Juanito debuteerde op 21 augustus 2002 in het Spaans nationaal elftal tijdens het duel tegen Hongarije. Zijn eerste doelpunt maakte hij tegen Ivoorkust op 1 maart 2006. De verdediger behoorde tot de Spaanse selecties voor het EK 2004, het WK 2006 en het gewonnen EK 2008, waarop hij één wedstrijd speelde (tegen Griekenland). In de laatste groepswedstrijd op het WK 2006 tegen Saoedi-Arabië maakte Juanito het enige doelpunt van de wedstrijd.