Πριν την Μάχη της Κρήτης, οι κάτοικοι των Ανωγείων έστησαν πέτρες στο οροπέδιο της Νίδας για να εμποδίσουν γερμανικά αεροπλάνα και αλεξιπτωτιστές να προσγειωθούν. Ένοπλες άτακτες ομάδες Ανωγειανών συμμετείχαν στην μάχη, πολεμώντας στο Ηράκλειο και το Ρέθυμνο. Μετά την πτώση της Κρήτης, τα Ανώγεια έγιναν οχυρό της τοπικής αντίστασης.