Am 13. Oktober 1919 löste Eberhardt den Kommandierenden General des VI. Reserve-Korps, Rüdiger von der Goltz, ab, der wegen seiner eigenmächtigen Politik im Baltikum weder bei den Siegermächten noch bei der deutschen Reichsregierung weiterhin tragbar war. Das Korps führte reguläre Einheiten des deutschen Heeres, Freikorps und einheimische Truppen lettischer, russischer und baltendeutscher Nationalität in einem vielschichtigen, bürgerkriegsähnlichen Konflikt gegen die Armee Rätelettlands (vgl. Lettischer Unabhängigkeitskrieg). Als die zu 80 % aus deutschen Freikorps bestehende Freiwillige Russische Westarmee des russischen Abenteurers Bermondt nach ihrem vergeblichen Angriff auf Riga durch eine lettische Gegenoffensive im November 1919 zum Rückzug gezwungen und auch aus Mitau vertrieben wurde, setzte sich Bermondt nach Dänemark ab. Die Reste seiner deutschen Freikorps wurden am 10. November Generalleutnant von Eberhardt unterstellt, der ihre Evakuierung nach Ostpreußen organisierte. Dies war bis Mitte Dezember 1919 abgeschlossen. Anschließend fungierte Eberhardt als Führer der Reichswehr-Brigade 20.