En 1978, Villar ya había sido uno de los fundadores de la Asociación de Futbolistas Españoles (AFE), sindicato del que llegó a ser vicepresidente. Posteriormente fue elegido presidente de la Federación Vizcaína de Fútbol y perteneció a la junta de la Real Federación Española de Fútbol (RFEF) presidida por José Luis Roca. En 1988 sustituyó a este como presidente, siendo reelegido en el cargo en seis ocasiones: 1992, 1996, 2000, 2004 , 2008, 2012 y 2017. Lo más destacable de este largo período fueron los éxitos deportivos de la selección española de fútbol al inicio y en los últimos tiempos de su mandato, ganando títulos como la medalla de oro en el , las Eurocopas de 2008 y 2012 o el Mundial de 2010, así como numerosos trofeos en categorías inferiores.