1898 schloss er die Schule im Rang eines Leutnants ab und wurde der 3. Armee zugeteilt. 1903 war er an der Niederschlagung des bulgarischen Ilinden-Preobraschenie-Aufstandes beteiligt. Im selben Jahr wurde er Oberleutnant und 1906 zum Hauptmann befördert. Refet Bey wurde 1908 zu einem Mitglied des Komitees für Einheit und Fortschritt und war ein enger Freund von Talât Pascha. 1909 fing er an der Militärakademie an und kämpfte im Italienisch-Türkischen Krieg und in den Balkankriegen. Nach dem Abschluss der Akademie am 1. November 1912 kam er in den Generalstab. Im Ersten Weltkrieg kämpfte er an der Front in Syrien und Palästina unter dem Kommando von Otto Liman von Sanders gegen die Briten und zeichnete sich in der zweiten Schlacht um Gaza im April 1917 aus. Er erhielt viele Auszeichnungen und Medaillen. Doch die Osmanen konnten die Briten am Vordringen letztendlich nicht hindern. So wurde Refet Beys Einheit in der Schlacht bei Megiddo am 18. und 19. September 1918 völlig aufgerieben. Die Front brach zusammen und die Briten drangen bis Damaskus vor.