Ab Beginn des Jahres 2016 kam der vielseitig einsetzbare Defensivspieler dann immer wieder zu Einsätzen für die Profimannschaft, darunter auch ein Kurzeinsatz im Finale der Champions-League in Mailand, das im Elfmeterschießen gegen den Stadtrivalen Real Madrid verloren wurde. Bis Ende 2017 stand er bei den meisten Spielen nicht in der Startelf, erst ab Beginn des Jahres 2018 änderte sich dies. Im März 2018 erfolgte die erstmalige Berufung in die französische Nationalmannschaft. Nachdem Atlético im Herbst 2017 die Gruppenphase der Champions-League lediglich als Gruppendritter beendet hatte, ging es im neuen Jahr für den Verein in der Europa-League weiter, wo zunächst die Hürden FC Kopenhagen und Lokomotive Moskau genommen wurden, man sich im weiteren Verlauf auch gegen Sporting Lissabon und den FC Arsenal durchzusetzen vermochte und somit ins Endspiel einzog, das im Parc Olympique Lyonnais nahe Lyon ausgetragen wurde. Gegner war Olympique Marseille aus Hernández’ Geburtsstadt und ebenso wie bei nahezu allen anderen Spielen des Wettbewerbs – einmal fehlte er verletzungsbedingt – gehörte Hernández auch im Endspiel zur Anfangsformation von "Atleti" und trug zum 3:0-Finalsieg seiner Mannschaft bei, dem insgesamt vierten Europapokalsieg des Vereins. Nach der Saison wurde seine Vertragslaufzeit um weitere zwei Jahre bis zum 30. Juni 2024 verlängert.