ב-1938, עם כניסת כוחותיו של היטלר לווינה והתחלת רדיפות היהודים, הצליח בנדיקט לברוח לעיר פרשבורג בצ'כוסלובקיה. בסיוע רבו, עקיבא סופר ואחד מעשירי העיר הצליח לקבל סרטיפיקט, באמצעות תשלום של שכר לימוד לאוניברסיטה העברית מראש, סרטיפיקט שהתקבל בשגרירות הבריטית בפראג. בבוקר שבו נסע מפרשבורג לפראג, כבשו כוחותיו של היטלר את צ'כיה.