第一次鸦片战争爆发后，邓在福建加强海防，于道光20年（1840年）7月2日在厦门击退来犯的英军。9月28日，清朝因战事失利与英国展开谈判，邓被革职，后流放新疆伊犁。不久被重新起用，任陕西巡抚。道光26年（1846年）病逝于西安，归葬于南京麒麟门外邓廷桢墓。