Вацлав из Михаловиц занял должность генерального приора Чешской провинции ордена иоаннитов в 1432 году. Сохранилась грамота об избрании Вацлава генеральным приором, датированная 16 марта 1432 года, и грамота об утверждении его в этой должности королём Чехии Зикмундом Люксембургским, датированная 25 октября 1432 года. Вместе с Ольдржихом из Рожмберка Вацлав стал оплотом католической партии на юге Чехии и одним из лидеров чешского католического дворянства, противостоявшего радикальному крылу гуситов в ходе продолжавшихся гуситских войн. В 1434 году Вацлав из Михаловиц с войском иоаннитов принял участие в битве у Липан на стороне католических сил. В 1435 году Вацлав как новый духовный сеньор города Страконице подтвердил его привилегии. В тот же год король за участие в боях на католической стороне назначил Вацлава гетманом Прахеньского края. Почти весь период нахождения в должности генерального приора Чешской провинции Вацлав из Михаловиц провёл в мелких столкновениях со сторонниками гуситов. В 1438 году Вацлав участвовал в церемонии коронации Альбрехта Габсбургского королём Чехии, неся перед Альбрехтом королевский скипетр.