A háború alatt Koszovóban maradt, és megmenekült a koszovói neves albánok körében a szerb erők által végzett első tisztogatástól. A NATO tévesen jelentette be halálhírét néhány nappal az Allied Force hadművelet után, mert ő ekkor öt héten át a városban bújkált biztonságos házakban, és közben könyvet kezdett írni. Sikerült vonattal Macedóniába menekülnie, de a határról visszafordították. Amikor a vonat visszaindult Pristinába, Aganit a rendőrség leszállította. Holttestét néhány nap múlva Lipjan falu közelében találták meg. Noha a szerb média a Koszovói Felszabadítási Hadsereget tette felelőssé halálért, a család, a Koszovói Felszabadítási Hadsereg és a nyugati politikusok a gyilkosságot a jugoszláv biztonsági erőknek tulajdonították. A német külügyminisztérium felszólította Belgrádot, hogy vizsgálja ki a gyilkosságot, ugyanakkor hozzátette, hogy az ügyben a jugoszláviai háborús bűnöket vizsgáló Nemzetközi Törvényszéknek is el kellene járnia. 2008-ig a gyilkosságot nem derítették fel.