W reprezentacji Jugosławii Mihajlović zadebiutował 29 października 1986 wygranym 4:0 meczu eliminacji Mistrzostw Europy 1988 z Turcją. 24 sierpnia 1988 w wygranym 2:0 towarzyskim pojedynku ze Szwajcarią strzelił swojego jedynego gola w kadrze. W latach 1986–1989 w drużynie narodowej rozegrał 6 spotkań.