En 1796, volvieron las invasiones, esta vez por parte de franceses (que implantaron un efímera república), ingleses y napolitanos, que se apoderaron de la isla de Elba. Después de la batalla de Marengo, fueron las tropas napoleónicas las que ocuparon el principado en nombre de Francia. En febrero de 1801, por el Tratado de Florencia el Piombino pasó a manos francesas, e inmediatamente, según lo acordado en el Convenio de Aranjuez en marzo, la isla de Elba se segregó del principado: Elba y el resto de islas quedaría en manos francesas en 1802, como estipuló el Tratado de Amiens, mientras que la parte continental pasaría a formar parte del efímero Reino de Etruria desaparecido a finales de 1807. Por voluntad de Napoleón Bonaparte, el 23 de junio de 1805 se constituyó el Principado de Lucca y Piombino, que fue asignado a su hermana Elisa Bonaparte y a su marido Félix Bacciocchi, durante cuyo gobierno fueron promulgadas algunas buenas leyes y un código rural muy importante.