Efter tilbagekomsten fra Arktis i 1899 sendte Bruce et langt brev til Royal Geographical Society (RGS) i London, hvori han søgte om en videnskabelig stilling i den store antarktisekspedition som selskabet planlagde, senere kendt som Discovery-ekspeditionen. Hans nyvundne erfaringer gjorde det "lidet sandsynligt at der fandtes andre personer på De britiske øer, som var bedre kvalificeret". Bruces brev beskrev hans relevante erfaringer i detaljer. Det blev bekræftet modtaget, men ikke behørig besvaret før der var gået godt over et år. Inden den tid var ambitionerne hos Bruce oversteget hans oprindelige forventning om en underordnet stilling i den videnskabelige stab. Nu foreslog han et skib nummer to for ekspeditionen, finansieret med skotske midler, som kunne arbejde i Weddellhav-kvadranten mens hovedskibet var baseret i Rosshavet. Dette forslag blev afvist som "ondsinnet rivalisering" af præsidenten i Royal Geographical Society, Clements Markham. Efter en ophedet korrespondance bestemte Bruce sig for at fortsætte uafhængig af RGS. Således blev ideen om en særskilt national skotsk antarktisekspedition født. Bruce blev støttet af den velstående Coats-familie, som var involveret i Glasgows tekstilindustri som trådproducenter. Den havde finansieret Coats Observatory i Paisley.. Familien var forberedt på at yde helhjertet økonomisk støtte til en skotsk ekspedition under hans ledelse. Som et resultat havde han imidlertid skaffet sig et livslangt fjendskab med Markham.