Toen in 1992 de oorlog in Bosnië uitbrak, was Abdić weer teruggekeerd naar Velika Kladuša om zijn zakelijke belangen te behartigen. Hij was van mening dat het niet zinvol was om te vechten tegen het machtige Joegoslavische Volksleger (Bosnië bezat op dat moment immers geen leger van betekenis), en maakte die mening ook kenbaar. In de regio Velika Kladuša was de wil van Abdić wet, en het was de wil van Abdić dat hulpkonvooien onbelemmerd het gebied door konden rijden. Dit werd door Bosnische moslims elders in het land gezien als verraad en als samenwerking met de Bosnische Serviërs. Ook de Bosnische Kroaten gingen twijfelen aan de politieke kleur van Abdić, omdat Servië juist gewelddadig had huisgehouden in de Krajina en daarom ook de Kroaten snel geneigd waren om hem van collaboratie te beschuldigen.