Nach dem Rückzug der Royalisten aus Chile kehrte Rodil nach Lima zurück und wurde 1820 zum Oberst befördert. Er nahm mit der vizeköniglichen Armee an den Kämpfen des nun auch in Peru selbst entbrannten Unabhängigkeitskriegs teil und wurde nach seiner Beförderung zum Brigadier im Jahre 1823 Militärgouverneur der Provinz Huamanga, Generalkommandant und Generalintendant der Region Lima und 1824 schließlich zum Gouverneur und Kommandanten der Festung Callao ernannt. Nach der vernichtenden Niederlage der Armee des Vizekönigs in der Schlacht bei Ayacucho am 9. Dezember 1824 setzte Rodil den Kampf gegen die südamerikanischen Unabhängigkeitsarmeen als einer der letzten königstreuen spanischen Kommandeure eigenmächtig fort.