Území dnešního Estonska bylo osídleno již v 1. století. V roce 1212 dobyli pevnost Toompea v dnešním Tallinnu Dánové a země se tak dostala pod jejich vliv. V roce 1219 bylo severní Estonsko připojeno k Dánsku a zbytek země ovládl řád livonských rytířů, který v roce 1237 spojil své území s územím řádu německých rytířů. Během livonských válek (1558–1583) bylo území rozděleno mezi Švédsko a Kuronsko. Po Severní válce (1721) připadlo Estonsko Rusku, které ho rozčlenilo na Estonskou (ve zdroji chybně uvedena Kuronská) na severu dnešního Estonska a Livonskou (dnešní jižní Estonsko) gubernii a začalo užívat ruskou vlajku.