Am 6. März 1656 wurde er zum Bischof von Shkodra und zum Administrator des Erzbistums Antivari ernannt. In Shkodra wirkte er bis 1677 als Bischof, die Administratur von Antivari versah er bis 1671. Während des Österreichisch-Türkischen Krieges musste Bogdani Shkodra verlassen. Als Oberhaupt der albanischen Katholiken galt er nicht zu Unrecht als Sympathisant der Habsburger. Von 1664 bis 1669 lebte er in den bei Shkodra gelegenen Dörfern Barbullush und Rjoll.