El Virreinato del Perú fue creado por el rey Carlos I el 20 de noviembre de 1542, a partir de las gobernaciones de España formadas tras la Conquista y Emancipación del Perú en el siglo XVI. El virreinato formó parte de las posesiones de la monarquía española, cuyo "estandarte real" era un "emblema común en los territorios de España, que se paseaba y levantaba en diversas circunstancias. Representaba el poder Real y servía de insignia para que los pueblos manifestasen su lealtad a la Corona". El estandarte real llevaba por un lado una estrella y tres coronas, símbolo de la epifanía, y por otro el escudo real de Castilla y León, y fue el que se adjudicó a José de San Martín en Lima. El estandarte de la conquista, o de Pizarro, llevaba por una cara la imagen del apóstol Santiago y por la otra cara el escudo real de Castilla y León, y fue el que se entregó a Simón Bolívar en Cuzco. Los estandartes militares españoles eran una bandera con la cruz de Borgoña en un paño blanco, amarillo o azul, durante la vigencia de la casa real de Austria; aunque no era exactamente una bandera nacional española, se le considera como un antecedente de esta. Con el advenimiento de la casa real de Borbón se sustituyó el anterior diseño por otro: las armas reales sobre el paño blanco. En 1785 surgió el actual diseño de bandera de España, para diferenciarse de otros reinos borbones: tres franjas horizontales, la central más ancha de color amarillo gualda, y rojas las otras dos, con el escudo de armas reales al centro. Las fortalezas navales, las flotas y ejércitos del Imperio español emplearon en América durante el Virreinato sus banderas particulares respectivas. La batalla de Ayacucho señaló el final del virreinato peruano en 1824. El virrey constitucional José de la Serna empleó en dicha batalla la "Bandera Real" con los colores de la bandera roja y gualda junto al símbolo de la bandera de las Cortes de Cádiz (1812) del español de Diego Muñoz Torrero.