Nach dem Sieg der Katholiken in der Schlacht bei Lutter (1626) setzte die Rekatholisierung des Hildesheimer Stiftsgebiets ein, verbunden mit persönlichen Angriffen gegen Bissendorf selbst. Mit der Zahlung eines Lösegeldes von 50 Talern konnte er die Übergriffe zunächst abwenden, bemüht sich aber dennoch um Schutz durch seinen Landesherrn in Braunschweig. Von den dortigen Behörden wurde er allerdings nicht unterstützt. 1627 wurde er unter einem Vorwand nach Steuerwald gelockt und gefangen genommen. Nach anderen Berichten befand er sich bereits auf der Flucht, als er in der Nähe des von kaiserlichen Truppen besetzten Schlosses Steuerwald festgesetzt wurde. Die mit seiner Beaufsichtigung betrauten Jesuiten bemühten sich vergeblich, ihn zum Übertritt zu bewegen. Auf Anordnung des Fürstbischofs Ferdinand von Bayern wurde ein Prozess wegen Landfriedensbruchs, Gotteslästerung und Missachtung der Reichsgesetze eröffnet. Das nach einem Gutachten der Theologischen Fakultät der Universität Köln durch das Kurfürstliche Gericht in Köln am 7. März 1629 ausgesprochene Todesurteil wurde am 26. März 1629 vollstreckt. Bissendorfs Leichnam wurde erst 1635 nach Gödringen überführt und in der dortigen Kirche beigesetzt. Sein Grabmal wurde 1929 bei der Renovierung der Kirche wieder aufgefunden und restauriert. Der 300. Todestag wurde 1929 im damaligen Kirchenkreis Sarstedt als Gedenktag begangen.