En 2004 le Mali se qualifie pour la Coupe d'Afrique en terminant de son groupe de qualification devant le Zimbabwe qu'il dépasse à la différence de buts. Durant cette Coupe d'Afrique, il atteint à nouveau les demi-finales mais s'incline encore lourdement (4-0) face au Maroc et termine quatrième après sa défaite, encore une fois, face au Nigeria (2-1). Frédéric Kanouté se distingue lors de cette CAN en figurant dans l'équipe-type du tournoi et comme meilleur buteur.