澎湖憲兵隊位於澎湖天后宮西鄰，前身為澎湖水師協鎮（副將）署，並在澎湖之役後升格為澎湖水師鎮，水師鎮辦公署另移他處，而原協鎮署則改挪作澎湖通判衙門經營。一直到光绪二十一年（1895年），歸因乙未戰爭使日軍登陸澎湖，使澎湖島憲兵隊進駐之初，通判署內的建物配置都沒有太大的變動，並在署旁增建監房及化善所各一處。