Finalmente, los tres comandos independientes de los generales McDowell, John C. Frémont y Nathaniel P. Banks se combinaron en el Ejército de Virginia del general de división John Pope y McDowell dirigió el III Cuerpo de ese ejército. Debido a sus acciones en Cedar Mountain, McDowell fue finalmente nombrado General de División en el ejército regular; sin embargo, se le culpó por el desastre subsiguiente en la Segunda Batalla de Bull Run. McDowell también era ampliamente despreciado por sus propias tropas, que creían que estaba confabulado con el enemigo. Escapó de la culpabilidad testificando contra el General de División Fitz John Porter, a quien Pope juzgó en consejo de guerra por supuesta insubordinación en esa batalla. Pope y McDowell no se caían bien, pero McDowell toleraba servir bajo su mando con el pleno conocimiento de que él mismo seguiría siendo general una vez terminada la guerra, mientras que Pope volvería a tener el rango de coronel. A pesar de esta colaboración, McDowell no recibió nuevas asignaciones para los próximos dos años.