Im Russisch-Schwedischen Krieg eroberten die russischen Truppen Turku 1808 kampflos. Als Schweden 1809 im Vertrag von Fredrikshamn Finnland an Russland abtreten musste, wurde Turku zunächst zur Hauptstadt des neugeschaffenen Großfürstentums Finnland erkoren. Aus Sicht von Zar Alexander I. war Turku aber zu weit von Sankt Petersburg entfernt, weshalb 1812 der Beschluss erging, die Hauptstadt in das bis dahin unbedeutende Helsinki zu verlegen. Nachdem Helsinki unter der Ägide des Architekten Carl Ludwig Engel zur repräsentativen Hauptstadt ausgebaut worden war, fand die Verlegung 1819 statt. Endgültig wurde die Bedeutung Helsinkis gefestigt, als Turku im großen Stadtbrand von 1827 fast völlig zerstört wurde. Die verheerende Feuersbrunst vernichtete innerhalb eines Tages drei Viertel der Häuser Turkus. Infolge des Brandes wurde die Akademie Turku, ebenso wie die anderen in Turku verbliebenen Institutionen, 1828 nach Helsinki verlegt und in die Universität Helsinki umgewandelt. Damit hatte Turku endgültig seine vorherrschende Stellung in Finnland verloren. Carl Ludwig Engel wurde mit dem Wiederaufbau Turkus beauftragt. Er entwarf einen schachbrettförmigen, brandsicheren Grundriss. Turku blieb für weitere zwanzig Jahre die größte Stadt Finnlands, bis es von Helsinki überholt wurde.