Vuonna 2003 Kipchoge avasi juoksukauden voittamalla Kenian nuorten maastojuoksumestaruuden ja sen jälkeen nuorten maastojuoksun MM-kultaa sekä henkilökohtaisessa että joukkuekilpailussa. Kipchoge juoksi 27. kesäkuuta 2003 nuorten maailmanennätyksen 5 000 metrillä ajallaan 12.52,61. Hän osallistui samana vuonna Pariisin MM-kisoihin, joissa 5 000 metrin ennakkosuosikkeja olivat Etiopian Kenenisa Bekele ja Marokon Hicham el-Guerrouj. El-Guerrouj aloitti loppukirinsä 800 metriä ennen maalia ja johti kilpailua viimeiselle kierrokselle lähdettäessä. Kipchoge oli muutaman metrin hänen perässään ja Bekele hieman Kipchogea jäljessä. Kipchoge saavutti el-Guerroujin viimeisessä kaarteessa ja onnistui ohittamaan hänet loppusuoralla ja voitti MM-kultaa neljän sadasosan erolla loppuajalla 12.52,79. Kipchogen viimeisen kierroksen aika oli 53,4. Hän voitti samana vuonna vielä 5 000 metrin kilpailun.