A los recientes éxitos de Juan les siguieron nuevos reconocimientos y honores. En 1259, recibió el título de déspota.El historiador Jorge Paquimeres escribió que Juan Paleólogo era un verdadero soldado, para quien la guerra era un placer; que sus acciones lo hicieron grande y que por sus obras de beneficencia era incluso más conocido que el emperador. El mismo autor menciona que Juan despreciaba la riqueza y enfatiza su conexión especial con sus soldados, quienes no lo trataban como un superior sino como un hermano; se ganó así un gran respeto del ejército.Su suegro Tornicio y su medio hermano Constantino fueron ascendidos a sebastocrátores. En julio de 1261, Constantinopla fue reconquistada y el Imperio bizantino restaurado, con Miguel VIII como único emperador. Al mismo tiempo, sin embargo, las cosas iban mal en Epiro, donde Miguel II había recuperado su reino y era una vez más una amenaza para las posesiones imperiales en Macedonia. En 1261, se puso a Juan al frente de una campaña contra los epirotas. Después de una larga y prolongada lucha en el verano de 1263-1264, consiguió la victoria, lo que obligó a Miguel II a llegar a un acuerdo: este reconoció la soberanía imperial sobre Epiro y su hijo y heredero, Nicéforo, se casó con Ana Paleóloga Cantacucena, una sobrina de Miguel VIII.