В Отечественную войну 1812 года Гундиус вновь бился против Наполеона. Был в сражениях под Вильной, Витебском, Смоленском, при Колоцком монастыре и на Бородинском поле. Далее он вместе со всей армией отступил в Тарутинский лагерь и за отличие при защите лагеря был 23 января 1813 года награждён орденом св. Владимира 4-й степени с бантом.