Les premiers temps de la Réforme marquent profondément la ville, où Martin Luther séjourne en 1518. Pendant plusieurs années, le conseil hésite face à un mouvement qui suscite une forte adhésion dans la population, mais aussi des oppositions, notamment des Fugger, et qui divise le conseil lui-même. À l'occasion de la Diète de 1530, les protestants y rédigent la Confession d'Augsbourg qui entend mettre d'accord les principaux courants protestants. Le conseil n'introduit la Réforme qu'à partir de 1534, avant d'interdire le culte catholique en 1537 ; la défaite des protestants en 1547 dans la guerre de Schmalkalden amène pourtant son rétablissement. En 1548, Charles Quint profite de sa victoire pour rétablir à Augsbourg comme dans beaucoup d'autres villes un régime presque entièrement patricien, qui favorise les catholiques très minoritaires à cette date dans la ville.