W 1736 roku na miejscu baszkirskiej osady nad brzegiem jeziora Czebarkul Rosjanie zbudowali twierdzę, a w 1745 roku wznieśli także cerkiew pw. Przemienienia Pańskiego. Twierdza czebarkulska odgrywała ważną rolę w obronie granic Imperium Rosyjskiego. W 1774 roku, w czasie powstania Pugaczowa została podpalona; ucierpiała wówczas m.in. cerkiew, którą odbudowano dwa lata później, w 1776 roku. W kolejnych latach Czebarkul funkcjonował jako stanica kozacka. W 1828 roku otwarto pierwszą szkołę w miejscowości, a w 1892 roku poprowadzono przez Czebarkul linię Kolei Samarsko-Złatoustowskiej. W czasie wojny domowej w latach 1917–1922 miały tu miejsce zacięte walki pomiędzy zwolennikami „białych” i bolszewików. W latach 20. i 30. XX wieku rozpoczęto proces uprzemysłowienia miejscowości. W 1941 roku ewakuowano do Czebarkulu zakłady metalurgiczne z Elektrostali, a w 1944 roku uruchomiono zakłady produkcji urządzeń dźwigowo-transportowych. W 1951 roku miejscowość otrzymała prawa miejskie. W latach 1960-1990 powstały w mieście kolejne zakłady przemysłowe, m.in. fabryka odzieży i zakład konstrukcji stalowych.