À partir de janvier 2009, une crise politique entre le maire de la capitale Andry Rajoelina et le président Marc Ravalomanana fait une centaine de victimes. Le 16 mars 2009, le président Marc Ravalomanana démissionne. Il transfère les pleins pouvoirs à un Directoire militaire composé des plus hauts gradés de l'Armée malgache, en lieu et place du président du Sénat comme le prévoyait la constitution, lequel directoire (re)transfère le jour même le pouvoir à Andry Rajoelina. Cette prise de pouvoir, validée par la Haute Cour Constitutionnelle malgache (HCC), est toutefois considérée par une grande partie de la Communauté internationale comme un coup d'État. Du 17 mars 2009 au 25 janvier 2014, Andry Rajoelina dirige l’État malgache sous le régime de la Transition.