Desde noviembre de 1940 hasta marzo de 1942, el edificio se encontraba dentro de los límites del gueto de Varsovia. Dentro se ubicaban: la sede de la Autoayuda Social Judía, un punto de parada para los judíos expulsados de Alemania y un almacén de muebles robados en el gueto. Se preservó, aunque estropeado, tanto del Levantamiento del Gueto de Varsovia como del Levantamiento de Varsovia. Las colecciones de la biblioteca fueron saqueadas por los alemanes. Después de la guerra, algunas de ellas fueron recuperadas (según otra fuente, la Biblioteca perdió el 100% de sus colecciones, es decir, 40 mil unidades).