Tàu ngầm Proyekta 641 đóng vai trò quan trọng trong cuộc khủng hoảng này. Hải quân Xô Viết đã trang bị 4 chiếc Proyekta 641 cho Cuba. Các khu trục hạm Hoa Kỳ đã thả các bom chống tàu ngầm gần các chiếc Proyekta 641 để bắt các tàu ngầm này phải nổi lên. Ba chiếc bắc buộc phải nổi lên chiếc còn lại thì ra khỏi tầm của các khu trục hạm. Hoa Kỳ không hề biết rằng các tàu ngầm này được trang bị ngư lôi gắn đầu đạn hạt nhân và sẵn sàng được sử dụng, ngay khi các thông báo của bộ chỉ huy Hoa Kỳ thông báo cho họ biết thì tất cả các tàu khu trục được lệnh rút lui ngay lập tức. Trên tàu ngầm B-59 thuyền trường ra lệnh chuẩn bị phóng ngư lôi vào đội hình của các khu trục hạm Hoa Kỳ tuy nhiên hai hoa tiêu trưởng của tàu trong đó có Vasiliy Arkhipov đã thuyết phục thuyền trưởng là không nên làm thế vì cự ly quá gần nếu bắn sẽ gây hư hại cho chính các tàu ngầm và châm ngòi cho một cuộc chiến hạt nhân khi sự căng thẳng đang lên cao trong khu vực.