V zemích, které se po druhé světové válce ocitly pod nadvládou komunismu, pak následovalo po nacistickém pronásledování i pronásledování ze strany komunistů. Ačkoliv nešlo o německou, ale nadnárodní, protinacisticky zaměřenou a nacisty pronásledovanou organizaci, československé – komunisty ovládané – ministerstvo zemědělství v roce 1946 vyhlásilo konfiskaci majetku řádu podle Benešových dekretů a provedlo ji, ačkoliv mu to zakazovalo hned několik nařízení vlády. V roce 1948 Nejvyšší správní soud v Praze konfiskace prohlásil za neodůvodněné a nezákonné a vydal rozhodnutí, podle kterého náleží konfiskovaný majetek stále řádu. Komunistický převrat ale znemožnil převzetí majetku řádem a komunistické úřady poté vyhnaly všechny rytíře německého původu ze země.