Poborský được chọn vào đội tuyển quốc gia lần đầu, trong trận đấu với đội tuyển quốc gia Thổ Nhĩ Kỳ ngày 23.2.1994, đây cũng là trận đầu tiên của đội tuyển Cộng hòa Séc sau khi chia đôi với Slovakia. Anh chơi cho đội tuyển quốc gia trong các Euro 1996, Euro 2000, và Euro 2004. Anh cũng chơi cho đội tuyển quốc gia trong Giải vô địch bóng đá thế giới 2006 ("World Cup 2006"), sau đó anh rút khỏi đấu trường quốc tế.