Decenni più tardi, il 20 aprile 1994, quando il genocidio ruandese si diffuse in tutto il paese, venne rapita a Butare da un gruppo di soldati comandato dal tenente Pierre Bizimana, e assieme ad altri membri presenti nella sua casa condotta dietro il Museo Nazionale e fucilata. Solo una bimba sopravvive, la quale racconterà successivamente la storia del massacro. Due giorni dopo, anche la regina madre venne assassinata. Su richiesta di un sacerdote, il sindaco di Butare, Kanyabashi, recuperò il corpo della regina Gicanda e la seppellì nel giardino vicino alla sua casa.