En novembre 1807, les armées de Junot envahissent le Portugal, qui refuse d'appliquer le blocus continental et de briser l'alliance anglaise. Le roi Jean VI de Portugal et les membres de la maison de Bragance partent pour le Brésil avec la Cour dans une immense escadre portugaise, sous escorte de la flotte britannique. Comme les Espagnols, les Portugais se révoltent en 1808 contre les occupants français, qui sont chassés en 1811 grâce à l'intervention des Britanniques, commandés par Arthur Wellesley. Le , et pendant toute la durée des opérations, le prince régent Jean VI de Portugal place l'armée portugaise sous le commandement de l'Anglais William Carr Beresford, qui est nommé généralissime par le roi portugais, avec le titre de maréchal du Portugal. Rapidement, celui-ci réorganise en profondeur et modernise l'armée portugaise, qui conserve cependant ses propres généraux et officiers. Achevant l'unification des états-majors portugais et britanniques, le , le prince régent Jean VI nomme Arthur Wellesley maréchal général et autorité suprême de l'armée du Portugal, avec autorité sur tous les autres officiers, généraux et maréchaux portugais. Devenu également commandant en chef de toutes les forces britanniques au Portugal à la mort de Moore en janvier 1809, celui-ci prend alors le commandement unifié des armées portugaise et britannique. Sous son autorité, en cinq ans, l'armée anglo-portugaise expulse les troupes napoléoniennes du Portugal, libère l'Espagne et passe les Pyrénées, initiant la campagne de France qui aboutit à la chute du Premier Empire.