W 1202 r. ojciec Małgorzaty wyruszył na IV wyprawę krzyżową i został łacińskim cesarzem Konstantynopola. Podczas jego nieobecności opiekę nad Małgorzatą i jej starszą siostrą Joanną sprawowała matka. W 1204 r. ona również wyruszyła na Wschód, gdzie zmarła w wyniku zarazy. Opiekę nad dziewczynkami przejął ich stryj Filip z Namur. W 1205 r. cesarz Baldwin zmarł w bułgarskiej niewoli i Joanna została hrabiną Flandrii i Hainaut. W 1208 r. Filip z Namur przekazał kuratelę nad Joanną i Małgorzatą królowi Francji Filipowi II Augustowi.