בחודשים מאי-יוני 1968, כשבפריז התחולל מרד הסטודנטים, היה אלתוסר בטיפול בשל התקף דיכאון, בקליניקה באזור פריז, ללא תקשורת עם החוץ. מאוחר יותר, למרות המעורבות של רבים מתלמידיו במאורעות, בחר לאמץ את הקו הרשמי של המפלגה הקומוניסטית הצרפתית, שתארה את הסטודנטים כקורבנות של שמאלנות "ילדותית", ואת האירועים כ"התקוממות אידאולוגית של המוני הנוער המחונך". כתוצאה מכך תקפו את אלתוסר לא מעט תומכים שלו בעבר. כתוצאה מהביקורת, תיקן כמה מעמדותיו, בטענה שכתביו המוקדמים כללו טעויות. בעבודותיו המאוחרות שינה באופן ניכר את כתיבתו.