ในปี ค.ศ. 1982-1992 เขาทำงานในบริษัทสถาปัตยกรรมจนกระทั่งเกิดสงครามบอสเนีย เขาจึงต้องยุติอาชีพมาช่วยอาลียา อีเซตเบกอวิช พ่อของตนซึ่งเป็นประธานาธิบดี บาคีร์ อีเซตเบกอวิช เข้าสู่วงการการเมืองปี ค.ศ. 2000 เขาได้รับตำแหน่งผู้นำชาวมุสลิมบอสเนียในวันที่ 10 พฤศจิกายน ค.ศ. 2010 และดำรงตำแหน่งประธานคณะประธานาธิบดีบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา 2 สมัย