2 ноября 2011 года Швайнштайгер сломал ключицу в домашнем матче группового этапа Лиги чемпионов против «Наполи» (победа 3:2), из-за этого он выбыл из строя до конца 2011 года. 8 февраля 2012 года в четвертьфинале Кубка Германии против «Штутгарта» (победа 2:0) он снова получил травму и выбыл из игры на несколько недель. 25 апреля 2012 года в полуфинале Лиги чемпионов «Бавария» встречалась с «Реалом». После двух сыгранных матчей счёт был равным, из-за чего вторая игра сначала перешла в этап дополнительного времени, а затем и в серию пенальти. Швайнштайгер последним реализовал свой удар, благодаря чему «Бавария» вышла в финал Лиги чемпионов 2012 года. В том матче, который принимала домашняя арена «Баварии», немецкая команда встретилась с «Челси». Основное время вновь не выявило победителя, игра дошла до серии пенальти. Швайнштайгер бил пятым и не смог поразить ворота Петра Чеха, после чего Дидье Дрогба принёс «Челси» победу. На протяжении &lt;a href="%D0%A4%D0%9A%20%C2%AB%D0%91%D0%B0%D0%B2%D0%B0%D1%80%D0%B8%D1%8F%C2%BB%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202012/2013"&gt;сезона 2012/13 года&lt;/a&gt; Бастиан продолжал играть на позиции центрального полузащитника вместе с новичком команды Хави Мартинесом. 29 сентября 2012 года в поединке с «Вердером» Швайнштайгер провёл свой 400-й матч за «Баварию» во всех турнирах. 6 апреля 2013 года он забил единственный гол в ворота франкфуртского «Айнтрахта», что позволило «Баварии» одержать в этой игре победу и выиграть чемпионский титул Бундеслиги. Помимо этого «Бавария» смогла во второй раз подряд выйти в финал Лиги чемпионов, где мюнхенский клуб со счётом 2:1 обыграл дортмундскую «Боруссию». Благодаря этому Бастиан впервые выиграл Лигу чемпионов. 1 июня «Бавария» выиграла ещё и Кубок Германии. Таким образом, сезон 2012/13 года завершился для «Баварии» и Швайнштайгера «треблом».