Bei der Plünderung Roms (410) durch die Westgoten wurden viele Katakomben zerstört. Weil die Pilgerreisen und Wallfahrten zu den Katakomben mit ihren Märtyrer- und Heiligengräbern aber noch zugenommen hatten, wurden die im 4. Jahrhundert angelegten Rundgänge zu den bedeutendsten Grabstätten ("itinera ad sanctos") restauriert. Zeichen für den intensiven Besuch der Märtyrergräber sind die Hunderte von Graffiti, die von den Gläubigen in den Räumen um die Gräber und in den Zugängen eingeritzt wurden. Zu Beginn des 6. Jahrhunderts erweiterte man einige unterirdische Räume, um den Altar für die Feier der Eucharistie direkt über ein Märtyrergrab ("ad corpus") setzen zu können. In Fortentwicklung dieses Brauchtums wurden später auch sogenannte Katakombenbasiliken errichtet, deren Dächer aus dem Boden herausragten, zum Beispiel die Basilika Santi Nereo e Achilleo in der Domitilla-Katakombe.