Na het herstel van zijn verwondingen kreeg Johnston het commando over het Department of the West, het belangrijkste commando in het westelijke theater, die hem in theorie de baas maakte over Braxton Braggs Army of Tennessee en John C. Pembertons Department of Mississippi and East Louisiana. Pemberton kreeg Ulysses S. Grant tegenover zich in Vicksburg. Johnston probeerde hem ertoe over te halen de stad te evacueren, zijn troepen te verenigen met die van Johnston, en zo Grants troepen numeriek de baas te zijn. Maar Davis gaf Pemberton opdracht om in Vicksburg stand te houden, wat voor grote consternatie zorgde toen het laatste bolwerk aan de rivier de Mississippi viel op 4 juli 1863.