Halverwege de jaren 90 werd Malvar lid van de ondergrondse verzetsbeweging Katipunan. Toen het bestaan van de beweging in 1896 bij de Spanjaarden bekend werd, brak de Filipijnse Revolutie uit. Malvar stelde een eigen leger samen, dat bekendstond als de Batangas Brigade. Zijn troepen werkten nauw samen met de overige opstandelingen onder aanvoering van Emilio Aguinaldo. Vanwege de overmacht van de Spaanse troepen zagen de Filipijnse leiders van de opstand zich na een jaar gedwongen een wapenstilstand aan te gaan. Hoewel hij bij voorkeur wilde doorvechten, ondertekende ook Malvar dit pact van Biak-na-Bato en vertrok als onderdeel van de voorwaarden van het pact in december 1897 met de andere leiders in ballingschap naar Hongkong.