Preparou um importante relatório sobre a organização clandestina do "Iskra" na Rússia, que Martov deveria ter apresentado em nome do conselho editorial no II Congresso do Partido Operário Social-Democrata Russo, mas que, devido à disputa facciosa, só se veio a conhecer em 1928. A tensão entre antigos camaradas durante o congresso — a que assistiu sem uma votação efetiva — foi tal para Krupskaya que ela ficou doente. Embora o seu papel no congresso tenha sido marginal, o mesmo não aconteceu nas amargas disputas entre Bolcheviques e Mencheviques que se seguiram. Depois de Lénine ter deixado o "Iskra" em meados de outubro de 1903, devido ao desejo de Plekhanov de reintegrar os editores que ficaram de fora no congresso do Partido, Krupskaya permaneceu mais dois meses como secretária da publicação. Os Mencheviques, conscientes do seu controlo sobre a distribuição do jornal e temendo que ela o sabotasse se fosse expulsa do seu posto, tentaram obter a informação necessária para dominar a distribuição colocando um assistente, altura em que Krupskaya deixou o posto, mas isto não pôs fim às altercações sobre a posse da informação necessária para gerir a distribuição do jornal.