A la muerte de Vatacio fue solicitada por Miguel Paleólogo, quien había reconquistado Constantinopla. Constanza resistió varios años a las pretensiones de Miguel, hasta que su hermano Manfredo nuevo rey de Sicilia, la requiere para su patria. La desdichada emperatriz llega justo a tiempo para recibir la noticia de la muerte de su hermano en la Batalla de Benevento. Junto con su cuñada, la segunda esposa de Manfredo, Helena Angelina Doukaina, y sus cinco sobrinos, han de huir y refugiarse en el castillo de Hohenstaufen en Lucera, defendido por sarracenos que habían estado al servicio de Federico y seguían siendo fieles a su memoria. Tras ser conquistado el castillo, la familia es conducida a prisión donde su cuñada pierde la vida al cabo de cinco años de cautiverio. Al no representar la emperatriz ningún peligro para la dinastía de Anjou la dejan en libertad.