Som mange andre trøndere, var Falkener svenskvennlig under Den nordiske syvårskrig (1563–1570). Tilhengerne så på svenskene som befriere fra det danske herredømmet, og de ble mottatt med åpne armer da de i 1564 ankom Trondheim. Falkener var tro tilhenger og ble rådgiver til Claude Collart, som var kommandant av den svenske garnisonen i Trondheim. Det sies at mange av eiendommene som ble konfiskert fra svenskmotstanderne, havnet i Falkeners hender.