שון או'קלי מת ב-23 בנובמבר 1966 בגיל 84, חמישים שנה לאחר מרידת חג הפסחא שהעלתה אותו על הבמה הציבורית. הוא נקבר בבית הקברות גלאסנווין שבדבלין. אשתו השנייה, פיליס, שאותה הוא נשא לאישה ב-1936. פיליס איבדה את תינוקה הראשון ולא הייתה מסוגלת ללדת ילדים נוספים. אשתו הראשונה הייתה אחותה של פיליס, מרי קייט, שאותה הוא נשא לאישה ב-1918. היא נפטרה בגיל 56 ב-1934. לזוג לא היו ילדים.