第二次世界大战期间，她被用来在北海布雷，也为地面部队提供炮火支援，并作为船队护航舰和学员训练舰。1940年4月埃姆登号参加入侵挪威的威悉演习行动。1945年4月，埃姆登号在基尔的港口进行维修时被英军轰炸机严重炸伤。舰员为防止沉没而使其搁浅，最终用爆破装置将她炸毁，以防盟军捕获。剩余的埃姆登号残骸最终在1940年代被拆解。