Mellan 2008 och 2012 spelade Hernández regelbundet för Valencia i La Liga och europeiska turneringar, ofta i konkurrens med landslagsyttern Joaquín om startplatsen. Han spelade 111 seriematcher och gjorde 16 mål, däribland ett minnesvärt ledningsmål till 2-1 mot Barcelona den 25 april 2009, efter att han tagit sig förbi fyra motståndare och väggspelat med Juan Mata. Han blev kort därefter uttagen till att representera det spanska a-landslaget i sommarens Confederations Cup. Under Hernández fyra år i Valencias a-lag slutade klubben tre säsonger i rad på tredje plats i La Liga efter Barcelona och Real Madrid, nått åttondelsfinal i &lt;a href="Uefa%20Champions%20League%202010/2011"&gt;Champions League 2010/2011&lt;/a&gt; och semifinal i &lt;a href="Uefa%20Europa%20League%202011/2012"&gt;Europa League 2011/2012&lt;/a&gt;.