Avec la sélection des moins de 20 ans, il dispute la Coupe du monde des moins de 20 ans 2009 qui se déroule en Égypte. Ander Herrera dispute quatre matchs lors de ce mondial, inscrivant deux buts contre l'équipe de Tahiti. L'Espagne atteint les huitièmes de finale de la compétition, en étant battue par l'Italie.