Henrique es internacional absoluto con la selección de fútbol de Brasil. Su debut con la "canarinha" fue ante la en el Gillette Stadium, Boston, el 6 de junio de 2009. El partido quedó 2-0 a favor del conjunto vinotinto. Durante 2013, a pesar de estar jugando en la segunda división del Brasil, fue tenido en cuenta por Luiz Felipe Scolari (quién lo había dirigido en el Palmeiras) para el proceso de selección que se realizó para la Copa de las Confederaciones del 2013, a pesar de no ser seleccionado para el torneo, si jugó 3 partidos amistosos en ese año.