Nach der Plünderung Roms im Mai 1527 quittierte Luigi den venezianischen Dienst und zog sich nach Castelgoffredo zurück. Ab 1529 kam es zu einer Annäherung zwischen Markgraf Federico II. und dem Kaiser. Bei der Ankunft von Karl V. in Italien, reiste Luigi Alessandro im Auftrag Federicos zur Huldigung nach Genua. Am 5. November 1529 nahm er am feierlichen Einzug des Kaisers in Bologna teil und ebenso war er bei der Krönung des Kaisers am 24. Februar 1530 anwesend. Dem folgte am 25. März der Besuch des Kaisers in Mantua bei dem in einer feierlichen Zeremonie Federico II. Gonzaga die herzogliche Würde verliehen wurde. Nach einer zweijährigen Ruhephase, die er zum Ausbau seiner Residenz Castelgoffredo nutzte, gingen ihm die Finanzen aus und er nahm wieder militärische Aufgaben wahr. Im Sommer 1532 trat er den kaiserlichen Truppen Karls V. in Österreich bei, um sich dem türkischen Vormarsch zu stellen, aber nachdem die osmanische Gefahr überwunden war, kehrte er im Oktober nach Italien zurück. Im August des folgenden Jahres reiste er noch einmal nach Spanien, um für den Herzog von Mantua den Anfall von Montferrat zu regeln. Diese Mission blieb erfolglos, da der Fall einer juristischen Kommission überlassen wurde.