У стародавній історії місто мало назву Лапуш ("Llapushë"). Воно було оплотом для етнічно албанської Армії визволення Косова під час війни в Косово у 1999 році. Місія Організації Об'єднаних Націй в Косово (МООНК) формально відновила ​​муніципалітет Малішево у липні 2000 року. Під час війни ряд злодіянь були вчинені обома албанськими і югославськими сторонами.