Au terme de la saison 1959-1960, qui a été marquée par une interruption à cause du Séisme de 1960 à Agadir, une grande polémique éclate après que la Fédération royale a décidé de faire jouer un tournoi triangulaire entre les trois premières équipes du championnat qui étaient ex-æquo en termes de points, alors que le Raja était en tête avec la meilleure différence de buts. Le club proteste cette décision refuse de participer et le tournoi est transformé en un match-barrage opposant le FAR de Rabat et le KAC de Kénitra. Cette dernière s'impose et remporte le titre de champion du Maroc tandis que le Raja est relégué à la troisième place. L'attaquant des verts Moussa Hanoune finit meilleur buteur du championnat avec , un record. En Coupe , l'équipe sort à nouveau des demi-finales, cette fois face au Fath Union Sport, sur le même scénario que la saison précédente (0-0; 2-3).