Le , le président égyptien Anouar el-Sadate est assassiné par un soldat ayant rejoint le Jihad islamique. Al-Zawahiri affirmera par la suite n'avoir appris le projet d'attentat qu'au matin de l'attaque. Il est néanmoins arrêté, emprisonné et torturé. Mais, il n'est condamné qu'à trois ans de prison pour port illégal d'arme. Il est relâché en 1984.