Первоначальное образование Эвениус получил дома. В 1811 году поступил медицинский факультет Московского университета и уже через несколько месяцев представил сочинение на заданную тему: «De palmipedis et pinnipedis», получив за него на торжественном акте 12 февраля 1812 года серебряную медаль. Из-за начавшейся войны уехал домой в Нижний Новгород и прожил там до начала 1813 года. Вернувшись в Москву и выдержав экзамен на второй курс, он продолжил занятия в качестве вольнослушателя; 18 августа 1814 года он, по экзамену, получил степень кандидата медицины и хирургии; был оставлен для практических занятий при Мариинской больнице, где под руководством главного доктора X. Ф. Оппеля работал более года; 1 июля 1815 года был признан лекарем 1-го класса.