En termes d'organisation des actions à mener, les leçons de l'action des Einsatzgruppen en Pologne sont tirées lors de l'attaque contre l'Union Soviétique, notamment afin d'éviter les tensions avec la Wehrmacht dont certains officiers avaient protesté contre la brutalité des SS en Pologne. En Union soviétique, les tâches et les zones de déploiement des Einsatzgruppen, ainsi que leur mode de collaboration avec la Wehrmacht, seront ainsi définis en concertation avec les plus hautes autorités militaires, avant même le début des opérations.