Sodat saivat alkunsa Joonian kapinasta vuonna 499 eaa.. Ensin Miletoksen ja sitten muutkin Joonian kreikkalaiset, jotka tuolloin kuuluivat Persian alaisuuteen, nousivat kapinaan Persiaa vastaan. Ateena ja Eretria lähettivät apua kapinoitsijoille ja vuonna 498 eaa. kreikkalaiset tuhosivat Lyydian maakunnan pääkaupungin Sardiksen. Vuonna 494 eaa. persialaiset kuitenkin kukistivat kreikkalaiset laivastot ja valtasivat Joonian takaisin.