MacNeny was een telg van oude landadel in Ierland. Zijn ouders waren Philippe MacNeny en Brigitte O'Neill. De overwinning van de Engelse Williamieten, die zich meester maakten van Ierland, betekende een zware tegenslag voor de traditionele Ierse families. Patrick trok er zijn conclusies uit en vertrok als zestienjarige in ballingschap naar het continent.