In Vlaanderen was intussen een periode van onzekerheid uitgebroken: Boudewijn, graaf van Vlaanderen en Henegouwen, die in januari 1200 nog het interdict dat de koning boven het hoofd hing in zijn voordeel had weten uit te buiten om de voor hem voordelige vrede van Péronne af te sluiten, nam vanaf de zomer van 1202 deel aan de Vierde Kruistocht, nam deel aan de inname van Constantinopel en werd verkozen tot keizer van het in mei 1204 opgerichte Latijnse Keizerrijk. Maar hij in 1205 werd door de Bulgaren gevangen genomen en kort daarop gedood. Filips, broer van Boudewijn en graaf van Namen, die het regentschap in Vlaanderen waarnam, zwoer ten slotte – tegen het advies van zijn raadgevers in – trouw aan Filips Augustus. De koning besloot teneinde de opvolging in het graafschap te verzekeren de enige erfgename van Boudewijn, diens dochter Johanna, in 1211 te doen trouwen met Ferrand van Portugal. Het paar, dat in januari 1212 in Parijs in het huwelijk was getreden, werd onderweg naar het graafschap Vlaanderen door kroonprins Lodewijk gevangen genomen, die ook de steden Sint-Omaars (Saint-Omer) en Ariën (Aire-sur-la-Lys) innam, en Filips liet hen pas vrij nadat ze beiden op 25 februari 1212 het Verdrag van Pont-à-Vendin ondertekenen waarmee ze de twee veroverde steden aan Frankrijk afstonden. Filips dacht nu met Ferrand iemand als graaf van Vlaanderen te hebben aangesteld die hij makkelijk kon manipuleren.