На Открытом чемпионате Австралии 2013 года Бердых в третий раз подряд остановился в четвертьфинале, проиграв, как и в 2011 году, будущему чемпиону Джоковичу. В феврале в матче Кубка Дэвиса против сборной Швейцарии Бердых принёс своей команде все три очка, обеспечив общую победу со счётом 3:2. В парной встрече они с Лукашем Росолом сражались со швейцарскими соперниками 7 часов и 2 минуты, установив новый рекорд продолжительности матча в Кубке Дэвиса и продолжительности парных игр в любом теннисном соревновании. В конце этого и начале следующего месяца Бердых дважды подряд играл в финалах турниров АТР в одиночном разряде, уступив в Марселе Жо-Вильфриду Тсонга, а в Дубае, где перед этим победил Федерера, — Джоковичу.