Em 25 de março de 2009, Aubameyang foi selecionado para a Seleção do Gabão  e fez sua estréia na equipe. Ele marcou seu primeiro gol em uma vitória por 3 a 2 sobre o Marrocos, depois marcou um gol em amistosos contra Benin, Togo, Argélia e Senegal, no ano seguinde, disputou a Copa das Nações Africanas de 2010. Aubameyang foi um membro importante da sua Seleção que chegou às quartas de final da e Copa das Nações Africanas de 2012 como co-anfitriões da competição. Ele marcou três gols no total, terminando o torneio como um dos artilheiros.