בינואר 1716 פרצה המלחמה ההבסבורגית-עות'מאנית (1716–1718) וביולי 1717 הגיע צבא ממלכת הבסבורג לשערי בלגרד והטיל עליה מצור שנמשך כחודש ימים. במהלך המצור הופגזה העיר ברציפות במשך מספר ימים. נזק כבד נגרם לשכונה היהודית ולבית הכנסת ונרשמו נפגעים מקרב בני הקהילה. ב-17 באוגוסט 1717 נכבשה בלגרד והעות'מאנים נסוגו. חלק מבני הקהילה עזבו את העיר לבלי שוב ונדדו לעומק השטח העות'מאני. תיעוד לבורחים מבלגרד קיים למשל בכפר צ'פינו באניה (חלק מוולינגראד אשר בבולגריה המודרנית). מדובר היה בסוחרים מבלגרד ובני משפחותיהם שהתיישבו במקום. התיעוד מופיע בספרי שאלות ותשובות ובפסקי הלכה של רבנים. ב-1718 נחתם הסכם שלום פוז'ארוואץ אשר חתם את המלחמה והותיר את בלגרד בידיים אוסטריות. בתקופה זו מתועד לראשונה בבלגרד קהל אשכנזי מאורגן ולו רב ראשי. הקהילה הספרדית התפצלה לשני קהלים בשל סכסוך פנימי. השלטון ההבסבורגי נקט ביחס נוקשה כלפי יהודי העיר. האוסטרים ביצעו הבחנה בין יהודים אשכנזים שרובם לא היו נתינים עות'מאניים לבין היהודים הספרדים שהיו נתינים עות'מאניים. לקהל האשכנזי לא ניתנה זכות למגורי קבע בעיר להוציא בודדים ובניו היו נתונים בסכנת גירוש קבועה. לנתינים העות'מאניים ניתנו זכויות מסחר ומגורים מסוימות על רקע הסכמי הקפיטולציות. ב-1720 נמנו בבלגרד 33 משפחות בעלות נתינות עות'מאנית. יהודי בלגרד התגוררו בשתי שכונות חצר מרכזיות: "חצר יהודי אשכנז" שמנתה 47 חדרי מגורים ו"הבית היהודי" לספרדים אשר מנתה 103 חדרי מגורים. ראש הקהל הספרדי היה דוד מאיר וראש הקהל האשכנזי היה שמשון פרנקל.