Sau khi cuộc Chiến tranh Áo-Phổ bùng nổ năm 1866, Werder chỉ huy Sư đoàn Bộ binh số 3, và đóng một vai trò đáng kể trong chiến thắng của quân đội tại Gitschin, buộc quân đoàn Áo dưới quyền tướng Eingelheini phải rút lui. Trong trận Königgrätz, đơn vị của ông một lần nữa lập nên chiến công hiển hách, trụ vững trước một trận công pháo khốc liệt của quân đội Áo Habsburg. Ông trở về nước với quân hàm Trung tướng và được tặng thưởng Huân chương Quân công ("Pour le Mérite") vì những đóng góp của mình trong chiến dịch. Ông được đưa đến Stettin trong thời gian hòa bình, với tư cách là chỉ huy Sư đoàn số 3. Khi Chiến tranh Pháp-Phổ bùng nổ vào năm 1870, ông được triển khai trong ban tham mưu của Thái tử Friedrich Wilhelm, người chỉ huy của Tập đoàn quân số 3. Ông chỉ huy một quân đoàn hỗn hợp của Württemberg và Baden trong trận Wœrth. Sau khi tướng Gustav von Beyer, người được giao trọng trách đánh chiếm Strasbourg, lâm bệnh, tướng Werder được cử làm tư lệnh của đội quân Đức hội tụ ở phía trước Strasbourg, với quân số lên tới 5 vạn người đến từ Phổ, Bayern, Baden, … Vào ngày 27 tháng 9 năm 1870, sau một cuộc vây hãm kéo dài 6 tuần, Strasbourg bị buộc phải đầu hàng, và Trung tướng Werder được thăng cấp "Thượng tướng Bộ binh".