Další část země brzy urvali seldžučtí Turci, kteří nakonec zabrali i území předtím ovládnuté Byzantinci. Před islamizací tak z Arménie prchly tisíce lidí, včetně bagratovské královské rodiny. Usadili se v Kilíkii, na území dnešního Turecka (a zčásti Sýrie), při pobřeží Středozemního moře. Území tehdy ovládala Byzanc a byzantský správce Arménům umožnil zde nalézt nový domov. Ti však brzy ustavili i vlastní stát, který měl dokonce v určitých úsecích (zejména v letech 1198–1375) nezávislost. Tento státní útvar je znám jako Arménské království v Kilíkii. K upevnění arménské moci velmi přispěly křížové výpravy. V křižácích Arméni v Kilíkii získali mocné spojence. Nejvýznamnějším vládcem byl Leon II., který zdvojnásobil území království. Rozvrátili ho muslimští Mamlúkové roku 1375. Arménii z Kilíkie pak zčásti migrovali na Kypr. Ti, co zůstali, se ve 20. století zhusta stali oběťmi arménské genocidy.