Pentru buna desfășurare a activității comisiei s-a hotărât, printr-un acord mutual, ca puterea executivă să fie deținută de reprezentantul englez, iar cea administrativă de reprezentantul francez. În toată perioada ei de existență, CED a beneficiat de numeroase scutiri de taxe și impozite și de dreptul de a aborda propriul drapel (cinci benzi orizontale, două de culoare roșie, două de culoare albă și una albastră, cu inițialele C. E. D. în alb). În cele opt decenii de existență, CED a contribuit la amenajarea cursului inferior al Dunării, dar și la dezvoltarea socio-economică a regiunii. În ciuda tuturor conflictelor regionale sau europene, (războaiele balcanice, Primul Război Mondial), Comisia a reușit să-și păstreze poziția neutră stabilită prin actul constitutiv.