Млечани су се на Криту суочили са непријатељством локалног становништва. Током млетачке владавине забележено је чак 27 великих и мањих устанака. Латинска елита потисла је дотадашњу грчку и стекла монопол над административним и војним положајима. Сами Млечани пружали су отпор мешању са локалним становништвом, те је до краја 13. века нпр. било забрањено склапање брака између Крићана и Млечана. До прве побуне долази већ 1212. године на Ласитејској висоравни. Угушио ју је Марко I Санудо, оснивач Егејског војводства, који је покушао да заузме острво и прикључи га својим областима, али се пред Млечанима морао повући. Нову побуну (1217—1219) предводио је Доменико Делфино. Завршена је преговорима и неким млетачким уступцима (аутономија манастиру Светог Јована Богослова на Патмосу, ослобођење 75 кметова, судске олакшице). Споразумом из 1219. године започето је оснивање племићке класе Крићана који ће убрзо стајати раме уз раме са млетачком аристократијом. Нови устанак из 1222. године изазван је таласом млетачке колонизације. Такође је окончана споразумом којим је Крићанима признато право оснивања два витешка одреда. У наредним деценијама избијале су мање побуне. Већи устанак избио је 1261. године након ослобађања Цариграда од стране византијског цара Михаила VIII из династије Палеолог. Михаило се заузео за ослобађање Крита, те је тамо послао извесног Сергија. Устанак су истовремено подигла браћа Михаило и Георгије Хортац. Устанак је беснео четири године и завршена је делимично успешно. Млечани су приморани на нове уступке. Михаило VIII је 1268. године прихватио млетачку управу над Критом. Његово попуштање делимично је инспирисано претњом Карла Анжујског и антивизантијске коалиције.