Nadat de Reformatie doorgang had gevonden in Zürich begonnen Huldrych Zwingli en de zijnen met het verspreiden der Reformatorische leer in andere delen van Zwitserland. De ideeën van de Reformatie bereikten na 1519 de Aargauer landen. De nieuwe leer werd het eerst verbreid in het Graafschap Baden, daarna de dorpen aan de rivier de Limmat. In de omgeving van Aarau en de Freien Ämter werd de leer verspreid door voormalige rooms-katholieke priesters. Velen gingen over tot het reformatorische christendom. De Rooms-Katholieke Kerk legde zich niet zomaar neer bij de verbreiding van de Reformatorische leer en tijdens de 16de eeuw werden er twee godsdienstoorlogen uitgevochten, te weten de Eerste Kappeleroorlog (1523) en de Tweede Kappeleroorlog (1531). De strijd werd in het voordeel van de rooms-katholieken beslecht. Bij de Tweede Landsvrede werden de Aargauer landen confessioneel opgedeeld. Rooms-katholiek werden: het Graafschap Baden, de Freien Ämter, Rheinfelden en Laufenburg; protestants (gereformeerd) werden: Zurzach en Tegerfelden; Gemengd werden: Gebenstorf, Birmenstorf en Würenlos. Het nog altijd Oostenrijkse Fricktal bleef katholiek.