1460 wurde Mystras von den Osmanen erobert. Nun erschienen auch Minarette zwischen Kirchen und Klöstern. Durch den Peloponnes-Feldzug Francesco Morosinis kam die Stadt 1687 in venezianischen Besitz, fiel jedoch bereits 1715 zurück an die osmanischen Türken. 1770, während eines russisch-türkischen Krieges, begann der Glanz der Stadt zu erlöschen; Hilfstruppen aus dem heutigen Albanien, die auf Befehl der Osmanen zur Unterbindung der Orlow-Revolte in die Peloponnes einfielen, verwüsteten die Stadt. Damit war Mystras' Blütezeit endgültig vorbei. Im griechischen Freiheitskampf wurde die Stadt dann 1825 derart zerstört, dass man auf den Wiederaufbau verzichtete. Stattdessen baute man wenig später das Jahrhunderte zuvor verlassene Sparta wieder neu auf.