In ihrer heutigen Form wurde das Gebiet der Präfektur 1913 nach dem Zweiten Balkankrieg Bestandteil des neugriechischen Staates. Unter griechische Kontrolle kam die Präfektur bereits im Verlauf des Ersten Balkankriegs 1912. In der Schlacht von Pende Pigadia (Πέντε Πηγάδια) am 15. Oktober 1912 auf dem Gebiet der heutigen Gemeinde Filippiada gelang der griechischen Armee die Eroberung des heutigen Präfekturgebietes. Von 1925 bis 1946 gehörte auch die Provinz Lefkada zum Gebiet der Präfektur. Im April 1941 wurde die Präfektur wie das übrige Griechenland von deutschen Truppen im Rahmen des Griechenland- und Jugoslawien-Feldzugs der Wehrmacht erobert. Bis September 1943 wurde das Präfekturgebiet von der italienischen Besatzungsmacht kontrolliert. Nach dem Übertritt Italiens auf die Seite der Alliierten im September 1943 übernahmen die Truppen der Wehrmacht die Kontrolle über das Präfekturgebiet. Im Oktober 1944 zogen sich die deutschen Truppen zurück.