Unter der anhaltend schwierigen wirtschaftlichen und politischen Lage in Guinea-Bissau insbesondere seit der Auflösung des Ostblocks Anfang der 1990er Jahre leiden auch die diplomatischen Beziehungen des Landes. So wurde mit dem Bürgerkrieg in Guinea-Bissau nach dem Putschversuch 1998 auch die deutsche Entwicklungszusammenarbeit in Guinea-Bissau ausgesetzt, die bisher nicht wieder aufgenommen wurde (Stand Ende 2016). Nach dem Militärputsch im April 2012 wurden von deutscher Seite zudem die diplomatischen Beziehungen ausgesetzt, bis sie 2014 wiederaufgenommen wurden.