Whipple se maria avec Elizabeth Mann le . Entre 1847 et 1852, Whipple et l'astronome William Cranch Bond, directeur de l'observatoire de Harvard, utilisèrent le grand télescope de Harvard pour produire des images de la Lune, remarquables par la précision des détails et leur esthétique. C'était à l'époque le plus grand télescope du monde, et leurs images leur firent obtenir le prix de l'excellence technique en photographie à l'Exposition universelle de 1851 au Crystal Palace de Londres.