Con il suo ufficio ben organizzato, Clarke fu felice di lasciare l'organizzazione giornaliera al suo staff e si imbarcò quindi per un viaggio in Turchia, dove si dedicò a creare una rete di disinformazione come pure a svolgere il suo ruolo per l'MI9. Là incontrò due importanti figure del servizio segreto britannico in Turchia, il generale di brigata Allan Arnold, addetto militare britannico, e il comandante Vladimir Wolfson, addetto militare della Royal Navy; lavorò con loro e, come disse lui stesso, iniziò "una lunga e proficua collaborazione in materia d'inganno e di MI9 in Turchia, che doveva durare per tutto il resto della guerra". Clarke lasciò Istanbul in 16 maggio, tornando di nascosto in Egitto attraverso Siria e Libano per fare una ricognizione del territorio che le forze britanniche dovevano invadere di lì a breve; giunse al Cairo il 21 maggio.