חברי הקונגרס, שנבחרו בנובמבר 1862, לא התחילו לעבוד עד דצמבר 1863. כשבליין התחיל את תפקידו החדש, האיחוד כבר ניצח בקרב גטיסברג. הוא לא התבלט בכהונתו הראשונה, ותמך במאמץ המלחמתי. בתפקידו התעמת מול מנהיג הרפובליקנים הרדיקליים, תדיאוס סטיבנס מפנסילבניה, על נושא תשלום החובות למדינות בשל המלחמה ולגבי נושא השטרות שלא היו מגובים במתכת. בליין גם תמך בגיוס הכללי ב-1863 ודרש לתקן את החוקה כך שיהיה אפשר להטיל מס על יצוא.