Dopo la costruzione del muro di Berlino il 13 agosto 1961, l'osservatorio entrò nella zona ristretta di confine, per cui a visitatori e scienziati esterni all'area di Sonneberg fu preclusa qualsiasi attività di ricerca internazionale. Nel 1967, come parte di una riforma dell'Accademia delle scienze, la ricerca scientifica fu interrotta e l'istituzione subordinata all'Istituto di astrofisica dell"'Accademia delle scienze della DDR". Ulteriori piani per il 1969 includevano anche lo smantellamento di tutti gli strumenti, il ricollocamento del personale scientifico e la chiusura completa della struttura, fortunatamente impedita dal nuovo direttore scientifico, Wolfgang Wenzel. Un divieto di fare osservazione con i grandi strumenti fu inizialmente ignorato e annullato a metà degli anni '70. Il lavoro scientifico e i programmi di ricerca a lungo termine sono poi proseguiti fino alla fine della RDT nel 1989.