Akademi, kurulmasının hemen ardından, bilimsel ve eğitim ortamı da dahil olmak üzere, bölgede yaşanan sorunlar neticesinde akademi ciddi sorunlarla karşı karşıya kaldı. Durum, cumhuriyetin Rusya ile tüm bağları koparma ve bağımsızlık girişimiyle daha da kötüleşti. Sonrasında gelen Birinci ve İkinci Çeçen Savaşı; bilim ve eğitim alanındaki ilerleme de daha da büyük bir düşüşe, maddi varlıkların zarar görmesine, bilimsel ve pedagoji çalışanların önemli bir kısmının kaybına ve kütüphane fonlarının tahrip olmasına yol açtı.