Under planleggingen av angrepet på Sovjetunionen våren 1941 ba han om å få delta ved fronten. Himmler gjorde ham i stedet til "Höherer SS- und Polizeiführer" (HSSPF) for det midtre erobrede området. Etter Tysklands angrep på Sovjetunionen i juni 1941 organiserte og ledet Bach-Zelewski massakrer i Russland og Baltikum med utgangspunkt i sin nye stilling som HSSPF for Russland-mitte med sete i Mahiljoŭ. Ifølge McKale medvirket enheter under Bach-Zelewskis kommando sammen med Einsatzgruppene i massedrap i de erobrede områdene av Hviterussland fra juli og august 1941. Bach-Zelewskis mannskap jaktet også på partisaner/gerilja og «bolsjeviker». Likene ble dumpet i massegraver. Himmler og Kurt Daluege besøkte Hviterussland 1. juli 1941 og ba da Bach-Zelewski om å henrette 2000 jøder som straff for påstått plyndring. Himmler og Daluege møtte 8. juli 1941 Bach-Zelewksi og andre politiledere i Białystok og oppfordret der politiet til hardere tiltak mot jødene; samme kveld ble rundt 1000 jøder skutt og drept. Himmler møtte 31. juli 1941 på nytt Bach-Zelewski og oppfordret der SS og politiet om automatiske knytte jøder til «bolsjeviker» og «partisaner» som kunne henrettes på stedet.