W reprezentacji Tunezji Khenissi zadebiutował 23 marca 2013 roku w wygranym 2:1 meczu eliminacji do MŚ 2014 ze Sierra Leone. W 2017 roku został powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki 2017. Rok później nie pojechał na Mistrzostwa Świata ze względu na kontuzję.