היחסים הדיפלומטיים הרשמיים בין שתי המדינות החלו במהלך שנת 1960, שנת עצמאותה של הרפובליקה הקפריסאית, כאשר זמן קצר לאחר קבלת העצמאות מבריטניה, קפריסין כוננה קשרים דיפלומטיים עם ישראל. בשנת 1961 ישראל פתחה שגרירות רשמית בניקוסיה (השגרירות הקפריסאית בתל אביב נפתחה רק בשנת 1994). עם זאת, היחסים בין שתי המדינות הושפעו עוד מראשיתם מהמאמץ הניכר של ישראל לאורך השנים לכונן יחסים דיפלומטיים קרובים עם טורקיה, יריבתה הגדולה של קפריסין, אשר ניהלה כנגדה מלחמה עקובה מדם בשנת 1974, ובמהלכה כבשה את חלקו הצפוני של האי, כיבוש אשר ממשיך ומתקיים נכון לשנת 2020. לאורך השנים, קפריסין הביעה מספר פעמים את חששה מהיחסים הקרובים בין טורקיה וישראל, ובעיקר במהלך שנות ה-80 וה-90, בהן היחסים בין טורקיה וישראל הגיעו לשיא פריחתם. במהלך אותם השנים, קפריסין הכירה בפועל בפלסטין כמדינה, וכמו כן תמכה באופן גלוי בפלסטינים במסגרת הסכסוך הישראלי-פלסטיני.