В период с 1986 по 1991 гг. НОАС начала крупное наступление — были захвачены практически все города Южного Судана. К середине 1991 года НОАС контролировала практически весь Южный Судан, за исключением Джубы. Но с падением эфиопского правительства военная помощь прекратилась, и НОАС начала распадаться. Тем не менее в 1992 году НОАС почти захватила Джубу. К концу 1990-х большинство населения Южного Судана жило в районах, контролируемых НОАС.