Na zijn herstel keerde Kidd in februari 2006 terug in het voetbal, ditmaal als assistent van Neil Warnock (en later Bryan Robson) bij Sheffield United. Toen voormalig Manchester United-speler Robson de club in februari 2008 verliet, volgde Kidd het spoor van zijn ex-speler. Na een kort verblijf bij Portsmouth als assistent van Paul Hart kwam Kidd in september 2009 terecht bij Manchester City. Kidd werd aanvankelijk aangesteld als technisch directeur voor ontwikkelingswerk, maar toen trainer Mark Hughes in december 2009 werd ingeruild voor Roberto Mancini werd Kidd assistent-trainer. Kidd werkte drieënhalf seizoen lang samen met Mancini, nam even de rol van interim-trainer op na het vertrek van de Italiaan, en bleef vervolgens assistent onder Manuel Pellegrini en Josep Guardiola. Als assistent-trainer won Kidd met Manchester City drie landstitels (2012, 2014 en 2018), een FA Cup (2011), drie League Cups (2014, 2016 en 2018) en twee FA Community Shields (2012 en 2018).