Efter att ha kört Porsche under många år, skrev Joest ett avtal med Audi 1998 om att hjälpa till med utvecklingen av en sportvagn till Le Mans 1999. Året därpå kom den vidareutvecklade Audi R8, som tog sin första vinst vid Sebring 12-timmars och sedan Le Mans under 2000. Mellan 2000 och 2002 vann R8:an tre raka vinster, på både Le Mans och Sebring, liksom American Le Mans Series-titeln varje år.