La invasión tuvo un importante significado en el seno de la Historia de Portugal, ya que el país se vio muy influido por sus consecuencias. Con la inestabilidad en España y la abdicación del rey, las colonias españolas en Hispanoamérica declararon su independencia, creando un tenso clima en Brasil. El traslado de la capital portuguesa a Río de Janeiro acentuó la crisis económica, institucional y social en la metrópolis, gobernada por los intereses comerciales británicos en ausencia del monarca. En 1821 la Revolución liberal de Oporto forzó el regreso de Juan VI. Su retorno así como la independencia de varias colonias españolas fue una de las causas de la independencia de Brasil que fue llevada a cabo por el hijo del rey, el príncipe Pedro.