Convoqué pour la première fois en équipe de Cuba, le , à l'occasion d'une rencontre amicale face à la Jamaïque (victoire 1-0), Jensy Muñoz fait partie du groupe appelé à disputer la Gold Cup 2005, deux ans plus tard. Par la suite, il participe aux (huit matchs joués pour un but marqué), ainsi qu'à la phase finale de la Coupe caribéenne des nations 2008.