קברל, שלא נבחר בבחירות, אלא נישא על גלי מנהיגותו המהפכנית, שלט באחת המדינות העניות והמוזנחות בעולם וכונן משטר חד-מפלגתי. המדינה נפגעה לא רק מהזנחה הממושכת מצד השלטון הקולוניאליסטי הפורטוגלי ומהרס התשתיות הצנועות בעת הלוחמה, אלא גם מן הבצורת הקשה שהכתה באפריקה בשנות השבעים. בנוסף לניסיונות לפתח את המדינה, נתקל קברל בהאשמות על מעורבותו בהוצאה להורג של מקומיים אשר סייעו לממסד הפורטוגלי בתקופת הלוחמה. האשמה נוספת שהועלתה נגד קברל הייתה מוצאו מקאבו ורדה והעובדה שאייש משרות בכירות רבות על ידי ילידי האיים, תוך אפליה כלפי מקומיים ילידי היבשת. על רקע האשמה זו הודח קברל ב-14 בנובמבר 1980 על ידי סנו, ראש הממשלה ומפקד הצבא לשעבר, ז'ואאו ברנארדו ויאיירה, שתפס את השלטון בהפיכה צבאית. המדינה נשלטה בידי מועצה מהפכנית עד 1984. מערכת בחירות מרובת-מפלגות נערכה לראשונה בשנת 1994, אולם הפיכה צבאית ב-1998 הובילה למלחמת האזרחים של גינאה ביסאו, ולגירוש הנשיא. בחירות נערכו שוב בשנת 2000, ונבחר בהן הנשיא קומבה יאלה.