Im Herbst widerrief der König mit Unterstützung des Papstes seine Anerkennung der Magna Carta und bereitete einen bewaffneten Schlag gegen die Rebellen vor. Mit Söldnern, die er in Flandern angeworben hatte, wollte er von Dover aus London erobern. Auch die Rebellen waren weiter kampfbereit und besetzten Ende September oder Anfang Oktober 1215 Rochester Castle, das den Übergang der Straße zwischen London und Dover über den River Medway kontrollierte. Die Rebellen ließen eine starke Besatzung unter Führung von Aubigné zurück, bevor sie sich wieder nach London zurückzogen. Der König begann daraufhin sofort mit den Vorbereitungen für eine Belagerung der Burg, womit der eigentliche Krieg der Barone begann. Um die Burg entstand ein heftiger Kampf, der sich nach der Einnahme des Burghofs auf den mächtigen Bergfried, den Keep, konzentrierte. Wie es bei mittelalterlichen Belagerungen nicht unüblich war, ließ Aubigné wegen seiner knappen Vorräte die Verwundeten und Kranken aus der Burg werfen, die der König angeblich verstümmeln ließ. Ende November gelang den Angreifern die Unterminierung des Keeps, so dass sie eine Ecke des Turms zum Einsturz bringen konnten. Aubigné setzte dennoch den Widerstand fort, bis er sich wenige Tage später, am 30. November, in aussichtsloser Lage ergeben musste. Er und die Burgbesatzung wurden in Corfe Castle inhaftiert.