За адмову ваяваць супраць пратэстантаў у Шмалькальдэнскай вайне яны былі выгнаны Фердынандам з Аўстрыі. Пасля прыгнечання Пражскага паўстання саслоўяў 1547 года дзейнасць чэшскіх братоў на тэрыторыі Чэшскага каралеўства была забаронена некалькімі каралеўскімі мандатамі і пачаліся адкрытыя рэпрэсіі супраць абшчыны. Каля 1000 чалавек у 1548 годзе перасялілася ў Прусію, дзе герцаг Альбрэхт адвёў ім для месцажыхарства Марыенвердэр. У 1570 яны заключылі з польскімі лютэранамі і рэфарматамі Сандамірскае пагадненне, у сілу якога на іх былі потым распаўсюджаны палёгкі Дысідэнцкага міру 1572 г. У Багеміі яны дамагліся памяркоўнасці ў сілу так званай Чэшскай канфесіі ("Confessio Bohemica") 1575 года, гэта значыць Спавядання веры, выпрацаванага імі разам з іншымі евангелічнымі цэрквамі краіны.