Nel 2000 torna in Rai come inviato speciale. Lavora nelle trasmissioni "Circus" di Rai 1, "Il raggio verde" (anche come co-conduttore) e "Sciuscià", in onda su Rai 2. Il 14 settembre 2001, a New York, racconta l'America dopo l'attentato alle torri gemelle. Nei mesi che seguono è in Medio Oriente: è il primo giornalista televisivo a entrare a Jenin subito dopo i raid israeliani dell'aprile 2002. In seguito alla chiusura di "Sciuscià", nel 2003, Formigli passa alla neonata Sky TG24 diretta da Emilio Carelli, dove firma e conduce per 5 anni il talk politico "Controcorrente" (la prima puntata va in onda il primo settembre 2003).