Nel 1989 la Ferrari decise di affiancare a Berger il pilota inglese Nigel Mansell. La nuova vettura presentava alcune innovazioni come il cambio semi automatico e un'aerodinamica avanzata. La stagione non fu buona: dopo un ritiro alla prima gara, dovuto ad una collisione con Senna, al secondo appuntamento mondiale, disputatosi a Imola l'austriaco fu vittima di un incidente. La sua vettura, uscita di pista a circa 280 km/h alla curva del "Tamburello" per la perdita di un'ala aerodinamica, prese immediatamente fuoco a causa della fuoriuscita di benzina, con Berger immobile dentro l'abitacolo in fiamme. Grazie all'immediato intervento degli addetti alla sicurezza Berger riuscì a sopravvivere riportando alcune ustioni di secondo grado alle mani e alle braccia e una costola rotta. Dopo aver saltato solo il successivo Gran Premio a Montecarlo, Berger si ripresentò al Gran Premio del Messico, ma il prosieguo della stagione fu caratterizzato da continui ritiri, complici le innumerevoli rotture del cambio semi-automatico. A luglio, intanto, venne ufficializzato il passaggio del pilota alla McLaren nel 1990, con un contratto triennale dal valore superiore ai trenta milioni di dollari. Durante la stagione l'austriaco ebbe anche modo di protestare contro la sua scuderia, accusandola di privilegiare il suo compagno di squadra. Solo al Gran Premio d'Italia poi Berger riuscì a realizzare i primi punti con un secondo posto, vincendo poi la successiva gara in Portogallo e concludendo ancora secondo in Spagna. Terminò la stagione con 21 punti, in settima posizione.