En 1795, les royalistes débarqués sur la presqu'île assiègent dès le 27 juin le fort, renommé "fort Sans-Culotte", qui finit par tomber après quatre jours, ses défenseurs étant à court de vivres. Quatre cents d'entre eux (sur les 700 que le fort comptait) acceptent alors de s'enrôler dans l'armée catholique et royale. Signalant la fin de l'expédition, celui-ci sera repris par les troupes du général Hoche. Pendant quelques années, il sera laissé en déshérence. En 1800, sous l'impulsion du Premier Consul et d'Armand de Marescot, le fort est renforcé et modernisé alors que la France vient de vaincre la Deuxième Coalition. Les améliorations vont continuer pendant toute la première moitié du , donnant à l'édifice son allure actuelle, qui s'inspire des ouvrages défensifs de Vauban au siècle précédent. En 1917, le fort sert de prison aux prisonniers allemands de la Première Guerre mondiale.