Trods anbefalingen og hans udmærkede indsats ved Gettysburg fik oberst Trobriand ikke sin forfremmelse til brigadegeneral før den 5. januar 1864. Han overtog endelig kommandoen over en brigade svarende til hans rang, da brigadegeneral J. H. Hobart Ward blev afskediget fra hæren på grund af fuldskab. Sent i krigen ledte han lejlighedsvis en division i Belejringen af Petersburg og Appomattox kampagnen, især da Gershom Mott blev såret i den sidste kampagne. Han fik en midlertidig forfremmelse til generalmajor den 9. april 1865, samme dag som Army of Northern Virginia overgav sig. I 1867 blev han midlertidig brigadegeneral i den regulære hær.