Un año después sirvió en la unidad de reconocimiento blindado de la OTAN desplegada en Kosovo. Inicialmente fue asignado al reconocimiento de la frontera de Macedonia y Yugoslavia, operando más allá de la línea de frente en la orientación de las tropas y en la ubicación de los objetivos serbios para la campaña de bombardeo de la OTAN. Dirigió el primer escuadrón militar que entró en Pristina, y fue el primer oficial británico en entrar en la capital de Kosovo. Su unidad recibió la misión de proteger el aeropuerto de Pristina para el avance seguro de los 30.000 efectivos de paz; sin embargo, antes de que su unidad llegase al objetivo, el aeropuerto fue ocupado por el Ejército ruso. Fue uno de los primeros oficiales en dicho escenario y participó en aquel serio incidente internacional. Hubo momentos menos tensos durante su misión en Kosovo, donde tuvo la oportunidad de tocar su guitarra, que había llevado consigo al conflicto atada con una correa en la parte exterior de su tanque. En algunos lugares las fuerzas de paz compartieron sus comidas con gente hospitalaria de los alrededores, y donde generalmente Blunt interpretaba su música. Durante su servicio militar compuso la canción «No Bravery».