Het plan werd nooit ten uitvoer gebracht omdat de Vichy-regering tegenwerkte. Zij wilde de kolonie niet afstaan. Bovendien had de Britse marine het overwicht op zee over de Duitsers en was grootschalige verscheping in oorlogstijd niet mogelijk. In februari 1941 werd het Madagaskarplan door de nazi's als onhaalbaar beschouwd. In het jaar 1941 groeiden de nazi's geleidelijk toe naar het idee om de Joden fysiek te vernietigen. Tijdens Operatie Barbarossa (juni 1941) werden de Joden al massaal gedood door daartoe opgeleide Einsatzgruppen. Aangenomen wordt dat Hitler de beslissing tot vernietiging in september 1941 nam en dat de precieze uitvoering tijdens de Wannseeconferentie op 20 januari 1942 werd besproken. Toen Japan in 1941-42 zijn intrede in de oorlog deed, vielen de geallieerden Madagaskar op 5 mei 1942 binnen en bezetten het eiland, uit angst dat de Franse gouverneur het aan de Japanse marine ter beschikking zou stellen (operatie Ironclad). Inmiddels waren de Duitsers in december 1941 begonnen met grootschalige vergassingen van Joden.