1582 erwarb die Stadt Freiburg den größten Teil der Herrschaftsrechte. Die älteste bekannte Dorfordnung stammt von 1586. Horben wehrte sich bis in die heutige Zeit erfolgreich gegen die Eingemeindung nach Freiburg, konnte aber nicht verhindern, dass der wald- und erzreiche Osthang des Bohrertals unter die Herrschaft der Stadt kam. In Horben wohnten einige Bergleute, die in den Bergwerken des Schauinsland (auch "Erzkasten" genannt) arbeiteten. Die dortigen Wälder wurden damals von den Bewohnern auch als "Waldweide" genutzt, was zu Streitigkeiten mit der den Wald besitzenden Stadt Freiburg führte. Auch der Horber Berg wurde durch umherziehende Soldaten der Schlacht bei Freiburg im Breisgau im Dreißigjährigen Krieg völlig ausgeraubt. 1645 soll auch in Horben kein Stück Vieh mehr vorhanden gewesen sein. Zur Rekultivierung siedelte die Stadt Freiburg im Bohrertal neue Höfe an, die sich aber nur bis Mitte des 19. Jahrhunderts halten konnten. Kaiser Joseph II. hob 1784 die Pflicht zu Frondiensten auf.