Одрастао је као протестант, и учествовао је у верском рату на њиховој страни. Краљ Наваре је постао 1572. Августа исте године Анри се оженио Маргаритом Валоа, сестром краља Шарла IX. Овај чин, који је требало да буде симбол помирења између протестаната и католика, претворио се у брутални масакр протестаната у Вартоломејској ноћи. Са Маргаретом није имао деце, и од ње се развео 1599. Друга жена му је 1600. постала Марија Медичи.