Nach der Ermordung Caesars kam es immer wieder zu aufflammenden Bürgerkriegen und erneut zu bedeutenden Flottenoperationen, wobei die Anhänger Caesars zunächst deutlich unterlegen waren. Insbesondere Sextus Pompeius gelang es, in die Fußstapfen seines Vaters zu treten und eine Reputation als „Seeherrscher“ zu erlangen. Vom Senat zum Flottenpräfekten ernannt, zog er die römische Flotte zunächst in Massilia zusammen. Als er von den Caesarianern nach der Bildung des zweiten Triumvirats geächtet wurde, setzte er sich in den Besitz Siziliens und schnitt Italien von der Kornzufuhr ab. Während der sechs Jahre währenden Blockade schlugen die Admirale des Pompeius, zumeist freigelassene ehemalige Piraten aus dem Gefolge seines Vaters, mindestens sechs große Seeschlachten gegen die Schiffe Octavians, die meisten in der Straße von Messina. Erst 36 v. Chr. wurde ihre Macht in der Seeschlacht von Naulochoi durch Marcus Vipsanius Agrippa gebrochen, der einige technische Neuerungen wie katapultgeschleuderte Enterhaken mit verlängertem Eisenschaft einführte.