Darmian debutó con el Milan el 28 de noviembre de 2006, con solo 16 años, en la Copa Italia en un partido contra el Brescia Calcio, reemplazando a Kakha Kaladze en el primer tiempo y convirtiéndose así en el segundo jugador más joven de la historia del Milan en debutar, después de Paolo Maldini. Seis meses después, el 19 de mayo, realizó su debut en Serie A en un partido contra el Udinese Calcio, entrando mediada la segunda parte. Durante la temporada 2007-08 solo hizo otra aparición en la Copa Italia y ninguna en liga, no obstante se convirtió en capitán del segundo equipo del A. C. Milan.