Kunigunda férjével való kapcsolata boldog volt, csak Ottokár magyarok iránti ellenszenvét nem szerette. Nem tudta elsimítani férje és nagybátyja, V. István valamint unokatestvére, Kun László magyar királyok közötti konfliktusokat. 1278-ban unokatestvére a második morvamezei csatában legyőzte férjét, és Kunigunda özvegyen maradt három gyermekével. Férje halála után kiskorú fia, Vencel herceg gyámja volt.