Naftalanin parantava maaöljy on tunnettu jo antiikin ajoista lähtien. 1890-luvulla siitä alettiin valmistaa lääkintätarkoituksiin käytettyä naftalaania. 1930-luvulla perustettiin öljyhoitoja antava kylpylä. Vuonna 1967 Naftalanista tuli kaupunki, jonka kylpylätoimintaa laajennettiin voimakkaasti 1970- ja 1980-luvuilla. Vuoristo-Karabahin sodan aikana parantoloihin majoitettiin pakolaisia, ja nykyään vain yksi niistä toimii kesäaikaan. Kaupungissa on historiallinen museo ja erikoinen kainalosauvamuseo.