Outre la collecte de caoutchouc, la violence dans l'État indépendant s'est principalement produite en raison des guerres et des rébellions. Des États autochtones, notamment le Royaume Yeke de Msiri, la Fédération Zande et le territoire de langue swahili dans l'est du Congo sous Tippu Tip, ont refusé de reconnaître l'autorité coloniale et ont été vaincus par la "Force publique" avec une grande brutalité, pendant la guerre arabe au Congo. En 1895, une mutinerie militaire a éclaté parmi les Batetela au Kasaï, conduisant à une insurrection de quatre ans. Le conflit a été particulièrement brutal et a fait un grand nombre de victimes.