З кінця 1960-х років підводні пам'ятки археології вивчає Експедиція підводних археологічних робіт (ЕПАР). Головною її метою є дослідження і підйом затонулих човнів Чорноморської козацької флотилії: після закінчення російсько-турецької війни 1736—1739 років частина козацьких суден повернулася до Хортиці. На той час там базувалося близько 400 кораблів. Під час сильної повені 1739 року затонуло близько 40 з них. Деякі човни, занесені мулом та піском, збереглися до нашого часу та доступні для гідроархеологічних досліджень.