ביולי 2013 הגיע לישראל וחתם במכבי תל אביב. ב-17 ביולי 2013 ערך את הופעת הבכורה שלו במדי הקבוצה, בניצחון החוץ על גיור במסגרת מוקדמות ליגת האלופות. חואן פבלו היה שותף בהעפלת מכבי תל אביב לליגה האירופית והגעתה לשלבי הנוקאאוט. בתום עונת זכה עם הקבוצה באליפות, ובעונה שלאחר מכן הודח עם הקבוצה ממוקדמות המפעלים האירופאים אך בליגה זכה עמה בטרבל: אליפות נוספת, גביע המדינה (לאחר ניצחון 6-2 במשחק הגמר על הפועל באר שבע) וגביע הטוטו. בתחילת עונת העפיל עם הקבוצה לשלב הבתים של ליגת האלופות לאחר שהדיחה את פ.צ. בזל, אך ב-29 באוגוסט 2015 החתימה הקבוצה את השוער הסרבי פרדרג ראיקוביץ', וחואן פבלו שוחרר מהמועדון.