Für das Jahr 1523 ist ein Aufenthalt des Reformators Martin Luther auf der Burg Eulenburg belegt. Am 24. April 1536 heiratete Caspar Cruciger der Ältere dort in zweiter Ehe Apollina († 28. September 1557), Tochter des Leipziger Ratsherren Kunz Günterode. Die Hochzeitspredigt hielt Martin Luther. Im Schmalkaldischen Krieg wurde sie durch Herzog Moritz von Sachsen erobert. Im Dreißigjährigen Krieg eroberten die Schweden 1644 die Burg. In der Folgezeit verfiel die bei der Eroberung beschädigte Anlage. Die mittelalterlichen Verteidigungseinrichtungen und Gebäude wurden bis auf einige Reste als Steinbruch abgetragen. Die bis in jüngste Zeit genutzten Gebäude, das Amtshaus und das Gefängnis, entstanden im 17./18. Jahrhundert.