אחמדוב התחיל את הקריירה שלו בפחטקור טשקנט. ב-16 במאי 2006 אחמדוב ערך את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת נגד קיזילקום זראפשון. אחרי גביע אסיה בכדורגל 2011, אחמדוב עורר עניין מצד אל-שבאב, אל-ראפה ואף למועדונים מאוקראינה, טורקיה, רוסיה, אנגליה וספרד.