Іншай праявай антыімперыялістычнай палітыкі Сукарна стала ініцыяваная ім у 1963 годзе канфрантацыя з Малайзіяй — Джакарта выступіла катэгарычна супраць фармавання Малайзіі шляхам аб'яднання і брытанскіх калоній на Калімантане, асцерагаючыся яе ператварэння ў сатэліта Вялікабрытаніі і правадыра заходняга ўплыву ў рэгіёне. На Суматры і Калімантане былі разгорнены маштабныя вайсковыя падрыхтоўкі, была адкрыта аказана вайсковая дапамога антыбрытанскім групоўкам, што дзейнічалі ў Брунеі і іншых каланіяльных уладаннях, мабілізаваны больш 20 мільёнаў добраахвотнікаў для арміі ўварвання (усяго на патрэбы канфрантацыі сыходзіла каля 80 % дзяржбюджэту краіны). У 1964 годзе атрады інданезійскіх добраахвотнікаў неаднаразова ўрываліся на тэрыторыю Саравака і Сабаха, дзе ўступалі ў баі з дыслакаванымі там вайсковымі часткамі краін Брытанскай садружнасці, было праведзена некалькі няўдалых на тэрыторыі .