Додому повернувся в 1647 р. Брав участь у війні з козаками, мав відбути місію до Б. Хмельницького (на Галицькому сеймику 21 березня 1661 р. підтримано його просьбу про повернення коштів за неї; 8 жовтня 1664 р. вказано, що отримав 20000 золотих польських за неї). 1648 р. успішно командував обороною замку свого міста Бучача під час нападу незначної частини козацько-селянсько-татарського війська. В січні 1649 р. засудив до смертної кари ватажка золотопотіцьких повстанців (присуд виконали публічно в золотопотіцькому замку). 15 березня 1649 р. на сеймику Галицької землі шляхта обрала Я. Потоцького ротмістром повітової хоругви, на чолі якої взяв участь в битві під Зборовом. На сеймику 6 жовтня 1649 р. прийняли рішення домагатись зменшення податків для Я. Потоцького. 1649 р. став королівським придворним, брав участь у коронаційному сеймі у Кракові.