Vom 24. September 2004 bis 6. Mai 2006 war Porter Goss CIA-Chef, bis er auf Druck der Regierung Bush sein Amt zur Verfügung stellte. Seit dem 30. Mai 2006 leitete Michael V. Hayden, ehemaliger Leiter der NSA, die CIA. Bis April 2005 war der Direktor der CIA jeweils auch als Director of Central Intelligence für die Beratung des US-Präsidenten in Nachrichtendienstfragen zuständig und hatte die Führung der Gemeinschaft der US-Nachrichtendienste (Intelligence Community) inne. Im Zuge der Reform des US-amerikanischen Nachrichtendienstsystems nach den Terroranschlägen vom 11. September wurde diese Funktion auf den Director of National Intelligence übertragen, der gleichzeitig für die Koordinierung der Arbeit der CIA mit der anderer Nachrichtendienste und für die Auslandskooperation zuständig ist. Dadurch wurde die Rolle der CIA als führende Nachrichtendienstinstitution aufgehoben.