La successiva stagione, quella del 2000-2001, fu la migliore delle rondinelle: l'esordio coincise con la sconfitta per 4-2 con l'. Dopo tre sconfitte (, e ) e tre pareggi (, e ) arrivò la prima vittoria all'ottava giornata grazie al 3-0 di Reggio Calabria contro la . La squadra collezionò ancora due successi con e , due stop con e e cinque pari con , , , e . Nel corso della partita con il Lecce, Baggio si procurò uno stiramento calciando una punizione e dovette fermarsi per circa due mesi. Nella partita del rientro, con la , a Firenze segnò due gol, permettendo al Brescia di raggiungere un insperato pareggio. Il Brescia inanellò una lunga serie positiva che consentì alle rondinelle di finire il campionato all'ottavo posto, suo miglior piazzamento di sempre. Una curiosità: a gennaio di quell'anno il Brescia riprese dall', in prestito per sei mesi, Andrea Pirlo. Mazzone lo mise davanti alla difesa alle spalle di Baggio. Con quell'intuizione Andrea costruirà le sue fortune e quelle del fino a diventare campione del mondo nel 2006.