Основан в 1987 году в память о трагически погибшей в авиакатастрофе в 1979 году футбольной команде «Пахтакор» из Ташкента. Слово «Хотира́» в переводе с узбекского языка означает «Па́мять». В некоторые годы клуб назывался «Уйчи».