К концу XVII века вследствие упадка Великого шёлкового пути и непрерывных нападений со стороны джунгар и узбекских государств Сыгнак утратил былую значимость. Центральная часть пустеющего города стала использоваться под кладбище уже в XVII веке. Последним свидетельством современников о Сыгнаке стало упоминание, оставленное арабским учёным Муртадой аз-Забиди во второй половине XVIII века. К середине XIX века жители окончательно покинули старый город.