Das August-Hochwasser 2002 verursachte auch am Ruderzentrum Blasewitz Wasserschäden an den Fundamenten und am Sockelbereich. An den Sanierungskosten in Höhe von 1,2 Millionen Euro beteiligte sich mit 770.000 Euro der Aufbauhilfefonds-Hochwasser von Bund und Land, der Rest waren Eigenmittel der Landeshauptstadt. Nach einem Architekturwettbewerb wurde von 2002 bis 2006 das Bauwerk gemeinsam vom Ingenieurbüro "Prof. Rühle, Jentzsch und Partner" und dem Architekturbüro "see architekten" aus Dresden saniert.