W międzyczasie Józef Stalin zerwał stosunki dyplomatyczne z Polską, co nastąpiło oficjalnie 25 kwietnia 1943. Pretekstem było podjęcie przez stronę polską współpracy z Niemcami, polegającej na poszukiwaniu sprawców zbrodni na polskich oficerach, zamordowanych w Katyniu. W związku z napiętą sytuacją pomiędzy Kremlem a rządem polskim, rząd czechosłowacki wykorzystał sytuację, aby zakończyć rozmowy w sprawie przyszłej konfederacji. 17 maja 1943 J. Masaryk poinformował E. Raczyńskiego o zawieszeniu jakichkolwiek prac w komisjach pomiędzy Polską a Czechosłowacją.