Au sein de l'armée du Mississippi à la bataille de Shiloh sous les ordres du brigadier-général James Patton Anderson et du major-général Braxton Bragg, le 9th Texas Infantry Regiment est décimé et mis en déroute par une batterie d'artillerie de l'Illinois. Peu après la bataille de Shiloh, Young devient colonel du régiment en et participe à la défense de Corinth, Mississippi, durant le siège de Corinth. Il se bat avec son régiment lors de la bataille de Perryville. Il est blessé à l'épaule droite et a deux chevaux tués sous lui à la bataille de Stones River (Murfreesboro), le . Young et ses hommes sont spécialement salués par le major-général Benjamin F. Cheatham.