W 2000 roku wystąpił w Pucharze CONCACAF, zaś kilka miesięcy później w Pucharze Azji gdzie Korea Południowa zdobyła brązowy medal. Rok później został powołany na Puchar Konfederacji, mimo dwóch wygranych Koreańczycy nie wyszli z grupy. Kim zagrał w każdym meczu, w spotkaniu z Australią udało mu się zaliczyć czyste konto (1-0). W 2002 roku został powołany przez Guusa Hiddinka do kadry na Mistrzostwa Świata 2002, których gospodarzem była Korea Południowa. Podczas tych rozgrywek był podstawowym zawodnikiem, występował w trójce środkowych obrońców obok kapitana Hong Myung-bo i Choi Jin-cheula. Wystąpił we wszystkich meczach na tych mistrzostwach, a jego reprezentacja zdobyła 4 miejsce. Godnymi uwagi meczami Kima były te w grupie kiedy to Reprezentacja Korei Południowej zachowała czyste konta z Polską (2-0) oraz Portugalią (1-0). Podczas meczu 1/16 z Włochami został uderzony łokciem podczas pojedynku główkowego z Christianem Vieri'm i złamał nos. W związku z tym resztę turnieju grał w masce. W następnym roku dostał powołanie na Puchar Wschodniej Azji, na którym zajął pierwsze miejsce. Ostatnim jego meczem w reprezentacji było bezbramkowe spotkanie z Jordanią podczas Mistrzostw Azji w 2004 roku. Łącznie w kadrze narodowej zagrał 105 razy i zdobył 3 bramki.