1523年，儒略被选为教宗克勉七世，伊波利托代表堂叔统治佛罗伦萨，直到1527年羅馬大劫時麥地奇勢力大挫，佛羅倫斯市民起而推翻麥地奇統治，回歸自由共和派政府。後來克勉七世重獲西班牙王兼神聖羅馬帝國皇帝查理五世的支持，出兵恢復麥地奇在佛羅倫斯的統治，於是在1529年至1530年的佛罗伦萨之围结束、麥地奇重掌佛城後，克勉七世选了他更钟爱的侄子亚历山德罗（一說為克勉七世的私生子）作为佛罗伦萨的统治者。作为补偿，伊波利托被任命为第一任阿维尼翁總教區總主教，1529年又升为樞機，并以教宗特使的身份前往匈牙利。