Весной 1998 года перенёс первый инсульт. Спустя два месяца после инсульта вернулся в эфир «Футбольного обозрения», но в конце 1999 года передача была закрыта. До 2003 года Перетурин являлся комментатором «Первого канала», но работы в последние три года сотрудничества у него практически не было. В 2003 году был уволен из редакции. По мнению Перетурина, его увольнению поспособствовали интриги Виктора Гусева. Последним крупным турниром, на котором он работал в период активной карьеры на телевидении, стал Чемпионат мира по футболу 2002.