В 1992 году, в преддверии выборов в кнессет 13-го созыва, Кейсар в рамках первых в истории партии «Авода» праймериз выставил свою кандидатуру на пост лидера партии. В борьбе с Ицхаком Рабином, Шимоном Пересом и Орой Намир он получил около 20 % голосов членов партии. После победы на выборах возглавивший правительство Рабин назначил Кейсара заместителем премьер-министра и министром транспорта. В связи с назначением на пост министра освободил должность генерального секретаря Гистадрута, которую занял Хаим Хаберфельд. Пост министра транспорта Кейсар сохранил и после убийства Рабина, в правительстве Переса. В период его руководства министерством был запущен ряд масштабных проектов по развитию инфраструктуры. Среди этих проектов — прокладка под Иерусалимом транспортного тоннеля, через который с севера на юг города прошло шоссе 4; утверждение проекта сети тоннелей под горой Кармель; расширение шоссе Аялон в Гуш-Дане; модернизация международного аэропорта имени Бен-Гуриона; и создание марин в Герцлии и Ашкелона. При Кейсаре также начали работу радиостанции «Гальгалац» и «Коль ха-дерех», вещавшие в частности о ситуации на дорогах страны.