Dopo la cerimonia formale del 2 settembre 1945 Daigō attese alla smobilitazione della 6ª Flotta che fu disattivata il 15 settembre. Quel giorno fece rapporto allo stato maggiore generale, che dieci giorni più tardi lo spostò nella riserva ufficiali, poi abolita nel 1947 con lo scioglimento definitivo della Marina imperiale. Si ritirò a vita privata a Tokyo ma, nel dicembre 1946, fu tratto in arresto con l'accusa di aver commesso crimini di guerra. Trattenuto nel carcere di Sugamo per svariati mesi, fu in seguito consegnato al Regno dei Paesi Bassi e giudicato da un tribunale olandese a Giacarta per i fatti occorsi a Pontianak nel gennaio 1944: alla fine del dibattimento, il 3 ottobre 1947, fu ritenuto colpevole, imputato per crimini di guerra di classe B e C – contro il diritto bellico e contro la pace – e condannato a morte. Nelle settimane successive fu tradotto proprio in quella città, dove la sentenza fu eseguita il 6 dicembre 1947 (aveva da poco compiuto 56 anni) mediante fucilazione. Nel dopoguerra sorsero critiche sulle modalità di giudizio del processo, ritenuto parziale, così come fu denunciata l'iniquità del procedimento officiato a Pontianak contro altri ventisette ufficiali coinvolti nel massacro.