A templom közepén helyezkedik el Szent Szaniszló barokk síremléke, mely 1626-1629 között készült. Ebben helyezték el Szent Flórián ereklyéit és Szent Szaniszló maradványait. Az ezüsttel borított fából készült Szent Szaniszló életéről készült jeleneteket ábrázoló ereklyetartó-koporsó Piotr von den Rennen munkája. Látható rajta többek között a Grünwaldi csata egy jelenete is, mivel a legenda szerint Szent Szaniszló hozzájárult a lengyelek győzelméhez. A síremlék neve "Ara Patriae" vagyis a "haza oltára". Ide helyezték évszázadokon keresztül a királyok a győzelmi trófeáikat, például Jagelló Ulászló ide tűzte fel az 1410-es Grünwaldi csatában a német lovagrendtől szerzett zászlókat. Utolsóként Sobieski János helyezte el az 1683-ban a Bécs alatti csatában zsákmányolt török zászlót. A síremlék mellett püspökök szarkofágjai láthatók.