Rudolf Perešin sam in njegova prva lovska eskadrilja so opravljali mnoge bojne naloge in branili Zagreb ter Hrvaški zračni prostor. Tako je bilo tudi 2. maja 1995, drugega dne Operacije Blisk: v zgodnjih jutranjih urah, ko je opravljal bojno nalogo. Napadal je most na katerem je bil pozneje tudi zamenjan za nekaj srbskih pripadnikov vojske Srbije. Pri Stari Gradiški, je bil njegov MiG-21 verjetno zadet iz protiletalskega orožja vrste strela SA-7, tako da je postalo njegovo letalo neupravljivo. Tukaj je portebno dodati da je bil let izdan oziroma so Srbi točno vedeli kdo upravlja z letalom. Letalec je bil med tem v odsotnosti obsojen zaradi dezerterstva. Rudolf se je na ekstremno nizki višini (manj kot 50 metrov) in v nesigurnem nagibu katapultiral, pri čemer je pristal na sovražnem teritoriju, medtem ko je avion zaradi silne hitrosti vrglo čez Savo, tako da je letalo strmoglavilo na že osvobojenem ozemlju. Perešin je bil zatem ujet in s tem se je izgubila za njim vsaka sled. Dve leti zatem, 4. avgusta 1997, je srbska stran končno svojcem vrnila njegove posmrtne ostanke. 15. septembra istega leta so ga pokopali na Mirogojskem pokopališču v Zagrebu.