1812-ben, amikor Napóleon a Grande Armée élén Oroszországra támadt, Bagratyiont bízták meg a 48 ezer fős második orosz hadsereg parancsnokságával. Ekkor Mogiljovnál ugyan júliusban vereséget szenvedett, de egyben tudta tartani csapatait, majd augusztusban csatlakozott a főerőkhöz. 1812-ben a mindent eldöntő, szeptember 7-én megvívott borogyinói csatában Kutuzov a balszárny vezetését bízta Bagratyionra.