Successivamente in alcuni comuni il PC prese parte alle elezioni amministrative italiane del 2016 senza però eleggere sindaci. A Torino il candidato del PC fu lo stesso segretario generale Rizzo, che ottenne lo 0,86%, a Roma fu candidato Alessandro Mustillo del Fronte della Gioventù Comunista (FGC) che prese lo 0,80% mentre a Napoli Nunzia Amura raccolse solamente lo 0,26% dei voti. In seguito alle amministrative il 12 agosto 2016 il PC si dotò anche di un'organizzazione giovanile sottoscrivendo un patto d'azione con il FGC guidato da Alessandro Mustillo. In opposizione con il governo Renzi il 4 dicembre 2016 il PC si schierò per il «No» al referendum costituzionale, ritenendo la riforma costituzionale Renzi-Boschi come funzionale agli interessi del grande capitale in quanto volto a facilitare politiche antipopolari da parte dei governi.