Zoals alle kloosters in het relatief lege gebied tussen de eerste en tweede stadsmuur, ondervond ook het Kruisherenklooster regelmatig schade tijdens belegeringen. De relatief hoge ligging aan de veelvuldig aangevallen westkant maakte het klooster een voor de hand liggend doelwit voor het vijandelijk geschut. Dat gebeurde ook bij het beleg door Parma in 1579. Alle kloosterlingen op een na kwamen tijdens de gewelddadige inname van de stad of de daarop volgende pestepidemie om het leven.