L'esprit de la Ligue ne disparaît pas avec le retour de la paix. Nombreux sont ceux à faire de la résistance et à considérer le roi comme hérétique. Depuis leur exil aux Pays-Bas espagnols, les chefs ligueurs extrémistes comme Jean Boucher appellent le peuple au régicide. À plusieurs reprises, Henri IV manque de se faire assassiner. À la fin de son règne, l'esprit de la Ligue connaît une petite renaissance. Après que le roi a été assassiné par Ravaillac, plusieurs personnes sont arrêtées pour avoir approuvé le meurtre, et une nouvelle Saint-Barthélemy se prépare même, dit-on, à Paris durant l'été 1610.