В ноябре 1861 года Харрисон уволился из рядов миссисипского ополчения и стал шпионом Конфедерации, находясь в подчинении у военного секретаря Джеймса Седдона. В апреле 1863 года, во время осады Саффолка, Харрисон встретил генерала Джеймса Лонгстрита. С этого момента он начинает доставлять сведения непосредственно Лонгстриту. Для поддержания его лояльности Лонгстрит платил ему золотом или банкнотами.