1991, nach dem Augustputsch, ernannte Boris Jelzin Gaidar zum Wirtschaftsminister. Als solcher war er für die grundlegenden marktwirtschaftlichen Reformen zuständig. Zugleich war er Stellvertreter des Ministerpräsidenten. Am 7./8. Dezember 1991 war er als Berater Jelzins daran beteiligt, dass das „Abkommen von Belowesch“ (benannt nach dem Verhandlungsort, einem Jagdhaus im weißrussischen Teil der Belowescher Heide) zustande kam. Das zwischen Jelzin, dem Präsidenten der Ukraine, Leonid Krawtschuk, und dem Staatsoberhaupt von Weißrussland, Stanislau Schuschkewitsch, geschlossene Abkommen besiegelte das Ende der Sowjetunion.