El-Ouaer pelasi pitkään maajoukkueessa ollen mukana jo 1980-luvulla pelatessaan vuonna 1985 alle 20-vuotiaiden MM-kisoissa Jerevanissa. Hän oli myös vuoden 1996 kesäolympialaisissa, jossa el-Ouaer pelasi joukkueensa kaikki kolme ottelua. Lisäksi hän edusti maataan kerran jalkapallon maailmanmestaruuskilpailussa vuonna 1998. El-Ouaer oli edustaa maataan vuoden 2002 jalkapallon maailmanmestaruuskilpailussa, mutta ilmoitti neljä viikkoa ennen kisoja lopettavansa uransa selkävaivojen vuoksi. Hän pelasi maajoukkueessa yhteensä 101 ottelua.