Der Radsportverband der DDR forderte von der UCI eine vierjährige Sperre Kißners, um zu verhindern, dass er bei den kommenden Olympischen Spielen für die Bundesrepublik antreten konnte. Die UCI kam dieser Forderung jedoch nicht nach. Nach einer halbjährigen Sperre konnte Jürgen Kißner für den Bund Deutscher Radfahrer wieder Rennen fahren. Mit dem Bahn-Vierer belegte er 1966 bei den Bahn-Weltmeisterschaften den zweiten und 1967 den dritten Platz. 1966 wurde er bundesdeutscher Meister in der Einerverfolgung und im Omnium, im Jahr darauf erneut im Omnium.