Under okkupasjonen av Norge var Kirkenes en av mange baser for den tyske Kriegsmarine, samt Luftwaffes "Jagdgeschwader 5"; i tillegg til dette var Kirkenes hovedbasen for forsyninger til Murmanskfronten (se Lapplandskrigen). Kirkenes er angivelig kun bak Malta på en liste over europeiske byer som opplevde mest flyalarmer og angrep, med mer enn 1000 alarmer og 320 luftangrep. Brenningen av Kirkenes begynte den 21. oktober 1944. Byen ble tatt over av Den røde armé den 25. oktober 1944, da det tyske Wehrmacht ble drevet ut, og flyktet fra byen etter å ha ødelagt det meste av infrastrukturen. Kun 13 hus stod etter krigen og Kirkenes ble den første norske byen som ble befridd.