El entrenador Joachim Löw lo seleccionó entre los futbolistas que jugarían la Copa Confederaciones, donde el equipo alemán integró el grupo B junto con Australia, Camerún y Chile. Wagner solo jugó el partido de la fase de grupos ante los australianos, que su selección ganó por 3:2. De vuelta por la clasificación al Mundial, el 5 de octubre le marcó a Irlanda del Norte en una victoria por 3:1, y tres días después le marcó a Azerbaiyán en una goleada por 5:1. Alemania clasificó a la Copa del Mundo en la primera posición de su grupo, y Wagner fue, junto con Thomas Müller, el goleador del equipo, con cinco tantos.