Baroš a fost suspendat pe termen nelimitat de către Asociația de Fotbal a Cehiei în aprilie 2009 din cauza indisciplinei, frecventând un club de noapte în timpul unui cantonament, alături de alți cinci jucători. Totuși, el a fost rechemat la națională de noul antrenor al Cehiei, Ivan Hašek. Pe 12 august 2009, s-a întors la națională cu gol, marcând din penalty în victoria de acasă, scor 3-1, în meciul amical cu Belgia. În următorul meci, Baroš a înscris patru goluri, record în cariera sa, în poarta celor din San Marino, într-un meci contând pentru calificările la Campionatul Mondial, câștigat de Cehia cu 7–0. A devenit al doilea jucător ceh care marchează patru goluri într-un meci internațional. A făcut parte din lotul care a jucat la Campionatul European din 2012. După acest turneu, în care Baroš nu a înscris nici un gol, el și-a anunțat retragerea de la națională, după ce a marcat 41 de goluri în 93 de meciuri. Este al doilea cel mai bun marcator al Cehiei din toate timpurile, după Jan Koller, care a marcat 55 de goluri.