Havnen ble benyttet som rekreasjonssted for velstående cruisepassasjerer fra «amerikalinjen» før første verdenskrig. Tyskerne brukte havnen som base for ubåter under første verdenskrig og hadde totalt soldater stasjonert i Zeebrugge. Frem til 1917 hadde tyskerne senket seks millioner tonn av de alliertes skip fra denne havnen. De allierte slo tilbake 22. april 1918 i det som senere har fått navnet Zeebrugge-raidet.