Bei den Kongresswahlen des Jahres 1882 wurde Whiting im elften Wahlbezirk von Massachusetts in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, wo er am 4. März 1883 die Nachfolge von George D. Robinson antrat. Nach zwei Wiederwahlen konnte er bis zum 3. März 1889 drei Legislaturperioden im Kongress absolvieren. Im Jahr 1888 verzichtete er auf eine erneute Kongresskandidatur. Nach dem Ende seiner Zeit im US-Repräsentantenhaus arbeitete William Whiting wieder in der Papierherstellung. Im Jahr 1900 war er Staatsbeauftragter auf der Weltausstellung in Paris. Er starb am 9. Januar 1911 in Holyoke, wo er auch beigesetzt wurde. Sein Sohn William (1864–1936) war US-Handelsminister im Kabinett Coolidge.