Filipa de Lancaster murió en 1415, víctima de la peste negra, en las cercanías de Lisboa, poco antes de partir a la campaña de Ceuta. La teoría más aceptada en la actualidad, de acuerdo con los trabajos de Francisco Benevides, Manuela Santos Silva, y Ana Rodrigues Oliveira, fija el lugar de su muerte en el monasterio de San Dionisio, en Odivelas. Sus restos descansan en el convento de Santa Maria da Vitória, junto con el de su esposo Juan I de Portugal.