Во время Апрельского восстания церковь оказалась последним оплотом батачанских повстанцев. После освобождения Болгарии в 1878 году церковь больше не использовалась для богослужений, а в ней были помещены останки жертв батакской резни 1876 года, во время которой башибузуками было убито до 5 тысяч мирных жителей города. В 1955 году церковь объявлена государственным музеем, а в 1977 году — национально-историческими памятником.