Hans forældre var postmester, premierløjtnant Johan Christian baron Haxthausen (1799-1866) og Elisa Marie Friborg f. Schytte (1801-l878). Fra 1844-49 var han landkadet og blev sekondløjtnant sidstnævnte år ved 3. jægerkorps med aldersorden fra 1848, hvornæst han i 1850 deltog i slaget ved Isted og i fægtningen ved Mysunde. I 1854 kom han til tjeneste ved 1. jægerkorps, hvorved han blev premierløjtnant 1858, og i 1859 på Den kongelige militære Højskole, hvis stabsafdeling han gennemgik, hvorefter han uddannedes videre ved de andre våben. Mobiliseringen 1863 fremkaldte en afbrydelse heri, og Haxthausen ansattes som adjudant ved 5. brigade, i hvilken stilling han deltog i forsvaret af Dannevirke og af Dybbølstillingen, særlig i fægtningerne 17. og 28. marts 1864.