Vuonna 1885 tapahtuneen Saskatchewanin kapinan aikana Humboldt oli tärkeässä asemassa. Kaupunki sijaitsi ainoastaan 100 kilometriä luoteeseen kapinan keskuksena toimineesta Batochen kylästä. Humboldtin länsipuolella kapinoitsijat katkoivat lennätinlinjoja, joten kaupunki oli Kanadan hallituksen joukkojen viimeinen luotettava kommunikointipaikka lännessä. Samana vuonna kenraali Frederick Middleton johti itäisestä Kanadasta 950 miehen vahvuisen joukko-osaston Humboldtiin ja perusti sinne tukikohdan. 1. toukokuuta samana vuonna everstiluutnantti G.T. Denison vahvisti kaupungin puolustusta 460 miehen vahvuisella sotilasosastolla, rakennutti useita puolustuslinjoja ja linnoitti kaupungin. Sotilasosasto poistui kaupungista kapinan päätyttyä, heinäkuussa 1885.