La vie privée des personnes peut être menacée par des projets d'exploration de données, si aucune précaution n'est prise, notamment dans la fouille du web et l'utilisation des données personnelles collectées sur Internet où les habitudes d'achats, les préférences, et même la santé des personnes peuvent être dévoilées. Un autre exemple est fourni par l" et en particulier le programme ' (TIA) qui exploitait pleinement la technologie d'exploration de données et qui fut un des projets « post-11 septembre » que le Congrès des États-Unis avait commencé à financer, puis qu'il a abandonné à cause des menaces particulièrement importantes que ce programme faisait peser sur la vie privée des citoyens américains. Mais même sans être dévoilées, les données des personnes recueillies par les entreprises, via les outils de gestion de la relation client (CRM), les caisses enregistreuses, les DAB, les cartes santé, peuvent conduire, avec les techniques de fouille de données, à classer les personnes en une hiérarchie de groupes, de bons à mauvais, prospects, clients, patients, ou n'importe quel rôle que l'on joue à un instant donné dans la vie sociale, selon des critères inconnus des personnes elles-mêmes. Dans cette optique, et pour corriger cet aspect négatif, Rakesh Agrawal et Ramakrishnan Sikrant s'interrogent sur la faisabilité d'une exploration de données qui préserverait la vie privée des personnes. Le stockage des données nécessaire à la fouille pose un autre problème dans la mesure où les données numériques peuvent être piratées. Et dans ce cas l'éclatement des données sur des bases de données distribuées et la cryptographie font partie des réponses techniques qui existent et qui peuvent être mises en place par les entreprises.