In januari 1797 vochten zijn troepen in de Slag bij Lodi. Vervolgens nam Saint-Hilaire het bevel op van de garnizoenen en legerdepots van Toulon en het departement van de Var, alsook van de achtste militaire divisie van Marseille. In december van het jaar 1799 werd Saint-Hilaire gepromoveerd tot divisie-generaal. In mei 1800 ging de generaal, aangevoerd door generaal Suchet, de strijd aan met de Chouannerie opstandelingen in de regio van Rouen. Saint-Hilaire kreeg van Eerste Consul Bonaparte in november 1802 positieve opmerkingen op de manier waarop de militaire administratie door de generaal in de regio van Rouen werd behandeld.