Par la suite, les événements de 1848 (et plus généralement la menace du "Risorgimento") convainquirent Vienne de la nécessité de mener non seulement une politique de germanisation du personnel de la "Kriegsmarine", mais aussi de ne pas abandonner le contrôle de la mer Adriatique au Royaume d'Italie en cours de formation. La nomination en 1854 de l'archiduc Ferdinand Maximilien comme "Oberkommandant der Marine" marqua le début d'une ère de prospérité et de modernisation de la flotte. En 1857 est organisée l'expédition du Novara, la plus importante jamais menée par l'Autriche. Parallèlement, les derniers progrès techniques convainquirent les autorités autrichiennes de s'engager dans une course à l'armement avec la Regia Marina (alors en pleine expansion) dès le début des années 1860. Mais les efforts autrichiens furent mis à mal par la guerre austro-prussienne de 1866. Confrontée aux ambitions expansionnistes de ses voisins, l'Autriche fut contrainte de mener une guerre sur deux fronts, notamment en mer Adriatique face à une marine italienne en théorie bien plus puissante. Cela n'empêcha pas la "Kriegsmarine" de remporter une brillante victoire à la bataille de Lissa grâce au génie tactique de Wilhelm von Tegetthoff. Malgré tout, la défaite qui s'ensuivit affaiblit non seulement le leadership de François-Joseph, mais aussi les finances impériales.