Bei dem großen Erdbeben von Yogyakarta am 27. Mai 2006 erlitt der Flughafen schwere Strukturschäden, wobei die einzige asphaltierte Start- und Landebahn stark in Mitleidenschaft gezogen wurde und das Flugabfertigungsgebäude teilweise einbrach. In den folgenden drei Tagen leitete man die meisten Flüge nach Surakarta um. Der Flughafen litt bis zur Fertigstellung eines neuen Fluggastgebäudes für die Passagierabfertigung der Flüge ins Ausland trotzdem noch lange unter extremem Kapazitätsengpässen.