В связи с происходившим после распада СССР масштабным сокращением Вооруженных Сил снизилась потребность в военных юристах, переводчиках и финансистах, что отразилось на судьбе Военного Краснознаменного института. В 1993 г. на базе Военного Краснознаменного института и военно-финансового факультета при Московской финансовой академии Правительства Российской Федерации, было создано новое высшее военное учебное заведение — Военная академия экономики, финансов и права Вооруженных Сил Российской Федерации.