Islamilaisen vallankumouksen jälkeen ajatollah Khomeini nimitti Bazarganin tasavallaksi muuttuneen Iranin väliaikaisen hallituksen ensimmäiseksi pääministeriksi 5. helmikuuta 1979. Bazargan ja hänen hallituksensa edustivat islamilaisen vallankumouksen liberaalia siipeä, joka halusi Iranista kansansuvereniteettiin perustuvan tasavallan eikä uskonoppineiden hallitsemaa teokratiaa. Khomeinin kannattajat saivat kuitenkin enemmistön perustuslakia säätävään kansalliskokoukseen, jossa hyväksytty Iranin perustuslaki asetti hengellisen johtajan muiden valtioelinten yläpuolelle. Bazarganin hallitus kaatui lopulta Iranin panttivankikriisin puhkeamiseen. Khomeinin asetuttua tukemaan Yhdysvaltain Teheranin-lähetystöä miehittäneitä radikaaleja opiskelijoita Bazargan erosi 6. marraskuuta 1979.