Tras algunos años de oscuridad, a fines de 1815 fue nuevamente elegido diputado, esta vez al Congreso de Tucumán. Por prestar servicios médicos, no se incorporó al Congreso hasta el mes de agosto, después de la Declaración de la Independencia de las Provincias Unidas del Río de la Plata. Tras la instalación del Congreso en Buenos Aires, formó parte —junto con Darregueira y Castro Barros— de la comisión que asesoró al Director Supremo Juan Martín de Pueyrredón en las negociaciones con Portugal para obtener la devolución de la Banda Oriental. Durante los meses de enero, febrero y marzo de 1818 ejerció la presidencia del congreso y le tocó presidirlo en la sesión del 25 de febrero de 1818 en la que se trató del símbolo que debía distinguir a la bandera argentina de guerra y a la banda que serviría de divisa a los jefes de Estado.