Menžinskin isä oli Pietarin kadettikoulun historianopettaja. Menžinski valmistui juristiksi Pietarin yliopiston oikeustieteellisestä tiedekunnasta vuonna 1898. Hän toimi jo opiskeluaikanaan vallankumouksellisessa liikkessä ja liittyi Venäjän sosiaalidemokraattiseen työväenpuolueeseen vuonna 1902. Vuoden 1905 vallankumouksen aikana hän toimitti bolševikkien sotilasjärjestön "Kazarma"-lehteä. Menžinski vangittiin vuonna 1906, mutta hän onnistui pakenemaan ulkomaille ja asui pääasiassa Länsi-Euroopassa vuoden 1917 helmikuun vallankumoukseen asti. Tänä aikana hän kuului niin sanottuun "Vpered"-ryhmään, joka arvosteli bolševikkien johtoa. Palattuaan Venäjälle Menžinski osallistui lokakuun vallankumoukseen Pietarissa. Hän oli maaliskuuhun 1918 saakka Neuvosto-Venäjän ensimmäisenä valtiovarainasioiden kansankomissaarina, aluksi virkaatekevänä, sillä tehtävään alkuaan nimetty Ivan Skvortsov-Stepanov ei pystynyt hoitamaan sitä. Menžinskin johdolla Venäjän pankkitoiminta kansallistettiin kovaotteisesti. Hän oli vuonna 1918 lyhyen aikaa Neuvosto-Venäjän pääkonsulina Berliinissä ja vuonna 1919 Rabkrinin edustajana Ukrainassa.