Au cours des guerres d'indépendance (ou de sécession, selon les points de vue) de Bosnie-Herzégovine et de Croatie (1991-1995), le Monténégro prend le parti du gouvernement fédéral yougoslave : sa police et des engagés monténégrins participent ainsi aux attaques contre Dubrovnik aux côtés des troupes fédérales yougoslaves, puis serbes. Des réfugiés bosniaques musulmans sont arrêtés par la police monténégrine et livrés aux troupes serbes de Foča, où ils ont été exécutés.