Pernelle de Troyes démissionne en 1344, jugeant ses fonctions incompatibles avec sa dévotion. Lui succède Jeanne de Meaux, abbesse jusqu'en 1355, année de disparition de Pernelle de Troyes, qui est béatifiée bientôt après. Pendant ses premières années, l'abbaye connaît une grande prospérité et réunit rapidement une fortune considérable. Elle en a besoin pour survivre aux épreuves qui commencent avec la défaite de Crécy contre les Anglais, le . Les Anglais pilent toute la région, et les Clarisses soignent les blessés à la maison des pères. En 1348, une épidémie de peste noire ravage la population, et la reine Jeanne (Jeanne de Bourgogne) s'investit beaucoup dans le soin des malades, si bien qu'elle s'infecte elle-même et succombe au mal le . Sur le plan financier, c'est la rançon exigée par les Anglais pour libérer le roi Jean II le Bon, capturé le , qui a les conséquences les plus graves pour l'abbaye du Moncel. Elle n'est pas contrainte de participer à la réunion de la somme des trois millions d'écus d'or, mais s'y sent obligée moralement en raison des faveurs de la maison royale dont elle a bénéficié. Ainsi, les religieuses se séparent de l'ensemble des pierres précieuses et autres richesses. En 1358, les bâtiments de l'abbaye sont de surcroît endommagés par la Grande Jacquerie, et l'argent pour la réparation fait défaut.