1991年間にスペイン基地維持計画でトレホン空軍基地およびロタ空軍基地と一緒にモロン基地を維持することが要求されるが規模は大幅に削減された。1995年に第712空軍基地隊は第496空軍基地隊と交代する。この時にアメリカ空軍は制限用途基地として再指定され戦術作戦実施部隊は常設配備されなくなった。この時期以降、展開支援のための中継基地として運用される。その後の湾岸戦争や希望の回復作戦およびアライド・フォース作戦ではB-52戦略爆撃機や空中給油機が頻繁に運用されている。1995年から1997年にかけてはコロネット・イースト展開で95機以上の戦闘機や給油機をトルコや西南アジア方面に展開させる準備拠点となった。1996年に第496空軍基地隊はイタリアのアビアーノ航空基地の第31支援群隷下におかれた。1999年にはコソボ紛争では広範囲に給油支援を実施している。2001年に基地はアフガニスタン方面に展開する記録的な数の空輸と戦闘機転回を不朽の自由作戦の為に提供する。2003年にはイラク戦争に参加する戦闘機配備支援の中核点となったので活動は増大している。2004年に基地は再編成のため第712空軍基地群からドイツにあるラムシュタイン空軍基地の第38戦闘支援団隷下に配転される。2007年に第712空軍基地隊は非現役化され残余はラムシュタインの第86作戦群第496空軍基地隊隷下で再編成される。