I 1989 blev organisationen forbudt af Israel - hvilket styrkede dens position i den palæstinensiske befolkning - og i 1991 etablerede Hamas sin militære gren, Izz al Din al-Qassam-brigaderne. Parallelt med den militære opbygning etablerede organisationen et et omfattende netværk med sociale tilbud, som også bidrog til dens popularitet. Tilslutningen til Hamas steg igennem 1990'erne og ind i 2000-tallet. Partiet deltog ikke i det palæstinensiske præsidentvalg i 2005, men vandt parlamentsvalget til det Palæstinensiske Lovgivende Råd i 2006 med 74 ud af de 132 mandater. Partiet dannede derpå regering med Ismail Haniyeh som ministerpræsident. Tiltagende interne spændinger mellem de palæstinensiske grupper førte i 2007 til militære kampe mellem Hamas' og det konkurrerende Fathas sikkerhedsstyrker. Her fordrev Hamas Fatah fra Gazastriben og overtog den fulde kontrol med området, mens præsident Mahmoud Abbas samtidig afskedigede Haniyeh og opløste den palæstinensiske samlingsregering. Herefter har Hamas alene haft kontrollen med Gaza. Der har siden været flere mæglingsforsøg mellem de to organisationer. I 2014 indgik de således på ny i en samlingsregering, men året efter meddelte præsident Abbas, at regeringen ville gå af igen.