Japanin ja Korean niemimaan välissä sijaitseva Tsushima lienee ollut koko historiansa ajan etnisesti lähinnä japanilainen. Saaristo on ollut kuitenkin eri vaikutteiden saapumisreitti alueiden välillä. Tsushiman kautta Japaniin saapuivat esimerkiksi pronssiesineet, riisinviljely, buddhalaisuus ja kiinalaiset kirjaimet. Paikallisia asukkaita häiritsivät saarten historian aikana usein japanilaiset ja korealaiset merirosvot. 1100-luvulta vuoteen 1862 Tsushima kuului Sō-suvun daimoiden läänityksiin. Mongolien Japaniin suuntautuneiden sotaretkien aikana vuosina 1274 ja 1281 monet paikalliset surmattiin. Sodat leimasivat myös vuosia 1592–1597, jolloin japanilaiset tekivät sotaretkiä Korean niemimaalle. Edo-kaudella Tsushima oli vain ajoittain Edoon matkanneiden lähetystöjen ja Busanin ohella ainut japanilaisiin nyt varautuneemmin suhtautuneiden korealaisten ja japanilaisten kohtauspaikka. Vuonna 1905 saarten pohjoispuolella käytiin Tsushiman meritaistelu Japanin ja Venäjän keisarikunnan laivastojen välillä. Venäläiset kärsivät taistelussa merkittävän tappion. Vuonna 2004 perustettiin koko Tsushiman käsittävä Tsushiman kaupunki.