Palung Jawa dihasilkan oleh subduksi miring dari Lempeng Indo-Australia ke Lempeng Sunda pada tingkat 61 mm/tahun (di selatan) dan 51 mm/tahun (di utara). Kerak samudera yang tersubduksi melalui margin akresi tersebut memiliki variabel usia (40 hingga 100 Ma) dan struktur di sepanjang parit. Ada juga penelitian yang menunjukkan bahwa sistem sesar "strike-slip" busur paralel dekstral (yaitu Sesar Sumatra Besar) berkembang pada sisi darat dari busur depan Sunda untuk menyerap bagian dari gerakan dekstral yang terkait dengan konvergensi kemiringan lempeng. Setelah bencana tsunami Aceh 2004, semakin banyak peneliti yang mulai mempelajari daerah ini. Lereng palung ini sekarang sedang dipertimbangkan sebagai hasil dari lipatan dan patahan di daerah tersebut yang berasal dari deformasi lokal pada dasar laut.