Während des Truchsessischen Krieges wurde das Kloster 1583 geplündert. Nachfolgend versuchten die Jesuiten, das Kloster zu übernehmen. Dem konnte der ansässige Adel entgegenwirken, der das Kloster zur Unterbringung seiner Töchter nutzte. Durch einen Brand wurde das Kloster 1584 so stark zerstört, dass ein Wiederaufbau erst 1593 mit einer neuen Meisterin erfolgen konnte.