В сентябре 1945 года Маргарет Гиммлер снова была допрошена, но на этот раз в рамках Нюрнбергского процесса. Затем Маргарет и Гудрун содержались в лагере для интернированных в Людвигсбурге. Поскольку им не было выдвинуто обвинений, они были освобождены в ноябре 1946 года. Они нашли убежище на некоторое время в Вефильском институте Билефельда. Пребывание Маргарет там было напрямую одобрено исполнительным советом Вефильского института, что не обошлось без резкой критики. 4 июня 1947 года в европейской версии «New-York Tribune» появилась статья, озаглавленная: «Вдова Генриха Гиммлера живёт как леди».