In der Provinz Tamba diente ein weiterer Zweig der Naitō-Familie als Shugodai den Hosokawa. Diese hatte seinen Sitz auf Burg von Yagi Hervorzuheben ist hier Naitō Tadatoshi (; † 1626) der dem christlichen Daimyō Konishi Yukinaga während des Invasion Koreas diente, 1565 von dem Missionar Luís Fróis getauft wurde und die Namen Joan (, von Portugiesisch João) annahm, sowie seine Schwester (ca. 1566–1627), die Superiorin der Nonnengemeinde wurde, bis beide schließlich mit den Anti-Christen-Edikt von 1614 nach Manila verbannt wurden, womit diese Familienlinie an Bedeutung verlor.