Під час війни проти Першої французької імперії Гібралтар спочатку виступав як база британського флоту, який здійснював блокаду портів Кадіс, Картахена і Тулон, а потім як перевалочна база, через яку здійснювалося постачання британських військ під час Піренейських воєн з 1807 по 1814 рік. Влітку 1801 року французька та іспанська ескадри зробили дві спроби прорвати блокаду і билися з британської ескадрою біля Гібралтару. Іспанцям це дорого коштувало: вони втратили два найбільших кораблі, які прийняли один одного за супротивника, зіткнулися і вибухнули, убивши майже 2000 моряків. Через два роки в Гібралтар прибув лорд Нельсон, зайнятий пошуками французької ескадри адмірала де Вільньова. Вони зустрілися в Трафальгарській битві, в результаті якої Нельсон був убитий, а Вільнев потрапив у полон. Прибувши в червні 1803 року, Нельсон керував блокадою французьких та іспанських портів, але деякий час провів на березі, в місті. 28 жовтня 1805 року в Гібралтар повернувся HMS "Victory" з тілом Нельсона; донесення адмірала Колінгвуда про перемогу в Трафальгарській битві і загибель Нельсона було надруковано у "Gibraltar Chronicle", що стала першою газетою, яка оголосила про це світу (на два тижні раніше "The Times").