Im Januar 2013 nahmen in der ägyptischen Gesellschaft Protestbewegungen zu. Vor allem liberale und linke Oppositionsgruppen riefen zu Demonstrationen gegen Präsident Mursi, die Regierung und die neue Verfassung auf. Geschürt wurden die Proteste vor allem durch die schlechte wirtschaftliche Lage Ägyptens und eine damit verbundene hohe Arbeitslosigkeit sowie durch das am 26. Januar ergangene Todesurteil gegen 21 Fußball-Hooligans im Zusammenhang mit der Stadion-Katastrophe von Port Said. Nachdem die Ausschreitungen bereits mehr als 30 Todesopfer gefordert hatten, entschloss sich Präsident Mursi am 28. Januar 2013 dazu, in den Großstädten Port Said, Sues und Ismailia den Notstand auszurufen und eine nächtliche Ausgangssperre zu verhängen. Die Opposition lud er zu Gesprächen ein, was diese allerdings umgehend ablehnte, da ein Dialog ohne vorheriges Entgegenkommen Mursis „reine Zeitverschwendung“ sei. Zudem verabschiedete das Oberhaus ein von der Regierung vorgelegtes Gesetz, das Mursi die Möglichkeit gab, die Armee bis zu den geplanten Unterhauswahlen nach eigenem Ermessen zusammen mit der Polizei im Landesinnern zur Wiederherstellung der öffentlichen Sicherheit einzusetzen. In den darauffolgenden Tagen ging die Polizei mit harten Maßnahmen gegen Demonstranten vor und es kam laut Amnesty International im Verlauf der Ereignisse zu mindestens 45 Todesopfern. Nachdem ein Video öffentlich geworden war, das die schwere Misshandlung eines Demonstranten durch Polizisten zeigt, forderten die wichtigsten Oppositionsgruppen am 3. Februar erstmals geschlossen Mursis Rücktritt. In einer Erklärung zeigte sich Mursi „schmerzerfüllt angesichts dieser schockierenden Bilder“, betonte aber, dies sei ein Einzelfall, und stellte im Gegensatz zu seinem Innenminister keinen Rücktritt in Aussicht.