Põdder kommanderte etter krigen først 3. divisjon og fra 1921 2. divisjon. Han deltok aktivt i slå ned på kuppforsøket i 1924. I 1926 ble han fast medlem i krigsrådet, samt en aktiv organisator for speidere. Ernst Põdder var det eneste æresmedlem i Vapsbevegelsen (Uavhengighetskrigens veteranforening).