Según el Barón Ferdinand Marterer, Schönburg-Hartenstein fue sugerido como candidato a ministro de defensa imperial por el jefe del estado mayor general Arz von Straussenberg en abril de 1917. A principios de 1918, como aumentaba el malestar por la guerra y el continuo desabastecimiento dentro de Austria-Hungría, fue seleccionado para comandar tropas para mantener la seguridad dentro del imperio por el emperador Carlos I. En este puesto, arrestó a líderes huelguistas y a 44.000 militares desertores. En el verano de 1918, volvió a tomar comandamiento de combate, liderando el 6º Ejército en el norte de Italia durante la Batalla del río Piave, en la que fue herido en una pierna. Haciéndose más precaria la situación política y militar austrohúngara en el otoño de 1918, el Príncipe Alois expresó una realización del siguiente porvenir final de la guerra y la monarquía, escribiendo a su familia que su "obligación restante es preservar la disciplina y proteger la nueva Austria."