Николай носи името на баща си, който за пръв път се появява в архивите като заможен търговец на мед, като го продава предимно в Данциг (днес Гданск). Той се премества от Краков в Торун около 1458 г. Торун, разположен на река Висла, по това време е въвлечен в Тринадесетгодишната война, в която Кралство Полша и Пруската конфедерация, съюз от пруски градове, дворянство и духовенство, се борят с Тевтонския орден за контрол над региона. В тази война ханзейските градове като Данциг и Торун, родният град на Николай Коперник, избират да подкрепят полския крал Кажимеж IV Ягелончик, който обещава да спазва традиционната независимост на градовете, която Тевтонският орден оспорва. Бащата на Николай е активно ангажиран с политиката на деня и подкрепя Полша и градовете срещу Тевтонския орден. През 1454 г. той посредничи в преговорите между полския кардинал Збигнев Олесницки и пруските градове за изплащане на военни заеми. По време на Втория Торунски мир (1466 г.) Тевтонският орден формално се отказва от всичките си претенции към западната провинция, която като Кралска Прусия остава регион на Короната на Кралство Полша до Първата (1772 г.) и Втората (1793 г.) подялби на Полша.