В августе 1999 года возглавил группировку федеральных сил, отражавшую нападение боевиков на Дагестан. С началом Второй чеченской войны — командующий группировкой «Восток» Объединённых федеральных сил на Северном Кавказе. С января 2000 года — первый заместитель командующего Объединённой группировкой федеральных сил на Северном Кавказе. Генерал-полковник (февраль 2000 года). В апреле — июне 2000 года — командующий Объединённой группировкой федеральных сил на Северном Кавказе. В мае 2000 — декабре 2002 года — командующий войсками Северо-Кавказского военного округа СКВО. В декабре 2002 года был назначен на должность командующего войсками Сибирского военного округа, но публично отказался от этого назначения, после чего был уволен в запас.