Membre du club de l'armée CS Esercito, il dispute sa première compétition internationale dans la Coupe d'Europe junior en 2007. Il intègre l'équipe nationale en 2008, année où il remporte une médaille de bronze aux Championnats du monde junior à Ruhpolding. En 2010, Windisch court dans l'IBU Cup chez les séniors et y réalise de bonnes performances, incluant une cinquième place à Pokljuka. et fait ses débuts dans l'élite mondiale en mars 2011 aux Championnats du monde à Khanty-Mansiïsk où il se classe de l'individuel. Lors de la saison 2011-2012, il se fait remarquer dès la première étape à Östersund, où il marque ses premiers points dans la Coupe du monde avec une place sur le sprint, avant de finir en vainqueur du relais d'Oberhof devant les Russes avec son frère Markus, Christian de Lorenzi et Lukas Hofer. En mars 2013, Windisch s'immisce dans le top dix au sprint de Sotchi, terminant à la cinquième place, à neuf secondes du podium.