Il 1º luglio 2006 viene chiamato da Ronald Koeman a fargli da vice al PSV. Con l'addio di Koeman diventa allenatore ad interim del club il 1º novembre 2007 per poi tornare al ruolo di secondo il 31 dicembre 2007, prima di Sef Vergoossen (2007-2008) e poi di Huub Stevens (2008-2009). Il 1º luglio 2009 passa a fare lo stesso ruolo all'Utrecht con Ton du Chatinier, al quale subentra dal 19 al 30 maggio 2011 prima di lasciare al ben più esperto Erwin Koeman, suo ex compagno di nazionale a Euro '88, tornando di fatto al ruolo di vice. Il 18 ottobre sostituisce il dimissionario Koeman. Porta la squadra all'11º posto nel 2011/2012, al 5º nel 2012/2013, al 10º nel 2013/2014 con eliminazione al secondo turno di Europa League. Nel 2014/2015 è a capo delle giovanili del Kasımpaşa Spor Kulübü e nel marzo 2015 subentra "ad interim" sulla panchina della prima squadra del club turco. Dal 2015 al 2018 insieme a Jean-Paul van Gastel affianca Giovanni van Bronckhorst, allenatore del Feyenoord Rotterdam.