Gdy Cesarstwo znalazło się w defensywie, mordowani zaczęli być jeńcy przetrzymywani bezpośrednio w strefie działań wojennych. Jesienią 1942 roku, po pierwszych amerykańskich nalotach, które zdawały się zwiastować przygotowania do inwazji, Japończycy wymordowali jeńców przetrzymywanych na atolu Tarawa (22 ofiary) oraz na wyspie Nauru. Ten sam los spotkał jeńców w Ballale na wyspach Shortland (ok. 90 ofiar). W październiku 1943 roku na atolu Wake w masowej egzekucji stracono 97 jeńców – pracowników budowlanych, którzy półtora roku wcześniej uczestniczyli w obronie wyspy. 14 grudnia 1944 roku Japończycy wymordowali większość amerykańskich jeńców przetrzymywanych w obozie nieopodal Puerto Princesa na filipińskiej wyspie Palawan. Zginęło wtedy około 140 jeńców; niektórych spalono żywcem. 10 czerwca 1945 roku, na wieść o wylądowaniu wojsk australijskich w Brunei, Japończycy zamordowali w rejonie Miri ostatnich 44 jeńców z obozu jenieckiego na wyspie Labuan. 30 lipca 1945 roku w Samarindzie na Borneo zamordowano przy użyciu białej broni 144 holenderskich jeńców, a także ich żony i dzieci, które były przetrzymywane w pobliskim obozie dla internowanych. Masowe mordy na jeńcach i internowanych cywilach, dokonywane najprawdopodobniej w obawie przed możliwością ich uwolnienia przez wojska alianckie, miały także miejsce w Kaviengu na Nowej Irlandii oraz w Sandakanie na Borneo.