Okres prosperity miasta trwał do XVII wieku, kiedy stało się ono częścią areny ówczesnych wojen z Francją oraz buntów w Katalonii. Początek XVIII stulecia to z kolei czas wojny o hiszpańską sukcesję. Wszystkie te zmagania przyniosły Gironie, jako ważnej twierdzy pogranicza, leżącej na szlaku przez Pireneje w głąb kraju, liczne oblężenia i zniszczenia. Jeszcze bardziej tragiczne były lata 1808-1809, kiedy to twierdza opierała się wojskom napoleońskim w czasie wojny na Półwyspie Iberyjskim. Po kapitulacji w grudniu 1809 roku, miasto znajdowało się pod panowaniem francuskim do roku 1814. W tym czasie było stolicą utworzonego przez siły okupacyjne departamentu Ter.