An den Australian Open 2013 nahm er aufgrund einer Knieverletzung nicht teil. In Houston konnte er seinen ersten Titel auf Sand gewinnen. Bei den French Open verlor er in der dritten Runde in fünf Sätzen gegen Tommy Haas. In Wimbledon war Isner erneut verletzt und musste in der zweiten Runde gegen Adrian Mannarino aufgeben. Anschließend gewann er erneut das Turnier von Atlanta; im Finale hatte er gegen Kevin Anderson mit 6:7, 7:6, 7:6 die Überhand. Er erreichte weitere Finals: er verlor das Finale in Washington, D.C. gegen Juan Martín del Potro und das Endspiel in Cincinnati gegen Rafael Nadal. Zuvor schlug er in diesem Turnier Milos Raonic, Novak Đoković und Juan Martín del Potro. Bei den US Open schied er nach einer Niederlage gegen Philipp Kohlschreiber in der dritten Runde aus. Das Jahr schloss Isner erneut auf Platz 14 der Rangliste ab.