Po wybuchu II wojny światowej zajęta przez Niemców 17 września 1939 po odparciu przez Polaków 7 szturmów XIX Korpusu Armijnego Generalnego Inspektora Wojsk Pancernych Heinza Guderiana. W wyniku umowy granicznej zawartej między ZSRR a Niemcami twierdza znalazła się na terytorium sowieckim. Michaił Kowalow komandarm II rangi, dowodzący frontem białoruskim, zajmującym Kresy północno-wschodnie pisał we wrześniu 1939 roku do Moskwy: „Ustanowiona granica na rzece Bug w rejonie Brześcia Litewskiego jest skrajnie niewygodna dla nas z następujących przyczyn: miasto Brześć granica dzieli na dwie części-zachodni obwód fortów dostanie się Niemcom; przy bliskości granicy niemożliwe stanie się wykorzystywanie w pełni bogatego zasobu koszar w Brześciu, węzeł kolejowy i samo miasto będzie się znajdować w strefie ognia z broni maszynowej, przeprawy przez rzekę Bug nie będą zabezpieczone odpowiednim terytorium. Duże, godne uwagi lotnisko przy wsi Małaszewicze dostanie się Niemcom”. W odpowiedzi nie zgodzono się na zmianę przebiegu granicy, mimo to komandarm polecił saperom skierować wody Bugu do kanału pod Terespolskimi Umocnieniami a przybyłym Niemcom oświadczył, że to jest główny nurt Bugu, który miał być granicą zgodnie z Paktem Ribentropp-Mołotow. Taki przebieg zyskała również granica wyznaczona w 1945 r.