南北戦争中のメグズの働きには、ユリシーズ・グラント中将のためにフレデリックスバーグやベルプレーン（1864年）の補給基地の指揮や、南軍ジュバル・アーリー中将がワシントンを襲ったとき（1864年7月11日-14日）の首都防衛に陸軍省雇員の師団を指揮したこと（スティーブンス砦の戦い）、ジョージア州サバンナでウィリアム・シャーマン少将の軍隊への補給を自ら監督したこと、およびノースカロライナ州ゴールズボロとローリーでシャーマンの補給線を再開させたこと（1865年3月-4月）が含まれていた。メグズは1864年7月5日に少将に名誉昇進した。