在1941年12月8日，日本隨太平洋戰爭爆發而揮軍香港，在香港保衛戰期間，曹善允全家均為港府服務。香港在同年12月25日淪陷後，曹善允任職的港大校董會和華人公立醫局委員會等組織一概停辦，他的大宅更為日軍徵用，損失不菲。與此同時，日方多次有意招攬曹善允，但他不甘奉事日方，多番以身體欠佳、卧病在床為理由推卻。不久以後，曹善允攜家眷全體避居澳門，並派兒子前往自由中國參與抗日，以示堅決不向日方屈服。