Nell'agosto del 1989, San Francisco fu superata per la prima volta nella popolazione da San Jose, situata nella Silicon Valley (il centro mondiale dell'industria informatica). Da allora San Jose ha continuato a crescere in popolazione poiché circondata da ampi tratti di terra coltivabile facendo tuttora di San Francisco la seconda città della Bay Area. Il 17 ottobre 1989 un terremoto di magnitudo 6,9, colpì la faglia di San Andreas vicino al picco di Loma Prieta nelle Montagne di Santa Cruz, a circa 113 km a sud di San Francisco, pochi minuti prima del 3 Game della World Series del 1989 di baseball. Il sisma ha gravemente danneggiato molte delle autostrade della città, tra cui l'autostrada Embarcadero e l'autostrada centrale, Il sindaco Agnos prese la controversa decisione di demolire la Embarcadero, aprendo il lungomare. Il sisma causò anche ingenti danni nel quartiere Marina e nel quartiere South Market.