McDowell blev forfremmet til brigadegeneral i den regulære hær den 14. maj 1861 og fik kommandoen over "Army og Northeastern Virginia", selv om han aldrig havde ført tropper i kamp. Forfremmelsen skyldtes dels indflydelse fra hans mentor, finansminister Salmon P. Chase. Selv om McDowell vidste at hans tropper var uerfarne og ikke klar til kamp, blev han presset af politikerne i Washington D.C. til at igangsætte en forhastet offensiv mod Sydstaternes styrker i det nordlige Virginia. Hans strategi i det Første slag ved Bull Run var iderig, men alt for kompleks, og hans tropper var ikke erfarne nok til at kunne udføre planen effektivt, hvilket resulterede i en pinlig flugt.