У 15. вијеку, ове просторе осваја Османско царство и укључује их у Босански пашалук. Тада је један дио Срба прешао у исламску вјеру, а њихови потомци су данашњи Бошњаци. Између 1718. и 1739. године, Хабзбуршка монархија је управљала малим сјеверним дијелом данашње Републике Српске, али након 1739. године ово подручје поново долази под контролу Османског царства. Почетком 19. вијека, источни дијелови територије данашње Републике Српске били су обухваћени Првим српским устанком и ушли у састав Карађорђеве Србије.