Po skončení války se čekalo na jmenování nového arcibiskupa. Dne 4. listopadu 1946 papež Pius XII. jmenoval arcibiskupem pražským (vysvěcen 8. prosince téhož roku) Josefa Berana. Po komunistickém převratu vystoupil proti komunisty zřízené podvratné „Katolické akci“ a exkomunikoval a suspendoval kněze Josefa Plojhara, který přes jeho přísný zákaz přijal místo v komunistické vládě. V letech 1949–1963 byl internován na různých místech Československa, nejprve v arcibiskupském paláci v Praze (1949–1951) a posléze jinde (Roželov, Růžodol, Paběnice, Mukařov, Radvanov). V roce 1963 byl propuštěn z internace, bylo mu však zakázáno vykonávat arcibiskupský úřad. 25. února 1965 jej papež Pavel VI. jmenoval kardinálem titulu Santa Croce in via Flaminia. Stát povolil arcibiskupu Beranovi odjet ze země do Říma na slavnostní předání kardinálského klobouku a donutili jej zůstat v exilu. Poté byl státem umožněno jmenování Františka Tomáška administrátorem pražské arcidiecéze.