战争后期，贝格尔除了继续担任党卫队行政部部长，还担任了其他几个职位。1942年中期起，他成为了的要员，这就使党卫队可以指挥东部的大部分经济活动。担任这项职务时，他提出了一项绑架并奴役50,000名东欧儿童的计划，代号为。该计划在后来得到了执行。1944年8月，斯洛伐克民族起义爆发，贝格尔因此被任命为斯洛伐克的军事指挥官，负责镇压起义，不过最初他并没能成功镇压起义。一个月后，他被任命为人民冲锋队的参谋长和战俘营的总管。在战争的最后几个月中，他前往巴伐利亚阿尔卑斯山脉指挥军队，而在这支军队中，包括了他征募的几支武装党卫队师团的残余。他最终在贝希特斯加登附近向美军投降，然后当即被俘虏。接着，他在美国纽伦堡军事审判中的里接受审判，并被定为战争罪，判处有期徒刑25年。很快，他的刑期被减少到了10年，而最后他实际上只服刑六年半。出狱后，他主张为武装党卫队平反，又找了一份制造业的工作。他于1975年在家乡逝世。