Augustus perusti legioonan uudelleen taistelemaan Pompeiuksen pojan Sextus Pompeiuksen johtamaa kapinaa vastaan Sisiliassa 31 eaa. Legio XIII sai lisänimen Gemina ("kaksonen") ja sitä vahvistettiin toisten legioonien osilla. Vahvistuksissa oli mukana Marcus Antoniusta vastaan käydyn sodan ja Aktionin taistelun veteraaneja. Sisilian jälkeen Augustus lähetti legioonan Burnumiin Dalmatiaan. Vuonna 16 eaa. legioona siirrettiin Emonaan (nykyisin Ljubljana) Pannoniassa, jossa se osallistui paikallisten kapinoiden tukahduttamiseen.