В июне 1918 года — помощник командующего войсками Кубанской советской республики А. И. Автономова. Вскоре после снятия Автономова и назначением на его место К. И. Калнина — сменил последнего, после разгрома красных Добровольческой армией под Тихорецкой и Кущёвской (Второй Кубанский поход), на посту главнокомандующего Красной армии Северного Кавказа.