1990年6月到1994年12月，吴长富任大连陆军学院副院长。1994年12月到1996年12月，任中国人民解放军陆军第十六集团军副军长兼参谋长。1996年12月到2000年7月，任中国人民解放军陆军第十六集团军副军长。1998年，吉林省西部发生特大洪灾，副军长吴长富奉命担任吉林省防汛副总指挥，率部队在抗洪抢险一线奋战。