Rudolf war ein bedeutender Förderer von Kunst und Wissenschaft, aber ein insgesamt schwacher Herrscher und zumindest in den letzten Jahren faktisch regierungsunfähig. In seine Zeit fällt der lange Türkenkrieg und die gregorianische Kalenderreform. Im Reich trug seine Untätigkeit dazu bei, die Krise der Reichsverfassung zu verstärken. Erzherzog Matthias und andere Mitglieder der Habsburgerdynastie wandten sich schließlich offen gegen den Kaiser und entrissen ihm nach und nach fast alle Machtpositionen.