Müller wohnte in Solingen im Haus Potsdamer Str. 9, wo auch ein Büro der SA untergebracht war. Dies hatte zur Folge, dass er ständig schikaniert und denunziert wurde. Fünfmal wurde er verhaftet, doch konnten ihm keine Widerstandshandlungen nachgewiesen werden. Trotzdem kam er als Kommunist von März 1933 bis Ende April 1935 in Schutzhaft, unter anderem ins KZ Börgermoor, wo er zu den „Moorsoldaten“ gehörte, und 1937 ins KZ Sachsenhausen. Bei Misshandlungen wurden ihm alle Zähne ausgeschlagen, und er bekam ein Herzleiden. Die letzte Verhaftung erfolgte am 15. August 1944, weil er verdächtigt wurde, Kontakte zu den Verschwörern des Attentats vom 20. Juli gegen Hitler gehabt zu haben.