בתחילה נותר גובו מחוץ לסגל של ריימונד דומאנק לקראת טורניר מונדיאל 2006 בגרמניה. לאחר שג'יבריל סיסה נפצע סמוך לפתיחת הטורניר, וכפי שקרה עם ז'ולי שנתיים קודם לכן, זומן לבסוף גובו לסגל הצרפתי לטורניר. גובו זכה לדקות ראשונות בטורניר במשחק השלישי והאחרון של שלב הבתים, שהסתיים בניצחון 2-0 על . הוא עלה מהספסל כרבע שעה לסיום במקומו של פרנק ריברי. בשמינית הגמר מול , החליף גובו את פלורן מאלודה כרבע שעה לסיום, במצב של שוויון 1-1. בדקות שנותרו כבשה צרפת פעמיים נוספות, השלימה את המהפך וניצחה 3-1. גובו הוסיף להיות מחליפו של ריברי ברבע השעה האחרונה גם בניצחון 1-0 על ברבע הגמר וגם בניצחון 1-0 על בחצי הגמר, אך לא שותף כלל בהפסדה של צרפת בדו-קרב בעיטות עונשין ל במשחק הגמר.