Спустя год после дебюта в сборной Швайнштайгеру удалось забить свой первый гол за национальную команду — в товарищеском матче с Россией. Через 10 дней после этого, 18 июня 2005 года, он впервые забил в матче официального турнира, чем помог своей команде в рамках Кубка конфедераций обыграть Тунис со счётом 3:0. В дальнейшем Бастиан был включён в состав своей сборной на чемпионат мира 2006 года. Германия смогла принять участие в матче за третье место с Португалией, в котором Швайнштайгер сыграл одну из ключевых ролей: он смог забить два гола, благодаря чему немецкая сборная победила 3:1 и завоевала бронзовые медали домашнего турнира. Бастиан был признан лучшим игроком того матча. Третий гол также был забит при участии Швайнштайгера: после его удара португалец Арманду Пети срезал мяч в свои ворота.