Једна од најдраматичнијих страница у историји Уфе тог доба повезана је са догађајима Сељачког рата 1773-1775. Према А. С. Пушкина, првом историчару Пугачовљевог устанка, у јесен 1773. године Пугачовов сарадник, козак Иван "Чика" Зарубин "зауставио се у селу Чешноковка, десет километара од Уфе, побунио је околна села, углавном Башкирска и одсекао град од било какве комуникације. " Број побуњеника достигао је петнаест хиљада људи, а број браниоца је једва премашивао хиљаду. Граду је недостајало хране, сточне хране, горива. Побуњеници су се два пута приближавали зидинама Уфе, али нису је могли освојити. У пролеће 1774. године редовне трупе под командом потпуковника И. И. Михељсона изашле су из Казања да помогну опкољенима. Околина Уфе постала је поприште жестоких борби, и 24. марта добро наоружане владине трупе разбиле су жесток отпор побуњеника.