School of Medicine ble brukt som lasarett under borgerkrigen for både Nord- og Sørstatssoldater, særlig etter slaget ved Shiloh. De fleste studenter og lærere lot seg innrullere i Sørstatshæren, Company A, 11th Mississippi Infantry, også kalt "University Grays". Svært mange av dem døde ved Gettysburg i 1863.