Vielä 1990-luvulla vierailleessaan Kuwaitissa Bašar al-Assad oli nimittänyt Saddam Husseinia ”pedoksi”, mutta kun Yhdysvaltain johtaman liittouman hyökkäys Irakiin lähestyi, Syyria lähensi edelleen välejään maan kanssa ja toimitti aseapua. Irakin sodan vastustus nosti hallinnon suosiota kotimaassa ja lähialueilla mutta teki maasta Yhdysvaltain silmätikun. Yhdysvallat syytti Syyriaa terrorismin tukemisesta ja kemiallisten aseiden valmistuksesta.