1917年、第一次世界大戦でアメリカがドイツ帝国に宣戦布告する。ウッドロウ・ウィルソン大統領はパーシングをヨーロッパ派遣軍（ＡＥＦ）総司令官に指名し、あわせて少将に昇進させた。1918年には大将に任ぜられ、ムーズ＝アルゴンヌの攻勢およびを指揮。連合国の勝利に大きく貢献した。このときパーシングの副官の1人だったのがジョージ・C・マーシャル（当時大佐）であり、またダグラス・マッカーサー（当時准将）も彼のもとで師団長として戦った。