Le 8 février 1807, le de ligne se trouve sur le champ de bataille d'Eylau. À de l'après-midi, Napoléon ordonne au maréchal Augereau, souffrant, d'attaquer le flanc gauche des Russes avec son corps. Alors que le mouvement est en cours d'exécution, un épais brouillard s'abat subitement sur le champ de bataille et le corps d'Augereau, aveuglé par la neige, vire trop à gauche et se heurte au centre du dispositif russe. Mitraillé par une batterie de 70 pièces et submergé par une contre-attaque de l'infanterie et de la cavalerie russes, le corps essuie des pertes considérables. Le général Desjardin, commandant la division à laquelle appartient le , est tué. À l'issue de la bataille, le corps trop affaibli pour être reconstitué, est dissous et ses éléments répartis dans les autres unités françaises. Habert est ensuite transféré à la division Legrand du corps de Soult. Il est blessé de deux coups de feu, l’un à la tête et l’autre à l’épaule, à la bataille d'Heilsberg le 10 juin, et le 11 juillet de la même année, il est fait commandeur de la Légion d'honneur.