Vuonna 1998 häneen luottanut pääministeri Nawaz Sharif nimitti hänet pääesikunnan päälliköksi vanhempien upseerien ohi. Häntä edeltänyt kenraali Jehangir Karamat oli joutunut eromaan vaadittuaan armeijalle osaa valtion päätöksenteossa. Vuoden 1998 Kashmirin kriisin aikana kenraali Musharraf oli usein esillä mediassa antamassa lausuntoja. Raporttien mukaan armeijan johto oli tyytymätön pääministerin yrityksiin hakea kriisiin diplomaattista ratkaisua, kun Pakistanin tukemat sissit estivät Intian menestyksen.