Am Bürgerkrieg nahm die Legion auf der Seite Octavians teil und erlitt am 14. oder 15. April 43 v. Chr. in der Schlacht von Forum Gallorum hohe Verluste. In der Schlacht bei Philippi im Jahr 42 v. Chr. siegten die Caesarianer (Marcus Antonius und Octavian) über die Republikaner. Mit "Caesar Leg II" gestempelte Schleuderbleie legen eine Beteiligung der Legion an der Belagerung von Perusia 41 v. Chr. nahe. Zwischen 35 und 30 v. Chr. wurden Veteranen der Legion von Octavian in der Provinz Narbonensis in "Arausio" (Orange) angesiedelt.