Bár a Jugoszláv Szövetségi Köztársaság 1992. április 28-án megalakult, a jugoszláv háborúk miatt életben lévő nemzetközi szankciók miatt – amely eltiltotta az országot a nemzetközi sportversenyeken való részvételtől –, a válogatott első mérkőzését csak 1994. december 23-án játszotta le, amelyen vereséget szenvedett a brazil válogatottól. Azóta a csapat kétszer jutott ki a világbajnokságra, 1998-ban és 2006-ban, valamint egy alkalommal kijutott az EB-re is, 2000-ben. 2003-ban, az ország Szerbia és Montenegróként való újjáalakulásakor a nemzeti válogatott is megváltoztatta elnevezését.