Nell'estate 2006 ai Mondiali trascinò l'Argentina fino alle semifinali, perse per 75-74 contro gli spagnoli, poi trionfatori. Nonostante l'insuccesso Ginóbili si mise comunque in mostra realizzando 15,2 punti di media a partita e rientrando per la seconda volta nel quintetto dei migliori della manifestazione.