На патријаршијском трону наследио је патријарха Варнаву 1938. године. Био је противник потписивања Тројног пакта и писмено је саветовао југословенској влади да га не потписује. После бомбардовања Београда, 6. априла 1941, патријарх се склонио у манастир Раковицу, потом у манастир Жичу, а онда у манастир Острог где су га немачке власти ухапсиле 25. априла 1941.