Hobeika esteve envolvido em outro incidente em março de 1985. A CIA supostamente pagou Hobeika (através de oficiais de inteligência do exército libanês) para assassinar Muhammad Hussein Fadlallah, o líder espiritual do grupo militante xiita Hezbollah, porque Fadlallah foi considerado pelas autoridades americanas como parte do planejamento do ataque de outubro de 1983 ao quartel da marinha dos EUA em Beirute, que matou 241 recrutas. No entanto, a tentativa de assassinato não teve sucesso porque o carro-bomba perto da residência de Fadlallah matou cerca de 80 espectadores, mas deixou Fadlallah incólume. O massacre levou a CIA a terminar seu relacionamento com Hobeika e deu ao Hezbollah um rancor duradouro contra ele. Hobeika foi removido das Forças Libanesas por seu líder Samir Geagea devido a sua traição. Após este evento, Hobeika fugiu para Zahle e depois para West Beirut. Ele estabeleceu um movimento político lá, o Waad Party. Em 1990, suas forças lutaram com as forças sírias contra o general Michael Aoun. Depois que a guerra civil terminou após o Acordo de Taif, Hobeika se beneficiou de uma anistia por crimes cometidos durante a guerra civil do Líbano em 1991.