1990 und 1991 trat er wieder für McLaren-Honda an und gewann zwei weitere Male den Weltmeistertitel. Prost war inzwischen zu Ferrari gewechselt. Dabei kam es beim Großen Preis von Japan 1990 abermals zu einer Kollision zwischen Senna und Prost. Vor dem Qualifying hatten die Rennkommissare Sennas Bitte entsprochen, die Pole-Position von der Fahrbahninnenseite auf die Außenseite zu verlegen, da bereits in den beiden Vorjahren zu erkennen war, dass der Fahrer auf der Fahrbahninnenseite durch den dort vorhandenen Schmutz Nachteile beim Start hatte. Nachdem Senna im Qualifying die schnellste Runde gefahren war, entschied die FISA, den ersten Startplatz auf der Fahrbahninnenseite zu belassen und keine Änderung der Startplätze vorzunehmen. Prost konnte beim Rennstart den Traktionsvorteil der Ideallinie nutzen und ging in Führung, Senna drängte ihn jedoch in der ersten Kurve absichtlich ab, wie er ein Jahr später zugab. Dieses Mal hätte Prost gewinnen müssen, um seine WM-Chancen zu wahren.