Несмотря на все свои заслуги перед страной, Стечкин дважды подвергся сталинским репрессиям. В первый раз он был арестован 20 октября 1930 года по делу Промпартии, осуждён на тюремное заключение сроком 3 года, но, благодаря вмешательству академика С. А. Чаплыгина, освобождён досрочно в конце 1931 года в связи с пересмотром дела.