En 1798, il continue ses services en Belgique, puis dans l’armée de Batavie sous les ordres du général Brune et est blessé à la cuisse droite le lors de la Bataille de Castricum. En 1800, il est affecté à l’armée du Rhin et se trouve à la bataille de Biberach le ainsi qu’à celle de Hohenlinden le . En garnison à Lille en 1803, Rey devient adjudant commandant et est employé en cette qualité au camp de Bruges le . Il est nommé colonel du régiment d’infanterie de ligne le suivant, puis il est fait chevalier de la Légion d’honneur le et officier de l’ordre le .