בשנת 1914 החל ללמוד באקדמיה הצבאית באיסטנבול. כשפרצה מלחמת העולם הראשונה, גויס לצבא האימפריה העות'מאנית ולחם במשך שנתיים בחזית כקצין. באוגוסט 1916 התמנה לקצין בדיוויזיה ה-46. הוא שירת כשלישו של מושל איזמיר ואחר כך כקצין ארטילריה בים השחור. אמין לא השתתף בלחימה משמעותית, מכיוון שהטורקים לא שלחו קצינים או צוערים ערבים לשדה הקרב. בזכרונותיו דיווח על סכסוכים עם מפקד האוגדה הטורקי, שקיפח לטענתו את החיילים הערבים. בנובמבר 1916, לאחר שלקה בדיזנטריה, קיבל חופשה של 3 חודשים וחזר לירושלים. בתום תקופת החופשה, נשאר בבית ולא חזר ליחידה. באותה שנה החל לארגן מתנדבים שישתתפו במרד הערבי של השריף חוסיין בן עלי, באמצעות סוכן בריטי שפעל בארץ ישראל. ייתכן כי פעילות זו הקנתה לו את האהדה הבריטית שסייעה לו לקבל מאוחר יותר את תפקיד המופתי.