Cooke est nommé brigadier général de l'armée américaine le , avec une date de prise de rang au . Le président Abraham Lincoln nomme Cooke pour la promotion le et le sénat américain confirme le . Il commande d'abord une brigade de l'armée régulière de cavalerie affectée aux défenses de Washington D.C. Pour la campagne de la Péninsule, il est sélectionné par McClellan pour commander la réserve de cavalerie, une force de la taille d'une division, de l'armée du Potomac. Lorsque les forces confédérées évacuent la ville de Yorktown, Cooke est envoyé avec le major général George Stoneman à leur poursuite et à sa cavalerie est malmenée lors d'un assaut commandé par Stoneman contre le fort Magruder. Il participe à des actions ultérieures lors des batailles de Williamsburg, Gaines's Mill, et White Oak Swamp. Cooke ordonne une charge de triste mémoire du 5th U.S. Cavalry à Gaines's Mill pendant la bataille des Sept Jours, sacrifiant presque tout un régiment de soldats réguliers.