Kondogbia speelde vijf wedstrijden voor Frankrijk –16, waarin hij eenmaal tot scoren kwam. Hij speelde zes wedstrijden voor Frankrijk –17. Voor Frankrijk –18 scoorde hij zeven keer in zestien wedstrijden. Tot oktober 2012 was hij actief in Frankrijk –19, waarvoor hij twaalf wedstrijden speelde en één doelpunt maakte. Op 13 november 2012 speelde hij met Frankrijk –20 een vriendschappelijke wedstrijd tegen Oekraïne –20. Frankrijk –20 won de wedstrijd met 2-1 na doelpunten van Jordan Veretout en Florian Thauvin. Kondogbia werd in de rust vervangen door Alassane Pléa. In 2013 won hij met Frankrijk –20 het WK –20 in Turkije.