Gaviria fue remplazado como presidente por Ernesto Samper, otro liberal quien por ese entonces contaba con el apoyo del futuro presidente y entonces Gobernador de Antioquia Álvaro Uribe, cuya presidencia inauguraría el declive del partido como fuerza política hegemoníca en la política colombiana con el escándalo del Proceso 8000 que contaminó el gobierno liberal de Ernesto Samper; esto se ha reflejado en los resultados de las últimas cuatro elecciones presidenciales. Así en los comicios de 1998 Horacio Serpa no logró derrotar al conservador Andrés Pastrana en la segunda vuelta; en las elecciones de 2002 se acentuó el desgaste y el partido obtuvo apenas el 31.8% de los votos. Las elecciones de 2002 fueron ganadas por Álvaro Uribe quien formó una disidencia dentro del partido liberal y se lanzó como independiente abandonando el calificativo de liberal en el proceso y calificándose como independiente. En 2006 la votación del partido se redujo a menos de una tercera parte, viéndose relegado al tercer lugar y ya en las elecciones de 2010 el candidato liberal Rafael Pardo ocupó el sexto lugar con poco más del 4% de la votación.