2002-ൽ ഗോദ്രാ കൂട്ടക്കൊലയെത്തുടർന്ന് ഗുജറാത്തിൽ മുസ്ലീങ്ങൾക്കെതിരെ പൊട്ടിപ്പുറപ്പെട്ട കലാപത്തിൽ അന്നത്തെ ബി.ജെ.പി മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന നരേന്ദ്ര മോദി ന്യൂനപക്ഷങ്ങളെ സംരക്ഷിക്കാനുള്ള നടപടികളിൽ മനഃപൂർവം വീഴ്ച വരുത്തി എന്ന് ആരോപിക്കപ്പെട്ടു. സംസ്ഥാനത്തെ ഒരു വനിതാമന്ത്രിയായിരുന്ന കൊട്നാനി, ആരോപണത്തെ തുടർന്ന് രാജി വക്കുകയും ചെയ്തു. ദേശീയ മനുഷ്യാവകാശ കമ്മീഷൻ, അക്ക്രമങ്ങൾ തടയുന്നതിൽ സംസ്ഥാന സർക്കാർ "സമ്പൂർണ്ണ പരാജയം" എന്നാണ് വിശേഷിപ്പിച്ചത്‌. സുപ്രീം കോടതി മുൻജസ്റ്റീസായ നാനാവതിയുടെ നേതൃത്വത്തിൽ ഈ ആരോപണം അന്വേഷിക്കുകയും പോലീസിന് വീഴ്ച പറ്റിയിട്ടില്ല എന്ന് കണ്ടെത്തുകയും ചെയ്തു. ഇതിനോടനുബന്ധിച്ച് ഇപ്പോഴും കേസുകൾ നിലവിലുണ്ട്.