Cousteau sai kirjoituksillaan ja elokuvillaan monet ihmiset kiinnostumaan meristä. Hän oli jo 1950-luvulla käynnistämässä keskustelua merten tilasta aikana, jolloin meriä käytettiin kaatopaikkoina ja ydinkokeisiin. Vuonna 1959 Cousteau oli järjestämässä ensimmäistä World Oceanic Congress -kongressia, minkä ansiosta hän pääsi seuraavana vuonna "Time"-lehden kanteen. Vuonna 1960 hän vaikutti merkittävästi siihen, ettei Ranska upottanut ydinjätteitään Välimereen. Cousteaun ansiosta monet ihmiset ymmärsivät paremmin vesiekosysteemien herkkyyden ja rajallisuuden. Hänen merkityksestään luonnonsuojelulle kertovat myös hänen saamansa palkinnot ja tunnustukset. Yhdistyneet kansakunnat myönsi Cousteaulle Kansainvälisen ympäristöpalkinnon vuonna 1977, Yhdysvaltain Vapaudenmitalin hän sai vuonna 1985, ja vuonna 1988 YK:n ympäristöohjelma antoi hänelle ympäristösaavutuksista "Global 500 Roll of Honour" -tunnustuksen. Cousteau sai lisäksi virallisen kutsun YK:n Earth Summit -huippukokoukseen Rio de Janeiroon.