Alla metà, nel 548 a.C., il tempio fu distrutto da un incendio. Nel 505 terminerà la sua ricostruzione, avviata grazie ai finanziamenti dei Greci e non solo (contribuì anche il faraone Amasis), e prenderà il nome di tempio degli Alcmeonidi, per via dell'importante ruolo svolto nella ricostruzione dalla famiglia ateniese degli Alcmeonidi, qui esiliata. Nel 373 a.C., il tempio venne nuovamente distrutto, questa volta quasi certamente da un terremoto. La sua ricostruzione tarderà fino al 325 a.C. per via della Terza guerra sacra (356-346).