Poco è noto sulla vita e sul patriarcato di Isidoro. Il suo epiteto "Xanthopoulos" deriva dal monastero Xanthopoulon, a Istanbul, in cui entrò, diventando ieromonaco e più tardi suo abate. Isidoro lavorò al fianco di Gennadio II Scolario durante il Concilio di Firenze e fu uno dei firmatari di un documento del 1445 contro l'unione tra le Chiese d'Occidente e Oriente. In questo periodo Isidoro fu riconosciuto come padre spirituale della comunità greca di Istanbul. Immediatamente prima della sua elezione al soglio patriarcale, era il Vescovo metropolitano di Eraclea.