Vuodesta 1923 kaupunki kuului Vuoristo-Karabahin autonomiseen alueeseen. Stepanakertista tuli autonomisen alueen pääkaupunki ja Şuşasta kehittyi samalla alueen azeriväestön keskus. Vuoristo-Karabahin konfliktin kärjistyessä vuonna 1988 kaupunki oli yksinomaan azerien asuttama linnake armenialaisten autonomisen alueen sisällä. Sodan puhjettua armenialaiset valtasivat sen toukokuussa 1992 ja tuhosivat siitä suurimman osan. Sittemmin armenialaiset ovat tehneet kaupungissa joitakin korjauksia ja esimerkiksi sen armenialainen kirkko on jälleenrakennettu. Suuri osa kaupungista on kuitenkin edelleen tyhjillään, mukaan lukien sen kaksi moskeijaa. Kaupungin kohtalosta on tullut yksi tärkeimmistä Vuoristo-Karabahin konfliktin päättämistä koskevien neuvottelujen kiistakysymyksistä. Armenialaiset pelkäävät, että kaupungista muodostuisi jälleen azerien tukikohta, kun taas paenneet azerit eivät halua luopua vaatimuksistaan kaupungin suhteen.