Il fut choisi par l’empereur Jean III Doukas Vatatzès de Nicée pour devenir patriarche œcuménique à un âge probablement assez avancé, alors qu’il appartenait à une communauté monastique près de la ville d’Akhyraous. Intronisé le , il se révéla rapidement un allié important de l’empereur dont il appuya tout au long de son patriarcat les revendications comme légitime successeur des empereurs byzantins. Il s’opposa ainsi aux prélats d’Épire qui appuyaient les souverains locaux, ainsi qu’à Démétrios Chomatènos, archevêque d’Ohrid, qui avait présidé au couronnement de Théodore Comnène Doukas comme empereur de Thessalonique et pour qui la chute de Constantinople signifiait aussi la fin de l’unité de l’empire. Deux empires et deux Églises revendiquaient ainsi la succession politique et religieuse de l’Empire byzantin. Toutefois, après la défaite épirote de Klokonitsa en 1230, les évêques d’Épire se rallièrent progressivement et le même Georges Bardanès, qui avait écrit en 1228 une lettre au patriarche Germain II au nom de l’ensemble des évêques épirotes consacrant le schisme, dut écrire une nouvelle lettre mettant un terme au même schisme. Son autorité reconnue, Germain II visita l’ensemble de la région en 1238.