1841 gründeten Lindley, Joseph Paxton und andere die Gartenbauzeitschrift "The Gardeners’ Chronicle". Diese Zeitschrift sollte eines der hervorragenden Vehikel zur Förderung der Orchideenkunde werden. Durch seine Beziehungen zur Royal Horticultural Society und reiche Förderer wurde Lindley Experte für Orchideen in England und Europa. In dieser Position erhielt er viele neue Pflanzen zur Bestimmung und Beschreibung zugesandt, veröffentlichte viele Neubeschreibungen und grundsätzliche Untersuchungen und legte eine breite Basis für die wissenschaftliche Orchideenkunde. Im Oktober 1845 reiste Lindley mit dem Chemiker Lyon Playfair im Auftrag von Robert Peel, dem britischen Premierminister, nach Irland, um die dortige Hungersnot, die Kartoffelfäule und die Auswirkung der Korngesetze zu untersuchen. Er betonte das Ausmaß der Katastrophe und die Notwendigkeit von Hilfsmaßnahmen.