Вооружённые силы Эквадора отсчитывают свою историю с 1820-х годов, от сражений войны за независимость от Испании и Колумбийско-перуанской войны (1828—1829), где эквадорские войска сражались в составе армии Великой Колумбии. ВС Эквадора участвовали в XIX веке в войне 1863 года с Новой Гранадой, в перуано-эквадорской войне 1858—1860, и в Испано-южноамериканская войне 1864—1866, в которую Эквадор вступил 30 января 1866 года. В XX веке воевали в серии пограничных конфликтов с Перу: Перуано-эквадорская война 1941—1942, Перуано-эквадорский конфликт 1981, Перуано-эквадорский конфликт 1995. С 1948 ВС Эквадора представляют наблюдателей для миротворческих сил ООН. В 2008—2009 годах прошла значительная реорганизация вооруженных сил.