Für die WM 2006 in Deutschland war Cissé einer der Hoffnungsträger des französischen Nationalteams. Er erlitt allerdings im letzten Testspiel Frankreichs vor der WM am 7. Juni 2006 gegen China zum wiederholten Mal einen rechtsseitigen Schien- und Wadenbeinbruch und fiel für die WM aus. Auch die Fußball-Europameisterschaft 2008 verpasste er trotz einer erfolgreichen Saison mit Marseille. Zwar gehörte er dem erweiterten EM-Kader an, fiel aber kurz vor Turnierbeginn der überraschenden Nominierung Bafétimbi Gomis’ zum Opfer. Nach fast zwei Jahren kam er im März 2010 wieder für das A-Nationalteam zum Einsatz und wurde auch bei der Fußball-Weltmeisterschaft 2010 in einem Spiel eingesetzt. Anschließend dauerte es über 15 Monate, ehe ihn der neue Nationaltrainer Laurent Blanc kurz vor Spielende einwechselte (Oktober 2011 gegen Albanien).