Откровенным поражением Иоаннидиса стала его кипрская авантюра. При его непосредственной поддержке 15 июля 1974 года на острове произошёл военный переворот, в ходе которого организация ЭОКА-В (получила ироничное прозвище «чёрные майоры») свергла архиепископа Макариоса III, президента Кипра. На это Турция отреагировала введением войск на остров и оккупацией (после ожесточённых боёв) его северной части. В этот момент Греция и Турция находились на грани войны.