Nach drei gleichnamigen Vorgängergründungen bei Nochistlán, Tonalá und Tlacotán wurde die heutige Stadt Guadalajara im Jahr 1542 von Cristóbal de Oñate unter dem Namen "Espíritu Santo" von den Spaniern erneut gegründet; von 1560 bis 1823 war sie die Hauptstadt der Provinz Neu-Galicien. In dieser Zeit erlebte sie ein rasches Wachstum. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts spielte Guadalajara eine wichtige Rolle im mexikanischen Unabhängigkeitskampf (1810–1821). In den Jahren 1818 und 1875 wurde die Stadt von starken Erdbeben teilweise zerstört, aber immer wieder aufgebaut.