В 1776 году его войска отразили британскую попытку атаковать порт Салливан, что укрепило его положение в армии и Конгрессе. В тот же год Чарльз Ли был захвачен в плен драгунами Тарлтона и находился в плену, пока не произошел обмен в 1778 году. Возможно, Ли передал британцам много секретов. Впоследствии он был отдан американцами под суд, после чего отстранен от службы.