Après l'indépendance de l'Ouganda en 1962, il devient premier ministre du pays. En 1966, il remporte une lutte de pouvoir contre le roi Muteesa II et devient président. Il est renversé par Idi Amin Dada dans un coup d'État en 1971 et s'enfuit en exil en Tanzanie. À la suite du renversement d'Idi Amin lors de la Guerre ougando-tanzanienne, il revient au pouvoir en 1980 lors d'une élection. L'opposition rejette le résultat comme truqué et monte une guerre de brousse contre le gouvernement. Pendant la guerre, il est renversé une seconde fois par un deuxième coup d'État en 1985. Il vit le restant de sa vie en exil.