В 1938 он изучал медицину в Праге, но из-за его еврейского происхождения и из-за гонений на евреев в Словакии фашистской диктатуры Тисо не смог закончить обучение. Его родителей было вывезено до Освенцима, а Юрай интернирован в течение двух лет в сборном концентрационном лагере Новаки. Там вступил в подпольной антифашистской организации. Участвовал в Словацком национальном восстании, был командиром партизанского еврейского подразделения. После войны изучал философию и французский язык в университете имени Коменского в Братиславе.