Os animais nativos da América do Sul pertencem, em sua maioria, ao chamado domínio neotrópico da zoogeografia. Quando as Américas uniram-se pelo istmo do Panamá, a fauna terrestre e de água doce migrou do Norte para o Sul e vice-versa. Este foi o denominado Grande Intercâmbio Americano, que atingiu seu ápice por volta de três milhões de anos atrás. A fauna das florestas tropicais carateriza-se pela abundância de macacos, antas, roedores e répteis. Os mais característicos membros da fauna amazônica são o peixe-boi, mamífero aquático e vegetariano, e a piranha. A região dos Andes, as estepes frias e desertos da Patagônia possuem uma fauna peculiaríssima, como os quatro membros do ramo americano de camelídeos: guanaco, lhama, alpaca e vicunha. A pradarias situadas no sul do Amazonas possuem uma fauna caracteristicamente transicional. Nessa área ocorrem espécies tropicais, ao mesmo tempo que animais das regiões mais frias.