Der offensive Mittelfeldspieler spielte danach in seiner ersten Profistation bei den Urawa Red Diamonds, als er bei der Fußball-Weltmeisterschaft 1998 in Frankreich als 18-Jähriger sein erstes WM-Turnier spielte. In diesem Jahr wurde er als J. League Best Young Player ausgezeichnet. 1999 gewann er als Kapitän der japanischen Juniorenauswahl die Silbermedaille bei der U-20-Weltmeisterschaft. Er wechselte 2001 für 12,5 Millionen Euro in die Niederlande zu Feyenoord Rotterdam, der bis heute teuerste Transfer des Traditionsklubs. Mit Ono gewann Rotterdam 2002 den UEFA-Pokal. Im Februar 2006 kehrte er wieder zu den Red Diamonds zurück. Sein bisheriger Karrierehöhepunkt war die Teilnahme an der Fußball-Weltmeisterschaft 2002 im eigenen Land. Nach dieser WM wurde er zu Asiens Fußballer des Jahres 2002 gewählt, wegen Verletzungsproblemen kam er bei seiner dritten WM-Endrunde 2006 lediglich zu einem Einsatz gegen Australien, er trat nach dem Turnier aus der Nationalmannschaft zurück.