In den Bauernkriegen 1525 und während des Markgräflerkrieges 1553/54 wurde das Kloster zweimal völlig zerstört, von den Augustiner-Chorherren aber wieder errichtet. In der Stiftskirche wurde 1632 der als Märtyrer seliggesprochene Priester Liborius Wagner beigesetzt. Unter Propst Andreas IV. Deichmann (1644–1673) blühte das Stift auch nach den Wirren des Dreißigjährigen Kriegs wieder auf. Balthasar Neumann lieferte die Pläne für einen barocken Neubau des Konventsgebäudes zwischen 1723 und 1733. Ab 1783 wurde die Stiftskirche durch den Mainzer Hofmaler Joseph Ignaz Appiani und den Würzburger Hofstuckateur Materno Bossi neu gestaltet. Bemerkenswert sind das über die drei Stockwerke reichende Treppenhaus und der reich stuckierte Hauptsaal im zweiten Obergeschoss.