Протягом 1988–1991 років Надібаїдзе керував підрозділами автомобільної служби, що займалися відновленням інфраструктури на підконтрольних ЗакВО територіях (Сумгаїтський погром, Вірменський погром у Баку, громадянська війна у Грузії). 6 травня 1989 року йому було присвоєне військове звання «генерал-майора». У 1991 році за виконання завдання, поставленого йому особисто Міністром оборони СРСР Дмитром Язовим, нагороджений Орденом Червоної Зірки. Суть цього завдання так і не було розкрито. За деякими даними Надібаїдзе був куратором постачання зброї заколотникам, що мали на меті повалення влади Звіада Гамсахурдії.