בשנת 1965, לאחר טיהור הקומוניסטים באינדונזיה, סערה פוליטית באינדונזיה שהובילה לנפילת סוקרנו ולעלייתו של סוהארטו, היחסים בין אינדונזיה לסין הקומוניסטית החמירו כאשר שתי המדינות ניתקו את היחסים הדיפלומטיים. עם זאת, אינדונזיה לא כוננה מחדש את היחסים הדיפלומטיים עם הרפובליקה של סין, על אף ששיתפה אז תחושות אנטי-קומוניסטיות. עם זאת, אינדונזיה וטאיוואן נהנות מיחסים קרובים מאז סוף שנות ה-60 עד שנת 2021.