Участвовал в боевых действиях во время второй чеченской войны. В начале марта 2000 года в составе отряда штурмовал село Комсомольское, где были блокированы свыше 1000 боевиков Руслана Гелаева. Группа лейтенанта Яфарова, захватив укреплённый дом на перекрёстке улиц, обеспечила продвижение российских частей в село, но оказалась отрезанной огнём боевиков от основных сил. Лейтенант Д. Яфаров лично уничтожил несколько моджахедов, вынес из-под огня раненного гранатомётчика; был ранен, контужен, но остался в строю. При прорыве к своим 6 марта 2000 года был убит выстрелом снайпера в голову. Похоронен на родине.