Ein markanter Einsatz der "Alvin" war die Suche nach einer Wasserstoffbombe, die nach einer Kollision einer B-52 mit einem KC-135-Tankflugzeug im Januar 1966 vor Spanien ins Meer gefallen war (→Palomares-Zwischenfall). Weiter erhielt "Alvin" durch skurrile Zwischenfälle Aufmerksamkeit vonseiten der Medien; so wurde das Boot einmal von einem Schwertfisch angegriffen, außerdem verlor das Boot bei einer Kollision mit seinem Mutterschiff einen Greifarm. Der auffälligste Unfall mit diesem Tauchboot ereignete sich im Oktober 1968 im Atlantik rund 88 Meilen vor der Küste von Nantucket, Massachusetts, als "Alvin" bei der Vorbereitung zu seinem 308. Taucheinsatz sank. Nachdem zwei Kabel der Aufnahme des U-Boots gerissen waren, lief Wasser in den Druckkörper des U-Boots. Die Besatzung konnte sich rechtzeitig retten, das Boot jedoch sank auf 1.580 Metern Tiefe. Erst ein Jahr später konnte das Fahrzeug mithilfe der "Aluminaut" geborgen werden. Das Boot konnte zwei Jahre später nach einer ausführlichen Grundüberholung wieder eingesetzt werden.