Durante la guerra di Candia del 1645–1669, la Repubblica di Venezia venne costretta a cedere Creta all'Impero ottomano. Gran parte delle isole locali cadde nelle mani dei turchi nei quindici anni successivi, ma la capitale di Candia (Heraklion) che venne catturata solo dopo un lungo assedio che durò dal 1648 al 1669, uno tra i più lunghi della storia. Gli ultimi avamposti veneziani, le fortezze delle isole di Souda, Grabusa e Spinalonga, caddero nel corso della Guerra turco-veneziana del 1714–1718.