Maksimilian II Emanuelin isä oli vaaliruhtinas Ferdinand Maria, jonka seuraajaksi hän tuli 16-vuotiaana vuonna 1679. Hänet julistettiin seuraavana vuonna täysi-ikäiseksi. Hän liittyi vuonna 1683 Itävallan rinnalle niin sanottuun suureen Turkin sotaan. Maksimilian Emanuel komensi henkilökohtaisesti baijerilaisjoukkoja Wienin puolustuksessa 1683, Budan taistelussa 1686, Mohácsin taistelussa 1687 ja Belgradin valtauksessa 1688, joista varsinkin viimeinen toi hänelle mainetta. Vuonna 1689 puhjenneessa yhdeksänvuotisessa sodassa Maksimilian Emanuel liittoutui jälleen Itävallan Habsburgien kanssa. Hänestä tehtiin vuonna 1690 Reinille sijoitettujen keisarillisten joukkojen generalissimus ja vuonna 1692 Espanjan Alankomaiden kuvernööri. Hän komensi operaatioita Reinillä ja Italiassa aina sodan loppuun vuonna 1697.