De 1999 a 2001, Pardew fue Asesor Especial Adjunto del Presidente y Secretario de Estado para la Democracia en los Balcanes durante el conflicto de la OTAN en Kosovo y el posterior acuerdo de paz. En esa capacidad, Pardew participó directamente en negociaciones sobre Kosovo con el Presidente Slobodan Milošević de Serbia y con una variedad de líderes políticos de Kosovo. Fue el coordinador en Washington de la Misión de Verificación internacional de Kosovo. Tras la exitosa campaña de bombardeos de la OTAN, Pardew ayudó a establecer presencias civiles estadounidenses e internacionales en Kosovo y al desarrollo de las instituciones locales de gobierno y seguridad de Kosovo.