Grant var præsident i den sidste halvdel af genforeningsperioden, hvor sydstaterne blev ledt tilbage til Unionen. Han måtte se til, mens Demokraterne i Sydstaterne overtog kontrollen med den ene stat efter den anden. Han gik ind for amnesti til Sydstaternes ledere og beskyttelse af sortes civile rettigheder. Han gik ind for, at der blev stationeret tilstrækkeligt mange tropper i syden til at holde Ku Klux Klan nede og understøtte republikanske guvernører. Den 15. tilføjelse til forfatningen, der gav stemmeret til sorte, blev ratificeret i 1870. Grants tid i embedet var del af den bredere Rekonstruktionstid.