De eerste grote deuk in het imago van de partij kwam in 1968, toen er bij het bloedbad van Tlatelolco 250 demonstrerende studenten werden vermoord. Dit luidde het begin in van een 'Vuile Oorlog', waarbij honderden tegenstanders werden vermoord. Ook werden er nog eens talloze tegenstanders gearresteerd of gemarteld. Hoewel er wel vaker tegenstanders van het regime gewelddadig vervolgd werden, ging het daarbij meestal om weinig invloedrijke groepen in uithoeken van het land; Tlatelolco was voor het eerst dat de politieke repressie zo expliciet, in de hoofdstad voor het oog van de natie, te zien was. Al snel staken over het hele land vaak gewapende dissidente groepen de kop op. Onder president Luis Echeverría (1970-1976) raakte Mexico op het randje van een burgeroorlog. Nu duidelijk was dat het oude op corporatisme gebaseerde systeem niet meer goed functioneerde, zetten Echeverría en zijn opvolger José López Portillo (1976-1982) een populistisch economisch programma in, waarin getracht werd het volk tevreden te houden door de uitgaven aan sociale programma's te verhogen, opnieuw landverdelingen door te voeren en bedrijven te nationaliseren. Dit beleid werd grotendeels betaald door de olieboom in de jaren 70.