Après la dissolution de l'Union soviétique en 1991, le Dinamo est directement intégré au sein de la nouvelle deuxième division russe pour la 1992. Il ne s'y maintient cependant que deux saisons, étant relégué au troisième échelon dès 1993 à la suite de la réduction du nombre d'équipes. Assigné aux groupes Sibérie puis Est, il y devient dans un premier temps un club de milieu de classement avant de prendre régulièrement les premières place à partir de la saison 2002 pour finalement l'emporter en 2007 pour retrouver la deuxième division après quinze années d'absence. Rapidement largué au classement, il échoue cependant à se maintenir à ce niveau est redescend à l'issue de l'exercice 2008.