Van 1889 tot 1913 was Muller consul-generaal in Nederland voor de Afrikaanse republiek Liberia. In 1896 werd hij ook consul-generaal van Oranje Vrijstaat. Hij probeerde in die functie zo goed mogelijk de belangen van de Vrijstaat te behartigen en hield zich onder meer bezig met de zich aanmeldende vrijwilligers voor de Boerenoorlog en het zenden van ambulances. Dit maakte hem tot een bekende Nederlander. Op diplomatiek niveau boekte hij niet veel resultaat, onder andere door zijn moeizame verhouding met de consul-generaal voor Transvaal, Willem Johannes Leyds. In 1919 werd Muller door de Nederlandse regering benoemd tot gezant in Boekarest en in 1923 in Praag.