Ele acabou mudando para a Fórmula 1 em 2000, com a British American Racing (BAR) como chefe de projeto mecânico. Ellis já era um colaborador próximo do diretor técnico da equipe, Malcolm Oastler, desde o início da BAR, ele juntou-se a BAR, na quele ano, a partir da Prodrive para ocupar o cargo de chefe de projeto mecânico. Após um curto período na British American Racing, em 2001, pouco antes do Grande Prêmio de San Marino, ele mudou-se para a Jaguar Racing como seu engenheiro chefe de corrida.