В период польской интервенции в 1612 году башня была разрушена пушечными выстрелами. Вскоре после окончания Смутного времени крепостные сооружения восстановили. Во второй половине XVII века в башне располагалась церковь митрополита Петра кремлёвского подворья Угрешского монастыря. Церковь дала Третьей Безымянной башне её нынешнее название. О храме и состоянии башни свидетельствует «Опись ветхостей» 1667 года: