Auch an Schiffen erlitt die französische Marine in dieser Zeit schwere Verluste. Bei Beginn der Revolution (1789) verfügte Frankreich über 315 Kriegsschiffe, davon 81 Linienschiffe und 86 Fregatten. Zunächst wurde beim Kampf um Toulon (1793) faktisch die halbe Mittelmeerflotte vernichtet. Von den 30 französischen Linienschiffen zerstörten die Briten die eine Hälfte bzw. eroberten sie und führten sie fort. Der Revolutionär Jeanbon St. André versuchte indessen die Atlantikflotte zu reorganisieren, doch in einer Seeschlacht vor Brest (1794) erbeuteten die Briten sechs Schiffe, bei einem Angriff auf Dunkerque (1800) zerstörten sie vier weitere. Während Spanien und die Niederlande zumindest seit 1795 wieder zu Frankreichs Verbündeten gehörten (Übergabe der Niederländischen Flotte 1795), begann neben den Briten auch der ehemalige Verbündete USA ab 1794 einen Quasi-Krieg gegen Frankreich und kaperte zahlreiche französische Schiffe. Dennoch planten bzw. unternahmen die Franzosen immer wieder Landungsunternehmen gegen Neufundland, England, Wales und Irland (1796, 1797, 1798). Mit einer in Toulon und Genua neugebauten Mittelmeerflotte eroberte Napoleon Ägypten (Ägyptische Expedition), ehe die Briten unter Nelson noch im selben Jahr auch diese Flotte in der Seeschlacht bei Abukir versenkten bzw. erbeuteten (1798), wobei auch der französische Admiral Brueys fiel. Nur vier von 17 französischen Schiffen konnten entkommen. Die daraufhin von Brest ins Mittelmeer beorderte Atlantikflotte unter Admiral Bruix operierte 1799 trotz zahlenmäßiger Überlegenheit erfolglos und ließ sich von den Briten ausmanövrieren.