Die Gegend um Saint John wurde am Johannistag (Fête de la St-Jean-Baptiste) 1604 durch den französischen Forscher Samuel de Champlain entdeckt. Charles Latour baute 1631 ein Fort; das Fort Latour war die erste französische Siedlung in Neubraunschweig. Britische Truppen eroberten Fort Latour 1758 und nannten es in Fort Frederick um. Nachdem es während des amerikanischen Unabhängigkeitskrieges zerstört worden war, wurde es an der gleichen Stelle als Fort Howe von britischen Loyalisten wieder aufgebaut. Um das Fort herum entstanden die Siedlungen Parrtown und Carleton mit insgesamt 14.000 Einwohnern. Diese wurden 1785 zu Saint John vereinigt, die damit die erste „inkorporierte“ Stadt Kanadas wurde. Während des Kriegs von 1812 wurde die Stadt stark befestigt, um allfällige Angriffe der USA abzuwehren.