קפדבילה שיחק לראשונה בנבחרת ב-16 באוקטובר 2002 (תיקו 0-0 עם פרגוואי), והוא כבש את השער הראשון שלו בנבחרת ספרד בטורניר המוקדמות ליורו 2008, נגד שוודיה ב-17 בנובמבר 2007, במשחק שהסתיים בתוצאה 3-0 לספרד. קפדבילה היה שותף לזכיית נבחרתו ביורו 2008 ובמונדיאל 2010.