Vyvrcholením dlouhodobého zvyšování politického napětí byla občanská válka od roku 1990 a rwandská genocida roku 1994, jejímiž oběťmi byli Tutsiové a umírnění Hutuové. Nejprve došlo k násilnostem v hlavním městě Kigali, poté ve zbytku země. Zavražděno bylo asi 800 000 lidí, hovoří se o jedné z největších genocid 20. století. Situaci nezachránila ani OSN, musela být povolána vojska z Francie. 2,5 milionů Rwanďanů však v dobách války uprchlo před válkou do sousedních zemí, většina do Zairu. Krátce po rozpoutání se válka rozšířila i do okolních zemí, byl svržen zairský prezident, nepokoje vypukly i v Burundi. Zairské příhraničí bylo vyhlášeno Francií za bezpečnostní zónu. Ještě okolo roku 2000 byla situace velmi napjatá. Podle dokumentaristy Jorise Postemy mír ve Rwandě závisí na prezidentovi Paulu Kagameovi a obě skupiny se sebe vzájemně bojí.