Zranenie stehna mu neumožnilo nastúpiť v prvých dvoch zápasoch Majstrovstiev sveta 2002, nastúpil v treťom zápase, no nedokázal zabrániť nevydarenému pôsobeniu Francúzska, ktoré vypadlo v základnej skupine bez streleného gólu. Na Eure 2004 Francúzsku prekvapujúco vypadlo v štvrťfinále s neskorším víťazom - Gréckom. Zidane po týchto majstrovstvách oznámil koniec reprezentačnej kariéry. Svoje rozhodnutie ale neskôr zmenil, keďže ho presvedčil tréner Raymond Domenech a slabé vystúpenia Francúzska v kvalifikácii. 27. mája 2006 odohral svoje sté vystúpenie v národnom drese v priateľskom zápase proti Mexiku.