Vapahtajan kirkon ydin on rakennettu Ateenan keskibysanttilaisella kaudella 900-luvun lopulla tai 1000-luvun alussa, ja se on Ateenan vanhimpia säilyneitä kirkkoja. Alun perin kirkko oli omistettu Neitsyt Marialle ("Panagía Sotíra") ja nykyisin Vapahtajan kirkastumiselle. Lisänimensä kirkko on saanut Ateenassa 1700-luvulla ja jo kauan ennen tätä vaikuttaneesta Kottákisten suvusta. Kirkko käsi suuria vaurioita Kreikan vapaussodassa 1800-luvun alkupuolella, ja se kunnostettiin tämän jälkeen. Vuosina 1827–1855 kirkko toimi kaupungin veneläisortodoksisena kirkkona ennen kuin läheinen Lykodemosten Vapahtajan kirkko otettiin tähän käyttöön.