„Hiyō” został storpedowany w czerwcu 1943 roku, zaś „Jun'yō” w listopadzie, oba okręty były naprawiane przez około trzy miesiące. Po naprawach jednostki spędzały większość czasu trenując i przewożąc samoloty, zanim powróciły do służby bojowej. „Hiyō” został zatopiony przez eksplozję paliwa, spowodowaną trafieniem przez amerykańską torpedę podczas bitwy na Morzu Filipińskim w połowie 1944 roku, podczas gdy „Jun'yō” został uszkodzony wieloma bombami. Pod koniec 1944 roku, z powodu braku samolotów „Jun'yō” był używany jako transportowiec. W grudniu został storpedowany, po czym był remontowany aż do marca 1945 roku, gdy naprawy uznano za nieopłacalne. Okręt przeklasyfikowano na hulk, którym pozostał do końca wojny. Po kapitulacji Japonii we wrześniu 1945 roku, Amerykanie uznali lotniskowiec za niewarty remontu, w związku z czym został on zezłomowany na przełomie 1946 i 1947 roku.