ג'ונס הואשם בהפצה של תאוריות קונספירציה על הטבח בבית הספר היסודי סנדי הוק בשנת 2012 (בו נרצחו 20 ילדים ו-6 מבוגרים), ועל הטבח בתיכון דאגלס בשנת 2018 (בו נרצחו 14 ילדים ו-3 מבוגרים). הוא טען כי מדובר במבצעי דגל כוזב שהונדסו על ידי תומכים בהטלת מגבלות על נשק חם. הוא הצהיר במיוחד כי "אף אחד לא מת" בירי בבית הספר בסנדי הוק. שעות אחדות לאחר הירי בתיכון דאגלס, טען ג'ונס ברדיו כי מדובר במבצע מהונדס. דייוויד הוג (David Hogg) היה תלמיד בן 18 בעת שניצל מהטבח בתיכון דאגלס, והפך לאחר מכן לפעיל בולט במחאה נגד נשק. ג'ונס טען כי הוג היה בעצם "שחקן אסונות" בטבח שבויים על ידי ה-Deep state. גופים ממסדיים מצדדים, שאותם מאשים ג'ונס, טוענים כי טענות שהושמעו בעד תאוריות קונספירציה אלו, הופרכו. בפברואר 2018 הסירה יוטיוב סרטונים של ג'ונס שטוענים כי הוגס וניצולים אחרים הם שחקנים.