Die Tweede Vryheidsoorlog breek in Oktober uit, en hy sluit hom teen die wil van sy vader as veldprediker by die Boeremagte aan. Hy neem deel aan die Slag van Magersfontein (11 Desember 1899), maar 'n ernstige maagaandoening noodsaak hom om terug te keer na Burgersdorp. Op sterk aandrang van veral Nederlandse vriende, wat vir finansiële hulp sorg, vertrek hy in Mei 1900 na Nederland vir verdere studie aan die Vrije Universiteit Amsterdam, 'n stigting van dr. Abraham Kuyper wat op Gereformeerde beginsels gefundeer is. Hier kom hy in regstreekse aanraking met die vernaamste Calvinistiese teoloë in Nederland. Blykens 'n brief uit Amsterdam aan sy Burgersdorpse studiegenoot, ds. J.A. van Rooy, het hy egter bedenkinge teen die gees van die teologie in Amsterdam en Kampen en glo hy aan die noodsaaklikheid om in Suid-Afrika 'n eie Gereformeerde teologie uit te bou.