Il suo talento fu subito notato e perciò il proprietario comandò al direttore sportivo della formazione di designarlo caposquadra. Janssen inizialmente era un velocista, ma si trasformò rapidamente in un "cacciatore" di corse di un giorno. Prese parte al suo primo Tour de France nel 1963: vinse una tappa, ma una caduta lo costrinse al ritiro. Nel 1964 vinse la Parigi-Nizza, poi due tappe al Tour de France e la maglia verde di leader della classifica a punti. Quell'anno divenne, inoltre, campione del mondo su strada nella gara disputata a Sallanches, in Francia. Conquistò di nuovo la maglia verde nel Tour de France 1965, mentre nel 1966 arrivò secondo nella classifica generale dietro a Lucien Aimar.