Schierati i suoi soldati a difesa della costa sud-occidentale, che si riteneva meno protetta, fu impegnato in combattimento a partire dal giorno 15. Dopo la resa delle truppe italiane a Cefalonia, i tedeschi, forti della loro superiorità aerea, concentrarono le loro forze contro Corfù, tanto che la guarnigione italiana dovette arrendersi alle ore 15 del 25 settembre. Malgrado la promessa di ricevere lo stesso trattamento dei prigionieri di guerra, e nonostante gli onori militari resi al I Battaglione del 49º Reggimento fanteria "Parma", le truppe italiane furono oggetto di fucilazioni in massa. Prima di arrendersi, alla mattina del 26 settembre fece seppellire la Bandiera del reggimento, perché non cadesse in mano nemica. Fu passato per le armi a Corfù il 30 settembre 1943, ed il suo corpo non fu mai ritrovato. In sua memoria fu decretata la concessione della Medaglia d'oro al valor militare, e nel 1964 comune di Arezzo ha intitolato ad Elio Bettini una scuola.