Berthier osallistui vuonna 1808 Napoleonin sotaretkeen Espanjassa. Maaliskuussa 1809 Napoleon nimitti hänet Reinin-armeijan komentajaksi, joten viidennen liittokunnan sodan puhjetessa hän kantoi päävastuun Itävallan hyökkäyksen torjumisesta Napoleonin ollessa vielä Pariisissa. Tällä kertaa Berthier teki virheitä ja riitaantui marsalkka Davout’n kanssa, jolloin itävaltalaiset pääsivät etenemään ja Napoleonin oli tultava pelastamaan tilanne. Otettuaan komennon Napoleon kuitenkin otti Berthier’n tuttuun tapaan esikuntapäällikökseen ja antoi tälle voittoisan Wagramin taistelun jälkeen 15. elokuuta 1809 Wagramin ruhtinaan arvon. Vuonna 1810 Berthier matkusti Wieniin neuvottelemaan Napoleonin edustajana tämän avioliiton arkkiherttuatar Marie Louisen kanssa.