През първите 15 години след създаването на Пъгуошката конференция се случват Берлинската криза, Карибската криза, инвазията на Организацията на Варшавския договор в Чехословакия (заради Пражката пролет), Войната във Виетнам. Пъгуош играе важна роля в отварянето на комуникационни канали по време на иначе обтегнатите официални и неофициални отношения. Осигурява техническа помощ на Договора за частична забрана на опитите с ядрени оръжия (1963), Договора за неразпространение на ядрените оръжия (1968), Договора за борба с балистични ракети (1972), Конвенцията за биологично оръжие (1972), Конвенцията за химически оръжия (1993). Михаил Горбачов подкрепя организацията по времето, когато е лидер на СССР.