Während des Irakisch-Iranischen Krieges 1980 bis 1988 kontrollierten die Peschmerga erneut einen Großteil der drei kurdischen Provinzen. Nach dem Zweiten Golfkrieg 1991 und der Errichtung der nördlichen Flugverbotszone übernahmen die Peschmerga, im Rahmen der Raperîn, die Kontrolle über die kurdische Region einschließlich größerer Städte wie Sulaimaniyya, Erbil oder Duhok. In der Mitte der 1990er Jahre kam es zum DPK-PUK-Konflikt, der im Jahre 1997 mit einer Einigung endete. Nach dem Irakkrieg und Sturz Saddam Husseins wurden die Peschmerga in die irakische Verfassung mit aufgenommen und als offizielle Armee der Autonomen Region Kurdistan anerkannt. Laut Verfassung dürfen sie auch im restlichen Irak operieren. Dies hängt damit zusammen, dass weite Teile der kurdisch bevölkerten Regionen des Irak derzeit noch nicht offiziell zur Autonomen Region Kurdistan gehören.