1970年代後半から経済状況が悪化し、またシリアにおいては少数派に過ぎないアラウィー派を優遇したことから国内最大宗派のスンナ派の反発を招き、国内でムスリム同胞団などの台頭がみられるなど、政権基盤の不安定化がみられた。イラン革命に触発された1980年代前半にはイスラム主義者による政権に対する反抗が激化し、1982年には中部の都市ハマーなどでイスラム主義勢力による暴動が起こるが、アサド政権はこれを武力鎮圧した（ハマー虐殺）。これによってシリアにおけるムスリム同胞団の活動は衰退に向かう。