Клуб вийшов в третій дивізіон в 1998 році, в 2003 вийшов в Чемпіоншип; затримавшись там всього на два роки, у 2005 році клуб «Віган Атлетік» оформив історичний вихід у Прем'єр-лігу Англії. У першому сезону команда не просто зберегла прописку в елітному дивізіоні, але займала до жовтня друге місце; у підсумку команда посіла гідне 10 місце, а також досягла фіналу Кубка Ліги. Головний тренер Пол Джуелл отримав два рази поспіль, у вересні і жовтні, титул Найкращого тренера місяця АПЛ.