Lata 1665–1666 zapisały się tragicznie w historii – populacja została zdziesiątkowana podczas epidemii dżumy, która nawiedziła Londyn w 1665 roku (The Great Plague) i pozbawiła życia 100 tysięcy mieszkańców Londynu. W następnym roku większa część obecnego City została zniszczona podczas wielkiego pożaru Londynu. Jedynym świeckim budynkiem na terenie City, który przetrwał pożar był Guildhall. Aby upamiętnić tę wielką tragedię wzniesiono niedaleko mostu London Bridge Monument to the Great Fire of London. Po pożarze nastąpiła wielka przebudowa zniszczonego rejonu, nowe budynki nie budowano z drewna, tylko z cegły lub z kamienia. Odbudowano także wiele budynków w tym także Katedrę św. Pawła w obecnym kształcie, którą zaprojektował Christopher Wren.