Vor den spanischen Missionen in Kalifornien siedelten in dieser Gegend die Muwekma Ohlone. Am Ende des 18. Jahrhunderts beanspruchte die spanische Krone das Gebiet und es fiel als Schenkung an die Mission San Francisco de Asís. Nach der mexikanischen Unabhängigkeit von Spanien, wurde San Pablo säkularisiert und vom Gouverneur Oberkaliforniens an den Soldaten Francisco María Castro übereignet. Auch nach dem Mexikanisch-Amerikanischen Krieg blieb die Rancho San Pablo im Besitz der Familie Castro.