Muscat występował w reprezentacji Australii do lat 20 oraz 23. W pierwszej reprezentacji zadebiutował 29 kwietnia 1994 w meczu przeciwko reprezentacji Kuwejtu, zremisowanym 0:0. Uczestnik Igrzysk Olimpijskich 1996. Grał na Pucharze Konfederacji 1997, podczas którego Australia zajęła drugie miejsce. Uczestniczył także w Pucharze Konfederacji 2001, który Australia ukończyła na 3. miejscu. Zagrał tam w czterech spotkaniach, z Meksykiem, Francją, Koreą Południową i Japonią. Był także w kadrze na Puchar Konfederacji 2005, podczas którego zagrał w dwóch spotkaniach z Niemcami i Argentyną. Dwukrotnie wygrał z zespołem Puchar Oceanii w latach 2000 oraz 2004. Podczas turnieju w 2000 roku zagrał w 4 spotkaniach, w których zdobył 4 bramki. Po raz ostatni w reprezentacji zagrał 16 sierpnia 2007 w meczu eliminacji Pucharu Azji 2007 przeciwko Kuwejtowi, wygranym 2:0. Łącznie Kevin Muscat w latach 1994–2006 wystąpił w 46 spotkaniach, w których strzelił 10 bramek.