מרכיב שנוי במחלוקת נוסף של התנהגותו של גמסחורדיה הייתה הכרתו במשטר הבדלני בצ'צ'ניה. ממשלתו של גמסחורדיה הייתה היחידה בעולם שהכירה במה שכונה על ידי הבדלנים הצ'צ'נים "הרפובליקה הצ'צ'נית של איצ'קריה", המדינה העצמאית שהקמתה הייתה הרקע לפרוץ מלחמת צ'צ'ניה הראשונה, מספר שנים לאחר מכן.