Combatté con successo a Chickamauga, ma nel novembre 1863 fu respinto dal generale Ulysses S. Grant verso la Georgia e, per proprio desiderio, fu sostituito da Joseph Eggleston Johnston nel comando. Il presidente Davis lo chiamò a Richmond e ne fece il suo consigliere personale. Dopo il passaggio del comando supremo a Robert E. Lee Bragg tornò ancora una volta in campagna nella Carolina del Nord e prestò servizio sotto Joseph E. Johnston.