El 20 de abril de 1994, cuando el genocidio ruandés comenzó de manera formal Butare, un destacamento de soldados al mando del teniente Pierre Bizimana, actuando bajo las órdenes del capitán Idelphonse Nizeyimana, secuestró a la exmonarca junto con otras personas desde su residencia. Luego trasladaron a los cautivos detrás del Museo Nacional y los fusilaron. La única sobreviviente fue una pequeña niña, quién posteriormente relató la historia de la matanza. Dos días después, la madre de la Reina también murió asesinada. A petición de un sacerdote, el alcalde de Butare, Kanyabashi, recuperó el cuerpo de la reina Gicanda y fue sepultada en el patio junto a su casa.