Миколі Карпюку, разом з іншим затриманим у Росії українцем, Станіславом Клихом, були висунуті звинувачення в участі у бойових діях під час першої чеченської війни на боці Чеченської Республіки Ічкерія, а саме у створенні та керуванні загоном «Вікінг», замаху на вбивство та вбивствах військовослужбовців Збройних сил Росії у 1994—1995 роках. Звинувачення базувалися на показах засудженого до 24,5 років ув'язнення Олександра Малофєєва, який нібито був членом загону «Вікінг»; самі Клих та Карпюк заперечували відвідини Чечні до свого ув'язнення. Серед фігурантів цих справ виявився і Арсеній Яценюк.