Bildandet av Panamanäset har också haft stor betydelse för den biologiska mångfalden i världen. Sydamerika hade innan dess varit isolerad i många miljoner år. Vissa arter tog sig norr ut över näset, till exempel bältdjur, trädpiggsvin och opossum, medan andra fortsatte sin migration söder ut över näset, till exempel björn, katt, hund, lamadjur och tvättbjörnar. Det kallas det Stora amerikanska faunautbytet.