Уговор у Јафи изазвао је огорчена негодовања у муслиманским круговима. Ни Фридриху се ситуација није много поправила. Темплари нису прихватили уговор у Јафи јер су џамија Ал Акса и Купола на стени и даље остале у муслиманским рукама. Цару је приступ Светом гробу забранио патријарх Геролд. Фридрих је 17. марта 1229. године преузео град из руку Ел Камила. Пошто је патријарх одбио да га крунише, Фридрих је сам ставио краљевску круну себи на главу. Приступио је обнови зидина Светог града. У Дамаску је предузео и чувену посету Саладиновом храму. Дана 1. маја 1229. године напустио је Акру и отпутовао за Италију. Јерусалим ће остати у хришћанским рукама све до 1244. године када га осваја ајубидски султан Ејуб.