2007年7月、イスラム神学生によるパキスタン・モスク立てこもり事件が発生した。同年10月にはが行われたが、11月には軍参謀長でもあるムシャラフ大統領が、自身の地位を巡ってのと対立、軍を動員して全土に非常事態宣言と戒厳令を発令するという事実上のクーデターをおこなった（）。ムシャラフは、11月28日に陸軍参謀総長を辞職して、29日に文民として大統領に就任し、11月に発令した非常事態宣言を12月16日に解除するとテレビを通じて発表した。一方、米国の支援を受けて11月に元首相ベーナズィール・ブットーが帰国したが、12月27日に演説終了後会場にて暗殺された（）。2007年、またもイギリス連邦の参加資格を停止される。