Luis Pujols signe son premier contrat professionnel avec les Astros de Houston de la MLB en 1973. Il fait ses débuts dans le baseball majeur le et dispute 311 matchs pour les Astros, quittant le club après la saison 1983. Habituellement receveur substitut, il joue davantage en 1980 avec un total de 78 matchs comme remplaçant d'Alan Ashby. Il est le receveur des Astros durant la Série de championnat de la Ligue nationale de 1980 que les Astros perdent face aux Phillies de Philadelphie. Pujols reçoit trois buts-sur-balles durant cette série et frappe un triple contre Steve Carlton dans le quatrième match. Il apparaît aussi dans deux des cinq rencontres de la Série de divisions de 1981 que les Astros perdent aux mains des Dodgers de Los Angeles. Frappeur de ,193 en carrière, Pujols affiche ses plus hauts totaux de coups sûrs (44) et de points produits (20) en 1980 et de coups de circuit (4) en 1982, et présente en 1981 sa moyenne au bâton (,239) la plus élevée.