Na Rússia, eles estavam fortemente envolvidos na Guerra Civil Russa, em parceria com os brancos contra os bolcheviques, às vezes controlando a maioria da Ferrovia Transiberiana e conquistando todas as principais cidades da Sibéria. A presença da Legião checoslovaca perto de Ecaterimburgo parece ter sido uma das motivações para a execução do czar e de sua família pelos bolcheviques em julho de 1918. Os legionários chegaram menos de uma semana depois e capturaram a cidade. Como os portos europeus da Rússia não estavam seguros, o corpo foi evacuado por um longo desvio através do porto de Vladivostok. O último transporte foi o navio estadunidense Heffron em setembro de 1920.