O grande terremoto Hanshin de 1995 diminuiu muito da importância da cidade portuária quando ele destruiu e interrompeu muitas de suas instalações e serviços, causando aproximadamente dez trilhões de ienes ou $ 102,5 bilhões de prejuízos, 2,5% do PIB do Japão na época. A maior parte das perdas não eram seguradas, sendo que apenas 3% das propriedades na região de Kobe era coberta por seguro contra terremotos, comparando com 16% em Tóquio. Kobe foi um dos portos mais movimentados do mundo antes do terremoto, mas apesar da reforma e reconstrução, ele nunca recuperou seu status anterior como principal porto de carga do Japão. Ele permanece como o quarto porto que mais movimenta contêineres no Japão.