Nach deren Tod begann Johnston den Betrieb einer Farm in Texas. Zu Beginn des texanischen Unabhängigkeitskrieges trat er 1836 als Gefreiter in das texanische Heer ein, wurde schon einen Monat später zum Major befördert und diente als Aide-de-camp von General Sam Houston. Johnston wurde im August 1836 Generaladjutant (Adjutant General of Texas) des Heeres und zum Oberst befördert. Schon am 31. Januar 1837 wurde er als Brigadegeneral Oberbefehlshaber des texanischen Heeres. Wenige Tage darauf duellierte er sich mit Brigadegeneral Felix Huston um ebendieses Amt. Er verlor das Duell, weil er sich schlussendlich weigerte, auf seinen Kontrahenten zu feuern, und wurde selbst verwundet. Vom zweiten Präsidenten der Republik Texas, Mirabeau B. Lamar, wurde Johnston 1838 zum Kriegsminister ernannt. Im Februar 1840 trat er zurück, heiratete erneut und bewirtschaftete eine große Plantage im Brazoria County.