В июне 1943 года генерал-майор А. Г. Мотов зачислен в распоряжение Главного управления кадров НКО и 11 июля назначен на должность заместителя командира 78-й гвардейской стрелковой дивизии, которая принимала участие в боевых действиях в ходе Курской битвы, а также в Белгородско-Харьковской наступательной операции и битве за Днепр. В период с 18 сентября по конец октября лечился в госпитале в связи с болезнью, после выздоровления вернулся на прежнюю должность. 19 декабря назначен на должность командира этой же дивизии, которая вскоре принимала участие в боевых действиях в Корсунь-Шевченковской, Уманско-Ботошанской и Львовско-Сандомирской наступательных операциях, после чего перешла в оборону на Сандомирском плацдарме, с которого в январе 1945 года перешла в наступление и приняла участие в ходе Сандомирско-Силезской и Верхне-Силезской операциях. В марте генерал-майор А. Г. Мотов сдал командование дивизией генерал-майору З. Т. Трофимову, после чего в связи с болезнью лечился в санатории «Архангельское» и Главном военном госпитале в Москве.