Accasatosi quindi alla Ligier, nelle sue ultime stagioni Arnoux non riuscì più a conquistare alcuna vittoria. Nonostante ciò nel 1986 riuscì ad ottenere discreti risultati. Alla prima gara della stagione arrivò quarto dopo essere partito dalla medesima posizione, risultato conquistato in altre due occasioni durante l'anno. Sarebbe pure potuto salire sul podio al Gran Premio di Gran Bretagna se non si fosse dovuto fermare due volte ai box per sostituire le gomme, che degradavano troppo velocemente. Durante l'anno si parlò poi di un suo eventuale abbandono della scuderia in quanto non era d'accordo con l'adozione dei motori Alfa Romeo, ritenuti poco affidabili dal pilota. Alla fine della stagione Arnoux non andò oltre il decimo posto in classifica piloti, con quattordici punti.