W momencie wybuchu wojny japońsko-rosyjskiej w 1904 roku „Hayabusa” należał do 14. dywizjonu I Eskadry (wraz z siostrzanymi „Chidori”, „Manazuru” i „Kasasagi”). W nocy z 23 na 24 lutego 1904 roku „Hayabusa” wykonał atak torpedowy na rosyjski pancernik „Retwizan”, lecz został odpędzony ogniem artyleryjskim. W nocy z 2 na 3 maja torpedowiec wziął udział w osłonie branderów próbujących zablokować Port Artur. W nocy z 23 na 24 czerwca okręt wystrzelił dwie niecelne torpedy w kierunku rosyjskich okrętów. W nocy z 10 na 11 sierpnia „Hayabusa” zaatakował torpedą pancernik „Cesariewicz”, nie uzyskując trafienia. W nocy z 12 na 13 grudnia i z 15 na 16 grudnia 1904 roku torpedowiec atakował pancernik „Siewastopol”, uzyskując trafienie w drugim ataku.