Kurz nach Kriegsausbruch 1939 war die Verbindung gezwungen, ihre Aktivität konspirativ fortzusetzen. Alle Angehörigen wurden philistriert, um am Krieg teilnehmen zu können. 83 von ihnen fielen im Krieg oder starben in deutscher oder sowjetischer Gefangenschaft (z. B. in Katyń). Während der Zeit des Sozialismus konnte ein öffentliches Verbindungsleben nicht geführt werden. Im Londoner Exil wurden von dort lebenden Alten Herren Veranstaltungen organisiert („Philisterzirkel“). Am 3. Mai 1998 rekonstituierte sich die Polonia in Danzig. Seitdem nimmt sie wieder Füchse auf und vermittelt den Studenten – wie früher auch – die Werte Patriotismus, Ehre, Integrität und Zuverlässigkeit. Im Jahr 2005 bezog Polonia ihr erstes Nachkriegsgebäude in Sopot. 2008 wurde das 180-jährige Bestehen der Verbindung aufwändig gefeiert.