Nach Ausbruch des Bürgerkrieges entschied sich Bartow, für die eben gegründeten Konföderierten Staaten zu kämpfen. Daraufhin machte er sich mit den "Oglethorpes" nach Virginia auf, wo er später zum Colonel im achten Infanterieregiment von Georgia ernannt wurde. Bis Juli 1861 hatte er das Kommando über eine Brigade, welche er bei einem Gefecht bei der Ersten Schlacht bei Manassas anführte. Am 21. Juli erlag er seiner Verwundung, die er sich bei einem Angriff auf eine Unionsbatterie am "Henry Hous Hill" zuzog. Sein Leichnam wurde dann zurück nach Savannah überführt, wo er auf dem Laurel Grove Cemetery beigesetzt wurde.