San Francisco-bukta omringes av regionen som kalles for San Francisco Bay Area (ofte forkorta til «Bay Area»), som domineres av storbyene San Francisco, Oakland og San Jose. Inngangen til San Francisco-bukta fra Stillehavet kalles Golden Gate, som krysses av den kjente Golden Gate Bridge. Bukta ble vedtatt som ramsarområde 2. februar 2013.