Después de la independencia, una marina de guerra se estableció en virtud de Coronel Pablo Zufriategui, un veterano de las campañas de Artigas y los Treinta y Tres Orientales. Como Capitán General de Puertos, luchó contra el contrabando y en 1832 dirigió la primera batalla como soberano de la goleta "Águila" persiguiendo a la nave pirata "Exquisit" en aguas uruguayas.