Po atakach na World Trade Center z 11 września 2001 linia 1 musiała zostać wycofana ze swojego południowego odcina, ponieważ jej trasa przebiegała bezpośrednio pod zawalonymi wieżami WTC. Linię skrócono do stacji 14th Street, a od 96th Street w dół linia jeździła tunelem ekspresowym omijając niektóre stacje. Linia 9 i „przeskakiwanie stacji” zostały zawieszone. W zamian za wycofanie z lokalnego tunelu pojechała nim linia 3. 19 września nastąpiła zmiana tras: linia 1 powróciła do lokalnego tunelu pod Środkowym Manhattanem oraz została wydłużona do New Lots Avenue po trasie, którą dotychczas jeździła linia 3, ta w zamian została skrócona do 14th Street (w nocy 1 jeździła tylko do Chambers Street).