Jefferson Davis ernannte General Lee am 3. März zu seinem militärischen Berater. Der Kongress führte unter dem Eindruck der Niederlagen im Westen am 16. April die Wehrpflicht für weiße Männer im Alter von 18 bis 35 Jahren für die Dauer der Feindseligkeiten ein. Im Westen konzentrierte Albert S. Johnston seine Truppen im Raum Corinth, Mississippi. Im Osten begann Joseph E. Johnston, der eine strategische Defensive befürwortete, sich der Invasion der Virginia-Halbinsel entgegenzustellen. Die Aufgabe von Gelände entsprach nicht der Doktrin der Konföderation und führte zu heftigen Kontroversen mit Jefferson Davis. Die größte Stadt der Konföderation, New Orleans, ging am 28. April verloren, der Unterlauf des Mississippi wurde bis Vicksburg, Mississippi von der Union beherrscht. Bei der Schlacht von Hampton Roads im Frühling trafen erstmals zwei gepanzerte Schiffe aufeinander, ein weiterer Schritt zum Ende der Ära der hölzernen Kriegsschiffe und in die Ära der dampfgetriebenen Panzerschiffe.