В 1807—1808 годах командовал линейным кораблём «Зачатие Святой Анны» и корветом «Эмгейтен», участвовал в боевых действиях англо-русской и русско-шведской войн. С 1808 года командовал отрядом «личных яхт Его Императорского Величества» из 9 судов. В 1809 году уволен в отставку по прошению с чином капитана 1-го ранга. Одной из причин отставки стал отказ военного ведомства профинансировать издание путевых записок Лисянского. На собственные средства опубликовал на основе своих записей книгу «Путешествие вокруг света» в 1812 году (два тома и атлас карт и рисунков). Российская читающая публика встретила издание без энтузиазма: было продано не более 200 экземпляров книги. Позже Лисянский лично перевёл свой труд на английский язык и в 1814 году издал его в Лондоне. Английское издание получило похвальные отзывы публики и было распродано в считанные месяцы.