Pour la saison 2003-2004, Thierry Rupert rejoint le Strasbourg IG. Il continue à afficher de bonnes performances avec 313 points, 165 rebonds et surtout 68 contres en 30 rencontres de championnat. Il est à nouveau retenu en équipe de France, aussi bien en matchs de préparation qu'en campagne de qualification (deux matches) pour l'EuroBasket 2005, mais il n'est pas retenu par le nouveau sélectionneur Claude Bergeaud pour les compétitions suivantes et dispute son dernier match sous le maillot tricolore le face à la République tchèque. Il est aussi retenu pour le All-Star Game LNB 2003.