Van de Beek nastoupil do akademie Ajaxu v roce 2008. V roce 2015 debutoval v zápase Evropské ligy UEFA proti skotskému klubu Celtic. V sezóně 2016/17 postoupil Ajax do finále Evropské ligy, kde ale podlehl Manchesteru United. Po sezóně 2018/19, v níž Ajax dosáhl semifinále Ligy mistrů UEFA, byl Van de Beek zařazen do 30členného užšího výběru ankety Ballon d'Or. S Ajaxem v téže sezóně vyhrál titul v Eredivisie, KNVB Cupu a Nizozemském superpoháru.