1 февраля 1995 года в матче против сборной Уругвая Эрнандес дебютировал за сборную Мексики. 16 ноября в товарищеском матче против сборной Югославии он забил свой первый мяч за национальную команду. В 1996 году Эрнандес выиграл свой первый турнир в составе сборной — Золотой кубок КОНКАКАФ.