8月下旬、第5艦隊はハルゼーの第3艦隊と交替してスプルーアンス以下第5艦隊司令部は休養に入ることとなった。ただし、ミッチャーは交代予定者のジョン・S・マケイン・シニア少将（アナポリス1906年組）の技量が十分ではなかったため、マケインに一個任務群を与えて経験を積ませることとなり、ミッチャーは当面ハルゼーの下で第38任務部隊を指揮することとなった。しかし、この決定が不満でマケインも「キーウィ」だったためなのかは定かではないが、クラークは第38任務部隊の指揮下で戦うことは断り、ミッチャーの了承を得て休養に入った。この間にレイテ沖海戦が起こってクラークは大海戦に加わる機会を逸した。下って1945年1月に第38任務部隊がグラティテュード作戦を終えてウルシー環礁に帰投したあと艦隊司令部の交代が行われ、休養のミッチャーが前線に戻ってきたことに応えてクラークも第58任務部隊に復帰。1942年4月18日のドーリットル空襲以来となる日本本土攻撃（ジャンボリー作戦）や硫黄島の戦い、沖縄戦を戦った。1945年5月27日に三度第5艦隊と第3艦隊の交代が行われ、任務部隊がレイテ島サンペドロ湾に帰投したのちクラークは任務部隊を離れてアメリカ本国に戻った。なお、帰投途中にヴァイパー台風に見舞われ、1944年12月のコブラ台風の時のような沈没艦は出なかったものの、クラークの第38.1任務群の艦艇に大きな損害が出た。クラークは、レイテ湾の戦艦「ニューメキシコ」 ("") で6月15日に開かれた査問委員会に、ハルゼー、マケインらとともに出頭した。