Napoléon Bonaparte devenu Premier consul après le coup d'État du 18 brumaire, confie à Fréron, ruiné et couvert de dettes, un poste d'administrateur des hospices, dont il est bientôt révoqué. Pour se débarrasser de lui, Bonaparte le nomme sous-préfet à Saint-Domingue en proie à la rébellion menée par Toussaint Louverture. Il se joint ainsi à l'expédition chargée de rétablir l'ordre, commandée par le Général Leclerc, qui est accompagné de son épouse Pauline Bonaparte, ancienne amante de Fréron. Ce dernier meurt de la fièvre jaune deux mois après son arrivée sur l'île. Le général Leclerc mourra de la même maladie moins de quatre mois plus tard.