לאחר גירושו של אמין, הקימה "החזית הליברלית העממית של אוגנדה" ממשלה זמנית שנשיאה היה יוסוף לול. ממשלה זו אימצה שיטת ניהול משרדית ויצרה גוף פרלמנטרי הידוע כ"וועדה העממית המייעצת". הוועדה והממשלה של לול הביעו השקפות פוליטיות שונות מאוד. ביוני 1979 החליפה הוועדה את לול בגודפריי בינייסה בעקבות הוויכוח על היקף הכוחות שבידי הנשיא. ב-1980, בינייסה פוטר מאותם סיבות כשל קודמו. כעבור זמן מה, אוגנדה נשלטה בידי ועדה צבאית שבראשה ישב פאולו מוואנגה. הבחירות בדצמבר 1980 החזירו למילטון אובוטה את הנשיאות ומוואנגה שירת כסגנו. תחת שלטונו של אובוטה, הפרו כוחות הביטחון את זכויות האדם במידה רבה. בניסיון לדכא את המרד של צבא ההתנגדות העממי בראשות יוורי מוסווני באזור בוגנדה, בשנת 1983 ביצע הממשל גירוש המוני ממחוז לווארו שבבוגנדה, בו גורשו כ-750 אלף פליטים במחנות שנוהלו תחת משטר צבאי. אזרחים שנתגלו באזור המחנות חוסלו כ"אנשי גרילה", והצבא בזז מחבל הארץ מזון ומשאבים, שהביאו לרעב ולתמותה נוספת. דו"ח של אמנסטי מהשנים 1981–1985 מעריך שתחת משטרו של אובוטה נהרגו כ-500,000 איש. רבים מאנשי הצבא שביצעו את הרציחות היו בני השבטים אצ'ולי ולאנג'י ששרדו את שלטון אמין.