З настанням нового століття Ніл Янг, незважаючи на достатньо поважний вік, не зменшив темпів видання нового матеріалу. Вийшов новий сольний альбом "Silver and Gold", присвячений жертвам терористичних актів 11 вересня, зокрема рейсу 93 United Airlines. Після — м'який та світлий "Are You Passionate?", присвячений коханій дружині Пегі Янг. 2003 року побачив світ новий плід співпраці з Crazy Horse — концептуальний "Greendale", що розповідає про вбивство поліціянта в невеликому місті в Каліфорнії та його вплив на місцевих жителів. Цей альбом музикант супроводив рок-оперою з такою ж назвою. у першу половину 2000-х Янг також давав багато концертів в Європі, Америці, Японії і Австралії, на яких виконував новий матеріал як сольно, так і спільно з Crazy Horse. Його зростаюче екологічне занепокоєння призвело до того, що на цих гастролях для живлення автомобілів було використано біопаливо.