Kurze Zeit nachdem Cathy Freeman von den Commonwealth Games 1990 zurückkehrte, starb ihre Schwester Anne-Marie. Daraufhin widmete sie all ihre zukünftigen Erfolge ihrer verstorbenen Schwester. 1992 starb ihr leiblicher Vater Norman Freeman an einem Schlaganfall. Cathy Freeman lebte von 1991 bis 1996 mit Nick Bideau zusammen, einem Journalisten aus Melbourne, der sie früh entdeckte und managte. Im Jahr 1999 heiratete sie Alexander (Sandy) Bodecker, einen Manager beim Sportartikelhersteller Nike, um den sie sich während einer Krebserkrankung im Jahr 2003 kümmerte. Seit 2003 lebten beide getrennt. 2009 heiratete sie den Melbourner Börsenhändler James Murch. Das Paar wurde im Juli 2011 Eltern einer Tochter.