La presenza di due comandanti in capo delle forze confederate permise al sovrano ed al "Sejm" (il parlamento confederato) di gestire separatamente i due fronti "caldi" solitamente interessati da scontri con le potenze confinanti: il fronte settentrionale (Granducato di Moscovia) ed il fronte meridionale (Impero ottomano e Khanato di Crimea). Di conseguenza, seppur tra i due grandi atamani il più importante fosse il Grande atamano della Corona, le due cariche operavano distintamente l'una dall'altra, senza un efficace coordinamento. Nel secondo decennio del XVII secolo, mentre il Grande atamano della Corona Stanisław Żółkiewski gestiva autonomamente le battute finali della Guerra dei Magnati di Moldavia (1593-1617), il Grande atamano di Lituania Jan Karol Chodkiewicz affiancava il sovrano Sigismondo Vasa nella gestione della Guerra polacco-moscovita (1605-1618).