Disse omstændigheder har gjort farvandet til hjemsted for pirater og et muligt mål for terrorisme. Pirateriet i Malaccastrædet var kraftigt stigende i begyndelsen af 2000'erne, men ved Jordskælvet i Det Indiske Ocean den 26. december 2004 blev store kystområder ved strædet oversvømmet med mange omkomne til følge. Umiddelbart efter den ødelæggende tsunami ophørte piratangrebene fuldstændig og er i dag på et markant lavere niveau end før tsunamien.