ב-16 ביולי 2015 חתם יונס על חוזה לשלוש שנים באייאקס מליגת העל ההולנדית, עם אפשרות לעונה נוספת. ב-26 בספטמבר ערך יונס את הופעת הבכורה שלו במועדון, כששיחק 72 דקות בניצחון 0–2 על חרוניגן במסגרת המחזור השביעי בליגה. ב-4 באוקטובר הוא הבקיע את שער הבכורה שלו במועדון, שער בדקה העשירית בהפסד 1–2 לפ.ס.וו. איינדהובן במסגרת המחזור השמיני בליגה. בעונתו הראשונה במועדון ערך יונס 27 הופעות ליגה והבקיע שמונה שערים, ובעונתו השנייה הוסיף 29 הופעות ליגה ושלושה שערים, וכן העפלה לגמר הליגה האירופית 2017, בו נוצחה אייאקס 0–2 על ידי מנצ'סטר יונייטד.