Bereits wenige Jahre nach dem Bauernkrieg bewirkte das Projekt einer Bundesreform 1655 das Wiederaufbrechen der religiösen Zwiste. Im Ersten Villmergerkrieg 1656 versuchten Bern und Zürich vergeblich, den Zweiten Kappeler Landfrieden gewaltsam zu ihren Gunsten zu verändern. Der Sieg der katholischen Orte in der Ersten Schlacht von Villmergen am 24. Januar 1656 bestätigte erneut die Schlechterstellung der Reformierten in den Gemeinen Herrschaften. Die innere Schwäche und Zerstrittenheit der Eidgenossenschaft stellte das Soldbündnis mit Frankreich aber nicht in Frage, das auch mit Ludwig XIV. durch alle Orte und Zugewandte erneuert wurde. Die Eidgenossen erlaubten fortan die Anwerbung von bis zu 16'000 Söldnern, wogegen sie Handelsvergünstigungen und regelmässige hohe Geldzahlungen, sogenannte «Pensionen», erhielten. Später wurde Frankreich auch zum Schiedsrichter für innere Konflikte der Eidgenossenschaft erklärt und erhielt freies Durchmarschrecht durch die Schweiz. Die Eidgenossenschaft sank durch die engen Verbindungen mit Frankreich im 18. Jahrhundert faktisch zu einem französischen Protektorat ab. Trotzdem fanden nach der Aufhebung des Edikts von Nantes 1685 etwa 20 000 Hugenotten in der reformierten Schweiz Aufnahme. Sie brachten in den Städten und im Jura eine starke Belebung der Textil- und Uhrenindustrie. Am 5. September 1687 verunglückten zwei mit hugenottischen Flüchtlingen besetzte Schiffe auf der Aare zwischen Aarberg und Lyss. 111 Menschen ertranken.