Ese agosto de 2016, rechazó las advertencias del Presidente de Turquía, Recep Tayyip Erdoğan, quién le comunicó que la organización terrorista Fethullahist (abreviada Feto) estaba planeando perpetuar un golpe de estado en su contra, similar al intento de hacer lo mismo en Turquía tan solo un mes atrás. Atambayev alegó que tal rumor era absurdo, que no era necesario incitar al pánico, y que, si la administración de Erdoğan estaba tan preparada, se hubiera dado cuenta del intento de golpe en su propio país. El 23 de diciembre, Atambayev recibió la visita del presidente iraní, Hasan Rouhani, siendo Kirguistán el último país de la gira del mandatario por Asia Central, en el marco de las tentativas recientes de Irán de mejorar relaciones con la Unión Económica Euroasiática. Durante la reunión, Atambayev afirmó que culpar del terrorismo a una religión o grupo étnico sería "inaceptable", y acordó con su homólogo iraní fortalecer la cooperación en la lucha contra el terrorismo, el crimen organizado y el tráfico de drogas imperante en la región.