Två år senare förbjöd Tombalbaye oppositionspartierna och upprättade ett enpartisystem. Tombalbayes autokratiska styre och okänsliga vanskötsel förstärkte spänningarna mellan olika etniska grupper. År 1965 inledde muslimer ett inbördeskrig. Tombalbaye störtades och dödades 1975, men upproret fortsatte. År 1979 erövrade rebellgrupperna huvudstaden och all central makt i landet bröt samman. Väpnade grupper, många från upproret i norr, stred om makten. Sönderfallet i Tchad ledde till att Frankrikes ställning i landet kollapsade. Libyen gick in för att fylla maktvakuumet och blev inblandat i inbördeskriget. Libyens äventyr fick ett katastrofalt slut 1987. Den franskstödde presidenten Hissène Habré väckte ett enat gensvar av aldrig tidigare sett slag från tchadierna och tvingade bort den libyska armén från Tchad.