Tijdens het Tokugawa-shogunaat koos Tokugawa Ieyasu ervoor de Sengenschrijn te patroniseren. Hij financierde de reconstructie van de hoofdhal omdat de priesters hem hadden gesteund tijdens de Slag bij Sekigahara in 1600. Iedereen die Fuji wilde beklimmen, moest vanaf nu eerst langs de Sengen-schrijn. De plaats waar de schrijn nu gesitueerd is wordt beschouwd als de hoofdingang tot de berg Fuji.