Родился в 1929 году в селе Благодатном Амвросиевского района Донецкой области в семье шахтёра Антона Дмитриевича Денисенко (1903—1943) и его жены Мелании Кирилловны. Дед погиб во время голода на Украине, а отец — в годы Великой Отечественной войны. Смерть отца оказала большое влияние на мировоззрение Михаила и его выбор стать священником.