По време на Първата балканска война Скутунов участва в боевете при превземането на Одринската крепост като командир на батарея. На 5 август 1913 г. е произведен в чин поручик и е назначен за адютант на инспектора на артилерията в Министерството на войната генерал Пантелей Ценов. В началото на 1914 г. е изпратен да учи в Руското военноморско училище, което завършва в края на 1915 г. с чин мичман II ранг и е назначен за командир на бреговата батарея на нос Галата. По време на Първата световна война Скутунов е ротен командир на Радиотелеграфната рота във флота. Скоро след това поема командването на миноносец „Строги“. На 16 март 1917 г. е произведен в чин капитан и става адютант на началника на флота полковник Константин Кирков. От февруари 1918 г. е командирован да учи за офицер на подводница в Германското подводно училище в град Екернфьорде, а по-късно същата година постъпва на обучение в Торпедното училище във Фленсбург, като след завършването му отива на практическа специализация в германската морска база на остров Хелголанд.