Аймар играл за Аргентину на чемпионатах мира 2002 (невыход из группы) и 2006 (вылет в четвертьфинале). Оба раза принял участие в трёх матчах. Также Аймар защищал цвета сборной во время Кубка конфедераций 2005 и Кубка Америки 2007, где аргентинцы дошли до финала и уступали там сборной Бразилии.