После прихода сандинистов к власти в 1979 Обандо-и-Браво выступал с острой критикой режима СФНО и лично Даниэля Ортеги за марксистскую идеологию, прокоммунистические тенденции и антирелигиозную политику. Советская печать характеризовала архиепископа Манагуа как фактического лидера невооружённой части никарагуанской оппозиции. Обандо-и-Браво являлся активным сторонником Иоанна Павла II и поддерживал требование Папы к католическим священникам (в частности, братьям Эрнесто и Фернадо Карденаль) либо порвать с правительством СФНО, либо сложить сан.