En 1998, fue nombrado nuevo seleccionador de Francia, con la que se coronó campeón de la Eurocopa 2000 y de la Copa FIFA Confederaciones 2001, donde también salió campeón. En el Mundial de Corea y Japón de 2002, la selección francesa, vigente campeona, fue eliminada en la fase de grupos, lo cual provocó que Lemerre fuera sustituido por Jacques Santini.