Образование Автономной Республики Бадахшан произошло через три месяца после официального распада СССР — в апреле 1992 года. 11 апреля 1992 года Совет Народных Депутатов Горно-Бадахшанской автономной области в одностороннем порядке провозгласил ГБАО — Автономной Республикой Бадахшан, однако Верховный Совет Республики Таджикистан не признал решение СНД ГБАО. В разгар гражданской войны в 1993 году, парламент Автономной Республики Бадахшан решил объявить занятую территорию ГБАО независимой республикой от разделённой де-факто на несколько частей Республики Таджикистан, и начал добиваться вхождения в состав Российской Федерации. Позднее специалистами было признано, что Автономная Республика Бадахшан могла бы стать одной из горячих точек на постсоветском пространстве и одним из так называемых «замороженных конфликтов» типа Приднестровья, Абхазии, Южной Осетии, Нагорно-Карабахской Республики или Донбасса. Большинство жителей ГБАО сражались в основном на стороне Объединённой таджикской оппозиции (ОТО), в частности за Партию исламского возрождения Таджикистана (ПИВТ) и Демократической партии Таджикистана (ДПТ).