Илья Игнатенко родился 2 августа 1920 года в деревне Шипуново (ныне — Абатский район Тюменской области). Окончил семь классов школы в городе Щорсе Черниговской области Украинской ССР, после чего работал там же в паровозном депо. В 1940 году Игнатенко был призван на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. Служил в Закавказском военном округе. Участвовал во вводе советских войск в Иран. С сентября 1941 года — на фронтах Великой Отечественной войны. Участвовал в боях на Украине, Харьковской операции 1942 года, Сталинградской и Курской битвах, боях под Великими Луками и Невелем. К лету 1944 года гвардии старший сержант Илья Игнатенко был старшим разведчиком 138-го гвардейского артиллерийского полка 67-й гвардейской стрелковой дивизии 6-й гвардейской армии 1-го Прибалтийского фронта. Отличился во время Белорусской операции.