V prosinci 1963 byl dotázán na svůj názor ohledně atentátu na prezidenta J. F. Kennedyho. Malcolm X odpověděl kriticky, což ve vypjaté atmosféře přineslo mediální smršť. Současně tím porušil zákaz komentování atentátu, který vydal Elijah Muhammad. Negativní reakce médií a veřejnosti vedla k 90dennímu suspendování Malcolma X z aktivit hnutí. Další rozkol přišel s morálními skandály Elijaha Muhammada, ke kterým se doznal. Současně se Malcolm X stal velmi neoblíbeným u některých členů Nation of Islam, protože byl upřednostňován médii, členové to vnímali jako ohrožení vedoucí role Elijaha Muhammada.