Sezon sonunda Roma ile anlaşan ve bir sezon takımın başında kalan Boškov, iki sezon da Napoli'yi çalıştırsa da herhangi bir başarı elde edemedi. Birer sezonluk Servette, Sampdoria ve Perugia deneyimlerinden sonra, son durak olarak Yugoslavya millî futbol takımının başına geçti. Yugoslavya'yı 2000 Avrupa Futbol Şampiyonası'na götürse ve orada da İspanya, Norveç ve Slovenya'nın bulunduğu grupta ikinci olarak takımını çeyrek finale taşıdı. Ancak, bu turda Hollanda karşısında alınan 6-1'lik mağlubiyet sonrasında Temmuz 2000'de görevinden istifa etti.