In 1878 kwam de Ottomaanse heerschappij over Mostar tot een einde. De stad was regelmatig doelwit van aanvallen van Venetianen, en het Ottomaanse leger raakte daardoor dermate verzwakt, dat de bewoners van de streek in opstand kwamen, omdat tevens de dubbelmonarchie Oostenrijk-Hongarije tijdens het Congres van Berlijn in 1878 met succes aanspraak kon maken op het gebied. Het gevolg was dat de spanningen in het gebied verder opliepen. Tijdens de Oostenrijks-Hongaarse periode werden er wel veel belangrijke investeringen gedaan in het gebied, zoals de aanleg van een spoorlijn die Mostar verbond met Dubrovnik en met Sarajevo.