W reprezentacji Niemiec Thom zadebiutował 19 grudnia 1990 roku w wygranym 4:0 towarzyskim pojedynku ze Szwajcarią, w którym zdobył także gola. W 1992 roku został powołany do kadry na Mistrzostwa Europy. Zagrał na nich tylko w przegranym 0:2 finale turnieju z Danią.