Mit 17 Jahren wurde er Oberbefehlshaber der königlichen Truppen im Dritten Hugenottenkrieg, aber die zwei Siege bei "Jarnac" und "Moncontour" waren eher dem Marschall Gaspar von Tavannes zu verdanken. Nach dem Massaker an den Hugenotten in der Bartholomäusnacht (bei dessen Planung er anwesend war) leitete Heinrich u. a. die erfolglose Belagerung von La Rochelle (1573).