Nachdem er einen Ruf an die Universität Würzburg erhalten hatte, verweigerte ihm die Staatsführung die Erlaubnis zur Annahme; stattdessen erhielt er im Herbst 1804 eine Stelle als außerordentlicher Professor der Theologie und Philosophie und Universitätsprediger an der Universität Halle. 1806 wurde er dort Ordinarius. Dort wohnte er in der als "Gelehrten-Straße" bekannten Großen Märkerstraße. In Halle veröffentlichte er 1806 "Die Weihnachtsfeier, ein Gespräch" und 1807 die kritische Schrift "Über den so genannten ersten Brief des Paulus an den Timotheus". Wegen der kriegsbedingten zeitweiligen Schließung der Universität nach der Schlacht bei Jena und Auerstedt begab er sich Ende 1807 nach Berlin. Hier wirkte er erst als Privatgelehrter, bis er im Juni 1809 als einer von zwei Pfarrern an der Dreifaltigkeitskirche in der Friedrichstadt eingeführt wurde. Er wohnte bis 1817 in einem der beiden Pfarrhäuser. Gemeinsam mit dem Freiherrn vom Stein und Wilhelm von Humboldt war er eine treibende Kraft bei der preußischen Bildungsreform. Er setzte sich für die Gründung der Berliner Universität ein und verfasste 1808 die Programmschrift "Gelegentliche Gedanken über Universitäten im deutschen Sinn". Als Mitglied und zeitweiliger Direktor der Wissenschaftlichen Deputation in Berlin übte er auch erheblichen Einfluss auf die Neugestaltung des höheren Schulwesens im Sinne des Neuhumanismus aus. Hauptamtlich wirkte er ab 1810 als Gründungsdekan der Theologischen Fakultät an der Berliner Universität und lehrte dort bis zu seinem Lebensende als ordentlicher Professor. Er behielt jedoch auch sein Pfarramt, in dem er nun regelmäßig durch Hilfsprediger unterstützt wurde. 1810 wurde er auch Mitglied der Königlich-Preußischen Akademie der Wissenschaften und hatte somit das Recht, auch philosophische Vorlesungen zu halten. Ab 1815 war er Sekretär der Philosophischen Klasse (später der Historisch-philologischen Klasse).