Von März bis Juni 1913 war Uehara Oberbefehlshaber der 3. Division. Im April 1914 übernahm er den Posten des Generalinspekteur der Militärausbildung von wo er im Dezember 1915 auf den Posten des Chefs des Heeresgeneralstabs wechselte und dies bis März 1923 blieb, was die insgesamt zweitlängste Amtszeit eines Generalstabschefs in Japan darstellt. In dieser Zeit genehmigte er gemeinsam mit Tanaka Giichi und Ugaki Issei die Sibirische Intervention wodurch japanische und amerikanische Truppen auf Seiten der Weißen Armee in den Russischen Bürgerkrieg eingriffen. Im Jahr 1921 erfolgte zunächst Ueharas Beförderung zum Gensui und später die Erhebung in den Rang eines Shishaku nach dem japanischen Adelssystem des Kazoku.