Müller und Frithjof Schmidt regten einen Beschluss zum Ship-to-Gaza-Zwischenfall an, der vom Bundestag am 1. Juli 2010 einstimmig verabschiedet wurde. Eine Resolution des Zentralrats der Juden in Deutschland (ZdJ), die dem Bundestag „einseitige Parteinahme gegen Israel“ vorwarf, wies Müller gegenüber dem ZdJ zurück, worauf dieser ihr einen „unerträglich paternalistischen Tenor“ vorhielt.