Între timp, Dąbrowski a petrecut primii ani ai secolului al XIX-lea ca general în serviciul Republicii Italiene. În 1804 a primit Crucea de ofițer al Legiunii de Onoare, iar în anul următor Ordinul italian al Coroanei de Fier. Împreună cu Józef Wybicki, el a fost convocat din nou de Napoleon în toamna anului 1806 și însărcinat să recreeze formațiunea poloneză, pe care Napoleon voia să o folosească pentru a captura Polonia Mare de la Prusia. Conflictul care a urmat a fost cunoscut sub numele de Revolta din Polonia Mare, iar Dabrowski a fost comandantul-șef al forțelor insurgente poloneze. Generalul Dąbrowski s-a distins în Asediul orașului Tczew, în Asediul Gdańskului (1807) și în Bătălia de la Friedland (1807).