En 1598, l'édit de Nantes désigne Montpellier comme une des places fortes où le culte protestant est reconnu. S'ensuivent une vingtaine d'années de calme, rompues lors d'une nouvelle guerre de religion. En 1622, Louis XIII dirige le siège de la ville rebelle, qui capitule au terme d'un pilonnage intense de deux mois. L'autorité du roi est rétablie et est symbolisée par la construction d'une puissante citadelle, actuellement le siège du très réputé lycée Joffre. C'est aussi le retour de la domination catholique définitivement assurée par l'édit de Fontainebleau de 1685, par la destruction de tous les temples protestants et le bannissement des pasteurs. Depuis, la ville est restée majoritairement catholique, mais comme toutes les autres villes de la région elle englobe une forte minorité protestante (et aussi, plus récemment, musulmane).