Un mouvement de résistance, le "Lietuvos aktyvistų frontas" (front activiste lituanien) fut fondé le qui lance une insurrection anti-soviétique avec entre autres l'aide de lituaniens intégré à la de fusiliers soviétique aux premiers jours de l'opération "Barbarossa" mais l'Allemagne nazie dissout celui-ci le 26 septembre et envoya ses dirigeants dans les camps de concentration. L'Armée rouge repoussa l'armée allemande de Lituanie à partir d'octobre 1944.