In 1237 volgde echter de Mongoolse invasie van Rusland. In 1238 schaarde de Rostovse vorst Vasili zich bij de legers onder het bevel van grootvorst Joeri II van Vladimir en nam deel aan de strijd tegen de horden van Batu Khan bij de rivier de Sit, die echter uitmondde in een nederlaag en de verwoesting en plundering van veel Russische steden, waaronder Rostov. De weerstand van de stad was echter nog niet gebroken; van tijd tot tijd braken nieuwe opstanden uit tegen de afdracht van schatting aan de Gouden Horde. Een van de grootste was in 1262. Deze werd zwaar onderdrukt maar in 1289, 1294, 1320 en 1382 volgden opnieuw opstanden. De Rostovse troepen namen ook deel aan de Slag op het Snippenveld van 1380, waarbij de Russen onder leiding van Dmitri Donskoj de Mongolen voor het eerst versloegen. In 1408 werd Rostov voor de laatste maal geplunderd door emir Edigü van de Witte Horde.