Era diventato chiaro che l'abilità di Scharnhorst superava quella degli ufficiali di Stato Maggiore semplicemente brillanti. Educato nelle tradizioni della guerra dei Sette Anni, egli aveva gradualmente - man mano che la sua esperienza si ampliava - abbandonato le antiquate concezioni relative alle scienze militari e aveva capito che solo un esercito "nazionale" e una politica di battaglie decisive avrebbero potuto fornire risposte alla situazione politica e strategica apportata dalla Rivoluzione francese. A passi lenti e ponderati egli trasformò l'esercito professionale a lunga ferma della Prussia, sconquassato a Jena (1806), in un esercito nazionale basato sulla leva di massa. Conseguì la promozione a maggior generale pochi giorni dopo la Pace di Tilsit (luglio 1807) e diventò il capo di una commissione riformatrice che riuniva il meglio degli ufficiali più giovani, come Gneisenau, Grolmann, Boyen e Clausewitz. Stein stesso divenne un componente della commissione e garantì a Scharnhorst libero accesso al re Federico Guglielmo III assicurandogli la nomina ad aiutante di campo generale. Ma Napoleone rapidamente diventò sospettoso e Federico Guglielmo più volte dovette sospendere o annullare le riforme da lui raccomandate.