הרפובליקה הסרבית הראשונה והרפובליקה המונטנגרית היוו את הרפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה לאחר פירוק יוגוסלביה. מונטנגרו נותרה חלק מיוגוסלביה לאחר שרוב מוחלט של האוכלוסייה הצביע בעד אחדות עם סרביה בשנת 1992. במלחמות יוגוסלביה, כוחות מונטנגרים הובילו בעיקר את המצור על דוברובניק. רדובאן קאראג'יץ', לשעבר נשיא רפובליקת סרפסקה, בעת מלחמת בוסניה, מוכר בטעות לעיתים קרובות בתור בוסני-סרבי, בעוד שלמעשה הוא היה למעשה מונטנגרי אתני. ידוע כי הוא תמך במדינה מאוחדת בין רפובליקה סרפסקה, וסרביה ומונטנגרו. לאורך כל שלטונו מינה נשיא יוגוסלביה סלובודן מילושביץ' כמה פוליטיקאים מונטנגרים כמו מילו ג'וקאנוביץ' וסבטוזר מרוביץ' ששיתפו פעולה עם משטרו במידה רבה ואז הוקיעו אותו שנים לאחר מכן. ב-4 בפברואר 2003, הרפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה שינתה את שמה לסרביה ומונטנגרו. האמנה החוקתית של סרביה ומונטנגרו, אפשרה לאחת משתי המדינות החברות לערוך משאל עם לעצמאות אחת לשלוש שנים. לאחר חיסולו של זוראן ינשיץ' ב-12 במרץ 2003, נערכה על ידי ממשלת סרביה ומונטנגרו מבצע משטרתי ענק שכונה "מבצע סאבר" בו נבדקו מקומות שונים במונטנגרו (ובמיוחד בבודווה) בגלל ניסיונות התנקשות קודמים שמקורם משם.