Vuonna 1994 pitkän radan MM-kilpailuissa Roomassa Pankratov voitti 200 metrin perhosuinnin, sijoittui toiseksi 4 × 100 metrin sekauintiviestissä ja 4 × 200 metrin vapaauintiviestissä, sekä sai pronssia 100 metrin perhosuinnissa. Hän hallitsi maailman perhosuinteja seuraavien kahden vuoden ajan, ja kruunasi uransa voittamalla kesäolympialaisissa 1996, Atlantassa 100 ja 200 metrin perhosuinnit, ja sijoittumalla toiseksi 4 × 100 metrin sekauintiviestissä. Hän 100 metrin perhosuintinsa jäi uintihistoriaan unohtumattomana, sillä hän sukelsi ensimmäisestä altaanvälistä 45 metriä, uiden viisi metriä ja kääntyen seuraavalle altaanvälille, ja sukeltaen seuraavat 35 metriä, ja uiden loppumatkan maaliin. Tämän uinnin seurauksena FINA asetti sallituksi liu'un pituudeksi 15 metriä.