Como consecuencia de la invasión estadounidense que llevó al colapso del Emirato Islámico de Afganistán, se estableció un Gobierno de Transición. Debido al hecho de haber trabajado para el Gobierno de Estados Unidos, este país presionó para su nombramiento en el gabinete de transición, en el cual Jalali asumió el cargo de Ministro del Interior en enero de 2003. Reelegido en el cargo en diciembre de 2004, sirvió en él hasta septiembre de 2005. Durante su paso por el Ministerio, creó una fuerza especializada compuesta por 50.000 policías afganos y 12.000 policías fronterizos para combatir eficazmente el narcotráfico y el terrorismo. Así mismo, logró proteger la Loya Jirga de 2003 y garantizar la realización de las y las elecciones parlamentarias de 2005. Entre 2017 y 2018 fue embajador de Afganistán en Alemania.