מיד לאחר הרצח עמד הנשיא החדש, לינדון ג'ונסון, במצב עדין. השמועות שרווחו קישרו את הרצח לגורמים רבים מארצות הברית ומחוצה לה. היה ברור שאם יימצא כי פידל קסטרו שליט קובה, או כי ברית המועצות היו מעורבים ברצח, מדובר בעילה למלחמה. מצד שני, עקבות הרוצחים יכולים להוביל לגורמים בתוך ממשל ג'ונסון גופא - אנשי ה-CIA אשר להם "חשבון פתוח" עם הנשיא מאז הפלישה הכושלת למפרץ החזירים, אנשי ה-FBI, שחברו לגורמי ימין קיצוניים במטרה להרוג את הנשיא הליברל, ואף אנשי הממסד הצבאי-תעשייתי שרצו להעמיק את מעורבות ארצות הברית במלחמת וייטנאם. חששו של ג'ונסון היה כי חקירה לא מוסמכת של גורמים מקומיים עלולה להוביל, בצורה שגויה או במכוון, לעבר אחד ממקורות אלו (כפי שאכן אירע שנים מספר לאחר מכן בחקירת התובע בניו אורלינס ג'ים גאריסון), וכי חקירה של גורם פדרלי עלולה להיראות כטיוח. ה-FBI ערך כבר, מהרגע שבו נודע על הרצח, חקירה משלו. כן בחשו בקלחת גורמים נוספים של אכיפת החוק בדאלאס, שבה אירעה ההתנקשות. היה צורך לקטוע את כל אלו באיבם, ולהכריז על חקירה בלתי תלויה, כאשר בצוות החוקרים יהיו גורמים שאין להטיל ספק ביושרם ובהגינותם.