År 2001 började Obikwelu tävla för Portugal, han har dock bott i landet sedan början av 1994 då han bosatte sig i Lissabon. Före 2001 representerade Obikwelu födelselandet Nigeria, under denna tid vann han silver vid VM 1997 i stafett (4x100 m) och brons vid VM 1999 på 200 m. Vid mästerskapen 1999 var Obikwelus bronstid 20,11 s. I semifinalen hade Obikwelu noterat nigerianskt rekord med tiden 19,84 s.