Španěl se stal v roce 2003 nejmladším jezdcem, který získal pole position, na okruhu v Malajsii. V závodě v Brazílii měl Alonso těžkou nehodu, kde v dvousetkilometrové rychlosti havaroval, když vrazil do zbytků vozu Marka Webbera, který havaroval těsně před ním. Závod byl poté zastaven. O dva závody později skončil Alonso při své domácí Grand Prix Španělska druhý a poté se stal nejmladším jezdcem, který vyhrál závod, když zvítězil ve Velké Ceně Maďarska. Celkově skončil v roce 2003 na šestém místě, získal 55 bodů a čtyřikrát stanul na stupních vítězů.