Вскоре империя впала в гражданскую войну в связи с чем Эпиру удалось восстановить свою государственность в 1356 году. В это же время на юге государства, в результате мятежа албанских кланов, было сформировано два государства: Артский деспотат и Деспотат Ангелокастрон и Лепанто. Деспот Никифор II Орсини попытался подавить мятеж, но погиб в битве с албанцами в 1359 году. Во время этой нестабильности центром по борьбе с албанцами был Янинский деспотат (Северный Эпир). Лишь в 1416 году янинскому правителю Карло I Токко удалось восстановить Эпир. И хотя византийский император Мануил II даровал титул деспота Токко, впоследствии Карло I вёл военные действия против византийских сил морейского деспота Феодора II Палеолога.