Wkrótce po zajęciu Lwowa przez Niemcy (30 czerwca 1941) Bartel został aresztowany 2 lipca w ramach akcji AB i przewieziony początkowo do więzienia Gestapo przy ulicy Pełczyńskiej. Tam, jak wspomina współwięzień Antoni Stefanowicz, traktowany był poprawnie. Byłemu premierowi pozwolono na otrzymywanie i wysyłanie listów od żony oraz na przynoszenie obiadów z domu. W tym czasie Bartel nie był przesłuchiwany, nie przedstawiano mu żadnych oskarżeń. Około 21 lipca został jednak przeniesiony do więzienia przy ulicy Łąckiego, gdzie zaczęto traktować go bardzo brutalnie.