Dragović a jucat la echipele naționale sub 17 ani și sub 19 ani ale Austriei. El a fost chemat la echipa națională a Austriei pentru meciul de calificare la Campionatul Mondial din 2010 împotriva României, dar din cauza unei accident nu a reușit să joace. El a fost chemat din nou de către antrenorul austriac Dietmar Constantini pentru meciul cu Serbia. El și-a făcut debutul la națională în acest meci la 6 iunie 2009. Dragović a marcat primul său gol în 18 noiembrie 2014, într-o înfrângere scor 1-2 cu Brazilia. El a prins lotul finală pentru Euro 2016, în care a fost eliminat în primul meci împotriva Ungariei și a ratat un penalty în meciul decisiv împotriva Islandei, care s-a încheiat cu o înfrângere de 2-1.