Появление в Польше Суворова с полками заставило поляков быть очень осторожными. Костюшко во что бы то ни стало решил помешать соединению двух русских армий и дал сражение Ферзену у Мацеёвиц. Бой закончился полным поражением поляков, причём Костюшко был взят в плен Лысенко, за что последний был награждён чином поручика. Отправленный с донесением об этом деле в Петербург, Лысенко происками недоброжелателей был возвращён обратно. Более того, он был предан суду за то, что ранил польского полководца. После продолжительных мытарств Лысенко оправдали, но он был вынужден выйти в отставку в ноябре 1798 года. После отставки Лысенко поселился на Украине и с 1805 года служил на почтамте.