Po vítězství komunistů v Číně v roce 1949 a útěku vlády Čínské republiky na Tchaj-wan přestal Výbor pro mongolské a tibetské záležitosti působit na území Mongolska a Tibetu. Po Tibetském národním povstání v roce 1959 Výbor vyslal do Indie tajné agenty s cílem propagandisticky působit na tibetské uprchlíky ve smyslu svržení komunistické vlády v Tibetu a připojení Tibetu k Číně pod vládou Kuomintangu. Vzhledem k nárokům Kuomintangu na Tibet nejsou vztahy mezi Ústřední tibetskou správou a Výborem vřelé.