Kementerian Wakaf Yordania memegang kontrol atas Masjidilaqsa hingga Perang Enam Hari tahun 1967. Setelah memenangkan perang, Israel menyerahkan kekuasaan masjid dan Bukit Bait Suci kepada lembaga wakaf Islam yang mandiri dari pemerintahan Israel. Namun, Angkatan Pertahanan Israel diperbolehkan berpatroli dan melakukan pencarian di wilayah masjid. Setelah pembakaran tahun 1969, lembaga wakaf tersebut mempekerjakan arsitek, teknisi, dan perajin dalam sebuah komite untuk melakukan perawatan. Untuk mengimbangi berbagai kebijakan Israel dan semakin meningkatnya kehadiran pasukan keamanan Israel di sekitar lokasi ini sejak Intifadhah al-Aqsha, Gerakan Islam bekerja sama dengan lembaga wakaf telah berusaha untuk meningkatkan kendali Muslim di dalam lingkungan Masjidilaqsa. Beberapa kegiatannya termasuk memperbarui dan merenovasi kembali bangunan-bangunan yang terbengkalai.