「ヨークタウン」の艦長はエリオット・バックマスター大佐（アナポリス1908年組）であり、第17任務部隊司令官フランク・J・フレッチャー少将（アナポリス1906年組）の旗艦でもあった。しかし、艦長のバックマスターと副長のクラークとの間は嫌悪しかなかった。1937年以降航空と関わり始めたバックマスターに対し、上述のようにクラークは早い段階からのパイロットであった。「ヨークタウン」の所属パイロットは、バックマスターの意見を無視してクラークの意見を重んじた。このような傾向は「ヨークタウン」に限らず、パイロットやパイロットあがりの士官はペンサコーラの飛行学校で航空を少々かじった程度の士官を「キーウィ」などと呼んで見下す傾向があった。航空出身者は、ジョン・ヘンリー・タワーズ（アナポリス1906年組）のような生粋のパイロットの純血種こそが、航空に関わる全ての事案を指揮すべきだとも考えていた。クラークはまた、フレッチャーともそりがあわなかった。フレッチャーは空襲計画をバックマスターに示してからクラークにまわしていたのだが、これもクラークにとっては気に入らなかった。クラークはとどめとしてフレッチャーとバックマスターを「消極的」として批判キャンペーンを繰り広げ、ついにはマスコミや海軍作戦部長兼合衆国艦隊司令長官アーネスト・キング大将（アナポリス1901年組）の前でも同じことをやった。バックマスターはその後表舞台に立つことはなく、フレッチャーも第二次ソロモン海戦を経て大戦後半からはアリューシャンで過ごさざるを得なかった。