Efter massakern i Columbine anklagades Marilyn Manson för att ha påverkat Eric Harris och Dylan Klebold till dådet med sin musik. När det senare visade sig att varken Harris eller Klebold var fans till bandet, vändes kritiken mot media och deras försök att använda bandet som syndabock istället för att analysera underliggande sociala problem som omgärdade händelsen. Michael Moore intervjuade Marilyn Manson om tragedin i sin kontroversiella dokumentär "Bowling for Columbine". När Moore frågade vad han skulle säga till personer i Columbine, svarade Manson: ”Jag skulle inte säga ett enda ord till dem. Jag skulle lyssna till vad de hade att säga, och det är vad ingen gjorde.”