A török hódoltság beköszöntével Abda a Magyar Királyság része maradt, de a határvidéken portyázó törökök fel-feldúlták a környéket. Egy 1544-es feljegyzés szerint a molnáron kívül mindössze két abdai telek gazdái maradtak a faluban. Bár 1549-ben már újra tizenöt jobbágytelket laktak, egy 1560-as határbejárási jegyzőkönyv szerint az abdaiak az újabb betörések ellen védekezve a Rábca túloldalán (bal partján) építették fel újra falujukat. Időközben a győri káptalan 1546-ban megerősítette az abdai hidat, amelyet sánc- és árokrendszer is védett. 1566-ban, miközben I. Szulejmán Szigetvárat ostromolta, Miksa magyar király 50 ezer lovasból és 80 ezer gyalogosból álló hadseregét összegyűjtve először Abda és Győr között vert tábort, hogy a törökkel való összecsapásra felkészüljön. Szigetvár és védője, Zrínyi Miklós azonban 1566. szeptember 7-én elesett, és csakhamar szomorú történelmi pillanat helyszíne lett az abdai Rábca-part. Musztafa nagyvezír Zrínyi levágott fejét Egon Salm komáromi várkapitánynak juttatta el a következő üzenettel: „Legbátrabb vezéretek fejét küldöm, melyre a jövőre is nagy szükségetek lenne.” A gyászkocsi szomorú terhét, a szigetvári hős fejét Zrínyi sógora és veje, Tahy Ferenc és Bottyán Boldizsár az abdai hídnál vették át, hogy Csáktornyán végső nyugalomra helyezzék.