След сериозно раняване през септември 1943 г. Фегелайн е преназначен от Хайнрих Химлер към персонала на щаба на Адолф Хитлер като негов служител за връзка и представител на СС. Фегелайн присъства на неуспешния опит за атентат срещу Хитлер на 20 юли 1944 г. Той е на служба във Фюрербункер в Берлин през последните месеци на войната и е застрелян за дезертиране на 28 април 1945 г., два дни преди самоубийството на Хитлер. Фегелайн е опортюнист, на когото Химлер дава най-добрите задачи и бързи промоции. Историците Уилям Ширер и Ян Кершо го характеризират като циничен и недостоен. Алберт Шпеер го нарича „един от най-отвратителните хора в кръга на Хитлер“.