Julius Mägiste deltog i Estniska frihetskriget 1919. Han studerade vid Tartu universitet från 1919, avlade examen i östersjöfinska språk 1923, och var stipendiat vid Tartu universitet 1923–1926. Mägiste disputerade för filosofie doktorsgraden 1928 med avhandlingen "oi-, ei-deminutiivid läänemeresoome keelis" (oi-, ei-diminutiver i östersjöfinska språk). Från 1929 var han tillförordnad professor och 1932–1944 professor i östersjöfinska språk vid Tartu universitet. Vid Sovjetunionens andra ockupation av Estland 1944 blev han flykting först i Tyskland och sedan i Sverige.