Vuonna 1999 Fischer tuki Saksan osallistumista kansainvälisen oikeuden kannalta kiisteltyyn Kosovon sotaan. Tällöin saksalaiset sotilaat osallistuivat sotatoimiin ensi kertaa sitten toisen maailmansodan. Fischer perusteli sotaa viittaamalla kansallissosialistisen Saksan aikaiseen juutalaisten kansanmurhaan. Uuden Auschwitzin estämiseksi liittotasavallan armeijan oli toimittava Bosniassa ja Kosovossa. Fischerin mukaan rinnastettavuus kansallissosialismiin ja fasismiin oli ilmeistä. Tuolloin esitettiin myös sittemmin vääriksi osoittautuneita väitteitä, joiden mukaan Kosovossa olisi keskitysleirejä.