Wie auch die übrigen Alpen war der Hochscharten während des Pleistozäns mehrfach stark vereist. Insbesondere die Vereisungsspuren der Riß- und der Würm-Kaltzeit lassen sich nachweisen, wobei die Riß-Kaltzeit die Würm-Kaltzeit an Intensität noch übertraf. Das südlich des Hochschartens gelegene Dreiseengebiet wurde von einem Abzweig des Tiroler-Achen-Gletschers durchflossen, der am Seekopf die Wettersteinbarriere durchbrach und dann als Seetraun-Gletscher in den Ruhpoldinger Talkessel einströmte. Der Tiroler-Achen-Gletscher entsandte außerdem einen linken Abzweig durchs Große Wappbachtal, der sich im Tal der Röthelmoosalm mit einem nördlich des Hochschartens aus Reit im Winkl herüberziehenden Seitenast vereinigte (dieser Seitenast hatte die rund 1180 Meter hohe Einsattelung zwischen dem Hochscharten und dem Rachelspitz gerade noch überwunden und Moränenmaterial entlang der Überfahrungsgrenze hinterlassen) und sodann als Urschlauer-Achen-Gletscher ebenfalls gen Ruhpolding vorstoss. Die maximalen Ferneisstände der Riß-Kaltzeit betrugen gemäß Klaus Doben (1970) mehr als 1200 Meter über N. N., sowohl im Dreiseengebiet, im Großen Wappachtal und nördlich des Hochschartens. Der Hochscharten trug sogar zwei kleine Lokalgletscher, die unterhalb der Nordostwand und des Südostkars saßen (der Nordostwand-Gletscher hinterließ Moränen am Nordostsporn der Hochscharten). Beide flossen nach Osten zum Südende der Röthelmoosalm hin ab. Der Gipfel ragte damals knapp 250 Meter aus den ihn umgebenden Ferneismassen.