В годы Гражданской войны Хомутников возглавил взвод революционного отряда защиты прав трудового казачества, затем командовал кавалерийским полком. Участвовал в обороне Царицына, военных действиях на Дону и Северном Кавказе, боях на Дальнем Востоке с формированиями Унгерна и Семёнова, установлении советской власти в Монголии. Приказом Революционного Военного Совета Республики в 1921 году награждён орденом «Красное Знамя» РСФСР.