Dne 6. dubna 1941 začala německá invaze do Jugoslávie. "Vardar" v té době kotvil v Dubovaci. Byl vlajkovou lodí 1. divize monitorů zodpovědné za obranu dunajské hranice s Rumunskem a podřízené 3. pěší divizi. Velel mu korvetní kapitán Milivoj Kockar. Toho dne "Vardar" a monitor "Sava" odrazily několik útoků letadel Luftwaffe na jejich základnu. Následující tři dny oba monitory pokládaly miny na Dunaji poblíž rumunských hranic.