1915 trat Patenaude zurück, um an einer Nachwahl im Unterhaus-Wahlbezirk Hochelaga teilzunehmen. Er wurde mangels Gegenkandidaten per Akklamation gewählt, woraufhin Premierminister Robert Borden ihn in das Bundeskabinett aufnahm. Patenaude war zunächst Minister für Inlandsteuern, ab Januar 1917 Bergbauminister. Im Juli 1917 trat er zurück, aus Protest gegen die Entscheidung der Regierung, die Wehrpflicht einzuführen. Zur Wahl im Oktober trat er nicht an.