Карлос Сальсидо дебютировал в сборной Мексики в 2004 году. В 2005 году Сальсидо сыграл на Кубке конфедераций все 5 матчей сборной Мексики в стартовом составе. В полуфинальном матче против сборной Аргентины в дополнительное время он забил свой первый гол за сборную Мексики.