1998 und 1999 waren die großen Jahre der Martina Zellner. Zunächst wurde sie Staffelolympiasiegerin in Nagano gemeinsam mit Uschi Disl, Katrin Apel und Petra Behle. Wenig später fand die Weltmeisterschaft im Verfolgungswettbewerb − damals noch nicht olympische Disziplin − statt und sie konnte hinter der Favoritin Magdalena Forsberg und Corinne Niogret ihre erste WM-Einzelmedaille gewinnen. Bei den Weltmeisterschaften 1999 gewann sie dann den Sprint vor Magdalena Forsberg, schaffte in der Verfolgung den dritten Platz und holte als Schlussläuferin in der Staffel zusammen mit Startläuferin Uschi Disl, Simone Greiner-Petter-Memm und Katrin Apel ihren zweiten Titel. Sie wurde zur erfolgreichsten Athletin dieser WM und als die "Königin von Kontiolahti" gefeiert. 2000 war sie wieder mit der Staffel auf dem Podest, diesmal mit Andrea Henkel neben Disl und Apel auf dem zweiten Platz. Eine weitere Einzelmedaille gab es für sie mit Bronze im Sprint. Sie ist damit unter den erfolgreichsten deutschen Biathletinnen bei Weltmeisterschaften an sechster Stelle (Stand März 2008).