В 1967 году, в связи с сильным землетрясением (1966) и последующим восстановлением Ташкента, для археологического мониторинга городских новостроек создаётся Ташкентский археологический отряд. М. И. Филанович вступает в состав отряда, и после выхода на пенсию его руководителя В. А. Булатовой в 1975 году (по другим данным — в 1974) — возглавляет его. Исследованиями научного коллектива были охвачены практически все археологические памятники на территории Ташкента. В 1979 году отряд реорганизуется в постоянно работающую "Ташкентскую археологическую экспедицию".