El primer relato escrito acerca de la ciudad es la Inscripción de la Laguna Copperplate, que data del siglo X. La ciudad fue invadida por Bolkiah, sultán de Brunéi, y fue cristianizada ya en el siglo XVI, cuando los conquistadores españoles llegaron por primera vez. Fue incorporada el 24 de junio de 1571 por el conquistador español Miguel López de Legazpi. Manila se convirtió finalmente en el centro de las actividades españolas en el Lejano Oriente y destino de la ruta comercial del Galeón de Acapulco a Manila, el cual conectaba a la América Española con Asia. La ciudad recibió el apodo de la "Perla de Oriente", como resultado de su ubicación central en las vitales rutas del comercio marítimo por el Pacífico. Varias insurrecciones chinas, revueltas locales, una ocupación británica y un motín cipayo se produjeron tiempo después de eso. Manila también vio el surgimiento de la Revolución filipina, que fue seguida por la ocupación estadounidense, contribuyendo a la planificación urbana de la ciudad y al desarrollo solo para que la mayoría de dichas mejoras se perdiera por la devastación de la Segunda Guerra Mundial. Después de esto, la ciudad ha sido reconstruida.