W 1935 Otto ukończył nauki polityczne na Katolickim Uniwersytecie w Leuven. Po śmierci ojca, przebywając na wygnaniu, Otto uważał siebie za prawowitego cesarza Austrii i wielokrotnie publicznie tak się o sobie wypowiadał. W lutym 1938 zaproponował swoją kandydaturę na stanowisko kanclerza Austrii, chcąc tym samym zapobiec aneksji tego kraju. Po Anschlussie Austrii Hitler w obawie, że podnoszenie przez Ottona pretensji do tronu austriackiego podważać będzie jego władzę nad tym krajem, nakazał wystawienie za nim listu gończego. Otto razem z rodziną uciekł z Belgii do Paryża, a następnie opuścił Europę i spędził cztery lata w Waszyngtonie, gdzie domagał się restytucji państwa austriackiego po wojnie. Dwaj jego kuzyni – książęta Max i Ernst von Hohenberg zostali aresztowani w Wiedniu przez Gestapo i zesłani do obozu koncentracyjnego Dachau, gdzie przebywali aż do końca wojny.