Cursó sus primeras letras en su ciudad natal. En 1530 su padre lo envió, contra su voluntad, al Estudio General de Valencia, donde estudió latín con Jaume Falcó. Antes de finalizar sus estudios superiores, falleció su padre y regresó a Calatayud. Pero el fideicomisario al que su progenitor encargó del cumplimiento del testamento, se arrogó los bienes de la herencia, por lo que Antonio Serón abandonó, en la ruina, su ciudad para alistarse en el ejército que el emperador Carlos V. reclutaba para la Jornada de Argel. Fracasada la batalla y dispersa la flota tras una fuerte tormenta, Serón fue llevado en 1542 a Estambul para ser vendido como esclavo, de donde consiguió huir embarcando en una nave veneciana.