После оккупации Королевства Югославии Германией и её союзниками было создано Независимое государство Хорватия, с усташами во главе. Они придерживались великохорватской идеи и отличались крайней сербофобией, что вылилось в геноцид сербов, евреев и цыган. Усташами была создана и сеть концлагерей. Точное количество жертв геноцида неизвестно, оно составляет от 197 000 человек по хорватской версии до 800 000 человек по сербской. Значительная часть жертв погибла в хорватских концлагерях. Около 240 000 сербов были насильно обращены в католичество, ещё 400 000 были вынуждены бежать в Сербию. Эти действия изменили этническую карту территорий современных Хорватии, Боснии и Герцеговины и Сербии и крайне отрицательно сказались на отношениях между сербами и хорватами. На оккупированных районах Югославии развернулось широкое освободительное движение. Зародившись в Далмации, оно нашло отклик на территории всей Югославии. Борьбу с хорватскими военными формированиями и частями Вермахта вели партизаны-коммунисты под руководством Йосипа Броз Тито. Политика сербского националистического движения четников под руководством Дражи Михайловича в разные периоды варьировалась от борьбы с немецкими частями до сотрудничества с ними. Четники на контролируемых ими территориях вели в свою очередь террор против несербского мирного населения. Сербы с территорий бывшей Военной границы внесли значительный вклад в борьбу с немецкими подразделениями и хорватскими формированиями. В 1943 году их количество в рядах четников составило 7 000, в рядах партизан — 28 800 бойцов. В 1945 году в рядах четников было 4 000, а в рядах партизан 63 710 сербов с территорий Краины. После освобождения всей территории Югославии сербы в Хорватии наравне с хорватами получили статус государствообразующего народа.