בקרבות בין ברית המועצות וגרמניה בשנת 1941 הופגזה ויזנה ורוב הבתים בסביבות הרינק נהרסו. בסוף חודש יוני 1941 נרצחו בוויזנה 15 יהודים, ובראשית חודש יולי נרצחה קבוצה שנייה של 15 יהודים. ביולי 1941 גורשו רוב היהודים מוויזנה לעיירה ידוובנה הסמוכה ומיעוטם לגטו לומז'ה. כ-200 מיהודי ויזנה וכ-1,400 מיהודי ידוובנה נספו באסם תבואה שהוצת על ידי פולנים תושבי ידוובנה. הרצח מתועד לפרטיו על ידי יאן תומאש גרוס בספרו "שכנים: השמדתה של הקהילה היהודית בידוובנה שבפולין", שהתפרסם לראשונה בפולנית בשנת 2000 ולאחר מכן תורגם לאנגלית ולעברית.