הפריצה הגדולה של הלהקה הייתה בצאת האלבום השני, "Toxicity" (תרגום חופשי: רעילות), שיצא קודם בארצות הברית ובקנדה, ושזכה בתואר הכבוד המפוקפק "האלבום הראשון שיצא באמריקה לאחר ה-11 בספטמבר". אחד משירי האלבום המפורסמים והשנויים במחלוקת הוא "Chop Suey!" (כנראה קיצור של "Chop Suey-cide" שפירושו התאבדות) שהתפרסם כבר בסוף הקיץ של 2001. שמו של השיר הגיע משיר שנקרא "אבא ארמניה" ונכתב על רצח העם הארמני בזמן מלחמת העולם הראשונה. הדובר בשיר שואל את אלוהים מדוע הוא זונח אותו, ו"אבא ארמניה" עונה לו בתשובה שממנה ניתן להסיק שהוא מצדיק התאבדות. בשירים נוספים של הלהקה ניתן להבחין על רמזים פציפיסטים, כנראה עקב רצח העם הארמני. בשנים 2001 ו-2002, קיבלה הלהקה חשיפה רבה ללהיטים שלה.