Toen Willem III van Oranje in 1688 tijdens de "Glorious Revolution" de Britse Eilanden binnenviel, was Van Almonde de commandant van het derde eskader van de invasievloot. Hij was 20 september samen met Cornelis Evertsen de Jongste over de geheime plannen ingelicht; na de expeditie keerde Van Almonde al in januari 1689 terug omdat hij als Hollander liever niet onder de Zeeuw Evertsen diende. Datzelfde jaar werd onder zijn leiding een nieuw seinboek ingevoerd. In 1690 voerde hij konvooidiensten uit op de Middellandse Zee, in 1691 kruiste hij in Het Kanaal.