Em 1861, no início da guerra civil, foi transferido de Forth Leavenworth, Kansas, para as defesas de Washington, D.C., onde atuou como ajudante do inspetor geral. Em julho de 1862 foi promovido a General de Brigada e assumiu o comando da brigada de reserva da cavalaria do Exército da Virgínia, sob John Pope. Foi severamente ferido na Segunda Batalha de Bull Run.