Początki chrześcijaństwa w Grecji związane są z działalnością św. Pawła, który odbył podróżne misyjne m.in. do Salonik i Koryntu, a następnie w trosce o duchowy rozwój tamtejszych wspólnot chrześcijańskich wystosował listy do Tessaloniczan, Filipian i Koryntian. Od czasów pierwszych soborów powszechnych chrześcijanie w Grecji znajdowali się pod jurysdykcją patriarchy Konstantynopola. Po IV soborze powszechnym obiektem waśni pomiędzy Rzymem a Konstantynopolem stały się wspólnoty we wschodniej Ilirii. Diecezje iliryjskie zostały wyjęte spod władzy rzymskiej dopiero w 732 r. na mocy decyzji cesarza Leona Izauryjczyka. Dążenie Kościoła konstantynopolitańskiego do objęcia swoją jurysdykcją chrześcijaństwa w Grecji ostatecznie uzyskało moc prawną za panowania patriarchy Focjusza w drugiej połowie IX w. Wtedy też chrześcijaństwo na terenie Grecji zaczęło przejawiać oznaki szybkiego rozwoju. Po IV wyprawie krzyżowej i złupieniu Konstantynopola w 1204, Kościół grecki doznał prześladowań ze strony łacińskich okupantów. Po podbojach osmańskich w Europie w XV wieku, dalszy rozwój greckiego prawosławia przypadł pod tureckim panowaniem. W ramach systemu milletów greckim prawosławnym udzielono autonomię rum millet. Kościół odegrał znaczącą rolę w zachowaniu tożsamości narodowej i religijnej Greków, w tym w kolejnych ruchach niepodległościowych przeciwko Turcji.