Bis zum dreißigjährigen Krieg soll es in Pechau ein festes Schloss gegeben haben. 1626 und 1629 kam es mit Wallenstein, 1630 mit Pappenheim und 1631 mit Tilly und Pappenheim zu Kämpfen in der Umgebung Pechaus. Am 31. März 1631 wurden die beiden Magdeburger Schanzen in der Kreuzhorst bei Pechau Magdeburger Succurs und Trutz Tilly durch die kaiserlichen Truppen gestürmt. Nach der Erstürmung der Schanze Trutz Pappenheim zwischen Pechau und Klus rückte Tilly nach schweren Kämpfen mit 30.000 Soldaten über den Klusdamm auf Magdeburg vor. Am 12. April 1631 schlug Pappenheim sein Hauptquartier in Pechau auf. Die Belagerung und blutige Zerstörung von Magdeburg am 10. Mai 1631 durch die kaiserlichen Truppen unter Tilly und Pappenheim überstand lediglich die Pechauer Kirche. Magdeburg als eine der wichtigsten deutschen Städte verlor in der Folgezeit seine Bedeutsamkeit. 1632 wurden die Kaiserlichen Truppen durch den Sieg Gustav Adolfs II. von Schweden in Lützen wieder vertrieben. Es geht die Sage, dass in der Umgebung von Pechau ein großer Silberschatz von Tillys Truppen versteckt wurde. Als Folge des Westfälischen Friedens im Jahre 1648 kam 1680 Pechau mit dem neu gebildeten Herzogtum Magdeburg zu Kurbrandenburg (ab 1701 Königreich Preußen). Lange lag das Dorf nach dem dreißigjährigen Krieg verlassen, erst nach und nach wurde es wieder aufgebaut. Pechau erhielt durch die Anlage eines großzügigem Straßenkreuzes innerhalb des fast kreisrunden Deichwalls seine heutige Grundgestalt. 1671 besaß Pechau zwölf Ackerhöfe und 19 Kossatenhöfe. 1707 wurde die 80 Meter lange Brücke des Klusdamms erneuert. Für die Schlesischen Kriege und den Siebenjährigen Krieg gegen Österreich wurde der Holzreichtum Pechaus geplündert. Friedrich II. von Preußen der Große ließ in der Umgebung 100.000 starke Eichen schlagen. 1782 gab es in Pechau 275 Einwohner.