Förutom politiska stridigheterna mellan president Kabila och oppositionen har diverse regionala konflikter fortsatt att pågå oavbrutet sedan andra Kongokrigets slut medan nya konflikter har brutit ut vid sidan om de gamla. Den före detta arméofficeren Laurent Nkunda inledde år 2006 ett uppror i östra Kongo mot regeringen med förevändningen att skydda tutsifolket i regionen mot de hutumiliser som fortfarande fanns där, en motivering som fick gehör av Rwandas regering. Samtidigt pågick en konflikt mellan främst folkgrupperna hema och lendu i den guldrika Ituriprovinsen i nordost, en konflikt som mellan 1999 och 2006 tagit uppemot 60 000 liv. Upproret, kallat Kivukonflikten, har präglats av rekrytering av barnsoldater och anklagelser om att rebellerna bara vill ha kontroll över naturrikedomarna i de östra provinserna. I början av 2009 allierade sig de forna fienderna Kongo och Rwanda och gjorde gemensam sak mot rebellgrupperna.