Agli ordini del nuovo tecnico Luigi Simoni, l'Inter si presentò ai nastri di partenza dell'annata 1997-1998 forti dell'acquisto di Ronaldo e di una rosa rinnovata in tutti i reparti. All'infuori di un'eclatante eliminazione in Coppa Italia per mano del , l'Inter disputò la sua migliore stagione degli anni 1990, ingaggiando un lungo duello con la per la vittoria dello scudetto, culminato nella partita di ritorno tra i due club: il 26 aprile 1998, nonostante un rigore parato da Pagliuca ad Alessandro Del Piero, l'Inter fu sconfitta per 1-0 in una gara caratterizzata dal celebre contrasto nell'area juventina tra Mark Iuliano e Ronaldo, giudicato regolare dall'arbitro Piero Ceccarini e fonte di accese polemiche. La sconfitta segnò di fatto la fine delle ambizioni di vittoria dell'Inter, il cui secondo posto in classifica valse comunque l'accesso alla successiva edizione della Champions League. Membro della difesa meno battuta della Serie A, secondo le pagelle de "La Gazzetta dello Sport" Pagliuca fu il miglior portiere del campionato. Frattanto, con il proprio "numero uno" ancora sugli scudi, l'Inter raggiunse per il secondo anno consecutivo la finale di Coppa UEFA — eliminando tra le altre squadre lo campione in carica — e il 6 maggio vinse la competizione, battendo la per 3-0 al Parco dei Principi: nell'occasione, Pagliuca sollevò da capitano l'unico trofeo conquistato nella sua esperienza milanese. A suggello di prestazioni eccellenti, e dopo aver nel frattempo disputato un ottimo con la nazionale, Pagliuca sarà candidato per la seconda volta di fila al premio di Migliore portiere AIC e al Pallone d'oro, ottenendo inoltre il 5º posto nella classifica IFFHS dei migliori portieri dell'anno.