27 мая 1862 года Хойт был зачислен рядовым в 87-й пехотный полк Огайо. Через месяц службы он стал сержантом, а затем вместе со своим полком в битве при Харперс-Ферри был захвачен в плен армией КША. 3 октября 1862 года Хойт был демобилизован, после чего вступил добровольцем во 2-й полк тяжёлой артиллерии Огайо. Позже ему присвоили звание второго лейтенанта и перевели во 2-й полк лёгкой артиллерии, а 15 января 1866 года он был произведён в капитаны. После войны Хойт был членом общества ветеранов Гражданской войны .