En marzo del 2009, Napolitano le dijo al sitio alemán de noticias "Spiegel Online" que mientras que ella presume que siempre existen amenazas del terrorismo: “Me referí a desastres causados por el hombre. Tal vez esto sea sólo un matiz, pero demuestra que queremos movernos lejos de la política del miedo a una política de estar preparados para cualquier riesgo que pueda ocurrir." En abril de 2009 Napolitano, tratando de defender sus planes para aumentar la seguridad en la frontera entre Estados Unidos y Canadá, reclamó incorrectamente que los perpetradores de los atentados del 11 de septiembre del 2001 entraron al país desde Canadá. Sus comentarios provocaron una furiosa respuesta del embajador canadiense, los medios y el público.