Seit dem 31. Mai 1992 wird der Bahnhof Freital-Potschappel von der Dresdner S-Bahn angefahren. Das Hochwasser im August 2002 richtete verheerende Schäden an den Bahnanlagen an, sodass in den Folgejahren umfangreiche Instandsetzungs- und Neubaumaßnahmen durchgeführt werden mussten. Dabei wurden der Bahnsteig sowie eine Brücke nördlich des Bahnhofes etwas nach Südosten verlegt, die Widerlager des alten Bauwerkes samt Aufgang zum damaligen Bahnsteig sind noch erhalten. Während der Umbaumaßnahmen wurden auch große Teile der PHV-Strecke abgebaut, sodass eine durchgehende Schmalspurverbindung zwischen Hainsberg und Potschappel nicht mehr existiert. Die Wagen der Weißeritztalbahn und auch die der Lößnitzgrundbahn werden seitdem über die Straße an die Wagenausbesserungsstelle Potschappel transportiert.