W reprezentacji Meksyku Pérez zadebiutował w 16 grudnia 1997 w wygranym 5:0 pojedynku z Arabią Saudyjską w ramach Pucharu Konfederacji. W 1998 roku został powołany do drużyny narodowej na Mistrzostwa Świata we Francji. Meksykanie na mundialu tym dotarli do 1/8 finału, w którym zostali wyeliminowani przez Niemców. Pierwszym bramkarzem „El Tri” na mistrzostwach był Jorge Campos, który bronił w każdym ze spotkań.