Kloster Ebrach wurde mehrmals von Kriegen in Mitleidenschaft gezogen. Im Bauernkrieg wurde das Kloster 1525 niedergebrannt, Abt und Konvent mussten fliehen. Zum Ende des Markgrafenkrieges 1554 wurde das nur behelfsmäßig wieder aufgebaute Kloster geplündert. Ein Streit mit dem Würzburger Fürstbischof um Reichsunmittelbarkeit erreichte kurz darauf 1556 seinen Höhepunkt. Im Jahre 1583 brannte die Klosterbibliothek nieder, konnte aber in den folgenden fünf Jahren wiederhergestellt werden. Während der schwedischen Besetzung Frankens im Dreißigjährigen Krieg wurde das Kloster zwischen 1631 und 1634 wirtschaftlich ruiniert, wobei der in Würzburg versteckte Kirchenschatz in die Hände der schwedischen Truppen fiel und nach Stockholm gebracht wurde.