Jan Filips Eugeen van Merode was het enige overlevende kind van Maximiliaan van Merode (de zoon van Anna Maria Sidonia van Bronckhorst-Batenburg-Steyn) en Isabella-Margaretha van Merode. Zijn ouders waren zeer naaste verwanten (oom en nicht) en waren gehuwd met pauselijke dispensatie in een wanhoopspoging om met hun huwelijk de erfenis bijeen te houden en zo de familie van het bankroet te redden. Een jaar na zijn geboorte stierf zijn vader en naderhand trad zijn moeder in het huwelijk met de hertog van Hollstein-Retwisch. Deze legeraanvoerder stuurde de jonge Jan Filips Eugeen in de richting van een militaire carrière. Reeds als vijftienjarige woonde hij de veldslag bij in het Noord-Afrikaanse Oran tegen de sultan van Marokko. In de loop van zijn carrière zou Van Merode onder heel wat verschillende vorsten dienen. In de woelige jaren van de Spaanse Successieoorlog moest Jan Filips Eugeen soms noodgedwongen het andere kamp kiezen om zijn heerlijkheden te kunnen behouden. Achtereenvolgens diende hij met zijn regiment (het zogenaamde 'Regiment van Westerloo') onder de Stadhouder Willem III, de Spaanse koning Karel II, de nieuwe Spaanse koning Filips V, Maximiliaan II Emanuel van Beieren en de Habsburgs/Oostenrijkse keizers Leopold I, Jozef I en Karel VI. Aanvankelijk verloopt zijn militaire carrière voorspoedig. In 1694 wordt hij verheven tot ridder in de Orde van het Gulden Vlies. Het succes dat hij boekte met zijn regiment in de veldslag bij Ekeren in 1703 leverde hem de titel van veldmaarschalk op. De slag bij Höchstädt in 1704 was wellicht een dieptepunt in zijn militaire carrière. Hij ontsnapte er ternauwernood aan de dood en verloor de veldslag aan de zijde van de Fransen onder het opperbevel van Tallard en Marsin.