黄底三線旗は、第一次インドシナ戦争の影響を受けて誕生した。戦争の当事者であるフランスの方針転換によって、阮朝最後の皇帝であるバオ・ダイを首班とする反共主義的なベトナム人の傀儡国家が設けられることとなり、1948年5月27日に臨時政府としてが樹立された。臨時政府はベトナム帝国が使用していた旗を参考として同年6月2日に新国家の国旗として黄底三線旗を発表し、1949年6月14日のベトナム国成立と共に黄底三線旗は正式な国旗となった。1954年のジュネーヴ協定によってベトナムが分断国家になると、南ベトナムの権力を掌握したゴ・ディン・ジェムは1955年に国家体制をベトナム国からベトナム共和国へと刷新し、その際に国旗も黄底三線旗から別の旗へ置き換えようと試みた。だが、妥当な代替案が見つからなかった為に黄底三線旗が引き続き国旗として使用され、冷戦という世界情勢の中で黄底三線旗はベトナムにおける文化的な遺産（伝統）だけでなく自由主義も象徴する存在として認知されていった。1975年4月30日、サイゴン陥落によってベトナム共和国が消滅すると黄底三線旗は国旗としての役割を終え、ベトナム共和国と敵対していたベトナム共産党の勢力によって掲揚が禁じられた。黄底三線旗は統一ベトナム（ベトナム社会主義共和国）成立後もベトナム国内で掲揚できない状況が引き続き続いており、2012年には黄底三線旗の写った報道写真をベトナムメディアが急遽差し替える出来事が発生している。