À la demande des avocats de Josette Audin, l'instruction est transférée à Rennes en peu avant la création de la lettre anticommuniste "Armée-Nation" le , qui est peu à peu reçue régulièrement par une partie des officiers supérieurs, avec treize numéros publiés jusqu'en juin 1960 . Parmi ses rédacteurs, les « Algérie française » de l'École de guerre qui organiseront en avril 1961 le « complot de Paris » autour du général Jacques Faure, les capitaines Morin et de Gorostarzu, les civils Raoul Girardet, Jacques Laurent et Jules Monnerot ou encore le Commandant Robert Casati, futur responsable de l'OAS, qui décédera à la prison de Fresnes des suites d'une maladie mal soignée. L'instruction se heurte en effet aux résistances des officiers supérieurs interrogés, malgré l’intervention du ministre de la Justice choisi par De Gaulle, l'ex-résistant Edmond Michelet, qui soutient son administration et encourage les magistrats à ne pas céder aux intimidations. De Gaulle obtient la création d'une commission d'enquête constituée de deux généraux et quatre magistrats, présidée par l'avocat général Gerthoffer, qui décide début janvier 1960 que seul Charbonnier doit comparaitre, ce qui met en colère le général Massu, ce dont il s'épanche dans la presse, déclenchant son éviction et dans la foulée la Semaine des barricades de la fin janvier 1960. Le commandant Paul Aussaresses est entendu comme témoin le , le lieutenant devenu capitaine André Charbonnier comme suspect le 25 avril puis le général Massu comme témoin le 19 septembre. Charbonnier nie son implication et jusqu’à la pratique même de la torture dans l'armée. En avril 1961, cinq colonels participeront au Putsch des généraux André Zeller, Maurice Challe, Edmond Jouhaud et Paul Gardy : Antoine Argoud, Yves Godard, Charles Lacheroy, mais aussi Jean Gardes et Joseph Broizat dont plusieurs rappelés en métropole puis repartis clandestinement en Algérie.