הסכסוך בין ישראל למדינות ערב הסמוכות לה והסכסוך הישראלי-פלסטיני הם נושאים מרכזיים בדיוניה של מועצת הביטחון. מדיניותה של ישראל, שלעיתים אינה מקובלת על הקהילה הבינלאומית, מביאה לכך שפעמים עולות להצבעה החלטות המגנות את המדיניות הזו. החלטות אלה לעיתים זוכות לתמיכה של כמעט כל חברות המועצה ורק וטו של ארצות הברית, או איום בווטו כזה, מונע קבלת החלטות אלה. בין השנים 1989 - 2008 הטילה ארצות הברית וטו 13 פעמים, 11 פעמים מתוכן בהחלטות העוסקות בסכסוך הישראלי-פלסטיני. באוגוסט 2011 הועלתה במועצת הביטחון הצעה לניסוח הצהרה נשיאותית לגינוי מתקפת הטרור בדרום ישראל. ההצעה זכתה לתמיכת רוב חברות המועצה, אך לא אושרה עקב דרישת לבנון להוסיף להצהרה גינוי לפעולת התגובה של ישראל בעזה.