Nach der Heirat wohnte das Paar in Cannes und in Rom, beim Ausbruch des Zweiten Weltkriegs zog die junge Familie zu ihrer Schwiegermutter, Ex-Königin Victoria Eugénie, nach Lausanne, Schweiz. Später lebten sie in Estoril. 1953 vertrat María de las Mercedes die spanische Königsfamilie bei der Krönung von Elisabeth II. Während eines Urlaubs im königlichen Exil in Estoril ereignete sich am 29. März 1956 ein folgenschweres Unglück: der 14-jährige Prinz Alfons starb durch eine Schussverletzung. Der damals 18-jährige Juan Carlos war der einzige Zeuge. Die offizielle Erklärung lautete, dass sich während der Reinigung der Waffe ein Schuss gelöst habe. Die Kugel traf Alfons, der an Hämophilie litt, in die Stirn; er starb wenige Minuten später an den Folgen der Verletzung. Durch den frühen Tod ihres Sohnes litt Doña María de las Mercedes an Depressionen.