Setelah PPKI dibubarkan, Yap bergabung menjadi anggota Komite Nasional Indonesia Pusat (KNIP). Akibat kondisi darurat yang terjadi pada masa awal kemerdekaan, di mana apoteknya di Bandung dibakar oleh "pemuda" Indonesia, Yap pindah ke Yogyakarta. Di sana, ia sempat mendirikan "Chung Hwa Chung Hwee" sebagai bagian dari upaya mempersatukan Tionghoa dalam mendukung kemerdekaan Indonesia. Namun, pada 1948 ia membubarkan CHCH dan meleburnya ke "Persatoean Tionghoa". Tiga tahun kemudian, Yap kembali lagi ke Bandung setelah Agresi Militer Belanda II, di mana Republiken saat itu melancarkan serangan kepada etnis Tionghoa.