Während der 1640er-Jahre leistete Wexford große Unterstützung für die Konföderation Irland. Eine Flotte von konföderierten Kaperschiffen war im Hafen von Wexford stationiert. Während der darauffolgenden Rückeroberung Irlands durch Oliver Cromwell wurde die Stadt erobert, geplündert und zum größten Teil niedergebrannt.