Un an et demi plus tard, les marais sont investis par l'Allemagne nazie, devenue ennemie de l'URSS, et comme leur topographie se prête parfaitement aux actions des partisans soviétiques, les groupes sont nombreux et la répression nazie féroce : de nombreux villages sont massacrés et incendiés. L'administration allemande envisagea de drainer les marais pour les de leurs et pour les repeupler par des colons allemands. Konrad Meyer fut chargé de ce projet, finalement abandonné par Hitler, à la fin de 1941, pour des raisons économiques. En revanche, l'Allemagne nazie trouva assez de ressources pour exterminer systématiquement les Juifs, les Einsatzgruppen sillonnant les marais pour les y débusquer et massacrer. En , les Juifs rassemblés dans le ghetto de Pinsk furent noyés par les Einsatzgruppen dans les marais. Lors du soulèvement du ghetto de Lakhva, un très grand nombre des Juifs s'enfuirent se cacher dans ces marais, où ils furent traqués par les nazis et où ils formèrent à leur tour des groupes de partisans juifs.