في نيسان 1941، احتلت ألمانيا وإيطاليا يوغوسلافيا. في أعقاب الغزو، أنشئت دولة كرواتيا المستقلة من أجزاء من كرواتيا والبوسنة والهرسك، ومنطقة سيريم، وهذه الدولة كانت ألعوبة في يد النازيين. وضمت إيطاليا أجزاء من دالماسيا من وضمت المجر مناطق شمال كرواتيا وتضم بارانيا وميجيموريا. وكان على رأس النظام دولة كرواتيا المستقلة أنتي بافليتش وهو قومي متطرف أوستاشي. سن هذا النظام المعادي للسامية قوانين شنت حملة تطهير عرقي وإبادة جماعية ضد السكان الصرب والغجر، والتي تركزت في معسكرات اعتقال ياسينوفيتش وستارا غراديسكا. وتشير التقديرات إلى أنه من أصل 39000 اليهود في البلاد نجا 9000 فقط، إما بقية فقد قتلوا أو رحلوا إلى ألمانيا، سواء من جانب السلطات المحلية والجيش الألماني نفسه. تختلف المصادر الكرواتية والصربية على الأرقام الحقيقية. لكن تشير القديرات إلى مقتل ما مجموعه نحو 320000 إلى 334000 صربياً في الإقليم المكون حالياً من كرواتيا والبوسنة والهرسك والتي كانت تشكل دولة كرواتيا المستقلة، وهؤلاء قتلوا بواسطة النظام، بوصفهم أعضاء في المقاومة المسلحة، أو كمتعاونين مع دول المحور.. المجموع الكلي المقدر لضحايا الصرب في جميع أنحاء يوغوسلافيا في الحرب كان حوالي 537,000 قتيلاً. وفي الوقت ذاته، قدر عدد الكروات قد لقوا مصرعهم خلال الحرب العالمية الثانية بحوالي 200,000 قتيلاً.