Sedan Storbritannien 1877 annekterat Transvaal, verkade Joubert energiskt för landets frigörelse från brittiska väldet och blev, då republiken proklamerats 1880, överbefälhavare i det utbrytande kriget. Här vann han 27 februari 1881 den avgörande segern i slaget vid Majuba hill, som ledde till krigets slut. Joubert blev 1893 vicepresident och vid det andra boerkriget i oktober 1899 överbefälhavare för Transvaals och Oranjefristatens styrkor. Han vann i början åtskilliga framgångar och ledde belägringen av Ladysmith, men sedan han tvingats häva denna år 1900 nedlade befälet och drog sig tillbaka till Pretoria, där han samma år avled.