Kabila gewährte Ruanda und Uganda zunächst wichtige Regierungsposten sowie Truppenpräsenzen in den östlichen Landesteilen, da er über keine eigene Machtbasis verfügte. Dies führte zu weiteren internen Konflikten und der Abtrennung Kabilas von ruandischer Unterstützung, was als Gegenreaktion die Gründung der von Ruanda unterstützten Rassemblement Congolais pour la Démocratie führte. Deren Vormarsch auf Kinshasa und seinen eigenen Sturz konnte Kabila nur durch militärische Unterstützung aus Simbabwe, Angola und Namibia abwenden. Der folgende Zweite Kongokrieg (auch als „Afrikanischer Weltkrieg“ bekannt) dauerte von 1998 bis 2003 und forderte nach Hochrechnungen bis zu drei Millionen Tote. Der 2002 geschlossene Friedensvertrag sah den Abzug aller ausländischen Truppen vor, hinterließ jedoch eine Vielzahl lokaler Rebellengruppierungen, überwiegend in den Kivu-Provinzen im Osten. Hierzu gehörten auch der innere Kern der ehemaligen Génocidaires, die sich als "Forces Démocratiques de Libération du Rwanda" (FDLR) neu formierten, sowie verschiedene Gruppierungen der Maï-Maï.