Am 1. Oktober 1936 wurde Walther als E-Offizier mit seinem Dienstgrad als Kapitän zur See mit Rangdienstalter vom 1. April 1935 reaktiviert. Er bekleidete den Posten als Gruppenleiter Marine bei der Wehrersatzinspektion Koblenz und erhielt am 27. August 1939 anlässlich des sogenannten „Tannenbergtages“ den Charakter als Konteradmiral. Während des Zweiten Weltkriegs wurde er am 1. Januar 1941 unter Verleihung des Patents zu seinem Dienstgrad zu den aktiven Truppenoffizieren überführt und zum Kommandeur des Wehrbezirkskommandos Essen I ernannt. Am 31. August 1942 wurde er abermals aus dem Dienst verabschiedet und einen Tag später zur Verfügung der Kriegsmarine gestellt, ohne dass eine weitere Mobilmachungsverwendung erfolgte.