Khan doktorerade inom juridik vid Oxforduniversitetet och fortsatte därefter som åklagare vid de allmänna domstolarna i Storbritannien. Från 1997 var han verksam som jurist vid åklagarkammaren vid Internationella tribunalen för krigsbrott begångna i forna Jugoslavien och från 1998 till 2000 som rådgivare vid åklagarkammaren för den Internationella Rwandatribunalen. Han var även ansvarig för den före detta presidenten av Liberia, Charles Taylors försvar i Specialdomstolen för krigsbrott begångna i Sierra Leone. Khan har även varit försvarsadvokat för flera av de som åtalats av för brott av Internationella brottmålsdomstolen (ICC). Bland andra Abdallah Banda, Bahar Garda och Saleh Jamus för misstänkta brott begångna under Darfurkonflikten, samt för Muammar al-Gaddafis son Saif al-Islam Khadaffi och för krigsbrottsåtalade Jean-Pierre Bemba. Hans arbete för FN har bland annat inneburit ansvar för utredningar av krigsbrott begångna av ISIL i Irak, inom ramen för det undersökande enheten UNITAD.