Kirkko suljettiin kommunistien valtaannousun jälkeen. Rakennus kärsi vahinkoja Neuvostoliiton kaudella. Sitä käytettiin muun muassa viljavarastona. Sen rekonstruktiotyöt aloitettiin yleisestä painostuksesta 1980-luvulla. Vuoristo-Karabahin sodan aikana Şuşaa hallitsivat ensin azerit, mutta armenialaiset valtasivat sen toukokuussa 1992. Suurin osa kaupungista poltettiin valtauksen jälkeen. Armenialainen kirkko kuului kuitenkin harvoihin kunnostettuihin rakennuksiin.