Das Team wurde mit Spielern wie Aaron McKie, Theo Ratliff, Tyrone Hill und Eric Snow verstärkt, so dass in der auf 50 Spielen verkürzten NBA-Saison 1998–1999, nach acht Jahren wieder die Playoffs erreicht werden konnten. Die Steigerung hielt die nächsten beiden Jahre an. 2001 wurde der Center Dikembe Mutombo von den Atlanta Hawks verpflichtet. Mit Mutombo als Center und Iverson als Saison-MVP führten sie die Sixers in das NBA-Finale. Dort unterlag man den Los Angeles Lakers mit 1:4. Nachdem man die beiden Jahre danach nicht mehr über die zweite Playoffsrunde hinauskam, trat Trainer Brown 2003 zurück. Unter den beiden Nachfolgern Randy Ayers und Chris Ford verpasste man die Playoffs. Jim O’Brien wurde neuer Trainer. Während des NBA-Draft 2004 erhielt man Andre Iguodala an 9. Stelle. Während der Saison 2004-05 wechselte Star-Forward Chris Webber von den Sacramento Kings zu den Sixers. Philadelphia erreichte die Playoffs, wo man in der 1. Runde ausschied. Erneut stellte man mit Maurice Cheeks einen neuen Trainer ein.