Il est sélectionné à la première position de la Draft 2014 par les Texans de Houston. Il est à ce moment-là comparé au defensive end Julius Peppers. Après David Carr en 2002 et Mario Williams en 2006, Clowney est le troisième premier choix d'une draft des Texans. Il est également le premier joueur défensif sélectionné premier depuis Williams. Clowney est intégré à une défense 3-4.