Το καλοκαίρι του 1974, τα τουρκικά στρατεύματα κατέλαβαν την Αμμόχωστο, γεγονός που κατέστησε το σωματείο προσφυγικό. Η ΑΕΚ επαναδραστηριοποιήθηκε το 1976 στη Λάρνακα και συμμετείχε στο πρωτάθλημα Γ΄ κατηγορίας 1976-77 καταλαμβάνοντας τη 10η θέση. Την περίοδο 1977-78 τερμάτισε στην 8η θέση, όπως και την περίοδο 1978-79. Την περίοδο 1979-80 τερμάτισε στην 9η θέση. Αυτή ήταν η τελευταία συμμετοχή της ομάδας στο πρωτάθλημα καθώς λόγω οικονομικών και άλλων προβλημάτων αναγκάστηκε να αναστείλει τη λειτουργία της τον Οκτώβριο του 1980.