In aprile Hitler fu costretto ad intervenire nei Balcani, cosa che portò alla campagna omonima, anche conosciuta come l'invasione tedesca della Jugoslavia, che comprendeva la battaglia della Grecia ("Operazione Marita"). La successiva Battaglia di Creta e le pesanti perdite tedesche qui subite convinsero Hitler che gli attacchi dall'aria dietro le linee nemiche, usando i paracadutisti, non erano più fattibili a meno che non si fosse certi del fattore sorpresa: egli riconobbe che le possibilità di successo di una tale operazione aerea erano basse. Hitler mantenne la parola: le forze aeree tedesche non intrapresero più tali operazioni. Questa decisione ebbe importanti conseguenze per Malta, poiché indicò che da parte dell'Asse l'isola era solo più a rischio di assedio, non di invasione. Quando, nel mese di giugno, Hitler attaccò l'Unione Sovietica con l'Operazione Barbarossa, il "Fliegerkorps X" partì per il Fronte Orientale e la "Regia Aeronautica" fu lasciata da sola per continuare nei mesi a seguire la sua efficacissima campagna aerea contro Malta. Geisler, che comandava i resti del "Fliegerkorps X", poteva contare solo sugli aerei posamine del "Kampfgeschwader 4" ("KG 4") e di Ju 87 in operazioni notturne. Le questioni di approvvigionamento andavano male, per cui la piccola forza tedesca rimasta fu costretta ad abbandonare le operazioni il 22 aprile 1941. Entro il maggio del 1941, la "Luftwaffe" aveva compiuto 1.465 missioni di bombardamento, 1,144 di caccia e 132 missioni di ricognizione, a fronte di sole 44 perdite. Le squadriglie III./ "Kampfgeschwader 30" (KG 30) e III./ "Lehrgeschwader 1" (KG 1) eseguirono sporadici attacchi notturni durante il mese di aprile.