Когда началась Вторая мировая война, Кофмана снова призвали в Красную армию. Во время Польского похода Красной армии 1939 года, он командовал медицинской ротой, затем — медико-санитарным батальоном. Во время Советско-финской войны был старшим хирургом стрелкового корпуса.