Trenton kirkolliskokouksen aikana käytiin muun muassa Schmalkaldenin sota 1546–1547, jossa Saksan keisarin Kaarle V:n johdolla katoliset sotivat protestantteja vastaan Saksassa, pyrkimyksenään palauttaa protestanttiset ruhtinaskunnat katolisuuteen. Sota päättyi kuitenkin vuoden 1547 aselevon jälkeen lopulta Augsburgin rauhaan 1555, jossa tuli periaatteeksi ”kenen maa, sen uskonto”, jolloin saksalaisruhtinaat saivat itse päättää alueensa uskonnosta.