Am 1. Oktober 1916 wurde von Brühl nach dem Ausscheiden von Ludwig Dettmann zum Direktor der Kunstakademie Königsberg berufen. Nach der Novemberrevolution 1918 kehrten Schüler der Kunstakademie aus dem Militärdienst zurück. Unter ihrem Druck beschloss eine Vollversammlung der Lehrer und Schüler am 20. Januar 1919 die Neukonstituierung der Akademie. Von Brühl erklärte daraufhin seinen Rücktritt. Nachdem er seit dem 13. Mai 1919 zur Wiederherstellung seiner Gesundheit beurlaubt worden war, wurde der Rücktritt am 1. Juli 1920 genehmigt. Mit seiner Frau zog sich von Brühl nach Schlesien zurück.