В марте 2000 года «Альфа» участвовала в нескольких важнейших операциях в Чечне. С 5 по 20 марта 2000 года в селе Комсомольское Урус-Мартановского района велись бои против вооружённой группы Руслана Гелаева: в ходе боёв на юго-западной окраине Комсомольского снайперская группа «Альфы», подошедшая с КП «Запад», помогла ликвидировать чеченских снайперов, которые не позволяли пополнить боеприпасы экипажам танков. В составе группы снайперов присутствовал в качестве наблюдателя майор А. В. Перов. 13 марта в посёлке Новогрозненский оперативно-боевая группа Центра специального назначения ФСБ, куда входили и бойцы «Альфы», используя тщательную маскировку участников, схватила «генерала армии Джохара Дудаева», полевого командира Салмана Радуева. В тот день Радуева пригласили на встречу в посёлок с земляком, который обещал одолжить ему 7 миллионов долларов, припрятанных в некоем тайнике, и он прибыл на встречу с охранником и казначеем, однако всех обезвредили усыпляющими инъекциями, а сам Радуев очнулся уже в самолёте спецслужб. 30 марта того же года в посёлке Ведено произошла трагедия: на управляемом фугасе подорвались трое оперативников разведгруппы ЦСН ФСБ, которые разыскивали убийц сотрудников Пермского ОМОНа. Среди погибших был капитан управления «А» Н. Н. Щекочихин, участвовавший в операции по захвате Радуева и награждённый за операцию медалью «За отвагу» (посмертно награждён орденом Мужества).