Shotton wurde 1938 Angehöriger der Reserve, wurde aber erst 1940 eingezogen und arbeitete bei den Royal Engineers als Geologe, zunächst in England, dann im Nahen Osten wo er hydrologische Untersuchungen zur Wasserversorgung der Truppen durchführte, was letztlich auch zum Erfolg der 8. Armee in der Zweiten Schlacht von El Alamein 1942 beitrug. Danach arbeitete er an Spezialkarten und geologischen Untersuchungen zur Befahrbarkeit der Strände in Vorbereitung der Landung der alliierten Truppen in der Normandie. Für seine militärischen Verdienste wurde er nach dem Krieg zum Member des Order of the British Empire ernannt,