SuperSonics, 1998 NBA Seçmeleri'nde ikinci turda Rashard Lewis'i draft ederek sezona girdi. Lokavt nedeniyle geç başlayan 1998-99 sezonunda takım 25 galibiyet ve 25 mağlubiyet elde ederek konferansını dokuzuncu sırada bitirdi. Ertesi sezon Payton önderliğinde 45-37'lik derece elde eden SuperSonics, konferansını yedinci sırada bitirdi. Play-off'larda ilk turda Utah Jazz ile eşleşen takım seriyi 3-2 kaybederek elendi. Takımın koçu Paul Westphal 28 Kasım tarihinde görevinden kovuldu. Onun yerine takımın eski oyuncusu Nate McMillan baş antrenörlük görevine getirildi. 2002-03 sezonunda SuperSonics, takımının istatistik bakımından lideri Gary Payton Ray Allen karşılığında Milwaukee Bucks'a takas edildi. On bir yıl boyunca takımın formasını giyen ve Seattle'ın tüm zamanlar skor liderliğindede ilk sırada yer alan Payton oynadığı dönemde .500 galibiyet yüzdesi tutturarak bu alanda takım rekorunu kırdı.