Po wyparciu Anglików, za panowania Walezjuszów, nastąpił bujny rozkwit kulturalny Paryża, choć władcy z tej dynastii często przebywali poza miastem, w zamkach w Dolinie Loary. Franciszek I rozbudował Luwr, był też mecenasem sztuki i sprowadził do Paryża wielu artystów. W II połowie XVI wieku zaostrzył się konflikt między katolikami i hugenotami, co doprowadziło do rzezi zwanej Nocą św. Bartłomieja. W rezultacie wojen religijnych tron objął Henryk IV, pierwszy z dynastii Burbonów; przy tej okazji wygłosił słynne zdanie: „Paryż wart jest mszy”.