W 2003 roku Bedoya był uczestnikiem Pucharu Konfederacji. Zagrał na nim w pojedynkach z Francją (0:1), Nową Zelandią (3:1), Japonią (1:0), Kamerunem (0:1) i Turcją (1:2). Tamten turniej Kolumbia zakończyła na 4. miejscu.