Fondé en 1937 sous le nom "Lokomotiv", il passe l'intégralité de sa période soviétique dans les divisions inférieures, prenant par ailleurs le nom "Avtomobilist" entre 1970 et 1990 avant de devenir le "Metallourg" en 1991. Après la chute de l'Union soviétique cette même année, le club est intégré au sein de la nouvelle deuxième division russe, dont il est relégué en 1993. Il fait par la suite régulièrement l'ascenseur entre les troisième et deuxième échelons. Promu pour la dernière fois au deuxième niveau en 2011, année qui le voit également devenir le "Ienisseï", il devient notamment un candidat à la montée en première division à partir de la saison 2016-2017. Échouant en barrage de promotion cette année-là après avoir fini troisième, le Ienisseï termine à la même position lors de l'exercice suivant et l'emporte cette fois, découvrant ainsi l'élite du football russe à l'occasion de la saison 2018-2019, avant d'en être relégué de suite.