På grunn av irsk slektskap valgte Kelly å spille for , og hans landslagsdebut kom i en vennskapskamp mot i november 1987, hvor han scoret et hat-trick. Han ble også valgt ut til den irske troppen under EM i fotball 1988 av landslagstrener Jack Charlton, hvor han var regnet som reserve og ikke fikk spille noen av Irlands kamper. Han ble også tatt ut til troppen i VM i fotball 1990, men fikk heller ikke her spille noen av Irlands kamper. Charlton hadde også Kelly med i troppen til VM i fotball 1994, hvor han fikk spille gruppespillkampen mot . Hans siste av i alt 26 landskamper for Irland kom en VM-kvalifiseringskamp mot i november 1997.