Malgré les frictions entre Marguerite et son époux, leur mariage facilite néanmoins l'alliance anglo-brabançonne contre la France. Ainsi, Jean II tente au cours de la guerre franco-anglaise de 1294-1298 de conquérir certaines terres de Jean de Hainaut, un allié du roi Philippe IV le Bel, même si son offensive se révèle infructueuse. En 1300, Marguerite accueille quelque temps sa sœur Élisabeth, veuve de son époux et qui rentre en Angleterre. Le , Jean II et Marguerite se rendent à Boulogne, où ils assistent au mariage d'Édouard II avec Isabelle de France. Le couple ducal retourne ensuite en Angleterre afin de prendre part au couronnement du nouveau roi à l'abbaye de Westminster le suivant. Il s'agit vraisemblablement de la dernière visite de Marguerite dans sa terre natale. Pour autant, elle reste en contact avec son frère : en , Édouard II lui demande d'accueillir son favori Pierre Gaveston au cours de son exil.