Pada masa pendudukan Jepang, bangunan HIS dipergunakan untuk Sekolah Rakyat. Perubahan nama tersebut juga dialami sekolah-sekolah dan lembaga-lembaga lainnya yang menggunakan nama berbahasa Belanda. Pada masa perang Kemerdekaan II "(Clash II)", ketika Belanda menduduki Ibu Kota Republik Indonesia antara tahun 1948 sampai 1949, bangunan HIS dipakai sebagai salah satu markas Belanda. Setelah Yogya kembali atau pengakuan Kedaulatan Republik Indonesia oleh Belanda tahun 1949, bangunan tersebut dipergunakan lagi untuk fasilitas pendidikan.