Nach der Bombardierung der Plaza de Mayo am 16. Juni 1955 verwüsteten und plünderten peronistische Demonstranten die Kirchen und Klöster in der Innenstadt von Buenos Aires. Die Franziskusbasilika erlitt schwere Schäden, im Inneren wurden durch einen Brand Möbel und Einrichtungsgegenstände zerstört. Das Gebäude war so beschädigt, dass es erst 1963 wieder für den Gottesdienst geöffnet werden konnte.