La guerre reprit entre Autrichiens et Ottomans en 1737 et les Turcs s'emparèrent de Belgrade en 1739 ; de nombreux catholiques et orthodoxes se réfugièrent à Zemun. Le traité de Belgrade de 1739 fixa définitivement la frontière entre les deux empires et Zemun resta autrichienne. La zone tampon de la Frontière militaire, sur les marches de l'Empire d'Autriche, fut organisée dans la région en 1746 et Zemun bénéficia du statut de commune militaire en 1749. En 1751, Marko Nikolić devint le premier maire de la ville, avec le titre de "Mastistrat" (« le juge »). En 1754, la population de Zemun comptait chrétiens orthodoxes, 600 catholiques, 76 Juifs et environ 100 Roms. En 1777, la population de la ville comptait foyers et habitants, dont la moitié étaient des Serbes, la seconde moitié étant constituée de Catholiques, de Juifs, d'Arméniens et de Musulmans. La majorité de la population catholique était formée par des Allemands. De cette période remonte également l'installation de populations hongroises. En 1776, la présence d'une synagogue est mentionnée dans la ville ; la première brasserie y ouvrit ses portes en 1779 et le premier hôpital en 1789.