З травня 1940 брав активну участь у Французькій кампанії. З 29 лютого 1941 командир 8-ї танкової дивізії Вермахту, якою командував під час окупації Німеччиною Югославії, а з 22 червня 1941 року брав участь у війні проти Радянського Союзу. У складі групи армій «Північ» танкова дивізія Е. Бранденбергера вела бої в Прибалтиці. 26 червня 1941 у складі 56-го моторизованого корпусу генерала від інфантерії Еріх фон Манштейн у складі 4-ї танкової групи діяла в районі Шауляя, захопила Даугавпілс.