Zaire ekonomisinin tam anlamıyla çökmesiyle ve doğu-batı sorununun çözümlenmesi ile Mobutu 1990 yılında ülkenin yavaş da olsa demokratikleşmesi yönünde adımlar atmaya çalışmış ancak başarılı olamamıştır. Ülkedeki tüm olumsuzluklara rağmen Mobutu iktidarının çöküşü komşu ülke Ruanda'da gerçekleştirilen soykırım ile başlamış, Ruanda'da soykırımından sorumlu Hutu etnik grubuna mensup binlerce Ruandalının Zaire'ye kaçması Mobutu'nun gücünü olumsuz yönde etkilemiştir. Hutuluları takip eden Tutsi hükumetine bağlı askeri birlikler ile ülke içerisindeki Mobutu karşıtlarının oluşturduğu birlik çok kısa bir süre içerisinde tüm Zaire'yi ele geçirmeyi başarmış, hasta olan ve uluslararası desteğini de kaybeden Mobutu'yu görevden kısa sürede uzaklaştırmışlardır. 1997 yılında isyancıların lideri konumunda olan Laurent-Désiré Kabila ülkenin yeni devlet başkanı olarak göreve getirilmiş, Kabila'nın ilk icraatlarından biri de ülkenin ismini Zaire'den tekrar Demokratik Kongo Cumhuriyeti olarak değiştirmek olmuştur.