Bernard prend le parti de la France libre lorsqu'une rébellion éclate à Brazzaville le 28 août 1940. Il est alors condamné à mort par contumace en juillet 1941, par le tribunal militaire de Gannat. Nommé colonel, il exerce pour la France libre fonction de commissaire du gouvernement à Beyrouth. À la suite d'un désistement du magistrat Henri Heimburger, il est nommé procureur général au Procès de Tokyo tandis que Robert Oneto l'assiste en la qualité de procureur adjoint. Ces deux magistrat n'ayant pas une pratique suffisante de l'anglais, ils ont recours aux services du professeur Jacques Gouëlou.