മുജാഹിദീൻ വിഭാഗങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള ആഭ്യന്തര യുദ്ധങ്ങൾക്കാണ്‌ പിന്നീട്‌ അഫ്‌ഗാനിസ്താനിൽ കളമൊരുങ്ങിയത്‌. നീണ്ട പോരാട്ടങ്ങൾക്കൊടുവിൽ കടുത്ത യാഥാസ്ഥിക മതനിലപാടുകളുള്ള താലിബാൻ സേന അഫ്‌ഗാനിസ്താനിൽ ആധിപത്യമുറപ്പിച്ചു. സെപ്റ്റംബർ 11ലെ ഭീകരാക്രമണത്തെത്തുടർന്ന് ഒസാമ ബിൻ ലാദനടക്കമുള്ള അൽഖയ്ദ ഭീകരർക്ക്‌ സംരക്ഷണം നൽകിയെന്ന പേരിൽ അമേരിക്കയും സഖ്യസേനയും താലിബാൻ ഭരണകൂടത്തെ യുദ്ധത്തിലൂടെ പുറന്തള്ളി. ഹമീദ് കർസായിയുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള പാശ്ചാത്യാനുകൂലസർക്കാറാണ് 2001 അവസാനം മുതൽ രാജ്യത്ത് ഭരണത്തിലിരിക്കുന്നത്.