1862年の半島方面作戦初期段階で、アレクサンダーはジョンストンの下で兵站部長を継続したが、ウィリアムズバーグの戦いでなんとか戦闘に参加でき、その時の功績はジェイムズ・ロングストリート少将に称賛された。ロバート・E・リー将軍が軍隊指揮を執るようになり、アレクサンダーは七日間の戦いでリーの攻勢に向けて事前に兵站を配置した。6月27日のゲインズミルの戦いでは熱気球を上げることを提案して情報収集を継続し、試みること数度にして北軍の配置に関する価値ある情報を集めた。北バージニア方面作戦（第二次ブルランの戦い）およびメリーランド方面作戦（アンティータムの戦い）では兵站部任務を継続した。