Il 26 maggio 1896 è incoronato con una fastosa cerimonia col nome di Nicola II, zar di tutte le Russie e "basileus" della Chiesa Ortodossa russa. Sin dai primi giorni di regno i contemporanei vedono in alcuni avvenimenti i presagi di future disgrazie. Il più citato di questi avvenimenti è la tragedia del campo di Chodynka presso Mosca, nel corso dei festeggiamenti per l'incoronazione: a causa della cattiva organizzazione di argini e impalcature atte a contenere la folla, 1 400 persone muoiono schiacciate. Ancora sotto la forte influenza degli zii Vladimir, Pavel e Sergej, il nuovo zar annulla le sue intenzioni iniziali di sospendere i festeggiamenti di fronte alla tragedia e suscita così le prime e feroci critiche, nonostante abbia predisposto un forte indennizzo per ciascuna delle famiglie delle vittime.