Падчас Першай сусветнай вайны, калі пасля Галіцыйскай бітвы Львоў быў заняты рускімі войскамі, Шаптыцкі застаўся ў Львове, са сваімі вернікамі. 19 верасня 1914 года быў арыштаваны рускімі ваеннымі ўладамі за антырасійскія пропаведзі і высланы ўглыб Расійскай імперыі. Знаходзіўся ў спасылцы ў Кіеве, Ноўгарадзе, Курску, а затым у ганаровым зняволенні ў Спаса-Яўфіміевым манастыры ў Суздалі.