О Јустиниану се ништа неће знати наредних 20 година. Међутим, 572. године, он је уздигнут у чин патриција и био је постављен за главног команданта снага једног утврђења у североисточном сектору царске границе са Сасанидском Персијом (магистар милитум Јрменије). Са овог места је подржао и помагао избијање иберијске и јерменске побуне против Сасанида, што је довело до избијања двадесетогодишњег сукоба између Византије и Персије.