Учился затем в теологической школе в Халки где его учителем был Герман (Каравангелис). С началом Греко-турецкой войны 1897 года, будучи ещё слушателем богословской школы, собрал отряд 140 греков Константинополя и Мраморного моря и отправился добровольцем в греческую армию. Избрал себе псевдонимом имя одного из героев Греческой революции 1821 года, Александра Дракоса. Когда Хризостом и остальные османские греки прибыли морем на остров Сирос, это имя было неосторожно упомянуто греческим журналистом, описывая добровольца-слушателя Халки. Турецкие власти в Константиноволе провели расследование, но слушателя с такой фамилией в списках не было. Дирекция указала что школу покинул, по причине здоровья, туберкулёзник Хрисостом Хрисомаллидис. В 1904 году он стал священником, псевдоним оброс словом «поп» и стал Пападракос.