Es folgte kurz darauf seine Teilnahme an der EM in England, diesmal mit der A-Nationalmannschaft. Nesta, der bis dato noch kein A-Länderspiel absolviert hatte, wurde von Arrigo Sacchi in den EM-Kader berufen, kam aber im Turnier nicht zum Einsatz. Am 5. Oktober 1996 debütierte er schließlich unter Cesare Maldini gegen Moldau.