En 1948, Fernando Alonso rentre à Cuba. Avec son épouse, il fonde le ballet Alicia Alonso, qui devient le ballet nacional de Cuba après la révolution. Fernando Alonso contribue au développement du style classique cubain. Il divorce en 1975 et se remarie avec la danseuse Aida Villoch. Il dirige l'école de ballet et la compagnie de Camagüey.