В 2001 году премьер-министр Израиля Эхуд Барак ушёл в отставку. В том же году Нетаньяху не использовал возможность стать лидером партии Ликуд и отказался от участия в прямых выборах премьер-министра из-за отказа Кнессета самораспуститься. Лидером Ликуда и главой правительства стал Ариэль Шарон. В условиях продолжающейся интифады Аль-Аксы Шарону удалось сформировать правительство национального единства. Новое правительство стало крупнейшим за всю историю страны, в него вошли в общей сложности 27 министров. В октябре 2002 партия Авода вышла из коалиции из-за разногласий, связанных с государственным бюджетом Израиля. Коалиция оказалась в меньшинстве, так как теперь в её распоряжении имелось лишь 55 мест в Кнессете. Шарон был вынужден объявить о досрочных выборах в Кнессет. Нетаньяху участвовал в выборах главы Ликуда, но проиграл. Шарон назначил Нетаньяху министром иностранных дел в 2002 году, а затем после выборов в 2003 году — министром финансов.