Krzyżanowski syntyi nykyisin Valko-Venäjällä sijaitsevassa Brjanskissa vuonna 1885. Ensimmäisen maailmansodan aikana hän toimi Venäjän armeijan alaisuudessa toimineiden ja Józef Dowbór-Muśnickin johtamien puolalaisten joukoissa. Vuosina 1919–1920 hän otti puolestaan osaa Puolan–Neuvosto-Venäjän sotaan. Krzyżanowski harkitsi eroa armeijasta Józef Piłsudskin johtaman toukokuun vallankaappauksen jälkeen, mutta lopulta hän kuitenkin jatkoi töissään komentaen eri tykistöyksiköitä ja yleten majuriksi vuonna 1934. Saksan hyökätessä Puolaan vuonna 1939 hän komensi tykistöä Poznańissa. Lokakuussa 1939 hänet lähetettiin Varsovasta Vilnaan varajohtajaksi vastarintaliike Służba Zwycięstwu Polskille ("SZP"). Neuvostojoukot miehittivät kaupungin kesäkuussa 1940.