Важан узрок рата била је избегличка криза после геноцида у Руанди. У источни Заир је 1994. стигло око 2 милиона Хуту избеглица који су бежали од освете Тутсија. Њих су нападали Тутсији из Руанде и Тутсији из Заира (Бањамуленге), док је Хуту екстремисте из политичких разлога подржавао Мобутуов режим. Војне групе одговорне за геноцид у Руанди су сада оперисале из источног Заира и биле стална опасност за Руанду. Нова влада Руанде, у којој доминирају Тутси, послала је наоружање етничким Тутсима (Бањамуленге) источног Заира. За ову интервенцију јавно их је оптужила влада Заира, али им се није војно успротивила.