Eleonore war das dritte Kind und die älteste Tochter des englischen Königs Eduards II. und dessen Frau Isabella von Frankreich. Sie wurde nach ihrer Großmutter Eleonore von Kastilien benannt. Als der königliche Günstling Hugh le Despenser in den 1320er Jahren zunehmenden Einfluss auf Eleonores Vater gewann, beschränkte er den Kontakt zwischen ihrem Vater und ihrer Mutter. Als es 1324 wegen der englischen Besitzungen in Frankreich zu einem Krieg zwischen England und Frankreich kam, entzog Despenser der Königin gegen Ende September 1324 die Aufsicht über ihre drei jüngeren Kinder. Dies begründete er mit der Behauptung, Isabella könne als gebürtige Französin ihre Kinder möglicherweise zum Verrat gegen ihren Vater anstiften. Eleonore und ihre jüngere Schwester Johanna wurden zunächst in die Obhut von "Isabel le Despenser" gegeben. Sie war eine Schwester von Hugh le Despenser und mit Ralph de Monthermer, einem Schwager des Königs verheiratet. Die nächsten beiden Jahre lebte Eleonore auf Pleshey und Marlborough Castle, den Besitzungen von Monthermer. Als Eleonores Mutter im Herbst 1326 die Herrschaft ihres Mannes stürzte, öffnete die Stadt Bristol ihr im Oktober die Tore. In der Stadt wurden ihr ihre beiden Töchter Eleonore und Johanna übergeben, die sich zuvor in der Obhut von Hugh le Despenser dem Älteren, dem Vater von Isabel le Despenser befunden hatten. Im Sommer 1328 begleitete Eleonore zusammen mit ihrer Mutter ihre Schwester Johanna nach Berwick, wo diese mit dem schottischen Thronfolger David verheiratet wurde.