Vlajka byla přijata po podepsání Všeobecné mírové smlouvy, která ukončila druhou súdánskou občanskou válku. Původně byla vlajka používána Súdánskou lidově osvobozeneckou armádou. Ačkoliv se vlajka používá již od roku 2005, stát Jižní Súdán vyhlásil samostatnost až v roce 2011.