La cisterna proveía agua para el Gran Palacio de Constantinopla y otros edificios en el Capitolio, y continuó proveyendo agua al palacio de Topkapi tras la conquista otomana en 1453 y en los tiempos modernos. Los jardines del palacio se regaban con el agua de Yerebatan hasta que se construyó un sistema propio. Los otomanos preferían el agua corriente que el agua almacenada por lo que se dejó de utilizar hacia finales del siglo XIV. A mitad del siglo XVI el investigador neerlandés P. Gyllus (que estuvo en la ciudad entre los años 1544 y 1550) descubrió la existencia de la cisterna tras investigar los relatos de algunos vecinos que señalaban que en algunas casas había pozos en los sótanos de donde extraían agua y, a veces, peces. Gyllus descubrió las escaleras de acceso y realizó un estudio sobre el monumento que publicó en su libro de viajes. A mediados del siglo XIX se restauró después de ser usada como almacén de madera.