ואולם גם אוניות אלו ירדו מגדולתן תוך שנים ספורות בעקבות הופעת אוניות קרב מחופות בשריון בשנות ה-60 של המאה, כמו "לה-גלואר" (La Gloire) הצרפתית בהדחק של 5,700 טון, אשר עד מהרה קיבלה תשובה בריטית הולמת בדמות ה"ווריור" (HMS Warrior) בת ה-9,400 טון. בשנת 1862 נפלה אחת מחמש פריגטות הקיטור האמריקאיות הגדולות, הפריגטה מרימק, לידי צי הקונפדרציה של מדינות הדרום, שציפה אותה בשריון של לוחות ברזל ושלח אותה לקרב המפטון רודס בשם החדש "וירג'יניה". בגלל סיפון התותחים היחיד שלהן, אוניות אלו אף הן הוגדרו בתחילה "פריגטות", למרות היותן גדולות ורבות-עוצמה יותר מכל אנית מלחמה אחרת בת-תקופתן. כדי להבדילן מפריגטות גרידא הן כונו לעיתים "פריגטות משוריינות" (ironclad frigate או armoured frigate), אך נראה כי המפקדים והמלחים של אוניות אלו לא הסכימו להסתפק בכך, ולבסוף נאלצו הציים בני התקופה לשנות לחלוטין את כל שיטת המונחים והדרוג של אוניות מלחמה. מכל מקום, גם הפריגטות המשוריינות הוחלפו תוך מספר שנים באוניות חסרות מפרשים חמושות בצריחי תותחים מסתובבים, והמונח "פריגטה" יצא משימוש עד מלחמת העולם השנייה.