El clan Nabeshima fueron originalmente vasallos del clan Ryūzōji que controlaba la región. Sin embargo, Ryūzōji Takanobu fue asesinado en la batalla con los clanes Shimazu y Arima en 1584, y Nabeshima Naoshige se convirtió en el guardián del joven heredero de Takanobu, Ryūzōji Takafusa. Seis años después, Toyotomi Hideyoshi otorgó la aprobación de Nabeshima para derrocar a Ryūzōji y tomar el territorio para su propio linaje. Nabeshima apoyó las invasiones de Hideyoshi a Corea en la década de 1590 y luchó en el ejército occidental contra el clan Tokugawa en la fatídica batalla de Sekigahara en 1600. Durante esta batalla, sin embargo, se volvió y capturó al general del ejército occidental Tachibana Muneshige, obteniendo cierto grado de favor de Tokugawa Ieyasu y se le permitió mantener su feudo. El dominio fue gobernado desde el Castillo de Saga en la ciudad capital de Saga por el clan Nabeshima de "tozama daimyō". Aunque los puestos comerciales holandeses y chinos en Nagasaki fueron supervisados directamente por funcionarios del shogunato Tokugawa, el dominio fue en gran parte responsable de la defensa militar de la ciudad y el puerto.