22. kesäkuuta 1941 Saksa hyökkäsi Neuvostoliittoon. Saksalaiset kokivat Liettuan alueella vain vähän vastarintaa ja miehittivät sen nopeasti kokonaan. Vetäytyessään neuvostojoukot surmasivat liettualaisia poliittisia vankeja. Verisimpänä näistä pidetään Rainiain verilöylyä. Suurin osa liettualaisista piti saksalaisia vapauttajina ja uskoivat näiden palauttavan maalle autonomian tai itsenäisyyden. Liettuan kansallisrintama organisoi kansannousun kesäkuussa 1941, jolloin myös maa julistettiin itsenäiseksi ja perustetun väliaikaisen hallituksen pääministeriksi tuli Juozas Ambrazevičius. Väliaikainen hallitus lakkautettiin 7. elokuuta, jolloin Saksa perusti Ostlandin valtakunnankomissariaatin hallitsemaan Baltian aluetta. Valtakunnankomissaarina toimi Hinrich Lohse. Vuonna 1940 perustettu ”"Liettualainen aktivistirintama”" (LAF) lähetti Adolf Hitlerille muistion, jossa he vetosivat saksalaisiin Liettuan kansallisten pyrkimysten tunnustamiseksi ja valtiollisen elämän palauttamiseksi. Vastaus oli tyly: liike kiellettiin ja johtajat vietiin Saksaan keskitysleireille. Lisäksi kiellettiin Liettuan fasistien puolue, Nationalistinen puolue (LNP), ja senkin johto vangittiin.