Ainda na década de 60, os ano de 1965 e 1969 tiveram grande movimentação estudantil. Em Janeiro de 1965, cerca de 50 estudantes foram detidos pela PIDE acusados de pertencerem ao PCP. Meses de protesto tiveram a exclusão de 53 alunos de todas as universidades do país e a suspensão de mais de 100 estudantes. Com uma certa similaridade, tanto na época como em alguns temas, com o Maio de 1968 na França, a Crise Estudantil de 1969 provocou a demissão do ministro da educação, a mudança de reitor de Coimbra e o envio de estudantes para a guerra colonial. Em Coimbra, os estudantes saíam as rua mais uma vez em luto académico, em solidariedade com os colegas detidos. É creditada a crise parte da mudança de mentalidade das pessoas em relação ao regime e a intensificação da sua oposição, que futuramente levaria a Revolução dos Cravos.