Als nach dem Scheitern der Verhandlungen in London die Feindseligkeiten wieder eröffnet worden waren, brach Herwarth durch seinen Übergang nach Alsen am 29. Juni den Widerstand der Dänen und beendete damit praktisch den Feldzug. Für seine Verdienste während des Feldzuges erhielt er neben dem Orden Pour le Mérite am 21. August 1864 auch das Ritterkreuz des Militär-Maria-Theresien-Ordens. Nach dem Abschluss der Friedensverhandlungen in Wien wurde Herwarth zum Oberbefehlshaber in den Elbherzogtümern mit dem Sitz in Kiel ernannt. Am 29. Juni 1865 erhielt er das Generalkommando des VIII. Armee-Korps, das zusammen mit der 14. Division im Feldzug von 1866 (Deutscher Krieg) die Elbarmee bildete. Mit der Elbarmee besetzte Herwarth Dresden, warf den Gegner in den Gefechten bei Hühnerwasser und Münchengrätz am 27. und 28. Juni auf die Hauptarmee zurück und schlug in der Schlacht bei Königgrätz am 3. Juli den linken Flügel der Österreicher und der Sachsen durch die Erstürmung der Dörfer Problus und Prim. Hierfür erhielt er den Schwarzen Adlerorden und – wie auch die anderen Generale der Infanterie Albrecht von Roon, Helmuth von Moltke, Karl Friedrich von Steinmetz und Eduard Vogel von Falckenstein – eine beträchtliche Dotation; in der zeitgenössische Publizistik wurde er als "einer der Helden des Böhmischen "[= Deutschen] "Krieges von 1866" gefeiert.