En 1256, apenas dos décadas después de la conquista cristiana de la ciudad por el monarca Fernando III de Castilla, se creó en este lugar el primer convento femenino de Córdoba que contó inicialmente con ocho monjas de la Orden franciscana de las clarisas. El convento se ubicó, inicialmente, en la parte de la mezquita, transformándose más tarde en iglesia, y adaptando el patio a la estructura del claustro. A lo largo de su historia, el convento se ha denominado «de Santa Catalina» (nombre original), «de Santa Clara» (tras la instalación allí de las Hermanas Clarisas) y «de Santa Isabel» (como tributo a Isabel de Francia, fuertemente vinculada a la Corona española), perdurando el segundo.