Nel gennaio 1941 il "Pensacola" fu riassegnato alla 5ª Divisione incrociatori. Il 29 novembre salpò da Pearl Harbor per scortare un convoglio navale diretto a Manila nelle Filippine, noto come "Convoglio Pensacola". Nel corso della navigazione si verificò l'attacco di Pearl Harbor e poco dopo ebbe inizio l'invasione nipponica dell'arcipelago; il convoglio fu perciò dirottato in Australia e il 7 gennaio 1942 raggiunse Brisbane. Il "Pensacola", che aveva ricevuto comunicazione a dicembre di essere nave ammiraglia della 5ª Divisione, fece ritorno a Pearl Harbor senza incidenti: qui il capitano Scott passò il comando al capitano di vascello Frank Loper Lowe.