Pod wpływem islamskiej rewolucji irańskiej doszło w 1981 roku do nieudanej próby zamachu stanu przeprowadzonego przez szyicką organizację Islamski Front Wyzwolenia Bahrajnu finansowaną przez Korpus Strażników Rewolucji Islamskiej. Po nieudanym puczu Front kontynuował działalność poprzez sporadyczne zamachy na przedstawicieli władzy. W kwietniu 1985 roku wybuchł konflikt między Bahrajnem a Katarem o wyspę Faszt ad-Dibal stanowiącą terytorium sporne. Bahrajn poparł sankcje ONZ przeciwko Irakowi w związku z agresją na Kuwejt w sierpniu 1990 roku i zezwolił Stanom Zjednoczonym oraz Wielkiej Brytanii na ulokowanie na swoim terytorium sił powietrznych uczestniczących w latach 1990–1991 w wyzwalaniu Kuwejtu spod okupacji wojsk Saddama Husajna. W 1991 roku Bahrajn podpisał porozumienie z USA o współpracy w dziedzinie obrony. W 1994 roku wybuchło powstanie zbrojne trwające do 1999 roku i prowadzone przez opozycję zarówno islamistyczną, lewicową, jak i liberalną. Opór powstańców został co prawda stłumiony przez rząd, jednak władza poczyniła pewne demokratyczne ustępstwa. Po śmierci emira Isy ibn Salmana Al-Khalify w 1999 roku, nowym władcą został jego syn Hamad. W 2001 roku przeprowadzono powszechne referendum, w wyniku którego zatwierdzono nową konstytucję. Konstytucja ta ogłosiła Bahrajn królestwem. W tym samym roku Bahrajn wziął udział w amerykańskiej inwazji na Afganistan. Pierwsze wybory do nowego parlamentu odbyły w 2002 roku i zostały zbojkotowane przez islamistyczną opozycję. W 2003 roku Bahrajn potępił inwazję amerykańską na Irak i zaoferował tamtejszemu przywódcy Saddamowi Husajnowi schronienie na terenie Bahrajnu. Kolejne wybory odbyły się w 2006 roku.