V roce 1988 začaly boje mezi Arménií a Ázerbájdžánem o tuto oblast, které se ještě vyostřily po rozpadu SSSR. Turecko na protest proti obsazení Náhorního Karabachu uzavřelo arménské hranice. 28. listopadu 1989 byl vrácen pod správu Ázerbájdžánu, ale Arménie ho hned 1. prosince anektovala. V letech 1991 až 1994 probíhala o karabašské území mezi oběma zeměmi válka. Dočasným východiskem se stalo příměří z 16. května 1994, které vydrželo až do roku 2020. Výsledkem byl Karabach z 92,5 % ovládaný arménsko–karabašskými silami, které měly pod kontrolou také dalších 5 celých okresů (a 2 částečně) mimo vlastní Karabach. Celkově tak karabašští Arméni kontrolovali 13,4 % rozlohy Ázerbájdžánu. Vojenské zásahy byly doprovázeny exodem azerských a arménských menšin z území sousedního státu. Z Ázerbájdžánu odešlo 413 000 Arménů, zatímco Arménii v důsledku konfliktu opustilo 724 000 Azerů. Po arménském vítězství ve válce o Náhorní Karabach Ázerbájdžán a Turecko uzavřely své hranice s Arménií a zavedly blokádu, což vážně poškodilo ekonomiku začínající republiky.