Am 3. Juli 1979 unterzeichnete Carter die ersten beiden Direktiven zur Unterstützung der afghanischen Mudschahedin mit einem Betrag von bis zu 695.000 US-Dollar für Propagandamaterial, Funkgeräte und medizinische Versorgung. Dies war der Beginn der "Operation Cyclone". Seit 1974 musste jede verdeckte Operation der CIA vom Präsidenten genehmigt werden. Im Herbst weitete die CIA die Unterstützung auf Druck von Präsident Zia aus. Gleichzeitig nahm die sowjetische Präsenz im Land immens zu. In den Ministerien und im Militär waren zivile und militärische Berater allgegenwärtig. Einheiten der sowjetischen Armee übernahmen militärische Aufgaben wie den Schutz des Präsidenten und wurden in der Luftwaffe eingesetzt. Obwohl die US-Geheimdienste über den Sommer 1979 eine zunehmende sowjetische Truppenpräsenz beobachten konnten, war die vorherrschende Meinung, dass die Sowjetunion nicht mit eigenen Truppen in Afghanistan intervenieren würde. Als am 27. Dezember 1979 sowjetische Truppen den Präsidentenpalast außerhalb von Kabul einnahmen und den afghanischen Präsidenten Amin liquidierten, war das für Präsident Carter eine unangenehme Überraschung.