1861 schied er zunächst aus dem aktiven Militärdienst aus, trat aber nach Beginn des Sezessionskrieges 1861 als Hauptmann in die Confederate States Army ein. Bei der Schlacht am Rich Mountain am 11. Juli 1861 wurde er schwer verwundet und durch einen Bewohner der Region gerettet. Als er als Viehhirte maskiert zu seiner Einheit zurückkehren wollte, wurde er gefangen genommen und am 13. Dezember 1861 im Austausch freigelassen. Im März 1862 war er Kommandeur einer Batterie und behielt diese Funktion trotz seiner Beförderung zum Brigadegeneral am 15. April 1862. Nach einer Erkrankung im Juli und August 1862 war er zunächst kampfuntauglich und diente danach bis zum Ende des Krieges im Ordonnanzbüro.