Após a proclamação da República brasileira, em 15 de novembro de 1889, foi um dos líderes das Revoltas da Armada de 1891 e 1893. Nesse contexto, em 23 de novembro de 1891 ameaçou bombardear o Distrito Federal caso o então presidente da república, marechal Deodoro da Fonseca, não restaurasse as condições políticas do país, impostas pelo Golpe de Três de Novembro. Este fato foi a gota d'água para a renúncia de Deodoro ao cargo de presidente.