Во время Тридцатилетней войны внук Адольфа I Готторпского герцог Фридрих III (1616—59) старался сохранить нейтралитет, но после поражения датского короля Кристиана IV при Луттере в 1626 году в герцогства вторглись императорские войска и опустошили их. Вскоре после вступления в управление герцогствами Фридрих III побудил шлезвиг-голштинских чинов отказаться от права избрания правителя и объявил с согласия Дании и германского императора преемство герцогской власти наследственным в его роде по праву первородства.