Devenu professionnel en 1992, il rejoint le top 16 du classement mondial durant la saison 1997-1998 avant d'en sortir plus tard à l'issue de la saison 2007-2008. Lee retrouve son meilleur niveau entre 2011 et 2012 et atteint pendant la saison 2012-2013 la mondiale, à une place de son meilleur classement atteint en 2001. Stephen Lee compte 5 victoires dans des tournois classés. Il atteint la demi-finale du championnat du monde en 2003, et la finale du Masters de 2008, son meilleur résultat dans un tournoi de la triple couronne.