Vanaf de eerste helft van de 16e eeuw werd het Basjkierse gebied langzaam omgevormd tot een bestuurlijk gebied van het Russische Rijk, de opvolger van Moskovië. Onder andere door de Basjkierse opstanden werd dit proces steeds verder doorgevoerd. Na de Poegatsjov-opstand (1773-1774) werd de Basjkierse opstandeling Salaoeat Joelajev uitgeroepen tot nationale Basjkierse held, hetgeen de identificatie als Basjkieren verder versterkte. In 1798 vestigde de Spirituele Raad van de Russische Moslims de basis voor de erkenning van de rechten van de Basjkieren, Wolga-Tataren en andere islamitische volkeren om de islam te mogen volgen en religieuze rituelen te mogen uitvoeren bij de tsaristische overheid. In 1865 werd met het vestigen van het gouvernement Oefa (goebernija) met het bestuurlijk centrum in Oefa een verdere stap gezet naar territoriale identificatie. Bij de Russische Revoluties van 1917 verklaarde het zich tot onafhankelijke staat onder leiding van Zeki Velidi Togan en werd tot onderdeel van de kortstondige moslimstaat Idel-Oeral. Togan was later betrokken bij de Basmatsjiopstand. In 1922 werd Basjkirostan als eerste een ASSR onder de naam Basjkierse Autonome Socialistische Sovjetrepubliek.