После оккупации Королевства Югославии Германией и её союзниками было создано Независимое государство Хорватия, с усташами во главе. Они придерживались великохорватской идеи и крайней сербофобии, что вылилось в геноцид сербов, евреев и цыган. Усташами была создана и сеть концлагерей. Точное количество жертв геноцида неизвестно, по хорватской версии — от 197 000 человек, по версии Яд ва-Шем — до 500 000 человек, по сербской версии — до 800 000 человек. Значительная часть жертв погибла в концлагерях, которые во множестве были созданы усташами. Около 240 000 сербов были насильно обращены в католичество, ещё 400 000 были вынуждены бежать в Сербию. Эти действия изменили этническую карту территорий современных Хорватии, Боснии и Герцеговины и Сербии и крайне отрицательно сказались на отношениях между сербами и хорватами. На оккупированных районах Югославии развернулось широкое освободительное движение. Зародившееся в Далмации, оно получило отклик на территории всей Югославии. Борьбу с хорватскими военными формированиями и частями Вермахта вели партизаны-коммунисты под руководством Йосипа Броз Тито.