В 1655 году комплекс сильно пострадал от огня российских войск во время штурма Вильно. Остатки сгорели во время пожара, вспыхнувшего в 1656 году. Во время восстановления при костёле была организована мастерская монахов—ремесленников различных специальностей: каменщики, маляры, столяры, штукатуры. В течение нескольких следующих десятилетий мастерская оказывала помощь в ремонте других виленских сакральных объектов. При монастыре также были организованы госпиталь и пивоварня.