החל מעונת החליף סאנצ'יס את חברו לקבוצה צ'נדו כקפטן המועדון. בעונת הוא הוביל את הקבוצה כקפטן לזכייה ראשונה בליגת האלופות מזה 32 שנים. סאנצ'יס פתח עם סרט הקפטן במשחק הגמר, בו גברה ריאל בתוצאה 0–1 על יובנטוס והשיבה לעצמה את התואר. כעבור שנתיים, כשסאנצ'יס כבר היה בשלהי הקריירה, הוא עלה כמחליף לעשר דקות בגמר ליגת האלופות 2000 מול ולנסיה, בו ניצחה ריאל בתוצאה 0–3, והיה ליחיד מ"חמישיית העייט" שזוכה בגביע אירופה שני בקריירה.