Pękiel fu l'assistente di Marco Scacchi quando quest'ultimo guidava la Cappella Reale di Varsavia e successivamente fu egli stesso "Kapellmeister" dal 1649 al 1655. Dopo questa data si trasferì a Cracovia, dove diresse l'orchestra della cattedrale dopo la morte di Franciszek Lilius nel 1657. La maggior parte delle sue composizioni fu perduta durante la guerra tra Polonia e Svezia. Importante fu la sua produzione di musica sacra, di cui ci restano circa 30 opere, per cori a più voci con accompagnamento strumentale, secondo i canoni dello stile concertato italiano.