Durch den Verlust seiner Stellung sah sich Lesueur wirtschaftlich zunehmend bedrängt, bis er 1804 von Napoléon Bonaparte zum Hofkapellmeister der Chapelle de Tuileries und Nachfolger Giovanni Paisiellos bestimmt wurde. Nachdem Nicolas Dalayracs zunächst vorgezogenes Werk "Le Pavillon du Calife" abgesagt wurde, gelangte nun doch Lesueurs bekannteste Komposition "Ossian ou Les Bardes" endlich zur Aufführung und bescherte seinem Autor einen fulminanten Erfolg. Die Aufführung an der Opéra de Paris gefiel dem „Kaiser der Franzosen“, als dessen „Lieblingsoper“ sie bald galt, so gut, dass Lesueur, auf Veranlassung Napoleons, zum Ritter der Ehrenlegion ernannt wurde. Lesueur komponierte hierauf für Napoleons Selbstkrönung einen "Triumphmarsch" und ließ es sich nicht nehmen, persönlich die Kaiserkrönung Napoleons I. in der Kathedrale Notre-Dame mit einer Messe von Paisiello und einem "Vivat" seines Mentors Nicolas Roze zu begleiten. 1813 wurde Lesueur in die Académie des Beaux-Arts aufgenommen, wo er den Sitz von André Grétry einnahm.