Marc Tovalou Quénum syntyi vuonna 1887 Porto-Novossa. Porto-Novo oli tullut ranskalaiseksi protektoraatiksi edellisellä vuosikymmenellä ja se oli keskeinen sodankäyntipaikka Ranskan siirtomaa-imperiumin ja Dahomeyn kuningaskunnan välillä vuodesta 1890 vuoteen 1894 asti. Hänen isänsä Joseph Tovalou Quénum (s. 1925) oli menestynyt liikemies rannikolla ja hänen äitinsä oli viimeisen itsenäisen Dahomeyn kuninkaan Béhanzin sisar . Isä tuki aktiivisesti Ranskan imperiumia ja uskoi, että se edistäisi suuresti alueen taloutta. Hän tarjosi Ranskan ja Dahomean sotien aikana merkittävää tukea Ranskalle, ja sai palveluksestaan ranskalaisen kunniamerkin, ja hänestä tuli yksi kolmesta afrikkalaisesta neuvonantajasta Ranskan siirtomaa-hallinnossa. Vuonna 1900 Joseph vei kaksi poikaansa Pariisiin maailmannäyttelyyn ja heidän siellä ollessaan päätettiin ilmoittaa Houénou ja hänen puoliveljensä Bordeauxin sisäoppilaitokseen.