11 stycznia 1693 w czasie silnego trzęsienia ziemi, które nawiedziło Maltę, świątynia została poważnie zniszczona, a kopuła uległa zawaleniu. W 1718 "język" Aragonii zatrudnił architekta Romano Carapecchię do zaprojektowania i poprowadzenia budowy nowego kościoła. Rycerze byli pod wrażeniem jego dotychczasowych projektów, więc nie mieli oporów przed przemodelowaniem przez Carapecchię starego kościoła. Całe przedsięwzięcie sfinansował wielki mistrz Ramon Perellos y Roccaful oraz bailif Majorki, Fra Raimondo de Soler.