Arkæologen Conrad Engelhardt spillede en afgørende rolle for samlingen i perioden 1852 til 1864. Samlingen havde til huse i Flensborg lærde Skole og senere i Stænderhuset. Den voksede hurtigt bl.a. grundet Engelhardts mange fund og de oldsager, han købte eller fik som gave til samlingen og hurtigt udstillede. I årene kort før 1864 var Flensborgsamlingen efter Nationalmuseet i København det næststørste museum i Danmark. Efter krigen i 1864 blev Flensborgsamlingen en brik i det politiske spil mellem Danmark og Tyskland. Engelhardt forsøgte at sikre samlingen som fortsat dansk ejendom, men måtte udlevere den største del af samlingen til tyskerne i 1868. 1874 blev museet nedlagt og 1877 overførtes genstandene til det daværende museum i Kiel "das Museum vaterländischer Alterthümer".