Baraja fue titular en sus diez temporadas con el Valencia CF y se convirtió en el capitán valencianista en 2008, tras la decisión de Ronald Koeman de apartar de la plantilla a David Albelda. En su primera temporada en el club, se proclamó subcampeón de Europa y debutó como internacional absoluto con la selección española, el 7 de octubre de 2000 en el Estadio Santiago Bernabéu ante Israel. En su segunda temporada se proclamó campeón del &lt;a href="Primera%20Divisi%C3%B3n%20de%20Espa%C3%B1a%202001-02"&gt;Campeonato Nacional de Liga 2001/02&lt;/a&gt;, al igual que en su cuarta temporada, &lt;a href="Primera%20Divisi%C3%B3n%20de%20Espa%C3%B1a%202003-04"&gt;Campeonato Nacional de Liga 2003/04&lt;/a&gt;. En total ganó con el Valencia, dos Ligas, una Copa, una Copa UEFA y una Supercopa de Europa.