Touré entame la saison 2012-2013 avec un troisième trophée en deux ans avec une victoire lors du Community Shield face à Chelsea. Lors du premier match de Ligue des champions de la saison, face au Real Madrid, il offre une bonne prestation en se montrant dangereux face au but et en donnant une passe décisive à Edin Džeko. Malgré cela, City perd le match 3 à 2 sur un but tardif de Cristiano Ronaldo. Le , il est nommé Joueur africain de l'année pour une deuxième fois consécutive. Lors du mois de , il participe encore une fois à la Coupe d'Afrique des nations, et il marque dès son retour avec Manchester City lors d'une victoire 2-0 face à Chelsea.