Nach dem „Anschluss“ Österreichs kehrte Pirker nach Greifenberg zurück, wo er erneut als Holzarbeiter tätig war. Von April 1938 bis zum Ende der NS-Herrschaft im Frühjahr 1945 saß Pirker als Abgeordneter für das Land Österreich im nationalsozialistischen Reichstag. Dem Urteil Wilhelm Wadls zufolge erhielt Pirker sein Mandat als „politisch Namenloser“ wohl nur aus Gründen der Optik, um einen „repräsentativen Bevölkerungsquerschnitt“ des gesamten Reichsgebietes, einschließlich Österreichs, vorweisen zu können.