En 2003, Zsolt Baumgartner rejoint Coloni Motorsport en Formule 3000. Il a pour coéquipier le Brésilien Ricardo Sperafico, cinquième l'an dernier. Pour le début de la saison à Imola, le pilote hongrois termine dixième alors que son coéquipier figure sur le podium de la course. À Barcelone, Zsolt Baumgartner inscrit ses premiers points de la saison en se classant septième de la course.