Meyer von Schauensee wurde nach seiner Haftentlassung 1795 zum Brigadegeneral ernannt und kämpfte gegen die Aufständischen der Vendée. Im Feldzug von 1796 stand er in Italien im Einsatz. 1798 kehrte er für eine Zeit in seine Heimat zurück. Dort entwarf er für die Helvetische Republik einen Plan zur Neuorganisation des Schweizer Wehrwesens, der aber nicht umgesetzt wurde. Er kritisierte zudem die französischen Besatzer und sprach sich für gemässigte liberale Positionen sowie einen Bundesstaat aus. Er kehrte dennoch in französische Dienste nach Italien zurück. Dort geriet er im Rahmen der Belagerung von Mantua in österreichische Kriegsgefangenschaft, in der er bis 1800 verblieb. In diese Zeit fallen von ihm verfasste militärwissenschaftliche Studien.