Em 1900, havia quase 100.000 católicos na ilha. Após a Primeira Guerra Mundial foi realizada uma reorganização territorial da ilha, e mais vicariatos apostólicos foram criados, sendo confiados a diversas ordens religiosas. Os primeiros nove padres malgaxes foram ordenados em 1925 e o primeiro bispo nativo em 1936. A Revolta Malgaxe de 1947 veio a ocorrer em resposta à adesão do país à União Francesa, e surtiu pouco efeito nas missões. As agitações que lutavam pela independência também tiveram pouco efeito em despertar sentimentos anticatólicos. A hierarquia foi estabelecida em 1955, com a Arquidiocese de Antananarivo sendo a única sé metropolitana. Uma outra reorganização, em 1958, dividiu a ilha em três províncias eclesiásticas, e a capital foi confiada aos jesuítas. Depois que Madagascar conquistou a independência da França em 26 de junho de 1960, e se tornou a República Malgaxe, foi criada uma Delegação Apostólica para Madagascar e as ilhas Reunião e Maurício.