La stagione post-titolo non fu delle migliori, infatti Ebdon raggiunse solo tre semifinali come miglior risultato (UK Championship, European Open e Premier League). Al Campionato mondiale perse ai quarti contro Paul Hunter per 13-12, dopo aver battuto nei primi due turni Gerard Greene e Tony Drago. Tornò a vincere un torneo nel 2003-2004 conquistando l'Irish Masters contro Mark King in finale.