נכון לשנת 2015, אניסטון תומכת או מעורבת בפעילותן של 19 ארגוני צדקה ללא כוונות רווח. בשנת 2007 קיבלה פרס מטעם הליגה ההומו-לסבית נגד השמצה את פרס Vanguard על תרומה משמעותית להבנה וקידום זכויות הקהילה הגאה, פרס שניתן בעבר לשר, לייזה מינלי ושרליז ת'רון. בשנת 2008 הנחתה אירוע התרמה שנתי למען חקר מחלת הסרטן בשם Stand Up to Cancer, ומאותה שנה החלה לתמוך בבית החולים המחקרי סנט ג'וד, ארגון הצדקה השלישי בגודלו בארצות הברית בתחום שירותי בריאות המתמקד בטיפול ובחקר מחלות ילדים המוגדרות קשות עד מאוד, ולאורך השנים אף השתתפה בקמפיינים ופרסומות טלוויזיה רבות לטובתו. יתר על כן באותה השנה השתתפה בקמפיין למען זכויות האדם בבורמה, במסגרתו אף ביימה והשתתפה בסרט קצר בשם "Burma: It Can't Wait". ארגון צדקה נוסף בו היא תומכת הוא Friends of El Faro, אשר עוזר לשפר את חייהם של ילדים יתומים בבית יתומים בטיחואנה, ובשנת 2010 אף השיקה בובה בשותפות עם מלון מקומי במקסיקו בו חגגה את יום הולדתה כאשר כל מכירותיה הועברו כתרומה לבית היתומים. ביום כדור הארץ לשנת 2010 היא חברה למספר ידוענים למען קמפיין שקורא לעצור את טבח הדולפינים ביפן, כמו גם למנוע את רמת הכספית הרעילה שבבשרם. באותה השנה תרמה חצי מיליון דולר דרך ארגונים, בין היתר רופאים ללא גבולות שסייעו לרגיעה בהאיטי בעקבות רעידת האדמה שהתרחשה באותה השנה. יתר על כן השתתפה במשדר התרמה מיוחד לטובת מטרה זו אשר גייס כ-$58 מיליון דולר, ובשנת 2011 אף רכשה פריט אומנותי באירוע התרמה ב-$450,000 דולר.