PCRM zyskała większość konstytucyjną w wyborach z lutego 2001. Na partię masowo zagłosowali mołdawscy Rosjanie i inne mniejszości, a także osoby rozczarowane załamaniem się mołdawskiej gospodarki po upadku ZSRR. 4 kwietnia 2001 parlament wybrał Vladimira Voronina większością 71 głosów na nowego prezydenta (po rezygnacji z wyborów powszechnych). Urząd ten objął trzy dni później. Prezydent skoncentrował w swoich rękach całą władzę w kraju: stanowiska premiera i przewodniczącej parlamentu objęli wskazani przez niego, nieposiadający własnego zaplecza, Vasile Tarlev oraz Eugenia Ostapciuc. Mając o wiele większe poparcie niż inne bloki polityczne, komuniści zaczęli naruszać zasady demokracji, w szczególności ingerując w działalność mediów. Mimo to w ocenie Janusza Solaka Mołdawia pod rządami Vladimira Voronina była, na tle państw będących w podobnej sytuacji politycznej, krajem bardziej demokratycznym, niż Ukraina Łeonida Kuczmy czy Gruzja Eduarda Szewardnadzego. Natomiast według Witolda Rodkiewicza nowy prezydent budował w Mołdawii system autorytarny. Politykę zagraniczną Vladimira Voronina cechowało lawirowanie między Wschodem i Zachodem, by osiągać korzyści ze współpracy zarówno z Europą oraz USA, jak i z Rosją. W roku wyboru na prezydenta zadeklarował, że w ciągu dwóch lat zakończy konflikt o Naddniestrze. W imię budowania prozachodniego wizerunku prezydenta i uzyskiwania ze Stanów Zjednoczonych doraźnej pomocy finansowej w 2003 Mołdawia wysłała 40-osobowy kontyngent na wojnę w Iraku.