運航中止となったことで、本船団による輸送は完全に失敗に終わった。本船団反転中の6月15日にサイパン地上戦が開始されたため、本船団は結果として一緒に引き返した第3609船団と並んでサイパン行きを試みた最後の輸送船団ということになった。ほか、先行した第3602船団がサイパン北方から引き返すなどしている。本来の予定では、15日にも駆逐艦「皐月」以下の甲直接護衛部隊が付いた第3615船団（輸送船2隻・護衛艦3隻）がサイパンへ出航するはずであった。本船団の東京湾帰着後、東京湾からマリアナ諸島方面への船団護衛にあたってきた戊直接護衛部隊は解隊された。