W okresie reformacji, gdy luteranizm stał się wyznaniem państwowym, kościół stał się ewangelicki, jak wszystkie świątynie Prus Książęcych. W lutym i marcu 1945 roku miejscowość znalazła się w rejonie tzw. kotła Heilgenbeil, podczas prowadzonej operacji wschodniopruskiej. Wieś wraz z kościołem została niemal całkowicie zniszczona. W 1946 roku utworzono we wsi tymczasową kaplicę w zaadaptowanym budynku gospodarczym. Parafię katolicką reaktywowano w 1962 roku. Ruiny kościoła w Żelaznej Górze miały zostać usunięte 1975 roku, a gruz wykorzystany do zasypania bagienka na placu zgromadzeń w miejscowości. Jednak kościół ostatecznie udało się uratować. W latach 1994-1999 został odbudowany staraniem braniewskiego księdza Tadeusza Brandysa.