2002年底，巴厘岛遭受恐怖爆炸袭击，海峡大桥项目受此影响被取消。中国和印尼两国转而研讨在马都拉海峡上架设大桥的可能性。2004年，两国达成协议，中国向印度尼西亚提供4亿美元的优惠贷款作为大桥建设资金，中国路桥（集团）总公司和中国港湾建设总公司承建大桥。由于受到2004年印度洋海啸的影响，工程在2005年11月19日方才正式开工，计划于2008年年底建成，直到2009年6月10日正式開通。