Во время военных действий 1833—1834 годов против кавказских горцев Е. Манганари проводил гидрографические работы у кавказского черноморского побережья и был награждён орденом Св. Станислава 2-й степени. За карты турецких берегов, в 1835 году турецкий султан Махмуд II, пожаловал Егору Павловичу Манганари бриллиантовый орден Нишан-Ифтихар. 1 января 1837 года Е. Манганари был произведён в подполковники корпуса флотских штурманов; 12 апреля 1839 года ему было присвоено звание капитана 2-го ранга (со старшинством с 2 апреля 1837 года); 6 декабря 1839 года он был произведён в капитаны 1-го ранга.