В 1992 году в составе сборной Стойкович должен был играть на чемпионате Европы, но Югославия была отстранена из-за военных действий в стране. Последним матчем в составе национальной команды для него стала встреча против страны, где Стойкович провёл большую часть своей игровой карьеры, — Японии, 4 июля 2001 года.