Αφού επέστρεψε όταν έγινε ηγεμόνας ο Γρηγόριος Αλεξάνδρου Γκίκας., έγινε υπουργός πολέμου της Μολδαβίας το 1858, εκπροσωπώντας επίσης το Γκαλάτσι στο "ad hoc" Διβάνι στο Ιάσιο. Ο Κούζας ενεργούσε ελεύθερα υπό τις εγγυήσεις των Ευρωπαϊκών δυνάμεων τις παραμονές του Κριμαϊκού Πολέμου για την αναγνώριση του ως Πρίγκιπα της Μολδαβίας. Ο Κούζα διακρίθηκε ως ομιλητής στις συζητήσεις και υποστήριξε ένθερμα την ένωση της Μολδαβίας και της Βλαχίας. Ελλείψει αλλοδαπού πρίγκιπα υποδείχθηκε ως υποψήφιος και για τα δύο πριγκιπάτα από το φιλοενωτικό "Partida Naţională" (επωφελούμενος μιας ασάφειας στο κείμενο της Συνθήκης των Παρισίων. Ο Κουζά εξελέγη τελικά Πρίγκιπας της Μολδαβίας στις 17 Ιανουαρίου 1859 (5 Ιανουαρίου με το Παλαιό ημερολόγιο) και, αφού υπό την «πίεση του δρόμου» άλλαξε η ψήφος στο Βουκουρέστι, επίσης Πρίγκιπας της Βλαχίας, στις 5 Φεβρουαρίου 1859 (24 Ιανουαρίου) . Παρέλαβε το φιρμάνι από το Σουλτάνο στις 2 Δεκεμβρίου 1861 κατά τη διάρκεια επίσκεψης στην Κωνσταντινούπολη. Τιμήθηκε με τα παράσημα του Τάγματος του Μετζιτιέ, του Τάγματος του Οσμανιέ , του Τάγματος των Αγίων Μαυρικίου και Λαζάρου και του Τάγματος του Σωτήρος.