Isabel i Amalaric van morir el 1205 i altre cop una nena menor d'edat, Maria de Montferrat, filla d'Isabel i Conrad de Montferrat, va esdevenir la reina de Jerusalem. El 1210 (amb 18 anys) Maria es va casar amb un experimentat cavaller de seixanta anys, Joan de Brienne, qui va ser capaç de mantenir segur el regne. Es van fer plans per a recuperar Jerusalem en conquistar prèviament Egipte, que es va intentar mitjançant la fallida Cinquena Croada contra Damiata el 1217, en la qual Joan de Brienne també va intervenir. Posteriorment, Joan va viatjar per tota Europa buscant ajuda per al regne però solament la va obtenir de l'emperador Frederic II Hohenstaufen, que es va casar amb Violant, la filla de Maria i Joan. Frederic II va dur a terme la Sisena Croada el 1228, i va reclamar el Regne de Jerusalem en nom de la seva esposa, de la mateixa manera que havia fet Joan (i que ja no podia fer atès que Maria havia mort). Els nobles d'Ultramar, liderats per Joan d'Ibelin, es van ressentir dels intents de l'emperador d'imposar el seu mandat sobre el regne, el que va derivar en una sèrie de confrontacions militars tant en terra ferma com a l'illa de Xipre. Mentrestant, sorprenentment, Frederic II va aconseguir recuperar Jerusalem mitjançant un tractat amb el soldà aiúbida al-Kamil. Aquesta recuperació va ser efímera, ja que la recuperació tot just incloïa una franja de terra que permetés defensar la ciutat, de manera que en 1244 la ciutat novament va ser reconquistada pels aiúbides. Es va dur a terme una nova Croada (la Setena) sota el mandat de Lluís IX de França, però els seus resultats van ser gairebé nuls llevat de què va aconseguir que els aiúbides fossin reemplaçats pels mamelucs, molt més poderosos i que es van convertir el 1250 en els pitjors enemics dels croats.