У то време савезничка врховна команда је наредила Суворову да напусти Италију и да крене у пробој швајцарског фронта. То је била прекретница рата. У Италији су тиме остала само аустријска војска, јер су Руси кренули у пробој швајцарског фронта. До пролећа 1800. Руси су се повукли из коалиције. Савезници су и након руског повлачења остали јачи у Италији. Аустријски генерал Мелас је имао 100.000 људи под својом командом против 50.000 Француза, који су били расејани. Савезници су се припремали за напад на јужну Француску и преко Рајне. Мелас се кретао јако полако. Напустио је опсаду Ђенове и свуда је зауставио напредовање. Наполеон је повео резервну војску кроз прелаз Велики Сент Бернар. Циљ је био да се ослободи војска под командом Андреа Масене у Ђенови. Француска војска у Ђенови је била угрожена несташицом хране због окружења на копну и британске поморске блокаде. Ђенова је пала пре Наполеонова доласка. Наполеон је концентрисао своју војску и ударио на аустријску војску пре него што су се могли концентрисати. Прва битка је била 9. јуна 1800. код Монтебела. Главна битка је била битка код Маренга. Наполеон је ту замало био поражен. Генерал Луј Десо је на време стигао са појачањем и преокренуо француски пораз у победу. У контранападу генерал Десо је убијен, а Наполеон му је касније изградио споменик. Битка код Марења је била последња битка на италијанском фронту у француским револуционарним ратовима. После битке код Хоенлиндена близу Минхена поражени Аустријанци су били присиљени да потпишу мир.