Marilyn Manson svou hudbu od začátku cílil proti konzervativní, křesťanské společnosti lidí. Křesťanská sdružení jej několikrát za jeho kariéru zažalovala, sabotovala jeho koncerty, nebo tvořila veřejné protesty proti jeho tvorbě. Největší skandál v jeho životě nastal v roce 1999, kdy došlo k Masakru na High-School Columbine - mladými muži Eric Harris a Dylan Klebold, kteří ve škole zastřelili 13 lidí. Ačkoliv se nikdy neprokázala jejich spojitost s Marilynem Mansonem, společnost obvinila Briana Warnera za to, že ve své hudbě navádí mladé lidi k násilí. Tento skandál vyvrcholil protestem Křesťanské třídy před jeho koncertem a celá událost byla následně zfilmována do dokumentárního, nezávislého filmu Michaela Moora - Bowling for Columbine. Manson se během filmu obhájil tím, že společnost, ve které žijí vyvinula na chlapce příliš velký tlak a že za čin, který se stal mohou rodiče a společnost jako taková, ne jeho hudba. Následně pro incident v Columbine složil skladbu na své nové album Holy Wood - The Nobodies, ve které v textu celou událost komentuje slovy „"V ten den zemřely děti - měli jste v ten den vidět mou sledovanost"“.