En julio de 2014, tomó el mando de la Selección de fútbol de Argelia, relevando a Vahid Halilhodžić. En su debut en competición oficial, llevó al combinado argelino a los cuartos de final de la Copa África, donde perdieron (3-1) ante (futura campeona del torneo). El 3 de abril de 2016, la Federación argelina comunicó la rescisión del contrato con Gourcuff "a su petición".