Il Giustiniani si occupò, come studioso, dell'edizione degli atti del concilio di Firenze del 1438-46 ("Acta sacri oecumenici concilii Florentini... collata, disposita, illustrata," Romae 1638). Fino a quel momento gli unici atti disponibili erano di fonte greca. Il concilio è narrato dalle sue sessioni a Basilea (1431-37), dove prevalse la teoria "conciliatorista" della superiorità del Concilio sul papa, al trasferimento a Ferrara e poi a Firenze dove il tema centrale fu il tentativo di unione della chiesa latina con quella greca.