В перші дні війни з СРСР "Ju 88" в основному завдавали ударів по аеродромах з використанням малих 2 кг осколкових бомб. При цьому втрати були доволі високі — в перший день було втрачено 33 літаки. В подальшому "Ju 88" перевели на підтримку військ, при цьому стандартними бомбами стали 50 і 250 кілограмові, хоча деколи використовувались і більші: 28 червня 1941 року "Ju 88" бомбили Брестську фортецю 1800 кілограмовими бомбами. З 22 липня почались бомбардувальні нальоти на Москву, але для них здебільшого використовувались He 111, хоча "Ju 88A-6" з механізмом прориву аеростатних загороджень відіграли свою роль. До жовтня 1941 року авіагрупи з "Ju 88" втратили більшість літаків і їх почали виводити на переформування. 2-ий повітряний корпус, в який входило 5 авіагруп, було переведено в Лівію для підтримки військ, а після стабілізації ситуації перевели в Італію для подальших бомбардувань Мальти. Ті "Ju 88" що залишились на східному фронті почали діяти як загони швидкого реагування завдаючи ударів по найпроблемніших ділянках фронту.