Después de la independencia de Namibia, Michael Hishikushitja fue elegido Consejero Regional de la circunscripción de Oshikango, cargo que ocupó hasta su muerte. Cuando se formó el Consejo Nacional de Namibia en 1993, fue uno de los Consejeros Regionales elegidos para prestar servicio. Fue vicepresidente del primer Consejo Nacional, y jefe de la SWAPO del segundo. También fue miembro de la «Asociación Parlamentaria del Commonwealth», y presidente del Comité Permanente de Asuntos Constitucionales y Jurídicos.