同治十二年（1873年）2月，副島以日本外相兼特使身份前往中國北京處理兩年前的八瑤灣事件，李仙得也一同前往中國參與其事。同治十三年（1874年，日本明治七年），日本政府成立台灣蕃地事務局，任命西鄉從道為事務局都督，率兵3600攻打台灣瑯嶠以牡丹社為主的原住民部落，史稱「牡丹社事件」（日本稱之為「臺灣出兵」）。李仙得了解這是日本明治維新以來首次對外用兵，國力未豐，因此在台灣出兵時為日本擬訂外交策略，並幫日本僱用外籍軍人、承租外國船艦、對外購買軍火，協助準備 1874 年出兵台灣。