In zijn eerste twee seizoenen in Mönchengladbach was Enke voornamelijk reservekeeper, achter Uwe Kamps. Onder trainer Friedel Rausch en later Rainer Bonhof was hij in seizoen 1998/99 basisspeler. Hij maakte indruk in het doel, maar kon desondanks de degradatie van Borussia Mönchengladbach in 1999 niet voorkomen. Enke vertrok vervolgens naar Benfica in Portugal. In de zomer van 1999 werd hij uitgenodigd om met Duitsland deel te nemen aan de Confederations Cup 1999 in Mexico. Tot een interland kwam het echter niet. Tussen 1997 en 1999 had Enke al wel vijftien interlands gespeeld voor Jong Duitsland. In 1998 kwam hij vier keer uit voor het Olympisch voetbalelftal van zijn land.