ポーランド・リトアニア共和国の支配下にあったウクライナにおいて、ギリシア正教を奉じるウクライナ農民にとってカトリックの領主とその家令ユダヤ人は憎悪の対象であった。1648年、ギリシア正教徒ボフダン・フメリニツキーは「ギリシア人」を名乗り、「ポーランド人とそのお抱えの家令、仲買人たるユダヤ人から受けた屈辱を忘れまい」と叫び、ユダヤ人、ポーランド人の別なく改宗を迫ったり殺害し、イエズス会士も追放された。このフメリニツキーの乱（1648年 - 1657年）はやがてロシアとポーランドの戦争(1654年-1667年)となり、ロシア軍もユダヤ人を殺害した。この戦乱でユダヤ人は奴隷としてトルコに売られていった。この大洪水時代によって、ポーランドは荒廃し、ポーランドのユダヤ人も致命的な打撃を受けて、17世紀後半にはポーランドのユダヤ人は銀行家の地位を追われ、1765年、ポーランド政府は、従来の集団単位の課税から人頭税に切り替え、ユダヤ人の組織「四邦議会」を廃止した。多くのユダヤ人が国外のハンガリーやルーマニアへ逃亡し、またポーランドのユダヤ難民を救済するための募金活動が各地のユダヤ社会で行われた。1768年、ポーランド領ウクライナでハイダマク(ハイダマキ運動)によるポグロムが発生した。