10. srpna 1792 povstalci napadli Tuilerijský palác, kde zrovna královská rodina pobývala. Královští se pokusili najít záchranu na Zákonodárném národním shromáždění, nicméně ani ti jim nepomohli. O tři dny později byla rodina převezena do Templu v Paříži. 21. ledna 1793 proběhla poprava bývalého krále a Alžbětina bratra. Následník trůnu, Ludvík XVII., byl oddělen od rodiny. 2. srpna 1793 byla Marie Antoinetta převezena do Conciergerie a následně popravena. Krátce před popravou ještě napsala dopis adresovaný Alžbětě Filipíně, ten ale adresátce nikdy nedorazil. Ještě dlouho po smrti Marie Antoinetty žila Alžběta Filipína a její společnice, královnina dcera Marie Terezie, v nevědomosti; žádná z nich netušila, že královna je mrtvá.