Den sista EM-medaljen vann Waldner i Zagreb 2002, guld med herrlaget, och den sista i VM-sammanhang i Osaka 2001, brons med herrlaget. År 2002 var det sista året som Waldner (då 37 år) rankades bland världens tio bästa singelspelare. 2004 skapade han pingisfeber i Sverige när han avancerade långt i herrarnas singelturnering. I semifinalen förlorade han mot koreanen Ryu Seung-min, som sedan vann turneringen. I matchen om bronsplatsen mot Liqin Wang förlorade han också med 1-4 och slutade på fjärde plats.