La segona fortalesa, Montsegur 2, es la que va aparèixer a partir del 1204, quan la jerarquia dels bons homes li va demanar a Raimon de Perella de construir-hi un refugi. Durant aquest període la fortalesa, de la que no n'ha perviscut res, estava acompanyada d'un poble on el catarisme hi va organitzar la seva resistència. D'aquest conjunt, fortalesa més un poble que l'acompanya, s'anomena tècnicament "castrum" i en el cas de Montsegur estava fortament defensat. El juliol de 1241, el comte de Tolosa hi va realitzar un primer setge, però la fortalesa va resistir. Tanmateix, el 1243 Montsegur va tornar a patir un nou setge, aquest cop de la mà del senescal de Carcassona en nom del rei de França. Aquest setge va durar deu mesos i va obligar els defensors de la plaça a rendir-se. Així, el 16 de març de 1244 200 càtars, homes i dones, van ser cremats vius al peu de la muntanya, molt probablement al lloc que actualment encara du el nom de "Prat dels cremats."