ב-1955, שנה לפני שסודאן קיבלה את עצמאותה, החלה מלחמת האזרחים הסודאנית הראשונה במטרה להשיג ייצוג ואוטונומיה אזורית. במשך 17 שנה נלחמה הממשלה הסודאנית בצבא המורדים, אניאניה. ב-1971, איחד ג'וזף לאגו את כל יחידות הגרילה תחת התנועה לשחרור דרום סודאן. זו הייתה הפעם הראשונה בהיסטוריה של הלחימה שלתנועה יש שרשרת פיקוד מסודרת כדי להשיג עצמאות לדרום סודאן. זו הייתה גם הפעם הראשונה בה ניתן לדבר עם ראשי התנועה. בתיווך מועצת הכנסיות העולמית וועידת הכנסיות של אפריקה הובילו לבסוף בשנת 1972 לחתימה על הסכמי אדיס אבבה שקבעו זכויות אוטונומיות לדרום סודאן.