Po wybuchu II wojny światowej podczas kampanii wrześniowej służył w 57 pułku piechoty. Jego oddział znalazł się na tej części terytorium Rzeczypospolitej, która po agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939 była okupowana przez Armię Czerwoną. Korboński dostał się do niewoli radzieckiej, jednak udało mu się uciec i wkrótce powrócił do okupowanej przez Niemców Warszawy, gdzie podjął działalność konspiracyjną w ramach ZWZ i AK. Jednocześnie działał w podziemnym Stronnictwie Ludowym „Roch”. Stefan Korboński wraz z żoną Zofią kierował radiostacją, która z terenu okupowanego kraju codziennie przekazywała do Londynu bieżące informacje, retransmitowane następnie do Polski przez rozgłośnię „Świt”. Do 1944 rozgłośnia ta, umiejscowiona w Anglii, skutecznie sprawiała wrażenie rozgłośni fonicznej, nadającej z terenu kraju (dzięki szybkiemu serwisowi Korbońskich).