Robert Waseige, die in 1999 het stokje van Leekens had overgenomen, haalde Nilis in 2000 over zich toch weer beschikbaar te stellen voor de nationale ploeg. Op 26 april 2000 maakte hij zijn rentree in een vriendschappelijke wedstrijd tegen Noorwegen. Nilis werd opgenomen in de selectie voor het EK 2000, dat werd gehouden in Nederland en België. Tijdens de voorbereiding op dat toernooi kwam Nilis in botsing met Waseige over een gekozen trainingsvorm. Waseige gaf aan niet van Nilis' repliek gediend te zijn, waarop Nilis aangaf het trainingskamp weer te willen verlaten. Hij werd omgepraat door Jacky Peeters en Timmy Simons en besloot te blijven. Hij begon het toernooi echter, tegen zijn verwachting in, als wisselspeler. De bondscoach gaf de voorkeur aan Branko Strupar, evenals Weber een tot Belg genaturaliseerde Kroaat. Nilis kon zich niet vinden in die keuze. Hij speelde uiteindelijk drie wedstrijden op het toernooi, waarvan de eerste twee als invaller. In de laatste groepswedstrijd tegen Turkije mocht Nilis in de basis starten. Toen de ploeg met 2-0 achterkwam door twee doelpunten van Hakan Şükür, werd hij gewisseld voor Strupar. België verloor de wedstrijd met 2-0, eindigde derde in de poule en moest het toernooi verlaten. Zo ging Nilis' interlandcarrière als een nachtkaars uit.