После распада Советского Союза Ганиев выступал за узбекскую национальную сборную. Так, в 1993 году он завоевал серебряную медаль на чемпионате Азии в Маниле, уступив здесь только своему соотечественнику Олегу Веретельникову, и с результатом в 7734 очка занял 15-е место на чемпионате мира в Штутгарте.