Beauregard blev forflyttet til Tennessee og overtog kommandoen over Sydstatshæren under slaget ved Shiloh da general Albert Sidney Johnston blev dræbt. Selv om den første dags kampe havde været en succes (6. april 1862) afblæste Beauregard kampen for tidligt, idet han regnede med at Unionshæren var slået. I løbet af natten fik generalmajor Ulysses S. Grant forstærkninger og han igangsatte et modangreb næste morgen. Beauregard blev senere tvunget væk fra sin forsyningsbase Corinth i Mississippi, af styrker under Generalmajor Henry W. Halleck. Derefter overdrog kan ledelsen af hæren til General Braxton Bragg fra Alabama.