Para cuando los ejércitos de la Wehrmacht invadieron Yugoslavia el bajo el mando del general Edmund Glaise von Horstenau se proclamó la independencia croata y pronto se desencadenó el genocidio de algunas minorías (judíos, gitanos y serbios). Los Ustacha colaboraron activamente con los alemanes, quienes colocaron a Ante Pavelic como gobernante títere. Los Ustacha se identificaron con los principios antisemitas del gobierno de Hitler y desataron una represión en extremo cruel contra la minoría serbia. La represión del nuevo régimen se centró en las minorías y en los opositores, principalmente comunistas. El grado de crueldad alcanzado sorprendió y horrorizó al mismo von Horstenau y al embajador Hermann Neubacher quien enviaba informes urgentes al Reichstag alemán acerca de lo que veían, informes que fueron desestimados por el régimen nazi.