매클라렌의 군이 활동하지 않게되자, 후커는 존 포프소장의 버지니아군에 전속되었다. 그 사단은 즉 사무엘 P. 하인셀만 소장의 제3군단에 있다가, 북버지니아 전역과 제2차 불런 전투에서 북군이 대패를 당한 후, 9월 6일 버지니아군 제3군단의 군단장에 취임했다. 로버트 E. 리 장군의 군대가 북쪽의 메릴랜드주에 들어가자(메릴랜드 전역), 후커의 군단(9월 12일 제1군단으로 재조직되었다)은 포토맥군으로 재편성되어 사우스 마운틴 전투와 앤티텀 전투에서 활약했다. 앤티텀에서는 미국 역사속에서도 가장 많은 피를 흘린 날 최초의 공격을 시작한 것이 후커의 군단이었고, 스톤월 잭슨의 군단을 남쪽으로 몰아세웠지만, 더이상 방법은 없었다. 후커는 공격적이어서 부하들을 다그쳤으나 다리를 부상당해 이른아침에 전장을 이탈했다. 자신이 전장에 남아있었다면 결정적인 북군의 승리로 끝났을거라고 주장했으나, 매클라렌 장군의 신중함때문에 다시 북군은 실패하고 세력으로 밀리던 리의 군대는 괴멸을 피했다. 링컨 대통령은 쓴맛을 다시며, 매클라렌을 해임하고 앰브로스 번사이드소장을 후임으로 임명했다.