Ende des 16. Jahrhunderts erlebte die Stadt einen wirtschaftlichen Aufschwung, dem der Dreißigjährige Krieg ein Ende setzte. Die Elbbrücke bei Roßlau machte Dessau zum Durchmarschgebiet zahlreicher Truppen aller kriegführenden Seiten und Schauplatz einer großen Schlacht 1626, der Schlacht an der Elbbrücke. Erst Ende des 17. Jahrhunderts konnte Dessau an die Vorkriegsentwicklung anknüpfen, unterstützt durch die aktive Ansiedlungspolitik des Fürsten. Auch eine große jüdische Gemeinde entwickelte sich. Während der Regentschaft von Leopold I., des "Alten Dessauers", wurde Dessau zu einer barocken Residenz umgebaut und erweitert.