В 1991 році був одним з керівників комісії, яка інспектувала біологічні об'єкти США. Інспекція показала, що Сполучені Штати припинили військові бактеріологічні розробки на початку 1970-х років. Під час його перебування в США з інспекційною поїздкою Радянський Союз розпався. Невдовзі по поверненні в Москву, на початку 1992 року, Канатжан Алібеков звільнився з управління через незгоду з продовженням Російською Федерацією незаконних розробок в галузі біологічної зброї, а згодом, у жовтні того ж року, емігрував з сім'єю до США. В сучасній Росії Алібекова досі вважають зрадником, який розкрив підготовку СРСР до біологічної війни, а в США і в Європі — одним з найвидатніших людей, які зупинили гонку біологічних озброєнь.