לאחר שסיים את לימודיו באקדמיה הצבאית והתקבל לשירות בשורות חיל הרגלים של הצבא היפני הקיסרי, נגאטה נשלח ביחד עם סדרה של מספר משלחות צבאיות יפניות ללימוד על הלוחמה הצבאית באירופה במהלך ולאחר מלחמת העולם הראשונה. במהלך משלחות אלו ביקר נגאטה בממלכת דנמרק, ממלכת שוודיה ורפובליקת ויימאר, שם למד בעיקר אודות גיוס אזרחי בעת צורך לאומי. בשנת 1921 הוא הפך לנספח צבאי מטעם הצבא היפני בשווייץ. נגאטה שב ליפן בשנת 1921 אך לא לכך חלק פעיל בהתערבות הצבאית של יפן בתוך המזרח הרחוק הרוסי במסגרת מלחמת האזרחים ברוסיה (ראו התערבות מדינות ההסכמה במלחמת האזרחים ברוסיה). הוא מונה לראש ההובלה מן הדרגה הראשונה של לשכת הפיתוח של משרד המלחמה בשנת 1926 ובהמשך מונה לראש מדור ענייני צבא בלשכה לענייני צבא.