Nach der französischen Kapitulation kämpften die U-Boote Großbritanniens und Frankreichs allerdings auch zeitweilig gegeneinander. Vor allem mit den der deutschlandfreundlichen Vichy-Regierung verbliebenen Booten kam es immer wieder zu Gefechten, während sich andere Marineeinheiten unter der Flagge des Freien Frankreichs vereinten oder sich der Royal Navy anschlossen. Symptomatisch für das Verhältnis zwischen dem Vichy-Regime und Großbritannien ist das als ‚Affäre von Dakar‘ bekannte Seegefecht von 20. bis 25. September 1940.