A Aliança do Norte lutou uma guerra defensiva contra o governo Talibã entre 1996 até 2001. O grupo recebeu apoio (político e militar) da Índia, Rússia, Irão, Turquia, Tajiquistão e outros países, enquanto os Talibã eram apoiados, armados e treinados pelo Exército do Paquistão. Em 2001, a Aliança do Norte controlava cerca de 10% do território afegão, cercada no nordeste do país e baseada na província de Badaquexão. Após o 11 de setembro de 2001, os Estados Unidos invadiam o Afeganistão, prestando apoio às forças da Aliança do Norte no terreno numa guerra de dois meses contra os Talibã, que venceriam em Dezembro de 2001. Com a queda do regime talibã, a Aliança do Norte foi dissolvida com membros e partidos a serem parte fundamental do novo governo afegão.