"Txiki" a joué un total de 22 matchs avec la sélection espagnole de football, dans laquelle il marquera un total de six buts. Il débute dans la sélection le , dans le match Espagne- Tchécoslovaquie (1 - 2), avec Javier Clemente comme sélectionneur. Avec la sélection il participe au Championnat d'Europe de football 1988 et à la Coupe du monde de football de 1994 aux États-Unis. Dans ce mondial il a joué précisément son dernier match avec la sélection, le . Il s'agit d'un Espagne-Suisse de huitièmes de finale que gagne l'Espagne par 3 à 0, et dans lequel Begiristain marque un des buts.