À son retour, Jean-Pierre Canet débute sa carrière à RTL et RFI où il alterne reportages et présentation d’émissions. En 2000, il intègre la rédaction de Canal+ et d’i-Télé. Grand reporter, il couvre alors les conflits du Proche et du Moyen-Orient : "Intifada Al Aqsa" (nombreux reportages dans la bande de Gaza, en Cisjordanie et en Israël) ; intervention de la coalition en Afghanistan en 2001 ; enquête sur les attentats islamistes au Maroc, en Espagne et en Indonésie ; envoyé spécial en Irak de janvier à avril 2003 (où il couvre l’invasion américaine). En 2003, il réalise des reportages pour le magazine hebdomadaire d’enquêtes pour Canal+ et il est correspondant permanent à New York de mars à septembre. En 2004, il intègre l'agence CAPA et travaille pour l'émission hebdomadaire "Le Vrai Journal" sur Canal+. Ses domaines de prédilection sont les enquêtes politiques, sociétales, géopolitiques.