Александрос Маврокордатос брав участь у битві при Пета (1822), потім керував геройським захистом Міссолонгі. З 1823 року внаслідок посилення військової партії Маврокордатос відмовлявся від найважливіших політичних посад, не бажаючи подавати привід до розбратів. На Тройзенських зборах (1827) його ім'я багатьма називалося як ім'я бажаного президента грецького уряду, але військова партія перемогла, і був обраний Іоанніс Каподістрія. При в'їзді останнього до Греції Александрос Маврокордатос надав себе в його розпорядження і впродовж деякого часу займав місце у фінансовому управлінні — фактично служив міністром фінансів Греції. Проте, незадоволений як фінансовими, так і адміністративними заходами президента, він подав у відставку і перейшов в рішучу опозицію. Після смерті Каподістрії він був віце-президентом Національних зборів 1832 року.