UCM oli yksi ensimmäisiä yksityisiä yliopistoja Mosambikissa ja ensimmäinen, jonka päämaja sijaitsi maan pääkaupungin Maputon ulkopuolella. Se avattiin vuonna 1996. UCM:n perustaminen oli seurausta Frelimo ja Renamon välisestä sisällissodan rauhanneuvotteluista. Yliopiston tarkoituksena oli edistää Mosambikin pohjois- ja keskiosien korkeakouluopetusta.