Свою тренерскую карьеру начал в 1988 году как ассистент Бебето. В 1994 году возглавил женскую сборную Бразилии. Под его руководством она выиграла ряд волейбольных турниров и завоевала бронзовые медали на Олимпиадах 1996 и 2000 годов. В 2001 году Бернардиньо занял пост главного тренера мужской волейбольной сборной Бразилии и на следующий год привёл её к победе в Чемпионате мира, а через три года — на Летней Олимпиаде в Афинах. На последующих Олимпиадах сборная под его руководством дважды завоёвывала серебряные медали.