En 1866, la estación resultó severamente dañada por el bombardeo realizado durante la Guerra hispano-sudamericana, por lo que debió ser reparada. Se consta que en 1870, la estación era de madera y de dos pisos de altura: en el primero se encontraban las boleterías y oficinas de encomiendas y equipajes, la oficina del jefe de estación, la oficina telegráfica y algunas galerías comerciales; en el superior estaba la tesorería del ferrocarril, la oficina de empleados, la de ingenieros y la de su jefe.