W reprezentacji Brazylii Sérgio Guedes zadebiutował 17 października 1990 w meczu z reprezentacją Chile. W następnym roku uczestniczył w Copa América 1991, na których Brazylia zajęła drugie miejsce. Podczas tych mistrzostw był rezerwowym i nie wystąpił w żadnym spotkaniu. Ostatni raz w reprezentacji zagrał 15 kwietnia 1992 w wygranym 3-1 towarzyskim meczu z reprezentacją Finlandii.