В 1996 году сборная сыграла лишь два матча в рамках квалификации к Кубку Азии 1996 против сборной Узбекистана. Первый матч проходивший в Душанбе закончился с разгромным счётом 4:0 в пользу сборной Таджикистана, а во втором матче в Ташкенте сборная Узбекистана также разгромила Таджикистан со счётом 5:0 и таким образом сборная Таджикистана не смогла получить путёвку на Кубок Азии 1996, который проходил в ОАЭ. В 1997—1999 годах сборная сыграла 15 матчей, из которых победу одержала в 7 матчах.