Isomäki oli ydinvoiman kannattaja vuoden 1986 Tšernobylin onnettomuuteen asti. Hänen kriittistä näkemystään vahvistivat Washingtonin ja New Yorkin terrori-iskut 2001, joiden yhteydessä väitettiin, että al-Qaida oli alun perin ajatellut iskuja ydinvoimaloita vastaan. Isomäki voi kuitenkin hyväksyä vähemmän haavoittuvat, maanalaiset ydinlaitokset.