Bei den Wahlen zum Staatspräsidenten am 9. April 2007 trat Guterres für die FRETILIN an. Beim ersten Wahlgang konnte er mit 27,89 % die meisten Stimmen auf sich vereinen. Bei der Stichwahl am 9. Mai verlor er jedoch gegen den bisherigen Premierminister José Ramos-Horta mit 31 % gegen 69 % der Stimmen. Bei den Präsidentschaftswahlen 2012 am 17. März trat Guterres erneut als Kandidat der FRETILIN an und belegte erneut den ersten Platz, ohne mit 28,76 % die absolute Mehrheit zu erreichen. In der Stichwahl trat Guterres am 16. April gegen den zweitplatzierten Taur Matan Ruak an, verlor diese aber deutlich.