Suurien tukirahojen saattelemana Gené suuntasi vuonna 1999 italialaisen Minardi-tallin auton ohjaimiin Formula 1 -sarjaan. Tallipaikastaan hänen piti maksaa sponsorirahojen turvin huhujen mukaan jopa 49 miljoonaa markkaa. Sijoituttuaan kuudenneksi Euroopan GP:ssä, joka ajettiin Saksassa, hän saavutti yhden MM-pisteen. Kilpailu oli muutenkin varsin yllätyksellinen, sillä Minardi-tallin ykköskuljettaja Luca Badoer oli pitkään kilpailun neljäntenä, vaikka joutuikin lopussa keskeyttämään. Gené toi tallille ensimmäisen pisteen sitten vuoden 1995 ja Pedro Lamyn.