En 1809 sirvió en el Danubio y en la Invasión napoleónica de Rusia al mando de una división y después un cuerpo de caballería. Tras la retirada del ejército de la zona, su salud quedó muy deteriorada, así que decidió refugiarse en su ciudad natal, Besançon, por un tiempo. Volvió al servicio activo a tiempo para participar en la Batalla de Dresde, en la que desempeñó un papel destacado. Una vez más resultó herido en la batalla de Leipzig. Pajol fue nombrado Comte (Conde) del imperio el 25 de noviembre de 1813.