Tại Giải vô địch bóng đá châu Âu 2008, giải đấu quốc tế lớn đầu tiên mà Pepe tham dự, trong trận mở màn của Bồ Đào Nha gặp Thổ Nhĩ Kỳ, Pepe ghi bàn mở tỉ số sau khi phối hợp bật tường với Nuno Gomes, chung cuộc Bồ Đào Nha thắng 2-0. Cùng với việc thi đấu chắc chắn trong trận này, anh được nhận danh hiệu cầu thủ xuất sắc nhất trận đấu. Ngoài ra Goal.com còn đưa anh vào đội hình tiêu biểu của Euro 2008 sau lượt đấu thứ nhất vòng đấu bảng. Anh cũng thi đấu trong 2 trận còn lại của vòng bảng gặp đội tuyển Cộng hòa Séc và đội tuyển Thụy Sĩ. Tuy nhiên, cuộc phiêu lưu của Pepe và các đồng đội trong đội tuyển Bồ Đào nha đã dừng lại ở tứ kết khi họ để thua đội tuyển Đức 3-2. Tuy vậy, anh vẫn được tiểu ban kỹ thuật UEFA chọn vào danh sách 23 cầu thủ xuất sắc nhất tại Euro 2008.