Gleichzeitig war die Universität Vilnius stets ein Hort der Aufklärung und damit der Idee der nationalen Selbstbestimmung. Ab 1821 wurde sie durch die Vorlesungen von Polens bedeutendstem Historiker und späteren Freiheitskämpfer Joachim Lelewel zu einem Zentrum der nationalen Begeisterung der akademischen Jugend. Die Universität blühte dermaßen auf, dass sie Mitte der 1820er Jahre eine der größten Europas war und mehr Studenten als die Universität Oxford hatte. Das führte jedoch 1824 zur Ablösung Lelewels durch die russische Verwaltung. Gleichzeitig verstärkte sich die Repression: bereits 1823 wurden mehrere Studenten, die den Studentenklubs der „Philomaten“ und der „Philareten“ angehörten, darunter der von Lelewel geförderte Dichter Adam Mickiewicz, wegen Konspiration und Umsturzplänen verhaftet. Nach dem Novemberaufstand von 1831 wurde die Universität 1832 vollständig aufgelöst.