По повратку на престо, парламент га је нагнао да учврсти положај Англиканске цркве на рачун пуританаца, иако је сам краљ нагињао религијској толеранцији и римокатолицизму. Главни спољнополитички догађаји његове владавине били су Други и Трећи англо-холандски рат. Завереници су 1683. покушали да убију Чарса и његовог брата Џејмса у житној завери. За живота су га звали "Весели монарх", јер је био познат по љубавницама и као хедониста.