Der var naturligvis i oprørsåret i høj grad brug for en mand med Wegeners nationale følelse og brændende trang til med sine kundskaber og sin skarpe dømmekraft at forsvare det danske rige og folkets nationalitet. Allerede ved en indgående og kyndig anmeldelse i 1841 af F.C. Dahlmann: "Geschichte von Dännemark 1-3" (1840) havde han påtalt overgreb fra tysk side, det slesvigske spørgsmål havde længe grebet ham, og han havde tidlig taget ordet for, at embedssproget måtte blive dansk i de egne af Slesvig, hvor befolkningen var dansktalende. I de af Københavns Universitet udgivne "Antislesvig-holstenske Fragmenter" skrev han nu "Om den evige Forbindelse mellem Slesvig og Danmark i statsretlig Henseende" (hæfte 10, 1848), og næste år, da ved besættelsen af Als en stor del af hertugens papirer var faldet i den danske regerings hånd, "Om Hertugen af Augustenborgs Forhold til det holstenske Oprør. En aktmæssig Fremstilling, med Bilag af de augustenborgske Papirer" (hæfte 11, 1849). Hertil kom "Om Landshøjheden over det gamle Rensborg paa Ejderøen" (hæfte 12, 1849) og "Aktmæssige Bidrag til Danmarks Historie i det nittende Aarhundrede" (hæfte 15 og 16, 1851). I alle disse i formel henseende velskrevne bøger viste Wegener megen grundighed og skarpsindighed. De udkom i flere oplag og oversattes på flere sprog. Senere undersøgelser af alle de slesvigske hovedspørgsmaal har rettet stærke angreb mod disse skrifter, idet man har fundet hans kampmåde alt for advokatorisk og heller ikke åben nok. Indvendingerne har ofte været berettigede, men man skal dog huske på, at Wegener måtte belyse denne sag i mange henseender for første gang for offentligheden, efter at den tidligere regering ulykkeligvis havde holdt alle historiske oplysninger tilbage, og at han stod midt i kampens hede, blussende af harme.