1960 İhtilali'nden sonra 147'ler listesinde yer alarak üniversiteden ihraç edildi. Eşiyle birlikte Karatepe’de çalışmalara devam eden Çambel, 1962-1963’te Almanya'da Saarbrücken Üniversitesi'nde konuk öğretim üyesi olarak çalıştı. Türkiye’ye döndükten sonra İstanbul Üniversitesi’ndeki görevine döndü ve Prehistorya Kürsüsü’nü kurdu.