נגטומו נולד בסייג'ו שבמחוז אהימה שבדרום יפן. סבו ואח סבו היו רוכבי אופני מסלול (במרוץ קיירין) מפורסמים ביפן. הוא החל לשחק כדורגל בילדותו אך לא בלט ברמה האזורית. לאחר סיום לימודיו בתיכון הצליח הודות לציוניו הטובים, להירשם לאוניברסיטת מייג'י שבטוקיו כסטודנט מן המניין. הוא החל לשחק בקבוצת הכדורגל של האוניברסיטה אך סבל מבקע ורק ב-2006 החל לשחק ולבלוט בקבוצתו כבלם קדמי. במהרה נבחר לנבחרת האוניברסיטאות של יפן וייצג את יפן באוניברסיאדת בנגקוק ב-2007. הוא אף ייצג את נבחרת יפן הצעירה (עד גיל 22) במשחקים הקדם-אולימפיים ב-2007–2008. הוא נבחר לרשימת השחקנים המיועדים להתקדמות, דבר שאפשר לו לשחק במדי טוקיו בעת שהיה עדיין סטודנט. ב-2008 חתם באופן רשמי עם המועדון.