Άλλη επιρροή του Θουκυδίδη ήταν ο Ιπποκράτης. Στο τμήμα του έργου που περιγράφει το λοιμό που έπληξε την Αθήνα () η ανάλυση του πάνω στα χαρακτηριστικά της ασθένειας αυτής είναι πολύ λεπτομερής και δείχνει άμεσα την επιρροή του από τον Ιπποκράτη.