In der Reichssteuer-Matrikel von 1241 wird Weißenburg benannt (66. Item de Wizenburc XL mr). In einem Krieg zwischen den Herzögen von Oberbayern und den Marschällen von Pappenheim wurde Weißenburg im Jahr 1262 durch Ludwig den Strengen völlig zerstört. 1296 wurde das wieder aufgebaute Weißenburg eine Reichsstadt, die die ärmste fränkische Reichsstadt war. 1322 nahm vermutlich eine Gruppe von Weißenburgern an der Schlacht bei Mühldorf unter Seyfried Schweppermann teil. Im Jahre 1327 wurde die St.-Andreas-Kirche, die Stadtkirche Weißenburgs, geweiht. 1338 schenkte Ludwig der Bayer der Stadt den Stadtwald, der jahrhundertelang die wichtigste Geldquelle der Stadt war. Im Jahre 1377 wurde die Ratsverfassung verfasst, wodurch im Rat der Stadt das Patriziat vom Bürgertum abgelöst wurde. Im Jahre 1447 wurde der Stadt ein bürgerliches Spital gestiftet, welches mit dem Spital der Karmeliter konkurrierte. 1481 überschuldete sich die Stadt so sehr, dass der König den gesamten Rat ins Gefängnis werfen ließ und einen neuen Rat einsetzte. 1490 schien die Finanzkrise überwunden zu sein, weshalb ein Umbau der Stadtkirche geplant war, der aber wegen Geldmangels kürzer gesetzt werden musste. Von 1449 bis 1450/51 verzögerten sich mehrere Bauprojekte wegen des süddeutschen Städtekriegs. Ab 1500 gehörte Weißenburg zum Fränkischen Reichskreis.