В 1630-х годах Молина снова становится центром сражений во время Тридцатилетней войны, и, прежде всего, в 1641 году, когда король Испании Филипп IV и граф-герцог Оливарес собрали армию в Молине, чтобы подготовить наступление в Каталонию, чтобы подавить там восстание.