ไทยและอินโดนีเซียได้สถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตเมื่อวันที่ 7 มีนาคม พ.ศ. 2493 ความสัมพันธ์ระหว่างทั้งสองประเทศดำเนินไปได้ด้วยดี มีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดทั้งด้านการเมือง เศรษฐกิจ และสังคมทั้งในระดับทวิภาคีและกรอบพหุภาคี โดยเฉพาะอย่างยิ่งความร่วมมือในกรอบอาเซียน นอกจากนี้ยังมีการแลกเปลี่ยนการเยือนในระดับต่าง ๆ อย่างสม่ำเสมอ อินโดนีเซียมีสถานเอกอัครราชทูตในกรุงเทพมหานครและสถานกงสุลในจังหวัดสงขลา ในขณะที่ไทยมีสถานเอกอัครราชทูตในกรุงจาการ์ตา อินโดนีเซียยังได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้สังเกตการณ์ในกรณีพิพาทพรมแดนไทย–กัมพูชาอีกด้วย