I 1848 blev den nye flåde for første gang beordret udrustet til at deltage i det der senere blev til 1. Slesvigske krig. Efter at Hærens garnisoner i Kiel og Flensborg havde gjort oprør mod kongen, blev flåden sendt mod Als, hvor den i stor udstrækning blev frem til 1851. Derefter fulgte en periode, hvor marinen i modsætning til hæren gennemgik en teknologisk omstilling, og under krigen i 1864, demonstrerede det helt moderne panserbatteri Rolf Krake god støtte til hæren i forsvaret af Dybbøl-stillingen. Efterfølgende forsøgte marinen at følge med i den tekniske udvikling, men måtte dog i en lang periode se de største bevillinger gå til hæren, især i forbindelse med udbygningen af Københavns befæstning. I årene op til 1. verdenskrig skete dog en yderligere modernisering, blandt andet ved anskaffelse af Ubåde (herunder 6 ubåde af Havmandsklassen), og under denne konflikt var marinen fuldt ud i stand til at varetage sine opgaver i forbindelse med hævdelsen af den danske neutralitet.