Diefenbaker blieb in der Opposition Vorsitzender der Progressiv-konservativen Partei. Als er im November 1963 vom Attentat auf John F. Kennedy erfuhr, hielt er im Unterhaus eine Rede. Dabei bedauerte er den Verlust eines „Leuchtturms der Freiheit“. Kennedy sei „trotz aller Differenzen die Verkörperung der Freiheit“ gewesen, „nicht nur in seinem eigenen Land, sondern weltweit.“ 1964 führte Diefenbaker in der Debatte über eine neue Flagge Kanadas die Gegnerschaft an, nachdem Pearsons Vorschlag einer Flagge mit drei Ahornblättern abgelehnt worden war. Diefenbaker zog die existierende Kanadische Red Ensign vor, oder wahlweise eine Flagge mit Symbolen des nationalen Erbes. Er lehnte die letztlich angenommene "Maple leaf flag" mit einem Ahornblatt und zwei roten Streifen ab, da „ihr allenfalls Peruaner salutieren würden.“ Nach Verabschiedung des Flaggengesetzes sang die befürwortende Mehrheit "O Canada", während Diefenbaker und die ablehnende Minderheit mit "God Save the Queen" dagegen hielten.