อย่างไรก็ตาม โบสถ์แห่งนี้ได้ถูกทำลายลงในปี 1945 จากการทิ้งระเบิดที่เดรสเดินในสงครามโลกครั้งที่สอง มีเพียงอนุสาวรีย์ของมาร์ติน ลูเทอร์ที่ด้านหน้าของโบสถ์เท่านั้นที่เหลือรอดมาได้ โบสถ์นี้อยู่ในสภาพซากปรักหักพังเป็นเวลากว่า 50 ปีจนกระทั่งเมื่อมีการรวมประเทศเยอรมนีในปี 1994 ก็มีการสร้างโบสถ์หลังนี้ขึ้นใหม่จนแล้วเสร็จโดยสมบูรณ์ในปี 2005 โดยใช้งบประมาณบูรณะไปทั้งสิ้น 180 ล้านยูโรจากการระดมทุนและรับบริจาค ในปัจจุบัน โบสถ์แห่งนี้กลายเป็นสถานที่ท่องเที่ยวสำคัญในเมืองเดรสเดิน ในแต่ละปีมีผู้มาเยือนโบสถ์นี้นับล้านราย