A tényleges építkezés 1824 júliusában kezdődött. Egyszerre mintegy 6000–7000 ember dolgozott a területen, köztük a helyi parasztok is, akik szabadságot szerezhettek a csatornán végzett munkálatokért cserébe. 1826-ban azonban Prądzyński elvesztette szabadságát, mivel letartóztatták titkos hazafias szervezetekhez való tartozása miatt. Helyét a csatorna építésének közvetlen irányításában Jan Chrzciciel de Grandville Malletski tábornok, a Mérnökök Testületének igazgatója vette át, aki emellett a vízi út tervezését és Prądzyński aláírási jogát is megkapta. 1829. március 25-én Prądzyńskit szabadon engedték, és visszatért az építkezésre, ám Malletskivel való együttműködése nem volt zavartalan. 1830 tavaszáig a tervezett munka nagy részét elvégezték, ugyanakkor Prądzyński eredeti tervét kissé megváltoztatták: további hat hajózsilipet adtak hozzá a tervezett 11-hez. 1831-ben a csatorna építését megszakították a novemberi felkelés hadműveletei. A felkelés leverése után Oroszország eltörölte a Lengyel Királyság autonómiáját, ezért a csatorna építésének koncepciója is megváltozott. A kormány felkérte a Lengyel Bankot, hogy fejezze be a csatornát. 1833–1839-ben csak a Biebrza és Nyeman szakaszán végeztek munkálatokat; az építkezést ezután Teodor Urbanski hidromérnök vezette. Egy újabb hajózárat adtak hozzá a meglévőkhöz, Kudrynki és Sosnówka között. Elkészült a Niemnowo-zsilip is, amely Prądzyński terveivel ellentétben háromkamrás kialakítású lett. 1839-ben befejeződtek a hajózási útvonal építésének munkái, és ünnepélyesen megnyitották. Építői között voltak többek között Jerzy Arnold, Tadeusz Edward Bieliński, Michał Horain, Wojciech Korczakowski, Jan Paweł Lelewel, Feliks Pancer, valamint August Szulc.