Huguenotternes og andre europæiske protestanters interesser støttede det spirende oprør i Spanske Nederlande, der var en provins i Habsburg-Spanien. Da katolikkerne modsatte sig denne kurs i Frankrig resulterede det i huguenotternes leder Gaspard de Colignys død og Bartholomæusnatten. Walsinghams hus i Paris blev et midlertidigt fristed for protestantiske flygtninge, heriblandt Philip Sidney. Ursula, der var gravid, flygtede til England med deres på dette tidspunkt 4-årige datter. Hun fødte endnu en pige Mary, i januar 1573, mens Walsingham stadig var i Frankrig. Han vendte tilbage til England i april 1573, hvor han havde etableret sig selv som en kompetent embedsmand, som dronningen og Cecil kunne stole på. Han plejede sine kontakter i hele Europa, og hans depecher blev udgivet som "The Complete Ambassador".