Guillaume prend par la suite part à toutes les victoires du prince de Condé, mais est fait prisonnier à la bataille de Lens. Dès sa libération il regagne Paris, mais son protecteur est lui-même incarcéré, pendant l'épisode de la Fronde (le Grand Condé fut d'ailleurs arrêté par le grand-oncle maternel de Guillaume, François de Comminges de Guitaut). À sa libération, Guillaume retrouve sa place auprès du premier prince du sang et combat pour le compte du roi d'Espagne. C'est seulement en 1659 que de retour en France, Guitaut apporte au roi la soumission de son maître. Au reste le roi d'Espagne, reconnaissant envers Condé, exigea une amnistie totale pour le prince et ses lieutenants (dont Guitaut).