Na przełomie XX i XXI wieku populacja chrześcijan, w zdecydowanej większości prawosławnych, zmniejszyła się znacząco wskutek emigracji sprowokowanej wojną domową i jej następstwami. Chrześcijanie w Tadżykistanie to przeważnie prawosławni należący do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego (50–80 tys. wiernych). Inne mniejsze grupy to protestanci (blisko 10 tys.), katolicy (ok. 1 tys.) i Świadkowie Jehowy (ok. 0,5 tys.).