Незадолго до битвы при Лютцене Франц Альбрехт перешёл на сторону протестантов к шведам. Считается, что он находился рядом с королём Густавом II Адольфом, когда тот погиб, и некоторое время его подозревали в том, что это он предательски застрелил шведского короля. Поэтому вскоре после этого Франц Альбрехт поступил на службу в саксонскую армию в звании генерал-фельдмаршала (24 ноября 1632), в этом статусе вёл переговоры с графом Матиасом Галласом о перемирии в Силезии и примирении курфюрста Саксонии с Валленштейном.