Im Jahr 1525 begehrten die Schallfelder Bauern im Deutschen Bauernkrieg gegen die Grundherren auf. Sie brannten den Freihof nieder, wurden aber bald von den Truppen des Fürstbischofs von Würzburg zurückgeschlagen. Der Schallfelder Schultheiß musste daraufhin eine Schuldurkunde unterzeichnen. Bereits 1554 erlitt das Dorf im Zweiten Markgrafenkrieg weitere Zerstörungen. Die Schäden beliefen sich auf insgesamt 994 Gulden.