ปี 2540 เกิดวิกฤตการณ์ทางการเงินที่เรียกว่า "วิกฤตต้มยำกุ้ง" ยุติการเติบโตทางเศรษฐกิจ 40 ปีติดต่อกัน ทำให้อัตราแลกเปลี่ยนเงินบาทเทียบกับดอลลาร์สหรัฐอ่อนตัวลง รัฐบาลชวน หลีกภัยทำข้อตกลงกู้ยืมเงินจากกองทุนการเงินระหว่างประเทศ แต่ปัญญาชนหลายคนโจมตีว่าเป็นกองทุนช่วยเหลือคนรวย และไม่สนใจการฉ้อราษฎร์บังหลวง ต่อมา ทักษิณ ชินวัตร ชนะการเลือกตั้งทั่วไปปี 2544 นโยบายของเขาประสบความสำเร็จในการลดความยากจนในชนบท และริเริ่มระบบประกันสุขภาพถ้วนหน้า ซึ่งทำให้เขาได้รับฐานเสียงขนาดใหญ่ในหมู่คนยากจน ในปี 2547 เกิดคลื่นสึนามิพัดถล่มภาคใต้และเริ่มต้นความไม่สงบในสามจังหวัดชายแดนใต้อีกครั้ง ในปี 2548 ทักษิณชนะการเลือกตั้งทั่วไปอย่างถล่มทลายและดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีเป็นสมัยที่สอง โดยมีผู้มาใช้สิทธิมากที่สุดเป็นประวัติการณ์ ตั้งแต่ปลายปี 2548 เกิดวิกฤตการณ์ทางการเมืองขึ้นโดยกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย (พธม.) ประท้วงขับไล่เขาออกจากตำแหน่ง สุดท้ายมีรัฐประหารล้มรัฐบาลทักษิณในเดือนกันยายน 2549 รัฐบาลทหารปกครองประเทศหนึ่งปีจนมีการเลือกตั้งเป็นการทั่วไปในปี 2550