15 июня 1857 года Конгресс принял закон, в соответствии с которым провинция Картахена была преобразована в Суверенный штат Боливар; в 1859 году Ньето выиграл выборы и стал вторым губернатором штата. 8 мая 1860 года губернатор Суверенного штата Каука Томас Сиприано де Москера объявил о выходе штата из-под юрисдикции центрального правительства; тем самым в Гранадской конфедерации началась гражданская война. 3 июля Ньето также объявил о выходе штата Боливар из-под юрисдикции центрального правительства. 10 сентября Ньето и Москера подписали «Договор о союзе и конфедерации штатов Боливар и Каука», и создали временное правительство, в котором Ньето стал президентом. Впоследствии Ньето уступил власть над страной Москере.