Charakteristická dvojice sedlových střech na čtyřpodlažní věži byla dostavěna až po požáru v roce 1455. Věž má pevnostní charakter a při ohrožení města sloužila obyvatelům jako refugium. V roce 1345 bylo patronátní právo ke kostelu svěřeno cisterciáckému klášteru, později benediktinským jeptiškám. Od roku 1557 kostel sloužil novoměstským evangelíkům, v letech 1667–1833 jej opět převzaly do své správy benediktinky. V roce 1724 začaly v okolí kostela náboženské nepokoje mezi katolíky a evangelíky, později nazvané "Toruňský tumult". Nyní zrekonstruovaná budova bývalého kláštera se nachází na jižní straně od kostela, se kterým byla kdysi spojena širokou chodbou. 13. února 1950 zde byl pohřben biskup Adolf Piotr Szelążek. V červenci 2006 byl kostel připojen k polské trase Svatojakubské cesty, která vede do Toruně od kostela sv. Jakuba v Olštýně.