Die 2000er Jahre standen im Zeichen der Schließung mehrerer Bibliotheken. 2002 schlossen die Kinderbibliothek Biesdorf und die Stadtteilbibliothek „Konstantin Simonow“, deren Bestand an die Stadtbibliothek Bad Schandau gespendet wurde, die vom Hochwasser schwer beschädigt worden war. 2003 schlossen die Stadtteilbibliothek „Horst Bastian“, die Stadtteilbibliothek „Heinz Lüdecke“ und die Stadtteilbibliothek Stendaler Straße. 2004 schloss die Stadtteilbibliothek "Heinrich von Kleist" wegen Rückbaumaßnahmen am Gebäude der Havemannstraße 17b. Zum 3. Juni 2005 eröffnete das Lesecafé in der 3. Etage der Bezirkszentralbibliothek "Mark Twain". Die Stadtteilbibliothek Mahlsdorf am Standort Kuhnaustr. 6 schloss 2005 und eröffnete zum 16. Januar 2006 im B1 Center, Alt-Mahlsdorf 24–26. 2011 wurde die Bezirkszentralbibliothek "Mark Twain" wegen Brandschutzsanierung, Einbau eines Personenaufzugs und Erneuerung der WCs für sieben Monate geschlossen. 2014 erfolgte die Unterzeichnung des Kooperationsvertrages zwischen der Wohnungsgenossenschaft Marzahner Tor eG und dem Förderverein Stadtbibliothek Marzahn-Hellersdorf e. V., der auf einer engen Zusammenarbeit mit der Bezirkszentralbibliothek „Mark Twain“ basiert.