Don Pedro Afan de Riviera, Alcalà hercegének uralkodása alatt a várost a túlnépesedés, az állandó éhínségek és járványok jellemezték. A helyzetet a sorozatos földrengések is rontották. Az alkirály nem próbálta enyhíteni az lakosság életkörülményeit, inkább vallási túlbuzgóságból bevezette az inkvizíciót. Emiatt a város lakossága fellázadt és elűzte őt. A felkelés leverése után, az alkirály figyelmét az útonállók és a török kalózok megsemmisítésére fordította, ugyanis ekkor az útonállók már hadsereget is felállítottak, amely súlyos veszteséget okozott a spanyolok körében. Utódja, Antonio di Granvelle Perrenot folytatta a törökök elleni harcot és csatlakozott a közös spanyol-velencei flottához, amely 1571-ben Lepantónál súlyos vereséget mért a török hajóhadra.