Estonsko na konci první světové války vyhlásilo nezávislost, kterou si obhájilo v osvobozenecké válce (1918–1920). Železniční dopravu v nově samostatné republice tak převzala státní společnost Eesti Raudtee. V meziválečném období v zemi docházelo k dalšímu rozvoji úzkorozchodných železnic; zprovozněna byla také spojka Tartu – Pečory (1931, Pečory se tehdy nacházely v Estonsku).