Con la llegada al poder del presidente Juan Rafael Mora Porras en 1850, San José comenzó a cambiar su fisonomía de aldea para transformarse en urbe. Mora promovió la centralización del poder, eliminando los localismos que habían dominado los primeros años de vida independiente del país, lo que permitió la consolidación de la ciudad como centro político, económico y social de la nación. De la mano de la prosperidad económica producida por la exportación del café a Europa, aunado a la presencia de ciudadanos europeos con grandes conocimientos técnicos dentro del círculo cercano al presidente, se construyeron importantes edificaciones como el Palacio Nacional (ubicado en el sitio que ocupa actualmente el Banco Central de Costa Rica), que fue sitio emblemático de la ciudad hasta su demolición en la década de 1940. Se construyeron también el primer teatro, llamado Teatro Mora, predecesor del Teatro Nacional de Costa Rica; la Fábrica Nacional de Licores, inaugurada en 1856 (en plena Campaña Nacional de 1856-1857) y cuyas instalaciones son ocupadas actualmente por el Centro Nacional de la Cultura; y el Hospital San Juan de Dios, aún en activo y uno de los nosocomios más importantes del país.