Bij de kerkelijke herindeling van de Nederlanden op last van Filips II in 1559 werd Middelburg bisschopszetel. Het bisdom Middelburg heeft echter maar kort bestaan. In tegenstelling tot veel andere Zeeuwse plaatsen koos Middelburg net als Amsterdam na de inname van Den Briel in 1572 de kant van de Spanjaarden. Maar na een lang beleg door de geuzen moest de stad zich in februari 1574 bij de prins aansluiten.