Au début de l'année 1799, l'opposition réagit au Conseil des Cinq-Cents en rendant Reubell responsable des défaites de la République qui ont émaillé en particulier l'invasion de la Batavie par la Seconde Coalition et il doit se défendre contre de nombreuses accusations. Avec Schérer, ministre de la guerre, il est visé par les dénonciations des « traîtres » et des « dilapidateurs » prononcées à la tribune par la gauche. Le , une commission d'enquête parlementaire démet Schérer pour un supposé détournement de marché public qui fragiliserait la présence militaire française en République cisalpine.