З вересня 1942 року «Балтимори» брали найактивнішу участь у битві під Ель-Аламейном. Потужне авіаційне озброєння літаків дозволяло застосовувати їх не тільки як бомбардувальники, але і як штурмовики. Надалі основний тягар ударів «Балтиморів» був перенесений на цілі в глибині оборони противника — перш за все склади і лінії комунікацій, що проводилося, як правило, у нічний час. З 6 жовтня 1942 року «Балтимори» здійснили серію нальотів на аеродроми противника в рамках першого етапу підготовки генерального наступу. 23 жовтня наступ розпочався, і «Балтимори» спільно з іншими бомбардувальниками атакували німецькі позиції, а з 3 листопада бомбили відступаючі німецько-італійські війська. Надалі вони брали участь у боях аж до розгрому італо-німецьких військ у Північній Африці. Останніми завданнями були нальоти на укріплення лінії Марет у Тунісі і порти Габес, Сфакс і Сус.