1455-ben VI. Henrik fogságba esett, miután elvesztette az első Saint Albans-i csatát York hercege ellenében. Margit ekkor ellentámadásba lendült, és megkérte Henrik féltestvérét, Jasper Tudort, hogy támogassa a király kiszabadítását. 1461. február 17-én a királypártiak győzelmet arattak a második Saint Albans-i csatában, és VI. Henrik kiszabadult. 1470-ben egy rövid időre ismét visszaszerezte a trónt, de ellenfele, IV. Eduárd a Towerbe záratta, ahol 1471. május 21-én meghalt. Először "Chertsey"ben, a Szent Péternek szentelt apátságban temették el. Végső nyughelye 1485 óta a windsori kastélyban, a Szent György-kápolnában van.