Morgan County wurde am 6. Februar 1818 aus Land der Cherokee-Indianer gebildet und zuerst "Cotaco County" genannt, nach dem Cotaco Creek, der durch das County fließt. Am 14. Juni 1821 wurde es in Morgan County umbenannt, zu Ehren von General Daniel Morgan, der aus der Province of New Jersey stammte. Morgan bekämpfte als Leutnant den Pontiac-Aufstand und später unter John Murray, 4. Earl of Dunmore die Shawnee und Mingo. Im Amerikanischen Unabhängigkeitskrieg stieg er in den Rang eines Brigadegenerals auf und kämpfte unter anderem in der Schlacht von Cowpens und der von Saratoga. Später befehligte er Truppen während der Whiskey-Rebellion und hatte für zwei Jahre einen Sitz im Repräsentantenhaus.