У 1987 році Омара аль-Башира призначили командувачем 8-ї піхотної бригади, у складі якої він воював проти повстанців під час громадянської війни у країні. У 1989 році він, разом із 15-ма іншими генералами, організував Революційну командну раду національного порятунку, зблизившись із Хассаном аль-Турабі, лідером радикального Національного ісламського фронту, який виступав політичною опорою руху.