Током наредних десет година, на парламентарним изборима госпођа Буто бива замењена Наваз Шарифом да би након три године опет била изабрана. Године 1991. Пакистан учествује у војној коалицији на челу са САД у Заливском рату. Пакистан улази у коалицију са јасним улогом - одбрана Саудијске Арабије и шаље 5.000 војника. Војна напетост у Каргил конфликту са Индијом 1999. године завршава се војним пучем у којем генерал Первез Мушараф заузима парламент. Године 2001. Мушараф постаје председник и премијер након оставке Рафик Тарара. Године 2002. Мушараф препушта место премијера (али задржава функцију председника) и предаје га изабраном Зафарула Кан Џамалију, којег је наследио на парламентарним изборима 2004. године Шаукат Азиз. Након претњи сменом Мушараф је одлучио да поднесе оставку у августу 2008.