Pakapyöli on keskiaikainen uudisasutuskylä. Varhaisin maininta kylästä on vuodelta 1419. Kylä jakautui sittemmin Iso-Pakapyöliin ja Vähä-Pakapyöliin. Isoviha autioitti laajalti Perniön kyliä, mutta Pakapyöli vaikuttaisi selvinneen ajasta varsin vähällä. Isojaon aikaan Iso-Pakapyölissä on ollut kolme tilaa ja Vähä-Pakapyölissä kaksi tilaa. Kylän nykyinen yhtenäinen rakenne on peräisin isojaon ajoilta, joskin 1950-luvulla rakennettu maantie on halkaissut kylän.