Az 1990-es évek elején a szovjet rendszer bukása a CIA mély kríziséhez vezetett, mivel az ügynökség létjogosultsága a kommunizmus elleni rejtett harc volt. A CIA-t sok kritika érte, hogy nem tudta előrejelezni és megakadályozni a 2001. szeptember 11-ei terrortámadásokat. Azóta a CIA új ellensége az iszlám radikalizmus lett, és a terrorizmus elleni háború vált az új hidegháborúvá.