Pese a los éxitos iniciales de la expedición egipcia, Napoleón acaba aceptando la imposibilidad de mantener el control del país tras el desastre naval de Aboukir y organiza en secreto su huida a Francia. Dejando al general Kléber al mando del Ejército de Egipto, el futuro emperador informa a Berthier, Murat y Desaix de sus planes y todos ellos burlan el bloqueo inglés llegando a costas francesas a bordo de la fragata "Muiron". Conocedor de la inestabilidad del gobierno, Napoleón planea junto a sus hermanos José y Luciano, Joachim Murat y el propio Berthier el golpe de estado de 18 Brumaire. Tras el éxito del mismo y la creación del Consulado, Berthier recibe el Ministerio de Guerra.