Tras la Tercera partición de Polonia en 1795, Vilna fue anexada a Rusia y se convirtió en la capital de una gobernación. Los rusos derribaron los muros de la ciudad; en 1805 solo quedaba en pie la puerta oriental Puerta de la Aurora ("Aušros vartai", "Medininkų vartai" en lituano, "Ostra Brama" en polaco). En 1812, la ciudad fue invadida por Napoleón durante su avance hacia Moscú. Después del fin de la campaña napoleónica, el Gran Ejército se retiró a una zona donde miles de soldados franceses fueron sepultados en las trincheras que habían construido meses antes. Tras la Revolución de Noviembre, en 1831, la universidad fue cerrada y las represiones bloquearon el crecimiento de la ciudad. Durante la Revolución de Enero en 1863, se inició una nueva revuelta en la ciudad contra el gobierno, que fue sofocada brutalmente por Mijaíl Muraviov. Al finalizar la revuelta, se restringieron las libertades ciudadanas y se prohibió el uso del polaco, predominante en toda Lituania, el lituano y el bielorruso, adoptándose el ruso como lengua oficial.