Когда в августе 1631 года Тилли вторгся в Саксонию, Паппенгейм шел впереди его и открыл враждебные действия взятием Мерзебурга, затем последовало знаменитое сражение при Брейтенфельде, которое было начато Паппенгеймом и проиграно вследствие расстройства и бегства его конницы. Имея всего около 6 тысяч человек, Паппенгейм освободил имперского генерала Мансфельда, окруженного шведским фельдмаршалом Баннером. Соединившись с войсками Мансфельда, Паппенгейм хотел атаковать с двух сторон неприятеля, но Баннер повернул на Кальбе. Паппенгейм последовал за ним и атаковал шведский лагерь. Присоединив к себе имперский гарнизон Магдебурга, Паппенгейм двинулся навстречу герцогу Люнебургскому. Между тем, Баннер освободил Магдебург и, соединившись с герцогом Вильгельмом Веймарским, пошел на помощь к герцогу Люнебургскому. Положение Паппенгейма становилось опасным. Не желая жертвовать Вольфенбюттелем, но и не желая в нём запираться, Паппенгейм решился на следующее: подкрепив гарнизон, он с остальными войсками начал партизанскую войну, которую и вел с замечательным искусством. Мешая шведам вербовать войска и собирать продовольственные припасы в нижней Саксонии, он сам жил за счет своих противников, угрозами наводя страх на мелких владетелей; он нападал на рассеянные по стране неприятельские отряды и перехватывал транспорты. Когда же герцог Вильгельм и фельдмаршал Баннер ушли в Тюрингию, Паппенгейм, усилившийся до 20 тысяч человек, остался полновластным хозяином всей западной Саксонии, которая сильно пострадала от хищности и жестокости его необузданных войск.