פרגוואי לא הצליחה להעפיל לשני טורנירי המונדיאל הבאים. במוקדמות מונדיאל 1998 סיימה פרגוואי במקום השני בבית הדרום אמריקאי והעפילה לטורניר הגמר. בשני משחקיה הראשונים בשלב הבתים של טורניר הגמר סיימה פרגוואי בתיקו 0-0 עם בולגריה וספרד. במשחק האחרון בשלב הבתים והמכריע על העלייה גברה פרגוואי על ניגריה, שהבטיחה את המקום הראשון בבית טרם המשחק, בתוצאה 1-3 והעפילה לשמינית הגמר. בשמינית הגמר הפסידה פרגוואי לצרפת, האלופה שבדרך, 1-0 משער זהב שהובקע 6 דקות לסיום ההארכה. שנה לאחר מכן אירחה פרגוואי לראשונה בתולדותיה את טורניר הקופה אמריקה. פרגוואי סיימה ראשונה בשלב הבתים, אולם הפסידה ברבע הגמר לאורוגוואי בבעיטות הכרעה מ-11 מטרים לאחר שהמשחק הסתיים בתיקו 1-1.