זמן קצר לאחר קבלת העצמאות, התארגנה אינדונזיה למדינה בעלת ממשלה מרכזית אחת, שבירתה ג'קרטה. ממשלתו של נשיאה הראשון של אינדונזיה, סוקרנו, נחלשה לאחר טיהור הקומוניסטים באינדונזיה בשנת 1965, והגנרל סוהארטו תפס את השלטון במדינה. שלטון סוהארטו היה דיקטטורי והמשטר נקרא בשם "אורדה בארו" (ביטוי באינדונזית שמשמעותו סדר חדש). סוהארטו ביסס ממשלה מרכזית חזקה ששלטה במשך 32 שנה. בתקופה זו חל במדינה תיעוש מהיר, אך סוברים כי התקיימו בה גם שחיתות שלטונית רבה וניצול שאיננו ראוי של סמכויות השלטון. בעקבות ירידה חדה בפופולריות של סוהארטו, והתמעטות התמיכה הפוליטית בו, בעיקר על רקע משבר כלכלי חמור שפקד את דרום-מזרח אסיה, בסוף שנות ה-90 של המאה ה-20, אולץ סוהארטו להתפטר מתפקידו כנשיא, במאי 1998. התפטרותו זו סימנה את תחילת "עידן הרפורמציה" באינדונזיה - הכינוי לתקופה הנוכחית בהיסטוריה של מדינה זו.