W latach 1788–1798 kaplica przeszła wiele zmian. Ich projektantem był architekt Michele Cachia, jeden z liderów późniejszego powstania antyfrancuskiego. Zmiany te objęły przeniesienie fasady kościoła z Piazza dello Spirito Santo na Triq Santa Katarina, dodanie balkonu organowego, oraz przeniesienie ołtarza głównego na miejsce, gdzie wcześniej było główne wejście. Prace zostały nagle wstrzymane w 1798, wydaje się, że z powodu wkroczenia Francuzów na Maltę. Później je wznowiono i ukończono w latach trzydziestych XIX wieku. Na miejscu dziedzińca przed oryginalnym frontem kościoła postawiony został na początku XIX wieku budynek, znany jako Instituto San Giuseppe, a używany dziś przez Siostry „”.