Deres første kvalifiseringskamp til et verdensmesterskap kom i 2000 da laget forsøkte seg med å bli kvalifisert til VM i fotball 2002, men tapte den innledende kvalifiseringen mot med sifrene 2–10 over to kamper. Djibouti har aldri spilt i Afrikamesterskapet i fotball, men trakk seg for øvrig fra kvalifiseringen til både AM 2004 og AM 2008. Laget vant sin første offisielle FIFA-arrangerte kamp mot under CAFs kvalifisering til VM i fotball 2010 og deltok deretter i gruppespillet som til slutt vant.