Fra 1689 til 1713 blev de franske nybyggere konfronteret med næsten uophørlig krig under de fransk-indianske krige. Fra 1689 til 1697 kæmpede de mod briterne i den Pfalziske Arvefølekrig. Krigen mod Irokeserfødereationen fortsatte selv efter Freden i Rijswijk indtil 1701, hvor de to parter blev enige om fred. Derefter overtog krigen mod englænderne i den Spanske Arvefølgekrig. I 1690 og 1711 havde Quebec By med succes modstået angrebene fra den engelske flåde og derefter den britiske hær. Dog udnyttede briterne den anden krig til deres egen fordel. Med underskrivelsen af Utrecht-traktaten i 1713 måtte Frankrig afstå Britisk Acadia (med en befolkning på 1700 mennesker), Newfoundland og Hudsonbugten. Under Selvstændighedsrådet voksede befolkningen i kolonien hurtigere. Befolkningsvæksten var imidlertid langt underlegen i forhold til de britiske tretten kolonier mod syd. I midten af 1700-tallet havde Ny Frankrig for 60.000 indbyggere, mens de britiske kolonier havde mere end en million. Dette placerede kolonien i en stor militær ulempe mod briterne. Krigen mellem kolonierne genoptoges i 1744 og varede indtil 1748. En sidste og afgørende krig begyndte i 1754. Fransk-canadiere og franskmændene blev hjulpet af adskillige alliancer med indfødte amerikanere, men de var normalt i undertal på slagmarken.