Die Patronatsrechte und Prästentationsrechte lagen aber vielerorts bei geistlichen Herrschaften, namentlich beim Hochstift Eichstätt, beim Kloster St. Walburg oder beim Chorherrenstift Rebdorf. In Alesheim, Trommetsheim, Theilenhofen und Wachstein lag die Kirchenhoheit zwar bei Pappenheim wurde aber vom Ansbach bestritten. Umgekehrt hatte Ansbach die Kirchenhoheit über die Pfarrei Emetzheim im pappenheimschen Territorium. Hemmend wirkte sich für die Reformation in der Grafschaft aus, dass das Familienoberhaupt Veit zu Pappenheim (1535–1600) Reichserbmarschall des Kaisers war. Darüber hinaus hatten Familienmitglieder hohe geistige Ämter inne. So war Christoph von Pappenheim von 1535 bis 1539 Bischof von Eichstätt, Georg von Pappenheim von 1548 bis 1563 Bischof von Regensburg und Matthäus von Pappenheim ab 1496 Kanoniker am Stift Ellwangen. Das Familienoberhaupt der Pappenheim war bei so wichtigen Entscheidungen wie der Einführung der Reformation an die Zustimmung andere Familienmitglieder gebunden. In Pappenheim ging der Anstoß zur Reformation von den Augustiner-Eremiten aus. Bis 1539 hatten fast alle Mönche das Kloster verlassen und teilweise auch geheiratet. Der Schmalkaldische Krieg und die Annahme des Augsburger Interims durch Pappenheim verhinderten zunächst die Ausbreitung der neuen Lehre. Der Augsburger Religionsfriede gestattete auch der Ritterschaft die Einführung der lutherischen Lehre. Pappenheim erklärte sich 1555 offiziell für evangelisch. In der Herrschaft Pappenheim vollzog sich der Übergang zum evangelischen Kirchenwesen graduell. Die Zeitpunkte, wann evangelisch gepredigt oder die Sakramente vollzogen wurden, sind nur ungefähr fassbar: um 1540 in Bieswang, Büttelbronn, Dietfurt, um 1543 Rehlingen, um 1545 in Dettenheim, Graben, Niederpappenheim und Pappenheim, um 1548 in Neudorf, um 1550 in Suffersheim, 1572 in Langenaltheim.