עם כל זאת, היה היחס הפולני לשואה מצד האוכלוסייה בכללותה לעיתים אדיש, ולעיתים אף משתף פעולה. הגרמנים ניצלו את הרגשות האנטישמיים של האוכלוסייה. רבים הסגירו את שכניהם היהודים, ויש שעשו לעצמם מחייה כ"ציידי היהודים". באזורים המזרחיים של פולין (בהם מרבית האוכלוסייה הייתה ממוצא אוקראיני או ליטאי) הייתה האנטישמיות חזקה במיוחד, ורבים האשימו את היהודים בסיוע למשטר הקומוניסטי במהלך הכיבוש הסובייטי בשטחי מזרח פולין בשנים 1939 – 1941, האשמה שהיה לה על מה להתבסס. בעיירה ידוובנה במחוז ביאליסטוק הושמדו יהודי העיירה על ידי האוכלוסייה המקומית בסמוך לאחר כיבושה מן הגרמנים, ביולי 1941. פרטי תקרית זו עדיין שנויים במחלוקת, אם כי הממשלה הפולנית הביעה את צערה על פעולות האזרחים הפולנים.