Det danske nederlag i den 2. slesvigske krig 1864 førte til skolens omdannelse til preussisk statsskole. Skolen bevarede et fortsat højt fagligt niveau i årene frem til 1. Verdenskrig, hvilket på flere områder gjorde skolen kendt viden om . Som følge af det økonomiske afmatning i Nordslesvig i årtierne efter 1864 indtraf imidlertid en stagnation i elevtallet, der frem til ca. 1900 lå nogenlunde uændret på knap 200. En kraftig vækst satte dog ind i begyndelsen af det 20. århundrede, og frem til 1914 fordobledes elevtallet, ikke mindst takket være genåbningen af skolens realskole-afdeling i 1900. Pga. det voksende elevtal åbnedes tillige en ny tilbygning til skolebygningen i Gåskærgade i 1905.