Второй Шукера и первый официальный матч за Хорватию состоялся 22 октября 1992 против сборной Мексики в 1992 году, где он оформил дубль, а игра завершилась победой хорватов со счётом 3:0. Затем он привел Хорватию к их первому крупному международному турниру — Чемипонат Европы 1996, забив рекордные 12 голов в 10 матчах на квалификационных этапах. Во время финального этапа турнира в Англии он забил три гола в четырёх матчах, в том числе два в матче группового этапа против действующего чемпиона, сборной Дании. Именно в этом матче он установил окончательный счет, поразив датского голкипера Петера Шмейхеля, который до сих пор считается одним из величайших голов в истории турнира. Шукер был включен в символическая сборную того розыгрыша.