W latach 1602–1603 tłumił bunty chłopskie, w latach 1606–1607 – powstanie Bołotnikowa. Za te zasługi w 1605 został podniesiony do rangi okolniczego, a w końcu 1606 lub na początku 1607 – bojara. W 1607 został wojewodą smoleńskim. Podczas wojny z Polską dowodził trwającą 21 miesięcy obroną Smoleńska przed Polakami. Po zdobyciu miasta przez Polaków w czerwcu 1611, ranny Szein dostał się do niewoli, gdzie zetknął się z patriarchą moskiewskim i całej Rusi Filaretem.