由于该组织内部各组织分别受不同阿拉伯国家的影响，加上其他因素，在解决巴勒斯坦问题上一直存在分歧。1982年第五次中东战争爆发后，以阿拉法特为首的多数派更加明确地主张在坚持武装斗争的同时应把重点放在政治和外交努力上。但是，反对派仍坚持要消灭以色列，主张在巴勒斯坦地区全境建立独立的巴勒斯坦国，认为武装斗争是解决巴勒斯坦问题的唯一正确途径，反对阿拉法特的政治和外交努力，拒绝“里根方案”、“非斯方案”等各种解决巴勒斯坦问题的方案。政治分歧导致组织上的分裂。