這之後進入了戊辰戰爭的第三階段－箱館戰爭。因為慶應四年（1868年）四月，在幕府海軍奉行勝海舟的遊說下，江戶末代將軍德川慶喜同意投降，交出江戶城。在江戶無血開城後，戊辰戰爭的主舞台便轉移到了日本的北陸、東北，而德川宗家也被減封至駿府藩70萬石，德川慶喜也將家督讓與他的養子德川家達接任，雖說如此保下江戶城150萬人和德川家和平，但是卻也無法養得起人數多達8萬的江戶幕府舊臣，而此時擔任幕府海軍副總裁榎本武揚擔心幕府會因此人心渙散，於是率舊幕府軍決定前往蝦夷地，以北部蝦夷地區作為新的根據地去進行開發和防禦。