Cogny est celui qui propose à Navarre le site de Diên Biên Phu, près de la frontière entre le Tonkin et le Laos : les troupes françaises commencent à s'y installer en . Cependant, alors que Cogny envisage une base d’opérations légère et mobile, Navarre y voit une forteresse imprenable dans le but de tendre un piège au Việt Minh. Cogny est l’un des nombreux officiers qui protestent contre cette nouvelle stratégie : « nous courrons le risque d’un nouveau Na San, mais en pire ». Ces protestations restent cependant sans effet. Le Việt Minh qui, des hauteurs environnantes, observe l'installation des troupes françaises dans la vallée, a « tout loisir » de se préparer activement et discrètement pendant de longs mois ; il passe finalement à l’attaque le avec des forces qu'il a prévues bien supérieures en nombre et en équipement, avec l'aide des Chinois et de conseillers soviétiques. Tout au long de la bataille, Cogny et son supérieur, Navarre, sont en désaccord à propos de la disposition des forces entre Ðiện Biên Phủ et l’opération "Atlante" de Navarre plus au sud.