מעודדים מקרב בול ראן השני, ביצעה הקונפדרציה את פלישתה הראשונה לצפון. ג'נרל לי הוביל, ב-5 בספטמבר, 45,000 חיילים של ארמיית צפון וירג'יניה לאורך נהר הפוטומק לתוך מרילנד. באותו הזמן השיב לינקולן למקללן את חייליו של פופ. מקללן ולי נפגשו בקרב אנטיאטם ליד שרפסבורג, מרילנד ב-17 בספטמבר 1862, קרב זה היה ליום העקוב מדם בהיסטוריה הצבאית של ארצות הברית. צבאו של לי נבלם סוף סוף, חזר לווירג'יניה לפני שמקללן יכול היה להשמידו. קרב אנטיאטם נחשב לניצחון של הצפון עקב כך שהצליח לעצור את פלישתו של לי לצפון ונתן ללינקולן את ההזדמנות להכריז על הצהרת האמנציפציה חמישה ימים לאחר מכן.