В 1896 году новое восстание на Крите вызвало в Греции сильное национальное движение. Правительство на этот раз дало втянуть себя в войну с Турцией, которая закончилась полным поражением греков. Благодаря вмешательству Великих держав, Греция была спасена от территориальных потерь, но обязалась уплатить Турции военную контрибуцию в 4 млн турецких лир и ещё 100 тысяч лир частным лицам. Греция также должна была признать установления финансовой контрольной комиссии из представителей Великих держав. С назначением международной финансовой комиссии государственное хозяйство было в некоторой степени упорядочено: дефициты исчезли, и проценты по государственным долгам начали выплачиваться вовремя. С 1899 года был проведён ряд реформ: налоговой системы, суда, администрации и школ. Борьба политических партий, которые группировались вокруг крупнейших политический деятелей — Теодороса Делиянниса и Харилаоса Трикуписа нередко выливалась в народные волнения, вызывавшие частые смены правительства.