У розпал політичного хаосу в Азербайджані після відновлення незалежності, ускладненого воєнними діями в зоні вірмено-азербайджанського Карабаського конфлікту Ягуб Мамедов, що займав на цей момент посаду ректора Азербайджанського медичного університету, був обраний спікером Національних зборів Азербайджану 5 березня 1992 року за підсумками голосування на позачерговій сесії парламенту замість Ельміри Кафарової, яка подала у відставку. Наступного дня президент Аяз Муталібов був змушений залишити свій пост. Відповідно до Конституції в.о. президента до наступних президентських виборів став спікер Ягуб Мамедов. Перебуваючи на цій посаді, Мамедов 7 травня зустрівся у Тегерані з президентом Вірменії Левоном Тер-Петросяном для підписання угоди про припинення вогню й початок перемовин за посередництва Ірану. Однак угоду було порушено наступного ж дня, коли вірменські сили захопили Шушу. У своїх інтерв'ю Мамедов завжди відмовлявся брати на себе відповідальність за втрату Шуші.