2 апреля 2005 года на пост президента 96-ю голосами из 99 возможных был избран Виталий Леонтьевич Мутко. Он руководил союзом четыре с половиной года, в течение которых российский футбол добился определённого прогресса, в частности, сборная заняла 3-е место на ЧЕ-2008, юношеская сборная до 17 лет выиграла первенство Европы-2006, ЦСКА выиграл Кубок УЕФА, клуб «Зенит» выиграл Кубок и Суперкубок УЕФА. Однако затем последовал регресс, апофеозом которого стал проигрыш сборной России словенцам в ответном стыковом матче отборочного турнира ЧМ-2010, приведший к невыходу россиян на ЧМ. 24 ноября 2009 года, через несколько дней после проигрыша словенцам, на внеочередной конференции Российского футбольного союза исполком Союза утвердил отставку Виталия Мутко с поста президента организации; в тот же день исполняющим обязанности президента РФС был назначен Никита Павлович Симонян, он находился в должности до 3 февраля 2010 года, когда состоялись выборы нового главы РФС. Одной из причин ухода Мутко стало пожелание президента Российской Федерации Д. А. Медведева о том, что государственные чиновники должны в течение месяца освободить посты глав спортивных федераций.