En début de la saison internationale 2003, où les ' s'imposent en juin face à l'Irlande puis le pays de Galles mais s'inclinent face à l'Angleterre, Eddie Jones défie l'IRB, l'organisme international qui gère le rugby à XV, en ne respectant pas la nouvelle règle édictée par celui-ci et qui impose à toute équipe de posséder deux piliers de formation sur le banc des remplaçants. Avec deux défaites face à la Nouvelle-Zélande, les ' perdent pour la première fois depuis 1997 la Bledisloe Cup. Dans ce tri-nations 2003, l'Afrique du Sud et l'Australie remportent chacune des rencontres disputées à domicile lors de leur confrontation, l'Australie terminant finalement deuxième. L'Australie commence la coupe du monde 2003 qu'elle dispute à domicile par des victoires face à l'Argentine, la Roumanie et la Namibie, avant d'être opposée pour la finale de la poule à l'Irlande qui a également remporté ses trois premières rencontres. L'Australie remporte cette rencontre , le remplaçant irlandais David Humphreys échouant dans sa tentative d'un ' à la . En quart de finale, elle est opposée à l'Écosse. L'arbitrage du Néo-Zélandais Steve Nash est vivement critiqué lors de cette rencontre, finalement remportée par les ', les spécialistes lui reprochant sa gestion des passages à vide australiens. Avec une demi-finale à disputer face aux "", Eddie Jones s'en prend alors à la presse qui selon lui attendait son élimination dès la phase de poule. L'Australie s'impose face aux favoris de l'épreuve sur le score de . La finale, qui oppose l'Australie à l'Angleterre au Telstra Stadium de Sydney voit cette dernière s'imposer le score de après prolongation.