Kwajalein est désormais une importante base militaire japonaise. Durant la Seconde Guerre mondiale et dans le cadre de la campagne du Pacifique l'armée américaine débarque le février 1944 sur les deux îles principales Roi-Namur au nord et Kwajalein au sud. Le débarquement est précédé de l'un des bombardements les plus massifs de la guerre du Pacifique. Les navires de guerre et l'artillerie débarquée sur les îlots adjacents tirent coups de canon sur les positions japonaises tandis que les bombardiers B-24 Liberator parachèvent les destructions avec leur bombes. Sur les hommes de la garnison de l'atoll (y compris les Coréens utilisés pour les travaux de fortification), seuls sont réellement entraînés au combat. Les troupes japonaises, bien qu'elles soient en état d'infériorité numérique face aux dizaines de milliers de soldats américains, opposent une résistance farouche. Le les combats cessent. À la fin de la bataille, on compte 373 Américains tués contre Japonais et Coréens et environ 200 autochtones.