Amikor az állam 1962. október 9-én elnyerte függetlenségét a Brit Birodalomtól, a kor legkorszerűbb hadi eszközeit örökölte az ország. Obote idején feszültségeket okozott, hogy az elnök az acsoli és langi nemzetiségekre különleges figyelmet fordított. Idi Amin tartva ezektől a katonáktól, kivégeztette őket, ami a hadseregen belül bizonytalanságot okozott. A katonai kiadások csökkentése és a morális problémák vezettek az 1979-es tanzániai kudarchoz és így Amin meneküléséhez is. Idi Amin után az ugandai kormányzat igyekezett erős haderőt fenntartani, és a hadsereg jelentős politikai tényezőként meghatározó szerepet játszott az ország életében. Museveni elnök újraszervezte és fejlesztette a hadsereget. Az első és a második kongói háborúban is ő volt a hadsereg főparancsnoka. Sok ugandai katona teljesít szolgálatot a Kongói Demokratikus Köztársaságban, Dél-Szudánban és a Közép-afrikai Köztársaságban.