С июля по сентябрь 1797 года был министром внутренних дел. Как сторонник и участник переворота 18 фрюктидора, он получил пост члена Директории, вместо Карно, но уже в марте 1798 года выбыл из неё по жребию. В мае того же года был отправлен в Зельц (в Эльзасе) для совещания с австрийским послом Кобенцлем, который ловко затягивал переговоры и обманывал Франсуа, пока собирались силы второй коалиции. По возвращении в Париж Франсуа был опять, недолго, министром внутренних дел. В 1801 году Наполеон, ревностным сторонником которого был Франсуа, назначил его членом сената, президентом которого он стал с 1804 года. Он редактировал адрес, в котором сенат просил первого консула дать народу учреждения, которые бы оказались долговечными, и 1 декабря 1804 года представил Наполеону решение о наследственности императорской власти. После реставрации Франсуа удалился в своё поместье.