Після нападу на Радянський Союз, в червні-серпні 1941 року Паннінг долучився до розслідування використання радянською піхотою заборонених розривних набоїв. В ході очоленого ним балістичного експерименту під Житомиром були розстріляні декілька військовополонених. Згідно з матеріалами процесу Калсена (проведеного судом присяжних Дармштадта у 1968 р.), офіцер СС Пауль Блобель, що командував зондеркомандою 4a Ейнзацгрупи C, полковник Пальцо та голова армійського суду доктор Нойман (Oberkriegsgerichtsrats der Armee), залучили Паннінга для експерименту за участі групи стрільців СС і шістьох радянських військовополонених єврейського походження як мішеней:„В’язні мали стояти прямо, на колінах або лежати на різній відстані від стрільців. Лікар. П. вказував стрільцям ті частини тіла, в які вони мали поцілити розривними набоями з радянських гвинтівок. Спочатку жертвам цілили в руки, ноги або тулуб, цей постріл мав на меті лише поранити їх, і таким чином, незважаючи на страшні наслідки ураження експансивною кулею, він не був смертельним. Тоді слідували другий чи третій (смертельні) постріли в голову жертви. [...] Вбитих полонених заносили до будинку, де лікар П. проводив розтин.“Паннінг у своїй публікації результатів розслідування в журналі "Der Deutsche Militärarzt" не згадував фактичні обставини експерименту. Гельмут Джеймс граф фон Мольтке, німецький юрист і учасник антинацистського Опору був причетний до розслідування як член групи з міжнародного права (використання розривних набоїв було під забороною Гаазької конвенції). 12 вересня 1941 р. в листі своїй дружині Фреї він описав експерименти Паннінга як "кульмінацію морального виродження та розбещення" та передбачив кримінальні наслідки цього військового злочину.