Zu Beginn des Sezessionskrieges trat er in die Confederate States Army ein und rüstete eine Batterie leichter Artillerie aus, die sogenannte "Beaufort Artillery". Im August 1862 kommandierte er drei Batterien im Castle Pinckney, einer Küstenbefestigung zum Schutz des Hafens von Charleston (South Carolina), und wurde dabei für seine Tapferkeit befördert. Kurz darauf wurde er zum Kommandanten von Fort Sumter in der Bucht von Charleston ernannt, wo er dem langen Bombardement durch Generalmajor Quincy Adams Gilmore ausgesetzt war. Bei der Belagerung von Petersburg wurde er im Juli 1864 bei der Explosion einer Mine verwundet und blieb bis zum Kriegsende dienstuntauglich. Zuletzt wurde er am 24. Mai 1864 zum Brigadegeneral befördert.