Manuela Machado décroche une nouvelle médaille d'argent lors des Championnats du monde 1997 d'Athènes avec le temps de 2 h 31 min 12, se situant néanmoins loin derrière la Japonaise Hiromi Suzuki. Elle conserve l'année suivante son titre continental en remportant les Championnats d'Europe de Budapest, laissant ses principales concurrentes à près d'une minute. Le , à l'occasion du Marathon de Londres, la Portugaise établit la meilleure performance de sa carrière en franchissant la ligne d'arrivée avec le temps de 2 h 25 min 09 s. Elle obtient la même année une nouvelle place d'honneur en se classant septième des Mondiaux de Séville.