На початку 1811 року Шмідт оселився в Москві, але наступного ж року наближення французької армії змусило його виїхати звідти. При пожежі у Москві 1812 року вогнем була знищена його значна колекція рукописів і ксилографії. Після приїзду в Санкт-Петербург він зайняв посаду скарбника Біблійного товариства, яке доручило Шмідту перекласти Новий Заповіт монгольською і калмицькою мовами.