Particolarmente drammatica fu la sorte dei circa 43.000 ebrei (35.000 italiani e 8.000 stranieri) che si trovarono soggetti ad immediata deportazione e dovettero darsi alla clandestinità. Contro di loro la macchina di morte dell'Olocausto si mise in moto con effetto immediato, con l'intento di applicare la "soluzione finale" all'intera popolazione ebraica in Italia. Non mancarono gli eccidi e le stragi in loco (episodi brutali come l'Olocausto del Lago Maggiore o l'Eccidio delle Fosse Ardeatine), ma secondo una prassi ormai consolidata nei paesi dell'Europa occidentale, il genocidio si realizza in modo più discreto attraverso l'arresto e la deportazione degli ebrei verso i campi di sterminio dell'Europa centrale dove lo sterminio poteva essere compiuti lontani da occhi indiscreti. L'antisemitismo in Italia non era diffuso, e si aveva timore di esacerbare un'opinione pubblica già in larga parte ostile. Dai campi di internamento fascisti si passa ad un sistema integrato di campi di concentramento e transito finalizzato all'organizzazione di trasporti ferroviari verso i campi di sterminio, in primo luogo Auschwitz. Si richiede anche un'azione capillare di polizia per la ricerca e la cattura dei fuggitivi. A tale opera si dedicano dapprima speciali reparti delle SS, al comando di Theodor Dannecker, un veterano della soluzione finale, gia' attivo in Francia e Bulgaria. Si compirono le prime grandi retate: il 9 ottobre a Trieste e poi il 16 ottobre il rastrellamento del ghetto di Roma ad opera del capo della Gestapo di Roma Herbert Kappler. Quindi tra fine ottobre e inizio novembre si procedette ad arresti di massa, in Toscana, Bologna e nel triangolo Milano-Torino-Genova. Per non suscitare proteste e tensioni, all'inizio alcune nazionalità (ungherese, inglese) furono escluse dalle deportazioni, così come furono esentati dalla cattura gli ebrei con genitore o coniuge "ariano".