Vuonna 1971 maassa kaappasi vallan armeijan komentaja Idi Amin, joka perusti verisen sotilasdiktatuurin. Lähes 50 000 Ugandan aasialaista karkotettiin maasta syyskuussa 1972 ja heidän omaisuutensa takavarikoitiin. Tuhansia Idi Aminin vastustajiksi epäiltyjä kidutettiin ja murhattiin. Epäilyttäväksi koettuja etnisiä ryhmiä vastaan käynnistettiin suoranainen kansanmurha. CIA:n arvion mukaan Amin oli vastuussa noin 300 000 vastustajansa kuolemasta. Marraskuussa 1978 Idi Amin aloitti rajasodan Tansaniaa vastaan, mutta sota kääntyi nopeasti tappiolliseksi ja huhtikuussa 1979 Tansanian joukot marssivat Kampalaan pakottaen Aminin maanpakoon.