Di questa situazione si avantaggiarono gli arabi che proseguirono l'opera di propagazione dell'Islam screditando, agli occhi di Mutesa I, le fazioni cristiane, i leader religiosi locali acquistarono potere e il sovrano perse la fiducia nell'opera dei missionari. Alla sua morte (1884) salì al trono Mwanga II. Nello stesso periodo (1884/1885) a Berlino, la Conferenza sul Congo, riconobbe le rivendicazioni britanniche sull'Uganda.