În decembrie 2000 Levi a fost avansat la gradul de general de poliție , în ebraică - nitzav -, și în funcția de comandant al districtului de politie Ierusalim si s-a confruntat de la bun început cu evenimentele sângeroase ale celei de-a Doua Intifada, cunoscută ca Intifada Al-Aqsa, închiderea birourilor palestiniene de la „Orient House”, tulburări pe Muntele Templului, violențe pe terenurile de fotbal, a răspuns de arestarea unor fruntași ai lumii interlope, ancheta prăbușirii sălii de nunți „Versailles” etc. Perioada comandei sale a fost marcată valul de teroare în care Ierusalimul a fost lovit de numeroase atentate sinucigașe organizate de mișcări teroriste palestiniene precum Hamas, Tanzim etc . El a apărut in acea perioadă adesea în mass media și a trezit simpatie în public. În momentul unuia din atentate a suferit un atac de cord dar nu a plecat de la fața locului pentru a se ingriji decat după ce ultimii dintre răniți și morți au fost evacuați.