Allix war durch seine Ernennung zum Kommandeur des Artillerie- und Genie-Korps von besonderer Bedeutung für den 8. Armee-Korps während des Russlandfeldzugs. Nach einer schweren Niederlage im Zuge der Verfolgung des russischen Generals Pjotr Iwanowitsch Bagration durch Jérôme Bonaparte befanden sich die Truppen in einem angeschlagenen Zustand, als es am 7. September 1812 zur Schlacht bei Borodino kam. Dort erhielt General Allix große Anerkennung von französischer und westphälischer Seite für seine Leistungen als Kommandeur der westphälischen Truppen, wurde jedoch während der Schlacht verletzt. Es folgte der schwere Rückzug der napoleonischen Seite aus Russland, in dem Allix gezwungen war, viele der ihm unterstehenden Artilleriegeschütze in der Nähe von Smolensk am Berg Valutina-Gora wegen des Wetters zurückzulassen. Aufgrund der großen Verluste während des Feldzugs kehrte er als einer von Wenigen nach Kassel zurück.