En 1204, la Croisade s'empara de Constantinople, et les vainqueurs se partagèrent l'Empire byzantin. La souveraineté nominale sur les Cyclades échut aux Vénitiens. Ces derniers annoncèrent alors qu'ils laisseraient la gestion des îles à qui serait capable de s'en emparer pour eux. La « Sérénissime » ne pouvait en effet faire face aux dépenses d'une nouvelle expédition. Cette nouvelle suscita des vocations. De nombreux aventuriers armèrent des flottes à leurs frais, dont Marco Sanudo, neveu du Doge Enrico Dandolo. Il s'empara sans coup férir de Naxos en 1205 et en 1207, il contrôlait les Cyclades avec ses compagnons et parents. Son cousin Marino Dandolo devint seigneur d'Andros ; d'autres de ses parents, les frères Andrea et Geremia Ghisi (ou Ghizzi) devinrent maîtres de Tinos et Mykonos, plus des fiefs sur Kéa et Sériphos ; les Pisani prirent Kéa ; Jaccopo Barozzi eut Santorin ; Anafi échut à Leonardo Foscolo ; Pietro Guistianini et Domenico Michieli se partagèrent Sériphos et eurent des fiefs sur Kéa ; les Quirini gouvernèrent Amorgos. Marco Sanudo fonda le duché de Naxos avec les principales îles comme Naxos, Paros, Antiparos, Milos, Siphnos, Kythnos et Syros. Les Ducs de Naxos devinrent vassaux de l'empereur latin de Constantinople en 1210. Dans les Cyclades, Sanudo était le suzerain et les autres seigneurs ses vassaux. Venise ne profitait donc plus directement de cette conquête, même si le duché dépendait nominalement d'elle et qu'il avait été stipulé qu'il ne pouvait être transmis qu'à un Vénitien. Cependant, la République y avait trouvé avantage : l'Archipel avait été débarrassé de ses pirates, mais aussi des Génois, et la route commerciale vers Constantinople était sécurisée. Les habitats redescendirent vers les côtes et y furent fortifiés par les seigneurs latins : Paroikia sur Paros, le port sur Naxos ou Antiparos.