По време на Втората световна война (1941 – 1945) на 20 юли 1941 с указ № 6 в Кавала е формиран "Петдесет и девети кавалски полк". На 31 декември 1941 г. е разформиран. На 2 март 1943 година съгласно указ №6 от Сярската и Кавалската дружна на 57-и пехотен драмски полк е формиран "Петдесет и девети пехотен пирински полк", към който се числи и 18-и граничен участък. Влиза в състав на Шестнадесета пехотна дивизия. Взема участие във втората фаза на заключителния етап на войната, като на 24 юли 1945 година се връща в България и се установява на гарнизон в Кърджали, където се демобилизира. На 20 септември 1945 г. е разформирован. Загиналите офицери и войници от полка в Дравската операция са погребани в Българското военно гробище в Харкан, Унгария.