وی با آغاز جنگ ایران و عراق، در اواسط سال ۱۳۵۹ بعنوان نیروی داوطلب، همراه با ستاد جنگ‌های نامنظم به استان خوزستان رفت. فدوی مدت کوتاهی در سال ۱۳۶۰ معاونت اجرایی شبکه ۲ صداوسیما را برعهده داشت و در خلال عملیات طریق‌القدس، در حال تصویربرداری از عملیات، بشدت مجروح شد. وی از اواخر سال ۱۳۶۰ به لشکر ۸ نجف اشرف پیوست و به‌طور رسمی به عضویت سپاه پاسداران درآمد. با تشکیل قرارگاه دریایی نوح، او مسئولیت اطلاعات این قرارگاه را برعهده گرفت و در پی شکل‌گیری نیروی دریایی سپاه در سال ۱۳۶۴ به سمت مسئول نیروی دریایی سپاه منصوب شد و تا سال ۱۳۷۶ در این سمت فعالیت کرد.