En agosto de 1936, un mes después del comienzo de la Guerra Civil, Melquíades Álvarez fue recluido, al igual que otros dirigentes políticos conservadores, en la Cárcel Modelo de Madrid y posteriormente, durante la llamada Matanza de la Cárcel Modelo de Madrid, sería asesinado por milicianos anarquistas que habían ocupado la prisión. Junto a Álvarez fueron también fusiladas otras personalidades como los exministros de la República José Martínez de Velasco, agrario, y Manuel Rico Avello.