Under 2. verdenskrig blev en række massehenrettelser begået af det sovjetiske NKVD mod fanger i Østeuropa – fortrinsvis Polen, Baltikum, Rumænien, Ukraine og andre dele af Sovjetunionen da den Røde Hær trak sig tilbage under den tyske invasion i 1941 (se Operation Barbarossa). Det samlede antal døde vurderes til omkring 100.000. Der var talrige anklager om krigsforbrydelser udført af sovjetiske styrker, især mod tilfangetagne piloter fra Luftwaffe i begyndelsen af krigen, og herefter med mellemrum i løbet af krigen, som følge af høje civile tab på grund af ukritiske bombardementer fra Luftwaffe . Interne tropper fra NKVD blev indsat ved siden af styrker fra den Røde Hær i kamp, og NKVD blev indsat i bagområder som sikring, herunder som barrieretropper. I områder, som var blev befriet eller besat, gennemførte NKVD massearrestationer, deportationer og henrettelser. Genstanden for disse handlinger var såvel tyske kollaboratører som medlemmer anti-kommunistiske modstandsbevægelser såsom den Ukrainske oprørshær i Ukraine, "Skovbrødre" i Litauen og den polske Armia Krajowa. NKVD henrettede også uden videre mange tilfangetagne polske militærofficerer i 1939–41.