Durante su mandato al frente de la Alianza Atlántica se desarrolló la guerra de Kosovo. Esta intervención carecía de la autorización de la Organización de las Naciones Unidas (ONU) y consistió básicamente en el bombardeo de objetivos militares y civiles de la República Federal de Yugoslavia. La OTAN justificó los ataques por motivos humanitarios a fin de evitar una limpieza étnica en Kosovo; sin embargo, el posible deliberado ataque de objetivos civiles generó críticas que llegaron a acusar a la OTAN de violar los Convenios de Ginebra.