מסתבר שגם הוקר, כקודמיו, לא היה מסוגל להביס את צבאו של לי; אף על פי שכוחותיו עלו במספרם על כוחות הקונפדרציה ביחס של יותר משניים לאחד, הוא הושפל בקרב צ'נסלורסוויל בחודש מאי, 1863. הוא הוחלף בידי מייג'ור ג'נרל ג'ורג' מיד במהלך פלישתו השנייה של לי לצפון, במהלך חודש יוני. מיד הביס את לי בקרב גטיסברג, בין 1–3 ביולי 1863. היה זה הקרב העקוב מדם ביותר במלחמה, והוא נחשב לנקודת המפנה במלחמה. הסתערותו של פיקט ב-3 ביולי נחשבת לעיתים קרובות לנקודה הקרובה ביותר אליה הצליחו חיילי הקונפדרציה להגיע אל מול שדרת המגננה של חיילי האיחוד במהלך קרב גטיסברג. צבאו של לי סבל מ-28,000 נפגעים (לעומת 23,000 של מיד). למרות זאת, רגז לינקולן על כך שמיד כשל ביירוט נסיגתו של לי, ולאחר מערכת הסתיו של מיד, שהסתיימה ללא הכרעה, פנה לינקולן אל החזית המערבית כדי למצוא הנהגה חדשה. באותו זמן מעוזה של הקונפדרציה בויקסבורג נכנע, ובכך נתן לאיחוד את השליטה על נהר המיסיסיפי, ואיפשר לבודד לצמיתות את חלקה המערבי של הקונפדרציה, ולהציב את המנהיג הצבאי החדש לו נזקק לינקולן, יוליסס גרנט.