Noustuaan takaisin valtaistuimellensa Šir Ali alkoi toteuttaa varovaisia uudistuksia Afganistanissa. Toisin kuin esimerkiksi isänsä, Šir Ali nimitti kuvernööreiksi henkilöitä sukunsa ulkopuolelta. Maaveroa alettiin kerätä pelkästään rahana ja Šir Ali pyrki myös luomaan maallensa uudenaikaisen armeijan. Pääasiassa Ghelzaiden parista värvätyt vakinaiset sotilaat saivat univormut ja palkkansa rahana suoraan valtiolta. Britit toimittivat maalle uudenaikaisia kiväärejä vanhojen muskettien sijaan. Šir Alin kaudella perustettiin myös ensimmäiset Afganistanin nykyaikaisia oppiaineita opettaneet koulut, maan ensimmäinen sanomalehti "Šams al-nahar" ja Kabulin ja Pešawarin välinen postilinja. Modernisointiprojektit jäivät kuitenkin kokonaisuudessaan suhteellisen pieniksi. Ensimmäisen afgaanisodan jäljiltä afgaanit olivat hyvin brittivastaisia ja epäluuloisia länsimaalaisten vaikutteiden suhteen. Brittien tukeen nojannut Šir Ali ei voinut sisäpoliittisesti leimautua liian brittimyönteiseksi uudistustensa kanssa. Sisäpoliittisesti hänen oli näyttäydyttävä brittivastaisena, mutta ulkopoliittisesti hän kuitenkin nojautui todellisuudessa entistä tiiviimmin britteihin. Briteiltä saatiin paitsi aseita, mutta myös taloudellista tukea, mikä oli erityisen merkityksellistä hallitsijalle maan hyvin kapean veropohjan takia. Briteiltä Šir Ali halusi myös takuut Venäjää vastaan, sekä turvaa tulevan vallanperimyyden suhteen. Šir Ali oli nimittänyt seuraajakseen toiseksi vanhimman poikansa Abdullah Janin poliittisesti vahvemman, mutta isänsä kanssa huonoissa väleissä olleen Muhammad Jaqub Khanin sijaan. Šir Alilla oli varsin hyvät henkilökohtaiset suhteet brittiläisen Intian varakuningas lordi Mayon kanssa. Brittien ja emiirin suhteet viilenivät kuitenkin huomattavasti lordi Mayon kuoltua vuonna 1872.