Gdy zaczęły się kwalifikacje do MŚ w 2002, Bouma został powołany do reprezentacji Holandii. 2 września 2000 roku zadebiutował w zremisowanym 2-2 w Amsterdamie meczu z reprezentacją Irlandii. Jednak Holandia nie awansowała do Mundialu 2002 zajmując 3. miejsce w grupie, a selekcjoner Louis van Gaal podał się do dymisji. Na Euro 2004 Dick Advocaat także postanowił skorzystać z usług Boumy, który był podstawowym zawodnikiem linii obrony, a Holandia zajęła wówczas 3. miejsce. 26 maja 2008 został powołany przez Marco van Bastena na Euro 2008.