Силы Союза достигли окраин Ричмонда к июню 1862 года, однако виргинский генерал Роберт Э. Ли принял командование Северовирджинской армией Конфедерации и отбросил армию Союза, а после этого возглавил вторжения на территорию Союза и впоследствии был назначен главнокомандующим армией Конфедерации в феврале 1865 года. Во время войны в Виргинии произошло больше сражений, чем где-либо ещё, включая битвы при Булл-Ран, Фредериксберге, Чанселорсвилле и заключительное сражение при Аппоматтоксе, где Ли сдался 9 апреля 1865 года. После капитуляции Ричмонда столица штата в том же месяце была ненадолго перенесена в Линчберг, а руководство Конфедерации бежало в Данвилл. 32 751 виргинец погиб в гражданской войне. Виргиния официально вновь присоединилась к Соединённым Штатам в 1870 году благодаря работе Комитета девяти.