ソビエト連邦崩壊後の1992年になると、旧ソ連を構成していた中央アジア5ヶ国およびロシアのタタールスタン、バシコルトスタンのイスラム主義者がサラトフに集まり、イスラム復興党主催の集会に参加した。だがイスラム主義の蔓延を危惧するエモマリ・ラフモノフ(現在はエモマリ・ラフモンに改名)率いるタジキスタン政府は1993年、この集会を非合法化し、同時にイスラム復興党の活動も禁止した。これにより、イスラム復興党はタジキスタン政府との間の内戦を開始し、反政府勢力「」(UTO)の指導政党として積極的に戦闘に参加した。また、イスラム復興党の指導者サイイド・アブドゥッラー・ヌーリーが、UTOの指導者の座に就いた。