O presidente Abraham Lincoln foi comandante-em-chefe das forças armadas da União durante todo o conflito; após seu assassinato em 14 de abril de 1865, o vice-presidente Andrew Johnson se tornou o principal executivo da nação. O primeiro secretário de guerra de Lincoln foi Simon Cameron; Edwin M. Stanton foi confirmado para substituir Cameron em janeiro de 1862. Thomas A. Scott foi Secretário de Guerra Assistente. Gideon Welles foi Secretário da Marinha, auxiliado pelo Secretário Assistente da Marinha, Gustavus Fox.