Одновременно с научной работой Франклин вела активную общественную деятельность, направленную на защиту мира, продвижение идей ресурсосберегающего общества и женского равноправия; возможность заниматься правозащитной и пацифистской деятельностью, по её словам, была одной из причин эмиграции из послевоенной Германии. В годы работы в Торонтском университете она принципиально отказывалась вести исследования или преподавать материалы, которые могут быть в дальнейшем использованы в военных целях. В качестве члена Научного совета Канады она в 1970-е годы возглавила исследования по консервации дикой природы и природных ресурсов, оказавшие в дальнейшем влияние на экологическое движение. В сотрудничестве с организацией «Канадский голос женщин» она работала над докладами для парламента о военных сделках Канады и исследованиях в области химического и биологического оружия, а вместе с бывшим сенатором  — над выдвижением женщин на руководящие должности в канадских вузах и на награждение Орденом Канады. В 1997 году, когда университет присваивал звание почётного доктора экс-президенту США Джорджу Бушу, Франклин, называвшая войну 1990 года в Персидском заливе «совершенным безумием», в полном академическом облачении возглавила демонстративный уход из зала 27 преподавателей вуза в знак протеста против этого шага. В 2001 году Франклин и ещё три бывших женщины-профессора подали коллективный иск против Торонтского университета, обвинив вуз в том, что тот в течение десятилетий платил сотрудникам-женщинам меньше, чем мужчинам. В рамках досудебного соглашения университет выплатил компенсации более чем 60 бывшим преподавательницам.