Κατά τη διάρκεια της Τέταρτης Σταυροφορίας, οι Σταυροφόροι άλωσαν την Κωνσταντινούπολη, πράγμα που διέσπασε την Βυζαντινή Αυτοκρατορία. Η περιοχή του Πόντου, στην οποία ανήκε η Μονή, συνέστησε την Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας. Οι αυτοκράτορές της χρηματοδότησαν συνεχώς τη Μονή σε όλο τον Μεσαίωνα. Όπως και άλλα μεγάλα Ποντιακά μοναστήρια, η Μονή Βαζελώνος «ήταν προικισμένη από τους αυτοκράτορες». Η περιοχή του Πόντου παρέμεινε υπό την κυριαρχία της Αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας μέχρι την Οθωμανική κατάκτησή της το 1461. Η Μονή Βαζελώνος συνέχισε την λειτουργία της κατά την οθωμανική εποχή και τον Παγκόσμιο Πόλεμο. Ωστόσο, κατά τη διάρκεια της ρωσικής κατοχής της Τραπεζούντας το 1916-7, κάποια μοναστηριακά έγγραφα κατασχέθηκαν και βρίσκονται ως σήμερα στην Αγία Πετρούπολη.