Đukić war zudem erfolgreicher Nationalspieler. Er kam 1991 noch für die Jugoslawische Fußballnationalmannschaft zum Einsatz und bestritt bis 2001 für diese und die Nationalmannschaften des sogenannten Restjugoslawiens bzw. Serbien-Montenegros 46 Spiele und erzielte dabei zwei Tore. Mit Serbien und Montenegro nahm er an der WM 1998, sowie an der EURO 2000 teil.