Palatsit saivat olla rauhassa 250 vuotta, minkä jälkeen ne tuhoutuivat toistaiseksi tuntemattomasta syystä. Erään teorian mukaan Manner-Kreikan mykeneläinen kulttuuri tuhosi minolaisen kulttuurin. Tätä teoriaa tukee se, että uuden palatsiajan lopulla saarella otettiin käyttöön lineaari-B-kirjoitus, minkä perusteella on päätelty mykeneläisten hallinneen minolaisia mahdollisesti jo tuolloin. Aiemmin uskottiin, että minolaisen kulttuurin tuhoutumiseen olisi vaikuttanut noin 120 kilometrin päässä Kreetalta pohjoiseen sijaitsevan Santorínin saaren tulivuorenpurkaus, joka ajoitettiin aiemmin noin vuoteen 1500 eaa., ja joka olisi aiheuttanut suuria tuhoja Kreetalla asti ja helpottanut mykeneläisvaltausta. Nykyisin tulivuorenpurkaus ajoitetaan kuitenkin jo noin vuosiin 1627–1600 eaa., jolloin se on aiheuttanut Kreetalla korkeintaan suhteellisen pieniä vaurioita.