Eto'o ha conquistado dos veces la Copa Africana de Naciones y quedó subcampeón de la Copa FIFA Confederaciones 2003. Es el máximo goleador de la historia de la Copa de África con 16 tantos. En la Copa Africana de Naciones de 2006, Camerún fue eliminada en la tanda de penaltis ante su clásico rival, Costa de Marfil. En el lanzamiento número 23 de la que fue la tanda más larga de la historia de esta competición, Eto'o falló su segundo tiro después de que los dos equipos hubieran anotado todos sus penaltis.