Hij was een fel tegenstander van president José Manuel Balmaceda en werd in 1890 vanwege diens politieke opvattingen door de president verbannen naar Tacna. Hij koos direct na de opstand tegen diens regering de zijde van het rebellenleger van het Congres. Hij nam de havenstad Pisagua in het noorden van het land in tijdens de eerste fase van de Burgeroorlog (januari 1891). Tijdens een poging van het regeringsleger om de stad te veroveren trokken kolonel Del Canto en diens mannen het regeringsleger tegemoet en raakten slaags met elkaar bij Zapiga (21 januari) waarbij het regeringsleger het onderspit moest delven. Daarna leidde hij diverse campagnes van de rebellen in het noorden van het land (Huara, Pozo Almonte, etc.). Hij speelde een beslissende rol in de veldslagen bij Concón en Placilla.