Bien que la vie confessionnelle à Zinder fut longtemps caractérisée par la cohabitation harmonieuse entre les religions, le début du fut marqué par l’essor de tensions démagogiques allant par occasion jusqu'à des persécutions. L'église catholique a été saccagée deux fois et la Chapelle des Vainqueurs de même. Un pogrom fut effectué le , lorsque la majorité des églises de la ville, une école confessionnelle, ainsi qu'un important nombre de domiciles et de lieux de commerce des familles de confession chrétienne, furent saccagés. Certains chrétiens furent demandés de renier leur foi, couteau à la gorge. L’agression eut lieu en connexion avec une manifestation islamique contre la participation qu'avait fait le président de la République du Niger, Mahamadou Issoufou, à Paris, dans une marche de sympathie aux victimes de l'assaut terroriste contre le magazine français Charlie Hebdo. Ces exactions amenèrent le président de la République du Niger à déclarer, le , « "Ce qui s’est passé chez nous hier à Zinder et aujourd’hui à Niamey nous interpelle. Ces églises qui sont brûlées, pouvons-nous accepter qu’elles le soient au nom de notre religion ? De quel tort sont coupables les églises et les chrétiens du Niger ? Ceux qui pillent ces lieux de culte, qui les profanent, qui persécutent et tuent leurs compatriotes chrétiens ou les étrangers qui vivent sur le sol de notre pays, n’ont rien compris à l’Islam. Ils donnent de notre pays si chaleureux et de nos populations si hospitalières, une très mauvaise image". »