В январе 2009 года он был снова арестован и доставлен в тюрьму Кобер в Хартуме через два дня после его заявления о том, что аль-Баши должен представить перед международным судом в Гааге. В конце января его перевели в тюрьму в Порт-Судан, из которой он был освобожден 9 марта. После критики первых за течение 24 года всеобщих выборов в Судане в апреле 2010 года, он был вновь арестован. Очередно краткосрочный арест произошел в январе 2011 года. Его поводом стали заявления политика о том, что в стране неизбежны волнения по тунисскому сценарию.