Aartshertog Reinier is ook bekend van zijn steun aan de wetenschap. Hij was sinds 1862 curator van de Oostenrijkse Academie van Wetenschappen en in 1873 president van de commissie voor de Wereldtentoonstelling. Op zijn initiatief werd in 1863 het Österreichisches Museum für angewandte Kunst gesticht. In 1884 verwierf hij een te Fajoem gevonden handschriftenverzameling, de Papyruskollektion Erzherzog Rainer, die hij aan de Hofbibliotheek schonk.