L’industrie agroalimentaire qui regroupe principalement la minoterie, le décorticage du riz (rizeries), la transformation de café et cacao, la production de sucre, les oléagineux, les conserves de poisson, les boissons et les huiles essentielles, subit tout particulièrement l’influence négative de la crise militaro-politique déclenchée en 2002. La part de ce secteur dans le PIB passe en effet de 21 % en 2000 à 12,4 % en 2005. Par ailleurs, avec l’intensification des troubles politiques à la fin 2004, le secteur secondaire a, dans son ensemble, payé un lourd tribut à la crise.