在落实《凡尔赛条约》的谈判过程中，舰队仍然维持扣押状态。罗伊特推断英国方面将于1919年6月21日，即谈判到期而无法达成协议的情况下会强占德国军舰，却不知截止日期已被延长至6月23日。为了防止这种情况，他决定第一时间凿沉己方舰只。6月21日上午，英国舰队离开斯卡帕湾进行训练演习；罗伊特于11:20向全体德国军舰下达了自沉命令。科隆号的留守船员也开启了它们的。至13:50，该舰向右舷倾覆，并沉入斯卡帕湾底部。与沉没在那里的大多数舰只不同，科隆号的残骸从未进行打捞报废。倒向右舷横卧的残骸位于北纬58°54'、西经3°3'的水下35米处，如今是潜水员的热门目的地，被视为斯卡帕湾最好的潜水点之一。舰体基本完好无损。但在沉没抢救期间，舰上的两门艏炮，包括它们的、以及螺旋桨和锚都被移除。艉部的船体被炸出一个洞，并延伸至。左舷舱壁则立起至水下20米的深度。进入船舱内部会由于大量的泥沙沉积而变得非常危险。经此的能见度也将突然恶化。2017年，奥克尼考古研究中心（）的海洋考古学家对科隆号和该地区的其它九艘沉船展开了广泛调查，其中包括另外六艘德国军舰和三艘英国军舰。考古学家用声纳绘制了这些沉船的地图，并利用遙控潛水器对它们进行检查，以确定这些残骸是如何恶化的。