Im 14. Jahrhundert gelang es den Oettinger Grafen, ohne je an der Stiftung beteiligt gewesen zu sein, die Vogtei über Zimmern zu erlangen. Seit 1522 hielt auch in Zimmern die Reformation Einzug und die Nonnen vertauschten ihr Ordensgewand mit langen schwarzen Kleidern. lutherische Lehren wurden aufgenommen. Die Trennung des Klosters vom Vaterabt in Kaisheim vollzog sich: Das Kloster Zimmern wurde lutherisch. Nach einer Wiederbesiedlung des Klosters infolge des Schmalkaldischen Krieges 1547 wurde das Kloster durch die Grafen von Oettingen 1558 endgültig aufgelöst.