Posteriormente, as autoridades da Comunidade detiveram Ashburnham em Torre de Londres e por três vezes o baniram para as Ilhas do Canal. Ashburnham foi separado de seu mestre Carlos por ordem do Parlamento, 1 de janeiro de 1648, ficou preso no Castelo de Windsor (em maio), e quando a Segunda guerra civil inglesa eclodiu foi substituído por William Masham. Foi proibido de acompanhar o rei durante as negociações do Tratado de Newport (em agosto), e seu nome foi incluído entre os "delinquentes" que não seriam perdoados (13 de outubro). Era constantemente ofendido. Adquiriu uma propriedade em razão de seu segundo casamento com a viúva Poulett (1649), e Carlos II deu-lhe permissão para permanecer na Inglaterra, a fim de preservá-la. Contudo, os realistas suspeitavam de sua fidelidade e (março de 1650), em uma cerimônia de homenagem ao rei perguntaram se poderiam confiar nele. Ashburnham foi processado por dívidas contraídas pelo falecido Carlos I e foi obrigado a se desfazer da metade de seus bens. Durante três anos foi convocado por comitês para falar sobre quem havia emprestado dinheiro para o rei durante as guerras civis. Seus três banimentos para o Castelo Cornet, em Guernsey, foram em decorrência de seus empréstimos em dinheiro para o rei.