Durant el setge de Barcelona de 1713-1714 el convent va ser un dels principals punts d'enfrontament i l'11 de setembre de 1714 patí bombardejos i quedà molt malmès. L'any 1716, Felip V d'Espanya va ordenar enderrocar el convent degut a la construcció de la fortalesa de la Ciutadella. Els agustins es varen traslladar al carrer Hospital, al barri del Raval, on el 1727 van prendre possessió del nou indret i el 1728 iniciaren les obres del nou convent i de l'església de Sant Agustí Nou, malgrat l'oposició d'altres ordes ja establertes allí. El nou convent es va inaugurar el 1750.