После ухода из сборной Дании Мёллер-Нильсен возглавил сборную Финляндии на отборочные циклы к ЧМ-1998 и ЧЕ-2000, однако не смог вывести команду в финальную стадию. Позже он перешёл в сборную Израиля, из которой был уволен Шломо Шарф, не выведший команду на чемпионат Европы 2000 года в связи с проигрышем в стыковых матчах Дании. Репутация команды уже была подмочена не только этими поражениями, но и тем, что перед стыковыми матчами игроки (хотя никто из игроков не получил даже предупреждения от Израильской футбольной ассоциации.