Μετά το Συνέδριο του Βερολίνου του 1878, όταν η Τουρκία έχασε αρκετά μεγάλο μέρος των εδαφών της στα Βαλκάνια, ένα ρεύμα των προσφύγων συνέρρευσε στην περιοχή, μερικοί από τους οποίους κατέληξαν στη Στώμνιτσα. Αυτοί οι άνθρωποι ονομάζονταν "μουχαγίρ". Κατά τη Μακεδονική επανάσταση του 1878, οι Ελληνες Στρωμνιτσιώτες δήλωσαν πάλι παρόντες, ζητώντας επίμονα οπλισμό από το ελληνικό προξενείο Θεσσαλονίκης καθώς επίσης και στο Μακεδονικό Αγώνα με σημαντικότερους οπλαρχηγούς τους Ευάγγελο Κουκουδέα και Δημήτριο Τσιτσίμη. Ο διατελέσας από το 1902 έως το 1908 Μητροπολίτης Τιβεριουπόλεως και Στρωμνίτσης Γρηγόριος Ωρολογάς, ο μετέπειτα μάρτυρας Μητροπολίτης Κυδωνιών Μικράς Ασίας, συνετέλεσε στη διατήρηση του ελληνικού στοιχείου της πόλης και την ενίσχυση του Μακεδονικού Αγώνα. Ο Ελληνισμός αποτελούσε μία από τις κύριες συνιστώσες της πόλης, η οποία ήταν έδρα ελληνορθόδοξης μητρόπολης. Η ελληνική κοινότητα έπαθε μεγάλες ζημιές από πυρκαϊά το 1896 κατά την οποία κατεστράφηκαν οι δύο ναοί και τα σχολεία της. Με εράνους και έξωθεν βοήθεια έγινε μερική επισκευή των σχολείων και ενός ναού, αλλά λόγω της ανόδου του σλαβικού εθνικισμού και των εθνικο-θρησκευτικών αντιπαλοτήτων η κοινότητα βρέθηκε σε δεινή θέση.