日本との間も官民両面で友好関係を保っており、両国に大使館を持っている。ただし、第二次大戦後シベリア抑留を受けた日本人捕虜は首都タシュケントにも回され、中央アジア最大のバレエ・オペラ劇場たるナヴォイ劇場の工事などに従事したという過去もある。なお、この劇場は1966年のタシュケント地震の際にも全くの無傷という見事な仕事ぶりであった。