Urkundlich wird die Existenz einer Pfarrei in Baden erstmals im Jahr 1241 nachweisbar, mehr als 50 Jahre vor der formellen Stadtgründung. Herzog Friedrich von Habsburg übertrug die Kirche 1406 dem Kloster Wettingen, als Entschädigung für die beim Guglerkrieg von 1375 und beim Sempacherkrieg von 1386 erlittenen Verluste. Die Folge waren häufige Streitigkeiten zwischen der Stadt und dem neuen Kollator; insbesondere bei Priestervakanzen versuchte die Stadt, ihren Einfluss auszudehnen.