Im Februar 1942 wurde Fomferra von der Gestapo verhaftet und an das Bezirksgericht Bratislava überstellt. Dieses verurteilte ihn zu zwölf Jahren Zuchthaus, die er zeitweise im Zuchthaus Ružomberok verbrachte. 1944 wurde Fomferra durch slowakische Partisanen aus dem Zuchthaus befreit und er nahm am Slowakischen Nationalaufstand teil. Danach war er als Politkommissar einer Partisaneneinheit und kurzfristig auch im provisorischen slowakischen Innenministerium tätig.