18 октября 1941 года Сигэтаро Симада возглавил министерство флота. На посту министра флота Сигэтаро Симада был верным соратником премьер-министра Хидэки Тодзио и играл важную роль в координировании действий армии и флота в годы войны. В 1944 году, после серии поражений, Тодзио сместил со своих постов начальников армейского и флотского генеральных штабов, и возглавил армейский генеральный штаб сам, а начальником генерального штаба флота стал Сигэтаро Симада, не оставив при этом поста министра флота. Однако верховная власть над флотом создала Симаде много врагов, и после падения Сайпана он был вынужден оставить посты начальника генерального штаба флота и министра флота. Некоторое время он оставался членом Высшего военного совета, однако 20 января 1945 года отошёл от активной деятельности, перейдя в разряд советников.