En , un violent séisme de magnitude 7,5 a frappé le Guatemala tuant plus de personnes. Le tremblement de terre a fracturé le lit du lac provoquant un drainage souterrain, ce qui occasionna la baisse du niveau d'eau de deux mètres en un mois. En 2007, un autre séisme eut l'effet inverse, comblant en partie ces infiltrations. Depuis, le niveau est remonté d'environ huit mètres (un mètre en 2012), noyant les berges et ruinant des habitations riveraines. Les ouragans Stan (en 2005) et Agatha (2010) de par leur pluviométrie exceptionnelles ont aussi contribué à ces déséquilibres.