L'identità del padre di Guinness non è mai stata ufficialmente confermata anche se si è ritenuto che egli discendesse dalla famiglia anglo-irlandese dei Guinness. Egli ebbe a ogni modo una figura chiave della sua vita, il banchiere scozzese Andrew Geddes, il quale sostenne i costi per i suoi studi privati. Geddes faceva visita occasionalmente a Guinness e a sua madre, presentandosi come uno zio. Guinness cominciò però sempre più a disinteressarsi a sua madre, ancor più quando questa si risposò con un uomo violento, rimasto scioccato psicologicamente da una ferita riportata nella Guerra d'indipendenza irlandese.