У 1995 році були утворені Перша ліга Республіки Сербської з футболу та Кубок Республіки Сербської; тоді ж з'явилися окремі чемпіонати хорватської і боснійської частин країни. У 1996 році ФІФА визнала Федерацію футболу Боснії і Герцеговини, а в 1998 році це зробило й УЄФА. Клуби отримали право виступати в єврокубках, окрім команд Республіки Сербської. Хоча Дейтонські угоди, які завершили війну в Боснії і Герцеговині, дозволило організовувати незалежні спортивні організації в Республіці Сербській, які могли б бути визнаними на міжнародному рівні, але ФІФА й УЄФА наполягали, що футболісти Республіки Сербської не можуть представляти свою автономію на міжнародному рівні. Лише 23 травня 2002 року після набрання Футбольного союзу Республіки Сербської в Футбольний союз Боснії і Герцеговини клуби Республіки Сербської отримали право грати в єврокубках, а уродженці Республіки Сербської — право грати за Боснію і Герцеговину.