У 1959 році (з вересня) та в 1967—1968 роках Якушин був старшим тренером першої збірної СРСР, яка під його керівництвом успішно провела відбіркові матчі Кубка Європи 1960 року, вийшла у фінальний турнір чемпіонату Європи 1968 року, посівши четверте місце. В 1967 році збірна під керівництвом Якушина провела блискучий сезон та була визнана щотижневиком «France Football» найкращою серед європейських національних збірних.