Le début des années 1960 est marqué par la campagne de « libération de l'Irian » (Nouvelle-Guinée occidentale), dont le statut n'avait pas été tranché en 1949 et que les Néerlandais administraient toujours, puis la Konfrontasi (confrontation Indonésie-Malaisie). En 1962, Soekarno se fait nommer « commandant suprême des forces armées », neutralisant le pouvoir de Nasution.