Soibada wurde direkt nach der indonesischenInvasion 1975 zum Hauptquartier der FRETILIN. Auf deren Kongress wurde hier im Mai 1976 der bisherige Premierminister Osttimors Nicolau dos Reis Lobato offiziell zum militärischen Kommandanten erhoben. Außer in Manatuto entstanden in allen damaligen Subdistrikten des Distrikts Manatuto "bases de apoio", in denen die geflohene Zivilbevölkerung sich ansiedelte. Ende 1977 begann die indonesische Armee mit der Zerstörung dieser Widerstandsbasen. Die Menschen wurden auseinandergetrieben oder gefangen genommen. Bis zum Juni 1978 war der Distrikt schließlich vollständig unter indonesischer Kontrolle.