Vergara trug das Trikot verschiedener Junioren-Auswahlmannschaften Chiles. Mit diesen nahm er unter anderem an der Junioren-Fußballweltmeisterschaft 2001 teil. Nach den zwei Auftaktniederlagen, kam Vergara im letzten Vorrundenspiel zu seinem ersten und einzigen Einsatz im Wettbewerb. Beim einzigen Sieg während des Turniers war der Verteidiger über die volle Spielzeit auf dem Feld.