Zsigmond távollétében azonban az országot Károly igazgatta, de Zsigmond nagy hibát követett el, amikor őt nevezte ki az ország élére. A király abszolutizmusa és rekatolizációs tevékenysége miatt a herceg szembeszállt vele, ehhez támogatást kapott a Zsigmonddal szemben álló svéd nemességtől. Az 1593-as uppsalai országgyűlésen követelte, hogy töröljék el a római katolikus vallást és tegyék újra államvallássá az evangélikust, amelyet még 1527-ben vezettek be. Miután a király erre nem volt hajlandó, Károly bejelentette Zsigmond hatalomfosztását. A nemesség egy része még mindig kitartott Zsigmond mellett, fegyveresen szembeszállt Károllyal és az országgyűléssel, egészen addig, míg Zsigmond lengyel, magyar és német seregek élén partra szállt Svédországban és ez a "svéd belháborút" svéd-lengyel háborúvá változtatta.