Фавст Корнелий в числе прочих военачальников «прислуживал Юбе», чья поддержка имела слишком большую ценность для помпеянцев, и грабил провинцию. Уже в конце 47 года до н. э. в Африке высадился Цезарь; о роли Суллы в последовавших за этим боях вплоть до решающего столкновения при Тапсе ничего не известно. 5 апреля 46 года помпеянцы потерпели полное поражение. Фавст Корнелий старался восстановить дисциплину в остатках разбитой армии: так, он попытался положить конец резне мирного населения в Утике и организовать оборону города, ставшего последним оплотом антицезарианских сил. Только выдав по сто сестерциев на человека из собственных средств (то же самое сделал Катон), он смог успокоить солдат, но был вынужден увести их из города.