Kauden alussa Montagny toimi Super Aguri -tallin varakuljettajana. Hän sai mahdollisuuden ajaa tallissaan, kun hänet nimettiin japanilaiskuski Yūji Iden tilalle kauden 2006 viidenteen kisaan Nürburgringillä Saksassa 7. toukokuuta. Montagny jatkoi Super Agurin toisena kilpakuljettajana kaikkiaan seitsemän GP:n ajan kotikilpailuunsa Ranskan GP:hen saakka. Tämän jälkeen hän siirtyi jälleen tallin kolmanneksi kuljettajaksi, kun kilpakuljettajaksi Takuma Satōn työpariksi pestattiin japanilainen Sakon Yamamoto. Montagnyn paras osakilpailusijoitus oli 16:s (Monaco ja Ranska).