Μετά την ἀλωση της Κωνσταντινούπολης το 1453 ο οθωμανός Σουλτάνος Μωάμεθ ανέθεσε τον έλεγχο των κατακτημένων στον υψηλότερο εναπομείναντα στην πόλη Βυζαντινό αξιωματούχο, το Μέγα Δούκα Λουκά Νοταρά. Λίγο αργότερα ο Νοταράς έχασε την εμπιστοσύνη του Σουλτάνου, που διέταξε την εκτέλεσή του και στράφηκε στην εκκλησία. Επικεφαλής της αναδείχθηκε ο Γεννάδιος Σχολάριος, που ενθρονίστηκε Πατριάρχης Κωνσταντινούπολης τον Ιανουάριο του 1454. Σύμφωνα με τη μόνη σύγχρονη πηγή των γεγονότων, τον Κριτόβουλο, ο Σουλτάνος αποκατέστησε την εκκλησία στη θέση που είχε πριν την οθωμανική κατάκτηση και έδωσε στον Πατριάρχη «δώρα» και «ελευθερία», η σημασία των οποίων είναι δύσκολο να εξακριβωθεί. Ο πατριάρχης ήταν από τα ανώτερα αξιώματα της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και λογοδοτούσε μόνο στον σουλτάνο. Θεωρώντας ότι η Ορθόδοξη Εκκλησία ήταν ο διάδοχος της Βυζαντινής (Ελληνικής) Εκκλησίας, οι Οθωμανοί ανέθεσαν τις κυριότερες αρμοδιότητες της εκκλησιαστικής διοίκησης σε Έλληνες ή τουλάχιστον ελληνόφωνους.