В годы Великой отечественной войны библиотека была разрушена и разграблена. Десятки тысяч ценных учебных и научных книг были уничтожены. Часть литературы вывезена в Германию. В делах Нюрнбергского процесса имеется доклад немецкого ефрейтора Абеля «О библиотеках Минска», в котором сообщается, что «библиотека политехнического института свалена в подвальном этаже левого флигеля, разгромлена и приведена в беспорядок, как и большинство лабораторий института». (Нюрнбергский процесс. Сборник материалов. Т. IV, стр. 89-90).