Dalším nasazením bylo bombardování Jugoslávie během Operace Spojenecká síla mezi březnem a červnem 1999. Do náletů se zapojilo šest strojů B-1B operující z anglické základny ve Faifordu. Tyto letouny svrhly při 2% operačních letů NATO 20% hmotnosti všech pum. Při náletech používaly vlečené klamné cíle, na které se zaměřovaly jugoslávské řízené střely. Samy přitom shazovaly konvenční železné pumy.