ביולי 1977 נתמנה לחבר במועצת העיתונות. ב-1987 היה חבר בוועדה לברור שיטת העבודה של השב"כ. ב-1990, בעקבות אירועי אוקטובר בהר הבית, מונה זמיר על ידי ראש הממשלה יצחק שמיר לראשות "ועדת זמיר". תפקיד הוועדה היה לבדוק את השתלשלות האירועים בהר הבית, את הגורמים להם ואת פעילות כוחות הביטחון. מסקנותיה העיקריות של הוועדה מתחו ביקורת חריפה על הפיקוד הבכיר של המשטרה, והטילו את האחריות לאירועים על הצד הערבי ומנהיגיו. ב-1995 מונה זמיר כחבר בוועדת שמגר, ועדת החקירה הממלכתית לרצח ראש הממשלה יצחק רבין.