Aux élections générales de 2002, le parti obtient 20,91 % du vote populaire, 27 sur 130 sièges à la Chambre des députés et 2 sur 27 au Sénat, ce qui le place en position, devancé par le Mouvement vers le socialisme de quelques centaines de voix. Après les élections, le parti rejoint la coalition multipartite du Mouvement nationaliste révolutionnaire (MNR) dirigée par le président Gonzalo Sánchez de Lozada. En octobre 2003, en pleine guerre du gaz, NFR quitte la coalition. Reyes Villa et trois autres ministres de NFR démissionnent, ce qui prive le président Sánchez de Lozada de sa majorité au Congrès et le contraint à démissionner.