Sebastian Zieleniecki od najmłodszych lat zapraszany był na konsultacje i zgrupowania młodzieżowych reprezentacji Polski. 8 czerwca 2010, w meczu towarzyskim ze Szwajcarią, debiutował w reprezentacji Polski do lat 15, prowadzonej przez Marcina Dornę. W 2012, wraz z reprezentacją Polski do lat 17, zdobył brązowy medal Mistrzostw Europy.