En 1866, Gardner publicó una obra en dos volúmenes, "Gardner's Photographic Sketch Book of the Civil War" («Cuaderno Fotográfico de Gardner de la Guerra Civil»). Cada volumen contenía 50 impresiones originales montadas a mano. No todas las fotos eran de Gardner, quien aparecía acreditado como el productor de los negativos y el impresor de las impresiones de los positivos. Como patrón, Gardner era el propietario de la obra producida, como ocurre en cualquier estudio moderno. El cuaderno contenía obras de Timothy H. O'Sullivan, James F. Gibson, John Reekie, William Pywell, James Gardner (su hermano), John Wood, George N. Barnard, David Knox y David Woodbury, entre otros. Entre sus fotografías de Abraham Lincoln está la última que se le tomó al Presidente, cuatro días antes de su asesinato. Documentó también el funeral de Lincoln, y fotografió a los conspiradores que participaron en el crimen (con John Wilkes Booth). Gardner fue el único fotógrafo al que se le permitió hacer fotografía el día de la ejecución por medio de horca, fotografías que más tarde serían pasadas a estampas para su publicación en el periódico "Harper's Weekly".