Nach Kriegsende fassten britische Einheiten Funk im Juni 1945 im Ruhrgebiet. Im Nürnberger Kriegsverbrecherprozess wurde er wegen Kriegsverbrechen und Verbrechen gegen die Menschlichkeit zu lebenslanger Haft verurteilt. Zu seiner Verteidigung führte Funk vor allem den Befehlsnotstand an: er habe nur die Befehle Hermann Görings ausgeführt. Hitler sei er aus Bequemlichkeit, nicht aus Überzeugung treu gewesen.