Le caractère non monolithique de la FANE implique que de nombreuses tendances divergentes cohabitent au sein de cette fédération. Ainsi, une partie du mouvement, notamment Michel Faci et Henry-Robert Petit, soutiennent les régimes autoritaires anti-communistes latino-américains, comme celui de Pinochet au Chili, ou celui de Somoza (1925-1980) qui dirige le Nicaragua jusqu'à sa chute en 1979 face au Front sandiniste de Libération nationale (FSLN). En revanche, une majorité des responsables de la FANE préfèrent l'option révolutionnaire, comme le soutien à la révolution islamique de Khomeyni, et rejette les « États réactionnaires », considérés comme des pions de l'impérialisme « américano-sioniste ».