В начале 2012 года главный тренер ангольцев Литу Видигал неожиданно включил Нанду, не сыгравшего до этого ни одного матча за сборную в предварительный список игроков на кубок африканских наций, хотя ФИФА ещё официально не разрешила ему выступать за африканскую сборную. Несмотря на отсутствие официального разрешения Рафаэл был включён в окончательный состав своей сборной на предстоящий турнир. 25 января Нанду наконец получил официальное разрешение выступать за Анголу. И уже на следующий день состоялся его дебют. В матче кубка африканских наций с Суданом Рафаэл вышел на поле сразу после перерыва заменив Флавиу, но уже на 73-й минуте он получил травму плеча и был заменён на Жозе Вингидику. Несмотря на полученную травму Нанду принимал участие в тренировках перед следующим матчем. В последнем матче группового этапа с Кот-д’Ивуаром Нанду появился на поле лишь на 66-й минуте вместо Андре Маканги, за оставшееся время Нанду ничем не проявил себя и Ангола проиграла матч со счётом 0:2. А так как в параллельном матче Судан выиграл матч у Буркина-Фасо, ангольцы, заняв 3-е место, покинули турнир уступив суданцам по разнице забитых и пропущенных мячей.