I juni 1941 kom han til Syria. Han ble der forfremmet til oberstløytnant og sjef for Fremmedlegionens 13. halvbrigade. Avdelingen ble i mars 1942 satt inn i Libya, der han ble nestkommanderende for de frie franske styrkene under general Koenig. Under slaget om El Alamein falt Amilakhvari 24. oktober 1942.