מתאוס התחיל לשחק בגיל 18 בתור קשר בקבוצת בורוסיה מנשנגלדבך. ב-1984 עבר לשחק בשורות קבוצת באיירן מינכן וב-1988 עבר לשחק באינטר מילאנו. ב-1992 חזר לבאיירן ונשאר בה עד פרישתו ממשחק פעיל ב-2000. מתאוס הוביל את באיירן מינכן לגמר ליגת האלופות 1999 שנערך בקאמפ נואו שבברצלונה ובו הפסידו למנצ'סטר יונייטד בתוצאה 2:1. שער היתרון הגרמני הובקע בדקה השישית, שער השוויון הובקע על ידי טדי שרינגהאם מיונייטד בדקה ה-89 ושער הניצחון של יונייטד נכבש בזמן הפציעות על ידי אולה גונאר סולשיאר, כל זאת אחרי שמתאוס שהוחלף בדקה ה-80 על ידי מאמנו אוטמר היצפלד. עבר במרץ 2000 לעונה אחת למטרו-סטרס בניו יורק ופרש בספטמבר אותה שנה ממשחק פעיל. במהלך הופעתו במדי למטרו-סטרס לא הבקיע שערים כלל ורכישתו נחשבה כאכזבה. בשנת 1990 זכה מתאוס בתואר כדור הזהב וב- 1991 בתואר כדורגלן השנה בעולם.