中近世（16 - 18世紀）には吐噶喇列島の海域を本拠に薩摩と琉球の間の交易を取り持つ海上交易勢力としての七島衆が現れる。琉球侵攻では薩摩兵の水先案内人を務め琉球にも入り死者も出ている。一方で薩摩の内情を琉球王府に伝えるなど、日和見的立場を取っていた。琉球侵攻以降、吐噶喇列島は薩摩藩島津氏の支配地となり七島地頭（島津家臣）と七島郡司（七島衆）が置かれる。