В 1648 году Николай Бегановский в составе польской армии участвовал в неудачной битве с казаками Богдана Хмельницкого и татарами Тугай-бея под Корсунем. Затем он попал в плен. После побега из плена Н. Бегановский принимал участие в битвах под Берестечком в 1651 году и Батогом в 1652 году. Вскоре после этого он вынужден был завершить свою военную карьеру.