Gegen diese Disqualifikation und die damit zusammenhängende Sperre protestierte der kubanische Verband und erreichte, dass die Sperre auf ein Jahr verkürzt wurde und Sotomayor an den Olympischen Spielen 2000 teilnehmen durfte. Mit 2,32 Meter gewann er in Sydney Silber hinter dem Russen Sergei Kljugin mit 2,35 Meter. Bei den Hallenweltmeisterschaften 2001 in Lissabon wurde Sotomayor mit 2,25 Meter Fünfter. Im Freien bei den Weltmeisterschaften in Edmonton belegte er den vierten Platz; dieser wurde ihm aber wegen Dopings aberkannt (bei einer Trainingskontrolle war Nandrolon in der Probe entdeckt worden). Der nun fälligen lebenslangen Sperre entzog sich Sotomayor durch seinen Rücktritt vom Sport im Herbst 2001.