Under 1789 kommenderade Danckwardt som i juni befordrades till överstelöjtnant befälet över en fördelning kanonslupar i den del av skärgårdsflottan som stod under Carl August Ehrensvärds befäl. Med denna avdelning deltog han förpostfäkningarna vid Korkeasaari 15 augusti och i slaget vid Svensksund 24 augusti. Sedan Ehrensvärd skiljts från flottan och övriga äldre befälhavare stupat eller tillfångatagits fick Danckwardt uppgiften att leda flottans reträtt till Svartholms fästning, något som han på ett förtjänstfullt sätt löste. Efter att ha deltagit i skärgårdsflottans reorganisation, fick han på hösten befälet över en turumadivision i en avdelning som sänts för att försöka fördriva några ryska linjeskepp och fregatter från deras ankarplats vid Barösund. Uppdraget visade sig vara omöjligt att utföra, men sedan de ryska fartygen frivilligt dragit sig tillbaka från sin position, återvände Danckwardt med sin styrka i oktober till Sveaborg. 30 november utsågs han till chef för det finska lotsväsendet men kvarstod i den finska eskaderns stat och aktiv krigstjänst.