С другой стороны, в начавшейся в 1967 году гражданской войне в Нигерии Израиль хотя и поддержал официальную Нигерию, но не смог полностью выступить на стороне нигерийского правительства. Причиной тому являлась болезненная для евреев тема геноцида. Повстанцы же активно использовали тему геноцида народности игбо нигерийскими властями, порой проводя параллели с Холокостом. В частности, лидеры самопровозглашенной Биафры расценили возможное воссоединение с Нигерией как «все равно как евреев принудить возвратиться в рейх». На определенном этапе военного конфликта Израиль осуществил ограниченную поставку вооружения в Биафру, использовав в качестве транзитного покупателя Берег Слоновой Кости. При этом основной курс на недопущение ухудшения дипломатических отношений с Нигерией был сохранен. Израильско-нигерийские отношения оставались в силе и после гражданской войны в Нигерии.