Na het Verraad van Maastricht in 1638 moesten de franciscanen na bijna vier eeuwen het Oude Minderbroedersklooster aan de Sint Pieterstraat verlaten en namen hun intrek in wat overgebleven was van het Observantenklooster op Slavante. Het klooster en de kerk werden heropgebouwd en in 1643 ging het kapittel van de franciscaner Orde te Leuven akkoord met de heroprichting van het klooster. Na het Beleg van Maastricht (1673) mochten de franciscanen van de Franse bezetters terugkeren in de stad, maar het klooster op Slavante bleef eveneens in gebruik. Bij de opheffing van de kloosters in de Franse tijd in 1796 woonden er achttien paters, tien broeders en twee knechten.