W reprezentacji Brazylii Zago zadebiutował 30 października 1991 roku w wygranym 3:1 meczu z Jugosławią. W kadrze Brazylii zagrał 26 meczów i zdobył 2 gole. W 1999 roku osiągnął z nią swój jedyny sukces – wygrał Copa América 1999. Na boiskach Paragwaju wystąpił w niemal wszystkich meczach, w tym także w wygranym 3:1 finale z Urugwajem.