Lepsius ist zudem bekannt durch seine Dokumentation des Völkermords an den Armeniern 1915/1916. Sie trägt den Titel "Bericht über die Lage des armenischen Volkes in der Türkei" und wurde am 7. August 1916 von der deutschen Zensur verboten. 20.000 Exemplare waren bereits an Adressaten in ganz Deutschland verschickt, bevor die Zensur zugriff. Die Schrift enthält Augenzeugenberichte, die beschreiben, wie Armenier gezielt ermordet wurden, erdolcht, erschossen oder mit gefesselten Händen im Euphrat ertränkt wurden. Lepsius beschreibt, wie die Armenier von überall her in die Wüsten Mesopotamiens getrieben wurden, wo sie durch Hunger, Durst und Erschöpfung umkamen. Es gibt eine weitere Auflage der Dokumentation, welche um ein Gespräch mit Enver Pascha im Jahr 1915 erweitert ist. Sie trägt den Titel "Der Todesgang des armenischen Volkes".