Parmi ses photographies d'Abraham Lincoln, on trouve le dernier cliché du président, pris quatre jours avant son assassinat. Il documente par la suite les funérailles de Lincoln et réalise des portraits des conspirateurs impliqués dans le complot contre Lincoln. Gardner est ensuite le seul photographe autorisé à assister à l'exécution des coupables, ses photographies seront ensuite gravées en vue de leur publication dans "Harper's Weekly".