La carriera professionista di Manon Flier comincia all'età di quindici anni, quando fa il suo esordio nell'A-League olandese nel 1999 con il Volco Ommen; nel 2001 ottiene la prima convazione nella nazionale maggiore dei Paesi Bassi, partecipando al campionato europeo. Dopo due stagioni si trasferisce nel con il quale vince uno scudetto ed una Coppa nazionale. Nel 2002 viene ingaggiata dal Volleybalclub Weert dove resta per due annate. Nella stagione 2004-05 si trasferisce in Italia nell'Asystel Novara, in serie A1, dove solitamente parte dalla panchina. Nel 2005 torna in patria per prendere parte al progetto del Martinus dove vince una serie di tre scudetti coppa consecutive. Con la nazionale vince la sua prima medaglia d'oro al World Grand Prix 2007 dove viene premiata anche come miglior giocatrice.