Akinfeyev, CSKA Moskova'daki ilk profesyonel maçına 16 yaşındayken, 2-0 yendikleri PFK Krılya Sovyetov karşısında çıktı ve maçta bir penaltı kurtardı. 2003 yılında takımın ilk Rossiyskaya Premyer-Liga şampiyonluğunu aldığı sezon birinci kaleci olarak başladığında 17 yaşındaydı. 2005 yılında CSKA, hem lig, hem de kupada şampiyonluk yaşarken UEFA Kupası'nı da kazanarak üç kupayla sezonu kapattı. Bu sezon Akinfeev, CSKA'nın final dâhil Avrupa'daki 19 maçında da oynadı. 2006 yılında takımıyla üçüncü kez lig şampiyonluğu yaşadı ve ikinci Rusya Kupası'nı kazandı. Akinfeyev, o sezon "Zvezda" ödülünü kazandı.