В феврале 2005 Нуньес забил свой первый (и единственный) гол за «Ливерпуль» — в финале Кубка Лиги он поразил ворота «Челси», однако это не помешало «синим» выиграть со счётом 3:2. Тем самым Нуньес стал единственным игроком в истории «Ливерпуля», который забил лишь один гол, но сделал это в финале серьёзного турнира. Хотя уже летом 2005 года Антонио покинул «Ливерпуль» и вернулся в Испанию, он успел получить медаль победителя Лиги чемпионов, так как он принял участие в нескольких матчах кампании, а также был на скамейке запасных в финальном матче против «Милана» в Стамбуле (однако на поле он так и не вышел).