Mit der Einführung der Reformation in Hof 1529 durch Nikolaus Medler und Kaspar Löhner wurden die Stadt und ihre Kirchen evangelisch. Die Nikolauskirche wurde 1542 als Kirche aufgegeben, in ihr entstand ein Kornlager. Infolge von Kriegseinwirkungen während der Belagerung von Hof im Markgräfler-Krieg brannte sie am 7. August 1553 nieder. Das Franziskanerkloster löste sich bald nach der Einführung der Reformation auf, das Klarissenkloster wurde 1564 aufgehoben. Dadurch erfuhr das katholische Leben für etwa 250 Jahre seinen vollständigen Niedergang.