1797, im Alter von 27 Jahren, zog François Pouqueville von Le Merlerault nach Paris (1797). Unter Professor Dubois machte er schnell Fortschritte in Medizin und Chirurgie. Als Napoleon im nächsten Jahr den Ägyptenfeldzug vorbereitet, wurde Pouqueville vom Staatsminister Louis Antoine Fauvelet de Bourrienne als Teilnehmer der begleitenden Commission des sciences et des arts bestimmt.