У XIII стагоддзі крыжакі, задушыўшы супраціўленне эстаў, уключылі гэтыя землі ў склад Лівонскага ордэна. З гэтага часу немцы на працягу некалькіх стагоддзяў займалі ў Эстоніі ключавыя пазіцыі ва ўладных структурах, культуры, эканоміцы і г. д. У XVI стагоддзі Эстонія прайшла эпоху Рэфармацыі, таму з гэтага часу асноўнай рэлігійнай канфесіяй на яе тэрыторыі стала пратэстанцтва. У тым жа стагоддзі паводле вынікаў Лівонскай вайны паўночная Эстонія ўвайшла ў склад Швецыі, а яшчэ праз паўстагоддзя таксама ў Швецыю была ўключана і паўднёвая Эстонія.