Duncan Hunter ist der Sohn des langjährigen Kongressabgeordneten Duncan Lee Hunter. Er besuchte die "Granite Hills High School" in El Cajon und studierte danach bis 2001 an der San Diego State University Betriebswirtschaft. Anschließend gründete er eine Webdesignfirma und arbeitete in der IT-Branche als Analytiker. Nach den Terroranschlägen vom 11. September 2001 gab er diese Tätigkeit auf und meldete sich zum United States Marine Corps. Zwischen 2002 und 2005 war er als aktiver Soldat dieser Einheit sowohl im Irakkrieg als auch in Afghanistan eingesetzt. Bis heute gehört er der Reserve des Marine Corps an. Nach 2005 arbeitete er zeitweise in der Immobilienbranche.