Per la stagione 2006-2007, per attenuare l'impatto della sentenza di Calciopoli, il club intervenne sul mercato, acquistando tra gli altri Adrian Mutu. Dopo una partenza stentata, i viola si ripresero, riuscendo a colmare il divario della penalizzazione, e arrivarono a metà classifica prima della sosta natalizia. Nel girone di ritorno, i gigliati continuarono la loro marcia e, grazie ad una solida difesa e ad un attacco prolifico, con i 32 gol della coppia Toni-Mutu, conquistarono il sesto posto in Serie A, ottenendo così la qualificazione alla Coppa UEFA. Nella coppa nazionale, la Fiorentina batté al primo turno il Giarre, venendo poi sconfitta dal Genoa.