Arauner durchlief zusätzlich eine SS-Karriere, in die er am 1. Oktober 1933 eintrat (SS-Nr. 55.371). Ab diesem Tag war er im Rasse- und Siedlungshauptamt der SS (RuSHA) als Obersturmführer tätig. Zwei Monate später erfolgte seine Beförderung zum SS-Sturmhauptführer, im folgenden Jahr wurde er an den denkwürdigen Tagen (20. April 1934 und 9. November 1934) SS-Sturmbannführer und SS-Obersturmbannführer. Am 20. April 1935 wurde Arauner zum SS-Standartenführer und am 1. November 1936 zum SS-Oberführer befördert.