În timpul celui de-al Doilea Război Mondial, el a devenit prim-ministru al guvernului polonez în exil, comandant-șef al Forțelor Armate poloneze, și un avocat viguros al cauzei poloneze în domeniul diplomatic. El a susținut restabilirea relațiilor diplomatice dintre Polonia și Uniunea Sovietică, după ce acestea fuseseră rupte ca urmare a pactului sovietic cu Germania și invazia Poloniei în 1939. Cu toate acestea, dictatorul sovietic Iosif Stalin a rupt relațiile diplomatice sovieto-poloneze în aprilie 1943 ca răspuns la cererea lui Sikorski către Crucea Roșie Internațională de a investiga masacrul din pădurea de la Katyn.