Les Mikea ne sont pas les survivants d'une ancienne société de chasseurs-cueilleurs. Bien que les chercheurs ne soient pas sûrs du moment précis où les Mikea adoptèrent le mode de vie de chasseurs-cueilleurs et l'habitat forestier, ils ont déterminé qu'ils ne s'étaient que récemment établis en communauté. La plupart des actuels Mikea est supposée descendre de Masikoro ayant fui dans la forêt pour échapper à l'avancée du royaume de Merina et aux armées Sakalaves, au . Des documents de l'époque coloniale française, datés de 1901, décrivent des chasseurs-cueilleurs, du nom de Mikea, vivant dans le sud-ouest de l'île. On pense que la population a gonflé lors de l'insurrection de 1947, dirigée contre le colonisateur français, lorsque de nombreux Malgaches quittèrent villes et villages pour se cacher dans les forêts du pays. L'exploration pétrolière dans les années 1950 et 1960 a entraîné la création de voies de circulation dans les forêts du sud-ouest, jusque-là intactes, qui aidèrent ultérieurement les migrations des villageois vers la forêt et le mode de vie Mikea.