Après les indépendances, la frontière est ouverte à de nombreuses circulations : de groupes armés pour participer à des changements politiques au Tchad, comme pendant la guerre civile tchadienne de 2005 à 2010, de réfugiés du Darfour lors de la guerre civile de 2003. En 2009, elle est jugée par Marc Lavergne, directeur du Centre d'études et de documentation économiques, juridiques et sociales, « virtuelle, même si elle est parfaitement délimitée et connue de tous ».