Ως δεύτερος πρεσβύτερος γιος του Καρόλου Α', ανέβηκε στον θρόνο μετά τον θάνατο του αδελφού του, Καρόλου Β'. Αντιμετώπισε συνεχώς αυξανόμενη αντίσταση από πολιτικούς και θρησκευτικούς ηγέτες της Βρετανίας επειδή ήταν γαλλόφιλος και υπέρ του Ρωμαιοκαθολικισμού και επειδή απέβλεπε στην εδραίωση απόλυτης μοναρχίας. Όταν απέκτησε άρρενα διάδοχο ξέσπασε κρίση και διάφορες προσωπικότητες κάλεσαν το γαμπρό και ανιψιό του Γουλιέλμο Γ΄ της Οράγγης να πάρει το θρόνο, ο οποίος ήταν Κυβερνήτης των Ηνωμένων Επαρχιών των Κάτω Χωρών. Ήταν η λεγόμενη Ένδοξη Επανάσταση του 1688. Ο Ιάκωβος εγκατέλειψε την Αγγλία και συνεπώς θεωρήθηκε έκπτωτος. Αντικαταστάθηκε από τον Γουλιέλμο της Οράγγης που έγινε βασιλιάς ως Γουλιέλμος Γ΄, κυβερνώντας από κοινού με τη σύζυγο του, και κόρη του Ιακώβου, Μαρία Β΄. Έτσι ο Γουλιέλμος με τη Μαρία, αμφότεροι Προτεστάντες, έγιναν από κοινού μονάρχες το 1689. Ο Ιάκωβος έκανε μια σοβαρή προσπάθεια να ανακτήσει τους θρόνους του, όταν αποβιβάσθηκε στην Ιρλανδία το 1689 αλλά μετά την ήττα του από τις δυνάμεις του Γουλιέλμου στη Μάχη του Μπόυν το καλοκαίρι του 1690 επέστρεψε στη Γαλλία. Έζησε εκτός της Βρετανία το υπόλοιπο της ζωής του ως διεκδικητής του θρόνου, έχοντας σχηματίσει μια αυλή χρηματοδοτούμενη από τον εξάδελφο και σύμμαχο του, βασιλιά Λουδοβίκο ΙΔ΄.