Amb l'esclat de la Segona Guerra Mundial, va seguir treballant a Xipre, Egipte i Palestina i, quan la guerra va arribar a la Mediterrània, va decidir tornar als Estats Units. Es va embarcar en l'últim vaixell estatunidenc permès, l"'Excalibur", però finalment va deixar la seva plaça a la mare d'una menor d'edat que no podia viatjar sola. Va romandre a Atenes treballant fins que la guerra va arribar a Grècia, per la qual cosa es va traslladar a Xipre, on va mantenir fora de perill els resultats de les seves investigacions. En els anys posteriors va treballar amb el Departament d'Estat dels Estats Units, aportant els seus coneixements per guanyar la guerra al Departament de Guerra. Entre 1944 i 1945 va formar part de l'Oficina de Serveis Estratègics (OSS) per als assumptes de Grècia a Istanbul, Esmirna, El Caire i al Museu Nacional d'Atenes.