את שנות שלטונו האחרונות הקדיש פיליפוס לחיזוק הממלכה מבחינה פנימית, והצליח לייצב אותה מבחינה חברתית וכלכלית. מדיניותו לא יכלה לעורר חשד אפילו בחשדנים שבמדינאי רומא, אולם למרות זאת המשיכו הרומאים להתערב בענייניו ולהאשים אותו שהוא מתכנן מלחמה חדשה. הם אף הציתו סכסוך ירושה בין בניו, שהסתיים ברציחתו של אחד מהם. רק מותו בשנת 179 לפנה"ס מנע מסע מלחמה רומאי שלישי ואחרון. ירש אותו בנו פרסאוס, שעד מהרה הסתבך עם רומא שוב, ובמלחמה המוקדונית השלישית אבדה למוקדון עצמאותה לנצח. את שארית חייו העביר פרסאוס בבית כלא רומי.