Bei Beginn des Ersten Balkankriegs 1912 meldete sich Le Fort abermals zum Einsatz beim Militär. Er behandelte Soldaten an der Front und setzte diese Arbeit auch im kurz darauf folgenden Ersten Weltkrieg fort. Für seine Operationen während der Schlacht von Dinant erhielt le Fort eine Belobigung wegen Tapferkeit. In den letzten zwei Kriegsjahren war er in Versailles stationiert, wo er sich vorwiegend mit Brust- und Herzleiden beschäftigte und als einer der ersten an den großen Körpervenen und am Herzen operierte. Als Ergebnis dieser Arbeit veröffentlichte Le Fort 1918 das Werk "" (deutsch "Projektile im Mittelfell"), das abermals Standards setzte. Nach Ende des Krieges führte er bis 1919 das Hôpital des Invalides, bevor er 1920 nach Lille zurückkehrte.