Danach verließ Shantaram Athavale zusammen mit den Regisseuren Raja Nene und Datta Dharmadhikari, dem Komponisten Keshavrao Bhole und dem Filmeditor und späteren Regisseur Anant Mane die Filmgesellschaft. Er hatte bereits 1942 außerhalb Prabhats als Dialogautor und Liedtexter der Marathi-Versionen von Debaki Boses "Aple Ghar" (Hindi-Fassung: "Apna Ghar") und Vijay Bhatts "Bharat Bhet" (Hindi-Fassung: "Bharat Milap") gearbeitet. 1948 entstand seine erste eigenproduzierte Regiearbeit "Bhagya Rekha" über eine revolutionäre Untergrundbewegung des Jahres 1942. Für diesen Film konnte er auf seine Prabhat-Kollegen Narayan Hari Apte, Keshavrao Bhole und die Schauspielerin Shanta Apte zurückgreifen, die vom Publikum mit seinen Lieder assoziiert wurde. Apte spielte und sang noch einmal in Athavale nächstem Film "Main Abla Nahin Hoon" (1949). Aus "Vahinichya Bangdya" (1953), in dem Athavale auch als Darsteller auftrat, erlangte sein Lied "Tu nastirs tar" große Bekanntheit, ebenso das Lied "Sukh devasi magave" aus "Shevgyachaya Shenga" (1955). Dieser Film war zudem ein Wettbewerbsbeitrag bei den Filmfestspielen von Cannes 1956. Für die Filmproduktionsgesellschaft Filmistan führte Athavale Regie bei der konventionellen Liebesgeschichte "Padada" (1958). Für seinen letzten Spielfilm "Vavtal" (1965) erhielt er mehrere Filmpreise der Regierung Maharashtras.