2008 wurde sie in die Wettbewerbsjury der 58. Berlinale berufen. Da sie allerdings nicht während der gesamten Festivaldauer in Berlin bleiben konnte, musste sie am Tag des Festivalstarts ihre Berufung niederlegen. Bonnaire stellte jedoch bei der Berlinale ihre erste Regiearbeit vor: den Dokumentarfilm "Elle s’appelle Sabine", der Sandrines autistische Schwester zum Thema hat. 2010 entstand der Film "Je t’ souhaite au revoir", in dem Sandrine Bonnaire eine Autistin verkörpert. Das Drehbuch verfasste sie selbst, Regie führte Guillaume Laurent.