En 1990, Waters organise l'un des plus grands concerts rock de l'histoire, "The Wall Live in Berlin", qui a attiré . En tant que membre de Pink Floyd, il est intronisé au Rock and Roll Hall of Fame des États-Unis en 1996 et au Music Hall of Fame du Royaume-Uni en 2005. Plus tard dans l'année, il se réunit avec ses collègues de Pink Floyd, Nick Mason, Richard Wright et David Gilmour, à l'occasion de l'événement de sensibilisation mondiale Live 8, la première apparition du groupe avec Waters depuis 1981. Il a effectué de nombreuses tournées en solo depuis 1999 ; il a interprété "The Dark Side of the Moon" dans son intégralité lors de sa tournée mondiale de 2006-2008, et la tournée "The Wall Live" de 2010-2013 a été la tournée la plus rentable pour un artiste solo à l'époque.