Nel 2008 la sua carriera subì la svolta decisiva: è protagonista di "Hunger" di Steve McQueen, film vincitore della Caméra d'or per la miglior opera prima del 61º Festival di Cannes Nel film Fassbender ricopre il ruolo dell'attivista nordirlandese Bobby Sands, morto durante lo sciopero della fame del 1981 nella prigione di Long Kesh. Per questa interpretazione perse 18 chili a seguito una dieta di sole 600 calorie e dichiarando: "«Direi una bugia se dicessi che questo ruolo non è stato una sfida»". Grazie a questa interpretazione vinse il premio come miglior attore ai British Independent Film Awards 2008. Questo film segnò l'inizio del suo sodalizio artistico con il regista britannico Steve McQueen, che lo vorrà poi protagonista e antagonista in altri due importanti film negli anni successivi: "Shame" e "12 anni schiavo", che gli varranno molte nomination e premi.