Отношения виконта с Ричардом Йоркским, претендовавшим на регентство и корону, были сложными. По-видимому, изначально двое вельмож были друзьями; Бомонт даже выступал иногда в роли советника Ричарда. Во время первого протектората Йорка (март 1453 — январь 1454) сэр Джон его поддерживал, но всякий раз, когда дело доходило до открытой конфронтации между герцогом и королевским окружением, становился на сторону последнего. В 1452 году, когда Йорк собрал армию, Бомонт присоединился к королевским войскам в Дартфорде. В 1454 году виконт был арбитром между Йорком и герцогом Сомерсетом (по мнению историка Гриффитса, пристрастным). После 1455 года он окончательно присоединился к ланкастерской «партии», хотя в первой битве при Сент-Олбансе, по-видимому, не участвовал. В годы войн Алой и Белой розы Бомонт был одним из немногих «великих лордов», оставшихся в совете при Генрихе VI. Он состоял также в комиссии, созданной парламентом в июле 1455 года для изучения расходов королевского двора, и в сформированном в январе 1457 года совете при принце Уэльском, который отвечал за управление имуществом принца и содержание его двора. Последнее назначение показывает, что королева Маргарита Анжуйская доверяла сэру Джону.