В 1964 году Фони возглавил сборную Швейцарии, с которой он «пробился» на чемпионат мира в 1958 году, но там его команда выступила неудачно, проиграв все 3 матча Германии, Испании и Аргентине, а уволен был Фони в мае 1967 года после поражения швейцарцев в отборочном турнире к чемпионату Европы. После этого Фони работал в «Интере» и «Мантове» и «Удинезе», во время работы с которым у Фони дебютировал в «большом» футболе молодой голкипер Дино Дзофф.