Da Norge ble invadert av Tyskland 1940 var Sparre i Nord Norge ombord MS «Brand IV» som straks ble konvertert til sanitetsskip. Sparre hjalp til som frivillig inntil de ble bombet. Han ble såret og fem personer ble drept. I 1941 ble akademiet, som en del av nazistenes nyordning, nazifisert og NS medlem Søren Onsager tok over som professor. Sparre var da med å organisere et illegalt akademi. Det illegale akademiet ble kalt ”Fabrikken” da de i begynnelsen holdt til i en nedlagt korsettfabrikk. I 1944 ble han også medlem av Milorg.