בליין נבחר שוב ב-1864, וכשהחל את כהונתו בדצמבר 1865, העניין המרכזי היה השיקום של מדינות הקונפדרציה המובסות. למרות שלא היה חבר בוועדה שהגישה את התיקון הארבעה עשר לחוקת ארצות הברית, תמך בליין בתיקון ובכך ששלושה-רבעים מהמדינות שלא פרשו, ולא שלושה-רבעים מכלל המדינות, יאלצו לאשרר אותו. עמדתו לא התקבלה, ומעורבותו בנושא גרמה לו להתקרב למחנה הרדיקלי. הקונגרס הרפובליקני גם טיפל בממשלות בדרום הכבוש, ופירק את הממשלות שהנשיא אנדרו ג'ונסון הסמיך לטובת ממשל צבאי תחת שליטת הקונגרס. בליין תמך בצעדים הנוקשים הללו, אולם לעיתים תמך בגישה מתונה יותר כנגד המורדים, והתנגד לחוק שימנע מדרומיים ללמוד באקדמיה הצבאית של ארצות הברית. בליין תמך בניסיון ההדחה של אנדרו ג'ונסון, למרות שלאחר מכן טען שהאישומים כנגדו לא היו נכונים בהכרח.