Zabaleta byl členem argentinského mládežnického výběru do 20 let na Mistrovství světa U20 2003 konaném ve Spojených arabských emirátech, kde Argentina obsadila konečné čtvrté místo; a také na dalším turnaji v roce 2005 v Nizozemsku, kde tentokrát vyhrál s Argentinou zlato po finálové výhře 2:1 nad Nigérií.