1590 ging er in die Spanische Niederlande und schloss sich dort einer englischen Infanteriekompanie an. Die englischen Truppen operierten dort unter dem Oberkommando seines Bruders Sir Francis Vere (1560–1609) im Rahmen des Englisch-Spanischen Krieges (1585–1604) im Bündnis mit den Vereinigten Provinzen der Niederlande gegen die Spanier. Bei einem Überfall auf Steenwerck am 5. Juli 1592 wurde er verwundet und im Juni 1594 erhielt er das Kommando über eine eigene Kompanie bei der Belagerung von Groningen. 1596 nahm er unter Lord Essex an der Expedition zur Eroberung von Cádiz teil und wurde in Anerkennung seiner Tapferkeit am 22. Juni 1596 zum Knight Bachelor geschlagen. 1597 nahm er am Herbstfeldzug des Moritz von Oraniens teil, in dessen Verlauf die Städte Rheinberg, Moers, Groenlo, Bredevoort, Enschede, Oldenzaal und Lingen erobert wurden. 1599 wurde er in den Rang eines Colonel befördert. 1600 kämpfte er in der Schlacht von Nieuwpoort. Am 7. Januar 1602 wurde er während der Belagerung von Ostende durch die Spanier bei der Abwehr eines spanischen Sturmangriffs verwundet. Im April 1603 sandte ihn sein Bruder Sir Francis Vere nach England, um den neuen König Jakob I. über die Kriegslage zu informieren. Als Sir Francis Vere 1604 in Ruhestand ging, übernahm Sir Horace Vere schrittweise dessen Kommando über die englischen Truppen in den Niederlanden. Im Juli und August 1604 zeichnete er sich bei der Belagerung von Sluis besonders aus, als er Entsatzversuche der Spanier vereitelte.