Zu einer erneuten Zerreißprobe kam es durch den Krieg in Afghanistan ab 2001. Aufgrund der uneindeutigen Haltung der grünen Bundestagsfraktion sah sich Kanzler Schröder genötigt, die zu stellen und diese mit der Abstimmung über die Beteiligung der Bundeswehr am Krieg in Afghanistan zu verbinden. Acht Grüne, die ursprünglich gegen den Einsatz der Bundeswehr stimmen wollten, teilten ihre Stimmen in vier Ja- und vier Nein-Stimmen auf, um die Koalition nicht scheitern zu lassen. Über die Zulässigkeit und die Redlichkeit eines solchen, mit einer Sachfrage verbundenen Vertrauensantrags entwickelte sich innerhalb der bündnisgrünen Partei, wie auch in der Öffentlichkeit eine heftige Diskussion.