Pour les Juifs de la ville, l'Empire russe se montra moins tolérant que la Pologne ou la Prusse, et en 1906 ils furent frappés par un pogrom durant lequel plus de 100 d'entre eux furent massacrés et de nombreux autres blessés. La communauté juive de Białystok, formant alors les trois-quarts des habitants, survécut jusqu'à la Seconde Guerre mondiale.