После поражения республиканцев на выборах в Конгресс 7 ноября 2006 года президент Джордж Буш-младший принял отставку непопулярного из-за войны в Ираке министра обороны Дональда Рамсфелда. 8 ноября 2006 года он выдвинул кандидатуру Гейтса на пост министра обороны США. В декабре кандидатуру Гейтса одобрил Конгресс США, и он приступил к руководству Пентагоном.