Mesto roku 1080 dobyli Seldžuckí Turci, ale roku 1097 ho križiaci pri prvej križiackej výprave získali späť a predali ho naspäť Byzantskej ríši. Po vyplienení Konštantínopola roku 1204 4. križiackou výpravou odišiel cisár Theodor I. Laskaris do mesta do exilu a založil tu Nikajské cisárstvo, ktoré uchovalo byzantskú kontinuitu. Cisárstvo disponovalo veľkým územím Západnej Anatólie a stalo sa sentrom gréckej kultúry a vzdelanosti. Až roku 1259 cisár Michal VIII. Palaiologos získal trón späť, keď sa mu v roku 1261 podarilo dobyť Konštantínopol, ktorý obsadzovali Európania. Roku 1331 dobyla mesto Osmanská ríša a bolo premenované na İznik. Mesto stratilo význam po páde Konštantínopola roku 1453.