Über familiäre Beziehungen verschaffte sich Bernard die Ernennung zum Kolonialgouverneur der "Province of New Jersey". Dieses Amt bekleidete er als Nachfolger von John Reading zwischen dem 27. Januar 1758 und dem 4. Juli 1760. Diese Zeit war von den Ereignissen des Siebenjährigen Krieges überschattet. Es gelang ihm durch geschickte Abkommen mit den Indianern, deren Überfälle zu minimieren und damit Kräfte für den Krieg gegen die Franzosen freizumachen. Wiederum durch seine Beziehungen in London wurde er zum Kolonialgouverneur der Kronkolonie "Province of Massachusetts Bay" ernannt. Dieses Amt hatte er zwischen dem 2. August 1760 und dem 1. August 1769 inne. Im Gegensatz zu seiner Zeit in New Jersey hatte Bernard in Massachusetts sowohl mit dem kolonialen Parlament als auch mit den Kolonisten erhebliche Probleme. Er musste in den 1760er-Jahren die von den Kolonisten verhassten Gesetze wie z. B. den Sugar Act oder den Stamp Act durchsetzen und wurde dadurch immer unbeliebter. Auch die Townshend Acts gehörten in die Reihe unbeliebter britischer Gesetze, die der Gouverneur entschieden durchzusetzen versuchte.