En 1992, Jan Eliasson est désigné premier sous-secrétaire général aux affaires humanitaires. Durant l’exercice de cette fonction, il participe à des opérations en Somalie, au Soudan, en Mozambique et dans les Balkans et prend également des initiatives concernant les mines terrestres, la prévention des conflits et l’action humanitaire. De 1993 à 1994, il fait office de médiateur dans le conflit du Haut-Karabakh pour l’Organisation pour la sécurité et la coopération en Europe (OSCE) et est professeur associé à l’université d'Uppsala en Suède, donnant des conférences sur la médiation, le règlement des conflits et la réforme de l’ONU.