La saison suivante est plus décevante pour Johnson qui ne remporte aucun titre, que ce soit en club ou en équipe nationale. Leicester termine quatrième en championnat et est éliminé dès les phases de poules en coupe d'Europe. Le joueur des Midlands dispute intégralement le Tournoi 1998 mais les Anglais finissent seconds derrière la France qui réalise le Grand Chelem. Le XV de la rose échoue de nouveau dans la conquête du titre en 1999. Lors de cette édition, l'Angleterre perd un match crucial contre les Gallois, abandonnant d'un rien le gain du Tournoi aux Écossais. En effet, lors la dernière rencontre du Tournoi, Scott Gibbs échappe à six placages anglais pour inscrire un essai à la dernière minute. L'Angleterre est vaincue et le titre revient aux Écossais pour une meilleure différence de point d'une unité. En revanche, Johnson réalise une bonne saison avec les ' en remportant un second titre en championnat. Leicester profite du boycott de la coupe d'Europe par les clubs anglais en signe de protestation contre son organisation pour se concentrer sur le championnat national et termine largement en tête avec vingt-deux victoires pour seulement quatre défaites. Ce titre sous l'ère de Dean Richards en tant que directeur du rugby, est le premier d'une longue série pour le club. Johnson est récompensé de sa belle saison avec les ' à titre personnel en recevant le trophée du meilleur joueur de la saison - ' - décerné par la '.