In de kwalificatie voor het WK 2006 kreeg Van der Sar in 12 wedstrijden 3 tegendoelpunten. Tot aan de tweede wedstrijd op het eindtoernooi zelf hield hij tien officiële wedstrijden op rij de nul. Met 1013 minuten zonder tegendoelpunten brak Van der Sar het Europees record. Op het WK 2006 in Duitsland herhaalde het scenario van het EK twee jaar eerder zich: Van der Sar is wederom een van de belangrijkste schakels in het Nederlands elftal. In de wedstrijd op 25 juni 2006 om een plaats in de kwartfinale tegen Portugal werd hij Nederlands recordinternational, Frank de Boer achter zich latend. Na het WK gaf Van der Sar aan door te gaan als doelman bij het Nederlands elftal. In oktober 2007 maakte Van der Sar bekend dat hij na het EK in Oostenrijk en Zwitserland in 2008 international af is. Zijn laatste wedstrijd op dat EK was de 3-1-nederlaag tegen Rusland in de kwartfinales. Met vier wedstrijden op het EK2008 evenaarde Van der Sar Lilian Thurams record van 16 EK-wedstrijden.