Dos temas fundamentales dominaron los inicios del naciente Estado peruano: la búsqueda de un sistema propio de gobierno y la determinación de su territorio. El primero se definió con el triunfo de los republicanos sobre los monarquistas; en el segundo caso se siguió el principio del uti possidetis, según el cual el territorio debía ser el mismo del Virreinato del Perú de principios del siglo XIX. Las primeras disputas territoriales se dieron con la Gran Colombia que reclamaba para sí los territorios peruanos de Tumbes, Jaén y Maynas, pero luego de una guerra sin resultado definitivo, el asunto se mantuvo en suspenso y solo posteriormente el Ecuador (una de las tres repúblicas en las que se fraccionó la Gran Colombia) resucitaría los reclamos.