Boris Jeltsinin presidenttikaudella Naina Jeltsina osallistui joillekin miehensä tekemille virkamatkoille, varsinkin Suomeen ja Ruotsiin vuonna 1997 sekä matkalle Kiinaan vuonna 1999. Jeltsina ei koskaan pyrkinyt sekaantumaan miehensä poliittiseen toimintaan. Kuitenkin vuoden 1996 vaalitaistossa hän kohtasi äänestäjiä ja antoi haastatteluja medialle. Naina Jeltsinan merkittävin julkinen esiintyminen oli hänen miehensä hautajaisissa huhtikuussa 2007.