Finalizada la contienda en 1939, se vio obligado a salir de nuevo para Francia. Intentó trasladarse a América Latina, donde se refugiaron la mayoría de sus amigos, pero su condición de liberal y las presiones de la España franquista impidieron que consiguiera el visado. Perseguido por la Francia de Vichy, se vio obligado a trasladarse de París al sur del país, donde vivió la mayor parte de la Segunda Guerra Mundial bajo arresto domiciliario. Además, fue apresado por la Gestapo y permaneció una semana detenido en condiciones pésimas en el Castillo de If, en Marsella. Aunque el régimen franquista instalado en España solicitó su extradición, esta no fue concedida, lo que probablemente le salvó la vida. Aun así, tanto él como los miembros de su gabinete en funciones de febrero de 1936 terminarían siendo víctimas de la represión de la dictadura franquista, siendo incluidos en el artículo 4(f) de la Ley de Responsabilidades Políticas de 9 de febrero de 1939; estos, por el mero hecho de «haber convocado las elecciones para Diputados a Cortes del año 1936, formado parte del Gobierno que las presidió o desempeñado altos cargos con el mismo», serían expedientados civilmente por las «responsabilidades» contraídas.