Durant les guerres dels Segadors i de Successió, aquest segon temple també restà molt malmès i hagué de ser reparat en diverses ocasions. En la visita pastoral de 1680 solament consten les capelles del Roser i del Sant Crist. No s'esmenten els altars de Sant Jaume i Sant Sebastià perquè els devien destruir durant la guerra dels Segadors. Els altres també resultaren danyats, ja que el 17 de setembre de 1699, el Consell determinà fer un nou retaule per l'altar major. Foren contractats els escultors Llorenç Angly i Josep Blanc d'Ulldemolins. Finalitzada l'obra, el nou altar va ser consagrat el 10 d'agost de 1703, (dia de Sant Llorenç) pel fill del poble, mossèn Pere Mirarnau. Beneficiat de la catedral, va fer obrar una nova capella dedicada al Sant Crist situada vora de la Mare de Déu del Roser. Es va beneir la nova capella i sepultura dels Mirarnau i el dia 12 s'hi traslladà la imatge del Sant Crist des del casal familiar.