A Universidade fechou a 1 de Janeiro de 1809, e Joaquim José Pereira de Melo alistou-se no Batalhão Académico, e passou depois para o Exército, assentando Praça no Regimento de Infantaria N.º 19, em Cascais. Foi promovido a Alferes em data desconhecida de Agosto de 1811, comprovados os seus bons serviços na Batalha do Buçaco, na Batalha de Fuentes de Oñoro e no Primeiro Cerco de Badajoz, passando para o Regimento de Infantaria N.º 22, tendo tomado parte e participado em toda a Guerra Peninsular.