Al comenzar la invasión de la Alemania nazi de la URSS en 1941, el gobierno soviético intentó deportar a todos los residentes de Jórtytsia a Siberia, pero la Wehrmacht alemana avanzó tan rápidamente que el plan no pudo llevarse a cabo. Durante la ocupación alemana, la población se recuperó un poco. En 1943 la población alemana fue evacuada al Reichgau Wartheland, ya que la Wehrmacht se retiró de la Unión Soviética al entrar el Ejército Rojo en territorio alemán. Se capturaba a los refugiados que intentaban huir de la Unión Soviética. Algunos procuraban escapar internándose más en Alemania, pero como ciudadanos soviéticos, eran entregados a éstos por los aliados. Con pocas excepciones, los antiguos residentes de Jórtytsia fueron deportados a Siberia y Kazajistán. Simplemente fueron liberados en la estepa. Muchos no sobrevivieron, compartiendo el destino de otros alemanes de Rusia.