CONEFO ditubuhkan secara rasmi pada 7 Januari 1965, setelah pemerintahan Sukarno membantah Malaysia menjadi anggota tidak tetap Majlis Keselamatan PBB pada saat Indonesia telah mengisytiharkan konflik tingkat rendah yang disebut sebagai "konfrontasi" terhadap Malaysia. Sukarno yang marah mengumumkan bahawa Indonesia akan meninggalkan PBB dan membentuk pertubuhan dunia yang bersaing dengan PBB. Beliau telah mengambil langkah serupa pada 1963 ketika beliau menciptakan GANEFO, Sukan Angkatan Baru Berkembang, sebagai alternatif untuk Sukan Olimpik.