Mauritz Ferdinand von Kothen tuli oppilaaksi Haminan kadettikouluun 1825 ja määrättiin sieltä valmistuttuaan vänrikkinä Henkivartioväen Suomen tarkk’ampujapataljoonaan 1830. Hän osallistui Marraskuun kansannousun kukistamiseen 1831–1832 ja ylennettiin aliluutnantiksi 1832 ja luutnantiksi 1833. Von Kothen määrättiin Henkivartioväen Moskovan rykmenttiin 1835 ja ylennettiin alikapteeniksi 1841, kapteeniksi 1844 ja everstiluutnantiksi 1845, siirrettynä samana vuonna 8. suomenmaalaiseen linjapataljoonaan. Hänet määrättiin 2. suomenmaalaisen linjapataljoonan komentajaksi 1848, ylennettiin everstiksi 1852 ja siirrettiin 1855 ensin 3. suomenmaalaisen linjapataljoonan komentajaksi ja sitten yhdistetyn 3. ja 4. suomenmaalaisen linjapataljoonan komentajaksi. 1. suomenmaalaisen linjapataljoonan komentajaksi hän tuli 1857 ja Haminan kaupungin paikallispäälliköksi armeijan jalkaväessä 1863. Eron sotapalveluksesta von Kothen sai kenraalimajurina kesäkuussa 1872. Hän edusti aatelissäädyssä sukuaan valtiopäivillä 1863–1864.