1648-го року, після приходу до влади в Англії «інтепендентів» на чолі з Олівером Кромвелем, пресвітеріанські перетворення в країні були призупинені, а 1660-го року, коли на престол повернувся король Карл II, акти парламентів Англії і Шотландії про затвердження «Вестмінстерського сповідання» були анульовані. В Англії була відновлена (і до цього часу зберігає панівні позиції) англіканська єпископальна церква, яка не визнає «Вестмінстерське сповідання». У Шотландії після Славної революції пресвітеріанська церква стала офіційною, а 1690-го року «Вестмінстерське сповідання» було затверджено як її догматична основа. В подальшому, по мірі розповсюдження пресвітеріанської релігії, «Вестмінстерське сповідання» було прийнято і в пресвітеріанських церквах інших країн. Інші кальвіністські церкви також затвердили цей документ, іноді, правда, з невеликими змінами.