Toisessa maailmansodassa japanilaiset valloittivat Penangin kolmeksi ja puoleksi vuodeksi. Japanilaiset rantautuivat Malaijan taistelun aikana Penangiin 17. joulukuuta 1941. Japanilaiset eivät kohdanneet vastarintaa, sillä brittiläisten 500 sotilaan varuskunta oli evakuoitu edellisenä päivänä. Brittiläiset eivät olleet ennen lähtöään tuhonneet alueen sotatoimiin käytettävää infrastruktuuria, ja japanilaiset saivat hallintaansa muun muassa Penangin radioaseman. Japanin miehittämillä alueilla oli toisen maailmansodan aikana puutetta elintarvikkeista ja kansa kärsi nälästä ja kulkutaudeista. Japanilaisten harjoittamissa julmuuksissa myös surmattiin tuhansia kiinalaisia.