东帝汶抗争档案馆建址位于之前的葡属帝汶法院。原博物馆建筑于1999年东帝汶危机期间被烧毁。重建的新档案馆建立在一个1325m2×1165m2的庭院上，其建筑师是Tânia Bettencourt Correia。