Varios miembros de este ejecutivo fueron reprobados por el Congreso de los Diputados, un hecho insólito hasta el momento en la democracia española y que en este Gobierno se repitió hasta en 6 ocasiones, afectando a 5 ministros. El primero de ellos fue el ministro de justicia, Rafael Catalá, reprobado el 18 de mayo de 2017 por su gestión del Caso Lezo. Le siguió el ministro de hacienda, Cristóbal Montoro, que fue reprobado el 29 de junio de 2017 tras publicarse la sentencia del Tribunal Constitucional que declaraba nulo el decreto de la llamada Amnistía Fiscal, aprobado por el propio Montoro en la anterior legislatura. Tras el verano fueron también reprobados el ministro del interior, Juan Ignacio Zoido, y el ministro de exteriores, Alfonso Dastis, en concreto el 24 de octubre de 2017, por el incumplimiento de la cuota de acogida de refugiados marcada por la Unión Europea. Dastis se convirtió pocos días después en el primer ministro de la democracia reprobado en dos ocasiones, tras aprobarse el 7 de noviembre de 2017 una moción motivada por sus declaraciones a la BBC, en las que atacaba a la escuela catalana. Por último, la ministra de Igualdad, Dolors Montserrat, fue reprobada por el Congreso el 29 de mayo de 2018, tan solo tres días antes de que se aprobara la moción de censura que puso fin a este Gobierno, por su gestión en materia de lucha contra la violencia de género.