No Santos, Ismael fez parte de um dos maiores times da história do futebol, ganhando vários títulos. Disputava posição com Lima, mas, ainda assim, participou de jogos importantes, os principais sendo as finais da Copa Intercontinental de 1963 contra o Milan, em que foi expulso no terceiro jogo, mas acabou campeão. Perdeu espaço no clube santista após a chegada de Carlos Alberto Torres.