В 2011 году Инносент Эмегара выступал за молодёжную сборную Швейцарии. Дебютировал в команде 9 февраля в товарищеском матче со сборной Украины. На 21-й минуте встречи форвард забил свой первый гол за команду. Эмегара принимал участие в молодёжном чемпионате Европы 2011.