מחקרי השוואה גנטית הראו שהאורנגאוטנים הבורנאי והטפנולי התפצלו מהאורנגאוטן הסומטרי לפני כ-3.4 מיליון שנים. לאחר מכן התפצלו האורנג אוטנג הבורנאי והאורנגאוטן הטפנולי לפני כ-674,000 שנים. עד אז יכלו האורנגאוטנים לעבור בין האיים בורנאו וסומטרה אשר היו מחוברים זה לזה על ידי גשרים יבשתיים בתקופות קרח בהן גובה הים היה נמוך יותר. עד להתפרצות טובה שהתרחשה לפני 75,000 שנים, היו האורנאוטנים הטפנולים והסומטרים במגע רציף אחד עם השני, וגם לאחריו הם המשיכו להיות בקשר שאינו סדיר עד לפני 20,000-10,000 שנים.