Nel 1881 Bower lasciò quindi la marina per intraprendere la carriera diplomatica nell'amministrazione imperiale britannica accettando la proposta di sir Robinson, nominato nel frattempo governatore della Colonia del Capo e alto commissario britannico per l'Africa australe, di trasferirsi a Città del Capo come suo segretario; mentre all'inizio dell'anno successivo rientrò per qualche tempo a Sydney per portare all'altare la giovane sposa, anglicana e puritana quanto lui, dalla quale avrebbe avuto una figlia nel 1888. In quel periodo (1884), dopo aver collaborato strettamente con Robinson nel condurre in porto le trattative fra Gran Bretagna e Repubblica del Transvaal con la Convenzione di Londra che concluse la prima guerra anglo-boera, Bower si trovò attivamente coinvolto nella questione delle repubbliche boere di Stellaland e Goshen, con le continue violazioni territoriali di tedeschi e boeri, che portò alla spedizione del generale Charles Warren in Bechuanaland e all'annessione britannica di quei territori.