Он находился в этом городе, когда произошло Мадридское восстание 2 мая 1808 года, всколыхнувшее не только Испанию, но и Португалию. Летом 1808 года, когда народное восстание против французской оккупации широко распространилось, он отправился в Порту, чтобы вернуться на службу. Его сопровождал его двоюродный брат Мигель Перейра Форьяз. Оба они заняли видные должности в , которая была сформирована в этом городе. Мигель Перейра Форьяз принял на себя административную часть, а Бернардим Фрейре — реорганизацию португальской национальной армии, которая была распущена оккупационным правительством Франции.