Ο Μίρζα Μπέγκιτς ήταν μέλος της Εθνικής ομάδας Κ20 της Σλοβενίας και υπήρξε διεθνής με την Εθνική ομάδα Σλοβενίας των Ανδρών. Με τη Σλοβενία αγωνίστηκε και στο Ευρωμπάσκετ του 2011, βγαίνοντας πρώτος στις τάπες της διοργάνωσης.