8 июня 1993 года дебютировала в национальной сборной в матче чемпионата Европы против Испании, набрала за игру 15 очков. В 1999 году на проходившем в Польше чемпионате Европы Малгожата Дыдек не только выиграла чемпионский титул, но и стала самым результативным игроком турнира (154 очка и 19,3 в среднем за игру). По итогам года она была названа итальянской "La Gazzetta dello Sport" лучшей баскетболисткой Европы.