През февруари 1511 г. Албукерке с флотилия от 19 кораба и армия от едва 1400 войници, от които над 200 са индуиски наемници, решава да превземе най-важния търговски център в Индийския океан – султаната Малака. Макар града да е построен основно от дърво и да няма сериозни укрепления, гарнизонът му наброява 20 000 войници и около 2000 оръдия от различен калибър. Албукерке решава да действа дръзко – на 25 юли, португалците навлизат в устието на река Малака и завземат единствения мост, който свързва двете части на града. Градът е завладян на 24 август 1511 г. след тежка борба. Адмиралът остава в града близо година, за да укрепи позициите на португалската корона. На брега на Малака Албукерке основава наблюдателен пункт, чрез който португалците спират всички преминаващи през протока кораби, но не ги ограбват, а поставят на всеки от тях по един португалски моряк, който впоследствие докладва за морските търговски пътища в района. По този начин португалците узнават за пътищата водещи към хилядите острови на Индонезия и за богатите на подправки Молукски о-ви.