Er kämpfte Ende 1862 in der Schlacht am Stones River und blieb danach mit der Tennessee-Armee in Mitteltennessee, bevor er im Juli 1863 das Kommando über den Wehrbereich Ost-Louisiana, Mississippi und Alabama übernahm. Im November 1863 kehrte Hardee wieder zurück zur Tennessee-Armee. Nach der Niederlage in der Schlacht von Chattanooga und dem Rücktritt General Braggs als Oberbefehlshaber wurde er zeitweise Oberbefehlshaber der Armee, gab diesen Posten aber bald an Joseph Eggleston Johnston ab.