Josef Stalin'in kolektifleşmesiyle başlanmış açlığın ortasında Yabloçnoye, Harkiv Oblastı'nda (şimdi Sumı Oblastı) doğdu. Çikatilo, doğduğu zaman ülke kıtlık içerisindeydi. Öyle ki bu açlık içindeki insanların, insan eti yediğinden bile bahsediliyordu. Andrey Çikatilo'ya da büyük kardeşi Stepan'ın yenildiği anlatılıyordu. Annesi tarafından sürekli azarlanıp, dayak yiyordu. Eylül 1941 yazında, Çikatilo'nun babası Sovyet Ordusu için hazırlandı ve savaşta esir düştü. Eylül, 1944 yılında okula başladı. Çikatilo, tüm zorluklara rağmen öğretmenleri için mükemmel bir öğrenci oldu. 1943 yılında "Tatyana" adlı bir kız kardeşi oldu. Fakat Andrey Çikatilo'nun babası 1941 yılında askere kabul edilmişti, çocuğu olamazdı. Muhtemelen annesi bir Alman asker tarafından tecavüze uğramıştı. 14 yaşında Okul Gazetesinin editörlüğünü yaptı. Çikatilo'ya zor gelen o baş ağrıları ve rahatsızlıklarına rağmen, 1954 yılında mezun oldu.