Avec la disparition de l'État polonais, après la troisième partition, la Commission d'éducation nationale cesse d'exister. Les écoles polonaises sont intégrées dans les structures scolaires des puissances occupantes. Elles ont gardé leur autonomie le plus longtemps, jusqu'en 1831, dans les anciens territoires polonais occupés par l'Empire russe, mais elle a été liquidé après la défaite de l'insurrection polonaise de 1830.