Самой главной целью организация поставила себе, однако, вооружённую борьбу с немецкими оккупантами. Партизанские отряды Конфедерации, носящие название Кадровых Ударных Батальонов приступили к действиям в октябре 1942 года и сражались главным образом на Белостокщине и Виленщине. После слияния с АК они принимали участие в партизанских сражениях, а также в Операции «Острая брама» как часть 77-го Полка Пехоты АК. Немногочисленные партизанские отряды КН, которые оставались в районе Подлясья были весной 1944 года включены в 30-ю Полесскую Дивизию АК. Всего КН направила в партизанские отряды около 2 тыс. 700 человек.