Nathan stand zunächst der Reformarchitektur nahe, ehe er sich ab Mitte der 1920er Jahre dem Neuen Bauen zuwandte. Mit dem Neuen Jüdischen Friedhof in Frankfurt am Main (1928–1929) verwirklichte er ein Hauptwerk der Sakralbaukunst der frühen Moderne und leistete so seinen wichtigsten Beitrag zum Neuen Frankfurt. Auch in anderen Städten trat er durch moderne Bauten hervor. In Mannheim schuf er das erste Hochhaus der Stadt als Teil eines Geschäftshauskomplexes, bestehend aus dem Sitz der "Samt und Seide GmbH" (1926–1927), dem Deutschen Beamtenwarenhaus (DEBEWA, 1928–1929) und dem Kino Universum (1928–1929). Der signifikante Turmbau aus Glas und Stahl brachte ihm den Vergleich mit Erich Mendelsohns Kaufhaus Schocken in Stuttgart ein. Weitere herausragende Werke sind die Zigarrenfabrik Hochherr in Heidelberg (1927–1929), das Kaufhaus Wronker in Hanau (1928–1929), das Israelitische Altersheim in Mannheim (1928–1931), das Kaufhaus Löwenthal in Aschaffenburg (1929–1930) und das Geschäftshaus Hertz-Grünstein in Luxemburg (1932–1933).