Quelques mois plus tard, il est lancé à la mission montagnarde de Kuinlin à une vingtaine de kilomètres de Suifu. Il demeure six ans dans ce district de quatre sous-préfectures où il bâtit une église, des écoles et un asile de vieillards d'une quarantaine de lits. Il est nommé ensuite en 1893 par Chatagnon (devenu provicaire) dans le Kientchang ("Hiens chang"), pays montagneux avec un mélange de populations montagnardes et de Chinois. Il n'y a alors que 300 chrétiens dispersés. Il est aidé d'un confrère qui s'occupe de la partie septentrionale (autour de Mienlin) et lui-même de la partie méridionale, avec un petit dispensaire à Loukou. L'année 1895 est parcourue de troubles sévères à cause de la guerre sino-japonaise et beaucoup de missions sont pillées et certains missionnaires emprisonnés. Le P. de Guébriant doit se réfugier dans le Yunnan pendant un long moment avant de regagner son poste.