Die in der Mitte des 19. Jahrhunderts durch den aufkommenden Nationalismus ausgelösten Konflikte sollten in der Stadt der religiösen Toleranz zu einer Tragödie führen. Bis zum Herbst 1850 hatte der Schleswig-Holsteinische Krieg um das Herzogtum Schleswig den Südwesten des Landes verschont. Nach der Schlacht von Idstedt am 25. Juli 1850 war der Krieg praktisch entschieden, und die verbliebenen schleswig-holsteinischen Truppenverbände zogen sich nach Holstein zurück. Vom 29. September bis zum 4. Oktober 1850 versuchten sie jedoch in einer letzten Kraftanstrengung, die mit dänischen Truppen belegte Stadt zurückzuerobern. Durch die Bombardierung der Stadt kamen 31 Einwohner ums Leben oder wurden verletzt, 53 dänische Soldaten fielen, 285 Häuser wurden zerstört, darunter das Rathaus und die Remonstrantenkirche. Auch das Stadtarchiv brannte nieder.