След избухването на въстанието в края на 1830 година Чарториски оглавява Сената, а от януари 1831 – след символичното лишаване на Николай I от полския престол – и националното правителство. Въпреки че първата руска офанзива към Варшава е отбита през февруари, Чарториски не успява да уталожи социалното и политическото напрежение сред поляците. Опитът за поземлена реформа е пресечен, но радикалите (т. нар. „Патриотично дружество“) не са неутрализирани. Напрежението прераства в масови размирици след първите поражения от руснаците и през август Чарториски е принуден да напусне Варшава.