প্রথমদিকের অন্যান্য মুসলিমদের মতো আবু উবাইদাও অপমান ও নির্যাতন ভোগ করেন। প্রথমবার আবিসিনিয়ায় হিজরতের পর মক্কার মুসলিমদের উপর নির্যাতনের মাত্রা বৃদ্ধি পায়। আবু উবাইদা তার গোত্রের একমাত্র ইসলাম গ্রহণকারী ব্যক্তি ছিলেন। মুহাম্মদ বাকি মুসলিমদের আবিসিনিয়ায় হিজরত করতে বলেন। এসময় ৮৩ জন পুরুষ ও ২০ জন নারীর একটি দলের সাথে আবু উবাইদা হিজরত করেন।