Suomen sisällissodan alettua Voss-Schrader jäi tammikuussa 1918 punaisten hallitsemaan Helsinkiin, jossa hänestä tuli helmikuussa perustetun salaisen Helsingin valkoisen kaartin johtaja. Valkokaarti nousi esiin maan alta huhtikuussa auttaakseen saksalaisia Helsingin valtauksessa. Voss-Schrader ylennettiin tämän ansiosta Suomen armeijan everstiksi ja hänet nimitettiin pian sisällissodan päätyttyä sotaministeriön keskusosaston päälliköksi. Hän oli näin ollen Suomen puolustusministeriön ensimmäinen kansliapäällikkö. Tästä tehtävästä hänet kutsuttiin sisäministeriksi huhtikuussa 1919 nimitettyyn Kaarlo Castrénin keskustahallitukseen. Sisäministeri Voss-Schrader ja puolustusministeri Rudolf Waldén olivat hallituksessa puolueisiin kuulumattomia armeijan edustajia ja valtionhoitaja C. G. E. Mannerheimin luottomiehiä. Mannerheim halusi pitää nämä avainministeriöt sotilaiden käsissä suunnitellessaan aktivistien kanssa kiistanalaista sotaretkeä Pietariin. Voss-Schraderin ministeriys päättyi hallituksen erotessa elokuussa 1919.