Neuvostoliiton hajottua kaupungin alkuperäinen nimi "Sankt Peterburg" otettiin jälleen käyttöön kansanäänestyksen jälkeen lokakuun alusta 1991. Kaupungin nimen muuttamista kannatti myös pormestari Anatoli Sobtšak. Äänestyksessä muutosta kannatti 55 prosenttia. Sobtšakin lesken Ljudmila Narusovan mukaan nimenmuutokseen vaikutti kirkon kanta.