Khlestov disputou a Eurocopa de 1992 pela Seleção da CEI, que em sua única participação, quase se classificou para a segunda fase. Depois da dissolução do time após o torneio europeu, passou a defender a Rússia ainda em 1992. Foi convocado para a Copa de 1994, onde disputou as três partidas de sua equipe, que amargou a eliminação na primeira fase.