Die folgende Spielzeit begann unter anderem mit zwei Erstrundenniederlagen bei Ranglistenturnieren. Erst im Januar 2010 hatte er sein erstes Erfolgserlebnis. Bei seinem dritten Auftritt beim Masters erreichte Selby zum dritten Mal das Finale und setzte sich diesmal mit 10:9 gegen Ronnie O'Sullivan durch. Damit sicherte er sich seinen zweiten Masters-Titel. Die Halbfinalniederlage bei der Snooker-WM (14:17 gegen Graeme Dott) war sein bestes Ergebnis in dieser Saison bei einem Ranglistenturnier. Er büßte weitere zwei Plätze ein.