安政5年（1858年）7月6日に家定が死去すると、14代将軍には本寿院や大奥が支持した紀州慶福改め徳川家茂が迎えられる。その後も本寿院は大奥に残り、幕府崩壊を大奥から見届けた。慶応4年（1868年）4月10日、江戸城無血開城に先立って大奥から出た後は、天璋院（篤姫）と共に一橋邸に移り住み、7月28日に赤坂の紀伊屋敷に移る。明治2年（1869年）7月18日に落髪。明治3年（1870年）に天璋院・実成院と共に尾張徳川家下屋敷の牛込戸山屋敷に移り、赤坂福吉町の屋敷を経て、明治10年（1877年）10月27日より千駄ヶ谷の屋敷に移った。