Trotzdem kommt es infolge von Starkregenereignissen immer wieder zu Hochwassern, bei denen der Fluss durchaus mehr als einen Kubikmeter Wasser pro Sekunde führen kann. Schwere Schäden im Prießnitzgrund sind aus den Jahren 1854, 1876, 1897 und 1926 bekannt. Besonders in Erinnerung ist das Hochwasser im August 2002, bei dem Teile der Neustadt überflutet wurden, was teilweise auch durch den Rückstau des auf den hohen Elbpegel treffenden Prießnitzwassers bedingt war.