Chappuis trat am 10. April 1806 als Gefreitenkorporal in das Infanterieregiment „von Müssling“ der Preußischen Armee ein. Während des Vierten Koalitionskrieges kämpfte er im Gefecht bei Saalfeld und geriet bei Halberstadt in Gefangenschaft, aus der er jedoch entkommen konnte. Daraufhin nahm Chappuis an der Verteidigung von Glatz teil und wurde Mitte Dezember 1806 Portepeefähnrich. Bis Ende Januar 1808 avancierte er zum Sekondeleutnant im 2. Schlesischen Infanterie-Regiment. Mitte Dezember 1809 nahm Chappuis seinen Abschied, um an der Universität Breslau zu studieren. Am 27. Oktober 1810 ging er als Kreisoffizier in die Gendarmerie und kam am 1. November 1812 in die Oberschlesische Gendarmeriebrigade als Kreisoffizier in Striegau. Chappuis wurde am 6. Februar 1813 beim 1. Reserve-Bataillon des Leib-Infanterie-Regiment wieder in der Preußischen Armee angestellt, bevor er am 1. Juli 1813 in das 12. Infanterie-Regiment versetzt wurde. Während der Befreiungskriege wurden ihm in der Schlacht bei Bautzen beide Unterschenkelknochen zerschmettert. Infolge dieser schweren Verwundung war Chappuis nicht mehr felddienstfähig. Daraufhin wurde er Mitte März 1814 zunächst dem 2. Garde-Regiment zu Fuß aggregiert und Anfang November 1814 als Premierleutnant in die Garnisonskompanie des Regiments versetzt.