Am Ende der Spielzeit 1996 stieg Lönnqvist mit Tyresö FF in die zweite Liga ab. Daraufhin wechselte sie zum amtierenden Meister Älvsjö AIK, mit dem sie in den folgenden Jahren die Meisterschaft und den Pokalwettbewerb dominierte. Entsprechend stellte der Klub auch etliche Nationalspielerinnen und an der Seite ihrer Vereinskameradinen Cecilia Sandell, Camilla Andersson, Malin Allberg, Malin Swedberg, Eva Larsson und Malin Andersson gehörte sie zum Aufgebot von Marika Domanski Lyfors für die Europameisterschaft 1997, schied mit der Mannschaft jedoch im Halbfinale gegen Deutschland aus. Auch zwei Jahre später stellte der Verein fünf der 20 Spielerinnen für die Weltmeisterschaftsendrunde 1999, bis zur 1:3-Niederlage gegen Norwegen bestritt Lönnqvist alle vier Turnierspiele. In der Spielzeit 2000 nur noch Tabellendritter, gehörte sie dennoch zum Kader bei den Olympischen Sommerspielen. Wiederum schied die Mannschaft in der Gruppenphase aus. Nach 76 Länderspielen beendete sie anschließend ihre Karriere.