סקיאפינו שיחק ב-21 משחקים במדי נבחרת אורוגוואי והבקיע שמונה שערים. הוא היה שותף לזכיית הנבחרת במונדיאל 1950, לאחר שכבש את השער הראשון של נבחרתו בניצחון 2-1 על ברזיל במשחק המכריע. המשחק התקיים במרקנה, אצטדיונה הביתי של ברזיל. כעבור ארבע שנים הגיע עם נבחרתו לחצי גמר מונדיאל 1954, שם הפסיד עמה להונגריה. לאחר מעברו לאיטליה קיבל סקיאפינו אזרחות איטלקית, ובעקבות כך עבר לשחק במדי נבחרת איטליה. הוא שיחק בנבחרת ארבע שנים, במהלכך הופיע בארבעה משחקים ולא הבקיע שער.