Englantiin palanneen Pennin poliittinen vaikutusvalta lisääntyi, kun hänen ystäväpiiriinsä kuulunut kuninkaan veli vuonna 1685 nousi valtaistuimelle nimellä Jaakko II. Penn sai aikaiseksi satojen uskonsa vuoksi vangittujen kveekarien vapauttamisen vankeudesta. Hän tuki Jaakko II:n vuonna 1687 antamaa suvaitsevaisuusjulistusta ("Declaration of Indulgence"). Mainion vallankumouksen jälkeen vuonna 1689 säädetty uskonnonvapauslaki ("Act of Toleration") toteutti lopullisesti Pennin toiveet, mutta läheiset suhteet syrjäytettyyn kuningas Jaakkoon ja Stuartien hallitsijasukuun tekivät hänen henkilökohtaisen asemansa jälleen vaikeaksi Vilhelm III:n noustua valtaistuimelle. Jouduttuaan vetäytymään syrjään julkisesta elämästä Penn kirjoitti muun muassa teoksensa "An Essay Towards the Present and Future Peace of Europe" (1693), jossa hän ehdotti kansainvälisen organisaation perustamista sotien ehkäisemiseksi Euroopassa. Pennin ehdotus on nähty varhaisena esimerkkinä Euroopan yhdysvallat -ideasta. Hän laati seuraavina vuosina myös kirjan kveekarien historiasta sekä vuonna 1696 suunnitelman Pohjois-Amerikan siirtokuntien liitoksi.