Зауербрух був близьким другом Клауса фон Штауффенберга. Після вчиненого Штауффенбергом невдалого замаху на Гітлера Зауербрух був затриманий і неодноразово допитаний гестапо, проте згодом звільнений через впливові зв'язки і брак доказів.