בין השנים 1896–1900, עבד בתפקידי הוראה שונים בכפרים הסמוכים. את ההסמכה לכמורה הוא קיבל בעיר קייב בשנת 1904. עד שנת 1910 לימד בבית הספר לבנים בעיר פלובדיב. בשנה זו מונה למזכיר הפטריארכיה הבולגרית באיסטנבול, בשם הנזיר סטפן. לאחר תום מלחמת הבלקן הראשונה, שב לבולגריה והתיישב בעיר סופיה. בין השנים 1915–1919, התמחה בתאולוגיה בשווייץ. בשנת 1922 מונה לבישוף של העיר סופיה, תפקיד בו כיהן 22 שנים. בשנים אלו סייע רבות לפליטים בני לאומים שונים, אשר הגיעו לבולגריה לאחר מלחמת הבלקן הראשונה ומלחמת העולם הראשונה ולא נחשבו לאזרחים בולגרים על ידי השלטונות. לחלק מהפליטים ניתן דרכון ננסן ו-4,000 מהם גורשו מבולגריה בספטמבר 1939, רובם יהודים. ב-16 באפריל 1925 יצא המטרופוליט סטפן ללא פגע מהפיגוע בכנסיית סווטה נדליה, אף על פי שגג הכנסייה קרס מעל הבמה ממנה נשא את דרשתו.