У 1760–1761 роках активно боровся проти вторгнення афганців. Хоробро бився при Паніпаті, де зазнав поранення у ногу. Після цього постійно кульгав. У цій битві загинули його старші брати та небіж. З цього моменту Махаджі очолив рід Скіндія. У 1760-х роках провів військову реформу: було створено професійну армію на чолі із графом Бенуа де Буанєм.