Ο Ιεροδιάκονος Παϊσιος Νουφράκης μετά και την απελευθέρωση των Ιωαννίνων, συμμετείχε και στους νικηφόρους απελευθερωτικούς αγώνες που διεξήγαγε ο Ελληνικός Στρατός στο Αργυρόκαστρο και στους Αγίους Σαράντα, την 27/2 και 3/3/1913 αντίστοιχα, εξελίξεις οι οποίες ιστορικά οδήγησαν στο τέλος του Α΄ Βαλκανικού Πολέμου με την υπογραφή - μεταξύ των αντιμαχόμενων μερών - της Συνθήκης του Λονδίνου (17 Μαϊου 1913), σύμφωνα με την οποία η Τουρκία υποχρεώθηκε να παραχωρήσει στους Βαλκανικούς συμμάχους όλα τα εδάφη δυτικά από τη γραμμή Αίνου - Μήδειας και επιπλέον να παραιτηθεί κάθε δικαιώματος και στην Κρήτη, γεγονός που προκάλεσε ανείπωτη συγκίνηση και φρενίτιδα ενθουσιασμού στον Ιεροδιάκονο Παϊσιο Νουφράκη, στους Κρήτες και σ΄όλους γενικά τους Έλληνες, μια και ο δρόμος της ενσωμάτωσης της Μεγαλονήσου με τη Μητέρα Ελλάδα ήταν πια ανοιχτός. Όμως, η ειρήνη στα Βαλκάνια δε διατηρήθηκε για πολύ, δεδομένης της διάθεσης εκ μέρους των Βουλγάρων, να σφετεριστούν κυρίως την Ανατολική Μακεδονία και τη Θράκη προκειμένου να εξασφαλίσουν πρόσβαση στο Αιγαίο Πέλαγος, επιδίωξη που ιστορούσε από την εποχή του Βυζαντίου. Αποτέλεσμα όλων αυτών, την 16 Ιουνίου 1913, να ξεσπάσει σφοδρός ο Β΄Βαλκανικός Πόλεμος, η έκβαση του οποίου θα είχε καθοριστική σημασία για τον Ελληνισμό. Όπως ήταν φυσικό, η εξέλιξη αυτή δε θα μπορούσε να αφήσει ανεπηρέαστο τον Ιεροδιάκονο Παϊσιο, ο οποίος εξασφάλισε εγκαίρως επίσημη άδεια εκ μέρους του Μητροπολίτη Αθηνών Θεόκλητου Α΄ Μηνόπουλου, με ημερομηνία ""εν Αθήναις τη 19η Ιουνίου 1913," [...] "ίνα αδεία του Υπουργείου των Στρατιωτικών παρακολουθήση τον στρατόν παρέχων τας εκ του αξιώματος αυτού εκκλησιαστικάς υπηρεσίας"" [...].