Во время Гражданской войны, в сентябре 1919 года Г.И. Шерстюка мобилизовали в Добровольческую армию, однако служить у белогвардейцев он не захотел, дезертировал, в октябре 1919 года собрал партизанский отряд и присоединился к 1-му сводному повстанческому полку Повстанческой Красной дивизии, в декабре 1919 года отряд влился в 366-й стрелковый полк 41-й стрелковой дивизии. Занимал должности адъютанта 1-го сводного повстанческого полка, затем — комендант стрелкового полка, командир роты, адъютант стрелкового полка. Воевал против армии А. И. Деникина на Южном фронте, затем на Юго-Западном фронте с войсками УНР, участвовал в Советско-польской войне (был ранен), затем сражался с отрядами Н. И. Махно и различными бандами на территории Украины.