8. července 2006 v Paříži poprvé v kariéře překonává dvoumetrovou hranici (200 cm). Tuto výšku skočila i 14. července na mítinku Zlaté ligy v Římě. V srpnu se na evropském šampionátu v Göteborgu stává mistryní Evropy, když vítězí v osobním rekordu 203 cm, čímž zároveň vytváří nový rekord šampionátu. Stejnou výšku, avšak napodruhé překonala také Bulharka Venelina Venevová a brala stříbro. Bronz vybojovala Kajsa Bergqvistová ze Švédska. Sezónu Hellebautová završila prvním místem na berlínském mítinku ISTAF, kde počtvrté v sezóně překonala dva metry.