De burgeroorlog in het zuiden ging gewoon door (sindsdien ook voorgesteld als een jihad). De SPLM en Sadiq al-Mahdi (inmiddels vrijgelaten) probeerden in 1993 gezamenlijk een staatsgreep te plegen, die echter stuk liep. Hierna verhevigde de burgeroorlog zich en bereikte daarna een piek. (Zie voorts, hieronder; Conflict in Darfur)