מאז תום המונדיאל, לא חזר איסה לסגל דרום אפריקה במשך שלוש וחצי שנים, עד שזומן על ידי טד דומיטרו לסגל הנבחרת לקראת גביע אפריקה לאומות 2006. איסה שותף בכל שלושת משחקיה של דרום אפריקה בטורניר, שהסתיימו ללא נקודות וללא שערים במקום האחרון בבית. היו אלו משחקיו האחרונים במדי הנבחרת, ובסך הכול ערך 47 הופעות במדי הנבחרת.