Осенью 1939 года, после ликвидации Польши и передачи Виленской области Литве, в Вильно возвратился митрополит Елевферий (Богоявленский). Митрополит Феодосий в декабре 1939 года воссоединился с Московской Патриархией в сане архиепископа на покое. Проживал до кончины в виленском Свято-Духовом монастыре, где и был похоронен.