После освобождения Ялты советскими войсками началась депортации крымских греков в Башкирию. Феофилакт не обнаружил себя в списке подлежащих переселению лиц, но все же выехал в Уфу. Через несколько месяцев он покинул Башкирию, переехав в Краснодар по приглашению для работы в тресте «Краскрайпроект». Здесь он создал фасад здания краевого исполкома, а в декабре 1944 года был направлен в восстанавливаемый после битвы Сталинград.