Jednak problemy techniczne B-29 nie zostały do końca rozwiązane, a misje bojowe ujawniły wiele dalszych. W rezultacie operacje przeciwko celom w Japonii i Azji Południowo-Wschodniej, rozpoczęte w czerwcu 1944 roku, przyniosły znacznie mniej pozytywnych wyników niż się spodziewano. Jak zwykle niecierpliwy Arnold zwolnił dowódcę 20. AP w Chinach, gen. Wolfe’a, powołując w jego miejsce gen. Curtisa LeMaya. W listopadzie, po zdobyciu i oczyszczeniu Marianów, zaczęła działać 21. AP, na której czele stanął gen. Haywood S. Hansell, jeden z reżyserów poprzednich sukcesów w Europie, ale i on napotkał wiele problemów, jak Wolfe i LeMay. Po dwóchy miesiącach nikłych rezultatów i wobec jego sprzeciwu odnośnie do zrzucania bomb zapalających na cele cywilne – co preferowali Arnold i jego szef sztabu gen. Norstad, on również został usunięty. Arnold zakończył operacje prowadzone z terytorium Chin, zgromadził wszystkie B-29 na Marianach, a Hansella zastąpił w lutym 1945 roku LeMayem.