W czerwcu 1918 powrócił na Ural na czele niewielkiego oddziału i przy wsparciu Korpusu Czechosłowackiego wprowadził swoje rządy w guberni orenburskiej. Po zamachu stanu admirała Aleksandra Kołczaka na Syberii w grudniu 1918 armia Dutowa pozostała nadal od niego niezależna. W latach 1918-1920 Kozacy Orenburscy walczyli u boku Armii Syberyjskiej Kołczaka na pierwszej linii frontu, biorąc udział m.in. w wielkiej ofensywie wiosennej w marcu-kwietniu 1919 r.