אסד מצא את עצמו במצב חמור בעקבות מלחמת עיראק. נטען כי המשטר הסורי סייע לסדאם חוסיין להחביא את הנשק להשמדה המונית שברשותו. הפעולה הצבאית האמריקנית בעיראק עוררה חששות כי אם לא יחול שינוי משמעותי במשטר בנוגע לזכויות האדם, מדיניות הנשק הבלתי קונבנציונלי והתמיכה בטרור, תהיה סוריה בין הבאות בתור שתטופלנה בדומה לעיראק. הקונגרס האמריקני חוקק חוק (Syria Accountability Act) לפיו סוריה האחראית לפעולות המחבלים הפועלים מתחומה שהיה גלום בו איום להטלת סנקציות כלכליות על סוריה. אסד פעל על מנת למנוע מעבר של גורמי טרור בגבול בין סוריה ובין עיראק ואף ניסה למנוע פגיעה בחיילים האמריקנים המוצבים בעיראק. עם זאת, רצח רפיק אל-חרירי, ראש ממשלת לבנון לשעבר, והחשדות כי המשטר הסורי הוא שאחראי לרצח, הביאו למשבר נוסף ביחסה של ארצות הברית אל המשטר הסורי.