30 декабря 2001 года он впервые был вызван в сборную Сенегала для участия в товарищеском матче против Алжира. В 2002 году тренер Бруно Метсу вызвал его на чемпионат мира. где его сборная дошла до четвертьфинала. В том же 2002 году он поучаствовал в успехе Сенегала на Кубке африканских наций, где Сенегал дошёл до финала, уступив в нём Камеруну. В 2004 году он сыграл в одном матче за сборную на Кубке африканских наций 2004 года. Позже он стал реже появляться на поле и в 2006 году закончил выступление за сборную. Всего Н’Диай сыграл 24 международных матча за сборную Сенегала.