Bereits seit 1521 sind Überlegungen überliefert, dass die reichsstädtischen Friedhöfe vor St. Martin und Unser Frauen verlegt werden sollten, weil sie nicht mehr ausreichten. Nachdem 1529 die Krankheit Englischer Schweiß ausgebrochen war, verschärfte sich die Platznot erneut. So beschloss der Rat der Stadt, auf dem freien Gelände des ehemaligen Schottenklosters den neuen städtischen Friedhof einzurichten. Der Friedhof war in verschiedene Bereiche unterteilt. Bis zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde er durch zwei sich kreuzende Hauptwege untergliedert und in vier Viertel geteilt. Die Friedhofsmauer wurde 1509 fertiggestellt. An dieser befanden sich im Südwesten und Nordwesten die Gräber der vornehmen und reichen Familien mit großen und vornehmen Grabstätten. Diese beiden Viertel des Friedhofs waren früher mit den Klostergebäuden und der Schottenklosterkirche bebaut. Sie lagen am weitesten vom Knollenmühlbach entfernt, die Gefahr einer Überschwemmung war daher als gering einzustufen. Im südwestlichen Viertel wurde innen ein Platz für ein Gemeinschaftsgrab für arme Gerber vorgehalten. Für die Beerdigungen musste die Gerberzunft aufkommen. Das südöstliche Viertel war Beerdigungen armer Bedürftiger und Verstorbener aus Kinds-, Kranken-, Zucht-, Seel- und Siechenhäusern vorbehalten. In der äußersten Ecke des Viertels wurden auch die zum Tode verurteilten Straftäter verscharrt. Das nordwestliche Viertel war für Bürger, die kein Familiengrab besaßen und für Zuwanderer aus dem Defereggental in Tirol vorgesehen. Im letzten Viertel wurden Personen ohne Bürgerrecht, Fremde, Katholische, Reformierte und die Hitzenhofener Bauern beerdigt.