Jesienią 1939 był jednym z założycieli organizacji niepodległościowej „Ojczyzna”. Na początku następnego roku oddelegowany do Poznania w celu organizowania struktur Związku Walki Zbrojnej. Współtworzył pierwszą Komendę Okręgu Poznańskiego ZWZ. Od marca 1940 szef Wydziału I (Organizacyjnego) w Komendzie Okręgu Poznańskiego ZWZ i zastępca szefa sztabu tegoż Okręgu. Szkolił młodzież harcerską do służby wywiadowczej w ZWZ. Aresztowany 12 września 1941 i uwięziony w Forcie VII w Poznaniu. Przeszedł roczne śledztwo w trakcie którego był torturowany, po czym został wywieziony i rozstrzelany. Stefan Schmidt nie zdążył założyć rodziny.