בינואר 2007 חתם פוגטס על חוזה של ארבע שנים כמאמן נבחרת ניגריה. פוגטס העפיל עם ניגריה לגביע אפריקה לאומות 2008, אך ניגריה הודחה ברבע הגמר לאחר הפסד 2:1 לנבחרת גאנה, באליפות שהייתה לחלשה ביותר של ניגריה מאז גביע אפריקה לאומות 1982. לאחר הטורניר, פוגטס התפטר מתפקידו. באפריל 2008 מונה פוגטס כמאמן נבחרת אזרבייג'ן, שם חתם על חוזה לשנתיים. לאחר השגת תוצאות מרשימות, על אף אי העפלה לטורניר גדול, הוארך חוזהו של פוגטס בשנתיים נוספות. במקביל, פוגטס הועסק כיועץ ספורטיבי לנבחרת ארצות הברית על ידי מאמנה הגרמני יורגן קלינסמן, תפקיד אותו מילא במונדיאל 2014, כאשר עדיין היה מאמן נבחרת אזרבייג'ן. באוקטובר 2014, לאחר סדרת תוצאות חלשות ששיאן בתבוסה 6:0 לנבחרת קרואטיה במוקדמות יורו 2016, התפטר פוגטס מתפקידו כמאמן נבחרת אזרבייג'ן, לאחר שספג ביקורות נוקבות על אובדן הסיכויים להעפיל ליורו 2016.