Edvard Beneš, leader del governo in esilio della Cecoslovacchia, insieme a František Moravec, capo dell'intelligence militare cecoslovacca, organizzarono e coordinarono una rete di resistenza. Hácha, il Primo ministro Eliáš, e la resistenza ceca, riconobbero la leadership di Beneš. Durante gli anni di guerra, fu mantenuta la collaborazione attiva tra Londra e la nazione cecoslovacca. Il più importante evento della resistenza fu l'assassinio di Reinhard Heydrich (generale delle SS, vice di Heinrich Himmler e protettore di Boemia e Moravia) durante l'Operazione Anthropoid. Infuriato, Adolf Hitler ordinò l'arresto e l'esecuzione di 10.000 cechi scelti a caso, ma, dopo alcune consultazioni, ridusse la sua vendetta. Più di 10.000 persone furono arrestate e circa 1.300 furono giustiziate. L'assassinio causò una delle repressioni più famose della guerra: i villaggi di Lidice e Ležáky furono completamente distrutti dai nazisti; tutti gli uomini dei villaggi sopra i sedici anni furono uccisi e il resto della popolazione fu inviata ai campi di concentramento nazisti, dove molte donne e quasi tutti i bambini furono uccisi.