Em 27 de maio de 1942, Himmler ordenou que Gebhardt fosse enviado a Praga a fim de atender Reinhard Heydrich, que foi ferido por uma granada antitanque durante a Operação Antropoide no início daquele dia. Heydrich era SS-"Obergruppenführer" e "General der Polizei", e o "Reichsprotektor" atuante do Protetorado da Boêmia e Morávia. Quando Heydrich desenvolveu febre após a cirurgia de suas extensas feridas, Theodor Morell, médico pessoal de Adolf Hitler, sugeriu a Gebhardt que tratasse Heydrich com sulfonamida (um antibiótico precoce). Gebhardt recusou o conselho de Morell, esperando que Heydrich se recuperasse sem terapia antibiótica. Heydrich morreu de sepse em 4 de junho de 1942, oito dias após o ataque. A recusa de Gebhardt em prescrever sulfonamida contribuiu para a morte de Heydrich e teve muitas implicações infelizes para prisioneiros de campos de concentração, sobre os quais ele mais tarde conduziu experimentos médicos.