Der Allrounder kam in allen fünf möglichen Spielen zum Einsatz, wobei die Mannschaft im Finale mit 0:1 nach Verlängerung an Mexiko scheiterte. In der Folgezeit wurde Baptista regelmäßig in den Kader der Seleção berufen. Infolgedessen war er im Aufgebot für die Copa América 2004 und 2007, sowie dem Konföderationen-Pokal 2005 und 2009. Nachdem Baptista während der Qualifikation zur WM-Endrunde 2010 regelmäßig auflief, berief ihn Trainer Carlos Dunga im Mai 2010 in den Kader der Brasilianer. Während des gesamten Turniers kam der Mittelfeldspieler allerdings nur zu einem Einsatz. Im Viertelfinale schied das Team gegen die Niederlande aus.