En 2001, con la llegada al equipo de Zinedine Zidane, que le aparta de la titularidad, Guti es relegado a un papel secundario. No disputa un solo minuto en la victoria madridista en la final de Champions de 2002, el trofeo más importante ganado en la época en la que Guti coincidió con el "galáctico" francés. En las ocasiones que tiene para jugar, Vicente del Bosque y posteriormente Carlos Queiroz le sitúan en lugares distintos a su posición habitual, como el mediocentro. Fichajes como el de David Beckham le hacen plantearse salir del Real Madrid, pero con la marcha de otros jugadores, Guti consigue más minutos de juego a partir de 2003, aunque coincide con una mala época del Real Madrid en la que no logra levantar ningún trofeo.