Couto, daha önce Portekiz U-20 ve Portekiz U-21 formalarını da giydi. U-21 formasıyla 1989 yılında FIFA 20 Yaş Altı Dünya Kupası'nda şampiyonluk yaşadı. Portekiz formasını ilk kez; 19 Aralık 1990 tarihinde 1-0 kazandıkları maçta ABD karşısında giyerken; ilk golünü ise, 24 Şubat 1993 tarihinde 3-1 kaybettikleri maçta İtalya karşısında penaltıdan attı. 14 Haziran 1996 tarihinde ise 1996 Avrupa Futbol Şampiyonası grup aşamasında Türkiye karşısında gol atarak takımının maçı 1-0 kazanmasını sağladı. Couto, 1996 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda çeyrek final, 2000 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda yarı final ve 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda final sevinci yaşadı. Millî formayı son kez; 30 Haziran 2004 tarihinde 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası mücadelesinde 2-1 kazanıp finale yükseldikleri maçta Hollanda karşısında giydi. Couto, millî formayı 110 kez giydi ve sekiz gol attı.