II. Dünya Savaşı sırasında, özellikle 1943-44 yıllarında, Sovyet hükûmeti Sibirya ve Orta Asya cumhuriyetlerine bir dizi sürgün gerçekleştirdi. Sovyet yetkilileri Nazi Almanyası ile işbirliği sürgünlerin nedeni olarak gösterdi, ancak bu durum Batılı ülkelerde etnik temizlik suçlamaları ile birlikte tartışıldı. Kırım Tatarları (Bkz: Kırım Tatar Sürgünü), Çeçenler, İnguşlar, Kürtler (Bkz: Sovyetler Birliği'ndeki Kürtlerin sürgünü), Balkarlar, Karaçaylar ve Ahıska Türkleri (Bkz: Ahıska Türkleri Sürgünü) sürgün edilen bazı Müslüman gruplara örnektir. Bu sürgünler sırasında ve sonrasında çok sayıda insan yaşamını yitirdi.