Nachdem 1941 die Wiedereinführung eines Zweikammersystems beschlossen wurde, wurde Magalona bei den Wahlen am 11. November 1941 als Kandidat der Nacionalista Party zum Mitglied des Repräsentantenhauses gewählt. Dieses trat jedoch nach dem Beginn der Besetzung der Philippinen durch das Japanische Kaiserreich bei der Schlacht um die Philippinen nach dem 8. Dezember 1941 nicht mehr zusammen, so dass er dem Parlament de facto bis zu den ersten Wahlen nach Ende des Zweiten Weltkrieges angehörte.