Adebayor colaboró en clasificar a Togo para la Copa Africana de Naciones 2006 al anotar once goles durante las eliminatorias, más que ningún otro jugador de la Zona Africana. Ya en el torneo, tuvo un altercado con el entrenador al ser considerado como suplente durante el primer partido, lo que provocó su intención de abandonar el equipo, que finalmente no sucedió.