Nach den Terroranschlägen am 11. September 2001 wurden die Stationen World Trade Center und Exchange Place vorübergehend geschlossen. Es verkehrten nur noch die drei Linien Newark − 33rd Street (Rot), Hoboken − 33rd Street (Blau) und Hoboken − Journal Square (Grün). 2003 wurde eine provisorische Station World Trade Center eröffnet und der Betrieb wieder aufgenommen.