Pendant la guerre de Sécession, il sert d'abord comme colonel du 27th Illinois Infantry, combattant lors de la bataille de Belmont. Il commande ensuite ce qu'on appelle la « brigade de la flottille » de l'armée du Mississippi au cours de la bataille de l'Île numéro 10. C'est une brigade d'infanterie qui sert à bord de canonnières de la flottille de l'ouest.