Ngày 15 tháng 2 năm 2001, bom thông minh JDAM (Joint Direct Attack Munition hay Vũ khí tấn công điều khiển chung) được trang bị vào kho vũ khí của F-14. Ngày 7 tháng 10 năm 2001, F-14 tham chiến trong Chiến dịch Tự do lâu dài (Operation Enduring Freedom) ở Afghanistan và lần đầu tiên sử dụng Bom JDAM vào ngày 11 tháng 3 năm 2002. F-14 cũng tham gia vào Chiến dịch Iraq tự do (Operation Iraqi Freedom) vào đầu năm 2003.