Se convirtió en entrenador del Sparta Praga por primera vez en 1964, pasando a transformar el equipo y ganar dos títulos checos, en 1965 y 1967. Después de este éxito, dejó Checoslovaquia y se trasladó a los Países Bajos. De 1969 a 1972, entrenó al ADO Den Haag, llevándolos al tercer lugar en la liga neerlandesa, antes de asumir el cargo de entrenador en jefe de la selección checoslovaca. Creó un nuevo equipo de talentosos jugadores, entre ellos Ivo Viktor, Alexander Vencel, Antonín Panenka, Ladislav Jurkemik, Zdeněk Nehoda, Anton Ondruš, Jaroslav Pollák y Ján Pivarník. El equipo ganó el Campeonato de Europa de 1976, venciendo a en una tanda de penaltis en la final, pero, sorprendentemente, no se clasificaron para la Copa del Mundo de 1978. Ježek fue sustituido como entrenador en jefe por su asistente Jozef Vengloš.