С юности Эрнест Вейхер служил дворянином при польском короле и великом князем литовском Сигизмунде II Августе, участвовал в Ливонской войне с Русским государством в 1558—1570 годах. В 1560 году в Вильно поступил на военную службу с жалованьем в размере 500 злотых. Получил титул старосты леборкского, который носил до 1569 года. В 1563 и 1567 годах Эрнест Вейхер вербовал в Померании кнехтов для польской армии. В 1563 году во главе отряда из 1600 солдат захватил замок Доле под Ригой, где взял в плен принца Христофора Мекленбургского, коадъютора и заместителя рижского архиепископа. Дальнейшая военная служба в Ливонии принесла Эрнесту Вейхеру большую славу.