Après le coup d'Ětat communiste de 1948 (à l'organisation duquel il a participé), Clementis prend la place de Jan Masaryk comme ministre des Affaires étrangères. C'est à ce poste en 1948 qu'il joue un rôle important dans la participation de la Tchécoslovaquie à l'opération Balak pour fournir une assistance à l'Armée de l'air israélienne nouvellement fondée.