El juny del 1643 fou nomenat bisbe de Clogher. Treballà properament a Owen Roe O'Neill durant la rebel·lió del 1641 i s'alià amb el nunci papal Giovanni Battista Rinuccini quan ell arribà a l'illa el 1645. Després de la misteriosa mort d'Owen el 6 de novembre del 1649, el duc d'Ormonde li encomanà el lideratge de l'exèrcit de l'Ulster, compost de 5.000 soldats d'infanteria i 600 de cavalleria.