Mentrestant, el conflicte sobre Nagorno-Karabakh continuava malgrat els esforços per negociar-hi una treva. A principis del 1992, el govern proarmeni del Karabakh proclamà una república independent. En el que era ara una guerra total entre Armènia i Azerbaidjan, els armenis aconseguiren avantatge, amb l'ajuda furtiva de l'exèrcit rus. Ambdós bàndols van cometre enormes atrocitats, com la Massacre de Khojali de civils àzeris el 25 de febrer de 1992, que provocà un gran malestar social per la inacció governamental. Mütəllibov fou forçat a sotmetre la seva dimissió a l'Assemblea Nacional de l'Azerbaidjan el 6 de març, sota pressió del Front Popular de l'Azerbaidjan.