V letech 1798–1800 bojovalo americké námořnictvo v nevyhlášené válce s Francií, která povolila svým korzárům útoky na americké lodě. Hlavní oblastí bojů byl Karibik. Konflikt posílil pozici námořnictva, jelikož byly objednány další lodě a roku 1798 bylo zřízeno samostatné ministerstvo námořnictva ("Department of the Navy"). V letech 1812–1815 pak došlo i k válce s Velkou Británií. Ta znovu prokázala potřebu silného loďstva. Během mexicko-americké války v letech 1846–1848 americké námořnictvo blokovalo mexické přístavy a podporovalo pozemní jednotky. Provedlo také svou první velkou výsadkovou operaci – obsazení přístavu Veracruz, ze kterého armáda směřovala k hlavnímu městu a uspíšila tak mexickou porážku.