3 июля 1982 года во время Ливанской войны и осады Бейрута израильскими войсками, Авнери перешёл линию фронта и встретился (в нарушение израильских законов) с Ясиром Арафатом, став первым израильтянином, встретившемся с лидером ООП. Несколько министров высказались за то, чтобы Авнери был предан суду за государственную измену, но дело не получило дальнейшего развития. Мать Ури оставила его за это без наследства, указав в завещании: «"Вместо того, чтобы заботиться обо мне, он отправился на встречу с убийцей Арафатом"». В 2001 году, когда Арафат был заблокирован Израилем в своей резиденции в Мукате за развязывание террористической войны, Авнери находился там, чтобы, по его выражению, служить Арафату «живым щитом».