Im Jahr 1809 kam es in Tirol unter Andreas Hofer zu einem Aufstand, der sich auch an den bayerischen Reformen entzündete. Allerdings wurde dieser rasch niedergeschlagen und löste nicht, wie etwa von Heinrich Friedrich Karl vom Stein erhofft, einen allgemeinen Volksaufstand aus. Dennoch nahm seit 1810 und besonders im Jahr 1812 die Unzufriedenheit stark zu. Allerdings gab es weiterhin kaum aktiven Widerstand. Die nationalen und teilweise nationalistischen Ideen eines Ernst Moritz Arndt oder anderer führten im Unterschied zu Preußen nicht zu einer breiten nationalen Stimmung. Bis 1813 war die Bevölkerung der Rheinbundstaaten Napoleon gegenüber loyal. Unzufriedenheit zeigte sich höchstens in der Zunahme von Desertion oder in Akten der Steuerverweigerung. Wo es, wie in Westphalen, Berg und Norddeutschland etwa wegen der neuen Truppenaushebungen zu einzelnen Unruhen kam, wurden diese rasch niedergeschlagen. In Süddeutschland gab es überhaupt keine derartigen Bewegungen. Anfang vom Ende des Rheinbundes war dann allerdings Napoleons desaströser Russlandfeldzug von 1812, in dessen Verlauf die Truppenkontingente des Rheinbunds fast völlig zugrunde gingen. So überlebten von ca. 30.000 Bayern nur etwa 10 %.