В 1940 году городская администрация объявила конкурс на расширение музейного здания в стиле историзм: реализация проекта португальского архитектора Жоао Хосе Тиноко не состоялась. В 1957 года музей стал напрямую управляться колониальными органами, ответственными за образования; через два года года перешёл под руководство Института научных исследований Мозамбика (Instituto de Investigação Cientifica de Moçambique). Был переименован в период получения Мозамбиком независимости, в 1975 году. Является единственный музеем естественной истории в стране; музейное здание внесено в список памятников архитектуры.