Während des kroatisch-bosniakischen Krieges (1992–1994) war Aleksovski von Januar bis Mai 1993 Gefängniskommandant des Kaonik-Gefängnisses in der Gemeinde Busovača. Während dieser Zeit wurden dort mehrere hundert bosnisch-muslimische Zivilisten vom Hrvatsko vijeće obrane (HVO) gefangengehalten. Unter Aleksovski wurden zahlreiche Gefangene unmenschlichen Behandlungen ausgesetzt, einschließlich exzessiver und grausamer Verhöre, physischer und psychischer Tortur und Zwangsarbeit. Die Gefangenen wurden auch als menschliche Schutzschilde benutzt, dabei getötet oder anderweitig ermordet. Nach Aleksovskis Ablösung als Gefängniskommandant in Kaonik wurde er HVO-Bezirksleiter im Gefängnis von Mostar.