Johnston regresó al Ejército de Texas durante la Guerra México-Estados Unidos bajo el mando del general Zachary Taylor como coronel del 1º de Rifles voluntarios de Texas. El enganche de los voluntarios acabó justo antes de la batalla de Monterrey. Johnston logró que muchos voluntarios aguantasen y luchasen en el ejército, como él mismo que uso de ejemplo luchando en Monterrey y Buena Vista.