O aparecimento de sentimentos "catalanistas" e "bascos" nas "províncias" onde se desenrolavam os combates, a par da catástrofe militar e da lamentável situação em que se encontrava o Tesouro Real - as despesas de guerra provocaram um grave déficit - obrigaram a Manuel Godoy para iniciar negociações de paz. Do lado francês, também havia o cansaço da guerra, e a queda de Robespierre em julho de 1794 e a chegada ao poder dos republicanos moderados ou termidorianos abriram uma nova etapa na República. Após os primeiros contatos malsucedidos, as negociações aconteceram em Basel, onde viveu François Barthélemy , representante da República Francesa na Confederação Suíça, para onde se dirigiu Domingo de Iriarte, embaixador da Monarquia de Carlos IV na corte de Varsóvia, que conhecia Barthélemy desde a sua estada na embaixada de Paris em 1791, amizade que muito facilitou a obtenção de um acordo - que também foi favorecido pelos morte na prisão do delfim Luís XVII em 8 de junho de 1795, já que Carlos IV exigia sua libertação como condição para alcançar a paz. Assim, os dois plenipotenciários finalmente assinaram o Tratado de Basileia em 22 de julho de 1795, que pôs fim à Guerra da Convenção.