Ele se alistou no Exército Continental no começo da Guerra de Independência dos Estados Unidos e participou da Batalha de Bunker Hill. Pierce esteve presente na Campanha de Nova Iorque e Nova Jérsei e serviu sob o general George Washington durante o inverno de 1777–78 no acampamento do Vale Forge. Ele continuou no exército até o final da guerra em 1784, voltando para Nova Hampshire e comprando cinquenta acres de terra a fim de construir uma fazenda. Ao mesmo tempo foi encarregado de organizar uma milícia regional, sendo tempos depois promovido a general de brigada da Milícia de Nova Hampshire.