Les locaux du musée sont sécurisés entre 1949 et 1951 sans rouvrir au public. Les collections s'enrichissent des fragments lapidaires récupérés dans les ruines après le bombardement de la ville. Mais inversement, une grande majorité des collections, essentiellement celles du , est volée avant que les locaux ne soient restaurés. Le musée, qui reste fermé au public, est inadapté et trop exigu. Pendant la Reconstruction de Caen, on prend la décision de prolonger la rue de Bras à travers la cour du collège, ce qui nécessite le déplacement de la façade du inscrite aux monuments historiques. À partir de , la façade est donc déposée pour être remontée ensuite sur un mur aveugle de la place Pierre-Bouchard. Malheureusement, les lucarnes sont détruites par inadvertance par l’entreprise chargée des travaux. L’ancien porche de l’Hôtel-Dieu, sauvé quant à lui "in extremis", est remonté sur la façade du musée. Les collections sont déplacées dans l'ancienne collégiale du Saint-Sépulcre de Caen en 1963 à l'exception de la grande cheminée du , remontée dans une salle de l'hôtel d'Escoville, et du porche de l’Hôtel-Dieu, trop fragile, qui reste donc le seul élément demeuré sur place.