За трансфер футболиста «Сток Сити» заплатил 2,75 миллиона фунтов. Игрок дебютировал за клуб 21 августа 2010 года, в матче с «Тоттенхэм Хотспур» (1:2), выйдя на поле в стартовом составе. Открыл счёт забитым за команду мячам в игре Кубка Лиги со «Шрусбери Таун» (2:1), состоявшейся 24 августа. Впервые забил за «Сток» в чемпионате 2 октября, в ворота «Блэкберна». В сезоне 2010/11 вместе с клубом дошёл до финала Кубка Англии, в котором «Сток» уступил «Манчестер Сити» со счётом 1:0. 28 июля 2011 года, в матче со сплитским «Хайдуком», состоялся дебют Джонатана в еврокубках. На второй минуте игры форвард отметился голом, который оказался единственным во встрече. В августе ирландец продлил своё действующее соглашение с клубом ещё на один год. В марте 2012 года он получил награду сэра Стэнли Мэтьюза, после чего заявил о намерении завершить свою карьеру будучи игроком «Стока». 6 декабря 2014 года в матче против «Арсенала» забил свой 100 гол в профессиональной карьере.