En las elecciones generales de 1931 y 1933, los socialistas obtuvieron una mayoría aplastante y en 1936 el Frente Popular duplicó el número de votos de la derecha. Más tarde, la guerra civil española no pasó de puntillas por el pueblo, el caso de Montilla fue especialmente sangrante, ya que nadie intentó poner freno a la violencia, como en otras localidades: La Iglesia jaleó el golpe y no dio ninguna muestra de piedad ni de caridad. Tanto párrocos como arciprestes casaron y bautizaron a la fuerza a personas que iban a ser fusiladas el día siguiente, sin hacer nada por evitar la barbarie. Los militares estaban al mando de Montilla desde el 19 de julio. Hay constatados, entre 1936 y 1939, 114 fusilamientos en una población de 20 000 habitantes y, posteriormente, se contabilizarían 16 más; sin embargo, los historiadores no están conformes con esta cifra: la mayoría de las ejecuciones no se inscribían en el Registro Civil, y más del 30 % de estas ejecuciones se recogieron a través de testimonios orales, por lo que se piensa que hubo muchas más de las anotadas. También se instaló en la localidad, en dos colegios femeninos, un campo de concentración para prisioneros republicanos donde se llegarían a congregar hasta 1000 hombres.