I 1861, ved udbruddet af borgerkrigen blev han oberst for det 53rd Indiana Volunteer Infantry, og deltog efterfølgende i Ulysses S. Grant's Tennessee kampagne i 1862, Belejringen af Corinth og Slaget ved Vicksburg, hvor han førte en brigade. I august 1863 blev han forfremmet til brigadegeneral i den frivillige hær og fik kommandoen over Unionens styrker i Natchez i Mississippi. I 1864 havde han kommandoen over en division i XVII Korps i William Tecumseh Sherman's Atlanta kampagne, men inden slaget ved Atlanta, den 20. juli, blev han såret, så han måtte forlade aktiv tjeneste, og var lam i resten af sit liv. I 1865 blev han midlertidig forfremmet til generalmajor i den frivillige hær.