Mit der uruguayischen Nationalmannschaft nahm Pereira an der Weltmeisterschaft 2010 in Südafrika teil, wo Uruguay den vierten Platz erreichte und Pereira in sechs von sieben Spielen auf dem Platz stand (ein Tor). Ebenso war Pereira Teil der Nationalmannschaft Uruguays, welche die Copa América 2011 in Argentinien gewann. Der Mittelfeldspieler absolvierte in diesem Turnier fünf Partien (zwei Tore). Beim FIFA-Konföderationen-Pokal 2013 wirkte er ebenfalls mit. Bei der Weltmeisterschaft 2014 in Brasilien und bei der Copa América 2015 in Chile gehörte er erneut dem Aufgebot Uruguays an.