Prunea bestritt insgesamt 60 Länderspiele für die rumänische Fußballnationalmannschaft. Sein erstes Länderspiel absolvierte er am 5. Dezember 1990 gegen San Marino. Von 1993 bis 1994 war Prunea erste Wahl des rumänischen Nationaltrainers Anghel Iordănescu, so dass er auch bei drei Spielen der Fußball-Weltmeisterschaft 1994 in den USA im Tor stand. Nach dem Turnier wurde er von seinem Kontrahenten Bogdan Stelea verdrängt, so dass er nur noch sporadisch zum Einsatz kam und bei der Fußball-Europameisterschaft 1996 in England, der Fußball-Weltmeisterschaft 1998 in Frankreich und der Fußball-Europameisterschaft 2000 in Belgien und den Niederlanden nur noch als Ersatztorwart dabei war.