モローは次第にサロンから遠ざかり、パリのの屋敷に閉じこもって黙々と制作を続けた。サロンから遠ざかっても、モローは画廊やパリ万博では個展や特別展示など注目された。1898年に世を去った。生前のアトリエには油彩画約800点、水彩画575点、デッサン約7000点が残っていた。彼が1852年から終生過ごしたこの館は、遺言により「ギュスターヴ・モロー美術館」として公開されている。1912年にはアンドレ・ブルトンがこの美術館を訪れている。ちなみにギュスターヴ・モロー美術館の初代館長は、モローの遺言によりジョルジュ・ルオーが務めた。