Ahlmark stödde den USA-ledda invasionen av Irak 2003, som ledde till att Saddam Husseins regim störtades. I samband med debatten kring Irakkriget kritiserade Ahlmark i hårda ordalag sin tidigare medarbetare och partikollega Hans Blix, för att denne i sin roll som chef för FN:s vapeninspektörer i Irak hade tvivlat på att Saddamregeringen hade massförstörelsevapen. Det visade sig emellertid senare att Blix hade haft rätt.