Sezónu 2006/07 začal čtvrtým místem na 15 km volně a třetím místem ve štafetě ve švédském Gällivare. Začátkem prosince jej však postihlo silné nachlazení, ke kterému se přidal zánět krčních mandlí. Bauer se musel léčit antibiotiky a na několik týdnů vypadl z přípravy. Vynechat musel i úvodní ročník Tour de Ski. Po Vánocích se zdálo, že nemoc ustoupila a Bauer začal znovu trénovat, na přelomu roku se však jeho stav znovu zhoršil a musel opět nasadit antibiotika. Do Světového poháru se tak vrátil až začátkem února ve švýcarském Davosu. Na Mistrovství světa 2007 v japonském Sapporu se však připravit stihl. V úvodním skiatlonu na 2×15 km, skončil sedmý, když dva kilometry před cílem zlomil hůlku a ztratil kontakt na čelo závodu. Následující závod na 15 km volně vynechal a nastoupil až do štafety, která skončila osmá. V závěrečném závodě na 50 km klasicky s hromadným startem se od začátku pohyboval na čele. Pět kilometrů před cílem nastoupil a podařilo se mu roztrhat pole, vedoucí skupina se zúžila na pět závodníků. V závěru však měl nejméně sil a dojel tak z čelní skupiny poslední, na 5. místě. V celkovém pořadí Světového poháru skončil kvůli dlouhému výpadku až na 37. místě.