Der See ist ein Teil des Komadugu-Yobe-Flusssystems, von dessen Quellfluss Hadejia der Marma-Kanal abzweigt und seinen einzigen Zufluss bildet. Dadurch besitzt der Nguru-See eine Hauptflutsaison, zwischen August und November, in dem der See über seine Ufer tritt und sein natürliches Überflutungsgebiet bewässert, das eine Ausdehnung von ca. 581 km² erreicht. Dieses Überflutungsgebiet wird Dagona Ox-bow-Lakes („Dagona-Altwasser“) genannt und ist ein Ramsar-Schutzgebiet und unter dem Namen "Dagona Waterfowl Sanctuary" integraler Bestandteil des Nationalparks Tschadbecken. Diese bestehen aus den saisonal bestehenden Seen Gastu, Maram und Ox-bow. Sie bilden zusammen mit dem Nguru-See die Lebensgrundlage für ca. 20.000 Wasservögel in der Region und sind ein bedeutendes Rast- und Überwinterungsquartier für Zugvögel aus der nördlichen Hemisphäre. Der Begriff Ox-bow bezeichnet einen Nebenarm des Marma-Kanals.