Op Euro 2000 kwam België als organiserend land niet verder dan de groepsfase. Verheyen werd op het EK in elke wedstrijd in de basis gezet door bondscoach Robert Waseige. Verheyen werd in die periode samen met Marc Wilmots een van de ouderdomsdekens van de nationale ploeg. In november 2001 had hij een belangrijk aandeel in de kwalificatie voor het WK 2002 in Japan en Zuid-Korea. België moest toen Tsjechië uitschakelen via barragewedstrijden. In België wonnen de Rode Duivels met 1-0 na een goal van Verheyen. Vier dagen later volgde de heenwedstrijd. Verheyen werd in de grote rechthoek ten val gebracht en kreeg een strafschop. Wilmots zette die om, waardoor België naar het WK mocht.