1941 fand das letzte Begräbnis in der Zeit des Nationalsozialismus statt. Nach der Deportation der letzten Juden aus der Kurstadt am 24. April 1942 wurde der Friedhof geschlossen. Stattdessen wurden 20 sowjetische Kriegsgefangene im Taharahaus untergebracht, die im nahen Bahnhof die Züge zu be- und entladen hatten. Der Friedhof überstand den Zweiten Weltkrieg und das Dritte Reich weitestgehend unversehrt. Bald nach dem Krieg ließ sich 1946 wieder ein Jude hier beisetzen. Die vorerst letzte Beerdigung fand am 29. November 1989 statt. Heute gibt es noch 488 Grabsteine (Mazewot), darunter auch Kriegsgräber von preußischen wie bayerischen Soldaten jüdischen Glaubens aus der Schlacht bei Kissingen am 10. Juli 1866. Hinter dem Taharahaus gibt es ein einzelnes Urnengrab. Da das traditionelle Judentum generell gegen die Feuerbestattung ist, musste die Urne abseits der anderen Grabstätten beigesetzt werden.