Hans Egon Petersen wuchs in Tondern auf. Er entstammte einer Familie, die sich als bekennende Christen an führender Stelle im Verein Freunde der Breklumer Mission betätigt hatte. Nach dem Besuch der Deutschen Mittelschule in Tondern und dem Abitur an der dortigen dänischen Statsskole, studierte er von 1940 bis 1943 Theologie und Philosophie an der Universität Kopenhagen mit dem Berufsziel, in Nordschleswig „Helsognspræst“, d. h. Pastor für sowohl den dänischen als auch den deutschen Teil der Gemeinde zu werden. Die Besetzung Dänemarks durch deutsche Truppen am 9. April 1940 und die darauffolgende Entwicklung standen diesem Berufsziel entgegen. Petersen entschloss sich daher nach Beratung mit seinem Mentor, Missionsdirektor Martin Pörksen, Breklum, sein Theologiestudium in Tübingen und Halle fortzuführen. Dort schloss er sich der Studentengemeinde der Bekennenden Kirche an. Kriegsbedingt schloss er das Studium an der Martin Luther-Universität Halle-Wittenberg im Mai 1944 mit der theologischen Notprüfung ab.