Иерусалимская православная церковь имела свои подворья на Кипре уже с начала XII века, когда в результате завоевания Иерусалима войском рыцарей Первого крестового похода в 1099 году патриархи Иерусалимские и простые христиане были изгнаны со Святой земли и находили убежище на Кипре. Однако три монастыря, которые исторически принадлежали Иерусалимской церкви, оказались в 1974 году на оккупированной турками части острова. По словам митрополита Тимофея (Маргаритиса), «с 1974 по 2006 годы мы жили надеждой, что сможем вернуться и восстановить эти монастыри. Но я видел, что переговоры шли и шли, а представительства у нас всё ещё не было. Поэтому было решено воссоздать экзархат в столице Кипра Никосии». 29 ноября 2013 года в Никосии совершено малое освящение храма во имя Вознесения Господня и священномученика Филумена Святогробца в резиденции экзарха Пресвятого Гроба на Кипре. 10 мая 2014 года храм экзархата Пресвятого Гроба Господня на Кипре был торжественно открыт.