Во время войны своему сюзерену, царю Армении, отправляли 500 лошадей, что показывает политический вес и военный потенциал этого рода. После свержения Сасанидами монархии Аршакуни в Армении в 428 году, Ваан Аматуни был назначен помощником иранскогo "марзпанa" Армении. Тем не менее, Ваан был среди тех, которые опротестовали попытку Йездигерда II навязать зороастризм христианам Армении в 448—449 годах, был вызван в персидский двор в Ктесифон, а в 451 году принял участие в армянском восстании против Ирана. В результате Ваан и ряд других из рода Аматуни были изгнаны в Горган. Позднее, в 482 году, Вараз-Шапух Аматуни раскрыл марзпану план ещё одного восстания. Наконец, во время войны 572—591 годов между иранской и римской империями, Котит Аматуни в числе других армянских князей недовольных бюрократическим угнетением императора Маврикия, перешёл на сторону Хосрова II. Около 596 году представители рода были казнены в Ктесифоне. Тяжесть арабского ига после падения Сасанидов привела к армянскому восстанию 771—772 годах. Провал восстания заставил многих его лидеров бежать в Византию. В 791 году Шапух Аматуни вместе с сыном Амам и около 12 000 сторонниками мигрировали в Византийскую империю. Гевонд, автор конца VIII века сообщает: