En 1265, el monasterio se convirtió en la sede del obispo de Rustavi después de que esa ciudad fuera destruida en una invasión por Berke, gobernante de la Horda de Oro de Mongolia. El monasterio fue saqueado durante las campañas georgianas del emir turco-mongol Timur en 1395. A finales del siglo XVII, se renovó sustancialmente. Fue fortificado, "como una fortaleza", según lo informado por el erudito georgiano del siglo XVIII, el príncipe Vakhushti. Su muro tenía una longitud total de 1.400 m y estaba equipado con puertos de tiro.