Bei der U-21-Fußball-Europameisterschaft 2009 leitete er das Finale, das Deutschland 4:0 gegen England gewann. Das Finale des UEFA Super Cups 2011 zwischen dem FC Barcelona und dem FC Porto im Stade Louis II in Monaco leitete er ebenfalls. Bei der Fußball-Europameisterschaft 2012 wurde er eingesetzt. Er kam bei zwei Partien zum Einsatz. Am 15. Mai 2013 leitete Kuipers das Finale der UEFA Europa League in Amsterdam zwischen Benfica Lissabon und dem FC Chelsea. Im Jahr 2013 war er beim Confederations Cup in Brasilien als einer von zehn Schiedsrichtern im Einsatz. Am 24. Mai 2014 leitete er außerdem das UEFA-Champions-League-Finale 2014 in Lissabon zwischen Real Madrid und Atlético Madrid. Bei der Weltmeisterschaft 2014 in Brasilien pfiff er drei Partien, zwei in der Gruppenphase und ein Achtelfinale.