Фон Шырах здаўся ў палон у 1945 годзе. На Нюрнбергскім працэсе Шырах асудзіў дзеянні Гітлера (разам з Альбертам Шпеерам). Бальдур казаў, што нічога не ведаў пра лагеры смерці. Ён прыводзіў доказы, што пратэставаў і падаваў скаргі Марціну Борману аб паляпшэнні ўмоў існавання яўрэяў. Фон Шырах сцвярджаў, што карані свайго антысемітызма ён знайшоў у кнізе Герны Форда «Міжнароднае яўрэйства». Першапачаткова Шыраху было прадстаўлена абвінавачванне ў злачынствах супраць чалавецтва за яго ролю ў фармаванні гітлерюгенда, але быў апраўданы па гэтаму абвінавачванню. Аднак, былы моладзевы лідар быў абвінавачаны ў злачынствах супраць чалавецтва за эпізод дэпартацыі венскіх яўрэяў. Яму прысудзілі 20 гадоў турэмнага зняволення з адбыццём ў турме Шпандау, што ў Берліне. 20 ліпеня 1949 года яго жонка, Генрыета, падала на развод, пакуль той знаходзіўся ў турме.