SSCB'nin dağılmasıyla, Çempionat SSSR Po Futbolu ve Sovyet Birinci Ligi'ndeki tüm Azerbaycan takımları Azerbaycan Premyer Ligası'na alındı. İkinci lig ise ilk iki sezon üç bölgesel gruptan oluşturuldu. 1994 yılından itibaren bir kademeye dönüştürüldü.