Durante la primera guerra mundial tuvo que alistarse de nuevo en el ejército imperial. Prestó sus servicios como segundo jefe médico del lazareto de la división, sobre todo en Ucrania. En 1917 fue designado para ejercer de médico en los asilos para niños en los alrededores de Kiev. Dos años antes, durante unas cortas vacaciones que pasaba en Kiev, se encontró con Maria Falska (apellido de soltera, Rogowska), una activista social e independentista polaca que en aquel momento dirigía un internado para chicos polacos. Korczak regresó a Varsovia en junio de 1918, tras terminar -con el grado de capitán- el servicio militar en el ejército ruso. Volvería a la vida militar después de la declaración de independencia de Polonia (11 de noviembre de 1918); esta vez a las filas del restituido ejército polaco. Durante la guerra polaco-bolchevique (1919-1921) sirvió como médico en los hospitales militares de Łódź y Varsovia. Enfermó de tifus. En reconocimiento de su actividad laboral fue ascendido al grado de comandante del Ejército Polaco.