O Marquês de Caxias assumiu o comando no dia 19 de novembro. Ele teve que acabar com as disputas sem fim e aumentar sua autonomia em relação ao governo brasileiro. Com a saída do Presidente Mitre em fevereiro de 1867, Caxias assumiu o comando geral das forças Aliadas. Ele encontrou o exército praticamente paralisado e devastado por doenças. Nesse período, Caxias treinou seus soldados, reequipou o exército com novos canhões, melhorou a qualidade do corpo de oficiais e atualizou o corpo de saúde e higiene geral das tropas, pondo fim às epidemias. A partir de outubro de 1866 até julho de 1867, todas as operações ofensivas foram suspensas. As operações militares se limitaram a escaramuças com os paraguaios e ao bombardeio de Curupaiti. Solano López aproveitou a desorganização do inimigo para reforçar a Fortaleza de Humaitá.