A ma is működő meteorológiai állomást 1939-ben állították üzembe. A második világháború legvégén, 1945. április 17-én USA légiereje bombázta a Brockenhotelt, ami meg is semmisült a támadás során. Egészen 1945 áprilisától 1947-ig a Brocken amerikai megszállás alatt állt, csak utána adták át a szovjeteknek. A Jaltai konferencia értelmében a terület és környéke a szovjet megszállási zónába, vagyis a később megalakult NDK területére került. A hotel romjait csak 1949-ben távolították el, robbantással. A terület ezután 1959-ig részlegesen nyitva volt a turisták előtt, természetesen csak belépési engedéllyel. Az engedélyek kiadása ekkoriban még meglehetősen nagyvonalúan történt. 1961 augusztusától, majdnem összhangban a berlini fal felépítésével a terület közvetlen határtérséggé vált az NSZK és az NDK, vagyis a keleti és nyugati blokk, más néven a NATO és a Varsói Szerződés tagállamai között. Ezért katonai területnek nyilvánították és lezárták a nyilvánosság elől. A csúcsot és környékén nagyarányú katonai építkezések zajlottak. Ebben döntő szerepet játszott a hegy stratégiai mivoltja, valamint az, hogy innen szinte egész Észak-Németországra „rálátni”. Ezekben az időkben a 7. határőrző század állomásozott itt, akiket a Brockenbahn végállomásán, a "Brockenbahnhofban" szállásolták el. 1987-re még a Brockenre tartó vasúti teherforgalom is megszűnt a sínek katasztrofális állapota miatt.