Innocentius III is bekend door zijn strijd tegen de katharen, de Eerste Albigenzische Kruistocht, het uitroepen van de dramatisch verlopen Vierde Kruistocht en Vijfde Kruistocht. Hij stimuleerde, ondersteunde en legitimeerde ernstige wreedheden, zoals levend verbranden, die vermeende ketters werden aangedaan. Hij stichtte de Orde van de Zwaardbroeders, voor de Noordelijke Kruistochten. Tijdens zijn beleid vond de befaamde Kinderkruistocht plaats. Hij excommuniceerde de Engelse koning Jan zonder Land, dwong de koning Filips II van Frankrijk zijn vrouw Ingeborg, van wie hij gescheiden was, weer terug te nemen en slaagde er ook in om de Duitse keizer Otto IV afgezet te krijgen (zie: Duitse troonstrijd). Hij slaagde erin de vrede tussen de christelijke koninkrijken Castilië en León op het Iberisch schiereiland te herstellen om zo een kruistocht tegen de Moren mogelijk te maken.