С октября 1942 по июнь 1943 года Боган командовал авианосцем "Saratoga", участвовавшем в битве за Гуадалканал. С июня по октябрь 1943 года он был командиром авиации Десятого флота под началом адмирала Эрнеста Кинга. С октября 1943 по январь 1944 года командовал воздушным флотом в Норфолке. С января 1944 года он последовательно командовал 25, 11 и 4 дивизиями авианосцев. После завершения операции на Сайпане Богана назначили командиром тактической группы 38.2. В этой должности он служил до конца войны. За участие в боевых действиях на Тихом океане Джеральд Боган был награждён орденом «Легион почёта», Военно-морским крестом и двумя медалями «За выдающуюся службу».