Un observateur a fait remarquer qu'alors qu'on rédigeait le traité, le roi de Prusse marchait à l'écart le long du Niémen ; selon McKay, Napoléon « n’avait qu'à lever la main pour rayer la Prusse de la carte. » C'est pourquoi plusieurs officiels prussiens et russes virent le traité comme un acte inique et une humiliation nationale : les soldats russes refusèrent par la suite d'obéir aux ordres de Napoléon, comme l’incident à Lisbonne le démontra à toute l'Europe ; les projets de Napoléon d'épouser la sœur du tsar furent repoussés par la famille royale russe ; et finalement, la coopération entre la Russie et la France prit fin lorsqu'en 1810 le tsar commença à autoriser l'accès de ses ports aux navires neutres. En 1812, Napoléon fit franchir le Niémen par la Grande Armée et envahit la Russie, balayant les derniers vestiges de l’alliance passée.