Ο Κωνσταντίνος Μαζαράκης έλαβε μέρος στον Ελληνοτουρκικό Πόλεμο του 1897 και διακρίθηκε στη μάχη του Δομοκού. Από τα πρώτα και δραστήρια μέλη της Εθνικής Εταιρείας, ο Μαζαράκης συνειδητοποίησε από νωρίς τους κινδύνους που διέτρεχε ο μακεδονικός Ελληνισμός από τη δραστηριότητα των Βουλγάρων και φρόντισε για την οργάνωση και αποστολή αντάρτικων σωμάτων στη Μακεδονία (1895-97). Το 1903 με τον Παύλο Μελά και τον Τσόντο Βάρδα έστειλαν στον Καραβαγγέλη, Μητροπολίτη Καστοριάς, τους 10 πρώτους Κρητικούς μακεδονομάχους. Όταν ο Λάμπρος Κορομηλάς τοποθετήθηκε γενικός πρόξενος της Ελλάδας στη Θεσσαλονίκη, κάλεσε επίλεκτους αξιωματικούς να πλασιώσουν το προξενείο. Ανάμεσά τους και τον Κωνσταντίνο Μαζαράκη, που εργάζεται ως υπάλληλος με το ψευδώνυμο Δήμος Στεργιάκης, αναλαμβάνοντας την οργάνωση δικτύου πληροφοριών και τη συγκρότηση μικρών ένοπλων ομάδων, στην Κεντρική Μακεδονία . Το 1905, συγκρότησε σώμα μακεδονομάχων και ως αρχηγός του ανταρτικού σώματος, με το όνομα «Καπετάν Ακρίτας», έδρασε κατά των Βουλγάρων κομιτατζήδων με επιτυχία, στην περιοχή του Βερμίου, και επέκτεινε τη δράση του στην Καρατζόβα. Εγκαταστάθηκε στην περιοχή Βερμίου Νάουσας, με πεδίο δράσης τα χωριά της λίμνης των Γιαννιτσών και το Ρουμουλούκι, καθώς και την Έδεσσα και την Άρνισσα. Κι άλλοι αξιωματικοί του ελληνικού στρατού, εκτός του Κων/νου Μαζαράκη, όπως ο Παύλος Μελάς, ο Τέλλος Άγρας, καθώς και οπλαρχηγοί από πολλές άλλες περιοχές, όπως ο Γεώργιος Τσόντος από την Κρήτη, ο Παναγιώτης Παπατζανετέας από τη Μάνη και άλλοι, έφτασαν στη μακεδονική γη και από κοινού με ντόπιους Έλληνες, σχημάτισαν αντάρτικες ομάδες. Η ένοπλη φάση του Μακεδονικού Αγώνα διακόπηκε το 1908 και ο Κωνσταντίνος Μαζαράκης, μετά το Κίνημα των Νεότουρκων στάλθηκε στη Γαλλία για την παραλαβή των πρώτων λυόμενων ορειβατικών πυροβόλων.