בניגסן היה מהמתנגדים לרפורמות שניסה להוביל פאבל הראשון, קיסר רוסיה. הוא היה ממנהיגיה של חבורת קושרים מקרב הצבא שרצחו את הקיסר בחדר השינה שלו ב-11 במרץ 1801. לא ברור אם בניגסן לקח חלק ברצח בפועל או לא. הקיסר החדש, אלכסנדר הראשון, לא רק שלא העמיד לדין את הקושרים, אלא העלה את בניגסן לדרגת גנרל חיל הפרשים ומינה אותו למושל ליטא. ב-1805, במהלך מלחמת הקואליציה השלישית, הוא מונה למפקד ארמייה ונצטווה לסייע לאימפריה הרומית הקדושה כנגד הגרנד ארמה של נפוליאון בונפרטה. בניגסן הגיע עד ברסלאו, אולם בטרם הספיק לקחת חלק בקרבות נחתם חוזה פרסבורג שסיים את המלחמה. ב-1806, במהלך מלחמת הקואליציה הרביעית, נצטווה בניגסן לנוע לגרמניה ולחבור אל הצבא הפרוסי. בטרם הספיק בניגסן להגיע, הובסו הפרוסים בקרב ינה-אאורשטדט באוקטובר. בניגסן מצדו נפגש בדצמבר בכוח צרפתי בפיקודו של ז'אן לאן. הצדדים לחמו בקרב פולטוסק, אשר הסתיים בניצחון טקטי רוסי. בניגסן הצליח לחבור אל כוח פרוסי בפיקודו של אנטון וילהלם פון ל'סטוק בפרוסיה המזרחית, ובפברואר 1807 הוא לחם בנפוליאון עצמו בקרב אילאו. הקרב, שהתחולל באמצע סופת שלגים, היה הראשון בו נפוליאון לא הכריע את האויב בצורה חד משמעית. למעשה, הצרפתים היו על סף הפסד לולא נסיגה מוקדמת של בניגסן.