Nach den Unruhen des Bauernaufstandes von 1525 und des Zweiten Markgrafenkrieges (1552–1554) folgte eine Periode des Friedens im Hochstift Würzburg und damit auch in Aura. Auswirkungen auf Aura hatte in der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts der Dreißigjährige Krieg. So musste die Bevölkerung beim Durchmarsch der schwedischen Truppen in den Jahren ab 1631 den Soldaten Verpflegung und Quartier zur Verfügung stellen; es kam auch zu Beschlagnahmungen von Naturalien und Geld sowie zu Übergriffen auf die Bevölkerung. Ferner mussten aus Geldmangel die Bauarbeiten an der geplanten Kirche in Aura gestoppt werden, nachdem Fürstbischof Johann Gottfried I. von Aschhausen aus Anlass des Krieges ein ständiges Heer von 10.000 Mann installierte. Ein weiterer Grund für den Baustopp war der plötzliche Tod des Fürstbischofs im Jahr 1622.