Ідея спорудження мечеті виникла наприкінці 1980-х років, проте розпочалося 1997 року, однак, через початок Другої чеченської війни, будівництво продовжилося лише 2006 року. Прототипом Серця Чечні виступила Блакитна мечеть, яка розташована у Стамбулі. Ініціатором спорудження мечеті належить Ахматові Кадирову, а її будівництвом займалися турецькі фахівці, яких було запрошено до Грозного за сприяння мера турецького міста Конья.