Cumpliendo con lo esperado, Thorpe falló al conseguir la clasificación, terminando en el lugar 23 en los 400 metros estilo libre y 36 en los 200 estilo dorso.Para el fin de ese año (1996), había crecido alcanzando 1.90 m de altura y 90 kg de peso, y también había conseguido la calificación para los Campeonatos Australianos de Piscina de 25 m. Fue una nueva oportunidad para Thorpe para alcanzar la selección nacional, ya que eran las pruebas para el Campeonato Mundial de Natación en Piscina Corta de 1997 en Gotemburgo, Suecia. Calificó en segundo lugar para su primera final nacional en 400 m combinados, pero en la final nadó más lento y no alcanzó la selección al Campeonato Mundial.