Kaudella 1999 Schumacher oli jälleen mestaruustaistossa mukana, kunnes kauden puolivälissä Britannian GP:ssä Schumacher ajoi ulos ja katkaisi jalkansa. Vasta uransa jälkeen hän paljasti lyöneensä päänsä niin rajusti, että kypärään tuli halkeama. Schumacher arveli myös kokeneensa sydänpysähdyksen ja pelkäsi jo kuolevansa. Schumacherin loppukausi jäi väliin kahta viimeistä osakilpailua lukuun ottamatta, joiden aika-ajoissa hän sijoittui paalulle ja auttoi kahdella kakkossijallaan Ferraria tallimestaruuteen.