Julius Aghahowa'nın millî takım kariyeri 17 yaşındayken Afrika Gençler Şampiyonası ile başlamıştır.2000 Yaz Olimpiyatları 'nda oynamıştır. Nijerya millî futbol takımı ile 2002 FIFA Dünya Kupası'nda ve 2002 Afrika Uluslar Kupası'nda oynamıştır. Millî forma ile oynadıgı 32 maçta 14 gol atmıştır.