Гванахуато су 1548. основали Шпанци који су у ово подручје дошли 1528. године, након открића веома богате жиле сребра у његовим брдима. Врхунац производње сребра у Гванахуату је био у 18. веку, када је угасла до тада највећа жила Потоси у Закатекасу. Град је био место прве битке мексичког рата за независност (1810—1821).