Lekuona tävlade i spanska Moto2-mästerskapen 2015 och 2016. Han gjorde VM-debut vid minimiåldern 16 år, då han hoppade in och ersatte ordinarie förare i Interwetten Racing på en Kalex. Lekuona fortsatte hos samma team 2017 och kom på 35:e plats i VM. Till Roadracing-VM 2018 bytte stallet motorcykel från Kalex till KTM. Lekuona tog sin första pallplats och slutade 12:a i VM. Han fortsatte i samma team 2019, fast de bytt nam till American team. Säsongens sista Grand Prix körde Lecuona inte i Moto2, utan i MotoGP-klassen för Red Bull KTM Tech 3. Han kör MotoGP som ordinarie förare hos det teamet säsongen 2020.