Juan fue el hijo mayor de Teodoro Comneno Ducas y María Petralifena. En 1230 su padre fue capturado junto con su familia en la Batalla de Klokotnitsa por Iván Asen II de Bulgaria. Cuando su hermana Irene se casó con Iván Asen II en 1237, Juan fue liberado de su cautiverio junto con su padre ahora cegado Teodoro y su joven hermano Demetrio. Teodoro y sus hijos hicieron su camino de regreso a Tesalónica e incitaron a una revuelta contra el hermano de Teodoro Manuel Comneno Ducas que había gobernado la ciudad desde 1230. Como Teodoro estaba ciego, instaló a su hijo Juan como gobernador y se retiró a Vodena.