W dniu 11 września 1973 siły zbrojne przejęły władzę w wyniku zamachu stanu, zdelegalizowano partie polityczne. PCCh ponownie rozpoczęło działalność w podziemiu. Po obaleniu Salvadora Allende i okresie dyktatorskich rządów Augusto Pinocheta, wielu członków partii zostaje uwięzionych, zamordowanych lub zmuszonych do ucieczki z kraju. Zdecydowana większość członków partii, udało się na wygnanie do krajów Europy Wschodniej i na Kubę.