In 539 werd Germanus door keizer Justinianus teruggeroepen. In het jaar 540 werd hij na de uitbraak van de Lazische Oorlog met het Sassanidische Perzië naar Antiochië gestuurd. Zwaar in de minderheid tegen de Perzen trok hij zich echter terug naar Cilicië. Nog in hetzelfde jaar bleek hij niet in staat om de catastrofale plundering van Antiochië te voorkomen. In het volgende jaar nam Belisarius het bevel in het Oosten over. Germanus keerde terug naar Constantinopel.