1937 wurde Kohn emeritiert. Watzka, der sich 1934 habilitiert hatte, übernahm erst stellvertretend, dann hauptamtlich die Lehrkanzel. 1939 wurde die „Rest-Tschechei“ vom nationalsozialistischen Deutschen Reich besetzt und annektiert. Kohn „genoss ... noch ein wenig Schonzeit. ... Er musste den berüchtigten Gelben Stern zur Kenntlichmachung als Jude tragen, wohnte aber noch in seiner alten Wohnung in der Ječná 9, mit seiner Haushälterin, der treuen Anna.“ 1943 wurde er im KZ Theresienstadt interniert. Er überlebte dank ihn schätzender nationalsozialistischer Kollegen wie Watzka und des Gynäkologen Hermann Knaus. „Watzka hing an seinem alten Professor wie an einem Vater, aber er war auch ein frühes Mitglied des Sudetendeutschen Freikorps. So begleitete er Kohn nach Theresienstadt, wahrscheinlich in SS-Uniform, und sorgte für gute Unterkunft und anständige Behandlung.“ Mit der Ankunft der Roten Armee im Mai 1945 kam Kohn frei. Die ‚treue Anna‘, Anna Zítková, Arierin, hatte nach seiner Internierung die Wohnung auf sich umschreiben lassen und „wartete schon auf ihn“. Als die Wohnung des ehemaligen Professors der deutschen Universität konfisziert und ihm die Altersrente entzogen werden sollte, intervenierte der zum Minister aufgestiegene Gatte einer ehemaligen Studentin.