Aan het begin van de oorlog verzocht Hooker om een benoeming tot officier, maar zijn eerste verzoek werd geweigerd, misschien omdat de opperbevelhebber van het leger, Winfield Scott, nog een hekel had aan Hooker. Hij leende geld om van Californië naar het Oosten te trekken. Nadat hij de nederlaag van het Noordelijke leger tijdens de Eerste Slag bij Bull Run had gezien, schreef hij een brief naar president Abraham Lincoln, waarin hij klaagde over militair wanbeheer, zijn eigen kwalificaties voor het voetlicht bracht, en weer om een benoeming tot officier vroeg. In augustus 1861 werd hij benoemd tot brigadegeneraal van vrijwilligers. Hij voerde het bevel over een brigade en daarna een divisie in de buurt van Washington D.C., als onderdeel van de oprichting en organisatie van het nieuwe Army of the Potomac onder generaal-majoor George McClellan.