После завершения ремонта в Плимуте 18 сентября, "Ajax" и "Thunderer", последний под командованием капитана Уильяма Лечмира, вместе с вице-адмиралом Горацио Нельсоном на Victory отплыл из Плимута к Кадису. Капитаны Браун и Лечмир позже были вызваны в качестве свидетелей военным трибуналом, который судил сэра Роберта Кальдера за его пассивность и нежелание возобновить битву у мыса Финистерре на следующий день. Из-за отсутствия капитана кораблем временно командовал первый лейтенант Джон Пилфолд, который и повёл "Ajax" в Трафальгарское сражение.