Inicjatywa utworzenia PBGOT powstała po ekshumacjach przeprowadzonych na terenie kwatery „Ł” (tzw. „Łączka”), Cmentarza Wojskowego na Powązkach w Warszawie, gdzie w 2012 r. Rada Ochrony Pamięci, Walk i Męczeństwa oraz IPN-KŚZpNP rozpoczęły proces podniesienia szczątków ofiar, w celu potwierdzenia miejsca spoczynku więźniów rozstrzelanych z przyczyn politycznych w latach 1944-1956 w więzieniu przy ul. Rakowieckiej. Brak wszelkich elementów umożliwiających przywrócenie tożsamości za pomocą metod historycznych, archeologicznych lub antropologicznych zdeterminował wykorzystanie badań DNA. W tym celu, już w trakcie prac w 2012 r. rozpoczęto zbieranie materiał porównawczego od członków rodzin ofiar. Zaangażowanie pracowników Zakładu Medycyny Sądowej PUM w Szczecinie w identyfikację osobniczą ofiar II wojny światowej umożliwiło zgromadzenie ilości danych, które posłużyły identyfikacji ofiar terroru komunistycznego. Skutkiem ilości zgłoszeń rodzin ofiar konfliktów zbrojnych XX w., projekt PBGOT został rozszerzony o ofiary wojny polsko-bolszewickiej, agresji niemieckiej na Polskę we wrześniu 1939 r. i okupacji.