Museveni har vært landets president siden. Han var ansett som en ny type afrikansk leder, mer åpen og interessert i landets utvikling, særlig på 1990-tallet. Dette har blitt noe revidert i de senere år. I Uganda har totalt sett hatt en positiv utvikling under hans regjering hans presidentperiode ble landet involvert i flere kriger som borgerkrigen i Kongo 1998–2003 og intern i landet mot opprørsgruppen Herrens motstandsarmé.