Linnoituksen rakennustyöt valmistuivat vuonna 1479. Valmistuttuaan Qajitbein linnoitus oli yksi koko Välimerenalueen vaikuttavimmista merilinnoituksista. Mamelukit ylläpitivät linnoituksella paitsi puolustavaa varuskuntaa, mutta myös vankilaa, johon päätyi hallitsijan vastustajia. Sulttaani Qansuh al-Ghauri vahvisti edelleen vartuskuntaa, mutta linnoitus ei lopulta pysäyttänyt Egyptin 1500-luvulla vallanneita osmaneija. Osmanit jatkoivat linnoituksen ylläpitämistä omilla varuskunnillaan. Napoléon Bonaparten sotartkellä Egyptiin vuonna 1798 ranskalaiset sotilaat valtasivat linnoituksen sitä puolustavilta turkkilaisilta. Ranskalaiset löysivät linnoituksesta ristiretkien kautisia aseita ja olettivat niiden olevan peräisin Ludvig IX:n Egyptiin suuntautuneelta ristiretkeltä. Ranskalaisten sittemmin lähdettyä Egyptin halltisijaksi nousi Muhammad Ali vuonna 1805. Muhammad Ali uudisti linnoituksen puolustuksia ja toi sille myös uudenaikaisia aseita, kuten rannikkotykkejä. Linnoituksella taisteltiin jälleen Urabi-kapinan aikana. Britit Pommittivat Aleksandriaa ja etenkin Qajitbein linnoitusta mereltä 11. heinäkuuta 1882. Pohjois- ja länsimuuri vaurioituivat tulituksessa. Erityisen suuria vahinkoja kärsi länsimuuri. Linnoitus oli sittemmin paljoltyi käyttämättömänä vuoteen 1904, jolloin osiin linnoitusta tehtiin korjaustyötä. Suurempia entisöintejä tehtiin kuningas Faruqin kaudella, kun linnoitus haluttiin muuttaa kuninkaalliseksi lomakohteeksi.