Die Treppe zur Krypta befindet sich hinter dem ebenfalls von Visconti entworfenen Hauptaltar, der die Gestalt des Vorgängers aus dem 17. Jahrhundert aufgreift. Historische Reliefs zeigen die Überführung des Leichnams nach Paris. Ein unterer Umgang um den nicht zugänglichen Sarkophag öffnet sich zur Mitte in einer Pfeilerstellung, wobei den zwölf Pfeilern trauernde Viktorien vorgestellt sind. Sie stehen für die großen militärischen Siege, deren Namen eingemeißelt sind: Rivoli, die Pyramiden, Marengo, Austerlitz, Jena, Wagram, Friedland und Moskau. Marmorreliefs an den Wänden zeigen in antikisierender Manier die Taten und Leistungen des Verstorbenen.