Al final de la temporada, el Inter terminó la Serie A 2012-13 en un decepcionante noveno puesto, lo que significó que no se clasificaron para la UEFA Champions League ni para la UEFA Europa League por primera vez desde 1999-2000. Por esta decepcionante posición, Stramaccioni fue despedido y sustituido por Walter Mazzarri, con quien Jonathan consiguió un lugar más regular en la alineación inicial.