Les anciens cadres et chasseurs constituent cependant la base de nombreux maquis de la résistance, ainsi celui des Glières, où participent de nombreux anciens chasseurs du BCA. C'est pourquoi à la Libération, de nombreuses unités FFI se transforment en une vingtaine de bataillons de chasseurs, qui sont engagés aussi bien contre les poches de l'Atlantique qu'en Allemagne.