L'antisémitisme ne pèse pas d'une manière égale durant la vie de Freud, et ce au gré des changements politiques de l'Autriche et l'Allemagne au début du . Le sentiment antisémite joue un rôle déterminant à la fin de sa vie, lorsqu'il doit fuir l'Autriche devant la menace nazie. Avant la première guerre mondiale, comme le souligne Yerushalmi, « Je tiens à souligner que sa prise de conscience du phénomène précéda son entrée à l'Université de Vienne, ou encore la fin du Burgerminister libéral et la montée de l'antisémitisme politique ». À partir de 1917, la censure d'articles antisémites dans les journaux devient moins stricte et il devient habituel de voir traiter les Juifs de « profiteurs de guerre ». C'est en 1918 que l'antisémitisme atteint son comble, les Juifs devenant explicitement les boucs émissaires de tous les malheurs qui s'abattent sur l'Autriche. En 1933, les œuvres de Freud sont brûlées par les nazis, qui y voient une « science juive » (selon la formule du parti nazi) contraire à l'« esprit allemand » : Avec l'annexion de l'Autriche par l'Allemagne, de nombreux psychanalystes ont dû cesser leur pratique ou émigrer quand ils n'ont pas été tués ou envoyés dans des camps de concentration parce qu'ils étaient juifs. La ségrégation s'est d'abord développée en Hongrie, notamment sous le régime de Miklós Horthy. Puis, elle s'est propagée en Allemagne dès les années 1920 et en Autriche. Dès lors, la plupart de ceux qui ont survécu ont émigré aux États-Unis (ainsi qu'au Royaume-Uni, en France, en Amérique du Sud, Max Eitingon quant à lui s'est exilé en Palestine).