Дебютировал в сборной Боснии 7 июня 2003 года против сборной Румынии, а свой первый гол за сборную он забил 28 февраля 2006 года в матче с Японией (2:2). Принял участие в трёх матчах сборной на Чемпионате мира 2014, после чего завершил выступление за сборную страны.Тем не менее Спахич в составе сборной принял участие в отборочных матчах чемпионата Европы 2016.