עם פרוץ מאורעות תרפ"ט (1929) התארגנו כוחות "ההגנה" במהירות, אף על פי שלא חזו את עוצמת המהומות. במקומות שבהם היו קבוצות מאורגנות, הייתה הפגיעה ביהודים קטנה יחסית. ההגנה הצליחה להגן על מרבית השכונות היהודיות בירושלים, ביצעה התקפת נגד באזורים הערביים של חיפה, והצליחה לשלוח מחיפה כוחות תגבור ליישובי הגליל. נהדפו ההתקפות ביישובים החקלאיים, ובמערכה בחולדה נהרגו למעלה מארבעים תוקפים. עם זאת, התבצע טבח בחברון ובצפת, שבהן "ההגנה" לא הייתה מאורגנת. שמונה יישובים ומספר שכונות בירושלים ובחיפה ננטשו על ידי היהודים ונהרסו בידי הפורעים, ונהרגו 133 יהודים. אף על פי שההגנה הייתה הכוח היחיד שעמד בפרץ מול ההתקפות הערבים, המחישו המאורעות את נקודות התורפה של הארגון: ביזור, אי שליטה מרכזית, מחסור בכוח אדם חמוש ומיומן ומחסור במשאבים. התלות בבריטים שלא נכונו לעזרה חייבה להקים כוח חזק ומאורגן יותר, בעל פיקוד מרכזי, שיוכל להתמודד עם מתקפות הערבים, יוכל להחיש תגבורת לכל נקודה מותקפת ויהיה אחראי להגנת היישוב כולו. מסקנות אלה הובילו לשינוי התפיסה הביטחונית של הנהגת היישוב בשנות ה-30, שהתבטאה בחיזוק הארגון ובהקמת מפקדה מרכזית.