С началом Карабахского конфликта Риад Ахмедов принимал активное участие в создании Вооружённых сил Азербайджана. С 1989 года Ахмедов часто выезжал в Карабах. Уже в годы войны, в 1991 году, подполковник Ахмедов отличился в боях за сёла Чайкенд, Эркеч и другие.