Το 1557 ο Γκουντιμέλ εγκαταστάθηκε στο Μετς και ασπάσθηκε τον προτεσταντισμό, γεγονός που θα αποδειχθεί μοιραίο γι’ αυτόν. Συναναστράφηκε τους Ουγενότους, ωστόσο, έφυγε από την πόλη, το 1567, λόγω της αυξανόμενης εχθρότητας των αρχών του Μετς στους προτεστάντες κατά τη διάρκεια των Θρηκευτικών Πολέμων. Αρχικά, επέστρεψε στο Μπεζανσόν και, στη συνέχεια, εγκαταστάθηκε στη Λυών. Εκεί, δολοφονήθηκε κάποια μέρα μεταξύ 28 και 31 Αυγούστου 1572, στο πλαίσιο της επέκτασης των σφαγών της Νύχτας του Αγίου Βαρθολομαίου στην επαρχία, μαζί με μεγάλο μέρος του πληθυσμού των Ουγενότων της πόλης. Μετά τη δολοφονία, το πτώμα του Γκουντιμέλ πετάχτηκε στον ποταμό Ροδανό.