Seu governo foi marcado por um intenso clima de rebeliões. Em 1892, foi publicado o Manifesto dos 13 generais, que tinha por finalidade contestar a legitimidade do governo de Floriano — constitucionalmente, ele deveria convocar novas eleições, em vez de assumir a presidência até o término do mandato de Deodoro. A Segunda Revolta da Armada, resultado de diversos conflitos entre o Exército e a Marinha, e a Revolução Federalista, crise política que buscava depor o governador gaúcho Júlio de Castilhos, eclodiram ambos em 1893. Floriano debelou estes conflitos violentamente, consolidando-se no poder, o que lhe fez ganhar a alcunha de "Marechal de Ferro". O culto à sua personalidade, denominado florianismo, foi o primeiro fenômeno político de expressão focalizado em torno da figura de um personagem republicano no Brasil.