Najvýznamnejším Dandolovým činom bola jeho účasť na IV. križiackej výprave. Do výpravy sa Benátky zapojili na hneď na začiatku, keď križiakom výmenou za peniaze poskytli prepravu svojimi loďami. Francúzski baróni však neboli schopní svoj dlh splatiť, a za poskytnutie odkladu splátok, ako i za poskytnutie prostriedkov pomohli Benátkam dobyť uhorský prístav Zadar (1202). Následne na stretnutí v Zadare križiaci súhlasili s návrhom Filipa Švábskeho a Dandola zmeniť cieľ križiackej výpravy na byzantský Konštantínopol, kde mala výprava na trón dosadiť Alexia IV. Odtiaľ mala výprava pokračovať do Svätej zeme. Dôvodom benátsko-byzantského nepriateľstva bol obchod. Hoci byzantský cisár Alexios III. v roku 1198 obnovil benátske privilégia, ich práva boli byzantskými úradníkmi porušované. Križiaci Alexia IV. na byzantský trón dosadili. Následne Enrico zohral významnú úlohu pri rokovaniach Alexia IV. s Alexiom V., ako i pri dobytí Konštantínopola a delení koristi.