ഇന്നത്തെ എൽ ഡൊറാഡോ കൗണ്ടി സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന പ്രദേശം ഒരിക്കൽ മൈഡു, വാഷോ, മിവോക്ക് എന്നീ തദ്ദേശീയ അമേരിക്കൻ ഇന്ത്യൻ വംശജരുടെ അധിവാസകേന്ദ്രമായിരുന്നു. കാലിഫോർണിയ ഗോൾഡ് റഷിനു പ്രചോദകമായ 1848 ലെ സ്വർണ്ണത്തിൻറെ ഉറവിടം കണ്ടുപിടിച്ചതിൻറെ പേരിൽ ശ്രദ്ധേയമായ പ്രദേശമായിരുന്നു ഇത്. 1850 ഫെബ്രുവരി 18 മുതൽ നിലവിൽ വന്ന കാലിഫോർണിയ സംസ്ഥാനത്തെ ആദ്യ 27 കൗണ്ടികളിൽ ഒന്നാണ് എൽ ഡോറോഡോ കൗണ്ടി (ഇന്ന് ആകെ കൌണ്ടികളുടെ എണ്ണം 58 ആയി ഉയർന്നിട്ടുണ്ട്).