4 kwietnia 2009 podczas konferencji prasowej w ramach 21. szczytu NATO w Strasburgu i Kehl Jaap de Hoop Scheffer poinformował, iż kraje członkowskie dokonały wyboru urzędującego premiera Danii na sekretarza generalnego NATO. W konsekwencji Anders Fogh Rasmussen zrezygnował ze stanowiska premiera, mandatu poselskiego i kierowania partią. Urzędowanie w strukturach NATO rozpoczął 1 sierpnia 2009, a zakończył 30 września 2014.