Il padre era un ricco proprietario basco, che fece crescere i figli presso un curato; il giovane Harispe intraprese la carriera militare e servì in qualità di volontario nel 1792; fu nominato nel 1793 comandante di una compagnia organizzata a Saint-Jean-Pied-de-Port e reclutata dai baschi, si distinse sulla frontiera spagnola nella campagna del 1795. Dopo la pace con la Spagna (Pace di Basilea) Harispe coi suoi baschi fu inviato di guarnigione a Bordeaux. Combatté contro gli insorti della Alta Garonna e nel 1798 prese parte alla campagna dei Grigioni.