Il club partecipa poi alla Coppa dei Campioni 1961-1962 da campione in carica, e raggiunge per il secondo anno consecutivo la finale. La partita si gioca il 2 maggio 1962 ad Amsterdam contro il Real Madrid di Alfredo Di Stéfano, Ferenc Puskás e Francisco Gento, ma non inizia bene per i portoghesi, che sono già sotto 2-0 alla metà della prima frazione di gioco. Pur riuscendo inizialmente a pareggiare, le squadre vanno tuttavia negli spogliatoi con i madrileni in vantaggio per 3-2. Tutto cambia però nella ripresa: i rossi segnano infatti tre gol, che consentono loro di vincere l'incontro per 5-3 e di conseguenza di mettere in bacheca il secondo trofeo consecutivo. A questo punto Guttmann chiede un premio alla dirigenza, che però si rifiuta di concederglielo. Pare che nell'abbandonare la società il tecnico avrebbe lanciato una sorta di "maledizione": "Da qui a cento anni nessuna squadra portoghese sarà due volte campione d'Europa e il Benfica senza di me non vincerà mai una Coppa dei Campioni".