1588 fand während des Truchsessischen Krieges eine erfolglose Belagerung Siegburgs durch spanische Truppen statt. 1614/1615 wurde Siegburg im Laufe des Jülich-Klevischen Erbfolgestreites von brandenburgisch-staatischen Truppen abermals belagert. Knapp 20 Jahre später wurde Siegburg im Oktober 1632, während des Dreißigjährigen Krieges von den schwedischen Truppen General Baudissins erobert, die diese für drei Jahre besetzt hielten. Von 1636 bis 1638 erlebte Siegburg die Hexenverfolgungen durch die Hexenkommissare Franz Buirmann und Kaspar Lieblar (Liblar). Dies wurde begünstigt durch die Abwesenheit des Abtes, der vor dem Krieg nach Köln geflohen war. 37 Menschen (32 Frauen und fünf Männer) wurden Opfer der Hexenprozesse. Es gibt noch 19 vollständige Hexenprozess-Protokolle sowie Prozessfragmente im nordrhein-westfälischen Hauptstaatsarchiv Düsseldorf und Stadtarchiv Siegburg. Die zahlreichen kriegerischen Auseinandersetzungen jener Zeiten verursachten einen wirtschaftlichen Niedergang.