En septiembre de 1939, tras el Pacto Ribbentrop-Mólotov, el Ejército Rojo entró en la ciudad, que más tarde fue anexionada a la Unión Soviética uniéndola a la República Socialista Soviética de Bielorrusia. Después de la invasión de la Unión Soviética por la Alemania nazi, Novogrúdok fue ocupada el 4 de julio de 1941. La ciudad tenía entonces 20.000 habitantes, de los cuales aproximadamente la mitad eran judíos. Durante la ocupación, unos 9.500 judíos fueron asesinados y 550 fueron enviados a campos de trabajo forzado. En la ciudad se había establecido un gueto desde diciembre de 1941.