После этого Кубала вернулся в Испанию, где ненадолго возглавил «Кордобу». В 1969 году Кубалу пригласили возглавить сборную Испании по футболу. На этом посту он пробудет 11 лет (1969—1980). Особых успехов сборная под его руководством не добилась. В 1978 году он впервые с 1966 года вывел команду Испании в финальную часть чемпионата мира в Аргентине, но там его подопечные заняли лишь третье место в группе в первом групповом раунде и выбыли из дальнейшей борьбы. На чемпионате Европы 1980 года в Италии испанцы снова не вышли из группы. После того турнира Кубала покинул тренерский мостик сборной.