A XII. és a XVII. század között az etióp uralkodók gyakran költöztették székhelyüket, udvarukat néhány évente másik területre helyezték át. Baszilidész császár 1636-ban helyezte tartósan a birodalom adminisztrációs központját a tengerszint fölött 2133 méter magasan fekvő Gondarba. Ekkor kezdődött meg a fellegvár, a Fasil Ghebbi építése is, a várfalakkal és a fő épületkomplexumokkal. Ettől kezdve egészen 1886-ig szolgált az ország fővárosaként, amikor II. Menelik császár hivatalosan is Addisz-Abebába helyezte át székhelyét. Az épületkomplexum súlyos károkat szenvedett az 1866-os belharcokban amikor II. Tevodrosz fölgyújtatta a várost, majd 1887-ben mahdista felkelők fosztották ki az ekkora már csak elavult védművekkel rendelkező erődöt. Etiópia olasz megszállása (1936) után a fasiszta vezetés kultúrpolitikájának részeként igyekeztek konzerválni a romokat, azonban az ekkor fölhasznált nagy mennyiségű cement és vasbeton károkat okozott az épületegyüttes eredeti szerkezetében és rontott a helyszín autentikusságán is.