W reprezentacji Chile Fuentes zadebiutował w 1998 roku. W 2001 roku znalazł się w drużynie na Copa América. Na tamtym turnieju, zakończonym przez Chile na ćwierćfinale, wystąpił w spotkaniach z Ekwadorem (4:1), Wenezuelą (1:0) oraz Meksykiem (0:2).