כעבור חודש, נרצח רוברט קנדי בלוס אנג'לס, מה שהוביל את האמפרי לחזור לביתו במינסוטה ולחשוב על המשך מסע הבחירות. האמפרי לקח חופשה של שבועיים ממסע הבחירות. הוא נפגש עם הנשיא ג'ונסון למשך שלוש שעות. ההתנקשות הבטיחה להאמפרי את הניצחון. האמפרי טען שלעולם לא רצה לנצח כך. תומכי קנדי רבים עברו לתמוך בהאמפרי, אולם הוא איבד תמיכה כספית מתומכים רפובליקניים שדאגו מתמיכת צירי קנדי, והתמיכה העממית עברה למקארתי. בנאומו בפני 50,000 איש ב-24 ביוני מול אנדרטת לינקולן, זכה לקריאות בוז אף על פי שנחשב לתומך זכויות האזרח. רבים חשבו שמדובר בתגובה אירונית, בהתחשב בכך שעשרים שנה קודם לכן זכה לקריאות בוז בוועידה הדמוקרטית עקב תמיכתו בזכויות האזרח. הוא ניסה להגן על עצמו מול תוקפיו הליברלים, אולם לעיתים קרובות תקפו אותו מפגינים נגד המלחמה. בסוף יוני היה ברור שהאמפרי עומד לנצח, אולם שהיה קרוב מדי לג'ונסון. האמפרי ביקש מג'ונסון רשות לסטות מעמדת הממשל ולהציע תוכנית להפסקת ההפצצות ולהסגת כוחות, וג'ונסון סירב בטענה שהדבר יפגע בתהליך השלום ויסכן חיילים. הוא טען שאם האמפרי יכריז על כך, דם חתנו ששירת בווייטנאם יהיה על ידיו.