Kofod blev tidligt faderløs og voksede op i så fattige kår, at han i 7-14 års alderen måtte tjene som vogterdreng og lignende. 1846 blev han korporal i Bornholms Milits og gjorde 1848-50 frivillig tjeneste i Treårskrigen som korporal, 1850 ved Frederiksstads forsvar (blev hårdt såret). 1851-52 var han ridende gendarm i Angel, tog 1853 skolelærereksamen ved Jelling Seminarium og var 1854-56 forstander for den nystiftede folkehøjskole i Gedved. 1856 oprettede han selv en højskole i Aakirkeby efter at være blevet sekondløjtnant i Bornholms Artilleri. Allerede i juli 1854 havde Kofod forgæves søgt valg til Folketinget i Vejlekredsen; men 1858 valgtes han i Bornholms Amts 1. kreds samt genvalgtes 1861. I de første år stod Kofod uden for partierne, men 1861 sluttede han sig til «de uafhængige», i det han dog som udpræget demokrat som oftest stemte med Bondevennerne. Desuden var han 1861 medstifter af Danevirkeforeningen. Efter at være blevet folketingsmand opgav Kofod højskolen og tog ophold i København; støttet af minister D.G. Monrad studerede han de nordiske sprog og litteraturer og underviste i disse fag. Som frugt af disse studier udgav han 1864 "Modersmaalets Sproglære" under mærket «Erik Broby». Da den 2. slesvigske krig truede, meldte Kofod sig på ny som frivillig til tjeneste som artilleriløjtnant, var med både på Danevirke og Dybbøl og vandt rosende vidnesbyrd fra de overordnede officerer. Alligevel blev han i juli 1865 uden retslig undersøgelse udslettet af listen over militsens officerer, fordi han under et ophold i Stockholm i 2 offentlige foredrag havde udtalt sig skarpt om vore politiske og militære forhold under og efter krigen. Udslettelsen blev efter en senere krigskommissions undersøgelse ændret til afsked; men Kofod, som havde ofret både sit sæde i Rigsdagen og sin lærerstilling, var nu gjort brødløs.