We wrześniu 1939 Suwalszczyzna stała się obiektem agresji zarówno niemieckiej, jak i radzieckiej. Po wytyczeniu 12 października 1939 linii demarkacyjnej Szczebra została podzielona między Niemcy i Związek Radziecki, zaś granica przebiegała na rzece Blizna. Po ataku Niemiec na ZSRR cała Szczebra została zajęta przez Niemców już 22 czerwca 1941.