Na zijn afscheid liet Van Basten het voetbal links liggen en focuste hij zich met name op golf. Tot hij in 2003 aan de slag ging met de trainerscursus bij de KNVB. Na afronding daarvan trad hij in dienst bij Ajax als trainer van de beloften. Een jaar later werd hij echter door de KNVB gevraagd om bondscoach te worden van het Nederlands elftal als opvolger van Dick Advocaat. Deze functie vervulde hij tot en met het EK voetbal in 2008. Na het Europese kampioenschap keerde hij in de zomer terug bij Ajax als trainer van het eerste elftal. Dit bleef hij tot en met 6 mei 2009, waarna hij ontslag nam vanwege teleurstellende resultaten.