Landslaget var med i sin første kvalifisering til EM i 2001. Ettersom de var nye og umeritterte, begynte de i klasse B, og måtte spille om opprykk til klasse A for å spille kvalifisering til selve mesterskapet. Dette lyktes ikke Israel, og ettersom UEFA fjernet inndelingen i klasse A og B først EM i 2005, og for VM-kvalifisering først etter VM i 2007, ble Israels første direkte kvalifiseringsmulighet kvalifiseringen til EM i 2009. Først vant de en førkvalifisering ved å slå ut Bosnia-Hercegovina, Latvia og Armenia. Deretter endte Israel opp i en vanskelig pulje med Norge og Russland, og kom sist med ett poeng etter en uavgjort mot Østerrike.