Dykstra wurde im MLB Draft 1985 von den New York Mets in der 13. Runde ausgewählt. Obwohl nur niedrige Erwartungen an dem Rookie bestanden, spielte er sich Mitte der Saison ins Stammteam und beeindruckte mit seinen 15 Steals. Mit seinem Talent, aber auch mit seinem Image als Party feiernder, stets mit hartem Alkohol zu findender enfant terrible passte er gut zu den Mets, die mit Pitcher Dwight Gooden und Rightfielder Darryl Strawberry zwei hochbegabte, aber kontroverse Stars hatten. Ein Jahr später gewannen die Mets ihre Division mit 21 Siegen Vorsprung und erreichten die World Series 1986 gegen die Boston Red Sox. Im 3. Spiel schlug Dykstra den spielentscheidenden Home Run und trug seinen Teil zum Titel der Mets bei.