Han ledet i 1856 Fort Leavenworth i Kansas og ble innblandet i krisen kjent som Bleeding Kansas. I 1857 ledet han en ekspedisjon mot cheyenne-indianere og i 1858 ledet han Department of the West. Generalløytnant Winfield Scott gav Sumner det øverste ansvaret for å følge den valgte presidenten, Abraham Lincoln, fra Springfield i Illinois til Washington, DC i mars 1861.