Medine'ye göç eden Müslümanların kalan mallarının yağmalanmasına karşılık Muhammed, Mekke'ye giden kervanlara el koymak isteyen Müslümanların ısrarlı taleplerine onay verdi. Büyük bir kervana saldırmak isteyen Müslümanlar ile bunu haber alan Mekkeli kuvvetler arasında Bedir kuyularının olduğu bölgede yapılan muharebede (13 Mart 624) 305 kişilik Muhammed komutasındaki Müslümanlar, komutanları Amr İbni Hişam'ı da öldürerek 950 kişilik Mekke kuvvetlerini bozguna uğrattı. Bir yıl sonra bu kez Ebu Süfyan komutanlığında 3000 piyade ve 200 süvariyle Medine'ye doğru yola çıkan Mekke kuvvetleri Uhud dağı eteklerinde yaklaşık 1000 kişilik Medine ordusu ile 19 Mart 625'te karşılaştı. Uhud Muharebesi olarak adlandırılan bu savaş sırasında bozguna uğramış Mekke kuvvetleri, Muhammed'in emrini dinlemeyerek dağın arkasından dolaşan geçidi kontrol etmek üzere konuşlanmış okçuların yerinden ayrılmasından faydalanan süvarilerin desteği ile tekrar toparlandı ve üstünlük sağladı. Taraflar şehirlerine geri döndüler. Daha sonra Mekkeliler Müslümanların Mekke kervanlarına saldırılarına devam ettiler. 31 Mart 627'de 10.000 savaşçısı ve 600 atlısı ile Medine'ye saldırmaya gelen Mekkelilere karşı Medineliler Muhammed komutasındaki 3000 piyade ile şehirde savunma savaşı yapmaya karar verdi. Selman-ı Farisi'nin teklifiyle şehrin bazı stratejik yerlerine hendekler kazılmasından dolayı Hendek savaşı olarak adlandırılan bu savaş bir kuşatmaya dönüştü. Bir ay süren kuşatma havanın soğuması ve fırtına çıkması ile kaldırılması Medinelilerin zaferi olarak kaydedildi.