Bala tentara Protestan melakukan pengepungan atas sejumlah kota di daerah Poitou dan Saintonge (guna melindungi La Rochelle), dan kemudian juga di Angoulême dan Cognac. Dalam Pertempuran Jarnac pada 16 Maret 1569, Pangeran Condé tewas, sehingga Laksamana de Coligny terpaksa mengambil alih kepemimpinan atas bala tentara Protestan. Laksamana de Coligny menarik mundur bala tentara Protestan ke kawasan barat daya kemudian bergabung dengan Gabriel de Montgommery, dan pada musim semi 1570 mereka menjarah kota Toulouse, memintas melalui kawasan selatan Prancis dan bergerak menelusuri Lembah Sungai Rhône menuju La Charité-sur-Loire. Utang kerajaan yang semakin mengkhawatirkan dan keinginan Charles IX untuk mencari solusi damai mendorong terbitnya Perjanjian Damai Saint-Germain-en-Laye pada 8 Agustus 1570, yang sekali lagi memberikan lebih banyak konsesi kepada kaum Huguenot. Pada 1572, peningkatan ketegangan antara umat Katolik Paris dan bala tentara Protestan yang datang guna menghadiri upacara pernikahan Henri de Navarre dengan saudari Raja, Marguerite de Valois, berpuncak pada peristiwa pembantaian di Hari Santo Bartolomeus. Peristiwa ini menyulut Perang Keempat pada 1572 dan Perang Kelima pada 1573-1576.