Er richtete sich unter dem Eindruck von Ereignissen, wie dem Thorner Blutgericht oder der Vertreibung der Salzburger Exulanten durch Leopold Anton von Firmian, gegen die Vertreter der römisch-katholischen Kirche. Allen Abweichlern von der lutherischen Kontroverstheologie stellte er sich ebenso entgegen. Vor allen wendete er sich dabei gegen die Befürworter der sich immer stärker etablierenden Aufklärung. Somit hielt er sich noch an den alten Lehrregeln der zu Ende gehenden lutherischen Orthodoxie fest, war aber nicht mehr ein so starrer Vertreter. Schmidt, der sich in seiner Professur auch an den organisatorischen Aufgaben der Wittenberger Universität beteiligte, war im Wintersemester 1774 auch der Rektor der Hochschule.