Filips II zond Fernando Álvarez de Toledo, de hertog van Alva, met een leger van 10.000 soldaten naar de Zeventien Provinciën. Alva richtte de Raad van Beroerten op om de verantwoordelijken voor de opstand en andere ketters te straffen. Veel van hen waren gevlucht naar de Duitse staten, zoals Willem van Oranje, maar toch werden vele duizenden anderen vervolgd, onder wie de populaire en invloedrijke graven Egmond en Horne, die in Brussel werden onthoofd. Om de hoge legerkosten te financieren, werden door Alva in 1569 drie nieuwe belastingen ingevoerd, waarvan de Tiende Penning de meest gehate was. Dit verzwakte de positie van de Spaanse Kroon in de Nederlanden. Bij toeval werd in 1572 Den Briel ingenomen door de Watergeuzen. Den Briel werd een steunpunt vanwaar andere steden in Holland en Zeeland, al dan niet met geweld, werden overgehaald zich bij de Opstand aan te sluiten. Een revolutionaire daad was de Eerste Vrije Statenvergadering van Holland die gehouden werd op 19 juli in Dordrecht. Tegelijkertijd viel Lodewijk van Nassau met een leger het zuiden binnen. Het oosten van de Nederlanden werd binnengevallen door de graaf Van den Bergh. Veel stedelijke bestuurders die loyaal waren aan de Spaanse koning vluchtten onder druk van de bevolking. Sommige Spaansgezinde stadsbesturen weerstonden de druk van de protestanten doordat de schutterijen die in de steden de openbare orde bewaakten, veelal loyaal waren aan de Spaanse koning.