בעקבות זאת, המשיכו הספרדים במסעות הכיבוש שלהם ביבשת גופא. ב-1510 הוקם יישוב הקבע הספרדי הראשון ביבשת - סנטה מריה לה אנטיגואה דל דריין, בשטח קולומביה של ימינו. ב-1519 החל הרנאן קורטס במסע לכיבוש מקסיקו מידי האצטקים, תוך שהוא מסתייע ביריביהם המרים, בני הטלקסקלה. בתוך שנתיים השתלט קורטס על האימפריה האצטקית, שיותר משנכנעו לצבאו של קורטס, נכנעו למחלות שהביאו עמם חייליו מאירופה. האצטקים לא היו מחוסנים מפני מחלות אלו, ובהן אבעבועות שחורות, דבר וחצבת, והן הפילו מיליוני חללים. כיבוש חצי האי יוקטן מידי המאיה נמשך זמן רב יותר. רק ב-1547 השיגו הספרדים שליטה אפקטיבית באזור, ורק ב-1697 נפל המעוז האחרון של המאיה, טייאסאל. ב-1528 הגיעו הספרדים לגבול אימפריית האינקה. ב-16 בנובמבר 1532 נערך קרב קחאמרקה, בו ניצחו הספרדים, בפיקודו של פרנסיסקו פיסארו, ושבו את מנהיג האינקה, אטוואלפה. אחרונת ערי האינקה, וילקבמבה, נפלה ב-1572.