Po upadku monarchii w 1918 roku, akademia zaczęła postrzegać się coraz bardziej jako instytucja „niemiecka”, a po aneksji Austrii przez Niemcy w 1938 roku, jej stanowiska kierownicze objęli członkowie partii NSDAP. W 1921 roku jej nazwa została zmieniona na "Akademie der Wissenschaften in Wien". Wielu członków akademii, w tym laureaci Nagrody Nobla, zostało zmuszonych do opuszczenia szeregów akademii z powodów politycznych, wielu było prześladowanych a ośmiu zostało zamordowanych w obozach koncentracyjnych.