На 17 май 2017 г. Тимо Вернер е повикан в националния отбор за Купа на конфедерациите 2017, която се провежда в Русия. Той влиза като резерва на мястото на Сандро Вагнер срещу . Впоследствие отбелезва първите си два гола, след като започва титуляр в последния мач на Германия от групата срещу . В полуфинала с (4:1) отбелязва третия гол за Германия. На 2 юли 2017 г. Вернер асистира на Ларс Щиндъл във финала срещу . С 3 гола и 2 асистенции Тимо Вернер получава Златната обувка на турнира.