1565年から1821年まで、メキシコシティに位置するヌエバ・エスパーニャ副王の権限の下にあったが、メキシコ独立後はスペイン本国から直接指令された。1898年の米西戦争後にフィリピンやグアムなどはアメリカ合衆国によって占領され、残りの島々は1899年のドイツとの条約によって売却された（ドイツ領ニューギニア）。スペイン国王は、伝統的に自らを「東西インドの王 (Rey de las Indias orientales y occidentales)」と称した。