В 1823 году Гвадалахара стала столицей вновь образованного штата Халиско. В 1843—44 годах город был центром неудачного восстания против президента Санта-Анны. Во время гражданской войны 1857—61 годов в Гвадалахаре некоторое время размещалось правительство Бенито Хуареса. Город был захвачен французскими интервентами в 1864 и отбит мексиканцами обратно в 1866 году.