La otra ruptura a fines de la década de 1960 es obviamente la sacudida de mayo del 68. Aunque Braudel percibió el bloqueo institucional de la universidad, está profundamente "conmocionado" por los acontecimientos, y a pesar de que el movimiento ha salido de la Sorbona, la sexta sección de la EPHE no es salvada del movimiento de protesta. Finalmente, percibiendo que está en contradicción con la nueva generación de historiadores que se están moviendo hacia problemas más restringidos y menos globalizadores, se aparta en 1969 de la dirección de la revista "Les Annales", mientras permanece en el comité de dirección y en un consejo de administración compuesto por André Burguière, Emmanuel Leroy Ladurie, Jacques Le Goff, Marc Ferro y Jacques Revel.