Bu sırada toparlanmaya başlayan Avusturya, yeni bir muharebeye hazırlanıyordu. II. Franz'ın sarayındaki savaş yanlıları Franz'ı, Fransa'nın İspanyadaki meşguliyetinden istifade etmeye ikna ettiler. Nisan 1809'da Avusturyalılar, savaş ilan etmeksizin Fransız birlikleri üzerine saldırdılar. Fakat avantajlardan yararlanma konusunda yavaş kalınca, Napolyon Paristen dönüp duruma hakim oldu. Eckmühl Muharebesinde yenilip Tuna üzerinden kaçtılar ve Ratisbon kalesini kaybettiler. Fakat ordu muharebe gücünü muhafaza ediyordu. Fransızlar Viyana’yı ele geçirdi ve Tuna’yı Avusturya başkentinin güneydoğusundaki Lobau Adasından geçmeye çalıştılar ancak Büyük Ordu'nun ilk yenilgisi olan Aspern-Essling Muharebesi'ni kaybettiler. Nehrin üstünden geçmek için yapılan ikinci bir girişim temmuz ayında Fransızların galip olduğu iki günlük Wagram Muharebesi ile daha başarılı oldu ancak Avusturyalılara 40.000 zayiat verdiren Büyük Ordu, 37.000 kişilik bir kayıp yaşamıştı. Yenilgi, Avusturyalıların moralini o kadar ağır bir şekilde bozdu ki, kısa bir süre sonra bir ateşkes antlaşmasına razı oldular. Ekim 1809'da Schönbrunn Antlaşması imzalandı ve Büyük Ordu, beşinci koalisyonu sona erdirmiş oldu. Avusturya İmparatorluğu, antlaşmanın sınır değişiklikleri sonucunda üç milyon vatandaşını kaybetti.