V roce 1775 New Hampshire rozpustil probritskou vládu a zorganizoval "House of Representatives" a "Executive Council" známé pod společným názvem Provincial Congress. Do tohoto orgánu byl Whiple zvolen jako reprezentant za Portsmouth, New Hampshire. Stal se členem Committee of Safety (Výboru pro bezpečnost). Poté byl zvolen delegátem do kontinentálního kongresu a podepsal Deklaraci nezávislosti Spojených států. Byl také druhým bratranec kolegy, signatáře Stephen Hopkins. V lednu 1776 Whipple psal kolegovi, který také podepsal Deklaraci, Josiahu Bartlettovi, o blížící se úmluvě: