Nell'estate del 1997, anche sulla scorta delle ottime prestazioni fornite alla Coppa d'Asia 1996, fu ingaggiato dall'Arminia Bielefeld, nella Bundesliga tedesca, insieme al connazionale Karim Bagheri. Esordì nella massima serie tedesca il 2 agosto nella partita persa sul campo del (1-0) e tre giorni dopo segnò all'esordio casalingo, nella partita vinta per 2-1 contro lo , siglando la rete del pareggio al 70º minuto. Dopo una buona annata fu prelevato dal Bayern Monaco, con cui vinse da rincalzo il titolo tedesco, la Coppa di Germania e la Coppa di Lega tedesca nel 1998-1999, riuscendo anche a collezionare 5 presenze in UEFA Champions League. Nel torneo esordì il 30 settembre 1998, entrando al 63º minuto della partita del girone pareggiata per 2-2 con il , che poi strapperà la coppa ai bavaresi nella memorabile finale del Camp Nou di Barcellona. Daei divenne il primo asiatico a disputare una partita di Champions League. Chiuso da altri attaccanti, venne impiegato di rado durante l'annata, ma riuscì comunque a marcare 6 gol. Trasferitosi all'Hertha Berlino nel 1999, vi militò per tre stagioni, giocando anche la UEFA Champions League nel 1999-2000, edizione in cui segnò due gol nella vittoria per 2-1 in casa contro il del 21 settembre 1999. Andò in rete anche contro il a San Siro (1-1). Con la maglia dei berlinesi giocò 59 partite di campionato (6 gol), 7 in Coppa di Germania, 3 in Coppa di Lega tedesca, 13 in UEFA Champions League (4 gol) e 6 in Coppa UEFA (2 gol).