جعفری پس از انقلاب ۱۳۵۷ همراه با علیرضا افشار (معاون سیاسی وقت وزارت کشور) به نمایندگی از سوی انجمن اسلامی دانشجویان، به جمع گروگان گیران سفارت آمریکا پیوست. وی اندکی بعد به هیئت مرکزی بسیج وارد شد و پس از چندی نیز به واحد پاسداران انقلاب فرهنگی، راه پیدا کرد. سپس عضو واحد اطلاعات سپاه پاسداران شد و به کردستان رفت. ورود رسمی او به واحدهای رزمی سپاه پاسداران، از خرداد ۱۳۶۰ است. در جنگ ایران و عراق ابتدا مدتی فرمانده قرارگاه غرب بود، سپس فرماندهی قرارگاه نجف را برعهده گرفت. علاوه بر این او فرماندهی تیپ‌های عاشورا، معاونت سپاه شوشتر و فرماندهی قرارگاه قدس را نیز مدتی عهده‌دار بود. مشارکت در عملیات کربلای ۴ و ۵ که به مجروح شدنش منجر شد، بخشی دیگر از کارنامه جنگی اوست.