Весной 1799 война становится всеобщей. Вторая коалиция объединила Британию, Австрию, Неаполь и Швецию. Египетский поход привёл Турцию и Россию в её ряды. Турция пропустила русский флот через проливы для высадки войск в Италии, и Австрия разрешила проход через её территорию. Нехватка средств была решена в Лондонском договоре (29 декабря 1797). Россия получала изначально 225 000 фунтов и 75 000 ежемесячно. Военные действия начались для Директории крайне неудачно. Уже в апреле 1799 русско-австрийские войска вошли в Милан. Вскоре Италия и часть Швейцарии были потеряны и республике пришлось оборонять свои «естественные» границы. Австрийцы начали действовать в Швейцарии. Под угрозой оказалась и Батавская республика — в августе англо-русские войска высадились в Хелдере с целью наступления на Бельгию и северную Францию. Как и в 1792-93 гг. Франция оказалась под угрозой вторжения.