Далее числился во 2-м резервном сапёрном батальоне, 10 июля 1846 года произведён в подполковники и далее был назначен командиром 2-го сапёрного батальона, 11 апреля 1854 года получил чин полковника. Во главе 2-го сапёрного батальона Шестаков принял участие в Крымской войне. 4 августа 1855 года отличился в сражении на Чёрной речке. В осаждённом Севастополе строил плотовой мост на Северную сторону, при оставлении города и переходе севастопольского гарнизона на Северную сторону заведовал мостом и его разводкой. За отличие в делах во время всей кампании награждён золотой полусаблей с надписью «За храбрость».