Etter det tyske angrepet på Sovjetunionen ble byen igjen besatt av tyske styrker og byen ble administrasjonssenteret for distriktet («Gebietskommissariate») innen det såkalte Reichskommissariat Ostland. Under den nazistiske okkupasjonen ble praktisk talt hele den jødiske befolkningen utslettet i 1943, bare få klarte å flykte utenlands.