En 2005, Ezekiel Kemboi, dont la meilleure performance de la saison est de , parvient néanmoins à décrocher sa deuxième médaille d'argent mondiale consécutive à l'occasion des championnats du monde d'Helsinki, s'inclinant une nouvelle fois devant le tenant du titre Saif Saeed Shaheen ( contre ). En fin de saison, Kemboi ne profite pas de l'absence de Shaheen lors de la finale mondiale de l'IAAF, à Monaco en se classant deuxième de l'épreuve, derrière Paul Kipsiele Koech. En mars 2006, le Kényan participe aux Jeux du Commonwealth de Melbourne, en Australie. Il y remporte la médaille d'or du steeple en , devant ses compatriotes Wesley Kiprotich et Reuben Kosgei. Auteur de son meilleur temps de la saison en en juillet lors meeting Gaz de France de Saint-Denis, il participe début août aux championnats d'Afrique de Bambous, à Maurice. En finale, les juges le disqualifient pour franchissement incorrect d'une haie.