В 1797 году после смерти Фридриха Вильгельма II на престол вступил его сын, Фридрих Вильгельм III. Фридрих Вильгельм оказался слабым и нерешительным правителем. В наполеоновских войнах он долгое время не мог определиться, на чьей он стороне. Он обещал содействие Австрии, но ничего не предпринял после вторжения в эту страну Наполеона в 1805 году, надеясь приобрести от Франции взамен за нейтралитет Пруссии Ганновер и другие земли на севере. 1 октября 1806 года Пруссия предъявила Наполеону ультиматум, а уже 8 октября 1806 года Наполеон напал на Пруссию. В итоге прусская армия была разгромлена Наполеоном в битвах при Йене и Ауэрштедте. По Тильзитскому миру 1807 года Пруссия потеряла около половины своих территорий.