С 1991 года является призывником сборной U-18 и U21. В 1993 году начал выступать в главной сборной. Дебютировал 27 октября 1993 года против сборной Польши отыграл весь матч, и заработал жёлтую карточку. Бронзовый призёр чемпионата мира 2002 года и чемпионата Европы 2008 года. На Евро-2008 Эмре провел 4 матча против сборных: Португалии, Швейцарии, Чехии и Хорватии, отыграл 292 минуты и заработал 2 жёлтые карточки. Всего 52 раза вызывался в сборную, провел 30 игр, забил 2 мяча, заработал 9 ЖК и 2КК.