La titularidad del templo de san Juan Bautista puede deberse a alguna vinculación con la Orden de Malta (oficialmente, Orden Hospitalaria de San Juan), que participó en la Reconquista de Sevilla en el siglo XIII. Además, debajo de la ermita hay una cueva que se cree que pudo ser usada para ritos iniciáticos de esa orden. En el siglo XVI la ermita estaba agregada a la Basílica de San Juan de Letrán (Roma) gozando así de las indulgencias que los papas habían concedido a dicho templo, lo que ya se justifica naturalmente su título.