Кочарлинский был членом избранного в феврале 1918 года Закавказского сейма, состоял в Закавказском Центральном мусульманском совете (позже — Национальный совет Азербайджана), провозгласившем 28 мая Азербайджан независимым государством. К тому времени он занимал должность директора новообразованной учительской семинарии в городе Казах. В политической и общественной суматохе, вызванной советизацией, Кочарлинский был арестован, вывезен в Гянджу. Казнён без суда и следствия в результате ложных сведений, записанных Либерманом под диктовку Саркиса Данеляна, согласно которым Фиридун-бек обвинялся в контрреволюционной деятельности и неподчинении законам новой власти. Приговор был приведен в исполнение за подписью начального Особого управления № 7 Либермана и комиссара по особым делам Султанова. Позже Нариман Нариманов, высоко ценивший деятельность Кочарли, приказал найти и наказать виновника расстрела Кочарли.