През XVI век градът е новооснован с името "Валта", "блата". През 1821 г. по време на Гръцата война за независимост в Касандрия се оттеглят въстаниците след разгрома пред Солун. През ноември 1821 г. турската армия успява да пресече канала на Потидея и да завоюва Касандрия и други селища. Въстаниците бягат в Средна Гърция и на Спорадите. Селището е разрушено напълно от османската войска, но бързо се възстановява, след като в него се заселват жителите на околните разрушени села. Касандрия все още пази традиционната архитектура от XIX век. В 1850 година са построени църквата „Свети Атанасий“ и катедралният храм на Касандрийска епархия „Рождество Богородично“.