El mangle en su mayoría se encuentra bien desarrollado y los árboles llegan a medir hasta 25 y 30 metros. La especie dominante es el mangle rojo o caballero ("Rhizophora mangle") pero es común observar otras especies como mangle negro ("Avicennia germinans"), mangle blanco ("Laguncularia racemosa") y mangle piñuela ("Pelliciera rhizophorae"). En el parque se encuentran las seis especies de mangle conocidas en la costa pacífica costarricense. Aquí se encuentra el Estero de Tamarindo, el manglar estatuario más grande de Latinoamérica (500 hectáreas), declarado Sitio Ramsar, categoría otorgada solamente a humedales de importancia mundial. Además el Parque cuenta con otros esteros de menor tamaño pero de igual importancia como el estero de San Francisco y estero Ventanas. En la zona detrás de Playa Grande existe también un acuífero aluvial abierto con influencia marina.