El 1567, durant la Guerra Nòrdica dels Set Anys que va enfrontar a Dinamarca-Noruega contra Suècia, l'exèrcit suec va envair la regió i va incendiar Sarpsborg. Després de la destrucció de la ciutat, el rei Frederic II va decidir traslladar la ciutat 14 quilòmetres riu avall, a la desembocadura del Glomma, de manera que fos més fàcil la seva defensa contra un altre possible atac suec. Aquesta nova ciutat va canviar el seu nom a Fredrikstad el 1569. Una part dels pobladors de Sarpsborg es van quedar a viure en els voltants de la localitat original, a Gleng (actualment un barri al nord del centre de la ciutat). El 1702 un esllavissament de terra va destruir pràcticament tota resta de la ciutat vella, a excepció de les ruïnes de l'església de Sant Nicolau i part de les muralles.