1941年5月、クラークは空母「ヨークタウン」 ("") に副長に就任し、このポジションで真珠湾攻撃を迎える。「ヨークタウン」副長として1942年2月のマーシャル・ギルバート諸島機動空襲、3月10日のラエ・サラモアへの空襲、5月8日の珊瑚海海戦を戦ったクラークは、6月5日のミッドウェー海戦を迎える。海戦では、真珠湾以来無敵を誇っていた南雲忠一中将率いる第一航空艦隊の空母4隻を撃沈して戦局のターニング・ポイントとなったが、クラークが乗る「ヨークタウン」は南雲艦隊の「飛龍」から飛来した友永丈市大尉の攻撃隊によって航行不能に陥り、やがて伊号第一六八潜水艦（伊168）からの雷撃によってついに沈没した。