In de Tweede Wereldoorlog werd Planck getroffen door nog meer persoonlijk leed. Hij ondervond last van allerlei ouderdomskwalen. In februari 1944 werd zijn huis getroffen bij een bombardement. Hierbij brandde het tot de grond af en naast al zijn persoonlijke bezittingen gingen ook zijn hele wetenschappelijke archief samen met zijn tot die datum bijgehouden dagboeken verloren. Zijn geliefde zoon Erwin Planck werd lid van het Duitse verzet en nam deel aan de aanslag op Hitler op 20 juli 1944. Hij werd gevangengenomen, beschuldigd van verraad en – ondanks een smeekbede van Planck aan Hitler – door de Gestapo terechtgesteld.