28 maja 2007 został tymczasowo włączony do sztabu szkoleniowego reprezentacji Polski, gdzie zastąpił nieobecnego Dariusza Dziekanowskiego. Pomagał wówczas Leo Beenhakkerowi w przygotowaniach do meczów eliminacji Mistrzostw Europy z Azerbejdżanem i Armenią. W sierpniu 2007 podjęto decyzję, że Nawałka pozostanie w sztabie kadry do końca eliminacji. 21 września 2008 został trenerem GKS-u Katowice, gdzie pracował do 31 grudnia 2009. Wcześniej, 23 grudnia podpisał kontrakt z Górnikiem Zabrze, który to zespół objął ostatecznie 1 stycznia 2010. 1 czerwca 2010 awansował z tym klubem do Ekstraklasy.