Đầu mùa giải 2008-09, huấn luyện viên Josep Guardiola muốn dùng Sergio Busquets ở vị trí tiền vệ trung tâm và bắt đầu dấy lên những tin đồn về việc Touré có thể ra đi, xong anh đã tận dụng được cơ hội và thi đấu tốt khi bước vào năm mới. Ở trận chung kết cúp C1 mùa giải 2008-09, Touré đã được đưa về để đá trung vệ và đã khoá chặt Wayne Rooney, góp công vào chiến thắng 2-0 của Barca trước Manchester United.