En 1876 se convierte en presidente del Estado de Cauca debido a una forzada alianza entre el sector radical que lideraba y el sector mosquerista, para evitar la llegada al poder de los conservadores liderados por Carlos Albán. Conto se enfrentó con los otros líderes liberales como Julián Trujillo debido al extremismo de sus ideas. Durante su gobierno inició la persecución política de los conservadores, por quienes sentía un profundo resentimiento y en 1876 se enfrentó al alzamiento conservador. En 1877 manipuló las elecciones para convertir a su secretario Modesto Garcés en su sucesor en la presidencia estatal, en detrimento de los liberales mosqueristas. Estas prácticas corruptas, sumadas a los graves abusos de poder cometidos durante la guerra, lo llevaron a tener que huir del país. Después fue cónsul en Londres, en 1884 representante del gobierno de Colombia en París durante las reclamaciones de la Compañía del Canal de Panamá. En 1885 fue reemplazado por Baltazar Borrero. Entre 1875 y 1876 fue Segundo Designado Presidencial.