Trois mois plus tard, il accepte avec réticence le commandement d'une division taillée en pièces quelques jours auparavant à Villers-en-Cauchies et Troisvilles, et cela à une période où les généraux malchanceux étaient souvent envoyés à la guillotine. Il mène ses troupes au combat à Courtrai et Tourcoing et prend part à l'invasion de la République batave. Il sert en Vendée l'année suivante et dirige brièvement l'armée des côtes de Cherbourg. Lors de la campagne de 1796 sur le Rhin, Bonnaud commande une division de cavalerie avec laquelle il se distingue à Amberg, Wurtzbourg et Limburg. Il est mortellement blessé au cours de cette dernière bataille et meurt à Bonn six mois plus tard. Son nom est inscrit sous l'arc de triomphe de l'Étoile à Paris.