Als die Franzosen im Mai 1798 Einsiedeln erreichten, flohen alle Bewohner des Klosters. Die Gnadenkapelle wurde von den Besatzern zerstört, das Gnadenbild jedoch konnte durch die Mönche, unter Leitung des späteren Abtes Konrad Tanner gerettet werden. Am 17. September desselben Jahres wurde das leere Stift zum Staatseigentum erklärt. Durch die sogenannte "Mediationsakte" erhielten am 19. Februar 1803 die Geistlichen das Kloster wieder zurück. Die Gnadenkapelle wurde 1815–1817 mit erhaltenen Teilen der alten Bausubstanz im klassizistischen Stil wiederaufgebaut.