Од јуна до октобра 1977. године, Енгл је био командант једне од две посаде у оквиру АЛТ пројекта, тестирања шатла "Ентерпрајз". Када је Спејс-шатл програм и званично отпочео, Енгл је одређен за команданта друге мисије, СТС-2, 1981. године. Један је од ретких астронаута који су добили прилику да командују својим првим летом. Летео је са колегом Ричардом Трулијем. По окончању тог лета, служио је као командант и на мисији СТС-51-И, четири године касније. То су била његова два и једина орбитална лета, уз три суб-орбитална из времена када је био тест пилот у бази Едвардс, што га, ако се ти летови узму у обзир, чине првим из његове астронаутске селекције који се винуо пут свемира. У међувремену је био заменик администратора за космичке летове у централи НАСА од марта до децембра 1982. године, али је задржао свој летачки статус, што је кулминирало и његовим другим летом на шатлу. Учествовао је у истрази катастрофе шатла Челенџер, 1986. У размаку од само два дана напустио је и НАСА и Ратно ваздухопловство, 28. односно 30. новембра 1986. године. Из војске се повукао са две генералске звездице (чин генерал-мајора). Последње војно задужење му је било у својству заменика главнокомандујућег Ваздухопловне националне гарде при Америчкој свемирској команди и Команди одбране ваздушног простора Северне Америке (НОРАД).