A Zona Aérea dos Açores foi criada em 1956, na dependência da 1.ª Região Aérea, com sede em Lisboa, ficando a Base Aérea n.º 4 sobre a sua dependência direta, em tempos de paz. Em 1978, por força da organização territorial, foi extinta na prática devido ao final da Guerra do Ultramar, pela necessidade de ajustar a organização da Força Aérea nos Açores e da necessidade de reorganização para um melhor aproveitamento dos recursos disponíveis, sendo então criado o Comando Aéreo dos Açores, cujo comandante acumulava as funções de Comandante da Base Aérea N.º 4.