Строительство базара началось при султане Мехмеде II Завоевателе сразу после взятия Константинополя в 1453 году на базе рынков византийской столицы. По приказу султана были возведены два бедестана, вокруг которых стал формироваться рынок. В последующие годы Капалы-чарши неоднократно перестраивался и расширялся. После землетрясения 1894 года была осуществлена его масштабная реконструкция.