ナチス・ドイツがオーストリアを併合（アンシュルス）した翌年の1939年1月9日、ヨハン3世はベルリンにおいて72歳で死去した。ヨハン3世の死をもって、祖父ヨハン1世のデビュー以来120年にわたって連綿と続いてきたシュトラウス一家の伝統が途絶えた。ちなみに、有名なウィーンフィル・ニューイヤーコンサートの歴史が始まったのは、偶然にもこの1939年の大晦日のことであった。