Hal ini belum ditambah lagi dengan berbagai kejadian-kejadian baru diberbagai negara lain, seperti Serangan 11 September 2001 yang didasari pada motif Jihad ala Al-Qaeda, dilanjutkan dengan terjadinya Bom Bali I dan Bom Bali II, wabah SARS, serta meninggalnya aktivis HAM, Munir Said Thalib yang (diduga) diracuni oleh seseorang yang diyakininya "ingin mendiamkannya" di mana pelaku pembunuhan tersebut hingga hari ini kerap dihubungkan dengan Badan Intelijen Negara, serta Bencana Tsunami Aceh 26 Desember 2004. Selain itu, Garuda Indonesia juga menghadapi masalah keselamatan penerbangan, terutama setelah peristiwa Garuda Indonesia Penerbangan 200, akibat hal ini, Uni Eropa memberi surat larangan terbang ke Eropa bagi semua maskapai Indonesia. Namun, setelah perbaikan besar-besaran, tahun 2010 maskapai ini diperbolehkan kembali terbang ke Eropa, setelah misi inspeksi oleh tim pimpinan Frederico Grandini yang bertugas untuk memastikan segala kemungkinan yang ada untuk memulai pembukaan kembali rute dengan merekomendasikan pembukaan rute Jakarta - Amsterdam.