1803 wurde das Hochstift in das Fürstentum Regensburg umgewandelt, das außer der freien Reichsstadt Regensburg auch noch andere Gebiete mit insgesamt 1.542 km² und 108.000 Einwohnern umfasste. Am 26. November 1802 wurde Regensburg von Truppen des Kurerzkanzlers Karl Theodor von Dalberg besetzt. Die Erzbischofswürde wurde erst am 2. Juli 1805 von Mainz auf Regensburg übertragen, Erzbischof war von Dalberg. Nach der Besetzung Regensburgs durch französische Truppen fiel das Fürstentum Regensburg 1809 formal an das Königreich Bayern. Der tatsächliche Übergang wurde 1810 vollzogen.