Kharja on edustanut Marokkoa myös arvokisoissa. Hän pelasi ensimmäiset Afrikan-mestaruuskilpailut vuonna 2004, jolloin Marokko saavutti hopeaa, hävittyään loppuottelussa Tunisialle. Kharja oli mukana myös vuosien 2006 ja 2008 Afrikan-mestaruuskilpailuissa, mutta ilman menestystä, kun Marokko jäi alkulohkoon. Myös vuoden 2012 Afrikan-mestaruuskisoissa Marokon kohtalo oli jäädä alkulohkoon. Kharja kuitenkin onnistui tekemään turnauksessa kolme maalia ollen maansa ja kisojen paras maalintekijä.