I Japans Grand Prix 2009 kjørte Kobayashi de to første fritreningsøktene i stedet for Timo Glock, som var syk. Glock ble frisk i tide til å ta del i den tredje fritreningssesjonen og kvalifiseringen, men ble skadet etter et krasj i den siste sesjon av kvalifiseringen og måtte stå over løpet. Toyota spurte FIA om tillatelse til å la Kobayashi kjøre, men dette ble avvist ettersom regelverket sier at en sjåfør må kjøre i minst én av øktene på lørdag for å være kvalifisert å starte.