1999 fand ein Referendum statt, in dem sich die Bevölkerung Osttimors für die Unabhängigkeit von Indonesien aussprach. Davor und vor allem danach kam es im ganzen Land zu einer Gewaltwelle, ausgelöst von sechs pro-indonesischen Milizen und dem indonesischen Militär. Die Stadt Maliana wurde von pro-indonesischen Milizen gestürmt. Zwei Fahrer der Vereinten Nationen wurden getötet und der ganze Ort, bis auf die Kirche, niedergebrannt. Am 8. September kam es zu einem Massaker in der Polizeistation von Maliana, bei dem mindestens 13 Menschen starben. Im gesamten damaligen Distrikt Bobonaro wurden im September 1999 mindestens 111, eventuell über 200 Menschen ermordet. Besonders schwer traf es auch den Subdistrikt Lolotoe, in dem die Miliz "Kaer Metin Merah Putih" (KMP) mit dem indonesischen Militär kämpfte. Erst nach Einschreiten der internationalen Eingreiftruppe INTERFET unter australischer Führung endete die Gewalt. Am 16. Oktober 1999 kam es noch in Aidabasalala (Suco Hataz) zu einem Gefecht zwischen sechs australischen INTERFET-Soldaten und etwa 20 Mitgliedern einer pro-indonesischen Miliz. Drei Milizionäre kamen dabei ums Leben, drei weitere wurden verletzt. Osttimor kam unter UN-Verwaltung und wurde 2002 in die Unabhängigkeit entlassen.