Higuaín commence la saison 2011-2012 après deux semaines de vacances après la Copa América 2011. Il participe alors à la tournée en Chine du Real Madrid. Il marque un but lors des deux matchs mais Karim Benzema, son principal concurrent, se montre plus convaincant. Higuaín commence alors la saison sur le banc. Il rentre en cours de jeu lors des deux matchs de Supercopa face au FC Barcelone. Le rival barcelonais gagne la compétition 5-4 score cumulée (2-2 et 3-2). Higuaín marque son troisième hat trick face à l'Espanyol Barcelone pour une victoire sur un score sans appel de 4-0. Le , Il réalise un autre hat trick face au Betis Séville permettant à son équipe de l'emporter 4-1. Le , Gonzalo Higuaín ouvre le score contre Malaga CF à la suivi d'un triplé de Cristiano Ronaldo pour un score final de 4-0. La concurrence avec Karim Benzema est totalement relancée à la suite de ces bonnes prestations. Gonzalo Higuaín clôt la saison avec un total de 22 buts en championnat et prouve qu'il est vital aux "Merengues". Lors de la première journée des , il inscrit un triplé lors de la victoire (4-1) de l'Argentine sur le Chili.