W odniesieniu do przedstawionych założeń Huntingtona powstało wiele głosów krytycznych, jak i modyfikacji. Krytycy teorii „zderzenia cywilizacji” zwracają uwagę na wewnętrzną niejednorodność cywilizacji oraz występowanie wielu konfliktów wewnątrzcywilizacyjnych. Liczne i poważne konflikty występują np. w cywilizacji islamskiej. Podczas wojny iracko-irańskiej zginęło ponad milion osób, dziesięciokrotnie więcej niż w pięciu wojnach izraelsko-arabskich.