L'année 2005-2006 commence sur la même base : un changement d'entraîneur. C'est au tour de Luciano Spalletti de relever le défi qu'est la succession de Capello. Le club romain recrute alors Samuel Kuffour, un concurrent de poids pour Mexès. Spalletti fait confiance au Ghanéen et laisse le Français sur le banc de touche. Barré dans son club, Mexès ne participe pas à la qualification pour le mondial 2006 avec la France, mais refuse pourtant à parler d'un transfert.