Rudolf sa vrátil v roku 1571 a priniesol si na rakúske pomery nadpriemerné vzdelanie, fanatické protireformné zapálenie však nie – oveľa viac ho zaujímalo umenie a „prírodoveda“ (teda skôr alchýmia). Svoje osobné presvedčenie o náboženskej tolerancii Rudolf II. potvrdil odmietnutím Bartolomejskej noci v roku 1572: