ב-8 ביולי 1916 הגיע קולצ'ק לעיר סבסטופול, בסיס צי הים השחור הממוקמת בחצי האי קרים. ביום שלמחרת הועברו אליו סמכויות הפיקוד בפועל. באמצע הדרך עצר במטה הכללי הקיסרי איפה שפגש בצאר ניקולאי השני, הייתה זאת פגישתם האחרונה של השניים. השניים דנו על המצב הפוליטי-צבאי במלחמה לנוכח הצטרפותה של ממלכת רומניה למלחמה לצד מדינות ההסכמה, והצאר התלהב כאשר החל קול'צק לדון עמו על האפשרות שיתקיים מבצע נחיתה במצרי הבוספורוס. קולצ'ק טען כי מוכנות הצי למבצע מעורפלת כמו גם פרטיו של המבצע, שכן לא נקבע נכון לאותה העת עם תהיה נחיתה ישירה של חיילים במצרים מהים השחור או צעידה לעברם דרך חבל הבלקן. באותה העת פגש קולצ'ק לראשונה גם במפקד המשלחת הצבאית הצרפתית לאימפריה הרוסית, מוריס ז'נין. לקראת סיום שהותו במטה עוטר קולצ'ק במסדר סטניסלב הקדוש, מדרגה ראשונה.