С декабря 1994 г. по декабрь 1996 г. более 800 работников стрелковых и пожарных подразделений военизированной охраны МПС России выполняли служебные обязанности в условиях вооружённого конфликта в Чеченской Республике и на прилегающих к ней территориях Российской Федерации, отнесённых к зоне вооружённого конфликта, а также в ходе контртеррористических операций на территории Северо-Кавказского региона (с августа 1999 г.). Объекты, защищаемые военизированной охраной, подвергались обстрелам более 300 раз. За период несения службы сводные команды понесли потери личного состава погибшими, раненными и травмированными. За проявленные мужество и героизм десятки стрелков и командиров были награждены государственными наградами.