Am 28. Mai 1861 trat er als Aspirant in die österreichische Kriegsmarine ein. Nach einer einjährigen Ausbildung in Pola kam Anton auf die Fregatte "Novara" unter dem Befehl von Wilhelm von Tegetthoff. Nach Stationen in Griechenland und in der Levante nahm er an Bord der Fregatte "Schwarzenberg" am Seegefecht bei Helgoland teil. Später nahm er als Linienschiffs-Fähnrich an der Seeschlacht bei Lissa teil. Nach einem weiteren Einsatz bei der Niederschlagung eines Aufstands in Süddalmatien nahm Anton auf der Schraubenkorvette "Helgoland" an einer längeren Reise bis in den Indischen Ozean und um Afrika teil. 1875 erhielt er die Beförderung zum Linienschiffs-Leutnant, 1888 zum Korvettenkapitän, 1891 zum Fregattenkapitän und 1894 zum Linienschiffskapitän. Als solcher nahm Anton als Kommandant des Rammkreuzers „Kaiser Franz Josef I.“ an der feierlichen Eröffnung des Nord-Ostsee-Kanals teil. Für seine Verdienste wurde er 1892 von Kaiser Franz Joseph I. mit den Prädikat "von Pirkershausen" in den erblichen Adelsstand erhoben. 1895 trat er auf eigenen Wunsch nach vierzig Dienstjahren in den Ruhestand über und ließ sich in Graz nieder. Als Wohnsitz dienten ein 1896 von Friedrich Sigmundt in Graz errichtetes Stadtpalais und eine um 1888 von selbigem errichtete Villa in Wolfsberg. Anton von Pirkershausen starb 1906 und wurde in einem monumentalen Mausoleum in Wolfsberg beigesetzt.