Ende 1939 folgten viele Deutsch-Balten der Aufforderung Nazi-Deutschlands, ihre Heimat zu verlassen, wie es zwischen Deutschland und der Sowjetunion im deutsch-sowjetischen Nichtangriffspakt vereinbart worden war, und siedelten sich im heute polnischen Wartheland an. Die Zahl der Beerdigungen im Friedhof Ziegelskoppel nahm stark ab. Bis 1944 wurde er aber im kleineren Umfang weiterhin benutzt, um in Estland gebliebene Deutsche zu bestatten.