En febrero de 1948, al triunfar en las elecciones presidenciales el candidato oposicionista Otilio Ulate Blanco, el General René Picado Michalski se negó a cumplir el acuerdo de 1947 según el cual se pondría la dirección de la fuerza pública en manos del candidato vencedor, y se hizo fuerte en el Cuartel de Artillería de San José mientras no hubiese resolución legislativa sobre los comicios. El 1 de marzo, a solicitud del candidato derrotado Rafael Ángel Calderón Guardia, el Congreso anuló las elecciones presidenciales (pero no las legislativas, en la que había triunfado la coalición de calderonistas y comunistas). Esto provocó el levantamiento armado de José Figueres Ferrer y una guerra civil, que concluyó el 19 de abril de 1948 con el Pacto de la Embajada de México, mediante el cual se acordó que el Presidente Teodoro Picado llamase a ejercer interinamente el poder al Tercer Designado Santos León Herrera. En la misma fecha, el General René Picado Michalski, considerado como uno de los grandes responsables de la guerra civil, fue sustituido en la Secretaría de Seguridad por Miguel Brenes Gutiérrez.