En 2014, lors du meeting de New York, Wayde van Niekerk se classe deuxième de l'épreuve du derrière l'Américain LaShawn Merritt. Il établit à cette occasion un nouveau record d'Afrique du Sud en , améliorant de l'ancien record national co-détenu par Arnaud Malherbe et Hendrick Mokganyetsi. Deuxième des Jeux du Commonwealth, derrière Kirani James, il remporte une nouvelle médaille d'argent sur lors des Championnats d'Afrique de Marrakech, devancé par le Botswanais Isaac Makwala. En fin de , il fait partie du relais d'Afrique qui remporte le titre à la Coupe continentale.