Les attentats terroristes se sont multipliés dans le pays à partir de 2006 et sont l'œuvre de groupes islamistes proches des talibans revendiquant l'application de la charia. Les plus actifs sont le "Tehrik-e-Taliban Pakistan", dont le fief se situe au Waziristan et le "Tehrik-e-Nifaz-e-Shariat-e-Mohammadi" qui a sévi dans le Swat. La stratégie du gouvernement a plusieurs fois changé, entre tentatives de paix et reprises des offensives. Immédiatement après le début du conflit en 2004, des accords de paix ont été signés, puis les hostilités reprennent avec l'assaut de la Mosquée rouge en 2007. Alors que l'insurrection islamiste continue de prendre de l'ampleur, des tentatives de trêve ont lieu début 2009, puis le gouvernement lance plusieurs offensives majeures. La vallée de Swat est reprise par l'armée en , avant la multiplication des opérations militaires dans les régions tribales entre 2009 et 2016, date à laquelle le conflit baisse en intensité.