Музей был основан мэром Буэнос-Айреса Франсиско Сеебером 24 мая 1889 года под названием Столичный исторический музей (). Первым директором музея, открытого 15 февраля 1891 года, стал Адольфо Карранса. Часть коллекции музея составили пожертвования потомков героев Майской революции и войны за независимость, остальные экспонаты были переданы Народным музеем. Поскольку экспозиция музея охватывала не только историю столицы, то было решено переименовать его в Национальный исторический музей. В 1897 году музей переехал из муниципального здания, где теперь располагается Ботанический сад, в здание, находящееся в государственной собственности, на территории парка Лесама, где и находится и по сей день. В 1997 году здание по улице Дефенса, 1652, где располагается основная экспозиция музея, было признано национальным историческим памятником.