Harting was naast zijn onderzoek ook politiek en maatschappelijk actief, hij schreef een aantal artikelen over het lot van de werkende klasse en het volksonderwijs en steunde de Boeren tijdens de Eerste Boerenoorlog. Hij was met Abraham Kuyper medeoprichter van de Nederlands Zuid-Afrikaanse Vereniging (NZAV). Deze vereniging werd in 1881 opgericht en Harting werd vanwege zijn doofheid, die een grotere activiteit verhinderde, erevoorzitter. Ondanks de tegengestelde levensbeschouwelijke opvattingen (Harting: agnost en liberaal; Kuyper: streng gereformeerd) konden ze samen door een deur.