L'MNR restò al governo, con importanti successi elettorali, fino al 1964, quando un colpo di Stato militare portò alla presidenza il generale René Barrientos Ortuño; fu durante il suo governo che si sviluppò la Guerriglia del Ñancahuazú organizzata dal Che nel Dipartimento di Santa Cruz. Fu lui a dare l'ordine di assassinare Ernesto "Che" Guevara il 9 ottobre 1967. Barrientos morì l'anno dopo in un misterioso incidente aereo.