Po příjezdu vlády z Košic byla ČNR přinucena k ukončení činnosti. Jako nejvyšší správní úřad v českých zemích byl ustaven Zemský národní výbor (ZNV). V období od května 1945 do června 1945 zastával Kotrlý funkci místopředsedy Zemského národního výboru v Čechách (za ČSSD), záhy však musel (na sovětský nátlak) odstoupit. Po vynuceném odchodu ze ZNV byl Josef Kotrlý počátkem června roku 1945 přijat do diplomacie (byl jmenován ministerským radou na ministerstvu zahraničí). Ještě v červnu téhož roku (1945) byl jmenován generálním konzulem pro Kanadu a New Foundland s působištěm v Montrealu, kam nastoupil počátkem roku 1946. Funkci konzula zastával Josef Kotrlý jen do Února 1948. Na protest proti uchopení moci komunisty v ČSR Kotrlý na tuto funkci počátkem března 1948 rezignoval, nevrátil se do vlasti a zůstal nadále v kanadském exilu.