Τον Μάιο του 1944, το "Μουσάσι" αναχώρησε από το Κούρε για την Οκινάουα και μετά το Ταουιτάουι μαζί με τον Δεύτερο Στόλο, υπό τις διαταγές του Αντιναυάρχου Τζισαμπούρο Οζάουα. Στις 10 Ιουνίου 1944, το "Μουσάσι", αναχώρησε από το Ταουιτάουι με προορισμό το Μπιακ, και την πρόθεση να αντεπιτεθεί στους Αμερικανούς που είχαν εισβάλει στο νησί. Δύο μέρες αργότερα, όταν έφτασαν στον Οζάουα νέα για τις Αμερικανικές επιθέσεις στη Σαϊπάν, ο Δεύτερος απέκλινε από το Μπιακ προς τις Νήσους Μαριάνα. Κατά την Ναυμαχία της Θάλασσας των Φιλιππινών, το "Μουσάσι" συνόδευσε τα ταχύπλοα αεροπλανοφόρα του Ιαπωνικού Δεύτερου Στόλου. Μετά την καταστροφική ήττα της Ιαπωνίας στη ναυμαχία, κατά την οποία χάθηκαν 450 αεροσκάφη και δύο ταχύπλοα αεροπλανοφόρα, ο Δεύτερος Στόλος επέστρεψε στην Ιαπωνία. Στις 10 Ιουλίου 1944, το "Μουσάσι", αναχώρησε από την Οκινάουα για την Σιγκαπούρη, μαζί με το "Γιαμάτο".