W reprezentacji Słowenii Knavs zadebiutował 5 lutego 1998 roku w wygranym 3:2 meczu z Islandią, rozegranym podczas turnieju na Cyprze. W tym samym roku zyskał miejsce w podstawowej jedenastce narodowej drużyny i wywalczył z nią awans do Euro 2000. W kwalifikacjach, w zremisowanym 1:1 meczu z Gruzją, strzelił swojego pierwszego gola w reprezentacji. W 2000 roku został powołany przez Srečko Katanca do kadry na Mistrzostwa Europy. Zagrał na nich w dwóch meczach grupowych: przegranym 1:2 z Hiszpanią oraz zremisowanym 0:0 z Norwegią. Słowenia zdobywając 2 punkty nie wyszła z grupy.