メガワティ大統領の政府は2002年アチェ特別州を「ナングロ・アチェ・ダルサラーム」州と改称し、アチェの特別な地位を認めて自由アチェ運動と和平協定を成立させたが、2003年に協定は破れ、戒厳令を布告したインドネシア国軍との本格的戦闘に発展した。このような情勢のなかで2004年末の津波大被害が発生したため、インドネシア政府は一時的停戦を宣言したが、一部で戦闘はなお継続した。