Po skončení první světové války studoval lékařství v Záhřebu a ve Vídni. Od roku 1929 pracoval jako lékař v Prijedoru. Od roku 1936 byl rovněž ambulančním lékařem pro důl v Ljubiji, kde se setkal s místními horníky a odboráři. Aktivně se podílel na jejich boji za zlepšování pracovních podmínek. V září 1940 vstoupil do ilegální komunistické strany Jugoslávie. Byl armádním lékařem během dubnové války, ve které byla Jugoslávie poražena vojsky Osy během necelých dvou týdnů. Po kapitulaci země se vrátil do Prijedoru, který se stal následně součástí nezávislého státu Chorvatsko, který ovládali ustašovci. Těmi byl také Stojanović nedlouho po jejich nástupu zatčen. Z vězení ale utekl.