הפרה-היסטוריה של כרתים מבוססת בעיקרה על ממצאים ארכאולוגיים כגון כדים. לפי מציאתם של כדים דומים גם בכרתים וגם במקומות אחרים, כמו מצרים, ניתן להסיק שתושבי כרתים העתיקה נהגו לסחור בכדים עם שכניהם מעבר לים. האי היה למרכז התרבות המינואית, שהגיעה אל סופה כאשר הר הגעש סנטוריני שהתפרץ גרם לצונאמי גדול. בתקופה זו נהנו תושבי האי ממותרות יוצאי-דופן לתקופה ובתיהם הכילו שירותי מים זורמים ואמבטיות. בשנת 1400 לפנה"ס לערך, ניצלו המיקנים את המצב וכבשו את האי.