In 1693 was Eugenius benoemd tot veldmaarschalk en drie jaar later verkreeg hij het opperbevel over de strijdkrachten aan de oostgrens van het Habsburgse Rijk. In 1697 versloeg hij het leger van Mustafa II bij Senta. Dat was zijn eerste belangrijke overwinning waarbij aan Turkse kant 25.000 doden vielen, daarentegen slechts 430 aan Oostenrijkse kant. Vervolgens verwoestte hij Sarajevo. De Grote Turkse Oorlog werd twee jaar later (1699) besloten met de Vrede van Karlowitz.