Après un peu de repos et un match d'exhibition pour le départ à la retraite de son ami Jarkko Nieminen, Roger a rendez-vous avec le Masters de fin d'année. Il se retrouve en poule A : avec Novak Djokovic, Tomáš Berdych et Kei Nishikori. Pour son premier match il bat Tomáš Berdych (6-4, 6-2). Ensuite Roger prend le dessus sur Novak Djokovic avec la manière (7-5, 6-2) et met fin à une série de 38 victoires en indoor de ce dernier. Federer est du coup qualifié pour les demi-finales. Il retrouve pour son dernier match de poule Kei Nishikori, sans enjeu. Il le bat en perdant un set pour la première fois depuis le début du tournoi (7-5, 4-6, 6-4). Il est invaincu dans les phases de poule et est premier de sa poule pour la en 14 participations. Il bat ensuite, comme l'année précédente, son compatriote Stanislas Wawrinka en demi-finale (7-5, 6-3) en 1 h 10 et atteint ainsi la finale de cette compétition pour la . En finale Roger Federer perd contre Novak Djokovic (3-6, 4-6) en 1 h 20 de jeu dans un match dominé de bout en bout par le Serbe qui a obtenu neuf balles de break contre seulement deux pour le Suisse qui ne les a pas converties.