Lowry spielte zunächst zwei Jahre für die "Villanova Wildcats" an der Villanova University. Er wurde in der Draft 2006 an 24. Stelle von den Memphis Grizzlies ausgewählt und auch unter Vertrag genommen. Dort spielte er bis Februar 2009. Seine beste Saison im Trikot der Grizzlies war die Spielzeit 2007/2008, in der er 9,6 Punkte und 3,6 Assists auflegte. Am 19. Februar 2009 wurde Lowry im Rahmen eines drei Mannschaften umfassenden Tauschhandels zu den Houston Rockets transferiert. In das Geschäft waren auch die Orlando Magic involviert. In Houston bildete er zusammen mit Aaron Brooks das Point-Guard-Duo des Teams, bis jener Houston in Richtung der Phoenix Suns verließ. In Houston spielte Lowry bis 2012 und wechselte in der Sommerpause nach Kanada zu den Toronto Raptors. Für die Rockets hatte er in seinem letzten Jahr 14,3 Punkte, 6,6 Assists, 4,5 Rebounds und 1,6 Steals im Schnitt aufgelegt.