Девяностые годы XX, как и начало XXI века для команды «Динамо» были непростыми. После преобразования чемпионата СССР в чемпионат России в 1992 году, команда несколько лет занимала места в тройке (3 место — в 1992 и 1993 годах под руководством Валерия Газзаева, 2 место в 1994 году). Второе место 1994 года под руководством Константина Бескова, вернувшегося в клуб спустя 22 года, до сих остается наивысшим достижением клуба в чемпионатах России. В 1995 году клуб стал обладателем Кубка России, обыграв волгоградский «Ротор» (0:0) в серии послематчевых пенальти 8:7.