עם זאת, ב-1890 נקלע לסכסוך עם השלטונות הסרביים והתמיכה בו הופסקה. בעקבות האירועים לקה כהן בהתמוטטות עצבים, נשלח לבלגרד, אושפז לטיפולים במשך מספר חדשים, ואובחן כחולה בפרנויה. בשלהי 1890 שב למינכן, ובסיוע כספי של אחיו דוד המשיך את לימודיו. בתקופה זו צייר מספר פורטרטים מהנודעים שלו, ובכלל זה דיוקן עצמי. החל מ-1893 החל כהן לצייר גם מוטיבים תנ"כיים. בשנה זו זכה לפרס האקדמיה במינכן על ציורו "חלום יוסף". כן נודע ציורו "היהודי הנצחי". הוא התיידד עם האמן פרנץ פון שטוק והושפע מעבודותיו. ב-1897 זכה במדליית כסף בתערוכה הבינלאומית במינכן על ציורו "חלום יוסף". ב-1898 הציג 33 מיצירותיו בתערוכה שהוצגה בבניין הפרלמנט הסרבי בבלגרד וזכה לביקורות אוהדות במיוחד. ב-1899 זכה שוב במדליית כסף בתערוכה הבינלאומית במינכן על יצירתו "סימפוניית האביב". בשנה זו נישא לג'וזפין שמעון, בת הקהילה היהודית במינכן. ב-1900 הציג בביתן הסרבי של התערוכה העולמית בפריז. בהמשך, חבר ל"קבוצת פאלנקס וב-1902 הוצגו יצירותיו בתערוכת הקבוצה. אשפוזיו התכופים בשל בעיותיו הנפשיות אילצו את אשתו למכור רבים מציוריו כדי לממן את הטיפולים.