Jego łagodna polityka zawiodła jednak w przypadku turkmeńskich plemion Anatolii, których styl życia był nie do pogodzenia z osmańskim sposobem rządzenia. Ich przywódcą stał się Isma’il I (1501–1524) z szyickiego rodu Safawidów, który po podboju Ak Kojunlu otwarcie rzucił wyzwanie Osmanom. Pojednawcza postawa Bajezida nie przystawała do sytuacji i został on obalony przez swojego syna Selima I (1512–1520), który był przywódcą frakcji opowiadającej się za bardziej zdecydowanymi działaniami. Selim miał stracić 40 tys. zwolenników Isma’ila w Anatolii, po czym w roku 1514 pokonał jego samego w decydującej bitwie na równinie Czałdyran. W jej wyniku Selim zajął górzysty region rozciągający się od Erzurumu do Diyarbakıru, co sprawiło że „Anatolia była chroniona przed najazdami ze wschodu, a szlaki wiodące do Azerbejdżanu, na Kaukaz i do Bagdadu stały dla Osmanów otworem”. Najazd Selima na emirat Dulkadir w następnym roku doprowadził do konfrontacji z Mamelukami. Ich armia została pokonana najpierw 24 sierpnia 1516 roku pod Mardż Dabik w pobliżu Aleppo, a następnie 22 stycznia 1517 roku pod Ar-Rajdanijją w pobliżu Kairu. W rezultacie sułtanat mameluków przestał istnieć, a jego terytorium zostało wcielone do państwa Osmanów, poza tym Turcy opanowali niewielki skrawek lądu na północ od zatoki Adeńskiej, zaś Szarif Mekki wysłał Selimowi klucze do świętych miast i zadeklarował swoje posłuszeństwo.