Ондржей Челустка прошёл все уровни молодёжных сборных Чехии. В команде до 21 года сыграл 18 матчей и принимал участие в Чемпионате Европы среди молодёжных команд 2011 в Дании, где сборная дошла до полуфинала. За основную сборную Чехии Ондржей дебютировал 15 ноября 2013 года в товарищеском матче против сборной Канады, в котором он забил свой первый и пока единственный мяч.