St. Jakobi blieb als eine der wenigen Lübecker Kirchen während des Bombenangriffs in der Palmsonntagsnacht 1942 unbeschädigt. Sie verfügt daher über die zwei letzten historischen Orgeln Lübecks. Die Empore unter der Großen Orgel wurde 1932 erweitert, um dort einen größeren Sängerchor und ein kleines Orchester aufstellen zu können.