Finanziell unterstützt wurde diese Gründung vom Unterrichtsministerium und der Österreichischen Industriellenvereinigung. Das Unterrichtsministerium entschloss sich allerdings 1958, das „Ost- und Südosteuropa-Institut (OST)“ zu gründen und hat damit wesentliche Aktivitäten nicht mehr über das FID abgewickelt. Ein Angebot auf ein Zusammengehen mit dem „Donaueuropäischen Institut“, das 1926 gegründet, 1947 erneuert und heute als „Organisation für Internationale Wirtschaftsbeziehungen (OIER)“ firmiert, kam nicht zustande. Unter dem Eindruck des Einmarsches sowjetischer Truppen in die Tschechoslowakei am 21. August 1969 wurde die Idee der friedlichen Koexistenz mit den Staaten im Einflussbereich der Sowjetunion in Frage gestellt. Die österreichischen Ministerien stellten aber aus realpolitischen Überlegungen nach der Konstituierung einer kommunistischen Alleinregierung in Prag die Unterstützung für das FID ein. Dies führte im Herbst 1970 auf einer Vorstandssitzung zum Antrag auf Auflösung des Instituts. Hornbostel trat Ende 1970 als Vorsitzender zurück, in dieser Funktion folgten ihm Felix Ermacora und Norbert Lesernach. Es wurden aber nicht alle Aktivitäten eingestellt, sondern die Zeitschrift „Der Donauraum“, die seit 1956 erscheint, sollte weiter erhalten bleiben; seit 1993 wird sie vom neu strukturierten „Institut für den Donauraum und Mitteleuropa“ herausgegeben.