Beheshti osallistui tärkeänä henkilönä vuoden 1979 islamilaiseen vallankumoukseen. Khomeini nimitti hänet vallanvaihdon kynnyksellä 6. helmikuuta 1979 jäseneksi islamilaiseen vallankumousneuvostoon, jonka ensimmäiseksi sihteeriksi hän pian kohosi. Beheshtin johdolla perustettiin islamilainen tasavaltalaispuolue, ja hän toimi sen pääsihteerinä. Puolue oli linjauksissaan lähellä Khomeinia ja kohosi parlamentin eli Majlesin suurimmaksi puolueeksi. Beheshtin on sanottu olleen vallankumouksen alkuvuosina Iranin toiseksi vaikutusvaltaisin henkilö Khomeinin jälkeen. Khomeini nimitti Beheshtin vuonna 1980 Iranin ylituomariksi. Hänellä oli tärkeä rooli Iranin panttivankikriisin pitkittämisessä ja uskonnollisten johtajien kanssa riitaantuneen presidentti Abolhassan Banisadrin erottamisessa kesäkuussa 1981. Banisadrin eron jälkeen Beheshti kuului kolmihenkiseen neuvostoon, joka hoiti tilapäisesti presidentin tehtäviä.