Im Juli 1999 kehrte Pereira nach Osttimor zurück, einen Monat vor dem Unabhängigkeitsreferendum. In der im September 2000 gegründeten Partido Social Democrata (PSD), einer Mitte-rechts-Partei, wurde Pereira stellvertretender Vorsitzender. Im Conselho Nacional de Resistência Timorense (CNRT), dem Dachverband der osttimoresischen Unabhängigkeitsbewegung, war er von 1999 bis 2001 der PSD-Vertreter und Leiter der nationalen Notfallkommission. Von 1999 bis 2000 leitete Pereira die Nationale Notfallkommission, die sich um die notleidende Bevölkerung nach der Gewaltwelle der Milizen kümmerte. Von 2000 bis 2001 war er Mitglied des National Consultative Council (NCC) und dessen Nachfolger, dem National Council (NC), die die Bevölkerung Osttimors in der UN-Verwaltung vertraten. Hier wurde Pereira zum stellvertretenden Sprecher, Vorsitzender des ständigen Ausschusses für Budget und Finanzen und Vizevorsitzender des ständigen Ausschusses für politische Angelegenheiten.