Under andra världskriget arbetade han som läkare under axelmakternas ockupation av Jugoslavien. Hans yngre broder dog i Stalingrad. När kriget höll på att ta slut öppnade Asperger en skola för yngre barn tillsammans med Syster Viktorine Zak. Skolan skulle komma att totalförstöras i ett bombanfall i vilket Syster Viktorine dödades och en stor del av Aspergers tidiga vetenskapliga arbeten gick förlorade.