Con la propria selezione nazionale raccolse 8 presenze nel 1963. Debuttò il 20 marzo, durante l'incontro tra Argentina e a Cochabamba, valido per il Campeonato Sudamericano de Football 1963. In quell'incontro giocò tutti i 90 minuti, schierato nel ruolo di interno sinistro. Nella medesima competizione raccolse altre presenze, contro (24 marzo), (28 marzo) e (31 marzo), sempre giocando nella stessa posizione. Una volta conclusosi il Sudamericano, Fernández tornò a far parte della Nazionale il 13 aprile 1963, in occasione della partita di Copa Roca contro il ; sempre nell'ambito dello stesso torneo scese in campo anche il 16 aprile. Convocato per la Copa Rosa Chevallier, giocò nella doppia sfida con il Paraguay il 15 e il 29 ottobre.