Παρέμεινε στο Κοσσυφοπέδιο κατά τη διάρκεια του πολέμου και διέφυγε από την αρχική εκκαθάριση διακεκριμένων Αλβανών του Κοσσυφοπεδίου από την Πρίστινα, που πραγματοποιήθηκε από σερβικές δυνάμεις. Το ΝΑΤΟ ανακοίνωσε κατά λάθος τον θάνατό του λίγες μέρες μετά την έναρξη του βομβαρδισμού του ΝΑΤΟ στη Γιουγκοσλαβία, αλλά παρέμεινε κρυμμένος σε ασφαλή σπίτια στην πόλη για πέντε εβδομάδες, χρησιμοποιώντας τον χρόνο, για να αρχίσει να γράφει ένα βιβλίο. Προσπάθησε να δραπετεύσει στην πΓΔΜ με τρένο, αλλά γύρισε πίσω στα σύνορα. Καθώς το τρένο ξεκίνησε πίσω στην Πρίστινα, ο Αγκάνι απομακρύνθηκε από τη μεταφορά από την αστυνομία. Το σώμα του βρέθηκε κοντά στο χωριό Lipjan αρκετές ημέρες αργότερα. Αν και τα σερβικά μέσα ενημέρωσης κατηγόρησαν τον θάνατό του στον Απελευθερωτικό Στρατό του Κοσσυφοπεδίου (KLA), η δολοφονία αποδόθηκε από την οικογένειά του, το KLA και τους δυτικούς πολιτικούς στις δυνάμεις ασφαλείας της Γιουγκοσλαβίας. Το Ομοσπονδιακό Γραφείο Εξωτερικών της Γερμανίας δημοσίευσε μια δήλωση, όπου ανέφεραν ότι η υπόθεση του Αγκάνι θα επιλυθεί από το ICTY, αλλά μέχρι σήμερα κανείς δεν έχει κατηγορηθεί για τη δολοφονία της Αγκάνι.