1942年，与苏联关系密切的“新疆王”盛世才投靠国民政府，此举触怒苏联政府，开始直接煽动新疆哈萨克、维吾尔等少数民族叛乱。1944年，苏联成功策劃了伊寧事變，扶植“東突厥斯坦第二共和國”掌握着今伊犁哈薩克自治州轄域的实际统治权。后“三区”势力与苏联支持的中国共产党合流。1949年9月新疆和平解放，随即被10月成立的中華人民共和國納入统治。