En eski fosilleri 1700 yıllarda Hollanda'nın Maastricht kenti yakınlarındaki bir tebeşir ocağında bulunmuştur. Bu fosillerin başlarda bir timsaha veya balinaya ait olduğu düşünülüyordu. 1780 yılında keşfedilen bir kafatası, Fransız Devrim Savaşları'nın yaşandığı sırada bilimsel değeri nedeniyle Paris'e götürülmüş ve "Maastricht'in dev hayvanı" olarak ünlenmiştir. 1808 yılında doğa bilimci Georges Cuvier, bu hayvanın monitör kertenkeleleri ile benzerlik taşıyan ancak bugün var olan hiçbir hayvana benzemeyen, dev bir sucul kertenkele olduğu sonucuna varmıştır. Vardığı bu sonuç o zamanlar devrim niteliğindeydi ve gelişmekte olan, canlıların soyunun tükenebileceği görüşünü destekliyordu. Ancak Cuiver bu yeni hayvana bilimsel bir ad vermemiştir. Latince "Mosa" (Saint Peter Dağı'ndan geçen Meuse Nehri'nin Latince çevirisi) ve "Saurus" ("kertenkele" anlamına gelen Antik Yunanca σαῦρος kelimesi) kelimelerinin birleşmesinden oluşmuş "Mosasaurus" ismi, 1822 yılında William Daniel Conybeare tarafından, fosilin bulunduğu tortulların yakınından geçen Meuse Nehri'ne atfen verilmiştir. "Mosasaurus" ve modern kertenkeleler arasındaki ilişki tartışmalıdır ve bilim adamları, yaşayan en yakın akrabalarının kertenkeleler mi yoksa yılanlar mı olduğunu tartışmaya devam ediyor.