Después de la invasión estadounidense de Irak en 2003, los terraplenes y las obras de drenaje se derrumbaron, y las marismas comenzaron a reabastecerse. Las Marismas Centrales mostraron poca recuperación hasta el 2003, pero a principios del 2004 había aparecido un mosaico de lagos en las áreas del norte; hubo inundaciones en las áreas del sur que previamente habían estado secas desde principios de los años noventa. Desde entonces, se ha recolonizado un poco la vegetación natural de las marismas y han retornado algunas especies de peces y aves, aunque la recuperación de las Marismas Centrales ha sido mucho más lenta en comparación con las Marismas de Hawizeh y de Hammar; las secciones más dañadas de los humedales aún no han mostrado signos de recuperación. Se sospecha que la rata bandicoota de cola corta de Bunn se ha extinguido.