Rudisha voitti alle 20-vuotiaiden maailmanmestaruuden Pekingissä 2006 ajalla 1.47,40. Seuraavana vuonna hän voitti junioreiden Afrikan-mestaruuden Ouagadougoussa kilpailuennätyksellä 1.46,41. Addis Abeban Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2008 hän voitti kultaa ajalla 1.44,20. Berliinin MM-kilpailuissa 2009 hän karsiutui välierissä, mutta voitti samana vuonna ajalla 1.44,85.