אף כי המאוזוליאום מעולם לא הושלם, כאשר השושלת הספווית השתלטה על תבריז והפכה אותה לבירתה במחצית הראשונה של המאה ה-16, המסגד הכחול עצמו שימש את השליטים החדשים כמסגד. בשנת 1514, לאחר שהובסו הספווים בקרב המכריע על צ'לדיראן, כבשו העות'מאנים את תבריז ובזזו אותה, כולל את המסגד הכחול. רעידות אדמה רבות פגעו בבניין בין המאות ה-16 וה-18. המסגד נפגע קשה במיוחד מרעידת אדמה בשנת 1780. עם זאת, במאה ה-17 כבר היה המסגד הרוס ונטוש. במאה ה-19 בזזו תושבי העיר תבריז את חורבות הבניין. רק במאה העשרים, בתקופת שושלת פהלווי, נבנה המסגד מחדש. השיקום בוצע בעזרת תוכניות ופיקוח של מוחמד-רזא מעמראן בנאם, אדריכל מסורתי מתבריז, תחת חסותו של הארגון למורשת תרבותית באיראן.