Първата цел е Никея, византийски град, окупиран от селджуците през 1081 г. и станал столица на Иконийския султанат, тогава оглавяван от Кълъч Арслан I. Самият султан по това време провежда кампания извън града. Никея е подложена на продължителна обсада, която не е особено ефективна, тъй като първоначално кръстоносците не успяват да блокират снабдяването му с кораби по езеро Изник. Едва когато византийска флота допълва обсадата, жителите на Никея провеждат тайни преговори с Бутумит и му предават града, а той им предава императорски хрисовул с щедри условия за примирие. Когато кръстоносците се събуждат на сутринта на 19 юни 1097 година, византийските знамена са издигнати на градските стени. Кръстоносците са раздразнени, но Алексий им раздава щедри подаръци, Бутумит поема властта в Никея и изпълнява обещанието да върне на султана неговите роднини. Това засилва отчуждението между съюзниците.