Кубок мира по марафону 1999 года прошёл 28 (мужчины) и 29 августа (женщины) в рамках чемпионата мира по лёгкой атлетике в Севилье (Испания). Участники разыграли командный приз в соревнованиях у мужчин и женщин. Медали в индивидуальном первенстве вручались в рамках чемпионата мира.