Quelques années plus tard, en 1976, sa présence au Liban se situe dans le cadre de Médecins sans frontières dont il est l'une des figures de proue. À l'invitation du Croissant Rouge palestinien, MSF installe un hôpital de fortune dans la banlieue de Beyrouth, à Nabaa, enclave chiite dans un quartier tenu par les phalanges chrétiennes libanaises. Kouchner qui avait participé à l'installation s'y rend pratiquement chaque mois pour accompagner les nouvelles équipes. Il se rend aussi à Saïda ravagé par les bombardements israéliens où MSF s'était installé dans un hôpital, puis, en 1978, dans le quartier chrétien de Beyrouth bombardé par les Syriens. Dans les années 1980, alors qu'il a quitté MSF, Kouchner retourne fréquemment au Liban. En 1989, lors de l'offensive syrienne, Kouchner, chargé de l'action humanitaire dans le gouvernement Rocard, obtient qu'un bateau militaire, "La Rance" soit mis à sa disposition pour l'évacuation des blessés.