После отделения Северной Каролины от Союза, Исаак вернулся в округ Барке и вместе со своим братом Альфонсо вступил в роту "Е" 6-го северокаролинского полка. Он командовал ротой в звании капитана, и участвовал в первом сражении при Бул-Ране. В 1862 голду, после сражения при Севен-Пайнс, Эвери получил звание подполковника, а 18 июня 1862 года стал полковником. В этом звании он участвовал в сражении при Гейнс-Милл, где был ранен и выбыл из строя до конца осени. Из-за ранения пропустил второе сражение при Бул-Ране и сражение при Энтитеме. В сражении при Фредериксберге тоже не участвовал, но его брат Кларк командовал 33-м северокаролинским полком в бригаде Джеймса Лэйна. После реорганизации армии его 6-й северокаролинский полк был включен в бригаду Роберта Хука.