Създадена на 28 февруари 1972 г. в резултат на Споразумението от Адис Абеба, което слага край на Първата суданска гражданска война. Статутът на района е премахнат на 5 юни 1983 година от администрацията на суданския президент Джаафар Нимейри. Отмяната на южната автономия води до Втората суданска гражданска война, която продължава до януари 2005, когато южната автономия е възстановена.