Die auf diese Weise gewonnenen diplomatischen Erfahrungen führte er fort, als er nach dem Frieden von Jönköping, der am 10. Dezember 1809 den Dänisch-Schwedischen Krieg beendete, zum dänischen Botschafter in Stockholm berufen wurde. Diese Mission übte er von Januar 1810 bis April 1812 aus. Zeitweilig assistierte ihm sein Neffe Wolf Heinrich von Baudissin. In den Thronfolgediskussionen nach dem Tod von Christian August von Schleswig-Holstein-Sonderburg-Augustenburg (1768–1810) sprach er sich für eine dänische Lösung aus. Nachdem Bernadotte zum Kronprinzen erklärt worden war, sah Dernath eine schwedisch-russische Annäherung sowie die Gefahren daraus für Dänemark voraus. Bald darauf wurde er auch wegen einiger unvorsichtiger Meinungsäußerungen nach Kopenhagen zurückgerufen.