Klubben bildades 1940 av Apollo raffinaderiet, vilket senare bytte namn till Slovnaft. Inter blev en av Tjeckoslovakiens starkare klubbar. 1976 hade klubben med en spelare med i det tjeckoslovakiska landslag som vann Europamästerskapet i dåvarande Jugoslavien, Ladislav Jurkemik. Säsongen 2000/2001 tog laget hem den slovakiska "dubbeln".