1561年、ジグムント2世アウグストの代理人であるミコワイ・ラジヴィウ・チャルヌィ（黒髪のミコワイ・ラジヴィウ）との間に結ばれたヴィリニュス協定により、最後のリヴォニア騎士団長ゴットハルト・ケトラーは騎士団を世俗化してルター派プロテスタントに改宗した。騎士団領の南部はケトラーとその家族が統治するクールラント・ゼムガレン公国となったが、騎士団領の残部の大半はリトアニア大公国に接収された。エストニアの北部地域は、同時期の北方七年戦争によってデンマークとスウェーデンに領有されることとなった。