Under anden verdenskrig kæmpede malagasy-tropper i Frankrig, Marokko og Syrien. Umiddelbart før Frankrigs fald gik Tyskland i gang med at planlægge deportation af alle Europas jøder til Madagaskar, kendt som Madagaskarplanen. Planen blev aldrig sat i værk. Efter Frankrigs overgivelse til Tyskland administrerede Vichy-regeringen Madagaskar. Britiske tropper besatte den strategisk placerede ø i 1942 for at forhindre, at den ville blive besat af Japan. Storbritannien overdrog øen til de Frie Franske Styrker i 1943.