Az egyik legfontosabb kérdés Fukuda hivatali idejének első hónapjaiban Japán indiai-óceáni üzemanyag-ellátó küldetése volt. A szeptember 11-ei terrortámadás és Afganisztán inváziója után a japán parlament olyan törvényt fogadott el, mely szerint japán tankerhajók üzemanyaggal láthassák el a katonai kiküldetéseken lévő amerikai hajókat. Amikor Fukuda miniszterelnök lett, folytatni kívánta a missziót. Az ellenzéki többségű felsőház elutasította a javaslatot a további üzemanyag-ellátásra, de az alsóház az LDP kétharmados többségével elfogadta azt.