Nel XVIII secolo, l'edificio subì nuove trasformazioni, tra cui il cambio di orientamento, per avere il nuovo accesso rivolto verso la città, il cui abitato si era spostato nella parte orientale sulla pianura sottostante. Infatti il tempio in origine aveva le absidi rivolte verso la città e la facciata principale era rivolta verso la valle del Simeto, dove si sviluppava il borgo antico. I lavori per l'inversione dell'orientamento della chiesa, furono effettuati con molta probabilità nel 1690, anno impresso nell'architrave di una delle finestre laterali del tempio. Dopo il terremoto del 1693, il bene fu ricostruito interamente in stile barocco, e i lavori per il rifacimento della facciata risalgono probabilmente all'ultimo ventennio del XVIII secolo. Alla stessa epoca risalgono i lavori degli interni, che videro la sostituzione della primitiva copertura in capriate lignee con una volta a botte e la realizzazione degli archi della navata centrale in ordine tuscanico, che poi in epoca recente furono disintonacati perché erroneamente ritenuti di epoca medievale. L'orientamento dell'ingresso segnò una svolta molto importante, infatti verso il 1782 venne costruita la monumentale scalinata, che dai piedi della rocca sale fino al sagrato della chiesa, creando un bellissimo insieme monumentale.