En mars 1987, Javier Sotomayor échoue au pied du podium des Championnats du monde en salle d'Indianapolis avec une barre à . Il s'illustre au mois de juin en égalant son record personnel lors du meeting d'Athènes () mais se blesse ensuite à une cheville, écourtant ainsi son programme de meetings en Europe. Il fait son retour au milieu de l'été en remportant pour la première fois la finale des Jeux panaméricains, à Indianapolis, devant le Bahaméen Troy Kemp. Toujours gêné par sa blessure à la cheville, il se classe neuvième des Championnats du monde de Rome avec , mettant un terme à sa saison à l'issue du concours.