עם פרוץ האינתיפאדה השנייה נטל הגדוד חלק פעיל בלחימה באיו"ש ואוגדת עזה והמשיך לעסוק במשימות הביטחון השוטף באזורים הללו ולאורך הקו הכחול. במהלך תוכנית ההתנתקות היווה גדוד סער יחד עם גדודי החטיבה וכוחות הנדסה חלק מהמעגל השלישי בפינוי, אשר תפקידו היה לאבטח את יישובי גוש קטיף ולמנוע כל ניסיון לבצע פח"ע כנגד הכוחות המפנים.