Најважнији део историје на подручју округа Кукуш везан је античког македонског краљевства. У средњем веку подручје насељавају Словени, да би касније подручје више векова владало Османско царство. 1913. г. подручје Кукуша припојено је Грчкој, а некадашње бројно турско становништво исељено је после Грчко-турског рата 1923. г. и замењено грчким избеглицама из Мале Азије.