Carl Friedrich Müller entstammte einer bürgerlichen mecklenburgischen Familie. Er war ein Sohn von David Ulrich Müller, Leutnant im Dragoner-Regiment von Kleist, und seiner Frau Johanna Konstanze von Seydlitz. Wie sein Vater trat er jung in den preußischen Militärdienst und diente im Altpreußischen Husarenregiment 10. Unter Friedrich Gideon von Wolky nahm er als Sekondeleutnant am Feldzug in Polen zur Niederschlagung des Kościuszko-Aufstands teil. Bei der Schlacht bei Praga am 4. November 1794 begleitete er den Angriff der Russischen Armee mit "Mut und Eifer" und überbrachte die offizielle Meldung. Auf Vorschlag von Alexander Wassiljewitsch Suworow wurde er dafür mit dem Orden Pour le Mérite ausgezeichnet. Mit kaiserlichem Diplom vom 8. März 1795 erhielt er gemeinsam mit seinem Onkel Karl Ludwig Müller auf Groß Siemen den Reichsadelstand. Die mecklenburg-schwerinsche Anerkennung des Adels erfolgte 1801.