Nach dem Beschluss der Bundesexekution gegen Preußen durch den deutschen Bundestag in Frankfurt begann der Deutsche Krieg. Die am 10. Mai 1866 angeordnete Mobilmachung der bayerischen Armee wurde erst am 22. Juni abgeschlossen, zu diesem Zeitpunkt befand sich die preußische Armee bereits fast in Böhmen. Dieser Krieg verlief für die bayerische Armee sehr unglücklich. Der bayerische Oberbefehlshaber Prinz Karl, dem auch die süddeutschen Bundestruppen unterstanden, erfuhr, als er dem Königreich Hannover zur Hilfe eilte, in Meiningen von der Kapitulation der Hannoveraner nach der Schlacht bei Langensalza. Da die Preußen rasch vordrangen, war eine Vereinigung mit einem weiter westlich liegenden Bundeskorps unter Prinz Alexander von Hessen nicht möglich, worauf sich die bayerischen Truppen nach Kissingen zurückzogen. Nach heftigen Kämpfen wich die bayerische Armee nach Schweinfurt und Würzburg zurück. Dort konnten lediglich die Festung Marienberg und ein Stadtviertel gehalten werden. Am 1. August 1866 besetzte ein preußisches Reservekorps Nürnberg.