Під час Кримської війни 1853—1856 років дунайці брали участь в боях у Добруджі, на Кавказі. У квітні 1854 року обороняли Одесу від нападу англо-французької ескадри. 1856 року військо перейменоване у Новоросійське козацьке військо. В адміністративному і військовому відношеннях підлягало новоросійському і бессарабському генерал-губернатору.