En 1942, lors de la Seconde Guerre mondiale, le pays passe sous occupation japonaise, les mouvements de résistance sont très actifs et la répression japonaise féroce. Les forces d'occupation commettent de nombreuses atrocités dont la marche de la mort de Bataan (environ ) et le massacre de Manille en février 1945, où plus de trouvent la mort. Le général Douglas MacArthur, qui ne réussit pas à repousser l'invasion initiale et doit fuir en Australie en abandonnant ses hommes, prend sa revanche en 1944-1945 et libère l'archipel. Le pays obtient son indépendance le .