Diante da instalação da Dinastia Filipina em Portugal, D. António passou a governar o país a partir da Terceira, nos Açores. Após a vitória na batalha da Salga (25 de Julho de 1581, na Terceira, e da derrota na Batalha Naval de Vila Franca (26 de Julho de 1582), nas águas da ilha de São Miguel, a resistência da Terceira persistiu até ao Verão de 1583. Nesse período, enquanto sede da monarquia portuguesa, a ilha chegou a ter, além da presença do soberano, órgãos como a Casa da Suplicação, as Mesas de Desembargo do Paço e Casa da Moeda.