Когда Сан-Мартин стал организовывать Андскую армию, Альварадо перебрался в провинцию Мендоса, где был назначен командиром батальона егерей Анд. В составе дивизии генерала Лас Гераса в 1817 году совершил переход через Кордильеры и сражался в Битве при Чакабуко. После этого двинулся на юг Чили, участвуя в нескольких битвах при Консепсьоне, Талькауано. Командовал левым крылом в успешной битве при Майпу (1818) против испанских роялистов и др.