באפריל 1941 פלשה גרמניה הנאצית ליוגוסלביה והכניעה את צבאה תוך ימים אחדים. פופס הצליח למלט את משפחתו לשטח הכיבוש האיטלקי. הוא שב לבלגרד ונעצר על ידי הגסטפו ביחד עם נכבדים מהקהילה. מבלגרד הועבר למעצר בגראץ. לאחר מספר חודשים שוחרר פופס, שב לבלגרד, ירד למחתרת והשתמש בזהות בדויה ובמסמכים מזויפים. לאחר שחרור יוגוסלביה התמנה פופס מחדש לנשיא איחוד הקהילות היהודיות ביוגוסלביה ופעל לסייע בשיקום שארית הפליטה.