1959 yılından itibaren Küba Devrimci Silahlı Kuvvetlerinin üyesi olan Fernandez çeşitli manevra ve tatbikatların yanı sıra üretime yönelik seferberliklerde önde yer alır. Domuzlar Körfezi Çıkarmasının hemen öncesinde Havana yakınlarında Managua’da yer alan milis eğitim merkezinin yöneticisidir. Çıkarma haberinin alınmasıyla beraber Küba Devlet Başkanı Fidel Castro tarafından işgalci 2506. Tugay birliklerine karşı düzenli birlikler ve milis kuvvetlerinin komutanı olarak atanır ve bölgeye intikal eder. Savaşta aktif olarak yer alan Fernandez, 19 Nisan 1961 günü Giron sahilinde cepheyi yararak işgalci sürgün Kübalıları dağıtarak büyük çoğunluğunu esir alan birliklerle beraberdir. Çıkarmanın püskürtülmesinden sonra binbaşı rütbesi alan Fernandez bu dönemden sonra çeşitli görevlerde bulunacaktır: