旅順艦隊は艦隊保全を図り、ウラジオストク巡洋艦隊は常陸丸事件など通商破壊を行った。艦隊司令長官は奇襲を許したオスカル・スタルクからステパン・マカロフに交代したがマカロフは3月31日に乗艦が触雷した際に戦死してしまい、後をヴィリゲリム・ヴィトゲフトが代行として引き継いだ。バルト海から増援として艦隊を編成することになり、従来の艦隊を「第一太平洋艦隊」とし、増援艦隊を「第二太平洋艦隊」としてジノヴィー・ロジェストヴェンスキー提督指揮下のもと極東へ向かわせることとなった。しかし黄海海戦で旅順艦隊が、蔚山沖海戦でウラジオストク巡洋艦隊が打撃を受けた上、旅順の陥落により旅順艦隊は全ての艦が使用不能となってしまった。それでも新たにバルト海艦隊の残留艦で編成した「第三太平洋艦隊」（日本側では第二・第三太平洋艦隊をまとめて「バルチック艦隊」と呼ぶ）をさらに増援とし、旅順からウラジオストクに目的地を変え航海を続行させたが、日本海海戦で壊滅した。日露戦争末期のロシア第一革命ではウラジオストクに残った太平洋艦隊の水兵も革命に参加している。ウラジオストクでは1906年1月と1907年10月にも水兵が武装蜂起に参加した。