Jörgen Lindegaard werd in 2001 benoemd tot algemeen directeur, en werd daarmee de eerste Deen die aan het hoofd van SAS staat. De Airbus A340-300 werd in dienst genomen op het traject Kopenhagen-Delhi. Als gevolg van de terroristische aanslagen op 11 september 2001 werd SAS gedwongen grote besparingen door te voeren. De situatie werd nog verergerd toen 118 mensen het leven verloren bij een ongeluk. Een McDonnell Douglas MD-87 botste met een Cessna Citation op een mistige startbaan in Milaan.