İbrahim Paşa Camii 15 Kasım 1935 tarih ve 2845 sayılı kanunla kadro dışı bırakıldı. Cami, uzun yıllar İstanbul Üniversitesi Kütüphanesinin okuma salonu ve deposu olarak kullanıldıktan sonra 27 Mart 1987’de tekrar ibadete açıldı. 17 Ağustos 1999 da meydana Gölcük depreminde hasar gören cami Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından restore edildikten sonra 2006 yılında ibadete açıldı.