Ajouté à cette forte instabilité politique, une réduction de la taille des villes, et voire même la disparition de certaines du fait de la prolifération de la peste bubonique dans les grandes cités d’Europe ; Constantinople n’y fait pas exception. La peste sévit déjà depuis 541 (connue comme étant la « Peste de Justinien »), celle-ci frappant par phase cyclique soit tous les 20 ans et ce jusqu’en 767. La peste s’ajoute aux phénomènes météorologiques de 535-536 qui va marquer les décennies à venir dans le monde entier et seront constatés par les contemporains. En effet, une éruption volcanique va propulser de la cendre dans l’atmosphère ce qui aura pour effet de masquer, en partie, la lumière du soleil. Le changement climatique de 535-536 aura de lourdes conséquences sur la population byzantine : Des récoltes agricoles très faibles ainsi qu’une famine généralisée. .