Στα χρόνια που ακολούθησαν, η Έδεσσα βρέθηκε στη δίνη του εμφυλίου πολέμου και, κατά περιόδους, κατακλύστηκε από προσωρινούς πρόσφυγες των γύρω χωριών, τα οποία εκκενώνονταν για στρατιωτικούς λόγους. Όταν έληξαν οι συγκρούσεις το 1949 και ενώ εκατοντάδες σλαβόφωνοι και άλλοι ντόπιοι μαχητές του Δημοκρατικού Στρατού μαζί με τις οικογένειες τους είχαν πάρει το δρόμο της αναγκαστικής εξορίας, η πόλη προσπάθησε να επουλώσει τα τραύματα, αλλά οι οικονομικές συνθήκες είχαν αλλάξει.