W 1672 r. ze studium bydgoskiego przeniesiono teologię moralną do Warszawy. Szkoła działała nieprzerwanie do 1725 r. Jej funkcjonowania nie przerwała nawet zaraza w 1709 r., która zdziesiątkowała ludność Bydgoszczy, gdyż lektorzy ze studentami udali się nad jezioro Palczyn, gdzie przebywali do lutego 1711 r. Gdy po tumulcie toruńskim w 1725 r. reaktywowano w tamtejszym kościele NMP konwent bernardynów, przeniesiono tam z Bydgoszczy o. Cherubina Watsona i wraz z nim całe studium teologiczne. W jego miejsce powołano do życia w 1728 r. studium retoryki. Po krótkim zawieszeniu pracy w 1730 r. działało ono do 1737 r., kiedy to powróciło z Torunia studium filozoficzne.