Ensimmäisen arvokisamitalinsa Šebrle saavutti vuoden 1999 sisäratojen MM-kisoista Maebashista, missä hän oli seitsenottelussa kolmas. Kymmenottelussa hän saavutti hopeaa Gentin sisäratojen EM-kisoissa vuonna 2000 seitsenottelussa ja Sydneyn kesäolympialaisissa vuonna 2000. Ensimmäisen arvokisavoittonsa hän saavutti vuoden 2001 Lissabonin sisäratojen MM-kilpailujen seitsenottelusta. Saman vuoden toukokuussa Götzisissä Šebrle otteli ensimmäisenä ihmisenä kymmenottelussa yli 9000 pisteen tuloksen, 9026 pistettä. Tulos säilyi maailmanennätyksenä kesäkuuhun 2012 saakka, jolloin Ashton Eaton otteli 9039 pistettä.