Emomalii Rahmon valittiin vaalien jälkeen uudeksi virkakaudeksi vuonna 1999. Hän pyrki luomaan maahan tiukan keskushallinnollisen auktoriteetin ja pidätti joitain alueellisia sotapäälliköitä ja riisui aseista valtiosta riippumattomia puolisotilaallisia joukkoja. Monet tarkkalijat katsoivat että Tadžikistan oli ajautumassa autoritarismiin, Rahmonin käytettyä asemaansa henkilökohtaisen valtansa lujittamiseksi.Syyskuun 11. päivän terrori-iskujen jälkeen Yhdysvallat ryhtyi johtamaan sotaa Talebania vastaan, mikä tarjosi Rahmonille hyvän tilaisuuden pönkittää asemaansa ja ryhtyä taisteluun islamilaista oppositiota vastaan. Hän syytti maan islamilaista renessanssipuoluetta (IRPT) terroristiryhmäksi, ja sen jäseniä alettiin erottaa poliittisista viroista. Samaan aikaan Rahmon ryhtyi nimittämään omia kumppaneitaan hallitseviin virkoihin politiikassa ja maan talouselämässä.