Kun Puola-Liettuan sisällissota alkoi vuonna 1768, Kościuszkon oli joko liityttävä kreivi Casimir Pulaskin johtamiin Barin konfederaation joukkoihin, jotka yrittivät suistaa vallasta kuningas Stanislausta, tai tuettava monarkiaa. Vaikean tilanteen edessä Kościuszko matkusti Pariisiin jatkamaan sotilaskoulutustaan. Ulkomaalaisena hän ei kuitenkaan onnistunut pääsemään Ranskan sotilasakatemioihin, vaan joutui tyytymään maalaustaiteen ja kuvanveiston opiskeluihin. Hän otti myös yksityistunteja arkkitehtuurista ja kävi Pariisin sotakorkeakoulujen luennoilla ja kirjastoissa täydentämässä sotilastietouttaan.