После смерти Банера, в 1641 году, Торстенссон взял на себя главное командование войсками в Германии. Болезнь часто заставляла его следовать за войском в носилках, но не мешала ему наводить страх на врагов. В 1642 году Торстенссон, через Бранденбург и Силезию, вошел в Моравию, где крепость за крепостью сдавались ему. Чтобы не быть отрезанным от коммуникаций, он вернулся в Саксонию и там, при Брейтенфельде, разбил наголову имперские войска. Заняв Лейпциг и прозимовав там, он весною 1643 года, снова вторгнулся в Моравию, помог гарнизону в Ольмюце, а затем — по тайному поручению своего правительства — поспешил на север: ему было поручено командование в новой войне, вспыхнувшей между Швецией и Данией. Был момент, когда имперский полководец Галлас чуть было не запер Торстенссона в Ютландии, но шведы пробились.