Bouguenais est particulièrement bien placée pour surveiller l'arsenal d'Indret et est le point de départ des attaques vendéennes contre cette usine considérée comme essentielle par les autorités de Nantes. Cette situation est à l'origine du drame de mars 1794 : l'arrestation par les troupes républicaines d'Indret de , fusillés au château d'Aux, les , faisant de Bouguenais une des communes les plus touchées par la répression de l'insurrection vendéenne.