Als es 1297 in Schottland unter William Wallace zu einer Revolte gegen die englische Besetzung kam, sandte Eduard I. Comyn zurück nach Schottland, um die englische Oberherrschaft wieder herzustellen. Er sollte den englischen Statthalter Brian Fitzalan unterstützen, Aufstände in Moray niederschlagen und vor allem das wichtige Roxburgh Castle verteidigen. Offenbar wechselte Comyn aber kurz darauf die Seiten und schloss sich dem schottischen Widerstand an, möglicherweise weil der englische König Ende 1297 erneut seine nordenglischen Besitzungen beschlagnahmt hatte. Vermutlich bot Comyn Ritter und weitere Reiter auf, die 1298 in der Schlacht von Falkirk teilnahmen. Die schottische Reiterei sollen angesichts der englischen Überlegenheit vom Schlachtfeld geflüchtet sein, doch es gab Behauptungen, dass die Comyns den schottischen Guardian William Wallace verraten hätten. Comyn war nun möglicherweise krank, zu alt oder aufgrund des Vorwurfs des Verrats in Verruf geraten, denn nach der Niederlage von Falkirk wurde nicht er, sondern sein gleichnamiger Sohn John Comyn der Jüngere zusammen mit Robert Bruce Guardian of Scotland. Bis zu seinem Tod spielte er keine größere Rolle mehr.