베네시는 연합군의 예상된 승리에 뮌헨 협정 이전의 체코슬로바키아 복구에 대한 염원을 품었지만, 그것은 헛된 것임이 드러났다. 베네시는 독일의 공격으로부터 체코슬로바키아를 지키기 위해 폴란드, 그리고 소련과 동맹을 맺음으로써 체코슬로바키아의 안보를 강화하기로 결정했다.그러나 소련은 체코슬로바키아-소련-폴란드 삼각 협상을 거부했다. 1943녀 12월, 베네시 정부는 소비에트 연방 정부와 협약을 체결했다. 소련과 우호적인 관계를 유지하면서, 베네시의 이익은 전후 체코슬로바키아 내에서 일어날 수 있는 공산당의 쿠데타를 소련이 지원하지 못하도록 하는 것이었다. 베네시는 체코슬로바키아 공산당도 영국에 있는 자신의 망명 정부와 협조할 수 있도록 노력했으며 중화학 산업의 국유화와 지역 인민 위원회의 창설 등과 같은 타협점도 찾아냈다. 1945년 3월, 그는 주요 정부 관직을 체코슬로바키아 망명 공산당에게 주었다. 그러나 이러한 베네시의 노력은 1948년 체코슬로바키아 쿠데타로 무산된다.