В XVII веке был главной гаванью для судов Ост-Индской компании. Занимал стратегические позиции на реке Шельда на пути к Антверпенским докам. Флиссинген стал целью британской высадки в Голландии в 1809 году. Город подвергся обстрелу кораблями английского флота. В результате в городе погибло 350 человек и было разрушено около трёхсот зданий, в том числе была полностью разрушена ратуша.