Sempre nel 2005, ha partecipato ai Mondiali Under-20 con la selezione nigeriana. Ha aperto le marcature nel quarto di finale contro i padroni di casa dell'Olanda, sfida terminata 1-1 e decisa in favore degli africani ai calci di rigore. Owoeri è partito titolare anche nella finale persa per 2-1 contro l'Argentina di Lionel Messi, quest'ultimo autore di una doppietta.