Italian maajoukkueessa Nesta on pelannut EM-kisoissa 1996, 2000 ja 2004, ja MM-kisoissa 1998, 2002 ja 2006, joista viimeksi mainituissa Italia voitti maailmanmestaruuden, mutta Nesta loukkaantui jo alkulohko-ottelussa. Kaikkiaan Nesta pelasi 78 maaottelua mutta ei tehnyt niissä yhtään maalia.