Al termine del campionato Baloncieri passò al Milan, in massima serie; la formazione rossonera, per esigenze di bilancio, affidò a Baloncieri una rosa giovane e italiana (definita da Leone Boccali «strapaesana»); l'allenatore la condusse in due tornei alla media classifica. Durante la terza stagione il neoeletto presidente rossonero Emilio Colombo, rilevando la mancanza di un salto di qualità nella crescita della squadra, lo esonerò; Baloncieri concluse dunque il campionato di Serie A 1936-1937 al Novara, che retrocesse tra i cadetti al termine della stagione.