Градът придобива голямо политическо значение след 971 г., когато българската столица Велики Преслав е завладяна от византийците (вижте Българо-византийски войни). Преспа е едно от средищата на въстанието на комитопулите, които отхвърлят византийската власт от западните български земи. Изказана е хипотеза, че езерният град е резиденция на най-стария от четиримата комитопули – Давид, преди да бъде убит през 976 г. По-късно в града се установява Самуил, който, макар и без владетелска титла, на практика управлява сам българската държава след убийството на Арон през 987 г. и особено след пленяването на цар Роман в 991 г. На това основание се твърди, че през тези години Преспа се превръща в официална столица на царството. Съгласно "Енциклопедия „България“" градът е столица още от 973 до 996 г., според Кирило-Методиевската енциклопедия – поне до 1015 г., но много медиевисти не приемат това виждане. Според едни в периода след падането на Преслав поне до 986 г. държавно-политически център на България е град Средец. Други смятат, че Преспа никога не е бил официална столица на Самуилова България, за разлика от Скопие и Охрид.