아프리카 네이션스컵 본선에는 2번 출전했고 가봉과 함께 공동 개최국 자격으로 첫 출전한 2012년 대회에서 8강에 올랐고 2015년 대회에서는 4위에 입상하면서 사상 첫 4강에 오르는 돌풍을 일으켰다. 이는 적도 기니가 월드컵과 아프리카 네이션스컵을 통틀어 메이저 대회에서 거둔 역대 최고 성적이다.