Bei Ausbruch des Sezessionskrieges ging Evans mit den meisten Mitgliedern seiner Miliz-Kompanie zur Armee der Konföderierten und wurde am 19. November 1861 zum Major der 31. Georgia Infanterie und am 13. Mai 1862 zu deren Colonel (Oberst). Mit seiner Einheit nahm er am 25. Juni – 1. Juli 1862 an der Sieben-Tage-Schlacht, am 28. und 30. August 1862 an der Zweiten Schlacht am Bull Run und am 17. September 1862 an der Schlacht am Antietam teil. Von September bis November 1862 kommandierte Evans in Vertretung für General Alexander Robert Lawton dessen Brigade. Anschließend kämpfte er vom 11. – 15. Dezember 1862 in der Schlacht von Fredericksburg.