Dopo aver conclusa la sua carriera da calciatore, Flamini intraprende quella di allenatore nelle squadre giovanili della Lazio. Nella Lazio ha ricoperto, per un breve periodo, anche il ruolo di allenatore della prima squadra nella stagione 1960-1961, quella della prima retrocessione in Serie B, ed anche quello di vice di Bob Lovati al termine dell'annata 1970-1971.