Med Hans Wachtmeisters (1641-1714) kraftige bistand skabte Karl XI hurtigt en moderne flåde. Den strategisk beliggende by Karlskrona valgtes som orlogshavn. Flådens overkommando flyttede hertil fra hovedstaden, og allerede i 1679 var der 758 officerer og befalingsmænd samt over 11.000 søfolk. Orlogsflåden var ved kongens død i 1697 øget til 37 linjeskibe og otte fregatter, foruden galejflåden i Stockholm. Da Sverige mistede sin stilling som europæisk stormagt, begyndte en langvarig nedgang for den svenske marine. Frihedstidens regeringer viste ringe vilje til at vedligeholde flåden, og i 1756 var der 24 linjeskibe, 12 fregatter og 26 mindre fartøjer med omkring 2.000 kanoner tilbage. Samme år blev skærgårdsflåden frigjort fra flådens kommando.