Zagrożenie powodziowe ze strony rzeki Brdy jest znacznie ograniczone z powodu dużych możliwości retencyjnych jezior w górnym biegu rzeki oraz zbiorników elektrowni wodnych. Koryto Brdy przystosowane jest do bezpiecznego przepuszczenia przepływów w wielkości trzykrotnie przekraczającej stan średni. Natomiast zjawiskiem, które wpływa na podtapianie terenów nabrzeżnych Brdy, jest cofka w przypadku przyboru wody na Wiśle. Zasięg cofki w Bydgoszczy może sięgać do 18 km od Brdyujścia i należy do największych wśród miast nadwiślańskich. W przeszłości wskutek zatorów lodowych na Wiśle lub intensywnych opadów w dorzeczu tej rzeki, miały miejsce zalania terenów w centrum miasta, np. ulic: Stary Port, Grodzkiej, Rybiego Rynku, Wyspy Młyńskiej. Podczas powodzi w maju 2010 r. cofka Brdy sięgnęła 12 km w głąb miasta, podtapiając nadrzeczne bulwary.