Когда началась война, Джонсон вступил в армию и 28 июня 1861 года стал полковником инженерных войск в теннессийском ополчении. Через неделю его перевели в армию Конфедерации. Он участвовал в сооружении форта Донельсон на реке Кумберленд и 24 января 1862 года был повышен до бригадного генерала. За несколько дней до сражения у форта Донельсон он стал командиром форта, но через несколько часов прибыл бригадный генерал Гидеон Пиллоу и принял командование, как старший по рангу. Он стал командовать дивизией в гарнизоне форта. 16 февраля 1862 форт с гарнизоном капитулировал перед Улиссом Грантом, но через два дня Джонсон сумел пробраться сквозь позиции федеральной армии и избежать капитуляции.