12 lutego 1918 został dowódcą 1 Dywizji Piechoty Armii Ochotniczej. Wkrótce później wziął udział w pierwszym marszu kubańskim. Generał Korniłow mianował wtedy Denikina swoim zastępcą. Ustalono, że po odbiciu z rąk bolszewików Jekaterynodaru Denikin obejmie stanowisko generalnego gubernatora miasta. Po nieudanym szturmie i śmierci generała Ławra Korniłowa, Denikin objął dowództwo nad Armią Ochotniczą i zarządził wycofanie szturmu na Jekaterynodar. W czerwcu 1918, dysponując siłami ok. 8-9 tysięcy żołnierzy, wydał rozkaz do rozpoczęcia drugiego marszu kubańskiego. Operacja zakończyła się pełnym sukcesem i rozgromieniem ponad stutysięcznej armii bolszewickiej. Denikin za swoją siedzibę obrał Jekaterynodar. Armia pod jego kontrolą liczyła wówczas ok. 12 tysięcy ludzi i została znacznie uzupełniona kilku tysięcznym oddziałem kozaków kubańskich pod dowództwem generała Andrieja Szkuro. Głównym kierunkiem polityki Denikina w tym czasie było rozwiązanie problemu stworzenia jednolitego frontu sił antybolszewickich na południu Rosji. Głównym problemem były relacje z Armią Dońską (dopiero 10 stycznia 1919 podporządkowała się ona dowództwu Denikina). Denikin negatywnie wypowiadał się na temat hetmana Pawło Skoropadskiego i Hetmanatu, państwa ukraińskiego pod protektoratem niemieckim. Skomplikowało to stosunki z dowództwem niemieckim i ograniczyło napływ ochotników do Armii Ochotniczej z kontrolowanych przez wojska niemieckie terenów Ukrainy i Krymu. Po śmierci generała Michaiła Aleksiejewa (8 października 1918) pozostał jedynym dowódcą Armii Ochotniczej, jednocząc w swoich rękach władzę wojskową i cywilną. W drugiej połowie 1918 Armia Ochotnicza pod jego komenda pokonała wojska Północnokaukaskiej Republiki Radzieckiej i zajęła całą zachodnią część Kaukazu Północnego.