W 2005 Momčilo Perišić dobrowolnie stawił się przed Międzynarodowym Trybunałem Karnym dla byłej Jugosławii w Hadze. Został oskarżony o zbrodnie wojenne związane z działaniami żołnierzy Armii Jugosłowiańskiej walczących w Krajinie oraz w Bośni i Hercegowinie. Zarzucono mu także bezpośrednie przyczynienie się do zbrodni wojennych w trakcie oblężenia Sarajewa, masakry w Srebrenicy i ataku rakietowego na Zagrzeb. We wrześniu 2011 w pierwszej instancji ICTY uznał go za winnego i skazał na karę 27 lat pozbawienia wolności. W lutym 2013 wyrok ten został jednak na skutek apelacji zmieniony, a Momčilo Perišić uniewinniony od wszystkich zarzutów wobec stwierdzenia, że wysłanie wojsk jugosłowiańskich mieściło się we wsparciu militarnym bośniackich Serbów, nie obejmowało wsparcia dla dokonanych zbrodni wojennych.