I Stalin-perioden inkluderte NKVDs oppgaver bl.a. etnisk rensing og folkemord. I 1940 utførte NKVD Katyn-massakren, der mellom 10 000 og 20 000 polske offiserer og intellektuelle ble henrettet. Samme år tok også NKVD-agenten Ramón Mercader livet av Lenins nære medarbeider Lev Trotskij i Mexico.