Thomas Fairfax nacque a Denton Hall, presso Ilkley, nello Yorkshire, il 17 gennaio 1612, figlio primogenito di Ferdinando, lord Fairfax. Studiò quindi al St John's College di Cambridge ed al Gray's Inn (1626–28), entrando quindi volontario nella spedizione di Sir Horace Vere per combattere i protestanti nei Paesi Bassi. Nel 1639 ebbe il comando di parte dei dragoni dello Yorkshire che marciarono con Carlo I contro gli scozzesi nella Prima guerra dei vescovi, che terminò con la Pacificazione di Berwick prima ancora che si combattesse. Nella Seconda guerra dei vescovi, l'anno successivo, l'esercito inglese venne accerchiato nella Battaglia di Newburn. Fairfax dovette ritirarsi assieme al resto dell'esercito sconfitto, ma ricevette comunque grandi onorificenze per il servizio prestato nel gennaio del 1641.