Am 13. Juni konnte ein erneuter Angriff der Württemberger und Franzosen bei Lochau abgewehrt werden. Bereits wenige Tage später endete jedoch der Österreichisch-Französische Krieg mit der Niederlage der österreichischen Truppen in der Schlacht bei Wagram, die nach der Schlacht bei Znaim am 10. und 11. Juli 1809 wesentlich dazu beitrug, einen Waffenstillstand und schließlich den Friedensvertrag von Schönbrunn herbeizuführen. Trotz der Zusicherung des Kaisers in der Wolkersdorfer Proklamation, niemals einen Frieden eingehen zu wollen, der die Abtretung Tirols und Vorarlbergs zur Folge habe, erklärten der Waffenstillstandsvertrag von Znaim und der Schönbrunner Friede genau das. Angesichts eines drohenden französischen Angriffs von Osten her beschloss der Landtag zunächst die Entlassung der Landesverteidiger und die Aufnahme von Waffenstillstandsverhandlungen, schließlich aber doch weiteren Widerstand. Letztlich fiel der Vorarlberger Volksaufstand angesichts der militärischen Situation Anfang August aber völlig in sich zusammen. In der Folge besetzten starke württembergische und französische Verbände – gesamt etwa 10.000 Mann – die Vorarlbergischen Gebiete. 177 Geiseln aus allen Landesteilen wurden von den Besatzungskräften ausgehoben und über Ulm nach Belgien verbracht. Anton Schneider stellte sich den Württembergern und wurde in der Folge von Bayern inhaftiert, jedoch nicht den Franzosen ausgeliefert, womit er der Hinrichtung und damit dem späteren Schicksal Andreas Hofers entging. Der fortgesetzte Aufstand gegen Bayern in Tirol bis Ende November spielte sich im Wesentlichen dann ohne Vorarlberger Beteiligung ab.