Durante la Seconda guerra mondiale, Labuan fu occupata dal Giappone dal dicembre 1941 al giugno 1945 e governata come parte dell'unità militare del Borneo del Nord dalla 37ª Armata Giapponese. Labuan fu ribattezzata Maida (Pulau Maida, 前田島 ["Maeda-shima"]) in onore del marchese Toshinari Maeda, il primo comandante delle Forze Giapponesi nel Borneo del Nord. L'isola fu riconquistata dall'Esercito Australiano nel corso dell'operazione Oboe Six, nel giugno del 1945. Labuan tornò al suo vero nome e rimase sotto l'amministrazione militare britannica, e successivamente (15 luglio 1946) si unì al Borneo del Nord Britannico, che divenne parte della Malaysia, come Stato di Sabah nel 1963.