W uznaniu sukcesów podczas walk na półwyspie Wirginia, przyznana mu została dywizja w I Korpusie gen. dyw. Jamesa Longstreeta, którą poprowadził podczas kampanii w Północnej Wirginii. Ponownie zaskarbił sobie uznanie przełożonych wiodąc zmasowany atak na lewą flankę sił generała Johna Pope’a podczas II bitwy nad Bull Run, która prawie starła z ziemi wojska federalne. W czasie pościgu za wrogiem Hood wdał się w kłótnię ze starszym oficerem o kwestię zdobytych ambulansów. Longstreet aresztował Hooda i zmusił do wystąpienia z armii, jednakże dzięki interwencji Roberta E. Lee nie doszło do tego. Podczas kampanii Marylandzkiej Hood nadal znajdował się w pozornym areszcie na tyłach linii – jego oddziały domagały się obecności wodza, skandując „Dajcie nam Hooda!”. co zmusiło Roberta E. Lee do przywrócenia go do służby, mimo iż odmówił przeproszenia za swoje zachowanie.