Po wojnie został schwytany przez władze amerykańskie i był jednym z oskarżonych w procesie załogi obozu Flossenbürga. Za 4 tygodnie służby w tym obozie skazany został na karę dożywotniego pozbawienia wolności. Następnie przekazano go władzom polskim, w celu osądzenia za zbrodnie popełnione w obozach Auschwitz-Birkenau i Majdanek. Mußfeldt został osądzony przez Najwyższy Trybunał Narodowy w pierwszym procesie oświęcimskim i uznany za winnego wszystkich zarzucanych mu zbrodni. Skazano go 22 grudnia 1947 roku na karę śmierci, którą wykonano przez powieszenie w krakowskim więzieniu Montelupich.