Johnson a 2012-es szezont egy tizennegyedik hellyel kezdte a Budweiser Shootouton, miután egy balesetbe keveredett a 74. körben. A Daytona 500-at fel kellett adnia, ugyanis rögtön a második körben Elliott Sadler beleforgatta a falba, emiatt pedig olyan súlyos sérülést szenvedett az autója, hogy nem tudta folytatni, végül pedig negyvenkettedikként rangsorolták. A balesetben egyébként benne volt kettejükön kívül a dominóeffektus következtében David Ragan, Danica Patrick, Kurt Busch és Trevor Bayne is. A következő három versenyen szerzett negyedik, második és kilencedik helyével felkapaszkodott a tabella tizenegyedik helyére.