Ξεκίνησε επίσης τον πόλεμο του Ιράκ το 2003, με τη κυβέρνηση να υποστηρίζει ότι το καθεστώς του Σαντάμ Χουσεΐν διέθετε ενεργό πρόγραμμα όπλων μαζικής καταστροφής (WMD) και ότι η ιρακινή κυβέρνηση αποτελούσε απειλή για τις Ηνωμένες Πολιτείες. Ορισμένοι αξιωματούχοι της διοίκησης ισχυρίστηκαν ψευδώς ότι ο Χουσεΐν είχε επιχειρησιακή σχέση με την Αλ Κάιντα, τους δράστες της επίθεσης της 11ης Σεπτεμβρίου. Δεν βρέθηκαν ποτέ αποθέματα WMD ή ενεργό πρόγραμμα WMD στο Ιράκ.