Nel 1999 la situazione migliorò leggermente sotto il piano tecnico; la nuova Prost AP02, pur non avendo subito particolari sviluppi né prima né durante la stagione, permise ai suoi piloti quantomeno di lottare per le posizioni di centro classifica. Panis conquistò il primo punto della stagione con un sesto posto nel Gran Premio del Brasile, ponendo così fine ad una serie di ben diciannove gare senza risultati; si mise poi in luce nel Gran Premio di Francia, quando, grazie alle mutevoli condizioni meteo, riuscì a conquistare il terzo posto in griglia di partenza, eguagliando così il suo miglior risultato di sempre. In gara non fu però in grado di mantenere la posizione, chiudendo all'ottavo posto. Il Gran Premio di Germania fu un'altra gara positiva: oltre a conquistare un altro punto, Panis fece registrare il secondo giro più veloce in gara, battuto solo da Coulthard su McLaren. Infine, nell'ultima gara della stagione, il Gran Premio del Giappone, partì molto bene dalla sesta posizione in griglia, portandosi al terzo posto e tenendo dietro per una quindicina di giri il contendente al titolo Irvine, dovendosi poi ritirare per la rottura dell'alternatore. Nel corso del campionato, però, il pilota francese fu spesso messo in ombra dal più giovane compagno di squadra Trulli, soprattutto in qualifica, e inoltrea sua stagione fu condizionata dalla morte del suo manager e amico Peter Poeliejoe-Vewald, avvenuta nel weekend del Gran Premio di Monaco, in seguito alla quale decise di assumere, come nuovo manager, l'ex-campione Keke Rosberg, che all'epoca già curava la carriera di Mika Häkkinen . A fine anno il pilota non ottenne la riconferma da parte della Prost per la stagione successiva.