В апреле 1920 года азербайджанское правительство было свергнуто и в Азербайджане провозглашена Советская власть. Багиров вернулся на родину. В течение года он поочерёдно занимал должности заместителя председателя Революционного комитета Карабахской области, начальника 2-й стрелковой бригады, помощника военкома Азербайджанской стрелковой дивизии, председателя Революционного Военного Трибунала этой дивизии, заместителя председателя Революционного Военного Трибунала XI Красной Армии. 5 июня в Шуше вспыхнул мятеж, к которому были причастны турецкий генерал Нури-паша и начальник Карабахского отряда Зейналов. Подробности этих событий начальнику разведотдела штаба XI Красной Армии сообщил наполештарм Воронков. Они сводились к тому, что с уходом частей Красной Армии в район Барды, Зейналов 3 июня обратился к Багирову (на тот момент председателю Карабахского областного ревкома) с предложением организовать военную диктатуру, мотивируя это поддержанием порядка в крае до возвращения красноармейцев. Багиров выдвинул ряд условий и предложений, с чем согласился Зейналов. Перед этим Багирову пришло письмо от Нури-паши, в котором тот выражал свою солидарность с Советской властью и намерение третьего числа прибыть в Шушу. По прибытии последнего в город, здесь произошёл переворот, а коммунисты и весь ревком оказались арестованы. Воронков сообщал, что всё это он узнал от Багирова, которому удалось скрыться. На М. Д. Багирова возложили руководство подавлением карабахского восстания. Реввоенсовет XI Красной Армии 8 июня выдал ему мандат, гласивший: