После вторжения Германии и ее союзников в Югославию 5 мая 1941 года был изгнан из Скопье болгарами. Прибыл в Белград, когда были уже арестованы Патриарх Сербский Гавриил и епископ Жичский Николай. Вокруг митрополита Иосифа собрались епископ Нишский Иоанн (Илич), епископ Шабацкий Симеон (Станкович), епископ Браничевский Вениамин (Таушанович), епископ Зворничско-Тузланский Нектарий (Круль), а также викарии Арсений (Брадваревич) и Валериан (Стефанович), составившие Священный Синод. Являлся председателем Синода до возвращения Патриарха Гавриила.