שנה לאחר מכן קמה התאחדות הכדורגל האיטלקית שהקימה גם את הליגה האיטלקית הבכירה וכעבור עונה אחת בלבד מהקמת קבוצת הכדורגל באופן רשמי, בעונת 1898, הפכה גנואה לקבוצה הראשונה אי פעם שזוכה באליפות איטליה. הקבוצה זכתה באליפות זאת במגרש ה"Velodrome Humbert I" בטורינו. בעונה לאחר מכן שינתה גנואה את שמה ל"מועדון הקריקט והכדורגל של גנואה" (ללא האתלטיקה), ושינתה את צבע החולצה לפסים אנכיים של לבן וכחול שנודעים באיטליה בשם ""biancoblu"." הקבוצה המחודשת המשיכה לשלוט בליגה האיטלקית וזכתה בעוד 2 אליפויות רצופות, בעונות 1899 (שהייתה למעשה טורניר נוק-אאוט בין 5 קבוצות) ו-1900. בשנת 1901 שינתה הקבוצה את הופעתה פעם נוספת כששינתה את הצבעים לכחול נייבי ואדום ולמדי החצי-חצי שנודעים באיטליה בשם "rossoblu", צבעים שמשתמשים בהם עד היום קבוצות אחרות באיטליה כמו בולוניה, קליארי ועוד קבוצות מליגות קטנות. הקבוצה איבדה את תואר האליפות לראשונה רק בעונת 1901 למילאן (בזמנו "מועדון הכדורגל לקריקט וכדורגל מילאן") שזכתה לראשונה, אך השיבה את התואר ב-1902, ואף זכתה בעונות 1903 ו-1904 ובכך השלימה 6 אליפויות ב-7 העונות הראשונות בכדורגל האיטלקי, כאשר יובנטוס מסתמנת כיריבה הגדולה שלה בעונות הללו כשהיא מסיימת סגנית ולא רחוקה בעצמה מתואר האליפות. גנואה הייתה גם הקבוצה הראשונה בכדורגל האיטלקי ששיחקה משחקים בינלאומיים, כאשר היא ביקרה בצרפת ב-27 באפריל 1903, שיחקה נגד ניס וניצחה 3–0. בשנים לאחר תקופת האליפויות דעכה גנואה לאיטה.