Водоток канала шел по границе между герцогствами Шлезвиг и Гольштейн, и с момента своей постройки он был известен как «Шлезвиг-Гольштейнский канал». После Первой войны за Шлезвиг, датское правительство переименовало водный путь в «канал Эйдера», чтобы противостоять немецкой националистической идее Шлезвиг-Гольштейна как единого политического образования; но, когда регион перешел под прусский контроль после Второй Войны за Шлезвиг, название вернулось к старому «Шлезвиг-Гольштейнский канал». В современной историографии канал называют по любому наименованию.