À la fin de l’année 1899, certains bâtiments commencent à être construits, comme des boutiques, un quai et les établissements gouvernementaux. Ce nouveau centre administratif est renommé "Jesselton" d'après Sir Charles Jessel, le vice-président de la CBBN d'alors. Ainsi Jesselton devient un important point commercial de Bornéo du Nord, spécialisé dans le caoutchouc, le rotin, le miel et la cire. Le chemin de fer de Bornéo du Nord est utilisé pour transporter les marchandises jusqu'au port de Jesselton. À cette époque les rébellions malaisiennes et bajau sont courantes et la CBBN met tout en œuvre afin de calmer les menaces pirates qui subsistent depuis longtemps dans cette région. Jesselton subit de très forts dégâts lorsqu'elle est rasée par les Britanniques pendant leur retraite du pouvoir japonais et elle en subit encore davantage lorsqu'elle est bombardée par les Alliés en 1945. Après la prise de Bornéo par les Japonais, la ville est de nouveau renommée "Api". Plusieurs rébellions contre l'administration militaire japonaise ont lieu à Api. Une des plus importantes est celle menée le par un groupe nommé Guérillas de Kinabalu pendant la révolte de Jesselton de la part des habitants autochtones. Les forces japonaises arrivent à calmer la rébellion après l'arrestation et l'exécution du dirigeant du groupe, Albert Kwok, en 1944. À la fin de la guerre, ce qui reste de la ville est de nouveau détruit par des bombardements alliés durant nuit et jour pendant six mois dans le cadre de la campagne de Bornéo en 1945, ne laissant que trois bâtiments debout. La guerre à Bornéo du Nord se termine avec la capitulation officielle de la armée japonaise par le lieutenant-général Masao Baba à Labuan le .