В июле 1945 года Нежметдинов был переведён на службу в Берлин, где возобновил участие в шахматных соревнованиях. В турнире на первенство Берлинского гарнизона в 1946 году занял второе место после Бориса Наглиса, затем в июле-августе того же года одержал победу в первом шахматном чемпионате Советской военной администрации в Германии (СВАГ), набрав 13 очков из 14 возможных и на пол-очка опередив Исаака Липницкого. В этот же период у Липницкого и Наглиса возникла идея шахматного матча между советским и американским военными контингентами в Германии. В этом матче, в котором с каждой стороны участвовали по 10 игроков, Нежметдинов встретился на третьей доске с достаточно слабым соперником, капитаном Саллисоном, игравшим в силу третьеразрядника, и легко добился победы. Остальные советские шахматисты также выиграли свои партии, закончив матч с сухим счётом 10:0. Находясь в Германии, Нежметдинов потратил много времени, собирая по всей стране шахматную литературу на немецком языке. По его словам, в дальнейшем некоторые из этих книг использовал Михаил Ботвинник при подготовке к матчу-турниру 1948 года на первенство мира.