W połowie 1983 roku na południu kraju utworzona została Ludowa Armia Wyzwolenia Sudanu. Frakcja ta reprezentowała interesy nieislamskiej ludności kraju. Prezydent sprzeciwiał się niepodległościowym dążeniom południowców co doprowadziło do wybuchu II wojny domowej. Partyzantów wsparł oraz zezwolił na utworzenie baz na terenie własnego kraju, prezydent Etiopii Mengystu Hajle Marjam co było między innymi odpowiedzią na wsparcie sudańskie dla erytrejskich separatystów.