1990年夏天，斯托伊科维奇离开了南斯拉夫，加盟当时汇集了-{zh-hans:让-皮埃尔·帕潘; zh-hant:柏賓}-、阿贝迪·贝利、-{zh-hans:克里斯·沃德尔; zh-hant:基斯·華度}-等球星的法甲球队马赛。他在马赛效力了4个赛季，期间在1991－1992赛季被租借到意甲维罗纳半年。1991年欧洲冠军杯决赛，马赛遭遇斯托伊科维奇的老东家贝尔格莱德红星。他作为替补球员在第111分钟被派上场。双方在120分钟内战成0-0，最终红星在点球决胜中胜出，夺得冠军。两年后，欧洲冠军杯改制为欧洲冠军联赛，斯托伊科维奇随马赛再次打进决赛。这次马赛取得了胜利，但斯托伊科维奇仅被列入替补名单，并未出场。不过，后来马赛陷入假球案，被取消了这年的法甲冠军荣誉，并被降入法乙。斯托伊科维奇在马赛期间共为球队出场29次，打进5球。