Zúñiga maakte indruk op het wereldkampioenschap voetbal 2005 dat in Nederland georganiseerd werd. De Italiaanse pers vergeleek hem met de Braziliaanse vleugelverdedigers Cafú en Roberto Carlos. De ploeg van bondscoach Eduardo Lara verloor in de achtste finales van de latere kampioen Argentinië (2–1). Juan Zúñiga debuteerde datzelfde jaar nog in het Colombiaans voetbalelftal. Op 7 september 2012 maakte hij zijn eerste interlanddoelpunt tegen Uruguay. In mei 2014 werd hij door bondscoach José Pekerman opgenomen in de selectie voor het wereldkampioenschap voetbal in Brazilië. Op 4 juli zette hij zijn knie bij een duel in de rug van Neymar. Na onderzoek bleek Neymar een ruggenwervel gebroken te hebben, waardoor het WK 2014 voor hem voorbij was.