Air Afrique fikk en jevn nedgang på begynnelsen av 1980-tallet, men mange år senere ble selskapet fortsatt ansett som den mest anerkjente transportør i Vest-Afrika og til og et av de fem beste flyselskaper Afrika. Vanstyre, korrupsjon og nedgangen i luftfarten etter Terrorangrepet 11. september 2001 førte til at flyselskapet kom i en krise som endte med dets avvikling på begynnelsen av 2002. Selv om det var planer om å gjenopplive flyselskapet med etablering av et nytt selskap, ble det aldri materialisert. Det ble etterfulgt av et kortvarig Afrinat International Airlines