לאחר מכן היה שותף לעשיית הסרט "11'09"01 September 11" משנת 2002, שהיה אסופת אפיזודות של 11 במאים בולטים ממדינות שונות המגיבים לאירועי הטרור של ה-11 בספטמבר ודנים ביחסים שבין המערב לעולם השלישי. גונסלס איניאריטו ייצג בסרט את מדינתו - מקסיקו.