Grâce à l'influence et à l'entremise de saint Raymond de Penyafort, le pape lève l'excommunication de Barbaira. Cela permet une réconciliation avec l'Église en 1247, -il se déclare défenseur de l'abbaye de Saint-Martin-Lys en Fenouillèdes en 1249-, mais pas avec la France. Son ancien compagnon, Olivier de Termes, s'était soumis la même année au roi de France Louis IX et avait pris après son retour de croisade un rôle actif dans l'établissement de la domination française en Languedoc. Barbaira devient alors son ennemi juré. Cette hostilité culmine en 1255 avec le siège de Queribus que Barbaira commandait depuis 1242 et qui, depuis la chute de Montségur onze ans plus tôt, est considéré comme le dernier bastion cathare. Barbaira doit finalement abandonner le château en échange de sa liberté. Après le traité de Corbeil, le Fenouillèdes revient à la France et Barbaira se réfugie en Roussillon. Il contracte une seconde union avec Esclarmonde de Conat avec qui il a deux enfants : une fille Élissende et un fils Chabert. Barbaira est mentionné pour la dernière fois lors du mariage du futur roi de Majorque Jacques II avec Esclarmonde de Foix en 1275. On perd ensuite sa trace.