Durante a Segunda Guerra Mundial, a Grécia foi ocupada pelas forças do Eixo. Frederica e seus filhos encontraram refúgio na África do Sul em 1941 e depois no Egito em 1943, enquanto Paulo passava a duração do conflito com o rei Jorge II, entre Londres e Cairo. Quando a guerra acabou, a ascensão do comunismo na Grécia impediu a família real de retornar a Atenas por um tempo. Um referendo, no entanto, permite a restauração de Jorge II em 1946. Um ano depois, Paulo por sua vez ascende ao trono e Frederica torna-se rainha dos Helenos. Porém, neste momento, a Grécia se confronta com a guerra civil (1946-1949) e o soberano vai várias vezes à frente para mostrar o apoio da dinastia ao exército. Frederica também organiza ajuda aos refugiados criando uma fundação e uma rede de "aldeias infantis", acusadas pela oposição de servir principalmente aos interesses da coroa. Uma vez restaurada a paz, o casal real viajou pelo país e fez muitas viagens oficiais ao exterior, estabelecendo assim uma diplomacia paralela. A rainha também está tentando desenvolver o turismo internacional, convidando representantes de famílias reais europeias para viajar pela Grécia durante o “cruzeiro dos reis” (1954). No entanto, os soberanos também intervêm diretamente na vida política grega, o que contribui para degradar sua imagem junto à população.