La réunification allemande provoqua un déclin, marqué en par des agressions contre des étrangers dans le quartier Lichtenhagen qui devaient marquer plusieurs années encore l'image de la ville. Une réponse de Rostock à cette situation fut l'initiative "Multicolore et non brun" ("Bunt statt braun"). Il reste qu'on a encore du mal à démêler les implications politiques qui ont permis au conflit d'éclater. Multicolore a été également, en 2003, l'exposition internationale d'horticulture (IGA) organisée par Rostock. Dans la même année, le tunnel sous la Warnow fut ouvert. La candidature de la ville associée à Leipzig pour l'organisation des Jeux olympiques d'été en 2012 n'a toutefois pas été retenue lors de la présélection internationale par le CIO le .