Ωστόσο η σύγκρουση αυτή, εκπαιδευτική αλλά και ιδεολογική, είχε και κάτι θετικό. Συσπείρωσε τις πνευματικές δυνάμεις της Σμύρνης λίγο πριν την έναρξη της Επανάστασης του 21. Οι δημογέροντες, φίλοι του Φιλολογικού Γυμνασίου, συμφιλιώθηκαν με τους επιτρόπους της παλαιάς Ευαγγελικής Σχολής και με κοινό πρωτόκολλο επικυρωμένο και από τον επίσκοπο Σμύρνης Άνθιμο αποφάσισαν τον Οκτώριο του 1820 να υποστηρίξουν με όλες τους τις δυνάμεις τη Σχολή, να βελτιώσουν το διδακτικό προσωπικό, να εκσυγχρονίσουν και να προσαρμόσουν τα αναλυτικά προγράμματα στα νέα εκπαιδευτικά δεδομένα και τις ανάγκες της εποχής. Προσκάλεσαν μάλιστα έναν από τους διασημότερους δασκάλους, άνδρα κατάλληλο να αναλάβει τη διεύθυνση της Σχολής, το Βενιαμίν το Λεσβίο. Αυτός όμως πρόλαβε ν' ασκήσει το έργο του μόνο για ένα εξάμηνο, γιατί η έκρηξη της Επανάστασης την άνοιξη '21 έφερε αντίποινα των Τούρκων που ανάγκασαν τη Σχολή να αναστείλει τη λειτουργία της. Έτσι έληξε και η δεύτερη περίοδος λειτουργίας της Ευαγγελικής Σχολής.