Al-Douri foi um dos principais líderes do movimento baathista iraquiano até a invasão anglo-americana do Iraque em 2003. Como um dos cabeças do regime de Saddam Hussein, ele foi um dos homens mais caçados do país. Ele passou então a liderar combatentes leais ao antigo governo e outros grupos sunitas contra a ocupação estrangeira do país (encabeçada pelos Estados Unidos) e posteriormente contra a República que foi imposta na nação na era pós-Saddam. Ele se auto-proclamava como o "Xeique escondido dos Homens de Naqshbandi." Com a execução de Saddam Hussein, em 30 de dezembro de 2006, al-Douri se tornou oficialmente líder do banido Partido Baathista Iraquiano (confirmado em 3 de janeiro de 2007).