Tovább nehezítette a helyzetet, a damaszkuszi vezetés 2003-ban elítélte az iraki háborút, majd az, hogy 2005-ben a szír titkosszolgálatot vádolták meg Rafík el-Haríri volt libanoni miniszterelnök meggyilkolásával. A damaszkuszi kormányzat következetesen tagadja a vádakat, és még abban az évben kivonta csapatait a szomszédos országból. Ezután a két ország a kapcsolatok normalizálásának útjára lépett: kölcsönösen elismerték egymást, és nagykövetségeket létesítettek a két fővárosban. A 2006-os második libanoni háború kapcsán Aszad elnök elítélte Izraelt és kiállt az ellenálló Hezbollah mellett, de röviddel utána tárgyalásokba kezdett a zsidó állammal Törökország közvetítésével, kilátásba helyezve a békekötést és Izrael elismerését annak fejében, hogy az kivonul a Golán-fennsíkról. Az Izraellel folytatott tárgyalások a 2008–2009-es Izrael–Hamász-konfliktus kapcsán megszakadtak. Eközben a szír–amerikai kapcsolatok is fejlődésnek indultak: több delegáció látogatott Damaszkuszba. Az Aszad-kormányzat jó viszonyt ápol Oroszországgal, amit támogatott a 2008-as orosz–grúz háború során.