Seine heutigen Grenzen erhielt der Distrikt 1962 unter dem somalischen Präsidenten Abdirashid Ali Shermarke, der in Bandarbayla geboren wurde. Nach Ausbruch des somalischen Bürgerkriegs und dem fortschreitenden Zerfall der staatlichen Ordnung in Somalia, diente Bandarbeyla für einige Zeit als Basis für Piraten. Durch den Tsunami, der auf das Erdbeben im Indischen Ozean 2004 folgte, wurde die Stadt schwer getroffen. Nach Angaben der Bevölkerung zerstörte die Flutwelle über 60 Boote und 100 Familien wurden obdachlos.