Vuonna 1895 Gómez liittyi taistelijana Kuuban itsenäisyyssotaan, jossa palveli synnyinkaupunkinsa prikaatin johtajana ja nousi nopeasti everstiluutnantin arvoon. Santa Clarassa vietettynä aikana hänestä tuli paitsi merkittävä sotilaallinen johtaja myös arvostettu poliittinen hahmo. Tuona aikana hän osallistui myös "Perustuslailliseen konferenssiin" joka laati maalle sen ensimmäisen varsinaisen perustuslain. Yhdysvaltain miehityksen päätyttyä Gómezista tuli Santa Claran alueen kuvernööri.