Tõnisson lideró un gobierno de coalición con miembros del Partido Popular, de los socialdemócratas y del Partido Laborista. La acción más importante de su gabinete fueron las negociaciones de paz con la República Soviética de Rusia, que se tradujeron en el tratado de Tartu entre Estonia y Rusia del 2 de febrero de 1920. Dicho acuerdo puso fin a la guerra de independencia luego de que los rusos renunciaran «a perpetuidad» a cualquier derecho sobre el territorio. El otro hito fue una disputa fronteriza con Letonia sobre el enclave de Valga, resuelto por mediación del gobierno británico con su división en dos ciudades: Valga (Estonia) y Valka (Letonia). A nivel personal mantuvo posiciones nacionalistas, defendía una sola autonomía cultural, y rechazaba colaborar con alemanes del Báltico u organizaciones religiosas.