До гражданской войны Карнеги организовал слияние компании Вудрафф, и то, что Джордж Пулльман изобрёл спальный вагон, ещё больше способствовало успехам Карнеги и Вудраффа. Молодой Карнеги продолжал работать в Пенсильвании. Весной 1861 года Карнеги был назначен Скоттом, который был в то время помощником военного министра, отвечающим за военные перевозки, руководителем военной железной дороги и Союза телеграфных линий на Востоке. Карнеги помог открыть железнодорожные линии в Вашингтоне. Он лично руководил перевозкой войска, потерпевшего поражение при Булл-Ране. Он сыграл значительную роль в победе Севера.