Разгорелась Боснийская война, город был осаждён силами боснийских сербов. В первые месяцы войны многие сербы бежали из Сараева. 16 мая 1992 года отряд под командованием армии боснийских мусульман перебил сербских жителей в Пофаличах (район Ново-Сараево). От 150 до нескольких тысяч мирных сербов были убиты во время войны вооружёнными мусульманами и хорватами. В июне 1992 года аэропорт, через который осуществлялись поставки гуманитарной помощи, был взят под контроль миротворцами ООН; при этом основная часть города контролировалась армией боснийских мусульман, а пригороды, где проживало в основном сербское население, и близлежащие высоты были заняты армией Республики Сербской. Горожане испытывали нехватку воды и еды, перебои с отоплением; не работала канализация, вовремя не вывозился мусор. Взрыв на улице Васы Мискина 27 мая с многочисленным жертвами повлёк санкции против Югославии, принятые ООН. Взрывы на Маркале 5 февраля 1994 года и 28 августа 1995 года так же повлекли тяжёлые последствия.