Ajatus matruusiyliopistosta syntyi keväällä 1917 perustetun Helsingin matruusiklubin piirissä. Matruuseille haluttiin tarjota koulutusta, joka auttaisi työelämässä laivastopalvelun jälkeen. Matruusiyliopiston avajaiset pidettiin 18. marraskuuta 1917 Aleksanterin teatterissa ja iltaluentoina järjestetty opetus alkoi 26. marraskuuta. Yliopiston kursseille pyrkivien oli suoritettava sisäänpääsykoe; luennoille kirjautuneita oli lopulta noin 600–800. Opettajia oli noin 50. Opetukseen ja yliopiston hallintoon osallistuivat muun muassa Helsingin yliopiston venäjän kielen professori Konstantin Arabažin ja Aleksanterin kimnaasin johtaja Vladimir Belevitš. Yliopiston kursseja pidettiin pääasiassa matruusiklubin käyttöön luovutetussa Apollon talossa Eteläesplanadi 10:ssä (nykyinen oikeusministeriö), mutta myös kuudessa muussa paikassa eri puolilla Helsinkiä, kuten Aleksanterin kimnaasin talossa Arkadiankadulla (nykyinen Eläinmuseo). Matruusiyliopiston opetustoiminta lopetettiin maaliskuussa 1918, kun Itämeren-laivaston joukkoja alettiin evakuoida Helsingistä, ja huhtikuun alussa koko yliopisto julistettiin lakkautetuksi. Noin 200 matruusia ehti sitä ennen suorittaa loppukokeen.