Олимпийский сезон 2013—2014 Липницкая начала с победы на турнире в Финляндии, опередив японку Акико Судзуки, а в октябре победила на канадском этапе Гран-при среди одиночниц в Сент-Джонсе. В декабре заняла второе место в финале Гран-при, уступив только Мао Асаде. Стала второй и на российском чемпионате, допустив небольшую помарку в короткой и недокрут в произвольной программе. На своем первом чемпионате Европы в 2014 безоговорочно победила, впервые среди российских одиночниц за восемь лет, на 7,36 балла обойдя соотечественницу Аделину Сотникову и пятикратную чемпионку Европы Каролину Костнер. В произвольной программе исполнила сложные каскады тройной лутц — тройной тулуп и двойной аксель — тройной тулуп, за финальные три элемента максимальных уровней судьи выставили 17 высших надбавок +3, а один из судей даже поставил максимальную оценку 10,00 за компоненты программы. На этом чемпионате Европы Липницкая удостоилась второй в истории женского одиночного фигурного катания суммы баллов (209,72) после результата кореянки Ким Ён А (228,56) на Олимпийских играх 2010 года в Ванкувере. Липницкая также была самой молодой участницей (15 лет).