Дипломатические отношения между странами были установлены в 1992 году. В 1994 году Пакистан предоставил ссуду Таджикистану в размере 20 млн. долларов США. Однако, реализация амбициозных планов сотрудничества, а именно: завершение строительства Рогунской ГЭС и автомобильного шоссе между двумя странами, провалились по причине экономических проблем Пакистана и из-за политической нестабильности в Таджикистане.