Joan Alsina ejercía su ministerio en la Parroquia San Ignacio de San Bernardo y como Jefe de Personal en el Hospital San Juan de Dios al momento del Golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973. Desde el hospital pudo ver el bombardeo de La Moneda. Los días 11 y 12 de septiembre los funcionarios del recinto se organizaron para atender a los heridos que llegaban al lugar producto de la represión. A pesar de que sus compañeros le señalaron que por su condición de dirigente sindical de los trabajadores del hospital podría ser detenido este continuó su trabajo de servicio.