Son père, Henri Gérin-Lajoie, est avocat (bâtonnier de Montréal, puis bâtonnier général du Québec) et fils aîné de l'écrivain Antoine Gérin-Lajoie; sa mère, Marie Lacoste-Gérin-Lajoie, est une pionnière de la défense des droits des femmes au Québec. Du côté maternel comme paternel, Marie Gérin-Lajoie a des arrière-grands-parents (Étienne Parent et Louis Lacoste) s'étant impliqués dans les Rébellions des Patriotes de 1837-1838. Ses trois frères, Henri, Alexandre et Léon, sont nés entre 1892 et 1895.