En février 1945, Walters est promu ' puis ' au sein de la "" de la RAAF, dirigeant ses opérations en Papouasie-Nouvelle-Guinée, en Nouvelle-Bretagne et à Bougainville jusqu'à la fin de la guerre. Basé à Madang, la "Northern command" avait précédemment été une grande formation mobile connue sous le nom de groupe , mais a évolué en une force de garnison, sa fonction mobile étant supplantée par le groupe (devenu plus tard la "First Tactical Air Force"). Les formations opérationnelles du "Northern Command "comprenaient la escadre dans le nord de la Nouvelle-Guinée, la N°74 à Port Moresby et la N°84 à Bougainville. L'escadre numéro 71, commandée par le "Group Captain" Val Hancock, a soutenu la division australienne lors de la Campagne d'Aitape-Wewak, malgré l'insuffisance de l'artillerie qui, à un moment donné, a obligé les escadrons à armer leur Bristol Beaufort avec des bombes saisies aux Japonais qui ont été capturés. La escadre souffrait d'une pénurie de pilote et d'équipement pendant la Campagne de Bougainville, et un traumatisme psychologique s'est installé au sein des troupes après la fin de la guerre, en raison de l'inactivité et de l'incertitude de la démobilisation ; et par conséquent, le commandant d'escadre envoie au siège du "Northern Command" un rapport assez froid, dont le ton a valu à Walters une réprimande de la part des hauts officiers de la RAAF. En septembre, il représente la RAAF lors des cérémonies de la capitulation japonaise à Wewak.