В 2005 году Падилья попал в заявку сборной Мексики на Золотой Кубок КОНКАКАФ. 10 июля в матче группового этапа против сборной Гватемалы он дебютировал за национальную команду. 17 июля в поединке 1/4 финала против сборной Колумбии, Аарон сыграл свой второй и последний матч за сборную.