Od lata 1942 działał w Armii Krajowej. Współpracował z organizującym struktury akowskie w powiecie Wyrzysk Stefanem Wosiem (pseud. "Roman"). Formalnie zaprzysiężony został 21 marca 1943 przez komendanta Rejonu Nakło Pawła Wrzeszcza (pseud. "Aleksander"). Niebawem mianowany został zastępcą Wrzeszcza, a w drugiej połowie 1943 zastępcą komendanta Obwodu Wyrzysk z siedzibą w Nakle. Pod koniec 1943 został dowódcą Obwodu, mianowany przez Zygmunta Szatkowskiego (pseud. "Wiesław"), komendanta Inspektoratu Armii Krajowej Bydgoszcz. Od marca 1944 Musiał współpracował blisko z następcą aresztowanego Szatkowskiego, Alojzym Suszkiem (pseud. "Paweł"). Pod jego kierunkiem ukształtowała się komendantura Obwodu, m.in. z udziałem Pawła Wrzeszcza, a także zorganizowana została służba kurierska i łącznościowa. Jako komendant Obwodu wzmocnił łączność z podległymi rejonami oraz zorganizował kontakty z Obwodami w Szubinie i Sępólnie. Powstało również zrzutowisko w Jadwiżynie (gmina Sadki). Działalność Obwodu Wyrzysk przyhamowały w marcu 1944 na około trzy miesiące aresztowania czołowych działaczy, jednak dzięki postawie aresztowanych nie doszło do dalszej dekonspiracji. W późniejszych miesiącach żołnierze Obwodu przygotowywali się do zadań Akcji „Burza”.