Йохан започва военна кариера. През 1591 г. той пътува дълго в Западна Европа. През Осемдесетгодишната война той комадва известно време хабсбургска войска в Нидерландия, която се бие на страната на испанския крал. През 1593 г. през Турската война той отива в Унгария. С развитата от него конструкция („Pernsteinsche Petarde“/ "pernštejnska petarda") той има успех.