Tuttavia al termine del girone d'andata la squadra figurava all'ultimo posto in classifica. Ma dopo il mercato di novembre, la squadra venne rivoluzionata e nel girone di ritorno il Messina conquistò 20 punti e riuscì a salvarsi. La seconda stagione in serie A culminò con la retrocessione, frutto del penultimo posto in classifica. Da allora il Messina ebbe una parabola discendente, che vide la squadra retrocedere in Serie C dopo soli tre anni di cadetteria e dopo la Serie C 1972-1973, retrocesse in Serie D. La prima esperienza in Serie D del Messina terminò con la risalita in Serie C. Tuttavia saranno solo tre i campionati di Serie C disputati dal Messina, prima di ripiombare ancora in Serie D. Nel 1978-1979 la società viene ammessa alla nuova Serie C2 ove restò sino alla stagione 1982-1983, anno della promozione in Serie C1 1983-1984, ove ottennero una tranquilla salvezza. Nel 1984, divenne presidente Salvatore Massimino. Il campionato di Serie C1 1984-1985, si concluse al 3º posto sotto la guida di Franco Scoglio. Nel Serie C1 1985-1986, arrivò la promozione in Serie B 1986-1987. La squadra mantenne la Serie B sino alla stagione 1991-1992, poi il Messina partecipò al campionato di Serie C1 1992-1993, e dopo delle vicissitudini societarie e la mole di debiti accumulata, la società fallì.