Van Aerle debuteerde op 14 oktober 1987 in het Nederlands voetbalelftal, tijdens een met 0–2 gewonnen kwalificatiewedstrijd voor het EK 1988 in en tegen Polen. Bondscoach Rinus Michels nam hem een jaar later ook mee naar het eindtoernooi, dat Nederland won. Hij had een basisplaats als rechtsback en speelde alle wedstrijden. Van Aerle maakte ook deel uit van het Nederlands elftal op het WK 1990 en het EK 1992. Hij speelde op 14 oktober 1992 zijn 35e en laatste interland, een kwalificatiewedstrijd voor het WK 1994 thuis tegen Polen (2–2)