Archeologische opgravingen hebben uitgewezen dat er al in de Gallo-Romeinse periode een kleine nederzetting op het grondgebied van de huidige gemeente bestond. De oudste vermelding van het dorp dateert uit 1161, in een oorkonde van de Abdij van Tongerlo. Tot 1559 behoorde Wijnegem toe aan de hertog van Brabant. De oude kerk van Wijnegem stond aan de huidige Oude Sluisstraat. Deze brandde af in 1562, de nieuwe kerk werd gebouwd op de locatie van de huidige kerk. In 1542 werd het dorp geplunderd en gedeeltelijk verwoest tijdens de doortocht van Maarten van Rossum. Gedurende de Spaanse Successieoorlog was het Franse hoofdkwartier gevestigd in het dorp.