Le sorti della guerra furono decise altrove, in particolare con la Battaglia di Wagram (5-6 luglio 1809); l'impero austriaco fu definitivamente sconfitto e costretto a ratificare il Trattato di Schönbrunn. Il territorio del Tirolo e dei principati vescovili fu così suddiviso: Trentino e la Bassa Atesina andarono al Regno Italico, l'alta val Pusteria al Regno Illirico ed il resto alla Baviera. Il trattato fu suggellato con le nozze fra Napoleone e la figlia dell'imperatore d'Austria: Maria Luisa.