Os trabalhos, que sofreram um abrandamento com a morte prematura de Raphael, ocorrida em 1520 aos 37 anos de idade, num momento em que as obras na "villa" estavam longe da conclusão, foram retomadas e terminadas em 1524-1525, depois da eleição de Giulio de Médici, que se tornou no segundo Papa da Família Médici como Clemente VII, em 1523. Todavia, a realização definitiva do projecto ficou irremediavelmente comprometida pelas vicissitudes que viveu o Estado Pontifício sob o papado de Clemente VII. De facto, o Saque de Roma, em 1527, por obra dos lansquenetes de Carlos V com a cumplicidade da família Colonna, e o consequente acordo entre o Papa e o Imperador, desviou qualquer prioridade da realização do ambicioso projecto de Raphael.