Kohoutek estuvo interesado en la astronomía desde periodo escolar. Estudió física y astronomía en la Universidad Masaryk de Brno y la Universidad Carolina en Praga, graduándose en 1958. Comenzó a trabajar en el Instituto Astronómico de la Academia checoslovaca de Ciencias, donde publicó el catálogo de Nebulosas Galácticas Planetarias (en Inglés Catalogue of Galactic Planetary Nebulae) en 1967. Kohoutek obtiene largo plazo de uso de observatorio en Hamburgo-Bergedorf. Después de la ocupación soviética de Checoslovaquia en (1968) decidió quedarse en Alemania. Sus descubrimientos en los años 1970 lo hicieron conocido en medios de comunicación. En años posteriores Kohoutek trabajó en observatorios en España y Chile. Se retiró oficialmente en 2001. Ha publicado 162 trabajos científicos.