Během květnového povstání pak byla jakousi hlavní nemocnicí povstalců, bylo sem převezeno množství raněných, ale také vězňů propuštěných z koncentračního tábora v Terezíně ad. Budovy nemocnice byly poškozeny několika zásahy dělostřeleckých granátů, z nichž jeden (zápalný) způsobil požár, který se ale podařilo uhasit. Ani tyto události (ani skutečnost, že nemocnici vedla Češka), však neuchránily sestry boromejky před nařčením z kolaborace. Komunisty ovládané úřady a akční výbor vytvořený civilními zaměstnanci nemocnice prohlásily nemocnici za konfiskát podle Benešových dekretů (generální představená kongregace boromejek byla německé národnosti, stejně jako asi jako 1/4 sester), zabraly ji a snažily se vyštvat sestry mimo Prahu. Všechny tyto kroky však musely být v prosinci 1945 zrušeny jako nezákonné.