מרי-ג'ואן פנינגטון (באנגלית: Mary-Joan Pennington; נולדה בשנת 1960) היא שחיינית עבר אמריקאית. היא אלופת עולם (ברלין 1978) במשחה ל-100 מטר פרפר ובמשחה שליחות 4x100 מטר מעורב וסגנית אלופת עולם במשחה ל-200 מטר מעורב אישי.