Азербејџан је учествовао на Светском првенству у атлетици у дворани 2006. одржаном у Москвиу од 10. до 12. марта. Репрезентацију Азербејџана у његовом шестом учешћу на светским првенствима у дворани представљао је један атлетичар, који су се такмичили у трци на 400 метара.