Στις 7 Οκτωβρίου 1571 ο Οθωμανικός στόλος αφενός και ο στόλος της χριστιανικής Ιερής Συμμαχίας αφετέρου, συγκρούστηκαν στον Πατραϊκό Κόλπο στην ναυμαχία της Ναυπάκτου. Οι Οθωμανοί ηττήθηκαν αλλά η Ιερή Συμμαχία δεν κατέλαβε την πόλη της Πάτρας. Τα νέα της Οθωμανικής ήττας έγιναν δεκτά με ενθουσιασμό στην Πάτρα αλλά μία εξέγερση που οργανώθηκε από πέντε δημογέροντες της πόλης και τον μητροπολίτη Παλαιών Πατρών Γερμανό Α’ (1561-1572) καταπνίγηκε και οι υποκινητές της εκτελέστηκαν. Η Βενετία κατέλαβε την Πάτρα το 1687 κατά τη διάρκεια του Μεγάλου Τουρκικού Πολέμου και την έκανε έδρα ενός από τα επτά φορολογικά διαμερίσματα στα οποία διαίρεσε τον Μοριά. Το 1714 έπεσε ξανά μαζί με τον υπόλοιπο Μοριά στα χέρια των Τούρκων.