Après les accords de cessez-le-feu de Lusaka signés le 7 septembre 1974 et mettant fin dix ans de guerre coloniale, Fernando Ganhão rentre au Mozambique. En décembre 1974, il est nommé Doyen de l'université de Lourenço Marques, qui prendra le nom d'« université Eduardo Mondlane » le mai 1976. À ce poste il s'attache à transformer l'ancien cursus colonial en un système universitaire répondant aux besoins de la jeune nation.