Turci město obsadili v roce 1541 a až do roku 1687, tj. do Velké turecké války je drželi. Soustředil se zde obchod pro okupované Uhry, nacházela se zde turecká vojenská posádka. Město mělo dva tisíce obyvatel a asi dvě stě dílen. Sombor byl sídlem největší náchie v Segedínském sandžaku. V letech 1596 až 1687 bylo součástí Egerského vilájetu. Po porážce Turků ze Somboru odešlo muslimské obyvatelstvo a na jeho místo se dosídlili Srbové (v rámci stěhování Srbů z centrálního a jižního Srbska) a Bunjevci. Místní srbské obyvatelstvo organizovalo skupiny, které později bojovaly proti Turkům i jinde, např. u Slankamenu (1691) a Zenty (1697). V roce 1702 získalo město speciální status v rámci Vojenské hranice. Od roku 1717 mělo také status vojenského města (latinsky "Oppidum militare Somboriensis")Dne 17. února 1749 se město za vysokou cenu (150 000 forintů) stalo svobodným královským městem. V roce 1722 zde vznikla katolická škola a později, roku 1778 zde byla založena první základní škola se srbským vyučovacím jazykem. Od roku 1786 bylo město sídlem uherské župy Bačka, později Bačka-Bodrog. V polovině 18. století se poté město rozšiřuje o kolonisty ze zbytku Uher a také z Předlitavska. Do Somboru přišli Němci ze Sudet i území dnešního Rakouska.