Son contrat n'étant pas renouvelé en 1975, du fait que la France n'a pas pu se qualifier pour l'Euro 1976, devancée par la Belgique et la RDA, Kovacs retourne finalement en Roumanie dont il devient le sélectionneur national. Il échoue à qualifier son pays pour les deux grandes compétitions suivantes, à savoir la Coupe du monde 1978 et l'Euro 1980, étant devancé les deux fois par l'Espagne. En , la sélection s'incline face à la Hongrie, dont est originaire la famille paternelle de Ștefan Kovács. Dans un climat politique de plus en plus autoritaire, il est accusé d'avoir fait perdre volontairement la Roumanie et décide de démissionner.