Müller pelasi Sveitsin jalkapallomaajoukkueessa vuosina 1998–2008 yhteensä 81 maaottelua, joissa teki kolme maalia. Hän pelasi Portugalin EM-kisoissa 2004, Saksan MM-kisoissa 2006 ja Sveitsin &amp; Itävallan EM-kilpailuissa 2008 Sveitsin kaikki kymmenen ottelua.