Lenel var jude, vilket medförde att ingen dödsruna publicerades efter hans frånfälle. Den 22 oktober 1940 sändes hans änka Luise (född Eberstadt den 25 februari 1857 i Frankfurt am Main) och dottern Bertha (född 7 mars 1882 i Freiburg im Breisgau) till koncentrationslägret i Gurs (Frankrike). Änkan avled där den 7 november 1940, medan dottern överlevde och dog den 13 augusti 1973. Den 7 februari 1985, 50 år efter Otto Lenels död, uppsattes en minnestavla vid hans sista bostad på Holbeinstraße 5 i Freiburg.