Kausi 2006–2007 oli Ahoselle vaikea; ensimmäistä kertaa urallaan hän jäi täydellä maailmancup-kaudella ilman palkintokorokesijoituksia. Maailmancupin loppupisteissä hän sijoittui lopulta kahdeksanneksi. Sapporon MM-kisoissa 2007 Ahonen sijoittui suurmäessä kuudenneksi ja normaalimäessä hän oli 14.