Nach dem „Anschluss“ Österreichs an das nationalsozialistische Deutsche Reich wurde Duhan am 1. April 1939 zur Reichsanwaltschaft beim Reichsgericht als Reichsanwalt berufen, der er bis zum Ruhestand am 1. April 1942 angehörte. Als Reichsanwalt bearbeitete er in der Abteilung 6 die Nichtigkeitsbeschwerden.