2. května 1945 byl Fritzsche zatčen sovětskými vojáky a byl souzen před Norimberským tribunálem, kde byl obviněn ze spolčení ke spáchání zločinů proti míru, válečných zločinů a zločinů proti lidskosti. Později byl obviněn ještě z dalších trestných činů a odsouzen na devět let, následně byl ovšem tribunálem osvobozen, protože vyšlo najevo, že nikdy osobně nepodněcoval ke genocidě Židů a ve dvou případech se dokonce pokusil zastavit zveřejnění rasisticky zaměřených novin Der Stürmer. V září 1950 byl propuštěn a zemřel o 3 roky později na rakovinu.