W 1887 Franciszek Lobkowitz sprzedał zamek za 6 mln guldenów Franciszkowi Ferdynandowi, który w latach 1889-1894 przeprowadził gruntowną renowację obiektu, rozbierając zarazem przylegający browar, cukrownię i gospodę. Ponieważ arcyksiążę miał w przyszłości zostać cesarzem Austrii i królem Węgier, przebudowa miała na celu przygotowanie zamku na przyszłą rezydencję cesarską, w której mógłby przebywać częściej niż w niechętnym mu Wiedniu. Prace renowacyjne i budowlane właściwie nigdy się nie zakończyły. Na przełomie XIX i XX wieku Konopiszcze było najnowocześniejszym zamkiem w Europie – z instalacją elektryczną, windą sięgającą III piętra, łazienkami wyposażonymi w ciepłą i zimną wodę, centralnym ogrzewaniem. Pod względem zaawansowania technicznego, inne cesarskie rezydencje – Hofburg oraz Schönbrunn – stały daleko w tyle. Przebudowę zamku przerwała dopiero tragiczna śmierć arcyksięcia, który wraz z małżonką, Zofią von Chotek, został zamordowany w Sarajewie przez serbskich terrorystów.