Шхерный флот активно участвовал в Русско-шведской войне (1808—1809), но без особого успеха. Россия атаковала шведские силы в Финляндии зимой, когда лёд сделал участие военно-морских сил в боевых действиях невозможным. Свеаборг, краеугольный камень в обороне Финляндии, был потерян на раннем этапе вместе с большей частью Финской эскадры. Война закончилась мирным договором, по которому Швеция лишилась Финляндии навечно.