Al año siguiente, cuando los japoneses invadieron Java y enterraron a todos los médicos europeos en 1943, Thung abrió una clínica privada, "San Te Ie Juen," para brindar servicio médico a las clases altas. Continuó su propia práctica privada e hizo trabajo voluntario en un hospital local durante la Segunda Guerra Mundial. En 1945, cuando los nacionalistas declararon la independencia de Indonesia, Batavia pasó a llamarse Yakarta . De 1945 a 1951, Thung fue contratado por el Ministerio de Educación para controlar la salud de todos los niños en edad escolar de la ciudad. Midió la altura y el peso de los estudiantes del Instituto de Nutrición Pública y supervisó los suplementos lácteos y los alimentos proporcionados por las escuelas para asegurarse de que se proporcionaran de acuerdo con los estándares de la UNESCO.