その後、太平洋戦争開戦までに「瑞穂丸」は軍隊輸送船に用途変更された。開戦時にはフィリピン攻略のため、1941年（昭和16年）12月22日にリンガエン湾での上陸作戦に参加。蘭印作戦でも、1942年（昭和17年）2月28日のジャワ島西部上陸作戦に参加した。