Polk służył pod rozkazami Bragga w bitwie nad Stones River w końcu 1862 roku i ponownie wziął udział w działaniu oficerów dążących do usunięcia dowódcy armii po zakończonej niepowodzeniem bitwie (taktycznie bitwa była nierozstrzygnięta, lecz Bragg nie zdołał pobić federalnej Armii Cumberlandu gen-maj. Williama Rosecransa i musiał wycofać swe wojska do Tullahomy). Równie nieskutecznie próbował Bragg powstrzymać Rosecransa realizującego swą kampanię tullahomską, która zaczęła zagrażać panowaniu konfederatów nad ważnym miastem Chattanooga. Widząc jak Rosecrans doskonale manewruje swoją armią, Polk radził Braggowi wycofać się raczej niż stanąć do walki w oparciu o fortyfikacje Tullahomy.