Von August bis September 1944 nahm die Armee an der Operation Jassy-Kischinew (20.–29. August) teil. Am 20. August durchbrach die 46. Armee im Rahmen der 3. Ukrainischen Front die rumänisch-deutsche Verteidigung und eroberte am 22. August Akkerman, wobei sie im Rücken der rumänischen 3. Armee zum Fluss Kogalnig durchbrach. Die 46. Armee drängte die rumänischen Truppen bis an die Küste des Schwarzen Meeres zurück, wo diese am 24. August den Widerstand einstellte. Am selben Tag landeten die Schiffe der Donau-Militärflottille Truppen bei Wilkowo. Bis Anfang September erreichte die nach Bulgarien in drei Marschkolonnen vorgehende Armee die Linie Giurgiu – Silistra – Kubrat. Am 20. September wurde die 46. Armee während der Belgrader Operation der 2. Ukrainischen Front überstellt: Am 8. Oktober griff die Armee nördlich von Belgrad an. Das 10. Garde-Schützen-Korps griff Vršac an und befreite am 5. Oktober Pancevo gegenüber schwachem Widerstand. Das 10. Garde-Schützenkorps griff Belgrad von Norden und Nordosten an. Das 31. Garde-Schützenkorps rückte durch die Wojwodina zur Tisza vor, das 37. Schützenkorps rückte über Timisoara in Richtung Kikinda vor und drängte dabei Teile der 4. SS-Polizeidivision und ungarische Truppen nach Norden zurück. Während der Debrecener Operation rückten die Armeetruppen in Richtung Szeged vor, das in der Nacht vom 10. zum 11. Oktober besetzt wurde.