ב־10 ביולי 1804, בישיבה השנתית של החברה הצפון-מערבית בקמיניסטיקה, הפך תומפסון לשותף מלא של החברה. הוא הפך ל"שותף חורף", שבסיסו בשטח ולא במונטריאול, עם שתיים מתוך 92 המניות של החברה בשווי של יותר מ-4,000 פאונד. את העונות הבאות בילה בניהול פעולות המסחר בפרוות, אך עדיין מצא זמן להרחיב את סקריו על נתיבי המים סביב אגם סופריור. בישיבת החברה ב -1806, החליטו לשלוח את תומפסון חזרה לפנים היבשת, מתוך החשש מהמשלחת המתחרה האמריקאית בראשות לואיס וקלארק. חשש זה הוביל את החברת צפון-מערב להציב לתומפסון משימה למצוא את המסלול לאוקיינוס השקט ולפתוח את שטחי המסחר הרווחיים לאזור זה.