Saviola debuteerde op 16 augustus 2000 tegen Paraguay in het Argentijns nationaal elftal. Bij het WK onder 20 jaar in 2001 werd Saviola met "Los Gaúchos" in eigen land wereldkampioen. In de finale werd met 3-0 gewonnen van Ghana en de aanvaller scoorde één goal. Saviola was de grote uitblinker van het toernooi en hij kreeg zowel de Gouden Schoen voor topscorer van het toernooi (11 doelpunten in zeven duels) als de Gouden Bal voor beste de speler van het WK. Ondanks zijn goede seizoen bij FC Barcelona werd Saviola door bondscoach Marcelo Bielsa uit de selectie voor het WK 2002 gelaten ten faveure van de meer ervaren aanvaller Claudio Caniggia.