1940年，巴特·道尔吉出任蒙古人民共和国内务部副部长兼边防内务军务局局长。1940年3月，在蒙古人民革命党第十次代表大会上，巴特·道尔吉当选中央委员会委员。1947年12月蒙古人民革命党第十一次代表大会、1954年11月蒙古人民革命党第十二次代表大会、1958年3月蒙古人民革命党第十三次代表大会上均当选为中央委员会委员。1941年至1948年，任蒙古人民共和国内务部副部长兼边防处处长。1944年4月28日，改授少将军衔，跻身蒙古人民军首批将军之一。二战末期，1945年在八月风暴行动中，巴特·道尔吉在中国东北参加对日本关东军的作战。1948年至1952年，在苏联伏龙芝军事学院学习。1952年毕业后，出任蒙古人民共和国国防部直属骑兵独立旅旅长。