Im Oktober 1798 erhielt er den Befehl über ein Linienschiff, mit dem er 1799 ins Mittelmeer verlegte. Zusammen mit seinem Bruder James Spencer Smith, inzwischen britischer Gesandter in Konstantinopel, bewog er die Hohe Pforte zu einem Bündnis, das die Vertreibung der Franzosen aus Ägypten bezweckte. Hierauf segelte er an die levantinische Küste, wo das französische Expeditionsheer unter Napoléon Bonaparte gerade begann die Stadt Akkon zu belagern ("siehe" Belagerung von Akkon (1799)). Smith gelang es, bei Haifa den französischen Geleitzug zu kapern, der die französische Belagerungsartillerie transportierte. Er versorgte die osmanischen Verteidiger von Akkon mit Geschützen und Offizieren und leistete mit der Schiffsartillerie Feuerschutz, so dass Napoléon Bonaparte die Belagerung der Stadt schließlich aufgeben musste und sich nach Ägypten zurückzog. Für seine Verdienste bei der Verteidigung von Akkon erhielt Smith den besonderen Dank des britischen Parlaments, eine jährliche Rente von 1000 £ und wurde mit dem osmanischen Orden des halben Mondes ausgezeichnet.