1944 augusztusában, ahogy a Szlovák Nemzeti Felkelés zászlót bontott, az ország általuk uralt területein de facto kormányzati szervként működött. A szervezet Zólyom központtal irányította a vasúti közlekedést az általa uralt területeken. A felkelők és a náci Németország harcai, valamint az ország területére érkező szovjet csapatokkal szembeni ellenállás súlyos károkat okozott. Számos hidat felrobbantottak, az alagutakat beomlasztották, és főként a Szovjetunióba hurcolták a gördülőállomány egy részét.