Während des Schmalkaldischen Kriegs 1546/1547 wurden mit Salbke auch die klösterlichen Besitztümer zerstört. Am 4. Dezember 1550 unternahmen Magdeburger Truppen aus der belagerten Stadt per Schiff einen Ausfall und fuhren zwischen den feindlichen Lagern in Cracau und Buckau hindurch bis nach Salbke. Sie plünderten den Klosterhof und setzten ihn in Brand, die Besatzung wurde gefangen genommen. Reste des Klosterguts blieben jedoch bestehen. Im 19. Jahrhundert wurde das ehemalige Klostergut als Bauernhof genutzt. Die Anlage war als unregelmäßiger Dreiseitenhof angelegt. Neben einem Wohnhaus gab es eine Schafstall sowie jeweils zwei Pferde- und Ochsenställe. Der noch erhaltene kreisrunde Turm wurde als Taubenpfeiler bezeichnet. Er entstand im Zeitraum des 18. bis erste Hälfte des 19. Jahrhunderts. Aus dem 19. Jahrhundert stammt die westlich des Turms erhalten gebliebene rundbogige Pforte. Turm, Mauer und Pforte sind aus Bruchsteinen errichtet, wobei anzunehmen ist, dass das Baumaterial aus Abbrüchen mittelalterlicher oder frühneuzeitlicher Gebäude stammte.