Lahir dalam pernikahan antara Luigi Pacinotti, seorang fisikawan berbakat dan akademisi, dan Caterina Catanti, anak pertama dari sebelas bersaudara, ia belajar di Sekolah Tinggi Ilmiah Nusantara "Santa Caterina" pada 1859 ambil bagian dalam Perang Kemerdekaan Italia II sebagai sersan sukarela di Goito dan Pertempuran Solferino dan San Martino.