Er war einer der ersten aus Ägyptens Wirtschaftselite, die sich im Februar 2011 aus der Deckung wagten und öffentlich Husni Mubarak zum Rücktritt aufforderten. Er war eines der prominentesten Mitglieder im Rat der Weisen, die in der hektischen Übergangsphase ab Ende Januar zwischen Regierung, Militärführung und Opposition vermittelten. Im Zuge der Ägyptischen Revolution gründete er im April 2011 die säkular-liberale Partei der Freien Ägypter, um die Vereinnahmung von Politik und Gesellschaft durch die konservativ-islamistischen Parteien, Freiheits- und Gerechtigkeitspartei und Partei des Lichts, zu stoppen. Nach der Machtergreifung der Muslimbrüder verließ Sawiris Anfang 2013 zeitweise das Land. Anfang Mai 2013 kehrte er nach Kairo zurück, gab seine oppositionelle Haltung jedoch nicht auf. Laut dem Nahost-Experten Stephan Roll von der Berliner Stiftung Wissenschaft und Politik (SWP) räumte Naguib Sawiris ein, er habe die oppositionellen Aktivisten von Tamarod (auf Deutsch: Rebellion), die Ende Juni 2013 Massenproteste gegen Präsident Mohammed Mursi organisierten, mit Geld und Logistik unterstützt. Am 3. Juli 2013 übernahm das Militär die Macht. "Etablierte Interessengruppen hatten augenscheinlich auf den Sturz der Mursi-Administration hingearbeitet – so auch der Großteil von Ägyptens Unternehmerelite", kommentierte Stephan Roll.