1806年3月15日，贝尔格公国也被割让给法国。同年7月12日，巴伐利亚王国加入了法国的附庸国组织莱茵邦联并于8月1日脱离神圣罗马帝国。五天后的1806年8月6日，存在了八百多年的神圣罗马帝国宣告解散（伏尔泰曾评价神圣罗马帝国“既不神圣、亦非羅馬、更加不是帝国”）。1808年，巴伐利亚参照法国宪法制定了自己的宪法，境内的农奴制被彻底废除。此后，被与拿破仑战争机器捆绑在一起的巴伐利亚又分别于1809年第五次反法同盟战争和1813年第六次反法同盟战争与奥地利交战，并在1809年通过美泉宫和约获得了。