В первые годы иранской революции были созданы Специальный суд для священнослужителей для рассмотрения «преступных» действий, совершенных членами духовенства. Данный суд рассматривал не только преступления, но и действия, которые были направлены против консолидации власти аятоллой Хомейни. Поскольку к этому времени новая судебная структура Исламской Республики была уже разработана, Специальный духовный суд не задумывался как ее составная часть. В 1987 году Специальный духовный суд был снова воссоздан, чтобы рассмотреть дело Мехди Хашеми, который открыто критиковал тайное сотрудничество Тегерана с Вашингтоном (т.н. дело «Иран-контрас»). Столкнувшись с неодобрением неконституционности данного Суда, Хомейни в письме к Меджлису рекомендовал депутатам, чтобы после окончания ирано-иракской войны специальные суды начали работу в пределах конституционного законодательства. В письме 1988 года, адресованному депутатам Третьего меджлиса, Хомейни говорил: «"Многие постановления и указы, которые я издал за последние несколько лет, были вызваны тем, что Исламская революция и Исламская республика еще не достигли стабильности, а также из-за особых чрезвычайных условии, вызванных войной. Однако теперь, когда война окончена и мы приближаемся к стабильности, мы должны вернуться к Конституции, и все должно быть определено в рамках Конституции"».