לאחר המלחמה האנגלו-עיראקית, רשיד עאלי אל-כילאני ואמין אל-חוסייני ברחו לפרס, אחר כך לטורקיה, אחר כך לאיטליה, ולבסוף לברלין, גרמניה, שם עלי התקבל בברכה על ידי היטלר כראש ממשלת עיראק הגולה. בשידורי תעמולה מברלין המשיך המופתי לקרוא לערבים להתקומם נגד הבריטים ולסייע לכוחות הגרמנים והאיטלקיים. הוא גם עזר בגיוס מתנדבים מוסלמים בבלקן לוואפן אס אס.