Särskilt efter att han 1844 hade lämnat sin anställning i Ålborg och hade flyttat till Köpenhamn, inriktade han sig på sin litterära och reformatoriska verksamhet. Då ledningen för reformrörelsen på det egentliga psykiatriska området i huvudsak övertagits av Harald Selmer, koncentrerade han sig alltmer på de hittills fullständigt försummade sinnesslöas utveckling och utbildning, särskilt efter att han med stöd från änkedrottning Karolina Amalia och av den Reiersenske fond år 1852 hade företagit en ny utlandsresa och gjort sig bekant med sinnesslövården i andra länder. Han fortsatte även sitt författarskap på andra områden; år 1855 utkom således från hans hand en grundlig statistisk studie om koleraepidemin i Köpenhamn 1853, men hans huvudintresse var att få en idiotanstalt inrättad i Danmark. År 1854 bildade han en enskild kommitté för detta ändamål, vilken samma år inbjöd medborgarna till att lämna ekonomiskt stöd. År 1855 utgav han även en populär, upplysande och agitatorisk skrift: "Svagsindighed eller Idiotisme och dens Helbredelighed". Hans outtröttliga ansträngningar nådde sitt mål, och i november 1855 kunde "Helbredelsesanstalten paa Gamle Bakkehus for idiotiske, svagsindede och epileptiske Børn" starta sin verksamhet under hans ledning. Men redan 1 december samma år avled han plötsligt av slaganfall. Efter Hübertz död övertogs ledningen av anstalten av Hans Peter Duurloo.