Asboth reste aux États-Unis et rejoint l'Union. Commençant en , il sert comme chef d'état-major du général John C. Frémont. Asboth est nommé brigadier général originellement en date du par le président Abraham Lincoln le , mais le Sénat des États-Unis confirme la nomination le avec une date de prise de rang au puisque le président n'a pas formellement fait l'affection avant le . Asboth est affecté au commandement de la 4th division lors de la campagne de l'ouest de Frémont. Asboth mène plus tard une division de l'armée du Sud-Ouest sous les ordres de Samuel Curtis, et pendant la campagne de l'Arkansas il occupe Bentonville et Fayetteville. Il participe à la bataille de Pea Ridge, commandant les troupes sur la position de Little Sugar Creek. Son bras droit est fracturé par une balle de fusil pendant qu'il achemine des renforts pour soutenir le colonel Eugene A. Carr. Les renforts sont transférés à Henry Halleck de l'armée du Sud-Ouest et pendant le siège de Corinth, Asboth commande une brigade de l'armée du Mississippi.