Ήταν γιος του επίσης στρατιωτικού Βασιλείου Σαπουντζάκη και καταγόταν από το Ρέθυμνο της Κρήτης. Γεννήθηκε στο Ναύπλιο το 1844 και σπούδασε στη Σχολή Ευελπίδων από την οποία αποφοίτησε το 1865 με το βαθμό του ανθυπολοχαγού του Πυροβολικού. Το 1867 κατέβηκε με τον πατέρα του στη Κρήτη και πολέμησε στον τότε αγώνα των Κρητών. Στη συνέχεια μετεκπαιδεύτηκε στη Γερμανία, Αγγλία και Γαλλία, και επανερχόμενος στην Ελλάδα διορίσθηκε καθηγητής της στρατιωτικής τεχνολογίας στη Σχολή Ευελπίδων. Διετέλεσε επίσης καθηγητής του τότε Διαδόχου Κωνσταντίνου και στη συνέχεια με το ξέσπασμα του Ελληνοτουρκικού πολέμου του 1897 ανέλαβε επιτελάρχης του αρχιστρατήγου Διαδόχου. Μετά τη πτώση της κυβέρνησης Θ. Δηλιγιάννη αντικαταστάθηκε από τον Κ. Σμολένσκη, θεωρηθείς αυτός ως ένας από τους υπαίτιους της υποχώρησης*. Στη διάρκεια 1901-1906 ανέλαβε επιτελάρχης της Γενικής Διοίκησης Στρατού και στη συνέχεια Αρχηγός του Γενικού Επιτελείου από τη σύστασή του.