Za jego prezydentury Czechy zostały w 1999 r. członkiem NATO oraz zakończyły proces akcesji do Unii Europejskiej, której członkiem zostały 1 maja 2004. W ten sposób spełniło się hasło aksamitnej rewolucji „Powrót do Europy”: Czechy zintegrowały się z najważniejszymi zachodnimi strukturami politycznymi. Dzięki swojemu prestiżowi Václav Havel mógł oddziaływać na zachodnią opinię publiczną i elity polityczne na korzyść Czech i innych krajów Europy Środkowej. Szczególną uwagę poświęcono stosunkom czesko-niemieckim, które pogorszyły się po II wojnie światowej. Deklaracja czesko-niemiecka z 1997, w której obie strony wzajemnie przeprosiły się za wyrządzone krzywdy i zadeklarowały wierność wartościom demokratycznym, była punktem zwrotnym polityki zagranicznej. Jako sprzymierzeniec USA Václav Havel popierał politykę Waszyngtonu i NATO, a w tym bombardowania Jugosławii w 1999 i inwazję na Afganistan w 2001.