Wauters wurde im WNBA Draft 2000 von den Cleveland Rockers an der ersten Stelle ausgewählt. Wauters spielte drei Saisons für die Rockers. Als die Cleveland Rockers nach der Saison 2003 aufgelöst wurden, wurde sie Dispersal Draft von den New York Liberty an der vierten Stelle ausgewählt. Wauters spielte von 2004 bis 2005 für die Liberty. Danach verließ sie die WNBA für vorerst unbestimmte Zeit um sich von den Strapazen der letzten Jahre zu erholen und um dem belgischen Basketballnationalmannschaft den Sprung zu den Olympischen Spielen 2008 zu ermöglichen. In der Saison 2008 kehrte sie in die WNBA zurück. Am 6. Februar 2008 wurde sie von den Atlanta Dream im Expansion Draft ausgewählt. Am 9. April 2008 transferierten die Dream Wauters, Morenike Atunrase und einem Zweitrunden-Pick im WNBA Draft 2009 zu den San Antonio Silver Stars für Camille Little, Chioma Nnamaka und einem Erstrunden-Pick im WNBA Draft 2009. Nach einer Schwangerschaft war sie in der Saison 2012 noch einmal in der WNBA für die Seattle Storm aktiv.