Com o fracasso dos esforços diplomáticos a 23 de Março de 1999 a NATO ordenou ataques aéreos contra alvos militares e policiais na antiga Jugoslávia e posteriormente contra alvos civis de elevado interesse económico. Os Estados Unidos participaram com oito bombardeiros B-52H (entre outras aeronaves), previamente deslocados para a base aérea de "Fairford" no Reino Unido, de onde operaram durante toda a campanha. Inicialmente usando mísseis de cruzeiro contra alvos da defesa aérea e após conquistada a superioridade aérea, com bombas convencionais de queda livre e alto explosivo. A operação designada Forças Aliadas pela NATO, terminou a 10 de Junho de 1999 e os B-52H após cumprirem 270 missões regressaram às suas bases de origem nos Estados Unidos.