Неста начал представлять Италию на международной арене со сборной до 21 года, которая выиграла чемпионат Европы среди молодёжи 1996 года. В финале Италия по пенальти обыграла Испанию со счётом 4:2 (1:1 в основное время), Неста свой удар реализовал. Несколько месяцев спустя Арриго Сакки вызвал его в сборную Италии на Евро-1996 в Англии, но Неста так и не вышел на поле, Италия не прошла групповой этап, уступив Германии и Чехии. В том же году Неста принял участие в футбольном турнире Олимпийских игр. Защитник сыграл все три матча группового этапа, но команда заняла последнее место и покинула турнир. Он сыграл свой первый матч за основную сборную 5 октября 1996 года под командованием Чезаре Мальдини в квалификации на чемпионат мира 1998 года против Молдавии и в конечном итоге сыграл семь матчей в отборочной кампании. В финальной части турнира Неста сыграл во всех трёх групповых матчах. Он играл вместе с Паоло Мальдини, Фабио Каннаваро, Алессандро Костакуртой и Джузеппе Бергоми. Он помог Италии не пропустить в матче против Камеруна, однако в матче с Австрией получил серьёзную травму и не смог продолжить турнир. Италия проиграла в четвертьфинале хозяевам и будущим чемпионам — Франции — по пенальти.