Peru soti myös ajoittain naapureitaan vastaan kiistellyistä raja-alueista. Espanjaa vastaan se soti merellä 1864–1866. Tyynenmeren sodassa 1879–1883 yhdessä Bolivian kanssa Chileä vastaan Peru menetti nitraattikenttänsä Atacaman autiomaassa ja kolme maakuntaansa. Rajariidat Bolivian kanssa selvitettiin neuvottelemalla 1902.