Alain Le Ninèze est né à dans le Sud-Ouest à Agen, ville où il passe sa jeunesse, en alternance avec la Bretagne, jusqu’à son baccalauréat obtenu en 1966. Admissible à l’École normale supérieure en 1968, il se tourne vers l’action politique dans la mouvance des événements de mai. Agrégé de lettres classiques en 1971, il enseigne alors dans divers collèges et lycées de la banlieue parisienne. En 1989, il devient inspecteur pédagogique régional des lettres, fonction qu’il exerce dans les académies de Toulouse, Orléans-Tours, Versailles puis Paris.