Po komunistickém převratu v únoru 1948 se stal ministrem pro sjednocení zákonů ve druhé vládě Klementa Gottwalda. Podle publicisty Karla Pacnera mu Gottwald nabídl tuto vcelku bezvýznamnou funkci, protože potřeboval mít ve vládě člověka spojeného s Masarykem, a Šrobár ji naivně přijal. Zemřel 6. prosince 1950 v Olomouci, ale pohřben je v Bratislavě, na Ondřejském hřbitově.