Bu arada, 1991'in sonlarında Bosna-Hersek'te yaşayan Sırplar arasında yapılan bir referandumda ezici bir farkla Sırbistan ve Karadağ ile birlikte olma iradesi ortaya kondu. Ocak 1992'de Bosna ve Hersek Sırp Cumhuriyeti'nin kuruluşunu ilan edilen Sırp milisler Sırp olmayanlara karşı “etnik temizlik” politikası başlattılar. Nisan 1992'de, Şubat-Mart aylarında Sırpların boykot ettiği bir referandum sonucuna dayanarak Bosna-Hersek'in bağımsızlığının ilan edilmesi bu ülkeyi yaklaşık dört yıl sürecek kanlı bir savaşa sürükledi. II. Dünya Savaşı'ndan sonraki dönemde Avrupa kıtası üzerinde yapılan bu en kanlı savaş, 1995'te ABD'nin Dayton şehrinde yapılan Dayton Antlaşması'yla sona erdi.