Körner war zunächst unter den Parteimitgliedern im Bürgerbräukeller zur Vorbereitung des Putsches, stieß dann beim Marsch auf die Feldherrnhalle in Höhe des Marienplatzes zum Demonstrationszug und marschierte an dessen Spitze in der zweiten Reihe links neben Alfred Rosenberg und Arno Schickedanz mit. Ferner marschierten noch Albrecht von Graefe, Julius Streicher, Max Sesselmann und Theodor von der Pfordten in dieser Reihe mit. Als der Zug die Feldherrnhalle erreichte, kam es zu einem Zusammenstoß mit der bayerischen Landespolizei. Bei dem sich daraufhin entwickelnden Schusswechsel zwischen den Polizisten und den Putschisten wurden vier Polizisten und vierzehn Putschisten, darunter Körner, getötet. Zwei weitere starben im Innenhof des Wehrbereichskommandos. Es wird berichtet, Körner sei dabei der Schädel zerschmettert worden, als er schützend vor Adolf Hitler sprang, nachdem dessen Leibwächter Ulrich Graf bereits schwer verletzt zu Boden fiel. Einer nationalsozialistischen Schrift aus dem Jahre 1933 zufolge waren Körner und Kurt Neubauer die ersten beiden Opfer, die vor der Feldherrnhalle tödlich getroffen wurden.