La stagione 1999-2000 fu l'ultima alla Fiorentina per Batistuta. Nella partita contro l' del 27 ottobre 1999 a Wembley, Batistuta va a segno ricevendo palla dal tedesco Jörg Heinrich, dribblando il diretto avversario e segnando da posizione angolata il gol della vittoria: questa rete si rivelerà uno delle più celebri della sua carriera. Nel secondo girone realizza altri gol, tuttavia la Fiorentina si piazza terza e non riesce a passare il turno; Batistuta termina la competizione con 11 presenze e 6 gol all'attivo. Chiude il 1999 piazzandosi terzo nella classifica del FIFA World Player.