Pada tahun 1683, cucu Zheng Chnenggong menyerah kalah kepada Dinasti Qing. Dinasti Qing memerintah hampir 200 thuan. bagaimanapn, fasa pemodenan Taiwan hanya bertahan sehingga penghujung pemerintahan Dinasti Qing. Selepas Perang China-Jepun Pertama tahun 1895, Taiwan diserahkan kepada pihak Jepun. Jepun menaungi Taiwan selama 50 tahun hingga Perang Dunia Kedua. Kebangitan beberapa gerakan anti-Jepun yang dilakukan sepanjang tempoh penjajahan gagal. Walaupun begitu, pihak Jepun dilihat turut memajukan industri pertanian, ekonomi dan infrastruktur Taiwan.