Zuber kümmerte sich mit großem Eifer um den sehr armen Sprengel und begab sich 1856 auf eine Europareise um Spenden zu sammeln. Er warb in Österreich, Deutschland, Italien und Frankreich für seine Anliegen und konnte auch eine Gruppe von Schwestern der Congregatio Jesu (Englische Fräulein) für sein Bistum gewinnen. Kaum war der Bischof nach Indien zurückgekehrt, kam es dort zum Aufstand von 1857, in dessen Verlauf auch Bischof Zuber und die Christen seines Vikariats, Verfolgungen und großen Gefahren ausgesetzt waren. Josephine Lorenz, die vom Bischof gerade erst in München für seine Diözese angeworbene Oberin der Englischen Fräulein, kam dabei mit einer weiteren Schwester in der Kirche von Danapur zu Tode, wo sich heute eine Gedenkstätte für sie befindet. Der Apostolische Vikar litt an einer tropisch bedingten Leberkrankheit und die Ärzte rieten dringend zur Rückkehr nach Europa. Dennoch harrte er auf seinem Posten aus, bis die Zerstörungen des Aufstandes beseitigt waren und sich die Mission wieder konsolidierte. Erst 1860 erbat Zuber in Rom die Entbindung von seinem Amt, die ihm Papst Pius IX. unter ausdrücklicher Anerkennung seiner ausgezeichneten Verdienste gewährte. Sein Vorgänger Anastasius Hartmann wurde nun erneut sein Nachfolger als Apostolischer Vikar von Patna.