Na trojalbume "Joe's Garage" sa predstavil ako sólový spevák Ike Willis, ktorý svojim hlasom uviedol hlavnú postavu Joea. Témou albumu bola rocková opera o nebezpečenstve politických systémov, potlačení slobody slova a chudobe, ktorá bola inšpirovaná časťou iránskej revolúcie, ktorá v rámci svojej jurisdikcie urobila hudbu nezákonnou. Zamýšľal sa aj nad tým, „aký mala americká spoločnosť vzťah ku sexu a k sexuálnej úprimnosti“. Ako odvetu ku piesni „Jewish Princess“ z predošlého projektu, Zappa nahral na "Joe's Garage" rockový song „Catholic Girls“. Okrem neho môžeme na albumoch nájsť aj skladbu „Lucille Has Messed My Mind Up“, ale aj titulnú pieseň, či rozšírené naživo nahrávané gitarové improvizácie, ktoré boli doplnené štúdiovými dohrávkami, kde dominoval bubeník, Vinnie Colaiuta (s ktorým mal Zappa dobrý profesionálny vzťah). Celé dielo je založené na tvorbe na báze xenochrónie. V projekte sa nachádza aj najslávnejšia Zappova gitarová kompozícia, „Watermelon in Easter Hay“.