После развала СССР, темпы освоения и доводки автомобиля снизились; за это время он подвергся некоторым изменениям. В 1999 году производственные мощности ЛуАЗ переориентировывают на сборку автомобилей разработок ВАЗ и УАЗ. Серийное производство модели ЛуАЗ-1301 планировалось начать в 2004 году. Однако в феврале 2006 года было объявлено о «его нецелесообразности ввиду устаревания данного автомобиля». Модель представлена предсерийными экземплярами из опытно-промышленной партии и опытными образцами, по причине чего является редкой. На данном поколении история развития АПП ЛуАЗ прервалась.