לאורכה של המלחמה, על אף שהיו כביכול בברית, גרמניה ויפן כמעט ולא שיתפו פעולה כלל, מנהיגיהם חשדו זה בזה ולמעשה חלק נרחב מהפעילות של ההנהגה היפנית הונעה מחשש מעליית השפעתה העולמית של גרמניה דרך המלחמה. כאשר מצבה של יפן בחזית החריף, החל שימוש נרחב יותר באזרחים לפעול נגד חיילי בעלות הברית. כמו כן החל שימוש בקמיקזה, שנועדו להרתיע את בעלות הברית ולהביא לפגיעה נרחבת ככל הניתן באוניות המלחמה ונושאות המטוסים שלהן. במהלך הקרב על סאיפאן נחלה יפן תבוסה נחרצת לבעלות הברית ונעזרה באזרחים מקומיים לשם המאבקים בחיילי בעלות הברית. דרך איי מריאנה היו איי הבית היפנים במטווח של המפציצים האמריקאים שהחלו להוציא לפועל הפצצות אסטרטגיות נגד יפן על בסיס יומי. קרב סאיפאן היה אחד מסדרת כישלונות צבאיים במערכה באוקיינוס השקט, ובסופו של הקרב מאס הירוהיטו מהתנהלותו והנהגתו של טוג'ו והדיח אותו מראשות הממשלה. במקומו מינה הקיסר את קוניאקי קויסו.