Tropas regulares do governo norte-americano foram responsáveis por coordenar inúmeros assassinatos em massa de indígenas, tais como o Massacre de Sand Creek (quando o 3º Regimento de Cavalaria do Colorado executou centenas de cheyennes e arapahos), a Guerra de Mendocino (deflagrada por tropas do major Edward Johnson, contra o povo yuki), o Massacre de Round Valley (caracterizado pela extrema violência e pelo grande número de vítimas, também contra o povo yuki) e o Massacre de Bear River (contra o povo shoshone). O governo norte-americano também foi acusado de contagiar deliberadamente tribos indígenas em 1837, ao distribuir cobertores infectados com varíola, além de ter agido para impedir a vacinação de diversos povos nativos, como os mandan, os arikaras, os cree e os blackfoot. O Massacre de Wounded Knee, ocorrido em 29 de dezembro de 1890, foi um dos últimos grandes conflitos das Guerras Indígenas com participação de tropas regulares do governo norte-americano. A chacina foi conduzida pelo 7º Regimento de Cavalaria dos Estados Unidos contra o povo dacota, resultando em centenas de mortes. Vinte soldados que participaram do massacre foram condecorados com medalhas de honra.