Margaglio begon in 1985 met schaatsen, en ook meteen met de discipline ijsdansen. Met zijn eerste schaatspartner Claudia Frigoli was hij drievoudig Italiaans kampioen bij de junioren. Ze namen in 1991 deel aan de WK junioren, waar ze 16e werden. Kunstrijdster Barbara Fusar Poli vroeg, nadat haar vorige partner stopte met de sport, of Margaglio met haar wilde schaatsen. Margaglio nam haar aanbod aan. Ze eindigden bij de EK 1995 op de tiende plek en de resultaten werden elk jaar beter. In het seizoen 1999/00 wonnen ze hun eerste EK- en WK-medailles (beide zilver). Het jaar erop was zeer succesvol voor Fusar Poli en Margaglio. Als eerste Italianen werden ze wereldkampioen bij het kunstschaatsen.