Beim Ausbruch des Zweiten Weltkriegs nahm Gansiniec für kurze Zeit am polnischen Verteidigungskampf teil, der jedoch die Besetzung Ostpolens durch die Sowjetunion nicht verhindern konnte. Unter sowjetischer Besatzung musste Gansiniec seinen Buchverlag und seine Zeitschriften einstellen, behielt jedoch zunächst seinen Lehrstuhl an der nunmehrigen „Nationalen Iwan-Franko-Universität“. Das änderte sich im Sommer 1941 mit dem Überfall der deutschen Wehrmacht auf die Sowjetunion: Die Universität wurde geschlossen, Professoren und Studenten mussten unter der deutschen Besatzung Repressalien erdulden. Gansiniec arbeitete als Bauarbeiter und Angestellter eines Kühlhauses. Nach dem Abzug der Wehrmacht 1944 verdächtigte die sowjetische Militäradministration ihn, wie viele andere, der Kollaboration mit den Deutschen und inhaftierte ihn bis zum 25. Mai 1945.