Imathia blev opkaldt efter den historiske region Emathia, som blev brugt af flere klassiske forfattere som et synonym for Bottiaea eller endda for hele Makedonien. Vigtige gamle byer i det nuværende Imathia-område var Aegae og Beroea. Som en del af Makedonien-regionen blev det regeret af kongeriget Makedonien, det romerske imperium, det byzantinske imperium og fra tidligt i det 15. århundrede af det osmanniske imperium. I 1913 blev det, som et resultat af anden Balkan-krig, en del af Grækenland. Under og efter den græsk-tyrkiske krig (1919–1922) bosatte flere flygtninge fra Tyrkiet sig i Imathia. Oprindeligt var Imathia en del af præfekturet Thessaloniki, men blev etg selvstændigt præfektur i 1946, og Veroia blev valgt som hovedstad.