Gleb Yakunin fue miembro de la comisión creada para la investigación del intento de golpe soviético de 1991 y presidido por Lev Ponomariov, y con ello se ganó el acceso a los archivos secretos de la KGB. En marzo de 1992 publicó materiales sobre la cooperación entre el Patriarcado de Moscú y la KGB. Afirmó que los nombres en clave de varios agentes de la KGB de alto rango en la Iglesia Ortodoxa fueron los del Patriarca Alejo II, Mitropolitans Filaret de Kiev, Pitrim de Volokolamsk, y otros. La iglesia rusa excomulgado a Yakunin en 1993.