Nach Einnahme Gelderns durch die Niederländer 1578 wurde St. Maria Magdalena vorübergehend reformiert. Unter spanischer Herrschaft erfolgte 1587 die Rekatholisierung. Während des spanischen Erbfolgekriegs bombardierten preußische Truppen 1703 Geldern. Hierbei wurde auch das Kirchengebäude getroffen und zerstört. 1707 bis 1715 erfolgte der Wiederaufbau als deren Folge die Kirche eine barocke Ausstattung erhielt. Im Zuge des Historismus des 19. Jahrhunderts wurde St. Maria Magdalena regotisiert.