В XVI веке начался упадок городской жизни, обусловленный как религиозными столкновениями, так и многочисленными войнами. Чрезвычайно выгодно расположенный, Буххорн был ареной Крестьянской войны 1525 года и Тридцатилетней войны, причём в последней, будучи занятый шведами в 1634 году, он был переименован в Густавсбург ("Gustavsburg"). В ходе Коалиционных войн в конце XVIII века Буххорн был в очередной раз разрушен, и в 1802 году согласно постановлениям Люневильского мира был передан Баварии, и затем в 1810 году по Парижскому договору отошёл Вюртембергу.