În timpul intensificării tensiunilor între grupurile religioase în timpul Războiului din Bosnia, Muntenegru a rămas destul de stabil, în principal din cauză că populația sale avea o perspectivă istorică asupra toleranței religioase și diversității religioase. Instituțiile religioase din Muntenegru au toate drepturile garantate și sunt separate de stat. A doua cea mai mare religie religie este islamul, care se ridică la 19% din populația totală a țării. O majoritate a albanezilor sunt musulmani sunniți, și în 2012 a fost adoptat un protocol care recunoaște islamul ca religie oficială în Muntenegru, asigură servirea de alimente în unități militare, spitale, cămine și cantine sociale; și că femeilor musulmane li se permite să poarte basmale în școli și în instituțiile publice, precum și că musulmanii au dreptul de a nu lucra vinerea pentru rugăciunea de . Există și o redusă populație romano-catolică, cea mai mare parte albanezi cu puțini croați, împărțit între Arhiepiscopia Antivari condusă de primatul Serbiei și Eparhia Kotorului, parte a .