בנציבות האו"ם לפליטים ויירה נשלח להשתתף בעבודת שדה בבנגלדש בזמן מלחמת השחרור של בנגלדש ב-1971 ובקפריסין לאחר פלישת טורקיה לקפריסין ב-1974. ב-1973, הוא נשא לאישה את אנני, צרפתיה שעבדה בנציבות האו"ם לפליטים, ממנה נולדו לו שני בנים, לורן ואדריאן. בשנות עבודתו הראשונות בנציבות האו"ם לפליטים, הוא גם השלים תואר שני בפילוסופיה של המוסר ודוקטורט בהתכתבות מהסורבון. עבודת הדוקטורט שלו, אותה הגיש ב-1974, נקראה "תפקיד הפילוסופיה בחברה בת ימינו." ב-1985, הוא הגיש דוקטורט "ממשלתי" שני, התואר הגבוה ביותר במערכת ההשכלה הצרפתית, תחת הכותר: "Civitas Maxima: מקורות, יסודות וחשיבות פוליטית של הרעיון העל-מדינתי." בנוסף לשפת אמו הפורטוגזית, ויירה דה מלו שלט מצוין באנגלית, ספרדית, איטלקית, צרפתית, וכן דיבר ערבית וטטום (השפה הלאומית של מזרח טימור).