Donaghy won drie prijzen met de club uit Manchester: de UEFA Beker der Bekerwinnaars (1991), de UEFA Super Cup (1991) en de FA Charity Shield (1990). In 1990 won United de FA Cup tegen Crystal Palace, maar Donaghy kreeg geen medaille doordat hij voor de rest van het seizoen &lt;a href="Engels%20voetbalkampioenschap%201989/90"&gt;1989/90&lt;/a&gt; op huurbasis voor Luton Town uitkwam. Ferguson verkoos namelijk Lee Martin. Die laatste bedankte Ferguson in de replay. Martin scoorde het winnende doelpunt. Ook in de eerste finale, een spectaculaire 3–3, had de Noord-Ier dus geen rol. Donaghy verliet Manchester United in 1992. Gary Pallister speelde hem uiteindelijk uit het elftal.