Le modifiche apportate ai protocolli segreti del Patto Molotov-Ribbentrop del 1939 assegnarono la Lituania alla sfera di influenza sovietica, occupata dall'URSS nel giugno 1940. La fortezza fu quindi utilizzata per condurre interrogatori e ospitare prigionieri politici. Il patto venne meno quando quando la Germania invase l'URSS il 22 giugno 1941. Le forze tedesche entrarono a Kaunas il 24 giugno. Il sesto forte fu trasformato in campo di prigionia per i soldati dell'Armata Rossa. La popolazione ebraica di Kaunas era compresa tra 35.000 e 40.000; in pochi sarebbero sopravvissuti all'Olocausto in Lituania. I nazisti, aiutati da collaboratori lituani, iniziarono a massacrare la popolazione ebraica. Il 6 luglio, per ordine delle SS, unità di polizia ausiliarie lituane fucilarono quasi 3000 ebrei nel settimo forte. Il 18 agosto, in quella che divenne nota come "azione degli intellettuali", oltre 1.800 ebrei furono uccisi nel Quarto Forte. Il 28 ottobre ebbe luogo la cosiddetta "Grande Azione": i residenti del ghetto di Kaunas furono convocati e oltre 9000 uomini, donne e bambini furono portati al Nono Forte e giustiziati. Durante gli anni seguenti dell'occupazione, oltre 5.000 deportati ebrei dall'Europa centrale sarebbero stati giustiziati in questo forte. In circa 60 fuggirono nel dicembre 1943; era stato loro affidato il compito di scavare e bruciare i corpi delle vittime precedenti, come parte dell'Aktion 1005. Tredici di questi fuggitivi riuscirono a documentare il tentativo di nascondere le prove di quest'operazione segreta.