Luego, Toro fue nombrado Director de la Escuela de Grumetes, en la cual aplicó todo el conocimiento adquirido a su paso por Gran Bretaña. Sin embargo en 1891, durante la guerra civil chilena, a diferencia de la mayor parte de sus compañeros de arma, Toro se mantuvo leal al presidente Balmaceda. Por ello fue arrestado y posteriormente desligado de la armada.