1976'da Matsalu, Sulak Alanların Korunmasına İlişkin Uluslararası Sözleşme (Ramsar Sözleşmesi) kapsamında uluslararası öneme sahip sulak alanlar listesine dahil edildi. Avrupa Korunan Alanlar Diploması, parkın habitat çeşitliliğini ve tabiatı koruma alanındaki sayısız kuş türünü ve diğer biyom gruplarını korumadaki başarısı nedeniyle 2003 yılında Avrupa Konseyi tarafından Matsalu Doğa Koruma Alanı'na verildi. Matsalu, Estonya'da Avrupa Diploması'na sahip tek doğa koruma alanıdır. Diploma 2008'de beş yıl uzatıldı.