À la suite de ces événements, Elefthérios Venizélos s'engage dans la lutte armée. Il rejoint des combattants crétois dans la presqu'île d'Akrotíri (Crète). Membre du comité administratif du camp d'Akrotiri, il en devient la figure la plus importante. Il espère l'intervention de la Grèce. Le 10 février, le prince Georges de Grèce est nommé à la tête d'une flottille. Trois jours plus tard, une armée grecque de débarque en Crète et proclame son union à la Grèce. Les troupes européennes débarquent également afin de paralyser l'action des Grecs. Le camp des rebelles d'Akrotiri est, lui aussi, soumis au blocus et subit même le bombardement des forces européennes en février 1897. Selon Venizélos ce serait lors de cet épisode qu'il aurait appris l'anglais et l'italien afin de pouvoir comprendre les rapports des armées européennes. Après un mois de blocus exercé par les troupes européennes, la Crète est déclarée autonome sous la suzeraineté du Sultan, et alors que la guerre gréco-turque commence à s'étendre, la Grèce est obligée de retirer son armée de Crète.