После Октябрьской революции в ноябре 1917 года вступил в Красную гвардию — в рабочую дружину Киевского арсенала. Участвовал в январском восстании в Киеве в 1918 году, затем воевал с петлюровцами и немецкими оккупационными войсками. В марте 1918 года Мнышенко добровольно перешёл на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. Активный участник Гражданской войны. Сначала был командиром взвода в 3-м Латышском полку и в 118-м стрелковом полку 14-й стрелковой дивизии. В мае 1918 года переведён командиром взвода и помощником адъютанта 5-го Заамурского кавалерийского полка, в декабре 1918 — командиром эскадрона 2-го Кубанского полка на Южном фронте. С сентября 1919 года командовал эскадроном 33-го кавалерийского полка в конном корпусе С. М. Будённого и в Первой Конной армии. Участвовал в боях с войсками генералов П. Н. Краснова и А. И. Деникина, был ранен в бою.