Bis zur großen Gebietsreform des Jahres 1833 gehörte Alfaro zur Provinz Soria; danach wurde die Kleinstadt der neugeschaffenen Provinz Logroño zugeschlagen. Der Bahnhof Alfaro besteht seit 1863. Am 21. Juni 1936 wurde Alfaro von Truppen aus Navarra und Logroño besetzt. In der Zeit des Bürgerkrieges befand sich in Alfaro ein Feldflugplatz der Nationalspanier, den auch die Bomber der Kampfgruppe 88 (K/88) der deutschen Legion Condor insbesondere während der Schlacht von Teruel und der Aragonoffensive nutzten. Im Jahr 1980 wurde der Name der Provinz Logroño in La Rioja geändert; außerdem erhielt sie den Status einer Autonomen Region.