В 1883 году Баженов был переведён в Костромскую духовную семинарию, где на протяжении четверти века преподавал Священное Писание, Новый Завет и древнееврейский язык, вплоть до закрытия учебного заведения большевиками вскоре после октябрьского переворота 1917 года.