ミュラは、二つの軍団を派遣してフェルナンド7世支持派の抵抗運動を包囲攻撃するという征服計画を立てた。一方の軍団はマドリード・ビトリア間の経路の安全を確保し、サラゴサ、ジローナ、バレンシアを包囲攻撃した。もう一方は南方のアンダルシアに派遣され、コルドバで略奪を働いた。カディスに向かうという計画通りにはいかず、デュポン将軍はマドリードまで撤退するように命じられたが、1808年7月22日にバイレンで将軍に敗れた。この勝利は他のヨーロッパ諸国の対仏抵抗運動をも勇気づけた。この戦いの後、ジョゼフはマドリードからビトリアに避難した。1808年秋、ナポレオンは自らスペイン入りし、12月2日にマドリード入りしてジョゼフを首都に呼び戻した。この間、イギリス軍はポルトガルからスペインに入ったが、ガリシアまで撤退することを余儀なくされた。1810年初頭、ナポレオンの攻勢はリスボン付近に及んだが、防備を固められたを突破することはできなかった。