Über die Frage der Oberhoheit des englischen Königs über Schottland kam es 1296 zum Krieg. In einem kurzen Feldzug besetzte Eduard I. Schottland, und Fitzalan war am 10. Juli 1296 in Brechin Castle anwesend, als sich John Balliol als König abgesetzt wurde. Der englische König übernahm die Verwaltung von Schottland und ernannte den Earl Warenne zu seinem Statthalter. Gegen die englische Besatzung in Schottland kam es ab 1297 zu einem Aufstand. Fitzalan wurde noch am 7. Juli 1297 nach London beordert, um im Krieg gegen Frankreich an einem Feldzug in die Gascogne teilzunehmen, doch am 12. Juli 1297 wurde er zum Captain aller Garnisonen und Festungen in Northumberland ernannt. Am 14. August 1297 ernannte ihn Eduard I. als Nachfolger von Earl Warenne zum neuen Statthalter in Schottland. Fitzalan protestierte gegen die Ernennung erfolglos, da er nach seiner Auffassung zu arm sei, um die Kosten zu bestreiten, die ihm durch das Amt entstehen würden. Am 28. September 1297 wurden die Truppenaushebungen aus Nottinghamshire und Derbyshire beordert, sich unter seinem Kommando zu sammeln und im Oktober 1297 wurde er zum Captain der Scottish Marches und des angrenzenden Northumberland ernannt. 1298 wurde er als Statthalter wieder durch Earl Warenne abgelöst. 1299, 1300 und zuletzt 1303 wurde Brian zur Teilnahme an Feldzügen in Schottland einberufen.