Das Erzbistum Bagdad der syrisch-orthodoxen Kirche wurde erst im 20. Jahrhundert wieder eingerichtet. Der Bau der syrisch-orthodoxen Peter-und-Paul-Kathedrale wurde in den 1960er Jahren durch Spenden das Mäzens Abdul Majid Zayouna ermöglicht. Die nach Plänen von Joseph Jarjis errichtete neue Kathedrale wurde am 9. Mai 1964 von Ignatius Jakob III. geweiht. Seitdem hatte die Kathedrale drei Erzbischöfe: zuerst Gregorius Paulus Behnam, ab 1969 Ignatius Zakka I. Iwas und seit 1980 schließlich Severius Jamil Hawa. Unter Ignatius Zakka I. Iwas wurde 1975 neben der Kathedrale die Residenz des syrisch-orthodoxen Erzbischofs von Bagdad errichtet. Nach dem Einmarsch der US-Truppen 2013 und dem Sturz Saddam Husseins wurde die Kathedrale zweimal Ziel terroristischer Angriffe mit Autobomben, die jedoch fehlschlugen. Der Mäzen Abdul Majid Zayouna wurde am 5. April 2008 ermordet, woran auf drei Gedenktafeln (Englisch, Arabisch, Syrisch) in der Kirche an der linken Kirchenwand erinnert wird. Im Februar 2016 wurde die Kathedrale erstmals vom Patriarchen Ignatius Ephräm II. Karim besucht.