V roce 1529 Turci zpustošili oblast Seewinkelu včetně Illmitzu. Protestantismus se v obci prosadil velmi brzy. V roce 1674 se však obec v majetku Esterházyů stala opět převážně katolickou. Illmitz stejně jako celý Seewinkel utrpěl škody během osmansko-habsburské války v roce 1683, povstání Štěpána Bočkaje v roce 1605, vpádu vojsk Gabriela Betlena v roce 1620 a při kuruckých nájezdech Františka II. Rákócziho v letech 1704–1709.