Enke lần đầu thi đấu cho đội tuyển quốc gia vào năm 1997, khi anh còn chơi cho Borussia Mönchengladbach, với tổng cộng 15 lần khoác áo đội tuyển U21 quốc gia Đức. Màn trình diễn của anh đã thuyết phục cựu huấn luyện viên đội tuyển quốc gia Erich Ribbeck đưa anh vào đội hình chuẩn bị cho Cúp Liên đoàn các châu lục 1999, mặc dù anh không được thi đấu bất kỳ trận nào của giải.