Irak yönetiminin Kürt karşıtı politikaları 1980'lerle birlikte hız kazanmış, İran Irak Savaşı sırasında da şiddetli bir şekilde devam etmiş, 1986'da başlayan ve 1989'da son bulan Enfal Operasyonu dahilinde 100.000 ile 150.000 (ve daha fazlası) civarında Kürdün katledildiği tahmin edilmiş, Kürt halka karşı kimyasal silahlar kullanılmıştır; örneğin "Halepçe Katliamı" olarak da anılan ve Mart 1988'de gerçekleşen Halepçe'ye zehirli gaz saldırısında 3200-5000 kişi olay anında ölmüş, 7000-10000 kişi yaralanmıştır. Birinci Körfez Savaşı sonrasın 1991'deki ayaklanmalarla birlikte, 1970'ten beri kâğıt üzerinde geçerli olan Kürt Özerk Bölgesi "de facto" olarak da özerklik kazanmış, BM'nin koruması altına girmiştir. Bununla birlikte 1990'larda bölgedeki güçlü iki Kürt partisi Kürdistan Demokrat Partisi ve Kürdistan Yurtseverler Birliği arasındaki gerginlikler tırmanmış ve iç çatışma gerçekleşmiştir. Bu çatışmalar gerek çeşitli programların olumlu etkileri gerekse ABD'nin doğrudan müdahaleleri ve arabuluculuğu ile birlikte 1998'de sona ererken, petrolden gelen kazanç bölgenin refah düzeyinin artmasına sebep olmuştur.