La serie di scosse del terremoto del Val di Noto nel 1693, evento sismico che interessò gran parte della Sicilia orientale e un'ampia area del bacino del mar Mediterraneo, scombinò i programmi. Gravemente danneggiata l'11 aprile 1693, fu concorde la decisione di smantellare la vecchia cattedrale e ricostruirla in stile barocco sempre su progetto di Gafà. Il coro e la sacrestia, scampati alla distruzione, furono inglobati nella nuova costruzione. I lavori iniziarono nel 1696, e l'edificio fu quasi completato nel 1702.