Kormánybiztosként Bethlen segítette a visszatért országrész fejlesztését, személyesen felügyelte az új közúti és vasútvonalak (Szászlekence–Teke, Szeretfalva–Déda-vasútvonal építését. 1944 tavaszán szervezte a menekülő ukrajnai németek és erdélyi szászok útját . Igyekezett féket vetni a német megszállók Magyarországot sújtó intézkedéseire. Konfliktusokat vállalva a Gestapo helyi csoportjával, Bethlen sikeresen megmentette a tervezett deportálástól Torda város zsidóságát. A kolozsvári visszavonulás előtt megakadályozta a város evakuálását és gyárainak leszerelését. Szabadon engedte az Észak-Erdélyben bebörtönzött politikai foglyokat. Tevékenységét a német hadvezetés és a magyar szélsőjobboldali pártok defetizmusnak és szabotázsnak minősítették. Biztonságát csak az Erdélyt védelmező 2. magyar hadsereg jelenléte garantálta. A dél-erdélyi hadjárat kudarca nyomán a magyar csapatok (köztük a kolozsvári IX. honvéd hadtest) 1944. október 10-én Kolozsvár feladására kényszerült, Bethlen a távozó magyar csapatokkal együtt Budapestre távozott. Túlélte Budapest ostromát, majd a háború befejezése után ismét visszatért Erdélybe.