En 1527 el rey Juan I de Hungría se vio forzado a escapar a Polonia, pues Fernando I de Habsburgo, hermano menor del emperador Carlos V reclamaba el trono húngaro para sí mismo a través de los derechos matrimoniales con Ana Jagellón de Hungría y Bohemia, hermana del fallecido Luis II. Sus ejércitos habían invadido los suelos húngaros, y Juan I escapó a la corte del rey polaco Segismundo I Jagellón el Viejo, quien había estado casado con su hermana Bárbara de Zápolya una década antes. En este momento Pablo Várdai cambió de bando declarándose seguidor de Fernando de Habsburgo, quien lo confirmó por su parte en la silla arzobispal. De esta manera, desde 1542 se convirtió en regente real, y conservó su puesto arzobispal durante las siguientes décadas caracterizadas por tensión política entre Juan I y Fernando, pues pronto de Zápolya regresó a Hungría y gobernó hasta su muerte. En 1539 Várdai coronó (con el concentimiento de Fernando) a Isabela Jagellón de Hungría, esposa de Juan I. En 1540 Juan I murió y dejó a su esposa con su hijo recién nacido, Juan Segismundo de Zápolya y meses después el sultán turco ocupó la ciudad de Buda, y pronto sus ejércitos fueron avanzando por todo el reino. Cuando los turcos ocuparon la ciudad de Esztergom en 1543, Pablo Várdai movilizó la sede arzobispal a la ciudad de nagyszombat cerca de la frontera con Austria.