Był synem ziemianina i działacza obozu narodowego, posła Antoniego Marylskiego, którego imię nosił. W czasie I wojny światowej był pielęgniarzem, a w 1916 wstąpił do pułku kijowskiego i został skierowany na front galicyjski, skąd przeniósł się do Petersburga, by podjąć naukę w tamtejszej Cesarskiej Szkole Kawaleryjskiej. Po wybuchu rewolucji na własną odpowiedzialność poddał opuszczoną przez władze szkołę. Następnie wstąpił do 1 Pułku Ułanów Krechowieckich. W 1918 w czasie oblężenia Bobrujska zwrócił się z prośbą do dowódcy pułku o pozwolenie na opuszczenie szeregów. Motywem podjęcia tego kroku było łamanie przykazania „nie zabijaj”, niezgodne z chrześcijańską zasadą „miłości bliźniego”. Po otrzymaniu pozwolenia na opuszczenie szeregów, mimo iż w tym okresie odszedł od Kościoła, podjął w Petersburgu działalność mającą na celu świadczenie o chrześcijańskiej miłości. Zły stan zdrowia zmusił go do przerwania misji i powrotu do Polski w 1919. Po powrocie do zdrowia, za wstawiennictwem ojca uzyskał zatrudnienie w polskim konsulacie w Paryżu i podjął studia w Szkole Nauk Politycznych i Ekonomicznych. Kolejny raz choroba przerwała jego zajęcia. Leczył się we Włoszech i na południu Francji. Na nawrócenie Antoniego Marylskiego wpłynęły kontakty z Jakiem Maritainem, Władysławem Korniłowiczem i Matką Elżbietą Czacką. Od lipca 1922 związał się budową osiedla Zakładu dla Niewidomych w Laskach i pracował tam przez całe życie jako administrator „Dzieła Triuno”. W latach trzydziestych podjął studia teologiczne we Fryburgu. Był współzałożycielem kwartalnika „Verbum”. W okresie okupacji niemieckiej jako członek Armii Krajowej należał do kierownictwa grupy „Zachód”, będącej jednostką Grupy Kampinos, która w porozumieniu z Delegaturą Rządu zajmowała się opieką moralno-patriotyczną i organizacją oporu ludności polskiej.