Első versei 1938–39-ben jelentek meg a "Napkelet," az "Élet" és a "Vigilia" nevű lapokban. 1941–44-ben az "Élet" segédszerkesztője volt. 1944 novemberében behívták katonának. 1945 februárjában került a németországi Harbach faluba, ahol – itt és más lágerekben betegeskedve – megláthatta a koncentrációs táborok szörnyű világát, ami meghatározta egész életét és a költészetét. 1945 őszén térhetett vissza szülővárosába. 1946–1948-ban az "Újhold" társszerkesztője volt, de erős kötődések fűzték a "Vigilia" és a "Válasz" csoportosulásaihoz. Az utóbbi és a "Magyarok" közölte verseit. Első verseskötetét a Szent István Társulat adta ki 1946-ban, mellyel a következő évben Baumgarten-díjat kapott. 1947–48-ban római ösztöndíjjal több hónapot Olaszországban töltött. 1949-től nem publikálhatott. Ez idő alatt verses meséket írt, és egy ilyen típusú könyvvel "(Aranymadár)" térhetett vissza az irodalmi életbe. 1955. október 12-én feleségül vette Márkus Anna festőművészt, de néhány hónap múlva el is váltak. (Anna az 56-os forradalom után Párizsba emigrált, ahol újból férjhez ment, de Pilinszkyvel mindvégig jó barátságban maradtak.) 1956-ban rövid ideig a "Magvető Könyvkiadó" lektora. 1957-től az "Új Ember" katolikus hetilap belső munkatársa volt. Nagyrészt itt jelentek meg tárcái, vallásos és bölcseleti elmélkedései, művészeti kritikái.