Am 10. September 1547 wurde die Entscheidung zwischen Schotten und Engländern in der Schlacht bei Pinkie Cleugh gesucht. Arran führte die schottischen Truppen bei Edmonstone Edge, hinter der Ortschaft Musselburgh, in Stellung. Einerseits bezweifelte er – zu Unrecht – die Loyalität der aus England zurückgekehrten Schotten, andererseits befürchtete er – zu Recht – die fehlende Disziplin der schottischen Truppen. Nachdem die Engländer auf dem Schlachtfeld eingetroffen waren, stürmten die Schotten aus ihrer sicheren Stellung und stürzten sich kampfentschlossen auf sie. Arran gelang es nicht, seine Truppen in die sicheren Stellungen zurückzuführen. Die tapfer kämpfenden Schotten erlitten eine vernichtende Niederlage gegen das gut gedrillte und diszipliniert kämpfende englische Heer. Nach der Schlacht zogen die Engländer brandschatzend nach Stirling Castle, um die Auslieferung Maria Stuarts zu erzwingen.