En 2004, Wilkinson est blessé à l'épaule et ne peut participer avec l'équipe nationale ni au Tournoi des Six Nations, ni à la tournée en Australie et en Nouvelle-Zélande. Il assiste aussi en spectateur à la finale de la Coupe d'Angleterre gagnée par son club Newcastle face à Sale, l'équipe de Charlie Hodgson. Bien que nommé capitaine de l'équipe d'Angleterre le en remplacement de Lawrence Dallaglio, fraîchement retraité, il ne participe pas aux matchs internationaux de l'automne 2004 en raison d'un hématome au bras droit. Jason Robinson et Martin Corry le remplacent comme capitaine. Il se blesse à un ligament du genou en janvier 2005 lors d'un match disputé avec son club de Newcastle en Coupe d'Europe contre Perpignan et ne peut donc pas participer aux premiers matchs du Tournoi des Six Nations 2005. Lors de son match de reprise le , il se blesse à nouveau.