לאחר הסכמי אדיס אבבה ב-1972 בין מנהיגי המורדים לממשלה הצטרף לצבא סודאן ושירת תחילה בדרגת סמל. הגיע עם הזמן עד לדרגת לוטננט-קולונל. בשנת 1983 התחדשה מלחמת האזרחים וקיר שמצא עצמו תחת פיקודו של ג'ון גראנג דה מודיור ערק מהצבא יחד איתו ועם קצינים שחורים אחרים והשתתף בהקמת התנועה העממית לשחרור סודאן (SPLM). במלחמת האזרחים הסודאנית השנייה. גראנג, שהיה בעל ניסיון צבאי מועט יחסית, הסתמך על לוחמי האניאניה הוותיקים, בהם קיר, שמונה ב-1990 למפקד הזרוע הצבאית של צבא המורדים. ניסיון להעביר את קיר מתפקידו בשנת 2004 הביא כמעט להתפצלות הארגון.