Nach dem Krieg wurde Markhoff am 4. Oktober 1807 zunächst auf Halbsold gesetzt, bevor er auf Vorschlag Gneisenaus am 30. November 1808 als Ingenieur vom Platze nach Spandau versetzt wurde. Im Jahr 1810 arbeitete er dann an der Reorganisation des Ingenieurkorps mit. Am 20. August 1811 wurde er Major und am 16. März 1812 zum Kommandanten über die Ingenieure und Pioniere im mobilen preußischen Armeekorps ernannt. Das Korps kämpfte dann im Feldzug von 1812 in den Gefechten bei Melothen, Eckau und Gräfenthal. Im Vorfeld der Befreiungskriege kam Markhoff am 10. März 1813 in den Stab des Generals von Yorck. Im Krieg kämpfte er in den Gefechten bei Freyburg an der Unstrut, Eisenach, Vitry, Chalons, Chateau-Thierry, Montmirail Fère-Champenoise St. Dizier als auch den Schlachten bei Laon und Paris. Dafür erhielt er am 11. Januar 1815 das Eiserne Kreuz II. Klasse.