Fernández debütierte am 21. Januar 1933 in der uruguayischen Nationalmannschaft. Einschließlich seines letzten Einsatzes am 27. Januar 1935 absolvierte er acht Länderspiele und schoss ein Tor. Er gehörte dem siegreichen Kader bei der Südamerikameisterschaft 1935 an. Zwischen 1935 und 1936 bestritt Fernández drei Spiele für die katalanische Fußballauswahl.