Самая большая достопримечательность собора — крипта с могилой святого Магнуса Ананьинского, главного святого Ананьи и святого Секундина Ананьнского. Все стены и потолок покрыты фресками, они являются самыми лучшими работами романского/византийского искусства в Италии и стали единственным в своём роде иконографическим рисунком с элементами натурфилософией, святыми, Апокалипсисом и ветхозаветным ковчегом. Нетронутые полы косматеско сохранились в отличном состоянии. Во многих орнаментах использованы различные итерации фрактального треугольника Серпинского.