Präsident Lincoln wurde am 14. April Opfer eines Attentats durch John Wilkes Booth. Sein Nachfolger wurde Vizepräsident Andrew Johnson, der die Politik Lincolns fortsetzte. Die Nordstaaten feierten den Sieg mit einer Truppenparade mehrerer Armeen auf der Pennsylvania Avenue in Washington am 23. und 24. Mai. Präsident Jefferson Davis, der mit der konföderierten Regierung am 5. April aus Richmond geflohen war, hoffte, die Regierung in Texas neu bilden und den Krieg von dort aus bis zum Sieg weiterführen zu können. Er wurde am 10. Mai auf der Flucht gefangen genommen und für zwei Jahre inhaftiert. Präsident Johnson ordnete die Entlassung der Kriegsgefangenen an. Ein Kriegsgericht verurteilte im November den Kommandanten des Kriegsgefangenenlagers Andersonville als einzigen Soldaten des Südens als Kriegsverbrecher zum Tode: Henry Wirz wurde am 10. November gehängt.