Sudan od czasu uzyskania niepodległości w 1956 zmagał się z wieloletnim konfliktem wewnętrznym między północną częścią kraju a południem. Podłoże konfliktu stanowiły różnice etniczne i religijne, gdyż północ kraju zamieszkana jest przez ludność arabską (muzułmańską), a południe przez ludność murzyńską (chrześcijańską i animistyczną). Pierwszy konflikt (I wojna domowa w Sudanie) wybuchł już w 1955 roku i trwał do czasu podpisania porozumienia pokojowego w Addis Abebie w 1972. Jednakże w 1983 roku doszło do wznowienia walk. Osią sporu był podział władzy i bogactw naturalnych między dwoma rejonami państwa, a także rola religii w państwie i dążenie południa do samostanowienia. Walki z wojskami rządowymi prowadziła Ludowa Armia Wyzwolenia Sudanu (SPLA), do liderów której należeli John Garang i Salva Kiir Mayardit. W wyniku trwającego 21 lat konfliktu zginęło przeszło 2 mln osób, ponad 4 mln opuściło swoje domy, a ponad 600 tys. opuściło Sudan i szukało schronienia w państwach sąsiednich.