W 1978 roku doszło do wybuchu wojny z sąsiednią Ugandą. Spór państw rozpoczął się w 1971 roku, gdy w Ugandzie doszło do zamachu stanu, w którym armia na czele z Idi Aminem obaliła prezydenta Miltona Obote. Nyerere zaoferował azyl polityczny obalonemu prezydentowi. Do byłego prezydenta dołączyło 20 tys. osób prześladowanych przez juntę z powodów politycznych. Rok później grupa uchodźców przy wsparciu Tanzanii próbowała bezskutecznie obalić Amina. Junta oskarżyła Nyerere o przygotowanie zamachu, a dodatkowo zaczęła wspierać wrogów politycznych urzędującego prezydenta Tanzanii. Gdy Mustafa Adrisi, wiceprezydent Ugandy został ranny w podejrzanym wypadku samochodowym w 1978 roku, żołnierze lojalni wobec Adrisiego zbuntowali się, a część z nich przekroczyła granicę Tanzanii, gdzie znalazła schronienie – spowodowało to bezpośrednią interwencję wojsk ugandyjskich przeciw Tanzanii. Konsekwencją przegranej przez Ugandę wojny był upadek junty ugandyjskiej i powrót do władzy Obote w 1980 roku.