Nowitzki on ollut alusta alkaen halukas edustamaan maataan. Hän onkin pelannut maajoukkueen paidassa useita arvoturnauksia. Ensimmäisen kerran Nowitzki edusti Saksaa vuonna 1997, jolloin maalla oli peli Portugalia vastaan. Hänen maajoukkue-uransa jatkui syksyllä 1998, jolloin hän oli mukana EM-karsinnoissa. Maajoukkueeseen hänet oli nostanut takaisin suomalainen Henrik Dettmann, joka toimi joukkueen päävalmentajana. Saksa varmisti paikkansa vuoden 1999 EM-kisoihin, joihin myös Nowitzki osallistui. Hän ei ehtinyt valmistautumaan ensimmäisiin arvokisoihinsa hyvin, sillä hän pääsi vain muutamiin joukkueen yhteisiin harjoituksiin NBA:sta. Saksa sijoittui kisoissa lopulta seitsemänneksi voitettuaan Turkin sijoitusottelussa.