Krstić åtalades 1998 för folkmord och brott mot mänskligheten vid Internationella krigsförbrytartribunalen för det forna Jugoslavien i Haag. Åtalet gällde krigsförbrytelser begångna i samband med Srebrenicamassakern i juli 1995, då omkring 8 000 bosniakiska män och pojkar mördades.