Известно, что Фратаферн присоединился со своими отрядами «парфян, гирканов и тапуров» к армии Дария III незадолго до битвы при Гавгамелах в 331 году до н. э. После поражения персидского царя сопровождал того в его бегстве. После инициированного Бессом убийства Дария III Фратаферн вместе с некоторыми другими царскими приближёнными сдался Александру Великому и был радушно им принят.