В ходе сражения в Филиппинском море 19-20 июня «Вакацуки» находился в составе ордера соединения адмирала Одзава. Снял адмиральский штаб с тяжело повреждённого «Тайхо», позже принимал участие в эвакуации экипажей и с других тонущих авианосцев.