בספרו החשוב "צמיחתה של טורקיה המודרנית" (1962), כתב לואיס כי עם התפתחותה של תנועה לאומית ארמנית במאה ה-19, החלו הארמנים המפוזרים על פני טורקיה להוות איום על המדינה הטורקית ובין שני העמים החל מאבק "שהסתיים בשואה האיומה של 1915, בה נספו מיליון וחצי ארמנים". אולם כעבור מספר שנים שינה לואיס את דעתו. ב-1985 חתם על עצומה שנשלחה לקונגרס האמריקני נגד התוכנית להפוך את ה-24 באפריל ליום זיכרון לאומי ארמני-אמריקני. בראיון שהעניק לעיתון הצרפתי לה מונד, טען לואיס כי "רצח העם" הוא "הגרסה הארמנית של היסטוריה זו" והסביר כי "הארמנים נעשו בעיה לטורקים" משום שהם רצו עצמאות ואהדו בגלוי את הרוסים שהתקדמו מהקווקז אל עבר טורקיה. לדבריו, "מבחינת הטורקים, היה הכרח לנקוט צעדי ענישה וצעדי מניעה נגד האוכלוסייה הלא־יציבה באזור שהיה נתון לאיום של פלישה זרה". כמו כן, "שני המחנות הסכימו שהדיכוי היה תחוּם גאוגרפית" וש"המלחמה לא השפיעה על הארמנים שחיו באזורים אחרים של האימפריה העות'מאנית. אין ספק שהתרחשו דברים נוראים ושארמנים רבים - וגם טורקים - נספו. אך לא תמיד אפשר לדעת את הנסיבות המדויקות של מותם". לואיס קבע כי אמנם מאות אלפי ארמנים מתו מרעב ומקור במהלך גירושם לסוריה, אולם הטיל ספק בכך "שהייתה החלטה שיטתית להשמיד את האומה הארמנית...מסמכים טורקיים מוכיחים כוונת גירוש, לא כוונת השמדה". מאוחר יותר, בספרו החשוב "המזרח התיכון, אלפיים שנות היסטוריה מעליית הנצרות עד ימינו" (1995), כתב לואיס כי ב-1915 "החליטה הממשלה העות'מאנית על גירוש ויישוב מחדש של האוכלוסייה הארמנית של אנטוליה". הוא כתב כי "המגורשים סבלו ייסורים מחרידים...ותפקיד ליווי המגורשים הוטל על קבוצות מתנדבים מקומיים... אין כל ספק שמאות אלפים לפחות, ואולי יותר ממיליון, נספו. רבים מתו ברעב, במחלות ובקור; רבים נרצחו באכזריות, או בידי כפריים ואנשי שבטים מקומיים... או בידי המלווים האלה עצמם". לדבריו, "הממשלה העות'מאנית המרכזית עשתה מאמץ מסוים לשים קץ למעשי הזוועה האלה".