При Дарии начались греко-персидские войны. Временно правивший Милетом Аристагор, родственник тирана Гистиея, пытаясь услужить персам завоеванием острова Наксос в Эгейском море, своими неудачными действиями вызвал их недовольство, и решил сам возглавить выступление против Дария. Оно началось осенью 499 года до н. э. со свержения правивших в греческих полисах тиранов. Одни из них, вслед за Аристагором, сами отказались от власти, другие были изгнаны или казнены. Повсеместно в восставших городах устанавливалась республиканская форма правления. К Милету присоединились и другие греческие города Малой Азии и некоторых прилегающих к побережью островов. Понимая трудность предстоящей борьбы, Милет обратился с просьбой о помощи в Балканскую Грецию, на которую откликнулись только Афины и Эретрия (последняя расположена на острове Эвбея), приславшие соответственно 20 и 5 судов.