В сезоне 2011/12 Шон подтвердил своё звание стабильного игрока. Не придав серьёзного значения турнирам Players Tour Championship (из-за чего не смог принимать участие и защищать свой титул Гранд-финала PTC), он регулярно участвовал в четвертьфиналах и полуфиналах практически всех рейтинговых турниров сезона. Кроме того, сезон был отмечен победой на новом пригласительном турнире Brazilian Masters 2011, где в финале с сухим счётом 5:0 был повержен Грэм Дотт, а также финалом Мастерса, где Мёрфи уступил австралийскому снукеристу Нилу Робертсону 6:10. На Чемпионате мира Шон в первом же круге сенсационно уступил дебютанту Джейми Джонсу из Уэльса 8:10. По окончании сезона Шон Мёрфи опустился на шестую позицию мирового рейтинга (до Чемпионата мира занимал четвёртое место в предварительном рейтинге).