Bush vaati Afganistanin talibanhallintoa luovuttamaan bin Ladenin Yhdysvaltoihin ja sulkemaan terroristien koulutusleirit. Kun tähän ei suostuttu, Yhdysvaltojen johtama liittouma aloitti hyökkäyksen maahan 7. lokakuuta johtaen edelleen jatkuvaan Afganistanin sotaan. Vuonna 2002 Yhdysvallat alkoi epäillä Irakin hallitsijan Saddam Husseinin pitävän hallussaan joukkotuhoaseita ja että hänellä on aktiivisia yhteyksiä terroristijärjestöihin. Yhdysvallat hyökkäsi Irakiin maaliskuussa 2003. Saddam syrjäytettiin ja lopulta teloitettiin, mutta väitettyjä joukkotuhoaseita ei löytynyt. Lyhyeksi aiottu sota pitkittyi, sillä Saddamin syrjäyttäminen nosti pintaan useita ääri-islamilaisia ryhmiä.