Além de pequenas escaramuças, o castelo nunca foi palco de grandes conflitos militares. No decorrer da rixa dos Werdenberg, as tropas werdenberguianas conseguiram ultrapassar o primeiro portão através da traição dos porteiros. Conseguiram, no entanto, repeli-los, de forma que o castelo, como já foi referido, pudesse ser entregue como recompensa ao amigável Andreas von Sonnenberg. Em 1519, durante a epidemia de peste, serviu como abrigo isolado, sendo mesmo a entrega de alimentos feita um pouco antes do portão do castelo como forma de evitar qualquer contacto pessoal. Tanto na Guerra dos Camponeses, em 1525, como na Guerra de Esmalcalda, os amigos aristocratas e companheiros de batalha de Zimmern - os Condes de Helfenstein, os Truchsessen de Waldburg, o Landkomturei de Altshausen, o Abade de Beuron e outros nobres - encontraram refúgio em Wildenstein. A situação mais ameaçadora surgiu durante a Guerra dos Príncipes, em 1552, quando muitos nobres procuraram a protecção do castelo e puseram ali os seus bens em segurança. Nessa época estavam guardados em Wildenstein bem mais de 100.000 gulden. Os inimigos encontravam-se em Ulm e estavam prestes a mandar um pelotão para tomar Hegau e o Lago de Constança. O Conde Friedrich von Castell planeava, com poucos homens, forçar Gottfried Werner a render-se. Ablach e Göggingen tinham-se rendido e a guarnição preparava-se para o pior. Reconheceram a fraqueza nos preparativos da defesa e perceberam, em particular, que o moral dos homens estava muito em baixo, já que se encontravam preocupados com as suas famílias deixadas para trás. Gottfried Werner também quis levar para o segurança do castelo a sua filha cega, Bárbara, freira no Convento Inzigkofen, mas esta preferiu permanecer fiel aos seus votos no convento. Porém, as tropas inimigas retiraram inesperadamente depois de Allgäu.