W drugiej połowie stulecia, w czasie wojen Rzeczypospolitej Obojga Narodów ze Szwecją i Rosją, monaster kilkakrotnie ucierpiał w trakcie działań wojennych lub został splądrowany. Szczególnie podupadł wskutek walk o Wilno w czasie wojny polsko-rosyjskiej 1654–1667; po odzyskaniu miasta przez wojska polskie w 1661, mnisi zostali oskarżeni przez wileńskich unitów o współpracę z Rosjanami, co nie miało podstaw. W rzeczywistości zakonnicy obawiali się wejścia obcych wojsk i w związku z tym ukryli część cerkiewnych kosztowności. Wątpliwości co do postawy członków wspólnoty nie miał jednak król Jan II Kazimierz, który w tym samym roku w liście do władz miasta potwierdził ich wierność Rzeczypospolitej i nakazał, w związku z wojennymi stratami, zwolnić monaster od opłat na rzecz wojska. W 1677 monaster odwiedził późniejszy święty prawosławny Dymitr Rostowski. Kolejne zniszczenia przyniosła III wojna północna. W odbudowie monasteru finansowo pomagał car rosyjski Piotr I. Rosyjska rodzina carska od tej pory regularnie przekazywała na potrzeby klasztoru ofiary pieniężne, ikony oraz utensylia liturgiczne. Zrekonstruowane budynki przetrwały jednak tylko 39 lat, spłonęły niemal całkowicie w pożarze Wilna w 1749. Jego odbudowa była możliwa dzięki pomocy finansowej z Rosji w wysokości 6 tys. rubli. Władze miejskie zgodziły się na rekonstrukcję zabudowań monasteru dopiero w 1751, z zastrzeżeniem, by nowe obiekty nie wyróżniały się zbytnio wśród sąsiadujących budynków, a położona bezpośrednio przy ulicy brama nie była zbyt bogato dekorowana. Odbudową kierował Jan Krzysztof Glaubitz, który wykonał również nowy ikonostas dla klasztornej cerkwi.