Estrada Cabrera resultó elegido con una abrumadora mayoría de votos, que incluso superó a los ciudadanos registrados para votar en ese momento, y el 25 de septiembre de 1898, la Asamblea Nacional Legislativa lo declaró popularmente electo presidente constitucional de la República para el período del 15 de marzo de 1899 al 15 de marzo de 1905. Morales ya había muerto y José León Castillo tuvo que salir al exilio y no regresó a Guatemala sino hasta después del derrocamiento de Estrada Cabrera en abril de 1920.