בשנת 1999 שוב היה סוארס שותף לשני טורנירים. בקופה אמריקה 1999 סיים עם נבחרתו במקום השלישי בפעם השנייה ברציפות בטורניר זה. בגביע הקונפדרציות 1999 הוביל סוארס כקפטן את מקסיקו לזכייה ראשונה בתולדותיה בתואר, וזכה להניף את הגביע לאחר ניצחון 3–4 בגמר על .