В 1999 году он впервые выступал на Кубке Америки в Парагвае. В матче против сборной Колумбии Педро забил два гола. В 2000 году Рейес принял участие в Олимпийских играх в Сиднее и помог национальной команде завоевать бронзовые медали. На турнире он сыграл в матчах против команд Марокко, Испании, Нигерии, Южной Кореи, Камеруна и США.