Zwischen 1939 und 1949 während des Anschlusses Österreichs an das Deutsche Reich war Engelzell aufgelöst. Die Gestapo schloss 1939 das Kloster und vertrieb oder verhaftete die 73 Mönche. Fünf Brüder, von denen vier starben, wurden in ein Konzentrationslager deportiert. Dreiundzwanzig Mönche kehrten nach Beendigung des Zweiten Weltkrieges im Mai 1945 zurück und führten ihr monastisches Leben weiter. Fünf deutsche, aus der Abtei Mariastern geflohene Trappisten kamen hinzu und verstärkten den Konvent. Sie betreuten das im Kloster befindliche Pflegeheim, das in der Kriegszeit eingerichtet wurde. Das Heim wird heute von der Caritas unterhalten. Die Ordensgemeinschaft wurde im Laufe der Zeit durch das Wegsterben der Mönche immer kleiner. Von den heute hier lebenden vier Brüdern sind zwei betagt; die anderen sind in den laufenden Betrieb eingebunden; fallweise arbeiten Priestermönche noch in der Pfarrseelsorge in den umliegenden Gemeinden mit. Sie werden durch Familiaren und Laien-Angestellte unterstützt.