Po Bartolomějské noci, kdy nastalo krvavé pronásledování reformovaných (hugenotů) po celé Francii se mu podařilo uprchnout do Švýcarska. Na přímluvu Kalvína byl jmenován profesorem v Ženevě. Měl četné styky s českými studenty, kteří v duchovně spřízněné cizině hledali vzdělání. Nic na tom nezměnilo přestěhování do Basileje. Hotman přednášel svou kritiku římského práva a rozvíjel kalvinistickou státovědu. Bezpochyby tak přispěl ke změně politického myšlení šlechticů a měšťanů českého království, pozdějších hlavních účastníků českého stavovského povstání 1618.Hotman byl muž ryzího charakteru, skutečné zbožnosti (jak ukazuje jeho "Consolatio") a vřelého srdce. Jeho neustálé stěhování bylo inspirováno nikoliv strachem o sebe, ale péči o svou rodinu a touhou po míru.