Nel 1796 Trento fu invasa dalle truppe napoleoniche. Il trattato di Lunéville (9 febbraio 1801) stabilì la secolarizzazione degli stati ecclesiastici, segnando la fine del principato vescovile di Trento (1803), che divenne parte, in seguito alla pace di Presburgo (odierna Bratislava, 26 dicembre 1805), del filo-napoleonico Regno di Baviera, rimanendovi fino al 1810. Alcune misure adottate dai franco-bavaresi, come l'eliminazione della Dieta tirolese, l'obbligo al servizio militare e la pesante tassazione causarono nel Tirolo l'insurrezione anti-napoleonica capeggiata da Andreas Hofer, a cui parteciparono attivamente anche le vallate trentine, come la Val di Non, la Val di Sole o la Val di Fiemme, che aveva già anticipato autonomamente la rivolta. Nell'autunno 1809 la sconfitta militare austriaca e l'arrivo in forze delle truppe napoleoniche italiane e francesi segnò la sorte degli insorti. Hofer venne catturato e fucilato a Mantova il 20 febbraio 1810.