Поскольку гвардейские части к участию в боевых действиях не привлекались, с началом Русско-японской войны Фёдор Колодий подал рапорт в одно из действующих соединений в Маньчжурии: по собственному желанию 4 марта 1904 года переведён в 5-й казачий Сибирский полк с переаттестацией в подъесаулы. С 2 по 16 мая 1904 года Колодий в составе 5-го казачьего полка находился в Харбине, где они были выдвинуты в авангард Маньчжурской армии генерала Алексея Куропаткина. 17 мая полк дал первый бой японской кавалерии под Юдзятунем, южнее станции Вафангоу, в ходе которого две сотни казаков, обнаружив врага, преследовали его и полностью уничтожили в рукопашную. За проявленное в бою мужество Колодий был награждён орденом Святой Анны IV степени с надписью «За храбрость».