В 1812 году он стал членом Медицинского совета. С началом Отечественной войны 1812 года ему было поручено устроить военный госпиталь на 6 000 офицеров и 30 000 нижних чинов. Когда французы заняли Москву, Лодер получил приказ из главной квартиры отправиться в Касимов и заняться распределением раненых по разным местам и устройством госпиталей. Он устроил госпитали в Касимове, Меленках и Елатьме. Тогда же, по распоряжению Кутузова, он устроил временный военный госпиталь на 30 000 человек. За блестящее выполнение поручения по устройству госпиталей Лодер был награждён орденом Св. Анны 2-й степени с бриллиантами.