Смит был переведен на 100-пушечный корабль "Sovereign of the Seas" в 1665 году и отправлен в Средиземное море с эскадрой кораблей под его командованием. Он вернулся в Британию и был назначен адмиралом Синей эскадры в Королевском флоте, приняв участие в Четырёхдневном сражении в июне 1666 года под общим командованием Джорджа Монка, герцога Альбемарля. Смит был посвящён в рыцари в июне, а в июле участвовал в сражении в день Святого Иакова, ещё как адмирал Синей эскадры, и командовал арьергардом на "Loyal London". Его эскадра, самая слабая из английского флота, сдерживала самую сильную голландскую эскадру под руководством Корнелиса Тромпа. При этом Смит не позволил Тромпу прийти на помощь Михаилу де Рюйтеру, чьи силы были сильно измотаны центром английского флота. После периода ожесточённых боёв Смит вышел из боевого порядка, либо по своему решению, либо вытесненный голландцами. Тромп последовал за ним, ослабив голландский боевой порядок. Во время битвы флагман Тромпа потерял более ста человек и был почти захвачен сэром Эдвардом Спрэггом, одним из младших офицеров флагмана Смита. Голландский контр-адмирал эскадры Тромпа был убит, сражаясь с силами Смита.