Durante os últimos cinco meses da guerra, Busse comandou o 9º Exército, que já fazia parte do Grupo de Exércitos Vístula. Enquanto os soviéticos avançavam para a Alemanha, ele lutou para proteger a capital alemã. Especificamente, Busse comandou o 9º Exército durante a Batalha de Seelow Heights e a Batalha de Oder-Neisse. Em abril de 1945, durante a Batalha de Berlim, o Nono Exército de Busse foi isolado dos exércitos em seus flancos e quase cercado pelas Forças Soviéticas. General Gotthard Heinrici tentou convencer Busse a se retirar várias vezes, mas Busse se recusou até mesmo a considerar a retirada, a menos que um comando específico chegasse do Führer. Eventualmente, o 9º Exército de Busse foi empurrado para um bolsão na Floresta Spree ao sul das Colinas Seelow e a oeste de Frankfurt, onde foi totalmente cercado por duas pontas do ataque soviético massivo em Berlim. No bolso cada vez menor, as forças de Busse foram praticamente aniquiladas no que é conhecido como a Batalha de Halbe, mas os remanescentes finalmente conseguiram romper para o oeste para se conectar com o 12º Exército do General Walther Wenck ao sul de Beelitz e, em seguida, recuar para oeste para o Elba e atravesse a ponte parcialmente destruída em Tangermünde e se render às forças americanas entre 4 e 7 de maio de 1945.