In Chile war nach dem Sieg der Royalisten unterdessen Casimiro Marcó del Pont an Stelle Osorios als Gouverneur ernannt worden. Die Spanier bestraften die Revolutionäre hart, so wurden alle Revolutionäre, die die Spanier in Santiago aufgriffen, auf die Juan-Fernández-Inseln verbannt. Die Anführer der Rebellion Carrera und vor allem O’Higgins setzten sich daraufhin mit einer größeren Gruppe Anhänger in die argentinische Provinz Mendoza ab. O’Higgins schaffte es, sich mit dem Argentinier San Martín zu verbünden. San Martín hatte seine Kavallerieeinheit die "Granaderos" reorganisiert und führte diese zusammen mit der Provinzarmee von Cuyo (San Martín war gleichzeitig auch Gouverneur von Cuyo) und den Chilenen unter O’Higgins am Anfang des Jahres 1817 über die Anden. Am 12. Februar 1817 schlug er die Royalisten bei der Schlacht von Chacabuco vernichtend und konnte kurz darauf mit O’Higgins in einem Triumphzug in das befreite Santiago de Chile einziehen. Die Chilenen und Argentinier versuchten im Jahr darauf, mit vereinten Kräften die Spanier restlos aus Chile zu vertreiben. Die Spanier hatten nun jedoch wieder den erfolgreichen Feldherrn Osorio reaktiviert und dieser schaffte es am 18. März 1818 in der Schlacht von Cancha Rayada, die vereinten republikanischen Streitkräfte unter O’Higgins schwer zu schlagen. San Martín gelang es bereits am 5. April 1818 in der Schlacht von Maipú, die vorhergegangene Niederlage gutzumachen und die Spanier so schwer zu schlagen, dass sie sich nach Concepcion zurückzogen und von da an nicht mehr in der Lage waren, offensiv tätig zu werden. Die Schlacht von Maipú wird deshalb bis heute als die Entscheidung im chilenischen und argentinischen Unabhängigkeitskampf angesehen, obwohl es bis 1824 noch zu Kämpfen in Peru und auf der Insel Chiloé mit den Spaniern kam. Am ersten Jahrestag der Schlacht von Chacabuco (12. Februar 1818) proklamierte O’Higgins schließlich auch formal die Unabhängigkeit Chiles.