2016-17 UEFA Avrupa Ligi eleme aşaması 16 Şubat 2017'de Son 32 turu ile başlayacak olan ve 24 Mayıs 2017 tarihinde İsveç'in Stockholm şehrindeki Friends Arena'nda oynanacak final maçıyla son bulacak olan aşamadır. Bu aşamaya UEFA Avrupa Ligi gruplarında ilk 2 sırayı alan 24 takım ve UEFA Şampiyonlar Ligi gruplarında 3. olan 8 takım olmak üzere toplama 32 takım katılır.