З лістапада 1898 года Малер рэгулярна выступаў і з Венскім філарманічным аркестрам: «філармонікі» абралі яго сваім галоўным (так званым «абанементным») дырыжорам. Пад яго кіраваннем у лютым 1899 года адбылася запозненая прэм'ера Шостай сімфоніі ўжо памерлага А. Брукнера, з ім у 1900 годзе знакаміты аркестр упершыню выступіў за мяжой — на Сусветнай выстаўцы ў Парыжы. Пры гэтым яго інтэрпрэтацыі многіх складанняў і асабліва рэтушы, якія ён уносіў у інструментоўку Пятай і Дзявятай сімфоній Бетховена, ля значнай часткі публікі выклікалі незадаволенасць, і ўвосень 1901 года Венскі філарманічны аркестр адмовіўся абраць яго галоўным дырыжорам на новы трохгадовы тэрмін.