Lahden MM-kisoissa 2017 Niskanen ja Sami Jauhojärvi ottivat perinteisen tavan parisprintissä voiton omassa karsintaerässään. Finaalissa he saavuttivat pronssia. Ennen loppusuoraa Niskanen oli vielä ankkuriosuudellaan toisena Emil Iversenin jälkeen. Iversen kuitenkin kaatui viimeisessä kaarteessa kiilattuaan Niskasen eteen. Niskanen kompastui norjalaiseen ja jäi kilpailussa kolmanneksi. Kolme päivää myöhemmin hän voitti 15 kilometrin perinteisen hiihtotavan maailmanmestaruuden 17,9 sekunnin erolla Martin Johnsrud Sundbyhyn. Ensimmäisissä väliajoissa Niskanen oli 1,3 sekuntia kärkeä jäljessä mutta johti kilpailua muilla väliaikapaikoilla. Hän oli mukana toisella osuudella Suomen viestijoukkueessa, joka sijoittui viidenneksi. Hän ilmoitti viestin jälkeen, että ei osallistu kisojen kuninkuusmatkalle eli 50 kilometrin yhteislähtöön vedoten vilustumiseen.