Активно выступая против любых войн, в 1982 году во время кризиса вокруг Фолклендских островов он посетил и Великобританию, и Аргентину, призвав страны к миру. В 1991 году папа осудил войну в Персидском заливе. Когда в 2003 году в Ираке снова началась война, Иоанн Павел II отправил одного из кардиналов с миссией мира в Багдад, а ещё одного благословил на беседу с Президентом США Джорджем Бушем, во время которой папский легат передал американскому президенту резко отрицательное отношение Ватикана к американо-британскому вторжению в Ирак.