Mit 40 Jahren begann er sich, nachdem er an der Schauspielerei zunehmend Interesse verlor und seine eigenen Geschichten erzählen wollte, mit der Regiearbeit. Um sich das Geld für die Filmarbeit zu verdienen, arbeitete er einige Zeit auf einer Müllhalde. Für seinen Kurzfilm "The Farmer’s Wife" wurde Lee beim Leeds International Film Festival 2012 mit dem Yorkshire Film Award "(Best Yorkshire Film)" ausgezeichnet. Nach diesem und einigen weiteren Kurzfilmen führte Lee bei "God’s Own Country" erstmals Regie bei einem Spielfilm. Lee schrieb auch das Drehbuch zum Film und stellte diesen beim Sundance Film Festival 2017 vor, wo er mit dem "Directing Award" im World Cinema ausgezeichnet wurde, und im Februar 2017 in der Sektion Panorama bei der 67. Berlinale. Diesen Film drehte Lee unter anderem in und um Keighley in West Yorkshire, ganz in der Nähe seines Geburtsortes Soyland, wo er auf einem Bauernhof aufgewachsen war.