1804年5月18日，拿破倫稱帝。神聖羅馬帝國皇帝弗朗茨二世糾合英國，俄國，瑞典和那不勒斯，組成第三次反法同盟。1805年，同盟军入侵法國的盟國巴伐利亞，另一只同盟军進攻拿破仑控制的意大利。拿破仑自本土揮軍渡過萊茵河。12月2日在奧斯特利茨，法、俄、神聖羅馬三國皇軍打了一場「三皇會戰」。法军不但守住巴伐利亞，更攻入神聖羅馬帝國的摩拉維亞，同时將同盟军趕出意大利，並在普魯士境內打敗俄国援軍。12月16日，法國和神聖羅馬帝國簽訂《普勒斯堡和約》。和約簽訂後，拿破仑成立以自己為護國公的萊茵邦聯，以整固自己在德意志地區的盟友。1806年7月12日，在拿破仑的威逼利誘下，原来的16個神聖羅馬帝國的成員邦簽訂《萊茵邦聯條約》（Rheinbundakte），脫離神聖羅馬帝國，加入邦聯。同时，拿破仑對奧皇弗朗茨二世發出最後通牒，要求他解散神聖羅馬帝國，並且放棄神聖羅馬皇帝和羅馬人民的國王等稱號。最後弗朗茨二世於1806年8月6日放棄神聖羅馬皇帝和羅馬人民的國王的稱號，僅保留奧地利的帝號。神聖羅馬帝國正式滅亡。