Na een muziekopleiding aan het Mozarteum in Salzburg, waar hij in de dertiger jaren de cello leerde bespelen, leerde hij daarna ook componeren en arrangeren. In het familiekoor van de Von Trapps zong hij de tenorpartij. In 1938 vluchtte de familie Von Trapp, na de Oostenrijkse aansluiting bij Duitsland, naar de Verenigde Staten en daar startte hij zijn succesvolle muzikale carrière. Nadat de familie was gestopt met optredens begon Werner een "Community School of Music" in Reading, Pennsylvania.