Після терористичного акту 11 вересня режим талібів було скинуто в результаті військової операції НАТО в Афганістані, а Омар втік. Упродовж трьох місяців військові експерти, політики та ЗМІ висловлювали різні версії про те, куди та яким чином зник фактичний глава Афганістану, поки у січні 2002 року в Пакистані кореспондентами видання «Newsweek» вдалось узяти інтерв'ю у колишнього водія мулли Карі Сахеба, який розповів, як лідеру талібів удалась втеча. За словами Сахеба, Омар до останнього дня відмовлявся залишати рідний Кандагар і тільки напередодні введення до міста американських підрозділів погодився переїхати у безпечніше місце. За словами колишнього водія, з резиденції мулла виїхав на рикші, потім пересів на звичайну міську вантажівку і зник у невідомому напрямку. Після цього, очевидно, кілька днів він пробув у підпіллі, переміщуючись підвалинами різних будинків у різних містах, доки не сховався у відданих йому людей, які, вірогідно, допомогли муллі з виїздом за кордон.