Badał także sprawę mordu w Jedwabnem. W 1946 roku, opierając się wyłącznie na zeznaniach 2 żydowskich świadków, doszedł do wniosku, że winnymi tej zbrodni byli polscy chrześcijanie, którym biernie towarzyszyli Niemcy. W 1966 roku zmienił jednak zdanie i uznał, że naziści podżegali, a następnie zmuszali lub nakłaniali do współpracy Polaków, a gdy to zawiodło, hitlerowcy sami dokonali mordu. Publikując w 1966 w „Biuletynie Żydowskiego Instytutu Historycznego” swój artykuł Datner nie miał jednak dostępu do akt śledztwa, a następnie procesu, toczącego się przeciwko 22 osobom oskarżonym o mord w Jedwabnem i zakończonego w 1949 jednym wyrokiem śmierci (zamienionym później na karę więzienia).