Kościół Świętego Mikołaja jest najstarszą świątynią obecnej stolicy Niemiec. Jego metryka sięga XIII wieku, kiedy ok. 1230 powstała późnoromańska bazylika z westwerkiem, do dziś zachowały się jego dolne partie w obecnym masywie zachodnim. Ok. 1300 kościół zasadniczo przebudowano, powstała wczesnogotycka trójnawowa hala. XIV i XV wiek to okres stopniowej przebudowy kościoła. Od 1379 do około 1450 powstała obecna ceglana trójnawowa hala z wieńcem kaplic. Od 1452 do schyłku XV stulecia prowadzono dalsze prace, powstały m.in. kaplica NMP, przybudówka przylegająca do kościoła od południowego zachodu oraz dwukondygnacyjny aneks mieszczący zakrystię i bibliotekę po północnej stronie kościoła. W latach 1876-1878 architekt Hermann Blankenstein dokonał gruntownej restauracji kościoła. W sposób zasadniczy zmieniła się sylweta świątyni, gruntownie przebudowano górną część westwerku, który otrzymał ceglaną kondygnację z dwoma złączonymi ze sobą wieżami nakrytymi ostrosłupowymi strzelistymi hełmami. Podczas walk o Berlin u schyłku II wojny światowej kościół uległ poważnym zniszczeniom. Przez długi czas kościół znajdował się w stanie ruiny – zachowały się mury lateralne filary międzynawowe oraz masyw zachodni (bez zwieńczenia). Świątynia wraz z okolicami weszły w skład Berlina Wschodniego – stolicy NRD. W latach 1982-1987 kościół odbudowano. Ze względu na dobrą akustykę wnętrza dokonano adaptacji świątyni na cele kulturalne, w kościele organizowane są koncerty.