Негатыўны ўплыў на развіццё ордэнскай пляцоўкі зрабіла вайна паміж Рэччу Паспалітай і Расійскай дзяржавай (1654—1667). Спачатку рэзідэнцыя страціла амаль усе смаленскія ўладанні, а потым наогул спыніла дзейнасць пад час варожай акупацыі Віцебска. Неўзабаве школа была адноўлена. Па дадзеных Л.Гжэбня, у 1675 г. у ёй зноў пачалі выкладаць паэтыку, а ў 1676 г. з’явіўся клас рыторыкі. Т. Б. Блінова, аднак, сцвярджае, што сярэдняя школа пачала дзейнічаць толькі ў 1678/1679 навучальным годзе.