Après une année où Nuremberg frôle la montée ( en 2000), Krzynówek contribue activement à la montée et au titre en 2001. Il est même nommé meilleur milieu de terrain du championnat. Après une saison au plus haut niveau, il part pour l'Asie et la Coupe du monde. À son retour, il se blesse, et doit manquer la plupart des matches. En 2003, Krzynówek connaît à nouveau la relégation. Mais à l'inverse de l'équipe, le Polonais effectue une très bonne saison, et rejoint par conséquent un des meilleurs clubs allemands, le Bayer Leverkusen.