В 1799 году генерал Макдональд возвел его в чин бригадного генерала на поле битвы при Треббии против войск Суворова. 17 июня 1800 года при переправе через Дунай бригада Пюто захватила 4500 пленных, 28 орудий и обоз. 11 июля того же года Пюто возглавляет штыковую атаку трёх батальонов, с которыми взял город Фюссен, 1 000 пленных и семь орудий. 29 ноября 1800 года, переправившись через одну из рек в Тироле, он взял 900 пленных и захватил девять орудий. На следующий день он сражается под стенами Зальцбурга, и вновь с немалым успехом.