Cerkiew została wzniesiona przy głównej ulicy miasta Barnauł (prospekcie Moskiewskim, obecny prospekt Lenina) jako świątynia wojskowa na potrzeby Barnaułskiego Pułku Strzelców. Budynek został usytuowany w sąsiedztwie kompleksu koszarowego. Prace budowlane trwały od wiosny 1904 do lutego 1906, kiedy obiekt został poświęcony. Wzniesiona z całości z cegły świątynia była przeznaczona dla równoczesnego udziału 630 osób w nabożeństwie. W cerkwi odbywały się uroczystości przysięgi wojskowej rekrutów z Barnauła oraz święta o charakterze patriotycznym (obchody stulecia bitwy pod Borodino, obchody 300 lat panowania Romanowów w Imperium Rosyjskim).