El 10 de julio de 1863 llegó al Puerto del Callao la “Expedición Científica” española al mando del almirante don Luis Pinzón. El 5 de agosto de 1863 asumió el poder el General Pezet llamando el 2 de septiembre al servicio activo al personal del ejército en situación de licencia indefinida. Al reincorporarse al servicio, Juan Barreto obtuvo el grado de Teniente Coronel a la edad de 45 años. Posteriormente obtuvo el grado de Coronel de Infantería el 28 de agosto de 1865 desempeñando el puesto de Sub-Prefecto del Callao a partir del 18 de noviembre de 1865. Intervino Combate del 2 de Mayo en El Callao. El 14 de junio de 1866 es pasado a la situación de licencia indefinida.