Během Španělské občanské války výměnou za autonomii baskických provincií strana podporovala Republiku, ač část členů se zpočátku účastnila povstání proti ní kvůli levicové povaze republikánské vlády. Strana byla nicméně antifašistická a ve válce se angažovala proti Francovi. Většina Baskicka padla do rukou frankistů roku 1936, poslední jednotky se bránily až do roku 1937. Poslední odpor byl zlomen až po vybombardování Gerniky, v dubnu 1937. Kapitulaci provedli představitelé Baskické národní strany. Část jich unikla do Katalánska, kde v Barceloně zformovali exilovou vládu. Ta se po obsazení Katalánska přesunula do Francie.