Självständighet utropades 1991. Ett försök att förbjuda kommunistpartiet ledde 1991 till att partichefen Rachmon Nabijev blev president, sedan det kommunistdominerade parlamentet bjudit motstånd. Nabijev avsattes dock 1992 och i hans ställe blev den ryssvänlige Emomalii Rahmon president. I maj 1992 utbröt ett inbördeskrig när ett antal islamistiska gerillagruper i allians med en grupp liberaler gjorde uppror mot regeringen. Inbördeskriget varade mellan 1992 och 1997, då de stridande parterna skrev på en fredsöverenskommelse. Inbördeskriget förstörde stora delar av landets infrastruktur och tros ha dödat uppemot 50 000 människor.