Sarcófagos selecionados de várias outras câmaras foram trasladados para a "Cripta Nova" e agrupados por temas: bispos, antepassados diretos do último imperador e familiares diretos do arquiduque Carlos de Áustria-Teschen, vencedor da Batalha de Aspern-Essling e herói da Áustria. Outras 37 tumbas de menores e de membros secundários da família foram sepultados em nichos criados na "Cripta Fernandina". Assim, aproximadamente metade de todos os sarcófagos foram trasladados dos locais originais para áreas melhor situadas e organizadas.