Arunachal Pradeshin varhaisesta historiasta tiedetään vain hyvin vähän. Joitakin mainintoja alueesta tehtiin Mahabharatassa ja Kalika Puranassa. Britit saivat haltuunsa läheisen Brahmaputran laakson ensimmäisen anglo–burmalaisen sodan päätteeksi solmitulla Yanbon sopimuksella vuonna 1826. Britit lähettivät Arunachal Pradeshiin omia edustajiaan, mutta brittivalta jäi lähinnä muodolliseksi. Vuonna 1913 alueelle perustettiin niin sanottu North-East Frontier Agency paikallisten alkuperäiskansojen kanssa tehtyjen sopimusten jälkeen. Vuonna 1914 tuli voimaan puolestaan alueen pohjoisrajan Tiibetin kanssa määritellyt niin sanottu McMahon-linja. Henry McMahonin mukaan nimetystä linjasta sovittaessa Simlassa oli kokoontunut edustajia Tiibetistä, Kiinasta ja Isosta-Britanniasta. Kiinalaiset sanoutuivat kuitenkin irti sopimuksesta vain pari päivää sen solmimisen jälkeen.