Παρόλο που η Δυναστεία των Παλαιολόγων ανέκτησε την Κωνσταντινούπολη από τους Δυτικοευρωπαίους το 1261, δεν κατόρθωσε ποτέ να επαναφέρει την Αυτοκρατορία στα παλαιά της σύνορα. Ο έλεγχός της περιορίστηκε σε μικρό μόλις τμήμα των Βαλκανίων γύρω από την πρωτεύουσα, στην ίδια την πόλη και σε ορισμένες παραθαλάσσιες περιοχές στις ακτές της Μαύρης Θάλασσας και του Αιγαίου Πελάγους. Τα εδάφη των Βαλκανίων που στο παρελθόν ανήκαν στους Βυζαντινούς μοιράστηκαν μεταξύ του Βασιλείου της Σερβίας, της Δεύτερης Βουλγαρικής Αυτοκρατορίας και της Δημοκρατίας της Βενετίας. Την εξουσία των Βυζαντινών Αυτοκρατόρων απείλησε μια νέα φυλή τουρκικής καταγωγής, οι Οθωμανοί, που εδραίωσαν την κυριαρχία τους στην Ανατολία το 13ο αιώνα. Οι Οθωμανοί εξαπλώθηκαν σταδιακά το 14ο αιώνα προς την Ευρώπη, υποτάσσοντας τη Βουλγαρία μέχρι το 1366 και καταλαμβάνοντας τη Σερβία μετά την ήττα της στη Μάχη του Κοσσόβου το 1389. Οι Δυτικοί εισάκουσαν εν τέλει τις ικεσίες για βοήθεια των χριστιανικών λαών των Βαλκανίων οργανώνοντας νέα σταυροφορία το 1396. Ισχυρός στρατός εστάλη στη χερσόνησο, για να ηττηθεί ωστόσο στη Μάχη της Νικοπόλεως την ίδια χρονιά. Η ίδια η Κωνσταντινούπολη έπεσε οριστικά στα χέρια των Οθωμανών το 1453 γράφοντας τον επίλογο της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας μετά από χίλια περίπου χρόνια ιστορίας.