Лепер был тестем архитектора Ж. Гитторфа. Некоторые постройки они выполняли совместно. Учился инженерному делу в Париже. Побывал в Санто-Доминго и Константинополе. Участвовал в Египетском походе Наполеона Бонапарта 1798—1801 годов. Вместе с однофамильцами Жаком-Мари Ле Пером (1763—1841) и его братом Гратьеном Ле Пером (1769—1826), инженерами и геодезистами, был ответственным за изучение возможностей создания канала, соединяющего через дельту Нила Средиземное и Красное моря. Во время похода Лепер зарисовывал руины древнеегипетских храмов, статуи и обелиски. Был членом Комиссии литературы и искусства созданного Бонапартом Института Египта.