2 червня 2001 грою відбірного циклу до ЧС 2002 проти збірної Голландії, у Таллінні був відкритий новий домашній стадіон національної команди. 9300 квитків на цю гру були розпродані менше ніж за 6 годин. Взагалі в цьому відборі команди двічі перемогла Андорру і двічі зіграла внічию з Кіпром, здобула 8 очок і посіла 4-те місце в групі. У 2004 році тренерську посаду залишив Пейперс і на його місце був призначений Єле Гоус, під його керівництвом естонці провели відбір до ЧС 2006 в Німеччині — 5 перемог, 2 нічиї, 17 очок і підсумкове 4-те місце в групі. Після відбору до Євро 2008 (6-те місце в групі), федерація звільнила Гоуса в червні 2007.