También fue el comandante supremo de la flota japonesa que intervino en la incursión del Océano Índico, en abril de 1942. Durante la Batalla de Midway, Kondō mandó las fuerzas que tenían encomendada la tarea de ocupar Midway, así como el grupo naval que debía protegerlas. No obstante, la isla no fue ocupada y la batalla de Midway acabaría constituyendo una desastrosa derrota para la Armada Imperial Japonesa. Las fuerzas de Kondō tuvieron un destacado papel durante la Campaña de Guadalcanal, interviniendo activamente en la Batalla de las Salomón Orientales (23-25 de agosto) y poco después en la Batalla de las Islas Santa Cruz (26-27 de octubre) donde sus destructores remataron al torpedo al abandonado USS Hornet.