Народився в бідній індіанській сапотекській селянській родині. Рано осиротівши, заробляв собі на життя випасом худоби. Після навчання в духовній семінарії він вступив до Інституту наук і мистецтв, після закінчення якого став адвокатом. У 1847–1852 роках був губернатором рідного штату Оахака. Брав активну участь у боротьбі з американцями під час американо-мексиканської війни 1846—1848 рр. Із встановленням в країні диктатури генерала Санта-Анни в 1853 р. Хуарес, який зайняв антиурядову позицію, змушений був переїхати в США. З початком буржуазної революції в 1854 у Хуарес повертається до Мексики, де вступає в армію генерала Альвареса. Після остаточного повалення в 1855 р. диктатури Санта-Анни, Хуарес увійшов до складу нового уряду, де став міністром юстиції. У 1858–1861 рр. очолював уряд Мексики. Активно брав участь у підготовці нової конституції Мексики 1857 р. Також був одним з авторів «закону про реформу», за яким церква відділялася від держави, а церковне майно націоналізовувалося. З 15 травня 1867 по 18 липня 1872 рік — президент Мексики. У 1861–1867 роках. керував боротьбою мексиканського народу проти англо-франко-іспанської інтервенції. Після придушення антиурядових заколотів у 1872 р. Хуарес раптово помер від серцевого нападу.