Pada tahun 1963 ketika terjadi Konfrontasi Indonesia–Malaysia, ia hijrah ke Malaysia. Di negeri ini, ia aktif di lembaga kebudayaan dan seni negara, seperti Orkes Radio Malaya dan institusi Filem Negara Malaysia. Sebelumnya pada tahun 1957, dia menggubah lagu kebangsaan Malaysia, "Negaraku". Dia juga menciptakan lagu mars militer Malaysia, "Prajurit Tanah Air". Disamping kedua lagu tersebut, Saiful juga banyak menciptakan lagu-lagu yang cukup hits di Malaysia, antara lain "Berjaya", "Muhibbah", "Kenangan Masa", "Fajar Harapan", "Surat Tak Bernama", "Serunai di Waktu Malam", dan "Semalam di Malaya". Dia juga menggubah lagu negara bagian Selangor, Duli Yang Maha Mulia dan lagu Melaka, Melaka Maju Jaya. Di Malaysia, dia sering menggunakan nama samaran, Surya Buana.