Wigan förlorade Community Shield-matchen 2013 mot Premier League-mästarna Manchester United med 0–2. Segern i FA-cupen gav även Wigan en plats i en europeisk cup för första gången, i form av en gruppspelsplats i Europa League &lt;a href="Uefa%20Europa%20League%202013/2014"&gt;2013/14&lt;/a&gt;. Där lyckades man inte ta sig vidare utan kom sist i gruppen efter Rubin Kazan, Maribor och Zulte Waregem. För andra året i rad gick man till semifinal i FA-cupen, men där blev Arsenal för svåra och Wigan förlorade efter straffar. I den första Championship-säsongen blev det en femteplats men förlust i playoff. Året efter, 2014/15, åkte man ned till League One, men man vann genast den divisionen och återkom till The Championship. Säsongen 2016/17 slutade Wigan dock näst sist i The Championship och blev ånyo nedflyttade, för att återigen vinna tredjedivisionen på första försöket och återvända till The Championship för säsongen 2018/19.