После смерти своей матери в 1551 году она, как и её братья и сёстры, были переданы под опеку Кристины Юлленъельм, а затем на попечение тёток Бриты и Марты Лейонхуфвуд до того, как король-отец женился на Катарине Стенбок. Во время Северной Семилетней войны датская вдовствующая королева Доротея Саксен-Лауэнбургская предложила заключить мирный договор, скрепив его союзом между её младшим сыном и Софией. Однако предложение было сделано без ведома её сына-короля и не получило его поддержку.