En 49 av. J.-C. César était devenu maître de l’Italie, des Gaules et des Espagnes; l’année suivante, en janvier 48 av. J.-C., il fut élu consul et traversa l’Adriatique pendant l’hiver pour surprendre Pompée en Épire. Ce dernier disposait alors de onze légions. C’est pour faire face à ces forces considérables, que César leva la "Legio III Gallica" qui fit dès lors partie des douze légions qui l’attendirent à Brindisi. Elle fut par la suite de toutes les grandes batailles livrées par César : Dyrrhachium (48 av. J.-C.), Pharsale (48 av. J.-C.) et Munda (45 av. J.-C.). Après l’assassinat de César, en 44 av. J.-C., la légion fut incorporée dans les troupes de Marc Antoine. C’est donc du côté des triumvirs Marc Antoine et Octave que la légion participa à la bataille de Philippes en octobre 42 av. J.-C. opposant les triumvirs aux assassins de César, Cassius et Brutus. À la suite de cette bataille, les premiers vétérans de la légion reçurent des terres en Italie et s’installèrent à Pérouse (Perugia en Italie). Il semble que ces vétérans aient joué un rôle déterminant dans la guerre qui opposa l’épouse de Marc Antoine, Fulvie, et le frère de ce dernier, Lucius, à Octave qui, resté en Italie, avait reçu mission de distribuer des terres aux vétérans des guerres civiles (Guerre de Pérouse). En 41 av. J.-C., Pérouse fut assiégée par les partisans d’Octave et la ville dut se rendre.