Во время Второй мировой войны Стоун служил в Арктических конвоях и в Средиземном море. Дважды его корабль был торпедирован. Последний раз это было во время службы на борту легкого крейсера типа «Уганда» — HMS Newfoundland — во время вторжения союзников на Сицилию, когда корабль был атакован немецкой подлодкой U-407. После неполного ремонта на Мальте корабль, используя только два винта, добрался через Атлантику для окончательного ремонта на военно-морскую верфь Бостона. После этого Уильям Стоун продолжил службу на море и покинул военно-морской флот в 1945 году.