Opiskellessaan lääketiedettä Napolin yliopistossa hän tutustui tasavaltalaisuuteen ja erityisesti Giuseppe Mazzinin ajatuksiin. Malatesta kuitenkin erotettiin yliopistosta vuonna 1871 mielenosoitukseen osallistumisen johdosta. Sen jälkeen hän suoritti mekaanikon ja sähkömiehen opintoja ja Pariisin kommuunista innostuneena liittyi ensimmäisen internationaalin toiminnassa mukana olleisiin sosialisteihin. Internationaalin hajottua vuoden 1872 Haagin kongressin jälkeen marxilaisten ja anarkistien välisiin ristiriitoihin Malatesta liittyi Sveitsin Saint-Imierissä perustettuun anarkistiseen internationaaliin. Hän tapasi muun muassa venäläisen anarkistin Mihail Bakuninin, jonka riidat Karl Marxin kanssa aiheuttivat ensimmäisen internationaalin hajaannuksen.