Nach Beginn des Unternehmens Barbarossa kämpfte er mit seiner Einheit am Mittel- und Südabschnitt der Ostfront. Am 15. Juli 1941 erhielt er das Ritterkreuz des Eisernen Kreuzes wegen seines Einsatzes in Wilna. Sein Verband war zeitweise der Armeeabteilung Hollidt unterstellt und bei Operationen am Don und im Donez-Becken im Einsatz. In diesem Zusammenhang wurde ihm am 14. März 1943 das Deutsche Kreuz in Gold sowie am 22. August 1943 das Eichenlaub zum Ritterkreuz des Eisernen Kreuzes (278. Verleihung) verliehen. Am 1. März 1944 wurde er General der Panzertruppe und zwei Tage später Kommandierender General des XXXXVII. Panzerkorps, zunächst an der Ost- und später an der Westfront. Am 4. September 1944 ging er in die Führerreserve des OKH, aus der er am 28. Februar 1945 verabschiedet wurde. Mit der deutschen Kapitulation geriet Funck am 8. Mai 1945 in sowjetische Kriegsgefangenschaft, aus der er am 9. Oktober 1955 entlassen wurde.