Dal 9 gennaio 2003 ha nuovamente ricoperto l'incarico di commissario tecnico della nazionale brasiliana dopo aver guidato la squadra alla vittoria nel campionato mondiale del 1994. Parreira non è riuscito a ripetere il trionfo del 1994 con il Brasile, dato che la nazionale verde-oro, Campione del mondo in carica, è stata eliminata ai quarti di finale del Mondiale 2006 dalla Francia.