Οι μεγαλύτερες αλλαγές προς την κατεύθυνση της θεσμοθέτησης του μουφτή ως κρατικού αξιωματούχου συνέβησαν στα χρόνια της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Μετά την Άλωση, ο σουλτάνος Μωάμεθ Β΄ προχώρησε στη θεσμοθέτηση του κρατικού αξιώματος του Μουφτή της Κωνσταντινούπολης, ο οποίος έφερε τον τίτλο Σεΐχ αλ Ισλάμ (τουρκικά: "Shaykh al-Islam") και συνιστούσε τον ανώτατο θρησκευτικό ηγέτη του κράτους. Αν και ο συγκεκριμένος αξιωματούχος δεν μετείχε στο Διβάνι - το πολιτικό συμβούλιο της αυτοκρατορίας - οι φετφάδες του κατά τη διάρκεια του 16ου αιώνα είχαν αποκτήσει τέτοιο κύρος, ώστε η έκδοση δικαστικής απόφασης που να τους αντιβαίνει οδηγούσε στην καθαίρεση του καδή . Η εκθρόνιση του Σελίμ Γ΄ το 1807 μάλιστα συνετελέσθη δια της επέμβασης του Μουφτή. Ομοίως επετεύχθη και η καθαίρεση του Αμπντουλ Αζίζ, το 1876.