İç savaştan sonra Amerikan Kızılderilileri Savaşlarında savaşması için batıya sevk edildi. Son savaşta aldığı ağır yenilgi onun iç savaştaki başarılarını gölgede bıraktı. 1876 yılında Little Bighorn Muharebesinde bir Kızılderili kabile koalisyonuna karşı savaşırken bozguna uğradı ve öldürüldü. Bu savaş Amerikan tarihinde "Custer'ın Son Direnişi" olarak popülerlik kazandı.