Captain Stoughton fotografierte seit der Amtseinführung am 20. Januar 1961 im und für das Weiße Haus. Neben Kennedy waren auch dessen Frau Jacqueline und die Kinder Motive. In den 34 Monaten der Amtszeit von Kennedy bis zu dessen Ermordung machte er rund 12.000 Fotos, darunter eines mit Robert F. Kennedy und Marilyn Monroe. Er war der einzige Fotograf an Bord der Air Force One, als diese nach dem Attentat nach Washington zurückflog. Hier entstand sein Foto von der Eidesleistung von Lyndon B. Johnson gegenüber Richterin Sarah T. Hughes. 1967 ging Stoughton als Major in den Ruhestand und arbeitete für den National Park Service. Zahlreiche seiner Fotos sind heute im Besitz der Präsidentenbibliotheken (John F. Kennedy Presidential Library and Museum und Lyndon Baines Johnson Library &amp; Museum).