Касније, монаси Арсеније и Максим, бележе 1796. Године крџалијски погром у Понишављу а 1798. долази до ископавања манастирског бунара. Након паљења манастира у Првом српском устанку 1809. године пред Чегарску битку, приступа се обнови библиотеке манастира, црквеног ентеријера и самог иконостаса а ктитор, пиротски еснаф трачки, поклања 1820. године икону Св. Спиридона. Године 1873. је срушен пирг. 1876-1877. године долази до паљења конака, и при томе гори и део библиотеке са два пергаментна рукописа. По ослобођењу од Турака 1878, дошло се на идеју о подизању новог храма, а његов је темељ освећен још исте године. Нови храм који је освећен 1902, а завршен 1908. 1902. је срушен и наос, да би се изградио данашњи објекат. Аутор новог храма био је архитекта Милорад Рувидић. За време Бугарске окупације 1915—16, Бугари су опљачкали и оштетили манастир и тада је нестао стари запис о боравку Светог Саве у манастиру и околини.