En 1611 hubo un intento de levantamiento contra el poder otomano, encabezado por Dionisio el Filósofo, apodado "Skylosofos" (Σκυλοσόφος, del griego σκυλί, "skylí" «perro» y σοφός, "sofós", «sabio»), pero fracasó y como consecuencia de ello la clase pudiente de Ioánina perdió sus privilegios y los habitantes cristianos fueron expulsados del castillo, en el que se establecieron los turcos. Fue entonces cuando la ciudad comenzó a desarrollarse fuera de la fortaleza. Con ello, se intensificaron las actividades comerciales y artesanales, así como los contactos con importantes centros comerciales europeos, como Venecia, Livorno y Viena. Además, el progreso favoreció el desarrollo cultural. Los grandes comerciantes, influidos por las ideas de la Ilustración europea y continuando una tradición cultural que se remontaba a época bizantina, financiaron la creación de nuevas escuelas, que hicieron de Ioánina «la ciudad de las letras», uno de los más importantes centros culturales del neohelenismo y de la Grecia anterior a la independencia.