Кубинската ракетна криза започва на 14 октомври 1962 г., когато американските шпионски самолети U–2 заснемат полигон на руски ракети със среден обсег, изграждащ се в Куба. Кенеди се изправя пред тежка дилема: ако атакува полигона, може да се стигне до ядрена война със СССР, а ако САЩ не направят нищо, страната ще бъде изправена пред заплахата от ядрен удар, който, ако е изпреварващ, няма да може да получи адекватен отговор. Друг основателен страх е, че САЩ изглеждат слаби, и то в собствената си сфера на влияние. Много висши военни и част от членовете на кабинета настояват за въздушни удари срещу ракетните полигони. Кенеди решава да подходи по друг начин, като налага морска блокада на „Острова на свободата“. Американският флот проверява всички морски съдове, пътуващи към Куба. Успоредно с това започват преговори със СССР и седмица по-късно се стига до споразумение със съветския държавен глава Никита Хрушчов. Хрушчов изтегля ракетите, в замяна САЩ обещават, че никога няма да нападнат Куба. Американците приемат също така да изтеглят ракетите си от Турция в срок от 6 месеца. След този инцидент, който довежда света до ръба на ядрената война, Кенеди започва да води много внимателна политика със СССР.