Mitte der 1990er Jahre begann Mujezinović seine politische Laufbahn in der Lokalpolitik und war – noch während der Belagerung der Stadt – zunächst von 1994 bis 1995 Gemeindepräsident und dann bis 1996 Bürgermeister der Gemeinde Sarajevo-Stari Grad („Sarajevo-Altstadt“). Im Anschluss wurde er im Oktober 1996 erster Premierminister und danach von Mai 1998 bis Juni 2000 Gouverneur des Kantons Sarajevo.