Университет Джубы был основан в 1977 году, с целью дать возможность получить высшее образование жителям южных районов Судана. Во время Второй суданской гражданской войны студенты университета продолжали обучение в Хартуме, так как на юге страны шли боевые действия. В 2006 году правительство Судана согласилось изменить название университета на "Национальный университет Джубы".