Dal punto di vista politico riteneva che la democrazia rappresentasse il futuro dei popoli, mentre considerava le monarchie degli anacronismi in declino. La frase «Non potrebbe essere compito della Chiesa quello di sostenere qualsiasi forma di governo e tanto meno una forma morente» riassume anche la sua posizione a favore della separazione fra Stato e Chiesa, che ribadì nell'omelia che pronunciò a Roma in occasione della presa di possesso del suo titolo cardinalizio: elogiò il sistema americano per dimostrare che «è più saggio separare la Chiesa dalla politica a meno che non sia a rischio la moralità e questo metodo è il più vantaggioso per la Chiesa in ogni nazione». Anche se da un lato la preoccupazione di Gibbons era quella di sottrarre la Chiesa alle pressioni del potere politico, un discorso simile pronunciato a Roma diciassette anni dopo la breccia di Porta Pia suscitò scandalo e solo la benevolenza dimostratagli da papa Leone XIII lo fece passare per «una stramberia americana».