정한론을 둘러싼 메이지 6년 정변으로 정부 수뇌가 분열되어 사이고 다카모리(西郷隆盛), 에토 신페이(江藤新平), 이타가키 등이 사직하여 하야하였다. 이후 급속하면서도 무질서하게 이루어졌던 사이고 때의 제도 개혁을 정리하고자 내무성을 설치하고 정부는 오쿠보를 중심으로 이와쿠라 도모미(岩倉具視), 오쿠마 시게노부(大隈重信), 이토 등을 중심으로 재편되었다. 하지만 오쿠보가 대만 출병을 강행하고자 하자 이에 대립했던 조슈 번(長州藩)의 기도가 사직하였고, 정부는 사쓰마 번(薩摩藩)의 오쿠보를 사실상의 정점으로 하는 정권으로 변모하였다.