Pe 24 aprilie 2013, Lewandowski a devenit primul jucător din istorie care marchează 4 goluri într-o semifinală de Champions League, Borussia Dortmund învingând pe teren propriu pe campioana Spaniei, Real Madrid, cu scorul de 4–1, în prima manșă a semifinalelor. Pe 25 mai, el a jucat în Finala Ligii Campionilor 2013, însă Borussia a pierdut-o cu scorul de 1–2 în fața rivalei Bayern Munchen.