1980-luvulta lähtien laivastoa on kehitetty paitsi Naton myös EU-jäsenyyden viitekehyksessä. Vuosina 1990–1991 laivasto osallistui Persianlahden sotaan. Se on osallistunut myös rauhanturvaoperaatioihin. Nykyisin laivasto ilmoittaa tavoitteekseen Kreikan merirajojen suojaamisen, kauppamerenkulun turvaamisen sekä turvallisuuden tunteen lisäämisen Kreikan saaristossa. Se tekee myös yhteistyötä Kreikan rannikkovartioston kanssa laittoman maahantulon ja huumeiden salakuljetuksen ehkäisyssä.