En décembre 1942, la corvette est affectée à la Nouvelle-Guinée, où elle effectue des escortes de convoi, des travaux de levés hydrographiques et participe à la préparation de la Bataille de Buna-Gona-Sanananda. Le 2 janvier 1943, Whyalla et deux petits navires de soutien, "Stella" et "Polaris", ont été attaqués par des bombardiers en piqué japonais alors qu'ils se trouvaient dans le port de McLaren, à Cape Nelson, en Nouvelle-Guinée. La corvette a reçu des dommages mineurs, avec deux membres d'équipage blessés par des éclats d'obus. La corvette a continué le travail d'arpentage jusqu'à ce qu'elle soit soulagée par le "" en avril 1943. Whyalla était dans la baie de Milne Bay lorsqu'il a été attaqué par une force d'environ 100 avions japonais. Encore une fois, Whyalla n'a pas été sérieusement endommagé et la corvette a aidé les navires "Kapunda" et "Wagga" dans les opérations de sauvetage.