Morgan Steinmeyer Håkansson perusti Mardukin vuonna 1990 Norrköpingissä, Ruotsissa. Vuonna 1991 Marduk julkaisi kolme kappaletta sisältäneen demon nimeltä "Fuck Me Jesus". Vuonna 1992 ilmestyi Mardukin ensimmäinen täysipainoinen albumi, "Dark Endless", ja yhtye aloitti keikkailun Ruotsissa saatuaan vahvan fanipohjan. Vuonna 1994 Marduk aloitti keikkailun muualla Euroopassa ja 1995 yhtyeellä oli ensimmäinen keikka Atlantin toisella puolella Méxicossa. Vuonna 2000 Marduk löysi lopulta tämänhetkisen levy-yhtiönsä, Blooddawn Productionsin. Vuonna 2004 Marduk julkaisi yhdeksännen studioalbuminsa "Plague Angel", joka teki läpimurron Euroopassa ja myöhemmin Yhdysvalloissa. Marduk juhlisti 15-vuotistaivaltaan julkaisemalla live-albumin nimeltä "Warschau", jossa on 17 live-raitaa Piolen keikalta 2005. Marduk on esiintynyt Suomessa muun muassa Lepakossa pääsiäisenä 1999, Tuska Open Air -festivaalilla 2002 sekä vuoden 2006 Nummirock-festivaaleilla. Mardukin piti esiintyä Firebox Metal Festissä Seinäjoella vuonna 2010, mutta yhtye ei päässyt paikalle Islannin tuhkapilvien vuoksi.