למרות שבמקור קובה הייתה מדינה סובלנית לדת, לאחר הפלישה למפרץ החזירים היא מיסדה אתאיזם מדיני, עצרה מאמינים רבים וסגרה בתי ספר דתיים. בתי הכלא בקובה מלאים במאמינים וכמרים שנאסרו עוד בשנות השישים. קובה היא המדינה היחידה בחצי הכדור המערבי שניסתה לכפות אתאיזם מדיני.