Im November 1860 wurde Abraham Lincoln zum Präsidenten gewählt; die Sklavenhalterstaaten des Südens traten aus der Union der Vereinigten Staaten aus, der Sezessionskrieg (1861–1865) stand vor der Tür. Gardner war in Washington am richtigen Ort. Seine Beliebtheit als Fotograf nahm zu; er porträtierte viele der Soldaten und höheren Offiziere, die in den Krieg zogen. Als Brady die Idee entwickelte, den Bürgerkrieg umfassend fotografisch zu dokumentieren, konnte Gardner durch seine Bekanntschaft mit Allan Pinkerton, der damals für die Sicherheit Lincolns verantwortlich war, den Präsidenten für das Vorhaben interessieren. Brady selbst fotografierte 1862 die Zweite Schlacht am Bull Run, blieb sonst aber meist in Washington und organisierte die Arbeit seiner etwa 20 Angestellten auf den Kriegsschauplätzen; jeder von ihnen führte seine eigene transportable Dunkelkammer zur Bearbeitung der Kollodiumplatten mit. Gardner wurde durch Pinkertons Einfluss im November 1861 vorübergehend offizieller Fotograf bei der Potomac-Armee der Nordstaaten, sein Rang war der eines Captains ehrenhalber. Er fotografierte die Schlacht am Antietam (September 1862), die Kämpfe von Fredericksburg (Dezember 1862) und Gettysburg (Juli 1863), sowie die Belagerung von Petersburg (Juni 1864 bis April 1865).