В августе 1920 года за подвиги в боях он был вновь назначен командиром 6-й кавалерийской дивизии. Но во время перехода с Польского на Южный фронт в 1-й Конной армии и особенно в 6-й кавалерийской дивизии под влиянием неудачного исхода Польской кампании сильно снизилась дисциплина. Бойцами дивизии был совершён ряд еврейских погромов, комиссар дивизии Г. Г. Шепелев, пытавшийся навести порядок, был убит. Усилиями К. Е. Ворошилова и С. М. Будённого дисциплина была восстановлена, 153 погромщика были расстреляны. 12 октября 1920 года Апанасенко и В. И. Книга, бригада которого приняла наиболее активное участие в беспорядках, предпринявшие недостаточно усилий для поддержания порядка в частях, были отстранены от своих должностей.