Der Kahlaer Vertrag mit den Wettinern sah bei kinderlosem Ableben der Henneberger Linie die Übernahme Hennebergs durch Sachsen vor. Dieser Fall trat 1583 ein. Die Herrschaft Schmalkalden geriet aber an die Landgrafschaft Hessen-Kassel. Sachsen konnte seine Macht nach Franken ausdehnen – nach dem Aussterben der gefürsteten Grafen von Henneberg kamen sieben Zwölftel der hennebergischen Besitzungen an die Ernestiner, die aber zunächst mit den übrigen fünf Zwölfteln der Albertiner in gemeinsamer Verwaltung mit Sitz in Meiningen blieben. Da sich Ernestiner und Albertiner nicht über die Erbschaft einigen konnten, wurde die Grafschaft Henneberg 1660/61 aufgelöst und der weimarische Anteil der ehemaligen Grafschaft mit dem Herzogtum Sachsen-Weimar vereinigt; der Anteil Gothas verschmolz mit dem Herzogtum Sachsen-Gotha. Spaltungen dieser Linien in immer kleiner werdende Ernestinische Herzogtümer führten zur weiteren Zersplitterung des Henneberger Territoriums. Der albertinische Anteil ging bis 1718 an das Herzogtum Sachsen-Zeitz, fiel anschließend wieder an die albertinische Hauptlinie zurück und ging 1815 nach den Freiheitskriegen zusammen mit mehr als der Hälfte des Königreichs Sachsen – Gebiete des ehemaligen Kurkreises (Wittenberg), des thüringischen Kreises (Langensalza) und des Neustädter Kreises sowie der Stifte Merseburg und Naumburg-Zeitz – in den Besitz des Königreichs Preußen über: Provinz Sachsen (Kreis Schleusingen). Mit dem ab 1826 vergrößerten Herzogtum Sachsen-Meiningen sorgte im 19. Jahrhundert einer der Nachfolgestaaten Sachsen-Gothas für eine erste teilweise Wiedervereinigung der Region.