בדרך כלל נעשה שימוש בצוללות למשימות סיור ותצפית. אלה כללו גם משימות הנחתת אספקה לכוחות הגרילה בשטחים הכבושים על ידי יפן והעברת לוחמי קומנדו למשימות כמו הפשיטה על מקין. הם גם עסקו בחילוצם של צוותי אוויר שנאלצו לנחות במימי האוקיינוס.