La collégiale Sainte-Croix sert de lieu de sépulture à partir de 1520. Elle dispose d'ailleurs d’un petit cimetière attenant. Les vues de 1636-40 et 1699 ne montrent pas de cloître mais le nom de la maison canoniale qui fut érigée sur ses ruines, « Les Cloistres » pourraient laisser entendre qu’il en existait un. Après quelques décennies, la collégiale est mise à sac et ruinée lors des guerres de Religion. En 1568, les troupes protestantes commandées par le comte de Montgommery pillent et ruinent l’église. D’autres dégradations ont pu survenir en 1587 lorsque Henri de Navarre, futur Henri IV, passe à Montsoreau à plusieurs reprises avant et après sa victoire de Coutras. Lors de la Révolution française, la propriété et ses dépendances sont saisies et vendues comme bien national le 11 novembre 1790.