Setelah bencana "Challenger", NASA kembali menggunakan sistem penomoran berurutan, dengan penomoran yang dihitung dari awal program STS. Berbeda dengan sistem awal, penomoran diberikan saat penjadwalan misi dan tidak berubah meskipun peluncuran dijadwalkan ulang. Skema penomoran ini dimulai kembali dengan nomor 26, dengan penerbangan pertama sebagai STS-26R — akhiran R berarti "reflight" untuk disambiguasi dari misi sebelumnya. Sufiks tersebut digunakan selama dua tahun hingga misi STS-33R. Sebagai akibat dari perubahan sistem, penerbangan di bawah sistem penomoran yang berbeda dapat memiliki nomor yang sama dengan sistem penomoran lainnya, misalnya penerbangan STS-51 (misi yang dilakukan oleh "Discovery" pada tahun 1993) bertahun-tahun setelah STS-51-A ("penerbangan" kedua "Discovery" pada tahun 1984).