Cuando Richter renunció como director de los conciertos de suscripción de la Filarmónica de Viena en septiembre de 1898, la comisión de conciertos había elegido por unanimidad a Mahler como su sucesor. El nombramiento no fue del todo bien recibido. La prensa antisemita se preguntó si, no siendo alemán, Mahler podría ser capaz de defender la música alemana. El número de visitas aumentó considerablemente en su primera temporada, pero los miembros de la orquesta estaban particularmente resentidos con sus hábitos de reescribir reconocidas obras maestras y por la programación de ensayos adicionales de obras con las que estaban ampliamente familiarizados. El intento por parte de la ópera de que Richter regresara para la temporada de 1899 fracasó, porque el director no estaba interesado. La posición de Mahler se vio debilitada cuando, en 1900, llevó a la orquesta a París para interpretar en la Exposición Universal. Los conciertos de París tuvieron una pobre acogida y perdieron dinero (Mahler tuvo que pedir un préstamo a la familia Rothschild para el billete de la orquesta). En abril de 1901, afectado por su recurrente enfermedad y hastiado por los numerosos enfrentamientos con la orquesta, Mahler renunció a la dirección de conciertos de la Filarmónica. En sus tres temporadas había representado alrededor de 80 obras diferentes, que incluyeron piezas de compositores relativamente desconocidos como Hermann Goetz, Wilhelm Kienzl y el italiano Lorenzo Perosi.