В начале следующего года вернулся в клуб «Депортиво Кали». После чемпионата мира был близок к переходу в «Штутгарт» и сыграл за клуб в товарищеском матче, однако в итоге стороны не смогли прийти к согласию. После серьёзной травмы, полученной во время Кубка Америки 1991 года, карьера нападающего оказалась под угрозой, но в конце 1992 года он сумел восстановиться и вернуться в игру. В 1993 году перешёл в клуб «Индепендьенте Медельин». По итогам сезона клуб был близок к завоеванию чемпионства, однако упустил титул на последних минутах, заняв второе место, в связи с чем Эстрада не смог сдержать слёз. В следующем году футболист в третий раз в своей карьере стал игроком «Депортиво Кали». В 1995 году Эстрада вернулся в «Индепендьенте Медельин», однако уже в апреле покинул клуб из-за полученной травмы правого колена, после чего завершил свою карьеру.