Hans mor, Katarina av Medici, utövade ett stort inflytande på honom och tvingade honom att samtycka till blodbadet på hugenotterna den 24 augusti 1572, den så kallade Bartolomeinatten. Efter blodbadet sägs det att Karl IX plågades av minnesbilder av offren och lär ha utropat: ”Vilka onda råd har jag icke följt. O min Gud förlåt mig!”