1939 wurde die Universität durch die deutsche Besatzungsmacht geschlossen (Sonderaktion Prag). Einige Professoren und Studenten der Universität schlossen sich dem Widerstand an, darunter unter anderen Vojtěch Rosický, Jan Jebavý, Jan Uher und Josef Tvrdý. Heute erinnern in Brünn Stolpersteine, bzw. Gedenksteine an diese Widerstandskämpfer. Nach dem Weltkrieg wurde die Wiederherstellung der Juristischen Fakultät durch den kommunistischen Putsch im Jahre 1948 verlangsamt und endete schließlich mit ihrer Abschaffung im Jahre 1950. 1953 wurde die Pädagogische Fakultät (gegr. 1946) ausgegliedert, und der Universität verblieben nur drei Fakultäten. 1960 wurde durch Staatsbeschluss die Pharmazeutische Fakultät geschlossen, und die Universität wurde nach dem tschechischen Biologen Jan Evangelista Purkyně umbenannt, da Masaryk, der Gründer der westlich orientierten Tschechoslowakischen Republik, für das kommunistischen Regime eine Persona non grata war. Im Jahr 1964 wurde die Pädagogische Fakultät wieder eingegliedert und im Jahr 1969 die Juristische Fakultät neu eröffnet.