בשנת 1795, נבזזו הגנים בידי השושלת הקאג'ארית מהאימפריה הפרסית, לאחר קרב קרצניסי המפורסם, שבעקבותיו נחרבה טביליסי, ושוחזרו מחדש בתחילת המאה ה-19. בשנת 1845 נוסדו הגנים, באופן רשמי, בשם הגנים הבוטניים של טביליסי. מספר שנים לאחר מכן צוינו זני הסחלביים בטביליסי כיפים ביותר בכל רחבי האימפריה הרוסית.