Вернувшись в Шотландию в 1637 г., Джеймс Грэм одним из первых принял «Национальный ковенант» и в 1638 г. возглавил переговоры с Абердинским университетом с целью убедить его поддержать ковенантское движение. Эта миссия, впрочем, не принесла успеха, а в следующем, 1639 г. жители Абердина выступили против парламента Шотландии, в котором ковенантерам принадлежало большинство. В начавшихся вслед за этим Епископских войнах 1639—1640 гг. Монтроз возглавил армию парламента, действующую в северо-восточной Шотландии, и в феврале 1639 г. разбил отряды Гордонов, выступивших в поддержку короля. Монтроз смог арестовать лидера шотландских роялистов маркиза Хантли и препроводить его в заключение в Эдинбург. 19 июня войска Джеймса Грэма после артиллерийского обстрела захватили Абердин, где укрепились отряды роялистов. Успехи Монтроза в значительной степени обеспечили победу ковенантеров в борьбе против Карла I в Епископских войнах. Позднее граф участвовал в Берикских переговорах с королём, однако не смог убедить Карла I согласиться на упразднение епископата и утвердить Ковенант.