Després de la proclamació de la Independència del Perú, va ser nomenat governador de les províncies del nord del futur territori peruà, on el governador de Trujillo s'havia passat als patriotes. Allí va tenir la responsabilitat sobre la instrucció de les tropes i la preparació de la campanya a l'Equador i va ser gratificat amb el rang de Gran Mariscal. Per a seguir organitzant aquestes tropes va demanar ajuda al senat peruà d'una manera una mica desmesurada i va ser sancionat. Poc abans de l'entrevista de Guayaquil entre els Llibertadors José de San Martín i Simón Bolívar, va intentar sense èxit intervenir entre ells. Decebut, es va retirar el 1823 a Salta.