Conclusa la sua partecipazione alle guerre risorgimentali, si trasferisce in America, per combattere a fianco dell'Unione nella guerra di secessione. Enrico Fardella organizza un corpo di fanteria di volontari, il "51º Reggimento di New York". Soprannominato "Reggimento Fardella", conta 1040 volontari ed è ammesso nei quadri dell'esercito unionista, venendo assegnato all'Armata del Potomac. Si dimise in segno di protesta contro le decisioni fallimentari del Generale McClellan dopo la Battaglia di Malvern Hill, ma nel 1864 creò un nuovo reggimento di fanteria, l"'85° Volontari di New York", formato in gran parte da emigranti siciliani, di cui diviene comandante. Sconfitto nella battaglia di Plymouth, venne preso prigioniero e internato nella prigione di Andersonville. Tornò libero il 3 agosto in seguito ad uno scambio di prigionieri. Nella primavera del 1865 viene promosso generale da Abramo Lincoln. Nel 1867 a New York nasce la figlia Teresa, che dopo la morte fu proclamata venerabile dalla chiesa cattolica .