Hoekstra was een van de meer conservatieve congresleden. Hij kwam in juni 2006 groot in het nieuws, toen hij in Caïro een persconferentie belegde, waar hij samen met senator Rick Santorum verkondigde dat in Irak honderden chemische wapens waren gevonden, wat zou wijzen op de aanwezigheid van massavernietigingswapens - de aanleiding voor de invasie in Irak. Deze bewering werd door het Pentagon tegengesproken.