Pada abad ke-12, untuk melawan penyebaran Katarisme, penghakiman terhadap para ahli bidat kerap digelar. Gereja menugasi uskup-uskup dan uskup-uskup agung untuk membentuk Inkuisisi (Inkuisisi Keuskupan). Inkuisisi yang pertama dibentuk sebagai lembaga peradilan darurat di Languedoc (kawasan selatan Prancis) pada tahun 1184. Pembunuhan Pierre de Castelnau, utusan Paus Inosensius, pada tahun 1208 menjadi pemicu Perang Salib Albigenses tahun 1209–1229. Inkuisisi dibentuk sebagai lembaga peradilan tetap pada tahun 1229 (berdasarkan keputusan Konsili Toulouse) di Roma, kemudian di Carcassonne, Languedoc. Sebagian besar pegawainya berasal dari tarekat Dominikan.