En 2012, Bourne frappe pour ,274 avec 171 coups sûrs. Il marque 96 points, en produit 57 et vole 42 buts, soit deux de moins seulement que le champion voleur de la Ligue nationale, Everth Cabrera. Il apparaît parmi les meneurs dans plusieurs catégories offensives et défensives et aide Atlanta à atteindre les séries éliminatoires. En saison régulière, il frappe neuf circuits, soit deux de plus que son total des trois saisons précédentes combinées. Il reçoit à la mi-saison sa seconde invitation au match des étoiles. Il devient un des agents libres les plus convoités de la ligue à l'automne 2012.