En 2003, Fernando Cavenaghi fait partie de la sélection argentine qui remporte le championnat d'Amérique du sud des moins de 20 ans. Cavenaghi termine meilleur buteur du tournoi. Il est également sélectionné pour disputer la coupe du monde des moins de 20 ans. Éliminée en demi-finale par le Brésil, l'Argentine est battue par la Colombie lors du match pour la troisième place et se classe . L'attaquant inscrit quatre buts, dont deux sur , et termine meilleur buteur de la compétition à égalité avec le Brésilien Dudu, l'Américain Eddie Johnson et le Japonais Daisuke Sakata.