Le Nathu La et le jouent un rôle majeur en 1903-1904 lors de l'expédition militaire britannique au Tibet qui cherche à contrecarrer l'ingérence russe dans les affaires tibétaines. Durant l'été, le lieutenant-colonel Francis Younghusband, en tant que commissaire aux affaires de la frontière tibétaine, franchit le col et stationne à Khampa Dzong. En décembre, faute de négociateur tibétain, il reçoit l'ordre de poursuivre jusqu'à Lhassa. En avril, il prend Gyantsé et sa forteresse. La convention entre la Grande-Bretagne et le Tibet, signée le 7 septembre, accorde aux Britanniques les comptoirs de Gyantsé, Yadong et Gartok, ainsi que l'occupation de la vallée de Chumbi contre versement progressif d'une indemnité de la part des Tibétains. Rejeté par le gouvernement impérial, l'accord est retoqué par le traité de Pékin de 1906. Au début du , le col représente la porte d'entrée du Tibet, qu'Alexandra David-Néel ne fait qu'observer en 1912, tandis que Fosco Maraini et Giuseppe Tucci empruntent cette voie en 1937 et en 1948. Maraini mentionne que le militaire britannique Granger, Anagarika Govinda et sa compagne, Li Gotami, empruntèrent aussi le Nathu la, ces deux derniers ayant fait escale comme lui au monastère kagyu Tsé-Choling sur le versant tibétain de la route caravanière.