В составе сборной принял участие в чемпионате мира 1986 и 1990 годов, которые сложились для команды неудачно (в первом случае советские футболисты вылетели на стадии 1/8 финала, а во втором не смогли преодолеть групповой этап). Гораздо удачнее сложился Евро-1988, где подопечные Лобановского выиграли серебряные медали, лишь в финале проиграв сборной Нидерландов. Успешная игра Алейникова на этом турнире привлекла к нему внимание европейских клубов.