Od początku lutego 2009 siedziba Muzeum II Wojny Światowej mieściła się w ciągu kamienic przy ul. Długiej 81/83 w Gdańsku. Siedziba ta miała mieć charakter tymczasowy i pełnić swoją funkcję do 2014, kiedy to planowane było oddanie do użytku nowoczesnego budynku muzealnego, zbudowanego przy ul. Wałowej, na terenie historycznej Wiadrowni oraz byłej pętli autobusowej, u zbiegu Kanału Raduni i Motławy, w pobliżu historycznego budynku Poczty Polskiej w Wolnym Mieście Gdańsku – jednego z miejsc, gdzie rozpoczęła się II wojna światowa.