Lors de son ouverture, deux salles sont consacrées aux antiquités égyptiennes et deux autres à l'archéologie de manière plus large. Sur les murs des salles d'égyptologie sont disposés douze tableaux copiant des peintures murales de tombes de Saqqarah. Ces tableaux avaient été commandés par Auguste Mariette pour l'Exposition universelle de Paris de 1878. Le musée est ouvert deux jours par semaine et un catalogue des objets est publié l'année de l'inauguration.