Nauwelijks dertien jaar later, in 424 v.Chr., gaf de stad zich zonder strijd over aan Spartaanse invallers, onder leiding van Brasidas. De Atheense vlootaanvoerder Thucydides kon Eion nog redden maar kwam te laat voor Amphipolis. Hij werd voor twintig jaar verbannen en trok er dan maar op uit om historisch onderzoek te verrichten. Cleon leidde in 422 v.Chr. een onsuccesvolle heroveringsexpeditie. In deze Slag bij Amphipolis kwamen Brasidas en hijzelf allebei om. Een jaar later werd de vrede van Nicias afgesloten. Als onderdeel daarvan ging de stad terug over in Atheense handen, maar voortaan zou ze een meer onafhankelijke koers varen.