W XV wieku, podczas wojny trzynastoletniej, wieś uległa całkowitemu zniszczeniu (w 1455 zniszczyli ją Krzyżacy pod wodzą "Jerzego von Schlibena"), ale kościół ocalał. Również w czasie wojny polsko-krzyżackiej (1519–21) wieś została zniszczona. Po zniszczeniach i wyludnieniu akcje rekolonizacyjną w 1517 i 1521 prowadził Mikołaj Kopernik (jako administrator kapituły warmińskiej, rezydujący w Olsztynie). Osadnicy pochodzili z terenów Polski. Nowe osadnictwo rozpoczęto w dwóch miejscach, wskutek czego powstały dwie wsie: Klebark Wielki (zwany też Starym – Alt Cleberg) i Klebark Mały (zwany też Nowym Klebarkiem – Neu Cleberg). Kapituła warmińska przywilejem z 4 września 1587 usankcjonowała podział na dwie części po 30 włók każda, w tym 4 sołeckie. Pierwotną, drewnianą budowlę świątyni zastąpiono murowanym budynkiem w 1580 r.