За вријеме Булатовићевог мандата на челу Савезне владе, догодила се НАТО агресија на СРЈ, која је трајала од 24. марта до 10. јуна 1999. године. Булатовић је писао да од СРЈ није био тражен неки посебан уступак на Косову, него је циљ био да се СРЈ војнички порази, а покаже способност и „право” НАТО-а да то учини и да је то био део „новог светског поретка” који су стварале САД. После избора 24. септембра 2000. и пораза Слободана Милошевића на изборима за председника СРЈ, у октобру 2000. и председник владе СРЈ Момир Булатовић поднео је оставку, али његова влада је наставила радити до избора владе Зорана Жижића (такође члана СНП) 4. новембра 2000.