Tras el final del Imperio latino, el puerto aparece en varias fuentes bajo el nombre Kontoskelion, lo que causó confusión entre los autores modernos. Según el "Patria", esta denominación es un patronímico que se refiere a cierto Agaliano, un "turmarca "bizantino (comandante de una "turma") apodado "Kontoskeles" debido a sus piernas cortas, pero el erudito alemán Albrecht Berger lo rechaza como un error de los autores del "Patria", debido a la etimología diferente de ambas palabras: "Kontoskalion" significa "paso corto o muelle". Algunos autores, como Raymond Janin, han propuesto que el nombre Kontoskelion (πρὸς τὸ Βλάγκα Κοντοσκέλιον) podría referirse a otro puerto situado al oeste del puerto de Juliano/Sofía, más próximo al área de Vlanga, pero esta interpretación debería ser desatendida, ya que es seguro que el "Kontoskalion" fue el único puerto en uso en el mar de Mármara hasta el siglo XV. En ese período, el puerto mantuvo su importante función: durante el Palaiologos dinastía, Emperador Michael VIII (r. 1259–1282) protegió él con una pared de sillar y una cadena, mientras su sucesor Andronikos II (r. 1282–1328) hizo el puerto más profundo y cerró su entrada con puertas de hierro, protegiendo los barcos de las tormentas que venidos con el Lodos. El puerto estuvo atestiguado en un "encomium" de Emperador Juan VIII (r. 1425–1448) escrito en 1427. De él sabemos que Juan VIII ordenó reparaciones al puerto, empleando pagó trabajadores (entre ellos eran también clérigos y monjes), y no criados. Al final de estos trabajos, la cuenca podría anfitrión 300 galeras. En algunas versiones del mapa del florentino viajero Cristoforo Buondelmonti (quién visitó Constantinople en 1421), la cuenca está mostrada flanqueada por su arsenal, y en la cuenta del viajero español Pedro Tafur, quién vio él en 1437, el puerto era todavía activo. Quede tan hasta la Caída de Constantinople en 1453.