Efter inbördeskriget låg Fort Snelling mer eller mindre i träda. Men efter Slaget vid Little Bighorn gav kongressen stora anslag för fortets om- och tillbyggnad. Trettio nya byggnader uppfördes medan större delen av den gamla fästningen revs och användes som byggnadsmaterial. Fort Snelling blev högkvarter och underhållsdepå för de mindre garnisoner på den norra prärien där indiankrigen utkämpades.