El 12 de marzo de 1569 se produce la batalla de Jarnac, en la cual muere el líder político-militar protestante, Condé, y el hijo de Juana Enrique de Navarra fue designado nuevo jefe político en tanto que la dirección militar quedaba en manos de Coligny. Juana administra La Rochelle en todos los sentidos, con excepción de los asuntos militares. Controla la comunicación con los príncipes extranjeros aliados intentando mantener la alianza, especialmente tras la muerte de Condé en marzo de 1569. Contrariamente a las previsiones, el partido hugonote se mantiene firme, incluso después de la derrota de Moncontour. Juana no se rinde, en agosto de 1569 recupera sus Estados con la llegada de las fuerzas del duque Francisco de Montmorency. A fines de 1570 debe acceder a negociar ante la voluntad de sus correligionarios y el 8 de agosto de 1570 se firma la paz de Saint-Germain en Laye. Los católicos no tendrán ningún derecho: cultos prohibidos y expulsión de los clérigos (1570). Se va de La Rochelle en 1571 para regresar a sus dominios. Protesta contra la mala aplicación de la Paz de Saint-Germain.