Mit der Abtretung der Gebiete links der Elbe, wozu Preußen 1807 durch den Frieden von Tilsit nach dem Napoleonischen Sieg bei der Doppelschlacht von Jena-Auerstedt gezwungen worden war, wechselte Frantz wie auch das gesamte Personal der Magdeburger Kammer in den Westphälischen Staatsdienst. Frantz wurde Unterpräfekt des Distrikts Halle im Departement der Saale, wo er bereits vorher schon tätig gewesen war und im Oktober 1808 nach der Beförderung Friedrich von Hövels zum Staatsrat wurde er Präfekt des Leinedepartements in Göttingen. In Göttingen setzte sich Frantz u. a. für den Erhalt der Universität Göttingen ein. Mit der Gründung des Allerdepartements im September 1810 wurde er nach der Entlassung des dort eingesetzten Georg von Schele auf den freien Posten des Präfekten von Hannover gesetzt. Ob durch den ohnehin höheren Aufmerksamkeitsfokus auf die Hannoveraner Präfektur oder, wie Thimme darstellte, durch Denunziationen einzelner Militärs,- auf diesem Posten wurde er ab 1812 von der Hohen Polizei bespitzelt. Trotzdem blieb er bis zum Ende des Königreichs Westphalen im November 1813 in dieser Funktion.