Il 1º luglio 1999 si trasferì per 18 miliardi di lire all' guidata da Marcello Lippi, che arrivò 4ª in campionato e perse la finale di Coppa Italia. In campionato, durante la partita contro il , l'allenatore chiese a Panucci di svestirsi della tuta per entrare in campo, ma a causa di un'incomprensione ciò non accadde e questo fece sì che il rapporto fra i due peggiorò. A inizio stagione Panucci dichiarò di sentirsi «orgoglioso di lavorare con lui».