In den ersten Jahren des Zweiten Weltkriegs blieb die Anlage weitgehend unbeschädigt. Am 1. August 1944 wurde das Depot von Aufständischen besetzt und diente kurze Zeit als wichtiges Zentrum des Widerstandes der polnischen Heimatarmee. Am 5. August 1944 eroberten deutsche Truppen mit Unterstützung von Kampfpanzern der Panzer-Division „Hermann Göring“ die Anlage. In den Folgetagen kam es im Rahmen des als Massakers von Wola bekanntgewordenen Kriegsverbrechen deutscher Einheiten auf dem Depotgelände zu Vergeltungsmassakern an der umliegend wohnenden Zivilbevölkerung; die Leichen wurden vor Ort verbrannt. Die Betriebsgebäude wurden angesteckt; dabei wurde auch die technische Ausstattung sowie der Großteil des rollenden Materials zerstört.