В апреле 1995 года в матче против сборной Македонии Андерсен дебютировал за сборную Дании, заменив во втором тайме поединка Петера Рассмуссена. В 1996 году Эрик был включен в заявку на участие в чемпионате Европы в Англии. На турнире он принял участие в матче против сборной Турции.