Το 1807, μετά την ίδρυση του Δουκάτου της Βαρσοβίας από το Ναπολέοντα Βοναπάρτη, Πονιατόφσκι διορίστηκε υπουργός πολέμου. Διοίκησε έναν στρατό 16.000 ατόμων κατά τη διάρκεια του Αυστροπολωνικού Πολέμου (Απρίλιος έως Οκτώβριος 1809) και πέτυχε τακτική επιτυχία έναντι μιας μεγαλύτερης και πιο έμπειρης αυστριακής δύναμης στη Μάχη του Ράσιν. Ακολούθησε μια πολωνική προέλαση στο έδαφος της Γαλικίας. Η σύγκρουση τελείωσε με μια πολωνική νίκη, η οποία επέτρεψε στο Δουκάτο να ανακτήσει μερικά από τα εδάφη που χάθηκαν στους διαμελισμούς της Πολωνίας.