4月18日、國川丸はの地点で触礁事故を起こして舵を亡失するも、翌4月19日にバリクパパンに到着する。昭南向けの資材などを積み込んで4月29日朝にバリクパパンを出港したが、同日9時35分頃に港口で触雷して大破した。沈没を防ぐため浅瀬に座礁した上で復旧作業に取りかかり、5月7日に浮揚して港内に曳航されるが、その途中で再び触雷。9月26日に再度浮揚して港内に曳航されたが、機関は長く水漬けになっていたため使用不能となっており、バリクパパン港内において時々対空戦闘を行いつつ、ひたすら曳船の手配を待つほかなかった。ところが、バリクパパン港内で待機している間に戦況は一気に日本の敗勢に傾いており、マリアナ・パラオ諸島の戦い、フィリピンの戦い、硫黄島の戦いはすでに終わって沖縄戦の段階に移っていた。バリクパパンのあるボルネオ島にも連合国軍が迫っており（ボルネオの戦い）、ここに至って曳航不可能と判断されて閉塞船としてバリクパパン港口に爆沈処分される事となった。5月6日付で國川丸の乗員は退船して残務整理やバリクパパン防衛などの任務にまわり、搭載兵器一切も暫時陸上に移動した。國川丸は総員退船後、5月21日に爆撃を受けて沈没した。國川丸は戦争終結後の11月30日に解傭された。