Маючи прізвисько Ель Кайзер, Маркес широко вважається найкращим захисником в історії Мексики та одним з найкращих мексиканських гравців усіх часів. Автор першого голу збірної Мексики на Чемпіонаті світу в ПАР 2010 року та учасник п'яти поспіль чемпіонатів світу з 2002 по 2018 рік. Також зі збірною був переможцем Кубка конфедерацій 1999 року і двох Золотих кубків КОНКАКАФ (2003 та 2011).