Lokakuussa 1917 Žemtšužin nimitettiin bolševikkien Suomen neuvostojen Pohjois-Suomen aluekomitean johtoon Tornioon. Suomen itsenäistyttyä joulukuussa 1917 hän palasi Helsinkiin sotaväen ja kiinteän omaisuuden evakuoinnin komissaariksi. Kun Suomeen sijoitettu Itämeren laivasto oli keväällä 1918 suurimmaksi osaksi siirretty Kronstadtiin, hän toimi Helsinkiin vielä jääneiden laivastoyksikköjen komissaarina, tehtävänään pitää huolta niiden evakuoinnista. Valkoiset kuitenkin pidättivät Žemtšužinin vakoojana 8. toukokuuta ja ampuivat hänet seuraavana päivänä Santahaminassa. Teloitukseen liittyi mahdollisesti myös Neuvosto-Venäjän ja Saksan välinen kiista Suomeen jääneiden alusten kohtalosta.