Den nordiske syvårskrig (1563-1570) indebar den første katastrofe for byen. I forbindelse med den danske feltherre Daniel Rantzaus felttog blev byen nedbrændt af indbyggerne i 1568. Samme år sendte Erik XIV et brev til sin slotsbygger i Vadstena, flamlænderen Arendt de Roy, som han befalede at skynde sig til Eksjö. Der udstak han, hvordan den nye by skulle bygges, og på Erik XIV's befaling blev byen flyttet til den ås, hvor by- og sognekirken havde ligget siden middelalderen. I 1602 fik Eksjö sin første skole.