Fanfani hing der Doktrin des Korporatismus an, die er als Mittel zur Umsetzung der katholischen Soziallehre im Gegensatz sowohl zum Wirtschaftsliberalismus als auch zum Sozialismus sah. 1938 unterzeichnete er das antisemitische "Manifesto della razza", in den Folgejahren veröffentlichte er unter anderem Beiträge in der faschistischen Zeitschrift "La difesa della razza", in der "Dottrina fascista" (Organ der Parteischule Scuola di mistica fascista) sowie der Zeitschrift "Geopolitica" des Ministers Giuseppe Bottai. Er rechtfertigte die faschistische Kolonialpolitik einschließlich des Angriffskriegs gegen Äthiopien. Andererseits nahm er ab 1940/41 auch an geheimen Treffen im Haus des Philosophieprofessors Umberto Padovani teil (unter anderem mit dem Kirchenrechtler, späteren Resistenza-Kämpfer und christdemokratischen Politiker Giuseppe Dossetti), bei denen über die sich abzeichnende Krise des Faschismus und die künftige gesellschaftliche Rolle der Katholiken diskutiert wurde. Nach dem Sturz Benito Mussolinis und dem Ausscheiden Italiens aus der Achse am 8. September 1943 entzog sich Fanfani dem ausbrechenden Bürgerkrieg zwischen Faschisten und Antifaschisten, indem er in die Schweiz ging.