La guerra civile scoppiata nel 1993 ha messo in notevole difficoltà la compagnia, tanto da costringerla a sospendere temporaneamente l'attività fino al febbraio 1999; in seguito Air Burundi ha continuato a fornire voli regolari verso gli stati confinanti, tuttavia nella primavera del 2007 è stata nuovamente costretta a sospendere le operazioni. Nel 2008 è avvenuto il rilancio della compagnia con voli giornalieri verso Kigali ed Entebbe.