Ao retornar da importante missão de que fora incumbida à Fragata "Niterói", Marques Lisboa foi matriculado em 1824 na Academia Imperial de Marinha, no Rio de Janeiro. Mal refeitos dos desgastes das Guerras de Independência, alguns navios seguiram para Pernambuco, para debelar a revolução chefiada por Manoel de Carvalho Paes de Andrade, que tinha como objetivo, reunir as várias Províncias do Nordeste à proclamar a República e constituir a Confederação do Equador. Assim que soube que em breve uma Divisão Naval seguiria para o Norte, Marques Lisboa (então com 16 anos) solicitou ao Almirante Cochrane seu embarque em um dos navios que comporiam a referida Divisão. Apesar da recusa do ministro Francisco Vilela Barbosa, pelo fato de Marques Lisboa ainda não ter o curso da Academia Naval, Cochrane não se deixou abater e levou tal solicitação diretamente ao Imperador, a quem fez questão de apresentar o jovem Joaquim, com as seguintes palavras: ""Este, Senhor, será o Nelson brasileiro"".