La capitale comtoise possède depuis 1801 un petit atelier d’apprentissage de l’horlogerie pour garçons, connu sous le nom de d"'Œuvre de Saint-Joseph" et situé dans le quartier de Battant. Cependant la profession aimerait voir fondée une véritable école et si cette volonté est réellement affirmée à partir de 1833, c'est en 1844 que l'abbé Faivre, devant le souhait de la communauté mais aussi avec la forte expansion de l'horlogerie dans la ville, fonde une première école dans le couvent des Petites Carmes à Battant. La communauté horlogère de la ville écrit même au ministre afin de lui demander la création d'une école d’horlogerie, mais aucune réponse ne lui parvenant, la municipalité est amenée en 1862 à fonder l’École Municipale d’horlogerie, dans l’ancien grenier à blé (actuellement conservatoire de musique). Les études commenceront en 1865 avec un programme d'enseignements théoriques accompagnant la formation professionnelle, mis en place avec soin par Georges Sire, docteur es sciences. Cette école va rencontrer un grand succès, obtenir des prix, comme lors de l’exposition universelle de Paris en 1867 où elle obtiendra la médaille de bronze, de nouveau à Paris lors de l'exposition universelle de 1878 où l'école rapporte une médaille, ou encore pendant l'exposition universelle de Paris de 1889 où elle obtient un grand prix. La petite école de Province devient une institution nationale, et reçoit une dotation en 1891 lors de la visite du président Sadi Carnot. L’École municipale d’horlogerie est régie de 1912 à 1944 par un personnage marquant : Louis Trincano, ancien élève diplômé de l’école devenu fabricant d’horlogerie dans la ville et secrétaire du syndicat de la fabrique, qui obtiendra la nationalisation définitive de fait de l’établissement en 1921.