La ciudad fue fundada en el siglo XV como puerto a orillas del río Mandovi por los gobernantes de Bijapur. Fue construida para sustituir a Govapuri, situada a escasos kilómetros al sur y que había sido utilizada por los reyes Kadamba y Vijayanagara. Goa Vieja fue la segunda capital del Sultanato durante el reinado de Adil Shah. Estaba fortificada y en ella se levantaba el palacio del Shah, junto con sus mezquitas y templos. La ciudad fue tomada por los portugueses y permaneció bajo dominio portugués desde 1510 como sede administrativa de la India Portuguesa. La residencia del virrey fue trasladada en 1759 a Panaji, entonces Pangim, la futura capital, situada a 9 kilómetros al oeste.