Obyvatelstvo Oudenaarde se v polovině 16. století vzbouřilo proti protestantské reformaci, přidalo se na stranu Gentu a společně bojovali proti císaři Karlu V. Roku 1582 bylo město dlouhodobě obléháno a nakonec se ho Markétin syn Alexander Farnese Parmský vzdal. Uprchlo odtud množství obyvatelstva, řemeslníků, obchodníků i šlechty. Protireformace přinesla do města nový společenský život a na krátkou dobu obnovila výrobu gobelínů. Největší sláva se mu již ale nevrátila. Francie zaútočila na Oudenaarde hned třikrát během následujícího století. Další významnou kapitolou v historii města byla v roce 1708 bitva u Oudenaarde, součást válek o dědictví španělské. Stalo se tak provincií Habsburků. Po roce 1790 trpělo Oudenaarde, stejně jako jiná města, následky Velké francouzské revoluce. První světovou válku dokumentuje několik památníků, které připomínají poničení částí města při bojích.