בשנת 1776 כבשו את העיר צבאות "מוחמד בֶּךּ אבו דהב" הממלוכי, וטבחו בתושביה. לאחר מכן השתקמה העיר, עד שצר עליה נפוליאון ב-1799, במהלך מסעו בארץ ישראל. לאחר כיבוש העיר הורה נפוליאון לטבוח בחיילים הטורקים, שנכנעו ורוכזו על חוף יפו. 2,440 שבויים, בהם מושל העיר, אגא עבדאללה, הוצאו להורג. מגיפות שפרצו בשל אי-קבורת הגופות הפילו חללים רבים בקרב תושבי העיר הנותרים ובקרב חיילי נפוליאון, ונפוליאון הורה להמית כל חייל שנדבק במגפה כדי למנוע את התפשטותה.