Khalfan Mubarak reçoit sa première sélection en Émirats arabes unis le 3 juin 2016, en amical contre la Jordanie (défaite 1-3). Il inscrit son premier but en équipe nationale le 10 janvier 2019, contre l'Inde. Ce match gagné 2-0 rentre dans le cadre de la Coupe d'Asie des nations 2019. Mubarak joue quatre matchs lors de cette compétition.