Seit der Mitte des 14. Jahrhunderts hatten sich die Herrschaftsverhältnisse in Nenagh geändert, da die Uí Chennétigs Urmuma wieder uneingeschränkt kontrollierten. Wie einige andere Häuser war Nenagh von der Reformation um 1540 noch nicht unmittelbar betroffen, weil die englische Regierungsgewalt nicht soweit vordrang. Dies gelang erst in der elisabethanischen Periode nach 1548, als die Brüder gewaltsam vertrieben wurden und das Kloster zur Ruine wurde. 1587 fiel das Kloster an Robert Collum, der dafür eine jährliche Pacht entrichten musste. 1632 ließen sich observante Franziskaner in dem Kloster nieder. Nach Informationen der irischen Franziskaner wurden diese zwar wenig später während der Rückeroberung Cromwells vertrieben, sie konnten aber wenig später zurückkehren und sich bis 1766 halten. Danach waren nur noch einzelne Franziskaner in der Region tätig. Der letzte davon war Patrick Harty, der 1817 verstarb.