Первым Кубком Азии, в котором приняла участие Индонезия, был розыгрыш 1996 года в ОАЭ. В первом раунде было набрано одно очко (ничья с Кувейтом). Второй раз в Кубке Азии 2000, проводимом в Ливане, также было набрано одно очко в трех играх. В следующем розыгрыше 2004 года была одержана первая победа — 2:1 над Катаром, — но и этого не хватило для выхода из группы. В Кубке Азии 2007 Индонезия была одной из четырёх стран-организаторов. В первом матче был обыгран Бахрейн со счетом 2:1, но в оставшихся двух матчах сборная потерпела поражения и не прошла в четвертьфинал, финишировав третьей в группе. Этот результат на данный момент считается лучшим выступлением в Кубках Азии.