東方を平定したカエサルは紀元前47年12月にアフリカへ上陸した。カトはかつての婚約者アエミリアを妻とし、遺恨のあるメテッルス・スキピオと共にポンペイウス死後の元老院派の最高実力者の1人であった。軍団内にはカトを総指揮官としてカエサル派へ向かうとの意見もあったが、カトはメテッルス・スキピオに総司令官を譲って、自らはウティカの守備につくこととした。紀元前46年4月、元老院派はカエサル軍との決戦に敗北（タプススの戦い）、メテッルス・スキピオらは敗死、ティトゥス・ラビエヌスらはヒスパニアへと逃れた。