Den 9. april 1940 ble Norge invadert av Nazi-Tyskland. Etter at kampene i Sør-Norge var over kom Diesen til Nord-Norge via Scapa Flow. Diesen stilte seg ved ankomsten til Nord-Norge under kommanderende general Otto Ruges kommando.. Diesen forlot Norge om bord på «Fridtjof Nansen» den 8. juni 1940. Om bord på fartøyet var også utenriksminister Halvdan Koht og mellom andre, Diesens datter Unni. Fartøyet ankom Tórshavn på Færøyene den 13. juni. Senere seilte skipet til Storbritannia hvor hun ble krigsklargjort. Den 20. juni ble Sjøforsvarets overkommando (SOK) etablert på nytt, med Diesen som kommanderende admiral .