Ammessa a partecipare all'Europa League 2017-18 in virtù del quarto posto ottenuto nel precedente campionato, l'Atalanta si ritrova inserita in un girone complicato: le avversarie sono l'inglese Everton, il francese Lione e il cipriota Apollon Limassol. Iniziato il campionato con due sconfitte, ad opera di Roma e Napoli, i bergamaschi trovano la prima vittoria contro il Sassuolo. L'esordio europeo è invece contro i "Toffes", che vengono battuti a sorpresa con tre gol di scarto. L'Atalanta pareggia poi contro il Chievo, sconfigge nettamente il Crotone (5-1) ed ottiene un altro pari a Firenze, segnando con Freuler nel recupero. La seconda giornata di coppa vede gli orobici scendere in campo a Lione, dove una rete di Gómez su punizione ristabilisce la parità dopo il vantaggio transalpino; alla sosta di ottobre la squadra giunge dopo un altro pari, stavolta con la Juventus, che costa ai bianconeri la vetta della classifica.