I po ztrátě předního postavení však Praha do vývoje v době husitských válek zasahovala, například při svržení umírněných husitů na Starém Městě nebo příklonem novoměstských k radikálním orebitům. Vzrůstající moc tehdy získával duchovní vůdce umírněných pražských husitů, týnský farář Jan Rokycana, který se stal správcem pražského arcibiskupství a později husitským vyjednavačem na basilejském koncilu a neuznaným pražským arcibiskupem. Roku 1434 se staroměstští spojili s umírněnými husity a katolíky, dobyli Nové Město a přispěli k porážce polních vojsk radikálů v bitvě u Lipan. Husitské požadavky byly následně dojednány se zástupci koncilu v kompromisní podobě roku 1436, vtěleny do textu basilejských kompaktát a umístěny v kapli Božího Těla na Novém Městě. Výsledkem husitského období bylo počeštění pražských měst, pokles významu duchovních, nárok Starého Města v účasti na zemských sněmech a celkové posílení postavení města.