Sau khi trở về từ đảo Elba, Napoléon đã phong Davout làm Bộ trưởng Bộ Chiến tranh Pháp. Chỉ trong vòng ba tháng của năm 1815, Davout đã tái cơ cấu và tổ chức lại quân đội Pháp. Cũng chính vì khả năng và vị trí trọng yếu mà Davout nắm giữ, ông không theo Napoléon tham chiến trong Trận Waterloo mà ở lại Paris để duy trì tình hình ổn định và bảo vệ toàn bộ đế quốc Pháp.