In 1574 kwam er een eind aan het kloosterleven na het langdurige Beleg van Middelburg (1572-1574), dat uiteindelijk de capitulatie van de Spaansgezinde katholieke stad tot gevolg had. Ondanks garanties van Willem van Oranje dat geestelijken ongemoeid zouden worden gelaten, werden de abdij en het katholiek geloofsleven erin onder dwang beëindigd.