一方、日本協会では2006年バスケットボール世界選手権で発生した多額の赤字を巡り、内紛が勃発。日本オリンピック委員会（JOC）から資格停止処分を受けるなど大きな混乱をきたした。結果、協会幹部が刷新されたが、その後一転して日本協会及びJBLはbjリーグの提携へ向けて歩み寄りを見せるようになった。（詳細は"日本バスケットボール協会#評議委員会の内紛"を参照）