בצעירותו שיחק מרקונטו באליפות אירופה עד גיל 20 ב-1994, ובאליפות אירופה עד גיל 22 ב-1996. מכאן ואילך הוא היה אחד מהשחקנים החשובים והמובילים בנבחרת הבוגרת של איטליה. ההישגים הבולטים שלו עם הנבחרת היו הזכייה באליפות אירופה בכדורסל ב-1999, הזכייה במדליית הכסף באליפות של 1997 ובמדליית הארד באליפות שנערכה ב-2003; וכן הזכייה במדליית הכסף באולימפיאדת אתונה ב-2004.