Aflak zmarł w 1989 w Paryżu. Saddam Husajn utrzymywał, że przed śmiercią przeszedł na islam, jednak wersja ta była kwestionowana. Jego dom w Bagdadzie, grób oraz pomnik zostały zniszczone po amerykańskiej inwazji na Irak i obaleniu rządów Saddama Husajna.