לאחר שסודאן קיבלה עצמאות, המשיך האזור להיות אזור ספר הסובל מאי יציבות פוליטית, שנבעה בעיקרה מהסכסוך בין סודאן, לוב וצ'אד. השפעת האידאולוגיה של העליונות הערבית, לה הטיף שליט לוב מועמר קדאפי, הביאה דארפורים רבים להגדיר עצמם כ"ערבים" ולא כ"אפריקנים". רעב בשנות ה-80 שיבש את המבנה החברתי והוביל ללוחמה המשמעותית הראשונה בין הדארפורים ובין עצמם. הסכסוך נמשך 15 שנים, והממשלה תמכה וחימשה את הסיעה ה"ערבית" כנגד אויביה. הלחימה הגיעה לשיא ב-2003, הפכה לאירוע החמור המכונה רצח העם בדארפור, ונמשכת גם נכון להיום - 2020.