Mellom de primært nomadiske baggarafolk og deres fastboende nabofolk har det ofte vært spenninger som innimellom førte til sammenstøt. Bakgrunnen har i de fleste tilfeller vært kampen om adgangen til naturressurser og vann. I siste halvdel av 20. århundre har baggaraeres områder vært påvirket av klimaforandringer som har betydd at regnmengden er falt og at ørkenen har bredt seg. Samtidig har regionen vært preget av overbefolkning, og disse faktorer har tilsammen betydd at medlemmer av baggara tilsluttet seg de janjaweedmilitser som har begått omfattende overgrep på de øvrige etniske grupper i Darfur og Tsjad i forbindelse med Darfur-konflikten.