У складі збірної був учасником чемпіонату Європи 2000 року у Бельгії та Нідерландах, але в жодному матчі на турнірі він так і не зіграв. Останнім матчем за збірну була товариська гра 20 квітня 2005 року проти збірної Естонії. У підсумку Андерсен провів 38 матчів за збірну.