All'inizio della seconda guerra mondiale, il governo tedesco presentò delle proposte a Kaunas per unirsi alla campagna contro la Polonia, ma questa rifiutò preservando la sua politica di stretta neutralità. A seguito della firma patto Molotov-Ribbentrop e della successiva invasione sovietica, i territori della Polonia orientale furono occupati dall'Armata Rossa, che conquistò la città in un solo giorno il 19 settembre 1939. L'Unione Sovietica minacciò la parte lituana che la città sarebbe stata incorporata nella RSS Bielorussa nel caso in cui Kaunas non avesse negoziato con Mosca il futuro status di Vilnius: tale passaggio rientrava in un piano già congegnato nei dettagli dall'URSS.