Несмотря на свои связи с Бофортами, Стортон, по-видимому, старался не занимать чью-либо сторону в конфликте между герцогом Сомерсетом и Ричардом Йоркским. В феврале 1452 года король послал сэра Джона вместе с другими лордами к Ричарду и графу Девон с приказом воздержаться от мятежа. В марте 1453 года Стортон был смещён с поста казначея, но он оставался в Совете в течение всего периода душевной болезни Генриха VI и первого протектората Йорка. В марте 1454 года сэр Джон вошёл в состав делегации, посланной парламентом в Виндзор, чтобы выяснить, может ли монарх заниматься государственными делами; в том же парламенте его назначили ответственным за военно-морскую оборону на три года (в действительности его полномочия продлились только год). В марте 1455 года Стортону поручили выступить в роли арбитра между Йорком и Сомерсетом, чтобы погасить конфликт мирным путём; однако барон потерпел неудачу, и вскоре началась гражданская война, известная как "Война роз". Неизвестно, принимал ли сэр Джон участие в первой битве этой войны, при Сент-Олбансе, где погиб Сомерсет.