Már az 5. században volt itt egy templom, ezt 1999-ben tárták fel. Először Christopher Wren a székesegyház akkori építésze számolt be egy régebbi szentély maradványairól, amit feltehetően a római korban szenteltek fel. Az utána épült kisebb templom 1087-ben egy tűzvészben leégett. A 13. századi, a mai templom elődje, az úgynevezett „régi Szent Pál-székesegyház” (Old St Paul's Cathedral) gótikus stílusban épült. 1561-ben villám csapott az épület tornyába ami ennek következtében leomlott. Az 1666-os nagy londoni tűzvészben a székesegyház szó szerint porig égett. Az akkor 35 éves tekintélyes, befolyásos csillagászt Sir Christopher Wrent kérték fel, hogy építse újjá a kegyhelyet. 1710-ben 35 év építkezés után Wren átadta legújabb remekművét Anglia népének. Itt házasodott össze Diana hercegnő és Károly walesi herceg.