Eine weitere Restaurierung fand 1646 statt. Vom 19. Jahrhundert an bis 1989 wurde sie als Gefängnis genutzt, in der Zeit der Metaxas-Regierung, der deutschen Besetzung im Zweiten Weltkrieg, des Bürgerkriegs und der Obristenherrschaft auch für politische Häftlinge. Durch das Erdbeben von 1978 erlitt sie Schäden. Seit 1990 erfolgt eine Nutzung durch Institute der Aristoteles-Universität Thessaloniki, der Cornell-Universität und anderer Institutionen.