Nel 1998 Mullan vinse il premio per il migliore attore al Festival di Cannes grazie alla sua interpretazione di un ex-alcolizzato nel film di Loach "My Name Is Joe". Ebbe in seguito diversi ruoli importanti in film come "Miss Julie" (1999), "Un perfetto criminale" (2000), "Le bianche tracce della vita" (2000) e "Session 9" (2001). Nel 2002 sceneggiò e diresse il suo secondo lungometraggio "Magdalene", controverso film basato sulla vita di tre ragazze in un collegio irlandese gestito da suore con metodi duri. Con questo film Mullan vinse il Leone d'oro alla Mostra di Venezia. Nel 2007 ha recitato nel film "L'ultima legione", vestendo i panni di Odoacre, e in "Boy A". Nel 2011 recita nei film "Tirannosauro" e "War Horse". Nel 2018 recita in "The Vanishing - Il mistero del faro".