בשיא מלחמת אבחזיה, בשנת 1993, היו הגאורגים במחוז גאלי נתונים לטיהור אתני שיטתי, שנעשה על ידי מיליציות אבחזיות ובעלות בריתן מהרפובליקות הרוסיות מצפון הקווקז. עד לנובמבר 1993, נשלט רוב שיטחו של המחוז בידי הבדלנים האבחזים להוציא מובלעות מבודדות, שפונו, בשנת 1994, על ידי הכוחות הגאורגים לאחר הפסקת אש בתיווך רוסי. מאז חזרו למחוז, באופן ספורדי, בין 40,000 ל-60,000 גאורגים. אולם התהליך הופסק בעקבות התפרצות האלימות במאי 1998, שהחלה בתגובה לניסיון של כוחות גרילה גאורגים להחזיר את השליטה על אבחזיה. בעקבות אירועים אלה ביצעו "ניקוי" יסודי במחוז. למרות הביקורת שנמתחה עליו סירב נשיא גאורגיה באותם ימים, אדוארד שוורדנדזה, לפרוס חיילים כנגד אבחזיה. ב-20 במאי 1998, החל משא ומתן על הפסקת אש. העוינות גרמה למאות של קורבנות משני הצדדים, וגורשו בין 30,000 ל-40,000. אף על פי שמשפחות רבות חזרו זמן קצר לאחר מכן לביתם, גרם העמימות להריסת 1,500 בתים ותשתיות, כולל כאלה שמומנו על ידי ארגונים בינלאומיים. כוח המשימה משותף של האו"ם אושר ונשלח למחוז גאלי בשנת 2000. התשתיות והבתים נבזזו ונשרפו במתכוון בהתקפה האבחזית.