Guterres venne scelto dalla Conferenza Straordinaria Nazionale, tenutasi a Sydney dal 15 al 20 agosto 1998, come Coordinatore del Comitato di Presidenza del FRETILIN, ora la carica più alta nel partito. I rappresentanti furono Marí Alkatiri, per il fronte diplomatico, Ma'huno, che era già stato liberato nel 1995 a seguito di un'amnistia, per quello clandestino. Il CDF, come organo del partito, venne abolito. Il 30 agosto 1999 il 78,5 %, attraverso un "referendum", la popolazione esttimorense si dichiarò a favore dell'indipendenza di Timor Est dall'Indonesia. Prima e dopo lo svolgimento di questo "referendum" ebbero luogo massacri e violenze contro la popolazione da parte di milizie pro-Indonesia e dello stesso esercito indonesiano. Una Forza Internazionale di Pace, sotto guidata dall'Australia, sbarcò a Timor Est per portarvi ordine e pace e il Paese venne sottoposto dal 25 ottobre 1999 al 20 maggio 2002 all'Amministrazione Straordinaria della "United Nations Transitional Administration in East Timor" (Amministrazione Temporanea di Timor Est da parte delle Nazioni Unite – UNTAET).