Nell'estate 2002 viene acquistato dalla , che lo gira in prestito al Perugia del Presidente Luciano Gaucci, con il quale non ebbe un buon rapporto. Coi "Grifoni" debuttò in Serie A conquistando un nono posto, segnando 9 reti in campionato e 5 in Coppa Italia; queste ultime, che contribuirono a portare i biancorossi allo storico traguardo delle semifinali, gli valsero il titolo di capocannoniere dell'edizione 2002-2003. L'allenatore che lo ha guidato in quella stagione, in cui si è dimostrato rivelazione, era Serse Cosmi, suo mentore e, a detta dello stesso Miccoli, il miglior allenatore che il giocatore abbia mai avuto. Il 21 dicembre 2009 proprio Cosmi guidò la squadra formata da Miccoli per un'amichevole di beneficenza per la raccolta fondi da destinare agli alluvionati di Messina di quasi tre mesi prima.