Во время правого переворота 9 июня 1923, свергнувшего прогрессивное правительство Александра Стамболийского, Благоев, в силу возраста и состояния здоровья практически отошедший от дел, поддержал решение ЦК БКП (т.с.) сохранять нейтралитет и не сопротивляться заговорщикам. В Сентябрьском восстании смертельно больной Благоев участия уже не принимал, со скепсисом отнесясь к его подготовке. Умер 7 мая 1924 года. Похороны Благоева сопровождались тридцатитысячной демонстрацией.