Durante el siglo XVI, después de la Conquista, la población indígena disminuyó considerablemente debido a la hambruna, el trabajo excesivo a que fueron sometidos y las epidemias de viruela en 1520 y 1593, de sarampión en 1531, y tifo en 1576. La población chocholteca se vio afectada a tal grado que, en 1597, solo quedaba la mitad de tributarios en los pueblos de Coixtlahuaca