Con este objeto, organizó expediciones para lograr cercar y acabar con el ejército que el general Cáceres había organizado en la Sierra y las guerrillas de la zona. A inicios de 1882, Lynch comanda una expedición en persona buscando envolver a Cáceres, movimiento que falló debido a que el general peruano retrocedió hacia Tarma, evitando ser rodeado gracias a sus informantes. Finalmente vuelve a Lima, pero el presidente Domingo Santa María ordena continuar con la expedición, debido a lo cual, Lynch envía tropas al mando del general José Francisco Gana Castro hacia el Departamento de Junín y otros sectores donde hay algunos combates sin tener mayores inconvenientes. El 1 de febrero, el mando de la división expedicionaria se reasigna al Coronel Estanislao del Canto quien se enfrentó al ejército de Cáceres y sus guerrillas en las acciones de Pucará, La Oroya y la heroica jornada en Concepción, entre otros. La expedición vuelve sin lograr derrotar a las fuerzas de la Sierra por lo que Lynch ante el fracaso de la primera expedición planea atacar a mediados de 1883 a Cáceres y cercarlo. Envía dos divisiones para lograr este objetivo al mando de Marco Aurelio Arriagada y además forma otra división al mando del coronel Alejandro Gorostiaga para proteger al nuevo Gobierno provisional del general Miguel Iglesias que luego del "Grito de Montán" estaba dispuesto a negociar con Chile términos favorables.