Ende 1864 bekam er ein Feldkommando, eine Division in den Verteidigungsstellungen von Richmond. Nach dem Fall der Hauptstadt am 2. April 1865 gehörte seine Division zu den konföderierten Truppen, die in den Gefechten am Sailor’s Creek von überlegenen Streitkräften der Nordstaaten angegriffen und zur Kapitulation gezwungen wurden; Lee wurde kurz darauf auf Ehrenwort entlassen.