Sota-aikana koulurakennuksessa toimi sotasairaala, mikä aiheutti muutoksia ja katkoksia koulunkäyntiin. Koelyseolaisilla oli välillä käytössä osa koulurakennuksesta, ja välillä he olivat evakossa esimerkiksi Tyttönormaalilyseossa ja Suomalaisessa Tyttökoulussa, ja 1944 osa oppilaista ja opettajista evakuoitiin välikaisesti Somerolle suur­pommitusten takia.