Своєю грою за цю команду привернув увагу представників тренерського штабу «Баварії», до складу якого приєднався у липні 1993 року за 1 187 300 євро. У першому сезоні 1993/94 Ціклер здебільшого виходив на заміну, але з наступного року став гравцем основного складу і допоміг баварцям здобути сім німецьких чемпіонств, чотири німецькі кубка, а також п'ять кубків ліги Німеччини. Також у сезоні 1995/96 Ціклер з командою став переможцем Кубка УЄФА (вісім ігор і дві гольові передачі під час кампанії), а у сезоні 2000/01 — Ліги чемпіонів, зігравши в тому числі і у фіналі проти «Валенсії», де вийшов на заміну на 100 хвилині замість Джоване Елбера і успішно реалізував свій післяматчевий пенальті, допомігши своїй команді святкувати перемогу у турнірі. В кінці того ж року виграв з командою і Міжконтинентальний кубок, проте на поле в тому одноматчевому турнірі не вийшов.