Η πλημμύρα του 1962 και ο σεισμός του 1963 στα Σκόπια, διακόπτει την ανάπτυξη της βιβλιοθήκης. Το κτήριο της Βιβλιοθήκης καταστράφηκε σχεδόν ολοσχερώς και το αποθετήριο, που εκείνη την εποχή αριθμούσε περίπου 500.000 τεκμήρια, σε μεγάλο βαθμό έχει καταστραφεί. Στις αρχές του 1964, το ταμείο μεταφέρθηκε και στεγάζεται σε ένα  προκατασκευασμένο κτίριο το οποίο λειτούργησε ως βιβλιοθήκη μέχρι να μετακομίσει στο νέο και σύγχρονο κτίριο, το 1972.