Одним із перших кроків нового рейхпрезидента стало формування дієвого уряду. За порадою Альберта Шпеєра, Деніц запропонував посаду канцлера Шверину фон Крозигу, колишньому міністру фінансів. Не бажаючи приймати помітну роль у нацистському керівництві, останній попросив 24 години на роздуми, однак вже наступного дня погодився. Посада канцлера була перейменована на Головного міністра. З тих пір фон Крозиг залишився головним політичним радником рейхпрезидента до кінця існування фленсбурзького кабінету. З метою підпорядкування німецьких військ новій владі, 1 травня рейхпрезидент звернувся до них із закликом про підтримання дисципліни і продовження боротьби. Це було зроблено, щоб упевнитись в їхній вірності, оскільки солдати давали клятву на ім'я фюрера, якого вже не було серед живих. Опинившись без можливостей для спротиву, вранці 2 травня командувач обороною Берліна генерал Г.Вейдлінг наказав столичному гарнізону припинити боротьбу і скласти зброю. Трохи згодом такий самий наказ від імені «тимчасового імперського уряду» підписав перший заступник Геббельса Ганс Фріче. Після оголошення наказу по радіо почалася масова капітуляція гарнізону німецької столиці.В умовах неминучої поразки Німеччини, Деніц дотримувався стратегії якнайшвидшого перемир'я із західними союзниками і одночасно прагнув вивести якомога більше військ і цивільного населення з територій, які могли бути зайняті Червоною армією. Для цього гросс-адмірал послав всі наявні в його розпорядженні кораблі в балтійські порти, що знаходилися ще в руках німців, з наказом вивезти звідти всіх біженців. У підсумку за тиждень, що залишився до повної і беззастережної капітуляції Німеччини, на захід силами флоту було вивезено 150 тисяч людей. Іншим заходом стало скасування сумнозвісного Указа Nero, який відповідно до тактики випаленої землі приписував знищувати знищувати об'єкти німецької промисловості, які могли потрапити в руки ворога.