Hannah Mather naît le dans le Nord de Boston. Ses parents sont Samuel Mather, un pasteur, et Hannah Hutchinson. L'arrière-arrière-grand-père de Hannah Mather Crocker était Richard Mather, qui a fondé la dynastie Mather. Le fils le plus célèbre de Richard Mather était Increase Mather, qui a eu un rôle important dans l'aggravation des procès pour sorcellerie de Salem. Son propre fils, Cotton Maher, y a aussi participé, mais est plus connu pour avoir effectué des recherches qui mèneront plus tard à l'invention du vaccin (son fils Samuel étant le père de Hannah). Elle a un frère, Thomas Hutchinson, gouverneur de Boston.