La prosperidad de Haifa tocó a su fin entre los años 1100 y 1101, cuando la ciudad fue sitiada por tierra y mar por cristianos europeos tras el fin de la Primera Cruzada. Tras una encarnizada batalla contra los habitantes judíos y la guarnición fatimí, los cruzados tomaron la ciudad. La mayor parte de la población por aquella época era judía. Bajo dominio cruzado, Haifa quedó reducida a una pequeña fortaleza costera perteneciente al Principado de Galilea, dentro del Reino de Jerusalén. Tras su victoria en la Batalla de los Cuernos de Hattin, el ejército ayubí de Saladino capturó Haifa a mediados de julio de 1187 y destruyó la fortaleza cruzada. Cuatro años después, en 1191, los cruzados volvieron a tomar Haifa bajo el mando de Ricardo I de Inglaterra.