Eddie Griffin est considéré comme un des meilleurs éléments entrant dans le championnat universitaire pour la saison 2000-2001. Il rejoint les Pirates de la Seton Hall University, et dès sa première année se constitue une moyenne de 17,8 points, 10,8 rebonds et 4,4 contres par match. Il est nommé "Freshman of the Year" par l'hebdomadaire The Sporting News, mais se fait également remarquer par sa mauvaise conduite. En janvier 2001, Griffin se bat avec l'un de ses partenaires, et cet incident met toute la saison des Pirates à l'eau. Griffin quitte l'université après sa première année et se présente à la Draft 2001 de la NBA.