В 2009 году Альварадо вновь поехал на чемпионат мира среди молодёжных команд, на этот раз уже в качестве основного голкипера. В первом же матче Альварадо пропустил 5 безответных мячей от бразильцев. В итоге костариканцы с третьего места всё-таки вышли из группы. Но на стадии плей-офф они начали показывать совершенно другой футбол и в итоге вышли в полуфинал турнира. В полуфинале они вновь уступили бразильцам, но теперь уже со счётом 0:1. В матче за третье место Коста-Рике предстоял матч с Венгрией, основное время матча закончилось со счётом 1:1, а в серии пенальти Альварадо не смог ничем помочь своей сборной, которая уступила со счётом 0:2. По итогам турнира Эстебан был признан одним из лучших игроков и получил «Золотые перчатки», награду вручаемую лучшему вратарю турнира.