La ciudad pasó por graves aprietos a mediados del siglo . Por un lado, la peste negra de 1348 y las sucesivas epidemias de años siguientes, que diezmaron a la población, y por otro lado, se sucedieron una serie de guerras y revueltas, como la Guerra de la Unión, una revuelta ciudadana contra los excesos de la monarquía encabezada por Valencia como capital del reino, así como la Guerra con Castilla, que obligó a levantar a toda prisa una nueva muralla para contener, en dos ocasiones (en los años 1363 y 1364), el ataque castellano. En estos años la convivencia entre las tres comunidades que ocupaban la ciudad (cristiana, judía y musulmana) fue bastante conflictiva. Los judíos, instalados en torno a la calle de la Mar, habían progresado económica y socialmente, y su barrio fue ampliando progresivamente los límites a costa de las parroquias contiguas. Por su parte, los musulmanes que permanecieron en la ciudad tras la conquista fueron instalados en una morería junto al actual mercado de Mosen Sorell. En 1391 una turba descontrolada asaltó el barrio judío, lo que supuso la práctica desaparición de esta comunidad y la conversión forzosa de sus miembros al cristianismo. En 1456, de nuevo un tumulto popular asaltó también la morería, aunque sus consecuencias fueron de menor trascendencia.