С началом войны полковник Смирнов продолжал служить в той же должности в ЗабВО. С апреля 1943 года — заместителем командира 103-й стрелковой дивизии Забайкальского фронта. В августе переведён на должность начальника Забайкальского пехотного училища. Член ВКП(б) с 1943 года. В мае 1944 года зачислен в распоряжение ГУК НКО, затем направлен на 2-й Белорусский фронт. 2 сентября 1944 года назначен заместителем командира 153-й стрелковой Смоленской ордена Кутузова дивизии, которая в составе 50-й армии находилась в обороне на плацдарме на западном берегу реки Неман. В конце октября дивизия, используя успех на правом фланге соседней дивизии 3-го Белорусского фронта в районе Сувалки, перешла в наступление и овладела городом Августов. С 26 декабря полковник Смирнов вступил в командование 153-й стрелковой дивизией. С 22 января 1945 года она в составе 50-й армии перешла в наступление и участвовала в Млавско-Эльбингской наступательной операции. 23 января её части овладели городом Ликк, а 27 января — городом Райн. В последующем дивизия, ведя бои в полосе Мазурских озёр, продвинулась с боями на 135 км и овладела более 60 нас. пунктами. Продолжая наступление и сбивая сильные заслоны противника, она к 7 февраля вышла в район городу Хайльсберг, а к 12 марта подошла к Кёнигсбергу и перешла к жёсткой обороне против его кёнигсбергской группировки. С 8 апреля её части принимали участие в Кёнигсбергской наступательной операции и овладении городом Кёнигсберг. 13 апреля дивизия была передислоцирована в район Нойхаузен — Тиргартен, где находилась до конца войны.