Während des Völkermordes von 1994, dem innerhalb von 100 Tagen fast eine Million Menschen zum Opfer fielen, strömten viele Menschen nach Kibeho, da sie sich an einem Wallfahrtsort sicher wähnten. Am 14. April begann das Massaker von Kibeho, zunächst an den 15.000 Flüchtlingen, die auf dem vermeintlich sicheren Gelände rund um die Wallfahrtskirche und in der Kirche selbst Schutz gesucht hatten. Im Internat "Marie Mercie" wurden 82 Schüler im Speisesaal der Schule niedergemetzelt. Es dauerte zwei Tage, bis alle zu Tode gehackt, erschossen oder zum Teil lebendig verbrannt waren. Zeugen beschuldigen Lehrer, Priester und Nonnen, die Morde unterstützt zu haben. Schuldirektor Emmanuel Uwayezu und Bischof Augustin Misago mussten sich vor Gericht verantworten. Beide wurden im Jahre 2000 freigesprochen. Prozess-Beobachter werteten die Freisprüche auch als Zeichen, dass die Kagame-Regierung das Verhältnis zur katholischen Kirche nicht weiter belasten wollte.