Нашао се на списку играча за Куп конфедерација 2013, у Бразилу. У првој утакмици групне фазе, против Мексика, забиљежио је стоти наступ у репрезентацији; Италија је побиједила 2:1, а Пирло је проглашен за играча утакмице. Утакмицом против Мексика, постао је тек пети италијански фудбалер који је забиљежио 100 или више наступа за репрезентацију, након Дина Зофа, Паола Малдинија, Ђанлуиђија Буфона и Фабија Канавара. У другом мечу групне фазе, против Јапана, асистирао је Данијелеу де Росију из корнера, у утакмици коју је Италија добила 4:3 и по први пут се пласирала у полуфинале Купа конфедерација. Пирло није играо у трећој утакмици групне фазе, против Бразила, због мање повреде коју је задобио при крају утакмице против Јапана, али могао је да наступи у полуфиналу. Италија је изгубила 4:2 од Бразила, завршила је групу на другом мјесту и у полуфиналу је играла против Шпаније. Утакмица је завршена 0:0 у регуларном дијелу, док је Шпанија побиједила 7:6 на пенале; Леонардо Бонучи је промашио пенал, док је Пирло погодио. На утакмици за треће мјесто, у којој је Италија побиједила Уругвај 3:2 на пенале, након ремија 2:2 у регуларном дијелу, Пирло није играо због повреде. Изабран је у идеални тим Купа конфедерација и био је номинован за најбољег играча турнира — награду Златна лопта, али није успио да се нађе у топ 3 играча; за најбољег играча проглашен је Нејмар, друго мјесто припало је Инијести, а треће Паулињу.