1938年中共香港市委成立，吴、曾分别任市委书记、妇委书记。后任广州市委学生工委书记、广东省委港澳地区特派员等职。1939年11月，被选为中共七大香港代表，与中共七大广东代表区梦觉、古大存、唐初、朱荣、方华；香港代表钟明、何潮、周小鼎、周才共10人组成华南代表团，1940年12月抵达延安。被分到中共中央党务研究室（主任王若飞）大后方国统区小组任研究员，1942年入中共中央党校一部（主任古大存）学习，业余兼任中央党校宣传队（队长艾青）乐队副队长并拉二胡，入选陕甘宁边区排球队。配合受中央委托的古大存参与指导中共广东省临时工作委员会的组建，代表中央起草给广东党组织和东江纵队负责人尹林平、曾生的电报指示。中共七大闭幕后，中央组织了3个干部队随八路军南下支队第二梯队行动，其中伍晋南带导的200余名去广东工作的“东干队”，吴有恒负责团级干部90多人组成的“东干队”一个连队任指导员，随第二梯队行动。到了八路军河南军区，因日本投降，部队调往东北，而吴有恒等部分南下干部化装到上海，再乘船于1946年春抵达香港，向广东区委传达中共七大精神，特别是毛泽东在中共七大闭幕大会上讲的夺取中国革命胜利的十五点困难问题。