1938-ban Ausztria csatlakozott a Német Birodalomhoz, Grundlsee pedig az Oberdonau (felső-ausztriai) reichsgau része lett. A korábban épített villákban a náci párt vezetői töltötték szabadságukat; a grundlseei kastélyban például Joseph Goebbels lakott a családjával. A nácik 1943-tól elkezdték összegyűjteni a műkincseket, részben hogy megvédjék őket a bombázásoktól, részben a leendő Führermúzeum számára. A szomszédos Altausseeben felállítottak egy védett raktárat, amelynek könyvgyűjteményét a grundlseei Villa Castiglioniban tárolták. A Toplitzseen a német haditengerészet végzett fegyverkísérleteket. A háború vége felé a tóba süllyesztették azokat a hamis angol fontokat tartalmazó ládákat, amelyekkel a brit gazdaságot akarták megroppantani a Bernhard-terv kereteiben. Megalapozatlan híresztelések szerint a Birodalom aranytartalékának egy részét és műkincseket is rejtettek a tóba. Az Ausseerland a nácik ún. Alpesi erődjének volt része, ahová a párt, a kormányzat és a korábban általuk ellenőrzött bábkormányok (a háború végén már kilenc ilyen volt) tagjai menekültek az előrenyomuló szövetségesek elől. Az amerikaiak 1945. május 8-án érték el a régiót. 1948-ban a község visszakerült Stájerországhoz.