Ο Μουσλέρα πραγματοποίησε το ντεμπούτο του με την εθνική το 2009 και έκτοτε έχει πραγματοποιήσει πάνω από 110 συμμετοχές. Έχει αγωνιστεί σε τέσσερα Κόπα Αμέρικα, κερδίζοντας τη διοργάνωση του 2011, και έχει αγωνιστεί κάθε λεπτό ως ο αδιαμφισβήτητος τερματοφύλακας της χώρας στα Μουντιάλ 2010, 2014 και 2018, βοηθώντας την Ουρουγουάη να κατακτήσει την τέταρτη θέση το 2010.