Початок християнізації території сучасної Північної Македонії сходить до перших століть християнства, на Сардикійському соборі (343) був присутній єпископ Скупі (сучасне Скоп'є) Перігор. У IV столітті існувало єпископство і в місті Ліхідос (сучасний Охрид). Після переселення слов'ян на Балкани в VI-VII столітті вони витіснили та асимілювали грецьке населення сучасної Республіки Македонії. У IX столітті ці землі увійшли до складу Болгарської держави, що на століття об'єднало долі Болгарії та Македонії. Після розколу християнства Македонія продовжувала залишатися тісно пов'язаною з Східною церквою, за винятком короткого періоду, коли після IV хрестового походу та заснування Латинської імперії в Скоп'є було засновано католицьке єпископство.