את שערו הראשון בבאיירן מינכן הבקיע דאנטה בניצחון 0–5 על הנובר 96. בבאיירן מינכן הפך דאנטה לחלק משמעותי מזכיית המועדון בטרבל בעונתו הראשונה בקבוצה 2012/13, כאשר הציג יכולת טובה מאוד לאורך כל העונה תחת המאמן יופ היינקס, והיווה עוגן חשוב בהגנת הקבוצה, בצוותא עם ג'רום בואטנג וחאבי מרטינס. דאנטה הצטיין בניצחון 0–4 על ברצלונה בחצי גמר ליגת האלופות, ובמשחק הגמר מול בורוסיה דורטמונד גרם אמנם לפנדל לאחר הכשלה על מרקו רויס, אך הציג יכולת טובה, במשחק בו באיירן מינכן ניצחה בתוצאה 1–2 וזכתה בתואר. בעונת 2013/14 המשיך דאנטה להיות שחקן הרכב בבאיירן מינכן תחת המאמן החדש פפ גווארדיולה, אך ספג ביקורות רבות לאחר שהקבוצה הובסה בחצי גמר ליגת האלופות בתוצאה 0–4 על ידי ריאל מדריד. בעונת 2014/15 ירד מעמדו של דאנטה בקבוצה, לאחר שביצע מספר טעויות בהגנה, והוא מיעט לשחק בהרכב.