Babayaro on edustanut Nigerian maajoukkuetta 35 kertaa ja on tehnyt pelaamissaan otteluissa kaksi maalia. Babayaro on edustanut maataan vuoden 2002 MM-kisoissa, joissa hän pelasi avauskokoonpanossa kahdessa ottelussa, ja Afrikan mestaruuskisoissa 2004. Hän oli myös voittamassa olympiakultaa Nigerian joukkueessa vuoden 1996 kesäolympialaisissa.