1560 befehligte Doria eine Flotte von 200 Schiffen und 30.000 Soldaten der Heiligen Liga, die Tripolis angreifen sollte. Die Stadt wurde inzwischen von Turgut Reis, den Barbarossa 1544 freigekauft hatte, beherrscht. Die Flotte sammelte sich bei Messina. Am 12. März 1560 eroberte Doria die Insel Djerba, welche die Seewege zwischen Algier, Tunis und Tripolis beherrschte. Daraufhin entsandte Sultan Süleyman eine Flotte von 120 Schiffen unter Piyale Pascha, die am 9. Mai vor Djerba eintraf und die Spanier angriff. Die Seeschlacht von Djerba mit der spanischen Flotte dauerte bis zum 14. Mai. Am 12. Mai sandte Turgut Reis weitere Schiffe, was den Sieg der Osmanen sicherstellte. Die Liga verlor etwa 60 Galeeren und 20.000 Mann, also 2/3 ihrer Soldaten. Giovanni Andrea Doria floh auf einem kleinen Schiff. Die Osmanen besetzten Djerba aufs Neue.