Während des Deutschen Krieges kämpfte Gilsa 1866 bei Dermbach, Kissingen, Laufach, Aschaffenburg, Tauberbischofsheim und Gerchsheim. Außerdem nahm er an der Beschießung von Würzburg teil und erhielt für sein Wirken Ende September 1866 den Kronen-Orden IV. Klasse mit Schwertern. Anschließend wurde er Adjutant des I. Bataillons und diente von November 1868 bis zum September 1869 als Adjutant des II. Bataillons. In dieser Eigenschaft stieg er zum Premierleutnant auf.