ใน ค.ศ. 1804 ชาร์นฮอสท์ได้รับยศพันเอก ต่อมาใน ค.ศ. 1806 เขาเป็นเสนาธิการของพลเอกรือเชิล และต่อมาเป็นเสนาธิการของจอมพลดยุกแห่งเบราน์ชไวค์ ชาร์นฮอสท์ได้รับบาดเจ็บเล็กน้อยในยุทธการที่เยนา