Согласно биографическому словарю "Portugal", краткие данные биографии великого магистра сводятся к следующему: Афонсу — побочный сын Афонсу Энрикеша от неизвестной матери. Также неизвестны ни место, ни дата его рождения. Имепись данные, что сын короля отправился на Святую землю крестоносцем, будучи рыцарем ордена иоаннитов, что по датировке соответствует участию в третьем или четвёртом крестовых походах. За отвагу и воинские заслуги в 1194 году был избран великим магистром ордена иоаннитов. В то время резиденция ордена была перенесена из Иерусалима в Маграт, где Афонсу руководил собранием Генерального капитула. Впоследствии отказался от высокой чести исполнять обязанности магистра ордена и по неизвестным причинам вернулся в Португалию, где скончался 1 марта 1207 года. Похоронен в церкви св. Иоанна в Сантарене. Эта церковь была заложена орденом иоаннитов. Саркофаг с останками магистра Афонсу де Португал находится (или находился?) слева от главного алтаря церкви.