Con l'avvento del nazismo la Bayer, come le altre maggiori aziende chimiche tedesche, divenne parte del conglomerato IG Farben. Durante la seconda guerra mondiale, la IG Farben sfruttò il lavoro in condizioni di schiavismo con fabbriche a ridosso dei vasti campi di concentramento tedeschi, di cui è particolarmente noto il campo di Mauthausen-Gusen. Alla IG Farben appartenevano le aziende che producevano lo Zyklon B un prodotto chimico usato nelle camera a gas di Auschwitz e di altri campi di sterminio. Alla fine della seconda guerra mondiale gli alleati smantellarono l'IG Farben e la Bayer riapparve come azienda autonoma. Il manager della Bayer, Fritz ter Meer, condannato a sette anni di reclusione dal tribunale di Norimberga, fu eletto capo del consiglio di sorveglianza nel 1956, dopo aver scontato la sua pena.