На 17 април 1961 година 1400 кубински имигранти, преминали военна подготовка в САЩ, осъществяват инвазия в Залива на прасетата, известен още като Плая Хирон, но след няколкодневни боеве са отблъснати. Че Гевара не участва в тези битки. Причината за това е, че ден преди нахлуването военен кораб инсценира фалшива офанзива на западния бряг на Куба при Пинар дел Рио и Че заминава с военни сили нататък. Въпреки това историците му отдават заслуги за победата при Залива на прасетата. По онова време като директор във военното министерство отговаря за обучението на армията и милицията. Организира военната подготовка на 200 000 мъже и жени, която се оказва толкова успешна, че американците претърпяват пълно поражение.