Aileu war bereits im Bürgerkrieg in Osttimor 1975 eine Hochburg der FRETILIN. Hierher zog sich auch die Führung nach der indonesischen Invasion von Dili zurük, bis auch Aileu am 31. Dezember 1975 von den Indonesiern überrannt wurde. Zuvor hatte die FRETILIN in Aileu etwa 22 Gefangene aus dem Bürgerkrieg exekutiert.