Ved krigsutbruddet i 1939 ble Tedders avdeling overført til det nyopprettede Ministeriet for flyproduksjon (MAP). Samarbeidsproblemer med ministeren, lord Beaverbrook, og deretter også med statsminister Churchill, gjorde at Tedder i november 1940 ble overtført til Midtøsten, som nestkommanderende for flystyrkene i RAF Middle East Command. I juni 1941 overtok han som sjef for kommandoen med midlertidig rang som Air Marshall. Tedder var ikke Churchills førstevalg til denne stillingen, men da Air Vice-Marshall Owen Tudor Boyd ble tatt til fange på Sicilia, ble Tedder tildelt kommandoen. Han ble dermed sjef for de alliertes luftoperasjoner i Middelhavet og Nord-Afrika, med blant annet Slaget om Kreta i mai 1941 og Operation Crusader senere på året. Tedder fikk ansvaret for oppbyggingen av våpengrenen i de vestre ørkenområdene, samt utviklingen av en mer effektiv operativ og administrativ linje. Dette var med på å bidra til den allierte seieren ved det andre slaget om El Alamein.