В декабре 1941 года направлен в распоряжение Военного совета СибВО, где был назначен командиром 806-го стрелкового полка 235-й стрелковой дивизии, формировавшегося в Новосибирске. В середине февраля 1942 года дивизия включена в 58-ю резервную армию и передислоцирована в Грязовецкий район Вологодской области. В апреле она была переброшена на Северо-Западный фронт южнее города Демянск, где вошла в состав 53-й армии. В конце мая ее части вели наступательные бои в направлении на Демянск, однако успеха не имели. 7 июля были выведены в резерв армии. Во второй половине июля дивизия вновь вела наступательные бои на Демянск, в феврале 1943 года принимала участие в Демянской наступательной операции. Введенная в прорыв 16 февраля в районе «горловины» плацдарма противника, она продвинулась на 30 км и вышла к реке Ловать, овладев при этом 17 населенными пунктами. С 19 марта по 10 июля 1943 года дивизия находилась в резерве Ставки ВГК, затем была включена в 3-ю армию Брянского фронта и участвовала в Орловской наступательной операции. В июльских боях 1943 года южнее города Мценск 806-й стрелковый полк под командованием полковника Попова прорвал передний край обороны противника в районе деревни Малое Измайлово. Командир умело руководил боем полка, был ранен, но остался в строю. В начале августа он был допущен к исполнению должности заместителя командира 235-й стрелковой дивизии.