Во время войны в Афганистане участвовал в организации ввода советских войск в Афганистан, формировании представительства КГБ в Кабуле и в подготовке штурма дворца Амина спецподразделениями КГБ «Гром» и «Зенит». Также Крючков выполнил миссию по выполнению решения Политбюро ЦК КПСС о замене афганского лидера Бабрака Кармаля, во время визита в Кабул убедив последнего уйти в отставку. Советская сторона выполняла условия Женевских соглашений, а американская лишь ждала скорейшего вывода советских войск. После этого, как считал глава КГБ, США оставалось лишь свергнуть режим Наджибуллы и привести в Кабул правителей, соответствовавших американским интересам.