År 2005 vann Murphy sensationellt världsmästerskapen i snooker. Han var den näst yngste, efter Stephen Hendry, och den lägst rankade segraren någonsin. Under 2007 tog han sin andra seger på proffstouren genom att vinna Malta Cup, där han i finalen besegrade Ryan Day. Han upprepade segern året därpå, men då hade Malta Cup förlorat sin rankingstatus. &lt;a href="Snookers%C3%A4songen%202008/2009"&gt;Säsongen 2008/09&lt;/a&gt; började uselt för Murphy som inte gick vidare från första omgången i någon av de fyra första rankingturneringarna. Han tog dock revansch i 2008 års sista turnering UK Championship som han vann efter att ha slagit Marco Fu i finalen med 10-9. I VM 2009 gick Murphy till final, där han föll med 9-18 mot John Higgins. Murphy fick dock revansch redan veckan därpå, då han vann den första upplagan av World Series of Snooker, efter att ha slagit Higgins i finalen.