Lynch ha vinto due volte il Premio César per il miglior film straniero ed è stato presidente della giuria al Festival di Cannes 2002, dove era stato già premiato nel 1990 con la Palma d'oro per "Cuore selvaggio" e nel 2001 con il Premio per la miglior regia per "Mulholland Drive". È stato nominato Cavaliere della Legion d'Onore in occasione del Festival di Cannes del 2002, e nel 2007 è stato promosso a Officier dal presidente Sarkozy.