Zum Auftakt der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%201999/2000"&gt;Saison 1999/2000&lt;/a&gt; verpasste sie bei einem Staffelrennen in der WM-Besetzung in Hochfilzen als Viertplatzierte eine Podiumsplatzierung. Ein erster Höhepunkt der Saison wurden die Biathlon-Europameisterschaften 2000 in Kościelisko. Pešinová wurde im Einzel 21., 38. des Sprintrennens und gewann mit Holubcová, Česneková und Háková hinter der slowakischen Staffel die Silbermedaille. Wenig später nahm sie am Holmenkollen in Oslo auch an den Weltmeisterschaften des Jahres teil. Im Einzel lief sie auf den 63. Platz, wurde 44. des Sprints und 36. des Verfolgungsrennen. Mit der Staffel lief sie in der bewährten Besetzung auf den zehnten Platz. Zum dritten und letzten Mal nahm Pešinová 2001 in Pokljuka an einer WM teil. Mit Rang 20 im Sprint erreichte sie ihr bestes Resultat bei einer WM. Zudem kam sie im Sprint auf den 38. Platz und wurde 54. im Verfolgungsrennen. Letztes Großereignis wurden die Biathlon-Europameisterschaften 2003 in Forni Avoltri, bei denen die Tschechin 29. des Einzels wurde, 41. im Sprint und 33. des Verfolgungsrennen. Nach der Saison beendete Pešinová ihre Karriere.