Dopo un campionato 1998-1999 altalenante la Roma si affidò al tecnico Fabio Capello che riuscì a trasmettere subito alla squadra la grinta e il carattere vincente. Gli anni con Capello costituirono per Cafu un periodo di sempre maggiore responsabilità nella squadra giallorossa, sia dentro che fuori dal campo. Il 18 gennaio 1998 realizzò la sua prima doppietta in Serie A nella vittoria per 1-3 contro la Fiorentina, sancendo dopo venti mesi la fine dell'imbattibilità viola.