Nach dem „Anschluss“ Österreichs an das Dritte Reich wurde Groß-Enzersdorf 1938 wie viele andere Umlandgemeinden nach Wien eingemeindet, das damit zu Groß-Wien wurde. Groß-Enzersdorf war für den im Zuge der Eingemeindungen 1938 neu geschaffenen 22. Wiener Gemeindebezirk namensgebend. Am 29. Oktober 1938 zwang die NSDAP-Ortsgruppe Kultusvorsteher Dr. Karl Katz, die Synagoge in der Kaiser-Franz-Josef-Straße 11 dem Deutschen Turnerbund für „wohltätige Zwecke und für Pflege der Leibesübungen der deutschen Jugend in Groß-Enzersdorf“ zu „schenken“. Am 7. Oktober 1944 trafen Bomben Häuser in Groß-Enzersdorf, es gab Todesopfer unter der Bevölkerung. Am 12. April 1945 nahmen Soldaten der Roten Armee Groß-Enzersdorf ein. Erst 1954 wurde Groß-Enzersdorf wieder eine selbständige Gemeinde und der 22. Wiener Gemeindebezirk in Donaustadt umbenannt.