В 1804 году Шуберт, в должности колонновожатого Свиты Его Императорского Величества по квартирмейстерской части был командирован для астрономических и геодезических работ сначала в Полоцк, а затем в Олонецкую и Архангельскую губернии. В 1805 году Шуберт вместе с отцом сопровождал посольство графа Головкина в Китай, причём в пути занимался астрономическими вычислениями и составил топографический маршрут путешествия. В 1806 году Шуберт получает командировку в Нарву и Ревель для геодезической съёмки. Начавшиеся военные действия на время приостановили его научную деятельность, и с кампании 1806—1807 гг. начинается его боевая служба. В качестве подпоручика Генерального штаба он принимал участие в сражении под Прейсиш-Эйлау, был тяжело ранен в грудь и левую руку и за отличие получил Орден Св. Владимира 4-й степени с бантом.