Israel Puerto ist ehemaliger spanischer Juniorennationalspieler. Mit der spanischen U17-Nationalmannschaft nahm er an der U17-Europameisterschaft 2010 in Liechtenstein teil, mit der U20-Nationalmannschaft spielte er bei der U20-Weltmeisterschaft 2013 in der Türkei. Am 9. September 2014 lief Puerto beim 1:1-Unentschieden im EM-Qualifikationsspiel in Puertollano gegen Österreich zum ersten und einzigen Mal für die spanische U21-Nationalmannschft auf.