Khi Nội chiến Sierra Leone nổ ra, Mary Musa phải sống lưu vong, trở về Koidu khi chiến tranh kết thúc. Phần lớn cơ sở hạ tầng của thành phố đã bị phá hủy khi bà vắng mặt, bao gồm một số tòa nhà trường học nơi bà đã dạy, và cái chết quy mô lớn đã khiến vô số trẻ mồ côi. Musa đã làm việc để cung cấp nơi trú ẩn cho con của mình và một số trẻ mồ côi này, sử dụng gạch từ trường để xây dựng những ngôi nhà nhỏ. Theo sự dẫn dắt của bà, nhiều giáo viên khác đã hỗ trợ quá trình này.