In 1868, het jaar dat koningin Isabella II door een opstand haar troon verloor, droeg Juan zijn aanspraken op de Spaanse troon over aan Carlos. Kort daarop ontmoette Carlos de gevluchte Isabella in Parijs, waar ze vergeefs probeerden tot een oplossing van hun rivaliteit te komen. Hij trainde in Frankrijk een leger en begon in 1872, gesteund door pro-Carlistische onrust in Catalonië, Navarra en Baskenland, de Derde Carlistenoorlog tegen Isabella's gekozen opvolger Amadeus van Savoye, ter plaatse geleid door zijn broer Alfonso Carlos. Na Amadeus' aftreden in 1873 werd de Eerste Spaanse Republiek uitgeroepen, die de strijd tegen de carlisten voortzette, maar leidde tot complete anarchie.