Economisch was deze periode rampzalig voor het kapittel. Van 1578 tot 1585 bleef het kapittel in gebreke bij de uitbetaling van het jaarinkomen van vijftig gulden aan proost Arnold III van Merode. In 1585 werd hierover een schikking getroffen, waarbij de proost zijn inkomen over de rampjaren 1579 en 1580 grootmoedig aan het kapittel schonk. In 1586 werd geschat dat de prebenden in enkele jaren tijd 30-50 % minder waard geworden waren, waarna paus Sixtus V op verzoek van het kapittel twee van de twintig prebenden ophief, zodat er meer inkomen was voor de overgebleven kanunniken. In feite telde het kapittel nog maar zeventien volledige prebenden, omdat er een verdeeld was in twee halve prebenden. De verarming van het kapittel is waarschijnlijk een reden geweest voor proost Arnold III om na 1577 geen familieleden meer in het kapittel te benoemen. Daarnaast begonnen ook de maatregelen van het Concilie van Trente (1545-1563), dat een einde probeerde te maken aan deze en andere misstanden, door te werken. Bij zijn dood in 1593 was Arnold III de laatste De Merode in het kapittel.