Antes da independência, quase um terço da população se denominava cristã e um pequeno número era muçulmano. Em 25 de junho de 1975, Moçambique se tornou um país independente, resultando em uma mudança radical nas relações Igreja-Estado. O governo de libertação, FRELIMO, permaneceu crítico da Igreja, atitudes típicas de regimes socialistas. Durante o governo de Samora Machel, o presidente nacionalizou os bens da igreja e cortou os subsídios estatais. Padres foram expulsos de suas residências, seminários fechados e escolas e hospitais assumidos pelo estado. A Rádio Pax, fundada em 1953 na Beira, foi fechada. Quatro bispos renunciaram e centenas de funcionários da igreja deixaram o país no final de 1976. Sob a nova constituição, Moçambique tornou-se um estado secular, embora a liberdade religiosa fosse garantida. A atitude do governo socialista em relação à Igreja acabou melhorando após a Igreja ganhar mais admiração do partido pela Igreja, especialmente na caridade, particularmente diante da guerra civil que se seguiria. Em 1982, as relações entre a Igreja e o Estado melhoraram ainda mais, após alguns prédios serem devolvidos para a Igreja, e os seminários serem autorizados a reabrir. Antes de sua morte em um acidente de avião em 1986, o Presidente Machel disse aos líderes da Igreja: "Vamos cooperar em diálogo sem preconceitos de ambos os lados. Vamos discutir, se necessário, mas não sobre assuntos de importância secundária". O estado finalmente decretou que as instituições da igreja anteriormente nacionalizadas fossem devolvidas. Esse fato gerou uma discussão entre os católicos: alguns defendiam o retorno à infraestrutura altamente institucionalizada da era pré-guerra civil, enquanto outros pediam uma abordagem enraizada em pequenas comunidades cristãs locais, com respeito pelas línguas e culturas nativas e maior inculturação da fé.