9 октября 2011 года дебютировал за основную команду «Витковице» в Чешской экстралиге, став первым профессиональным хоккеистом-австралийцем в Европе, а также стал самым молодым игроком в экстралиге. Участник Кубка Шпенглера 2012 года. В первой же игре в Кубке забросил шайбу в ворота сборной Канады, составленной из игроков, выступающих в Европе. Натан Уокер стал самым молодым автором шайбы в Кубке Шпенглера. За «Витковице» в экстралиге сыграл в 34 встречах в регулярном чемпионате и набрал 9 очков (4+5), в плей-офф сыграл одну встречу, не набрав ни одного очка. В конце сезона, перед плей-офф, был отдан в аренду в клуб «Оломоуц» из 1-й лиги Чехии. За «Оломоуц» провёл 2 встречи в регулярке и 5 в плей-офф.