MÖ 47 yılının ilk aylarını Mısır'da geçiren Sezar, daha sonra Anadolu'ya yöneldi ve Pontus kralı II. Farnekes'i yok edeceği Zela Savaşı'nı kazandı. Zela Savaşı'ndaki zaferi anlatan "Veni, vidi, vici" (Türkçe: Geldim, gördüm, yendim) sözlerini yazarak Roma'da bulunan yardımcısı Gaius Matius'a gönderdi. Ardından Pompey'in Afrika'da kalan senatoryal destekçileri ile hesaplaşmak üzere 28 Aralık MÖ 47 tarihinde Afrikaya geçerek Hadrumetum'da (modern Sousse, Tunus) karaya çıktı. Pompey ortadan kalkmıştı ancak muhafazakâr Cumhuriyetçiler teslim olma niyetinde olmadıklarından Marcus Cato ve Caecilius Metellus Scipio liderliğinde Afrika eyaletlerinde bir direniş organize etmişlerdi. Doğu eyaletlerinde kontrolü sağlayıp, Roma'ya kısa bir ziyaret gerçekleştiren Sezar muhaliflerini takip etmek amacıyla 28 Aralık MÖ 47 tarihinde Afrikaya geçerek Hadrumetum'da (modern Sousse, Tunus) karaya çıktı. Şubat başında Sezar Thapsus'a geldi ve kenti, güney girişini üç sıra tahkimatla kapatarak, kuşattı. Metellus Scipio önderliğindeki cumhuriyetçiler konumlarını kaybetme riskini göze alamayarak savaşı kabul etmek zorunda kaldılar. Sezar'ın süvarileri başarılı bir manevra ile üstün gelerek parlak bir zafer kazandı. Thapsus Savaşı sonrasında Metellus Scipio ölürken Cato ise intihar etti. Bununla beraber, Pompey'in oğulları Gnaeus Pompeius ve Sextus Pompeius, Sezar'ın eski Legatesi ve Galya savaşlarının iki numaralı komutanı Titus Labienus ile birlikte Hispania'ya kaçtı. Sezar takibe devam etti ve geri kalan son muhalifleri de MÖ 45 yılı Mart ayında yapılan Munda Savaşı ile yok etti.