Bajo las órdenes del presidente del Perú, mariscal José de La Mar, participó en la Guerra contra la Gran Colombia como Comandante general del Ejército peruano, pero ambicionó el poder y contando con la complicidad de los generales Antonio Gutiérrez de la Fuente y Andrés de Santa Cruz, derrocó a La Mar en plena guerra. Asumió entonces la Presidencia del Perú y acto seguido firmó la paz con la Gran Colombia por medio del Tratado Larrea-Gual. Este primer gobierno duró de 1829 a 1833 y se caracterizó por su autoritarismo y por su deseo de integrar Bolivia al Perú. En 1834 provocó una rebelión de sus partidarios contra el gobierno del electo Presidente Luis de Orbegoso; derrotado, salió desterrado a Chile.