Miehityksen jälkeen maiden välit ovat olleet huonot, mikä on johtanut useisiin yhteenottoihin. Vuoden 2016 rajakonfliktissa kaatui yli sata sotilasta. Azerbaidžan on useita kertoja uhannut vallata Vuoristo-Karabahin takaisin, mutta pyrkinyt välttämään sotaa. Maa on 2010-luvulla hankkinut aseita muun muassa Turkista, Israelista ja Venäjältä.