Come buona parte del Turkestan orientale, Aksu cadde sotto il controllo dei Khoja, ed in seguito di Yaqub Beg, durante la rivolta dei Dungani del 1864-1877. Dopo la sconfitta della ribellione, un ecclesiastico di nome Musa Sayrami (1836-1917), che aveva ricoperto importanti ruoli ad Aksu in entrambi i regimi, scrisse il "Tārīkh-i amniyya" (Storia di Pace), considerato dai moderni storici una delle più importanti fonti riguardanti quel periodo.