İkinci Dünya Savaşı sırasında müze çalışmayı bırakmadı. Şubat 1944'te Çeçenler ve İnguşlar sürgüne gönderildi. 1950'lerin ortalarına kadar müze, Grozni Bölgesel Tarih Müzesi adıyla müze çalışmaya devam etti. Fonlarında 3356 adet eser bulunmaktaydı.