Das Kulmerland war fortan Polonisierungsversuchen ausgesetzt, mit dem Hauptziel, die autonome Region des Königlichen Preußen möglichst in eine polnische Provinz umzuwandeln. Dieses wurde 1569 anlässlich der Bildung der Union von Lublin, durch die der Doppelstaat Polen-Litauen entstand, erneut versucht: Durch sein staatsstreichartiges Dekret vom 16. März 1569 auf dem Lubliner Sejm kündigte König Sigismund II. August die Autonomie des Königlichen Preußens unter Androhung herber Strafen einseitig auf, weshalb die Oberhoheit des polnischen Königs von den ehemaligen Städten des Preußischen Bundes von 1569 bis 1772 als Fremdherrschaft empfunden wurde. Während der polnischen Herrschaft wurden das Kulmer Land und das Michelauer Land fast vollständig polonisiert, bei der ersten polnischen Teilung von 1772 fanden sich hier als mehrheitlich deutsche Distrikte nur Stadt und Stadtbezirk Thorn sowie die Thorn-Kulmer Niederung. Dies hatte auch daran gelegen, dass sich der ursprünglich deutsche Adel aufgrund erhaltener Privilegien rapide polonisierte. Mit den Polonisierungsbemühungen einher ging nach der Reformation die systematische Verfolgung und Unterdrückung der Protestanten durch polnische staatliche und kirchliche Behörden, die im Thorner Blutgericht vom 7. Dezember 1724 einen Höhepunkt fand. Auch die Juden waren Repressalien ausgesetzt.