1918 októberében Groener átvette Erich Ludendorfftól a vezérlő hadbiztosi teendőket. Paul von Hindenburg tábornaggyal együtt értesítette II. Vilmos német császárt, hogy elveszítette a hadsereg bizalmát és azt tanácsolta a császárnak, hogy mondjon le. Vilmos ezt hamarosan meg is tette. A compiègne-i fegyverszünet megkötése után Groener segített megszervezni a német hadsereg hazaszállítását és különleges, önkéntes katonai csapatok engedélyezésével együttműködött Friedrich Eberttel a kommunista felkelés leverésében.