בקיץ 1999 חתם נויביל בבאייר לברקוזן. בעונתו הראשונה בקבוצה, 1999/00, היה נויביל חלק מחוליית התקפה מרשימה שכללה גם את אולף קירסטן, פאולו רינק ותומאס ברדריץ'. את העונה הזו סיימה לברקוזן במקום השני בבונדסליגה, עם מספר נקודות זהה לאלופה באיירן מינכן, אך עם הפרש שערים נחות. בעונה זו הבקיע נויביל ארבעה שערים ובישל חמישה. בעונת 2000/01 הבקיע נויביל 15 שערי ליגה ובישל שישה, וסיים עם לברקוזן במקום הרביעי בבונדסליגה. בליגת האלופות סיימו נויביל ולברקוזן במקום השלישי בשלב הבתים, והמשיכו ממנו לגביע אופ"א, שם הודחו כעבור סיבוב אחד על ידי א.א.ק. אתונה. בעונת 2001/02 נויביל ובאייר לברקוזן רשמו עונה מצוינת אך עם אכזבות רבות, כאשר סיימו במקום השני בבונדסליגה, מרחק נקודה אחת מהאלופה בורוסיה דורטמונד, כשנויביל מבקיע 13 שערי ליגה ומבשל תשעה. בנוסף, נויביל ובאייר לברקוזן הגיעו עד לגמר ליגת האלופות 2002, בו הפסידה באייר לברקוזן בתוצאה 1–2 לריאל מדריד. בדרך אל הגמר, הבקיע נויביל שער ניצחון בשלב הבתים הראשון מול ברצלונה, ובשלב הבתים השני הבקיע שער בכל אחד משני המשחקים מול דפורטיבו לה קורוניה. בחצי הגמר מול מנצ'סטר יונייטד הבקיע נויביל את השער השני ללברקוזן שהיה שער השוויון בתיקו 2-2 במשחק הראשון באולד טראפורד, ובמשחק הגומלין בביי ארנה הבקיע נויביל את שער השוויון במשחק שהסתיים בתיקו 1-1. לברקוזן עלתה לגמר בזכות שערי חוץ. בגמר מול ריאל מדריד שיחק נויביל 90 דקות. באותה עונה, לברקוזן הפסידה גם בגמר הגביע הגרמני לשאלקה 04 בתוצאה 2–4. נויביל שיחק 67 דקות בגמר זה.