Нибомбе выступал на 2-х Кубках африканских наций в составе сборной Того. В 1998 Ваке провёл все 3 матча сборной Того на турнире, пропустил 7 мячей. В 2000 Нибомбе был дублёром Косси Агасса, который и провёл все 3 матча на турнире. В 1998 И 2000 сборная Того занимала последнее 4-е место в группе. Ваке Нибомбе очень известен в Того.