После обретения независимости в 1991 году, в марте 1992 года была создана АФФА — Ассоциация Футбольных Федераций Азербайджана. В период с 1992 по 1994 год команда провела 10 товарищеских матчей. В 1994 году АФФА была принята в УЕФА и ФИФА. В том же году сборная начала выступать в отборочных матчах к чемпионату Европы 1996. В 1996 году сборная начала выступать на отборочных матчах к чемпионату мира 1998. В этом же году на этом турнире сборная одержала первую в своей истории официальную победу (в матче против Швейцарии).