En el siglo XIX, durante la estadía de Simón Bolivar en el Cusco, se creó el Colegio de Ciencias y Artes que debía concentrar todos los ramos de la enseñanza trasladándose al local del Colegio de la Transfiguración. Luego de la salida de Bolívar del Perú y la guerra que él mismo impulsó contra el Perú como presidente de la Gran Colombia, el Congreso del Perú expidió una ley del 10 de julio de 1828 restituyendo la Universidad de San Antonio Abad al Seminario de San Antonio Abad con carácter de universidad pública y funcionando ya en el antiguo local de la Universidad San Ignacio.