Depuis la fin de la Seconde Guerre mondiale, l'idée d'une Grande Indonésie n'est plus à l'ordre du jour pendant plus de dix ans. Vers la fin des années 1950, Sukarno s'est fortement opposé à l'initiative de décolonisation britannique qui mènerait à la formation de la Malaisie qui inclurait la Péninsule Malaise et Bornéo du Nord. Les relations politiques tendues ont mené au Konfrontasi au début des années 1960 qui est une guerre non-déclarée avec quelques batailles aux frontières et des infiltrations dans le territoire de Bornéo. Sukarno accuse la Malaisie d'être un État fantoche du Royaume-Uni pour rétablir le néocolonialisme en Asie du Sud-Est et empêcher les intentions indonésiennes d'une hégémonie régionale. Cependant, selon un autre analyste, la campagne de Sukarno contre la formation de la Malaisie avait comme but de réunir la péninsule de le Bornéo du Nord avec l'Indonésie et de créer la Grande Indonésie.