Янош II прийняв Тордайський едикт, перший декрет релігійної свободи в сучасній історії Європи (1568) і підтримав створення Унітаріанської церкви Трансільванії. Янош отримав визнання і за відкритий діалог між усіма релігійними сторонами. Він спонсорував публічні дебати між католиками, лютеранами, кальвіністами і унітаристами. Трансільванський Сейм 1571 року, що зібрався в Марошвашархеї, підтвердив свободу віросповідання для кальвіністів, католиків, уніатів і лютеран князівства Трансільванія. Для порівняння: це історичне рішення освічених трансільванських депутатів було прийнято за рік до паризької різанини кальвіністів — сумно знаменитої Варфоломіївської ночі.