José Gomes kwam uit voor meerdere Portugese nationale jeugdelftallen. In 2014 debuteerde hij in Portugal –17, waarvoor hij 19 keer scoorde in 28 interlands. Zeven van die doelpunten maakte hij tijdens het EK –17 van 2016, dat zijn ploeggenoten en hij wonnen. Hij was topscorer van het toernooi. José Gomes nam in 2017 met Portugal –17 deel aan het WK –20.