Günümüzde Litvanya'daki Rusların çoğu, Sovyet döneminde gelen göçmenlerin soyundan gelmektedir. 1939 Molotov-Ribbentrop paktının şartlarını takiben, Sovyetler Birliği 1940'ta Litvanya, Letonya ve Estonya'yı işgal etti ve ilhak etti. Almanya 1941'de Sovyetler Birliği'ne saldırdıktan sonra, üç ülke hızla Alman kontrolü altına girdi. Pek çok Rus, özellikle ilk ilhakla bölgeye gelen Komünist parti üyeleri, Rusya'ya çekildi; Almanların eline düşenlere sert davranıldı, çoğu öldürüldü. Savaş sona ererken, Sovyetler Birliği 1944-1945'te Baltık devletlerini yeniden işgale başladı. Batı demokrasileri Sovyet işgalini tanımadı.