Karlova samostatná vláda skončila, když se pokusil zavést své náboženské reformy ve Skotsku. Skotská církev byla dlouho nezávislá, avšak Karel I. chtěl sjednotit náboženské obřady v celé zemi. V létě roku 1637 zavedl ve Skotsku novou verzi Knihy modliteb ("Common Prayer Book"). V Edinburghu vypukly pouliční nepokoje. V únoru 1638 formulovali Skotové své stížnosti v tzv. Slavné dohodě ("National Covenant"), kde stálo, že se žádné změny nesmějí provádět bez souhlasu svobodných parlamentů a církevních shromáždění. Shromáždění skotské církve se sešlo v Glasgow v listopadu 1638. Odmítlo Knihu modliteb a prohlásilo úřad biskupa za nezákonný. Karel I. požadoval odvolání těchto usnesení, ale Skoti to odmítli. Obě strany se začaly připravovat k boji. Karel I. doprovázel svá vojska ke skotským hranicím na jaře 1639. Po nerozhodném tažení se však rozhodl podepsat tzv. berwickou mírovou smlouvu ("Pacification of Berwick"). Válka biskupů pokračovala i v létě roku 1640 (druhá válka biskupů). Král byl poražen. Vzdal se práva zasahovat do skotských církevních záležitostí a zaplatil Skotům válečné výlohy.