Miguel Luís è nel giro delle nazioni giovanili portoghesi da quando nel 2014 viene convocato con l'under-15. Ha fatto parte della nazionale under-17 campione d'Europa in Azerbaigian nel 2016 e nel 2017 ha partecipato con la nazionale Under-20 portoghese al mondiale di categoria. L'anno dopo invece vince l'Europeo con l'under-19, in finale contro l'Italia. Dal 2019 al 2020 è sceso in campo sei volte con la selezione under-21.