Die Dallas Mavericks wählten ihn beim NBA-Draft 2000 an 12. Stelle aus. Für die Mavericks bestritt er allerdings nie ein Spiel und wurde 2001 zu den Washington Wizards getradet. Auch bei den Wizards wurde er zunächst nicht eingesetzt und bestritt in der &lt;a href="NBA%202001/02"&gt;Saison 2001/02&lt;/a&gt; sein erstes NBA-Spiel. Bei den Wizards konnte er sich nie durchsetzen und fiel eher durch Probleme mit seinem Mitspieler Brendan Haywood auf. Statistisch gesehen absolvierte Thomas &lt;a href="NBA%202003/04"&gt;2003/04&lt;/a&gt; seine beste Saison und erreichte in der darauffolgenden Saison mit den Wizards die zweite Playoffrunde. Zur &lt;a href="NBA%202009/10"&gt;Saison 2009/10&lt;/a&gt; wurde er zu den Oklahoma City Thunder getradet und bestritt für diese eine Saison, in der er mit dem Team die Playoffs erreichte. Danach wurde er in einem Tauschgeschäft an die Atlanta Hawks abgegeben.