Nach seinem Sieg über die Ungarn in der Schlacht „bei Kressenbrunn“ im Jahre 1260 gründete der böhmische König Przemysl Otakar II. und der Olmützer Bischof Bruno von Schauenburg (Schaumburg) die Stadt Marchegg. Bischof Bruno plante in ihr ein Bistum (auf den Fundamenten des Großmährischen hl. Methodius Erzdiözese) zu errichten, das so wie Prag der Erzdiözese Olmütz unterstehen sollte. Hier begann auch mit dem Bau einer Kathedrale (heutige Pfarrkirche), sie sollte die erste im heutigen Nieder- und Oberösterreich sein und mit dem Stadt von Anfang der hl. Margareta geweiht werden. Die erste urkundliche Erwähnung der Kirche findet sich in einem Schenkungsbrief von könig Przemysl Ottokar II. In das Jahr 1278 nimmt Rudolf I. die Kirche mit ihren Besitzungen unter seinen besonderen Schutz, nachdem ihn in der Schlacht bei Dürnkrut „"Gott unfern der Kirche zu Marchekke"“ aus der Lebensgefahr gerettet hatte (beim Franz Grillparzer). Die nächste Erwähnung bezeichnet Marchegg als Vikariat der Melker Pfarre Weikendorf und das Stift Melk als Inhaber des Patronats. Zum Zeichen der Filialabhängigkeit hatte Marchegg ab dem Jahre 1410 jährliche Zahlungen an die Pfarre Weikendorf zu leisten.