ウェストポイントの時の同級生の中には、後に南軍の将軍となったジョセフ・ジョンストン、ロバート・E・リー、ジョン・マグルーダー（ペンドルトンと同室だった）がおり、また後の政治家ジェファーソン・デイヴィスもいた。ペンドルトンは1830年7月1日にアメリカ陸軍の名誉少尉に任官された。同じ日に少尉として第2アメリカ砲兵隊に配属となった。その連隊はサウスカロライナ州チャールストン港を守るムールトリー砦勤務を命じられたが、その秋にペンドルトンはマラリアに罹り、健康を快復するためにジョージア州オーガスタの武器庫勤務に配置換えされた。1831年7月15日、ペンドルトンはエリザベス・ペイジと結婚し、その後4人の子供が生まれた。ただ1人の息子アレクサンダー・スウィフト・ペンドルトン大佐も南軍で従軍することになり、1864年9月19日のオペクォンの戦いで戦死した。娘のスーザンは後の南軍将軍エドウィン・G・リー（ロバート・E・リーのはとこ）と1856年11月16日に結婚した。