Морси става един от активните участници в организацията Мюсюлманско братство. През 2000 – 2005 г. е депутат в египетския парламент, избран като независим кандидат, тъй като Мюсюлманското братство няма право да издига кандидати. По време на Египетската революция в началото на 2011 г. Мюсюлманското братство създава Партията на свободата и справедливостта и Мохамад Морси става неин пръв председател.