Рат за Нагорно-Карабах узео је данак јерменској заједници. Многи су се одселили, а цркве су остале затворене због страха од напада. Широм Азербејџану је избило насиље против Јерменаца и Јерменске апостолске цркве, врхунац за време погрома Јермена у Бакуу 1990. године. Јерменска црква Светог Гргура Просветитеља је запаљена. Обновљена је 2004. године али се више у њој не врши служба.