V Iónii (dnes turecké pobrežie Egejského mora) si grécke mestá, ktoré zahŕňali veľké centrá ako Milét a Halikarnas, nedokázali udržať samostatnosť a v polovici 6. storočia pred Kr. sa dostali pod vládu Perzskej ríše. V roku 499 pred Kr. povstali Gréci v Iónskom povstaní a Atény a niektoré ďalšie grécke mestá im poslali pomoc, ale po porážke v bitke pri Ladé v roku 494 pred Kr. boli rýchlo prinútené ustúpiť. Malá Ázia sa vrátila pod perzskú kontrolu.