W reprezentacji Japonii Endō zadebiutował 20 listopada 2002 na stadionie Saitama (Saitama, Japonia) w przegranym 0:2 meczu towarzyskim z Argentyną. W 2004 roku wywalczył wraz z kadrą narodową Puchar Azji 2004. 2006 roku został powołany przez Zico do kadry na Mistrzostwa Świata w Niemczech, jednak nie zagrał w żadnym spotkaniu. Z Japonią wystąpił także w Pucharze Konfederacji 2003 i 2005. Na Mistrzostwach Świata 2010 zdobył gola przeciwko Danii, bramka padła z rzutu wolnego.