En el 2001, Giovanni Hernández es convocado al seleccionado nacional colombiano. Inicialmente, el "principito" fue llamado para un amistoso contra la Selección de Cataluña. Siendo considerado el sucesor de Carlos Valderrama, en la selección tuvo la continuidad que esperaba y jugó varios partidos. Durante la Copa América, disputada en Colombia. Los "cafeteros", derrotaron en la final a su similar de México por un gol a cero, consiguiendo el prestigioso trofeo por primera vez en su historia. No obstante esa gran campaña, Colombia no clasificó para la Copa Del Mundo Corea-Japón 2002. Hernández, fue citado nuevamente a la selección que disputó la Copa FIFA Confederaciones 2003. Durante ese mismo año, Giovanni conformó un gran mediocampo en Deportivo Cali, jugando junto a Elkin Murillo y Jairo Patiño. Sin embargo, en la Copa Libertadores, los verdiblancos sólo pudieron llegar hasta octavos de final