东罗马与威尼斯的第二个斗争回合发生在约翰二世的儿子曼努埃尔一世在位时期。虽然曼努埃尔一世是十字军的朋友，但双方都不能忘记他们互相革除了对方的教籍。为了压制威尼斯人的气焰，他把贸易特权授予热那亚、比萨等城市，试图以此牵制威尼斯人，两国关系为此更加紧张。1171年，在曼努埃尔一世的诏令下，东罗马全国发生了驱逐威尼斯人的行动，全部威尼斯侨民被逮捕，他们的货物和商船被没收。威尼斯舰队迅即入侵东罗马水域，但很快被曼努埃尔成功重建的东罗马海军击败。东罗马帝国籍此一度摆脱威尼斯的经济控制，但其代价是帝国与威尼斯不再有重建友好关系的可能，埋下了1204年十字军洗劫君士坦丁堡的祸根。