Na 1261, toen de Seltsjoeken hun macht verloren, werd de stad de zetel van twee achtereenvolgende onafhankelijke emiraten: de Pervâne en de Candaroğlu. In 1458 werd het veroverd door het Ottomaanse Rijk. Na de vernietigende Slag bij Lepanto in 1571 liet de Ottomaanse sultan Selim I in Sinop enkele honderden schepen bouwen voor de Ottomaanse vloot. Hiertoe werden arbeiders uit het hele rijk naar Sinop gebracht, waarvan velen zich vestigden in de stad. Zij droegen, net als de Grieken, Tsjerkessen, Georgiërs, Bulgaren en Turken bij aan de culturele diversiteit in de stad.