Skärgårdsflottan eller "arméns flotta" var en våpengren i Sverige i årene 1756-1826 og besto av fartøyer som kunne navigere og kjempe i den svenske skjærgården, både i den svenske og den finske delen av riket. Skärgårdsflottans største seier var slaget ved Svensksund i 1790 hvor en større russisk styrke ble slått. I 1826 ble skärgårdsflottan lagt inn under den svenske marinen og i 1871 ble den helt lagt ned.