O "Yamato" e o "Musashi" foram requisitados em junho novamente para servirem como transporte de tropas, desta vez a fim de reforçar a guarnição de defesas navais perto da ilha de Biak, parte da Operação Kon. A missão foi cancelada quando o quartel-general de Ozawa recebeu notícias de ataques de porta-aviões norte-americanos nas Ilhas Marianas. Ao invés disso, a Marinha Imperial Japonesa se reorganizou, concentrando a maior parte da sua força restante na esperança de alcançar um sucesso definitivo contra os Estados Unidos. Entretanto, nessa altura a marinha japonesa estava em experiência e números inferiores do que a marinha inimiga. O "Yamato" escoltou a Frota Móvel entre 19 e 23 de junho de 1944, durante a Batalha do Mar das Filipinas, apelidada pelos pilotos norte-americanos como "O Grande Tiro aos Patos das Marianas". O Japão acabou perdendo três porta-aviões e 426 aeronaves, com a única contribuição significante do "Yamato" foi disparar por engano contra um avião japonês.