С мая 1942 года, после поражения фронта во «второй битве за Харьков», И. И. Маршалков переведен в Среднеазиатский военный округ на должность начальника курсов младших лейтенантов. С сентября 1942 года исполняющий обязанности начальника Высших стрелково-тактических курсов усовершенствования командного состава пехоты «Выстрел». С февраля 1944 года, после перевода военно-учебного заведения в Москву, начальник организованного филиала курсов «Выстрел» в Среднеазиатском военном округе. В этом же году вновь вступил в ВКП(б).