Chociaż Mdina nie była już miastem stołecznym, Zakon wciąż wzmacniał siłę obronną miasta i stopniowo przekształcił jego średniowieczne mury w silną fortecę. W latach 1540., za rządów Juana de Homedes y Coscon, po obu stronach fortyfikacji frontowych zbudowane zostały dwa bastiony. Bastion centralny, De Redin Bastion, zbudowany został w połowie XVII w. przez Wielkiego Mistrza Martina de Redin. W wyniku trzęsienia ziemi na Sycylii w roku 1693, miasto zostało uszkodzone, i naprawa zniszczeń trwała przez cały wiek XVIII. Podczas odbudowy, w roku 1724, wejście do miasta zostało zastąpione przez większą bramę, zaprojektowaną przez architekta Charlesa François de Mondion. Ostatnia modyfikacja miała miejsce w roku 1746, kiedy zbudowano Despuig Bastion. Powstały dalsze plany wzmocnienia miasta, lecz nie zostały zrealizowane, ponieważ Zakon skoncentrował się na fortyfikacjach portu.