1861年10月19日に大佐に任官され、ケンタッキー州ボーリンググリーンでサイモン・B・バックナー准将の下に就いた。ヘルムとケンタッキー第1連隊は南に向かうよう命令を受けた。1862年3月14日には准将に昇進し、その3週間後にはジョン・ブレッキンリッジ少将師団でケンタッキー第3旅団を立ち上げる任務を与えられた。シャイローの戦いではその旅団を使って南軍の側面を守った。1862年にはまた、ミシシッピ州ヤズーシティで建造中のアメリカ連合国海軍装甲艦CSS"アーカンソー"の保護のために派遣された。1863年1月、ブレッキンリッジの下で仕えながら、ケンタッキー第1旅団、通称「孤児旅団」の指揮を任された。ヘルムの旅団はテネシー軍に割り付けられ、1863年にはタラホーマ方面作戦とチカマウガ方面作戦に参戦した。1863年晩春、ブレッキンリッジはヘルムに、ミシシッピ州ヴィックスバーグに行って、北軍による包囲を破るためのジョセフ・ジョンストン将軍の作戦に参加するよう命じられた。ヘルムはその任務を自分の経歴の中で「最も不快で骨の折れる作戦」だと言った。