לאחר פיגועי 11 בספטמבר ב-2001 גדלה מעורבותם הפוליטית של הביסטי בויז וב-2003 פרסמה הלהקה את השיר "World Gone Mad" להורדה חופשית באינטרנט, שהיה לשיר מחאה נגד מלחמת עיראק. אלבומם השישי "To the 5 Boroughs" יצא בשנת 2004, והיה לאלבום הראשון אותו הפיקו לחלוטין בעצמם. האלבום שהכיל שירים פוליטיים כנגד מלחמת עיראק וממשלו של ג'ורג' בוש, הגיע למקום הראשון במצעד הבילבורד האמריקאי.