Transporty znova začali v októbri 1944 po tom, čo bolo Slovensko obsadené Nemcami a bolo potlačené Slovenské národné povstanie a keď sa červená armáda prebila k slovenskej hranici. Nemecko sa rozhodlo okupovať Slovensko, čím krajina stratila aj zvyšok nezávislosti. Počas okupácie bolo deportovaných 13 500 Židov a uväznených ďalších 5 000.