Au cours de ses premières années à Honolulu, Boeynaems est témoin du renversement de la reine Liliʻuokalani en 1893, suivi de l’abolition de la monarchie et proclamation de la République d'Hawaï en 1894, et finalement de l’annexion du territoire par les États-Unis (1898). Cependant, en 1895, Boeynaems avait été transféré comme pasteur à Wailuku, Maui.