Em Outubro de 1944 o esquadrão enviou um destacamento para as Índias Orientais Holandesas. Na Austrália, cidades como Townsville, em Queensland, e Coomalie Creek, no Território do Norte, também tinham destacamentos do esquadrão. Em Fevereiro de 1945, o Esquadrão N.º 34 é transferido para Morotai nas Índias Orientais Holandesas, sob o controlo a Primeira Força Aérea Táctica Australiana, e ficou totalmente instalado na sua nova base a meio de Abril. O esquadrão prestou apoio à Campanha de Bornéu, e os seus aviões Dakota foram os primeiros aviões dos aliados a aterrar em Labuan e Tarakan depois das ilhas serem capturadas. Permaneceu em Morotai até ao final da Segunda Guerra Mundial, altura na qual desempenhava missões de repatriamento de antigos prisioneiros de guerra australianos de Singapura, e no pós-guerra, realizando voos em apoio à Força de Ocupação da Commonwealth Britânica, no Japão. O Esquadrão N.º 34 regressou à Austrália entre Janeiro e Março de 1946, sendo extinto na Base aérea de Richmond, em Nova Gales do Sul, no dia 6 de Junho.