Lincoln ei halunnut menettää Burnsideä armeijastaan, ja antoi tälle komentoonsa Ohion sotilashallinnon ja tämän vanhan IX armeijakunnan. Hän taisteli joukkoineen konfederaation sissejä kuten John Hunt Morgania vastaan ja osallistui Knoxville-sotaretkeen ja eteni armeijansa kanssa Tennesseehen. Hän voitti kenraali James Longstreetin joukot Campbell Stationin taistelussa, ja eteni Knoxvilleen, jossa oli vähän aikaa piiritettynä kunnes etelävaltiot kärsi tappion Fort Sandersin taistelussa kaupungin ulkopuolella. Hän sai komennon viedä IX armeijakunta itään, ja Annapolisissa Marylandissa hän kasvatti sen 21.000 miehen vahvuiseksi. Hän taisteli joukkoineen Overland-sotaretkellä. Hän osallistui Wildernessin ja Spotsylvanian taisteluihin, mutta ei saavuttanut mainetta, sillä hän määräsi joukkonsa hyökkäykseen osina ja vastahakoisesti. Cold Harborin jälkeen hänet komennettiin vahvistamaan Petersburgin kaupungin piiritystä.