Von den Kriegen im Osten zwischen Engländern, Franzosen und Amerikanern blieben die Sioux nahezu unbehelligt. Nur am Britisch-Amerikanischen-Krieg von 1812 waren auch einige Yanktonai-Krieger unter Häuptling Waneta beteiligt, der für seine Verdienste bei den Briten sogar zum Captain befördert wurde. Im Vertrag von Washington am 19. April 1858 hatten die Yankton fast ihr gesamtes Stammesgebiet an die Regierung abgetreten und wurden in Reservate umgesiedelt. Als Gegenleistung erhielten sie Geld, Lebensmittel und Warenlieferungen von der Regierung. Teile der Yanktonai zogen 1867 in das Reservat Devil's Lake, andere in die Reservate Standing Rock und Fort Peck. Der Amerikanische Bürgerkrieg (1861–1865) führte zu Zahlungsschwierigkeiten und zum Ausbleiben der jährlichen Lieferungen, das eine Hungersnot bei den Östlichen Dakota auslöste. Es kam zu Unruhen in einigen Gruppen, doch beim Ausbruch des Sioux-Aufstands 1862 in Minnesota hielt sie der Yankton-Führer Palaneapape aus dem Konflikt heraus und warnte die weißen Siedler rechtzeitig, den Schutz der Forts aufzusuchen. Er rettete damit vielen Weißen das Leben. Auch die Yanktonai hielten sich aus dem Krieg heraus. Dennoch griff die US-Armee am 3. September 1863 während einer Strafexpedition ein Yanktonai-Jagdlager am Whitestone Hill an und tötete zwischen 100 und 300 Indianer. Kurz nach der Verabschiedung des Dawes Acts im Jahr 1887 begann die Aufteilung der Reservate in einzelne Parzellen und wurde 1890 beendet.