Sodassa haavoittunut Vanninen palasi arvokisaladuille St. Moritzin olympiakisoissa 1948, jossa hän sijoittui 50 kilometrillä neljänneksi heti veljensä Benjam Vannisen jälkeen. Vielä Rumfordin MM-kisoissa 1950 Pekka Vanninen sijoittui 39-vuotiaana kuudenneksi.