Die erste schriftliche Erwähnung von Němčice erfolgte am 21. September 1436, als König Sigismund große Teile des ehemaligen Klosterbesitzes als Entlohnung seiner treuen Dienste in der Schlacht bei Lipan für 4500 Schock Böhmische Groschen an Diviš Bořek überschrieb, der daraus die Herrschaft Kunburg bildete. Zum Ende des 15. Jahrhunderts erwarb Wilhelm von Pernstein die Herrschaften Pardubitz und Kunburg und vereinigte sie. Wilhelm von Pernstein ließ in der Gegend große Fischteiche anlegen; nordwestlich von Němčice entstand mit der Velká Čeperka einer der größten Teiche Böhmens, südwestlich des Dorfes der kleinere Kotcourov ("Němčitzer Teich"). 1521 vererbte Wilhelm von Pernstein seine böhmischen Güter seinem jüngeren Sohn Vojtěch, nach dessen Tod fielen sie 1534 seinem Bruder Johann zu. Johann von Pernstein hinterließ 1548 seinem Sohn Jaroslav hohe Schulden. Am 21. März 1560 veräußerte Jaroslav von Pernstein die gesamte Herrschaft Pardubitz an König Ferdinand I. Dessen Nachfolger Maximilian II. übertrug die Verwaltung der königlichen Herrschaften der Hofkammer. König Rudolf II. ließ die Herrschaft 1588 durch ein System von 24 Rychta ("Scholtiseien") neu organisieren; der Rychtář in Libišany übte die niedere Gerichtsbarkeit für Němčice aus. Im Kammerurbar von 1588 sind für Němčice 11 Anwesen, darunter eine privilegierte Schänke und eine Mühle, ausgewiesen. Die Mühle fiel während des Dreißigjährigen Krieges wüst und erlosch. Im Zuge der Raabisation wurde der herrschaftliche Meierhof Němčice in den 1770er Jahren parzelliert und emphyteutisiert. Dadurch wuchs das Dorf an, es umfasste die Ortslagen "Kotek", "Na kuklíkách" bzw. "U Kovárny", "Paště" und "Sibiř". Haupterwerbsquelle bildete die Landwirtschaft, daneben arbeiteten einige der Einwohner als Steinbrecher und Pocher in den Basaltbrüchen am Kunietitzer Berg.