V 16. století sužovaly Francii náboženské rozpory. Již 15. dubna 1521 odsoudila pařížská univerzita učení Martina Luthera. 4.–5. září 1557 proběhly v Paříži nepokoje katolíků proti reformaci. 25. května 1559 se ve městě konala první synoda kalvinistů v ulici "Rue des Marais". Během hugenotských válek v letech 1562–1598 město zůstalo v katolických rukách. Při Bartolomějské noci 24. srpna 1572 a v následujících dnech bylo v samotné Paříži povražděno 2 000 – 3 000 hugenotů, včetně hlavních protestantských představitelů. Smrti unikli jen královi příbuzní Jindřich Navarrský a Jindřich II. Bourbon-Condé. Matka francouzského krále Karla IX., regentka Kateřina Medicejská dala podnět k pogromu po neúspěšném pokusu o atentát 21. srpna na vůdce hugenotů, kalvinistu Gasparda de Coligny. V roce 1590 protestantský král Jindřich IV. neúspěšně obléhal Paříž, která byla v rukou Katolické ligy, stejně tak i na začátku roku 1591. Teprve 22. března 1594 vstoupil král do města.