Am 1. August 1770 kämpfte er in der Schlacht von Cahul, die mit einem entschiedenen russischen Sieg endete. Er wurde dafür mit dem St.-Annen-Orden und dem St.-Georgs-Orden ausgezeichnet. Im Winter arbeitete er an der Verbesserung der Salinen von Nowgorod. 1771 kam er zur Armee zurück. 1772 wurde er zum "Generalquartiermeister en chef" ernannt, erhielt den Oberbefehl über das unter seiner Aufsicht errichtete Pionierkorps und wurde zugleich zum Generaldirektor des Salinenwesens im russischen Reich ernannt. 1773 wurde er Generalleutnant und General-Ingenieur. Nach Ende des Krieges beschäftigte er sich mit zivilen Bauten. So verbesserte er Wasserleitungen und -bauten in Moskau und legte Häfen, Kanäle und Straßen an. Am 16. Oktober 1777 wurde Bauer Ritter des Alexander-Newski-Ordens. 1782 gründete er für den Wasserbau das „Hydraulische Korps“.