Button trouve refuge en 2003 dans l'équipe BAR-Honda. Malgré la compétitivité moyenne de sa BAR 005, et également un gros accident lors des essais du Grand Prix de Monaco qui l'oblige à déclarer forfait pour la course, Button parvient à transformer sa saison en succès d'estime en prenant l'ascendant sur son coéquipier Jacques Villeneuve. Avec deux quatrièmes places comme meilleur résultat (en Autriche et au Japon), il termine la saison à la neuvième place du championnat avec dix-sept points, devançant nettement son champion du monde de coéquipier, seulement seizième avec six points. Il se fait également remarquer aux États-Unis, où il mène l'épreuve durant 15 tours, ses premiers tours en tête en carrière.