צרפת ורואנדה כוננו יחסים דיפלומטיים בשנת 1962, כאשר זו האחרונה קיבלה עצמאות מממלכת בלגיה. שיתוף פעולה צבאי בין המדינות החל בשנת 1975. צרפת סיפקה תמיכה צבאית, פיננסית ודיפלומטית לבני שבט ההוטו ששלטו במדינה כנגד בני שבט הטוטסי, במהלך מלחמת האזרחים ברואנדה. היקף התמיכה הזו והשפעתה על רצח העם ברואנדה הם נושאים למחלוקת סוערת, במיוחד בין ממשלת צרפת לרואנדה, וממשיכים להשפיע על היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות.