ארנסט שקלטון הכיר היטב את קרין ממשלחת דיסקברי וכן ידע על מעללי הגבורה שלו במשלחת האחרונה של סקוט. שקלטון, כמוהו כסקוט, בטח מעומק לבו בקרין: וכך הגדיר אותו שקלטון עצמו: "גבר לעניין". קרין הצטרף אל המשלחת הטראנס-אנטארקטית האימפריאלית של שקלטון ב-25 במאי 1914, כקצין שני, עם קשת רחבה של חובות. בהיעדר המומחה הקנדי להנהגת הכלבים, שנשכר לעבודה אך לא התייצב, קיבל עליו קרין את האחריות על אחד מצוותי הנוהגים בכלבים, ובהמשך היה מעורב בטיפול ובטיפוח הגורים שהמליטה אחת הכלבות שלו, סאלי, סמוך ליציאת המשלחת.