Kahn 3 Mart 2001'de Hansa Rostock ile oynadıkları karşılaşmada karıştığı bir olayda oyundan atıldı. Bayern Münih'in son dakikalara 2-3 yenik girdiği karşılaşmada, Alman kaleci köşe vuruşu sırasında ceza sahası içerisine girdi ve zıplayıp, yumruklarıyla topu rakip ağlara gönderdi. Hakem hiç bekletmeden kırmızı kartını göstererek Kahn'ı oyun dışı bıraktı. 2001 Şampiyonlar Ligi'nde Valencia'ya karşı oynadıkları finalde "Maçın Adamı" seçildi. İki takımın da 1-1'lik eşitliği bozamaması üzerine penaltılara gidilen karşılaşmada üç kurtarış yaparak şampiyonluğun gelmesinde önemli rol oynadı. Aynı zamanda, penaltı atışları sonrasında hayal kırıklığına uğrayan karşı takım kalecisi Santiago Cañizares'in yanına gidip onu teselli etmesiyle UEFA Fair Play Ödülü'nü de kazandı. Aynı yıl Tokyo'daki Ulusal Olimpiyat Stadyumu'nda düzenlenen Kıtalararası Kupa'da Bayern Münih, Arjantin ekibi Boca Juniors'ı mağlup edip kupayı kazanmayı başardı.