Beauregard otti sen jälkeen Georgian ja Etelä-Carolinan rannikkopuolustuksen komennon. Hän puolusti menestyksellisesti Charlestonia toistuvilta Unionin hyökkäyksiltä 1862–1864. 1864 hän auttoi Robert E. Leetä Richmondin puolustuksessa. Hän voitti kenraalimajuri Benjamin Butlerin Bermuda Hundred-kampanjassa lähellä Drewry's Bluffia. Tätä voittoa seurasi hänen epätoivoinen puolustuksensa Petersburgissa. Hänen pieni 2200 miehen joukkonsa vastusti 16.000 liittovaltion sotilaan hyökkäystä Petersburgin toisessa taistelussa. Hän pelasi uhkapeliä vetämällä Bermuda Hundredin puolustuksensa vahvistamaan Petersburgia. Hän oletti että Butler keskittäisi joukkojaan avomaalle. Hänen uhkapelinsä kannatti ja hän onnistui pitämään Petersburgin riittävän pitkään kunnes Leen armeija saapui.