Wenige Tage nach dem Beginn des Krieges gegen die Sowjetunion am 22. Juni 1941 war Litauen vollständig unter deutscher Besatzung. Im Gefolge der Wehrmacht kamen Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei und des SD. Deren Aufgabe bestand in der brutalen Umsetzung der nationalsozialistischen Rassenideologie und Völkermordpolitik, unter anderem durch die Ermordung von Juden, Kommunisten, Roma und allen „feindlichen Elementen“. Teilweise noch vor den deutschen Einsatzgruppen machten litauische „Partisanen“ sofort nach Beginn des Einmarsches Jagd auf Bolschewiken und Juden, was sich in sehr kurzer Zeit zur systematischen Auslöschung der jüdischen Bevölkerung entwickelte. Im Dezember 1939 lebten in Litauen etwa 150.000 Juden. Bereits Ende 1941 meldete Karl Jäger: „Ich kann heute feststellen, dass das Ziel, das Judenproblem für Litauen zu lösen, vom EK. 3 erreicht worden ist. In Litauen gibt es keine Juden mehr, außer den Arbeitsjuden incl. ihrer Familien. Das sind in Schaulen ca. 4500, in Kauen 15.000 in Vilnius ca. 15.000. …Diese Arbeitsjuden incl. ihrer Familien wollte ich ebenfalls umlegen, was mir jedoch scharfe Kampfansage der Zivilverwaltung (dem Reichskommissar) und der Wehrmacht eintrug und das Verbot auslöste: Diese Juden und ihre Familien dürfen nicht erschossen werden!“