In den späten 1950er Jahren sah sich die Partei der gewalttätigen Vorgehensweise der antibritischen Widerstandsbewegung EOKA ausgesetzt. Obwohl über beide Parteien ein Verbot verhängt worden war, beschuldigte die EOKA die AKEL der Kollaboration mit den Briten. Die EOKA ermordete mehrere AKEL-Mitglieder wegen „Verrats“, wie etwa den AKEL-Anhänger Savas Menikou, der zu Tode gesteinigt wurde. Die AKEL warf der EOKA-Führung ihrerseits Antikommunismus vor, insbesondere da der EOKA-Anführer Georgios Grivas im Griechischen Bürgerkrieg auf der Seite der konservativen griechischen Regierung gekämpft hatte.