Einsatzgruppen przeprowadziło olbrzymią liczbę mniejszych lub większych masowych egzekucji ludności żydowskiej, początkowo mordując głównie młodych mężczyzn, potem także kobiety, dzieci i starców. Do największych masakr przeprowadzonych przez Einsatzgruppen zaliczane są wymordowanie 23 600 Żydów w Kamieńcu Podolskim między 28 i 31 sierpnia 1941 roku, wymordowanie 33 771 Żydów w wąwozie Babi Jar niedaleko Kijowa między 29 i 30 września 1941 i wymordowanie 26 tysięcy Żydów z getta ryskiego w okresie od 30 listopada do 8 grudnia 1941. Z powodu silnych nastrojów antysemickich w egzekucjach ludności żydowskiej bardzo często towarzyszyły kolaboranckie oddziały nacjonalistów ukraińskich, litewskich, łotewskich i estońskich. Wskazywały one ofiary, dokonywały aresztowań i eskortowały ujętych na miejsca egzekucji. W bardzo wielu przypadkach uczestniczyły one w mordowaniu Żydów lub wykonywały egzekucje na własną rękę. Działo się to przy pełnej wiedzy i współpracy ze strony dowódców Wehrmachtu. Wehrmacht pomagał w tych ludobójczych akcjach, dostarczając zaopatrzenie, transport i wsparcie oddziałom egzekucyjnym. Oddziały armii wskazywały i oznaczały Żydów, pilnowały i gromadziły ich oraz otaczały kordonem miejsca egzekucji. W wielu przypadkach brały one także bezpośredni udział w nich. Do czasu zakończenia drugiej fali morderstw i egzekucji, która miała miejsce w 1942, Einsatzgruppen, Orpo, Waffen-SS i Wehrmacht, z pomocą wojsk sojuszniczych i oddziałów kolaborantów ukraińskich i z państw nadbałtyckich, rozstrzelały 1 500 000 ludzi, w większości Żydów, ale także komunistów, partyzantów, jeńców wojennych, ludzi niepełnosprawnych i chorych psychicznie.