Nimi Debre Tabor viittaa Raamatun Taborinvuoreen. Alun perin nimi viittasi nykyisen kaupoungin viereiseen kukkulaan. Kukkulalla on puukaiverroksistaan tunnettu Yesuksen (Jeesus) kirkko. Paikan nimi mainitaan historiallisissa lähteissä ensimmäisen kerran Lebne Dengelin valtakaudella 1500-luvulla. 1700-luvulla Debre Tabor oli uuden hallitsijadynastian perustaneen Ali Gwangulin tukialuetta. Varsinaisen kaupungin perusti kuitenkin Ras Gugsa Mesa, Bagemderin oromohallitsija 1800-luvun alussa. Hänen jälkeensä Debre Taborista käsin hallitsivat hänen kolme poikaansa, joista kuuluisin oli vuonna 1831 valtaistuimelle nostettu Alula Qubi. Myöhemmin ebre Tabor toimi koko Etiopian pääkaupungin tavoin. Tewodros II päätyi kuitenkin evakuoimaan ja polttamaan sen brittien hyökäyksen uhatessa maata vuonna 1867. Valtakeskus siirtyi helpommin puolustettavaan Gondariin. Yohannes IV teki Debre Taborista myöhemmin vielä hetkeksi pääkaupunkinsa, kunnes hänkin siirsi valtakeskuksena, tällä kertaa Mekeleen nykyisen Tigrayn alueella.