Bajo el Sudán anglo-egipcio, la mayor parte de Ecuatoria se convirtió en una de las ocho provincias originales. La región de Bahr el Ghazal se separó de Ecuatoria en 1948. En 1976, Ecuatoria se dividió aún más en las provincias de Ecuatoria Oriental y Occidental. La región se ha visto afectada por la violencia durante la Primera y la Segunda guerra civil sudanesa, así como por las insurgencias anti-ugandesas con base en Sudán, como el Ejército de Resistencia del Señor y el Frente de la Ribera del Nilo Occidental.