Il 2 ottobre 2012 subentra a Massimo Ficcadenti sulla panchina del Cagliari con Diego López come vice. Esordisce con una vittoria in trasferta nella partita Torino-Cagliari (0-1), valida per la settima giornata della Serie A 2012-2013, cui seguono altre tre vittorie per una serie di 4 consecutive. Nelle successive 8 partite ottiene solo 2 punti; in seguito a un positivo girone di ritorno, conquista la salvezza con 6 turni di anticipo sulla fine del campionato, ottenendo 45 punti in 32 partite che equivale a una media a partita di 1,4 punti.