Хуан се насочил към военни занимания и постигнал успехи в борбата с пиратите. През 1569 г. Хуан се сражава в Гранада срещу разбунтувалите се покръстени араби. През 1571 г. под негово командване, като адмирал на Свещената лига удържа решителна победа срещу Османската империя в Битката при Лепанто. По-късно води експедиция в Тунис и е генерал-губернатор на Италия. През 1576 г. е изпратен като генерал-губернатор в Испанска Нидерландия, за да потуши въстанието на Вилхелм Орански. Умира от коремен тиф в Боог.