Lynch oli pääministerinä, kun Pohjois-Irlannin levottomuudet alkoivat vuonna 1968. Ministeriensä painostuksesta huolimatta hän ei lähettänyt Irlantilaisia sotilaita rajan yli, koska pelkäsi tämän laukaisevan brittien invaasion Irlannin tasavallan puolelle. Sen sijaan hän kutsui paikalle YK:n rauhanturvaajat, ja perusti kenttäsairaaloita haavoittuneita varten.