Botha het in 1898 bevelvoerder van die polisie van Swaziland (nou Eswatini) geword. Nadat die Tweede Vryheidsoorlog uitgebreek het, is hy na die Natalse front. Hy neem aan verskeie veldslae deel; ook die Slag van Colenso. Op 16 Februarie 1900 het hy 'n noue ontkoming gehad toe 'n liddietbom in 'n loopgraaf ontplof en sewe burgers hulle lewens verloor het. Nadat die Britte Ladysmith ontset het, het Botha teruggeval na Laing's Nek. Hier is hy ook bevorder.