W 1999 roku Pardo wziął udział w Pucharze Konfederacji, wystąpił we wszystkich meczach, także w wygranym 4:3 finale z Brazylią. 2 lata później znów zagrał w tym turnieju, ale Meksyk nie wyszedł wówczas z grupy. W 2003 roku natomiast osiągnął kolejny sukces z reprezentacją wygrywając swój drugi Meksykiem Złoty Puchar CONCACAF.