Canaris groeide op in Duisburg waar hij het Steinbart-Gymnasium bezocht. Hij trad in 1905 in dienst bij de "Kaiserliche Marine" en diende in de Eerste Wereldoorlog als officier tijdens de Slag bij de Falklands op 8 december 1914 aan boord van de "SMS Dresden", een Duits keizerlijk licht marineschip. Na de slag werd hij geïnterneerd in Chili. Na zijn ontsnapping in augustus 1915 werd hij overgeplaatst naar de inlichtingendienst (geheime dienst), met Spanje als werkgebied.