Λιγότερο από ένα μήνα μετά την τουρκική καταστροφή, στις 7 Σεπτεμβρίου 1999, στις 2:56 μ.μ. τοπική ώρα, ήταν σειρά της Αθήνας να πληγεί από έναν ισχυρό σεισμό μεγέθους 5,9. Αυτή ήταν η πιο καταστροφική και δαπανηρή φυσική καταστροφή που έπληξε τη χώρα σε 20 χρόνια. Ο σεισμός είχε πολύ ρηχό υπόκεντρο και κοντά στα βόρεια προάστια Άνω Λιόσια και Αχαρνές, μόλις 18 χιλιόμετρα μακριά από το κέντρο της πόλης. Συνολικά 143 άνθρωποι έχασαν τη ζωή τους στην καταστροφή, ενώ περισσότεροι από 12.000 τραυματίστηκαν. Αν και ο αριθμός των θανάτων ήταν σχετικά χαμηλός, η ζημιά σε κτίρια και υποδομές σε ορισμένα από τα βόρεια και δυτικά προάστια της πόλης ήταν εκτεταμένη.