南洋諸國有安南（陳朝）、占城與爪哇（滿者伯夷）等國。安南國據有今越南北部，於五代北宋時期獨立於中華。蒙古大汗蒙哥於1257年派兀良哈台南攻安南，蒙越戰爭爆發。越南陳太宗被蒙軍擊敗，上表稱臣，蒙哥封為安南國王，而越南陳聖宗繼位後不願向元朝稱臣。當時在安南南方還有占城國，1282年占城國王因陀羅跋摩六世遣使朝貢，元世祖因此設置荊湖占城行中書省，以阿里海牙為該行省的平章政事。由於占城王扣留元使，元世祖藉此發兵分水陸攻打占城與安南。他以唆都率水軍由廣州渡海攻打占城。隔年蒙古水軍攻下占城國王據守的木城，占城國王因陀羅跋摩六世求和，但於蒙古退軍後殺使者。1284年元世祖再派鎮南王脫歡、阿里海牙與唆都率陸軍借道安南南征占城，被時任太上皇的陳聖宗反抗而爆發戰爭。元軍大舉入侵，占領安南國都。但陳聖宗、陳興道率領的陳軍積極抵抗，並且瘟疫四竄。最後元軍於1285年撤退，途中遭安南軍襲擊，損失過半。而後1288年又南征失敗，隨後安南請和。這場戰爭至元成宗才廢止，安南與占城相繼入貢元廷。當時南洋群島諸國，也多貢於元朝。有名的有馬蘭丹（今馬六甲）、蘇木都拉（今蘇門答臘）等。1292年元世祖命亦黑迷失、史弼與高兴率福建水軍南征爪哇滿者伯夷王國，並降其鄰國葛郎（爪哇島以東），但中計受突擊，戰敗而還，以後爪哇仍然派使朝貢。此外元世祖亦派使者招降琉求國，然使者僅至澎湖而返。