У першому сезоні незалежного чемпіонату Чехії (1993/94) клуб вдруге поспіль став другим, а у єврокубках знову не вдалося пройти перший раунд. Також другою «Славія» стала і наступного сезону 1994/95. Переломний момент настав у сезоні 1995/96, в якому команда під керівництвом тренера Франтішека Ціпро стала чемпіоном Чехії (після 49 років без чемпіонств) і дійшла до півфіналу Кубка УЄФА. Кістяк «Славії» (Ян Сухопарек, Радек Бейбл, Карел Поборський, Владімір Шміцер) також став основою чеської збірної на Євро-1996, яка дісталась фіналу змагань. Проте після успішного турніру ці гравці роз'їхались по європейських топ-чемпіонатах, а «Славія» програла в кваліфікації Ліги чемпіонів 0:6 за сумою двох матчів швейцарському «Грассгопперу», після чого швидко вилетіла і з Кубку УЄФА. Чемпіонат клубу виграти також не вдалося, але «Славія» здобула Кубок Чехії. Крім цього, 2 жовтня 1996 року на матчі «Брно» проти «Славії» зібралось 44 120 глядачів, встановивши рекорд відвідуваності на матчах чемпіонату Чехії.