С 1798 года командовал эскадрой, направленной в Средиземное море для противодействия предпринятой Францией Египетской экспедиции 1798—1801. Английская эскадра не сумела помешать высадке французских войск в Александрии, однако 1—2 августа 1798 года Нельсону удалось разгромить французский флот при Абукире, отрезав армию Наполеона Бонапарта в Египте, сам Нельсон получил ранение в голову. В награду Георг III 6 октября 1798 г. сделал Нельсона пэром - бароном Нельсоном Нильским и . В августе 1799 года за восстановление Османского господства в Египте был награждён Султаном Селимом III орденом Полумесяца и пожалован челенком.