V roce 1944 zatklo Jiřího Navrátila a další skautské vedoucí Gestapo. Za pomoci morseovky se jim však podařilo domluvit, jak budou vypovídat, a většina z nich nakonec neskončila v koncentračním táboře – Jiří byl například zařazen do pracovních oddílů Organizace Todt. Brzy však uprchl a až do konce války se skrýval. Přitom se plně věnoval ilegální činnosti a v květnu 1945 se aktivně zúčastnil Pražského povstání.