Mitte September 2019 wurde Amorim als Trainer der in der dritten Liga spielenden Reservemannschaft von Sporting Braga verpflichtet. Im Dezember wurde er nach der Entlassung von Ricardo Sá Pinto zum Cheftrainer der Profimannschaft befördert. Er übernahm Braga am 15. Spieltag auf Platz sechs stehend. Ende Januar 2020 gewann er mit dem Verein den portugiesischen Ligapokal. In der UEFA Europa League schied er mit Braga Ende Februar im Sechzehntelfinale gegen die Glasgow Rangers aus. In der Liga blieb er bis Anfang März in neun Spielen ungeschlagen und erreichte acht Siege.