После начала 22 июня 1941 года операции «Барбаросса» в данные исправительно-трудовые лагеря были депортированы жители окрестных населённых пунктов, в том числе краковяне. 19 апреля 1942 года был опубликован указ, согласно которому евреи за 3 дня обязывались собрать за 3 дня и передать в гестапо 50 кг золота. В течение данного периода времени на улицах служащие политической полиции застрелили около 40 заложников. 25—26 августа 1942 года, под автоматные очереди и крики, служащими полиции порядка были согнаны на вокзал, погружены в поезда смерти и отправлены в лагерь смерти Треблинка-2 от 11 до 12 тысяч евреев. 28 августа власть в гетто перешла в руки членов юденрата, в результате чего впоследствии произошёл ряд массовых депортаций евреев в лагеря смерти. 17 июля 1943 года гетто окончательно ликвидировали; оставшихся евреев депортировали в лагеря смерти Треблинка-2 и Майданек; в самом городе были расстреляны последние 160—200 проживавших в нём лиц еврейской национальности, и он был провозглашён свободным от евреев.