6 апреля 1941 страны Оси объявили войну Югославии. Югославская королевская армия была разгромлена, и на руинах страны было провозглашено марионеточное прогерманское Независимое государство Хорватия во главе с поглавником усташей Анте Павеличем: в состав Хорватии включили всю территорию современной Хорватии, всю территорию современной Боснии и Герцеговины и часть Сербии как «итало-германский квази-протекторат». Милькович принял участие в антиусташском восстании и возглавил красный партизанский отряд, с которым действовал близ горной цепи Петрова Гора. В августе 1941 года Милькович дезертировал и ушёл на службу в оккупационное хорватское домобранство в Петринье. В декабре 1941 года Милькович снова ушёл к красным партизанам, осев в Кордуне, а затем перебрался в Войнич, где находилась часть руководства Коммунистической партии Хорватии (КПХ). В начале 1942 года он вошёл в Карловацкий уездный комитет КПХ и был назначен командиром партизанского отряда при Велике-Кладуше, с которым захватил город в феврале. Вскоре Хусейн стал командиром партизанских частей Цазина. С марта по сентябрь он был секретарём Цазинского уездного комитета Компартии Хорватии.