El 6 de junio de 2017, Stindl realizó su debut con la selección alemana en un partido amistoso contra Dinamarca, en el que asistió a Joshua Kimmich en el minuto 86 para que marcara el 1:1 final. En mayo de 2017, el entrenador Joachim Löw lo seleccionó entre los futbolistas que jugarían la Copa Confederaciones, donde el equipo alemán integró el grupo B junto con Australia, Camerún y Chile. En el primer encuentro, una victoria por 3:2 frente a los australianos, anotó el primer gol de su equipo. También marcó en el siguiente encuentro, un empate 1:1 ante los chilenos. Le anotó nuevamente a Chile en la final, que los alemanes ganaron. Con tres tantos, Stindl finalizó como uno de los máximos anotadores del torneo. El 14 de noviembre, en un amistoso contra el seleccionado francés, marcó el gol del empate en el minuto 92. En abril de 2018, tras una lesión en el tobillo provocada en un partido entre el Borussia Mönchengladbach y el Schalke 04, se confirmó que se perdería la Copa Mundial de Fútbol realizada en Rusia.