Bei Ausbruch des Bürgerkriegs am 12. Februar 1934 wurde er wie viele andere Sozialdemokraten verhaftet, aber am Ende des Jahres unter strengen Auflagen wieder entlassen. Laut Strafakt des Landesgerichts für Strafsachen fußte die Anklage auf dem Straftatbestand § 58 b und c StG. Danach hatte er nur wenig Kontakt zu anderen Sozialdemokraten und beschäftigte sich hauptsächlich mit militärwissenschaftlichen Arbeiten. Mit seinen Clausewitz-Studien versuchte er 1937 mit deutschen Militärkreisen eine Diskussion darüber zu führen, dass ein Krieg gegen die Sowjetunion nicht zu gewinnen sei. In diesem Zusammenhang eignete er sich auch beträchtliche Kenntnisse der russischen Sprache an. Nach dem Bombenattentat gegen Hitler am 20. Juli 1944 wurde er erneut verhaftet, aber bald wieder entlassen, weil man ihm seine tatsächlich bestehenden Kontakte zum Widerstand nicht nachweisen konnte. Körner war zu diesem Zeitpunkt noch dazu nervlich besonders belastet, weil unmittelbar vor seiner Verhaftung nach einer Hausdurchsuchung in der Mahlerstraße 5 durch die Gestapo seine langjährige Lebensgefährtin, Baronin Netka Latscher-Lauendorf (geb. v. Callenberg), die Witwe des ehemaligen Landesverteidigungsministers Julius Freiherr von Latscher-Lauendorf, verstorben war.