Antara 1975 dan 1979, setelah Vietnam Selatan jatuh ke tangan Vietnam Utara, terjadilah emigrasi jutaan orang Kamboja ke Thailand untuk menghindari Khmer Merah. Sabagai tanggapannya MSF membentuk misi kamp pengungsinya yang pertama di Thailand. Ketika Vietnam menarik diri dari Kamboja pada 1989, MSF memulai misi bantuan jangka panjangnya untuk menolong para korban pembunuhan massal dan membangun kembali sistem pemeliharaan kesehatan negara itu. Meskipun misinya di Thailand untk menolong para korban perang di Asia Tenggara jelas dapat dipandang sebagai misinya yang pertama pada masa perang, MSF menganggap misi pertamanya di daerah perang yang sesungguhnya, termasuk keterpaparan terhadap bahaya tembak-menembak, pada 1976. Selama 9 tahun (1976–1984) MSF membantu pembedahan di rumah sakit-rumah sakit di berbagai kota di Lebanon selama Perang Saudara Lebanon, dan membangun reputasinya untuk netralitasnya dan kesediaannya untuk bekerja dalam bahaya. Selama perang, MSF menolong baik pihak Kristen maupun pihak Muslim, membantu pihak manapun yang paling membutuhkan bantuan medis pada saat itu. Pada 1984, ketika situasi di Lebanon menjadi semakin buruk dan keamanan untuk kelompok-kelompok bantuan dikurangi, MSF menarik para relawannya.