Dengan pelatih baru Alfio Basile, Zanetti dipanggil untuk pertandingan persahabatan melawan Prancis pada tanggal 7 Februari 2007. Ia bermain cemerlang dan membantu Javier Saviola mencetak satu-satunya gol yang juga memberi kemenangan pertama Argentina di bawah manajemen Basile. Pada tahun yang sama, Zanetti adalah wakil kapten dari skuat Argentina pada Copa América 2007, setelah sebelumnya ikut di turnamen tahun 1995, 1999 dan 2004.