Kanu 1991-ben, a Federation Works csapatában kezdte pályafutását, majd egy évvel később az Iwuanyanwuhoz igazolt. 1993-ban 207 ezer euróért szerződtette a holland Ajax, ahol sokáig csak a tartalékok között szerepelhetett. 1994-ben debütált, összesen 54 bajnokin lépett pályára és 25 gólt szerzett. Az 1995-ös BL-döntőn csereként állt be az AC Milan ellen, csapata végül megnyerte a mérkőzést.