Větší část městské zástavby Dubé s okolními vesnicemi leží na území Chráněné krajinné oblasti Kokořínsko – Máchův kraj, přesněji její jižně položené kokořínské části. Nachází se zde přírodní rezervace Mokřady horní Liběchovky, v níž se vyskytují některé vzácné druhy rostlin a živočichů. Tato rezervace je součástí území chráněných mokřadů dle Ramsarské úmluvy. Na území Dubé částečně zasahuje svým jižním výběžkem v okolí Malého Vlhoště přírodní rezervace Vlhošť. Na katastrech městečka a k němu připojených částí jsou dále přírodní památky Martinské stěny, Kamenný vrch u Křenova a Deštenské pastviny.