Als Louise siebzehn Jahre alt war, heiratete sie auf Anraten ihres Vaters 1571 den Grafen Charles de Téligny (1535–1572), einen Favoriten des französischen Königs Karls IX. Sowohl er als auch ihr Vater wurden kurz darauf in der Bartholomäusnacht am 24. August 1572 ermordet, da sie nicht zum Katholizismus konvertieren wollten. Louise musste mit ihrer Schwiegermutter Jacqueline d’Entremonts zunächst nach Savoyen und schließlich in die Schweiz flüchten. Hier lebte sie in Basel und Bern.