הארגון, שהוקם בראשית שנות ה־80 של המאה ה־20 ברצועת עזה, רואה את הטרור ככלי בלעדי לקידום יעדיו, ובראשם חיסולה של מדינת ישראל והקמת מדינת הלכה אסלאמית פלסטינית בכל שטחי ארץ ישראל. הג'יהאד האסלאמי היה הארגון הראשון שהיווה חלופה דתית־אידאולוגית למאבק בישראל, בניגוד לאש"ף החילוני. הג'יהאד האסלאמי ביצע בשנות ה־90 ובמהלך האינתיפאדה השנייה שורה של פיגועי התאבדות רצחניים, ששיאם בפיגוע במסעדת מקסים באוקטובר 2003.