Ngày 20 tháng 1 năm 1945, các mũi xung kích của Liên Xô phát triển vào lãnh thổ Đức. Hitler kêu gọi quân dân Đức thực hiện chính sách tiêu thổ. Guderian liên kết với Speer phản đối đường lối này vì nó để lại nhiều hậu quả tiêu cực cho người dân Đức sau cuộc chiến. Hai ông đã có nhiều nỗ lực nhằm hạn chế việc tàn phá cầu đường và hệ thống viễn thông. Guderian cũng thuyết phục Bộ trưởng Bộ Ngoại giao Đức Joachim von Ribbentrop tiến hành đàm phán chấm dứt chiến tranh, nhưng không được nghe theo. Tháng 3 năm 1945, quân Liên Xô triển khai bao vây pháo đài Küstrin (Brandenburg), chỉ cách Berlin 80km. Guderian điều Tập đoàn quân số 9 (Tư lệnh: Thượng tướng Bộ binh Theodor von Busse) đánh giải vây cho Küstrin nhưng thất bại. Ngày 28 tháng 3, Hitler triệu Busse tới Berlin và quở trách viên tướng này là "đồ cẩu thả". Guderian nghe vậy giận dữ, ông đứng ra thanh minh cho Busse và lập luận rằng Busse đã cố gắng hết sức để giải vây Küstrin, nhưng chỉ do "bọn địch" quá mạnh nên mới không thành công. Sau một cuộc đấu khẩu quyết liệt với Hitler, Guderian bị buộc phải nghỉ phép trong vòng 6 tuần. Ông cùng vợ dời cư về Ebenhausen thuộc bang Bayern trên mạn tây Đức, do cả Kulm (quê ông) lẫn Reichsgau Wartheland đều đã bị quân Nga chiếm giữ. Tuy mang tiếng là nghỉ phép 6 tuần, Guderian thực ra không còn cơ hội nào để trở lại tham gia chỉ huy quân đội Đức: trước khi kỳ nghỉ phép của ông kết thúc, Hitler đã tự sát ở Berlin và Đệ tam Đế chế Đức sụp đổ. Ngày 10 tháng 5 năm 1945, Guderian bị quân đội Mỹ bắt làm tù binh.