El "Junyō" participó en la operación MI (ver batalla de Midway) en junio de 1942 como parte de las fuerzas de distracción que atacaron Kishka y Dutch Harbor en las islas Aleutianas. Mostró actividad en las islas Salomón tomando parte junto a su gemelo el "Hiyō" en la batalla de Guadalcanal y el 26 de octubre de 1942 tomó parte en la Batalla de las Islas Santa Cruz donde fue atacado pero no recibió daño alguno. En 1943, participa como transporte de tropas y refuerzos a las islas Carolinas y el 5 de noviembre de 1943 es atacado por el USS "Halibut" quien inutiliza sus sistema de gobierno.