Die infolge des deutsch-sowjetischen Nichtangriffspakts im September 1939 einrückende Rote Armee behielt die Stadt als Teil der Weißrussischen SSR bis zum deutschen Überfall auf die Sowjetunion 1941 unter Kontrolle. Am 3. Juli 1941 ermordete die Einsatzgruppe B in Nawahrudak etwa 100 Juden. Während der deutschen Eroberung erfolgte 1943 die Erschießung der Schwestern von der Heiligen Familie von Nazareth in Nowogródek. Nawahrudak ist heute unter Historikern vor allem für das Zentrum der jüdischen Partisanenbewegung der Bielski-Brüder bekannt. Durch einen selbst gegrabenen Tunnel entflohen 350 Juden aus dem Ghetto, von denen die meisten anschließend mit Hilfe der Bielski-Brüder im Wald von Naliboki überlebten. Darunter befand sich auch Rae Kushner, die Großmutter von Jared Kushner, dem Schwiegersohn von Donald Trump. Jahrzehntelang war diese Geschichte im Dorf und im Land weitestgehend unbekannt, auch auf Grund der bis vor kurzem noch sowjetisch geprägten Geschichtsschreibung unter Präsident Aljaksandr Lukaschenka, welche die jüdische Herkunft der Opfer verschweigt. Mittlerweile entstehen aus Eigenregie auf dem Gelände des ehemaligen Ghettos der Stadt verschiedene Denkmäler zu einzelnen Opfern und Geretteten. Auch der Tunnel wurde mittlerweile entdeckt und soll archäologisch aufgearbeitet werden.