En 1039, el obispo de Brixen, Poppo, fue elevado a papa por el emperador Enrique III. Sin embargo, su reinado duró solo 23 días. Sin embargo, en el mismo siglo, Brixen se convirtió en la sede de un director eclesiástico independiente que, en los años siguientes, luchó por la existencia contra el vecino condado de Tirol. En 1115, se completó una primera línea de muros que rodeaban a Brixen. En 1512 fue ocupada brevemente por Francia.