No seio da coroa, ele ocupa uma posição frágil dada a adesão dos seus irmãos à Reforma protestante. Apesar de apoiar ativamente a luta contra os protestantes, na corte ele defende sempre os interesses familiares contra as outras casas rivais (Guise e Montmorency). Assim que o seu irmão mais novo, Luís, Príncipe de Condé, é detido por ordem pessoal de Francisco II de França, ele atira-se em lágrimas aos pés do rei para implorar a sua clemência (1560). Muito ligado à religião tradicional, ele tem, por muito tempo, a esperança de trazer de volta os membros da sua família ao catolicismo. Embora parcialmente, o seu objectivo é atingido com o seu irmão mais velho, o rei de Navarra, e depois, após o Massacre da noite de São Bartolomeu, com os filhos mais novos do príncipe de Condé.