בתקופת מלחמות יוגוסלביה והמלחמה בבוסניה והרצגובינה המוזיאון ניצב בלב החזית במלחמה ועובדי המוזיאון נאלצו להחביא מוצגים רבים בכספות הבנק הלאומי של בוסניה. במהלך הלחימה 300 חלונות המוזיאון נהרסו והמבנה כולו היה בסכנה. מנהל המוזיאון באותה עת, ד"ר ריזו סיג'ארי (Rizo Sijari) נהרג מפיצוץ רימון יד שהושלך על המבנה ב-10 בדצמבר 1993.