Dopo la capitolazione francese del giugno 1940 in Europa e prima della Campagna di Siria e Libano nel giugno 1941 Seyrig si recò prima in Messico e poi a New York, dove lavorò con le Forces françaises libres. Dopo la fine della guerra tornò a Beirut e fu per venti anni direttore dell'"Institut français d'archéologie du Proche-Orient" (IFAPO)).