Thoma wurde 1939 Referent im Stab des Allgemeinen Heeresamtes (AHA), wo er später als Major Mitwisser von den Attentatsplänen zum 20. Juli wurde. Am 14. September 1944 wurde Thoma verhaftet, am 17. Januar 1945 vor dem Volksgerichtshof zum Tode verurteilt und am 23. Januar 1945 im Strafgefängnis Berlin-Plötzensee erhängt.