Die Stadt spielte eine wichtige Rolle im Pazifikkrieg während des Zweiten Weltkriegs bei den Kämpfen zwischen Japan und den USA. Die Südseeabteilung der Japaner überwältigte am 23. Januar 1942 in der Schlacht um Rabaul die dort stationierte kleine australische Garnison und baute die Stadt zur Festung und einer gigantischen, teils unterirdischen Nachschubbasis aus. Als Unterschlupf dienten die Bimssteinberge im Hinterland der Stadt. Dort ließ die japanische Armee von Einheimischen und Kriegsgefangenen aus Singapur Tunnel in einer Gesamtlänge von mehr als 500 km graben, die als Nachschublager, Truppenzwischenlager und auch als Lazarette (hiervon allein 15) dienten. Eines hatte eine Länge von mehr als vier Kilometern und eine Aufnahmekapazität von 2500 Patienten. Dazu kamen fünf Start- und Landebahnen, eine Station für Wasserflugzeuge, eine U-Boot-Basis und ein Militärhafen. Rabaul war zeitweise mit bis zu 200.000 Soldaten besetzt.