Nach seinem Karriereende blieb Ortega in Honduras und arbeitete später als Trainer. Nachdem er Ende der 1980er Jahre seine vormalige Spielstation Real España trainiert hatte, übernahm er als Nachfolger von José de la Paz Herrera 1990 die Leitung der honduranischen Nationalmannschaft. Mit der Auswahlmannschaft erreichte er das Endspiel im CONCACAF Gold Cup 1991 gegen die US-Nationalmannschaft, das im Elfmeterschießen entschieden wurde. Obwohl der honduranische Tormann Belarmino Rivera drei Elfmeter hielt und zusätzlich ein Strafstoß von Peter Vermes verschossen wurde, verpasste die Mannschaft den zweiten Titelgewinn nach 1981. Später gab er das Amt an Estanislao Malinowski weiter und kehrte in den Vereinsfußball zurück.