Mit dem Beginn des Zweiten Weltkriegs im September 1939 rief Faruq die Generalmobilmachung der ägyptischen Armee aus. Er und sein Premierminister Ali Maher Pascha wollten die bewaffnete Neutralität Ägyptens wahren. Nach dem Kriegseintritt des faschistischen Königreichs Italien am 10. Juni 1940 auf der Seite des Deutschen Reiches begannen dessen Truppen von Ostafrika aus, auf sudanesisches Gebiet vorzustoßen und ägyptisch-britische Militärposten anzugreifen. Am 28. Juni 1940 entließ der König wegen der angespannten Lage Ali Maher Pascha und ernannte Hassan Sabry Pascha zum neuen Regierungschef. Kurz darauf berief sich Großbritannien auf den Anglo-Ägyptischen Vertrag, der bei einer Bedrohung des Sueskanals die Besetzung des Landes erlaubte. Die ägyptische Armee hatte dem dabei nichts entgegenzusetzen. Faruq protestierte gegen die Besetzung, wurde aber von den Briten kaltgestellt. Im September 1940 eröffnete Italien von Libyen aus eine zweite Front gegen die bedrängten Ägypter und Briten. Während des Krieges diskreditierte Faruq sich sowohl in den Augen der britischen Regierung als auch der einheimischen Bevölkerung durch seinen ausschweifenden und kostspieligen Lebenswandel, während sich der Lebensstandard des Großteils der ägyptischen und sudanesischen Bevölkerung massiv verschlechterte. Unter dem Eindruck des seit 1941 erfolgreich in Nordafrika operierenden deutschen Afrikakorps knüpften Faruq und die ägyptische Elite ihrerseits – letztlich erfolglose – Kontakte zu den Achsenmächten. Der König bemühte sich aber wegen der zunehmenden inneren Spannungen in der Bevölkerung nach außen hin die Neutralität seines Landes zu wahren.