В 1794 году, после короткого периода службы на родине, он снова отправился в Индию. В том же году он стал генерал-майором, а в 1797 году главнокомандующим Мадрасской армией. До 1800 года командовал войсками в своём округе, а в течение короткого периода времени также управлял гражданской администрацией. В декабре 1798 года генерал-губернатор лорд Морнингтон назначил его командующим полевой армией, которая должна была атаковать войска Типу Султана, и через несколько месяцев кампании Харрис сильно ослабил королевство Майсур и взял крепость Серингапатам штурмом, во время которого Типу был убит.