11-17 апреля 1918 г. был участник Ледового похода Балтийского флота; с 18 мая — врио командира эсминца «Капитан Изыльментьев». На 3-ем съезде моряков Балтийского флота, проходившем тогда же, принято решение об удалении Г. Н. Лисаневича из флота и его «... подвергнуть немедленному аресту и передаче Чрезвычайной следственной комиссии». 25 мая резолюция в защиту Г. Н. Лисаневича была принята на митинге Минной дивизии. 10 июня наморси С. В. Зарубаев, сменивший на этом посту арестованного А. М. Щастного, приказом по флоту исключает Г. Н. Лисаневича из числа моряков как «занимающегося вредной для родины и революции агитацией». 22 июня, после вынесения смертного приговора А. М. Щастному, Реввоентрибуналом при ВЦИКе принято особое постановление об аресте Г. Н. Лисаневича «за контрреволюционную деятельность», который в августе скрылся из Кронштадта; 4 сентября 1918 г. Кронштадским Ревтрибуналом объявлен «вне закона».