Największym sukcesem w karierze Thomasa Königshofera było zdobycie brązowego medalu wyścigu ze startu zatrzymanego amatorów podczas mistrzostw świata w Lyonie w 1989 roku. W wyścigu tym uległ jedynie swemu bratu Rolandowi oraz Włochowi Tonino Vittigliemu. Był to jedyny medal zdobyty przez Thomasa na międzynarodowej imprezie. Nigdy nie startował na igrzyskach olimpijskich.