Eylül 1939'da Sovyet güçlerinin Doğu Polonya'yı işgaliyle Vilnius yeniden Litvanya'ya bırakıldı. Ancak Litvanya, bu olaydan dokuz ay sonra bağımsızlığını kaybetti. Haziran 1940'ta, Kızıl Ordu Alman-Sovyet Saldırmazlık Paktı'na uygun olarak önce Litvanya'yı işgal etti ardından ülkeyi ilhak ettiğini açıkladı. Bir yıl sonra Almanların Barbarossa Harekâtı'yla Litvanya Alman işgaline uğradı. Bu işgal sırasında Naziler ve onların Litvanyalı destekçileri tarafından ülkedeki Yahudi varlığının %91'i anlamına gelen 190 bin Yahudi öldürüldü.