Le , l'avion qui ramène le président Ntaryamira et son homologue rwandais Juvénal Habyarimana est détruit par un missile à Kigali. L'attentat déclenche le génocide rwandais, qui contribue à déstabiliser encore le Burundi. Sylvestre Ntibantunganya est nommé président intermédiaire le . Le major Buyoya reprend le pouvoir par un coup d'État le .