Eliminati ai quarti di Coppa Italia 2005-2006 dal , nel campionato 2005-2006, i rossoneri chiudono secondi a 88 punti a tre lunghezze dalla Juventus campione d'Italia. In seguito alle sentenze relative allo scandalo del calcio italiano questo scudetto verrà poi revocato ai bianconeri e assegnato, a differenza dell'anno precedente, all'Inter a tavolino, terza classificata dopo i risultati del campo, mentre il Milan sarà penalizzato di 30 punti e chiuderà ufficialmente terzo a 58 punti. In Champions League la squadra viene eliminata in semifinale dal Barcellona, poi vincitore del trofeo.