Nel corso della stagione 2008-2009 per la prima volta Inti Pestoni fu convocato nella nazionale Under-18 per disputare quattro amichevoli, nelle quali fornì due assist. Fra il 2010 e 2011 con la selezione Under-19 partecipò al World Junior A Challenge, mentre con la formazione nazionale Under-20 prese parte al Campionato mondiale di hockey su ghiaccio Under-20 2011, occasione in cui con sette punti in sei gare si aggiudicò il titolo di capocannoniere della squadra. In occasione di alcune amichevoli in preparazione del mondiale Under-20 Pestoni in 12 partite mise a segno 14 reti e 4 assist.