W reprezentacji Argentyny Fernández zadebiutował 10 marca 1963 w wygranym 4-2 meczu z Kolumbią w Mistrzostwach Ameryki Południowej. W 11 min. zdobył drugą bramkę dla "albicelestes". Na turnieju w Boliwii Argentyna zajęła trzecie miejsce. Na turnieju wystąpił w trzech meczach z Kolumbią, Boliwią i Paragwajem. Czwarty i ostatni raz w reprezentacji wystąpił 8 listopada 1967 w przegranym 1-3 towarzyskim meczu z Chile.