Das unter Schutz stehende Grenzgebiet zählt zum Grünen Band Europa, das als Rückzugsraum für seltene Tier- und Pflanzenarten dient. Dazu zählen unter anderem Bären, Wölfe und der stark gefährdete Balkanluchs "Lynx lynx balcanicus", eine in Nordmazedonien und Albanien lebende Unterart des Eurasischen Luchses, von dem es 2015 nur noch 30 bis 50 Exemplare gab. Im Sommer 2012 konnte erstmals ein Balkanluchs im Park fotografiert werden. Rehe und Gämsen wurden auf albanischer Seite von Wilderern infolge des Lotterieaufstands fast komplett ausgerottet.