A livello internazionale, du Toit vinse il Campionato mondiale giovanile di rugby 2012 con la nazionale sudafricana di categoria. A partire dal giugno 2013, il commissario tecnico Heyneke Meyer lo incluse nella rosa del , ma lo fece debuttare solo nella prima sfida del tour del novembre dello stesso anno contro il . Due gravi infortuni gli preclusero la nazionale fino all'agosto 2015, quando giocò contro l' nell'ultima giornata del The Rugby Championship. Nonostante il recente ritorno in campo e le sole quattro "caps", di cui nessuna da titolare, Meyer decise di convocarlo per la . Nel corso del torneo iridato fu presente in quattro partite, tra le quali vi fu il quarto di finale vinto con il Galles; gli "Springboks" conclusero la competizione al terzo posto. Il successivo biennio vide du Toit impiegato con grande costanza dal nuovo allenatore Allister Coetzee; tra 2016 e 2017 egli mancò un solo incontro tra quelli giocati dalla nazionale, vincendo il premio come miglior giocatore sudafricano della stagione 2016. Il cambio di commissario tecnico del 2018 con la nomina di Rassie Erasmus comportò anche quello della sua posizione in campo: iniziò, infatti, a giocare prevalentemente come terza linea ala. Nel primo impegno sotto la nuova guida tecnica fu capitano della squadra ed, al termine della stagione, vinse per la seconda volta il premio di miglior rugbista sudafricano. L'anno seguente disputò tutte le partite del vittorioso The Rugby Championship 2019. Dieci giorni dopo che fu annunciato tra i convocati per la , raggiunse la cinquantesima presenza con gli "Springboks" nell'amichevole contro il . Nel mondiale giocò solo due incontri della fase a gironi, ma poi fu titolare in tutti quelli ad eliminazione diretta che portarono il Sudafrica a vincere il torneo. Le prestazioni fornite durante la competizione iridata gli valsero l'assegnazione del prestigioso premio di Miglior giocatore World Rugby dell'anno.