Buchanan befehligte das erste konföderierte Panzerschiff, die "Virginia", während der Schlacht von Hampton Roads und wurde dabei verwundet. Im August 1862 wurde er zum Admiral befördert und nach Mobile, Alabama, beordert. Dort überwachte er den Bau des Panzerschiffs "CSS Tennessee". Zusammen mit drei Forts und einigen kleineren Schiffen sollte die Tennessee die Bucht von Mobile, einem der letzten nicht blockierten Seehäfen der CSA, verteidigen.