Thời gian ngồi ghế dự bị tại Porstmoth khiến anh mất suất thủ môn chính thức của tuyển Nhật Bản tại World Cup 2002 về tay Narazaki Seigo. Tuy nhiên, Kawaguchi là người hùng của Nhật Bản ở Cúp bóng đá châu Á 2004 khi cản phá hai cú sút penalty trong trận tứ kết gặp Jordan, đưa đội bóng lên ngôi vô địch sau đó. Tại FIFA Confederations Cup 2005, những pha cứu thua đẳng cấp của anh đã giúp Nhật Bản làm nên bất ngờ khi đánh bại đương kim vô địch châu Âu Hy Lạp (1-0) và cầm chân Brazil (2-2).