במהלך המלחמה הייתה אלסקה גזרה שקטה, אולם ביוני 1942 התחולל בגזרה קרב אטו, כחלק מהקרב על האיים האלאוטיים. ב-4 במאי 1943 הועלה באקנר לדרגת לוטננט גנרל, וב-20 ביוני 1944 מונה למפקד הארמייה העשירית בהוואי. בתחילה הייתה הארמייה מיועדת לכבוש את טאיוואן, אולם לבסוף בוטלה המשימה ועל הארמייה הוטל לכבוש את אוקינאווה.