Kimura rimase per i primi mesi escluso dalle operazioni aperte con l'attacco di Pearl Harbor. Nell'aprile-maggio 1942 fu promosso contrammiraglio e nominato comandante della 10ª Squadriglia cacciatorpediniere, formazione con la quale partecipò alla cruciale battaglia delle Midway in appoggio alle portaerei nipponiche; aggregato alla 3ª Flotta, fu poi presente alla battaglia delle Salomone Orientali (23-25 agosto) e a quella di Santa Cruz (25-26 ottobre), prendendo infine parte ai due scontri notturni che compongono la battaglia navale di Guadalcanal: nel corso di quest'ultimi dette prova di notevole perizia e determinazione nonostante il caos imperante. Nel 1943 fu riassegnato a compiti di addestramento nelle acque nazionali e solo a fine anno riprese il comando del 10º Squadrone, che condusse in altri due grandi combattimenti navali: la disastrosa battaglia del Mare delle Filippine (19-20 giugno 1944), scontro aeronavale per eccellenza che gli impedì di avere un qualche ruolo, e la battaglia del Golfo di Leyte (23-26 ottobre), cui sopravvisse con perdite contenute nella sua unità.