In de 16e en 17e eeuw werden veel kloosters in de Nederlanden ten gevolge van de reformatie opgeheven. In Maastricht konden de meeste kloosters blijven voortbestaan, ook na de overname van de stad door de protestantse Republiek der Verenigde Nederlanden (Beleg van Maastricht, 1632). Zo ook het Dominicanenklooster. Het klooster maakte in de 17e en 18e eeuw een nieuwe bloeitijd door. Bekende Maastrichtse dominicanen in deze periode waren: de kroniekschrijver Thomas de Heer ( -1685), de architect Franciscus Romanus (1647-1735), de prediker Mattheüs Dolmans (1673-1729) en de broers Franciscus Huntjens (1737-1807) en Jan-Willem Huntjens (1757-1813), beiden hoogleraren in de theologie en filosofie.