Своєю грою за цю команду привернув увагу представників тренерського штабу німецького клубу «Баєр 04», до складу якого приєднався влітку 1997 року. Відіграв за команду з Леверкузена наступні шість сезонів своєї ігрової кар'єри, граючи зігравши понад 150 матчів, включаючи програний фінал Ліги чемпіонів 2002 року з мадридським «Реалом» та фінал Кубка Німеччини, зіграний за кілька днів до цього. Крім цього Живкович з «фармацевтами» тричі став віце-чемпіоном Німеччини.