Kesäkaudella 2006 Varis ryhtyi harjoittelemaan ammuntaa ampumahiihtoa varten mutta piti vielä toistaiseksi päälajinaan maastohiihtoa. Kilpailukieltonsa jälkeen vuoden 2006 SM-hiihdoissa Lapinlahdella Varis sijoittui takaa-ajokisassa neljänneksi. Hän ei päässyt antamaan niin sanottuja MM-näyttöjä Davosin maastohiihdon maailmancupiin, vaikka hän oli hiihtänyt Suomen kansallisissa kisoissa hyvin. MM-näyttöjen puuttuessa häntä ei valittu Sapporon MM-kisoihin, mikä johti mediassa pohdintaan, oliko Varista kohdeltu oikeudenmukaisesti, kun hänet jätettiin maailmancupjoukkueen ulkopuolelle.