Sono due le ipotesi sull'origine della chiesa: la prima fa risalire la sua fondazione al X secolo, in concomitanza della costruzione del castello di Gragnano, voluto dagli amalfitani per proteggere il loro ducato. La chiesa quindi si rese necessaria per avere un luogo di culto all'interno del borgo fortificato, ma che allo stesso tempo veniva utilizzata anche come arcipretura; altri studiosi ritengono invece sia stata costruita tra il V ed il VI secolo. La chiesa divenne in poco tempo punto focale della zona, sia come centro religioso che economico, tanto che nel 1567 il cardinale D'Aragona ne chiese l'elevazione a vescovado, richiesta che poi non fu mai accolta. Negli stessi anni subì notevoli lavori di ampliamento: venne realizzata una scalinata, grazie all'abbattimento del maschio del castello, che la collegava direttamente alla piazza principale del borgo, fu costruito il campanile e le decorazioni interne cambiarono dal gotico romananico al barocco.