1992-ben Horvátország felvételt nyert a FIFA-ba. Stanko Poklepović irányításával ausztrál körúton vettek részt; Melbourneben, Adelaideban és Sydneyben is pályára léptek. 1993. áprilisában Vlatko Marković lett az új szövetségi kapitány, júniusban pedig az UEFA tagjai lettek. Az időpont túl késő volt ahhoz, hogy az 1994-es labdarúgó-világbajnokság selejtezőiben induljanak. Marković mindössze egy mérkőzésen ült a válogatott kispadján, ekkor Ukrajnát győzték le 3–1 arányban. Miroslav Blažević kapitánysága idején az 1996-os Európa-bajnokság selejtezőiben indultak először nemzetközi megmérettetésen. 1994. szeptember 4-én Észtország 2–0-s legyőzésével kezdtek. A selejtezősorozat végén a csoportjuk első helyén végeztek és kijutottak az angliai Európa-bajnokságra. Goran Vlaović nevéhez fűződik a horvátok első nemzetközi tornán szerzett gólja, mellyel 1–0-ra legyőzték Törökországot. Ezután Dániát verték 3–0-ra, majd ugyanilyen arányban vereséget szenvedtek Portugáliától. A negyeddöntőben Németországtól kaptak ki 2–1-re.