После отставки Мельников получил должность, гораздо более соответствующую его способностям и интересам. 8 апреля 1847 года он был официально назначен чиновником особых поручений при нижегородском военном губернаторе с сохранением должности в газете. В 1847 году в редакции было уже 19 сотрудников, там публиковал свои сочинения В. А. Соллогуб; М. В. Авдеев разместил свой первый фельетон именно в «Нижегородских ведомостях». В должности чиновника особых поручений Мельников пробыл три года и согласно формулярному списку исполнил 87 поручений, большей частью — секретных. Первое же дело было масштабным и чрезвычайно сложным. В 1847 году из-за чрезвычайного неурожая в Европе, особенно в Ирландии, резко возросли поставки хлеба из России, что привело к перегрузке водных путей сообщения. Летом в Астрахани были отмечены случаи холеры, Мельникову было поручено любой ценой не допустить её появления на Нижегородской ярмарке. Пришло Высочайшее повеление осматривать всех людей и все суда, идущие вверх по Волге, и при этом производить досмотр скрытно, чтобы не создавать паники. В послужном списке Мельникова было указано, что с 1 августа по 15 сентября 1847 года он лично досмотрел 2500 судов, «шедших из низовых губерний через Нижний Новгород, не подав повода заключить о цели осмотра». Полтора месяца Мельников прожил на Печерской брандвахте (пожарный пост у Вознесенского Печерского монастыря) с бурлаками. В автобиографии он упоминал, что этот опыт позволил ему в совершенстве усвоить черты говора и быта бурлаков, готовя материал для будущих произведений.