Перед началом сезона 2013/2014 главный тренер «Севильи» Унаи Эмери сделал Ракитича капитаном команды. Он забил два гола в матче против «Реал Мадрида» на «Сантьяго Бернабеу» (конечный счёт 7:3, особенно красивым получился второй гол хорвата). В январе получил награду лучшего игрока месяца чемпионата Испании. В еврокубках Ракитич помог добраться «бело-красным» до финала Лиги Европы, в котором команда одержала победу в серии послематчевых пенальти против «Бенфики». А Ракитича УЕФА признала лучшим игроком матча. По итогам сезона полузащитник был включён в символическую сборную чемпионата Испании и Лиги Европы УЕФА. Также Ракитич выиграл награду Fair Award Play и был номинирован на звание лучшего полузащитника Примеры, уступив в итоге Андресу Иньесте.