В качестве командира своего полка Кароль Гордон принимал участие в Русско-польской войне 1792 года и проявил себя, особенно в боях на Украине и Волыни. В июне 1792 года участвовал в битве под Зеленцами. После поражения Речи Посполитой в войне Гордон находился в Познани, где он работал в комиссии, имеющей задачу сократить численность польских войск до половины их состава. После начала восстания Костюшко в 1794 году Кароль Гордон сразу же примкнул к повстанцам вместе со своим полком (970 солдат) и вошел в состав дивизии . Кароль Гордон принимал участие в битве под Щекоцинами, в осаде Варшавы в боях на Воле, во время которых получил тяжелое ранение и вынужден был уйти с действующей военной службы, вернувшись в родной Краков.