Al principio de la Segunda Guerra Mundial, Carpender era Comandante de Destructores, Flota Atlántica. En julio de 1942, llegó al área del Sudoeste del Pacífico, donde se convirtió el comandante de la Task Force 51, las fuerzas navales asentadas en Australia Occidental. En septiembre de 1942, le fue dado el mando de la Fuerza del Sudoeste del Pacífico, más tarde rebautizada como Séptima Flota, y las Fuerzas Aliadas Navales del Sudoeste del Pacífico, que lideró en la Batalla de Buna-Gona y la Batalla del Mar de Bismarck. Al año siguiente supervisó las operaciones de la flota durante la Operación Cartwheel. Comandó el Noveno Distrito Naval desde enero de 1944 hasta agosto de 1945, retirándose en noviembre de 1946 con una "tombstone promotion" en el rango de almirante.