Baždarević blev i december 2014 Bosnien och Hercegovinas förbundskapten i fotboll när han efterträdde Safet "Pape" Susic. Detta med uppgiften att leda sitt land till EM-slutspel 2016; något han dock misslyckades med efter att laget blivit utslaget i playoff-mötet med Irland. Efter det misslyckade kvalet till VM 2018 löpte Baždarević kontrakt med förbundet enligt gällande avtal ut.