Il 27 maggio 1993, a seguito della Strage di via dei Georgofili, un attentato mafioso che ha provocato la morte di cinque persone e danneggiato alcuni ambienti della Gallerie e del Corridoio vasariano, molti pezzi della collezione vennero sistemati nei depositi e gradualmente, con i restauri e la messa in sicurezza dell'ala occidentale, sono tornati nell'allestimento museale.