À la suite du tremblement de terre de Loma Prieta en 1989, un nouveau dépôt Amtrak a été construit à Emeryville pour remplacer l'ancienne gare de la 16e à West Oakland. Il s'était détérioré avant même d'être sérieusement endommagé par le tremblement de terre. La gare d'Emeryville dessert les trains "California Zephyr", "Coast Starlight", "San Joaquin" et "Capitol Corridor" d'Amtrack. Le "California Zephyr" prend son origine ici avec un service quotidien vers Chicago, Illinois via Salt Lake City, Utah et Denver, Colorado. Des bus relient la gare à San Francisco.