Im November 2014 wurde Fred von Nationaltrainer Dunga für den verletzten Rômulo in die Seleção berufen. Fred debütierte am 12. November 2014, als er beim 4:0-Testspielsieg gegen die Türkei in der 85. Spielminute für Luiz Gustavo eingewechselt wurde. Anfang Juni 2015 wurde er für den verletzten Luiz Gustavo in den Kader für die Copa América in Chile nachnominiert. Dort wurde er bei einer Dopingkontrolle positiv auf Hydrochlorothiazid getestet und von der CONMEBOL für ein Jahr gesperrt. Am 5. Februar 2016 übernahm die FIFA die Sperre.