Im Mai 1998 trat der langjährige indonesische Machthaber Suharto nach Studentenprotesten ab. Im Juni bot sein Nachfolger Bacharuddin Jusuf Habibie Osttimor Autonomie innerhalb des indonesischen Staates an. Eine völlige Unabhängigkeit schloss er aber aus und erklärte, Portugal und die Vereinten Nationen müssten die indonesische Souveränität über Osttimor anerkennen. Der CNRT lehnte den Vorschlag am 11. August 1998 ab und forderte stattdessen eine Volksabstimmung über die Unabhängigkeit und die Freilassung Xanana Gusmãos. Schließlich wurde ein Referendum über die Zukunft Osttimors 1999 vereinbart. 78,5 % der Osttimoresen sprachen sich für die Unabhängigkeit aus, doch die Zeit vor und nach dem Referendum wurde durch Gewaltakte von pro-indonesischen Milizen und Militär überschattet, denen mehrere Tausend Menschen zum Opfer fielen, hunderte Frauen und Mädchen wurden vergewaltigt, drei Viertel der Bevölkerung vertrieben und 75 % der Infrastruktur des Landes zerstört. Die UNO schickte schließlich die internationale Streitmacht INTERFET, um das Land zu befrieden, und übernahm die Kontrolle. Noch im Dezember 1999 wurde von der UN-Verwaltung Osttimors (UNTAET) der National Consultative Council (NCC) geschaffen, um der Bevölkerung eine Vertretung zu geben.