Später gelang es ihm dennoch, auf die Philippinen zu gelangen. Nach der Eroberung Manilas, während der britische Invasion der Philippinen, erbeuteten die Engländer zahllose Dokumente. Unter anderem auch die Berichte des spanischen Entdeckers Luiz Váez de Torres, die anderthalb Jahrhunderte von den Spaniern geheim gehalten worden waren. Alexander Dalrymple erhielt die Dokumente zur Übersetzung und erkannte die Bedeutung von Torres’ Entdeckung, der als Erster die Meeresstraße zwischen Australien und Neuguinea passiert hatte, die heutige Torres-Straße. Er veröffentlichte Torres’ Entdeckung in seinem Werk über die Südseeerkundungen. Außerdem war er bei der Aushandlung eines gewinnbringenden Handelsvertrags mit dem Sultan von Sultanat von Sulu und Sabah behilflich.