1944年11月、海上護衛総司令部は護衛兵力の集約のためサンジャック＝ミリ航路の放棄を決定し、ミ船団は廃止された。11月30日にそれぞれミリと門司を出港したミ26船団とミ29船団は、いずれも途中で打ち切られた。ミ船団用の低性能タンカーの生き残りは大型タンカーが枯渇したヒ船団へ組み込まれた。翌1945年（昭和20年）1月のヒ86船団はミ船団相当の低性能タンカー多数を含んでいた。また、ミ船団廃止後もミリ産油をヒ船団発航地のシンガポールへ集積する航路が運航されていたが、ミリがモロタイ島からの敵機に常時空襲されるようになったため、1945年1月に閉鎖された。ミリ産油は搬出不能となり、日本軍は1945年4月に油田設備を自ら破壊した。なお、同年5月にイギリス連邦軍がボルネオ島へ侵攻してボルネオの戦いが起きた。