В качестве министра обороны руководил Ливанской войной (1982) и взятием Бейрута. В 1983 был вынужден уйти с поста министра обороны по результатам расследования следственной комиссии под руководством Председателя Верховного суда Израиля Ицхака Кахана, признавшей его косвенно ответственным за резню в лагерях палестинских арабов Сабра и Шатила, устроенную ливанскими христианами в отместку за убийство (14 сентября 1982 года) палестинцами избранного Президента Ливана Башира Жмаеля. 16 и 17 сентября в лагерях палестинцев в предместье Бейрута ливанские христиане-фалангисты уничтожили, по разным оценкам, от 700 до 3500 жителей лагерей при невмешательстве находившихся неподалёку израильских войск. Шарону запретили занимать пост министра обороны. В 2001 в бельгийском суде родственниками убитых в 1982 в Бейруте арабов была предпринята безуспешная попытка привлечь Шарона к ответственности в качестве военного преступника.