Bisinasjøen er et av Ugandas 33 Important Bird Areas og siden 2006 en Ramsar-våtmark. Sjøen er omkranset av en tynn stripe av papyrus. Områder med vannliljer, et minkende habitat i mye av Uganda, dominerer i de grunne delene av sjøen. Bisinasjøen er et viktig matområde for vadefugler, blant andre den truede arten treskonebb. Innsjøens dyreliv inkluderer også fiskearter som er utdødd i de større ugandiske innsjøene, som Victoriasjøen og Kyogasjøen.