Během požáru z 15. na 16. dubna 2019 nebyly varhany dotčeny ohněm. Zpočátku však nebylo jasné, zda a jakou škodu mohla způsobit voda a další faktory. Podle jednoho ze tří katedrálních varhaníků Philippa Lefevra je zasypala suť, prach a natekla do nich voda. Malé varhany, nacházející se pod sanktusníkem, tedy v centru požáru, oheň podle něj silně poškodil.