במרץ 1970 מונה לאטק כמאמנה של באיירן מינכן במקומו של היוגוסלבי ברנקו ז'בץ. לאטק הומלץ לקבוצה על ידי שחקנה פרנץ בקנבאואר, אך הוטלו ספקות בנוגע למינויו כמאמן הקבוצה עקב חוסר הניסיון שלו כמאמן ראשי. עם זאת, הצלחתו של לאטק בבאיירן מינכן הייתה מיידית, כאשר הרכיב קבוצת פאר עם השוער ספ מאייר, עם בקנבאואר בהגנה, ובהתקפה גרד מילר, אולי הנס ופול ברייטנר. לאטק הוביל את הקבוצה לשלוש זכיות רצופות באליפות הבונדסליגה, הראשונה בשנת 1972. בשנת 1974 זכה לאטק עם באיירן מינכן בגביע אירופה לאלופות, לאחר שהקבוצה ניצחה בגמר גביע אירופה לאלופות 1974, את אתלטיקו מדריד בשני מפגשים, והניח את היסודות לשתי זכיות נוספות מיד אחרי זכייה זו, עם המאמן שהחליפו בבאיירן מינכן, דיטמר קראמר. באיירן מינכן של לאטק נחשבה לקבוצה חזקה במיוחד, ואחת מהקבוצות המפוארות ביותר בתולדות הכדורגל העולמי, ששלחה שישה שחקנים לסגל נבחרת גרמניה המערבית ליורו 1972 ושבעה שחקנים לסגל למונדיאל 1974, בשני הטורנירים זכתה נבחרת גרמניה המערבית. בעונת 1974/75 נקלעה באיירן מינכן לתקופה פחות מוצלחת בבונדסליגה לאחר שזכתה בשלוש אליפויות ברצף, ובגין זאת, פוטר לאטק מהקבוצה והוחלף בדיטמר קראמר, שהמשיך עם המועדון לזכייה בגמר גביע אירופה לאלופות 1975. גם קראמר הומלץ לראשי הקבוצה על ידי בקנבאואר. לימים, לאטק טען שפוטר מבאיירן מינכן לאחר שאמר לנשיא המועדון וילהלם נוידקר "אנחנו זקוקים למעט שינויים", ונוידקר ענה לו בתגובה "זה נכון. אתה מפוטר".