"Ark Royal" under kommendör Alan Masseys befäl deltog i invasionen av Irak 2003 där hennes utrustning bestod av helikoptrar i stället för den mer vanliga mixen av helikoptrar och Harrier-flygplan. Under operationen i kriget kolliderade två Westland Sea King-helikoptrar i luften vilket resulterade i att en amerikan och sex britter miste livet.