Auchinleck relança les prises de décision stratégiques pour le Moyen-Orient et en même temps, il donnait des ordres concernant les opérations sur le terrain occupé par Ritchie. En janvier 1942, l'Afrika Korps réussit à reprendre le dessus en obligeant Ritchie à rebrousser chemin dans les environs de Tobrouk. L'attaque de Rommel sur Gazala le 25 mai 1942 fut un échec cuisant pour les Britanniques. Lors de la bataille de Bir Hakeim, les troupes françaises ralentirent, pendant 16 jours, l'armée allemande ce qui permit aux Britanniques de se replier vers l'Égypte et se renforcer à El Alamein. Le 12 juin 1942, Auchinleck déclara à propos de la bataille de Bir Hakeim : « Les Nations unies se doivent d'être remplies d'admiration et de reconnaissance, à l'égard de ces troupes françaises et de leur vaillant général Marie-Pierre Kœnig ». Tobrouk, une ville politiquement importante pour Winston Churchill mais militairement peu signifiante pour Auchinleck, tomba le 21 juin 1942. Auchinleck décida de prendre en main le commandement direct de la pour contrer les troupes de Rommel, et essaya de résister vainement à Mersa Matruh. Ce n'est que lors de la première bataille d'El Alamein que les Britanniques réussirent à stopper l'avancée des forces de l'Axe. Auchinleck tenta de détruire les positions de l"'Afrika Korps" par de multiples attaques au mois de juillet et août 1942 mais ces tentatives se soldèrent par un échec.