Em 1584 Balassi casou com sua prima, Krisztina Dobó, filha do valente comandante, István Dobó de Eger. Isso se tornou a causa de muitas de suas desgraças subsequentes. Os parentes gananciosos de sua esposa quase o arruinaram com processos legais, e quando em 1586 ele se tornou católico para escapar de perseguições, caluniaram-no dizendo que ele e seu filho tinham abraçado o islamismo. A separação de sua esposa e problemas legais foram seguidos por alguns anos de incertezas, mas em 1589 Balassi foi convidado para ir à Polônia para servir na guerra iminente contra o Império Otomano. Isto não ocorreu e depois de um período no Colégio dos Jesuítas de Braunsberg, Balassi, um pouco decepcionado, voltou para a Hungria em 1591. Na Grande Guerra ele se juntou ao Exército e morreu no cerco a Esztergom no mesmo ano como consequência de uma grave ferida nas pernas causada por uma bala de canhão. Ele está enterrado em Hybe, atualmente na Eslováquia.