A combinação da redivisão do sul, a introdução da sharia em todo o país, a renovada guerra civil e os crescentes problemas econômicos acabaram por contribuir para a queda de Jaafar Nimeiri. Em 6 de abril de 1985, um grupo de oficiais militares, liderados pelo tenente-general Abdel Rahman Swar al-Dahab, derrubou Nimeiri, que se refugiou no Egito.