独ソ戦（大祖国戦争）開戦に伴い、太平洋艦隊も出動可能な状態となり、北方艦隊へも嚮導駆逐艦や駆逐艦や潜水艦を送ったほか、水兵14万人が西部戦線（ソ連側から見ての西部）でのドイツとの戦いに動員されている。ドイツとの戦争が終わると太平洋艦隊は速やかに拡充され、1945年8月のソ連対日参戦の時点で巡洋艦2、嚮導駆逐艦1、駆逐艦10、哨戒艇19、潜水艦78、水雷敷設艇10、掃海艇52、駆潜艇（MO、）49、水雷艇204、戦闘機1459を抱えていた。