Auparavant baptisée « petite rue de Flandres », la voie a été nommée, en 1899, en mémoire de Jean-Baptiste Augustin Darbefeuille (1756-1831), chirurgien en chef de l'Hôtel-Dieu de Nantes entre 1793 et sa mort, qui témoigna contre le comité révolutionnaire de Nantes et des atrocités commises dans la ville durant la Révolution.