Al contempo egli aveva continuato ad approfondire la storia navale del XX secolo e, tra 1978 e 1980, dette alle stampe un'opera in tre volumi sulla guerra in Asia ed Estremo Oriente. Tuttavia la sua fama e il suo successo sono legati soprattutto alle scoperte su Ultra, nome in codice adoperato dagli Alleati per indicare tutte le informazioni provenienti dalla decrittazione dei messaggi cifrati dalle macchine Enigma e Lorenz. Santoni scovò in un fondo del Public Record Office di Londra le decrittazioni di centinaia di comunicazioni italiane relative alle principali azioni aeronavali nel Mediterraneo. Forte di questa nuova documentazione, negli anni ottanta Santoni pubblicò "Il vero traditore" (1981) e "Guerra segreta sugli oceani" (1984): i volumi smontarono definitivamente il mito dei traditori in seno alla Regia Marina, che avrebbero provocato i disastri navali italiani tra 1940 e 1943, e anzi palesarono i limiti della crittografia italiana dell'epoca, ritenuta invece impenetrabile dai sostenitori della rete interna di spie (come Antonino Trizzino). La prospettiva sull'intero andamento ed esito della guerra nel Mediterraneo, perciò, si arricchì di una nuova dimensione e dovette essere ricalibrata, oltre a divenire più completa. Nel 1985 comparve inoltre "Il primo Ultra secret", con il quale Santoni si occupò del peso dell'intelligence e dell'intercettazione nel corso della prima guerra mondiale. "Il vero traditore" ebbe notevole influenza storiografica e nel 1985 fu pubblicato in Germania dalla Bernard &amp; Gräfe di Coblenza con il titolo "Ultra siegt in Mittelmeer" – "Ultra vince nel Mediterraneo".