Begin 1993, kort nadat het leger de parlementsverkiezingen had afgelast om de overwinning van het Front Islamique du Salut te voorkomen en ten tijde van de Algerijnse Burgeroorlog (1991-2002), werd de uitgifte van El Watan stopgezet en werd Belhouchet gedurende een week gevangengenomen. De aanklacht tegen hem luidde, dat hij foutieve informatie had gepubliceerd die de veiligheid en eenheid van het land in gevaar bracht. Het betrof berichtgeving over een rapport van de moord van vijf politiemensen door islamitische fundamentalisten. In het vervolg van 1993 tot 1997 werd tegen Belhouchet in totaal 30 maal vervolging ingesteld. In deze jaren ontving hij meer dan 100 doodsbedreigingen.