Na konci 20. let 19. století, na začátku své vojenské kariéry, se Kearny oženil s Mary Radfordovou, nevlastní dcerou Williama Clarka z Lewisovy a Clarkovy expedice. Měli spolu jedenáct dětí, z nichž šest zemřelo v dětství. Jeho synovcem byl Philip Kearny, který se stal generálem v americké občanské válce a zahynul v bitvě u Chantilly.