מרגלית התגייס בשנת 1994 לחיל השריון. שירת כלוחם. לאחר קורס מפקדי טנקים וקורס קציני שריון שימש כמפקד מחלקת טנקים. בהמשך שירת כמפקד פלוגה בגדוד 71. לאחר מכן שימש ראש מדור מרכבה בזרוע היבשה. ב-2001 מונה לסגן מפקד גדוד 74. ב-2008 שימש ראש מדור פיתוח מערכות הגנה בזרוע היבשה. במאי 2009 הועלה לדרגת סא"ל ומונה למפקד גדוד 74. בתקופת פיקודו נחשפה פרשת התעללות בחיילים צעירים בגדוד ונרשמה לו על כך הערה פיקודית. לאחר מכן שימש סגן מפקד חטיבה 460. ב-2012 מונה לראש זירת צפון בחטיבת המבצעים. באוגוסט 2015 הועלה לדרגת אל"ם ומונה למפקד חטיבת קרייתי, ושימש בתפקיד עד 11 ביוני 2017. לאחר מכן מונה לסגן מפקד עוצבת הפלדה בין השנים 2017–2018. ב-16 באוקטובר 2018 מונה למפקד מחוז חיפה בפיקוד העורף, וכיהן בתפקיד במהלך התפרצות נגיף הקורונה עד ה-31 באוגוסט 2020. לאחר מכן מונה למפקד מאמץ חקירות של מפקדת "אלון". בפברואר 2021 הוחלט למנותו למפקד מפקדת "אלון". ב-14 במרץ 2021 קיבל את המינוי והועלה לדרגת תת-אלוף.