После этого Мерси-Аржанто был отозван в тыл, и с 1796 по 1805 год занимал пост коменданта города и крепости Вены, столицы Австрии. Должность эта считалась почётной и сугубо тыловой, однако в 1805 году войска Бонапарта оказались уже под Веной и вошли в город. Правда, сам генерал Мерси-Аржанто при этом не присутствовал, поскольку с началом Войны третьей коалиции получил пост в армии эрцгерцога Карла. В её составе он сражался в битве при Кальдиеро, а затем возглавил резервный корпус армии эрцгерцога в Сан-Грегорио.