Le , jour des du Führer, Daluege est promu SS-"Oberst-Gruppenführer" et "Generaloberst der Polizei" : il est le premier SS à atteindre ce grade. Il se rend plusieurs fois dans la partie de l'URSS conquise par les nazis où ont lieu les tueries massives de Juifs. Le lendemain de la mort de Heydrich, en , outre ses fonctions à la tête de l'Ordnungspolizei qu'il conserve, il succède à ce dernier au poste de gouverneur adjoint (ou vice-gouverneur) de Bohême-Moravie (« "Stellvertretender Reichsprotektor in Böhmen und Mähren" ») : en représailles à l'assassinat de son prédécesseur, il est l'un des responsables de la destruction des villages de Lidice et Ležáky.