В 1258 году дядя Анны — Михаил Палеолог — совершил переворот и объявил себя регентом при малолетнем императоре Иоанне IV, а в 1259 году — соправителем. В 1261 году он взял Константинополь и восстановил Византийскую империю. Однако прочие государства, возникшие на осколках Византийской империи, не спешили признавать его власть, и одним из основных соперников стал Эпирский деспотат. В 1264 году деспот Эпира Михаил II Комнин Дука был вынужден заключить с Византией мир, который был скреплён женитьбой его наследника Никифора на племяннице Михаила Анне.