Magnaura Okulu 9. yüzyılda kuruldu ancak çok uzun sürmedi, ve 11. yüzyılda yeni felsefe ve hukuk okullarında kuruldu. Gerileme dönemi 1204 Latin fethiyle başladı, ancak üniversite 1453'te İstanbul'un Fethi'ne kadar Kilise yönetimi altında laik olmayan bir kurum olarak varlığını sürdürdü ve şehrin fethinin ardından II. Mehmet tarafından bir "Medrese" olarak yeniden kuruldu.