Les Hosokawa se rangent du côté de Tokugawa Ieyasu contre Ishida Mitsunari durant la décisive campagne de Sekigahara et sont en conséquence faits "fudai daimyo", « daimyos de l'intérieur », durant le shogunat Tokugawa. Ils reçoivent la province de Higo aux revenus de "koku", pour "han" (fief).