Austria e Prussia combatterono però insieme la Francia di Napoleone Bonaparte nelle Guerre napoleoniche; dopo la conclusione di questi scontri, gli stati tedeschi vennero riorganizzati in soli 37 (dei 300 presenti a fine Settecento) stati a formare la Confederazione germanica. I nazionalisti tedeschi iniziarono a richiedere l'unificazione della Germania, in particolare con le rivoluzioni del 1848. Si presentarono diverse soluzioni per la questione tedesca: la "Piccola Germania" ("Kleindeutschland") era a favore della Prussia protestante che avrebbe annesso tutti gli stati ad eccezione dell'Austria, mentre la "Grande Germania" ("Grossdeutschland") era a favore dell'Austria cattolica con un governo separato per i paesi tedeschi. La Questione dello Schleswig-Holstein scese sul tavolo dei dibattiti; la Seconda guerra dello Schleswig vide la Danimarca perdere contro le forze combinate di Austria e Prussia, ma in seguito la Prussia ottenne il pieno controllo dell'area con la Guerra austro-prussiana che ancora una volta la vide contrapporsi alla propria nemica storica, riuscendo ad estrometterla dalla gestione degli affari tedeschi. Dopo la Guerra franco-prussiana, la Germania venne unificata e la Prussia divenne parte dell'Impero tedesco dal 1871, data nella quale spesso si vede terminare la secolare rivalità tra Austria e Prussia. La Germania, guidata dalla Prussia, era ormai divenuta una potenza militare addirittura superiore all'Impero austro-ungarico.