Tereny okupowane przez Niemców objęte były stanem wojennym i wyłączone spod prawa. Ludność z Generalnego Gubernatorstwa masowo wysyłano do Niemiec jako tanią siłę roboczą, zaś z terenów włączonych do Rzeszy wysiedlano ludność do Generalnego Gubernatorstwa ("operacja Tannenberg"). W latach 1939–1941 wysiedlono z ziem włączonych ok. 700–800 tys. osób, a z do Rzeszy wysłano ok. 740 tys. osób. Rozstrzelanie 26 grudnia 1939 w Wawrze 106 zakładników stało się końcem złudzeń o charakterze okupacji niemieckiej. Niemcy dążyli do likwidacji polskiej inteligencji, co rozpoczęli zaraz po zakończeniu działań wojennych ("Intelligenzaktion", Akcja AB), drugą kategorią ofiar byli pacjenci zakładów psychiatrycznych i inwalidzi. Ludność żydowska została niemal natychmiast symbolicznie odseparowana, a od 1940 roku osadzana w gettach. Proces masowych mordów Żydów rozpoczął się w 1942 roku, a największymi obozami zagłady były KL Auschwitz i KL Treblinka, położone na ziemiach polskich. W 1943 roku rozpoczęto likwidacje gett, 18 stycznia w warszawskim getcie wybuchło, krwawo stłumione, straceńcze powstanie. Wzrastał rozmiar terroru niemieckiego – w miastach odbywały się łapanki i rozstrzeliwania, a wsie były pacyfikowane (przede wszystkim okręg zamojski). Masowo ginęli żołnierze przetrzymywani w obozach jenieckich na ziemiach polskich. Ogółem ok. 6 mln obywateli Polski zginęło w czasie drugiej wojny światowej, z czego 2,9 mln stanowili Żydzi, a 644 tys. ofiary działań wojennych. Na ziemiach polskich zginęło ponad 11 mln ludzi, w tym 5 mln Żydów, spośród 18 mln ofiar nazizmu