Francesco Patrizi wurde am 25. April 1529 in Cres geboren. Seine Kindheit verbrachte er zunächst in der Heimatstadt. Sein Onkel Giovanni Giorgio Patrizi, der ein venezianisches Kriegsschiff befehligte, nahm im Februar 1538 den erst neunjährigen Knaben auf einen Kriegszug gegen die Türken mit. So ergab es sich, dass Francesco an der Seeschlacht von Preveza teilnahm, in der die christliche Flotte geschlagen wurde. Beinahe geriet er in türkische Gefangenschaft. Mehrere Jahre verbrachte er auf See. Im September 1543 begab er sich nach Venedig, um eine Berufsqualifikation zu erwerben. Anfangs besuchte er nach dem Willen Giovanni Giorgios eine kaufmännische Schule, doch seine Neigung galt dem Humanismus. Da sein Vater dafür Verständnis zeigte, erhielt der Jugendliche Lateinunterricht. Später schickte ihn der Vater zum Studium nach Ingolstadt, wo damals der Sitz der bayerischen Universität war. Dort eignete er sich Griechischkenntnisse an. Im Jahr 1546 musste er jedoch wegen der Wirren des Schmalkaldischen Krieges Bayern verlassen.