Clemens IX försökte bringa reda i de påvliga finanserna, som tilltrasslats av företrädaren Alexander VII. För att ena de kristna furstarna att bistå Republiken Venedig i dess kamp mot Osmanska riket på Kreta medverkade han till freden i Aachen 1668 som därmed avslutade Devolutionskriget. I samförstånd med Ludvig XIV åstadkom Clemens IX även, att den jansenistiska striden avslutades ("pax clementina").