В 1996 году он был назначен главным тренером сборной Дании, после отставки Рихарда Мёллера-Нильсена, под чьим руководством сборная победила на чемпионате Европы 1992 года, но после этого показывала очень скромные результаты. Бу Юханссон предложил команде более атакующий стиль игры и сумел вывести сборную в финальную часть чемпионата мира 1998 года во Франции, который стал одним из самых громких успехов датчан на международной арене. Невзирая на проигрыш на групповом этапе хозяевам и будущим победителям турнира — сборной Франции, датчане вышли из группы в 1/8 финала, где продемонстрировали зрелищный и результативный футбол; они победили сборную Нигерии со счетом 4:1, но в четвертьфинале уступили 2:3 будущим серебряным медалистам турнира — сборной Бразилии.