Apesar das visões positivas de Francisco, sabe-se que a sobrevivência do povoado era precária, agravada por frequentes desentendimentos entre os locais e a Câmara de Santo Antônio por causa de impostos excessivos, interditos arbitrários sobre a pesca, divisão irregular de terras e outras disputas, e pela eclosão da Guerra dos Farrapos em 1835, que criou uma situação de penúria e tumulto, sendo alternadamente ocupada por forças imperiais e farroupilhas. Em pleno conflito, em 1837 foi elevada a Freguesia com o nome de Freguesia de São Domingos das Torres.