Han ble general og øverstkommanderende for den mobiliserte hær i desember 1863 og overtok kommandoen ved Danevirke i 1864 under Andre slesvigske krig. Meza tok beslutningen om å rømme den altfor svake Dannevirke-stilling 5. februar 1864 og organiserte troppenes tilbaketrekning til Dybbøl.