Gilbertónak három hónapon keresztül háttámaszt kellett viselnie gyógyulása meggyorsításához. A rehabilitáció idejére hazatért rokonaihoz Brazíliába. Kétségessé vált, hogy újra pályára tud-e lépni. Az aggodalmak szerencsére alaptalannak bizonyultak, a hosszú rehabilitációs időszak alatt Silva teljesen felépült. Visszatérése utáni első mérkőzésén, 2005. április 22-én, az Arsenal 4-1-es győzelmet aratott a Norwich City felett. Az egész 2004-05-ös szezonban 7 hónapig volt sérült és csak 17 mérkőzésen játszott. Távolléte egybeesett az Arsenal jelentős formahanyatlásával, sokan kapcsolatba is hozták a két eseményt. Gilberto a nehéz 2004-05-ös szezon végén a bajnoki ezüstéremmel és az FA Kupa megnyerésével vigasztalódhatott. A 2005-ös FIFA Konföderációs Kupán mindössze egy mérkőzésen lépett pályára, 2005. június 22-én az 1-1-es eredménnyel végződött Brazília-Japán összecsapáson. Mellőzésének magyarázata a nem megfelelő fizikai felkészültség és a meccshiány lehet. Csapata végül megnyerte a tornát, így ő is egy aranyéremmel lett gazdagabb.