Chandler efterträdde 1857 Lewis Cass som senator för Michigan. Han var en radikal republikan och kritiserade Abraham Lincoln för att inte ha reagerat tillräckligt snabbt på sydstaternas utträde ur USA. Han uppfattade inte Lincolns planer för Rekonstruktionen som tillräckliga och var sedan aktiv i kampanjen att ställa Lincolns efterträdare Andrew Johnson inför riksrätt.