Em março de 2008, pelo Seis Nações do ano, Wilkinson tornou-se o maior pontuador entre os jogos de seleções, e em um clássico contra a Escócia em Edimburgo, no Murrayfield. Neil Jenkins foi o recordista ultrapassado. Também naquele Seis Nações, alcançou outro recorde, o de acertos em "drop goals" por seleções, superando Hugo Porta ao conseguir o 29º. Mas o deslocamento de um joelho o deixou de fora do jogo por oito meses, fazendo-o perder a turnê de 2009 dos "British and Irish Lions". Paralelamente, seu lugar na seleção passou a ser pressionado por concorrentes mais jovens, como Toby Flood.