Väliaikaisen hallituksen oli alkujaan tarkoitus asettua Jekaterinburgiin, mutta rintaman läheisyyden vuoksi se siirtyi 9. lokakuuta Ufasta kaukaisempaan Omskiin. Direktorio ei koskaan muodostunut tehokkaaksi vallankäyttäjäksi eikä sen konservatiivisena pidetty linja nauttinut useimpien sosialistivallankumouksellisten luottamusta, mikä kavensi sen tukea. Oikeisto ja Siperiassa toimineen valkoisen armeijan johto ei luottanut hallitukseen juuri sen enempää. Väliaikainen yleisvenäläinen hallitus syrjäytettiin lopulta sotilasvallankaappauksella 18. marraskuuta 1918. Edellisenä iltana Omskin kasakkajoukot vangitsivat direktorion sosialistivallankumoukselliset jäsenet Avksentjevin ja Zenzinovin. Kun Vologodski aamulla kutsui väliaikaisen hallituksen ministerit kokoon, he päättivät hylätä direktorion ja sotaministeri Aleksandr Koltšak julistettiin ”ylimmäksi hallitsijaksi”. Mantšuriasta saapunut amiraali Koltšak oli tullut hallituksen sotaministeriksi vain kahta viikkoa aiemmin. On epäselvää, oliko hän itse mukana kaappauksen suunnittelussa. Koltšak joka tapauksessa johti tämän jälkeen Venäjän valkoisten yhteistä hallitusta käytännössä sotilasdiktaattorina seuraavan vuoden ajan. Myöhemmässä neuvostoliittolaisessa historiankirjoituksessa myös ympärysvaltojen interventiojoukkojen komentajien on väitetty juonitelleen direktoriota vastaan.