В 1995 году Станкевич попал у президента в опалу, вследствие чего был вынужден покинуть Россию. По некоторым сведениям, причиной стала его активность, направленная на выдвижение кандидатуры мэра Санкт-Петербурга А. А. Собчака на выборах 1996 г. в президенты Российской Федерации. В апреле 1995 года Генеральная прокуратура сделала запрос в Госдуму о привлечении депутата Станкевича к уголовной ответственности, . В основе обвинения лежала расписка в получении денег, которую Сергей Станкевич будто бы дал бизнесмену при получении взятки. Факт написания «расписки за взятку» следователей почему-то не удивил. Речь шла о плате английской фирмы Burson-Marsteller за презентацию Фестиваля «Красная площадь» в Лондоне, причём адвокат Станкевича и сам Станкевич изначально утверждали, что деньги получены не были , расписка фальшивая , а дело — политическое. . Госдума согласия на привлечение к уголовной ответственности депутата Станкевича не дала. В ноябре 1995 года он вместе с семьёй покинул Россию. Проживал недолго в США, а затем в Польше. Занялся бизнесом. 27 февраля 1996 года московская прокуратура выдала санкцию на арест Сергея Станкевича. Он был объявлен в международный розыск. В 1996—1999 годах жил в Польше.