Nonostante la salvezza raggiunta al termine del campionato 2007-08, Ballardini non venne riconfermato sulla panchina rossoblu. A prenderne il posto fu Massimiliano Allegri, già calciatore della squadra. Nel ruolo di portiere, Marchetti sostituì il partente Storari. La partenza in campionato parve condannare i sardi ad una stagione sofferta, impressione confermata dai risultati che — dopo 5 giornate — vedevano la squadra (uscita al quarto turno della coppa nazionale) relegata all'ultimo posto senza punti al proprio attivo. La classifica venne mossa soltanto in ottobre, grazie ad un pareggio casalingo con il Milan: le positive prestazioni fatte registrare nel periodo successivo allontanarono, in breve tempo, il Cagliari dal pericolo di retrocessione. Un filotto di 5 vittorie consecutive tra le mura amiche spinse la compagine a risalire la graduatoria, ipotecando la salvezza già al giro di boa. I motivi della rimonta furono ascritti all'operato del tecnico, capace di imporre un gioco votato all'attacco: proprio le reti di Acquafresca, Jeda e Matri ebbero un peso decisivo nel risollevare le sorti della compagine.