Šelonjoesta on saanut nimensä Šelonin viidennes, yksi Novgorodin feodaalitasavallan viidestä hallintoalueesta. Vuonna 1471 joen rannalla käytiin Novgorodin ja Moskovan ruhtinaskunnan välinen Šelonin taistelu, jonka tuloksena Novgorod menetti itsenäisyytensä ja se liitettiin Moskovan Venäjään.