Im Schleswig-Holsteinischen Krieg (1848–1851) standen die Augustenburger auf Seiten der Aufständischen, die planten, die beiden Herzogtümer unter der Regierung der Augustenburger dem Deutschen Bund beitreten zu lassen. Nach dem Sieg der dänischen Truppen mussten die Herzöge daher 1852 ihren Stammsitz auf Alsen verlassen. Sie erwarben Gutsbesitz in Schlesien. Im Zuge des Zweiten Schleswig-Holsteinischen Krieges von 1864 konnten die Augustenburger bereits 1867, nach der Eingliederung Schleswig-Holsteins in den preußischen Staat, wieder auf ihren früheren Besitz zurückkehren, von dem sie dort allerdings nur noch Schloss Gravenstein bewohnten. Ihre Hoffnung, als Landesherren eingesetzt zu werden, hatte sich zerschlagen, da Bismarck Schleswig und Holstein stattdessen an Preußen anschloss. Die Linie erlosch 1931 im Mannesstamm.