Als die FIS verboten wurde, ging die Mehrzahl ihrer Mitglieder in den Untergrund und ein Bürgerkrieg begann. Dieser Auseinandersetzung zwischen radikalen Islamisten und der Armee fielen seither über 120.000 Menschen zum Opfer. Auch nachdem die Regierung am 30. Januar 1994 an Präsident Liamine Zéroual (1994–1999) übergeben worden war, dauerten die Terroraktionen der Islamisten an. Die Sicherheitskräfte konnten seit 1995 einige Erfolge erzielen. Unter den Islamisten kam es zu mehreren Spaltungen, deren radikalste Fraktion die Groupe Islamique Armé war. Sie war für die brutalsten Terroranschläge verantwortlich; sogar die FIS distanzierte sich von der Gruppierung. 1996 trat nach einem Referendum eine neue Verfassung in Kraft.