Kanada'nın Edmonton şehrinde düzenlenecek olan 2001 Dünya Atletizm Şampiyonası'nda yarışacak Kenya takımına davet edilen Ngeny, Britanya'daki çalışmalarını yarıda bırakamayacağını belirterek ülkesine dönmesini reddettiğinden federasyon tarafından takım kadrosundan çıkartıldı. 2001'de, Avustralya'nın Brisbane'de düzenlenen İyi Niyet Oyunları'nda yapılan mil yarışını 3:56,64 saniyeyle kazandı. Aynı yılın kasım ayında, ülkesi Kenya'da geçirdiği trafik kazası sebebiyle bir süre atletizmden uzaklaşmak zorunda kaldı. Sakatlığı sebebiyle 2003 Dünya Atletizm Şampiyonası seçmelerine katılamadı. Kaza sonrası performansında yaşadığı düşüş sonucunda Atina'da düzenlenen 2004 Yaz Olimpiyatları'nda yarışma şansını da elde edemedi. 22 Kasım 2006 tarihinde ise sporculuk hayatını sonlandırdığını açıkladı.