В период после террористических актов 11 сентября 2001 года Либби оказался в числе активных сторонников нападения на Ирак. Здесь пригодились его старые разработки: идея упреждающих ударов легла в основу внешней политики США. Глава аппарата вице-президента, который активно занимался вопросами энергетики, биологического оружия и борьбы с терроризмом, выступил одним из авторов предъявленных Саддаму обвинений в разработке оружия массового уничтожения и связях с террористами из группировки «Аль-Каеда». Либби непосредственно занимался подготовкой некоторых свидетельств вины Саддама, которые позднее оказались ложными.