1 червня в районі Ясс здійснив свій 2000-й бойовий виліт. З 1 серпня 1944 року — командир своєї ескадри, але фактично прийняв командування лише наприкінці вересня. 6 серпня льотчики ескадри знищили 27 радянських танків, з них 11 було на рахунку Руделя. 19 серпня під час під час боїв в районі Ерглі літак Руделя був підбитий радянською зенітною артилерією, а сам Рудель був поранений в ногу, але зміг долетіти до своїх. Восени 1944 року в боях над Будапештом був поранений двома кулями в стегно, але вже 5 грудня повернувся в стрій і 22 грудня здійснив свій 2400-й бойовий виліт. 23 грудня знищив свій 463-й танк.