Auch nach der Unabhängigkeit und dem Ende der Emergency verblieben britische Truppen im Land, der Schutz Malayas/Malaysias wurde durch das Anglo-Malayan Defense Agreement von 1957 sichergestellt, in dem sich Großbritannien, Australien und Neuseeland verpflichteten, Malaya im Konfliktfall militärisch beizustehen. Dieser Ernstfall trat bereits 1963 ein, denn das benachbarte Indonesien unter Führung von Präsident Sukarno lehnte die Bildung Malaysias ab und entsandte sein Militär zu Guerillaangriffen gegen Polizei- und Militärposten auf malaysischem Territorium. Dieser als Konfrontasi bekannte Konflikt, der allerdings nie zu einem massiven Krieg eskalierte oder die Existenz eines der beiden Staaten ernsthaft gefährdete, dauerte bis 1966. Das malaysische Heer war erneut eher unterstützend tätig, die Hauptlast der Kämpfe trugen britische Truppen. 1967, ein Jahr nach Ende der Konfrontasi, entschloss sich Großbritannien, alle Truppen, die es im Ausland östlich des Suezkanals stationiert hatte, zurückzuziehen. Damit einhergehend lief das Anglo-Malayan Defence Agreement im Jahr 1971 aus und wurde durch die Five Power Defense Arrangements ersetzt, die jedoch keinen militärischen Beistand garantieren, sondern lediglich eine enge Konsultation zwischen den Unterzeichnern (Großbritannien, Australien, Neuseeland, Malaysia und Singapur) im Krisenfall vorsehen. Daher stand nun erstmals das malaysische Militär alleinverantwortlich für die Sicherheit Malaysias ein und konnte sich nicht mehr auf Großbritannien als Schutzmacht verlassen.