בשנת 1989, מקסיקו ופנמה החזירו את שגריריהן בהתאמה לאחר ההאשמות מצד ארצות הברית והקהילה הבינלאומית כי נשיא פנמה מנואל נורייגה היה מעורב בהלבנת הון ולא נבחר באופן דמוקרטי. בדצמבר 1989 פלשה ארצות הברית לפנמה והדיחה את נוריגה מהשלטון. בספטמבר 1992, מקסיקו ופנמה כוננו מחדש את היחסים הדיפלומטיים המלאים.