Nông nghiệp đã được lý thuyết hóa để trở thành phương thức sản xuất thực phẩm chủ đạo kể từ Cách mạng thời đại đồ đá mới. Thông qua công nghệ sinh học sớm, những người nông dân sớm nhất đã chọn và nhân giống các loại cây trồng phù hợp nhất, có năng suất cao nhất, để sản xuất đủ lương thực để hỗ trợ cho dân số ngày càng tăng. Khi cây trồng và cánh đồng ngày càng lớn và khó bảo trì, người ta đã phát hiện ra rằng các sinh vật cụ thể và các sản phẩm phụ của chúng có thể thụ tinh, phục hồi nitơ và kiểm soát sâu bệnh một cách hiệu quả. Trong suốt lịch sử nông nghiệp, nông dân đã vô tình thay đổi di truyền của cây trồng thông qua việc đưa chúng vào môi trường mới và nhân giống chúng với các loại cây khác - một trong những hình thức đầu tiên của công nghệ sinh học.