Lindahl speelde op 15 september 1999 haar eerste wedstrijd bij het Zweeds vrouwenvoetbalelftal onder 17 en debuteerde bij het Zweeds vrouwenvoetbalelftal op 25 januari 2002 in een vriendschappelijke wedstrijd tegen Engeland in La Manga die met 5–0 gewonnen werd. In de nationale ploeg moest ze concurreren met Caroline Jönsson en Sofia Lundgren voor de plaats als doelverdediger en kreeg uiteindelijk het vertrouwen van coach Marika Domanski-Lyfors. Lindahl was tweede doelman na Sofia Lundgren op de Olympische Zomerspelen 2004 en vanaf het Europees kampioenschap voetbal vrouwen 2005 werd Lindahl eerste nationale doelman. De nieuwe bondscoach Thomas Dennerby behield Lindahl en zij speelde zowel op het Wereldkampioenschap voetbal vrouwen 2007 en de Olympische Zomerspelen 2008 in Peking als op het Europees kampioenschap voetbal vrouwen 2009 in Finland. Ze bleef doelman nummer 1 van Zweden voor het Wereldkampioenschap voetbal vrouwen 2011 in Duitsland, waar Zweden derde werd en de Olympische Zomerspelen 2012 in Londen.