Nach der Mobilmachung, die schon Anfang August 1939 begann, wurde das Korps beim Überfall auf Polen eingesetzt. Anfang September stand das XIII. Korps zusammen mit dem X. Armeekorps am linken Flügel der 8. Armee im Raum nordöstlich von Breslau, unterstellt waren die 10., 17. und 221. Infanterie-Division. Am 12. September musste das XI. Armeekorps, die bereits gewonnene Linie Sochaczew und Łowicz nach einem starken polnischen Gegenangriff aus dem Raum Kutno, wieder aufgeben und musste von der über Ozorkow heranrückenden 17. Infanterie-Division (mit Teilen der SS-Leibstandarte) gestützt werden. Die 8. Armee gruppierte dabei das XI. Armeekorps nach Norden um und ließ die 24., 10., 17. und 30. Infanterie-Division von Süden her zum Gegenangriff gegen die Bzura antreten. Am 13. September musste der polnische General Kutrzeba seine Truppen wieder zwischen Bielawy und Leczyca zurücknehmen. Während der folgenden Schlacht an der Bzura hielt das Kommando die hartbedrängte Südfront des Einschließungsringes. Ab 25. September 1939 übernahm das Korps die Führung über die 31., 10. und 46. Infanterie-Division am südlichen Einschließungsring von Warschau. Im Dezember 1939 wurde das Generalkommando in den Westen verlegt und im Raum Trier der 16. Armee der Heeresgruppe A unterstellt.