Onder zijn bewind zijn er tienduizenden mensen om het leven gekomen, dan wel verdwenen; schattingen lopen uiteen van 10.000 tot bijna 100.000. Gerekend naar doden per hoofd van de bevolking was Ríos Montts dictatuur de bloedigste in de moderne geschiedenis van Latijns-Amerika en een van de bloedigste wereldwijd sinds de Tweede Wereldoorlog. Het overgrote deel van de slachtoffers waren Maya's en de moordpartij wordt dan ook wel omschreven als de Guatemalteekse Genocide. Miljoenen mensen sloegen binnen Guatemala op de vlucht en honderdduizenden vluchtten naar Mexico; het Guatemalteekse leger beschoot soms vanuit helikopters vluchtelingenkampen, net over de Mexicaanse grens. Niet alleen in aantallen slachtoffers was Guatemala het toneel van de bloedigste vervolging in Latijns-Amerika; ook de manier waarop onderscheidde zich als nog veel gruwelijker dan in de buurlanden. Het leger beperkte zich niet tot het uitmoorden van de Maya's, moordpartijen gingen vrijwel altijd gepaard met marteling en mishandelingen. Vrouwen en meisjes werden routineus slachtoffer van groepsverkrachtingen door militairen - het vooruitzicht vrouwen te verkrachten werd zelfs ingezet om militairen te ronselen -, terwijl kinderen meestal gedood werden door hun hoofden stuk te slaan tegen stenen. Om de mannelijke bevolking te doden was het opsluiten in brandende gebouwen een veelvoorkomende methode.