Британские намерения объединить южную часть Судана с Угандой потерпели крах, когда в 1947 году в Джубе было подписано соглашение об объединении северного и южного Судана. В 1955 году за мятежом, поднятым в городе солдатами с юга, последовала Первая Суданская гражданская война, закончившаяся только в 1972 году.