Obwohl Williams mit Piquet den Fahrer- sowie den Konstrukteursweltmeistertitel gewonnen hatte, verließ Motorenpartner Honda das Team, da Williams keinen japanischen Fahrer einsetzen wollte. Honda wechselte schließlich 1988 zu McLaren. Prost hatte seinem Teamchef Ron Dennis geraten, Senna, der im Vorjahr für Lotus mit Honda-Motoren Dritter geworden war, einen Drei-Jahres-Vertrag zu geben, um Honda zu McLaren zu locken. Während der Saison entwickelte sich eine Rivalität zwischen den beiden Piloten. McLaren dominierte die Saison und gewann 15 von 16 Rennen. Senna entschied acht, Prost sieben Rennen für sich. Beim Großen Preis von Monaco profitierte Prost von einem Unfall Sennas, der sich in Führung liegend drehte und ausschied. Kritik erhielt Prost, nachdem er beim Großen Preis von Großbritannien wegen starken Regens aufgegeben hatte, während Senna das Rennen gewann. Im weiteren Verlauf der Saison fiel Prost nur ein weiteres Mal mit einem technischen Defekt aus. Am Ende der Saison konnte Prost sieben Siege und sieben zweite Plätze vorweisen. Da nur die besten elf Resultate gewertet wurden, gingen drei zweite Plätze von Prost nicht in die Wertung ein. Senna, der bei mehreren Rennen nicht auf dem Podium stand, profitierte somit davon, dass er einen Sieg mehr als Prost hatte. Nach Abzug der Streichresultate wurde Senna mit 90 zu 87 Punkten vor Prost Weltmeister. Alle anderen Piloten hatten weniger als halb so viel Punkte wie Prost oder Senna erzielt.