Начал печататься в совсем юном возрасте в конце 1940-х гг., в 1949 г. выпустил первую книгу «Отважные розы» (), названную цитатой из Густаво Гало Эрреро, который ему покровительствовал. Занимался журналистикой, преподавал, в том числе — в США. Поддерживал Кубинскую революцию. Один из основателей Союза писателей и художников Кубы. С 1966 подвергался резкой идеологической проработке, с 1968 — в открытой оппозиции к режиму Кастро, находился под домашним арестом. В 1971 он и его жена, поэтесса Белкис Куса Мале, по обвинению в «подрывной деятельности» были подвергнуты тюремному заключению, их сын родился в тюрьме. Под давлением мировой общественности (с требованием освободить писателя выступили Жан-Поль Сартр, Хулио Кортасар, Марио Варгас Льоса и др.) Падилья и его семья были освобождены. В 1979 жене и сыну было разрешено выехать в США, в 1980 такое разрешение получил и Эберто Падилья. Преподавал в университетах Принстона и Алабамы.