Erste internationale Erfahrungen sammelte Ali Khamis Khamis bei den Jugendweltmeisterschaften 2011 nahe Lille, bei denen er über 400-Meter-Hürden, wie auch mit der bahrainischen Sprintstaffel (1000 Meter) in der ersten Runde ausschied. Im Jahr darauf schied er bei den Juniorenasienmeisterschaften in Colombo und den Juniorenweltmeisterschaften in Barcelona schied er ebenfalls im Vorlauf aus. Bei den Arabischen Meisterschaften in Doha gewann er in 46,25 s die Bronzemedaille und bei den Asienmeisterschaften in Pune in 45,65 s die Silbermedaille hinter dem Saudi-Araber Youssef Masrahi über 400 Meter. 2014 siegte er bei den Arabischen Juniorenmeisterschaften in Kairo über 400 Meter flach und über die Hürden. Im Hürdenlauf nahm er erneut an den Juniorenweltmeisterschaften in Eugene teil und gewann dort in 49,55 s die Silbermedaille hinter dem Jamaikaner Jaheel Hyde. Ende Oktober nahm er erstmals an den Asienspielen im südkoreanischen Incheon teil und siegte dort in einer Zeit von 49,71 s.