Durant l'estiu de 1945, Seyss-Inquart va ser detingut amb altres dignataris de la Wehrmacht i del III Reich al camp de presoners número 32  de Mondorf-les-Bains (Luxemburg) fins al seu trasllat a Nuremberg. Al procés de Nuremberg, on era defensat per Gustav Steinbauer, va ser declarat culpable dels caps d'acusació 2, 3 i 4 (« direcció, activació i seguiment d'una guerra d'agressió », « crims de guerra » i « crims contra la humanitat »), i en conseqüència condemnat a mort per execució a la forca. Va ser executat el 16 d'octubre de 1946 a la presó de Nuremberg. El seu cadàver va ser incinerat l'endemà al crematori d'Ostfriedhof de Múnic i les seves cendres disperses en un braç de l'Isar.