Nereo Rocco lo schierò come libero, ruolo già ricoperto anche all'Inter: il rodigino giocò 28 gare durante la sua prima stagione, che vide i rossoneri vincere lo Scudetto e la Coppa delle Coppe. L'anno seguente non si riuscì a ripetere la vittoria in campionato (in cui il difensore disputò 27 gare da titolare), ma il Milan vinse la Coppa dei Campioni contro l' di Johan Cruijff e la Coppa Intercontinentale vinta contro l'Estudiantes, con Malatrasi che scese in campo sia nella gara di andata vinta 3-0 che in quella di ritorno (più famosa) persa per 2-1. Il 1969-1970 fu invece un anno in tono minore: il campionato fu vinto dal Cagliari, i rossoneri non conquistarono alcun trofeo e Malatrasi giocò 13 gare in campionato.