在落实凡尔赛条约的谈判过程中，舰队一直被扣押。罗伊特少将相信英国方面将在6月21日谈判到期而无法达成协议的情况下，会于当日夜间强行夺取扣押的德国军舰，遂不知该期限已被延长至23日。为了防止这种情况，他决定率先凿沉己方舰只。6月21日上午，英国舰队离开斯卡帕湾进行训练演习；11时20分，罗伊特向全体德国军舰下达了他的命令。巴伐利亚号于14时30分沉没。其后又于1934年9月1日被打捞上岸，并在次年拖至罗塞斯拆解。巴伐利亚号的舰鐘最终被交还给联邦德国海军，至今仍在基尔峡湾俱乐部（）内保存。