Nach dem kommunistischen Putsch von 1948 geriet Musil ins Visier der Státní bezpečnost. Am 8. August 1949 wurde der „Kulak von Studnice“, der sich der Zwangskollektivierung widersetzt hatte, von acht Leuten des Staatssicherheitsdienstes auf seinen Weiden an der Pohledecká skála verhaftet. In einem Schauprozess gegen 25 Personen aus der Gegend von Nové Město na Moravě wurden in Jihlava Haftstrafen von 321 Jahren verhängt. Vorgeworfen wurde ihm u. a. der illegale Waffenbesitz. Musil besaß eine Sammlung von 42 Schusswaffen, die zum Teil aus einer Entwaffnung deutscher Truppen zum Ende des Zweiten Weltkrieges stammte oder er danach von sowjetischen und rumänischen Soldaten aufgekauft hatte. Musil wurde zu 20-jähriger schwerer Haft verurteilt und in das Gefängnis Bory verbracht. Nach einer Erkrankung wurde er nach Ilava verlegt und 1961 im Zuge einer Amnestie freigelassen. Die Verdienste Musils im Kampf gegen die Nationalsozialisten und seine sportlichen Erfolge wurden in der Tschechoslowakei nach 1948 totgeschwiegen.