Vieira syntyi Bissaussa ja opiskeli alun perin sähkömieheksi. Vuonna 1960 hän liittyi Amílcar Cabralin PAIGC-puolueeseen, jonka tavoitteena oli Portugalin Guinean ja Kap Verden itsenäisyys. Vieira nousi merkittävään asemaan puolueessa Guinea-Bissaun itsenäisyyssodan aikana. Hän osoitti sodan kuluessa johtamistaitojaan. Vieira tunnettiin sodan aikana nimellä "Nino".