Bereits sein Grossvater hatte 1443 das Schaffhauser Bürgerrecht erworben. Er entstammte somit dem Schaffhauser Patriziergeschlecht Stokar. Zünftig war der spätere Chronist bei den Kaufleuten. Als 22-Jähriger beteiligte sich Stokar am Pavierzug, an dem auch sein Bruder Alexander Stokar als Hauptmann teilnahm. 1513 kämpfte er bei Novara und vor Dijon, 1515 bei Marignano. Auf die grossen Kriegszüge folgten Wallfahrten, 1517 nach Santiago de Compostela und 1519 nach Jerusalem, wo er zum Ritter vom Heiligen Grab geschlagen wurde. 1526 heiratete er die Tochter des Bürgermeisters Hans Peyer, Elisabeth. 1520 wurde er in das Stadtgericht gewählt. 1523 wählte ihn seine Zunft in den Grossen Rat. 1524 wurde er Rechner und Säckelmeister, nach 1530 Reichsvogt der Stadt Schaffhausen.