1995年12月の下院選で下院議員に再選。この選挙で共産党は国民の不満を吸収して、第一党に躍進する。1996年にスイスのダボスで行われた世界経済フォーラムに「ジュガーノフ政権が実現すれば今より望ましい投資環境を作り出すことを世界の経済界指導者に納得してもらうことが参加目的」として出席し、市場経済を否定しないと表明した。ジュガーノフが概ね財界から歓迎されたことに危機感を覚えたジョージ・ソロスはボリス・ベレゾフスキーに行動を促してベレゾフスキーらオリガルヒはエリツィン再選に動く。1996年6月16日のロシア大統領選挙では第一回投票で現職のエリツィンを僅差に追い込み、決選投票に残る。しかし、エリツィン陣営は3位のアレクサンドル・レベジ陣営を取り込み、共産党が政権掌握した場合に不都合となるオリガルヒの全面協力の下、なりふり構わぬ選挙戦に臨み、7月3日に行われた決選投票でジュガーノフは40.31％の得票率でエリツィンに敗北した。この大統領選がジュガーノフがエリツィン政権を追いつめた最大の機会であった。