Po raz drugi Front Południowy sformowano latem 1940 roku w celu opanowania Besarabii odebranej Rumunii na podstawie Paktu Ribbentrop-Mołotow. Wystawiony na bazie dowództwa Kijowskiego Specjalnego Okręgu Wojskowego w składzie 5 i 12 Armii z Kijowskiego Specjalnego Okręgu Wojskowego oraz 9 Armii z Odeskiego Okręgu Wojskowego (27.06.1940). Po opanowaniu Besarabii front ponownie przekształcono w Kijowski Specjalny Okręg Wojskowy (10.07.1940).