Von nun an setzte Schnider ausschliesslich auf Beachvolleyball und spielte von 2005 bis 2007 zusammen mit Marcel Gscheidle. Nach der WM 2007 in Gstaad wechselte er den Partner und bildete ein Duo mit Martin Laciga, dem jüngeren der erfolgreichen Laciga-Brüder. 2008 qualifizierten sich Laciga/Schnider für die Olympischen Spiele in Peking. Nach weniger als zwei gemeinsamen Jahren trennten sich Jan Schnider und Martin Laciga im Mai 2009. Schnider spielte vorübergehend mit Andy Sutter und bildete dann nach der Beachvolleyball-Weltmeisterschaft in Stavanger zusammen mit Philip Gabathuler ein neues Nationalteam. Im August 2011 starteten sie bei der EM in Kristiansand, wo sie im Achtelfinale gegen die Letten Pļaviņš/J. Šmēdiņš verloren. Mit Ende der Saison 2011 trennte sich das Team Gabathuler/Schnider wieder, da sie die gesteckten Ziele nicht erreichten.