Као доказани голгетер на омладинском међународном нивоу, Вернер је направио свој први деби за Немачку 2017. Исте године, помогао је Немачкој да освоји ФИФА куп конфедерација , на коме је дао три гола, што му је донело награду за најбољег голгетера турнира.