Justo antes de la Invasión de Yugoslavia por las potencias del Eje en abril de 1941, Pećanac recibió fondos y armas para alzar unidades de guerrilla en el sur de Serbia, Macedonia y Kosovo. Logró formar un destacamento de unos 300 hombres mayormente en el valle del río Toplica al sur de Serbia, que no fue destruido durante la invasión. En los primeros tres meses después de la rendición, Pećanac reunió más tropas de refugios serbios que huían de Macedonia y Kosovo; sin embargo, sus chetniks pelearon solo contra grupos albaneses en la región y no contra los alemanes. Tras el levantamiento en el Territorio del Comandante Militar en Serbia a inicios de julio de 1941, Pećanac decidió rápidamente abandonar la resistencia contra el Eje y, para fines de agosto, había llegado a acuerdos con las fuerzas de ocupación alemana y con el gobierno títere de Milan Nedić, para colaborar con ellos y luchar contra los partisanos comunistas.