В византийское время в Эрехтейоне был устроен христианский храм. Вплоть до XVII века постройка находилась в более-менее приличном состоянии. В 1687 году венецианские войска, осаждая Афины, нанесли Эрехтейону огромный ущерб. После восстановления греческой независимости упавшие фрагменты были поставлены на место, но здание всё равно представляет собой лишь развалины. Лучше всего сохранился портик Пандросы с северной стороны.