Димитър Бербатов изиграва първия си мач за юношеския национален отбор през април 1999 година в схватка срещу Русия, а месец по-късно е извикан при младежите от тогавашния селекционер Стойчо Младенов за двубой срещу Румъния. Няколко месеца по-късно нападателят получава повиквателна за мъжкия представителен тим, воден от Димитър Димитров – Херо, за контролния мач срещу Гърция през ноември 1999 година, в който Бербатов дебютира, след като влиза като резерва в 66-ата минута. Първия си гол за България той реализира на 13 февруари 2000 година в контролата срещу Чили (2:3), а първото му официално попадение идва в световната квалификация с Дания като гост за 1:1. В квалификациите за Световното първенство през 2002 година в Япония и Южна Корея Бербатов отбелязва два гола, но тимът не успява да се класира.