Po wybuchu II wojny światowej opuścił Górny Śląsk, przedostając się przez Jugosławię na Bliski Wschód do tworzących się Polskich Sił Zbrojnych na Środkowym Wschodzie. W Syrii został przyjęty do Polskiej Brygady Strzelców Karpackich w charakterze kapelana. Przeszedł szlak bojowy przez Tobruk, Ajn al-Ghazalę, Monte Cassino. W ostatniej fazie walk we Włoszech − w bitwie nad rzeką Gaiano pod Bolonią − ojciec Fabian był kapelanem w randze kapitana 2 Batalionu Komandosów Zmotoryzowanych. Podczas udzielania ostatniej posługi rannemu żołnierzowi został zastrzelony przez niemieckiego snajpera.