Mens landet bevægede sig mod borgerkrig, var Ewell i overvejende grad tilhænger af Unionen, men da hans hjemstat Virginia forlod Unionen, gik Ewell ud af hæren den 7. maj 1861 for at indtræde i Virginias provisoriske hær. Han blev udpeget til oberst i kavaleriet den 9. maj og var en af de første højtstående officerer, som blev såret i krigen, under en træfning den 31. maj ved Fairfax Court House. Han blev forfremmet til brigadegeneral i sydstatshæren den 17. juni og kommanderede en brigade i Sydstaternes "Army of the Potomac" i det Første slag ved Bull Run uden for alvor at komme i kamp.