Лончар был игроком югославской сборной и выступил в четырёх крупных турнирах в 1990-х годах. Он получил серебряную медаль на летних Олимпийских играх 1996 в Атланте, США, золотую медаль в 1998 году на Чемпионате мира по баскетболу в Греции и дважды завоевал медали на Чемпионатах Европы по баскетболу: золото в 1997 и бронзу в 1999.