Nel 1698, durante il periodo Edo, Shinjuku (o Naitō Shinjuku) si sviluppò come nuova ("shin") stazione ("shuku" o "juku") sulla Kōshū Kaidō. Naitō era un daimyō il cui palazzo si trovava nell'area; questa terra è ora un parco pubblico, lo Shinjuku Gyoen. La città di Shinjuku si sviluppò nella sua forma corrente dopo il Grande terremoto del Kantō del 1923 ("Kantō-daishinsai"), dato che l'area era sismicamente stabile e scampò alla gran parte delle devastazioni. Di conseguenza Shinjuku occidentale è una delle poche aree di Tokyo con molti grattacieli. Il quartiere venne fondato il 15 marzo 1947.