En el verano de 1988 se suscitó una serie de incendios forestales en el parque que destruyeron más del 35 % de su superficie —aproximadamente 3213 km²—. Como resultado, se produjeron cambios en las políticas de gestión de incendios en los parques nacionales estadounidenses. A partir de 1994, la administración de Yellowstone mantuvo un porcentaje de los ingresos de admisión a sus instalaciones por decreto gubernamental, y al año siguiente se volvieron a introducir los lobos en el sitio —los últimos habían sido eliminados en 1923 por oficiales del parque debido a su naturaleza depredadora—. Cabe mencionar que entre 1995 y 2003 el parque estuvo incluido en el debido a los efectos del turismo, el estado de la vida silvestre y las constantes problemáticas con las especies invasoras.