Die Schlacht am Morgarten ist heute unter Historikern umstritten. Es folgten weitere Auseinandersetzungen mit dem Haus Habsburg: 1386 bei Sempach (die Lombardei, die ihre wirtschaftlichen Interessen durch die Habsburger gefährdet sah, hatte die eidgenössische Bewaffnung finanziert) und 1388 bei Näfels gelang es den Eidgenossen, habsburgische Ritterheere zu schlagen. 1415 eroberten sie (auf Betreiben von Kaiser Sigismund) die habsburgischen Stammlande im Aargau. Zwischen der Stadt Zürich und den übrigen Eidgenossen kam es wegen der Erbschaft der Grafen von Toggenburg zum Alten Zürichkrieg (1436–1450), in dessen Verlauf sich Zürich mit Habsburg verbündete. Zürich war schliesslich zur Rückkehr in die Eidgenossenschaft gezwungen. Ein weiterer Krieg brachte Habsburg 1460 um den Thurgau, sodass sich Herzog Sigismund von Tirol am 11. Juni 1474 in der «Ewigen Richtung» angesichts der Bedrohung durch Herzog Karl den Kühnen von Burgund gezwungen sah, die Alte Eidgenossenschaft als eigenständiges Staatswesen anzuerkennen. 1474 zogen die Eidgenossen auf Wunsch Kaiser Friedrichs III. gegen Karl den Kühnen und zerstörten in den Burgunderkriegen im Verbund mit Lothringen und Habsburg dessen Reich. Bern und Freiburg expandierten in dieser Zeit ins vormals savoyisch und burgundisch kontrollierte Waadtland, das sie bis 1536 ganz eroberten.