Первые здешние поселения были основаны греками в VI веке до н. э. как колония Коринфа и Керкиры. Начиная с того периода полис был известен под названием "Бутротон". Со 167 года до н. э., со времени образования римлянами новой провинции после успешного окончания 3-й Македонской войны, город получил название "Бутротум" (). В 551 году Бутрот был разрушен вестготами. Позднее Бутрот находился в составе Византийской провинции Эпир.