Khu vực này được nhập vào Đế quốc Ba Tư, và sau đó sụp đổ với cuộc chinh phục của người Hồi giáo vào thế kỷ thứ VII, biến phần lớn dân số thành tín đồ Hồi giáo. Sau sự kế nhiệm của các vua địa phương nhà Khwarezm-Shah trong thế kỷ XI, vùng này đã thất thủ trước cuộc xâm lược của Mông Cổ vào thế kỷ XIII. Thành phố Shahrisabz là nơi sinh của Thiếp Mộc Nhi, người trong thế kỷ XIV thành lập nhà Timur và tự tuyên bố là Đế Chế Tối cao Turan. Vùng này sau đó bị quân Uzbek Shaybanid chinh phục trong thế kỷ XVI, di chuyển trung tâm quyền lực từ Samarkand tới Bukhara. Khu vực này được chia thành ba nhà nước: Hãn quốc Khiva, Hãn quốc Kokand, và Tiểu Vương quốc Bukhara.