七名宇航员入选后开始在弗吉尼亚州漢普頓的接受训练。此时航空航天局已经确定首个载人航天器的设计方案，由火箭助推器将一个锥形舱送入太空。七人之间的竞争激烈，约翰·格伦尤其给谢泼德带来巨大压力。他开始戒烟，像格伦一样每天晨跑，但依然不忘饮酒调情。1961年1月19日，太空任务主管罗伯特·吉尔鲁斯向七人宣布选定由谢泼德执行此次任务，成为第一个进入太空的美国人。但为了不给他增加压力，航空航天局未向媒体公布具体人选。谢泼德在训练中完成了120次模拟飞行，并率先完成了多轴惯性空间试验（，）。原计划他将于1960年4月26日升空，但因准备工作超出预期，发射日期先后六次推迟，最终定于1961年5月5日。1961年4月12日，苏联在载人航天中抢得先机，宇航员尤里·加加林乘东方1号进入太空，在人类历史上首次沿轨道环绕地球一周，成为首个在太空飞行的人类。美国人再次受到打击。谢泼德看到新闻报道后脸色阴沉，拳头重重锤在桌子上。航空航天局公关官员称谢泼德当时怒火难消，几乎要将桌子砸碎。此后五天的4月17日，美国在猪湾事件中又遭遇失败，时任总统约翰·肯尼迪与航空航天局官员会面，要求他们赶超苏联人，为美国赢得一次胜利。