Когда Литва была включена в состав СССР в 1940 году, Лилейкис уехал в Германию и в июне 1941 обращался за получением немецкого гражданства. 20 августа 1941 Лилейкис вернулся в оккупированную немцами Литву. Он руководил вильнюсским отделением созданной оккупантами литовской полиции безопасности. Немедленно после вступления в должность Лилейкис реорганизовал работу полиции безопасности по модели гестапо — с созданием специального отдела по евреям и коммунистам (). К исключительной компетенции полиции безопасности были отнесены евреи-подпольщики, евреи, подозревавшиеся в связях с коммунистами, лица помогавшие евреям и евреи, бежавшие из гетто. Согласно инструкциям Лилейкиса, обычная полиция евреев, которые нарушали антиеврейские указы (например, требование носить жёлтую звезду или запрет покупки еды на рынке), просто отправляла в тюрьму с последующим расстрелом в Понарах.