1945年8月17日にインドネシアが独立を宣言すると、スディルマンは拘留場から開放され、スカルノ大統領と面会するためジャカルタへと向かった。スディルマンはバニュマスにいる日本兵投降者を監督する役目を与えられ、人民安全保障軍の地方支部創設の後これを遂行した。暫定総司令官ウリプ・スモハルジョにより、彼は10月20日に当時自身が所属していた第5管区の部隊長に命じられた。1945年11月12日、ジョグジャカルタで軍の最高司令官を決定する会議が行われ、スディルマンは選挙によりウリプを破って最高司令官に選出された。スディルマンが生まれる前に既に軍人であったウリプは参謀長に任命された。承認を待つ間、スディルマンはアンバラワに陣取るイギリス軍とオランダ軍に対する攻撃を指示した。続く戦闘とイギリスの撤退によりスディルマンは民衆から大きく支持され、最終的に彼は12月18日に総司令官就任を承認された。続く3年間、スディルマンはオランダ植民地軍との交渉、一度目は自身が起草に参加したリンガジャティ協定、そして（この協定により、オランダ軍の商品作戦が発動され35,000のインドネシア部隊の撤退期間中にインドネシアが元来治めていた土地を取り上げられることとなった）が失敗に終わる状況を目撃した。彼は内部から反発も受けており、この中にはも含まれている。彼は後のこれらの問題を自身の結核に責があるとしている。結核により、彼は1948年11月に右肺のを受けている。