Det det ble klart resultatet av folkeavstemningen 30. august 1999 var klart til fordel for uavhengighet, innledet de militære en gjengjeldelsesaksjon (Operasjon torden) som ødela meget av landet, fordrev 250.000 østtimoresere fra sine hjem, og kostet mellom 1500 og 2000 mennesker livet. Først da bøyde Habibie for det internasjonale påtrykk og tillot en internasjonal fredsskapende styrke (INTERFET) å komme og gjenopprette freden. Generalmajor Peter Cosgrove fra Australia førte kommandoen over INTERFET. INTERFET hadde en styrke på nær mann, halvparten av disse var australske. 21 andre land bidro med de resterende troppene. Norge bidro med seks offiserer til INTERFET. Landet var dermed under FN-forvaltning, men fikk sin uavhengighet i 2002.