Ο Μοκοένα έπαιξε επίσης παίξει στο Κύπελλο Εθνών Αφρικής το 2002 και το 2004. Τον Ιανουάριο του 2008, ο Μοκοένα ηγήθηκε της Νότιας Αφρικής στο Κύπελλο Εθνών Αφρικής του 2008 στη Γκάνα. Διατήρησε την αρχηγία του για το Κύπελλο Συνομοσπονδιών 2009 και το Παγκόσμιο Κύπελλο 2010, όπου και οι δύο διοργανώσεις πραγματοποιήθηκαν στην πατρίδα του. Στις 31 Μαΐου 2010, ορίστηκε στην 23μελή ομάδα της Νότιας Αφρικής για το Παγκόσμιο Κύπελλο.