В 1999 году он был назначен заместителем руководителя спецслужбы. Уже через год Премьер-министр Эхуд Барак назначает Ави Дихтера на пост руководителя Шабак. В том же 2000 году палестинцы начинают интифаду Аль-Акса. Шабаку удаётся предотвратить множество терактов, но не убийство израильского министра туризма Рехаваама Зэеви. Политика Шабак в точечной ликвидации террористов и строительство забора безопасности приносят свои плоды в резком сокращении терактов на территории Израиля.