Pela Seleção Japonesa, Matsunaga atuou em 40 partidas entre 1988 e 1995. Esteve na Copa Rei Fahd de 1995 e se sagrou campeão asiático em 1992. Participou também da fatídica partida entre o Japão e o Iraque válida pelas Eliminatórias para a Copa de 1994, mas a vaga para o Mundial dos EUA não caiu no colo dos japoneses.