W reprezentacji Słowenii Rudonja zadebiutował 8 lutego 1994 roku w zwycięskim 1:0 spotkaniu przeciwko Gruzji. W 2000 roku Srečko Katanec powołał go na mistrzostwa Europy. Na turnieju tym Słoweńcy zajęli ostatnie miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju. Na Euro Mladen wystąpił w każdym z 3 spotkań w pełnym wymiarze czasowym. W 2 pierwszych meczach tworzył duet napastników z Sašo Udovičem, a w ostatnim pojedynku z Erminem Šiljakiem.