O longo reinado de cinquenta e oito anos de Dom Pedro II representaria o crescimento e apogeu da Armada Imperial (mesmo depois durante o período republicano). Foi-se reorganizado o Ministério da Marinha, o Arsenal e a Cadeia Naval, e também foi criado o Corpo dos Imperiais Marinheiros, formado por voluntários. Neste período foi adotada definitivamente a navegação a vapor, tendo o Brasil rapidamente modernizado a Esquadra, adquirindo navios no estrangeiro e construindo outros no país, e também substituindo os antigos canhões de alma lisa por novos, de alma raiada, com maior alcance e precisão. Melhoras foram realizadas também nos arsenais e bases navais, sendo aparelhados com novas oficinas. Navios de guerra foram construídos nos Arsenais de Marinha no Rio de Janeiro, Salvador, Recife, Santos, Niterói e Pelotas. A Armada atuou em todas as revoltas ocorridas no período regencial, como a Cabanagem, a Farroupilha, a Sabinada, dentre outras. A Armada realizou o bloqueio das províncias onde ocorreram as revoltas e realizou a maior parte dos transportes de tropas do Exército imperial, de uma região para a outra do país, mantendo-as municiadas, abastecidas e apetrechadas.