1254 yılında Dominikan Tarikatı'nın dini yöneticisi oldu ve bu görev boyunca Dominikanlar'ı Paris Üniversitesi'nin saldırıları karşısında savundu, St. John'u eleştirdi ve İslam filozofu İbn-i Rüşd'den yanlış algıladıklarını cevapladı. 1260 yılında Papa Alexander IV tarafından Regensburg piskoposu yapıldı, üç yıl sonra istifa etti. Görev süresince at sürmeyi reddederek alçak gönüllülüğü konusundaki saygınlığını artırdı. 1263'te Papa IV. Urban onu piskopos görevinden aldı ve Almanca konuşulan ülkelerde Sekizinci Haçlı Seferi için vaaz vermesini istedi. Bundan sonra Magnus daha çok görüş ayrılıklarına düşen partilerin ara bulucusu olarak bilinmeye başlandı. Köln'de sadece Almanya'nın en eski üniversitesinin kurucusu olarak değil, aynı zamanda Köln halkı ve kilise arasındaki çatışmaları sonlandırarak isim yaptı. Onun son uğraşları arasında eski öğrencisi Thomas Aquinas'ın inancını savunması vardı. Thomas Aquinas'ın 1274'teki ölümü Magnus'u yasa boğdu. 1278 yılında sağlığındaki çöküşten sıkıntı çekmeye başladı, 15 Kasım 1280 yılında, Köln'deki Dominikan manastırında öldü.