Rashford voitti kolmannen pokaalinsa 26. helmikuuta, kun Manchester United voitti Englannin liigacupin finaalissa Southamptonin 3–2. Rashford tuli kentälle 77. minuutilla Jesse Lingardin tilalle. 16. huhtikuuta Rashford oli merkittävässä roolissa 2–0 voitossa Chelseaa vastaan. Hän teki 1–0 maalin 7. peliminuutilla Ander Herreran läpisyötöstä. Neljä päivää myöhemmin Rashford teki jälleen tärkeän maalin, kun United voitti Eurooppa-liigan puolivälierien toisessa osaottelussa Anderlechtin jatkoajan jälkeen 2–1. Rashford teki voittomaalin ottelun 107. peliminuutilla ja näin United meni jatkoon yhteismaalein 3–2. 24. toukokuuta Rashford pelasi avauksessa Eurooppa-liigan loppuottelussa hollantilaista Ajaxia vastaan, jonka United voitti 0–2. Pokaali oli Rashfordille uran neljäs ja ensimmäinen Euroopan kilpailuissa. Rashford pelasi kauden aikana enimmäkseen laidalla, kun United hankki ennen kauden alkua joukkueeseensa Zlatan Ibrahimovićin. Rashford pelasi kauden aikana eniten pelejä koko joukkueesta, kun hän esiintyi kaikkiaan 53 ottelussa kauden aikana. Rashford teki kaudella 2016–2017 kaikkiaan 11 maalia. Valioliigassa pelejä kertyi 32 ja maaleja 5.