1807 wurde von Tschiderer, zu seiner großen Überraschung, durch den König von Bayern mit 30 Jahren als Professor für Moral- und Pastoraltheologie nach Trient berufen. Dort hatte er keinen leichten Stand, da der Rektor und andere Professoren Anhänger der Aufklärung und des Josephinismus waren. Im Tiroler Volksaufstand 1809 nahm er sich in Trient besonders der vertriebenen Priester aus dem Vinschgau und Meran an. Seine Liebenswürdigkeit und seine Vorlesungen begeisterten die Studenten, außerdem war er ein gesuchter Beichtvater.