La révolution a poussé au moins 336 000 tutsis à fuir vers les pays voisins, où ils vivaient en tant que réfugiés. Bien que les exilés fassent l'agitation pour un retour immédiat au Rwanda, ils sont partagés entre ceux qui cherchent à négocier et ceux qui souhaitent renverser le nouveau régime. Certains exilés ont formé des groupes armés (appelés inyenzi, ou «cafards», par le gouvernement hutu), qui ont lancé des attaques contre le Rwanda. Le plus important s'est produit à la fin de 1963, lorsqu'une attaque surprise s'est approchée de Kigali. Le gouvernement a riposté, battant les rebelles et tuant des milliers de tutsis restants au Rwanda. Aucune autre menace n'a été posée par les réfugiés jusque dans les années 1990, lorsqu'une guerre civile a été déclenchée par le Front patriotique rwandais (FPR) des réfugiés tutsis a forcé le gouvernement hutu à entamer des négociations. Cela a conduit à une montée de l'extrémisme hutu et au génocide de 1994, au cours duquel entre et de personnes, quasiment toutes Tutsi, ont été tuées avant que le FPR ne prenne le contrôle.