Fowler va començar la temporada 2001-02 amb polèmica, després d'haver estat apartat de l'equip pel qui aleshores n'era l'entrenador, Gérard Houllier, per a la Charity Shield 2001. Va reaparèixer al partit de la Supercopa d'Europa de 2001, en què el Liverpool va guanyar per 3-2 contra el Bayern de Munic. L'octubre de 2001, va marcar el seu primer hat-trick de la lliga en tres anys, fet que va ajudar el Liverpool a batre el Leicester City per 4-1, però no va ser convocat per al següent partit de Lliga. La seva darrera aparició al Liverpool va ser contra el Sunderland AFC, en un partit en què va ser substituït al descans.