29. 8. 1993 se město Zangilan dostalo pod kontrolu etnických arménských sil během války o Náhorní Karabach a bylo spravováno jako součást Kašataghského regionu de facto nezávislé republiky Arcach. Město bylo dobyto po 67 dnech obléhání. 235 civilistů bylo zabito. Všichni Ázerbájdžánští obyvatelé města byli násilně vyhnáni. Během období arménské okupace bylo město přejmenováno na Kovsakan (Կովսական). V roce 2005 bylo ve městě méně než 400 obyvatel.