20 августа 1942 года сменил Отто Тирака на посту президента Народной судебной палаты. Он вёл практически все судебные заседания по заговору 20 июля 1944 года, отправив большинство подсудимых на виселицу (женщин — на гильотину). Фрейслер отличался хладнокровием и безжалостностью по отношению к подсудимым, часто сопровождал заседания откровенными издевательствами; Тирак, занимавший тогда пост министра юстиции, жаловался на него Мартину Борману, утверждая, что его поведение «весьма сомнительное и наносит ущерб серьёзности этого важного акта». Но в то же время Гитлер не мог забыть коммунистического прошлого Фрейслера, во время одного из своих застольных разговоров назвав его «настоящим большевиком, сравнив его с Андреем Вышинским».