W kwietniu 1811 został gubernatorem Prowincji Iliryjskich, przyłączonych dwa lata wcześniej do Francji, zastępując marszałka Marmonta. Na stanowisku tym pozostał formalnie do 1813. Po klęsce Wielkiej Armii podczas wyprawy na Rosję, przedstawił cesarzowi plan odtworzenia wyniszczonej kawalerii, w oparciu o jednostki chorwackie, które jednak w przyszłości masowo zdezerterowały, gdy miały walczyć przeciwko Austriakom. Niemniej Napoleon w 1813, na czas kampanii niemieckiej powierzył Bertrandowi dowództwo IV korpusu, który walczył m.in. w bitwach pod Lützen, Großbeeren, Dennewitz i Lipskiem.