Do zadań działalności kościelnej i miejskiej należała pomoc ubogim, chorym i bezdomnym. Od 1368 roku zaczęto tworzyć w Braniewie szereg fundacji dla tych osób. Wśród nich jako pierwsze powstały w początkach XIV wieku na przedmieściach Braniewa: szpital Świętego Ducha oraz św. Jerzego. Do tej kategorii skromnych obiektów życia religijnego zaliczał się również skromny kościółek św. Jana, wybudowany poza murami miasta, niedaleko Wysokiej Bramy. Przy kościele powstał cmentarz dla zmarłych mieszkańców Nowego Miasta Braniewa. Kościółek został po raz pierwszy wzmiankowany w 1402 roku. W roku 1414 Rada Miasta zaciągnęła w nim nawet pożyczkę pieniężną, zatem musiał sobie radzić nie najgorzej. W czasie wojny polsko-krzyżackiej w latach 1519–1521 (1 stycznia 1520 Krzyżacy zdobyli Braniewo i obsadzili je swoją załogą) kościółek ten został zrównany z ziemią i pozostała po nim tylko dzwonnica. Świątynię następnie odbudowano, 16 sierpnia 1584 roku konsekrował ją biskup warmiński Marcin Kromer; ponownie na cześć Jana Chrzciciela. Podczas wizytacji w 1609 roku polecono odnowić kaplicę oraz nakazano: „Najlepiej by było, aby dla tej kaplicy został wyznaczony osobny ksiądz, ponieważ jednak obecnie z powodu niewystarczających czynszów i innych dochodów tymczasem tego nie da się zrealizować, wobec czego niech prowizorzy zatroszczą się, aby były tu odprawiane nabożeństwa kilka razy do roku, zwłaszcza w ważniejsze święta”. Podczas ataku na miasto wojsk szwedzkich 10 lipca 1626 przedmieście Koźlin zostało spalone, a wraz z nim znajdujący się również poza murami miasta kościółek. Następnie świątynia została w partiach murowanych rozebrana. Na planie Braniewa z 1635 roku Paula Stertzla i Conrada Götke kościół nie został naniesiony, jednak nie przesądza to o jego obecności, gdyż do celów wojskowych pominięto na nim również inne, zaburzające potęgę twierdzy, dzielnice i obiekty (jak Koźlin czy Nowe Miasto Braniewo).