Pada bulan April 2002, pada sebuah pertemuan eksekutif di Puncak, daerah wisata berbukit di dekat Bogor, Nasir Abbas, ipar laki-laki dari salah satu tersangka Bom Bali I Mukhlas, menggantikan Mustofa sebagai kepala Mantiqi III, sementara Mustofa diangkat ke komando utama ("markaziyah") dan bertanggung jawab atas unit operasi khusus JI. Pada waktu yang sama, Mantiqi III hanya memiliki dua wakalah lengkap dengan keanggotaan gabungan sekitar 300 orang. Salah satunya adalah Wakalah Badar, dipimpin oleh Nasir Abbas, yang mencakup area SALAT yang disebut: Sandakan, Labuan (keduanya di Sabah, Malaysia), dan Tarakan, Kalimantan Timur. Yang lainnya adalah Wakalah Hudaibiyah, yang meliputi Mindanao.