Эрнандес выступал за сборную Колумбии на Чемпионате Южной Америки среди молодёжных команд 2005, проходивший в его родной стране. Колумбийцы выиграли этот чемпионат и приняли участие в молодёжном чемпионате мира 2005, где в 1/8 финала уступили будущим чемпионам — аргентинцам.