Etiopian Derg-hallinnon noustua valtaan 1970-luvulla ja Etiopian sisällissodan alkaessa Mekelen alueella alkoi niin sanottu punainen terrori hallinnon vastustajia vastaan. Tigrayn kansan vapautusrintaman kannattajiksi epäiltyjä vangittiin ja teloitettiin. Osa katosi. Etiopian nälänhädän aikana vuosina 1983–1985 kaupunkiin tuli myös tuhansia nälänhädästä kärsiviä. Helmikuussa 1986 Tigrayn kansan vapautusrintama vapautti iskussa Mekelen vankilaan 1 800 vankia. Vuonna 1988 alkoi vapautusrintaman hyökkäys, jonka aikana valloitettiin useita kaupunkeja. Mekele kuitenkin kierrettiin. Kesäkuussa kaupunki oli yksi viimeisistä Derg-hallinnon kaupungeista Tigrayssa. Derg alkoi evakuoida aluetta helmikuussa 1989 ja vapautusrintama valtasi Mekelen. Myöhemmin kaupunkiin tehtiin vielä ilmaiskuja.