Una orden del gobierno de Harry S. Truman prohibió que las fuerzas estadounidenses avanzaran hacia Praga, ante el riesgo de sobreextender las líneas y para evitar una pugna con la URSS (cuyas fuerzas ocupaban ya casi dos tercios de Checoslovaquia). Aun cuando las autoridades nazis mantuvieron su represión violenta hasta los últimos días de abril, el desenlace era muy predecible al conocerse en el Protectorado sobre el suicidio de Hitler y el fin de la Batalla de Berlín. Ante ello la resistencia checa planeó tomar por sí misma la ciudad antes que llegara el Ejército Rojo, considerando acertadamente que las fuerzas nazis (a diferencia de lo ocurrido en el Alzamiento de Varsovia) no podrían pedir refuerzos, desencadenando la Batalla de Praga el 5 de mayo de 1945, este combate concluyó seis días después con la derrota final alemana y la desaparición del Protectorado.