Disse to etniske gruppene har ikke hatt et veldig godt forhold til hverandre, hverken i Rwanda eller Burundi. I Burundi gjennomførte tutsi-eliten folkemord mot hutuene i 1972 (ca. 200 000 drepte), 1988 (ca. 20 000 drepte) og 1993 (etter at Burundis demokratisk valgte hutu president ble myrdet av tutsi ekstremister; det antas at 400 000 ble drept). Rwanda har opplevd lignende etniske voldshandlinger, den siste og mest omtalte av disse er folkemordet i 1994, der man antar at mellom 800 000 og noe over en million tutsier og moderate hutuer ble drept. Human Rights Watch sitt estimat er at 77 % av Rwandas tutsibefolkning ble drept i folkemordet.