Tras la independencia de Tunicia en 1956, Francia conserva la posesión de Bizerta, debido a su importancia geoestratégica. Los tunecinos efectúan un bloqueo naval en julio de 1961 con el ánimo de recuperarla, y sucesivamente un ataque, pero son repelidos por las fuerzas francesas, derrotándolos por completo en el plazo de cuatro días; no obstante, en octubre de 1963, tras la independencia de Argelia (1962), Francia abandona la plaza. La marcha de los franceses supuso un declive para la economía de la ciudad, dependiente del tráfico marítimo comercial y militar. En la actualidad sigue siendo un importante puerto mercantil y pesquero, habiendo recuperado parte de su importancia gracias también al turismo.