כאשר השרפה הגדולה של שיקגו הרסה את הבניין ב-1871, שקעה האקדמיה בחובות. הניסיונות להמשיך על אף האבדה במתקנים שכורים עלו בתוהו. ב-1878 רבץ על האקדמיה חוב של 10,000 דולר. חברים ניסו להציל את המוסד הכושל באמצעות עסקאות עם אנשי עסקים מקומיים, לפני שחלקם אמרו נואש ונטשו אותו לבסוף ב-1879 כדי לייסד ארגון חדש, שנקרא "האקדמיה לאמנויות היפות של שיקגו". כשהאקדמיה לעיצוב של שיקגו פשטה את הרגל באותה שנה, קנתה האקדמיה החדשה לאמנויות היפות את נכסיה במכירה פומבית.