Poborský jest piłkarzem, który rozegrał najwięcej spotkań w historii czeskiej reprezentacji, bo aż 118. Zadebiutował w meczu z Turcją w 1994 roku (pierwszy mecz czeskiej reprezentacji po rozpadzie Czechosłowacji). Grał na trzech Mistrzostwach Europy: w 1996, 2000 i 2004 roku, będąc zawsze jednym z najlepszych zawodników reprezentacji Czech. Dzięki wygranemu barażowi z Norwegią po raz pierwszy awansował do finałów Mistrzostw Świata, które odbyły się w 2006 roku w Niemczech.