Krejčí maakte in 2012 zijn debuut in het Tsjechisch voetbalelftal, waarmee hij in 2016 deelnam aan het Europees kampioenschap voetbal in Frankrijk. Na nederlagen tegen Spanje (0–1) en Turkije (0–2) en een gelijkspel tegen Kroatië (2–2) was Tsjechië na de groepsfase uitgeschakeld.