В августе III корпус был переброшен в Северную Вирджинию и полк Мотта в составе бригады Джозефа Карра принял участие во втором сражении при Булл-Ран. Он получил тяжелое ранение руки и за храбрость был 7 сентября 1862 повышен до звания бригадного генерала (сдав полк Джорджу Бёрлингу). Из-за ранения он пропустил сражение при Энтитеме и сражение при Фредериксберге. Он вернулся в армию в декабре 1862 года и принял командование бывшей бригадой Джозефа Ревере (из III корпуса) во время сражения при Чанселорсвилле. В этом сражении он командовал шестью пехотными полками.