El 1 de marzo de 1861, Hill renunció al ejército de los Estados Unidos y se convirtió en coronel de Virginia. Estuvo al mando de una unidad en la Primera batalla de Bull Run. El 26 de febrero de 1862, Hill se convirtió en general de brigada. Después de la promoción, Hill sirvió brillantemente durante la Batalla de Williamsburg durante la Campaña de la Península. Como resultado de su liderazgo, Hill fue ascendido a mayor general el 26 de mayo de 1862.