Im Sommer 1998 wechselte sie in die Trainingsgruppe von Karin Balzer und Karl-Heinz Balzer. Unter deren Leitung schöpfte Anja Rücker, trotz anhaltender Achillessehnenprobleme, ihr Potential aus und wurde 1999 Vizeweltmeisterin über 400 Meter in 49,74 s. In der Hallensaison des Jahres 2000 lief sie über 200 Meter und 400 Meter persönliche Bestzeiten. Bei den Halleneuropameisterschaften 2000 in Gent wurde ihr vor dem Vorlauf über 400 Meter durch einen DLV-Arzt eine Betäubungsspritze in die linke Wade verabreicht, welche falsch dosiert war. Durch den dadurch auftretenden Gefühlsverlust im linken Unterschenkel, knickte sie während des Vorlaufes um und stürzte. Als Folge wurde ein doppelter Bänderriss, sowie ein Anriss der linken Achillessehne diagnostiziert. Dieser Vorfall zerstörte ihre erfolgreiche Karriere. Als Folge dieser Verletzung riss die linke Achillessehne im Sommer 2000 30 % quer und 8 cm längs ein. Nach Operation der linken Achillessehne kehrte sie nach 4 Wochen spezifischem Training 2001 mit einem fünften Platz über 400 Meter in 51,55 s bei den Deutschen Meisterschaften in Stuttgart zurück. Damit hatte sie sich als Ersatzläuferin für die 4-mal-400-Meter-Staffel, der Weltmeisterschaften in Edmonton qualifiziert, verzichtete jedoch. 2002 riss die rechte Achillessehne ein, was zu einer weiteren Operation führte. Zuvor wurde eine Gürtelrose diagnostiziert. Im Sommer 2005 begann sie wieder mit dem spezifischen Training und wurde 2006 Süddeutsche Hallenmeisterin über 400 Meter. Im April 2006 erkrankte sie am Pfeifferschen Drüsenfieber. Um weitere Komplikationen auszuschließen, wurden im Juli 2006 Fersensporne an beiden Füßen entfernt. Nach kurzem unspezifischem Training belegte Anja Rücker im Sommer 2007 bei den Deutschen Meisterschaften in Erfurt über 400 Meter den vierten Platz.