第二次世界大戦後のギリシャ内戦においてもイピロスの山岳地帯が激しい戦闘の場となった。1949年、アルバニア国境ので最後の戦闘が行われ、左派のDSEの敗北によって内戦は終結した。DSEを支援していたアルバニアとギリシャの戦争状態は、イピロスの領有権問題などの要素も相まって公式には1987年まで残った。1980年代から、ギリシャが北イピロスに対する領有権を取り下げ、両国の間の戦争状態を終結させるなど、関係改善の努力が行われた。