1966年に南アフリカ共和国は本国と同様にナミビアにもバントゥースタンを設置し、アパルトヘイト政策を行った。脱植民地化時代におけるこの露骨に人種主義的な政策は、国際的な非難とそれにともなう南アフリカへの経済制裁やナミビア国内での独立運動の高揚を招いた。同年7月には南西アフリカ人民機構（SWAPO）の武装蜂起によってナミビア独立戦争（1966年 - 1990年）が始まった。1968年には国連総会が、南西アフリカからナミビアと改称したうえで、国連ナミビア委員会の統治下に置く旨を決議した。1971年に鉱山労働者がストライキを行ったが、翌1972年に南アフリカ国防軍の出動によって鎮圧された。1973年には国連がSWAPOを承認した。1975年に前年のカーネーション革命によってポルトガル領だったアンゴラが独立し、アンゴラ内戦が勃発すると、ナミビアはアンゴラに直接介入する南アフリカ防衛軍の拠点となり、ナミビアとアンゴラの国境付近では南アフリカ軍とアンゴラ軍やキューバ軍との対峙が続いた。