In juni 1863 trok Lee opnieuw de Noordelijke staten binnen om voedselvoorraden voor zijn troepen te confisqueren, maar ook met de aanstaande verkiezingen in de Unie voor ogen: hij hoopte met overwinningen een anti-oorlogssentiment in het Noorden te veroorzaken en daarmee instemming voor onafhankelijkheid van de Confederatie. Zijn poging om het Noordelijke leger, nu onder leiding van George Meade, te verslaan bij Gettysburg mislukte. J.E.B. Stuarts cavalerie was er niet en Lee gaf zich waarschijnlijk te weinig rekenschap van de voortdurend toenemende vuurkracht van de Noordelijke wapens, vooral de artillerie. Lees beslissing tot een frontale aanval op het centrum van de Noordelijke linies – de desastreuze Pickett's Charge op de derde dag van de slag – leidde tot enorme verliezen. Lee moest zich terugtrekken, maar net als na Antietam durfden de Noordelijke generaals hem niet te achtervolgen. Lee stuurde een ontslagbrief aan zijn president Jefferson Davis op 8 augustus 1863, maar die weigerde Lee te ontslaan.