В кампанию 1799 года Вейротер был начальником штаба генерала Пауля Края, где выдвинулся под Леньяно 26 марта, Маньяно 5 апреля и Нови. За участие в этих битвах произведён в полковники, получил командование 7-м пехотным полком и был отмечен Суворовым. Составил неудачный маршрут для Швейцарского похода Суворова. В сражении при Гогенлиндене Вейротер был начальником штаба молодого эрцгерцога Иоганна.