Roosevelt, Churchill és Sztálin másodszor az 1945-ös jaltai konferencián találkoztak, Krímben. Az európai háború végével Roosevelt elsősorban arra összpontosított, hogy meggyőzze Sztálint, hogy lépjen be a Japán elleni háborúba. A vezérkari főnökök becslése szerint Japán amerikai inváziója akár egymillió amerikai áldozattal is járhat. A Szovjetunió a Japán elleni háborúba való belépéséért cserébe ázsiai területeket akart az ellenőrzése alá vonni, mint például a Szahalin-szigetet. A három vezető 1945-ben megállapodott az ENSZ létrehozásáról és megalapították az ENSZ Biztonsági Tanácsát, amelynek feladata a béke fenntartása és a konfliktusok mellőzése. Roosevelt nem szorgalmazta a szovjet katonák azonnali kivonását Lengyelországból, de elnyerte a Szabad Európa nyilatkozat kiadását, mely szabad választásokat ígért azokban az országokban, amelyeket Németország megszállt. Németországot nem feldarabolni szerették volna, hanem azt, hogy az Egyesült Államok, Franciaország, Nagy-Britannia és a Szovjetunió közösen foglalja el. A szovjet nyomással szemben Roosevelt és Churchill nem járult hozzá ahhoz, hogy a háború után hatalmas jóvátétel fizetést írjanak elő Németországtól. Roosevelt szerepe a jaltai konferencián ellentmondásos volt, a kritikusok szerint naivan bízott a Szovjetunióban, hogy szabad választásokat engedélyez Kelet-Európában, míg a támogatói azzal érveltek, hogy az elnök nem sokat tehetett volna a kelet európai országokért, tekintettel a szovjet megszállásra és a Szovjetunióval való együttműködés szükségességére a háború alatt és után.