Hernanes telah dipilih oleh jurulatih Luiz Felipe Scolari untuk Piala Konfederasi FIFA 2013 di tanah air sendiri, Brazil. Dalam perlawanan pemanas badan menentang Perancis pada 9 Jun di Porto Alegre, beliau menggantikan tempat Luiz Gustavo dan empat minit kemudian, beliau menjaringkan gol kedua Brazil, Brazil menang 3-0. Hernanes bermain semula perlawanan Brazil di Piala Konfederasi sejak perlawanan akhir peringkat kumpulan menentang Itali.