Przed wybuchem wojny Ewell był zwolennikiem Unii, ale gdy jego rodzinna Wirginia ogłosiła secesję, porzucił 7 maja 1861 roku służbę w US Army, by wstąpić do powstałej właśnie Armii Wirginii. 9 maja otrzymał stopień pułkownika kawalerii, a 31 maja − jako jeden z pierwszych oficerów starszych − został ranny w potyczce pod Fairfax. 17 czerwca został awansowany do stopnia brigadier general i dowodził brygadą w konfederackiej Armii Potomaku podczas I bitwy nad Bull Run, ale nie zapisał się w jej trakcie niczym szczególnym.