Selon Yasser al-Sirri, directeur de l'Observatoire islamique, basé à Londres, il naît en Égypte le dans la région d'Al-Sharqiya, dans le delta du Nil. Il se tourne très tôt vers l'islam radical et participe à la fondation du Djihad islamique égyptien avec son compatriote Ayman al-Zawahiri, le et principal idéologue de la nébuleuse terroriste Al-Qaïda. À la suite de l'implication du Djihad islamique dans l'assassinat du président égyptien Anouar el-Sadate le , Masri est arrêté et écope d'une peine de trois ans de prison.