En réalité, la région qui borde le cours inférieur de la Neva, l'Ingrie, était déjà peuplée par des Finno-Ougriens qui vivaient depuis le essentiellement du travail de la terre. Au début du , la Suède et la république de Novgorod se disputèrent le contrôle de cette région. Une colonie suédoise, sans doute située sur l'emplacement de la ville, fut détruite en 1301. Finalement, les deux puissances se mirent d'accord pour faire de la région une zone tampon dans laquelle aucune fortification ne pourrait être construite. Au cours des siècles suivants, la région servit de lieu de débarquement pour les navires empruntant la Neva et peut-être également de place commerciale. Ce dernier rôle est attesté à compter de 1611, date à laquelle les Suédois, profitant de leur suprématie du moment sur la région, construisent la forteresse de Nyenschantz ainsi que la colonie voisine de Nyen, un peu plus tard. Toutes deux se trouvaient à l'emplacement actuel de Saint-Pétersbourg, sur la rive nord (c'est-à-dire droite) de la Neva. Il existe également des preuves que la Suède envisageait, au , la construction d'une ville d'une taille supérieure. Mais les Suédois subirent un revers cinglant au cours de la Première Guerre russo-suédoise (1656) et la ville et la forteresse furent détruites par les troupes russes.