C'est là qu'il rencontre Bonaparte, qu'il suit en Égypte, où il se distingue aux Pyramides et reçoit alors le grade de chef de bataillon. Il est nommé sous-directeur des fortifications. Légèrement blessé à la tête à Aboukir le , son cheval tué sous lui, le général en chef l'appelle pour remplacer son chef de brigade et Bertrand, la tête enveloppée d'un bandage, s'élance à l'attaque du fort d'Aboukir, prend un drapeau et est blessé à la cuisse. En récompense, il est promu chef de brigade. Le , il est promu général de brigade et le , directeur des fortifications d'Alexandrie.