1866 wurde Custer zum Oberleutnant des 7. US-Kavallerieregiments ernannt, mit dem er 1868 auch am Massaker am Washita teilnahm, wobei er verwundet wurde. Daneben beteiligte er sich an der Reconstruction und nahm an den Yellowstone und Black Hills Expeditionen teil. 1874 war er an der Festnahme von Rain in the Face für den Mord an Dr. John Honsinger beteiligt. 1875 wurde er zum Hauptmann befördert. 1876 fiel er dann mit seinem Bruder in der Schlacht am Little Bighorn, er wurde von Rain in the Face erschlagen.