Il 13 luglio 1993 il comando principale della Twelfth Air Force si trasferì ufficialmente da Bergtstrom AFB a Davis-Monthan Air Force Base (Arizona). Da allora, il personale e le unità della 12 AF hanno partecipato ad operazioni in molte parti del mondo: SOUTHERN WATCH, PROVIDE COMFORT, DENY FLIGHT, PROVIDE PROMISE, RESTORE HOPE, e JOINT ENDEAVOR. Durante le operazioni DESERT SHIELD e DESERT STORM la 12 AF fornì aerei da caccia e ricognizione per sostenere le U.S. Central Command Air Forces.