Du côté paternel, elle est la petite-fille de François Marie Boyer (peut-être 1876-1931), gardien de prison d'origine bretonne, natif de Saint-Jean-Brévelay dans le Morbihan, et de son épouse, Blanche Eugénie Martin (1891-1963), pour sa part native de Nouméa et fille d'un Franc-comtois et d'une Bretonne. Yves Boyer, le père de Sonia Lagarde, est leur troisième fils et septième enfant sur neuf. Il s'engage comme volontaire dans le Bataillon du Pacifique (« le plus jeune », d'après Sonia Lagarde) en , pour la Syrie. Il est ensuite fonctionnaire, installé avec sa famille dans le quartier des Volontaires à la Vallée du Tir, où sa fille unique Sonia va grandir.