1146 starb Guglielmo, der letzte der Adelardi. Sein Eigentum ging wie die Mitgift seiner Nichte Marchesella an Azzolino d’Este über. An der Schlacht von Legnano 1176 gegen den römisch-deutschen Kaiser Friedrich Barbarossa nahm Ferrara mit einem eigenen Truppenkontingent teil. Es gab eine Feindschaft zwischen der neu dazugekommenen Familie und den Sailinguerra, aber nach ausgedehnten Kämpfen wurde Azzo Novello 1242 zum ständigen Podestà ernannt. 1259 nahm er Ezzelino III. da Romano von Verona in einer Schlacht gefangen. Sein Enkel Obizzo II. folgte ihm nach, und der Papst ernannte ihn zum Generalkapitän und Verteidiger des Kirchenstaats. Das Haus Este war von da an in Ferrara eingenistet. Der Po, der im 12. Jahrhundert unmittelbar an Ferrara vorbeigeflossen war, bahnte sich im Jahr 1155 nördlich der Stadt einen neuen Weg, wodurch das alte Flussbett immer seichter wurde. 1391 wurde die Universität Ferrara gegründet. Niccolò III. empfing mehrere Päpste mit großem Prunk, insbesondere Eugen IV., der hier 1438 ein Konzil abhielt. Sein Sohn Borso erhielt 1452 (in diesem Jahr wurde Girolamo Savonarola hier geboren) von Kaiser Friedrich III. als erster Herzog die Lehen Modena und Reggio. 1471 wurde er von Papst Paul II. zum Herzog von Ferrara ernannt.