Espanja päävalmentaja Vicente Del Bosque valitsi Villan edustamaan Espanjaa, vuoden 2013 Maanosaliittojen cupiin. Villa pelasi turnauksessa lähinnä vaihtopelaajana, mutta oli avauskokoonpanossa ottelussa Tahitia vastaan, jonka Espanja voitti 10–0. Villa oli vahvasti mukana monessa Espanjan maalissa ja teki myös kolme maalia Tahitin maalivahdin, Mickael Rochen taakse. Espanja eteni kisoissa aina finaaliin asti, jossa se hävisi Brasilialle 3–0. Espanja saavutti näin ollen kisoista hopeaa.