Kapal itu kemudian meneruskan kerja-kerja latihan di Laut Baltik sehingga September 1941, apabila ia ditugaskan ke Armada Baltik dan diberi tugas menyokong operasi Jerman semasa pencerobohan Soviet Union. Kerja-kerja latihan disambung pada tahun 1942 dan berakhir sehingga hujung tahun 1944, apabila ia mengambil bahagian dalam operasi menanam periuk api laut di Skagerrak. Rosak akibat kemalangan di pantai, ia menuju ke Königsberg untuk dibaik pulih. Pada Januari 1945, ia terlibat dalam evakuasi Prusia Timur untuk melarikan diri dari kemaraan Tentera Soviet. Sewaktu menjalani pembaikan di Kiel, "Emden" telah berulang kali dirosakkan oleh pesawat pengebom British dan kemudian didamparkan di beting pasir pelabuhan untuk mengelakkannya daripada tenggelam. Pada hari-hari terakhir peperangan, ia telah diletupkan untuk mengelak dari ditawan. Bangkai kapal itu akhirnya dilupuskan pada tahun 1950.