Libéral modéré, Welcker prend part à la réunion d'Heppenheim (10 octobre 1847) où est élaboré le programme politique qui allait être appliqué quelques mois plus tard, grâce à la Révolution de Mars. Au début des événements (2 mars), le député badois résume les revendications des libéraux et des radicaux dans une liste de douze vœux adressée au grand-duc, qui accepte les réformes proposées ainsi que le renvoi des ministres les plus conservateurs, répondant ainsi favorablement à une autre demande de Welcker. Élu au Parlement de Francfort (1848-49), où il se livre à des joutes oratoires contre le radical Carl Vogt, il participe à l'élaboration de la constitution de Francfort. D'abord partisan de la solution grande-allemande, il se rallie à la solution petite-allemande en mars 1849.