Zu Beginn des Zweiten Koalitionskrieges wurde Moritz von Liechtenstein 1799 zum Oberst befördert und kommandierte von 1799 bis Anfang 1805 das Ulanen-Regiment Nr. 2 „Fürst von Schwarzenberg“. Mit dieser Einheit nahm er erfolgreich an folgenden Kämpfen teil: der Schlacht bei Stockach (25. März 1799), der Ersten Schlacht bei Zürich (4. – 7. Juni 1799), der Erstürmung der Neckarauer Schanze von Mannheim (18. September 1799), dem Gefecht bei Heidelberg (16. Oktober 1799), der Schlacht bei Meßkirch (5. Mai 1800) sowie dem Rückzugsgefecht bei Lambach (19. Dezember 1800). Hier wurde er von dem Husar Loevenbruck des 5e régiment de hussards überwältigt und gefangen genommen.