Aux côtés de Soult, il quitte précipitamment l'Espagne pour prendre part à la campagne d'Allemagne et participer à la bataille de Lützen (), puis à la bataille de Bautzen (20-). Après ces victoires, il revient pour la campagne de France de 1814 et prend part à la bataille d'Orthez (). Il participe également à la bataille de Toulouse (), puis organise le lendemain des troupes de partisans et d’éclaireurs dans sa propre région d'Agen. Après la première abdication de et son départ pour l’île d'Elbe, que Bory apprend depuis Agen le , il rejoint Paris.