Lincoln mit par ailleurs en œuvre sous son administration un ambitieux programme de politique intérieure, comprenant notamment les premiers textes de la série des "Homestead Acts", le "Morill Land-Grant Act of 1862" et le "Pacific Railroad Act of 1862". Il se porta candidat à sa réélection en 1864 sous la bannière du Parti de l'Union nationale, soutenu par les républicains et une partie des démocrates. Bien qu'il ait un moment envisagé la défaite, Lincoln l'emporta largement sur son adversaire du Parti démocrate, le général George McClellan. Quelques mois après l'élection, Grant reçut la reddition de la principale armée confédérée dirigée par le général Robert Lee, mettant un terme aux opérations. Lincoln fut assassiné en , cinq jours après la fin de la guerre, laissant à ses successeurs le soin de mener à bien la reconstruction du pays.