В апреле 1994 года Сиприен Нтарьямира участвовал в Дар-эс-Саламе (Танзания) во встрече, которая была посвящена попытке урегулирования вооружённых конфликтов между хуту и тутси в Бурунди и соседней Руанде. 6 апреля 1994 года самолёт, на борту которого находились возвращавшиеся из Танзании Сиприен Нтарьямира и президент Республики Руанда Жювеналь Хабьяримана потерпел катастрофу на подлёте к аэродрому Кигали; оба президента погибли. По одной из версий, самолёт был сбит, и представители хуту обвинили в этом своих оппонентов из числа тутси. Следствием этой трагедии стал геноцид народности тутси в Руанде и новое резкое обострение межэтнического конфликта в Бурунди, так что следующего президента Республики Бурунди удалось избрать лишь в сентябре 1994 года.