Wagramin taistelussa Napoleonin Ranska löi itävaltalaiset ja katkaisi maan yhteyden Adrianmereen. Osasta Slovenian jaKroatian alueita luotiin Illyrian maakunta. Maakunta oli Italian pohjoisosien kautta yhteydessä Ranskan keisarikuntaan. Maakuntaan kuului Sloveniasta Kärntenin länsiosa, Krain, Görz, Trieste ja Istria. Nämä alueet olivat osa Ranskaa neljä vuotta, ja niissä asui yli kaksi kolmasosaa sloveeneista. Ranskan valloitus aiheutti raskaan taloudellisen taakan maaseudun väestölle, joka joutui maksemaan sotaveroja ja mannermaasulkemuksen sekä Itävallan rajan sulkemisen vuoksi Fiumen ja Tristen kautta käyty kauppa väheni kymmenesosaan entisestä. Sloveenin kieli sen sijaan kasvatti asemaansa tuona aikanam ja feodaalihallitsijoiden oikeudet poistettiin. Täydellisesti maaorjuutta ranskalaiset eivät pystyneet poistamaan. Ranskalaiset luopuivat Illyrian maakunnista vuonna 1813, kun he kärsivät tappion Leipzigin taistelussa. Itävalta palautti alueelle vanhan poliittisen järjestelmän. Itävallan ulkoministeri Klemens von Metternich lakkautti sloveenien kansallisen liikkeen, mutta kielellinen ja kulttuurillinen kehitys jatkui.