Warnes fue nombrado jefe del Regimiento N° 6 de Infantería, conocido como "6 del Perú". Se destacó en las exitosas batallas de Tucumán (septiembre de 1812) y Salta (febrero de 1813), como secretario y ayudante del general Manuel Belgrano, batallas luego de las cuales el Ejército del Norte reintentó la liberación del Alto Perú.