1815年、ナポレオンがエルバ島から脱出、いわゆる百日天下が始まった。グナイゼナウは再び参謀総長となり、総司令官ブリュッヘルのもとでナポレオンの打倒にあたることとなった。この時、イギリス軍、プロイセン軍はネーデルラント（オランダ）にあり、オーストリア軍はラインラントにあった。諸国は第七次対仏大同盟を結成し、フランス軍を包囲しようとした。しかし、ナポレオンは連合軍が合流する前に各個撃破すべく、はやくもネーデルラントへ向かっていた。6月16日、リニーの戦いでプロイセン軍は敗北、ブリュッヘルは負傷した。グナイゼナウは総司令官に代わって指揮を執り、一時的にプロイセン軍を後退させた。