Po utworzeniu Tymczasowej Rady Stanu, Piłsudski objął w niej referat Komisji Wojskowej. 11 kwietnia 1917 Sosnkowski został jego zastępcą, jednocześnie prowadził działalność w Komendzie Naczelnej POW. Kolejne porażki Rosji w wojnie z państwami centralnymi sprawiły, że Piłsudski postanowił rozpocząć działania przeciwko dwóm pozostałym zaborcom. Zgodnie z tym kierunkiem polityki, wraz z Sosnkowskim, zrezygnowali z zasiadania w Komisji Wojskowej Tymczasowej Rady Stanu. Po tzw. kryzysie przysięgowym Sosnkowski został 22 lipca 1917 aresztowany razem z Piłsudskim. Następnie zostali wywiezieni przez Poznań i Piłę do Gdańska. Tam wojskowych rozdzielono. Sosnkowski był przetrzymywany 4 dni w tamtejszym więzieniu, skąd 6 sierpnia trafił do twierdzy w Wesel. 22 sierpnia został osadzony w twierdzy w Magdeburgu. Trafił do więzienia wyższego sądu wojskowego ("Oberkriegsgerichtgefängnis"), a Piłsudski przebywał w tamtejszej cytadeli. Początkowo obaj wojskowi nie mieli kontaktu, jednak po roku Sosnowskiego przeniesiono do pawilonu, w którym wcześniej osadzono Komendanta. Obu więźniów traktowano dobrze – mieli możliwość przeprowadzania długich dyskusji, gry w szachy, spacerowania, a nawet wychodzenia pod eskortą poza obszar cytadeli. Ze względu na wystąpienia rewolucyjne w Niemczech, obaj zostali zwolnieni 8 listopada 1918, pociągiem przewiezieni do Berlina, a następnie do Warszawy.