Walker sert dans une cour martiale dans le département de Richmond à compter du . Il est affecté à la défense du chemin de fer de Richmond et Danville pendant le siège de Petersburg à partir de jusqu'à l'évacuation de Richmond, dans la nuit du , après la chute des défenses de Petersburg, en Virginie, à la bataille des Five Forks et la troisième bataille de Petersburg. On rapporte qu'il a apporté la nouvelle de la capitulation du général Robert E. Lee et de l'armée de Virginie du Nord à Appomattox court House, le au président confédéré Jefferson Davis à Danville, en Virginie. Davis ordonne à Walker de prendre les troupes confédérées à Danville pour se joindre à la force du général Joseph E. Johnston en Caroline du Nord, mais Walker, apparemment, n'a pas respecté l'ordre futile ou est incapable de s'y conformer avant que Johnston ne se rende au major-général de l'Union William Tecumseh Sherman , le (officiellement le ). Walker est libéré sur parole à Richmond, en Virginie, le .