El fracàs de Mütəllibov a l'hora de bastir un exèrcit adequat, que temia que no pogués romandre sota el seu control, ocasionà l'ensulsiada del seu govern. El 6 de maig l'última ciutat poblada d'àzeris a Nagorno-Karabakh, Susa, cau sota control armeni. El 14 de maig el Consell Suprem de l'Azerbaidjan escolta el cas sobre la Massacre de Khojali, relleva Mütallibov de qualsevol responsabilitat, anul·la la seva prèvia dimissió i el restaura com a president de l'Azerbaidjan, però l'endemà, 15 de maig, les forces armades, conduïdes pel Front Popular de l'Azerbaidjan prenen el control de les oficines del Parlament de l'Azerbaidjan i de la ràdio i televisió públiques, i així deposen Mütəllibov, que marxa a Moscou; el Consell Suprem de l'Azerbaidjan es dissol i traspassa les obligacions a l'Assemblea Nacional de la República de l'Azerbaidjan, formada per la representació paritària de Front Popular de l'Azerbaidjan i antics comunistes. Dos dies més tard, mentre les forces armènies prenen el control de Laçın, Isa Qember és elegit nou president de l'Assemblea Nacional de l'Azerbaidjan i assumeix temporalment les funcions de president de l'Azerbaidjan fins a la celebració d'eleccions nacionals el 17 de juny de 1992.