Er arbeitete in der Folge wieder in seinem Heimatland, war bis 2005 Trainer an einer Basketballschule sowie teils gleichzeitig für den litauischen Verband tätig, in dessen Auftrag er Junioren-Nationalmannschaften trainierte. 2005 gewann Litauens U20-Nationalmannschaft unter Lukošius die Silbermedaille bei der Europameisterschaft. 2007 führte er die litauische Studentenauswahl zur Goldmedaille bei der Universiade in Bangkok.