Ο Ζάτοπεκ αποτελούσε προσωπικότητα με κύρος εντός των κόλπων του Κ.Κ. Τσεχοσλοβακίας, όμως το 1968, στήριξε με δηλώσεις του το κίνημα της Άνοιξης της Πράγας, με αποτέλεσμα, μετά την κατάπνιξή του, ο ίδιος να αποβληθεί τόσο από το κόμμα όσο και από τις τάξεις του στρατού.