С 22 июня 1941 года — на фронтах Великой Отечественной войны. Принимал участие в оборонительных боях в Прибалтике в составе 11-й армии Северо-Западного фронта. К 30 июня дивизия Скидина была окружена и разгромлена. Чудом оставшийся в живых Скидин выбрался из окружения и присоединился к советским частям. С мая 1942 года Скидин был командиром взвода 1732-го отдельного сапёрного батальона, с октября 1942 года — командиром взвода 178-го инженерного батальона Северо-Западного фронта, а с 1944 года — командиром взвода управления 64-го отдельного гвардейского сапёрного батальона 12-го гвардейского стрелкового полка 1-го Прибалтийского фронта. Принимал участие в боевых действиях во время Демянских операций 1942 и 1943 годов, Белорусской, Прибалтийской и Висло-Одерской наступательных операциях.