2-я Чеченская война. В 1999 году началась «КТО на территории Северо-Кавказского региона», военные действия опять нанесли значительный ущерб селениям и инфраструктуре Чеченской Республики, в том числе и территориям условного Сунженского района ЧРИ. Правозащитниками зафиксированы многочисленные факты нарушений прав человека как со стороны федеральных сил, так и со стороны сепаратистов. С трудом пытавшийся восстановится Бамут — его жители возвращались после первой войны, восстанавливали дома и построили мечеть, снова был полностью разрушен. Наиболее крупные столкновения на территории будущего Серноводского района: бой под Серноводским (ноябрь 1999); авиабомбардировка Бамута и его последующая «зачистка» по приказу командующего западным направлением Объединённой группировки федеральных сил на Северном Кавказе В. А. Шаманова (1999). К весне 2000 года Ичкерия как государство было де-факто ликвидировано, главой временной администрации Чеченской Республики Указом Президента РФ от 12 июня 2000 года назначен А. А. Кадыров, который предложил программу мирного возрождения Чеченской Республики. Однако некоторые операции сепаратистов продолжались и после основных военных действий. Например, вооружённый рейд подразделения «газиевцев», в том числе и на Бамут (апрель 2008).