Пардо провів 148 матчів за збірну Мексики з 1996 по 2009 рік, ставши другим у списку за кількістю проведених матчів за всю історію збірної. Брав участь у чемпіонатах світу 1998 і 2006 років, став володарем Кубка конфедерацій 1999 року та дворазовим володарем Золотого кубка КОНКАКАФ.