Την επόμενη χρονιά προσλήφθηκε στην υπηρεσία του Ιωάννη Καντακουζηνού, τον οποίο υποστήριξε κατά τις εμφύλιες διαμάχες των ετών 1341-47, γεγονός που οδήγησε στην εκδίωξή του από την Κωνσταντινούπολη. Οι σφαγές και οι λεηλασίες εις βάρος των ευγενών στη Θεσσαλονίκη από τους Ζηλωτές το 1345 είχαν ως αποτέλεσμα και τη δική του οικονομική καταστροφή. Το 1347, όταν ο Ιωάννης ΣΤ’ Καντακουζηνός έγινε αυτοκράτορας, ο Δημήτριος Κυδώνης έλαβε το αξίωμα του μεσάζοντα του αυτοκράτορα. Στην θέση αυτή παρέμεινε και μετά την επικράτηση του Ιωάννη Ε' Παλαιολόγου καθώς και αργότερα όταν έγινε αυτοκράτορας ο Μανουήλ Β' Παλαιολόγος.