В августе 1941 года был назначен на должность командира 85-го стрелкового полка 100-й стрелковой дивизии 24-й армии, в составе которой участвовал в ходе Ельнинской наступательной операции в сентябре 1941 года. За массовый героизм личного состава дивизия была преобразована в 1-ю гвардейскую стрелковую дивизию, полк — 2-м гвардейским стрелковым, а майор Козин был награждён орденом Ленина. В сентябре дивизию и полк передали в 21-ю армию Брянского (затем Юго-Западного фронтов, где командуя полком, Козин принимал участие в Сумско-Харьковской оборонительной операции. Полк вёл оборонительные бои, отходя по рубежам через Курск, Харьков, Изюм и восточнее Белгорода, в конце октября попал в окружение, но через 8 суток пробился оттуда. В начале декабря 1941 года участвовал в Елецкой наступательной операции — составной части контрнаступления под Москвой. Полк входил в оперативную группу генерала Ф. Я. Костенко и в ходе наступления прошёл более 150 километров на запад, освободив десятки населенных пунктов.