По предложению Бжезинского и его чертежам рыбацкие суда на Каспийском море были оснащены подкильными подвесными торпедными аппаратами для диверсионных действий против белогвардейского флота. В годы Гражданской войны личный состав флотилии под командованием Бжезинского ушёл на сухопутный фронт. В составе отряда моряков действовал бронепоезд имени Бжезинского, вооруженный морскими орудиями. В боях Бжезинский был дважды ранен. В 1922 году был награждён орденом Красного Знамени РСФСР (Приказ РВСР № 70, 1922 года). В 1919 году вступил в ряды большевистской партии. Избирался членом Президиума Астраханского Губисполкома, делегатом X съезда РКП(б) в 1921 году и XI съезда РКП(б) в 1922 году.