לאחר שובה של דרום אפריקה לפיפ"א, העפילה הנבחרת לשני מונדיאלים, 1998 ו-2002, אך בשניהם לא התקדמה מעבר לשלב הבתים. כמו כן, זכתה הנבחרת בשנת 1996 בגביע אפריקה לאומות. בשנת 2010 ארחה דרום אפריקה את מונדיאל 2010, המונדיאל הראשון שנערך באפריקה. היא הוגרלה לבית א' ביחד עם , ו. דרום אפריקה סיימה בתיקו 1 - 1 במשחק מול מקסיקו, שהיה גם משחק הפתיחה של המונדיאל. לאחר מכן נוצחה על ידי אורוגוואי בתוצאה 0 - 3, ובמחזור השלישי והאחרון של שלב הבתים ניצחה את צרפת 2 - 1, שגרם להדחת צרפת, שסיימה במקום השני במונדיאל 2006. למרות זאת סיימה דרום אפריקה במקום השלישי בבית, והייתה לנבחרת המארחת הראשונה בתולדות המונדיאלים שלא עוברת את השלב הראשון.