Firmes defensores de su tradición encarnada en los derechos de su rey y con el apoyo eclesiástico, los «indomables pastusos y patianos» llevaron a cabo desde 1810 una lucha comparable con la Guerra de la Vandea durante la Revolución francesa, «la trágica Vendée de nuestra historia». Otra razón del rechazo a la causa independentista fueron las constantes guerras civiles entre las facciones revolucionarias durante la "Patria Boba". Para 1816, momento de la Reconquista, el clero y la población en general habían visto arruinada la economía y perdidas muchas de sus propiedades. Solo la indiscriminada represión que ejercieron las tropas de Morillo sobre la población de las zonas reconquistas privó a la causa del rey del apoyo popular, algo con lo que había contado al principio, ya que el proyecto independentista tenía poco arraigo popular. La debilidad institucional que caracterizó a ese periodo se debía a la incapacidad de las regiones y ciudades rivales entre sí para unificar sus intereses y hacer un esfuerzo común. La monarquía española era muy intervencionista en el gobierno de sus ricas provincias ultramarinas. Los criollos estaban acostumbrados a autogobernarse mediante cabildos urbanos, pero sobre aquellos estaba todo el aparato de administración real que en esos momentos estaba desapareciendo; sin mayor experiencia sobre cómo resolver por su cuenta los conflictos entre las distintas provincias, el conflicto era inevitable.