Osmanit olivat 1400-luvulta alkaen ajaneet venetsialaisia pois Vähästä-Aasiasta ensin Egeanmeren saarille, jonka jälkeen niiltäkin. Pian osmanit aikoivat karkottaa venetsialaiset Kreetaltakin. Ensin Siteía ja Chaniá joutuivat 1530-luvulla muslimimerirosvohyökkäyksen kohteeksi. Venetsialaiset vastasivat tähän vahvistamalla linnoituksia, mutta vuonna 1645 osmanit saivat Réthymnon ja Chanián haltuunsa. Vuoteen 1648 mennessä koko Kreeta Candiaa (Iraklion) lukuun ottamatta oli osmanien hallussa. Osmanit olivat aloittaneet 12 000 asukkaan Candian piirityksen vuonna 1647. Piiritys kesti 21 vuotta, jonka aikana paljon candialaisia menehtyi ruttoon. Vuonna 1669 Candiakin joutui osmaneille. Valtauksessa kuoli 118 000 osmania ja 30 000 venetsialaista. Venetsialaiset poistuivat rauhallisesti Candiasta mukanaan pyhän Tituksen pää, joka palautettiin vuonna 1966 Kreetalle.