Forsmag på disse stridigheder møder vi allerede tidligere, men for alvor brød striden dog først løs i anledning af det såkaldte ”Interim”. I 1547 gjorde kejseren, Karl den Femte, alvor af, hvad han allerede ofte havde truet med, at anvende magt mod de protestantiske fyrster for at tvinge dem til at give efter. Han havde et par år forud fået fred med Frankrig og sine andre fjender og beredte sig nu til at slå et afgørende slag i Tyskland. Til det søgte han at sikre sig forbundsfæller også blandt de tyske fyrster, og navnlig vandt han således Hertug Moritz af Sachsen, som ganske vist selv var protestant, men dog af politiske grunde sluttede sig til kejseren. Krigen (”Den Schmalkaldiske Krig”) var snart afgjort. Kurfyrst Johan Fredrik af Sachsen blev taget til fange ved Mühlberg (februar 1547). Kurværdigheden tillige med en del af hans områder blev taget fra ham og givet til Moritz. Ingen af de andre protestantiske fyrster tænkte længere på modstand. Landgreve Filip af Hessen, som ved siden af kurfyrst Johan Fredrik stod i spidsen for protestanternes forbund, underkastede sig uden kamp og overgav sig til kejserens nåde.