אלוני נולד בעין כרם שבירושלים וגדל בניר משה. למד בבית הספר הריאלי שבחיפה והיה חניך הפנימייה הצבאית לפיקוד, בוגר מחזור ל"ז. התגייס לצה"ל בנובמבר 1991, התנדב לצנחנים ושובץ בפלנ"ט צנחנים. עבר מסלול הכשרה כלוחם וקורס מ"כים חי"ר. שימש כקשר של מפקד הפלוגה, הרצי הלוי. לאחר קורס קציני חי"ר מונה למפקד צוות בפלנ"ט צנחנים. לאחר מכן מונה למפקד פלוגה בגדוד 101, בשנת 1997 הוביל כוח מהפלוגה במארב לחוליית מחבלים מחזבאללה בגזרה המזרחית והרגם. בהמשך שימש כמפקד פלנ"ט צנחנים בין השנים 1998–1999, ופיקד עליה בלחימה בדרום לבנון. לאחר לימודים מונה למפקד סיירת צנחנים בין השנים 2001–2002, והוביל אותה במבצעים רבים כנגד הטרור הפלסטיני באינתיפאדה השנייה. בפברואר 2002 פיקד על היחידה במבצע זמן תגובה ובמבצע מסע בצבעים, במחנה הפליטים בלאטה. חודש לאחר מכן פיקד על היחידה בקרב שכם, במהלך מבצע חומת מגן. על פעולותיה במבצע, זכתה הסיירת לצל"ש יחידתי. על הגבורה שגילה בעת שהרג מחבל מטווח קצר, הוענק לו צל"ש אלוף ממפקד פיקוד המרכז, יצחק איתן.