Bei Indienststellung war "U 989" zunächst der 5. U-Flottille unterstellt, die ihren Stützpunkt in Kiel hatte. Die erste Feindfahrt führte das Boot von dort aus in das Operationsgebiet nordwestlich von Irland und endete in Brest, wo "U 989" der dort ansässigen 9. U-Flottille unterstellt wurde. Von Brest aus nahm das Boot am Angriff auf die alliierte Invasionsflotte teil. Im August 1944 wurde "U 989" nach Norwegen überführt. Das Boot wurde der 33. U-Flottille unterstellt. Es folgten Fahrten nach Flensburg, wo sich im dortigen Kielseng ein U-Bootstützpunkt befand, später nach Kiel und schließlich nach Horten.