Sezonun ilk maçına 9 Ağustos 2005'te, Şampiyonlar Ligi üçüncü eleme turunda Debreceni karşısında çıkan Rooney, 3-0 biten maçta 1 gol atarak sezona golle başladı. İkinci maçına ise 13 Ağustos 2005'te, Premier League mücadelesinde eski kulübü Everton'a karşı çıktı. Bu maçta da 1 gol atan Rooney, takımının 2-0'lık galibiyetinde pay sahibi oldu. Football League Cup finalinde Wigan Athletic karşısında alınan 4-0'lık galibiyetle kariyerindeki ilk kupayı kazandı. Rooney, bu maçta gösterdiği performans ve attığı iki golle maçın adamı seçildi. Premier League'de ise ikincilik elde ederken, forma giydiği 36 maçta 16 gol kaydetti ve Thierry Henry'nin kazandığı gol krallığı yarışını Frank Lampard ve Robbie Keane'in ardından 4. sırada tamamladı. Aralık ve Mart aylarında ise Premier League Ayın Futbolcusu seçildi.