De volta à "Holanda Brasileira", entre 1645 e 1649, Paraupaba assumiu o cargo de Capitão e Regedor do Rio Grande. Ativo na política, lutou pela abolição da escravatura índigena e africana nos territórios do Brasil Holandês. Foi um dos articuladores da revolta índigena em Cunhaú e Uruaçu. Como militar ainda lutou nas Batalhas dos Guararapes. Em 1648 fez parte da missão do Ceará e Ibiapaba.