Bush sprzeciwiał się wspieraniu contras w Nikaragui. Pod naciskiem demokratów w Kongresie zgodził się przeznaczyć 50 milionów dolarów dla kontrrewolucjonistów, pod warunkiem, że nie będą one przeznaczone na działania ofensywne. 3 października doszło do puczu w Panamie – grupa rebeliantów bezskutecznie usiłowała obalić generała Manuela Noriegę. Bush nie podjął wówczas działań, jednakże gdy w połowie grudnia zabito tam amerykańskiego oficera, prezydent powołując się na ochronę ludności amerykańskiej, wysłał 24 tysiące żołnierzy do Panamy. Zgromadzenie Ogólne Organizacji Narodów Zjednoczonych i Organizacja Państw Amerykańskich skrytykowały tę decyzję. Żołnierze US Army pojmali Noriegę i sprowadzili do Stanów Zjednoczonych, gdzie był sądzony za handel narkotykami.