1006 gelangte das hochburgundische Basel in den Besitz des deutschen Königs (ab 1014 Kaisers) Heinrichs II., Stadtherr in Basel wurde in Vertretung des Kaisers der Bischof. Bischof Adalbero II. liess auf dem Fundament des Vorgängerbaus einen ottonisch-frühromanischen Neubau errichten. Die Bezeichnung der dreischiffigen Kathedrale als "Heinrichsmünster" (manchmal auch Adalbero-Dom genannt) gründet auf dessen Förderer, Kaiser Heinrich II. Er und seine Frau Kunigunde galten als Stadtpatrone und genossen im Mittelalter besondere Verehrung. Kirchlich war das Münster jedoch eine Marienkirche.