Як і на Нюрнберзькому процесі, всі пункти обвинувачення були розділені на три категорії: А, В та С. "Категорія А" (пункти 1–36) містила в собі обвинувачення у злочинах проти миру, плануванні та веденні агресивної війни та порушенні міжнародного законодавства і застосовувалася тільки проти вищого керівництва Японії. "Категорія В" (пункти 37–52), яка включала обвинувачення у вбивствах, та "Категорія С" (пункти 53–55), куди входили обвинувачення у злочинах проти звичаїв війни та злочини проти людства, застосовувалися до японців будь-якого рангу.