Die Schlacht von Lexington und Concord am 15. April 1775 signalisierte den Beginn des Amerikanischen Unabhängigkeitskrieges und Stark kehrte zum Militärdienst zurück. Am 23. April 1775 akzeptierte Stark eine Obristenstelle der New Hampshire Miliz. Er erhielt das Kommando über das 1. New Hampshire Regiment. Sobald er seine Männer angemustert hatte, zog er per Schiff und zu Fuß nach Süden, um die Rebellen bei der Belagerung von Boston zu unterstützen.