Nach dem verlorenen Krieg gegen Preußen und der Annexion des Kurfürstentums trat Bauer am 30. Oktober 1866 in die Preußische Armee über und wurde dem Pommerschen Festungs-Artillerie-Regiment Nr. 2 zugeteilt. Anfang November 1866 ernannte man ihn zum Kommandeur der I. Abteilung in Stettin. Mit der Beförderung zum Oberstleutnant übernahm Bauer am 18. Juni 1869 die III. Abteilung des Pommerschen Feldartillerie-Regiments Nr. 2. In dieser Eigenschaft nahm er 1870/71 während des Krieges gegen Frankreich an den Schlachten bei Gravelotte und Champigny, den Belagerungen von Metz und Paris sowie den Gefechten bei Fresne und Pontarlier teil.