Maximilian II Emanuelin tehtyä sopimuksen Ranskan kanssa vuonna 1705 Espanjan perimyssodassa München oli jonkin aikaa Habsburgin suvun hallinnassa. Miehitys johti verisiin kansannousuihin Itävallan keisarillisia joukkoja vastaan. Maximilian Emanuelin pojan, vaaliruhtinas Karl Albertin nousu keisari Kaarle VII:ksi vuonna 1742 vei kaupungin niin ikään Habsburgien hallinnon alle. Kaupungin ensimmäinen akateeminen instituutti, Baijerin tiedeakatemia, perustettiin vuonna 1759. Vuonna 1789 vaaliruhtinas Kaarle Theodor määräsi kaupungin keskiaikaisen linnoituksen purettavaksi