Как тренер на родине работал с клубами «ХК 36 Скалица», «Дукла» Тренчин, «Кошице», «Жилина», «Мартин». В сезоне 2003/04 привёл «Дуклу» к победе в чемпионате Словакии. Руководил молодёжной сборной Словакии на МЧМ-2005 (где она заняла 7-е место). В 2007—2008 годах тренировал чешский клуб «Били Тигржи» (4-е место по итогам первенства 2007/08). Во главе клуба «Мартин» выиграл Континентальный кубок в 2009 году и «бронзу» чемпионата Словакии в сезоне 2009/10. С 2010 по январь 2012 вновь тренировал «Дуклу», заняв с ней 4-е место по итогам первенства 2010/11. В сезоне 2012/13 Грегор тренировал выступающий в ВХЛ красноярский «Сокол», команда не прошла в плей-офф. С 30 октября 2013 года по май 2014 года — главный тренер Казахстанской команды ВХЛ «Сарыарка». Обладатель Кубка Братины 2014 года.