In seiner frühen Geschichte teilte die Stadt das Schicksal von Byzanz, an dessen Kolonisierung die Einwohner von Chalkedon selbst mitwirkten. So wurde die Stadt wie Byzantion durch den persischen Feldherrn Otanes erobert. Infolge des ionischen Aufstands musste die Bevölkerung 493 v. Chr. vor den anrückenden Persern auf Schiffen nach Mesembria fliehen.