鄂圖曼帝國國力有限，德國很早就派出由奥托·冯·桑德斯將軍領導的顧問團主持其軍事現代化，塞克特作為土軍參謀長，也管轄德國駐土耳其軍事顧問團，引發與桑德斯之衝突，直到塞克特建議土國將後者調至巴勒斯坦前線才解除緊張局勢。另一方面，塞克特亦與土軍的領袖——軍部大臣恩維爾·帕夏關係密切，後者一直期望在戰爭中收回被俄國搶去的外高加索地區，故計畫發動對該地進攻的高加索戰役，塞克特雖因補給問題而不情願，但理解土軍復仇之心理，故策劃了以守為攻的有限攻勢，即使失敗亦不造成全線崩潰。1918年3月，俄國共產黨代表簽署了《布列斯特-立陶夫斯克條約》，土軍已取得外高加索的部份領土，但恩維爾仍不滿足，繼續於當地投注兵力以圖擴大勢力範圍，此舉對牽制其他協約國的戰略有害，且德軍亦想佔領巴庫油田，但塞克特仍支持身為自己長官的恩維爾，德軍最高統帥部因而對其感到不滿。1918年10月30日，土耳其與協約國簽署停戰協定，要求德軍於一個月內離境，塞克特便於11月4日離開土國。此時的德國也因軍事上已嚴重失利、國內爆發革命、皇帝已宣佈退位並流亡荷蘭，以社民黨為代表的臨時政府於10日宣佈成立共和國「威瑪共和國」在法理上正式成立。11月11日，德國與協約國簽署了停戰協議，兩天後，塞克特回到了德國。