In der folgenden Saison errang Honegger den 26. Platz im Gesamtweltcup und holte bei den Schweizer Meisterschaften 1997 Bronze über 5 km klassisch und jeweils Silber in der Verfolgung und mit der Staffel. Ihre besten Resultate bei den nordischen Skiweltmeisterschaften 1997 in Trondheim waren der 13. Platz in der Verfolgung und der achte Rang zusammen mit Andrea Huber, Natascia Leonardi und Brigitte Albrecht in der Staffel. In der Saison 1997/98 lief sie sechsmal in die Punkteränge und errang damit den 31. Platz im Gesamtweltcup. Bei den Schweizer Meisterschaften 1998 in Biel gewann sie Bronze über 15 km klassisch und jeweils Silber über 5 km klassisch, in der Verfolgung und über 30 km Freistil. Beim Saisonhöhepunkt, den Olympischen Winterspielen 1998 in Nagano, belegte sie jeweils den 22. Platz über 15 km klassisch und in der Verfolgung, den 14. Rang über 5 km klassisch und den vierten Platz zusammen mit Andrea Huber, Brigitte Albrecht und Natascia Leonardi in der Staffel. Im März 1998 holte sie in Falun zusammen mit Brigitte Albrecht im Teamsprint ihren einzigen Weltcupsieg. In ihrer letzten aktiven Saison 1998/99 wurde sie nochmals Schweizer Meisterin über 5 km klassisch und 15 km klassisch, In der Verfolgung, über 30 km Freistil und mit der Staffel errang sie den zweiten Platz. Bei den nordischen Skiweltmeisterschaften 1999 in Ramsau am Dachstein lief sie auf den 30. Platz über 5 km klassisch, auf den 23. Rang in der Verfolgung und zusammen mit Andrea Huber, Natascia Leonardi und Brigitte Albrecht auf den fünften Platz in der Staffel. Im März 1999 errang sie in Vantaa zusammen mit Brigitte Albrecht den dritten Platz im Teamsprint und absolvierte in Oslo ihre letzten Weltcuprennen, die sie auf dem 33. Platz über 30 km klassisch und auf dem siebten Rang in der Staffel beendete. Nach ihrer Karriere eröffnete sie eine Skilanglaufschule.