В силу сталинистских взглядов, Вильям Шалгович был противником Пражской весны. В то же время, он считался личным другом нового первого секретаря ЦК КПЧ Александра Дубчека (также словака по национальности). 21 июня 1968 полковник Шалгович был назначен заместителем министра внутренних дел ЧССР. Курировал органы госбезопасности ЧССР — "StB". Дубчек рассчитывал, что консервативная и просоветская позиция Шалговича создаст определённую «страховку» в отношениях с СССР.