In 1585 werd Johan Albrecht door regent Johan Casimir aangesteld als hofmeester van de minderjarige keurvorst Frederik IV van de Palts. Drie jaar later kreeg hij het ambt van protestantse kanunnik in het klooster van Straatsburg opgedragen. Hij werd daardoor partij in de Straatsburgse Bisschoppenoorlog en moest ook aan de strijd deelnemen, die eindigde door het Verdrag van Hagenau in 1604. Johan Albrecht nam, als volgeling van de leer van de Calvinistische theoloog Johannes Piscator (1546-1625), deel aan het theologische debat en correspondeerde daarover onder meer met graaf Lodewijk 'de oudere' van Sayn-Wittgenstein (1532-1605). In 1602 werd hij groothofmeester van Frederik IV. Voordat hij naar het hof in Heidelberg vertrok, verdeelde Johan Albrecht zijn graafschap met zijn broers, waarna hij zelf Braunfels en Gambach behield, Greifenstein en Wölfersheim aan zijn broer Willem toekwam en Hungen aan zijn broer Otto. Johan Albrecht zou als groothofmeester gedurende eenentwintig jaar een belangrijke rol aan het hof spelen als bestuurder en politiek adviseur van de keurvorst en zich ontwikkelen tot staatsman met internationaal aanzien.