Přes svoji nevelkou délku je jedním z nejzajímavějších a nejnavštěvovanějších vodních toků v Česku a to díky tomu, že část toku protéká podzemím Moravského krasu. Podzemní Punkva byla v roce 2004 zapsána do seznamu mokřadů mezinárodního významu v rámci Ramsarské úmluvy.