Quando Milano venne conquistata nuovamente da Luigi XII di Francia, il cardinale ancora una volta si schierò per ragioni personali e politiche col duca di Milano e cercò di guidare ancora una volta la politica pontificia a favorire la famiglia Sforza mantenendo la Francia lontana dalla Lombardia. Dopo la sconfitta dei suoi alleati nella Battaglia di Melegnano del 1515, egli levò un nuovo esercito con l'aiuto dell'Inghilterra nel 1516, ma non riuscì a riconquistare Milano; in quello stesso anno, egli si recò a Londra per tentare di far quadrare un'alleanza tra il papa, l'imperatore ed i re di Inghilterra e Spagna, ma questa fallì per gli interessi e le contrapposizioni interne che si ponevano tra questi stati. Durante la lunga assenza del cardinale da Roma, il partito francese guidato da Jörg auf der Flüe, organizzò una ribellione popolare che lo detronizzò dalla sede di Sion nella notte del 30 agosto 1517. Schiner fu dunque costretto a riparare a Zurigo ove rimase sino al 1519 cercando di operare una politica anti-francese ma non fu in grado di far ritorno nel Canton Vallese. Dal 1519 visse perlopiù alla corte imperiale di Vienna, guadagnandosi la fiducia dell'imperatore Massimiliano I che lo nominò tra i governatori d'Italia nel 1516. Alla morte dell'imperatore nel gennaio del 1519, egli già in precedenza aveva intessuto dei legami con re Enrico VIII d'Inghilterra per la scelta del successore ed ebbe un ruolo di peso nella scelta finale di Carlo V di cui divenne anche consigliere.