מדענים וחוקרים רבים מאמינים כי רוב, אם לא כל, צורות המלריה מקורן במערב ובמרכז אפריקה בפרימטים הומינידיים דוגמת גורילות ושימפנזים. במחקרים שנערכו לאחרונה נמצא כי ככל הנראה לפני כ-10,000 שנה עברו טפילי המלריה שינוי בהרכבם הגנטי, דבר אשר הקנה להם את האפשרות להדביק הומינינים בסוג אדם. שינוי זה החל, ככל הנראה, בסיומו של עידן הקרח לפני כ-10,000 שנים, ובהתחממות הגלובלית שהביא עמו סוף עידן זה. גורמים אלה בישרו את ראשיתה של מהפכת החקלאות הנאוליתית במרבית מאזורי העולם בכלל ובאפריקה בפרט. סגנון חקלאות זה הגיע למערב ולמרכז אפריקה לפני כ-4,000 שנה.