У 1815 році Томпсон переїхав з родиною в Вільямстаун у Верхній Канаді і кілька років по тому притягувався для картографування недавно встановленої кордону з США згідно Гентського договору про закінчення Англо-американської війни 1812—1815 року. У 1843 році Томпсон завершив свій атлас території від Гудзонової затоки до Тихого океану. Наприкінці життя Томпсона переслідували фінансові невдачі. До 1831 він перебував у такому глибокому боргу, що був змушений почати працювати землеміром для Британсько-Американської Земельної Компанії, щоб прогодувати сім'ю. Він почав роботу над рукописом про своє життя дослідника континенту, але закінчити свою роботу не встиг, оскільки повністю осліп у 1851 році. Томпсон помер в Монреалі 10 лютого 1857, практично забутий і невизнаний.