הארמייה השלישית של הצבא היפני הקיסרי הוקמה לראשונה ב-1 במאי 1904 במהלך מלחמת רוסיה–יפן בפיקודו של הגנרל נוגי מאראסוקה. בשלבים הראשונים של המלחמה, המשימה העיקרית שלה הייתה הטלת מצור על הנמל הרוסי פורט ארתור חיל המצב של פורט ארתור כלל 18,000 חיילים, מספר דומה של מלחים ויותר מ-20,000 אזרחים רובם סינים. לצורך הגנה על העיר מוקמו במקומם רק 116 מתוך 552 התותחים כשמתוכם רק 8 מוקמו בכיוון הים. עם תחילת המצור על פורט ארתור, היו כ-47,000 איש זמינים להגנה על המקום. מולם ריכזו היפנים בין 80,000 ל-150,000 חיילים. ב-2 בינואר 1905 הושלם המצור והעיר נכבשה. לאחר מכן הועברה הארמייה השלישית לגזרה הצפונית, שבה לקחה תפקיד מכריע בניצחון היפני המכריע בקרב מוקדן בשלבים האחרונים של המלחמה. לאחר שהמלחמה הסתיימה בניצחון יפני פורקה הארמייה השלישית.