In den Jahren 2009 und 2010 wurde Neuner Opfer von Stalkern. Ende August 2010 kletterte ein damals 44-jähriger Mann aus dem benachbarten Mittenwald auf den Balkon von Neuners Wohnung und klopfte an ihre Balkontüre. Der Mann wurde von der Polizei festgenommen und mit einem Kontaktverbot belegt. Trotzdem hinterließ er an Neuners Pkw mehrere Liebesbekundungen. Im Februar 2012 wurde der Mann, der an einer schweren Psychose leidet, verurteilt. Das Landgericht in München stufte den Mann als schuldunfähig ein, die Unterbringung in einer psychiatrischen Klinik wurde für drei Jahre zur Bewährung ausgesetzt. Zudem wurde Neuner, insbesondere seit ihren Erfolgen bei den Biathlon-Weltmeisterschaften 2007 in Antholz von Fans heimgesucht, die unangemeldet vor ihrer Haustüre oder in ihrem Garten standen.