ところが9月8日、連合軍総司令官ドワイト・アイゼンハワーがイタリア側の了承なしにイタリアの無条件降伏を発表。ドイツは直ちに軍を進めて首都ローマに迫り、国王一家とバドリオ政権の閣僚らは慌てて南部のブリンディジに逃走した。9月10日、ローマはドイツ軍に占領され、9月12日、幽閉されていたムッソリーニがドイツ軍に奪還され、ドイツの後ろ盾の下で、イタリア北中部にファシスト党の強硬派を中心としたイタリア社会共和国（RSI）が樹立される。10月13日、バドリオは日独伊三国同盟を破棄しドイツに宣戦布告した。軍の半数近い兵力が枢軸側での継戦を訴えるムッソリーニに呼応してRSI軍に参加した為、イタリアは南北に分断された形となり内戦状態に突入した。内閣改造を数度か行った後の1944年6月9日、連合軍によるローマ占領に呼応してローマに帰還するも、ドイツ軍にまともに抵抗もせず、夜逃げ同然に首都を放棄したことで国民の支持を失っていたバドリオは、帰還を機にイヴァノエ・ボノーミに首相の座を譲り、公職から身を引き、表舞台から姿を消した。1956年11月、故郷のグラッツァーノ・モンフェッラートで喘息発作により85歳の生涯を閉じた。