בין המבצעים שתכנן פאגלין היו פיצוץ המפקדה הבריטית במלון המלך דוד, פיצוץ מועדון הקצינים "בית גולדשמידט" בירושלים והפריצה לכלא עכו לשחרור אסירי המחתרות שהיו כלואים בו. הוא נמנה עם הצוות המצומצם שהוציא להורג (כביצוע גזר דין מוות של ביה"ד של המחתרת) את שני הסמלים הבריטים בנתניה, כתגובה על תליית חברי אצ"ל על ידי הבריטים. כמו כן עמד בראש התכנון של התקפת האצ"ל על יפו ופיקד עליו בפועל, וגם על הניסיון לכיבוש רמלה.