Ibrahimović deltog inte i landslaget under hösten och vintern 2006/07 efter att ha blivit hemskickad från en landslagssamling i september 2006. Orsaken var att han tillsammans med lagkamraterna Christian Wilhelmsson och Olof Mellberg kommit till hotellet senare än bestämt och därmed brutit mot svenska landslagets regler. Ibrahimović tackade nej till landslagspel i EM-kvalmatcherna mot Island och Spanien. I mars 2007 återanslöt sig Ibrahimović till landslaget. Under året säkrade laget avancemang till EM. Ibrahimović belönades senare med Guldbollen och Jerringpriset 2007 för sina insatser i Inter och landslaget.