Mentre l'abbazia approfittò dei proprietari terrieri asburgici e della Controriforma da loro guidata, la situazione cambiò con il 1742 e il grande periodo aureo dell'abbazia finì. Dopo la Prima guerra di Slesia la Prussia vittoriosa nella pace di Berlino ottenne definitivamente quasi l'intera Slesia e in tal modo anche il monastero d Leubus. Anche se il carattere fondamentale del periodo della nuova dominazione era tollerante, la rivalutazione del Protestantesimo introdotta dai Prussiani, doveva inevitabilmente danneggiare il monastero cattolico. Oltre a questa chiara perdita di potere nel declino del monastero giocarono un ruolo anche problemi economici e finanziari. Poi già nel 1741 il monastero era stato obbligato da Federico II il Grande a pagare alti contributi. Nel corso della secolarizzazione in Prussia il 21 novembre 1810 fu sciolto anche il monastero di Leubus. In tal modo anche la grande proprietà terriera dell'abbazia con 59 villaggi e 32 tenute agricole e le imprese ivi residenti fu statalizzata. Dopo la chiusura seguì un anno più tardi la messa in vendita di 471 preziosi dipinti, tra i quali anche parecchi di Willmann, che furono destinati alla nuova pinacoteca di Breslavia. Altrettanto si fece con parti della biblioteca del monastero e dell'archivio.