В 2009 году выступал в качестве истца в Басманном суде Москвы против «Новой газеты» и журналиста А. Ю. Яблокова. Представителем Евгения Джугашвили на судебном процессе выступили публицисты Л. Н. Жура и Ю. И. Мухин, а также историк С. Э. Стрыгин; представителями издания — Генри Резник и Алексей Бенецкий. Евгений Джугашвили считал, что статья «Виновным назначен Берия» от 22 апреля 2009 года порочит честь и достоинство его деда — Иосифа Сталина. Истец просил признать изложенные в статье сведения "«вымышленными, не соответствующими действительности и унижающими честь и достоинство Сталина И. В.»". В статье «Новой газеты» было написано, что Сталин лично подписал приказ об убийстве 20 тысяч польских офицеров в Катынском лесу в 1940 году. Истец требовал от газеты опубликовать опровержение. В удовлетворении иска было отказано: суд постановил, что позиция автора — это его личное мнение, на которое он имеет право, и отказал в удовлетворении иска.