Etter terrorangrepene mot USA 11. september 2001 har MJK deltatt i krigen i Afghanistan gjennom den amerikanskledede Operation Enduring Freedom (OEF), det NATO-ledede International Security Assistance Force (ISAF), og gjennom NATO-operasjonen Resolute Support (RS). MJKs langvarige tilknytning til ubåtvåpenet medvirket til at en marinejeger også deltok sammen med en norsk ubåt i NATO-operasjon Active Endeavour (maritim overvåkning og kontroll i Middelhavet etter terrorangrepene 11. september 2001). MJK mistet sin første operatør i strid (Trond Bolle) under Afghanistan-krigen.