Faris Khoury nacque a Kfeir, nell'attuale Libano da famiglia cristiana ortodossa, poi convertitasi al Presbiterianesimo. Faris studiò all'Università americana di Beirut, all'epoca chiamata "Syrian Protestant College". Iniziò la sua carriera come docente presso l'università e venne coinvolto in al-Fatat, movimento politico anti-ottomano fondato a Parigi nel 1911. Khoury divenne il rappresentante cristiano di Damasco al Parlamento ottomano nel 1908. Nel maggio 1916 Khoury acconsentì ad assistere Michel Sursock nel requisire il grano agli agricoltori del Hawran Sempre nel 1916, Khoury si unì alla Rivolta araba, lanciata a La Mecca da Sharif Husayn. I suoi legami con Husayn portarono al suo arresto e al suo processo da parte di un tribunale militare ad Aley. Dopo l'arrivo di Re Faisal e dell'indipendenza della Siria dagli ottomani, Khoury promise fedeltà al sovrano.