Во время бомбардировок Югославии НТВ заняло пронатовскую позицию, хотя журналисты канала давали материалы по данной теме и из Вашингтона, и из Белграда. Противники телеканала обвиняли НТВ в открытой прозападной позиции и работу в интересах Госдепартамента США, высказывали мнение, что отстаивающий такие позиции телеканал не должен располагаться на одной из центральных кнопок. Освещение НТВ югославских событий и второй чеченской войны наметило раскол в руководстве телекомпании. Евгений Киселёв полагал, что Россия допускает ошибку, занимая антинатовскую позицию, и что Слободан Милошевич должен понести ответственность за этнические чистки в своём государстве, а Олег Добродеев считал, что с российской стороны нужно поддерживать братьев-славян. Затем Игорь Малашенко заподозрил, что Добродеев пустил в эфир телеканала материалы, являвшиеся частью пропагандистской подготовки к началу второй чеченской кампании. Его опасения в телефонном разговоре подтвердил сам Добродеев, сославшись на просьбу о таком освещении от министра внутренних дел Владимира Рушайло. Кроме того, он же дал развёрнутое интервью «Красной звезде», в котором изложил свою позицию относительно войны и её освещения в эфире канала, а чуть ранее Министерство РФ по делам печати и телерадиовещания разослало в крупнейшие российские телекомпании циркуляр, где настоятельно просило не предоставлять телеэфир чеченской стороне. В результате подобных разногласий в январе 2000 года Добродеев ушёл с НТВ и 31 января был назначен председателем Всероссийской государственной телерадиокомпании. Новым генеральным директором телекомпании НТВ стал Киселёв. Через несколько месяцев покинул НТВ и главный редактор службы информации Кулистиков, который стал председателем правления новостного агентства «РИА Новости», вместо него главным редактором службы информации стал Григорий Кричевский.