После Варкизского соглашения 1945 года и разоружения ЭЛАС Герман вернулся в монастырь Агафона. В 1946 году, во время «белого террора», предшествовавшего гражданской войне, он был похищен и подвергнут пыткам правой бандой Костаса Вурлакиса. «Чёрные полковники» также преследовали Германа как симпатизирующего коммунистам, отправив его на суд Синода в 1968 году, где он, впрочем, был оправдан.