Po anšlusu Rakouska nacistickým Německem v roce 1938 bylo velvyslanectví uzavřeno. Marek přesto zůstal v Praze a usiloval o obnovu činnosti. Od provizorní československé vlády si nechal schválit obnovu činnosti a hned po skončení války, už 12. května 1945, práci velvyslanectví skutečně znovu zahájil. Ještě v květnu téhož roku však byl zatčen sovětskými osvoboditeli a v roce 1947 zemřel ve vězení v Moskvě. Budova velvyslanectví v té době sloužila jako útočistě pro osoby prchající do Rakouska.