Seinen ersten großen internationalen Wettkampf bestritt Jan Werner bei den Europameisterschaften 1966 in Budapest. Im 200-Meter-Lauf wurde er in 21,1 s Vierter. In der polnischen 4-mal-400-Meter-Staffel lief er die erste Runde, als Zweiter lief Edmund Borowski, dann Stanisław Grędziński und am Schluss lief Andrzej Badeński. Nachdem Grędziński vor Badeński im 400-Meter-Lauf Europameister geworden war, war die polnische Staffel klar favorisiert. Sie gewann in neuem polnischen Landesrekord von 3:04,5 min vor den beiden deutschen Staffeln.