Théodore Sindikubwabo (Butare, Ruanda, 1928 - Bukavu, República Democràtica del Congo, març de 1998 ) va ser un metge i polític ruandès que va exercir com a President del seu país entre el 9 d'abril de 1994 i el 19 de juny d'aquest mateix any, sent un dels principals responsables del Genocidi de Ruanda, durant el qual van morir entre mig milió i un milió de persones.