След германската окупация и установяването на протектората Бохемия и Моравия, Свобода става член на тайната организация „Обрана народа“. Смята се, че именно по това време той установява връзка със съветското разузнаване. През юни 1939 г. бяга в Полша и като най-старшият офицер там сформира чехословашко формирование в Краков. Това формирование, под името "Легион на чехи и словаци", взема известно участие във войната след германското нахлуване в Полша. След като Полша пада, Свобода изпраща няколкостотин от хората си в Съветския съюз. Междувременно, Свобода успешно преговаря с правителството на СССР за прехвърлянето на чехословашки войници във Франция. По това време правителството на Чехословакия не е официално признато нито от Франция, нито от Великобритания. След началото на германската офанзива срещу Съветския съюз, Свобода става началник на чехословашките военни части на Източния фронт. Те влизат в бой срещу германците за пръв път през март 1943 г. в битката при Соколово (Украйна).