Une autre sujet important de controverse à propos du programme fut l'état financier du programme spatial russe ; depuis la dissolution de l'Union Soviétique quelques années plus tôt, l'économie de la Russie s'est lentement effondrée ; le budget de l'exploration spatial fut donc diminué de 80 %. Malgré un grand apport aux finances spatiales russes venant d'Europe et d'autres pays, ainsi qu'une proposition d'une chaîne de télévision japonaise de 9,5 millions de dollars pour avoir un de leurs journalistes à bord de "Mir", la situation ne s'améliora pas. Au début de la phase un, le problème devint si grave que les cosmonautes effectuaient régulièrement des missions étendues pour économiser sur les lanceurs, les six vols annuels du "Progress" passèrent à trois, et il fut même envisagé de vendre "Mir" pour un montant d'environ 500 millions de dollars.