Mit Ausbruch des Ersten Koalitionskrieges im Jahr 1793 erhielt Knowles das Kommando über die 32-Kanonen-Fregatte "HMS Daedalus". Er wurde nach Halifax beordert, erhielt aber die Erlaubnis nach Chesapeake zu segeln, von wo aus ein französischer Konvoi plante, mit großen Mengen Getreide an Bord abzusegeln. Knowles segelte von Portsmouth mit einer größtenteils unerfahrenen Mannschaft ab, die er aber bis zum Zeitpunkt seiner Ankunft in Hampton Roads voll ausbilden ließ. Kurz nach seiner Ankunft traf die französische Eskorte ein und der Konvoi stach unter Beobachtung von Knowles in See. Knowles berichtete aktuell an Admiral Lord Howe, der seine Kanalflotte verlegte, um den Konvoi abzufangen, was zur Seeschlacht am Glorreichen 1. Juni führte. Nach Erfüllung seiner Aufgabe segelte er nach Halifax, kam zurück nach Großbritannien, wurde auf das 74-Kanonen-Schiff "HMS Edgar" kommandiert und verrichtete seinen Dienst in der Nordsee.