Durante la Guerra de Independencia española, Pradejón queda acorralado entre dos fuegos. Mientras abastece como puede a las tropas españolas, también se ve obligado a hacer lo propio con los 25000 soldados franceses acampados en la orilla opuesta del río Ebro. La situación sume al pueblo en una nueva crisis subsistencial que obliga al alcalde a negar la ayuda a ambos bandos, provocando que las dos partes amenacen a la villa con una invasión militar. Todo va a peor tras la Batalla de Tudela, sucedida el 23 de noviembre de 1808, pues la tropas napoleónicas ya no piden los víveres, sino que los toman a la fuerza, diezmando la paja y derramando el vino de las bodegas. Entre 1809 y 1813, la pobreza en Pradejón es tan extrema que el párroco llega a cobrar 27 reales a quienes deseen cazar pájaros del tejado de la iglesia. En 1810, el alcalde de Herce denuncia la huida de varios pradejoneros que han desertado del bando español para regresar a sus hogares, con el fin de atender sus campos en periodo de cosecha.