Hilberg se narodil do vídeňské židovské rodiny, která opustila Rakousko po Anšlusu v roce 1938. Přes Paříž se dostala na Kubu a 1. září 1939, v den, kdy Hitler přepadl Polsko, se usadila v Brooklynu, New York. Hilberg začal studovat chemii, ale studium nedokončil a pracoval v továrně. Byl odveden do americké armády a vzhledem ke svým jazykovým znalostem byl pověřen zkoumáním archivních dokumentů ohledně druhé světové války. V Mnichově byl koncem války ubytován v "Hnědém domě", ústředí nacistické strany, kde objevil Hitlerovu soukromou knihovnu. Po návratu do USA Hilberg vystudoval politologii a veřejné právo na Columbia University (M.A. 1950, Ph.D 1955) a z jeho disertací o holokaustu vznikla jeho nejznámější kniha.