Vom 6. April 2002 bis zum 12. Juli 2004 war Barroso Premierminister Portugals. Während seiner Amtszeit unternahm er einige Schritte, die in der Bevölkerung Portugals auf Widerstand stießen, wie etwa die Unterstützung der Invasion des Iraks im Frühjahr 2003, die Privatisierung von Staatsunternehmen und starke Einschnitte in den öffentlichen Ausgaben. Barroso begründete seine Politik mit der schlechten Wirtschaftslage und des von der PS-Vorgängerregierung hinterlassenen Budgetdefizits. Als Ziel betonte er dabei die Einhaltung des Euro-Stabilitätspaktes. Barroso gelang dies in seinen beiden Amtsjahren – allerdings nur nominell: Barroso ließ staatliche Beteiligungen verkaufen, zapfte die Pensionskasse des staatseigenen Postunternehmens an und ließ künftige Steuerzahlungen an der Börse verkaufen.