Dès le milieu du , un gentilhomme flamand travaillant pour Henri le Navigateur, Jácome de Bruges, reçoit la mission d’installer des familles flamandes sur l’île de Terceira. Dans les siècles qui suivirent, des colons flamands, mais également français, vinrent s’établir sur ces îles. De 1580 à 1640, elles furent sous domination espagnole comme le reste du Portugal (voir la bataille des Açores) et servirent de relais lors du retour des navires en provenance de l’Amérique et des Antilles, alors que l’escale aller était à Madère. En 1583, Philippe II d'Espagne (Philippe du Portugal) envoya la flotte hispano-portugaise chasser les marchands français installés aux Açores, en pendant les prisonniers aux vergues des bateaux et contribuant à la création d’une légende noire. Les îles redevinrent portugaises après la guerre de restauration du Portugal.