Gegenüber dem Südportal befindet sich der Kreuzaltar, der in dieser Zusammenstellung ebenfalls 1957/59 entstanden ist. Das monumentale Kruzifix mit überlebensgroßem Korpus ist ein romanisierendes Werk aus der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts, das zuvor in der Sakristei untergebracht war. Es wird flankiert von zwei spätgotischen Tafelbildern aus dem Umfeld des Malers Jan Polack, die der Kanoniker Michael Helmberger 1899 stiftete. Wahrscheinlich stammen die Bilder aus dem Hochaltar der Wallfahrtskirche St. Wolfgang bei Velburg. Außerdem sind auf der Altarmensa drei versilberte Holzbüsten des Evangelisten Johannes (Mitte) sowie der Apostel Petrus (links) und Paulus (rechts) aufgestellt. Eine vierte dieser Büsten stellt Johannes den Täufer dar und ist momentan eingelagert.