לאחר שפרש ממשחק פעיל, החל שטיליקה בקריירת אימון, ובשנת 1989 החליף את דניאל ז'אנדופה באימון נבחרת שווייץ. בשנת 1991 הוחלף שטיליקה ברוי הודג'סון. לאחר מכן אימן את נשאטל גזמאקס השווייצרית, אלמריה הספרדית ווולדהוף מנהיים הגרמנית. בשנת 1998 מונה לעוזרו של אריך ריבק באימון נבחרת גרמניה, אך התפטר מהתפקיד לפני יורו 2000 עקב חילוקי דעות עם ריבק, ובמקומו מונה הורסט רובש. בשנת 2000 החל שטיליקה לאמן את נבחרות גרמניה הצעירות בגילאי 19 עד 21, תפקיד אותו מילא עד לשנת 2006. לאחר מונדיאל 2006 החל שטיליקה לאמן את נבחרת חוף השנהב, אך נאלץ לעזוב את תפקידו בינואר 2008, ימים ספורים לפני גביע אפריקה לאומות 2008, עקב מחלת בנו, שנפטר בגיל 23 בפברואר 2008.