Im Gefolge der Reformation trat die Mehrheit der Bewohner von Wattwil zum neuen Glauben über. Die verbleibenden Katholiken besuchten den Gottesdienst in Lichtensteig. Erst nach dem Zweiten Kappeler-Krieg (1531) konnten die Katholiken wieder ihren Glauben in Wattwil ausüben. Die mittelalterliche Pfarrkirche wurde ab 1593 paritätisch genutzt und unterhalten.