Hijo de un oficial de caballería polaco, que fue asesinado a comienzos de la Segunda Guerra Mundial por tropas soviéticas en la Masacre de Katyn, Wajda combatió en el ejército polaco contra los nazis cuando todavía era un adolescente. Tras la guerra, estudió pintura en la Academia de Bellas Artes de Cracovia antes de entrar en la Escuela Nacional de Cine en Łódź.