В 1986 году 17-летняя Магалис Карвахаль дебютировала в сборной Кубы, приняв участие в чемпионате мира и став обладательницей своей первой медали на высшем уровне — «серебряной». На протяжении ещё двух лет волейболистка выступала сразу за две сборные своей страны — молодёжную и национальную, став за это время серебряным призёром молодёжного чемпионата мира, победительницей континентальных первенств, Панамериканских игр, а в 1989 — розыгрыша Кубка мира, где была признана лучшей блокирующей. Всего же за национальную команду Кубы Карвахаль играла до 1996 года и за это время кубинские волейболистки на соревнованиях высшего мирового уровня лишь раз оказались без «золота» — на чемпионате мира 1990 в Китае. Ключевым игроком сильнейшей сборной 1990-х была и Магалис Карвахаль, выигравшая за период с 1987 по 1996 годы 15 чемпионских титулов на различных официальных соревнованиях, в том числе два олимпийских «золота», медали высшего достоинства на чемпионате мира 1994 и трижды — на Кубке мира. При участии Карвахаль команда Кубы одержала победы на первых турнирах Гран-при и Всемирном Кубке чемпионов и не имела себе равных на американском континенте.