La tossina botulinica è sempre stata considerata un'arma chimica minore, dato che si degrada rapidamente per esposizione all'aria e quindi una zona contaminata con un aerosol tossico può essere resa sicura in circa un giorno. L'agente è così instabile che la forma medicinale viene generalmente trasportata raffreddata con ghiaccio secco. Attualmente non ci sono casi documentati dell'utilizzo della tossina in guerra chimica, però il suo utilizzo è stato reso noto riguardo all'Operazione Anthropoid per uccidere il nazista Reinhard Heydrich e all'Operazione Mongoose durante la quale nel 1961 la CIA saturò con la tossina botulinica alcuni sigari della marca preferita da Fidel Castro. I sigari non vennero mai utilizzati, ma quando vennero testati anni dopo la loro efficacia era ancora invariata. Un altro tentativo di uccidere Castro riguardava l'uso di alcune pillole disciolte in una bevanda. Tra il 1932 e il 1945 l'Unità 731 giapponese effettuò degli esperimenti su cavie umane somministrando il botulino ai prigionieri durante l'occupazione della Manciuria.