Emre, Danimarka'nın genç millî takımlarıyla ile toplamda 22 maça çıkıp 3 de gol atmayı başardı. 2016 yılında Türkiye millî takımını tercih etti. Mart ayında Türkiye U-21 takımıyla ilk maçına çıktı. Mayıs 2016'da Fatih Terim tarafından Fransa'da düzenlenen EURO 2016 aday kadrosuna çağrıldı. 29 Mayıs 2015'te Karadağ ile oynanan hazırlık maçında ilk kez sahaya çıktı. 2 gün sonra ise turnuvaya giden kadroda olacağı açıklandı.