A federação trouxe um aumento das tensões, incluindo um conflito com a Indonésia, a saída de Singapura da federação em 1965, além de conflitos étnicos que culminaram nos distúrbios raciais de 13 de maio de 1969. Depois dos tumultos, a controversa "Nova Política Econômica" foi lançada pelo primeiro-ministro Tun Abdul Razak com o objetivo de aumentar a parcela da economia realizada pelos "bumiputera", termo usado para os malaios étnicos. Durante o governo do primeiro-ministro Mahathir bin Mohamad, houve um período de rápido crescimento econômico e urbanização no início da década de 1980. A economia deixou de ser baseada na agricultura para ter como base a manufatura e a indústria. Vários megaprojetos foram concluídos, como as Petronas Towers, a Autoestrada Norte-Sul, o Super Corredor Multimídia e a nova capital administrativa federal de Putrajaia. No entanto, no final de 1990 a crise financeira asiática quase causou o colapso da moeda local e dos mercados de ações e imobiliário.