2006 war der Träger Teil der Übung Valiant Shield, der größten Übung der US-Streitkräfte im Pazifik seit Jahrzehnten. Nach einer Einsatzfahrt im Rahmen der Operation Enduring Freedom begann im Oktober 2008 eine neunmonatige Überholung in der Puget Sound Naval Shipyard, die 250 Millionen Dollar kostete. Im September 2010 folgte die erste Verlegung seit der Überholung, die "Lincoln" fuhr im Pazifik und im Persischen Golf. Im März 2010 vergab die US Navy den RCOH-Auftrag ("Refueling and Complex Overhaul") an Northrop Grumman. Jeder Flugzeugträger der Nimitz-Klasse durchläuft diese Generalüberholung mit Reaktorwiederbefüllung einmal in seinem Leben. Arbeiten für 80,1 Millionen US-Dollar sind bereits vergeben, mit allen Optionen kann der Vertrag bis zu 678,6 Millionen US-Dollar wert sein.