Après l'expulsion des Juifs en 1349, Bâle se décide publiquement de ne plus admettre de Juifs pendant au moins 200 ans. Cependant, moins de 15 ans plus tard, à la suite du tremblement de terre de 1356, les Juifs sont autorisés à revenir et, en 1365, l'existence d'une deuxième communauté juive est documentée. On estime qu’elle compte environ 150 personnes en 1370 (sur une population totale d’à peu près 8 000 personnes). Un bâtiment situé à l’angle de Grünpfahlgässlein et de Gerbergasse servira la seconde communauté de synagogue. À partir de 1394, un terrain sur Hirschgässlein sert comme cimetière. Par contre au XVIe siècle, le plan de la ville de Sebastian Münster indique encore le « Jardin d'Eden » , bien qu'il n'y ait plus de communauté juive à Bâle à cette époque. Il est possible que le cimetière soit encore utilisé par des Juifs vivant ailleurs dans la région.