Почетком 19. века, пашалук је смањен и обухватао је санџаке: Бига, Родос, Сакиц, Мидили, Лимнос и Кипар. У склопу са Танзиматским реформама, капуданпаша је изгубио власт над пашалуком 1849. године, а пашалук је реорганизован у Архипелашки вилајет након 1867. године. Острво Самос, било је проглашено за аутономну кнежевину почетком 1832. године, а сматрало се санџаком вилајета до 1867. године. Кипар је пао под британском контролом 1878, а остатак вилајета је распуштен након што су источна егејска острва освојили Италијани током Турско-италијанског рата (1911–1912) и Грци у Првом балканском рату (1912–1913).