La ciutat va ser fundada el 1552 amb el nom de vila de la Santíssima Trinitat de Sonsonate. Durant l'època colonial va ser seu de l'alcaldia major de Sonsonate. El 1824 va rebre el títol de ciutat i va ser designada capçalera departamental. Va ser capital de la República Federal d'Amèrica Central el 1834, abans que les supremes autoritats federals es traslladessin a San Salvador, tercera i última capital de la Federació. Va ser designada com a seu de la Dieta de Sonsonate, una de les conferències unionistes centreamericanes, que havia de reunir-se el 1846 i que no va arribar a donar cap resultat, encara que diversos delegats de Costa Rica, El Salvador, Guatemala i Hondures van arribar a la població amb aquest propòsit. Va ser una de les ciutats protagonistes de l'aixecament camperol de 1932.