נסיגה בהתפתות הקהילה היהודית במינסק נרשמה בימי מרד חמלניצקי בשנת 1648 ובזמן מלחמת רוסיה–פולין (1654–1667) כאשר בעקבות כיבוש האזור על ידי רוסיה הצארית בשנת 1655 ופרעות שבוצעו ביהודים הם נטשו את העיר. ככל הנראה בעקבות עזיבת היהודים הם לא סבלו מגזרות ת"ח–ת"ט. מסיבה זו הם לא סבלו ממגפת הדבר שהשתוללה באותן שנים בעיר.