Le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale est un tournant dans la vie de Stryjkowski. Il réussit à se rendre de Varsovie à Lwów où il accueille avec espoir l'invasion soviétique de la Pologne. Dès octobre 1939, il travaille dans la rédaction du journal "Étendard rouge" contrôlé par les autorités d'occupation soviétiques. En février 1941, il est expulsé du journal et il passe à la station de radio polonaise où il travaille comme journaliste jusqu'en juin 1941. Après l'attaque allemande contre l'Union soviétique, Stryjkowski passe à Kiev puis Kharkiv et il atteint Stalingrad, puis Tachkent. Il reste quelque temps en Ouzbékistan et travaille dans des usines. Au milieu de 1943, il s'installe à Moscou où grâce à l'aide de Wanda Wasilewska il est engagé dans l'hebdomadaire "Pologne libre" publié par l'Union pro-soviétique des patriotes polonais qu'elle dirige. Stryjkowski décrira plus tard cette période dans le roman "La" "Grande Peur" (1980) publié hors censure.