Santafé se stalo sídlem audiencie Království Nové Granady a také nástupnického Místokrálovství Nové Granady, které pokrývalo území dnešního Ekvádoru, Kolumbie, Panamy, Venezuely a část Peru, Guyany a Brazílie. Po bitvě u Boyacá v roce 1819 se Santafé stalo hlavním městem nově vytvořené a nezávislé Velké Kolumbie. Simón Bolívar tehdy změnil jméno zpět na "Bogotá", jako způsob uctění památky zaniklé civilizace Muisků.