In het Oostzeegebied woedde sinds 1563 de Zevenjarige Oorlog tussen Denemarken en Zweden. Uiteindelijk sloten de twee partijen op uitnodiging van Johan Frederik in 1570 vrede in de Pommerse hoofdstad Stettin. Als hertog onderstreepte Johan Frederik zijn status door de grootschalige verbouwing van het Slot van Stettin in renaissancestijl. Daarbij werd de oude Sint-Ottokerk afgebroken en als slotkerk geïntegreerd in het nieuwe paleis. Om de verbouwing, de steeds duurder wordende hofhouding, en het ambtenarenapparaat te kunnen bekostigen poogde de hertog nieuwe belastingen, vooral accijnzen, in te voeren. De Staten, gesteund door Ernst Lodewijk van Pommeren-Wolgast, weigerden echter hun goedkeuring te geven. Hierdoor liepen de hertogelijke schulden steeds verder op.