En 1983 San Juan de Nicaragua sufrió una nueva destrucción debido a las luchas durante la Revolución Sandinista. Buena parte de la población emigró a Costa Rica y una minoría hacia Managua, Granada y Bluefields. Fuerzas de ARDE atacaron San Juan de Nicaragua el 9 de abril de 1984. Tras la guerra, en 1990 se reconstruyó el nuevo San Juan de Nicaragua, con 30 familias repatriadas y 20 desmovilizados de guerra.