У роки німецько-фашистської окупації Енвер дивом уникнув відправлення на примусові роботи до Німеччини. У травні 1944 року сім'ю Алієвих депортували до Узбекистану: спочатку у підсобне господарство військового заводу, потім — у радгосп імені П'ятиріччя Узбекистану Нижньочирчицького району Ташкентської області. До 1955 року Енвер Алієв працював у радгоспі простим трактористом, потім, у складі п'ятьох кращих трактористів, відправлений навчатися до Ташкенту, у технікум «Трудові резерви» за спеціальністю «механізатор широкого профілю».