Giunto nuovamente in terra natia, stavolta fu il Santos ad accogliere Almir, in qualità di sostituto del centravanti titolare Pelé. Scarsamente impiegato a causa della contemporanea presenza di "O Rei", si rese protagonista della Coppa Intercontinentale 1963 quando, nella partita di ritorno al Maracanã contro il Milan, segnò una rete, permettendo alla propria squadra di vincere e di andare allo spareggio. In quest'ultimo, si guadagnò un rigore dubbio, che al termine dell'incontro fu decisivo per la vittoria del trofeo. Lasciato il Santos, passò al Flamengo, dove visse una fase positiva della propria carriera, segnando più di venti reti in settantatré presenze. Durante la sua militanza nel club di Rio, fu nuovamente al centro delle cronache per la rissa che si scatenò nella finale del Campionato Carioca 1966 che vedeva contrapposti Flamengo e Bangu; Almir iniziò a colpire il centrocampista Ladeira, e la colluttazione si estese poi a entrambe le formazioni, trasformando la partita in un confuso parapiglia. Chiuse la carriera con la maglia dell'América-RJ.