Liksom fadern valde von Otter den militära banan och var redan vid tretton års ålder sekundlöjtnant vid Skaraborgs regemente. År 1783 transporterades han som fänrik till Tavastehus regemente och blev följande år löjtnant vid Österbottens regemente. Tjänstgörande som stabsadjutant hos olika generaler, deltog von Otter under i drabbningarna vid Aborrfors, Högfors, Värelä med flera platser. Under dess lopp befordrades han 1789 till kapten vid Österbottens regemente, där han 1799 blev major. Under 1808–09 års krig utmärkte sig von Otter vid flera tillfällen, bland annat i slaget vid Samelinlakso den 27 juli 1808, slaget vid Parjakanneva den 28 juli samma år och i slaget vid Nummijärvi den 28 augusti, där han efter tre timmars förbittrad strid tillbakaslog ryssarnas anfall. Han utnämndes 1808 till överste i armén och blev sedermera efter vartannat överstelöjtnant vid Älvsborgs och Skaraborgs regementen.