Tras una rápida campaña militar, el ejército rebelde comandado por Simón Bolívar entró en Santafé de Bogotá el 10 de agosto de 1819 tras derrotar al ejército realista en el Pantano de Vargas y en Boyacá. Un día antes, Juan de Sámano, último virrey efectivo, había abandonado la capital y huido hacia Cartagena de Indias, área aún controlada por autoridades realistas. El 31 de octubre de 1820 Juan de la Cruz Mourgeon fue nombrado capitán general de las provincias de Nueva Granada, concediéndosele así mismo el título de virrey a condición de que recuperase la capital y la mayor parte del territorio. Para entonces, tan solo las provincias de Panamá, Quito y Pasto y las ciudades de Cartagena y Santa Marta permanecían fieles a la Corona. Mourgeon murió en abril de 1822 en Quito, un mes antes de la decisiva victoria patriota en Pichincha. Tras esta batalla, Melchor Aymerich, presidente de la Real Audiencia de Quito (máxima autoridad española tras la muerte de Mourgeon) firmó una Capitulación (25 de mayo) por la que rendía los territorios que aún permanecían bajo control realista, poniendo punto y final al dominio español en la Nueva Granada.