Летом 2006 года Альварес принял приглашение тогдашнего чемпиона страны — «Пачуки». Дамиан очень быстро завоевав место в основном составе и уже осенью в составе новой команды выиграл Южноамериканский кубок. 5 февраля 2009 года в матче Кубка Либертадорес против чилийского «Универсидад де Чили» Альварес забил гол. С «Пачукой» он трижды выиграл Кубок чемпионов КОНКАКАФ в 2007, 2008 и 2010 годах. Две первые победы в клубном первенстве континента позволили Альваресу дважды поучаствовать в Чемпионате мира среди клубов, где его команды заняла 6-е и 4-е места соответственно. В 2007 году Дамиан в составе команды выиграл Североамериканскую лигу. В том же году Альварес вновь стал чемпионом, а двумя годами позже получает серебряную медаль Клаусуры 2009. За четыре года проведенные в клубе Дамиан сыграл более 150 матчей во всех турнирах и забив 22 гола.