Foi neste período que o DRS reafirmou o seu papel na segurança interna, tornando-se um ator ativo na Guerra Civil argelina dos anos 1990. Viria a ter, alegadamente, até 100.000 agentes que se infiltraram em diversos segmentos da sociedade. Os agentes do DRS infiltraram-se e manipularam grupos terroristas e reprimiram diferentes grupos islâmicos. O departamento também bloqueou as negociações do poder governante e da oposição com o FIS.