Amb l'esclat de la Segona Guerra Mundial, Lütjens era Comandant de les Forces d'Escolta. A l'abril de 1940, durant la invasió de Noruega i Dinamarca (Operació Weserübung), serví com a vicealmirall, comandant les distants forces d'escorta al Mar del Nord, consistent en els creuers "Gneisenau" (vaixell insígnia) i "Scharnhorst", entablant combat amb el HMS "Renown". Al juny de 104' va ser nomenat "Comandant de Cuirassats" i el tercer "Flottenchef" (Comandant de Flota) de la Kriegsmarine.