Tomáš Jun nastoupil za všechny mládežnické výběry České republiky. Zúčastnil se Mistrovství světa ve fotbale hráčů do 20 let 2001 v Argentině, kde ČR prohrála ve čtvrtfinále 0:1 s Paraguayí. Vrchol jeho mládežnické kariéry přišel v roce 2002, kdy s českým týmem získal titul mistra Evropy v kategorii do 21 let.