Nicklas Strunck Jakobsen spielte von 2014 bis 2015 7 für die dänische U17-Nationalmannschaft sowie von 2015 bis 2016 in 17 Partien für die U17-Auswahl. Mit dieser nahm er an der U-17-Fußball-Europameisterschaft 2016 in Aserbaidschan teil, wo die dänische Mannschaft nach der Gruppenphase ausschied. Dabei kam Nicklas Strunck Jakobsen in allen drei Partien zum Einsatz. Danach kam er von 2016 bis 2017 für die U18-Nationalmannschaft zum Einsatz, dabei absolvierte Jakobsen fünf Partien. Von 2017 bis 2018 kam er auf genausoviele Spiele für die U19-Nationalmannschaft. Ab 2018 bis 2019 war Nicklas Strunck Jakobsen U20-Nationalspieler seines Geburtslandes und kam für diese Altersklasse auf drei Einsätze.