Blake zeichnete sich während des englischen Bürgerkriegs als Befehlshaber eines von ihm selbst geworbenen Regiments aus und wurde 1649 von Oliver Cromwell zum Flottenkommandanten ernannt. Obwohl Blake bisher keine Erfahrung in der Seefahrt hatte, konnte er große Erfolge verzeichnen, zuerst über den Herzog von Cumberland, dann in den Englisch-Niederländischen Seekriegen, der im Mai 1652 mit der Seeschlacht bei Dover, in der Blake zum ersten Mal gegen den holländischen Admiral Maarten Tromp kämpfte. Im September 1652 gewann er gegen Witte de With in der Seeschlacht bei Kentish Knock, im Oktober 1652 verlor er gegen Tromp in der Seeschlacht bei Dungeness, 1653 gewann er gegen Tromp in der Seeschlacht bei Portland.