Из Турции Бертран последовал за Бонапартом в Египет, с отличием участвовал в битве у Пирамид и был легко ранен в Абукирском сражении. 16 сентября 1800 года Бертран получил чин бригадного генерала и с 21 марта того же года командовал Александийской крепостью.