Zepeda a disputé 49 rencontres avec l'équipe nationale du Mexique entre 1999 et 2005. Il a ainsi participé à un grand nombre de compétitions internationales disputées par la sélection "Tricolor" : Copa América 1999 et 2001, Gold Cup 2003, Coupe des Confédérations 1999. Il a inscrit 8 buts avec le Mexique dont les plus importants sont le doublé inscrit en finale de la Coupe des confédérations 1999 face au Brésil, qui ont permis au Mexique de remporter le titre (victoire 4-3).