Iniesta, 2004-05 sezonundan itibaren teknik direktör Frank Rijkaard tarafından sürekli maçlarda oynatılmaya başlandı ve ligde 37 maça çıkıp iki gol atma başarısı gösterdi. 2005-06 sezonunda ise takım arkadaşı Xavi, önemli bir sakatlık geçirince Iniesta, onun oynadığı bölgede oynamaya başlayarak ilk 11'deki yerini sağlamlaştırdı. Iiniesta, aynı sezon UEFA Şampiyonlar Ligi'nde final oynadı ve Barcelona, son 6 dakikasına 1-0 geride girdiği maçı 2-1 kazandı ve kupanın sahibi oldu. Barcelona, ayrıca o sezon da lig şampiyonu olarak double yapmıştı. Iniesta, 2005-06 sezonunda 37'si lig olmak üzere 49 maça çıktı ve bir gol attı. 2006-07 sezonunda ise 56 maçta dokuz gol atma başarısı gösterdi.