У лютому 2003 року розпочався Дарфурський конфлікт — збройне протистояння між центральним урядом, неформальними проурядовими арабськими озброєними загонами «Джанджавід» і повстанськими угрупованнями місцевого негроїдного населення. Причиною розпалення конфлікту стали зміни клімату, що призвели до опустелювання земель заселених арабами-кочівниками, які почали переселятись у напрямку території, де проживало місцеве негроїдне населення. Омар аль-Башир дозволив бойовикам знищувати місцеве населення, виганяти його до сусідніх Чаду і ЦАР. Спочатку такі переміщення населення були пов'язані зі звільненням сільськогосподарських угідь, але пізніше вони перетворились на «зачистку» територій навколо родовищ нафти у південному Дарфурі. Стверджують, що Омар аль-Башир особисто віддавав накази про знищення представників народностей фур, масаліт і загава. Участь у сутичках брала також і суданська армія, завдаючи ударів по силах повстанців. У 2007 році у зону конфлікту було введено війська ООН, які підсилювали наявний тут африканський миротворчий контингент. Всього за час конфлікту в Дарфурі загинуло 400 тисяч людей, 2,7 мільйона стали біженцями. Конфлікти в Судані зачіпали і сусідні держави, особливо Республіку Чад — держави звинувачували одна одну у військовій інтервенції.