Il regno, come Stato sovrano, vide una grande fioritura intellettuale, economica e civile sia sotto le varie dinastie angioine (1282-1442), sia in seguito alla conquista aragonese di Alfonso I (1442-1458), sia sotto il governo di un ramo cadetto della casa d'Aragona (1458-1501); a quel tempo, la capitale, Napoli, era celebre per lo splendore della sua corte e il mecenatismo dei suoi sovrani. Nel 1504 la Spagna unita sconfisse la Francia nel contesto delle guerre d'Italia, e il regno di Napoli fu da allora legato dinasticamente alla monarchia ispanica, insieme a quello di Sicilia, fino al 1707: entrambi furono governati come due vicereami distinti ma con la dicitura "ultra et citra Pharum" e con la conseguente distinzione storiografica e territoriale tra Regno di Napoli e Regno di Sicilia. In seguito alla pace di Utrecht il reame napoletano passò ad essere amministrato, per un breve periodo (1713-1734), dalla monarchia asburgica d'Austria. Benché i due regni, nuovamente riuniti, ottennero l'indipendenza con Carlo di Borbone già nel 1734, l'unificazione giuridica definitiva di entrambi i regni si ebbe solo nel dicembre 1816, con la fondazione dello Stato sovrano del Regno delle Due Sicilie.