Do vai trò hết sức quan trọng, bảo vệ đầu não Chính quyền Việt Nam Cộng hòa, nên Quân đoàn được xem như cái chốt quan trọng quyết định sự thành công hay thất bại của các cuộc đảo chính. Vì vậy, khi cuộc đảo chính 1960 nổ ra, các chỉ huy quân đảo chính lập tức bắt giữ tướng Thái Quang Hoàng, vô hiệu hóa Bộ tư lệnh Quân đoàn III và Quân khu Thủ đô. Dù sau đó, các lực lượng dưới quyền Quân đoàn đã tự động tổ chức phản kích và đánh bại quân đảo chính, Tổng thống Diệm vẫn cáo buộc tướng Thái Quang Hoàng không đủ năng lực để phản ứng với cuộc đảo chính, vì thế đã điều chuyển ông sang giữ chức vụ Chỉ huy trưởng Trường Đại học Quân sự và kiêm Quân trấn trưởng Đà Lạt.