За време окупације током Другог светског рата (1941—1944), епархија је тешко пострадала, а процес њеног систематског уништавања је настављен и током раздобља комунистичке власти (1944—1989). Током Косовске кризе и НАТО агресије на СРЈ, епархија је поново пострадала, велики део свештенства и народа је протеран, а многи манастири и парохијске цркве су оштећени или разорени од стране терористичких формација ОВК. Уништавање епархије настављено је 2004. године, током Мартовског погрома.