Opposé au coup d'État de 1955 mené par l'armée, avec l'appui de l'oligarchie et de l'Église, le PCA est frappé par la répression. Légalisé par Arturo Illia (1963-66), le parti fut dissous par la dictature de la Révolution argentine (1966-73), profondément anti-communiste. Il souffrit d'une scission importante en 1967-68, qui conduisit à former le Parti communiste révolutionnaire, plus virulent contre la dictature et plus proche de la mouvance péroniste. Durant les années 1970, le PCA s'opposa à la stratégie de guérilla soutenue par divers mouvements (dont certains de la Jeunesse péroniste ainsi que par l'ERP trotskyste) à la suite de la victoire de la Révolution cubaine (1959). Certains dissidents du PCA et de sa branche juvénile rejoignent les rangs des Forces armées révolutionnaires (FAR) et des Forces armées de libération (FAL).