L'undicesimo congresso si svolse undici anni dopo il decimo. Dopo la Terza guerra d’indipendenza e la presa di Roma, l'unità d'Italia era stata finalmente portata a termine ma la comunità scientifica ed intellettuale viveva ancora in una dimensione ristretta, provinciale. Il sapere era diventato sempre più appannaggio delle università, di conseguenza i congressisti di Roma discussero a lungo se fosse ancora opportuno continuare ad organizzare dei congressi generali. Si decise alla fine di proseguire ma con nuove regole. Sull'esempio dell'Inghilterra e della Francia venne inoltre istituita un'associazione o società degli Scienziati italiani, che divenne in seguito la Società italiana per il progresso delle scienze.