Vào đầu những năm 2000, hầu hết các hoạt động khủng bố Hồi giáo đều có liên quan đến Al-Qaeda và các âm mưu có xu hướng liên quan đến các nhóm thực hiện các vụ đánh bom phối hợp. Các cuộc tấn công đẫm máu nhất trong thời kỳ này là vụ đánh bom xe lửa ở Madrid năm 2004, giết chết 193 thường dân (vụ tấn công Hồi giáo đẫm máu nhất ở châu Âu) và vụ đánh bom ở London ngày 7 tháng 7 năm 2005, giết chết 52 người.