Il remporte son premier tournoi classé en 2004 en étant classé 41, lors du Masters d'Europe, en battant coup sur coup Peter Ebdon, Joe Perry, John Higgins, Stephen Lee et Jimmy White en finale (9-3). Stephen Maguire dédie cette victoire à l'ancien joueur Terry Griffiths qui l'a beaucoup aidé à travailler son mental dit-il. En fin de saison, Maguire se qualifie pour la première fois de sa carrière au championnat du monde, où il perd contre Ronnie O'Sullivan au premier tour, sur le score de 10-6. À la fin de la rencontre, O'Sullivan se dit impressionné par la performance de son jeune adversaire et parle de lui comme un futur vainqueur de tournois majeurs.