Алиу Сиссе попал в состав сборной Сенегала на Чемпионате мира 2002 года. Из 5-и матчей Сенегала на турнире Сиссе появлялся в стартовом составе команды в четырёх: в играх группового этапа турнира против сборных Франции, Уругвая, во встречах 1/8 финала со Швецией и 1/4 финала с Турцией. Игру против Дании Сиссе пропустил, во всех остальных встречах он также был капитаном команды. В матче против французов Сиссе получил жёлтую карточку на 51-й минуте, а в четвертьфинале с Турцией — на 63-й.