Flick is een jeugdproduct van SV Sandhausen. Op achttienjarige leeftijd kreeg hij een aanbod van VfB Stuttgart, maar Flick weigerde omdat hij zijn opleiding als bankklerk niet wilde opgeven, een voorwaarde die Stuttgart stelde. In 1985 stapte hij desondanks over naar Bayern München. In vijf seizoenen speelde Flick 104 competitiewedstrijden voor de club, goed voor vier landstitels. Op 27 mei 1987 stond hij ook in de basis tegen FC Porto in de Europacup I-finale, die de Portugezen met 2-1 wonnen. Na vijf seizoenen bij Bayern München trok Flick naar 1. FC Köln, waar hij ondanks enkele zware blessures tijdens zijn carrière toch nog 44 Bundesliga-wedstrijden speelde. Op 19 september 1992 speelde hij tegen Borussia Dortmund zijn laatste profwedstrijd, daarna moest hij afzakken naar een lager niveau. In 1994 sloot Flick zich aan bij Victoria Bammental, waar hij in 1996 uiteindelijk speler-trainer zou worden.