1996 bei den Olympischen Spielen in Atlanta errang er die Bronzemedaille und wurde zusammen mit dem Argentinier Hernán Crespo Torschützenkönig des Turniers. Ein Jahr später gewann Brasilien den FIFA-Konföderationen-Pokal 1997. Bebeto war zwar im Kader, war jedoch mittlerweile vom neuen Superstar Ronaldo im Sturm verdrängt worden.