Vào cuối mùa giải, Barcelona đã chơi 4 trận "Clásico" trong khoảng thời gian 18 ngày. Một trận đấu vào ngày 16 tháng 4 đã kết thúc với tỷ số hòa sau một quả phạt đền thành công từ Messi. Sau khi Barcelona thua trận chung kết Copa del Rey 4 ngày sau đó, Messi đã ghi cả hai bàn thắng trong chiến thắng 2–0 của đội bóng ở lượt đi bán kết Champions League tại Madrid, bàn thắng thứ hai – một pha lừa bóng qua 3 cầu thủ Real – được ca ngợi là một trong những pha xử lý bóng xuất sắc nhất từng có tại giải đấu. Mặc dù không ghi bàn, nhưng anh một lần nữa góp công lớn trong trận hòa lượt về đưa Barcelona vào chung kết Champions League, nơi họ gặp lại Manchester United. Là vua phá lưới của giải đấu năm thứ ba liên tiếp, với 12 bàn thắng, Messi đã có màn trình diễn xuất sắc tại Wembley vào ngày 28 tháng 5, ghi bàn ấn định chiến thắng 3–1 cho Barça. Barcelona đã giành chức vô địch La Liga thứ ba liên tiếp. Ngoài 31 bàn thắng, Messi còn là cầu thủ kiến tạo số một giải đấu với 18 lần. Anh kết thúc mùa giải với 53 bàn thắng và 24 pha kiến tạo trên mọi đấu trường, trở thành cầu thủ ghi nhiều bàn nhất mọi thời đại của Barcelona và là cầu thủ đầu tiên của bóng đá Tây Ban Nha đạt mốc 50 bàn thắng.