Vuoden 1979 vallankumous ja melkein koko 1980-luvun kestänyt Irakin-Iranin sota heikensivät maan jalkapallo-oloja, vaikka jalkapallotoiminta ei maassa kokonaan pysähtynytkään. 1990-luvun alussa maan jalkapalloelämä toipui sodan vaikutuksista ja joukkueessa pelasi monia lahjakkaita ja hyviä pelaajia, kuten Ali Daei, Mehdi Mahdavikia, Khodadad Azizi ja Karim Bagheri. Vuonna 1997 Iran valmisti kisapaikkansa seuraavaan MM-lopputurnaukseen kukistettuaan ratkaisevassa jatkokarsintaottelussa Australian vierasmaalisäännöllä molempien otteluiden päätyttyä tasan. Vuoden 1998 Ranskan MM-kisoissa joukkue saavutti ensimmäisen MM-lopputurnausvoittonsa kukistettuaan Yhdysvallat maiden keskinäisten jännitteiden vuoksi suuren huomion saaneessa alkulohkon kohtaamisessa, mutta muutoin edesottamukset eivät riittäneet jatkopaikkaan.