Nel 1992, anno della creazione del campionato nazionale, la compagine fu ammessa a giocare in terza divisione che, sempre nello stesso anno, vinse. Dopo un quarto posto nel 1993 e un terzo posto nel 1994, il Baltika vinse la divisione nel 1995. Nel 1996 la compagine chiuse la Vysšaja Liga al settimo posto, miglior risultato di sempre della squadra. Nel 1998 partecipò alla Coppa Intertoto, venendo eliminata al terzo turno, ma sempre nello stesso anno retrocesse dalla massima divisione.