Début juillet, peu après une deuxième visite de Jacques Cousteau en juin 1942 (avec sa femme Simone et son ami Frédéric Dumas), venu présenter au Prieuré un scaphandre auquel il travaille avec Émile Gagnan (ingénieur de son beau-père à l'Air liquide), Le Prieur est en mission secrète à Berne "à ses risques et périls". Il revient à l'automne en refusant de participer au sabordage de la Flotte de Toulon. Après un séjour à Paris en avril 1943 à l'invitation de Cousteau au gala de son premier film sous-marin (où Le Prieur est stupéfait de voir le public en uniforme SS, indigné au constat évident de la collaboration de Cousteau avec les occupants nazis aux fins de promouvoir ses ambitions), Saint-Raphaël subissant des bombardements qui ont endommagé le Prieuré, il se replie à Ampus (Var) où, le 14 mars 1944, il épouse Anne-Marie Brasseur, son amie peintre. Ils décideront de ne pas avoir d'enfants de son second mariage.