Auer besuchte das Altstädtische Gymnasium in Königsberg und trat am 12. Dezember 1802 als Gefreiterkorporal in die 2. Ostpreußische Füsilierbrigade der Preußischen Armee ein. Während des Vierten Koalitionskrieges 1806/07 kämpfte er bei Thorn, Waltersdorf, Braunsberg, Podgurz, Gurznow sowie in der Schlacht bei Preußisch Eylau. Am 23. Mai 1807 wurde Auer Adjutant bei seinem Schwager, dem Oberst Friedrich Wilhelm Bülow von Dennewitz. Zu Beginn des Feldzuges 1812 als Premierleutnant in das 1. Leib-Husaren-Regiment Nr. 1 versetzt, konnte Auer sich in der Folgezeit mehrfach auszeichnen. Bei Friedrichstadt überfiel er einen zahlenmäßig überlegenen Feind, verlor bei Dünaburg das linke Auge und konnte bei einem Einsatz an der Düna zwei feindliche Offiziere sowie 37 Mann mit ihren Pferden als Gefangene einbringen. Für diese Leistungen verlieh ihm König Friedrich Wilhelm III. am 18. Oktober 1812 den Orden Pour le Mérite und beförderte Auer außerdem kurz darauf zum Stabsrittmeister. Während der Befreiungskriege war Auer wieder als Adjutant bei seinem Schwager, kämpfte im Gefecht bei Luckau, wofür er das Eiserne Kreuz II. Klasse erhielt, bei Wittenberg, Theißen, Großgörschen, Großbeeren, Dennewitz, Leipzig, Brienne, Laon (Eisernes Kreuz I. Klasse) und Waterloo.