En 1890 la última sublevación de los sioux, conocida como la Danza de los Espíritus, en las reservas lakota devolvió a Miles una vez más al campo de batalla. Sus esfuerzos por subyugarlos de nuevo terminaron con la muerte de Toro Sentado y la masacre de 200 sioux, entre los cuales había mujeres y niños, en la Masacre de Wounded Knee el 29 de diciembre de 1890. Miles reaccionó ante estos enfrentamientos proclamando la autoridad de los EE. UU. sobre los indios, convencido de que todos los lakota debían ser puestos bajo control militar.