תפקידו הראשון של בורגארד היה פיקוד על הכוחות בצ'ארלסטון, ממנה פיקד על היריות הראשונות במלחמה, שנורו על פורט סאמטר, שהוחזק בידי צבא הצפון. איש לא נהרג בירי זה. בורגארד וגנרל ג'וזף א' ג'ונסטון מוירג'יניה הובילו את צבא הקונפדרציה לניצחון בקרב הגדול הראשון במלחמה, קרב בול ראן הראשון, בו ניצחו את מייג'ור גנרל אירווין מקדוואל, מפקד צבא הצפון, שהיה בן כיתתו של בורגארד בווסט פוינט. במהלך הקרב השתמש בורגארד בתותחי דמה כדי להטעות את האויב, טכניקה שהפעיל גם בהמשך המלחמה.