11 февраля 1993 г. президент США Билл Клинтон назначил её на должность Генерального прокурора, 11 марта Сенат подтвердил это назначение. Занимала свой пост все восемь лет президентского срока Клинтона, до 2001 г. На этом посту приняла решения об изменении правила проведения опросов очевидцев и лабораторных протоколов, повышающих роль ДНК-тестирования. В этот период министерство юстиции было активным участником следующих ключевых событий: Осады «Маунт Кармел», рассмотрение иска против компании Microsoft за нарушение антимонопольного Акта Шермана (министерство юстиции заявило, что Microsoft объединяет свой браузер с операционной системой, чтобы снизить конкуренцию с другими производителями браузеров), судебное преследование экстремистской организации «Свободные люди Монтаны», арест и осуждение Теодора Казински и ряда других.