Con l'avvento del Raj Britannico, l'emergere del commercio marittimo e la crescita del porto di Bombay portarono al graduale declino economico di Jaisalmer. Dopo l'indipendenza dell'India, l'antica via commerciale venne totalmente chiusa, determinando così il destino della città. Tuttavia, la continua importanza strategica di Jaisalmer è stata dimostrata durante le guerre del 1965 e del 1971 tra India e Pakistan. Anche se a un certo punto l'intera popolazione di Jaisalmer viveva all'interno della fortezza, oggi in essa risiedono circa 4.000 persone che appartengono in gran parte alle comunità dei bramini e Daroga. Sono per lo più discendenti dei governanti Bhati di Jaisalmer, ai quali è stato permesso di risiedere all'interno della fortezza. Con l'incremento della popolazione, la gente si è spostata pian piano ai piedi della collina Trikuta e la città di Jaisalmer si è espansa fuori dal forte.