Nell'estate 1997 viene acquistato dalla Sampdoria che riesce ad ingaggiare il promettente terzino sinistro soffiandolo a squadre come il Real Madrid. Dopo aver sofferto di pubalgia nei primi mesi a Genova, Hugo debutta in Serie A alla settima giornata contro il Milan (partita persa dai blucerchiati 0-3). Il portoghese termina la stagione 1997-1998 con 19 presenze, collezionate perlopiù partendo dalla panchina.