Праляк привлича общественото внимание през септември 1991 г., когато доброволно се присъединява към новосъздадените хърватски въоръжени сили след избухването на хърватската война за независимост. Той формира единица, съставена от загребски художници и интелектуалци, с които заема позиции в Сунджа. След споразумението в Сараево до 3 април 1992 г. той е генерал-майор, получава редица отговорности в Министерството на отбраната и става един от 14-те членове на Хърватския съвет за национална отбрана и член на хърватската държавна комисия за връзки със защитните сили на ООН. Той е върховен представител на Министерството на отбраната и от 13 май 1993 г. е представител на Министерството на отбраната в Хърватската република Херцег-Босна и Хърватския съвет за отбрана. Праляк предлага Алия Изетбегович да деблокира Сараево, но предложенията му са отхвърлени. От 24 юли до 8 ноември 1993 г. Праляк е началник на щаба на хърватския съвет за отбрана. Въпреки хърватско-мюсюлманския конфликт, той изпраща камион, пълен с оръжия, за да обсади Сараево, за да помогне на бошняците. Той също така разрешава хуманитарния конвой до Мостар, който е спрян в Читлук.