Tras la caída del gobierno de Tengiz Sigua el 5 de agosto de 1993, Shevardnadze nombró a Patsatsia nuevo primer ministro. Obtuvo la aprobación en el Parlamento el 20 de agosto del mismo año, y mantuvo el puesto en el baile de carteras del 7 de septiembre de 1993. Los dos años de mandato de Patsatsia estuvieron marcados por un creciente caos político, violentas luchas por el poder, el retroceso militar en la guerra de Abjasia, una guerra civil en toda regla contra las fuerzas pro-Gamsajurdia, una dura crisis económica y una serie de controvertidos acuerdos económicos y militares con Rusia. No fue un reformista y mantuvo una postura conservadora hacia el desarrollo económico. Patsatsia dimitió el 5 de octubre de 1995. Se presentó a las siguientes elecciones parlamentarias como candidato independiente de Zugdidi y ganó un escaño para los cuatro años siguientes.