Akito Watabe commence sa carrière au niveau mondial en 2005, puis en Coupe du monde en 2006 à Sapporo (), année où il est sélectionné pour les Jeux olympiques de Turin ( en sprint). En 2006, il gagne aussi une médaille d'argent au sprint aux Championnats du monde junior à Kranj. Il prend part aux Championnats du monde à Sapporo en 2007.