Hän kuitenkin vastusti Putinin toista Tšetšenian sotaa, minkä jälkeen Putin aloitti hänen ja muiden oligarkkien liiketoimien tutkimisen. Viranomaiset syyttivät Berezovskia veronkierrosta ja kavalluksesta. Boris Berezovskia syytettiin Venäjällä muun muassa laittomasta yritystoiminnasta ja rahanpesusta.