Im Mai 1780 erreichten die Nachrichten vom Fall von Charleston und die Gefangennahme von General Benjamin Lincolns südlicher Armee den Kongress. Am 7. Mai beschloss dieser, Gates das Kommando über das Südliche Departement zu übergeben. Gates erfuhr davon zu Hause in der Nähe des heutigen Shepherdstown (West Virginia). Er machte sich auf den Weg nach Süden auf und übernahm am 25. Juli 1780 in der Nähe des Deep River das Kommando über die verbliebenen Streitkräfte. Er führte die Truppen und Milizen nach Süden in einen Überraschungskampf mit dem britischen General Charles Cornwallis am 16. August in der Schlacht von Camden. Das Ergebnis war eine furchtbare Niederlage. Gates’ einzige erwähnenswerte Leistung war, auf der Flucht nach Norden in drei Tagen 274 Kilometer auf dem Pferderücken zurückgelegt zu haben. Seine bittere Enttäuschung wurde noch durch die Nachricht verschlimmert, dass sein Sohn Robert im Oktober im Kampf gefallen war. Nachdem Nathanael Greene ihn am 3. Dezember als Kommandeur abgelöst hatte, kehrte er nach Hause zurück.