Sieyès wkrótce zrezygnował ze stanowiska marionetkowego konsula, które przyjął po zamachu 18 brumaire’a. Został jednym ze współtwórców Senatu Konserwatywnego (był jego przewodniczącym w roku 1799). W tym czasie otrzymał od Napoleona ogromny majątek ziemski w gminie Crosne. Po spisku z ulicy Saint-Nicaise w końcówce grudnia 1800 roku, Sieyès stał za bezwzględnymi i nielegalnymi procederami, które pozwoliły Napoleonowi oczyścić swoje otoczenie z jakobinów.