Октобра 2005, Баширова администрација окончала је Други судански грађански рат, један од најкрвавијих ратова у Африци, допустивши ограничену аутономију Јужном Судану. Међутим, отприлике у исто време избио је сукоб у Дарфуру, у коме је према западним изворима страдало између 200.000 и 400.000 људи. Због тога Башир данас држи репутацију једног од најконтроверзнијих вођа данашњице.