Wegens zijn ambitie en loyaliteit aan de partij werd hij door Heinrich Himmler op 4 oktober 1939 tot Höhere SS- und Polizeiführer (HSSPF Ost) in het Generaal-gouvernement benoemd. Daarmee werd hij de machtigste man in bezet Polen. Krüger was verantwoordelijk voor talrijke oorlogsmisdaden, voor de vernietigingskampen, de dwangarbeidinzet, en de inzet van de politie en SS bij het opruimen van de getto's en het neerslaan van de opstand in het getto van Warschau. Verder was hij verantwoordelijk voor het doorvoeren van de "Aktion Erntefest" en de partizanenbestrijding in het Generaal-gouvernement, terreur jegens de Poolse burgerbevolking, massale schietpartijen, en de vernietiging van de Poolse leidinggevende klasse (AB-Aktion), en de verdrijving van 100.000 Poolse boeren uit het gebied in de "Aktion Zamość". In mei 1942 fungeerde Krüger als staatssecretaris voor de veiligheidsdiensten in het Generaal-gouvernement.