Tras el estallido de la Guerra civil se unió a las milicias republicanas; participó en la creación del batallón «Primero de Mayo», el cual se había organizado con trabajadores de Carabanchel. Tomaría parte en la batalla de Madrid, durante la cual mandó el batallón «Primero de Mayo» en la defensa del suburbio de Carabanchel. Más adelante pasaría a mandar la 4.ª Brigada Mixta, en el frente del Centro. Sería enviado al frente del norte, donde mandó la 6.ª Brigada vasca y, posteriormente, la 2.ª División del Cuerpo de Ejército de Euzkadi. Resultó herido durante los combates en el sector de Ampuero, por lo que tuvo que ser evacuado y sustituido. Con posterioridad regresó a la zona centro-sur, donde ostentó el mando de la 10.ª División, interviniendo en diversas operaciones en Extremadura. En marzo de 1939 fuerzas de la 10.ª División de Frutos tomaron parte en el aplastamiento de la sublevación de la Base naval de Cartagena, pocas semanas antes del final de la guerra.