Округ Клируотер был основан 27 февраля 1911 года. Он получил название в честь реки Клируотер, названной так по оригинальному имени реки «Кус-кус-кай-кай», что на индейском наречии не-персе означает «чистая вода». В сентябре 1805 года землями округа прошли Льюис и Кларк. Около места, где сейчас расположен город Уэипп, они обнаружили поселения индейцев не-персе. В 1860 году на территории округа были впервые обнаружены месторождения золота.