1990-ben, a forradalmat követően a diákok átvették a Bukaresti Egyetem vezetését, és a történelmi kar dékánjává javasolták, de Boia nem vállalta a megbízást. Ugyanebben az évben az egyetem professzorává nevezték ki. 1993-ban az egyetem végzős hallgatóiból és fiatal tanársegédekből álló műhely, a Centrul de Istorie a Imaginarului [Képzeletbeli Történelem Központja] alapító igazgatója lett.