La idea del museu es remunta al 1982, quan la UNESCO va anunciar una campanya internacional per establir el Museu Nacional de la Civilització i el Museu de Núbia a Assuan. La construcció del museu es va iniciar el 2004 i va acabar el 2009. La seva inauguració es va endarrerir diverses vegades, inclòs el període de revolució del 2011 i la posterior crisi estatal de 2013/2014.