Ele jogou o seu centésimo jogo na Liga dos Campeões no dia 4 de dezembro de 2006, numa partida contra o Celtic. O meio-campo do Milan continuou em grande fase nessa temporada, com Seedorf e Kaká ajudando a equipe a se classificar na Liga dos Campeões contra Bayern de Munique e Manchester United. O clube "rossonero" chegou na final mais uma vez contra o Liverpool, vencendo-os por 2 a 1, em Atenas. Seedorf conquistou o torneio pela quinta vez, e ao final da competição, foi eleito o melhor meio-campista da Liga dos Campeões. Em 2007 fez parte do elenco que conquistou o Mundial de Clubes da FIFA, realizado no Japão. Seedorf acabou ganhando a Bola de Prata da competição, com Kaká sendo eleito o Bola de Ouro.