Однак ситуація була іншою, і новим Вселенським патріархом став унійський Митрофан II, який продовжував виконувати рішення Флорентійського собору. Східні православні Москви не наважувалися судити самого Ісидора, тому його вигнали з Москви (офіційно оголошено, що він втік); потім його також вигнали з Твері. Його також погано зустріли в литовському Новогрудку, оскільки литовський князь Казимир визнав антипапу Фелікса V, який раніше був обраний Базельською радою. У березні 1443 року Ісидор переїхав до Буди, володіння нового короля Польщі та Угорщини Владислава III, і сприяв опублікуванню привілею, який формально прирівнював права католицького та східно-православного духовенства на землях королів. Потім він поїхав до Риму. Відомо, що принаймні один із східно-православних єпископів Великого князівства Литовського прийняв хіротонію від Ісидора і розкаявся у цьому, однак інша інформація про ситуацію в Литві вкрай рідкісна.