在战争开始的前两年内皇家海军损失严重。在欧洲战场损失包括皇家方舟号、及航空母舰、皇家橡树号和巴勒姆号战列舰及胡德号战列巡洋舰；在亚洲战场损失包括竞技神号航空母舰、反击号战列巡洋舰、威尔士亲王号战列舰及多塞特郡号、康沃尔号和埃克塞特号重型巡洋舰。胡德号全舰1,418官兵中仅三人生还。1940年6月改造运兵船兰开斯特里亚号被击沉，超过3,000人丧生，为英国航海史上死亡最多的单次事件。战争初期对于敌军水面舰船的战事则较为成功，如1939年的拉普拉塔河口和1940年的挪威海岸。1941年5月，俾斯麦号战列舰被击沉，德国就此失去了外海水面作战能力。皇家海军亦对行船线路进行保护，由此英国军队可前往世界其他区域进行作战，如北非、地中海及远东。大西洋制海权保障了两栖行动的顺利开展，协助了对西北非、西西里、意大利及诺曼底的入侵行动。皇家海军同时对大西洋和北冰洋的盟军舰船进行护航，保护其不受空中、水面及潜艇攻击。德国沙恩霍斯特号战列巡洋舰即于1943年一次对护航船队的攻击中被击沉。战争结束时皇家海军总舰船数超过4,800艘，位居世界第二。