Viele der zahlreichen kleinen Seen und abflusslosen Tümpel, darunter das Ramsar-Schutzgebiet Mare d’Oursi, liegen saisonabhängig trocken. Sie stellen wichtige Wasserreservoirs für Mensch und Tier dar. Die beiden größten natürlichen Seen Burkina Fasos, der Bamsee und der Demsee, liegen etwa 100 km nördlich von Ouagadougou. Zahlreiche Flüsse wurden zu Seen gestaut, so liegen im Südosten der Kompienga- und im Süden der Bagré-Stausee, die beide jeweils ein Speicherkraftwerk antreiben. Im Nordwesten wurde der Sourou gestaut, während der Ziga-Stausee seit Juli 2004 die westlich gelegene Hauptstadt mit Wasser versorgt. Insgesamt gibt es in Burkina Faso 2100 Stauseen mit einer Speicherkapazität von 4,6 km³.