2 Ocak 2016'daki Swansea City maçında attığı skoru belirleyen golle maç 2-1 lehlerine sonuçlanırken bu golle birlikte Cole'u geride bırakarak Premier League'in, Law'u geride bırakarak ise Manchester United tarihinin en golcü ikinci ismi oldu. 9 Ocak'ta, Sheffield United ile oynanan ve 1-0 kazandıkları FA Cup üçüncü turu mücadelesinin duraklama dakikalarında penaltıdan kaydettiği golle takımına 1-0'lık galibiyeti getirdi. 12 Ocak'ta, 3-3 sona eren ligdeki Newscastle United deplasmanında teki penaltıdan olmak üzere iki gol kaydetti. Bir sonraki maç olan 17 Ocak'taki Liverpool deplasmanının tek golünü attı. Bu gol aynı zamanda Premier League'de Manchester United adına 176. golü olurken, Thierry Henry'yi geride bırakarak tek bir takım formasıyla Premier League'de en çok gol atan oyuncu oldu. 29 Ocak'ta, FA Cup'ın dördüncü turunda oynanan ve United'ın 1-3'lük galibiyetiyle sona eren Derby County maçının ilk golü Rooney'den geldi. 2 Şubat'taki Stoke City ile oynanan karşılaşmada skoru 3-0 olarak belirleyen golü attı. 13 Şubat'taki Sunderland maçında dizinden sakatlık yaşasa da oyundan çıkmayı reddetti ve maçı tamamladı; ancak bu sakatlık sebebiyle iki ay kadar sahalardan uzak kaldı. 16 Nisan'daki Aston Villa maçına ilk on birde başlayarak sakatlık sonrası ilk maçına çıktı. 17 Mayıs'ta, Bournemouth karşısında alınan 3-1'lik galibiyette takımının ilk golünü kaydetti. 21 Mayıs'ta, Sunderland ile oynanan 2016 FA Cup Finali'nde takım kaptanı olarak sahaya çıktı ve maçın normal süresinin 1-1 berabere sona ermesi sebebiyle oynanan uzatma süresi de dahil olmak üzere 120 dakika sahada kaldı. Manchester United maçı 2-1 kazanırken, Rooney de kariyerindeki ilk FA Cup şampiyonluğunu elde etti. Sezon boyunca 41 resmî maça çıkan ve 15 gol kaydeden Rooney, 17 gollü Anthony Martial'ın ardından United adına sezonun en golcü ikinci oyuncusu oldu.