Kriegel regresó a Checoslovaquia en noviembre de 1945 y, mientras continuaba trabajando como médico, se involucró en el trabajo político del Partido Comunista. Era miembro del Comité Regional del KSČ en Praga y trabajaba como secretario en las Milicias Populares cuando el KSČ tomó el control del país en febrero de 1948. Fue nombrado subsecretario del Ministerio de Salud en 1949. Durante las purgas políticas del partido en la década de 1950, Kriegel tuvo que dejar el Ministerio y trabajó como médico para la empresa Tatra. Reanudó su carrera médica en 1957 y se convirtió en médico jefe del hospital Vinohrady en Praga. En 1960, fue a Cuba como asesor del gobierno de Fidel Castro sobre la organización de la atención médica, por lo que estaba allí en el momento de la crisis de los misiles. Cuando regresó a Checoslovaquia, Kriegel rechazó un puesto en la organización del partido, pero se presentó como miembro de la Asamblea Nacional y fue elegido en 1964. Finalmente, se convirtió en miembro del Comité Central del KSČ en 1966, aunque se opuso a la corriente conservadora neoestalinista en el partido. Cuando Alexander Dubček fue elegido Primer Secretario del Comité Central del KSČ en enero de 1968, Kriegel fue uno de los principales defensores del ala democrática del partido. A lo largo de este período, no abandonó su carrera médica; trabajó como médico jefe primero en el Instituto de Investigación de Enfermedades Reumáticas (1963-1965) y luego en el hospital Thomayer de Praga (1965-1969).