Ein Jahr später brach der Kościuszko-Aufstand aus. Zum ersten Mal handelte es sich um einen Volksaufstand. Kościuszko proklamierte sich zum Diktator und hoffte auf auswärtige Hilfe. Die Kämpfe waren zunächst erfolgreich, etwa in der Schlacht bei Racławice. Die Übermacht von Preußen und Russen setzte sich aber durch. In der Schlacht bei Maciejowice unterlag im Oktober 1794 das Hauptaufgebot mit Kościuszko an der Spitze. Mit dem für die Invasoren erfolgreichen Kampf um die polnische Hauptstadt waren der Kościuszko-Aufstand endgültig gescheitert und das Schicksal Polens besiegelt. Mit der dritten Teilung, in der Russland alle litauischen und ruthenischen Gebiete östlich von Bug und Memel, Österreich das restliche Kleinpolen mit Krakau und Brandenburg-Preußen das restliche Masowien mit Warschau und Teile Litauens erhielt, waren Polen und Litauen für über 100 Jahre von der politischen Landkarte Europas verschwunden. Die endgültige Teilungskonvention, geschlossen in Sankt Petersburg 1797, wurde um ein geheimes Zusatzabkommen ergänzt: