Nel 1603 re Giacomo VI di Scozia fu incoronato anche con l'appellativo di re Giacomo I d'Inghilterra, così la Scozia si trovò unita sotto lo stesso re, con l'Inghilterra e l'Irlanda, ma non sotto le stesse leggi. Il XVII secolo fu un periodo piuttosto convulso per la Scozia, a causa di un confronto religioso con Carlo I d'Inghilterra, che cercò di imporre la dottrina della preghiera inglese alla chiesa scozzese, tentativo che condusse per reazione alla creazione del National Covenant of the Church of Scotland, successivamente alla Guerre dei Vescovi, alla Guerra civile scozzese e alle Guerre dei tre regni. Dal 1651 al 1660 la Scozia venne occupata dall'esercito di Oliver Cromwell sotto la guida dell'ammiraglio George Monck.