По избијању америчког грађанског рата (1861–1865) определио се за Север, па је јануара 1862. постављен за команданта блокадне ескадре у Мексичком заливу. Садејствујући са флотилом бомбарди капетана фрегате Дејвида Портера (), форсирао је 24. априла 1862. улаз у Мисисипи, разбио флотилу Југа, заузео Њу Орлеанс и привремено пресекао везе између источног и западног дела Конфедерације. У даљем току рата успешно је оперисао против јужњачких лука и поморских снага у Мексичком заливу. посебно се истакао 5. августа 1864, када је форсирао улаз у залив Мобил, разбио тамошњи флотни одред Конфедерације, принудио форове на предају и заузео град.