В следующем, году Сенна перешёл в более сильную команду — «Лотус» (этот переход сопровождался трениями с командой «Тоулман», с которой у Сенны был контракт ещё на год и которая не хотела отпускать его). Команда «Лотус» построила тогда одну из лучших своих машин того периода — 97Т, партнёром Сенны по команде был Элио де Анджелис. На первой трассе сезона — Гран-при Бразилии — Сенна вынужден был сойти из-за проблем с электроникой. На второй гонке сезона — Гран-при Португалии, проходившей 21 апреля на трассе в Эшториле при сильном дожде — Сенна, впервые стартовав с поула, смог выиграть свою первую гонку в «Формуле-1», завоевав «Большой шлем». Однако остальные гонки сезона сопровождались многочисленными техническими проблемами, и, несмотря на то, что Сенна нередко завоёвывал первые позиции в квалификациях, закончить гонки ему не удавалось. Он смог одержать ещё только одну победу — на трассе Спа, где проходил Гран-при Бельгии. К концу сезона Сенна набрал 38 очков и занял в чемпионате четвёртое место.