Alors que la crise économique fait de l'hygiène publique un enjeu d'avant-plan, l'Union nationale crée le ministère de la Santé en 1936 et en confie les clés à Joseph-Henri Albiny-Paquette, médecin et député de Labelle. Maurice Duplessis finance également le médecin Armand Frappier, qui crée l'Institut de microbiologie et d'hygiène de Montréal en 1938. Cette institution, similaire à l'Institut Pasteur (Paris), permet au Québec de développer la production de produits biologiques et pharmaceutiques comme les vaccins et assure donc l'autonomie du Québec en la matière. En 1939, le Canada de William Lyon Mackenzie King est en état d'alerte alors qu'éclate la Seconde Guerre mondiale. Le spectre d'une potentielle conscription plane sur la province alors que les Québécois ont encore en tête la crise de 1917. C'est dans ce contexte que le gouvernement de l'Union nationale accueille, non sans crainte d'incidents, le roi et la reine Elizabeth. Le discours que donne Maurice Duplessis au Conseil législatif, en présence des souverains britanniques, donne une idée des perspectives du premier ministre quant à la place du Québec dans le Canada et le Commonwealth :