Siden overgik han til flåden, hvor han gjorde karriere under Den Nordiske Syvårskrig 1563-70. I 1564 var han Herluf Trolles løjtnant på skibet "Fortuna" i kampe på Østersøen. Det følgende år kommanderede han "Achilles" i en træfning, hvor Herluf Trolle omkom. Da Erik Rud samme år blev admiral, udnævntes Munk til hans løjtnant. Han overlevede i 1566 en storm ved Gulland, der ødelagde en stor del af den danske flåde, og han efterfulgte flådens øverskommanderende admiral Evert Bild ved dennes død i 1567.