Debilly commande par la suite la place de Rennes où il se lie d'amitié avec les généraux Kléber, Dumas et Marceau qui, comme lui, viennent du collège de Chartres. Il tombe malade et se voit obliger d'abandonner l'armée des côtes le pour se reposer à Argenteuil. Mais dès le , le Comité de salut public l'envoie à l'armée de Rhin-et-Moselle avec laquelle il prend part au Blocus de Mayence en qualité d'adjudant général et chef d'état major de Kléber, avec lequel il passe à l'Armée de Sambre-et-Meuse.