La organización se debilitó desde dentro por un conflicto entre Mikołajczyk y Dimitrov, que se agudizó tan pronto como en 1953 y requirió de la mediación del NCFE. Al estallar poco después, la Revolución húngara levantó las esperanzas de derrotar al comunismo, pero la apatía siguió a su derrota; en aquel momento, los políticos estadounidenses comenzaron a evitar a la IPU, que ahora veían como ineficaz. En 1964, tras renovadas disputas con otros líderes de la IPU y en un momento de declive de su salud, Mikołajczyk dimitió y Nagy se convirtió en presidente; para entonces, la sede central se había trasladado a Nueva York. La organización permaneció ubicada en la Costa Este de los Estados Unidos, donde celebró ocho de sus nueve congresos, hasta el último, celebrado en la ciudad de Nueva York en 1969. Sus últimas actividades estuvieron dirigidas a condenar la invasión de Checoslovaquia por el Pacto de Varsovia y en honrar la memoria de Jan Palach. En 1970 un funcionario ejecutivo de la IPU, Robert Bohuslav Soumar, depositó una corona de flores ante la Estatua de Palach en Roma; también dirigió los trabajos para erigir un monumento a Palach en Occidente, que finalizaron con la instalación de una escultura en 1973 en la Biblioteca Pública de Cleveland.