Tan bon punt Alfons el Franc' ocupà el tron, ocupà Mallorca (1285) i Eivissa (1286) en represàlia per la connivència del seu oncle amb els francesos durant la croada. El gener de 1287 pactà amb el darrer moixerif de Menorca Abû'Umar Hakam ibn Sa'id el lliurament de l'illa. Després de llargues converses, s'arribà a la pau d'Anagni el 1295, on s'acordà el retorn de les Balears al rei de Mallorca com a vassall del d'Aragó, l'aixecament de l'excomunió als sobirans de la Corona d'Aragó, la cessió de Sicília al Papat, i d'aquest a Carles II d'Anjou a més d'armar una croada a Terra Santa. El Papa Bonifaci VIII nomenà el 1296 al rei Jaume II "el Just" com a Abanderat de la Santa Església Romana, Almirall i Capità General ("Sancta Romane Ecclesie vexillarius, ammiratus et capitanus generalis"), rebent el 1297 el regne de Sardenya i Còrsega. Paral·lelament, els almogàvers de Roger de Flor arriben a Constantinoble per ajudar als romans d'Orient contra els turcs, obtenint els ducats d'Atenes i Neopàtria.