১৯৭৯ সালে শাহের পতনের সাথে সাথে সদ্য ঘোষিত ইসলামী প্রজাতন্ত্রের ইরান ও বাংলাদেশের সম্পর্কের ক্ষেত্রে নতুন মাত্রা যুক্ত হয়। রাষ্ট্রপতি হাশেমী রাফসানজানি ১৯৯৫ সালে স্বাধীন বাংলাদেশ সফরকারী প্রথম ইরানী নেতা হওয়ার সাথে সাথে সম্পর্ক ধীরে ধীরে আরও বাড়তে থাকে। এরপরে বাংলাদেশের প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনাও ইরান সফরে এসে রাষ্ট্রপতি মোহাম্মদ খাতামির সাথে আলোচনা করেন। ২০০৭ সালে সিডর ঘূর্ণিঝড়টি বাংলাদেশকে আঘাত করার পর ইরান বাংলাদেশকে ত্রাণ সহায়তা করেছিল।