Manuel financiou ainda o prelado, em grande parte do seu bolso, pois lá gastou de uma generosa herança que recebera. Em 1909, ainda que esta construção não estivesse inteiramente pronta, começou a ser ocupada, mas logo em 1910, as forças da recém-implantada República confiscaram-na, retirando-lhe a possibilidade da formação de clérigos. No edifício, passou a funcionar a Escola de Belas Artes até 1933, altura em que voltou a ser um seminário, e em 1974, na Revolução de 25 de Abril, o Seminário foi ocupado para nele se instalar a Escola Preparatória Bartolomeu Perestrelo, que ali funcionou até 2004. Outro dos aspectos notáveis de D. Manuel Agostinho Barreto foi a produção de pastorais, textos que profusamente publicou e onde se condensa o pensamento religioso do antístite (quase todas se encontram transcritas no "Livro do Registo de Provimentos e Visitações Pastorais da freguesia de Ponta Delgada (1862-1910)").