Den 13 oktober 2006 utsåg honom till den åttonde generalsekreteraren och han efterträdde officiellt Kofi Annan den 1 januari 2007. Ban stod i spetsen för ett flertal större reformer av FN:s fredsbevarande arbete och dess anställningspraxis. Diplomatiskt engagerade han sig särskilt för Darfurkonflikten, där han övertalade Sudans president Omar al-Bashir att tillåta fredsbevarande styrkor; och för den globala uppvärmningen där han utövade starka påtryckningar mot USA:s president George W. Bush. Ban har blivit kritiserad av FN:s interna revision, United Nations Office of Internal Oversight Services (OIOS), som hävdat att under hans ledning blev alltmer ovidkommande.