На протяжении двух веков губернаторы имели юрисдикцию над всеми португальскими владениями в бассейне Индийского океана; лишь в 1752 году Мозамбик получил собственного губернатора, а в 1844 году Португальская Индия перестала включать Макао, Солор и Тимор, сведясь таким образом к владениям на Малабарском побережье: Гоа, Даман, Диу, а также Дадра и Нагар Хавели. Последние были утрачены в 1954 году, а первые три пункта — в 1961 году, когда они были заняты индийскими войсками (хотя Португалия признала этот переход лишь после «Революции гвоздик», в 1975). Таким образом через четыре с половиной столетия закончило своё существование государство Португальская Индия.