1953 kehrte Bhutto nach Pakistan zurück und eröffnete eine Anwaltskanzlei in Karatschi. 1957 wurde er zum Mitglied der pakistanischen Delegation bei den Vereinten Nationen berufen. 1958 wurde er in der Regierung von Muhammed Ayub Khan, der durch einen unblutigen Staatsstreich an die Macht gekommen war, zunächst Handelsminister und übernahm später andere Ministerposten. Von 1963 bis 1966 setzte er sich als Außenminister für eine größere Unabhängigkeit von den westlichen Ländern und für engere Verbindungen zu China ein. Wegen seiner Opposition gegen den 1966 geschlossenen Frieden mit Indien nach dem Krieg um Kaschmir trat Bhutto als Außenminister zurück und gründete 1967 die Pakistanische Volkspartei (PPP), die ursprünglich den Aufbau der Demokratie und eine sozialistische Wirtschaft anstrebte.