Laporte tekende in januari 2018 een contract tot medio 2023 bij Manchester City, de koploper in de Premier League op dat moment. Het betaalde circa €65.000.000,- voor hem aan Athletic Bilbao. Op 31 januari 2018 debuteerde Laporte voor Manchester City. In het Premier-League-duel met West Brom speelde Laporte de volledige wedstrijd en won Man City met 3-0. Een maand na de komst van Laporte in Manchester won Manchester City de League Cup door in de finale Arsenal te verslaan. Laporte bleef de hele wedstrijd op de bank. Manchester City won de Premier League in Laporte's eerste seizoen bij Manchester City met honderd punten, een puntenrecord in de Premier League. Laporte scoorde zijn eerste doelpunt voor 'The Citizens' tegen Wolverhampton Wanderers op 25 augustus 2018. In het seizoen 2018/19 won Manchester City met Laporte alle binnenlandse prijzen, in de Community Shield werd Chelsea verslagen, de League Cup werd succesvol verdedigd door in de finale datzelfde Chelsea te verslaan, de finale van de FA Cup werd met 6-0 gewonnen van Watford en in de Premier League waren 98 punten genoeg om Liverpool op de tweede plaats te houden. In alle competities speelde Laporte 51 wedstrijden. Op 31 augustus 2019 raakte Laporte geblesseerd in een wedstrijd tegen Brighton. Vijf maanden later stond Laporte pas weer op het veld.