בימים האחרונים של אוגוסט 1862 הנחיל הגנרל לי לאיחוד את תבוסתו השנייה בצומת מנסס בקרב בול ראן השני. הפעם ניצבו נגדו מייג'ור גנרל פופ וארמיית וירג'יניה. כמה אנשים, כולל מייג'ור גנרל האלק וסטנטון, סברו שלי ישים פעמיו לוושינגטון. תחת זאת פתח לי במערכת מרילנד. המערכה נפתחה ב-4 בספטמבר בקרב מייל היל, והמשיכה בקרב הארפרס פיירי. לינקולן, מבלי להתייעץ עם סטנטון, כנראה בשל ידיעתו שהוא יתנגד, מיזג את ארמיית וירג'יניה של פופ עם ארמיית הפוטומק של מקללן. עם 90,000 איש שעמדו לפקודתו, שיגר מקללן את הארמייה שלו לקרב אנטיאטם, בו הוא נחל הצלחה ודחק את ארמיית וירג'יניה הצפונית בחזרה לווירג'יניה ושם קץ ביעילות למתקפת מרילנד של לי. הצלחתו של מקללן בקרב אנטיאטם עודדה אותו לדרוש שלינקולן והממשלה יחדלו להפריע לתוכניותיו, שהאלק וסטנטון יפוטרו ושהוא ימונה לגנרל המפקד של צבא האיחוד. בינתיים, הוא סירב לפעול באגרסיביות כנגד לי וכנגד ארמיית וירג'יניה הצפונית, שביצעו נסיגה לכוון ריצ'מונד. בקשותיו הבלתי הגיוניות של מקללן המשיכו, כפי שהמשיכה הנרפות שלו, ועד מהרה פקעה סבלנותו של הנשיא כלפיו. ב-5 בנובמבר הוא הדיח אותו מהפיקוד על ארמיית הפוטומק וכמה ימים החליפו מייג'ור גנרל אמברוז ברנסייד. ברנסייד, לבקשתו של האלק, הגיש תוכנית לביצוע הסחה בקלפר ובגורדונסוויל שבווירג'יניה, בעוד שעיקר הכוח כבש את פרדריקסבורג, ואז נע לכוון ריצ'מונד. תגובתו של האלק נשלחה ב-14 בנובמבר: "הנשיא זה עתה נתן את הסכמתו לתוכניתך. הוא סבור שהיא תצליח, אם תנוע במהירות. ואם לא תעשה כן, היא תיכשל". קרב פרדריקסברג שבא אחר כך היה אסון, וארמיית הפוטומק הובסה בקלות.