1807年，波普作为当选为美国参议院议员，任期从1807年到1813年，他还在1810年和1811年的期间担任美国参议院临时议长。在1812年战争问题上，他投了反对票，因为彼时他倾向于联邦党，但政治流言将这种不受欢迎的政治立场归咎于他妻子伊丽莎·约翰逊·波普的影响。她是约书亚·约翰逊和凯瑟琳·努斯（）的女儿，而伊丽莎年轻时随母亲在英国生活。这一政治事件导致他在1813年任期结束后没有竞选连任。他和妻子返回肯塔基州的列克星敦居住，在那里他重操律师旧业，并在特兰西瓦尼亚大学任教。