Στις 30 Ιουνίου του 1789, ένας πλήθος εισέβαλε στη φυλακή και απελευθέρωσε τους Γάλλους φρουρούς που είχαν φυλακιστεί επειδή δεν υπάκουσαν σε κάποιες εντολές. Την επόμενη μέρα, δηλαδή την 1η Ιουλίου του 1789, η Εθνική Συντακτική Συνέλευση απαίτησε από τον βασιλιά να τους δώσει χάρη. Ωστόσο, το 1792, η Φυλακή του Αββαείου ήταν ένα από τα μέρη των φοβερών και αιματηρών σκηνών, που έμειναν γνώστες στην ιστορία ως Σφαγές του Σεπτεμβρίου. Συγκεκριμένα, κατά τη διάρκεια της Τρομοκρατίας, ένα πλήθος ανθρώπων από όλα τα κοινωνικά στρώματα, βρισκόταν υπό κράτηση , με την κατηγορία ότι ήταν ενάντιοι στο καθεστώς που επιθυμούσε την πτώση της μοναρχίας. Στα γεγονότα της ιστορία που καταγράφηκαν στις 2 και 3 Σεπτεμβρίου του 1792, λέγεται ότι ο Στανισλάς-Μαρί Μαγιάρ, ο αρχηγός της Εθνικής φρουράς, συναίνεσε στο να σφαγιαστούν 164 κρατούμενοι εκεί, συμπεριλαμβανομένων 18 ιερέων, ίσως προσδίδοντας κάποια δόση νομιμότητας στα εγκλήματα αυτά με την παρουσία του.