In het voorjaar van 1941 besloot het driemanschap een instituut voor actieve leden niet open te stellen voor Joden. Tot een gedwongen vertrek van Joden kwam het echter niet. Een verzoek van het driemanschap aan mr. L. E. Visser van de Joodse Coördinatie Commissie (JCC) om Joden te adviseren zich uit de Nederlandsche Unie terug te trekken, legde deze naast zich neer. Met name na de inval van Duitsland in Rusland (Operatie Barbarossa, 22 juni 1941) werd door de Duitse bezetter van de Nederlandsche Unie een pro-Duits standpunt verwacht. Dat bleef echter uit. In december 1941 werd de organisatie door de Duitse bezetter verboden. De top werd geïnterneerd in Sint-Michielsgestel waar De Quay deel uit zou gaan maken van de Heeren Zeventien, die sprak over de politieke toekomst van Nederland.