След края на 1985 в която Ники Лауда обяви окончателно своята състезателна кариера, Прост стана действащия номер 1 в отбора, като Кеке Розберг зае мястото на австриеца в Макларън. Прост успешно защити шампионската си титла след оспорвана битка с двамата пилоти на Уилямс, Нелсън Пикет и Найджъл Менсъл. Преди финалните етапи за ГП на Австралия, Прост се намираше на втора позиция зад Менсъл. Французинът имаше същия брой победи каквито има и Пикет, но имаше четири втори места, от трите на бразилеца, като така Прост е класиран втори пред Пикет. Докато Прост се намираше зад Пикет на трасето, Менсъл отпадна след като задна лява гума експлодира, карайки с близо 290 мили в час и катастрофира. От Уилямс решиха да пратят Пикет в бокса за смяна на гуми като предпазна мярка, докато Прост направи своя пит-спот преди това. Той след това запази лидерството си до финала като с това постигна и втората си титла.