第2期筑港工程分为前后两期。前期工程以填埋税关前方的海面、建设有的码头等为主。这是日本最早的可以直接令船只靠岸的岸壁。1905年，填海工程完毕，同年开始了后期工程。后期工程的建设目标是岸上的、仓库、铁路、公路等设施。红砖仓库是后期工程中作为国营保税仓库建设的。为了与甲午战争后迅速成长为远东最大港口的神户港和大阪港对抗，横滨市承担了其中270万日元的经费，從而加快完工。横滨市与国家的这次合作开创了日本的国家与地方的共同事业的先河。