En 2001, il démissionne de son poste de gouverneur après sa nomination par George W. Bush comme conseiller du président pour la sécurité intérieure, nouvelle fonction créée après les attentats terroristes du 11 septembre 2001 à New York et Washington, D.C.. En janvier 2003, la fonction est élevée au rang de département exécutif fédéral et Tom Ridge devient le premier secrétaire à la Sécurité intérieure. Le nouveau département regroupe plus de 22 agences fédérales et emploie .