Jønsson startete seine Nationalmannschaftskarriere 2009 mit einem Einsatz für die dänischen U-16-Nationalmannschaft und durchlief bis zur dänischen U-21-Nationalmannschaft nahezu alle Nachwuchsnationalmannschaften seines Landes. Mit der U-21-Mannschaft nahm er an der U-21-Europameisterschaft 2015 teil, wo die Dänen das Halbfinale erreichten und sich für die Olympischen Spiele 2016 qualifizierten. Dort kam er in den vier Spielen zum Einsatz, die mit dem Aus im Viertelfinale endeten. Am 11. November 2020 debütierte er für die A-Nationalmannschaft bei einem Freundschaftsspiel gegen Schweden.