Pocos años después la ciudad de Santiago de los Caballeros sufrió los embates de los terremotos de San Miguel en 1717, los cuales dañaron la estructura de la iglesia y del convento. Tras las reparaciones correspondientes, el complejo estuvo en posición de albergar a los monjes, llegando a tener hasta treinta y cinco en 1740. La región guatemalteca es sísmica, y en 1751 hubo otros sismos que dañaron la estructura; y finalmente en 1773, los Terremotos de Santa Marta la terminaron de arruinar. Del templo se cayeron la pared de respaldo y la mayor parte del prestiberio y del crucero, mientras que los arcos, el coro, el noviciado y la parte alta de los claustros quedaron inservibles.