Convocado pela primeira vez para a seleção dinamarquesa principal em maio de 2014, Højbjerg estreou contra a Suécia, permanecendo em campo durante os 90 minutos. Marcou seu primeiro gol em setembro, contra a Armênia, válido pelas eliminatórias da Eurocopa de 2016. Antes de atuar pela equipe principal, defendeu ainda as categorias sub-16, sub-17, sub-19 e sub-21.