Algunos años más tarde, la crisis política que dividía al país, sumada al obstruccionismo de la oposición y al apoyo recibido por esta de Estados Unidos provocó el Golpe Militar en 1973. Varios miembros del Partido Demócrata Cristiano, entre ellos Aylwin, manifestaron su apoyo a la llegada de los militares al poder, aduciendo que el golpe castrense restablecería la normalidad institucional y con ella, la paz y unidad entre los chilenos. A poco andar se hizo evidente que el nuevo régimen no sería transitorio y que entre sus pretensiones estaba la implantación de una nueva institucionalidad que no permitiría la existencia de partidos políticos. Sumado a lo anterior, las violaciones a los derechos humanos iniciadas inmediatamente tras el golpe, impulsaron a Aylwin a participar de distintas agrupaciones tendientes a recuperar la democracia. Especial importancia adquirió en este contexto, el año 1976, cuando el Partido Demócrata Cristiano se reunió para articular una importante fuerza de oposición a la dictadura.