Після Олімпійських ігор 2004 року в Афінах був запрошений тренуватися в Олімпійському тренувальному центрі Сполучених Штатів в Колорадо-Спрінгз за програмою «Спеціальні спортсмени» для людей з надзвичайними здібностями та досягненнями. У 2006 році став чемпіоном світу. Участі в Олімпійських іграх 2008 року в Пекіні завадила важка травма, що на декілька місяців вибила спортсмена з тренувань і відбіркових змагань. Після цього він прийняв рішення про завершення спортивної кар'єри і перейшов на тренерську роботу до збірної Швеції. Підготував її до чемпіонату світу 2009 року, де його підопічний Джиммі Лідберг здобув срібну нагороду. Рік по тому Могамед Абдельфатах повертається у великий спорт. Того ж року вчетверте стає чемпіоном Африки. На чемпіонаті світу 2011 року посідає п'яте місце, що дозволяє йому втретє взяти участь в Олімпійських іграх 2012 року в Лондоні. Після невдалого виступу на тій Олімпіаді Могамед Абдельфатах знову залишає великий спорт, але через три роки приймає рішення готуватися до своєї четвертої Олімпіади 2016 року в Ріо-де-Жанейро. Починає виступи за збірну Бахрейну, у складі якої стає бронзовим призером чемпіонату Азії. Однак потрапити на Олімпіаду Могамеду Абдельфатаху так і не вдається, після чого він остаточно завершує кар'єру спортсмена і повертається до США, де допомагає тренувати національну збірну цієї країни.