Satama ja kaupunki joutuivat hyökkäysten kohteeksi Irakin–Iranin sodan aikana 1980–1988. Iran miehitti suuren osan Fawin niemimaasta vuonna 1986, mutta Irak ei menettänyt itse Umm Qasrin hallintaa. Myöhemmin kaupunki oli Irakin ja Kuwaitin välisten jännitteiden taustatekijä. Molemmat maat pitivät kaupungin merelle johtavaa salmea ja lähistön kahta saarta ominaan. Syttyneen Persianlahden sodan aikana Umm Qasria pommitettiin voimakkaasti. Sodan jälkeen Kuwait sai salmen hallintaansa, vaikkakaan Saddam Husseinin hallinto ei tätä tunnustanut. Vuosien 1992 ja 2003 välillä Umm Qasrin satamaa kehitettiin edelleen ja suuri osa Irakin meren kautta kulkevasta kauppaliikenteestä ohjattiin kulkemaan sen kautta. Toimenpiteet olivat rankaisukeino Basran kaupunkia vastaan, jossa oli ollut hallinnon vastaisia kapinoita. Irakin sodassa kaupungin valtasivat odotettua kiivaamman vastarinnan jälkeen amerikkalaiset, sekä brittien ja puolalaisten joukot 25. maaliskuuta 2003.