Napoléon informe qu'il ne considère pas l'abdication de son père comme définitive et l'invite à le rencontrer s'il souhaite que son autorité soit reconnue par la France. Le rôle de médiateur joué par l'empereur n'est finalement qu'un prétexte, une destinée à servir ses vues sur l'Espagne. Il attire ainsi Ferdinand à Bayonne, dans une véritable où sont également conviés et son épouse, qui reçoivent un accueil royal. Sous la pression de l'empereur, renonce officiellement à son abdication et nomme Murat lieutenant général de son royaume. Pendant ce temps, à Madrid, un soulèvement éclate contre l'occupation française de la ville, aussitôt réprimée dans le sang par les troupes de Murat. À Bayonne, l'annonce de la nouvelle de l'insurrection madrilène entraîne la colère de l'empereur, qui accuse Ferdinand d'être le responsable de ce massacre. Ferdinand, sous la pression, impériale et paternelle, rendit la couronne à le , sans savoir que la veille Charles avait accepté la cession de ses droits en faveur de Napoléon. abdique officiellement. Un traité est signé, reconnaissant l'empereur comme le seul à même de rétablir la situation, à condition de préserver l'intégrité du royaume et de maintenir le catholicisme comme religion d'État. Ferdinand est assigné à résidence au château de Valencay tandis que et son épouse sont installés au château de Compiègne.