بعد سه سال را در نجف به سر برد و سپس به کربلا مهاجرت کرد و حدود ۳ سال در آنجا اقامت داشت. در زمان اقامت در کربلا کتاب کشف المحجة را به عنوان وصیتی برای فرزندانش که در آن زمان کودک بودند، نوشت. آخرین سفر ابن طاووس در سال ۶۵۲ هجری به بغداد بود؛ طوری که در زمان حملۀ مغول در آن شهر اقامت داشت. سید بن طاووس علاوه بر تربیت شاگردان و تدریس علوم مختلف، همّت اصلی خویش را بر سیر و سلوک و کسب معنویات قرار داد.