Im Jahr 1804 wurde Wernhardt auf Begehren des kommandierenden Generals in Mähren, Maximilian Baillet von Latour, zu dessen innehabenden Chevaulegers-Regiment transferiert, blieb jedoch fortwährend beim Feldmarschalleutnant Johann Siegmund Graf von Riesch, den er auch zu Beginn der Kriegsoperationen des Jahres 1805 zur Armee in Deutschland begleitete. Hier teilte er am 19. Oktober des Jahres, gerade zum zweiten Rittmeister vorgerückt, das traurige Schicksal sämtlicher in Ulm eingeschlossenen k. k. Truppen und geriet in Kriegsgefangenschaft, aus der er aber bald „auf Parole“ wieder entlassen wurde. Nach der kurzen Friedenszeit wurde er im Oktober 1808 von Feldmarschalleutnant Riesch zum Ersten Rittmeister in seinem Dragonerregiment befördert, woselbst er bald darauf einrückte, und das Eskadronskommando bis zum Februar 1809 führte, dann aber am 25. des Monats zum Generalquartiermeisterstab nach Wien berufen, mit der Bestimmung, in das Hauptquartier Erzherzog Karls übersetzt zu werden. In dieser Eigenschaft befand sich Wernhardt in den Treffen bei Landshut am 16. und bei Hausen am 19. sowie der Schlacht bei Regensburg vom 20. bis 23. April des Jahres. Vom Schlachtfeld von Aspern, wo er eine leichte Verwundung davongetragen hatte, wurde er mit der Meldung des erfochtenen Sieges an den in Woltersdorf weilenden Kaiser gesendet und von Erzherzog Karl weit außer der Tour zum Major und gleichzeitig zum Flügeladjutanten ernannt. Auch bei Baumersdorf am 5. Juli, Wagram am 6. Juli, Korneuburg am 7. Juli und Znaim am 10. Juli des Jahres kämpfte er ehrenvoll.