अभियान की शुरुआत एटलांटिस से प्रारम्भ होती हैं जहां उनका अगुआ एडमिरल आर्कान्तोस एटलांटिस के लोगों के ईश्वर पोसाइडन से पुनः समर्थन प्राप्त करने के उद्देश्य से निकल पड़ा है। पहले पहल, वह नर-वृषभ कमोस की अगुवाई में समुद्री डाकुओं ब्लैक सेल द्वारा हो रहे धावों को नेस्तोनाबूत करता है फिर उसे ट्रोजन युद्ध में ऐगेमेम्नन की सहयता का कार्यभार दिया जाता है। एजाक्स और ओडीसियस के साथ ट्रॉय के खिलाफ कुछ मुठभेड़ों की श्रृंखला के बाद वे प्रसिद्ध ट्रोजन घोड़े की योजना बनाते हैं और आसान से युद्ध जीत जाते हैं। इसके बाद, ऐजैक्स, अर्कान्तोस को लोक्लोस चलने की सलाह देता है जो सेन्टोर चिरोन का घर है और ताकि वहां जहाज की मरम्मत की जा सके। हालांकि जब वे पहुंचते हैं तो किसी अज्ञात शक्ति के द्वारा बंदरगाह को लूट लिया गया होता है और अर्कान्तोस और ऐजैक्स दोनों को बंधित चिरोन को आजाद करना जरूरी हो जाता है। चिरोन उन्हें उत्तर की तरफ कैदियों को ढूंड़ने के लिए ले जाता हैं, जहां वे कैदी अंडरवर्ल्ड के प्रवेशद्वार की खुदाई को गैरग्रेनेसिस के अधीन कर रहे होते हैं जो कि कमोस का सेनापति और एक साइक्लोप वारलॉर्ड है। नायक अंडरवर्ल्ड में प्रवेश करते हैं जहां कि गैरग्रेनेसिस एक बहुत बड़े दरवाजे को भेदने की कोशिश कर रहा है। उसकी मंशा से सचेत होकर वे दीवार गिराने के शहतीर को ध्वस्त कर देते हैं परन्तु खुद गुफा के ढहने के कारण उसमें फंस जाते हैं, मृतकों की मदद से वे कुछ मंदिरों में पहुंचते हैं जो कि यूनानी भगवानों को समर्पित हैं, फिर भी पोसाईडन की बजाय ज़ीयस अर्कान्तोस को समर्थन देते हैं और वे वहां से बच निकलते हैं।