Ab dem 7. Jahrhundert n. Chr. kam Indien mit dem Islam in Kontakt. Erste Versuche der islamischen Eroberung Indiens unter den Umayyaden im 7. und 8. Jahrhundert missglückten, so dass einige Zeit die Grenze zwischen der islamischen und hinduistischen Welt ungefähr am Indus verlief. In den folgenden Jahrhunderten drang der Islam allmählich nach Nordindien in den Punjab und die Ebene des Ganges vor und es etablierten sich verschiedene islamische Staaten, deren bedeutendster das Sultanat von Delhi war. In den Jahren 1525 bis 1526 und nach der folgenreichen Schlacht von Panipat (1526) wurde das Sultanat von Delhi, durch den zentralasiatischen Fürsten Babur erobert, der damit die Mogul-Dynastie in Indien begründete. Baburs Feldherr Mir Baqi ließ in Ayodhya eine Moschee errichten, die nach Babur so genannte Babri-Moschee, wobei er der Überlieferung nach den zuvor dort befindlichen Hindu-Tempel zerstörte. Die religiöse Bedeutung des Ortes für Hindus ging dadurch nicht verloren, und auch unter Muslimen war die Moschee als "Masjid-i-Janmasthan" („Moschee des Geburtsortes“) bekannt.