Nell'estate del 2002 la proprietà passa all'imprenditore Pietro Franza. Come nel campionato precedente, anche nella Serie B 2002-2003 i siciliani colgono la salvezza nelle ultime giornate. Ma nella stagione 2003-2004, il Messina coglie un'inaspettata promozione in Serie A sotto la guida di Bortolo Mutti, dopo 39 anni.