De 14 oktober 1806 besegrade Napoleon I de preussiska och sachsiska arméerna vid Slaget vid Jena-Auerstedt. Slaget som hölls på höjderna framför staden orsakade svåra skador på staden och universitetet. Ett starkt motstånd väcktes mot Napoleons styre, speciellt bland stadens studenter där flera gick in i frikåren "Lützowsches Freikorp".