1945年に入ってルソン島の戦いではリンガエン湾上陸（1945年1月9日 - 13日）の後31日まで支援活動を行い、さらにマッカーサーの「故地」バターン半島・コレヒドール島の占領（2月13日 - 17日）、ミンダナオ島のサンボアンガ上陸（3月8日 - 12日）に参加した。1945年（昭和20年）1月4日、マッカーサーはボイシに乗り込み、ルソン島西岸のリンガエン湾にむけて出撃した。5日には日本の特殊潜航艇に雷撃されたが、魚雷は命中しなかった。マッカーサーによれば、ボイシが魚雷を回避したあと護衛の駆逐艦が爆雷を投下し、豆潜水艦が数隻浮上してきた。それを駆逐艦が体当たりして沈めたという。また空襲を受けたが、対空砲火で撃退した。日本側記録では、セブ島の第三十三特別根拠地隊（司令官原田覚少将）が特殊潜航艇甲標的を運用しており、同部隊は1月5日の出撃で「駆逐艦と艦種不明各1隻撃沈、巡洋艦1隻撃沈」と記録している。