Redan 1998 flyttade Ottey till Slovenien, och hon började där träna för den slovenske tränaren Srdjan Djordjevic. I maj 2002 blev Ottey slovensk medborgare, och hon bor numera i Ljubljana där hon representerat sitt nya land i internationella sammanhang. Under OS i Aten 2004 tävlade Ottey för Slovenien och nådde där semifinal. Vid fyllda 46 år tävlade hon i 2006 års EM i friidrott, där hon slutade fyra i semifinalen på 100 m men inte gick vidare till finalen som vanns av Kim Gevaert, Belgien.