Die Sammlung wurde nach dem Ersten Weltkrieg gegründet, das Museumsgebäude wurde 1937 fertiggestellt und das Museum wurde 1942 offiziell eröffnet. Die Sammlung des Museums besteht aus rund 100.000 Objekten, von denen die meisten aus Ausgrabungen stammen, die vom libanesischen Generaldirektorat für Antiquitäten geleitet wurden. Während des libanesischen Bürgerkrieges befand sich das Museumsgebäude in einer geografischen Lage, die von beiden konkurrierenden Fraktionen umkämpft war. Das Museumsgebäude erlitt in diesen Jahren erhebliche Schäden, doch der größte Teil der Sammlung konnte durch Vorsichtsmaßnahmen rechtzeitig vor Schaden gerettet werden.