Malgrado l'insuccesso con la nazionale olimpica, nel 2000 arriva la svolta della carriera di Riquelme. Vince per la prima volta la Coppa Libertadores e successivamente si aggiudica la Coppa Intercontinentale 2000 con la vittoria del Boca sul per 2-1: in questa partita Riquelme è protagonista di una grande prestazione, firmando anche l'assist del 2-0 di Martín Palermo con un lancio dalla propria metà campo di 40 metri. Il Boca Juniors guidato da Carlos Bianchi si aggiudica la Coppa Libertadores anche l'anno successivo sconfiggendo in finale i messicani del Cruz Azul e Riquelme viene nominato miglior giocatore della partita. Sempre nel 2001 arriva il nuovo trionfo nel torneo di Apertura.