Recoba maakte zijn debuut voor Uruguay op 18 januari 1995 in de vriendschappelijke uitwedstrijd tegen Spanje (2-2), net als Oscar Aguirregaray (CA Peñarol), Ruben Alzueta (Danubio FC) en Washington Tais (CA Peñarol). Hij deed mee aan het Wereldkampioenschap voetbal 2002 en scoorde daar de 3-3 in de 88e minuut tegen Senegal uit een strafschop. Hij kon daarmee niet voorkomen dat Uruguay uitgeschakeld was voor de volgende ronde.