Po wybuchu II wojny światowej powierzono mu dowództwo nad flotą niemiecką na Morzu Północnym. Był skłócony z wieloma admirałami, np. Wilhelmem Marschallem i Güntherem Lütjensem. 1 stycznia 1940 awansowany na Generaladmirala. Dowodził siłami Kreigsmarine w inwazji na Norwegię, a później niemiecką flotą w okupowanej Francji. Saalwächter kierował operacjami morskimi na północnym Atlantyku i kanale La Manche do zastąpienia go we wrześniu 1942 przez Marschalla. Kilka miesięcy później odszedł ze służby.