Auf Europameisterschaftsebene sicherte sich Jan Štěrba zunächst 2005 in Posen und 2006 in Račice u Štětí jeweils Silber im Vierer-Kajak über 200 Meter. 2009 gewann er in Brandenburg an der Havel im Vierer-Kajak über 1000 Meter ebenso Bronze wie 2010 in Corvera. Bei den Europameisterschaften 2013 in Montemor-o-Velho gewann er über 1000 Meter im Zweier-Kajak mit Daniel Havel Bronze. Im Vierer-Kajak wurde er dagegen erstmals Europameister und verteidigte diesen Titel sowohl 2014 in Brandenburg als auch 2015 in Račice u Štětí. 2015 belegte er außerdem im Zweier-Kajak über 1000 Meter mit Daniel Havel nochmals den dritten Rang.