Sodan päätyttyä Brunei palasi Britannian protektoraatiksi. Vuonna 1959 Brunei sai oman itsehallinnon ja perustuslain, mutta Britannia huolehti edelleen maan ulkopolitiikasta ja turvallisuudesta. Perustuslaissa muodostettiin myös lakiasäätävä neuvosto, jota kontrolloi Brunein kansanpuolue. Kansanpuoluetta johti A. M. Azahari, jonka tavoitteena oli muodostaa Suur-Brunei ja palauttaa hallintaan koko Borneon saari, mukaan lukien brittien hallitsema Pohjois-Borneo ja Brooken dynastian hallitsema Sarawak, mikä olisi palauttanut Bruneille alueet joita maa hallitsi 1500-luvulla. Azahari sai tukea Indonesiasta ja Filippiineiltä, sillä maiden johtajat pitivät Brunein laajentumista pienempänä pahana kuin Malaijan laajentumista. Azahari ei kuitenkaan saanut tukea Brunein sulttaanilta ja kansanpuolueen vaikutuksesta Bruneissa syttyi vuonna 1962 kapina maan itsevaltaista sulttaania vastaan. Kansanpuolueen tavoitteena oli täysi aluelaajentumisten lisäksi saada maahan täysi demokratia.