In den ersten Wahl zum regulären Sejm am 5. November 1922 erhielt er ein Direktmandat in Sambor und wurde am 1. Dezember 1922 zum Sejmmarschall gewählt. In dieser Funktion stand er der Nationalversammlung vor, die am 9. Dezember 1922 zum Wahl des Staatspräsidenten einberufen wurde. Nachdem der gewählte Präsident Gabriel Narutowicz bereits am 16. Dezember durch einen nationalistischen Fanatiker ermordet wurde, übernahm Rataj kommissarisch die Pflichten des Staatsoberhaupts. Er übte sie bis zur nächsten Präsidentenwahl am 20. Dezember 1922 aus, in der sei Parteifreund Stanisław Wojciechowski gewählt wurde. Nach dem Amtsverzicht Wojciechowskis infolge des Putsches im Mai 1926 war Rataj bis zum 4. Juni erneut kommissarischer Staatspräsidentenvertreter. Nach dem Ablauf der Legislaturperiode in 1927 erlangte er 1928 erneut ein Mandat im Sejm, diesmal über die Landesliste der PSL „Piast“. Sein Nachfolger als Parlamentspräsident wurde der Sozialist Ignacy Daszyński. In der vorzeitigen Wahl 1930, die von einer Schikanenwelle seitens der regierenden Sanacja begleitet wurde, wurde Rataj nicht wiedergewählt.