W reprezentacji Estonii Piiroja zadebiutował 21 listopada 1998 roku w przegranym 1:2 towarzyskim meczu z Armenią. Przez lata stał się podstawowym zawodnikiem estońskiej kadry i występował w eliminacjach do Euro 2000, MŚ 2002, Euro 2004, MŚ 2006, Euro 2008 (m.in. w spotkaniu z Rosją otrzymał czerwoną kartkę).