В ходе «Медного бунта» Таисий убит стрельцами, и Сенька встает на путь борьбы с царской властью уже в открытую. Он служит в Москве стрельцом Разбойного приказа, но не выдержав вида пыток, убивает двух особенно жестоких «исцов» — сыщиков и бежит из Москвы. В Ярославле он попадает в тюрьму, из которой бежит не без помощи разбойного атамана Ермила Пестрого (впоследствии убитого стрельцом у Яицкого городка), вместе с которым присоединяется к Степану Разину. После подавления восстания Разина Сенька попадает в Астрахань, где на его глазах казнят уцелевших повстанцев, в том числе есаула Григория Чикмаза, чей спор с воеводой перед казнью является одним из лучших эпизодов романа. В конце романа Сенька уже желает сам идти «на воевод и царя».