Po úspěších v USA jej angažoval tým Sira Franka Williamse, kde startoval po boku Ralfa Schumachera, naděje do něj vkládané ovšem neproměnil, Němec jej jednoznačně porážel, Zanardi nedokázal v sezoně 1999 ani jednou bodovat a jeho nejlepším umístěním bylo sedmé místo při domácí Grand Prix Itálie 1999.