Његов успон прекинуо је устанак козака и кметова под вођством Богдана Хмељницког 1648. После катастрофалних пољских пораза у биткама код Жуте Воде и код Корсуња, кнез Јеремија је са својом приватном војском неколико месеци сам задржавао устанике у Украјини, потукавши их у неколико мањих битака и погубивши на хиљаде заробљеника. После неуспелих преговора и новог пораза главнине пољске војске код Пилаваца, кнез је у пролеће 1649. пуних 40 дана задржавао устанике у опсади Збаража, омогућивши краљу Јану Казимиру да прикупи војску и сукоби се са Хмељницким код Зборива. За ратне заслуге добио је од краља звање "региментара" и "привременог великог хетмана", и играо је одлучујућу улогу у пољској победи под Берестечком 1651, али је месец дана касније умро на походу - вероватно од дизентерије, иако су савременици сумњали на тровање. Иако је козачки устанак завршен коначним пољским поразом и припајањем Украјине Русији (1654) и губитком поседа Вишњовјецких, кнез је стекао толику популарност међу властелом у Пољској, да је његов син изабран за пољског краља као Михаило I (1669-1673).