За вријеме Отаџбинског рата (1812) Бенкендорф је испочетка био крилни ађутант при императору Александру I Павловичу и одржавао је везу главне команде са армијом под командом Багратиона. Затим, командовао је претходницом одреда барона Винцингеродеа. Након што је Наполеон I Бонапарта напустио Москву, Бенкенфорф је именован за команданта ове престонице. При гоњењу француске војске у повлачењу, налазио се у одреду генерала Кутузова, учествовао је у разним акцијама, заробио је три генерала и више од 6.000 нижих чинова.