Der Widerstand der Eliten gegen die Unidad Popular gipfelte am 11. September 1973 in einem Staatsstreich, der von der UDI noch heute als „Befreiung von einer marxistisch-leninistischen Diktatur“ bezeichnet wird. Nach dem Putsch beteiligte sich Guzmán an der vom Militär eingesetzten Übergangsregierung und löste sich von seinen korporatistischen Forderungen. Vor allem durch seine Kontakte mit Sergio de Castro, einem der sogenannten Chicago Boys, verwandelte er sich in einen Anhänger neoliberaler Politik. Im Gegensatz zu seinem Idol Jorge Alessandri stand Guzmán den Freihandelsideen der von der Militärregierung beauftragten Wirtschaftsberater nun aufgeschlossen gegenüber. Dadurch rückte er politisch näher an Staatschef Augusto Pinochet heran, der 1976 Sergio Fernández zum Arbeits- und Sozialminister ernannte, mit dem Guzmán fortan ein enges Gespann bildete. Obwohl Pinochet Guzmáns Intelligenz schätzte und ihn bei unzähligen Gelegenheiten um Rat fragte, misstraute er seinen politischen Ambitionen. Deshalb konnte Guzmán anders als der loyalere Sergio Fernández keine wirkliche Machtposition erringen. Guzmán war jedoch eine Schlüsselgestalt bei der Ausarbeitung der neuen Verfassung von 1980, die nach dem Konzept einer „beschützten Demokratie“ ("democracia protegida") funktionieren sollte und sowohl ernannte Senatoren als auch ein binomiales Wahlsystem vorsah. Nach der Wirtschaftskrise von 1982, die mit dem vorübergehenden Rauswurf der Chicago Boys endete, verließ Guzmán die Regierung und gründete am 24. September 1983 eine politische Kampforganisation nach seinen Vorstellungen, die Bewegung „Unabhängige Demokratische Union“ (Movimiento Unión Demócrata Independiente, UDI).