Murray wurde anschließend stellvertretender Chef des Imperialen Generalstabs unter dem nicht verwandten James Murray, den er schließlich im September 1915 ablöste. Im Dezember 1915 wurde er erneut durch Robertson aus dem Amt verdrängt. Seine nächste Verwendung war die des Oberbefehlshabers der nach dem Abbruch des Gallipoli-Unternehmens neugebildeten "Egyptian Expeditionary Force". Trotz der starken Reduzierung seiner Einheiten zugunsten der Westfront gelang es ihm, bis Anfang 1917 die Sinai-Halbinsel unter Kontrolle zu bringen und somit die Bedrohung des Suezkanals abzuwenden. Ein weiterer Vormarsch nach Palästina scheiterte an der türkischen Gegenwehr in den ersten beiden Schlachten um Gaza im Frühjahr 1917. Im Juni 1917 wurde Murray schließlich durch Edmund Allenby ersetzt, von dem sich Premierminister David Lloyd George die prestigeträchtige Einnahme Jerusalems versprach.