2009 nyarán a Bayern München vezetősége Louis van Gaalt igazolta le a vezetőedzői pozícióba. Franck Ribéry is távozni akart, mivel nem érezte elég erősnek a keretet; válaszul a klub leigazolta Arjen Robbent. 2009. november 28-án Franz Beckenbauer helyét Uli Hoeneß vette át az elnöki székben. A nyolcaddöntőben az ACF Fiorentina ellen, majd a negyeddöntőben a Manchester United FC ellen Arjen Robben és Ivica Olić híres góljaival 4:4-es összestéssel és több idegenbe lőtt góllal jutott tovább a Bayern München. A BL-döntőbe az Olympique Lyonnais összesítésbeli 3-0-s legyőzésésvel jutott a csapat. Május 15-én, a BL-döntő előtti hétvégén a csapat az SV Werder Bremen 4:0-s legyőzésével megnyerte a német kupát, így a bajnokság május 8-i megnyerésével 8. alkalommal dupláztak a müncheniek. Az FC Bayern München a triplázás reményével vághatott neki a Bajnokok ligája-döntőjének, melyet végül 0-2-re elvesztettek az FC Internazionale Milano ellen. A szezon két felfedezettje a két saját necelésű játékos Holger Badstuber és Thomas Müller lett.