W latach 1998–2000 Abbiati zanotował szesnaście występów w reprezentacji Włoch do lat 21. Pomimo tego, że Włoch jeszcze nigdy nie znalazł się w seniorskiej kadrze „Squadra Azzura”, to Dino Zoff powołał go do drużyny na Euro 2000. Na turnieju tym Włosi wywalczyli srebrny medal, a Abbiati był trzecim po Francescu Toldo i Francescu Antoniolim bramkarzem zespołu. Po zakończeniu mistrzostw włoski golkiper wystąpił na Igrzyskach Olimpijskich w Atenach, na których Włosi zostali wyeliminowani w ćwierćfinale. W 2002 wychowanek Monzy znalazł się w kadrze Giovanniego Trapattoniego na mistrzostwa świata, w których Włosi swój udział zakończyli na 1/8 finału. Oficjalny debiut w reprezentacji swojego kraju Abbiati zaliczył jednak dopiero 30 kwietnia 2003 w wygranym 2:1 pojedynku przeciwko Szwajcarii. W latach 2004–2005 Włoch tylko trzy razy znalazł się w kadrze drużyny narodowej, jednak po zakończeniu kariery przez Angelo Peruzziego regularnie zaczął być do niej powoływany.