Helmikuussa 2005 Kowalczyk kilpaili Oberstdorfin MM-kilpailuissa, vaikka oli jäänyt kiinni kielletyn deksametasonilääkeaineen käytöstä samalla paikkakunnalla käydyssä kilpailussa 23. tammikuuta. Hän sai kahden vuoden kilpailukiellon, joka sittemmin lyhennettiin yhden vuoden mittaiseksi.