Für die slowenische A-Nationalmannschaft bestritt Marguč bisher 113 Länderspiele, in denen er 393 Tore erzielte. Er stand im erweiterten Aufgebot für die Europameisterschaft 2012, musste aber auf seiner Position den erfahrenen Dragan Gajič und Matjaž Brumen den Vortritt lassen. Bei der Weltmeisterschaft 2013 wurde er in den endgültigen Kader berufen und erreichte den vierten Platz.