Il est affecté à l'automne comme responsable du détachement du génie à Flessingue et dans l'île de Walcheren. Napoléon est en effet ulcéré par la prise de la ville en août 1809 et la capitulation du général Monnet. Après sa reconquête, il souhaite en renforcer les défenses. En 1811, il vient personnellement inspecter les travaux et remarque Lamy. Il envisage même de le prendre comme aide de camp. Les récompenses arrivent : promu lieutenant-colonel et chevalier de la Légion d'honneur la même année, Lamy est créé chevalier de l'Empire le . Il reste à Flessingue jusqu'en 1813. Avec le retour des Bourbons, il adhère à la Charte de 1814, est nommé chef du génie à Metz et fait officier de la Légion d'honneur en octobre, ce qui ne l'empêche pas de participer sous les Cent-Jours aux travaux de défense de Paris. La fortification de la capitale est une idée qu'il partage avec son chef, le général Haxo, et qui ne le quittera plus.