Als im Jahr 1499 Königin Isabella und König Ferdinand erneut Granada besuchten, wurde das Vorgehen Talaveras von dem neuen Beichtvater der Königin, dem Erzbischof von Toledo und späteren Generalinquisitor der Spanischen Inquisition Francisco Jiménez de Cisneros scharf kritisiert. Er kritisierte aber auch die Sonderrechte, die der muslimische Bevölkerung Granadas im Jahr 1491 gewährt worden waren. Francisco Jiménez de Cisneros wurde 1499 von dem Generalinquisitor Diego de Deza beauftragt, das Problem der "Helches" im Erzbistum Granada zu untersuchen. Als "Helches" wurden zum Islam konvertierte Christen bezeichnet. Sie waren durch die Sonderrechte, die der muslimische Bevölkerung Granadas im Jahr 1491 gewährt worden waren, vor Bestrafung geschützt. Die Privilegien verstießen nach der Auffassung von Francisco Jiménez de Cisneros gegen Kanonisches Recht, das von der Königin und dem König nicht außer Kraft gesetzt werden könne. Die Erteilung der Privilegien sei daher rechtsunwirksam. Die von Francisco Jiménez de Cisneros ergriffenen Maßnahmen, die weit über die ihm durch die Spanische Inquisition verliehenen Rechte hinausgingen, führten zu dem Aufstand in den Alpujarras (1499–1501).