Permaneció en el nuevo Reino de Italia hasta 1806, cuando José Bonaparte, al cual su hermano había hecho Rey de Nápoles aquel año, seleccionó a Jourdan como asesor militar. Siguió a José hasta España en 1808, pero el trono de José debía ser mantenido por el ejército francés, y durante la Guerra de la Independencia Española, los otros mariscales, que dependían directamente de Napoleón, tenían poca o ninguna simpatía por José o por Jourdan. Tras la Batalla de Vitoria dejó de tener ningún mando de importancia hasta la caída del Imperio.