Après l’indépendance de l'Algérie, Boualem Khalfa rentre à Alger dans la deuxième quinzaine d’août 1962, où il reprend la tête d' "Alger républicain", avec Henri Alleg. En 1965, un projet de fusion avec "Le Peuple" doit aboutir à la création du nouvel "El Moudjahid (quotidien)", quotidien du FLN dont il serait le co-directeur mais il fait le choix de rejoindre dans l'opposition le Parti de l'avant-garde socialiste (PAGS), fondé par Bachir Hadj Ali, après le coup d’État du 19 juin 1965. Après cette date, "Alger républicain" est interdit pour son refus de soutenir les nouvelles autorités. En 1974, il renoue avec la vie légale quand le président algérien Houari Boumédiène recherche de larges soutiens à sa politique nouvelle, cessant les poursuites policières contre les dirigeants de l'opposition. Dans les années 1990, Boualem Khalfa combat les tentatives d’accaparement d"'Alger républicain" visant à imprimer au journal une ligne de soutien au « capitalisme moderne » au prétexte de faciliter l’isolement de l’intégrisme islamiste.