Sub îndrumarea sa, Institutul pentru Studii Palestiniene, înființat în 1963, a produs o serie lungă de monografii în engleză și arabă și câteva traduceri importante în arabă ale unor texte ebraice: "Istoria Haganah", jurnalele lui David Ben-Gurion și Moshe Shertok—texte care încă își așteaptă traducerea în engleză. De asemenea, el a publicat câteva lucrări de pionierat despre căderea Haifei și Deir Yassin. Cele mai cunoscute lucrări ale sale sunt "Înainte de diaspora lor", un eseu fotografic al societății palestiniene anterioare anului 1948, și "Tot ce a rămas", o colecție enciclopedică a istoriei satelor palestiniene editată de el însuși. În 1982, Khalidi a devenit cercetător senior asociat la Institutul de Studii asupra Orientului Mijlociu din Harvard. Pe larg, interesul său intelectual se întinde de la istoria europeană modernă și până la relațiile internaționale, atât în termeni strategici cât și militari.