Fortet anlades på hösten 1819 av överste Henry Atkinson och hans soldater. Den var då den amerikanska arméns västligaste garnison. Den gick först under namnet "Camp Missouri" och sedan "Cantonment Missouri". På våren 1820 översvämmades fortet och flyttades cirka 2 km och återuppbyggdes ovanför niporna på samma plats som Lewis och Clark förhandlade med prärieindianerna 1804. I samband därmed byttes dess namn till "Cantonment Council Bluffs". Det fick officiellt namnet Fort Atkinson 1821.