La surveillance du FBI s'étendait aussi aux membres du gouvernement. Ainsi, Hoover ordonne à ses agents d'effectuer une enquête à propos de Jack Valenti, nommé conseiller spécial du président Lyndon Johnson juste après l'assassinat de Kennedy le 22 novembre 1963. L'enquête visait notamment à déterminer si Valenti était homosexuel, une accusation qui suffisait alors à briser une carrière (le conseiller de Johnson Walter Jenkins dut ainsi démissionner peu de temps avant l'élection présidentielle de 1964 pour cette raison) . Hoover (qui n'était pas marié, fut pendant 40 ans le compagnon de son « bras droit » Clyde Tolson et a, de ce fait, été soupçonné par certains historiens d'être lui-même homosexuel) utilisait en effet les informations sur les élites obtenues par ses agents dans le cadre de ses tractations avec la Maison-Blanche.