Během vykonávání funkce se Wojciechowski pro své autoritářské přesvědčení dostával do konfliktů s vládou. Jeho dávný přítel Piłsudski zinscenoval povstání (tzv. Květnový převrat). Ačkoli na Wojciechowského straně stáli premiér Wincenty Witos, ministr války generál Juliusz Tarnawa-Malczewski či generálporučík Władysław Anders, byl Wojciechowski nucen odstoupit z funkce.