A szövetséges légitámadások megindulása után, 1943 őszétől a múzeum legértékesebb gyűjteményeit biztonságba kellett helyezni. 1944 őszén, majd 1945 januárjában súlyos légitámadások érték a közeli bécsi déli pályaudvart. Ezek következtében a múzeum épületeit, raktárait is sok találat érte. A háború legvégén, különösen az 1945 áprilisi bécsi csata idején újabb súlyos károk érték az Arsenal épületeit.