Německý protiútok však povstalce záhy donutil přejít do defenzívy. Po tvrdých bojích, které trvaly do 28. října, obnovily německé jednotky kontrolu nad většinou slovenského území. Sovětské a československé jednotky, které se na Slovensko pokoušely probojovat skrz velmi dobře bráněný Dukelský průsmyk, se na pomoc povstání nedostaly včas. Slovenští velitelé Viest a Golian byli 3. listopadu zajati, načež byli oba převezeni do Německa a popraveni. Většina přeživších povstaleckých vojáků a partyzánů se po porážce povstání stáhla na zimu do hor. Slovenské národní povstání tak bylo po dvou měsících bojů potlačeno. Přestože se Slovenský stát s pomocí nacistů i přes povstání udržel, jeho území se až do konce války s postupem sovětských vojsk neustále zmenšovalo a ľudácký režim byl už zcela závislý na nacistickém Německu.