Ngày 12 tháng 8 năm 2007, Rooney bị gãy xương bàn chân trái của mình trong trận đấu không bàn thắng với Reading vào ngày khai mạc sau khi va chạm với trung vệ Michael Duberry ở phút 37. Anh cũng đã từng bị một chấn thương tương tự với chân phải vào năm 2004. Sau khi phải ngồi ngoài trong vòng sáu tuần, anh trở lại và ghi bàn thắng duy nhất giúp cho M.U. có được thắng lợi 1–0 trước Roma tại vòng bảng Champions League ngày 2 tháng 10. Ngày 27 tháng 10 năm 2007, Rooney giúp United hạ Middlesbrough với tỉ số 4–1 mà trong đó anh là người chơi hay nhất với 1 bàn thắng từ chấm penalty và thực hiện hai đường chuyền mẫu mực cho người đồng đội Tévez ghi bàn. Tuy nhiên, khi vừa mới trở lại được một tháng, Rooney lại bị dính chấn thương mắt cá chân trong một buổi tập ngày 9 tháng 11, và phải nghỉ thi đấu hai tuần. Trận đấu đầu tiên của anh là trận thắng Fulham vào ngày 3 tháng 12, trong đó anh đã chơi được 70 phút. Ngày 27 tháng 12, Rooney chấm dứt cơn khát bàn thắng của anh ở Giải ngoại hạng kéo dài từ cuối tháng 10 với việc đóng góp một bàn vào chiến thắng đậm đà 4–0 trước Sunderland. Kết thúc mùa giải 2007-08, Rooney bỏ lỡ tổng cộng mười trận đấu và chỉ ghi được 18 bàn thắng (12 trong số này là tại giải quốc nội). Tuy nhiên trong năm này, Manchester United lại giành cả Premier League lẫn UEFA Champions League, trong đó họ đánh bại đối thủ trực tiếp Chelsea trên loạt sút luân lưu trong trận chung kết toàn Anh.