Pada tahun 1981 pastoran diperluas di bawah pimpinan Pr. Suryosudarmo, dan tujuh tahun kemudian, di bawah pimpinan Pr. Gregorius Utomo, gereja ini mulai lebih menekankan pengaruh Jawanya. Pada tahun 1990 Konferensi Federasi Uskup Asia mengadakan sebuah seminar mengenai masalah pertanian dan petani di Gereja Ganjuran. Sejak 1995 Gereja lebih menekankan pembangunan candinya, dan dengan sumbangan dari masyarakat sudah menambahkan 15 relief yang menggambarkan Jalan Salib; relief ini awalnya dirancang oleh keluarga Schmutzer. Setelah gereja lama dihancurkan oleh gempa bumi besar pada bulan Mei 2006, gereja ini dibangun ulang dengan gaya Jawa. Pembangunan ulang ini menghabiskan sebanyak Rp 7 miliar.