Vuoden 1988 presidentinvaaleissa Koivisto valittiin toiselle 6-vuotiskaudelle. Berliinin muurin murtuminen, Saksojen yhdistyminen ja Baltian maiden itsenäistyminen sekä varapresidentti Gennadi Janajevin johtama epäonnistunut vallankaappausyritys Neuvostoliitossa olivat niitä dramaattisia tapahtumia presidentti Koiviston toisella presidenttikaudella, jotka edelsivät Neuvostoliiton hajoamista. Virallisesti Neuvostoliitto lakkautettiin 21.12.1991.