În anul 1991 arhimandritul Atanasie Jevtić a fost ales episcop al Banatului și în ziua de 7 iulie 1991 (sărbătoarea Nașterii Sfântului Ioan Botezătorul) a fost hirotonit și înscăunat în Catedrala „Sf. Nicolae” din Vârșeț de un sobor de episcopi ai Bisericii Ortodoxe Sârbe format din patriarhul Pavle, mitropolitul Nikolaj Mrđa de Dabro-Bosnia, mitropolitul Amfilohie Radović al Muntenegrului și Litoralului, episcopii Irinej Bulović de Bačka, Stefan Boca de Žiča, Artemie Radosavljević de Raška și Prizren, Dositej Motika al Marii Britanii și Scandinaviei, Nikanor Bogunović de Gornji Karlovac, Vasilije Vadić de Srem și Lavrentije Trifunović de Šabac și Valjevo. A rămas la Vârșeț mai puțin de un an, deoarece în ședința din mai 1992 a Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Sârbe a fost ales episcop al Zahumliei și Herțegovinei, cu reședința la Mostar. Din cauza izbucnirii Războiului din Bosnia a trebuit să-și părăsească reședința episcopală și să se mute la Mănăstirea Tvrdoš din Trebinje, unde a rămas până la moartea sa. În 1994 a înființat Academia Teologică „Sf. Vasile de la Ostrog” din Srbinje, al cărui prim rector a fost.