Mit dem Reichsdeputationshauptschluss wurde das Hochstift Bamberg 1803 zwangsweise aufgelöst und seine Territorien dem Kurfürstentum Bayern übertragen. Anfang Oktober 1806 dienten Stadt und Festung als Lager für das Heer des französischen Kaisers Napoleon Bonaparte, der von hier aus seinen Feldzug gegen Preußen startete, der am 14. Oktober 1806 in die Schlacht bei Jena und Auerstedt mündete.