En revanche, la question de la lutte contre les talibans afghans qui se réfugient au Pakistan est beaucoup plus polémique, alors que le pouvoir militaire refuse de mener des opérations d'envergure au Waziristan du Nord, principal bastion des insurgés afghans et est ainsi accusé d'exercer une politique de soutien aux talibans dans leur lutte pour le pouvoir en Afghanistan. Le débat a notamment été relancé après la mort d'Oussama ben Laden le et la tentative d'assassinat de Malala Yousafzai le , près de la zone d'influence des talibans. D'un autre côté, les attaques de drones américains dans les régions tribales sont particulièrement critiquées par l'opinion publique et l'opposition.