Desde su implantación, la gestión de las rentas obtenidas del excusado fue competencia exclusiva del Consejo de Cruzada, sin que el Consejo de Hacienda tuviera autoridad para intervenir en este asunto. Paralelamente, las Reales Audiencias no tenían jurisdicción sobre los pleitos surgidos en el proceso de su exacción, en los que los tribunales eclesiásticos conocían privativamente. Esta situación cambió en 1761, cuando Carlos III y su ministro el marqués de Esquilache encargaron el cobro a la Comisaría General de Cruzada y la administración a la Hacienda Real. En 1775 se firmaron nuevas concordias con algunas diócesis, que quedaron rotas en 1792, cuando se agravaron las necesidades económicas de la monarquía para la inminente guerra contra Francia. Dos años después la administración del excusado se encomendó a los Cinco Gremios Mayores.