Freiburg musste den neuen Herrschern Kriegsleute stellen und Finanzhilfe leisten. In der Schlacht bei Sempach siegten die Schweizer Eidgenossen 1386 gegen den österreichischen Herzog Leopold III. und löschten dabei einen Großteil des Freiburger Adels aus. Die Zünfte beherrschten danach den Stadtrat. Freiburg war bis 1427 Reichsstadt. Als Herr der österreichischen Vorlande stiftete Erzherzog Albrecht 1457 die Freiburger Universität.