Следующий сезон Стефан Ламбьель начал с , причём это был один из первых турниров, на которых была применена новая судейская система, которая была введена в фигурное катание после скандала в 2002 году. В короткой программе фигурист набрал лишь 62 балла, неудачно исполнив тройной лутц и четверной тулуп, оставшись без каскада. В произвольной программе ошибок также избежать не удалось, и с суммой 198,01 балла Ламбьель занял пятое место. Затем швейцарец в четвёртый раз подряд стал чемпионом Швейцарии. На чемпионате Европы фигурист показал худший результат из трёх и занял шестое место, став лишь 12-м в короткой программе, при этом на турнире ещё использовалась шестибалльная система. На чемпионате мира в Дюссельдорфе Ламбьель значительно улучшил свои результаты, став четвёртым.