Nestor Machno sa narodil v chudobnej rodine v obci Huľajpole v Alexandrovskom kraji (dnes Záporožská oblasť) na Ukrajine v Ruskom impériu. Bol najmladší z piatich súrodencov. Jeho rodičia mu do rodného listu uviedli rok narodenia 1889, hoci v miestnom kostole je uvedený rok 1888. Jeho otec zomrel, keď mal 10 rokov. Pracovať musel už ako sedemročný. Ako dvanásťročný opustil školu a začal pracovať na statku, ktorý patril bohatým Rusom, ktorým sa vtedy hovorilo kulaci. Pracoval tam až do svojich sedemnástich. Vtedy začal pracovať v zlievárni. Tam sa zoznámil s revolučnými anarchistickými myšlienkami a v roku 1906 vstúpil do anarchistickej organizácie. Už v tom roku bol prvýkrát zatknutý, no bol zbavený viny. Druhýkrát bol zatknutý v roku 1907, no opäť bol zbavený viny. Tretíkrát bol zatknutý v roku 1908, a bol odsúdený na smrť obesením, no trest bol zmenený na doživotie vo väznici Butyrka v Moskve. Tam sa zoznámil s anarchistom Piotrom Aršinovom, ktorý s Machnom bojoval aj neskôr v Revolučnej oslobodzovacej armáde. V roku 1917 po Februárovej revolúcii boli obidvaja z väzenia prepustení.