В 90-х годах Ходжа стал сторонником Демократической лиги Косова и её лидера Ибрага Руговы в борьбе за независимость Косова. В 1998 году он, вместе с другими членами Ассоциации ветеранов Антифашистской Национально-освободительной войны, помогал вооруженной борьбе Армии освобождения Косова (АОК). Он поддержал вмешательство НАТО во время войны в Косово.