Отношение режима Алиева к религии меняется параллельно и в связи с изменением его внешнеполитических ориентаций. Первое время доминирует ориентация на Россию и его союзника в Закавказье — Иран. В этот период Алиев активно использует исламскую символику и опирается скорее на официальную шиитскую иерархию. Общественность зафиксировала тот факт, что в шестнадцатую годовщину иранской революции Г. Алиев посетил приём, устроенный иранским посольством, активно участвовал во всех религиозных праздниках и совершил хадж (паломничество) в Мекку. Однако затем, при изменении ориентации на Запад и прежде всего на США, процесс был резко заторможен, завершившись практическим удалением ислама с политической арены страны.