히라누마는 1939년 1월 수상에 취임하였다. 그의 수상 재임시 나치 독일과의 동맹의 득실이 주된 논쟁거리였다. 히라누마는 나치 독일과 반공 협정을 원했으나, 독일과의 군사동맹은 미국이나 영국과의 전쟁으로 비화할 수 있기 때문에 반대하였다. 1939년 8월에 독소 불가침 조약이 맺어져서 외교적인 변화가 일어났고, 비슷한 시기에 노몬한 사건에서 소련군에게 일본군이 대패하자 히라누마는 수상에서 사임하였다.