עם האיחוד האיברי של 1581 הקורטס צבר חשיבות חדשה והיה בעל תפקיד משמעותי בשיקום של 1640 אולם שוב דעך וקורטס אחרון נפגש ב-1698 לצורך הפורמלי של אשרור המלכתו של ז'ואאו הרביעי. לאחר מכן לא כונס קורטס במשך יותר ממאה שנים. מצב עניינים זה הגיע לסיומו עם המהפכה הליברלית של 1820, אשר בחוקה חדשה הקימה את הפרלמנט הפורטוגזי.