En 1983 comenzaron los trabajos de recuperación del ala norte del edificio con el fin de instalar allí el Museo Naval y Marítimo, que funcionaba en el castillo Wulff de Viña del Mar. Luego del terremoto de 1985 hubo que reforzar la infraestructura; por fin, el 23 de mayo de 1988 el entonces comandante en jefe de la Armada, almirante José Toribio Merino inauguró la nueva sede del museo. En 1990 se inauguró el Auditorio Naval y en 1997 el Archivo y Biblioteca Histórica de la Armada.