Au cours de ces années, les archives recueillent des informations sur divers conflits, en particulier la seconde guerre du Schleswig de 1864 entre le Royaume de Prusse et l'Empire d'Autriche d'une part, et le Royaume de Danemark de l'autre. Les fonds de l'agence de Bâle contenant des fichiers sur les prisonniers de guerre pendant la guerre franco-prussienne (1870-1871) - un total de 12 mètres linéaires - sont repris par les archives du CICR dans les années suivantes. Il en va de même pour les documents de l'Agence de Trieste sur les prisonniers de guerre pendant la crise des Balkans (1875–1878) dont le fonds mesure un mètre linéaire.