در بهمن ۱۳۵۷، ابراهیم یزدی به دستور روح‌الله خمینی به عضویت نهادی به نام شورای انقلاب اسلامی ایران درآمد. خلخالی ادعا می‌کند ابراهیم یزدی بازپرس دادگاه انقلاب در زمان محاکمهٔ ژنرال‌های ارتش شاهنشاهی ایران بود و با آغاز به کار دولت موقت انقلاب به سمت «معاون نخست‌وزیر در امور انقلاب» برگزیده شد. وی برای مدتی به عنوان سرپرست مؤسسه کیهان منصوب شد و پس از استعفای کریم سنجابی از وزارت امور خارجه ایران، به عنوان «وزیر امور خارجه دولت موقت انقلاب» معرفی شد. در دوران وزارت او، ایران از پیمان سنتو خارج شد. در فاصله کوتاهی پس از آغاز بحران گروگان‌گیری در سفارت آمریکا، دولت موقت به نخست‌وزیری مهدی بازرگان در اعتراض به ناتوانی دولت و کنترل گروه‌های خودسر استعفا داد. وی سپس در سال ۱۳۵۸ خورشیدی، نماینده مردم تهران در دوره اول مجلس شورای اسلامی شد، اما پس از آن، صلاحیت‌اش برای نامزدی در انتخابات دوره‌های بعدی مجلس شورای اسلامی، توسط شورای نگهبان قانون اساسی، ظاهراً با استناد به اظهارات سید روح‌الله خمینی علیه نهضت آزادی، رد شد.