Другим проявлением антиимпериалистической политики Сукарно стала инициированная им в 1963 году конфронтация с Малайзией — Джакарта выступила категорически против формирования Малайзии путём объединения Малайской Федерации и освобождаемых британских колоний на Калимантане, опасаясь её превращения в сателлита Великобритании и проводника западного влияния в регионе. На Суматре и Калимантане были развёрнуты масштабные военные приготовления, была открыто оказана военная помощь антибританским группировкам, действовавшим в Брунее и других колониальных владениях, мобилизованы более 20 миллионов добровольцев для армии вторжения (всего на нужды конфронтации уходило около 80 % госбюджета страны). В 1964 году отряды индонезийских добровольцев неоднократно вторгались на территорию Саравака и Сабаха, где вступали в бои с дислоцированными там военными частями стран Британского содружества, было проведено несколько неудачных десантных операций на территории континентальной Малайзии.