Napoleon samlade på endast 6 veckor ihop 35 000 soldater och 400 fartyg, med 15 000 sjömän, sammanlagt omkring 50 000 fransmän. Detta skedde under stor sekretess och britterna trodde att Frankrike skulle invadera Irland men skickade en flotta, under amiral Horatio Nelson till Medelhavet för säkerhets skull. Napoleon övertog 1798 själv befälet av den egyptiska expeditionen och satte i maj 1798 segel i Toulon. På vägen erövrade han Malta som annars skulle störa handeln från Egypten till Frankrike och 1 juli ankrade den franska flottan i bukten vid Abukir öster om Alexandria utan att ha blivit upptäckt av den brittiska flottan. Här landsatte han sina trupper, intog Alexandria och marscherade mot Kairo. Mamlukerna, som härskade i Egypten under osmanernas överhöghet, överraskades till en början, men angrep fransmännen under den fortsatta framryckningen, dock utan framgång. Mamlukerna blev i grund slagna vid pyramiderna 21 juli och Kairo öppnade sina portar för segraren. Medan Napoleon fullbordade Nedre Egyptens erövring, förstörde britterna, under Nelson, den franska flottan i sjöslaget vid Abukirbukten den 1 augusti. Napoleon och hans här var då helt isolerade från Frankrike.