En 1248, tras la reconquista de la ciudad, Fernando III el Santo dio a los franciscanos un emplazamiento para su convento. Si ese lugar fue el definitivo es desconocido, pero en 1268 ya aparece el convento en la misma parcela donde se encontró hasta el siglo XIX. Alfonso X confirmó a los franciscanos los privilegios dados por Fernando III y, además, les dio limosnas para construcción. El convento se situó en el centro de la ciudad, en la collación de Santa María, ocupando casas que fueron donadas por la Corona. En 1280 se hospedó en este convento el infante Sancho. En 1294 Sancho IV le dio una limosna de 1 000 maravedíes. En 1303, Fernando IV les dio una renta periódica de 1 000 maravedíes por una cantidad de aceite. Pedro I entregó al convento muchas limosnas y, en 1365, costeó la construcción de la sacristía, a la que donó algunas reliquias.