Peu après le retour à l’indépendance, des chefs de guerre locaux entrainent le pays dans une guerre civile, accentuée par les combats en Ossétie du Sud et en Abkhazie. Un premier président, Zviad Gamsakhourdia est retrouvé mort dans des circonstances suspectes. Un second président, Edouard Chevardnadze, contesté pour son passé soviétique, contrôle difficilement la situation. Leurs partisans s’affrontent. Une nouvelle émigration politique prend naissance. Parallèlement à l’ouverture des frontières, une émigration économique se met en place, légale ou clandestine. Le territoire géorgien perd 20 % de sa population, vers la Russie (personnes d’origine russe), vers Israël ou les États-Unis (personnes d’origine juive) et vers l’Europe. Durant cette période, la France accueille quelques centaines d’immigrés géorgiens. La Paroisse orthodoxe géorgienne Sainte-Kéthévane de Strasbourg est fondée en 1998.