1998年にはカビラ政権の内紛から第二次コンゴ戦争が起き、反政府勢力のコンゴ民主連合 (RCD) は地盤の東部から兵士を空輸してキンシャサの西へと降下させ、東西からのキンシャサ侵攻を狙ったものの、政府軍によって撃退された。その後、2001年にローラン・カビラが暗殺されると政権は息子のジョゼフ・カビラが継いだ。カビラは反政府勢力との和平を進め、2006年には選挙が実施されてカビラが当選したものの、この時の対立候補であった野党のジャン＝ピエール・ベンバとの間で選挙結果を巡って武力衝突が発生し、20人以上が死亡した。決選投票でベンバはカビラに敗れ、ベンバは開票の不正を訴えてベンバ派は激しい抗議デモを繰り返したたものの、最高裁判所の抗議却下を受けて、数日後に結果の受け入れを表明した。しかし翌年、2007年3月22日には両派の私兵同士が衝突し、23日にはベンバが亡命し、24日の朝に沈静化するまで続いた。この衝突によってキンシャサでは死者155人、重傷者150人を数える惨事となった。21世紀にはいると、政情が以前に比べればやや安定したことを受けて、欧米や中国の鉱山会社が資源を求めてコンゴへの進出を図るようになった。この動きはコンゴの富の集中するキンシャサにおいて富裕層の増大をもたらしたが、一方で市民の多くを占める貧困層には何の恩恵ももたらされておらず、貧富の差はさらに拡大傾向にある。