Henriqueta estava cada vez mais preocupada e ansiosa em França, de onde tinha tentado convencer Carlos a aceitar o governo presbiteriano em Inglaterra para poder mobilizar o apoio escocês para uma nova invasão de Inglaterra e a derrota do parlamento. Em dezembro de 1647, ficou horrorizada quando Carlos rejeitou os "Quatro Projectos-de-Lei" oferecidos pelo parlamento como tratado de paz. Carlos tinha assinado "O Compromisso" em segredo com os escoceses que prometia um governo presbiteriano em Inglaterra à excepção do seu próprio pessoal. O resultado foi a Segunda Guerra Civil que, apesar dos esforços de Henriqueta para enviar alguma ajuda militar limitada, terminou em 1648 com a derrota dos escoceses e a captura de Carlos pelas forças parlamentares.