Une classe dirigeante turque se met en place : 17 domaines ("ziamet") et lots de terre ("timar") sont répartis entre les officiers ("aghas") pour leur entretien. Certains domaines sont attribués aux mosquées ("waqf", en turc "vakıf") ou à la sultane validé (mère du sultan). Vers 1700, selon le voyageur et botaniste Tournefort, la ville de Candie compte une forte garnison de hommes, janissaires, sipahis, azabs, etc., alors que la population civile se réduit à 800 Grecs, 200 Arméniens et un millier de juifs. Le passage à l'islam pouvait n'être qu'apparent : ces conversions massives par communautés entières ne les empêchaient pas de conserver l'usage de la langue grecque, leurs noms de famille grecs et des habitudes comme la consommation du vin et du raki ainsi que, pour certains convertis, leur ancienne religion (cas des Kourmoulidès de la Messara qui reviennent au christianisme pendant l'insurrection de 1821).