След освобождението на България през 1878 г. и последвалия Берлински конгрес от 1879 г. Дупница попада в границите на Княжество България. В града се съсредоточават множество българи-бежанци от Македония, през 1895 г. се създава Македонското дружество „Единство“, а Гоце Делчев създава граничен пункт на ВМОРО. През 1902 г. 600 жени и деца бягат в града от Македония заради нападения от турската армия.