Mensah spielte für die Ghanaische U-20 Auswahl, die 2009 die U-20-Fußball-Weltmeisterschaft gewann. Am 5. Januar 2010 stand Jonathan Mensah erstmals auch für die A-Nationalmannschaft Ghanas auf dem Platz. In den Vorbereitungsspielen für die Weltmeisterschaft 2010 in Südafrika wurde er noch einige Male eingesetzt und in den WM-Kader der Afrikaner aufgenommen. Bei der WM kam er zu drei Einsätzen.