Puchar Świata w biathlonie 1999/2000 to 23. sezon w historii tej dyscypliny sportu. Pierwsze zawody odbyły się 2 grudnia 1999 r. w austriackim Hochfilzen, zaś sezon zakończył się 19 marca 2000 w rosyjskim Chanty-Mansyjsku. Najważniejszą imprezą sezonu były mistrzostwa świata w Holmenkollen.