Ende der 1990er Jahre konnte Johnson pro Saison nur noch eine einstellige Zahl von Siegen vorweisen. Dreimal erreichte er noch eine Runde der letzten 32, aber in der &lt;a href="Snooker-Saison%201999/2000"&gt;Saison 1999/2000&lt;/a&gt; kam er dann nicht mehr über die Runde der letzten 64 hinaus. In der Weltrangliste fiel er somit kontinuierlich ab und belegte im Jahr 2000 nur noch Rang 61. In den Jahren 2001 bis 2003 erreichte er auch nur noch einmal je Saison eine Runde der letzten 64 und es gelang ihm seltener, sein erstes Match in einem Turnier zu überstehen. In der &lt;a href="Snooker-Saison%202003/04"&gt;Saison 2003/04&lt;/a&gt; konnte Johnson wegen eines Knöchelbruchs keinen einzigen Sieg erringen. Er beendete die Saison mit einer klaren 0:10-Niederlage gegen Ian Preece in der WM-Qualifikation und rutschte auf Rang 126 von 127 möglichen Plätzen ab. Somit verlor er nach 25 Saisons seinen Profistatus. Zu diesem Zeitpunkt war er mit 53 Jahren der älteste Spieler auf der Profitour. Nach Johnsons Karriereende war dies Steve Davis, der bis 2016 Profi blieb.