Giunse in Burundi all'inizio del 2001 e succedette a monsignor Emil Paul Tscherrig che vi aveva rappresentato la Santa Sede durante cinque anni caratterizzati da una fase acuta della guerra civile impegnandosi a sostenere i primi passi di un processo di pace dopo la tragica morte di Joachim Ruhuna, arcivescovo di Gitega, assassinato insieme ad altri sei cristiani nel settembre del 1996. Courtney fu scelto per la rappresentanza in Burundi perché ritenuto preparato a rappresentare la Santa Sede in una situazione così complessa e delicata. Vi entrò in punta di piedi, con discrezione e, nello stesso tempo, con determinazione. Chiedeva con estrema semplicità informazioni a chi viveva da tempo nel paese e studiava meticolosamente i dossier. Era attento e presente in tutti i momenti della vita ecclesiale e pubblica della nazione. Apparve presto chiaro a tutti che monsignor Courtney non aveva cambiato la linea del suo