27 Mayıs 1960'ta yapılan darbenin ardından ODTÜ Mütevelli Heyeti üyesi olan dönemin Başbakanı Adnan Menderes ve Antalya milletvekili Ahmet Tokuş tutuklanarak heyetten ihraç edilmiş, üniversitenin kapatılacağı düşüncesi yayılmaya başlamıştır. Darbe'den sonra Orta Doğu Teknik Üniversitesi'nin Adnan Menderes'in eseri olduğunu ileri sürerek kapatılmasını isteyen Millî Birlik Komitesi'ndeki diğer cuntacı arkadaşlarına karşı çıkan Kurmay Albay Sami Küçük, üniversitenin eğitim faaliyetlerine devamını sağlamıştır. Ağustos 1960'ta Mütevelli Heyeti'nin görevine son veren 43 sayılı yasanın yürürlüğe girmesiyle birlikte kısa bir süre sonra Mart 1959'da danışman rektör olarak atanan Prof. W.R. Woolrich'in görevine son verilerek ODTÜ'nün ilk Türk rektörü olarak Prof. Dr. Turhan Feyzioğlu atanmıştır. Böylece Türkiye'deki hukuk sistemine uyum sağlayan üniversitenin açılış töreninde rektör Feyzioğlu "Orta Doğu Teknik Üniversitesi tamamıyla bir Türk üniversitesidir." diyerek "Türk üniversitesi" kimliğine vurgu yapmıştır. Bu dönemde ODTÜ'nün iç yazışmaları Türkçe olarak yapılmaya başlanmış ve ilk kez yönetmelikler çıkarılmıştır. Haziran 1960'ta ilk mezunlarını veren üniversiteden bu dönemde 11'i Makine Mühendisliği Bölümü'nden, 19'u Mimarlık Bölümü'nden olmak üzere toplam 30 kişi mezun olmuş ve ilk üniversite birincisi olan öğrenciye bin liralık ödül ile birlikte şilt verilmiştir.