El 15 de octubre de 1985 se trasladan de la Ciudad de México a Cuernavaca, Morelos las oficinas centrales de CAPUFE, debido al terremoto ocurrido el 19 de septiembre de ese año. El 2 de agosto de 1985 CAPUFE reestructuró su organización y funcionamiento por un nuevo decreto presidencial, con el cual asimilaba nuevas responsabilidades encomendadas con la puesta en marcha del Programa Nacional de Autopistas Concesionadas. Se derogó por un nuevo decreto el 24 de noviembre de 1993, y el 14 de septiembre de 1995 se reformó para ajustarse al Plan Nacional de Desarrollo 1995-2000.