Syksyllä 1990 gagauzit yrittivät irtautua Moldovasta ja perustaa oman erillisen Gagauzian tasavallan. Separatisteja johti Stepan Topal. Liike ei kuitenkaan onnistunut tavoitteessaan, ja alue jäi osaksi Moldovaa sen itsenäistyttyä, vaikka vuonna 1991 järjestetyssä kansanäänestyksessä 95 % gagauzeista äänesti itsenäisyyden puolesta. Moldova julisti äänestyksen laittomaksi. Vuosina 1992–1993 gagauzien puolisotilalliset joukot taistelivat Moldovan hallinnon joukkoja vastan, mutta gagauzit eivät ottaneet laajemmin osaa Transnistrian konfliktiin. Transnistrialaisten separatistien kanssa keskusteltiin Moldovan kehittämisestä kolmen alueen federatioksi, mutta gagauzit luopuivat ajatuksesta myöhemmin ja alkoivat kannattaa ajatusta autonomisesta alueesta. Gagauzian autonominen alue perustettiin vuonna 1994.