18 октября 1943 года «Юбари» покинул Йокосуку, и после учебного плавания перешёл в Рабаул 3 ноября. На следующий день он прикрывал конвой до Кавиенга и при налёте был повреждён близкими разрывами. 11 ноября крейсер также получил лёгкие повреждения при удару по Рабаулу силами палубной авиации американского оперативного соединения 50.3. В период с 18 по 24 ноября «Юбари» доставил войска на остров Гарове в архипелаге Виту, и снова при налёте бомбардировщиков ВВС США от близких разрывов пострадали его корпус и вооружение. 1 декабря крейсер был назначен флагманом 3-й ЭЭМ Восьмого флота взамен потопленного 2 ноября «Сэндая», и был направлен для модернизации в Японию. 3 декабря он покинул Рабаул, ведя на буксире торпедированный эсминец «Наганами». 8-го корабль прибыл на Трук, откуда 14—19 декабря перешёл в Йокосуку.