С 1803 года Балабио служил в дивизии генерала Доменико Пино, с 1805 года командовал 2-м гусарским полком в составе этой дивизии. Он принимал участие в битве под Ульмом. После этого сражения Балабио вернулся на родину. Его основанный в Кремоне гусарский полк был преобразован в драгунский, и получил название "Драгуны Наполеона". В 1806 году Балабио со своим полком участвовал в походе войск маршала Массены на Неаполь и его захвате, за что был произведён в бригадные генералы. В 1807 году он сражался в Померании против шведов, а в следующем году был направлен в Испанию, где участвовал в Пиренейской войне. В 1809 году Балабио вернулся домой и возглавил департамент Лоди. В 1811 году он был назначен генерал-инспектором кавалерии. После чудовищных потерь, понесённых итальянской кавалерией во время похода в Россию, именно Балабио было поручено заниматься её переформированием. Несмотря на то, что австрийцы, по решению Венского конгресса занявшие север Италии, подтвердили чин Балабио, как генерал-майора (аналог французского бригадного генерала), Балабио не пожелал служить в австрийской армии, и в 1815 году вышел в отставку.