מוקואנה הוא השחקן הצעיר ביותר אי-פעם שייצג את דרום אפריקה במשחק רשמי, שיא שנקבע בהופעת הבכורה שלו בשנת 1999 במסגרת מוקדמות אולימפיאדת סידני. הוא השתתף עם נבחרתו בגביע אפריקה לאומות בשנים 2002, 2004 ו-2008. בטורניר של שנת 2008 מונה לראשונה לקפטן הנבחרת, תפקיד בו אחז גם בגביע הקונפדרציות 2009 ובמונדיאל 2010.