1988년 미하일 고르바초프에 의해 내무장관에 임명되었고, 강경한 수단을 통해 소련 체제를 유지해야 한다고 주장하는 보수파의 반발로 1990년 내무장관에서 물러났다. 같은 해 새로 생긴 대통령 자문 위원 직에 기용되었다. 1991년 고르바초프의 권유로 러시아 연방 대통령 선거에 입후보했으나, 득표율이 5%에 그치면서 입후보한 후보들 가운데 최하위를 기록하였다. 1991년 8월, 보수파의 8월 쿠데타가 실패하면서 국가비상사태위원회의 구성원으로 쿠데타의 중심이었던 블라디미르 크류츠코프 대신 국가보안위원회 (KGB)의 마지막 의장이 되었으며, 국가보안위원회를 해체하였다.