Az admirális befolyásának növekedése azonban újabb fordulatot eredményezett. Az anyakirályné sokallotta Coligny hatalmát, Párizs népe pedig sérelmesnek tartotta a hugenották jelenlétét. Medici Katalin beleegyezett leányának, Margit hercegnőnek és az ifjú Navarrai Henriknek házasságába, az esküvői ünnepségek alatt azonban – Szent Bertalan Éjszakáján, 1572. augusztus 23-áról 24–ére virradó éjjel – a Guise-ekkel újra szövetségre lépett Katalin katolikus hívei és a felizgatott párizsi tömeg megrohanta és lemészárolta a hugenottákat, végeztek Coligny admirálissal is. Navarrai Henriket és az ifjabb Condét elfogták a Louvre–ban és a katolikus hitre való áttérésre kényszerítették. IX. Károly 1574-ben meghalt, a trónt öccse – III. Henrik – foglalta el. Időközben Navarrai Henrik megszökött Párizsból, visszatért a kálvini hitre, s újra kezdetét vette a háború, amely 1577-ben újabb átmeneti megegyezéssel ért véget.