Afrikassa oli lukuisia sisällissotia, joihin länsimaat myös sekaantuivat. Jo 1980-alkanut Somalian sisällissota kiihtyi, maan presidentti Mohamed Siad Barre syöstiin vallasta vuonna 1991, ja Yhdysvallat tuli YK:n valtuutuksella väliin, mutta joutui vetäytymään maasta kolmen vuoden jälkeen 1995. 1990 alkanut Ruandan sisällissota huipentui 1994 Ruandan kansanmurhaan, jossa yli 800 000 ihmistä tapettiin. Vuonna 1998 alkanutta Kongon toista sisällissotaa kutsutaan myös Afrikan maailmansodaksi, sillä siihen osallistui yhteensä kahdeksan Keski-Afrikan valtiota. Angolan sisällissota jatkui koko vuosikymmenen ajan.