Jusqu'en 1990, Bizimungu a soutenu le régime de parti unique du MRND créé par Juvénal Habyarimana. Vers la mi-1990, il est révolté par l'évolution politique et les projets d'assassinat de l'Akazu à laquelle il participe. Son oncle Stanislas Mayuya, colonel des Forces armées rwandaises (FAR), aurait été pressenti par Habyarimana pour lui succéder, ce que la belle-famille du président refusait. Cet oncle de Pasteur Bizimungu fut assassiné en prison après avoir été arrêté. Pasteur Bizimungu quitte alors secrètement le Rwanda avec son ami Valens Kajeguhakwa, catégorisé comme tutsi. Ils rejoignent ensemble le Front patriotique rwandais, un groupe exilé rebelle qui était principalement tutsi et combattant le régime hutu pendant la guerre civile débutée en 1990.