לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה הוצב במנגנון הגנרלגוברנמן בפולין, ובהמשך, ביולי 1940, מונה למושל הצבאי של פריז. לאחר כיבוש יוגוסלביה מונה לראש המנהל האזרחי במנגנון הממשל הצבאי בסרביה, אשר נותרה בשליטה גרמנית לאחר חלוקת יוגוסלביה. לסגנו מונה גאורג קיסל. עוד בטרם התקבלה ההחלטה על יישום הפתרון הסופי, פעל טורנר להשמדת יהודי סרביה אם באמצעות הוצאתם להורג על ידי כיתות יורים או ברכישה והפעלה של משאיות גז להשמדת נשים וילדים, בעיקר באזור בלגרד. הוא נמנה עם האחראים להקמתו והפעלתו של מחנה הריכוז סיימישטה. כמו כן פקד על כוחותיו להוציא להורג סרבים ובני רומה כפעולות עונשין בשל פעולות הפרטיזנים של טיטו. הוא דיווח בפירוט על מעשי הרצח למפקדת האס. אס, ובאוגוסט 1942 אף התרברב שבלגרד היא העיר היחידה וסרביה היא המדינה היחידה שהפכה ל"יודנפריי".