1941년에 나치 독일은 소비에트 연방을 침공하였으며, 리비우를 점령하였다. 나치 독일 정부는 리비우의 모든 대학을 폐교하였다. 바나흐는 루돌프 스테판 베이글()이 운영하던 장티푸스 연구소에서 자신의 피를 이에게 “헌혈”하는 일로 생계를 이었다.