Podczas intifady Al-Aksa (2000-2005) Dowództwo podjęło na szeroką skalę działania antyterrorystyczne wymierzone przeciwko palestyńskim organizacjom terrorystycznym Hamas i Islamski Dżihad. Organizacje te rozwinęły swoją działalność terrorystyczną w gęsto zaludnionym obszarze Strefy Gazy. Pośrodku gęstej zabudowy mieszkalnej znajdowały się ukryte wytwórnie broni oraz obozy szkoleniowe terrorystów. Specyfika terenu wymuszała na izraelskim dowództwie poszukiwania metod prowadzenia operacji wojskowych z jak najmniejszym narażeniem ludności cywilnej. Walki w Strefie Gazy stały się szczególnie intensywne po 2004. Izraelskie wojska przeprowadzały krótkie wypady kolumnami pancernymi, powietrzne bombardowania pojedynczych celów oraz przeprowadzały akcje sił specjalnych (najczęściej zabójstwa dowódców organizacji terrorystycznych). Podjęto także wysiłki wykrywania i niszczenia podziemnych tuneli przemytniczych na granicy Strefy Gazy z Egiptem. W tym celu powstały specjalistyczne jednostki inżynieryjne.