Erst mit der Trennung der Ukraine von der zerfallenden Sowjetunion im Jahr 1991 wurde die Sophienkathedrale wieder der orthodoxen Kirche übergeben. Aber in den folgenden Jahren gab es erhebliche Streitigkeiten innerhalb der orthodoxen Kirche über die Zugehörigkeit der Kathedrale: entweder zur orthodoxen Kirche des Kiewer Patriarchats oder zum Moskauer Patriarchat. Es gab auch Ansprüche der ukrainisch-katholischen Kirche. Da diese Streitigkeiten nicht gelöst werden konnten, setzte sich der ukrainische Staat durch und schloss erneut die Sophienkathedrale für kirchliche und liturgische Zwecke. Sie ist seitdem wieder ein Museumskomplex, der zum Weltkulturerbe der UNESCO gehört.