Долгое время в Новогрудке действовали несвижские иезуиты, боровшиеся против протестантизма в Великом княжестве Литовском (лютеранства, кальвинизма и арианства), который распространился в конце XVI века. Финансовую поддержку монахам оказывали хорунжий Новогрудка Ежи Головня и шляхтич Ян Мошинский. Около 1626 года Ян Мошинский купил участок и построил деревянный дом и костёл. Оттуда иезуиты начали действовать в Новогрудке на постоянной основе. В 1612 году иезуиты создали свою миссию в городе. В 1631 году создали на этом месте свою резиденцию, а в 1644 году настоятель новогрудский, каноник виленский Мартин Градовский дал щедрое пожертвование на постройку каменной школы, так был открыт коллегиум. Строящийся комплекс зданий сгорел в результате войны (1654—1667 гг.). Настоятель иезуитского монастыря Юрий Рафалович () был убит у дверей костёла, а его заместитель отец Андрей Кавечинский был взят в плен 6 августа 1655 года в Новогрудке и пробыл в Сибири 10 лет. В 1657 году по желанию прихожан в коридоре школы была поставлена ​​часовня. Также коридоры и комнаты на этажах были перекрыты каменными сводами. 8 декабря 1662 года глава униатской церкви митрополит Гавриил Коленда передал иезуитам некогда православную икону — Богородицы Совершенной, когда-то охраняемой прелатом виленским Криштофом Прецлавским, она была торжественно перенесена в костёл. Тот же прелат Прецлавский, умирая в 1675 году передал церкви оркестр, для которого рядом с костёлом была построена деревянная башня. В 1676 году была сооружена деревянная столовая и кухня, а также дом для слуг и хозяйственные постройки.