Durante la Guerra dei trent'anni la città fu presa il 20 maggio 1631 dalle truppe imperiali guidate dal comandante della Lega cattolica, il conte di Tilly Johann Tserclaes, e sottoposta alla devastazione divenuta nota proprio come "Sacco di Magdeburgo". Quest'evento è divenuto noto anche con il termine "Magdeburgisieren": vennero uccise dalle truppe d'invasione e dal fuoco diverse migliaia di persone tra gli abitanti. La città fu quasi completamente distrutta e spopolata e con l'uccisione di una quota di popolazione stimata tra i ed i abitanti, si tratta sicuramente del singolo avvenimento più cruento di tutta la Guerra dei trent'anni.