Stalin hadde innsett sårbarheten i Kaukasus og for de strategiske oljereservene i Tsjetsjenia, og ved slutten av 1943 la han planer om å deportere folket i Nord-Kaukasus som han anså som potensielle femtekolonnister. I et dekret fra øverste sovjet 7. mars 1944, med tittelen "Avvikling av tsjetsjensk-ingusjisk ASSR og administrativ reorganisering av territoriet", hevdet Stalin at folk i Nord-Kaukasus var ansvarlig for utstrakt samarbeid med tyskerne, til tross for det faktum at anslagsvis tsjetsjenske og ingusjiske vernepliktige hadde kjempet i Den røde armé mot Tyskland, og mange hadde vært med like til frigjøringen av Berlin. På kvelden 23. februar 1944 iverksatte Lavrentij Berija personlig "Operasjon Linse", tvungen deportasjon av tsjetsjenere og ingusjere til Sentral-Asia. Beria fortsatte med å gi en muntlig ordre om at alle tsjetsjenere eller ingusjere som ble vurdert som "ikke transportdyktige" burde likvideres på stedet, og under dette påskudd ble tusener systematisk henrettet. Ofre for tyfus, som hadde nådd epidemiske proporsjoner, ble straks henrettet, til like med gravide og eldre. Et eksempel på de russiske umenneskelighetene var "Khaibakh-massakren" i den tsjetsjenske landsbyen Khaibakh, der mer enn 700 tsjetsjenere ble innelåst i en stall og brent levende. Tsjetsjensk litteratur og manuskripter ble også brent av russerne, og mat-og vannforsyninger ble forgiftet for å eliminere alle som ble igjen.