После Реформации в 1567 году католическое духовенство было исключено из парламента под давлением церкви Шотландии, а после упразднения в 1638 году епископата парламент стал полностью светским собранием. Во время правления Якова VI и Карла I парламент попал под сильное влияние короны, его созывы стали эпизодическими, королевская власть, манипулируя системой выборов и порядком заседаний, пыталась превратить палату в послушный инструмент абсолютистской политики короля. Но восстание в Шотландии в 1637 году и победа шотландцев над королевскими войсками в Епископских войнах 1639—1640 годов позволили парламенту сконцентрировать в своих руках всю полноту власти в Шотландии. После того как в страну вторглись войска Оливера Кромвеля, его республиканское правительство в 1657 году установило непродолжительную англо-шотландскую парламентскую унию.