Après les évènements de 2002, la ville, comme toutes les localités du nord du pays, a été placée sous l'administration du MPCI puis des Forces nouvelles de Côte d'Ivoire et se trouvait de fait sous l'autorité unique d'un « commandant de zone » ( « com-zone » ). Ce « commandant de zone » est désigné par le secrétaire général des Forces nouvelles de Côte d'Ivoire et actuel premier ministre, Guillaume Soro, comme pour chacun des 10 secteurs de la zone nord ivoirienne, Bouna étant désignée depuis 2006 sous le terme de "Zone no 1". Depuis 2007, il s'agit de Ouattara Morou. Cette autorité existe toujours en 2008 et cohabite avec les fonctionnaires de l'état, préfet et sous-préfet, revenus dans la région.