Ainsztein wehrte sich gegen Bagatellisierungen und Verzerrungen des Holocaust sowie gegen die These vom fehlenden jüdischen Widerstand gegen diesen Völkermord. Aus diesem Antrieb heraus entstanden zwei historiografische Studien; die erste befasste sich 1974 mit dem jüdischen Widerstand im besetzten Osteuropa, die zweite behandelte 1979 den Aufstand im Warschauer Ghetto. Bereits 1958 entfachte Ainsztein in Großbritannien eine Debatte über den Grad des Antisemitismus in der polnischen Heimatarmee.