Мадура увійшла до складу Індонезії практично відразу після проголошення незалежності цієї держави в серпні 1945 року. Індонезійський суверенітет над нею був підтверджений індонезійсько-нідерландською Лінгаджатською угодою 1946 року, проте після відновлення бойових дій в 1947 році голландці відновили контроль над островом і 1948 року створили на його території маріонеткову квазі-незалежну державу Мадуру. У листопаді 1949 року вона увійшла до складу Сполучених Штатів Індонезії, створених за підсумками Конференції круглого столу. Однак серед жителів острова були дуже сильні настрої на користь приєднання до Республіки Індонезії, і під впливом суспільного тиску в березні 1950 року керівництво цього державного утворення було змушене прийняти відповідне рішення. У Республіці Індонезії острів увійшов до складу провінції Східна Ява.