Nkunda on entinen psykologian opiskelija, joka matkusti Ruandan kansanmurhan aikaan Ruandaan tukemaan tutsien Ruandan isänmaallista rintamaa (RPF) hutujen hallitsemaa kansanmurhaa tekevää armeijaa vastaan. RPF:n voitettua sisällissodan Nkunda palasi Kongoon.