Den 15. september 1862, dagen efter slaget ved South Mountain, blev Hunt forfremmet til brigadegeneral i den frivillige hær og McClellan gav ham posten som chef for artilleriet i Army of the Potomac i det straks efter udkæmpede Slaget ved Antietam, hvor han indsatte artillerireserven med stor effekt. I slaget ved Fredericksburg i december, fjernede hans kanonstillinger på Stafford Heights effektivt enhver mulighed for at general Robert E. Lee kunne igangsætte et modangreb mod Unionens styrker over Rappahannock floden.