Avec la chute du Shah en 1979, de nouvelles dimensions ont été ajoutées aux relations entre la République islamique d'Iran nouvellement proclamée et le Bangladesh. Les relations se sont progressivement développées, le président Hashemi Rafsanjani devenant le premier dirigeant iranien à visiter le Bangladesh indépendant en 1995. Par la suite, la Première ministre bangladais Sheikh Hasina s'est également rendu en Iran et a eu des entretiens avec le président Mohammed Khatami. L'Iran a aidé le Bangladesh avec un programme d'aide après le passage du cyclone Sidr en 2007.