Meksikon maajoukkueessa Mercado pelasi 21 ottelua vuosina 1998 ja 2001–2002. Hän oli mukana kolmessa arvoturnauksessa – CONCACAF Gold Cupissa 1998, Copa Américassa 2001 ja MM-kilpailuissa 2002. Näissä hän saavutti CONCACAF Gold Cupin mestaruuden ja Copa América -hopeaa.