Als Oberstleutnant und Regimentschef kehrte Mörner 1693 zu dem königlich-schwedischen Leibtrabanten zurück. Ab 1694 war er Oberst und Kommandeur des Östgöta-Kavallerieregiments. Er stieg im Jahr 1700 zu Beginn des Großen Nordischen Krieges zum Generalmajor der Kavallerie und, nach dem er im selben Jahr an der Landung bei Humlebæk, 1701 an der Schlacht an der Düna, 1702 an der bei Wilna und der bei Klissow sowie 1703 an der Belagerung von Thorn teilgenommen hatte, 1704 zum Generalleutnant der Kavallerie auf. 1711 avancierte er General der Kavallerie und war von 1712 bis 1716 Gouverneur in Göteborg und Bohuslän. 1716 wurde er königlicher Rat sowie Generalgouverneur von Göteborg und Bohuslän, Närke und Värmland, Halland, Skaraborg und Älvsborgs län, was er bis 1719 blieb. Er wurde zum Feldmarschall ernannt, war 1717 an der Abwehr des Angriffs auf Göteborg beteiligt und nahm an der Verteidigung von Frederikshald gegen die Dänen als auch an den Kampagnen in Norwegen 1716 und 1718 teil. Seine Tour beschloss er als Präsident des Göta hovrätt, zu welchem er 1719 ernannt wurde und was er bis zu seinem Tode auch blieb.