1941年の独ソ戦開始でソ連が第二次世界大戦に参戦した後、1942年にはナチス・ドイツがチェチェノ・イングーシ自治共和国（特にグロズヌイの油田）を目標にしたブラウ作戦を発動し、ドイツ国防軍は9月に現イングーシ共和国北部のマルゴベクを占領したが、この先の侵攻はソ連の赤軍によって食い止められ、1943年1月のマルゴベク奪回によってドイツ軍はイングーシから撤退した。すると、同年から翌1944年にかけ、ソ連の最高指導者ヨシフ・スターリンは、イングーシ人やチェチェン人などの諸民族を丸ごと中央アジアやシベリアに強制移住させた。これにより、イングーシ人の約30%が最初の1年で死亡したとされる。戦争終了後の1946年、チェチェノ・イングーシ自治共和国は法律上も消滅し、その領土は北オセチア自治共和国へ編入。これが後の北オセチアとの紛争の種になる。