Несмотря на свою браваду и получение под командование части Потомакской армии, которой ранее командовал Макклелан (что пополнило Вирджинскую армию до 70 000 солдат), агрессивность Поупа превысила его стратегические возможности - в частности тогда, когда он столкнулся с армией генерала Конфедерации Роберта Ли. Ли, почувствовав нерешительность Поупа, разделил свою меньшую по численности (55 000 человек) армию, отправив силы под командованием генерал-майора Томаса Джексона (24 000 человек) на осуществление диверсии у Кедровой горы, где Джексон разбил войска генерала Натаниэля Бэнкса. Как только Ли начал наступать на Поупа силами оставшейся у него части армии, Джексон отправил свои войска на север и захватил главную базу снабжения Поупа в станции Манассас. Удивлённый Поуп, не будучи в состоянии обнаружить главные силы Конфедерации, попал в ловушку во втором сражении при Бул-Ране. Его люди выдержали совместную атаку Джексона и Ли 29 августа 1862 года, а на следующий день генерал-майор Джеймс Лонгстрит(одноклассник Поупа по Вест-Пойнту) предпринял неожиданную фланговую атаку, и армия Союза, потерпев сокрушительное поражение, была вынуждена отступить. Поуп усугубил свою непопулярность среди солдат, обвинив в поражении генерал-майора Фицджона Портера, не подчинившегося его приказу, который был признан виновным военно-полевым судом.