Након што је Хенрик умро 28. септембра 1197. године, Филип је изабран за новог цара 8. марта 1198. године. Отац Ирине је 1195. године свргнут са престола. Он је тражио подршку свога зета у борби за престо. Иринин брат Алексије провео је једно време на Филиповом двору током припрема за Четврти крсташки рат. Тако је Ирина одиграла извесног утицаја у преусмерењу крсташког рата на Цариград 1204. године. У борби против младог Отона IV и његових присталица, Филип је успео да сачува своју власт у Немачкој. Међутим, Филип је 21. јуна 1208. године убијен од стране баварског грофа Отона VIII Вителсбаха. Ирина је тако по други пут постала удовица.