En dehors d'un podium dès la deuxième course individuelle de l'hiver ( du sprint de Pokljuka le ), Justine Braisaz ne parvient que deux fois a atteindre le top 10 ( de la mass start de Nové Město na Moravě le , ex-æquo avec Anaïs Chevalier du sprint de Rupholding, le ). Elle commence mal les championnats du monde 2019 à Östersund en terminant du sprint, alors qu'elle remplaçait Anaïs Bescond, malade. Elle renonce alors à disputer à la poursuite afin de conserver des forces pour la suite des championnats. Le , elle remporte sa première médaille individuelle dans un grand événement en se classant troisième de l'individuel , grâce à tir à 19/20 et un temps de ski parmi les meilleurs (le ) qui lui permettent de devancer Laura Dahlmeier (une minute de pénalité comme elle), pour accompagner Hanna Öberg et Lisa Vittozzi (toutes deux sans-faute) sur le podium. Cette course constitue le seul coup d'éclat de Justine Braisaz au cours de la deuxième partie de la saison. Elle termine au classement général de la Coupe du Monde de Biathlon 2018-2019. Aux Championnats de France à Méribel, fin mars, elle se classe de la Mass Start. Ce même week-end, elle court le relais (par comité) avec sa sœur, biathlète de haut-niveau, elle aussi.