Farfán gehörte dem peruanischen Aufgebot bei der U-20-Südamerikameisterschaft 2003 in Uruguay an. Sein erstes A-Länderspiel für Peru bestritt er am 23. Februar 2003 gegen Haiti. Der peruanische Fußballverband gab am 9. Dezember 2007 bekannt, dass Farfán mit drei weiteren Spielern (darunter auch Claudio Pizarro, damals FC Chelsea) bis auf Weiteres aus der Nationalmannschaft suspendiert wurde. Hintergrund dieser Entscheidung ist der erhärtete Verdacht, dass sich diese Spieler nach einem WM-Qualifikationsspiel gegen Brasilien nicht an verbandsinterne Vereinbarungen gehalten und unerlaubt Alkohol zu sich genommen haben sollen. Im Sommer 2008 begnadigte der peruanische Fußballverband die Spieler jedoch; sie dürfen seit dem 6. Juli 2008 wieder für die Nationalmannschaft auflaufen. Sein Comeback gab Farfán am 4. September 2010 beim 2:0-Auswärtssieg gegen Kanada, bei dem er beide Tore vorbereitete. Im Sommer 2011 sollte er zum Kader der Peruaner zur Copa América gehören, zog sich jedoch im Training der Nationalmannschaft vor dem Wettbewerb einen Muskelfaserriss zu und musste auf die Teilnahme verzichten. Bedingt durch seine Serie an Verletzungen wurde er seit Herbst 2013 zunächst nicht mehr zu Spielen der Nationalmannschaft eingeladen, feierte jedoch am 3. Juni 2015 sein Comeback in einem Freundschaftsspiel gegen Mexiko. Bei der Copa América 2015, bei der Peru den dritten Platz gewann, war er wieder Teil des peruanischen Turnierkaders und wurde in vier Partien eingesetzt.