С началом войны полковник Смирнов в прежней должности в 8-й армии Северо-Западного фронта. Участвовал с ней в приграничном сражении, в боях на шяуляйском направлении. После оборонительных боев в приграничном сражении соединения армии отходили на правый берег реки Западная Двина, где пытались закрепиться. Однако организовать устойчивую оборону на этом рубеже не удалось. С тяжелыми боями ее соединения вынуждены были отходить в Эстонию, на рубеж Пярну, Тарту. К 7 июля они вышли на указанный рубеж, где в течение 12 суток успешно отражали наступление превосходящих сил противника, нанеся ему значительный урон. С 14 июля армия вошла в состав Северного фронта и до конца августа вела оборонительные бои в Эстонии. С 2 августа по 25 сентября начальник штаба 8-й армии. В сентябре армия в составе Ленинградского фронта вела упорные бои на Ораниенбаумском плацдарме, где сумела остановить войска противника на подступах к Ленинграду. В ноябре полковник Смирнов с армией был переброшен в район Невской Дубровки. В декабре он был назначен начальником штаба 11-й стрелковой дивизии, которая в составе 55-й армии Ленинградского фронта находилась в обороне под Колпино. В конце декабря дивизия была переброшена на Волховский фронт в состав 54-й армии.