Наступним завданням для Брюса було вивчення спалаху черевного тифу серед британських військ у Південній Африці під час англо-бурської війни (12 жовтня 1899 року — 31 травня 1902 року). Його дружина Мері була разом з ним, і вони обидва зіграли важливу роль в організації медичної допомоги при облозі Ладісмит, де Брюс керував лікарню і виконував успішні хірургічні втручання. Облога Ладісміт тривала до 1 березня 1900 року, 180 днів. Серед британських солдат було 563 померлих, 393 внаслідок черевного тифу. Брюси повернулися додому в жовтні 1901 року. Мері Брюс нагородили медаллю Королівського товариства Червоного Хреста () за самовіддану роботу з пораненими, зокрема, операційною сестрою в операційному залі, де оперував її чоловік Девід. Полковника Брюса підвищили в чині та нагородили Королівською медаллю Південної Африки у бойовому класі «За оборону Ладісміт» (). Він зробив доповідь про дизентерію на засіданні Королівського товариства і парламенту в 1901 році.