L'armée de Scott avança vers le sud depuis Puebla sans rencontrer de résistance et attaqua Mexico par le sud. Durant la campagne de 1847, Hancock reçut son baptême du feu à Contreras puis à Churubusco. Il fut breveté premier-lieutenant du fait de son service remarquable lors de ces affrontements. Hancock fut blessé au genou à Churubusco et développa de la fièvre. S'il put mener son régiment à Molino del Rey, la fièvre l'empêcha de participer à la percée finale vers Mexico, ce qu'il regretta toute sa vie. Après la victoire finale, Hancock resta au Mexique avec le d'infanterie jusqu'à la signature du traité de Guadeloupe Hidalgo en 1848.