Beim Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher (Mitverteidiger bis 27. August 1946, Verteidiger ab 1. Juni 1946) verteidigte er als bestellter Pflichtverteidiger zusammen mit Carl Haensel die als verbrecherische Organisation angeklagte SS. In diesem Zusammenhang versuchte Pelckmann, z. T. erfolgreich einzelne Formationen der SS als dieser nur formal zugehörig und unbelastet darzustellen. Erfolgreich war diese Strategie bei den SS-Helferinnenkorps die er als harmlose Fernschreiberinnen, -sprecherinnen und Funkerinnen darstellte. Die Folge war, dass weibliche SS Angehörige bei der folgenden Entnazifizierung durch Spruchkammerverfahren immer wieder unter die Jugendamnestie fielen, welche bei Angehörigen verbrecherischer Organisationen eigentlich keine Anwendung hatte finden sollen. In Bezug auf die SS-Polizeiregimenter argumentierte Pelckmann, diese seien "von der Anklagebehörde irrtümlich als SS-Regimenter angesehen" worden.