El 17 de junio de 1861, Bee fue nombrado General de Brigada de la brigada movilizada en Manassas Junction. Se le dio el mando de la III Brigada del Ejército del Shenandoah, subordinado del General de Brigada Joseph E. Johnston durante la siguiente batalla, más tarde conocida como la Primera batalla de Bull Run, se dice que Bee fue el primero en utilizar el término "muro de piedra", en referencia al General de Brigada Thomas J. Jackson y sus hombres , dando origen al nombre "Stonewall Jackson" y la brigada de Stonewall. Bee fue mortalmente herido cuando los confederados comenzaron a ganar la ventaja en la batalla.