Eine erneute Invasion Maltas scheiterte 1614, doch im Krieg um Kreta konnte die osmanische Flotte ab 1645 erfolgreich Truppen auf der Insel landen, die Venezianer 1654 vor den Dardanellen zunächst schlagen und dann trotz ihrer Niederlage in einer erneuten Dardanellenschlacht (1656) und bei Kos (1662) doch noch Kreta erobern. Im Laufe des 17. Jahrhunderts veraltete die osmanische Flotte und ihre Bedeutung nahm zunehmend ab. Letztmals gelangen den Osmanen 1694 vor den Dardanellen, 1695 vor Chios sowie 1697 vor Lemnos Seesiege über die Venezianer, und gegen Ende des Großen Türkenkrieges verfügte die Osmanische Marine über 45 Linienschiffe und Fregatten im Schwarzen Meer sowie 35 größere Kriegsschiffe in der Ägäis. Nachdem sie sich 1717 aber bei Imbros nur mit Mühe und dank Überzahl gegen die Venezianer hatten behaupten können, schlug eine portugiesisch-venezianisch-maltesische Flotte die Osmanen nur wenige Wochen später vor Kap Matapan.