В декабре 1975 года индонезийские войска захватили Восточный Тимор, провозгласивший незадолго до того независимость от Португалии. В июле 1976 года он был официально включён в состав Индонезии в статусе провинции. Упорное сопротивление сторонников независимости Восточного Тимора, развернувших масштабную партизанскую войну, потребовало впоследствии от индонезийских военных серьёзных усилий для удержания этой территории под контролем. Другими проблемными регионами были провинция Ириан Джая, созданная в 1969 году на территории Западного Ириана, и особый административный округ Ачех: там с середины 1970-х годов приходилось вести борьбу с достаточно активными сепаратистскими движениями — соответственно, Организацией «Свободное Папуа» и Движением за свободный Ачех.