L'anno seguente fu nominato governatore della provincia di Siria e mandato lì da Cesare a sconfiggere il ribelle Quinto Cecilio Basso, con l'aiuto del governatore di Bitinia e Ponto Quinto Marcio Crispo. Tuttavia, subito dopo l'assassinio del dittatore Murco passò con i cesaricidi, alleandosi insieme allo stesso Basso e a Crispo con Gaio Cassio Longino, arrivato in Asia dopo essere andato via da Roma, poiché nominato governatore della Siria al posto di Murco. Sotto Cassio Murco diventò quindi "praefectus classis" (comandante della flotta) . Nel frattempo da Roma era arrivato Publio Cornelio Dolabella, che aveva acquisito le insegne consolari al posto di Cesare, per sconfiggere Cassio; tuttavia, dopo che Dolabella si fu macchiato di molti delitti, il Senato lo dichiarò nemico pubblico. Cassio riuscì ad assediarlo nella città di Laodicea e a sconfiggerlo, grazie alla flotta di Murco che chiuse ogni via di rifornimento dal mare, spingendo così Dolabella al suicidio. Successivamente, quando Ottaviano e Marco Antonio iniziarono a mandare truppe in Macedonia per sconfiggere definitivamente i cesaricidi, Murco fu mandato da Cassio sul capo Tenaro, per evitare che la flotta che la regina egizia Cleopatra stava mandando in aiuto dei triumviri potesse sbarcare; tuttavia le navi egizie furono fermate da una tempesta e Murco decise quindi di portare la sua flotta a Brundisium, riuscendo così a bloccare lo stesso Antonio in Italia. Tuttavia, quando Ottaviano arrivò in aiuto di Antonio, Murco dovette ritirarsi e far passare i nemici per non essere sconfitto, ma unì la sua flotta con quella di Gneo Domizio Enobarbo, inviato in suo aiuto da Cassio; i due riuscirono, durante la battaglia di Filippi, a distruggere la flotta dei triumviri comandata da Gneo Domizio Calvino, avendo ormai quasi 130 navi sotto il loro comando.