В 1793 году он стал членом Комитета общественного спасения, где чрезвычайно энергично заведовал морским департаментом; в том же году был послан в Брест для реорганизации морских сил Франции, находившихся в очень плохом положении. В следующем году Жанбон Сент-Андре участвовал в сражении (близ Бреста) между французским флотом под начальством Вилларе-Жуайёза и английским; хотя французский флот и был разбит, но и англичане потерпели сильные потери, так что в Брест мог свободно войти транспорт с хлебом, состоявший из 116 судов.