En 1853 Juan José Flores dirigió una invasión naval a Guayaquil, por lo que toda la familia fue nuevamente expulsada de Ecuador y se exilió en Santiago de Chile primero, y en Lima después. Mercedes vivió en la capital peruana hasta 1861, año en que regresó para instalarse en su casa de Quito, gracias a que su esposo e hijos Reinaldo y Antonio se aliaron con Gabriel García Moreno durante la Guerra peruano-ecuatoriana.