Ausgehend vom Sächsischen Bruderkrieg über den Altenburger Prinzenraub kam es zur Leipziger Teilung von 1485. Danach gehörte Zwickau weiter zum Kurfürstentum (ernestinisches Sachsen/Thüringen) von Kurfürst Johann Friedrich I. Im Schmalkaldischen Krieg wurde die Stadt im Januar 1547 durch die Truppen des Albertiner Herzogs Moritz besetzt, geplündert, abgebrannt und die Bewohner vertrieben. Obwohl Moritz wie sein ernestinischer Vetter Protestant war, unterstützte er das Heer des katholischen Kaisers Karl V. Für den Fall des Sieges der kaiserlichen Truppen rechnete Herzog Moritz auf die Verleihung der Kurfürstenwürde. Der Schmalkaldische Krieg endete mit der Wittenberger Kapitulation. Danach bekam das albertinische Sachsen auf dem Reichstag zu Augsburg 1548 vom Kaiser die Kurfürstenwürde übertragen. Gleichzeitig wurde verfügt, dass die Stadt Zwickau aus dem ernestinischen Sachsen gelöst und dem nunmehr kurfürstlich-albertinischen Sachsen (Dresden/Meißen) angegliedert wird. Zwickau ist dadurch die einzige große Stadt Sachsens, die bis zum Ende des Heiligen Römischen Reiches im Jahr 1806 ununterbrochen zum Kurfürstentum gehörte. Das kurfürstlich sächsische Amt Zwickau war seit 1691 Teil des aus dem großen Meißnischen Kreis herausgelösten Erzgebirgischen Kreises. Durch die verkehrsgünstige Lage wurde die Stadt zu einem Verwaltungszentrum des Erzgebirges.