1775年5月8日、1兵卒だったグリーンはボストン包囲戦に対応して作られたロードアイランド監視軍の准将に昇進した。6月22日には、大陸会議から大陸軍准将に指名された。ジョージ・ワシントンは1776年3月、ボストン開放後のボストン市司令官に彼を任命した。グリーンは1775年10月と1776年1月に、当時の大陸会議ロードアイランド代表のサミュエル・ウォードに手紙を書き、その中で独立宣言に賛成した。1776年8月9日、彼は新しく少将に昇進する4人の中に選ばれ、大陸軍ロングアイランド部隊の指揮に就いた。彼はブルックリンハイツの東に防衛に適した場所を選び、パットナム砦（現在のグリーン砦公園のある場所）の防壁と塹壕を作った。ロングアイランドの戦いの時は重病のために参加できなかった。グリーンはロードアイランドのフリーメイソンでもあり、その宝石を独立戦争の間ずっと身につけていたが、これは仲間のラファイエット侯爵からの贈り物だった。