Karl Maria Heller devient professeur et directeur de département au musée zoologique de Dresde à qui il lègue ses collections. Il publie dans le domaine de la taxonomie et décrit de nombreuses espèces du monde entier, notamment celles d'Asie du Sud-Est et d'Océanie. Il a la douleur de voir le musée zoologique de Dresde disparaître dans les flammes le 7 octobre 1944. Une partie de sa collection d'insectes qui était en dépôt au château de Weesenstein est cependant sauvée. Il meurt dans une Dresde en ruines le jour de Noël 1945.