Ο Αυτοκράτορας Κωνσταντίνος Θ΄ Μονομάχος (β. 1042-1055) πέθανε μετά από πλευρίτιδα, ενώ έκανε μπάνιο στη λίμνη στο μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου τον Ιανουάριο του 1055. Τάφηκε τελικά στο μοναστήρι. Χρόνια αργότερα, το ανάκτορο που έχτισε ο Κωνσταντίνος Θ΄ στα Μάγγανα καταστράφηκε από τον Αυτοκράτορα Ισαάκ Β΄ Άγγελο (β. 1185–95, 1203–04), αλλά το μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου επέζησε μέχρι την πτώση της Κωνσταντινούπολης τον Μάιο του 1453. Από την ίδρυση του μοναστηριού, η Ρωμαϊκή Αυτοκρατορική Αυλή πραγματοποιούσε ετήσιες επισκέψεις σε αυτό στις 23 Απριλίου, που ήταν η εορτή του Αγίου Γεωργίου. Αυτή η παράδοση διακόπηκε κατά τη διάρκεια της Δ΄ Σταυροφορίας τον 13ου αιώνα, όταν οι Λατίνοι μοναχοί κατέλαβαν για λίγο το μοναστήρι, έως ότου αποκαταστάθηκε στους Έλληνες της Νίκαιας υπό τον Αυτοκράτορα Μιχαήλ Η΄ Παλαιολόγο (β. 1259–1261). Κατά τη διάρκεια του Β΄ Βυζαντινού εμφυλίου πολέμου (1341–1347), ο Ρωμαίος θεολόγος και πολιτικός Δημήτριος Κυδώνης αποσύρθηκε σε ένα διαμέρισμα στο μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου, αφού απέκτησε ένα "αδελφάτον" (δηλ. το δικαίωμα, που χορηγείτε με την πληρωμή ενός χρηματικού ποσού, για να ζήσει σε μοναστήρι χωρίς να γίνει μοναχός). Το μοναστήρι ήταν ιδιαίτερα διάσημο κατά τον 14ο αιώνα, όταν περιείχε κειμήλια του Πάθους του Χριστού και έγινε τόπος προσκυνήματος για τους Ορθόδοξους πιστούς, ακόμη και από τη Ρωσία. Μετά την πτώση της Κωνσταντινούπολης το 1453 το συγκρότημα του μοναστηριού κατελήφθη για μικρό χρονικό διάστημα από δερβίσηδες, πριν κατεδαφιστεί από τους Οθωμανούς για να ανοίξει ο χώρος για την κατασκευή του παλατιού Τοπ Καπί.