Für die Rekatholisierung der katholischen Territorien in Nordwestdeutschland entscheidend war der gescheiterte Versuch Gebhards I. von Waldburg in Kurköln den Protestantismus durchzusetzen. Im Kölnischen Krieg wurde 1583 der geistliche Vorbehalt durchgesetzt. Mit Ernst von Bayern wurden Kurköln und seine Nebenländer, das Herzogtum Westfalen und das Vest Recklinghausen, bis ins 18. Jahrhundert von Nachkommen aus der katholischen Linie der Wittelsbacher regiert. Gegen die ausdrückliche Bestimmung des Konzils von Trient wurde den Kölner Erzbischöfen die gleichzeitige Übernahme anderer geistlicher Herrschaften mit dem Ziel der Rekatholisierung erlaubt. Die Erzbischöfe konnten so auch die Rekatholisierung in den Bistümern Münster und Paderborn sowie in anderen Bistümern wie Hildesheim vorantreiben. Dies erwies sich indes als eine langwierige Aufgabe. Im Erzstift selbst dauerte die Rekatholisierung bis ins 18. Jahrhundert an. Ähnliche Rekatholisierungsprozesse fanden in Kurmainz und im Hochstift Würzburg statt. In Mainz verbot Johann Adam von Bicken den evangelischen Gottesdienst und führte den katholischen Ritus wieder ein. Bedeutende Ämter waren nur noch Katholiken vorbehalten. Ähnlich war die Situation unter Julius Echter von Mespelbrunn im Hochstift Würzburg. Auch dort wurden protestantische Funktionsträger durch Katholiken ersetzt, und wer in den bislang protestantischen Städten nicht konvertieren wollte, hatte ins Exil zu gehen.