Im Zuge der Verlegung des Stammsitzes der Ekkehardiner auf das östliche Saaleufer in die "Neue Burg" nach 1000 erfolgte auch die Verlegung des Hausklosters der Ekkehardiner dorthin. Es gehörte zum 968 durch Kaiser Otto I. begründeten Bistum Zeitz. Das Hauskloster St. Georg neben der Neuen Burg war zu diesem Zeitpunkt das einzige Kloster der Diözese und die erste Benediktinerabtei im Gebiet östlich der Saale. Ekkehards Söhne Hermann und Ekkehard II. gründeten kurz darauf im westlichen Teil des Vorburggeländes eine kleine, der Hl. Maria geweihte Stiftskirche, die zum Jahr 1021 in der Merseburger Bischofschronik als "praepositura noviter fundata" erwähnt wird. Diese Propstei befand sich an der Stelle des späteren Naumburger Doms. Im Jahre 1028 verlegte König Konrad II. auf Drängen der beiden Brüder den Bischofssitz Zeitz nach Naumburg, das dem Hochstift in diesem Zuge geschenkt wird. Die Verlegung wurde von Papst Johannes XIX. im Dezember 1028 genehmigt. In Zeitz blieb ein Kollegiatstift bestehen. Bald nach der Genehmigung der Verlegung des Bischofssitzes von Zeitz nach Naumburg, wohl im Frühjahr 1029, wurde unmittelbar östlich der Stiftskirche mit dem Bau der ersten frühromanischen Naumburger Kathedrale begonnen.