Уже в юности посвятил себя военной и технической учёбе, начав учиться с десяти лет. Получил воинское звание ротмистра . В 1857 году был повышен до майора. Военную службу начал в качестве инспектора австрийской артиллерии. После начала в 1859 году в Сардинии Австро-итало-французской войны эрцгерцог с семейством покинули Флоренцию. Карл Сальватор отправился в Ломбардию в австрийскую армию, где был принят майором в 6-й уланский полк. Участвовал в военной кампании и был произведён в 1859 году в подполковники. После утери Тосканы в битве при Сольферино стал полковником 77-го Галицийского пехотного полка. Во время Австро-прусской войны сражался в битве при Садове с прусским 43-м пехотным полком, «прославившись» тем, что потерял в бою . В 1876 году Карл Сальватор получил чин генерал-майора, в 1886 году — фельдмаршал-лейтенанта и оставил военную службу по болезни.