Травма Хосепа Гвардиолы в сезоне 1999/00 помогла Хави закрепиться в первой команде, место в которой он сохранял до 2015 года. В сезоне 2004/05 Хави стал вице-капитаном команды. В сезоне 2005/06 Хави порвал связки левого колена на тренировке, из-за чего был выведен из строя на пять месяцев. Он вернулся на поле в апреле и был на скамейке запасных в финале Лиги чемпионов 2006.