Nach den Protesten gegen den G20-Gipfel in Hamburg 2017 wurde der Roten Flora als „Trutzburg“ der linken Szene eine Mitschuld an den gewaltsamen Ausschreitungen gegeben. Führende Politiker der CDU, unter anderem Peter Tauber und André Trepoll, forderten daher eine Schließung. André Trepoll erhielt daraufhin Morddrohungen mit dem Inhalt: „Heute Verbrecher, morgen tot“. Die Rote Flora warf ihrerseits dem Senat vor, einen „Sündenbock“ für das eigene Versagen zu suchen und ein Klima zu schaffen, in dem die „Kriminalisierung von politischen Strukturen, sowie die Zerschlagung des besetzen Projektes Rote Flora […] vorbereitet werden soll“. Mit Blick auf die Ausschreitungen kündigten sie eine „selbstkritische Aufarbeitung der Ereignisse innerhalb der Szene“ an. „Emanzipatorische Politik“ bedeute nicht, „Unbeteiligte in Angst und Schrecken zu versetzen.“