בתקופה זו (1964) התפתח מוקד מתיחות בין ישראל וארצות ערב (בעיקר סוריה) על רעיון הטיית מקורות הירדן. על מנת לנהל את "המלחמה על המים" של מדינת ישראל באמינות, חקר שטרים את פוטנציאל המשקעים באגני הניקוז של מקורות הירדן, על פי דוחות משקעים (גשמים ושלגים) של השירות המטאורולוגי הישראלי ושירותים מטאורולוגיים באזור. תופעות מחזוריות, טווחים וסוגי ממטרים שראה בנתונים ובתוצאות המחקרים האלו סיקרנו את שטרים להמשיך ולחקור את בסיסי הנתונים שבידו. תובנות ורעיונות חדשים הביאו לתוצאות חדשות ופרסום מאמרים מדעיים רבים בתחום מדידה וחיזוי המשקעים בישראל (ראו רשימת פרסומים מדעיים). שטרים שירת בצבא הקבע עד לשנת 1968. במהלך שירותו הצבאי השלים את לימודיו באוניברסיטה וקיבל תואר מוסמך (ב-1954) ותואר דוקטור קיבל ב-1969. עבודתו המסורה והאמינה הייתה שם-דבר בצמרת צה"ל. לא אחת נתבקש אישית להתייצב בפני ראש הממשלה ושר הביטחון, יצחק רבין, שביקש לשמוע את חוות דעתו באופן אישי. בעבור אחד המחקרים שעשה הומלץ כמועמד עם חוקרים אחרים מן היחידה "ענף 1" לפרס ביטחון ישראל 1966 על ידי ראש אמ"ן האלוף אהרן יריב.