Андрес допоміг своїй збірній виграти Чемпіонат Європи до 16 років, так він почав свої міжнародні виступи.Декілька раз виводив молодіжну збірну Іспанії на матч в ролі капітана. Дебютував за збірну Іспанії Іньєста в товариському матчі проти Збірної Росії. На Чемпіонаті світу з футболу у Німеччині зіграв лише один матч у груповому турі проти Збірної Саудівської Аравії. Свій перший гол за збірну Андрес забив 7 лютого 2007 у матчі проти Збірної Англії. Разом з своєю збірною переміг у Чемпіонаті Європи, що проводився у Австрії та Швейцарії, де став одним з найкращих гравців збірної.