1805 kamen die Nördlichen Shoshone erstmals mit den Weißen in Kontakt, als die Lewis-und-Clark-Expedition durch ihr Gebiet zog. Die Expedition wurde von einer ihrer Frauen begleitet, Sacagawea. Von diesem Zeitpunkt an herrschte ein beinahe regelmäßiger Kontakt zu den Weißen, die an verschiedenen Orten in ihrer Nähe Handelsstationen errichteten. Ihnen folgten Trapper und Jäger. Die Trapper rotteten bis 1840 die Biber in der Gegend aus und die Jäger bis gegen Ende des 19. Jahrhunderts die Bisons westlich der Wasserscheide beinahe. Die Nördlichen Shoshone und Bannock verhielten sich den Weißen gegenüber freundlich, traten mit ihnen aber nicht so stark in Handel wie dies andere Stämme taten. Ab den 1840er Jahren zogen immer mehr weiße Siedler auf dem Weg nach Kalifornien oder Oregon durch ihr Gebiet. Um 1860 ließen sie sich vermehrt im Territorium der Nördlichen Shoshone nieder. Vor allem Mormonen und Goldsucher übten starken Druck auf die Shoshone und Bannock aus, zusammen mit der rasch abnehmenden Zahl der Bisons. Immer wieder kam es zu Zwischenfällen. Eine Gruppe nach der anderen schlossen die Nördlichen Shoshone mit den Weißen Verträge, traten ihnen große Gebiete ab und zogen in Reservate. 1867 wurde für die Boise- und Bruneau-Shoshone die Fort Hall Reservation geschaffen. Am 3. Juli 1868 unterzeichneten die im Osten lebenden Nördlichen Shoshone zusammen mit den Bannock den Vertrag von Fort Bridger und zogen ebenfalls in die Fort Hall Reservation. 1875 zogen die Lemhi- und Sheepeater-Shoshone in ein Reservat im Lemhi-Tal. Dieses wurde 1907 wieder aufgelöst und die Bewohner in die Fort Hall Reservation umgesiedelt. Es kam immer wieder zu gewaltsamen Zusammenstößen zwischen Shoshone und Weißen, diese gipfelten im Sheepeater-Krieg von 1878/79. Im Laufe des 20. Jahrhunderts verkleinerte die US-Regierung die Reservate stark. Damit hatten die Nördlichen Shoshone einen Großteil ihres einstigen Territoriums verloren.