Hinteregger on pelannut monissa Itävallan ikäkausimaajoukkueissa. Itävallan A-maajoukkueessa hän teki debyyttinsä marraskuussa 2013 ystävyysottelussa Yhdysvaltoja vastaan. Vuoden 2016 EM-kilpailuissa hän pelasi täydet minuutit joukkueensa kaikissa kolmessa ottelussa. Hän on pelannut kesäkuun 25. päivään 2021 mennessä 58 A-maaottelua, joissa 55 kertaa avauskokoonpanossa. Hän on tehnyt A-maaotteluissaan neljä maalia: syyskuussa 2016 MM-karsintaottelussa Georgiaa, kesäkuussa 2017 MM-karsintaottelussa Irlantia, kesäkuussa 2018 ystävyysottelussa Saksaa ja lokakuussa 2019 EM-karsintaottelussa Israelia vastaan.