In 1941 werden de Filipijnen aangevallen door Japan. Toen duidelijk werd de door de Verenigde Staten beloofde versterkingen niet zouden arriveren en de Slag om de Filipijnen uiteindelijk zou worden verloren vertrokken de Quezons naar de Verenigde Staten. Manuel Quezon richtte daar een regering-in-ballingschap op. Aurora en haar dochters werkten voor het Amerikaanse Rode Kruis. Manuel Quezon overleed kort voor de Amerikaanse herovering van de Filipijnen. Aurora keerde na de oorlog met haar kinderen terug en richtte daar het Filipijnse Rode Kruis op. Ook was ze de eerste voorzitter van de organisatie. Ze zette zich in die jaren naast haar werk voor het Rode Kruis ook in voor andere charitatieve organisaties en hielp bijvoorbeeld bij de herbouw van door de oorlog verwoeste ziekenhuizen en kerkgebouwen. Voor haar ontwikkelingswerk kreeg ze onder andere de pauselijke onderscheiding Pro Ecclesia et Pontifice van Paus Pius XII en de gouden humanitaire medaille van het Filipijnse Rode Kruis.