Ende des 18. Jhs. wurde Regensburg von schweren innenpolitischen Auseinandersetzungen erschüttert, als vor dem Hintergrund eines drohenden Finanzkollapses der Stadt Vertreter der Bürgerschaft und des Magistrats den "Geheimen Rat" der Stadt (das eigentliche Regierungsorgan) wegen Misswirtschaft und Verfassungsbruch mit Erfolg vor dem Reichshofrat in Wien verklagten. Der Kaiser verordnete eine punktuelle Revision der Stadtverfassung und gewährte Regensburg – zum Schaden der städtischen Gläubiger – ein Moratorium, das den Kollaps des Stadtstaates abwendete. Im Verlauf des Zweiten Koalitionskrieges zogen im Dezember 1799 5.000 russische Soldaten durch die Stadt. Im Sommer 1800 besetzten französische Truppen München und nahmen auf ihrem Weg zur Schlacht bei Hohenlinden auch in Regensburg Quartier. Die Stadt wurde mit hohen Kontributionen belegt, was die Stadtfinanzen vollends ruinierte.