Im Mai 2013 wurde er vom Internationalen Strafgerichtshof für das ehemalige Jugoslawien (ICTY) wegen Kriegsverbrechen während des Kroatisch-bosniakischen Krieges an Bosniaken (Bosnische Muslime) zu einer 25-jährigen Freiheitsstrafe verurteilt. Die ICTY-Berufungskammer bestätigte am 29. November 2017 fast alle Verurteilungen gegen Petković und seine Mitangeklagten sowie deren ursprüngliche Haftdauer.