À la fin de 48 av. J.-C., César fut de nouveau nommé Dictateur, pour un mandat d'un an. Après avoir passé les premiers mois de 47 av. J.-C. en Égypte, César se rend au Moyen-Orient, où il anéantit le roi Pharnaces II de Pontus lors de la bataille de Zela ; sa victoire était si rapide et complète qu'il se moquait des victoires précédentes de Pompée sur de si pauvres ennemis. De là, il se rendit en Afrique pour s'occuper des restes des partisans sénatoriaux de Pompée. Il a rapidement remporté une victoire significative à Thapsus en 46 av. J.-C. sur les forces de Metellus Scipio (qui est mort dans la bataille) et Caton le Jeune (qui s'est suicidé). Après cette victoire, il est nommé Dictateur pour dix ans.