Pemimpin orang Saksen yang menjadi seteru utama Karel, Widukind, bersedia dibaptis pada 785 sebagai bagian dari kesepakatan damai, tetapi pemimpin-pemimpin orang Saksen lainnya tetap melawan. Ketika memenangkan pertempuran di Verden pada 787, Karel memerintahkan pembantaian ribuan orang Saksen pemeluk agama leluhur yang tertawan. Setelah beberapa kali memberontak, orang Saksen akhirnya dikalahkan secara telak pada 804. Kemenangan telak atas orang Saksen membuat wilayah Kerajaan Orang Franka semakin meluas ke arah timur sampai ke Sungai Elba. Kekaisaran Romawi pernah mencoba memperluas wilayah kekuasaannya ke kawasan itu, tetapi kalah dalam Pertempuran Hutan Teutoburg pada tahun 9 M. Agar dapat mengkristenkan orang Saksen secara lebih efektif, Karel mendirikan beberapa keuskupan, antara lain di Bremen, Münster, Paderborn, dan Osnabrück.