En 2009, Donovan fue parte del equipo estadounidense que disputó el subcampeonato en la Copa FIFA Confederaciones, venciendo 2-0 en la semifinal a , número uno en la clasificación mundial de la FIFA y que ostentaba hasta entonces un récord de 35 partidos invicta. Anotó uno de los dos goles de su selección en la final contra , partido que perdieron por 3-2. El estadounidense terminó el torneo con dos goles en cinco presentaciones.