La guerra prosegue ma Scipione si ammala e viene portato a Elea, sulla costa. Appresa la notizia, Antioco gli riconsegna il figlio prigioniero. Scipione consiglia alla delegazione di Antioco di non scendere in battaglia fino a quando egli non fosse ritornato al campo. Con tale consiglio, egli sottintendeva che se fosse stato lui al comando delle operazioni, Antioco in caso di sconfitta avrebbe avuta salva la vita. Tuttavia Antioco, contando su un esercito grande più del doppio di quello romano, attacca battaglia presso Magnesia (oggi Manisa). Viene sconfitto ma la mancanza di Scipione si fa sentire: infatti solo grazie alla risolutezza del tribuno che comandava le truppe romane sul fianco sinistro, queste non furono messe in rotta dalla cavalleria di Antioco. Antioco riesce a fuggire, rifugiandosi prima a Sardi, poi ad Apamea. Le condizioni di pace fissate dai romani furono: Antioco doveva ritirarsi oltre la catena del Tauro, pagare le spese di guerra e consegnare Annibale. Questi, appena conosciuta tale clausola, scappa a Creta. Considerata la situazione disperata di Antioco si trattava di condizioni di pace moderate e clementi. Attraverso di esse, come già aveva fatto in Africa, Scipione mira ad assicurare il predominio e l'influenza romana in maniera pacifica, non attraverso annessioni. I romani così avevano conquistato l'Asia Minore, come la Grecia, in un solo colpo.