Ao longo de 57 quilómetros de comprimento, este sistema lagunar, o mais extenso da costa portuguesa, tem a sua importância ecológica reconhecida internacionalmente, pelas características naturais únicas que apresenta e pela sua localização geográfica, que fazem desta zona húmida um dos principais biótopos de suporte da avifauna, pelo que tem vindo a ser alvo de protecção legal. Encontra-se assim, abrangida pelas disposições da Convenção de Ramsar e de Berna, integra a Rede Natura 2000, quer como Zona de Protecção Especial estabelecidas ao abrigo da Directiva Aves, quer como Zona Especial de Conservação e inscrita na lista nacional de sítios ao abrigo da Directiva Habitats.