Nach dem Waffenstillstand von Cassibile und der deutschen Besetzung Italiens ging Caccia Dominioni im September 1943 in den Untergrund. In seinem Heimatort Nerviano organisierte er eine der ersten Partisanengruppen der Resistenza, ab Januar 1944 kämpfte er dann in der 106. Partisanenbrigade "Garibaldi". Im Juli und August 1944 sowie im Januar 1945 war er vorübergehend inhaftiert. Im April 1945 wurde er kurz vor den Aufständen in Norditalien Chef des Stabes des "Corpo Lombardo Volontari della Libertà", einer größeren Partisanenformation in der Lombardei.