W sezonie 2009 ponownie reprezentował barwy japońskiego zespołu. 3 października, podczas sesji kwalifikacyjnej przed Grand Prix Japonii, Glock wypadł z ostatniego zakrętu toru Suzuka, uderzając z dużą siłą w bariery ochronne. Badania przeprowadzone w szpitalu w Yokkaichi bezpośrednio po wypadku nie wykazały poważnych obrażeń u kierowcy, jednak ze względów bezpieczeństwa nie wystartował on w wyścigu. Na tydzień przed Grand Prix Brazylii Toyota ogłosiła, iż Glock nie weźmie udziału również w kolejnym wyścigu, gdzie zostanie zastąpiony przez dotychczasowego kierowcę testowego zespołu, Kamui Kobayashiego. Przyczyną tej decyzji były badania przeprowadzone w Niemczech, które wykazały u Glocka uszkodzenie kręgu. Przed finałowym Grand Prix sezonu w Abu Zabi jego stan zdrowia nie uległ wystarczającej poprawie, przez co zespół ponownie zdecydował o zastąpieniu go przez Kobayashiego.