Реєстрові козаки відіграли значну роль і в боротьбі українського народу проти османсько-татарської агресії. Під час визвольної війни українського народу 1648–1654 років внаслідок масового покозачення селян і міщан та переходу на сторону повсталого народу реєстрові козаки, збройні сили селянсько-козацького війська досягли понад 100 тис. чол. Спроби Речі Посполитої обмежити число козаків 40 тис. (Зборівський договір 1649 року), 20 тис. успіху не мали (Білоцерківський мирний договір 1651 року).