В ноябре 1944 года майор Д. И. Помукчинский был назначен командиром 683-го штурмового авиационного полка 335-й штурмовой авиационной дивизии 3-й воздушной армии. В этой должности зимой 1945 года он участвовал в Восточно-Прусской операции. В феврале 1945 года 3-я воздушная армия была передана 3-му Белорусскому фронту и принимала участие в разгроме тильзитской группировки противника, штурме Кёнигсберга и ликвидации земландской группировки. За образцовое выполнение заданий командования в боях с фашистскими захватчиками при овладении городом и крепостью Кёнигсберг и проявленные при этом доблесть и мужество указом Президиума Верховного Совета Союза ССР от 17 мая 1945 года 683-й штурмовой авиационный полк, которым командовал майор Д. И. Помукчинский, был награждён орденом Красного Знамени. 5 мая 1945 года 3-я воздушная армия была передана в оперативное управление Ленинградскому фронту и участвовала в блокаде немецкой группы армий «Курляндия». Война для Дмитрия Ивановича закончилась 8 мая 1945 года на Курляндском полуострове.