Die Streitigkeiten wurden erst 1916 beigelegt, als die endgültige Grenze zwischen dem niederländischen West- und dem portugiesischen Osttimor gezogen wurde. Zuvor hatten beide Kolonialmächte noch Enklaven ohne Meereszugang im Gebiet des jeweils anderen. Neben dem Territorium auf Timor waren Portugal nur noch die dazugehörigen Inseln Atauro und Jaco verblieben. Nach der Nelkenrevolution sollte auch Osttimor in die Unabhängigkeit entlassen werden. Es kam aber zu Machtkämpfen zwischen den osttimoresischen Parteien, die Indonesien zur Besetzung grenznaher Gebiete nutzte. Die dadurch in Bedrängnis gebrachte Partei FRETILIN rief daher am 28. November 1975 die Unabhängigkeit aus, doch nur neun Tage später startete Indonesien offen mit der Besetzung des Landes, die bis 1999 anhielt. 1999 übernahmen die Vereinten Nationen die Verwaltung und führten Osttimor 2002 schließlich in die Unabhängigkeit. Da die Ausrufung der Unabhängigkeit 1975 und die indonesische Besatzung international nie anerkannt wurden, galt Osttimor bis 1999 offiziell als "„abhängiges Territorium unter portugiesischer Verwaltung“". In Osttimor ist heute noch Portugiesisch Amtssprache, auf Flores wird von einer Minderheit eine portugiesische Kreolsprache gesprochen.