Il était le chef spirituel des étudiants musulmans suiveurs de la ligne de l'Imam qui a dirigé la prise d'otages du personnel de l'ambassade américaine le 4 novembre 1979. Il aurait occupé le poste de vice-président du Majles au début des années 80. Il a été nommé par Khomeini procureur général d'Iran, en remplacement de Youssef Saanei|ayatollah Yousef Sanei à ce poste au milieu des années 1980. Ensuite, Khoeiniha a été nommé membre du Conseil supérieur de la magistrature et également du Conseil de l'opportunité. En 1989, il a été nommé par Khomeini comme son représentant dans l'assemblée constitutionnelle qui a été formée pour réviser la constitution.