Trebinje a okolní Hercegovina byly častým místem povstání proti Turkům. Dne 26. listopadu 1716 rakouský generál Nastić spolu s 400 vojáky a cca 500 hajduky zaútočil na Trebinje, ale nepodařilo se mu obsadit. Před branami města stanul spolu s dalšími tisíci vojáků Benátské republiky. Ubránilo se jim okolo 1000 Turků. Benátčané dokázali obsadit nedaleké obce Hutovo a Popovo Polje. V roce 1875 vypuklo v blízkosti Trebinje tzv. Hercegovské povstání. Povstalecké území zahrnovalo i město a místními správci se stali Todor Mujičić, Gligor Milićević, Vasilj Svorcan a Sava Jakšić. Po roce 1878 připadlo na základě Berlínského kongresu Trebinje a celá Bosna Rakousko-Uhersku.