Säsongen 2010/2011 vann Jönsson sin första mästerskapsmedalj, i sprint i VM i Holmenkollen. I och med sprintsegern den 13 mars 2011 i Lahtis tog Jönsson hem säsongens sprintcup. Ytterligare en seger kom i slottssprinten kring Stockholms slott den 16 mars 2011. Denna var en del av världscupavslutningen som Emil Jönsson efter det andra loppet, som var en prolog på 3,3 km, låg tvåa i. Det tredje loppet var en dubbeljakt över 20 km som Jönsson blev sjua i, vilket var hans klart bästa resultat i ett distanslopp i världscupen. Efter den avslutande jaktstarten blev han tia sammanlagt. Jönsson slutade sexa i den totala världscupen 2010/2011.