In Clemens Augusts Amtszeit fiel der Beginn des Siebenjährigen Krieges. Im Verlauf des Krieges musste Osnabrück mehrmals Truppen beider Kriegsparteien beherbergen und bewirten sowie hohe Geldzahlungen leisten und hatte unter Plünderungen der Soldaten zu leiden, was mit der Zeit zu hoher Verschuldung und Verarmung der Stadt und ihrer Bewohner führte. Als nachteilig für die Stadt stellte sich dabei die Tatsache heraus, dass ein katholischer Fürstbischof eine nach wie vor mehrheitlich evangelisch geprägte Bevölkerung regierte, weshalb beide Kriegsparteien sie als feindlich betrachteten. Außerdem hätte sich die Stadtbevölkerung deutlich schlechter gegen Angriffe und Belagerungen zur Wehr setzen können als noch im Dreißigjährigen Krieg, da die Stadtbefestigung nach dem Friedensschluss von 1648 nicht mehr gepflegt worden und teils verfallen war. Die Stadttore wurden deshalb bei heranziehenden Truppen nicht mehr geschlossen und die Stadt konnte stets kampflos besetzt werden. Im Vorfeld der Schlacht bei Minden sammelte im Juli 1759 Herzog Ferdinand von Braunschweig-Wolfenbüttel, Oberbefehlshaber der alliierten hannoverschen, britischen und preußischen Truppen, seine Verbände in und um Osnabrück. Erst nach dem Tod Clemens Augusts im Februar 1761 stand Osnabrück offiziell auf der Seite der Alliierten, wurde danach bis zum Kriegsende 1763 aber noch dreimal von französischen Truppen überfallen.