El fin de la independencia del reino se produjo cuando Fernando el Católico, y posteriormente su nieto borgoñón Carlos I de España, llevaron a cabo la conquista militar entre los años 1512 y 1528 con distintas resistencias. Se realizaron varios intentos de recuperar la independencia en los años siguientes y finalmente Carlos I de España se replegó de la Baja Navarra por su difícil control. Por lo que esta porción siguió siendo independiente manteniendo las dinastías Foix y Albret, hasta que se asoció dinásticamente a la Corona francesa al subir su rey, Enrique III, al trono galo. Así, los monarcas franceses se intitularon "«reyes de Francia y de Navarra»". La unión del reino de Navarra a Francia, puramente dinástica, se hizo conservando siempre sus propias instituciones (así, cuando Luis XVI convocó los Estados Generales de Francia, Navarra no envió formalmente diputados a estos, sino al rey en persona, de manera independiente y con su propio cuaderno de agravios). Sin embargo, su estatus diferenciado dentro de la Corona terminó en 1789, al ser abolido como reino. Por otra parte, la Navarra peninsular o Alta Navarra se convirtió en uno más de los reinos y territorios de la Corona de Castilla y finalmente de la Monarquía Hispánica, estatus que conservó, gobernada por un virrey, hasta 1841, fecha en la que pasó a ser considerada "«provincia foral»" española mediante la posteriormente denominada Ley Paccionada, tras la Primera Guerra Carlista.