В ноябре 1990 года, после провозглашения независимости Литвы от СССР, докторант Университета Мичигана Майкл Маккуин, писавший работу по польско-литовскому конфликту в годы Второй мировой войны, получил доступ в вильнюсский архив. Прямые улики против Лилейкиса Маккуин нашёл лишь в четвёртый свой визит в Вильнюс в сентябре 1993 года. Среди множества приказов об арестах и расстрелах, подписанных Лилейкисом, был найден приказ на 6-летнюю девочку и её мать — Фруму и Гиту Каплан. Они были арестованы 28 ноября и убиты в Понарах 22 декабря 1941 года. Было найдено несколько аналогичных приказов за подписью Лилейкиса — о «передаче немецкой полиции безопасности». Это был эвфемизм, скрывающий передачу в руки расстрельной айнзаткоманды Ипатингас бурис.