מיקום האיים על הלוחות הטקטוניים גורם לרעידות אדמה וגלי צונאמי תכופות. הצונאמי באוקיינוס ההודי ב-26 בדצמבר 2004 גרם לנזק רב באי סומטרה. בסוף מאי 2006 פגעה רעידת אדמה במגניטודה 6.3 בג'אווה וכתוצאה נספו כ-5,800 בני אדם ורבבות נפצעו מהרעש ומקריסת בתים. באפריל 2012 ארעה רעידת אדמה בעוצמה 8.6 כ-430 קילומטר מסומטרה. אינדונזיה שוכנת על טבעת האש הסובבת את האוקיינוס השקט ובה מספר הרי געש רבים, המפורסם ביותר הוא קרקטואה (שהתפרץ ב-1883).