Во время Северной войны он воевал в 1658 и 1659 годах в войсках Роттердама против Швеции, где он отличился в сражении в Эресунне. Весной 1661 года он поступил на Средиземноморский флот. 3 марта 1662 года он получил внеочередное повышение и был назначен контр-адмиралом Адмиралтейства Мааса в Роттердаме. В 1664 году, в преддверии Второй англо-голландской войны, он на "Принцессе Луизе" участвовал в известной карательной экспедиции де Рюйтера против англичан у побережья Западной Африки, а затем на восточном побережье Америки. Это привело к тому, что некоторые первоначальные стычки переросли в долгую тесную дружбу и сотрудничество между двумя мужчинами. Оба имели спокойный характер, но в то время как добросовестный де Рюйтер часто был подавлен тяжким бременем своей ответственности, рассудительный ван Нес всегда оставался оптимистом и всегда был готов остроумно и с шуткой показать своему меланхоличному командиру положительную сторону ситуации. Когда де Рюйтер в 1665 году был назначен командующего объединённым флотом, он выбрал ван Неса в качестве своего заместителя. Возможно, только поэтому 29 января 1665 года Ван Нес был назначен вице-адмиралом во время его отсутствия. Ему казалось, что при антипатии лейтенант-адмирал Корнелиса Тромпа, которую трудно выдержать, он не мог продолжать оставаться временно исполняющим обязанности капитана, и чувствовал себя еще более униженным, поскольку был передан ему в непосредственное подчинение. Ван Нес также был известен как первый командир (в чине вице-адмирала) тяжелого военного корабля "Де Зевен Провинсен", который был построен в 1665 году, будущего флагмана командующего де Рюйтера. (по юлианскому календарю) ван Нес получил очередное повышение до лейтенанта-адмирала Адмиралтейства Мааса, после того, как Тромп одобрил указ в январе в Адмиралтействе Амстердама.