Po návrate do vlasti sa však pre mladého nádejného vedca nenašlo miesto na nijakej vysokej škole. Pôsobil teda na rôznych stredných školách, napr. v rokoch 1937–1939 pôsobil na učiteľskom ústave v Leviciach a v Novej Bani. Keď aj na Slovensku začali platiť v roku 1940 rasové zákony, Ján Fischer, nositeľ zlatej medaily zürišskej univerzity, prvý slovenský teoretický fyzik, bol prepustený zo štátnej školskej služby a stal sa výpomocným učiteľom na židovskej ľudovej škole v Michalovciach. V roku 1942, v čase deportácií židov, predsa len svitol Jánovi Fischerovi lúč nádeje. Vďaka úsiliu dr. Štefana Rakovského, pokrokovo zmýšľajúceho riaditeľa Obchodnej akadémie v Banskej Bystrici, dalo Ministerstvo školstva a národnej osvety súhlas, aby J. Fischer pôsobil na tomto ústave ako výpomocný učiteľ. V Banskej Bystrici zastihlo Jána Fischera Slovenské národné povstanie. Vtedy pracoval na Povereníctve školstva, kde mal na starosti likvidáciu platov profesorov stredných a odborných škôl. Po potlačení odboja odišiel spolu so svojou rodinou do partizánskej obce Kalište.