Mamadou Famady Sissokon johtama, lähinnä virkamiehistä ja palkkatyöläisistä koostunut UNTM oli Modibo Keïtan hallinnon aikana käytännössä osa hallitsevaa Sudanin liitto -puoluetta. Se lakkautettiin vuoden 1968 vallankaappauksen jälkeen, mutta perustettiin uudelleen Seydou Diallon johdolla vuonna 1974. Moussa Traorén yksipuoluejärjestelmässä viranomaisten valvoman järjestön tehtävänä oli toimia työntekijöiden ja valtion välittäjänä. Tilanne alkoi muuttua 1980-luvulla pääsihteeri Bakary Karembén aikana, kun valtiontalouden tervehdyttäminen johti laajaan työttömyyteen ja palkkatason laskuun. 1990-luvun vaihteessa UNTM osallistui aktiivisesti Malin demokratialiikkeeseen, joka kaatoi Traorén hallinnon vuonna 1991. UNTM vaikutti sen jälkeenkin voimakkaasti Malin politiikkaan, minkä johdosta osa sen jäsenjärjestöistä irtautui maan hallituksen tuella uudeksi Confédération syndicale des travailleurs du Mali -keskusliitoksi vuonna 1997. Suhteet hallitukseen paranivat 2000-luvulla, jolloin liitto sai Siaka Diakitén johdolla läpi suuren osan palkkatavoitteistaan.