В 1906 году в церкви был проведён ремонт. Пережив Октябрьскую революцию, храм Ильи Пророка был закрыт в 1930-х годах, в период советского гонения на церкви. В помещении церкви устроили интернат для душевнобольных детей (ныне — Коломенский детский дом-интернат для умственно отсталых детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей), убранство храма утрачено. В 1950-е годы была разрушена колокольня, над трапезной построили второй этаж. Существовавшая одновременно с каменной церковью старая деревянная была разрушена также в 1930-х годах.