Pacepa apoiou a invasão do Iraque em 2003. Em oposição, grandes manifestações anti-guerra foram realizadas em cidades de todo o mundo. Pacepa afirma que esses protestos foram planejados e antiamericanos, os quais a Rússia ajudou. Pacepa escreveu em outubro de 2003 que era "perfeitamente óbvio para mim" que a agência russa GRU ajudou Saddam Hussein a destruir, ocultar ou transferir suas armas químicas antes da invasão americana do Iraque em 2003. Ele alegou que uma operação para a remoção de armas químicas ("Operação Sarindar") foi preparada pela União Soviética para a Líbia e que tal plano estava sendo implementado no Iraque.