Nach Ende des Kosovokrieges setzte er seine Arbeit an der Universität Pristina weiter, war dort 1997 bis 2004 Direktor des Büros für Internationale Beziehungen und danach bis 2005 Prorektor für Internationale Zusammenarbeit. Gleichermaßen ist Kuçi als Professor an der Fakultät für Rechtswissenschaften und der Fakultät für Politikwissenschaft und öffentliche Verwaltung an der Universität Pristina sowie an der Fakultät für Rechtswissenschaften an der SEE Universität in Mazedonien tätig.