그러나 중국 정부는 중앙아시아의 이슬람 원리주의 운동이 이 자치구에 파급되는 것을 강력히 경계하고 있다. 이 자치구에는 1990년대 이래로 심각한 폭동이 많이 발생하였고, 특히 1997년 2월에는 우루무치에서 연쇄버스폭발사건이 발생한 이외에 카자흐스탄 국경에 가까운 이닝 시에서도 많은 사람이 희생된 충돌이 있었다. 현재는 붕괴된 아프가니스탄의 탈레반에게서 군사 훈련을 받았던 위구르족 청년도 다수 있다고 전해져, 9·11 테러 이후, 이 지역에서도 이것을 계기로 단속이 강화되고 있다.