一方で大韓航空機爆破事件を契機として中朝はそれ以前の綿密な連携は望めなくなった一面もある。近年の北朝鮮の日米韓に対する無用の挑発は中国指導部の反感を買っている。鉄道貨物で支援物資を北朝鮮に送ったところ、中国国鉄所有の貨車までスクラップにして処分してしまい、中国から抗議を受けた。民間でも度重なる核実験や朝鮮人民軍の脱北兵士による越境犯罪で中朝国境で北朝鮮に対する住民感情や中国世論は厳しくなっており、中国各地では反北朝鮮デモも起きている。他にも2013年12月、親中派だった張成沢が死刑になったのを境に中朝関係が悪化している。国連の対北経済制裁に中国はロシアとともに賛成し続けており、北朝鮮は中国を「米国に追従した」と批判することもある。2017年に中国は北朝鮮企業との合弁や北朝鮮人の新規雇用と銀行口座を禁止し、これにより貴重な外貨獲得源だった世界に約130店ある北朝鮮の食堂事業のうち世界最大の北朝鮮レストラン など中国にある100店が閉鎖されることになり、北朝鮮は中露に派遣してる労働者に帰国を命じている。また、北朝鮮の科学者は論文発表の9割近くが共同研究であり、そのうち共同研究相手は80.9％も中国人科学者が占める ことから中国は科学技術の流出を懸念して北朝鮮からの留学生の受け入れを中止して国内の北朝鮮留学生を監視して大学の研究室などへの出入りも禁止したとされる。対外的に北朝鮮の体制を擁護しているのは、韓国を基本とした統一がなされた場合、中国と陸続きの位置に米軍が進出する可能性を懸念しているためともされる。そのため、中国は北朝鮮や韓国の頭越しで朝鮮半島有事を想定した核の確保や38度線を越えた米軍の撤退などの具体的対応を米国と協議してることが米国政府から公表されている。また、北朝鮮からの難民対策も米国と協議しており、中朝国境には難民収容所の建設が進んでおり、脱北者の第三国への移動を認める異例の措置も行っている。2018年からは3月に金正恩は最高指導者就任後初の外遊として訪中して習近平と最高指導者就任後初の外国との首脳会談を行って「初外遊先に北京を選んだのは当然だ。中国との関係を重視する私の厳粛な義務だ」と述べ、習近平は金正恩から「最も立派な友人で最も親しい同志」「偉大な領袖」「偉大な指導者」とまで呼ばれ、同年6月の米朝首脳会談の際は李克強首相も移動用に政府専用機を金正恩に貸し、習近平の誕生日の際は金正恩は中朝の血盟を強調する祝賀をおくり、金正恩は度々訪中している。