У Првом српском устанку, многе београдске џамије су страдале, а оне преостале биле су претворене у бакалнице, у неким су држане свиње, једна је била претворена у православну цркву, а неке су одређене турским женама за становање. Џамије су рушене и у другим градовима који су се нашли у саставу Кнежевине Србије. Тако су у Ужицу порушене 34 џамије, у Смедереву 24, итд. Српске власти су 1836. године пописале џамије у Београду, и у том списку се налазило 16 џамија. 1867. године, исељењем из Београда „турског“ живља (међу којима је велики број био словенског порекла) започео је крај београдских џамија. Како наводи Феликс Каниц ”где кад би ноћу случајно експлодирале мине рушећи џамије које су ометале регулацију”. Временом су порушене све преостале београдске џамије, осим једне, Бајракли џамије на Дорћолу.