Также футболист принял участие в пяти розыгрышах Карибского кубка: в 2001, 2005, 2007, 2008, 2010 и 2014 годах. Всего Йеньер Маркес принял участие в 126 матчах сборной Кубы и является рекордсменом сборной по количеству проведённых матчей.