Vuodenvaihteessa 1918/1919 Constantin von Weiss oli muodostamassa balttiansaksalaisista koottua Balttipataljoonaa, joka toisin kuin Latvian alueen balttiansaksalaisten Landeswehr kannatti paikallista pääväestön valtiota eli Viron alueelle syntynyttä Viron tasavaltaa, joka joutui marraskuussa 1918 Neuvosto-Venäjän hyökkäyksen kohteeksi. Tällöin käynnistyi Viron vapaussota, joka kesti vuodenvaihteeseen 1919/1920. Sen jälkeen von Weiss siirtyi reserviin, ja hän asui perintötilallaan Varudin kartanossa maata viljellen. Hän sai tunnustuksena toiminnastaan vuonna 1925 Viron tasavallan everstin eläkkeen.