Der pflichtbewusste und zuverlässige Revolutionär leitete seit Ende April 1793 eine Abteilung des Kriegsministeriums, zu deren Aufgaben die Überwachung der Offiziere und die militärische Koordination des Vernichtungskrieges in der Vendée gehörte. Im Sommer 1793 kommandierte Ronsin persönlich einige Revolutionseinheiten gegen die aufständischen Bauern und erlangte durch Protektion des neuen Kriegsministers Bouchotte den Rang eines Brigadegenerals. Allerdings wurde die Schlagkraft der Revolutionstruppen durch innere Streitigkeiten der Sansculottengeneräle Jean Antoine Rossignol und Ronsin mit den altgedienten Offizieren stark beeinträchtigt. Anfang 1794 empfahl Ronsin die systematische Entvölkerung der Vendée. Die Aufständischen sollten deportiert werden und durch neu angesiedelte Anhänger der Republik ersetzt werden.