Tijdens de oorlog leende Morris tienduizend pond uit om de kosten voor het Continental Army te betalen. Dit voorkwam dat het uiteen viel in aanloop naar de Slag bij Princeton. Hij verdiende ook goed aan de oorlog. De Amerikanen namen namelijk veel schepen van de Britten in beslag. Morris had een groot belang in verschillende scheepsbedrijven en verdiende goed aan de verkoop van de Britse goederen. Tegelijkertijd gingen ook veel van zijn schepen verloren. Door Thomas Paine en Henry Laurens werd de zakenman beschuldigd winst te maken uit discutabele financiële transacties. Door een Congrescommissie werd hij echter vrijgesproken, maar was door de hele affaire wel beschadigd.