Po zawarciu w 1993 Porozumienia z Oslo Kefar Darom stało się izraelską enklawą położoną wewnątrz terytorium Autonomii Palestyńskiej. Podczas Intifady Al-Aksa doszło do licznych przypadków ostrzelania kibucu. Najbardziej znanym było ostrzelanie w dniu 20 listopada 2000 autobusu szkolnego, w którym zginęły 2 osoby, a wiele zostało rannych. Pomimo ataków kibuc nadal był rozbudowywany i liczba jego mieszkańców w 2005 wynosiła 70 rodzin (około 400 osób). W 2005 rząd Izraela postanowił przeprowadzić całkowitą ewakuację wszystkich izraelskich cywili i żołnierzy ze Strefy Gazy. Obejmowało to likwidację wszystkich osiedli żydowskich i instalacji wojskowych na tym obszarze. Mieszkańcy Kefar Darom sprzeciwiali się planowi ewakuacji i organizowali różne akcje, aby wpłynąć na zmianę decyzji rządowych. Prawie wszyscy mieszkańcy odmówili dobrowolnego opuszczenia osady i 18 sierpnia 2005 zabarykadowali się w lokalnej synagodze. Na jej dachu wywiesili transparent z napisem: „Druga Kefar Darom nie upadnie”. Do zabarykadowanych osadników dołączyli ochotnicy, którzy w liczbie około 250 osób przebywali na dachu synagogi. Podczas ewakuacji doszło do starć z policją. Podczas konfrontacji na kilku żołnierzy i policjantów wylano kwas i inne ciecze chemiczne. Policja przy pomocy dźwigu dostała się na dach synagogi i przejęła nad nim kontrolę. Ewakuacja mieszkańców kibucu odbyła się już bez przemocy. Opuszczone domy zostały wyburzone przez wojskowe buldożery. Gdy teren opuszczonego kibucu zajęli Palestyńczycy, podłożyli oni ogień pod synagogę.