Jako příznivec Heydricha se v roce 1942 stal členem protektorátní vlády ve funkci ministra školství a lidové osvěty. Po atentátu na Heydricha se stala Moravcova pozice ve vládě ještě silnější. Hácha ani ostatní již neměli odvahu mu odporovat. Moravec se stal také inspirátorem vyhlášky, kterou protektorátní vláda vypisovala odměnu 10 milionů korun pro toho, kdo dopadne pachatele atentátu či přivede policii na jeho stopu. V roce 1942 se aktivně podílel na likvidaci české fašistické strany Vlajka a 1. ledna 1943 se souhlasem K. H. Franka pozastavil i činnost Národní obce fašistické. Moravec se tak zbavil svých politických konkurentů. Zbývající české fašisty se mu po roce 1943 podařilo včlenit do Národního souručenství, které Emil Hácha původně založil jako stranu, která měla pomáhat zadržovat tlak okupantů. Často vystupoval v rozhlase a psal do novin. Nabádal občany ke spolupráci s Němci. Československá vláda v Londýně v čele s Benešem nesla nelibě Moravcovo vystupování, které poškozovalo pověst ČSR v zahraničí, a proto bylo rozhodnuto provést na něj atentát. K tomu účelu byla sestavena skupina TIN s parašutisty Cupalem a Švarcem. Parašutista Švarc zemřel v chrámu sv. Cyrila a Metoděje v Praze a Ludvík Cupal zemřel vlastní rukou při obklíčení gestapem ve Velehradské cihelně. Atentát tak nebyl nikdy uskutečněn.