З початком Косовської війни Шемсі Ахметі мобілізований 22 червня 1998 року до лав Визвольної армії Косова. Він мав особисту зброю, гранати та інше військове спорядження. Після падіння заступника командира з логістики оперативної зони «Шала» Джевата Юсуфі та поранення командира Зюмера Халімі 3 січня 1999 року командування бригади вирішило призачити Шемсі Ахметі командиром спеціального підрозділу ZOSH, яким він командував до своєї загибелі 26 квітня 1999 року в битві при Майдані.