Mientras César terminaba de organizar la estructura administrativa de la nueva provincia que había anexionado a la República, sus enemigos políticos trataban en Roma de despojarle de su ejército y cargo utilizando el Senado. César, a sabiendas de que si entraba en la capital sería juzgado y exiliado, intentó presentarse al consulado "in absentia", a lo que los optimates se negaron. Este y otros factores le impulsaron a desafiar las órdenes senatoriales y protagonizar el famoso cruce del Rubicón, momento en el que, al parecer, pronunció la inmortal frase "alea iacta est" («la suerte está echada»). Inició así una nueva guerra civil, en la que se enfrentó a los optimates, que estaban liderados por su antiguo aliado, Pompeyo. Sus victorias en las batallas de Farsalia, Tapso y Munda sobre los conservadores, le hicieron el amo de la República. El hecho de que estuviera en plena guerra civil no evitó que se enfrentara a FarnacesII en Zela y a los enemigos de Cleopatra en Alejandría. A su regreso a Roma se hizo nombrar cónsul y dictador perpetuo, e inició una serie de reformas económicas, urbanísticas y administrativas.