Када се Јапан после Хидејошијеве смрти (1598) поделио на присталице Хидејошијеве династије, које је предводио Ишида Мицунари, и побуњенике под вођством Ијејасу Токугаве, Кониши се определио за лојалисте. Погубљен је непосредно после битке код Секигахаре (1600) пошто се, као лојалиста породице Тојотоми, борио против будућег шогуна Токугаве. Његови поседи додељени су његовом дугогодишњем ривалу и суседу Като Кијомаси.