Il promettente sviluppo della vita religiosa e spirituale nell'eparchia, che si sviluppò secondo l'esempio personale e lo zelo di monsignor Gojdič, fu interrotto sia dagli eventi bellici sia soprattutto dal colpo di Stato comunista del 1948. La politica comunista prevedeva la soppressione della Chiesa greco-cattolica slovacca. Il vescovo Gojdič si oppose al Partito Comunista e ai suoi tentativi di convertire alla Chiesa ortodossa i cattolici di rito bizantino, conscio che avrebbe dovuto affrontare persecuzioni e prigionia e persino la morte. Gradualmente, fu isolato dal clero e dai fedeli. Mentre era sotto una forte pressione per rinunciare alla fede cattolica e rompere l'unità con il Papa, rifiutò tutte le offerte allettanti, dicendo: «Ho 62 anni e sacrifico tutte le mie proprietà e residenza, ma in nessun caso tradirò la mia fede, perché voglio che la mia l'anima sia salvata».