Han har vært en sentral brikke i s «gyldne generasjon», og i EM i 2000 scoret han et vidunderlig mål på hodet i den meget underholdende kampen mot , der portugiserne vant 3–2. Men det João Pinto uheldigvis nok vil bli husket mest for, er den grusomme taklingen han gjorde i kampen mot Sør-Korea i VM i 2002, der Portugal ble utslått allerede i gruppespillet.