Служио је као начелник Генералштаба Прве армије СРЈ 1993. и 1994. године. Између 1994. и 1996. године био је командант Прве армије. Заменик начелника Генералштаба ВЈ постао је 1996. године. Слободан Милошевић је 26. новембра 1998. године поставио Ојданића за начелника Генералштаба ВЈ, сменивши генерала Момчила Перишића. Ојданић је био начелник генералштаба током НАТО бомбардовања Југославије (март — јун 1999). Током рата унапређен је у чин генерала армије и одликован је Орденом слободе.