עם פרוץ המלחמה היה שמידהובר מפקד גדוד ה-2 ברגימנט הרגלים ה-103, ולחם עמו במהלך המערכה בפולין ובמהלך המערכה על צרפת כחלק מהדיוויזיה ה-4. ב-15 באוגוסט 1940 הוסבה הדיוויזיה ה-4 לדיוויזיית הפאנצר ה-14, ורגימנט הרגלים ה-103 הוסב לרגימנט הרובאים ה-103. שמידהובר לחם עם גדודו במהלך המערכה בבלקן ובמהלך מבצע ברברוסה, וב-1 ביולי 1941 הועלה לדרגת אוברסט לוטננט. ב-1 באפריל 1942 הועלה שמידהובר לדרגת אוברסט, וב-1 ביוני אותה שנה קיבל תפקיד בבית הספר לשריון. ב-11 ביולי 1943 מונה שמידהובר למפקד רגימנט הפאנצרגרנדיר ה-304, שהיה חלק מדיוויזיית הפאנצר ה-2, ולחם עמו בקרבות סביב קייב, ועל כך קיבל ב-18 באוקטובר 1943 את עיטור צלב האבירים של צלב הברזל. ב-2 במאי 1944 מונה שמידהובר למפקד דיוויזיית הפאנצר ה-7, שהייתה חלק מארמיית הפאנצר הראשונה, וב-9 בספטמבר מונה למפקד דיוויזיית הפאנצר ה-13, שהייתה חלק מהארמייה השישית. באוקטובר 1944 לחם שמידהובר עם הדיוויזיה שבפיקודו בקרב דברצן, ובינואר 1945 לחם עמה במצור על בודפשט. ב-21 בינואר 1945 קיבל שמידהובר על פעולותיו תוספת עלי אלון לעיטור צלב האבירים של צלב הברזל.