Como comandante de ese ejército Braxton Bragg luchó en la Batalla de Perryville, la Batalla de Stone River y lideró a sus tropas a la victoria en la Batalla de Chickamauga. Sus fuerzas sin embargo fueron acorraladas por las tropas de la Unión en Chattanooga y fueron derrotadas. Bragg fue por ello relevado de su cargo pero designado como consejero militar por el presidente confederado Jefferson Davis. Estuvo con él, cuando fue capturado en Georgia el 9 de mayo de 1865.