Heydrich'e suikast girişimi sonrasında Nebe, Haziran 1942'de Interpol Başkanı'nın ek görevini üstlendi. 1938'de Anschluss'tan sonra örgüt Nazi Almanyası'nın kontrolünde kaldı. Nebe, Ernst Kaltenbrunner'in yerini aldığı Haziran 1943 yılına kadar bu kapasitede görev yapıyordu.