24 października 2005 roku, niecałe dwa miesiące po zniszczeniu Nowego Orleanu przez Huragan Katrina, w Key West uderzył Huragan Wilma. Huragan ten, do dziś uznawany jest za najpotężniejszy zanotowany huragan w historii. Jak stwierdzili naukowcy z Narodowego Centrum Huraganów Stanów Zjednoczonych, dla tego huraganu – w chwili osiągnięcia szczytowej prędkości wiatru – należałoby utworzyć kolejną, VI kategorię w pięciostopniowej skali Saffira-Simpsona. Miasto zostało niemal całkowicie zalane, nie ucierpiały pod tym względem jedynie: część dzielnicy Old Town, wzniesienie Solares Hill oraz cmentarz Key West Cemetery. W niektórych miejscach, wysokość wody sięgała 1,8 m. Choć huragan, na szczęście, nie pociągnął za sobą ofiar w ludziach, straty materialne były olbrzymie. Zalaniu uległo 60% domów. Bezpowrotnemu zniszczeniu uległo ponad 3000 samochodów oraz dziesiątki tysięcy w pozostałej części archipelagu Lower Keys. Zniszczone zostało również molo przy Atlantic Shores Motel, a naruszeniu zbiornik z rekinami w Key West Aquarium, powodując uwolnienie znajdujących się w nich rekinów. Większość domów wymagała gruntownych remontów, część zaś z nich nie nadawała się już nawet do tego celu i musiała ulec rozbiórce. Huragan spowodował również przełożenie odbywającego się tu street party Fantasy Fest na grudzień. Huragan jest ukazany w 18. odcinku kręconego przez MTV reality show "", będącego 17. sezonem większej serii o nazwie "The Real World". Miejscowa gazeta opisująca przebieg huraganu nazwała miasto oraz Lower Keys „cmentarzem samochodów”. Huragan opuścił miasto po skierowaniu się do Naples w kontynentalnej części Florydy, a prędkość wiatru zmniejszyła się do ok. 60 km/h.