Outra teoria apontada como possível causa para desaparecimento da megafauna Sul americana é a do Grande Intercâmbio Américano, que já foi negada. Sabe-se que o que ocorreu na verdade foi a migração destes animais para o Norte e de animais do Norte para o Sul. Isso foi possível devido quando a faixa de terra que hoje forma o Panamá emergiu do leito oceânico e uniu as duas partes da América em uma só. É sabido que houve extinções sim, devido a introdução de novos elementos nos dois ambientes, mas é sabido também que muitas espécies prosperaram no seu novo ambiente.