В 927 году была создана автокефальная церковь (патриархат) с центром в Охриде (Охридская православная церковь). Эта церковная независимость постоянно оспаривалась Константинополем. Именно с Охридской церкви пришли в Киев первые митрополиты, церковная организация и (по некоторым данным) крещение. После раскола христианства Северная Македония продолжала оставаться тесно связанной с Восточной церковью, за исключением краткого периода, когда после IV крестового похода и основания Латинской империи в Скопье было учреждено католическое епископство.