Wkrótce Villar wkrótce został wiceprezydentem UEFA, jednak po kontrowersyjnym odpadnięciu reprezentacji Hiszpanii w ćwierćfinale mistrzostw świata 2002 w Korei Południowej i Japonii (przegrana z reprezentacją Korei Południowej po rzutach karnych 3:5 – 0:0) zrezygnował ze stanowiska, jednak natychmiast został mianowany na to stanowisko, a dodatkowo został przewodniczącym Komisji Sędziowskiej UEFA oraz FIFA.