Наполеон сделал его сенатором, маршалом и графом, но не поручал ему ответственных постов. В последние годы Первой империи он состоял при короле Иосифе Испанском (Жозефе Бонапарте), руководя им в военных действиях. Не пользовался авторитетом среди других маршалов, командовавших корпусами в разных концах Испании, и игнорировавших указания Журдана и короля Жозефа в пользу указаний Наполеона. В 1813 году Журдан и король Жозеф непосредственно возглавили французскую армию в битве с англичанами и их испанскими союзниками при Витории, которая окончилась для французов полным разгромом. Французская армия потеряла почти весь обоз, включая личный экипаж Журдана и его маршальский жезл.