ב-8 באוקטובר 1871 ועד ה-10 בו השתוללה בעיר שיקגו שרפה שהחריבה את רוב שטחה של העיר, גרמה למותם של מאות אנשים ולנזקים בשווי של 200 מיליון דולר (כ-4 מיליארד דולר בערכים של 2018). יותר מ-100,000 מתושבי העיר נותרו חסרי כל וללא קורת גג לראשם. ב-9 באוקטובר נקט בלקנאפ בפעולה מידית והורה על העברת משלוחי מזון מסנט לואיס, על העברת אוהלים ממחנה ג'פרסון שבמיזורי ועל שיגור שתי פלוגות חיילים מפורט אומהה שבנברסקה לסיוע בשמירה על החוק והסדר. ב-10 באוקטובר, באיגרת שכתב ללוטננט גנרל פיליפ שרידן, ציין בלקנאפ שהשרפה הייתה "...אסון לאומי. לסובלים ממנה תינתן האהדה הכנה של האומה". בלקנאפ הורה לקציני הצבא בכל רחבי ארצות הברית לשלוח אספקה לשיקגו "בנדיבות ובאופן מידי". בדוח השנתי שלו לנשיא גרנט שהוגש בדצמבר 1871, שיבח בלקנאפ את מחלקת המלחמה על היעילות של פעולות הסיוע לחסרי הבית של השרפה בשיקגו תוך שעות ספורות מקבלת ההוראה, כאשר עדיין לא הושגה שליטה מלאה על האש. הוא גם שיבח את שרידן ואת פלוגות החיילים שתחת פיקודו על שמירת החוק והסדר בעיר החרבה.