La importancia de Snowdonia para la conservación del hábitat y la vida silvestre en la región se refleja en el hecho de que casi el 20% de su superficie total está protegida por el Reino Unido y la legislación europea. La mitad de esta área fue dejada de lado por el gobierno en virtud de la Directiva de Hábitats de Europa como zona especial de conservación. En el parque se pueden encontrar mamíferos, tales como nutrias, hurones, cabras salvajes e incluso martas, aunque estos últimos no han sido visto en años. En cuanto a las aves, se incluyen cuervos, halcones peregrinos, águilas pescadoras, merlines y milanos reales. Otro famoso habitante de Snowdonia es el Snowdon o escarabajo Rainbow. El parque cuenta con tres Convenios de Ramsar: