Rosjanie pozostali w mieście do jesieni 1771. Do opuszczenia miasta zmusiło ich wzmożenie działań konfederatów dowodzonych przez Michała Ogińskiego na Litwie oraz groźba zdobycia Warszawy przez Kazimierza Pułaskiego. Jednak nie przyniosło to poznaniakom wolności. 20 października 1771 do miasta wkroczyły oddziały pruskie. Korpusem dowodził gen. Belling, zaś załogą Poznania mjr Heking. Pomimo protestów konfederatów, którzy uważali Fryderyka II za swojego sprzymierzeńca, oraz interwencji Stanisława Augusta, Prusacy stosowali tę samą politykę co podczas wojny siedmioletniej. Niemcy okupowali miasto aż do 8 grudnia 1773, co miało związek z rozpoczęciem obrad Sejmu Rozbiorowego, który ratyfikował I rozbiór Polski. W tym okresie Poznań pozostawał poza głównym nurtem polityki krajowej, zaś jedynym większym wydarzeniem była kasata zakonu jezuickiego i przejęcie jego majątku przez parafię farną. Kolegium natomiast połączono z Akademią Lubrańskiego, tworząc na mocy konstytucji powołującej KEN wojewódzką Szkołę Wydziałową. Odchodząc Prusacy zmusili władze miasta do wydania dokumentu świadczącego o braku szkód wyrządzonych przez armię i uregulowaniu wszelkich rachunków. Wolność nie trwała jednak długo, już 20 grudnia do Poznania ponownie wkroczyli Rosjanie, którzy wycofali się dopiero w 1775.