In 1809, tijdens de Vijfde Coalitieoorlog, had hij het bevel over een leger van 36.000 man. In april viel hij het hertogdom Warschau, een Franse vazalstaat in Polen, binnen. Poolse troepen onder bevel van Józef Poniatowski versloegen de Oostenrijkers echter in de Slag bij Raszyn op 19 april. Ferdinand nam nog wel Warschau in, dat door de Polen onverdedigd was gelaten, maar bleef daar vastzitten terwijl de Poolse troepen Galicië en andere Poolse gebieden onder Oostenrijkse heerschappij binnenvielen.