Но самые видные заслуги, оказанные им на боевом поприще, относятся к обороне Севастополя. Находясь в его стенах, Шейдеман участвовал в сражениях и вылазках против осаждавшего город неприятеля, причём отличался своей храбростью и распорядительностью. В октябре 1854 года участвовал в Инкерманском сражении. В 1855 году, после произведённой под начальством генерал-лейтенанта Хрулёва усиленной рекогносцировки и штурма Евпатории 5 февраля, где командовал всей стоявшей там артиллерией, Шейдеман был назначен 24 марта (5 апреля) начальником артиллерии Севастополя. За распорядительность в своей новой должности он вскоре был награждён золотой полусаблей с надписью «За храбрость».