Папа Павел IV пытался, как и его предшественники, положить конец господству испанцев в Италии, призвав туда французов в 1556 году. Он даже отлучил от церкви императора Карла V и Филиппа, однако когда испанские войска вошли в Рим в 1557 году, был вынужден примириться с ними. Так военно-политическое могущество дало королю возможность господствовать над церковью в Испании и противодействовать интересам папы. Король присвоил себе право выдвигать кандидатов на епископство и тем самым оказывать существенное влияние на церковь, нередко конфликтуя на этой почве с папами. Он настоял на праве испанских судов не апеллировать к папе по церковным делам и на полной независимости от папы испанской инквизиции. Филипп реформировал испанскую структуру церковных епархий, разделив Кастилию на 5 архиепископств и 30 епископств, а Арагон соответственно — на 3 архиепископства и 15 епископств. В незатронутой Реформацией Испании, вызвавшейся распространить христианство в Новом Свете, а также укрепить католическую реформу и Контрреформацию в Европе, духовенство, поддерживаемое королём Филиппом, излучало мощные импульсы к созданию мировой католической церкви.