Fernandinho verruilde Sjachtar Donetsk in juli 2013 voor een bedrag van veertig miljoen euro voor Manchester City. Hier tekende hij in eerste instantie een contract voor vier jaar. Fernandinho werd onder coach Manuel Pellegrini direct basisspeler. Bij zijn debuut tegen Newcastle United in de Premier League op 19 augustus 2013 startte hij in de basis. Op 17 september speelde Fernandinho voor het eerst in Europees verband voor Manchester City, in het Champions League-duel met Viktoria Pilsen. Ook in deze wedstrijd stond Fernandinho in de basis. Op 14 december 2013 scoorde Fernandinho zowel zijn eerste als zijn tweede doelpunt voor Manchester City in de Premier League tegen Arsenal. Op 2 maart 2014 won Manchester City de League Cup door in de finale met 3–1 Sunderland te verslaan. Op de laatste speeldag verzekerde Manchester City zich van de Engelse titel door met 2–0 te winnen van West Ham United. Fernandinho verving in deze wedstrijd Džeko. Op 10 augustus 2014 ging Manchester City met 3–0 onderuit tegen Arsenal om de Community Shield, Fernandinho speelde in deze wedstrijd niet mee. Op 5 november, tegen CSKA Moskou in de Champions League, verving Fernandinho in de rust Jovetić. 25 minuten later kreeg hij zijn tweede gele kaart te zien en moest hij het veld verlaten. Manchester City werd in de achtste finale