Οι πρώτοι κάτοικοι του Πανοπέα ήταν Φλεγύες. Σύμφωνα με τον μύθο ο ιδρυτής του Πανοπέα ήταν ο ήρωας Πανοπέας, γιος του Φώκου. Κατά την Τρωική εκστρατεία ηγέτης των Φωκέων ήταν ο Βασιλιάς του Πανοπέα. Ο Πανοπέας αναφέρεται από τον Ηρόδοτο καθώς ήταν μία από τις Φωκικές πόλεις που κατέστρεψαν οι Πέρσες κατά την κάθοδό τους προς την Αθήνα. Η πόλη καταστράφηκε για δεύτερη φορά από τον Φίλιππο της Μακεδονίας κατά τον Γ' Ιερό πόλεμο. Κατακτήθηκε από τους Ρωμαίους το 198 π.Χ. ενώ καταστράφηκε για τρίτη φορά κατά την σύγκρουση των Ρωμαίων με τον βασιλιά του Πόντου, Μιθριδάτη.