Después de la unificación de Austria con Alemania en 1938, las condiciones para la Juventud Comunista empeoraron. Algunos miembros fueron arrestados, ejecutados o asesinados en campos de concentración. Sin embargo, la KJÖ publicó octavillas contra la guerra y el nazismo y algunos de sus miembros se unieron a grupos guerrilleros para luchar contra el régimen nazi.