Bị suy yếu bởi trận pháo kích của các cường quốc phương Tây, Chōshū không thể chống chọi với một cuộc thảo phạt do Mạc phủ tiến hành vào mùa thu năm 1864 để trả đũa cho những nỗ lực trước đó của Chōshū nhằm chiếm quyền kiểm soát Kyoto. Lúc đầu, phe bảo thủ ủng hộ hòa giải với Mạc phủ để gìn giữ lãnh địa, chiếm ưu thế trong nền chính trị Chōshū, và Takasugi và một số đồng hương của ông phải rời khỏi phiên trấn để tránh bị bắt giam. Takasugi, chỉ với khoảng một chục thân hữu, bao gồm các nhà lãnh đạo chính trị tương lai như Yamagata Aritomo, Itō Hirobumi và Inoue Kaoru, tập hợp tại Kokura ở Kyūshū và chuẩn bị tiến công phe bảo thủ ở Chōshū. Cuộc nội chiến Chōshū sau đó bắt đầu vào ngày 13 tháng 1 năm 1865.