Kamień węgielny poświęcił w 1642 r. pochodzący z Czech duchowny protestancki Jakob Jakobeus (1591-1645). Budowę ukończono i kościół poświęcono już po jego śmierci, w 1647 r. Po odkryciu w 1670 r. tzw. spisku Wesselényiego, co znacznie spotęgowało ucisk habsburski na Węgrzech i nasiliło kontrreformację, w 1671 r. kościół został odebrany ewangelikom i przekazany zakonowi jezuitów. Po zdobyciu Preszowa w 1682 r. przez kuruców Emeryka Thökölyego kościół powrócił do społeczności ewangelików, jednak w roku 1687, po upadku powstania, ponownie przeszedł w ręce jezuitów. Stan taki nie trwał długo, gdyż po wybuchu kolejnego tzw. "powstania kuruców" - czyli powstania Franciszka II Rakoczego - w 1705 r. znowu wrócił do ewangelików. Po upadku tego powstania, na mocy zarządzenia z 25 czerwca 1711 r. ewangelicy musieli jednak znowu oddać świątynię jezuitom, sami zaś uzyskali prawo budowy nowej świątyni poza murami miasta.