Con l'inizio della seconda guerra mondiale, i possedimenti più preziosi della biblioteca furono distribuiti tra 18 castelli e diversi uffici che non rappresentavano obbiettivi militari e dunque la maggior parte di essi sopravvisse ai bombardamenti del febbraio e marzo 1945 da parte delle forze aeree britanniche e statunitensi che distrussero i precedenti edifici occupati dalla biblioteca e l'intero centro storico di Dresda; tuttavia si persero circa 200.000 volumi contenenti manoscritti del XX secolo e alcuni manoscritti musicali unici, compresi diversi lavori di Tomaso Albinoni.