La città rimase nelle mani dei crociati fino al 1189, dopo che il Saladino ebbe sconfitto definitivamente i Crociati del Regno di Gerusalemme alla Battaglia di Hattin, nel 1187. Dopodiché, si hanno notizie di Petra da un pellegrino tedesco che dice di esservi passato nel 1217, e per il passaggio del sultano mamelucco Baibars al-Bunduqdari nel 1276. È l'ultima notizia storica di Petra prima della sua riscoperta nel 1812, dopo un oblio di più di cinque secoli, giacché i nomadi incominciarono a considerare la città infestata dai demoni (tanto che l'arco di pietra sito all'entrata della gola rocciosa, crollato nel 1896 veniva chiamato "Il ponte del diavolo").