随着日本在太平洋战争的败退，美军的轰炸机开始空袭日本本土，穴吹智被调回日本本土防御，负责迎击来袭的美军轰炸机编队，他驾驶五式战斗机与担任教官时的明野陆军飞行学校的飞行学员一起参与日本本土战役，他宣称最后一次的战果是击落1架B-29超級堡壘轟炸機。