Wiosną 1998 roku Vandegrifta przebazowano z San Diego do Yokosuki, gdzie wszedł w skład grupy bojowej lotniskowca USS Kitty Hawk. Po 11 września 2001 roku wysłano go na wody Malakki, gdzie miał zapewniać bezpieczeństwo statkom podróżującym tą najbardziej uczęszczaną drogą wodną świata. Wkrótce wziął też udział w operacji Iraqi Freedom, eskortując jednostki transportowe w cieśninie Ormuz; przechwycił także dwa irackie stawiacze min.