Den 21 april 1703 deltog Stenbock i Karl XII:s strid mot den sachsiske fältmarskalken Adam Heinrich von Steinau vid staden Pułtusk. I maj samma år inledde Karl XII en belägring av staden Thorn vid floden Weichsel. Då belägringsartilleri saknades beställde Karl XII kanoner och utrustning från Riga och Stockholm, och där Weichsel mynnade ut i Östersjön låg staden Danzig. Stenbock skickades inkognito till Danzig för att förhandla med stadens magistrat om fri passage för de svenska transportfartygen. I slutet av juli anlände den svenska transportflottan från Riga ihop med 4 000 svenska och finska rekryter till Danzigs hamn; trots att Stenbock beviljades en kontribution om 100 000 riksdaler, vägrade Danzig att öppna hamnavspärrningarna för de svenska fartygen. Stenbock var därmed tvungen att transportera belägringsartilleriet till lands, och i slutet av augusti anlände Stenbock med belägringsartilleriet till fältlägret vid Thorn. Under hösten bombarderades staden till aska, och den 3 oktober kapitulerade stadens sachsiska garnison inför Karl XII. I december utlöstes en ny konflikt med Danzig av att Stenbock försökte värva trupper i området, trots att frihet från värvningar tillhörde Danzigs privilegier. Karl XII fordrade dock att värvningar omedelbart måste tillåtas, och i januari 1704 föll staden till föga. Snart ställdes dock nya krav på staden, denna gång återbetalning av 15 000 mark silver som den landsflyktige Karl Knutsson gett till staden mot fiskeinkomster i Putzig, närmare 250 år tidigare. Redan 1703 hade släkten Gyllenstierna som arvingar till Karl Knutsson framfört kraven. 1704 återkom Stenbock och kungen med Gyllenstiernas krav, och till slut gav staden efter och utbetalade 136 000 riksdaler varpå Karl XII utfärdade skyddsbrev för staden.