На должности обер-прокурора А. Ф. Кони дал более 600 заключений по самым разнообразным делам. А. Ф. Кони руководил следствием по делу о крушении поезда императора Александра III в Борках 17 октября 1888 года. 20 октября Кони прибыл на место катастрофы спецпоездом, а чуть более чем через месяц докладывал в Гатчине Александру III о результатах следствия.