Durant la Guerra Civil nigeriana, Muhammed fou Oficial General amb Comandament  (GOC) de la 2a Divisió de l'Exèrcit nigerià . Aquesta divisió era responsable de la llegendària expulsió de l'exèrcit de Biafra de la regió Mid-Western, així com travessar el Níger de Riu i enllaçant amb la 1a Divisió, que marxava cap a Nsukka i Enugu. El subtinent Ishola Williams, un oficial que servia sota el llavors Coronel Muhammed va al·legar que Muhammed va ordenar l'execució sumaria dels presoners de guerra biafrenys. Els professors Bird i Ottanelli en un estudi titulat "The History and Legacy of the Asaba, Nigeria, Massacres" documenten l'assassinat en massa de civils (sovint referida com la massacre d'Asaba) per tropes de la 2a Divisió sota el coronel Murtala Muhammed.