11 жовтня 2012 року в товариському матчі проти збірної Іраку Фернандо дебютував за збірну Бразилії, замінивши в кінці другого тайму Пауліна. У 2013 році він у складі збірної виграв домашній Кубок конфедерацій. На турнірі Фернандо зіграв у матчі проти збірної Італії.