Podczas wojen religijnych Ludwik zajmował chwiejne stanowisko. Namowy żony skłaniały go ku hugenotom, ale ostatecznie pozostał przy katolicyzmie. W 1562 r. został gubernatorem Turenii i Andegawenii z zadaniem rozprawienia się z protestantami. W 1563 r. odbił z rąk hugenotów Angoulême i Cognac. Uczestniczył w bitwie pod Jarnac w 1569 r. W 1570 r. został gubernatorem Bretanii. Brał udział w masakrze w nocy św. Bartłomieja. Później walczył z protestantami w Poitou. Zmarł w 1582 r.