Né à Messine, de santé fragile, Maurolyco est le fils d'Antoine Maurulle, ou Maurolyco. Ses parents sont des grecs ayant émigré en Sicile après la Chute de Constantinople (1453). Son père avait exercé la médecine à Constantinople et, à Messine, il devint Conservateur du Trésor. La famille Maurolico habitait une villa aux environs de la ville. Son père lui apprit le grec et des rudiments d'astronomie ; il fut par la suite l'élève de François Faraone de Messine. Enfin, Maurolyco fit sa rhétorique sous la férule de Jacques de Noto. L’historien Jacques-Auguste de Thou (et d'autres après lui) l'ont dit, à tort, originaire de Syracuse.