Dès le début, Shoup s'oppose fortement à l'intervention militaire en Indochine. En 1961, lorsque le Pathet Lao menace le gouvernement du Laos soutenu par les Américains, il rejette les appels à une intervention armée. Il déploie la à Saïgon en 1962 seulement parce qu'il en reçoit l'ordre et met en garde contre une participation accrue des Américains au Sud Viêt Nam, qu'il visite en . Il s'oppose au programme hameau stratégique, aussi bien qu'aux efforts pour former l'armée de la République du Viêt Nam. Il s'oppose à tout projet de combat au Viêt Nam, et déclare plus tard que est également contre la guerre. La forte opposition de Shoup a l'implication grandissante des Américains au Viêt Nam a un grand impact sur Kennedy, qui, avant son assassinat le , indique qu'il veut mettre fin à l'implication des États-Unis au Sud Viêt Nam.