W czasie kryzysu konstytucyjnego w 1993, po otrzymaniu listu od Aleksandra Ruckiego, Aleksy II wystąpił jako mediator pomiędzy stronami konfliktu. 29 października wezwał do negocjacji między stronami, ostrzegając przed możliwym wybuchem wojny domowej i rozlewem krwi. Następnego dnia reprezentanci prezydenta Borysa Jelcyna i parlamentu przeprowadzili w obecności patriarchy rozmowy w Monasterze Daniłowskim w Moskwie, jednak wypracowane wówczas porozumienie pozostało w mocy jedynie przez kilka godzin. W tym samym roku stwierdził, że Rosyjski Kościół Prawosławny oczekuje wprowadzenia w Rosji pełnego rozdziału państwa od Kościoła. Pojawienie się w kraju znacznej liczby nieznanych w nim dotąd związków wyznaniowych, protestanckich Kościołów charyzmatycznych, jak i sekt, które zagroziły pozycji osłabionego po latach prześladowań prawosławia, skłoniło jednak patriarchę do poszukiwania poparcia władz. Równocześnie politycy rosyjscy sami zabiegali o poparcie Kościoła prawosławnego. Tendencje te doprowadziły do nawiązania bliskiej współpracy między kolejnymi rządami a Patriarchatem, chociaż Aleksy II nie zawsze realizował oczekiwania władz.