La carrière politique d'Isakov ne débute pas avec sa nomination au ministère. Avant sa nomination, il siège au conseil de ville d'Och sous la bannière du parti social-démocrate. À la suite de la démission de Gulmira Kudaiberdiyeva, il entre au gouvernement le . Son programme inclut alors la production de manuels scolaires de meilleure qualité et la romanisation de l'écriture kirghize. Dans le cadre des manifestations post-électorales de 2020, le cabinet de Koubatbek Boronov est renversé. Bien qu'il soit initialement annoncé que les différents ministres resteraient en place, le gouvernement Japarov est finalement formé avec un personnel renouvelé. Almazbek Beichenaliev prend alors la place d'Isakov.