Bij het begin van de Amerikaanse Burgeroorlog stelde de gouverneur van Indiana, Oliver Morton, Morris aan als kwartiermeester-generaal van de militietroepen van de staat. Op 27 april 1861 werd hij aangesteld als brigadegeneraal in de Indiana state militia. Hij nam het bevel op zich van een brigade van nieuwe rekruten uit Indiana en trok naar westelijke Virginia. Zijn eenheden kregen de bijnaam "Indiana Brigade" en werden toegevoegd aan het Departement of the Ohio onder leiding van George B. McClellan. Morris leidde de Noordelijke eenheden in de Slag van de Philippi Races. Hij nam ook deel aan verschillende andere slagen in westelijk Virginia, namelijk in Rich Mountain en Corrick's Ford. Rond de middag van 13 juli 1861 viel Morris de achterhoede aan van de terugtrekkende Zuidelijke eenheden bij Corrick's Ford. Tijdens de achtervolging van verschillende kilometers sneuvelde de Zuidelijke bevelhebber Robert S. Garnett. Met deze overwinning hadden de Noordelijken westelijke Virginia stevig in handen.