עם כישלון הצי, נגוזו חלומותיו של נפוליאון לפלישה ימית, והוא היפנה את צבאו במסע מאורגן היטב אל מרכז אירופה, במטרה להביס את צבאות אוסטריה ורוסיה בטרם יספיקו להתארגן. הצבא הצרפתי יצא מבסיסיו בסוף יולי, ובספטמבר הביס את הנסיך קארל בקרב אולם, כאשר כל 70,000 האוסטרים נפלו בשבי ללא קרב לאחר שנותקו מקווי האספקה שלהם. על ההישג העיבה תבוסתו של הצי הצרפתי, יחד עם הצי הספרדי, לצי הבריטי בפיקוד הורציו נלסון בקרב טרפלגר (Trafalgar) ב־23 באוקטובר. לאחר קרב זה שלטה בריטניה באופן בלתי-מעורער בים, ונפוליאון לא ניסה שוב ליזום פלישה ימית לבריטניה, אויבתו הגדולה והעיקשת.