Già sul finire della carriera agonistica, Conte aveva palesato l'intenzione di rimanere nel mondo del calcio come allenatore. Il desiderio di intraprendere questa nuova professione in seno allo staff juventino è, tuttavia, osteggiato dal neotecnico della prima squadra, Fabio Capello, così l'ex centrocampista comincia dalla panchina di un altro club bianconero, il , dove nel campionato 2005-2006 va a ricoprire il ruolo di vice per Luigi De Canio.