L'11 aprile del 2019, a seguito di un Colpo di Stato, ha annunciato in diretta sulla televisione nazionale sudanese che il governo è stato sciolto e la costituzione sudanese sospesa. Ha annunciato che i militari hanno preso il potere, con l'imposizione di un coprifuoco alle 10 di sera e un periodo transitorio di due anni. Ha anche annunciato la chiusura dello spazio aereo sudanese per un periodo di 24 ore, la chiusura dei confini e uno stato d'emergenza di tre mesi. L'assemblea nazionale è stata sciolta, Auf ha annunciato la convocazione di elezioni libere. Alcuni manifestanti hanno protestato contro il cambio di governo, descrivendolo come un golpe militare. La stampa ha continuato a riferirsi a lui come ministro della difesa, vicepresidente e generale delle forze armate sudanesi. Già il giorno seguente è stato costretto a dimettersi per le proteste conseguenti al suo rifiuto di consegnare Bashir alla Corte penale internazionale; è stato sostituito nella carica dal generale Abdel Fattah Abdelrahman Burhan.