В 1993 году Маккинли дебютировал за сборную Шотландии. 17 ноября 1993 года в матче квалификационного раунда Чемпионата мира 1994 года против сборной Мальты он забил свой первый гол за национальную команду. В 1996 году Билли попал в заявку на Чемпионат Европы в Англии. На турнире он сыграл в матче против сборной Нидерландов. В 1998 году Маккинли поехал с национальной сборной на Чемпионат мира во Францию. На турнире он принял участие в поединке против сборной Бразилии.