A los doce años de edad conoció a Jean-Baptiste Joseph Fourier, que había sido nombrado prefecto del departamento de Isère a principios de 1802, poco después de haber regresado de la expedición de Napoleón a Egipto. Fourier, que había trabajado en el Instituto de Egipto en El Cairo y estaba encargado de redactar el prefacio a la monumental "Descripción de Egipto" ("Description de l'Égypte"), se encontró con Champollion en una de sus visitas de inspección a las escuelas e, impresionado por su interés en Egipto, lo invitó a la prefectura para que viera su colección de antigüedades. Después de contemplar los hasta ese momento incomprensibles jeroglíficos salió de allí no solo decidido a intentar descifrarlos sino convencido de que lo conseguiría.