В начале революции граф занимал умеренные позиции. Он настойчиво рекомендовал королю заключить мир с шотландцами, восставшими против епископального управления, но тот к нему не прислушался. Из-за этого, а также из-за неприязни королевы к сэру Филиппу последний начал отдаляться от двора. В 1641 году в палате лордов он проголосовал за смертный приговор графу Страффорду, вскоре приведённый в исполнение. Карл I лишил графа поста камергера, и тот окончательно примкнул к парламентской оппозиции. Кларендон пишет, что причиной тому были трусость Герберта и его уверенность, что парламент победит, но в действительности ключевую роль сыграли личные обиды сэра Филиппа. В конце того же года палата общин предложила королю назначить Герберта лордом-стюардом; тот отклонил это предложение. Позже граф занимал должности лорда-лейтенанта Хэмпшира (1641/42), капитана-генерала на Западе (1642), губернатора острова Уайт (с 1642), лорда-лейтенанта Сомерсета (с 1644), комиссара Адмиралтейства (с 1645), констебля Виндзорского замка (с 1648), члена Государственного совета (с 1649). В 1641 году он стал ректором Оксфордского университета; король, сделав Оксфорд своей штаб-квартирой, назначил другого ректора, но в 1647 году Герберт вернулся на этот пост. Много раз парламент направлял сэра Филиппа к королю для переговоров о мире, но эта миссия всякий раз заканчивалась неудачно. По словам Кларендона, во время одной из приватных встреч, связанных с этими переговорами, граф назвал своих товарищей по парламентской партии «шайкой мошенников и негодяев», и вообще на этом этапе сэром Филиппом руководил только страх потерять Уилтон-хаус. Историки констатируют, что роль Герберта в событиях гражданской войны была незначительной.