Μετά από την τελική διάσπαση του πολωνο-λιθουανικού κράτους το 1795, η πόλη καταλήφθηκε από τη Ρωσική Αυτοκρατορία. Κατά τη διάρκεια της γαλλικής εισβολής στη Ρωσία το 1812, ο μεγάλος στρατός του Ναπολέοντα πέρασε μέσα από το Κάουνας δύο φορές, καταστρέφοντας την πόλη.