Dla nazistowskich przywódców, którzy z rasizmu i antysemityzmu uczynili rdzeń swej ideologii, była to sytuacja wysoce niepożądana. W pierwszej fazie wojny władze III Rzeszy rozważały rozmaite warianty „rozwiązania kwestii żydowskiej”. Jeszcze przed zakończeniem kampanii wrześniowej SS-Gruppenführer Reinhard Heydrich, szef służb bezpieczeństwa III Rzeszy, zaproponował, aby wysiedlić polskich Żydów na ziemie wschodniej Polski, które zgodnie z zapisami układu Ribbentrop-Mołotow miały znaleźć się pod okupacją ZSRR. Plan ten został najprawdopodobniej zaakceptowany przez naczelne dowództwo Wehrmachtu. Może o tym świadczyć chociażby dyrektywa z 12 września 1939, skierowana przez generała Eduarda Wagnera (Generalnego Kwatermistrza Wojsk Lądowych) do dowództwa Grupy Armii „Południe”, zawierająca rozkaz „wywiezienia za San” wszystkich Żydów z polskiej części Górnego Śląska. Jednocześnie chcąc przyspieszyć masowy exodus ludności żydowskiej do strefy sowieckiej, Niemcy rozpoczęli brutalne pogromy i wysiedlenia. Szczególną rolę w tej akcji odegrały tzw. Einsatzgruppen – specjalne grupy operacyjne niemieckiej służby bezpieczeństwa i policji bezpieczeństwa, podążające w ślad za oddziałami regularnej armii z zadaniem „zwalczania wszystkich wrogich Rzeszy i Niemcom elementów na tyłach walczących wojsk” oraz „ujęcia osób niepewnych pod względem politycznym”.