שיפוץ ושחזור הקתדרלה החלו ב-1660 אך הספיקו רק בהקמת פיגומי עץ שנהרסו כליל בשרפה הגדולה של לונדון ב-1666. השרפה, שנעזרה בפיגומים, הרסה את הגג ואת רוב הקתדרלה וכן רכוש רב שהוטמן בקתדרלה למשמר. תיקונים זמניים נערכו במבנה, אך למרות שהיה ניתן להצלה - במחיר של בנייה מחדש כמעט מאפס - הוחלט לבנות מחדש את הקתדרלה בסגנון יותר עכשווי. מחשבות בכיוון זה הועלו עוד לפני השרפה.