Depois que uma série de incidentes de fronteira, na primavera e no início do verão de 1939, se transformou nas Batalhas de Halhin Gol, no dia 5 de julho Stern recebeu o comando de um "grupo da frente", que coordenaria todas as forças soviéticas no Extremo Oriente. O grupo da frente supervisionou o 57º Corpo de Fuzileiros Especiais lutando em Halhin Gol, mas em 19 de julho o corpo foi convertido no 1º Grupo Soviético do Exército Mongol e recebeu independência operacional do comando de Stern, para que o futuro comandante da Segunda Guerra Mundial, Gueorgui Júkov, pudesse agir sem interferência de Stern e com ordens diretas do Estado Maior soviético. De acordo com o historiador militar britânico Geoffrey Roberts, Stern desempenhou um papel central no planejamento do contra-ataque soviético em agosto, mas Júkov era seu principal organizador e executor. Stern recebeu o título de Herói da União Soviética em 29 de agosto de 1939, por sua "coragem e bravura no desempenho de deveres militares" em Halhin Gol.