1661年に始まったポルトガルとの交戦（ポルトガル王政復古戦争）にフアン・ホセは司令官として臨んだが、スペイン軍はイギリスやフランスの支援を得たポルトガルに苦戦し、1663年6月8日にエストレモスの戦いで敗北を喫するとフアン・ホセは最高司令官から解任され、領地のコンスエグラに戻った。