У зв'язку з відсутністю необхідності ведення бойових дій із застосуванням протитанкової зброї в умовах Афганістану, незабаром, з БМД-1П та БМД-1ПК, що знаходилися в частинах, почали знімати стійки для кріплення пускової установки ПТКР. Замість них на даху башти кріпили 30-мм автоматичний гранатомет АГС-17 «Полум'я», що став надзвичайно популярним у гірській війні — таке «доозброєння» БМД-1 десантники повторювали пізніше, вже на початку першої Чеченської кампанії. На БМД ставили у військах також іншу ефективну в умовах гірської війни зброю — великокаліберний кулемет НСВ-Т-12,7.