Ces regroupements des forces génocidaires en RDC sont invoqués par le FPR comme motif de leur implication dans la Première et la Deuxième guerre du Congo. La poursuite de ces criminels par le FPR a causé la mort de plusieurs dizaines de milliers de génocidaires mais collatéralement aussi de civils innocents, dont les familles des miliciens qui les accompagnaient. Les milices rwandaises hutu causent une véritable panique au sein de la population de leur propre ethnie qui s'est réfugiée au Congo oriental. Les troupes rebelles attaquent les petits villages et pillent, volent, violent... en visant en particulier les fermes d'élevage des Congolais d'origine tutsi dans le Masisi (Nord-Kivu), une des causes de la Première guerre du Congo. Cette situation fait que, dans les provinces du Kivu, la population qui habite la campagne est souvent obligée de fuir pour chercher plus de sécurité dans les grandes villes de la région. Cette migration en masse fait augmenter le nombre des personnes sans aucune occupation et la misère dans les villes du Nord-Kivu et Sud-Kivu, comme Goma. Invoquant ces événements, les forces négationnistes de l'ancien Rwanda accusent le FPR d'avoir massacré plusieurs millions de personnes (soit la totalité des morts au Congo depuis 1994), essayant ainsi de déplacer l'accusation de génocide vers un « contre-génocide » ou un « double génocide ». Ils arguent aussi d'une plainte en cours d'examen devant la justice espagnole pour le massacre de coopérants espagnols tués pendant ces conflits et attribués au FPR.