Првенство Југославије у футсалу у сезони 1998/99. је стартовало са великим закашњењем. Главни разлог закашњења је то што се Фудбалски савез Србије и Фудбалски савез Црне Горе нису могли договорити око система такмичења, због тога није одиграно Првенство Југославије у сезони 1997/98. На крају је првенство стартовало уместо почетком новембра 1998. године, крајем јануара наредне године, тачније 31. јануара 1999. Одиграна су само 6 кола од 18, а шампионат је прекинут због НАТО бомбардовања СРЈ. Након завпшетка рата, Фудбалски савез Југославије прогласио је првенство неважећим, тако да није настављено.