Однако современная армянофобия в Азербайджане уходит своими корнями в последние годы существования Советского Союза, когда армяне Нагорного Карабаха потребовали от московских властей передать Армянской ССР входившую в Азербайджанскую ССР, но населенную в основном армянами, Нагорно-Карабахскую автономную область. В ответ на эти требования армян в разных городах прошли антиармянские митинги, в которых националистические группы разжигали антиармянские настроения, что привело к погромам в Сумгаите, Кировабаде и Баку. Приблизительно 350 000 армян покинули страну в период с 1988 по 1990 год в результате направленного против них насилия.