So verloren die Ausführungen ihren exklusiven Bezug auf das biblische Wort und wurden zu praktischen Übungen, durch die der Student seine Übungen kultiviert lernen sollte. Dieser synthetische Ansatz wurde von Chyträus in seinen Rostocker Anweisungen später noch erweitert und vertieft. Chyträus hatte einen großen Zulauf bei seinen Vorlesungen, jedoch unterbrach der Schmalkaldische Krieg jäh seine Lehrtätigkeit in Wittenberg und er ging während der Zeit nach Heidelberg und Tübingen. Nach der Wittenberger Kapitulation und der Neuaufrichtung der Wittenberger Akademie unter dem neuen Kurfürsten Moritz von Sachsen kehrte er nach Wittenberg zurück. Dort hielt er wieder Vorlesungen, begab sich mit Andreas Martini auf eine Bildungsreise in die Schweiz und nach Italien.