世界貿易中心三號大樓曾遭遇兩次恐怖攻擊事件，一次在1993年2月26日，大樓因1993年世界貿易中心爆炸案而遭到嚴重破壞，在經過一段時間整修後，世界貿易中心三號大樓的飯店於1994年11月重新開放。第二次在2001年9月11日，大樓因九一一襲擊事件而遭到嚴重破壞，當日飯店客滿，並且在此招開年度會議，在美國航空11號班機撞向世界貿易中心北座大樓後，飛機的起落架殘骸掉落至飯店的屋頂上，消防員在北座被撞擊後，將飯店大廳設定為臨時避難所，盡力撤離在世界貿易中心三號大樓內生還的旅客，在過程中有消防員目擊有人從建築掉下來，以及從北座墜落的屍體。