בריתו של גרילי עם ויליאם סיוארד עזרה לו להיבחר לבית הנבחרים לשלושה חודשים, במהלכם הכעיס את חברי הקונגרס בכך שניהל חקירות כנגד הקונגרס בעיתונו. ב-1854, הוא עזר לממן את המפלגה הרפובליקנית החדשה. העיתונים הרפובליקנים ברחבי המדינה פרסמו את מאמריו. בעת מלחמת האזרחים, הוא תמך בלינקולן, ותבע ממנו להתחייב לסיים את העבדות עוד בראשית המלחמה. לאחר רצח לינקולן, הוא תמך ברפובליקנים הרדיקליים בקונגרס והתנגד לנשיא אנדרו ג'ונסון. הוא הסתכסך עם הנשיא הרפובליקני יוליסס סימפסון גרנט בגלל השחיתות בממשלו ותחושתו של גרילי שאין יותר צורך בשיקום הדרום.