Grant est temporairement déshonoré par l'attaque surprise et la quasi-défaite, ce qui amène son supérieur, le major général Henry Wager Halleck, à assumer le commandement sur le terrain des armées combinées. Halleck s'approche prudemment et lentement des fortifications de Beauregard à Corinthe et son action est devenue dérisoirement appelée le « siège » de Corinthe. Beauregard se retire de Corinthe le pour Tupelo dans le Mississippi. Il réussit à tromper Halleck en lui faisant croire que les Confédérés sont sur le point d'attaquer et il fait circuler des trains vides dans les deux sens à travers la ville pendant que les troupes applaudissent afin de faire croire l'arrivée massive de renforts. Beauregard bat en retraite à cause de la force écrasante de l'Union et à cause de l'approvisionnement en eau contaminée à Corinthe. En avril et mai, les Confédérés perdent presque autant d'hommes par maladie à Corinthe qu'ils ont de tués lors de la bataille de Shiloh. Néanmoins, son départ de la jonction ferroviaire critique de Corinthe sans combat est une autre décision controversée. Lorsque Beauregard, malade, part se reposer sans avoir demandé l'autorisation à l'avance, le président Davis le relève de ses fonctions et le remplace par le général Braxton Bragg.