ב-11 ביוני 1945, אומייר נלכד לאחר שארגון MI6 מצא עליו רישומים בדו"חות הגסטפו. הוא לבש חליפת אס-אס מלאה ומסר באופן כמעט מיידי את שמו ואת דרגתו. הוא נשלח בחודש אוגוסט 1945 לידי קציני מודיעין של צבא ארצות הברית לצורך חקירה. בשנת 1946 הוא הוסגר לפולין על למנת לעמוד לדין בגין פשעי מלחמה יחד עם עוד 39 אנשי אס-אס מאושוויץ בירקנאו לפני בית הדין העליון בקרקוב. המשפט, "משפט אושוויץ הראשון", נמשך מיום 25 בנובמבר עד 16 בדצמבר 1947, ואומייר הצהיר בו שאם יימצא אשם הוא "ימות כשעיר לעזאזל של גרמניה". אמר לבית המשפט שהוא מעולם לא הרג אף אחד באושוויץ וכך גם הכפופים לו, ואף הכחיש את ידיעתו על תאי הגזים.