Dubica aurait été fondée en 930. Cependant, la première mention connue du nom de la ville remonte à 1197. Les Babonici-Vodicki ont dirigé la ville jusqu'au . En 1269, ce diocèse et ce château deviennent propriété des templiers par le biais d'un échange (conclu par Béla IV de Hongrie) avec les villes de Gecske et de Zengg en Croatie. Bosanska Dubica est devenue une forteresse importante du fait de sa position stratégique à l'époque de la présence ottomane. La ville a été libérée de l'occupation turque en 1538 et ensuite été intégrée à l'Empire Austro-Hongrois. La dernière guerre autro-turque, qui s'est déroulée de 1788 à 1791, a été appelée "Guerre de Dubica" et s'est déroulée dans cette région. Durant la Seconde Guerre mondiale, il y a eu de nombreuses victimes dans les deux camps lors des combats qui s'y sont déroulés. La ville a connu un grand développement économique à partir de 1970. Dubica a été tenue à l'écart des affrontements durant la guerre de Bosnie de 1992-1993. Dubica a néanmoins été bombardée pendant le mois de par l'artillerie croate. L'attaque croate y fit 8 morts y compris des femmes et des enfants.