Il est nommé commandant en chef de l'armée des Côtes de Brest, le , et défend victorieusement Nantes le contre l'attaque de l'armée vendéenne. Face aux commandés par Jacques Cathelineau, Canclaux dispose d'à peine , et les assaillants sont cependant repoussés après des combats opiniâtres et meurtriers.