La società venne fondata il 7 marzo 1948 al fine di temperare i conflitti politici dell'epoca. Le altre società atletiche di Famagosta, la GSE (Evagoras Gymnastic Association, in greco Γυμναστικός Σύλλογος Ευαγόρας) e l'Anorthōsī Ammochōstou decisero limitazioni relativamente ad atleti con idee politiche di sinistra. Nel maggio del 1948 gli atleti della Nea Salamina rifiutarono di firmare una dichiarazione di “coscienza nazionale”: in conseguenza di ciò, la Hellenic Amateur Athletic Association (SEGAS) non permise agli atleti del Nea Salamina di entrare nel GSE Stadium. Assieme ad altre neonate società cipriote fondate sugli stessi principi, Nea Salmina contribuì a fondare la Cyprus Amateur Football Federation (CAFF), la quale cominciò ad organizzare campionati e tornei in costanza della Federazione calcistica di Cipro. Alla fine le due federazioni si fusero nel 1953 e Nea Salamina divenne membro della CFA. Dall'invasione turca della parte settentrionale di Cipro del 1974, Nea Salamina è un team “rifugiato” ed ha posto la sua base provvisoria a Larnaca, città nella quale ha tuttora la sede.