兄长吴廷俶担任顺化教区总主教后，吴廷瑾的影响开始消退。吴廷俶积极提升罗马天主教的地位，在1963年佛诞庆典期间禁止悬挂佛教旗帜。吴廷瑾的军队向抗议的民众开火，杀死9人，釋廣德禪師自焚、與數名僧尼接連的自盡抗議，引发佛教徒危机。由于政府的残酷镇压，示威持续了整个夏天，并引发11月的军事政变，吴廷琰政府倒台，吴廷琰和吴廷瑈也被政变军官杀死。吴廷瑾曾经受到美国国务院的庇护，但是美国中央情报局间谍Lucien Conein在西贡逮捕吴廷瑾後交给军事集团，于1964年被判处死刑。