Het kerkgebouw werd tijdens het Bombardement op het Bezuidenhout op 3 maart 1945 gebombardeerd. Het schip van de kerk werd verwoest en de toren werd zwaar beschadigd. Het gebouw werd in april 1946 gesloopt. Even na het Bombardement werd er een noodkerk gebouwd. Deze kerk deed dienst tot de bouw van een nieuwe kerk op de hoek van de Juliana van Stolberglaan en de Louise Henriëttestraat. Ook deze kerk werd de Wilhelminakerk genoemd.