Anschließend wechselte Émeriau de Beauverger in den Stab von Admiral Pierre Jean Van Stabel und kämpfte u. a. in der Seeschlacht am 13. Prairial (1. Juni 1794). Im Dezember desselben Jahres erfolgte seine Ernennung zum Capitain. Mit seinem Schiff "Conquérant" wurde er Admiral Pierre Martin zugeteilt. Er kämpfte im Mittelmeer u. a. bei Kap Noli (14. Mai 1795) und bei den Hyèrischen Inseln (13. Juli 1795).