Durant els Judicis de Nuremberg, va comparèixer com a testimoni de la defensa en el judici d'Ernst Kaltenbrunner, cap de la Gestapo i superior immediat d'Eichmann, "organitzador" de l'Holocaust. Va respondre amb calma i fredor les qüestions a l'entorn de l'organització del camp d'Auschwitz i de les instal·lacions utilitzades per realitzar la tasca d'extermini assignada per Himmler: segons Höss, una tasca que, com a soldat en temps de guerra, no podia rebutjar. També declarà en el procés d'Oswald Pohl, cap de la WVHA i l'empresa IG Farben, fabricant del Zyklon B. El 25 de maig de 1946, va ser lliurat a les autoritats poloneses i traslladat a una presó de Cracòvia. El Tribunal Suprem Nacional de Polònia el va considerar culpable de tots els seus càrrecs, essent condemnat a mort el 2 d'abril de 1947. La sentència s'acomplí el 16 d'abril, i va ser penjat a la forca, just al costat del crematori del camp d'Auschwitz.