Bei der Weltmeisterschaft 2001 in St. Anton verfehlte sie einen dritten Weltmeistertitel (überdies in derselben Disziplin, dem Super-G); letztlich fehlten ihr dazu nur sechs Hundertstelsekunden, womit sie hinter Régine Cavagnoud die Silbermedaille gewann. Die Weltcupsaison 2000/01 beendete sie mit drei Siegen und dem ersten Platz in der Abfahrtswertung. In der Weltcupsaison 2001/02 erwies sich Kostner erneut als weltweit beste Abfahrerin. Bei den Olympischen Winterspielen 2002 in Salt Lake City war Kostner Fahnenträgerin des italienischen Teams während der Eröffnungsfeier, in der Abfahrt gewann sie eine weitere Silbermedaille. Ihre beiden Siege in der Abfahrts-Disziplinenwertung waren die ersten in dieser Disziplin überhaupt für den italienischen Skiverband (auch die Herren hatten hier keinen Sieger; erst 2015/16 gelang es Peter Fill, diese Lücke zu schließen).