Mit dem Tod von Hedwig Sophia von Schweden im Jahr 1708, der Witwe des 1702 in der Schlacht bei Klissow gefallenen Herzogs Friedrich IV., sah sich Wedderkop zunehmend schutzbedürftiger und zog sich sicherheitshalber in sein Palais am Neuen Wall in Hamburg zurück. Am 19. Dezember 1709 ließ Wedderkop sich aus nicht nachvollziehbaren Gründen dennoch zu einer Sitzung des Geheimen Rates nach Schloss Gottorf locken, wo der 72-Jährige freundlich empfangen, im Anschluss an ein Diner mit dem Administrator jedoch nachts verhaftet und auf die Festung Tönning gebracht wurde. Die Verhaftung erfolgte ohne Gerichtsurteil und gerichtliche Untersuchung. Da eigentlich keine belastenden Umstände gegen Wedderkop vorlagen, gestaltete sich der Prozess schwierig, wurde aber dennoch als ein Stück fragwürdiger Kabinettsjustiz 1713 mit einem Todesurteil gegen Wedderkop abgeschlossen. König Friedrich IV. von Dänemark belagerte 1713 mit seinen Verbündeten die in der Festung Tönning eingeschlossenen schwedischen Truppen unter Magnus Stenbock. Erst mit Übergabe der Festung kam Magnus von Wedderkop wieder frei.