В конце 1942 года направлен на учёбу на ускоренный курс при Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова, который окончил в марте 1943 года. В апреле того же года назначен на должность командира 15-го гвардейского стрелкового корпуса, который вскоре принимал участие в боевых действиях в ходе Смоленской, Режицко-Двинской и Рижской наступательных операций, а также при освобождении городов Ельня, Смоленск, Опочка и Рига. За образцовое выполнение заданий командования в этих операциях и проявленные при этом мужество и героизм Никифор Гордеевич Хоруженко награждён орденом Суворова 2 степени, а также ему было присвоено воинское звание «генерал-лейтенант».