Pere IV d'Aragó “El Cerimoniós” va manar enderrocar el convent perquè no servís de refugi a les tropes unionistes, i més tard va ajudar a la seva reedificació en estil gòtic l'any 1358. Aquest temple va ser incendiat en 1707, amb motiu de la guerra de successió del primer Borbó Felip V, sent reparat posteriorment en 1715 pels mercedarios mitjançant la venda de la Torre de Cerdà, també coneguda com a “Torre dels Frares”, lloc de naixement de Calixte III, sent acabat en 1740 i donant-li ja el nou nom d'Església de la Mercé.