Das Ende des Kalten Krieges und mehr noch der Kampf gegen den Terrorismus machten eine zunehmende Neuausrichtung hin zu einer internationalen Kooperation gegenüber dem internationalen Terrorismus notwendig. Der MI5 war sehr erfolgreich im Kampf gegen den irischen Terrorismus; seine Operationen führten in diesem Zusammenhang zwischen 1992 und 1999 zu 21 Verurteilungen, wobei einige MI5-Aktionen während der Troubles teilweise auch in Großbritannien umstritten sind. Die Zentrale des MI5 in Nordirland befindet sich in den Palace Barracks in Holywood, County Down.