In den Wirren des Sommers 1527, dem Jahr dieser Plünderung Roms, lehnte sich die Heimatstadt Florenz gegen das Regiment der Medici-Sprösslinge Alessandro und Ippolito de’ Medici sowie gegen den Kardinal Silvio Passerini auf und reetablierte die Republik. Guicciardini als bekannter Anhänger des geflohenen Medici musste später ebenfalls fliehen. Nach dem neuen Sturz der Republik 1530 wurde er mit der Bestrafung der Einwohnerschaft beauftragt, die er mit grausamer Härte durchführte.