1958年に行われた国民投票で、ギニアはフランス共同体内の自治共和国となることを拒否したため、セク・トゥーレ大統領のもとでギニア共和国として完全独立することとなった。しかしフランスはこれを受けてフランス人の全職員・技術者および施設を即座に引き上げたためギニアの行政機能は麻痺し、また両国間の関係は悪化の一途をたどって1965年には国交断絶となった。この状況を打開するためトゥーレは社会主義施策を敷き、政敵および人権論者の抑圧を行った。また、1958年には同じく先進諸国からの自立を志向するガーナとアフリカ諸国連合を結成している。1970年11月22日、ギニアビサウ独立戦争の中で、隣国・ポルトガル領ギニアの独立運動を支援していたトゥーレ政権を打倒するためにポルトガル軍が侵入して緑海作戦が行われたが、目的であったアミルカル・カブラルの殺害やトゥーレ政権の打倒は失敗した。この事件の後、トゥーレ政権の独裁化はさらに進行し、アフリカ統一機構初代事務総長だったディアロ・テリなど多くの人々が殺害された。こうした暴政や経済混乱を逃れるため、当時のギニア人口500万人のうち、200万人が難民となってセネガルやコートジボワールなど近隣諸国に脱出したといわれている。