Od leta 1944 je Rdeča armada začela ofenzive, ki so sčasoma privedle do ponovne osvojitve vseh treh baltskih držav. Kaunas je spet postal glavno središče upora proti sovjetskemu režimu. Že od samega začetka vojne litovskih partizanov so bila najpomembnejša partizanska okrožja okrog Kaunasa. Čeprav se je gverilska vojna končala do leta 1953, se litovsko nasprotovanje sovjetski oblasti ni. Leta 1956 so ljudje v regiji Kaunas z nemiri podprli vstajo na Madžarskem. Na Dušni dan leta 1956 je v Kaunasu potekal prvi javni protisovjetski protestni shod: državljani so na vojaškem pokopališču v Kaunasu prižgali sveče in peli narodne pesmi, posledica pa so bili spopadi z Milico.