Karierę piłkarską Baqoyev rozpoczął w klubie FK Buchara. W 1997 roku zadebiutował w jego barwach w pierwszej lidze uzbeckiej. W Bucharze grał do 2000 roku, a na początku 2001 roku przeszedł do rosyjskiego CSKA Moskwa. W CSKA rozegrał 7 meczów, ale jeszcze w trakcie sezonu 2001 odszedł do Torpedo-ZIŁ Moskwa. Spędził w nim także cały sezon 2002.