У період Східної війни (1853—1856) командував усіма кораблями на східному березі Чорного моря і військовими експедиціями до південно-східних турецьких гарнізонів. Керував знищенням турецьких укріплень біля старого Трапезунда. З вступом у війну Англії і Франції проти Росії положення Чорноморського флоту і Чорноморської берегової лінії стало надзвичайно важким. Щоб уникнути трагедії Серебряков приймає самостійне рішення про зняття гарнізонів, укріплень і без втрат евакуює Новоросійськ. Після підписання у 1856 році в Парижі мирного договору призначений членом Адміралтейств-ради і зведений в адмірали флоту. 27 жовтня 1856 року до орденів Святого Олександра Невського, Білого Орла, Святого Станіслава 1-го ступеня і Святої Анни 1-го ступеня були приєднані мечі.