Działalność kolei, wraz z całą gospodarką kraju, uległa osłabieniu w wyniku zerwania więzi gospodarczych z krajami byłego Związku Radzieckiego. Doprowadziło ono do znacznego spadku ilości przewożonych towarów, a więc pogorszenia sytuacji finansowej i ekonomicznej kolei. Dodatkowo sytuację pogorszyło zaangażowanie Azerbejdżanu w konflikt o Górski Karabach. Straty poniesione przez Koleje w efekcie tego sporu szacuje się na ponad 45 milionów dolarów.