La agitación pro-griega y la reacción de la facción pro-autonomía condujo a un aumento de las tensiones, y en mayo de 1908 el Príncipe, Andreas Kopasis, pidió la intervención del ejército turco. Los disturbios que siguieron dejaron varios muertos. Al estallar la Primera Guerra de los Balcanes, Themistoklis Sophoulis desembarcó en la isla con un grupo de samiacos exiliados y se hizo rápidamente con el control: la guarnición otomana se retiró a Anatolia y, el 11/24 de noviembre de 1912, el parlamento de la isla declaró oficialmente la unión con Grecia. La unificación tuvo lugar oficialmente el 2 de marzo de 1913. Sophoulis permaneció durante un tiempo como presidente del gobierno interino de Samos hasta abril de 1914, cuando fue nombrado Gobernador General de Macedonia.