В период реконструкции Юга Дэвис публично не высказывал свои взгляды. Однако в частном порядке он выразил мнение, что военный и политический контроль федеральных властей и республиканцев над бывшими штатами Конфедерации несправедлив. Как и многие его современники, Дэвис сохранял убеждение, что чернокожие не могут иметь равные права с белыми. Историк Уильям Купер писал, что Дэвис верил в общественное устройство Юга, представляющее собой «демократическое государство белых, основанное на господстве над контролируемой чёрной кастой».