Nel 1887 fu nominato qadi dal sultano del Marocco Hassan I. Questo fu il periodo della Conferenza di Berlino dopo la quale vennero assegnate le aree di influenza e sfruttamento da parte delle potenze coloniali europee. La Spagna ebbe, fra l'altro la zona attuale del Sahara Occidentale. Nel 1884 Emilio Bonelli rifondò la città di Villa Cisneros capitale del Río de Oro. La Spagna colonizzò esclusivamente la costa e una limitata parte dell'entroterra.