W 1999 roku doszło do wojskowego zamachu stanu. Pucz zapoczątkował okres nieustannych konfliktów. W następstwie zamachu Konan-Bédié został obalony. Władzę przejął Narodowy Komitet Ocalenia Publicznego, a jego przywódcą został generał Robert Guéï. Wojskowi zawiesili konstytucję i rozwiązali parlament. W 2000 roku junta powołała tymczasowy rząd z udziałem wojskowych i polityków. W tym samym roku wprowadzono nową konstytucję. Wybory, które odbyły się w tym samym roku, wygrał Laurent Gbagbo, chrześcijanin z południa kraju. Jego wyboru nie uznała armia i muzułmańska północ Wybrzeża. W 2002 roku generał Guei zorganizował nieudany pucz. O ile rebelia wiernych mu wojskowych została zdławiona, to bunt utrzymał się na muzułmańskiej północy, co przerodziło się w wojnę domową. W kraju rozgorzały antagonizmy religijne i etniczne. Francja zareagowała na konflikt zwiększeniem militarnej obecności w kraju. Na jesień 2004 roku francuskie wojsko zniszczyło lotnictwo Wybrzeża, co wywołało gwałtowne antyeuropejskie zamieszki w Abidżanie. W latach 2010–2011 miał miejsce okres dwuwładzy (rządy byłego prezydenta Laurenta Gbango i nowo wybranego – Alassane Ouattary). Kryzys zakończyła II wojna domowa zakończona zwycięstwem stronników Outtary.