Mais dans les années 1560, la coalition entre le Pape, les Vénitiens et les Espagnols (la future « Sainte-Ligue » qui triompherait à Lépante) se mettait en place, et les seigneurs latins des Cyclades étaient sollicités et semblaient prêts à s'engager (financièrement et militairement) contre leur suzerain ottoman. Enfin, les pirates barbaresques continuaient aussi de temps à temps à piller les îles. Les insulaires envoyèrent alors une délégation à Constantinople pour plaider qu'ils ne pouvaient continuer à servir deux maîtres. Le Duché de Naxos, auquel fut ajouté Andros, passa ainsi à Joseph Nasi, proche du Sultan en 1566. Il ne vint jamais dans « ses » îles, en laissant l'administration à un noble local : Coronello. Comme il en avait la jouissance directe et personnelle, l'administration ottomane n'y fut jamais installée. Les propriétés foncières ne furent pas touchées, contrairement aux autres terres chrétiennes conquises par les Ottomans. Elles furent même laissées à leurs anciens propriétaires féodaux qui conservèrent leurs usages et leurs privilèges traditionnels.