Az 1999–2000-es BL-szezon legnagyobb meglepetése volt, hogy döntőig jutott a csapat, előbb a Lazio, majd a Barcelona testén is átgázolt, hogy aztán épp az ezredforduló legerősebb csapata, a Real Madrid ellen vérezzen el a párizsi fináléban. A belga-holland közös rendezésű Európa-bajnokság következett 2000 nyarán, melynek csoportmérkőzésein hősünk végig védett, majd a negyeddöntőig jutott az armadával. Ismét nem sikerült a bravúr az ibéreknek. A döntőbeli vereséget követően sem adta fel aztán Hector Raúl Cuper Valenciája, ismét döntőbe jutott, amit már balszerencse – és Oliver Kahn bravúrjai – miatt esélyesként is elbukott. Emlékezetes volt Santi kifakadása a büntetőpárbaj után, akit Oliver Kahn próbált vigasztalni.