Йохан V фон Пернщайн (; ; * 30 юли 1561; † 30 септември 1597 в Рааб в Унгария) е директор на артилерията през Дългата Турска война. Той е фрайхер от благородническия род Пернщайн от Бохемия-Моравия. Замъкът Пернщайн се намира близо до Бърно в Моравия.