13 апреля 1975 год началась гражданская война в Ливане. Башир Жмайель активно участвовал в боевых действиях как один из ведущих командиров правохристианских сил. В первый день войны он организовал и возглавил засаду во время Автобусной резни. Осенью 1975 — весной 1976 он командовал фалангистской милицией в т. н. «Битве отелей», по итогам которой произошло фактическое разделение Бейрута на зоны правохристианского и «лево-мусульманского» контроля. На него возлагалась ответственность за Чёрную субботу 6 декабря 1975 и резню в Карантине 18 января 1976 — хотя, по ряду отзывов, Башир Жмайель пытался предотвратить убийства гражданских лиц.