Johannes Rechsteiner war ein Sohn von Conrad Rechsteiner und Elisabeth Hager. Er heiratete Ursula Höhener, Tochter von Hans Höhener, Gemeindehauptmann. Rechsteiner war Gemeindehauptmann von Gais. Von 1654 bis 1665 amtierte er als Ausserrhoder Landammann und Tagsatzungsgesandter. Im Jahr 1654 präsidierte er die Landbuch-Revisionskommission. Verschiedene Konflikte beantspruchten Rechsteiner während seiner Regierungszeit stark: Im eigenen Land die Aufspaltung der Gemeinde Kurzenberg sowie beginnende Separationsbestrebungen Rehetobels von Trogen. Auf eidgenössischer Ebene beschäftigte ihn der Erste Villmergerkrieg. Von 1656 bis 1658 war Rechsteiner Vertreter der Evangelischen im Schiedsrichterkollegium zur Beilegung dieses Konflikts und 1663 Gesandter zur Erneuerung der Soldallianz der Dreizehn Orte mit Sonnenkönig Ludwig XIV. in Paris.