Efter att ha upplevt ett riktigt fiasko i kvalet till Schweiz och Österrike 2008 så laddade man om batterierna och fick en liknande grupp som i det förra VM-kvalet, nu bestod gruppens motståndare av Spanien, Turkiet, Belgien, Estland och Armenien. Efter en väldigt bra insats så lyckades Bosnien och Hercegovina till slut säkra andraplatsen i gruppen med en match mot Estland där man vann med 0-2. Till slut så förlorade man båda playoff-matcherna mot Portugal (1-0, 0-1) och misslyckades att kvala in till VM.