המשחק נחשב שנוי במחלוקת מאז יציאתו לשוק, בשל האלימות הגרפית והשטניזם המוצגים בו. גורמים שונים, בהם אנשי דת ופוליטיקאים הביעו דאגה מכך שהאנימציה התלת ממדית, שנחשבה בתקופת הופעתו של המשחק חדשנית, תשמש סימולטור הריגה, ותעודד אנשים לבצע מעשי אלימות. לאחר הטבח בתיכון קולומביין בשנת 1999, צצו שמועות כי מבצעי הטבח נהגו לשחק במשחק ואף נטען שהשניים עיצבו שלבים במשחק המזכירים את בית הספר בו למדו כדי להתאמן לקראת הטבח. אמנם אף אחד מהם לא עיצב שלבים המזכירים את בית הספר, אבל בבעלותו של אריק האריס היה אתר אינטרנט שיועד במקור לפרסום שלבים עבור המשחק, באותו סגנון מדע בדיוני-אימה שאפיין את המשחק המקורי. מאוחר יותר הפך האתר למעין בלוג, שכלל בדיחות וקטעי עיתונות קצרים הנוגעים למחשבותיו על הורים, בית ספר וחברים, הוראות לביצוע מעשי קונדס, הוראות להכנת מטען חבלה ויומנים שתיארו את מעשיו עם חברו ומאוחר יותר שותפו לטבח, דילן קלבולד. לאחר הטבח, השלבים שהאריס עיצב נודעו בשם "Harris Levels" ועד עצם היום הזה חלקם מופצים ברשת.