Nel quadro di questo aumento delle sue funzioni, la CIA ha aumentato il numero delle sue operazioni clandestine, incluse quelle di natura paramilitare, mentre l"Information Operations Center" (IOC) ha spostato la sua attenzione dalle operazioni di antiterrorismo, verso operazioni offensive di "cyber-intelligence". Nonostante abbia ottenuto risultati come la localizzazione e l'uccisione di Osama bin Laden (operazione "NEPTUNE SPEAR"), la CIA si è macchiata di gravi responsabilità avendo condotto programmi controversi come le "extraordinary rendition" e impiegando "tecniche di interrogatorio" delle proprie fonti anche attraverso l'utilizzo della tortura. Inoltre la CIA ha attuato svariati interventi illegali in territorio estero atti a favorire gli interessi degli USA, assassinando molti personaggi di rilievo come il presidente del Burkina Faso, Thomas Sankara, e organizzando pesanti ingerenze nella politica di altri stati sovrani, come nel caso dell'Operazione Condor.