Jackson marssitti armeijaansa 40 mailia kohdatakseen unionin armeijan, jota komensi kenraalimajuri Nathaniel P. Banks. 23. maaliskuuta 1862 Jacksonin ratsuväenkomentaja Turner Ashby toi väärennettyjä tietoja, että peräytyvällä unionin divisioonankomentajalla James Shieldsillä oli neljä rykmenttiä takajoukkoina Winchesterissä Virginiassa. Koska joukot olivat yhtä vahvoja kuin Jacksonilla, hän käski Garnettin ja Stonewall-prikaatin hyökätä. Epäonneksi Shieldsillä oli täysi jalkaväkidivisioona käytössään, miltei 9000 miestä, kaksi kertaa enemmän kuin Jacksonilla. Hyökkäys sujui huonosti ja Garnett, tajuttuaan ammusten olevan lopussa ja vihollisen lähestyvän kolmelta eri suunnalta, käski joukkojensa perääntyä. Jackson raivostui ja syytti Garnettia käskyjensä täyttämättä jättämisestä, millä hän tarkoitti, ettei Garnettin olisi tullut perääntyä ilman käskyä Jacksonilta. Jackson, joka oli tunnettu hyvin tiukasta kurinpidostaan, pidätti Garnettin "velvollisuuksien laiminlyönnistä" 1. huhtikuuta ja vapautti hänet komentajuudesta. Garnettin sotaoikeus alkoi elokuussa 1862 ja vain Jackson ja hänen adjuntanttinsa antoivat todistuksen. Kuitenkin oikeudenkäynti keskeytettiin, koska Robert E. Leen Pohjois-Virginian sotaretki ja toinen Bull Runin taistelu alkoivat. Lee käski Jacksonia vapauttamaan Garnettin ja antoi tälle haavoittuneen George Pickettin prikaatin kenraaliluuntnantti James Longstreetin 1. armeijakunnassa Pohjois-Virginian armeijassa. Garnett komensi prikaatia uskottavasti Antietamin taistelussa, jonka komennon hän sai pysyvästi, kun Pickett ylennettiin divisioonan komentajaksi. Hän oli mukana myös Fredericksburgissa, mutta Chancellorsvillen taistelun aikana hän oli Longstreetin joukkojen mukana Suffolkissa Virginiassa.