Durant les Guerres confederades irlandeses a la fi dels anys 1640, paral·lelament a la Revolució anglesa, el castell va ser sotmès a un total de dos nous setges. El 1647, George Mathew, qui aleshores era el tutor del jove lord Cahir, es va rendir davant de lord Inchiquin després de la victòria d'aquest a la batalla de Knocknanauss. El 1650, es va rendir novament el castell davant d'Oliver Cromwell durant la Conquesta d'Irlanda per Cromwell, sense que s'arribés tan sols a disparar un sol tret.