În timpul controversei din 2015 privind decizia PEN American Center de a onora revista "Charlie Hebdo" cu premiul său anual pentru curajul apărării libertății de exprimare, ea, alături de Michael Ondaatje, Teju Cole, Peter Carey, Rachel Kushner și Taiye Selasi, s-au retras de la gala premiilor anuale ale organizației și au semnat o scrisoare prin care au criticat acordarea acestui premiu, afirmând că, deși crimele au fost „grețoase și tragice”, ei nu credeau că activitatea "Charlie Hebdo"'s meritat un premiu. Scrisoarea a fost în curând semnată de mai mult de 140 de membri ai PEN American Center. Francine Prose a publicat un articol în "The Guardian" în care și-a justificat poziția, afirmând că: „povestea crimelor de la "Charlie Hebdo" — europeni albi uciși în birourile lor de către extremiști musulmani — este una care se hrănește perfect din prejudecățile culturale care au permis guvernului nostru să facă atât de multe greșeli dezastruoase în Orientul Mijlociu”. Prose a fost criticată din cauza opiniilor sale de către Katha Pollitt, Alex Massie, Michael C. Moynihan, Nick Cohen și alții, mai ales de Salman Rushdie, care într-o scrisoare către PEN i-a descris pe Prose și pe ceilalți cinci autori care s-au retras de la gala premiilor anuale, ca fiind călători de drum ai „Islamului fanatic, care este extrem de bine organizat, bine finanțat, și care încearcă să ne sperie pe toți, musulmani și non-musulmani, într-o tăcere lașă”.