Während der Präsidentschaftswahlkampfes 1864 unterstützte er als Republikaner zwar Lincoln, aber begrüßte auf der anderen Seite den Sieg des „Kriegsdemokraten“ McClellan bei der Primary („Vorwahl“) in der Hoffnung, dass damit die Copperheads innerhalb der demokratischen Partei geschwächt worden seien. Hayes kandidierte selbst für das Repräsentantenhaus, nachdem ihn der zweite Kongresswahlbezirk Cincinnatis dafür nominiert hatte. Obwohl ihm der befreundete Verleger und Secretary of State Ohios, William Henry Smith, dazu geraten hatte, verzichtete er auf einen Heimaturlaub zum Zwecke des Wahlkampfes, sondern blieb im aktiven Dienst bei seiner Brigade. Am 11. Oktober wurde er schließlich in den 39. Kongress der Vereinigten Staaten gewählt. Hayes, der seit der Schlacht von Cedar Creek in einem Feldlager bei Winchester verwendet wurde, erhielt am 30. November die Beförderung zum Brigadegeneral. Nach einem Heimaturlaub Anfang 1865 kehrte er in sein Hauptquartier bei Cumberland in Maryland zurück. Im März 1865 wurde Hayes der Brevet-Rang eines Generalmajors verliehen und ein neues Kommando in New Creek, West Virginia zugeteilt, das er jedoch nach der Kapitulation von General Robert Edward Lee am 9. April 1865 nicht mehr antrat. Seine Freude darüber wurde kurze Zeit später durch das tödliche Attentat auf Lincoln stark getrübt. Ende April war er auf Fronturlaub in Washington bei einem Freund und traf bei dieser Gelegenheit den neuen Präsidenten Andrew Johnson, von dem er erst einen günstigen Eindruck hatte. Zurück im Dienst reichte er sein Entlassungsgesuch aus der Armee ein, das am 8. Juni 1865 akzeptiert wurde.