Während der Befreiungskriege kämpfte Werder in den Schlachten von Großgörschen, Dresden, Bautzen, Kulm, Leipzig, Laon und Paris, wo er das Eiserne Kreuz I. Klasse bekam. Ferner nahm er an den Gefechten bei Sezanne, Claye, Haynau und der Belagerung von Luxemburg teil. Für Großgörschen erhielt er am 19. Mai 1813 das Eiserne Kreuz II. Klasse. Bei Haynau übernahm er das Regiment, nachdem der Kommandeur Major von Briesen schwer verwundet worden war. In dem Gefecht konnte er mehrere Kanonen erobern. Dafür wurde er am 21. Juni 1813 Kommandeur des ostpreußischen Kürassier-Regiments (Nr. 3) und am 11. August 1813 zum Oberstleutnant befördert. Am 29. März 1815 wurde er Kommandeur des 3. Kürassier-Regiments (Nr. 6) und dort am 8. Dezember 1815 Oberst.