A válogatottal 1985 és 1998 között 126 mérkőzést játszott, ez szintén spanyol rekordnak számít. Ott volt négy egymást követő világbajnokságon (1986, 1990, 1994, 1998) és két Európa-bajnokságon (1988, 1996). Az 1998-as világbajnokság Nigéria elleni csoportmeccsén súlyos hibát követett el: Garba Lawal beadását a saját kapujába juttatta. Többek között ennek volt köszönhető, hogy Spanyolország nem jutott tovább a csoportból. Amikor a csoportkör véget ért, Zubizarreta nem csak a válogatottságtól vonult vissza, hanem bejelentette aktív pályafutásának befejezését is.