V roce 1476 dobojskou pevnost obsadili během svého pronikání na Balkán Turci, a to, poté, co překonali soutěsku řeky Vrbas u obce Vranduk. Původní pevnost byla v roce 1940 intenzivně přestavovaná a rozšiřovaná, neboť se Maďaři přiblížili k městu a hrozili jeho dobytím z osmanských rukou. Po několik set let, kdy byl Doboj držen Osmany, však bylo město vystaveno různým útokům ze strany Habsburské monarchie. Zřízena zde byla kapetanie, jíž byl Doboj centrem. Během vpádu Evžena Savojského do Bosny se vojenská posádka Doboje vzdala. Po Berlínském kongresu se města zmocnili Habsburkové, kteří získali do správy celé Bosny a Hercegoviny. V Doboji však byl příchod nového vojska provázen ozbrojenými střety. Několik tisíc místních obyvatel, převážně muslimské víry, se vzbouřilo a pokoušelo se zastavit dvacátou divizi rakouské armády generála Lászlo Saparyho, která do Doboje vstoupila.