В декабре 1961 года, после окончания португальского колониального правления , Панаджи вместе с остальной территорией Гоа был аннексирован Индией. В период между 1961—1987 гг. Панаджи являлся столицей союзной территории Гоа, Даман и Диу. С мая 1987 года стал столицей штата Гоа и административным центром Северного района Гоа. Впервые упоминается в 1107 году.