Вражда между Милетом и Самосом переросла в открытую борьбу во время Лелантской войны (VII век до н. э.), с которой можно связать новацию самосцев в греческой войне на море — использование триеры. В результате этого конфликта было на время подтверждено превосходство милетян в восточных водах; но в VI столетии островное положение Самоса сохранило его от нападений азиатских царей, которым отныне подвергался Милет. Около 535 года до н. э., когда существующая олигархия была свергнута тираном Поликратом, Самос достиг вершины своего процветания. Его флот не только защищал от вторжения, но и властвовал в Эгейских водах. Город был украшен общественными зданиями, а его школа скульпторов, каменщиков и инженеров приобрела высокую репутацию.