Peña facilitó en Caracas las manifestaciones y concentraciones hechas por la oposición en 2002 y, después del golpe de Estado del 11 de abril de ese año, los seguidores del gobierno lo acusaron de ordenar a la Policía Metropolitana a atacar a los chavistas durante los Sucesos de Puente Llaguno. Otro de los aspectos cuestionados de su gestión fue su orden de cerrar (en dos ocasiones) la televisora comunitaria Catia TVe.