Efter det danska nederlaget lämnade von Eickstedt sin tjänst i den danska armén för att bli geheimeråd och ta över som överkrigssekreterare efter Christian von Lente. Samtidigt blev han deputerad i generalkringskommissariaten för land- och sjöstaterna, men lämnade redan sommaren 1711 denna befattning då han följde Fredrik IV till krigsskådeplatsen i norra Tyskland. Där var han en del av kungens stab vid Slaget vid Gadebusch den 20 december 1712. Eickstedt verkade under sju år som överkrigssekreterare och var därigenom kungens närmaste man inom arméns och flottans administration. I denna roll visade sig von Eicksted vara en mycket arbetsam, pliktrogen, förståndig och human officer och ämbetsman med utpräglad känsla för rättfärdighet. När det kom till organisatoriska frågor hade han ett gott samarbete med den danska härens nya överbefälhavare, general Jobst von Scholten. År 1717 drog sig von Eickstedt tillbaka från sin tjänst och utsågs istället till amtman över Fredensborgs och Kronborgs amt. Grunden avgången förefaller inte ha berott på någon splittring mellan von Eickstedt och kungen, men det är möjligt att han inte delade kungens intresse av upprättandet av rytterigodsdistrikt. Även von Eickstedts efterträdare på posten, viceamiral Christian Carl Gabel, uttalade i efterhand tvivel om den nya organisationen, men genomförde denna för att gå kungen till mötes. Den 17 december 1718 avled von Eickstedt endast 48 år gammal på Frederiksborgs slott. Omständigheterna om hans död är inte kända, men på grund av hans ringa ålder är det troligt att han inte avled av naturliga orsaker.