Er trat 1804 in die britische Armee ein und wurde als Fähnrich in die 3. Foot Guards kommandiert. Bowater war in der Schlacht von Kopenhagen dabei und wurde dann mit seinem Regiment nach Portugal versetzt. Er schloss sich der Einnahme von Porto an und nach der Schlacht bei Talavera, in der er verwundet wurde, erwarb er im August 1809 einen Leutnantsposten. Im Dezember ging er zurück nach England, kehrte aber nach zwei Jahren zu den napoleonischen Kriegen auf der Iberischen Halbinsel zurück. Im Juli 1812 kämpfte er in der Schlacht bei Salamanca und im Oktober bei der Belagerung von Burgos. Im folgenden Jahr nahm Bowater im Juni an der Schlacht bei Vitoria teil und wurde dann bis September 1813 zur Belagerung von San Sebastián kommandiert. Einen Monat später diente er in der Schlacht am Bidassoa und im Dezember war er an den Kämpfen der Schlacht an der Nive beteiligt.