San Francisco erlebte einen ersten großen Aufschwung durch den 1848 beginnenden Goldrausch in Kalifornien. Der Name Golden Gate leitet sich davon ab. Die Bevölkerungszahl stieg dabei von etwa 900 auf über 20.000 in einem einzigen Jahr an. Im Umfeld der Mission wurden bald mehr irische als spanische Grabsteine aufgestellt. Viele Schiffe wurden von ihren Besitzern aufgegeben und havarierten im Hafen. Um neuen Platz zu schaffen, wurde beschlossen, die Schiffswracks zu nutzen, und man füllte den Hafen mit Erde und Schutt auf. Große Teile der heutigen Innenstadt sind auf diesen "Landfills" gebaut. In dieser Zeit entwickelte sich die Stadt auch zum wirtschaftlichen Zentrum Kaliforniens. Es wurden Banken – wie etwa die Wells Fargo Bank – und auch viele andere namhafte Unternehmen in San Francisco gegründet, beispielsweise Levi Strauss &amp; Co. und die Ghirardelli Chocolate Company.