Уперше CF-18 взяли участь у бойових діях під час операції «Буря в пустелі» в січні-лютому 1991 року. Дві ескадрильї CF-18 (всього 26 літаків) були перекинуті на Близький Схід ще у серпні 1990-го, після прибуття їх розмістили на аеродромі в катарській столиці Доха. До початку війни CF-18 брали участь у військових навчаннях та патрулювали північно-західні райони Перської затоки. Бойові дії розпочалися 17 січня 1991 року з масованих авіабомбових ударів по Іраку та його військам на території Кувейту. Під час цього етапу операції, який тривав 6 тижнів, CF-18 прикривали ударні літаки союзників від атак іракських винищувачів. Але «Шершням» так ні разу і не довелося вступити в повітряний бій з противником. Під час наземної фази операції вони зробили 56 бомбардувальних вильотів, застосовуючи, переважно, 500-фунтові (227 кілограмові) некеровані авіабомби. Основними цілями для авіаударів слугували іракська артилерія та склади постачання. Підсумовуючи участь CF-18 у війні, слід відзначити малу кількість вильотів на бомбардування (56 із 2756) та неспроможність застосовувати високоточну зброю. Але тим не менш, «Буря в пустелі» стала першим випадком з часів Корейської війни, коли канадська авіація узяла участь у бойових діях.