Військові дії російської армії, що були розпочаті в 1805 році проти Наполеона, спонукали Скалона повернутися на військову службу, але взяти участь у війні йому не довелося, бо імператор Олександр I вдруге призначив його шефом Іркутського драгунського полку. Таким чином, він повинен був повернутися до свого колишнього полку у Сибір для «"приведення знову у відмінний стан, в якому він залишив полк цей"».