Während seiner Amtszeit erreichten früher undenkbare Verteidigungsmaßnahmen Japans einen neuen Höhepunkt. Die japanische Regierung unter Koizumi unterstützte sofort nach dem 11. September 2001 die Politik der USA und ihre Militäraktionen. Koizumi erweiterte im Oktober 2001 die Möglichkeiten der Selbstverteidigungsstreitkräfte (engl. "Self Defense Forces", SDF) zur Teilnahme an Auslandseinsätzen. 22 Tage nach Beginn des Afghanistan-Kriegs, für den Japan 40 % des Flugbenzins zur Verfügung stellte, wurde ein Sondergesetz mit Antiterror-Maßnahmen vom japanischen Parlament erlassen, aufgrund dessen im Dezember 2002 ein Aegis-Zerstörer der SDF in den Indischen Ozean entsandt wurde.