Сезон 1999 Формулы-1 стал почти триумфальным для Эдди Ирвайна: он выиграл дебютную гонку и шёл в чемпионате наравне со своим напарником, лишь немного уступая Мике Хаккинену, когда на Гран-при Великобритании 1999 года Михаэль получил тяжёлую травму ноги в аварии. Новым партнёром Ирвайна стал Мика Сало, а Ирвайн стал единственной возможностью Ferrari завоевать чемпионский титул. Выиграв две следующие гонки — Гран-при Австрии и Германии — Эдди вышел в лидеры чемпионата мира. Однако, его отношения с руководством команды испортились, особенно после того, как Ирвайн подписал контракт на следующие три года с командой Jaguar на сумму $10 млн, что превышало его прежнюю зарплату вдвое. Это сказалось на результатах в гонках и привело к потере очков во второй половине сезона. На гран-при Европы в Нюрбургринге в Ferrari произошёл скандальный случай: на пит-стопе Ирвайну забыли принести запасной комплект резины, из-за чего гонщик потерял много мест.