Sau cuộc diệt chủng năm 1994 ở Rwanda, Nantanyi đã làm việc với Ủy ban Chữ thập đỏ quốc tế (ICRC), trong "Bộ truy tìm" của họ, ở Goma, Cộng hòa Dân chủ Congo và ở Nairobi, Kenya. Năm 1997, cô được bổ nhiệm làm Cán bộ Dự án trong "Hội đồng Người tị nạn Flemish", có trụ sở tại Brussels, Bỉ. Vào tháng 10 năm 2003, cô được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Nhà nước chịu trách nhiệm về các vấn đề xã hội trong Bộ Chính quyền địa phương Rwanda, phục vụ trong khả năng đó cho đến tháng 9 năm 2011