En 1942 Daluege se convirtió en Protector Adjunto de Bohemia y Moravia —"Reichsprotektor"—, tras el asesinato de su antecesor en el cargo, Reinhard Heydrich. La tarde del 30 de mayo recibió órdenes telefónicas para que asumiera temporalmente los poderes de Heydrich. Aunque Konstantin von Neurath continuaba siendo nominalmente el "Reichsprotektor", en la práctica había sido despojado de su autoridad en 1941, por lo que Daluege actuó a todos los efectos como «Protector». Temiendo que el asesinato de Heydrich fuera el inicio de una sublevación general en todo el protectorado, Daluege organizó una operación policial a gran escala. En junio, junto con Karl Hermann Frank y otros oficiales de las SS, ordenó que las localidades checoslovacas de Lídice y Ležáky fueran completamente arrasadas en represalia por la muerte de Heydrich. Todos los hombres de ambas poblaciones fueron ejecutados "in situ", mientras que las mujeres y niños fueron deportados a los campos de concentración nazis y posteriormente asesinados. Durante algunas semanas más la represión se extendió por el resto del Protectorado de Bohemia y Moravia, y provocó la detención de varios miles de sospechosos.