Беријино име је постало блиско идентификовано са Великом чистком такође, али у ствари, он је председавао НКВД-ом током олабављивања репресије. Преко 100.000 људи је пуштено из радних логора, и званично је признато да је било неких неправедности и „ексцеса“ током чистки, за које је окривљен Јежов. Па ипак, ова либерализација је била релативна: хапшења и ликвидације су настављене, а 1940, како се рат приближавао, чистке су опет добиле на снази. Током овог периода, Берија је надгледао депортације становништва из Пољске и балтичких земаља, након што су их окупирале совјетске снаге. Марта 1940. је припремао наређење за погубљење 25.700 Пољака, међу којима су били интелектуалци, и 14.700 ратних заробљеника у Катињској шуми, недалеко од Смоленска и на два друга места масовних егзекуција.