Le règne de Maximilien II (1848-1864) et le debut de celui de Louis II sont dominés par la question de l'unité allemande. En 1849-1850, la Bavière rejette le plan prussien d'une Allemagne unifiée dont serait exclue l'Autriche. La Bavière en tant qu'État catholique se méfie de la Prusse protestante et des tentatives hégémoniques du chancelier prussien Bismarck. Elle est néanmoins divisée géographiquement entre la « Vieille Bavière » catholique et « patriote » et la « Nouvelle Bavière » et le Palatinat plus favorables à l'unité. La bourgeoisie qui vote pour le Parti libéral est, elle aussi, unitaire alors que les campagnes qui votent pour le Parti conservateur veulent préserver l'identité bavaroise. Maximilien II encourage le patriotisme bavarois. Il fait notamment construire à Munich le musée national de Bavière. En 1866, Louis II est contraint de s'engager au côté de l'Autriche dans la guerre austro-prussienne. Après la défaite autrichienne de Sadowa et la défaite des troupes bavaroises à Kissingen en juillet 1866, la Bavière doit accepter les conditions posées par la Prusse notamment une indemnité de guerre de 30 millions de florins et un traité d'assistance mutuelle. Elle participe, contrainte par la pression populaire, à la victoire allemande de 1871 et devient un Land du Reich. Elle conserve une très large autonomie dans le cadre du Reich, son propre gouvernement et son "Landtag" (Parlement) qui gèrent toutes les affaires intérieures du royaume. Au Reichstag, les Bavarois envoyaient 48 députés sur les 382 élus.