Během své služby v Mosadu řídil agenty v Evropě a postupně se propracoval na velitele operačního oddělení. V této době pomáhal sestavit tým agentů, který se zapojil do operace Boží hněv, která byla reakcí na masakr izraelských olympioniků na letních olympijských hrách v Mnichově v roce 1972. V rámci této operace nicméně došlo omylu, známém jako Lillehammerská aféra, když jeho tým mylně identifikoval lillehammerského číšníka Ahmeda Bouchikiho jako Aliho Hasana Salameha, operačního šéfa Černého září, palestinské teroristické skupiny zodpovědné za Mnichovský masakr. Při následném atentátu zemřel nevinný člověk a většina Harariho týmu byla zatčena norskými úřady, zatímco jemu se podařilo uniknout do Izraele. Žaloba proti němu v Norsku byla nakonec stažena v roce 1999 pro nedostatek důkazů.