El códice fue dividido durante los primeros años de la conquista. Sus dos partes permanecieron el área oaxaqueña de la Mixteca hasta el siglo XIX, en parte por su estrecha relación con la familia Villagómez, un linaje de caciques indígenas de esta área. El códice Becker I salió de México en manos del coleccionista alemán Philipp Becker, después de cuya muerte se donó al Museo de Etnología de Viena, Austria. El códice Colombino permanece en México bajo resguardo de la Biblioteca Nacional de Antropología e Historia en la ciudad de México, y es el único códice prehispánico que permanece en el territorio de este país.