Nach seiner Machtübernahme besuchte Amin als erstes Land Israel und wurde dort von Verteidigungsminister Mosche Dajan empfangen. Israel trainierte einen Großteil der ugandischen Armee und rüstete sie auch aus. Außerdem wurden von Israel mehrere Bauprojekte in Uganda ausgeführt. Als Israel sich aber weigerte, Uganda mit Kampfjets für den Krieg mit Tansania auszurüsten, geriet Amin in Zorn auf seinen Verbündeten. Noch im Februar 1972 besuchte Amin Libyen (an Bord eines israelischen Flugzeugs) und traf den dortigen Diktator Muammar al-Gaddafi. Nach dem Besuch nahm Amin eine anti-israelische Position ein und wurde zum großen Kritiker Israels. Alle Israelis wurden aus Uganda ausgewiesen, in die ehemalige Botschaft Israels zog die PLO ein und am 30. März 1972 brach Uganda die diplomatischen Beziehungen mit Israel ab.