Marie segera menjatuhkan pilihannya di antara banyak pelamar dengan memilih Adipati Agung Maximilian dari Austria, calon Kaisar Romawi Suci Maximilian I, yang menjadi rekan-pemimpinnya. Pernikahan tersebut berlangsung di Gent pada malam hari tanggal 16 Agustus 1477. Pernikahan Marie ke dalam Wangsa Habsburg memulai perdebatan dua abad antara Prancis dan Habsburg (raja-raja Spanyol dan kaisar-kaisar Romawi Suci kemudian), sebuah perjuangan yang mencapai puncaknya dengan Perang Penerus Spanyol pada tahun 1701–1714.