Roadracing-VM 2018 fortsatte Márquez hos Repsol Honda med Dani Pedrosa som stallkamrat. Säsongen började i Qatar med att Dovozioso åter besegrade Márquez i sista kurvan. Márquez föll och tog noll poäng i nästa race i Argentina. Med tre raka segrar tog dock Márquez kommandot i VM och släppte därefter ingen nära. Med segern i Japans Grand Prix säkrade han sin femte världsmästartitel på sex år i MotoGP.