১৯৩৭ সালের নির্বাচনে বিপিএমএল বাংলার আইনসভার ৪০টি আসনে জয়লাভ করে। আইনসভায় দলটি কৃষক শ্রমিক পার্টির নেতা একে ফজলুল হকের সরকারকে সমর্থন জানায়। ১৯৪০ সালের মার্চ মাসে কলকাতা কর্পোরেশনের নির্বাচনে মুসলমানদের জন্য সংরক্ষিত ২২টি আসনের মধ্যে বিপিএমএল ১৮টি আসনে জয়ী হয়। সে বছরই নিখিল ভারত মুসলিম লীগের পক্ষে এ.কে ফজলুল হক লাহোর প্রস্তাব উত্থাপন করে যাতে পূর্ব ভারতে একটি সার্বভৌম রাষ্ট্রের কথা উল্লেখ করা হয়েছিল। ১৯৪১ সালে বিপিএমএল হক সরকারের প্রতি সমর্থন প্রত্যাহার করে নেয়। ১৯৩৭-১৯৪৬ সালের মধ্যে দলটির প্রধান ছিলেন স্যার খাজা নাজিমুদ্দিন, যিনি ছিলেন সর্বভারতীয় মুসলিম লীগের সভাপতি মুহাম্মদ আলী জিন্নাহর বিশ্বস্ত কর্মী। ১৯৪৩ সালে নাজিমুদ্দিন হক-শ্যামা জোটকে সরিয়ে দিয়ে সরকার গঠন করেন এবং বাংলার প্রধানমন্ত্রী হন। রক্ষণশীল নাজিমুদ্দিন মন্ত্রীসভা দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধের প্রভাব সামাল দিতে ব্যর্থ হওয়ায় ১৯৪৩ সালের বাংলার দুর্ভিক্ষ সহ বিভিন্ন বিপর্যয় দেখা দেয়। এতে বিপিএমএল-এর মধ্যে কোন্দল বৃদ্ধি পায়। ১৯৪৫ সালে নাজিমুদ্দিন মন্ত্রীসভার পতন ঘটে এবং গভর্নরের শাসন ​​জারি করা হয়। এরপর, দলের নিয়ন্ত্রণ হোসেন শহীদ সোহ্‌রাওয়ার্দী এবং মোহাম্মদ আলী বগুড়ার মতো উদার ও কেন্দ্রবাদী নেতৃত্বের হাতে চলে যায়। ১৯৪৬ সালের নির্বাচনে বিপিএমএল বঙ্গীয় আইন সভায় ২৫০ আসনের মধ্যে ১১৪টিতে জয়লাভ করে সংখ্যাগরিষ্ঠতা লাভ করে। অন্যান্য প্রদেশ মুসলিম লীগের অবস্থান ছিল: সিন্ধু প্রদেশ: ২৮/৬০, পাঞ্জাব: ৭৫/১৭৫, উত্তর-পশ্চিম সীমান্ত প্রদেশ: ১৭/১৫০, যুক্তপ্রদেশ: ৫৪/২২৮, বিহার প্রদেশ: ৩৪/১৫২, আসাম: ৩১/১০৮, বোম্বে প্রেসিডেন্সি: ৩০/১৭৫, মাদ্রাজ প্রেসিডেন্সি: ২৯/২১৫ এবং ওড়িশা প্রদেশ: ৪/৬০। অর্থাৎ, বেঙ্গল প্রেসিডেন্সিতে বিপিএমএল-এর ৪৫% আসন লাভ করাই ছিল এ নির্বাচনে মুসলিম লীগের পক্ষে সবচেয়ে বড় সাফল্য। সোহরাওয়ার্দীর মন্ত্রীসভাই ১৯৪৭ সালের ভারত বিভাজনের আগ পর্যন্ত ক্ষমতায় ছিল। সোহরাওয়ার্দী অবিভক্ত স্বাধীন বাংলা গঠনের একটি প্রস্তাব দিলেও মাউন্টব্যাটেন প্ল্যান তা বিবেচনায় নেয়নি। নাজিমুদ্দিন সোহরাওয়ার্দীর পরিকল্পনার ব্যাপারে নেতিবাচক মনোভাব পোষণ করে এবং নাজিমউদ্দিনের সহযোগী- জিন্নাহর কাছ থেকেও সোহরাওয়ার্দী এ ব্যাপারে কোনো সহযোগিতা পাননি।