W reprezentacji Indii Chhetri zadebiutował w 2005 roku. W 2007 uczestniczył w eliminacjach Mistrzostw Świata 2010. W meczach z Libanem zdobył dwie bramki. W 2008 Chhetri znalazł się w kadrze na AFC Challenge Cup. Była to druga edycja turnieju, odbywała się ona na terenie Indii. Podczas turnieju Chhetri zdobył 4 bramki, w tym 3 w finale z Tadżykistanem, dzięki czemu został MVP meczu. Wygranie tego turnieju oznaczało dla reprezentacji Indii wywalczenie awansu do Pucharu Azji 2011, po 27-letniej przerwie. Dotychczas w reprezentacji rozegrał 101 spotkań i strzelił 64 bramki.