ב-9 באוגוסט 2016 שב פוגבה לקדנציה שנייה במנצ'סטר יונייטד ששילמה עבורו 105 מיליון אירו, סכום ההעברה הגבוה ביותר ששולם עד אז, שיא שנשבר עם להעברתו של ניימאר בשנת 2017. ב-18 באוגוסט ערך פוגבה את הופעת הבכורה המחודשת שלו במדי מנצ'סטר יונייטד בניצחון 2–0 על סאות'המפטון. ב-24 בספטמבר כבש פוגבה את שער הבכורה שלו במדי יונייטד בניצחון 4–1 על לסטר סיטי. ב-20 באוקטובר 2016 כבש פוגבה צמד שערים בניצחון 4–1 על פנרבחצ'ה בשלב הבתים של הליגה האירופית. הוא זכה עם הקבוצה בגביע הליגה האנגלי ובליגה האירופית בעונתו הראשונה בקבוצה, ואף כבש את השער הראשון בניצחון 0–2 במשחק הגמר מול אייאקס, לאחר שבעיטה שלו מכ-18 מטרים פגעה בדווינסון סאנצ'ס והכניעה את השוער.