У 1994 годзе прымаў удзел у першай чачэнскай кампаніі, дзе атрымаў цяжкае раненне. На працягу васьмі месяцаў знаходзіўся ў шпіталях, пасля ўрачэбна-лётнай камісіі капітан Хабібулін вярнуўся ў строй. Выконваў баявыя задачы на ​​тэрыторыі Чачэнскай Рэспублікі да канца 1996 года, затым прымаў удзел у падтрыманні міру ў зоне грузіна-абхазскага канфлікту.