Czarniecki a participat în mod activ la bătăliile împotriva cazacilor din timpul Răscoalei lui Hmelnițiki. Pe 16 mai 1648, el fost luat prizonier împreună cu numeroși alți nobili polonezi de către cazaci, după Bătălia de la Żółte Wody, dar a fost eliberat după plata unei răscumpărări. El a participat la apărarea fortăreței Kudak, a cărei garnizoane a fost obligată să capituleze pe 26 septembrie. Czarniecki a fost luat prizonier a doua oară și a fost eliberat doar în toamna anului 1649, după semnarea tratatului de la Zborov. Czarniecki și-a continuat serviciul militar în unitatea de husari a hatmanului Mikołaj Potocki. Sub comanda hatmanului a îndeplinit funcția de judecător militar și, ca membru al statului său major, a participat la întâlnirea cu regele Poloniei, Ioan Cazimir al II-lea Vasa. A luat parte la bătăliile de la Beresteczko și Białą Cerkwią (Bila Țerkva) din 1651. A primit titlul de stegar de Sandomierz și a fost ales ca deputat al armatei pentru Seimul din ianuarie 1652. După reîntoarcerea de la lucrările Seimului, a fost martorul (după cum afirmă Nagielski) la masacrarea prizonierilor polonezi după înfrângerea forțelor Rzeczpospolitei în bătălia de la Batoh. Acest eveniment l-ar fi făcut pe Czarniecki să respingă orice compromis cu inamicii. Pe de altă parte, Podhorodecki arată că istoricul Wojciech Jacek Długołecki nu crede în prezența lui Czarniecki pe câmpul de luptă de la Batoh, neexistând dovezi credibile pentru susținerea acestei ipoteze. Uciderea prizonierilor polonezi nu a făcut decât să întețească conflictul polono-ucrainean. Într-o scrisoare, Czariecki avea să afirme că, dacă i s-ar pune la dispoziție o forță militară suficient de mare, el i-ar ucide pe majoritatea rutenilor.