ביוני 2014 השתתפו לוחמי חיל ההנדסה הקרבית, במבצע שובו אחים הן בחיפושים והן בסיוע הנדסי. בשבוע השני של המבצע חשפו לוחמי סמו"ר עשרות מנהרות תת-קרקעיות שחפרו הפלסטינים באזור חברון. כוחות של חיל ההנדסה הקרבית לקחו חלק חשוב במצוד אחרי חוטפי ורוצחי שלושת הנערים ופעלו לאורך כל החיפוש עד שאותרו המחבלים בבית בחברון על ידי השב"כ. כוחות צה"ל והימ"מ הטילו מצור על הבית וכאשר המחבלים סירבו להיכנע החל מחפר ממוגן של חיל ההנדסה בקילוף קירות המבנה והרצפה שהיוותה את הגג של המרתף בו הסתתרו המחבלים. המחבלים נחשפו ונהרגו אחרי חילופי אש עם לוחמי הימ"מ.