У 1442—1452 роках митрополит Ісидор був у Флоренції, Сієні, Києві, Римі, Константинополі, знову в Римі, звідки 20 травня 1452 року відбув із загоном римських солдатів до Константинополя. 1453 року він брав участь в обороні Константинополя, був узятий турками в полон, проданий в рабство, втік і 1458 року, ставши титулярним латинським патріархом Константинополя, поставив митрополитом Київським, Галицьким і всієї Русі свого колишнього протодиякона Григорія (Болгарина). Ісидор керував православними єпархіями Константинопольської патріархії не із захопленого турками Константинополя, а з Риму, де й помер 27 квітня 1463 року. Григорія Болгарина не було допущено до керування підвладними Москві епископіями і протягом 15 років він керував лише єпархіями Литви. 1470 року статус Григорія підтвердив вселенський патріарх Константинополя Діонісій I. Того ж року новгородці вирішили відправити кандидата на місце померлого архієпископа Іони Феофіла на поставлення в сан не до московського митрополита, а до київського, що стало однією з причин першого походу Івана III на Новгород (1471).