Το Δαφνοχώρι βρίσκεται σε απόσταση 12 χλμ. ΝΔ. από την πόλη του Κιλκίς και 50 χλμ. Β.-ΒΔ. από τη Θεσσαλονίκης. Μετά τους Βαλκανικούς πολέμους και την ανταλλαγή πληθυσμών, η Επιτροπή Αποκατάστασης Προσφύγων (ΕΑΠ) εγκατέστησε 39 οικογένειες προσφύγων (συνολικά 155 άτομα) από τον Πόντο. Η παλιά του ονομασία ήταν "Δαουτλή" ή Δαουτλί και έτσι αναφέρεται το 1919 στο ΦΕΚ 48Α-05/03/1919 να προσαρτάται στην κοινότητα Δουρασανλίου (Μεσιανού) που τότε ανήκε στο νομό Θεσσαλονίκης. Το 1927 μετονομάζεται σε Δαφνοχώρι και το 1934 αποσπάται στο νεοϊδρυθέντα νομό Κιλκίς. Σύμφωνα με το πρόγραμμα Καλλικράτης, μαζί με το Μεσιανό, το Λεβεντοχώρι και το Παλαιό Γυναικόκαστρο αποτελούν την τοπική κοινότητα Μεσιανού που ανήκει στη δημοτική ενότητα Κιλκίς του δήμου Κιλκίς