In 1985 wist Joaquim Cruz zijn in 1984 bereikte vorm opnieuw te benaderen. In zes van de acht 800 meterraces waaraan hij dat jaar deelnam, behaalde hij de overwinning, waarbij hij driemaal een tijd realiseerde binnen de 1.43,00. Zijn snelste tijd liep hij, net als het jaar ervoor, in Duitsland waar hij, deze keer in Koblenz, tot 1.42,49 kwam. Dit gevoegd bij een snelle 1000 m in 2.15,11 in Bern, leidde ertoe dat hij door het tijdschrift "Track &amp; Field News" voor het tweede achtereenvolgende jaar bovenaan de lijst met ’s werelds beste middellange afstandatleten werd geplaatst.De twee volgende jaren kampte Cruz met blessures, waardoor hij op de baan weinig kon laten zien. Slechts een gouden medaille op de 1500 m tijdens de Pan-Amerikaanse Spelen kon in die periode aan zijn palmares worden toegevoegd. De WK in Rome, waar hij stond ingeschreven op de 800 m, moest hij noodgedwongen aan zich voorbij laten gaan.