ในช่วงสงครามเสียกรุงศรีอยุธยาเสียแก่พม่าใน พ.ศ. 2310 ชาวหมู่บ้านคุ้งตะเภาคงได้อพยพลี้ภัยไปอาศัยอยู่ในเมืองใหญ่ที่มีความปลอดภัยกว่า ดังปรากฏหลักฐานในพงศาวดารว่ามีชุมนุมเจ้าพระฝางอยู่ที่เมืองฝางเหนือขึ้นไป และอาจมีชาวบ้านเข้าไปหลบภัยอยู่ในเมืองฝางด้วย จวบจนสิ้นชุมนุมเจ้าพระฝางใน พ.ศ. 2313 ชาวคุ้งตะเภาบางส่วนก็ได้กลับเข้ามาบูรณะและอาศัยในถิ่นฐานเดิม ดังปรากฏหลักฐานว่าทางการได้อนุญาตให้ชาวคุ้งตะเภาสามารถตั้งวัดคุ้งตะเภาได้ในปีเดียวกัน ทั้งนี้ ชาวคุ้งตะเภาคงถูกเกณฑ์ไปรบพุ่งกับพม่าอีกตลอดช่วงกรุงธนบุรีจนถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย แต่แถบนี้ในช่วงนั้นก็คงมีความสงบพอสมควร เพราะแถบนี้ไม่เคยเป็นทางผ่านและสมรภูมิ ใน พ.ศ. 2395 พงสาวดารว่ามีคนคุ้งตะเภาย้ายออกจากหมู่บ้านไปยังพื้นที่ใกล้เคียงเพื่อแสวงหาที่ทำกินและตั้งบ้านเรือนใหม่จนกลายมาเป็นหมู่บ้านป่าขนุนปัจจุบัน