Obie wyrzutnie N1 zostały następnie przebudowane do obsługi rakiet Energia oraz promów Buran. Dwie obrotowe wieże serwisowe zostały zmniejszone o 60 metrów, aby dopasować się do mniejszej wysokości rakiety Energia. Trzecia wyrzutnia została zbudowana od podstaw jako kompleks nr 250 i była przeznaczona do startów bezzałogowych. Rakiety Energia startowały tylko dwa razy. Pierwsza misja ("Energia-Polus") w dniu 15 maja 1987 roku została wystrzelona z kompleksu 250, zaś druga ("Buran 1K1") – z 110/37. Był to ostatni start z tego kompleksu i jednocześnie ostatni start rakiety Energia.