Дуготрајан рат је умногоме ослабио привреду Републике која је у знатној мери профитирала од уносне трговине са Османским царством. Са друге стране, привреда Османске Империје није почивала искључиво на трговачким пословима, а у самом сукобу османлије су успеле да ојачају своју власт на острву превасходно захваљујући снажном вођству великих везира из Копрулске династије, а што је резултовало великом офанзивом 1666. године против Млечана. Офанзива која је трајала пуне две године сматра се најкрвавијим и најбруталнијим делом овог рата, а завршена је мировним преговорима према којима је цело острво и град Ираклион дошао под турску власт. Према том мировном уговору Венеција је сачувала неколико мањих острва изван Крита, и добила неколико територија у Даламцији. Незадовољство Млечана исходом овог рата довело је до новог сукоба (Морејски рат) непуних 15 година касније, сукоба из ког Венеција излази као победник иако острво Крит остаје под контролом Турака све до првог Балканског рата 1912. и коначног уједињења Грчке.