In der Saison 2016 blieb Ferrer erstmals seit 2009 ohne Titelgewinn und seit 2004 ohne Finalteilnahme. Die Australian Open verliefen mit einer Viertelfinalteilnahme noch gut, die übrigen Saison blieb jedoch ohne Höhepunkte. Mehrere Male wurde er auch von Verletzungen gebremst und sagte entweder Turnierteilnahmen im Vorfeld ab oder gab im Turnierverlauf auf. Er vertrat im Sommer Spanien bei den Olympischen Spielen in Rio de Janeiro, bei denen er im Einzel in der zweiten Runde in drei Sätzen gegen Jewgeni Donskoi ausschied. Im Doppel startete er an der Seite von Roberto Bautista Agut, mit dem er das Viertelfinale erreichte. Sie unterlagen in diesem in zwei Sätzen den US-Amerikanern Steve Johnson und Jack Sock.