Під впливом хрестових походів і по мірі посилення традиціоналістських тенденцій в ісламському суспільстві у XII—XV століттях поступово посилилась ізоляція християнських громад. З утворенням Османської імперії (XV—XVI століття) збільшилось число християн, які перебували під прямою політичною владою мусульман. Відносини загострювались посиленням політичного й торгового проникнення європейських держав до мусульманських країн, що поєднувалось із місіонерською діяльністю. Східні християни невільно чи свідомо ставали провідниками інтересів європейських держав. У відповідь на це у XIX столітті Османська імперія під приводом урівнення немусульман і мусульман щодо прав та обов'язків спробувала цілковито підкорити їх своїй юрисдикції, що зустріло активний спротив християн і християнських держав. Посилився тиск на християн, розпалювалась міжгромадська ворожнеча, що неодноразово виливалась у криваві сутички. На початку XX століття це вилилось у масові вбивства християн (вірменів, греків, ассирійців) на території сучасної Туреччини.