Der Kölner Erzbischof Gebhard Truchsess von Waldburg sagte sich 1582 von der katholischen Kirche los und heiratete die protestantische Stiftsdame Agnes von Mansfeld, trat aber als Erzbischof nicht zurück. Gebhard Truchsess von Waldburg wurde 1583 exkommuniziert und der verlässlich katholische Ernst von Bayern zu seinem Nachfolger bestimmt u. a. deshalb, weil ein protestantischer Kölner Erzbischof die katholische Mehrheit im Kurfürstenkollegium gekostet hätte. Es kam zum Kölner Krieg (auch Truchsessischer Krieg), der bis 1588 dauerte. Deutz, Bonn und Neuss wurden verwüstet. Der Rat verbot 1609 den Frauen auch zu Karneval das Tragen von Männerkleidung. Der erste Tabakhändler eröffnete 1620 sein Geschäft in Köln.