Porter's korps blev sendt af sted for at forstærke generalmajor John Pope i Northern Virginia kampagnen, en forflyttelse, som han åbent var imod og klagede over med direkte kritik af Pope. Under det Andet slag ved Bull Run, den 29. august 1862, blev han beordret til at angribe Stonewall Jackson i flanken. Porter havde gjort holdt ved Dawkin's Branch, hvor han var født på generalmajor J.E.B. Stuart's kavaleri. Han modtog en besked fra Pope om at angribe Sydstatshærens højre fløj (som Pope troede var Jackson på Stony Ridge), men han skulle samtidig holde sig i kontakt med nabodivisionen under generalmajor John F. Reynolds, hvilket var en modstrid i ordren, som han ikke kunne løse. Pope var tilsyneladende ikke klar over at Sydstatsgeneralen James Longstreets fløj af hæren var ankommet til slagmarken og at det beordrede flankeangrb på Jacksons position ville have været rent selvmord imod Longstreets overlegne styrke. Porter valgte ikke at igangsætte angrebet ud fra de efterretninger han havde fået om at Longstreet stod foran ham. Pope blev rasende og beskyldte Porter for lydighedsnægtelse.