Le roi de France Henri II, en 1548 tente de rendre l'Eure navigable à nouveau de Chartres à Nogent-le-Roi. Guillaume Métezeau exécute le retable de l'église de Nogent-le-Roi en 1552. Le , après la bataille de Dreux qui opposa catholiques et protestants le 19 et où le Prince de Condé fut défait par le Duc de Guise, l'ambassadeur d'Angleterre Trochkmorton et François Péruchel lieutenant du prince de Condé, sont arrêtés à Nogent-le-Roi par ledit duc de Guise "dit le Balafré" dans le château qui appartenait alors à Françoise de Brézé, "la duchesse de Bouillon".