Февральский переворот, последовавший в 1917 году, повлёк за собой снятие 12-ти архиереев, которых удалили со своих кафедр. Поскольку его дружба с Григорием Распутиным и императрицей Александрой Фёдоровной была хорошо известна, а в условиях революции это считалось достаточным обвинением. 8 марта 1917 года епископ Исидор был уволен от управления Тюменским Свято-Троицким монастырём и перемещён в число братии Свияжского монастыря Казанской епархии.