En avril et mai 1862 Davies participe au siège de Corinth, en tant que commandant de division. Il prend part à la deuxième bataille de Corinth, les et , également au commandement d'une division. Davies est affecté au commandement des districts de Columbus, au Kentucky, en 1862-63, Rolla, Missouri, en 1863-64, et North Kansas en 1864-65. Alors qu'il commande à Columbus, Davies émet des ordres pour que le poste fortifié de l'Union à l'Île N° 10 soit désarmé avec toutes les munitions détruites, les canons pointés, et les attelages de canon brûlés, des directives qui semblent si absurdes pour le commandant du poste qu'ils doivent être répétés plusieurs fois avant qu'il obéisse. Un enquêteur militaire sur l'affaire rapporte à l'administration centrale que la conduite de Davies devrait entraîner sa radiation de l'armée, . Davies, cependant, n'est pas radié et est breveté major général le , avant d'être libéré de l'armée de l'Union le .