מאלונגה אמנם נולד בצרפת, אך הוא החליט לנצל את שורשיו הקונגולזים ולייצג את נבחרת קונגו. ב-24 במרץ 2007 ערך את הופעת הבכורה שלו בנבחרת בתיקו 0-0 נגד . מאלונגה נכלל בסגל הנבחרת לקראת גביע אפריקה לאומות 2015.