Iracka opozycja działała w różnych formach – wojnie partyzanckiej, aktach sabotażu, poprzez terroryzm, dezercje z armii i sił paramilitarnych (organizacje takie jak Fedaini Saddama i Armia Narodowa). Największe siły rebelianckie miały siedzibę w Kurdystanie i reprezentowane były przez Demokratyczną Partię Kurdystanu i Patriotyczną Unię Kurdystanu. Innymi grupami paramilitarnymi były m.in. Iracka Partia Komunistyczna (która dysponowała własnymi siłami partyzanckimi "Al-Ansar"), szyicka partia Zew Islamu i Partia Umma (z siedzibą w Londynie). Problem owych grup był brak współpracy pomiędzy nimi. Wyjątkiem była współpraca Partii Komunistycznej i Kurdyjskiej Partii Demokratycznej na skutek której komuniści przenieśli swoje bazy w region Kurdystanu (w pozostałych regionach kraju komuniści byli rutynowo tłumieni przez rząd). Rząd Husajna nie był w stanie w pełni kontrolować obszarów kurdyjskich, zwłaszcza po powstaniu z 1983 roku. Problemem dla opozycji stały się także tajne służby, znane w świecie arabskim jako najbardziej skuteczne. Lepiej od opozycji świeckiej zorganizowana była opozycja religijna. Fanatycy religijni zyskiwali poklask z powodu świeckiego charakteru rządu Husajna. W czasie wojny z Iranem, rząd Iraku zwiększył pewien stopień wolności religijnej w celu zwiększenia oporu społecznego przeciw wojskom wroga. Jego rząd w walce z opozycją stosował opresyjne metody walki, w tym tortury. Pod koniec 1987 nakazał użycie broni chemicznej również przeciwko domagającym się niepodległości Kurdom. W 1988 jego kuzyn, Ali Hasan al-Madżid dokonał ataku gazowego na Kurdów w Halabdży, zyskując sobie przydomek "chemicznego Aliego". Również w 1988 wojsko irackie przeprowadziło przeciwko Kurdom operację Al-Anfal, której ofiarą padło, według różnych źródeł, od 50 tys. do 200 tys. osób.