Mit ihrer neuen Trainerin Ludmilla Popkovich begann Boginskaja sich auf die Turn-Weltmeisterschaften 1989 in Stuttgart vorzubereiten. Mit Siegen im Einzelmehrkampf, im Mannschaftsmehrkampf und am Boden wurde sie die erfolgreichste Turnerin dieser Weltmeisterschaften. Später sagte Boginskaja, dass sie nach dem Gewinn des Titels im Einzelmehrkampf das Gefühl hatte, den Titel sowohl für ihre verstorbene Trainerin Ljubow Miromanova als auch ihretwegen gewonnen zu haben. Im selben Jahr gewann sie auch bei den Turn-Europameisterschaften in Brüssel die Goldmedaille im Einzelmehrkampf, am Boden und am Sprung. Am Schwebebalken und am Stufenbarren verfehlte sie als Vierte jeweils knapp die Medaillenränge. Ein Jahr später gelang Boginskaja ein Triumph, der nur wenigen Turnern bisher gelang. Sie gewann bei den Turn-Europameisterschaften in Athen alle zu vergebenden Titel. Sie siegte sowohl im Einzelwettkampf als auch an allen vier Geräten (ein Mannschaftswettbewerb wurde nicht ausgetragen). Bei den Goodwill Games 1990 in Seattle gewann sie des Weiteren Gold mit der Mannschaft, Silber im Einzelmehrkampf, Gold am Boden und Bronze im Sprung.