&lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20skokach%20narciarskich%201998/1999"&gt;Sezon 1998/1999&lt;/a&gt; był jednym z najsłabszych w jego karierze. Ani razu nie stanął na podium, tylko raz znalazł się w czołowej dziesiątce zawodów, w wyniku czego zajął dopiero 35. miejsce w klasyfikacji generalnej. Na mistrzostwach świata w Ramsau w lutym 1999 roku indywidualnie zajął miejsca na przełomie trzeciej i czwartej dziesiątki. W konkursie drużynowym Finowie ponownie nie zdobyli medalu zajmując ostatecznie czwarte miejsce. Soininen poprawił się w &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20skokach%20narciarskich%201999/2000"&gt;sezonie 1999/2000&lt;/a&gt;, kiedy ponownie był siódmy w klasyfikacji generalnej. Trzykrotnie stawał na podium, przy czym 26 stycznia 2000 roku w japońskiej Hakubie zwyciężył, wyprzedzając Widhölzla i swego rodaka Ville Kantee. Na mistrzostwach świata w lotach w Vikersund w lutym 2000 roku zajął 15. miejsce.