כשהקונגרס התכנס בדצמבר 1865, הושבע הייז כחלק מרוב רפובליקני גדול. הוא היה מזוהה עם המתונים במפלגה, אולם היה מוכן לתמוך ברדיקלים למען האחדות המפלגתית. הנושא המרכזי היה העברת התיקון ה-14 לחוקת ארצות הברית, בו הייז תמך, ושעבר בשני בתי הקונגרס ביוני 1866. הייז תמך בעמדות הרפובליקניות לגבי תקופת השיקום: שיש להחזיר את הדרום לאיחוד, אולם רק לצד הגנה על העבדים המשוחררים והשחורים בדרום. הנשיא אנדרו ג'ונסון, שמונה לתפקידו לאחר הירצחו של לינקולן, רצה לצרף את המדינות הפורשות במהירות, ללא כל ערובה שיעבירו חוקים להגנת זכויות האזרח של העבדים המשוחררים. הוא רצה גם להעניק חנינה לסגל המוביל של הקונפדרציה. הייז, והרפובליקנים בקונגרס, סירבו. הם העבירו חוק זכויות אזרח ב-1866.