Попов стал делегатом Пятого Всероссийского съезда Советов, проходившего в июле 1918 года в Москве. На встрече с В. И. Лениным он передал главе Советского правительства доклады о лесных богатствах Коми и об ухтинской нефти. После данного съезда Дмитрий Яковлевич вышел из ПЛСР, в связи с левоэсеровским мятежом. Тогда же в Москве Д. Я. Попов ходатайствовал в Высшем совете народного хозяйства (ВСНХ) РСФСР о кредитах для Коми края — в частности, о средствах на строительство железной дороги на Север. Итогом стало выделение Совнаркомом РСФСР кредита для Коми в сумме 800 тысяч рублей.