Cresce nelle giovanili del , che il 9 marzo 1997 lo fa debuttare in Serie B contro la . Nell'estate 1998 passa al in C1, contribuendo al raggiungimento dei play-off nella stagione successiva: in due anni in Lombardia, colleziona 53 presenze e 9 gol. Acquistato dal nel 2000, viene prestato alla Spal, dove in due stagioni sigla 17 gol in 44 partite. Nel 2002 torna a Verona, entrando stabilmente nella rosa gialloblu. Il 22 settembre esordisce in Serie A, nella sconfitta (1-2) con il . Dopo aver debuttato anche in Coppa UEFA nel match casalingo perso per 0-2 contro la Stella Rossa, il 3 novembre segna il suo primo gol con la maglia del Chievo, dando alla sua squadra la vittoria contro il nei minuti di recupero. Termina la sua prima stagione in Serie A con 25 presenze e 5 reti segnate, contribuendo al settimo posto del Chievo, che non basterà per ottenere nuovamente la qualificazione europea. Nelle stagioni successive Pellissier diventa anno dopo anno sempre più importante all’interno delle gerarchie del club scaligero, divenendone capocannoniere nel campionato 2004-2005, contribuendo al raggiungimento della salvezza arrivata all’ultima giornata.