Nel quadro di questi scontri, va segnalato il ruolo che il comando del "Gruppo d'armate E" svolse nell'episodio dell'eccidio di Cefalonia. Fu infatti il Comandante di quest'unità, Colonnello Generale Alexander Löhr, a rifiutare qualsiasi forma di accordo pacifico con le truppe italiane della Divisione Acqui che occupavano Cefalonia. In ossequio alle disposizioni dell'Operazione Achse, decise di inviare truppe di rinforzo alle posizioni tedesche nell'isola e ordinò agli italiani di arrendersi consegnando le armi oppure di combattere con i tedeschi. Al rifiuto della Divisione Acqui di accettare i termini di resa, seguirono giorni di scontri violenti, che videro gli italiani soccombere a causa della fine di munizioni e rifornimenti: tra il 23 e il 28 settembre i tedeschi sterminarono più di 5.000 soldati e 129 ufficiali. Dei soli 163 superstiti alcuni furono deportati in Germania, Russia o Polonia (Auschwitz e Treblinka), da dove molti non fecero più ritorno.