Vuosina 1945–1949 hän palveli kansalliskaartin pataljoonissa, 3. kreikkalaisessa vuoristoprikaatissa (”Rímini-prikaati”) ja Makrónisoksen kommunistivankien internointileirille sijoitetussa erikoispataljoonassa. Ioannídis siis osallistui Kreikan sisällissotaan (1946–1949) hallituksen joukkojen riveissä. Vuosina 1950–1959 hän palveli useissa eri joukko-osastoissa. Vuosina 1959–1961 hän palveli maavoimien pääesikunnassa ja vuonna 1963 hänet lähetettiin Kyprokselle. Vuonna 1966 hänestä tehtiin sotilasakatemian eli kadettikoulun johtaja.