Після початку Першої світової війни Фаулер служив у Королівській морській артилерії (), брав участь як артилерійський офіцер у битві при Галліполі та був важко поранений у плече. Після відправлення у тил й одужання він приєднався до групи Арчибальда Хілла, яка працювала над створенням та випробуванням нового приладу для спостереження за польотом аеропланів — дзеркального пеленгатора ("mirror position finder"). З осені 1916 року Фаулер став заступником Гілла у спеціальному експериментальному підрозділі, що знаходився у Портсмуті і проводив розрахунки аеродинаміки снарядів та розробку протиповітряних звукових локаторів. За ці роботи над військовою тематикою у 1918 році він був нагороджений Орденом Британської імперії і отримав звання капітана. Низку результатів його роботи, що відіграли значну роль у розвитку балістики, було опубліковано після війни у наукових виданнях.