Tras un golpe de Estado (en cuya organización participó), Clementis tomó el lugar de Jan Masaryk como Ministro de Asuntos Exteriores. Fue bajo este cargo que en 1948 tuvo una participación importante en la organización del papel de Checoslovaquia en la Operación Balak al brindar ayuda a la recientemente fundada Fuerza Aérea Israelí. En 1950, sin embargo, fue obligado a dimitir por cargos de "desviacionismo"; poco después fue arrestado y acusado oficialmente de intento ilegal de cruzar las fronteras nacionales. Ese año, Clementis también fue acusado de un crimen más grave: ser un "nacionalista burgués" y haber participado en la conspiración trotskista-titoista-sionista.