Марија је рођена у војводској породици у Модени, малој држави у североисточној Италији. У Енглеској је првенствено остала упамћена по гласинама о контроверзном рођењу Џејмса Франсиса Едварда, њеног јединог сина који је преживео детињство. Према широко раширеним гласинама, Џејмс је био „замена“, тј. беба која је унесена у собу где се одвијао порођај у тигању за грејање постеље. Циљ оваквог потеза био је да се обезбеди наследник католичкој грани династије Стјуарт. Иако се показало да су овакве оптужбе биле нетачне, што је потврдила и истрага Тајног савета, рођење Џејмса Франсиса Едварда било је један од чинилаца који су довели до Славне револуције 1688. године. У револуцији Џејмс II је био присиљен да престо уступи својој ћерки из првог брака Марији, која је била протестанткиња као и њен супруг и савладар Вилијем III.