Після повернення в 1807 році Кларк призначений бригадним генералом міліції території Луїзіана. Кларк виконував функцію представника уряду території з відносин з індіанцями. Його бюро знаходилося в столиці території, Сент-Луїсі. Кларк активно брав участь в Англо-американській війні 1812 року.