В началото на ноември 1962 г. река Вардар прелива и наводнява Скопие и околностите, а на 26 юли 1963 г. е регистрирано катастрофалното Скопско земетресение с магнитуд 6,1 по скалата на Рихтер, при което над 1000 души загиват и около 120 000 души губят своето жилище. Градът е силно разрушен от земетресението (ок. 80 % от сградите) и след това е възстановен (центърът е по проект на японския архитект Кензо Танге).