Toisen maailmansodan alettua syyskuussa 1939 Güth osallistui Puolan valtaukseen tykistön yliluutnanttina ja johti Nebelwerfer-patteria. Tammikuusta 1940 alkaen hän oli tykistön koulutustehtävissä. Saksan hyökättyä Neuvostoliittoon kesäkuussa 1941 Güth komennettiin valloitettujen alueitten kaivostuotannon johtotehtäviin. Hän oli kaivoksenjohtajana Stalinossa (nykyinen Donetsk), mutta helmikuussa 1942 hän sai komennuksen kotirintamalle kieltäydyttyään teloittamasta kaivoksen työntekijöitä. Kenraali Friedrich Olbrichtin ansiosta Güth välttyi kenttäoikeudelta ja palasi tykistön koulutus- sekä asekehittelytehtäviin. Vuodenvaihteessa 1942-1943 hänet ylennettiin majuriksi. Kesäkuussa 1944 hänet komennettiin Waffenamtin (aseviraston) tehtäviin Berliinin lähelle Hillerslebeniin, ja siellä hän työskenteli suunnittelutoimistossa huhtikuun 1945 lopulle saakka.