Un acord pentru recunoașterea dreptului României asupra Basarabiei, mediat de francezi între delegația condusă de Ion I. C. Brătianu la Conferința de Pace și guvernul amiralului Kolceak, a prevăzut ca Legiunea să intre sub ordinele Misiunii Militare Franceze din Siberia și să intre în lupta pentru apărarea căii ferate transsiberiene. Astfel, de la sfârșitul lunii mai 1919 până la începutul lunii februarie 1920, soldații români s-au implicat, cu succes, în luptele duse cu partizanii ruși în regiunea Irkutsk pentru ca legăturile cu frontul din Ural și aprovizionarea să nu fie afectate de aceștia. Fiind în timp obligați să se ralieze politicii trupelor cehoslovace de neintervenție, efectivele Legiunii au pornit în a doua jumătate a lunii ianuarie 1920 să se retragă, lent, spre est, într-un context dificil, determinat de dezvoltarea cu succes pe teren a ofensivei Armatei Roșii și de prăbușirea defensivei susținute de trupele Armatei Albe. Ajunsă din urmă și atacată de avangarda Armatei a V-a (bolșevică), Legiunea a susținut și a câștigat lupta defensivă de la Șeragul și Kuitun, în urma căreia s-a dezangajat de trupele urmăritoare. După câteva zile a intervenit un armistițiu între trupele cehoslovace și Armata a V-a bolșevică. Astfel românii s-au putut replia, în continuare, spre baza din Vladivostok, întârziați doar de necesitățile aprovizionării sau de problemele legate de folosirea cu prioritate a materialului rulant de către trupele uneia sau alteia dintre națiunile implicate în conflictul siberian.