1862-ben átvezényelték a keleti hadszíntérre, John Pope szívesebben maradt volna nyugaton, ahol eredményesen harcolt, végül a keleti hadszíntéren marasztalták, ahol 1862 júliusban létrehozták neki a Virginiai-hadsereget, ennek élére került, s megindították Richmond irányába, ennek az eredménye lett a második Bull Run-i csata, amelyet Pope vívott meg a Virginiai-hadsereg élén, keményen harcoltak, négy középnyugati ezred is volt köztük, amelyek közül a 2. wisconsini már az első Bull Run-i csatában is részt vett. A négy középnyugati ezred alkotta az úgynevezett Fekete Csákós Dandárt. John Pope serege frontálisan ütközött Stonewall Jackson csapatával, Pope seregének háta mögött Robert E. Lee serege lendült támadásba. Pope vereséget szenvedett a csatában, de ez nemcsak az ő hibája volt, hanem George B. McClellan hibázott nagyot, amikor kicsinyes bosszúvágytól vezérelve nem sietett John Pope segítségére a Potomac hadsereggel, McClellan nagy kárt okozott ezzel az Uniónak. A vereség után John Pope leváltásra került.