În 1812, Murat i se alătură din nou lui Napoleon pentru dezastruoasa campanie din Rusia. Regele Neapolelui comandă întreaga cavalerie de rezervă (împărțind uneori comanda cu fostul său aghiotant, generalul Emmanuel de Grouchy) și se achită de îndatoriri la Smolensk, Moskova sau Berezina. Atunci când Napoleon se întoarce în Franța, acesta lasă comanda resturilor Marii Armate lui Murat. Cu toate acestea, Murat are un conflict violent cu Davout și cu alți mareșali care îi contestă autoritatea, reproșându-i faptul că planurile sale sunt exaltate și nerealiste, acuzație perfect îndreptățită. Comanda Marii Armate este preluată de mareșalul MacDonald, deoarece Murat decide să se întoarcă la Neapole.