Падчас паўстання ў 1831 годзе, заняткі ў семінарыі былі прыпыненыя, а ў семінарскім корпусе месціліся царскія салдаты. Са сканчэннем баявых дзеяў і эпідэміі халеры, якая лютавала ў той год, Літоўская духоўная семінарыя аднавіла сваю працу. З гэтага часу паступова сталі ўводзіцца новыя прадметы ў курс выкладання: біблейская гісторыя, метафізіка, антрапалогія, трыганаметрыя, экзэгетыка, біблейская археалогія і гісторыя ўніі. Склад выкладчыкаў папоўніўся новымі асобамі: магістр багаслоўя Тамаш Малішэўскі (пасля ), доктар багаслоўя Плакід Янкоўскі, вядомы ў польскай і рускай літаратуры пісьменнік і лінгвіст, які дасканала ведаў 9 моў і магістр багаслоўя Ігнацій Жалязоўскі, (пасля ). 4 верасня 1834 года ўпершыню ў Літоўскай семінарыі на рускай мове прагучала пропаведзь, якую прамовіў інспектар Іпаліт Гамаліцкі, а 29 снежня ў саборы на рускай мове прапаведаваў студэнт Брэнн. Гэты факт вельмі задаволіў губернатара Гродзенскай губерні М. М. Мураўёва, пад час наведвання Літоўскай семінарыі. Паступова рускамоўе стала дамінуючай у навучальным працэсе. Выкладанне некаторых багаслоўскіх дысцыплін яшчэ нейкі час вялося на латыні з тым, каб семінарысты вышэйшага (багаслоўскага) аддзялення былі падрыхтаваныя весці дыспуты з рымска-каталіцкімі святарамі на мове лацінскага багаслоўя.