Še večje uspehe pa je Knavs dosegel s slovensko reprezentanco, za katero je prvo tekmo odigral 5. februarja 1998 proti Islandiji. Kmalu je postal stalni član prve postave. Pomembno je prispeval pri uvrstitvi na EURO 2000 in svetovno prvenstvo 2002. Zenkrat je za reprezentanco odigral 66 tekem in dosegel tri gole.