Kubo est convoqué à sa première compétition officielle avec son pays, sur invitation, avec un Japon rajeuni en préparation de leurs Jeux olympiques à domicile, lors de la Copa América 2019 organisée au Brésil. Le , il est titulaire pour la première fois lors du premier match du Japon dans la compétition contre le Chili, perdu 4-0. Kubo dispute les trois matchs des "Samurai Blue", dont deux comme titulaire, qui sont éliminés en phase de groupe.