Две войны — Балканская и Межсоюзническая, привели Болгарию к национальному краху. После заключения Бухарестского мирного договора в августе 1913 года, болгарский экзархат был лишён диоцеза в вилайетах, закреплённых за Сербией и Грецией, кроме небольшой части Адрианопольского края. Иосиф І больше не мог оставаться в Константинополе в качестве экзарха. 27 ноября 1913 года экзарх Иосиф І вместе со всеми изгнанными болгарскими иерархами из Македонии и Адрианопольского края был вынужден покинуть Константинополь и возвратился в Софию, сокрушённый душевно и физически. Он скончался 20 июня 1915 года.