Ströbele ist vehementer Gegner von Einsätzen der Bundeswehr im Ausland, bezeichnet sich aber selbst nicht als Pazifisten und unterstützte beispielsweise in den 1980ern eine Sammlung für Waffen an Aufständische in El Salvador. Er stimmte gegen den Einsatz der NATO im Kosovo, gegen die Teilnahme Deutschlands bzw. der Bundeswehr an der Operation Enduring Freedom, aber für den Afghanistaneinsatz der Bundeswehr zur Friedenssicherung. Er stimmte gegen die Beteiligung der Bundeswehr an der internationalen Sicherheitspräsenz im Kosovo (KFOR).