Am 16. März 1861 trat er als Captain in die reguläre Armee der Konföderierten ein und wurde bald darauf zum Colonel des 5. Texas-Regiments befördert. Nach der Schlacht von Seven Pines am 31. Mai und 1. Juni 1862 wurde Archer zum Brigadegeneral befördert und bekam das Kommando über eine Brigade in der Division von General Ambrose Powell Hill. Mit seiner Brigade kämpfte er am 26. Juni 1862 bei der Schlacht von Mechanicsville, am 9. August 1862 in der Schlacht am Cedar Mountain, am 26. August 1862 bei Manassas Junction. Vom 12.–15. September 1862 nahm er auch an der Schlacht bei Harpers Ferry teil und vom 11.–15. Dezember 1862 an der Schlacht von Fredericksburg. Dazwischen unterstützte er General Robert Edward Lee am 17. September bei der Schlacht von Antietam.