Som statsminister hadde Borten vært tilhenger av bruk av kjernefysiske våpen til forsvaret av de vestlige landene. Etter han ga seg som rikspolitiker begynte han å revurdere dette standpunktet. Han meldte seg inn i Nei til atomvåpen like etter oppstarten i 1980, og utover på 1980-tallet begynte han å engasjere seg aktivt i organisasjonen. I en tale til fredsmarsjdeltagere i Nidarøhallen i 1983 gikk han inn for et internasjonalt totalforbud og mente samme regler måtte gjelde for atomvåpen som for biologiske våpen og kjemiske våpen. På tross av ønsket om nedrustning støttet Borten likevel et fortsatt norsk medlemskap i NATO mens den kalde krigen pågikk. Etter den kalde krigens slutt ble Borten langt mer skeptisk både til NATO som organisasjon, og til krigføringen i Afghanistan og i Irak.