Николай Бегановский также был известен своей дипломатической деятельностью. Неоднократно участвовал в дипломатических миссиях в Турции и Крымском ханстве. В 1647 году — дипломатический агент Речи Посполитой в Османской империи, в 1654 году — посол республики в Османской империи. Благодаря его усилиям, польское правительство в 1654 году получило помощь от османского султана, который приказал своему вассалу, крымскому хану, поддержать Польшу в войне против Русского государства из-за Украины.