Tijdens zijn verblijf in Egypte hoorde Alexander over de definitieve vernietiging van de rest van de Perzische vloot en de gevangenneming van zijn laatste tegenstanders in de Egeïsche Zee, onder wie de satraap Pharnabazus. Deze slaagde er echter in te ontsnappen, maar een van de admiraals van Alexander, Hegelochus, stuurde de Macedonische koning veel andere gevangenen. Zij werden allemaal naar de Egyptische stad Elephantine gestuurd. Hierdoor kon Antipater, de regent van Macedonië, zich volledig bezighouden met de koning van Sparta, Agis III, die nog steeds in opstand was. De situatie in Europa bleef Alexander verontrusten gedurende het volledige jaar 331 v.Chr., zelfs na de nederlaag van de Perzen bij Gaugamela. Hij vermeerderde dus de gunsten aan de Griekse steden om hen aan te sporen loyaal te blijven. Het is niet onmogelijk dat de brandstichting in Persepolis, een van de Achaemenidische hoofdsteden, als bedoeling had om te bewijzen aan de Grieken dat de bedoeling van de Korinthische Bond bereikt was en ook als wraak voor de brandstichting in Athene door de Perzen in 480 v.Chr., om zo verdere problemen in Europa te voorkomen.