Napriek náboženskej povahe misie však Sovietsky zväz považoval katolíckych misionárov do ZSSR vzdelaných v Kolégiu Russicu za špiónov z Vatikánu. Ján Kellner bol zatknutý dňa 9. decembra 1940, krátko po prechode hraníc, keď ho štátnym orgánom nahlásil roľník, ktorého požiadal o pomoc. Jeho prvotný výsluch trval tri dni a tri noci (17.-19. decembra 1940). Podľa zápisu mal Ján Kellner vypovedať, že sa už dlhý čas pripravoval na svoju misiu do ZSSR a že plánoval "prekročiť hranicu v oblasti Sambora, potom tajne ísť do Ľvova a ďalej do Moskvy a získať prácu v nejakej továrni, a potom plánoval zúčastňovať sa stretnutí radikálnych ateistov a na nich vystupovať proti ateizmu." Robil by tak s úmyslom "hlásať učenie Krista medzi mladými ľuďmi, s cieľom podporovať zjednotenie cirkví." Následne bol prevezený do špeciálnej väznice NKVD v Kyjeve, kde bol podrobený celkovo trinástim výsluchom. Po tom, čo hitlerovské Nemecko 22. júna 1941 zaútočilo na Sovietsky zväz, Moskva nariadila preskúmať zoznamy väzňov za účelom identifikácie väzňov vhodných na likvidáciu. Dňa 7. júla 1941 bol Ján Kellner odsúdený na trest smrti ako "nepriateľ ľudu" a v ten istý deň bol aj popravený zastrelením.