Emanuel war der jüngste Sohn des Fürsten August von Anhalt-Plötzkau (1575–1653) aus dessen Ehe mit Sibylle (1590–1659), Tochter des Grafen Johann Georg zu Solms-Laubach. Er schloss seine Ausbildung mit einer Grand Tour ab und trat 1657 in die Dienste des schwedischen Königs Karl X. Gustav und kämpfte für diesen im Krieg gegen Dänemark. Hier wurde er bei der Erstürmung von Kopenhagen verwundet und geriet in Gefangenschaft. Nach seiner Freilassung stritt er im Dienst der Republik Venedig bei der Belagerung von Candia gegen die Türken.