A következő szezonban robbant ki az olasz labdarúgás hosszú idő óta legnagyobb botránya, a Calciopoli. A Fiorentina több más klubbal egyetemben súlyos büntetést kapott, ez ebben az esetben 19 pont levonás volt. Bár már nyáron több csapattal kapcsolatba hozta őt a sajtó, a klub elnöke, Andrea della Valle ekkor még rá tudta beszélni, hogy maradjon. A 2006-07-es szezonban egy sérülés hátráltatta, azonban végül így is szerzett 16 gólt. A szezon végén Toni bejelentette, hogy a német Bayern München csapatához szerződik. Előtte állítólag megígérte della Vallénak, hogy nem szerződik más olasz klubhoz, valószínűleg ezért esett a választás a német rekordbajnokra.