Im Bauernkrieg wurde die Burg Altenstein von aufständischen Bauern nicht angetastet, da die Burgherren von Wenkheim sich zum Schein auf die Seite der Bauern gestellt hatten. Die Einführung der Reformation war bis 1547 im Amt Altenstein vollzogen. 1554 wurde die militärisch längst veraltete Burg im Zweiten Markgräflerkrieg geplündert und verwüstet. Drei Jahre später wurde der Wiederaufbau in bescheidenerem Umfang und im Baustil der Renaissance begonnen. Im Jahre 1588 verkaufte Klaus Johnbach den Hof Walpolderoda (späterer Standort der Glücksbrunner Werke) an den adeligen Gerichtsherren Hans Hund von Wenkheim (jun.).