Illia foi convidado em 1975 para uma missão diplomática para a União Soviética; ele declinou e, em vez disso, propôs Alfonsín. Após seu retorno, Alfonsín tornou-se um dos membros fundadores da Assembleia Permanente para os Direitos Humanos. Foi o advogado de defesa de Mario Roberto Santucho, líder dos guerrilheiros do ERP, mas apenas para realizar o devido processo legal, e não por causa de um genuíno desejo de apoiá-lo. O golpe de Estado argentino de 1976 contra a presidente Isabel Martínez de Perón iniciou o Processo de Reorganização Nacional. Alfonsín apresentou vários pedidos de "Habeas corpus", solicitando liberdade para as vítimas de desaparecimentos forçados. Visitou outros países, denunciando os desaparecimentos e violações dos direitos humanos. Em 1976, estabeleceu a revista "Propuesta y control", uma das poucas revistas que criticaram a ditadura militar durante seus primeiros estágios. A revista foi publicada até 1978. Seus editoriais foram coletados em 1980 no livro "La cuestión argentina". Não apoiou a Guerra das Malvinas de 1982 e criticou o ataque argentino e o contra-ataque britânico. A derrota argentina na guerra marcou o declínio da ditadura militar. Os principais partidos políticos uniram-se na "Multipartidaria", emitindo um pedido conjunto à ditadura para que convocasse eleições. Alfonsín propôs a nomeação de Arturo Illia como chefe de Estado de um governo de transição, semelhante ao Metapolitefsi na Grécia. O Movimento de Renovação e Mudança assumiu o controle da UCR; Balbín morreu em 1981.