Anne de Joyeuse befehligte einen Feldzug gegen die Protestanten im Poitou, bei dem er das Wohlwollen des Königs durch ein Massaker an 800 Hugenotten in La Mothe-Saint-Héray am 21. Juni 1587 (genannt "das Massaker von Saint-Eloi") verlor. Nach einem frostigen Empfang beim Hofe glaubte er der königlichen Ungnade dadurch zu entkommen, dass er sich den Truppen anschloss, die Heinrich von Navarra bekämpften. Am 20. Oktober 1587 griff er in der Schlacht von Coutras protestantische Truppen an. Seine Infanterie und seine Kavallerie unterlagen, Anne de Joyeuse wurde erkannt, gefangen genommen und durch einen Pistolenschuss getötet. Unter den 2000 katholischen Toten der Schlacht befand sich auch sein jüngerer Bruder Claude de Joyeuse, Seigneur von Saint-Sauveur.