Nach dem Ende des Dreizehnjährigen Städtekriegs verblieb Freystadt im Zweiten Frieden von Thorn 1466 im Deutschordensstaat, der 1525 zum Herzogtum Preußen und 1701 zum "Königreich Preußen" wurde. 1653 brannte die Stadtkirche nach einem Blitzeinschlag ab. Im Jahr 1775 vernichtete ein Feuer große Teile der Stadt.