Po agresji III Rzeszy i ZSRR na Polskę i przekazaniu przez ZSRR okupowanego po agresji na Polskę Wilna Litwie i rozwiązaniu 15 grudnia 1939 przez władze litewskie Uniwersytetu Stefana Batorego nie przerwał pracy, prowadząc w latach 1940–1941 tajne zajęcia ze studentami u siebie w domu. Jednocześnie opiekował się zbiorami Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Wilnie.