Bàn thắng ấn định tỷ số của anh trong trận lượt về với Porto, một cú sút xa 40m, đã mang về cho anh giải thưởng FIFA Puskás đầu tiên, do FIFA trao tặng để ghi nhận bàn thắng đẹp nhất năm; sau đó anh gọi đây là bàn thắng đẹp nhất mà anh từng ghi được. United tiến đến trận chung kết tại Rome, anh thi đấu mờ nhạt trong thất bại 2–0 của United trước Barcelona. Ronaldo kết thúc thời gian ở Anh với chín danh hiệu, khi United giành chức vô địch Premier League lần thứ ba liên tiếp và một Cúp Liên đoàn. Anh kết thúc mùa giải với 26 bàn thắng trên mọi đấu trường, ít hơn 16 bàn và nhiều hơn bốn lần ra sân so với mùa giải trước. Bàn thắng cuối cùng của anh cho United đến vào ngày 10 tháng 5 năm 2009 từ một quả đá phạt trong trận derby Manchester tại Old Trafford.