Перший раз був обраний на з'їзді народних депутатів СРСР у 1990 році від Луганської області України. Обирався від партії Яблоко до Державної Думи Росії. Був членом депутатської комісії по боротьбі з корупцією, та експертом ООН по боротьбі з організованною злочинністю. Виступав з критикою політики уряду в Чечні, при рятуванні моряків півдводного човна «Курск». Підтримував звинувачення висунуті проти ФСБ в організації вибухів в Росії, для мобілізації громадської думки для війни в Чечні. Також вимагав від секретних служб пояснень про використання анеститичного газу під час трагедії Норд-Осту. Одним з останніх розслідувань було з'ясування, яку роль відігравало ФСБ у відмиванні грошей через Банк Нью-Йорку. Саме напередодні зустрічі з американськими слідчими по цій справі Щекочихин раптом захворів.