ב-16 בפברואר 1943 מונה קרוגר למפקד הארמייה השישית, על פי בקשתו של דגלאס מקארתור. מכיוון שעמדו לרשות הארמייה באותה העת רק 3 דיוויזיות (דיוויזיית הנחתים ה-1, הדיוויזיה ה-32 והדיוויזייה ה-41), הועמד לרשות קרוגר מטה מצומצם להקמת הארמייה. בתחילה לא היו ברורות סמכויות הארמייה, עקב פעולתו של כוח אלאמו, ורק בספטמבר 1943 פורק כוח אלאמו, והארמייה הפכה לאחראית הישירה על הפעולות בדרום-מערב האוקיינוס השקט. בתחילה השתתפה הארמייה במערכה בבריטניה החדשה, ולאחר מכן השתתפה במערכה בגינאה החדשה. בקיץ 1944 פיקד קרוגר על הקרב על סאיפאן, ובמהלכו הדיח את הוראס ה. פולר מפקד הדיוויזיה ה-41, עקב זהירותו הרבה והתקדמותו האיטית.