2000 yılında İzlandalı pop şarkıcısı Björk'ün, sürekli yaşadığı travmalardan kaçmanın yolunu hayal dolu müzikallerde bulan yarı kör bir fabrika işçisini canlandırdığı "Karanlıkta Dans" yayınlandı. Sonrasında von Trier dikkatini "Dogville"e (2003) yöneltti. Başrolünde Nicole Kidman'ın bulunduğu film, Amerika'yı alaycı ve sert benzetmeleriyle tasvir etti. Her ne kadar cinsiyet politikası yüzünden eleştirilmiş olsa da, iki yıl sonra devam filmi niteliğindeki "Manderlay" yayınlandı. Yönetmenin daha sonraki filmlerinden olan "Deccal" (2009), bir çiftin ilişkisinde görülen cinsel şiddetin grafiksel tasviriyle seyirciyi tedirgin etmeyi başardı. Sık sık eleştirmenler tarafından bir başyapıt olarak nitelendirilen "Melankoli" (2011) ise bir gezegenin Dünya ile yaklaşan çarpışması sırasında gerçekleşen kaotik bir düğün ve aile ilişkilerinde ortaya çıkan karmaşıklığı ele aldı. "Melankoli"nin Altın Palmiye için yarıştığı ve galasını gerçekleştirdiği 64. Cannes Film Festivali'nde Hitler'in kötü bir adam olduğunu ama ona sempati duyduğunu ve onu anladığını söylemesiyle büyük tepki toplayan von Trier, yaptığı konuşmanın yanlış anlaşılmaya yol açması nedeniyle özür diledi. Bir sonraki filmi "İtiraf" (2013) iki bölüm olarak gösterime girdi. İlk deneyiminden en son yaşadıklarına kadar farklı yaşlarda birçok aktris tarafından canlandırılan bekâr bir kadının cinsel aktiviteleri seyirciye aktarıldı. Film, simüle edilmemiş seks eylemlerini tasvir etmesi nedeniyle son derece tartışmalıydı.