Daarmee was de geloofskwestie slechts tijdelijk geregeld. De Dertigjarige Oorlog (1618-1648) was de laatste grote oorlog in continentaal Europa waarbij de tegenstelling tussen protestanten en katholieken een hoofdrol speelde. De Duitse Katholieke Liga en een wisselende, internationale, Protestantse coalitie stonden tegenover elkaar en vele Europese mogendheden raakten om hun eigen redenen betrokken in de strijd. Op Duits grondgebied, waar de meeste gevechtshandelingen plaatsvonden, leidde dit tot ongekende verwoestingen en slachtpartijen. Een dieptepunt was wat in de Duitse geschiedschrijving bekendstaat als de 'Magdeburger Hochzeit', waarbij in 1631 het Saksische Maagdenburg door de keizerlijke troepen geheel werd platgebrand en zo'n 20.000 burgers werden afgeslacht. De machtsstrijd tussen de hertogen en de keizer was ook een factor van belang. Dat godsdienst niet meer zo belangrijk was als in de 16e eeuw bleek uit het feit dat het katholieke Frankrijk de kans waarnam om aan 'protestantse' zijde mee te vechten om zo met hun katholieke Habsburgse rivalen af te rekenen. Feitelijke bondgenoten van Frankrijk waren daarbij de protestantse Nederlandse Republiek en Gustaaf II Adolf van Zweden, die een bekwaam veldheer was en zijn land op de kaart zette als grote mogendheid in Noord-Europa door zijn krachtige interventies ten gunste van de protestanten, al liet hij hier zelf het leven bij in 1632.