Η εκκλησία του Αγίου Πολυκάρπου χτίστηκε το 1625 με την άδεια του Οθωμανού Σουλτάνου Σουλεϊμάν Α ' και κατόπιν αιτήματος του Γάλλου βασιλιά Λουδοβίκου ΙΓ' . Το εκκλησιαστικό κτήριο καταστράφηκε από το σεισμό της Σμύρνης το 1688 και την πυρκαγιά, που ξέσπασε τους επόμενους μήνες. Επισκευάστηκε μεταξύ 1690–1691. Το μοναστήρι της εκκλησίας καταστράφηκε από τη φωτιά το 1763. Η εκκλησία αναστηλώθηκε το 1775 με τη συνεισφορά του Γάλλου βασιλιά Λουδοβίκου ΙΣΤ' και έγινε τρίκλιτη βασιλική. Το 1820, στην εκκλησία κρεμάστηκε μια μαρμάρινη αναμνηστική πλάκα προς τιμήν του Λουδοβίκου ΙΓ'. Η εκκλησία, στην οποία προστέθηκαν παρεκκλήσια κατά τη διάρκεια της αποκατάστασης, που πραγματοποιήθηκε μεταξύ 1892–1989, ήταν διακοσμημένη με τοιχογραφίες, που απεικονίζουν τη ζωή του Πολυκάρπου, φτιαγμένη από τον Γάλλο αρχιτέκτονα Ρέιμοντ Τσαρλς Πέρε. Καταστράφηκε από τη μεγάλη πυρκαγιά της Σμύρνης και ξαναχτίστηκε το 1929. Η εκκλησία του Αγίου Πολυκάρπου υπέστη ζημιές κατά τη διάρκεια του σεισμού στην περιοχή της Σμύρνης τον Νοέμβριο του 2020.