Географічне положення міста на перетині транзитних шляхів визначало величезну кількість набігів та розбійних нападів на Шамахи, що здійснювались сусідніми народами та військами інших ханств, що несли з собою спустошення та руйнування. У 1721 році Шамахи зазнала нападу війська хана Хаджі Дауда Мушкурського, були вбиті російські купці, що перебували там, і завдано величезних збитків російським торгівцям шовком. Вірмени, число яких у місті було досить суттєвим, зазнавали постійних нападів і грабежів, за наказом Хаджі Дауда вони поряд із євреями мали носити на своїх грудях жовтий знак — для того, щоб мусульмани не вітали їх. Результатом цієї події був вжитий Петром Великим Перський похід 1722—1723 років. У 1742 році місто було зруйновано іранським військом Надір-Шаха.