Az 1920-as években éjszakai díszkivilágítást és fűtőrendszert kapott, komoly változás azonban nem történt az épületen, bár Lechner Jenő már 1938-ban a torony gótikus arcának visszaállítását és a templom múzeummá alakítását szorgalmazta. Az 1944-es ostrom során több bombatalálat érte az épületet: a tornyon repedések keletkeztek, a 3-4. emelet északnyugati sarka leomlott; hosszházának tetőzete, a szentély és a kápolnák fala szinte teljesen beomlott. Az igazi pusztítást azonban a Mária Magdolna templom esetében sem a háború, hanem az 1950-es évek „helyreállítása” végezte: hiába készítette el 1946-ban Lux Kálmán a templom felújítási tervét, hiába kezdődött meg a tetőzet és a szentélyfal visszaépítése, 1950-ben – állítólag Rákosi személyes utasítására – az épületet mégis lebontották. Csak tornya menekült meg, néhány forrás szerint Csemegi József egy Rákosi-pantheon kialakításáról szóló mentőötletének köszönhetően.