Fils d'un arbitre régional, Craig Joubert débute l'arbitrage à l'âge de 15 ans après avoir joué demi d'ouverture pour l'équipe de son collège "" à Pietermaritzburg. Après ses études, il travaille dans une banque de dépôt pendant cinq ans tout en continuant d'arbitrer avant de se consacrer à plein temps au métier d'arbitre. Il débute au plus haut niveau en arbitrant des tournois de rugby à sept dans le cadre du circuit de l'IRB Sevens World Series en 2003. Il officie lors de la finale de la coupe du monde de rugby à sept (Nouvelle-Zélande-Fidji) à Hong Kong en 2005. Il débute la même année dans le Super 12, succédant à son compatriote André Watson qui vient de prendre sa retraite internationale, et laisse une place libre pour un arbitre sud-africain (New South Wales Waratahs - Waikato Chiefs, 25-7).