Wszystko zmieniło się, kiedy w 1998 roku selekcjonerem reprezentacji został 35-letni Srečko Katanec. Za jego kadencji reprezentacja zagrała najpierw w UEFA Euro 2000, a dwa lata później na Mistrzostwach Świata 2002. W obu przypadkach Słoweńcy awansowali po barażach – w 1999 roku wygrali z reprezentacją Ukrainy, a w 2001 roku – z reprezentacją Rumunii. Znacznie lepiej zaprezentowali się na mistrzostwach Europy (dwa remisy i minimalna przegrana z reprezentacją Hiszpanii; na światowym czempionacie – trzy porażki), chociaż udział w obu turniejach zakończyli na fazie grupowej.