Obwohl andere Spieler in seinem Alter über einen Rückzug nachdachten und das Profisnooker wegen wegfallender Sponsoren Ende der 2000er Jahre immer schwieriger wurde, blieb Alan McManus auch in den folgenden Jahren dem Snooker treu. Dabei war die &lt;a href="Snooker-Saison%202006/07"&gt;Saison 2006/07&lt;/a&gt; ein schwerer Rückschlag. Zwar zeigte das Erreichen des Halbfinals beim Grand Prix, dass er weiter mithalten konnte, das Turnier begann aber auch mit einer Gruppenphase. Bei den anderen Ranglistenturnieren musste er eine zusätzliche Qualifikationsrunde spielen und viermal erreichte er das Hauptturnier nicht. Unter anderem verpasste er zum ersten Mal auch den Einzug ins Crucible. Damit fiel er auch noch aus den Top 32, was für die folgenden Jahre noch eine weitere Qualifikationsrunde bedeutete. Immerhin konnte er die meist gewinnen und sich in der Rangliste einigermaßen stabil halten. Aber die Achtelfinals bei der Northern Ireland Trophy 2008 und dem World Open 2010 waren noch seine größten Erfolge. Ein Achtungserfolg war auch das Erreichen des Finals im ersten Turnier der Pro Challenge Series 2009, einer neben der Profitour laufenden Turnierserie für Profis, an der aber nur wenige Topspieler teilnahmen. Bei der 2010 eingeführten Players Tour Championship (PTC) schlug er sich ebenfalls ganz gut und erreichte bei den Kleinturnieren 2011 zweimal das Viertelfinale. Trotzdem erreichte er am Ende der &lt;a href="Snooker-Saison%202011/12"&gt;Saison 2011/12&lt;/a&gt; mit Platz 52 der Weltrangliste einen vorläufigen Tiefpunkt.