După retragerea armatei sovietice din Iran în primăvara anului 1946, conform acordurilor de la Ialta, în decembrie 1946 Republica Mahabad a fost reprimată de către forțele iraniene, iar președintele Kazi care a refuzat să fugă, a fost spânzurat în piața centrală Char Chira a capitalei sale. Barzani și tribul său s-a găsit atunci într-o situație dificilă. Au refuzat sa se predea iranienilor și În aprilie 1947 s-a decis, ca tribul să revină în Kurdistanul irakian. Nevoiți să se masoare cu forțe iraniene, irakiene și turce, Barzani însuși, însoțit de 500 de luptători (denumiți Peshmerga = adica "Spre moarte"), a fugit apoi din Barzan, în cursul a ceea ce s-a numit apoi „marșul cel lung”, prin Turcia și nord-estul Iranului, până în Azerbaidjanul sovietic. În drum el a înfrânt o trupă iraniană lângă orașul Maku din Azerbaidjanul iranian, apoi a ajuns la râul Araks și la 17-18 iunie 1947 a trecut pe teritoriul sovietic în zona Nahicevan. Dupa memoriile lui Pavel Sudoplatov, una din figurile principale ale serviciilor secrete sovietice, Barzani a sosit pe teritoriul sovietic, însoțit de 2000 de luptători și inca circa 2000 de aparținători. Ei au fost dezarmați și închiși într-un lagăr, în zona Baku, unde au primit și un antrenament militar. Majoritatea au fost ulterior cazați provizoriu în sate din apropierea Tașkentului, în Uzbekistan, până ce se vor ivi condiții pentru repatrierea lor în Kurdistan. Autoritățile sovietice au trimis pe Barzani și pe ofițerii săi la studii militare și politice în academii militare din Rusia. Lui Barzani i s-a permis să domicilieze la Moscova, unde a lucrat ca simplu muncitor și a studiat la academia militara. La sfârșitul acestor studii i s-a recunoscut gradul de general. Între timp patru din ofițerii lui Barzani -Muhammad Kudsi, Hairullah Abdulkarim, Mustafa Khoshnaw, Izzat Abdulaziz - care se întorseseră din Iran în Irak, și care se încrezuseră în amnistia anunțată de guvernul irakian, au fost executați acolo la 19 iunie 1947.