עם הפלישה הנאצית לברית המועצות בשנת 1941, נמלט מורגנטוי לעומק ברית המועצות, נדד והיטלטל ברחבי המדינה, שהה בסמרקנד ואף הגיע למחנות סיביר. בּקיץ 1947, לאחר הרפטריאציה (שיבת הפולנים הגולים למדינתם), שב מורגנטוי לפולין, השתקע בעיר לודז' ועסק בעבודתו הספרותית. הוא כתב בפולנית, ברוסית, בעברית וביידיש.