Во время ирано-иракской войны город и прилегающая территория стали объектом многочисленных атак со стороны Ирана, стремившегося перерезать стратегически важный путь Багдад-Басра. В 1991 году во время Войны в Заливе Эль-Амара был одним из многих городов, восставших против Саддама Хуссейна, за что впоследствии население города было подвергнуто репрессиям. Многие повстанцы были убиты и спешно захоронены в братской могиле за пределами города. Саддам Хусейн также прибег к тактике осушения болот, окружающих Амару, и построил ряд плотин в попытке сократить подачу воды в регион.