En esclatar la Guerra Civil, Aramburu es trobava de vacances amb la família a Catalunya. Va fugir a França i des d'aquí va passar a Lisboa, rumb a la zona controlada pels revoltats, on es va allistar com a voluntari, a l'octubre de 1936. Des de Sevilla va passar al front de Còrdova. Durant la Guerra va estar destinat en els batallons de Sapadors-Minadores núm. 2 i 6 i en el Regiment de Fortificacions núm. 2. Va participar en les batalles de Brunete i Terol (en la qual va resultar ferit), així com en la campanya de Santander i en diverses accions en els fronts d'Astúries, Guadalajara, Lleida, Barcelona i Tarragona. Les missions d'Aramburu van abordar labors de fortificació i reparació de carreteres, acompanyament a carros de combat i suport a contraatacs i destrucció de mines.