Джонні Реп вихованець футбольного клубу «Зандам». Свою професійну кар'єру він розпочав в «Аяксі», за який дебютував 29 серпня 1971 року. В амстердамському клубі його товаришами по команді були такі видатні гравці як Йоган Кройф, Руд Крол, Дік ван Дейк, Арі Ган, Піт Кейзер, Йоган Нескенс, Геррі Мюрен та інші. Реп доволі часто ставав автором вирішальних голів. Так він забив два з трьох голів аргентинському «Індепендьєнте» на Міжконтинентальному кубку 1972, а також єдиний гол у фіналі Кубка європейських чемпіонів 1972-73 «Ювентусу». В 1974 році збірна Нідерландів з Джонні Репом у складі дісталась до фіналу Чемпіонату Світу, де поступилась команді ФРН з рахунком 1-2.