В 2005 году Агилар в качестве капитана молодёжной сборной выиграл чемпионат мира среди молодёжных команд, а также принял участие в молодёжном чемпионате мира в Нидерландах. В том же году в составе основной сборной он поехал на Золотой Кубок КОНКАКАФ. На турнире он забил два гола. В матче группового этапа против сборной Тринидада и Тобаго и помог своей команде в 1/4 финала пройти сборную Мексики.