Long dirigiu as atividades da Marinha durante a guerra, aumentando significativamente seu tamanho no processo. Ordenou que Dewey neutralizasse a frota espanhola nas Filipinas, ordenou a Captura de Guam e trabalhou para apoiar um cerco e operações ofensivas contra Cuba. Também encaminhou recursos navais para posturas ameaçadoras contra a Espanha continental, a fim de incentivar a retirada espanhola de uma frota destinada às Filipinas.