Após a derrubada de Amin em 11 de abril de 1979, o Exército de Libertação Nacional do Uganda tornou-se o exército nacional de Uganda até ser derrotado em 1986 pelos guerrilheiros do Exército de Resistência Nacional, liderados por Yoweri Museveni, durante a Guerra Civil de Uganda. Neste período o exército foi acusado de numerosas violações dos direitos humanos. Muitos soldados do Exército de Libertação Nacional do Uganda formaram grupos rebeldes para combater o novo governo, como o Exército Democrático do Povo de Uganda, que não tiveram sucesso.