1868年1月3日に王政復古の大号令が発せられ明治新政府が樹立されたが、新政府は自前の軍艦を保有していなかった。同年4月18日に大阪の天保山沖で実施された最初の観艦式に参加したのは、各藩が保有する艦艇であった。新政府の最初の艦艇は、5月3日に幕府から引き渡された4隻である。新政府は江戸攻撃を中止する条件として、幕府海軍の全艦艇の引渡しを要求したが、幕府海軍副総裁の榎本武揚はこれに応ぜず4隻のみを引き渡し、自身は8隻を率いて脱走し箱館に蝦夷共和国を樹立していた。新政府の海軍力は蝦夷共和国より劣るものであったため、翌1869年3月15日に新政府は米国が幕府への引渡しを拒否していた装甲艦ストーンウォール（甲鉄）を購入した。甲鉄を旗艦とした新政府艦隊は同年5月20日-6月20日の箱館湾海戦に勝利した。函館湾海戦に参加した新政府の艦艇は6隻であったが、政府保有艦は2隻のみで、残り4隻は藩所有のものを借り上げたものであった。