Elle participe aux deux guerres contre le Burkina Faso (1974 et 1985) et à la lutte contre toutes les rébellions touarègues. En 1993, 1996 et 2006, les anciens rebelles intègrent pour certains la garde nationale. Pendant la guerre du Mali, la garde nationale reçoit le soutien de la Mission de soutien aux capacités de sécurité intérieure maliennes.