Pour mettre le turbulent Luna à l'écart, Aguinaldo le nomma chef des opérations de guerre le 26 septembre 1898 et lui attribue le grade de général de brigade. Rapidement, il est nommé directeur ou secrétaire adjoint à la guerre et chef suprême de l'armée républicaine le 28 septembre, suscitant l'envie des autres généraux qui avaient combattu durant la première phase de la révolution. Pendant cette période, Luna sentait bien que ces affectations bureaucratiques ne faisaient que l'éloigner du terrain, lui qui voulait organiser et discipliner des troupes philippines enthousiastes mais mal nourries et mal entraînées, et les transformer en une véritable armée.