Після закінчення Німецько-радянської війни у Чехословаччині Малиновський переведений на Далекий Схід, де в ході радянсько-японської війни вступив у командування Забайкальським фронтом; фронт прорвався через пустелю Гобі в центральну частину Маньчжурії, довершивши оточення і розгром японських військ. За перемогу над Японією Малиновський отримав звання Героя Радянського Союзу.