Der Administration hatte zwei Fachkommissäre als Ressortleiter und eine Kanzlei, die aus mehreren Kanzleibeamten bestand. Kriegskommissär wurde Franz Sigmund Graf von Lamberg, ein Vetter des Passauer Fürstbischofs Johann Philipp Kardinal Graf von Lamberg. Johann Friedrich Graf von Seeau war der Fachkomissär für die Finanzen. Das Oberkommando über die in Bayern stationierten Truppen führte Feldmarschall Johann Franz Graf von Gronsfeld. Sein Verhältnis zur Zivilbevölkerung war laut Christian Probst von Anfang an schlecht. Die aus den Unterdrückungsmaßnahmen der kaiserlichen Truppen resultierende Bayerische Volkserhebung von 1705/6 wurde in der Sendlinger Mordweihnacht 1705 und der Schlacht von Aidenbach am 8. Januar 1706 blutig niedergeschlagen.