Portée par des joueurs tels qu'Alekseï Arifoulline, Sergueï Ovtchinnikov, Oleg Pashinin, Vladimir Maminov, Iouri Drozdov, Ievgueni Kharlatchiov, Igor Tchougaïnov, Sergueï Gurenko, Andreï Solomatine ou encore Dmitri Loskov, les performances de l'équipe s'améliorent très vite au fil des années 1990 avec un premier podium dès 1994 puis une deuxième place l'année suivante qui égale la meilleure performance historique du club en championnat. Dans le même temps, elle se démarque également dans la Coupe de Russie en l'emportant à quatre reprises entre 1995 et 2001 pour en devenir très vite l'équipe la plus titrée. Ces victoires permettent au Lokomotiv de participer à trois reprises à la Coupe des coupes où elle se démarque en 1998 puis en 1999 en y atteignant le stade des demi-finales avant d'être battu respectivement par le VfB Stuttgart et la Lazio Rome. Le Lokomotiv s'impose par la suite comme un habitué du podium à partir de la saison 1998, enchaînant trois deuxièmes places d'affilée entre 1999 et 2001 avant de finalement l'emporte à l'issue de l'exercice 2002 en remportant le match d'appui pour le titre contre le CSKA Moscou le , Dmitri Loskov inscrivant alors le but du titre. L'année 2002 voit par ailleurs l'ouverture du nouveau stade Lokomotiv, alors en rénovation depuis l'an 2000.