1853年，太平天国攻占江宁，定都于此，号“天京”，洪秀全兴建了豪华的宫殿。1864年7月，曾国藩弟曾国荃率湘军攻破天京后纵火杀掠。中央研究院近代史研究所创所所长郭廷以院士、在其所著《近代中国史纲》记载：“湘军‘贪掠夺，颇乱伍。中军各勇留营者皆去搜括’，……‘沿街死尸十之九皆老者。其幼孩未满二、三岁者亦被戳以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无（均被虏），老者负伤或十余刀，数十刀，哀号之声达于四方。’凡此均为曾国荃幕友赵烈文目睹所记，总计死者约二、三十万人（死亡人数有争议），”。南京在战争中受到重创，以至于虽然在1858年天津条约中列为通商口岸，但没有外商愿意前往经营。直到1899年，南京仪凤门（今兴中门）外长江边的下关开辟商埠，开辟了商埠街、大马路、二马路。1906年和1911年，沪宁铁路和津浦铁路先后通车，车站分别设于下关和浦口，隔江相望，南京成为中国重要的水陆交通枢纽。1910年6月5日，中国历史上第一次大型博览会——南洋劝业会在南京举行，