Beim Basler Erdbeben im Jahr 1356 wurden grosse Teile dieser Kirche schwer beschädigt. Berichte aus dem Jahr 1402 geben das Ausmass der Zerstörung wie folgt an: "[Die Kirche sei] erschüttert, umgeworfen und aus der Form gebracht worden." Beide Kirchtürme brachen zum Teil ein, der Altar war auch stark beschädigt. Nur der Nordturm wurde später wieder aufgebaut. Am 8. Februar 1403 gab Bischof Marquard von Randegg sein Einverständnis zur Stiftung eines Kartäuserklosters in Basel und gab der Kartause den Namen St. Margarethental.