Mussawi war zuerst Chefredakteur der IRP-Zeitung, dann nach der Absetzung von Abolhassan Banisadr ab dem 5. Juli 1981 Außenminister, schließlich am 29. Oktober 1981 während des Krieges mit dem Irak bis zur Verfassungsänderung am 3. August 1989 Premierminister des Iran. Zu seinen Verdiensten zähle die Organisation der Wirtschaft während des Krieges mit einem strengen Rationalisierungsprogramm. In seiner Amtszeit als Premierminister unter dem damaligen Präsidenten und heutigen Revolutionsführer Ali Chamenei kam es ab dem 19. Juli 1988 zur größten Hinrichtungswelle politischer Gefangener, die im Iran jemals stattgefunden hat.