Nel 1703 Eugenio venne nominato dall'imperatore Presidente del Consiglio aulico di guerra, per sovrintendere per conto dell'imperatore stesso a tutta l'amministrazione e la conduzione dell'esercito austriaco. Il 13 agosto 1704, insieme al vecchio e fedele amico inglese John Churchill, I duca di Marlborough (antenato di Winston Churchill, che ne sarà anche il biografo), sconfisse le truppe franco-bavaresi a Blindheim - per gli inglesi Blenheim -, sul Danubio superiore. Nominato esecutore del Trattato di Ilbersheim, con il quale la Baviera venne sottomessa all'autorità austriaca, dimostrò il suo pugno di ferro reprimendo le rivolte dei bavaresi contro le imposte ed i reclutamenti forzati, voluti dall'imperatore, a Sendling e ad Aidenbach.Ad aprile 1705 tornò in Italia, ove nel frattempo Vittorio Amedeo II di Savoia dal 1703 aveva nuovamente cambiato alleati ed era passato alla coalizione imperiale, per liberare il cugino dalla presenza delle truppe francesi.