Johnston avait donné ordre à Jackson d'éviter d'engager tout son effectif car il était en infériorité numérique, mais il devait cependant attirer l'attention de Banks, afin de l'empêcher de détacher des troupes pour soutenir McClellan dans la péninsule. Su la base de renseignements erronés, Banks pensa que Jackson avait quitté la vallée et il fit mouvement vers l'est, dans les alentours de Washington D.C. Jackson fut dépité par ce mouvement, qu'il était précisément supposé empêcher. Quand Ashby l'informa que seuls quelques régiments d'infanterie et quelques pièces d'artillerie de l'armée de Banks étaient restés à Winchester, Jackson décida d'attaquer pour forcer Banks à revenir. Mais les informations recueillies par Ashby étaient incorrectes et c'est une division entière de l'armée de l'Union qui était restée sur place. Le , les fédéraux arrêtèrent l'avance de Jackson à quelques kilomètres au sud de Winchester, à la Première bataille de Kernstown. Ils contre-attaquèrent immédiatement et, contournant le flanc gauche des Confédérés, les obligèrent à se retirer. Cette défaite tactique de Jackson (la seule pendant cette campagne) s'avéra en fait une victoire stratégique pour la Confédération. Elle força en effet le président Lincoln à maintenir Banks dans la vallée et les hommes de McDowell à proximité de Fredericksburg, privant la force d'invasion de McClellan dans la péninsule de près de hommes.