30 kwietnia Halleck skonsolidował wszystkie armie zachodu Unii w Grupę Armii o sile ponad stu tysięcy żołnierzy z Armii Zachodniego Tennessee, Armii Missisipi i Armii Ohio, z sobą samym jako głównodowodzącym. Halleck nominował Granta swym zastępcą, co oznaczało odsunięcie go od dowodzenia. Siły departamentu zostały zorganizowane w trzech „skrzydłach”, z generałem Thomasem na czele Prawego Skrzydła (2., 4., 5. i 6. dywizje Armii Zachodniego Tennessee oraz dywizja Thomasa z Armii Ohio). Grant pozostał nominalnie dowódcą armii, która w praktyce nie istniała – Halleck i Thomas wydawali rozkazy bezpośrednio dowódcom dywizji przyporządkowanych Prawemu Skrzydłu. Dopiero po Oblężenie Corinthu nastąpiła ponowna reorganizacja i 10 czerwca Grant wrócił do czynnego dowodzenia.