В Гражданской войне в России участвовал с января 1918 года, когда в Орше вступил в Молодеченский партизанский отряд, который затем убыл в Смоленск и там Марцинкевич избран бойцами командиром этого отряда. В марте 1918 года отряд убыл в Сызрань на подавление антисоветского восстания и по прибытии он влился в состав 1-го Вольского Красного отряда (с этой даты исчислялась служба В. Н. Марцинкевича в Красной Армии), тогда же В. Н. Марцинкевич вступил в командование этим отрядом. В мае назначен командиром батальона 1-го Вольского советского полка (переименован в последующем в 5-й советский полк), с которым участвовал в подавлении мятежа Чехословацкого корпуса под Сызранью, в боях против белогвардейских частей в районах Вольска, Балаково, Аткарска и Хвалынска. 22 июля 1918 года в бою под Балаково был ранен и контужен. После лечения в Петрограде в сентябре 1918 года служил в Орше в отдельной Украинской пограничной роте (развернута затем в отдельный Украинский пограничный батальон): помощник командира и командир роты, с ноября командовал этим батальоном. После ухода германских оккупационных войск из Белоруссии в ноябре 1918 года батальон был развернут в 4-й советский полк, а В. Н. Марцинкевич назначен в нём командиром батальона, участвовал в разгроме гайдамаков в Гомеле.