Durch Suffrens Vermittlung berief man Villaret zum Hafenkommandant von Lorient. Später nahm er an der Seeschlacht am 13. Prairial (1. Juni 1794) teil und kämpfte bei Gloix (23. Juni 1795). Unter Befehl von Admiral Justin Morard de Galles nahm er 1796 an der irischen Expedition (Dezember 1796) teil, um die Society of United Irishmen in deren Kampf um Unabhängigkeit zu unterstützen. Zurück in Frankreich gründete er – zusammen mit Jeanbon St. André – eine Artillerie-Schule für die Marine.