סקארונה שיחק בנבחרת אורוגוואי בין השנים 1923–1932 ובהן זכה 4 פעמים בקופה אמריקה בשנים 1917, 1923, 1924 ו-1926 ובשתי מדליות זהב אולימפיות בשנים 1924 ו-1928. בקופה אמריקה 1917, בגיל 19 בלבד, כבש את שער הניצחון נגד ארגנטינה במשחק שהכריע מי תהיה זוכת הטורניר והעניק לאורוגוואי את הגביע. בקופה אמריקה 1927 סיימה אורוגוואי במקום השני וסקארונה זכה בנעל הזהב של הטורניר ביחד עם עוד 4 שחקנים. במונדיאל 1930, המונדיאל הראשון בהיסטוריה שנערך באורוגוואי, סקארונה היה חלק מנבחרת אורוגוואי שזכתה בטורניר, לאחר ניצחון 2–4 על ארגנטינה בגמר. בשנת 1932 סיים את הקריירה הלאומית שלו כשכבש 31 שערים ב-51 הופעות והיה מלך השערים של הנבחרת בכל הזמנים עד שנת 2011, אז נשבר שיאו.