På grund av sitt funktionshinder tog MacDermott väldigt liten del i striderna under upproret, men han var hela tiden vid huvudkvarteret i General Post Office. Efter kapitulationen undgick han nästan att bli igenkänd genom att blanda sig med en större grupp av fångar, men blev så småningom gripen. Det ser ut som att han då redan hade dömts till döden in absentia som en av de som hade skrivit under påskkungörelsen. Avrättningen skedde genom arkebusering den 12 maj 1916. Den brittiske officeren som hade känt igen honom blev senare skjuten och dödad i Cork, på order från Michael Collins, under det Irländska frihetskriget.