Његов отац му је за регента на својој самрти одредио свог пријатеља Георгија Музалона и том приликом је затражио од своје властеле превођене Михајлом (-{VIII}-) Палеологом (1259—1282) да му се на самрти закуну новом цару на верност, као и то да ће испоштовати његову одлуку о избору регента. Међутим већ на деветодневном помену бившем цару који је преминуо 18. августа 1258. године представници властеле су у цркви убили Георгија и његовог брата. За новог регента је тада именован Михајло који се већ 1. јануара 1259. године прогласио за цара савладара, да би након ослобођења Цариграда (25. августа 1261) преузео сву власт и наредио да се Јован ослепи, што је изведено на његов 11. рођендан тако да је он по тадашњим схватањима постао неспособан за управљање државом, чиме је Михајло и званично постао једини цар обновљене Византије.