11 липня 2008 року Гуарін перейшов в клуб «Порту», підписавши контракт на 4 роки . За три з половиною роки в португальському клубі Фредді двічі став чемпіоном країни, по три рази вигравав національний кубок та суперкубок, а також у 2011 році виграв Лігу Європи, зігравши, в тому числі, і у фінальному матчі.