Brandt a fost judecat în decembrie 1946 la Nürnberg, împreună cu alți 22 de inculpați, în procesul cunoscut sub numele "United States of America v. Karl Brandt et al." („Statele Unite ale Americii contra lui Karl Brandt și alții“) sau Procesul medicilor. A fost executat la 2 iunie 1948 prin spânzurare în închisoarea orașului Landsberg.