Während der Aufregung, die mit dem Auftauchen der Schiffe des amerikanischen Admirals Perry 1853 verbunden war, wurde Nariaki vom Leiter der Verwaltung des Shogunats, Abe Masahiro, gebeten, der Zentralregierung als Ratgeber bei der Küstenverteidigung zu dienen. Als es um die Nachfolge des kinderlos verstorbenen Shōgun Tokugawa x ging, war Nariaki der Hauptvertreter der Hitotsubashi-Faktion. Diese Gruppe unterstützte Nariakis 7. Sohn, Yoshinobu, der von der Hitotsubashi-Familie, ein der Gosankyō der Tokugawa, adoptiert worden war. Nariaki geriet damit in einen Konflikt mit dem Kanzler Ii Naosuke, der Tokugawa Iemochi aus dem Haus der Wakayama-Zweigfamilie der Tokugawa für geeigneter fand und ihn 1858 als 14. Shōgun einsetzte. Ein weiterer Konflikt entzündet sich am Harris-Vertrag im selben Jahr: Nariaki kritisierte, dass der Vertrag ohne kaiserliche Unterschrift zustande gekommen war. Das Shogunat reagierte darauf mit der Verurteilung Nariakis, der den Rest des Lebens im Hausarrest verbringen musste.