בהמשך שירת כעוזר מפקד כוח המשלוח השלישי של חיל הנחתים. בין השנים 1988–1991 שירת דנפורד כמדריך בקורס הקצינים של החיל בבסיס קוונטיקו. בשנת 1999 שימש כמזכיר בכיר לסגן יושב ראש המטות המשולבים. בשנת 2001 מונה למפקד רגימנט הנחתים החמישי והוביל אותו בלחימה בעיראק בעת הפלישה ב-2003. במהלך תקופה זו זכה לכינוי "ג'ו הלוחם" ("Fighting Joe"). בשנת 2004 לקח חלק בקרבות בפלוג'ה. במאי 2009 קודם למפקד חיל המשלוח הראשון של חיל הנחתים ולמפקד פיקוד הנחתים בגזרת פיקוד מרכז של ארצות הברית. באוקטובר 2010 קודם לדרגת גנרל ומונה לסגן מפקד חיל הנחתים.