Po wybuchu wojny, wobec aresztowań zakopiańskich sportowców, opuścił Zakopane i przedostał się na Węgry, a stamtąd przez Jugosławię do Grecji, gdzie zaokrętował się na polski statek SS Warszawa w charakterze palacza. Warszawa płynęła do oblężonej twierdzy w Tobruku i 10 mil od brzegu została storpedowana. Marusarz uratował się i został wyłowiony z wody po kilku godzinach przez jednostki alianckie. Po storpedowaniu Warszawy 26 grudnia 1941 służył najpierw w marynarce wojennej, później handlowej i pasażerskiej m.in. na S/S Kolno, Modlin, Kraków, Narocz, Wilno i Opole. Pływał w alianckich konwojach jako sternik i wziął udział w bitwie o Atlantyk. Przeżył kolejne storpedowanie. Niektóre źródła podają, że przeżył storpedowanie trzy razy, inne mówią o dwóch. Marusarz pływał też w konwojach do Murmańska, a także na statkach, które wzięły udział w inwazji Afryki Północnej, Sycylii i Włoch (1943) i w operacji Overlord. Otrzymał dziewięć odznaczeń polskich i brytyjskich.