Bei der Junioren-Fußballweltmeisterschaft 1999 in Nigeria eroberte er mit Spanien den ersten Titel des Landes bei einem FIFA-Turnier. Casillas selbst musste sich die Position des Stammtorhüters mit Daniel Aranzubia teilen, überzeugte aber insbesondere im Viertelfinale, das die Iberer erst im Elfmeterschießen gegen Ghana für sich entscheiden konnten. Im selben Jahr gewann er darüber hinaus den UEFA-CAF Meridian Cup.