Во время Первой мировой войны, когда после Галицийской битвы Львов был занят русскими войсками, Шептицкий остался во Львове, со своими прихожанами. 19 сентября 1914 года был арестован русскими военными властями за антироссийские проповеди и выслан вглубь Российской империи. Находился в ссылке в Киеве, Новгороде, Курске, а затем в почётном заключении в Спасо-Евфимиевском монастыре в Суздале.