У 1941 році в результаті окупації Югославії гітлерівськими військами велика частина Вардарської Македонії була захоплена Болгарією, а решта районів — Італією. У жовтні 1941 р. почалася визвольна боротьба у Вардарській Македонії, що стала складовою частиною загальноюгославського національно-визвольного руху. У 1943 р. на 2-й сесії Антифашистського віча народного визволення Югославії було прийнято рішення, що майбутня держава будуватиметься як демократична федерація рівноправних народів, в тому числі і македонців. У 1944 році Македонія була остаточно звільнена від нацистських окупантів.