Главное военно-политическое управление было учреждено 30 июля 2018 года указом Президента Российской Федерации Владимира Путина. В тот же день, но уже другим указом, на должность начальника Главного политического управления — заместителя министра обороны Российской Федерации, назначен генерал-полковник Андрей Картаполов. Первые сообщения о создании управления появились в СМИ в феврале того же года со ссылкой на «источники в Минобороны», которые высказывали предположения, что оно может быть организовано на базе Главного управления по работе с личным составом, преемника Главного военно-политического управления Вооружённых сил СССР, расформированного ещё в 1991 году после путча ГКЧП в рамках ликвидации политических органов КПСС в Вооруженных силах. Так, заместитель председателя Общественного совета при Министерстве обороны Российской Федерации Александр Каньшин отмечал, что «в условиях глобального информационно-психологического противоборства неизмеримо возрастает роль морально-политического единства армии и общества», для чего «необходима коренная перестройка и значительное усиление всей структуры в Вооруженных силах, которая будет организовывать, проводить и отвечать за морально-идеологическую составляющую в Российской Армии». По некоторым данным, идею воссоздания политуправления продвигал лично министр обороны Сергей Шойгу, и именно таким образом было отмечено празднование столетия советского политуправления, потому что «случайных совпадений не бывает». 7 августа на селекторном совещании Минобороны в Национальном центре управления обороной Шойгу лично представил Картаполова на новую должность. 31 августа там же на заседании Коллегии Минобороны из его же рук Картаполов получил личный штандарт члена Коллегии — начальника Главного военно-политического управления.