Après son retour des Antilles, la flotte française combinée avec celle du nouvel allié espagnol était basée à Cadix. Elle était commandée par l’amiral français de Villeneuve, qui avait déjà connu la défaite contre Nelson lors de la bataille d’Aboukir en 1798, et avait des réticences à quitter son port d’attache pour aller prêter main-forte à André Masséna en Italie. Mais pressé par Napoléon et par la perspective du déshonneur à la suite de l’annonce de l’arrivée de son remplaçant le vice-amiral Rosily-Mesros, il se décida à rapidement lever l’ancre. Il engagea donc la "Mediterranean Fleet" de Nelson à proximité du détroit de Gibraltar dans l’espérance d’une victoire qui démontrerait ses compétences militaires. La défaite fut d’importance et permit au Royaume-Uni de Grande-Bretagne et d’Irlande d’obtenir la suprématie maritime jusqu’à la Première Guerre mondiale en enlevant toute possibilité, faute d’une flotte suffisante, d’une invasion de la Grande-Bretagne par la France. Elle fut vécue comme une véritable humiliation par les Français.