Наиболее крупным военным конфликтом стал захват в 1975 году Восточного Тимора и противодействие партизанской деятельности на этой территории, продолжавшейся вплоть до восстановления её независимости. Армия была также задействована в борьбе с сепаратистскими движениями в Ачехе и на Западном Ириане в 1970-х — 1990-х годах и подавлении серьёзных беспорядков на этноконфессиональной почве, имевших место в 1990-е — 2000-е годы.