I marts 1861, lige før borgerkrigens udbrud, trak han sig ud af Unionshæren. Da Virginia trådte ud af Unionen blev han udnævnt til oberst for Virginias 13. infanteriregiment og udmærkede sig i det Første slag ved Bull Run. Han blev forfremmet til brigadegeneral og fik kommandoen over en brigade i sydstaternes "Army of the Potomac" i februar året efter.