В конце XVIII века под воздействием последствий англо-голландской войны 1780—84 годов и изменений международной экономической конъюнктуры НОИК оказалась в глубоком кризисе, который стал для неё губительным: в 1796 году управление переживавшей банкротство компанией было передано нидерландскому правительству, в 1798 году Батавская республика приняла на себя все соглашения и обязательства НОИК, а в 1800 году последняя была ликвидирована.