A principios del siglo XX, los armenios católicos del Imperio otomano sufrieron el mismo destino que el resto de la nación armenia con el genocidio perpetrado en el Estado turco desde 1915 a 1923, la archieparquía, como todas las diócesis armenias de Turquía, perdió la mayor parte de su población. El archieparca Ignacio Maloyan y 700 católicos fueron asesinados en la misma ciudad de Mardin y el pueblo de Tellermen, habitado exclusivamente por católicos, fue completamente destruido. Sus sucesores se asentaron provisionalmente en Bagdad en Irak y los fieles armenios se dispersaron en áreas vecinas como Siria, en donde en parte se concentraron en la ciudad de Qamishli (fundada por asirios que huían del genocidio "circa" 1920). Los archieparcas de Alepo administraron los territorios de la archieparquía en Siria hasta que el vicariato patriarcal de Qamishli fue creado en 1938.