Das geheime Zusatzprotokoll des Deutsch-Sowjetischen Grenz- und Freundschaftsvertrags vom 28. September 1939 hatte Litauen der sowjetischen Einflusssphäre zugeschlagen und zugleich den Litauendeutschen die Aussiedlung nach Deutschland ermöglicht. Die entsprechenden Verhandlungen zogen sich über die Okkupation Litauens durch die Sowjetunion im Juli 1940 hinaus und die Aussiedlung der Litauendeutschen konnte erst von Januar bis März 1941 stattfinden. Unter den 50.000 Aussiedlern befanden sich tausende Litauer, die sich als Evangelische und damit für Deutsche ausgegeben hatten, um auf diese Weise die Sowjetunion verlassen zu können. Alle Aussiedler kamen im westlichen Deutschland in Lager, wo die „rassisch-wertvollen“ als zukünftige „Ostsiedler“ ausgewählt wurden. Die anderen erhielten Arbeitsplätze in der Rüstungsindustrie. Nach der Eroberung Litauens im Deutsch-Sowjetischen Krieg begann gemäß dem Generalplan Ost die Rücksiedlung von 20.000 Litauendeutschen aus den Lagern ins nun deutsch okkupierte Litauen. Sie durften nicht auf ihren Besitz zurückkehren, sondern die Ansiedlung erfolgte im Zuge des Kegelbahnprojekts zur Beherrschung des eroberten Gebiets und ging mit der Vertreibung von Litauern, Polen und Weißrussen einher. Im Sommer 1944 flüchteten die Siedler vor der herannahenden Front ins innere Deutschland. Wer auf der Flucht von der Roten Armee überrollt wurde, musste in die Sowjetunion zurück. Diese Litauendeutschen gelangten nach Jahren als Spätaussiedler nach Deutschland. Die Litauendeutschen wurden nach dem Zweiten Weltkrieg größtenteils in Westdeutschland ansässig, viele wanderten nach Übersee aus.