Nel resto della stagione 2000-2001, con la Fiorentina già qualificata per la finale di Coppa Italia, Mancini riuscì a vincere il trofeo nella doppia finale contro il allenato da Renzo Ulivieri: si trattò del suo primo titolo da allenatore, nonché del sesto trionfo della squadra gigliata in tale torneo. Nel frattempo, in campionato giunse al nono posto finale.