Οι τύχες του άλλαξαν με τον αιφνίδιο θάνατο του Τζιοβάνι Πεζάρο (30 Σεπτεμβρίου 1659) χωρίς σοβαρό διάδοχο, υπήρχαν μόνο τρεις ασθενείς υποψήφιοι : Αλβίζε Κονταρίνι, Αντρέα Πιζάνι και Λορέντζο Ντολφίν. Οι 41 εκλέκτορες που είχαν εκλεγεί με κλήρο βρέθηκαν σε αδιέξοδο και δεν μπορούσαν να εκλέξουν νέο δόγη, στην όγδοη ψηφοφορία (16 Οκτωβρίου 1659) ο Ντομένικο Κονταρίνι πήρε 40 ψήφους σπάζοντας το αδιέξοδο και την ώρα που πίστεψε ότι συνταξιοδοτήθηκε κλήθηκε να κυβερνήσει. Οι περισσότεροι από τους ευγενείς εξοργίστηκαν με την εκλογή, η Πολιορκία του Χάνδακα από την Οθωμανική Αυτοκρατορία είχε φέρει σε πολύ δύσκολη θέση την Δημοκρατία, ήθελαν κάποιον νεώτερο αποφασισμένο δόγη αντί για τον 74χρονο Κονταρίνι. Οι Βενετοί εκλέκτορες προτίμησαν ωστόσο τον Ντομένικο Κονταρίνι με την πρόφαση ότι κάποιος νέος θα ήταν πολύ ισχυρός και θα έβαζε σε κίνδυνο την Δημοκρατία με φιλοδοξίες να δημιουργήσει κληρονομική μοναρχία. Ο Ντομένικο Κονταρίνι αν και ήταν έκπληκτος δέχτηκε με μεγάλη ευχαρίστηση την θέση, δεν είχε παραιτηθεί ποτέ από τις προθέσεις του να αποκτήσει κάποιο ψηλό αξίωμα στην Δημοκρατία. Έζησε άλλα 16 χρόνια παρά την πολύ μεγάλη του ηλικία, κυβέρνησε με επιτυχία και έφερε πολιτική σταθερότητα που είχε καταρρεύσει με όλους τους προκατόχους του.