Les conflits sociaux s'exacerbent en 2003 concernant un projet d'exportation du gaz naturel (la Bolivie détenant les deuxièmes plus grandes réserves de gaz d'Amérique après le Venezuela) sans industrialisation préalable vers le Chili et, "in fine", la Californie. La « guerre du gaz », dans laquelle Morales ainsi que Quispe sont particulièrement actifs, se solde par plus de 80 morts en octobre 2003, le président « Goni » ayant ordonné à l'armée de tirer par hélicoptères sur El Alto, la banlieue de La Paz. Les conséquences politiques de ce massacre l'obligent cependant à démissionner.