Danach nahm die Legion am Bürgerkrieg gegen Gnaeus Pompeius Magnus teil, wo sie zunächst in Spanien stationiert war. Im Sommer 49 v. Chr. besiegte sie mit der Legio VI Ferrata und Legio XIIII Gemina die Anhänger des Pompeius bei Ilerda (Lleida). Dann wurde sie nach Griechenland verlegt und kämpfte 48 v. Chr. in der Schlacht von Dyrrhachium, in der sie hohe Verluste erlitt. In der Schlacht von Pharsalos (48 v. Chr.) kämpfte die Legion mit der ebenfalls durch hohe Verluste geschwächten Legio VIII unter der gemeinsamen Führung von Marcus Antonius. Danach sollten die Soldaten der Legion eigentlich in Italien in den Ruhestand versetzt werden, doch es ist sicher, dass die Legion noch ein letztes Mal 46 v. Chr. im Afrikafeldzug Caesars an der Schlacht bei Thapsus teilnahm. Als die Legion dann aufgelöst wurde, siedelten zahlreiche Veteranen in Picenum und Histria. Im Jahr 43 v. Chr. rekrutierte Publius Ventidius Bassus die Veteranen erneut, aber die Legion wurde wohl bald wieder aufgelöst.