Στη μάχη προσφορών που ακολούθησε για την απόκτηση του 18ετούς Ρούνεϊ, νικήτρια αναδείχθηκε η Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ που συνολικά κατέβαλε 25,6 εκατομμύρια λίρες, το υψηλότερο ποσό για αγορά παίκτη κάτω των 20. Πραγματοποίησε εντυπωσιακό ντεπούτο στις 28 Σεπτεμβρίου 2004 και κατά τη νίκη 6-2 επί της Φενερμπαχτσέ για το Τσάμπιονς Λιγκ, σημειώνοντας χατ τρικ και μια ασίστ. Εξελίχθηκε σε έναν από τους κορυφαίους επιθετικούς του ευρωπαϊκού ποδοσφαίρου και συγκέντρωσε πλήθος βραβεύσεων για τις ατομικές του επιδόσεις. Με την Μάντσεστερ έχει κατακτήσει 5 εθνικά πρωταθλήματα (2007, 2008, 2009, 2011, 2013), ένα κύπελλο (2016) και 3 Λιγκ καπ (2006, 2010, 2017), ενώ σε διεθνές επίπεδο το Τσάμπιονς Λιγκ του 2008, το ΟΥΕΦΑ Γιουρόπα Λιγκ 2016-2017 και το Παγκόσμιο κύπελλο συλλόγων 2008 (πρώτος σκόρερ της διοργάνωσης με 3 γκολ σε μόλις 106 λεπτά).