Op 20 mei 1684 trad Johan Ernst als luitenant-kolonel in dienst van de landgraven van Hessen-Kassel. Op 1 februari 1686 werd hij gepromoveerd tot kolonel en in 1688 werd hij commandant van het nieuw opgerichte regiment dragonders, waarmee hij in hetzelfde jaar in de Negenjarige Oorlog bij de verdediging van Koblenz vocht. In 1689 was hij betrokken bij het Beleg van Mainz. In 1690 nam hij deel aan de Slag bij Fleurus. Daar stond hij tegenover graaf Lodewijk Crato van Nassau-Saarbrücken, die in Franse dienst was. In 1691 werd hij benoemd tot generaal-majoor. In 1693 nam hij deel aan de Slag bij Neerwinden. Op 1 mei 1696 werd hij benoemd tot luitenant-generaal.