Під час першої британської анексії Трансваалю, Жубер заробив собі репутацію непримиренного послідовного опозиціонера, відмовляючись виконувати свої функції під британським правлінням. Замість того, щоб прийняти високооплачувану посаду, яку йому запропонували, він узяв на себе провідну роль у створенні і керівництві повстання, яке призвело до війни 1880–1881. Зрештою він стає Генерал-комендантом бурських загонів, а потім членом тріумвірату, що встановив бурський Тимчасовий уряд, створений у грудні 1880 року у Гейдельберзі. Під час Першої англо-бурської війни Жубер командував бурськими загонами у битвах під Інгого, Маджубою, Лейнгс Нек.