Lepistö werd in augustus namens Finland 17e in de tijdrit en 51e in de wegrit tijdens de Olympische Zomerspelen 2016 in Rio de Janeiro. Later die maand won ze zilver in zowel de wegrit als de ploegentijdrit van de Open de Suède Vårgårda. In oktober won Lepistö brons tijdens zowel het wereldkampioenschap op de weg (achter winnares Amalie Dideriksen en Kirsten Wild), als tijdens het WK ploegentijdrit, met Cervélo-Bigla. Eén week erna werd ze wederom derde, deze keer in de individuele tijdrit Chrono des Nations, op ruim één minuut achter winnares Ann-Sophie Duyck.