De kerk werd in 1791 een gewone parochiekerk en het klooster werd in 1792 verkocht aan de tsaristische regering, die er een kazerne in vestigde. Tijdens de invasie van Napoleon in 1812 gebruikten de Fransen de Rafaëlkerk als militair depot, waardoor het aanzienlijke schade leed. Nadien werd de kerk een parochiekerk voor de groeiende bevolking van de rondom liggende wijken en een restauratie volgde in de jaren 1820. In 1832 werd de kerk na de opstand van 1831 opnieuw gesloten om in 1860 weer te worden opgesteld voor de katholieke eredienst. Daarna werd de kerk nooit weer gesloten, zelfs niet tijdens het atheïstische Sovjet-regime.