За сборную США Ли Нгуен дебютировал 2 июня 2007 года в товарищеском матче со сборной Китая. Участвовал в Копа Америка 2007, сыграв на турнире в матчах против команд Парагвая и Колумбии. Тренер сборной, Юрген Клинсманн, вернул Нгуена в сборную в 2014 году.