En 1988, il est nommé évêque titulaire (ou "in partibus") et évêque auxiliaire d'Ayacucho dans la province de Huamanga (alors en pleine zone d’opérations de la guérilla du Sentier lumineux), avant de devenir archevêque de ce diocèse en 1995. Il parvient à faire rouvrir le grand séminaire de Huamanga, qui était resté fermé pendant trente-huit ans, et fait construire dix-sept églises. En 1996, il parvient à négocier la paix lors de la prise des otages de la résidence de l'ambassadeur du Japon à Lima par des terroristes.