Im November 1944 erhielt er den Auftrag, eine Spezialeinheit zur Partisanenbekämpfung in der Slowakei aufzubauen. Dort war soeben der slowakische Nationalaufstand gescheitert, und viele Armeeangehörige hatten sich den Partisanen angeschlossen. Die Einheit, über die Thun-Hohenstein das Kommando erhielt, trug die Bezeichnung Abwehrgruppe 218 „Edelweiß“. Sie war rund 300 Mann stark und bestand aus Slowaken, Kaukasiern, Kosaken und Deutschen. Thun-Hohenstein verwandte für sich den Tarnnamen „Benesch“ wegen seiner Ähnlichkeit zum Präsidenten der tschechischen Exilregierung Edvard Beneš.