В 1862 году началось восстание дунган в провинции Шэньси, которое в 1865 году переместилось в провинцию Ганьсу, а в 1867 году охватило даже Цинхай. В те же годы в Хэнани, Шэньси и Шаньси действовали крупные остатки войск нянцзюней. В феврале 1867 года наместником Шэньганя (в это наместничество входили территории провинций Шэньси и Ганьсу) был назначен Цзо Цзунтан, одновременно ему дали звание чрезвычайного императорского уполномоченного, чтобы он мог распоряжаться войсками в провинции Шаньси. Рационально подойдя к делу, Цзо выдвинул принцип: «Сначала — няньцзюни, потом — дунгане», и двинул свои опытные войска добивать няньцзюней, с последними из которых было покончено летом 1868 года в районе пересечения Хуанхэ с Великим каналом.