Застаючыся прэзідэнтам ЧССР і членам ЦК КПЧ, Новатны прадстаўляў кансерватыўную большасць партыі і імкнуўся перашкаджаць правядзенню рэформ. Спробы выклікаць сярод рабочых негатыўнае стаўленне да «буржуазных» рэформ не ўвянчаліся поспехам. Дзеячы культуры і моладзь, якія бачылі ў яго асобе галоўную перашкоду на шляху да дэмакратызацыі, патрабавалі яго адстаўкі. 28 сакавіка 1968 падаў у адстаўку з усіх пасад. Новым прэзідэнтам ЧССР стаў Л. Свобада. Адстаўка Новатнага стала пачаткам Пражскай вясны.