Lowe cayó enfermo de malaria durante Fair Oaks y estuvo fuera de la comisión durante más de un mes. A su vuelta, se encontró que se le habían retirado los caballos y carros al Cuerpo de globos y quedado fuera de servicio para la Batalla de Antietam. Lowe fue llamado de vuelta al servicio en Sharpsburg y estuvo más tarde con el ejército del General Burnside en Vicksburg. La consiguiente derrota del Ejército de la Unión, en lo que se ha llamado la "Marcha del Barro", hizo que se sustituyera a Burnside por el General Joseph Hooker. Durante este tiempo el Cuerpo de globos había sido asignado al Cuerpo de Ingenieros, y el recién promocionado Capitán Comstock cortó la paga de Lowe significativamente.