Va néixer a Varsòvia en una família d'origen italià, Fontana va estudiar dret a la Universitat de Varsòvia i música amb Józef Elsner al conservatori de la ciutat, on va conèixer a Chopin. Fontana va deixar Varsòvia l'any 1831, després de la Revolta polonesa del 1830 i es va establir a Hamburg, abans d'esdevenir un pianista i mestre a París cap al 1832.