Devenu agent libre, il s'entend avec les Reds de Cincinnati pour la saison 1995. Il joue pour les Yankees de New York en 1995 et, après une saison 1996 à l'écart des majeures, se joint aux Indians de Cleveland en 1997. Dans la Série de championnat face aux Orioles de Baltimore, Fernandez frappe un de ses rares coup de circuit en onzième manche du sixième match, donnant aux Indians une victoire de 1-0 et leur permettant de remporter quatre parties à deux la finale de la Ligue américaine.