Durante la sua carriera, Neil Tovey ha indossato per ben 52 volte la maglia della Nazionale sudafricana, con la quale ha vinto la Coppa delle Nazioni Africane 1996, che si era giocata proprio in Sudafrica. L'anno seguente Neil ha anche rappresentato il proprio Stato alla Confederations Cup. Vincendo la Coppa delle Nazioni Africane, Neil è diventato il primo giocatore bianco a vincere tale trofeo.