島式ホーム1面2線の設備を有する地上駅。ホームの端に駅舎があり、そこから跨線橋で外部に出る。駅本屋は開業時より駅北側（現在の北口）の地上にあったが、2002年のサッカーワールドカップの開催に合わせて移転改築された。駅舎は大分スタジアムをイメージした駅舎で、屋根上にはサッカーボールのオブジェがある。駅本屋に多目的トイレ（車椅子対応）が設備されている。