Em 24 de agosto de 1572, realizou-se o seu casamento com Margarida de Valois, irmã de Carlos IX e filha de Catarina de Médici, apelidada "la reine Margot". Deveria simbolizar a união nacional e parece que a noiva teve sua cabeça empurrada para baixo pelo seu irmão Carlos IX, para constar que assentia aos votos nupciais. A noite do casamento tornou-se numa ocasião única de fazer só em Paris três mil vítimas protestantes, no famoso Massacre da noite de São Bartolomeu. Depois da sua conversão forçada ao catolicismo, Henrique assistiu ao suplício de protestantes e ficou durante quatro anos numa prisão dourada, vivendo retido na corte. Após a morte do cunhado Carlos IX, conseguiu evadir-se, renegar sua abjuração e reassumir a posição de chefe político e militar do partido huguenote. Escapou em fevereiro de 1576 aproveitando-se de uma caçada na floresta de St. Denis, retornou aos huguenotes, abjurou, e tomou o comando dos exércitos protestantes. Pelo tratado de Beaulieu, obteve o governo da Aquitânia.