1994 yılında Birinci Çeçen Savaşı patlak verdiğinde Alhanov ayrılıkçılara karşı Rus tarafını destekledi. Ayrılıkçıların 1996 yılında Grozni'ye düzenlediği saldırı sırasındaki eylemlerinden dolayı Cesaret Nişanı ile ödüllendirildi. Nisan 2003'te Akhmad Kadirov hükûmetinde Çeçenistan İçişleri Bakanı olarak atandı ve Çeçen polisinin Tümgenerali oldu. Kadirov 9 Mayıs 2004'te suikasta kurban gittiğinde, Alhanov Rus hükûmetinin tercih edilen adayı oldu.