Po powrocie do Niemiec Krautzun prowadził VfL Wolfsburg z 2. Bundesligi, a także 1. FC Union Berlin z Regionalligi. W marcu 1996 objął stanowisko szkoleniowca drużyny Bundesligi – 1. FC Kaiserslautern. W sezonie 1995/1996 spadł z nim do 2. Bundesligi, a także zdobył Puchar Niemiec, po czym odszedł z klubu. Następnie trenował tunezyjski CS Sfaxien, FC St. Pauli (2. Bundesliga), SV Darmstadt 98 (Regionalliga) oraz 1. FSV Mainz 05 (2. Bundesliga). Był też selekcjonerem reprezentacji Tunezji, a także reprezentacji Chin U-20. Tę drugą poprowadził na Mistrzostwach Świata 2005, zakończonych przez Chiny na 1/8 finału.