Kuipers werd door de FIFA opgeroepen voor de FIFA Confederations Cup 2013 in Brazilië, samen met zijn vaste assistenten Van Roekel en Zeinstra. Hij leidde in de groepsfase één wedstrijd, de wedstrijd uit Groep B tussen Nigeria en Uruguay (1-2). De Portugees Pedro Proença was de vierde official. Op 28 juni 2013 werd Kuipers aangesteld als hoofdscheidsrechter van de finale tussen Brazilië en Spanje. Bij deze wedstrijd was Felix Brych net als bij de Europa League-finale de vierde official.