Nowi właściciele wprowadzili duże zmiany. Jason Kidd został wymieniony m.in. za Michaela Finleya, a generalnym menedżerem mianowano Dona Nelsona. Nelson dokonał serii wielkich wymian, które zupełnie zmieniły oblicze zespołu, choć niekoniecznie na lepsze. Dopiero dwa udane nabytki – zdobyty w drafcie 1998 Dirk Nowitzki i kupiony z Phoenix Suns Steve Nash – przyniosły wreszcie zdecydowaną zmianę na lepsze. Po dziesięciu latach w sezonie 1999-2000 zespół osiągnął dodatni bilans w sezonie zasadniczym. Inna wielka zmiana, która zaszła w nowym millenium to kolejny właściciel, którym został dynamiczny biznesmen i wielki fan koszykówki Mark Cuban. Cuban zasłynął zwłaszcza niekonwencjonalną polityką transferową, zatrudniając masę nowych zawodników, nie licząc się z kosztami i ograniczeniami ligi.