В 1989 году он получил японское гражданство и стал одним из ключевых игроков национальной сборной Японии. В сентябре 1990 года, когда Рамосу было 33 года, он впервые был вызван в сборную Японии на Летние Азиатские игры 1990 года. 26 сентября он дебютировал против Бангладеш. После своего дебюта он стал регулярно выходить в составе национальной команды. Вместе со сборной Рамос выиграл Кубок Азии 1992 года, на котором провел четыре матча. Под руководством главного тренера Ханса Офта Япония вышла в финальную стадию квалификации АФК к чемпионату мира 1994 года. Руй Рамос был на поле, когда надежда Японии сыграть в финальном турнире была разбита иракскими футболистами в компенсированное время последнего решающего матча, который японские болельщики окрестили «агонией в Дохе». В 1995 году Рамос также играл на Кубке Короля Фахда. Всего за сборную он провел 32 игры и забил 1 гол, завершив выступление за национальную команду в 1995 году.