Cedera Yao pada akhir musim NBA 2005–06 membuatnya harus beristirahat selama enam bulan penuh, yang membuatnya nyaris tidak bisa berpartisipasi dalam Kejuaraan Dunia FIBA 2006. Namun, ia telah pulih kembali sebelum turnamen tersebut dimulai, dan dalam permainan terakhir dari putaran permulaan, ia mencetak 36 poin dan 10 rebound dalam sebuah kemenangan melawan Slovenia yang membawa Tiongkok ke Putaran 16. Namun, dalam putaran knockout pertama, Tiongkok dikalahkan oleh Yunani. Rata-rata terakhir Yao adalah 25,3 poin, kebanyakan dalam turnamen, dan 9,0 rebound dalam sebuah permainan.