Его дебют в составе «скуадры адзурры» выпал на 8 октября 1995 года, когда Италия проводила отборочный матч к чемпионату Европы против сборной Хорватии. Тольдо вышел на поле в связи с удалением вратаря Луки Буччи и заменил Джанфранко Дзолу. На финальный этап чемпионата Европы в Англии Тольдо отправился в качестве сменщика Анджело Перуцци. Франческо не был основным вратарём сборной, постоянно конкурируя с такими вратарями, как Джанлука Пальюка, Анджело Перуцци, Кристиан Аббьяти, Лука Маркеджани, Франческо Антониоли и Джанлуиджи Буффон. Так, на чемпионате мира 1998 года он был в резерве. Накануне чемпионата Европы 2000 года предполагалось, что Франческо не попадёт в заявку на турнир либо будет в лучшем случае сменщиком.