Als der dritte Koalitionskrieg ausbrach, diente Harispe unter dem Maréchal d’Empire Charles Pierre François Augereau und kämpfte 1805/06 zusammen mit Jacques Desjardin. In der Schlacht bei Jena und Auerstedt (14. Oktober 1806) wurde er verwundet und dafür im Januar 1897 zum Général de brigade befördert. Als solcher kam er in den Stab von General Nicolas Jean-de-Dieu Soult und diente dort u. a. zusammen mit Jean-Antoine Verdier.