アイランドNo.10を占領した後、ミシシッピ軍は3個師団に再編され、ヘンリー・ハレック少将の西部方面軍集団の左翼を務めた。左翼には、南西部軍（Army of the Southwest）からジェファーソン・デービス（）の師団も追加された。コリンスの包囲戦の間、ミシシッピ軍は、それぞれ2個師団からなる2翼に編成され、左翼（第1師団および第2師団）はウィリアム・ローズクランズ少将が、右翼（第3師団および第4師団）はハミルトン准将が率いた。コリンス占領後、ポープはバージニア軍司令官に転任し、ローズクランズがミシシッピ軍司令官に就任した。ミシシッピ軍はコリンスに配置されたが、テネシー軍からの2個師団の援軍を受けてイウカの戦いおよび第二次コリンスの戦いに勝利した。その後、ローズクランズはオハイオ軍に転任となり、ミシシッピ軍は解散され、部隊は第13軍団と第14軍団に配属された。