Террористические акты 11 сентября 2001 года не привели к отмене Октоберфеста, хотя такая возможность всерьёз обсуждалась организаторами. В знак солидарности с жертвами террористических актов организаторы отказались от церемоний выезда хозяев пивных палаток и откупоривания первой бочки. Также был отменён праздничный фейерверк. На празднике были приняты дополнительные меры безопасности. Общий контингент полицейских сил был увеличен до 400 человек, было установлено видеонаблюдение. В палатках, обычно популярных среди американских посетителей, был введён дополнительный контроль. В 2001 году порядка 15 % американских туристов отказались от зарезервированных мест в отелях и не приехали на праздник.