Joaquín Ignacio partió de Río de Janeiro, Brasil, el 11 de agosto de 1837 para Salvador, capital de la provincia de la Bahía. Él había sido acusado de entregar el prisionero de Bento Gonçalves da Silva (el líder de la rebelión conocida como la Guerra de los Farrapos, que había devastado el Río Grande del Sur desde 1835) a una fortaleza militar. El 7 de septiembre de 1837, fue ascendido a capitán de corbeta. Algunos meses después, la rebelión de la Sabinada estalló en el Salvador. Los rebeldes fueron liberados por Bento Gonçalves, que se escapó de nuevo al Río Grande del Sur. Joaquín Ignacio participó en el bloqueo de la ciudad hasta el fin de la rebelión en marzo de 1838. Su falta de lazos familiares y de influencia política de nuevo frustraram su carrera en 1839, cuando fue sustituido de una promoción bien merecida.