Po Upadku Konstantynopola w roku 1453, kościół pozostawał w pierwotnym użyciu aż do panowania Bejzyda II. Wtedy to właśnie (pomiędzy rokiem 1506 a 1513) został on zamieniony w meczet przez Hüseyin Ağa, zwierzchnika Czarnych Eunuchów, którzy byli odźwiernym Bramy Błogości (osm. "Bab-ı-Saadet") w pałacu Topkapı. Dodano wtedy do istniejącej konstrukcji portyk oraz medresę.