В 1999 году после почти 10-летнего перерыва вернулся в сборную, вместе с ещё одной звездой 1980-х годов 39-летним Вальдо Кантором был заявлен на Мировую лигу. Несмотря на то, что порадовать инчаду не удалось — на проходившем в городе Мар-дель-Плата «Финале шести» аргентинская сборная проиграла оба своих матча, Уго Конте сохранил место в составе национальной команды. В 2000 году он выступил на третьей в карьере Олимпиаде (в четвертьфинале сиднейского турнира аргентинская сборная сенсационно обыграла бразильцев и в итоге заняла высокое 4-е место), а в 2002-м снова сыграл перед своими болельщиками — на чемпионате мира, в том же зале «Луна-Парк», где в далёком 1982 году была выиграна бронза. Примечательно, что тренерами сборной Аргентины на рубеже веков были партнёры Уго Конте по сборной 1980-х — Даниэль Кастельяни и Карлос Гетселевич.