Morgenthau war der Sohn von Henry Morgenthau sen. und dessen Ehefrau Josephine (geb. Sykes). Sein Vater war von 1913 bis 1916 amerikanischer Botschafter in Konstantinopel (heute Istanbul). Dieser wurde in der Türkei Zeuge des Genozids an den Armeniern und verfasste einen Bericht, der 1918 in den Vereinigten Staaten veröffentlicht wurde.