1998년 FIFA 월드컵에서 처음으로 국가대표에 발탁되어 활약했다. 2002년 FIFA 월드컵에서는 팀이 초반에 탈락하는 바람에 월드컵에서 제대로 뛰지 못했다. 이후 사실상 국가대표에서 거의 뛰지 못했는데 2006 FIFA 월드컵에서는 호세 페케르만감독의 성향에 따라 엔트리에서 제외되었다. 문제는 2010년 FIFA 월드컵에서였는데 정말 어이없게 엔트리에 오르지 못했다. 사네티가 엔트리에 오르지 못한 과정으로 미루어보면 당시 아르헨티나 축구 국가대표팀의 감독이였던 디에고 마라도나의 인성에 심각한 결함이 있음을 알 수 있다.