Johann war jetzt König eines Reiches, das sich über vier Kontinente erstreckte. Er war auch das Staatsoberhaupt eines Königreichs, das sich im Krieg mit Spanien und Frankreich befand. Sein erster Regierungsakt war die Erneuerung der Mitgliedschaft Portugals in der Augsburger Allianz und die Fortsetzung des Krieges neben England und den Habsburgern. Portugal lieferte schnell mehr Truppen, um seinen Verbündeten im Krieg zu helfen. Diese neue Ebene der portugiesischen Beteiligung ermöglichte es Johanns General, António Luís de Sousa, Marquis von Minas, am 28. Juni 1706 Madrid zu erobern. Der König verlor bald das Interesse für den Krieg, da er sich um dringendere Angelegenheiten kümmern musste.