Der mittlerweile für seine sehr durchdachte Spielweise bekannte und teilweise auch gefürchtete Ebdon fiel trotz einiger weiterer großer Erfolge wie dem Sieg bei der UK Championship 2006 und dem Vize-Weltmeistertitel im selben Jahr auf der Weltrangliste zurück. Zwar konnte er sich bis 2009 noch in den Top 10 halten, musste dann aber sukzessive Verluste auf der Weltrangliste hinnehmen. 2012 gewann er mit den China Open seinen letzten großen Titel. In den folgenden Jahren erreichte er nur noch zwei weitere Endspiele auf Profiebene und fiel auf der Weltrangliste bis in die Gegend um Platz 50 zurück. Im April 2020 gab er wegen anhaltender Schmerzen das Ende seiner Karriere bekannt.