Ya bajo la dictadura de Pedro Eugenio Aramburu, Peña se embarcó en dos proyectos de largo aliento, "El imperialismo y la industrialización de los países atrasados" e "Historia del Pueblo Argentino", de los que en vida sólo publicó algunos fragmentos. En 1957, de nuevo junto a Moreno, Peña fundó y dirigió la revista "Estrategia de la liberación nacional y social" (1957 - 1958), en la que publicó varias notas con seudónimo, así como adelantos de sus trabajos inéditos, y desde la que sostuvo una fuerte polémica con Jorge Abelardo Ramos. En la revista también colaboraron nombres como Silvio Frondizi, Rodolfo Puiggrós, Luis Franco, Carlos Astrada y Enrique Rivera. La revista duró poco, ya que un año más tarde Peña volvió a distanciarse de Moreno, al mismo tiempo que, a pedido de una agrupación estudiantil, dictó un curso de "Introducción al pensamiento de Marx" en la Facultad de Ingeniería. A partir de 1960, participó junto con Daniel Speroni de otras dos revistas de efímera duración, "Liberación nacional y social" (1960 - 1961) y "Revista de Liberación" (1963 - 1964), donde publicó un análisis crítico del 17 de octubre de 1945, jornada fundacional del peronismo, y sus "16 tesis sobre Cuba", en las que discutió con Moreno sobre la proyección de la revolución cubana en el resto de Latinoamérica.