Um die Jahreswende 1444/1445 jedoch verließ Apel Friedrichs Hof, um von da an dessen Bruder Herzog Wilhelm als Rat zu dienen. Auch bei Wilhelm kam er als Hofmeister in Stellung und spielte in dem folgenden Bruderkrieg (1446–1451) eine höchst unrühmliche Rolle, wodurch er sich besonders den Hass und die Ungnade des Kurfürsten zuzog. Apel Vitzthum stachelte aus rein persönlicher Machtgier den Herzog gegen seinen älteren Bruder auf und trieb ihn, zusammen mit einigen Mitstreitern, darunter Busse Vitzthum, Friedrich von Witzleben und Bernhard von Kochberg, in einen mörderischen Krieg, der große Teile Thüringens, hauptsächlich zwischen Weimar, Wiehe, Merseburg und &lt;a href="Dornburg/Saale"&gt;Dornburg/Saale&lt;/a&gt;, verwüstete. Dies führte dazu, dass Apel die Herrschaft Lichtenwalde im Machtbereich Friedrichs, welche er 1439 im Tausch gegen Klöden erworben hatte, 1447 verlor.