Komisja utworzyła eskadrę okrętów, która w 1627 odniosła zwycięstwo w bitwie pod Oliwą w czasie wojny polsko-szwedzkiej 1626-1629. Za czasów panowania Władysława IV w latach 1632-1634 zorganizowała nową eskadrę, składającą się z 11 okrętów z 200 działami i 700-osobową załogą. Wzniosła na Półwyspie Helskim twierdze Władysławowo i Kazimierzowo, rozbudowała port wojenny w Pucku. Jej działalność finansowana była z wpływów z ceł morskich.