Týmto sa skončil veľký organizovaný odpor voči benátskej vláde. Dve sprisahania v rokoch 1453 a 1460 neviedli k ničomu, ale vyústili do sprísnenia benátskej politiky proti ortodoxnej cirkvi. V roku 1527 bolo rýchlo a nemilosrdne potlačené povstanie na západe Kréty. Po páde Konštantínopolu v roku 1453 krétski šľachtici všeobecne akceptovali skutočnosť, že teraz už nie je nádej na pomoc zvonku. Prvou bola plánovaná vzbura Sizyfosa Vlastosa, ktorá obsahovala dokonca falošný list posledného byzantského cisára. Sprisahanie prezradili benátskym orgánom kňaz Ioannis Limas a Andrea Nigro, výmenou za peniaze a výsady. Bolo obvinených niekoľko ľudí a kňazov. V roku 1454 Benátky vydali odvetné opatrenie na päť rokov zakázali vysvätenie ortodoxných kňazov. Ďalšie sprisahanie bolo prezradené v roku 1460, čo viedlo Benátčanov k prenasledovaniu mnohých miestnych obyvateľov, ako aj gréckych utečencov z pevninského Grécka. V 16. storočí sa odohralo niekoľko ďalších menších povstaní ktoré boli rýchlo potlačene. Rastúca turecká moc v regióne ukázala, že ak sa podarí Kréťanom vyhnať Benátčanov, mohli by sa ľahko stať obeťou tureckej invázie. V polovici 16. storočia sa stal Kréta poslednou veľkou benátskou kolóniou, po strate Cypru v rokoch 15701571, v celom východnom Stredomorí. Kréta sa stále viac dostávala do týchto konfliktov. V roku 1471 počas prvej benátsko-tureckej vojny, osmanská flotila vyplienila východné časti ostrova okolo Sítie. Počas tretej benátsko-tureckej vojny Osmanská ríša požadovala uznanie nadvlády nad Krétou a vzdanie holdu. V júni 1538 osmanský admirál Chajruddín Barbarossa obsadil mestá ako Mylopotamos, Apokoronas a bez úspechu obliehal Chaniu a potom pochodoval do Rethymnii a Iraklia. Turci spustošili oblasť okolo Gazi a zničili pevnosti Mirabello, Sitia a Palaiokastro. Osmanské útoky pokračovali aj v roku 1539, keď sa vzdali obyvatelia Selina a jeho benátska posádka bola zajatá. Pevnosť Ierapetra rovnako padla ale pevnosť Kissamos úspešne odolávala.