Toisen maailmansodan puhjetessa Percival oli brittiläisen siirtoarmeijan 43. divisioonan komentajana. Dunkerquen evakuoinnin jälkeen hän siirtyi komentamaan 44. divisioonaa, jonka oli tarkoitus puolustaa Britannian rannikkoa mahdolliselta Saksan maihinnousulta. Toukokuussa 1941 Percival nimitettiin Malaijan brittijoukkojen komentajaksi ja ylennettiin samalla kenraaliluutnantiksi. Hän sai ylennyksen monien kokeneempien upseerien ohi, koska pääesikunnan päällikkö John Dill piti häntä luottomiehenään. Malaijassa Percivalilla oli käytössään alle kolme divisioonaa eikä lainkaan panssarivaunuja, joten hän pyysi kuutta divisioonaa lisää, mutta lisäjoukkoja ei myönnetty. Edellytykset alueen tehokkaaseen puolustukseen olivat siten valmiiksi heikot.