Le , la police de sécurité lituanienne ("Lietuvos saugumo policija"), subordonnée à la "Sicherheitspolizei" et à la "Kriminalpolizei", est créée. Cette organisation fut impliquée dans de nombreuses actions contre les Juifs et d'autres ennemis du régime nazi. L'unité lituanienne la plus notoire est le "Ypatingasis būrys" (une subdivision du SD allemand) active de la région de Vilnius, massacrant des dizaines de milliers de Juifs, Polonais et autres lors des massacres de Ponary. Une autre organisation lituanienne impliquée dans l'Holocauste fut la Garde du travail lituanienne. De nombreux partisans lituaniens de la politique nazie venaient de l'organisation fasciste Loups de Fer. Dans l'ensemble, l'administration nationaliste lituanienne s'intéressait à la liquidation des Juifs en tant qu'ennemis perçus et rivaux potentiels des Lituaniens ethniques. Ainsi, l'administration ne s'opposait pas à la politique nazie de l'Holocauste, mais l'adoptait comme la leur.