Kiedy Bułgarski Związek Piłki Nożnej zatrudnił nowego trenera kadry, Dimityra Penewa, Borisow został także jego asystentem (1991–1996). Wspólnie doprowadzili reprezentację do największych sukcesów w jej historii: czwartego miejsca na Mundialu 1994 i pierwszego awansu do mistrzostw Europy (Euro 1996). Po tym ostatnim turnieju z Penewem nie przedłużono umowy, więc z kadry odszedł także Borisow. Później krótko pomagał Georgiemu Wasilewowi w CSKA Sofia.