Пасля вяртання з Кітая ў 1998 годзе Жазеф Кабіла атрымаў званне генерал-маёра і быў прызначаны намеснікам старшыні Аб’яднанага камітэта начальнікаў штабоў кангалезскай арміі. Праз два гады, у 2000, яго прызначылі начальнікам Генштаба УС ДРК. На гэтай пасадзе ён быў адным з камандуючых ўрадавымі войскамі ў Другой кангалезскай вайне.