З лютага 1996 года па ліпень 1998 года займаў пасаду пасла ў Ліване і пасла ў Казахстане са снежня 1998 года па ліпень 2001 года. з верасня 2001 года па ліпень 2004 года быў паслом у Кувейце. З лістапада 2003 года па чэрвень 2004 года Джонс адначасова займаў пасаду галоўнага палітычнага супрацоўніка і намесніка адміністратара акупацыйнай адміністрацыі ў Багдадзе. Ён працаваў у Кувейце, каб заручыцца падтрымкай гэтай краіны ў вайне ў Іраку, і працаваў пад кіраўніцтвам Пола Брэмера над выкананнем пагаднення ад 15 лістапада 2003 года з ЧКСІ. З верасня 2004 года па студзень 2005 года Джонс быў старэйшым навуковым супрацоўнікам Белфераўскага Цэнтра навукі і міжнародных адносін пры Школе дзяржаўнага кіравання імя Джона Ф. Кэнэдзі Гарвардскага ўніверсітэта.