Seedorf từng chơi tại Euro 1996, World Cup 1998, Euro 2000 và Euro 2004. Tuy nhiên, phần lớn ý kiến cho rằng sự nghiệp quốc tế của anh còn có thể kéo dài hơn nếu như không có quá nhiều những phen chống đối và bất bình với ban lãnh đạo. Một trong số đó có thể tính là bất bình với Marco van Basten, đã khiến ông gạch tên Seedorf khi ông lên nhậm chức huấn luyện viên của Hà Lan sau Euro 2004. Vì vậy anh không chơi trận nào tại vòng loại World Cup 2006, và Hà Lan cũng không vượt qua vòng này.