Dzięki sojuszowi Bawarii z I Cesarstwem Francuskim, terytorium Bawarii się powiększyło, a Bawaria uzyskała pierwszą liberalną konstytucję. Pod koniec wojen napoleońskich Bawaria przeszła na stronę koalicji. Była obszarem tranzytowym dla armii sojuszniczej i wroga, była także miejscem bitew między armiami francuskimi pod dowództwem Napoleona i jego przeciwnikami, zwłaszcza Austrią (m.in. bitwa pod Eckmühl). Chociaż Bawarczycy nie brali udziału w ostatniej, decydującej bitwie przeciwko Napoleonowi, bitwie pod Lipskiem w październiku 1813 roku, w której Napoleon poniósł druzgocącą porażkę, to znaleźli się oni po stronie zwycięzców.