Hij vocht mee in de Mexicaanse Onafhankelijkheidsoorlog en keerde zich tegen keizer Agustín de Iturbide. Toen Mexico in 1824 een republiek werd, werd Barragán gouverneur van Veracruz. Hij voerde in 1825 de Mexicaanse troepen aan die de Spanjaarden uit het fort San Juan de Ulúa, het laatste gedeelte van Mexico dat nog in Spaanse handen was, verdreven.