Le , en vertu du décret du Conseil suprême de la RSS de Géorgie, le ministère des Affaires intérieures de la RSS de Géorgie est devenu le ministère de la Sécurité publique. Le , l'agence retrouve son ancien nom, le ministère des Affaires intérieures. À la suite de l'indépendance de la Géorgie en 1991, le ministère est chargé d'imposer l'ordre publique à travers le pays et doit faire face à un coup d'État (1991-1992), des conflits séparatistes en Abkhazie (1992-1993) et Ossétie du Sud (1990-1992) et une guerre civile en Géorgie occidentale (1993).