Стал настоящим героем Того, забив 11 голов в африканской квалификации на чемпионат мира 2006 года и став её лучшим бомбардиром, благодаря чему сборная Того впервые в своей истории попала на Мундиаль. Несмотря на небольшой конфликт с руководством сборной на Кубке африканских наций 2006 года, Эммануэль Адебайор стал капитаном сборной Того. После разногласий с федерацией по поводу премиальных выгнали из сборной (по другим данным это обусловлено тем, что 8 января этого года Адебайор вместе с партнёрами по сборной Того попал под обстрел, когда автобус с командой направлялся в Анголу). В феврале 2016 года объявил о завершении международной карьеры, но спустя месяц решил вернуться в сборную.