Um 1833 lebte er zumindest teilweise in Texas, das damals zu dem mexikanischen Bundesstaat "Coahuila y Tejas" gehörte. Houston scheint sich bis spätestens 1835 dauerhaft in dem texanischen Ort Nacogdoches niedergelassen zu haben. Schnell wurde er in das politische Durcheinander des Staats hineingezogen, in dem Streitigkeiten zwischen den in den Staat einströmenden US-amerikanischen Siedlern und der mexikanischen Regierung an der Tagesordnung waren, nicht zuletzt durch den Wunsch der Siedler, die Sklavenhaltung in Texas einzuführen. Als Abgeordneter für Nacogdoches nahm Houston an der texanischen "Convention" von 1833 teil, von der er als radikaler Unterstützer des Revolutionärs William Harris Wharton zurückkehrte. Auch an der "Convention" von 1835 nahm er teil; im November 1835 wurde er Generalmajor der aus aller Art von Freiwilligen zusammengewürfelten Armee der texanischen Separatisten. Im Februar 1836 handelte er einen Friedensvertrag mit den Cherokee aus.