En 1946, la Armada dio su nombre a un barco, el USS Joseph P. Kennedy Jr., a bordo del cual su hermano menor (futuro Senador de los EE. UU.) Robert F. Kennedy sirvió brevemente. Entre los aspectos más destacados de su servicio están el bloqueo a Cuba durante la Crisis de los misiles de Cuba en 1962 y la recuperación de los equipos a flote de las misiones Gemini 6 y Gemini 7, ambas acontecidas en 1965. Estos dos proyectos eran vuelos espaciales tripulados de la NASA en el programa Gemini. Ahora es un museo flotante en Battleship Cove, Fall River, Massachusetts.