Marija Nagaja war eine Tochter von Fjodor Fjodorowitsch Nagoi und eine Nichte von Afanassi Nagoi, der u. a. als russischer Gesandter am Hof des Krim-Khans fungierte. Afanassi Nagoi vermittelte erfolgreich die Heirat seiner Nichte mit Zar Iwan IV. Die Hochzeit des Paars wurde im September 1580 gefeiert. Um dieselbe Zeit vermählte sich Iwans geistig zurückgebliebener Sohn Fjodor mit Irina Godunowa, der Schwester von Iwans mächtigem Vertrauten Boris Godunow. Iwan IV. war seine Ehe mit Marija Nagaja nicht sehr wichtig, und da er zur Stärkung seiner Position im Livländischen Krieg ein Militärbündnis mit England anstrebte, warb er um die Hand von Mary Hastings, einer Verwandten der Königin Elisabeth I. Der russische Gesandte in London, Pissemski, erklärte, dass der Zar zur Ermöglichung dieser Ehe seine Gattin Marija Nagaja verlassen würde. Doch Elisabeth I. lehnte das Ansuchen des Zaren ab.