1877 zog er wieder nach Paris, wo er an seiner Waldflora arbeitete, die aus 400 großen Folio-Platten besteht. Auf der Weltausstellung Paris 1878 repräsentierte er die Kolonie Cochinchina und erhielt für eine dargestellte Holzsammlung eine Goldmedaille. Für seine Arbeit in Saigon wurde er 1878 zum Chevalier de la Legion d'Honneur ernannt. Er schrieb Monographien über Gattungen, darunter Garcinia und Clitandra. Als Professor am "Collège des Stagiaires" hatte J.B.L. Pierre den Spitznamen „Petrus Botanico“.