Im Jahre 1187, nach seinem Sieg über die Kreuzfahrer bei Hattin, zog Saladin in Jerusalem ein und ließ das goldene Kreuz auf der Kuppel und die Marmorverkleidung des Felsens samt Altar entfernen. Der Felsen wurde rituell gereinigt und parfümiert. Seine Erneuerungsarbeiten sind im Innern der Kuppel dokumentiert. Sie sind begleitet von den ersten einundzwanzig Versen der Sure Tā-Hā und dienen als Bestätigung der wieder erlangten muslimischen Herrschaft über das Heiligtum.