Začátkem roku 1942 se stavba chýlila ke konci a proto se chystal na stěhování. Lidice však postihla tragédie, která změnila i životy Štemberkových. Kdyby se stěhování odbylo v předem daném termínu v květnu, tragédie by se ho nedotkla, on však vyhověl žádosti svého nástupce, který nebyl na převzetí služby v Lidicích ještě připraven, a termín odchodu odsunul o několik dní. Z vyprávění jeho farské hospodyně Antonie Škrdlové, která přežila válku v koncentračních táborech a v roce 1945 se vrátila a po krátkém pobytu v Buštěhradu (blízko vyvražděných Lidic) dožila na Pecce, se dozvídáme, jaký byl lidumil. Když začala druhá světová válka, nakoupil velké množství dětského ošacení, protože odhadl, co vše se ve válce bude hodit. Poslední varhaník v lidickém kostele, lékař Quido Jeřábek zase krátce po válce na něj vzpomínal jako na upřímného vlastence. Za války k němu chodili přátelé poslouchat zahraniční rozhlas a diskutovat o válečných událostech. Osudné noci na 10. červen v jedenáct hodin zazvonilo na faře gestapo, které nařídilo, že musí jít s nimi. Nic zlého netuše si oblékl bílý oblek, který měl připraven na odjezd do lázní (měl ho na sobě poprvé, hospodyně ho pak podle něj poznala na fotografiích mrtvých lidických mužů). Zůstal věrně až do konce se svými lidickými spoluobčany, za které prosil o smilování. Poslední hodiny života strávil ve sklepě Horákova statku, kde se s ostatními muži modlil a žehnal jim. Byl zastřelen jako jeden z posledních, sice mu bylo nabídnuto od gestapa odejít z obce, ale to kněz žijící 33 let v Lidicích nepřijal.