Sovyet-Polonya Savaşı (1919-1920) sırasında Kızıl Ordu, Polonya kuvvetlerini batıya doğru sürerken Dzerjinskiy, Bolşevik hükümetinin denetiminde kurulan Polonya Devrimci Komitesi Başkanlığı'na atandı. Sovyet ordusunun geri çekilmek zorunda kalmasından sonra, yeniden Rusya'daki çalışmalara ağırlık verdi. Çeka başkanlığının yanı sıra 1919'da İçişleri Halk Komiseri, 1921'de de Ulaştırma Halk Komiseri olarak görev yaptı. 1924'te Lenin'in ölümünden sonra iktidar mücadelesinde Stalin'i kararlılıkla destekledi. Yüksek Ekonomik Konsey başkanlığına getirildi ve Politbüro aday üyeliğine seçildi.