Delcassén ulkoministeriys katkesi vuonna 1905 ensimmäiseen Marokon kriisiin, jossa Saksa asettui vastustamaan Ranskan pyrkimystä ottaa Marokko kontrolliinsa. Kiistan tulehduttua Saksa sai tilaisuuden vaatia Delcassén eroa, sillä entente cordiale -sopimuksen arkkitehtina häntä pidettiin Saksan politiikan päävastustajana. Ranskan hallitus taipui voimakkaan painostuksen alla kesällä 1905. Pääministeri Maurice Rouvier pakotti Delcassén eroamaan, mikä kuitenkin nostatti Ranskassa saksalaisvastaisen reaktion ja siten vain vahvisti hänen luomaansa Saksan-vastaista liittoa. Oltuaan muutaman vuoden syrjässä politiikan eturivistä Delcassé nimitettiin 1909 johtamaan komiteaa, joka selvitti Ranskan laivaston heikkouksia. Vuosina 1911–1913 hän toimi meriministerinä ja oli laatimassa järjestelyjä Ranskan ja Britannian merivoimien yhteistyöstä mahdollisen sodan syttyessä. Maailmansodan puhjettua hän oli vielä uudelleen ulkoministerinä Rene Vivianin hallituksessa kunnes jäi eläkkeelle vuonna 1915.