La chute de l'Union soviétique voit une réorganisation totale du football dans les pays de l'ancienne Union, c'est dans ce contexte que le Tekstilchtchik est ainsi directement intégré au sein de la nouvelle première division russe pour sa première édition en 1992. Pour sa première saison dans l'élite, le club se classe dixième sur vingt, se maintenant avec quatre points d'avance sur le premier relégable. La saison suivante est bien plus positive pour le club qui parvient à accrocher la quatrième place du championnat et à se qualifier pour la Coupe UEFA 1994-1995 où il parvient à atteindre le deuxième tour. Les résultats de l'équipe commencent cependant à flancher par la suite, avec les départs de nombreux cadres de l'équipe, incluant notamment le gardien Andreï Samoroukov, les frères Alekseï et Oleg Morozov, le meneur de jeu Oleg Ielychev ainsi que Viktor Navotchenko, l'amenant à terminer septième en 1994 puis dixième l'année suivante avant de finalement finir avant-dernier au terme de l'édition 1996 et d'être relégué en deuxième division avec près de douze points de retard sur le maintien.