I de 100 dage udnævnte Napoleon ham til greve og pair af Frankrig og betroede ham indenrigsministeriet. Som minister stræbte han at hindre fremkomsten af additionalakten til forfatningen, men uden held. Efter Slaget ved Waterloo og Napoleons anden tronfrasigelse blev Carnot medlem af den provisoriske regering; men da Ludvig 18. af Frankrig efter den anden Restauration udelukkede ham som "kongemorder" fra amnestien af 1815, måtte Carnot forlade Frankrig. Han gik til Polen og derfra til Magdeburg, hvor han døde.