L'occupation japonaise, qui dure de 1942 jusqu'à la fin de la guerre en 1945, est marquée par la mise en place d'un gouvernement collaborateur fantoche appelé la Seconde République des Philippines et de nombreuses exactions contre les populations civiles. L'occupation est entravée par une forte résistance armée, si bien que les Japonais n'ont jamais pu contrôler la totalité du pays, ainsi que le retour des troupes américaines en 1944, bien que la reconquête se poursuit jusqu'à la fin de la Seconde Guerre mondiale.