Onder die Vrystaatse Republiek het die gemeente gebloei en armoede was iets onbekends, maar in Oktober 1899 pak donker oorlogswolke saam en word die mooi republiek vernietig; die gemeente Frankfort ly swaar en sy kerkgebou word in puin gelê. Die laaste kerkraadsvergadering voor die oorlog is teen die einde van 1899 gehou. Die Britse troepe het die dorp heeltemal vernietig – al die huise, met alles daarin, asook die kerk en pastorie is verbrand. Saam met die pastorie is alle kerklike boeke en registers met die boekery van die predikant vernietig, asook die brandkas met alles daarin. Die predikant, ds. G. Thom, en enige kerkraadslede is as krygsgevangenes na Ceylon verban. Hulle, sowel as die ander wat tot die einde toe gestry het, het ná die oorlog teruggekom, hoewel sommige op die slagveld gewond is. Die oorlog was verby.