1544 yılında Crépy Antlaşması ile sona eren İtalya Savaşlarının ardından Doria emeklilik günlerini geçirmek için inzivaya çekilmeyi umar. Ancak büyük serveti ve varisi olan Giannettino Doria'nın mağrur siyaseti yüzünden çok sayıda düşman kazanır. 1547 yılında aileye karşı "Fieschi komplosu" düzenlenir. Darbe girişimi başarısız olsa da Giannettino öldürülür. Doria darbe bahanesiyle soylu ailelerden darbecilere yardım edenleri tasfiye ederek iktidarını Parma ve Piacenza'yı da kapsayacak şekilde genişletir. Cenova'da benzer darbelerle karşılaşsa da iktidarı vermeyen Doria, imparatordan gelen şehrin merkezine tahkimatlı bir kale yapma ve İspanyol askerlerini barındırma önerisini de sürekli olarak reddederek kentin bağımsızlığını korumaya çalışır. 1550 yılında 84 yaşında yine Cezayirli korsanlara karşı sefere çıkar. 1552 yılında Ponza Deniz Muharebesi'nde Turgut Reis Andrea Doria komutasındaki İspanyol-İtalyan donanmasını yener. İspanya ile Fransa arasında yine savaş çıkıp Fransızlar 1553 yılında Korsika'yı alınca Cenovalı komutan yine göreve çağrılır. 1553-1555 yılları arasında adada başarıyla savaşır. 1555 yılında Cenova'ya kalıcı olarak döner. Yeğeninin oğlu Giovanni Andrea Doria onun gibi Cezayir'e saldırsa da 1560 yılındaki Cerbe Deniz Muharebesi'nde Piyale Paşa ve Turgut Reis komutasındaki Osmanlı Donanmasına yenilir. Giovanni Andrea, Andrea Doria'nın varisi olacak ve ailenin geleneğini sürdürecektir.