Brady había tenido la idea de fotografiar la Guerra Civil. La relación de Gardner con Allan Pinkerton (jefe de una operación de inteligencia que terminaría por generar el Servicio Secreto de los Estados Unidos) fue la clave para comunicar las ideas de Brady a Lincoln. Pinkerton recomendó a Gardner para el puesto de fotógrafo jefe bajo la jurisdicción de los Ingenieros topográficos de los Estados Unidos. Tras pasar brevemente por esa función, Gardner se convirtió en fotógrafo del grupo del General George B. McClellan, comandante del Ejército del Potomac. En ese momento, terminó el trabajo de gestor que hacía Gardner de la galería de Brady. El rango honorífico de capitán se le ofreció a Gardner, y fotografió la Batalla de Antietam en septiembre de 1862, revelando las fotos en su cámara oscura portátil.