Первым из европейцев, кто сделал записи о янктонаях, был французский первооткрыватель и путешественник Пьер-Шарль Ле-Сур, произошло это примерно в 1700 году. По данным экспедиции Льюиса и Кларка в 1804 году янктонаи кочевали вдоль рек Джеймс, Биг-Сиу и Ред-Ривер. Во время англо-американской войны часть янктонаев воевала против США на стороне Британии. Позже, янктонаи неоднократно принимали участие в сражениях против армии США, в том числе и в битве при Литтл-Бигхорн.