Der indianischstämmige Mejía diente bereits im Amerikanisch-Mexikanischen Krieg. Ab 1862 kämpfte er gegen die republikanischen Truppen auf Seiten der Franzosen und später auch an der Seite von Kaiser Maximilian. Anfang 1867 wurde er mit diesem bei Querétaro, ca. 190 km nördlich von Mexiko-Stadt von Truppen des Präsidenten Benito Juarez eingekesselt und geriet nach 72 Tagen Belagerung am 15. Mai 1867 in Gefangenschaft. Tomás Mejía wurde zusammen mit Kaiser Maximilian und General Miguel Miramón am 19. Juni 1867 erschossen.