Efter hjemkomsten lagde Løffler sig tillige efter glasmaleri og konkurrerede i 1845 til den Neuhausenske Præmie med en prøve i dette fag. Han vandt vel ikke præmien, men Akademiet tilkendegav ham særlig ros for hans arbejde. Der blev bestilt to glasmalerier hos ham til Christian IV's Kapel i Roskilde Domkirke, men da de ikke syntes at passe til Heinrich Eddeliens dekoration, kom de først til anvendelse ved Frederiksborg Slots genopførelse efter branden, idet de, da kirken var færdig, fik plads bag det mindre orgel i slotskirken der. I 1846 blev han efter Caspar Peter Kongslev lærer ved ornamentskolen i Akademiet, og efter våbenmaler Ole Larsens død i 1852 blev han tillige våbenmaler ved Ordenskapitlet, men allerede den 28. juli 1853 døde han under koleraepidemien, nylig fyldt 43 år.