1896 verpflichtete sich Joachim von Heydebreck für die Schutztruppe in Deutsch-Südwestafrika. Dort nahm er unter anderem an der Schlacht am Grootberg (1897/98) teil. Anschließend übernahm er das Kommando über eine Kompanie der Truppe. 1903 begleitete er Theodor Leutwein in den Süden zur Niederschlagung des Aufstands der Bondelswart. Während des Aufstands der Herero und Nama kommandierte er eine Artillerieeinheit.