Assad motsatte sig invasionen i Irak 2003 trots en långvarig konflikt mellan den syriska och den irakiska regeringen. Assad använde de roterande mandat i som Syrien hade vid detta tillfälle för att försöka stoppa invasionen. Efter invasionen i Irak av koalitionsstyrkorna anklagades Assad för att stödja det irakiska upproret. En amerikansk general anklagade honom för att tillhandahålla finansiering, logistik och utbildning för irakiska och utländska muslimer för att göra attacker mot de amerikanska styrkorna och koalitionsstyrkorna i Irak.