Participà habitualment amb l'equip francès en la fase qualificatòria de copa del Món de Futbol de 2006, i fou cridat per participar en el Copa Mundial de 2006, però no va participar en cap partit durant la competició a causa del retorn de Lillian Thuram a l'equip. Boumsong també fou cridat amb la selecció pel Campionat d'Europa de futbol 2008