В апреле 1941 года после захвата Югославии немцами Фран ушёл в подполье и вступил в Освободительный фронт Словении, который помогал словенскому антифашистскому движению в годы Народно-освободительной войны. Неоднократно Франа арестовывала итальянская полиция. В 1944 году немцы арестовали его и отправили в концлагерь Дахау.