Wie lange der Ionische Bund Bestand hatte, ist nicht überliefert. Nach dem antiken griechischen Rechtsverständnis endeten Symmachien, also außenpolitische Bündnisse, wenn eine vereinbarte Dauer abgelaufen war, ein beschworenes Ziel erreicht wurde oder der Vertrag formell aufgekündigt wurde. Für Kultus- und Stammesverbünde, wie den Ionischen Bund, kann dies nicht gelten. Man kann daher davon ausgehen, dass er mit den politischen Entwicklungen des 5. Jahrhunderts v. Chr. in Kleinasien (siehe Perserkriege) bedeutungs- oder funktionslos wurde und durch neue Konstruktionen, wie den Delisch-Attischen Seebund, überlagert oder abgelöst wurde. Dafür spricht der gesamt-ionische Anspruch des Seebunds und in ihm das Gewicht der ionischen Inseln an der Seite Athens. Gestützt wird dies durch archäologische Befunde und literarische Hinweise, nach denen das Panionion offenbar mit der Niederschlagung des Ionischen Aufstands durch die Perser 494 v. Chr. zerstört wurde und ein Neubau an anderer Stelle nie fertiggestellt wurde.