Po devastující třiceti leté válce bylo Jutsko převážně neopevněné a dánský král Kristián IV. měl v plánu postavit novou pevnost společně s novým městem. Pevnost se potavila v Lyngs Odde, nedaleko dnešní Frederície. Město je pojmenováno po králi Frederikovi III., který zde, po radě maršála Andersa Billa, nechal v roce 1650 tuto velkou pevnost po vpádu Švédů vylepšit tím, že nechal postavit boční opevnění hradu. Kolem pevnosti pak vyrostlo město podle barokního urbanistického plánu. Roku 1651 dostalo městečko jméno Frederiksodde, ale 22. dubna 1664 byl název latinizovaný do Fredericia. V roce 1849 zde Dánové vyhráli jednu z nejdůležitějších bitev prusko-dánské války; výroční den srážky 6. červenec je městským svátkem.