Erste internationale Erfahrungen sammelte Emily Nanziri bei den Afrikameisterschaften 2008, bei denen sie mit 57,16 s in der ersten Runde ausschied. Im Jahr darauf nahm sie an der Sommer-Universiade in Belgrad teil, schied dort über 200 Meter mit 25,00 s in der ersten Runde aus und gelangte über 400 Meter bis ins Halbfinale, in dem sie mit 55,41 s ausschied. Auch bei den Afrikameisterschaften in Nairobi 2010 schied sie mit 54,37 s im Halbfinale aus und wurde mit der ugandischen 4-mal-400-Meter-Staffel in 3:41,24 min Sechste. Anschließend nahm sie erstmals an den Commonwealth Games in Neu-Delhi teil, schied dort mit 54,94 s im Halbfinale aus und wurde mit der Staffel im Finale disqualifiziert. Vier Jahre später schied sie bei den Commonwealth Games in Glasgow mit 59,02 s in der ersten Runde aus. 2018 erreichte sie bei den Commonwealth Games im australischen Gold Coast das Halbfinale, in dem sie mit 54,10 s ausschied. Zudem wurde sie mit der 4-mal-400-Meter-Staffel in 3:35,03 min Achte.