ב-27 במאי 2016, מונה ז'וזה מוריניו למאמנה החדש של מנצ'סטר יונייטד לאחר חתימה על חוזה לשלוש שנים בקבוצה. ב-7 באוגוסט זכתה הקבוצה בתואר ראשון תחת מוריניו במגן הקהילה האנגלי לאחר ניצחון 1–2 על האלופה לסטר סיטי. במהלך חלון ההעברות של יולי אוגוסט, בהתאם לבקושתיו של מוריניו, הצליחה הקבוצה להביא שחקנים מהשורה הראשונה על אף שלא שיחקה בליגת האלופות באותה השנה. בין היתר חתמו בקבוצה אריק ביילי מויאריאל, הנריך מחיתריאן מבורוסיה דורטמונד, זלאטן איברהימוביץ' מפריז סן-ז'רמן, ופול פוגבה מיובנטוס בסכום שיא 110 מיליון יורו. ב-26 בפברואר 2017, זכתה מנצ'סטר יונייטד בגביע הליגה האנגלי לאחר שגברה בגמר 2–3 על סאות'המפטון באצטדיון ומבלי. ב-24 במאי 2017 זכתה יונייטד בגביע הליגה האירופית לעונת , לאחר ניצחון 2–0 במשחק הגמר על אייאקס בפרינדס ארנה שבסטוקהולם.