Butrotum je ostal oporišče Bizantinskega cesarstva v obrambi pred Normani iz južne Italije do četrte križarske vojne leta 1204, po kateri je Bizantinsko cesarstvo razpadlo. Butrotum je pripadel Epirskemu despotatu. V naslednjih stoletjih je bilo to področje predmet spora med Bizantinci, Anžuvinci iz južne Italije in Benečani.