En 1955, la population de Kodok a été estimée à habitants. Durant la Première guerre civile soudanaise en 1964, sous le gouvernement du Premier Ministre soudanais Mohammed Ahmed Mahgoub, Kodok a été le théâtre d'un massacre perpétré par l'armée de Khartoum. Des massacres similaires ont également eut lieu en 1964 et 1965 dans d'autres villes du Soudan méridional.