2010 áprilisában Kemény Dénes szövetségi kapitány felkérte, hogy edzőként segítse a válogatott nyári felkészülését, ezután Kemény Dénes állandó segítőjévé vált. Játékos pályafutásának befejezése után az olasz Serie A-ban szereplő Camogli vezetőedzőjének kérték fel, de ez a lehetőség végül a Pro Recco gazdasági problémái miatt nem valósult meg. 2012-ben Kemény Dénes utolsó válogatott mérkőzésein Benedek irányította a csapatot a kispadról, majd 2013 januárjában kinevezték a férfi válogatott szövetségi kapitányává. Irányításával a csapat 2013-ban világbajnok lett. 2014-ben, Dubajban, ezüstérmet szereztek a vízilabda-világligában és a Budapesten rendezett Európa-bajnokságon is. 2014 augusztusában az Almatiban megrendezett Világligán, csapatával ezüstérmet szerzett. 2016. október 20-án bejelentette, hogy 2016. december 31-ével lemond a szövetségi kapitány posztról. 2020. május 1-jével pedig visszavonult minden vízilabdával kapcsolatos tevékenységtől.