Intia itsenäistyi vuonna 1947 ja vuonna 1954 nykyisestä Arunachal Pradeshista tuli Assamin osavaltion alainen North-East Frontier Area. Maan itsenäistymisen jälkeen alueesta syntyi kiista Kiinan ja Intian välille Kiinan vaatiessa itselleen lähes koko osavaltion aluetta. Jännitteet maiden välillä alueella kasvoivat. Vuonna 1959 kiinalaiset valtasivat intialaisen Longjun tukikohdan hieman McMahon-linjan eteläpuolella. Kiinalaiset vetäytyivät myöhemmin, mutta lokakuussa 1962 kiinalaiset hyökkäsivät rajan yli edeten lopulta syvälle nykyiseen Arunachal Pradeshiin. Lopulta kiinalaiset vetäytyivät Arunachal Pradeshin suunnalla valtaamiltaan alueilta, mutta he jäivät lännessä valtaamalleen Aksai Chinin toiselle kiistellylle alueelle. Sodan jälkeen Intiassa pyrittiin sitomaan alue kiinteämmin Intian yhteyteen. 20. tammikuuta 1972 Arunachal Pradeshista tehtiin oma territorionsa ja lopulta oma osavaltionsa 20. helmikuuta 1987. Arunachal Pradesh on edelleen Intian ja Kiinan välisen rajakiistan kohde ja molemmat osapuolet ovat keskittäneet alueen rajan tuntumaan asevoimiaan.