In den späten 1540er Jahren sind wieder längere Aufenthalte Nallingens in Heilbronn belegt. 1544/45 stand er als Syndikus kurzfristig in den Diensten des Heilbronner Rats, 1546 bat er als Kammergerichtsrat um einen längeren Aufenthalt in Heilbronn, weil das Kammergericht ausgesetzt sei. 1548 wird er als Advokat des Rats genannt. Nallingen beriet die Stadt in verschiedenen juristischen Fragen auch insbesondere zur Zeit des Augsburger Interims, zu dessen Durchsetzung der Kaiser die Stadt von spanischen Truppen besetzen ließ. Ab 1549 beriet Nallingen die Stadt im langwierigen Rechtsstreit mit der Heilbronner Kommende des Deutschen Ordens wegen dessen erlittenen Schäden während des Bauernkriegs und des Schmalkaldischen Kriegs. 1551 erwarb er ein Haus am Heilbronner Marktplatz und hatte von da ab vermutlich seinen Wohnsitz wieder dauerhaft in Heilbronn. 1555 befasste er sich mit einer Auseinandersetzung zwischen dem Rat der Stadt und dem Bistum Würzburg um die Besoldung der Pfarrer. 1556 führte er die Erneuerung des bestehenden Bündnisses der Reichsstadt mit der Kurpfalz herbei.