Op 13 juli 1854 kwam hij naar Portsmouth om gekeurd te worden voor de marine op de HMS Victory, het oude vlaggenschip van Nelson. Hij werd goedgekeurd. In die tijd was er geen aparte school voor aankomend marinepersoneel, ze werden direct op een schip geplaatst voor een opleiding in de praktijk. Zijn eerste schip was de "Calcutta", deze lag als reserveschip in de haven maar werd klaar gemaakt voor de inzet in de Oostzee om Russische havens te blokkeren tijdens de Krimoorlog. Fisher ging vervolgens naar de "Highflyer", en diende in het Verre Oosten en in 1860 werd hij benoemd tot luitenant op de "Furious". Met de "Furious" kwam hij in augustus 1861 terug in Engeland. Hier werd hij actief op de "HMS Excellent", een artillerieschietschool voor de marine, en hield zich bezig met systemen en tactieken voor de nieuwe moderne achterladers en verschillende type torpedo’s. In april 1863 kreeg bij een benoeming op de HMS Warrior, de eerste moderne ironclad van de Britse marine.