El comienzo de las Cruzadas en 1095 resultó en un gran período de prosperidad para Génova. Como constantemente se necesitaban nuevos cruzados para asegurar Tierra Santa (y más tarde para reforzar los estados de cruzados), Génova pudo obtener ganancias al ayudar en el transporte de las fuerzas militares desde Europa. Para apoyar mejor a los cruzados, se desplegó un escuadrón de 12 galeras genovesas en Tierra Santa durante la Primera Cruzada. Los barcos sirvieron para contrarrestar la amenaza planteada por la armada fatimí y vieron algunos éxitos, con la marina logrando atrapar una flota fatimí en el puerto de Beirut durante la primera cruzada. La familia genovesa Embriaco se hizo famosa por sus hazañas en Tierra Santa durante este tiempo, especialmente por liderar un ataque marítimo durante el asedio de Trípoli. Además de recibir grandes cantidades de riquezas de los comandantes cruzados, la república estableció varias colonias comerciales genovesas en el Mediterráneo y el Mar Negro durante las Cruzadas. La ciudad libanesa de Biblos quedó completamente bajo el control genovés, y la república tenía derecho a 1/3 de los ingresos de la ciudad de Acre, controlada por los cruzados. La flota genovesa se refugió en estos puertos y los defendió de los piratas. A principios del siglo XII, la armada genovesa participó en la expedición a las islas Baleares de 1113-1115 liderada por los pisanos para suprimir la piratería mallorquina.