În timpul celei de a IV-a Cruciade Zakynthos a fost cucerită de venețieni și încorporată, împreună cu Cefalonia în principatul Ahaia. Venețienii au fost urmați de francezi. De la sfârșitul sec. al XII-lea și până în 1357 Zakynthos a fost în stăpânirea familiei Orsini iar apoi, în urma unui mariaj, în stăpânirea familiei Tocchi. În sec. Al XV-lea Kapoudan Pașa a cucerit Insulele Ionice, dar în 1485 venețienii le-au recuperat pe cale diplomatică în schimbul plății unui tribut anual de 500 ducați către Sultan. În timpul Războiului Cretan (1645-1669) insulele ionice au jucat rolul de bastion în lupta împotriva turcilor. În final, venețienii au cedat turcilor Creta în schimbul anulării tributului în Zakynthos. Ca urmare, un val de emigranți din Creta s-au refugiat în Zakynthos. Un alt val de refugiați a venit în 1770 după înăbușirea mișcării naþionalist-liberale instigată de împărăteasa Ecaterina a II-a a Rusiei. Ecourile Revoluției Franceze din 1789 au ajuns și în Zakynthos, iar în 1797 steagul revoluționarilor francezi a fluturat pe bastioanele din Zakynthos. Alianța dintre Imperiul Țarist și Poarta Otomană a dat însă lovitura de grație francezilor liberali. În martie 1800, la inițiativa Rusiei și Turciei, s-a format Statul Ionian (Heptanezian). Independența era formală, rușii având ultimul cuvânt în privința guvernării, iar statul plătea turcilor un tribut anual. În 1807 imperialii francezi au preluat Zakynthos până în septembrie 1809, când au fost urmați de englezi. Stăpânirea britanică a adus construirea de apeducte, drumuri, organizarea școlii și a serviciilor de sănătate. S-au reparat portul, bisericile, și numeroase clădiri publice. În 1814 s-a hotărât formarea "Statelor Unite ale Insulelor Ionice", administrate de Reprezentantul Rezident pentru Zakynthos.