Keiser Maximilian og keiserinne Carlota slo seg ned i et slott i Chapultepec i åsene utenfor hovedstaden. Siden de var barnløse, adopterte de Agustín de Iturbide, en sønnesønn av landets første keiser, og gjorde ham til tronarving. Keiserens liberale holdninger gjorde at han fastholdt jordreformen, religionsfriheten og den utvidede stemmeretten som var innført under president Juárez. Dette skaffet ham fiender på høyresiden. Men han klarte heller ikke å vinne venstresiden for seg. Juárez nektet å anerkjenne keiserdømmet, til tross for tilbud om amnesti, og førte en vedvarende borgerkrig mot Maximilians regjeringsstyrker og hans franske hjelpetropper. Maximilian gjorde da sin største taktiske feil ved å beordre at alle opprørere skulle skytes, noe som styrket motstanden.