На початок операції «Барбаросса» в строю залишалось три авіагрупи оснащені "Do 17Z" (98 літаків). Вони всі ввійшли в авіаційну підтримку групи армій «Центр». В перші дні німецько-радянської війни вони бомбардували аеропорти. Найчастіше для цього використовувались малі осколкові бомби "SD.2" (2 кг.). 6 серпня 1941 року дві авіагрупи "I/KG 2" і "II/KG 3" в складі 8-го авіакорпусу було переведено під командування 1-го повітряного фронту, що діяв на північному напрямі. Їх основною задачею стали атаки на залізничні вузли між Москвою та Ленінградом.