Parallèlement, au nord-ouest de la Géorgie, l'Abkhazie devient elle aussi le cadre d'un conflit séparatiste. La différence entre l'Ossétie du Sud et l'Abkhazie réside toutefois dans le statut des deux régions, la dernière étant une république autonome considérée comme « historiquement légitime » par Tbilissi, et dont le statut n'est guère menacé. Bien au contraire, dans le but d'apaiser toutes tensions, Zviad Gamsakhourdia tentera de négocier un élargissement de l'autonomie abkhaze, se liant ainsi une certaine sympathie de la part de la population autochtone, sans pour autant parvenir à convaincre les dirigeants régionaux. Ceux-ci sont menés par le président du Soviet suprême Vladislav Ardzinba, élu le , et dont l'insubordination oblige Tbilissi à trouver une solution législative en formant un nouveau corps parlementaire en Abkhazie, composé de 28 députés abkhazes contre 26 Géorgiens et 11 autres de nationalités différentes. Cette décision est vivement critiquée par la population géorgienne de l'Abkhazie, qui constitue alors la principale ethnie de la république autonome. Malgré cela, Vladislav Ardzinba continue de diriger sa politique vers le Kremlin et s'éloigne ainsi du centre géorgien. Le , il fait participer l'Abkhazie au référendum sur une nouvelle union soviétique, et va même jusqu'à supporter les instigateurs venant de la ligne dure du parti communiste de l'URSS durant le Putsch de Moscou d'août 1991. Le problème du sécessionnisme abkhaze reste toutefois de basse intensité comparé aux évènements sud-ossètes et les tensions ne prennent une tournure violente que lors d'incidents isolés.