Na místě dnešního Tokia stála rybářská vesnice Edo. Jakožto město se roku 1603 stala sídlem vlády nově vzniklého Tokugawského šogunátu. V polovině 18. století bylo Edo s jedním milionem obyvatel jedním z nejvíce obydlených měst na světě. Po reformách Meidži v roce 1868 se hlavním městem císařství stalo Kjóto a Edo bylo přejmenováno na Tokio, což v překladu znamená "Východní hlavní město". Tokio bylo značně poničeno velkým zemětřesením v Kantó roku 1923 a následně také spojeneckým bombardováním během druhé světové války. Na začátku 50. let 20. století prošlo město rychlou rekonstrukcí a rozšířením a stálo v čele poválečného hospodářského oživení. Od roku 1943 spravuje metropolitní vláda Tokia 23 speciální městských čtvrtí (dříve Tokio), několik měst a vesnic a dvoje souostroví.