Karnišovas edusti junioritasolla Neuvostoliittoa ja voitti maan paidassa EM-pronssia vuonna 1987 alle 16-vuotiaiden EM-kilpailuissa. Liettuan itsenäistyttyä hän edusti Liettua maajoukkuetta. Karnišovas oli ensimmäistä kertaa mukana arvokisoissa vuonna 1992, jolloin Liettua voitti olympiapronssia. Hän oli mukana myös vuoden 1996 olympialaisissa, joista maa voitti toistamiseen olympiapronssia. EM-kilpailuista Karnišovas saabutti hopeaa Kreikassa 1995.