Бракът на сестрата на Шарл ІХ , Маргарита и младия протестант Анри Наварски, следва да донесе очакваното помирение между католици и протестанти. На 22 август 1572 година обаче, няколко дни след сватбата, е извършено покушение срещу адмирал Колини, ръководител на протестантите. Боейки се от въстание, Шарл IX по съвет на майка си Катерина Медичи и своите съветници се съгласява да бъдат ликвидирани лидерите на протестантите, с изключение на братовчедите му, принцовете по кръв Анри Наварски и Анри Конде. Така на 24 август 1572 г. под влиянието на майка си и херцог Анри дьо Гиз одобрява клането на хугеноти във Вартоломеевата нощ.