Ao conquistar a Copa das Nações Africanas de 2013, Keshi tornou-se o segundo africano a vencer o torneio como jogador e técnico, ao lado do egípcio Mahmoud El-Gohary. Levou as "Super Águias" às oitavas-de-final da Copa de 2014, onde a Nigéria capitulou contra a França.