Вместе с полком А. Н. Аммосов принимает участие в подавлении Венгерского восстания (1848–1849) и в Крымской войне (1853–1855). Находясь в действующей армии сначала на Дунае, а потом в Севастополе, А. Н. Аммосов участвует в боях и получает тяжёлое ранение, но не оставляет армию. Во время Кавказских походов 1859–1863 годов А. Н. Аммосов служит под командой К. К. Данзаса — бывшего секунданта А. С. Пушкина, сосланного на Кавказ «за недонесение» о дуэли. От К. К. Данзаса он узнаёт подробности этой дуэли, легшие впоследствии в основу его книги «Последние дни жизни и кончина А. С. Пушкина». В годы Польского восстания 1863 года А. Н. Аммосов находился в составе русской армии в Польше. В последние годы жизни состоял управляющим Палатой государственных имуществ Волынской губернии.