Tendo sido considerado culpado de desobediência às ordens do imperador, este nunca lhe voltou a atribuir qualquer comando efectivo de forças. Mesmo quando Napoleão Bonaparte invadiu a Rússia e se desencadeou a Guerra Patriótica, nome pelo qual ficou conhecida na Rússia a invasão napoleónica de 1812, Seniavin permaneceu como comandante do porto de Reval (Tallinn), uma posição secundária longe da frente de batalha, isto apesar de ter solicitado por diversas vezes ao czar a sua readmissão ao serviço activo ou que fosse autorizado a constituir uma milícia na sua província natal.