Ende Februar 1799 beginnt der Feldzug gegen die anrückenden Türken in Palästina und Syrien. Kléber war mit seiner 3.000 Mann starken Division die Avantgarde einer Armee von fast 13.000 Mann. Bei der fünf Monate dauernden, im militärischen Ergebnis völlig nutzlosen, verlustreichen Expedition, rehabilitierte er sich vermutlich bei Bonaparte. In den Kämpfen von El-Arisch, Jaffa, Gaza (wo er erneut verwundet wurde), Nazareth, Akkon und besonders in der Schlacht am Berg Tabor soll er oft in vorderster Linie zu finden gewesen sein. „Rien n’était beau comme Kléber un jour de combat“ soll Bonaparte gesagt haben. Hitze, Seuchen und uneinnehmbare Städte und Festungen zwangen die Franzosen zum Rückzug ab Mai 1799. Kléber führte die Nachhut zur Deckung des Rückzugs. Zur letzten Schlacht und Bonapartes glänzendem Sieg bei Abukir gegen die zahlenmäßig weit überlegenen Türken kam er zu spät und konnte seinem Oberkommandierenden nur noch enthusiastisch gratulieren: „Permettez, général, que je vous embrasse! Vous êtes grand comme le monde.“