Izbucnirea războaielor Iugoslave și impunerea de sancțiuni asupra Serbiei și Muntenegrului au provocat pierderi mari pentru economia Republicii. Serbia constituia 60% din piața sa de desfacere înainte de dezintegrarea Iugoslaviei. Economia a fost afectată și după ce Grecia a impus un embargo comercial asupra Republicii în 1994-95. Sfârșitul Războiului Bosniac în noiembrie 1995 și ridicarea embargoului grecesc au adus o oarecare ameliorare, dar Războiului din Kosovo din 1999 și criza albaneză din 2001 au dus la noi destabilizări.