La 13 iunie 1792 Rouget de Lisle a fost transferat de la Strasbourg la fortăreața Huningue. Aici a primit vestea că a fost destituit din funcție, de către Lazare Carnot, pentru că protestase împotriva arestării regelui Ludovic al XVI-lea în urma insurecției de la 10 august. Deoarece își manifestase fățiș simpatiile promonarhiste, a fost întemnițat în timpul terorii iacobine, dar a scăpat de ghilotinare. În 1795 a fost înrolat din nou în armata revoluționară fiind trimis la Brest sub comanda generalului Hoche. A luat parte la luptele împotriva insurgenților contrarevoluționari ("șuani") din Bretania.