אנדו היה שותף להופעות נבחרת יפן בגביע אסיה בכדורגל. הוא זכה עם הנבחרת בגביע אסיה בכדורגל 2004, בגביע אסיה 2007 סיימה יפן רביעית ובגביע אסיה 2011 שוב זכתה יפן בגביע. ב-23 בינואר 2015, במסגרת גביע אסיה, ערך אנדו את הופעתו ה-152 והאחרונה בנבחרת במשחק מול (תיקו 1:1). נכון ל-2018 הוא מחזיק בשיא ההופעות במדי נבחרת יפן.