Nel 2005 la Red Bull Racing lo ingaggia in F1 con il ruolo di Team Manager. Nel 2006 la Red Bull Racing consegue il suo primo podio al Gran Premio di Montecarlo con il pilota David Coulthard. Sarà il primo di una lunga serie di risultati positivi ottenuti dalla squadra sotto la gestione di Horner negli anni a venire, culminati con la prima vittoria della Red Bull Racing nel Gran Premio di Cina 2009 con Sebastian Vettel e con la conquista, sempre con il pilota tedesco, dei titoli mondiali piloti 2010, 2011, 2012 e 2013. In queste stagioni la squadra ha conquistato anche il campionato mondiale costruttori.