İspanyol egemenliği, ülkedeki dağınık yönetim erklerinin İspanyol temelli bir otoritede birleşmesi sonucunu doğurmuştur. Böylece, İspanyol sömürgeciliği, takımadaların siyasi birliklerini kurabilmeleri açısından önemli sonuçlar doğurmuştur. 1565'ten 1821'e kadar, Filipinler Nueva España Genel Valiliği'ne bağlı bir bölge olarak yönetilmiştir. Meksika Bağımsızlık Savaşı'ndan sonra ise ülke doğrudan Madrid'e bağlanmıştır. 16. ve 19. yüzyıllar arasında, Manila kalyonları ve Manila ile bağlantılı diğer donanma gücü, yılda bir ya da iki kez Acapulco'ya seferler düzenlemiştir. Bu sayede Amerika kaynaklı, mısır, domates, patates, biber ve ananas gibi gıdalar; Filipin topraklarında tanınmaya başlanmıştır. Tüm bunlar olurken, Katolik misyonerler; ülkedeki geniş ovalarda yaşayan halkın büyük bölümünü Hristiyanlığa yöneltmiştir. Ülkeye gelen Hristiyan vakıfları, birçok okul, üniversite ve hastane inşa etmiş; böylece halkın Hristiyanlığa girişi hızlanmıştır. İspanyol sömürge yönetimi, 1863'te aldığı bir kararla ülkedeki devlet okullarını parasız hâle getirmiştir. Filipinler'deki büyük eğitim seferberliği ise meyvelerini, Amerikan yönetimi yıllarında vermiştir.