לאחר המהפכה התוניסאית בשנת 2011 הדרדרו היחסים בין המדינות, במיוחד עם עליית תנועת האננה האסלאמית לשלטון. הידרדרות זו הגיעה לשיאה ב-27 בספטמבר 2013, כאשר איחוד האמירויות הערביות החזירה את שגרירה בתוניסיה, בתגובה להצהרותיו של נשיא תוניסיה מונצף מרזוקי במהלך העצרת הכללית של האו"ם בה קרא לשחרר את נשיא מצרים המודח מוחמד מורסי, שהודח במהלך ההפיכה בשנת 2013.