Кидаль был очагом восстания туарегов в начале 1990-х годов. В 1997 году мэром города была избрана женщина Нина Валлет Инталу, которая под давлением исламистов была вынуждена подать в отставку. В мае 2006 года, после многих лет герильи против правительства Мали, туареги согласились подписать соглашение о перемирии. Данное соглашение было подписано при посредничестве Алжира. В 2012 году, 30 марта, город был захвачен туарегами и стал частью самопровозглашённого государства Азавад. В апреле того же года исламисты взяли город под свой контроль и удерживали его вплоть до конца января 2013 года, когда были выбиты французскими войсками в ходе операции «Сервал».