Der Dreißigjährige Krieg war ein schwerer Einschnitt in die prosperierende Entwicklung der Stadt, die Bevölkerungszahl ging von 18.000 auf 12.000 zurück. Zwischen 1631 und 1642 wurde die Stadt fünfmal belagert, von 1642 bis 1650 war sie schwedisch besetzt. Am 17. September 1631 war die Leipziger Umgebung mit der Schlacht bei Breitenfeld Schauplatz einer der größten Niederlagen der Kaiserlichen unter Tilly im Dreißigjährigen Krieg. Ein Jahr darauf, am 16. November 1632, fiel Gustav Adolf in der Schlacht bei Lützen, etwa zehn Kilometer südwestlich der heutigen Leipziger Stadtgrenze.