Kansanedustajana Aaltonen oli ulkoasiainvaliokunnan puheenjohtaja vuosina 1987–1991 ja 1996–1999. Tässä asemassa Aaltonen pyrki saamaan erityisesti alkuvuoden 1991 Persianlahden kriisin aikana valtiosääntöön tulkinnan, jonka mukaan tasavallan presidentin ja valtioneuvoston olisi otettava eduskunnan ja etenkin ulkoasiainvaliokunnan kanta tehokkaammin huomioon tärkeissä ulkopoliittisissa päätöksissä.