Da krigen brød ud, blev den franske flåde straks involveret i en række operationer mod aksemagterne, og deltog blandt andet i slaget om Atlanten, og de allierede operationer i forbindelse med det tyske angreb på Norge i 1940, evakueringen efter slaget ved Dunkerque, samt starten på søkrigen i Middelhavet. Nederlaget til Tyskland og den efterfølgende våbenstilstand ændrede fuldstændigt situationen, og den franske flåde måtte trække sig ud af kampene.