1945 gehörte er zur US-Delegation auf der Jalta-Konferenz. Er war an der Verhandlung über die Einzelheiten zur Schaffung der UN beteiligt. Zu diesem Zeitpunkt lehnte Hiss Stalins Forderung nach 16 Stimmen (für jede sowjetische Unionsrepublik eine) bei der Generalversammlung ab. Schließlich stimmte die Sowjetunion dem Kompromiss zu, nur zwei zusätzliche Plätze zu erhalten. Anschließend reiste Hiss mit dem neuen Außenminister Edward Stettinius nach Moskau. Bei der ersten Versammlung der UNO-Delegierten in San Francisco am 26. Juni 1945 war er provisorischer UN-Generalsekretär. Danach ernannte man ihn zum Direktor der Abteilung für politische Sonderangelegenheiten.