Cependant, pendant le Printemps des peuples en 1848, Cracovie se couvre à nouveau d'un réseau de barricades. En réponse, les troupes autrichiennes stationnées sur la butte du Wawel tirent sur la ville et ses habitants. Le , meurent sous des boulets de canon. La ville terrorisée par cette barbarie dépose les armes. À la suite de ce soulèvement, la Ville libre de Cracovie, ultime vestige du duché de Varsovie, perd son autonomie et repasse définitivement sous le contrôle direct de l'Empire d'Autriche. La langue de l’administration et de l’enseignement est désormais l’allemand.