Havia quedat palès que l'habilitat de Scharnhorst superava a les dels millors oficials de l'Estat Major. Educat en les tradicions de la Guerra dels Set Anys, havia abandonat gradualment les antiquades concepcions relatives a les ciències militars i havia entès que només un exèrcit "nacional" i una política de batalles decisives haurien pogut donar respostes a la situació política i estratègica que van sorgir amb la Revolució Francesa. Amb passos lents i ponderats va transformar a l'exèrcit professional, humiliat en la Batalla de Jena (1806), en un exèrcit nacional basat en la lleva universal. Va aconseguir la promoció major general pocs dies després de la Pau de Tilsit (juliol de 1807) i es va convertir en cap d'una comissió reformadora que reunia el millor dels oficials més joves, com August von Gneisenau, Karl Wilhelm Georg von Grolmann i Hermann von Boyen. El mateix Stein era un membre de la comissió i va garantir a Scharnhorst lliure accés davant del Rei Frederic Guillem III de Prússia, assegurant-li alhora el nomenament de general ajudant de camp. Però Napoleó va començar sobtadament a sospitar, i Frederic Guillem va haver de suspendre o cancel·lar les diversos cops les reformes recomanades.