Sau cuộc đảo chính 11 tháng 11 năm 1960, tuy âm mưu thất bại, (Đoán mò không đúng sự thật là ông Trần Kim Tuyến thất sủng do bị quy trách nhiệm không dự báo trước được cuộc đảo chính. Do đó ông tỏ ra bất mãn và thiên về hướng đối lập)- Trong cuộc phỏng vấn của ông Lâm Lễ Trinh với ông Huỳnh văn Lang thì một số người làm việc cho Tuyến lạm dụng quyền hành trong việc thầu sổ số mà có liên hệ đến mẹ vợ của ông Huỳnh văn Lang, ông Lang vào gặp ông TT Diệm để trình bày ngọn nguồn, sau đó ông HVL mất chức. Năm 1961, Đoàn Công tác Đặc biệt Miền Trung và lực lượng cảnh sát đặc biệt được sáp nhập vào Tổng nha cảnh sát. Các đơn vị đặc nhiệm chống đảo chính được tổ chức thành Lữ đoàn liên binh phòng vệ Phủ Tổng thống và chịu sự điều động của Bộ Quốc phòng. Sở Nghiên cứu chính trị bị thu hẹp quyền lực. Trong thời gian này, Trần Kim Tuyến đã có những liên hệ với các nhóm đối lập và các nhóm tình báo nước ngoài, đặc biệt là cơ quan tình báo Anh.