Den ekologiska betydelsen av våtmarker är stor. Floran och faunan i en våtmark är anpassade till de speciella fuktiga förhållanden som råder permanent eller säsongsvis. Det finns våtmarker där vattnet är sötvatten och det finns våtmarker som är påverkade av saltvatten eller brackvatten. I tempererade klimat finns våtmarker som karaktäriseras av mycket växlande produktivitet beroende på årstidsväxlingarna. Vissa våtmarker i tropiskt klimat kan säsongsvis drabbas av torka. Sammantaget är begreppet våtmarker alltså mycket varierande miljöer som erbjuder livsförutsättningar för en mängd olika växter och djur. Hot mot våtmarker världen över är utdikning och föroreningar. Internationella överenskommelser som Ramsarkonventionen har därför antagits för att skydda dem.