O'Doherty est membre des cadres des Irish Volunteers qui organise l'Insurrection de Pâques 1916. Il reste un des cadres de l'organisation jusqu'en 1921. Il est arrêté après l'insurrection et incarcéré, d'abord à à Ballykinlar dans le Comté de Down puis dans différentes prisons dont Frongosh au pays de Galles. Il n'est pas emprisonné à Mountjoy à Dublin mais il est une des dernières personnes à parler à Padraig Pearce avant l’exécution de celui-ci.