Durant ces deux années, les massacres de populations civiles sont à leur paroxysme. La junte militaire du général Efraín Ríos Montt pratique une politique de la terre brûlée et procède à des déplacements massifs de populations. Causant un nombre de morts resté imprécis mais que certains estiment jusqu'à deux cent mil, visant de fait les seuls paysans Mayas, ces massacres seront qualifiés de génocide.