До 2009 года Сотирис Нинис вызывался в юношескую и молодёжную сборные Греции. В составе первой сборной он дебютировал 19 мая 2008 года в товарищеском матче против команды Кипра. На 5-й минуте встречи с киприотами молодой футболист забил гол, таким образом став самым молодым игроком, забившим гол за сборную Греции. В официальных матчах грек впервые отметился забитым мячом 2 сентября 2011 года в отборочной игре к чемпионату Европы 2012 года против сборной Израиля. Этот гол так и остался единственным в том матче.