1997年8月から2002年8月までの間ウゴ・バンセルのADNに政権を渡したが、その後すぐにMNRは政権を取り戻し、サンチェス・デ・ロサダが2度目の大統領職に就いた。しかし第2次サンチェス政権は発足当初から農民団体や労働者団体と激しく対立し、デモ行進やストライキなどが頻発、暴動も度々発生した。特に、ADN政権下でくすぶり始めた天然ガス採掘の事業化に関する問題はMNR政権下で一気に炎上し、ボリビアガス紛争と呼ばれる大きな混乱を引き起こすに至った。この紛争によりサンチェスは大統領職を事実上奪われ、合衆国に亡命することになった。サンチェス政権下で副大統領だったカルロス・メサ・ヒスベルトが大統領を引き継いだが、彼もまた2005年6月に辞任に追い込まれる。同年末の総選挙でMNRは惨敗し、ボリビアの政治におけるMNRの立場は大幅に弱まった。（正確には、カルロス・メサはMNR党員ではないので、サンチェスが辞任した時点でMNR政権が終わったと考えてもよい。）