In Krisenzeiten können der Sechsten Flotte weitere Verbände unterstellt werden. So waren der Flotte beispielsweise während der Invasion des Iraks zwei Flugzeugträgerkampfgruppen, jeweils geführt von den Flugzeugträgern "USS Theodore Roosevelt" und der "USS Harry S. Truman", und der 26. Marine Expeditionary Unit auf der "USS Iwo Jima" und mehr als 150 Flugzeuge unterstellt.