A második fordulóban a 2012-es tornára kijutott 16 csapat, valamint az első forduló 14 továbbjutója vett részt, összesen 30 csapat. 15 párosítást sorsoltak, a csapatok oda-visszavágós rendszerben mérkőztek meg. A párosítások győztesei kijutottak a 2013-as afrikai nemzetek kupájára. A rendező Dél-Afrikával alkották a 16 csapatos mezőnyt.