Eboué pelasi ensimmäisen ottelunsa Norsunluurannikon maajoukkueessa Sudania vastaan syyskuussa 2004. Hän pelasi viisi ottelua Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2006 mukaan lukien tappioon päättynyt loppuottelu Egyptiä vastaan. Saman vuoden MM-kilpailuissa hän pelasi täydet minuutit Norsunluurannikon kaikissa kolmessa ottelussa. Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2008 hän pelasi muut ottelut paitsi tappioon päättyneen pronssiottelun. Ensimmäisen maaottelumaalinsa hän teki ystävyysottelussa Saksaa vastaan marraskuussa 2009. Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2010 hän pelasi kaksi ottelua. Saman vuoden MM-kilpailuissa hän pelasi avauskokoonpanossa Norsunluurannikon kaikissa kolmessa ottelussa. Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2012 hän pelasi kahdessa ottelussa, ei kuitenkaan tappioon päättyneessä loppuottelussa. Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2013 hän pelasi Norsunluurannikon kaikissa neljässä ottelussa. Noiden kisojen jälkeen hän ei ole pelannut maajoukkueessa. Kaikkiaan hän on pelannut 72 maaottelua ja tehnyt kolme maalia.