Anaïs Bescond commence sa saison 2016-2017 par une deuxième place lors de l'individuel d'Östersund, première course de la saison, derrière Laura Dahlmeier. Huitième d'un sprint à Nove Mesto, elle obtient une cinquième place début janvier lors du sprint d'Oberhof puis obtient une deuxième place du relais de Ruhpolding. Souffrant de problèmes de santé, elle connait des problèmes sur les courses individuelles mais obtient un nouveau podium, deuxième du relais d'Antolz. Pour les mondiaux 2017 disputés à Hochfilzen, elle n'est pas retenue pour le relais mixte, ni pour le sprint, première épreuve individuelle féminine. Alignée sur l'individuel, elle termine à la . Elle ne participe pas ensuite au relais et à la mass-start.