Когда в начале 60-х годов вспыхнул конфликт короля Генриха III с баронами, Джон Фицалан колебался между сторонами, но в итоге примкнул к королю, сражался на его стороне в битве при Льюисе и был взят в плен вместе с Генрихом III и его сыном.