Михаил е извънбрачният син на Михаил I Комнин от Епир и отива в изгнание след убийството на баща си през 1215 г. След разгрома в битката при Клокотница на чичо му Теодор Комнин от цар Иван Асен II и последвалото му попадане в български плен, Михаил II се завръща в Епир. Не е неоспоримо доказано дали той признава върховенството на чичо си Мануил Комнин Солунски или на Иван Асен II. Михаил II си осигурява подкрепата на местните благородници, като се жени за Теодора Петралифина и установява близки отношения с Никейската империя. През 1241 г. Михаил унаследява чичо си Мануил като владетел на Тесалия. През 1238 г. Михаил е посетен от Никейския патриарх Герман II, а през 1249 г. получава титлата деспот от император Йоан III Дука Ватаци.