Другий свій розквіт Баґаран переживає у другій половині IX століття, коли він на короткий час стає столицею цартства Баґратидів. Після того, як столицею став Ані, Баґаран перетворився на торговий вузол по дорозі з Ані на захід. У 1048 р. Баґаран був зруйнований турками-сельджуками, на початку XII століття був завойований Шахарменамі. У 1211 році був звільнений братами Закарянами, а у 1394 році був остаточно зруйнований монгольськими військами Тамерлана. Після цього Баґаран втратив свою значимість, аж до 1915 року залишався невеликим поселенням з вірменським населенням. У результаті подій 1918—1920 років усі 350 жителів Баґарана були змушені перебратися на територію сучасної Вірменії.