Von November 1962 bis April 1967 war er Erziehungsminister in den Kabinetten Pompidou II und III. In Pompidous viertem Kabinett diente er anschließend als Innenminister. In dieser Position war er mit den Unruhen im Mai 1968 konfrontiert. Bei der Regierungsumbildung am 31. Mai 1968 entließ Präsident de Gaulle Innenminister Fouchet und ersetzte ihn durch Raymond Marcellin. Diesen lobte de Gaulle anschließend – im Gegensatz zu Fouchet – als „echten Fouché“, eine Anspielung auf Joseph Fouché, den brutalen Polizeiminister Napoleons. Bei der vorgezogenen Parlamentswahl im Juni 1968 – einem Erdrutschsieg für die gaullistische UDR – wurde Christian Fouchet als Abgeordneter des 5. Wahlkreises im Département Meurthe-et-Moselle in die Nationalversammlung gewählt. Er wurde 1973 wiedergewählt und gehörte dem Parlament bis zu seinem Tod an.