Un dels millors honors de Custer a la Guerra Civil va ocórrer just a l'est de Gettysburg, el 3 de juliol de 1863. En conjunció amb la càrrega de Pickett, a l'oest, Robert E. Lee envià la cavalleria de Stuart en una missió al darrere de l'exèrcit de la Unió. Custer encontrà la divisió de cavalleria de la Unió del brigadier general David McMurtrie Gregg, directament en el camí dels genets de Stuart. Va covèncer Gregg que li permtetès quedar-se i lluitar, mentre la seva pròpia divisió era estacionada al sud, fora del teatre d'operacions. A la Batalla de Gettysburg, durant el tercer dia de batalla, es va produir un dur encontre entre la cavalleria confederada i la de la Unió, essent aquesta última comandada per David McMurtrie Gregg i el mateix Custer. Durant diverses hores hi hagué un combat ferotge, mà a mà. Custer conduí una càrrega muntada del 1r de cavalleria, trencant la rereguarda de l'assalt confederat. La seva brigada va perdre 257 homes a Gettysburg, el nombre més elevat de pèrdues en qualsevol brigada de cavalleria de la Unió. Custer va escriure en el seu informe