À partir du début du , les armées turques se font pressantes. À la suite de la bataille de Kosovo Polje en 1389, les Ottomans prennent peu à peu le contrôle du sud et de l'est des Alpes dinariques. Ce contrôle devient effectif en 1459 avec la chute de Smederevo et du despotat de Serbie, en dépit d’une farouche résistance nationale albanaise rassemblée derrière le seigneur Gjergj Kastriot Skanderbeg. Les Turcs s'emparent de la Bosnie en 1463, s'assurant ainsi le contrôle du centre du massif. Ils créent des "pachaliks" et des "sandjaks" dans toutes les régions conquises et mettent en place l'administration ottomane des millets, entraînant la conversion à l'islam de nombreux Slaves du Sud particulièrement en Bosnie et dans les territoires actuels de l'Albanie et du Kosovo. Les conflits de l'Empire ottoman avec ses voisins provoquent de nombreux mouvements de population. En raison de la deuxième guerre austro-turque, entre et Serbes quittent le Kosovo pour la Voïvodine lors de la grande migration de 1690. Les Turcs ont plus de mal à imposer leur autorité dans les zones montagneuses ; dans les monts Tara et Zlatar, de nombreux monastères, foyers de résistance, sont incendiés.