במאה ה-16 או ה-17 לפנה"ס התפרץ הר געש באי סנטוריני באחת ההתפרצויות הגעשיות החזקות ביותר בעשרת אלפי השנים האחרונות. ההתפרצות גרמה לצונאמי ענק בים האגאי, הפיצה אפר געשי בעיקר באנטוליה ובמזרח אגן הים התיכון, וייתכן שגרמה גם לרעידות אדמה נוספות ולירידת טמפרטורות. הועלו השערות שההתפרצות גרמה לתופעות המזכירות את מכות מצרים וקריעת ים סוף בסיפור המקראי. לחלופין הוצע שהשפעות ההתפרצות שולבו בזכרונות היסטוריים במצרים, ויצרו את הבסיס למסורות יציאת מצרים שהובאו לכנען מאוחר יותר. עם זאת, לדעת האגיפטולוג מנפרד ביטאק אין ראיות שמצרים הושפעה באופן משמעותי מתופעות כאלו.