Das S-125 kam in einigen Konflikten zum Einsatz (Kosovo-Krieg, Zweiter Golfkrieg usw.). Im Allgemeinen erwies sich das System als wenig wirksam, da die gegnerischen Kräfte oft über leistungsfähige EloKa-Kapazitäten verfügten und die Bedienungsmannschaften oft unzureichend ausgebildet waren. Während des Kosovo-Krieges gelang am 27. März 1999 der vielbeachtete Abschuss eines US-Tarnkappenbombers vom Typ F-117 Nighthawk durch eine serbische S-125-Einheit. Die Umstände sind bis heute nicht genau geklärt. Es wird unter anderem vermutet, dass die Serben durch ihren Geheimdienst die genaue Flugroute der F-117 ermitteln konnten. Als gesichert gilt die Tatsache, dass ein Verbund von drei Radargeräten hergestellt wurde, um die Entdeckungswahrscheinlichkeit zu erhöhen. Auch ist der Einsatz des Videosystems mit Nachtsichtfähigkeiten (oder eines anderen nachgerüsteten EO-Systems) als realistisches Szenario anzusehen.