Concourant initialement pour l'Allemagne, Michael Möllinger a concouru à partir de 2003 pour la Suisse (nationalité de sa mère) et change de club pour le SC Einsiedeln. Il a été champion de Suisse en 2004 et 2005. Rapidement dans l'élite, il obtient des résultats, comme sa huitième place à Courchevel sur le Grand Prix d'été 2004. En novembre 2004, il réalise ses meilleures performances dans la Coupe du monde à Lahti, y étant classé douzième et dixième. Deux mois plus tard, il prend part aux Championnats du monde à Oberstdorf, en Allemagne, sans pénétrer dans le top 30.