В експозиції музею представлені роботи Йозефа Бойса, Ансельма Кіфера, Роя Ліхтенштейна, Річарда Лонга, Енді Воргола і Сая Твомблі з фондів Національної галереї і колекції Еріха Маркса. З 2004 року на правах тимчасового користування в експозиції музею демонструється художня колекція Фрідріха Крістіана Фліка, онука німецького промисловця Фрідріха Фліка, який зробив свої статки на військових поставках при нацистському режимі і засудженого Міжнародним військовим трибуналом на Нюрнберзькому процесі. Сумнівне походження коштів, на які була створена колекція, викликало неоднозначне ставлення до цієї виставки. Договір на тимчасове користування художніми цінностями з колекції Фліка був укладений до 2010 року. Однак уже на початку 2008 року Фрідріх Крістіан Флік передав в дар Музею сучасності 166 творів мистецтва зі своєї колекції. Фонд прусської культурної спадщини оцінив цей унікальний подарунок як найзначніше придбання за весь післявоєнний час.