През 1998 г. Зауахири и Бин Ладен създават официален съюз и през юни 2001 г. Египетският ислямски джихад и Ал-Каида се сливат. Зауахири е замесен както в бомбардировката на американския кораб USS "Cole" през октомври 2000 г., така и в атентатите от 11 септември 2001 г. Зауахири постепенно се превръща в главен говорител на Ал-Каида, коментирайки проблеми като американското нахлуване в Ирак през 2003 г. и войната между Хизбула и Израел през 2006 г. През 2009 г. Държавният департамент на САЩ обявява, че Зауахири е главната фигура, взимаща решенията в Ал-Каида, докато Бин Ладен е само номинален лидер и е просто лице на организацията. След като Бин Ладен е убит през юни 2011 г., Зауахири поема пълен контрол над Ал-Каида.