El 5 de marzo Cartagena se halla inmersa en los sangrientos acontecimientos que sucedieron al golpe de estado contra Negrín. A primeras horas de la mañana, los buques surtos en la dársena de Cartagena sufren un intenso bombardeo aéreo de la aviación franquista. Los dos únicos submarinos que se encontraban operativos, el "C-2" y el "C-4", no sufrieron daños. Después del bombardeo y ya con la ciudad controlada por los sublevados, la flota es conminada por el general Barrionuevo a abandonar el puerto en un plazo de 15 minutos, bajo la amenaza de ser hundidas por las baterías de costa. La flota recibe la orden de hacerse a la mar con rumbo a Argel. El "C-4" zarpa a las 12:00, y ya en mar abierto, la flota recibe un mensaje de las autoridades francesas negando la entrada en Argel, dándoles la posibilidad de dirigirse a Túnez, al puerto de Bizerta. Ante este ofrecimiento, la flota se dirige allí, donde arriban el 7 de marzo.