A la muerte del primer presidente de la Croacia independiente le sucedió a la cabeza del Estado tras ganar las elecciones presidenciales del año 2000; sus dos mandatos (años 2000 a 2010) destacan por su independencia respecto a los partidos y una posición activa a favor del acercamiento a las instituciones de la Unión Europea. Sin embargo el pasado reciente de las guerras yugoslavas seguía vivo lo que provocó, por ejemplo, que la fiscal del Tribunal Penal Internacional para la antigua Yugoslavia se declarara decepcionada con el gobierno de Mesic porque este aún no había entregado al criminal de guerra Ante Gotovina.