Когда войска стран НАТО вмешались в Косовскую войну, Португалия была готова оказать помощь, если необходимо, в бомбардировке Югославии в 1999 году. В результате, Португалией были предоставлены войска в рамках «миротворческой операции НАТО в Косове». После прекращения боевых действий Португалия предложила программу восстановления Пршевской долины в Сербии, к востоку от Косова. Португалия признала независимость Косова от Сербии в октябре 2008 года.