Port Sudan päätyi myös osaltaan Sudanin sisällissodan näyttämöksi. Southern Peoples Liberation Army (SPLA) teki iskuja kaupungin Chevronin suunnittelemaa öljyputkihanketta vastaan, koska sen toiminnan katsottiin riistävän Etelä-Sudanin luonnonvaroja, joista öljy oli paljolti lähtöisin. Iskuissa kuoli yhtiön ulkomaalaisia työntekijöitä ja Chevron vetäytyi lopulta hankkeesta. SPLA teki iskuja myös Khartumia ja Port Sudania yhdistävän tien varrella. Tie tuli myöhemmin tunnetuksi, koska sen parannukset vuonna 1993 aloittanut yhtiö oli Osama Bin Ladenin johtama. Hiljattain on taas toivottu kaupungin talouden elpyvän viennin kasvun takia. Kaupungista viedäänkin edelleen puuvilla ja nykyisin myös suuria määriä karjaeläimiä Saudi-Arabiaan. Lisäksi uusi öljyterminaali on kasvattanut öljynvientikapasiteettia.