W 2013 roku, po ośmioletniej przerwie na występy w reprezentacji, Muñoz został powołany przez szkoleniowca José Manuela de la Torre na swój drugi Złoty Puchar CONCACAF. Tam pełnił jednak funkcję rezerwowego dla Jonathana Orozco i rozegrał tylko jedno spotkanie, zaś meksykańska drużyna, złożona wówczas wyłącznie z graczy występujących na krajowych boiskach, odpadła z turnieju w półfinale po porażce z Panamą (1:2). W późniejszym czasie wystąpił w dwóch meczach w ramach udanych dla jego zespołu eliminacji do Mistrzostw Świata 2014 – obydwóch w barażach z Nową Zelandią, w drugiej z tych konfrontacji (4:2) broniąc rzut karny wykonywany przez Jeremy'ego Brockie. Ostatecznie nie znalazł się jednak w kadrze na brazylijski mundial, przegrywając rywalizację o miano trzeciego bramkarza meksykańskiej kadry z Alfredo Talaverą. W 2015 roku został powołany przez selekcjonera Miguela Herrerę na Złoty Puchar CONCACAF, gdzie był jednak wyłącznie rezerwowym dla Guillermo Ochoi i ani razu nie pojawił się na boisku, zaś Meksykanie triumfowali w rozgrywkach po finałowym zwycięstwie nad Jamajką (3:1).