Gerdes war in erster Ehe mit einer Tochter des Lübecker Bürgers "Johann Wedemhof" verheiratet. In zweiter Ehe heiratete er eine Tochter des holsteinischen Kanzlers Nikolaus Jungius. Der Rat überließ ihm das Gut Strecknitz zur Nutzung. Gerdes war Kirchenvorsteher der Lübecker Marienkirche, in der er auch begraben wurde. Sein Epitaph in dieser Kirche wurde beim Luftangriff auf die Lübecker Altstadt 1942 zerstört. Der Rektor des Katharineums Sebastian Meier verfasste für ihn eine Gedächtnisschrift in lateinischer Sprache.