O período em que Slobodan ficou no poder na Sérvia e na República Federal da Iugoslávia foi marcado por mudanças importantes nestes países, incluindo reformas constitucionais na Sérvia nas décadas de 1980 e 90 que reduziram a autonomia dos territórios sob controle sérvio e transformou o país de uma república unipartidarista comunista para um sistema pluripartidário. Ele acabou então presidindo sobre a desintegração da Iugoslávia e a subsequente guerra civil que assolou a região. Fundou a República Federal da Iugoslávia em 1992 (formada basicamente por Sérvia e Montenegro) e negociou os Acordo de Dayton, que encerrou a brutal Guerra da Bósnia em 1995. Ele permaneceu como o homem-forte da Sérvia até o ano 2000, quando foi oficialmente derrubado do poder.