În semn de protest față de acțiunile sovietice de reprimare a mișcării naționale de eliberare a Azerbaidjanului (cunoscute sub numele de „Ianuarie Negru”) și de sprijinirea intervenției sovietice de către Armenia, Sakina Alieva a convocat o sesiune de urgență a Sovietului Suprem al RSSA Nahicevan. După ce au dezbătut chestiunea legalității secesiunii RASS Nahicevan de URSS în temeiul articolului 81 din Constituția sovietică, deputații au pregătit o declarație de independență. Sakina Alieva a semnat prima proclamare a secesiunii unui teritoriu al URSS și a prezentat declarația de independență într-o emisiune de televiziune. Ea a fost forțată să demisioneze din funcție în martie 1990 și a fost înlocuită cu Afiyaddin Jalilov, care a denunțat rapid declarația de independență, susținând că Alieva a semnat acea proclamație la presiunea unor persoane înarmate. Scriitoarea azeră Farida Laman a scris în 2003 o biografie a Sakinei Alievam intitulată "Azadlıq carçısı" („Vestitoarea libertății”).