Als sich trotzdem Anfang September ein Sieg der Unabhängigkeitsbefürworter abzeichnete, überzogen indonesische Sicherheitskräfte und pro-indonesische Milizen Osttimor mit einer Gewaltwelle, der bis zu 3000 Menschen das Leben kostete. 250.000 Osttimoresen mussten aus ihrem Heim fliehen oder wurden von der Besatzungsmacht zwangsdeportiert, die Infrastruktur wurde weitgehend zerstört. Der UN-Sicherheitsrat sah sich daraufhin gezwungen, mit der Resolution 1264 eine internationale Eingreiftruppe zu entsenden, um wieder für Ruhe und Ordnung zu sorgen. Osttimor kam für drei Jahre unter UN-Verwaltung, bevor es schließlich 2002 endgültig in die Unabhängigkeit entlassen wurde.