Вышедши вскоре из военной службы, Пекарский служил предводителем дворянства Оренбургской губернии — сначала уездным, а потом губернским. Эта последняя его служба совпала со временем нашествия неприятелей на Россию в 1812 г., когда огромные пожертвования дворянства и снаряжение ополчений требовали особенных трудов и заботливости от предводителей дворянства. За ревностные труды на этом поприще Пекарский удостоился награды орденами св. Анны 2-й степени и св. Владимира 4-й степени, а дворянство Оренбургское, признательное к его заслугам, поднесло ему благодарственный адрес. Проведя всю свою долголетнюю жизнь в Оренбургском крае, Пекарский подробно знал его историю, как очевидец и участник. Он был живой летописью многих замечательных для Оренбургского края событий.