בעקבות רצח קיריון השני, ב-28 בנובמבר 1918, הוא נבחר לכהן כפטריארך של כל גאורגיה. במהלך כהונתו הוא התמודד בפני בעיות כמו אי ההכרה הבינלאומית באוטוקפליה הגאורגית ורדיפת הכנסייה הגאורגית על ידי המשטר הבולשביקי עם פלישת הצבא האדום לגאורגיה בפברואר 1921 וכינונה של גאורגיה הסובייטית.