Nach sechs Wiederwahlen konnte Lewis bis zum 3. März 1817 sieben Legislaturperioden im Kongress absolvieren. Seit 1813 vertrat er dort den achten Distrikt seines Staates. Von 1807 bis 1809 sowie nochmals zwischen 1811 und 1813 leitete er den Ausschuss zur Verwaltung des Bundesbezirks "District of Columbia". In seine Zeit als Kongressabgeordneter fielen unter anderem der von Präsident Thomas Jefferson im Jahr 1803 getätigte Louisiana Purchase, die Ratifizierung des zwölften Verfassungszusatzes im Jahr 1804 und der Britisch-Amerikanische Krieg von 1812.