เมื่อพระเจ้าริชาร์ดเสด็จสวรรคตในปี ค.ศ. 1199 ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากพระองค์คือพระเจ้าจอห์น แม้จะเคยอยู่ฝ่ายตรงข้าม แต่เมื่อพระเจ้าจอห์นขึ้นครองราชย์วิลเลียมได้ให้การสนับสนุนพระองค์ ขณะที่ขุนนางอีกกลุ่มให้การสนับสนุนอาร์เธอร์ ดยุคแห่งเบรอตาญผู้เป็นบุตรชายของเจฟฟรีย์ แพลนแทเจเนตซึ่งเป็นพระเชษฐาของพระเจ้าจอห์น เขาไม่เห็นด้วยกับการเดินทางไปทำศึกในฝรั่งเศสของกษัตริย์ในปี ค.ศ. 1205 แต่ก็ได้รับมอบหมายให้ทำหน้าที่คุ้มกันอังกฤษ ต่อมาเขาขึ้นเป็นหัวหน้าคณะที่ปรึกษาของกษัตริย์และเป็นผู้พิทักษ์ของเฮนรี ทายาทของพระเจ้าจอห์น แม้จะเกิดสงครามขุนนางครั้งที่หนึ่งขึ้นจนนำไปสู่การลงนามในแม็กนาคาร์ตา วิลเลียมก็ยังคงภักดีต่อพระเจ้าจอห์นและไม่ได้ร่วมปฏิวัติกับขุนนางคนอื่นๆ แต่ก็ไม่สามารถเห็นดีเห็นงามไปกับการเมืองการปกครองที่รุนแรงของพระเจ้าจอห์นได้เช่นกัน ส่งผลให้เขาถูกมองว่าเป็นขุนนางที่เป็นกลางและได้รับความนิยมในหมู่ผู้สนับสนุนของทั้งสองฝั่ง