Op het Wereldkampioenschap voetbal onder 17 - 1997 werd hij met Ghana tweede en speelde in vijf wedstrijden. Yakubu speelde zestien interlands voor Ghana en behoorde tot de selectie voor de Afrika Cup 2006 waar Ghana in de groepsfase werd uitgeschakeld. Ook speelde hij in kwalificatiewedstrijden voor het wereldkampioenschap voetbal 2006 wat de allereerste deelname van Ghana aan een WK was. Hij behoorde echter niet tot de toernooiselectie.