پس از وقوع کشتار خواجه‌لی ابراهیم محمدوف به همراه خانواده اش به باکو بازگشت. او به عنوان سرباز داوطلب در یکی از گردانهای بسیج مردمی ثبت نام نمود. بعد از انحلال گردان‌های یاد شده، در سال ۱۹۹۳، ابراهیم محمدوف به حضور خود در جنگ قره‌باغ به عنوان فرمانده گردان در ترکیب نیروهای مسلح جمهوری آذربایجان ادامه داد. بعداً او با گردان خودش برای دفاع از شهرستان کلبجر بدان منطقه اعزام شد.