Pendant la période de la guerre sino-japonaise de 1894-95, la Corée retombe sous l'influence réformiste du Japon. Yu devient alors membre du gouvernement du premier ministre Kim Hongjip. Il se prononce en faveur de l'établissement d'un service postal, de la vaccination contre la variole et du remplacement du calendrier lunaire. Après la chute de ce cabinet remplacé par un gouvernement pro-russe et accusé par le roi Gojong d'être impliqué dans l'assassinat de la reine Min, il doit fuir et s'exiler au Japon. Ce n'est qu'en 1907 après le premier traité d'annexion de la Corée par le Japon et le pardon accordé par le roi Sunjeong qu'il peut rentrer au pays.