Окупација Краљевине Југославије и проглашење усташке Независне Државе Хрватске, априла 1941. године, затекли су га у Загребу. Јула 1941. године одлази у Земун, где организује диверзантске акције. Почетком јуна 1941. године, Иван Стево Крајачић је организовао потказивање Мустафе Голубића немачком Гестапу. Гестапо је 7. јуна провалио у стан где се сместио Мустафа Голубић и ухапсио га. Након тога се по упутству Јосипа Броза Тита враћа у окупирани Загреб.