Peu après il demande que les députés des futurs Conseils soient nommés par les assemblées électorales, afin de favoriser les candidats de droite. Il refuse aussi que les militaires présents à Paris s’assemblent pour accepter la constitution de peur qu’ils soient des déserteurs. Aubry souhaite en effet désormais garder l’armée hors de Paris afin de protéger les sections peuplées de royalistes. Après les évènements de vendémiaire, il se retrouve gravement menacé pour ses liens avec les rebelles, mais aussi pour son passage désastreux au Comité. Rendu responsable des échecs militaires sur le Rhin, il est décrété en état d’arrestation le 22 octobre 1795, mais le succès royaliste aux élections législatives rend cette décision caduque. Lui-même réélu par le Gard, il peut siéger au Conseil des Cinq-Cents.