Redan under Junior Eurovision Song Contest 2015 meddelade EBU, den Europeiska radio- och TV-unionen, att man hade kontaktat flera sändande tevebolag angående 2016 års upplaga av tävlingen. Den 13 april 2016 stod det klart att PBS, Maltas nationella tevebolag, hade tilldelats rätten att för andra gången arrangera tävlingen.