W reprezentacji Francji Perez zadebiutował 19 listopada 1988 roku w przegranym 2:3 spotkaniu eliminacji do Mistrzostw Świata we Włoszech z Jugosławią. W 1992 roku został powołany przez selekcjonera Michela Platiniego na Euro 92. Tam wystąpił w meczach ze Szwecją (1:1), z Anglią (0:0) i z Danią (1:2). Ogółem w reprezentacji Francji rozegrał 22 mecze i zdobył dwa gole.