W 1806 – już samodzielnie – pokonał ponad dwukrotnie liczniejszą armię pruską pod Auerstedt. W 1809 roku dowodził korpusem, który rozpoczął zwycięską bitwę pod Eckmühl oraz wsławił się także w bitwie pod Wagram. Organizował Wielką Armię przed kampanią rosyjską. W trakcie odwrotu spod Moskwy Davout stracił symbol godności marszałka – ozdobioną złotymi orłami buławę.