На Тайване Ху Цзуннань продолжал заниматься военной деятельностью: он командовал обороной острова Дачэнь во время первого кризиса в Тайваньском проливе. В 1955 году ушел в отставку из армии, после чего Ху Цзуннань занимал пост советника президента по военно-стратегическим вопросам вплоть до своей смерти в 1962 году.