Il 1º novembre 1940 Mikawa passò alla testa della 5ª Divisione incrociatori (, , "Nachi", "Ashigara") e il 15 fu portato al rango di viceammiraglio. Nel frattempo la situazione internazionale cagionata dalla seconda guerra mondiale e le politiche espansionistiche nipponiche in Cina avevano portato l'Impero giapponese ad allearsi a Germania nazista e Italia fascista con il Patto tripartito, nonché a incrinare i rapporti diplomatici (già freddi) con gli Stati Uniti d'America che posero l'embargo a materie prime come petrolio e acciaio: i vertici politici e militari del governo decisero perciò di pianificare l'invasione del Sud-est asiatico e colpire sin da subito la Flotta del Pacifico di base a Pearl Harbor. Il 6 settembre, la strategia essendo stata messa a punto, il viceammiraglio fu scelto per comandare la 3ª Divisione corazzate (, , , , queste ultime due, in realtà, assegnate provvisoriamente alla 2ª Flotta del viceammiraglio Nobutake Kondō nel Sud-est asiatico.), una delle unità di scorta alle sei portaerei incaricate di sferrare l'assalto alla flotta statunitense appena iniziate le ostilità: Mikawa criticò una simile operazione perché, secondo lui, disperdeva eccessivamente il potenziale della marina imperiale, da concentrare nell'Oceano Pacifico meridionale. La squadra d'attacco, al comando del viceammiraglio Chūichi Nagumo, salpò a fine novembre e il 7 dicembre sferrò il previsto attacco, quindi rientrò in patria sullo scorcio dell'anno.