Al fine di collaborare con le forze ribelli del padre, Joseph Kabila seguì un addestramento militare in Tanzania, anche con l'aiuto dei governi delle vicine Uganda e Ruanda, dopo il diploma. Nel 1996 si unì alle forze ribelli di Laurent Kabila, sostenute dal Ruanda (l'Alleanza di forze democratiche per la liberazione del Congo, (AFDL)), come comandante delle operazioni, nella campagna che fu chiamata Prima guerra del Congo. In seguito alla vittoria dell'AFDL e della salita al potere di Laurent Kabila, Joseph Kabila continuò il suo addestramento all'Università Nazionale di Difesa, a Pechino, in Cina.