В 1896 година българската община подава молба в кумановския съд да получи изцяло църквата, но съдът я отхвърля, затова на Богоявление в 1897 година, когато е ред на сърбите, българите се опитват да влязат в храма насилствено, което води до намеса на властите и много арести. В знак на протест, българите отказват да служат в църквата и когато им е редът, но кумановският и вилаетският съд в Скопие отново потвърждават редуването. След избухването на Гръцко-турската война обаче везните се накланят в полза на българите - след изпратена лично до султана молба, на 18 април 1897 година, първи ден на Великден, в Куманово пристига заповед църквата да се даде единствено на българите. За да ѝ̀ се върне реда в църквата сръбската община праща специална делегация от 80 души в Скопие, пише молби до косовския валия, министъра на правосъдието и вероизповеданията, великия везир и лично до султана, но всички тези действия остават без успех. На 1 април 1898 година, Великден патриаршистите се опитват със сила да влязат в храма, но са разпръснати от войска и църквата е затворена. В същото време българската община получава и манастирите „Света Богородица“ в Матейче и „Свети Георги“ в Градище. Български училища започват да се отварят по овчеполските и козячките села. След пет месеца храмът отново е предаден на българската община.