Після пакту Молотова-Ріббентропа Радянський Союз анексував Бессарабію та проголосив Молдавську Радянську Соціалістичну Республіку. Митрополія Бессарабії була змушена перервати свою діяльність.  У цей же період Московський патріархат встановив на території нової радянської республіки нову Кишинівську єпархію. У 1990 році його підвищили в сан архієпархії.