С начала 1990-х годов выступал с резкой критикой внешней политики США. В 1991 году обвинил руководство США в военных преступлениях и преступлениях против человечности за начатую войну в Персидском заливе и санкции против Ирака. Создал организацию «Медицина для Ирака». В Нью-Йорке открыл трибунал «Анти-НАТО», занимавшийся расследованием преступлений правительства США и их союзников против иракского народа. По его словам, из-за экономических санкций Ирак потерял более чем 1,5 миллиона своих граждан, из которых более половины — дети, не дожившие до 5 лет. В 2002 году Кларк заявил: "«Сегодня США бомбят Ирак, когда им только заблагорассудится. При этом они вынуждены путём непрерывной пропаганды демонизировать, как Саддама Хусейна, так и весь иракский народ, используя для этого полностью зависящие от правительства США средства массовой информации. Американская пропаганда — это пропаганда расизма, пропаганда ненависти и лжи. Вчера это была антисербская пропаганда, сегодня она антимусульманская и так далее»".