Além das afirmações do técnico Felipão alegando que Jefferson fora vítima de racismo no início de sua trajetória no Cruzeiro, o goleiro revelou em entrevista ao programa "Resenha ESPN", em 2019, que chegou a ser barrado da convocação para o Mundial Sub-20 de 2003 por ser negro: garantido no plantel pelo então treinador Marcos Paquetá, ele se surpreendeu ao ficar fora da lista. De acordo com a declaração do ex-atleta, uma pessoa dentro da CBF disse que "não poderia convocar goleiro negro", em alusão implícita ao ex-goleiro Barbosa, negro e muito criticado pela derrota do Brasil na final da Copa do Mundo de 1950. A edição do Mundial Sub-20 em questão, disputada nos Emirados Árabes, aconteceria em julho, mas acabou sendo adiada para o final do ano devido à Guerra do Iraque. Nesse meio tempo, o dirigente que vetara sua convocação deixou a CBF e Jefferson acabou sendo chamado, tornando-se campeão do torneio.