Po wybuchu wojny domowej opowiedział się po stronie Konfederacji. Wystąpił w czerwcu 1861 z Armii Federalnej i walczył w Armii Północnej Wirginii pod generałem Robertem Lee i Armii Tennessee pod generałem Braxtonem Braggiem. Uważany za jednego z najlepszych dowódców korpusów w czasie wojny. Jego umiejętności dowódcze przyczyniły się do zwycięstw Konfederacji w bitwach pod Bull Run, Fredericksburgiem i Chickamauga. Wiele kontrowersji wzbudzają natomiast jego działania w bitwie pod Gettysburgiem, gdzie m.in. otwarcie kwestionował decyzje taktyczne generała Lee.