У међувремену, након инвазије на Совјетски Савез, Комунистичка партија Југославије предвођена Јосипом Брозом Титом је кренула у акцију, у јулу позвала у устанак против окупатора и основала своје оружане снаге које ће постати познате под именом партизани. Крајем августа, четници и партизани су били заједно у устанку и заробљавали окупаторске војнике и њихове сараднике, понекад у заједничким акцијама упркос узајамном неповерењу. Четници из независног одреда Веселина Мисите у крајем августа ослободили Лозницу од Немаца. Али Михаиловић није одобравао такве акције, посебно након немачких казнених мера. Михаиловић је убрзо схватио да његови људи немају довољно снаге да заштите цивиле на територији Војне управе у Србији против немачких одмазди. Њега је такође забрињавала могућност да партизани после рата преузму власт. Уместо тога, његова стратегија је била да окупи српске одреде и изгради организацију која би могла да освоји власт када се окупаторске снаге повуку или буду поражене, а не да се ангажује у директан сукоб Стога је предност давао саботажама где не би било очигледно ко је одговоран за њих. Насупрот његовом оклевању, партизани су заговарали отворени отпор, што је привлачило оне четнике које су желели да се боре против Немаца. Због тога Михаиловић је до септембра изгубио неколико команданата и следбеника (попут Ратка Мартиновића и Владе Зечевића) који су пришли партизанима.