W reprezentacji Egiptu El-Saqua zadebiutował 8 czerwca 1997 roku w zremisowanym 0:0 spotkaniu eliminacyjnym do Mistrzostw Świata we Francji z Tunezją. W 1998 roku po raz pierwszy w karierze wystąpił w Pucharze Narodów Afryki i wywalczył wówczas z Egiptem mistrzostwo Afryki. W 1999 roku zagrał w Pucharze Konfederacji. Następnie grał w: Pucharze Narodów Afryki 2000, 2002, 2004 i 2006. W 2010 roku został powołany przez Hassana Shehatę do kadry na Puchar Narodów Afryki 2010.