Οι κινήσεις αυτές των Θηβαίων όμως οδήγησαν σε δημιουργία συνασπισμού εναντίον της που αποτελούνταν από τους Αθηναίους και τους Σπαρτιάτες. Οι Σπαρτιάτες με επικεφαλής τον Κλεόμβροτο βάδισαν εναντίον της Θήβας και οι δύο αντίπαλοι συγκρούστηκαν στα Λεύκτρα. Στην μάχη των Λεύκτρων οι Θηβαίοι που είχαν επικεφαλής τον Επαμεινώνδα νίκησαν τους Σπαρτιάτες εγκαθιδρύοντας την Θηβαϊκή ηγεμονία στον Ελλαδικό χώρο. Η μάχη της Μαντίνειας λίγα χρόνια μετά, το 362 π.Χ. κατέληξε σε συμφωνία ειρήνης μεταξύ των αντιπάλων και διατήρηση της διαμορφωμένης μέχρι τότε κατάστασης. Το 356 π.Χ. οι Βοιωτοί συμμετείχαν στον τρίτο ιερό πόλεμο εναντίον των γειτόνων τους Φωκέων ο οποίος έληξε το 346 π.Χ., μετά την ανάμειξη σε αυτόν των Μακεδόνων. Οι Μακεδόνες ενεπλάκησαν και στον τέταρτο ιερό πόλεμο που ξέσπασε το 340 π.Χ. Η ανάμειξή τους στα κοινά της νότιας Ελλάδας ανησύχησε τους υπόλοιπους Έλληνες που συγκρότησαν μία μεγάλη συμμαχία εναντίον τους. Οι αντίπαλοι συνασπισμοί συγκρούστηκαν στην Χαιρώνεια το 338 π.Χ. με τους Μακεδόνες να επικρατούν. Η μάχη αυτή έθεσε τέρμα στην περίοδο της Θηβαϊκής ηγεμονίας και η Θήβα όπως και οι υπόλοιπες Βοιωτικές πόλεις πέρασαν κάτω από τον έλεγχο των Μακεδόνων. Μετά τον θάνατο του Φιλίππου η Θήβα επαναστάτησε με αποτέλεσμα να εκστρατεύσει εναντίον της ο Μέγας Αλέξανδρος ο οποίος κατέστρεψε την πόλη (335 π.Χ.) Την πόλη ανοικοδόμησε πάλι ο Μακεδόνας βασιλιάς Κάσσανδρος το 316 π.Χ. Η Βοιωτία περίπου το 245 π.Χ. εντάχθηκε στην Αιτωλική Συμπολιτεία και μετά την υποταγή της στους Ρωμαίους έγινε μέρος του Ρωμαϊκού κόσμου. Κατά τη διάρκεια του Πρώτου Μιθριδατικού πολέμου, το 87 π.Χ. η περιοχή λεηλατήθηκε από τον Ρωμαίο στρατηγό Σύλλα και πέρασε οριστικά στον έλεγχο της Ρώμης.