Das Verhältnis zwischen dem Präsidenten und führenden Figuren der Bürgerrechtsbewegung wie Martin Luther King blieb nicht dauerhaft positiv. Außenpolitisch geriet der Vietnamkrieg mehr und mehr in den Vordergrund, gegen den sich eine wachsende Zahl der Bürger wendete. Nach anfänglichem Zögern kritisierte King den Präsidenten, der das Ziel der Verhinderung einer kommunistischen Machtübernahme in dem südostasiatischen Land verfolgte, zunehmend für seine Politik. Johnson wies dies stets entschieden zurück und distanzierte sich immer weiter von dem Bürgerrechtler. Er änderte zwar nicht seine grundsätzliche Haltung, Afroamerikanern müssten gleiche Rechte und Chancen eingeräumt werden, betrachtete Kings Äußerungen zu außenpolitischen Themen allerdings zunehmend als Belastung, sodass King de facto zur unerwünschten Person im Weißen Haus wurde. Nach der Ermordung Kings im April 1968 würdigte der Präsident ihn dennoch als bedeutende Persönlichkeit und rief Farbige auf, gewaltsame Ausschreitungen nach Kings Vorbild zu verurteilen. Dennoch kam es in den folgenden Wochen zu erbitterten Krawallen in vielen US-Großstädten. Kurz nach dem Tode Kings gelang es Johnson, erneut ein bedeutendes Bürgerrechtsgesetz im Rahmen der Great Society zu verabschieden. Der Civil Rights Act von 1968 sollte es für Afroamerikaner einfacher machen, Wohnraum zu finden, und weitete damit das Gesetz von 1964 aus. Neben gesetzgebenden Initiativen nutzte Johnson außerdem seine exekutiven Vollmachten als Staats- und Regierungschef, indem er als erster US-Präsident hohe Positionen in Kabinett und Oberstem Gerichtshof mit Afroamerikanern besetzte.