Vuonna 1990 puolue hajosi kahtia: enemmistö muodosti "Viron vasemmistopuolueen" ("Eesti Vasakpartei", lyh. EVP), joka erosi NKP:sta, ja vähemmistö jatkoi toimintaa kommunistisen puolueen nimellä, joka kiellettiin Neuvostoliiton vallankaappausyrityksen jälkeen.