Tra il 9 e il 15 marzo 2016 AlphaGo disputò un incontro con il giocatore sudcoreano Lee Sedol (9-dan), uno tra i più forti giocatori di go al mondo. L'incontro in cinque partite, giocate rispettivamente il 9, 10, 12, 13 e 15 marzo, si tenne al Four Seasons Hotel di Seoul e venne trasmesso in diretta in streaming. AlphaGo girava sulla piattaforma cloud di Google, i cui server si trovano negli Stati Uniti, e le mosse elaborate dal software vennero riportate sul goban da Aja Huang, membro del team DeepMind e giocatore amatoriale di go (6-dan). L'incontro adottava le regole cinesi, con un komi di 7,5 punti e un tempo di riflessione di due ore e un byoyomi di 60 secondi. La potenza di calcolo impiegata era simile a quella usata nell'incontro con Fan Hui.