עם פרוץ המלחמה היה דקר מפקד גדוד הנ"ט ה-38, שהיה חלק מדיוויזיית הפאנצר ה-3, ולחם עמו במהלך המערכה בפולין במסגרת הקורפוס ה-18. ב-10 באפריל 1940 מונה דקר למפקד הגדוד ה-1 ברגימנט הפאנצר ה-3, ולחם עמו במהלך המערכה על צרפת כחלק מדיוויזיית הפאנצר ה-3 במסגרת הקורפוס הממונע ה-16. במהלך הקרב על יוון לחם דקר עם גדודו כחלק מדיוויזיית הפאנצר ה-3 במסגרת הקורפוס ההררי ה-18, ולאחר מכן במסגרת הקורפוס הממונע ה-40, וב-15 במאי מונה דקר למפקד רגימנט הפאנצר ה-3. ב-13 ביוני קיבל על פעולותיו בקרב תרמופילאי את עיטור צלב האבירים של צלב הברזל, ובמהלך מבצע ברברוסה לחם עם הרגימנט שבפיקודו כחלק מדיוויזיית הפאנצר ה-3 במסגרת הקורפוס הממונע ה-24. ב-1 בפברואר 1942 הועלה דקר לדרגת אוברסט, וב-1 באוגוסט 1942 קיבל את עיטור הצלב הגרמני בזהב. ב-7 בספטמבר 1943 מונה דקר למפקד דיוויזיית הפאנצר ה-5, וב-1 בדצמבר 1943 הועלה לדרגת גנרל מיור. ב-4 במאי 1944 קיבל דקר תוספת עלי אלון לעיטור צלב האבירים של צלב הברזל, וב-1 ביוני 1944 הועלה לדרגת גנרל לויטננט. ב-15 באוקטובר 1944 מונה דקר למפקד קורפוס הפאנצר ה-39, ופיקד עליו בקרב על הבליטה. ב-1 בינואר 1945 הועלה דקר לדרגת גנרל חיל השריון, ולחם עם הקורפוס בקרבות בגרמניה.