Les avis de recherche de Ben Laden et d'Ayman al-Zawahiri, le numéro 2 d'al-Qaida, indiquent que ces personnes sont recherchées pour être responsables des explosions des ambassades américaines à Dar es Salaam (Tanzanie) et Nairobi (Kenya) et d'autres attentats à travers le monde sans mentionner les attentats du 11 Septembre, ce qui pousse certains à dire que la connexion de Ben Laden aux attentats n'est pas établie. Dans d'autres avis de ce type, ne sont pas toujours explicitement mentionnés tous les crimes pour lesquels des personnes sont poursuivies. En plus de la prime de 25 millions de dollars promise par le Département d'État des États-Unis, une prime de deux millions de dollars est promise par l'Air Line Pilots Association et l'association du transport aérien pour sa capture. David Ray Griffin relève toutefois que le porte-parole du FBI Ed Haas a déclaré en 2006 : « aucune preuve ne permet de lier Ben Laden au 11 Septembre ». Dans "La Face cachée du 11 Septembre", le journaliste Éric Laurent rapporte les propos d'un responsable du FBI qui déclare sous le couvert de l'anonymat : « Pour la justice américaine et les agences chargées de l'enquête, Ousama, c'est vrai, n'est donc pas officiellement suspect dans le carnage perpétré. Nous sommes un certain nombre à éprouver un grand trouble devant cette situation mais nous avons les mains liées. L'attitude de M. Ashcroft et du président Bush, quant à elles, sont inexplicables. »