In der ersten Hälfte der 1990er Jahre beschlossen sie eine Äquidistanz zu Bündnis 90/Die Grünen sowie zur PDS. Die Kritik an der rot-grünen Regierungspolitik, insbesondere an der Zustimmung von Bündnis 90/Die Grünen zum Kosovo-Krieg, führte dazu, dass die Zahl der Doppelmitgliedschaften bei den JD/JL und Bündnis 90/Die Grünen sich aufgrund zahlreicher Austritte aus den Grünen verringerte.