Myöhäisellä palatsikaudella (myös uusi palatsikausi) noin 1627–1600 eaa., arkeologisten löytöjen mukaan kaudella LM IA, sattui nykytiedon mukaan Santorínin suuri tulivuorenpurkaus, joka tuhosi ainakin saarella olleen Akrotírin asutuksen. Aiemmin purkaus ajoitettiin noin vuoteen 1500–1450 eaa., toisin sanoen samoihin aikoihin minolaisen kulttuurin kokeman tuhon kanssa, ja sitä pidettiin ilmeisenä syynä minolaisen merivallan heikentymiseen, mikä puolestaan olisi helpottanut saaren valtausta. 1980-luvun lopulla Grönlannin jäätiköiden tarkempi tutkimus siirsi purkauksen ajoitusta pari sataa vuotta uskottua aiemmaksi, noin vuoteen 1645 eaa., ja se on aiheuttanut kronologisia ongelmia. Aiemmin purkauksen uskottiin vaikuttaneen merkittävästi kulttuurin tuhoutumiseen, mutta uuden ajoituksen mukaan se on voinut aiheuttaa Kreetalla korkeintaan suuria vahinkoja.