Tijdens de Derde Engels-Nederlandse Oorlog speelde Sweers een belangrijkere rol. In de Slag bij Solebay sneuvelde luitenant-admiraal Willem Joseph van Ghent; Sweers nam als waarnemend luitenant-admiraal zijn eskader over, met als vlaggenschip de "Olifant". In de winter van 1672-1673 leidde hij de 24 compagnieën matrozen te schaats die moesten verhinderen dat de Fransen in de Hollandse Oorlog de bevroren Waterlinie zouden oversteken. In het voorjaar van 1673 echter moest Sweers zijn tijdelijke functie alsnog opgeven toen luitenant-admiraal Cornelis Tromp door stadhouder Willem III van Oranje weer tot de vloot werd toegelaten. Na de Tweede Slag bij het Schooneveld maakte Tromp hem openlijk voor lafbek uit omdat hij niet fel genoeg zou hebben aangevallen. Achteraf zou door een officieel onderzoek blijken dat Sweers' schip in een direct duel zwaarbeschadigd was geraakt en zich dus tijdelijk moest terugtrekken voor reparaties.