L'ascesa della dinastia Qing vide numerose ribellioni islamiche, inclusa la ribellione dei "panthay" (termine birmano per i musulmani cinesi) che ebbe luogo in Yunnan dall'1855 al 1873, e la rivolta dei Dungani che ebbe luogo in Xinjiang, Shaanxi e Gansu dal 1862 al 1877. Il governo di origine manciù ordinò l'esecuzione di tutti i ribelli, uccidento circa un milione di musulmani a seguito della rivolta "panthay", e diversi milioni a seguito della rivolta dei Dungani. Comunque, molti musulmani, tra cui Ma Zhan'ao, Ma Anliang, Dong Fuxiang, Ma Qianling e Ma Julung, passarono dalla parte dei Qing, e aiutarono il generale Zuo Zongtang a sterminare i musulmani ribelli. Questi generali musulmani appartenevano alla setta "Khufiyya", mentre i ribelli appartenevano alla setta "Jahariyya". Nel 1895, un'ulteriore rivolta dei Dungani ebbe luogo, e musulmani lealisti come Dong Fuxiang, Ma Anliang, Ma Guoliang, Ma Fulu e Ma Fuxiang, massacrarono i ribelli che erano guidati da Ma Dahan, Ma Yonglin, e Ma Wanfu. Pochi anni dopo, un'armata islamica nota come i Prodi del Gansu, guidata dal generale Dong Fuxiang, combatté per la dinastia Qing contro gli occidentali durante la rivolta dei Boxer.