Karierę piłkarską Marco Branca rozpoczął w czwartoligowym US Grosseto w 1981 roku. W 1982 roku przeszedł do pierwszoligowego Cagliari Calcio. Z Cagliari spadł do Serie B w 1983 roku. Dopiero w trzecim sezonie w Cagliari Branca zdołał zadebiutować w lidze. Dobra gra w klubie z Sardynii zaowocowała do pierwszoligowego Udinese Calcio. W następnym sezonie trafił do Sampdorii, z którą zdobył Puchar Włoch w 1988 roku. W Sampdorii Branca był rezerwowym i po sezonie powrócił do Udinese, które w międzyczasie spadło do Serie B. Z Udinese grał przez dwa sezony i awansował do Serie A w 1989 roku. Dobry w wykonaniu Branki sezon 1989-1990 zaowocował powrotem do Sampdorii. Z Sampdorią zdobył mistrzostwo Włoch 1991.