大同盟戦争が勃発してジェームズ2世を支援するフランスと開戦すると、ハーバートはイギリス主力艦隊の司令長官（海軍大将）として前線に立った。1689年にジャコバイトがアイルランドへ侵攻（ウィリアマイト戦争）したのに対し、ハーバートは戦列艦12隻を基幹とする艦隊を率いて出撃。4月30日、バントリー湾（）所在の優勢なフランス艦隊（戦列艦24隻基幹）に挑み、善戦の末に敗退した（バントリー湾の海戦, ）。敗れたものの劣勢な戦力で果敢に戦ったと認められ、名誉革命での功績もあって初代トリントン伯爵位を授けられた。