29 января 1944 года нарком внутренних дел СССР Л. П. Берия утвердил «Инструкцию о порядке проведения выселения чеченцев и ингушей», а 31 января вышло постановление Государственного Комитета Обороны о депортации чеченцев и ингушей в Казахскую и Киргизскую ССР. 20 февраля вместе с И. А. Серовым, Б. З. Кобуловым и С. С. Мамуловым. Берия прибыл в Грозный и лично руководил операцией, в которой были задействованы до 19 тыс. оперативных работников НКВД, НКГБ и «СМЕРШ», а также около 100 тыс. офицеров и бойцов войск НКВД, стянутых со всей страны для участия в «учениях в горной местности». 21 февраля он издал приказ по НКВД о депортации чечено-ингушского населения. На следующий день он встретился с руководством республики и высшими духовными лидерами, предупредил их об операции и предложил провести необходимую работу среди населения, а уже утром следующего дня началась операция по выселению.