Во время гражданской войны Уормот служил подполковником в 32-м пехотном полку Миссури. Он принимал участие в захвате Арканзасского поста и был ранен во время осады Виксберга. Однако он был с позором отправлен в отставку за распространение ложных слухов о сильных и слабых сторонах армии Союза. После того, как президент Авраам Линкольн восстановил Уормота в правах, генерал Натаниэль Бэнкс в июне 1864 года назначил его судьёй. В ноябре 1865 года Уормот подал в отставку с военной службы, чтобы баллотироваться в Конгресс США.