1990'lardaki kanlı Cezayir İç Savaşı'nın—özellikle de isyancı Silahlı İslami Grup'un (GIA) 1994 yılında ülkedeki tüm gayrımüslimlere karşı savaş ilan etmesinin— ardından, ağırlıklı olarak başkent Cezayir'de, daha az sayılarda da Blida, Konstantin ve Oran şehirlerinde yaşayan bin civarındaki Yahudinin büyük bölümü de ülkeden göç etmiştir. Cezayir şehrindeki sinagog 1994 yılından sonra terk edilmiştir. Bu Yahudiler, 1962 yılında, ülkede kalmayı tercih eden sadece 10.000 Yahudiden geriye kalanları temsil ediyordu.