Wiranto diduga terlibat dalam kejahatan perang di Timor Timur (saat ini bernama Republik Demokratik Timor Leste) tahun 1999. Bersama lima perwira militer lainnya yang diduga terlibat, Wiranto didakwa oleh pengadilan (PBB) ikut terlibat dalam tindak kekerasan pada tahun 1999 yang terjadi selama dan setelah berlangsungnya referendum kemerdekaan Timor Leste.