Nel 2006, l'Autorità Portuale assunse la proprietà del One World Trade Center da Silverstein Properties. Lo sviluppatore del progetto Tishman Construction Corporation era il direttore della costruzione in quel momento. Il 13 marzo 2006, i lavoratori arrivarono a Ground Zero per rimuovere il resto dei detriti e iniziare i lavori di rilevamento. Questo segnò l'inizio ufficiale della costruzione del National September 11 Memorial &amp; Museum, anche se non fu senza polemiche e lamentele da parte di alcuni parenti. Ad aprile 2006, l'Autorità Portuale e Larry Silverstein raggiunsero un accordo in base al quale Silverstein rinunciò al diritto di costruire la Freedom Tower e la Tower 5 in cambio delle torri 2, 3 e 4 finanziate con i "Liberty bonds". Il 27 aprile 2006 venne posata la prima pietra della Freedom Tower. L'edificio fu progettato con un'altezza di 417 m, l'altezza dell'originale Torre Nord del World Trade Center e la sua guglia salgono all'altezza simbolica di 541 m (1.776 piedi), riferimento all'anno in cui fu firmata la Dichiarazione di Indipendenza degli Stati Uniti.