Nově vzniklý stát zdědil po ADR jak státní symboly, tak i nevyřešené územní spory. Oblast Náhorního Karabachu se stala opět předmětem sporu s Arménií. Vypukla Karabašská válka, která se táhla do roku 1994 a skončila porážkou Ázerbájdžánu a přičlenění Karabachu a dalších území k Arménii.