A partire dal novembre del 1861 Gardner venne scelto dallo staff del generale George McClellan, il comandante dell'Armata del Potomac, per essere nominato fotografo ufficiale del Teatro Orientale della guerra di secessione americana con l'assegnazione del rango onorario di capitano. Nel corso del 1862 Gardner e /o i suoi operatori fotografarono i campi della Prima battaglia di Bull Run, della Campagna peninsulare, della battaglia di Cedar Mountain e della battaglia di Antietam.