Все шесть лет правления Альфонсо были отмечены войнами со своими соседями, а также борьбой с папством. Папа римский Николай IV, как и его предшественники, стремился сохранять баланс между европейскими правящими династиями, не давая чрезмерно усилится тому или иному королевству. Хотя после Сицилийской вечерни (29 марта 1282 года) Сицилия попала под власть Арагона, 29 мая 1289 года в пику Хайме II Арагонскому папа короновал сицилийским королём Карла II из дома Анжу в обмен на признание им сюзеренитета Святого престола, а затем отлучил Альфонсо III от церкви.