В связи с событиями Варфоломеевской ночи в 1572 г., после которой двор Саксонии поменял свою политику к кальвинизму и объявил их врагами общества, за приверженность к криптокальвинизму с 1574 по 1586 г. Пейцер находился в заключении в Рохлице и Лейпциге. Во время пребывания в тюрьме вёл хронологические записки, опубликованные после его смерти под названием"«Chronicon Carionis»", свидетельство того, в каких условиях находились тогда узники.