Впоследствии Донахью был переведён в Вашингтон, округ Колумбия, где работал помощником заместителя председателя Объединённого комитета начальников штабов генерала . В 2001 году, после нападения террористов на башни Всемирного торгового центра в Нью-Йорке, в силу того, что председатель ОКНШ генерал Генри Шелтон находился в самолёте за пределами США и не мог оперативно управлять ситуацией, руководство комитетом принял на себя Майерс. Донахью стал фактически вторым человеком в американской военной иерархии, находясь в Пентагоне и пережив вместе с Майерсом третью террористическую атаку, уже на здание министерства обороны, после чего была начата война в Афганистане.