Arrivé du FC Barcelone en compagnie d'Iván de la Peña, Fernando Couto justifie de nouveau son statut de porte-bonheur en décrochant dès sa première saison dans le club laziale la Coupe des Coupes 1999. Participant au parcours victorieux des Romains, il n'entre qu'à la de la finale remportée 2-1 face à Majorque le 19 mai 1999 à Birmingham. L'équipe de la Lazio, composée de joueurs de qualité (Nedvěd, Mihajlović, Vieri, Salas) brille cette année-là en championnat terminant sur les talons du Milan AC. Les joueurs de Sven-Göran Eriksson décrochent le jackpot la saison suivante en remportant le doublé Coupe d'Italie-Championnat, l'année du centenaire du club. Fernando Couto ne dispute cependant que 14 matchs en championnat cette saison-là.