Detenido por las Autoridades de Ocupación Estadounidenses, Ishii y los 20.000 miembros del Escuadrón 731 recibieron inmunidad judicial por los crímenes de guerra ante el Tribunal Penal Militar Internacional para el Lejano Oriente en el año 1948, a cambio de los datos de guerra bacteriológica sobre la base de la investigación en seres humanos. El 6 de mayo de 1947 el General Douglas MacArthur escribió a Washington que "de los datos adicionales y de algunas declaraciones de Ishii, es probable que se pueda obtener información de japoneses involucrados y que la información será retenida en los canales de inteligencia y no se empleará como pruebas de los crímenes de guerra." El acuerdo fue concluido en el año 1948. Sin embargo, doce miembros del Escuadrón 731 y algunos miembros de la dirección de la Segunda Guerra Mundial del Ejército de Kwantung fueron condenados como criminales de guerra durante los Juicios sobre crímenes de guerra de Jabárovsk, mientras que otros fueron detenidos por los Estados Unidos y condenados en 1948 por el Tribunal Penal Militar Internacional para el Lejano Oriente en Tokio. Entre los condenados a muerte figuraban los exgenerales Seishiro Itagaki, Iwane Matsui, Kenji Doihara, Hideki Tojo y Akira Muto.