Cortés byl synem Martína Cortése de Monroy a Doñi Cataliny Pizarro Altamarinové. Rody, z nichž pocházel, měly velkou tradici, byť byly spíše zchudlé. „Měly málo bohatství, ale velkou čest,“ komentoval to Cortésův sekretář Francisco López de Gómara, jehož zápisky slouží většině historiků k pokusům rekonstruovat Cortésovu biografii, zejména jeho mládí. Podle Gómary byl Cortéz ve věku 14 let poslán studovat právo do Salamanky na středozápadě Španělska. Důvodem však nebyla zřejmě jen inteligence a nadání ke vzdělání. Podle Gómary byl „bezohledný, povýšený, zlomyslný a hašteřivý“ a také byl „zdrojem problémů pro své rodiče“. A to byl také důvod, proč se rádi syna zbavili již v mladém věku. Podle svého sekretáře byl Cortés již v mládí také velmi vášnivý ve vztahu k ženám. Byl prý frustrovaný provinčním životem a vzrušený z příběhu o výpravě Kryštofa Kolumba. Opustil předčasně školu a vydal se do Valencie s myšlenkou nechat se najmout jako voják, aby mohl bojovat v italských válkách. To se mu však nepovedlo a místo toho podle Gómary „nečinně bloudil téměř rok“. Bloudil takto po jižních přístavech Španělska, kam připlouvaly lodě plné bohatství z Ameriky. Nakonec se nechal na jednu z lodí najmout a v roce 1504 odplul na ostrov Hispaniola (původní název La Española) na Haiti. Zde od té doby žil.