Im Jahre 1896 unterstützen ein weiteres Mal Tausende Einwohner der Provinz die durch den Katipunan initiierte Philippinische Revolution. Laguna war dabei eine der acht Provinzen, in denen sich der Aufstand gegen die spanische Kolonialmacht besonders schnell ausbreitete. Die schlecht ausgerüsteten Revolutionäre kämpften dabei gegen gut bewaffnete spanische Einheiten. Ihre militärische Unterlegenheit wurde jedoch durch ihre Anzahl und Entschlossenheit ausgeglichen, so dass sich am 31. August 1898 die letzten spanischen Truppen in Santa Cruz ergeben mussten.