Tiden som förbundskapten blev framgångsrik då Hodgson tog landet till dess första VM-slutspel sedan 1966. Schweiz kvalade in till VM 1994 efter att ha kommit tvåa i sin kvalgrupp, bakom blivande VM-finalisten Italien och före bland annat Portugal. I slutspelet åkte man ut i åttondelsfinalen efter förlust mot Spanien. Efter att enkelt ha fört landet också till det stundande EM-slutspelet i England 1996 hoppade han av sitt uppdrag för att ta sig an italienska storklubben Inter som just haft två misslyckade säsonger med en trettonde- och en sjätteplats i ligan.