Конструкцията на канала, както и неподдържането му след разпада на СССР, позволява до 50% от водата да се губи по маршрута му. Това създава локви и малки езерца по протежението му, водещо до засоляване на почвите. Каналът е и основният фактор за намаляването на акваторията на Аралско море, което е екологична катастрофа за региона.