19 maja 1798 roku, z Tulonu wypłynęła francuska flota, wioząc wojska ekspedycyjne w sile ponad 30 000 mężczyzn, pod dowództwem generała Napoleona Bonaparte. Celem tej potężnej siły był Egipt, Napoleon pragnął rozszerzyć francuskie wpływy na inne kontynenty oraz zmusić Anglików do zawarcia pokoju w wojnach rewolucyjnej Francji, które rozpoczęły się w roku 1792. Płynąc na południowy wschód, konwój zasilony został dodatkowymi transportami w portach włoskich, i 9 czerwca o 5:30 przypłynął do Valletty. W owym czasie Malta i sąsiednie wyspy rządzone były przez Zakon św. Jana, stary i wpływowy zakon feudalny, osłabiony jednak przez utratę większości swoich dochodów podczas Rewolucji Francuskiej. Wielki Mistrz Ferdinand von Hompesch zu Bolheim odmówił żądaniom Bonapartego, aby wpuścić do portu w Valletcie całą flotę, argumentując, że neutralność Malty daje możliwość zacumowania w porcie jedynie dwóch jednostek.