Již na začátku sezóny 2006 bylo zřejmé, že tento rok je pro Montoyu ve formuli 1 poslední. Zvažoval odchod do zámořské série cestovních vozů NASCAR, měl konflikty s vedením stáje. V tomto roce však odjel pouze 10 velkých cen, ve kterých nasbíral 26 bodů. S formulí 1 se rozloučil předčasně, od Velké ceny Francie ho v týmu McLaren nahradil testovací jezdec Pedro de la Rosa. Od roku 2006 jezdí úspěšně v sérii NASCAR.