Ab 1860 arbeitete er in Augusta (Georgia), wo er bei Ausbruch des Sezessionskrieges in das konföderierte Heer eintrat. Er kämpfte unter anderem bei der Sieben-Tage-Schlacht vom 25. Juni bis 1. Juli 1862, bei der Zweiten Schlacht am Bull Run am 28. und 30. August 1862 und bei der Schlacht am Antietam am 17. September 1862. Im Januar 1863 wurde DuBose zum Kommandeur des 15. Georgia Freiwilligen Infanterie-Regiments ernannt, nahm an den Schlachten von Gettysburg vom 1. bis 3. Juli 1863, am Chickamauga am 19. und 20. September 1863 und in der Wilderness am 5. und 6. Mai 1864 teil. Im November 1864 wurde er zum Brigadegeneral befördert und bekam sein eigenes Kommando in der Division von Generalmajor Joseph Brevard Kershaw, mit dem er an dem vom 29. März bis 9. April 1865 andauernden Appomattox-Feldzug teilnahm. Am 6. April, drei Tage vor der Niederlage von Appomattox Court House wurde DuBose gefangen genommen und für mehrere Monate inhaftiert.