En outre, le chantier du chemin de fer joue un rôle notable dans le génocide du peuple arménien. Dès avant la guerre, de nombreux Arméniens, ouvriers et ingénieurs, avaient été associés à l'ouvrage. À partir de l'entrée en guerre, tous les Arméniens d’âge mobilisable sont versés dans des corps de travailleurs forcés. Des dizaines de milliers d’entre eux laissent la vie sur le chantier. À partir d’, c’est par cette ligne, avec la participation de nombreux techniciens allemands, que transite toute la population arménienne déportée vers les camps du désert syrien.