Vanaf eind 1813 was Gruner lid van de Centrale Administratieve Raad voor de bezette Rijnbonden. Na de definitieve nederlaag van Napoleon bij Waterloo werd hij in juli 1815 aan het hoofd geplaatst van de nieuwe geallieerde geheime dienst en de bezettingspolitie te Parijs. In deze hoedanigheid stond hij generaal Karl von Müffling bij in het besturen van de Franse hoofdstad. Zijn positie werd vanaf begin af aan ondermijnd door Klemens von Metternich, die de dienst als een vehikel van de Pruisische belangen zag, en Müffling behandelde hem vooral als bureauchef. Hij diende dan ook op 5 augustus 1815 zijn ontslag weer in, maar Hardenberg accepteerde deze niet. Wel hoefde Gruner zich nog maar op een taak toe leggen: het opzetten en leiden van de geallieerde geheime politie.