Jørgensen durchlief von der U-18 bis zur U-21 alle dänischen U-Nationalmannschaften. 2011 wurde er vom damaligen dänischen U-21-Nationaltrainer Keld Bordinggaard für den Kader zur U-21-Europameisterschaft 2011 nominiert. Er erzielte im zweiten Gruppenspiel gegen Weißrussland den 2:1-Siegtreffer.