波尔多大学的历史最早可以追溯到1441年，由当时的教宗尤金四世下令成立。1793年，法国国民公会宣布撤销包括波尔多大学在内的全部大学机构，原大学以学院的方式继续运作，波尔多大学直到1896年7月18日才获得重建。受1968年“五月风暴”影响，波尔多大学在1970年被拆分成波尔多第一大学、第二大学和第三大学，1995年一些学院又从第一大学分离出来组建了波尔多第四大学。2014年，波尔多四所大学中的三所（波尔多第一大学、第二大学和第四大学）重新合并为新的波尔多大学。波尔多第三大学则保持独立。