Von 1917 bis 1923 wirkte er als Provinzial der tschechisch-mährischen Franziskanerprovinz. Anschließend studierte er Pädagogik und wirkte ab 1928 am Ordensgymnasium im slowakischen Malacky und in Preßburg. Nach der Habilitation an der Universität Olmütz wurde er 1939 als Professor an die Theologische Fakultät der Karls-Universität berufen. Diese Tätigkeit wurde jedoch durch die Sonderaktion Prag beendet, mit der die tschechischsprachigen Hochschulen von der deutschen Besatzung des Protektorats am 1. November 1939 geschlossen wurden. Nach Kriegsende 1945 konnte Jan Kapistrán Vyskočil die Lehrtätigkeit wieder aufnehmen. Ebenso wurde er wiederum zum Provinzial der tschechisch-mährischen Ordensprovinz berufen, die ihren Sitz beim Konvent Maria-Schnee in Prag hatte. 1947 veröffentlichte er eine umfassende Lebensbeschreibung über den ersten Prager Erzbischof Ernst von Pardubitz. Seine Tätigkeit wurde jedoch nach dem Februarumsturz 1948 durch die kommunistische Regierung der Tschechoslowakei mit der Aktion K beendet. Damals wurden alle Mönche in zentralen Lagern interniert. Jan Kapistrán Vyskočil war vom 13. April 1950 bis zum Herbst 1955 im Kloster Želiv ("Seelau") interniert. Am 9. Januar 1956 starb er in Prag. Sein Leichnam wurde am Friedhof Olšany im Ordensgrab beigesetzt.