In de Franse koloniale periode werd de haven uitgebouwd voor de export van koffie, vanille, cacao, rijst, olijven en kruiden (zoals peper, kruidnagelen en kaneel) uit het achterland. Met name de export van koffie zorgde ervoor dat Mananjary begin 20e eeuw uitgroeide tot de tweede exporthaven van Frans Madagaskar. In die tijd werden ook de meeste wegen naar de plaats aangelegd. De grootste groei vond plaats na de Eerste Wereldoorlog: In 1918 werd 250 ton koffie geproduceerd, in 1922 reeds 1413 ton. In 1933 woonden reeds 11.300 mensen in de stad, die toen tot de tien grootste steden van Madagaskar behoorde. In 1937 vormde Mananjary het koloniale centrum van de oostkust van Madagaskar. Er was toen ruim 60.000 hectare grond in gebruik (30.000 effectief). De Malagassische Opstand van 1947 richtte een grote verwoesting aan in dit deel van het eiland en luidde het begin van de Franse dekolonisatie in. In 1959 was nog maar 30.000 hectare in gebruik (10.000 effectief). Mananjary werd in die tijd voorbijgestreefd door andere havens. De fatale klap kwam toen in 1976 de Malagassische socialistische president Ratsiraka besloot tot de nationalisering van de resterende 22.000 hectare plantagegronden van de Franse plantagehouders, waarop de economie volledig instortte.