JMWAVE przeszedł pierwszą poważną rozbudowę, kiedy został centrum operacyjnym „Task Force W”, sekcji CIA oddelegowanej do operacji „Mongoose” – inicjatywy USA zmierzającej do obalenia komunistycznego rządu prezydenta Fidela Castro na Kubie. JMWAVE również aktywnie uczestniczyła w sponsorowanej przez rząd USA nieudanej inwazji w Zatoce Świń w kwietniu 1961. Początkową siedzibą JMWAVE była Coral Gables.