В молодости Уильям Кристи думал стать врачом, однако увлечение изобразительным искусством взяло верх, и он поступил в Гарвардский университет, чтобы изучать историю искусств (1962). Окончив Гарвард в 1966 году, он поступил в Йельский университет, где изучал игру на клавесине у Ралфа Киркпатрика (1966—1970), а позднее у . Чтобы не попасть в армию в время Вьетнамской войны, Кристи включился в программу подготовки офицеров запаса. В 1970—71 годах возглавлял департамент музыки Дартмут-колледжа (штат Нью-Гэмпшир). После расстрела в Кентском государственном университете решил уехать из США. По рекомендации Джона Эвартса, музыкального посла при ЮНЕСКО, он уехал из страны и присоединился к Симфоническому оркестру BBC.