Bosnian sodan aikana Komšić palveli Bosnia ja Hertsegovinan tasavallan armeijassa ja hänet palkittiin kultaisen liljan ansiomerkillä. Sodan jälkeen hän aloitti poliittisen uransa Sarajevon varapormestarina, Jugoslavian liittovaltion lähettiläänä ja oli kaksi kautta Novo Sarajevon kunnallishallituksen johdossa.