В марте того же года крейсер «Нака» патрулировал акваторию между Явой и Целебешем, однако 14 марта экипажу поступил приказ возглавить силы для вторжения на остров Рождества. В поход отправились собственно «Нака», крейсеры 16-го дивизиона «» и «», эсминцы 9-го дивизиона «Минэгумо» и «Нацугумо», эсминцы 22-го дивизиона «Сацуки», «Минадзуки», «Фумидзуки» и «», эсминцы 16-го дивизиона «Амацукадзэ» и «Хацукадзэ», танкер «Акебоно-мару» и транспортные корабли «Кимисима-мару» и «Кумагава-мару». 31 марта 1942 года высадка прошла без сопротивления, однако находившаяся неподалёку американская субмарина «» сделала два торпедных залпа по «Наке». Первые четыре прошли мимо в первый день, а 1 апреля после выпуска двух торпед одна попала в правый борт крейсера рядом с бойлером № 1. «Натори» отбуксировал повреждённое судно в залив Бантам (Ява) на ремонт, а затем собственными силами «Нака» добралась до Сингапура. Ущерб был настолько серьёзным, что судно ушло на ремонт в июне и оставалось в резерве флота до апреля 1943 года.