Gedurende de veldtocht van 1806-1807 bleef hij in Italië. In de veldtocht van 1809 leed hij als opperbevelhebber van het Italiaanse leger aanvankelijk een nederlaag tegen aartshertog Johan (Slag bij Sacile), maar behaalde bij diens terugtocht in de Slag bij Raab de overwinning. Vervolgens voegde hij zich bij het hoofdleger van Napoleon, dat de Oostenrijkers andermaal versloeg in de Slag bij Wagram. Na de Vrede van Schönbrunn (1809) werd hij belast met het dempen van de opstand in Tirol; de executie van Andreas Hofer geschiedde echter niet op zijn bevel, maar op dat van Napoleon zelf.