Nach dem Frieden von Tilsit wurde Kurnatowski nicht entlassen, sondern konnte auf eigenes Betreiben in preußischen Diensten bleiben. Er wurde am 21. August 1807 zum Major befördert und am 22. Januar 1808 zum Kommandeur des Füsilier-Bataillons im 1. Ostpreußische Infanterie-Regiment ernannt. Am 15. Februar 1810 übernahm er das I. Bataillon. Während des Feldzuges von 1812 nahm Kurnatowski an den Gefechten bei Bärenkrug, Eckau, Mesothen und Ruhenthal teil. In den Befreiungskriegen kämpfte er in den Schlachten bei Großgörschen, Bautzen, Katzbach, Leipzig sowie in den Gefechten bei Merseburg, Colditz, Königswartha (verwundet), Haynau, Löwenberg, Goldberg und Freyburg an der Unstrut. Ferner nahm er am Übergang bei Wartenburg teil sowie an den Gefechten bei St. Dizier, La Chaussee, Chalons, Chateau Thierry, dann auch den Schlachten bei Laon und Paris. In der Zeit wurde er am 11. August 1813 Oberstleutnant mit Patent zum 25. August 1813 sowie am 3. April 1814 Oberst. Außerdem avancierte Kurnatowski am 24. August 1814 zum Kommandeur des 1. Infanterie-Regiments. In Bautzen hatte er sich das Eiserne Kreuz II. Klasse erworben, für Paris erhielt er das Kreuz I. Klasse, den Russischen St. Stanislaus-Orden II. Klasse sowie den Orden des Heiligen Wladimir III. Klasse.