1645 landete ein osmanisches Heer mit 50.000 Mann auf 350 Schiffen und schloss Candia ein. Chania fiel am 23. Juni, die Festung von Rethymno fiel 1646. Im Mai 1648 intensivierten die osmanischen Truppen die Belagerung Candias und griffen sie erstmals am 2. Juli an. Sie sollte als die längste Belagerung aller Zeiten im Gedächtnis bleiben. 1667 drängte der Großwesir Ahmed Köprülü auf Verschärfung und er zwang die Stadt am 16. September 1669 zur Kapitulation. Es blieben Venedig noch für einige Zeit die Festungen von Gramvousa (bis 1692), Souda und Spinalonga im Norden, aber 1718 mussten auch sie abgetreten werden.