新中国成立后，时任广东省政府主席叶剑英任命麦蕴瑜为珠江水利工程总局顾问，后又任广东省水利厅、广东省水利水电厅总工程师。1958年广东水利电力学院创建时，麦蕴瑜兼任院长；1962年广东水利电力学院与中南科学技术学院合并成立广东工学院，麦蕴瑜专职担任院长。1964年麦蕴瑜带领广东工学院近百名学生参加东深供水工程建设。文革期间，麦蕴瑜在广东工学院院长任上被打倒，关入牛栏，揪斗数月，后来一直靠边站直至1972年被迫退休。