Nell'agosto 2006, a distanza di tre anni, fece ritorno all'Inter con la formula del prestito biennale. Esordì con un gol alla Roma nella Supercoppa italiana vinta in rimonta per 4-3 dai nerazzurri. Nel corso della stagione contribuì in maniera decisiva alla vittoria del campionato, il primo a livello personale. Nella stagione successiva, anche a causa della maggiore concorrenza, fu impiegato meno ma riuscì ad aggiudicarsi un altro scudetto. Nel luglio 2008, alla scadenza del contratto con il Chelsea, firmò a parametro zero con i nerazzurri. La terza stagione a Milano fu quella meno brillante per lui ma si chiuse con l'ennesimo successo in campionato.