Карпатос је насељен још током праисторије. Током старе Грчке Карпатос је био противник Атине и сарадник Спарте, да би га запосео суседни Родос око 400. п. н. е. После тога острвом је владао стари Рим, а затим и Византија, после тога Арабљани. 1204. г. после освајања Цариграда од стране Крсташа Карпатос потпада под власт Млечана, под којима остаје до 1540. г., када нови господар постаје Османско царство. Становништво Карпатоса је било укључено у Грчки устанак 20их година 19. века, али није било прикључено новооснованој Грчкој. 1912. г. острво запоседа Италија, која га губи после Другог светског рата. Последњих деценија ово је донекле умањено развојем туризма.