Јонски устанак изазван је незадовољством грчких полиса у Малој Азији са тиранима, које је постављала Персија. Тиран Милета Аристагора покушао је 499. п. н. е. да освоји острво Наксос заједно са Персијанцима. Повукли су се након четворомесечне опсаде Наксоса. Аристагора се бојао да га не смене због неуспешног похода, па је одлучио да побуни јонске Грке против Персијанаца. У почетку су јонски Грци били успешни, па су уз помоћ Атине и Еретрије заузели Сард 498. п. н. е. Међутим након тога Персијанци су победили у бици код Ефеза. Побуна се након тога проширила на Карију и Кипар. Уследиле су три године ратовања без одлучујућег ефекта. До 494. п. н. е. персијска војска и морнарица су се прегруписале и одлучили су да нападну епицентар побуне Милет.