Podczas okupacji Wanda Opęchowska pozostawała przez cały okres działania Szarych Szeregów wiceprzewodniczącą ZHP. Reprezentowała organizację wobec Departamentu Oświaty Delegatury Rządu RP na Kraj, poszukiwała środków finansowych na działalność bieżącą i pomoc dla potrzebujących członków. Jesienią 1939 zaryzykowała podjęcie pieniędzy z rachunku ZHP w Komunalnej Kasie Oszczędności w Warszawie. 12 maja 1943 przewodniczyła zebraniu kierownictwa, na którym powołano Stanisława Broniewskiego na Naczelnika Szarych Szeregów w związku z aresztowaniem Floriana Marciniaka. Po akcji bojowej pod Arsenałem (26 marca 1943) uzyskała od władz kościelnych kwaterę na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie dla poległych członków Szarych Szeregów. Działała także w Towarzystwie Opieki nad Więźniami Patronat. Po wybuchu powstania warszawskiego pozostawała stale w siedzibie naczelnictwa Szarych Szeregów przy ul. Skorupki. Odbyła m.in. wizytację kwater oddziałów służby pomocniczej.