6 ноября 2006 года Фергюсон отметил свой 20-летний юбилей на посту главного тренера «Манчестер Юнайтед». Игроки прошлого и настоящего, игравшие под его руководством (включая Роя Кина), выразили ему своё восхищение, равно как и некоторые тренеры, включая Арсена Венгера. 1 декабря 2007 года в клуб на правах аренды перешёл 35-летний швед Хенрик Ларссон, которым Фергюсон восхищался многие годы. 23 декабря 2006 года Криштиану Роналду забил 2000-й гол «Манчестер Юнайтед» под руководством Фергюсона в матче против «Астон Виллы». В сезоне 2006/07 «Юнайтед» выиграл свой 9 титул чемпионов Премьер-лиги и дошёл до финала Кубка Англии, в котором уступил «Челси». В Лиге чемпионов клуб обыграл итальянскую «Рому» с рекордным счётом 7:1, но в полуфинале проиграл «Милану».