Han arbeidet for Komsomol, Sovjtunionens kommunistiske ungdomsorganisasjonen, fra 1963 og var deretter leder for presidiet for de sovjetiske fagforeninger. Fra juli 1990 til januar 1991 var han medlem av Politbyrået, og fra desember 1990 til august 1991 var han Sovjetunionens visepresident. Han deltok i statskuppet i august 1991 og ble under kuppdagene 19. august til 21. august utnevnt som midlertidig president av kuppmakerne. Han ble arrestert etter at kuppet var slått ned og ble dømt for landsforræderi. Janajev ble løslatt i forbindelse med et generelt amnesti i 1994.