El resultat de la desmobilização de l'Exèrcit i de l'opció per una força armada sense preparo militar algun immediatament es van fer sentir, constituint-se en un dels diversos motius del govern cèntric en el Riu de Gener, ser incapaç de sufocar d'aviat les diverses rebeliões, moltes de caràcter republicà i anti-esclavista, que van ocórrer pel país durant el període de regència. D'aquestes, es destaquen la Balaiada, la Cabanada, Cabanagem, la Guerra dels Farrapos, l'aixequi Malê i la Sabinada.