В 2003 году президент Буш назначил Керика министром внутренних дел Ирака в американской оккупационной администрации с основной задачей организовать при содействии ФБР подготовку местных полицейских сил. Получив уведомление Пентагона только за десять дней до начала командировки, Керик приступил к исполнению своих обязанностей 18 мая 2003 года. Первоначальный план первого главы оккупационной администрации Джея Гарнера предполагал обучение 50-80 тыс. иракских полицейских. Тренировочный центр был оборудован компанией DynCorp International, получившей на эти цели 750 млн долларов. Через три недели Гарнера сменил Пол Бремер (он вступил в должность 12 мая 2003 года), который впоследствии утверждал, что имел только две недели на подготовку к вступлению в новую должность и при этом не затрагивал проблемы полицейской организации. В свою очередь, Керик также не получил в своё распоряжение наработок Гарнера. Как впоследствии вспоминал Керик, по прибытии в Багдад он обнаружил в своём ведомстве только 12 человек личного состава. Предполагавшийся изначально шестимесячный срок обучения новобранцев в конечном итоге пришлось сократить до 8 недель, причём около половины всего времени тратилось на перевод с английского языка на арабский. 2 сентября 2003 года Керик освободил эту должность, пробыв в ней около трёх месяцев и не добившись, по мнению специалистов, успеха в исполнении своего задания.