Die Stadtgeschichte beginnt im Jahr 1446, als Ōta Dōkan in einem Sumpfgebiet am Nordufer der heutigen Bucht von Tokio mit dem Bau der Burg Edo begann, umgeben von einigen Fischerdörfern. 1590 ging diese Burg an Tokugawa Ieyasu, der hier nach seinem Sieg in der Schlacht von Sekigahara sein neues Shōgunat und damit die Edo-Zeit begründete. Edo wurde neben Kyōto zum politischen und kulturellen Zentrum des Landes. Mit der Meiji-Restauration 1868 wurde das Shōgunat abgeschafft und der Sitz des Tennō nach Edo verlegt, die Burg wurde zum Kaiserpalast und Edo bekam seinen neuen Namen Tokio, der „Östliche Hauptstadt“ bedeutet. Von da an wuchs auch die Bevölkerung der Stadt, die bereits um 1910 mit rund zwei Millionen Einwohnern zu den größten der Welt zählte. Im Zweiten Weltkrieg war Tokio zahlreichen Luftangriffen durch die USA ausgesetzt, bei denen rund die Hälfte der Stadtfläche zerstört wurde. Nach dem Ende der amerikanischen Besatzungszeit folgte ein rascher wirtschaftlicher Aufschwung, einhergehend mit einem erneuten Bevölkerungszuwachs.