La guerra contro Napoleone iniziò nel 1794 e si trascinò per altri vent'anni. Come vescovo di Londra, egli vide non solo i servizi di ringraziamento per la vittoria britannica nelle battaglie di Capo San Vincenzo, Nilo e Copenaghen, ma la grande effusione del dolore nazionale per la morte di Orazio Nelson nel 1805, e il suo funerale di stato nella Cattedrale di San Paolo nel 1806. Come vescovo di Londra, Porteus potrebbe aver officiato alcuni di questi servizi, anche se è improbabile che lo abbia fatto al funerale di Nelson, a causa della reputazione di adultero dell'ammiraglio.