Il est clairement aux côtés de l'Emperesse après la capture d'Étienne à la bataille de Lincoln en . Il est à Oxford en juillet et au siège de Winchester en août et septembre. Avec Brian FitzCount, il mène un détachement qui escorte l'Emperesse dans sa fuite vers son château de Ludgershall, car la position de ses troupes semble intenable. Poursuivi par une forte troupe royaliste, Jean reste en arrière pour la retenir au niveau du gué de l'abbaye de Wherwell. Il est alors piégé avec ses hommes dans l'abbaye qui est incendiée, mais il tient tout de même la position et couvre la fuite de Mathilde. Dans l"Histoire de Guillaume le Maréchal", son fils relate que son père perd un œil dans cet incendie.