La vallée du Vardar sépare deux ensembles géographiques distincts. Dans l'Ouest, le relief est très accentué : de grandes chaînes de montagnes appartenant au système dinarique, comme les monts Šar, et au massif du Pinde, alternent avec des plaines encaissées comme le Polog ou la Pélagonie. Dans l'Est, le relief est plus doux car plus ancien ; il est lui aussi entrecoupé de plaines et appartient au système des Rhodopes. Le territoire macédonien connaît une activité sismique importante et il fut principalement formé au Cénozoïque, bien que des massifs rocheux datent du Précambrien. Le pays connaît des tremblements de terre réguliers et intenses ; le dernier grand séisme en date a eu lieu en 1963 et a détruit 80 % de Skopje, sa capitale. Une ancienne activité volcanique a enfin laissé des poches souterraines de sulfure d'hydrogène.