4. července 2013 se Aubameyang připojil k finalistům &lt;a href="Liga%20mistr%C5%AF%20UEFA%202012/13"&gt;Ligy mistrů 2012/13&lt;/a&gt; Borussii Dortmund, podepsal smlouvu na pět let. Ve svém novém klubu debutoval v DFL-Supercupu 27. července 2013 proti Bayernu Mnichov, kde na posledních 18 minut zápasu, který skončil vítězstvím 4: 2, vystřídal Jakuba Błaszczykowského; asistoval Marcu Reusovi u posledního gólu zápasu. 10. srpna debutoval Aubameyang v Bundeslize a vstřelil hattrick proti Augsburgu, dal branku ze své první střely v lize. Aubameyang se také stal prvním hráčem Gabonu, který se objevil v německé nejvyšší soutěži. 27. listopadu vstřelil svůj první gól v Lize mistrů při vítězství 3:1 proti Neapoli ve skupinové fázi soutěže &lt;a href="Liga%20mistr%C5%AF%20UEFA%202013/14"&gt;2013/14&lt;/a&gt;. 24. září téhož roku proměnil penaltu proti Mnichovi 1860, která posunula Dortmund do dalšího kola DFB-Pokalu. Sezónu zakončil s 13 ligovými a 16 góly ve všech soutěžích.