Naohiro Takahara es un habitual de la Selección de fútbol de Japón desde su debut en 2000. Disputó los y la Copa Asiática de ese mismo año donde su seleccionado se proclamó campeón. Sin embargo, en 2002 no pudo jugar la Copa Mundial de Fútbol por una enfermedad retornando a la actividad con su selección recién en la Copa Confederaciones 2003. Además, participó de la Copa Mundial de Fútbol de 2006.