Myöhemmin Frank osallistui Mosambikin sisällissotaan RENAMOn riveissä. Yhden tehtävän aikana hän joutui FRELIMOn vangiksi ja kidutetuksi. Muutaman päivän päästä Big Boss kuitenkin pelasti hänet. Näihin aikoihin Frank adoptoi Mosambikin naapurimaasta Rhodesiasta pienen tytön, jonka vanhemmat Frank oli tappanut, ja kasvatti hänet pikkusiskonaan Yhdysvalloissa. Lopulta Frank hylkäsi tytön ja palasi sotimaan Big Bossin kanssa.