ב-19 בנובמבר 1963 מינה הנשיא לינדון ג'ונסון את פורד להיות חבר בוועדת וורן, ועדת חקירה פדרלית מיוחדת שהוקמה במטרה לחקור את ההתנקשות בחייו של הנשיא ג'ון קנדי. על פורד הוטל להכין ביוגרפיה של לי הארווי אוסוואלד, האיש שנחשד ברצח אך נרצח בעצמו זמן קצר לאחר מעצרו. על פי תזכיר FBI משנת 1963 שפורסם בשנת 2008, היה פורד בקשר עם ה-FBI לאורך כל תקופת עבודתו בוועדת וורן והעביר מידע לסגן ראש ה-FBI, קרת'ה דלאוץ' (Cartha DeLoach) על פעילויות הוועדה. פורד הגן על עבודת הוועדה וחזר על תמיכתו במסקנותיה.