Rosecrans est transféré en sur le théâtre occidental et reçoit le commandement de deux divisions (l'aile droite) de l'armée du Mississippi du major général John Pope. Il prend un part active lors du siège de Corinth sous les ordres du major général Henry Wager Halleck. Il reçoit le commandement de l'armée entière le , et en juillet, on lui ajoute la responsabilité de commander le district de Corinth. Dans ces fonctions, il est le subordonné du major général Ulysses S. Grant, qui commande le district du Tennessee occidental et l'armée du Tennessee, pour laquelle il a reçu le commandement lors de la campagne d'Iuka-Corinth en septembre et .