สมเด็จพระราชินีนาถมาเรียที่ 1 แห่งโปรตุเกส พระราชมารดาของเจ้าชายโจอาวเสด็จสวรรคตในวันที่ 20 มีนาคม พ.ศ. 2359 สิริพระชนมายุ 81 พรรษา พระสวามีจึงได้ครองราชย์สืบค่อในพระนาม พระเจ้าโจเอาที่ 6 แห่งโปรตุเกสและพระนางจึงได้เป็นสมเด็จพระราชินีแห่งโปรตุเกส เมื่อพระราชวงศ์โปรตุเกสได้เสด็จนิวัติโปรตุเกสในปีพ.ศ. 2364 หลังจากออกจากประเทศมานานถึง 14 ปี พระนางการ์โลตา โฆอากินาทรงพบกับประเทศซึ่งเปลี่ยนแปลงไปมากนับตั้งแต่ออกเดินทาง ในปีพ.ศ. 2350 โปรตุเกสยังคงอยู่ในการปกครองแบบสมบูรณาญาสิทธิราชย์อย่างมั่นคง กองทัพของนโปเลียนและทัศนะทางการเมืองได้ถูกควบคุมโดยกลุ่มคาดิซคอร์เตสในสเปนซึ่งได้นำแนวคิดการปฏิวัติมาสู่โปรตุเกส ในปีพ.ศ. 2363 เกิดการปฏิวัติเสรีนิยม พ.ศ. 2363ที่ตั้งต้นในโปร์ตู รัฐธรรมนูญโปรตุเกสคอร์เตสได้มีการบังคับใช้ และในปีพ.ศ. 2364 ได้นำมาซี่งรัฐธรรมนูญฉบับแรก สมเด็จพระราชินีทรงเป็นผู้นำในกลุ่มอนุรักษนิยมและทรงต้องการให้นักปฏิกิริยาฝ่ายขวาออกมาเคลื่อนไหว พระมหากษัตริย์ได้รับการปฏิญาณต่อรัฐธรรมนูญในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2365 ทรงยอมจำนนด้วยพระราชอำนาจที่หลากหลาย สมเด็จพระราชินีการ์โลตา โฆอากินาทรงปฏิเสธที่จะดำเนินการปฏิญาณตามพระราชสวามี และดังนั้นพระนางจึงถูกยึดพระราชอำนาจทางการเมืองและทรงถูกถอดถอนออกจากพระอิศริยยศ "สมเด็จพระราชินีแห่งโปรตุเกส" รัฐธรรมนูญในทางเสรีนิยมที่ซึ่งให้พระมหากษัตริย์ทรงถวายสัตย์ปฏิญาณได้มีผลบังคับใช้เพียงไม่กี่เดือน ไม่มีประชาชนหรือผู้ใดในโปรตุเกสสนับสนุนลัทธิเสรีนิยม และมีการเคลื่อนไหวเพื่อเรียกร้องสมบูรณาญาสิทธิ์มากขึ้น พระนางการ์โลตา โฆอากินาทรงสร้างสัมพันธภาพที่ดีกับพระราชโอรสองค์สุดท้อง เจ้าชายมีแกลแห่งโปรตุเกส ผู้ซึ่งทรงมีแนวคิดทางการเมืองแบบอนุรักษนิยมในแนวทางพระราชมารดา ทรงได้รับการสนับสนุนจากพระมารดา พระนางการ์โลตา โฆอากินา ให้ก่อการกบฏที่รู้จักในชื่อ วิลลาฟรานคาดา โดยมีความตั้งใจที่จะสถาปนาสมบูรณาญาสิทธิราชย์ พระเจ้าโจอาวทรงเปลี่ยนพระทัยเห็นมาสนับสนุนพระโอรสเพื่อหลีกเลี่ยงการถูกปลดออกจากราชบัลลังก์ ซึ่งเป็นความปรารถนาสูงสุดในกลุ่มของพระราชินี สมัยแห่งสมบูรณาญาสิทธิ์ได้มีการฟื้นฟู พระราชอำนาจและพระอิศริยยศของสมเด็จพระราชินีได้รับการฟื้นคืนอีกครั้ง