1853年（咸丰三年）二月十日，太平天国军队从静海寺挖地道炸塌仪凤门北侧城墙后攻入南京，静海寺遭清军炮击起火被毁，后来由静安和尚募款重建。1937年12月日军围攻南京，12月10日，战火中的静海寺第三次被毁，只剩方丈室6间、念佛堂5间以及绥远路大门上的“静海禅寺”题额幸存。1949年中华人民共和国成立后，静海寺址曾一度作为建宁路小学校舍。1982年，南京在大规模文物普查工作中发现了残存的静海寺遗址，当时遗址仅剩残缺的东配殿共2楹6间，其中3间建于100多年前，另3间建于200多年前，临街的一间被街道工厂占用，其余被下关区土杂公司租为仓库。