Suurin osa Galápagossaarista ja sitä ympäröivästä merialueesta kuuluu kahteen suojelualueeseen. Galápagosin kansallispuisto käsittää noin 97 prosenttia kaikista maa-alueista. Galápagosin merensuojelualueeseen kuuluvat puolestaan kaikki merialueet 60 meripeninkulman päähän rantaviivasta. Lisäksi saariryhmä on Unescon maailmanperintöluettelossa ja biosfäärialueissa sekä valittu Ramsar-alueeksi.