Palepafos zostało zdobyte przez Persów podczas powstania jońskiego (498 p.n.e.). Pod koniec IV wieku p.n.e. król Nikokles przeniósł stolicę swojego państwa do nowo założonego Nea Pafos (w miejsce dzisiejszego miasta Pafos), ale Palepafos pozostało ważnym ośrodkiem religijnym.