3月20日，中路軍的程潛命包圍南京的各部隊向南京週邊各據點發起猛攻，經過3日激戰，陸續攻克陶鎮、秣陵關、龍都鎮、江寧鎮，直逼南京近郊。何應欽所率東路軍也到達鎮江。3月23日，程潛下令總攻南京，當天即突入南京城，孫軍與直魯軍倉惶潰逃，北伐軍俘虜4000餘名，繳槍300餘枝，炮百門，順利攻克南京。蔣中正等國民黨人員認為共產黨在國民黨內部勢力日益膨脹，「黨中有黨」，如不早日鏟除今後會更難控制，發動清黨行動。四一二事件以後，親共的汪兆銘武漢國民政府在4月15日於武漢召開的國民黨中央第二屆常委會第七次擴大會議，嚴厲聲討蔣中正並決定開除其黨籍，免去其本兼各職4月18日，蔣中正在南京另成立國民政府，和武漢國民政府對立，是為「寧漢分裂」。