Andersen var central i en debatt om förhållandet mellan islam och svensk nationalism som bröt ut när poeten Mohamed Omar tog ställning för Hamas, Hizbollah och Iran, detta som en reaktion på Israels bombningar av civila i Gazakriget 2008–2009. Andersen gav sitt stöd till Omar och de två intervjuade varandra under våren 2009. Andersen menade att identitärer och traditionalister måste se liberalismen som sin huvudfiende och att liberala poäng emot islam helst ska undvikas, trots den populistiska potentialen i en invandringskritik på sådan grund. Andersens ställningstagande gav honom ett rykte som pro-muslimsk.