Năm 1920, Isakov được chuyển đến tàu khu trục "Deyatelni", làm nhiệm vụ tuần tra từ sông Volga xuống biển Caspi và sau đó pháo kích các vị trí của lực lượng can thiệp Đồng minh vào giữa Nội chiến Nga. Ông trở thành chỉ huy khẩu đội pháo của khu trục hạm "Izyaslav" năm 1921. Từ năm 1922 đến 1927, ông phục vụ như một "sĩ quan tham mưu" trong lực lượng hải quân trong Hạm đội Biển Đen. Năm 1928, Isakov hoàn thành các khóa học tại Học viện Hải quân ở Leningrad và từ năm 1930, ông là Tham mưu trưởng Hạm đội Baltic.