Vojna sa ale ešte neskončila, v Prahe vypuklo 5. mája protinacistické povstanie a Červená armáda ešte musela zakročiť na území Česko-Slovenska, kde sa stále nachádzalo vyše pol milióna nemeckých vojakov, ktorí sa pokúšali prebiť k Prahe a na západ, aby sa vzdali do rúk anglo-amerických vojsk. V tejto oblasti sa bojovalo ešte aj 11. mája, keď sa nemecké uskupenie pod vedením K.F. von Pücklera-Burghausa pokúšalo prebiť k demarkačnej línii. Boje sa skončili nadránom 12. mája 1945 kapituláciou nemeckých vojsk pri Slivici a Milíne.