В 1990 году Бруун дебютировал за сборную Дании. В 1992 году Мортен в составе национальной команды принял участие в чемпионате Европы и стал победителем турнира. На турнир он приехал в качестве запасного и не вышел на поле ни в одном матче. Сразу после первенства Европы он завершил карьеру в сборной.