Az épület 16 századon át állt. Sértetlen maradt, amikor Nagy Sándor bevette a várost i. e. 334-ben, és az i. e. I. század közepén rendszeres kalóztámadások során is. Később azonban földrengések sorozata romba döntötte. A 15. századra már csak a talapzata maradt felismerhető, és amikor johannita lovagok vették be a várost, akkor a bodrumi erőd (Szent Péter vár) megépítésekor, ill. későbbi megerősítések során a mauzóleum romjainak köveit is felhasználták, – a század végére szinte teljesen. A romok maradványait 1852-ben a British Museum archeológusa (Charles Thomas Newton) kezdte el újra felkutatni és összegyűjteni, az erődbe beépített részek nyomán.