Lorsque le pouvoir communiste s'effondra et que l'URSS se disloqua, les cultes s'émancipèrent idéologiquement et toutes leurs activités furent à nouveau autorisées. Mais leur situation était très inégale : le judaïsme avait en grande partie disparu, l'émigration ayant succédé à la « Shoah par balles » et à la terreur rouge qui avaient fait disparaître toutes les "yeshivot" ; l'islam avait perdu ses "médersas", ses confréries et ses lettrés, devenant vulnérable aux propagandistes extrémistes venus du moyen-orient ; quant aux églises chrétiennes, beaucoup sont redevenues, dans leurs formes conservatrices, des piliers identitaires des peuples concernés. Certaines contrôlent les pouvoirs civils comme en Pologne, tandis que d'autres font cause commune avec eux, comme en Serbie, Bulgarie, Roumanie ou Russie, où elles ont diffusé le nationalisme (parfois protochroniste) adopté à la place du communisme par les gouvernements et les nouveaux partis politiques de ces pays, restés aux mains de la "nomenklatura" à laquelle les clercs ont été intégrés. En échange de ce service, ces églises ont récupéré leurs propriétés, ouvert des maisons d'édition, des chaînes de télévision et des circuits de tourisme religieux, et reçu la charge des cours de religion à l'école publique.