Pierderea unicei ieșiri la Marea Baltică a fost o mare lovitură pentru economia lituaniană. Între 70% și 80% din comerțul exterior lituanian trecea prin Klaipėda. Regiunea, care reprezenta doar 5% din suprafața țării, conținea o treime din industrie. Lituania a pierdut și masivele investiții pe care le făcuse în infrastructura portului. Circa 10.000 de refugiați, predominant evrei, au părăsit regiunea și au căutat adăpost din partea guvernului lituanian. Lituanienii și-au pierdut încrederea în soarta țării lor: în martie–aprilie, retragerile de depuneri în bănci și în instituțiile de credit au ajuns la aproape 20% din total. După pierderea regiunii Klaipėda, Lituania a alunecat în sfera de influență germană, mai ales în termeni comerciali. La sfârșitul lui 1939, Germania primea 75% din exporturile Lituaniei și îi livra 86% din importuri. Germania și Uniunea Sovietică au convenit în același an asupra Pactului Ribbentrop–Molotov, împărțindu-și Europa de Est în sfere de influență. La început, cum era și firesc, Lituania a intrat în sfera Germaniei. Naziștii au mers până într-acolo încât să propună o alianță militară germano–lituaniană împotriva Poloniei, promițând retrocedarea , dar Lituania a ținut la politica sa strictă de neutralitate.