Intanto i tedeschi avanzano nella Champions League: vincono il gruppo nella prima fase a gironi, e si qualificano alla seconda insieme al Paris Saint-Germain. Qui vincono nuovamente il girone, ed approdano alla fase ad eliminazione diretta insieme all'Arsenal. I "Rossi" ottengono poi quattro vittorie con Manchester United e Real Madrid rispettivamente nei quarti di finale e in semifinale della manifestazione, e giungono così alla finale. Questa partita si gioca il 23 maggio 2001 a Milano contro il Valencia, e qui i calci di rigore sono protagonisti: nei tempi regolamentari segnano infatti dal dischetto prima Gaizka Mendieta per gli spagnoli poi Stefan Effenberg per i tedeschi, mentre in precedenza Mehmet Scholl si era fatto parare il rigore del possibile pareggio. Questo risultato rimane immutato anche alla fine dei tempi supplementari, e il Bayern vince il trofeo dagli undici metri, dopo che Oliver Kahn riesce a parare il tiro a Mauricio Pellegrino.