Tras la declaración de independencia del Perú en 1825 regresó a la península ibérica. En España, su padre fue premiado y Juan ingresó como alférez al regimiento de la Guardia Real (1825). Purificado de conducta militar y política observada en el Trienio Liberal, fue ascendido a capitán de caballería (1829) y destinado a la plana mayor del Ejército bajo las órdenes de Gerónimo Valdés al estallar la Primera Guerra Carlista (1833).