Isabel Moctezuma syntyi 22. heinäkuuta 1509 Asteekkivaltakunnan pääkaupunki Tenochtitlánissa. Hänen isänsä oli valtakunnan hallitsija Montezuma II ja äiti Miahuaxochitl. Espanjalaiset konkistadorit saapuivat alueelle vuonna 1519. Montezuma II otti vastaan Hernán Cortésin johtamat espanjalaiset pääkaupungissaan, ilmeisesti virittääkseen heille ansan. Cortésin espanjalaiset tajusivat juonen ja päätyivät ottamaan hänet vangikseen. Espanjalaiset uskoivat, että asteekit pidättäytyisivät hyökkäämästä hallitsijan ollessa heidän käsissään. Kuitenkin kun Montezuma yritti pitää puhetta alaimaisilleen, espanjalaisten kertomuksen mukaan väkijoukko surmasi hänet jousin ja kivin. Ennen kuolemansa Montezuman sanottiin antaneen lapsiensa huoltajuuden espanjalaisille. Kun espanjalaiset ajettiin kaupungista Montezuman kuoltua Isabel oli jälleen asteekkien käsissä. 11-vuotias Isabel naitettiin sedälleen Cuitláhuacille, joka kuitenkin kuoli vain 60 päivää liiton jälkeen isorokkoon. Cuitláhuacin kuolemaa seurasi avioliitto Isabelin serkun ja viimeisen asteekkihallitsija Cuauhtémocin kanssa. Cuauhtémoc teloitettiin espanjalaisten valloittaessa valtakunnan vuonna 1526.