בעקבות התבוסה, הכירו כל שאר המנהיגים המקומיים בהופר כמנהיג העליון של המרד. צבאו כלל כמעט 20,000 לוחמי גרילה, והצטרפו אליו פליטים מהצבא האוסטרי הנסוג. המרד התלקח מחדש מיד לאחר שהצרפתים פינו את טירול. ב-25 במאי הוא הביס את הבווארים בקרב ברגאיסל, והם פינו את טירול. הקיסר הנרגש שלח להופר מכתב בו הבטיח שלא יחתום על שם הסכם שלום שיכלול ויתור על טירול. עם זאת, ב-6 ביולי הנחיל נפוליאון לאוסטרים מכה כואבת בקרב וגראם. על אף שאבדות הצדדים היו שקולות יחסית, התבוסה הכואבת הכריחה את האוסטרים לבקש שלום ויהי מה, ובמסגרת חוזה שביתת נשק זמני ויתרה אוסטריה לבוואריה על תביעותיה לגבי טירול. נפוליאון שלח 40,000 חיילים צרפתים ובווארים כדי לדכא את המרד, והללו כבשו מחדש את אינסברוק.