Eduardo Herrera spielte im Jahr 2015 neunmal in der Mexikanischen Nationalmannschaft. Sein Debüt gab er am 29. März 2015 während eines Freundschaftsspiel im Los Angeles Memorial Coliseum gegen Ecuador, als er für Chicharito eingewechselt wurde. Zwei Tage später erzielte der Stürmer gegen Paraguay im Arrowhead Stadium in Kansas City den 1:0-Siegtreffer und damit sein erstes Tor für Mexiko. In seinem vierten Länderspiel konnte Eduardo Herrera gegen Guatemala zwei Treffer erzielen. Im gleichen Jahr nahm er mit der Nationalelf an der Copa América in Chile teil. Dort absolvierte er seine beiden letzten von insgesamt neun Einsätzen für die A-Nationalmannschaft seines Heimatlandes.