Die Kirche ging aus der seit Juli 1870 betriebenen Missionsarbeit der Finnischen Evangelisch-Lutherischen Missionsgesellschaft (FELM) der Evangelisch-Lutherischen Kirche Finnlands unter Martti Rautanen hervor. Die ersten Taufen fanden am 6. Januar 1883 statt. Seit 1954 kam es zur Bildung der "Evangelisch-Lutherische Ovambo-Kavango-Kirche", die 1984 in den heutigen Namen umbenannt wurde. Die ELCIN spielte im Kampf um die Unabhängigkeit Namibias eine wichtige Rolle. Durch die geographische Lage von Ovambo- und Kavangoland an der Grenze zu Angola lag die Kirche jahrelang im Zentrum des Aufmarschgebietes der südafrikanischen Armee für den Bürgerkrieg in Angola und des Kampfes gegen die Unabhängigkeitsorganisation SWAPO.