Em maio de 1942 ele recebeu o comando do 17º Exército japonês baseado em Rabaul, na Nova Guiné. Neste comando, Hyakutake comandou de seu quartel-general as tropas envolvidas na Batalha de Guadalcanal e nas Ilhas Salomão, passando a comandante de campo durante a campanha militar contra os norte-americanos em Bougainville. Nesta campanha, ele sofreu um ataque cardíaco em 1944 e foi dispensado de suas funções.