Ней е направен дивизионен генерал през март 1799 г., като той отново се опитва да откаже този чин. Прехвърлен е в армията на Андре Масена на Дунава и Швейцария (4 май 1799), за да ръководи леката кавалерия и да се бие при Винтертур на 27 май. Този път той е ранен на три места: в бедрото от мускет, в ходилото от байонет и в ръката от пистолет. Поради тези наранявания е принуден да се откаже от началството и да се прехвърли на Рейн, където се бие под командването на Жан Виктор Мари Моро и се отличава в битката при Хоенлинден (3 декември 1800). На 1 януари 1802 г. той приема благоразположението на Наполеон като поема службата на инспектор на цялата френска кавалерия. Подтикнат от Наполеон и съпругата му Жозефин, той се жени за Агле Оги (Aglae Augie) (приятелката на дъщерята на Жозефин, Хортензия) в Гринян (Grignan) на 5 август.