En agosto de 1937 —antes de que culminara la conquista del norte— Franco trasladó su Cuartel General a Burgos, donde se estableció en la quinta de los condes de Muguiro o Palacio de Isla, una residencia más amplia y adecuada que el palacio episcopal salmantino. La ciudad pronto se vio desbordada por la llegada de las muchas personas vinculadas a la organización estatal y se convirtió en centro administrativo, político, militar y diplomático. Allí, Serrano Suñer se instaló en el palacio de la Diputación y continuó trabajando en sus fines de institucionalización del régimen. El 25 de noviembre de 1937, Franco concedió una entrevista al diario japonés "Asahi "en la que decía que, una vez que terminara su misión, se retiraría al campo para hacer vida de familia.