Sus diez años como secretario y portavoz de la Conferencia Episcopal Española, de 2003 a 2013, en los que tuvieron lugar importantes acontecimientos para la Iglesia católica española, como la celebración en Madrid de la Jornada Mundial de la Juventud 2011, la beatificación en Tarragona de 522 mártires de la Guerra Civil española o la presentación de la Biblia patrocinada por la propia Conferencia Episcopal, le proporcionaron una notable proyección pública, marcada en ocasiones también por la polémica, en particular en su relación con el gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero, con el que se enfrentó en temas como el matrimonio homosexual, la nueva ley del aborto, y la enseñanza de la religión en la etapa de la educación obligatoria, aspecto en el que también chocó con el gobierno posterior del Partido Popular y su ministro de Educación, José Ignacio Wert.