1987 blev Sennas sista säsong i Lotus. Han inledde återigen framgångsrikt genom att bland annat vinna i Monaco och . Han kunde dock inte hänga med Williams förare Nelson Piquet och Nigel Mansell som drog ifrån. Senna hade återigen en dålig stallkamrat, japanen Satoru Nakajima, som inte kunde matcha Senna. Brasilianen var i en hel del bråk med Lotusledningen och när McLarens stallchef Ron Dennis lockade med Honda-motorer och en bra lön nappade Senna. Han blev trea i förar-VM 1987 men följande säsong väntade en tuff utmaning, då han skulle få Alain Prost som stallkamrat.