Мурси был депутатом нижней палаты парламента с 2000 по 2005 год как независимый кандидат, потому что Братьям-мусульманам было запрещено занимать государственные должности при президенте Хосни Мубараке. При этом в организации Братьев-мусульман возглавлял отдел по международным делам, был инициатором создания Египетского комитета сопротивления сионизму. В 2010 году Мурси стал официальным представителем Братьев-мусульман, вошёл в Высший совет организации. 25 января 2011 году он принимал активное участие в выступлениях против президента Мубарака, 28 января был арестован и помещён в тюрьму, но в разгар революции сбежал. С апреля 2011 по июнь 2012 года Мурси был председателем Партии свободы и справедливости, политического крыла Братьев-мусульман.