Der zu jener Zeit für seine sehr durchdachte Spielweise bekannte und teilweise auch gefürchtete Ebdon fiel trotz einiger weiterer großer Erfolge wie dem Sieg bei der UK Championship 2006 und dem Vize-Weltmeistertitel im selben Jahr auf der Weltrangliste zurück. Zwar konnte er sich bis 2009 noch in den Top 10 halten, musste dann aber sukzessive Verluste auf der Weltrangliste hinnehmen. 2012 gewann er mit den China Open seinen letzten großen Titel. In den folgenden Jahren erreichte er nur noch zwei weitere Endspiele auf Profiebene und belegte zeitweise auf der Weltrangliste sogar Platz 55, bis er zur Saison 2019/20 in die Top 50 zurückkehrte. Im April 2020 gab er schließlich wegen gesundheitlicher Probleme das Ende seiner Karriere bekannt.