L'Union soviétique n'a jamais officiellement déclaré la guerre à la Pologne et a cessé de reconnaître l'État polonais au début de l'invasion. Les Soviétiques n'ont pas classé le personnel militaire polonais comme des prisonniers de guerre, mais comme des rebelles contre le nouveau gouvernement soviétique dans l'ouest de l'Ukraine et l'ouest de la Biélorussie. Le règne de la terreur par le NKVD et d'autres services de répression de l'Union soviétique a débuté dès comme une partie inhérente de la soviétisation des Kresy. Les premières victimes du nouvel ordre furent environ polonais capturés par l'URSS pendant et après l'invasion de la Pologne. L'Union soviétique n'ayant jamais signé de conventions internationales sur les règles de la guerre, les prisonniers polonais se sont vu refuser le statut juridique de prisonniers de guerre. Les forces soviétiques ont assassiné la quasi-totalité des officiers capturés (soit plus de ) et envoyé de nombreux soldats ordinaires au goulag soviétique. Dans une atrocité notoire ordonnée par Staline, la police secrète soviétique a systématiquement fusillé les cadres militaires et civils de l'ancien État polonais, dans une région reculée lors du massacre de Katyn. Parmi les quelque figuraient notamment quelques officiers généraux, de très nombreux officiers subalternes et supérieurs de l'armée d'active polonaise, des officiers de réserve, des dirigeants politiques, des responsables gouvernementaux, des cadres administratifs et des intellectuels. Quelque cadavres ont été découverts dans les charniers de la forêt de Katyne par les nazis en 1943, qui ont invité un groupe international de représentants neutres et de médecins à examiner les cadavres et à confirmer la culpabilité soviétique. Plus de ont été tués dans le massacre de Katyn, mais des milliers d'autres ont été victimes des massacres de prisonniers du NKVD au milieu de 1941, avant l'avance allemande à travers la zone d'occupation soviétique.