Тразибул се поново вратио 406. п. н. е. за време битке код Аргинуских острва. Послали су га као тријерарха у атинској флоти, која је ишла да одблокира адмирала Конона, који је био у Митилени. Та битка је представљала велику атинску победу. Након битке главнокомандујући генерали узели су већину бродова да би напали флоту Пелопонежана, која је блокирала Конона. Тријерархе Тразибула и Терамена су оставили са задатком да спасавају преживеле морнаре са много атинских потонулих бродова. Изненадна олуја спречила је обе операције. Тада се утопио много атинских морнара (између 1.000 и 5.000). Избио је велики политички скандал и жестока дебата између Терамена и атинских генерала ко је крив за несрећу. Након тога генерали су осуђени на смрт. Не зна се тачно зашто је Тразибул био слабо укључен у ту дебату.