7 февраля 2007 года Энтони дебютировал в первой сборной Ирландии, выйдя на замену вместо Шейна Лонга в отборочном поединке к чемпионату Европы 2008 против Сан-Марино. Всего в 2007 году Стоукс сыграл три матча за «парней в зелёном», однако следующие два года из-за проблем в клубной карьере он не призывался в ряды главной команды с Изумрудного острова. Но его успехи в «Хиберниане» не остались незамеченными для главного тренера сборной Джованни Трапаттони, который вернул форварда в ряды национальной команды в мае 2010 года.