Prats schlug Allende bei seiner Ablösung als Oberkommandierender General Augusto Pinochet zu seinem Nachfolger vor, der bisher sein Stellvertreter gewesen war und von dem er annahm, er sei zu der Verfassung loyal. General Pinochet übernahm seine Position am 23. August 1973. Der Rücktritt von General Prats räumte das letzte reale Hindernis für einen Militärputsch aus dem Weg, der genau drei Wochen später, am 11. September 1973 eintrat. Vier Tage nach dem Putsch, am 15. September 1973, ging Prats mit seiner Frau ins Exil nach Argentinien.