Clemens Pausinger wurde im Frühjahr 1944 verhaftet und am 28. Oktober 1944 vom Volksgerichtshof wegen Vorbereitung zum Hochverrat und Feindbegünstigung zum Tode und zum Ehrenrechtsverlust auf Lebenszeit verurteilt. Der Verteidiger von Pausinger hatte vor Gericht die Zurechnungsfähigkeit Pausingers in Zweifel gezogen und laut seiner Mitverschwörerin Helene Legradi stand tatsächlich seine "Psychiatrierung" bevor, was ihm vermutlich das Leben rettete. Jedenfalls kam die Befreiung Wiens seiner Hinrichtung zuvor.