Cuando Pedro Santana realizó la anexión del país a España (1863), Emiliano se convirtió en un incansable defensor de la soberanía nacional. En tal virtud remetía a la prensa española y a las Cortes, documentos y artículos contra el antipatriótico acto. Dichos trabajos fueron ampliamente comentados en los diarios de aquel país, entre otros por don Emilio Castelar y don Nicolás Salmeron. Solía firmar tales artículos con el seudónimo de Eduardo Montemar. El eco que crearon tales publicaciones en Madrid pusieron en auto a las autoridades coloniales, que ordenaron una investigación para determinar la identidad de su autor. Advertido a tiempo, abandonó el país estableciéndose en Caracas, donde continuó su labor. En esa ciudad colaboró con el periódico “El Constitucional”. Allí fue secretario personal y amigo de don Felipe Larrazábal, quien escribía en esos momentos su obra: "Vida de Bolívar".