Tallinn, der nævnes første gang i 1219, modtog byrettigheder i 1248, men de tidligste bosættelser på stedet går omkring 5.000 år tilbage. Det første krav på området kom fra Danmark i 1219 efter Valdemar Sejr havde vundet Slaget ved Lyndanisse. Dette blev efterfulgt af en periode med skiftende skandinaviske overherredømmer og Den tyske Orden. Som følge af byens strategiske placering blev det et stort handelssted, særligt fra 1300-tallet og frem til 1500-tallet, hvor byen blev vigtigere som en del af Hanseforbundet.