其他意图获得利沃尼亚通往波罗的海的入海口的势力以对利沃尼亚的瓜分作为回应，而这导致了旷日持久的利沃尼亚战争，这场战争从1558年开始，直到1583年才结束。伊凡四世在1558年占领多尔帕特和纳尔瓦，不久丹麦和瑞典又夺取了利沃尼亚的其他地区。为了保卫本国领土完整，利沃尼亚试图与波兰-立陶宛结盟。新任大团长戈特哈德·克特勒在1561年与齐格蒙特二世见面，宣布利沃尼亚成为臣服于波兰国王的附属国。11月28日的协议要求将宝剑骑士团世俗化，并将新成立的利沃尼亚公国作为自治实体并入“共和国”（联邦）。库尔兰和瑟米加利亚公国也在维尔纽斯联盟的协议中作为独立的封国成立，由克特勒统治。齐格蒙特二世将收复被莫斯科和波罗的海势力侵占的利沃尼亚土地作为自己的责任，波兰与俄罗斯之间的激烈战争（1558年-1570年和1577年-1582年）及波兰与瑞典之间的激烈冲突都因此引发，其中后者还是为了解决关于对波罗的海贸易的控制权与自由通航权的重要问题而爆发。