El a fost atras mai aproape de naționalism în timpul războiului mondial. A denunțat persecutarea românilor din Transilvania și a fost dezamăgit de oferta austriacă de anexare a Bucovinei la Republica Populară Ucraineană. La sfârșitul anului 1918, Isopescu-Grecul încă sprijinea autonomia sau independența Bucovinei și Transilvaniei în dauna unirii cu Regatul României, promovând Doctrina Wilson. În timpul dezordinilor din Viena, de după război, el și Iuliu Maniu au organizat unități de apărare formate din români încorporați în Armata Comună, care au acționat ca o forță polițienească și au restabilit ordinea. Odată procesul de unire dintre Bucovina–Transilvania și România fiind inițiat, Isopescu-Grecul a acceptat rezultatul. A continuat să servească drept consul român la Viena și Praga în cea mai mare parte a Războiului româno-ungar, când a fost favorabil stabilirii unei alianțe trainice între România și forțele ungare conservatoare.