В 2003 году Уилкинсон представлял Австралию на Чемпионате мира по футболу среди молодёжных команд . В августе 2006 года в первый раз был вызван в сборную Австралии на матч отборочного турнира Кубка Азии против Кувейта. 5 марта 2014 года он дебютировал за сборную, отыграв весь матч против Сборной Эквадора на стадионе Ден в Лондоне. 3 июня был вызван тренером сборной Анге Постекоглу на Чемпионат мира по футболу 2014. Уилкинсон был основным защитником австралийцев на турнире и выходил в стартовом составе во всех трёх матчах.