Během husitských válek zůstal kostel díky blízkosti cechu řezníků, který klášter ubránil, vesměs nepoškozený. I tak však zpustl a musel být obnoven. Tyto práce byly svěřeny dvornímu architektu Ulricu Aostallimu. Za Rudolfa II. byl kostel nově vyzdoben, přibylo 15 oltářů a stěny hlavní lodě byly vyzdobeny erby (analogie v chóru katedrály sv. Víta). Roku 1603 zde byl pohřben kapelník Rudolfovy císařské kapely, Philippe de Monte. Zanedlouho však musel klášter čelit dalšímu nebezpečí – vpádu pasovských v roce 1611. I tentokrát byl klášter zachráněn řezníky. Po bitvě na Bílé hoře byla v roce 1622 v klášteře zavedena řádová teologická studia, později zde byla zřízena kolej sv. Bonaventury pro asi 12 studentů Karlovy univerzity. Kostel sv. Jakuba sloužil jako místo konání promocí. V roce 1689 se Evropa potýkala s politickou krizí. Rivalita panovníků v rámci boje o španělský trůn měla na svědomí četná žhářství v mnoha městech Evropy. Jeden z požárů, založený profrancouzskou stranou, zachvátil klášter. Zřítila se klenba, shořel refektář a jižní a východní část ambitu. Obnova byla nabídnuta přednímu fortifikačnímu architektovi Janu Šimonu Pánkovi, který během 12 let obnovu dokončil. Pánek respektoval a zachoval původní dispozici kostela. Zkrátil však chór a vyrovnal tak jeho vychýlení, které bylo pro barokní symetričnost nepředstavitelné. Strop byl snížen a zaklenut valenou klenbou s lunetami. Nad boční lodě byly umístěny tribuny. Na výzdobě kostela se podepsala celá řada významných barokních mistrů a učinila z něj tak pokladnici barokního umění.