Am 8. Juni 1994 und am 12. Juni 1994 kam Viduka bei den 1:0-Siegen in den Freundschaftsspielen gegen Südafrika zu seinen ersten beiden Einsätzen in der australischen Nationalmannschaft. Erst 1997 wurde er erneut berücksichtigt und später zum Mannschaftskapitän ernannt. Dieses Amt übte er auch bei der Fußball-Weltmeisterschaft 2006 aus. Im September 2006 erklärte Viduka nach 37 absolvierten Spielen, in denen er sechsmal getroffen hatte, seinen Rücktritt aus der Nationalmannschaft. Doch es folgte schnell der Rücktritt vom Rücktritt und Mark Viduka führte die "Socceroos" auch beim Asien-Cup 2007 als Mannschaftskapitän an. Das am 21. Juli 2007 im Elfmeterschießen gegen Japan verlorene Viertelfinale war zugleich Vidukas letztes Länderspiel für Australien.