W następnym dwudziestoleciu nastąpił rozwój ruchów fundamentalistycznych – tak szyickich, jak i sunnickich – we wszystkich krajach islamskich. Pod ich naciskiem także laickie reżimy wojskowe zaczęły się w pewnej mierze islamizować. Ruchy fundamentalistyczne stały się czynnikiem destabilizacji w państwach arabskich, a także np. w Azji i Czarnej Afryce w krajach o sporym odsetku muzułmanów (np. Nigerii). Ich działalność zaczęła też komplikować sytuację licznej diaspory muzułmańskiej w Europie Zachodniej (we Francji i Niemczech). Agresywne organizacje fundamentalistyczne, prowadzące działania terrorystyczne, odgrywają istotną rolę m.in. w konflikcie palestyńsko-izraelskim (np. Hamas, Hezbollah). Celem ich ataków są często różne zachodnie instytucje, czego najtragiczniejszym przykładem był zamach na World Trade Center w Nowym Jorku i Pentagon w Waszyngtonie (11 września 2001). Nie osłabiła ich rozwoju kompromitacja idei państwa islamskiego, w skrajnej formie realizowana przez reżim talibów w Afganistanie. Talibowie wprowadzili nie tylko surowe sunnickie prawo islamskie – szariat, ale zlikwidowali też wszelkie przejawy kulturowych wpływów cywilizacji (np. kino) i pozbawili kobiety możliwości uczestnictwa w życiu publicznym (np. dostępu do edukacji i pracy). Władzę talibów obaliła w 2001 amerykańska interwencja.