1543年6月1日，君士坦丁堡陷落三日之後，根納季烏斯被穆罕默德二世任命為普世牧首。這主要是出於平息東羅馬貴族的情緒。考慮到他們可能向西方世界請求援助，穆罕穆德二世決定挑選一位正教會中最為反對天主教的人物來擔任普世牧首，由此將奧斯曼統治下的希臘人聯合起來。而這一人物正是根納季烏斯。