Al terminar la Guerra de Reforma, México vivía una situación económica difícil, que le impedía saldar las deudas que tenía con Inglaterra, España y Francia. En ese contexto, tropas francesas intervencionistas llegaron a la capital en 1862. Benito Juárez y su gobierno la abandonarían, tomando medidas que permitieran a las instituciones del país continuar funcionando. No obstante, y aunque un grupo de ministros acompañó al presidente de la república en su recorrido, la situación de guerra e inestabilidad evitó que entre 1863 y 1865 la Corte pudiera ejercer sus responsabilidades; esto llevó a la diputación permanente a cesar los trabajos y responsabilidades de la misma, hasta el restablecimiento del orden constitucional por medio de un decreto el 8 de noviembre de 1865; por lo que por primera vez en la historia desapareció "de facto" el máximo tribunal del país. Sin embargo en la Ciudad de México el Gobierno Imperial de Maximiliano I, a través del "Estatuto Provisional del Imperio Mexicano", estableció el funcionamiento del poder judicial en las áreas territoriales que controlaba y dio las bases para la instalación de un "Supremo Tribunal del Imperio" con las mismas características y facultades de la Corte Suprema republicana. El 1 de agosto de 1867 fue restablecida la corte y sesionó nuevamente en su sede de Palacio Nacional.