Doch der ungarische Volksaufstand 1956 brachte den überzeugten Marxisten Bloch auf Gegenkurs zum SED-Regime: Seine letzte Vorlesung am 17. Dezember 1956 behandelte die „Probleme der Fortentwicklung des Marxismus nach Marx“, für die Partei galt der historische und dialektische Materialismus jedoch als unveränderbar und abgeschlossen. Weil er seine humanistischen Freiheitsideen lehrte, wurde er 1957 aus politischen Gründen – nicht wegen seines Alters von 72 Jahren – emeritiert. Gegen diese Zwangsemeritierung sprachen sich damals öffentlich eine Reihe von Wissenschaftlern und Studenten aus, u. a. sein bekannter Professorenkollege Emil Fuchs sowie dessen bei Bloch studierender Enkel Klaus Fuchs-Kittowski. Zudem hatte Rugard Otto Gropp, ein Leipziger Kollege, mit einem Artikel im Neuen Deutschland vom 19. Dezember 1956 eine politische Kampagne gegen Bloch begonnen und ihn darin u. a. als Idealisten kritisiert. Laut Arno Münster habe Gropp den Artikel auf Anweisung von höherer Stelle aus verfasst und sollte damit eine Anklage gegen Bloch wegen Revisionismus vorbereiten. Nach dem Bau der Berliner Mauer kehrte Bloch 1961 von einer Reise in den Westen und dem damit verbundenen Besuch der Bayreuther Festspiele nicht mehr in die DDR zurück.