Με τον τρόπο αυτό θα ήταν δυνατό να δημιουργηθεί ένα ικανό σύστημα με σκοπό την οργάνωση μιας μαζικής εξέγερσης. Αργότερα ο Σαντάνσκι και η παράταξή του υποστήριξαν ενεργά το βουλγαρικό στρατό στους Βαλκανικούς Πολέμους του 1912-1913, αρχικά με την ιδέα ότι είχαν καθήκον να αγωνιστούν για αυτόνομη Μακεδονία, αλλά αργότερα αγωνιζόμενοι για τη Βουλγαρία. Βλέποντας τις ενέργειες των Σέρβων κατά του ντόπιου πληθυσμού, τα πρώην μέλη της VMRO άρχισαν την αποκατάσταση του οργανωτικού δικτύου. Την ίδια περίοδο μια ομάδα γύρω από τον Πέταρ Τσαούλεφ άρχισε διαπραγματεύσεις με τους Αλβανούς επαναστάτες. Η αλβανική κυβέρνηση τους πρότεινε την οργάνωση μιας κοινής εξέγερσης. Οι διαπραγματεύσεις εκ μέρους της Οργάνωσης έγιναν από τον Πέταρ Τσαούλεφ. Η βουλγαρική κυβέρνηση πίστευε όμως όμως ότι δεν θα ερχόταν σε νέο πόλεμο με τη Σερβία, έτσι δεν έδωσε σημασία στις διαπραγματεύσεις. Εντούτοις αργότερα, τον Ιούνιο του 1913, η βουλγαρική κυβέρνηση έστειλε τον Σαντάνσκι στα Τίρανα για νέες διαπραγματεύσεις. Εκείνος έδωσε συνέντευξη στην εφημερίδα «Σέκουλο», όπου δήλωσε ότι ήρθε για να συμφωνήσει με τους Αλβανούς και ότι από τη βουλγαρική πλευρά θα οργανώνονταν ομάδες και επιθέσεις. Έτσι βοήθησε την προετοιμασία της Εξέγερσης Αχρίδας-Δίβρης (Ντέμπαρ), που οργανώθηκε από κοινού από τη VMRO και τους Αλβανούς της Δυτικής Μακεδονίας. Μετά τους Βαλκανικούς Πολέμους η Μακεδονία του Πιρίν προσαρτήθηκε στη Βουλγαρία και ο Σαντάνσκι ξαναεγκαταστάθηκε στη χώρα.