Porém, ao lado de tamanha identidade de pensamento, havia também algumas diferenças fundamentais. Jung jamais conseguiu aceitar a insistência de Freud de que as causas dos conflitos psíquicos sempre envolveriam algum trauma de natureza sexual, e Freud não admitia o interesse de Jung pelos fenômenos espirituais como fontes de estudo válidas em si. Nos anos 1930, essa divergência atingiria seu auge, e o rompimento entre eles foi inevitável. Posteriormente, os livros de Freud seriam proibidos e queimados publicamente pelos nazistas, e o autor viu-se obrigado a deixar Viena pouco depois da anexação da Áustria, exilando-se em Londres. No mesmo período, Carl Jung tornar-se-ia uma das faces mais visíveis da psiquiatria alemã da época.