Efter spelarkarriären avlade han en juristexamen vid Rutgers, The State University of New Jersey och har varit chef för ishockeyverksamheten för Vancouver Canucks, general manager för Washington Capitals, arbetat för New York Islanders som bland annat vicepresident och rådgivare till deras general manager Garth Snow och delade på general manager-ansvaret tillsammans med Brad Treliving (Calgary Flames) när Kanadas herrlandslag deltog i världsmästerskapet i ishockey 2016, där Kanada lyckades vinna guldmedalj. Den 13 juli 2016 blev han utnämnd till general manager för expansionslaget Vegas Golden Knights, som gjorde debut i ligan till säsongen 2017–2018. Den 21 juni 2018 utsågs McPhee till säsongens bästa general manager i NHL och fick motta General Manager of the Year Award. I maj 2019 avsade han sig general manager-rollen i förmån av den assisterande general managern Kelly McCrimmon och blev istället högste chef ("president") för Golden Knights ishockeyverksamhet. Det spekulerades om att McPhee tvingades till det för att kunna behålla McCrimmon i Vegas eftersom flera andra NHL-lag sökte då efter nya general managers.