Mặc dù ông sinh trưởng tại Virginia, Thomas tiếp tục chỉ huy quân miền Bắc khi Nội chiến bùng nổ. Ông thắng trận đầu tiên tại Mill Springs Kentucky. Thomas lập chiến công trong Trận Perryville và Trận Stones River. Nhờ ông kiên cường chỉ huy quân tại Trận Chickamauga mà quân miền Bắc không bị đánh tan tác, do đó mà ông có biệt hiệu "Rock of Chickamauga" ("Núi đá Chickamauga"). Trong chiến dịch Chattanooga, Thomas kéo quân chọc thủng phòng tuyến của quân miền Nam tại Missionary Ridge tạo lợi thế cho quân miền Bắc.