Por otro lado, continuaba recrudeciéndose la guerra civil en el norte, donde el general Ramón Nouvilas no consiguió impedir la toma de Estella y el dominio rebelde en toda Guipúzcoa, sospechando de la posible conexión financiera entre estos y los esclavistas cubanos. En Cataluña, el Maestrazgo e, incluso, en los montes de Toledo también se desarrollaron actividades de partidas carlistas menores. Castelar no pudo unificar políticamente a los republicanos, mientras que los conservadores alfonsinos dirigidos por Cánovas amenazaban con sublevarse si se abolía la esclavitud en Cuba o se ampliaban las reformas democráticas y sociales. Castelar aplazó dichas reformas con el objetivo de aplastar al ejército carlista, pero ello lo enemistó con gran parte de sus correligionarios. El hecho de que Castelar se apoyara en militares claramente monárquicos como Martínez Campos, Jovellar, López Domínguez y Pavía para aplastar a los cantonalistas, carlistas e independentistas cubanos lo enfrentó a antiguos compañeros como Salmerón, que pasó a liderar la oposición a Castelar como presidente del Congreso.