ベインは国務会議下部委員会の多くの委員を務めた。軍隊を監視する委員会の役割で、クロムウェルのアイルランド征服に物資供給を指示した。海軍を監視する委員会（級友のトマス・スコットも委員だった）の指導的委員として、海軍による第一次英蘭戦争（1652年 - 1654年）の遂行に指示を出した。1652年に海軍がオランダに対して悲惨な成果しか上げられなかった後で、ベインは海軍を改革する委員会を主宰し、新しい戦争規約を策定し、海軍法を正式に定めた。ベインの改革はこの戦争後半での海軍の成功に繋がることになった。外交政策にも関わり、1652年にはフランスのレッツ枢機卿に会うために出張し（その目的は不明）、クロムウェルがに勝利した後はスコットランドに再度旅して政府を組織した。