Avec le début de la Seconde Guerre mondiale Alexos s'initie à la politique. Pendant l'occupation italienne puis allemande il participe à la Résistance grecque, comme organisateur et journaliste membre du Parti Communiste (1941–1945). Il sera ensuite exclu du Parti pour déviationnisme. Arrêté par le gouvernement d'extrême-droite dans la période confuse qui précède la Guerre civile grecque, il est enfermé dans un camp en bord de mer d'où il s'évade de nuit à la nage en . Grâce aux efforts du directeur de l’Institut français, avec une centaine d'autres jeunes Grecs dont Cornelius Castoriadis il embarque sur le Mataroa et rejoint Paris en décembre 1945. Fin 1945, il est condamné à mort par contumace, par une cour martiale grecque. C'est en France qu'il vivra désormais ; il ne revient pour la première fois en Grèce, pour l'été, qu'en 1956.