El domini dels zírides sobre Tripolitània va ser de curta durada. Ja el 1001 els amazics de la dinastia Banu Khazun se'n van separar, tingueren el control de Tripolitània fins al 1146, quan la regió va ser conquerida pels normands de Sicília. Uns anys més tard, el 1159, el líder marroquí almohade Abd al-Mu'min va reconquerir Trípoli de mans dels europeus. Durant els següents 50 anys, Tripolitània va ser escenari de nombroses batalles entre la dinastia aiúbida, els governants almohades i els insurgents de la dinastia Banu Ghàniya. Posteriorment, el general almohade Muhammad ibn Abu Hafs va governar Líbia entre 1207 i 1221 abans de l'establiment de la dinastia hàfsida de Tunísia, independent dels almohades. Els hàfsides van governar Tripolitània durant gairebé 300 anys. Cap al els hàfsides es van veure cada cop més atrapats en la lluita de poder entre Espanya i l'Imperi Otomà.