Erste internationale Erfahrungen sammelte Lukáš Vydra bei den Halleneuropameisterschaften 1996 in Stockholm, bei denen er in 3:46,20 min auf Platz vier im 1500-Meter-Lauf gelangte. Im Jahr darauf qualifizierte er sich über 800 Meter für die Weltmeisterschaften in Athen, bei denen er mit 1:50,08 min im Vorlauf ausschied. 1998 gelangte er bei den Halleneuropameisterschaften in Valencia bis in das Halbfinale und schied dort mit 1:50,23 min aus. Im Sommer gewann er bei den Europameisterschaften in Budapest in 1:45,23 min die Bronzemedaille hinter dem Deutschen Nils Schumann und André Bucher aus der Schweiz. 1999 gelangte er bei den Hallenweltmeisterschaften in Maebashi erneut bis in das Halbfinale, in dem er mit 1:49,38 min ausschied. Zwei Jahre später nahm er zum letzten Mal an einem internationalen Event, den Hallenweltmeisterschaften in Lissabon, teil und schied dort mit 1:50,99 min im Vorlauf aus.