Người Ottomans đã chinh phục Crete vào năm 1669, sau cuộc bao vây Candia. Nhiều người Hy Lạp tại Crete đã đào thoát đến các khu vực khác của Cộng hòa Venezia sau các cộc chiến tranh Ottoman–Venezia, một số thậm chí còn trở nên thịnh vượng như gia đình Simone Stratigo (1733 – 1824), họ đã nhập cư đến Dalamatia từ Crete vào năm 1669.. Hầu hết người Hồi giáo Crete là những người Hy Lạp bản địa cải đạo, họ nói tiếng Hy Lạp Crete, song trong bối cảnh chính trị vào thế kỷ 19 tại đảo, họ được người Thổ nhìn nhận là người Thiên Chúa giáo. Các ước tính đương thời có sự khác biệt, song vào đêm trước của Chiến tranh giành độc lập Hy Lạp, có thể 45% dân cư của đảo là người Hồi giáo. Số người theo phái Sufi phân bổ rộng khắp hòn đảo, Bektashi là phổ biến nhất, có ít nhất năm tekkes. Nhiều người trong số họ nguyên là Ki-tô hữu và đã cải đạo trở lại trong những năm tiếp sau, trong khi nhiều người khác rời khỏi Crete vì tình trạng bất ổn, định cư tại Thổ Nhĩ Kỳ, Rhodes, Syria và các nơi khác. Đến năm 1900, 11% dân cư của đảo là người Hồi giáo. Số còn lại này được tái định cư theo thỏa thuận Trao đổi dân cư giữa Hy Lạp và Thổ nhĩ Kỳ vào năm 1924.