Watie blev udnævnt til brigadegeneral i 1864 og fik kommandoen over "1st Indian Brigade", der hovedsagligt bestod af cherokesere, creeker og seminoler fra reservatet i Oklahoma, og han var dermed den indianer, der opnåede den højeste rang under krigen. Med denne brigade angreb han nordstatstropper i Arkansas, Missouri, Kansas og Texas foruden i Indianerterritoriet. Efter sigende var brigaden den sydstatsenhed, der udkæmpede flest kampe vest for Mississippi-floden. Da krigen sluttede, var Watie den sidste general, der overgav sig til Nordstaterne den 23. juni 1865, to måneder efter at Robert E. Lee havde overgivet sig ved Appomattox Courthouse.