1999 kam es infolge des Kosovo-Kriegs erneut zu Spannungen, da Armenien seine Position gestärkt sah und mit Krieg drohte. Der Bevölkerung von Bergkarabach sei wie der des Kosovo nach dem Selbstbestimmungsrecht ein Austritt aus Aserbaidschan zuzuerkennen. In einem möglichen Krieg erhoffte sich Armenien Hilfe aus Russland, das dieses zuvor mit aufgerüstet hatte, und Aserbaidschan von der Türkei und der NATO, der nach der armenischen Drohung Angebote zur Nutzung einer aserbaidschanischen Luftwaffenbasis gemacht wurden.