Афраний е изпратен през 55 пр.н.е. с Марк Петрей като легат на Испания, за да замести номинирания управител на испанските провинции Помпей. По време на гражданската война е на страната на Помпей и се бие в Испания. Той е принуден да се предаде с петте си легиона на 2 август 49 пр.н.е. при "Илерда" на Цезар. Той успява да отиде в Дирахиум и взема участие в битката при Фарсала. След загубата на Помпеяните той бяга в Африка и се бие в битката при Тапс. При опита му след загубата да избяга в Испания, той е заловен от Публий Ситий и след няколко дена убит.