Mimo swoich bliskich związków z administracją prezydenta George’a W. Busha, po obaleniu reżimu Saddama Husajna poróżnił się z przywódcami amerykańskimi i nie powierzono mu najwyższych stanowisk w nowym rządzie irackim. Al-Dżalabi pełnił przez pewien czas stanowisko przewodniczącego Tymczasowej Irackiej Rady Zarządzającej (rotacyjne), był w niej również ministrem finansów. W maju 2003 stanął ponadto na czele komisji koordynującej eliminowanie z życia politycznego działaczy zdelegalizowanej partii Baas – debasyfikację. W 2004 Amerykanie podejrzewali go o przekazywanie irańskiemu Korpusowi Strażników Rewolucji Islamskiej kluczowych informacji dotyczących funkcjonowania państwa irackiego lub wprost o szpiegostwo na rzecz Iranu. Wstrzymano wówczas finansowanie kierowanej przez niego organizacji.