En 1999, avec la décision de l'OTAN d'intervenir militairement au Kosovo, les relations russo-américaines connaissent encore une période de froideur. En réponse à cette attaque, le "Traité sur la création de l'Union de la Biélorussie et la Russie" a été signé par la Russie et la Biélorussie le . Il a été ratifiée par la "Douma" russe le et l'Assemblée nationale de la Biélorussie le , date à laquelle le Traité sur la création de l'Union est officiellement entré en vigueur. À cette occasion, Borodin a été désigné comme "secrétaire d'État de l'Union" par le Conseil suprême pour un mandat de 4 ans (renouvelé en 2004 et 2008).