Zapataträsket ingår i Ramsarlistan över våtmarker som ska skyddas, och två kända lokaler där arten förekommer ligger inom specifikt skyddade områden, nänmligen naturskyddsområdet Corral de Santo Tomás, och ekoturistområdet Laguna del Tesoro. Studier har nyligen genomförts över det totala utbredningsområdet för arten och skyddsåtgärder har föreslagits, bland annat ett förbud mot svedjebränning under torrperioden.