Il est nommé gouverneur militaire de Guinée-Bissau en 1968 et de nouveau en 1972 à l'aube de la guerre coloniale. À cette charge, son grand prestige tient à une politique de respect de l'individualité des ethnies guinéennes et à l'association des autorités traditionnelles à l'administration, en même temps que continuait la guerre, utilisant tous les moyens qui allaient de la diplomatie secrète (rencontre secrète avec Léopold Sédar Senghor président du Sénégal) aux incursions armées en pays voisins (attaque de Conakry au cours de l'opération Mer Verte).