Amer spielte 1952 eine führende Rolle im Coup der Offiziere gegen die ägyptische Monarchie, der die beiden Militärs Nasser und Muhammad Nagib an die Macht brachte. Im folgenden Jahr wurde Amer zum Stabschef befördert. 1956 wurde er zum Chef des vereinigten Militärkommandos, das aufgrund der politischen Annäherung Syriens und Ägyptens zwischen beiden Staaten eingerichtet wurde. Er führte auch die ägyptischen Truppen in der Sueskrise gegen israelische und britisch-französische Truppen. 1964 folgte Dekret 117 mit dem sich Amer auch die Vollmachten des Kriegsministers auf seine Rolle als stellvertretendem Oberkommandierenden übertragen ließ und damit auch die Kontrolle über den Wehretat erlangte.