En 1864, il combat lors de la bataille de la Wilderness. Au cours de la bataille de Spotsylvania Court House, le matin du , il monte à cheval pour inspecter sa brigade et est blessé par balle dans le genou droit par un tireur d'élite. Morris est en congé jusqu'au mois de juin et ne participe plus à des services sur le terrain après avoir subi sa blessure. À partir de juin à , il siège dans des cours martiales et des commissions militaires. Souffrant encore de ses blessures, il est libéré du service actif à la fin du mois d'. Pendant ce temps, le général Morris écrit un livre, "Infantry Tactics", qui est publié en 1865.