С началом Второй мировой войны Бауэр был назначен руководителем военной школы горной-стрелковой подготовки в Фульпмесе, а в 1942—1943 годах в звании майора командовал горно-стрелковым батальоном и участвовал в боях на Центральном и Западном Кавказе.