Er wurde denunziert, am 2. Dezember 1942 in seiner Wohnung, Wien 10., Herzgasse 76, verhaftet und blieb bis zu seinem Tod im Mai 1944 in Haft. Am 15. März 1944 wurde er vom Landgericht Wien zusammen mit Johann Sokopp wegen Vorbereitung zum Hochverrat zum Tode verurteilt und am 24. Mai 1944 im Landgericht enthauptet. Brtna war bis zu seinem Tod zuversichtlich, „dass der Sieg mit dem Kriegsende auf Wochen nahe gerückt ist.“ Bis zum Kriegsende sollte es noch über ein Jahr bis zur Schlacht um Wien im April 1945 dauern.