Kort na 1360 werd oud-IJzendijke bij diverse gelegenheden ernstig door de zee bedreigd. Het gebied rond de Braakman overstroomde allereerst op 9 oktober 1374 bij de Eerste Dionysiusvloed en vervolgens op 8 oktober 1375. Hierdoor ontstond ter plaatse de Zuudzee. Rond deze nieuw gevormde Zuudzee werden in de daaropvolgende jaren allerlei polders herdijkt en nieuwe parochies ingericht, maar vervolgens overspoelde de zee op 19 november 1404, bij de zogeheten Eerste Sint-Elisabethsvloed, het gehele gebied opnieuw. De landtong, waarop de stadjes IJzendijke en Hughevliet lagen, die in 1374 gespaard was gebleven, werd nu eveneens door de golven verzwolgen. (Daarentegen trof de Tweede Sint-Elisabethsvloed van 19 november 1421, die elders in Zeeland en Holland dood en verderf zaaide, het westelijk deel van Zeeuws-Vlaanderen niet.)