Gyenyiszov a Zenyit Szankt-Petyerburgban kezdte profi pályafutását 2001-ben. Tagja volt annak a csapatnak, mely 2-0-ra legyőzte a Rangerst a 2008-as UEFA-kupa-döntőben. Ő szerezte az első gólt a mérkőzésen. Az UEFA-szuperkupát is megnyerte csapatával a Manchester United ellen.