Det offisielle resultatet fra første valgomgang ble offentliggjort 28. mai 2012. Valgoppslutningen var på 46,42 % og de to kandidatene som gikk videre til annen og avgjørende runde var Mohammed Mursi med 24,8 % av stemmene og Aḥmad Šafīq med 23,7 % av stemmene. Mursi representerer Det muslimske brorskapet gjennom Frihets- og rettferdighetspartiet, mens Shafiq har bakgrunn som luftvernsgeneral og statsminister under tidligere president Hosni Mubarak. Blant de som etter Den egyptiske revolusjonen i 2011 ønsket en representant for revolusjonen som president har andre valgomgang blitt beskrevet som et «valg mellom to onder»; mellom en representant for det gamle regimet eller en konservativ islamist.