Suureen Pohjan sotaan liittynyt isonvihan aika 1700-luvun alkupuoliskolla aiheutti Kokkolassa, kuten muuallakin Pohjanmaalla, tuntuvia tappioita ja menetyksiä. Vaikkakin osa väestöstä pääsi pakenemaan Ruotsiin, venäläiset sotajoukot surmasivat ja veivät vangeiksi suuren osan kaupungin väestöstä. Isonvihan päättyessä sodan ja ruton runtelemassa Kokkolassa oli vain 78 asukasta, mutta kaupunki elpyi nopeasti, ja 1750-luvulle tultaessa väkiluku oli jo miltei tuhat.