Le premier document attestant de l'existence de Furnes est romain et nomme l'endroit "Furna". Le même nom est utilisé une seconde fois en 877 pour une possession de l'abbaye Saint-Bertin à Saint-Omer. Au , Furnes est une bourgade fortifiée à la suite des raids des Normands. En 1060, elle est placée à la tête d'une châtellenie ou vicomté appelée en flamand "Veurne-Ambacht", comptant jusqu'à 42 paroisses, jurant allégeance au comte de Flandre. Furnes reçoit une charte communale au . Durant ce siècle, le commerce entre les Flandres et l'Angleterre s'intensifia et Furnes s'affilie avec d'autres villes flamandes à la . En 1206, la ville fut ravagée lors du conflit entre les factions rivales des Blavoetins et des Ingrekins. L'économie de la cité déclina après un arrêt des relations anglo-flamandes en 1270. Le 20 août 1297, Furnes fut le théâtre d'une bataille dans la lutte incessante entre les villes flamandes et le roi de France. Les églises principales de la ville, Sainte-Walburge et Saint-Nicolas, datent de cette époque.