Nella stagione 1999-2000 gli emiliani conquistarono la Supercoppa italiana 1999 contro il Milan. Nella stagione 2000-2001, dopo un ciclo di risultati negativi, la squadra si classificò al quarto posto. In quella stagione, durante la sedicesima giornata di campionato contro il Verona, Thuram fu bersaglio dei cori razzisti da parte dei tifosi avversari. «Quello che è successo al Bentegodi è l'ultimo episodio di una lunga serie e sono certo che non sarà nemmeno l'ultimo. C'è da dire che non ci sono stati solo i "buu" verso di me ma anche una canzoncina violenta verso Milosevic ed i classici epiteti per Cannavaro. La cosa che preoccupa di più è che queste persone non hanno proprio la capacità di guardare al di fuori del proprio piccolo mondo. Non sono proprio capaci di aprire gli occhi e vedere come è la società di oggi. La vita vera è un'altra cosa» disse Thuram sul sito internet del Parma. In merito a questo episodio intervenne anche l'allora presidente del Verona, Giambattista Pastorello, che si scusò personalmente con il difensore francese.