In oktober 1993 werd Mouskouri benoemd tot goodwillambassadrice van het Kinderfonds van de Verenigde Naties (UNICEF) als opvolgster van actrice Audrey Hepburn, die begin dat jaar was overleden. Onder meer Mouskouri's goede beheersing van vele talen – Duits, Engels, Frans, Grieks, Italiaans en Spaans – maakte haar tot een geschikte kandidaat voor de vacature. In haar nieuwe functie bracht ze een bezoek aan vele landen, eerst aan Mexico (1994), Chili (1995) en Vietnam (1996) en later onder meer aan het enkele jaren daarvoor door een burgeroorlog geteisterde Bosnië-Herzegovina, waar ze een school bezocht. Om geld in te zamelen gaf ze in verscheidene landen liefdadigheidsconcerten en in februari 1997 zong ze samen met Harry Belafonte op een UNICEF-galaconcert in Chicago.