La mayoría de las AMP se han ubicado en aguas territoriales, donde el gobierno apropiado puede hacerlas cumplir. Sin embargo, las AMP se han establecido en zonas económicas exclusivas y en aguas internacionales. Por ejemplo, Italia, Francia y Mónaco en 1999 establecieron conjuntamente un santuario de cetáceos en el Mar de Liguria llamado Santuario de Pelagos para los mamíferos marinos del Mediterráneo. Este santuario incluye aguas tanto nacionales como internacionales. Tanto el CDB como la UICN recomendaron una variedad de sistemas de gestión para su uso en un sistema de área protegida. Abogaron por que las AMP sean vistas como uno de los muchos "nodos" en una red de áreas protegidas. Los siguientes son los sistemas de gestión más comunes: