Nel 1355, la città ottenne lo stemma comunale. In quello stesso anno, a causa di un periodo di crisi economica ed alimentare la città fu interessata da traffici commerciali che la rifornivano: tra i mercanti coinvolti in questa attività anche il noto scrittore Giovanni Boccaccio. Nel 1372 venne respinta una sollevazione che culminò con l'espulsione degli ultimi abitanti ribelli.. Alghero, come Cagliari, non fu mai espugnata dalle armate giudicali nel corso dei numerosi decenni di guerra. Nella notte fra il 5 e il 6 maggio 1412 l'ultimo giudice di Arborea Guglielmo III di Narbona tentò di conquistare la città con un manipolo di uomini, ma venne respinto. Nel 1492, come negli altri territori appartenenti alle corone iberiche, per via del Decreto di Alhambra venne espulsa, con gravi ripercussioni economiche, la locale comunità ebraica di cui sono ancora visibili alcuni resti archeologici.