Ο Παπέν σημείωσε 30 γκολ για την Εθνική Γαλλίας σε 54 αγώνες. Η πρώτη του συμμετοχή ήταν σε φιλικό αγώνα με τη Βόρεια Ιρλανδία τον Φεβρουάριο του 1986 και αγωνίστηκε στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 1986. Σημείωσε δύο γκολ σε τέσσερα παιχνίδια: πρώτο κατά τη διάρκεια του πρώτου αγώνα της Γαλλίας απέναντι στον Καναδά (1–0) και στη συνέχεια κατά τη νίκη της Γαλλίας κατά του Βελγίου (4–2), βοηθώντας τη Γαλλία να τερματίσει στην τρίτη θέση. Η γαλλική εθνική ομάδα δεν κατάφερε να προκριθεί στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 1988 και για τα Παγκόσμια Κύπελλα 1990 και 1994 και έτσι η επόμενη μεγάλη διοργάνωση που συμμετείχε ήταν το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου 1992 στη Σουηδία. Ο Παπέν σημείωσε 9 γκολ κατά τη διάρκεια του προκριματικού γύρου. Ωστόσο, η Γαλλία ήταν απογοητευτική στην τελική φάση. Το τελευταίο του παιχνίδι για την εθνική ήταν το 1995.