Dareios začal poměrně brzy Béssovi nedůvěřovat a po prohrané bitvě u Issu ho povolal do Babylónu, kde shromažďoval jednotky k dalšímu střetnutí s Alexandrem Velikým. Během bitvy u Gaugamél v říjnu 331 př. n. l. velel Béssos levému křídlu perských vojsk – baktrijským jezdcům, jednotkám ze Sogdiany a obrněným sackým bojovníkům. Ačkoli v přiděleném úseku stál přímo proti makedonskému králi, antičtí historikové neříkají nic o jeho osobním podílu na bitvě.