W 1560 ostatni komtur parnawski konwentu Rutger Wolf przekazał miasto i zamek reprezentantom Rzeczypospolitej. W 1578 roku Parnawa nie zdołała obronić się przed wojskami moskiewskimi Iwana Groźnego, który na cztery lata zajął zamek i miasto. Polska odzyskała Parnawę w 1582 roku i od 1598 roku było stolicą województwa parnawskiego (istniało formalnie do 1660). Było to obok województwa dorpackiego najbardziej na północ położone województwo Rzeczypospolitej. Pierwszym wojewodą został starosta sancelski Maciej Dembiński. Jedną z decyzji władz polskich było ostateczne zlikwidowanie w 1599 roku miasta po północnej stronie rzeki i przesiedlenie wszystkich mieszkańców na południową stronę rzeki. Podczas wojny ze Szwecją (1600-1611) wojska szwedzkie księcia Karola Sudermańskiego zajęły miasto 17 października 1600 roku. W 1609 roku hetman Jan Karol Chodkiewicz brawurowym nocnym atakiem zaatakował miasto i odbił je wraz z zamkiem (więcej: Oblężenie Parnawy). Następnie po zabraniu statków z portu w Parnawie odniósł zwycięstwo w morskiej bitwie pod Salis. W 1617 roku nominację na wojewodę otrzymał Teodor Denhoff. Podczas wojny ze Szwecją w latach 1617-1618 w dniu 14 sierpnia 1617 Parnawa została zdobyta przez Szwedów po trzydniowej obronie polskiego garnizonu. Panowanie Szwecji w Parnawie zostało usankcjonowane w oliwskim traktacie pokojowym.