Den judiska befolkningen har en lång historia av förföljelse. Zaporizjakosackernas kamp mot den polska regimen drabbade också judar och katoliker, då judarna anklagades för att vara allierade med polackerna. På 1500-talet blev de överfallna av kosacker. Detta kulminerade i ett angrepp på judarna i Podil och Volynia i samband med upproret 1648, vilket enligt en historieskrivare och ögonvittnet, Nathan ben Moses Hannover, ledde till 100–120 000 judars död. 300 judiska församlingar blev totalt ödelagda. Den judiska befolkningen fick fly från kosackerna som mördade lokalbefolkningens judar och polacker i kampen mot de polska härskarna. Judarna, som ofta arbetade som skatteindrivare eller förmän inom jordbruket, blev massakrerade och hundratals judiska byar förstördes. På 1700-talet fick judarna lida mycket av attacker från det pro-ukrainska paramilitära kosackförbandet Haidamaka. När kosacken Maksym Zaliznjaks styrkor härjade på 1760-talet dödades många judar vilket orsakade en stor nedgång i den judiska befolkningens antal, som t.ex. i Uman som på 1700-talet erövrades ett flertal gånger av hajdamaker (1734, 1750 och 1768). Mest omtalad är 1768 års hajdamakuppror som leddes av Maksym Zaliznjak och Ivan Gonta. Den 20–21 juni 1768 erövrade de Uman varefter staden plundrades och tusentals judar och polacker dödades (enligt olika beräkningar 12 000–20 000 personer). Som ett minne av dessa uppror mot de polska jordägarna avbildas en hajdamak i Umans nuvarande stadsvapen.