同年、家康が豊臣秀吉の命で関東に移封された時、清成は鉄砲隊を率いて江戸入りの先陣を務め、国府路（甲州街道）と鎌倉街道の交差付近に陣を敷き、遠見櫓を築いたという。同年9月、家康より四谷から代々木村にかけて20万余坪もの広い屋敷地を賜る。この拝領地は後に新しい宿場（内藤新宿）開設のため相当分が返上されたが、明治維新まで内藤家の江戸藩邸として使用された（現在の新宿御苑周辺）。江戸入り後の清成は関東八州庶務奉行・関東総奉行・江戸町奉行、老中などを歴任、行政面にて大きな功績をあげ、秀忠の傅役時代からの同僚である青山忠成と共に、幕府初期の治世を支えた。また、慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いでは秀忠に従い上田合戦に従軍している（江戸で留守居を務めていたとする資料もある）。