Όταν έγινε ανθύπατος της Ισπανίας, κυρίευσε την Καρχηδόνα κι αργότερα νίκησε τον Ασδρούβα, τον αδελφό του Καρχηδόνιου στρατηγού Αννίβα. Στα 207 π.Χ. έγινε ύπατος και, για να αναγκάσει τον Αννίβα να εκκενώσει την Ιταλία, μετέφερε τον πόλεμο στην Μικρά Αφρική, εκστρατεύοντας εναντίον των Καρχηδονίων. Στη μάχη των "Μεγάλων Πεδίων" κατόρθωσε να τους νικήσει. Ως εκ τούτου, πέτυχε να επισπεύσει την ανάκληση του Αννίβα στην Καρχηδόνα. Εγκαταλείποντας τις μέχρι προ τινός κατακτήσεις του, ο Αννίβας αποχώρησε εσπευσμένα από την ιταλική χερσόνησο, και το επίκεντρο του πολέμου μεταφέρθηκε στη Βόρεια Αφρική. Η καθοριστική νίκη του Σκιπίωνα στη Ζάμα (202 π.Χ.) οδήγησε στη λήξη του Δεύτερου Καρχηδονιακού πολέμου. Μετά από την ειρήνη που υποχρεώθηκε να συνάψει ο Αννίβας, ο Σκιπίων γύρισε στη Ρώμη θριαμβευτής και για το θρίαμβο που πέτυχε, επονομάστηκε "Αφρικανός".