Nel 2003 torna a Bologna, poi passa al (2004-2005) dove contribuisce a evitare la retrocessione, per poi tornare nuovamente a Bologna, stavolta in Serie B (2005-2006), con 32 presenze e 3 gol segnati. Nella stagione 2006-2007 gioca nell', in Serie A; la retrocessione a fine anno in Serie B per Pecchia è la quinta con cinque squadre diverse.