Tornò nella fasi importanti al Crucible nel 2005, perdendo in semifinale contro Shaun Murphy, che sarebbe poi andato a vincere il suo primo titolo, e nel 2006, con il ritorno in finale a quattro anni dal successo; nei primi tre turni Ebdon batté i connazionali Michael Holt (10-8), David Gray (13-2) e Shaun Murphy (13-7). In semifinale superò al decisivo Marco Fu, ma perse la finale contro Graeme Dott per 18-14.