Khalid Shaykh Muhammad fu anche indirettamente implicato nell'attentato dinamitardo del 2002 contro un nightclub di Bali (Indonesia). Nel 2006, la Associated Press riferì che il Col. Petrus Reinhard Golose della "task force" anti-terroristica indonesiana, in cui sosteneva che "Khalid Shaykh Muhammad fu personalmente coinvolto nel costituire il sistema dei corrieri, in cui il denaro [per indennizzare gli attentatori-suicidi] fu trasportato dalla Thailandia in Malaysia e infine nell'isola indonesiana di Sumatra".