Yasuto Honda debutó para la Selección de fútbol de Japón ante Arabia Saudita el 24 de octubre de 1995. En 1996, disputó todos los partidos que tuvo su combinado en la Copa Asiática 1996. En 1997, a pesar de que fue partícipe en las eliminatorias para la Copa Mundial de 1998, sus oportunidades de mostrarse disminuyeron en el último trayecto de éstas. En total, jugó 29 encuentros y convirtió un gol para los "Samuráis Azules" hasta 1997.