Durch einen Staatsstreich übernahm der damalige Generalstabschef Idi Amin Dada im Januar 1971 die Kontrolle über die Republik. Er berief seine Sympathisanten im Militär auf führende Positionen und verdoppelte die Anzahl an Soldaten auf 21.000. Ebenfalls erlaubte er die Teilnahme von ausländischen Kämpfern, was dazu führte, dass Ende der 70er Jahre die Streitkräfte Ugandas zu drei Vierteln aus Sudanesen, Ruandern und Kongolesen bestand. Manche Truppenteile standen gar nicht mehr unter der Kontrolle der Armee und wurden faktisch zu unabhängigen Milizen. Idi Amin errichtete das State Research Bureau (SRB) und die Public Safety Unit (PSU) und beseitigte im Militärstab seine Gegenspieler. Insgesamt wurden von der SRB und PSU über 250.000 Menschen getötet. 1978 befahl Amin die Annektierung einer großen Fläche im Norden Tansanias, was im Uganda-Tansania-Krieg endete. Zuvor geflohene Ugander bildeten die Uganda National Liberation Front (UNLF), welche an der Seite der Streitkräfte Tansanias kämpfte. Zusammen eroberten sie Uganda und zwangen Idi Amin nach Libyen zu fliehen. Die UNLF übernahm für ein Jahr die Kontrolle über das Land, bis Milton Obote erneut Präsident wurde.