В июле 1941 года был назначен на должность командира 293-й стрелковой дивизии, формировавшейся в Харьковском военном округе, а затем ведшей оборонительные боевые действия севернее Конотопа, однако вскоре дивизии пришлось отступать. В начале декабря дивизия вела оборонительные боевые действия на рубеже р. Тим северо-восточнее пгт Тим, с конца декабря по февраль 1942 года участвовала в боевых действиях на курском и белгородском направлениях, а с апреля занимала оборону восточнее Белгорода на р. Северский Донец. Вскоре дивизия под командованием Лагутина участвовала в ходе Харьковской операции, а с июля — в Сталинградской битве, во время которой обороняла левый берег Дона, а с ноября по декабрь вела наступательные боевые действия под Сталинградом.