Το 1939, σύμφωνα με το μυστικό πρωτόκολλο του Συμφώνου Ρίμπεντροπ-Μολότωφ, η Δυτική Βολυνία προσαρτήθηκε στη Σοβιετική Σοσιαλιστική Δημοκρατία της Ουκρανίας. Μέρος του τοπικού πληθυσμού είδε την αλλαγή αρχικώς ως απελευθέρωση από τον πολωνικό ζυγό. Ωστόσο, η αθεϊστική ιδεολογία του σοβιετικού καθεστώτος έγινε η νέα πηγή καταπιέσεως, αν και αυτή η καταπίεση στην Ουκρανία κατά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο ήταν σαφώς λιγότερο σκληρή από εκείνη στη Ρωσία της δεκαετίας του 1920. Η Λαύρα υπάχθηκε στο Πατριαρχείο Μόσχας και ευθύς χιλιάδες Ορθόδοξοι προσκυνητές από όλη τη Σοβιετική Ένωση αποτόλμησαν μια επίσκεψη μέσα στον πόλεμο στη Λαύρα, καθώς φοβόντουσαν ότι θα είχε την τύχη όλων των άλλων μονών της χώρας, που είχαν κλείσει. Αυτό δεν έγινε, παρά το ότι η Λαύρα ερευνήθηκε εξονυχιστικά και τα ζώα της, το ορφανοτροφείο και άλλα ιδρύματα προσφοράς που παρείχε προς την κοινότητα κατασχέθηκαν αμέσως: Οι τεράστιοι αριθμοί των επισκεπτών απέτρεψαν το καθεστώς από το να αναλάβει άμεση δράση εναντίον ενός προσκυνήματος που κατέστη και πάλι ένα καταφύγιο της Ορθοδοξίας.