Etter disse forhandlingene ble han forfremmet til midlertidig generalløytnant i november 1942 og tildelt kommandoen over US Fifth Army rett før invasjonen av Italia (Operasjon Avalanche) i september 1943. Clarks angivelige dårlige planlegging gjorde at han i ettertid fikk ansvaret for at landgangen i Salerno nesten gikk galt, til tross for at han selv styrket troppenes kampmoral ved å selv være i front under kampene.