W 2008 stał na czele 10-tysięcznej armii walczącej z siłami rządowymi oraz oddziałami plemienia Hutu w Kongo. Nie uznał pokoju wynegocjowanego przez ONZ i jesienią 2008 zajął niemal całe Kiwu Północne i Ituri na wschodzie Konga. Upojony dotychczasowymi zwycięstwami zaczął snuć plany uzyskania stanowiska prezydenta w Kinszasie, co doprowadziło do zawarcia przez prezydenta Kongo Josepha Kabila ugody z rządzącymi w Rwandzie Tutsi. Efektem tej umowy było wkroczenie na początku 2009 roku 4 tys. ruandyjskich żołnierzy do Kongo w celu pomocy przy schwytaniu Nkundy.