En fin de contrat avec le Dynamo Moscou, Smolov s'engage le 2 juin 2015, il s'engage gratuitement avec le FK Krasnodar pour une durée de quatre années. Aligné comme titulaire dans l'attaque krasnodarienne, il y réalise une saison remarquable en championnat où il inscrit vingt buts en vingt-neuf matchs, incluant un quadruplé face à son ancien club de l'Oural Iekaterinbourg le 10 avril 2016, devenant le premier joueur à réaliser une telle performance depuis Vágner Love en 2006, et le premier Russe depuis Anton Khazov en 2001. Il termine ainsi meilleur buteur du championnat pour sa première saison au club, le premier joueur russe à remporter ce titre depuis 2007. Il est par ailleurs élu meilleur joueur de Russie par le journal Sport-Express ainsi que par la fédération russe.