W 1572, w Blandy, poślubił Marię de Clèves (1553-1574). Ich ślub miał miejsce zaledwie kilka tygodni przed ślubem jego kuzyna Henryka IV z księżniczką Małgorzatą de Valois. Henryk był obecny w Paryżu, w noc świętego Bartłomieja – masakry Hugenotów i musiał pod przymusem wyrzec się swojej religii. Co uczynił, lecz potem uciekł i znów przeszedł na kalwinizm. Stanął na czele protestantów podczas czwartej, piątej i szóstej wojny religijnej, armią jednak dowodził wciąż oficjalnie admirał de Coligny. Kondeusz był bardziej oddany swojej religii niż Henryk IV i mimo licznych tarć między kuzynami, okazał się on prawdziwym i lojalnym dowódcą protestantów. Jako zarządca Pikardii, Kondeusz nie został doceniony przez tamtejszych katolików, którzy przeciwko niemu sformowali pierwszą Ligę Katolicką.