Au , Comino servit de lieu d’emprisonnement ou d’exil pour les chevaliers errants. Ces derniers, reconnus coupables de délits mineurs, étaient parfois condamnés à la tâche dangereuse et solitaire consistant à monter la garde à la tour Sainte-Marie. Durant le Blocus de Malte de 1798 à 1800, la tour Sainte-Marie servit de prison aux insurgés maltais et à leurs alliés britanniques pour les espions présumés ou les sympathisants français. En 1799, les insurgés ont transféré les canons de la tour pour bloquer les batteries et bombarder les positions françaises. Les positions des insurgés armées de canons pris à Comino comprenaient la batterie de Tas-Samra et la batterie de Ta 'Għemmuna.