C 4 июня 1992 года по 11 ноября 1994 года — заместитель министра иностранных дел Российской Федерации Андрея Козырева. В период войны в Боснии был специальным представителем президента Российской Федерации на Балканах, курируя разрешение конфликта в бывшей Югославии. Чуркин участвовал в переговорах со всеми сторонами конфликта, а также с ООН, ЕС, США и Канадой, приведших к возникновению «политической коалиции по урегулированию конфликта в Боснии», что, по его мнению, создало «предпосылки для того, чтобы подвигнуть народы Боснии и Герцеговины к мирному урегулированию. Однако последнее слово остаётся всё же за ними». Отвергая «обвинения в просербской или какой-либо другой позиции», Чуркин вместе с тем отмечал невозможность договориться с боснийскими сербами, так как они «поражены военным безумием». Чтобы обозначить интересы Российской Федерации, Чуркин одним из первых предложил направить в Сараево российские воинские части, впоследствии преобразованные в 629-й отдельный пехотный батальон ООН, ввиду чего после переговоров сербы согласились вывести тяжёлую артиллерию из-под Сараево и передать её под контроль ООН. Используя традиционные связи России с православными сербами, Чуркин выступил в качестве посредника при заключении соглашения, остановившего авиаудары НАТО и помогшего снятию осады с боснийского Сараева, а затем и приведшего к включению российского батальона в региональный контингент ООН. Вместе с тем Чуркин отмечал, что сербы совершили предательство, использовав «российскую поддержку как прикрытие» и атаковав город Горажде, находившийся под контролем боснийских мусульман и объявленный .