Die Stadt veränderte sich durch den Goldrausch von Kalifornien von 1848 und des Auszuges der meisten Mormonen nach Utah. Die Stadt wurde 1853 erneut in Council Bluffs umbenannt und zu einem der wichtigsten Ausgangsorte von Auswanderern nach Westen. Auch der Goldrausch von Colorado von 1858 trug zu einem lebhaften Handel zwischen den Dampfschiffen auf dem Missouri und den Trecks nach dem Westen bei.