Anche se la IAAF decise di non togliere la squalifica per doping agli atleti russi prima dei Giochi olimpici di Rio, ad alcuni atleti russi fu permesso di gareggiare come atleti neutrali indipendenti. Questa decisione permise alla Stepanova di gareggiare "per il suo eccezionale contributo alla lotta contro il doping nello sport". Il 1º luglio 2016 la IAAF ha approvato la sua richiesta di gareggiare come atleta neutrale indipendente. La sua prima partecipazione a un evento internazionale con questo status è stata ai campionati europei di Amsterdam del 2016.