Le FDRPE va néanmoins faire face à quelques difficultés. En 1998, l'Érythrée envahit l'Éthiopie et déclenche une guerre qui va durer deux ans. Le conflit fait plus de et voit la victoire des troupes éthiopiennes. Depuis les rapports restent difficiles entre les deux États. Le gouvernement central est également confronté à deux rébellions armées, le Front de libération oromo (FLO) et le Front national de libération de l'Ogaden (FNLO). Ce dernier est d'ailleurs soutenu par l'Union des tribunaux islamiques, un mouvement actif en Somalie où l'Éthiopie est intervenue, en soutien au gouvernement officiel de Mogadiscio, de 2006 à 2009. Malgré la constitution, le pays est considéré dans les faits comme un état policier liberticide.