Als die Kreuzfahrer unter Tankred von Tarent im Rahmen des Ersten Kreuzzugs 1099 Galiläa erobert hatten, bildete Banyas die natürliche Grenze zum muslimischen Gebiet. Die muslimischen Herrscher befestigten die Stadt Banyas sowie die 2 km weiter östlich liegende Festung Nimrod. Als die Muslime wegen internen Streitigkeiten geschwächt waren, verloren sie Banyas 1129 erstmals an die Kreuzfahrer. Diese machten Banyas zu einer eigenständigen Herrschaft im Königreich Jerusalem. In der Folgezeit wechselte der Besitz der Stadt häufiger zwischen den Kreuzfahrern und syrischen Muslimen. Zuletzt 1164 wurde die Stadt von syrischen Muslimen unter Nur ad-Din erobert, 1176 gewannen die Kreuzfahrer sie wieder zurück. Nach Saladins Sieg über die Kreuzfahrer 1187 besetzte er auch Banyas, das nun nicht mehr an der Grenze lag und seine strategische Bedeutung verlor. In den 1250er Jahren versuchten die Kreuzfahrer letztmals und erfolglos Banyas zurückzuerobern. Die Mamluken gaben die Festung und die Stadt später auf, die daraufhin von kriegerischen Beduinenfürsten übernommen wurde. Die Stadt schwand wieder zu einem unbedeutenden Dorf, was es bis zur israelischen Eroberung im Sechstagekrieg 1967 blieb.