代表では1994年にフィンランドとの親善試合で代表デビュー。アメリカW杯とEURO2000のメンバーに選出された。イタリアはコンテがメンバー入りした両大会も準優勝という成績を収めた。EURO1996はチャンピオンズリーグ決勝のアヤックス戦での怪我もあり代表入りを逃した。