Bei seiner Stippvisite im Pentagon 1943 sorgte er zudem beim "Planungsstab für die Gestaltung des Nachkriegsdeutschlands" dafür, dass Hamburg und Schleswig-Holstein im Gegensatz zur ursprünglichen Planung nicht in die Sowjetzone fielen und die Elbe die zukünftige Grenze bildete. Als nächsten Auftrag stellte Eric M. Warburg für die bevorstehende D-Day-Invasion in der Normandie eine Nachrichteneinheit zusammen. Im Juni 1944 nahm er mit dieser Einheit an der Landung der Alliierten in der Normandie teil. Anschließend wirkte er mit einer kleinen Gruppe amerikanischer und britischer Offiziere bei der Befreiung von Paris im August 1944 mit. Wenig später sorgte Eric M. Warburg für die überlebenden Widerstandskämpfer des 20. Juli 1944. In den turbulenten Tagen des Kriegsendes kurz vor der Kapitulation Deutschlands im Mai 1945 gelang Lt. Col. Eric M. Warburg als Oberstleutnant im Nachrichtendienst der US-Luftwaffe ein waghalsiges Unternehmen, mit dem er den Sowjets zuvorkam: Mit Jeeps und Lastwagen holte er innerhalb von drei Wochen 160 deutsche Wissenschaftler und ihre Familien aus Ostdeutschland heraus und brachte sie in die Obhut der US-Streitkräfte nach Bad Kissingen ins Hotel Wittelsbacher Hof. Darunter waren Spezialisten für die Atomforschung und die V2-Raketen. Unter ihnen Wernher von Braun und zahlreiche Wissenschaftler, die später am amerikanischen Raumfahrtprogramm mitwirkten. Zudem traf er auf den mit ihm entfernt verwandten Freund, Biochemiker und Nobelpreisträger Otto Warburg, der unbehelligt von den Nationalsozialisten weiterhin als Wissenschaftler im Dritten Reich tätig war.