בתחילת המאה ה-19 מנה רבי דוד דבית הלל 10 משפחות בעיר "ולהם בית כנסת קטן". שנה לאחר מכן כותב מנחם מנדל מקאמיניץ שבשכם יש "ב' מניינים ספרדים ומניין אחד המה אשכנזים". ברעידת האדמה של שנת 1837 שהחריבה את צפת נפגעה גם שכם. לפי תיאורו של ישראל משקלוב בשכם נפלו בתים וכל החנויות, ונהרגו כמו שישים נפשות". במפקד של יהודי ארץ ישראל שערך משה מונטיפיורי בשנת 1839 נמנו בשכם 25 משפחות יהודיות (76 יהודים, כולם ספרדים) במפקד של שנת 1866 נותרו בעיר רק 12 משפחות שהתפרנסו בדוחק. בסוף המאה ה-19 עם היווסד היישוב החדש בארץ ישראל נדלדלה הקהילה היהודית בשכם. לדברי יצחק בן-צבי "רוע מזלה של שכם גרם לה, ששום מושבה יהודית חדשה לא הוקמה בקרבתה, וצאצאיהם של יהודי שכם לא ראו לעצמם עתיד בעיר". ב-1895 היו בעיר כ-120 נפשות, ב-1896 כ-50 נפשות וב-1908 בעת ביקורו של בן צבי במקום כבר לא גר בה אפילו יהודי אחד, ונותרו בה רק מעט מהמצבות בבית הקברות, אלו שלא נהרסו ונשדדו.