Η Αυτοκρατορία της Θεσσαλονίκης είναι ιστορικός όρος που αναφέρεται στην πολύ σύντομη Βυζαντινή κυριαρχία της Θεσσαλονίκης από την δυναστεία των Κομνηνοδουκών που κυβέρνησε το Δεσποτάτο της Ηπείρου και ήταν κλάδος του Οίκου των Αγγέλων (1224 - 1246). Ιδρυτής ήταν ο ικανός Θεόδωρος Κομνηνός Δούκας που βρέθηκε σε σύγκρουση με την Αυτοκρατορία της Νίκαιας και την Βουλγαρία, την ισχυρότερη δύναμη στα Βαλκάνια. Ο στόχος του ήταν να διαλύσει την Λατινική Αυτοκρατορία, να ανακτήσει την Κωνσταντινούπολη από τους Φράγκους και να ανακηρυχτεί ο πρώτος Βυζαντινός αυτοκράτορας μετά το 1204. Η κυριαρχία του Θεόδωρου στην Θεσσαλονίκη ήταν σύντομη: με την συντριβή του στην Μάχη της Κλοκοτνίτσας (1230) ο Βούλγαρος τσάρος Ιβάν Ασέν Β΄ τον αιχμαλώτισε και τον τύφλωσε. Ο αδελφός του Μανουήλ Κομνηνός Δούκας, γαμπρός του Βούλγαρου τσάρου τον διαδέχτηκε στον θρόνο της Θεσσαλονίκης με την υποστήριξη του πεθερού του, ενώ στο Δεσποτάτο της Ηπείρου διαδέχθηκε τον θείο του ο Μιχαήλ Β΄ Κομνηνός Δούκας. Ο ανίκανος Μανουήλ έχασε σύντομα το μεγαλύτερο μέρος της Μακεδονίας και την Θράκη.