Penyakit Charles menciptakan kekosongan kekuasaan yang akhirnya menimbulkan Perang Saudara Armagnac–Bourgogne di antara para pendukung saudara Charles, Louis dari Orléans, dan para adipati Bourgogne. Isabeau bergeser kesetiaan di antara faksi-faksi tersebut, dan memilih partai yang lebih menguntungkan bagi ahli waris kerajaan. Ketika ia memilih Armagnac, Bourguignons menuduhnya telah berjinah dengan Louis dari Orléans; ketika ia berpihak dengan Bourguignons, Armagnac menyingkirkannya dari Paris dan memenjarakannya. Pada tahun 1407, Jean sans Peur membunuh Orléans, dan menimbulkan perselisihan dinatara faksi-faksi tersebut. Perang berakhir ketika putra sulungnya Charles membunuh Jean sans Peur pada tahun 1419, sebuah tindakan yang menyebabkannya turun dari takhta. Isabeau menghadiri penandatanganan Traktat Troyes pada tahun 1421, di mana Prancis menyita pengendalian kepada Inggris. Isabeau tinggal di wilayah kekuasaan Inggris di Paris sampai ia meninggal pada tahun 1435.