Ao voltar, fundou o Tapol para lutar pelos presos políticos, na Indonésia, que teve o seu nome a partir da abreviação de "tahanan politik", ou "preso político" em indonésio. A organização expandiu as suas atividades, e foi fundamental na obtenção de informações sobre a atividade militar e violações de direitos humanos em Timor-Leste, invadido e ocupado pela Indonésia em 1975, bem como a Papua Ocidental e Achém. O "Boletim Tapol" foi uma importante fonte de informações sobre a situação dos direitos humanos na Indonésia, sob a Nova Ordem. É também autora de uma série de livros sobre direitos humanos e política na Indonésia. A organização permanece ativa, com Budiardjo ainda tendo um papel muito importante nas suas atividades.