W 1939 w czasie obrony Warszawy kościół nie ucierpiał. W sierpniu 1944 podczas rzezi Woli w przykościelnym ogrodzie Niemcy zamordowali kilkaset osób (mężczyzn, kobiet i dzieci), a świątynia została podpalona. Na stopniach ołtarza zginął proboszcz ks. Mieczysław Krygier.