Het dorp Koudekerke is waarschijnlijk gesticht in de elfde eeuw, rond deze tijd heeft er een kleine houten kerk gestaan. Omstreeks de 14e en 15 eeuw werd er een relatief grote gotische kerk gebouwd, gewijd aan Sint-Michaël, met een laag schip,een hoog koor en een stenen westtoren met hoge spits. De ingang van de kerk bevond zich onder de toren, het hoofdaltaar en kleinere zijaltaren stonden oostwaarts gericht. Een afbeelding van deze kerk is bewaard gebleven op het Panorama van Walcheren, welke wordt bewaard in Antwerpen. Tijdens het beleg van Middelburg van 1572-1574 werden veel gebouwen op Walcheren zwaar beschadigd, waaronder deze kerk. Na de overgave van Middelburg werd het schip voorlopig hersteld en ingericht voor de protestantse godsdienst, de toren was onherstelbaar beschadigd. Door de vermindering van kerkgangers, niet alle voormalige kerkgangers werden protestants en de bevolking was afgenomen tijdens de strijd op Walcheren, kon het koor worden gemist. In 1583 kreeg de kerk haar eerste predikant, Pieter van den Broucke.