Bis 2011 kam Milligan nur sporadisch zu Einsätzen für die "Socceroos". Er nahm aber in dieser Zeit an mehreren bedeutenden Turnieren teil. So war sein erst fünftes Länderspiel das Viertelfinale der Asienmeisterschaft 2007 gegen Japan, bei dem er über die volle Spielzeit spielte. Ein Fehler Milligans führte zum Ausgleich Japans und er schied mit seiner Mannschaft im Elfmeterschießen aus. 2010 nahm er beim Turnier in Südafrika bereits an seiner zweiten Weltmeisterschaft teil und blieb erneut ohne WM-Einsatz. Für die Asienmeisterschaft 2011 wurde Milligan nicht nominiert. Bei seinem einzigen Einsatz in der Qualifikation für das Turnier hatte er im Spiel gegen Indonesien das entscheidende 1:0 geschossen, das Australien die Teilnahme sicherte. Es war gleichzeitig sein erstes Länderspieltor.