Nel 1964, dopo la retrocessione della SPAL, Micheli resta in Serie A passando al , appena promosso nella massima serie. Vi rimane per tre campionati da titolare, fino alla retrocessione del 1967, disputando anche alcune partite amichevoli in prestito al , nell'estate 1966; nel campionato 1966-1967 realizza 7 reti, record personale, risultando il secondo miglior marcatore della squadra dietro Vincenzo Traspedini. Nel novembre 1967, nel corso del mercato di riparazione, fa ritorno al Mantova, impegnato nella lotta per non retrocedere dalla Serie A. La stagione si conclude con la caduta in Serie B dei virgiliani, e Micheli rimane a Mantova, con i galloni di capitano. Nel campionato di Serie B 1970-1971 contribuisce, da difensore, all'ultima promozione del Mantova in Serie A; nella stagione successiva viene inizialmente accantonato, nell'ambito di una politica di svecchiamento della squadra, ma già nelle prime partite viene reintegrato nella rosa dei titolari. La stagione tuttavia non è fortunata, e si conclude con la retrocessione; Micheli rimane in forza al Mantova anche nel campionato 1972-1973, prima di chiudere la propria carriera agonistica a 34 anni.