L'occupation allemande de l'Estonie va durer 9 mois jusqu'à la défaite de l'Empire allemand en novembre 1918. Les Germano-baltes reprennent les commandes de la région sous la tutelle des autorités militaires allemandes et annulent toutes les mesures prises en faveur des Estoniens depuis le début de la révolution. Environ bolcheviks et nationalistes estoniens sont exécutés, dont sans doute Vilms. Le pays est pillé par le nouvel occupant qui manque de tout. Le système éducatif est germanisé et l'enseignement dans l'université de Tartu, qui a été rouverte, se fait désormais de nouveau en allemand. Les dirigeants germanophones mettent sur pied en avril un Conseil National ("Landesrat") représentant les trois provinces baltes, qui est notamment composé de 35 élus germano-baltes (pour les trois régions) et de treize élus estoniens. Le Conseil propose à l'empereur Guillaume II d'Allemagne de créer un grand-duché balte sur le territoire du Baltikum. Les dirigeants allemands, qui ont pris d'autres engagements dans le cadre du traité de paix avec la Russie et qui ont une confiance limitée dans les dirigeants locaux, ne donnent leur accord qu'en septembre après avoir renégocié la cession de l'ensemble des Pays baltes par les Russes : la création du Duché balte uni est proclamée en novembre alors même que l'Empire allemand s'effondre. Durant cette période, les dirigeants estoniens, qui sont passés dans la clandestinité, ont pris contact avec les dirigeants de l'Italie, la France et le Royaume-Uni, qui acceptent de reconnaître le principe d'une indépendance de l'Estonie. Le 11 novembre, alors que les Allemands vaincus sur le front occidental déposent les armes, le gouvernement provisoire estonien sort de la clandestinité et Päts, qui a été libéré, en prend la tête. Le 21 novembre les occupants allemands lui remettent officiellement le pouvoir alors que le régime impérial allemand s'effondre.