Nach den Terroranschlägen vom 11. September 2001, den Madrider Zuganschlägen im März 2004 sowie den Terroranschlägen im Juli 2005 in London verlagerte sich der innen- und rechtspolitische Fokus auf die Themen Terrorismus und Innere Sicherheit. Verschiedene Eingriffe in die Bürgerrechte wie das Gesetz zur Umsetzung des Urteils des Bundesverfassungsgerichts zur akustischen Wohnraumüberwachung oder das Gesetz zur Ausweitung der Genomanalyse waren sehr umstritten. Die Ausweitung von Bürgerrechten wurde in der zweiten Regierungsperiode dagegen nur noch punktuell betrieben, so durch das Informationsfreiheitsgesetz und eine Novelle des Lebenspartnerschaftsgesetzes.