После того, как началась Гражданская война, Сибли был назначен полковником милиции и был направлен в район реки Миннесоты. Он принял участие во многих боях с санти-сиу во время индейского восстания. Милицейские части Миннесоты смогли захватить в плен около 2000 индейцев, из которых впоследствии 321 человек были осуждены и 303 приговорены к смерти.