Obszar dzisiejszej eparchii nowosybirskiej został wyodrębniony w 1834 z terytorium eparchii tobolskiej pod nazwą eparchii tomskiej. Przed rewolucją październikową na terenie tej eparchii działało ponad 300 świątyń prawosławnych, w których pracowało ok. 700 duchownych. Parafie w eparchii prowadziły również działalność edukacyjną (prowadząc szkoły) i kulturalną (poprzez biblioteki). W lutym 1922 został powołany wikariat nowonikołajewski eparchii tomskiej, którego zwierzchnikiem został biskup Sofroniusz (Ariefjew), aresztowany już w końcu tego samego roku. W tym czasie większość parafii w eparchii przejęli duchowni związani z ruchem Żywej Cerkwi. W 1928 na terenie dzisiejszej eparchii nowosybirskiej działało 205 parafii w 17 dekanatach, obsługiwanych przez 197 kapłanów. Wcześniej, w 1924, dotychczasowy wikariat nowonikołajewski został przemianowany na samodzielną eparchię.