Cuando volvió a estar en forma forma, Ono se convirtió en un miembro habitual de la Selección de fútbol de Japón. Después de su aparición en la Copa del Mundo de 1998, fue un miembro clave en el equipo japonés en la Copa del mundo de 2002. Ha representado a Japón en todas las categorías de edad a partir de la sub-16, y fue una de las tres selecciones de mayor edad de la establecida en los Juegos Olímpicos de 2004 en Atenas. A pesar de que las lesiones limitaron a Ono a una sola aparición en la ronda final de la fase de clasificación para la Copa del Mundo de 2006 e hicieron que se perdiera la Copa FIFA Confederaciones en 2003 y 2005, jugó su tercera Copa Mundial de Fútbol en Alemania.