Med kommando over Blokade eskadren i den vestlige Mexicanske Golf og sin stander på USS "Hartford", løb han i april 1862 forbi Fort Jackson og Fort St. Philip samt Chalmette, Louisiana batterierne og tog byen og havnen i New Orleans, Louisiana den 29. april samme år. En afgørende begivenhed i krigen. Hans land hædrede dens store sejler efter erobringen af New Orleans ved at oprette rangen Kontreadmiral til ham den 16. juli 1862, en rang som aldrig før havde været anvendt i den amerikanske flåde. Inden da havde flåden undgået rangen admiral, og foretrak begrebet flagofficer for at adskille den fra traditionerne i de europæiske flåder. Senere samme år passerede han batterierne, som forsvarede Vicksburg ved Mississippi-floden. Farragut havde ingen rigtg succes ved Vicksburg; et enkelt sammenflikket konfødereret panserskib tvang hans flotille på 38 skibe til at trække sig tilbage i juli 1862.