La guerra contra França va continuar durant onze anys més. Encara que França va patir una guerra civil entre els anys 1648 i 1652 (vegeu Guerres de la Fronda), l'economia espanyola es trobava tan esgotada que van ser incapaços de treure'n profit de la inestabilitat francesa. Nàpols va ser reconquerit l'any 1648 i Catalunya l'any 1652, però la guerra va arribar a la seva fi a la Batalla de les Dunes, on l'exèrcit francès sota el comandament del vescomte Turenne va derrotar les restes de l'exèrcit espanyol als Països Baixos. Espanya va acceptar el Tractat dels Pirineus l'any 1659, en el qual va cedir a França el Comtat del Rosselló, Conflent, Vallespir i part del Comtat de Cerdanya, Foix, Artois, part de Lorena i altres terres europees.Portugal s'havia sublevat l'any 1640 sota el lideratge de Joan IV de Portugal, pretendent al tron de la dinastia de Bragança, en el que es coneix com la Guerra de Restauració portuguesa. Va rebre un suport generalitzat dels portuguesos, i els espanyols -que s'havien d'ocupar de les rebel·lions en altres llocs i de la guerra contra França- van ser incapaços de respondre. Els espanyols i els portuguesos van viure en un estat de "pau de facte" des de l'any 1644 fins a l'any 1657. Quan Joan IV va morir, l'any 1657, els espanyols van intentar arrencar el tron de Portugal de les mans del seu fill Alfons VI, però van ser derrotats a la Batalla d'Ameixial (1663) i Montes Carlos (1665), portant al reconeixement per part d'Espanya de la independència portuguesa l'any 1668.