Der Erfolg Aidits war jedoch nicht von Dauer. Durch die noch ungeklärten Ereignisse am 30. September 1965 kam es zu einem von General Suharto eingeleiteten Massenpogrom gegen Kommunisten, bei der mehr als 500.000 Menschen (andere Schätzungen gehen von noch höheren Zahlen aus) ermordet wurden. D. N. Aidit wurde am 23. November 1965 unmittelbar nach seiner Festnahme von der indonesischen Armee erschossen (vgl. Schlereth/Bintang 1970: 178f.).