Боснійська війна на деякий час перервала розвиток клубу. У 1993 році клуб відроджується, а вже в сезоні 1994/95 років у першому національному чемпіонаті в місті Зениця посів 3-тє місце. У сезоні 1995/96 років «Босна» посіла перше місце в Другій лізі чемпіонату Боснії (група Північ), а в Першій лізі в сезоні 1996/97 років посів третє місце. У регулярній частині сезону 1997/98 років посів перше місце, але в чемпіонському плей-оф посів четверте місце. Цього ж сезону команда стала переможцем Кубку та Суперкубку Боснії і Герцеговини.