1993 debütierte Nees in der Nationalmannschaft. Höhepunkt seiner Karriere war die Teilnahme an zwei Europameisterschaften: 1997 belegte die deutsche Mannschaft den zwölften Platz; 1999 erreichte die Mannschaft den siebten Rang, Nees erzielte in vier von neun Spielen zehn oder mehr Punkte. 2001 endete die Nationalmannschaftskarriere von Tim Nees nach insgesamt 80 Länderspielen.