A segunda igreja foi construída sobre as ruínas da igreja bizantina durante as Cruzadas, logo após a conquista de Nazaré por Tancredo da Galileia em 1102. Esta igreja jamais foi completada. Cinco capitéis romanescos entalhados por artistas do norte da França e que foram descobertos em escavações realizadas em 1909, não tinham sido instalados em 1187 quando as notícias da vitória de Saladino na Batalha de Hatim alcançaram a cidade. Saladino permitiu que sacerdotes franciscanos permanecessem no local para supervisionar os serviços religiosos no local.