W roku 1644 Tatarzy spalili kościół św. Mikołaja (pozostały same mury). W latach 1648–1649 Powstanie Chmielnickiego: spalenie synagogi. Wydarzenia te opisał i wydał drukiem w 1650 roku Meir ben Szmuel. W roku 1659 Jan Zamoyski zezwolił na wybudowanie synagogi w miejscu zniszczonej świątyni. Została zbudowana w stylu renesansowym z fryzem arkadowym, nakryta łamanym dachem polskim. W roku 1668 nastąpiła konsekracja odbudowanego kościoła św. Mikołaja. W 1672 roku Jan Sobieski zawiązał tutaj konfederację wojsk koronnych, tzw. konfederację szczebrzeszyńską.