2002-ben a Costa Rica-i válogatott élére nevezték ki, mellyel veretlenül megnyerte a 2003-as UNCAF-nemzetek kupáját és negyedik helyen végzett a 2003-as CONCACAF-aranykupán. 2004-ben Costa Rica a 17. helyen állt a FIFA-világranglistán, ami a válogatott történetének addigi legjobb helyezése volt. Annak ellenére, hogy Kuba ellen a 2006-os világbajnokság-selejtezőinek második fordulójában idegenben rúgott góllal továbbjutottak a következő körbe Sampsont kirúgták