לינקה שיחק בנבחרת גרמניה החל משנת 1997, וייצג את גרמניה בגביע הקונפדרציות בשנת 1999, ביורו 2000 ובמונדיאל 2002, בו פתח במשחק הגמר, בו גרמניה הפסידה בתוצאה 2-0 לנבחרת ברזיל. לינקה פרש באופן רשמי מהנבחרת לאחר מונדיאל 2002. בהמשך, זומן על ידי המאמן יורגן קלינסמן למספר משחקים בשנת 2004, אך נפצע ולא זומן ליורו 2004.