Након напада сила Осовине на Југославију у априлу 1941. године заједно са већином осталих чланова владе 15. априла авионом из Никшића одлази у емиграцију. Остаје члан емигрантских влада све до јуна 1944. године, када краљ Петар II након снажног притиска Савезника распушта владу и за њеног председника, са мандатом да у договору са председником Националног комитета ослобођења Југославије Јосипом Брозом Титом именује нову. Будисављевић је на Шубашићев упит одговорио да му даје моралну подршку, али да не верује у успех његовог подухвата и неће ући у његову владу.