Non partecipò alla Guerra d'indipendenza spagnola; si distinse ancora una volta nella campagna del 1809 contro l'Austria dove sconfisse parte dell'esercito dell'arciduca Carlo d'Asburgo-Teschen nella battaglia di Eckmühl, per la quale ricevette il titolo onorario di Principe di Eckmühl. Mentre veniva combattuta la Battaglia di Aspern-Essling Davout si trovava a Vienna per tenere sotto controllo la capitale austriaca. Nonostante la sconfitta di Aspern-Essling meno di un mese dopo veniva combattuta quella di Wagram nella quale partecipò anche Davout con il suo III Corpo che formava, come al solito, l'ala destra. Il suo compito in questa battaglia era di conquistare la posizione fortificata di Markgrafneusiedl con l'intento di aggirare le posizioni dell'arciduca Carlo. La battaglia, combattuta dal 5 al 6 luglio 1809, anche se con grandi perdite (32.000 francesi e 40.000 austriaci) si risolse in un ultimo trionfo per Napoleone.