Detta ledde i mars 1947 till att liberaler, socialister och kommunister tillsammans med större delen av officerskåren reste sig mot Moríñigos regering i ett väpnat uppror som blivit känt som Paraguayanska inbördeskriget. Upproret slogs dock ner i augusti samma år. Efter inbördeskriget blev Coloroadopartiet officiellt det enda tillåtna partiet i Paraguay och en omfattande förföljelsekampanj inleddes i jakt på socialister och liberaler.