Para sorpresa de muchos, en la madrugada del viernes 3 de febrero de 1989 Rodríguez derrocó mediante un Golpe de Estado al dictador Stroessner, que había gobernado Paraguay por 35 años. Asumió el gobierno provisorio obteniendo el inmediato respaldo de la iglesia católica, sectores populares opositores al régimen de Stroessner, y del gobierno de Estados Unidos, el cual anteriormente había apoyado al régimen de Stroessner por considerarlo su aliado por su talante anticomunista. Convocó al gobierno a los miembros del sector "tradicionalista" del Partido Colorado, que acababan de ser radiados del mismo en una fraudulenta asamblea, y representantes de partidos de oposición.