南北戦争のとき、ノットウェィ郡からはノットウェイ・ライフル衛兵隊とリチャード・アービー大尉のノットウェイ・グレイズという歩兵2個中隊、ジェフレスの砲兵大隊、バージニア第3騎兵隊のノットウェイ中隊を立ち上げて南軍に貢献した。2つの歩兵中隊はバージニア第18歩兵連隊に属し、東部戦線で多くの戦闘に参加したが、特にゲティスバーグの戦いで、ピケットの突撃の時は最前線にいた。この悪名高い突撃により、バージニア第18歩兵連隊と故郷のノットウェイ郡で待っていた家族にとって、壊滅的な被害を受けた。バージニア第18歩兵連隊の軍旗はセメタリーリッジの壁で捕獲され、現在はゲティスバーグで展示されている。戦中に郡域では「グローブの戦い」という小戦闘があったきりだった。この戦闘はロバート・E・リー将軍の北バージニア軍に物資を供給する鉄道の支配を巡り、ブラックストーン（当時はブラックス・アンド・ホワイツと呼ばれていた）近くで起きた。北バージニア軍は当時ピーターズバーグとリッチモンド周辺で塹壕戦に入っていた。アポマトックス・コートハウスで南軍が降伏する以前、最後の戦闘は1865年4月6日に郡境近くのバークビルの西で起こったセイラーズクリークの戦いだった。