Haabjørn tok fra 1939 flyskolen på Kjeller og skulle etter planen fullføre skolen 15. april 1940. Ved Tysklands angrep på Norge 9. april 1940 kom Haabjørn i kamp på Kjeller, der han sammen med andre av flyskolens elever kjempet mot flyene som bombet flyplassen. Flyskolen ble etter hvert evakuert til Sverige og Haabjørn fulgte med dit. Han rømte fra internering og sluttet seg til de norske styrkene i Nord-Norge inntil kampen ble oppgitt også der. Haabjørn ble evakuert til Storbritannia om bord HMS «Devonshire», som også førte kong Haakon og regjeringen Nygaardsvold.