Organizația militantă teroristă Brigăzile Martirilor Al-Aqsa legată de organizația palestiniană „Al Fatah” și-a luat după anul 2000 numele de la Moscheea Al Aqsa, ideologia ei fiind alimentată de zvonurile permanente cultivate din anii 1920 în rândurile arabilor palestineni despre presupuse conspirații ale evreilor în vederea dărâmării moscheii. Lupta națională palestineană și militantismul religios islamist sunt înfierbântate adesea de lozinca „Moscheea al Aqsa e în primejdie!”. Pe acest fond, vizita efectuată de Ariel Sharon în toamna anului 2000 în preajma moscheei, a fost pentru palestineni motivul declarat al declanșării celei de-a doua Intifadă, de asemenea, cunoscută sub numele de Intifada Al-Aqsa.