4 декабря 2010 года назначен министром внутренних дел в правительстве Соро в условиях политического кризиса и существования параллельного правительства , где министром был . 11 апреля 2011 года, после победы Алассана Уаттары в конфликте с Лораном Гбагбо за пост президента, Бакайоко был переназначен на должность министра внутренних дел. 1 июня того же года, при формировании нового правительства Соро, Бакайоко сохранил свой пост, как впрочем и при , Даниэле Каблане Дункане и Амаду Гоне Кулибали.