На 11 юни линкорът, в състава на съединение „В“, отплава към Филипините. На 19 юни с неуспешното нападение на японската палубна авиация над Гуам започва първото сражение във Филипинско море. По време на нападение на палубната авиация на САЩ „Нагато“ сваля два от атакуващите самолети на противника. В операцията „А-ГО“ японците губят 3 самолетоносача, 2 танкера, няколко бойни кораба са силно повредени. След поражението в битката съединението преминава в Окинава. На 24 юни линкорът се връща в Япония.