Az 1979-es iszlamista forradalom után Khomeini belső körébe került, és védelmi miniszterként sikeres kapcsolatokat épített ki a hadsereggel és a Forradalmi Gárdával. 1981-ben – nagy többséggel – elnöknek választották. Népszerűségét csak növelte, hogy a szavazás előtt egy ellenzéki iráni szervezet merényletet kísérelt megellene, melyben a jobb keze maradandó bénulást szenvedett. Első intézkedése volt, hogy megszüntette a kormányfői tisztséget, így a legfőbb vallási vezető után a rendszer formailag második legbefolyásosabb politikusává vált. Khomeini 1989-es halála után megválasztották legfőbb vallási vezetővé.