Vương Ngọc Phát sinh tháng 8 năm 1948 tại Nam Triệu, Nam Dương, tỉnh Hà Nam. Ông nhập ngũ tháng 3 năm 1968 và từng tham gia Chiến tranh biên giới Việt–Trung 1979. Năm 1985, Vương Ngọc Phát giữ chức Chính ủy Sư đoàn 127 thuộc Tập đoàn quân 54, Quân khu Tế Nam. Tháng 11 năm 1994, ông được bổ nhiệm làm Phó Chính ủy Lực lượng quân đồn trú của Quân Giải phóng Nhân dân Trung Quốc (PLA) tại Hồng Kông.