Im Jahre 1991 wurde er erstmals Trainer der Nationalmannschaft, zunächst noch für das Team der Tschechoslowakei, von 1993 dann für Tschechien. Unter seiner Leitung erreichte das Team 1992 bei den Olympischen Winterspielen und bei der Eishockeyweltmeisterschaft den dritten Platz. Nach zwei erfolglosen Jahren resignierte er 1994 nach dem siebten Platz (und damit schlechtesten Ergebnis einer tschechoslowakischen oder tschechischen Nationalmannschaft bei Weltmeisterschaften überhaupt) und ging eine Verpflichtung in Italien ein. 1997 übernahm er erneut die Nationalmannschaft, die unter seiner Leitung bei der Weltmeisterschaft in Deutschland den dritten Platz belegte. 1998 begann die von vielen als "goldene Ära" bezeichnete Phase von Hlinkas Karriere: Der Goldmedaille bei den Olympischen Winterspielen 1998 im japanischen Nagano folgte der Gewinn der Weltmeisterschaft 1999.