Ná die val van Pretoria op 5 Junie 1900 het Bouwer die slae by Donkerhoek (11–12 Junie 1900) Dalmanutha (21–27 Augustus 1900) meegemaak. In September 1900 is hy met die rang veldkornet aangestel as tweede in bevel van pres. M.T. Steyn se geleide deur die Transvaalse Bosveld na sy eie republiek. Daarna het hy hom by die westelike strydmag onder genl. J.H. de la Rey gevoeg en aan talle suksesvolle krygsoperasies tot Desember 1900 deelgeneem. In daardie maand het sy bevordering tot kommandant gevolg, en gedurende die eerste helfte van 1901 het hy onder genl. J.C. Smuts in die omgewing van Potchefstroom geveg.