Tra il 1962 e il 1977 il museo fu trasferito all'EUR, nel "Palazzo delle Scienze" su piazza G. Marconi. L'edificio è un esempio di razionalismo italiano caratterizzato dalle tipiche linee rettangolari e squadrate, ed era stato originariamente progettato e costruito per accogliere la Mostra della scienza universale nel corso dell'esposizione universale del 1942. Qui il museo conservò la sua originaria organizzazione in due settori, uno dedicato alla paletnologia e uno all'etnografia, disposti su tre piani collegati da grandi scalinate.