1895年乙未戰爭結束，1896年（明治29年）2月日本中央氣象台選派技手（技士）近藤久次郎來臺策畫籌設測候所事宜， 3月31日臺灣總督府發佈「敕令第九十七號」制訂測候所編制，由總督府民政局通信部海事課籌備測候所建設事宜。7月12日以「府令第二十一號」公布，測候所初創選定設立臺北、臺中、臺南、恆春、澎湖島等五處測候所定案，西元1897年（明治30年）1月1日正式成立「臺南測候所」。