W okresie swego panowania Jan II Kazimierz Waza musiał się zmagać z trzema groźnymi wrogami. W latach 1648–1649 i 1651–1654 trwała wojna domowa w południowo-wschodniej części Rzeczypospolitej, zwana powstaniem Chmielnickiego, w którym prawosławne kozactwo i ruscy chłopi wystąpili przeciwko panowaniu polskiej szlachty katolickiej i walczyli z wojskami koronnymi. Powstanie to, wsparte w 1654 przez Rosję, doprowadziło do wybuchu wojny polsko-rosyjskiej w latach 1654–1667, przerwanej w latach 1656–1660 wybuchem wojny polsko-szwedzkiej (1655–1660, nazwanej „potopem szwedzkim” związanej z II wojną północną, gdyż prawie cała Rzeczpospolita została wówczas opanowana przez wojska szwedzkie.)