Il 15 ottobre 1940 Ōmori assunse il comando della 1ª Squadriglia cacciatorpediniere e il mese successivo fu di conseguenza promosso al grado di contrammiraglio. Questo reparto fu aggregato nell'aprile 1941 alla 1ª Flotta aerea del viceammiraglio Chūichi Nagumo, che riuniva le grandi portaerei di squadra allora possedute dalla marina nipponica. La formazione nacque esplicitamente per portare un colpo improvviso alla United States Navy all'àncora a Pearl Harbor e salpò a fine novembre dalle isole Curili meridionali; per l'operazione Ōmori, imbarcato sull'incrociatore leggero , disponeva dei cacciatorpediniere , "Akigumo", "Kagero", , , "Isokaze", "Hamakaze", "Urakaze" e "Tanikaze". La missione si svolse senza difficoltà, eccettuata una tempesta nel corso della rotta di avvicinamento che rischiò di scompigliare la formazione di Ōmori. Egli fu in seguito presente alle operazioni condotte dalla 1ª Flotta aerea nei primi mesi di guerra nelle Indie Olandesi, sull'Australia e sui possedimenti di questa nell'arcipelago di Bismarck, nell'Oceano Indiano: in tutti questi casi si limitò ad accompagnare le portaerei, senza ingaggiare combattimenti.