Im Krieg von 1866 war sein I. Armee-Korps in der 2. Armee des Kronprinzen. Bei seinem Marsch durch das Riesengebirge erlitt er beim Angriff von General Gablenz in der Schlacht bei Trautenau am 27. Juni eine Niederlage und musste sich zurückziehen. Dieser Rückzug brachte den preußischen Vormarsch insgesamt in Gefahr, da sein Korps die Lücke zur 1. Armee von Prinz Friedrich Karl Nikolaus von Preußen schließen sollte. Weil er zur Schlacht von Königgrätz erst um halb 10 morgens aufgebrochen war, erreichten nur die Spitzen seines Korps gerade noch rechtzeitig gegen 15 Uhr das Schlachtfeld, um die hart bedrängte Garde entlasten zu können. Beim Abmarsch kamen seine Truppen auch noch der Kavallerie in den Weg, die hinter dem Tross zurückbleiben musste und somit das Schlachtfeld überhaupt nicht mehr erreichten. Vom gesamten I. Armee-Korps war nur eine einzige Brigade hier zum Einsatz gekommen. Moltke bezeichnete Bonin bezüglich seiner Leistungen bei Königgrätz als inkompetent.