Babası 1196’da tahtı kardeşi Rükneddin Süleyman’a bırakmak mecburiyetinde kalıp gurbet hayatına çıktığında Alâeddin Keykubad, ağabeyi I. İzzeddin Keykavus’la birlikte babasının yanında bulundu. Dördüncü Haçlı Seferi öncesine kadar (1200 - 1204 arası) İstanbul'da Bizans İmparatorluğu'nda kaldı. İzzeddîn Keykavus ve Alâeddîn Keykubad’ın babaları ile birlikte geçirdikleri gurbet hayatı sırasında ikisinin eğitimi ile Seyfeddîn Ayaba’nın ilgilendiği bilinir. Ayrıca kesin olarak hangi döneme ait olduğu bilinmese de Dizdar adı ile tanınan Emir Bedreddîn Gevhertaş, Alâeddîn Keykubad’ın lalası idi. Ana dili olan Türkçenin yanında, Farsça, Rumca ve Arapça öğrendi. Ayrıca yüksek İslami ilimleri ve astronomiyi öğrendi.