Am 1. Mai 1933 trat Clausius in die NSDAP (Mitgliedsnummer 2.637.043) ein und wurde am 1. Juni 1934 auch Mitglied der SS (SS-Nr. 181.012). Innerhalb dieser Organisation war er ab 12. September 1937 SS-Oberführer und wurde am 22. März 1940 zum SS-Brigadeführer befördert. Zwischenzeitlich erhielt Clausius am 27. August 1939, dem sogenannten Tannenbergtag, den Charakter als Oberst verliehen.