30 июня 1942 года сменил штандартенфюрера СС Отто Олендорфа на посту командира айнзацгруппы D, действующей на юге Украины и Крыму в тыловом районе 11-й армии. Летом 1942 года вермахт начал летнее наступление и вторгся на Кавказ, проведя операцию «Эдельвейс». В августе 1942 года айнзацгруппа провела широкомасштабные массовые убийства евреев. В Ейске и Краснодаре были уничтожены в газвагенах воспитанники детских домов. 21 и 22 августа 500 евреев из Краснодара были расстреляны в лесу на окраине города. Подобная акции произошла 1 сентября 1942 года в Минеральных Водах. 12-я айнзацкоманда 9 и 10 сентября 1942 года провела расстрелы в Ессентуках и Кисловодске. Тем же подразделением были уничтожены в газвагенах евреи из Пятигорска. Всего было убито около 6000 евреев. Оставшиеся в живых евреи-ремесленники, которые были использованы на принудительных работах, были уничтожены в Кисловодске в начале январе 1943 года. Общее число унитоженных айнзацгруппой в этот период достигло около 10 000 человек. В мае 1943 года айнзацгруппа D была распущена, а Биркамп до 15 июня 1943 года возглавлял так называемую боевую группу Биркампа.