Po válce, na jejímž konci byla několikrát zasažena bombardováním, byla věznice převedena zpět pod ministerstvo spravedlnosti a stala se opět krajskou soudní věznicí. Vězněni zde byli Němci a čeští kolaboranti odsouzení na základě rozsudků mimořádného lidového soudu z 8. června 1945, zároveň zde ale bylo vykonáno celkem 74 poprav. Byly zde uvězněni i političtí vězni po Únoru 1948, např. básník Jan Zahradníček a roku 1951 spisovatel Zdeněk Rotrekl. Do roku 1952 se tu političtí vězni i popravovali. Mezi lety 1948 a 1952 zde popravili celkem 17 osob. Byl zde oběšen úředník Jan Křižan, otec pozdějšího scenáristy Jiřího Křižana. Věznice zde však již dlouho nezůstala, protože v roce 1956 byla konečně postavena nová věznice v Bohunicích, o jejíž stavbu bylo žádáno kvůli tristnímu stavu káznice již v roce 1920. Budovy bývalé káznice pak až do roku 2006 sloužily jako depozitář Moravského zemského archivu. Od té doby zůstaly budovy uzavřené a chátraly. Nyní je káznice v majetku města Brna.