Kausi lähti Häkkiseltä vaihtelevasti käyntiin hänen keskeytettyä kauden kaksi ensimmäistä kilpailua Schumacherin hallitessa alkukautta. Schumacherin keskeytettyä kauden puolivälissä kolme kilpailua Häkkinen pääsi hänen kantaansa voittamalla kilpailun ja sijoittumalla kahdesti toiseksi ja siirtyi MM-pistejohtoon kahden seuraavan kilpailun loisteliaalla voitollaan. Vielä kolme kilpailua ennen kauden päätöstä Häkkinen johti kahdella pisteellä Schumacheria, mutta Yhdysvaltain GP:n moottoririkko oli takaisku hänen MM-haaveilleen, ja Schumacherin voitettua myös Japanin GP:n hän voitti maailmanmestaruuden. Häkkinen jäi MM-pisteissä toiseksi. Vuonna 2001 McLarenin tallipäällikkö Ron Dennis sanoi auton luotettavuusongelmien maksaneen Häkkiselle mestaruuden.