La carriera professionistica di Lourdes Isern inizia nella stagione 1998, quando debutta nella Liga de Voleibol Superior Femenino con le Gigantes de Carolina. Col trasferimento della franchigia a Bayamón, dalla stagione seguente difende i colori delle Vaqueras de Bayamón, dove milita fino al campionato 2004, ricevendo diversi riconoscimenti individuali come miglior libero; in questo periodo, precisamente tra il 2002 ed il 2003, fa inoltre parte della nazionale portoricana, partecipando anche al campionato mondiale 2002.