På klubplan tilbragte Shéu hele sin aktive karriere, fra 1972 til 1989, hos Lissabon-storklubben Benfica. Her var han med til at vinde hele ti portugisiske mesteskaber og seks pokaltitler. Han var anfører for holdet der tabte Mesterholdenes Europa Cup finale 1988 til hollandske PSV Eindhoven.