El primero de febrero de 2003, el "Columbia" y sus siete tripulantes se perdieron durante la reentrada atmosférica sobre Texas durante la misión STS-107 (el vuelo 113 del transbordador). Esto fue causado por una ruptura en el vehículo desencadenada por daño obtenido durante el lanzamiento llevado a cabo en la Plataforma 39A en enero 16, cuando una pieza de aislante del tanque externo del transbordador colisionó con el ala izquierda. Durante la reentrada, el daño creó un agujero, permitiendo que gases calientes derritieran la estructura del ala. Al igual que el accidente del "Challenger", las investigaciones y modificaciones resultantes interrumpieron las operaciones de vuelo del transbordador en el CEK durante más de dos años hasta el lanzamiento de la misión STS-114 el 26 de julio de 2005.