Kaudeksi 1989 Berger sai tallikaverikseen Ferrarille Nigel Mansellin. Ferrari ei kuitenkaan kyennyt rakentamaan mestaruuskamppailuun yltävää autoa. Berger joutui vakavaan onnettomuuteen Imolassa. Hän ajoi pahasti ulos nopeassa ja surullisen kuuluisassa Tamburello-mutkassa, joka myöhemmin vaati hänen läheisen ystävänsä, Ayrton Sennan, hengen. Berger kuitenkin selvisi vakavitta vammoitta ja palasi kilpailemaan jo seuraavassa kilpailussa. Hän voitti Portugalin GP:n ja osoitti samalla, että hänen ajotaitonsa olivat tallella onnettomuuden jälkeen.