Дебютував у збірній Ірані в грудні 1996 року в поєдинку Кубку Азії проти Саудівської Аравії. Періодично й надалі викликався до збірної, проте до приходу Бранко Іванковича регулярним гравцем збірної не був, після чого почав стабільно грати за національну команду. Проте й Бранко Іванкович здебільшого тримав Фархада на лаві для запасних, віддаючи перевагу Алі Даеї та Арашу Борхані. Внаслідок чого в 2004 році, напередодні старту «Команди Меллі» в Кубку Азії 2004. Також Іран поступився збірній Йорданії в Тегерані в рамках кваліфікації чемпіонату світу 2006 року, в обох матчах Фархад залишився на лаві для запасних. Напередодні початку чемпіонату світу 2006 року декілька разів викликався до національної команди, проте на футбольне поле не виходив. У 2006 та 2009 роках Маджиді викликали Амір Галеной та Афшин Готбі для участі кваліфікаційних матчах Кубку Азії 2007 та 2011 років, в яких атакувальний півзахисник виходив на поле з лави для запасних. За три місяці до старту Кубку Азії 2011 року викликався на декілька товариських матчів збірної, після чого вирішив оголосити про завершення кар'єри. 23 серпня 2011 року Карлуш Кейрош викликав Фархада Маджіді. Таким чином, Фархад став найстаршим гравцем збірної Ірану (оскільки викликався до команди з 1996 року), проте в її складі більше не зіграв жодного поєдинку. Фархад Маджіді та капітан «Персеполіса», Алі Карімі, вважалися найбільшими улюбленцями вболівальників збірної в кваліфікації чемпіонату світу 2014 року. 27 вересня 2011 року Маджіді оголосив про завершення кар'єри в збірній.