Republikken gikk i november 1940 inn i tremaktspakten med Tyskland og Italia. Tyske styrker angrep 1. september 1939 Polen fra slovakisk territorium og Slovakia deltok i angrepet på Sovjetunionen i juni 1941. Slovakia erklærte krig mot Sovjetunionen 23. juni og stilte med to divisjoner under tysk kommando. I alt 60.000 slovakiske soldater deltok på tysk side. Etter store tap ble bidraget redusert til 17.000 soldater. I alt 4000 slovakiske soldater falt eller ble såret under felttoget i Sovjetunionen. Omkring 3000 slovakiske soldater deserterte og sluttet seg til den tsjekkoslovakiske armeen i Sovjetunionen sammen med krigsfanger. Høsten 1943 hadde alle slovakiske soldater blitt trukket tilbake fra fronten. Republikken Slovakia erklærte krig mot USA og Storbritannia i desember 1941. De allierte aksepterte i 1941 at Tsjekkoslovakia skulle gjenopprettes etter krigen og republikken hadde små utsikter til å overleve krigen.