In ambito nazionale l'Olimpia partecipa al campionato 1990: la prima fase lo vede raccogliere 10 punti in 11 gare, piazzandosi 8º su 12. La seconda fase è migliore, e la squadra raggiunge il 2º posto dietro al Cerro Porteño, con 13 punti. Nella terza fase viene dunque incluso nel gruppo B, composto da 6 formazioni: con 7 punti in 5 gare, si classifica al 1º posto e ottiene l'accesso alla 4ª fase. Dopo aver primeggiato anche nel gruppo A di questa parte del torneo, all'Olimpia è garantito l'accesso alle semifinali, dove viene eliminato dal Libertad. In campo internazionale la compagine paraguaiana ottiene due rilevanti successi: vince difatti la Coppa Libertadores e la Supercoppa Sudamericana. Inclusa nel girone 5, raggiunge il primo posto con 7 punti in 6 gare: dagli ottavi viene direttamente qualificata ai quarti, a causa della squalifica delle squadre colombiane dal gruppo 2. Ai quarti supera i cileni dell'Universidad Católica vincendo all'andata per 2-0 e pareggiando per 4-4 al ritorno; in semifinale si rendono necessari i tiri di rigore per avere la meglio sull'Atlético Nacional. La finale vede contrapposti Barcelona (Ecuador) e Olimpia: a fare la differenza è la vittoria paraguaiana all'andata (2-0) che permette ai bianco-neri di vincere il titolo. La Supercoppa Sudamericana inizia il 31 ottobre per l'Olimpia: la sconfitta per 3-0 con il River Plate viene ribaltata nella gara di ritorno, e ai tiri di rigore l'Olimpia vince e passa il turno. Ai quarti sconfigge il Racing Club e in semifinale il Peñarol. La finale contro il Nacional di Montevideo si tiene nel gennaio 1991: la vittoria in trasferta consente all'Olimpia di ottenere il trofeo. In Intercontinentale i bianconeri vengono sconfitti per 3-0 dal Milan.