Почетак другог председничког мандата облележила је Нумејријева подршка Анвару ел Садату након потписивања споразума у Кемп Дејвиду (тада је већина муслиманских држава прекинула односе с Египтом). Након атентата на Садата, присуствовао је његовој сахрани 1981. године. Од исте је године у сопственој политици направио радикалан заокрет под уитцајем опозиције, окренувши се исламизму и склопивши савез с Муслиманским братством. Наметнуо је шеријат 1983. и укинуо аутономију Јужног Судана, након чега је избио Други судански грађански рат.