Iniciou seu governo com um ambicioso plano de obras públicas e com o ideal político de unir aos liberais em um sozinho grande partido. Mas cedo iniciou um confronto com o congresso pela disputa entre presidencialismo e parlamentarismo, que se transformou em uma Guerra Civil em 1891, depois que Balmaceda aprovou o orçamento da nação sem a assinatura do Congresso. Derrotadas suas forças nas Batalhas de Concón e Placilla, suicidou-se em 19 de setembro de 1891 na embaixada argentina.