Nach dem verlorenen WM-Finale legte Ronaldo zunächst eine fast einjährige Länderspielpause ein, bevor er bei der Copa América 1999 in die "„Seleção“" zurückkehrte. Zusammen mit Rivaldo führte er Brasilien zum erneuten Titelgewinn. Wenige Monate danach zog er sich aber seine schwere Knieverletzung zu, sodass das Länderspiel gegen die Niederlande am 9. Oktober 1999 sein letztes für fast zweieinhalb Jahre wurde. Erst am 27. März 2002 kehrte Ronaldo in die Nationalmannschaft zurück und gehörte – trotz dieser langen Pause – sofort zum Kader für die WM 2002 in Japan und Südkorea. Bei dem Turnier feierte er eine überragende Rückkehr, wurde mit acht Treffern in sieben Spielen Torschützenkönig der Weltmeisterschaft und schoss im Finale gegen Deutschland seine Mannschaft mit zwei Toren zum Titel.