Nuorten maajoukkueessa pelannut Kljestan pelasi ensimmäisen ottelunsa Yhdysvaltain jalkapallomaajoukkueessa kesäkuussa 2007. Saman kesän Copa Américassa Kljestan pelasi kahdessa ottelussa. Hän kuului Yhdysvaltain olympiajoukkueeseen Pekingissä 2008 ja oli maan turnauksen paras maalintekijä kahdella maalillaan. Avausmaalinsa maajoukkueessa Kljestan teki tammikuussa 2009 Ruotsia vastaan. Hän teki tuossa ottelussa hattutempun. Kaikkiaan hän on pelannut 52 maaottelua ja tehnyt niissä kuusi maalia vuosina 2007–2017.