Breitwieser wurde im Dezember 1946 an Polen ausgeliefert und im großen Krakauer Auschwitzprozess gegen Arthur Liebehenschel und 39 weitere SS-Angehörige im Dezember 1947 vom Obersten Nationalen Tribunal Polens zum Tode verurteilt. Ein polnisches Gericht gab seinem Gnadengesuch jedoch statt und wandelte Anfang 1948 die Todesstrafe in lebenslange Haft um. Nachdem Breitwieser elf Jahre in Polen im Gefängnis gewesen war, wurde er im Januar 1959 an Deutschland ausgewiesen, wo er im Betrieb eines Schwagers als Buchhalter arbeiten konnte. Vom 9. Juni 1961 bis zum 22. Juni 1961 saß er in Untersuchungshaft, wurde aber im August 1965 von einem Frankfurter Schwurgericht im 1. Auschwitzprozess aus Mangel an Beweisen freigesprochen. Er war der einzige Angeklagte, der im Schlusswort eine längere, sachliche Widerlegung der Anklage versuchte.