След като в началото на август германските войски завладяват остров Крит, полковник Ковачев решава да задели малка част от силите за отбраната на бреговата ивица, а с останалите провежда занятия и да укрепва заетите позиции. Полковник Ковачев остава командир на отряда до 25 ноември 1941 г., когато е назначен за командир на 4-та пехотна преславска дивизия. На тази длъжност остава до 6 юли 1944 г., когато е уволнен от армията.