Horngacher deltog i sitt första Skid-VM 1991 i Val di Fiemme i Italien. Han blev nummer 22 i normalbacken och nummer 5 i stora backen, 6,6 poäng från en medalj. I lagtävlingen blev det guld til österrikiska laget (Heinz Kuttin, Ernst Vettori, Stefan Horngacher och Andreas Felder) före Finland och Tyskland. I Skid-VM 1993 i Falun i Sverige blev Horngacher nummer 9 i normalbacken och nummer 13 i stora backen. I lagtävlingen vann han en bronsmedalj tillsammans med lagkamraterna. Under VM 1997 i Trondheim i Norge blev Horngacher utan medalj. I de individuella tävlingarna blev han nummer 19 (normalbacken) och 14 och i lagtävlingen blev österrikarna nummer fyra, 4,7 poäng från bronset. I VM 1999 på hemmaplan i Ramsau am Dachstein blev det en ny VM-brons i lagtävlingen. Horngacher blev nummer 16 i normalbacken och nummer 7 i stora backen. I Skid-VM 2001 i Lahtis i Finland tävlades det i två lagtävlingar och österrikarna vann medaljer i båda grenarna. Horngacher blev nummer fem i den individuella tävlingen i stora backen, men vann en bronsmedalj i lagtävlingen. I normalbackeh blev han nummer fyra individuellt (4,0 poäng från en bronsmedalj), men i lagtävlingen blev det guld för Österrike (Wolfgang Loitzl, Andreas Goldberger, Stefan Horngacher och Martin Höllwarth) före Finland och Tyskland.