В это же время о своих претензиях на Ливонию заявил московский царь Иван IV Грозный. Как предлог был предъявлен протест о неуплате дани с Юрьева, установленной после русско-ливонской войны годов и русско-ливонским договором 1503 года, а также притеснение русских купцов. Балтийские немцы первоначально просили отменить дань, а на переговорах в декабре 1557 года договорились о погашении долга в размере 30 тыс. венгерских золотых (что равнялось 45 тыс. талеров или 18 тыс. рублей), в дальнейшем платить по тысяче венгерских золотых в год, однако обещания не сдержали. Это послужило поводом для начала войны. Вторгшись на территорию Ливонии в 1558 году, уже в августе 1560 года Иван Грозный разгромил разобщённые силы ордена в битве при Эргеме. Продлившаяся 25 лет Ливонская война завершилась в 1583 году Плюсским перемирием. В результате Ливонский орден прекратил существование, а его территория была разделена между польско-литовским государством, Швецией (север нынешней Эстонии) и Данией (ей достался остров Эзель). Земли Ливонского ордена к северу от Западной Двины стали Задвинским герцогством, напрямую управлявшимся Польшей, а земли к югу стали вассальным государством Речи Посполитой — Курляндским герцогством.