1998 belegte Hoy erstmals mit zwei dritten Plätzen in Sprint und 1000-Meter-Zeitfahren Podiumsplätze bei britischen Meisterschaften. 1999 wurde er in Berlin Vize-Weltmeister im Teamsprint, gemeinsam mit Craig MacLean und Jason Queally. Bei den Olympischen Sommerspielen 2000 in Sydney errang er gemeinsam mit MacLean und Queally die Silbermedaille im Teamsprint. Im selben Jahr wurde das Trio erneut Vize-Weltmeister.