Etzel trat am 19. November 1810 in das Brandenburgische Ulanenregiment der Preußischen Armee ein. 1811/12 war er zur Allgemeinen Kriegsschule kommandiert und wurde im Februar 1812 zum Sekondeleutnant befördert. Als solcher war Etzel während der Befreiungskriege vom 10. Februar 1814 bis 4. Mai 1815 dem Hauptquartier der Armee Blücher zugeteilt. Er nahm u. a. an den Schlachten Ligny und Waterloo teil. Außerdem soll er 1814 an der Zerstörung eines französischen optischen Telegrafen beteiligt gewesen sein. Bei der Schlacht um Paris im Jahre 1815 wurde Karl von Müffling auf den jungen Offizier aufmerksam, der dank seines früheren Aufenthalts in der Stadt gute Ortskenntnisse besaß. Zurück in Preußen war Müffling für die militärisch-topografische Erfassung der Rheinprovinz zuständig, wofür er Etzel von 1816 bis 1820 nach Koblenz beorderte, wo er dann als Geodät tätig war.