In der Zwischenzeit hatte Koyama seine eigene Schule am Dango-Hangweg (, "-saka") im Bezirk Hongō eröffnet, die er Fudō-sha () nannte. Dort widmete er sich mit aller Kraft der Ausbildung von vielversprechenden Schülern, wie Nakamura Fusetsu, Yoshida Hiroshi, Kosugi Hōan, Ishikawa Toraji, Mitsutani Kunishirō, Aoki Shigeru, Sakamoto Hanjirō, Kanokogi Takeshirō und Nakagawa Hachirō. Er unterrichtete auch an der Tokyo Oberschule und wirkte so in aller Breite als Erzieher. Während des Japanisch-Chinesischen Krieges 1894 bis 1895 war er als Kriegsmaler tätig.