В августе 1939 вызвался добровольцем в армию, однако служебного назначения не получил. После начала Второй мировой войны в ходе Сентябрьской кампании принимал участие в обороне Львова. Осенью 1939 перебрался во Францию, где в октябре был назначен генералом Сикорским на должность заместителя Министра военных дел. Состоит в этой должности до 26 июля 1940. После эвакуации Войска Польского в Великобританию исполняет обязанности командира Польских лагерей и отделов в Шотландии, переименованных 28 сентября 1940 в 1-й Польский корпус. Командовал 1-м Польским корпусом. 24 сентября 1942 стал Министром народной обороны. На этой должности нёс службу до 1949. 16 апреля 1943, получив сообщение германского правительства о расследовании факта расстрелов польских офицеров в Катыни, издал коммюнике об этих событиях в адрес Международного Красного Креста, в котором прозвучало: «Мы привыкли ко лжи германской пропаганды и понимаем цель ее недавних откровений. Но ввиду детальной информации, данной немцами… возникла необходимость, чтобы обнаруженные общие могилы были подвергнуты обследованию и факт подтвержден соответствующим международным органом, таким, как орган Красного Креста». Это коммюнике стало основной причиной разрыва отношений между польским правительством в изгнании и правительством СССР.