Il était âgé de trente-huit ans, lorsqu'éclata le soulèvement de la Catalogne contre Philippe IV. Joseph de Margarit, reçut l'ordre de la députation des États catalans de harceler l'armée envoyée par Madrid contre Barcelone : le but était de retarder sa marche afin de donner le temps aux révoltés catalans de lever des troupes et de pourvoir à la sûreté de la ville. Il réussit parfaitement cette mission pourtant très difficile.