Nachdem sich 78,5 % der Bevölkerung Osttimors im Referendum für die völlige Unabhängigkeit von Indonesien ausgesprochen hatte, kam es zu einer letzten Gewaltwelle der Milizen. Am 20. September 1999 landeten in Dili die Internationalen Streitkräfte Osttimor (INTERFET), um nach der Krise in Osttimor wieder für Ruhe und Ordnung zu sorgen. Die Sicherheitskräfte Indonesiens zogen sich aus dem von ihnen seit 1975 besetzten Osttimor zurück. Am selben Tag wurde Domingos Maria das Dores Soares zum Chef einer Organisation, die zum Vorgänger der UNTAS wurde. Die UNIF erklärte im Dezember 1999 ihre Aktivitäten einzustellen.