In den Wirren des 1341 entbrannten byzantinischen Bürgerkriegs schlug sich Johannes Angelos auf die Seite seines Verwandten Johannes VI. Kantakuzenos, bei dessen Akklamation zum Kaiser in Didymoticho am 26. Oktober 1341 er zugegen war. Im Frühjahr 1342 nahm er an Johannes’ VI. erfolgloser Kampagne gegen das von revolutionären Zeloten kontrollierte Thessaloniki teil; im Juli 1342 begleitete er ihn nach Priština zum Treffen mit dem serbischen König Stefan Uroš IV. Dušan.