Беглецы укрылись в Тире, а позже на Кипре. Оттуда Корнелия Метелла отправилась в Рим, чтобы примириться с Цезарем. Секст же решил присоединиться к союзникам отца, которые всё ещё располагали сильным флотом и сухопутными войсками (в частности, в провинции Африка). У побережья африканского континента он встретился с Марком Порцием Катоном, потом вместе с ним прошёл путь в Кирену и далее, по суше, в Карфаген. Помпеянцы смогли установить контроль над всем регионом и заключить союз с Нумидией, но в апреле 46 года до н. э. Цезарь всё же разгромил их при Тапсе. Об участии в этой войне Секста ничего не известно. Предположительно он не играл какую-либо заметную роль, находясь при штабе командующего — Сципиона Метелла. Вскоре после Тапса Помпей переправился в Испанию, где уже находился его брат.