ב־1967 הכריז המחוז המזרחי במדינה על פרישתו, ועל הקמת מדינה חדשה בשם ביאפרה. מלחמת ביאפרה, שפרצה מיד בין השלטון המרכזי והמדינה הבדלנית, נמשכה כשנתיים וחצי, וחוללה אסון הומניטרי כבד - כמיליון מתים לפי הערכות שונות. בינואר 1970 נכנעו בני ביאפרה, ושטחיה שולבו מחדש בפדרציה הניגרית.