Burnside fik kommandoen over "Right Wing" af Army of the Potomac (bestående af I og IX Korps) ved starten på Marylandkampagnen og i Slaget ved South Mountain, men McClellan delte de to korps i Slaget ved Antietam og placerede dem i hver sin ende af Unionens kamplinie og lod kun Burnside have kommandoen over IX korps. Burnside afviste implicit at opgive sin højere rang og behandlede først generalmajor Jesse L. Reno (dræbt ved South Mountain) og dernæst brigadegeneral Jacob D. Cox som korpschef og lod ordrer til korpset gå igennem sig. Dette besværlige arrangement bidrog til hans langsomhed i at angribe og krydse den bro, som i dag kaldes "Burnside's Bridge" på den sydlige del af Unionens linje.