В 1861 году Дешлер взял отпуск, из которого не вернулся в армию и на этом основании он был 15 июля 1861 года уволен из армии США. Он присоединился к армии Конфедеративных Штатов Америки и был зачислен армию конфедератов в звании капитана артиллерии. В сентябре 1861 года был назначен ассистентом бригадного генерала , с которым участвовал в сражении при Чит-Маунтин. Во время был ранен выстрелом в бедро. После реабилитации в госпитале был повышен в звании до полковника и назначен в штаб генерала Теофилиуса Холмса.