Sen 2. december 1861 blev Thomas tildelt kommandoen over 1. division af generalmajor Don Carlos Buell's Army of the Ohio. Han var tilstede på 2. dagen af slaget ved Shiloh 7. april 1862), men kom først efter at slaget var overstået. Sejrherren ved Shiloh, Generalmajor Ulysses S. Grant, kom under alvorlig kritik for det blodige slag, og hans overordnede Generalmajor Henry W. Halleck, reorganiserede hæren, så Grant ikke længere var den øverste kommandant i felten. De tre hære i området blev delt og genskabt som tre fløje. Thomas blev forfremmet til generalmajor ved virkning fra 25. april 1862 fik kommandoen over højre fløj, som bestod af 4 divisioner fra Grant's Army of the Tennessee og en fra Army of the Ohio. Thomas ledede denne hær under Belejringen af Corinth. Den 10. juni fik Grant kommandoen over den oprindelige Army of the Tennessee tilbage.