Ottensen werd in 1310 als kerkdorp (Ottenhusen) voor het eerst vermeld. Zijn oorsprong gaat wellicht naar de Frankische tijd terug ongeveer tegelijk met Hammaburg. Vanaf 1390 was het de zetel van de landvoogd van het Graafschap Pinneberg. Het was lang een boeren- en ambachtsliedendorp, dat in 1640 onder Deense herschappij viel en destijds groter was dan Altona. Na de Duits-Deense oorlog (1864) werd het in 1866 deel van de Pruisische provincie Sleeswijk-Holstein.