Toti je debitovao za reprezentaciju 10. oktobra 1998. godine protiv Švajcarske, na kvalifikacionoj utakmici za evropsko prvenstvo, koju je Italija dobila sa 2:0. Prvi pogodak za reprezentaciju Toti je postigao 26. aprila 2000. godine na utakmici protiv Portugalije. U periodu od 1998. do 2006. godine, Toti odigrao 58 utakmica za reprezentaciju i postigao je 9 golova.