Die APSA entstand im politischen Umfeld der späten 1990er Jahre. Afrika war mit schweren Krisen wie dem Bürgerkrieg in Somalia seit 1991 und dem Genozid in Ruanda 1994 konfrontiert. Gleichzeitig geboten die Statuten der Organisation für Afrikanische Einheit (OAU) staatliche Nichteinmischung in interne Angelegenheiten anderer Staaten. Um im Falle schwerer Menschenrechtsverletzungen in die betreffenden Konflikte intervenieren zu können, beschlossen die OAU-Mitgliedsstaaten nicht nur die Schaffung der AU (2002) als neue panafrikanische supranationale Organisation, sondern zwei Jahre später auch die Schaffung der APSA.