Am 7. Juli 1855 kehrte Becke mit seinem Dienstgrad als Premierleutnant wieder in preußische Dienste zurück und wurde zunächst dem 5. Artillerie-Regiment aggregiert. Unter Beförderung zum Hauptmann erfolgte am 1. März 1856 mit Patent vom 1. Dezember 1855 seine Ernennung zum Batteriechef im 7. Artillerie-Regiment. 1858 übernahm er die reitende Batterie. Daran schloss sich als Major ab Ende Juli 1860 Verwendungen zunächst im Großen Generalstab und ab Ende Januar 1861 im Generalstab des I. Armee-Korps an. Am 17. Juni 1862 wurde er zum Kommandeur der reitenden Abteilung in der Pommerschen Artillerie-Brigade Nr. 2 in Garz ernannt. Nach der Mobilmachung der dänischen Armee wurde Becke Ende Dezember 1863 als zweiter Artillerieoffizier zum Oberkommando der alliierten Armee nach Schleswig kommandiert. In dieser Eigenschaft nahm er 1864 während des Krieges gegen Dänemark an den Gefechten bei Oberselk, Jagel und Vejle, der Beschießung von Fredericia, sowie dem Sturm auf die Düppeler Schanzen und dem Übergang nach Alsen teil. Dafür erhielt er das Ritterkreuz des Leopold-Ordens, die Schwerter zum Roten Adlerorden IV. Klasse und das Mecklenburgische Militärverdienstkreuz II. Klasse.