רייקארד עזב את תפקיד המאמן והוחלף על ידי קפטן ברצלונה בתחילת דרכו של צ'אבי בקבוצה הבוגרת, ז'וזפ גוארדיולה. עונתו הראשונה של גוארדיולה בתפקיד, עונת 2008/2009, הייתה העונה המוצלחת ביותר של צ'אבי הן ברמה האישית והן ברמה הקבוצתית - ברצלונה הייתה הראשונה בהיסטוריית הכדורגל הספרדי שזוכה בטרבל - זכייה באליפות, בגביע ובליגת האלופות. גוארדיולה הציב את צ'אבי לצדו של אנדרס אינייסטה בקישור הקבוצה, והפך את שניהם למרכז הכובד של סגנון המשחק של ברצלונה. בעונה זו היה לצ'אבי מספר רב של בישולים לחבריו לקבוצה - 20 בישולים בליגה, 4 מהם במשחק הקלאסיקו השני של העונה, בו הביסה ברצלונה את יריבתה ריאל מדריד 6-2, ועוד 6 בליגת האלופות, האחרון שבהם לליונל מסי בניצחון הקבוצה במשחק הגמר מול מנצ'סטר יונייטד, שנגמר בתוצאה 0–2 לברצלונה. אופ"א בחרו בצ'אבי כשחקן המצטיין של משחק הגמר וכן כשחקן הקישור המצטיין של העונה באירופה. לצד השערים שבישל, הבקיע צ'אבי גם 10 שערים ב-54 הופעות בכל המסגרות - 6 בליגה, ביניהם צמד לרשתה של מאלגה ב-1 בנובמבר 2008, 3 בליגת האלופות, כולם בשלב הבתים, ואחד בגביע, בבעיטה חופשית במשחק הגמר מול אתלטיק בילבאו, בו ניצחה ברצלונה 1–4 וזכתה בתואר. במהלך העונה, בדצמבר 2008, האריך צ'אבי את חוזהו בברצלונה עד סוף עונת 2013/2014, עם סעיף שחרור של 80 מיליון אירו ושכר שמוערך על ידי התקשורת ב-7.5 מיליון אירו בשנה.