Nel 1849 presentò le proprie dimissioni dal servizio prussiano, e divenne comandante supremo delle forze della Confederazione germanica nella Prima guerra dello Schleswig, nell'aprile del 1850. Willisen comandò le truppe Schleswig-Holstein nella battaglia di Idstedt, e nell'assalto a Friedrichstadt. Dopo la sconfitta, Willisen si ritirò definitivamente trasferendosi a Parigi (Francia), in Slesia ed infine a Dessau, dove morì il 25 febbraio 1879.