A então localidade destacou-se de modo proeminente durante a Guerra da Independência do México. O general Ignacio Allende, nativo de San Miguel, foi um dos líderes do movimento independentista, hoje considerado herói nacional, ele foi capturado quando marchava rumo aos Estados Unidos, em busca de armas lá foi julgado em Chihuahua, condenado e executado. Sua cabeça foi exibida em Alhóndiga Granaditas em Guanajuato, juntamente com as de de Miguel Hidalgo, Juan Aldama e Mariano Jiménez. O povoado de San Miguel el Grande foi elevada à categoria de cidade em 8 de Março de 1826, sendo o nome então mudada para "San Miguel de Allende", em honra ao general Allende herói nacional.