הוא ערך רפורמות מקיפות בצבא ובצי והקים את הליגה הבלקנית, צעדים שסייעו למוכנותה של יוון במלחמות הבלקניות של 1912–1913 ואיפשרו את שחרור אפירוס, מקדוניה ואיי הים האגאי מידי השלטון הטורקי. לווניזלוס היו ויכוחים רבים עם נסיך הכתר קונסטנטינוס בדבר נתיב התקדמות הצבא והערים שעליו לשחרר ראשונה. היה זה הסכסוך הראשון בין וניזלוס לבין קונסטנטינוס, שזמן קצר אחר כך, בעקבות ההתנקשות בחיי אביו ב-1913, הוכתר למלך יוון.