Trong thời kỳ khủng hoảng Hiến pháp năm 1993, Tòa án Hiến pháp là bên chính tham gia cuộc khủng hoảng, giải quyết các vấn đề giữa Tổng thống Yeltsin và Xô Viết Tối cao. Do đứng về phe của Xô Viết Tối cao, Tòa án Hiến pháp bị Yeltsin đình chỉ hoạt động (7/10/1993). Sau do xung đột giữa Yeltsin và Hội đồng Liên bang về việc bổ nhiệm thẩm phán Tòa án Tối cao, Tòa án Hiến pháp mới chính thức hoạt động trở lại (2/1995).