ב-1942 נשלח פטון, שכבר קודם לדרגת מייג'ור גנרל, לצפון אפריקה ופיקד על כוח אמריקאי שכבש את קזבלנקה במסגרת מבצע לפיד. לאחר מכן, במהלך המערכה בתוניסיה החליף את מפקד הקורפוס ה-2, מייג'ור ג'נרל לויד פרדנדאל לאחר שיחידה זו נכשלה בקרבות מול קורפוס אפריקה של רומל. פטון התגלה כקשוח בהרבה עם חיילי הגיס ממפקדו הקודם, והקפיד מאוד על נושאי שגרה יומית ומוכנות קרבית. בין השאר הקפיד שכל החיילים והמפקדים יחבשו קסדות, כולל רופאים בחדרי ניתוח. כתוצאה ממשמעת הברזל לא היה פטון אהוד בקרב החיילים, אך איכותו של הגיס השתפרה פלאים ובמרץ 1943 החישה מתקפת נגד של הגיס את סופם של כוחות הציר באפריקה. כוחותיו של פטון הדפו את כוחות הציר בקרב על רכס אל-גואטר.