1815年、ウィーン議定書によりロシア、プロイセン、オーストリアの保護国であるクラクフ共和国となる。1846年2月、クラクフ市民が反オーストリア蜂起・クラクフ蜂起を起こしたが失敗に終わる。オーストリアに併合されてクラクフ大公国となり自治特権は失われた。19世紀後半から20世紀初頭にかけて、ポーランド文化振興の中心地として重要な役割を果たした。第一次世界大戦を経て、1918年にポーランドが独立を果たしポーランド第二共和国となった。第二次世界大戦に際してドイツ軍の占領を受けた。ポーランド総督に任命されたハンス・フランクはクラクフのヴァヴェル城からポーランド総督府の統治にあたった。1945年、ソ連軍の支配下となった。