В марте 1920 года губернский комитет РКП(б) перевёл Шпагина на должность комиссара главных железнодорожных мастерских. В 1923 году железнодорожным мастерским было присвоено имя Шпагина (позднее — Пермский паровозостроительный завод имени Шпагина). Алексей Алексеевич стал делегатом 4-го Конгресса Коминтерна (ноябрь 1922), а также делегатом 13-го и 14-го съездов партии. После ликвидации, в ноябре 1923 года, Пермской губернии он был переведён на работу в Уральскую областную контрольную комиссию.