Nach der Schlacht bei Kunersdorf 1759 reiste Gotzkowsky im Auftrag des Berliner Magistrats ins Quartier des Königs und brachte dessen Verhaltensbefehle zurück nach Berlin. Bei der Belagerung von Berlin im Oktober 1760 durch ein russisches Korps unter General Gottlob Heinrich von Tottleben sorgte Gotzkowsky für die Verpflegung der preußischen Besatzung und das vom Prinzen von Württemberg in Eilmärschen herangeführte Hilfskorps. Er bewirkte dann, als die Kapitulation der Stadt und die russisch-österreichische Besetzung nicht mehr zu vermeiden war, dass die auferlegte Kontribution von den zunächst angegebenen 4 Mio. Talern auf 1,5 Mio. herabgesetzt wurde, von denen wiederum nur 500.000 Taler bezahlt wurden. Davon bezahlte er allein 50.000 Taler aus seinem eigenen Vermögen. Zu dieser Zeit war er auf dem Höhepunkt seines wirtschaftlichen und gesellschaftlichen Einflusses und Ansehens.