Kabila begleitete seinen Vater, den späteren Rebellenführer Laurent Kabila, im Alter von fünf Jahren nach Tansania ins Exil. Als Folge seiner langjährigen Aufenthalte in englischsprachigen Ländern spricht Kabila heute besser Englisch und Kisuaheli als Französisch und das kongolesische Lingála, die im Westen des Landes und damit auch in der Hauptstadt verbreitete Landessprache. Er besuchte Grund- und weiterführende Schulen in Fizi, zu dessen Territorium Hewa Bora gehört, sowie in Dar-es-Salaam und Mbeya in Tansania. Anschließend begann er eine militärische Laufbahn in Tansania und wurde auch in Uganda und Ruanda militärisch ausgebildet. 1996 schloss er sich den Truppen seines Vaters an und war Befehlshaber im Ersten Kongokrieg. Nach einem siebenmonatigen Kampf von Kabilas Truppen, die sich von Osten in Richtung Kinshasa bewegten, konnte sein Vater die 32-jährige Diktatur Mobutus am 17. Mai 1997 mit der Einnahme Kinshasas beenden. Sein Vater war daraufhin von 1997 bis 2001 Präsident des Kongo. Joseph Kabila studierte 1998 an der Nationalen Verteidigungshochschule in Peking und wurde anschließend Generalmajor und Mitglied des Generalstabs der Armee. Im Jahr 2000 wurde er Armee-Stabschef.