Як-40 борт EY-87995 прилетел в Хорог из Душанбе утром 28 августа. В то время в стране шла гражданская война, а сам Хорог был захвачен боевиками, поэтому в его аэропорту скопилось несколько сотен беженцев. Когда началась посадка, боевики, угрожая оружием, вывели всех пассажиров из самолёта и начали сажать на борт уже по своему усмотрению. В общей сложности в 28-местный салон был посажен 81 пассажир, включая 14 детей. Авиалайнер был сильно перегружен (на 3000 килограммов выше максимального взлётного веса), поэтому экипаж поначалу отказался взлетать, однако после угрозы расстрела был вынужден согласиться.