Першими жителями острова, за переказами, були дріопи, від царя яких на ім'я Кітн острів і отримав назву. Вживається при цьому й інша назва — Ферма (місцеві жителі називають острів Ферма), що походить від теплих (thermes) цілющих джерел в місцевості Лутра. У греко-перські війни острів воював на боці греків. Геродот пише, що острів послав одну трирему і одну пентеконтеру для участі в битві при Саламіні. Далі острів був членом Делосського морського союзу. Політичний устрій острова мав складові риси правління аристократії і демократії. Це спонукало Аристотеля написати філософський твір — «Конституцію Кітноса», в якій він бачив близьке до ідеального державне управління. У 1207 році Кітнос був захоплений венеціанцями і увійшов до складу створеного ними Наксоського герцогства, а в 1617 році — турками. Кітнос був одним з перших островів, що взяли участь у національно-визвольній Грецькій революції 1821 року і в 1830 році, як і інші Кіклади, возз'єднавшись з Грецією.