À la suite du Coup d'État du 18 fructidor, Royer-Collard voit annuler son élection, trois mois après son entrée au Conseil des Cinq cents, et Camille Jordan, condamné à la déportation, se réfugie en Allemagne. Ce dernier propose à Royer-Collard d'établir à Paris un conseil secret royaliste, composé d'un petit nombre d'hommes modérés et prudents qui, n'ayant pas quitté la France et s'étant mêlés aux affaires du gouvernement pendant la Révolution, pourraient donner à Louis XVIII d'utiles avis sur les événements et sur les hommes. Becquey participe à ce conseil secret, avec Royer-Collard, de Quatremère de Quincy, également l'abbé de Montesquiou et le marquis de Clermont-Gallerande. Le conseil s’est constitué vers le milieu de l'année 1797 et perdure jusqu’à la bataille de Marengo qui permet à Napoléon d'assoir davantage sa position au sein du Triumvirat consulaire en tant que Premier Consul. Le conseil secret ayant cessé d'exister, Becquey, partage son temps entre Paris et une terre qu'il a acquise en Champagne (à Le Meix-Tiercelin), près de celle que Royer-Collard occupe à Sompuis.