בין השנים 1975-1992 הייתה המפלגה תנועה לוחמת למען שחרור כורדיסטן והפלת השלטון העיראקי ואילו מאז 1992 ועד ההווה מקדמת המפלגה שותפות פוליטית עם המד"כ. במלחמת איראן-עיראק 1980-1988 הקים המד"כ בסיסים באיראן וסייע לה במלחמה כמעין מוצב קדמי שלה בעיראק, בעוד מפלגת האיחוד הפטריוטי של כורדיסטן נקטה בגישה של הידברות וחתרה להסכם פיוס מדיני וביטחוני עם המשטר העיראקי. במרץ 1988 ביצע הצבא את מבצע אל-אנפאל כנגד המורדים הכורדים, שבמסגרתו השתמש סדאם בנשק כימי כנגד לוחמי הפשמרגה ומשפחותיהם בעיירה חלבג'ה וגרם לכ-6000 הרוגים כורדים מתוך כ-200,000 במבצע כולו. מאורע זה הוביל במאי 1988 לכינונה של ברית כורדית בין טאלבאני למסעוד בארזאני (בנו של מלא מוסטפא ומנהיג המד"כ) במטרה להפיל את שלטון הבעת'. הכרזת האמריקאים על אזור אסור לטיסה (no-fly zone) מעל כורדיסטן העיראקית, הגנה על הכורדים מפני מתקפות צבא עיראק. שיתוף הפעולה בין הצדדים לא הוביל לתוצאות משמעותיות ברמה המדינית וכוחות הכורדים הותקפו על-ידי טורקיה ואיראן ומבפנים בהתקפות הרסניות של צבא עיראק, מה שהוביל לאבדן הלגיטימציה של השותפות ולחלוקת השטח בין המפלגות KDP-PUK. ההסדר קרס ופרצה מלחמת אזרחים כורדית בין השנים 1994-1998, שהובילה להרג כ-2000 כורדים כתוצאה מקיטוב פוליטי וסכסוך בעניין הבעלות על הטריטוריות. במהלך ההתקוממויות קוסרת רסול-עלי, יליד ארביל, שימש מפקד בכוחות הצבא של האיחוד הפטריוטי של כורדיסטן, הכוחות בראשותו הובילו בשנת 1996 לשחרור הערים ארביל וכירכוכ. כיבוש ערים משמעותיות אלה הוביל את כוחות המד"כ בראשות בארזאני לבקשת סיוע מסדאם חוסיין בכיבוש הערים מחדש. מלחמת האזרחים הסתיימה בהסכם בתיווך אמריקאי שנחתם בוושינגטון בשנת 1998. בשנת 2005, ברקע הפלישה האמריקאית לעיראק נחתם הסכם נוסף לממשלת אחדות בין המפלגות, כאשר טאלבאני הורחק מן הזירה הפוליטית הכורדית במהלך אסטרטגי של המד"כ ונבחר לנשיא הזמני של עיראק. כחלק מההסכם הובטח כוח שוויוני בממשלה הכורדית לשתי המפלגות ורוטציה בתפקידים מרכזיים.