En 1857 fue de nuevo nombrado como Secretario de Hacienda, bajo la administración de Mariano Ospina Rodríguez. En 1860 estalló la Guerra de las Soberanías como una rebelión liberal contra el gobierno de Ospina, y el 18 de julio de 1861, el gobierno fue derrocado y Bogotá ocupada por las fuerzas rebeldes de Tomás Cipriano de Mosquera. En esa situación, Gutiérrez huyó y se escondió en la embajada de Francia, sitio donde asumió la Jefatura de Estado, de acuerdo con la Constitución de 1858, al ser el ministro de mayor edad. Salió de la embajada en la noche del 30 de julio, disfrazado de artesano, hacia la antigua casa de su abuelo, Pantaleón Gutiérrez. Mosquera inició su persecución, intentando por distintos medios su captura, desde embargarles los bienes hasta ofrecerle un soborno. En una ocasión Mosquera le envío a decir que «aunque como presidente provisorio había ordenado que lo prendiesen y fusilaran, como amigo y pariente le ofrecía un seguro asilo en su casa», a lo que Gutiérrez contestó: «No dudo de la sinceridad del caballero; pero en un mismo alcázar no pueden vivir dos alcaides».