Čistky v nejvyšším velení Rudé armády neskončily ani po zahájení přepadení Sovětského svazu Hitlerovským Německem, známém pod označením Operace Barbarossa, přestože část velitelů Rudé armády byla skutečně propuštěna z vězení a táborů. Z generála Pavlova se stal obětní beránek. Ještě předtím, od začátku června 1941 do října 1941, bylo popraveno nebo uvězněno 11 nejvyšších velitelů Rudé armády, včetně takových zkušených es, jako byl Grigorij Štern nebo Jakov Šmuškevič. Po této čistce ovšem už žádná nenásledovala, neboť Stalin si konečně uvědomil, že čistka tolik Rudé armádě nepomáhá, jako spíše jí škodí a rozvrací ji v době největšího smrtelného nebezpečí.