Бхактапур расположен на южной окраине предгорий Гималаев долине Катманду. Эта долина имеет 25 км в направлении север-юг и 19 км в направлении восток-запад и окружена горной цепью высотой до 2900 м, в то время как сама долина лежит на высоте 1340 м. Речная система долины не зависит от своего высокогорного положения, так как питается водами Багмати. В состав этой системы входят такие реки, как Вишнумати, Мохарана, Дхоби, Наху Кхолар, а также и Хануманте, на которой и стоит Бхактапур. Тело долины сложено из песка и суглинка. Точная причина такого состава почвы неизвестна; предполагается, что, может быть, здесь раньше располагалось озеро. Непал расположен на стыке индийской и евразийской плит, в результате столкновения которых возникли Гималаи. Это в свою очередь приводит к частым землетрясениям, самыми сильными из которых были землетрясения в 1255 году (силой 7,7 балла), 1833, 1934 году (8,4 балла) и 2015 году.