Durante la expedición, el padre Crespí observó un lugar a lo largo del río que sería bueno para un asentamiento o misión. Sin embargo, en 1771, el Padre Serra comisionó a dos misioneros para establecer la Misión San Gabriel Arcángel cerca del actual lugar de Whittier Narrows del río San Gabriel. Los misioneros encontraron resistencia del pueblo Tongva a sus intentos de reasentar a los nativos a la misión. La misión encontró más problemas en 1776 cuando una inundación dañó la misión, convenciendo a los misioneros de moverse y reconstruir la misión en un lugar más alto y más defendible: su sitio actual en San Gabriel. El primer gobernador español de Las Californias, Felipe de Neve, había, además, recomendado al virrey Bucareli la ubicación del Padre Crespí en el río Porciúncula (Río Los Ángeles) para una misión. En cambio, en 1781, el rey Carlos III ordenó que se construyera un pueblo en el sitio, que sería la segunda ciudad en Alta California, después de San José de Guadalupe en 1777. El monarca, sin tener en cuenta los roles de producción y comercio de las misiones, vio una mayor necesidad de que los pueblos seculares se establecieran como centros de agricultura y comercio para abastecer la creciente presencia militar de la corona en "Nueva California". Los sacerdotes en las misiones ignoraron el mandato real y continuaron su ganadería, comercio y producción de sebo, jabón, pieles y carne de res, a menudo en competencia con nuevas empresas del pueblo.