En 2005 participó en la Copa FIFA Confederaciones realizada en Alemania, donde la Argentina llegó a la final del torneo, pero perdió frente a Brasil por 4 a 1. Milito en 2006 disputó el Mundial 2006, también en Alemania, en donde la Argentina cayó por penales en cuartos de final frente a los anfitriones, la selección local.