1791 року Годой отримав пост генерал-ад'ютанта лейб-гвардії. 15 листопада 1792 року після виходу у відставку Аранди очолив іспанський уряд. З початком Революційних війн Австрія, Англія та Росія зажадали від Іспанії вступу до коаліції проти Франції. Годой намагався маневрувати між членами коаліції та Францією, що спричинило роздратування обох сторін. Після страти Людовика XVI 7 березня 1793 року Франція оголосила війну Іспанії. Невдачі у війні та страх перед своїм же союзником — Англією — змусили Годоя шукати миру з Францією. Результатом став укладений у липні 1795 року Базельський мир, відповідно до якого Іспанія поступалась французам Санто-Домінго. За ту угоду Годой отримав титул «князь миру».