Pe 17 iunie 1918 a fost format un al doilea guvern condus de Khoyski. El a avut un rol semnificativ în încheierea unei alianțe cu guvernul Turciei, învingând și înlăturând Dictatura Centrocaspică, aflată la putere în Baku, dar și în stabilirea relațiilor diplomatice cu alte țări. Pe 22 decembrie a preluat portofoliul de ministru de externe în guvernul condus de el. Khoyski a protejat statalitatea Azerbaidjanului din această poziție. În plus, el a apărat Republica Democratică Azerbaidjan, reușind să obțină recunoașterea independenței acestei republici la Conferința de Pace de la Paris din 1919. Este considerat, de asemenea, fondatorul Universității de Stat din Baku. În perioada celui de-al treilea guvern format de Khoyski, el a servit ca președinte al Consiliului Național (parlamentul azer) și ministru al afacerilor externe al Republicii Azerbaidjan. În timpul mandatului său, el a schimbat numele orașului Elizavetpol, restabilind numele istoric Gandja, a redenumit regiunea Karyagino în provincia Djabrayil provincie, a instituit un sistem pluripartidist, a avut loc emiterea primelor timbre poștale din Azerbaidjan și a monedei naționale, manatul azer, a fondat școli și licee cu predare în limba azeră. În martie 1919 cel de-al treilea guvern condus de el a fost dizolvat.