Staveniště kostela bylo napadeno extremisty v roce 1999 v souvislosti s Válkou v Kosovu a převedením oblasti pod správu UNMIK. V roce 2012 oznámili kosovští představitelé záměr nedokončený kostel strhnout a na jeho místě vybudovat památník, což vedlo k ostré výměně názorů mezi kosovskými politickými a srbskými církevními představiteli. Pro albánské obyvatelstvo je chrám symbolem režimu Slobodana Miloševiće, který vznikl bez platného povolení. Srbští představitelé v Kosovu požadovali, aby byl nedokončený chrám dán pod policejní ochranu. Výstavba chrámu na počátku 90. let 20. století se stala i předmětem soudního sporu vedeného mezi Srbskou pravoslavnou církví a Prištinskou univerzitou.