Bắt đầu sự nghiệp chiến đấu của B6N1 cũng không ít tai nạn. Trận chiến biển Philippines, nơi nó hoạt động trong bối cảnh Mỹ đã chiếm được ưu thế trên không, nên nó không thể gây bất kỳ một thiệt hại nào đáng kể, trong khi chịu tổn thất nặng bởi máy bay tiêm kích mới F6F Hellcat của Hải quân Mỹ. Sau thất bại này, Hải quân yêu cầu nhiều thay đổi về thiết kế, đáng chú ý nhất là thay thế động cơ NK7A Mamoru 11 bằng kiểu Mitsubishi MK4T Kasei 25, đưa đến phiên bản B6N2.