Принимал участие в подавлении белогвардейского мятежа в Ашхабаде, после чего воевал на Закаспийском фронте, командуя 1-м Туркестанским стрелковым полком, одновременно в апреле 1919 года исполнял обязанности помощника командующего войсками Закаспийского фронта Туркестанской республики. С 8 августа по 22 ноября 1919 года Тимошков был командующим войсками этого фронта, который принимал участие в ходе наступления против басмаческих отрядов под командованием Джунаид-хана и в районе Кызыл-Арвата. В ноябре 1919 года Закаспийский фронт был преобразован в Закаспийскую армейскую группу Туркестанского фронта, а Тимошков был назначен на должность её командующего, а в декабре 1919 года — на должность командира 1-й Туркестанской стрелковой дивизии.