Під час Словацького національного повстання Фердинанд Чатлош залишився на зайнятій повстанцями території, був взятий у полон і переправлений до Москви. По завершенні Другої світової війни чехословацький народний суд засудив Чатлоша у 1947 році до 5 років ув'язнення, однак уже в 1948 році його було звільнено. Згодом служив чиновником у м. Мартіні, не беручи участі в громадському житті.