Aanvankelijk reisde Dubois veel congressen af om zijn vondsten te presenteren, maar nadat de kritiek bleef aanhouden trok hij zich terug uit het debat. In 1897 liet hij de gerespecteerde Duitse anatoom Gustav Schwalbe van de universiteit van Straatsburg een afgietsel maken van het schedeldak in de hoop steun te krijgen voor zijn inzichten. Toen Schwalbe echter een uitgebreide beschrijving van zijn fossielen publiceerde, voelde Dubois zich verraden en besloot hij zijn fossielen niet meer aan anderen te tonen. Pas in 1923, na interventie van de KNAW, stond hij andere onderzoekers weer toe de fossielen van "Pithecanthropus" te bekijken. Overigens maakte hij voor de Wereldtentoonstelling van 1900 in Parijs wel een levensgrote reconstructie van de javamens. Hoewel zijn Indische fossielen waren ondergebracht in het Nationaal Natuurhistorisch Museum in Leiden (de "collectie Dubois") werd hij ook conservator voor Teylers Museum in Haarlem.