Yhdysvaltain sisällissodan alussa 1861 Washburn kokosi Terre Hautessa vapaaehtoisia, jotka liitettiin Illinoisin 18. vapaaehtoisjalkaväkirykmenttiin. Washburn oli osastonsa johtaja, ja heinäkuussa 1862 hänet ylennettiin everstiksi ja koko rykmentin komentajaksi. Hänen alaisuudessaan rykmentti osallistui Vicksburgin ja Cedar Creekin taisteluihin. Washburnin palvelusarvo oli kenraalimajuri.