Under säsongen 2006/07 vann hon sin första tävling i världscupen, även denna gång var det i Otepää där hon vann 10 km klassiskt. Hon deltog vid VM 2007 i japanska Sapporo men gjorde inget bra mästerskap. Hennes bästa resultat blev en nionde plats i jaktstarten. Säsongen 2007/08 innehöll inga mästerskap så fokus låg på världscupen. Denna säsong blev Kowalczyk sex gånger topp-tre i en världscupstävling, varav en seger.