אסתר עובדיה נולדה בביטולה (מונאסטיר) למשפחה קשת יום בשכונה היהודית בביטולה. היא עבדה ככובסת במקביל ללימודיה בבית הספר היסודי והצטרפה לקן תנועת השומר הצעיר בעירה. ב-1938, בסיוע ארגון ויצ"ו, נשלחה ללימודי מקצוע בבלגרד בירת הממלכה ובה הושפעה מחוגי השמאל הפוליטי, עד שהצטרפה לתנועת הנוער של המפלגה הקומוניסטית. ב-1941, לאחר כיבוש יוגוסלביה בידי גרמניה הנאצית ומסירת מקדוניה לחזקת בולגריה בשל הצטרפותה להסכם התלת-צדדי, שבה אסתר לביטולה והצטרפה למחתרת שפעלה בעיירה. היא חמקה ממעצר והצטרפה לכוחות הפרטיזנים.