Опекун Фридриха, Иннокентий III, стремился организовать крестовый поход для укрепления политических позиций католической церкви в христианском мире, усиления её влияния во всех аспектах жизни. Эти соображения были включены в энциклику от 18 августа 1198 года, где папа выразил намерение объединить римскую церковь с византийской. Активная деятельность папы вернула крестовые походы в центр общественного внимания в Европе. Его идеи способствовали Четвёртому крестовому походу и стали центральной темой Четвёртого Латеранского собора в Трани, который открылся в ноябре 1215 года. Собор принял ряд решений о защите католической церкви от еретиков, а также постановил организовать новый, Пятый, крестовый поход. Фридрих был наконец признан римско-германским королём. Решения собора не отводили Фридриху какой-либо роли в предстоящем крестовом походе. 16 июля 1216 года Иннокентий III умер, и Гонорий III стал новым папой.