Перри вернулся в армию в конце 1863 года и командовал бригадой во время кампании Бристо. 6 мая 1864 года он получил тяжелое ранение во время сражения в Глуши. Он вернулся в строй во время осады Петерсберга, но был еще непригоден для строевой службы. В итоге его отправили в Алабаму, где он служил в инвалидном корпусе.