Mit Beginn der Ära Putin in Russland verbesserten sich die Beziehungen zwischen Aserbaidschan und Russland. Aserbaidschan stellte seine Unterstützung für die Tschetschenen ein, die zwei Staaten einigten sich über eine Grenzziehung im Kaspischen Meer. Ein nicht zu unterschätzender Grund für die besseren Beziehungen und die relative Unabhängigkeit Aserbaidschans von Russland ist die KGB-Vergangenheit der beiden Staatspräsidenten Wladimir Putin und Heydər Əliyev, was für eine gute Kommunikationsbasis sorgt. Əliyev hatte im KGB jedoch den Generalsrang, Putin war nur Oberstleutnant. Darüber hinaus standen in der Mitte der 2000er Jahre der Westen und die Türkei der Diktatur, die Əliyev errichtete, wenig offen gegenüber, während Putin etwas später einen Staat in ähnlichem Stil errichtete. Im Bergkarabachkonflikt unterstützte Russland jedoch weiterhin Armenien; russische Friedenstruppen lehnt Aserbaidschan jedoch ab. Der Forderung Russlands, keine Pipelines an russischem Territorium vorbei zu bauen, kam Aserbaidschan nicht nach. Als Russland nach dem Aus für die Nabucco-Pipeline forderte, Aserbaidschan solle sein gesamtes Gas an Russland verkaufen, lehnte Əliyev mit den Worte ab, dass er es entweder direkt in den Westen verkauft oder im Boden belässt. Auch außenpolitisch vertritt Aserbaidschan andere Positionen als Moskau: Es verhielt sich neutral beim russischen Einmarsch in Georgien und bezeichnete den umstrittenen Sieg des russlandorientierten Wiktor Janukowytsch bei der Präsidentschaftswahl in der Ukraine 2004 als illegitim.