Clutton-Brock se casó con Peter Jewell (1925-1998), también biólogo e interesado en la arqueología del zoológico, en 1958. Juntos, tuvieron tres hijas; Sarah, Rebecca y Topsy. En 1966, cuando Jewell se convirtió en profesor de ciencias biológicas en la Universidad de Nigeria, la familia se mudó a Nsukka . Tuvieron que huir a través del Níger en 1967 durante la guerra de Biafran . Jewell murió en 1998.