Etter Operasjon Barbarossa ble gulagene kraftig redusert, da en god del av de innsatte ble tvangsinnskrevet i den sovjetiske hæren og sendt til fronten. Dekreter av 12. juli og 24. november løslot over 600 000 fanger, hvorav 175 000 til mobilisering. Det fantes også fanger som meldte seg frivillig, men av disse måtte mange sone videre i Gulag etter krigen, og noen fikk attpåtil straffen sin forlenget. Kvinneandelen i leirene steg fra 17,3 % i 1943 til 28,4 % i 1945, som følge av de mange mobiliserte. I femårsperioden 1941–45 oppgis det offisielt 621 637 dødsfall blant Gulag-fanger, men trolig var det store mørketall.