Käänne sodassa tapahtui joulukuussa 1991. Neuvostoliiton hajoamisen myötä Najibullahin hallinto jäi paitsi Neuvostoliiton toimittamia rahoja ja aseita. Pian myös ruoka ja polttoaine lakkasivat virtaamasta Kabuliin. Neuvostoliiton romahdettua myös Afganistanin kommunistihallinnon olemassaolon edellytys katosi. Myös aiemmin maan hallituksen kanssa liittoutuneet sotilasjohtajat päättivät jättää uppoavan laivan, ja he liittoutuivat Massoudin kanssa. Pian muutkin hallituksen armeijan varuskunnat alkoivat liittyä eri kapinallisryhmiin. Najibullah yritti paeta maasta huhtikuussa 1992, mutta kapinallisjoukkojen suljettua tien lentokentälle hän hakeutui turvaan YK:n rakennukseen, missä hän vietti seuraavat vuodet.