Місто починалось з будівель, що оточували дерев'яний Міст Тейлора через річку Снейк, що був важливою ланкою у «Монтанському Шляху». Міст в 1865 році побудував Джеймс Тейлор, тогочасний «далекобійник». Завдяки мосту утворився новий маршрут, що веде на захід і північ, що свого часу посприяло масовій міграції на Захід. Спочатку місто називалося Ігл-Рок (, дослівно — «орлина скеля») через заселеність орлами острову на річці Снейк. Наприкінці 1870-х років через Ігл-Рок з Юти в місто Б'ютт (Монтана), багате мідними покладами, була прокладена залізниця. Це призвело до великого притоку першопоселенців і розвитку інфраструктури міста. У 1891 році місто було перейменовано в Айдахо-Фоллс (англ. Falls — водоспади). У 1895 році навколо міста була споруджена велика зрошувальна система. У 1949 році на заході від Айдахо-Фоллс був побудований науково-дослідний комплекс з вивчення ядерної енергетики. На травень 2012 року чисельність співробітників комплексу становила понад 8000 осіб.