นีงาตะตั้งอยู่บนที่ราบชายฝั่งทะเลญี่ปุ่น ใกล้กับเกาะซาโดะ ตัวนครมีแม่น้ำชินาโนะและแม่น้ำอากาโนะไหลผ่าน นอกจากนี้ยังมีพื้นที่ชุ่มน้ำหลายแห่ง โดยเฉพาะอย่างยิ่งทะเลสาบซากาตะที่ได้รับการจดทะเบียนให้เป็นพื้นที่ชุ่มน้ำของอนุสัญญาแรมซาร์