Im Jahr 2014 nahm Ždanoka an dem umstrittenen Krim-Referendum als „internationaler Beobachterin“ an einer von der Europäischen Union bezahlten Reise teil. Ihre Unterstützung für den Ausgang des Referendums für den Beitritt der Krim zu Russland und andere Äußerungen wurden vom Präsidenten des Europäischen Parlaments Martin Schulz als „völlig widersprüchlich zur Position des Europäischen Parlaments und der EU“ kritisiert. Schulz sagte, sie habe „absolut kein Recht und schon gar kein Mandat dieses Parlaments, solche Äußerungen in seinem Namen zu machen“. Ždanoka antwortete mit dem Hinweis, dass Schulz „genau wie sie“ eine Europaabgeordnete sei und dass nur ihre Wähler ihr sagen könnten, was sie tun solle.