Yahagi akhirnya menerima misi terakhirnya pada 6 April 1945, yaitu Operasi Ten-Go dimana ia bersama-sama dengan Yamato, Isokaze, Hamakaze, Yukikaze, Kasumi, Hatsushimo, Asashimo, Fuzuyuki, dan Shimotsuki harus melawan pasukan invasi Amerika di Okinawa yang nyaris semuanya penuh dengan kekuatan udaranya. Melawan Task Force 58 di perairan Okinawa, Yahagi harus mati-matian melindungi Yamato yang dikepung 386 pesawat (180 pesawat tempur, 75 pesawat pembom tukik, dan 131 pesawat pembom torpedo) dalam satu waktu. Sayangnya, Yahagi harus menyerah pada takdirnya yang tak bisa melindungi Yamato sampai akhir dengan menerima tujuh torpedo dan dua belas bom di badannya. Ia tewas beberapa menit lebih dulu daripada Yamato di . Yahagi pun dicoret dari daftar angkatan laut pada 20 Juni 1945.