曼祖基奇在五場德甲聯賽中打進四個進球，令他在上陣11場打進9球的成績成為德甲頂級球員。在加盟拜仁初期表現出色的他，迅速取代受傷病因擾的馬里奧·高美斯成為俱樂部必然正選，但其後季中一度陷入低潮，連續五場聯賽沒有進帳。在德甲冬季休賽期後，曼祖基奇又再重現射手本色，他在最初兩輪對陣菲爾特以及斯圖加特的比賽中打進3球。及後，他在對陣美因茨05的比賽中又打進2個進球。曼祖基奇的出色表現令他最終在首個效力拜仁的德甲賽季便成為俱樂部最佳射手。他總共在聯賽上陣24場並打進15球，幫助拜仁重奪失落已久的德甲冠軍。他也在自己首個歐洲冠軍聯賽有好的表現，在16強對陣阿森納的比賽中打進一球。其後，在作客都靈對陣尤文圖斯的半準決賽中再打進一球。同年5月24日，拜仁在該年的歐冠盃決賽對陣多蒙特。曼祖基奇打進比賽中的第一個進球，他在下半場60分鐘先開紀錄令拜仁以1:0領先，加上洛賓在完場前一分鐘的絕殺進球，令拜仁最終以2-1擊敗這支德甲宿敵，奪得12年來首座歐冠盃的冠軍。這個進球，也代表着曼祖基奇成為第一個在歐洲冠軍聯賽決賽進球的克羅埃西亞球員，也是他在慕尼黑有着出色表現的賽季，協助俱樂部完成三冠王榮譽，當中包括德甲，歐冠以及德國盃。另外也獲得該賽季初的2012年德國超級盃。