La popolazione ebraica lituana prima della seconda guerra mondiale ammontava a circa 220.000 persone. Durante l'occupazione tedesca dal giugno 1941 al marzo 1945, il regime nazista ha effettuato l'Olocausto in Lituania: 206.800 ebrei furono uccisi dai nazisti e dai loro collaboratori lituani. La maggioranza degli ebrei fu portata nei boschi per essere fucilata dentro a fosse comuni che le vittime stesse si dovettero scavare. Tra le esecuzioni più infami si ricordano quella del bosco di Paneriai (Massacro di Ponary) e di Kaunas (Massacro di Kaunas al Nono Forte).