Весной 1557 года Никита Васильевич Шереметев был пожалован в бояре. В 1558 году был отправлен вторым воеводой в Казань, став заместителем первого воеводы князя Александра Ивановича Воротынского. В 1559-1560 годах во время походов на Ливонию Никита Шереметев был вначале вторым воеводой полка правой руки, а затем первым воеводой полка левой руки. В конце 1562 — начале 1563 года участвовал в царском походе на Полоцк, во время которого находился в числе одиннадцати бояр, которые составляли военный совет при царе. В феврале 1563 года после взятия Полоцка царь Иван Васильевич Грозный во главе русской армии двинулся в Москву. Во время похода из Полоцка в Великие Луки боярин Никита Шереметев был третьим воеводой сторожевого полка. Из Великих Лук Н. В. Шереметев был отправлен вместе с боярином М. Я. Морозовым на воеводство в Смоленск.