Han gjorde två viktiga mål mot Ghana i den sista matchen av VM-kvalet 2002, vilket hjälpte Nigeria att gå vidare till fotbolls-VM 2002. Babangida spelade i alla lagets matcher vid Afrikanska mästerskapet 2002, men blev utesluten ur VM-truppen tillsammans med flera andra erfarna spelare som Sunday Oliseh och Finidi George. Han blev åter uttagen i landslaget till ett träningsläger i Faro, Portugal inför Afrikanska mästerskapet 2004, men nådde inte den slutgiltiga truppen. Den sista stora internationella turnering han spelade i var alltså Afrikanska mästerskapet 2002.