Archer vaihdettiin vankienvaihdossa myöhäiskesällä 1864 ja hän liittyi uudestaan Konfederaation armeijaan. 9. elokuuta hän sai käskyn ilmoittautua Hoodin alaiseen Tennesseen armeijaan Atlantassa. Kaksi päivää myöhemmin käsky kuitenkin peruttiin ilmeisesti Archerin huonon terveyden vuoksi. Hän matkusti Petersburgiin Virginiaan, komensi vanhaa prikaatiaan ja palveli lyhyen aikaa Petersburgin piirityksessä ennen kuin hänen terveytensä romahti kokonaan Peeblesin farmin taistelun jälkeen. Archer kuoli Richmondissa Virginiassa, missä ja hänet haudattiin Hollywoodin hautausmaalle. Hän ei ollut koskaan naimisissa.