Ook het Danilovklooster ontkwam niet aan de plundering door Franse troepen in 1812. De kerken werden leeggeroofd, maar de schatkamer werd kort voor de Franse bezetting van Moskou veilig overgebracht naar Vologda en het Drievuldigheidsklooster van de Heilige Sergius. Het klooster herstelde zich daarop snel en het grondbezit van het klooster nam fors toe. Ook bezat het klooster tegen het einde van de 19e eeuw enkele gebouwen in Moskou.