Schwer getroffen wurde das Bistum Regensburg 1803 von der Säkularisation: Als Ausgleich für verlorengegangene linksrheinische Gebiete sollten weltliche Herrschaft durch die Auflösung von Kirchengut und ihren Übergang in weltliche Hand entschädigt werden. Mit zahlreichen aufgelösten Klöstern gingen nicht nur Stätten der Religion, sondern auch Zentren von Kunst und Gelehrsamkeit sowie Bildungsorte unter. Dies betraf etwa die Bibliotheken in Mallersdorf oder Waldsassen. Ebenfalls im Zuge der Umwälzungen der Säkularisation wurde Karl Theodor von Dalberg Bischof von Regensburg. Sein ursprüngliches Bistum Mainz war aufgelöst worden, Dalberg aber als Bischof von Regensburg eingesetzt. Zudem war er Metropolit für alle deutschen Diözesen außerhalb des preußischen und österreichischen Herrschaftsgebiets. 1810 endete die Herrschaft Dalbergs, der mit dem Großherzogtum Frankfurt entschädigt wurde; nach der Völkerschlacht von Leipzig kehrte Dalberg nach Regensburg zurück, um dort ausschließlich als Bischof weiter tätig zu sein. In Regensburg sanierte Dalberg die finanzielle Situation der Stadt, reformierte das Bürgerrecht, förderte das Schulwesen und ordnete das Armen- und Fürsorgewesen neu.