משנת 1926 ועד לפטירתו שימש רופין כפרופסור לסוציולוגיה יהודית באוניברסיטה העברית בירושלים. הוא היה ממייסדי "ברית שלום" ומהמטיפים למדינה דו-לאומית, אולם פרש מהברית לאחר טבח חברון ומהומות-הדמים באב תרפ"ט (אוגוסט 1929), ומאז סירב אף לדון בוויתור כלשהו על עליית יהודים לארץ ישראל ועל רכישת קרקעות. הוא אף סבר כי "התעמולה של "ברית שלום" עלולה להזיק יותר משהיא עשויה להועיל.", וכי רק נוכחות יהודית חזקה תשכנע את הערבים "שלא יהיה להם שום סיכוי להיפטר מאתנו". רופין נפטר בירושלים בשנת 1943, ונטמן בבית הקברות של דגניה א'.