Kennedy'nin dış politika alanındaki ilk girişimi tam bir başarısızlıkla sonuçlandı. Merkezi Haberalma Örgütü (CIA), Eisonhower'ın başkanlığının son yılında Fidel Castro yönetimindeki Küba'yı işgal etmek amacıyla Kübalı mültecileri eğitip bir tugay oluşturmuştu. Kennedy, öngörülen çıkarma harekâtını onaylayarak uygulamaya koydu. 1400 kadar Castro karşıtı Kübalı sürgün ABD Donanması'nın yardımıyla adaya çıktı. Ama Domuzlar Körfezi Çıkarması olarak bilinen bu harekât amacına ulaşamadı ve Küba'ya ayak basanların büyük bölümü öldürüldü ya da tutuklandı. Kennedy sonunda bir açıklama yaparak olayın bütün sorumluluğunu tek başına üstlenmek zorunda kaldı.