Come ghibellini alcuni di loro vennero confinati dopo la Battaglia di Benevento (1266), rifiutando l'amnistia del 1316. Altri rimasero in città e si legarono poi alla fazione dei Cerchi nelle contese fra i guelfi bianchi e neri, alla fine del XIII secolo. Nel XV secolo alcuni Portinari divennero uomini di fiducia di Cosimo de' Medici, come Giovanni d'Averardo Portinari, che dirigeva il Banco Mediceo di Venezia, o Bernardo che diresse la filiale di Bruges fin dalla sua fondazione nel 1434. Tommaso Portinari fu poi titolare della filiale fiamminga, arrivando a diventare banchiere di Carlo il Temerario e poi dell'imperatore Massimiliano I. Fu inoltre ambasciatore in Spagna per Firenze e fu lui a commissionare il famoso "Trittico Portinari" a Hugo van der Goes, inviato poi in madrepatria e diventato un punto di riferimento fondamentale nei contatti artistici tra scuola fiamminga e scuola italiana.