Neben zwei Einsätzen für die deutsche U19-Nationalmannschaft nahm Francis Banecki nach seinem Bundesligadebüt außerdem an der U-20-Weltmeisterschaft 2005 in den Niederlanden mit der deutschen Nationalmannschaft teil. Im Verlaufe dieses Turniers traf Banecki u. a. auf Lionel Messi. Die Mannschaft schied im Viertelfinale gegen Brasilien aus. Banecki kam in drei Spielen während der Weltmeisterschaft zum Einsatz, absolvierte insgesamt sechs Spiele für die deutsche U20-Mannschaft und erzielte dabei ein Tor.