No dia 2 de maio de 2013, Jorge Jesus chegou à nona final europeia do Benfica (recorde nacional) reafirmando o prestígio do clube na Europa. Ao vencer por 3 a 1 o Fenerbahçe, o Benfica apurou-se para a final da Liga Europa de 2012–13, algo festejado dado que o clube não atingia uma final europeia desde a Taça dos Clubes Campeões Europeus de 1989–90. Na final, entretanto, perderam de 2 a 1 para o Chelsea, com um gol de Branislav Ivanović aos 48 minutos do segundo tempo, acabando, assim, como vice-campeão.