Aquest moment es detingué amb les detencions després de la caiguda de Robespierre (27 de juliol de 1794, 9 temidor any II), incloent la del mateix Bonaparte el 6 d'agost. Si bé fou alliberat dues setmanes més tard, el general no es va trobar menys marginat per la seva proximitat al règim jacobí. Durant l'any següent treballà a París a la "Oficina Militar" del Comitè de Salvació Pública, escrivint les instruccions enviades als generals i sense èxit intentà mantenir el seu pla estratègic innovador per a la campanya per dirigir Itàlia. El 5 d' octubre de 1795 (13 Veremari, any IV), però, el comandant de l'exèrcit de París, Paul Barras, li demanà la derrota d'un cop de força realista. Després d'haver reagrupat quaranta canons amb l'ajut del capità Joachim Murat, mantingué la República dispersant els insurgents a trets. El 24 d'octubre fou aclamat per la Convenció, sent ascendit a general de divisió, el rang més alt dels exèrcits de la República, i succeí a Barras al capdavant de l'exèrcit de París.