アポダカはカディスで生まれ、海軍の軍人としての長いキャリアを持つ。1779年にスペインがイギリスに対して宣戦すると、アポダカはジブラルタル包囲戦に参加し、その後カディスの防衛や大西洋を横断する船舶の護衛にあたった。その後はタラゴナ港の拡張を行い、トゥーロン攻囲戦でフランスと戦い、フランスとの同盟が成立してからはイギリスと戦った。1803年から1807年までカディスのカラカ海軍基地の長官をつとめ、トラファルガーの海戦で船員の救出にあたった。1807年にはオセアノ艦隊の司令官に就任した。