Pjaca și-a făcut debutul pentru Juventus în Serie A pe 27 august, intrând în locul lui Paulo Dybala în a doua repriză a victorii cu 1-0 în deplasare cu Lazio. În octombrie 2016, Pjaca a suferit o accidentare la osul fibulei, în timp ce se afla în cantonamentul Croației, și se aștepta, inițial, să piardă în jurul a șase săptămâni din acest sezon. După ce a fost accidentat timp de trei luni, a revenit în ianuarie 2017, intrând pe final de meci în ultima jumătate de oră a partidelor cu Atalanta din Coppa Italia și Fiorentina din Serie A. A marcat primul gol pentru Juventus în prima etapă a rundei optimilor Ligii Campionilor cu Porto, într-o victorie de 2-0. Pjaca a suferit o ruptură a ligamentului încrucișat anterilor pe 28 martie, din nou în timp ce se afla la naționala Croației, lăsându-l pe tușă timp de șase luni.