歴史的に見て、陰謀論は偏見や魔女狩り、戦争、大量虐殺などと密接に繋がっている。陰謀論はテロの実行犯が強く信じていることが多く、ティモシー・マクベイやアンネシュ・ベーリング・ブレイビク、およびブレントン・タラントなどが顕著な例である。また同様に、ナチス・ドイツやソビエト連邦といった国家も正当化のために陰謀論を利用していた。陰謀論に動機付けられた南アフリカ政府によるエイズ否認主義は、推定33万人のエイズによる死者を生み出した。は、300万もの人々が飢饉に苦しんでいたにも関わらず、ザンビア政府に食糧援助を拒否させることになった。陰謀論は、公衆衛生の改善を妨げる重大な障害となっており、特にワクチン接種や水道水フッ化物添加などへの反対が促され、ワクチンで予防可能な病気の流行に繋がっている。陰謀論のその他の影響としては、科学的証拠への信頼の低下や、過激派集団のさらなる過激化とイデオロギーの強化、経済への悪影響などが挙げられる。