במהלך מלחמות ארצות הברית בעיראק ובאפגניסטן נרשמו מספר תקריות וחיכוכים ביחסי שתי המדינות, זאת במידה רבה בשל חוסר הנכונות המצרית לשלוח כוחות לאפגניסטן ולעיראק במשימות ייצוב השלום. אף שמצרים תמכה בתוקף בארצות הברית במלחמתה נגד הטרור הבינלאומי לאחר התקפות 11 בספטמבר 2001, היא סירבה לשלוח כוחות לאפגניסטן במהלך המלחמה ולאחריה. מצרים גם התנגדה להתערבות הצבאית האמריקאית בעיראק במרץ 2003, המשיכה להתנגד לכיבוש המדינה על ידי ארצות הברית לאחר המלחמה, ובהמשך סירבה להיענות לבקשות ארצות הברית לשלוח כוחות למדינה אף תחת מטריית האו"ם.