Дана 9. октобра 1999. године Бергкамп је постигао свој последњи гол за Холандију против Бразила. Пошто је Холандија била један од организатора Европског првенства 2000. године, аутоматски се квалификовала на исто и била један од фаворита за освајање медаље. У полуфиналу Холандија је изгубила од Италије након пенала резултатом 3:1. Након пораза Бергкамп је најавио повлачење из репрезентације, како би се фокусирао на клупску каријеру. Његов рекорд од 37 голова на 79 утакмица, оборио је Патрик Клојверт 2003. године.