Im Mai 2006 veröffentlichte er das rocklastige Protestalbum "Living With War," das sich kritisch mit der Irak-Politik der US-Regierung auseinandersetzt. Dieses Album war vorab kostenlos im Internet verfügbar. Mit dem Album kritisierte er harsch die Politik des US-Präsidenten George W. Bush, insbesondere bezüglich des damaligen Irak-Kriegs. Mit dem Song "Let’s Impeach the President" forderte Young sogar dessen Amtsenthebung. Unterstützt wurde der Song durch die Trompete von Tommy Bray, die wie eine Fanfare, mit der zur Attacke geblasen wird, daherkommt. Spätestens seit diesem Album wurde Neil Young zum echten Protestsänger. "Living With War" bildete auch den Kern der Tournee "Freedom of Speech," die Young zusammen mit seinen alten Weggefährten Crosby, Stills &amp; Nash absolvierte. Die kontroversen Reaktionen auf das Album und die Tournee verarbeitete Young 2008 in seinem Film "CSNY Déjà Vu," zu dem auch das Livealbum "Déjà Vu Live" erschien. Dabei zeigte er sich auf der Bühne politisch wie selten zuvor. Im Film lässt er Kriegsveteranen und Angehörige zu Wort kommen.