Leo Beenhakkern nosti Nawałkan Puolan maajoukkueen apuvalmentajaksi toukokuussa 2007. Kaksikko valmensi Puolaa EM-kisoissa 2008, mutta kehnojen tulosten vuoksi he saivat kisojen jälkeen potkut. Nawałka jatkoi valmennusuraansa GKS Katowicessa, josta siirtyi vuodenvaihteessa 2009-2010 KS Górnik Zabrzen päävalmentajaksi. Nawałkan alaisuudessa Górnik pelasi Puolan liigan keskikastissa sijoittuen parhaimmillaan viidenneksi kaudella 2012/13. Syyskaudella 2013/14 Nawałka oli piiskannut seuran liigan kärkeen. Hän jätti seuran marraskuun alussa 2013 ja siirtyi Puolan jalkapallomaajoukkueen päävalmentajaksi.