Tallinnan nimen uskotaan tulevaan sanoista "Taani linn", joka tarkoittaa tanskalaisten kaupunkia tai linnaa. Tanskalaiset hallitsivat Tallinnaa Lyndanisen taistelusta 1219 alkaen. Vuonna 1285 kaupunki liittyi hansaliittoon. Tallinnalla oli Riian ohella tärkeä rooli Venäjälle suuntautuvan kaupan välittäjänä.