Sulla scia degli attacchi dell'11 settembre 2001, Bonafini generò polemiche internazionali quando difese le azioni dei dirottatori delle compagnie aeree terroristiche dicendo "Ho sentito che c'erano molte persone in quel momento che erano felici e sentivo che il sangue di così tanta gente in quel momento era stato vendicato [...] perché i bombardamenti della NATO, i blocchi e i milioni di bambini che muoiono di fame in questo mondo sono dovuti a questo potere che quegli uomini hanno attaccato, con i propri corpi. E tutti lo sapevano." Bonafini sostiene le organizzazioni accusate di terrorismo come le FARC. Walter Wendelin, leader di Askatasuna, è stato invitato come insegnante ospite presso l'Università delle Madri di Plaza de Mayo.