У 1648 р. внаслідок національно-визвольної боротьби під проводом Хмельницького Луцьк зазнав нападу козаків. Костели міста були розграбовані, майно понищене. Єзуїти були змушені покинути костел. Вернулися вони сюди у 1667 р. і дали нове життя комплексу. Відновилися школи, театр.