W reprezentacji Włoch Doni zadebiutował 7 listopada 2001 w zremisowanym 1:1 towarzyskim meczu z Japonią, w którym strzelił gola. Rok później Giovanni Trapattoni powołał go do 23–osobowej kadry „Squadra Azzura” na mistrzostwa świata. Na azjatyckich boiskach Włosi dotarli do 1/8 finału, gdzie zostali wyeliminowani przez współgospodarzy turnieju – Koreę Południową. Łącznie dla drużyny narodowej Doni rozegrał siedem spotkań i strzelił jedną bramkę.