筆巖書院最初於朝鮮宣祖二十三年（西元1590年）由卞成溫（）、奇孝諫（）、（等人所創建，書院最初成立主要為了緬懷著名儒學家金鱗厚。金鱗厚曾任玉果縣監，并被列為東國十八賢之一，得以入祀孔廟。筆巖書院在萬曆朝鮮之役時，於朝鮮宣祖三十年（西元1597年）被燒毀，朝鮮仁祖二年（西元1624年）重建，朝鮮孝宗十年（西元1659年）獲君王贈與匾額，成為「賜額書院」。朝鮮高宗八年（西元1871年），興宣大院君下達時，朝鮮全境僅保留47座書院，筆巖書院為其中之一。