En 1795 (18 nivôse an III), il fut nommé maire de la Ville de Bruxelles. Alors que les Français étaient en guerre avec le monde civilisé de l'époque, tout en demandant d'énormes efforts aux Belges, dont ils transformaient simultanément la patrie, Verlooy et ses collègues eurent la tâche ingrate de protéger leurs concitoyens avec courage et dignité contre les abus et les atrocités des nouveaux dirigeants. Verlooy ne sut pas garder longtemps son mandat de maire de Bruxelles : il se retira de la vie publique dès qu'il eut vu à travers la nature réelle du nouveau régime, mais aussi parce qu'il avait des problèmes de santé. Sa santé souffrait déjà au temps où il militait pour Aris et Focis. Il donna sa démission en tant que maire le 10 prairial an III. Le (10 brumaire an IV), il conduit une délégation de patriotes belges auprès des « représentans [sic] du peuple », c'est-à-dire les commissaires du gouvernement Pérès et Portiez de l'Oise, arrivant en mission en Belgique, afin de « les prémunir contre les abus avec lesquels les nominations aux fonctions publiques s'étaient faites et renouvelées depuis l'entrée victorieuse des troupes républicaines […] ». Nommé juge au tribunal civil du département de la Dyle, le 7 frimaire an IV (), Verlooy se vit obligé de refuser cette fonction publique en raison de son état de santé.