В 1530-х годах идеи Реформация достигли долины Луары, и некоторые люди перешли в протестантскую веру. За этим последовали религиозные войны, и в 1560 году католики утопили в реке несколько сотен протестантов. Во время религиозных войн с 1562 по 1598 год Орлеан служил видным оплотом гугенотов, но в 1568 году протестанты взорвали . В 1572 году около 2000 (по другим оценкам около 3000) гугенотов были убиты в Париже во время резни в день святого Варфоломея. Ещё сотни были утоплены в Луаре католиками.