Il effectue plusieurs missions dans le Nord et est absent lors de la mise en accusation de Marat et de l'élimination des Girondins, les 31 mai et 2 juin 1793. Il est envoyé à Dunkerque, auprès de l'armée du Nord avec Briez, Carnot, Delbrel, Dubois-Dubais, Duhem, Gasparin et Roux-Fazillac par décret du , mission confirmée par décrets du 12 et du 30 avril. Malade, il est remplacé par Méaulle par décret du , mais écrit encore d'Arras le 5 juillet. Renvoyé à l'armée du Nord avec Le Bas par décret du , il se comporte avec un courage remarquable lors des batailles, en particulier à Furnes et à Wattignies (), où il charge l'ennemi à la tête des troupes. Il se montre d'une grande sévérité avec les généraux incompétents, qu'il destitue, notamment Chancel et Gratien. Dénoncé devant les Jacobins par Hébert comme ayant entravé les opérations de Jourdan et profité de ses fonctions pour mettre son frère Florent à la tête de l'armée, il est secouru par Robespierre et n'a aucun mal à prouver sa bonne foi. Le 9 novembre, son collègue Nicolas Hentz écrit au Comité: « Je doute que notre collègue Duquesnoy fasse du bien à l'armée. Il a pris un despotisme, un empire qui est insupportable; et je vous déclare ingénument qu'il oublie trop souvent la dignité du caractère de représentant, même envers ses collègues », demandant qu'il soit envoyé à l'armée des Ardennes. Rappelé une première fois, pour raisons de santé, par arrêté du Comité de salut public du 15 pluviôse an II (), puis par lettre du Comité du 30 pluviôse (18 février), il écrit d'Arras le 23 germinal an II () qu'il va rentrer à Paris.