Al-Qaidaa pidetään vastuullisena moniin suuriin ja paljon uhreja vaatineisiin iskuihin, joista tunnetuimmat ovat syyskuun 11. päivän terrori-iskut New Yorkin World Trade Centerin kaksoistorneihin sekä WTC7-rakennukseen. Järjestöä pidetään vastuullisena myös iskuista Yhdysvaltain suurlähetystöihin Itä-Afrikassa 1998, ohjushävittäjä USS Coleen suunnatusta iskusta 12. lokakuuta 2000, Balin pommi-iskuista 2002, Istanbulin pommi-iskuista 2003, Madridin pommi-iskuista 2004 ja Lontoon sekä Balin pommi-iskuista 2005.