Yhdysvaltojen johtaman liittouman hyökätessä vuonna 2003 Irakiin MEK julistautui puolueettomaksi ja sen Irakissa olleet joukot solmivat 15. huhtikuuta 2003 tulitauon Yhdysvaltain armeijan kanssa. Liittouman joukot riisuivat Irakissa olleet NLA:n joukot aseista ja keskittivät ne Ashrafin leirille. Järjestö luovutti Yhdysvaltain armeijalle satoja panssariajoneuvoja ja tykkejä sekä muuta aseistusta. Massoud Rajavi katosi Irakin sodan alettua, ja hänen epäillään kuolleen. Liikettä on sen jälkeen johtanut Maryam Rajavi yksin. Saddam Husseinin kukistumisen myötä MEK menetti tärkeimmän tukijansa, joten se alkoi Maryam Rajavin johdolla tavoitella hyväksyntää länsimaissa, pyrkiä eroon maineestaan terroristijärjestönä ja lähentyä Yhdysvaltoja.