Рад у опсерваторији наставио је и током Другог светског рата, а наставио је са радом и после ослобођења Београда 1944. године. Када је дотадашњи директор опсерваторије Мишковић 1946. године поднео оставку, Факултетски савет Универзитета у Београду је поставио Протића за заменика директора. На тој позицији он је успео да изврши реконструкцију ратом разорене Опсерваторије. И поред обавеза око реконструкције Опсерваторије Протић је на захтев Међународне астрономске уније (МАУ) почео са израчунавањем ефемериде за око сто познатих малих планета (1947. године - 98 мале планете, 1948. — 106 и 1949. 106 малих планета). У мају 1948. године директор Опсерваторије постаје Милутин Миланковић, а Протић постаје секретар. На овој функцији Протић остаје до јануара 1949. године.