Als hoofd van de Sonderburg-Augustenburgse tak van het Huis Oldenburg was hij, indien de oudere tak van het Deense koningshuis zou uitsterven, troonopvolger in Sleeswijk en Holstein. Toen naar aanleiding van Deense plannen de hertogdommen volledig in te lijven in Sleeswijk en Holstein een Duitse opstand uitbrak, schaarden Christiaan en Frederik zich in de hieruit voortvloeiende Eerste Duits-Deense Oorlog (1848-1852) aan Duitse zijde. Prins Frederik stond aan het hoofd van de provisorische regering aldaar, Christiaan zelf speelde geen al te prominente rol. Nadat de Deense heerschappij in de hertogdommen was hersteld, werd Christiaan uit het Deense koningshuis verbannen. Toen Denemarken ook zijn stamgoederen dreigde te annexeren, stond hij deze onder druk van Rusland en Pruisen tegen een vergoeding van 2.250.000 taler af. Tevens beloofde hij de troonopvolging in Denemarken, waar zijn rivaal Christiaan van Sleeswijk-Holstein-Sonderburg-Glücksburg beoogd opvolger was, niet tegen te werken. Zijn aanspraak op Sleeswijk en Holstein droeg hij in 1863 over aan zijn zoon Frederik.