Successivamente Knappe andò a combattere sul fronte orientale e in Italia. Durante l'Operazione Barbarossa, per il suo coraggio e per aver diretto attacchi d'artiglieria da posizioni avanzate, ricevette la Croce di Ferro di I classe. Knappe fu ferito altre tre volte nel corso della sua carriera. Dopo aver frequentato l'accademia militare dello Stato maggiore, fu promosso al grado di maggiore. Knappe finì la guerra combattendo a Berlino servendo come membro dello staff del generale Helmuth Weidling.