El fusil Spencer fue adoptado primero por la Armada de los Estados Unidos, siendo a su vez adoptado por el Ejército de los Estados Unidos y empleado durante la Guerra de Secesión, donde fue un arma popular. Los Estados Confederados de América ocasionalmente capturaban algunos de estos fusiles y su munición, pero, como no podían fabricar los cartuchos debido a la escasez de cobre, su capacidad de tomar ventaja de los fusiles fue limitada. Entre las notables batallas donde fue empleado por primera vez figuran la Batalla de Hoover's Gap (donde la "Brigada Relámpago" del Coronel John T. Wilder demostró el poder de fuego de los fusiles de repetición) y la Campaña de Gettysburg, donde los dos regimientos de la Brigada de Michigan (al mando del Brigadier general George Armstrong Custer) los emplearon en la Batalla de Hanover y en el Cuadro de Caballería del este. Mientras la guerra progresaba, los Spencer fueron empleados por varios regimientos de Caballería e Infantería Montada de la Unión, ofreciéndole al Ejército de la Unión una potencia de fuego adicional frente a sus contrapartes del Ejército de los Estados Confederados. John Wilkes Booth, el asesino del Presidente Lincoln, estaba armado con una carabina Spencer al momento de su captura y muerte.