במהלך מלחמת האזרחים של גאורגיה (1992-1993) בין חסידי הנשיא המודח גמסחורדיה, הזוויאדיסטים, ומתנגדיו, תמך גיאורגדזה בשוורדנדזה, ובשנת 1993, הוא מונה לשר לביטחון לאומי של גאורגיה. בתקופת כהונתו קידם גיאורגדזה את היחסים עם השירותים החשאיים של רוסיה, וגברה השפעתו בממשלה הגאורגית.