Początkowo grał jako junior w drużynach z miasta Třeboň. Swoją zawodową karierę rozpoczynał w Czeskich Budziejowicach, gdzie grał w Dynamo. Potem reprezentował barwy Viktorii Žižkov i Slavii Praga, z którą w 1996 roku zdobył mistrzostwo Czech. W tym roku wystąpił też na Mistrzostwach Europy w Anglii, na których zdobył ze swoją reprezentacją srebro. Po turnieju Karel przeniósł się do Manchesteru United, z którym wygrał Premiership w 1997 roku. Spędził tam jednak tylko półtora roku, by potem przenieść się do portugalskiej Benfiki. Później reprezentował barwy S.S. Lazio, a w 2002 roku powrócił do ligi czeskiej, do Sparty Praga. W 2005 po konflikcie w klubie został odwołany z pierwszej drużyny Sparty i w połowie sezonu przeniósł się do drugoligowego Dynama Czeskie Budziejowice, którego był współwłaścicielem. Przy istotnym udziale Poborskiego, klub awansował do najwyższej klasy rozgrywkowej. 28 maja 2007 roku, będąc zawodnikiem Dynama Czeskie Budziejowice zakończył karierę piłkarską.