Những căng thẳng quân sự trong cuộc xung đột Kargil với Ấn Độ được tiếp nối bằng một cuộc đảo chính quân sự Pakistan năm 1999 trong đó tướng Pervez Musharraf đã nắm quyền hành pháp tuyệt đối. Năm 2001, Musharraf trở thành Tổng thống sau vụ từ chức gây tranh cãi của Rafiq Tarar. Sau cuộc bầu cử nghị viện năm 2002, Musharraf chuyển giao quyền hành pháp cho Thủ tướng mới được bầu là Zafarullah Khan Jamali, ông được Shaukat Aziz kế vị sau cuộc bầu cử thủ tướng năm 2004. Ngày 15 tháng 11 năm 2007 Quốc hội hoàn thành nhiệm kỳ và cuộc bầu cử mới được kêu gọi. Các lãnh đạo chính trị lưu vong Benazir Bhutto và Nawaz Sharif được cho phép quay trở lại Pakistan. Tuy nhiên, vụ ám sát Benazir Bhutto trong chiến dịch tranh cử tháng 12 đã dẫn tới sự trì hoãn bầu cử và những cuộc nổi loạn khắp đất nước. Đảng Nhân dân Pakistan (PPP) của bà Butto giành nhiều ghế nhất trong cuộc bầu cử được tổ chức tháng 2 năm 2008 và một thành viên của đảng này Yousaf Raza Gillani đã tuyên thệ nhậm chức Thủ tướng. Ngày 18 tháng 8 năm 2008, Pervez Musharaff từ chức tổng thống khi phải đối mặt với cuộc luận tội. Hiện tại, (ở thời điểm cuối năm 2009), hơn 3 triệu người Pakistan đã phải dời bỏ nhà cửa vì cuộc xung đột đang diễn ra ở Tây Bắc Pakistan giữa chính phủ và các chiến binh Taliban.