בשנת 2013, בעקבות אירועי טרור בחצי האי סיני בהם היה מעורב חמאס ועל רקע ההפיכה במצרים (2013) ועלייתו של עבד אל-פתאח א-סיסי לשלטון, החל צבא מצרים במבצע להריסת המנהרות. במהלך המבצע הוצפו חלק גדול מהמנהרות במים ורבות מהן קרסו, פעולות אלו השפיעו רבות על הכלכלה בעזה. בעקבות הסיוע של חמאס לתנועת האחים המוסלמים, כולל בפעולות גרילה נגד הכוחות המצריים בסיני, הגביר צבא מצרים את פעילותו נגד המנהרות. הצבא מפוצץ את המנהרות בעזרת חומרי נפץ או מציף אותן במים, מבלי לבדוק האם יש אנשים בפנים. לפי הדיווחים, כ-350 מנהרות נהרסו בחודשים מאי עד אוגוסט בפעולות אלה של הצבא המצרי, מתוך מאות מנהרות שפועלות בציר פילדלפי. בספטמבר 2013 החלה מצרים בהקמת רצועת ביטחון לאורך גבולהּ עם רצועת עזה: הרסה מאות מנהרות ויותר מעשרה בתים ברפיח.