Am 28. Juni 2001 wurde Henault zum General befördert und übernahm bis zum Februar 2005 den Posten des Generalstabschefs ("Chief of the Defence Staff") der Kanadischen Streitkräfte. Während seiner Amtszeit erlebten die Kanadischen Streitkräfte das höchste Operationsaufgebot seit dem Zweiten Weltkrieg. Seit dem 11. September 2001 wurden mehr als 17.000 kanadische Soldaten im Ausland eingesetzt. Zusätzlich zum Beitrag für die International Security Assistance Force (ISAF) in Afghanistan waren kanadische Truppen im Rahmen von Koalitions- und UN-Missionen auf Haiti, in Äthiopien und Eritrea, auf den Golanhöhen, in der Demokratischen Republik Kongo und in Sierra Leone eingesetzt. Unter Henault wurden auch umfangreiche Anstrengungen unternommen, um die Kanadischen Streitkräfte zu transformieren, um sie flexibler einsetzen zu können.