Eguavoen startte zijn trainerscarrière bij de club waar hij zijn spelerscarrière afsloot: het Maltese Sliema Wanderers. Na een korte passage bij Bendel Insurance FC werd hij in 2002 bondscoach van de Nigeriaanse U20. In 2005 werd hij bondscoach van Nigeria. Nigeria slaagde er onder zijn bewind niet in om zich te plaatsen voor het WK 2006, maar eindigde datzelfde jaar wel derde op de Afrika Cup door in de troostfinale Senegal te verslaan. Hij werd in 2007 opgevolgd door Berti Vogts.