Στα βουνά της Βορείου Ηπείρου ο παπα Λευτέρης σήκωσε και πάλι ψηλά τη Σημαία του Αγώνα ευλογώντας και ενθαρρύνοντας με κουράγιο, πίστη και δύναμη τους πολεμιστές κι όταν το καλούσε η περίπτωση πολεμούσε κι εκείνος στο πλευρό τους ως απλός στρατιώτης. Οι κακουχίες όμως του χειμώνα 1940-41 ήταν περισσότερες από κείνες που θα μπορούσε να αντέξει, με αποτέλεσμα να πάθει σοβαρά κρυοπαγήματα, να αποσυρθεί στα μετόπισθεν και εν τέλει να επιστρέψει στην Αθήνα, όπου και νοσηλεύτηκε. Όμως παρά τη διθυραμβική νίκη των ελληνικών δυνάμεων έναντι του φασισμού, ο παπα Νουφράκης είδε τους Γερμανούς κατακτητές να εισέρχονται στην Αθήνα, την 27 Απριλίου 1941 και να καταλαμβάνουν εν τέλει, παρά τον επικό αμυντικό της αγώνα (20-29 Μαϊου), την Κρήτη, την 29 Μαίου 1941.