1939年春のチェコの保護領化（ベーメン・メーレン保護領下）の際にプラハの保安警察署長となる。ベーメン・メーレン保護領のすべてのゲシュタポを指揮する権限を握った。「プラハ特別行動」（）の一環で高等教育を廃止し、1500人の学生をザクセンハウゼン強制収容所へ移送した。1940年10月10日にはハイドリヒ、ハンス・フランク、アドルフ・アイヒマンらのユダヤ人強制移送についての会合に参加。1941年10月21日に親衛隊大佐（SS-Standartenführer）に昇進し、プラハの保安警察及びSD指揮官(BdS)に任命される。1942年6月、プラハで起こったハイドリヒ暗殺（エンスラポイド作戦）に対する報復処刑の指揮にあたった。悪名高きリディツェ村の虐殺も彼の発案による。