惟光緒十年（1884年），清法戰爭戰火延燒至台灣北部（雞籠、淡水），又於翌年（1885年）新曆3月29日爆發澎湖之役，法軍船艦砲轟澎湖各處砲台，觀音亭為軍區，且鄰近金龜頭砲台，未能倖免於砲火，又因當時駐紮媽宮的粵勇、浙江台州勇趁亂劫掠廟寺文物，林豪《澎湖廳志》婉言曰「鐘鼓等物盡攜去」，而法軍在犀曆3月31日占領澎湖之後，觀音亭亦有和尚販售寺內羅漢像予法國士兵等亂象叢生，澎湖觀音亭一時滿目瘡痍。