A seguito della guerra, Dönitz fu giudicato come criminale di guerra al Processo di Norimberga. Contrariamente a molti altri imputati, non era accusato di crimini contro l'umanità, e molti storici concordano che Dönitz non avesse preso parte all'Olocausto. Comunque, venne imputato per il coinvolgimento nell'intrapresa di una guerra di aggressione e crimini contro le leggi di guerra. Nello specifico, fu accusato di aver intrapreso una guerra sottomarina indiscriminata e di avere dato ordine, dopo l'affondamento del "Laconia", di non soccorrere i sopravvissuti delle navi attaccate dai sottomarini.