1月31日に1年50万ドルでオークランド・アスレチックスと契約。2005年終了時の通算出塁率.427は歴代13位（3000打席以上）で、出塁率を重視するアスレチックスにとって理想的な打者だった。トーマスは「もっと条件のいいチームはあったが、金ではなく、チャンスを与えてくれたアスレチックスに決めた」と語っている。9月に球団新記録の6試合連続本塁打を含む10本塁打・31打点を記録。打率.270、共にチームトップの39本塁打・114打点を記録し、チームの3年ぶりの地区優勝に貢献。ミネソタ・ツインズとのディビジョンシリーズでは、第1戦でポストシーズン史上最年長で1試合2本塁打を記録するなど打率.500をマークし、チームも3連勝でツインズを下した。デトロイト・タイガースとのリーグチャンピオンシップシリーズでは13打数無安打に終わり、チームも4連敗で敗退し、自身初のワールドシリーズ出場はならなかった。オフにフリーエージェントとなり、11月18日にブルージェイズと2年総額1,800万ドル（3年目はオプション）で契約した。