Şapsığlar, Kırım Hanlığı’na karşı savaşan diğer Çerkesleri desteklediler. Kafkas Savaşı’nda Çarlık Rusya’sının en radikal düşmanları arasında yer aldılar ve bu savaşta 1859 yılında Şeyh Şamil’e katıldılar. 1860 yılının hemen başında Meclis Şapsığların, Ubıhların ve Natuhayların birleşmesi kararını aldı. Savaştan yenilgiyle çıkılması ve Rus güçlerinin topraklarına girmesi üzerine, 1864’te Şapsığların ve Ubıhların çoğunluğu Osmanlı topraklarına göç etmek zorunda kaldı.Bu göçten sonra Kafkasya’da 2000 kadar Şapsığ kaldı.