Er gilt als „Vater der Universität von Virginia“, und seine Privatbibliothek war der Grundstock für den Wiederaufbau der Library of Congress nach dem Krieg von 1812. Sein Denken und Handeln war von den Prinzipien der Aufklärung bestimmt. Er setzte sich für eine Trennung von Religion und Staat, für eine große Freiheit des Einzelnen und für eine starke föderale Struktur der Vereinigten Staaten ein. Zur Sklaverei hatte Jefferson ein zwiespältiges Verhältnis: Er besaß selbst Sklaven, äußerte sich aber auch mehrfach gegen die Institution.