Na enkele schermutselingen in het dal van de Shenandoah, waarbij Banks het moest afleggen tegen Stonewall Jackson, werd Banks benoemd tot commandant van de 'Army of the Gulf'. Dit legeronderdeel had Louisiana als uitvalsbasis en steun bij de inname van het gebied van de Mississippi als hoofddoel. Banks slaagde er niet in Grant te ondersteunen bij het Beleg van Vicksburg. Ook blonk hij bepaald niet uit bij het door hem gevoerde Beleg van Port Hudson. Tenslotte leidde Banks de Red Riverveldtocht, waarbij geen van de gestelde doelen werd gehaald. Banks kreeg veel kritiek te verduren voor alle mislukkingen tijdens zijn oorlogshandelingen en verloor uiteindelijk alle respect van de onder hem dienende mannen.