במונדיאל 1966 שנערך באנגליה, הגיע זלר לאחד משיאי הקריירה שלו. הוא שימש כקפטן והוביל את הנבחרת הגרמנית עד לגמר הטורניר, שם היא נעצרה על ידי המארחת, באחד ממשחקי הכדורגל השנויים במחלוקת בהיסטוריה של גביע העולם. שנים לאחר מכן, תמונתו המפורסמת של זלר יורד חפוי ראש מהמגרש לאחר ההפסד בגמר, נבחרה לתמונת המאה על ידי המגזין "קיקר". זלר כבש שני שערים במהלך הטורניר (אחד נגד ספרד ואחד נגד אורוגוואי) ואף נבחר להרכב המצטיינים.