Ayrıca Anelka, Fransa ile birlikte 2000 Avrupa Kupası şampiyonluğu yaşamış ve final maçında ilk 11'deki yerini almıştır. İlk 11'in vazgeçilmezi olan Anelka, zamanın Fransa millî futbol takımı hocası Jacques Santini ile sorunlar yaşamış ve uzun bir süre millî takım formasını giyememiştir.