Successivamente, il 20 luglio 1939, divenne comandante del neocostituito Comando in Capo della Squadra Sommergibili; ricopriva questo ruolo all'entrata dell’Italia nella seconda guerra mondiale (10 giugno 1940) e lo mantenne fino al dicembre 1941, dirigendo le operazioni subacquee della Regia Marina nella Battaglia del Mediterraneo. Il 9 dicembre 1941, subito dopo aver scritto una lunga relazione nella quale poneva in evidenza le carenze dell'arma subacquea italiana (in termini di addestramento, caratteristiche tecniche dei sommergibili, dottrina d'impiego, cooperazione con l'Aeronautica), Falangola fu rimosso dall'incarico e nominato comandante del Corpo delle Capitanerie di Porto, venendo sostituito al comando dei sommergibili dall'ammiraglio Antonio Legnani.