En 2013, Amadou Ndiaye remporte la médaille d'argent du 400 m haies lors de l'Universiade d'été de Kazan en Russie, en portant son record personnel à 49 s 74 en demi-finale. Bien qu'il ait manqué le minima d'un centième en battant son record personnel lors des Championnats d'Afrique, il est sélectionné par le Sénégal comme son seul athlète masculin pour les Jeux olympiques de Rio.