Die eroberten Gebiete in Mexiko und Peru wurden nachträglich als Kronkolonien deklariert. Ihnen folgten Kolonisatoren, die sich die Ländereien aneigneten, auf die die in ihren Augen „wilden Heiden“ nach spanischem Recht ohnehin kein Eigentumsrecht anmelden konnten; die Einheimischen selbst wurden versklavt und als billige Arbeitskräfte ausgebeutet. Aufgrund deren hoher Sterblichkeit – zum einen durch die brutale Ausbeutung, zum anderen durch eingeschleppte Krankheiten – wurden sie aber bald durch aus Afrika verschleppte Sklaven ersetzt (siehe Geschichte der Sklaverei).