Kesäkuussa 2011 Schäferistä tuli kolmivuotisella sopimuksella Thaimaan maajoukkueen päävalmentaja. Schäfer valmensi Thaimaata kaksi vuotta ja kehitti tehtävässään maan valmennus- ja junioritoimintaa. Kesäkuussa 2013 liitto ja Schäfer purkivat sopimuksensa. Saksalaisvalmentaja siirtyi tämän jälkeen Muangthong Unitedin päävalmentajaksi. Sopimus purkautui kuitenkin jo heinäkuun puolivälissä, kun Schäferistä tuli Jamaikan maajoukkueen päävalmentaja. Schäfer luotsasi Jamaikan Caribbean Cupin 2014 voittoon. Copa Américassa Jamaika jäi alkulohkonsa viimeiseksi, mutta hävisi ottelunsa Uruguaylle, Paraguaylle ja Argentiinalle vain niukasti 1–0. Samana vuonna Schäfer luotsasi Jamaikain alkulohkonsa voittoon Gold Cupissa. Välierissä Jamaika yllätti Yhdysvallat 2–1 ja eteni loppuotteluun ensimmäistä kertaa maan historiassa. Finaalissa Jamaika taipui kuitenkin Meksikolle 1–3.