Diese beiden großen Erfolge schienen das Blatt innerhalb von zwei Monaten gewendet zu haben. Lee ergriff seinerseits die Offensive und marschierte im Norden in Maryland ein. Damit wollte er die Einwohner des Sklavenhalterstaates Maryland zum Austritt aus der Union bewegen, den Farmern im nördlichen Virginia ermöglichen, ihre Ernte ohne Störungen einzubringen, und durch einen Sieg England und Frankreich dazu bringen, die Konföderation anzuerkennen. Letzteres hätte die Union zum Friedensschluss gezwungen. Vor der Schlacht am Antietam zeigte er in den Schlachten am South Mountain und bei Harpers Ferry sein taktisches Können. Zahlenmäßig stark unterlegen wurde er anschließend von General McClellan und dessen Potomac-Armee am Antietam angegriffen und konnte sich nur mit Mühe behaupten. Die hohen Verluste zwangen ihn zum Rückzug nach Virginia.