Опера продолжала работать и во время Второй мировой войны. Только 31 августа 1944 года работа театра была остановлена. Последней постановкой стал "«Вольный стрелок»" Карла Марии фон Вебера. Во время бомбардировки Дрездена 13 февраля 1945 года, при которой был практически полностью разрушен центр города, сильно пострадало и здание оперы, целыми остались лишь наружные стены и некоторые скульптуры.