Sotilaskomitea toteutti vallankaappauksen maaliskuussa 1963 ja Hafiz kutsuttiin takaisin Syyriaan. Vallankaappaajat ylensivät Hafizin kenraaliluutnantiksi ja nimesivät hänet maan sisäministeriksi. Kesäkuussa hänestä tuli edelleen puolustusministeri, sekä heinäkuussa esikuntapäällikkö ja vallankumouskomitean puheenjohtaja. Puheenjohtajuus vastasi maan päämiehen asemaa. Marraskuussa hän syrjäytti Salah al-Din al-Bitarin Syyrian pääministerinä. Hafiz joutui eroamaan pääministerin tehtävästään Haman kapinan puhjettua huhtikuussa 1964, mutta palasi jälleen asemaansa vielä saman vuoden syyskuussa.