28 марта 2015 года в товарищеском матче против сборной Уругвая Мохамеди дебютировал за сборную Марокко. В 2017 году в составе сборной Мунир принял участие Кубка Африки в Габоне. На турнире он сыграл в матчах против команд Того, Кот-д’Ивуара, Египта и ДР Конго.