Dal 1683 al 1760 circa, il governo Qing limitò l'immigrazione a Taiwan. Tale restrizione fu allentata dopo gli anni 1760 e verso il 1811 c'erano più di due milioni di immigranti cinesi su Taiwan. Nel 1875 fu istituito il governo di Taipei (台北府), sotto la giurisdizione della provincia del Fujian. Inoltre, vi erano stati vari conflitti tra immigranti cinesi, la maggior parte dei quali tra Han del Fujian e Han del Guangdong, tra persone di diverse aree del Fujian, tra coloni Han e Hakka, o semplicemente tra persone con cognomi diversi impegnati in faide tra clan. A causa delle forti lealtà provinciali mantenute da questi immigranti, il governo Qing riteneva che Taiwan fosse piuttosto difficile da governare. Taiwan fu anche afflitta dalle invasioni straniere. Nel 1840 Keelung fu invasa dai britannici nella Guerra dell'oppio, e nel 1884 fu il turno dei francesi come parte della Guerra franco-cinese. Per fronteggiare queste incursioni, il governo Qing cominciò a costruire una serie di difese costiere e il 12 ottobre 1885 Taiwan fu fatta provincia, con Liu Mingchuan che funse da primo governatore. Egli divise Taiwan in undici contee e tentò di migliorare le relazioni con gli aborigeni. Sviluppò anche una ferrovia da Taipei a Hsinchu, fondò una miniera a Keelung, e costruì un arsenale per migliorare la capacità difensiva di Taiwan contro gli stranieri.