Время возвращения Мойера на родину совпало с Отечественной войной 1812 года, и он смог сразу же применить свои знания в военных госпиталях. Под конец войны Мойер работал помощником заведующего госпиталем в Дерпте. Получил степень доктора медицины и хирургии (1813) в Дерптском университете, защитив диссертацию «De polsu, patholigisu considerato». Занимался практической хирургией. С 1815 года — ординарный профессор и руководитель кафедры хирургии Дерптского университета. В 1817, 1823, 1827 и 1830 годах избирался деканом медицинского факультета, а в 1834/1835 академическом году был ректором университета. В 1828 году при университете был открыт Профессорский институт и Мойер «был ревностным руководителем его слушателей».