Nelle stagioni 2000-2001 e 2001-2002 "Sheva" segnò rispettivamente 34 gol (di cui 24 in Serie A) in 51 partite ufficiali (piazzandosi nuovamente terzo nella classifica del Pallone d'oro) e 17 gol in 38 partite ufficiali, ma il Milan non si aggiudicò alcun trofeo.