Son premier président est le botaniste, voyageur et ethnologue allemand Georg August Schweinfurth. Fondée sous le nom de société khédiviale de géographie, son nom est modifié à plusieurs reprises, d'abord khediéviale, puis sultanienne, puis royale, ces changements de noms reflétant l'évolution du statut politique du pays. Son nom actuel de société de géographie d'Égypte lui est donné après la révolution égyptienne de 1952.