Bien qu'il n'ait jamais été unifié par le passé, le peuple Hadjaraï partage un fort esprit d'indépendance, forgé au cours de la période pré-coloniale lors d'affrontements répétés avec des groupes esclavagistes effectuant des razzias sur son territoire, en particulier des groupes soutenus par le royaume du Ouaddai. Cette tradition d'autonomie a conduit à de fréquents différents avec le gouvernement central après l'indépendance du Tchad en 1960, en grande partie dus à des tentatives de déplacer les populations des montagnes vers les plaines. Les Hadjaraï comptaient parmi les plus fervents soutiens des rebelles sous le Gouvernement d'Union nationale de transition durant la guerre civile.