Αρχικά είχε συμφωνήσει να παραμείνει η Βοσνία ενωμένη με τη Γιουγκοσλαβία, και αργότερα, ενώ αρχικά είχε συμφωνήσει, εγκατέλειψε τη συμφωνία της Λισαβόνας σύμφωνα με την οποία η Βοσνία θα γινόταν ένα τριεθνικό κράτος με καντόνια, αντιτιθέμενος σε οποιοδήποτε σχέδιο διαχωρισμού της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης. Το 1992 διοργάνωσε δημοψήφισμα ανεξαρτησίας, παρά τις αντιδράσεις των Σέρβων, το οποίο υπερψηφίστηκε με 99,4 %. Στη συνέχεια το τεταμένο κλίμα οδήγησε στον Πόλεμο της Βοσνίας, ενώ χειροτέρευσαν και οι σχέσεις Βοσνίων-Κροατών με αποτέλεσμα την ένοπλη σύγκρουση μεταξύ τους. Το 1994, υπέγραψε τη συμφωνία της Ουάσινγκτον με τον Κροάτη πρόεδρο Φράνιο Τούτζμαν και το 1995 τη συμφωνία του Ντέιτον, με την οποία έληξε ο πόλεμος της Βοσνίας και οδήγησε στη δημιουργία της ομοσπονδίας της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης και τη Σερβική Δημοκρατία. Η έρευνα του ICTY που ήταν σε εξέλιξη διακόπηκε με το θάνατό του το 2003.