Spory polityczne w Inflantach, kryzys państwa zakonnego i sprzeczne interesy jego wielkich sąsiadów, tj. Rzeczypospolitej, Rosji, Danii i Szwecji oraz Cesarstwa, doprowadziły do wybuchu w 1558 wojny Rzeczypospolitej z Rosją, która po przyłączeniu się w 1563 do działań wojennych Danii i Szwecji przerodziła się w tzw. I wojnę północną. W 1561 r. nastąpiła sekularyzacja państwa kawalerów mieczowych i powstało księstwo kurlandzkie. Mimo to wojna trwała nadal, w czasie działań wojennych, w lutym 1563 r. zmarł abp Rygi Wilhelm von Hohenzollern. Krzysztof Meklemburski w porozumieniu z królem Szwecji Erykiem XIV chciał objąć opuszczone arcybiskupstwo, ale przeszkodziły mu w tym wojska polsko-litewskie, które pod wodzą Ernesta Wejhera (Weihera) zdobyły zamek Dahlen, gdzie Krzysztof dostał się do niewoli, zostawszy wywieziony później do Wilna. Przebywając w niewoli Krzysztof, będąc pijanym, zabił swego nadzorcę Stanisława Wąsowicza, jednego z organizatorów floty kaperskiej Zygmunta Augusta. Funkcję koadiutora arcybiskupstwa ryskiego Krzysztof pełnił do 1569 r.