Koukal, der für den Dukla Liberec startete, konnte seine ersten Erfolge bereits im Juniorenalter feiern. Bei den Europäischen Olympischen Winter-Jugendtagen 1995 in Andorra la Vella holte er die Silbermedaille über 10 km klassisch und die Goldmedaille über 10 km Freistil. Zwei Jahre später belegte er bei den Juniorenweltmeisterschaften in Calgary über 30 Kilometer im Freistil den dritten Platz. Diesen Erfolg konnte er ein Jahr später bei den Titelkämpfen in St. Moritz bestätigen, als er sich über 10 km in der freien Technik ebenfalls die Silbermedaille erlief. Seine ersten Weltcuprennen lief er bei den Nordischen Skiweltmeisterschaften 1997 in Trondheim. Dort belegte er den 79. Platz über 10 km klassisch, den 37. Platz in der Verfolgung und holte mit dem 27. Platz über 30 km Freistil seine ersten Weltcuppunkte.