Con il sopravvenuto addio di Guidolin, l'annata successivo sancì la fine di questo ciclo berico, con una retrocessione seguita, però, da un'immediata promozione grazie alla vittoria del campionato di Serie B 1999-2000, con il tecnico Edoardo Reja in panchina e un prolifico attacco in cui si distinsero Gianni Comandini, il solito Luiso e il giovane Christian Bucchi. Durò, tuttavia, solo un anno la permanenza in Serie A, poiché la stagione 2000-2001 si concluse con una nuova retrocessione tra i cadetti.