ソビエト連邦の崩壊後、経済改革をめぐり、エリツィン及びエリツィン側近の急進改革派と一線を画すようになり、1992年6月ルツコイの自由ロシア人民党は、ロシア民主党、「刷新」など穏健改革派と政治ブロック「市民同盟」を結成した。エリツィンは、ルツコイに農業担当を命じ次第に両者の懸隔は拡大し、1993年春には最高会議議長のルスラン・ハズブラートフとともに反エリツィンの立場を鮮明にする。1993年9月21日に訪日を直前に控えたエリツィンは、人民代議員大会及び最高会議解散の大統領令を発布し、議会を中心とする反エリツィン陣営の除去に取りかかったが、ルツコイは、最高会議の緊急会議で大統領に就任した。10月3日、最高会議ビルに立てこもって抵抗した。しかし、8月クーデターの再現とはならず、ロシア連邦軍の圧倒的な攻撃により、10月4日抵抗は失敗した（モスクワ騒乱事件）。副大統領職は廃止され、ルツコイ、ハズブラートフは逮捕され、レフォルトヴォ刑務所に収容される。