Kıbrıs Harekâtı sırasında Türkiye'ye askeri yardımda bulundu. Ancak daha sonra Türkiye ile ilişkiler bozuldu. Türkiye'yi ABD ve İsrail ile yakınlaşıp beraber hareket etmekle suçladı ve 1996 yılında Libya'yı ziyaret eden dönemin Türkiye Başbakanı Necmettin Erbakan'ı sert bir dille eleştirdi. Kaddafi, 1998 yılında Türkiye ile Suriye'nin arasının gerilmesinden sonra Türkiye'nin Kürt ayrımcılığı yaptığını ve İsrail'in Suriye'yi işgalini kolaylaştırmada öncü rol oynadığını ifade etti. Ayrıca Türkiye'nin Suriye'ye saldırması halinde, Libya'daki Türk şirketlerini kapatacaklarını ve yerine Yunan şirketlerinin çalışmasına izin vereceklerini açıkladı.