След образуването на Англо-египетски Судан голяма част от региона на Екватория е включен в състава му като една от 8-те му провинции. През 1948 година от Екватория се отцепва Бахър ал Газал в отделна суданска провинция. През 1976 Екватория отново е разделена на 2 отделни провинции – Източна и Западна Екватория. Регионът е разкъсван от насилие по време на Първата и Втората суданска гражданска война, както и антиугандийските бунтове, базирани в Судан, като Съпротивителната божия армия и Западнонилския фронт. Днес Източна, Западна и Централна Екватория са провинции на Южен Судан, който от 9 юли 2011 е независима държава.