A partir de la derrota republicana en Teruel, Hernández emprendió una campaña contra Indalecio Prieto, el ministro de Defensa nacional. Desde entonces, Hernández empezó a publicar una serie artículos críticos con el ministro bajo el pseudónimo de «Juan Ventura». Aunque en épocas anteriores había cooperado con los comunistas, para aquel entonces Prieto se había vuelto muy crítico con el papel del PCE y la Unión Soviética en el conflicto español. Tras la desastrosa retirada republicana del Frente de Aragón, las críticas contra Prieto arreciaron y éste acabaría abandonando su cargo ministerial en abril de 1938, en parte debido a los esfuerzos de Hernández para lograr su salida. Sin embargo, como consecuencia de la remodelación del gobierno, Hernández también fue reemplazado, siendo sustituido por el anarquista Segundo Blanco. Poco después recibió un nuevo puesto y fue nombrado comisario político del Grupo de Ejércitos de la Región Central (GERC), en el área Centro-Sur.