Den ble erobret av Det osmanske rike 1386/87 og på nytt på 1390-tallet, men kom kun under permanent osmansk kontroll først i 1423 av Turahan Bey. Under osmansk styre ble byen også underlagt nytt navn, "Yeni-şehir i-Fenari", «nyfestningen». Som hovedbyen og militær base av det osmanske Thessalia, ble Larisa raskt en overveiende muslimsk by. Byen ble kjent for sine marknader på 1600- og 1700-tallet, mens setet for islamske "pasha" av Thessalia ble overført dit i 1770. Byen forble på muslimsk kontroll fram til Thessalia ble frigjort under det uavhengige greske kongedømmet i 1881, unntatt for en periode da osmanske styrker okkuperte byen på nytt i den gresk-tyrkiske krig i 1897.