関ヶ原の戦いでは、島津義弘は行き違いで西軍に属し徳川家と敵対関係に陥るも、島津宗家最高責任者である島津義久が徳川家康と約3年に及ぶ戦後交渉にあたり武備恭順の態度を取るも、近衛信尹や家康側近の井伊直政や山口直友など強い擁護もあり全所領安堵を認めさせる。以降、薩摩藩として幕藩体制に組み込まれることとなる。また分家により日向佐土原藩が成立した。大坂の陣では2度とも合戦には参加せずにいたが、島津氏により関ヶ原の戦いで敗れた西軍副大将だった宇喜多秀家が薩摩で匿われていた経緯から、島津氏を頼って戦死したはずの豊臣秀頼や真田幸村が秘かに大坂を脱出して九州薩摩に向かったという噂が京の都や大坂で信憑性を持って流れた。江戸時代初期には徳川家康の了解のもと、初代薩摩藩主・島津家久は琉球へ侵攻して奄美群島を領有し、琉球王国を支配下に置いた。島津家では藩独自の検地が数回実施され、前田（102万石）・越後松平（75万石）に次ぐ徳川政権下で第3位（松平忠輝の改易後は前田家に次ぎ第2位）、72万石余の大藩となる。その後、石高の高直しなどにより、表高は77万石となる。薩摩守の官名を独占し（斉興など大隅守も使用）、従四位上左近衛権中将が極官となった。