Am 15. Juli 1974 organisierte Ioannidis den Putsch der Nationalgarde auf Zypern zum Sturz der Regierung von Erzbischof Makarios III. Damit fachte er den Zypernkonflikt neu an und provozierte den Einmarsch der türkischen Streitkräfte wenige Tage später, was wiederum zum Zusammenbruch der griechischen Militärjunta und zum Übergang zur Demokratie führte.