Ottaviano ricostruì nuovamente la legione nel 41 a.C. per affrontare la ribellione di Sesto Pompeo, figlio di Pompeo in Sicilia. La Legio XIII acquisì il "cognomen" Gemina (gemella appunto, che era l'appellativo comune per indicare le legioni costituite a partire da porzioni di altre legioni), dopo che fu rinforzata con i legionari veterani provenienti da altre legioni dopo la battaglia di Azio. Augusto inviò poi la legione a "Burnum" (l'odierna Tenin) nella provincia romana dell'Illiria (oggi in Croazia), mentre nel 16 a.C., la legione fu trasferita ad "Emona" (odierna Lubiana), in Pannonia, dove dovette fronteggiare le ribellioni locali. Dopo la disastrosa Battaglia della foresta di Teutoburgo del 9 d.C., nella quale i Germani annientarono tre legioni romane, la Legio XIII fu inviata a "Vindonissa", nella provincia di Germania Superior, per prevenire ulteriori attacchi delle tribù germaniche.