Sergueï Pogorelov commence le handball dans le club de sa ville native, le Kaustik Volgograd qu'il quitte en 1999 pour l'Allemagne et le TBV Lemgo pour une saison puis le ThSV Eisenach entre 2000 et 2001. Il prend alors la direction du club espagnol du BM Ciudad Real avec lequel il remporte la Coupe des coupes en 2002. La saison suivante, s'il participe à la victoire lors de cette même Coupe des coupes et à l’avènement du club sur la scène nationale avec une victoire en Coupe du Roi et une deuxième place en Championnat, il est prêté à compter de la trêve internationale (Mondial 2003 en janvier) au club français du Grand Lyon HB, avec lequel il termine la saison en marquant 40 buts en 12 matchs, puis au Paris Handball pour la saison 2003-2004.