В 1986 году Яковлев стал заместителем председателя правления Агентства печати «Новости» (АПН) и главным редактором «Московских новостей». Делегат XIX конференции КПСС (1988). Осенью 1990 г. добился независимости газеты от АПН. Она стала одним из ведущих либерально-демократических изданий в годы Перестройки, начатой Горбачевым М.С.. В январе 1991 года вышел из КПСС.