Sau khi người Nga tham chiến trong đồng minh chống Napoléon, Murat đã chỉ huy việc tấn công Warszawa và trở thành chỉ huy đơn vị lính Pháp đầu tiên tiến vào thành phố này ngày 28 tháng 11 năm 1806. Năm 1807, tại Trận Eylau, ông một lần nữa chỉ huy kỵ binh Pháp buộc đối phương phải rút lui.