Після завершення циклу роботи з юнаками Сергій Михайлович став помічником Лобановського у першій збірній, яка зупинилася за кров від тріумфу на Чемпіонаті Європи 1988 року. А через два роки після цієї події Мосягін разом з Лобановським вирушив до Об'єднаних Арабських Еміратів, де допомагав Валерію Васильовичу у роботі з національною командою цієї країни та тренував олімпійську і юнацьку збірні ОАЕ.