Il prend part aux invasions britanniques du Río de la Plata, à la bataille de Copenhague de 1806-07, et attaque Rochefort en 1808. Stopford joue un rôle important dans la bataille de l'île d'Aix. Il reçoit le commandement du HMS "Caesar" (80), au sein d'un escadre de deux navires de ligne et de cinq frégate. Le , il poursuit quatre frégates françaises sous les batteries des Sables d'Olonne, un combat qui le laissera paralysé. Stopford continue son blocus jusqu'à ce que Lord Gambier chasse une flotte de dix vaisseaux de ligne française dans la rade des Basques et prenne le commandement. Après le combat, Stopford est appelé à témoigner devant la cour martiale chargée de juger Gambier et l'exonère de toute faute.