Perioada de succes a clubului a fost întreruptă de Anexarea Austriei de către Germania Nazistă în 1938, Austria Viena fiind considerată o echipă cu conexiuni evreiești. Astfel, pe 23 ianuarie 1939 Matthias Sindelar a murit în apartamentul său, intoxicat cu monoxid de carbon. Acesta refuzase să joace pentru reprezentativa Germaniei Naziste, acuzând mai multe accidentări și în cele din urmă retragerea de la echipa națională. Între 1938 și 1945, echipa a jucat în prima divizie, Gauliga Ostmark, dar nu a terminat niciodată mai sus de locul șase. Autoritățiile naziste au ordonat schimbarea numelui în "Sportclub Ostmark Wien" pe 12 aprilie 1938 pentru a-l germaniza, însă clubul a revenit la vechiul nume pe 14 iulie 1938.