Занятием Эрзерума закончилась боевая деятельность Панкратьева в турецкую войну. Произведённый 25 июня 1829 года за отличие по службе в генерал-лейтенанты, он по окончании войны остался временно с вверенной ему дивизией в Эрзерумской области и за отличное управление ею был награждён императорской короной к ордену св. Анны 1-й степени и 30000 рублей ассигнациями. В том же году он был назначен начальником штаба Отдельного Кавказского корпуса, но более полугода не прибывал к своей новой должности, отвлечённый экспедициями против горцев.