Der Erste Weltkrieg brachte instabile Verhältnisse in Litauen. Litauer, Polen und Sowjetrussen stritten um die Herrschaft über Vilnius. Nachdem sich die Polen im August 1919 militärisch endgültig durchsetzen konnten, kam es am 11. Oktober 1919 zur offiziellen Wiedereröffnung der Universität, nunmehr als «Polnische Stefan-Batory-Universität». In Zeiten des grassierenden Nationalismus war kein Platz für andere Völker und die Universität wurde eine rein polnischsprachige Bildungsinstitution. Die litauischen Professoren und Studenten, die ihrerseits im Dezember 1918 die Absicht zur Wiedergründung der Universität bekundet hatten, dies aber wegen des Polnisch-Litauischen Kriegs und der nachfolgenden Annektierung des Gebiets von Vilnius sowie Gründung der sog. "Litwa Środkowa" durch Polen nicht mehr umsetzen konnten, zogen nach Kaunas. Die dort 1922 gegründete Universität sah sich zwar in der Tradition der Vilniusser Universität, bekam allerdings 1930 den Namen Vytautas-Magnus-Universität.