Iniciada el 1648, la conquesta de Creta per l'Imperi Otomà el 1669 va acabar amb el final del setge de Candia. El període otomà en la història de l'illa va estar ple d'insurreccions. El 1821, Grècia es va aixecar contra els governants otomans i Creta va prendre part en la guerra de la independència. Però el 1830, al final de la guerra, Creta no va formar part del nou estat grec. L'illa va quedar sota l'autoritat de Muhàmmad Alí Paixà