Der Übergang aus dem Kretischen Meer ins Libysche Meer erfolgt durch die Meerengen von Kithira (Stenon Kithron) im Westen und die Meerenge von Kasos (Stnon Kasu) im Osten. der Meeresboden ist Teil der Ägäischen Platte. Südlich von Kreta schiebt sich die Afrikanische Platte unter sie, so dass sie noch zur Subduktionszone gehört und relativ häufig von Erdbeben erschüttert wird. Die Minoische Eruption hatte zuletzt vor ca. 3600 Jahren zu heftigen Tsunamis geführt, die möglicherweise zum Untergang der Minoischen Kultur beitrug.