I artikeln "Anteckningar: Arbetet för freden" i tidskriften "Sekaibunka" "(Världskultur)" lade Konoe all skuld för förvärringen av det sino-japanska kriget och det följande Stillahavskriget på militären. Att han själv hade misslyckats med att hindra utvecklingen var enligt artikeln hans största besvikelse. Den 6 december 1945 utfärdade ockupationsmyndigheten en arresteringsorder på Fumimaro Konoe, som skulle ställas inför den internationella militärtribunalen för fjärran östern för krigsbrott klass A. Senast den 16 december skulle han infinna sig på Sugamofängelset (nuv. Tokyofängelset). Samma dag tog Konoe en dödlig dos cyankalium. Dagen före sin död hade Fumimaro Konoe dikterat sitt testamente för näst äldste sonen Michitaka Konoe. Hans sista ord löd: "Jag har begått många misstag i mitt liv, men att ställas inför krigsrätt är mer än jag kan klara... Den som känner mig, vet var jag har stått."