פראוטי גויס לצבא ארצות הברית בשנת 1942 בעת מלחמת העולם השנייה. בתחילה שירת באוגדת שריון כמפקד טנק ולאחר מכן הוצב לחיל האוויר האמריקאי, עבר קורס טיס ובנובמבר 1942 הוענקו לו כנפי טייס. בפברואר 1943 הגיע עם יחידתו למערב אפריקה כטייס בפיקוד התובלה. בקיץ אותה שנה נתמנה לטייס האישי של מספר גנרלים ובהם הגנרל עומר בראדלי, מי שהיה מקציני הצבא האמריקנים הבכירים בזירות צפון אפריקה ואירופה. באוקטובר 1943 הגיע לערב הסעודית למטרת סקר גאולוגי של אוצרות הנפט שנועד לצורך הצגתו בועידת קהיר. השתתף כאיש צבא בוועידה זו ובועידת טהראן.