Von 1912 bis 1919 war er letzter Gouverneur von Deutsch-Ostafrika. Geprägt war seine Amtszeit durch den Ersten Weltkrieg. Nach anfänglicher Respektierung der Kongo-Akte begann Großbritannien mit einer Invasion Deutsch-Ostafrikas. Die Besetzung scheiterte 1914 an der Schutztruppe für Deutsch-Ostafrika unter Oberstleutnant Paul von Lettow-Vorbeck, der sich von nun an in Ostafrika bis zum Kriegsende in einer Art Guerillakrieg, der auch Nachbarkolonien verwüstete, gegen eine große Übermacht britischer, südafrikanischer, indischer, portugiesischer und belgischer Truppen behaupten konnte. Gemäß dem Waffenstillstand von Compiègne legte die Schutztruppe am 25. November 1918 ihre Waffen nieder, wurde interniert und ab Januar 1919 nach Deutschland abtransportiert. Die Überführung der militärisch ungeschlagenen Schutztruppe in die Heimat war eines der wenigen Zugeständnisse der Sieger im Waffenstillstandsabkommen. Als Helden gefeiert zogen Lettow-Vorbeck und Schnee am 2. März 1919 an der Spitze ihrer Truppe durch das Brandenburger Tor in Berlin ein.