En 2020, lors de la dissolution du Collectif contre l'islamophobie en France, la LDH proteste auprès du gouvernement, affirmant qu'il s'agit d'un décret politique. Au même moment, la LDH est l'objet de critiques, accusée d'être « une alliée des promoteurs de l’islam politique » depuis une trentaine d'années, ayant soutenu l'islamologue Tariq Ramadan en 1995 puis tenu un meeting avec lui vingt ans plus tard, vitupéré le professeur Robert Redeker pour des « discours haineux » alors qu'il était menacé de mort par des islamistes, milité contre la loi interdisant la dissimulation du visage dans l'espace public (2010), critiqué les interdictions du burkini en 2016, participé à la « Marche contre l'islamophobie » de 2019, rédigé un texte accusant le président Emmanuel Macron d'ouvrir la voie « à la stigmatisation d'une partie de la population » avec son projet de loi pour lutter contre les séparatismes, le jour même de l'assassinat de Samuel Paty (2020), ou encore d'avoir critiqué la "Lettre aux escrocs de l’islamophobie" écrite par Charb, assassiné lors de l'attentat de 2015 contre "Charlie Hebdo".