1991 року Гранич заснував Управління у справах переміщених осіб і біженців, а також організував допомогу сотням тисяч переміщених осіб і біженців з Боснії і Герцеговини. З 31 липня 1991 року Гранич посів місце заступника голови хорватського уряду. Він був відповідальним за перемовини уряду Республіки Хорватія з колишньою Югославською народною армією про розблокування казарм і евакуацію з них та підписав 8 грудня 1991 року угоду про виведення ЮНА з Хорватії. 1992 року віце-прем'єр Гранич підписав документ про вступ Хорватії до НБСЄ. У 1993 р. включився в процес зупинення конфлікту в Боснії між хорватами та мусульманами. З 1 червня 1993 р. по 27 січня 2000 р. перебував на посаді міністра закордонних справ. Був членом Хорватського демократичного союзу і близьким соратником Франьо Туджмана. У 1994 р. як міністр закордонних справ був головним учасником переговорів, внаслідок яких підписав Вашингтонську та Віденську угоди. Був другою особою після Франьо Туджмана на переговорах 1995 року і підписав від імені Хорватії Дейтонські мирні угоди. Як міністр закордонних справ Гранич допомагав вести переговори про мирний договір між Хорватією, Боснією та Сербією і відвідав Сербію в 1996 році, підписавши Угоду про нормалізацію відносин з Союзною Республікою Югославією. У період із 6 вересня по 9 вересня 1996 р. Гранич уперше з офіційним візитом відвідав Україну. У 1997 р. підписав Угоду про вступ Хорватії до Ради Європи. 2000 року був кандидатом від ХДС на президентських виборах. У 2000—2003 рр. був головою Комітету з європейської інтеграції парламенту Хорватії.