Bernabé won in juli 2006 met het Spaans elftal het EK Onder-19 in Polen, samen met onder andere zijn clubgenoot Mario Suárez. Op het EK bereikte Spanje redelijk simpel de finale door in de groepsfase Turkije (5-3), Schotland (4-0) en Portugal (1-1) achter zich te houden en in de halve finale van Oostenrijk te winnen (5-0). In de finale werd uiteindelijk met 2-1 gewonnen van Schotland door twee doelpunten van Bueno. In 2007 nam hij deel aan het WK Onder-20 in Canada.