Er schloss sich bereits früh der Propagandabewegung an und unterstützte diese von Marcelo H. del Pilar gegründete Bewegung, indem er Geld sammelte. Er wurde Mitbegründer der von José Rizal initiierten La Liga Filipina und nach deren Verbot schloss er sich den "Cuerpo de Compromisarios" an. Mit Ausbruch der philippinischen Revolution 1896 wurde er zu einem der meistgesuchten Revolutionäre der Philippinen. Bautista wurde später verhaftet und in der Fuerza de Santiago eingesperrt. In seiner Verhandlung verteidigte er sich selbst und wurde kurz danach wieder freigelassen. Er hielt sich bis Dezember 1897 in Malabon versteckt. Nach dem Ende der Republik von Biak-na-Bato erklärte der spanische Governor Fernando Prime de Rivera eine Generalamnestie. Daraufhin konnte Bautista nach Biñan zurückkehren.