Fabert besuchte Schulen in Mannheim und Heidelberg. Nach seinem Abschluss trat er gegen den Willen der Eltern am 1. Juli 1808 in das Artilleriebataillon der Badischen Armee ein. Er wurde noch 1808 in die 3. Fußartillerie-Batterie unter dem späteren Generalleutnant Karl von Lassolaye (1784–1863) versetzt, die zur Unterstützung der französischen Truppen nach Spanien in Marsch gesetzt wurde. Bereits 1809 war er Sekondeleutnant. Er kämpfte in sechs Schlachten und zehn größeren Gefechten und kehrte unverwundet und gesund als Premierleutnant in die Heimat zurück. Nach der Niederlage von Napoleon Bonaparte bei Leipzig wechselte auch Baden die Seiten. Daher wurde Fabert, der sich gerade in Daix aufhielt, dort entwaffnet und gefangengesetzt. 1813 erhielt er das Ritterkreuz des Militär-Karl-Friedrich-Verdienstordens. Er kehrte 1814 zurück, nahm aber nicht mehr an Feldzug von 1814 teil, fand aber Gelegenheit, sich im Sommerfeldzug von 1815 zu beweisen.