Seit Spätsommer 1943 wurde das Enterdungskommando im Baltikum tätig, schwerpunktmäßig bei Ponary und im Fort IX von Kowno. Der flächendeckende Einsatz durch die Teilkommandos D und E in Lettland setzte im März 1944 ein. Im Generalgouvernement bildete Blobel keine mobilen Kommandos. Er rief im Herbst 1943 die Kommandeure der Sicherheitspolizei und des SD zusammen und beauftragte sie mit der Beseitigung der Massengräber. Teilweise wurden für die neu eingesetzten Kommandoführer „Schulungskurse“ in Janowska angeboten. Die Quellenlage für diesen Komplex ist schlecht; der Einsatz von 17 Enterdungskommandos ist in Teilen belegt.