À la suite de la Révolution de janvier-février 2011, Mouafi remplace Omar Souleiman à la direction du puissant Service de renseignement général égyptien ("Mukhabarat"). À ce titre, il sert d'interlocuteur entre le Conseil suprême des forces armées (CSFA) et les puissances occidentales. Il joue également un rôle important de médiateur lors de l'accord de réconciliation entre le Fatah et le Hamas puis entre cette dernière organisation et Israël lors de la négociation de la libération de Gilad Shalit contre celle d'un millier de prisonniers palestiniens.