Après avoir été exclu des éliminatoires de toute compétition, l’équipe de Libye de football revient dans les qualifications de la CAN 2000 entre juillet et août 1998, où elle est éliminée dès le après deux défaites face à l'Algérie (2-0 en Libye, puis 3-0 en Algérie). Le retour de la Libye est également confirmé lors de la coupe arabe des nations 1998 sous la houlette de l'italien Eugenio Bersellini, où les "Verts" n'avaient plus participé à cette compétition depuis l'édition de 1966 en Irak. Après deux défaites consécutives encore une fois, les Libyens sont éliminés. L'année suivante en 1999, la sélection de Libye participe aux Jeux panarabes de 1999 lors duquel, la Libye atteindra les demi-finales après cinq matchs sans défaites dont trois victoires. C'est l'Irak qui mettra un terme à ce parcours. Pour la Coupe du monde 2002, l'équipe nationale se voit affronter le Mali. À la suite d'une écrasante victoire sur le score de 3-0 à Tripoli devant plus de , les maliens tenteront de reprendre l'avantage au retour. Le match retour se termine par une défaite par 3-1 à Bamako, les "Verts" décrochent le ticket pour le tour final des éliminatoires. Le tirage au sort place la Libye dans le groupe 1 en compagnie de quatre autres équipes dont l'on peut citer le Cameroun. Après plus de 8 rencontres, le bilan est décevant puisque la Libye prend la dernière place et ne remporte aucune victoire (6 défaites et 2 nuls).