Aleksy II utrzymywał bliskie kontakty z Serbskim Kościołem Prawosławnym. Wspólnie z jego duchowieństwem protestował przeciwko interwencji NATO w krajach byłej Jugosławii – operacjom Deliberate Force i Allied Force. 20 kwietnia 1999 przybył do bombardowanego w ramach operacji Allied Force Belgradu w celu wyrażenia solidarności z Serbami. W czasie tej wizyty patriarcha stwierdził, że interwencja NATO nie jest prowadzona w obronie kogokolwiek, lecz stanowi przykład narzucania swojego dyktatu przez „kilka silnych i bogatych krajów” tym państwom, które nie chciały kierować się ich zasadami. Oznajmił także, że pomoc Boża jest po stronie Serbów. Rosyjski Kościół Prawosławny organizował pomoc humanitarną dla serbskich uchodźców z Kosowa.