Las elecciones generales de Mozambique de 1999 tuvieron lugar entre el 3 y el 5 de diciembre del mencionado año con el objetivo de renovar la presidencia, así como los 250 escaños de la Asamblea de la República para el período 2000-2005. Fueron las segundas elecciones desde el final de la guerra civil y los segundos comicios libres que tenían lugar en el país, así como la cuarta renovación de autoridades desde la independencia.