В начале кампании 1805 года, император Франц II простил его, и определил начальником пехотной дивизии в армии эрцгерцога Фердинанда. После первых неудач в окрестностях Ульма Вернек решился отступить вместе с эрцгерцогом во Франконию и Богемию. Он опрокинул французскую дивизию Дюпона у Гейдесгейма, но сам был разбит Мюратом при Нересгейме и окружён близ Нёрдлингена, у селения Трохтенфинген; вследиствие этого он заключил капитуляцию на столь жёстких условиях, что ряд австрийских генералов его корпуса отказались её подписать, и пробившись сквозь французов, присоединились к остаткам армии эрцгерцога Фердинанда. Сам Вернек остался в плену.