In 2019 won Van der Poel voor de tweede keer het eindklassement van de Belgian MTB Challenge. Bovendien wist hij er alle etappes met overmacht op zijn naam te schrijven. In de Wereldbeker verscheen hij aan de start van de manches in Albstadt, Nové Město, Les Gets, Val di Sole en Lenzerheide. Hij slaagde er telkens in de short-trackwedstrijd te winnen, vaak na een splijtende demarrage in de slotronde. In Nové Město won hij, na een felbevochten duel met Nino Schurter, zijn eerste cross-countrywedstrijd in de Wereldbeker. Nadien wist hij ook nog de cross-countrywedstrijden in Val di Sole en Lenzerheide te winnen. Eind juli schreef Van der Poel in het Tsjechische Brno, ondanks een valpartij in de openingsronde, het Europees kampioenschap op zijn naam. Aan het wereldkampioenschap in het Canadese Mont-Sainte-Anne nam hij niet deel.