MÖ 47 yılının ilk aylarını Mısır'da geçiren Sezar, daha sonra Orta Doğu'ya yöneldi ve Pontus kralı II. Farnekes'i yok edeceği Zela Savaşı'nı kazandı. Ardından Pompey'in Afrika'da kalan senatoryal destekçileri ile hesaplaşmak üzere Afrika'ya geçti. Kısa süre sonra MÖ 46 yılında yapılan Thapsus Savaşında Metellus Scipio (bu savaşta öldü) ve Genç Cato'ya (intihar etti) karşı görkemli bir zafer kazandı. Bununla beraber, Pompey'in oğulları Gnaeus Pompeius ve Sextus Pompeius, Sezar'ın eski Legatesi ve Galya savaşlarının iki numaralı komutanı Titus Labienus ile birlikte Hispania'ya kaçtı. Sezar takibe devam etti ve geri kalan son muhalifleri de MÖ 45 yılı Mart ayında yapılan Munda Savaşı ile yok etti. Bu süre zarfında, Sezar MÖ 46 yılında Marcus Aemilius Lepidus'la üçüncü ve MÖ 45 yılında meslektaşı olmadan dördüncü defa Konsül seçildi.