Il 23 maggio del 1992 tornò in Sicilia per assistere alla mattanza dei tonni di Favignana. Intanto "Totò u curtu", della famiglia dei corleonesi, era diventato il re del carciofo, e aveva ordinato ad una decina dei suoi uomini migliori di organizzare l"'attentatuni", il più grande attacco di Cosa nostra ad un uomo dello Stato. I picciotti di Totò nascosero cinque quintali di tritolo in un cunicolo sotto l'autostrada che da Palermo arriva all'aeroporto di Punta Raisi, vicino al bivio per Capaci, e, nel momento esatto in cui l'auto di Giovanni imboccò la strada, lo stesso mafioso che aveva sciolto nell'acido il piccolo Giuseppe (conosciuto come "u verru", il maiale), spinse la levetta del radiocomando. Nell'esplosione persero la vita Giovanni Falcone, la moglie Francesca e i tre agenti della scorta Antonio Montinaro, Rocco Dicillo e Vito Schifani.