Al Muharraq domine depuis sa création les compétitions nationales au Bahreïn, que ce soit le championnat ou la Coupe nationale. C'est donc assez logiquement qu'il fournit de nombreux joueurs à l'équipe nationale, notamment depuis les années 2000, où les "bahreïnis" ont disputé trois Coupe d'Asie des nations consécutives, entre 2007 et 2015. Ainsi, pour les trois compétitions, la sélection a compté une majorité de joueurs issue du club : 10 en 2007, 5 en 2011 et 6 en 2015. Parmi ces internationaux, on peut citer entre autres Sayed Mahmood Jalal, Mahmood Abdulrahman, Sayed Jaffer, Waleed Al Hayam, Abdulwahab Al Malood, Omar Ismaeel et Mohamed Salmeen. Deux autres internationaux, d'origine étrangère ont également porté les couleurs d'Al Muharraq : le Marocain de naissance Faouzi Aaish et Jaycee John Okwunwanne, né au Nigéria. Enfin, le Brésilien Rico est l'un des buteurs les plus prolifiques du club, avec notamment une campagne de Coupe de l'AFC 2008 somptueuse, terminée avec le titre suprême et un trophée de meilleur buteur pour son attaquant vedette.