Вечером 1 августа 1798 года за полчаса до захода солнца началась Битва на Ниле, когда Нельсон атаковал французский флот, который был пришвартован в боевой линии в Абукирском заливе под защитой флотилии канонерских лодок, четырёх фрегатов и батарей на острове Абукир. Флагман Нельсона был шестым в линии и после того, как "Goliath" и следующие четыре корабля атаковали французский авангард со стороны берега, "Vanguard" вместе с "Minotaur" и "Defence" атаковали французов со стороны моря и вскоре французские корабли оказались в тяжёлом положении, вынужденные вести сражение сразу с несколькими противниками. "Vanguard" вступил в бой с 74-пушечным кораблём "Spartiate" и нанёс ему тяжёлые повреждения, разбил все мачты и в итоге вынудил противника спустить флаг. Во время боя на помощь французскому кораблю пришёл следующий в линии, "Aquilon", который также открыл огонь по "Vanguard". Оказавшись под огнём двух кораблей "Vanguard" получил серьёзные повреждения, и хотя он не лишился ни одной мачты, но зато понёс тяжёлые потери, лишившись 36 человек убитыми и 76 ранеными, при этом был ранен и сам Нельсон.