Po upadku ZSRR Botwinow reprezentował Rosję. W nowych barwach wystąpił na mistrzostwach świata w Falun, gdzie zdobył brązowy medal w sztafecie 4x10 km, a następnie na igrzyskach olimpijskich w Lillehammer, gdzie zajął 4 miejsce w biegach na 10 i 30 km techniką klasyczną. Ostatnią imprezą, na której reprezentował Rosję były mistrzostwa świata w Thunder Bay w 1995 r. Botwinow najlepiej spisał się w biegu na 10 km stylem klasycznym w którym zajął 10 miejsce.