In Nordamerika ist im Pliozän noch das kleinwüchsige "T. polkensis" überliefert. Im Frühpleistozän dominieren weitgehend "T. haysii" und "T. lundaliusi", beide wurden dann durch "T. veroensis" abgelöst. Diese Tapirart war höchstwahrscheinlich noch bis zum Auftauchen der ersten Menschen in Nordamerika anzutreffen, starb kurz danach aber aus. Nach Südamerika, dem Schwerpunkt ihres heutigen Verbreitungsgebiets, gelangten die Tapire erst relativ spät im Zuge des Großen Amerikanischen Faunenaustausches nach der Entstehung einer Landbrücke durch die Schließung des Isthmus von Panama, die ältesten Nachweise hier sind rund 2,5 Millionen Jahre alt. Zu den fossilen südamerikanischen Vertretern der Tapire zählen "T. rondoniensis", "T. rioplatensis", "T. oliverasi", "T. tarijensis", "T. cristatellus" und "T. mesopotamicus". Alle diese Formen sind monophyletisch verwandt und gehen so auf eine Stammform zurück. Sie stehen dadurch dem Flachland- und dem Bergtapir wesentlich näher als dem Mittelamerikanischen Tapir.