Od roku 1521 byla oblast obsazena Turky, kteří zde setrvali až do roku 1687, do závěru Velké turecké války. Před konfliktem měl Vukovar okolo tří tisíc obyvatel, ne všichni ale byli Turci – žili zde také Slované, někteří z nich byli pravoslavného vyznání. Po stažení Osmanů se do poloprázdného kraje se na počátku 18. století opětovně dosídlili Chorvaté z Hercegoviny a také Srbové. Vzhledem k procesu kolonizace Dolních Uher nicméně do města přišli zájemci všech národností z celého Rakousko-Uherska, nemálo z nich byli Němci (Rakušané). Ve městě tak žili (a v okolních obcích tomu tak je dodnes) např. Rusíni nebo Slováci. V roce 1736 koupila šlechtická rodina Eltzů rozsáhlé polnosti v okolí města a až do 20. století se stala jedním z hlavních rodů, které ovlivňovaly podobu Vukovaru.