Entre 1856 y 1858 apoyó activamente al gobierno de Ramón Castilla contra la rebelión de Manuel Ignacio de Vivanco en Arequipa, que derivó en la sangrienta guerra civil. Militaba entonces en la segunda compañía del batallón Ayacucho. Participó en las batallas de Yumina, Bellavista (Arequipa) y en el asalto final de Arequipa, entre el 6 y el 7 de marzo de 1858, por lo que fue ascendido a capitán. Durante este último combate, fue herido bajo el ojo izquierdo, lo que no comprometió su vista, pero le quedó una cicatriz que le cruzaba el párpado y le encerraba dicho ojo, dándole apariencia de tuerto. A pesar de que aún estaba convaleciente, fue uno de los primeros en marchar a la campaña del Ecuador (1858-1860).