Toinen buurisota kääntyi alkumenestyksen jälkeen buurien tappioksi. Presidentti Kruger joutui jättämään pääkaupunki Pretorian syksyllä 1900 vähän ennen brittijoukkojen saapumista. Hän nimitti Schalk Burgerin vt. presidentiksi ja pakeni lokakuussa 1900 Lourenço Marquesin satamasta Hollannin kuningatar Vilhelmiinan lähettämällä sotalaiva "Gelderlandilla". Euroopassa Kruger yritti turhaan saada Ranskan tai Saksan puuttumaan sotaan buurien hyväksi. Hän oli buurisodan päättymiseen saakka maanpaossa Hollannissa ja siirtyi sen jälkeen Sveitsiin, jossa hän kuoli 78-vuotiaana vuonna 1904. Hänet haudattiin Pretoriaan joulukuussa 1904.