Vugrinec wurde von 1996 bis 2006 auch in insgesamt 28 Länderspielen der kroatischen A-Nationalmannschaft eingesetzt und schoss dabei sieben Tore. Sein Länderspiel-Debüt gab er noch im April 1996, aber müsste danach bis Oktober 1998 warten um wieder im Kader der kroatischen Nationalmannschaft zu stehen. Damals erzielte er beim EM-Qualifikationsspiel gegen Malta in seinem zweiten Länderspiel gleich einen Doppelpack. Im Jahr 2000 wurde er dann endgültig zum Stammspieler in der kroatischen Nationalmannschaft. Damals bestritt er für die Mannschaft auch sieben Spiele der WM-Qualifikation und erzielte dort in Heimspielen gegen Lettland und San Marino je ein Tor. Im Juni 2002 bestritt er für die kroatische Nationalmannschaft auch zwei Spiele bei der Fußball-Weltmeisterschaft in Japan. Nach dieser WM kam er aber nur noch in fünf Länderspielen zum Einsatz.