Bereits in jungen Jahren war Dunne äußerst aktiv für die irischen Auswahlmannschaften tätig und neben seinem Debüt in der B-Nationalmannschaft gewann er mit der U-18-Auswahl in Zypern überraschend die Europameisterschaft. Auch für die Junioren-Weltmeisterschaft 1999 in Nigeria war er vorgesehen, musste seine Teilnahme aber wegen Oberschenkelproblemen schließlich absagen. Es folgten vier Auftritte für die U-21-Auswahl und am 26. April 2000 debütierte er gegen Griechenland für die A-Nationalmannschaft. Beim dritten Länderspiel schoss er am 4. Juni 2000 gegen Mexiko (2:2) sein erstes Tor für Irland.