1857 wurde er Leutnant der Marine. 1858 bis 1859 war Jøhnke mit der Korvette "Heimdal" in Westindien. 1864 war er an Bord der Korvette "Niels Juel", mit der er am Seegefecht bei Helgoland teilnahm. 1868 bis 1869 war Jøhnke mit dem Kreuzer "Diana" in Westindien. 1869 war er Chef des Kanonenbootes "Schrødersee". 1874 wurde Jøhnke zum Kapitän ernannt. 1875 war er Chef des Kanonenbootes "Falster", 1876 Chef des Kanonenbootes "Møen" – beides waren Probefahrten. 1878 war Jøhnke Erster Offizier der Fregatte "Sjælland". Er erbrachte bedeutsame Verdienste im Seeminenwesen; so wurde unter seiner Aufsicht die Wirksamkeitsrate der Seeminen deutlich erhöht. 1879 wurde er zum Abteilungschef für das aktive Seeminenwesen ernannt. Auf diesem Posten blieb Jøhnke, bis er 1885 zum „kommandør“ (etwa Fregattenkapitän) und Chef des Seeminenkorps ernannt wurde.