Mostar var den by, der blev hårdest ramt under Krigen i Bosnien-Hercegovina. Blandt andet blev den historiske bro skudt i stykker af kroatisk morter- og kampvognsild fra de omkringliggende bjerge. I byen kan man stadig se spor efter krigen i gadebilledet. Broen og mange bygninger er dog blevet genopbygget.