Эти планы не осуществились, поскольку в мае-июне 1940 года Франция была разгромлена. Тогда формированием чехословацких частей занялись англичане. Клапалек был назначен заместителем командира 4-го пехотного полка, а с ноября 1940 года командовал батальоном в 11-м пехотном чехословацком полку. В мае 1941 года полк принимает боевое крещение в ходе Сирийско-Ливанской операции, затем перебрасывается в Северную Африку и доблестно сражается во всех основных сражениях Североафриканской кампании. Особенно чехословацкий полк прославился при обороне Тобрука. С 1942 года — командир 200-го зенитного артиллерийского полка в Северной Африке. В мае 1943 года Клапалек был отозван в Великобританию и в сентябре того же года назначен заместителем командира чехословацкой отдельной бронетанковой бригады. Там быстро вступил в конфликты с влиятельными членами чехословацкого правительства в изгнании. Поскольку настаивал на активном участии чехословацких частей в боевых действиях, в том числе на территории СССР, приобрёл репутацию коммуниста, хотя таковым не являлся.