Nach der Unabhängigkeit 1991 begann im Mai 1992 ein landesweiter Bürgerkrieg, der bis 1997 dauerte und besonders in der Provinz Qurghonteppa zu großen Zerstörungen der Siedlungen und Infrastruktur sowie zu verheerenden Folgen für die Landwirtschaft führte. Allein von Mai bis Dezember 1992 starben bei Kämpfen in den Provinzen Duschanbe, Qurghonteppa und Kulob 50.000 Menschen und 650.000 Tadschiken waren bis Ende des Jahres geflohen. In den Machtkampf zwischen Vertrauten des heutigen Präsidenten Emomalij Rahmon, überwiegend aus Kulob stammende Milizen ("Sitodi Melli", „Populäre Front“), und der Vereinigten Tadschikischen Opposition (UTO) mischten sich in der Provinz Qurghonteppa die seit langem bestehenden ethnischen Spannungen zwischen Usbeken, anderen zugewanderten Bevölkerungsgruppen (Gharmis, auch "kuhistoni", „aus den Bergen“) und den hiesigen Kulobis (oder alteingesessene "mahalli", von "mahalla"). Ein aus Kulob eindringender bewaffneter Mob zwang viele Gharmis zur Flucht nach Afghanistan.