1986年の時点でハフタルは大佐となっており、チャド・リビア紛争においては、チャドに送られたリビア軍の総司令官となった。このとき、リビア軍の大部分は、捕虜とされるか、国境線まで押し戻されることになったが、1987年のにおける敗退後、ハフタルは配下の600人ないし700人ほどの兵士たちとともに捕虜となった。惨憺たる結果となった戦いの後、カダフィは、ハフタルをはじめ、チャドの捕虜となったリビア軍の兵士たちの存在を認めることを拒んだ。ある見方によると、カダフィがハフタルを見放した理由のひとつは、カダフィが、チャド領内からリビア軍の全軍を撤退させるとの合意書にいち早く署名していたにも関わらず、この合意に反してハフタルがチャド領内で捕虜となったためだったのではないかともいわれている。それとは別に、カダフィがハフタルを見捨てたのは、ハフタルがリビアに「英雄」として凱旋帰国すれば、カダフィの支配体制にとっても脅威となったかもしれないという可能性も指摘されている。いずれにせよ、カダフィの拒絶によって、カダフィに対するハフタルの思いが苦々しいものに転じたことは間違いない。