Als erster europäischer Spieler wurde Bargagni im NBA-Draft 2006 an erster Position ausgewählt. Dabei sicherten sich die Toronto Raptors am im Juni 2006 die Rechte am Italiener. Bargnani hatte eine gute Rookie-Saison mit 11,6 Punkten im Schnitt, wodurch er sich einen Platz im NBA All-Rookie Team sicherte. Außerdem nahm er an der Rookie Challenge beim All-Star Weekend teil. Dies gelang ihm auch in der Saison &lt;a href="NBA%202008/09"&gt;2008/09&lt;/a&gt; als Sophomore.