Frauke Fischer wuchs in der Nähe von Frankfurt/M. auf. Sie studierte Biologie an der Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main sowie dem Trenton State College in Ewing Township (New Jersey), USA, und diplomierte 1989 an der Universität Frankfurt im Fach Biologie. Für Ihre Promotion wechselte sie an die Universität Würzburg, wo sie im Comoé-Nationalpark in der Côte d’Ivoire über Effekte der Überjagung auf Kobantilopen forschte. Nach Abschluss ihrer Promotion wurde sie Leiterin der Internationalen Forschungsstation der Universität Würzburg im Comoé-Nationalpark. Mit dem Ausbruch des Bürgerkrieges in der Côte d’Ivoire im Herbst 2002 wechselte sie an die Universität in Würzburg und baute hier die Lehre im Bereich internationaler Naturschutz auf. Sie verfasste über 70 wissenschaftliche peer-reviewed Journal-Artikel.