— Отбрось все колебания. Прорываться будем ночью и он будет мешать движению. Отобьёшься от колонны и из окружения не выйдешь.После выхода из окружения С. К. Горюнов на той же должности. С ноября 1941 года — командующий ВВС Северо-Кавказского военного округа, с 19 мая 1942 года — командующий ВВС Северо-Кавказского фронта (одновременно член Военного совета фронта и заместитель командующего по авиации). 6 июня 1942 года ВВС фронта были преобразованы в 5-ю воздушную армию, командующим которой был назначен С. К. Горюнов. П. Ф. Пляченко вспоминал о нём: Он был невысок, полноват, но быстр в движениях. Лицо крупное, взгляд строгий, внимательный. Улыбался Сергей Кондратьевич очень редко. Всегда был предельно сосредоточен, спокоен. В разговорах не употреблял лишних слов и не терпел болтливых людей. Зато любил лётчиков, которые вели себя смело и решительно, рисковали ради победы. Ценил он и смелых, инициативных штабных работников. 5-я воздушная армия под командованием С. К. Горюнова участвовала в Битве за Кавказ, Воздушных сражениях на Кубани, Курской битве, Белгородско-Харьковской операции, Битве за Днепр, Кировоградской операции, Корсунь-Шевченковской операции, Уманско-Ботошанской операции, Ясско-Кишинёвской операции, Дебреценской операции, Будапештской операции, Венской операции, Банска-Быстрицкой операции и Пражской операции.