Sedan hertigen av Braunschweig samma dag blivit dödligt sårad vid Auerstädt, övertog Friedrich Ludwig en högsta befälet och förde spillrorna av de båda preussiska härarna till Oder, men nödgades 28 oktober samma år att kapitulera med 17 000 man, vid Prenzlau. Då han ej kunde rättfärdiga denna kapitulation, måste han lämna den preussiska tjänsten och bosätta sig i Schlesien, men fördes av fransmännen som krigsfånge till Frankrike, varifrån han dock 1808 återvände till sitt schlesiska slott Slawentzitz. Sitt 1806 mediatiserade furstendöme överlät han åt äldste sonen, eftersom han inte ville stå under württembergsk suveränitet.