Toe die oorlog in Oktober 1899 uitgebreek het, het Duquesne na Suid-Afrika teruggekeer om hom by die Boerekommandos aan te sluit. Tydens die beleg van Ladysmith is hy beseer maar hy is ook bevorder tot die rang van kaptein in die artillerie. Duquesne is gevang deur die Britte by Colenso maar hy kon daarin slaag om in Durban te ontsnap. Hy het hom weer by die Boeremagte aangesluit en in die Slag van Bergendal geveg. Hulle moes egter terugval na Mosambiek. Daar is hy deur die Portugese gevang en na ’n interneringskamp in Caldas da Rainha naby Lissabon gestuur.