Bereits in der nächsten Saison wurde Joubert erstmals französischer Meister. Es war der erste von sechs nationalen Titeln in Folge. Er gewann mit Skate America seinen ersten Grand-Prix-Wettbewerb. Dabei profitierte er von der verletzungsbedingten Aufgabe von Alexei Jagudin. Joubert qualifizierte sich erstmals für das Grand-Prix-Finale und konnte die Bronzemedaille erringen. Bei der Europameisterschaft 2003 in Malmö gewann Joubert die Silbermedaille und beendete die Weltmeisterschaft auf dem sechsten Platz. Im Sommer trennte er sich von seiner langjährigen Trainerin Veronique Guyon. Sein neuer Trainer wurde Laurent Depouilly.