দক্ষিণ কোরিয়ার গজে শহরে কোরীয় যুদ্ধের শেষ বছরে মুন জে ইনের জন্ম। পিতা মুন ইয়ং হিউং এবং মাতা কাং হান ওকের ঘরে পাঁচ সন্তানের মধ্যে মুন জে ইন দ্বিতীয়। মুন জে ইনের পিতা মাতা উত্তর কোরিয়া থেকে পালিয়ে আসা শরণার্থী ছিলেন।