Han var en meget aggressiv kommandør, men ikke altid samarbejdsvillig. Under Belejringen af Port Hudson var det planen at Farraguts flotilje skulle passere kanonerne i Sydstaternes stillinger for at hjælpe med et afledningsangreb over land af Army of the Gulf, under kommando af Nathaniel P. Banks. Det skulle begynde kl. 8 om morgenen den 15. marts 1863. Farragut besluttede uden at rådføre sig med nogen at fremrykke angrebet til kl. 9 om morgenen den 14. marts og gennemførte sin passage af kanonstillingerne inden Unionshæren var på plads. Ved denne ukoordinerede handling gav han Sydstaternes styrker mulighed for at koncentrere sig om Farragut's flotille og gøre stor skade på hans krigsskibe.