Nach dem "Anschluss" konnte der Granatapfel, bedingt durch die Herrschaft der Nationalsozialisten und den Zweiten Weltkrieg, zwischen 1938 und 1946 nicht erscheinen. Ab April 1946 wurde das Magazin unter der Leitung von Frater Alfons Fink vom Wiener Konvent der Barmherzigen Brüder herausgegeben. Zu Beginn der 1950er-Jahre war eine Reorganisation notwendig: Als Herausgeber fungierte ab nun die österreichische Ordensprovinz, produziert und vertrieben wurde das Magazin von der Druck- und Verlagsanstalt Welsermühl.