В условиях гражданской войны в Таджикистане указом Президента РФ от 9 сентября 1992 года «О переходе под юрисдикцию России воинских формирований, находящихся на территории Таджикистана» и приказом Министра обороны РФ от 22 сентября 1992 года части 201-й мсд в полном составе были включены в состав ВС РФ.