Словачка влада је 1941. године преговарала са нацистичком Немачком о масовној депортацији Јевреја у окупирану Пољску. Између марта и октобра 1942, 58.000 Јевреја је депортовано у концентрациони логор Аушвиц и округ Лублин Генералног губернаторства; свега неколико стотина преживело је до краја рата. Словачка влада је организовала превоз и плаћала 500 рајхсмарака по Јевреју за наводни трошак пресељења. Прогон Јевреја настављен је августа 1944. године, када је Немачка напала Словачку и покренула Словачки национални устанак. Још 13.500 Јевреја је депортовано, а стотине до хиљада убијено у Словачкој од стране Ајнзацгрупе Х и Хлинка гарде.