Im Jahre 1990 war er als Staatssekretär die treibende Kraft hinter dem Bicesse-Abkommen, das zu einem vorübergehenden Waffenstillstand im angolanischen Bürgerkrieg zwischen der MPLA und der UNITA von Jonas Savimbi führte. Durão Barroso unterstützte auch die Unabhängigkeit Osttimors von Indonesien.