Na de machtsovername van Napoleon werd Augereau commandant van een legerkamp in Brest, dat voorbereidingen trof voor de geplande invasie van Groot-Brittannië. Toen deze invasie werd afgeblazen, wegens de groeiende dreiging van Rusland en Oostenrijk, vormde hij met zijn kamp het VIIe Korps van de Grande Armee. Hij moest de communicatielijnen verdedigen ten tijde van de campagne van Ulm in de Derde Coalitieoorlog. Ook vocht hij met zijn korps in de slagen van Konstanz en Bregenz.