La division de Johnson passe les sept mois suivants du siège dans les tranchées. À la fin , la division de Johnson se retire des tranchées pour s'opposer à une course de l'Union autour du flanc droit confédéré, et combat à Lewis's Farm le . Le , Johnson les mène lors d'une contre-attaque à . Ils repoussent deux divisions de l'Union, mais sont stoppés et repoussés par les renforts de l'Union. Deux brigades de la division sont détachées auprès de Pickett à Five Forks, et largement détruites lors de cette bataille le . Johnson mène le reste de la division lors de la retraite vers Appomattox. Le , à Sailor's Creek, la division est écrasée, bien que Johnson évite la capture. Il accompagne l'armée sans commandement jusqu'à la reddition à Appomattox Court House, où il est libéré sur parole.