Les premiers documents historiques qui mentionnent les Poncas sont de 1804 lorsque Lewis et Clark les rencontrent en remontant le Missouri durant leur expédition vers l’océan Pacifique. Ils trouvent une tribu d’une population de 200 individus qui a subi de lourdes pertes à cause de la variole transmise par les marchands de fourrures. Les Poncas ne sont pas les seules tribus amérindiennes touchées. À cette époque les autorités espagnoles de Saint-Louis ordonnent à tous les marchands de fourrures de rentrer chez eux afin qu’ils se mettent en quarantaine. De plus les attaques sioux, surtout des Brûlés qui sont estimés à dont 800 guerriers, sont régulières et continuent de décimer la tribu. En 1824, tous les chefs poncas sont tués en une seule attaque par leurs ennemis Lakotas.