Com o advento da Proclamação de República, Aarão Reis, republicano e positivista, pode colocar sua formação a serviço dos ideais de progresso e modernização do país: foi engenheiro-chefe da Estrada de Ferro de Pernambuco (1889) e diretor-geral da Secretaria de Estado da Agricultura, Indústria, Viação e Obras Públicas (1890). Durante o Governo Provisório marechal Deodoro da Fonseca, atuou como consultor técnico junto aos ministros da Agricultura, Demétrio Ribeiro (1890) e Francisco Glicério (1890-1891) e das Relações Exteriores, Quintino Bocaiúva (1891); ocupou o cargo de engenheiro-chefe da Estrada de Ferro da Tijuca (1891-1892); presidiu, entre 1891-1892, a Companhia Geral de Melhoramentos no Maranhão.