En 2016 permaneció en el equipo, ahora renombrado como el Honda World Superbike Team, utilizando la misma motocicleta. Su compañero de equipo para esta temporada fue el norteamericano Nicky Hayden. En la ronda de Tailandia, van der Mark consiguió su primera superpole en el Campeonato Mundial de Superbikes. Esta temporada tiene seis podios y el cuarto lugar en la clasificación de pilotos con 267 puntos obtenidos.