Von nun an betrieb Pichegru die Operationen so nachlässig, dass er den Ertrag aus den französischen Siegen zu mindern schien und dadurch der Regierung verdächtig wurde. Das neue Direktorium übertrug ihm daher einen Gesandtschaftsposten in Schweden. Pichegru nahm diesen Posten aber nicht an, sondern zog sich in das ehemalige Kloster Bellevaux etwa 70 km nördlich seiner Geburtsstadt Arbois zurück. 1797 wurde er nach dem Staatsstreich des 18. Fructidor (4. September) als Mitglied und Präsident des Rats der Fünfhundert verhaftet und zur Deportation nach Cayenne verurteilt. Von hier entkam er im Juni 1798 mit sieben Gefährten nach Paramaribo, ging nach England, schloss sich 1799 dem österreichisch-russischen Heer unter Alexander Michailowitsch Rimski-Korsakow an, lebte einige Zeit in Deutschland und kehrte dann nach England zurück.