Sein erstes von insgesamt 132 A-Länderspiele bestritt er am 5. März 1994 gegen die USA, das Spiel endete mit einer 0:1-Niederlage für Südkorea. Bei der WM 1994 war er im Kader der Koreanischen Mannschaft und wurde bei der 2:3-Niederlage gegen die Auswahl Deutschlands in der zweiten Halbzeit eingewechselt. Zwischen 1995 und 1999 wurde Lee nicht mehr in die Nationalmannschaft berufen, weshalb er die Asienmeisterschaft 96 und die Weltmeisterschaft 98 verpasste.