В конце 1795 года Дюпон был назначен на пост директора топографического кабинета (бюро) Директории (прообраз французского Генштаба), а в 1797 году произведён в дивизионные генералы, но уже вскоре, после переворота 18 фрюктидора, из-за своей репутации роялиста был вынужден уйти со службы.