Le défenseur, retenu par Bielsa pour la Copa América 1999, doit attendre sa quatrième apparition pour obtenir sa première victoire. Celle-ci arrive lors de sa première rencontre officielle et le troisième match du groupe C de la compétition contre l'Uruguay, décisif pour la qualification (2-0). L"'Albiceleste" est éliminée par le futur vainqueur brésilien au match suivant, en quart de finale. Pochettino est aligné comme défenseur latéral droit.