Під керівництвом Іванковича олімпійська збірна Ірану виграла футбольний турнір на Азіатських іграх 2002 року, що проходили у корейському Пусані. Він продовжував очолювати національну збірну Ірану до кінця 2002 року, коли був замінений на Хомаюна Шахрохі. До цього часу Іванкович отримав популярність в Ірані і місцева громадськість вимагала продовження з ним контракту, але Федерація футболу Ірану неохоче вела з Іванковичем переговори. Нарешті, 3 жовтня 2003 року він повернувся на посаду головного тренера збірної Ірану. Разом з нею Іванкович виграв бронзу Кубка Азії 2004 року. На цьому турнірі його підопічні поступилися лише китайцям, господарям турніру, і то з пенальті і в дуже спірному по суддівським рішенням матчі. Іванкович також зумів вивести збірну Ірану на Чемпіонат світу з футболу 2006 року, що стало для неї всього третьою появою на світовій першості (після турнірів 1978 і 1998 років). Незважаючи на всі ці успіхи іранське керівництво бажало замінити Іванковича на місцевого тренера. Так, Міністерство з фізичної культури Ірану намагалося змінити наставника національної збірної перед чемпіонатом світу 2006 року, але зустріло опір з боку Федерації футболу Ірану і збірну на світову першість повіз Іванкович.