בשנת 1520 החל דה סאגון את לימודיו בהיסטוריה, פילוסופיה, תאולוגיה ולטינית באוניברסיטת סלמנקה, ולאחר כחמש שנים נדר את נדריו והצטרף למסדר הפרנציסקני. בסביבות שנת 1527 הוסמך ככומר, ושנתיים לאחר מכן, בשנת 1529, הפליג כמיסיונר לספרד החדשה שזה עתה נכבשה יחד עם 20 נזירים פרנציסקניים אחרים, תחת הנהגת האח אנטוניו דה סיאודד רודריגו (Antonio de Ciudad Rodrigo).