На Кофи Анан се приписва съотговорност за геноцида в Руанда през 1994 г., тъй като той не е дал гласност на новините от Руанда за геноцида (повече от 800 000 убити) и ги е омаловажил. Особено му се приписва вина във връзка с докладите на ген. "Roméo Dallaire", чиито настоятелни молби за намеса остават без отговор.