Ali Pasha był naczelnym wodzem wszystkich morskich sił osmańskich w bitwie pod Lepanto 7 października 1571. Sułtan Selim powierzył mu jedną z największych świętości imperium osmańskiego, "Wielki Sztandar Kalifów", znacznych rozmiarów zieloną flagę z wyszytymi złotem wersetami z Koranu i z powtórzonym 28 900 razy imieniem Allaha. Sztandar Kalifów miał być bodźcem dla Alego i jego ludzi w walce z niewiernymi.