La sua seconda stagione con la Juventus si apre l'8 agosto 2015 con la vittoria della Supercoppa italiana ai danni della Lazio; tuttavia, Morata non scende in campo a causa di un infortunio. Il 30 settembre realizza il primo gol, del 2-0 finale, contro il ; tale rete risulta essere la sua quinta marcatura consecutiva in Champions League, con cui eguaglia la performance di Alessandro Del Piero nella stagione 1995-1996, record per un giocatore della Juventus.