В 1806 году свёкор Марии бежал от войск Наполеона в Альтону, где скончался от ран 10 ноября, полученных в битве при Ауэрштедте месяцем ранее. Мария, в то время находившаяся в Пренцлау, вместе со свекровью навестила Карла Вильгельма Фридриха на смертном одре, но когда французская армия двинулась в сторону Гамбурга, британский посол посоветовал им обеим бежать; Мария и Августа вынуждены были бросить умиравшего герцога. Женщины получили приглашение приехать в Швецию от короля Густава IV Адольфа, зятя Марии. Августа предпочла остаться с племянницей Луизой Августой Датской в Августенборге; Мария же приняла предложение и вместе с детьми присоединилась к королю и королеве Швеции в Мальмё, где королевская семья остановилась без королевского двора, поскольку страна в тот момент находилась награни войны. Супруг Марии получил разрешение императора остаться в Альтоне.