Име града и реке утврдиле су поглавице три највећа племена која су насељавала ову област - Азанде, Поџулу и Гимуну. Када су британски мисионари 1951. године саградили малу болницу на обали реке, то је и званично било оснивање овог града. Током грађанског рата, Јеј је постао гарнизонски град, где је била смештена база НПОС-а. Након рата и потписивања мировног споразума 2005. године, већина избеглица које су привремено уточиште нашле у суседној Уганди и ДР Конгу, населила је Јеј, као први већи град у пограничном појасу.