בתקופה זו זכתה קיטו בשש אליפויות אקוודור. שחקני קיטו היוו חלק מרכזי בנבחרות אקוודור ששחקו במשחקי גביע העולם בכדורגל, קוריאה-יפן 2002 וגרמניה 2006. השחקנים הם השוער, כריסטיאן מורה, נייסר ריאסקו, ג'ובאני אספינוסה, פאול אמברוסי, פטריסיו ארוטיה, אגוסטין דלגדו ואדיסון מנדס. כמו כן השתתפו נציגי הקבוצה בזכייתה של נבחרת אקוודור עד גיל 17 בגביע פאן אמריקה בכדורגל בשנת 2007.