גובורוחין לא היה חבר במפלגה הקומוניסטית. עם תחילת הפרסטרויקה הוא הצטרף למפלגה הדמוקרטית של רוסיה. בשנת 1991 הוא נבחר לדומה ברשימת המפלגה. במחצית הראשונה של שנות ה-90 צילם גובורוחין מספר סרטים תיעודיים בהם ניתן לראות ביטוי לדעות האנטי-קומוניסטיות שלו. ברם, לאחר אירועי המשבר החוקתי ברוסיה, באוקטובר 1993, גובורוחין החליט לתמוך במפלגה הקומוניסטית ובמיוחד במנהיגה גנאדי זיוגנוב.