Wojna z Habsburgami wybuchła ponownie gdy w 1551 zwierzchność Ferdynanda uznał namiestnik Siedmiogrodu Jerzy Martinuzzi. Osmański atak na Siedmiogród w następnym roku doprowadził do zdobycia Temesváru, gdzie utworzono nowy bejlerbejik. W 1556 Sulejmanowi ostatecznie udało się przywrócić władzę podporządkowanego mu Jana Zygmunta w księstwie. Jeszcze w 1551 bejlerbej Algieru, Turgut, zdobył Trypolis, co w roku 1555 przyniosło mu tytuł bejlerbeja Trypolitani. Pozycję Osmanów w regionie ugruntowała zwycięska bitwa morska w pobliżu wyspy Dżerba, stoczona w roku 1560. Ostatnie lata panowania Sulejmana upłynęły w cieniu rywalizacji o następstwo tronu pomiędzy jego synami, Selimem a Bajezidem. Bajezid uciekł do safawidzkiego Iranu, jednak Sulejmanowi udało się w 1561 uzyskać zgodę na jego zgładzenie u Tahmaspa. W 1565 Osmanowie podjęli wielką wyprawę mającą na celu zdobycie zajmowanej przez joannitów Malty, jednak oblężenie, w trakcie którego zginął Turgut, zakończyło się porażką. Chcąc powetować sobie tę klęskę, Sulejman w następnym roku wyprawił się na Węgry, by zdobyć Szigetvár. Twierdza została zdobyta, lecz sułtan zmarł przed zakończeniem oblężenia.