Mesén è stato anche un membro della squadra Nazionale della Costa Rica, con la quale debuttò il 25 novembre 1999, nell'estadio Morera Soto, nella partita Costa Rica - Slovacchia (4-0). È stato convocato per la Coppa del Mondo FIFA del 2002 in Giappone e Corea del Sud e per la Coppa del Mondo FIFA del 2006 in Germania, ma non ha giocato un solo minuto.