L'anno dopo il baricentro dei Knicks si sposta definitivamente da Ewing alla coppia di esterni Houston - Sprewell. New York prova a ripetere l'impresa dell'anno prima, ma dopo aver eliminato i Toronto Raptors e ancora una volta i Miami Heat, si deve arrendere agli Indiana Pacers guidati da Reggie Miller. Nella stagione 2000-2001 va ancora peggio: senza più Ewing e nonostante sia Houston che Sprewell siano ormai ascesi al ranking di stelle NBA, i Knicks non vanno oltre l'eliminazione al primo turno per mano dei Raptors. Le stagioni seguenti dei Knicks saranno molto deludenti conducendoli verso un periodo di transizione; per rivedere i playoff dovranno aspettare il 2011. Nel Draft NBA 2005 i Knicks scelgono David Lee, Channing Frye e Nate Robinson, giocatori giovani e talentuosi. Dal 2006 al 2008 il ruolo di allenatore/general manager nei New York Knicks viene assegnato a Isiah Thomas.