Ab 1808 übernahm er ein Kommando der Artillerie bei der Garde impériale und kämpfte in der Schlacht bei Wagram (5./6. Juli 1809). Dort wurde er sehr schwer verwundet und verlor seinen rechten Arm. Nach seiner Genesung wurde er am 9. Juli 1809 zum Général de brigade befördert und auf Wunsch Napoleons übernahm er ab diesem Tag auch die Leitung der Artillerieschule von La Fère. Bis zum Frühjahr 1814 leistete d’Aboville keinen aktiven Dienst. Erst zur Verteidigung von Paris (30. März 1814) kam er mit seinen Kadetten wieder zum Einsatz.