Phương diện quân tham gia các Chiến dịch Pskov-Ostrov và Chiến dịch Tartu. Sau khi giải phóng thành phố Riga, Bộ Tổng tư lệnh tối cao Liên Xô đã giải thể Phương diện quân Pribaltic 3 vào ngày 16 tháng 10 năm 1944. Bộ khung chỉ huy và tập đoàn quân 54 được rút về dự bị cho Bộ Tổng tư lệnh Tối cao. Các đơn vị còn lại được chuyển đến Phương diện quân Leningrad (tập đoàn quân 67), Phương diện quân Pribaltic 1 (tập đoàn quân 61) và Phương diện quân Pribaltic 2 (tập đoàn quân xung kích 1 và tập đoàn quân không quân 14).