L'Institution a été absorbée par les services de météorologie du Troisième Reich après l'Anschluss en 1938 et ses services ont été centralisés à Berlin. Seuls les services de recherches sont restés à Vienne. Après la Seconde Guerre mondiale, il reprit sa forme antérieure mais sa mission a été augmentée, ce qui a donné lieu à une expansion du personnel. En 1957, plusieurs édifices ont été achetés autour de l'édifice original, et de 1967 à 1973, un radar météorologique, un bâtiment pour lancer les ballons de radiosondage et de nouveaux bâtiments pour la bibliothèque ont été construits.