Bonsdorff tunnettiin myös hyönteisiin erikoistuneena luonnontutkijana. Hänellä oli mittava luonnontieteellinen kokoelma, joka tuhoutui Turun palossa 1827. Vuonna 1797 Bonsdorff oli mukana perustamassa Suomen Talousseuraa, 1790 Turun Soitannollista Seuraa ja 1821 Rauman kylpylää. Vuonna 1822 hän teki keisarille esityksen eläinlääkärien virkojen saamiseksi lääneihin sekä eläinlääketieteen opetuslaitoksen perustamiseksi.