Während des Sezessionskrieges, am 25. Mai 1861, meldete sich Edmonds zur Kompanie F des "2. Michigan Freiwilligen Infanterie Regiments". Edmonds nannte sich selbst "Franklin Flint Thompson", möglicherweise stammt der Mitelname Flint von dem Ort an dem sie sich freiwillig gemeldet hatte: Flint (Michigan). Edmonds fühlte sich verpflichtet, ihrem Land zu dienen, und zeigte sich ihrer neuen Heimat gegenüber ausgesprochen patriotisch. Zunächst diente Edmonds als Feldpfleger und nahm an einer Reihe von Schlachten unter George B. McClellan teil, darunter die erste und zweite Schlacht am Bull Run, Antietam, Fredericksburg und weiteren. Einige Historiker wiesen jedoch darauf hin, dass diese Berichte Edmonds zur gleichen Zeit an verschiedenen Orten platzieren.