Es invitado a participar en la expedición a Egipto, pero alega que ya está muy avanzado de edad para participar en esta empresa. Sin embargo, Napoleón logra persuadirle y cambia de opinión. Se convierte en uno de los confidentes del joven general en Egipto, siendo nombrado primer presidente del Instituto de Egipto fundado en agosto de 1789. Además, preparó un trabajo sobre los espejismos durante su estadía en oriente.