11 октября 2012 года в товарищеском матче против сборной Ирака Фернандо дебютировал за сборную Бразилии, заменив в конце второго тайма Паулиньо. В 2013 году он в составе сборной выиграл домашний Кубок конфедераций. На турнире Фернандо сыграл в матче против сборной Италии.