1944年，纳粹德国在战争中节节败退，而苏联却正在稳步前进。1944年7月，作为巴格拉季昂行动的一部分，红军抵达立陶宛边境。 大部分立陶宛领土在波罗的海攻势期间被占领。立陶宛的最后一场战斗于1945年1月在克莱佩达结束。预料到苏联会卷土重来，大约100,000名立陶宛人在红军前进之前撤退到德国。 这些立陶宛人大多是政治和文化活动家、艺术家和科学家，受过更好的教育且更富有。战后初期，他们作为难民，定居在其他国家。其中以移民美国的数量最多，他们在海外形成了活跃的立陶宛侨民社区。留在立陶宛的人被征召入伍（约80,000名士兵应征入伍）。男子通过加入立陶宛游击队，武装抵抗苏联而逃脱了征兵。武装抵抗激发了立陶宛人民政治上的不服从，苏联则以迫害作为回应，包括屠杀、处决、逮捕、驱逐出境等。