С началом Второй войны Братья Ахмадовы присягнули на верность президенту Масхадову и непрекословно выполняли его указания, принимая на себя самые сложные участки войны. Рамзан Ахмадов непосредственно командовал Исламской бригадой. В сфере его ответственности находились Урус-Мартановский фронт, Ачхой-Мартановский фронт и западная часть Грозного. Его группы также действовали в Гудермесском, Шалинском и Курчалоевском районах Чечни.