Nach seiner Zeit in Südkorea folgte ein weiteres kurzes Engagement beim japanischen Verein Kyoto Purple Sanga, dessen Abstieg Pim Verbeek im Jahr 2003 aber nicht mehr verhindern konnte. 2004 trainierte er die Fußballnationalmannschaft der Niederländischen Antillen, und 2005 wurde er Co-Trainer seines Landsmanns Dick Advocaat beim Bundesligaverein Borussia Mönchengladbach. Im April 2005 trat das Trainergespann Advocaat/Verbeek bei Borussia Mönchengladbach zurück und trainierte fortan für zwei Monate die Fußballnationalmannschaft der Vereinigten Arabischen Emirate. Danach gingen beide nach Südkorea, wo Verbeek zum zweiten Mal als Co-Trainer der südkoreanischen Fußballnationalmannschaft eingestellt wurde. Bei der Fußball-Weltmeisterschaft 2006 schied Südkorea bereits in der Vorrunde aus. Nachdem Advocaat ab 1. Juli 2006 Zenit St. Petersburg trainierte, war sein Posten in Südkorea frei geworden, und Verbeek wurde vom Co- zum Cheftrainer befördert. Im Juli 2007 bat er um die Auflösung seines Vertrages, nachdem er wegen der Spielweise seines Teams von den koreanischen Medien kritisiert wurde. Noch kurz zuvor erreichte Südkorea den dritten Platz bei der Fußball-Asienmeisterschaft 2007.