Zatížena nadměrnou expanzí na konci 90. let a po hospodářském útlumu po útocích z 11. září 2001 ztrácela aktiva společnosti Swissair dramaticky hodnotu, čímž byla již v říjnu 2001 letecká společnost znepokojena. Na živu byla držena federální vládou do 31. března 2002.