Met die beleg van Pretoria deur die Boeremagte wat tydens die Eerste Vryheidsoorlog in Desember 1879 begin, word die inwoners van Pretoria in drie bewaringskampe geplaas en die Marais-gesin woon in hierdie tyd in tente in die militêre kamp. Kort na die einde van die Eerste Vryheidsoorlog stuur sy moeder hom in 1881 vir verdere skoolopleiding na Boshof, waar hy inwoon by sy oudste broer Charles, wat later voorsitter van die Unie-Volksraad en senator word. Sy suster Lizzie Niemeyer woon ook hier op die dorp en haar man Emil en Charles is vennote, eers in ’n wolsaak en toe daar ’n insinking in die wolmark is as algemene handelaars. Op Boshof gaan Eugène in Engels skool by David Field se skool. Wanneer die familiebesigheid swaartrek, besluit Lizzie in 1884 om saam met sommige van haar kinders na die Paarl te verhuis, waar die skoolopleiding goed en die lewenskoste laag is, en sy neem vir Eugène saam. Hy gaan skool by Paarl First Class Public School (later Paarl Boys High of die Hoër Jongenskool Paarl). In hierdie tyd skryf hy sy eerste gedigte in Engels, sommige waarvan in die "Paarl District Advertiser" gepubliseer word. Toe die tyd aanbreek om sy matriekeksamen te skryf, is hy nog te jonk en moet die skoolhoof spesiale verlof van die Onderwysdepartement verkry. In die winter van 1887 matrikuleer hy dan op sestienjarige ouderdom in die tweede klas. Op skool is hy joernalis van die Union Debating Society en sy vriende onthou later sy spitsvondigheid.