La morte di Pompeo non determinò la fine delle guerre civili visto che molteplici erano ancora i nemici di Cesare e che i seguaci di Pompeo continuarono la lotta anche dopo la morte del loro capo fazione. Nel 46 a.C. Cesare perse probabilmente almeno un terzo del suo esercito nella battaglia di Ruspina, in cui fu battuto da Tito Labieno, già al suo fianco come luogotenente in Gallia, ma transitato, molti anni addietro, nelle file dei pompeiani. Tuttavia Cesare, dopo aver toccato nuovamente il fondo, seppe ancora una volta risollevarsi e sconfiggere i pompeiani di Metello Scipione nella battaglia di Thapsus, costringendoli a retrocedere nuovamente in Iberia. Cesare sconfisse poi in Iberia le forze combinate di Tito Labieno e Pompeo il Giovane nella battaglia di Munda: Labieno morì in battaglia mentre Pompeo il Giovane fu catturato e mandato a morte.