Les 24 et , peu après l'attaque allemande contre l'URSS, quelque 550 prisonniers de la prison de Doubno furent sommairement exécutés par le NKVD avant son retrait de la ville. Seulement huit d'entre eux survécurent. Au même moment commençait dans les environs de la ville (et près de Loutsk et Brody) une grande bataille de chars, connue comme la bataille de Brody ou bataille de Doubno. Une contre-attaque de corps mécanisés soviétiques fut arrêtée et finalement brisée au bout de cinq jours par la Armée Panzer commandée par le général Ewald von Kleist. Cette bataille fut une des plus importantes batailles de chars de la guerre. Peu de temps après, la ville de Doubno fut occupée par l'armée allemande. Un ghetto y fut créé en 1942. Le et les jours suivants, environ Juifs de Doubno furent massacrés par des SS et leurs collaborateurs ukrainiens près de la ville. Une description détaillée du massacre fut donnée par un civil allemand, l'ingénieur Hermann Friedrich Graebe, au procès de Nuremberg. Un jeune officier allemand du d'infanterie, le capitaine Axel von dem Bussche fut également témoin de ce massacre. Profondément marqué, il décida de s'engager dans la résistance au régime nazi et se proposa pour assassiner personnellement Hitler, lorsque le colonel Claus von Stauffenberg le recruta. Mais sa tentative échoua. Doubno fut reprise le par le premier front ukrainien de l'Armée rouge.