Med sin eskadron deltog han i affæren ved Hoptrup; 1849 fik han tillige befalingen over 4. dragonregiments 2. eskadron og deltag med denne "division" i kampen ved Kolding, fægtningen ved Viuf og slaget ved Fredericia; kort forinden var han avanceret til major. 1850 virkede Hegermann-Lindencrone navnlig som forpostkommandør og deltog i slaget ved Isted, hvorefter han blev oberstløjtnant samt året efter kommandør for det holstenske dragonregiment, hvilket 1852 forlagdes til Næstved som 2. dragonregiment. Udnævnt til oberst 1857 blev han det følgende år generaladjudant og chef for kong Frederik VII's adjudantstab samt generalmajor, men opgav 1859 denne stilling på grund af forskellige politiske indflydelser.