Im Sommer 2016 war Kot der überragende Skispringer im Grand Prix. Er nahm an sechs Einzelwettkämpfen teil, von denen er fünf für sich entschied und einmal den zweiten Platz belegte. Er gewann dadurch die Grand-Prix-Gesamtwertung mit 580 Punkten. Seine Überlegenheit konnte er nicht in die Wintersaison übernehmen. Dennoch war der &lt;a href="Skisprung-Weltcup%202016/17"&gt;Weltcup 2016/17&lt;/a&gt; der erfolgreichste seiner Karriere bis dahin. Am 3. Dezember 2016 gewann er zusammen mit Piotr Żyła, Kamil Stoch und Dawid Kubacki das Teamspringen in Klingenthal, was für ihn der erste Weltcupsieg seiner Karriere war. Zudem war es der erste Sieg einer polnischen Mannschaft in einem Weltcup-Teamwettbewerb. In der weiteren Saison folgten unter anderem ein zweiter Platz in Zakopane und ein weiterer Sieg in Willingen mit der polnischen Mannschaft. Am 11. Dezember 2016 erzielte er als Zweiter in Lillehammer hinter Kamil Stoch seine erste Podestplatzierung in einem Einzel-Weltcupspringen. Am 11. Februar 2017 konnte er in Sapporo punktgleich mit Peter Prevc seinen ersten Weltcup im Einzel gewinnen. Am 16. Februar 2017 folgte sein zweiter Sieg beim olympischen Pre-Event in Pyeongchang. Er beendete die Saison mit 985 Punkten als Fünfter im Gesamtweltcup und damit seiner ersten Platzierung in der Top Ten. Auch bei den Nordischen Skiweltmeisterschaften in Lahti im Februar 2017 war er sehr erfolgreich. In den Einzelwettbewerben sprang er sowohl als Fünfter auf der Normalschanze als auch als Sechster auf der Großschanze unter die besten zehn. Im Mannschaftswettbewerb wurde er zusammen mit Piotr Żyła, Dawid Kubacki und Kamil Stoch Weltmeister vor den Mannschaften aus Norwegen und Österreich.