W reprezentacji Burkiny Faso Kaboré zadebiutował w 2001 roku. W 2002 roku podczas Pucharu Narodów Afryki 2002 był podstawowym bramkarzem i rozegrał 3 mecze: z Republiką Południowej Afryki (0:0), z Marokiem (1:2) i z Ghaną (1:2). W 2004 roku został powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki 2004 i wystąpił tam w jednym meczu, z Kenią (0:3). Od 2001 do 2007 roku wystąpił w kadrze narodowej 60 razy.