Das Lewis County wurde am 19. Dezember 1845 als Original-County aus dem Oregon-Territorium gebildet. Benannt wurde es nach dem Entdecker, Soldaten und Verwaltungsbeamten Meriwether Lewis. Er war maßgeblich an der Planung und Ausführung der Lewis-und-Clark-Expedition ("Corps of Discovery", "Entdeckungskorps") beteiligt.