Бабајаро је са репрезентацијом Нигерије до 17 година освојио Светско првенство за репрезентације до 17 година 1993. године. Своју дебитантску утакмицу за сениорску репрезентацију Нигерије је забележио на Афро-азијском купу нација 1995. године против Узбекистана. Са Нигеријом је освојио и фудбалски турнир на Олимпијским играма 1996. године у Атланти, постигавши гол против Аргентине у финалу такмичења. Иако се повредио крајем 1997, стигао је да се опорави и буде у саставу за Светско првенство 1998. Такође је наступао и на Светском првенству 2002. На Купу афричких нација је 2000. године са Нигеријом био други, а 2002. године трећи на турниру, док је са турнира 2004. године избачен из репрезентације и послат кући наводно због недисциплине, заједно са Јакубуом и Виктором Агалијем. Иако се никада званично није опростио од репрезентације, његов последњи меч за репрезентацију је против Марока у групној фази тог такмичења.