2012-13赛季，拜仁先是在德国超级杯中以2:1战胜多特蒙德，其后拜仁在客场以5:0战胜杜塞尔多夫后，成为了德甲历史上首支取得开赛8连胜的球队。2013年4月6日，拜仁又在联赛还剩6轮的情况下提前夺冠，成为德甲历史上最早产生的冠军。拜仁在该赛季创造了多项德甲新纪录，包括单季最高积分（91分）、单季最高分差（25分）、单季最多胜场（29场）、單季最高得失球差（+80）和单季最少失球（18球）等。2013年5月25日，拜仁在四年内第三次进入欧洲冠军联赛决赛，并在温布利球场以2:1战胜同国对手多特蒙德，第5次赢得欧洲冠军奖杯。随后在6月1日举行的2012-13赛季德国杯决赛中，他们又以3:2战胜斯图加特，成为德国首支加冕三冠王的球队。