Après la dissolution de l'Union soviétique, l'Irtych est intégré au sein de la nouvelle deuxième division russe en 1992, où il termine deux fois de suite deuxième du groupe Est pour ses deux premières saisons. L'unification du championnat s'accompagne d'une chute de ses résultats, avec une seizième place en 1994 suivi d'une vingtième position l'année suivante synonyme de relégation. Remportant la zone Est du troisième échelon en 1996, il retrouve la deuxième division, mais après deux nouvelles saisons dans le bas de classement, le club descend une nouvelle au niveau inférieur.