Ya que Nigeria se retiró de la Copa Africana de Naciones 1996 debido a razones políticas y fue descalificada de la edición de 1998, Babangida realizó su debut en esta competición en la Copa Africana de Naciones 2000, donde le anotó dos goles a Sudáfrica en las semifinales del torneo. En la final, se vieron emparejados con Camerún, y tras empatar 2:2 en tiempo regular, fueron derrotados 4:3 en la tanda de penaltis. Jugó los cinco encuentros de su selección a lo largo de la competencia, marcando dos goles. Luego, participó en la clasificación para la Copa Mundial de Fútbol de 2002, y le anotó dos tantos a Ghana en el la última fecha de las eliminatorias para sellar el pasaje de Nigeria a la Copa Mundial. Babangida jugó todos los encuentros de Nigeria en la Copa Africana de Naciones 2002, donde obtuvieron el tercer puesto, pero perdió su lugar en el seleccionado justo antes del Mundial, al igual que otros jugadores como Sunday Oliseh y Finidi George.