Po návratu byl Otakar Hrubý jmenován velitelem letky u 12. stíhacího pluku 1. letecké stíhací divize v Praze, v letech 1946–1949 pracoval jako testovací pilot Vojenského leteckého ústavu studijního v Praze-Letňanech. Po komunistickém převratu v roce 1948 byl Otakar Hrubý v roce 1949 vyřazen z letectva a degradován. V letech 1950–1951 byl vězněn na Mírovské věznici. Poté pracoval jako řidič v pivovaru, stavební dělník, skladník hutního materiálu a dělník v přádelně. Kvůli nedostatku peněz pracoval až do 73 let. V roce 1969 byl částečně rehabilitován. Po listopadu 1989 byl Otakar Hrubý povýšen na plukovníka a roku 1991 vyznamenán Řádem Milana Rastislava Štefánika. V roce 1990 navštívil Londýn u příležitosti výročí Bitvy o Británii, na recepci pro účastníky Bitvy byl jako jediný z veteránů osloven Královnou matkou.