Désigné par Berthier pour être chef d'état-major des troupes du génie de l’armée du Main en , il prit part, lors de la campagne de Saxe (1813), aux batailles de Lützen, de Bautzen, de Dresde, de Leipzig, de Hanau. L'histoire dit qu'à la bataille de Dresde, en 1813, , inspectant les travaux d'approche du génie, demande au colonel Boissonnet la distance qui les séparait de la ville. Le colonel répondit mètres. Napoléon, jugeant l'estimation erronée, fit chercher un sextant. Celui-ci indiqua mètres. Le lendemain, le colonel Boissonnet était fait général de brigade et baron de l'Empire.