В июле 1483 года сэр Уильям присутствовал на коронации Ричарда III. Он демонстрировал лояльность по отношению к новому монарху, но попал под подозрение, когда двое его сыновей, Уильям и Томас, присоединились к восстанию Генри Стаффорда, герцога Бекингема, в октябре того же года. Томас Хоптон по приказу короля занял некоторые поместья Брэндона. Тот в марте 1484 года добился полного оправдания, но к концу того же года снова впал в немилость и прибег к праву убежища в городе Глостер; там он оставался до августа 1485 года, когда Ричард потерпел поражение и погиб в битве при Босворте. После этих событий Брэндон подал прошение в парламент и вернул себе пост рыцаря-маршала.