Sin embargo, a la comunidad cristiana de Nazaret no le fue bien con el sucesor de Zahir al Umar, Jazzar Pasha (1776-1804). Las tensiones intracomunitarias fueron a más entre los campesinos cristianos y musulmanes de las aldeas vecinas. Las tropas de Napoleón Bonaparte capturaron brevemente Nazaret en 1799 durante la campaña de Siria. El propio Napoleón visitó los lugares sagrados de la ciudad y consideró nombrar a su general Jean-Andoche Junot como Duque de Nazaret. Durante la captura de la mayor parte de la Siria otomana por parte del gobernador Ibrahim bajá de Egipto (1830-1840), Nazaret permaneció abierta a misioneros y comerciantes europeos, y cuando los otomanos recuperaron la ciudad el dinero siguió fluyendo hacia la ciudad y generando nuevas instituciones. Durante la guerra civil del Líbano de 1860, los cristianos de la ciudad no padecieron las masacres acaecidas en otras partes del Levante gracias a la protección de Aqil Agha, el líder beduino que ejercía el control sobre la Galilea entre 1845 y 1870.