Während des Besuchs Pedro II. 1859 in den nördlichen Provinzen befehligte er das Geschwader, das den Kaiser einschiffte, im folgenden Jahr verlieh ihm Pedro II den Titel eines Barons. Im paraguayischen Krieg befehligte er alle Marineoperationen der Triple-Allianz von Brasilien, Uruguay und Argentinien. Dem Befehlshaber der Seestreitkräfte, Admiral Barroso da Silva, befahl er 1864 die Blockierung des Uruguay-Flusses und die Besetzung der Häfen von Salto, Uruguay, Paysandú und zusammen mit General Venancio Flores die Landung in Montevideo. In Begleitung von Pedro II. nahm er 1865 der Kapitulation von Uruguaiana entgegen. Von der Mündung des Rio de la Plata befahl er alle Marineoperationen im Zusammenhang mit den Schlachten am Passo da Pátria, Curuzú und bei Curupayti. Für letztere Niederlage machte Lisboa den argentinischen Verbündeten Bartolomé Mitre verantwortlich, woraufhin er sich mit seinem Stabschef Barroso da Silva samt ihrer Flotte aus dem Konflikt zurückzogen. Erst nach vier weiteren Jahren des Konflikts wurde der Gegner Solano López gefangen genommen und Paraguay geschlagen.