El suceso más destacado en el que participó el "San Juan Nepomuceno" fue el combate de Trafalgar, hacia dónde salió desde la bahía de Cádiz donde se encontraba anclado el 19 de octubre de 1805 (con casi 700 tripulantes y como navío integrante de la escuadra mandada por el teniente general Federico Gravina). Durante el transcurso de la batalla, que enfrentó a la flota franco-española con la inglesa al mando del célebre almirante Horatio Nelson, el "San Juan" recibió el fuego y la metralla de seis buques ingleses resistiendo hasta que la muerte del brigadier Cosme Damián Churruca obligó a la rendición del buque.