Di utara, Uganda telah mendukung Tentara Pembebasan Rakyat Sudan (SPLA) dalam Perang Saudara Sudan Kedua melawan pemerintah Khartoum bahkan sebelum Museveni berkuasa. Dukungan yang berlanjut untuk SPLA, yang dipimpin oleh sahahat lama Museveni John Garang, memimpin Sudan untuk mendukung Tentara Perlawanan Tuhan (LRA) dan kelompok-kelompok pemberontak anti-Museveni lainnya pada pertengahan 1990-an. Ketidakamanan dan konflik-konflik yang muncul karena itu telah melahirkan sejumlah besar pengungsi, kematian dan kehancuran di Sudan selatan dan Uganda utara. Hubungan yang menghangat dengan Sudan sesudah itu melahirkan tekad untuk menghentikan dukungan kepada kekuatan-kekuatan yang memusuhi (dari kedua belah pihak) dan pemberian persetujuan kepada uPDF untuk menyerang LRA di Sudan sendiri.