Als die Leute in Angst aufschrien, wurden sie 50 Meter weiter zum Hafen geführt, wo sie sich der Größe nach in Richtung des Meeres aufstellen sollten. Die Soldaten luden ihre Gewehre durch und taten so, als wollten sie die Gefangenen erschießen. Dann wurden sie zum Hafentor getrieben und wieder wurden die Gewehre durchgeladen. Danach schickte man Frauen und Kinder zur chinesischen Schule, die Männer mussten Gräber für die Opfer der Invasion ausheben oder die Leichen ins Meer werfen. Nachdem sie die Arbeit getan hatten, wurden 20 Chinesen aus Colmera wieder mit dem Gesicht zum Meer aufgestellt und dann mit einem Schuss in den Kopf hingerichtet. Darauf folgten weitere Gruppen, die ebenfalls getötet wurden. Insgesamt wurden 59 Chinesen und Timoresen hingerichtet. Die Bevölkerung wurde aufgefordert mitzuzählen. Die Hinrichtungen wurden von den Indonesiern als Vergeltung für den Tod eines indonesischen Fallschirmjägers beim Toko Lay begründet. Der tote Soldat soll am Toko Lay gehangen haben. Die Opfer wurden von Gefangenen mit Steinen beschwert und ins Wasser geworfen. Chong Kui Yan gehörte zu den Arbeitern, die die Leichen entsorgen mussten und durfte danach gehen. Unter den namentlich bekannten Opfern der Erschießungen sind elf Personen mit dem Namen Lay, im Alter zwischen 16 und 60 Jahren. Am Denkmal für Heinrich den Seefahrer vor dem Regierungspalast wurde bei Bauarbeiten zwischen Juni und Juli 2012 ein Massengrab mit mindestens 72 Leichen entdeckt. Es war unklar, ob es sich bei ihnen um Opfer der indonesischen Invasion und den folgenden Hinrichtungen im Toko Lay handelt oder im Zweiten Weltkrieg Umgekommene. Da die Toten relativ groß waren, vermutete man, dass es sich bei den Opfern um Angehörige der chinesischen Minderheit handelt. Ein internationales Expertenteam aus Australien, Malaysia, Korea und Thailand sollte den Fall untersuchen.