Lee wurde Hauptmann im konföderierten Heer und diente als Aide-de-camp von General Beauregard während des Beschusses von Fort Sumter. In der Folgezeit übernahm er eine Batterie Artillerie in der Nord-Virginia-Armee und stieg bald zum Oberstleutnant und Bataillonskommandeur auf. Mit diesem Kommando zeichnete er sich besonders in der Zweiten Schlacht am Bull Run aus. Zum Brigadegeneral befördert, wurde er nach Vicksburg, Mississippi, beordert, wo er den Befehl über die Artillerie der Mississippi-Armee von Generalleutnant John Clifford Pemberton übernahm.