Am 9. Juni traf die Flotte vor Malta ein, am 11. Juni wurde an Bord der "L’Orient" das Kapitulationspapier unterschrieben. Die Flotte segelte danach weiter nach Ägypten und landete mit der gesamten Streitmacht bei Abukir. Am 2. Juli 1798 wurde Alexandria eingenommen. In der Schlacht bei den Pyramiden am 21. Juli 1798 wurde das türkisch-ägyptische Heer zusammen mit einer Mamluken-Eliteeinheit unter Mourad Bey und Ibrahim Bey, insgesamt rund 5.000 (zuzüglich 12.000 Diener bzw. Waffenträger), in die Flucht geschlagen. Napoleon erklärte in zwei Proklamationen, dass das Ziel der Invasion die Befreiung des Landes von der Sklaverei und Ausbeutung durch die Mamluken und ihre selbstherrlichen Beys sei. Die Einwohner, ihre Familien, ihre Häuser und Eigentum würden geschützt. Ihre Lebensgewohnheiten, ihre Religion würden geachtet und zur Selbstverwaltung würden Dīwāne eingerichtet, besetzt mit einheimischen Würdenträgern.