En 1988, Pazienza fut condamné pour avoir tenté d'égarer la justice lors des enquêtes sur l'attentat de Bologne () ayant fait plus de 80 morts, aux côtés de Licio Gelli, le grand-maître de Propaganda Due, du général Pietro Musumeci, directeur du SISMI, et du colonel du SISMI Giuseppe Belmonte.