W średniowieczu istniały we Wrocławiu następujące dwa po sobie kościoły pod wezwaniem Świętego Ducha, położone był przy dzisiejszej ul. św. Ducha, nieopodal Bramy Piaskowej. Pierwszy, ufundowany wraz ze szpitalem przez Henryka Brodatego w 1214 i zbudowany przez opata Witosława został zniszczony podczas najazdu Mongołów. Po zniszczeniach kościół i szpital wzniesiono na nowo w stylu gotyckim. W 1481 przy szpitalu wzniesiono kaplicę św. Fabiana i Sebastiana. Zespół szpitalno-kościelny przebudowano w latach 1535–1568, ale już w 1591, w związku z rozbudową fortyfikacji miejskich szpital zburzono. Sześć lat później zawalił się sam kościół i zdecydowano się go nie odbudowywać, w związku z istnieniem w pobliżu dużo większego pobernardyńskiego kościoła parafialnego, do którego przeniesiono też ocalałe wyposażenie.