הסכסוך המזוין פרץ בין הצדדים לאחר שורה של תקריות קטנות, ובקרב קאפל, שהתרחש ליד ציריך ב-11 באוקטובר 1531 הובסו הפרוטסטנטים וצווינגלי נהרג, ולכאורה הובסו כוחות הרפורמציה בשווייץ. הקנטונים הפרוטסטנטים נאלצו להסכים לתנאי שלום, שכללו את פירוק ברית הקנטונים הפרוטסטנטים, הסכמה לשליטת הדת הקתולית באזורים הכפופים למרות כלל הקנטונים, אם כי קהילות באזורים אלו שכבר קיבלו עליהן את הדת הפרוטסטנטית יכלו לדבוק בדתן, אזורים אסטרטגיים כערים והיישובים על דרך המסחר החשובה בין קנטון שווייץ לעמק הריין הומרו בכוח לקתוליות. בטריטוריות שלהם עצמם יכלו הקנטונים הפרוטסטנטים לשמור על דתם. הסדר זה העניק לקנטונים הקתולים רוב בטגסטונג - הדיאט הפדרלי של הקונפדרציה.