Războaiele iugoslave din anii 1990 nu au afectat regiunea Sandžak, deși războaiele din Bosnia și Kosovo au dus la izbucnirea câtorva conflicte și bombardarea de către NATO. Potrivit partidelor politice bosniace din Sandžak, un număr de 60.000–80.000 de bosniaci au părăsit regiunea în acea perioadă.