Nach mehreren Kurzfilmen drehte Jenkins mit "Medicine for Melancholy" 2008 seinen ersten Spielfilm. Hierbei handelte es sich um einen Mumblecore. Jenkins' zweiter Spielfilm "Moonlight" wurde am 2. September beim Telluride Film Festival erstmals gezeigt und im September 2016 beim Toronto International Film Festival vorgestellt. Er arbeitete hierfür ein zweites Mal mit dem Kameramann James Laxton zusammen, der ebenfalls die Filmschule an der Florida State University besuchte und mit dem ihn auch privat eine Freundschaft verbindet. Der Film basiert auf dem Theaterstück "In Moonlight Black Boys Look Blue" Tarell Alvin McCraney, das in drei Kapiteln die Geschichte von Chiron erzählt, der als Afroamerikaner mit kaputter Kindheit inmitten des Gedränges und des Drogenkrieges der 80er Jahre in Miami aufwächst. Die Zusammenarbeit von Jenkins mit dem mehrfach ausgezeichneten Dramatiker war bereits 2012 bekannt geworden. Jenkins und McCraney, die ungefähr im gleichen Alter sind, wuchsen unweit voneinander auf. Aus dem IndieWire’s 2016 Critics Poll ging Jenkins als "Bester Regisseur" hervor. Im Dezember 2016 erhielt Jenkins für seine Arbeit an "Moonlight" zwei Nominierungen im Rahmen der Golden Globe Awards, für die "Beste Regie" und für das "Beste Drehbuch", und im Januar 2017 eine Nominierung für die "Beste Filmproduktion" für den Directors Guild of America Award. Am 24. Januar 2017 erhielt Jenkins im Rahmen der Oscarverleihung 2017 für seine Arbeit als Regisseur und Drehbuchautor des Films Oscar-Nominierungen und konnte im Februar diesen renommierten Filmpreis in der Kategorie „Drehbuch“ in Empfang nehmen.