Det "kalla kriget" försvårade uppbyggnaden av FN och en resa han gjorde till Moskva 1950 för att åstadkomma avspänning gav inget resultat. Under Koreakriget stödde Lie FN:s ingripande och kom därmed i konflikt med Sovjetunionen. Trots Sovjets veto förlängdes dock hans mandat med tre år.