Während des Volksaufstands 1956 war Göncz im Ungarischen Bauernbund tätig, nach dem 4. November arbeitete er an der Formulierung der Moratorien mit, die von der Ungarischen Demokratischen Unabhängigkeitsbewegung der Staatsmacht übergeben wurden. 1957 schmuggelte er das Manuskript des Buches von Imre Nagy „In Verteidigung des ungarischen Volkes“ "(A magyar nép védelmében)" ins Ausland, wurde deswegen im Mai verhaftet und am 2. August 1958 zu einer lebenslangen Freiheitsstrafe verurteilt und inhaftiert. Im März 1960 nahm er am Hungerstreik im Gefängnis Vác teil. 1963 wurden viele politische Häftlinge von János Kádár amnestiert, so kam auch Göncz frei.