W 1685, Jakub wstąpił na tron. Pojawiło się pytanie, czy Maria jest w stanie urodzić następcę tronu. Kiedy urodziła syna Jakuba w 1688, od razu powstało wiele plotek na jego temat; on również miał urodzić się martwy i zostać podmieniony. Jakub zwołał nadzwyczajne posiedzenie swojej rady, która orzekła, że mały książę Walii, jest synem jego i Marii. Kilka miesięcy później wybuchła rewolucja Wigów – Chwalebna rewolucja. 10 grudnia 1688 Maria i jej synek uciekli do Francji. Najstarsza córka Jakuba – Maria i jej mąż Wilhelm III Orański zostali przez Wigów wyniesieni na tron.