Tuy nhiên, Trung Hoa Dân Quốc đã lợi dụng Cách mạng Tháng Mười và cuộc nội chiến sau đó để triển khai quân đội tại Ngoại Mông, và năm 1919 chính quyền Mông Cổ đã bị buộc phải ký một hiệp ước theo đó bãi bỏ quyền tự trị của Mông Cổ. Dưới sự chiếm đóng của Trung Quốc, Đảng Nhân dân Mông Cổ được thành lập và một lần nữa lại hướng về phía bắc, tức nước Nga Xô-viết để tìm kiếm sự giúp đỡ. Trong thời gian đó, quân Bạch vệ Nga do Roman von Ungern-Sternberg lãnh đạo đã chiếm Khuree và đầu tháng 3 năm 1921, và chính phủ thần quyền mới đã tuyên bố độc lập từ Trung Quốc vào ngày 13 tháng 3. Song Cách mạng Ngoại Mông vào năm 1921 đã nổ ra và Ungern và đám quân Trung Quốc còn lại bị đẩy lui sau vài tháng, và đến ngày 6 tháng 7 năm 1921, Đảng Nhân dân Mông Cổ và quân Liên Xô đã chiếm được Niislel Khuree. Đảng Nhân dân thành lập một chính phủ mới, song vẫn cho Bogd Khaan làm người đứng đầu trên danh nghĩa. Trong những năm tiếp theo, mặc dù có một số cuộc đấu tranh quyền lực song ảnh hưởng của Liên Xô luôn vững mạnh. Sau khi Bogd Khaan mất, Cộng hòa Nhân dân Mông Cổ đã được tuyên bố thành lập vào ngày 26 tháng 11 năm 1924.