Viduka speelt sinds 1994 voor het Australisch nationaal elftal. In 1997 was hij met de "Socceroos" verliezend finalist op de FIFA Confederations Cup. Viduka scoorde destijds in de groepswedstrijd tegen Mexico. In 2005 kwalicificeerde Viduka zich met Australië voor het WK 2006 in Duitsland. Onder bondscoach Guus Hiddink was hij aanvoerder van de "Socceroos" en Viduka haalde met zijn land de achtste finales op het WK. Hij behoorde tot de selectie voor de Azië Cup 2007, het eerste Aziatische toernooi waaraan Australië deelnam na de overstap van de OFC naar de AFC in januari 2007. Daarnaast was hij actief op de Olympische Spelen van 1996 in Atlanta.