Em algum momento depois de 538, Troglita foi enviado para a fronteira oriental, onde por 541 foi nomeado duque da Mesopotâmia, um dos mais importantes comandos militares na região. Nesta posição, prendeu um membro da embaixada enviada pelo rei ostrogótico Vitige aos persas para incitá-los a atacar o Império Bizantino. Quando a guerra eclodiu, de acordo com Coripo, João marcou um número de sucessos contra o exército persa: derrotou o general Nabedes próximo de Nísibis, liderou seu exército em um ataque noturno bem sucedido contra a força persa que estava sitiando Teodosiópolis, e então derrotou outro exército persa que sitiava Dara, capturando o general Mermeroes. Procópio, contudo, dá um registro diferente da primeira batalha, indicando que Troglita tinha sido salvo de um repentino ataque persa por Belisário, e não menciona os outros dois incidentes. No entanto, Coripo mantêm que João foi felicitado por sua atuação por Urbício, um dos conselheiros do imperador Justiniano, que tinha sido enviado para supervisionar a guerra.