Потерпев неудачу в попытке стать купцом, он в 1859 году начал писать стихи и исторические драмы. Участвовал в Гражданской войне 1860—1861 годов против режима генерала Томаса Сиприано Москеры. В 1861 году принял на себя управление делом отца после смерти последнего, но обнаружил, что тот накопил огромное количество долгов, ввиду чего был вынужден выставить семейные гасиенды на аукцион. После этого Исаакс переехал в Боготу, где продолжил с успехом печатать свои стихотворения в журналах и некоторое время жил только этим. В 1864 году вышел его сборник "Poesías"; в том же году он получил должность начальника строительства дороги между Кали и Буэнавентурой, однако почти сразу же после этого тяжело заболел малярией, в итоге поправившись. Незадолго до этого он начал писать роман "María", который был опубликован в 1867 году и принёс ему большую известность как в Колумбии, так и в других странах Латинской Америки.