De EIJ was in die periode ook verantwoordelijk voor geweld buiten Egypte, zoals de aanslag op de Egyptische ambassade in Islamabad, Pakistan in 1995. Deze aanslag eiste 17 doden. Al vanaf de jaren 90 pleegt de EIJ bovendien aanslagen in opdracht van en uit naam van Al Qaida, een van de kapers van de aanslagen in New York op 11 september 2001, Mohammed Atta, was lid van de EIJ.