Als enger Freund von Verteidigungsminister Donald Rumsfeld wurde er im März 2003 der erste zivile Verwalter des Irak nach der Invasion. Als Direktor des „Amtes für Wiederaufbau und Humanitäre Hilfe“ (Office for Reconstruction and Humanitarian Assistance; ORHA) war er mit der Regelung der zivilen Angelegenheiten in der unmittelbaren Nachkriegszeit beauftragt. Er sollte sich vorrangig um den Wiederaufbau von Basisstrukturen und der Restrukturierung irakischen Ministerien kümmern. Er wurde nach nur wenigen Wochen im Amt, am 11. Mai 2003 durch Paul Bremer ersetzt.