Током квалификација за Европско првенство у Украјини и Пољској 2012. селектор Владимир Петровић шансу је указивао Бојану Јоргачевићу и Жељку Бркићу, док Стојковића није било у тиму након чувеног скандала у Ђенови. Оно што није хтео да уради тадашњи селектор Владимир Петровић урадио је његов привремени наследник Радован Ћурчић – годину дана после покушаја линча, позвао је Стојковића за пријатељске мечеве са Мексиком и Хондурасом. У квалификацијама за Светско првенство 2014. у Бразилу, квалификацијама за Европско првенство 2016. у Француској и квалификацијама за Светско првенство 2018. у Русији поново постао незаменљив на голу Орлова.