In 1688 was hij kapitein op de "Maagd van Dordrecht" bij de vloot waarmee stadhouder Willem III de Britse Eilanden binnenviel, een vloot die voornamelijk uit Amsterdamse schepen bestond. Op 16 april 1689 werd hij viceadmiraal van de Admiraliteit van het Noorderkwartier. Hij vocht tijdens de Negenjarige Oorlog in de nederlaag van de Slag bij Bevesier in 1690 op de "West-Friesland"; zijn schip raakte zwaar beschadigd en alleen door persoonlijk optreden van Callenburgh werd voorkomen dat de bemanning tijdens de vlucht voor de Fransen het vaartuig in de steek liet. Op 18 april 1692 verhuisde hij weer terug naar de Admiraliteit van Rotterdam. Daar had hij de vierde "De Zeven Provinciën" zelf als vlaggenschip en voerde de wintercampagne van 1693 uit. Dit schip is rond 2020 bij werkzaamheden van het Havenbedrijf teruggevonden in de Maasmond alwaar het op de zandbank Hinder in 1706 is vastgelopen en vergaan. In januari 1694 ging hij op de nieuwe Beschermer (90 kanonnen) met de Engelsen op expeditie om Barcelona te ontzetten; in november 1695 keerde hij weer terug.