לאחר חצי שנה בתפקיד, נרצח גרפילד וארתור מונה במקומו. להפתעת מבקריו, הסכים ארתור להנהיג רפורמה בשירות הציבורי, אותה רפורמה שהובילה לפיטוריו מתפקיד גובה המכס. הוא אכף חוקים באופן נוקשה והטיל וטו על חוקים בזבזניים. ארתור נאבק אל מול השחיתות השלטונית בממשל הפדרלי בדומה לקודמיו גרפילד, רתרפורד הייז ויוליסס סימפסון גרנט. מוסדות פיקוח שהסדיר על הממשל הביאו לכך שבתוך שלושה עשורים מנשיאותו רק עשרה אחוזים מכלל המינויים הממשלתיים בממשל הפדרלי נעשו על בסיס קשרים פוליטיים פנימיים. הוא ארגן מחדש את הצי, אולם לא ניצל את העודף בתקציב שנצבר מאז מלחמת האזרחים.