С началом войны корпус под командованием генерал-майора Шестопалова в составе 8-й армии принимал участие в боевых действиях в ходе приграничного сражения на Северо-Западном фронте, а также с 23 по 24 июня — в ходе фронтового контрудара по противнику западнее Шяуляя, в результате которого корпус понёс большие потери и был вынужден отступать на рубеж р. Западная Двина.