Kristinuskon historia Virossa alkaa noin 900-luvulta. Itsenäinen ortodoksinen kirkko sai ensimmäisen piispansa vuonna 1917. Piispa Platonin kausi oli lyhyt, sillä bolševikit ampuivat hänet Tartossa Viron vapaussodan lopulla 14.1.1919, kun virolaiset joukot lähestyivät Tallinnaa. Kesäkuun 15. päivä 1920 Venäjän ortodoksinen kirkko virallisti Viron kirkon itsenäisyyden. Kirkko siirtyi vuonna 1923 Konstantinopolin patriarkaatin alaisuuteen yhdessä Suomen ortodoksisen kirkon kanssa, sillä Moskovan patriarkaattiin oli vaikea pitää yhteyttä.