Während der Krise in Osttimor 1999 im Umfeld des erfolgreichen Unabhängigkeitsreferendums am 30. August wurden alle 60 Gebäude der GKTT von Milizen zerstört. Einige der Kirchen wurden von den eigenen, pro-indonesischen Gläubigen oder gar Pastoren angezündet. Nur vier Pastoren waren nach den Unruhen noch in Osttimor tätig. Die meisten Pastoren und auch ihre Anhänger waren in das indonesische Westtimor geflohen. Einige nahmen dabei auch Kircheneigentum mit. Vom GKTT-Generalsekretär und amtsführenden Moderator Francisco Maria de Vasconcelos, Sohn von Vincente de Vasconcelos Ximenes, wurde fälschlicherweise gemeldet, er sei erschossen worden. Er hatte sich jedoch mit etwa hundert anderen Flüchtlingen in die Berge bei Dili vor den Unruhen in Sicherheit gebracht. Arlindo Marçal wechselte in die Politik und wurde Generalsekretär der Partido Democrata Cristão (PDC).