В ноябре 1931 года Эйке было присвоено звание штандартенфюрера СС и он был поставлен во главе 10-го штандарта (полка) СС, расквартированного в Рейнланд-Пфальце. В 1932 году он был уволен из IG Farben, так как политическая активность не оставляла времени для выполнения должностных обязанностей, а в марте того же года он арестован по обвинению в подготовке к терактам с использованием взрывчатки и приговорён к двум годам заключения. Однако министр юстиции Баварии Франц Гюртнер (который в 1924 году позволил Гитлеру, приговорённому к пятилетнему заключению за «Пивной путч», выйти на свободу уже через девять месяцев) отпустил его под честное слово домой по состоянию здоровья. Эйке практически сразу бежал в Италию.