לאחר מספר עשורים של מלחמת אזרחים, שהייתה אחת הארוכות והקטלניות במאה ה-20 (מלחמת האזרחים הסודאנית הראשונה והשנייה), שנערכה בעיקר בשל מחלוקות בין הממשלה המוסלמית של סודאן לראשי המורדים הנוצרים בדרום, שדרשו יותר זכויות אוטונומיות על חבל דרום סודאן, נחתם ב-9 בינואר 2005 הסכם שלום הידוע כ-Naivasha Agreement שהביא לזכויות דרשו המורדים.