Маргус Хунт родился 14 июля 1987 года в деревне Каркси-Нуйа. В детстве он занимался лёгкой атлетикой. На юношеском чемпионате мира 2003 года Хунт занял восьмое место в соревнованиях по метанию молота. На юниорском чемпионате мира 2004 года финишировал шестым в соревнованиях по метанию диска. Его тренером был бронзовый призёр Олимпийских игр в Афинах Александр Таммерт. В 2006 году на чемпионате мира среди юниоров Хунт выиграл золотые медали в соревнованиях по метанию диска и толканию ядра, в обеих дисциплинах установив мировые рекорды в возрастной категории до 20 лет. В ноябре 2006 года на церемонии "World Athletics Gala" ему была вручена награда «Восходящая звезда ИААФ».