После прихода к власти большевиков уехал на земли Оренбургского казачьего войска. В ряде публикаций утверждается, что находясь на нелегальном положении, начал формирование белоповстанческих отрядов на юге Урала, сотрудничал с руководителем офицерского подполья в Сибири подполковником А. Н. Гришиным-Алмазовым. По утверждению ряда других авторов, до июля 1918 года занимал выжидательную позицию и в антибольшевистской борьбе не участвовал. С лета 1918 командовал сформированным им Уральским армейским корпусом (затем — 3-й Уральский корпус). С января 1919 — командующий Западной армией армии Колчака. 6 марта 1919 начал наступление Русской армии в общем направлении на Уфу, Самару и Казань, первоначально добился успехов, его войска взяли Уфу и Белебей, и вышли на подступы к Самаре и Казани, не дойдя до Волги на некоторых участках 30 км (в целом — 80-100 км). За успехи был произведён адмиралом А. В. Колчаком в чин генерала от артиллерии — высшее отличие такого рода, которое было присвоено Колчаком в бытность его Верховным правителем.