A 17. század közepétől pusztító háborúk sora rázta meg a lengyel–litván államot, az ún. Özönvíz. Az 1648-as Hmelnickij-féle kozákfelkeléssel kezdődött, majd Oroszország az 1654–67-es háború, a svédek pedig az 1655–61-es második északi háború keretein belül dúlták fel teljesen a két országot. Vilniust az orosz kozákok kifosztották és felgyújtották, a helyi nőket megerőszakolták. Mielőtt még teljesen magához térhetett volna, a nagy északi háború pusztította végig az uniót 1700–1721 között. Utóbbi idejében pestisjárvány és az 1709-es hideg év után éhínség miatt is szenvedtek a litvánok.