Лояльность семьи Колонна к Габсбургам спасло дворец Колонна от разграбления войсками Карла V в 1527 году. Начиная с Филиппа Колонны (1578—1639) Палаццо стали активно расширять, превратив со временем в комплекс зданий вокруг внутреннего сада. Палаццо Колонна с садами заняло весь квартал и включило церковь с фасадом, выходящим на Пьяцца Санти Апостоли.