En 1939, l'Union soviétique signe un pacte de non-agression avec l'Allemagne nazie, rendant beaucoup plus difficile et périlleux le transport des Juifs d'Europe vers le Japon. Les événements de 1940 démontraient l'impossibilité d'exécuter le "Plan Fugu" de façon officielle et organisée. Puis l'URSS annexe les pays baltes, ce qui réduit d'autant les options dont disposent les Juifs pour fuir l'Europe. La signature par le gouvernement japonais du Pacte tripartite avec l'Allemagne et l'Italie met officiellement fin au plan Fugu.