Це були тяжкі роки для Королівства Англія — спустошлива чума (тільки в Лондоні загинула п'ята частина населення), руйнівна війна з Голландією, Велика лондонська пожежа тощо. Але саме в ці роки у далекому селі готувався майбутній тріумф англійської науки. Істотну частину своїх наукових відкриттів Ньютон зробив у самоті «чумних років». Зі збережених заміток видно, що 23-літній Ньютон уже вільно володів базовими методами диференціального й інтегрального числень, включаючи розкладання функцій у ряди й те, що згодом було названо формулою Ньютона-Лейбніца. Провівши ряд оригінальних оптичних експериментів, він довів, що білий колір є сумішшю кольорів. Пізніше Ньютон згадував про ці роки: