În 1689 (în timpul Marelui Război Turc) și în 1737 Niš a fost capturat pentru o scurtă perioadă de timp de către monarhia austriacă. Războaiele otomano-habsburgice și urmările lor au determinat ca orașul Niš și zona mai largă să piardă o parte considerabilă a populației sale, deoarece multe persoane au fugit sau au murit. Unii albanezi din Albania de nord contemporană și Kosovo de Vest s-au stabilit în regiunile Toplica și Morava în a doua jumătate a secolului al XVIII-lea, uneori instigați de autoritățile otomane.