Der Dreißigjährige Krieg stoppte die wirtschaftliche Aufwärtsentwicklung. Dessau wurde wiederholt Durchmarschgebiet aller Krieg führenden Parteien, da die Roßlauer Elbbrücke im Norden von Dessau im Gegensatz zu den Brücken in Wittenberg und Magdeburg als einzige Brücke an der Mittelelbe nicht mit einer Festung geschützt war. 1626 kam es an der Elbbrücke zum Aufeinandertreffen kaiserlicher Truppen unter Wallenstein und protestantischer Truppen unter Mansfeld, das mit einem Sieg der Kaiserlichen endete. Kaiserliche hielten die Brücke bis zur Einnahme Magdeburgs 1631 besetzt und ließen sie danach zerstören. Fortdauernde Einquartierungen, Requirierungen und Verpflegung der Truppen, Kontributionen, Verpflichtungen zu Schanzarbeiten ließen Stadt und Land verarmen, auch Demarchen des Fürsten beim Kaiser konnten daran nichts ändern. Hinzu kam das Versiegen der Handelsströme und eine Pestepidemie Ende der 1620er Jahre.