La Russa tuvo un receso de menos de tres semanas antes de que su viejo club, los Athletics, lo llamaran para que fuera su mánager. Él llevó al club a tres Series Mundiales consecutivas, de 1988 a 1990, barriendo a los San Francisco Giants en la Serie Mundial de béisbol de 1989, retrasada por el Terremoto de Loma Prieta, conocido como el terremoto de la Serie Mundial. En las Series Mundiales de 1988 y 1990, los Athletics de La Russa perdieron ante Los Angeles Dodgers y los Cincinnati Reds en forma significativa, a pesar del hecho de que los A's estuvieron ampliamente como favoritos en ambas ocasiones. Él ganó dos premios adicionales al Mánager del año con los A's, en 1988 y 1992, ganando de nuevo la División Oeste en el último año. Después de la temporada de 1995 en la cual los A's finalizaron 67-77, la familia Haas, con la cual La Russa tuvo una relación personal cercana, vendió al equipo después de la muerte del patriarca Walter A. Haas, Jr. La Russa fue a tomar el cargo de Joe Torre como el timón de los St. Louis Cardinals.