マクレランの軍が活動できなくなると、フッカーはジョン・ポープ少将のバージニア軍に転属になった。その師団はまずサミュエル・P・ハインツェルマン少将の第3軍団についたが、北バージニア方面作戦と第二次ブルランの戦いで北軍が大敗した後は、9月6日に軍団指揮（バージニア軍第3軍団）に就いた。ロバート・E・リーの軍隊が北のメリーランド州に入った（メリーランド方面作戦）とき、フッカーの軍団（9月12日に第1軍団に改組された）はポトマック軍の下に戻り、サウス山の戦いとアンティータムの戦いでは活躍した。アンティータムでは、アメリカ史の中でも最も流血の多い日の最初の攻撃を仕掛けたのがフッカーの軍団であり、ストーンウォール・ジャクソンの軍団を南へ追い遣り、そこで手詰まりとなった。フッカーは攻撃的であり、部下を奮い立たせていたが、足を負傷して早朝に戦場を離れた。自分が戦場に留まっておれば、決定的な北軍の勝利になったはずだと主張したが、マクレラン将軍の慎重さのために再度北軍は失敗し、勢力的に劣るリー軍が壊滅を免れた。リンカーン大統領は辛抱できなくなり、マクレランを解任してアンブローズ・バーンサイド少将を後任に据えた。