כתוצאה מרפורמה בכוחות המזוינים של רוסיה, קלט חיל האוויר את כוחות ההגנה האווירית הרוסית בשנת 1998, ואת זרוע האוויר של צבא היבשה בשנת 2003. ב-2008 נערכה רפורמה מקיפה בכל הזרועות המזוינים ובחיל האוויר. במהלכה הוקטן מספר המחוזות הצבאיים, צומצמה כמות היחידות והוגבל כוח האדם של החיל. הרפורמות ייעלו את הניהול של החיל ואפשרו להגדיל את מוכנותו הכללית. החל משנת 2011, עם השיפור בכלכלה הרוסית החלו בתוכניות רכש של כלי טיס חדשים והשבחה של כלי טיס קיימים. החל משנת 2015, כחלק ממעורבותה של רוסיה במלחמת האזרחים בסוריה, מפעיל החיל רגימנט מעורב של כלי טיס בבסיס חמיימים ליד לטקיה, סוריה. כמו כן, מטוסי ההפצצה האסטרטגיים של חיל האוויר ביצעו מספר תקיפות בסוריה שהיוו את טבילת האש המבצעית שלהם.