Sebelum pembentukan Malaysia sehingga tahun 1966, Indonesia telah mengamalkan dasar bermusuhan ke atas pihak British yang berselindung disebalik Tanah Melayu, dan apabila wujudnya Malaysia. Perang telah diisytiharkan berpunca dari apa yang dianggap Presiden Indonesia iaitu Sukarno sebagai pengembangan pengaruh British di rantau ini dan niat mereka untuk merampas kawalan ke atas keseluruhan Borneo yang berada di bawah kekuasaan Republik Indonesia. Tun Fuad Stephens telah menjadi ketua menteri Sabah yang pertama. Manakala, Tun Mustapha menjadi Yang di-Pertua Negeri yang pertama. Sabah mengadakan pilihan raya negeri yang pertama pada tahun 1967. Sehingga 2013, sebanyak 11 pilihan raya negeri telah diadakan. Sehingga kini, Sabah sudah mempunyai 14 ketua menteri dan 10 Yang di-Pertua Negeri. Mulai tahun 1970, pelarian Filipina dari Mindanao yang terdiri daripada Orang Moro dan Suluk mulai tiba di Sabah hasil daripada Pemberontakan di Selatan Filipina dan mula mengambil tempat dalam wilayah. Pada 14 Jun 1976, kerajaan Sabah telah menandatangani perjanjian dengan Petronas, iaitu syarikat gali minyak dan gas milik kerajaan persekutuan, namun pembahagian hak bagi pengeluaran dan hasil daripada petroleum yang ditemui di perairan Sabah hanyalah sebanyak 5%.