Die Kirche wird erstmals im Jahr 858 erwähnt, als sie von dem Grafen Guifre, dem Haarigen ("Guifre el Pilós") von Besalu dem Kloster von Santa Maria von Riudaura übergeben wird. Im Jahr 953 übergibt Graf Sunyer von Barcelona, der Sohn von Graf Guifre, das Kloster Riudaura zusammen mit der Kirche an das französische Kloster Sainte-Marie de Lagrasse. Ab dem 13. Jahrhundert gehört die Kirche zum Kloster „Sant Joan les Fonts“, bis es im Jahr 1357 von der Krone annektiert wird. Seit dem 14. Jahrhundert hat die Kirche drei Altäre. Den Hauptaltar, den Mutter-Gottes-Altar der Jungfrau Maria und den Altar von Johannes und Paulus. Obwohl die Kirche im 15. Jahrhundert sehr stark von einem Erdbeben in Mitleidenschaft gezogen wurde, konnte sie einen großen Teil ihrer romanischen Substanz erhalten. Seit Anfang des 16. Jahrhunderts besitzt die Kirche die Reliquie der Gürtel bzw. das „Zingulum von Santa Margarida“ die bis heute noch verehrt wird. Im 17. Jahrhundert wurde der Altar von Johannes und Paulus auf Isidor von Madrid umgeweiht. 1936 zu Beginn des Spanischen Bürgerkrieges brannte die Kirche aus. Barocke Altaraufsätze und andere Kunstgegenstände gingen verloren. Heute werden noch einige liturgische Gold- und Silbergegenstände der alten Pfarrgemeinde wie Kelche und Monstranzen in der Kirche gezeigt.