Setelah Belanda mengakui kemerdekaan Indonesia pada tanggal 27 Desember 1949, yang diawali dengan Konferensi Meja Bundar di Den Haag, Soegijapranata kembali ke Semarang. Periode pasca-revolusi ditandai dengan meningkat tajamnya jumlah orang yang masuk di seminari; pastor pribumi yang ke-100 ditahbiskan pada tahun 1956. Namun, pemerintah Indonesia juga memberlakukan beberapa peraturan yang membatasi Gereja. Pada tahun 1953 Kementerian Agama memutuskan bahwa misionaris asing tidak akan diizinkan masuk Indonesia, sementara kebijakan lain melarang orang asing yang sudah di Indonesia dari mengajar. Untuk menghadapi hal ini, Soegijapranata membujuk klerus-klerus untuk menjadi warga negara Indonesia, sehingga mereka tidak terhalang kebijakan baru itu.