Στον περίβολο του Ναού αυτού, έστησε τις σκηνές του το 1424 ο Σουλτάνος Μουράτ Β'. Κατά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης, ο Ναός καταστράφηκε και το Αγίασμα καλύφθηκε. Αργότερα όμως επετράπη στους Χριστιανούς να αποκαλύψουν το Αγίασμα και να επανιδρύσουν μικρό Προσκύνημα. Το 1732, οι Αρμένιοι προσπάθησαν να υφαρπάξουν το προσκύνημα, όμως, οι Έλληνες Χριστιανοί διέσωσαν το δικαίωμα της κατοχής τους. Το 1825 καταστράφηκε από τους γενίτσαρους και το 1827 ανευρέθηκε η Ιερά Εικόνα της Θεοτόκου εικονιζόμενη υπέρ της Ζωοδόχου Πηγής. Μετά απ΄ αυτό, το 1830 ο Σουλτάνος επέτρεψε την νέα ανοικοδόμηση (5η φορά) του Ναού όπως σήμερα διασώζεται, επί Οικουμενικού Πατριάρχη Κωνσταντίου Α΄ όπου καί εγκαινιάσθηκε μετά από πέντε χρόνια.