היידריך היה ראש המשרד הראשי לביטחון הרייך (RSHA) וזכה בכינוי "מגן בוהמיה", על שום חלקו בהשתלטות הגרמנית והסיפוח הגרמני של החבל הצ'כי בוהמיה בשנת 1939. בתאריך 29 במאי 1942 ארבו לוחמי המחתרת הצ'כית יוזף גבצ'יק ויאן קוביש למכוניתו של היידריך באזור הולשוביצה, בעת שהיה בדרכו לפראג, בירת צ'כיה. שני הלוחמים אומנו בבריטניה והוצנחו בדצמבר 1941 בצ'כיה כחלק ממבצע אנתרופואיד. הם זרקו רימון יד על מכוניתו של היידריך ופצעו אותו קשות. כעבור מספר ימים, ב-4 ביוני 1942, הוא מת כתוצאה מזיהום בפצעיו.