Am 3. August 2010 wurde Affolter zum ersten Mal für die Schweizer Nationalmannschaft nominiert und kam acht Tage später im Spiel gegen Österreich zu seinem Debüt. U-21-Nationaltrainer Pierluigi Tami nominierte Affolter für das Kader für die U-21 Europameisterschaft 2011 in Dänemark, in der er mit seiner Mannschaft den zweiten Platz belegte. Obwohl er zur Startformation gehörte und im ersten Spiel gegen Dänemark durchspielte, verpasste er den Rest des Turniers aufgrund eines Muskelrisses im rechten Oberschenkel.