Учасник Російсько-шведської війни 1808—1809 років. У кампанію 1808 року перебував у складі армії, яка діяла у Фінляндії, а в лютому наступного року з колоною генерал-майора І. Т. Сазонова перейшов кригою на Аландські острови. Влітку 1809 року, перебуваючи при канцлері графі М. П. Румянцеві, Ф. Ф. Шуберт брав участь у дипломатичних перемовинах зі шведським урядом щодо підготовки Фредріксгамнського мирного договору.