No obstante, Trautmann no fue bien recibido por los aficionados del equipo mancuniano, que no estaban contentos con la decisión de fichar a un antiguo miembro de la "Luftwaffe". Los abonados amenazaron con realizar un boicot y muchos grupos de Mánchester y del resto del país escribieron cartas a la entidad para quejarse. Además de este inconveniente, Trautmann iba a reemplazar a Frank Swift, que se había convertido en uno de los mejores guardametas de la historia del equipo. A pesar de que en privado había expresado sus dudas acerca del fichaje del jugador alemán, el capitán del equipo, Eric Westwood, un veterano de guerra que había participado en la invasión de Normandía, trató de conseguir que el jugador fuese bienvenido: «No hay ninguna guerra en el vestuario». Trautmann debutó con el primer equipo en un partido disputado el 19 de noviembre frente al Bolton Wanderers. Las protestas se redujeron según los aficionados iban descubriendo su talento como portero. Sin embargo, el jugador continuó sufriendo el acoso de los aficionados en los partidos como visitante, el cual afectó a su concentración en algunos de sus primeros partidos; en diciembre de 1949, encajó siete goles en un encuentro con el Derby County en el Baseball Ground.