A japán nagydíjon Prost mögött autózott, amikor a célegyenes előtti sikánban próbálta megelőzni a másik McLarent. Prost a jobbos kanyarban nekiment a mellé érkező Sennának és mindketten kicsúsztak. A francia kiesett, míg Senna autóját megtolták és folytatta a versenyt, amit meg is nyert. Utólag azonban diszkvalifikálták a mesterséges indítás, a sikán levágása, valamint a bokszutca vonalára való ráhajtása miatt. A kizárás miatt így Alessandro Nannini megszerezte egyetlen futamgyőzelmét a Benetton-Forddal, és Prost megnyerte harmadik világbajnoki címét. A McLaren óvást adott be, de elutasították, sőt Senna pénzbüntetést és egy versenyre szóló eltiltást kapott, hat hónapra felfüggesztve. Az ideiglenesen felfüggesztett szerződése miatt 1989 telén vitába keveredett az FIA elnökével. Az utolsó (esős) versenyen, Adelaide-ben Senna a pole-ból indulva kicsúszott, majd hátulról nekiment a lekörözendő Martin Brundle Brabhamjébe.