Nel 2000 vincerà la Coppa d'Asia 2000 e nella finale, nonostante l'offensiva aggressiva dell'Arabia Saudita farà sì che la sua porta rimanga inviolata e il Giappone vincerà per 1-0. Il 15 agosto 2001 allo Shizuoka Stadium giocherà come titolare vincendo per 3-0 contro l'Australia la AFC-OFC Challenge Cup. Con la nazionale giocherà alla Confederations Cup e il Giappone si classificherà al 2º posto, Kawaguchi in quattro partite subirà una sola rete, che però gli sarà fatale condannando il Giappone alla sconfitta in finale contro la Francia a opera di Patrick Vieira per 1-0.