Fabinho debytoi vuonna 2014 Brasilian alle 20-vuotiaiden maajoukkueessa, jossa hän pelasi viisi ottelua. Toukokuussa 2015 Brasilian jalkapallomaajoukkueen päävalmentaja Dunga nimesi Fabinhon mukaan vuoden 2015 Copa Américaan. Hän debytoi maajoukkueessa Copa Américaan valmistavassa harjoitusottelussa Meksikoa vastaan kesäkuussa 2015. Hän ei kuitenkaan pelannut yhdessäkään Copa Américaan ottelussa.