Маја 1798. године Оријентална армија креће на пут за Египат. Успут су Французи окупирали Малту. У Египат су се искрцали 1. јула. Већ следећег дана пала је Александрија. Наполеон се Египћанима представљао као ослободилац тиранске владавине Мамелука и обновитељ султанове власти. Међутим, његов рат против Мамелука није наишао на одзив Египћана. Сам султан је приступио Другој коалицији против Француске републике. Наполеон над Мамелуцима односи победу код Хебреиса (17. јула). Након ове, уследила је још већа победа у бици код пирамида. Мамелуци су се показали као неспособни да бране своју државу од европских нападача. Међу самим мамелучким емирима дошло је до сукоба. Наполеон је за то време заузео Каиро. Против француске окупације подигнут је 22. октобра устанак у Каиру који је угушен истог дана. Устанак је показао да се француска војска налази међу непријатељима. Сазнавши да се из Сирије спрема турска војска, Наполеон напушта Египат 7. марта. У Сирији је ратовао до 16. априла. Комбинована турско-британска армија одупрла се француском упаду. Победом код Абукира, француска флота је одсечена од отаџбине. Окружен непријатељима, Наполеон је приморан на повлачење. Августа 1799. године Наполеон тајно напушта Египат остављајући команду Жану Баптисту Клеберу.