En 1788 puis en 1791, le roi du Népal Prithvi Narayan Shah envahit le Tibet. Ce dernier, incapable de se libérer, demanda l'aide de la Chine. En 1788, Qianlong, l'empereur Qing, envoya des armées au Tibet pour rétablir le dalaï-lama, mais en profita pour lui associer un résident et une garnison. En 1792, il émit un décret royal en 29 points qui devait permettre de renforcer le contrôle de l'Empire sur le Tibet. Les Tibétains en exil indiquent que ces réformes furent peu appliquées et que le protectorat ne fut jamais exercé par les autorités de Pékin. Pour preuve, ils rappellent que les armées du Tibet affrontèrent seules celles du Ladakh en 1841 et du Népal en 1854 ainsi qu'un corps expéditionnaire britannique en 1904. Seuls des représentants du gouvernement Tibétain signent les traités de paix mettant fin à ces guerres. Pour Frédéric Lenoir, l'absence des Chinois lors de ces guerres et signatures de traités conforte l'idée d'une indépendance du Tibet à ces périodes.