Nach der Schlacht am Malvern Hill wurde Huger vom aktiven Feldkommando entbunden und zum Inspekteur der Artillerie und Versorgungsgütern der Nord-Virginia-Armee ernannt. Am 26. August 1862 wurde er in den Wehrbereich Trans-Mississippi auf denselben Dienstposten versetzt; ab Juli 1863 war er für den gesamten Nachschub im Wehrbereich verantwortlich und behielt diesen Posten bis zur Kapitulation 1865.