Lorsque Napoléon Bonaparte du Premier Empire français a capturé une partie de ce qui avait été la Pologne, il a établi le Duché de Varsovie. (1807) en tant qu'État indépendant mais subordonné. La Galice occidentale, y compris Cracovie, a été arrachée à l'empire autrichien et ajoutée au duché de Varsovie en 1809 par le traité de Schönbrunn, qui a mis fin à la guerre de la cinquième coalition. Le Congrès de Vienne (1815) rétablit la partition de la Pologne, mais donne à Cracovie une indépendance partielle en tant que Ville libre de Cracovie. En 1846, la ville est à nouveau au centre d'une lutte pour la souveraineté nationale, lors du Soulèvement de Cracovie. Le soulèvement ne parvint pas à s'étendre en dehors de la ville à d'autres terres polonaises, et fut réprimé, ce qui entraîna la création du Grand-Duché de Cracovie au sein de l'Empire autrichien. En 1850, 10 % de la ville fut détruite par le Grand incendie de Cracovie.