L'annata successiva, con Spalletti in panchina, è ancora acciaccato dalla pubalgia e la Sampdoria retrocede in Serie B. In serie cadetta Hugo ha maggior opportunità di varsi vedere e per ciò scende in campo 25 volte nella Serie B 1999-2000. Con i blucerchiati ha totalizzato 34 presenze in Serie A e 25 in Serie B dal 1997 al 2000.