Toisen maailmansodan sytyttyä ja Saksan hyökättyä Neuvostoliittoon vuonna 1941 saksalaiset valloittivat Krimin saman vuoden syksyyn mennessä. Neuvostoliiton joukot valloittivat alueen takaisin vuonna 1944. Toukokuussa 1944 koko Krimin tataariväestö pakkosiirrettiin Keski-Aasiaan ja Siperiaan syytettynä saksalaismielisyydestä. Kuljetusten huonot olosuhteet johtivat lähes puolen kuljetettavista kuolemaan jo matkalla. Perilläkään olot eivät olleet paljon paremmat. Samaan aikaan todisteita tataarien olemassa olosta hävitettiin Krimillä. Paikannimet venäläistettiin ja alueelle muutettiin venäläisiä uudisasukkaita.