En 1801, pour mettre un terme à l'occupation française de l'Égypte, l'Angleterre détache un corps expéditionnaire commandé par le général Abercromby. Le "90th Regiment" de Hill est du voyage. Le débarquement s'effectue à Aboukir sous un feu nourri : lors de l'action, Hill est grièvement blessé par une balle à la tête. Les semaines suivantes, il reprend du service et participe activement aux opérations militaires. Les troupes françaises, battues à Canope, doivent évacuer l'Égypte. À son retour en Angleterre, Hill se voit accorder le grade de brigadier en 1803, puis de major-général en 1805. La même année, il fait la rencontre d'un général de 36 ans tout juste revenu d'Inde, Arthur Wellesley, avec lequel il se lie d'amitié.