Изабран је за председника Хрватске на председничким изборима 2000. године након што је победио у првом кругу избора, а затим у другом кругу поразио ХСЛС-овог кандидата Дражена Будишу. Месић је наступио као кандидат странака ХНС, ХСС, ЛС и ИДС. Након што је постао председник, иступио је из чланства у ХНС-у.