بعد الغزو العربي لأرمينيا في القرن السابع، غالبًا ما حمل أفراد من عائلة باغراتوني لقب "إيشخان" (أمير) لأرمينيا، وإن كانوا خاضعين لحاكم مسلم أو "أوستيكان" يعينه الخليفة. شهدت فترة الحكم العربي في أرمينيا تدهور سلطة الماميكونيين في نفس الوقت الذي اكتسب فيه الباغراتونيون مكانتهم البارزة، ذلك أن الأخيرين كانا مفضلين لدى الحكام المسلمين. في إبان انهيار الحكم الأمويّ في عام 748م، انضم "الإيشخان" الباغراتوني أشوت الثالث على مضض إلى بقية النبلاء الأرمنيين في ثورة ضد الحكم العربي. أُعمي أشوت بأمر من غريغور ماميكونيان بعد محاولته الانسحاب من الثورة، والتي فشلت بعد وفاة غريغور في عام 794. أُعيد أشوت «الأعمى» إلى الحكم الاسمي باعتباره "إيشخان" بعد أن أعاد العباسيون ترسيخ الحكم العربي في أرمينيا في عام 750. في عامي 774 -775، قاد "السبارابت" سمبات السابع باغراتوني النبلاء الأرمن في ثورة فاشلة ضد الخليفة العباسي، على الرغم من أن جزءًا من آل باغراتوني عارض التمرد. قُتل سمبات في معركة باغريفاند إلى جانب موشيغ ماميكونيان والكثير غيره من النبلاء الأرمن. بعد التمرد الفاشل، خسر الباغراتونيون السيطرة على مناطقهم في تموريك وكوغوفيت وممتلكاتهم في فاسبوراكان، وإن كانت خسائرهم أقل فداحة من خسائر بقية العائلات النبيلة الأرمنية.