Starzejąca się „Aquitania” miała zostać zastąpiona przez RMS Queen Elizabeth w 1940 r., ale wybuch II wojny światowej spowodował, że znowu zaczęła służyć jako transportowiec wojska. W listopadzie 1941 „Aquitania” została w Singapurze (wówczas kolonii brytyjskiej) przemalowana na szaro. Z jej wyjściem w pierwszy rejs po tej operacji wiązane jest domniemanie o okolicznościach zatopienia australijskiego krążownika HMAS „Sydney”. Ponoć szpiedzy na rzecz III Rzeszy w Singapurze mieli donieść, że niebawem wielki transportowiec ma udać się do Australii. Dowództwo Kriegsmarine powiadomiło o tym kapitana operującego w pobliżu Perth korsarskiego rajdera HSK „Kormoran”. Ten zamiast „Aquitanii” napotkał „Sydneya”, którego zatopił.