В 1793 году, в начале Французских революционных войн, эрл Хау затребовал его мастером на свой флагман, "HMS Queen Charlotte". Боуэн отличился в день Первого июня, и в знак уважения офицеры флота выбрали его своим призовым агентом. Когда лорд Хау сказал, что Боуэн может просить всего, что лично в его силах, тот ответил, что хочет лейтенантский патент. Хау напомнил ему, что тогда он становится, в его немолодом возрасте, последним лейтенантом во . Но Боуэн, понимая что иначе дальнейшее продвижение ему закрыто, настаивал. Не прошло и года, он был уже первым лейтенантом "Queen Charlotte". За свою роль в бою Бридпорта 23 июня 1795 года он был произведён в коммандеры, и быстро достиг полного капитанства. Командовал "HMS Prince George" (98), "HMS Thunderer" (74) и "HMS Argo" (44), на последнем ходил в Алжир с миссией освобождения христианских пленников. Миссия закончилась успешно. Ко времени Амьенского мира он командовал морскими силами Британии у берегов Западной Африки.