Vuodesta 2002 alkaen Keniassa käytiin joukko rauhanneuvotteluja, joiden seurauksena maahan muodostettiin Somalian siirtymäkauden hallitus. Abdullahi Yusuf Ahmed (SSDF:n entinen johtaja) valittiin sen presidentiksi, ja siirtymäkauden parlamentti valittiin vuonna 2004. Hallinto toimi aluksi Keniasta käsin, sillä Mogadishussa oli liian levotonta. Myös joulukuun 2004 tsunami tuhosi infrastruktuuria. Vuonna 2006 siirtymäkauden parlamentti kokoontui Baidoassa Somalian puolella.