Obyvatelstvo Limy hrálo v letech 1821–1824 významnou roli v peruánské válce za nezávislost; město utrpělo jak ze strany royalistických, tak povstaleckých armád. Po získání nezávislosti se Lima stala hlavním městem nové Peruánské republiky. V polovině 19. století zažívala krátké období prosperity až do vypuknutí druhé tichomořské války mezi Peru a Bolívií na jedné straně a Chile na straně druhé v letech 1879–1883, kdy bylo město obsazeno a vypleněno chilskými jednotkami. Po skončení války Lima procházela obdobím populačního růstu i urbanistického rozvoje. Značný populační nárůst nastal zejména ve 40. letech 20. století díky přistěhovalcům z peruánských And. To přispělo i k velkému rozšíření slumových městeček (známých jako "pueblos jóvenes") na předměstích Limy, protože úřady nedokázaly rozšiřování města udržet pod kontrolou.