Dopo l'attacco tedesco all'Unione Sovietica del giugno 1941, il sommergibile rimase bloccato a Leningrado e fu danneggiato durante un bombardamento aereo il 12 febbraio 1942. Al termine delle riparazioni l'"M-96" prese il mare nel maggio 1942, e il 14 agosto affondò il piroscafo finlandese "Helen" da 1.850 tsl., e nell'ottobre successivo partecipò ad uno sbarco di commandos nella baia di Narva, dietro le linee tedesche, per catturare una delle macchine cifranti Enigma.