Четыре триумфа Цезаря не окончили гражданскую войну, поскольку напряжённой оставалась ситуация в Испании. Назначенный Цезарем наместник Дальней Испании Квинт Кассий Лонгин своими злоупотреблениями настроил население этой провинции против Цезаря. В 47 году до н. э. отряды под командованием наместника подняли мятеж. Цезарю с трудом удалось восстановить порядок в Испании с помощью отправки туда своих легатов. Лонгин покинул Испанию и погиб на пути в Рим в результате кораблекрушения, однако поддержка Цезаря на Пиренейском полуострове не восстановилась. В 46 году до н. э. из Африки прибыли разбитые помпеянцы, в том числе братья Гней и Секст Помпеи, а также Тит Лабиен. Из-за ухудшения ситуации диктатор в ноябре принял решение отправиться в Испанию лично, чтобы подавить последний очаг открытого сопротивления. К этому времени, впрочем, большая часть его войск уже была распущена. В строю оставались лишь два легиона опытных солдат (V и X легионы), все остальные доступные войска состояли из новичков. 17 марта 45 года до н. э., вскоре после прибытия в Испанию, противники столкнулись в битве при Мунде. В начале сражения помпеянцы серьёзно потеснили войска диктатора, но тактическая ошибка Лабиена, снявшего часть войск с фланга для преследования мавретанской кавалерии, переломила ход сражения в пользу Цезаря. По преданию, после битвы Цезарь заявил, что он «"часто сражался за победу, теперь же впервые сражался за жизнь"». Погибло по меньшей мере 30 тысяч солдат помпеянцев, среди убитых на поля боя оказался и Лабиен; потери Цезаря были значительно меньшими. Диктатор отступил от своей традиционной практики милосердия ("clementia"): бежавший с поля боя Гней Помпей Младший был настигнут и убит, а его голову доставили Цезарю. Секст Помпей с трудом сумел спастись и даже сумел пережить диктатора. После победы при Мунде Цезарь отпраздновал свой пятый триумф, причём он был первым в римской истории триумфом в честь победы римлян над римлянами.