Le , le Président Poutine le charge - en tant que Vice-Premier ministre - des opérations de sauvetage des marins du "K-141 Koursk". Le 20 ou , il annonce que la cause probable du naufrage était un « fort “impact dynamique externe” correspondant au “premier événement” », probablement une collision avec un sous-marin étranger ou un important bâtiment de surface ou que le sous-marin avait heurté une mine de la Seconde Guerre mondiale. Cette version sera par la suite officiellement rejetée par les autorités russes. En , Poutine nomme Klebanov Ministre de l'Industrie, de la Science et de la Technologie. Ce changement de portefeuille est vue par beaucoup comme une perte de faveur.