Jasir Arafat wybrał Gazę jako pierwszą stolicę Autonomii Palestyńskiej. W marcu 1996 roku w Gazie odbyła się inauguracyjna sesja "Palestyńskiej Rady Narodowej". Palestyńska populacja w Strefie Gazy cierpiała z powodu złego zarządzania i wysokiej korupcji. Większość inwestycji budowlanych i przemysłowych w Strefie było uzależnionych od wysokich łapówek, których wymagała administracja oraz palestyńskie siły bezpieczeństwa. Powodowało to wzrost niezadowolenia społecznego. Gdy we wrześniu 2000 roku wybuchło palestyńskie powstanie Intifada Al-Aksa, zbrojne organizacje Hamas i Islamski Dżihad przeprowadziły ze Strefy Gazy wiele ataków terrorystycznych na Izrael. Był to także początek ostrzału rakietowego i moździerzowego żydowskich osiedli oraz terenów przygranicznych ze Strefą.