במהלך מלחמת יום הכיפורים הצטרף לגדוד הסיור 87 שבחטיבה 14, בפיקוד יואב ברום, לסיור שחשף את התפר שבין הארמיות המצריות ואפשר את ביצוע צליחת התעלה, ובהמשך לגדוד צנחנים מילואים בקרב סרפאום. בשלהי המלחמה התלווה בן ישי לגדוד צנחנים אשר לחם בצד המערבי של תעלת סואץ. לאחר שהכוח ספג הפגזת ארטילריה מצרית, השתתף בסיוע לפצועים ובשנת 1975 הוענק לו בשל כך צל"ש הרמטכ"ל, על ידי הרמטכ"ל מרדכי גור. התיאור הרשמי של המעשה שבגינו הוענק לו הצל"ש אומר: