Dans « "Somebody Else's Civil War" », un article du "Foreign Affairs" publié en février 2002, il argue que les attentats du 11 septembre 2001 s'inscrivent dans un conflit religieux parmi les musulmans. Doran affirme qu'Oussama ben Laden, espérant des représailles américaines qui uniraient les croyants contre l'Occident, cherchait à déclencher une révolution parmi les nations arabes et ailleurs. Pour Ben Laden, les conflits armés avec les États-Unis ne représentent pas une fin en soi, mais une façon de faire la promotion d'un islam radical. En 2006, il a soutenu l'invasion de l'Irak par les États-Unis.