Иоанн был старшим сыном правителя Эпира Феодора Комнина Дуки и Марии Петралифы. В 1230 году отец и его семья были пленёны в битве при Клокотнице воинами болгарского царя Ивана II Асеня. Когда в 1237 году дочь Комнина Дуки Ирина стала супругой Асеня, Иоанн был выпущен на свободу вместе с ослеплённым отцом и младшим братом Дмитрием. Они достигли Фессалоник и свергнули брата Феодора Мануила, захватившего власть в городе в 1230 году. После этого правителем Фессалоник стал Иоанн, которого отец Феодор провозгласил императором, а сам отправился в Эдессу.