Согласно журналисту Люку Хардингу, в 1995 году группе Литвиненко было поручено найти и испортить принадлежащие правозащитнику Сергею Григорьянцу видеозаписи со свидетельствами расстрела мирных жителей в чеченском селении Самашки федеральными войсками. Во время войны в Чечне Литвиненко неоднократно бывал в командировках для работы в управлении ФСБ в Нальчике. В январе 1996 года принял участие в штурме села Первомайское. По словам знавших Литвиненко, под влиянием увиденного во время работы на Северном Кавказе Литвиненко превратился из сторонника войны в её противника.