L'Inter Bratislava fu fondato nel 1940 dalla raffineria "Apollo", azienda che più avanti verrà rinominata "Slovnaft". Presto dimostrò di essere una delle squadre più forti del campionato cecoslovacco, tradizione poi continuata nel nuovo stato indipendente della Slovacchia. Nel 1976 l'Inter fornì un giocatore alla squadra della Cecoslovacchia che vinse il Campionato Europeo per nazioni: Ladislav Jurkemik. In tempi più recenti l'Inter è stato in grado di realizzare il double slovacco, vincendo sia il campionato che la coppa nazionale nel 2001. Il 18 giugno 2009 si è sciolta e il 23 giugno è stata assorbita dall'FK Senica.