Natalie du Toit fece la prima gara internazionale all'età di 14 anni, quando ha preso parte ai Giochi del Commonwealth del 1998 a Kuala Lumpur. Nel febbraio 2001, dopo essere stata colpita da un'automobile mentre guidava il suo scooter, le è stata amputata la gamba sinistra sopra al ginocchio. Nel corso dei Giochi del Commonwealth del 2002 di Manchester, la Du Toit, che allora aveva 18 anni, ha vinto sia la medaglia d'oro nei 50 m stile libero che nei 100 m stile libero a tempo di record.