Godfreyn sotilasuraa varjosti vuonna 1890 tapahtunut Wounded Kneen verilöyly, joka oli häpeätahra niin amerikkalaisille kuin Godfeyllekin. Hän oli tapahtumassa mukana pitämässä miehineen silmällä vangittuja intiaaneja, kun ammunta äkkiä alkoi. Jälkeenpäin armeijan menettelyä tutkittiin tuomioistuimessa. Eräs Godfreyn nuorista värvätyistä sotilaista oli ampunut 14-vuotiaan intiaanipojan lähietäisyydeltä. Tapaus vaikutti kahden vuosikymmenen ajan Godfreyn elämään ja esti presidentti Theodore Rooseveltin myöntämästä hänelle kenraalin arvoa. Vasta kun sotaministeriön William Howard Taft (tuleva presidentti) puuttui asiaan, joutui Roosevelt antamaan periksi ja Godfrey nimitettiin prikaatikenraaliksi.