W 1990 roku biegacz wyjechał do Danii na wymianę studencką i podjął naukę na Uniwersytecie Kopenhaskim. W tym samym czasie złożył wniosek o przyznanie mu duńskiego obywatelstwa, które otrzymał w 1994 i od 1995 zaczął reprezentować nowy kraj. Trzykrotnie zdobył złote medale młodzieżowych mistrzostw Danii startując w barwach Københavns IF (w 1991 na 800 metrów, w 1992 na 400 i 800 metrów). W 1993 i 1994, jeszcze jako Kenijczyk wywalczył jedyne w swojej karierze tytuły mistrza Danii, startując w barwach IF Sparta Kopenhaga – klub ten reprezentował aż do zakończenia kariery sportowej. Już w swoim pierwszym dużym międzynarodowym starcie – na mistrzostwach świata w Göteborgu (1995) – zdobył dla Danii złoty medal i tytuł mistrza globu w biegu na 800 metrów. W 1996 roku był niepokonany przez cały sezon jednak Międzynarodowy Komitet Olimpijski zabronił mu bronić duńskich barw na igrzyskach olimpijskich w Atlancie. Po tym wydarzeniu Kipketer rozważał zakończenie kariery, jednak na koniec sezonu 1996 ustanowił rekord życiowy na zawodach w Rieti czasem 1:41,83.