Гамильтон командовал дивизией до 1813 года; в ноябре 1812 года его войска защищали город Альба-де-Тормес против армии маршала Сульта. В 1813 году, после четырех лет непрерывных кампаний, Гамильтон был вынужден вернуться в Англию по болезни; во время его отсутствия он был награждён португальской династией Рыцарским Большим Крестом Ордена Башни и Меча, а также был посвящен в рыцари принцем-регентом и получил звание почётного полковника 2-го цейлонского полка. Гамильтон вернулся в свою дивизию в конце 1813 года и командовал ею в одной из последних битв Пиренейской войны. После договора в Фонтенбло Гамильтон вернулся в британскую армию, был назначен лейтенант-генералом в знак признания его заслуг и был назначен в тихое место командовать фортом Дунканнон.