L'SNA fu il principale avversario delle forze ONU inviate in Somalia nella missione UNOSOM II, e le fronteggiò nella nota battaglia di Mogadiscio con un numero di miliziani compreso tra i 2.000 ed i 4.000. Aidid, leader indiscusso dell'Alleanza, fu il primo obiettivo delle truppe ONU, che tuttavia non riuscirono a catturarlo ed abbandonarono il paese con un nulla di fatto nel 1995.