Muñoz Martínez tuvo un papel destacado al comienzo de la Guerra civil española por su cargo como director general de Seguridad. Su labor al frente de la DGS hizo que con posterioridad la dictadura franquista le acusase de implicación en los asesinatos de la Modelo de Madrid y, sobre todo, en la matanza de Paracuellos. Tras el final de la contienda se exilió en Francia, si bien con posterioridad sería extraditado a España, juzgado en consejo de guerra y fusilado.