לאחר תום המנדט הבריטי במאי 1948 עבר המוסד לניהולה של אגודת הרופאים הערבית בפלסטין. דוקטור מוחמד טאהה דג'אני מונה למנהלו. באותה עת שהו בבית החולים 75 חולים יהודים בגילאי 24 עד 74. חלקם היו מאושפזים בבית החולים מאז שנות השלושים. למעשה, לאחר נפילת גוש עציון והליכת מגיניו שלא נטבחו לשבי בירדן היו החולים בבית לחם היהודים האחרונים שנותרו בשטחי יהודה ושומרון. הפסיכיאטר דוקטור דניאל ארגו, שחקר את הפרשה, העריך כי עובדת היותם חולי נפש גוננה עליהם מפגיעה.