Németországban a legsúlyosabb helyzet Passauban állt elő, ahol 3 folyó találkozik, a Duna, az Inn és az Ilz. A város történelmi városrészét csak hajóval lehetett megközelíteni június 2-a óta, amikor az esti órákban a Duna szintje meghaladta a 2002-es árvíz során mért 10,8 métert. A víz szintje 3-án délelőtt megdöntötte az 1501-ben feljegyzett 12,20 m-es szintet. 21 órakor tetőzött 12,89 méteren. A város központjában az első emeletig ért a víz, leállították az ivóvíz-szolgáltatást. A vízszint 4-én hajnalban indult apadásnak. A Duna és a Regen folyó találkozásánál fekvő Regensburgban utcákat zártak le, a gátgyengülés miatt június 4-én katasztrófariadót hirdettek. A Regensburg és Passau között fekvő Deggendorf környezetét is teljesen elöntötte a Duna.