Tahun 1993, tahap pertama dari stasiun transfer Jafar Jabbarli mulai beroprasi, tetapi pecahnya Uni Soviet dan perselisihan politik, konflik militer di Nagorno-Karabakh dan krisis finansial yang datang kemudian melumpuhkan setiap upaya pembangunan di Baku. Lebih lanjut terdapat dua peristiwa menggemparkan apda tahun 1990an: Pada 19 Maret dan 3 Juli 1994 sebuah serangan teroris menewaskan 13 orang dan melukai 42 orang, kemudian pada bulan 28 Oktober tahun berikutnya kebakaran di dalam kereta yang penuh sesak menewaskan 289 orang dan melukai lebih dari 300 orang.