Efter att ha missat flera månader på grund av sin skada, återfick Fàbregas sin plats som ordinarie i Vicente del Bosques trupp. I juni blev han uttagen till laget i Fifa Confederations Cup 2009. Han gjorde sitt andra landslagsmål i 5–0-vinsten mot Nya Zeeland i gruppspelet. I semifinalen mot (som Fàbregas startade i), förlorade Spanien med 2–0, vilket var deras första förlust på 15 matcher.