В 1998 году Надибаидзе ушёл в отставку, его преемником стал ; при нём Пирцхалаишвили занял должность начальника Генерального штаба ВС Грузии, где продолжил политику сотрудничества с Украиной и США. 17 июня 1999 года ему было присвоено воинское звание генерал-лейтенанта. В том же году грузинские войска приняли участие в миротворческой операции в Косово (это была первая операция подобного рода в истории ВС Грузии), а в 2003 году — в миротворческой мисии в Ираке. Во время его пребывания в должности планировалась поставка Украины зенитных ракет, которые должны быть размещены на границе с Россией, а также была введена в действие американская программа по вооружению и обучению Вооружённых сил Грузии «Обучи и оснасти». 15 сентября 2003 года Пирцхалаишвили подал в отставку с поста начальника Генерального штаба.