Jeongjun ympärille rakennettiin maavalli 1400-luvulla Joseon-dynastian valtakaudella, joka korvattiin kivisellä kaupunginmuurilla vuosina 1714–1715. Muuria on sittemmin korjailtu useaan otteeseen ja sen jäännökset ovat olemassa edelleen. Pyeonganin maakunnan väestön kokiessa syrjintää syttyi kapina, jonka aikana Jeongjun linnoitukset toimivat kapinallisten tukikohtana. Kapina sai päätöksensä vuonna 1812, kun sen johtohahmo murhattiin. Kapinoitsijoista huolimatta Jeongju tunnetaan myös monien korealaisten oppineiden kotikaupunkina. Vuonna 1907 kaupunkiin valmistui kristitty Osan koulu. Jeongjussa syntyneitä tai muuten sen koulussa opiskelleita korealaisia vaikuttajia olivat esimerkiksi kirjailija Yi Kwang-su ja Kim Sowol, filosofi Ham Seok-heon ja Yhdistymiskirkon perustanut Sun Myung Moon. Moon tapasi Kim Il-sungin vuonna 1991 ja sai tältä luvan perustaa pyhiinvaelluskohteen kotikaupunkiinsa Jeongjuun. Korean sodan aikana alueella oli strategista merkitystä YK:n joukkojen marssiessa alueen läpi pohjoiseen ja myöhemmin kiinalaisten marssiessa etelään. Nykyisin Pohjois-Korean armeijalla on tukikohtia kaupunkiin kuuluvalla rannikolla. Hallinnollisesti Jeongjusta tuli kaupunki vuonna 1994.