Правонаступником МШС СРСР у частині залізничної мережі, що знаходилася на території Росії, стало Міністерство шляхів сполучення РФ. Розпад СРСР, деградація економіки безпосереднім чином позначилися на залізницях Росії. У 1990-ті роки практично не будувалися нові залізниці, погіршився стан вокзалів, приміських потягів і поїздів далекого прямування. Усвідомлюючи соціальне значення збиткових пасажирських перевезень, МШС субсидіювало їх за рахунок вантажних. У той же час, лише наприкінці 1990-х — початку 2000-х років, на хвилі зростання добробуту населення МШС вжив заходів щодо підвищення доходів від пасажирських перевезень: було посилено контроль за безквитковим проїздом (огородження перонів, установка турнікетів), запущені приміські потяги-експрес підвищеної комфортності, розпочаті перевезення аероекспресами в аеропорти.