Op 7 maart 2003 werd Taylor door het Speciaal Hof voor Sierra Leone aangeklaagd wegens oorlogsmisdaden tijdens zijn interventie in de burgeroorlog in buurland Sierra Leone. Na Slobodan Milošević werd Taylor hiermee de tweede machthebber die nog terwijl hij aan de macht was in staat van beschuldiging werd gesteld door een internationaal gerecht. De aanklacht werd aanvankelijk geheimgehouden, maar werd openbaar gemaakt op 4 juni 2003, terwijl Taylor een bezoek aan Ghana bracht. De regering van Ghana ging echter niet over tot zijn arrestatie, en Taylor keerde terug naar Liberia. Op 11 augustus van dat jaar trad hij onder grote druk af als president en vluchtte naar Nigeria, dat hem ondanks herhaalde via Interpol uitgevaardigde arrestatiebevelen weigerde uit te leveren zonder verzoek daartoe van de overheid van Liberia.