Сын отставного гвардейского прапорщика Сергея Фёдоровича Панютина и Надежды Фёдоровны, урождённой Козловой; дата рождения Панютина точно не известна, вероятнее всего это (по надгробию) 10 мая 1790. Получив первоначальное домашнее воспитание, в 1807 году он был определён в Пажеский корпус, откуда, окончив курс учения в 1809 году, выпущен 12 мая прапорщиком в лейб-гвардии Семёновский полк. Произведённый 1 мая 1811 году в подпоручики, Панютин, вместе с Семёновским полком, участвовал во многих сражениях Отечественной войны 1812 года. В составе 1-й армии участвовал в отступлении от границы и многих аръергардных боях. В Бородинской битве 24 и 25 августа он находился в резерве армии, а в день 26 августа — и в самом сражении; затем он был при Тарутине и Малоярославце. Точно так же он находился и при переходе войск через Неман, участвовал в 1813 году в сражениях при Лютцене, Бауцене, Пирне, Кульме и в Лейпцигской битве (где был контужен ядром в правую ногу), и, наконец, при взятии Парижа 18 марта 1814 года. За все эти сражения он получил орден Св. Анны 3-й степени «За храбрость» (9 мая 1813 г. за отличие при Бауцене), Св. Владимира 4-й степени с бантом (15 сентября 1813 г.) и прусский орден «Pour le Mérite» (за отличие при Кульме) и 23 сентября 1813 года произведён в поручики.