Die Ausmaße des Kirchenmassakers von Liquiçá am 6. April spielte Mariano herunter und nannte ausländische Berichte eine Lüge. Mariano ging von fünf Toten aus. Offizielle indonesische Quellen sprechen von 61 Toten, osttimoresische Quellen von bis zu 200. Am Massaker im Haus von Manuel Carrascalão mit mindestens 19 Toten am 17. April gibt Milizenchef Eurico Guterres Mariano und Domingos Maria das Dores Soares, dem Nachfolger Marianos als Bupati von Dili, eine Mitschuld. Am 11. Mai 1999 fand ein Geheimtreffen der pro-indonesischen Milizenchefs, der örtlichen Militärchefs, des Geheimdienstes und der Polizei teil, bei dem Pläne zu Gewalttaten gegen osttimoresische Unabhängigkeitsaktivisten besprochen wurden. Initiator war der Oberbefehlshaber der indonesischen Streitkräfte in Osttimor Oberst Tono Suratman. Die Organisation übernahmen Mariano und Domingos Maria das Dores Soares, weswegen die beiden als die führenden Politiker hinter der folgenden Aktionen der Milizen gelten. In dieser letzten Gewaltwelle starben etwa 2000 Menschen. 480.000 Menschen wurden zur Flucht gezwungen.