Zum Ende des Krieges gehörte das Marinelazarett zum Sonderbereich Mürwik. Große Teile des Hauptgebäudes der Marineschule gehörten in dieser Zeit ebenfalls zum Lazarett und wurden entsprechend genutzt. Seit dem 2. Mai 1945 hielt sich der Reichsarzt der SS und der Polizei Karl Gebhardt im Raum von Flensburg auf. Im Marinelazarett soll er sich als Rot-Kreuz-General getarnt haben. Am 11. Mai, also kurz nach der Bedingungslosen Kapitulation (am 7./8. Mai), verließ er Flensburg im Gefolge von Heinrich Himmler, mit dem er auch gekommen war, in Richtung Süden, um dort weiter unterzutauchen, was aber trotz ausstaffierter falscher Identitäten misslang. Am 10. Mai 1945 um 15 Uhr beging das führende Mitglied der Waffen-SS Richard Glücks, der Chef der Inspektion der Konzentrationslager, im Marinelazarett Mürwik II Selbstmord mittels Cyanid, um der drohenden Verhaftung zu entgehen. Am 18. Mai 1945 wurde der NS-Chefideologe Alfred Rosenberg im Lazarett verhaftet. Er hatte einen schweren Bluterguss im Knöchel seines linken Beines. Einen Tag später wurde er mit dem Auto nach Kiel und von dort mit dem Flugzeug weiter nach Luxemburg gebracht, wo er mit anderen Hauptkriegsverbrechern im Palace-Hotel untergebracht wurde und auf den Prozess in Nürnberg gegen ihn warten musste. Am 27. Mai 1945 beging offenbar auch Enno Lolling im Marinelazarett Selbstmord. Lolling war 1917 und 1918 am Mürwiker Marinelazarett als Assistenzarzt tätig und beteiligte sich später als Mitglied der SS in leitender Funktion an den Verbrechen im KZ Dachau und im KZ Sachsenhausen.