Tijdens de Perzische Oorlogen gaven de leden van de bond blijk van een pro-Perzische gezindheid en waren geneigd tot collaboratie. Daarom lieten de Atheners na hun overwinning op de Perzen de bond ontbinden. De hieronder vermelde structuren kwamen tot stand in 447 v.Chr., na een Thebaanse overwinning op de Atheners nabij Coronea. Naderhand, tijdens de Peloponnesische Oorlog, streed de Boeotische Bond aan de zijde van Sparta, maar steunde toch weer Athene tégen Sparta in de Korinthische Oorlog (395-386 v.Chr.). Na het afsluiten van de Koningsvrede in 386 werd de alliantie voor de tweede maal ontbonden.