Im November 1799 wurde durch einen Staatsstreich Napoleon Bonaparte Erster Konsul der französischen Republik und damit zum Alleinherrscher. Aufgrund der strategischen Lage war Max Joseph, der eine neutrale Haltung bevorzugt hätte, zunächst nicht in der Lage, sich der neuen anti-französischen Allianz zu verweigern. 1800 verlor die bayerische Armee an der Seite Österreichs die Schlacht von Hohenlinden gegen das napoleonische Frankreich. Im Frieden von Lunéville 1801 musste Max Joseph auf seine linksrheinischen Besitzungen verzichten. Damit verlor er die linksrheinischen Teile der Kurpfalz und das Herzogtum Jülich. Als Ausgleich konnte Bayern jedoch sein Staatsgebiet durch die im Reichsdeputationshauptschluss 1803 verfügte Mediatisierung und Säkularisation erheblich erweitern. Allerdings verlor es 1803 den noch verbliebenen rechtsrheinischen Teil der Kurpfalz an Baden. Weil Markgraf Karl Friedrich vorzeitig das Mannheimer Schloss durch badische Truppen besetzen ließ, wäre es darüber fast noch zu einem militärischen Konflikt gekommen, weil Max Joseph daraufhin bayerische Truppen in Marsch setzte. Montgelas verhinderte diesen und erreichte auf diplomatischem Wege mit dem badischen Minister Georg Ludwig von Edelsheim eine gütliche Beilegung des Konflikts und die Überführung der Gemäldesammlung Herzog Karl Augusts nach München, wo sie einen Grundstock für die spätere Alte Pinakothek bilden sollte.