在函館市內發現了大船遺跡等遺跡，顯示函館自繩文時代開始就有人類活動。自鎌倉時代後期開始，隨著畿內地區和津輕半島之間的貿易量增加，北海道的水產品貿易開始發展，津輕半島的人口也開始渡海在渡島半島定居。這一時期渡島半島南部的和人居住地被統稱為道南十二館，其中之一的宇須岸館就是後來的箱館。1457年，和人和阿伊努人之間爆發坷相曼夷之戰，箱館被阿伊努人佔領，和人因此遷移到龜田一帶。進入江戶時代之後，松前藩在龜田設立番所。然而在1703年（元祿16年），龜田川發生大洪水，之後河口被土砂堵塞，不適合用作港口。原本居住在當地的和人和港口機能因此移動到函館山山麓。函館在江戶時代和松前、江差並稱為「松前三港」，是一座天然良港和水產物集散地。18至19世紀之交，隨著俄羅斯勢力的南下，江戶幕府將蝦夷地改為直轄地，並設立箱館奉行所，加強對道南地區的控制。黑船來航之後，幕府在1854年（安政元年）再次設立箱館奉行所。同年神奈川條約簽訂之後，箱館和下田對美國開港。並在1859年美日修好通商條約簽訂之後和橫濱、長崎一併開港。箱館在開港之後本來計劃修建類似出島的和市區隔離的外國人居留地，但最終外國人居住地和市區融為一體，造就了現在函館具有異國風情的景觀。幕府在函館修建了五稜郭和砲台等防禦設施，將函館作為北方統治的據點。