Dentro del refugio se encuentra el Humedal Caribe Noreste (75.310 ha), el cual es un Sitio Ramsar, protegido a nivel mundial. Este humedal comprende el Parque nacional Tortuguero (23.903 hectáreas), el Refugio de Vida Silvestre Barra del Colorado (40.315,1 hectáreas) y el Refugio Fronterizo Costa Rica-Nicaragua (11.091,7 hectáreas) y se extiende tanto en el área marina como en la parte continental.