Vuoden 1928 vaaleissa Obregón oli jälleen ehdolla presidentiksi ja tuli valituksi. Hän ei kuitenkaan ehtinyt aloittaa uutta kautta, koska katolilainen José de León Toral ampui hänet ravintolassa 17. heinäkuuta. Monet katolilaiset vihasivat Obregónia, koska hänet nähtiin Callesin liittolaisena. Callesin kirkonvastaiset toimet olivat johtaneet vuonna 1926 käynnistyneeseen kristittyjen Cristero-kapinaan. Callesin kausi päättyi marraskuussa 1928, ja hänen nimelliseksi seuraajakseen nousi Emilio Portes Gil. Calles kuitenkin pysyi maan johtajana "de facto".