1996年ロシア連邦大統領選挙（1996年6月実施）にも立候補するが、第5位（得票率5.7パーセント）で落選した。この大統領選挙を機に、表面的には政府を批判しながらも、最後には政府を支持するようになる。1999年12月の下院選挙では資格審査でロシア自由民主党は選挙に参加するための登録ができなかった為、愛国主義政治ブロックである「ジリノフスキー・ブロック」を急遽結成して選挙に臨み、選挙後に下院副議長に選出された。2000年ロシア連邦大統領選挙では、中央選挙管理委員会から所得税の申告漏れを理由に登録を拒否されて立候補を断念した。2003年12月の下院選挙ではロシア自由民主党は議席を伸ばし、2007年12月の下院選挙でも議席を伸ばした。