Im November 1695 genehmigte Joseph Clemens von Bayern den Franziskaner-Reformaten in den Gebäuden der ehemaligen Augustinerstiftsfrauen am Anger die Errichtung eines Hospizes, eines kleinen Klosters mit wenigen Brüdern. Die Klosteranlage samt Kirche und Garten ging 1699 in den Besitz der Bayerischen Franziskanerprovinz ("Bavaria") über, das Hospiz wurde – wegen des Spanischen Erbfolgekriegs (1701–1714) verzögert – im November 1715 zu einem selbstständigen Konvent erhoben. Seither umfasste die Gemeinschaft der Franziskaner in Berchtesgaden acht bis zwölf Patres sowie einige Laienbrüder. Zwischen 1716 (andere Quellen geben den Neubau bereits mit 1699 an) und 1723/24 erfolgte der schlicht gehaltene Neubau der Klostergebäude, zu dem auch ein neuer Bibliotheksraum gehörte. In den folgenden Jahren sicherte vor allem die Wallfahrt zum Gnadenbild der Ährenmadonna das Franziskanerkloster wirtschaftlich ab.