משטר האייתוללות בטהראן החל על כן בתוכניות לפלישה רגלית לתוך אפגניסטן בעזרת הכוחות המזוינים של איראן. תוכניות אלו לא יצאו לפועל מעולם עקב הפלישה האמריקאית לאפגניסטן בשנת 2000 ותחילתה של מלחמת אפגניסטן (2001–2014). הממשל החדש אשר הוסדר באפגניסטן במהלך המאבק בטליבאן החזיק לכדי יציבות את היחסים בין המדינה לאיראן. עקב היחסים המתהדקים בין אפגניסטן וארצות הברית היחסים בין המדינות נמצאים במתיחות ממושכת.