W reprezentacji Portugalii Paulinho Santos zadebiutował 19 stycznia 1994 roku w zremisowanym 2:2 towarzyskim spotkaniu z Hiszpanią. Pierwszego gola w kadrze narodowej zdobył 15 sierpnia 1995 w meczu z Liechtensteinem (7:0). W 1996 roku został powołany przez selekcjonera António Oliveirę do kadry na Mistrzostwa Europy 1996. Tam wystąpił we dwóch spotkaniach grupowych: z Danią (1:1) i z Turcją (1:0). Ostatni mecz w kadrze narodowej rozegrał w 2000 roku, a łącznie wystąpił w niej 30 razy i strzelił 2 gole.