Na początku XIII wieku rozpoczęto budowę kościoła klasztornego. Kościół – wznoszony w stylu romańskim pod okiem mistrza Simona (który znany jest również z budowy kościoła w Wąchocku) – konsekrował w 1207 biskup krakowski Pełka (znany również jako Fulko), nadając mu wezwanie Najświętszej Marii Panny i św. Floriana. Klasztor koprzywnicki był celem najazdu mongolskiego w 1241, w wyniku którego został zdewastowany i ograbiony. Podobne zniszczenia miały miejsce również podczas drugiego najazdu w 1259. Odbudowę klasztoru po tych zniszczeniach wspierał książę Bolesław Wstydliwy nadając zakonnikom liczne przywileje. Również Koprzywnica otrzymała szereg przywilejów, w tym przywilej miejski na prawie magdeburskim.