Venne assassinato durante la Rivolta del Madagascar nel 1947, infatti, dopo la Seconda guerra mondiale, il Paese attraversò un periodo di disordini politici e rivendicò l'indipendenza. Considerato un traditore, perché era amico dei missionari francesi e diffondeva la loro religione, Lucien Botovasoa venne rapito da un gruppo di tradizionalisti. Sarà picchiato prima di essere decapitato.