Nel 1251 Napoli si costituì a Comune libero ponendosi sotto la protezione del papa Innocenzo IV. Nel 1253 la città, in stato di assedio, dovette arrendersi a Corrado, decimata dalla pestilenza e dalla fame, dopo quattro mesi di resistenza. La vendetta di Corrado si attuò col diroccare parte delle mura, trasferire lo Studio a Salerno e imporre ulteriori onerose gabelle. Dopo la morte di Corrado (1254) la città si pose nuovamente sotto il papa Innocenzo IV, che si stabilì a Napoli, ma vi morì poco tempo dopo (1254). Nel conclave, tenutosi a Napoli, il 12 dicembre 1254 fu eletto papa Alessandro IV, che si ritirò a Roma all'avvicinarsi dell'esercito di Manfredi, fratello di Corrado IV. Sottomessa da Manfredi, dopo la sconfitta di quest'ultimo (Battaglia di Benevento, 1266), Napoli aprì le porte al nuovo re Carlo I d'Angiò.