Након дуже паузе због повреде колена, Апија је ушао у игру са клупе у утакмици Суперлиге Турске 6. октобра 2007. Међутим, повреда се обновила после његове последње утакмице 1. децембра, и Апија је 20. децембра 2007. отишао у Италију на рехабилитацију. Повреда коју је дуго вукао га је спречила да наступа за Гану на Афричком купу нација 2008., уместо тога, он је постао специјални саветник тима. 1. фебруара 2008. Апија је званично поднео захтев да због лошег односа клуба према њему 1. јула 2008. напусти клуб као слободан играч и да добије унапред договорену плату од 2 милиона евра за сезону 2008/09. У одговору, Фенербахче је о овоме обавестио ФИФА-у. Априла 2008. случај је отишао у "ФИФА веће за решавања спорова", и обе стране су се тужиле међусобно. Он је једнострано раскинуо уговор на крају сезоне, јер је мислио да је клуб прекршио уговор не испуњавајући своје обавезе. Он је такође разговарао са Вест Хем јунајтедом у лето 2008. о могућем уговору. ФИФА веће за решавање спорова је 9. јануара 2009. наредило Апији да плати Фенербахчеу 2.281.915 евра јер је прекршио уговор без правог разлога. Он се одмах у мају жалио Суду за спортску арбитражу, а након што је суд добио решење 5. маја 2009. и клуб је поднео своју жалбу. 7. јуна 2010. Суд за спортску арбитражу је пресудио да Апија није потребно да плати Фенербахчеу, јер је Фенербахчеа због једностраног прекида уговора од стране играча сачувао више у платама (€2,633,020.65) него у губицима (€2,496,278.85).