König Manuel I. verlieh dem Ort 1514 erstmals Stadtrechte ("Foral") und erhob ihn zur "Vila" (Kleinstadt). 1541 wurde er eine eigene Gemeinde. Im Zuge der Napoleonischen Kriege auf der Iberischen Halbinsel erlitt der Ort 1811 schwere Zerstörungen durch französische Truppen und verfiel. Mit dem Sieg der Liberalen Revolution in Portugal 1822 begann der Ort erneut zu wachsen. Im Jahr 1838 wurde Condeixa-a-Nova ein eigenständiger Kreis, auf Bestreben der Königin Maria II., und 1845 wurde es zur erneut zur "Vila" erhoben.