Территория бывшей Новой Гранады стала республикой Колумбия (1819—1831), в состав которой вошли территории нынешних Колумбии, Панамы, Эквадора, Венесуэлы, части Гайаны и Бразилии, и север реки Мараньон. Конгресс в Кукуте в 1821 году принял конституцию для только что образованной республики. Симон Боливар стал первым президентом Колумбии, а Сантандер — первым вице-президентом. Однако положение новой республики было нестабильно в связи с внутреннеполитическими и территориальными разногласиями и в 1830 году три страны вышли из её состава — Новая Гранада, Эквадор и Венесуэла. В 1860 году началась двухлетняя гражданская война, которая привела к созданию Соединённых штатов Колумбии в 1863 году, которые просуществовали до 1886 году, когда государство Республика Колумбия окончательно сложилось. В стране продолжались внутренние разногласия между партиями, которые часто приводили к кровавым гражданским войнам, самой значимой из которых является тысячедневная война (1899—1902), в ходе которой Панама отделилась от Колумбии.