W reprezentacji Nigerii od 2001 roku rozegrał 23 mecze i strzelił 1 gola – start w MŚ 2002 (runda grupowa) oraz w Pucharze Narodów Afryki 2006. Reprezentował również kraj na mundialu w 2010 r. Po turnieju został kapitanem reprezentacji, gdy ówczesny kapitan Nwankwo Kanu zakończył karierę. W następnym, dużym turnieju – Pucharze narodów Afryki w 2013 r był graczem rezerwowym, a Nigeria zdobyła mistrzostwo kontynentu. Zawodnik znalazł się również w składzie na Mistrzostwa Świata 2014. Tam drużyna "Super Orłów" pierwszy raz od 1998 r. awansowała do 1/8 finału, gdzie uległa Francji 0:2. Mecz był dla Yobo pechowy, gdyż strzelił samobójczą bramkę w 91. minucie meczu, ustalając wynik i zaprzepaszczając szansę drużyny na wyrównanie. Po meczu zakończył karierę w reprezentacji. Ogółem zaliczył 101 występów w drużynie narodowej zdobywając 7 goli. Jest tym samym rekordzistą pod względem liczby występów w historii ekipy Nigerii.