Проте активний наступ радянських військ робив неможливим ефективну оборону протекторату. Ситуацію погіршило і народне повстання чехів у Празі, що розпочалося 5 травня. Збільшились колони біженців з Сілезії, поранені солдати прибували десятками тисяч. В протекторат рухалися незліченні урядові установи. Були поширені чутки, що область стане полігоном для нової диво-зброї, яка принесе німцям перемогу, або про те, що Шернер планував перетворити протекторат в останній пункт німецького опору. З'явилися листівки, що закликали до формування жіночого «Вервольфу». У великих кількостях готувались пастки для танків. Незважаючи на прохання чеських повстанців про допомогу, Ейнзенхаурер віддав наказ Паттону не рухатися до Праги. До міста 9 травня ввійшла радянська армія.