สงครามกรีก-เปอร์เซียมีที่มาจากพิชิตนครกรีกในเอเชียน้อยและไอโอเนียของพระเจ้าไซรัสมหาราช จักรพรรดิองค์แรกแห่งจักรวรรดิอะคีเมนิดใน 550 ปีก่อนคริสตกาล ต่อมาฝ่ายเปอร์เซียพบว่าชาวไอโอเนียนั้นปกครองยาก จึงสนับสนุนให้มีทรราชปกครองแต่ละเมืองในไอโอเนีย 499 ปีก่อนคริสตกาล อริสตาโกรัส ทรราชแห่งไมลีตัสที่ล้มเหลวในการล้อมนักซอสปลุกปั่นชาวกรีกให้ลุกฮือต่อต้านเปอร์เซียเพื่อรักษาอำนาจของตน เหตุการณ์นี้นำไปสู่กบฏไอโอเนีย นครรัฐเอเธนส์และอีรีเทรียมีส่วนในการยึดและเผาเมืองซาร์ดิส เมืองสำคัญของเปอร์เซียในไอโอเนีย