Om morgenen den 11. september 2001 var Scowcroft om bord på en E-4B, flyet som fungerte som National Airborne Operations Command Center (NAOC). Det stod klar for å ta av for å fly til Offutt Air Force Base da meldingen om at det første av tårnene i World Trade Center ble rammet av en terrorhandling. Scowcrofts fly var på vei til Offutt da det neste kaprede flyet rammet det andre tårnet, og Scowcroft ble vitne til beslutningsprosessene både hva gjaldt president George W. Bush i Florida og visepresident Dick Cheney, som var i Det hvite hus.