5. května 1945 obdržel od velitele vládního vojska generála Emingera rozkaz pomoci Pražskému povstání. Jím vedené jednotky se zapojily např. do bojů o budovu Českého rozhlasu na Vinohradech. Koncem května 1945 oznámil denní tisk, že byl Karel Pražák pro spolupráci s Němci zajištěn, spolu s dalšími vojenskými osobami (Jan Syrový, Jaroslav Emminger a další).