2000 októberében a bajnoki címvédő SS Lazio szerződtette, ahol akkor már egy éve ott játszott Baggio korábbi csapattársa, Roberto Sensini is. Baggio fővárosban töltött időszaka nem sikerült túl jól, ugyanis mind a 2001-02-es, mind az azt követő bajnoki évadban alig kapott lehetőséget. 2003 nyarán Angliában merült fel a neve, előbb a Wolverhamptonnal tárgyalt, aztán végül a Blackburnhöz került kölcsönbe. Itt a menedzser Graeme Souness szokatlan poszton, csatárként számított rá, végül kilenc meccsen egy gólt szerzett. Visszatérése után a Lazio ismét kölcsönadta, ezúttal a frissen feljutott Anconának. Itt tizenöt bajnokin kétszer talált be, azonban az Anconán ez nem segített, ugyanis utolsóként zárta a szezont. Bár visszatért a Lazióhoz, ismét nem játszott, majd egy rövid trieszti időszak után vonult vissza. 2008-ban bejelentették, hogy Baggio visszatér, csapata pedig a szülővárosától nem messze fekvő Tombolo lesz, melynek edzője Baggio legelső trénere, Cesare Crivellaro volt. Végül egyetlen összecsapáson játszott a kiscsapatban.