Po vyhlášení nezávislosti na Gruzii v roce 1992 byl jmenován generálním prokurátorem separatistické Abcházie. V době války v Abcházii v letech 1992–1993 a po ní byl tím, kdo obhajoval zacházení s válečnými zajatci. 14. dubna 1999 byl ve funkci potvrzen až po vášnivých debatách v abchazském lidovém shromáždění a opakovaných hlasování. Po celé toto období byl Džergenija také vedoucí delegace vyjednavačů namísto prezidenta Vladislava Ardzinby a zplnomocněný představitel Abcházie pro mírové rozhovory ohledně řešení gruzínsko-abchazského konfliktu. Z tohoto titulu vedl osobně rozhovory s představiteli Gruzie, Ruska, Spojených států amerických a OSN.