Bei der Mobilisierung zum Krieg gegen Dänemark wurde Clausius in den Stab der verbündeten Armeen in Schleswig kommandiert. Von dieser Stellung wurde er am 9. Januar 1864 entbunden und zum Inspekteur der 1. Pionier-Inspektion ernannt. Zugleich fungierte er ab dem 9. August 1864 auch als Mitglied der Prüfungskommission für Hauptleute und Premierleutnante des Ingenieurkorps. Bei der Mobilmachung anlässlich des Krieges gegen Österreich wurde Clausius am 19. Mai 1866 als 2. Ingenieuroffizier dem Oberkommando der 1. Armee zugeordnet und nahm an den Schlachten bei Gitschin und Königgrätz teil. Er kehrte am 6. August 1866 in seine Friedensstellung zurück und erhielt am 31. Dezember 1866 den Charakter als Generalmajor. Anlässlich des Ordensfestes wurde ihm im Januar 1867 der Roten Adlerorden II. Klasse mit Eichenlaub verliehen. Clausius nahm am 4. Mai 1867 seine Abschied mit Pension.