נייפר יצא לחופשה באנגליה בשנת 1856, חזר להודו כסגן קולונל, ובמהלך המרד ההודי הגדול בשנים 1857–1858 היה מהנדס ראשי לכוח הסיוע במצור על לאקנאו בפיקודו של לוטננט גנרל ג'יימס אוטרם.