Dopo il massacro di 29 musulmani a Hebron, in Cisgiordania, il 25 febbraio 1994 perpetrato da Baruch Goldstein, Aloni ha chiesto l'espulsione dei coloni israeliani da Hebron. Ha anche condannato i viaggi del liceo nei siti dell'Olocausto perché li considerava dannosi per lo spirito della gioventù israeliana.