L'estate 2001 segnò l'ingaggio di Héctor Cúper, voluto da Moratti per riportare la squadra al successo. In tale periodo Zanetti diventò capitano, dopo aver vestito la fascia già negli anni precedenti per sostituire l'infortunato Ronaldo. La stagione 2001-02 vide i nerazzurri in testa per gran parte del campionato, mentre in Coppa UEFA la compagine lombarda si arrese al Feyenoord in semifinale. Lo scudetto, apparso ormai una formalità, venne invece perso nella giornata conclusiva, quando il 4-2 subìto in casa della Lazio comportò il sorpasso di Juventus e . Cúper ottenne buoni risultati anche l'anno seguente, conducendo la "Beneamata" al secondo posto in campionato e alla semifinale di Champions League con l'eliminazione (dopo due pareggi) per opera del Milan.