V letech 1991–1995 probíhala Chorvatská válka za nezávislost. Chorvati se rozhodli pro odchod z federace. V referendu z 19. května 1991 se pro nezávislost Chorvatska vyslovilo 94,7 procenta hlasujících. Sněm Republiky Chorvatsko 25. června 1991 vyhlásil nezávislost republiky. Referendum neuznali Srbové žijící na území bývalé Vojenské hranice. S podporou jugoslávské armády, tvořené převážně Srby, Srbové tuto část Chorvatska během několika měsíců trvající války ovládli. K významným bitvám patří dobytí Vukovaru (srbské vítězství) a obléhání Dubrovniku (chorvatské vítězství). Na podzim 1991 se fronta stabilizovala, došlo k uzavření příměří, které měly kontrolovat jednotky OSN (nikdy nebylo stoprocentně dodržováno) a Jugoslávská lidová armáda se pod mezinárodním diplomatickým tlakem stáhla. Krajinští Srbové vyhlásili nezávislou republiku Srbská krajina s hlavním městem Knin a prezidentem dr. Milanem Martićem, loajální k srbsko-černohorské Jugoslávii. Chorvatské území obývané převážně etnickými Srby mělo rozlohu přes 17 000 km2 a chorvatské vedení nechtělo dopustit vznik nově vyhlášené republiky Srbská krajina. Během let 1992–1994 obě strany příměří porušovaly, Srbové ostřelovali chorvatská města a Chorvati zase podnikli několik menších ofenziv, dostali se i do střetu s kanadskými vojáky OSN, došlo tedy pouze k částečnému uklidnění situace. Po selhání OSN proběhla v srpnu 1995 rozhodující chorvatská ofenzíva „Oluja“ (Bouře), která ukončila vzájemné čistky. V rukou Srbů se udržela po roce 1995 jen provincie východní Slavonie, která byla pod správou OSN až do roku 1998. Bylo vyhnáno zhruba 200 tisíc Srbů, vypáleno a vyrabováno 600 domů. Vyhnání Srbů se neobešlo bez excesů na civilním obyvatelstvu.