Fu catturato, insieme ad Heinrich Himmler, il 22 maggio alla periferia del villaggio di Barnstedt, fra Bremervörde e Amburgo. Tradotto davanti al Tribunale di Norimberga, nel processo per i medici nazisti, venne ritenuto colpevole di crimini di guerra e di crimini contro l'umanità e per questo condannato a morte il 20 agosto 1947. Venne impiccato il 2 giugno 1948 nella prigione di Landsberg am Lech in Baviera.