I bavaresi si adattano presto alla nuova realtà: nella prima stagione ottengono subito un terzo posto in campionato, inoltre conquistano la seconda coppa nazionale. Grazie a questo successo partecipano poi alla Coppa delle Coppe 1966-1967, e qui, anche grazie ai gol del capocannoniere Müller, arrivano a disputare la finale di Norimberga. La partita, giocata contro i Rangers, viene risolta ai tempi supplementari da un gol di Franz Roth, e il trofeo così conquistato segue quello dei connazionali del . Nella stessa stagione la squadra conquista la terza coppa nazionale, mentre in quella successiva è protagonista di un'altra buona prova nella Coppa delle Coppe, arrivando fino alle semifinali. Qui affronta il futuro vincitore, il Milan di Nereo Rocco, perdendo all'andata in Italia per 2-0 e pareggiando senza gol nel ritorno.