W reprezentacji Hiszpanii Javi Moreno zadebiutował 28 lutego 2001 roku w przegranym 3:0 towarzyskim spotkaniu przeciwko Anglii. Łącznie dla drużyny narodowej rozegrał 5 meczów i strzelił 1 gola, a ostatni występ zaliczył 6 czerwca tego samego roku w zremisowanym 1:1 pojedynku eliminacji do mistrzostw świata z Izraelem.