Amér fortsatte som politisk sakkunnig hos Lindhs efterträdare, Laila Freivalds. Han deltog bland annat i Freidvalds resa till Thailand efter tsunamin 2004, där han också fick bistå som läkare. I samband med debatten kring Muhammedbilderna i Jyllands-Posten ringde Amér till internetleverantören Levonline för att förmå bolaget att stänga Sverigedemokraternas webbsidor. I den efterföljande skandalen blev han oskyldigt anklagad av bland annat statsminister Göran Persson, statssekreterare Lars Danielsson och departementsrådet Helen Eduards för att på eget bevåg ha försökt stänga webbsidorna. När det framkom att Freivalds varit införstådd med detta fick hon avgå som justitieminister, och efterträddes av Jan Eliasson. Amér fick också lämna sitt jobb på departementet.