Situé sur l'actuel cours de la Pyramide, au nord-est de la ville, la construction de l'hôpital neuf date de 1536. En 1710, le Conseil de Ville constata que ce bâtiment devait faire l'objet de travaux de restauration ; cinq ans auparavant, les conseillers s'étaient interrogés sur la nécessité de construire un nouvel hôpital et de réformer celui-ci. Un arrêté des consuls décida que désormais le nombre de malades serait limité à trois par lit et fit réhabiliter l'établissement. La grande peste de Marseille ayant pris fin, en 1722, l'hôpital des pestiférés fut définitivement fermé.