L'histoire du département du Jura se fond dès lors dans l'histoire de la France avec par exemple les occupations étrangères en 1815 et 1871. En 1940, le département est de nouveau occupé et partagé par la Ligne de démarcation imposée par les Allemands. La libération n'interviendra qu'en par les armées alliées débarquées en Provence et secondées par des mouvements de Résistance importants.