Iwobi kwam uit voor Engeland –16, Engeland –17 en Engeland –18, maar debuteerde op 8 oktober 2015 in het Nigeriaans voetbalelftal. Bondscoach Sunday Oliseh bracht hem toen in de 57e minuut in als vervanger voor Ahmed Musa in een met 2–0 verloren oefeninterland tegen Congo-Kinshasa. Iwobi maakte op 9 oktober 2016 zijn eerste interlanddoelpunt. Hij schoot Nigeria toen op 0–1 in een met 1–2 gewonnen kwalificatiewedstrijd voor het Afrikaans kampioenschap 2017 in en tegen Zambia. Dankzij zijn goal tegen datzelfde Zambia (1-0) op zaterdag 7 oktober 2017 plaatste Nigeria zich voor de zesde keer voor een WK. Iwobi behoorde een jaar later ook tot de Nigeriaanse ploeg op het WK 2018. Hierop stond hij twee keer in de basis en viel hij twee keer in. Iwobi was basisspeler van de Nigeriaanse ploeg die derde werd op het Afrikaans kampioenschap 2019.