В 1806 году он вёл переговоры по договору Монро-Пинкни с Великобританией. Это продлило бы сойский договор 1794 года, срок действия которого истёк через десять лет. Джефферсон интенсивно боролся с Джэйским договором в 1794-95, потому что он чувствовал, что это позволит британцам подорвать американский республиканизм, Договор обеспечил десять лет мира и очень прибыльной торговли для американских торговцев, но Джефферсон все ещё был против. Когда Монро и британцы подписали новый договор в декабре 1806 года, Джефферсон отказался представить его в Сенат для ратификации. Хотя договор предусматривал ещё десять лет торговли между Соединёнными Штатами и Британской империей и давал американским торговцам гарантии, которые были бы полезны для бизнеса, Джефферсон был недоволен, что он не положил конец ненавистной британской практике вербовки, и отказался дать согласия до потенциального оружия коммерческой войны против Британии. Президент не пытался заключать ещё один договор, и в результате все это привело к войне в 1812—1815 г. Монро был разбит отказом администрации от договора в итоге это привело к ссоре с государственным секретарём Джеймсом Мэдисоном.