Nach der siegreichen Wahl trat Carlton am 8. Januar 1929 sein neues Amt an. Im Gegensatz zu seinem Vorgänger John W. Martin, der von günstigen äußeren Umständen profitieren konnte, war Carltons Amtszeit von Problemen geprägt. Zum einen musste er sich mit den Folgen eines schweren Wirbelsturms auseinandersetzen. Dann suchte ein Schädling (Mediterranean fruit fly) die Obstplantagen heim und zerstörte weitgehend die Ernte. Das Ende der Landspekulationen brachte finanzielle Einbußen. Schließlich tat die infolge des New Yorker Börsenkrachs vom Oktober 1929 ausgelöste Weltwirtschaftskrise ein Übriges, um das Land zu erschüttern. Die Arbeitslosigkeit stieg, wie überall stark an. All das führte zu Unzufriedenheit und Unruhe unter den Bürgern Floridas. Der Gouverneur reagierte mit der Senkung der Gehälter des öffentlichen Dienstes und sogar mit Entlassungen, um den Haushalt zu entlasten. Außerdem kam es zu einer Erhöhung der Mineralölsteuer. Mit diesem Geld sollte der Straßenbau als Arbeitsbeschaffungsmaßnahme gegen die Arbeitslosigkeit finanziert werden. Außerdem wurde eine Kommission eingesetzt, die mögliche Einsparungen im Regierungshaushalt ausfindig machen sollte. Bis zum 3. Januar 1933, dem Ende seiner Amtszeit, hatten diese Versuche keinen durchgreifenden Erfolg gebracht. Die Wende kam erst mit Hilfe der New-Deal-Politik der Bundesregierung unter dem 1932 gewählten Präsidenten Franklin D. Roosevelt.