Pero mientras el equipo de Talcahuano tenía una mala campaña, la Copa Chile 2013-14 se cruzó en el camino. Compartió el Grupo 2 donde había solo clubes de la VIII Región del Bíobío que eran Universidad de Concepción, Naval de Talcahuano y Lota Schwager, empezó ganándole 1-0 a Naval de Talcahuano, luego tuvo 3 tropiezos consecutivos debido a empates 1-1 (en Concepción y en Talcahuano) contra el Campanil, después empató sin goles contra Lota Schwager de local, después le volvió a ganar a los navalinos 1-0 pero de visita (el que es hasta la fecha el último Clásico Chorero) y finalmente empató nuevamente ante Lota Schwager esta vez 1-1 por lo que clasificó segundo de grupo detrás de la UdeC. En octavos se enfrentó a Deportes Concepción jugando los dos encuentros en el Estadio CAP debido a que el Estadio Municipal de Concepción estaba siendo demolido para ser posteriormente remodelado para la Copa América Chile 2015 empatando 0-0 en la ida y empatando 1-1 en la vuelta forzando una definición a penales.