Керетаро, как полагают являлся одной из «колыбелей» Мексиканской независимости. В 1810—1817 годы в городе происходили сражения Войны за Независимость. После окончания войны, в 1823 году город стал столицей штата Керетаро. В 1847 году, во время американского вторжения в Мексику, сюда была перенесена столица страны. В 1867 году император Мексики Максимилиан I был побеждён в сражении при Серро де лас Кампаньяс. В 1916 году из-за Дела Тампико в Керетаро снова была перенесена столица Мексики. В 1917 году здесь была принята новая конституция страны. В 1996 году исторический центр Керетаро был признан ЮНЕСКО Мировым наследием.