באביב 1648 פרץ מרד קוזאקים נוסף, גדול בהרבה, בהנהגת בוגדן חמלניצקי. בשלהי מאי נודע לווישנובייצקי על השמדת חילות הכתר בקרב קורסון: צבאו הפרטי היה עתה הכח האחרון שנותר ממזרח לדנייפר. הוא החליט לסגת תוך שהוא לוקח עמו את נאמניו, כולל מספר גדול של חוכרים יהודים ובני משפחותיהם שהיו בסכנת מוות מצד הקוזאקים. בדרכו מערבה אסף עוד פליטים רבים. בתחילה התקדם עד צ'רניהיב ומשם לז'יטומיר, כשעוד ועוד שטחים נופלים לידי המורדים. הם ערכו מעשי רצח המוניים באצולה, ביהודים, בקתולים ובאוניאטים. וישנובייצקי ניהל מסע מלחמה משלו נגד הקוזאקים, תוך שהוא כובש כפרים וערים שלמות וטובח במי שחשד בו בנאמנות לאויב. הוא התנגד לכל פשרה עם המתקוממים ותבע מהסיים לגייס צבא חדש ולדכא אותם בכח. חמלניצקי האשים אותו בהפרת הרגיעה שהשתררה ביוני. אף כי השתלט על יישובים מפעם לפעם, המערכה שהוביל נכשלה. כשהמחנה העיקרי של הקוזאקים יצא לקראתו סמוך לסטרוקונסטנטינוב בסוף יולי, נסוג הרחק מערבה. נתן נטע הנובר, שספרו יוון מצולה הפך לכרוניקה היהודית המוכרת ביותר אודות גזירות ת"ח-ת"ט, כתב עליו: