Zahrada vznikla na území, které věnoval kníže Vladislav II. v roce 1140 řádu premonstrátů k založení kláštera. Ještě v 19. století patřila část dnešní Velké strahovské zahrady do Konventní zahrady a část včetně Vyhlídky s vinicí do Opatské zahrady. O hospodářský rozvoj území poničeného husitskými bouřemi v roce 1420, se zasloužil opat kláštera Jan Lohel, který v letech 1586 – 1612 dal přestavět románský vodovod, vyčistit prameny na východních svazích Petřína a jejich svedením podzemními štolami zajistil potřebnou závlahu pro vinice a užitkovou zahradu. V roce 1612 byl Jan Lohel zvolen pražským arcibiskupem. Ve snahách o zvelebování zahrady pokračoval jeho nástupce opat Kašpar z Questenberka a podpřevor Armand Fabius, který se zasloužil především o výsadbu dřevin.