С июля 1944 года — адмирал для особых поручений, начальник штаба при ОКВ по вопросам торговой и экономической войны. В середине июля 1944 года бывшие сотрудники абвера поставили Канариса в известность о готовящемся покушении на фюрера. После покушения 23 июля 1944 года был арестован. Следствию не удалось доказать его причастность к заговору.