В сборной Нидерландов Ян Йонгблуд дебютировал 26 сентября 1962 года, выйдя на замену в матче против сборной Дании. На тот момент играл в первом дивизионе. После этого почти 12 лет в сборную не приглашался. В 1974 году основной вратарь сборной Ян ван Беверен выбыл из-за травмы, и Ринус Михелс в преддверии чемпионата мира достаточно неожиданно решил доверить место в воротах именно Йонгблуду. В составе сборной Ян Йонгблуд занял на чемпионате второе место. Также принимал участие в чемпионате мира 1978 года, где голландцы снова стали вторыми. Интересно, что на обоих турнирах выступал под непривычным для голкиперов номером «8». Был включён в заявку команды на чемпионат Европы 1976 года, но ни в одном матче не играл.