У роки Радянської влади, в 1922 році церковне начиння була реквізоване радами, зокрема 20 ікон, 8 лампад, віночок з вісьмома золотими сяйвами, золотий хрест і дорогоцінні камені. У 1930 році Троїцька церква була закрита й перетворена в критий кооперативний ринок. Потім будівлю було віддано під ліжкову майстерню, а пізніше зруйновано. Коли під час німецької окупації в Таганрозі з дозволу німецької влади стали відкривати деякі вцілілі церкви, Троїцька церква виявилася для цього зовсім непридатною.