應仁之亂之後，一色氏勢力開始衰退，在戰國時代末期織田信長派遣明智光秀及細川藤孝侵入丹後，此地成為細川藤孝的領地，細川藤孝引退後曾一度住於此地的內，也因此在1600年關原之戰中，屬於東軍的細川藤孝曾在此遭到西軍的包圍（）。