V samotném závěru války byly na území Protektorátu stahovány prázdné i naložené nákladní vozy, aby nebyly ukořistěny Rudou armádou. Tyto vozy s nejrůznějším obsahem pak byly odstavovány nejdříve na volných kolejích železničních stanic, poté dokonce přímo na traťových kolejích mezi stanicemi. Mnohé místní dráhy byly zcela zataraseny nekonečnými řadami odstavených vagonů, a i na některých dvojkolejných tratích byla odstaveným vozům jedna kolej vyhrazena. K dalšímu velkému ničení zařízení drah došlo v květnovém Pražském povstání. Pražská nádraží se stala centry ozbrojeného odporu proti nacistickým vojskům na území Prahy. Úspěchy povstalců však byly vrtkavé a celé povstání si vybralo obrovskou krvavou daň. K největšímu masakru došlo právě v prostorách Masarykova nádraží, kde byly desítky lidí zastřeleny po jejich zajetí u zdi vozového depa. Během povstání se po kolejích středních Čech pohybovalo několik obrněných vlaků, ať už německých, nebo povstaleckých (ty povstalecké byly ukořistěny německé armádě). 8. května 1945 došlo u Nelahozevsi k souboji obrněných vlaků, kdy povstalecký vlak s pomocí dalších pěších bojovníků zčásti zničil německý vlak mířící k Praze, a jeho zbytek donutil k ústupu.