Mittlerweile zum Oberstleutnant befördert, nahm Pannwitz 1866 während des Krieges gegen Österreich an den Kämpfen bei Trautenau, Königgrätz sowie Tobitschau teil und wurde mit dem Roten Adlerorden IV. Klasse mit Schwertern ausgezeichnet. Unter Beförderung zum Oberst wurde er am 30. Oktober 1866 als Kommandeur des neuerrichteten Infanterie-Regiments Nr. 74 nach Köln versetzt. Diesen Verband führte Pannwitz zu Beginn des Krieges gegen Frankreich in der Schlacht bei Spichern und erhielt für sein Wirken das Eiserne Kreuz II. Klasse. Am 8. August 1870 übernahm er für die weitere Dauer des mobilen Verhältnisses die 27. Infanterie-Brigade, mit der er sich an der Schlacht bei Colombey, den Belagerungen von Metz und Mézières sowie den Gefechten bei Étuz und Pontarlier beteiligte. Bei Forbach wurde er verwundet und war vom 3. November bis zum 14. Dezember 1870 Führer einer gemischten Abteilung aller Waffen zur Einschließung von Montmédy und Beobachtung von Longwy.