Alfonso fue conocido como un hábil y determinado guerrero y ayudó a su padre a sofocar la Conjura de los Barones en 1485 y a defender los territorios del reino frente a las reclamaciones territoriales de los Estados Pontificios. Como "condottiero" luchó en la Conspiración de Pazzi (1478 - 1480) y en la Guerra de Ferrara (1482 - 1484).