Dobrobytu miasta nie podkopały najazdy husyckie w XV wieku, ponad stuletni (1435–1558) konflikt z pobliskim Kieżmarkiem o prawo składu ani nawet najazd turecki i wywołane nim zubożenie Węgier. Uległy jednak zmianie trasy szlaków handlowych – "Via Magna" straciła na znaczeniu. W epoce powstań antyhabsburskich w XVII i początkach XVIII w., gdy przez miasto wielokrotnie przewalały się najróżniejsze oddziały wojsk, obciążające je kontrybucjami i rekwizycjami, rozpoczął się okres stagnacji w procesie jego rozwoju. Szczególnie dolegliwe było długotrwałe oblężenie miasta przez wojska cesarskie w 1710 r., w końcowym okresie powstania Franciszka Rakoczego, oraz szalejąca w następnym roku zaraza. Tym niemniej i w tym okresie przez Lewoczę przechodziła znaczna część handlu między Węgrami a Polską. W drugiej połowie XVII w. w tutejszej drukarni Brewerów wychodzi połowa wszystkich książek drukowanych na obszarze dzisiejszej Słowacji.