У 1997 році заповіднику надано статус юридичної особи. З 2001 року рослинно-тваринний комплекс Карадазького природного заповідника та фонд стародруків (XVII—XIX століть) бібліотеки заповідника визнано національним надбанням України. Заповідник входить до переліку територій, що є важливими для збереження різноманітності птахів. З 2004 року «Аквально-скельний комплекс Карадагу» занесений до Рамсарського переліку водно-болотних угідь міжнародного значення.