Do prvega večjega spora med križarji in Bizantinci je prišlo že med obleganjem Nikeje. Križarji so pričakovali, da bodo po osvojitvi mesta prišli do bogatega plena, s katerim bodo financirali nadaljevanje pohoda, mesto pa se je med obleganjem nepričakovano vdalo Bizantincem. Križarji so se čutili izdane in ogoljufane. To se je dogajalo tudi kasneje, saj je Alekseju uspelo brez udeležbe bizantinske vojske dobiti mnogo pomembnih mest in otokov in večino zahodne Male Azije, ki so jo na svoji poti v Jeruzalem osvojili križarji. Do drugega velikega spora je prišlo med obleganjem Antiohije. Ko so bili križarji leta 1098 tik pred tem, da po dolgem obleganju osvojijo Antiohijo, jim je Aleksej sicer prihajal na pomoč, ko pa je izvedel, da je situacija brezupna, se je vrnil v Bizanc. Križarji so imeli njegovo vrnitev za izdajo. Zanje je postal nevreden zaupanja, zato so svojo prisego imeli za neveljavno.