Belagerung von Khartum wurde der Palast zerstört, um Baumaterial für Omdurman, die neue Hauptstadt der Mahdisten, zu gewinnen. Nach der Eroberung des Sudan durch anglo-ägyptische Truppen unter Horatio Herbert Kitchener fand auf den Ruinen des Gouverneurspalastes am 4. September 1898 eine zeremonielle Siegesfeier statt, mit der der Anfang des Anglo-Ägyptischen Sudans verbunden wird. Der Neuaufbau des Palastes gehörte zu den ersten Bautätigkeiten der Briten ab dem 29. November 1898 in Khartum. Der erste Leiter der Wiederaufbauarbeiten, George Frederick Gorringe, gestaltete den neuen Palast im spätviktorianischen Baustil mit orientalischen Arkadenbögen. Der Bau wurde dann von M. R. Kennedy vollendet.