В декабре 1941 года третью эскадрилью 131-го иап переводят в 55-й истребительный авиационный полк (7 марта 1942 года переименован в 16-й гвардейский истребительный авиационный полк), тогда же старший политрук Н. В. Исаев назначен заместителем командира полка В. П. Иванова по лётной части, а позднее штурманом полка. 25 июля 1942 года В. П. Иванов получает серьёзную травму руки и убывает на лечение в тыл, вместо него командиром 16-го гвардейского истребительного авиаполка 31 июля 1942 года назначается батальонный комиссар Н. В. Исаев. В этом полку принимал участие в Донбасско-Ростовской оборонительной операции, Ростовской наступательной операции, битве за Кавказ, в воздушных сражениях на Кубани, в Донбасской, Мелитопольской и Никопольско-Криворожской наступательных операциях. Полк сражался в них в составе 4-й воздушной армии на Южном и Северо-Кавказском фронтах, в 8-й воздушной армии на Южном и Юго-Западном (в августе 1943 года) фронтах.