En 1798, Folliot est envoyé à Saint-Pétersbourg avec le prince Ferdinand de Württemberg. À son retour, il est promu "Major" (commandant) et nommé officier d’ordonnance du prince Ferdinand d’Autriche. En 1799, il accompagne de nouveau le prince Ferdinand de Württemberg à Saint-Pétersbourg. En 1800, il se porte volontaire pour servir au front avec le de dragons de Saxe-Cobourg. Il se bat à Engen et à Hohenlinden. Il est promu colonel et prend le commandement de son régiment. Lorsque le régiment est dissous en 1801, il est nommé "Generaladjutant" (chef d’état-major) de l'archiduc d'Autriche Charles Louis d'Autriche et se voit confier le Département de la marine. Le , il est promu au grade de "Generalmajor" (général de brigade). En avril de cette année, il est envoyé à Venise pour mettre en œuvre son plan pour la défense de la ville. Après cette mission, Folliot est nommé "Adlatus" (officier d’état-major) au quartier général de l'armée en Allemagne. Il se rend au fort Oberhaus, à Passau, puis à Berlin, pour exhorter la Prusse à se joindre à la guerre. En 1806, il est nommé commandant général à Fiume en Croatie. Pendant l’hiver 1807, il commande une expédition pour réprimer une rébellion en Slavonie. Il se rend ensuite en Bohême, comme commandant d'une brigade. Pendant la campagne de 1809, Folliot commande l'avant-garde du corps d'armée du général François Kolowrat. Il combat à Regen, sur la rivière Naab et à Linz.