Током Дугог рата (1593-1606) на подручју Вршачке епархије дошло је до масовног покрета православних Срба против турске власти. Истакнуту улогу у народном устанку одиграо је тадашњи вршачки владика Теодор, који је 1594. године учествовао у преговорима између српских устаника и државних власти у суседној Трансилванији. Због учешћа у Српском устанку против Турака у Банату, владика Теодор је пострадао од Турака. Српска православна црква је овог свештеномученика канонизовала 1994. године, а дан њему посвећен (29. мај) проглашен је за славу града Вршца. Средином 17. века, када је непосредна турска власт успстављена и у областима Лугошке и карансебешке бановине, надлежност Вршачке епархије проширена и над подручјем око Себеша (Карансебеш). Владика Теодосије, који је 1662. године отпутовао у Русију, носио је наслов митрополита вршачког и себешког.