Béji Caïd Essebsi devient ministre dans le gouvernement Mohamed Mzali, le . Il est confronté à plusieurs crises, notamment l'arrivée à Bizerte des combattants palestiniens chassés de Beyrouth en 1982, le bombardement par l'armée de l'air israélienne du quartier général de l'OLP à Hammam Chott (opération « Jambe de bois ») en 1985, sans oublier les sautes d'humeur de Mouammar Kadhafi. Le moment le plus fort de son mandat reste cependant le vote de la résolution des Nations unies condamnant l'agression israélienne contre la Tunisie.