Parallel dazu wurde er Mitarbeiter der Komisja Edukacji Narodowej ("Kommission für Nationale Erziehung"), der zentralen Reformeinrichtung während der Herrschaft König Stanisław August Poniatowskis, sowie der von ihr ins Leben gerufenen Gesellschaft für Elementarbücher ("Towarzystwo do Ksiąg Elementarnych"). Kołłątaj wirkte auch federführend an der Reform der Krakauer Akademie mit, deren Rektor er von 1782 bis 1786 wurde. Er führte Naturwissenschaften und polnische Literatur in das Lehrprogramm ein und ermöglichte Studenten aus dem Bürgertum den Zugang zum Studium. Als im Jahre 1788 der später als Vierjähriger Sejm bezeichnete, reguläre Sejm zu tagen begann, gehörte Kołłątaj zu den wichtigsten Akteuren auf Seiten des linken Flügels der sogenannten Reformpartei um Ignacy Potocki und Adam Kazimierz Czartoryski. In seinem vor allem gegen das Russland Katharinas II. gerichteten Programm plädierte er für eine weitgehende Modernisierung von Staat und Gesellschaft, einen historischen Kompromiss zwischen Adel und Bürgertum sowie eine massive Stärkung der Städte.