Als entschiedener Gegner Frankreichs nahm der Kronprinz auch an der Zweiten Schlacht von Höchstädt teil, in der Österreichs Truppen einen Sieg errangen; ebenso an der zweiten Belagerung von Landau. Erst als er im Dezember erfuhr, dass sein Vater schwer erkrankt war, kehrte der Kronprinz zurück, um die Regierung zu übernehmen. Doch als der Kaiser wieder zu Kräften kam, begann er eine Säuberung. Der Kaiser hörte bei den Verhandlungen mit dem niederösterreichischen Landtag nur mehr auf Mansfeld und ernannte den Kandidaten seiner Partei zum Statthalter von Bayern. Im Februar des Jahres 1705 wurde Joseph überhaupt von den Ratssitzungen ausgeschlossen. Er bildete zwar immer noch die Sektion Mittelsdeputation mit seinen Anhängern, war aber politisch kaltgestellt. Er übernahm einige Tage vor dem Tod des Vaters erneut die Regierungsgeschäfte, obwohl bereits ein Abreisetermin zum Feldzug nach Deutschland feststand.