1795 trat Mederer als Fähnrich in die Österreichische Armee ein. Im Ersten Koalitionskrieg nahm er 1796 am Gefecht von Hüningen teil, im Zweiten Koalitionskrieg an den Schlachten von Stockach (1799), Meßkirch (1800) und Hohenlinden. 1803 zum Hauptmann befördert, kämpfte Conrad von Mederer 1805 in der Schlacht bei Austerlitz, 1809 bei Regensburg, Aspern und Wagram. Für die Gefechte an der Kinzigbrücke, während der Schlacht bei Hanau, am 31. Oktober 1813, erhielt Mederer das Ritterkreuz des Militär-Max-Joseph-Ordens, die höchste bayerische Tapferkeitsauszeichnung. Darüber sagte der Oberkommandierende und spätere Feldmarschall Carl Philipp von Wrede folgendes aus: