Seit 1838 verschärften sich jedoch die Unruhen in Afghanistan und der Konflikt darum mit Russland im Great Game. In dieser Situation schrieb Auckland einen scharfen Brief an Dost Mohammed, dem Herrscher von Afghanistan, in dem er ihn aufforderte, seine Ansprüche auf Peschawar sowie seine Annäherung an Russland aufzugeben. Dadurch spitzte sich die Situation weiter zu. Britische Truppen landeten am Persischen Golf. Im folgenden Jahr brach der Erste Anglo-Afghanische Krieg aus, nachdem Eden den afghanischen Herrscher Dost Mohammed für abgesetzt erklärt hatte. Nach den anfänglichen Erfolgen wurde Eden zum "Earl of Auckland" erhoben. Der Feldzug endete dann jedoch in einer Katastrophe. 1842 übergab Eden daraufhin das Amt des Generalgouverneurs an Edward Law, 2. Baron Ellenborough, ein Jahr später kehrte er nach Großbritannien zurück.