Marcel Koller est ensuite retenu par le sélectionneur Artur Jorge afin de participer au championnat d'Europe 1996 organisé en Angleterre. Lors de cette compétition, il joue deux matchs, contre l'Angleterre et l'Écosse, avec pour résultats un nul et une défaite. Il s'agit de ces deux dernières sélections.