В августе 2007 года был вызван в состав основной сборной для участия в чемпионате мира, к тому моменту не сыграв за неё ни одного матча. Свой международный дебют совершил в матче группового этапа против сборной Новой Зеландии, проигранной со счётом 0:40. В 2008 году Джона начали регулярно вызывать в сборную. Он был вызван в состав «чертополохов» на Кубок шести наций, в котором сыграл два матча (против Франции и Уэльса). В ноябре того же года занёс свою первую попытку, поучаствовав в разгроме сборной Канады 41:0. В следующий раз Барклай отметился результативными действиями два года спустя, приземлив попытку в матче Кубка шести наций против Уэльса. Летом 2010 года был признан игроком матча во встрече со сборной Аргентины, а осенью — в игре против сборной ЮАР.