Durante la Guerra grancolombo-peruana estuvo bajo el mando del vicealmirante Jorge Martín Guise y cooperó en el bloqueo de Guayaquil al mando de la corbeta "Libertad". Con el auxilio del bergantín "Congreso" y la fragata "Macedonia", extendió el bloqueo hasta Panamá. Cuando culminaba victoriosamente el combate contra las baterías de Guayaquil murió Guise herido por una de las últimas balas del enemigo, el 24 de noviembre de 1828, por lo que Boterín asumió el mando de la escuadra peruana en su calidad de comandante de la fragata "Libertad". Desde su posición, estableció entendimiento con los insurgentes que operaban en la región del Daule y obtuvo la entrega de la plaza de Guayaquil.