Bouboulina est née en prison à Constantinople ; originaire de la communauté Arvanites de l'île d'Hydra. Elle était la fille du capitaine Stavrianos Pinotsis et sa femme Skevo. Les Ottomans avaient emprisonné Pinotsis pour avoir pris part à la Révolution d'Orloff (première guerre russo-turque) en 1769-1770 contre l’occupation ottomane. Son père mourut peu de temps après, et elle retourna avec sa mère sur l’île d’Hydra. Quatre ans plus tard, lorsque sa mère se remaria avec Dimitrios Lazarou Orlof, ils partirent vivre sur l’île de Spetses. Bouboulina eut ensuite huit demi frères et sœurs.