עם גיוסו לצה"ל, התנדב לצנחנים לגדוד הנח"ל המוצנח לפלוגת בני המשקים. בצנחנים שפרן עבר מסלול הכשרה כלוחם, קורס מ"כים חי"ר וקורס קציני חי"ר. שם גם עבר את מלחמת לבנון הראשונה, עם סיום הקורס שב כמפקד מחלקה לפלוגה ג' בפיקוד יגאל שרון. שפרן השלים תפקיד סמ"פ, ושימש כמפקד פלוגה א' בגדוד 950, שימש כמפקדה השני של פלס"ר נח"ל. בשנים 1995-1993 שימש כמפקד גדוד 50 (בזלת), והוביל אותו בלחימה ברצועת הביטחון בלבנון. לאחר מכן שימש כסמח"ט הנח"ל, קצין אג"ם של עוצבת הגליל, מפקד עוצבת הגולן וסגן מפקד אוגדת עזה, בין היתר בהאינתיפאדה השנייה. לאחר מכן שימש כנספח צה"ל בתאילנד.