Con l'inizio del 1942 la 1ª Flotta aerea del viceammiraglio Nagumo si spostò nel Pacifico meridionale: le portaerei veterane di Pearl Harbor della 2ª Divisione e 1ª Divisione (, ) eseguirono un devastante bombardamento su Darwin, nell'Australia settentrionale, il 19 febbraio. Nella prima metà di aprile Yamaguchi prese inoltre parte all'incursione nell'Oceano Indiano, che inflisse perdite alla "Eastern Fleet" nonché al traffico mercantile. Subito dopo l'incursione aerea su Tokyo del 18 aprile lo stato maggiore generale della marina mise seriamente allo studio un piano per attirare in battaglia la totalità della flotta statunitense del Pacifico e distruggerla con l'impiego in massa della 1ª Flotta aerea: per l'attacco all'atollo di Midway furono riunite numerose flotte indipendenti, delle quali la più avanzata era quella del viceammiraglio Nagumo; la battaglia del Mar dei Coralli (4-8 maggio) lo privò tuttavia della "Shokaku", severamente danneggiata, e della "Zuikaku", menomata della sua componente aerea.