Bei der Gründung der neuen russischen Liga, nach dem Zerfall der Sowjetunion 1992, wurde Baltika in die 2. Liga, die dritte Spielklasse, eingeordnet, konnte aber als Meister im ersten Jahr aufsteigen. Nach drei Jahren in der zweithöchsten russischen Spielklasse gelang 1995 als Zweitligameister der Aufstieg in das Oberhaus des russischen Fußballs. 1996 wurde die Mannschaft siebter und 1997 achter, was den Verein für die Teilnahme am UI-Cup 1998 qualifizierte. Im UI-Cup konnte die Mannschaft sich in der ersten Runde gegen Spartak Warna sowie in der zweiten Runde gegen den FK AS Trenčín durchsetzen, scheiterte aber in der dritten Runde wegen der Auswärtstorregel am serbischen Verein Vojvodina Novi Sad. In der Saison 1998 stieg das Team jedoch aus der Premjer-Liga wieder ab. Seitdem erlebte der Verein zwei Abstiege in die Drittklassigkeit. Seit 2006 spielte Baltika stabil in der zweithöchsten russischen Spielklasse. In der Spielzeit &lt;a href="Perwenstwo%20FNL%202015/16"&gt;2015/16&lt;/a&gt; wäre durch den 17. Tabellenplatz fast der dritte Abstieg in das Perwenstwo PFL erfolgt. Allerdings durfte der FK Baltika als Ersatz für den FK Wolga Nischni Nowgorod in der 1. Division verbleiben, der sich aus dem Spielbetrieb zurückgezogen hatte.