Nach dem Anschluss 1938 wurde für das Gebiet der ehemaligen Gemeinde Döllersheim, zu der auch Flachau gehörte, die Zwangsenteignung zur Errichtung eines militärischen Übungsplatzes angeordnet. Zusammen mit den umliegenden Weilern und Einzelgehöften "Bruggmühle, Steinmühle, Kernhäuser" und "Reithof" bestand der Ort damals aus 49 Häusern. Im Gegensatz zu den meisten anderen Ortschaften auf dem Gebiet des Truppenübungsplatzes wurde Flachau jedoch während des Zweiten Weltkrieges noch nicht vollständig entsiedelt. Ab 1940 war Flachau vor allem von sogenannten Zweitsiedlern bewohnt, also von Zwangsausgesiedelten, die sich mit ihrer Ablösesumme keine neue Existenz aufbauen konnten. Dazu kamen nach Kriegsende unter anderem aus der Tschechoslowakei vertriebene Sudetendeutsche. Ende der 1950er Jahre entschied die österreichische Bundesregierung endgültig gegen eine Wiederbesiedlung des Truppenübungsplatzes und sprach die Ländereien der heutigen Katastralgemeinde Flachau der Windhagschen Stipendienstiftung zu, welche alle Gebäude mit Ausnahme eines Hauses abreißen ließ um eine forstwirtschaftliche Nutzung zu ermöglichen. Die letzte Bewohnerin, Johanna Müller, verließ Flachau im Jahr 1970.