Nakamura mempunyai 98 kap dan 24 gol untuk Pasukan bola sepak kebangsaan Jepun, termasuklah penampilannya ketika peringkat akhir Piala Dunia FIFA pada tahun 2006 dan 2010. Beliau juga memenangi Piala Asia pada tahun 2000 dan 2004; beliau dinamakan Pemain Paling Bernilai semasa pertandingan tahun 2004. Beliau juga beraksi ketika Piala Dunia B-20 FIFA 1997 sebagai ahli pasukan Jepun bawah-20 dan ketika Sukan Olimpik Musim Panas 2000 sebagai ahli pasukan Jepun bawah-23.