Po zakończeniu kariery Berntsen został trenerem. Od 1986 roku prowadził Bryne FK. W 1987 roku zdobył z nim Puchar Norwegii. Następnie dwukrotnie trenował zespół Viking FK, a w sezonie 1994 zajął z nim 3. miejsce w Tippeligaen. W 2005 roku został selekcjonerem reprezentacji Norwegii kobiet. Poprowadził ją na Mistrzostwach Europy 2005 (wicemistrzostwo), Mistrzostwach Świata 2007 (4. miejsce), Letnich Igrzyskach Olimpijskich 2008 (ćwierćfinał) oraz Mistrzostwach Europy 2009 (półfinał). W 2009 roku odszedł z zajmowanego stanowiska.