V Burundi byla zachována monarchie s Tutsijskou mocí, ale i tito utlačovali tamější Hutuy. Vraždění bylo částečně pozastaveno až nástupem taktéž umírněného generála Bagazy z kmene Hutuů. V roce 1987 byl ale jeho režim svržen, do čela státu se postavil Buyoya a rozpoutaly se další boje. Po volbách vyhraných Hutuy byla rozpoutána občanská válka, ve které si však Hutuové moc udrželi. Při sestřelení letadla v roce 1994 zemřel rwandský prezident Habyarimana, i burundský Ntaryamira. Rwandští Hutuové tohoto využili jako spouštěcího mechanizmu k následné genocidě.