Проблемы со здоровьем, однако, продолжались. Бокс пропустила из-за травм почти весь сезон 2006 года, а к 2007 году болезненное опухание кистей, локтей и коленей позволило врачам уточнить диагноз футболистки: у неё была определена волчанка. Поскольку эта аутоимунная болезнь не заразна и поддаётся медикаментозному контролю, Бокс на этом этапе карьеры решила не информировать о диагнозе широкие круги общества, но поделилась информацией только с товарищем по сборной Кристи Рампон. Она вернулась в состав сборной США и отыграла в её составе все матчи чемпионата мира 2007 года, за исключением игры за бронзовые медали — этот матч полузащитница пропустила из-за второй жёлтой карточки, полученной в полуфинале против команды Бразилии. В 2008 году на Олимпийских играх в Пекине Бокс провела от начала и до конца все игры сборной США и вместе с товарищами по команде, демонстрируя агрессивный, атлетический стиль игры, завоевала второе подряд звание олимпийской чемпионки. Между этими двумя турнирами она помогла американской команде выиграть Турнир четырёх наций, как и чемпионат мира и Олимпийские игры, проходивший в Китае. В матче против команды хозяек соревнования она забила единственный гол сборной США, обеспечив ей победу не только в игре, но и во всём турнире. В 2009 году в Кубке Алгарве — ещё одном престижном международном турнире — Бокс сравняла счёт в финальной игре за считанные секунды до конца.