Kritzingerin on epäilty avoimesti vastustaneen holokaustin suunnittelemista konferenssissa. Kokouksen jälkeen hän haki eroa tehtävästään, mutta eroanomusta ei hyväksytty. Myös sodan jälkeen Nürnbergin sotarikosoikeudenkäynneissä hän oli harvoja korkean tason virkamiehiä, jotka tunnustivat avoimesti häpeävänsä natsihallinnon rikoksia. Kritzinger vapautettiin syytöksistä 1946. Hän kuoli seuraavana vuonna.