Emerton ha sido internacional "aussie" en casi todos sus escalafones (sub-17, 20, 23 y absoluta) y ha disputado diversos torneos internacionales. El primero de relevancia lo disputó en los Juegos Olímpicos de Sídney 2000, lugar de nacimiento de Brett, y donde fue capitán de los "olyroos", la selección olímpica australiana. En 2001 fue incluido en la lista para disputar la Copa FIFA Confederaciones 2001 en Corea del Sur.