У 2001 році у складі національної команди він став переможцем Кубка Америки. На турнірі Бедоя взяв участь у поєдинках проти Венесуели, Чилі, Еквадору, Перу, Гондурасу і Мексики. У матчі проти Гондурасу він забив гол. У складі національної команди він виграв турнір.