11 жовтня 1899, спалахнула Друга англо-бурська війна. 7 травня на наступного року, Крюгер був присутній на останній сесії фольксрааду і залишив Преторію 29 травня, коли війська лорда Робертса увійшли в місто. Протягом декількох тижнів він перебував або у будинку Ватерфал Ондер, або у залізничному вагоні у Махадодорпі, що у Східного Трансваалі (тепер Мпумаланга). У жовтні він покинув Південну Африку на голландському військовому кораблі «Gelderland», посланий нідерландською королевою Вільгельміною, яка просто ігнорувала британську військово-морську блокаду Південної Африки. Його дружина була дуже хвора, щоб виїхати і тому залишилася у Південній Африці. Вона померла 20 липня 1901 р. Новим президентом було обрано Шалка Віллема Бургера.