W kwietniu 1867 roku, Pope został mianowany gubernatorem rekonstruowanego Trzeciego Okręgu Wojskowego i założył swą główną kwaterę w Atlancie w stanie Georgia. Podejmował kontrowersyjne decyzje zezwalając Afroamerykanom być ławnikami, polecając burmistrzowi miasta – mimo upływu kadencji – pozostać na urzędzie kolejny rok i zakazując lokalnym gazetom zamieszczania ogłoszeń sprzecznych z rekonstrukcją. Prezydent Andrew Johnson zdymisjonował go 28 grudnia 1867 roku, zastępując George’em G. Meade’em.