Depois da guerra, como Presidente da actual Universidade de Washington, Lee apoiou o programa do Presidente Andrew Johnson de Reconstrução, enquanto se opunha às propostas dos Radicais Republicanos de dar o direito de voto aos escravos libertados, e tirar esse direito aos ex-confederados. Pediu-lhes para repensarem a sua posição entre o Norte e o Sul, e a reintegração de antigos confederados na vida política do país. Lee tornou-se o grande herói do Sul, um ícone do pós-guerra da "Lost Cause of the Confederacy" para alguns. Mas a sua popularidade cresceu no Norte, em especial após a sua morte em 1870. Lee permanece uma figura icónica da liderança militar americana.