Les événements politiques de 1848-1849 retardent cependant sa prise de fonction. Lorsque le parti allemand du Schleswig et le duché de Holstein se soulèvent contre le gouvernement danois lors de la première guerre du Schleswi, Waitz s'empresse de se mettre au service du gouvernement provisoire. Il est envoyé à Berlin pour y représenter les intérêts des duchés et, pendant son absence, il est élu député au Parlement de Francfort par Kiel . Waitz est partisan d'une union des États allemands sous un empereur allemand; mais lorsque le roi Frédéric-Guillaume IV refuse la couronne impériale, il se retire de l'assemblée, déçu, et met fin à sa participation active à la vie publique.