2003. február 1-jén visszatérés közben a Columbia űrrepülőgép Texas állam fölött darabokra szakadt, és a fedélzetén tartózkodó űrhajósok életüket vesztették (Columbia-katasztrófa (STS–107). A programot a baleset miatt azonnal felfüggesztették, és csak 2005. július 26-án, a Discovery 13 napig tartó repülésével indult újra. A küldetés során a Nemzetközi Űrállomáson végeztek szerelési munkálatokat, illetve kipróbálták az új lézeres letapogató rendszert, amellyel a hővédő pajzs esetleges sérüléseit lehet felfedezni. A repülés során több apró problémát találtak a hővédő pajzs ragasztásánál használt anyaggal kapcsolatban, így a program újabb egyéves szünetre lett kárhoztatva. (STS–114)