Оуэн О’Даффи родился 20 октября 1892 на севере Ирландии в графстве Монахан, был младшим из семи детей в семье. Когда ему было 12 лет, его мать умерла от рака, оставив на попечении отца. Он учился на инженера в Уэксфорде и позже работал по специальности в родном Монахане. В это же время он становится членом Гэльской лиги, из которой вышло множество ирландских националистов. В 1917 О’Даффи вступил в ИРА и принял активное участие в войне за независимость Ирландии. Так, в частности, он участвовал в налёте боевиков ИРА на полицейские казармы в Монахане. За время войны О’Даффи несколько раз арестовывался, что не мешало ему продвигаться по служебной лестнице. В мае 1921 он был избран в парламент от своего родного графства, а в январе следующего года заменил Ричарда Мулкахи на посту командующего по личному составу ИРА. О’Даффи оставался самым молодым генералом в Западной Европе вплоть до присвоения этого звания Франсиско Франко.