Porém, em um momento em que D. Manuel I necessitava dos investimentos dos judeus, conseguiu evitar que eles fossem oficialmente descriminados por sua origem judaica, mas não conseguiu realizar um programa que os integrasse de maneira social e religiosa à antiga minoria. Esses eventos resultaram, em 1506, no Massacre de Lisboa, momento no qual centenas de cristãos-novos foram mortos pelos antigos cristãos de Portugal. Após a matança, o rei puniu os responsáveis pelo massacre, e renovou os direitos que os judaizantes possuíam em 1497, que dava aos cristãos-novos o privilégio de não serem inquiridos por seus chamados "delitos de fé", além de autorizá-los a sair livremente de Portugal.