במלחמת העולם השנייה פלשה יפן להונג קונג בשנת 1941, והחלה לכבשה. בסיומו של קרב הונג קונג - כפי שכונה, נכנעו הבריטים והמושבה הפכה למושבה יפנית. אולם היפנים לא האריכו ימים בהונג קונג, אזרחים רבים סבלו ממגפות וממחסור במזון. גם האינפלציה הייתה גבוהה, עקב ההכרח היפני להפוך את הכסף לשטרות צבאיים. אוכלוסיית הונג קונג ירדה מ-1.6 מיליון איש לפני השתלטות יפן, ל-600,000 בלבד בשנת 1945, כאשר הבריטים החזירו לידם את השליטה, אחרי הפסד יפן במלחמה.