Коротке правління Мустафи було досить бурхливим. Одразу після його вступу на престол у Стамбулі почалися заворушення. Новий султан продовжував Війну проти Російської імперії. Турецький флот, який намагався прорвати блокаду Дарданел, був розбитий у Афонській битві ("рос."). У серпні 1807 року було укладене перемир'я, під час яйого російські війська продовжували окуповувати Дунайські князівства.