Через 2 года в 2004 году вернулся в родную Тюмень и поступил в Тюменский юридический институт. Одержав 2 победы на Европейском юношеском фестивале, обратил на себя внимание Владимира Путрова, тренера олимпийских чемпионов Юрия Кашкарова, Евгения Редькина и Александра Попова. Получив от Путрова предложение о сотрудничестве, в 2006 году Шипулин переехал к нему в Екатеринбург. Первую победу одержал в составе эстафеты на юниорском чемпионате мира 2006 года в американском Преск-Айле. Годом позже, в итальянском Валь-Мартелло стал серебряным призёром в индивидуальной гонке открыв счёт личным победам на международном уровне. На молодёжном чемпионате Европы 2007 года выиграл полный комплект наград: серебро в спринте, бронзу в преследовании и золото в эстафете. В 2008 году успешно выступил на юниорском чемпионате мира в Рупольдинге: первенствовал в спринте и преследовании, выдав серию из шести подряд рубежей на ноль; вместе с Дмитрием Блиновым, Павлом Магазеевым, Виктором Васильевым одержал победу в эстафете; в индивидуальной гонке допустил промах и стал серебряным призёром, где ему не хватило лишь 0,6 секунды. В том же 2008 году стал абсолютным чемпионом Европы, выиграв все 3 личные гонки и эстафету.