Im Mittelalter behielt der Hafen von Brindisi noch lange seine Bedeutung. Seit der Herrschaft Justinians (6. Jahrhundert) gehörte die Stadt zum Byzantinischen Reich. 675 wurde sie vom langobardischen Herzog Romuald von Benevent erobert. 836 fiel Brindisi in die Hände der Sarazenen, denen es 868 Kaiser Ludwig II. entriss. Wieder unter die Herrschaft der Byzantiner gelangt, wurde es 1071 von den Normannen unter Robert Guiskard erobert. Unter den Staufer-Kaisern erlebte Brindisi im 12. beziehungsweise 13. Jahrhundert eine Blütezeit und wurde auch wichtiger Hafen der Kreuzzüge nach Palästina. So schiffte sich hier 1228 Kaiser Friedrich II. zu seinem Kreuzzug ein und ließ die Stadt, die seine besondere Gunst genoss, 1238 neu befestigen.