В 1990 году он начал выступать в составе объединённой сборной Германии, став в её составе первым выходцем из ГДР. Примечательно, что в отборочном цикле чемпионата Европы 1992 года Маттиас успел сыграть за две сборные, принеся своим дублем в стартовом матче победу над Бельгией. Позднее результат этого матч был признан товарищеским, а Заммер оказался в составе сборной Германии. На самом Евро Заммер помог своей команде добраться до финала. Чемпионат мира 1994 Заммер также провёл на высоком уровне.