26. října 1918 byl Erich Ludendorff odvolán z Velkého generálního štábu. Jeho nástupcem se 29. října stal Groener, jenž byl jmenován do funkce zástupce náčelníka generálního štábu a po Paulu von Hindenburgovi tak držel post druhého nejvýše postaveného člena generálního štábu. Vojenská situace v Německu začala být neudržitelná, docházelo k sociálním nepokojům, stávkám a demonstracím jak civilního obyvatelstva, tak také příslušníků ozbrojených sil. Groener začal připravovat stažení armády a její následnou demobilizaci. Počátkem listopadu 1918 se rozšířila revoluce napříč celým Německem a Groener začal vnímat vládnoucího císaře Viléma II. Pruského jako překážku v možné záchraně monarchie a udržení integrity armády. Soukromě pak ctil názor, že by měl císař padnout v boji na frontě jako hrdina. 6. listopadu 1918 reagoval rozhořčeně na návrh sociálně demokratického politika Friedricha Eberta, podle něhož měl císař abdikovat. Přesto však Groener sám doporučil 9. listopadu císaři Vilémovi II. odstoupit z funkce, protože ztratil důvěru armády poté, co císař navrhoval poslat vojáky z fronty do Německa potlačit revoluční nálady. Sám Groener chtěl, aby zůstala monarchie zachována, avšak za jiných podmínek. I přes některé pochybnosti zastával názor, že by mělo Německo přijmout podmínky příměří, které stanovily státy Dohody.