ウィリアマイト戦争は、ウィリアム3世とメアリー2世の共同統治が決定してわずか2日後の1689年2月15日に起こった。ジェームズが王位を取り戻そうと、亡命先のフランスからルイ14世に借りた軍を起こしたのである。ジェームズはアイルランドに上陸し、当地のジャコバイト勢力と結びついて、またたくうちにアイルランド全土を席巻した。これを受けて5月5日、イングランドは対仏同盟に参加し、フランスに宣戦布告する。ウィリアム3世は自ら軍を率い、1690年7月1日、アイルランドのダブリン近郊ボイン川でジェームズ軍を破った（ボイン川の戦い）。ジェームズはまだ余力を残していたにもかかわらずフランスに逃げ帰り、アイルランド各地で起こっていた武力抵抗も1691年10月に鎮圧された。