У 6. веку п. н. е. Милет је постао империја са неколико колонија. Био је центар током Јонског устанка (499. п. н. е. — 494. п. н. е.). Након јонског устанка Милет је 494. п. н. е., пале Персијанци. Године 479. п. н. е. поново прелази у грчке руке.