De Zuidelijke Nederlanden werden bij de Vrede van Utrecht (1713) aan Oostenrijk toegewezen, en Eugenius werd tot gouverneur benoemd van de Oostenrijkse Nederlanden. De prins van Savoy stuurde evenwel een vervanger om een tweede offensief te beginnen tegen het Ottomaanse Rijk. Van 1716 tot 1718 vocht hij met Emmanuel Jozef van Portugal in de Oostenrijks-Turkse oorlog in de slag bij Petrovaradin, Temesvár en Belgrado (1717), die in het voordeel van Oostenrijk werd beslist met de Vrede van Passarowitz. Hierdoor werden Servië en Bosnië tijdelijk bij het Rijk gevoegd. Vanaf die tijd vormde Ahmed III geen bedreiging meer. Eugenius benoemde Jean Baptiste Bassand tot zijn lijfarts, die hem behandelde tegen de pokken. De laatste oorlog waarin Eugenius meevocht was de Poolse Successieoorlog in 1734. Hij werd vervolgens als diplomaat betrokken bij het huwelijk van Maria Theresia met Frans Stefan van Lotharingen. In 1713 uitte hij zijn scepsis ten opzichte van de Pragmatieke Sanctie, waarbij de opvolging van keizer Karel VI door zij dochter Maria Theresia werd geregeld, nadat diens enige zoon was gestorven. Eugenius stierf in 1736 als een schatrijk man en ligt begraven in de Stephansdom.