W 1944 armia radziecka w czasie operacji Bagration dotarła do Pacanowa. W czasie tworzenia przyczółka baranowsko-sandomierskiego w okolicy miejscowości doszło do walk. Po niemieckim ostrzale artyleryjskim, 17 sierpnia spalił się kościół w Pacanowie. Decyzją radzieckich władz wojskowych 10 września mieszkańcy zostali ewakuowani ponieważ rejon Pacanowa stał się terenem przyfrontowym. Ludność wróciła do miasteczka po 12 stycznia 1945, po radzieckiej ofensywie prowadzonej w ramach operacji operacji wiślańsko-odrzańskiej w której wyzwolono spod okupacji niemieckiej tereny aż po Odrę.