По време на Балканската война (1912 – 1913) полковник Абаджиев е командир на 1-ва бригада от 5-а пехотна дунавска дивизия с която взема участие в Лозенградската операция (Селуолу, Гечкели) и Чаталджанската операция. На 14 септември 1913 е произведен в чин генерал-майор и уволнен от армията.