בית הדין הפלילי המיוחד של האו"ם שהוקם לאחר רצח רפיק אל-חרירי, ראש ממשלת לבנון לשעבר ב־2005, האשים את בדר א-דין ועוד שלושה פעילי חזבאללה בתכנון וביצוע הרצח, והוציא נגדם צווי מעצר בין-לאומיים. בעקבות בקשות ההסגרה נגדו, ירד מוסטפא בדר א-דין למחתרת, והמשיך לתכנן וליזום פיגועים נגד מטרות מערביות, ערביות-סוניות, וישראליות.