По окончании службы в Афганистане Эм служил в Ленинградском военном округе (1985 год), затем был направлен на учёбу в Военную академию М. В. Фрунзе, которую окончил в 1988 году. Назначен заместителем командира 21-й отдельной десантно-штурмовой бригады, по прошествии нескольких лет стал её командиром. Участвовал в боях в Нагорном Карабахе, Южной Осетии, Абхазии, принял участие в чеченской войне 1994—1996 годов.