האפקטיביות של ג'ונסטון במלחמת האזרחים נפגעה בעקבות מתחים עם נשיא הקונפדרציה ג'פרסון דייוויס, אשר ביקר אותו לעיתים קרובות על חוסר באגרסיביות, והניצחון חמק ממנו ברוב המערכות שעליהן פיקד באופן אישי. עם זאת, הוא היה קצין הקונפדרציה הבכיר בקרב בול ראן הראשון ביולי 1861, והבנתו את הפעולות הנדרשות, והפגנת המנהיגות על מנת להוציאן אל הפועל ולנצח בקרב, מיוחסות לעיתים לפקודו פ.ג.ט. בורגארד.