Fueron, como el propio Clavigero lo expresó, tres los motivos que lo impulsaron para escribir la historia prehispánica. En primer lugar, "[...] "para evitar la fastidiosa y reprensible ociosidad a que me hallo condenado" [...]"; en segundo, "[...] "para servir del mejor modo posible a mi patria" [...]"; finalmente, para hacer frente a la "[...] "turba increíble de escritores modernos de la América" [...]". Escrita en diez libros y acompañada de nueve disertaciones, la "Historia antigua de México" narra la parte de la historia mexicana anterior y hasta 1521. Además del libro I, que el propio autor denomina como "historia natural", el resto de los libros expone una detallada visión del pasado prehispánico, comenzando por los toltecas, considerados, según el conocimiento de la época, como unos de los primeros pobladores. Luego de mencionar a otras "naciones", la narración se reduce a la historia del señorío mexica ("los mexicanos", los llama Clavigero), desde su llegada a las tierras de Anáhuac y la fundación de la "monarquía mexicana", hasta la llegada de los españoles y la toma de Tenochtitlan en agosto de 1521 (la famosa Conquista de México). Es esta la historia antigua de su patria, Nueva España. Puede argumentarse que la de Clavigero es una interpretación céntrica de la historia mexicana, ya que solo encuentra su fundamento en la cultura mexica.