Bis 1918 gehörte der im Komitat Scharosch liegende Ort zum Königreich Ungarn und kam danach zur Tschechoslowakei beziehungsweise heute Slowakei. Sowohl im Ersten als auch insbesondere im Zweiten Weltkrieg wurde das Dorf schwer betroffen, da die Gegend um den Duklapass im Spätjahr 1944 Standort harter Kämpfe zwischen NS-deutschen Truppen und der vorrückenden Roten Armee im Rahmen der Karpaten-Dukliner Operation war. Am 6. Oktober 1944 wurde Vyšný Komárnik die erste befreite Gemeinde der wiederhergestellten Tschechoslowakei, zugleich war sie jedoch durch Kampfhandlungen vollkommen zerstört. Nach dem Krieg wurde sie wiederaufgebaut.