Shaqiri blev schweizisk medborgare genom naturalisation. Han gjorde sin debut för U21-landslaget den 14 november 2009 mot Turkiet i EM-kvalet. Schweiz vann med 3-1 och Shaqiri blev utbytt i 60: minuten. Hans första mål för U21-landslaget kom den 11 juni 2011 i U21-EM mot Danmark då han gjorde matchens enda mål. Shaqiris debut för det schweiziska landslaget var i en vänskapsmatch mot Uruguay den 3 mars 2010. Uruguay förlorade matchen med 3-1. Han gjorde sitt första mål för Schweiz den 7 september 2010 mot England i kvalet till EM 2012. Matchen slutade 3-1 till England.. Han gjorde dessutom tre mål i VM 2014, alla tre i samma match.