Die Gebäude der Academy wurden im Loma-Prieta-Erdbeben 1989 schwer beschädigt. Zunächst wurde die Vogelhalle für die Öffentlichkeit geschlossen, weil sie nicht mehr sicher war. Das Steinhart Aquarium, dessen Konstruktionsmängel jetzt sichtbar geworden waren, hatte auch erheblich gelitten. Während der Ausarbeitung von Sanierungsplänen und Konstruktionsvorschlägen, um die Gebäude erdbebensicherer zu gestalten, stellte sich heraus, dass dafür ein sehr großer Aufwand nötig gewesen wäre. So entschied man sich, die alten Gebäude vollständig abzureißen und die Academy von Grund auf neu zu bauen.