W pięć lat później Yorck odznaczył się ponownie jako dowódca pułku piechoty lekkiej, będąc jednym z pierwszych w pruskiej armii szkoleniowców strzelców wyborowych. W 1805 został mianowany dowódcą brygady piechoty i w czasie przegranej bitwy pod Jeną wyróżnił się jako dowódca straży tylnej. W czasie ostatniej bitwy korpusu Blüchera pod Lubeką został poważnie ranny i dostał się do niewoli.