Котката на Жофроа е един от десетте съвременни представителя на семейство Котки, които населяват Южна Америка. Еволюционно представителите на семейството са сред едни от рано отделилите се линии като еволюцията на видовете протича основно в Северна, а след възникването на Панамския провлак преди 2 до 4 милиона години и на територията на Южна Америка. Котката на Жофроа е представител на линията на оцелота, която днес включва всички съвременни представители от род "Leopardus". Предшествениците на днешните южноамерикански котки се отделят като самостоятелна линия преди около 11 милиона години, когато мигрират през Беринговия проток към Северна Америка. Линията на оцелота днес допълнително се подразделя на три подлинии. Първата е тази на оцелота и маргая, втората е на онцила и пампасната котка. Третата е на котката на Жофроа и кодкод. Това говори за най-близко родство на вида с друг от най-южните видове котки. този на кодкод. Подлинията на котката на Жофроа и кодкод се диференцира преди около два милиона години вероятно на територията на Южна Америка в резултат на големия американски обмен на видове. Котката на Жофроа обитава обширни райони в южната част на континента с големи разлики в климата и местообитанията. Те обаче нямат естествени граници помежду си и това позволява на обособяващите се разлики в подвидовете да не бъдат осезаеми в резултат на контактите между отделните индивиди. Андите обаче са естествена граница, която позволява на вероятно отделил се подвид да запази и затвърди черти, които по-късно да го обособят като отделен вид.