Это было связано главным образом с тем, что в 1990 году начался массовый процесс отказа от строительства многих АЭС в СССР и странах СЭВ. Доказательства специалистов, что изготавливаемые на заводе реакторы ВВЭР-1000 надёжнее и безопаснее, чем РБМК в Чернобыле, ни к чему не привели. В частности было остановлено строительство атомных станций теплоснабжения, при строительстве которых «Атоммаш» был ранее выбран головным предприятием по производству реакторного оборудования. Завод к началу 1990—1991 годов так и не вышел на проектную мощность, а развал Советского Союза и последующее начало приватизационных реформ в стране усугубило экономическое положение завода. Так к началу 1992 года на «Атоммаше» остались невостребованными 5 ядерных реакторов с внутрикорпусным оборудованием. «Атоммаш» лишился большого количества заказов для атомной отрасли, составлявших основной объём его производства. В связи с высокой стоимостью основных фондов повысилась себестоимость продукции «Атоммаша» и снизилась конкурентоспособность. Кроме этого, на балансе завода находилось незавершенное строительство корпуса № 5, площадью более 80 тысяч м², а также большое количество объектов социальной сферы в городе Волгодонске.