1790-ben kapta első megbízását. A következő évben született egyetlen gyermeke, "William Keith Ball". 1793 és 1796 között ismét Új-Fundlandra került. 1797-ben megkapta az "Alexander" parancsnokságát, és Brest blokádjához rendelték, innen 1798-ban átküldték Cádizba. Néhány hónappal később a "Vanguard", Nelson hajója megsérült Korzika partjai előtt. Ball az erős szél - és Nelson parancsa - ellenére biztonságba vontatta a Vanguardot. Ettől kezdve barátok lettek, és együtt indultak az időközben megszökött francia flotta üldözésére. Júniusában Egyiptomban érték utol őket, ahol megvívták az abukiri csatát. Ball maga is megsérült a harcokban, de sikerült felrobbantania a franciák zászlóshajóját, a "L'Orient"-et. Augusztus 14-én útnak indultak Nápoly felé. A kijavított hajókkal Nelson október 4-én Málta blokádjára rendelte. A megszálló franciák ellen felkelt máltaiakat összefogva két év után sikerült kiűznie a Vaubois tábornok csapatait, miközben gondoskodnia kellett a szigetek élelmezéséről is. 1799-től gyakorlatilag ő volt Málta polgári vezetője, ám 1801-ben Gibraltárra helyezték. Ugyanebben az évben bárói rangot kapott. 1802-ben ismét Máltára helyezték, hogy a Szent János Lovagrend visszatérését előkészítse, ám a Brit Birodalom politikájának változása miatt végül haláláig, 1809-ig a szigetek miniszteri biztosa maradt. Máltán halt meg, Vallettában van eltemetve.