Комшић потиче из мијешаног брака, од оца Марка Комшића (Хрвата из Средње Босне) и мајке Данице Станић (Српкиње, чији је отац Маријан Станић током Другог свјетског рата био припадник ЈВуО, у околини Добоја). Мајка му је током рата у БиХ убијена хицем из снајпера, у родном Сарајеву.