Kepulauan ini pernah menjadi tempat tinggal orang Chincha, tetapi tidak banyak dari mereka yang masih tersisa saat ini. Peru mulai mengekspor guano pada tahun 1840. Pada saat Spanyol masih belum mengakui kemerdekaan Peru (Spanyol baru mengakuinya pada tahun 1879), mereka menginginkan keuntungan dari sumber daya guano dan menduduki kepulauan ini pada April 1864, sehingga memicu Perang Kepulauan Chincha (1864–1866).