弘化3年（1846年）から20年に及ぶ明屋敷の後、江戸時代に最後に当主となったのは、最後の将軍徳川慶喜の弟で水戸徳川家出身の昭武である。慶喜は、パリ万国博覧会への使節の派遣に当たって昭武を名代に任じ、その便宜として慶応2年（1866年）に清水家を継がせた（形の上で水戸家から離され、同家への配慮の必要が薄れる）。昭武は当時実子のなかった慶喜から、自身の後継者候補とも目されていた。渡仏した昭武は、幕府代表としてヨーロッパ外交に努め、また万博閉幕後もフランスに滞在して勉学にも励んだが、その間に大政奉還と明治政府の樹立、さらに長兄の水戸藩主徳川慶篤の死が続いた。昭武は明治元年（1868年）に帰国すると、水戸家の家督を継ぎ、そのため清水家はまたも当主不在となった。そうした事情もあって、御三卿の他の2家が維新後に一時とはいえ田安藩・一橋藩を立藩したのと異なり、「清水藩」は立藩していない。