Nach dem gescheiterten Putschversuch der Kommunisten in Estland vom 1. Dezember 1924 wurde Laidoner erneut zum Oberbefehlshaber der estnischen Streitkräfte berufen. Mit harter Hand ging er gegen die Putschisten vor, von denen einige standrechtlich erschossen oder zum Tode verurteilt wurden. Er hatte das Amt bis 1925 inne.