El seleccionador italiano Dino Zoff no convocó a Baggio, para la Eurocopa 2000, como tampoco lo convocó Giovanni Trapattoni para el Mundial 2002, esta decisión fue muy criticada desde Italia, demostrando que lamentablemente muy pocos futbolistas que debutaron en 1990, no lograron llegar al primer mundial del siglo XXI que fue el 2002, se quedan en 1998 como su tercer mundial después de 1994. Poco después, Baggio insinuaba su retirada definitiva de la selección al decir: «Tras dos años, he decidido quedarme en Italia, escogiendo Brescia y Mazzone que probar para intentar ganarme un puesto en el Mundial».