En Venezuela, tras la proclamación de la independencia, se alzaron guerrillas en Siquisique bajo el mando de Juan de los Reyes Vargas, en 1812. Éstas sumaron más de 1000 indios caquetíos y mestizos. Su guerrilla apoyo la campaña de Monteverde. Reyes Vargas se convirtió en el caudillo indiscutido de la región centro-oeste del país y se dedicó a decapitar a los rebeldes en la zona, alrededor de Barquisimeto y con apoyo del gobernador de Coro, brigadier José Ceballos. En 1820 Reyes Vargas se cambió al bando independentista. Reducidos por el hambre, la peste y la guerra, los caquetíos no participaron de la guerra después de 1821 y tras la guerra desaparecieron como pueblo. Después de su derrota en Carabobo, los monárquicos sobrevivientes se refugiaron en Puerto Cabello y liderados por el mariscal Morales continuaron la lucha. La mayoría no eran soldados españoles de la expedición de Morillo, sino milicianos locales. Al capitular en Maracaibo, en agosto de 1823, Morales tenía con él más de 3000 combatientes. Después de la caída de Puerto Cabello en noviembre, guerrillas continuaron activas en los valles del Tuy, Aragua y Tamanaco al mando de los sanguinarios coroneles José Dionisio Cisneros, Juan Celestino Centeno y Doroteo Herrera. Diarios españoles de la época maximizaban el número de sus seguidores, hablando de 2000 blancos y otro tanto de pardos, en realidad eran muchísimos menos. Entre 1827 y 1829 el coronel José Arizábalo trajo refuerzos para preparar una base de apoyo en caso de llegar una expedición a Venezuela, que por entonces estaba al borde de una guerra civil entre centralistas de Bolívar, federalistas de Páez y remanentes monárquicos. Cisneros continuó combatiendo a pesar de la captura y deportación de Arizábalo y la capitulación de Herrera y Centeno en agosto de 1829. Al final se rindió ante Páez, en noviembre de 1831.