После предупреждения от А-54 о предстоящем так называемом «разгроме оставшейся Чехии» 15 марта 1939 года Моравец за день до этого при помощи британцев бежал вместе с десятью другими сотрудниками и материалами в Лондон. В чехословацком правительстве в изгнании под руководством Эдварда Бенеша Моравец продолжил заниматься разведывательной деятельностью: 1 августа 1940 года он был назначен начальником разведывательного центра министерства обороны, с июня 1941 года — переименованного «2-го отдела». Моравец поддерживал контакты с агентом А-54 и антифашистскими организациями в протекторате Богемии и Моравии и добывал ценную информацию для союзников. Моравец отвечал за подготовку и проведение операции «Антропоид», покушения на Рейнхарда Гейдриха. После 1944 года Моравец являлся заместителем начальника штаба по формированию чехословацкой армии и заместителем главного коменданта в Лондоне. 28 октября 1944 года получил звание бригадного генерала.