Fransız Devrim Savaşları Zürih'i daha da fazla kargaşaya götürdü. Fransız ordularının İsviçre'yi işgaliyle kurulan Helvetya Cumhuriyeti döneminde şehir Lindth, Thurgau ve Aargau bölgelerini kaybetti. Konfederasyon yıkıldı, feodal haklar ve kanton ayrıcalıkları ortadan kaldırıldı. Bazı kantonlar devrimci fikirlere karşı direndiyse de işgalcilere karşı bir birlik oluşturamadı. 1799'daki Birinci Zürih Muharebesinde Fransız ordusuna karşı İkinci Koalisyon güçleri (Avusturya, Britanya, Rusya ve Osmanlılar) savaştılar. Fransız general Andre Massena geri çekildi. Buna karşın aynı yıl olan İkinci Zürih Savaşında Fransızlar Zürih'i yeniden ele geçirdiler.