Va conspirar per forçar la caiguda del Directori, i es diu que va considerar l'arribada al poder a París de personatges tan menyspreats com l'Arxiduc Carles i el Duc de Brunswick. Es va dedicar a minar la Constitució de 1795, i amb aquest ànim va fer que el ressuscitat Club Jacobí fos tancat. Va sondejar el general Joubert para donar un cop d'estat. La mort de Joubert en la Batalla de Novi, i la tornada de Napoleó d'Egipte va canviar els seus plans, però finalment va arribar a una entesa amb el jove cors. Després del Cop d'estat del 18 de brumari, Sieyès va produir la constitució perfecta que tant de temps havia planejat, solament per a ser completament remodelada per Bonaparte, qui d'aquesta manera, va donar un cop dins del cop.