16 січня 2001 Еду все ж став гравцем «Арсеналу», який заплатив за трансфер бразильця 9 млн євро. Однак дебют в офіційній грі Еду в складі «канонірів» затягнувся, через трагедію в родині футболіста: рідна сестра Еду загинула в автомобільній катастрофі. Вперше в матчі «Арсеналу» Еду вийшов проти «Лестер Сіті» і вже через 15 хвилин після виходу на поле отримав травму та був змушений замінитися, довго відновлювався, і, внаслідок, провів за сезон лише 4 гри. Перші два сезони взагалі стали невдалими для бразильця, через це він не потрапляв до складу збірної Бразилії, яка поїхала на чемпіонат світу та виграла його.