După Revoluția Română din 1989, unul din primele acte normative ale noii puteri a fost Decretul-Lege nr. 9/1989, de abrogare a Decretului 358/1948, prin care Biserica Română Unită cu Roma a fost scoasă în afara legii. Un decret-lege al Consiliului Provizoriu de Uniune Națională din data de 24 aprilie 1990 prevedea că bunurile BRU aflate în proprietatea statului urmează să fie restituite vechiului proprietar. Procesul de restituire a fost obstrucționat în mod vehement de reprezentanții BOR, care inițial nu au dorit ca BRU să-și redobândească nici măcar bunurile aflate în posesia statului. Un exemplu în acest sens este clădirea Mănăstirii Bixad, care a fost transformată de autoritățile comuniste în preventoriu TBC și care deși a fost restituită prin hotărâre de guvern în anul 1992, decizia de restituire nu a putut fi pusă în aplicare din cauza opoziției clerului ortodox local, aflat în poziția de terț față de acțiunea în cauză. În ceea ce privește situația bisericilor și a caselor parohiale aflate în posesia Bisericii Ortodoxe Române, conform aceluiași Decret-lege nr. 126/1990, aceasta urma să fie stabilită prin comisiile bilaterale de dialog, formate din reprezentanți ai ambelor culte. Aceste comisii nu au reușit să rezolve situațiile conflictuale decât în șase cazuri, ceea ce a determinat BRU să se adreseze instanțelor de judecată. Au existat și puține cazuri de restituire pe cale amiabilă a unor lăcașe de cult, cum este cel al Bisericii Bob din Cluj.