לאחר פלישת גרמניה הנאצית לברית המועצות ביוני 1941, התנדב לשירות בצבא האדום (למרות שבשל תפקידו היה אמור להיות פטור מגיוס). בתחילת שירותו שובץ כקצין פוליטי ביחידת חיל הים, אך בהמשך, לפי בקשתו, התמנה לתפקיד פיקודי. הא פיקד על יחידת ספינות המשמר שלחמה בים האזוב ליד חופי מריאופול וטגנרוג. בשנת 1942, לאחר נסיגת הצבא האדום מחופי הים האזוב, פוצצו הספינות ומאנשי צוות הספינות ומחיילים נוספים אורגן גדוד נחתים. קוניקוב מונה למפקד הגדוד.