Huidobro bezog in der Zeit der Linksregierung von Anfang an eine offen ablehnende Haltung gegenüber Präsident Allende. Als enger Vertrauter des damaligen Befehlshabers der Marinezone 1 in Valparaíso und späteren Oberbefehlshabers der Marine, Vizeadmiral José Toribio Merino, war er 1973 in die Vorbereitung des Militärputsches von General Augusto Pinochet eingeweiht. Die Handlungen Merinos und Huidobros unmittelbar im Vorfeld des Militärputsches werden von Patricia Verdugo wie folgt beschrieben: