In den Jahren 1941–42 amtierte er als Finanzminister der Provinz Bengalen in der "Progressive Coalition"-Regierung unter Fazlul Haq, der letzten Koalitionsregierung aus Muslimen und Hindus in Bengalen. In der Folgezeit wurde er mehr und mehr zu einem Sprecher der Hindu-Interessen, da er die Notwendigkeit fühlte, den Aktionen der Muslimliga unter Muhammad Ali Jinnah ein Gegengewicht entgegenzusetzen. 1944 wurde er zum Präsidenten der Akhil Bharatiya Hindu Mahasabha (ABHM, All India Hindu Mahasabha), der Hindu-Gegenorganisation zur Muslimliga gewählt. Er wurde im Rashtriya Swayamsevak Sangh (RSS), der nationalen Hindu-Freiwilligen-Organisation aktiv und besuchte regelmäßig Sommerkurse und ideologische Schulungen des RSS. Während der Hungersnot in Bengalen 1943 organisierte er Hilfsaktionen für die betroffenen Gebiete. Im Gefolge der Teilung Indiens, die Mukherjee anfänglich vehement bekämpft hatte, und der Abtrennung des neuen Muslim-Staates Pakistan kam es zu Gewalttätigkeiten, denen auf beiden Seiten Hunderttausende Hindus und Muslime zum Opfer fielen. Folge der Teilung war auch die Teilung Bengalens in einen überwiegend von Hindus bewohnten Teil (den heutigen indischen Bundesstaat Westbengalen) und einen überwiegend von Muslimen bewohnten Teil (das damalige Ostpakistan und heutige Bangladesch). Mukherjee erlebte die Gewalttätigkeiten in Bengalen quasi aus nächster Nähe mit, so die Unruhen in Kalkutta 1946, bei denen etwa 5.000 Menschen (sowohl Hindus als auch Muslime) starben und die Ausschreitungen von Noakhali im Oktober/November 1946, denen 5–10.000 bengalische Hindus zum Opfer fielen.