Después sirvió en el Ejército de los Estados Confederados como General Mayor después de unir su Guardia Estatal de Misuri con el Ejército del Oeste. Entre sus principales batallas se encuentran las siguientes:Batalla de Wilson's Creek, Misuri, la Batalla de Pea Ridge, Arkansas, la Segunda Batalla de Corinth, Misisipi, la Batalla de Helena, Arkansas, la Segunda Batalla de Lexington, Misuri, la Batalla de Carthage, Misuri, la Batalla de Prairie D'Ane, Arkansas, la Batalla de Pilot Knob, Misuri, la Batalla de Westport, Misuri, y la Batalla de Mine Creek, Kansas. Aunque fiel a la causa sudista; veía las operaciones militares desde el punto de vista de liberar a Misuri. La mayoría de sus últimas batallas terminaron en derrotas.