Po powrocie Stanisław Samostrzelnik założył w Krakowie własną pracownię, gdzie wykonywał zamówienia patrycjatu miejskiego, duchownych i dworu królewskiego (m.in. "Modlitewnik królowej Bony"). Dla biskupa Piotra Tomickiego wykonał iluminacje do "Katalogu arcybiskupów gnieźnieńskich", mszału, ewangeliarza i pontyfikału wielkoczwartkowego. Ozdobił również modlitewnik królowej Jadwigi, traktat pokojowy z Turcją oraz chorągiew złożoną królowi polskiemu przez Albrechta Hohenzollerna w trakcie hołdu pruskiego (1525). Jest autorem polichromii w opactwie cystersów w Mogile (we wnętrzu kościoła, krużgankach i bibliotece), oraz portretu bpa Piotra Tomickiego w krużgankach klasztoru franciszkańskiego. W 2019 roku odkryto fragmenty polichromii jego autorstwa w budynku przeoratu i domu opata klasztoru Cystersów w Mogile.