14 декабря 2005 года Фердинанд забил свой первый гол за «Юнайтед», открыв счёт в матче английской Премьер-лиги против «Уигана» (4:0). 22 января 2006 года Рио забил единственный и победный мяч «Ливерпулю» ударом головой после подачи Райана Гиггза. «"Красные дьяволы"» финишировали на втором месте в Премьер-лиге, окончательно выбыв из чемпионской гонки после поражения от «Челси» в 37-м туре (3:0). До этого, в феврале 2006 года, «Манчестер Юнайтед» выиграл Кубок Футбольной лиги; Рио Фердинанд вышел в стартовом составе на финальный матч, закончившийся разгромом «Уигана» всё с тем же счётом 4:0. Всего за сезон 2005/06 Рио провёл 52 матча, из них 37 в рамках розыгрыша английской Премьер-лиги.