Після неоднозначного в індивідуальному плані минулого сезону, еквадорець вирішив повернути собі більш звичний номер «25». Новий сезон він розпочав, вийшовши на заміну у матчі за Суперкубок Англії, де МЮ із рахунком 2:0 переграв колишній клуб Валенсії — «Віган Атлетік». 17 вересня 2013 Валенсія забив гол і віддав результативну передачу у переможній грі Ліги чемпіонів проти «Баєра». 19 березня 2014 під час гри однієї восьмої Ліги чемпіонів з грецьким «Олімпіакоса», в якому МЮ потрібна була лише перемога із різницею у два або більше голи, вже на початку зустрічі отримав ушкодження обличчя в результаті зіткнення із Хоелем Кемпбеллом. Незважаючи на пошкодження, півзахисник продовжив гру, провівши на поле майже увесь матч, а МЮ переміг 3:0 і пройшов до наступного раунду. Але в цілому сезон 2013—2014 для нього і його команди вийшов невдалим. Під керівнцитвом Девіда Моєса «червоні» фінішували на рекордно низькому сьомому місці, а сам Валенсія зробив лише шість результативних дій у матчах Прем'єр-ліги. Незважаючи на це, влітку 2014 він підписав новий трирічний контракт із Юнайтед з опцією подовження ще на один рік.