Ещё в большей степени смотрел он так на свою войну с турками. В 1571 году по инициативе папы Пия V была образована «Священная лига» из Венеции, Испании, Генуи, Савойи и ещё некоторых мелких итальянских государств. Во главе коалиции стала Испания; Филипп назначил главным адмиралом своего единокровного брата дона Хуана, который одержал над турками полную победу при Лепанто. Эта громкая победа не имела для Испании непосредственных материальных результатов, но чрезвычайно усилила престиж испанского флота в глазах Европы. С Турцией война вяло шла с перерывами до конца царствования Филиппа, однако бунт в Нидерландах заставил Испанию меньше думать об обороне своего средиземноморского побережья от турок.