Vuosina 1998–2000 Hernández pelasi Tigres UANL:n joukkueessa ennen siirtymistään Yhdysvaltoihin Los Angeles Galaxyyn, missä visiitti jäi vain vuoden mittaiseksi. Hernández edusti urallaan vielä Club Américaa, Veracruzia, Jaguares de Chiapasia ja Lobos de la BUAPia ennen lopettamistaan vuonna 2005. Meksikon maajoukkueessa hän oli mukana vielä vuoden 2002 MM-lopputurnauksessa.