Goikoetxea speelde 39 wedstrijden in het Spaans nationaal elftal, waarin hij vier doelpunt maakte. Zijn debuut was op 16 februari 1983 tegen Nederland. Op 27 januari 1988 speelde de verdediger tegen de DDR zijn laatste interland. Goikoetxea behoorde tot de Spaanse selecties voor het EK 1984 in Frankrijk en het WK 1986 in Mexico.