Pada tahun 499 SM, tiran di Miletos, yaitu Aristagoras, mulai melakukan ekspedisi untuk menaklukkan Pulau Naxos, dengan dukungan Persia; Namun, ekspedisi itu berakhir dengan kegagalan dan Aristagoras pun akhirnya dipecat. Aristagoras lalu menghasut kota-kota Yunani di Asia Kecil untuk memberontak melawan Persia. Ini adalah awal dari Pemberontakan Ionia, yang berlangsung sampai tahun 493 SM, dan dalam perkembangannya menyeret lebih banyak daerah di Asia Kecil ke dalam konflik. Aristagoras memperoleh bantuan militer dari Athena dan Eretria. Pada tahun 498 SM, pasukan Athena dan Eretria membakar ibu kota regional Persia di Asia Kecil, yaitu Kota Sardis. Kaisar Persia, Darius yang Agung marah dan bersumpah akan membalas Athena dan Eretria atas tindakan mereka. Pemberontakan terus berlanjut, dan kedua belah pihak menemui jalan buntu sepanjang 497–495 SM. Pada tahun 494 SM, Persia menyerang pusat pemberontakan di Miletos. Pada Pertempuran Lade, pasukan Ionia mengalami kekalahan telak dan pemberontakan pun berakhir, dan sisa-sisanya dibasmi pada tahun berikutnya.