Joueur des Reds jusqu'en 1991, Duncan rejoint les Phillies de Philadelphie en 1992. À sa première année, il établit ses records personnels en une saison de 153 coups sûrs et 40 doubles (le second plus haut total de doubles de la Ligue nationale cette saison-là. En 1993, il récolte 73 points produits, son total le plus élevé enc carrière. Il fait partie de l'équipe qui remporte le titre de la Ligue nationale en 1993 mais s'incline en Série mondiale. Durant celle-ci, Duncan maintient une moyenne au bâton de ,345 en 6 matchs malgré la défaite de son club. Alternant entre les postes de deuxième but et d'arrêt-court à Philadelphie, Duncan honore en 1994 sa seule invitation au match des étoiles. Malgré des performances peu remarquables (il a une moyenne au bâton de ,265 à la mi-saison), il est porté par la popularité des Phillies, finalistes la saison précédente, et est voté par le public joueur de deuxième but partant de l'équipe d'étoiles de la Ligue nationale, un honneur somme toute peu mérité.