Als sich Angola 1991 zu einer Mehrparteiendemokratie wandelte, trat José Eduardo dos Santos bei den ersten Parlaments- und Präsidentenwahlen 1992 als Spitzenkandidat des MPLA an. Während seine Partei die absolute Mehrheit der Stimmen in der Nationalversammlung erreichte, erzielte er bei den Präsidentschaftswahlen nur 49 %, sodass ein zweiter Wahlgang gegen den Vorsitzenden der UNITA, Jonas Savimbi, nach der Verfassung notwendig war. Die UNITA erkannte jedoch die Wahlergebnisse nicht an und nahm den Bürgerkrieg wieder auf, der seit 1975 getobt hatte. José Eduardo dos Santos übte daraufhin weiter das Präsidentenamt aus, ohne gültig gewählt worden zu sein.