Летом 1988 года Хаутон вошёл в заявку сборной, впервые в истории квалифицировавшейся в финальный турнир крупного соревнования, на чемпионат Европы в ФРГ. 12 июня состоялся первый матч группового этапа против сборной Англии, за которую выступали Гари Линекер, Брайан Робсон и одноклубники Хаутона Питер Бирдсли и Джон Барнс. Хаутон забил быстрый гол, который принёс Ирландии победу со счётом 1:0, этот гол стал первым для игрока в составе сборной. Однако Ирландия не смогла выйти в плей-офф после ничьей в матче против СССР и поражения от будущего чемпиона, сборной Нидерландов.