Emerse più di tutti Frentzen il quale, in una stagione che vide gli equilibri al vertice rivoluzionati dal grave incidente che estromise il ferrarista Michael Schumacher, colse due vittorie nei Gran Premi di Francia e d'Italia, oltre ad altri quattro piazzamenti a podio; il tedesco rimase in lotta per il titolo fino alla terz'ultima gara del campionato, il rocambolesco Gran Premio d'Europa dove, dopo avere conquistato la pole position, fu costretto al ritiro al 32º giro mentre occupava la prima posizione. Stagione totalmente diversa per il compagno di squadra Hill, autore nel 1998 della prima vittoria del team, ma che al contrario in tutto il 1999 non andò oltre sette punti. A fine anno la Jordan fu terza nel campionato costruttori con 61 punti, suo miglior risultato di sempre. Tuttavia, proprio da questa grande annata cominciò la parabola discendente del team.