El 2000 fue un buen año para Sebastián ya que consiguió jugar muchos partidos. La primera mitad de 2000 el titular como volante central fue Traverso por la lesión de Serna, pero Sebastián se ganó un lugar jugando por las bandas. Alternando con Gustavo Barros Schelotto, Marchant y el Pepe Basualdo. Comenzó el año convirtiendo su primer gol a River Plate en un amistoso de verano en el cual un equipo conformado por juveniles (a excepción del arquero Roberto Abbondanzieri) venció por 2-1. Tras este partido, Ramón Díaz, el entrenador del clásico rival, renunciaría a su cargo. En el Torneo Clausura jugó 15 partidos y en la Copa Libertadores, que finalmente el club ganó luego de 22 años, disputó 13 partidos. Torneo Apertura jugó 16 partidos y logró ganarlo. También ese mismo semestre disputó la Copa Mercosur 2000, jugando 4 partidos y convirtiendo su primer gol en primera, contra Olimpia de Paraguay, el 2 de agosto de 2000, que sirvió para la victoria por 1-0. Finalmente fue uno de los titulares del equipo que jugó contra el Real Madrid de España en la final de la Copa Intercontinental, que ganó el conjunto "xeneize" por 2-1. A la vuelta de Japón, en el partido que había quedado postergado contra Independiente por el , sufrió la rotura de ligamentos de su pierna derecha lo que le impidió jugar los últimos dos partidos del torneo y no volver a las canchas hasta mitad de 2001.