Um dos jogadores recém-contratados pela nova força do futebol nacional, o Bunyodkor (ex-Quruvchi) vindos do tradicional Paxtakor Tashkent, Jeparov integra a Seleção Uzbeque desde 2002. Integrou os elencos que chegaram às quartas-de-final das Copas da Ásia de 2004 e 2007.