Vaganovan uran toinen vaihe, pedagogina vaikuttaminen, alkoi heti vallankumouksen jälkeen, kun hän 1918 alkoi opettaa ensin yksityisessä koulussa ja kolmen vuoden kuluttua valtion balettikoulussa. Hänen opetusmetodinsa muotoutui 1920-luvulla, joka oli neuvostobaletille vaikeaa aikaa. Sitä syytettiin feodaaliseksi jäänteeksi ja tuomittiin tuhoutumaan vanhanaikaisena uuden aikakauden myötä. Myös balettikoulua vaadittiin täydellisesti uudistettavaksi. Vaganovan kehitystyö ei tietenkään heti voinut tuottaa näkyviä tuloksia. Vähitellen hänen oppilaansa pääsivät näyttämään taitojaan. Vaikka aluksi onnistumisia pidettiin sattumanvaraisina yksittäisinä ilmiöinä, oli lopulta selvää, että koulutuksessa tehty uudistustyö oli uusien ballerinakykyjen, kuten Galina Ulanovan ja Natalja Dudinskajan, taustalla.