Kreikan vapaussodan aikana vuonna 1821 Peloponnesokselta saapui paljon pakolaisia Kytheralle. Sen sijaan monet saarelaiset lähtivät Peloponnesokselle auttamaan vapaustaistelussa. Vapaussota päättyi vuonna 1829, jonka seurauksena Kreikka irtautui osmanien valtakunnasta. Tämän jälkeen kytheralaisia alkoi muuttaa työn perässä itsenäiseen Kreikkaan, Smyrnaan sekä Kreetalle. Lopulta 21. toukokuuta 1864 Kythera yhdessä muiden Jooniansaarten kanssa liitettiin Kreikkaan.