In de Senaat heeft Bayh tegen de benoeming van personen op een aantal belangrijke posten gestemd. Onder hen waren Condoleezza Rice, Gale Norton, John Ashcroft, John Roberts en Samuel Alito. Ook op het Amerikaanse handelen in Irak werd Bayh steeds kritischer, hoewel hij in het begin achter de oorlog in Irak stond. In 2004 begon Bayh te vragen om het aftreden van minister van Defensie, Donald Rumsfeld, vanwege de fouten die hij zou hebben gemaakt. Op 20 januari 2006 kwam Bayh met een voorstel voor economische sancties tegen Iran wanneer dat land door zou gaan met haar nucleaire programma.