W reprezentacji Nowej Zelandii Wilkinson zadebiutował 28 czerwca 1996 w przegranym 0-2 meczu z Chinami. W 1997 roku uczestniczył w eliminacjach Mistrzostw Świata 1998. W 1998 roku wystąpił w Pucharze Narodów Oceanii, który Nowa Zelandia wygrała. Wilkinson wystąpił we wszystkich czterech meczach z Tahiti, Vanuatu, Fidżi i Australią.