Bereits 2016 schloss sich Megan Rapinoe den Protesten gegen Rassismus verschiedener US-Mannschaften an, die sich dadurch ausdrückten, dass die Sportler die Nationalhymne nicht mitsangen (und in der Regel nicht standen, sondern knieten). Der erste, der dadurch auffiel, war der Quarterback der San Francisco 49ers, Colin Kaepernick. Rapinoe war die erste weiße Athletin, die sich ebenfalls weigerte, die Hymne mitzusingen. Im Mai 2019 kündigte sie in einem Gespräch an, dass sie „wahrscheinlich nie wieder die Nationalhymne singen wird“, einschließlich der Weltmeisterschaft in Frankreich 2019, wie man bei den Fernsehübertragungen auch sehen konnte. Nachdem Präsident Trump sie auf Twitter scharf kritisiert hatte, erklärte sie, dass sie von "Hatern" keine Notiz nähme. Team und Trainerin standen ungeachtet der Kritik jederzeit hinter ihr und ihre Teamkameradin Alex Morgan bezeichnete sie als das Herz des Teams.