Le atrocità nell'Africa sudoccidentale tedesca riguardarono invece gli Herero, una popolazione di pastori di lingua bantù che oggi conta circa 120.000 persone. Nel 1904 gli Herero si ribellarono alla colonizzazione e massacrarono duecento coloni tedeschi. La risposta del generale Lothar von Trotha condusse al primo genocidio del XX secolo. Von Throta emise un "ordine di annientamento" che recitava "Qualsiasi Herero che si trovi entro le frontiere tedesche, armato o no, in possesso di bestiame o senza, sarà abbattuto". Gli Herero furono sospinti in massa nel deserto di Omaheke, dove morirono di fame e di sete in seguito all'avvelenamento dei pozzi da parte delle truppe tedesche. Si calcola che le vittime siano state 65.000 Herero, pari all'80% della popolazione totale. A lungo dimenticato, il genocidio degli Herero è tornato di attualità in Germania da qualche anno, anche grazie a un telefilm che ha scosso la coscienza dei tedeschi. Nel 2004, in occasione del centesimo anniversario del massacro, il ministro Heidemarie Wieczorek-Zeul ha chiesto perdono agli Herero a nome del suo paese.