À un très jeune âge, Mark Selby montre son talent dans les championnats majeurs, notamment sur le circuit amateur du Royaume-Uni en 1998. Commençant sa carrière professionnelle en 1999, à l'âge de , il atteint la demi-finale de l'Open de Chine en 2002 puis sa première finale en 2003, lors de l'Open d'Écosse, où il est battu par David Gray 9 manches à 7. Il est également à deux doigts de se qualifier pour le championnat du monde en 2002, 2003 et 2004, où il atteint, à chaque fois, le dernier tour des qualifications.