En 1768, una guerra civil estalló en la Mancomunidad de Polonia-Lituania, cuando la Confederación de Bar intentó deponer al rey Poniatowski. Un hermano de Kosciuszko, Józef, luchó junto a los insurgentes. Frente a una difícil elección entre los rebeldes y sus patrocinadores, el rey y la familia Czartoryski —que estaban a favor de la influencia rusa— Kosciuszko optó por abandonar el país. A finales de 1769, él y su colega Aleksander Orłowski se pusieron en marcha para París. Mientras tanto, buscaba ganar una mayor instrucción militar aunque se les prohibía a los extranjeros inscribirse en cualquier academia militar francesa. Sin embargo, Kościuszko aprende, frecuentando clases y las bibliotecas de las academias militares de París. La Ilustración, junto con la tolerancia religiosa, tendría una gran influencia en su carrera posterior.