Filo ilk olarak Polonya Seferi sırasında Güney Ordular Grubuna hava desteği vermiştir. Filo Fransa ve İngiltere'ye karşı verilen savaşlara katılmadı. Yugoslavya'nın işgali sırasında filo Belgradı bombaladı ve 2 binden fazla sivilin ölmesine neden oldu Bu katliam nedeniyle 1947'de filonun o dönemki komutanı Alexander Loehr Yugoslavya'da çıkarıldığı mahkemece idam cezasına çarptırıldı ve 10 gün sonra idam edildi. Filo Barbarossa Harekâtı sırasında Güney Ordular grubuna havadan destek verdi ve lağvedilene kadar doğu cephesinde görev yaptı. Filo Stalingrad Muharebesi sırasında şehri Halı bombardımanı ile yerle bir etmiştir bu bombardıman sonucunda 40.000'den fazla Sivil ölmüştür.