Након што је преузео вођство над војним снагама округа Сацума у Кјоту, Саиго брзо склапа савез са округом Аизу против побуњеничког округа Чошу. Тако уједињени, спречавају да Чошу заузме царски двор у Кјоту и побеђују у борби која ће се касније у историји називати Кинмон инцидент. У августу 1864, Саиго је био један од главних војних команданта који су водили тз. Први поход на Чошу која је била одговор шогуната на Кинмон инцидент. Међутим будући да је Саиго био свестан да се влада шогуната може окренути и против његове области залаже се да се први поход заврши у миру тако што ће бити кажњени само организатори „Кинмон инцидента“ принудом да изврше сепуку. Иако у почетку непријатељске, две области се временом уједињују што доводи до тз. Сатчо алијансе. Када је „бакуфу“ 1866. године отпочео Други поход на Чошу област Сацума је остала неутрална што је омогућило области Чошу да у овој борби однесе победу.