Morgan kehrte 1607 in die Niederlande zurück und blieb dort während des Zwölfjährigen Waffenstillstands. Nach Wiederaufnahme der Feindseligkeiten kommandierte er 1622 die englischen Truppen bei der Belagerung von Bergen op Zoom. Ab 1624 gehörte er zu den Verteidigern der Stadt Breda, die nach langer Belagerung schließlich gegen freien Abzug den Spaniern übergeben wurde. Der venezianische Botschafter in Den Haag lobte Morgans militärisches Können und bezeichnet ihn als einen der fähigsten Offiziere des niederländischen Feldzugs.