Toljan nahm mit der U17 des DFB an der EM 2012 in Slowenien teil und erreichte dort das Finale gegen die Niederlande. Anschließend bestritt er mehrere Länderspiele in der U19. Von 2013 bis 2014 war für die U20 aktiv. Am 26. Mai 2015 wurde er von Bundestrainer Horst Hrubesch in den vorläufigen Kader der deutschen U21-Auswahl für die Europameisterschaft 2015 in Tschechien berufen. Sein erstes Länderspieltor war der Siegtreffer zum 1:0 im Spiel gegen die türkische Auswahl am 10. November 2016 in Berlin.