Em 1686 o território foi adquirido pelo Domínio da Nova Inglaterra, uma tentativa de unificar todas as colônias em apenas um governo. As cidades de New Hampshire não sofreram tanto sob o governo de Edmund Andros quanto Massachusetts. Depois que as palavras da Revolução Gloriosa chegaram a Boston, as autoridades de Massachusetts conspiraram para prender Andros e enviá-lo de volta a Inglaterra. Isso deixou as cidades de New Hampshire sem nenhuma administração colonial, e a Guerra do Rei William eclodiu nessa época. As autoridades de Nova Hampishire pediram ajuda para o governador de Simon Bradstreet, que os governou até que William e Mary emitiram novas e separadas cartas em 1691 para Massachusetts e New Hampshire.