Броутон вернулся в Великобританию в феврале 1799 года. В дальнейшем он в составе Королевского флота сражался против Франции в ходе Наполеоновских войн. Броутон принял участие в сражении на Баскском рейде в апреле 1809 года. В августе—сентябре 1811 года он участвовал в экспедиции британского флота на Яву, предпринятой с целью захвата этой голландской колонии. Во время этой операции Броутону был временно присвоен чин коммодора. После выхода в отставку Броутон проживал в Италии. Уильям Роберт Броутон умер во Флоренции и был похоронен в Ливорно.