8 апреля 2011 года на чемпионате Европы Алия повредила ногу в первом же виде финальных соревнований в многоборье — при приземлении после выполнения опорного прыжка. Помост абсолютная чемпионка мира-2010 покинула на руках у одного из тренеров команды. Судьи оценили выступление Мустафиной в 15,375 балла. Благодаря этой оценке, Алия возглавила протокол соревнований после первого снаряда, но из-за полученной травмы была вынуждена сняться с соревнований. После обследования немецкими врачами был диагностирован разрыв крестообразных связок левого колена. 13 апреля спортсменка была прооперирована в специализированной клинике доктором Михаэлем Штробелем, который в своё время лечил немецкого теннисиста Бориса Беккера. Из-за длительной реабилитации спортсменка пропустила чемпионат мира, а начала тренироваться спустя 3 месяца после травмы. Элизабет Твиддл, которая в своей карьере травмировалась несколько раз, отметила, что для неё было удивительным, как быстро гимнастка восстановилась после тяжелейшей травмы, добавив при этом, что она переживала за неё. Тренер сборной Андрей Родионенко считал, что страх за свою ногу останется на всю жизнь, что не позволило бы гимнастке выступать на том же уровне и дальше. Алия заявляла, что страха как не было, так и нет.