Dopo sei mesi di inattività, è ingaggiato dal neopromosso Crotone per rimpiazzare Ivan Jurić. Il 21 agosto 2016 guida i pitagorici nell'esordio in A, rimediando una sconfitta dal Bologna. Nella prima parte di campionato ottiene 9 punti (con 2 vittorie e 3 pareggi) con la squadra che si ritrova in ultima posizione. Nella fase di ritorno ne totalizza invece 25, di cui 20 tra aprile e maggio. La rimonta dei calabresi vale la salvezza, conquistata all'ultima giornata dopo una vittoria per 3-1 contro la Lazio a scapito dell'Empoli che contemporaneamente ha perso 2-1 contro il Palermo già retrocesso.