Infolge des mosambikanischen Bürgerkriegs von 1977 bis 1992 wurden Fahrzeuge und Eisenbahninfrastruktur schwer beschädigt, der Eisenbahnverkehr stark eingeschränkt und einige Strecken durch Kriegshandlungen zerstört. Dazu zählten die Strecken Beira–Sena–Moatize und die Verbindung von Sena nach Malawi, nachdem bei Sena die Brücke über den Sambesi gesprengt worden war. Die Strecke Nacala–Cuambo im Norden des Landes wurde nach 1992 wieder aufgebaut, der Abschnitt zur malawischen Grenze blieb damals unbefahrbar.