Shirō Ishii fue detenido en 1946 por las fuerzas armadas de Estados Unidos y juzgado en los llamados Juicios de Tokio (Tribunal Penal Militar Internacional para el Lejano Oriente, TIPLE) donde negoció su inculpación e inmunidad a cambio de los datos sobre guerra biológica obtenidos de sus experimentos con seres humanos. Él, como la mayoría de los integrantes del Escuadrón 731 (a excepción 12 oficiales japoneses de bajo rango fueron juzgados por la Unión Soviética en Khabarovsk (Siberia) en 1949) nunca fueron juzgados por crímenes de guerra y muchos de ellos continuaron su actividad investigadora después de la Guerra, siendo incluso protegidos. Shirō Ishii abrió una clínica de atención gratuita y murió en Tokio de un cáncer de garganta en 1959.