לאחר מצור ממושך נכנע חיל המצב בוויקסבורג, בפיקודו של פמברטון, ב-4 ביולי (יום אחרי תבוסת הקונפדרציה בקרב גטיסברג). ב-9 ביולי נכנע גם חיל המצב בפורט האדסון, מוצב הקונפדרציה האחרון על המיסיסיפי, לכוחות האיחוד בפיקוד מייג'ור ג'נרל נת'ניאל באנקס . בכך עברה השליטה על המיסיסיפי לכל אורכו לידי האיחוד, והנהר חזר להיות נתיב מסחר ואספקה חשוב עבור האיחוד. שטח הקונפדרציה בותר לשניים — טקסס, ארקנסו ולואיזיאנה נותקו למעשה מן הקונפדרציה, ונותרו כך עד תום המלחמה. מערכת ויקסבורג מוכרת על ידי היסטוריונים כמופת של פעולה צבאית, וכנקודת מפנה במלחמה.