Am 19. November 1968 beteiligte er sich am erfolgreichen Militärputsch gegen den autoritär regierenden Präsident Modibo Keïta. Er wurde Vorsitzender der Militärjunta Comité militaire de la libération nationale und somit Staatsoberhaupt. Nach dem Putsch wurden alle politischen Aktivitäten verboten und ein rigider Polizeistaat errichtet. Auf wirtschaftlichem Gebiet verabschiedete er sich zum Teil von der sozialistischen Politik seines Vorgängers.