Le , il devient gouverneur de l'Arkansas pour terminer le mandat du gouverneur sortant, le démocrate Jim Guy Tucker, impliqué dans le scandale financier de Whitewater et contraint à démissionner avec tellement de réticence qu'il dut s'y prendre à deux reprises avant de céder le pouvoir définitivement. En novembre 1998, Huckabee est confirmé pour un mandat entier de par les électeurs de l'Arkansas et est réélu en novembre 2002 pour un nouveau mandat de .