Gegenüber dem Kabinett von George Washington nahm Adams praktisch keine Änderungen vor; er berief alle fünf amtierenden Minister erneut, von denen Charles Lee (Justiz) und Joseph Habersham (Post) auch bis zum Ende von Adams' Präsidentschaft ihre Posten behielten. John Adams schuf zudem 1798 das Marineministerium, dessen Leitung Benjamin Stoddert übernahm.