Le coût du radoub, dépassant de loin les livres alloués par le gouvernement pakistanais, provoqua une crise politique entre les deux pays. En 1961, il est utilisée au profit des élèves-officiers. Cependant, en 1963, le croiseur est de retour au service opérationnel et déployé en tant qu'unité de combat lors du conflit avec l'Inde en 1965. Le "Babur" effectua un bombardement côtier de Dwarka en . L'installation du missile "Styx" en 1968 fut envisagée pour contrer les missiles soviétiques fournis à l'Inde, mais cette option fut par la suite abandonnée face au refus des russes.