11 października na Fuji International Speedway wygrał trzeci trening, a następnie zajął 6. miejsce kwalifikacjach, awansując z dziewiątej lokaty z Q2. Dzień później na pierwszym zakręcie wyścigu o Grand Prix Japonii wysunął się na prowadzenie, wykorzystując błędy rywali. Na 17. okrążeniu, będąc liderem wyścigu, zjechał do alei serwisowej. Również jadący na drugiej pozycji Alonso tego dokonał i wyjechał przed polskim kierowcą, posiadając mniej paliwa w baku. Kubica wyjechał z alei na siódmej pozycji, wkrótce jednak awansował na drugą, utrzymując jednak prędkość niższą od Hiszpana, którego bolid był lżejszy, a BMW miało w dodatku problemy z ziarnieniem opon. Po drugim zjeździe Alonso, Polak ponownie został liderem, jednak trzy okrążenia później sam zjechał na tankowanie i zmianę opon na miękkie. Na 53. okrążeniu obaj kierowcy powrócili na swoje lokaty. Na ostatnich okrążeniach wielokrotnie próbował go zaatakować Räikkönen, jednak ten nie oddał pozycji. Kierowca BMW Sauber finiszował jako drugi, zdobywając ósme podium w karierze i zostając jednym z trzech kierowców, którzy jeszcze liczyli się w stawce o Mistrzostwo Świata. W 2014 Kubica stwierdził, że ten wyścig był jednym z dwóch najlepszych w jego karierze.