Amir Ghalenoei na ławce trenerskiej debiutował jako szkoleniowiec drużyny Bargh Teheran. Potem był trenerem klubu Keszawarz Teheran. W 2002 pracował w drużynie Esteghlal Ahwaz. Od nowego roku szkolił zawodników zespołu Esteghlal Teheran. W sezonie 2005/2006 jego klub wywalczył tytuły mistrzowski, triumfując w rozgrywkach Pucharu Zatoki Perskiej. W 2006 Ghalenoei zasiadł na ławce trenerskiej reprezentacji Iranu. W 2007, jego drużyna podczas Pucharu Azji zajęła pierwsze miejsce w grupie, jednak w ćwierćfinale przegrała po rzutach karnych z Koreą Południową. Po tym turnieju Ghalenoei opuścił reprezentację i podjął pracę w klubie Mes Kerman. W 2008 powrócił do Esteghlalu Teheran i pomógł drużynie wywalczyć mistrzostwo Iraku w sezonie 2008/2009. W kolejnym sezonie podpisał kontrakt z drużyną Sepahan Isfahan, z którą także triumfował w lidze irańskiej, w sezonie 2009/2010.