Novikov fait son retour au Dynamo Moscou en , devenant entraîneur-adjoint d'Adamas Golodets, poste qu'il occupe jusqu'au départ de ce dernier en . Il est ensuite nommé à la tête de l'équipe amateur FK Serpoukhov durant le premier semestre 1999 avant d'être rappelé au Dynamo où il redevient adjoint d'Alekseï Petrouchine puis de Valeri Gazzaev. Nommé à la tête de la deuxième équipe du club en début d'année 2001, Novikov devient finalement entraîneur principal de l'équipe première dès le mois d' à la suite du départ de Gazzaev et occupe ce poste durant le reste de la saison 2001, amenant le Dynamo à la neuvième place du championnat. Maintenu pour le début d'exercice 2002, il est cependant vite remplacé dès le mois d'avril par Viktor Prokopenko et quitte le club dans la foulée.