Buendia besuchte zunächst die vom späteren Innenminister, Gouverneur von Bulacan sowie Senator Teodoro Sandiko gegründete Grammar School in Malolos und absolvierte danach ein Studium am Colegio de San Juan de Letran sowie am Liceo de Manila, das er mit einem Bachelor of Arts abschloss. Während der Philippinischen Revolution gegen Spanien zwischen 1896 und 1898 diente er in der Revolutionsarmee und wurde zuletzt zum Oberleutnant befördert.