В 1990 году повстанцы Руандийского патриотического фронта (РПФ), состоявшего в основном из тутси, бежавших из страны в годы революции и в последующие десятилетия репрессий, вторглись в страну, развязав гражданскую войну. Убийство президента Хабиариманы стало катализатором для начала геноцида 1994 года, в результате которого погибли сотни тысяч тутси, умеренных хуту и тва. РПФ в итоге одержал победу в гражданской войне. Миллионы хуту бежали из страны, осев в крупных лагерях беженцев в соседнем Заире (ныне ДР Конго). Эти лагеря были расформированы в 1996 году в результате вторжения, спонсированного РПФ, в ходе которого была свергнута диктатура Мобуту и развязана общеафриканская война. Лишь к 2004 году внутриполитическая ситуация в стране нормализовалась.