Милошевич оставил своему преемнику страну, чья экономика сильно страдала ввиду международных санкций, вызванных войнами в Хорватии, Боснии и Косове. После военной операции НАТО "Союзная сила" (март-июнь 1999 года) СРЮ перестала контролировать ситуацию в Косове. В дополнение к этому имелась возможность выхода из СРЮ Черногории. Как президент, Коштуница пытался облегчить трудное положение дел в экономике СРЮ, начать процесс евроинтеграции страны, добиться приемлемого для СРЮ решения вопросов вокруг Косова и не допустить выхода из состава федерации Черногории. Экономические санкции в отношении СРЮ начали постепенно сходить на нет после того, как в 2001 году администрация премьер-министра Сербии Джинджича выдала Гаагскому трибуналу Милошевича. Сам Коштуница негативно относился к этому решению, но не смог помешать ему. Среди немногочисленных успехов его президентства было принятие СРЮ в ООН (1 ноября 2000 года). Какого-либо прогресса в деле выгодного для СРЮ решения косовского вопроса при Коштунице не было. Безрадостным было и положение в Черногории, которая в 2000 году отказалась от единой валюты СРЮ и ввела на своей территории немецкую марку, а с 2002 года начала настаивать на превращении СРЮ в ещё более несплочённую страну-конфедерацию. В итоге 4 февраля 2003 года СРЮ была реорганизована в Государственный союз Сербии и Черногории (ГССЧ). 7 марта того же года Коштуница прекратил исполнять обязанности президента СРЮ. Сама эта должность была упразднена и заменена на должность президента ГССЧ, которую занял черногорский политик Светозар Марович.