Nach dem Überfall auf Polen 1939 enteigneten die Nationalsozialisten den Familienbesitz und erzwangen die Umsiedlung der Familie in die Milastraße im Warschauer Ghetto. Shimon nahm als Jugendlicher am jüdischen Aufstand von April bis Mai 1943 teil. Nach der Niederschlagung des Aufstandes wurden die Nissenbaum in des Vernichtungslager Treblinka transportiert. Dort starben Shimon Nissenbaums Mutter und weitere Familienangehörige in den Gaskammern. Shimon, sein Bruder Josef, und ihr Vater Leib wurden als sogenannte Spezialisten als Zwangsarbeiter nacheinander in die Konzentrationslager in Majdanek, Budzyń, Auschwitz, Flossenbürg, Hersbruck und schließlich in ein Außenlager des KZ Natzweiler-Struthof in Offenburg verschleppt. Dort wurde bei Auflösung des Lagers am 12. April 1945 der Vater und 40 weitere, nicht transportfähige Häftlinge von Aufsehern erschlagen. Die Leichen wurden von russischen Zwangsarbeitern zum Waldbachfriedhof Offenburg gebracht. Der Transportzug in Richtung Bodensee wurde bei Geisingen von alliierten Fliegern angegriffen und die Lok beschädigt. Die Häftlinge wurden in Gruppen zu acht Mann aufgeteilt und mussten weitermarschieren. Die Kolonne zog sich immer weiter auseinander. Schließlich konnten Shimon und Josef Nissenbaum zu französischen Truppen bei Donaueschingen flüchten.