Con la anexión de Austria a la Alemania nazi, en 1938, el Festival sufrió un importante golpe. Toscanini renunció a dirigir en el festival, como protesta, gran cantidad de artistas tuvieron que exiliarse, y se suspendieron las representaciones de "Jedermann". Incluso se reformó el "Festspielhaus" para adaptarlo al gusto estético nazi. Al iniciarse la Segunda Guerra Mundial, el programa del Festival se redujo significativamente, llegando a suspenderse en 1944, por orden del ministro Goebbels, como consecuencia del fallido atentado contra Hitler el 20 de julio de aquel año. Solamente se ofreció un concierto dirigido por Wilhelm Furtwängler y el ensayo general abierto de la ópera de Strauss "Die Liebe der Danae", aunque el posterior estreno previsto fue suspendido.