W czerwcu 1939 Sekretariat Międzynarodówki rozwiązał Grupę i powołał Tymczasowy Ośrodek Kierowniczy KP Polski. Jego głównym działaczem pozostał nadal Mołojec. Pisał on: „Doszliśmy do wniosku, że w nowym programie musi się znaleźć kwestia niepodległości narodowej, ale nie niepodległości w ogóle, lecz taka, która jednocześnie wyzwoli lud polski od uścisku kapitalistyczno-obszarniczego, związana nierozerwalnymi więzami przyjaźni z narodami Związku Radzieckiego”. Po pakcie Ribbentrop-Mołotow 23 sierpnia 1939 kwestia odbudowy polskiej partii komunistycznej uznana została w Moskwie za nieaktualną. Tymczasowy Ośrodek został rozbity po delegalizacji KP Francji we wrześniu 1939 i aresztowaniu większości działaczy przez policję francuską. Mołojec przedostał się wówczas do Moskwy, gdzie w rozmowie z Zofią Dzierżyńską dowiedział się, że Komintern uznaje sprawę odtworzenia partii komunistycznej w Polsce za nieaktualną. W Moskwie Mołojec pisał memoriały do Kominternu wskazujące na konieczność szybkiej odbudowy partii komunistycznej w okupowanej Polsce. („Sprawa polska wiele straciła z powodu tego opóźnienia (…) w tej strasznej sytuacji komuniści i ich partia muszą dzielić los swojego narodu. Inaczej zostaną oskarżeni o to, że nie było ich w tym trudnym czasie. (…) Będzie to ogromna szansa dla ruchu komunistycznego, dla partii, aby ona stanęła na czele walki o niepodległość i nadała jej kierunek i charakter odpowiadający potrzebom wyzwolenia mas pracujących (…)”). Za program minimum uznał walkę z terrorem policyjnym, z germanizacją, przeciwko wywózce do Niemiec, uciskowi ludności żydowskiej, w obronie kultury polskiej oraz propagandę socjalizmu. Trudność bieżącą w realizacji tych celów widział w istnieniu „wyjątkowo dobrych stosunków ZSRR z Niemcami („Dlatego nie można uważać walki z Hitlerem za program na dziś. Ale w toku wojny mogą pojawić się dla nas w Polsce nowe możliwości” (…)”.