Літературну діяльність Йозеф Несвадба розпочав ще під час навчання в університеті, коли опублікував переклади англійської поезії. З кінця 40-х років ХХ століття він написав також кілька театральних п'єс, а також сценарій радіовистави за романом Жуля Верна «Навколо світу за вісімдесят днів». за кілька років письменник розпочав писати науково-фантастичні твори, й у 1958 році вийшла перша його збірка фантастичних творів «Смерть Тарзана» (). у 1960 році виходить друга збірка письменника «Ейнштейнів мозок» (). У 1964 році виходить перший роман Несвадби «Діалог з доктором Донгом» (), який не відноситься до фантастичних творів, а є пригодницьким романом, навіяним перебуванням автора у В'єтнамі. У 60-х роках ХХ століття виходить ще кілька збірок фантастичних творів письменника, зокрема «Подорож у зворотному напрямку» (), «Злощасний винахід» (), «Остання пригода капітана Немо» (). Після повернення з еміграції Несвадба практично припинив писати оповідання, та писав виключно фантастичні романи. Романи Несвадби відрізняються докладним описом психології персонажів, їх внутрішнього світу та реакції на зовнішній світ, зачіпаючи злободенні суспільні та філософські проблеми. У 1971 році виходить друком його роман «Як перехитрити смерть» (), у 1974 році роман «Помилки Еріка Н.» (). У 1978 році виходить друком документально-реалістичний роман письменника «Секретна доповідь з Праги» (), який вважається одним із кращих творів про Празьку весну. у 1986 році Йозеф Несвадба опублікував роман «Шукаю чоловіка для заміжжя» (), у якому фантастика поєднана з елементами еротики. У 2002 році виходить друком останній роман письменника «Пекло Бенеша» (), який написаний у жанрі альтернативної історії, в якому описується альтернативний варіант історії, в якому не відбулась Мюнхенська угода. Також Йозеф Несвадба є автором сценаріїв до низки кінофільмів, зокрема «Ксантиппа і Сократ», «Ідіот з Ксенемюнде», «Втрачене обличчя», «Таємниця Золотого Будди».