Во время польского восстания 1830 года Прондзинский был назначен революционерами в польский главный штаб генерал-квартирмейстером. Когда в январе 1831 года русские войска стали подвигаться в направлении Варшавы, Прондзинский убедил главнокомандующего в необходимости наступления. Результатом этого движения было поражение авангарда Ф. К. Гейсмара у Дембе-Виельке и отступление войск Г. В. Розена. Не давая противнику опомниться, поляки, побуждаемые Прондзинским, бросились преследовать русских, настигли их и разбили при Игане — 29 марта 1831 года. За это сражение Прондзинский был произведён в бригадные генералы. Он участвовал в Гроховском сражении и в сражении при Остроленке. После поражения здесь поляков, он был назначен начальником штаба, причём ему была получена реорганизация польских войск и приведение в порядок сильно запущенных штабных дел; но вскоре, однако, он подал прошение об отставке и в июле 1831 года отправился в Варшаву, где принял на себя управление работами по укреплению города. В августе, когда русские войска стали приближаться к Варшаве, растерявшийся сейм предложил Прондзинскому стать во главе армии, но он, чувствуя себя несостоятельным, отказался занять этот пост. 25 августа, после первого штурма Варшавы, Прондзинский был послан для переговоров с русскими. Свидание сторон состоялось в Воле, и поляки попросили отсрочки для размышления. Так как время шло, а ответа от них не получалось, И. Ф. Паскевич возобновил штурм — и 26 августа Варшава была взята.