Nachdem er sechs Jahre als Grundschullehrer gearbeitet hatte, begann al-Bakr 1938 eine Ausbildung an der irakischen Militärakademie in Bagdad und am 1. April 1941 den militärischen Staatsstreich antibritischer Politiker und Offiziere unter Raschid Ali al-Gailani. Die neue Regierung verkündete die Neutralität des Irak, was auch von al-Bakr unterstützt wurde. Als aber am 2. Mai 1941 die Briten mit der Niederschlagung des Aufstands begannen, telegrafierte al-Bakr an das faschistische Königreich Italien unter Benito Mussolini und Viktor Emanuel III., um für ideologische Unterstützung zu werben. Die Auseinandersetzungen zwischen britischen und irakischen Truppen, die einen Monat andauerten, endeten mit der irakischen Niederlage. Al-Bakr wurde daraufhin verhaftet und aus der irakischen Armee ausgestoßen. Nach 15 Jahren wurde er nach mehreren erfolglosen Versuchen 1956 wieder rehabilitiert. Im gleichen Jahr trat er der Arabisch-Sozialistischen Baath-Partei bei.