D'autres initiatives ont été mises en place afin de protéger les milieux naturels et les espèces menacées. On peut par exemple citer les mesures de protections des marais et des zones humides du bassin dont plusieurs figurent sur la Convention relative aux zones humides d'importance internationale depuis 1971 (notamment les forêts de Barmah et de Gunbower, le Riverland et le Coorong). Certaines espèces piscicoles sont également protégées via la "Native Fish Strategy" qui vise à réhabiliter les espèces endémiques de poissons. L'objectif de cette stratégie est d'atteindre, en cinquante ans, une population équivalente à 60 % de celle qui préexistait avant l'arrivée des Européens. La protection des territoires passe également par l'inscription de certains sites sur le registre des Parcs Nationaux (comme le Coorong et la montagne Burrowa-Pine) ou sur celui du patrimoine national, comme la forêt de Barmah. À plus grande échelle, des projets locaux ont permis de préserver ou de sauver des lieux importants sur le plan naturel mais aussi culturel. Ainsi, le "Mungabareena Reserve Wiradjuri Reconciliation Project" a permis, avec la collaboration d'Aborigènes et de non-Aborigènes, de réhabiliter, par l'abandon de l'élevage et la replantation de végétation endémique, 42 hectares du lit majeur du Murray, lieu traditionnel de rassemblement et de cérémonies des populations non européennes.