28 Eylül 1961'de Suriye'de yeni bir darbe gerçekleşti ve BAC hükümetini devirdi. Kudsi, desteğini toplayarak birlik sonrası ilk parlamentoya kendisini aday gösterdi ve Aralık 1961'de Halep'ten milletvekili oldu. Daha sonra devlet başkanlığı görevine aday oldu ve kazanarak 12 Aralık 1961'de Suriye'nin Nasır sonrası ilk lideri oldu. Devlet Başkanı olarak Suriye'nin Ürdün, Suudi Arabistan ve Lübnan'daki Nasır karşıtı rejimlerle dostluğunu yeniden tesis etmek ve ABD ve Büyük Britanya ile yakınlaşmak için çalıştı. Son otuz yıldır kariyerine destek olan Bağdat'taki Haşimi ailesi, Temmuz 1958'de kanlı bir askeri devrimle devrilmişti. Irak'ın yeni liderleriyle, özellikle de isyanın lideri General Abdülkerim Kasım'la hiçbir zaman iyi geçinmedi. Batı, özellikle ABD Başkanı John F. Kennedy, Kudsi'nin yükselişini memnuniyetle karşıladı ve onu Amerika Birleşik Devletleri'nin "arkadaşı" olarak nitelendirdi. Kudsi, Suriye'nin Washington ile ilişkilerini geliştirmek için, 1961-1963 yılları arasında AUB mezunu, Halepli ünlü bir şair olan Ömer Ebu Riçe'yi büyükelçi olarak atadı. Kudsi, BAC'nin başındayken Nasır tarafından millîleştirilen fabrikaları restore ederek ve Nasır yanlısı tüm yetkilileri görevden alarak büyük bir ekonomik reform programı başlattı. Mısır Cumhurbaşkanı'na hala sadık olan tüm subaylar Suriye Ordusu'ndan terhis edildi. Kudsi Suriye için yeni bir anayasa hazırladı, yasadışı siyasi partileri restore etti ve Suriye'nin yerinden oynayan ekonomisini yeniden inşa etmek için Dünya Bankası'ndan kredi aldı.