Durch die mit der Reformation begründeten Kriege wurde das Kloster wirtschaftlich schwer belastet. Es wurde wiederholt zur Zahlung erheblicher Sondersteuern verpflichtet. Aus Sicht des Klosters waren dies besonders der Schmalkaldische Krieg (1546) und der Fürstenkrieg (1552) unter Führung Markgraf Albrecht Alkibiades, bei dem mit den Aufständischen verbündete französische Truppen bis an den Rhein vordrangen. Albrecht Alkibiades ließ im Sommer 1552 während des Zweiten Markgrafenkriegs den Rheingau und das Kloster Eberbach plündern.