Выступал за юношеские и молодёжную сборную Сенегала. Дебют в национальной сборной Сенегала состоялся 21 ноября 2007 года в товарищеской игре против Марокко. Главный тренер сенегальцев Хенрик Касперчак выпустил Иссу Ндойе в начале второго тайма вместо Тони Сильвы. По ходу игры Ндойе пропустил два гола и встреча завершилась поражением со счётом (0:3). Был включён в состав сборной Сенегала на Кубок африканских наций 2008.