Il 1665 fu un anno funesto per Carlo e per l'intera città di Londra: nella capitale scoppiò la peste, ricordata come la Grande peste di Londra. In settembre il totale delle persone colpite e uccise dalla peste giunse a una vetta di settemila vittime la settimana. Carlo, con la famiglia e la corte, si era già ritirato in giugno nella città di Salisbury. Il parlamento venne spostato a Oxford. Nonostante gli sforzi per contenere e frenare la malattia, la peste continuò a infuriare.