Federer begon op 1 januari 2010 zijn eerste wedstrijd op een officieus toernooi in Abu Dhabi, waar hij tegen Robin Söderling uitkwam. De wedstrijd werd met 6-7, 7-6 en 6-2 in het voordeel van de Zweed beslist. Op 4 januari begon het seizoen op het ATP-toernooi van Doha, waar hij tot de halve finales doordrong en daarin in twee sets werd verslagen door Nikolaj Davydenko. Naar aanleiding van de aardbeving op Haïti organiseerde Federer een benefiettoernooi in de Rod Laver Arena in Melbourne om geld op te halen voor de slachtoffers van de ramp. Het toernooi dat samen met onder andere Rafael Nadal, Andy Roddick, Serena Williams en Kim Clijsters werd gehouden, leverde 200.000 dollar op. Federer speelde vervolgens op de Australian Open, waar hij, na onder andere Lleyton Hewitt, Nikolaj Davydenko en Jo-Wilfried Tsonga te hebben verslagen, op Andy Murray stuitte in de finale. Die wedstrijd werd in drie uur en drie sets in het voordeel van de Zwitser beslist, met een eindstand van 6-3, 6-4 en 7-6. Op 21 februari maakte de Zwitser bekend dat hij last had van een longontsteking en daardoor twee weken rust moest houden. Hierdoor zou hij niet kunnen deelnemen aan het ATP-toernooi van Dubai. Federer maakte zijn rentree op het toernooi van Indian Wells. Vlak voor het toernooi begon speelde hij, met onder andere Rafael Nadal, Pete Sampras en Andre Agassi, een benefietwedstrijd voor de slachtoffers van Haïti. Op het hoofdtoernooi wist Federer niet verder te komen dan de derde ronde. Na in de tweede ronde van Victor Hănescu gewonnen te hebben, verloor de Zwitser in drie sets van Marcos Baghdatis.