Во время Отечественной войны 1812 года полковник Жемчужников командовал 41-й пехотной (рекрутской) дивизией и находился в Твери, прикрывая пути на Санкт-Петербург. В Заграничных походах сражался в Пруссии и Саксонии, за отличие в сражении при Бауцене произведён в генерал-майоры.