W reprezentacji Belgii François Janssens występował w latach 1972–1973. W 1970 uczestniczył w mistrzostwach świata. Na mundialu w Meksyku był rezerwowym i nie wystąpił w żadnym meczu. W reprezentacji zadebiutował 22 maja 1972 w wygranym 4-0 meczu eliminacji mistrzostw świata 1974 z Islandią. Był to udany debiut, gdyż Janssens zdobył bramkę. Kilka tygodni później uczestniczył w mistrzostwach Europy. W turnieju finałowym rozgrywanym w Belgii był rezerwowym i nie wystąpił w żadnym meczu. Belgia zajęła na tym turnieju trzecie miejsce. Drugi i ostatni raz w reprezentacji wystąpił 31 października 1973 w wygranym 2-0 meczu eliminacji mundialu 1974.