Johnstonovo působení v americké občanské válce bylo negativně poznamenáno špatným vztahem s prezidentem Konfederace Jeffersonem Davisem. Vítězství mu ve většině tažení, kterým osobně velel, uniklo. Byl vrchním velitelem Konfederace v první bitvě u Bull Runu v červenci 1861, ale vítězství se obvykle připisuje jeho podřízenému P. G. T. Beauregardovi. Johnston bránil hlavní město Konfederace Richmond během tažení na poloostrově roku 1862 a stáhl se pod tlakem silnější armády generála George B. McClellana. Utrpěl těžké zranění v bitvě u Seven Pines a byl nahrazen Robertem E. Leem.