Управление организовывало несколько миссий в оккупированную Чехословакию, на территории которой образовались прогерманские Протекторат Богемия и Моравия (часть Третьего рейха) и Первая Словацкая республика (марионеточное государство). Самой успешной оказалась операция «Антропоид», в ходе которой в Праге был ликвидирован обергруппенфюрер СС Рейнхард Гейдрих. С 1942 по 1943 годы в деревне (графство Букингемшир) действовала школа агентов УСО. В 1944 году агенты УСО отправились на помощь Словацкому национальному восстанию.