Nach dem Unabhängigkeitsreferendum in Osttimor 1999 kam es zu einer letzten Gewaltwelle. Der niederländische Reporter Sander Thoenes geriet am 21. September in Dili in eine Straßensperre indonesischer Soldaten und wurde von ihnen erschossen. Bis 2012 beteiligten sich die Niederlande an der Integrierten Mission der Vereinten Nationen in Timor-Leste (UNMIT).