À partir de 2001, le durcissement des positions au cours des négociations et surtout la Seconde intifada mettent à mal le processus de paix. En Cisjordanie, de nombreuses incursions israéliennes ont lieu (en réaction ou en représailles) aux attentats-suicides palestiniens. La plus importante de ces incursions (nommée « Opération Rempart ») est déclenchée à la suite d'un attentat palestinien particulièrement meurtrier dans la ville de Netanya le , revendiqué par le mouvement islamiste Hamas et faisant . « Rempart » a consisté en une réoccupation de la plupart des villes palestiniennes de Cisjordanie, principalement Ramallah (où le complexe présidentiel de Yasser Arafat a été largement détruit, ainsi que le centre de la sécurité préventive palestinienne situé à Beitounya), Naplouse (où des combats particulièrement violents dans la casbah ont occasionné la mort de ), et Jénine.