Spanulis 2003-04 sezonunda takımının Yunanistan Basketbol Ligi finallerine ve EuroChallenge'de final-four oynamasında büyük pay sahibi oldu. Ayrıca sezonda EuroBasket.com sitesi tarafından yapılan bir oylamada A1 Ethnikis'nin en çok gelişme kaydeden oyuncusu seçildi. Spanoulis 2003-04 sezonunda ligde maç başına 11.4 sayı 2.2 ribaund 2.9 asist ortalamaları ile oynadı. Sezon sonunda 2004 NBA Seçmeleri'ne katılan oyuncu 2. tur 50. sıradan Dallas Mavericks tarafından seçilme başarısı gösterdi. Yunan basketbolcu ayrıca 2004 Yaz Olimpiyatları'nda mücadele eden Yunanistan millî takımınında kadrosunda yer aldı.