Dopo l'addio di Reina, nel 2014-2015 Rafael diventa inizialmente il portiere titolare del Napoli. Il 22 dicembre è protagonista della Supercoppa italiana 2014 contro la Juventus (finita 2-2 dopo i tempi supplementari), nella quale para i calci di rigore di Chiellini e Padoin, permettendo così alla sua squadra di vincere la gara ed alzare il trofeo. Dopo la partita di campionato contro il del 14 febbraio 2015, in cui il Napoli viene sconfitto per 3-1, Rafael perde il posto da titolare a favore dell'argentino Andujár e non colleziona altre presenze stagionali, che si fermano pertanto a 32 tra campionato e coppe.