Через несколько месяцев после этого Погребняк стал обладателем Кубка УЕФА, особенно ярко сыграл в плей-офф турнира. На пути к финалу он забивал на каждой стадии плей-офф, за исключением финала, поразив ворота испанского «Вильярреала», французского «Марселя», немецких «Байера» и «Баварии». Забив за турнир 10 голов Погребняк вместе с итальянцем Лукой Тони стал лучшим его бомбардиром. В матче за Суперкубок УЕФА в августе 2008 года Погребняк забил один из двух мячей в ворота «Манчестер Юнайтед», что позволило петербуржцам одержать победу со счётом 2:1.