1997 wurde er vom damaligen frisch gewählten Ministerpräsidenten Fatos Nano (PS) in dessen neues Regierungskabinett geholt, wo er bis 1999 als stellvertretender Ratgeber des Ministerpräsidenten arbeitete. Zu dieser Zeit hatte Albanien gerade den Lotterieaufstand hinter sich, noch kontrollierte die Staatsgewalt nicht das ganze Land. 1998 wurde Nano von Pandeli Majko im Amt abgelöst, Blushi blieb aber im Amt. 1999 folgte Ilir Meta als Ministerpräsident. Dieser ernannte Blushi zum stellvertretenden Außenminister. Dieses Amt hatte er nur ein Jahr inne. 2001 war er Präfekt des Qark Korça. Anschließend wurde er 2001 während einer Regierungsumbildung zum Minister für Bildung und Wissenschaft ernannt. Als Fatos Nano 2002 erneut Ministerpräsident wurde, wurde Blushi Minister für Lokalregierung und Dezentralisierung. In diesem Amt blieb er bis 2005, als die Sozialistische Partei Albaniens bei den Parlamentswahlen gegen die Demokraten verloren.