Nach der Befreiung der Tschechoslowakei im Jahr 1945 wurde Ledwinka aufgrund der Beneš-Dekrete enteignet, verzichtete aber auf eine Flucht. Nach den Februarumsturz in der Tschechoslowakei wurde er im September 1948 in einem Schauprozess von einem „außergewöhnlichen“ Volksgerichtshof wegen Kollaboration mit dem Dritten Reich zu sechs Jahren Haft verurteilt. Ihm wurde vorgeworfen, dass er als „Direktor der Tatra-Werke das NS-Regime unterstützt habe und dadurch Deutschland Kriegshilfe geleistet habe“. Auch als er bereits im Gefängnis saß, konnten die Tatra-Werke jedoch auf seine Fachkompetenz nicht verzichten; während seiner Haft half er mit, den Tatra 600 zu entwickeln.