Het tweede deel van het plan werd uitgevoerd door legers onder het commando van Henry Halleck, Ulysses S. Grant en Nathaniel P. Banks en door eenheden van de United States Navy onder Andrew H. Foote, David D. Porter en David G. Farragut, die beetje bij beetje de controle over de Mississippi overnamen, wat ze in juli 1863 afmaakten met de val van Vicksburg en Port Hudson.