Bañados was lid van de "Partido Liberal" (Liberale Partij) en was van 1888 tot 1891 lid van de Kamer van Afgevaardigden. President José Manuel Balmaceda benoemde hem op 2 november 1888 tot minister van Justitie en Onderwijs, hetgeen hij tot 11 juni 1889 bleef. Balmaceda had een groot vertrouwen in hem en benoemde hem op 20 mei 1891, tijdens de laatste fase van de Burgeroorlog, tot minister van Binnenlandse Zaken. Hij formeerde het laatste kabinet tijdens het presidentschap van Balmaceda. Van 3 augustus tot 8 augustus 1891 was hij tevens waarnemend minister van Oorlog en Marine.