W końcu López został zepchnięty przez wrogie wojska do północnej części kraju. 1 marca 1870 został zaskoczony przez Brazylijczyków i zabity podczas próby ucieczki, gdy przepływał rzekę Aquidaban, koło Cerro Corá. Przeszyty lancą, miał powiedzieć przed śmiercią: „Umieram wraz z moją ojczyzną”. Jego syn Panchito, mianowany przez ojca pułkownikiem, odmówił złożenia broni i również zginął. Według legendy Eliza Lynch pochowała ich gołymi rękami. Szczątki dyktatora spoczęły w mauzoleum na wzór paryskiego Pałacu Inwalidów.