Deák a petrecut majoritatea deceniului 1850 în semiretragere, sprijinind în mod tacit diverse cauze naționale fără a se angaja în politica activă. Cu toate acestea, el a refuzat obținerea unui post sau a unei funcții publice, devenind astfel un simbol al așa-numitei rezistențe pasive. Și-a vândut averea lui István Széchenyi și s-a mutat la Buda, unde a devenit liderul de facto al vieții politice maghiare. El a căutat o cale de mijloc între partizanii unei noi revolte antihabsburgice promovate de Kossuth și colaboraționiștii proaustrieci. Criza produsă de cel de-al Doilea Război Italian de Independență în 1859, cu un puternic sprijin popular maghiar pentru cauza italiană, a determinat revenirea lui în viața politică activă. S-a opus primelor propuneri de reformă a statului austriac din 1860. În 1861 a devenit liderul grupului politic care a trimis o petiție familiei imperiale austriece, în care era solicitată încheierea unei înțelegeri. Ca răspuns la solicitarea lui, împăratul Franz Joseph I a demis actuala administrație și a cerut alegerea unui nou parlament pentru a negocia înțelegerea. Deák a condus comitetul însărcinat cu elaborarea unei formule politice, colaborând cu Kálmán Tisza și cu alți politicieni contemporani. Războiul austro-prusac din 1866 a fost declanșat după ce comitetul și-a încheiat activitatea, dar Deák a rezistat presiunilor facțiunii extremiste pentru reluarea negocierilor.