Jednym z głównych wyzwań stojących przed rządem Otunbajewy było przywrócenie pokoju i zagwarantowanie bezpieczeństwa na terenie całego państwa, a zwłaszcza w jego południowej części. Południe kraju, stanowiące teren tradycyjnych wpływów obalonego prezydenta Bakijewa, zamieszkane było dodatkowo przez ludność pochodzenia uzbeckiego, co w przeszłości stanowiło przyczynę wybuchu krwawych starć na tle etnicznym. Spośród 5,3 mln mieszkańców kraju Kirgizi stanowią 69,6% jego ludności, podczas gdy Uzbecy 14,5%, a Rosjanie 8,4%. Jednak w południowych obwodach dżalalabadzkim i oszyńskim ci drudzy stanowią odpowiednio 40% i 50% mieszkańców. Do szczególne gwałtownych starć między społecznością kirgiską i uzbecką doszło w 1990 r., tuż przed rozpadem ZSRR. Zginęło wówczas co najmniej 300 osób, a tysiące zostało rannych. Konflikt zakończony został dopiero dzięki interwencji radzieckich wojsk.