Nach dem Februarumsturz von 1948 kam es – neben den anderen Schauprozessen – auch zu Prozessen und Säuberungen in der Armee, unter anderem gegen die ehemaligen Armeeangehörigen an der Westfront, d. h. auch gegen die Piloten der RAF. Der Hintergrund war das Misstrauen der kommunistischen Partei der Armeeführung gegenüber, die noch aus der Zeit der früheren bürgerlichen Republik stammte und während des Krieges zum Teil im Westen tätig war. Viele der Soldaten wurden verhaftet, bei Verhören häufig gefoltert und – meist wegen Spionage für westliche Mächte – zu hohen Haftstrafen verurteilt. Bereits am 18. Juni 1948 wurde in Prag der General Karel Janoušek, einer der wichtigsten Protagonisten der tschechoslowakischen RAF-Einheiten, zu 19 Jahren Freiheitsentzug verurteilt, Ende Januar 1949 wurde der General Heliodor Píka zum Tode verurteilt und hingerichtet. Weitere Soldaten wurden ohne eine Gerichtsverhandlung in Arbeitslagern interniert, was bis zu zwei Jahren zulässig war; so wurde auch der RAF-Pilot und später Kommandeur der tschechoslowakischen Staffel in der Sowjetunion, František Fajtl, 16 Monate im Arbeitslager Mírov gehalten.