En 1989, Atlético Nacional jugó la final de la Copa Libertadores donde quedó campeón y se impuso al Club Olimpia de Paraguay, por marcador de 5-4 en penaltis, al perder en el partido de ida 2-0 y remontar 0-2 en la vuelta. En La final de la Copa Intercontinental el conjunto verdolaga caería derrota ante el A. C. Milan 1-0, igual resultado obtuvo el conjunto paisa en la Recopa Sudamericana de 1990 pero ante el Boca Juniors argentino. En 1990, Atlético Nacional consigue la Copa Interamericana al derrotar por marcador global de 6-1 a los Pumas de la UNAM de México. En 1995, Atlético Nacional jugó la final de la Copa Libertadores nuevamente donde perdió frente al Gremio de Porto Alegre; luego, América de Cali en 1996 cayó en otra final de Copa Libertadores, esta vez a manos de River Plate. En 1997, Atlético Nacional consigue la segunda Copa Interamericana al derrotar 3-2 al Saprissa de Costa Rica y en 1998 la primera Copa Merconorte para Colombia al vencer por marcador global de 4-1 al Deportivo Cali. Luego de la serie de éxitos de Atlético Nacional, el equipo América de Cali ganó su primer título internacional al obtener la Copa Merconorte 1999 sobre Independiente Santa Fe, que en 1996 fue subcampeón de la Copa Conmebol. También en 1999, Deportivo Cali fue subcampeón nuevamente de la Copa Libertadores, tras caer en penales ante el Palmeiras de Brasil.