Il regime di Suharto è tristemente famoso per aver perseguitato con accanimento gli oppositori politici ed aver utilizzato sistematicamente l'esercito per mantenere il controllo delle regioni del paese in cui si sviluppavano movimenti dissidenti. Si calcola che più di un milione di sospetti comunisti (altre stime parlano di due milioni) siano stati uccisi durante il genocidio indonesiano negli anni successivi alla presa del potere nell'inerzia compiaciuta di Stati Uniti e Regno Unito, fautori e sostenitori del regime, che vedevano nelle stragi di massa dei "comunisti" un vantaggio insostituibile. Il Partito Comunista Indonesiano (PKI) contava 3 milioni di iscritti e circa 17 milioni di simpatizzanti. Anche l'invasione e l'occupazione della ex colonia portoghese di Timor Est, confinante con l'Indonesia, causò massacri di vaste proporzioni.