Die Wachmannschaft mit 50 SS-Männern war in der Gaststube im Erdgeschoss untergebracht, darunter befanden sich viele sogenannte Volksdeutsche. Kommandoführer war SS-Oberscharführer Ludwig Plagge, der als einer der „brutalsten und grausamsten SS-Männer“ galt und im Januar 1947 im Krakauer Auschwitzprozess zum Tode verurteilt wurde. Sein Stellvertreter war SS-Oberscharführer Erich Liedtke, der die Häftlinge häufig ohne Anlässe schlug und misshandelte. Die völlig ausgezehrten Gefangenen mussten täglich zwölf Stunden auf dem Bahnhofsgelände nach Luftangriffen die Schäden beseitigen. Hierzu wurden sie jeden Morgen über die Steinerne Brücke und durch die Altstadt Regensburgs getrieben und nach der wegen Blindgängern lebensgefährlichen Arbeit abends wieder zurück. Anderen Angaben zufolge mussten die Gefangenen auch im Regensburger Werk der Messerschmitt GmbH Zwangsarbeit leisten. Unter den SS-Wachen soll sich auch der im Jahr 2011 wegen Beihilfe zum Mord verurteilte John Demjanjuk befunden haben.