Bonaparte tábornoknak Egyiptomból való visszatérése után Leclerc részt vett a Brumaire 18–19-i államcsínyben; ő volt az, aki a gránátosok élén St.-Cloudban az ötszázak tanácsának ellenálló tagjait az ülésteremből kiűzte. Osztálytábornokká nevezték ki, Moreau tábornok alatt átvette a rajnai sereg II. hadteste feletti parancsnokságot, melynek élén 1800. december 3-án részt vett a hohenlindeni ütközetben. 1801-ben a haiti expedíció vezére lett és február elején a szigeten kikötött. A lázadókat lecsendesítette ugyan, de a sárgaláznak ő maga is áldozatul esett. Özvegye 1803-ban Borghese herceg neje lett.