В 1809 г. Яхонтов был произведён в ротмистры, а в 1811 году по болезни вышел в отставку с чином полковника. После вторжения Наполеона в пределы России Яхонтов вновь поступил на службу полковником в Петербургское ополчение и был назначен шефом волонтерного полка его имени и, состоя в авангарде корпуса маркиза Паулуччи, участвовал в изгнании французов из пределов России.