Alcune riparazioni vennero effettuate, invece, sui livelli più bassi della Torre Nord dopo l'attentato del febbraio 1993. I danni più gravi vennero riscontrati nei livelli B1, B2 e, in parte minore, anche nel livello B3; le colonne strutturali primarie non vennero danneggiate, ma le strutture secondarie subirono alcuni danni. I pavimenti che erano stati distrutti dovevano anch'essi essere riparati; infatti, i diaframmi erano in pericolo di crollo, poiché i vari solai non fornivano più supporto contro le acque del fiume Hudson che premevano contro di essi dalla parte opposta. L'impianto di refrigerazione, situato nel livello B5, venne pesantemente danneggiato e sostituito con un impianto temporaneo per l'estate di quell'anno; anche l'impianto di allarme incendio doveva essere completamente sostituito; ci vollero diversi anni per completare la sostituzione, infatti, alcuni lavori erano ancora in corso nel settembre 2001.