През октомври 1963 Нигерия е провъзгласена официално за федерална република, а генерал-губернатор Ннамди Азикиве става първи президент. Това е т.нар. Първа нигерийска република. Този период се характеризира с напрежение и етнически сблъсъци, породени от разнообразието на народи и вероизповедания от една страна, и неравното икономическо развитие на северната и южната част от друга. Това довежда до свалянето на президента от власт и убийството на министър-председателя Абубакар Тафава Балева по време на военен преврат на 15 януари 1966. Следва период на военно управление, което обаче не успява да се справи с икономическите проблеми и вътрешното напрежение. Четирите региона са заменени от 12 щата, но източните региони отхвърлят това деление, искайки автономия. На 29 май 1967 лейтенант-полковник Емека Оджукву обявява независимостта на източния регион под името Република Биафра. Това събитие маркира началото на гражданска война, довела до смъртта на над 1 милион души и победа над Биафра. Военното управление бива свалено чрез преврат на ген. Муртала Мохамед през 1975, но самият той е свален чрез преврат само година по-късно, от ген. Олусегун Обасанджо. В Нигерия започва преход към гражданско управление и създаване на нова конституция – това е Втората република. На 31 декември 1983 републиката е свалена от власт и отново е установено военно управление от страна на Върховния военен съвет (ВВС), този път само за 2 години.