Schon in den 1930er Jahren unterstützte die Bruderschaft die Araber in Palästina. Seit 1946 gibt es im vormaligen Transjordanien einen Organisationsableger. Bis 1947 gab es in Palästina allein 25 Zweigstellen mit 20.000 Mitgliedern. Die Bruderschaft nahm 1948 am Krieg gegen Israel teil. Die Hamas ist heute eine Tochterorganisation der Muslimbrüder. Die Hamas führte 40 Prozent der Anschläge auf israelische Autobusse, Nachtclubs und Kaffeehäuser aus, bei denen mehr als tausend Israelis starben. Der Terrorkrieg verlor an Intensität im Zuge der schleppenden Friedensverhandlungen, aber auch weil Israel das Westjordanland mit Sperranlagen von Israel abriegelte, die einen unkontrollierten Grenzübertritt stark erschwert. 2005 erreichte Hamas bei der Wahl zum palästinensischen Legislativrat die Mehrheit der Stimmen im Gazastreifen und stellt seitdem dort die Regierung. 2006 führte Israel Luftangriffe auf Führungspersonen der Hamas aus, die Hamas griff Israel mit Raketen an. Daraus entstand 2008/2009 ein dreiwöchiger offener Krieg zwischen Israel und der Hamas, dem die Hamas nicht standhalten konnte. In der Folgezeit riegelte Israel den Gazastreifen ab. Daraufhin organisierte das internationale Netzwerk der Muslimbruderschaft Hilfsflottillen.