Nel giugno del 1992 venne affidata al magistrato Paolo Borsellino. Emanuela non aveva paura del nuovo incarico ricevuto, tanto da rassicurare i genitori, dopo la strage di Capaci, che non le sarebbe successo niente. Agente della scorta del magistrato Paolo Borsellino, cadde nell'adempimento del proprio dovere il 19 luglio 1992, vittima della Strage di via D'Amelio a Palermo; con lei persero la vita, oltre a Paolo Borsellino, i colleghi Walter Eddie Cosina, Agostino Catalano, Claudio Traina e Vincenzo Li Muli. Da anni sua sorella Maria Claudia tiene vivo il suo ricordo nelle scuole e anche grazie all'associazione contro le mafie Libera.