Сразу после окончания школы ФЗО И. Я. Кошель добровольно явился на призывной пункт. Немецкие войска уже стояли на ближних подступах к городу, и Иван Яковлевич рассчитывал сразу оказаться на фронте, однако необученного призывника в городском военкомате решили отправить в Закавказье. К сентябрю 1941 года Кошель оказался в Ленинакане, где прошёл обучение на курсах пулемётчиков. В начале декабря Иван Яковлевич был зачислен в один из полков 302-й горнострелковой дивизии Закавказского фронта, а уже в конце месяца началась Керченско-Феодосийская десантная операция. 26 декабря штурмовые батальоны дивизии полковника под шквальным огнём противника высадились на побережье Керченский полуострова у посёлка Камыш-Бурун к югу от Керчи. Во время десантирования пулемётчик И. Я. Кошель был ранен в руку, но остался в строю. Огнём из пулемёта он прикрывал высадку своих боевых товарищей, уничтожив до 20 немецких солдат. Лишь после того, как десантная операция была успешно завершена, он по приказу командира вместе с другими ранеными первым транспортом эвакуировался в госпиталь. Лечение проходил в городе Туапсе. После возвращения в строй участвовал в боях на Дону, где в августе 1942 года был тяжело ранен. Восстановление шло долго, и лишь в сентябре 1943 года Иван Яковлевич вновь оказался на передовой, когда его в звании сержанта зачислили в 7-й стрелковый полк 24-й стрелковой дивизии на должность командира отделения роты автоматчиков. В октябре 1943 года Кошель участвовал в боях под Кривым Рогом. Как-то его отделению было поручено срочно «добыть языка». Средь бела дня сержант Кошель с несколькими бойцами проник в расположение противника и взял в плен двух немецких солдат, за что был награждён медалью «За отвагу».