Микојан је, заједно с Сусловим, у октобру 1956. посетио Мађарску како би прикупио информације везане уз последице револуције. Оштро се противио Хрушчовљевој одлуци да војно интервенише у Мађарској, јер је био уверен да би овакав начин решавања кризе увелико наштетио међународном угледу Совјетског Савеза. Уместо тога је заговарао "звецкање оружјем" и економски притисак на земљу. Гушење револуције скоро је довело до Микојановог изласка из политике.