Negli anni novanta, con la caduta del regime comunista, la situazione delle ferrovie albanesi dovette misurarsi con la grave crisi sociale ed economica che colpì il paese nel 1997 facendo scoppiare una rivolta popolare che portò al saccheggio e all'incendio di treni e stazioni. Nello stesso anno, viene interrotto, con la rimozione delle rotaie, il collegamento ferroviario internazionale tra Albania e quella parte stato dell'ex Jugoslavia che era ormai divenuta la Repubblica di Montenegro. La linea verrà ricostruita cinque anni dopo, nel 2002. Con la caduta del regime, peraltro, l'uso di automobili e autobus è cresciuta notevolmente, nonostante le pessime condizioni in cui versano alcune autostrade del paese. Questo ha portato a una diminuita importanza del mezzo ferroviario nel sistema dei trasporti in Albania, anche per la costruzione di nuove vie di collegamento come la strada che collega Tirana a Durazzo.