С началом войны против Франции в 1793 году Беркли получил в командование 74-пушечный корабль "HMS Marlborough", командуя которым участвовал в Атлантической кампании 1794 года и отличился в сражении Славного первого июня, где был тяжело ранен в голову и бедро. В 1795 году, после излечения ран, Беркли возвратился к активной службе и был назначен капитаном 90-пушечного корабля "HMS Formidable", командуя которым участвовал в блокаде Бреста и Кадиса, в крейсерстве у берегов Ирландии и у Текселя.