Юба происходил из династии Масиниссидов. Этот род восходил к сестре прославленного карфагенского полководца Ганнибала, чьи предки Баркиды были потомками мифологической царицы Дидоны, возлюбленной героя Энея. После битвы при Тапсе Юба II был взят в Рим Гаем Юлием Цезарем, получил римское гражданство, прекрасное воспитание и образование и родовое имя «Gaius Iulius». Плутарх пишет, что он «попал в счастливейший плен, так как из варвара и нумидийца превратился в одного из самых ученых греческих писателей».