W Interze Fontolan zadebiutował dopiero w rok od przyjścia 27 sierpnia 1991 w wygranym 1-0 meczu z Casertaną w Pucharze Włoch. Przez cały okres gry w Interze Fontolan miał pewne miejsce w składzie Interu. Ostatni raz w barwach Interu zagrał 24 maja 1996 roku w meczu ligowym z Romą. Z Interem zdobył Puchar UEFA 1994 i wicemistrzostwo Włoch 1993. Ostatni raz w Interze zagrał 23 maja 2000 w meczu barażowym o udział w Lidze Mistrzów z Parmą. Ogółem w barwach Interu wystąpił w 160 meczach (127 w lidze, 13 w europejskich pucharach oraz 20 w Pucharze Włoch) i strzelił 16 bramek (11 w lidze, 3 w Pucharze UEFA oraz 2 w Pucharze Włoch).