Pataki trat sein neues Amt am 1. Januar 1995 an. Nach zwei ungefährdeten Wiederwahlen in den Jahren 1998 und 2002 konnte er es bis zum 1. Januar 2007 ausüben. In seinen ersten Amtszeiten wurden im Staat New York über 600.000 neue Arbeitsplätze geschaffen. Der Gouverneur förderte neue Technologien und das Wirtschaftswachstum. In seinen ersten beiden Amtszeiten gab es einen merklichen Wirtschaftsaufschwung. Dann kamen die Terroranschläge des 11. September 2001: Da der Anschlag auf das World Trade Center in New York City in seinem Staat stattfand, war Pataki davon direkt betroffen. Er führte den Staat durch die Zeit der Trauer und Betroffenheit. Neben den vielen Opfern und dem materiellen Schaden, die durch die Anschläge zu beklagen waren, führten sie in der Folge auch zu einer Wirtschaftskrise, von der die gesamte westliche Welt betroffen wurde. Erst allmählich gelang es diese zu überwinden.