Puis, en 1813, à la suite du déclenchement de la Guerre d'indépendance du Chili, les symboles espagnols furent abolis et les forces patriotiques adoptèrent formellement le drapeau tricolore dans le cadre d'un acte sur la Place d'armes de Santiago. Quelques mois plus tard, Carrera abandonna le pouvoir politique et militaire. C'est alors Francisco de la Lastra qui devint directeur suprême du Chili en 1814. La guerre d'indépendance commença alors et généra de grandes pertes pour les troupes patriotiques. C'est pourquoi, le fut signé le Traité de Lircay. Ce traité réaffirmait la mainmise espagnole sur le territoire chilien. D'où la ré-adoption du pavillon colonial à la place du drapeau de la Patria Vieja.