Bondscoach Diego Maradona liet Andújar op 6 juni 2009 debuteren in het Argentijns voetbalelftal, in een met 1–0 gewonnen WK-kwalificatiewedstrijd thuis tegen Colombia. Een jaar later nam hij hem mee naar het WK 2010, als reservekeeper achter Sergio Romero. Hij kwam tijdens het toernooi niet in actie. Hij ging ook als ongebruikte reservedoelman mee naar de Copa América 2011, het WK 2014, de Copa América 2015 en de Copa América Centenario.