Paolo Guerrero maakte zijn debuut in het Peruviaans voetbalelftal op 9 oktober 2004 in een kwalificatiewedstrijd voor het wereldkampioenschap voetbal 2006 tegen Bolivia. De wedstrijd eindigde in een 1–0 nederlaag; Guerrero speelde de volledige interland. Op 17 november maakte hij in het Estadio Nacional zijn eerste interlanddoelpunt in wederom een WK-kwalificatieduel, tegen Chili. Jefferson Farfán maakte in de 56ste minuut het eerste doelpunt; vijf minuten voor tijd verdubbelde Guerrero de score (eindstand 2–1). In hetzelfde stadion maakte Guerrero in de volgende interland tegen Ecuador in de eerste minuut al een doelpunt; het Ecuadoraans elftal wist echter terug te komen tot een 2–2 eindstand. Met Peru nam hij in 2007 deel aan zijn eerste interlandtoernooi: in de Copa América speelde hij mee in de groepsfase, die achter Venezuela ten koste van Uruguay en Bolivia overleefd werd. Guerrero speelde in de met 4–0 van Argentinië verloren kwartfinale een klein uur, maar wist niet te scoren.