W 2006 złożył wizytę w Turcji, gdzie spotkał się z ekumenicznym patriarchą Konstantynopola Bartłomiejem I oraz ormiańską społecznością Stambułu. Podczas pobytu doszło do napięcia z rządem tureckim, ponieważ Karekin II nazwał przeprowadzoną przez Turków w czasie I wojny światowej Rzeź Ormian ludobójstwem. Turcja kategorycznie protestuje przeciwko używaniu tego określenia, jak też sprzeciwia się przedstawianiu tamtych wydarzeń w wersji ormiańskiej.