Яла лежала на прямому шляху цунамі 2004 р. в Індійському океані, яке вдарило Шрі-Ланку через 90 хвилин після землетрусу. Цунамі завдало серйозної, але локалізованої, шкоди парку; в ньому загинули близько 250 осіб. Хвиля цунамі мала у висоту до 6,1 м, але внутрішніх частин парку вони досягли лише через отвори у прибережних дюнах для гирл річок. Відстань підтоплення від берега становила від 392 до 1 490 метрів. Близько 5000 га луків, лісів та водно-болотних угідь безпосередньо постраждалих від цунамі; переважно постраждали чагарниковий ліс і луки. Супутникова зйомка показала, що стандартизований індекс відмінностей рослинного покриву () мав значення в діапазоні від 0,245-0,772 в блоці I і II, а після катастрофи NDVI різко впав до 0,2111. Близько 60 % площі вздовж берегової лінії змінилось, і пошкодження були більшими ближче до моря. Були проаналізовані записи руху двох слонів з радіокомірцями, які показали, що їхня поведінка узгоджується з поведінкою, викликаною безпосередніми сигналами, згенерованими хвилями цунамі, а не реакцією на «шосте почуття».