El Partizán fue fundado el 4 de octubre de 1945 en Belgrado como una sección de fútbol de la Casa Central del Ejército yugoslavo "Partizán", y recibió su nombre por los partisanos yugoslavos, la formación comunista militar durante la Segunda Guerra Mundial en Yugoslavia. El club fue formado y administrado inicialmente por un grupo de jóvenes oficiales de alto rango del Ejército Popular Yugoslavo. Entre ellos se encontraban Svetozar Vukmanović, Koča Popović y Ratko Vujović. Dos días después de su creación, el Partizán dio su primer paso en la escena del fútbol, con la celebración de un partido amistoso contra una selección de Zemun que terminó 4-2. Florijan Matekalo entró la historia del club como el autor del primer gol en la historia del Partizán, mientras que Franjo Glazer fue el primer entrenador. Apenas tres semanas después, el Partizán hizo el primero de muchos viajes internacionales a Checoslovaquia, donde vencieron a la selección del Ejército eslovaco por 3-1. En ese momento, pocos meses después de que terminase en Yugoslavia la Segunda Guerra Mundial, no había competiciones de fútbol organizadas que hubiesen sido rehabilitadas, por lo que el Partizán solo jugó partidos amistosos y torneos tanto nacionales como extranjeros.