בשנת 2004 הודיע ראש ממשלת עיראק עיאד עלאווי כי מדינתו אינה מתכוונת לשפר את היחסים עם ישראל. בשנים 2008–2009 ביצעה ישראל את מבצע עופרת יצוקה נגד ארגון הטרור חמאס הרדיקלית ברצועת עזה. ממשלת עיראק גינתה את פעולותיה הצבאיות של ישראל ודרשה להפסיק את המערכה, בשל העובדה שחייהם של אזרחים בסכנה, וביקשה גם מהקהילה הבינלאומית להתערב כדי לסיים את המלחמה. מפלגת הדאווה העיראקית וראש הממשלה נורי אל-מאלכי קראו למדינות מוסלמיות לנתק את היחסים עם ישראל ולסיים כל משא ומתן חשאי וציבורי עמה. מנהיג השיעים העיראקי עלי סיסתאני קרא לפעולה מכריעה של מדינות ערביות ומוסלמיות לסיום ההתקפות הישראליות על רצועת עזה. עלי סיסתאני אמר כי אין משמעות לתמוך בפלסטינים במילים בלבד בהתחשב במצב בו הם נמצאים. בשנת 2010, לאחר המשט לעזה, גינה חבר ממשלת עיראק האיראללה אל-באסרי את פעולות ישראל נגד הפלסטינים וכינה אותה אסון הומניטרי חדש, כמו גם הפרה של זכויות אדם והפרה של המוסכמות הבינלאומיות.