Syyskuussa 2010 Bento palasi valmennustehtäviin, kun hänet palkattiin Portugalin maajoukkueen uudeksi päävalmentajaksi. Benton johdolla Portugali selvitti tiensä EM-lopputurnaukseen 2012 voittamalla jatkokarsinnoissa Bosnia ja Hertsegovinan. Lopputurnauksessa Portugali sijoittui alkulohkonsa toiseksi hävittyään vain Saksalle. Puolivälierissä Benton joukkue kukisti Tšekin 1–0. Välierissä joukkueen pelit päättyivät tiukan taistelun ja rangaistuspotkukilpailun jälkeen tappioon Espanjalle.