Beim Tod des Vaters 1582 war Johann, der die militärische Laufbahn einschlug, schon volljährig. Von seinen sechs jüngeren Brüdern lebte nur noch der damals siebenjährige Maximilian. 1591 unternahm Johann eine ausgedehnte Reise nach Westeuropa. Im Achtzigjährigen Krieg befehligte er in den Niederlanden zeitweise ein habsburgisches Heer, das auf Seiten des spanischen Königs kämpfte. Nachdem 1593 an der habsburgisch-türkischen Grenze der Türkenkrieg wieder entflammte, verlegte er seinen Wirkungskreis nach Ungarn. In der Bekämpfung der Türken setzte er eine von ihm entwickelte Petarde ein, mit deren Hilfe bei einer Belagerung die Stadt- und Burgtore sowie andere Wehranlagen geöffnet bzw. gesprengt werden konnten. Mit ihrem Einsatz gelang es ihm, eine Wende zugunsten des kaiserlichen Heeres herbeizuführen. Diese von ihm entwickelte Konstruktion fand als „Pernsteinsche Petarde“ ("pernštejnska petarda") Eingang in die Militärgeschichte.