З січня 1941 року "Ju 88" почали використовуватись і над Середземним морем, зокрема в операціях проти Мальти брали участь групи "I/LG 1", "II/LG 1" і "III/KG 30". В операції «Маріта» по захопленню Греції брало участь 5 авіазагонів, які завдавали ударів по містах, зокрема 6 квітня 1941 року бомбили Белград. В травні "Ju 88" були відкликані від бомбардувань Мальти для участі в операції «Меркурій» по захоплення Криту. Втрати на цьому фронті були невеликими через слабкий опір противника.