Після подій 11 вересня 2001 року "Mesaba Airlines" була змушена скоротити штат співробітників на 20 % і перейти до режиму загальної економії витрат. Восени 2003 року Northwest Airlines оголосила про плани щодо виведення з експлуатації всього парку реактивних Avro RJ-85 з причини їх паливної неефективності і великого віку літаків. Оскільки на флот Avro RJ-85 припадало більше половини всіх доходів "Mesaba Airlines", керівництву компанії вдалося провести переговори з NWA, дозволили продовжити експлуатацію даних літаків на невизначений період часу. У 2005 році було оголошено про початок програми заміни Avro на регіональні реактивні літаки Canadair Regional Jets, 15 одиниць яких надійшли в авіакомпанію в період з вересня 2005 по кінець 2006 року.