Bispeembetet ble igjen innført i Skottland etter restaurasjonen. Dette førte igjen til misnøye, spesielt i sørvest hvor de presbyterianske tradisjonene var sterkest. Etter Den ærerike revolusjon oppstod en situasjon hvor biskopene mistet sin makt, og presbyteriansk styre ble innført ved lov. Dermed oppstod i store trekk dagens ordning. Det var allikevel fortsatt kontroverser omkring forholdet mellom kirkens uavhengighet og skotsk sivilrett. Sivile domstoler blandet seg inn i kirkelige affærer, og dette førte til at flere grupper brøt ut av kirken. Dette begynte i 1733, og kulminerte i den såkalte forstyrrelsen i 1843, da en stor gruppe brøt ut og sannet Free Church of Scotland. Utbryterkirkene fortsatte å splitte seg og forene seg med hverandre, hvilket betydde at det oppstod en rekke presbyterianske kirker av varierende størrelse i Skottland.