magnesialaisille vuonna 201 eaa., mutta Apamean rauhassa vuonna 188 eaa. alue palautui Miletokselle. Rooman Syyrian sodan jälkeen Magnesia liitettiin Pergamonin alueisiin. Seurannut aika oli kaupungin suurinta kukoistuskautta.