Do sezonu 2000 Mika przystąpił z nadziejami na trzeci z rzędu tytuł mistrza świata. Jednak początek sezonu był pechowy, gdyż nie ukończył z powodu awarii samochodu dwóch pierwszych wyścigów, a początek sezonu zdominował Michael Schumacher wygrywając trzy z czterech pierwszych wyścigów sezonu i po Grand Prix Wielkiej Brytanii Häkkinen tracił do Niemca 22 punkty. Potem Fin wygrał Grand Prix Hiszpanii jednak Schumacher był w dalszym ciągu bezkonkurencyjny. Później jednak w połowie sezonu Michael nie ukończył trzech wyścigów co wykorzystał Häkkinen wygrywając trzy z pięciu wyścigów i po Grand Prix Węgier objął prowadzenie w mistrzostwach. Jednak później znów zaczął dominować Schumacher. Z powodu awarii silnika nie ukończył Grand Prix Stanów Zjednoczonych przez co stracił prowadzenie w mistrzostwach na rzecz Niemca. Ostatecznie Häkkinen utracił szanse na obronę tytułu w Grand Prix Japonii gdzie zajął drugie miejsce za Schumacherem, dzięki czemu Niemiec zapewnił na jeden wyścig przed końcem sezonu mistrzowski tytuł. Ostatecznie sezon kończy z wicemistrzostwem z dorobkiem 89 punktów, ze stratą 19 punktów do Michaela Schumachera.