В 1787 году Нельсон покинул Вест-Индию, отправившись домой. Фанни с сыном отбыли немного позднее. В 1793 году, с началом войны против Франции, Нельсон получил должность капитана линейного 64-пушечного корабля «Агамемнон» в составе Средиземноморской эскадры адмирала Сэмюэля Худа. В том же году он принял активное участие в боевых действиях под Тулоном. В июле 1794 года командовал десантом на Корсике и при осаде крепости Кальви получил осколочное ранение правого глаза песком и каменной крошкой. Его тут же перевязали и он вернулся в бой. Глаз он не потерял, но стал им плохо видеть.