In der Spielzeit nach dem Turnier gelang Thern an der Seite seiner Landsleute Mats Magnusson und Stefan Schwarz mit Benfica der 29. Gewinn der Meisterschaft in Portugal, Therns erster Titelgewinn außerhalb Schwedens. In der folgenden Spielzeit erreichte er mit der Mannschaft beim letztmals unter dem Namen ausgetragenen Wettbewerb des &lt;a href="Europapokal%20der%20Landesmeister%201991/92"&gt;Europapokals der Landesmeister 1991/92&lt;/a&gt; die neu eingeführte Gruppenphase, in der hinter dem späteren Sieger FC Barcelona und Sparta Prag der dritte Platz belegt wurde. Mittlerweile zum Mannschaftskapitän der Nationalmannschaft aufgestiegen, nahm Thern im Sommer 1992 mit der Nationalmannschaft an der Europameisterschaftsendrunde im eigenen Land teil. Die Auswahlmannschaft wusste zu überraschen und erreichte als Gruppensieger vor dem späteren Titelträger Dänemark, Frankreich und England das Halbfinale, in dem sie gegen Deutschland scheiterte.