El 29 de octubre de 1999, el Parlamento, con una amplia mayoría socialista, decidió cambiar a Pandeli Majko del cargo de primer ministro, debido a la pérdida de peso de su facción interna en el PS y a la consideración de "débil" de su respuesta frente a la crisis de Kosovo: la guerra, los bombardeos y la crisis migratoria de albanokosovares hacia Albania (se estima que unos 415.000 cruzaron la frontera en esos años). Aunque gobiernos extranjeros como el turco acusaron a su administración de beneficiar abiertamente al Ejército de Liberación de Kosovo. Fue sustituido por Ilir Meta, quien contaba con 29 años de edad en su nombramiento, por lo que arrebató también el récord de juventud a Pandeli.