Pada tanggal 28 Januari 2011 saat Revolusi Mesir 2011, museum ini didobrak oleh ratusan orang dan dua mumi dilaporkan hancur. Selain itu, sejumlah koleksi dilaporkan hilang, walaupun beberapa di antaranya kemudian didapatkan kembali berceceran di sekitar museum ataupun disita oleh polisi.