Езерата са важен ресурс за народите на Африка като източници на вода и храна. В същото време те обаче са и източници на някои тропически болести като маларията, както и на някои паразитни заболявания. В езерото Виктория е направен опит за въвеждане на нетипични за тези райони видове растения и риби като нилския костур, които са предизвикали унищожаването на над 200 вида от местните цихлиди. Това служи като предупреждение за предотвратяване на такова въвеждане и в другите езера в бъдеще. Основна заплаха за живота във и около езерата са утайките, предизвикани от обезлесяването, замърсяването на водите в близост до градските райони, както и прекомерния риболов. Голямата заселеност около някои от тях, развитието на селското стопанство и промишлеността водят до натрупване на отрови и органично замърсяване, които изчерпват кислорода в езерата. Така някои от тях са напът да се превърнат в мъртви езера, все по-трудно поддържащи биологичното си разнообразие. Очевидна е необходимостта те да бъдат разумно и ефективно управлявани. Стимулиращи за развитието през последните години са споразуменията за сътрудничество между страните, граничещи с по-големите езера, за управление на водните ресурси и опазване биологичното разнообразие на езера. Правителствата на околните страни разработват програми за опазване на екосистемата на езерата съвместно с "UNESCO", "UNEP", "IUCN", "WWF", "FAO", "IWRB", "ICBP" и получават сериозна помощ от тези организации. През 1992 г. 15 африкански държави са подписали Рамсарската конвенция за опазване на влажните зони с международно значение и местообитанията на водолюбивите птици. През 2006 г. броят им нараства на 43, като в това число са включени почти всички държави от рифтовата система.