In 1519 werd door Huldrych Zwingli de reformatie gestart, niet alleen uit theologisch, maar zeker ook uit politiek oogpunt. De reformatie breidde zich uit over de Zwitserse Hoogvlakte, voornamelijk doordat de mensen een mogelijkheid zagen onder de heerschappij van de kerk vandaan te komen en zelfbestuur te kunnen krijgen. In 1529 werd bloedvergieten nog voorkomen, maar in 1531 werd dan toch oorlog gevoerd als gevolg van de reformatie, waarin Zwingli sneuvelde. Het principe van vrije geloofskeuze werd ingevoerd, waarbij ook gedeeltelijk een tegenreformatie, terug naar het katholieke geloof, optrad. De kantons van Zürich, Bern, Bazel, Schaffhausen en delen van Graubünden bleven gereformeerd, de kantons van Uri, Schwyz, Nidwalden, Obwalden, Luzern, Zug, Solothurn en Fribourg bleven rooms-katholiek.