1953-ban, a fordulat idején önkritikát kellett gyakorolnia, elvesztette miniszteri tárcáját és Révaival együtt kizárták a PB-ből. Az 1956-os forradalmat megelőző napokban a diákság egyik követelése Rákosi és Farkas népbíróság elé állítása volt. A forradalom leverését követően 1957 tavaszán és nyarán a csúcsvezetők közül egyedüliként, az ÁVH-t vezető Péter Gáborhoz hasonlóan „a személyi kultusz éveiben” elkövetett bűnökért és törvénysértésekért bíróság elé állították, és tizenhat évnyi börtönbüntetésre ítélték, ahonnan 1961-ben szabadult.