El día anterior a la ejecución de los condenados por la derrota militar ante Turquía Gonatas asumió la Presidencia del Gobierno. Su gobierno hubo de enfrentarse a complejos problemas como el asentamiento de los cientos de miles de refugiados venidos de territorio turco, la crisis económica, la desorganización del Ejército tras la derrota, el bombardeo italiano de Corfú o la negociación del tratado de paz de Turquía en Lausana.