ความไม่พอใจของขุนนางอังกฤษที่มีต่อกษัตริย์สุดท้ายแล้วเป็นผลให้เกิดสงครามกลางเมือง สงครามบารอนครั้งที่สอง (ปี ค.ศ. 1264 – 1267) ผู้นำของกองทัพฝ่ายตรงข้ามของเฮนรีคือพระขนิษฐภรรดา (น้องเขย) ซิมง เดอ มงต์ฟอร์ต์ เอิร์ลที่ 6 แห่งเลสเตอร์ ที่แต่งงานกับพระขนิษบาของเฮนรี เอเลนอร์ เดอ มงต์ฟอร์ต์ต้องการตอกย้ำแม็กนาคาร์ตาและบีบกษัตริย์ให้ยอมมอบอำนาจให้สภาขุนนางมากขึ้น