クリスチャン3世・グスタフ1世の時代は同盟を結び小康状態であったものの、両王の没後にはデンマークとスウェーデンは互いに「宿敵」と呼び合い、果てしない戦争に突入、戦局は徐々にスウェーデンが有利になっていった。クリスチャン3世の後を襲ったフレゼリク2世は、北方七年戦争でスウェーデンに対して引き分けたが、バルト地方での勢力は弱まった。その息子のクリスチャン4世の時代に衰勢に傾いた。ドイツで起きた三十年戦争に介入したクリスチャン4世はヴァレンシュタインのユラン半島侵攻により国力を傾けた。その後も、スウェーデンとのトルステンソン戦争でも完敗し、ゴトランド島を失うなどバルト海の勢力図はスウェーデン優勢となっていく（デンマークの勢力地は、ノルウェー海やグリーンランドなどヨーロッパ諸国の関心外に置かれた僻地であり、北海もイングランドやオランダなどの強国の影響下にあり、北欧ではある程度の影響力は残ったものの、単独でのデンマークのヨーロッパに対する影響力は衰微した）。クリスチャン4世の後を継いだフレゼリク3世はスウェーデンとのカール・グスタフ戦争で敗れノルウェーの一部を割譲し、スカンディナヴィア半島南部のスコーネ地方などを奪われ、北欧の強国としての地位を失ってヨーロッパの中の小国となった。