W czasie II wojny światowej w wyniku paktu Ribbentrop-Mołotow i agresji ZSRR na Polskę w 1939 r. w Czernawczycach ustanowiono władzę radziecką (okres „pierwszych sowietów” od 1939 do 1941). Jednak po ataku Niemiec na ZSRR znalazły się pod okupacją hitlerowską. Ofiarą terroru okupanta padła miejscowa ludność, szczególnie Żydzi, stanowiący przed wojną większość mieszkańców. Egzekucje miały miejsce już po wkroczeniu wojsk niemieckich. Prawdopodobnie w Czernawczycach utworzono getto przejściowe, a następnie ludność żydowską przesiedlono do getta w Brześciu, gdzie została ona wymordowana. Zniszczono wówczas także synagogę.