Nel 1995 lo Spartak si piazzò terzo in Vysšaja Liga e fu sconfitto in finale di Coppa di Russia dalla , ma rivinse la Coppa dei Campioni della CSI. L'anno dopo toccò a Georgij Jarcev assumere la guida della squadra, che rivinse il campionato grazie al 2-1 contro l' allo Stadio Petrovskij di San Pietroburgo nello spareggio del novembre 1996, resosi necessario dall'arrivo a pari punti delle due compagini in vetta alla classifica. Oleg Romancev, rimasto presidente del club durante la gestione Jarcev, tornò a sedersi sulla panchina dello Spartak nel 1997. Negli anni seguenti le affermazioni consecutive dello Spartak in campionato salirono a sei, dal 1996 al 2001, tutte sotto la guida di Romancev. Particolarmente fruttuosa fu la stagione 1998, quando la squadra ottenne un altro "double" campionato-Coppa di Russia (1-0 in finale contro il Lokomotiv Mosca) e raggiunse la semifinale di Coppa UEFA, dove fu eliminata dall' poi vincitrice del trofeo.