ในเดือนกรกฎาคมถึงเดือนกันยายนปี พ.ศ. 2484 บูดิออนนืย เป็นผู้บัญชาการทหารสูงสุด (главком, glavkom) ของกองกำลังโซเวียตทางตะวันตกเฉียงใต้ ทางการบุกของเยอรมันในยูเครน การรุกรานนี้เริ่มเป็นส่วนหนึ่งของปฏิบัติการบาร์บารอสซา ซึ่งเริ่มเมื่อวันที่ 22 มิถุนายน การดำเนินการภายใต้การสั่งซื้อที่เข้มงวดจากสตาลิน (ซึ่งพยายามที่จะทำสงครามในช่วงแรก ๆ) เพื่อไม่ให้ถอยภายใต้สถานการณ์ใด ๆ กองกำลังของ บูดิออนนืย ถูกล้อมในช่วงยุทธการที่อูมัน และการต่อสู้และล้อมที่กรุงเคียฟ ทำให้มีทหารเสียชีวิตประมาณ 1.5 ล้านคนหรือถูกจับเป็นเชลย นี่เป็นหนึ่งในการล้อมที่ใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์การทหาร