1859 wurde er zum Oberst und Inspekteur der Jäger und Schützen und des Reitenden Feldjägerkorps ernannt, 1863 zum Generalmajor und 1866 zum Generalleutnant. Während des Krieges gegen Österreich kommandierte Werder 1866 die 3. Division bei Gitschin und Königgrätz. Im Krieg gegen Frankreich erhielt er 1870 den Oberbefehl über das Belagerungskorps vor Straßburg. Nach dessen Kapitulation erhielt er, zum General der Infanterie ernannt, das Kommando des neu gebildeten XIV. Armee-Korps, mit dem er im Oktober in die Franche-Comté eindrang, Dijon besetzte und die Garibaldiner in Schach hielt. Auf die Kunde von Bourbakis Anmarsch hin wich er im Januar 1871 nach Belfort zurück, konnte im Gefecht bei Villersexel (9. Januar) einen Rückzug ohne größere Verluste erreichen, damit etwas Zeit gewinnen und den Angriff der überlegenen französischen Ostarmee in der dreitägigen Schlacht an der Lisaine (15.–17. Januar) standhalten und ihn zurückweisen. Die anschließende Verfolgung der Ostarmee zwang diese zum Übergang und zur Internierung in die Schweiz.