Dal 20 febbraio 1992 al 16 maggio 1994 l'Azerbaigian ha combattuto la guerra del Nagorno Karabakh (oggi Repubblica dell'Artsakh) culminata con l'Accordo di Biškek che ha reso "de facto" la regione uno stato indipendente. Le tensioni sono rimaste comunque alte e tra il 2 e il 5 aprile 2016 si è consumata la guerra dei quattro giorni, il cui termine è giunto con un accordo di cessate-il-fuoco mediato dalla Russia con l'appoggio degli Stati Uniti. Nel 1993 La Repubblica Autonoma Talysh-Mughan è stata velocemente abbattuta dopo l'ascesa di Heydar Aliyev. Il suo leader, il colonnello Alakram Alekper Gumbatov fu arrestato; la regione è oggi integrata nell'Azerbaigian, ma è divisa in rajoni separati e non ha autonomia. Anche la Repubblica Autonoma di Naxçıvan, exclave azera, ha cercato di ottenere una maggiore autonomia che le è stata concessa.