Євреїв, що були вбиті у місті, хоронили у ровах 12-го форту Гродненської фортеці і в ярах. З метою приховування слідів злочинів, з весни 1944 року нацисти стали змушувати євреїв, що залишилися живими, і військовополонених маскувати місця масових вбивств — розрівнювати надмогильні пагорби, висаджувати на їх поверхні квітники та овочі (так було зроблено у дворі в'язниці). На цвинтарях Гродно, Ковбасина, Лососного, форта № 2 і в інших місцях тіла вбитих викопували і спалювали. Міська комісія сприяння НДК СРСР у акті від 26 червня 1945 року встановила, що місця масових захоронень мали розміри 2-6 м у ширину і 50-100 м у довжину, а вбитих укладали до семи рядів у глибину.