Dès le début de son mandat, Isaias Afwerki instaure un régime avec parti unique, sans élections, une économie centralisée avec rôle prépondérant de l'État et une forte restriction de la liberté de la presse. Mais c'est surtout après la deuxième guerre contre l’Éthiopie (de 1998 à 2000) que le président Afwerki fait basculer son pays dans la dictature, jusqu'à faire considérer son pays comme « la Corée du Nord de l’Afrique ». Le conflit fera plus de victimes (pour seulement 5 millions d'habitants).