Im Zweiten Weltkrieg verloren rund 60 Arkonia-Angehörige ihr Leben (an der Front, in Konzentrationslagern, im Warschauer Ghetto, beim Warschauer Aufstand oder in Katyń). Der Krieg und die nachfolgende Zeit der sowjetischen Unterdrückung schränkten die Aktivitäten der Verbindung stark ein. Dennoch konnte bei teilweise informellen Treffen in Polen wie im Londoner Exil (offiziell wurde die Verbindung 1947 in London reaktiviert) Traditionen gepflegt werden. 1976 wurden die beiden Arkonia-Standarten aus Riga und Warschau an die "Nationale Erinnerungsstätte" (poln. Skarbiec Pamięci Narodowej) in Jasna Góra überstellt.