En janvier 1862, il assume des fonctions d'officier de ligne dans l'armée du Cumberland, dans le Tennessee et est gravement blessé en avril 1862 lors de la bataille de Shiloh. Il devient colonel du 25th Maine Infantry et commande une brigade dans le cadre du XXII corps au sein des défenses de Washington, DC. Il épouse cette année-là Ellen Winslow, une fille d'Edward Fox de Portland.