Tras la conquista de Constantinopla por los otomanos en 1453 el Myrelaion fue convertido en una mezquita por el Gran Visir Mesih Paşa sobre el año 1500, durante el reinado de Bayezid II. Tras la construcción de su subestructura el templo fue bautizado como "bodrum" (en turco bodrum significa "cámara acorazada subterránea", "sótano") coexistiendo este nombre con el de su fundador (Mezquita de Mesih Paşa). El edificio fue dañado por sendos incendios en 1784 y 1911. Tras el incendio de 1911 el templo fue abandonado.