У 1919 годзе семінарыя вяртаецца ў Вільню і восенню аднаўляюцца заняткі. У выніку Польска-савецкай вайны 1919—1921 гг. Вільня апынулася ў складзе Сярэдняй Літвы, а з 1922 г. у складзе Польскай Рэспублікі. На пачатку 1920-х гг. высілкамі беларускай інтэлігенцыі і са згоды царкоўнай іерархіі ў семінарыі былі ўведзены новыя прадметы — беларуская мова, гісторыя і геаграфія Беларусі. Сярод выкладчыкаў семінарыі, якія найбольш спрычыніліся да беларусізацыі, быў яе новы рэктар Вячаслаў Багдановіч, выпускнік , які дагэтуль займаў пасаду інспектара семінарыі. Беларуская актыўнасць у ёй падтрымлівалася дзякуючы такім выкладчыкам, як Вінцэнт Грышкевіч, Янка Станкевіч і іншыя. А першым выкладчыкам беларускай мовы семінарыі быў класік літаратуры Максім Гарэцкі . У 1923 годзе з 292 слухачоў семінарыі 221 заявілі сябе беларусамі, 63 рускімі, 7 украінцамі і 1 польскім грамадзянінам. У той жа час, 210 чалавек паведамілі, што дома размаўляюць на рускай мове, 63 па-беларуску, па аднаму назвалі роднай украінскую і польскую мовы, а 11 навучэнцаў назвалі сумесь з двух або трох моў.