Già prima della separazione degli eparchi eritrei dalla Chiesa cattolica etiope, i loro rapporti con la Santa Sede avvenivano per un canale diverso da quello usato dai vescovi etiopi. Avevano residenza nella capitale etiope i primi due nunzi apostolici presso il governo eritreo, il quale però poi non ha più accettato l'accreditamento di un diplomatico residente in una nazione con la quale l'Eritrea era stata in guerra dal 1998 al 2000, motivo per cui la Santa Sede ha affidato il compito di occuparsi degli affari eritrei al nunzio residente a Khartum (Sudan), il quale da allora fa da tramite per tutte le relazioni fra la Santa Sede e le eparchie eritree. Infatti, per la Chiesa cattolica, il compito principale del rappresentante pontificio non riguarda il governo civile ma è quello di "rendere sempre più saldi ed efficaci i vincoli di unità che intercorrono tra la Sede Apostolica e le Chiese particolari". Così, mentre i tramiti per l'erezione delle eparchie di Barentù e di Cheren nel 1995 passarono per la nunziatura apostolica ad Addis Abeba, che allora faceva capo a monsignor Patrick Coveney, arcivescovo titolare di Satriano, è stata quella di Khartum, dove era nunzio monsignor Leo Boccardi, arcivescovo titolare di Bitetto, che si è occupata della creazione dell'eparchia di Saganèiti nel 2012.