Bis etwa 1625 scheint das Kriegsgeschehen im Dreißigjährigen Krieg die Gegend verschont zu haben. Im April 1626 wird von ersten Plünderungen berichtet; das Nachbardorf Angern brannte zum größten Teil ab, in Burgstall wurde geplündert. 1631 wird Magdeburg von den Kaiserlichen Truppen unter Tilly erobert und weitgehend zerstört. Wolmirstedt wurde am 17. Juli 1631 besetzt. Bei einem Gegenangriff der schwedischen Truppen unter Gustav Adolf wurde Burgstall erneut überfallen. Die Truppenbewegungen beider Seiten verwüsteten das Land; 1642 wurde Burgstall wieder geplündert. In einem Visitationsbericht für den Kurfürsten von Brandenburg von 1644 wird das Vorwerk erwähnt, dessen Gebäude noch „ziemlich gut“ sind, die Dächer haben gelitten. Und die Schäferei war verwüstet. Nach 1648 scheint das Vorwerk aufgegeben worden zu sein. 1653 wird im Kirchenbuch von Burgstall zum ersten Mal wieder berichtet: Dem Schafmeister Joachim Theuerkauf stirbt eine Tochter im Alter von 7 Wochen und wird am 4. August 1653 begraben.