Der Diktator Antonio Antonio López de Santa Anna ließ ihn 1853 inhaftieren und Ignacio Ramirez kam erst bei dessen Sturz 1855 frei. Unter dem indianischen Präsidenten Benito Juárez erhielt er 1861 das Justiz- und Bildungsministerium und schuf in dieser Funktion die Nationalbibliothek und trieb den Ausbau der Universität voran. Trotz seiner panlatinistischen Einstellung führte er den Kampf gegen die französischen Invasion, auch als Journalist, an. Deswegen floh er dann auch 1864 in die USA. Dennoch wurde er in Veracruz nach dem Abzug der Franzosen inhaftiert, noch kurz vor dem Sturz Kaiser Maximilians I.