Er war der letzte katholische Monarch, der über die damals anglikanischen bzw. presbyterianischen Königreiche England und Schottland herrschte. Seiner katholischen Personalpolitik misstraute ein Großteil der Bevölkerung, zumal des Adels, und warf ihm vor, er wolle Britannien zum Katholizismus zurückführen und eine absolutistische Herrschaftsform wie in Frankreich errichten. Dies führte dazu, dass seine Gegner ihn in der Glorious Revolution 1688 absetzten. Ihm folgte nicht sein zur Thronfolge berechtigter Sohn James Francis Edward aus der zweiten, katholischen Ehe nach, sondern Jakobs protestantische Tochter Maria II. aus erster Ehe, gemeinsam mit ihrem Gemahl Wilhelm von Oranien, dem Statthalter der Niederlande, der als Wilhelm III. auf den Thron berufen wurde.