Le sue prestazioni gli valsero il rinnovo del contratto per la stagione seguente, conclusa con 11 presenze. Ritiratosi Peruzzi, il campionato 2007-2008 ha visto Ballotta inizialmente riserva del giovane uruguaiano Fernando Muslera (acquistato al posto di Juan Pablo Carrizo), per poi conquistare il posto da titolare, disputando 29 partite (su 38) nonché tutte le 8 partite giocate dalla Lazio in Champions League. A fine stagione decise di ritirarsi dal calcio professionistico.