Die Entscheidung der Academia Sinica nach Beginn der Schlacht um Shanghai am 13. August 1937, das Observatorium zu räumen, erwies sich im Nachhinein als richtig – im Dezember 1937 wurde die Einrichtung bei der Schlacht um Nanjing fast vollkommen zerstört. Die wenigen erhaltenen Gebäude dienten als Wohnhäuser, als durch die Rückverlegung der Hauptstadt der Kuomintang-Regierung ab April 1946 Wohnraum knapp wurde. Bereits im September begann dann der Wiederaufbau.