1499年から1509まで、クレモナはヴェネツィア共和国の支配下に置かれた。アニャデッロの戦い（カンブレー同盟戦争）でイタリア同盟が勝利を収めたことで、クレモナはミラノ公国へ返還された。しかし、ミラノはノワイヨン条約（1516年）のもとスペイン王国に帰した。クレモナは1524年にサンタ・クローチェ城が降伏したときだけ新たな支配者のもとに落ちた。2年後についにマドリード条約とともにフランス王国がミラノ公国から追われ、その後クレモナは長くスペイン支配を受けた。これは、ロレンツォ・トロッティによる大聖堂のポーチのロッジア（1550年）、またはサン・シロ教会の建設とアントニオ・ジアルディーニによるセポルクロ（1614年）といったさらなる修飾の妨げにならなかった。