Od 1941 Xenakis był aktywnym członkiem greckiego ruchu oporu (ELAS) walczącego z hitlerowskim okupantem. Następnie, w czasie greckiej wojny domowej, brał m.in. udział w walkach przeciwko brytyjskim czołgom, podczas których został poważnie ranny w twarz i stracił wzrok w lewym oku. W 1946 został wcielony do narodowych sił zbrojnych, ale zdezerterował dowiedziawszy się o obozach koncentracyjnych, do których wysyłano byłych bojowników ELAS. Uciekł z kraju i w listopadzie 1947 dotarł do Francji, zamierzając emigrować do USA. Jednak wobec braku dokumentów i pieniędzy został zmuszony do pozostania w Paryżu. W tym czasie, w procesie politycznym w Grecji, został oskarżony o terroryzm i zaocznie skazany na śmierć i pozbawiony greckiego obywatelstwa.