Noriega se manifestava como um líder militar nacionalista e não endossava uma política social ou econômica específica. Em 1988, Noriega foi indiciado por um júri federal em Miami e Tampa, nos Estados Unidos, por extorsão, tráfico de drogas e lavagem de dinheiro. Também em 1988, Noriega sofreu uma tentativa de golpe por parte do exército. No ano seguinte, outra tentativa de golpe aconteceu. O líder panamenho acusou os Estados Unidos de estarem envolvidos (na segunda tentativa de golpe, a CIA estava de fato envolvida). A escalada das tensões entre os dois países logo precipitaria um conflito bélico quando os estadunidenses invadiram o Panamá, em dezembro de 1989. Noriega foi logo capturado por tropas americanas e levado para os Estados Unidos onde seria julgado pelos indiciamentos de Miami. O julgamento foi de setembro de 1991 a abril de 1992, terminando com a condenação do ex-ditador panamenho em quase todas as acusações. Ele foi sentenciado a 40 anos de prisão, servindo 17 anos, tendo sua sentença reduzida devido a bom comportamento. Em 2007, sua sentença efetivamente acabou, mas Noriega foi extraditado para a França em 2010, onde foi condenado a sete anos de cadeia por lavagem de dinheiro. Em 2011, o governo francês o extraditou para o Panamá, onde foi encarcerado pelos crimes cometidos durante sua ditadura.