Cоветские геологи разведали в окрестностях будущего города (в верховьях реки Керулен, на правом его берегу, в южных отрогах гор Хэнтэй) месторождение энергетических бурых углей. Первые работники прибыли на место будущего строительства в начале 1978 года; в мае-июне 1979, после (и по всей видимости, в качестве отклика на события) Китайско-вьетнамской войны 1979 года, в окрестностях города была дислоцирована советская Мотострелковая дивизия. Впоследствии с экономической помощью СССР начал разрабатываться Баганурский угольный разрез и построена городская инфраструктура. Ныне Багануур является одним из крупнейших промышленных центров Монголии и входит в десятку крупнейших городов страны. Иногда в средствах массовой информации возникает тема выделения Багануура из состава Улан-Батора и придания ему статуса самостоятельного города.