Seinen Rücktritt erklärte er am 23. Januar 1985 in Seefeld anlässlich der dort stattfindenden Nordischen Skiweltmeisterschaft. Nach seinem Karriereende arbeitete Neuper zunächst in seinem Beruf als Pilot und führte gleichzeitig die väterliche Skischule. 1996 war er Organisator der Skiflug-Weltmeisterschaft in Bad Mitterndorf/Tauplitz. Zwischen 1997 und 2000 war Neuper Geschäftsführer der Österreichischen Sporthilfe. In dieser Funktion rief er die World Sports Awards of the Century ins Leben. Diese Sportgala fand am 19. November 1999 in der Wiener Staatsoper statt. Eine Jury unter dem Vorsitz des damaligen IOC-Präsidenten Juan Antonio Samaranch kürte zu diesem Anlass die größten Sportler des Jahrhunderts. Aus dieser Veranstaltung ging die Stiftung World Sports Awards Foundation hervor, in deren Auftrag Neuper 2001 in London eine weitere Gala mit vielen Sportgrößen organisierte. In den folgenden Jahren wurde diese Galareihe mit den Laureus Awards zusammengeführt, die nun jährlich in Monte Carlo vergeben werden. Neuper hat einen Sitz im Aufsichtsrat der dazugehörigen Stiftung. Er ist zudem Geschäftsführer der Neuper &amp; Team GmbH, die jährlich den Skiflugweltcup am Kulm organisierte.