Mit dem Beginn des als Zweite Intifada bezeichneten Konflikts zwischen den arabischen Palästinensern und den israelischen Sicherheitskräften im Gazastreifen und Westjordanland wurde John Dugard im Jahr 2000 zum Vorsitzenden eines Ausschusses der UN-Menschenrechtskommission zur Untersuchung der Menschenrechtssituation in den betroffenen Gebieten ernannt. Von 2001 bis 2008 war er Sonderberichterstatter der Kommission beziehungsweise später von deren Nachfolgeinstitution, des UN-Menschenrechtsrates. In einer Sondersitzung des Rates im Juli 2006 bezeichnete er die Situation in den Palästinensischen Autonomiegebieten als „unerträglich“. Ein Jahr später bewertete er in einem Bericht, der von verschiedenen Seiten kritisiert wurde, die Politik Israels in diesen Gebieten als „ähnlich der Apartheid“ sowie die entsprechenden israelischen Gesetze und Vorgehensweisen als Verletzung des Internationalen Übereinkommens zur Beseitigung jeder Form von Rassendiskriminierung.