W 1996 roku niespodziewanie dostał szansę debiutu w Formule 1 w barwach ekipy Minardi. Wystartował w dwóch wyścigach, jednak żadnego nie ukończył. Sezon 1997 rozpoczął jako kierowca testowy włoskiego teamu, ale od Grand Prix Francji, kiedy Jarno Trulli przeszedł do ekipy Prost, Marques ponownie reprezentował zespół Minardi. Wystartował we wszystkich pozostałych wyścigach sezonu z wyjątkiem jednego (wykluczenie z powodu zbyt niskiej wagi podczas kwalifikacji), a najlepszym jego osiągnięciem było 10 miejsce podczas Grand Prix Wielkiej Brytanii.