Przez resztę roku 1999 i dużą część 2000 nastąpił okres względnej ciszy o Marilyn Manson. Grupa spędziła ponad rok na spokojnym pisaniu i nagrywaniu w studiu w Dolinie Śmierci, tylko jeden singiel „Astonishing Panorama of the Endtimes” – wyciągnięty z czasów "Antichrist Superstar" – ukazał się w tamtym czasie. "Holy Wood (In the Shadow of the Valley of Death)" został wydany 14 listopada 2000. Powracając do mroczniejszego, bardziej wewnętrznego brzmienia "Antichrist Superstar", większość tekstów albumu została napisana w reakcji na masakrę w Columbine. Pomimo bardzo zdecydowanego uznania, "Holy Wood" był najsłabiej sprzedającym się albumem. Określany przez zespół jako trzecia część trylogii rozpoczęta albumem "Antichrist Superstar" i kontynuowana "Mechanical Animals", jego dominującym motywem jest badanie relacji pomiędzy śmiercią i sławą w amerykańskiej kulturze; teksty i oprawa graficzna zawierają wiele odniesień do Johna F. Kennedy’ego i Lee Harveya Oswalda, Johna Lennona i Marka Davida Chapmana, a nawet do Abrahama Lincolna i Johna Wilkesa Bootha. Światowa trasa "The Guns, God and Government" poszerzona o badanie oczarowania Ameryki przez przemoc, i logo trasy – karabin i pistolety ustawione tak by przypominać Chrześcijański krzyż – Manson nie miał zamiaru ukrywać co było źródłem tych fascynacji.