Vuoden 2006 MM-karsintojen jälkeen joukkueelta odotettiin paljon EM-karsinnoissa Sveitsin ja Itävallan kisoihin. Bosnia ja Hertsegovina aloitti karsinnat 5–2-voitolla Maltasta. Kuitenkin, hyviä tuloksia seurasivat pettymykset, kun kotona tulivat tappiot Unkarille ja Kreikalle ja vieraskentällä Chișinăussa tasapeli Moldovaa vastaan. Valmentaja Fuad Muzurović korvasi ex-valmentaja Blaž Sliškovićin. Tätä seurasi 13 pelaajan protesti maan jalkapalloliittoa vastaan, tuloksena, etteivät kyseiset pelaajat edusta maataan maaotteluissa. Muzurovicin piti koota joukkue aivan alusta.