Efter Berlinmurens fall och Sovjetunionens sammanbrott har antalet aktiva sjunkit drastiskt. Världsfredsrådets säte flyttades år 2000 från Helsingfors till Aten. På senare år har man protesterat bland annat mot kriget i Jugoslavien på 1990-talet och mot kriget i Irak. En världsfredskongress i Aten 2004 samlade delegater från ett hundratal fredsorganisationer över hela världen.