Als sich die Osttimoresen im Unabhängigkeitsreferendum 1999 für die Unabhängigkeit entschieden und Indonesien sich aus Osttimor zurückzog, verließ Tavares das Land und zog nach Atambua. Dort war er als Berater für die Uni Timor Aswain (UNTAS) tätig, einer politischen Organisation der ehemaligen pro-indonesischen Milizen in Osttimor. In der ersten Zeit unterstützte Tavares offen bewaffnete Einfälle in Osttimor durch die 59.500 Bewaffneten, die unter seinem Kommando standen. Tavares bestritt auch nicht, dass seine Milizen an den Zerstörungen bei der Operation Donner beteiligt waren. Er bestritt aber Kontakte zu den Streitkräften Indonesiens (TNI). Im Oktober 2000 wollten vier Milizenführer nach Osttimor zurückkehren. Tavares drohte ihnen mit außergerichtlichen Konsequenzen.