In un primo momento i cadaveri venivano seppelliti in enormi fosse trasportati dalle camere a gas con vagoni su binario a scartamento ridotto. Successivamente il 13 aprile 1943 vennero scoperte le Fosse di Katyń, con i cadaveri di 22.000 polacchi tra cui 8000 ufficiali trucidati dai Russi nel 1939 e continuamente i giornali tedeschi e Radio Berlino parlavano dell'eccidio di massa al mondo intero con grande enfasi anticomunista. Himmler, probabilmente intimorito da quegli articoli su un'eventuale scoperta delle fosse di Treblinka, venne personalmente al lager e comandò di riaprire tutti gli scavi e incenerire i cadaveri che vi erano sepolti per cercare di distruggere tutte le prove del crimine e disponendo che da quel momento i cadaveri provenienti dalle camere a gas, venissero cremati.