Kaudella 2002/03 Andersson luotsasi Al-Shaabia Arabiemiraateissa. Kesällä 2004 hän siirtyi entisen opiskelukaverinsa Lars Lagerbäckin apuvalmentajaksi Ruotsin maajoukkueeseen. Kaksikko johdatti Ruotsin MM-kisoihin 2006 ja EM-kisoihin 2008, mutta sai ankaraa kritiikkiä muun muassa maajoukkueen epäviihdyttävästä pelitavasta. Lokakuussa 2009 hän jätti tehtävänsä yhdessä Lagerbäckin kanssa Ruotsin jäätyä rannalle MM-kisoista 2010.