A háborúk alatt sok kun elvándorolt, például hajdúk lettek. Régi területükre a török kiűzése után más etnikumok is költöztek, mindez elősegítette a kunok asszimilációját. Az utolsó kun nyelvű szövegek a reformáció idejéből ismertek. Gyakori volt a török portyák során az elfogott népesség rabszolgasorba hajtása, és elhurcolása. A Kunság török által elnéptelenített déli területei -az Oszmán birodalom számára megbízható, magyarországi uralmukat fenntartó- szerb katonaparasztokkal népesültek be. A legtragikusabb esemény azonban a kunok történetében a Szent Liga háborújának korszakára esik. 1683-ban a Bécs ellen vonuló oszmán hadsereggel szövetséges krími tatár segédcsapatok módszeresen végigdúlták a Kunság területét, az eredeti még megmaradt kun népesség többségét gyakorlatilag szinte teljesen kiirtották.