Le , Raymond VI de Toulouse fait amende honorable et rejoint la croisade menée par Arnaud Amaury, lassant seul Raimond-Roger Trencavel. Béziers est prise le 22 juillet 1209, puis Carcassonne tombe le 15 août. Trencavel est emprisonné et mourra trois mois plus tard. Simon IV de Montfort le remplace. Durant deux ans, ce dernier continue la lutte dans le Languedoc. Au début du mois de janvier 1211, le roi Pierre II d'Aragon organise une conférence visant à négocier la paix entre Arnaud-Amaury, Simon de Montfort, Raymond de Toulouse, qui n'avait combattu les cathares que mollement, et Raymond-Roger de Foix qui avait affiché une franche hostilité vis-à-vis de la croisade. Le 3 mai 1211, Lavaur tombe, et Simon de Montfort peut se retourner contre le comté de Toulouse. Pendant ce temps Pierre II d'Aragon plaide pour les comtes de Toulouse, de Foix et de Comminges et négocie avec le pape qui déclare la fin de la guerre contre les hérétiques le 15 janvier 1213. Le 12 septembre 1213, ils affrontent Simon de Montfort à la bataille de Muret. Au cours de la bataille Pierre II est tué par Alain de Renty. Les troupes toulousaines s'enfuirent ou furent massacrer.