При Фернандесе разразилась и Каргильская война с Пакистаном 1999 года. Победа в целом осталась за Индией, но министерство обороны подверглось тогда критике за малоэффективность военных спецслужб. Фернандес отказался признать критику справедливой. Возникали конфликты министра и с командованием ВМФ, в основном по кадровым вопросам.