Začátkem 18. století za Války o dědictví španělské utrpělo město a provincie Guadalajara citelné škody. Roku 1719 byla založena královská textilní manufaktura v Guadalajaře, která přitáhla dělníky nejen z celého Španělska, ale i z ciziny, zvláště z Nizozemí. Manufaktura prosperovala až do začátku 19. století – zavřena byla v důsledku Španělské války za nezávislost. Tehdy francouzská vojska způsobila značné škody venkovským městům, zvláště ve městě Molina, kde bylo vypáleno přes 600 domů. Po osvobození města Guadalajara roku 1813 bylo město zdevastované a zbídačené. Podmínky se zlepšily až ve 40. letech, kdy byla zřízena Akademie vojenského stavebnictví v bývalé textilní továrně. Další vojenská zařízení následovala a vyvrcholilo to na konci století zřízením leteckého pluku (!).