Początek wojenno-morskiej obecności Polski datuje się na 1463, kiedy to w czasie trwania wojny trzynastoletniej połączona flota gdańsko-elbląska pokonała flotę krzyżacką w bitwie na Zalewie Wiślanym. Za panowania Zygmunta I Starego nastąpił rozwój polskiej floty wojennej. Utworzona w 1517 polska flota kaperska wzięła udział w wojnie litewsko-moskiewskiej 1512-1522. Operując na wschodnim Bałtyku, przerywała handel morski pomiędzy Wielkim Księstwem Moskiewskim a krajami zachodnioeuropejskimi, dostarczającymi Wasylowi III najniezbędniejszych materiałów wojennych. W czasie wojny polsko-krzyżackiej 1519-1521 flota ta wzięła udział w blokadzie Królewca. Jednak po zawarciu w 1522 rozejmu, kończącego wojnę litewsko-moskiewską zlikwidowano flotę kaperską. W związku z narastającym zagrożeniem ze strony Rosji i Szwecji 1561, w odpowiedzi na manifest królewski powstała zorganizowana flota kaperska, zwana także flotą strażników morza. W 1568 powołano Komisję Morską, pierwszy polski urząd morski do zadań którego należała organizacja floty kaperskiej, a od 1570 tworzenie regularnej polskiej floty wojennej. W 1571 komisja ta opracowała artykuły morskie, które stanowiły pierwszy polski regulamin służby okrętowej. 29 lipca 1571 flota duńska zaatakowała niespodziewanie polską flotę kaperską stacjonującą w Pucku i uprowadziła jej okręty do Kopenhagi. Spowodowało to potrzebę tworzenia polskiej regularnej marynarki wojennej. W 1572 zakończono budowę galeonu Smok, w następnych latach wybudowano dalsze jednostki, jednak rozbudowę floty przerwano. Polską flotę wojenną wskrzesił na krótko Stefan Batory w czasie wojny Rzeczypospolitej z Gdańskiem, powierzając jej w zadaniu blokadę tego portu.