Saat kembali ke rumah dengan penjarahannya yang ekstensif, Samuil dicegat di dekat kota Skopje oleh tentara Bizantium yang diperintahkan oleh kaisar. Pasukan Basileios menyerbu kamp Bulgaria, menyebabkan kekalahan besar terhadap orang-orang Bulgaria dan memulihkan perampasan Adrianopel. Skopje menyerah tak lama setelah pertempuran, dan gubernurnya, Romanos, diperlakukan dengan baik oleh Kaisar. Pada tahun 1005, gubernur Dyrrhachium, Asotios Taronites, menyerahkan kotanya ke Bizantium. Pembelotan Dyrrhachium ke Bizantium menyelesaikan isolasi wilayah inti Samuil di dataran tinggi Makedonia barat. Samuil dipaksa bersikap hampir sepenuhnya defensif. Dia secara ekstensif membentengi jalan dan rute dari pantai dan lembah yang dipegang oleh Bizantium ke wilayah yang tersisa di miliknya. Selama beberapa tahun berikutnya, serangan Bizantium melambat dan tidak ada hasil yang signifikan, meskipun pada tahun 1009 sebuah upaya oleh orang-orang Bulgaria untuk menyerang balik dikalahkan pada Pertempuran Kreta, yang bertempur di sebelah timur Tesalonika.