Nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten und der Zerschlagung von freien Gewerkschaften übernahm er die Bauleitung und Geschäftsführung einer gemeinnützigen Siedlungsgemeinschaft („Deutsches Heim“). In dieser Funktion kam der entschiedene Gegner des Nationalsozialismus später in Kontakt mit den Widerstandsgruppen um Carl Goerdeler, Ludwig Beck und dem christlichen Gewerkschafter Jakob Kaiser. Franz Leuninger war nach einem gelungenen Umsturz und einem demokratischen Neuanfang im &lt;a href="Schattenkabinett%20Beck/Goerdeler"&gt;Schattenkabinett Beck/Goerdeler&lt;/a&gt; als Oberpräsident der Provinz Schlesien vorgesehen. Nach dem gescheiterten Attentat auf Adolf Hitler vom 20. Juli 1944 wurde Franz Leuninger am 26. September festgenommen und blieb mehrere Monate in Haft, bevor er am 26. Februar 1945 vom Berliner Volksgerichtshof zum Tode verurteilt und am 1. März 1945 im Strafgefängnis Berlin-Plötzensee erhängt wurde.