Pagliuca fu dunque chiamato, nella stagione 1992-1993, a misurarsi con il nuovo regolamento in cui venne introdotto il divieto per i portieri di raccogliere il pallone con le mani in caso di retropassaggio volontario di un compagno: un cambiamento, questo, che metterà in difficoltà gli estremi difensori meno avvezzi al gioco coi piedi. Pagliuca, che in estate si era detto pronto ad adeguarsi sia alle innovazioni regolamentari sia alla difesa a zona del nuovo allenatore Sven-Göran Eriksson, tornò a offrire alti livelli di rendimento, grazie anche a un'interpretazione più moderna e spregiudicata del proprio ruolo, riaffermandosi tra i migliori "numeri uno" della Serie A e battendo la concorrenza di Luca Marchegiani per il posto da titolare in nazionale; tuttavia, la sua stagione terminò anzitempo a causa di un serio incidente stradale occorsogli nel maggio 1993, che gli provocò la frattura di una clavicola e uno pneumotorace.