Tijdens de Dertigjarige Oorlog sloot Christiaan Willem een bondgenootschap met Denemarken. In 1626 nam hij het commando van het Nedersaksische leger op zich en nam hij deel aan de Slag bij Dessau. Bij deze slag werd hij verslagen door de keizerlijke troepen van Albrecht von Wallenstein, waarna uit zijn gebieden verjaagd werd. In 1628 werd hij formeel afgezet als diocesaan administrator van Halberstadt en in 1631 als diocesaan administrator van Maagdenburg. Deze functies gingen naar Leopold Willem van Oostenrijk, zoon van keizer Ferdinand II.