Zwyer wurde 1610 bereits im Alter von 13 Jahren in das Schweizerregiment in Mailand aufgenommen. 1619 trat er in das habsburgische kaiserliche Heer ein und wurde 1642 Kaiserlicher Feldmarschall-Leutnant. 1644 erwarb er zusammen mit seinem Bruder Johann Franz Zwyer die Herrschaft und Schloss Hilfikon (in heutigen Kanton Aargau) und wurde Statthalter zu Uri und Tagsatzungsgesandter, ab 1648 Landammann. Von 1653 bis 1656 war er Oberbefehlshaber der Schweizer Armee und führte 1653 die innerschweizerischen Truppen („Luzerner Truppen“) im Bauernkrieg. Im ersten Villmergerkrieg 1656 wurde seine Kriegführung gegen Zürich angezweifelt und kritisiert; es kam zum „Zwyerhandel“.