1941'de Sovyetler Birliği'nin Nazi istilasıyla, Sovyetlere ait Deniz Kuvvetleri'nin insan gücü şiddetli şekilde, adam ihtiyacı yüzünden Alman ordular tarafından yapılan ilerlemelerden savaşa yardım etmek için azaldı. Buna rağmen, Isakov geçici olarak Alman kuvvetlerin, Baku Petrol alanlarına girmeyi denediği Kuzey Kafkasya önünde bir kumandan olduğu 1942'e kadar Sovyetlere ait Kuzey filoda hizmet etti. 4 Ekim 1942'de, Isakov, Tuapse'de Alman bombardımanında bir baskında yaralandı ve ayağı kesilerek bir sahra hastanesinde savaşın geri kalanını zamanını harcadı. Buna rağmen Isakov, Sovyet deniz kumandanı olarak hizmet etmeye devam etti.