Após o Ataque à Flotilha da Liberdade em maio de 2010, as tensões entre os dois países intensificaram-se. Erdoğan condenou fortemente o ataque, que descreveu como "terrorismo de Estado", e exigiu retratação por parte de autoridades israelenses. Erdoğan descreveu Israel como "principal ameaça à paz regional", e incentivou a inspeção do arsenal nuclear israelense pela AIEA. O Primeiro-ministro turco passou a criticar as medidas tomadas pelo Estado israelense no conflito, afirmando que este desejava transformar Gaza em uma "prisão a céu aberto". Os comentários frequentes de Erdoğan sobre a política externa de Israel foram vistos de forma negativa pelo Secretário-geral das Nações Unidas Ban Ki-moon.