Ein von Archäologen freigelegter Grabhügel legt die Vermutung nahe, dass Löwenberg bereits in der Bronzezeit besiedelt war. Schriftlich erwähnt wurde der Ort erstmals im Jahr 1267 als «Loenber», in einer Urkunde zwischen dem Grafen und späteren König Rudolf IV. von Habsburg, und seinem Widersacher Graf Peter II. von Savoyen. Im Spätmittelalter befand sich das Gut im Besitz der Freiburger Adelsfamilie Velga. 1476 befreiten Bern und Freiburg, als neue Besitzer Murtens, den Rebberg von Jakob Velga von den Steuern, da dieser durch die Belagerung und Schlacht bei Murten stark beschädigt wurde. 1511 erwarb Sebastian von Diesbach das Gut. Er hat als Erster heute noch sichtbare Spuren am Herrenhaus hinterlassen. Im 16. und 17. Jahrhundert wechselte das Gut mehrmals den Besitzer und das Hauptgebäude wurde vom Weinbauernhaus zum Landschlösschen ausgebaut. 1794 gelangte Löwenberg schliesslich in den Besitz der Familie de Rougemont, während dessen Besitzdauer viele Um-, Aus- und auch Neubauten getätigt wurden. Denis I. de Rougemont und seine drei Söhne zeichneten sich als Liebhaber und Mäzene hervorragender Architektur aus. Unter anderem gelangten sie in den Besitz des Hôtel DuPeyrou in Neuchâtel, des Bächiguts mit der Chartreuse in Hilterfingen und des Schadaugutes in Thun, wo Denis’ Sohn Alfred das gleichnamige Schloss erbauen liess. Das Hauptgebäude von Löwenberg wurde dieser Zeit in einen repräsentativen Landsitz umgewandelt, verschiedene Wirtschaftsgebäude entstanden und die Umgebung wurde in einen Park englischer Art umgestaltet. Ausserdem erreichte das Gut in dieser Zeit seine grösste Ausdehnung von 250 Jucharten (ca. 75 Hektaren). 1973 wurde das Gut schliesslich an die SBB verkauft. Von 1980 bis 1982 wurde das Ausbildungszentrum gebaut, wobei auch Restaurierungsarbeiten an den historischen Gebäuden durchgeführt wurden.