Иако је османска војска остала јака током овог периода, исто се не може рећи за морнарицу. Иако је била доминантна на Медитерану 1550. године, у бици код Лепанта 1571. године претрпели су значајан губитак обучених морнара и искусних команданата. Османска морнарица освојила је град Тунис 1574. године, али су каснији догађаји померили царску пажњу са Медитерана. Наставак Османско-сафавидских ратова 1578. године и смрт великог везира Мехмед-паше Соколовића наредне године отворили су пут за примирје са хабзбрушком Шпанијом 1580. године, доводећи до завршетка османских ратова на Медитерану који су обележили средину шеснаестог века. Османска морнарица није учествовала у ратовима све до избијања Критског рата са Млетачком републиком 1645. године, скоро седамдесет година касније. Овај период неактивности играо је улогу у слабљењу ефекта османске морнарице, тако да су Млечани били у стању да блокирају Дарданеле и нанесу неколико пораза Османлијама, од којих је најзначајнији у бици за Дарданеле 1656. године, описан као најтежи османски пораз од Лепанта. Иако су ови порази често приписивани османском неуспеху да модернизују своју морнарицу заменом галија са галеонима, они су располагали са истим бројем галеона као и Млечани. Уместо иновација или техничких способности, Османлијама су недостајали вешти морнари за посаду и заповедање њиховим бродовима, док су Млечани користили искусну посаду своје велике трговачке марине. За разлику од шеснаестог века, искусни морнари са Варварске обале били су мање спремни да се посвете османском циљу. Док су османски адмирали из 16. века често започињали своје каријере као гусари у северној Африци, средином седамнаестог века адмиралитет је био само престижна канцеларија коју су држали различити државници који нису нужно имали поморског искуства. Упркос овим потешкоћама, Османлије су на крају биле у стању да поразе Млечане, разбијајући блокаду Дарданела 1657. и завршавајући освајање Крита падом Ираклиона 1669. године.