Auparavant, la marine soviétique de la Flottille de la Caspienne servait auprès de la République socialiste soviétique kazakhe. Après la Dislocation de l'URSS, la flotte a diminué, laissant le contingent naval kazakh servir de base à la marine nouvellement formée. Les Forces navales du Kazakhstan ont été établies en avril 1993 en tant que base navale aux Forces armées kazakhes.