I. János és Ferdinánd között háború tört ki az ország uralmáért. A harcot még 1526 végén Cserni Jován kezdte meg, aki Ferdinánd táborába állt, bár leverték, de a két király közti igazi háború ezután vette kezdetét. Ferdinánd hívei abban bíztak, hogy királyuk bátyja és más országai segítségével végleg legyőzi a törököket. A hadiszerencse 1527-ben nekik kedvezett, Ferdinánd tízezer fős német zsoldosserege először a Tiszántúlra, majd Lengyelországba szorította I. Jánost. A lengyel király diplomáciai okokból semlegességre törekedett, de engedélyezte Szapolyai számára, hogy lengyel zsoldosokat toborozzon. Jánost azonban másodszor is legyőzte Ferdinánd számbeli fölényben lévő serege, ezért az kénytelen kelletlen a törökökkel is szövetkezett, hogy hatalmát visszaszerezze. I. Szulejmán szultán támogatta Jánost, hiszen az ő érdekei azt kívánták, hogy Magyarország gyenge, megosztott, polgárháborútól tönkretett országgá váljon. 1529-ben I. János vissza is tért Magyarországra és a belgrádi pasa segítségével visszahódította Erdélyt és a Tiszántúlt. Közben Ferdinánd Erdélyben csatát vesztett a moldvaiakkal szemben és már akkor bebizonyosodott, hogy nem lesz képes megvédeni az országot a törököktől.