El gener de 1997 es va presentar a les eleccions presidencials controlades per la comunitat internacional, enfront d'Aslan Maskhàdov, elecció que va guanyar aquest darrer amb el 66% dels vots (Bassàiev n'obtingué el 23%). Bassàiev va ser nomenat primer ministre, càrrecque d'entrada rebutjà per bé que després el va acceptar; va presentar un parell de cops la dimissió però va seguir en el càrrec com interí. El 1998 es va enfrontar a Maskhàdov al que acusava d'acostar-se a Moscou i va deixar el càrrec. A principis del 1999 es va aliar amb el comandant dels voluntaris àrabs, Khatab, i l'agost d'aquell any les forces d'ambdós van entrar a Daguestan en suport de les repúbliques wahhabites establertes a la part occidental prop de Txetxènia que eren atacades per l'exèrcit rus. Això va servir d'excusa a Rússia per la segona invasió de Txetxènia.