Trong Chiến tranh Boer thứ hai giai đoạn 1899-1902, cảng là điểm trung chuyển binh lính, ngựa và trang thiết bị của Anh Quốc tới mặt trận. Mặc dù không có xung đột diễn ra trong thành phố, tuy nhiên Port Elizabeth đón nhận một làn sóng người tị nạn vào thành phố, trong đó có cả phụ nữ và trẻ em Boer mà người Anh giam giữ trong trại tập trung.