Bei den Halleneuropameisterschaften 1969 in Belgrad gewann Jan Werner über 400 Meter in 47,4 s Silber hinter seinem Landsmann Jan Balachowski. In der 4-mal-2-Runden Staffel gewannen Werner, Jan Radomski, Badeński und Balachowski den Titel hauchdünn vor der Staffel aus der Sowjetunion. Im Freien bei den Europameisterschaften 1969 in Athen gewann Jan Werner Einzelgold in 45,7 s vor dem Franzosen Jean-Claude Nallet und vor Titelverteidiger Grędziński. In der Staffel gewannen die Franzosen vor den Staffeln aus der Sowjetunion und aus der Bundesrepublik Deutschland. Schlussläufer der Deutschen war erneut Martin Jellinghaus, der Jan Werner praktisch auf der Ziellinie abfing. In 3:03,1 min waren die Polen wie in Mexiko-Stadt nur Vierte geworden.