Lindor debütierte am 14. Juni 2015 in der MLB. Bei der 1:8 Auswärtsniederlage gegen die Detroit Tigers wurde er im sechsten Inning eingewechselte und erzielte im Schlussinning seinen ersten Hit. Im Laufe der Spielzeit 2015 kam er insgesamt 99 mal zum Einsatz und belegte den zweiten Platz bei der Wahl zum Rookie of the Year in der American League. In seiner ersten vollen Saison 2016 überzeugte Lindor vor allem durch seine starke Defensivleistung, die ihm als erstem puerto-ricanischen Shortstop den Gold Glove Award sicherte. Zudem wurde er für das MLB All-Star Game 2016 nominiert.