1187 wurde die Stadt von Truppen des Ayyubiden-Sultans Saladin besetzt, 1197 vom Deutschen Kreuzzug zurückerobert. Während des sechsten Kreuzzuges unter Ludwig IX. dem Heiligen wurde Sidon im Herbst 1249 erneut von den Ayyubiden eingenommen, aber im Mai 1250 wieder an die Christen zurückerstattet. Im April 1253 überfiel an-Nasir Yusuf die nur gering befestigte Stadt und tötete fast 2000 Einwohner. Ludwig IX. ließ darauf die Stadtbefestigungen vollständig wieder aufbauen, einschließlich der Zitadelle am Südrand der Altstadt. Als letzter Graf von Sidon übereignete Julian Garnier die Stadt 1260 dem Templerorden. Im gleichen Jahr wurde sie von den Mongolen unter Kitbukha geplündert. Als nach dem Fall Akkons das Heer der Mamluken vor Sidon erschien, öffnete man ihm kampflos die Tore. Kurz nach der Übergabe kam es zu einem Aufstand der fränkischen Ritter, welche sich nun in der Seefestung am Hafen, nördlich der Altstadt, verschanzten. Nachdem sie sich am 14. Juli 1291 hatte ergeben müssen, wurde die Stadt vollständig zerstört.