Ekeng speelde voor het onder-20 team van Kameroen. Met dat elftal was hij actief op Afrikaanse jeugdtoernooi 2009, waar Kameroen de finale verloor. Zijn debuut in het Kameroens voetbalelftal maakte de middenvelder op 7 januari 2015, toen met 1–1 gelijkgespeeld werd tegen Congo-Kinshasa. Tijdens dit duel viel hij na zevenenvijftig minuten in voor Franck Kom. Twee dagen later nam bondscoach Volker Finke hem op in zijn selectie voor de Afrika Cup 2015. Op dit toernooi werd Kameroen uitgeschakeld in de groepsfase en Ekeng kwam in alle drie duels niet in actie.