Colta di sorpresa dall'armistizio di Cassibile, insieme alle altre unità della 9ª Armata ricevette l'ordine dal Comando supremo militare italiano di portarsi sulla costa in vista di un reimbarco per l'Italia. L'indecisione e l'attendismo del generale Dalmazzo, comandante dell'armata, e del generale Ezio Rosi, comandante del Gruppo d'armate Est, portarono alla cattura di quattro delle 6 divisioni in Albania da parte dei tedeschi, che con l'Operazione Achse tentavano il disarmo delle truppe italiane in tutti i fronti. Le divisioni Parma, Puglie, Brennero ed 53ª Divisione fanteria "Arezzo" cedettero le armi e furono sciolte, mentre la 151ª Divisione fanteria "Perugia" ed appunto la 41ª Divisione fanteria "Firenze" affrontarono coraggiosamente il nemico. Infatti il generale Arnaldo Azzi, intenzionato a non cedere le armi, reagì prontamente e ripiegò con l'intera divisione prima su Burreli, poi su Kruja. In quest'ultima località i reparti si scontrarono con superiori forze tedesche ed albanesi e fu costretta a tornare sulla sua strada. Deciso a sostenere la resistenza albanese, il generale prese contatti con l'Esercito Albanese di Liberazione Nazionale. Per affrontare il nuovo tipo di lotta, il 28 settembre 1943 la "Divisione "Firenze"" venne sciolta; il comando si ricostituì come Comando Italiano Truppe alla Montagna, mentre i reparti furono riorganizzati in quattro Comandi Militari di Zona. I militari italiani della "Firenze", ma anche alcuni superstiti della "Arezzo", continuarono a resistere ed a condurre operazioni di guerriglia nelle zone di Qafa Shtames, Debar, Barbmesh e Daitj fino alla fine della guerra. Parte di questo personale formò anche la Brigata Gramsci, anch'essa impegnata a fianco degli albanesi.