2001-ben hazatért Új-Zélandra és 2002-ben a parlamenti választásokon, a Nemzeti Párt jelöltjeként – szoros győzelmet aratva – Auckland Helensville körzetének képviselője lett. 2005-ben újra megszerezte a mandátumot. A Nemzeti Párt pénzügyi szóvivője lett, majd 2006-ban megválasztották a párt vezetőjévé. Az általa vezetett párt győzött a 2008. november 8-i választásokon, és Key az ország miniszterelnöke lett. Első miniszterelnöki ciklusára esett a 2008-ban kirobbant gazdasági világválság kitörése és több természeti csapás, így a például a 2011-es christchurchi földrengés, amelyek hatalmas rombolást okoztak hazája gazdaságában.