Тиран Комас зберігав лояльність до персів, натомість за тиранії Меланкоми Ефес приєднався до Іонійського повстання. Місто було оперативної базою повстанців для походу на Сарди. Біля Ефесу вони зазнали і вирішальної поразки на суходолі. Перси взяли місто в облогу і зняли її лише завдяки втручанню філософа Геракліта, який переконав їх в готовності громадян до замирення.