Území bylo prozkoumáváno španělskými kolonizátory od přelomu 16. a 17. století. Roku 1659 zde františkáni založili misii Naší Paní z Guadalupe, což je považováno za počátek města, nazvaného zprvu El Paso del Norte. Roku 1865, během francouzské intervence v Mexiku, zde dočasné sídlila republikánská vláda Benita Juáreze, na jehož počest bylo město roku 1888 přejmenováno. V době prohibice ve Spojených státech se město stalo oblíbeným zábavním cílem Američanů a rychle rostlo. Rychlý růst počtu obyvatel pokračuje dodnes.