2003 debütierte der Abwehr- und Mittelfeldspieler in der Deutschen Hockeynationalmannschaft. Seine erste internationale Medaille gewann er 2005 als Dritter bei der Europameisterschaft. 2006 war Meinert dabei, als die deutsche Mannschaft bei der Weltmeisterschaft in Mönchengladbach den Titel von 2002 erfolgreich verteidigte. 2007 siegte er bei der Hallenweltmeisterschaft in Wien und gewann bei der FIH Champions Trophy. Am 23. August 2008 gab Niklas Meinert die Vorlage zum 1:0 Siegtor im Finalspiel der Olympiade in Peking an Christopher Zeller, wodurch die deutsche Hockey-Nationalmannschaft die Goldmedaille gewann. Für seine sportlichen Erfolge erhielt er das Silberne Lorbeerblatt.