Após a guerra, Peiper foi condenado por crimes de guerra cometidos na Bélgica, mais precisamente por seu envolvimento no Massacre de Malmedy (durante a Batalha das Ardenas, ao fim de 1944) e foi eventualmente condenado a morte, mas acabou sendo solto da cadeia após doze anos devido a uma revisão do inquérito do seu julgamento. Ele também foi processado por crimes contra a humanidade cometidos na Itália, mas cortes italianas e alemãs não o levaram a julgamento devido a falta de provas.