Am 10. März 1798 nahmen die Franzosen Stadt und Festung kampflos ein. Sie lösten das Amt Aarburg auf und die regionalen Verwaltungsaufgaben innerhalb der neuen Helvetischen Republik wurden von Zofingen übernommen. Der neu geschaffene Kanton Aargau übernahm 1804 die Festung, die zunächst als Gefängnis und Zuchthaus diente. Darin war unter anderem Ausbrecherkönig Bernhard Matter inhaftiert; seit 1893 ist hier ein kantonales Erziehungsheim untergebracht. Am 4. Mai 1840 wütete ein Grossbrand, der die meisten Gebäude und die Kirche zerstörte; 68 Familien waren daraufhin obdachlos. Das Städtchen wurde wieder aufgebaut, allerdings ohne die Hauptbefestigungen. Auf dem Felssporn, der Festung vorgelagert, entstand zwischen 1842 und 1845 eine neue Kirche.