Anders als beim ersten Auftritt als Vizepräsident vor dem Senat verzichtete Adams bei der Amtseinführung als Präsident am 4. März 1797 auf ein pomphaftes Zeremoniell. In der Antrittsrede vor dem 5. Kongress der Vereinigten Staaten kam er auf den amerikanischen Unabhängigkeitskrieg und die Unterdrückung durch die britische Krone zu sprechen. Er lobte die Vernunft und Rechtschaffenheit des Volkes und betonte seine Ablehnung des europäischen Feudalismus. Adams rief, wie viele andere Präsidenten nach ihm zu diesem Anlass, zur Verständigung zwischen den Parteien auf. Zur Verärgerung der anglophilen Föderalisten führte er seine durch den dortigen Aufenthalt erworbene Bewunderung für die französische Nation an und sprach sich außenpolitisch für eine Fortsetzung des Friedenskurses aus. Das Kabinett John Adams wies gegenüber dem Kabinett Washington nur wenig Änderungen auf, da Adams daran gelegen war, die Harmonie unter den Föderalisten zu wahren. Einige Tage später bezog er das Präsidentenhaus in Philadelphia und war schockiert über dessen desaströse Verfassung, zumal er dafür Miete zahlen musste. Anfangs war Adams wie sein Amtsvorgänger vor allem damit beschäftigt, auf Briefe, zumeist von Veteranen des Unabhängigkeitskrieges, zu antworten, die um eine Stelle in der Verwaltung baten.