В 1508—1511 годах Бальдассаре Перуцци совместно с Рафаэлем, Себастьяно дель Пьомбо и другими участвовал в постройке и росписях виллы Фарнезина в Риме. После смерти Рафаэля с 1520 года вместе с Антонио да Сангалло Младшим возглавлял работу по строительству собора Святого Петра. После страшного разграбления Рима в 1527 году Бальдассаре Перуцци вернулся в родную Сиену и работал там архитектором республики. В 1535 году вернулся в Рим. Его последней постройкой стал "Palazzo Massimo alle Colonne" в Риме (1532—1536).