Le thème est fréquemment mentionné dans les opérations militaires des . En 809, le stratège du thème, Paul, défait une flotte vénitienne. En 880, l'amiral Nasar inflige une lourde défaite à une flotte arabe envoyée piller les îles du thème. Les troupes du thème de Céphalonie participent ensuite à l'offensive byzantine en Italie. Les Mardaïtes du thème participent à l'expédition malheureuse de 949 contre l'émirat de Crète. La dernière mention d'un stratège de Céphalonie date de 1011, date de l'envoi en Italie Kontoléon Tornikios pour réprimer une révolte lombarde. À la suite de la perte de l'Italie méridionale par Byzance, l'importance du thème décroît et il n'est plus dirigé que par un gouverneur civil, le "kritès" (le juge).