Potřetí se vydal do Ruska roku 1566, aby urovnal některé obchodní neshody vyplývající z poslední uzavřené smlouvy v roce 1564. Po cestě do Moskvy byl Jenkinson překvapen známkami krutosti cara Ivana IV. vůči vlastním obyvatelům. Car měl zájem o další obchodní dohody, ale požadoval za to vojenskou pomoc od Anglie proti svým sousedům. Jenkinson se vrátil do Londýna zařídil, aby do Moskvy byli odesláni váleční odborníci a vojenští poradci, aby pomohli carovi v Livonské válce.