Несмотря на это, в 1809 году Елачич снова был назначен командовать корпусом. В сражении при Санкт-Михаэле корпус Елачича был разбит французским корпусом генерала Гренье. Войска Елачича отошли на соединение с эрцгерцогом Иоанном, были вместе с ним разбиты Евгением Богарне в Битве при Раабе и не смогли прийти на помощь австрийской армии в битве при Ваграме.