2004 erklärte er zum Bürgerkrieg im Sudan: Legitim sei eine Militärintervention, um eine laufende Völkervernichtung zu beenden. Diese Position deckt sich mit der Auffassung der UNO, die Militäreingriffe in "failed states" (zerfallene Staaten, deren Regierungen große Teile der Bevölkerung nicht mehr schützen können) bejaht. Cohn-Bendit ließ aber offen, wer diese Eingriffe vornehmen dürfe.