In augustus 2002 werden de lagere delen van de dierentuin getroffen door een overstroming van de Moldau. Veel gebouwen en verblijven liepen schade op. Een groot aantal dieren kon op tijd worden geëvacueerd, maar onder meer olifantenbul "Kadira" verdronk. Een zeehond ontsnapte en werd later opgevist in Dresden. Het transport terug naar Praag overleefde het dier echter niet. In de jaren na de overstroming vonden diverse renovaties en nieuwbouwprojecten plaats. De "Indonéská Džungle" uit 2004 was hiervan het duurste project. In juni 2013 werd de dierentuin wederom getroffen door een overstroming.