In den Jahren 1990 und 1991 absolvierte Protassow vier Qualifikationsspiele zur EM 1992 und schaffte dabei mit dem Team als Gruppensieger sich erneut für eine EM-Endrunde zu qualifizieren. An EM-Endrunde in Schweden nahm der gelernte Stürmer allerdings nicht mehr teil. Mit dem letzten Qualifikationsspiel, einem 3:0-Erfolg über Zypern, in dem ihm auch sein letzter Länderspieltreffer gelang, beendete er seine Laufbahn in der sowjetischen Fußballnationalmannschaft im Alter von 27 Jahren. Bis zu diesem Zeitpunkt wurde er 68 Länderspielen seines Heimatlandes eingesetzt und erzielte dabei insgesamt 29 Tore, was ihn wiederum hinter Oleg Blochin zum zweitbesten Torschützen in der Geschichte der sowjetischen Nationalmannschaft machte. Das Spiel gegen Zypern war auch das letzte der Sowjetunion, die schließlich am 21. Dezember 1991 aufgelöst wurde.