I francesi assediarono Malta combattendo contro i Cavalieri Ospitalieri nel 1798. Le truppe francesi, dopo la facile occupazione dell'isola, vi lasciarono a guardia delle truppe al comando del generale Claude-Henri Belgrand de Vaubois, che immediatamente si resero impopolari. Di frequente i francesi razziavano le chiese di Malta, fatto che portò Vitale ad aiutare i parroci locali a nascondere i loro tesori nella chiesa di San Giuseppe a Rabat e nella su casa. Quando i francesi tentarono di razziare damaschi e argento dal convento di Mdina, una folla si riunì per controbattere i francesi. Le proteste divennero ben presto una insurrezione vera e propria contro gli occupanti francesi e Vitale divenne il comandante in capo delle forze irregolari maltesi (con l'eccezione delle forze di Zebbug e Siggiewi che vennero capeggiate dal canonico Francesco Saverio Caruana in qualità di generale). Sotto il suo comando, i maltesi riuscirono a scacciare i francesi da Mdina, utilizzando un passaggio segreto dietro la cattedrale di San Paolo, catturando il giorno successivo anche Imdina, massacrando la guarnigione francese ivi presente. Colti di sorpresa, i francesi si ritirarono a La Valletta da dove condussero il resto dell'assedio.