הוא קרא מספר פעמים להטיל עיצומים כלכליים על ישראל ולבודד אותה מבחינה בינלאומית, וכן קרא גם לאיגוד השידור האירופי שלא לאפשר את השתתפות ישראל בתחרות האירוויזיון. השווה בין פלישת ישראל ללבנון בשנת 1982 לפיגועי 11 בספטמבר. במהלך מלחמת לבנון השנייה השתתף בהפגנות רבות נגד ישראל ובמהלך אחת מהן הניף את דגל חזבאללה, והרבה לשבח את מנהיג הארגון חסן נסראללה. ב-20 בפברואר 2013 עזב במפגיע עימות בכריסט קולג', אוניברסיטת אוקספורד, אחרי שגילה שאחד הדוברים הוא סטודנט ישראלי. מעשה זה של גאלאוויי ספג גינויים רבים.