Zúñiga nahm mit der kolumbianischen U-20-Nationalmannschaft an der Junioren-Fußballweltmeisterschaft 2005 teil, bei der er das Achtelfinale erreichte. Seit 2005 gehört er zum Kader der kolumbianischen Fußballnationalmannschaft. Er gehörte zum Kader Kolumbiens bei der Copa América 2007, wo er beim letzten Gruppenspiel gegen die USA zum Einsatz kam.