Caesarin murhan jälkeen vuonna 44 eaa., legioona otti osaa Marcus Antoniuksen puolella Mutinan sotaan, jossa Caesarin adoptiopoika Octavianus löi Antoniuksen joukot. V Alaudae oli myös mukana Filippoin kaksoistaisteluissa vuonna 42 eaa. Seuraavina vuosina legioona osallistui Antoniuksen Parthian sotaretkeen, ja lopulta Aktionin meritaisteluun, jossa Octavianus kukisti lopullisesti Antoniuksen vuonna 31 eaa. Sisällissodan jälkeen Octavianus, nyt Augustus lähetti legioonan Hispania Ulterioriin, missä oli syttynyt laaja sota kantabriaaneja vastaan. V Alaudae lähetettiin sodan jälkeen Gallia Belgicaan Reinin vastaiselle rajalle luultavasti vuonna 19 eaa., missä se kadotti standaarinsa joksikin aikaa. Myöhemmin V Alaudae siirrettiin Nijmegeniin tai Xanteniin, missä se osallistui Drusuksen sotaretkiin germaaneja vastaan. Vuoteen 9 eaa. mennessä legioona oli ylittänyt Weserjoen ja edennyt Elbelle asti. Vuonna 6 eaa. legioona osallistui Tiberiuksen sotaan Pannoniassa, missä pannonialaiset ja dalmatialaiset olivat ryhtyneet kapinaan.