Due anni dopo, nel 2001, papa Wojtyła fu il primo pontefice a visitare la Grecia dopo 1291 anni. La visita non fu serena, il papa fu accolto da manifestazioni ostili e fu snobbato dai vertici della Chiesa ortodossa, che non inviò nessun suo esponente ad accoglierlo all'arrivo. Ad Atene il Papa si incontrò con l'arcivescovo Christodoulos, capo della chiesa ortodossa di Grecia. Dopo un incontro privato di 30 minuti, i due parlarono pubblicamente. Christodoulos lesse una lista di «13 offese» della Chiesa cattolica romana nei confronti della Chiesa Ortodossa dai tempi del Grande Scisma, inclusi il sacco di Costantinopoli ad opera dei crociati nel 1204, e lamentò la mancanza di qualsiasi scusa da parte della Chiesa cattolica, affermando «Fino ad ora non si è udita una sola richiesta di perdono» per i «furiosi crociati del XIII secolo».