Во время Реформации 3-й граф Монтгомери оставался набожным католиком и сражался на стороне Марии I Стюарт в 1568 году при Лангсайде. Он был объявлен виновным в измене и заключен в тюрьму замка Даун. Когда он освободился, то пытался обеспечить безопасность и терпимость католиков после Реформации. Его дочь, леди Маргарет, вышла замуж за Роберта Сетона, первого графа Винтона, сторонника ковенантеров во время гражданской войны, и именно их сын, Александр Сетон, в 1612 году взял фамилию Монтгомери и стал 6-м графом Эглинтон. Он был сторонником пресвитериан и приверженцем Карла II. За свои роялистские убеждения в 1659 году, после смерти Кромвеля, он был заключен в тюрьму генералом Монком. Однако уже в следующем году именно Монк восстановил монарха на троне. 9-й граф был одним из членов Тайного Совета короля Вильгельма Оранского, а позже — королевы Анны, и в ходе восстания 1715 года активно занимался обучением королевского ополчения Эршира. 11-й граф участвовал в формировании 77-го Горского пехотного полка. Арчибальд, 13-й граф Эглинтон, был известен своим знаменитым турниром в замке Эглинтон в 1839 году и в 1859 году также унаследовал (как наследник Сетонов) титул графа Винтона. Но он никогда не являлся главой семейства Сетонов, так как носил фамилию Монтгомери.