Со 2 июля 69-й стрелковой корпус под командованием Е. А. Могилёвчика участвовал в Смоленском сражении, в ходе которого корпус был окружён западнее Смоленска, но уже в конце июля — начале августа вышел из окружения и отошел за Днепр южнее города Ярцево. В ходе этих боёв Е. А. Могилёвчик был ранен и направлен в госпиталь. После излечения в мае 1942 года был назначен на должность начальника Высшей офицерской кавалерийской школы, а в конце июня 1944 года — на должность заместителя командующего 28-й армией, которая участвовала в Белорусской, Кёнигсбергской, Берлинской и Пражской наступательных операциях.