Con la fine dell'URSS furono ammessi alla Vysšaja Liga (massima serie del Campionato russo di calcio) tutti i club della disciolta Pervaja Liga sovietica, tra cui lo stesso Lokomotiv. Al primo anno finì terzo nel girone B, per chiudere al sesto posto finale: tale risultato fu il migliore della sua storia. Al termine del campionato 1996 riuscì ad ottenere l'ammissione alla Coppa Intertoto UEFA 1997: riuscì anche a vincere il proprio girone, ma fu eliminato in semifinale dagli svedesi dell'Halmstads. Nello stesso anno finì penultima in campionato, retrocedendo in Pervy divizion.