1986年のヒューストン・アストロズとのナ・リーグチャンピオンシップシリーズ、ボストン・レッドソックスとのワールドシリーズでも、登板はリリーフによるものだけであった。2勝3敗と追い詰められたワールドシリーズ第6戦（シェイ・スタジアム）では延長10回表に登板して2失点し、その裏も2死まで追い込まれ、敗戦投手となるところであったが、メッツ打線の連打と相手投手の暴投で同点に追いつき、レッドソックスの一塁手ビル・バックナーの痛恨のエラーで逆転サヨナラ勝ちし、アギレラは幸運にも勝利投手となった（詳細はこちらを参照）。は故障もあってシーズンは11試合の登板に終わる。ロサンゼルス・ドジャースとの地区優勝決定シリーズには救援で登板。