Au début de l'année 2018, des violents combats ont lieu dans la région de Ménaka, près de la frontière avec le Niger. Cette région est alors la principale zone d'action de l'État islamique dans le Grand Sahara, dirigé par Adnane Abou Walid al-Sahraoui. À cette période, l'armée française, l'armée malienne et deux groupes armés locaux, le Mouvement pour le salut de l'Azawad (MSA) et le Groupe autodéfense touareg Imghad et alliés (GATIA), commencent à coopérer et à mener des opérations communes contre les djihadistes. En février, le massacre de quatre civils à Inwelane, dans la commune de Talataye, entraîne en représailles une offensive du MSA et du GATIA. Le , l'armée française affirme que 60 djihadistes ont été tués ou faits prisonniers en un mois. L'affrontement le plus important a lieu le avril, lors du combat d'Akabar, où une trentaine de djihadistes sont tués. Les opérations contre les djihadistes se doublent cependant d'un conflit communautaire, le MSA et le GATIA étant principalement composés de Touaregs, tandis que les combattants de l'État islamique dans le Grand Sahara sont en majorité des Peuls. Le , la MINUSMA accuse les mouvements armés d'avoir exécuté sommairement 95 personnes dans la région de Ménaka et de s'être rendus coupables de pillages et de déplacements forcés de populations. Le , 16 nomades touaregs sont massacrés par des Peuls dans le village de Tchigin Bawel. Mi-avril, le commandant en chef de la force Barkhane, le général Bruno Guibert, déclare cependant que les violences et les attaques ont fortement diminué dans la région de Ménaka.