Aigues-Mortes on perustettu ennen ajanlaskun alkua, mutta kukoistukseensa kaupunki nousi 1200-luvulla, kun Ranskan kuningas Ludvig IX Pyhä rakensi Aigues-Mortesista tuolloisen Ranskan ainoan sataman Välimerelle. Satamaa käytettiin erityisesti seitsemännen ja kahdeksannen ristiretken lähtösatamana.