1939 wurden die Sammlungen geschlossen, eine Vielzahl der Artefakte ausgelagert und gesichert. Kurz darauf begannen die Zerstörungen im Zweiten Weltkrieg. Bei Bombardierungen am 22./23. November 1943 brannte das zentrale Treppenhaus mit den Wandfresken zur Geschichte der Menschheit aus. Im Februar 1945 zerstörten Bomben den Nordwestflügel sowie den Übergang zum Alten Museum und beschädigten den Südwestflügel sowie den Südostrisalit. In der Schlacht um Berlin zwischen den verbliebenen Wehrmachts- und SS-Einheiten und den sowjetischen Streitkräften Ende April 1945 kam es zu weiteren Zerstörungen.