Baškiirit mainitaan useissa eri keskiajan lähtiessä, esimerkiksi baškiirien alueiden läpi vuonna 1253 matkustaneen fransiskaanimunkki William Rubrukilaisen töissä. Kun Kultainen orda hajosi 1300-luvulla baškiirit kuuluivat Kazanin- ja Siperian kaanikuntiin. Moskovan Venäjän alaisuuteen he päätyivät keisari Iivana Julman valloitettua Kazanin vuonna 1552. Baškiirit tekivät kuitenkin joillakin alueilla vastarintaa ja kokonaan heitä ei kukistettu ennen Pugatšovin kapinaa vuosina 1773–1775. Katariina II perusti Orenburgin muftiaatin vuonna 1788 ja se siirrettiin myöhemmin Baškirian nykyiseen pääkaupunki Ufaan, josta tuli sittemmin yksi tärkeimmistä muslimien hengellisistä keskuksista Venäjällä.