Während des Novemberaufstandes 1830/1831 war Krakau ein Stützpunkt des Waffenschmuggels in das vom Zaren regierte Kongresspolen. Nach dem Sieg über die Aufständischen wurde die Autonomie der Freien Stadt eingeschränkt. So bedurfte die Wahl des Senatspräsidenten seit 1833 der Zustimmung der drei Schutzmächte, zugleich wurde die Krakauer Polizei österreichischer Leitung unterstellt. 1836 bis 1841 wurde Krakau durch österreichische, russische und preußische Truppen besetzt. Der Senat wurde den Weisungen der drei Mächte unterworfen, die selbständige Gerichtsbarkeit der Stadt in politischen Angelegenheiten weitgehend abgeschafft. Nach einem erfolglosen Aufstand wurde Krakau am 16. November 1846 durch Österreich besetzt und als Großherzogtum Krakau in das österreichische Kronland Galizien eingegliedert.