Lors du deuxième siège, beaucoup plus difficile que le premier, la population de Saragosse est affaiblie par les ravages et le manque de nourriture ; Marie Rafols demande au général français Lannes de la nourriture et l'autorisation de guérir les blessés et les prisonniers ce qui donne un répit aux personnes qui finissent par capituler. À la fin du siège, l'hôpital nomme un nouveau conseil d'administration qui impose d'autres constitutions pour les sœurs : à la règle qui indique d'aider les pauvres et les malades sont ajoutés le soin des prisonniers. Mère Rafols démissionne le et se rend à Orcajo. En 1813, après le départ des Français, elle retourne dans la capitale aragonaise, appelée par l'hôpital pour être responsable du conseil d'administration. En 1826, elle est de nouveau élue supérieure.