ב-20 במאי 1941, במהלך מלחמת העולם השנייה, פלש צבא גרמניה הנאצית לכרתים. ב-1 ביוני, לאחר קרב קשה ועיקש כשעל הכוחות היווניים פיקד אישית גאורגיוס השני, מלך יוון, מעמדת פיקוד הסמוכה לעיר חאניה, הצליחו הגרמנים לכבוש את העיר. חאניה שוחררה באוקטובר 1944. לאחר המלחמה הפך האזור בהדרגה למוקד תיירות. חשיבותה הפוליטית של העיר חאניה ירדה עם ההכרזה על הרקליון כבירת כרתים ב-1971.