Para la Liga Nacional de Básquet 2009-10 firmó con Atenas de Córdoba, y tuvo la posibilidad de participar en el Torneo InterLigas 2010 y la Liga de las Américas 2009-10. Atenas llegó a la final de la liga nacional pero cayó ante Peñarol de Mar del Plata y Cantero partió a jugar el Campeonato Sudamericano de Baloncesto de 2010 con la selección Argentina. En agosto, previo al Campeonato Mundial de Baloncesto de 2010 a disputarse en Turquía, un desgarro en el isquiotibial izquierdo provocó que Juan Pablo quede afuera del Mundial, en el cual iba a ser el base suplente de Pablo Prigioni.