V roce 1312, v době bojů o uherský trůn, město vyzbrojilo vojska a po boku krále Karla Roberta z Anjou porazilo v Bitvě u Rozhanovců oligarchy Omodeje Abu a Matúše Čáka Trenčianského, za což si vysloužilo lukrativní privilegia. V roce 1369 Košice získaly městský znak, který je nejstarším písemně doloženým městským znakem v Evropě. Staly se druhým nejdůležitějším městem v Uherském království, se stejnými právy jako mělo hlavní město Budín. Byly kulturním, řemeslnickým a obchodním centrem celé hornouherské oblastí a na důležitých obchodních trasách, především z Pobaltí na Balkán. Za vlády Zikmunda Lucemburského v první polovině 15. století došlo k okázalé gotické výstavbě, jejíž nejvýznamnější ukázkou je Dóm svaté Alžběty. V polovině 15. století se o město významně zasloužil tehdejší královský kapitán Horních Uher Jan Jiskra z Brandýsa. Za humanistického panování Matyáše Korvína dosáhl rozkvět Košic svého vrcholu, kdy se s 10 000 obyvateli řadily k největším městům Evropy.