Флот створено 1950 року, коли ескадру ВМС США, що перебувала в Середземному морі з часів Другої світової війни, перетворено на 6-й американський флот. Його ядро ​​склали дві авіаносні групи. Флот брав участь в операціях «"Blue Bat"» (1958), «"El Dorado Canyon"» (1986), «"Allied Force"» (1999).