Название "Лилея" впервые было упомянуто Гомером в «Илиаде» (в каталоге кораблей) как один из девяти фокейских городов, принявших участие в Троянской войне. Город получил имя наяды Лилеи, дочери речного бога Кефиса, так и сам город был расположен недалеко от истоков одноимённой реки. В древности там находилось святилище, посвящённое Артемиде, и ещё одно в честь обожествлённой реки. Жители Лилеи верили, что вода Кастальского источника в Дельфах была подарком Кефиса, поэтому несколько дней в году они бросали сладости в реку, думая, что они всплывут в Касталии.