Lille hérite en huitièmes de finale de Manchester United, club déjà rencontré la saison précédente en phase de groupes, tandis que Milan devra affronter le Celtic Glasgow. Selon ses dirigeants et de nombreux observateurs, Le LOSC perd le match aller à domicile le 0-1 sur une décision assez contestée de l'arbitre néerlandais Eric Braamhaar, accordant un but controversé. Les lillois verront leur appel auprès de l'UEFA rejeté. Au match retour, les lillois s'inclinent une nouvelle fois 1-0 après un match très équilibré. Lille termine son parcours européen en huitièmes de finale tandis que Milan se qualifie après prolongations en s'imposant 1-0 face aux écossais après le 0-0 du match aller en Écosse. Milan élimine par la suite le Bayern Munich en quarts de finale, Manchester United en demi-finale et bat en finale de la Ligue des Champions Liverpool deux buts à un grâce à un doublé d'Inzaghi. Les lombards terminent quatrièmes du championnat et se qualifient pour le troisième tour préliminaire de la Ligue des Champions 2007-2008 tandis que les nordistes s'effondrent pendant la phase retour de Ligue 1 (19 points pris sur cette période contre 31 lors de la phase aller du championnat, Lille est dix-huitième de matchs retour) et terminent à une décevante dixième place, à 8 points des premières places européennes.