Bin Ladin'in yakalanması için Başkan Bill Clinton döneminde çalışmalara başlandı. Ocak 1996'da CIA'in Terörizmle Mücadele Merkezi bünyesinde, bin Ladin'i izlemekle görevli bir birim oluşturuldu. CIA merkezinden birkaç kilometre uzakta faaliyetlerini sürdüren birim Bin Laden Issue Station adını taşımaktaydı. 11 Eylül saldırıları sonrasında basına yansıyan bilgilere göre Clinton, 1998'deki büyükelçilik saldırılarının ardından CIA'ye, saldırılar sebebiyle başlatılan hukuki süreç kapsamında bin Ladin'i yakalama, canlı yakalamanın imkânsız olduğu durumda ise öldürmeye yönelik güç kullanma yetkisi vermişti. 20 Ağustos 1998'de, Umman Denizi'nde bulunan Amerika Birleşik Devletleri Donanması'na bağlı gemiler tarafından ateşlenen 66 füze ile Afganistan'ın Host şehri yakınlarındaki el-Kaide kamplarına saldırı düzenlenirken, istihbarat raporlarına göre bin Ladin bu kampları saldırıdan birkaç saat önce terk etmişti. Harekâtla ilgisi bulunan bazı kişilerin ifadesine göre 1999'da CIA, Pakistan istihbarat birimlerine bağlı 60 kadar komandoyu, Afganistan'a girerek bin Ladin'i yakalamak veya öldürmek üzere eğitti ve teçhizatlandırdı. Harekât, Pakistan Başbakanı Navaz Şerif ve ülkenin istihbarat şefi ile Clinton yönetimi tarafından organize edilmişti ve harekât karşılığında Pakistan'a uygulanan ambargoların kaldırılması ile ekonomik yardım paketi vaatlerinde bulunulmuştu. Ancak Ekim 1999'da gerçekleşen askerî darbeyle Şerif'in görevinden uzaklaştırılması sebebiyle harekât gerçekleşemedi. Bin Ladin, 7 Haziran 1999'da FBI tarafından yayınlanan Ten Most Wanted Fugitives ("En Çok Aranan On Kaçak") listesine giren 456. isim oldu.