Au déclenchement de la Deuxième Coalition en 1799, il est officier dans l'armée de la République cisalpine et aide de camp du général Moreau. Le successeur de ce dernier, Joubert, auprès duquel Balabio remplit les mêmes fonctions, est tué le lors de la bataille de Novi, qui s'achève sur une sévère défaite française. Balabio suit la retraite de l'armée et rejoint à Gênes le général Masséna, dont il devient également l'aide de camp. Il se distingue ensuite lors du siège de la ville, d'avril à , ce qui lui vaut d'être promu colonel.