Im Zuge der Unabhängigkeitsbewegung der baltischen Staaten kam es zu militärischer Gewalt, die in den Januarereignissen in Litauen 1991 gipfelte. Die Verantwortung dazu wird Gorbatschow zugeschrieben, er selber streitet das jedoch ab. Im August desselben Jahres unternahmen einige orthodoxe kommunistische Politiker, zusammen mit einem Teil des Militärs und angeführt vom Staatskomitee für den Ausnahmezustand, einen Putschversuch in Moskau, während Gorbatschow, seine Frau Raissa und die Leibwache drei Tage unter Hausarrest in einer Regierungsresidenz auf der Halbinsel Krim standen. Dem damals neugewählten Präsidenten der Russischen SFSR, Boris Jelzin, gelang es, die Putschisten auszuschalten und die Staatsgewalt zu übernehmen. Damit war die Sowjetmacht in die Hände der russischen Unionsrepublik übergegangen, was einen Tag nach der Niederschlagung des Putsches die Unabhängigkeitserklärung der Ukraine zur Folge hatte. Während Gorbatschow diese zunächst ignorierte, erkannte er – nach dem Scheitern des Augustputsches de facto durch Jelzin entmachtet – noch im gleichen Monat die Unabhängigkeit der baltischen Staaten Estland, Lettland und Litauen an.