עם זאת, המציאות האלימה בליבריה החריפה ובשנת 1999 פרצה מלחמת אזרחים שנייה, אשר הייתה לקשה יותר מקודמתה. המלחמה ערערה באופן דרסטי את המרקם החברתי הליברי ובשנת 2003, פורסם כי מתים 200 קורבנות ביום כתוצאה ממלחמת האזרחים. במקביל לכך, הואשם הנשיא טיילור בפשעי מלחמה בזמן ועידות אקרה בסיירה לאון.