Iniciada la ocupación francesa, tiene que huir de Barcelona disfrazado y acompañado por su hijo Serafín (6 de noviembre de 1808). Pasa por Mataró y Gerona, y luego se le ordena incorporarse al Primer Batallón del Ejército del Centro, en Cuenca, ciudad de la que es nombrado gobernador militar y político. La amenaza francesa le obliga a marchar a Sevilla. Segundo comandante del ejército de Andalucía, que mandaba Venegas, con el que estuvo en la acción de Aranjuez (5 de agosto de 1809), que le valió ascender a brigadier (12 de agosto de 1809). También participó en la batalla de Ocaña, el 19 de noviembre de 1809, y siguió de retirada hacia el sur hasta que el 20 de febrero de 1810 fue nombrado segundo comandante de la reserva, con destino a la defensa de Cádiz y la Isla de León.