בסלונים התאושש הרב זינגר והחל לדאוג לפליטי עירו ששהו בסביבה. הרב זינגר תכנן להימלט לווילנה שהייתה אז עצמאית בשלטון ליטא ושלח לשם את בנו הבכור הרב יחיאל מנחם למצוא דירה שם. בינתיים השתלטו הרוסים על וילנה ולאחר מכן בוטל ההסכם עם הנאצים ואלו האחרונים פתחו במבצע ברברוסה והשתלטו על סלונים. מיד עם הכיבוש החריבו הנאצים את העיר ורצחו יהודים רבים ביניהם רבה של העיר הרב יהודה לייב פיין. לאחר הרצחו של הרב פיין מילא הרב זינגר באופן לא רשמי את מקומו ברבנות וישב בוועד הקהל באופן קבוע, עזר בהספקה ועזרה לבני העיר והיה אחראי על ענייני הדת. בי"ד בתמוז תש"ב (29 ביוני 1942) החלו הנאצים לרצוח את יהודי העיר. הרב הסתתר עם אשתו ותשעת ילדיו אך למחרת הוצאו על ידי השוטרים הבלארוסיים ונשלחו לכלא ולמחרת בט"ז בתמוז נרצחו בשדרות צ'פלובה יחד עם יהודי העיר.