Её муж умер через две недели после рождения сына. С этого момента началась борьба Изабеллы за престол для малолетнего Яноша Сигизмунда, который был избран королём Венгрии. После взятия в 1541 году Буды турками Сулейман Великолепный передал Изабелле Трансильванию, где она правила от имени своего сына. Настоящая власть находилась в руках кардинала Георга Мартинуцци. В 1549 году легаты короля Чехии и Венгрии (эрцгерцога Австрии) Фердинанда I и Изабелла согласились вернуть Трансильванию в королевство Венгрии. Летом 1551 года она была вынуждена оставить Трансильванию, которая согласно договору в Ньирбаторе перешла в руки Фердинанда I Австрийского. Вернулась обратно в 1556 году со своим сыном. Умерла в Алба-Юлии 15 сентября 1559 года и была похоронена в местном соборе.