國荃雖善戰，但屢屢屠殺平民，軍紀極差，亦曾自謂「殺人如麻」，以安慶殺降、南京屠城，為人所病；南京城破後，曾国藩上奏入南京后，“……分段搜杀，三日之间毙贼共十餘万人，秦淮长河，屍首如麻，……三日夜火光不息。”其實十餘萬人大多是老百姓，南京文士李圭道：“至官軍一面，則潰敗後之虜掠，或戰勝後之焚殺，尤耳不忍聞，目不忍睹，其慘毒實較‘賊’又有過之無不及，予不欲言，予亦不敢言也。”。