Свою тренерскую карьеру поляк начал во второй команде «Осасуны». Летом 2007 Урбан принял предложение варшавской «Легии» занять должность главного тренера, а это означало, что он возвращается в Польшу впервые за последние 9 лет. В период Евро 2008 польский специалист работал одним из ассистентов тогдашнего тренера сборной Польши Лео Беенхаккера. 14 марта 2010 его отстранили от обязанностей главного тренера «Легии», но уже 30 мая 2012 его снова назначили на прежнюю должность. За время двухлетнего перерыва в работе с варшавским клубом Урбан успел потренировать «Полонию» (Бытом) и «Заглембе» (Любин). В сезоне 2012/13 Ян выиграл с «Легией» чемпионат и Кубок Польши. В конце 2013 года покинул варшавский клуб.