Til sidst så Frederik 2. sig nødsaget til at hjemkalde sin faders gamle uven, Peder Oxe. Peder Oxe havde mistet Christian 3.'s gunst i 1556 og var tvunget til at tage ophold i udlandet. Ved Christians død blev alle Peder Oxes ejendomme konfiskeret. Oxe havde flere gange uden held forsøgt at blive taget til nåde igen, men nu fik han frit lejde og rejste til Danmark, hvor han blev forsonet med Frederik 2. Han blev atter medlem af rigsrådet og fik Vordingborg Slot som len og sit konfiskerede gods tilbage. Året efter blev han udnævnt til rigshofmester og medvirkede i de følgende år til at bringe de danske statsfinanser på fode igen. Herefter var det i realiteten Rigsrådet med Peder Oxe i spidsen der styrede landet. Det lykkedes Peder Oxe at overtale adelen til at bære en større del af de økonomiske byrder, og han tredoblede Øresundstolden. Da Den Nordiske Syvårskrig 1563-1570 sluttede med freden i Stettin i 1570 var Danmark fortsat den mest magtfulde stat i Norden.