«Національне питання» переслідувало Амет-Хана і після нагородження Сталінською премією. Переймаючись долею свого народу, Амет-Хан Султан неодноразово і безрезультатно звертався з проханням про повернення кримських татар на батьківщину до Анастаса Мікояна, Климента Ворошилова та інших керівників СРСР. У 1956 році після 20-го з'їзду КПРС він разом з групою колишніх партійних і радянських працівників Кримської АРСР підписав лист до ЦК КПУ з проханням про реабілітацію кримських татар. За порушення табу на кримськотатарське питання його не пустили до Франції, куди він був запрошений на ювілей полку «Нормандія-Німан». За словами провідного інженера ДКБ Мікояна, заслуженого льотчика-випробувача , формальним приводом для заборони була участь Амет-Хана Султана у випробуваннях секретного винищувача Су-9, але всі знали справжню причину того, що сталося: Амет-Хану неодноразово нагадували — якщо він «стане дагестанцем», всі його проблеми відпадуть.