Родился в 1828 году в Попаяне. Хотя получил юридическое образование, сделал военную карьеру. Воевал против диктатуры Мело и против правительства Оспины. В Соединённых штатах Колумбии примкнул к Либеральной партии, занимал различные государственные посты. Когда в 1876 году в стране разразилась очередная гражданская война, то Трухильо оказался одним из наиболее успешных командиров правительственных войск, и поэтому на выборах 1880 года одержал победу несмотря на критику со стороны лидера Либеральной партии экс-президента Мануэля Мурильо.