I dirigenti del Milan ingaggiarono Desailly nell'ottobre del 1993, per 10,7 miliardi di lire. L'esordio avvenne il 21 novembre contro il , battuto per 2-1 a San Siro in un incontro di Serie A. Qualche settimana dopo Desailly giocò la sfida di Coppa Intercontinentale persa dai rossoneri contro i brasiliani del : i lombardi sostituivano nell'occasione proprio l'ex club di Desailly, l'Olympique Marsiglia, bandito dalle competizioni internazionali per via dell"affaire VA-OM".