1991 diente das 9. Pionier-Bataillon im Golfkrieg. Zurück in Aschaffenburg zurück wurde es abermals deaktiviert und als Teil der 1. Infanteriedivision in Schweinfurt am 5. April 1996 reaktiviert mit der 2. Brigade-Kampfgruppe als Teil der Bedeckungkraft für Bosnien (Task Force Adler). Das Bataillon wurde in den Kosovo im Juni 1999 verlagert, mit Unterbrechung bis November 2002.