Маркиньос был вызван в состав сборной Бразилии до 21 года на турнире в Тулоне в 2014 году, где защитник смог выступить во всех пяти матчах, чем помог своей сборной одержать победу в данном турнире. Пропустив чемпионат мира, Маркиньос вернулся в сборную в сентябре 2014 года под руководство нового тренера команды — Дунги. Бразилец принял участие в товарищеских матчах против Колумбии и Эквадора. В 2015 году Маркиньос вновь был вызван в состав сборной на Кубок Америки 2015 в Чили, данный турнир стал первым крупным международным турниром для Маркиньоса. 21 июня в финальном матче группового этапа произошёл дебют Маркиньоса на турнире: он заменил Робиньо в заключительные 14 минут матча против сборной Венесуэлы, окончившегося со счётом 2:1, что позволило бразильской сборной занять первое место в группе и выйти в четвертьфинал.