De gevolgen van de reformatie werden al snel in Middelburg gevoeld, in 1566-67 vonden de zogenaamde geuzentroebelen plaats, en de beeldenstorm vond plaats op 21 augustus 1566. Na deze beeldenstorm vluchtte een groot deel van de calvinisten de stad uit. Tijdens de daaropvolgende oorlog tussen de Spanjaarden en de Geuzen koos Middelburg voor de Spaanse zijde. Dit resulteerde in het Beleg van Middelburg van 1572-1574 waarna de Spanjaarden de stad moesten prijsgeven. Nu de stad in protestantse handen was werden alle Rooms-Katholieke geestelijken (exclusief de cellenbroeders) uit de stad verbannen. De eerste Nederduitsch Gereformeerde Kerk werd gesticht in de St. Pieterskerk en er vonden ook diensten plaats in de St. Maartenskerk, maar deze werd in 1575 afgebroken. Over de loop van tijd werden vele ex-roomse kerken en kapellen in gebruik genomen door de hervormden, waaronder de Koorkerk, Nieuwe Kerk, Vismarktkerk (Bachten 's-Graven Hofskapel) en de Barbarakapel. Door gestage groei van de gemeente en uitbreiding van de stad ontstond de behoefte voor een nieuwe kerk.