Da Norge ble angrepet av Tyskland i begynnelsen av april 1940 fulgte Larssen den norske regjeringen helt til Tromsø. Etter dette startet han en knottfabrikk i Oslo sammen med blant andre Sigurd Evensmo og andre pressekolleger. Fabrikken skulle fungere som skalkeskjul for den illegale motstandsavisen "Bulletinen". I januar 1942 ble han arrestert av Gestapo på grunn av sin deltakelse i avisen. Han ble holdt fanget ved Møllergata 19 fra januar til april 1942, hvorpå han ble flyttet videre til Grini fangeleir. På Grini satt han frem til februar 1943, da han ble transportert sammen med andre fanger til fangeleiren Sachsenhausen i Tyskland. Frem til februar 1943 var han for øvrig også en periode i Veidal fangeleir i Kvænangen i Troms, hvor han sammen med andre fanger ble satt til å grave ut en veitunnel.