הוא נשאר לשחק בשורות המבורג עד 1998 כאשר עבר למועדון הפאר הבווארי באיירן מינכן. בעונה הראשונה בקבוצה הוא שותף ב-43 משחקים והבקיע חמישה שערים. בין השאר הוא נכנס כמחליף בסוף המשחק הדרמטי של גמר ליגת האלופות 1999, בו הפסידה באיירן למנצ'סטר יונייטד. לאחר עוד שנתיים טובות, הוא החל לסבול מפציעות בין 2001 ל-2003 ושיחק בשתי העונות האלה בסך הכל 50 משחקים. בשנים שלאחר מכן חזר לכושר ושותף במשחקים רבים. בין השאר בישל את השער המהיר בהיסטוריה של ליגת האלופות שהובקע 11 שניות משריקת הפתיחה, במשחק נגד ריאל מדריד. עם באיירן מינכן הוא זכה בשש אליפויות גרמניה, ארבעה גביעים, ליגת האלופות והגביע הביניבשתי.