W końcu 1918 współorganizował w randze porucznika tzw. kompanię krośnieńską, utworzoną w celu odsieczy oblężonego Lwowa. Franciszek Szafran był w niej dowódcą aż do czasu objęcia w niej kierownictwa przez porucznika Stanisława Maczka, późniejszego generała. Na przełomie 1918/1919 roku podczas wojny polsko-ukraińskiej uczestniczył w walkach z Ukraińcami pod Ustrzykami i Chyrowem, gdzie został ciężko ranny. Został awansowany do stopnia kapitana w Korpusie Oficerów Piechoty ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 oraz otrzymał lokatę 348. W 1921 został przeniesiony do pospolitego ruszenia z przydziałem do kadry Okręgu Korpusu Nr I. Pozostawał oficerem rezerwowym pospolitego ruszenia 2 pułku Strzelców Podhalańskich w Sanoku. W 1934 jako kapitan rezerwy piechoty był przydzielony do Oficerskiej Kadry Okręgowej nr I jako "oficer przewidziany do użycia w czasie wojny" i pozostawał wówczas w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Warszawa Miasto III.