К 1649 году Джонс смог вернуться в свой старый дом в Уайтхолле и в последние годы жизни участвовал как консультант ещё в двух архитектурных проектах — строительстве Коулсхилл-хауза в Беркшире и восстановлении после пожара поместья Уилтон-хаус. Неизвестно, были ли ему выплачены более 2000 фунтов, которые, по его собственным словам в 1646 году, государство ему задолжало, но в деньгах в это время архитектор не нуждался: согласно завещанию 1850 года, архитектор в отсутствие прямых наследников завещал около 4000 фунтов своей дальней родственнице Энн Уэбб, её мужу и своему ученику Джону Уэббу и их детям. Считается, что он умер в Сомерсет-хаусе в Лондоне, но точная дата его смерти неизвестна. Джонс был похоронен рядом со своими родителями при церкви Св. Бенета в лондонском Сити 26 июня 1652 года; его надгробный памятник, на котором были изображены некоторые из его архитектурных проектов, был уничтожен в Великом лондонском пожаре 1666 года.