Pyöräilyssä kilpailtiin Rio de Janeiron 2016 kesäparalympialaisissa 9:tta kertaa. Pyöräilyssä kilpailtiin sekä rata- että maantiepyöräilyssä. Ratapyöräilyt kilpailtiin 8.–11. syyskuuta ja maantiepyöräilyt 14.–17. syyskuuta. Ratapyöräilyssä oli 17 kilpailua. Ratapyöräilykilpailut käytiin Velódromo Municipal do Riossa. Maantiepyöräilyssä oli 33 kilpailua. Maantiepyöräkilpailut käytiin Aterro do Flamengossa.