In den letzten Monaten des Zweiten Weltkriegs waren die Eisenbahnanlagen siebenfach Ziel von Luftangriffen. Dabei wurden die drei großen Personenbahnhöfe und der Güterbahnhof in Friedrichstadt zerstört. Bereits 1945 war der Knoten großteils wieder in Betrieb. Teile der Anlagen wurden nach dem Krieg als Reparation an die Sowjetunion abgebaut (vor allem Gleise der Vorortbahn und Stahlbrücken).