En octubre del año siguiente (1972) se realiza el Segundo Congreso del MAPU, donde triunfa ampliamente el sector encabezado por Eduardo Aquevedo y Kalki Glauser, sector representativo de una línea marxista independiente de los bloques internacionales y muy crítico de la URSS. Esto le valió fuertes cuestionamientos del PCCh y de sectores del PS. En este Congreso se elige a Óscar Guillermo Garretón, a propuesta de Eduardo Aquevedo, y este último quedó de primer subsecretario general. Al final del gobierno de Allende (marzo de 1973) el Mapu se divide en 2 corrientes: el MAPU propiamente tal, que se declaró marxista-leninista y más radicalizado liderado por Óscar Guillermo Garretón y Eduardo Aquevedo y el MAPU Obrero Campesino (MAPU/OC o MOC), de tendencias más moderadas y afines al Partido Comunista, liderado por Jaime Gazmuri y Enrique Correa. Ambos sectores siguen participando de la UP hasta el golpe de septiembre de 1973. En ese entonces su sede nacional estaba ubicada en Santa Lucía 162, posteriormente ocupada como centro de detención y tortura de la dictadura militar.