Issa w reprezentacji RPA zadebiutował 15 listopada 1997 roku w meczu z Niemcami. Był podstawowym zawodnikiem ‘Bafana Bafana’ na Mistrzostwach Świata 1998, gdzie zagrał we wszystkich trzech spotkaniach, jednak turnieju nie zaliczy do udanych. W spotkaniu z Francją strzelił bowiem 2 gole samobójcze (potem jedną z tych bramek zapisano na konto Thierry’ego Henry). Wystąpił również na Mundialu w roku 2002, jednak tylko w jednym meczu – przeciwko Paragwajowi. Jednakże już po niespełna półgodzinie został zmieniony z powodu kontuzji przez MacDonalda Mukasi. Ogółem w reprezentacji zagrał 47 razy.