Wegen der anhaltenden Massenproteste gegen Mursi setzte Sisi am Nachmittag des 1. Juli 2013 allen politischen Kräften ein Ultimatum von 48 Stunden. Am Abend des 3. Juli wurde die Regierung Kandil, der er selbst angehörte, durch einen Militärputsch abgesetzt und Neuwahlen angekündigt. Sisi ernannte Adli Mansur (seit 1. Juli 2013 der Vorsitzende des Obersten Verfassungsgerichts) am 4. Juli zum Übergangspräsidenten des Landes. Er kündigte auch eine neue Präsidentschaftswahl und die Überarbeitung der im Vorjahr beschlossenen Verfassung an, die von den Islamisten geprägt und bei einer Abstimmung mit 64 Prozent der Stimmen bei einer Wahlbeteiligung von 33 Prozent angenommenen worden war. Zahlreiche gesellschaftliche Kräfte begrüßten diese Entwicklung. Jedoch führte der Putsch zu erneuten Massenprotesten und zur Eskalation der Situation im Land. Am Morgen des 8. Juli wurden laut der Gewerkschaft ägyptischer Ärzte 84 Demonstranten während des Morgengebetes vor den Kasernen der Nationalgarde vom Militär erschossen, 1000 andere wurden verletzt.