Het IKV ging zich projectmatig op steeds meer verschillende regio's richten, onder andere in de Kaukasus en op de Molukken. In Noord-Afrika en het Midden-Oosten werden onder leiding van Wim Bartels verschillende projecten bijeen gebracht onder de naam Euro-Arabische Dialoog (EAD). Het IKV ontwikkelde zich onder invloed van de nieuwe oorlogen steeds meer tot een 'a-pacifistische' organisatie voor conflictbeheersing waarvan het zwaartepunt van het werk steeds meer opschoof naar de conflictgebieden. Van plaatselijke kernen was steeds minder sprake en ook de relaties met de kerken kregen minder aandacht. In 1990 pleitte het IKV met betrekking tot de Golfoorlog voor een politieke oplossing, maar ook voor internationale militaire presentie. In Irak was Mient Jan Faber eind 2002 en begin 2003 voor militair ingrijpen. Het bracht hem in aanvaring met onder andere de Raad van Kerken. De voorzitter van Pax Christi, bisschop Ad van Luyn, sprak nu de demonstranten toe, Faber liep niet mee. Het maakte zijn positie steeds eenzamer. In 2003 werd de functie van Algemeen Secretaris opgeheven en trad hij terug. Vanaf dat moment kwam het IKV onder leiding van een directeur. In april 2004 werd Faber bijzonder hoogleraar "Citizen's Involvement in War Situations" aan de Vrije Universiteit in Amsterdam, gesponsord door het IKV. Bij het jubileum van het IKV in 2006 onderging hij alsnog een huldiging.