Sua doença, contudo, o obrigou a retirar-se para a Boêmia, de onde logo foi chamado para deter o avanço de Jean Victor Marie Moreau sobre Viena. No entanto, o resultado desastroso da Batalha de Hohenlinden forçou-o a assinar o Armistício de Steyr. Sua popularidade foi tal, que o governo de Ratisbona decidiu, em 1802, erigir uma estátua em sua homenagem e conferir-lhe o título de "Salvador da Pátria"; honrarias que Carlos recusou.