Nel 2003 torna in Serie A, questa volta a Verona con la maglia del Chievo. Il primo goal lo sigla alla sesta giornata contro la e si ripete la settimana successiva sul campo dell'Empoli. Nelle prime due annate in gialloblu è chiuso da Pellissier e Cossato, ma comunque riesce a mettere a segno 6 reti. La stagione 2005-2006 è la migliore nel Chievo: realizza 11 reti in 37 partite in campionato (tra cui quattro doppiette, una in casa del , un'altra in casa contro la Reggina, una sul campo dell' e l'ultima prestigiosa in casa contro la ) da aggiungere ai tre siglati in Coppa Italia e, grazie alle penalizzazioni seguite a Calciopoli, la squadra raggiunge la qualificazione al terzo turno preliminare di Champions League, in cui Amauri segna al Bentegodi 2 reti ai bulgari del Levski Sofia (primo giocatore nella Storia del Chievo a segnare un gol in una competizione Uefa), inutili però per la qualificazione dei veneti alla fase ai gironi. Chiude l'esperienza veronese nel 2006 con 22 reti (17 in campionato, 3 in Coppa Italia e 2 nei preliminari di Champions League) e 96 presenze in 3 campionati.