Als im April 1809 napoleonische Truppen Regensburg angriffen, wurde der südliche Bereich der Stadt mit den dort liegenden Wohnvierteln von der französischen Artillerie schwer beschossen. Auch das Peterstor und die dortigen Stadtmauern, auf denen sich flüchtende österreichische Truppen verschanzt hatten, wurden schwer beschädigt. Das Peterstor blieb als Ruine bis 1875 bestehen. Nachdem Appelle zum Wiederaufbau der Toranlage keinen Erfolg hatten und das Jakobstor schon 60 Jahre vorher abgerissen worden war, wurden auch die Ruinen des Peterstors in langwierigen Abrissarbeiten beseitigt.