Santana on haastattelussa 2003 tunnustanut käyttäneensä LSD:tä ja meskaliinia. Hän on omien sanojensa mukaan oppinut kokeiluistaan paljon eikä kadu yhtäkään trippiä. Vuonna 1969 muusikko esiintyi Woodstock-festivaaleilla LSD:n vaikutuksen alaisena. Santanaa on käytetty nuorena seksuaalisesti hyväksi, mistä aiheutuneesta traumasta hän kuitenkin 1990-luvulla toipui terapian avulla.