MiG-29 selanjutnya tetap berbakti di Republik Federal Yugoslavia. Karena adanya embargo senjata oleh PBB kepada Yugoslavia, kondisi MiG-29 mereka memburuk. Sebelum Operasi Allied Force dimulai pada tahun 1999, MiG-29 Yugoslavia sudah berumur 10 tahun, kekurangan spare parts dan perawatan yang benar. Maret 1999, Angkatan Udara Yugoslavia memiliki 11 MiG-29 yang dianggap bisa beroperasi.