Vaalivuonna 1965 syttyi myös Toinen Intian–Pakistanin sota. Ulkoministerinä toiminut Zulfikar Ali Bhutto ilmoitti, että Kashmirin konflikti ratkaistaan Ayubin hallintokaudella ja Kashmir vapautetaan Intian miehityksestä tarvittaessa sotatoimin. Vihamielisyydet Kashmirissa kärjistyivät sodaksi, mutta sota ei kestänyt kauaa. Yhdysvallat asetti molemmat maat aseidenvientikieltoon, joka koski Pakistania paljon pahemmin kuin Intiaa. Ayub joutui suostumaan YK:n välittämään aselepoon, joka johti Uzbekistanin neuvostotasavallassa solmittuun Taškentin sopimukseen.