Il s'illustre lors des Championnats d'Europe de cross-country en remportant le titre individuel en 1994, 1995, 1999 et 2000 et le titre par équipe en 1994 et 1996. Deuxième de l'épreuve individuelle en 1996, il obtient de nouvelles médailles d'argent par équipe en 1995, 1998, 1999 et 2001. Il s'adjuge par ailleurs quatre médailles de bronze lors des Championnats du monde de cross-country (deux en individuel et deux par équipe en 1999 et 2000). Sur piste, Paulo Guerra atteint la finale du 10 000 mètres des Championnats d'Europe 1994 () et 1998 (). Il se classe par ailleurs des Championnats du monde 1995.