El 18 de junio de 1815, la jornada de Waterloo acabó definitivamente con el imperio napoleónico y con las ilusiones de los patriotas polacos de lograr una Polonia independiente y libre del dominio ruso. Aunque personalmente fiel a su protector el zar Alejandro, Potocki no dejaría de compartir los sentimientos de amargura de sus compatriotas, perdida toda esperanza de la restauración de Polonia. Aquejado de una fiebre maligna y de terribles dolores neurálgicos, su melancolía se exacerbó y acabó en neurastenia. Finalmente, el 2 de diciembre de aquel año, encerrado en su biblioteca, el conde Jan Potocki se suicidó de un pistoletazo en la cabeza con una bala de plata que él mismo había limado a partir del asa de un azucarero de plata, hasta tener el tamaño necesario para su pistola. Su final romántico en cierto modo contrasta con el progresista ilustrado dieciochesco que fue en su juventud.