לאחר התבוסה של הגנרל ג'ון פופ מהאיחוד בקרב בול ראן השני (30-28 באוגוסט), מינה לינקולן את מקללן להגנה הכוללת על הבירה, זאת למרות התנגדותם של חברי הקבינט בוושינגטון. עם פלישתו של לי למרילנד בתחילת ספטמבר, מקללן שוב הציג את כישוריו הארגוניים כשאיחד את ארמיית וירג'יניה המובסת של פופ יחד עם ארמייתו, ויצא למרדף אחר כוחותיו של לי. ב-13 בספטמבר מצאו חייליו של מקללן העתק של פקודות הקרב של לי והציגו אותו בפניו. באותו ערב שיגר מקללן שדר טלגרף לנשיא בו התרברב כי יש בידיו את כל תוכניות המתקפה של הקונפדרציה, אך הוא המשיך בהתקדמות איטית וזהירה והניח ללי להתחפר בעיירה שרפסברג ליד אנטיאטם. בקרב אנטיאטם שנערך ב-17 בספטמבר, צבאו הגדול בהרבה של מקללן אומנם עצר את פלישתו של לי למרילנד, אך הוא כשל כאשר לא ניהל מרדף מהיר אחר צבאו המובס והקטן של לי, והניח לו לחמוק חזרה לוירג'יניה.