梅塞施密特Bf 110C被指派投入巴爾幹戰役。第26驅逐機聯隊的第一、二大隊開始投入戰區布署。Bf 110再一次遭遇國外梅塞施密特Bf 109的抗擊，如同1940年的瑞士一樣，在巴爾幹所遭遇的是的Bf 109，結果勝利還是屬於南斯拉夫空軍。在4月6日第一天，第26驅逐機聯隊第1大隊以损失5架Bf 110的代价擊落了两架Bf 109。第26驅逐機聯隊第2大隊擊落數架，但是與雙翼機對抗時自己也損失了2架。在4月20日的希臘，第26驅逐機聯隊第2大隊宣稱以損失2架Bf 110為代價換取擊落皇家空軍第87中隊與的5架颶風戰機。戰死者中包括了33中隊獲得50次空戰勝利的王牌。驅逐機中隊的上尉與柔佛斯·巴古中尉皆宣稱自己是取得戰果之人，在此戰役中分別創下12架與14架的擊墬紀錄，其中包括80中隊的空戰王牌Timber Woods。柔佛斯·巴古中尉則在1941年5月14日執行克里特島戰役時戰死。由於英軍在克里特島佈署了防禦系統與格勒斯特格鬥士戰機，在克里特島戰役中Bf 110損失12架飛機。