שרון ניסה לגרום להפחתת כוחה של הרשות הפלסטינית באמצעים שונים, להראות את הקשר בינה לטרור, ולגרום לה לדה לגיטימציה בעולם. כחמישה חודשים לאחר בחירתו (ב-10 באוגוסט 2001) יזם שרון את סגירת משרדי הרשות הפלסטינית, האוריינט האוס בירושלים. עם זאת בתקופת כהונתו הגיע לשיאו גל טרור, שהתבטא בעיקר בפיגועי התאבדות, דפוס פעולה לא חדש בסכסוך הישראלי-פלסטיני, אבל כזה שהשימוש בו הובא לרמות חסרות תקדים בשנים 2002-2001. אחרי תקופה של הבלגה יחסית, גם אחרי הפיגוע בדולפינריום, שהפתיעה את השמאל ואכזבה את תומכיו בימין, הוא נקט מדיניות של הסלמה מבוקרת, בדמותם של סיכולים ממוקדים, שלא הועילה בהפחתת פיגועי ההתאבדות. לבסוף, אחרי הפיגוע במלון פארק במרץ 2002, ואחרי שבחודש זה (אשר כונה "מרץ השחור") נרצחו למעלה מ-120 אזרחים וחיילים ישראלים, הממשלה בראשותו החליטה על כיבוש השטח שבשליטת הרשות הפלסטינית (שטחי A) במבצע חומת מגן. מבצע זה ומבצע דרך נחושה שבא אחריו, סייעו לפורר את תשתיות הטרור ביהודה ושומרון, והצליחו להוריד במידה משמעותית את מספר ההרוגים בפיגועים, ואת התחושות הקשות שהביא ההרג היומיומי במרץ 2002.