1959 mussten die 09er in einem Entscheidungsspiel gegen den Harburger TB um einen Platz in der Aufstiegsrunde zur Oberliga Nord antreten. Vor 22.000 Zuschauern trennten sich beide Mannschaften 1:1 nach Verlängerung. Das Wiederholungsspiel gewann Harburg mit 2:0. Zwei Jahre später wurden die Wilhelmsburger Vizemeister, scheiterten in der Aufstiegsrunde als Tabellenletzter deutlich am Sprung in die höchste Spielklasse. Die Sturmflut von 1962, die den Sportplatz der 09er zerstörte, traf den Verein hart. Nach mehreren Jahren im Mittelmaß folgte 1969 der Abstieg aus der Landesliga. Zwar konnte erneut der direkte Wiederaufstieg geschafft werden, jedoch ging es im Jahre 1972 erneut nach unten.