В 1566 году во время отъезда царя в Александровскую слободу Афанасий Бутурлин был оставлен в Москве в числе одиннадцати бояр и в том же году подписал договор Земского собора относительно продолжения войны за Ливонию. В 1567 году — наместник в Волоколамске.