בעוד הלחימה בין הצבא השחור והלבנים מתנהלת באוקראינה, שלח טרוצקי תגבורות לחזית המזרחית כנגד כוחותיו של קלצ'ק. צבא זה בהנהגתו של המפקד המוכשר והמנוסה מיכאיל טוכאצ'בסקי, השתלט מחדש על ייקטניבורג ב-27 בינואר 1919 והמשיך להדוף את הלבנים מזרחה לאורך המסילה הטרנס-סיבירית. שני הצדדים נחלו ניצחונות ומפלות בשדה הקרב, אך באמצע הקיץ החזיק הצבא האדום בעדיפות מספרית, הצליח להשיב שטחים שאבדו ואף להביא לקריסה כללית של החזית המזרחית. ב-14 בנובמבר 1919, הצבא האדום כבש את אומסק. קולצ'ק איבד את השליטה בממשלתו זמן קצר אחרי התבוסה; בדצמבר הכוחות הלבנים בסיביר הפסיקו להתקיים הלכה למעשה.