1895-ben és 1896-ban a téli hónapokat gyógyfürdőkben töltötte Egyiptomban, és – sokak várakozásával szemben – kigyógyult betegségéből. Unokaöccsének, Rudolf koronahercegnek 1889. január 30-án Mayerlingben elkövetett öngyilkossága után Ferenc Ferdinánd édesapja, Károly Lajos főherceg, a császár legidősebb öccseként az Osztrák–Magyar Monarchia trónörököse lett. Az apa 1896. március 19-én bekövetkezett halála után Ferenc Ferdinánd főherceg lett a birodalom trónörököse. 1897-ben a 7. dzsidásezred tulajdonosává nevezték ki, majd 1899-ben lovassági tábornokká léptették elő. 1899. március 29-én a császár kinevezte a haderő főfelügyelőjének, ugyanebben az évben a kassai 6. tüzérezred tulajdonosa lett. 1900-ban Berlinben képviselte Ferenc József császárt, és kitüntették a porosz Fekete Sas-renddel. Szintén ő képviselte a császárt 1901-ben Viktória brit királynő temetésén, majd 1902-ben VII. Eduárd brit király koronázásán (és a temetésén is, 1910-ben). 1902-ben a császár tengernaggyá is kinevezte. Az Osztrák Tudományos Akadémia tiszteletbeli tagjává választotta.