A Hongria, un cop coronat, va haver de fer front a la invasió otomana. Durant el seu regnat, les despeses militars van augmentar i degut a això, el monarca es planteja una certa centralització de les seves possessions. Ni a Hongria, ni a Bohèmia, la centralització va ser ben rebuda. A banda, el catolicisme del rei, va començar a presentar problemes a Bohèmia perquè, en efecte, com ja era habitual a la Península ibèrica, el regne hispànic, vulgui ser a la branca dels Habsburg vulgui ser a la hispànica, jura les Lleis però no sempre les compleix. El Sacre Imperi Romà es troba de cop amb la Guerra d'Esmalcalda que va ser un sollevament protestant i el monarca bohemi no va trigar a donar suport a Carles Vè. Bohèmia esclata llavors en una guerra que perd contra Ferran.