Joulukuussa 1962 Joxe nimitettiin Georges Pompidoun hallituksen valtionhallinnon uudelleenorganisoinnista vastaavaksi ministeriksi. Hän toimi Pompidoun sijaisena valtion johdossa muun muassa Pariisin kevään 1968 opiskelijamellakoiden aikana, jolloin hänen katsottiin epäonnistuneen ja hän erosi ministerin tehtävistä.