Henri VIII mourut en 1547. Hertford, désormais protecteur et duc de Somerest, essaya lui aussi de forcer une alliance, mais aussi d'imposer l'église Anglicane en Écosse. Il gagna la grande bataille de Pinkie Cleugh, mais Marie fut envoyée en France pour épouser l'héritier du trône, le futur François II. La guerre dura encore quelques années mais les Français vinrent aider les Écossais en engageant des troupes. Sans paix, le régime de Somerset ne put soutenir l'effort de guerre. Le duc de Somerset fut alors détrôné et décapité.