In 568 vielen de Longobarden Italië binnen, maar hij kon geen actie tegen hen ondernemen omdat zijn aandacht werd opgeëist door de Avaren die in opstand kwamen in Dalmatië. Na een periode van drie jaar was Justinus II gedwongen een verdrag met hen te sluiten en moest hij aan hen een bedrag van 80.000 zilverstukken betalen. In 571 brak ook in Armenië opstand uit, tegen de Sassaniden. De Armeniërs vroegen Justinus om hulp, wat hij niet kon negeren. In 572 brak de oorlog uit tussen de Byzantijnen en Sassaniden. Tijdens Justinus' bewind vonden de eerste Turkse invallen van het rijk plaats. De Turken veroverden een gebied op de Krim op de Byzantijnen.