Nel 1745 Elgin divenne un centro nevralgico della sfortunata ribellione giacobita. Oltre ad essere il centro di origine del capo della rivolta, Lord Murray, molti clan locali si schierarono in difesa del principe Carlo Edoardo Stuart. L'esercito giacobita passò ad Elgin l'ultima notte prima della decisiva Battaglia di Culloden; Carlo Edoardo alloggiò a Thunderton House, le vestigia della quale sono ancora visibili nel centro della città.