Malinovski continuó su camino ofensivo, cruzando los Cárpatos del sur hacia Transilvania (entrando en la parte húngara de la misma), y el 20 de octubre capturó Debrecen, defendida por una gran fuerza alemana. Sus tropas estaban cansadas tras varios meses de combate y necesitaban reabastecerse y reagruparse, pero Stalin ordenó a Malinovski tomar la capital húngara, Budapest (“ver Sitio de Budapest”), para abrir el camino a Viena e impedir que los Aliados tomaran la antigua capital austriaca. Con la ayuda de Tolbujin, Malinovski acató la orden de Stalin, enfrentándose a la determinación de Adolf Hitler de defender Budapest a toda costa. Los alemanes y sus aliados húngaros del Partido de la Cruz Flechada trataron de convertir Budapest en un “Stalingrado alemán”; Hitler echó el resto de sus tropas panzer (entre ellas seis divisiones de élite de las Waffen SS y cinco divisiones panzer de la Wehrmacht –un cuarto de todas las tropas acorazadas alemanas-), debilitando a las fuerzas alemanas que combatían a los soviéticos en Polonia y Prusia, así como a las que se enfrentaban a los Aliados en el Rhin. El trazado estratégico y operativo de Malinovski le permitió vencer la debilidad de sus tropas y conquistar Budapest el 13 de febrero de 1945, tras una batalla extraordinariamente dura. Capturó 70.000 prisioneros. En Budapest, el NKVD de Stalin cometió uno de sus más notorios crímenes, el arresto de Raoul Wallenberg. Continuando su camino hacia el oeste, Malinovski expulsó a los alemanes hacia Eslovaquia, liberando Bratislava y el 13 de abril, Viena.