Quatre ans plus tard, Jomo Sono prend la place du sélectionneur Carlos Queiroz, démissionnaire après la mauvaise performance des "Bafanas Bafanas" lors de la Coupe d'Afrique des nations de football 2002 au Mali. L'Afrique du Sud du sélectionneur Sono et du capitaine Lucas Radebe ne parvient pas à franchir le premier tour de la coupe du monde 2002 mais elle fait meilleure impression qu'en 1998 en sortant du tournoi la tête haute, avec 5 buts marqués, une victoire contre la Slovénie (1-0) et un nul contre le Paraguay (2-2). Sa seule défaite intervient contre l'Espagne (3-2).