В связи с угрозой немецкого наступления на Петроград, было принято решение об эвакуации школы в Самару. Эвакуации подлежали триста самолётов, большое количество запасных частей и моторов, обширное складское хозяйство, ангарное имущество, авиационные мастерские. Первые поезда были отправлены в феврале 1918. Все поезда с имуществом Гатчинской школы до Самары не дошли, так как Самара была захвачена белочехами. Отправленные позже 10 поездов с самолётами и оборудованием были направлены в Егорьевск под Москву. В Егорьевске школа просуществовала до 1924 года, а затем была перевезена в Ленинград.