Cygnaeus oli Viipurilaisen osakunnan kuraattorina 1784–1787 ja Turun akatemian kaunopuheisuuden dosenttina 1787. Hän oli vuodesta 1787 Loviisan kirkkoherrana silloin toimineen isänsä apulaisena ja hän oli sotasairaalan saarnaajana Loviisassa 1788–1789. Vuonna 1791 Cygnaeus oli Porvoon tuomiorovastiksi nimitetyn isänsä apulaisena. Vuonna 1792 hänestä tuli Pietarin ruotsalaisen Katariinan seurakunnan kirkkoherra. Vuonna 1797 Cygnaues vangittiin ja vietiin Moskovaan epäiltynä valtiollisesta vehkeilystä. Hän pääsi kuitenkaan palaamaan takaisin kirkkoherran virkaansa vielä samana vuonna. Vuoden 1797 lopulla Cygnaues matkusti vierailulle isänsä luokse ja kun hän seuraavana vuonna anoi Venäjän keisarilta pidennystä matkustuslupaansa hänet erotettiin kirkkoherran virasta keisarin käskystä. Tämän jälkeen Cygnaeus oli Suomessa Rantasalmen kirkkoherrana vuodesta 1799 alkaen. Hän oli vt. lääninrovastina 1802 ja vakinaisena lääninrovastina 1803–1813. Cygnaues osallistui valtiopäivämiehenä Porvoon valtiopäiville 1809. Hän sai rovastin arvon vuonna 1800.