Весной 1992 года началась война в Боснии и Герцеговине, и регулярная хорватская армия и добровольческие подразделения активно перебрасывались в Боснию. Хорватские силы размещались на территориях со значительным процентом хорватского населения и принимали широкое участие в боевых действиях против боснийских сербов и югославской армии, наиболее известным примером стало участие в боях в Посавине, в Западной Боснии (Купрес), а также в Герцеговине. Хорватский Генштаб активно помогал создавать боснийским хорватам свои вооружённые структуры. По мнению российского исследователя Ионова, Генштаб армии боснийских хорватов попросту стал «филиалом» Генштаба Хорватии.