A független Erdély kialakulásához vezető magyar belháborúban Petru Rareș moldvai fejedelem több ízben is megjelent: 1529-ben török utasításra betört a Székelyföldre, és a földvári csatában I. Ferdinánd osztrák főherceg ellen harcolt, 1534-ben azonban a törökök által megbízott Lodovico Grittit ostromolta Medgyesen, 1542-ben pedig ismét török parancsra fordult Erdély ellen. A törökökkel, osztrákokkal és egymással szemben gyorsan változó viszony jellemezte a fejedelemségeket. Míg 1595 nyarán előbb Moldva majd Havasalföld ismerte el Erdély fennhatóságát, és Báthory Zsigmond kötelezte magát hűbéresei megvédésére a törökökkel szemben, 1599-ben II. Mihály havasalföldi fejedelem már Erdély ellen fordult, Giorgio Basta támadásával egy időben, és november 1-jén bevonult Gyulafehérvárra. 1603-ban Radu Șerban havasalföldi fejedelem szintén Erdély ellen fordult, de 1608-ban már mindkét román fejedelemség ismét Erdély hűbérese lett. 1610-ben Báthory Gábor megtámadta Havasalföldet, elfoglalta a fővárost, és fejedelemmé kiáltotta ki magát, 1612-ben viszont már Radu Mihnea támadta Erdélyt a törökök és tatárok oldalán. Mindeközben a moldvai és havasalföldi kereskedőknek biztosították, hogy békességgel tevékenykedhessenek Erdélyben. Bethlen Gábor igyekezett rendezni kapcsolatait a román fejedelemségekkel, és elkerülni a részvételt a törökök által indított büntető hadjáratokban, és a békesség I. Rákóczi György alatt is megmaradt. Fia, II. Rákóczi György többször is beavatkozott a román fejedelemségek belső háborúiba: 1653-ban György Istvánt támogatta Vasile Lupu ellen, 1654-ben pedig Constantin Şerbant segítette a havasalföldi trón megszerzésében. 1658-ban azonban a törökök mindkét helyen új fejedelmet állítottak, és büntető hadjáratot indítottak Erdély ellen, amelyben a moldvai és havasalföldi csapatok is részt vettek. A korszakra jellemző volt, hogy a parasztok kölcsönösen menekültek a román fejedelemségekből Erdélybe, illetve fordítva.