Carl Rainer Rudolf Ahonius saapui takaisin Suomeen vänrikiksi ylennettynä jääkäreiden etujoukon mukana sisällissodan aikana 18. helmikuuta 1918. Hänet komennettiin vapaaehtoisten joukkojen kouluttajaksi Jyväskylän seudulle. Suomen sisällissotaan hän osallistui 2. Krenatöörirykmentin 1. Jyväskylän pataljoonan 2. komppanian päällikkönä. Ahonius otti osaa Mannisen, Juupajoen, Kuljun, Sääksjärven, Tampereen ja Vesilahden taisteluihin, sekä pataljoonan etenemiseen Kangasalan, Pälkäneen, Aitoon, Luopioisten ja Lammin kautta Koskelle.