Repêché par les Mooseheads de Halifax, Hischier rejoint la Ligue de hockey junior majeur du Québec au début de la saison 2016-2017 dans l’espoir de progresser au mieux. Auteur de 86 points en 57 matchs dans la LHJMQ, il fait également forte impression auprès des suiveurs et de ses adversaires lors du championnat du monde junior lors duquel il mène l’équipe de Suisse en quart de finale. L’entraîneur américain affirme alors qu’il est . Au terme de la saison, il remporte plusieurs trophées, notamment la Coupe RDS récompensant la meilleure recrue de la LHJMQ, et le prix de la recrue de la saison de la Ligue canadienne de hockey. Ses performances lui permettent d’être considéré comme le meilleur espoir du repêchage d'entrée dans la LNH 2017, avec le Canadien Nolan Patrick. Le à Chicago, il est le premier joueur appelé, par les Devils du New Jersey, devenant ainsi le premier Suisse et le septième Européen à être choisi en première position d’un repêchage de la Ligue nationale de hockey. Il est aussi le neuvième joueur suisse à être repêché au premier tour.