Lors de la saison 2007, sur route, il termine troisième des Boucles de la Mayenne. Son été 2007 est malchanceux. Début juillet, il chute lourdement avec un autre coureur lors d'une kermesse à Melle. Il est victime d'une blessure à la tête et d'une fracture de la clavicule. Niels Albert récupère rapidement de ses opérations et reprend l'entrainement. Six semaines après son premier accident, il subit une nouvelle chute pendant un entrainement et souffre d'une commotion cérébrale. Malgré la malchance, il devient pour la troisième fois champion d'Europe espoirs en novembre. Le , il termine troisième de son premier championnat de Belgique élites, à quatre secondes du champion Sven Nys. Le , il devient à Trévise pour la première fois champion du monde de cyclo-cross espoirs. Il remporte également la Coupe du monde espoirs et trois manches du Superprestige élites.