Kolejne sukcesy przyszły w &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20skokach%20narciarskich%201996/1997"&gt;sezonie 1996/1997&lt;/a&gt;. Thoma wygrał pierwsze zawody tego sezonu 30 listopada 1996 w Lillehammer. Wygrał także w Oberstdorfie i Bischofshofen, w Ga-Pa był ósmy, a w Innsbrucku dziewiąty, co wystarczyło do zajęcia trzeciego miejsca w klasyfikacji końcowej 45. Turnieju Czterech Skoczni za Primožem Peterką i Andreasem Goldbergerem. Podczas mistrzostw świata w Trondheim w 1997 zdobył srebrny medal w konkursie indywidualnym na dużej skoczni – wyprzedził go tylko Masahiko Harada, trzecie miejsce z wyraźną stratą zajął Sylvain Freiholz. Na normalnej skoczni zajął 22. miejsce, jednak w konkursie drużynowym wraz z Jäkle, Duffnerem i Martinem Schmittem zdobył kolejny medal, tym razem brązowy. Łącznie w tym sezonie dziewięciokrotnie stawał na podium zawodów PŚ, czterokrotnie zwyciężał, cztery razy był drugi i raz trzeci, co dało mu drugie miejsce w klasyfikacji generalnej. W tym samym roku na zawodach w Planicy ustanowił swój rekord życiowy skokiem na 211,0 metrów. Skoczył nawet dalej, osiągając 213,0 metrów (dalej niż ówczesny rekord świata), ale skoku tego nie ustał.