В 2009 году в составе молодёжной сборной Парагвая Сантандер поехал на молодёжный чемпионат Южной Америки. На турнире Федерико забил 4 мяча, отличившись в матчах против молодёжных команд Уругвая, Венесуэлы и дважды в поединке с Чили. В том же году Сантандер принял участие в Чемпионате Мира среди молодёжных команд в Египте. На турнире он сыграл в матчах против сборных Италии, Египта, Тринидада и Тобаго и Южной Кореи. В поединке против египтян Федерико забил гол.