הסכם השלום שנחתם בשנת 1502 בין אנגליה לסקוטלנד ושהיה אמור להבטיח שלום נצחי לא החזיק אפילו עשור. בשנת 1509 מת אביה של מרגרט, המלך הנרי השביעי, ואת מקומו ירש אחיה, הנרי השמיני, שהיה מלך אגרסיבי ונכנס למלחמה נגד צרפת, בת בריתה העתיקה של סקוטלנד. בשנת 1513 נשלחו כוחות אנגלים צפונה, לכיוון הגבול הסקוטי, וג'יימס הרביעי הוביל את צבאו לתוך השטח האנגלי. ב-9 בספטמבר נפגשו שני הצבאות במחוז נורת'מברלנד בקרב שקיבל את השם קרב פלודן, שבמהלכו נהרג המלך ג'יימס הרביעי. בצוואתו קבע ג'יימס כי אלמנתו תשמש כעוצרת בשם בנו ג'יימס, שהיה אז בן שנה בלבד, עד הגיעו לבגרות. מינויה של מרגרט, שהייתה בהריון כאשר בעלה נהרג, אושר בקושי על ידי הפרלמנט הסקוטי, בגלל היותה אחותו של מלך אנגליה, אויבה של סקוטלנד.