Roku 1910 sa presťahoval do Istanbulu. Keď Turci začali arménsku genocídu (apríl 1915) bol Komitas zatknutý, rovnako ako stovky ďalších arménskych intelektuálov. Sám sa obeťou teroru nestal, ale potom, čo sa dopočul o masakroch, psychicky sa zrútil a už sa nikdy plne neuzdravil. Roku 1919 opustil Osmanskú ríšu a dožil v Paríži, v psychiatrickej liečebni.