Chruschtschow löste Stanislaw Kossior, der 1939 erschossen worden war, als Parteichef der Ukraine ab. Mit knapp einjähriger Unterbrechung (1947) leitete Chruschtschow von 1938 bis 1949 als Erster Sekretär die ukrainische Parteiorganisation. Ebenso wie alle anderen überlebenden Politbüromitglieder hatte er die Stalinschen Säuberungen unterstützt. 1939/40 überwachte er die Eingliederung bislang polnischer Gebiete als West-Ukraine in die UdSSR, nachdem die Rote Armee gemäß den Abmachungen des Hitler-Stalin-Pakts im September 1939 die sowjetisch-polnische Grenze überschritten hatte.