In quello stesso periodo era scoppiata la rivolta di Creta, perpetuata dai coloni veneziani e dalla nobiltà locale. Pur non avendo egli ancora assunto il comando della muda del mar Nero, le ottime capacità che aveva dimostrato sino ad allora spinsero il Senato a nominare Pisani capitano del Golfo, in sostituzione di Lorenzo Celsi, che era stato eletto doge il 16 luglio 1361. Fu impegnato in Sicilia contro gli Aragonesi (estate 1362), quindi venne eletto rettore della Canea, una città dell'isola, proprio nel periodo di maggiori tensioni. Alla fine del mandato venne subito nominato console alla Tana (26 gennaio 1365).