徳川家康の関東入府の際に伊奈忠次を関東の代官頭に任じたことに始まり、その後12代200年間に渡って伊奈氏が関東代官頭の地位を世襲した。1692年（元禄5年）飛騨高山藩領地が天領となった際には6代忠篤が飛騨郡代も一時的に兼務した。7代忠順は富士山の宝永大噴火の際に砂除川浚奉行に任じられた。