Pur continuando a essere il club francese con più sostenitori e l'unico ad avere trionfato in UEFA Champions League negli anni che seguirono l'OM sembrò incapace di interrompere il digiuno di vittorie nei tornei di prestigio. Ci andò vicina nel 2004, quando raggiunse la finale della Coppa UEFA dopo avere sconfitto l'Inter, il Liverpool e il Newcastle, grazie soprattutto ai gol di Didier Drogba. In finale, però, la squadra di Marsiglia fu sconfitta dai neocampioni di Spagna del Valencia e ancora una volta fu costretta a rimandare i festeggiamenti per la conquista di un trofeo. Al termine di quella stagione l'OM vendette Drogba, che finì al Chelsea per 24.500.000 sterline.