Dopo che Grant ebbe obbligato Lee alla resa a Appomattox, Halleck fu messo al comando della divisione militare di James, acquartierata a Richmond. Fu presente alla morte di Lincoln e ne portò la cassa al funerale. Perse l'amicizia con William Sherman quando litigarono riguardo alla tendenza di Sherman ad essere indulgente con gli ex confederati. Nell'agosto del 1865 fu trasferito alla divisione del Pacifico in California, sostanzialmente in esilio militare. Mentre ricopriva questo incarico accompagnò il fotografo Eadweard Muybridge nella neo-acquisita America russa. Si deve a lui ed al senatore Charles Sumner la scelta di chiamare questa terra "Alaska". Nel marzo 1869 gli fu assegnato il comando della divisione militare del Sud, acquartierata a Louisville, nel Kentucky.