Staden är mycket gammal och har rötter i den garnisonsstad, "Alexandria Eschate" ("det avlägsnaste Alexandria"), som Alexander den store anlade år 329 f.Kr. på platsen för den största av de sju akemenidiska fästningar som han erövrat i regionen. Staden var ett viktigt handelscentrum och kontrollerade vägen till den bördiga Ferganadalen från väster. Som en del av Sovjetunionen var staden först (från 1924) en del av Uzbekiska SSR men år 1929 blev den en del av Tadzjikiska SSR. Staden hette Leninabad mellan 1936 och 1991. Chudzjand klarade sig, tack vare sitt skyddade läge, nästan helt undan striderna under inbördeskriget i Tadzjikistan 1992-1997.