En 1868 fue elegido diputado por la entonces provincia juninense de Huánuco y figuró entre los consejeros más importantes del presidente José Balta, cuyo primer gabinete ministerial integró como ministro de Justicia e Instrucción, desde el 6 de agosto de 1868. Poco después debió viajar al sur para socorrer a los afectados por el terrible terremoto del 13 de agosto de 1868. Su despacho fue atendido interinamente por el canciller José Antonio Barrenechea. El Senado aprobó un voto «de acción de gracias» por su labor, el mismo que fue rechazado por la Cámara de Diputados, arguyendo que Cisneros solo había cumplido con su deber. Cisneros renunció entonces, por considerar que había recibido un desaire (octubre de 1868). Su reemplazante en el ministerio fue Teodoro La Rosa.