Die Spur von Deodato Arellano verlor sich nach Ausbruch der philippinischen Revolution. Die Umstände seines Todes sind bis heute nicht geklärt. Eine Version besagt, dass er am 10. Oktober 1896 verhaftet und zu Tode gefoltert wurde. Eine andere Version besagt, dass er sich Gregorio del Pilar anschloss, als Zahlmeister seiner Truppen fungierte und bei einem Feuergefecht in der Provinz Benguet, in der Cordillera Central, getötet wurde.