Ο Κνάπερτσμπους ήταν ένας πολύ μορφωμένος συντηρητικός εθνικιστής και δεν έγινε ποτέ μέλος του Ναζιστικού Κόμματος, μια ιδιότητα την οποία αρνήθηκε όταν του προσφέρθηκε. Δεν συμπαθούσε τους ναζιστές, τους οποίους (όπως και αρκετοί συντηρητικοί Γερμανοί αριστοκράτες) θεωρούσε αγενείς, αμόρφωτους και απολίτιστους. Επιπλέον, εξαιτίας του χαρακτήρα του, εκφραζόταν «έξω από τα δόντια» για αυτούς, προκαλώντας σε κάποιες περιπτώσεις την οργή τους. Σε μία από αυτές, το συμβόλαιό του με τα ιδρύματα του Μονάχου ανακλήθηκε και του απαγορεύθηκε προσωρινά να εργάζεται στη Γερμανία. Λέγεται ότι ο ίδιος ο Χίτλερ αναμίχθηκε στην απόφαση να απολυθεί. Ωστόσο, επειδή υπήρχε έλλειψη κορυφαίων μαέστρων στη Γερμανία την εποχή εκείνη, η απαγόρευση ανακλήθηκε μετά από λίγο. Κατά τη διάρκεια του Γ΄ Ράιχ ο Κνάπερτσμπους συνέχισε να προκαλεί με ξεκάθαρες προσβολές προς τους αξιωματούχους του καθεστώτος. Μόνο η εξαιρετική διεθνής του φήμη και η μεγάλη δημοφιλία του στο γερμανικό κοινό, ιδίως του Μονάχου, τον έσωσαν από χειρότερη αντιμετώπιση. Το 1936 ο σερ Τόμας Μπίτσαμ τον προσεκάλεσε να διευθύνει στο Κόβεντ Γκάρντεν, αλλά δεν του δόθηκε άδεια να εγκαταλείψει τη Γερμανία. Μετά πήγε στη Βιέννη για να διευθύνει στην Κρατική όπερα της Βιέννης, αψηφώντας τη ναζιστική πολιτική που δεν επέτρεπε σε Γερμανούς καλλιτέχνες να εργάζονται στην Αυστρία. Ωστόσο έγινε ένας από τους πρωτοεμφανιζόμενους καλλιτέχνες στο Φεστιβάλ του Σάλτσμπουργκ και συνέχισε να εμφανίζεται σε αμφότερες τις αυστριακές πόλεις και μετά την Προσάρτηση της Αυστρίας από τη Ναζιστική Γερμανία το 1938. Επίσης στις 27 Ιανουαρίου 1938 έφθασε στην Αθήνα ως προσκεκλημένος του Ωδείου Αθηνών και διεύθυνε στο θέατρο «Ολύμπια» της οδού Ακαδημίας την εισαγωγή από τον "Egmont" και την 7η Συμφωνία του Μπετόβεν, μία συμφωνία του Μότσαρτ και τον "Δον Ζουάν" του Ρ. Στράους.