In aanwezigheid van Pius VII kroonde Napoleon zichzelf in 1804 tot keizer. Keizer Napoleon I liet de geestelijken, de bisschoppen en de pastoors door de staat bezoldigen. Ook regelde hij de organisatie van de kerkfabrieken, die de materiële middelen van de Kerk moesten beheren. Toen Napoleon in 1809 de Kerkelijke Staat annexeerde en Pius VII daartegen bezwaar maakte, werd hij gevangengezet in Savona.