Im Jahr 1555 erlitt die Kirche durch einen Brand großen Schaden. Während des Kölner Krieges plünderten 1588 spanische Truppen den Ort. Auch im Dreißigjährigen Krieg, als zunächst schwedische und danach kurkölnische Truppen Heimersheim eroberten, wurde die Kirche in Mitleidenschaft gezogen.