En 1807, le général Clarke, ministre de la Guerre, appelle près de lui le chef de bataillon Decaux pour diriger la division du génie. Ce dernier montre dans ses nouvelles fonctions les talents d'un administrateur consommé. Il est créé chevalier de l'Empire le . Il quitte momentanément ce service pour aller prendre le commandement du génie à l'armée formée à Anvers en 1809, sous les ordres du prince de Ponte-Corvo. Les savantes combinaisons qu'il sait prendre contribuent beaucoup à faire échouer l'expédition anglaise contre Walcheren, à l'embouchure de l'Escaut en 1809. C'est par ses soins que s'élevent des forts sur les rives de l'Escaut, et que 5 à 600 bouches à feu, arrêtant les efforts de l'armée combinée, mettent Anvers et les rives de l'Escaut à l'abri de toutes nouvelles tentatives.