Sjednocování Itálie ("Risorgimento") však pokračovalo a papež Pius IX. přišel postupně o velkou část území svého státu. Jeho državy, z nichž nakonec zbyl pouze Řím a nejbližší okolí, odolávaly jen díky spojeneckým armádám. Když se po zahájení prusko-francouzské války Francouzi stáhli z Říma, Italové 20. září 1870 město dobyli a vyhlásili jej za hlavní město sjednocené Itálie. Papežové, jimž byl ponechán jen pahorek Vatikán, ještě dlouho doufali v obnovení církevního státu. K ukončení sporu s Itálií došlo až v roce 1929 podepsáním Lateránské smlouvy. Ta potvrzovala suverenitu Vatikánu a malých exteritoriálních území (několika bazilik a paláce v Castel Gandolfu). Papež se však definitivně vzdal nároků na původní území a uznal Řím za hlavní město Itálie. Vztah mezi Vatikánem a Itálií byl pak ještě upraven konkordátem z roku 1984. Ztrátu území, patřících původně k papežskému státu, se Itálie zavázala odškodnit částkou 1,75 miliard lir.