Johannes Opstraet besuchte das Kolleg der Dreifaltigkeit in Löwen und studierte dann in dieser Stadt von 1669 bis 1671 Philosophie. Daraufhin hörte er bis 1675 theologische Vorlesungen an der Universität Löwen und lehrte anschließend lateinische Sprache und Poesie am dortigen Kolleg der Dreifaltigkeit. 1680 wurde er Priester, 1681 Lizenziat der Theologie und im Mai 1685 vom jansenistischen Schriftsteller Gommaire Huygens zum Vizepräsidenten des päpstlichen Kollegiums ("Collège du pape Adrien VI") in Löwen ernannt. Alphonsus de Berghes, Erzbischof von Mechelen, berief ihn 1686 als Professor der Theologie an sein Seminar. Nach dem Tod dieses Prälaten entzog ihm aber der neue Erzbischof, Humbertus Guilielmus de Precipiano (da Opstraet Anhänger der Lehren von Jansen und Quesnel war) seine Gunst und verabschiedete ihn. Er kehrte nach Löwen zurück und hielt wieder Kurse am päpstlichen Kollegium. In der Folge bereitete er sich auf die Erlangung des Doktorgrades in Theologie vor und verteidigte 1698 erstmals seine Thesen mit einigem Erfolg. Er geriet aber wegen seiner jansenistischen Ansichten in theologische Streitigkeiten mit dem Vatikanisten Martin Steyaert und anderen Gelehrten. Philipp V. verbot ihm 1704 den Aufenthalt in den gesamten spanischen Niederlanden. Zwei Jahre später, da das Land nach der Schlacht bei Ramillies in die Gewalt Österreichs kam, kehrte er nach Löwen zurück und wurde dort 1709 Prinzipal des Kollegiums von Faucon. 1713 sprach er sich gegen die Veröffentlichung der Bulle "Unigenitus" des Papstes Clemens XI. in Löwen aus. Er starb 1720 im Alter von 69 Jahren in Löwen und wurde in der Kirche Saint-Michel beigesetzt.