Hicretten kısa bir süre sonra yazılan Medine Sözleşmesinde İslami bakış açısına göre şehirde yaşayan Yahudi cemaatlerinin sivil ve dini durumlarına değinilmiştir. Örneğin sözleşmede Yahudiler "kendi dinlerini icra edecekler, Müslümanlar kendilerinkini" ve onlar "kendi masraflarından sorumlu, Müslümanlar kendilerinkinden" maddeleri bulunur. Yahudiler bu özgürlüklerden nadiren faydalandılar. Bedir Muharebesinden sonra Yahudi kabilesi olan Banu Kaynuka için Muhammed'in sözleşmesine karşı geldiği iddia edildi. Bunu bir savaş sebebi sayan İslam peygamberi kabileyi kuşattı. Kabile teslim olduktan sonra kovuldu. Ertesi yıl, başka bir Yahudi kabilesi olan Banu Nadir, peygamber Muhammed'i öldürmekle suçlanıp kovuldu. Banu Nadir'in düşüşünden kısa bir süre sonra Banu Kureyze'nin surları Müslümanlar tarafından kuşatılıp kabile yok edildi; bu olay Kur'an'ın 33:25-27 ayetlerinde de aktarılmıştır.