Após a morte do general Mola num acidente de avião, Davila substitui-o e assumiu o comando do Exército do Norte. Ao comando desse exército ocuparia Biscaia, Santander e as Astúrias, o que significaria o desaparecimento da Frente Norte Republicana e posteriormente desequilibraria a balança do conflito em favor do Bando Sublevado. Após a Campanha do Norte, manteve o comando do Exército e redistribuío as suas forças para uma nova ofensiva contra a Espanha republicana, mas ainda adicionou um novo cargo militar ás suas responsabilidades. Em 31 de janeiro de 1938 foi nomeado Ministro da Defesa no primeiro governo de Franco liderado pelo Generalíssimo Franco, estando sob o seu comando os três ramos militares: terrestre, naval e aéreo. Alguns meses mais tarde foi promovido a Tenente-general. Depois de participar na bem sucedida Ofensiva de Aragão, ele liderou a campanha para isolar a Catalunha, na Batalha do Ebro e na ocupação final da Catalunha no início de 1939.