La brigade de Vaughn tient les hauteurs au nord de Vicksburg pendant les quatre premiers mois de 1863. Le , les forces de Grant percent la ligne confédérée à la bataille de Big Black River Bridge forçant à la reddition de deux régiments de Vaughn. Les confédérés se retirent dans Vicksburg où ils se rendent finalement le . Vaughn est libéré sur parole et, en octobre, commence à rassembler ses troupes. Il gagne une escarmouche contre les troupes de l'Union à Philadelphie, Tennessee, et combat également des maraudeurs dans son comté de Monroe. Travaillant avec Longstreet pour essayer et prendre Knoxville en décembre, Vaughn est forcé de se retirer dans le haut de l'Est du Tennessee. À la fin de décembre, Vaughn est autorisé à monter sa brigade.