In seinem dritten Buch "Die Zukunft der Vergangenheit" von 1998 umriss Zangger schließlich auch die Entwicklung im 12. Jh. v. Chr., also nach dem Trojanischen Krieg. Versprengte Gruppen Überlebender der Seevölkerinvasionen und des Trojanischen Krieges hätten neue Siedlungen in Italien und Syrien/Palästina gegründet und so zur Entstehung der etruskischen und phönizischen Kulturen beigetragen, so Zanggers Theorie. Außerdem führte er Argumente an, wonach es beim Ausbruch des Santorin-Vulkans im 17. Jh. v. Chr. zu keinem Calderaeinsturz und somit auch zu keinem Tsunami gekommen sein kann. Zangger hält Naturkatastrophen als Auslöser von kulturellen Umbrüchen für überbewertet. Er plädiert stattdessen für eine stärkere Beteiligung der Naturwissenschaften und für eine vermehrte Einbeziehung von Städtebau und Wasserbau in die Altertumskunde.