La perdita del suo unico accesso al Mar Baltico fu un duro colpo per l'economia lituana, considerando che tra il 70% e l'80% del commercio estero passava da Klaipėda. La regione, che rappresentava solo il 5% del territorio della Lituania, conteneva un terzo della sua industria e andarono persi anche i pesanti investimenti nelle infrastrutture del porto. Circa 10.000 rifugiati, per lo più ebrei, lasciarono la regione e cercarono rifugio e sostegno da parte del governo lituano. I baltici dubitavano del destino del loro paese: tra marzo ed aprile il ritiro di depositi nelle banche e negli istituti di credito ammontò a quasi il 20% dei depositi totali. Dopo la perdita di Klaipėda, la Lituania si spostò nella sfera di influenza tedesca, soprattutto in termini di commercio. Alla fine del 1939, la Germania rappresentava il 75% delle esportazioni lituane e l'86% delle sue importazioni. Germania e Unione Sovietica conclusero il patto Molotov-Ribbentrop nel 1939, dividendo l'Europa orientale nelle rispettive sfere di influenza. La Lituania venne, in un primo momento, assegnata alla Germania. I nazisti si spinsero fino a suggerire un'alleanza militare tedesco-lituana contro la Polonia e promisero di restituire la regione di Vilnius, ma la Lituania mantenne la sua politica di stretta neutralità. Dopo l'invasione della Polonia, il trattato di frontiera tedesco-sovietico assegnò la Lituania alla sfera di influenza sovietica. Nel giugno 1940 venne anche accettato un ultimatum sovietico, che vide il paese annesso dall'Unione Sovietica.