Erste menschliche Besiedelung lässt sich vor rund 4000 Jahren nachweisen. Miwok und Paiute lebten in der Gegend, bevor die ersten weißen Siedler das Gebiet zu erkunden begannen. Die Ahwahneechee-Indianer lebten im "Yosemite Valley", als die ersten Europäer dort eintrafen. Durch den kalifornischen Goldrausch in der Mitte des 19. Jahrhunderts kamen mehr und mehr Weiße in die Gegend. "Major James Savage" führte für die United States Army 1851 ein Bataillon gegen 200 Ahwahneechees unter "Chief Tenaya" an. Das Resultat des sogenannten Mariposa-Krieges war, dass die ersten Weißen im Yosemite Valley Einzug hielten. "Dr. Lafayette Bunnell" gehörte als Arzt der Einheit unter Savage an und berichtete später über seine ergreifenden Eindrücke in dem Buch "The Discovery of Yosemite". Bunnell gab der Gegend den Namen Yosemite, da er davon ausging, dies sei der Name des Indianerstammes, gegen den gekämpft wurde. Von den Mitgliedern des Bataillons geschriebene Artikel und deren Briefverkehr trugen zur steigenden Beliebtheit des "Yosemite Valley" und seiner umliegenden Gebiete in Kreisen der Weißen bei. Tenaya und der Rest der Ahwahneechee wurden letztendlich gefangen genommen, ihr Dorf wurde verbrannt. Danach wurden sie in ein Indianerreservat nahe der kalifornischen Stadt Fresno abgeschoben. Einige von ihnen durften später in ihr Tal zurückkehren, doch sie bekamen dort Schwierigkeiten, als sie 1852 eine Gruppe von acht Bergarbeitern angriffen. Die Indianer flohen und suchten Schutz beim in der Nähe niedergelassenen Stamm der "Mono". Doch nachdem die Ahwahneechee einige Pferde ihrer Gastgeber gestohlen hatten, wurden sie von den "Mono" getötet. In der Nähe des Yosemite-Valley-Besucherzentrums befindet sich heute die Nachbildung eines Ahwahneedorfes.