Летом 1999 года Вьери перешёл в «Интер», заплативший 48,5 млн евро. Он стал дорогим на тот момент футболистом мира. В «Интере» он выступал на протяжении шести сезонов. Первоначально он составил тандем с бразильцем Роналдо, однако того часто преследовали травмы, а в 2002 году он покинул команду. Вьери стал главной ударной силой команды на следующие несколько сезонов. В 2002 году он был признан футболистом года в Италии, а в 2003 году с 24 голами стал лучшим бомбардиром Серии А. Всего за «Интер» Вьери забил 123 гола и вошёл в десятку лучших бомбардиров клуба, однако единственным трофеем, выигранным в эти годы, стал Кубок Италии в 2005 году.