През 1812 г. Стефан Богориди отива в Молдова с княз Скарлат Калимахи, който го назначава за губернатор на Галац (1812 – 1819). В 1821 г. Скарлат Калимахи става княз на Влашко и Богориди отива там като негов помощник. По време на Влашкото въстание на Тудор Владимиреску и последвалото нахлуване на Филики Етерия във Влашко Богориди е номинален каймакам на Влашко. На следващата година след бързата османска офанзива срещу Александър Ипсиланти, Богориди е каймакам на Молдова, а след това отново е драгоман в османската флота (1823 – 1825). Между 1825 и 1828 г. е изпратен на заточение в Измит (Никомедия), Мала Азия.