Первым успехом в карьере Исабель Фернандес стала бронза, завоёванная на юниорском чемпионате Европы по дзюдо в 1988 году. На взрослом уровне дебют на крупных соревнованиях состоялся в 1995 году на чемпионате Европы в Бирмингеме. Исабель выступала в категории до 56 кг и довольно неожиданно стала серебряной призёркой игр, уступив лишь хозяйке соревнований Николь Фейрбразер. В дальнейшем Фернандес ежегодно (кроме 2000 и 2001 годов) становилась призёром континентального первенства. На счету испанской спортсменки 4 золотых, 4 серебряных и 4 бронзовых медалей.