לקראת סוף מאי התחוללה הסלמה של הקונפליקט בשל מרד הלגיון הצ'כי. כוח זה היה חלק מהצבא הצארי וערב המהפכה מנה קרוב ל-30,000 חיילים. במהלך 1918 כוחו עלה ל-61,000 חיילים. שאת רובם היוו שבויי מלחמה לשעבר ועריקים מהצבא האוסטרו-הונגרי. בעידודו של טומאש מסריק הלגיון קיווה להמשיך את הלחימה נגד הגרמנים. הממשלה הבולשביקית הסכימה לאפשר ללגיון גישה לנמל ולדיווסטוק על מנת שיוכלו להגיע דרך הים לצרפת ולהצטרף ללגיונות הצ'כוסלובקיים בצרפת, אולם העניינים השתבשו בשל ניסיון של הבולשביקים לפרוק את הלגיון מנשקו במקום זאת הלגיון פרק מנשקו את הכוחות הבולשביקיים ביוני 1918 בצ'לייבינסק. בתוך כחודש חלש הלגיון על רוב המסילה הטרנס-סיבירית מאגם באיקל ועד הרי אורל. ב-26 ביולי הוא השתלט על יקטרינבורג. זמן קצר לפני נפילת ייקטרניבורג (ב-17 ביולי 1918), בוצע רצח משפחת הצאר ניקולאי השני בהוראת סובייט אורל, כביכול על מנת למנוע נפילתם לידי הכוחות הלבנים.