Celkem bylo postaveno 164 ks Tu-124. Problémy s bezpečností Tu-104 ovlivnily i osud Tu-124, ačkoli jejich spolehlivost byla o něco lepší. Výroba skončila v roce 1965 a Aeroflot posledních dvanáct Tu-124 vyřadil k 21. lednu 1980. Tu-124 pokračoval ve službě dalších pár let v sovětském letectvu a v Iráku, ale všechna letadla byla stažena z provozu před rokem 1990. Irácké stroje byly zničeny počátkem 90. let během války v Zálivu.