לאחר סוף המלחמה, הנקוק מונה לפקח על הוצאתם להורג של מתכנני רצח לינקולן. לינקולן נרצח ב-14 באפריל 1865, וב-9 במאי, ועדה צבאית מונתה כדי לשפוט את הנאשמים. המתנקש, ג'ון וילקס בות', כבר היה מת, אולם משפטם של מתכנני הרצח התרחש מהר והסתיים בהרשעתם. הנשיא אנדרו ג'נסון ציווה להוציא אותם להורג ב-7 ביולי, והנקוק מילא את פקודותיו.