Объединительная политика Дост Мухаммеда, в которой он пытался заручиться поддержкой России, встретила противодействие Великобритании. В 1838 году Великобритания развязала войну против Афганистана. В июле 1839 году в Афганистан вторгся Шах-Шудра Дуррани (младший брат Махмуда-шаха) с вспомогательным английским войском. В том же месяце англичане, воспользовавшись предательством, взяли Газни. В августе Дост Мухаммед без боя сдал Шах-Шудже Кабул и бежал в Бухару. Вскоре ему стало известно, что Шах-Шуджа очень непопулярен, что против него вспыхивают частные восстания и что он держится у власти только благодаря военной помощи англичан. Летом 1840 года Дост Мухаммед решил продолжить борьбу и вернулся в Афганистан, где занял Бамиан. В сентябре того же года Дост Мухаммед потерпел поражение от англичан и едва не попал в плен. Он укрылся в Кухистане, где с его прибытием началось мощное восстание. В ноябре в сражении у Парвана Дост Мухаммед нанёс поражение англичанам. Вопреки ожиданиям, Дост Мухаммед не стал развивать успех, распустил свои силы, уехал в Кабул и сдался английскому генералу Макнотену. В ноябре 1840 года Дост Мухаммеда вместе с семьёй перевезли в Индию и поселили в Лодиане. Ост-Индийская компания назначила ему ежегодную пенсию в размере 300 тысяч рупий.