În timpul Războiului Bosniac din perioada 1992-1995, Universitatea nu a încetat să funcționeze. La începutul războiului, în 1992 a fost redenumită din Universitatea „Džemal Bijedić” din Mostar în Universitatea din Mostar, numele actual. De la mijlocul anilor 1990, a început deschiderea de noi facultăți și institute științifice. În cei mai dificili ani ai războiului, în care supraviețuirea Universității a fost pusă în pericol, rectorul Universității din Mostar, dr. Zdenko Kordić (rector din 1992 până în 1999) a asigurat conservarea și promovarea Universității din Mostar la nivel european și mondial.