Ki-56 używane były na wszystkich frontach wojny na Pacyfiku, po raz pierwszy zostały użyty bojowo w czasie inwazji na Sumatrę. Ki-56 używany był nie tylko jako samolot transportowy, używały go także jednostki Teishin Shudan (siły powietrznodesantowe Armii), w tej roli samolot przewoził 14 spadochroniarzy. W czasie wojny znany był przez aliantów pod oznaczeniem kodowym Thalia