Během druhé světové války měla Rijeka značný význam pro italské námořnictvo především díky přítomnosti továrny na výrobu torpéd. Po dubnové válce v roce 1941 a obsazení (a rozdělení) Království Jugoslávie získala fašistická Itálie další území v okolí Rijeky. Provincie Kvarner se tak mohla rozšířit i do okolí města. V roce 1943, po kapitulaci Itálie, předpokládalo chorvatské fašistické vedení, že bude Rijeka spolu s celou Dalmácií a snad i Istrií připojena k Chorvatsku, nicméně nakonec bylo město obsazeno Wehrmachtem. Z německé strany byla ustanovena německá dočasná správa, v jejímž čele stál Friedrich Rainer. Dne 3. května 1945 osvobodili Rijeku partyzáni. Během bojů byly zničeny četné mosty ve městě, poškozen přístav a řada budov. Padl velký počet partyzánských bojovníků. Formálně ale bylo město k Jugoslávii připojeno až v roce 1947. Velmi brzy nová moc zahájila v Rijece početné procesy s kolaboranty (ať už skutečnými či údajnými) s italským fašistickým režimem. V rámci těchto procesů byli např. popraveni Riccardo Gigante, Carlo Colussi nebo Gino Sirola.