Von 1995 bis 1996 fand er in der Französin Emilie Gras eine Eiskunstlaufpartnerin. Von 1996 bis zum Jahr 2000 lief Mirko Müller dann mit Peggy Schwarz, die sich wegen einer Babypause zuvor von Alexander König getrennt hatte. Mit Peggy Schwarz hatte Mirko Müller seinen größten internationalen Erfolg mit dem Gewinn der Bronzemedaille bei der Weltmeisterschaft 1998. Trainer des Paares war Knut Schubert. Die Choreografin war die US-Amerikanerin Diana Goolsbey.