På grund av kriget med Ryssland måste hovrätten 1713 fly undan den ryska ockupationsmakten till Stockholm. Under tiden i Stockholm utsågs 1719 de två första hovrättsråden vid Åbo hovrätt. Båda hade varit ofrälse assessorer. På hösten 1721 återvände hovrätten till Åbo men huset stod i ruiner. Man fick därför lov att hålla sina sessioner hemma hos en av assessorerna medan huset återuppbyggdes. I slutet av år 1724 stod hovrättshuset färdigt och ovanför ingången från torget uppsattes en sten med detta årtal. Även om hovrättshuset idag ingår i Katedralskolans byggnad finns ytterdörren och stentavlan kvar i fasaden mot torget. Följande år invigdes huset och hovrätten flyttade in för ett sekel framåt. Kring år 1760 stärktes personalen med en extrafiskal, en protonotarie och en registrator. Arbetet underlättades år 1775 genom att en ny hovrätt i Vasa inrättades och tog över en stor del av Åbo hovrätts distrikt. Ännu år 1813 förbättrades hovrättshuset genom att golven förstärktes för arkivets räkning och en ny sessionssal inrättades. Tiden i huset vid Stortorget avslutades med ännu en stadsbrand den 5 september 1827. Endast de välvda arkivrummen på bottenplanet stod emot branden.