Президент Раваломанана был вынужден уйти в отставку в ходе народных протестов и вооружённого восстания в марте 2009 года. Лидер оппозиции Андри Радзуэлина занял пост президента при поддержке военных. Он включил Зафи в качестве советника и одного из 44 членов Высшей переходной администрации, учреждённой 31 марта 2009 года. Зафи выразил свои возражения против создания переходного правительства на пресс-конференции 1 апреля, жалуясь, что Радзуэлина не будет слушать его советы. Однако 2 апреля он присутствовал на конференции правительства.