Semasa Perang Dunia Kedua dan perang kemerdekaan Indonesia, kawalan Balai Pustaka berubah tangan dua kali. Selepas Belanda menyerah kalah, orang Jepun memberikan kawalan Balai Pustaka kepada orang asli Indonesia. Ia kemudiannya diundur semula oleh Belanda pada bulan Julai 1947, dan kemudian secara rasmi kembali kepada kawalan Indonesia pada tahun 1949 ketika Belanda secara rasmi memperakui kemerdekaan Indonesia.