Yamamoto pääsi ajamaan Super Agurin kolmantena kuljettajana perjantain vapaissa harjoituksissa Britannian, Kanadan, Yhdysvaltain ja Ranskan Grand Prix'ssa. Saksan Grand Prix'sta lähtien Yamamoto toimi Super Agurin toisena kilpakuljettajana. Talli halusi pysyä kokonaan japanilaisena, joten Yamamoto ja Montagny vaihtoivat paikkoja. Ajoitus kisakuskiksi siirtymiselle oli hyvä, sillä Super Aguri toi Saksassa radalle uuden SA06 -autonsa, jota Yamamoto oli jo aikaisemmin päässyt testamaan Silvestonessa. Autosta odotettiin selkeästi nopeampaa, kuin sen edeltäjä SA05 oli ollut. Yamamoton kilpakuljettajan ura alkoi kuitenkin huonosti, sillä hän joutui keskeyttämään kaksi ensimmäistä kilpailuaan ensimmäisellä kierroksella. Seitsemästä ajamastaan kilpailusta Yamamoto pääsi kolmesti maaliin ollen kahdesti 16. ja kerran 17.