Die Reformierung des Klosterlebens in Ilsenburg fand ihren baulichen Ausdruck in der Errichtung einer größeren Abteikirche nach Gorzer Schema, die am 5. Juni 1087 von Bischof Burchard II. den heiligen Aposteln Petrus und Paulus geweiht wurde. Ihr dreischiffiger Chor, der wiederum in drei Apsiden endete, ist in der Kirchenbaukunst des Benediktinerordens im damaligen deutschen Reich erstmals nachweisbar. Der reich verzierte Fußboden aus Gipsestrich als Sichtestrich stammt aus der Zeit um 1200 und gehört heute zu den Kostbarkeiten romanischer Kunst im deutschen Raum. Die zum Teil noch erhaltenen Gebäude der Klausur wurden zwischen 1120 und 1176 errichtet, nachdem Feuer die Vorgängerbauten zerstört hatte. Zum Konvent gehörten zeitweise 25 Mönche. Seit 1464/65 war die Abtei Mitglied der Bursfelder Kongregation des Benediktinerordens.