Под влиянием крестовых походов и по мере усиления традиционалистских тенденций в исламском обществе в XII—XV веках постепенно усиливается изоляция христианских общин. С образованием Османской империи (XV—XVI века) увеличилось количество христиан, находившихся под прямой политической властью мусульман. Отношения обострялись усилением политического и торгового проникновения европейских государств в мусульманские страны, сочетавшегося с миссионерской деятельностью. Восточные христиане невольно или сознательно становились проводниками интересов европейских держав. В ответ на это в XIX веке Османская империя под предлогом уравнения немусульман и мусульман в сфере прав и обязанностей попыталась полностью подчинить их своей юрисдикции, что встретило активное сопротивление христиан и христианских государств. Усилилось давление на христиан, разжигалась межобщинная рознь, выливавшаяся не раз в кровавые столкновения. В начале XX века это вылилось в массовые убийства христиан (армян, греков, ассирийцев) на территории современной Турции.