Conseiller du ministre en chef du Sind Liaquat Ali Jatoi entre 1997 et 1998, il est nommé gouverneur du Sind en , poste qu'il occupe durant une période très courte du fait du coup d’État du qui renverse le Premier ministre Nawaz Sharif et provoque la suspension de la Constitution. Alors que le pouvoir militaire chercher à isoler Nawaz Sharif, Mamnoon Hussain lui reste fidèle.