Всю свою игровую карьеру Ширер провёл в английской Премьер-лиге. Первым его профессиональным клубом стал «Саутгемптон». В 1992 году перешёл в «Блэкберн Роверс», где стал одним из самых результативных бомбардиров в Европе. В составе этой команды Алан стал чемпионом Англии, а также два раза получил «Золотую бутсу» английской Премьер-лиги. В 1994 году он стал лучшим футболистом года по версии АФЖ, а в 1995 году лучшим игроком года по версии футболистов ПФА. Летом 1996 года за, на тот момент, рекордную сумму в 15 миллионов фунтов стерлингов Ширер присоединился к клубу из своего родного города — «Ньюкасл Юнайтед». В том же году он занял третье место в голосовании на награды «Золотой мяч» и «Игрок года ФИФА». В составе «Ньюкасла» Алан принял участие в финале Кубка Англии 1998 и 1999 года, а также стал лучшим бомбардиром этого клуба за всю историю. В конце &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%90%D0%BD%D0%B3%D0%BB%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%202005/2006"&gt;сезона 2005/06 года&lt;/a&gt; завершил футбольную карьеру.