Sem novamente dar atenção ao campeonato nacional, ficando em terceiro no Apertura 2001 (que ficou com o Racing, curiosamente a nova equipe de Gustavo Barros Schelotto), o Boca focou-se na Copa Intercontinental de 2001. Guillermo foi titular na partida, e a certo momento teve de ser o único atacante auriazul, após sua dupla - Delgado - ser expulsa no final do primeiro tempo. O adversário, o Bayern Munique, conseguiu seu gol da vitória na prorrogação. O fim da temporada, em que o Boca ficou em terceiro no Clausura 2002, marcou a saída do técnico Carlos Bianchi e também de Córdoba e Riquelme.