В национальной сборной Германии Томас дебютировал 27 марта 2002 года в товарищеском матче с командой США, выйдя на замену на 80-й минуте вместо Оливера Нёвилля. Участник чемпионата Европы 2004 года и Кубка конфедераций 2005 года. На Евро Брдарич сыграл один матч с командой Латвии, а на Кубке конфедераций ни разу не вышел на поле.