Desde sus primeros días allá por 2002, la Iniciativa de Paz Árabe ha dividido profundamente a Hamás. En aquella época, en plena Segunda Intifada, Hamás se negaba no solo a la paz sino también a cualquier tipo de negociación con Israel; de hecho, fueron miembros de las Brigadas de Ezzeldin Al-Qassam, el brazo armado de Hamás, los que llevaron a cabo el ataque contra el Hotel Park de Netanya que dejó 30 civiles muertos el mismo día en que la Iniciativa fue aprobada. La administración oficial de Hamás nunca reconoció la Iniciativa, lo cual los alejó de las posturas de los miembros de la Liga Árabe más próximos a Israel, como Egipto y Jordania. Una de las condiciones impuestas por Mahmoud Abbas para la creación de un gobierno de unidad nacional con Hamás tras las elecciones de 2006 fue que este partido aceptase la Iniciativa, algo que no llegó nunca a conseguir.