Lysander musste sein Kommando allerdings bald schon turnusmäßig abgeben, und der neue spartanische Flottenkommandeur Kallikratidas verstand sich weit weniger gut mit Kyros. Dennoch gelang es den Spartanern, die athenische Flotte bei Lesbos einzukesseln. Athen bot noch einmal alle Kräfte auf und entsandte eine Entsatzflotte, die die Spartaner bei den Arginusen (einer Inselgruppe in der Ägäis) im Jahre 406 v. Chr. zur Schlacht zwang. Es war die größte Seeschlacht, die sich die Griechen jemals gegeneinander geliefert hatten, und sie endete mit einem überwältigenden Sieg für Athen. Allerdings kam es aufgrund der unterlassenen Rettung von athenischen Seeleuten zum berüchtigten Arginusenprozess, der mit der Hinrichtung mehrerer athenischer Strategen endete, womit Athen sich selbst erfahrener Militärs beraubte.