После Октябрьской революции Е. Е. Шведе перешёл на сторону советской власти. Службу в РККА начал с ноября 1917 года старшим штурманом линкора «Севастополь». В феврале-мае 1918 года Шведе участвовал в Ледовом походе кораблей Балтийского флота из Ревеля и Гельсингфорса в Кронштадт. Из-за болезни — с сентября 1918 года на береговой службе.