V období těsně před druhou světovou válkou proběhla řada potyček mezi Stráží obrany státu a oddíly sudetoněmeckých freikorps. Vyvrcholily 25. září 1938, kdy příslušníci sudetoněmecké strany vyhodili do vzduchu železniční trať na okraji města, a způsobili vykolejení vlaku. V té době již probíhala evakuace českých obyvatel a 5. října bylo město obsazeno jednotkami wehrmachtu. Válka znamenala omezení a postupnou likvidaci výroby. Měšťanská škola byla upravena na nemocnici a vyučování částečně probíhalo v budovách továren. Vejprské firmy trpěly špatnými dodávkami surovin, a nedokázaly konkurovat německému průmyslu, i když ve městě byly zřízeny dva zajatecké tábory, jejichž zajatci pracovali v továrnách. Do koncentračních táborů bylo z města odvezeno 57 mužů a čtyři ženy, z nichž pět zemřelo. Další obyvatelé však byli odvezeni do jiných táborů.