A integração dos territórios da Coroa na nova monarquia foi marcado pelo poder hegemônico de Castela, no interior da Coroa. Sua articulação foi realizada principalmente através de duas instituições: o Conselho de Aragão e do Vice-rei. O Conselho Supremo de Aragão era um órgão consultivo da coroa criado em 1494, na sequência de uma reforma da Chancelaria Real pelo Rei Fernando, o Católico, que a partir de 1522 seria composto de Vice-chanceler e seis regentes, dois para o Reino de Aragão, dois para o Reino de Valência e dois para os Principados da Catalunha, Maiorca e Sardenha. Por seu turno, os vice-reis assumem as funções militares, administrativas, judiciais e os assuntos financeiros. Conflitos ocorreram ao longo dos séculos da Idade Moderna, até a Guerra de Sucessão.