En 1997, con la creación de la moneda nacional, el Nakfa, aparecieron tensiones económicas con Etiopía, las cuales desembocaron en una guerra de fronteras (Guerra entre Etiopía y Eritrea, iniciada en 1998), que empezó en el pueblo fronterizo de Badme. En marzo de 1999, gracias a la mediación de la OUA, de los Estados Unidos y de Ruanda, Eritrea y Etiopía aceptaron acabar con el conflicto, aunque poco después la guerra se reactivó debido a un ataque masivo de Etiopía en Eritrea (lanzado en el mismo día que las elecciones de Etiopía, el 17 de mayo de 2000). Las fuerzas de Etiopía lograron ocupar aproximadamente un cuarto del territorio eritreo, acabar con la mayor parte de la infraestructura, plantar minas en las huertas más fértiles del país y desplazar a más de un tercio de la población eritrea. La ONU intervino en el conflicto interponiendo entre las partes 4500 cascos azules como fuerza de paz. El 12 de diciembre de 2002 se llegó a un acuerdo en Argelia, en el que se encargaba a la ONU la delimitación de fronteras. En abril de 2002, el Tribunal Internacional de Justicia de La Haya estableció los fronteras definitivas entre los dos países, condenando a Etiopía al pago de más de $800 millones de dólares en compensación a Eritrea por los daños causados. La resolución fue aceptada por Eritrea, pero rechazada por Etiopía. Por lo tanto, los cascos azules de la ONU siguen patrullando la frontera y persiste la amenaza de guerra.