Toute l'évacuation de la Grèce, à l'été 1944, se fait via Thessalonique. La marine et l'aviation allemandes y amènent d'abord les troupes avant leur mouvement vers le nord. La ville, concentrant les troupes allemandes est alors bombardée par cinquante avions alliés dans la nuit du 14 au 15 septembre 1944. Les troupes de l'ELAS entrent triomphalement dans la ville à la mi-octobre, malgré l'ordre contraire donné par la hiérarchie. Elles y pratiquent principalement la chasse aux collaborateurs, mais aussi le nettoyage des rues, piégées par les Allemands avant de se replier. Quelques jours plus tard, elles sont rejointes par un détachement de la 7th Indian Infantry Division. Contrairement aux événements d'Athènes, à Thessalonique, les troupes grecques et britanniques travaillent ensemble, malgré un climat de suspicion mutuelle. Par contre, la ville est touchée par la première guerre civile de l'hiver 1944-1945. En réponse aux arrestations et exécutions par les troupes britanniques, des centaines de « bourgeois », « réactionnaires » et « ennemis du peuple » sont arrêtés, décrétés otages et emmenés dans les montagnes où ils disparaissent définitivement.