В январе 2001 года Харелю было присвоено звание генерал-майора (алуф), и он вступил на пост главы Оперативного управления Генштаба. В этой должности управлял выработкой тактики борьбы с палестинским террором в условиях, возникших в ходе Интифады Аль-Аксы.