2010年4月，他转往玉树藏族自治州，出任中共玉树州委副书记、政法委书记。据报道，由于当时玉树州发生地震，这次人事任命无法完成例行程序，没有召开大会，也没有任命书。地震次日，时任中共青海省委常委、组织部长齐玉在救灾指挥部帐篷中宣布了任命。地震当天赶往震区的第一班飞机上，青海省政府秘书长高华紧急将文国栋任命为青海省玉树抗震救灾指挥部综合协调组副组长。2012年，他不再兼任中共玉树州政法委书记，仍担任中共玉树州委副书记，明确为正厅级。2013年2月，他被任命为中共玉树州委书记。