После попытки государственного переворота (т. н. ), предпринятой министром обороны Жулиу Ботелью Монишем 13 апреля 1961 года Кошта Гомиш был снят с должности государственного секретаря и назначен командующим 3-м мобилизационным округом со штаб-квартирой в Беже. На следующий год он был переведён командиром 1-го уланского полка в Элваш, одновременно стал профессором, был приписан к Главному штабу сухопутных войск и с ноября 1963 года до 1965 года преподавал на высших офицерских курсах в Институте высших военных исследований (). Вскоре его военная карьера стала постепенно восстанавливаться. В августе 1964 года полковник Кошта Гомиш был назначен инспектором кавалерии, 29 сентября 1964 года получил звание бригадного генерала, а в сентябре 1965 года был отправлен заместителем командующего военным округом Мозамбика, где началась партизанская война, возглавленная ФРЕЛИМО. В 1967 году Кошта Гомиш стал уже командующим округом и 8 ноября 1968 года получил звание полного генерала. В августе 1969 года он был отозван из Мозамбика в Лиссабон, где получил назначение генерал-квартирмейстером армии, ответственным за логистику, однако уже 14 апреля 1970 года был переведен командующим военным округом в Анголу. Как командующий португальскими войсками в Анголе он попытался пойти на переговоры и достигнуть соглашения о прекращении военных действий с повстанческой организацией УНИТА, однако это не дало результата.