Nem sokkal azután, hogy Németország megtámadta a Szovjetuniót, Merezskovszkij egy német rádióműsorban a bolsevikok elleni harcra buzdított. Hippiuszt megrémítette a hír. Merezskovszkijt kollaborációval vádolták meg, a házaspár utolsó évei szegénységben teltek. Férje halála 1941 decemberében hatalmas csapás volt Zinaida számára, egy évvel korábban szerzett tudomást Filoszofov haláláról, 1942-ben pedig Anna nővére is elhunyt.