Fondée en , l'USC reste absente du conflit contre la République démocratique somalie, le régime de Siyaad Barre, jusqu'à la mi-1990. En , il conquiert la capitale Mogadiscio, provoquant la chute du régime. Le , Ali Mahdi Mohammed est nommé Président du Gouvernement intérimaire de Somalie. S'arrogeant les honneurs de la victoire finale au détriment de mouvements rebelles plus anciens et plus actifs comme le , l'USC provoque la déclaration d'indépendance du Somaliland quelques mois plus tard, tandis que des tensions internes, mêlant rivalités ethniques et ambitions personnelles, commencent à apparaître en son sein. Dès le mois de février, Mohammed Farah Aïdid provoque une scission. Les différends entre la faction soutenant Ali Mahdi Mohammed, du clan des Hawiye Abgal, à celle soutenant Mohammed Farah Aïdid, soutenu par le clan des Haber Ghidir, tournent rapidement en conflit armé qui s'étend peu à peu à l'ensemble du sud de la Somalie. Au milieu de l'année 1992, les deux prétendants à la présidence tentent de fédérer plusieurs mouvements : Mohammed Farah Aïdid crée l'Alliance nationale somalienne et Ali Mahdi Mohammed la , toutes deux disparaissant à la fin des années 1990. Les combats sanglants et la famine qui se propage dans le pays poussent les États-Unis à intervenir le dans le cadre de l'Opération Restore Hope. Début , l'Opération des Nations unies en Somalie (« ONUSOM ») remplace les États-Unis. L'Organisation des Nations unies soutient Ali Mahdi Mohammed, s'aliénant de nombreuses factions claniques. Dès 1994, le retrait des Casques bleus est décidé, l'évacuation totale des forces armées étrangères est réalisée le . Chaque faction tente d'organiser les bases d'un État, mais de nouvelles dissidences apparaissent.