Тяжёлым ударом для города стала Тридцатилетняя война, не только приведшая к значительным разрушениям (в период между 1631 и 1642 годами Лейпциг был осаждаем целых пять раз), но и уменьшившая население города на треть: с 18 до 12 тысяч человек. Кроме того, Лейпциг стал свидетелем двух крупных сражений этой войны: брайтенфельдского 17 сентября 1631 года и лютценского 16 ноября 1632 года, причём в последнем на поле боя пал шведский король Густав II Адольф.