A pápai református vallásszabadság utolsó zálogát a várban szolgáló protestáns katonaság képezte. Esterházy Pál várkapitányként igyekezett katolikusokra cserélni a református katonákat, mert azok vonakodtak érvényre juttatni a reformátusok jogait sértő rendeleteit. Másrészt a 17. század végére, miután a törököt sikerült kiűzni az országból, Pápa elvesztette végvári szerepét és ezzel kiváltságait is. (A 18. század elején, mivel Pápa Rákóczi mellé állt a szabadságharcban, császári rendeletre a várat le is bontották.)