Am 19. November 1968 wurde Keïta durch einen Militärputsch unter Oberst Moussa Traoré gestürzt (siehe Putsch in Mali 1968). Nach seiner Entmachtung wurde er eine Zeitlang in die abgelegene Stadt Kidal im Norden des Landes verbracht. Keïta verbrachte den Rest seines Lebens als Gefangener und starb am 16. Mai 1977 unter ungeklärten Umständen, was im Land zu Unruhen führte (siehe Unruhen in Mali 1980).