Nel 2001 è stato convocato da Louis van Gaal nella nazionale Under-20 per il Mondiale di categoria in Argentina, dove Huntelaar ha disputato quattro delle cinque gare dei Paesi Bassi (3 nella fase a gironi e i quarti di finale, dove i Paesi Bassi sono stati eliminati dall'Egitto) segnando 2 gol nella fase a gironi contro Etiopia e Angola.