Die ursprünglichen Bewohner der Gegend waren austronesische indigene Ethnien. Ab dem 19. Jahrhundert begann die Einwanderung von Han-Chinesen. Aus dieser Zeit rührt der chinesische Name "Mudan", was übersetzt „Pfingstrose“ bedeutet. Der Ort wurde bekannt durch den „Mudan-Zwischenfall“ im Dezember 1871, bei dem gestrandete schiffbrüchige Fischer von den Ryukyu-Inseln von den ansässigen Paiwan getötet wurden, was in der Folge im Jahr 1874 zu einer militärischen Strafexpedition Japans nach Taiwan führte. Nachdem die Insel Taiwan 1945 an die Republik China gekommen war, wurde 1950 der Landkreis Pingtung eingerichtet und Mudan wurde zu einer Landgemeinde (). Seit 2014 genießt Mudan einen Sonderstatus als „Berglandgemeinde der Ureinwohner“, in der die Sprachen und Kulturen der indigenen Völker Taiwans eine besondere Förderung erfahren sollen.