Paco teki ensiesiintymisensä Espanjan maajoukkueessa 23. syyskuuta 1998 ystävyysottelussa Venäjää vastaan. Paco valittiin joukkueen kokoonpanoon vuoden 2000 EM-kilpailuihin. Hän pelasi turnauksessa yhteensä kolme ottelua.