Im Gegensatz zu der radikalen Gruppe in Plymouth handelte es sich bei den Siedlern in Massachusetts um gemäßigte Puritaner. Die moderate Haltung bezog sich allerdings nur auf die anglikanische Staatskirche – nicht auf die calvinistischen Prinzipien. Im 17. Jahrhundert erfuhr speziell der Puritanismus in Massachusetts eine spürbare Radikalisierung. Das rigide-unduldsame, teilweise Züge einer Theokratie annehmende Kontrollsystem führte bereits sehr früh zur Gründung zweier Ablegerkolonien: Rhode Island und Connecticut. Die theologische Dogmatik der Massachusetts-Kolonie war stark von ihren drei geistlichen Führern geprägt: John Cotton (1585–1652), Increase Mather (1639–1723) und dessen Sohn Cotton Mather (1663–1728). Alle drei propagierten eine stark fundamentalistisch geprägte Auslegung des Puritanismus. Seinen Höhepunkt erreichte der puritanische Radikalismus mit den Hexenprozessen von Salem (1692). Ab der Wende zum 18. Jahrhundert setzte schließlich ein Umdenken und eine Wende zur Liberalisierung ein. Die privilegierte Sonderstellung der puritanisch orientierten kongregationalistischen Kirche allerdings blieb in diesem Teil der Kolonien noch lange erhalten – mit der Folge, dass Baptisten, Quäker und Anglikaner lediglich einen Duldungsstatus genossen.