Na samym początku pontyfikatu papież został wciągnięty w hiszpańską wojnę o sukcesję, która ciągnęła się kilkanaście lat. Początkowo wspierał kandydata Burbonów Filipa Andegaweńskiego. Wkrótce potem Klemens został zaatakowany zarówno przez cesarza Leopolda I jak i króla Ludwika XIV, gdzie obaj domagali się nadania im w lenno Sycylii i Neapolu. Ponieważ cesarstwo słusznie podejrzewało papieża o profrancuskie sympatie, nowy cesarz Józef I najechał Państwo Kościelne i zajął Neapol. Klemens opowiedział się wówczas (styczeń 1709) za arcyksięciem habsburskim Karolem, a Hiszpania zerwała z Rzymem stosunki dyplomatyczne. Państwo Papieskie traciło na znaczeniu: bez udziału papieża wyłączono spod jego władzy Parmę, Piacenzę, Sardynię i Sycylię. Zignorowana została bulla papieska, protestująca przeciwko ustanowieniu niezależnej monarchii na Sycylii, gdzie rządził Wiktor Amadeusz II.