V 18. stoletju so se sreča skupne države zmanjšala. Potekale so tri delitve Poljske, ki so razdelile ozemlje med Ruski imperij, Habsburško cesarstvo in Prusko kraljestvo. Sile pod vodstvom Jakuba Jasińskega so med vstajo leta 1794 izgnale Ruse iz Vilne . Vilno je po tretji razdelitvi aprila 1795 aneksirala Rusija in je postala glavno mesto Vilna governorata. Med rusko vladavino so bila mestna obzidja porušena, do leta 1805 so ostala le Vrata zore. Leta 1812 je mesto zavzel Napoleon na poti proti Moskvi in spet med katastrofalnim umikom. V Vilni so sprejeli Grande Armée. Na tisoče vojakov je umrlo v mestu med umikom; množični grobovi so bili odkriti leta 2002. Prebivalci so pričakovali, da jim bo car Aleksander I. Ruski podelil avtonomijo kot odgovor na Napoleonove obljube o obnovitvi Skupnosti, vendar Vilna ni postala samostojna niti sama po sebi niti kot del Poljskega kraljestva.