Am 12. September 2015 wurde Watson zum stellvertretenden Parteivorsitzenden der Labour Party gewählt. Im Schattenkabinett von Jeremy Corbyn war Watson zunächst Schattenminister für das Cabinett Office, seit dem 7. Oktober 2016 ist er Schattenminister für Kultur, Medien und Sport in Jeremy Corbyns Schattenkabinett. Tom Watson versuchte nach dem Brexit-Referendum und der anschließenden Führungskrise der Labour-Party Jeremy Corbyn zum Rücktritt zu bewegen, der sich aber schließlich in einer Neuwahl des Parteivorsitzes deutlich behaupten konnte. Sein Verhältnis zu Corbyn gilt als nicht spannungsfrei.