עם ניצחון הבריטים בקרב אל־עלמיין השני ב־3 בנובמבר 1942, חלפה סכנת כיבוש ארץ ישראל והסתיים היעוד המקורי של המחלקה לפעולות גרילה בארץ, אם תכבש. המחלקה המשיכה להתקיים לאחר מכן, כאשר מעת לעת פשטו בה שמועות על פעולות העומדות להתבצע על ידה בחזיתות השונות שלא נתממשו. בקיץ 1944 כמעט והתממשה תוכנית לשלוח חלק מאנשי המחלקה לפעולה ביוגוסלביה במסגרת כוחות הגרילה של טיטו. אנשי המחלקה החלו להתאמן לקראת ביצוע התוכנית, אך זו בוטלה בסוף על ידי הבריטים, הן משום שהסתייגו ממשלוח יחידה עברית שלמה לפעולה, והן משום התקדמותו המהירה של הצבא האדום בבלקן. רעיון אחר שנגנז באותה עת מטעמים דומים היה לשלוח את המחלקה להילחם בפולין. עם זאת דן לנר איש המחלקה, ולימים מפקד אוגדה בצה"ל, נבחר על ידי הבריטים להיות בין צנחני היישוב ופעל בהצלחה בקרב הפרטיזנים ביוגוסלביה.