Môn bóng đá nam tại Đại hội Thể thao Đông Nam Á 1999 diễn ra từ ngày 30 tháng 7 đến ngày 14 tháng 8 năm 1999 tại thủ đô Bandar Seri Begawan, Brunei. Lần đại hội này không có bóng đá nữ.