יאנקר נכלל בסגל הגרמני ליורו 2000 בזכות הצלחתו בבאיירן מינכן ושיתוף הפעולה עם ג'ובאני אלבר. יאנקר לא הרשים במדי נבחרת גרמניה, ונטען כי לא הצליח להסתגל למשחק ללא אלבר כפי שנדרש בנבחרת הגרמנית. עם זאת, המשיך יאנקר להיות חלק מהנבחרת גם בטורניר מוקדמות מונדיאל 2002, בו הבקיע שער יתרון לגרמניה, במשחק בו הובסה לבסוף הנבחרת בתוצאה 5-1 על ידי נבחרת אנגליה. עם זאת, העפילה לבסוף גרמניה למונדיאל 2002. יאנקר זומן על ידי רודי פלר לסגל הגרמני לאותו מונדיאל. בטורניר זה הבקיע יאנקר שער בניצחון 8-0 על נבחרת ערב הסעודית בשלב הבתים, ופתח בכל שלושת המשחקים של גרמניה בשלב זה, אך הוחלף בכולם, ולא שיחק באף משחק בשלב הנוק אאוט, לרבות גמר מונדיאל 2002, בו הפסידה גרמניה 2-0 לברזיל. לאחר המונדיאל, יאנקר לא זומן יותר לנבחרת. ליאנקר 33 הופעות במדים הלאומיים, בהן הבקיע עשרה שערים.