Die Ursprünge der 6. Division gehen auf die in der Kumamoto-Garnison stationierten Truppen zurück. Auf Empfehlung des preußischen Militärberaters Jakob Meckel wurden aus den seit 1871 bestehenden sechs regionalen Kommandos die ersten sechs Divisionen gebildet. Die Division wurde am 12. Mai 1888 in Kumamoto aktiviert und umfasste ca. 15.000 Mann. Sie kämpfte im Laufe ihrer Einsatzgeschichte im Ersten und Zweiten Japanisch-Chinesischen Krieg, dem Russisch-Japanischen Krieg und dem Pazifikkrieg. Ihr letzter Standort war auf der Insel Bougainville im Pazifik, wo die Reste der Division mit den anderen japanischen Verbänden am 21. August 1945 vor US-amerikanischen und australischen Truppen kapitulierten.