Im Rahmen der vom polnischen Staat zum Schutze seines Einflusses betriebenen Gegenreformation musste 1609 die Stadtkirche den Katholiken übergeben werden. Am Ende des 16. Jahrhunderts standen in Schlochau 45 Häuser. Im Schwedisch-Polnischen Krieg (1655–1657) nahmen die Schweden die als unbezwingbar geltende Burg ein und richteten in der Stadt schwere Zerstörungen an.