23 sierpnia 1939 r. III Rzesza i Związek Radziecki zawarły układ (pakt Ribbentrop-Mołotow), który w tajnym protokole sytuował Litwę w niemieckiej strefie wpływów. Po agresji na Polskę przez Niemcy i Rosję sowiecką w 1939 r., Litwa znalazła się jednak w radzieckiej strefie wpływów na mocy Traktatu o granicach i przyjaźni, który zmodyfikował postanowienia paktu Ribbentrop-Mołotow. Jednak do połowy czerwca 1940 Litwa pozostała niepodległa. Sowieci oddali zajęte Wilno i część Wileńszczyzny Litwinom. Groźba utraty niepodległości została skompensowana objęciem Wilna i części Wileńszczyzny, w którym przystąpiono, z uwagi na jego etnicznie niemal całkowicie polski charakter do przymusowej lituanizacji. W związku z tym rząd Republiki Litewskiej nie przeniósł się z Kowna do Wilna. W ramach represji władze litewskie zamknęły m.in. Uniwersytet Stefana Batorego. Dokonując licznych prowokacji granicznych, w 1940 ZSRR wysunął wobec Republiki Litewskiej ultimatum, żądając utworzenia baz sowieckich na jej terytorium. 15 czerwca 1940 150-tysięczna armia sowiecka rozpoczęła okupację Litwy. Kilkanaście dni przed wybuchem wojny niemiecko-sowieckiej, rozpoczęto deportację 35 tysięcy ludności na Syberię.