Il 30 gennaio 1889 la famiglia imperiale fu sconvolta dalla tragedia di Mayerling, nella quale perse la vita in circostanze misteriose l'arciduca Rodolfo. Giovanni rimase particolarmente sconvolto dalla morte del cugino, al quale era legato da un sincero affetto; il 16 ottobre di quell'anno decise ufficialmente di rinunciare ai suoi titoli, al suo rango e ai suoi privilegi. Da quel momento fu un semplice cittadino austriaco, chiamato Giovanni Orth (il cognome gli derivava dallo "Schloss Ort", il castello austriaco in cui viveva la madre Maria Antonietta).