1972 heiratete Nicolau Lobato Isabel Barreto. Sie hatten einen gemeinsamen Sohn: José Maria Barreto Lobato. Isabel wurde bei der indonesischen Invasion am 7. Dezember 1975 vergewaltigt und am Tag darauf auf der Werft von Dili hingerichtet. Der Sohn wurde von seiner Tante "Olímpia Barreto" und ihrem Mann José Gonçalves in Jakarta adoptiert und nahm zusätzlich deren Familiennamen "Gonçalves" an.