Bei den Kongresswahlen des Jahres 1996 wurde Hinojosa im 15. Wahlbezirk von Texas in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, wo er am 3. Januar 1997 die Nachfolge von Kika de la Garza antrat. Da er bei allen bisher folgenden Wahlen bis einschließlich 2014 jeweils wiedergewählt wurde, konnte er sein Mandat bis zum 3. Januar 2017 ausüben. An diesem Tag musste er, da er im Jahr 2016 nicht mehr kandidierte, aus dem Kongress ausscheiden. In seine Zeit als Kongressabgeordneter fielen die Terroranschläge am 11. September 2001, der Irakkrieg und der Militäreinsatz in Afghanistan. Er war Mitglied im Bildungs- und Arbeitsausschuss, im Finanzausschuss sowie in vier Unterausschüssen.