Po przeniesieniu do Wirginii dowodził 1 Dywizją Armii Konfederacji, a od stycznia do marca 1862 Armią Zachodu, od 4 marca do 20 czerwca 1862 był komendantem Dystryktu Trans-Missisipi. 6–8 marca 1862 dowodził siłami Konfederacji w bitwie pod Pea Ridge przegraną przez Konfederatów, a w kwietniu i maju 1862 u boku gen. Pierre’a G.T. Beauregarda brał udział w oblężeniu Corinthu, które skończyło się wycofaniem Konfederatów. Od 2 czerwca do 1 października 1862 był komendantem departamentu Dystryktu Missisipi, następnie departamentu Missisipi i Wschodniej Luizjany i dowódcą 1 Korpusu Armii tego departamentu, w styczniu 1863 dowodził dywizją kawalerii tego departamentu, a 25 lutego 1863 objął dowództwo Armii Tennessee, które sprawował do śmierci. Latem 1862 skutecznie bronił Vicksburga przez armią Unii, jednak wraz z gen. Johnem C. Breckinridge’em przegrał bitwę pod Baton Rouge.