Etter å ha overtatt makten begynte partisanene raskt å renske vekk alle som kunne stå i vegen. I Vojvodina ble tusentalls mennesker som tilhørte den ungarske og tyske minoriteten myrdet. Mange som hadde samarbeidet med kroatiske og serbiske lydstatene flyktet nordover og inn i Østerrike. Den 15. mai 1945 overga 200 000 flyktninger seg til den britiske hæren i Bleiburg i Østerrike. Britene valgte å sende flesteparten av dem tilbake til partisanene, og i løpet av mai og juni ble anslagsvis 30 000 og 200 000 kroater myrdet i det som kalles for Bleiburg-massakren. Ytterligere tusentalls kroater døde i en dødsmarsj gjennom Jugoslavia. Ante Pavelić lyktes å flykte til Argentina hvor han levde i mange år før han ble utsatt for et mordforsøk fra Titos agenter. Pavelić ble dødelig såret og døde senere i Spania hvor han ble ført for å få bedre pleie.