בערך בשנת ה'תקפ"ג נישא בשנית לשיינדל, בתו של רבי ישראל משקלוב, ונולדו לו ממנה ילדים נוספים. לאחר רעידת האדמה בצפת (1837) (ה'תקצ"ז) עמד עם רבי אריה מרכוס (נאמן) בראש משלחת הצלה. לאחר פטירת חמיו בט' בסיוון ה'תקצ"ט התמנה ברדקי לראש הקהילה האשכנזית בירושלים, אולם בשל סכסוכים בהנהגת העדה הוחלט על דעת שני הצדדים למנות תחתיו את רבי משה ריבלין שכיהן בתפקיד עד לפטירתו ב-1846.