1994年夏、ナポリからユヴェントスに引き抜かれたマルチェロ・リッピ監督はフェラーラの獲得を就任の条件に要求し、フェラーラはユヴェントスに移籍した。1994-95シーズン、移籍後すぐにチームの守備の中心となり、10年ぶりのリーグ優勝とカップ制覇の2冠に貢献した。1995-96シーズンにはUEFAチャンピオンズリーグ優勝、1996年冬にはトヨタカップ優勝を果たした。1996-97シーズンと1997-98シーズンに2シーズン連続リーグ優勝を成し遂げた後は3年連続で無冠が続いたが、2001-02シーズンには自身6度目（ナポリ時代を含む）のスクデット獲得を果たした。代表でも主力の一人であったが、ユーロ96とワールドカップフランス大会は大会前の怪我により出場を逃した。2005年に現役を引退したが、セリエAでは通算500試合に出場した。