ประเทศญี่ปุ่นมีเขตชีวภาพป่าเก้าเขตซึ่งสะท้อนภูมิอากาศและภูมิศาสตร์ของหมู่เกาะญี่ปุ่น มีตั้งแต่ป่าใบกว้างชื้นกึ่งเขตร้อนในหมู่เกาะรีวกีวและหมู่เกาะโอะงะซะวะระ จนถึงป่าผสมและใบกว้างเขตอุบอุ่นในเขตภูมิอากาศไม่รุนแรงในหมู่เกาะหลัก จนถึงป่าสนเขาเขตอบอุ่นในส่วนฤดูหนาวหนาวเย็นในเกาะทางเหนือ ประเทศญี่ปุ่นมีสัตว์ป่ากว่า 90,000 ชนิด รวมทั้งหมีสีน้ำตาล ลิงกังญี่ปุ่น ทะนุกิ หนูนาญี่ปุ่นใหญ่ และซาลาแมนเดอร์ยักษ์ญี่ปุ่น มีการตั้งเครือข่ายอุทยานแห่งชาติขนาดใหญ่เพื่อคุ้มครองพื้นที่สำคัญของพืชและสัตว์ตลอดจนเขตพื้นที่ชุ่มน้ำตามอนุสัญญาแรมซาร์สามสิบเจ็ดแห่ง มีสี่แห่งลงทะเบียนในรายการมรดกโลกของยูเนสโก