Во время своего третьего сезона в WHL Эберле был выбран в состав сборной Канады на чемпионат мира по хоккею с шайбой среди молодёжных команд 2009 года, проходивший в Оттаве. По итогам полуфинальной игры против России, завершившейся победой Канады со счётом 6:5, был признан лучшим игроком матча. За 5,4 секунды до конца основного времени Эберле забил гол и перевёл игру в овертайм, а затем в серии буллитов реализовал свою попытку. В финале чемпионата Канада одолела Швецию со счётом 5:1 и завоевала золотые медали пятый раз подряд. Эберле был назван в числе трёх лучших игроков своей сборной. По итогам турнира Джордан занял третье место в списке бомбардиров с результатом в 6 шайб и 7 передач.