Le règne personnel de la reine catholique Marie Stuart (1561-67) se termina finalement par une guerre civile, suivi de sa destitution, son emprisonnement et enfin son exécution en Angleterre. Son fils Jacques VI fut couronné roi d'Écosse en 1567. Il fut élevé en tant que protestant, tandis que le pays était dirigé par une série de régents. Après avoir affirmé son autorité royale en 1583 il s'avéra être en faveur de la doctrine calviniste, mais aussi de l'épiscopat.