I starten af det 19. århundrede, hvor det meste af Sydamerika var involveret i uafhængighedskrige, fik Peru en kongelig fæstning. Mens eliten vaklede mellem frigørelse og loyalitet til den spanske monark, kom uafhængigheden efter José de San Martíns og Simón Bolívars militære kampagner. I løbet af republikkens tidlige år, var der endemiske kampe for styrke mellem militærledere, som skabte ustabilitet. En national identitet blev skabt i løbet af denne periode, hvor bolivianske projekter for Latinamerikansk Konføderation blev grundlagt, og en union med Bolivia, der varede i en kort tid. Mellem 1840'erne og 1860'erne havde Peru stabilitet under præsident Ramón Castilla, der forøgede statsindtægterne fra eksport af guano. Dog blev disse resurser forødede i 1870'erne, hvor landet var i gæld, og politiske kampe igen startede.