У 473 в результаті підпалу згоріла, а разом з нею — 120 000 томів. Серія ненавмисних пожеж протягом багатьох років і війни, в тому числі розграбування Константинополя учасниками Четвертого хрестового походу в 1204, завдавали непоправного збитку зібранню рукописів. Незважаючи на це бібліотека проіснувала аж до падіння Константинополя 1453 і була розграбована османськими військами, а її залишки були розсіяні по різних європейських збірках.