Zur Sicherung der Strasse über den Col des Etroits und zur Verteidigung gegen Hugues de Châlons errichteten die Herren von Grandson 1315 bei La Villette an der Engstelle der Gorges de Covatanne eine Burg, das Château de Sainte-Croix. Im Gegenzug erbaute Hugues de Châlons 1319 das Franc Castel. Nach dem Sieg der Eidgenossen in der Schlacht bei Grandson über Karl den Kühnen (1476) wurden die Grenzen im Gebiet von Sainte-Croix nach Westen verlegt. Die Hochflächen um L’Auberson dienten seit dieser Zeit den Bauern im Mittelland als Weiden für die Sömmerung der Viehherden. Es gab damals erst einzelne und nur zeitweise bewohnte Siedlungen an der Stelle der heutigen Dörfer. Nach 1536, als die Region an Bern fiel und definitiv zur Vogtei Grandson kam, die unter der gemeinen Herrschaft von Bern und Freiburg stand, wurden dauerhafte Siedlungen gegründet. 1744 fielen fast alle Häuser von Sainte-Croix einem Dorfbrand zum Opfer. Nach dem Zusammenbruch des Ancien Régime gehörte Sainte-Croix von 1798 bis 1803 während der Helvetik zum Kanton Léman, der anschliessend mit der Inkraftsetzung der Mediationsverfassung im Kanton Waadt aufging.