Střely V-1 byly odpalovány ze severní Francie a Holandska, ale z 2 000 odpálených ks se nad Londýn dostalo jen 50%, přičemž 661 z nich bylo sestřeleno. Úloha nést střely V-1 byla přidělena He 111 H-21 a H-22 poté, co spojenecká vojska dobyla odpalovací zařízení v Nizozemsku. Podmínky za nichž operovaly He 111 koncem roku 1944 se velmi lišily od tzv. "Blitzu" z let 1940-41. Noční stíhačky RAF nesly radar "AI Mk IV", operující v metrických vlnových délkách, který spolu s vysokým výkonem stíhaček De Havilland Mosquito způsobil, že se posádky německých bombardérů při svých letech musely držet nad Severním mořem až do Anglie nízko nad hladinou moře, aby se vyhnuly časné detekci. Při letech v malých výškách hrozilo riziko nárazu s převalujícími se vlnami, a tak na zajištění minimální šance na přežití posádky nosily těžké potápěčské obleky a nesfouknutelné plovací vesty, což dělalo průměrný let trvající 3 - 5 hodin velmi nepohodlným. Nálety většinou začínaly nad radiomajákem nad městem Dan Helder v Nizozemsku. Po dosažení odpalovacího bodu pilot vystoupal do výšky 500 m , vypustil svůj náklad a následně klesl na nízkou letovou hladinu. Zpáteční cesta byla stejně nebezpečná. Jednotky stíhaček Mosquito operovaly nad Nizozemskem a útočily na přistávající He 111. Koncem roku 1944 a začátkem 1945 byly He 111 opět používané v roli dopravního stroje. Mezi říjnem a listopadem 1944 pomáhaly evakuovat německé síly z Řecka a Jugoslávie. Jednotky vybavené letadly He 111 také evakuovaly lidi a vybavení z Budapešti během jejího obléhání, přičemž Kampfgeschwader 4 útočila na sovětské předmostí a shazovala do Dunaje miny ve snaze zabránit Rudé armádě překročit řeku. Zbývající He 111 byly z maďarské fronty staženy, po tom, co obléhání v únoru 1945 skončilo. Jejich úkolem poté, co se Sověti blížili k Berlínu , bylo ničení mostů přes Odru .