La obra se encargó en 1505 y quedó en el estado definitivo en 1545, en una escala mucho más reducida que la prevista en el proyecto inicial. Originalmente se iba a ubicar en la basílica de San Pedro del Vaticano, el lugar de enterramiento de los papas; pero finalmente, tras la muerte del papa, se instaló como cenotafio (es decir, sin alojar el cuerpo del difunto) en San Pietro in Vincoli en el Esquilino, iglesia protegida por la familia della Rovere, de la que procedía Julio II, y de la que había sido cardenal titular. Ambos templos se encuentran en la ciudad de Roma, sede del papado y en esa época (especialmente turbulenta -Reforma protestante, Guerras de Italia, Saco de Roma-) también capital de los Estados Pontificios.