Els efectes a llarg termini de la pesta sobre la història europea i cristiana van ser enormes. A mesura que la malaltia es va estendre a les ciutats portuàries de la Mediterrània, els gots que mantenien un conflicte amb l'Imperi es van revifar i la Guerra Gòtica va entrar en una nova fase. La pesta va debilitar l' Imperi Romà d'Orient en un moment crític, quan els exèrcits de Justinià gairebé havien reprès tot Itàlia i la costa mediterrània occidental. L'evolució de la reconquesta hauria reunit el nucli de l' Imperi Romà d'Occident amb l'Imperi Romà d'Orient. Tot i que la conquesta es va produir el 554, la reunificació no va durar gaire. El 568, els llombards van envair el nord d'Itàlia, van derrotar el petit exèrcit bizantí que havia quedat enrere i van establir el Regne Longobard . La pesta podria haver contribuït també a l'èxit dels àrabs unes quantes generacions més tard durant les Guerres arabo-romanes .