Στις αρχές Ιουνίου το "Γιαμάτο" και το "Μουσάσι" επιστρατεύτηκαν ως μεταγωγικά, αυτή την φορά για να ενισχύσουν την φρουρά και την ναυτική άμυνα στο νησί Μπίακ ως μέρος της Επιχείρησης Κον. Η αποστολή ακυρώθηκε όταν στα αρχηγεία του Οζάουα έφτασε η είδηση για την Αμερικανική επίθεση με αεροπλανοφόρα στις Μαριάνες Νήσους. Αντ' αυτής το Αυτοκρατορικό Ιαπωνικό Ναυτικό αναδιοργανώθηκε, συγκεντρώνοντας την πλειοψηφία των υπόλοιπων δυνάμεων του με την ελπίδα να πετύχει μια αποφασιστική επιτυχία ενάντια στους Αμερικανούς. Μέχρι εκείνη την στιγμή ωστόσο, ολόκληρο το Ιαπωνικό ναυτικό ήταν κατώτερο αριθμητικά και σε εμπειρία από τον Αμερικανικό Στόλο του Ειρηνικού. Από τις 19 ως τις 23 Ιουνίου το "Γιαμάτο" συνόδευσε δυνάμεις του Ταχυκίνητου Στόλου του Οζάουα κατά την Ναυμαχία της Θάλασσας των Φιλιππινών, επονομαζόμενο από τους Αμερικανούς πιλότους «The Great Marianas Turkey Shoot». Οι Ιάπωνες έχασαν τρία αεροπλανοφόρα και 426 αεροσκάφη, ενώ η μόνη συνεισφορά του "Γιαμάτο" στην μάχη ήταν να ανοίξει κατά λάθος πυρ σε Ιαπωνικά αεροσκάφη που επέστρεφαν.