Vuonna 1946 hallituskoalitio oikealle suuntautuneen Coloradon ja vallankumousorientoitunut Febreristaksen, joka pysyi sekä liberaalien että kommunistien puolella, kanssa rikkoutui. Vuonna 1947 hallituksen jakautumisesta seuranneen Paraguayn sisällissodan ajan Morínigo pysyi erinäisten sotilaallisten ja puolisotilaallisten joukkojen valtaamaan paikkansa valtion johdossa takaisin. Vuonna 1948 hänet kuitenkin syrjäytettiin edustamansa Colorado-puolueen sisältä käsin. Morínigo pakeni lopulta poliittisista syistä Argentiinaan.