El 28 de noviembre de 1999, después de una guerra civil devastadora y con la deposición de Vieira, se realizaron nuevas elecciones presidenciales. Kumba Ialá terminó con el primer lugar con el 38,81% de los votos seguido por el presidente interino y candidato del PAIGC, Malam Bacai Sanhá, que alcanzó 23.37% de los votos. Se realizó, conforme al sistema electoral bisauguineano, el 16 de enero de 2000 una segunda vuelta en la que venció fácilmente Ialá con los 72% de los votos sobre su adversario.