Релігійне протистояння у Франції між католиками, офіційно підтриманими королівським двором, і протестантами перейшло в постійне переслідування, політичне і економічне, в еміграцію протестантів з країни. Згодом наслідком протистояння стала Варфоломіївська ніч з масовим убивством протестантів. Бернар Паліссі був позбавлений захисту як протестант і запроторений в тюрму. Йому пообіцяли свободу за умов зречення протестантизму, але старий відмовився. Старий Бернар Паліссі помер в Бастилії як переконаний протестант приблизно 1689 чи 1590 року.