Mahdi osiedlił się w swojej rezydencji w wiosce Omdurman pod Chartumem. Z niej to kierował życiem religijnym stworzonego przez siebie państwa, starając się urzeczywistnić głoszone przez siebie idee oczyszczenia islamu. Sprawy związane z administrowaniem państwem powierzył mianowanym przez siebie czterem kalifom. Rządy te nie zawsze były efektywne, jeśli chodzi o gospodarkę kraju, gdyż Sudan często nawiedzały w tym okresie klęski głodu. W 1885 roku Mahdi poważnie zachorował na tyfus i zmarł 22 czerwca. Władzę po nim objął jego zaufany towarzysz, Abdullahi, który rozpoczął serię najazdów na Egipt i Abisynię, licząc na poparcie tamtejszej ludności. Spotkało go jednak rozczarowanie, gdyż na pomoc Egiptowi przybyły liczne i dobrze uzbrojone wojska brytyjskie. W 1896 roku rozpoczęły operację podboju Sudanu. Abdullahi nie miał dostatecznych sił, by powstrzymać Brytyjczyków, jednak mahdyści przez blisko dwa lata stawiali rozpaczliwy opór. W 1898 roku połączone siły egipsko-brytyjskie, dowodzone przez lorda Kitchenera, rozgromiły mahdystów w bitwie pod Omdurmanem. Rok później Abdullahi podjął ostatnią próbę odwrócenia losów wojny, ale poniósł klęskę w bitwie pod Karari i poległ w boju.