Para el &lt;a href="Campeonato%20de%20Primera%20Divisi%C3%B3n%202006/07%20%28Argentina%29"&gt;ciclo 2006/07&lt;/a&gt; quedaban pocos de los jugadores , y se trajeron algunos refuerzos, entre ellos, el lateral Emiliano Papa, para afrontar la doble competencia. En la Copa Sudamericana 2006, el equipo quedó eliminado en primera ronda, y el Apertura de ese año tuvo un aceptable torneo y se ubicó séptimo, gracias al aporte de Mauro Zárate, quien además de explotar definitivamente como futbolista, se consagró goleador con 12 conquistas. Para el segundo semestre, se vendió a Fabián Cubero a México y debutaron varios juveniles, entre los que se destacaron Ariel Cabral y Jonathan Cristaldo. Teniendo nuevamente dos torneos que disputar, Vélez Sarsfield le dio prioridad a la Copa Libertadores 2007, en donde fue eliminado en octavos de final. Por su parte en el finalizó en la décima posición. Además hay que destacar que tres integrantes del plantel (Ariel Cabral, Mauro Zárate y Damián Escudero) fueron convocados a la Selección sub-20 de Argentina para la Copa Mundial de la categoría, en donde la "albiceleste" se consagró campeón.