2015년 아프리카 네이션스컵 예선에서 사상 첫 메이저 대회 예선을 치렀고 2017년 아프리카 네이션스컵 예선 C조 2차전 홈 경기에서 전 대회 4강팀인 적도 기니를 1-0으로 누르고 역사상 국제 경기 첫 승을 올렸다. 그리고 같은 최약체팀인 지부티와의 2019년 아프리카 네이션스컵 예선 예비라운드 1차전에서 0-2로 패했지만 2차전에서 무려 6-0의 대승을 거두면서 예선 조별리그에 진출했고 이 경기는 남수단이 최다 점수차로 승리한 국제 경기로 기록되었다.