Nach dem Beginn des Sezessionskrieges ersuchte Hooker die Unionsregierung um ein neues Offizierspatent, wurde aber zunächst nicht berücksichtigt. Auf eigene Kosten reiste er von Kalifornien nach Washington, D.C. und bot dort Abraham Lincoln nach der Niederlage der Nordstaaten in der Ersten Schlacht am Bull Run seine Dienste an. Tatsächlich wurde er im August 1861 mit Wirkung vom 17. Mai zum Brigadegeneral des Freiwilligenheeres ("Brigadier General of Volunteers") ernannt. Er befehligte zunächst eine Brigade und später eine Division im III. Korps der Potomac-Armee.