Republik Makedonia tetap damai dan aman walaupun pada awal tahun 1990-an terjadi perang Yugoslavia. Masalah sengketa perbatasan dengan Yugoslavia sudah terlebih dahulu diselesaikan dengan menyetujui garis demarkasi antar dua negara. Hubungan antar Yugoslavia dan Makedonia sempat terganggu akibat 300.000 etnik Albania yang memasuki Makedonia pada Perang Kosovo tahun 1999. Walaupun banyak etnik Albania yang kembali ke asalnya setelah Perang Kosovo usai, tetapi ada beberapa etnik Albania yang menjadi radikal dan memberontak untuk membuat sebuah Republik untuk etnik Albania di Makedonia.