1553 zerstörte Vollrad von Mansfeld, der auf Geheiß von Markgraf Albrecht von Brandenburg-Kulmbach plündernd durchs Braunschweiger Land zog, die Greener Burg. Herzog Heinrich der Jüngere ließ sie unverzüglich wieder aufbauen. Während des Dreißigjährigen Krieges erlitt die Burg einige Zerstörungen und fiel nach der Schlacht bei Lutter in die Hand der Kaiserlichen. Danach wurde die Burg bis zum Bau des neuen Amtshauses an anderer Stelle Sitz des Amtes Greene. Dadurch ihrer Funktion beraubt, erging 1694 die Dezember-Anordnung der Braunschweiger Herzöge Rudolf August und Anton Ulrich zur Aufgabe der Burg „weil das alte Schloß nicht mehr bestehen, weniger der Amtshaushalt aus solchen alten Gebäude fernerhin geführet werden könne“. Ab 1704 war die Burg nur noch von Tagelöhnern bewohnt. Sie verfiel allmählich und ihre Steine wurden für Gebäude im Dorf verwendet. Bereits 1757 wird berichtet, dass im Wesentlichen nur noch der Turm vorhanden ist.