Slovakian kansannousu alkoi 29. elokuuta 1944. Tšekkoslovakian presidenttinä toiminut Edvard Beneš nimitti Golianin Slovakiassa toimineen 1. armeijan komentajaksi ja hieman myöhemmin hänet ylennettiin prikaatinkenraaliksi. Kansannousun aikana Golian toimi joitakin kuukausia Tšekkoslovakian asevoimien Slovakian ylipäällikkönä. Rudolf Viest korvasi hänet Viestin saavuttua Slovakiaan Lontoosta. Golianista tuli hänen varamiehensä. Huomattava takaisku slovakialaisille oli Neuvostoliiton tuen puute. Neuvostoliitto oli alkanut epäillä kansannousun poliittisia tarkoitusperiä ja vaihtoi strategiaansa sen tukemisen suhteen. Saksalaisten onnistuikin lokakuuhun 1944 mennessä kukistaa huomattava osa partisaaneista selviytyjien paetessa maan vuoristoon. Golian ja Viest jäivät saksalaisten vangeiksi Pohronský Bukovecissa 3. marraskuuta 1944. Golianianin tarkka kohtalo on osittain hämärän peitossa, mutta hän lienee kuollut huhtikuussa 1945 Saksan Flossenbürgissa.