שומאכר החל לשחק בבוגרים של פ.צ קלן בעונת 1972/73, אך שימש בעונה זו כשוער משנה בלבד, ולא שיחק כלל. בעונת 1973/74 קיבל שומאכר הזדמנויות רבות יותר וערך 13 הופעות, כאשר השוער הראשי של הקבוצה היה גרהארד ולץ. בעונת 1974/75 שומאכר הפך לשוער הראשי של הקבוצה, תפקיד אותו מילא במשך 13 עונות רצופות. שומאכר הגיע להישגים נאים עם קלן בתקופה זו, בה קלן הייתה לרוב בצמרת הכדורגל הגרמני. בעונת 1976/77 זכה שומאכר עם קלן בגביע הגרמני לאחר ניצחון במפגש כפול בגמר על הרטה ברלין. בעונת 1977/78 זכו שומאכר וקלן בדאבל, כאשר הגנו על תוארם וזכו שוב בגביע הגרמני, לאחר ניצחון 2-0 בגמר על היריבה המושבעת פורטונה דיסלדורף, וגם באליפות הבונדסליגה, זכייה שעצרה רצף של שלוש אליפויות של בורוסיה מנשנגלדבך, שצברה מספר נקודות זהה לקלן אך עם הפרש שערים נחות. בעונת 1981/82 סיימו שומאכר וקלן במקום השני בבונדסליגה, מרחק שלוש נקודות מהאלופה המבורג. בעונת 1982/83 זכה שומאכר בפעם השלישית בגביע הגרמני עם פ.צ. קלן, לאחר ניצחון 1-0 בגמר על היריבה העירונית פורטונה קלן. בשנת 1984, על אף עונה חלשה יחסית של פ.צ. קלן בה סיימה שישית וספגה 57 שערים, ועל אף כישלונה של נבחרת גרמניה המערבית ביורו 1984, נבחר שומאכר ככדורגלן השנה בגרמניה. בשנת 1986 זכה שומאכר בתואר זה בפעם השנייה, גם כאן לאחר עונה חלשה יחסית של קלן בה סיימה במקום ה-13, אך לאחר הצטיינותו של שומאכר במונדיאל 1986, בו הגיע לגמר. עונת 1986/87 הייתה האחרונה של שומאכר בקלן, בעונה זו החל תהליך של חילופי דורות בעמדת השוער בקבוצה, כאשר שומאכר שיחק כמחצית מהמשחקים בשער, וביתר המשחקים עמד בשער השוער הצעיר שלימים יהיה אלוף העולם, בודו אילגנר. בתום עונה זו, עזב שומאכר את פ.צ. קלן, לאחר שערך במדיה 422 הופעות ליגה, נתון הממקם אותו בראש טבלת שיאני ההופעות של פ.צ. קלן בבונדסליגה בכל הזמנים.