בשנת 1798 כבש נפוליאון את מצרים במטרה להשתלט בסופו של דבר על האימפריה העות'מאנית כולה, ולהתגרות באימפריה הבריטית. ממצרים יצא נפוליאון צפונה, למסע בארץ ישראל, וכבש את יפו. ביפו טבח במגיניה, והרג כאלפיים איש שנפלו בידיו. ייתכן שסבר שהדבר ירתיע את אל-ג'זאר. משם התקדם וכבש את חיפה. בשלב זה היה כבר נפוליאון בתחומי שלטונו של אל-ג'זאר. אל-ג'זאר נעזר ביועצו היהודי חיים פרחי, בקצין הנדסה צרפתי מלוכני ממתנגדי נפוליאון, אנטואן דה פיליפו, וביועץ נוסף, האדמירל הבריטי סר סידני סמית'. חלק מצבאו של נפוליאון התקדם אל עמק יזרעאל ואל נהר הירדן, והגנרל הצרפתי ז'אן-בטיסט קלבר אף ניצח בקרב תבור (1799) אל מול חילות שהתאספו מהרי שומרון ומהגליל, על מנת לעצור אותו. אולם עיקר הצבא עלה על כוחותיו של אל-ג'זאר הנצורים בעכו, בירתם.