Perrin deltog med Greggs brigade gennem alle de store slag, herunder Syvdagesslaget, Andet slag ved Bull Run, Slaget ved Antietam og Slaget ved Fredericksburg. Da Greggs efterfølger, Samuel McGowan, blev såret i Slaget ved Chancellorsville overtog Perrin ledelsen af brigaden og førte den i det følgende slag ved Gettysburg i divisionen under generalmajor William Dorsey Pender i Hills nye 3. Korps.