Gli anni '90 videro la demolizione dell'Embarcadero a seguito del danneggiamento del terremoto e l'autostrada, ripristinando la Hayes valley e il lungomare della città, L'Embarcadero. Nel 1994 come parte del piano di riallineamento e chiusura delle basi militari, l'ex base militare del cantiere navale di San Francisco a Bayview-Hunters Point fu chiusa e restituita alla città mentre il Presidio fu consegnato al National Park Service e da allora convertito in parco nazionale.