Si bien nació en la provincia de San Juan, se encontraba radicado desde joven en Buenos Aires, donde conoció a Arturo Jauretche, a cuyos ideales adhirió dentro de FORJA. Pese a ello, fue elegido Gobernador de San Juan junto con Ruperto Godoy, perteneciente a la democracia progresista, de vicegobernador por el Partido Justicialista. Las relaciones entre Alvarado y Godoy, quien hizo de su base política la legislatura, no eran buenas y se vio limitado en su gestión por la oposición de éste. Pese a ello, logró imponer como candidatos a dos Senadores Nacional: Oscar Tascheret y Pablo A. Ramella. La provincia aún se encontraba en reconstrucción por los daños causados por el terremoto de 1944.En la legislatura logró llevar adelante avanzadas leyes de trabajo, un sistema de impuestos progresivos. En febrero se llevaron a cabo elecciones que en el orden nacional dieron como ganador a Juan Domingo perón, en la provincia ganó el binomio Juan Luis Alvarado - Ruperto Godoy representantes de la fórmula de gobernador y vice por el Partido Laboristas derrotando a los bloquistas, los radicales y al Partido Demócrata. .