En septembre 1979, Taraki fut tué par Amin, qui prit tous les pouvoirs, ce qui allait à l’encontre des plans soviétiques, qui décidèrent d’envahir l’Afghanistan, ce qu’ils firent le , et remirent Babrak Karmal au pouvoir. Hafizullah Amin fut tué par les "spetsnaz" dans les brefs combats pour la prise du pouvoir à Kaboul. Le régime communiste afghan dut affronter les assauts des Moudjahidines, ce qui le conduisit à faire appel à l'aide de l'Union soviétique en décembre 1979. Le 3 juillet 1979, le président américain Jimmy Carter autorisa un programme d’action secrète de 500 millions de dollars pour renverser le gouvernement d’Afghanistan. La CIA baptisa ce programme du nom de code Opération Cyclone. La guerre de 1979 à 1989 aboutit finalement au retrait soviétique, sans que la pérennité du régime afghan ait été garantie. La République démocratique d'Afghanistan parvint encore à résister trois ans aux Moudjahidines avant de tomber en 1992.