בראג היה מעורב בקרב שילה ולאחר כיבוש קורינת' בידי כוחות צבא האיחוד החליף בראג את פ.ג.ט. בורגארד בפיקוד על ארמיית מיסיסיפי (מאוחר יותר אורגנה מחדש תחת השם ארמיית טנסי). כוחות הקונפדרציה תחת בראג הביאו סדרת ניצחונות במהלך קרבות כגון קרב פריוויל והקרב על סטונס ריבר (). ניצחונו המרכזי של בראג בשדה הקרב היה מול כוחותיו של ויליאם רוזקרנס במהלך קרב צ'יקמוגה, כאשר כוחות הקונפדרציה הנחילו תבוסה משמעותית לצבא האיחוד במסגרת הקזת דמים שמנעה את התקדמות כוחות האיחוד לתוך מדינת ג'ורג'יה. אף על פי כן, בכל הקרבות שעליהם הוא פיקד, בראג לא הנחיל מכה מוחצת לכוחות האויב, מה שגרם לפגיעה ביחס אליו מצד הפקודים שלו, בהם גם הקצינים שפעלו תחת פיקודו. עקב תבוסתו, רוזקרנס הוחלף בפיקוד כוחות האיחוד במערכה על טנסי בידי יוליסס סימפסון גרנט.