Μετά τη σοβιετική εισβολή στην Πολωνία τον Σεπτέμβριο του 1939, το πανεπιστήμιο διοικήθηκε για μικρό διάστημα από τις λιθουανικές αρχές (από τον Οκτώβριο του 1939) και στη συνέχεια μετά τη σοβιετική προσάρτηση της Λιθουανίας (Ιούνιος 1940), με μια περίοδο γερμανικής κατοχής μετά τη γερμανική εισβολή (1941-1944), διοικήθηκε ως κρατικό πανεπιστήμιο της Βίλνιους από τη Σοβιετική Σοσιαλιστική Δημοκρατία της Λιθουανίας. Το 1945 η πολωνική κοινότητα φοιτητών και μελετητών του Πανεπιστημίου Στέφανου Μπάτορυ μεταφέρθηκε στο Πανεπιστήμιο Κοπέρνικου στο Τορούν. Αφού η Λιθουανία ανέκτησε την ανεξαρτησία της το 1990, μετά τη διάλυση της Σοβιετικής Ένωσης, επανήλθε στο καθεστώς του ως ένα από τα εξέχοντα πανεπιστήμια της Λιθουανίας.