Øerne beboedes oprindeligt af chincha-folket, men kun få spor findes i dag. Peru begyndte guanoeksporten i 1840, men Spanien, som ikke havde anerkendt Perus uafhængighed, ønskede del i udbyttet og besatte øerne i april 1864, hvad der blev startskuddet til Chincha-krigen 1864-1866.