En general, la Paz de Thorn tuvo un impacto negativo en Prusia a largo plazo. Para 1419, el 20 % de las tierras teutónicas se habían abandonado y la moneda tuvo que devaluarse para hacer frente a los gastos de la Orden. El aumento de los impuestos y la crisis económica acentuaron las disensiones entre los obispos, los caballeros seculares y la población urbana. Estas diferencias se agravaron luego debido a las siguientes guerras con Polonia-Lituania y finalmente culminaron en la aparición de la Confederación prusiana y en el estallido de la guerra civil que desgarró Prusia (la guerra de los Trece Años (1454-66)).