Etter Tysklands anneksjon av Østerrike i 1938 ble Stefan Meyer tvunget til å pensjonere seg grunnet sin jødiske bakgrunn. Den 24. november samme år trakk han seg også fra vitenskapsakademiet for å unngå problemer og hindre en eksklusjon. Grunnet gode venner klarte han å overleve krigstiden ved å oppholde seg i Bad Ischl, hans bror var ikke så heldig og døde i Theresienstadt konsentrasjonsleir. Etter krigens slutt arbeidet han i 1946-1947 som æresprofessor ved universitetet i Wien og ble igjen leder for instituttet for radiumforskning. Han pensjonerte seg i 1947 og døde 29. desember 1949 i Bad Ischl.