1939 verloren die ÖSSW im Zuge des Anschlusses Österreichs an das Deutsche Reich ihre Eigenständigkeit und wurden zu Zweigstellen des Stammhauses. Im Zweiten Weltkrieg wurden auch Zwangsarbeiter, Kriegsgefangene und KZ-Häftlinge eingesetzt. Ende des Jahres 1944 waren von ca. 22.000 bei Siemens in der Ostmark tätigen Personen etwa 4.400 Zwangsarbeiterinnen und Zwangsarbeiter, darunter rund 400 KZ-Häftlinge. Die Werksanlagen in Wien wurden durch Bombardements weitgehend zerstört, nach Kriegsende folgte die Demontage noch brauchbarer Anlagen durch die Besatzungsmächte. Das Unternehmen wurde als "Siemens Schuckert Werke" wieder selbstständig und unter großen Schwierigkeiten wieder aufgebaut. 1946 wurden die ÖSSW verstaatlicht, ausgenommen davon waren bis 1955 die unter der Kontrolle der USIA stehenden Werke in der Engerthstraße und der Siemensstraße.