Током Дугог рата (1593—1606) на подручју средњег Подунавља дошло је до масовног покрета православних Срба познатог као Банатски устанак, што је послужило Турцима као повод да у Београд донесу и на Врачару спале мошти Светог Саве. За време Бечког рата (1683—1699) хабзбуршка војска је 1688. године преотела Београд од Турака. У то време, београдско-сремски митрополит био је Симеон Љубибратић који је 1690. године заједно са српским патријархом Арсенијем III избегао у Угарску. До краја рата (1699), епархија је остала подељена на јужни део под турском и северни део под хабзбуршком влашћу. Нови српски патријарх Калиник I је на турској страни поставио новог београдског митрополита Михаила, док је стари српски патријарх Арсеније III на хабзбуршкој страни поставио Стефана Метохијца, који је најчешће боравио у Сремским Карловцима.