Brčko-distriktet ble etablert som følge av Dayton-avtalen, som gjorde slutt på krigen i Bosnia-Hercegovina. Avtalen delte landet etter etniske grenser, men partene ble ikke enige om hvilken del Brčko skulle tilhøre. Partene godtok imidlertid å akseptere utfallet av en voldgiftskommisjon og Brčko med omland ble etablert som en egen enhet under internasjonal administrasjon i påvente av utfallet. Formelt tilhørte distriktet begge entitetene. I 2007 bestemte voldgiftskommisjonen at Brčko-distriktet skal være en multietnisk og selvstyrt enhet, direkte underlagt Bosnia-Hercegovina. Det internasjonale overoppsynet med distriktet gjennom viserepresentanten i Den høye representant for Bosnia-Hercegovina endte i 2012.