В ноябре 1864 был ранен генерал Хэнкок и Хемфрис стал командиром II корпуса, которым руководил на последних стадиях боев за Петерсберг и во время преследования генерала Ли к Аппоматтоксу. 13 марта он получил временное звание бригадного генерала регулярной армии за Геттисберг и, в тот же день, временное звание генерал-майора за Сайлерс-Крик.