Το χωριό αρκετά ταλαιπωρήθηκε την περίοδο του εμφυλίου πολέμου 1946-1949 επειδή ήταν δίπλα στη Βουλγαρία. Έγινε σημείο πολλών συγκρούσεων της εμφύλιας διαμάχης. Πολλές φορές εκκενώθηκε, είχε αρκετά θύματα στον εμφύλιο πόλεμο. Στις 17 Ιουνίου 1947 μια ομάδα ανταρτών μπήκε στο Αλεποχώρι και έκαψε το σπίτι ενός αγροφύλακα, ενώ στρατολόγησε όπως ανακοινώθηκε, 35 ομοϊδεάτες. Ταυτόχρονα την ομάδα ακολούθησαν και 15 οικογένειες του χωριού προσκείμενες στο ΚΚΕ. Πάντως 7 από τους φερόμενους ως επιστρατευθέντες επέστρεψαν στο χωριό. Αυτοί, φοβούμενοι ακριβώς το ενδεχόμενο της βίαιης στρατολόγησής τους, είχαν κρυφτεί. Αμέσως μετά τα Χριστούγεννα, μια ευάριθμη ομάδα ανταρτών εισέβαλε βορειότερα στο Αλεποχώρι, εγγύτατα στα βουλγαρικά σύνορα και πήρε τρόφιμα, που τα φόρτωσε σε βοϊδάμαξες και τα μετέφερε στην τοποθεσία Γκεχτσέ Μπουνάρ, κοντά στην οροθετική γραμμή των συνόρων με τη Βουλγαρία. Στις 15 Μαΐου του 1949, η γύρω περιοχή των Μεταξάδων είχε καταληφθεί από τους αντάρτες και έτσι οι κάτοικοι των χωριών Παλιουρίου, Πολιάς, Αβδέλλας και Αλεποχωρίου είχαν εγκατασταθεί στους Μεταξάδες. Μετά τον εμφύλιο το χωριό προσπάθησε να ανασυγκροτηθεί και το κατόρθωσε.