Scholl, que jogou também nas equipes Sub-21 e Olímpica entre 1991 e 1992, também esteve presente na conquista da Eurocopa de 1996, com a Seleção Alemã, pela qual fizera sua estreia no ano anterior. Foi ele quem deu lugar ao então desconhecido Oliver Bierhoff, que marcou os 2 gols que viraram o jogo decisivo entre Alemanha e República Checa. Participou também na pífia campanha alemã na Eurocopa de 2000, tendo marcado o único gol da seleção no torneio, no empate contra a também eliminada Romênia.