После первой войны оставшиеся в Чечне архивисты, с риском для собственной жизни, приложили большие усилия для спасения уцелевших документов, но их работа сведена была на нет разразившейся в конце 1990-х годов второй чеченской войной. Во время усилившихся боевых действий в городе Грозном М. Н. Музаев распустил коллективы Архивного управления и Национального архива и посоветовал архивистам, спасая себя и свои семьи, покинуть город.