Po przejęciu władzy przez komunistów i utworzeniu Związku Radzieckiego rozpoczęły się prześladowania katolików, którym wkrótce odebrano ich miejsca kultu. Kościół zmuszony był zejść do podziemia na kilkadziesiąt lat, aż do upadku ZSRR w 1991 roku. Turkmenistan został podporządkowany administraturze apostolskiej w Kazachstanie.