12 maja 1918 w czasie uroczystości ku czci ikony świętego patriarchy moskiewskiego Hermogena, wygłosił kazanie o monarchistycznym wydźwięku. W związku z tym w czerwcu 1918 został ponownie aresztowany, jednak drugi proces przed Trybunałem Rewolucyjnym także zakończył się wyrokiem uniewinniającym. Na początku sierpnia tego samego roku został uwięziony i bez sądu zabity przez czerwonoarmistów. Według ks. Michaiła Polskiego, autora żywotów prawosławnych duchownych-ofiar rewolucji październikowej, rozkaz zamordowania Ambrożego (Gudki) wydał osobiście Lew Trocki, po zdobyciu Kazania przez Armię Czerwoną. Jarosław Charkiewicz pisze jedynie o wydanym przez niego rozkazie uwięzienia duchownego.