С 1919 по 1923 годы изучал теологию в Мюнстере. В 1920 году участвовал в подавлении Рурского восстания в качестве командира фрайкора. В 1924 году ординирован в пасторы под юрисдикцией Прусской унии и стал членом НСДАП. В 1931 году назначен пастором в богатый приход в берлинском районе Далем. Нимёллер придерживался твёрдых националистических и антикоммунистических убеждений, поэтому поддержал приход к власти Гитлера, однако критически отнёсся к нацистскому документу, известному как Арийский параграф. Уже в 1934 году Нимёллер присоединился к движению «Исповедующая церковь».