Allo scoppio della guerra operò brevemente nel Mar Baltico, prima di venire assegnata alla "Squadra da ricognizione" composta dalla "Leipzig" e dall'incrociatore leggero "Köln", con il compito di fornire protezione e appoggio alle squadre di cacciatorpediniere tedeschi impegnate a stendere campi minati al largo delle coste della Gran Bretagna. La mattina del 13 dicembre 1939, la "Nürnberg" e le sue due compagne si trovavano al largo dello Skagerrak in attesa di scortare in patria cinque cacciatorpediniere di ritorno da una missione notturna di minamento al largo di Newcastle; i cacciatorpediniere tedeschi erano in ritardo a causa dell'incendio scoppiato su uno di essi. Verso le 11:30, il sommergibile britannico HMS "Salomon" avvistò i tre incrociatori tedeschi e lanciò contro di loro sei siluri, colpendo la "Leipzig" al centro e causando gravi danni; la "Nürnberg" eseguì subito una veloce virata, ma venne comunque colpita da un siluro a prua. Raggiunti dai cacciatorpediniere e da altre navi scorta, i due incrociatori danneggiati iniziarono un lento ritorno in patria. I danni riportati costrinsero la "Nürnberg" a rimanere in cantiere per le riparazioni fino maggio del 1940, impedendole così di partecipare alla Campagna di Norvegia.