Během Bitvy o Atlantik a také ve Středozemním moři sloužil He 111 jako torpédový bombardér. V průběhu bitvy o Atlantik vytvořila Luftwaffe pro tento účel velitelství Fliegerführer Atlantik. Luftwaffe používala na jaře 1941 při útocích na obchodní lodě běžné pumy. To vyústilo k vysokým ztrátám na posádkách ale i na strojích He 111, protože útoky byly prováděny z malé výšky. Na konci dubna 1941 měla jednotka III./Kampfgeschwader 40 jen 8 z 32 původních posádek a musela být stažena z bojů.