La 21 mai 2016, Berisha a fost numit în lotul lărgit al Albaniei de 27 de jucători pentru UEFA Euro 2016, și s-a aflat pe lista finală trimisă la UEFA cu cei 23 de jucători care au luat parte la Euro pe 31 mai. Mai târziu, pe 11 iunie 2016, în primul meci al grupei A împotriva Elveției, Berisha a ieșit greșit, gafă în urma căreia avea să se producă singurul gol al meciului, venit dintr-o lovitură de cap a lui Fabian Schär dintr-o lovitură de colț. În al doilea, împotriva gazdei Franței, Berisha a reușit performanța de a nu lua gol până în minutul 90, când Franța de două ori, câștigând cu 2-0. În cel de-al treilea și ultimul meci al grupului împotriva României, Berisha a reușit să țină poarta intactă, iar Albania a câștigat cu 1-0 reușind prima victorie într-un turneu de fotbal major. A fost prima victorie a Albaniei în fața României din 1948. Albania a terminat grupa în poziția a treia cu trei puncte și cu un golaveraj de -2 și era clasată pe ultimul loc dintre echipele clasate pe locul trei, ceea ce le-a adus eliminarea din competiție.