À la Diète de 1603, Zamoyski conduit l'opposition aux réformes de gouvernance proposées par Zygmunt III, qu'il soupçonne de vouloir transformer la République en monarchie absolue. Plus tard, il a s'oppose également aux plans de Sigismond pour intervenir dans la guerre civile qui sévit sur la Moscovie (Temps des Troubles et les Dymitriads). Il affronte Zygmunt III une dernière fois à la Diète de où il défend le "liberum veto" contre les tentatives de renforcement du pouvoir monarchique.