Seger toimi MM-kilpailuissa Sveitsin kapteenina vuosina 2010, 2011, 2013 ja 2014, joista vuoden 2013 turnauksessa hän johdatti joukkueensa hopeaan sekä ensimmäiseen MM-mitaliin vuoden 1953 jälkeen. Seger palkittiin Sveitsin top-3-pelaajana vuosina 2010 ja 2013. Vuosina 2001 (+3), 2009 (+2) ja 2013 (+8) hän ylsi joukkueen sisäisen tehotilaston jaettuun kärkisijaan. Seger teki A-maajoukkuedebyyttinsä vuonna 1997.