Największy sukces w karierze Rudy Dhaenens osiągnął w 1990 roku, kiedy zdobył złoty medal w wyścigu ze startu wspólnego na mistrzostwach świata w Utsunomiya. W zawodach tych bezpośrednio wyprzedził swego rodaka Dirka De Wolfa oraz Włocha Gianniego Bugno. Był to jednak jedyny medal wywalczony przez Dhaenensa na międzynarodowej imprezie tej rangi. W sezonie 1990 zajął ponadto drugie miejsce w klasyfikacji generalnej Pucharu Świata. Lepszy okazał się tylko Bugno, a trzeci był Irlandczyk Sean Kelly. Był też między innymi trzeci w Tour de Luxembourg w 1984 roku, drugi w Paryż-Roubaix w 1986 roku oraz w Ronde van Vlaanderen w 1990 roku. W 1992 roku zakończył karierę.