С началом войны в БиГ Крстич вернулся в родные места и присоединился к Войску Республики Сербской, где практически сразу же получил чин подполковника и возглавил 2-ю Романийскую моторизованную бригаду, дислоцированную в Соколаце. В октябре того же года он был повышен до полковника. 15 августа 1994 Крстич был назначен начальником штаба Дринского корпуса ВРС, который тогда возглавлял генерал Миленко Живанович. На должность заступил 28 сентября. Крстич часто находился на линии фронта и 29 декабря 1994 года он наступил на мину. Получив тяжёлое ранение, он был доставлен в военный госпитал в Соколаце. 3 января 1995 года ему была сделана операция — правую ногу ниже колена ампутировали. В марте его перевели в Военно-медицинскую академию в Белграде, где Крстич оставался до конца апреля, когда был выписан по своей просьбе, хотя до середины мая ему пришлось проходить лечение в военных госпиталях Соколаца и Власеницы. Возвращение к исполнению обязанностей совпало с возросшей активностью АРБиГ и Крстичу пришлось координировать действия контратаковавших подразделений Дринского корпуса.