В ходе Карабахской войны 23 июля 1993 года город был захвачен армянскими формированиями. 20 ноября 2020 года, по условиям соглашения, завершившего боевые действия 2020 года, контроль Азербайджана над Агдамом и Агдамским районом был восстановлен. По свидетельствам очевидцев, за годы оккупации город был превращён в руины.