An Bord der "Muiron" verließ Lavalette am 23. August 1799 mit Napoleon Ägypten, landete mit ihm am 9. Oktober bei Fréjus und begab sich mit ihm nach Paris. Beim großen, vom Direktorium Napoleon gegebenen Festessen ließ dieser sich von Lavalette etwas Brot und Wein bringen, da er einen Vergiftungsversuch befürchtete. Beim Staatsstreich des 18. Brumaire VIII (9. November 1799), der die Herrschaft des Direktoriums beendete, stand Lavalette seinem General treu zur Seite. Der in der Folge zum Ersten Konsul und somit Alleinherrscher avancierte Napoleon sandte ihn bald nach Dresden mit großen Vollmachten, um gegebenenfalls mit Österreich Friedensunterhandlungen abzuschließen. Der Krieg dauerte aber fort und erst nach der schweren österreichisch-bayerischen Niederlage bei Hohenlinden (3. Dezember 1800) fand sich Kaiser Franz II. zum Waffenstillstand mit dem Ersten Konsul bereit.