Wkrótce Bracia polscy przenieśli Wiszowatego do województwa wołyńskiego. Pod jego opieką znalazły się zbory w Haliczanach, Iwanicach, Beresku i Kisielinie. Wystąpienia przeciwko arianom przybrały na sile. Kolejne zbory były burzone, co nie pozwalało Wiszowatemu osiąść nigdzie na dłużej. W 1648 roku przeniósł się do Siedlisk, aby objąć tam stanowisko kaznodziei. Po wybuchu wojen kozackich, wyjechał w okolice Gdańska. W 1648 r. osiadł na krótko w Arciszewie (dobrach Arciszewskich herbu Prawdzic), skąd przeniósł się do Straszyna — majątku arianina Pawła Iwanickiego herbu Pełnia, gdzie wygłaszał polskie kazania u boku nie znającego języka polskiego Marcina Ruara. Już wiosną 1649 r. powrócił do Siedlisk. Nauczał kolejno w zborach w Radostowie, Rąbkowej i Lusławicach. Na wieść o napaści chłopskiego tłumu na Nowy Sącz, wymordowaniu załogi szwedzkiej i spustoszeniu ariańskich domów, Wiszowaty w pośpiechu opuścił Robków, gdzie porzucił cały majątek i bibliotekę. Osiadł chwilowo w Czarkowych należących do syna swojej stryjecznej siostry, Hieronima Moskorzewskiego.