Der Sachverständige Christoph Engelhardt kritisiert seit 2014, dass der Brandschutz im Tiefbahnhof nicht funktioniere. Konkrete Warnungen kommen auch vom renommierten Brandschutzexperte Hans-Joachim Keim, der unter anderem die Tunnelbrandkatastrophe von Kaprun begutachtete. Aufgrund der Bahnsteigneigung und der Rettungsstollenabstände könne eine Entfluchtung nicht gelingen. Den Fildertunnel nannte er einen "„neun Kilometer langen Kamin“". Nach Keims Einschätzung hat der neue Tiefbahnhof "„das Potenzial, Europas größtes Krematorium zu werden.“" Während in den DB-Betriebsprogrammen vier Züge pro Bahnsteig geplant sind, basieren die offiziellen Entfluchtungs-Simulationen auf nur zwei Züge pro Bahnsteig.