Im September 1862 übernahm Weber eine Brigade im II. Korps der Potomac-Armee und führte diese in der Schlacht am Antietam. Weber konnte sich dabei in den Augen seines Vorgesetzten William H. French auszeichnen, der ihn in seinem offiziellen Bericht über die Schlacht hervorhob und lobte. Weber wurde dabei jedoch schwer verwundet, sein Arm blieb in der Folge gelähmt. Er konnte erst ab Ende 1863 wieder beschränkt Dienst tun und blieb zunächst in Washington, D.C.