ב-1526 נתמנה על ידי קלמנס השביעי לסגן המפקד העליון של כוחות האפיפיור. בתפקידו זה היה עד מרחוק לביזת רומא ולמעצרו של האפיפיור, מאורעות שהעיקו על מצפונו, משום שלפני כן יעץ לו לצאת למלחמה. למרות זאת, האפיפיור מינה אותו למושל בולוניה ב-1531, משרה שבה החזיק עד 1534, כאשר התפטר מתפקידו עם בחירתו של פאולוס השלישי לאפיפיור, ושב להתגורר בפירנצה.