Obwohl in der anderen Partei, übertrug Franklin D. Roosevelt ihm in seiner Präsidentschaft verschiedene Aufgaben, unter anderem ab 1941 als Geheimdienst-Koordinator (COI), dem ersten nicht an die Armee gebundenen Geheimdienst. Zuvor war er auf Sondermission des Präsidenten in Großbritannien und Südosteuropa tätig gewesen. Möglicherweise war er am Jugoslawischen Putsch 1941 beteiligt, welcher den Beginn von Unternehmen Barbarossa um vier bis zehn Wochen verzögerte. Am 20. März 1942 bekam er von einem Untergebenen einen Bericht des chilenischen Botschafters in Prag, Gonzalo Monti Rivas, der nach der deutschen Besetzung von Tschechien (15. März 1939) dort verblieben war und den Bericht am 24. November 1941 verfasst hatte. In dem Bericht war zu lesen, welche Pläne Adolf Hitler mit den Juden hatte.