Austriak, urodzony w Rohrbrunn. Wstąpił do NSDAP w 1931 roku, a do SS w 1938 roku. Po aneksji Austrii przez III Rzeszę, awansował na członka sztabu SD i Policji Bezpieczeństwa w Wiedniu. W sierpniu 1938 roku, stanął na czele tzw. wiedeńskiego Centralnego Urzędu do spraw Emigracji Żydów ("Zentralstelle für jüdische Auswanderung"), utworzonego przez architekta Holocaustu – Eichmanna. Odgórnie nakreślona polityka eksterminacji, umożliwiła Brunnerowi nadzór nad deportacjami austriackich, niemieckich (m.in. 56 tys. z Berlina) i czeskich Żydów do okupowanej części Polski – (Generalnego Gubernatorstwa) oraz innych ziem podbitych przez Hitlera. Początkowo w październiku 1939 – do Dystryktu lubelskiego (okolice Niska), a następnie w 1941 roku – na Kielecczyznę.