Viron vapaussodan aikana 4. huhtikuuta 1919 Põdderista tuli 3. divisioonan komentaja ja hänen joukkonsa löivät saksalaiset Landeswehr-joukot Cēsisin taistelussa Landeswehrin sodassa. Sodan jälkeen Põdder johti divisioonaansa ensin Pärnussa ja vuodesta 1921 Tarttossa. Vuonna 1924 hän osallistui kommunistien vallankaappausyrityksen kukistamiseen. Sittemmin Põdder liittyi oikeistoradikaaliseen Viron vapaussotureiden liittoon ja hänestä tuli yksi liikkeen pääideologeista. Vuosina 1928–1931 hän johti liikkeen Tallinnan osastoa ja henkilökohtaisten kahnausten jälkeen amiraali Johan Pitkan kanssa hän muutti liikkeen veteraanijärjestöstä suuremmaksi kansanliikkeeksi. Edellytys palveluksesta vapaussodassa poistettiin ja jäsenyys sallittiin kenelle tahansa, joka hyväksyi liikkeen poliittisen ohjelman. Vuonna 1931 Viron puolustusministeriö kielsi aktiivisessa palveluksessa olevien upseerien toiminnan poliittisissa järjestöissä ja Põdder jätti kaikki virkansa vapaussoturien liitossa pysyen silti sen jäsenenä. Põdder kuoli 24. kesäkuuta 1932 Tallinnassa kuolion seurauksena.