Im Jahr 1655 brach der Zweite Nordische Krieg zwischen Polen und Schweden aus; die Invasion der Schweden zwang ihn, die Stadt zu verlassen und sich mit seiner Familie in das von den Schweden besetzte Krakau zurückzuziehen, wo er freie Religionsausübung durch den schwedischen König Karl X. Gustav errang. Polen wurde besiegt und verwüstet. Als Krakau im Jahr 1657 wieder unter polnische Herrschaft kam, folgte er den schwedischen Truppen mit zwei anderen Sozinianern, um vom König zu erbitten, dass die Unitarier, die sich unter dessen Schutz begeben hatten, in die Generalamnestie einbezogen würden, die nach dem Friedensvertrag mit Polen beschlossen werden sollte. Lubieniecki kam am 7. Oktober 1657 in Wolgast an und wurde dort sehr freundlich vom schwedischen König empfangen. Er schloss enge Freundschaften mit einigen schwedischen Edelmännern, obwohl die anderen Geistlichen dies zu verhindern suchten, und konnte seiner eigenen Religion mehrfach Geltung verschaffen.