Na de troebelen van de Vlaamse Opstand tegen Maximiliaan (1483-1492) volgden de godsdienstoorlogen einde 16e eeuw, waarbij zowel vanuit Sluis als Oostende veldtochten van de Geuzen plaatsvonden. De Spaansgezinden bouwden enkele versterkingen, zoals bij de "Schoeringebrug". In 1570 werd de kerk verwoest. Onder Oostenrijks bewind werd het sociaal-economisch klimaat stabieler. In 1723 werd de Blankenbergse Steenweg aangelegd waarna de kern van Zuienkerke in 1760-1765 door een verharde weg hiermee verbonden werd. In 1863 werd het Station Zuienkerke geopend dat tot 1957 heeft gefunctioneerd.