Lors de la bataille de Port-Royal, plus tard cette année là, les troupes sous son commandement à fort Beauregard et fort Walker sont attaquées par les navires de la marine de l'Union, dont l', commandé par son frère, Percival Drayton. Le fils de Thomas Drayton, le lieutenant William Drayton, combat également avec les confédérés lors de la défense des forts. Après un long bombardement, les deux forts tombent aux mains des attaquants de l'Union, qui par la suite occupent une grande partie de la région. Ils prennent leur premier port en eau profonde de la côte de la Caroline.