Während indonesischen Operation Donner i Umfeld des Unabhängigkeitsreferendums von 1999 operierten in Hatulia und Ermera die pro-indonesischen Milizen "Darah Merah", Aitarak und "Pancasila" zusammen mit dem indonesischen Militär gegen Befürworter der Unabhängigkeit Osttimors. Im April begann die Welle der Gewalt. In diesem Monat erhielt Darah Merah von der Distriktkommandatur "(Kodim)" der indonesischen Armee moderne Schusswaffen und zwei Militärfahrzeuge. 200 Darah Merah-Milizionäre griffen daraufhin CNRT-Mitglieder im damaligen Subdistrikt Hatulia an. Es kam zu einem Gefecht in dessen Verlauf ein Milizionär und zwei CNRT-Mitglieder ums Leben kamen. Weitere Gewalt brachte im April Einwohner von Ermera, Gleno und Atsabe dazu aus ihren Häusern zu fliehen. Am 10. April brannten indonesische Soldaten gemeinsam mit Darah Merah-Milizionären dutzende Häuser im Ort Ermera nieder. Im Mai wurden mehrere Dörfer überfallen. Vier Verantwortliche wurden 2004 wegen 14fachen Mordes, Folter und Vergewaltigung verurteilt. Letefoho musste in den folgenden Jahren größtenteils wieder neu aufgebaut werden. Auch Gleno litt schwer unter Zerstörungen. Nach der Abstimmung am 30. August deportierten die Darah Integrasi-Miliz und indonesisches Militär gewaltsam schätzungsweise 43.000 Einwohner des Distrikts Ermera nach Atambua. 10.000 Einwohner flohen in die Berge. Da die Fahrzeuge nicht reichten, mussten die Lastwagen mehrmals zwischen Ost- und Westtimor hin- und herfahren. Die Häuser der Deportierten wurden angezündet. Ganze Dörfer wurden entvölkert. Freiwillig gingen nur die Familienmitglieder der Milizen und der indonesischen Streitkräfte. Einige Dörfer konnten sich gegen die drohende Deportation wehren. Als am 9. September die Darah Integrasi 20 Häuser der Aldeia Hunda (Suco Hatugau, Subdistrikt Letefoho) niederbrannten, suchten die meisten Leute Schutz im Haus des Chefe de Aldeia.