Zé Elias maakte op 29 maart 1995 zijn interlanddebuut voor Brazilië in een vriendschappelijke interland tegen Honduras (1-1). Hij nam met zijn land deel aan de Olympische Spelen 1996, waar hij brons won. Met het Braziliaans olympisch elftal nam hij in 1996 ook deel aan de CONCACAF Gold Cup, waar Brazilië als enige niet-CONCACAF-lid uitgenodigd was. Brazilië haalde uiteindelijk de finale, die het met 0-2 verloor van Mexico. Zé Elias viel in de finale na 68 minuten in voor Arílson.