纳粹德国在不列颠战役中战败，1940年9月17日入侵英国计划无限期推迟。这意味着英国商船将无法参与协助遣送事宜，马达加斯加计划由此亦推迟。1940年8月末拉德马赫请求里宾特洛甫召开会议，召集专家对计划进行完善，但里宾特洛甫没有回应。艾希曼的备忘录亦未得到海德里希的批准。1940年8月，华沙及波兰其他地方犹太区建设重启。希特勒仍旧不时提及这一计划，但在1942年2月计划最终彻底取消。1942年3月德國的盟友大日本帝國在印度洋空襲奪得控制權，日本潛艇已可在東非海域活動，島上的維希法國軍隊更和日本帝國海軍聯絡。英国決定發動馬達加斯加戰役自维希法国夺取该岛，最終英軍在1942年11月佔領該島，并将之转交予自由法国。計劃基本上已無可能實行。