In Shanghai nam de Van Aggele deel aan de wereldkampioenschappen kortebaanzwemmen 2006, op dit toernooi eindigde hij als zesde op de 100 meter wisselslag. Op de 50 en de 100 meter schoolslag strandde hij in de halve finales en op de 200 meter schoolslag in de series. Op de Europese kampioenschappen kortebaanzwemmen 2006 in de Finse hoofdstad Helsinki eindigde Van Aggele wederom als vierde op de 100 meter wisselslag, op de 50 meter schoolslag werd hij uitgeschakeld in de halve finales en op de 100 en de 200 meter schoolslag in de series. Op de 4x50 meter vrije slag veroverde hij samen met Johan Kenkhuis, Bas van Velthoven en Mitja Zastrow de bronzen medaille, samen met Nick Driebergen, Bastiaan Tamminga en Johan Kenkhuis eindigde hij als achtste op de 4x50 meter wisselslag.