La Sampdoria tornò a vincere in A soltanto nell'ottobre 2006, spezzando contro il Parma la striscia negativa di 17 partite. Il campionato non riservò tuttavia soddisfazioni, eccezion fatta per l'esplosione di Fabio Quagliarella che i genovesi avevano comprato dall'. Si segnalò al contrario, in negativo, l'episodio di Flachi: il giocatore fu dapprima fermato dalla giustizia sportiva per il coinvolgimento in un giro di scommesse, quindi - nel 2007 - squalificato per 16 mesi a seguito della positività alla cocaina. Per quanto riguarda le vicende del campo, la posizione finale fu il nono posto.