克里滕登上任早期主要关注的是如何平息堪萨斯领地的暴力事件。他反对1854年的内布拉斯加法案，并且也反对废除密苏里妥协，除非北方州愿意在北纬36°30'以北地区以全民公决来决定北方是否允许奴隶制存在。1856年初，他提议派温菲尔德·斯科特将军前往堪萨斯领地，确保当地会举行公平的选举，但皮尔斯政府否决了这一提议。罗伯特·图姆斯（）提议由堪萨斯领地召开制宪大会，对此克里滕登并不完全赞同，但他还是支持这一有望给当地带去和平的建议。在他看来，《托皮卡宪法》和《莱康普顿宪法》的批准都是无效的，还发表了多场演说反对《莱康普顿宪法》，这也是他从政生涯中最受推崇的演说。他随后提出法案，要求堪萨斯领地重新对《莱康普顿宪法》进行表决，这一法案得到共和党议员投票支持，但最终未获通过。克里滕登在堪萨斯问题上发挥的影响是如此重大，以至于亚伯拉罕·林肯认为，正是由于克里滕登表态支持斯蒂芬·道格拉斯，导致自己在1858年伊利诺伊州的联邦参议员选举中落败。