1948年11月12日，被远东国际军事法庭判定犯有“共同谋议侵略战争罪”（反和平罪），对中国的侵略战争罪，对美国的侵略战争罪，对英国的侵略战争罪，对荷兰的侵略战争罪，以及“违反国际法的战争犯罪”（包括授权、命令、允许违法行为，无视违法行为的责任）等共计7项罪名，被判处绞刑（被判处无期徒刑以下的战犯多为6项以下罪名），是二战中日本的甲级战犯。1948年12月23日零时35分，木村在巢鸭监狱被处绞刑，是七名绞刑犯中的最后一名。