Рефат Мустафаєв представлявся до нагородження Орденом Леніна, ордена Червоного Прапора, однак у зв'язку з депортацією кримських татар всі нагородження відклали. У 1943 році нагороджений медаллю «Партизанові Вітчизняної війни» I ступеня.