Sous l'impulsion de Colbert et de Louis XIV, le port se développe, ceux-ci décidant de donner une grande flotte de guerre au pays. Siège d’une première intendance de marine dès 1659 -avant Rochefort (1666), Brest (1674), Le Havre (1680) et Dunkerque (1683)- Toulon accueille Louis XIV dès 1660, le chevalier Paul commandant la marine au port. En 1679, deux ans après le grand incendie qui détruit une partie de Toulon au départ d’une boulangerie du port, Vauban commence à Toulon la construction de la nouvelle darse (), réservée à la marine royale qui abandonne au commerce et à la pêche la vieille darse Henri IV. L’enceinte bastionnée est prolongée, deux nouveaux forts sont édifiés dont celui de l’Aiguillette, des cales de radoub sont construites, des batteries érigées pour faire face à toute descente ennemie. Avec sa corderie et sa place d’armes, le Toulon colbertien devient le principal port de guerre du royaume. Là sont construites puis armées les principales escadres de la guerre de Hollande (1672-1678), les flottes de Vivonne et Duquesne, victorieuses en Méditerranée des Hispano-Bataves. Alger, Gênes et Tripoli sont pareillement bombardées à partir d’escadres armées à Toulon. À la mort de Colbert, Seignelay, son successeur, visite Toulon (1684). Les Jésuites y installent leur séminaire royal de marine (1685) destiné à convertir les officiers protestants au lendemain de la révocation de l’édit de Nantes et à former des aumôniers de marine. L’établissement fournit bientôt nombre de maîtres des gardes de la marine : surtout des professeurs d’hydrographie et de mathématiques. Pendant la guerre de la Ligue d'Augsbourg, sous les ministres Pontchartrain, Toulon accueille Tourville après la capture du convoi de Smyrne à Lagos (1693).