В составе национальной сборной Пруня дебютировал 5 декабря 1990 года, выйдя на поле в матче со сборной Сан-Марино. Всего играл за сборную на протяжении 11 лет, проведя в общей сложности 40 матчей. Участвовал в двух чемпионатах мира (1994, 1998) и двух чемпионатах Европы (1996, 2000).