In der Dänischen Nationalmannschaft debütierte Emil Jakobsen am 10. April 2019 gegen Montenegro. Er bestritt bisher 15 Länderspiele, in denen er 58 Tore erzielte. Bei der Weltmeisterschaft 2021 brach er mit zwölf Toren in seinem ersten Spiel den erst acht Tage zuvor von Mathias Gidsel aufgestellten Torrekord (10) für dänische WM-Debütanten. Beim Endspielerfolg über Schweden kam er nicht zum Einsatz. Mit Dänemark gewann er bei den Olympischen Spielen in Tokio die Silbermedaille.