Наприкінці життя Понтрягін брав активну участь у боротьбі з проектом повороту сибірських річок. Він організував в МІАН семінар, роботи якого допомогли показати необґрунтованість розрахунків, використаних в обґрунтуванні проекту, створив лабораторію математичних питань екології при керованому ним відділі. Понтрягін підписав лист групи академіків в ЦК КПРС проти повороту річок, рішуче виступав на зустрічі в ЦК, куди були запрошені автори листа. Понтрягін домігся осудження математичних помилок прогнозу рівня Каспійского моря на загальному зібранні Відділення математики АН СРСР, а потім приняття постанови ще чотирьох Відділень АН СРСР про наукову необґрунтованість проекту. Немалу роль в прийняті рішення про відмову від проекту перекидання зіграв лист з критикою проекту, відправлене Понтрягіним М. С. Горбачову перед відкриттям XXVII з'їзду КПРС.