מעט לפני היבחרו של ג'פרסון, נפוליאון הפך לשליט צרפת, ולאחר מרד העבדים בהאיטי שלח כ-20,000 חיילים להחזיר את העבדות לאי, כדי להגדיל את הכנסות צרפת ממכירת קני סוכר. המלחמה השתבשה, ונפוליאון העדיף, במקום להתרכז בשטחים מחוץ למדינה, למכור את לואיזיאנה למדיסון ולג'פרסון ב-1803. הצרפתים נסוגו מהאיטי, שהפכה ב-1804 לרפובליקה השנייה בחצי הכדור המערבי.