Luovuttuaan politiikasta Kruus jatkoi aiemmin keskeytyneitä yliopisto-opintojaan Tartossa. Saavutettuaan maisterin tutkinnon vuonna 1924 Kruus jäi Tarton yliopiston palvelukseen toimien lehtorina ja tutkijana. Hänestä tuli Viron ja Pohjoismaiden historian ylimääräinen professori sekä vuodesta 1935 yliopiston vararehtori. Tutkimustyössään Kruus keskittyi aluksi Vironmaan ja Liivinmaan keskiaikaan. Myöhemmin hänen tutkimustyönsä kohde oli alueen 1800-luvun alun talonpoikaisliike. Vuonna 1930 hän väitteli filosofian tohtoriksi. Tutkimustensa tuloksena Kruus julkaisi 1930-luvulla Viron historian yleisesityksen kolme ensimmäistä osaa nimellä "Viron historia". Ne käsittelivät muinais- , keski- ja Uutta aikaa aina Pohjan sotaan eli 1600-luvun puoliväliin asti. Työ keskeytyi tulevien mullistusten eli neuvostolaistamisen ja toisen maailmansodan vuoksi. Lisäksi Kruus tutki 1930-luvun lopulla Jaan Tõnissonin toimintaa.,