Nel 2007 Kaja Jerina viene selezionata per rappresentare la Slovenia nella nazionale Under-17 alle qualificazioni della prima edizione (2008) del campionato europeo di categoria facendo il suo esordio il 17 settembre 2007 nella partita pareggiata fuori casa per 2-2 con le pari età dell'Ucraina. Con la squadra Under-17 colleziona 6 presenze in competizioni UEFA.