Löydöt teki Conrad Engelhardt (1825-1881), joka oli tullut ensimmäisen Saksan-Tanskan sodan jälkeen alueelle opettajaksi. Paikkoja oli vapautunut, kun saksalaismielisiä virkamiehiä oli erotettu. Engelhardt vastasi paikallisesta Jespersenin muinaislöytökokoelmasta. Hän sai paikallisilta maanviljelijöiltä ja turpeenostajilta vinkkejä löytöpaikoista ja alkoi itse tehdä kaivauksia. Vuonna 1859 hän alkoi kaivaa Nydamin suon alueella. Toinen Saksan-Tanskan sota puhkesi 1863, kun hän oli löytänyt kolme venettä ja paljon muita esineitä, muun muassa yli 400 miekkaa. Sodan seurauksena Schleswigin herttuakunta liitettiin Saksaan ja vene joutui Saksan haltuun. Ensimmäisen maailmansodan jälkeen Versailles’n rauhan sopimuksen mukaisesti 1920 Schleswigissä järjestettiin kansanäänestys, jonka seurauksena alue Flensburgin pohjoispuolelta liitettiin Tanskaan ja Nydamin suo siirtyi taas Tanskalle. Tanskan kansallismuseon meriarkeologinen instituutti on tehnyt vuoden 1984 jälkeen alueella tarkempaa kartoitusta ja löytänyt Nydamin veneeseen kuuluvia osia kuten todennäköisesti keulakoristeina käytettyjä puisia päitä.