国務会議議長、ニューモデル軍副司令官（後に司令官）として軍と独立派で台頭したクロムウェルは平等派の再度の暴動を鎮圧、続いて王党派のアイルランド・スコットランドをそれぞれの遠征（クロムウェルのアイルランド侵略・第三次イングランド内戦）で平定、1651年のウスターの戦いで内戦に終止符を打った。しかし保守派が主流になったランプ議会はクロムウェルら軍と対立し1653年4月に解散、7月にクロムウェルは第五王国派や独立教会などの協力でベアボーンズ議会を召集したが、12月に解散し軍の後押しで護国卿となったクロムウェルの下で護国卿時代が開始された。独立派はグッドウィン、ナイがらと共に護国卿政権に協力したが、従来からの議会と軍の対立が政争に発展していった。