У 1530-ті роки ідеї Реформації досягли долини Луари і частина людей навернулась у протестантство. Розпочалися релігійні війни і 1560 року католики втопили у річці декілька сот протестантів. Під час Релігійних воєн 1562—1598 рр. Орлеан був важливим укріпленням гугенотів, але 1568 року протестанти підірвали Орлеанський собор. 1572 року бл.3000 гугенотів були вбиті у Парижі під час Варфоломіївської ночі; ще сотні були втоплені католиками у Луарі.