Nel primo campionato post-bellico torna in campo, questa volta a Marassi, la denominazione Sampierdarenese, giunto ultimo nel girone Alta Italia della Divisione Nazionale che sostituì per quella stagione la Serie A. A fine stagione, tuttavia, i continui problemi finanziari portarono i vertici della società a fondersi, il 12 agosto 1946, con la , un'altra squadra genovese, solida finanziariamente ma privata del titolo sportivo per partecipare alla Serie A per la stagione successiva. La FIGC, infatti, decise di considerare, per formare i quadri della stagione 1946-47, come ultimo campionato di serie A regolare quello del 1942-43, nel quale era presente il Liguria, da cui la Sampierdarenese ereditò il titolo sportivo, e non l'Andrea Doria che pertanto avrebbe dovuto prendere parte alla Serie B.