Skorzeny kommenderades år 1944 till Budapest för att förhindra Miklós Horthy från att underteckna en separatfred med Josef Stalin. Man kidnappade Horthys son Miklós och Horthy själv avsattes genom Operation Panzerfaust. Under Ardenneroffensiven i december 1944 ledde han en brigad utrustad med amerikanska, beslagtagna jeepar och tyska engelsktalande soldater iklädda amerikanska uniformer, Operation Greif. Han var med och organiserade en motståndsrörelse, fristående terrorceller vilka fick namnet Werwolf. Man rekryterade från SS och Hitlerjugend och dessa små grupper var tänkta att operera likt gerillagrupper bakom de allierades linjer då dessa avancerade genom Tyskland.