Boutsen unterschrieb einen Zweijahresvertrag bei Ligier. Doch das sollte sich als schlechter Schachzug herausstellen, denn er musste sich in der Folge mit unterdurchschnittlichem Material plagen, kam nie über das Mittelfeld hinaus und die einzige Ausbeute in zwei Jahren waren nur zwei WM-Punkte. 1993 bestritt er zehn Grands Prix für Jordan, doch kam er nie richtig in Schwung und beim Großen Preis von Belgien schloss sich der Kreis, als er nach zehn Jahren Formel 1 zurücktrat.