Johnstone bestritt noch im Juli 2015 in einem Counterpunch-Interview, dass das Massaker von Srebrenica ein systematischer Genozid der Serben an Bosniaken war. Sie sah in dieser Klassifizierung einen Vorwand für das Eingreifen der NATO. Anlass des Interviews war das Veto Russlands gegen die Bezeichnung „Genozid“ in der Erklärung des UN-Sicherheitsrats zum 20. Jahrestags des Massakers und die Reaktion Samantha Powers. Im Interview führte Johnstone aus, es habe ein Kriegsverbrechen gegeben, ein Massaker an Gefangenen, aber nicht an Frauen und Kindern. Daraus soziologisch einen Genozid an einer patriarchalischen Gesellschaft zu konstruieren, wie der Internationale Strafgerichtshof für das ehemalige Jugoslawien es tue, sei weit hergeholt widerspreche dem allgemeinen Sinn des Wortes. Hinter dem Konflikt sah sie das Interesse der USA an der Schwächung Serbiens als möglichem russischem Bündnispartner durch Unterstützung radikalislamischer Kräfte in Bosnien.