Реорганизация дивизии была связана с большими трудностями из-за разбросанности её частей по разным театрам военных действий и затянулась по времени ввиду участия 1-го, 2-го и 4-го полков в тяжёлых боях на территории Югославии, в ходе которых они были частично уничтожены. Артиллерийские и все другие подразделения пришлось формировать заново. Переформирование дивизии проводилось в Бадене в октябре — ноябре 1944 года. При этом основная часть дивизии (1-й и 2-й полки) оставалась в качестве боевой группы на позициях севернее Осиека (на правом берегу Дуная от устья реки Драва до села ). Здесь ей довелось принять участие в Батинской битве и затем до начала декабря отступать в Южной Венгрии. 3-й полк, дислоцировавшийся в Италии, был между тем расформирован и распределён по горнопехотным соединениям, а также в состав созданного отдельного пулемётного батальона, подчинённого фельдмаршалу Кессельрингу. Личный состав 4-го полка был разделён преимущественно во 2-й и частью в 1-й моторизованные полки «Бранденбург». Создание танкового и разведывательного батальонов было отложено на будущее. После участия в боях в Южной Венгрии в ноябре — начале декабря дивизия была переправлена в период 12—20 декабря для пополнения в Восточную Пруссию. Там 20 декабря 1944 года последовало объединение моторизованной дивизии «Бранденбург» с дивизией «Великая Германия» в танковый корпус «Великая Германия». Во время транспортировки из Восточной Пруссии в Силезию в январе 1945 года дивизию задействовали под Кутно против прорвавших фронт на Висле советских войск. Поскольку она понесла большие потери, в феврале потребовалось её переформирование и пополнение. 10 марта соединение вернулось на фронт в виде моторизованного полка «Бранденбург». В конце войны его личный состав сдался в плен советским войскам в Чехии в районе города Гавличкув-Брод.