כיבוש שאנגחאי ונאנג'ינג במרץ הכחיד כמעט לחלוטין את שליטת התומכים בקיסר בסין, ועם סיום הסדרת הממשל של הקוומינטנג על מרכז סין בתוך מלחמת המישורים המרכזיים, החליט צ'יאנג לנתק את קשריו עם אנשי השמאל, שכבר לא היה זקוק להם למלחמתו. ב־12 באפריל החל צ'יאנג במתקפה על אלפי אנשים שנחשדו כקומוניסטים באזורים שבהם שלט במה שנודע כטבח שאנגחאי. לאחר מכן הקים את ממשלת הקוומינטנג העצמאית שלו בנאנג'ינג, בתמיכת גורמים שמרנים. הקומוניסטים גורשו מהקוומינטנג, והיועצים הסובייטים הוגלו. בייג'ינג נכבשה ביוני 1928 וכמו כן התנגשויות גבול אל מול ברית המועצות הפכו לתדירות עד מאוד.