В конце лета 1986 года большая часть повстанцев во главе с Гукуни восстали против своих ливийских союзников. Находясь в изоляции и будучи полностью деморализованными, ливийцы были изгнаны из своих баз в Чаде, после серии очень удачных действия со стороны чадской армии в первые месяцы 1987 года. Чадско-ливийский конфликт был преобразован из гражданской войны, в которой Ливия была одним из претендентов на власть в Чаде, в национальный «крестовый поход» всех чадских вооружённых формирований против ливийских захватчиков. В 1988 году между странами было подписано мирное соглашение, Каддафи отказался от притязаний на часть северной территории Чада.