Dareios ließ sich offenbar Listen der Priester zur Genehmigung vorlegen, wie aus Briefen hervorgeht, die der Satrap Pherendates I. († 465 v. Chr.) auf Elephantine hinterließ. Unter ihm wurden der unter Necho II. begonnene Kanal zwischen etwa 510 und 497 v. Chr. fertiggestellt, Tempel restauriert und neue gebaut, wie etwa der Tempel des Amun von Hibis in der Oase Kharga. Insgesamt beließen die Perser das Land so weit wie möglich in dem Zustand, den sie vorgefunden hatten, und änderten nur das, was zur Integration in ihr Riesenreich, das bis nach Indien reichte, nötig war. Dazu gehörte die Einsetzung eines Satrapen, der ein Angehöriger des höchsten Adels war und Inspektoren und Spitzel mitbrachte. Die Administration erfolgte durch eine Kanzlei. Da deren Verwaltungssprache Aramäisch war, bedurfte es einer Schar von Übersetzern. Unterhalb dieser Spitzenpositionen wurden kaum Änderungen vorgenommen, so dass sich die ägyptischen Verwalter leicht in das nur an der Spitze persische System einfügten. Zudem blieb das Rechtssystem ägyptisch. Andererseits standen persische Truppen im Land, falls es der Verwaltungsspitze nötig erschien, wurden Beamte ausgetauscht, und Ägypten musste die gleiche Rolle übernehmen wie die anderen Satrapien des Reiches. So halfen Ägypter beim Angriff auf das griechische Milet, mit dem 494 v. Chr. der griechische Aufstand in Westkleinasien zusammenbrach.