Nach dem Beginn des von den USA geführten Krieges gegen das Taliban-Regime in Afghanistan bot sich der Ex-Monarch im Oktober 2001 als Vermittler an und gehörte zu den treibenden Kräften, die u. a. durch die Einberufung einer Loya Dschirga einen geordneten Neubeginn ermöglichten. Am 18. April 2002 kehrte Zahir Schah als „Bürger“ nach Afghanistan zurück, erklärte seinen Verzicht auf das Amt des Staatsoberhaupts und eröffnete am 11. Juni 2002 die Loya Dschirga, die nach der Zerschlagung des Taliban-Regimes grundlegende Beschlüsse zum Neuaufbau Afghanistans fasste. Seit 2004 wurde Mohammed Zahir "Baba-e Melat" („Vater der Nation“) genannt.