1996 zog Markus Rogan in die USA und studierte dann "International Relations and Economics" an der Stanford-Universität. Nach Abschluss seines Studiums an der Stanford University trainierte Rogan bei Robert Michlmayr, dem österreichischen Trainer des Jahres 2005. Von 2004 bis 2009 lebte er wieder in Wien. Bei den Schwimm-Weltmeisterschaften 2001 gelang es ihm, mit dem zweiten Platz über 200 Meter Rücken seine erste WM-Medaille zu erringen. Am 8. Dezember 2005 stellte Rogan mit 1:50,43 Minuten einen neuen Weltrekord über 200 Meter Rücken auf der Kurzbahn auf.