Nell'estate 2005, va in Spagna e viene acquistato dall'Espanyol per 3 milioni di euro, notato ai Mondiali giovanili 2005 della FIFA nel quale era anche il capitano della Nazionale argentina Under-20. Zabaleta può contare sul doppio passaporto argentino/spagnolo. Nel gennaio 2007 ha avuto un infortunio alla spalla che l'ha costretto a stare 3 mesi lontano dal campo. Rientra nel maggio 2007 nella partita contro il match valido per la Coppa UEFA, poi perso ai rigori dall'Espanyol.