1944. május 18–20. között, nem sokkal azután, hogy a szovjetek visszaszerezték a Krím feletti ellenőrzést, három napos eltávozást kapott, hogy meglátogassa családját Alupkában. A látogatás alatt tanúja volt a krími tatárok deportálásának, és megtudta, hogy fivérét, Imrant az NKVD körözi. Amíg ő életét kockáztatta a német megszállók kiűzéséért a Krímből, Imrant azzal gyanúsították, hogy beállt a német kisegítő rendőrségbe. A németek által elfoglalt Krímben röpcédulákat dobtak le, amelyek Amet-han Sultan németekkel szemben elért győzelmeit írták le; a röpcédulák miatt a Gestapo felkutatta a pilóta szüleit, hogy kivégezze őket. Csak Imran jelenléte a Schutzmannschaftban mentette meg a szülőket. A deportálás alatt egy NKVD-tiszt ment be a család házába, hogy kényszerítse Amet-hant és szüleit az áttelepülésre, de ők ellenálltak. Amet-han azt állította magáról, hogy a Szovjetunió Hőse, és ezt igazolta a jelen levő Pavel Jakovlevics Golovacsov is. Ekkor az NKVD-tiszt elkezdte kérdezgetni Amet-hant a származása felől, és úgy döntött, hogy gyakorlatilag dagesztáni, és csak a krími tatárokra vonatkozik a deportálás. Az NKVD folytatta a krími tatárok deportálását, és Amet-han anyját a gyűjtőpontra küldték, de a légierő helyszínen tartózkodó tagjai – Amet-han barátai – meggyőzték a tisztet, hogy az asszony és közvetlen családja kivételnek számítanak, mert a nő lak férje miatt nem számít krími tatárnak. Így Amet-han szüleit nem telepítették ki Üzbegisztánba. Imrant 1946-ban elítélték, de a szűkebb család tagjait nem érintette a kollektív büntetés. Ettől még a háború idejére el kellett hagyniuk a Krímet, de több időt kaptak az előkészületekre, és Üzbegisztán helyett Dagesztánba kerültek.