Bogart nie mógł wziąć udziału w II wojnie światowej ze względu na przekroczenie wieku poborowego. Podobnie jak inni aktorzy, w tym Errol Flynn, został skierowany przez Warner Bros. do produkcji filmów wojennych, mających ukazywać bohaterstwo w ogniu walki. W "Konwoju" (reż. Byron Haskin, Lloyd Bacon, Raoul Walsh) wcielił się w oficera Joe Rossiego, uczestnika wyprawy do Murmańska. Następnie Bogart został wypożyczony do studia Columbia Pictures, dla którego zrealizował film "Sahara" (reż. Zoltan Korda). Zagrał w nim dowódcę czołgu uciekającego przed wrogiem po bitwie o Tobruk. Kolejną wojenną produkcją aktora była "Droga do Marsylii" (reż. Michael Curtiz), gdzie wcielił się w Jeana Matraca, francuskiego wydawcę oskarżonego o morderstwo, którego nie popełnił. Według Kanfera jedyną rozrywką Bogarta na planie były wspólne żarty z Peterem Lorre’em.