Kœnig war Kommandeur in der 10-tägigen Schlacht von Bir Hakeim im Sommer 1942, der den Vormarsch der Achsenmächte in Nordafrika unter Erwin Rommel verzögerte. Mit seinen Truppen schloss er sich dann der britischen 8. Armee von General Montgomery zur Befreiung Nordafrikas an und nahm an der Zweiten Schlacht von El Alamein im Herbst 1942 teil. Im Mai 1943 wurde er zum Divisionsgeneral befördert, ab August 1943 war er stellvertretender Generalstabschef der frei-französischen Armee in Algerien.