L'avvio della sua seconda stagione in bianconero è tuttavia interlocutorio per il croato, causa la concorrenza del neoacquisto Gonzalo Higuaín, questi inizialmente preferito nel ruolo di prima punta; un periodo negativo sul piano personale, che culmina nel dicembre 2016 con la sfida di Supercoppa persa ai tiri di rigore contro il Milan: dopo l'1-1 al termine dei supplementari, l'attaccante croato fallisce il proprio tentativo di marcatura dal dischetto. Nonostante l'avere trovato il successivo 11 gennaio il suo primo gol in Coppa Italia nel 3-2 interno all'Atalanta, fin qui pare senza soluzione la sua problematica convivenza con Higuaín; per risolvere l"impasse", Allegri sposta in pianta stabile Mandžukić sulla linea della trequarti, come esterno sinistro: calandosi con grande spirito di sacrificio in un ruolo già fugacemente ricoperto a Wolfsburg, il croato sfodera prestazioni sempre più convincenti, diventando definitivamente uno dei beniamini della tifoseria juventina di questi anni.