К 22 годам Пепе только закрепился в «Анже», поэтому на тот момент казалось, что у него нет шансов попасть в сборную Франции. В ноябре 2016 года футболист принял приглашение ивуарийской федерации футбола и был включен в заявку на матч квалификации к ЧМ-2018 против Марокко (0:0). Дебютировал в официальном матче в составе национальной сборной Кот-д’ивуара 15 ноября 2016 года в товарищеском матче против сборной Франции, заменив на 86 минуте Макса Граделя. Долгое время Пепе не играл в официальных матчах, в 2017 он отправился с командой на Кубок Африки, но на поле так и не появился. Свои первые голы забивал в товарищеских встречах: против Того (дубль, 2:2) и Молдавии (2:1).