Während eines Urlaubsaufenthaltes in Tunesien wurde Thwaites am 26. Juni 2015 gemeinsam mit seiner ein Jahr jüngeren Ehefrau Opfer des Anschlags auf mehrere Hotels in Port El-Kantaoui, bei dem 38 Menschen und der mit einer Kalaschnikow und Handgranaten bewaffnete Attentäter ums Leben kamen. Bei einem Saisonvorbereitungsspiel seines ehemaligen Klubs Birmingham City am 1. August gegen Leicester City wurde eine Schweigeminute gehalten.