Tras el Golpe de Estado en Egipto de 2013 en julio de 2013 que derrocó al entonces presidente del país, el islamista y miembro de la Hermandad Mohamed Morsi, Badía pasó a ser buscado por las nuevas autoridades junto con otros líderes de la Hermandad, Badía se escondió junto con miles de manifestantes de la Hermandad en la acampada de Raba al Adawiya, hasta que finalmente el 20 de agosto fue arrestado acusado de "incitar al asesinato de manifestantes".