Efter två bra insatser i kvalen 2004 och 2006, så var Bosnien och Hercegovinas fans väldigt optimistiska. I kvalet till Schweiz och Österrike så fick man en väldigt bra grupplottning med Grekland, Turkiet, Norge och Ungern som huvudmotståndare till en av de två platserna som skulle leda till slutspelet. Detta kvalet visade sig bli en riktig katastrof, bland annat för att man förlorade med resultat som 1-3 mot Ungern och 0-4 mot Grekland på hemmaplan. Landslaget drabbades efter det av en bojkott där näst intill alla bästa spelare vägrade spela för landslaget eftersom de ansåg att det var alldeles för mycket politik och smutsiga affärer involverade i landets fotbollsförbund. Trots den dåliga situationen så lyckades man sluta på en fjärdeplats av totalt sju lag i gruppen, däremot så var man långt ifrån toppstriden med Grekland, Turkiet och Norge, man fick nöja sig med att hamna en poäng ovanför Moldavien och Ungern, samt Malta som kom sist. Före början på VM-kvalet 2010 så lyckades man få ordning på landslaget och de flesta av spelarna som bojkottade spel i landslaget kom tillbaks.