Mit dem Beginn des Zweiten Weltkrieges war der allgemeine Reiseverkehr starken Einschnitten unterworfen. Auf der anderen Seite setzte die Reichsbahn vermehrt Sonderzüge für verschiedenste Zwecke ein. Ab November 1939 kamen als Folge des Deutsch-Sowjetischen Nichtangriffspaktes beispielsweise 2500 Baltendeutsche in Anklam an, die bis zur Umsiedlung in den Reichsgau Wartheland 1940 in der Stadt verweilten. Für Soldaten setzte die Reichsbahn Fronturlauberzüge ein. Mit der Bombardierung der westdeutschen Städte wurde die dort ansässige Bevölkerung mit Obdachlosenzügen unter anderem nach Anklam und die nähere Umgebung gefahren. Den letzten größeren Verkehrsandrang während des Krieges verzeichnete der Bahnhof am 25. und 26. April 1945, als bis zu 10 000 Soldaten der 102. Infanteriedivision von Swinemünde nach Anklam verlegt wurden, um im Verlauf der Peene eine neue Verteidigungsstellung aufzubauen. Am 28. April 1945 fuhren die letzten Züge auf den Gleisen der MPSB, einen Tag darauf befreite die Rote Armee die Stadt.