În 1948, Partidul Comunist, care nu a fost niciodată capabil să obțină majoritatea voturilor, a preluat puterea în urma loviturii de stat din februarie. Secretarul general Slánský a devenit astfel al doilea cel mai puternic om din țară, după președintele Gottwald. Doi ani mai târziu, Gottwald a acuzat doi colaboratori apropiați ai lui Slánský, Otto Šling și Bedřich Reicin, de crime împotriva Partidului Comunist. Slánský a participat la epurarea lor, pentru că nu avea destulă influență în partid pentru a lupta împotriva acuzațiilor. Slánský a fost acuzat pentru problemele economice și industriale ale țării, pierzând asfel sprijinul popular. Cu toate acestea, el a primit Ordinul Socialismului, o decorație înaltă, pe 30 iulie 1951, iar o carte cu discursurile sale în sprijinul socialismului urma să fie publicată sub titlul "Spre victoria socialismului".