Lino Marzorati jest wychowankiem zespołu A.C. Milan. Profesjonalny kontrakt z tym klubem podpisał w 2004. W tym samym roku razem z drużyną sięgnął po Superpuchar Włoch. W Serie A zadebiutował 22 maja 2005 w zremisowanym 3:3 meczu ligowym z US Palermo. W następnym sezonie Marzorati ani razu nie pojawił się na boisku, a działacze „Rossonerich” zdecydowali się wypożyczyć go do Empoli FC. W nowym klubie włoski zawodnik rozegrał 26 spotkań i 28 lutego 2007 w wygranym 3:1 pojedynku z Messiną strzelił pierwszą bramkę w karierze. Sezon &lt;a href="Serie%20A%20%282007/2008%29"&gt;2007/2008&lt;/a&gt; rozpoczął jako podstawowy zawodnik linii defensywnej Empoli i wystąpił w 32 meczach.