El 1997, Rússia i Ucraïna van signar el Tractat de Partició, que establia dues flotes nacionals independents i dividia armaments i bases entre ambdós països. Ucraïna també va acordar arrendar grans parts de les seves noves bases a la Flota Russa del Mar Negre fins a l'any 2017. No obstant això, el tractat sembla molt lluny de ser perfecte: les tensions permanents en el control dels detalls d'arrendament (inclosos informes recurrents sobre fars) continuaren. La principal base de la Flota encara està situada a la ciutat portuària crimeana de Sebastòpol. El 2009, el govern ucraïnès de Iúsxenko va declarar que el contracte d'arrendament no s'estendria i que la flota hauria d'abandonar Sebastòpol el 2017. No obstant això, el 2010 els drets d'arrendament de Rússia es van renegociar amb una pròrroga fins al 2042 i una opció per cinc anys, fins al 2047.