Після подій 11 вересня 2001 року уряд США визнав Труперів штату Аляска надзвичайно важливою організацією для національної безпеки. Аляска знаходиться найближче з усіх штатів до Північної Кореї та КНР, а також має морський кордон з Росією. Трупери штату Аляска, а особливо їх відділ — Бюро розслідувань Аляски, допомагають Департаменту національної безпеки, Департаменту юстиції та іншим федеральним та військовим організаціям в захисті США від тероризму. В 2009 році Бюро розслідувань Аляски допомогло ФБР в розслідування, яке призвело до арешту чоловіка та жінки, які були радикальними ісламістами та планували терористичний акт з міста Кінг-Салмон, Аляска. Під час Холодної війни літаки Труперів штату Аляска наглядали за небом над Аляскою вишукуючи радянські літаки. Сьогодні ці літаки продовжують охороняти небо над Аляскою спільно з Цивільним повітряним патрулем.