La primera mención de la iglesia parroquial de Santa María data de 1187. Originalmente era una iglesia de madera en la diócesis de Brandenburgo; en 1280 se construyeron el presbiterio actual y la galería sur del coro. Entre 1412 y 1439 la nave fue reemplazada por el actual edificio de tres naves y las dos torres construidas, originalmente tenían forma de pirámides de piedra. En 1522, a raíz de la iconoclasia iniciada por Andreas Karlstadt, casi toda la decoración interior fue destruida y eliminada, dejando el Judensau medieval (escultura que muestra a una cerda con judíos) que todavía se conserva en el exterior del muro sur. En su regreso a Wittenberg, desde el castillo de Wartburg, Lutero predicó sus famosos sermones "Invocavit" en la Stadtkirche. En 1547, durante la Guerra de Esmalcalda, las pirámides de las torres fueron desmontadas para hacer plataformas para disponer cañones. A pesar de la guerra, un retablo del pintor Lucas Cranach el Viejo fue desvelado en la iglesia. En 1556 las plataformas fueron sustituidas por las formas octagonales que hoy sobreviven y se añadió un reloj y la vivienda de un relojero. A esto le siguió una ampliación del extremo oriental y el "Ordinandenstube" adyacente. En 1811 el interior de la iglesia fue rediseñado de acuerdo a un esquema neogótico diseñado por Carlo Ignazio Pozzi. La iglesia fue restaurada totalmente en 1928 y 1980-1983 así como desde 2010 para estar lista para la celebración del Quinto centenario de la Reforma en 2017.