Valistusajan ihanteiden mukaan Napoleon otti mukaansa tiedemiesjoukon, joka teki Egyptissä tutkimuksia. Työn kuuluisin tulos oli Rosettan kiven löytäminen. Tiedemiesten tehdessä tutkimuksiaan Napoleon kukisti Egyptiä hallinneiden mamelukkien kokoaman armeijan ja marssi joukkoineen Kairoon. Pian kuitenkin jano, kuumuus ja kulkutaudit alkoivat piinata hänen joukkojaan. Englantilaisten laivasto oli tukkinut paluutien Ranskaan, eikä Napoleon voinut perääntyä joukkoineen Egyptistä. Napoleonin tilannetta ei parantanut se, että Horatio Nelson oli tuhonnut Napoleonin laivaston Abukirin taistelussa, jossa ranskalaisista 1 700 miestä kuoli ja 3 000 jäi vangiksi. Briteistä vain 218 sai surmansa. Egyptissä olevilta neljältäkymmeneltä tuhannelta mieheltä oli katkaistu ainoa realistinen paluutie Ranskaan, koska eteneminen maateitse olisi ollut käytännössä mahdotonta.