Ses bonnes performances lui permettent d'intégrer l'équipe de Macédoine espoirs, qui dispute les éliminatoires de l'Euro 2015, mais également de se faire remarquer par le sélectionneur national, Boško Đurovski. En , ce dernier convoque Gjoko Zajkov avec 33 autres joueurs évoluant dans des clubs macédoniens, pour les tester en vue d'une possible intégration en équipe nationale. De fait, quelques semaines plus tard, fin , Zajkov est appelé par Đurovski pour un match amical face au Qatar, afin de pallier le forfait de Goran Popov, mais ne rentre pas en jeu durant la rencontre. Quelques jours plus tard, il est rappelé pour deux rencontres amicales face à la Chine, de même que huit autres de ses coéquipiers au Rabotnički.