Zur &lt;a href="IBU-Cup%202008/09"&gt;Saison 2008/09&lt;/a&gt; debütierte Wierer im IBU-Cup. Ihre ersten Rennen bestritt sie in Obertilliach und gewann als 34. eines Einzels und 21. eines Sprints sogleich erste Punkte. Daran schloss sich in Oberhof 2009 das erste Rennen im Biathlon-Weltcup an. Mit Rang 69 im Sprint erreichte sie im ersten Rennen ihr lange Zeit bestes Einzelresultat, das Bestand bis zum ersten Gewinn von Weltcuppunkten hatte. Im weiteren Saisonverlauf konnte sie ihre Bestleistung im IBU-Cup bis zu einem elften Platz in einem Verfolgungsrennen in Martell verbessern. In Canmore trat Wierer erneut erfolgreich bei der Jugend-WM an und gewann den Titel in der Verfolgung, nachdem sie als Viertplatzierte im Sprint noch knapp eine Medaille verpasste. Mit Nicole Gontier und Runggaldier gewann sie zudem erneut die Bronzemedaille im Staffelrennen. Im Einzel kam sie auf Platz sieben.