Un autre international portugais, Óscar Duarte, est nommé sélectionneur par la fédération en 1998. Il démission de son poste en avril 2003 après une défaite, deux à un, face au Togo dans le cadre des éliminatoires de la Coupe d'Afrique 2004. Alexandre Alhinho, frère de Carlos, qui s'occupait alors des équipes de jeunes au sein de la fédération, lui succède et occupe le poste jusqu'en où il démissionne à la suite de la non-qualification de l'équipe nationale à la Coupe d'Afrique des nations 2006. Son adjoint, José Rui connu sous le nom de « Zé Rui », ancien international cap-verdien, lui succède. Il dirige l'équipe jusqu'en où il est remplacé par le Brésilien Ricardo Rocha.