In dezelfde periode brak er in Kosovo een burgeroorlog uit tussen etnische Albanezen en Serviërs. De Albanezen in Kosovo beschikten in tegenstelling tot de Serviërs, die destijds onderdeel waren van Joegoslavië, niet over een nationaal leger. De Albanezen aldaar richtten het paramillitaire UÇK op die het opnamen tegen de Serviërs. Het Albanese leger kon zich geen oorlog veroorloven tegen Joegoslavië nadat een jaar eerder het land Albanië in strijd was met haar eigen burgers. Het Albanese leger steunde het UÇK en vond dat zij in haar recht stond om zich te mogen verdedigen. Het Albanese leger verschafte munitie en wapens aan de Albanese guerilla's in Kosovo, ook nam het Albanese leger deel aan sommige veldslagen in Kosovo samen met de Noord-Atlantische Verdragsorganisatie, waaronder de Slag bij Kosare. De vrede in Kosovo keerde terug. Albanië ving gedurende de oorlog vele Albanese vluchtelingen uit Kosovo op.