Одмах после окупације Краљевине Југославије, Кидрич је био један од главних иницијатора и организатора Оснивачке скупштине Ослободилачког фронта Словеније (), одржане 27. априла 1941. године, на којој је био изабран за политичког секретара Извршног одбора Ослободилачког фронта. Један је и од организатора Народноослободилачке борбе у Словенији, а 22. јуна 1941. године био је изабран за првог политичког комесара Главног штаба НОП одреда Словеније. На овој дужности остао је до септембра 1941. године, да би од јесени 1944. до ослобођења земље, маја 1945. године, поново вршио дужност политичког комесара Главног штаба НОВ и ПО Словеније.