Efter Dansk-tyska kriget 1864 blev Aabenraa som det övriga Sønderjylland fram till Kongeå övertaget av Österrike och Preussen. År 1866 blev staden en del av en provins i Preussen. Den dansk-nationella rörelsen under ledning av H.P. Hanssen fick ett starkt fäste i staden under 1890-talet, då dennes tidning (Heimdal) utgavs här. I folkomröstningen om Slesvig 1920, som tillkom efter Versaillesfreden, röstade 55% av stadens befolkning för att tillhöra Tyskland, men då det var slutresultatet för hela röstningszonen som gällde, kom Aabenraa som det övriga av det nuvarande danska Sønderjylland tillbaka till Danmark 10 februari 1920.