Krzyżanowski deltog i slagene Cross Keys i Jacksons Shenandoah kampagne, Andet Bull Run, Chancellorsville, Gettysburg og Chattanooga. Ved Gettysburg den 1. juli 1863, blev hans mænd presset tilbage gennem byen, da XI Corps trak sig tilbage, men Krzyżanowski førte et modangreb den 2. juli på Cemetery Hill, som bidrog til at stabilisere den vaklende Unionslinie. Da XI Corps blev opløst, blev en stor del overført til XX Corps, mens Krzyżanowski fik kommandoen over Bridgeport, Alabama, hvor han skulle bevogte Nashville and Chattanooga Railroad, og senere over Stevenson, Alabama, alle kommandoer var indenfor Militærområdet Cumberland.