2000 löste der Historiker Jan Tomasz Gross mit seinem Buch „Nachbarn“ in Polen einen Historikerstreit um das Massaker von Jedwabne (1941) aus, bei dem Polen, angestiftet von einem SS-Kommando, mehrere Hundert ihrer jüdischen Mitbürger ermordet hatten. Der Streit betraf auch das Selbstverständnis Polens als Opfernation. Musiał beteiligte sich ab 2002 daran. Er warf Gross überhöhte Opferzahlen, falsche oder aus dem Kontext gerissene Zitate jüdischer Augenzeugen und eine ahistorische Methodik vor. Ferner deutete er Judenmorde von Polen während der NS-Zeit weitgehend als von den deutschen Besatzern gelenkte Racheaktionen für vorherige sowjetische Verbrechen an Polen, an denen Juden beteiligt gewesen seien. Tausende Polen arbeiteten im deutschen Besatzungsapparat. Nicht wenige beteiligten sich an den „Razzien auf Zwangsarbeiter, der Bekämpfung des Widerstandes und an der Judenverfolgung“. Das Denunziantentum habe sich nicht von dem anderer besetzter Staaten unterschieden; viele hätten sich den Besatzern „widerwillig“ angedient, um zu überleben. Die Kollaboration polnischer Kommunisten mit der Sowjetunion beschrieb er als weit umfang- und folgenreicher, da sie die jahrzehntelange Herrschaft der PVAP vorbereitet und begründet habe. Ihre Aufarbeitung stehe in Polen noch aus.