Након нацистичке инвазије на Русију у јуну 1941. године, музејска збирка сувенира и библиотека пренете су у мали град Воткинск, родно место Чајковског, у Удмуртији. Кућу су заузели Немци током битке за Москву 1941–42. Први спрат су користили као гаражу за моторе, а горњи спрат као бараку. Крајем 1944. године експонати су враћени, а музеј је поново отворен 6. маја 1945. године, уочи рођендана Чајковског.