Po sukcesach, jakimi było zajęcie Malty i Dolnego Egiptu z Aleksandrią, bitew pod Abukirem i pod piramidami, wojska ekspedycyjne spotykały same niepowodzenia: upiorny klimat, choroby tropikalne, zniszczenie floty francuskiej admirała Bruey’ego 2 sierpnia przez eskadrę angielskich okrętów admirała Nelsona u ujścia Nilu, powstanie ludności w Kairze, ingerencja wojsk tureckich, zajęcie Malty przez Anglików. Ostatecznie Francuzi zmuszeni zostali przez siły turecko-angielskie do kapitulacji w 1801 roku.