Alrededor de 1780, parece que Wanhal dejó de escribir música instrumental a gran escala y se contentó con escribir música para piano para la creciente clase media y música eclesial. En la primera categoría, sus piezas programáticas, a menudo relacionadas con eventos recientes como "la batalla de Würzburg ", "la batalla de Abukir " y "el regreso de Francisco II en 1809". A juzgar por la cantidad de manuscritos existentes disponibles, estas obras debieron haber sido muy populares. Wanhal también fue el escritor más prolífico de Misas y otra música de la iglesia católica de su generación en Viena. A pesar de esto, parece que nunca estuvo al servicio de ninguna institución religiosa. Esto significa que sus últimas Misas son ambos testamentos de una fe personal genuina y evidencia de cuán lucrativo debió haber sido su enfoque en la música de piano incidental.