Осенью 1941 года начал службу в концлагере Маутхаузен в качестве главного лагерного врача. По своему служебному положению был подчинён отделу D III (санитарное обслуживание и лагерная гигиена) Главного административно-хозяйственного управления СС, а также контролировал санитарную деятельность и медицинский персонал в лагере. Кребсбах определял в рамках нетрудоспособных и больных заключённых для введения им смертельной инъекции бензина в сердце. В 1942 году под его надзором посредством смертельных уколов были убиты 900 русских, чешских и польских заключённых больных туберкулёзом. Кроме того, отвечал за установку газовой камеры в подвале лагерной больницы. В конце 1942 года в присутствии Кребсбаха примерно 120—130 чехов были удушены газом в связи с их причастностью к покушению на Рейнхарда Гейдриха. В том же году стал штурмбаннфюрером СС.