L'epidemia di peste del 1743 colpì duramente l'accademia, che perse 63 membri, tra cui il fondatore, e costrinse alla sospensione delle attività per 3 anni. Nel ventennio successivo, anche grazie all'opera del nuovo pro segretario Andrea Gallo, l'accademia tornò al prestigio: il 6 dicembre del 1766 ricevette una richiesta di aggregazione da parte dei "Calatini" di Caltagirone, nel 1767 il senato cittadino decise di destinare all'accademia un importo annuo di 40 onze per adempiere i propri fini culturali. Il terremoto del 1783 impose una nuova battuta d'arresto all'accademia, che si riprese lentamente e riuscì ad ottenere quasi 10 anni dopo, il 25 febbraio 1792, dal re Ferdinando III di Borbone, una rendita annua a carico del Tesoro dello Stato, grazie alla quale avviò la pubblicazione di un "Giornale di Letteratura, scienza ed arti" e bandì concorsi tra gli accademici.