Thera oli doorilaisten asuttama Spartan siirtokunta ja perustettiin 700-luvulla eaa., kun saari asutettiin laajemmin uudelleen Santorínin tulivuorenpurkausta ja Akrotírin asutuksen tuhoa (noin 1650–1600 eaa.) seuranneiden hiljaisempien vuosisatojen jälkeen. Herodotoksen ja Pausaniaan mukaan perustaja oli Theras, joka oli Kadmoksen jälkeläisiä ja Lakoniaakin hallinneen Theban kuningas Autesionin poika. Saari, joka oli aiemmin tunnettu nimellä "Kalliste" (Καλλίστη, ”Kaunein”), sai hänestä uuden nimen "Thera".