En 1999, se creó The Green-Wood Historic Fund, una institución sin fines de lucro 501 (c) (3), para continuar con la preservación, el embellecimiento, los programas educativos y el alcance comunitario a medida que el actual "cementerio en funcionamiento" se convertía en un centro cultural de Brooklyn. El Historic Fund's Civil War Project, un esfuerzo para identificar y recordar a los veteranos de la Guerra Civil enterrados en Green-Wood, se creó luego de la ceremonia de rededicación del Monumento a los Soldados de la Guerra Civil. Estas primeras tumbas se habían hundido en el suelo, habían sufrido daños o se habían borrado sus marcadores antes de que el monumento fuera restaurado entre 2000 y 2002 Además, la construcción de la última fase del Mausoleo de Hillside comenzó en 2001, y el mismo año 50 víctimas de los atentados de septiembre fueron enterradas allí. En 2009, había poco espacio para nuevos entierros en Green-Wood Cemetery. En diciembre de 2010, se inauguró un monumento a las 134 víctimas de la colisión en el aire de 1960 en Nueva York; el cementerio tiene la fosa común en la que se colocaron los restos de víctimas no identificadas.