סטונטון המשיך להיות שחקן הרכב משמעותי בנבחרת, גם כשזו כשלה להעפיל ממוקדמות יורו 1996 ו-2000 וממוקדמות מונדיאל 1998, אך עם שמונה הופעות במוקדמות מונדיאל 2002, סייע לנבחרתו להעפיל לטורניר הגמר. מיק מקארתי, מאמן הנבחרת שהיה חברו של סטונטון לסגל וקפטן הנבחרת במונדיאל 1990, זימן את סטונטון לסגל לקראת המונדיאל, ועם הדחתו של רוי קין מהסגל, זכה סטונטון להצעיד את הנבחרת כקפטן בטורניר. סטונטון פתח כקפטן במשחק הפתיחה בו נפרדה אירלנד בשוויון 1-1 עם , ובמשחק השני מול רשם ציון דרך מרגש, כשהיה לראשון בתולדות הנבחרת שמגיע למאה הופעות בינלאומיות. סטונטון הקפטן הוחלף שלוש דקות לסיום, וראה את רובי קין קובע שוויון 1-1 בתוספת הזמן. במשחק השלישי פתח סטונטון בניצחונה של אירלנד 0–3 על , שהעלה אותה לשמינית הגמר. בשלב זה פגשה אירלנד את . סטונטון, ששוב פתח עם סרט הקפטן, הוחלף כעבור חמישים דקות. המשחק עצמו הסתיים בהדחתה של אירלנד בפנדלים, אחרי שוויון 1-1 בהארכה.