Durch den Überfall auf Polen 1939, bei dem die SS-Heimwehr Danzig am 1. September 1939 als erste Kampftruppe in Koliebken einrückte, kam das Territorium völkerrechtswidrig zum Reichsgebiet. Bei der Wiederinbesitznahme Koliebkens kam es zu Kämpfen mit Soldaten des polnischen Zweiten Marineschützen-Regiments (2 Morski Pułk Strzelców), dabei wurde die katholische St. Josefskirche zerstört. Gleich nach Einnahme Gdingens wurde Witold Kukowski, damals auch estnischer Honorarkonsul, im Zuge der so genannten Intelligenzaktion verschleppt und zusammen mit anderen beim Massaker von Piaśnica erschossen. Die Stadt Gdingen wurde zunächst in "Gotenhaven", dann "Gotenhafen" umbenannt und als Stadtkreis dem Regierungsbezirk Danzig (Danzig-Westpreußen) in besagtem Reichsgau angegliedert, zu dem Koliebken bis 1945 gehörte.