A primeira igreja inclusiva a surgir foi a Igreja da Comunidade Metropolitana (ICM), nos Estados Unidos em 1968, ganhando força com a Rebelião de Stonewall e se consolidando nas duas décadas seguintes na luta contra a aids. No Brasil, a primeira igreja inclusiva foi a Igreja Presbiteriana Bethesda em 1990 em Copacabana, liderada pelo pastor Nehemias Marien, o qual acabou expulso alguns anos depois e sua igreja fechada. Apenas nos anos 2000 houve início à abertura das igrejas inclusivas inspiradas na ICM, entre elas a Igreja Cristã Contemporânea (no Rio de Janeiro), a Comunidade Cidade de Refúgio e a Comunidade Cristã Nova Esperança (ambas em São Paulo).