El 28 de enero de 2020, cuando su contrato con el Tottenham expiraba en seis meses, Eriksen firmó un contrato de cuatro años y medio con el Inter de Milán, de la Serie A, que le reportaría 10 millones de euros por temporada. Debutó en el club al día siguiente, sustituyendo a Alexis Sánchez en la segunda parte de la victoria por 2-1 en casa contra la Fiorentina en los cuartos de final de la Copa Italia. El 20 de febrero de 2020, Eriksen marcó su primer gol con el club, anotando el primer gol en la victoria a domicilio por 2-0 sobre el Ludogorets Razgrad en la Liga Europa. Marcó su primer gol en la Serie A el 1 de julio, en una victoria por 6-0 contra el Brescia.El 21 de agosto, Eriksen jugó en la derrota del Inter por 2-3 ante el Sevilla en la final de la Liga Europa 2020, convirtiéndose en el primer jugador que pierde dos finales consecutivas en las dos grandes competiciones actuales de la UEFA; el año anterior había perdido la final de la Liga de Campeones 2019 con el Tottenham.