Ayant perdu sa fonction de cour multifonctionnelle au service de la famille régnante, le palais est dépouillé de ses fonctions et de sa signification pendant toute la période de la domination habsbourgeoise et française, puis de nouveau jusqu'à la Troisième guerre d'indépendance italienne qui marque la fin de la domination autrichienne en 1866. Il assume de plus en plus des fonctions militaires comme pierre angulaire de la place forte qu'est devenue la ville de Mantoue. Le château de San Giorgio est presque entièrement intégré aux salles destinées à un usage militaire.