En , alors que l'Armée rouge soviétique approche de Berlin, Axmann se réfugie dans le Führerbunker (selon Gerhardt Boldt, officier d'état-major de Guderian puis de Krebs, affecté dans le bunker, dès le début de la bataille de Berlin, Axmann a quitté ses bureaux de l'Adolf-Hitler-Platz pour se rapprocher du bunker ; quand les Jeunesses ont eu à défendre les ponts de la Havel, Axmann, bien qu'amputé d'un bras, se serait joint à eux). Il parvient à s'en échapper avec Martin Bormann (de la mort duquel il est témoin) et Ludwig Stumpfegger. Il disparaît quelques mois et prend le pseudonyme de « Erich Siewert ». On le capture en quand le mouvement clandestin nazi qu'il organisait est découvert.