Para iniciar la temporada del 2016, Brenes asistió en marzo a su cuarta presentación en el mundial de atletismo en pista cubierta, en esta ocasión celebrado en Portland, donde alcanzó semifinales con registro de 46,49 s. Sin embargo, con una base de entrenamiento en Barcelona y en ruta a los Juegos Olímpicos de Río de Janeiro, el día 23 de junio mejoró su propia marca personal de los 400 m en la ciudad de Madrid en una carrera de ronda previa al registrar 44,60 s, en lo que era la sexta ocasión de su carrera que corría por debajo de los 45 segundos.Además, el 11 de julio participó en una carrera de los 200 m en Málaga en la que ganó un cupo para la justa de verano en dicha especialidad con una marca de 20,43 segundos, nuevo récord nacional.