Dżama’a Islamijja jest również odpowiedzialna za zamach bombowy w 2003 roku na Hotel Marriott w Dżakarcie, w 2004 roku przeprowadziła zamach bombowy na australijską ambasadę w Dżakarcie (w wyniku którego zginęło 9 osób), a w 2005 roku ponownie zaatakowała na wyspie Bali (zginęło wtedy co najmniej 20 osób). JI jest również bezpośrednio lub pośrednio odpowiedzialna za dziesiątki zamachów bombowych w południowym Filipinach, głównie we współpracy z organizacją Abu Sajjaf. Jedną z kluczowych postaci w organizacji Dżama'a Islamija był Muhammad Nur Din Tub (zabity w 2009), który przygotowywał bomby, rekrutował osoby chętne do przeprowadzenia zamachów samobójczych i zdobywał środki na dalszą działalność.