নব্বই দশকের সময়টা মোজাহিদীন দল আর পরাশক্তিগুলোর মধ্যে পরিবর্তনের সূচনা করে । এই সময়ে যুক্তরাষ্ট্রের “সন্ত্রাসের বিরুদ্ধে যুদ্ধ” আর “আরব বসন্ত” এর কারণে পরাশক্তিগুলোর শীতল যুদ্ধ এবং সমসাময়িক জিহাদের উত্থান ঘটে ফলে মোজাহীদিন দলগুলো প্রক্সি যুদ্ধের অংশতে পরিনত হয় । এই সময়ে আল-কায়েদা সংগঠিত হতে দেখা যায়, ৯০ দশকে ইয়গোস্লাভ যুদ্ধ, সোমালি গৃহ যুদ্ধ, প্রথম চেচেন যুদ্ধ সহ অন্যান্য আঞ্চলিক যুদ্ধগুলোতে এর প্রতিফলন দেখা যায় ।