In Kroatië brak de Tweede Wereldoorlog in april 1941 uit. Na de Duitse inval in Joegoslavië keerde Pavelić naar Kroatië terug. Kroatië werd de Onafhankelijke Staat Kroatië (NDH) onder de Italiaanse hertog "Tomislav II" (die 'zijn' land echter geen enkele keer bezocht). Pavelić werd "Poglavnik" (dat wil zeggen leider, Führer) van de nieuwe staat. De Ustaša voerden een repressief bewind gericht op het realiseren van een homogene natiestaat, waarvan de Joden, zigeuners (Roma en Sinti), andere minderheden, linkse opposanten, maar vooral Serviërs het slachtoffer werden.