Nel 2000 Delneri è ingaggiato dal Chievo, squadra di un piccolo borgo veronese militante in Serie B. Ottiene subito la promozione in Serie A, giungendo terzo in Serie B 2000-2001, la prima nella storia dei clivensi, e nella stagione d'esordio in massima categoria fa dei gialloblù la squadra-rivelazione del campionato portandola, grazie a un gioco vivace ed efficace, a marciare inaspettatamente come capolista nel girone d'andata e a chiudere poi l'annata a un lusinghiero quinto posto, che vale il debutto europeo della piccola realtà veneta in Coppa UEFA. Nei tornei seguenti, con Delneri in panchina la compagine clivense raggiunge un settimo posto nel 2003, e un nono nel 2004.