Avec la guerre entre le roi de France et la Bourgogne, la ville est sollicitée par les deux partis pour prendre position. Jusqu'en 1417, elle reste autant que possible dans la plus stricte neutralité ; puis, les consuls prennent résolument le parti du roi de France. Cette fidélité n'est pas entièrement partagée par la population ; toutefois, aucun soulèvement pro-bourguignon n'a lieu. Dans les années 1410 et 1420, une surveillance particulière est réalisée envers les habitants récemment arrivés de la Bresse ou du Mâconnais. Mais rien ne vient étayer les rumeurs qui courent périodiquement, affirmant que certains préparent un soulèvement. Cette position en faveur du roi de France s'explique par trois éléments. En premier lieu, le roi est celui qui a imposé la charte de la ville aux forces ecclésiastiques locales. Ensuite, les marchands lyonnais ne fréquentent plus beaucoup les foires de Champagne, en plein déclin, mais vont plutôt à Genève. Enfin, à cette période, l'approvisionnement en grain de la population peut se passer des terres bourguignonnes.