Po wybuchu II wojny światowej zmobilizowany, wziął udział w kampanii wrześniowej, walcząc m.in. pod Lubaczowem i w bitwie pod Tomaszowem Lubelskim. Następnie powrócił do nauczania w szkole w Laskówce. Zaangażował się w działalność konspiracyjną, w tym werbunek nowych członków podziemia. W wyniku denucjacji kierowanych przez ludność ukraińską do władz niemieckich był poszukiwany przez Gestapo. Przed aresztowaniem ostrzegła go jego przyszła żona Stefania Wydra. Stefania wyniosła także z mieszkania wszelkie obciążające Dańczaka materiały konspiracyjne, ważne dokumenty i zdjęcia. Kazimierz Dańczak został pozbawiony posady i służbowego mieszkania. Poszukiwany przez Gestapo musiał się ukrywać w Lisówce i okolicach. Według relacji jego kuzyna Władysława Bogaczewicza, który pomagał Kazimierzowi Dańczakowi dostarczając ubrania, jedzenie i wykonując inne zadania - Dańczak posługiwał się sfałszowaną Kennkartą na nazwisko Stanisław Gołębiowski.