В 2015 году в составе молодёжной сборной Чехии Климент принял участие в домашнем молодёжном чемпионате Европы. На турнире он сыграл в матчах против сборных Дании, Сербии и Германии. В поединке против сербов Ян сделал хет-трик, благодаря которому он стал лучшим бомбардиром молодёжного европейского первенства.