Cette voie ouverte en 1840 fut appelée « route départementale  » et « avenue de Saint-Denis ». Située dans l'ancienne commune de Passy jusqu'à son rattachement à la voirie parisienne par un décret du , elle prit le nom de « rue de Malakoff » en 1864, en souvenir de la prise du bastion de ce nom qui décida de la victoire de Sébastopol, le .