Klasnić z powodzeniem mógł grać w innej reprezentacji niż ta chorwacka. Grę w kadrze Niemiec proponował mu Rudi Völler, a w kadrze Bośni i Hercegowiny Blaž Slišković. W obu przypadkach Klasnić odmówił i wybrał reprezentację Chorwacji, w której zadebiutował 18 lutego 2004 roku w przegranym 1:2 meczu z Niemcami. Swoją bramkostrzelność potwierdzał także w kadrze. Przed finałami Mistrzostw Świata w Niemczech strzelił gola samej Argentynie, a Chorwaci wygrali 3:2, potem dołożył także 2 bramki w meczu z Austrią. Na mistrzostwach jednak nie było już tak dobrze. Klasnić zagrał we wszystkich 3 meczach swojej reprezentacji, ale nie wpisał się ani razu na listę strzelców, a Chorwacja rozczarowała, nie wygrała żadnego meczu i nie wyszła ze swojej grupy. Na Euro 2008 strzelił gola Polsce w 53 minucie, strzelając jedynego gola meczu.