В октябре 2007 года Эмир Байрами впервые был вызван в молодёжную (до 21 года) сборную Швеции. Дебютировал в молодёжной сборной 12 октября 2007 года в товарищеском матче с командой Ирландии. В следующем матче, 16 октября 2007 года с Бельгией, Байрами забил гол и отдал голевую передачу. Участвовал в молодёжном чемпионате Европы 2009, на котором Швеция дошла до полуфинала. В последнем матче группового этапа, против сборной Сербии, Байрами отдал голевую передачу Маркусу Бергу, заработал пенальти и заставил сербского защитника Ненада Томовича получить 2 жёлтые карточки и оставить свою команду в меньшинстве. Полуфинальный матч против Англии Байрами пропустил из-за перебора жёлтых карточек. Байрами выступал за молодёжную сборную в отборочном турнире к молодёжному чемпионату Европы 2011. 9 сентября 2009 года забил гол в ворота молодёжной сборной Болгарии. 2 марта 2010 года в товарищеском матче с Португалией Байрами впервые был капитаном молодёжной сборной. В июне 2010 года в отборочных матчах против Израиля и Черногории снова был капитаном. Отборочный матч против Черногории 8 июня 2010 года стал последним матчем Байрами за молодёжную сборную Швеции, которая не пробилась в финальную часть молодёжного чемпионата Европы 2011.