Ο Ζιντάν ήταν βασικός παίκτης της Εθνικής Γαλλίας κατά τη διάρκεια της χρυσής περιόδου της 1998–2000, όταν και κέρδισε διαδοχικά το Παγκόσμιο Κύπελλο και το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα. Έπαιξε το πρώτο διεθνές παιχνίδι του το 1994 (17 Αυγούστου σε φιλικό αγώνα απέναντι στην Τσεχία, 2–2) και μετείχε στην ομάδα για το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 1996, όπου η Γαλλία έφτασε στα ημιτελικά. Στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 1998 αποβλήθηκε στο δεύτερο παιχνίδι της φάσης των ομίλων με αντίπαλο τη Σαουδική Αραβια και τιμωρήθηκε με αποκλεισμό για δύο αγώνες. Όταν επανήλθε ήταν ο καταλυτικός παράγοντας της μετέπειτα πορείας της Γαλλίας στη φάση των νοκ-ουτ και πέτυχε όμως δύο γκολ στον τελικό, όπου η Γαλλία κέρδισε τη θεωρούμενη ως φαβορί της διοργάνωσης Βραζιλία με 3–0, και τα δύο με κεφαλιές. Ψηφίστηκε στην καλύτερη ενδεκάδα της διοργάνωσης. Σημαντική ήταν και η συνεισφορά του στην κατάκτηση του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος του 2000, για την οποία ψηφίστηκε πολυτιμότερος παίκτης της διοργάνωσης. Στον ημιτελικό απέναντι στην Πορτογαλία έκανε μία από τις καλύτερες εμφανίσεις της διεθνούς σταδιοδρομίας του χαρίζοντας τη νίκη στην ομάδα του στην παράταση μετά το ισόπαλο 1–1 της κανονικής διάρκειας του αγώνα.