Nach der Formierung des McLennan County im Jahr 1850 wurde Waco als Verwaltungssitz bestimmt. Die Bevölkerung wuchs rasch. 1859 umfasste sie 749 Einwohner; bis 1870 war sie auf über 3000 angewachsen. Wirtschaftlich dominierte der Baumwollanbau sowie die damit verbundene Plantagenwirtschaft. Während des US-Bürgerkriegs engagierten sich die Stadtbewohner aktiv für die Sache der Konföderation. Sechs konföderierte Generäle stammten aus der Stadt; insgesamt 17 Kompanien Soldaten kämpften auf den großen Schlachtfeldern des Bürgerkriegs. Wirtschaftlich wurde das Gebiet durch den Krieg ausgelaugt. Sklavenemanzipation sowie die Politik der Rekonstruktion nach 1865 sorgten für ein rapides Ansteigen örtlicher Kräfte, welche sich dieser Entwicklung entgegenstellten. Gewaltsame Übergriffe gegen Angehörige der afroamerikanischen Bevölkerungsgruppe waren an der Tagesordnung. In den Jahrzehnten nach dem Bürgerkrieg entwickelte sich Waco zu einem Zentrum der texanischen Viehzucht. Die Stadt lag auf der Wegstrecke des Chisholm Trails; die Anzahl der Rinder, die durch sie hindurchgetrieben wurden, belief sich bis 1871 auf 600.000 bis 700.000. Zusätzlich avancierte Waco zu einem Ausweichort für Neusiedler, welche sich in Texas niederzulassen gedachten. Während der 1870er Jahre verfügte die Stadt über Saloons, Spielhäuser sowie einen eigenen Rotlichtbezirk. Die Prostitution stand bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts unter öffentlicher Aufsicht. Aufgrund der gewalttätigen Atmosphäre erhielt die Stadt den Beinamen „Six Shooter Junction“.