У влади Зорана Ђинђића је био заменик премијера и шеф Координационог центра за југ Србије, као и Координационог центра за Косово и Метохију. Милорад Улемек, један од организатора атентата на премијера Србије Зорана Ђинђића, је писао Небојши Човићу о својим намерама, о чему је јавност сазнала након што је Улемек ухапшен. Против Човића је поднета кривична пријава, која није процесуирана.