Пока Басби восстанавливался от полученных травм в больнице, тренерские обязанности перешли к его ассистенту, Джимми Мерфи. После своего выздоровления Басби начал новую перестройку команды, и через пять лет, в 1963 году, «Юнайтед» выиграл Кубок Англии, впервые после 15-летнего перерыва. За победой в Кубке последовало два чемпионских титула Первого дивизиона, а также самый престижный приз клубного европейского футбола — Кубок европейских чемпионов. После успеха в Европе Басби руководил клубом ещё один сезон, а затем передал полномочия главного тренера «Юнайтед» клубному тренеру Уилфу Макгиннессу. Макгиннессу не удалось справиться со своей новой должностью, и в итоге Басби уговорили вернуться к руководству командой на вторую половину сезона 1970/71. Однако уже летом Басби окончательно завершил тренерскую карьеру, и главным тренером команды стал Фрэнк О’Фаррелл. О’Фаррелл недолго пробыл на своём посту — в частности, из-за своей неспособности контролировать экстравагантные выходки Джорджа Беста. Совет директоров клуба решил преждевременно расторгнуть контракт с О’Фарреллом, хотя по нему оставалось ещё три года.