Cette victoire écrasante ne met pourtant pas un terme à la guerre civile. César contrôle l'Orient, mais pas tout l'Occident. Certains pompéiens, comme Metellus Scipion et Caton, ne suivent pas Pompée dans sa fuite et partent en Afrique lever une nouvelle armée. Ils seront vaincus à la bataille de Thapsus en 46. César doit encore mener une éprouvante campagne en Espagne qui se termine par sa victoire à la bataille de Munda en 45. Cicéron, qui s'était rangé du côté de Pompée mais qui n'avait pas pris part à la bataille, se rend à César, ainsi que Brutus, qui en 44 sera l'assassin de César.