Les cités de Santorin étaient sûrement florissantes malgré l'activité volcanique qui s'est probablement manifestée à de nombreuses reprises. Vers 1600 , 1620 selon les dernières estimations, une éruption beaucoup plus puissante que les précédentes se déclare. Elle est très certainement précédée d'une activité volcanique suffisamment intense pour constituer une menace pour la population mais suffisamment faible pour lui laisser le temps d'évacuer l'île en vidant maisons et entrepôts dans des navires en partance pour d'autres cités. Cette hypothèse est soutenue par le fait que peu de denrées mais aussi peu de victimes furent retrouvées dans les décombres au .