À la suite des émeutes d' et de la Seconde intifada, Ehud Barak démissionne de son mandat. Il perd ensuite l'élection extraordinaire du Premier ministre en 2001 face à Ariel Sharon du Likoud. Cependant, le Parti travailliste reste au sein de la coalition d'Ariel Sharon, ce dernier ayant formé un gouvernement d'unité nationale avec le Likoud, le Parti travailliste, le Shass, l'Yisrael Ba'aliyah et le Yahadut Hatorah, et obtient deux portefeuilles ministériels majeurs : Shimon Peres est nommé ministre des Affaires étrangères, et Binyamin Ben-Eliezer, ministre de la Défense. Le Parti travailliste soutient l'opération Rempart, menée en contre les Palestiniens en Cisjordanie. Après les critiques dures émises à l'encontre de Shimon Peres et Binyamin Ben-Eliezer, qualifiés de « marionnettes » d'Ariel Sharon et soupçonnés de ne pas soutenir le processus de paix, le Parti travailliste quitte le gouvernement en 2003.