Stephen Johns wurde in Ellwood City geboren und besuchte dort die "Lincoln High School", wuchs allerdings im wenige Kilometer entfernten Wampum auf. In seiner Jugend spielte der Verteidiger unter anderem für die "Pittsburgh Hornets", ehe er mit Beginn der Saison 2008/09 in das USA Hockey National Team Development Program (NTDP) aufgenommen wurde, die zentrale Talenteschmiede des US-amerikanischen Verbandes in Ann Arbor, Michigan. Mit den Mannschaften des NTDP nahm er in den folgenden zwei Jahren am Spielbetrieb der North American Hockey League und der United States Hockey League teil, den beiden höchsten Junioren-Ligen der USA. Zudem fungieren die Auswahlen des NTDP auch als Nachwuchs-Nationalmannschaften, sodass er mit der U18 seines Heimatlandes bei der U18-Weltmeisterschaft 2010 die Goldmedaille gewann.