Pada tanggal 30 Agustus 1999, dalam sebuah referendum yang disponsori PBB, mayoritas rakyat Timor Timur memilih untuk lepas dan merdeka dari Indonesia. Segera setelah referendum, milisi anti-kemerdekaan Timor-Leste - yang diorganisir dan didukung oleh militer Indonesia - memulai kampanye militer bumi hangus. Milisi membunuh sekitar 1.400 rakyat Timor Timur dan dengan paksa mendorong 300.000 rakyat mengungsi ke Timor Barat. Mayoritas infrastruktur hancur dalam gerakan militer ini. Pada tanggal 20 September 1999, Angkatan Udara Internasional untuk Timor Timur (INTERFET) dikirim ke Timor Timur untuk mengakhiri kekerasan. Setelah masa transisi yang diorganisasi oleh Perserikatan Bangsa-Bangsa, Timor Timur diakui secara internasional sebagai negara dan secara resmi merdeka dari Indonesia pada tanggal 20 Mei 2002. Sebelumnya bernama Provinsi Timor Timur, ketika menjadi anggota PBB, mereka memutuskan untuk memakai nama Portugis "Timor Leste" sebagai nama resmi.