In de aanloop naar de Oorlog van 1812 vereenzelvigde Johnson zich met de fractie van Henry Clay die openlijk opriep tot oorlog met Groot-Brittannië. Tijdens de oorlog zelf was Johnson kolonel van de vrijwillige militie van Kentucky en deed hij dienst langs de grenzen die blanke settelaars van Indiaanse stammen van elkaar scheiden. Naar verluidt heeft Johnson tijdens de oorlog Shawnee stamhoofd Tecumseh gedood. Na afloop van de oorlog keerde Johnson terug naar het Congres.