McKim erhielt bereits zu Lebzeiten zahlreiche Auszeichnungen, darunter die Médaille d’or du CNRS auf der Weltausstellung in Paris 1900, die Royal Gold Medal von Eduard VII. und Ehrendoktorwürden der University of Pennsylvania und Columbia University. Er wurde darüber hinaus 1877 zum Fellow des American Institute of Architects gewählt und erhielt im Jahr 1909 posthum die "AIA Goldmedaille". Seit 1898 war er gewähltes Mitglied der American Academy of Arts and Letters.