Bağdadi, Samarra, Irak'ta veya yakınlarında doğdu ve 1990'ların sonunda ve 2000'lerin sonlarında İslam teolojisi alanında yüksek lisans derecesini aldı. Mart 2003'teki Irak askerî müdahalesinin ardından Irak'taki erken Selefi–cihadi gruplara katıldı ve 2004'te Birleşik Devletler tarafınca Bucca Kampı'nda el-Kaide komutanlarıyla birlikte gözaltına alındı. Suriye'de çıkan iç savaş ile birlikte bu ülkeye gitti ve Nisan 2013'te el-Nusra Cephesi ve kendi örgütünü Irak ve Şam İslam Devleti adı altında birleştirdiğini ilan etti.