En 2002, en medio de los sucesos del 11 de abril se vio inmersa en una polémica con el entonces Ministro del Interior de Hugo Chávez, Ramón Rodríguez Chacín, cuando fue acusada de haber firmado una orden de allanamiento de su vivienda cuando este era titular del Tribunal 39 de Control, según la versión del funcionario, esta orden permitió su detención arbitraria; pero según la versión de Fernández, la orden solo permitía allanar la vivienda donde se sospechaba había armasmas no detener al ministro.