Бурго выступал за молодёжную сборную Канады, в составе которой дебютировал в серии товарищеских матчей с бразильцами. канадцы выиграли первый матч со счётом 2:1. Жонатан сыграл ключевую роль в построениях защитной линии своей команды в этом матче. До этого, в 2005 году полузащитник был включён в состав молодёжной сборной на Чемпионат мира в Нидерландах, однако на турнире Бурго не провёл ни одного матча.