Jozo Šimunović spielt seit 2008 International für Kroatien. Er begann seine Länderspielkarriere in der kroatischen U-14 Nationalmannschaft. Über die Jugendmannschaften der U-15, U-16, U-17, U-18 und der U-19 mit der er an der U-19-Europameisterschaft 2012 in Estland teilnahm sowie der U-20, kam Šimunović ab dem Jahr 2013 auch in der U-21-Auswahl seines Heimatlandes zum Einsatz, in der er in einigen Spielen als Mannschaftskapitän auflief.