W reprezentacji Chorwacji Rapaić zadebiutował 20 kwietnia 1994 roku w przegranym 1:4 meczu z reprezentacją Słowenii. Rapaić 2-krotnie grał na wielkich imprezach. Rozegrał 2 mecze na Mistrzostwach Świata w 2002, kiedy to zdobył zwycięską bramkę w meczu z reprezentacją Włoch. Druga z tych imprez to Euro 2004, na których Rapaić rozegrał 3 mecze i zdobył jedną bramkę (z Francją z rzutu karnego). Ogółem w reprezentacji Chorwacji rozegrał 45 meczów i zdobył 5 bramek (stan na 1 sierpnia 2006). Obecnie Rapaić znajduje się poza kadrą A.