Durch ein starkes Erdbeben am 27. Mai 2006 wurde die Tempelanlage des Prambanan, die ohnehin gerade restauriert wurde, schwer beschädigt. Um das genaue Ausmaß der Schäden zu erfassen, wurde die Anlage für einige Wochen geschlossen. Es wurden schwere strukturelle Schäden an den Candi (IPA: [], "Stupa") Brahma, Vishnu und Garuda festgestellt. Seit Juli 2006 laufen erneute groß angelegte Renovierungsarbeiten. Wie genau die strukturellen Schäden an den genannten Candi behoben werden sollen ist noch offen. Zur Diskussion steht unter anderem ein kompletter Neuaufbau. Seit August 2006 ist Prambanan wieder für Besucher geöffnet. Die Schreine, die Vishnu und Brahma gewidmet sind, können wieder betreten werden. Der Shiva-Schrein ist wegen Einsturz- und Steinschlaggefahr weiterhin gesperrt.