Во время отсутствия Зеруаля в Алжире началась гражданская война между правительством и исламскими фундаменталистами (организации Исламский фронт спасения, Вооружённая исламская группа и другие). В январе 1992 года военные свергли президента Бенджедида, управление страной взял верховный совет из восьми человек, Зеруаль вскоре вошёл в совет, был назначен министром обороны, а в 1993 году — избран главой совета и фактически главой государства.