באפריל 1941 פלשו כוחות גרמניה הנאצית והונגריה, לממלכת יוגוסלביה וכבשו אותה, ואזור בוסניה צורף לקרואטיה העצמאית, שהייתה למעשה גרורה גרמנית. השלטון הגרמני נמשך בבוסניה כמעט עד סוף מלחמת העולם השנייה, ולאחר המלחמה חזרה בוסניה להיות חלק מיוגוסלביה בראשותו של טיטו.