L'année 1141 voit la plus importante victoire puis la plus importante défaite du parti de l'Emperesse. Robert vient en aide à son beau-fils Ranulph de Gernon, le comte de Chester, alors que son château de Lincoln est assiégé par l'armée du roi. Le , la bataille de Lincoln se termine sur la capture d'Étienne. Le prisonnier est emmené à Bristol, le siège de commandement principal de Robert. Il accompagne sa demi-sœur à Londres pour qu'elle s'y fasse couronner reine, mais elle est chassée de Westminster. À son tour, Robert est fait prisonnier à Stockbridge à la suite de la bataille de Winchester le , en couvrant la fuite de Mathilde. Il est gardé prisonnier à Rochester. Après un accord complexe contenant la livraison d'otages, Étienne et Robert sont libérés respectivement le et le . Robert relâché à Winchester rejoint l'Emperesse à Oxford où elle s'est installée.