Navasin terveydellinen tila esti pitkään myös hänen mahdollisen valinnan Espanjan A-maajoukkueeseen kunnes marraskuussa 2009 hän ilmoitti olevansa valmis maajoukkuetehtäviin, mikäli saa kutsun. Vicente del Bosque kutsui hänet maajoukkueen kokoonpanoon pian tämän jälkeen, ja hän teki ensiesiintymisensä 14. marraskuuta 2009 Argentiinaa vastaan pelatussa ystävyysottelussa. Navas valittiin maajoukkueen kokoonpanoon myös vuoden 2010 MM-kilpailuihin. Hän pelasi MM-kilpailuissa kolme ottelua, mukaan lukien Espanjan voittoon päättynyt loppuottelu, jossa hän tuli tunnin kohdalla vaihdosta kentälle. Hän pelasi kolme ottelua myös Espanjan voittaessa Euroopan-mestaruuden 2012.