Pela Seleção Angolana de Futebol, Fernando Sousa disputou 13 partidas, fazendo um gol na partida contra o Togo emabril de 1997, pelas eliminatórias da Copa de 1998. Participou de uma edição da Copa Africana de Nações, em 1998, disputando os 3 jogos dos "Palancas Negras", que caíram na primeira fase.