Dal novembre 1943 alla fine del marzo 1944 il Bomber Command si impegnò nella battaglia aerea di Berlino, subendo il più alto tasso di perdite in tutta la guerra, dando adito a dubbi nelle alte sfere della RAF circa il modo di procedere di Harris, che peraltro, nel caso specifico di Berlino, non dette i risultati sperati nonostante le gravi devastazioni inflitte alla capitale tedesca. Di pari passo continuarono sempre gli attacchi alle basi e ai cantieri di U-Boot e al naviglio della Kriegsmarine, che nel 1944 vide affondata da una bomba "Tallboy", sganciata da un Lancaster, la corazzata "Tirpitz". In vista dello sbarco in Normandia del giugno 1944, i comandi del Bomber Command e dell'USAAF (le forze aeree dell'esercito statunitense) vennero unificati nella persona di Dwight D. Eisenhower, comandante supremo Alleato in Europa, che obbligò Harris e il comandante dell'USAAF Carl Spaatz, ad alleggerire la pressione sulle città tedesche concentrandosi invece sulle basi della Luftwaffe e sulle vie di comunicazione della Francia settentrionale. Dopo lo sbarco, col procedere dell'avanzata Alleata, il Bomber Command volò via via sempre più in missioni di appoggio tattico alle truppe di terra. Un ultimo e controverso bombardamento strategico, anche per gli stessi ufficiali della RAF, si verificò nel febbraio 1945 con il devastante bombardamento su Dresda che distrusse quasi completamente la città.