До средата на 1990 г. обстановката е изострена значително, а кулминацията на напрежението настъпва с безредиците в град Ош, при които по официални данни загиват 300 души, а по неофициални – в пъти повече. В същото време в страната се провеждат неуспешни президентски избори – нито един от кандидатите не успява да спечели достатъчно гласове. Така Върховният съвет взема решение да постави на президентския пост Аскар Акаев, физик от Киргизката академия на науките. На 30 август 1991 г. Акаев обявява Киргизстан за независима република. През октомври същата година се провеждат нови президентски избори, на които Акаев няма опоненти и печели с 95% от гласовете.