Působení pećského kláštera jako centra duchovního života slovanského pravoslavného obyvatelstva však mělo omezené trvání. Na počátku 18. století a především po rusko-turecké válce, během níž Turecko znovu dobylo území centrálního Srbska, se působení kostela stalo trnem v oku Fanariotům a ekumenickému patriarchátu v Konstantinopoli, který prosazoval svoji správu nad pravoslavnými územími v rámci Osmanské říše. Situaci nepomohlo ani druhé stěhování Srbů, kdy v závěru války řada pravoslavného obyvatelstva odešla na sever na území Habsburské monarchie. Řada hodnotných předmětů byla tehdy převezena do Sremských Karlovců. V roce 1737 byl proto za hlavu pravoslavní církve (patriarchu) v Peći vybrán Řek, neboť byl srbský klér shledán nedůvěryhodným. Postupně se Fanarioté snažili z vedení církve odstraňovat srbské duchovní, nakonec prosadili zrušení patriarchátu, ke kterému došlo v září 1776.