Pendant la deuxième intervention française en Mexique Escobedo participe au combat d'Acultzingo en 1862. Grâce à son action dans la bataille de Puebla en , il devient général brigadier. Devant l'avance française sur la capitale, Escobedo fuit à Querétaro et après à San Luis Potosí, mais sans trouver des forces auxquelles s'unir. Il s'enrôle dans l'Armée d'Orient sous le mandat de Porfirio Díaz en Oaxaca où il démontre ses capacités de commandement.