Il 6 ottobre 1435 ottenne la nomina più importante, quella di governatore di Bologna. Si trattava di un incarico delicato, essendo il dominio papale sulla città non ancora ben radicato e visti i preparativi nella vicina Firenze per trasferire il Concilio. Evidentemente lo Scoti godeva ancora della piena fiducia dello zio, che ben conosceva le difficoltà del contesto felsineo essendovi stato legato papale sotto papa Martino V. A Bologna, peraltro, era appena fallito un colpo di mano orchestrato dai Canetoli e sostenuta da Filippo Maria Visconti, il quale, successivamente, giunse a un accordo con il pontefice togliendo la propria protezione sulla città.