З 1990 року Г'юстон був асистентом головного тренера «Арсеналу» Джорджа Грема, а також двічі виконував обов'язки головного тренера: спочатку протягом трьох місяців 1995 року (після звільнення Грема в лютому 1995 року), вивівши «Арсенал» у фінал Кубка володарів кубків, в якому «каноніри» поступилися іспанському клубу «Реал Сарагоса» з рахунком 2:1, пропустивши вирішальний гол на передостанній 119 хвилині. Влітку 1995 року керівництво «Арсеналу» призначило на посаду головного тренера клубу Брюса Ріока, а Г'юстон став його асистентом. Через рік після свого призначення, Ріок був звільнений, і Г'юстон знову став виконуючим обов'язки головного тренера, поки наступник Ріока, Арсен Венгер, чекав закінчення свого контракту з японським клубом «Нагоя Грампус Ейт».