1 października 1946 został skazany przez Międzynarodowy Trybunał Wojskowy w Norymberdze na karę śmierci i stracony. Podczas procesu Rudolf Höß, komendant Auschwitz, złożył zeznania, które dowiodły, że Kaltenbrunner doskonale wiedział o tym co dokładnie działo się w obozach koncentracyjnych. W trakcie procesu Kaltenbrunner zeznał m.in.: