Notonegoro merupakan sosok yang sangat peduli terhadap masalah sosial dan politik global. Sewaktu ia sekolah di SMA Negeri 3 Yogyakarta Padmanaba, situasi politik di Timur Tengah yang menghangat membuatnya tertarik mengikuti dinamika politik internasional saat itu. Itu sebabnya ia lalu memutuskan untuk mengambil jurusan Hubungan Internasional di Universitas Gadjah Mada saat beranjak kuliah pada tahun 1992. Dia mengambil jurusan ini karena tertarik pada isu-isu global dan organisasi internasional. Di sini, dia mengambil spesialiasi di bidang "Negosiasi dan Resolusi Konflik.”