Mukwege telah mengobati ribuan wanita yang menjadi korban pemerkosaan berkelompok masa perang sejak Perang Kongo Kedua, beberapa diantaranya mengalami lebih dari sekali. Ia melakukan 10 kali operasi selama sehari pada hari-hari kerja 18 jam-nya. Ia mengisahkan bagaimana pasien-pasiennya datang ke rumah sakit terkadang dalam keadaan telanjang, biasanya dalam kondisi yang mengkhawatirkan.Pada 2014, Mukwege dianugerahi Penghargaan Sakharov dari Uni Eropa dan pada 2013, ia meraih nominasi pertama dari tiga nominasi untuk Nobel Perdamaian. Pada 28 Mei 2015, Dr. Mukwege dianugerahi gelar Doctor of Laws kehormatan oleh Harvard University. Akhirnya pada tahun 2018 dia dan Nadia Murad mendapat anugerah Penghargaan Nobel Perdamaian karena "upaya mereka untuk mengakhiri penggunaan kekerasan seksual dalam situasi perang dan konflik bersenjata."