З часу побудови у першій третині XVII ст. Цитадель виконувала функції польського форпосту, власницького замочку, а у 1669-1708 роках - офіційного осідку гетьманів Дем'яна Ігнатовича, Івана Самойловича та Івана Мазепи. У листопаді 1708 року, під час Батуринської різанини це місце було епіцентром бойових дій, що засвідчили залишки масштабних руйнувань та численні поховання жертв.