Desde el comienzo de la Segunda Guerra Sino-Japonesa en 1937, el ferrocarril hacia Yunnan sirvió de canal para el envío de armas al Kuomintang chino. La negativa francesa a detener los envíos de armas y otros bienes relacionados con la guerra a China a través de Tonkin acabó provocando la invasión de la Indochina francesa por las fuerzas japonesas en 1940. Los japoneses utilizaron ampliamente el sistema ferroviario durante su ocupación, invitando al sabotaje del Viet Minh, así como a los bombardeos aéreos de los aliados. Los ferrocarriles sufrieron daños considerables, incluida la destrucción de puentes.