כבר בעונת הבכורה שלו בבאייר לברקוזן, 1999/00, מיצב שניידר את עצמו כשחקן חשוב מאוד בקבוצה, ושיתף פעולה בקישור עם מיכאל באלאק, קארסטן ראמלו, תומאס ברדריץ' זה רוברטו ואמרסון. בעונה זו סיימה באייר לברקוזן במקום השני בבונדסליגה, כששניידר עורך 31 הופעות ליגה ומבקיע שלושה שערים. בעונת 2000/01 סיימו שניידר ולברקוזן במקום הרביעי בליגה. בליגת האלופות שניידר ולברקוזן סיימו במקום השלישי בשלב הבתים, וממנו נשרו לגביע אופ"א, ממנו הודחו כבר אחרי סיבוב אחד לא.א.ק. אתונה. בעונת 2001/02 היה שניידר חלק מעונת שיא של באייר לברקוזן שהייתה קרובה לשלושה תארים אך איבדה את כולם. הקבוצה סיימה במקום השני בליגה, כשהיא מאבדת את המקום הראשון במחזור האחרון לבורוסיה דורטמונד, בעונה בה שניידר בישל 11 שערי ליגה והבקיע חמישה. באותה עונה לברקוזן הפסידה בגמר הגביע הגרמני לשאלקה 04 בתוצאה 4-2. בנוסף, שניידר שיחק עם באייר לברקוזן באותה עונה בליגת האלופות, והבקיע שער בניצחון 2-1 על פנרבחצ'ה בשלב הבתים הראשון אותו סיימה לברקוזן במקום השני, ושער נוסף בניצחון 3-1 על דפורטיבו לה קורוניה בשלב הבתים השני, אותו סיימה לברקוזן ראשונה. בשלבי הנוק אאוט עברו שניידר ולברקוזן את ליברפול ואת מנצ'סטר יונייטד, ובגמר ליגת האלופות 2002 פגשו את ריאל מדריד, שניצחה בתוצאה 2-1, והשאירה את שניידר ולברקוזן ללא תארים בעונה זו.