W 1529 roku, po powrocie z wizytacji, został proboszczem i superintendentem w Eisenach, gdzie służył osiemnaście lat. Był jedną z osób najbardziej zaangażowanych w walkę z anabaptyzmem, był aktywny jako reformator, brał też udział w innych wizytacjach: w 1533 i 1539 w Turyngii, następnie w Schwarzburgu i w 1545 w biskupstwie Naumburgu. W 1542 roku wprowadził reformację w cesarskim mieście &lt;a href="M%C3%BChlhausen/Th%C3%BCringen"&gt;Mühlhausen/Thüringen&lt;/a&gt;. Brał udział w spotkaniu w Marburgu, był jednym z sygnatariuszy Artykułów Szmalkaldzkich (podpis w jego imieniu złożył Friedrich Myconius). Po śmierci Myconiusa zastąpił go na jego urzędzie superintendenckim w Gocie. W wyniku I wojny szmalkaldzkiej był zmuszony do opuszczenia Gothy, jednak niedługo potem mógł wrócić. Protestował przeciwko "Interim augsburskiemu". Propaganda anabaptystów skłoniła go do skierowania swojej działalności polemicznej przeciwko nim, a zwłaszcza ich antynomistycznym poglądom mówiącym, że człowiek narodzony z Boga nie może zgrzeszyć. W 1552 roku był zaangażowany w spór dotyczący nauki Andreasa Osiandra o usprawiedliwieniu, wchodząc w skład delegacji wysłanej do Prus w celu wyjaśnienia różnic doktrynalnej. Nikolaus von Amsdorf wciągnął go w spór majorystyczny dotyczący roli dobrych uczynków. Menius wrócił do Gothy z nadzieją, że będzie mógł wziąć się za wykonywanie swoich obowiązków, jednak Amsdorf, Matthäus Ratzenberger, Aurifaber i inni oskarżali go o bycie majorystą i adiaforytą. Menius zrzekł się urzędu i na zaproszenie Melanchtona objął funkcję w kościele św. Tomasza w Lipsku. Stamtąd odpierał ataki Amsdorfa i Flaciusa, których ci nie zaniechali aż do jego śmierci. Z tego powodu twórczość Meniusa miała głównie charakter polemiczny.