Maldini là cầu thủ, đội trưởng có số lần khoác áo đội tuyển quốc gia Ý nhiều thứ hai trong sự nghiệp thi đấu quốc tế (sau Fabio Cannavaro). Tuy nhiên, anh chưa bao giờ dẫn dắt đội tuyển Ý chiến thắng trong các giải đấu quốc tế như trận chung kết World Cup 1994 và chung kết Euro 2000. Anh giã từ đội tuyển quốc gia sau World Cup 2002 khi Azzurri bị loại ở vòng 1/8 bởi đội tuyển Hàn Quốc, kết thúc một sự nghiệp thi đấu thành công với 126 lần khoác áo đội tuyển quốc gia và ghi được 7 bàn thắng (74 lần khoác áo đội tuyển quốc gia trong vai trò đội trưởng). Maldini cũng là cầu thủ tham dự 4 kỳ World Cup từ năm 1990 đến năm 2002, Euro 1988, Euro 1996 và Euro 2000.