גאורגיה וקניה היו שותפות מוגבלות למאבק העולמי בטרור. בינואר 2012 שייטים גאורגים נלקחו כבני ערובה על ידי שודדי ים סומלים בים סוף, ושוחררו לבסוף כשקניה שימשה כמתווכת. גאורגיה גינתה את פיגוע הטרור באוניברסיטת גאריסה בשנת 2015, בו נהרגו 150 אנשים, וכן את מתקפת הטרור בניירובי בינואר 2019, בה קיפחו את חייהם 21 בני אדם. גאורגיה הצהירה על תמיכתה הגלויה במדיניות הקנייתית נגד הטרור.