在1990年至1996年的过渡时期，拜仁仅获得过一次德甲冠军。继1991–92年歐洲足協盃第二圈耻辱性的以总比分3比6（首回合便破纪录的以2比6失利）遭到丹麦球队淘汰后，在接下来的一年里，俱乐部并未获得欧洲赛事的参赛资格，直至1993年在同一项赛事的同一阶段被-{zh-hans:诺维奇城;zh-hk:諾域治;zh-tw:諾里奇城;}-淘汰，后者就此成为。马特乌斯于1992年回到巴伐利亚，俱乐部还从德国各地选拔了一些富有潜力的青年才俊，其中包括门将奥利弗·卡恩、后卫克里斯蒂安·齐格、马库斯·巴贝尔、托马斯·海尔默和中场梅赫梅特·绍尔，以及即将于1994年代表巴西赢得世界杯冠军的-{zh-hk:佐真奴;zh-tw:約爾金霍;zh-cn:尤尔金霍;}-。弗朗茨·贝肯鲍尔和卡尔-海因茨·鲁梅尼格也应邀以董事身份重返俱乐部。拜仁于1994–95赛季首次参加新模式的欧洲冠军联赛，但至半决赛被最终的冠军阿贾克斯淘汰。后者当时的主教练是-{zh-hans:路易斯·范加尔;zh-hk:路易斯·雲高爾;zh-hant:路易斯·范加爾;}-，他在当年的任何比赛中都没有输过。