En 1859, son gouvernement signa avec les États-Unis le traité McLane-Ocampo, concédant des droits de passage perpétuels sur le territoire mexicain. En 1860, Juárez entra dans la ville de Mexico et fut désigné de nouveau président en 1861. Pendant cette période, devant une situation financière grave à cause de la guerre civile, il décida de suspendre le le paiement de la dette extérieure, ce qui causa les protestations de la France, de l'Espagne et du Royaume-Uni. Cette décision entraîna l'invasion française, autrichienne, anglaise et espagnole, avec le soutien des conservateurs et de l'Église catholique, défaits par la guerre de Réforme. S'ensuivit la proclamation de l'archiduc Maximilien d'Autriche (époux de Charlotte de Belgique) comme empereur du Mexique. Juárez est l'auteur de la loi dite « mortuaire » du contre les traîtres à la patrie. Cette loi ne prévoyait que deux peines : huit ans de prison ou la mort. Elle fut rétablie pendant la guerre civile mexicaine par Venustiano Carranza. Il est à noter que cette loi était en contradiction avec la Constitution écrite sur mesure par ce même Bénito Juárez. Juárez assuma la présidence de la république (1858) et promulgua les Lois de Réforme un an plus tard. Ces lois constituent encore la base de l'État mexicain moderne : confiscation des biens du clergé et vente de terres de l'Église, séparation de l'Église et de l'État, fin de la reconnaissance des biens collectifs appartenant aux villageois, en grande partie indigènes. Ces terres furent achetées par des spéculateurs pour la plupart issus du gouvernement de Juárez et les propriétaires terriens en profitèrent pour constituer ou agrandir leurs domaines.