Nachdem am 12. März 1938 die Truppen des Deutschen Reiches in Österreich einmarschiert waren, wurde Hans Sidonius Becker am 14. März verhaftet und mit dem ersten Prominententransport am 1. April 1938 ins KZ Dachau deportiert. Im September 1939 wurde er in das KZ Mauthausen überstellt, im Dezember 1940 entlassen.