Il campionato 2004-05 vide i doriani concorrere nuovamente per le coppe continentali, ma nelle battute finali del torneo il pareggio con i friulani e la sconfitta con l'Inter (in cui la squadra portuale colpì 3 legni) fecero scendere la Sampdoria al quinto posto, mancando così l'ingresso in Champions League. Rinforzata dall'arrivo di Bonazzoli, nel 2005-06 la squadra prese parte alla Coppa UEFA ma non superò la fase a gironi. In campionato i blucerchiati palesarono una grave crisi di risultati, tanto che l'ultima vittoria fu ottenuta il 12 febbraio 2006. Nei successivi 3 mesi, infatti, furono conseguiti 8 pareggi e 5 sconfitte. Il torneo si chiuse con il 3-0 subìto a Marassi dal Lecce, gara in cui la tifoseria decise - in segno di protesta - di volgere le spalle al campo.