Während der Magdeburger Hochzeit (Zerstörung Magdeburgs 1631) wurde die Kapelle beschädigt und später als Getreidespeicher genutzt. Erst 1681 gab es wieder eine religiöse Nutzung der Kapelle durch die Reformierte Gemeinde Magdeburgs. Der Kurfürst hatte die Kapelle am 23. Juni 1681 den Reformierten übergeben. Im Jahre 1700 gaben diese das Gebäude auf, welches in Folge ungenutzt blieb. Beim Bau des Schlosses in den Jahren 1700 bis 1702 wurde die Kapelle in das Schloss integriert, der Turm der Kapelle jedoch abgebrochen. Weitere Teile wurden in den folgenden Jahrzehnten zugemauert bzw. abgerissen. 1810 wurde das Kollegiatstift Sankt Gangolf aufgehoben. Das Langhaus wurde als Registratur genutzt. 1906 wurde bei Arbeiten an den Regierungsgebäuden des Domplatzes das Langhaus der Kapelle zwecks Errichtung eines Verwaltungsgebäudes abgerissen. Bei den Abrissarbeiten wurden die romanische, halbkreisförmige Grundmauern des Chorabschlusses eines Vorgängerbaus sowie Grabkammern mit eingestürzten Deckengewölben gefunden.