Johnson je soustavným kritikem Evropské unie. Projekt eura, tedy společné měny, označil za "katastrofu". Požadoval omezení britských vztahů s EU a referendum o podobě těchto vztahů. V roce 2016 se v rámci Konzervativní strany postavil do čela tábora obhajující v referendu o členství Spojeného království v Evropské unii volbu vystoupení země z EU. Po této úspěšné kampani oznámil, že se nechce ucházet ani o post premiéra, ani o pozici vůdce Konzervativní strany.