इन देशों के साझा इतिहास के दौरान, सम्बंध अधिकांश समय संबंध सौहार्दपूर्ण और शांतिपूर्ण रहे हैं, सिवाय 1965 के भारत-पाक युद्ध के दौरान। उस समय, इंडोनेशिया ने पाकिस्तान को सैन्य सहायता प्रदान करने की पेशकश की, और भारत के अंडमान और निकोबार द्वीप समूह को जब्त करने की पेशकश की, 'ताकि भारत को कश्मीर मोर्चे से विचलित किया जा सके'। अंततः इंडोनेशिया ने पनडुब्बियाँ को जुटाकर पाकिस्तान की मदद की।