Κατά τη διάρκεια του 14ου αιώνα, έγιναν μικρές τροποποιήσεις στην εκκλησία των Αγίων Αποστόλων, οπότε κάποια μέρη διακοσμήθηκαν αργότερα. Από τον 13ο έως τον 15ο αιώνα και τον 17ο αιώνα οι Σέρβοι Αρχιεπίσκοποι και οι Σέρβοι Πατριάρχες θάφτηκαν στις εκκλησίες του Πατριαρχείου. Το 1459–63, μετά το θάνατο του Αρσένιου Β', το πατριαρχείο εγκαταλήφθηκε μετά την κατάργησή του από την Οθωμανική Αυτοκρατορία, αλλά αποκαταστάθηκε το 1557 κατά τη διάρκεια της βασιλείας του σουλτάνου Σουλεϊμάν του Μεγαλοπρεπούς. Η ανασυγκρότηση πραγματοποιήθηκε υπό τη συμβουλή του μεγάλου βεζίρη Σοκολού Μεχμέτ Πασά, ενώ ορισμένες από τις βουλγαρικές επαρχίες τέθηκαν, επίσης, υπό τη δικαιοδοσία του. Ο Γεώργιος Μιτροφάνοβιτς (1550–1630) ζωγράφισε νέες τοιχογραφίες στην εκκλησία του Αγίου Δημητρίου το 1619–20. Το 1673–74 ο ζωγράφος Ραντούλ ζωγράφισε την εκκλησία του Αγίου Νικολάου. Στις αρχές του 18ου αιώνα, και ιδιαίτερα κατά τη διάρκεια και μετά τον Αυστρο-Ρωσικό-Τουρκικό πόλεμο (1735-1739), το Πατριαρχείο έγινε στόχος των Φαναριωτών και του Οικουμενικού Πατριαρχείου της Κωνσταντινούπολης, του οποίου στόχος ήταν να τοποθετηθούν οι επαρχίες του Σερβικού Πατριαρχείου υπό τη δικαιοδοσία του. Το 1737 διορίστηκε ο πρώτος Έλληνας επικεφαλής του Σερβικού Πατριαρχείου (συγγενής του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου), ο οποίος χαρακτήρισε τη σερβική ηγεσία "αναξιόπιστη". Τα επόμενα χρόνια οι Φαναριώτες ξεκίνησαν πολιτικές πρωτοβουλίες που οδήγησαν στον αποκλεισμό των Σέρβων στη διαδοχή του Πατριαρχείου, οι οποίες τελικά καταργήθηκαν τον Σεπτέμβριο του 1766.