Am 1. Februar 1805 wurde er zum Colonel befördert und übernahm als Kommandant das 103erégiment d’infanterie de ligne. Mit diesem Regiment nahm er an den Feldzügen nach Deutschland teil, kämpfte in der Division Gazan bis 1807 in Preußen und in Polen. In der Schlacht bei Austerlitz erweckte er die Aufmerksamkeit von Napoléon, der ihn daraufhin am 25. Dezember 1805 den Orden eines «Commandant de la Légion d'honneur» (Kommandeurskreuz der Ehrenlegion) verlieh. Am 21. Februar 1807 wurde er anlässlich der Schlacht bei Eylau zum Général de brigade befördert. Im Jahre 1808 zur «Armée d'Espagne» (Spanische Armee) abkommandiert, kehrte er 1809 zurück und nahm an den Feldzügen in Deutschland und gegen Österreich teil. 1810 wurde Taupin erneut zur Armee nach Spanien versetzt. Am 22. Juli 1812 kommandierte er in der Schlacht bei Salamanca die «6e division d’infanterie». Mit dem 28. Januar 1813 wurde er zum «Général de division» befördert und übernahm am 24. März 1813 das Kommando über die «4e division d’infanterie». Diese war Teil der «Armée du Portugal» (Portugiesische Armee) unter dem Kommando von Général Reille und kämpfte am 21. Juni 1813 in der Schlacht bei Vitoria. Nach der Ernennung von Maréchal Soult zum Befehlshaber der «Armée des Pyrénées» (Pyrenäenearmee) blieb die «4e division d’infanterie» unter dem Kommando von Général Reille und zeichnete sich in der Schlacht bei Sorauren (Pyrenäen) am 28. Juli 1813 und bei der Verteidigung der Redoute "Baïonnette" vor Ascain an der Nivelle aus.