В июне 1861 года Бругш вернулся на родину, занялся написанием книги о своём путешествии по Персии и основал журнал по египтологии. Осенью 1864 года он был назначен консулом в Каир, в 1868 году стал профессором египтологии в Гёттингенском университете, а в 1870 году — созданной хедивом директором школы египтологии в Каире. С последней должности он был бесцеремонно уволен в 1879 году европейскими чиновниками, решившими сэкономить. После этого Бругш проживал в основном в Германии, но часто бывал в Египте и принял участие ещё в одной дипломатической миссии в Персию. В 1876 году он организовал египетскую экспозицию на Всемирной выставке в Филадельфии. В 1881 году Бругш получил от хедива титул паши. В 1894 году он опубликовал автобиографию, в заключении которой тепло отзывался о британском правлении в Египте. Бругш умер 9 сентября 1894 года в Шарлоттенбурге. Он внёс существенный вклад в египтологию, прежде всего, в расшифровке демотического письма и создании огромного иероглифическо-демотического словаря (1867—1882).