1860 trat Douglas zum dritten Mal als Präsidentschaftskandidat auf. Auf der Democratic National Convention in Charleston sprach sich zwar die Mehrheit für ihn aus, doch verweigerten die Vertreter des Südens, durch sein Verhalten in der Kansasfrage erbittert, dem Mehrheitsbeschluss ihre Anerkennung und verließen die Versammlung. Obwohl nun die demokratischen Delegierten der Nordstaaten in Baltimore Douglas fast einstimmig zum Kandidaten der Partei ernannten, verharrten doch die der Südstaaten bei ihrem Widerspruch und stellten mit John C. Breckinridge ihren eigenen Kandidaten auf, wodurch sich die Stimmen der Demokraten zersplitterten und der Sieg der Republikaner herbeigeführt wurde. Obwohl Douglas bei der Präsidentenwahl Abraham Lincoln unterlag, hielt er doch beim Abfall der Südstaaten treu zur Union. Von Lincoln wurde er kurz vor seinem Tod zum Generalmajor in der Armee ernannt. Douglas starb am 3. Juni 1861 in Chicago an Typhus.