Заједно са другим колаборационистичким војним и паравојним јединицама, СДС је био коришћен против партизана који су деловали на окупираној. Крајем 1941, пре оснивања СДС-а, српска жандармерија је учествовала у немачкој операцији Ужице, којом су протерани партизани и четници из области Ужица. СДС је редовно стрељао заробљене партизане и често узимао и убијао таоце по варошима и селима. У саставу СДС-а су се такође налазили бивши припадници жандармерије који су помагали немачким војницима у скупљању таоце који су стрељани у Краљеву и Крагујевцу октобра 1941. У јулу 1941. у београдском предграђу је основан Бањички логор. Њега су у почетку обезбеђивали Гестапо и СДС, али је надлежност касније пребачена на СДС, који се садистички и насилно односио према логорашима. Преживели логораши су тврдили да су стрељања вршили и Београдска специјална полиција и СДС, а да је међу жртвама било и деце. Најмање 3.849 особа је било убијено у Бањичком логору пре његовог распуштања 3. октобра 1944. Како је време протицало СДС је постајао све непопуларнији међу становништвом. Упркос ограниченој самосталности, СДС је активно учествовао у терору над Јеврејима, Ромима и Србима комунистима и у убиствима људи из тих скупина или њиховом испоручивању Немцима зарад погубљења. Припадници СДС-а су учествовали у смакнућима талаца било да су она организована под контролом Гестапоа или Вермахта или на сопствену иницијативу. Припадници СДС-а су се повремено сукобљавали са другим колаборационистичким формацијама, нарочито Љотићевим Српским добровољачким корпусом и Пећанчевим четницима.