Nell'estate 2006 fa ritorno a Bergamo, con la squadra che ha appena riconquistato la Serie A. In campionato è costretto a saltare diverse gare per infortunio, ma riesce comunque a segnare 13 gol. Il 4 maggio 2008, segnando una rete al Livorno, supera Bassetto divenendo il marcatore più prolifico della "Dea" in massima categoria. Nel campionato 2008-09 realizza 9 gol, 4 dei quali contro i campioni d'Italia dell'Inter. Il 17 gennaio 2010, con la doppietta alla Lazio, taglia il traguardo delle 100 reti in maglia atalantina.