Altschuler sprach sich schon 1951 vor einer Regierungskommission abfällig und ablehnend gegen Trofim Lyssenko und für die moderne Genetik aus und nur das Einschreiten von Chariton und anderen Wissenschaftlern in Arsamas bewahrte ihn vor einer Bestrafung. Auch sonst äußerte er offen seine häufig von der offiziellen kommunistischen Position abweichende politische Meinung, zum Beispiel im Ungarnaufstand 1956. Das führte unter anderem dazu, dass seine Aufnahme in die Akademie der Wissenschaften 1969 am Widerspruch der Parteimitglieder in Arsamas scheiterte, ein Grund für seinen Weggang nach Moskau.