Six mois plus tard, il fut placé par l'administration Peel au poste de Gouverneur général de la Province du Canada et Lieutenant-gouverneur du Canada-Ouest et Canada-Est de 1843 à 1845 avec consigne de résister au développement d'un gouvernement responsable. Un conflit émerge bientôt entre Metcalfe et les leaders de l'assemblée législative, Robert Baldwin et Louis-Hippolyte La Fontaine. Bien qu'il souffre d'un cancer qui empire, il combattit pour préserver les prérogatives de la Couronne et le contrôle du gouverneur sur l'administration. Il n'eut jamais à faire quelque concession pour gagner des appuis, et le geste plus notable fut de persuader le Colonial Office de donner l'amnistie aux rebelles de 1837-38, et d'abandonner l'anglicisation forcée de la population francophone.