1784 kehrte er nach Frankreich zurück und wurde 1785 zum Capitaine befördert. Carra St. Cyr wechselte wegen seiner schwachen Gesundheit im Laufe der nächsten Jahre mehrmals seine Dienststellungen und musste im März 1792 das Militär kurzfristig verlassen. Schon im Januar 1793 meldete er sich nach Ausbruch des Koalitionskrieges wieder freiwillig zum 2. Bataillon im Departement Rhone-et-Loire. Sieben Monate nach der neuerlichen Indienststellung wurde Carra St. Cyr zum Adjutanten des Generals Aubert-Dubayet bei der Küstenarmee von Brest ernannt und bekämpfte den Aufstand der Vendée. Im März 1795 wurde er zum Chef de bataillon befördert, bereits im Juni führte er eine Brigade und im Oktober erfolgte seine Beförderung zum Général de brigade. Im Jahre 1796 wurde General Aubert-Dubayet zum Botschafter des Osmanischen Reiches bestellt, Carra St. Cyr begleitete ihn dabei nach Konstantinopel. Im Oktober 1796 wurde er zum französischen Generalkonsul in der Walachei bestellt, nach dem Tod Auberts übernahm er im Dezember dessen seine Stellung als Botschafter bei der Hohen Pforte. Erst im Sommer 1798 kehrte er zusammen mit Auberts Witwe, welche bereits seine Partnerin geworden war, nach Frankreich zurück.