In 1900 werd de competitie gewijzigd. Er namen meer teams deel en de clubs werden regionaal opgedeeld. Genoa zat in de groep Ligurië en won met 7-0 van zijn enige tegenstander en stadsrivaal, SG Sampierdarenese. De club kwalificeerde zich zo voor de finale en won daar met 1-3 van FC Torinese. Een jaar later mocht de club meteen uitkomen in de finale en verloor daar van Milan Cricket &amp; Football Club, het latere AC Milan. Een jaar later nam de club revanche tegen Milan en won met 2-0 zijn vierde titel in vijf jaar tijd. Ook de volgende twee seizoenen werd de club kampioen, telkens tegen Juventus FC. Op 27 april 1903 speelde de club tegen FVC Nice en won met 3-0 en was hierdoor het eerste Italiaanse team dat een wedstrijd speelde tegen een buitenlandse club. In 1904, het jaar dat de zesde titel werd binnen gehaald, won het reserve-elftal de eerste uitgave van de II Categoria, een prototype van de Serie B.