Після проголошення незалежності Індонезії 1945 року Джуанда 12 разів входив до складу уряду країни. Від березня 1946 до листопада 1949 року обіймав посади міністра шляхів сполучення та міністра суспільних робіт. У серпні 1949 року як член делегації від Індонезії Джуанда очолював фінансово-економічну комісію на Конференції круглого столу у Гаазі. 1950 року, після ліквідації Сполучених Штатів Індонезії, займав пост міністра транспорту в кабінетах Натсіра, Сукімана й Вілопо. Також був міністром фінансів і планування в уряді Алі Састроаміджойо. 1954 року став директором Державної планової ради Індонезії, а у квітні того ж року отримав пост радника Састроаміджойо на конференції голів урядів у Коломбо. У травні 1955 року супроводжував Састроаміджойо під час його візиту до КНР. У другому кабінеті Састроаміджойо (1956 −1957) Джуанда обіймав посаду міністра державного планування.