W roku 1798 wyruszył jako dowódca 4 dywizji Armii Wschodu Bonapartego do Egiptu, gdzie w roku 1799 jako pierwszy wdarł się do Aleksandrii, otrzymując przedtem siedem ran. W Egipcie był najpierw gubernatorem Rosetty, a potem właśnie Aleksandrii. To za jego administracji odkryto tzw. Kamień z Rosetty, który później pozwolił na odczytanie hieroglifów. Po śmierci Klébera 14 czerwca 1800 r. Menou został dowódcą opuszczonej przez Napoleona Armii Wschodu. Pod wpływem swej arabskiej żony przeszedł na islam i kazał się nazywać Abdullahem. 8 marca 1801 roku Brytyjczycy wysadzili 18-tysięczny desant i wkrótce zajęli Aleksandrię. Menou pospieszył przeciwko nim i 21 marca z 11 tys. ludzi zaatakował ich ufortyfikowane pozycje w ruinach rzymskiego miasta Kanopa. Francuzi zostali rozbici ze stratą 2,5 tys. poległych (w tym 3 generałów) i 1,4 tys. rannych. W wyniku ran odniesionych w trakcie bitwy w tydzień po niej zmarł też naczelny dowódca sił brytyjskich, generał Ralph Abercromby. Po tej bitwie 15 tys. Francuzów musiało walczyć przeciwko 90 tys. Brytyjczyków i Turków, którzy stopniowo spychali ich do Aleksandrii i Kairu. Menou kapitulował 31 sierpnia w Aleksandrii, uzyskując przewiezienie swoich żołnierzy na brytyjskich okrętach do Francji, gdzie dotarł 14 października. Innym z warunków układu było oddanie zebranych w Egipcie zabytków, w tym Kamienia z Rosetty, Brytyjczykom.