Побудова каналу може непередбачуваним чином вплинути на екологію регіону. Зокрема, на думку кримських екологів, канал призведе до зменшення популяції риби в Азовському морі, а це в свою чергу викличе міграцію птахів. Також канал може створити загрозу Чорноморському біосферному заповіднику. Найбільшою ж загрозою вони вважають опріснення води з 19 проміле солоності до 11 проміле. На їхню думку, будівництво такого каналу буде порушенням Конвенції про біологічне різноманіття.