20 команд разбиваются на 5 групп по 4 команды. 5 команд, занявшие первые места в группах выходят в финальный турнир Чемпионата мира 2010. Команды, занявшие в группах места с 1-го — по 3-е, попадают в финальную часть Кубка африканских наций 2010. Жеребьёвка второго раунда прошла 22 октября 2008 года в Цюрихе. Перед жеребьёвкой команды снова были поделены на 4 корзины в зависимости от места в рейтинге на октябрь 2008 года.