19. huhtikuuta 1775 Britannian joukot hyökkäsivät Yhdysvaltain itsenäisyyttä kannattaneita miliisijoukkoja vastaan aloittaen näin avoimen sodan Britannian ja Yhdysvaltain itsenäisyyttä ajaneiden joukkojen välille. Bostonin piirityksen jälkeen Hamilton värväytyi New Yorkin miliisijoukkoihin, jossa hänet määrättiin kapteeniksi tykistöjoukkoihin. Palveltuaan armeijassa kahden vuoden ajan siirtokuntien armeijan ylipäällikkö George Washington nimitti Hamilton henkilökohtaiseksi Aide-de-campikseen (henkilökohtainen sotilasavustaja) ja antoi tälle everstiluutnantin arvon. Nimityksensä ansiosta Hamiltonista tuli pidetty henkilö merkittävien poliitikkojen keskuudessa, mikä osaltaan auttoi hänen myöhempää uraansa Washingtonin ja John Adamsin hallituksissa. Erityisesti New Yorkin poliittinen johto arvosti suuresti hänen hyviä puhujantaitojaan sekä tietämystään sodan kulusta.