Bona werd geboren als het derde kind van hertog Gian Galeazzo Sforza en zijn vrouw Isabella van Napels. Kort na haar geboorte overleed haar vader en werd Ludovico Sforza de nieuwe hertog van Milaan. Het gezin van Gian Galeazzo kwam in Castello Sforzesco te wonen waar Ludovico Sforza hen goed in de gaten kon houden. In 1500 vertrok Isabella, tijdens de Italiaanse Oorlog, naar haar thuisstad Napels en nam ze Bona met zich mee. Twee jaar later kwamen ze te wonen in het Normandische kasteel van Bari en aldaar begon de uitgebreide opleiding van Bona. Zo kreeg ze onder meer les van de humanist Antonio de Ferraris.