På klubplan tilbragte Muller hele sin aktive karriere hos Ajax i sin fødeby. Han var med til at vinde hele fem hollandske mesterskaber og tre KNVB Cup-titler med klubben. Han var også en del af holdet der nåede Mesterholdenes Europa Cup finale 1969. Her spillede Muller anden halveg i kampen, som Ajax tabte 1-4 til italienske AC Milan.