Jefferson'ın Amerika Birleşik Devletleri Dışişleri Bakanlığı (1801-09) döneminde, Madison ülke topraklarını iki katına çıkaran Louisiana'nın satın alımını gerçekleştirdi. 1809 yılında ise Madison, Jefferson'ın ardından Başkan oldu, 1813 yılında tekrar Başkanlığa seçildi. Büyük Britanya ve İrlanda Birleşik Krallığı'na karşı gerçekleştirilen diplomatik protestoların ve ticari ambargonun başarısızlığa uğramasının ardından ABD'yi 1812 Savaşına soktu. ABD'nin güçlü bir ordusu ve finans sistemi olmadığı için savaş, yönetimsel bir bataklığa döndü. Bunun sonucunda daha önce karşı olmasına rağmen Madison, daha güçlü bir Ulusal Hükûmet, daha güçlü bir Ordu kadar ABD'nin İkinci Bankası adıyla bir ulusal bankanın kurulmasını destekledi.