Среди других «деликатных» мероприятий Департамента полиции МВД, за которые отвечал Комиссаров в этот период, следует отметить печатание погромных антисемитских прокламаций, осуществлявшееся в тайной типографии в здании департамента полиции. Руководство М. С. Комиссаровым тайной типографией явилось предметом специального рассмотрения на заседании Государственной думы I созыва при расследовании обстоятельств Белостокского погрома. Широкая огласка данного обстоятельства не помешала последующей карьере М. С. Комиссарова.