Après la dissolution de l'Union soviétique, le club est intégré dans la nouvelle troisième division russe en 1992, dont il est relégué l'année suivante. Après quatre saisons en quatrième division, le "Spartak" retrouve le troisième échelon en 1998, où il évolue pendant vingt années d'affilée. Du fait du retrait de ses principaux sponsors et la fin du soutien financier du gouvernement de l'oblast de Kostroma, le Spartak est contraint de quitter la troisième division à la fin de la saison 2017-2018 et est dissous dans la foulée par les autorités qui décident de fusionner ce qu'il en reste avec l'autre équipe locale du Dinamo pour former le FK Kostroma. Ce nouveau club évolue une saison au quatrième échelon avant de reprendre l'identité du Spartak en 2019.