L'11 luglio 1999, nel Gran Premio di Gran Bretagna, a Silverstone, Schumacher fu vittima di quello che si rivelò il più grave incidente della sua carriera, attribuito dai tecnici di Maranello a un problema allo spurgo di un freno, in cui si procurò la frattura della gamba destra e dovette rinunciare a gareggiare, sostituito dal finlandese Mika Salo, fino al penultimo Gran Premio, quello della Malesia, dove conquistò la "pole position", e dopo essere stato tutta la gara in testa alla corsa, lasciò la vittoria a pochi giri dalla fine al compagno di scuderia Eddie Irvine, diventato lui in lotta per il titolo mondiale sfruttando l'assenza del tedesco. Nell'ultima gara, invece, il teutonico, scattato dalla prima posizione, terminò la gara al secondo posto alle spalle di Häkkinen che riuscì così a vincere il mondiale. Schumacher concluse il campionato quinto con 44 punti. Ogni situazione venutasi a creare è comunque sempre stata contraddistinta da stima e rispetto tra il finlandese, vincitore del titolo, e il tedesco infortunato; qualche anno più tardi Schumacher avrebbe dichiarato di considerare Häkkinen il rivale che più rispettò durante la carriera in Formula 1.