3. února 1813 Barclay de Tolly přijal velení 3. armády. 25. května, po odvolání generála Wittgensteina, přijal velení rusko-pruské armády. Bylo to v předvečer příměří s Napoleonem. Po vypršení příměří byly jeho jednotky začleněny do rámce České armády pod velením rakouského polního maršála Schwarzenberga. S tímto spojeneckým uskupením se účastnil bitvy u Drážďan, bitvy Chlumce a Přestanova, bitvy u Lipska a operací u Paříže. Za zásluhy byl povýšen na hraběte, a po vítězství u Paříže 18. března 1814 obdržel hůl polního maršála (feldmaršál). O jedenáct dní později se Napoleon vzdal trůnu a válka skončila. De Tolly byl po návratu do Ruska jmenován vrchním velitelem 1. armády, která kvartýrovala v Polsku. V průběhu „sta dní“ s armádou opět táhl do Francie, než však stačil zasáhnout do bojů, byl Napoleon poražen v bitvě u Waterloo. 30. srpna 1815 byl za skvělý stav armády carem Alexandrem I. jmenován do knížecího stavu. Také spojenci jej dekorovali řadou vyznamenání a řádů.