En 1527, cuando las tropas imperiales atacaron la ciudad de Roma, el alférez Aguirre volvió a destacarse de manera superlativa. Durante más de dos meses los invasores imperiales se dedicaron a saquear la Ciudad Eterna, sus palacios, iglesias, claustros, conventos, con violación a sus mujeres, etc. En la tropa que revistaba Aguirre había muerto su jefe en combate, es por esto que tomó el mando de la misma. Reunió a sus soldados y defendió con denuedo un convento de religiosas que estaba siendo atacado y era objeto de pillaje. Este gesto no pasó inadvertido y de él tomaron conocimiento tanto el emperador como el Papa Clemente VII. En la oportunidad el sumo pontífice, en agradecimiento, le indicó a Aguirre que podía pedirle alguna gracia. Aguirre no dejó pasar esa oportunidad y le solicitó le autorizase el casamiento con su prima hermana, María de Torres y Meneses. En ese tiempo no se solía dispensar el casamiento entre ese tipo de parientes, sin embargo el Papa inmediatamente lo autorizó.