Om de opstand te breken, rekende Alva hard af met opstandige steden. De Franse filosoof Voltaire zou dit later duiden als een barbaarse manier van handelen, zoals de Spanjaarden dit gewend waren te doen in Midden- en Zuid-Amerika. Zo liet Alva honderden inwoners van Zutphen en vrijwel de complete bevolking van Naarden ombrengen. Later werd Haarlem door de Spanjaarden veroverd, en werd tevergeefs geprobeerd Leiden en Alkmaar in te nemen.