1899–1901 nahm Hunter, wieder als Divisionskommandeur, am Burenkrieg teil und wurde 1900 wurde zum Generalleutnant befördert. Hunter wurde im Mai 1901 General Officer Commanding Scottish District. 1903 wurde Hunter nach Indien kommandiert, wo er bis 1907 als Oberbefehlshaber "Bombay Command" (1905 in Western Army Corps umbenannt) in Poona und 1907 bis 1910 als "General Officer Commanding Southern Army" diente. 1905 erreichte er den Rang eines "Full General". Vom 30. Juli 1910 bis zum 11. Juli 1913 war Hunter Gouverneur von Gibraltar.