Seine Profikarriere begann Mavrokefalidis 2001 bei PAOK Thessaloniki, bei denen er für fünf Jahre unter Vertrag stand. 2006 wurde er im Rahmen der NBA-Drafts von den Minnesota Timberwolves an 57. Stelle ausgewählt. Nach Stationen in Italien, wo er mit Virtus Roma erstmals in der ULEB Euroleague spielte, und Spanien (Valencia BC) wechselte er 2007 zu Olympiakos Piräus, wo er mit Ausnahme der Saison 2008/2009 bis 2011 unter Vertrag stand. Mit Piräus erreichte Mavrokefalidis stets die Vize-Meisterschaft und konnte 2010 und 2011 den griechischen Pokalwettbewerb gewinnen. Zwischen 2011 und 2013 stand er beim russischen Verein Spartak Sankt Petersburg unter Vertrag, mit dem er im ULEB Eurocup spielte. Zwischen 2013 und 2015 spielte Mavrokefalidis beim griechischen Verein Panathinaikos Athen. Mit diesem gewann er neben einer Meisterschaft auch zwei Mal den griechischen Pokal. Innerhalb Athens wechselte er dann zur &lt;a href="ESAKE%20A1%20Ethniki%202015/16"&gt;Saison 2015/16&lt;/a&gt; zum AEK, mit denen er auch wieder am Eurocup teilnahm. Bei der Partie gegen Krasny Oktjabr Wolgograd am 14. Oktober 2015, die der AEK mit 94:96 verloren hatte, lieferte Mavrokefalidis mit 42 Punkten Karrierebestwert auf internationalem Parkett. Die Hauptrunde der Basket League hatte der Center mit 377 Punkten als Top Scorer der Liga abgeschlossen. Über die ganze Saison kam er bei 32 eingesetzten Spielen auf 13,94 Punkte und 6,44 Rebounds je Spiel.