ב-1919, כשנתיים לאחר מהפכת אוקטובר, ברח טרכטנברג לגרמניה מכיוון שהתנגד לקומוניזם וחשש לחיו. הוא הגיע לברלין ועבד שם כעורך בהוצאת מגזינים וכתב ספר על התעשייה הרוסית. הוא התנגד לעלייתו של אדולף היטלר לשלטון ולרעיונות הנאצים, ומחשש לשלומו עקר לווינה עם אשתו, שם עבד במגזין מדע. לאחר סיפוח אוסטריה לגרמניה נעצר ונשלח למאסר. הוא הצליח לברוח ליוגוסלביה עם אשתו והסתתר שם, אולם כעבור זמן קצר נתפס על ידי הגרמנים ונשלח למחנה ריכוז.