През 1925 г. без знанието и съгласието на ОРСС и на Жеко Димитров е извършен Атентат в църквата „Света Неделя“. По това време е извън София. Негови съратници и приятели го съветват да се скрие, но той отказва. Арестуван е и изчезва безследно.