W 1982 zadecydowano o zamknięciu bazy, jednak dopiero dziewięć lat później została ona całkowicie opuszczona przez holenderskie siły wojskowe. W 1990 Ypenburg zdołał jeszcze odegrać kluczową rolę podczas transportu powietrznego oddziałów i sprzętu z Niemiec do Arabii Saudyjskiej podczas przygotowań do Operacji Pustynna Burza. Wśród ostatnich samolotów, wykonujących kursy z lotniska Ypenburg były więc jednostki militarne. Były także jednostki latające do Kuwejtu jako siły koalicyjne podczas Wojny w Zatoce Perskiej.