Le 11 juillet 2002 marque le début de la crise de l'îlot Persil. Des membres de la marine royale marocaine occupent l'île inhabitée de Persil, un promontoire inhospitalier situé le long de la côte nord-africaine. Six jours plus tard, le gouvernement espagnol lance l'opération Romeo-Sierra. Vingt-huit membres du groupe d'opérations spéciales de la marine espagnole prennent le contrôle de l'îlot, capturant les six cadets marocains présents, qui n'offrent aucune résistance. La relation diplomatique n'est rétablie qu'en janvier 2003. En juillet, le Maroc se plaint du manque de neutralité espagnol dans le dossier du conflit du Sahara lorsqu'il siège au Conseil de sécurité des Nations Unies, et en octobre, l'Espagne suspend les ventes d'armes au Maroc en raison de la crise de l'îlot de Persil. Le Premier ministre José Luis Rodríguez Zapatero se rend au Maroc en avril 2004, et le roi Juan Carlos effectue également une visite en janvier 2005. Dans les deux cas, des déclarations communes ont été faites pour parvenir à une solution négociée du conflit du Sahara. Cependant, les visites du président et du roi en 2006 et 2007 refroidissent encore une fois les relations. En 2008 toutefois, une autre étape a été franchie dans le « processus de Barcelone » à l'occasion de la création de l'Union pour la Méditerranée, sur proposition du président français, une union à laquelle se joignent l'Espagne et le Maroc.