В начале войны в той же должности. В августе 1941 года капитан Набоков назначен командиром 452-го дальнебомбардировочного авиаполка ВВС ЗакВО. В период с 25 по 31 августа полк выполнял боевые задачи по обеспечению ввода в Иран группировки советских войск. В начале октября полк был передислоцирован на Северо-Западный фронт. Действуя с аэродрома Рыбинск, летчики полка в составе авиагрупп действовали по танковым колоннам и войскам противника в полосе Западного и Северо-Западного фронтов, на можайском, ржевском и волоколамском направлениях.