Pickens schied im Dezember 1862 aus dem Amt des Gouverneurs. Der von ihm mit ausgelöste Bürgerkrieg war zu diesem Zeitpunkt in vollem Gang und ein baldiges Ende war nicht abzusehen. Pickens zog sich aus der Politik zurück. Er trat nur noch einmal 1865 auf der verfassungsgebenden Versammlung South Carolinas in Erscheinung. Zu diesem Zeitpunkt war der Krieg bereits beendet und South Carolina suchte nach der Niederlage nach einem neuen politischen Anfang. In dieser Lage riet Pickens zur Zusammenarbeit mit dem neuen US-Präsidenten Andrew Johnson und dessen Rekonstruktionspolitik. Francis Pickens starb im Januar 1869.