O final da guerra deu-se quando chegou ao Brasil, a confirmação da paz entre Portugal e Espanha, que assinaram o Tratado de Badajoz em 6 de junho de 1801, portanto antes da chegada da notícia de guerra ao Rio Grande do Sul. Com isso foram definidos boa parte das fronteiras do Rio Grande do Sul, que ainda foram completadas na Guerra contra Artigas, em 1816, e também do Mato Grosso.