Pada bulan-bulan setelah serangan 11 September di Amerika Serikat, Karzai bersama-sama dengan kaum Mujahiddin yang setia kepada Aliansi Utara Afgan bekerja bersama dengan Amerika Serikat menggulingkan Taliban di Afganistan dan mengumpulkan dukungan untuk pemerintahan yang baru. Pada Desember 2001, para pemimpin politik Afgan di pembuangan—banyak di antaranya tidak memiliki pengikut di Afganistan sendiri—berkumpul di Bonn, Jerman untuk menyepakati struktur kepemimpinan yang baru.