Harris wurde am 23. April 1814 zum Leutnant ernannt („"commissioned“") und schon zwei Monate später zum Oberleutnant befördert. Er ging an Bord von USS "Guerriere" und nahm mit dem Schiff am Ende des britisch-amerikanischen Kriegs von 1812 an Kämpfen gegen britische Streitkräfte teil, die auf Baltimore vorrückten. Den Angriff auf Fort McHenry im Kampf um Baltimore beschrieb er in einem Brief an seinen Bruder: „Der schönste Anblick, den ich je gesehen habe ... die Bomben und Raketen fliegen zu sehen und das Feuer [auf den Gegner] aus unseren drei Forts“. ("„the handsomest sight I ever saw ... to see the bombs and rockets flying and the firing from our three forts.“").