Fischer sinh ra ở Graz, Styria, ở khu vực lúc đó trở thành Đức Nazi sau "Anschluss" tháng 3 năm 1938. Fischer the học trường trung học, tập trung vào lĩnh vực nhân đạo và dự kì thi "Matura" năm 1956. Ông học luật tại Đại học Wien, nhận học vị tiến sĩ vào năm 1961. Trong năm 1963 ở tuổi 25, Fischer, đã dành một năm hoạt động tình nguyện tại Kibbutz Sarid, phía bắc Israel. Ngoài làm một chính trị gia, Fischer cũng theo đuổi một sự nghiệp hàn lâm, và trở thành một Giáo sư Khoa học Chính trị Đại học Innsbruck vào năm 1993.