Sin embargo, pese a estos triunfos, Francia estaba perdiendo con claridad la guerra en el frente sur, por lo que en marzo de 1796 el Directorio nombró un nuevo comandante en jefe: Napoleón Bonaparte. A su llegada a Lonato, Bonaparte confirma a Masséna en su puesto y junto a él comienza una espectacular campaña que se salda con las victorias de Lonato, Castiglione, Bassano, Caldiero y Arcoli. En verano de 1796 participa en la Batalla de Rívoli y en invierno de ese año en la toma de Mantua.