Après la défaite allemande, Pohl se cache en Bavière, puis près de Brême. Il est capturé par les troupes britanniques en . Avec dix-sept autres personnes, il est jugé par un tribunal militaire à Nuremberg lors du procès WVHA, dit procès Pohl, du au ; il y est accusé de crime contre l'humanité, de crime de guerre et participation à une entreprise criminelle (la SS). Il est condamné à mort le . Cette condamnation est confirmée le .