Eurooppa-liigan kauden 2016–2017 pudotuspelit alkoivat 16. helmikuuta ja ne päättyivät 24. toukokuuta 2017 loppuotteluun, joka pelattiin Friends Arenalla Solnassa, Ruotsissa. Pudotuspeleissä ratkaistiin Eurooppa-liigan kauden 2016–2017 mestari. Yhteensä 32 joukkuetta kilpaili pudotuspelivaiheessa.