We wrześniu 1939 roku znalazł się na liście skazanych przez Niemców na stracenie w ramach Intelligenzaktion na Pomorzu. Po aresztowaniu został jednak zwolniony dzięki interwencji pastora Reinholda Heuera, historyka, prezesa Coppernicus-Verein für Wissenschaaft und Kunst in Thorn. W listopadzie tego roku wyjechał do Warszawy, gdzie od czerwca 1940 roku otrzymał zatrudnienie w Archiwum Akt Nowych, jednocześnie badając zasoby magazynów Biblioteki Narodowej. Po ciężkiej chorobie zmarł 16 września 1941 roku. Pochowany na cmentarzu Bródnowskim (kwatera 11A-6-1).