Die Klosterkirche wurde ab 1829 Stein für Stein abgetragen und in Freiburg an der Ecke der heutigen Habsburgerstraße und der Rheinstraße als erster eigener Kirchenbau der noch jungen evangelischen Gemeinde in der Stadt wieder errichtet. Die Kirche in Freiburg hatte von der Bauweise her wenig mit der Abteikirche gemein, was beispielsweise an der unterschiedlichen Nutzung lag: In Tennenbach war es eine Klosterkirche, die sieben Mal am Tag den Riten, liturgischen Gesängen und Gebeten der Mönche einen würdigen Raum gab; in Freiburg sollte diese Kirche einer großen Gemeinde bei guter Akustik Platz bieten. Hübsch legte des Weiteren besonderen Wert darauf, dass der nach seiner Empfindung rein romanische Stil der Tennenbacher Kirche an ihrem neuen Standort von späteren, insbesondere gotischen Zutaten bereinigt wurde, indem alle spitzbogigen gotischen Fenster durch neoromanische Rundbogenfenster oder Rosenfenster ersetzt wurden. Gegenüber Tennenbach wurde die Ludwigskirche verkürzt sowie im Grundriss verbreitert und erhielt neben einer stark veränderten Einwölbung im Inneren eine völlig neue Fassade mit einem zusätzlichen Portal. Der neue von Hübsch entworfene ca. 60 Meter hohe Vierungsturm war besonders auf seine städtebauliche Wirkung angelegt.