Az első világháború kitörésekor, Herbert Asquith miniszterelnök őt nevezte ki hadügyminiszterré. Ő, ellentétben az akkori közvéleménnyel, hosszú háborút jósolt, valamint Lord Derby ötlete alapján megreformálta az angol hadsereget, melyet területi és foglalkozási alapon szervezett egységekre osztott. Azonban a sikertelen gallipoli hadjárat után, és a lőszerválság miatt helyére David Lloyd George lett kinevezve. Utódjával egy diplomáciai útra kellett volna indulnia 1916-ban Oroszországba, azonban Lloyd George visszamondta az utat, így egyedül ő lett volna az angolok küldöttje, azonban az őt szállító HMS Hampshire cirkáló 1916. június 5-én este aknára futott az Orkney-szigetek közelében: a csupán egy tucat ember élte túl a detonációt, Kitchener nem volt köztük.