Nacido en una familia aristocrática bizantina, se casó con Irene, la hija de Teodoro I Láscaris, emperador de Nicea, convirtiéndose en emperador a la muerte de Teodoro. Una guerra civil estalló cuando los hermanos de Teodoro, Alejo e Isaac, protestaron por la sucesión, pero Juan los derrotó en batalla y ordenó encarcelarlos y cegarlos. Dos años después también derrotó a las fuerzas latinas que apoyaron a sus rivales y se hizo dueño del Asia Menor. Después se enfrentó con Teodoro Comneno Ducas, déspota de Epiro, después que este tomara Tesalónica y se autoproclamara emperador bizantino. Las fuerzas de Juan fueron derrotadas por Teodoro cuando intentaron tomar Adrianópolis ese mismo año. Aliado con el zar búlgaro Iván Asen II, Juan III derrotó a Teodoro en la batalla y el sitio de Constantinopla en 1235. Consciente de la amenaza potencial de Nicea, sin embargo, Asen declaró la guerra a su aliado. Una paz se organizó en 1237, y, cuando Asen murió en 1241, Juan III anexó territorios en Bulgaria y atacó al Despotado de Epiro. Para 1242 había reducido el territorio de Epiro y lo obligó a reconocer la soberanía de Nicea. Juan III promovió el aislamiento de la Constantinopla latina haciendo pactos con los líderes occidentales. Alrededor de 1250 se comprometió a convertirse en vasallo de Federico II, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, a cambio de su ayuda en la reconquista de Constantinopla. Aunque el pacto fue sellado por Juan con el matrimonio de la hija del emperador, Constanza, poco vino de su acuerdo. Juan también negoció sin éxito con el papado, prometiendo acabar con el cisma entre las iglesias oriental y occidental si los latinos devolvían Constantinopla.