Bald nach Kriegsende wurde Mayr aus der Armee als Oberleutnant der Reserve entlassen und konnte die von ihm angestrebte aktive Offizierslaufbahn nicht einschlagen. Er gehörte danach dem Freikorps Epp an. Ab November 1919 nahm er mit der "Eisernen Schar Berthold" an Kämpfen im Baltikum und bald darauf am Kapp-Putsch teil. Er gehörte danach bis Ende 1920 dem Reichswehr-Infanterie-Regiment 18 an und leitete die Abwicklungsstelle der Baltikumsverbände in Hameln. Während dieser Zeit gewährte er dem Fememörder Hans Schweighart kurzzeitig Unterschlupf. Ab Januar 1921 war er für den Nachrichtendienst des Oberschlesischen Selbstschutzes tätig und beteiligte sich danach am III. Aufstand in Oberschlesien. Da Mayr verdächtigt wurde, in den Mord an Matthias Erzberger sowie dreier Angehöriger des Schlesischen Selbstschutzes verwickelt gewesen zu sein und man ihm zudem Geheimbündelei vorwarf, wurde er im September 1921 festgenommen und bald darauf mangels Beweisen wieder freigelassen.