In gioventù Maria Mutola eccelle nel calcio, tanto che dopo una visita in Portogallo le viene proposto di trasferirsi a Lisbona per allenarsi nel Benfica ma viene di fatto impedita dal governo mozambicano. Nel 1988 debutta, a soli 15 anni, nel mondo dell'atletica leggera internazionale: partecipa nello stesso anno ai Campionati africani, vincendo un argento, prima di prendere parte ai Giochi olimpici di Seul, dove però viene eliminata al primo turno, giungendo ultima con il tempo di 2'04"36 (suo nuovo primato personale).