Свою игровую карьеру Ханс-Дитер Флик начинал в клубе «Зандхаузен». В 1985 году, в возрасте 20 лет Флик стал футболистом «Баварии», в составе которой добился главных успехов в качестве футболиста. Первые два сезона полузащитник преимущественно провёл в запасе, проигрывая конкуренцию Лотару Маттеусу и Михаэлю Руммениге. Закрепиться в составе команды Флику удалось лишь после того, как команду возглавил Юпп Хайнкес, однако это продолжалось не долго. Всего в составе «Баварии» Ханси выиграл четыре чемпионата Германии и один национальный кубок, сыграв в общей сумме 139 матчей и забив при этом семь голов. 27 мая 1987 года играл в финале Кубка европейских чемпионов в Вене, в котором «Бавария» уступила «Порту» (1:2). Флик провёл на поле 82 минуты.