У відборі до чемпіонату Європи 2000 виступали у другій групі та вперше в історії посіли друге місце, здобувши право на стикові матчі, де перемогли збірну України за підсумками двох матчів 2:1 та 1:1. У фінальному раунді чемпіонату словенці грали в групі С, але вилетіли, посівши останнє місце з двома очками: