1 вересня 1939 р. Німеччина вторглася в Польщу. Вермахт відтіснив польські війська за лінію, узгоджену з Радами. Німці взяли під контроль Люблінське воєводство та східне Варшавське воєводство. Коли 17 вересня Червона Армія вторглася в Польщу, радянські війська захопили Вільнюський регіон, який згідно з радянсько-литовськими договорами 1920 і 1926 років був визнаний Литвою. В результаті Ради та німці переглянули секретні протоколи пакту Молотова – Ріббентропа. 28 вересня 1939 р. Вони підписали Договір про межу та дружбу. У її таємному додатку було зазначено, що для компенсації Радянському Союзу окупованих німцями польських територій Німеччина передає Литву, за винятком невеликої території в Сувалкії, до радянської сфери впливу. Обмін територіями також був мотивований радянським контролем над Вільнюсом: Радянський Союз міг чинити значний вплив на литовський уряд, який претендував на те, що Вільнюс є його столицею "де-юре." У секретних протоколах як Радянський Союз, так і Німеччина чітко визнавали інтерес Литви до Вільнюса.