Nach der Absetzung des Alkibiades als Oberbefehlshaber noch im selben Jahr wurde Aristokrates zu einem der zehn Befehlshaber bestimmt, die ihn ablösen sollten. Im Jahr darauf, 406 v. Chr., war er als athenischer Admiral an der Seeschlacht bei den Arginusen beteiligt, wobei ihm oblag, den linken Flügel zu befehligen. Athen errang in dieser Schlacht einen glorreichen Sieg. Da es den Admirälen wegen eines Unwetters aber nicht gelungen war, die Seeleute aus untergegangenen Schiffen zu retten oder zumindest die Leichen zu bergen, wurden sechs von ihnen auf Betreiben des Theramenes von der erzürnten und aufgehetzten Volksversammlung vor Gericht gestellt und hingerichtet. Darunter waren neben Perikles dem Jüngeren, einem Sohn des berühmten Staatsmanns Perikles, auch Aristokrates, Erasinides, Diomedon, Lysias und Thrasyllos. Der Philosoph Sokrates war an diesem Tage unter den Richtern und hielt als einziger dem Druck der wütenden Volksmenge stand und weigerte sich, einer Verurteilung der Admiräle und damit deren Hinrichtung zuzustimmen.