En , Miles est promu au grade de major général dans l'armée régulière et devient commandant de la division militaire du Missouri. Cette même année, la dernière résistance majeure des Sioux Lakotas, connue sous le nom de "", conduit Miles à retourner sur le terrain. Ses efforts pour soumettre les Sioux conduisent à la mort de Sitting Bull et le massacre d'environ 300 Sioux, femmes et enfants compris, à Wounded Knee, le . Miles n'était pas directement impliqué à Wounded Knee et a critiqué le commandant. Juste deux jours après l'événement, Miles écrit à sa femme, décrivant Wounded Knee comme . Après sa retraite de l'armée, il milite pour le paiement de compensations pour les survivants du massacre. Dans l'ensemble, il estime que les États-Unis devraient avoir autorité sur les Amérindiens, avec les Lakotas sous contrôle militaire.