Ab September 1938 kamen zahlreiche Häftlinge aus dem Gebiet Österreichs in das Konzentrationslager. Österreich war im März an das Reich angeschlossen worden. Nach der Reichspogromnacht wurden zehntausende männliche, wohlhabende Juden (sogenannte Aktionsjuden) im ganzen Reich inhaftiert, von denen 9.845 nach Buchenwald kamen, um sie zur Emigration zu zwingen und ihr Vermögen zu arisieren. Bis zum Jahresende zählte das Lager 11.028 Häftlinge. Es starben bereits 771 Menschen. Im Februar 1939 brach wegen schlechtester hygienischer Bedingungen im Lager Typhus aus. Das Lager wurde daraufhin unter Quarantäne gestellt. Im April nahm das Sonderstandesamt "Weimar II" im Lager seine Arbeit auf. Es hatte fast ausschließlich die Aufgabe der Registrierung der Toten. Zu Hitlers 50. Geburtstag kam es zu Lagerentlassungen durch eine „Gnadenaktion“. Im September 1939 wurden die Lebensmittelrationen für Juden drastisch herabgesetzt und ein "Sonderlager" auf dem Appellplatz errichtet.