Previniendo un conflicto entre Ushakov y Nelson, el primero fue llamado a Rusia en 1800, donde el nuevo emperador, Alejandro I de Rusia no apreció del todo sus victorias. Ushakov renunció a su comando en 1807 y se retiró en la abadía de Sanaksar, en la actual Mordovia. En 1812, se le solicitó comandar a la milicia local en la Invasión napoleónica de Rusia, pero declinó hacerlo.