Kreikan vapaussodan alettua vuonna 1821 Trikoúpis osallistui Aléxandros Mavrokordátoksen sotaretkeen, ja seurasi tätä Trípoliin, Zákynthokselle, Korfulle ja Mesolóngiin. Trikoúpis myös avioitui Mavrokordátoksen tyttären Aikaterínin kanssa. He saivat kuusi lasta, joista kaksi, poika Charílaos Trikoúpis ja tytär Sofía Trikoúpi, elivät aikuisikään. Charílaos toimi Kreikan pääministerinä myöhemmin.