وی همچنین در تیم ملی فوتبال ارمنستان بازی کرده است. آندونیان نخستین بازی ملی خود را در انتخابی جام ملت‌های اروپا ۲۰۱۶ در تاریخ ۲۹ مارس ۲۰۱۵ در مقابل آلبانی انجام داده است.