El 8 de noviembre, durante la campaña de Lima, fue nombrado jefe del Estado Mayor de la I División del ejército de operaciones, bajo el mando de Patricio Lynch. Estuvo presente en la batalla de Chorrillos y la batalla de Miraflores, que se libraron el 13 y el 15 de enero de 1881. Después de la última batalla mencionada, partió con la división de Lynch al Callao, a fin de asegurar el orden en la ciudad. Durante la ocupación de Lima desempeñó sus últimas funciones en la guerra colaborando con la organización de los servicios públicos, la instalación de las aduanas y el funcionamiento de los almacenes y dependencias en general.