Trong thời gian 1991-1995, Quân đội Nhân dân Nam Tư (JNA) và lực lượng người Serb đã sử dụng những chiếc MiG-21M (khoảng 100 chiếc trong thỏa thuận tổng cộng 1/3 lực lượng không quân) khi diễn ra Chiến tranh Slovenia, Chiến tranh giành độc lập Croatia và Chiến tranh Bosna và lần nữa trong Chiến tranh Kosovo 1999 và Operation Allied Force (Chiến dịch Sức mạnh đồng minh - khi NATO ném bom Nam Tư 1999). Trừ trong thời gian NATO can thiệp vào Nam Tư, máy bay không có đội thử trên không và chủ yếu được sử dụng trong vai trò tấn công mặt đất. Những báo cáo chi tiết chỉ ra rằng ít nhất 6 chiếc đã bị bắn hạ bởi lực lượng AA tại Croatia và Bosnia và 24 chiếc khác bị phá hủy bởi NATO, hầu hết khi đang ở trên mặt đất. Năm 1993, Croatia đã mua khoảng 40 chiếc MiG-21 vi phạm lệnh cấm vận vũ khí, nhưng chỉ có 25 chiếc hoạt động trong các đơn vị, trong khi những chiếc khác được sử dụng như những phụ tùng thay thế. Croatia sử dụng chúng cùng 4 chiếc đào ngũ từ JNA chủ yếu trong các nhiệm vụ tấn công mặt đất và không một ai biết rằng đã có những trận không chiến diễn ra giữa những chiếc MiG của Croatia và Serbia.