Após a ocupação indonésia em Timor-Leste em 1999, ela voltou ao país de origem. Freitas tornou-se a líder do Partido Trabalhista de Timor-Leste, fundado em 1974 pelo seu pai, Paulo Freitas. Em 2001, foi presa numa cela masculina com os seus filhos, acusada de assassinato de um australiano. Em 2012, concorreu para a eleição presidencial de Timor-Leste, mas a sua candidatura foi rejeitada pelo presidente da corte suprema, por não seguir os critérios necessários de candidatura. Em 2004, foi culpada por uma série de protestos contra Xanana Gusmão, o então presidente de Timor-Leste na época.