Jan Petersen ble utenriksminister i den nye regjeringen utgått av Høyre, Venstre og Kristelig Folkeparti, der Fremskrittspartiet var støtteparti. Terrorangrepet 11. september 2001 i USA skjerpet kravene til beredskap og sikkerhetsrutiner, for eksempel i flytrafikken. Spørsmålet om norsk deltagelse i krigen i Irak i 2003 skapte uenighet i regjeringen. Pettersen var svært opptatt av å støtte USAs planlagte angrep på Irak. Men etter at FNs sikkerhetsråd mislyktes i å formulere en resolusjon til støtte for krigen, måtte Petersen uttrykke motstand mot invasjonen.