В результате военного переворота 1992 года, который стал началом Гражданской войны в Алжире, Ламари был в числе офицеров, потребовавших отставки тогдашнего президента Шадли Бенджедида. По словам Мохамеда Самрау, Ламари в марте 1992 года был освобождён от своих обязанностей другим президентом, Мохамедом Будиафом, который находился на своём посту считанные дни и был вскоре убит. Ламари вскоре был назначен ответственным по борьбе с терроризмом и имел под своим специальную группу из 15 000 солдат ("CCLAS, Centre de commandement de la lutte antisubversive"). В июле 1993 года, после того, как Ламин Зеруаль стал министром обороны, Мохамед Ламари был назначен начальником штаба и занимал этот пост в течение более десяти лет.