"In Utero" получил признание критиков, однако некоторые отзывы были смешанными. Кристофер Джон Фарли из журнала "Time" в своём обзоре альбома заявил: «Несмотря на страхи поклонников альтернативной музыки, Nirvana не ушла в мейнстрим, хотя этот мощный новый альбом может ещё раз заставить мейнстрим уйти в Nirvana». Дэвид Фрике, обозреватель из "Rolling Stone", дав альбому 4.5 из 5 звёзд написал: «"In Utero" […] блестящий, едкий, злой и вдумчивый, почти всё сразу. Но больше всего, это триумф воли». Дэвид Браун, обозреватель из "Entertainment Weekly", давший альбому оценку B+, высказал мнение: «Курт Кобейн ненавидит всё», и заметил, что сентиментальность пронизывает запись; Браун утверждал: «Музыка, в большей степени, завораживает, такой себе катарактический рок-н-ролл, который, однако, не высвобождается, потому что группа относится с подозрением к олдскульным рок-клише, которые подобный релиз пробудил бы». Журнал "NME" поставил альбому 8 из 10. Однако, обозреватель Джон Мюлвей выразил сомнения насчёт записи; он подытожил: «Как документ потока мыслей — смятённых, раздосадованных, которые не в состоянии примириться со здравомыслием — Курт [Кобейн] должен быть горд [альбомом]. В представлении одного из лучших альбома последнего десятилетия [альбом] не дотягивает». Бен Томпсон из журнала "The Independent" сказал, что несмотря на более абразивные песни альбома, «"In Utero" скорее притягивающий, чем отталкивающий. Nirvana мудро пренебрегла тем, чтобы сделать неприятный для слуха, кошмарный панк-рок, которым они угрожали нам». Критик Роберт Кристгау, изначально давший альбому рейтинг A-, но позже изменивший его на A, заявил, что «не каждый слушатель почувствует то, что будет пытаться, но все, у кого есть слух, согласятся с тем, что [альбом] пробуждает нужные чувства». Некоторые критики назвали "In Utero" одним из лучших релизов 1993 года. Альбом был номинирован как Лучший альтернативный альбом на 36-й церемонии «Грэмми».