В 1886 году участвовал, будучи помощником капитана (в звании лейтенанта), в военно-морской операции в акватории города Превеза, а во время Греко-турецкой войны 1897 года, уже в звании капитана, в операциях у острова Крит. Командуя паровым барком «Алфиос», Кунтуриотис в феврале 1897 года высадил экспедиционный корпус полковника Тимолеона Вассоса в Колимвари (ном Ханья), а в апреле того же года у Лептокарьи, у подножия горы Олимп, на стыке областей Фессалии и Македонии.