В 1981 году Бликс стал генеральным директором Международного агентства по атомной энергии (МАГАТЭ), сменив шведа Сигварда Эклунда. В 1986 году посетил Чернобыльскую АЭС после взрыва реактора 4-го энергоблока, в эти же дни дал обширную пресс-конференцию в Москве, которая была посвящена вопросам ликвидации последствий аварии.