W reprezentacji Szwajcarii Hottiger zadebiutował 11 października 1989 roku w zremisowanym 2:2 meczu z Belgią, rozegranym w ramach eliminacji do Mistrzostw Świata 1990. W 1994 roku był członkiem wyjściowej jedenastki Helwetów na Mistrzostwach Świata w USA, na których zaliczył 4 mecze w pełnym wymiarze czasowym: z USA (1:1), z Rumunią (4:1), z Kolumbią (0:2) oraz w 1/8 finału z Hiszpanią. Także w 1996 roku grał w obronie Szwajcarii na kolejnym turnieju - Euro 96. Na mistrzostwach w Anglii Szwajcarzy nie wyszli z grupy, a Hottiger zaliczył 2 mecze: z Holandią (0:2) i ze Szkocją (0:1). Karierę reprezentacyjną Marc zakończył po tym turnieju. W kadrze A wystąpił w 63 spotkaniach, w których zdobył 5 goli.