10月8日，經過短暫的軍政府管理後，德國直接將波蘭西部，包括西里西亞、大波蘭、波莫查、羅茲、但澤等曾為德意志帝國領土或有大量德裔人居住的地區併吞為國土，而其餘區域則由親衛隊上將的漢斯·法郎克所領導的波蘭總督府進行管理，對內施行「德國化」政策，在德國佔領期間，納粹親衛隊於波蘭境內建立了大量的集中營，關押猶太人、醫生、公務員、教會人員與地主等群眾，最後將其有系統地大量處決。在蘇聯1939年後的佔領區中，史達林則對波蘭人實行「俄羅斯化」，同樣殺害了波蘭社會精英與政治反對者，其中尤以屠殺兩萬名波蘭軍官的「卡廷森林屠殺案」最為出名。在德國佔領波蘭全國後，後者組織起地下抵抗勢力—「波蘭家鄉軍」於二戰期間進行游擊戰。逃到西方國家的數十萬波軍則另外組成一流亡政府，並加入了盟軍，於其他戰場繼續與軸心國戰鬥。二戰結束後，波蘭本土由波蘭統一工人黨所執政，與西方意識形態接近的流亡政府則無法回到波蘭，一直到東歐革命後才重回故土。