Im Jahr 2011 begann der syrische Bürgerkrieg. Anfang Februar 2012 wurden zwei syrische Spione in Berlin festgenommen, und in der Folge wurden vier syrische Diplomaten ausgewiesen. Nach der Ausweisung des syrischen Botschafters Radwan Loutfi am 29. Mai 2012 wegen des Massakers von Hula folgte eine Ausweisung von weiteren vier Diplomaten Anfang Dezember 2012. Der damalige Bundesaußenminister Guido Westerwelle wollte damit die „Beziehungen zum Assad-Regime auf ein absolutes Minimum“ reduzieren. Die Botschaft war bis Mitte 2020 geschlossen. Seitdem ist der Betrieb wieder aufgenommen worden.