Entre 1931 - ano em que o general Maximiliano Hernández Martínez deu um golpe - e 1944 - quando foi deposto - houve brutal repressão da resistência rural. O caso mais notável ocorre em 1932 com uma revolta camponesa liderada pelo salvadorenho Farabundo Martí e a retaliação do governo, comumente conhecida como "La Matanza", que se seguiu. Nesta "Matanza", cerca de 30.000 indígenas e opositores políticos foram assassinados, presos ou exilados. Até 1980, com exceção de um presidente provisório, todos os presidentes salvadorenhos foram militares. As eleições presidenciais periódicas eram raramente livres ou justas.