Nach dem Ausbruch des Zweiten Weltkriegs wurde Scanlan aus der Offiziersreserve einberufen und übernahm das Kommando des 6. Garnisons Bataillons. Im September 1941 erhielt er das Kommando über die Lark Force, deren Aufgabe es war, Rabaul in Neubritannien gegen die vorrückenden japanischen Streitkräfte zu verteidigen. Die Lark Force war eine Mischung aus regulären australischen Truppen und einer lokalen Miliz und umfasste etwa 1.400 Mann. Als die Truppen des japanischen Kaiserreiches auf Neubritannien landeten und die Schlacht um Rabaul ausbrach, wurde die australische Einheit schnell überrannt und zog sich fluchtartig in den Dschungel zurück. Als japanische Soldaten 160 gefangene australische Soldaten ermordeten, entschloss Scanlan sich, zu kapitulieren. Er verbrachte den Rest des Krieges als Kriegsgefangener.