1940 végére az ejtőernyős csapattestet felfejlesztették, megalakult a XI. repülőhadtest "(Fliegerkorps)." Ennek vezénylő tábornokává Studentet nevezték ki 1941. január 1-jén. 1941 májusában ő volt a krétai ejtőernyős hadműveletet végrehajtó csapatok parancsnoka, majd a sziget elfoglalása után a krétai német helyőrség első, ideiglenes parancsnoka. A szigeten hátramaradt görög partizánokkal és a velük együttműködő civil lakossággal szemben elkövetett atrocitásokért 1945 után háborús bűnösként vonták felelősségre.