W reprezentacji Brazylii Flávio Minuano zadebiutował 3 marca 1963 w zremisowanym 2-2 towarzyskim meczu z reprezentacją Paragwaju. Był to udany debiut, gdyż Flavio w 41 min. strzelił bramkę. W tym samym roku uczestniczył w Copa América 1963, na której Brazylia zajęła czwarte miejsce. Flávio Minuano na turnieju wystąpił we wszystkich sześciu meczach z Peru (bramka), Kolumbią (2 bramki), Paragwajem, Argentyną, Ekwadorem i Boliwią (bramka). Z pięcioma bramkami Flavio został wicekrólem strzelców turnieju. Ostatni raz w reprezentacji Flavio wystąpił 28 lipca 1968 w przegranym 0-1 meczu z reprezentacją Paragwaju, którego stawką było Copa Oswaldo Cruz 1968. Ogółem w reprezentacji wystąpił 17 razy i strzelił 9 bramek.