בקיץ 1999 חתם ברדריץ' בבאייר לברקוזן. ברדריץ' הפך עד מהרה לשחקן הרכב קבוע בקבוצה, על אף שהבקיע שערים במספרים נמוכים יחסית לחלוץ. ברדריץ' סייע לקבוצה לסיים פעמיים במקום השני בבונדסליגה, ולהגיע לגמר הגביע הגרמני בשנת 2002, בו הפסידה באייר לברקוזן לשאלקה 04 בתוצאה 2–4. במשחק זה, ברדריץ' נכנס כמחליף במקומו של אוליבר נויביל. באותה עונה, ברדריץ' הגיע עם באייר לברקוזן לגמר ליגת האלופות, בו הפסידה הקבוצה 1–2 לריאל מדריד. במשחק זה ברדריץ' פתח בהרכב, אך הוחלף בדקה ה-39 על ידי דימיטאר ברבאטוב. תקופה זו הייתה תקופת שיא עבור המועדון, על אף האכזבות הרבות, בעיקר בעונת 2002 בה סיימה הקבוצה במקום השני בכל המפעלים. השתתפות הקבוצה בליגת האלופות הפכה לעניין שבשגרה, וברדריץ' צבר 18 הופעות בליגת האלופות בסך הכל, בהן הבקיע שער אחד, נגד יובנטוס בעונת 2002. בבונדסליגה ברדריץ' צבר 82 הופעות, בהן הבקיע 14 שערים. עם זאת, בעונת 2002/03 נחלש מעמדו של ברדריץ', והוא אף ירד לקבוצת המילואים בליגות האזוריות במשך תקופה מסוימת.