Şubat 2016'da, Yunanistan'ı "borç esaretinden" kurtarmak amacıyla kendi siyasi partisi olan MeRA25 adlı partisini kurdu ve ardından 2016 Birleşik Krallık'ın Avrupa Birliği üyeliği referandumunda üyelikte "kalması" oyuna destek verdi. Partinin "sol ve liberalizm, yeşiller ve feministler" ittifakına dayanmasını umduğunu belirtti. Mart 2018'de Yunanistan'da DiEM25'in "seçim kanadını" olan MeRA25'i kurdu. 2019 yasama seçimlerinde MeRA25, en çok oy alan altıncı partiydi ve mecliste dokuz sandalye elde eden Varoufakis milletvekili seçilerek Yunan Parlamentosu'na geri döndü.