抵抗運動がおき、第二次スーダン内戦（1983年 - 2005年）が勃発。西エクアトリア州は、反政府武装組織やジョン・ガラン率いるスーダン人民解放軍 (SPLA) などの影響下に入った。2005年に南北の和平条約が締結されてスーダン内戦は終結したものの、いくつかの反政府勢力は依然活動を続けた。