С вторжением боевиков в Дагестан в августе 1999 года Михаил Анатольевич Паньков был назначен на должность командующего группировки Внутренних войск на Северном Кавказе, на которой проработал до марта 2000 года. Паньков руководил операциями войск, в том числе в Новолакском районе Дагестана, где войска под руководством Панькова освободили 14 сёл, уничтожили 337 боевиков, захватили в плен 48 боевиков. Были захвачены 14 миномётов, 8 зенитных установок, 4 склада боеприпасов и ещё 2 склада были уничтожены.