W 2006 roku został powołany na Puchar Narodów Afryki rozgrywany w Egipcie. Reprezentacja Wybrzeża Kości Słoniowej trafiła do grupy A, gdzie ich rywalami byli gospodarz Egipt, Maroko i Libia. Reprezentacja WKS wyszła z grupy na drugim miejscu za Egiptem a przed Maroko i Libią. W ćwierćfinale reprezentacja WKS pokonała Kamerun. Po 120 minutach gry było 1:1. O wyniku zadecydowały rzuty karne które WKS wygrało 12:11. W półfinale WKS ograło Nigerię 1:0 po trafieniu Didiera Drogby w 47 minucie. W finale Reprezentacja w której cały turniej grał Emmanuel Eboué ponownie zagrała z gospodarzem imprezy Egiptem. W regulaminowym czasie gry było 0:0. Dogrywka nie przyniosła rozstrzygnięcia więc potrzebne były rzuty karne które Egipt wygrał 4:2. Eboué cały turniej był podstawowym prawym obrońcą WKS.