Er beteiligte sich an den Kämpfen am Main und Mittelrhein mit Frankreich 1793, 1794, 1795 und 1796 (Schlacht bei Neuwied). Nachdem das Großherzogtum Hessen am 14. August 1806 dem Rheinbund beitrat, war er 1806 auf französischer Seite gegen Preußen mit seinem Bataillon an der Schlacht bei Jena und 1807 an den Gefechten und der anschließenden Belagerung von Graudenz beteiligt. 1809 kämpfte das Bataillon auf französischer Seite gegen Österreich und er war an der Schlacht bei Wagram beteiligt. Während dieser Kämpfe wurde ihm mit einer Kanonenkugel sein Pferd unter dem Leib weggeschossen, so dass er zu Fuß an der Spitze der Schützen und unterstützt von der 3. Grenadierkompanie des 45. französischen Linien-Infanterie-Regiments in das Dorf eindrangen und es vorübergehend eroberten. Aufgrund der feindlichen Übermacht der ungarischen Grenadiere mussten Bouchenröder jedoch kurz darauf wieder weichen. Einige Tage darauf war er auch an der Schlacht bei Znaim in die Kämpfe verwickelt. Dafür wurde er mit dem Kreuz der Ehrenlegion ausgezeichnet.