Il y a sur la base une forte présence américaine pendant les opérations Southern Watch, Enduring Freedom et Iraqi Freedom. La présence américaine est alors principalement celle de plusieurs unités navigantes de l'US Air Force (USAF), complétées par un escadron de Northrop Grumman EA-6B Prowler de la Navy (USN) ou du Corps des Marines des États-Unis (USMC), un escadron de chasse de Panavia Tornado F.3 de la Royal Air Force (RAF) et un escadron de chasse de l'armée de l'air française avec des Dassault Mirage 2000, des Mirage F1 CR et un avion de ravitaillement en vol Boeing C-135FR Stratotanker. À la suite de l'attaque des installations de l'USAF à Khobar Towers à Dharan en 1996, toutes les activités de l'US Air Force sont transférées sur la base aérienne de Prince Sultan.