I begyndelsen af borgerkrigen gjorde Howe tjeneste under generalmajor George B. McClellan i West Virginia. Han overtog kommandoen over John J. Peck's 3. Brigade, i Darius N. Couch's 1. Division, i Erasmus D. Keyes's IV Korps under Syvdagesslaget efter at Peck var blevet forfremmet til at kommandere Silas Casey's division i samme korps. Howe blev udnævnt til major i den regulære hær for sin rolle i Slaget ved Malvern Hill. Han blev forfremmet til brigadegeneral i den frivillige hær den 11. juni 1862.