María Cristina asumió la regencia hasta el año 1902, en el que se declaró a Alfonso XIII mayor de edad. Durante su regencia hubo una insurrección en Melilla en 1893, otra en Cuba en 1895 y otra en Filipinas en 1896; las de más gravedad fueron las de Cuba y Filipinas. En 1895, al principio de la guerra de Cuba, el Ejército español contaba con siete regimientos de infantería de línea, uno de cazadores y dos regimientos de caballería en Cuba. 58 batallones de infantería peninsulares fueron destinados a Cuba al comenzar la guerra y el general Valeriano Weyler obtuvo otros 90 000 soldados de refuerzo. Cuando comenzó la revolución filipina en 1896 la guarnición española el las islas contaba con el equivalente de siete batallones de infantería, con mandos peninsulares y tropa principalmente filipina. Esta sublevación pudo ser sofocada con en 1897 con el envío de 25 000 soldados peninsulares y el reclutamiento de 21 000 filipinos, pero la cubana continuó hasta 1898, cuando los Estados Unidos declararon la guerra a España tras el hundimiento del Maine. En la guerra hispano-estadounidense la moderna flota estadounidense derrotó a las escuadras españolas en el Caribe y en las Filipinas, obligando a España a negociar una paz en la que cedió Cuba, Filipinas y Puerto Rico a los Estados Unidos. Las operaciones terrestres durante la guerra no habían sido decisivas; el Ejército español no se consideraba derrotado en combate, ni por los insurgentes, ni por los estadounidenses, pero se vio forzado a abandonar las islas y a regresar a la península como si lo hubiera sido. Tras la guerra hubo varios intentos frustrados de reformar y reorganizar el Ejército, pero la falta de voluntad política y las limitaciones presupuestarias redujeron las reformas a solo aquellas que pudieran disminuir gastos: la reducción de las abultadas plantillas de oficiales y la simplificación administrativa de los órganos superiores del ejército.