Император Карл V го довежда в обкръжението си на 17-годишна възраст и Максимилиан придружава чичо си в Брюксел и в Шмалкаденската война. Неговите симпатии към членовете на новото учение се проявяват за първи път в тази война, където той се бие на страната на императора в битката при Мюлберг. Там, след победата на Карл V, той категорично се застъпва за освобождаването на двамата глави на лигата, курфюрст Йохан Фридрих Саксонски и ландграф Филип от Хесен.