Estuvo un tiempo en Arequipa, donde se enteró del sacrificio de su padre en Arica. Al ver que se hallaba alejado del teatro bélico, solicitó su traslado a Lima. Allí se sumó a los preparativos de defensa de la capital, amenazada por el avance chileno. Tenía ya el grado de capitán de artillería. Junto con su hermano Augusto, que tenía 17 años de edad, luchó en la Batalla de San Juan, librada el 13 de enero de 1881. Allí resultó con dos heridas, una por un disparo enemigo que le rozó la cabeza, y otra por haberse reventado el cañón que operaba, uno de aquellos cañones hechos en la fundición improvisada de Piedra Lisa. Ninguna de esas heridas era de gravedad mortal, y aunque se le aconsejó que debía descansar para sanar, decidió continuar peleando, desoyendo incluso las súplicas de su madre. Marchó a la línea defensiva que aún se mantenía en pie en Miraflores, con la cabeza vendada y con las heridas todavía sangrantes.