Si l'Armée rouge a indéniablement sauvé la révolution bolchevique, elle se révèle aussi, pendant la guerre civile, un redoutable instrument répressif déjà employé contre les diverses sections du peuple russe qui n'acceptent pas le pouvoir bolchevik ou qui nourrissent un projet de société différent. De très nombreux paysans fuient dans les forêts pour éviter l'enrôlement dans les troupes rouges ou blanches, mais aussi les violentes collectes forcées des deux armées. Ils constituent des « armées vertes » qui affrontent alternativement ou simultanément l'Armée rouge et les armées blanches. Des milliers de révoltes paysannes de toute envergure seront réprimées par l'Armée rouge, pourtant constituée aux quatre cinquièmes de paysans. En 1921, Toukhatchevski n'hésite pas à bombarder les populations aux gaz chimiques pour mater la grande révolte des campagnes de Tambov. En 1920, les troupes de Trotski se retournent contre leur ancien allié, l'anarchiste ukrainien Nestor Makhno, et mettent fin brutalement à l'expérience de la Makhnovchtchina. C'est aussi à l'Armée rouge qu'il revient de faire cesser l'indépendance tout juste conquise de certaines portions de l'ancien empire des tsars : elle permet notamment de rattacher de force à la nouvelle Union soviétique les éphémères États d'Arménie (1921) et de Géorgie (1922), pourtant internationalement reconnus.