Niemcy zajęli Biłgoraj 17 września 1939. 28 września przekazali miasto wojskom radzieckim, gdyż według paktu Ribbentropp-Mołotow Biłgorajszczyzna miała zostać wcielona do ZSRR. W wyniku korekty granic 3 października miasto ponownie zajęli Niemcy. Biłgoraj stał się siedzibą powiatu w Generalnym Gubernatorstwie i lokalizacją dla oddziałów Wehrmachtu, komendy Gestapo, policji kryminalnej Kripo, Schupo i innych jednostek specjalnych.