Weitere Zerstörungen brachte der Markgrafenkrieg des Jahres 1553, als das Dorf zehnmal von den Soldaten des Friedrich von Sachsen geplündert wurde. Der Dreißigjährige Krieg entvölkerte das Dorf zeitweise vollständig. Die Äbte des Klosters organisierten den Wiederaufbau. Die Verbindung mit der Abtei wurde im Jahr 1803 jäh unterbrochen, als Münsterschwarzach mit der Säkularisation aufgelöst wurde. Reupelsdorf erhielt den großen Klosterforst, der 1806 als Staatswald umgewandelt wurde.