Meciul de debut al lui Lobonț pentru România a avut loc în 1998, împotriva reprezentativei Liechtensteinului. A devenit curând titular la echipǎ, fiind considerat un portar solid și a jucat 78 de meciuri pentru România (până în septembrie 2010). În martie 2008 a primit Medalia „Meritul Sportiv” clasa a III-a, pentru rezultatele obținute în preliminariile Campionatului European și pentru calificarea la turneul final din 2008.