O navio originalmente não seria rendido sob os termos do armistício, porém foi substituído no lugar do cruzador de batalha SMS "Mackensen", que estava incompleto. Assim, o "Baden", em vez de ter partido em 21 de novembro para Scapa Flow na Escócia junto com a Frota de Alto-Mar, só deixou a Alemanha em 7 de janeiro de 1919. A Marinha Real inspecionou a embarcação no dia 9, porém muitos dos instrumentos técnicos, incluindo os de artilharia, tinham sido removidos antes dele ter partido. A frota permaneceu internada durante as negociações da Conferência de Paz de Paris que resultaram no Tratado de Versalhes. O contra-almirante Ludwig von Reuter, que substituiu Hipper no comando da frota, descobriu que a data limite da assinatura do tratado era 21 de junho. Reuter concluiu que o Reino Unido tentaria tomar os navios alemães assim que os termos do armistício chegassem ao fim com a assinatura do tratado. Para que isso não ocorresse, ele decidiu deliberadamente afundar todas as suas embarcações. A frota britânica que estava de vigia deixou Scapa Flow na manhã do dia 21 para realizar exercícios, com o contra-almirante emitindo suas ordens de afundar às 11h20min. O "Baden" foi o último grande navio a iniciar o processo de afundamento, com as forças britânicas no local conseguindo tomar o controle da embarcação e encalhá-la antes que pudesse afundar totalmente. O tenente-comandante Bruce Fraser liderou os marinheiros britânicos que entraram no "Baden". Foi o único couraçado alemão que não afundou durante a operação. Ele foi levantado do mar em julho, sendo em seguida rebocado até a base naval britânica em Invergordon.