מגומדוב הוביל את רפובליקת דאגסטן דרך משברים רבים, לרבות מלחמת צ'צ'ניה הראשונה. בעקבות מלחמת צ'צ'ניה הראשונה הפכה דאגסטן למטרה לגורמים אסלאמיים ובדלנים קיצוניים, ותקריות גבול רבות אירעו בתחומה, על מנת לערער את המשטר הדאגסטני ולהעמיד בראש המדינה בדלנים אסלאמיים קיצוניים.