Mimo złączenia w ramach jednego organizmu państwowego tendencje separatystyczne były silne. Zaledwie po kilku latach, w 1994, wybuchła wojna domowa wywołana przez zwolenników niepodległości północy, ponieśli oni jednak porażkę a Jemen pozostał zjednoczony. Niemniej kraj nadal borykał się ze słabością skutkującą znaczną niestabilnością wewnętrzną. Od 1998 na południu trwała rebelia ekstremistów islamskich, a ponadto od 2004 na północy toczyła się rebelia szyickich Hutich. Ruch Huti zrzeszający kilka szyickich plemion od początku swych działań wskazywał chęć uzyskania autonomii dla północnego regionu, z powodu ich dyskryminacji przez rządzących sunnitów. W ciągu pierwszej dekady XXI wieku spory przybierały i traciły na sile, czego przykładem jest zawarcie licznych porozumień pokojowych pomiędzy Huti a władzami centralnymi Jemenu reprezentowanymi przez prezydenta Abdullaha Saliha. Obecna wojna domowa jest bezpośrednią kontynuacją obu tych konfliktów.