Der Aufbau einer eigenen Nationalkirche in Frankreich bewog Papst Pius VI., in zwei Schreiben vom 10./13. April 1791 nicht nur die Zivilkonstitution, sondern auch die Menschenrechte sowie die Revolution an sich zu verurteilen und die Priester dazu aufzurufen, ihre bereits geleisteten Eide zu widerrufen (was etwa 22.000 von 28.000 Pfarrern taten), widrigenfalls sie den Kirchenbann erleiden würden. Der Bruch zwischen der alten Kirche und dem revolutionären Staat war damit vollendet, die vereidigten Geistlichen formten die sogenannte "Église constitutionnelle", die papsttreuen im Untergrund die "Église réfractaire". Französische Truppen besetzten die päpstlichen Enklaven Avignon und Comtat Venaissin. Die Abschaffung der bisherigen kirchlichen Kompetenzen schritt weiter voran. Im August 1792 wurden die letzten Klöster aufgehoben; im September 1792 kamen die Geburts-, Trauungs- und Sterberegister unter staatliche Hoheit, die Ehescheidung wurde erlaubt; kirchliche Prozessionen und das Tragen von geistlicher Kleidung und Habit waren unter Strafe gestellt. Infolge des ausgebrochenen Koalitionskrieges verschärfte sich die öffentliche Stimmung gegen die Kirche massiv, da der Papst die europäischen Monarchen zum energischen Vorgehen gegen die Revolution aufgerufen hatte und somit im Bund mit der Konterrevolution stand. Während der Septembermorde vom 2. bis 4. September 1792 wurden auch zwei- bis dreihundert Geistliche in den Pariser Gefängnissen ermordet. Mehrere zehntausend Geistliche gingen ins Exil, rund zweitausend wurden deportiert oder inhaftiert.