На почетку Америчког грађанског рата, командовао је делом снага Севера (30.000 људи) намењених одбрани Вашингтона. У првој бици на Бул Рану (1861) на челу слабо опремљених и обучених јединица, претрпео је тежак пораз. Маја следеће године командовао је 1. корпусом са којим није успео на време да се пробије и помогне Џорџа Маклелана у бици код Ричмонда. Иако је имао успеха у другој бици на Бул Рану, Министарство му је одузело команду. Убрзо је рехабилитован, али до краја рата није командовао оперативним јединицама.