Kiedy Napoleon został pierwszym konsulem, Macdonald dowodził prawym skrzydłem Armii Renu i za swoje akcje zyskał podziw Bonapartego, ale łaski utracił w 1805 na skutek udziału w antynapoleońskich intrygach. Będąc jednak niezbędny dla cesarza jako ekspert wojskowy wrócił do czynnej służby w 1809 i wkrótce decydująco przyczynił się do zwycięstwa nad Austrią pod Wagram, po czym został marszałkiem.