Монастырь неоднократно подвергался разорению. Во время Крестьянской войны, в 1525 году, монастырь был сожжен, а настоятелю и общине пришлось бежать. В конце Второй маркграфской войны, в 1554 году, недавно начавший восстанавливаться монастырь был вновь разграблен. В 1583 году сгорела монастырская библиотека — она была восстановлена ​​в последующие пять лет. Во время Тридцатилетней войны монастырь был разрушен, а его сокровищница, спрятанная в Вюрцбурге, попала в руки шведских войск и была переправлена ​​в Стокгольм. Аббатство Эбрах было распущено в ходе секуляризации, в 1803 году: в это время в монастыре проживал 51 монах и 10 братьев-мирян, а настоятелем являлся Ойген Монтаг (1741—1811). С 1851 года в оставшихся монастырских постройках размещается администрация тюрьмы Эбрах.