W czerwcu 1940 roku „Saphir” nadal wchodził w skład 20. dywizjonu okrętów podwodnych w Bizercie, a jego dowódcą był kpt. mar. R. Caminati. Po wypowiedzeniu wojny przez Włochy jednostka udała się pod włoskie wybrzeże w celu postawienia zagród minowych. W nocy z 12 na 13 czerwca „Saphir” postawił 32 miny pod Cagliari. 28 czerwca na jednej z nich zatonął włoski parowiec „Alicantino” o pojemności 1642 BRT. Po zawarciu zawieszenia broni między Francją a Niemcami okręt znalazł się pod kontrolą rządu Vichy i został rozbrojony. Na przełomie 1941 i 1942 roku okręt został wycofany z czynnej służby.