Из-под Руспины Цезарь, собравший достаточно войск для решающего сражения, направился к Тапсу, который уже был блокирован с моря. Начав осаду города, он сумел выманить противников на сражение. 6 апреля 46 года до н. э. при Тапсе произошла решающая битва Цезаря против Сципиона и подоспевшего Юбы. Хотя в «Записках об Африканской войне» развитие битвы характеризуется как стремительное, а характер победы — как безоговорочный, Аппиан описывает сражение как крайне тяжёлое. Кроме того, Плутарх приводит версию, будто Цезарь не участвовал в битве из-за приступа эпилепсии. Многие командиры армии Сципиона бежали с поля боя. Сам Метелл Сципион попытался спастись в Испанию, но его корабль был перехвачен, и полководец покончил с собой. Луция Афрания и Фауста Суллу казнили. Петрей и Юба покончили жизнь самоубийством, Тит Лабиен, Гней и Секст Помпей бежали в Испанию, где организовали сопротивление Цезарю. После победы при Тапсе Цезарь двинулся на север, в хорошо укреплённую Утику. Комендант города Катон был полон решимости удерживать город, однако жители Утики склонялись к сдаче Цезарю, и Катон распустил войска и помогал всем желающим покинуть город. Когда Гай подошёл к стенам Утики, Марк покончил с собой. В середине 46 года до н. э. Цезарь направился на Сардинию, а оттуда прибыл в Рим. В столице он провёл четыре триумфальных шествия подряд — за победы над галлами, египтянами, Фарнаком и Юбой. Впрочем, римляне понимали, что отчасти Цезарь празднует победы над своими соотечественниками. Во время африканского триумфа, однако, в торжественной процессии несли статуи и изображения известных римлян, сражавшихся против Цезаря.