Durante la Segunda guerra civil sudanesa la ubicación del Bahr al-Arab en la frontera norte y sur de Sudán hizo del río un frente militar y una zona de conflicto. El oeste de Sudán, a principios de la década de 1980, sufrió varias sequías y malas cosechas. Cuando varios pueblos se desplazaron hacia el sur, los baggaras se trasladaron al sur del Bahr al-Arab, y entraron en conflicto con los dinka. Los baggaras estaban apoyados por los militares sudaneses, en un intento de avanzar contra el Ejército Popular de Liberación de Sudán (SPLA). Las milicias baggaras, conocidas como "murahileen", lucharon en el SPLA en los años 1980. A finales de la década, la tierra a lo largo del Bahr al-Arab fue devastada y la población diezmada.