В началото на 20 век гражданите на Ахтопол притежават 45 кораба, три от които са с водоизместимост между 1000 и 3000 тона. При избухването на Балканската война в 1912 година двама души от Ахтопол са доброволци в Македоно-одринското опълчение. След Балканските войни (1912 – 1913 г.) градът е присъединен към България. Гръцкото му население е изселено, а на негово място се заселват български бежанци от Източна Тракия. През 1918 г. Ахтопол е почти изцяло унищожен от пожар, като изгаря и старата катедрала „Успение Богородично“. Съвременният град е построен изцяло наново след пожара. През 1926 г. има 1095 жители.