Il n'a pas encore quitté l'Allemagne quand l'Autriche, en 1809, oblige à reprendre les armes. Le , pendant le combat de Thann, Bourke commande une partie du , le seul régiment qui reste en réserve. Le 23, à deux heures du matin, il conduit les grenadiers des  et  régiments de ligne à l'assaut de la place de Ratisbonne, et après avoir occupé la ville une heure, l'ennemi le culbute et le rejette sur l'escarpe. Dans un second assaut, il parvient à s'emparer d'une porte de la ville, et Autrichiens tombent en son pouvoir. Il devient général de brigade sur le champ de bataille de Wagram, où il a deux chevaux tués sous lui.