במהלך רוב מלחמת העצמאות של אריתריאה, סיפקה ישראל תמיכה לאתיופיה. הסיבה לכך היא ראייתה של ישראל את הסכסוך באתיופיה כקשור וכשלוחה של הסכסוך הערבי-ישראלי הרחב. רוב המדינות הערביות תמכו בהפרדה של אריתריאה מאתיופיה. הם ראו את אוכלוסייתה המוסלמית הגדולה למדי (36.5%) כדרך לוודא שהים האדום נשאר בשליטתם. מסיבה זו ישראל כרתה ברית עם ממשלת אתיופיה במטרה לנצל את חופה הארוך של אריתריאה המשתרע על פני 1,080 קילומטרים. כבר בשנות השישים המוקדמות, החלה ישראל לעזור לממשלה האתיופית בקמפיינים שלה נגד החזית לשחרור אריתריאה (ELF). ממשלת אתיופיה הציגה את מרד הלאומנים האריתראים כאיום ערבי על יבשת אפריקה כולה, טיעון ששכנע את הישראלים לקחת את הצד של ממשלת אתיופיה בסכסוך. בנוסף, ראתה ישראל בכוחות המורדים באריתריאה שלוחה של העולם הערבי בגין עובדת היותם נתמכים על ידה, וחששה שאריתריאה העצמאית והפרו-ערבית תחסום שיט ישראלי מלעבור בים האדום. ככל שהמלחמה התפתחה, הסיוע הישראלי לממשלה האתיופית הוגדל. ישראל אימנה כוחות אתיופים שפעלו להתמודד נגד המורדים. ב-1966 הייתה באתיופיה משלחת צבאית ישראלית שמנתה 100 איש, ועד 1967, חיילים אתיופים שאומנו בידי היועצים הישראלים השתלטו על חלק גדול מאריתריאה. לאחר כ-30 שנות מלחמה, בחודש מאי 1991, ממשלת אתיופיה הודחה על ידי החזית העממית לשחרור אריתריאה (שעביה).