Friedrich wurde bereits nach drei Monaten der Herzogin von Spoleto übergeben. Ihr Mann Konrad von Urslingen gehörte zu den engsten Vertrauten Heinrichs VI. Am Herzogshof in Foligno verbrachte Friedrich seine ersten Lebensjahre. Um Weihnachten 1196 wählten die Fürsten in Frankfurt den gerade zweijährigen Königssohn in Abwesenheit zum römisch-deutschen König "(rex Romanorum)". Sein Vater wollte mit dieser Wahl vor dem Aufbruch zu seinem Kreuzzug seine Nachfolge geregelt wissen. Nach dem unerwarteten Tod des Vaters in Messina kam der fast dreijährige Friedrich, dessen Krönung zum römisch-deutschen König nicht mehr erfolgt war, im Herbst 1197 an den Hof nach Palermo. Am 17. Mai 1198 wurde er im Dom von Palermo zum König von Sizilien gekrönt. Gleichzeitig mit der Krönung zum König von Sizilien verzichtete Konstanze für Friedrich auf den Titel "rex Romanorum", da der Papst eine Doppelherrschaft des nordalpinen Reiches und Siziliens befürchtete.