Закрытая с приходом советской власти, церковь вновь стала действующей лишь в 1941 году, после захвата Могилёва, и оставалась ею долгое время, когда остальные храмы города были закрыты. В 1970-е годы протоиереем в храме был Михаил Кузьменко, исследовавший историю Могилёвской епархии от времени её создания до 1917 года. По указу митрополита Минского и Белорусского Филарета от 1 апреля 1986 года состоялось переименование Свято-Борисо-Глебской церкви в Свято-Крестовоздвиженский собор.