Sein Debüt für die englische A-Nationalmannschaft fand am 15. November 2014 im Rahmen der Europameisterschaftsqualifikation gegen Slowenien statt. Die Partie endete mit einem 3:1-Erfolg und Clyne bildete mit den Innenverteidigern Gary Cahill und Phil Jagielka sowie Kieran Gibbs auf der linken Seite die Vierer-Abwehrkette der „Three Lions“. Anlässlich der Euro 2016 in Frankreich absolvierte er eine Partie in der Gruppenphase gegen die Slowakei. Beim 0:0 bereitete er sieben Torchancen seiner Mannschaft vor – eine Rekordausbeute, die kein anderer englischer Spieler mehr bei einem Endrundenturnier seit 1980 erreicht hatte. Es blieb aber sein einziger Einsatz im Team, das im Achtelfinale gegen Island ausschied.