În timp ce era încă Duce de Anjou, el a devenit, de asemenea, implicat în complotul din Noaptea Sfântului Bartolomeu din 1572. Deși Henric nu a participat direct, istoricul Thierry Wanegffelen îl vede ca membrul familiei regale cel mai responsabil pentru masacru, care a implicat uciderea a mii de hughenoți. Domnia lui Henric al III-lea ca rege al Franței, ca și cele ale fraților săi mai mari Francisc al II-lea și Carol al IX-lea, pune Franța în criză constantă de religie.