Όταν οι Ιωαννίτες Ιππότες αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν τη Ρόδο το 1523 και εγκαταστάθηκαν στη Μάλτα, τους ακολούθησαν πολλοί Έλληνες. Στα τέλη του 18ου αιώνα κατά τη διάρκεια της Ελληνικής επανάστασης κατέφυγαν στη Μάλτα Χιώτες μετά τη σφαγή του 1822 και άλλοι από διάφορες περιοχές. Ιδρύθηκε ελληνικό τυπογραφείο που λειτούργησε ως το 1842 όπου τυπώθηκαν 200 περίπου βιβλία. Είναι χαρακτηριστικό ότι τον Φεβρουάριο 1827, και ενώ η Ελλάδα δεν είχε αναγνωρισθεί ακόμη ως ανεξάρτητο κράτος, στη Μάλτα ιδρύθηκε το πρώτο ελληνικό Προξενείο.