Han ble professor i Göttingen i 1868. I 1873 var Brugsch egyptisk generalkommissær ved verdensutstillingen i Wien. I 1881 fikk han pasjetittelen. Brugsch fulgte i 1883 prins Fredrik Karl av Preussen på en reise til Egypt og Syria og besøkte i 1891 på oppdrag av den prøyssiske regjeringen igjen Egypt. I 1892 reiste han i den libyske ørkenen. Han grunnla studiet av den demoniske litteraturen, som i språk og skrift representerer den siste førkristne utviklingen av den fornegyptiske.