След въстанието Мълчанков, като околийски войвода, е основна фигура на десницата – опозицията срещу Яне Сандански в Невкоропско. В 1905 година е заловен и осъден на смърт, но присъдата му е заменена с доживот и е заточен на остров Родос. Амнистиран в 1908 година след Младотурския преврат, Мълчанков се връща в Неврокоп и учителства. През март 1909 година е сред основателите на околийското учителско дружество „Пробуда“ и е избран в настоятелството му.