I 1648 ledet kosakken Bogdan Khmelnytskij de såkalte zaporozje-kosakkene i en oppstand der målet var en selvstendig stat. Dette ble begynnelsen på en tidsperiode som fikk navnet «Ruinen» (eller «Syndfloden» i polsk historietradisjon), der rikets stabilitet ble alvorlig truet. Zaporozje-kosakkenes stat er blitt sett på som en forløper til Ukraina, og oppstod i grenselandet mellom de osmanske tyrkerne i sør, Det polsk-litauiske samvelde i vest og Russland i øst. Den bitre krigen mellom zaporozje-kosakkene og polakkene førte til at kosakkene vendte seg til Russland for beskyttelse, og i 1654 undertegnet russerne og kosakkene Perejaslav-traktaten. Polakkene prøvde deretter å oppnå et kompromiss med kosakkene gjennom Hadjatsj-traktaten i 1658, men 13 år med uavbrutt krig mellom Russland og Polen fulgte. Med Andrusovo-traktaten kom partene frem til en våpenhvile, og de ukrainske områdene ble her delt mellom samveldet og Russland. På den russiske siden av grensen fikk kosakkene en periode beholde et utstrakt selvstyre gjennom det såkalte Hetmanatet.