Von 2007 bis 2012 stand Natthaphong im Kader der Thailändischen Fußballnationalmannschaft. Mit ihr nahm er an der Endrunde zur Fußball-Asienmeisterschaft 2007 und der ASEAN-Fußballmeisterschaft 2008 teil. Er bestritt fast alle Spiele in der Qualifikation zur Fußball-Weltmeisterschaft 2010.