Берлин вскоре занял ключевую позицию во внешней политике Литвы, особенно после января 1923 года, когда Литва организовала Мемельское восстание и захватила Клайпедский край (территорию Мемеля), отделённый от Германии согласно Версальскому договору. Сидзикаускас активно участвовал в переговорах о статусе Клайпеды и поддержании хороших отношений с Германией, которая была крупнейшим торговым партнёром Литвы и её ключевым союзником против Польши. Во время своего пребывания в Берлине, начиная с апреля 1924 года, Сидзикаускас также представлял Литву в Королевстве Венгрии и Австрийской Республике. Сидзикаускас поддержал переворот литовских военных в декабре 1926 года и помог убедить президента страны Казиса Гринюса уйти в отставку в пользу Антанаса Сметоны. Он также позаботился о соблюдении конституционных формальностей, чтобы не поставить под угрозу международное признание Литвы. В начале 1927 года было принято решение закрыть литовское представительство в Лиге Наций и заменить Доваса Заунюса на Сидзикаускаса в качестве литовского посла-нерезидента в Швейцарии. В 1927—1928 годах Сидзикаускас вёл переговоры по Германо-литовскому торговому договору, который позволял литовским фермерам экспортировать мясо. Германия стала главным литовским торговым партнёром, и литовский экспорт в Германию вырос со 127 миллионов литов в 1927 году до 200 миллионов в 1930 году.