Bazargan va seguir a la política iraniana com a diputat del primer "Majlís" de la nova República Islàmica. Va ocupar un escó del 4 de maig de 1980 al 6 de maig de 1984. D'entrada es va oposar a la revolució cultural iraniana i va seguir defensant la política laica i la democràcia. També es va oposar a la continuació de la Guerra Iran-Iraq i a la participació dels clergues en tots els aspectes de la política, l'economia i la societat, és a dir, a la tutela dels juristes, cosa que li va suposar haver de suportar l'assatjament dels joves militants revolucionaris iranians.