Ritarikunnan ja kaupunkilaisten välit kiristyivät 1400-luvulla, jolloin eri väestöryhmien suhteet yleensäkin kiristyivät. Puolan ja ritarikunnan välillä oli useita yhteenottoja, esimerkiksi Tannenbergin taistelu (1410). Toruńissa jännite huipentui vuoden 1454 kapinaan, jossa ritarikunnan linna hävitettiin asumiskelvottomaksi. Vihdoin 1400-luvun loppupuolella Puolan kuninkaat karkottivat saksalaisjoukot alueeltaan.