Durante as Guerras de Religião da França, o palácio serviu de local de residência à Família Real quando esta se deslocava a Paris, nomeadamente aquando do casamento de Margarida de Valois (1553-1615), o qual decorreu sobre o Massacre da noite de São Bartolomeu. A partir do reinado de Henrique III, o Palácio do Louvre tornou-se a residência principal do Rei da França, assim permanecendo até ao final do reinado de Luís XIII.