Ο Πόλεμος της Βοσνίας, το 1992-95, ήταν μία περίοδος γενικής κρίσης αλλά η λειτουργία του πανεπιστημίου δε σταμάτησε. Αρχικά παρατηρήθηκε μείωση στον αριθμό των φοιτητών, αλλά τελικά το ενδιαφέρον για σπουδές ανέκαμψε. Το 1992 ιδρύθηκαν η Σχολή Γεωργίας και η Σχολή Δασολογίας, το 1994 η Σχολή Φιλοσοφίας με 11 τμήματα, το 1995 η Αρχιτεκτονική Σχολή και η Σχολή Πολιτικών Μηχανικών και το 1996 η Σχολή Φυσικών Επιστημών και Μαθηματικών.