Les derniers affrontements importants entre hindous et musulmans ont eu lieu dans l'État du Gujarat, dirigé depuis octobre 2001 par un représentant de la ligne dure du BJP, Narendra Modi.Le 27 février 2002, dans la ville de Godhra, un incendie dans un train de pèlerins à destination d'Ayodhya coûte la vie à 59 hindous. Des représailles contre la communauté musulmane dans les jours suivants provoquent, selon les sources officielles, plus de tués et réfugiés. Une Commission nationale des droits humains chargée d'enquêter sur ces évènements a mis en évidence la responsabilité de l'État du Gujarat dans le déroulement de ces violences, et des rapports de l'ONG Human Rights Watch ont conclu à une planification des tueries antérieure à l'incendie du train.