Filho do sacerdote revolucionário José María Morelos y Pavón e de Brígida Almonte. Não há certezas quanto ao seu lugar de nascimento; entre as possíveis localidades apontadas encontram-se Parácuaro, Nocupétaro ou Carácuaro, todas situadas no actual estado de Michoacán. Acompanhou seu pai em alguns combates da guerra da independência e em 1815 foi enviado a Nova Orleães, nos Estados Unidos, onde pouco tempo depois recebe a notícia da execução de seu pai em 22 de Dezembro. Ali recebe formação, aprende inglês e trabalha como funcionário comercial. Regressa ao México após o consumar da independência em 1821.