Джонс был выбран под общим 18-м номером на драфте НБА 2012 года клубом «Хьюстон Рокетс». В своем первом сезоне проводил на паркете 14,5 минут, набирая в среднем 5,5 очков и 3,4 подбора в среднем за игру. В сезоне 2013/14 Джонс стал выходить в стартовой пятёрке «Рокетс», проведя 76 матчей (71 в старте). Джонс набирал 12,1 очка (54,2 % попаданий с игры) и делал 6,9 подборов. 18 января 2014 года в возрасте 22 лет набрал рекордные для себя в НБА 36 очков и сделал 11 подборов в победном матче против «Милуоки Бакс» (114-104).