Otro aspecto significativo fue la creación de una comisión de la verdad para reexaminar uno de los casos sin resolver más notorios del país: la desaparición forzada y presunto asesinato de 43 estudiantes normalistas de la escuela rural Isidro Burgos de Ayotzinapa, que fueron secuestrados en septiembre de 2014 en la ciudad de Iguala, Guerrero, después de ser atacados por narcotraficantes y policías. El organismo estaría encabezado por los padres de las víctimas. El 1 de julio de 2020, el fiscal general de la república Alejandro Gertz Manero anunció que "se acabó la verdad histórica", en alusión a la versión del gobierno del entonces presidente Enrique Peña Nieto. También anunció que se solicitó a un juez la captura de 46 exfuncionarios, incluido el jefe de la investigación de la PGR Tomás Zerón. Previamente el 29 de junio fue detenido José Ángel Casarrubias Salgado, el Mochomo, uno de los líderes de la banda Guerreros Unidos y quien según la FGR ordenó la desaparición de los 43 estudiantes. El 7 de julio fueron encontrados los restos de uno de los estudiantes, estos se hallaban en la barranca de Cocula, a 800 metros de distancia del basurero donde según la versión anterior habían sido incinerados.