Dezinformacja w połączeniu z brutalną siłą i ogromną szybkością działania zazwyczaj pozwalały zagwarantować bierność ofiar. Dopiero począwszy od zimy 1942/43 roku, gdy prawda o Zagładzie była już znana większości polskich Żydów, podczas likwidacji transportów zaczęto odnotowywać poważniejsze akty oporu. W drugim tygodniu grudnia 1942 roku młodzi Żydzi przywiezieni z okolic Grodna stawili oprawcom czynny opór, który przerodził się w chaotyczną strzelaninę. Część Żydów rozbiegła się po obozie, usiłując pod osłoną ciemności ukryć się w więźniarskich barakach lub uciec przez ogrodzenie, część stawiała zaciekły opór nawet podczas wpychania do komór gazowych. Ostatecznie wszystkich zastrzelono, lecz od tej pory Niemcy nie przyjmowali transportów nocą. Głośnym echem w obozie odbiło się także wydarzenie z maja 1943 roku, kiedy to jeden z Żydów przywiezionych z ogarniętego powstaniem getta warszawskiego zdetonował ukryty granat. Wybuch zranił kilku więźniów z „komanda czerwonego”; według niektórych źródeł były także ofiary wśród członków załogi.