Jaroslav Procházka, náčelník Hlavní správy výchovy a osvěty, v dopise tehdejšímu komunistickému předsedovi vlády Klementu Gottwaldovi již v říjnu 1947 obvinil generála Svobodu z „politické nespolehlivosti, kolísání a žádá ho, aby neprodleně učinil nápravu“. Hned po únoru byla zatčena řada důstojníků, mezi nimi Jindřich Macháček, plk. Karel Střelka, ing. arch. Jan Jeník, kteří byli vyšetřováni kvůli L. Svobodovi. Podle některých autorů nesl Ludvík Svoboda politickou zodpovědnost za tehdejší čistky ve velitelském sboru.