In der folgenden Saison errang Bukvajová mit zehn Platzierungen in den Punkterängen den 31. Platz im Gesamtweltcup. Bei der Winter-Universiade 1999 in Štrbské Pleso gewann sie die Bronzemedaille in der Verfolgung und die Silbermedaille über 5 km klassisch. Zudem wurde sie dort Vierte über 15 km Freistil. Bei den Weltmeisterschaften 1999 in Ramsau am Dachstein belegte sie den 31. Platz über 5 km klassisch, den 20. Rang über 15 km Freistil und jeweils den 17. Platz über 30 km klassisch und in der Verfolgung und bei den Weltmeisterschaften 2001 in Lahti lief sie auf den 46. Platz über 15 km klassisch, auf den 45. Rang im Skiathlon und auf den 39. Platz über 10 km klassisch. Im folgenden Jahr errang sie bei den Olympischen Winterspielen 2002 in Salt Lake City den 58. Platz im Skiathlon und den 46. Rang über 10 km klassisch. Ihr letztes Weltcuprennen absolvierte sie im Februar 2003 in Asiago, das sie auf dem 61. Platz über 5 km klassisch beendete.