Diktatúrája alatt komoly gazdasági, politikai és társadalmi válságba sodorta az országot. 1989-ben az Egyesült Államok hadseregével az „Igaz ügy” hadműveletben lerohanta Panamát, aminek számos polgár és katona esett áldozatul. Panamában ennek következtében katonai, gazdasági és társadalmi káosz alakult ki, Noriega lemondott és letartóztatták. 1992-ben az Egyesült Államokban bíróság elé állították, és 40 év börtönbüntetésre ítélték – többek között Medellin-kartellel való szövetkezés miatt. A büntetést előbb 30, majd jó magaviselete miatt 20 évre csökkentették. A francia hatóságok kérték a kiadatását, ezt követően a párizsi La Santé börtönbe került, 2011. december 11-én került vissza Panamába, ahol házi őrizet alatt állt. 2017-ben műtéten esett át, egy jóindulatú agydaganat miatt.