19世紀の南米では軍国主義の風が吹き、1830年にベネズエラとエクアドルが大コロンビアから脱退したほか、1838年に中央アメリカ連邦共和国が崩壊、1825年から1828年までリオ・デ・ラ・プラタ連合州（現アルゼンチン）とブラジル帝国がシスプラティーナ戦争でウルグアイをめぐって争った。続いてアルゼンチン、ブラジル、ウルグアイが1865年から1870年までのパラグアイ戦争でパラグアイを撃破、太平洋戦争でチリがペルーとボリビアが撃破した。しかし、この時期にも汎アメリカ主義は存続しており、パナマ（1826年）、リマ（1847年）、サンティアゴ（1856年）、リマ（1864年）で米州会議が開催された。これらの会議は共同防御を目的としており、現在のパン＝アメリカ会議は1889年から1890年にかけてワシントンD.C.で初めて開催され、ドミニカ共和国を除く全ての米州諸国が参加した。紛争調停や関税調整の条約が採択され、米州国際共和国連合（後の米州機構）が設立された。その後の会議は南米諸国の都市で開催された。