ただし、日本及び日本皇室とベアトリクスの関係は基本的には良好である。1953年に皇太子明仁親王（当時）が非公式ながら訪問した際に、ユリアナ女王が主催した午賓会には、当時15歳のベアトリクスは出席しなかったが、1962年の初訪日後、1963年に国賓として再訪日しており、更にその翌1964年にも東京オリンピックのために訪日、と急速に距離を縮めることとなった。その後、1970年の大阪万博の際と1977年にも訪日しているが、1980年の即位後は世論の抵抗に遭い、1987年の訪日は事前に中止、1989年の昭和天皇崩御の際は世論を配慮し、オランダからのみ王族の出席がなかった。この際は天皇明仁（当時）に対し、出席できないことを手紙で説明し、配慮した。1991年10月になって初めてオランダ元首として日本を公式訪問した。この時も天皇明仁（当時）主催の宮中晩餐会のスピーチでオランダ植民地における大戦時の自国民の犠牲について言及している。しかしその一方で翌年3月に開業を控えていたハウステンボス等の現在の好ましい蘭日関係を強調している（ハウステンボスについては、自らの居所であるハウステンボス宮殿の忠実な再現及び同名の命名を許している）。これに先立つ天皇明仁（当時）の歓迎のあいさつも歴史問題に留意したものであり、両者とも一般的なスピーチよりも異例の長さであった。2000年の天皇明仁（当時）と皇后美智子の訪蘭の実現にも尽力した。