Перед началом сезона Свендсен являлся одним из главных фаворитов в борьбе за большой хрустальный глобус. Однако приоритет был отдан участию в чемпионате мира — 2013, поэтому начало сезона стало разгоночным стартом. Как оказалось, Эмиль не прогадал, поставив всё на чемпионат мира. 7 февраля, на первой гонке ЧМ, Свендсен завоевал золотую медаль в составе смешанной эстафеты. Спустя день после триумфа выиграл своё второе золото на ЧМ, одержав победу в спринте и опередив Мартена Фуркада почти на 9 секунд. Эмиль показал лучший ход на дистанции и выиграл своё девятое золото чемпионатов мира. Это была первая золотая медаль мирового первенства Свендсена в спринте. Десятую золотую медаль на ЧМ и третью в Нове-Место норвежец добыл в гонке преследования, блестяще проведя её в своей лучшей манере — тактика и суперфиниш! Следующую гонку, индивидуальную, Эмиль Хегле пропустил из-за болезни, но уже через день восстановился и участвовал в эстафете, в которой норвежцы уверенно одержали победу, опередив ближайшего соперника, команду Франции, на 1 минуту и 16 секунд. В последней гонке чемпионата, масс-старте, Свендсен также не остался без медали, завоевав бронзу. Всего на ЧМ Эмиль Хегле завоевал 5 медалей: 4 золотых (смешанная эстафета, спринт, гонка преследования и эстафета) и одну бронзовую (масс-старт). Из-за недомогания Свендсен полностью пропустил этап в Хольменколлене и предолимпийскую неделю в Сочи. Оправившись после болезни, Эмиль Хегле поехал на заключительный этап кубка мира в российский Ханты-Мансийск. В последней гонке сезона, масс-старте, Свендсен финишировал на третьем месте, а в общем зачёте кубка стал вторым с большим отставанием от Мартена Фуркада.