Gisèle van Waterschoot van der Gracht est née à La Haye, aux Pays-Bas, en 1912. Sa mère, Joséphine von Hammer Purgstall, est une baronne. Son père, Willem Waterschoot van der Gracht, est un géologue qui travaille pour le Royal Dutch Shell. Elle passe une partie de sa jeunesse aux États-Unis et retourne aux Pays-Bas après le krach boursier de 1929. De retour en Europe, elle étudie l'art du vitrail avec et se lie d'amitié avec le poète néerlandais Adriaan Roland Holst. Elle termine également une année d'études à l'École des beaux-arts de Paris.