באיגנלינה חיו כ-1,200 יהודים. באיגנלינה פעלו מפלגות ציוניות ומפלגת הבונד וכן מוסדות דת, חינוך ותרבות יהודיים. ביולי 1941 כבשו הגרמנים את איגנלינה ורצחו כמה עשרות גברים יהודים. יהודי היישוב רוכזו בגטו, בספטמבר הועברו למחנה מעבר בו רוכזו גם יהודים מיישובים אחרים, ובאוקטובר נורו רובם למוות מחוץ למחנה. בעלי מלאכה מעטים נשלחו לגטו שהוקם בשוויינציאני.