W 1999 roku Wörns wziął udział w Pucharze Konfederacji. Zagrał na nim we wszystkich spotkaniach swojej drużyny: z Brazylią (0:4), Nową Zelandią (2:0) oraz ze Stanami Zjednoczonymi (0:2). Niemcy odpadli z tamtego turnieju po fazie grupowej.