Mentre il 2 ottobre 1500 diveniva doge Leonardo Loredan, le galere delle mude d'Oriente tornarono semivuote, da Alessandria d'Egitto solo tre navi su cinque avevano le stive cariche, mentre da Beirut vennero riportate solo quattro balle di pepe. Il panico si diffuse nel mercato realtino e il patrizio Benedetto Sanudo venne inviato in missione segreta al Cairo per spingere il sultano mamelucco a trattare coi principi indiani per precludere i loro porti ai portoghesi. Frattanto si affiancò al Consiglio dei Dieci una Giunta delle Spezierie per studiare soluzioni al problema. Dal canto suo il Portogallo ordinò a Vasco de Gama di lasciare stabilmente parte della flotta a difesa dello sbocco del mar Rosso, per bloccare i commerci egiziani. Nel prosieguio della seconda guerra turco veneziana a dicembre del 1500 la flotta veneziana e spagnola conclude vittoriosamente l'assedio a Cefalonia. Stremata, nel 1503 Venezia chiese la pace ai Turchi, rinunciando al possesso delle isole appena conquistate. In quello stesso 1503 i signori della Romagna spodestati dal duca Cesare "Valentino" Borgia, approfittando della morte del padre papa Alessandro VI, offrirono di sottomettersi alla Repubblica di Venezia a condizione di riavere i loro antichi domini: il Senato veneziano accettò e la Serenissima prese possesso di Rimini, Faenza e altre città. L'atto irritò profondamente il nuovo pontefice, il genovese Giulio II, il quale, imprigionato il Borgia, intendeva ristabilire il possesso pontificio di quelle terre.