Fredrik Ljungberg debuterte for Sverige mot USA i 1998 og har deltatt i fem mesterskap med landet sitt, han spilte under EM i fotball 2000, VM i fotball 2002, EM i fotball 2004, VM i fotball 2006 og EM i fotball 2008. I årets EM var han kaptein for Lars Lagerbäcks mannskap.