Das Moldauhochwasser von 2002 zerstörte den Großteil der Bibliothek. Geschätzte 70.000 Bücher sowie Archivalien waren verloren. Heute arbeiten circa 100 Wissenschaftler, davon 50 Archäologen, in den fünf wissenschaftlichen Abteilungen des Instituts unter der Leitung des Direktors Luboš Jiráň.