После ухода Кастильи в стране воцарились общественные беспорядки, коррупция и рост государственного долга, которые продлились 10 лет. Во второй половине XIX века Перу было вовлечено в две войны. Первая тихоокеанская война 1864—1866 годов началась, когда Испания попыталась вернуть власть в Перу, которая на тот момент не могла выполнить свои финансовые обязательства. В 1879 году был подписан мирный договор, после того, как объединённые силы Перу, Чили, Эквадора и Боливии одержали победу над испанцами в ряде морских сражений. Испания наконец признала независимость Перу.