Dopo lo Dissoluzione dell'Unione Sovietica diventa nel 1992 la prima squadra campione d'Estonia; ciò gli consentì di essere la prima squadra estone a partecipare alle Coppe europee, partecipando alla Champions League. Si ripeté anche la stagione successiva, ottenendo un nuovo accesso alla Champions League: in entrambe le occasioni l'eliminazione arrivò immediata. Nel 1993-94 vinse anche la seconda edizione della Coppa d'Estonia, torneo in cui l'anno prima perse in finale ai rigori contro il Nikol Tallinn; partecipò così alla Coppa delle Coppe, ma fu immediatamente estromessa.