Nach der Deutschen Wiedervereinigung gab es Probleme beim Zusammenführen der beiden sportpolitischen Systeme. Das Sportsystem der DDR war nicht mehr finanzierbar und zehntausende Mitarbeiter von Sportorganisationen und Laboren befürchteten die Entlassung. Die Funktionäre der ehemaligen DDR und die der alten Bundesrepublik Deutschland standen sich skeptisch gegenüber. International für Aufsehen sorgte der Fall von Katrin Krabbe, die im System des DDR-Staatsdopings groß geworden war. Bei den Leichtathletik-Weltmeisterschaften 1991 in Tokio gewann sie zwei Goldmedaillen, bei Olympia 1992 trat sie nicht an. Viele deutsche Sportfunktionäre, unter ihnen auch der NOK-Präsident Willi Daume, wollten das Problem mit dem DDR-Doping verschweigen und die belasteten Betreuer in ihren angestammten Positionen belassen. Dagegen arbeiteten verschiedene Kommissionen unter Beteiligung von Manfred Freiherr von Richthofen, dem späteren Präsidenten des Deutschen Sportbundes, an der Aufklärung der Doping- und Stasivergangenheit. Angesichts der erwarteten Erfolge fanden die kritischen Stimmen jedoch kaum Gehör. Betreuer aus der DDR wurden vorerst weiterbeschäftigt.