לאחר מלחמת יום הכיפורים ביצע הפיקוד מספר מבצעים כנגד ארגוני הטרור הפלסטינים בשטח לבנון כאשר הגדול ביניהם היה מבצע ליטני שנערך ב־1978. פיקוד הצפון היה האחראי העיקרי על מלחמת לבנון שבמהלכה ניהל קרבות עם ארגוני הטרור ועם הסורים בתוך שטח לבנון תוך שהוא מונע מסוריה לתקוף ברמת הגולן. במהלך המלחמה ובעיקר לאחריה הועברה מפקדת הפיקוד מנצרת (שם שכנה מאז הקמתו) לצפת.