פראגות' הוכיח את עצמו במהירות כמנהיג פעיל אשר בראש מעייניו אסטרטגיית המתקפה על האויב. הוא הוביל את טייסתו על פני מבצרי הקונפדרציה וסירות התותחים לכבוש את ניו אורלינס באפריל 1862. העיר, בירת לואיזיאנה, ישבה על לוע נהר המיסיסיפי שהיווה את כלי התחבורה החשוב ביותר של סחורות בתוך הקונפדרציה. כיבוש ניו אורלינס היה אחד הניצחונות הגדולים הראשונים של האיחוד במלחמת האזרחים. לאחר הניצחון וכיבוש העיר המשיך פראגות' באסטרטגיית המתקפה וקידם את כוחותיו לתוך הנהר. כוחות הצי תחת פיקודו היו אחראיים ללכידת מבצר באטון רוז' והפצצת ויקסבורג במסגרת המערך הימי של המצור על ויקסבורג. פראגות' התייחס בכבוד לאזרחים בערים שכבשו כוחותיו וראה אותם כמורדים אך עדיין אזרחים אמריקאים. לכבוד ניצחונותיו קידם הנשיא אברהם לינקולן את פראגות' לדרגת תת-אדמירל. פראגות' היה בכך התת-אדמירל הראשון בתולדות הצי האמריקאי. לאחר סופה של המלחמה הועלה פראגות' שוב והיה לאדמירל הראשון בתולדות הצי האמריקאי. קודם למינויו נחשבה הדרגה למקושרת אל האריסטוקרטיה האירופאית, תדמית שהשתנתה עם מינויו.