Depuis l’ouragan "Katrina", des critiques ont appelé la FEMA à être retirée du Département de la Sécurité Intérieure (Department of Homeland Security) disant que sa position dans le département est un élément gênant aux réponses de l'agence. Le sénateur Joe Lieberman a demandé au Congrès de dissoudre la FEMA et de le refaire à zéro, mais à l'intérieur du Département de la Santé et des Ressources humaines des États-Unis (United States Department of Health and Human Services).