Durante a Guerra Civil Libanesa de 1975 o museu ficou entre as duas frentes beligerantes e sofreu danos significativos. O prédio foi bombardeado, saqueado, inundado e transformado em um quartel para os combatentes. Após o cessar fogo em 1991, passou por uma grande reforma e foi parcialmente inaugurado em 25 de novembro de 1997 pelo então presidente Elias Hrawi.