Inizialmente inviato in missione presso le armate dell'Est, come membro della Convenzione fu ben presto responsabile per la riorganizzazione della marina, minata dalla insubordinazione. A Brest, dove fu rappresentante in missione dal settembre 1793 al maggio 1794, ripristinò la disciplina con misure molto severe, con il collega Prieur de la Marne, e quindi partecipò, sul mare, alle operazioni di Villaret de Joyeuse contro gli inglesi; Jeanbon partecipò così in mare alla battaglia del 13 pratile anno II al largo d'Ouessant il 1º giugno 1794 (famoso per la resistenza della nave "Vengeur du Peuple") a bordo del vascello "Montagne", insieme con il suo Contrammiraglio.