ההתקפה על הצי הדני הייתה צפויה להיות קשה ומסובכת. הצי הדני התארגן בעמדה חזקה, והאיטיות במהלכיו של פארקר איפשרה לצי הדני להתכונן היטב. הדנים נערכו לאורך התעלה שהובילה לנמל קופנהגן; אוניות הקו היעילות של הדנים עגנו בנמל עצמו, ואילו לאורך התעלה ערכו הדנים את רוב הספינות שלהם, שלא היו מוכנות להפלגה בים. הן היו ברובן ספינות ישנות, שהתרנים והמפרשים שלהן לא היו קיימים או שלא היו יעילים, אך נשאו חימוש כבד. בנוסף לספינות, ערכו הדנים סוללות תותחים צפות. הקו נשען בקצהו הצפוני במבצר הימי "שלושה כתרים" (בדנית: Trekroner Søfort ) שבפתחת נמל קופנהגן, שהיו בו 68 תותחים - שווה ערך לחימושה של אוניית קו. הכניסה לנמל עצמו הייתה מוגנת היטב גם היא. הדנים הכירו היטב את הטקטיקות שבהן נקט נלסון בקרבות קודמים, ולכן הציבו תותחים ש"יכסו" על האזור שבין החוף לצי הדני (כדי שלא ניתן יהיה לתקוף את הקו משני צידיו, כמו שעשה נלסון בקרב הנילוס).