Das Instituto Nacional de Estudos e Pesquisa wurde 1984 von Carlos Lopes gegründet. Es liegt auf dem „Complexo Escolar 14 de November“, einem Bildungscampus, der auch die Nationale Schule für Gesundheit (Escola Nacional de Saúde), die (Universidade Amílcar Cabral) und die rechtswissenschaftliche Fakultät Bissaus (Faculdade de Direito Bissau) beherbergt. Das INEP Bissau wurde als sozialwissenschaftlicher Forschungsinstitut zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung zu Guinea-Bissau gegründet. Es erfuhr von Beginn an große Unterstützung durch internationale akademische Kooperationen und Entwicklungshilfe-Organisationen. Das INEP entwickelte sich schnell zu einem anerkannten Forschungszentrum, das auch über die Grenzen Guinea-Bissau in West-Afrika Bekanntheit erlangte. Das INEP wurde bis 1998 von Carlos Lopes, Carlos Cardoso und Peter Mendy geleitet. Von 1999 bis 2012 stand Mamadu Jao dem Institut als Direktor vor. Während des Konflikts des 7. Juni 1998 wurde das INEP Bissau von senegalesischen Truppen besetzt, die die Bibliothek und die Archive verwüsteten. Große Teile der Bestände der Bibliothek und der Nationalen Historischen Archive wurden dabei unwiderruflich vernichtet. Auch die Gebäude nahmen während des Krieges erhebliche Schäden. Die Wiederinstandsetzungsmaßnahmen des Instituts sowie insbesondere der Bibliothek und der Archive dauerten über zehn Jahre und konnten erst im Jahr 2009 abgeschlossen werden.