В начале июня "Микадзуки" участвовал в битве за Мидуэй. В ходе операции корабль эскортировал авианосец «Дзуйхо», который входил в состав Второго флота (Флот вторжения на Мидуэй) под командование вице-адмирала Нобутаке Кондо. После поражения японского авианосного соединения, сопровождал авианосец на соединение с Пятым флотом вице-адмирала Боширо Хосогая, который руководил операцией по захвату Алеутских островов. В начале июля 1942 года сопровождал «Дзуйхо», прикрывавшего конвоя с армейскими частями для высадки на остров Кыска, а затем осуществлявшего патрулирование близ захваченного острова. С конца июля 1942 по март 1943 года эсминец осуществлял эскортирование судов на Тайвань С марта по начало июня 1943 года в Куре на верфи флота был проведён текущий ремонт корабля и переоборудование его в быстроходный транспорт. Для этого были демонтированы два орудия главного калибра и один торпедный аппарат, усилено зенитное и противолодочное вооружение.