Die Partei von Nawaz Sharif gewann mit großer Mehrheit die Wahlen vom Februar 1997 und erreichte zwei Drittel der Sitze in der Versammlung. Seit März 1997 versuchte Sharif den 8. Zusatz der Verfassung zu mildern, der es dem Präsidenten gestattet, die gewählte Regierung abzusetzen und Militärpersonen in hohe Ämter zu berufen. Der oberste Gerichtshof wies diese Vorhaben ab und eröffnete erneut eine Untersuchung gegen den Premierminister wegen Korruption. Die Reform führte letztendlich zum Rücktritt Präsident Legharis im Dezember 1997 und zur Abberufung des Präsidenten des obersten Gerichtshofs. Muhammad Rafiq Tarar, der Sharif nahestand, wurde 1998 zum Präsidenten gewählt. Die politischen Rechte wurden zunehmend eingeschränkt. Eine Hetzkampagne gegen Regimegegner begann, die Presse wurde mundtot gemacht, und bekannte Journalisten wurden festgenommen und geschlagen. Im Mai 1998 führte Indien fünf unterirdische Kernwaffentests durch, worauf Pakistan mit einer Reihe eigener Versuche in Belutschistan antwortete. Die USA verhängten Sanktionen gegen beide Länder. Im Sommer 1999 brach ein neuer Konflikt mit Indien aus. Kaschmirische Kämpfer, die von pakistanischen Truppen unterstützt wurden, führten eine Serie von Überfällen nahe der Stadt Kargil im indisch verwalteten Teil Kaschmirs durch. Nach mehrwöchigen Kämpfen (vgl. Kargil-Krieg) zogen sich die Kämpfer im August unter der Kontrolle Indiens aus dessen Staatsgebiet zurück. Am 12. Oktober 1999, nachdem Sharif versucht hatte, den General Pervez Musharraf abzusetzen, führte dieser einen Militärputsch gegen den Premierminister durch und setzte die Verfassung außer Kraft. Der Begriff „Kriegsrecht“ wird nicht mehr verwendet, dennoch begann eine neue Zeit unter militärischer Kontrolle.