Alle 23-vuotiaiden maajoukkueessa pelannut Aquino teki maajoukkuedebyyttinsä heinäkuussa 2011 Chileä vastaan Copa Américassa, jossa hän pelasi Meksikon kaikki ottelut. Vuonna 2012 Aquino oli voittamassa Meksikolle sen jalkapallohistorian ensimmäisen kansainvälisen turnauksen voiton, kun se voitti olympiakultaa Lontoossa. Hän kuului myös Meksikon jalkapallomaajoukkueeseen Maanosaliittojen cupissa 2013 sekä Copa Américassa 2015.