Den 12. juni 1991 ble Jeltsin valgt til den russiske sovjetrepublikkens president med 57 prosents majoritet ved direkte valg. Jeltsin ble da den første direkte folkevalgte lederen i Russlands og Sovjetunionens historie. Dette ga Jeltsin større folkelig legitimitet enn Gorbatsjov som ikke var direkte valgt. Befolkningen var misfornøyd med at Gorbatsjovs reformer ikke ga resultater. I august 1991 lyktes det ham med folkelig støtte å avverge et kuppforsøk mot Mikhail Gorbatsjov. Jeltsin fremsto med dette som landets redningsmann og ble for alvor kjent internasjonalt og en nasjonalhelt for russerne. Kuppmakernes planer om å arrestere Jeltsin mislykkes helt. Ved å redde Gorbatsjov ble de to på nytt allierte. Rollene ble samtidig byttet om: Jeltsin fremsto som den klare lederen mens Gorbatsjov var på defensiven. På denne bakgrunn forbød han i november kommunistpartiet i Russland.