Thorne ble i 1940 utnevnt til kommandørridder av Order of the Bath. han ble derved adlet og kunne føre tiltaleformen "sir". I 1941 ble Thorne utnevnt til generalløytnant og samtidig noe overraskende utnevnt til guvernør av Edinburgh Castle og sjef for Scottish Command, som var en alliert avdeling som skulle lede gjenerobringen av Norge. Denne avdelingen fungerte i praksis som en skyggeavdeling med mindre amerikanske styrker både i Nord-Irland og Skottland for å narre tyskerne til å tro at disse skulle settes inn i en eventuell landgang i Norge. Dette ble også medvirkende for at majoriteten av de tyske styrker utplassert i Norge ikke ble sendt sørover og deployert ved vestfronten mot invasjonen av Normandie. Hoveddelen av styrken Thorne hadde kommandoen over i Skottland bestod for øvrig av 52nd Infantry Brigade, som senere ble satt inn på kontinentet på høsten 1944.