Клинт Болтон был в составе сборной Австралии (до 20 лет) на Чемпионате мира 1995 года в Катаре. Он также принял участие в квалификации на Олимпийские игры 1996 года, но не был включен в заявку на финальную часть турнира. Главный дебют Болтона на международном уровне состоялся в матче Австралии против Парагвая в 2000 году. Он также был членом сборной во время проведения Кубка наций ОФК в 2000 году. Болтон стоял в воротах команды Австралии в матчах против сборных Тонга и Фиджи в 2001 году и сохранил ворота в неприкосновенности.