Obszar wokół jeziora należał w przeszłości do prowincji Ōmi. Usytuowana w pobliżu politycznego centrum kraju i jego stolicy Kioto, od czasów starożytnych była węzłem komunikacyjnym między wschodnią i zachodnią Japonią, a przez jezioro Biwa transportowano ryż i towary do Kioto i Osaki z regionów położonych nad Morzem Japońskim i północy kraju. Miały tu miejsce także wydarzenia o zasadniczym znaczeniu dla całego kraju. W 1600 roku w pobliżu miejscowości Sekigahara trzeci „zjednoczyciel”, Ieyasu Tokugawa (1543–1616), odniósł zwycięstwo w ważnej bitwie, co pozwoliło mu na osiągnięcie pełnej władzy nad krajem dla jego rodu na 250 lat.