Sau khi Abraham Lincoln bị ám sát vào tháng 4 năm 1865, Stevens có nhiều xung đột với tân Tổng thống Johnson, người muốn nhanh chóng phục hồi quyền hạn các tiểu bang ly khai mà không đòi hỏi bảo đảm quyền lợi cho những người được thả tự do. Bất đồng quan điểm này đã dẫn đến chiến đấu liên tục giữa Johnson và Quốc hội, mà Stevens là người dẫn đầu phe Cộng hòa Cấp tiến. Sau các chiến thắng sau cuộc bầu cử năm 1866, phe cấp tiến đã giành quyền quản lý cuộc Tái thiết từ tay Johnson. Cuộc đấu tranh lớn cuối cùng của Steven là thông qua các điều khoản luận tội đối với Johnson tại Hạ viện, dù Thượng viện đã không kết tội Tổng thống. Các quan điểm về Stevens trong các sử chép đã có nhiều biến chuyển lớn qua thời gian, từ quan điểm ở đầu thế kỷ 20 rằng ông là một người liều lĩnh và căm ghét miền Nam, đến quan điểm của những người theo chủ nghĩa tân bãi nô vào thập niên 1950 trở về sau, rằng ông đáng được tán dương vì tư tưởng bình đẳng của mình.