Bij operaties in deze periode speelde de marineluchtvaartdienst telkens een grote rol. Tijdens de Bosnische Burgeroorlog dekten vliegtuigen van de "Clemenceau" en de "Foch" de Franse elementen van de UNPROFOR-vredesmacht. In 1994 werd een Dassault Étendard IV boven Bosnië en Herzegovina geraakt door een luchtdoelraket, maar slaagde er in terug te keren naar de "Clemenceau". In 1999 namen vliegtuigen van de "Foch" deel aan de NAVO-bombardementen op Joegoslavië.