בתקופת האינתיפאדה השנייה בתחילת שנות ה-2000, ובהמשך במהלך המבצעים והמלחמות שניהל צה"ל בארגוני טרור מוסלמים, חלה לסירוגין עלייה בתקריות האנטישמיות כנגד יהודים בצרפת, שהתבטאה בהשחתת בתי קברות ובתי כנסת לצד תקיפות אלימות כנגד יהודים, בעיקר מצד מוסלמים. התקריות החמורות ביותר בתקופה זו היו חטיפתו ורציחתו באכזריות של אילן חלימי בידי כנופיית מהגרים מוסלמים בשנת 2006, רציחתם של מורה ושלשת תלמידים בבית הספר בטולוז בידי צעיר מוסלמי בשנת 2012, ורציחת ארבעה יהודים בפיגוע במרכול יהודי בפריז בשנת 2015.