Nella stagione successiva i "Red Devils" vincono subito la Supercoppa inglese battendo il Chelsea ai rigori. In FA Cup la società cade al sesto turno contro il Portsmouth (1-0), in una sfida che ha visto Ferdinand protagonista in porta a causa dell'infortunio di van der Sar; in League Cup esce al terzo turno contro il Coventry City (0-2). In Champions League il Manchester United supera da imbattuto la fase a gironi, esclude Lione (1-2), Roma, già affrontata nella fase a gironi (0-3) e Barcellona (0-1), raggiungendo la finale tutta inglese contro il Chelsea. A Mosca, Ronaldo porta in vantaggio i suoi ma Frank Lampard pareggia. Le squadre vanno prima ai supplementari, poi ai rigori: dagli undici metri sbagliano prima Ronaldo, poi John Terry - che poteva decide l'esito della sfida, avendo tirato fuori il quinto rigore -, infine Nicolas Anelka, consentendo all'United di vincere la sua terza Champions League. Il capocannoniere dell'edizione, e del campionato inglese, vinto dai "Red Devils" in volata su Chelsea e Arsenal, è Cristiano Ronaldo, che mette a segno 42 gol in 49 incontri in tutte le competizioni consacrandosi a campione mondiale. In questa stagione Giggs supera il record di presenze di Bobby Charlton. Dopo aver vinto la Supercoppa inglese ai rigori contro il Portsmouth, nel dicembre 2008, la squadra sconfigge l'LDU Quito, vincendo il mondiale per club. In questa stagione lo United conquista il record per il maggior numero di tempo giocato senza subire reti e il primo marzo la squadra batte il Tottenham ai rigori, conquistando la Coppa di Lega. In FA Cup i "Red Devils" sono esclusi in semifinale, contro l'Everton, che vince ai rigori. Nel mese di maggio il club conquista l'undicesimo titolo, davanti a Liverpool e Chelsea. In Champions, dopo aver superato la fase a gironi, gli inglesi superano Inter (0-2), Porto (3-2) e Arsenal (4-1), accedendo alla finale, dove ha la meglio il Barcellona (2-0).