Teodoto nacque a Chio (o Samo secondo Appiano di Alessandria) e andò in Egitto come tutore di retorica del principe Tolomeo, figlio di Tolomeo XII "Aulete". Fu lui a convincere il sovrano a uccidere il generale romano Gneo Pompeo Magno nel settembre del 48 a.C. per cercare di guadagnare il favore del suo nemico Gaio Giulio Cesare, ottenendo però solo l'ira di quest'ultimo. Durante la guerra civile alessandrina (48-47 a.C.) fuggì in Asia, dove morì tra il 43 e il 42 a.C. per mano del cesaricida in fuga Marco Giunio Bruto (per Appiano venne fatto crocifiggere da Gaio Cassio Longino).