Mit dem Waffenstillstand von Compiègne (1918) war der Krieg im Baltikum noch nicht beendet. Der Lettische Unabhängigkeitskrieg hing eng zusammen mit dem russischen Bürgerkrieg. In mancherlei Hinsicht war er eine Fortsetzung der Konflikte zwischen den großen Gegnern des Ersten Weltkrieges. Am 11. November 1918 wurde die Bildung einer Baltischen Landeswehr als Verteidigungsorgan eines gesamtbaltischen Staates genehmigt. Im estländischen Bereich wurde dementsprechend am 27. November 1918 das Baltenregiment gegründet. Alles was an Korporationsstudenten in Dorpat und Riga „ein Gewehr tragen konnte“, stellte sich dem Baltenregiment bzw. der baltischen Landeswehr zur Verfügung. Von der Rubonia waren es 59 Mann. Nach verlustreichen Kämpfen musste Riga am 2. Januar 1919 geräumt werden. Am 3. Januar 1919 rückten Bolschewiki ein. Die Bolschewikenzeit, in der auch mehrere Rubonen ermordet wurden, dauerte bis zur erneuten Eroberung von Riga am 22. Mai 1919. Die lettische Militärverwaltung besetzte am selben Tag den Pulverturm und begann dort ein Kriegsmuseum einzurichten. Die Rubonen saßen auf der Straße.