Mursi joutui vuonna 2006 vankilaan seitsemäksi kuukaudeksi osallistuttuaan mielenosoitukseen, joka tuki oikeuslaitoksen itsenäisyyttä vaativia tuomareita. Hän oli myös lyhyesti vangittuna vuoden Egyptin presidentin Hosni Mubarakin kaataneen vallankumouksen aikana. Mubarakin kaaduttua muslimiveljeskunta perusti poliittiseksi siivekseen vapaus- ja oikeuspuolueen.