12 Ekim 2004'te, Solomon Adaları ile oynanan 2004 OFC Uluslar Kupası Finali'nde sonradan dahil olarak uzunca bir aradan sonra Avustralya forması giydi. O günden itibaren düzenli olarak millî takıma çağrılsa da çoğu maça yedek olarak başladı. 2005 FIFA Konfederasyonlar Kupası'nda da mücadele eden Thompson, turnuvadaki iki maçta sonradan oyuna dahil oldu.