Das Osmanische Reich verlor in den darauffolgenden Jahrhunderten an militärischer Stärke und so begann auch die Zitadelle ihre militärische Bedeutung zu verlieren. Im Jahre 1798 fiel sie, während der Ägyptischen Expedition der Franzosen, in die Hände Napoleon Bonaparte, der vor allem auf Grund der schwachen Garnison und der Übermacht durch moderne Waffen wenig Schwierigkeiten hatte. Im Inneren fanden sie damals einige Waffen, die sich zurück in die Kampagne von Ludwig IX. datieren ließen. Diese könnten ursprünglich Beute aus der Schlacht von Mansura (1250) gewesen sein.