Nachdem zahlreiche andere Innenstadtkirchen beim Bombenangriff auf Lübeck am Palmsonntag 1942 ausgebrannt waren, wurde St. Katharinen vorübergehend wieder für regelmäßige Gottesdienste hergerichtet. Ein steinernes Altarpodest wurde in der Vierung aufgebaut; dafür wurde die St.-Jürgen-Gruppe, die zunächst hier aufgestellt worden war, in das erste westliche Joch des Mittelschiffs versetzt. Dem Umbau fiel das erhaltene Schrankenwerk der Zirkelbrüderkapelle von 1458 zum Opfer, das im Museumsmagazin eingelagert wurde. Der Marienorganist Walter Kraft sorgte für den Einbau einer Kemper-Orgel sowie einer die 1942 zerstörten Musikemporen der Marienkirche nachbildenden Empore im dritten westlichen Joch des südlichen Mittelschiffs und nutzte die Kirche und besonders den Hochchor für kirchenmusikalische Aufführungen, bis er an die Marienkirche zurückkehren konnte. Eine Seitenkapelle im Unterchor erhielt die russisch-orthodoxe Gemeinde und benutzt sie bis heute als "Kirche des seligen Prokop". Auch die griechisch-orthodoxe Gemeinde hielt ihre Gottesdienste hier im Unterchor über viele Jahre. Seit Anfang der 1980er Jahre stand die Kirche Anhängern der Priesterbruderschaft St. Pius X. zur Verfügung, die hier Messen im Tridentinischen Ritus feierten. Die Nutzung durch die Piusbruderschaft wurde durch die Stadt Lübeck zum Mai 2009 gekündigt.