ב-12 במרץ הגיע לביקור בעיר אדולף היטלר, שגדל בלינץ, ותושבי העיר נדרשו להקביל את פניו. בלינץ נאם היטלר את נאומו הראשון על אדמת אוסטריה, ונפגש עם הקנצלר האוסטרי הנאצי ארתור זייס-אינקווארט, שם הכריזו וחתמו על סיפוח אוסטריה לרייך השלישי. מיד לאחר מכן, החל גל מעצרים של יהודים, החרמת רכוש יהודי ואף שילוח של חלק מן היהודים למחנה הריכוז דכאו. במאי של אותה השנה נאסר על יהודים לבוא לבתי הספר הכלליים ולכן מאותו החודש למדו כל ילדי היהודים בבית הספר היהודי הקטן בעיר העתיקה. נאסר על יהודים לנהוג ברכב, לשבת על ספסל ציבורי בפארק או ללבוש בגדים אוסטריחם מסורתיים. צעירים רבים ניסו לעזוב את לינץ, וחלקם השיגו סרטיפיקטים מארגונים כמו ויצו ועליית הנוער. הגסטאפו מינה יהודי בשם מקס הירשפלד לטפל בהוצאת היהודים מלינץ. פעולותיו שנויות במחלוקת עד היום. ביולי נצטוו היהודים לעזוב את העיר מהר ככל הניתן. בני המזל הצליחו להימלט לארצות הברית, בריטניה, דרום אמריקה, ארץ ישראל, הולנד, צרפת וצ'כוסלובקיה, אך רובם נותרו בלינץ.