Freigelassen begab er sich 1542 nach Chiavenna, das zum toleranteren Graubünden gehörte. Er kam in die evangelische Gemeinde, die damals von Francesco Negri geleitet wurde. Stancaro ließ sich in dieser Zeit wahrscheinlich scheiden von seiner Frau. 1544 ging er zunächst nach Wien weiter, wo er eine hebräische Professur bekam; aber als bekannt wurde, dass er von der römisch-katholischen Kirche abgefallen war, musste er die Stadt auf Befehl von König Ferdinand verlassen. So ging er nach Augsburg, wo er am Religionsgespräch teilnahm und Bernardino Ochino kennen lernte, der ihm eine Tätigkeit als Griechisch- und Hebräischlehrer verschaffen konnte. Nach der Niederlage der Protestanten im schmalkaldischen Krieg floh er nach Basel weiter, wo er in Theologie doktorierte und 1547 eine hebräische Grammatik und einen Kommentar zum Jakobusbrief herausgab. Er stand in enger Verbindung mit dem ebenfalls aus Italien stammenden Humanisten Celio Secondo Curione, der erfolglos versuchte, eine Professur für Stancaro einzufädeln. Deshalb kehrte er noch einmal nach Chiavenna zurück, wo er erneut mit dem täuferisch-unitarisch gesinnten Camillo Renato in Kontakt kam, ohne seine Glaubensansichten ganz zu übernehmen. Stancaro vertrat damals ein Abendmahlsverständnis, das dem von Martin Luther ähnlich war.