Après son premier vol le ministère britannique de l'air émit deux nouvelles Specification, les "S.14/39" et "S.12/40" destinées à couvrir certains aspects du développement de l'appareil. Tout cela retarda grandement l'entrée en service opérationnel de l'avion qui n'intervint qu'en juillet 1943. Hormis le prototype et le premier avion de présérie, tous les appareils furent construits par Saunders-Roe, les usines et ateliers de Supermarine étant alors réservés à l'usinage des différentes versions du Spitfire. L'appareil entra en service dans neuf unités différentes du Coastal Command. Affectés principalement à des missions de reconnaissance côtière et de SAR les Sea Otter participèrent néanmoins à certaines grandes heures du conflit comme l'opération Overlord ou un exemplaire fut perdu au profit d'un chasseur Focke-Wulf Fw 190 de la Luftwaffe.