Femti år med kommunistisk styre tok slutt etter at perestrojka og glasnost ble lansert på slutten av 1980-tallet. Litauen, ledet av Sąjūdis, en antikommunistisk og antisovjetisk frigjøringsbevegelse, proklamerte Litauens uavhengighet 11. mars 1990. Litauen var den første sovjetrepublikken som gjorde dette. Sovjetiske styrker forsøkte imidlertid å hindre at landet ble uavhengig, og natten til 13. januar 1991 angrep Den røde armé Vilnius TV-tårn og drepte 13 litauiske sivile De siste sovjetiske troppene forlot Litauen 31. august 1993.