Van der Ende debuteerde als scheidsrechter in het betaald voetbal, nadat hij eerst acht jaar wedstrijden in het Nederlands amateurvoetbal leidde (1977-1985). Hij floot 135 internationale duels, waaronder wedstrijden op het EK 1996, WK 1994, WK 1998 , twee Europese Supercups (Manchester United – Rode Ster Belgrado en Arsenal – AC Milan) en 54 A-interlands. In 1999 moest hij zijn werkzaamheden op de velden noodgedwongen zes maanden staken vanwege een vorm van keelkanker. Hierdoor miste hij de hem in het vooruitzicht gestelde Champions League- finale en het EK 2000 in Nederland en België.