Heinrich Christoph Niese war der ältere Sohn des Pastors und späteren Propsts Johann Christoph Niese. Charlotte Niese war seine Nichte, Benedikt Niese sein Neffe. Er besuchte die Gelehrtenschule in Rendsburg und studierte Medizin in Kiel und Würzburg. Während seines Studiums wurde er 1829 Mitglied der "Burschenschaft Germania Kiel". 1831 nahm er für die Kieler Burschenschaft am Burschentag in Frankfurt am Main teil. 1833 wurde er in Kiel zum Dr. med. et chirurg. promoviert und arbeitete dann bis 1848 als praktischer Arzt und Physikus auf der Isel Ärö. In der Schleswig-Holsteinische Erhebung diente er in der Schleswig-Holsteinischen Armee als Oberarzt, zuletzt als Generalarzt. 1852 ging er als Arzt nach Altona und wurde dort während des Deutschen Krieges 1866 Chefarzt des königlich-preußischen Militärlazaretts.