Монастырь бенедиктинок был распущен в 1538 году; в тот период перегородка, разделявшая храм, была удалена. Это придало церкви необычную конструкцию, состоящую из двух нефов. В XVII веке был проведен капитальный ремонт здания; к концу века была возведена башня-колокольня. Церковь Святой Елены стала одной из немногих церквей лондонского Сити, переживших Великий лондонский пожар, начавшийся в 1666 году. Новый церковный орган, построенный по проекту по проекту Томаса Гриффина (Thomas Griffin), был установлен в 1742 году. Обширные монастырские постройки, окружавшие храм, были снесены к 1799 году.