Na začátku revoluce učinil Kongres Wolcotta komisařem pro indiánské záležitosti. Jeho úkolem bylo přesvědčit Indiány ze severu, aby zůstali neutrální. Jeho kvalifikace pro tuto roli vycházela z jeho raných zkušeností z bojů na severní hranici během francouzsko-indiánské války. Proto byl nyní byl požádán, aby spolu s Richardem Butlerem a Arthurem Lee jednali o dohodě o míru s Six Nations- Iroquois confederacy v pevnosti Fort Schuyler.