Twee jaar later, in 397, versloeg Stilicho Alariks troepen in Macedonië, ook al ontsnapte Alarik zelf in de omringende bergen. Datzelfde jaar lukte het hem ook om de opstand van Gildo, de opperbevelhebber van de Romeinse troepen in Africa, te onderdrukken. Hierna volgde een oorlog in Britannia tegen de Picten die succesvol werd beeindigd. In 401 leidde hij het hoofdleger uit Italië naar Rhaetia en naar Noricum waar hij een uitgebreide campagne leidde tegen de Vandalen en de Alanen. Alarik maakte misbruik van de afwezigheid van Stilicho en het hoofdleger en viel Noord-Italië binnen. In 402 keerde Stilicho terug naar Italië en zette de achtervolging van Alarik in. Eerst wist hij Honorius, die door Alarik belegerd werd in Mediolanum (Milaan), te Daarna versloeg hij Alarik bij Pollentia en Verona. In 405 beval hij de vernietiging van de Sibyllijnse boeken, welke hij beschouwde als een belediging voor zijn ariaanse geloof.