Su posición de plaza fortificada entre Portugal y Salamanca le hizo tener un papel singular en la Guerra de la Independencia. Esta es la época más crítica en la historia de la ciudad y de su entramado urbano, pues sufrió importantes daños que aún se observan en la ciudad durante los dos sitios (el sitio francés de 1810 y el aliado de 1812). Durante el sitio francés de 1810 el mariscal francés Michel Ney tomó la plaza de Ciudad Rodrigo el 9 de julio tras un sitio de veinticuatro días. Las tropas españolas del mariscal Andrés Pérez de Herrasti defendieron la ciudad, rindiéndose sólo cuando los franceses abrieron una brecha en las murallas. El sitio retrasó durante un mes la tercera invasión de Portugal del mariscal francés André Masséna.