— John Pope, missatge a l'exèrcit de VirgíniaMalgrat aquestes paraules jactants, i tot i rebre unitats de l'exèrcit del Potomac de McClellan amb les que l'exèrcit de Virgínia va arribar als 70.000 homes, l'agressivitat de Pope va superar les seves habilitats estratègiques. Això va quedar pal·lès sobretot després d'enfrontar-se al general confederat Robert E. Lee que, intuint a un Pope indecís, va dividir el seu exèrcit més petit que el de Pope (55.000 homes) i va enviar al general major Thomas Jonathan Jackson amb 24.000 homes a fer una maniobra de distracció a Cedar Mountain, on Jackson va derrotar a Nathaniel Banks, un subordinat de Pope. Mentre que Lee avançava cap a l'exèrcit de Pope, Jackson el va circumbalar pel nord i va capturar la principal base d'habituallament de les forces de Pope, a Manassas Station. Confós i incapaç de localitzar la principal força confederada, Pope va caure en un parany a la segona batalla de Bull Run. Els seus homes van resistir un atac conjunt de Jackson i Lee el 29 d'agost de 1862, però l'endemà, el general James Longstreet va llançar un atac de flanc sorpresa i l'exèrcit de la Unió va caure derrotat provocant la seva retirada. Pope va agreujar la seva impopularitat amb l'Exèrcit fent caure el pes de la derrota a la desobediència del general major Fitz John Porter, que va acabar sent jutjat en un consell de guerra, condemnat i destituït.