Atrocitățile au început în luna iunie 1941 prin pogromul de la Iași. În așa-numitele trenuri ale morții (trenuri cu deportați plimbate atâta timp prin Moldova, până când pasagerii au murit de sete și de foame) au fost uciși aproximativ 4.400 de evrei. În conformitate cu raportul oficial al Comisiei Internaționale privind Studierea Holocaustului în România: „În trenul morții care a plecat din Iași către Călărași, în sudul României, care transporta probabil până la 5.000 de evrei, doar 1.011 au ajuns la destinație în viață după șapte zile. (Poliția română a numărat 1.258 de trupuri). Trenul morții către Podu Iloaiei (la 15 km de Iași) îmbarcase aproape 2.700 de evrei la plecare, dintre care doar 700 au mai coborât în viață. Trupele române care au ocupat orașul Odessa s-au făcut responsabile de masacrele de la Odesa, de la Dalnic și din lagărul de concentrare Bogdanovca în timpul cărora 40.000 de evrei au fost împușcați în toamna anului 1941.