La Constitution civile du Clergé qui ôtait tout pouvoir à l'évêque d'Ypres, rencontra l'opposition de la population bailleuloise, viscéralement attachée à ses traditions religieuses et profondément catholique, et entraina la démission du maire Charles Augustin Ignace Bieswal qui y était opposé. Le clergé bailleulois refusa a l'unanimité d'y prêter serment, invoquant l'impossibilité de confusion entre le pouvoir civil et le pouvoir religieux. Alors que le nouvel évêque constitutionnel non reconnu entrevoit de visiter ses paroisses, le clergé fidèle à l'évêque d'Ypres est interdit de célébrer ce jour là les offices religieux. Dans une atmosphère explosive, l'abbé Ferdinand Deroo désobéit et est envoyé sur les routes de l'exil par les autorités révolutionnaires. La politique de déchristianisation n'est pas respectée et alors que les églises doivent être fermées, jusqu'à 10 messes sont dites par jour à Bailleul. La municipalité mise au courant de la prise des Tuileries à Paris, est résolument anti-révolutionnaire. Il faut attendre la suspension de la municipalité le 6 juillet 1792 par le directoire du département pour que l'équipe d'Honoré De Clercq prenne ses fonctions à la faveur de la révolution. Il faudra attendre 1802 pour que le culte soit rétabli en l'église Saint-Vaast, et pour que la statue et les reliques sauvées des ruines du prieuré Saint-Antoine y soient portés en processions. Ces événements sont commémorés par des vitraux de l'église reconstruite après la destruction de 1918.