Von 1945 bis 1948 war er Vorsitzender der tschechoslowakischen Grundstückfonds und bis 1951 Mitglied des Zentralkomitees der Kommunistischen Partei. Seit 1946 war er Abgeordneter im Prager Parlament. 1948 führte er während der kommunistischen Machtübernahme die Volksmiliz als stellvertretender Kommandeur. Zwischen 1949 und 1951 war Smrkovský unter Gottwald stellvertretender Landwirtschaftsminister und Generaldirektor der Staatsgüter.