Numeroase lăcașuri de cult albaneze din Kosovo au fost distruse în timpul Războiului din Kosovo (1998-1999), ceea ce a constare constituie o crimă de război încalcă Haga și de la Geneva. Un număr de 225 din cele 600 de moschei din Kosovo au fost avariate, vandalizate sau distruse, alături de alte clădiri construite în stilul arhitecturii islamice, în timpul conflictului. Au fost distruse, de asemenea, documente vechi de până la 500 de ani din arhivele ce aparțineau Comunității Islamice din Kosovo. În timpul războiului, patrimoniul arhitectural islamic a reprezentat pentru forțele militare și paramilitare sârbe iugoslave o componentă metodică și planificată a purificării etnice din Kosovo, prin care s-a intenționat distrugerea patrimoniului cultural albanez.