1942 schied er aus der Regierung aus. Nach der deutschen Besetzung Ungarns im März 1944 war er am 12. Mai 1944 bei der Amtseinführung des neuen Obergespans im Komitats Fejér Árpád Toldi in Székesfehérvár zugegen, bei der László Baky, Innenstaatssekretär der neuen Regierung Döme Sztójay, die völlige Deportation der Juden aus Ungarn verkündete, allein von März bis Juli 1944 wurden über 437.000 Juden nach Auschwitz deportiert. Als die Regierung Géza Lakatos und der Reichsverweser Miklós Horthy im Oktober 1944 geheime Waffenstillstandverhandlungen mit den Alliierten begannen, gehörte Hóman zum Exekutivkomitee einer 138-köpfigen Parlamentariergruppe, die dies zu verhindern suchte und den vom deutschen Botschafter Edmund Veesenmayer lancierten Staatsstreich unterstützte. Auch für die dann eingesetzte Marionettenregierung unter der Führung des Pfeilkreuzlers Ferenc Szálasi war Hóman als Regierungsberater an der Kriegsverlängerung und den antisemitischen Maßnahmen beteiligt, als nun noch die Juden aus der Hauptstadt Budapest deportiert werden sollten.