In Syrien wurde der Zweig der Bruderschaft 1937 von Gelehrten um Mustafa as-Siba'i (1915–1964) gegründet, die Mitglieder der ägyptischen Bruderschaft waren. Nach ihrem Aufstand und dem Massaker von Hama 1982 kamen die Aktivitäten der Muslimbrüder in Syrien unter Ali Sadreddin al-Bajanuni nahezu völlig zum Erliegen. Im Bürgerkrieg in Syrien gelangen den Muslimbrüdern keine militärischen Erfolge. Hier waren radikal salafistische Gruppen wie Al-Qaida oder der Islamische Staat viel erfolgreicher.