Knox életének utolsó tizenkét évét a skót reformáció győzelmének szentelte. Knox a kálvini modellt ültette át szülőhazájának viszonyaira: az egyházat a hívők önkormányzata, azaz a presbitérium vezette. Röviddel halála előtt még hírül vette a Szent Bertalan-éji mészárlást, és betegen ugyan, de dörgedelmes prédikációt intézett a "kegyetlen gyilkos és gaz áruló francia király" (IX. Károly) ellen. Amikor hatvanhét éves korában elhunyt, az egész ország meggyászolta.