Während des Ersten Weltkriegs wurde in Lyness an dem geschützten Hafen von Scapa Flow, an dem die Anlage gelegen ist, ein Stützpunkt der britischen Marine errichtet. In beiden Weltkriegen war die Anlage von hoher militärischer Bedeutung, und deutsche U-Boote drangen in den Scapa Flow ein. Nach dem Ende des Ersten Weltkriegs war dort die deutsche Hochseeflotte interniert und versenkte sich schließlich 1919 selbst. Im Jahre 1917 umfasste die Anlage vier jeweils 12.000 Tonnen Diesel fassende Öltanks und eine Pumpstation zur Schiffsbetankung. 1936 wurden zwölf Stahltanks von höherer Kapazität installiert und 1938 mit dem Bau unterirdischer Anlagen an einem nahegelegenen Hügel begonnen. Am 14. Oktober 1939 wurde das in Scapa Flow vor Anker liegende Schlachtschiff HMS Royal Oak durch "U 47" versenkt. Das Wrack ist heute eine geschützte Ruhestätte. 1939 wurden eilig schlichte Kasernen errichtet. Bis zu 12.000 Militärangehörige waren während des Zweiten Weltkriegs auf dem Marinestützpunkt stationiert. Ab 1945 wurde das Personal auf eine Grundbesatzung reduziert und die Anlage schließlich 1956 geschlossen.