Tras el inicio de la Segunda Guerra Mundial, Carlos II reafirmó la Alianza Polaco-Rumana ; sin embargo, Polonia rechazó la asistencia militar, que deseaba seguir el plan rumano de cabeza de puente que requería una Rumania neutral. Tras la caída de Polonia y la participación de la URSS, Carlos II mantuvo una política de neutralidad. Después de la caída de Francia, la política de Carlos II cambió hacia el realineamiento con la Alemania nazi con la esperanza de obtener una garantía alemana. Sin embargo, no estaba al tanto de las cláusulas secretas del pacto Ribbentrop-Molotov que haría que Rumania perdiera partes significativas de su territorio. El año 1940 marcó la fragmentación de la Gran Rumania por la pérdida de Besarabia y el norte de Bucovina ante la URSS, el norte de Transilvania a Hungría y el sur de Dobruja a Bulgaria. Aunque finalmente se logró una garantía alemana, la situación tuvo un efecto desastroso en la reputación del rey Carlos II. La reorientación de la política exterior de Rumanía hacia la Alemania nazi no pudo salvar al régimen del rey Carlos II, que se vio obligado a abdicar por el general Ion Antonescu, recién nombrado primer ministro. Y fue sucedido por su hijo Miguel. Se le permitió salir del país con un tren especial cargado de fortunas, la Guardia de Hierro hizo un intento de asesinato, que disparó contra el tren. Después de la Segunda Guerra Mundial, Carlos II quiso volver al timón del país y destronar a su hijo nuevamente, pero fue detenido por los Aliados Occidentales. Finalmente se casó con Elena Lupescu y murió en el exilio.