Ενδεικτικό των προθέσεων του Βασιλείου για την εκκλησία ήταν το γεγονός ότι την προίκισε με την διοίκηση και με κτήματά του, κατά το πρότυπο της Αγίας Σοφίας. Κατά τη διάρκεια της βασιλείας του και των άμεσων διαδόχων του, η Νέα Εκκλησία έπαιξε σημαντικό ρόλο στις τελετές του παλατιού και, τουλάχιστον μέχρι την βασιλεία του Κωνσταντίνου Ζ΄, η επέτειος των εγκαινίων του ναού ήταν σημαντική εορτή της δυναστείας. Σε κάποιο σημείο στα τέλη του 11ου αιώνα μετετράπη σε μοναστήρι και ήταν γνωστή ως η "Νέα Μονή". Ο Αυτοκράτορας Ισαάκ Β΄ Άγγελος απογύμνωσε την εκκλησία από την διακόσμηση, τα έπιπλα και τα λειτουργικά σκεύη και τα χρησιμοποίησε για να αποκαταστήσει την εκκλησία του Αγίου Μιχαήλ στο Ανάπλους. Το κτίριο συνέχισε να χρησιμοποιείται από τους Λατίνους και επέζησε από την Παλαιολόγεια περίοδο μέχρι και μετά την Οθωμανική κατάκτηση της Πόλης. Οι Οθωμανοί όμως χρησιμοποίησαν το κτίριο ως πυριτιδαποθήκη. Έτσι, όταν το κτίριο χτυπήθηκε από κεραυνό το 1490 καταστράφηκε και στη συνέχεια κατεδαφίστηκε. Ως αποτέλεσμα, οι μόνες πληροφορίες που έχουμε για την εκκλησία προέρχονται από λογοτεχνικά έργα, ιδίως από το "Vita Basilii" των μέσων του 10ου αιώνα, καθώς και μερικές απλές απεικονίσεις σε χάρτες.