Si bien en principio la revolución francesa no tuvo orientación hostil hacia la Iglesia, el movimiento se mostró más radical a partir de la cuestión sobre los bienes eclesiásticos.La Asamblea Nacional Constituyente decidió expropiar todos los bienes de la Iglesia, empeorándose desde entonces las relaciones hasta que en 1790 fueron suprimidas las órdenes religiosas, a excepción de las dedicadas a obras de caridad. Dos meses después se publicó la ley que expropiaba y secularizaba todo el patrimonio de la Iglesia. Ese mismo año se aprobó la Constitución civil del clero, con la que se quería separar de Roma a la Iglesia francesa, para lo que se obligó a todo el clero a prestar juramento a dicha constitución. La negativa de dos tercios del clero se siguió de sanguinarias persecuciones en las que 40.000 sacerdotes fueron encarcelados, deportados o ejecutados, como parte de una serie de políticas para descristianizar Francia. Los asesinatos de septiembre de 1792 iniciaron el gobierno del Terror, y en 1793 se prohibió el cristianismo en Francia, estableciendo el «culto a la Razón» en su lugar mientras continuaban las persecuciones contra monárquicos y eclesiásticos. Este acoso solo terminaría tras el golpe de Estado de Napoleón Bonaparte, el 9 de noviembre de 1799, en el que derrocó al gobierno del Directorio. Durante su mandato se restablecía la religión católica y se reconoció mediante concordato que la católica era la fe de la mayoría de los franceses. En 1808 Napoleón, ya emperador de Francia, ocupó Roma y los Estados pontificios, arrestando al papa Pío VI y llevado después a Francia, donde Napoleón intentó sin éxito forzarlo a renunciar al Estado pontificio.