Bei der Schlacht von Shiloh wurde Marmaduke als Kommandeur eines konföderierten Infanterieregiments verwundet und war infolge der erlittenen Verletzung für einige Monate dienstunfähig. Im November 1862 wurde er zum Brigadegeneral befördert. Sein erster Kampfeinsatz nach der Beförderung war die Schlacht bei Prairie Grove. Im April 1863 drang Marmaduke mit 5.000 Mann und 10 Geschützen von Arkansas in das von Unionstruppen beherrschte Missouri ein, wurde jedoch im Gefecht von Cape Girardeau geschlagen und musste nach Helena, Arkansas ausweichen.