Pierwsze bojowe zastosowanie samolotu B-1 Lancer nastąpiło podczas operacji „Desert Fox” w Iraku, w grudniu 1998 roku. Samoloty B-1 Lancer brały także udział w operacji „Allied Force” w byłej Jugosławii w 1999 roku. Dokonywały również bombardowań podczas operacji „Enduring Freedom” w Afganistanie w latach 2001–2002 oraz w trakcie operacji „Iraqi Freedom” w Iraku.