בשנת 2008 סך כל התרומות היפניות לקניה הסתכמו ב-3.464 מיליארד דולר. בשנת 2011 במהלך האסון הגרעיני בפוקושימה, תרמה קניה ליפן 82 מיליון דולר. יפן מימנה את שיפוץ נמל "מומבסה".