Am 12. Juni 1867 beauftragte man Hartrott mit der Leitung der Zentralabteilung im Kriegsministerium, bis er zwei Jahre später von seiner Stellung als Adjutant des Kriegsministers entbunden und mit der Führung der Geschäfte der Zentralabteilung im Kriegsministerium beauftragt wurde. Mitte Juli 1870 erfolgte seine Ernennung zum Abteilungschef und wenige Tage später wurde er anlässlich des Krieges gegen Frankreich Chef des Stabes des Kriegsministers. In dieser Eigenschaft Ende des Monats zum Oberstleutnant befördert, wirkte er im Großen Hauptquartier bei Gravelotte, Beaumont, Sedan und vor Paris sowie bei Malmaison und am Mont Valérien. Ausgezeichnet mit dem Eisernen Kreuz II. Klasse wurde Hartrott nach dem Frieden von Frankfurt am 16. Juni 1871 durch Kaiser Wilhelm I. in den erblichen preußischen Adelsstand erhoben.