Der durch die Operation Millennium stark beschädigte Kirchenbau wurde restauriert und nach Plänen von Karl Band mit einem kleinen Anbau für Bibliothek und Verwaltung versehen; im Mai 1956 öffnete das Museum als erstes der Kölner Museen nach dem Krieg erneut seine Tore. Zu dieser Zeit sah man den neuen Standort noch als Provisorium an, mit dem Erzbistum war zunächst ein Nutzungsvertrag über 20 Jahre geschlossen worden.