かなりの量の民間からの寄付と、政府の助成金によって国営南極遠征は進行できることになった。新しい船"ディスカバリー"が建造され、主に海軍の士官や水兵が隊員に指名され、科学者については後に「力量不足」と言われた。"ディスカバリー"は、国王エドワード7世による検査後、1901年8月5日に出港した。その検査にはマーカムが出席し、スコットと士官達を紹介した。ディスカバリー遠征は3年間以上にわたって探検を続け、その間にロス海の基地から南極大陸のこの部分の探検が行われ、科学的観測も進んだ。「タイムズ」によって「北にしろ南にしろ、極地に行われた冒険の中でも、最も成功した遠征の1つ」と報告されたが、当時の政府からはほとんど無視された。マーカムは、当初の計画には反して、南極における2回目のシーズンを民間の力に頼ったこと、さらに1904年には救援のための資金を獲得できなかったことで、公式の機関からは批判された。この救援資金は大蔵省に依存することになった。