לאחר התבוסה הקשה שספג האיחוד בקרב בול ראן הראשון ב-21 ביולי 1861, מינה לינקולן את מקללן למפקד מחלקת הפוטומק. תפקידו היה להגן על הבירה וושינגטון ולהשמיד את כוחות האויב בצפון ובמזרח וירג'יניה. ב-26 ביולי התמזגו למחלקה מספר יחידות מוירג'יניה ובולטימור, ובאותו יום הוכרז על הקמתה של ארמיית הפוטומק, עם מקללן כמפקדה. יכולותיו הארגוניות והלוגיסטיות הכניסו סדר לארמייה החדשה, והוא הפך אותה לכוח לוחם מרשים עם מורל גבוה ואנשי מטה יעילים. מקללן גם הורה על הקמת מערכת ביצורים מקיפה סביב וושינגטון כדי להגן עליה מפני מתקפה דרומית שהאמין כי תבוא. לא אחת רבו מקללן ווינפילד סקוט על האסטרטגיה שלדעתם צריך לנקוט; מקללן סירב לפתוח במתקפה נרחבת על הדרום מפני שהאמין כי צבא הקונפדרציה באזור צפון וירג'יניה גדול משלו בהרבה ומונה כ-150,000 חיילים, כשלמעשה מנה לכל היותר כ-60,000.