После единственного сезона в Мадриде он присоединился к клубу «Барселона» и стал одним из тех игроков тренера Йохана Кройфа, которых тот наиболее часто использовал в последующих сезонах. Эусебио сыграл во всех матчах и победил в финале Кубка кубков 1989 и в финале Кубка чемпионов 1992.