El primer Gobierno comunista polaco, el Comité Polaco de Liberación Nacional, fue formado en julio de 1944, pero declinó tener jurisdicción sobre los soldados del AK. En consecuencia, por más de un año, fueron agencias soviéticas, como el NKVD, las que trataron con el AK. Para el fin de la Segunda Guerra Mundial, aproximadamente 60.000 soldados del AK habían sido arrestados y 50.000 de ellos fueron deportados a gulags y prisiones en la Unión Soviética. La mayor parte de estos soldados habían sido capturada por los soviéticos durante o inmediatamente después de la Operación Tempestad, cuando muchas unidades del AK intentaron cooperar con los soviéticos en un levantamiento de alcance nacional contra los alemanes. Otros veteranos fueron arrestados cuando decidieron acercarse al gobierno después de que les prometieron una amnistía. En 1947, fue aprobada una amnistía para la mayoría de los partisanos: las autoridades comunistas esperaban que en torno a 12.000 personas depusieran las armas, pero la cifra real de personas que salieron de los bosques ascendió a 53.000. Muchos de ellos fueron arrestados, a pesar de las promesas de libertad. Luego de repetidas promesas rotas durante los primeros años de control comunista, los soldados del AK dejaron de confiaron en el gobierno.