Tras años de enfrentamiento, el conflicto terminó oficialmente con la firma de un acuerdo de paz en enero de 2005 entre el gobierno de Sudán y el Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán (ELPS). El acuerdo restableció el gobierno autónomo sursudanés hasta por seis años, tras lo cual se realizaría un referendo sobre una posible secesión. Este referendo se realizó en enero de 2011 otorgando una abrumadora mayoría de un 98,83 % a la opción independentista. Tras esos resultados, el gobierno sudanés de Omar al-Bashir aceptó la división del país, que se llevó a cabo el 9 de julio de 2011 cuando se proclamó oficialmente la República de Sudán del Sur. Los primeros años de independencia estuvieron marcados por los conflictos tribales entre varios grupos étnicos del país, causadas por rencillas derivadas de la escasez de recursos de la región. Desde 2013 la situación empeoró y surgió la Guerra civil de Sudán del Sur, que duró 6 años, hasta que el acuerdo de paz entre Salva Kiir y Riek Machar, formaron un gobierno de unidad.