Le cheval du Cap est vraisemblablement presque éteint au début du , du fait de croisements, d'épidémies qui le frappent durant la seconde moitié du , et surtout des deux guerres anglo-boers de 1880 et 1899. La population équine est en effet décimée durant la guerre de 1899-1902 : le cheval du Cap étant naturellement résistant aux maladies équines africaines et susceptible de servir d'arme de guerre, les Britanniques ont volontairement capturé ou éliminé ces animaux. Il ne reste alors qu'une poignée de ces chevaux dans la région du Cap, qui finissent par être croisés à d'autres races. Le "South Africa Department of Agriculture" date la disparition du cheval du Cap à environ 1900.