Fanny Koen begann erst im Alter von 16 Jahren mit der Leichtathletik. Ihr Trainer Jan Blankers, ein ehemaliger Dreispringer, erkannte ihr vielseitiges Talent. Mit 18 Jahren nahm sie an den Olympischen Spielen 1936 in Berlin teil. Dort belegte sie im Hochsprungwettbewerb den fünften Platz. Mit der niederländischen 4-mal-100-Meter-Staffel wurde sie ebenfalls Fünfte. Bei den Europameisterschaften 1938 in Wien wurde sie über 100 Meter und 200 Meter jeweils Dritte. 1943 stellte sie im Hochsprung mit 1,71 m und im Weitsprung mit 6,25 m jeweils einen neuen Weltrekord auf. Ihre erfolgreichste Zeit begann jedoch erst nach dem Zweiten Weltkrieg. Bei den Europameisterschaften 1946 gewann sie zwei Goldmedaillen über 80 Meter Hürden und mit der 4-mal-100-Meter-Staffel.