Na klubové úrovni hrál Möller za Eintracht Frankfurt (1985–87, 1990–92, 2003–04), Borussii Dortmund (1988–90, 1994–2000), Juventus (1992–94), a Schalke 04 (2000–03). V dresu Juventusu v roce 1993 vyhrál Pohár UEFA, když zdolal Borussii Dortmund celkovým skóre 6-1. Později v roce 1997 vyhrál Ligu mistrů v dresu Dortmundu, kdy zdolal svůj bývalý klub Juventus 3-1. Za Německo odehrál 85 zápasů, ve kterých nastřílel 29 gólů. Kromě dvou vítězných turnajů reprezentoval Německo i na mistrovství světa ve fotbale 1994 a 1998 a také na Euro 92.