Гюндаган гуляў за зборныя Германіі розных узростаў. У жніўні 2011 года атрымаў свой першы выклік у галоўную зборную на таварыскі матч супраць зборнай Бразіліі, але гэтак і не выйшаў на поле. 11 кастрычніка 2011 года ён дэбютаваў пасля таго, як выйшаў на замену ў хатнім матчы супраць зборнай Бельгіі ў адборачным турніры да Еўра 2012.