Лотарь был одним из младших сыновей графа Леопольда Вильгельма фон Кёнигсегг-Ротенфельса от первого брака с графиней Марией Поликсеной Шерфенберг. Родители планировали для него духовную карьеру и отправили в иезуитскую коллегию во французском городе Безансон. Ему была уготовлена видная церковная должность в Зальцбурге и Пассау, однако Лотарь нарушил планы родителей и вступил в имперскую армию, которая в тот момент воевала против турок в Венгрии (Великая Турецкая война).