Rewolucja goździków z 1974 roku umożliwiła nadanie Mozambikowi niepodległości. W 1975 roku proklamowano niepodległą republikę, której Machela został prezydentem. Zainspirowany marksizmem lider przeprowadził nacjonalizację wielu instytucji. Popierał również ruch narodowowyzwoleńczy z sąsiedniej Rodezji, wsparciem prezydenta cieszył się Afrykański Narodowy Związek Zimbabwe Roberta Mugabe, a także Afrykański Kongres Narodowy zwalczający apartheid. Lewicowa postawa Machela doprowadziła do odwrotu od niego bardziej prawicowych członków FRELIMO. Zostali oni wykorzystani przez wywiad Rodezji który wsparł ich tworząc antyrządowy Narodowy Ruch Oporu Mozambiku (RENAMO). Formacja wdała się z rządem Mozambiku w długoletnią wojnę partyzancką. Konflikt z RENAMO zradykalizował rządzących. Mozambik nawiązał bliższe relacje ze Związkiem Radzieckim od którego otrzymał hojną pomoc gospodarczą, w 1977 roku FRELIMO przyjęło marksizm jako doktrynę. W 1984 roku zrezygnował z popierania ruchów wyzwoleńczych w państwach ościennych na gruncie ugody Nkomati z rządem Południowej Afryki, która zobowiązała się w zamian wycofać swoje poparcie wobec RENAMO.