Duport nimitettiin vuonna 1791 Pariisin rikostuomioistuimen presidentiksi. Hän pakeni Englantiin pian elokuussa 1792 tapahtuneen monarkian kukistumisen jälkeen, mahdollisesti Georges Dantonin salaisella avulla. Duport palasi Ranskaan vuoden 1794 thermidorin vallankaappauksen jälkeen, mutta pakeni uudelleen maasta syyskuussa 1797 fructidorin vallankaappauksen jälkeen. Hän kuoli seuraavana vuonna Sveitsissä vain 39-vuotiaana.