Seine Rolle während des ungarischen Unabhängigkeitsaufstands im März 1849 ist umstritten. Um den Aufstand niederzuschlagen, marschierte eine kaiserliche Armee unter Windisch-Graetz in Ungarn ein und besiegte die Ungarn in der Schlacht bei Kápolna. Am 10. April 1849 musste sich die österreichische Armee dann vor dem mit Freischaren und polnischen Emigranten verstärkten Revolutionsheer zunächst zurückziehen. Nach Meinungsverschiedenheiten mit dem Kriegsministerium wurde Windisch-Graetz von Kaiser Franz Joseph I. am 12. April 1849 abberufen und durch Ludwig Freiherr von Welden ersetzt, worauf er sich auf seine Güter in Böhmen zurückzog.