После отчуждения бывшего здания секретариата Совета экономической взаимопомощи в его помещениях разместился аппарат мэрии. В последние дни конституционного кризиса 1992—1993 годов здание СЭВ стало местом столкновений между лояльными президенту силовиками и сторонниками Верховного Совета. Во время прохождения многотысячной колонны мимо здания бойцы ОМОНа открыли из окон стрельбу по людям, и вынудили протестующих под руководством генерала Альберта Макашова пойти на штурм. По свидетельству корреспондента московского бюро телекомпании CBS Джонотана Сандерса, присутствовавшего на месте событий, атакующие протаранили застеклённую стену здания грузовиком и вошли внутрь через образовавшуюся брешь. Наступление вынудило бойцов ОМОНа сдаться, и Макашову пришлось выставить перед зданием живой щит из своих сторонников, чтобы защитить отступавших силовиков от гнева разъярённой толпы. За победой сторонников Верховного совета у здания СЭВ последовало поражение в перестрелке у телецентра «Останкино», после которой Борис Ельцин объявил в Москве чрезвычайное положение. В столицу были введены войска и после обстрела бронетехникой Белого дома 4 октября 1993 года протесты были подавлены.