Rzeka Yellowstone została odkryta i opisana w 1806 roku przez Williama Clarka podczas powrotu Ekspedycji Lewisa i Clarka. Wcześniej była to ważna droga wodna wykorzystywana przez Indian. W 1807 przy rzece powstał pierwszy punkt handlowy założony przez handlarza futrami Manuela Lisę i Johna Coltera. Po powstaniu linii kolejowej (Northern Pacific Railway), na początku lat 80. XIX wieku przy rzece zaczęła osiedlać się ludność. Rzeki używano również do nawadniania.