Škrtel có trận ra mắt đội tuyển quốc gia Slovakia vào năm 2004 và đã có tổng cộng 104 lần khoác áo đội tuyển. Anh là cầu thủ ra sân nhiều thứ ba của đất nước mình vào thời điểm năm 2019, sau Marek Hamšík và Miroslav Karhan. Anh đã đại diện cho Slovakia tham dự World Cup 2010 và Euro 2016.