W reprezentacji Kolumbii Hernández zadebiutował w 1997 roku. W 2001 roku został powołany do kadry na Copa América. Na tamtym turnieju, wygranym przez Kolumbię, zagrał w meczach z Wenezuelą (2:0), Ekwadorem (1:0), Chile (2:0), Peru (3:0), Hondurasem (2:0) i Meksykiem (1:0). W spotkaniu z Peru strzelił także gola.