En 1701, il coule à fond une des galiotes des corsaires de Salé, d'où il parvient à sauver et à rendre à la liberté douze esclaves chrétiens. Il reprend du service au début de la guerre de Succession d'Espagne. Le , il commande "L'Assuré", de 66 canons, au sein de la flotte du marquis de Châteaurenault qui — après avoir escorté la flotte des Indes espagnole — est contrainte de se réfugier en baie de Vigo. D'Aligre et son vaisseau sont capturés. Libéré lors d'un échange de prisonniers, il est à la bataille de Vélez-Málaga, le . Il commande à cette occasion le vaisseau "L'Ardent", de 64 canons, dernier vaisseau de l'arrière-garde de la flotte française, commandée par le comte de Langeron. Le roi le nomme chef d'escadre en 1705, en remplacement de M. de Betz de la Harteloire. Le , Philippe V, roi d'Espagne, le nomma capitaine général de ses armées navales, avec ordre à tous ses officiers et autres gens de mer de lui obéir, en cas d'absence ou de maladie de M. du Casse, lieutenant général de la mer. Le traité d'Utrecht ramène la paix en Europe et consolide le trône du petit-fils de Louis XIV. Louis XIV le nomme lieutenant général des armées navales, le . Nommé commandant la marine à Toulon et décoré de la grand-croix de l'ordre royal et militaire de Saint-Louis, il meurt sans alliance, à Toulon le .