גל האוכלוסייה נקטע בבת אחת עם ירידת מחיר הנפט החדה באמצע שנות ה-80. גם תעשיית החלל נפגעה ב-1986 לאחר אסון מעבורת החלל צ'לנג'ר. בסוף שנות ה-80 סבלה העיר מהמיתון הארצי. לאחר המיתון בשנות ה-90 המוקדמות, עשתה יוסטון מאמצים לגוון את כלכלתה על ידי התמקדות בחלל ובריאות-ביוטכנולוגיה, ובכך הקטינה את תלותה בתעשיית הנפט. מאז עליית מחירי נפט בשנות ה-2000, עלה שוב חלקה של תעשיית הנפט בכלכלה המקומית.