В 1945 році корпуси Пе-2 продовжували забезпечувати прориви укріплених районів знищуючи вузли комунікації і оборони. Повна перевага в повітрі дозволяла здійснювати масовані нальоти, зокрема з 11 лютого по 5 травня 6-ий гвардійський бомбардувальний корпус здійснив більше 1800 бойових вильотів проти «фортеці Бреслау» під час яких було скинуто 1570 тон бомб. Також Пе-2 використовувались і в війні з Японією — 9 серпня 1945 року на Дальньому Сході було зосереджено 555 Пе-2. Після війни Пе-2 доволі швидко були замінені на Ту-2, але в деяких частинах використовувались аж до кінця 40-их.