En el Draft de la NBA de 2004, fue seleccionado por Chicago Bulls en la posición 38 de la segunda ronda. En su temporada rookie, promedió 5.9 puntos y 4.9 asistencias en 82 partidos, incluidos 73 de titular. En el primer encuentro de la temporada siguiente, Duhon realizó el primer triple-doble de su carrera, anotando 18 puntos, 12 asistencias y 10 rebotes ante Charlotte Bobcats. Sus promedios aumentaron hasta los 8.7 puntos y 5 asistencias por noche. Ya en su tercera temporada como profesional en la NBA, Duhon ha firmado 7.2 puntos y 4 asistencias en 78 partidos, 30 de titular.