Il rejoint alors la chaîne de télévision laSexta pour commenter la Coupe du monde 2006. Après une saison comme entraîneur du Real Madrid Castilla, il devient sélectionneur des équipes d'Espagne des moins de 19 ans, des moins de 20 ans et des moins de 21 ans. Il remporte le Championnat d'Europe des moins de 19 ans 2012 puis le Championnat d'Europe de football espoirs 2013 en utilisant un schéma tactique basé sur la possession de balle. Le , Lopetegui quitte son poste de sélectionneur où il est remplacé par Albert Celades.