Skoko nahm 1995 mit der australischen U-20-Auswahl an der Junioren-Weltmeisterschaft in Katar teil, dort unterlag das Team im Viertelfinale Portugal mit 1:2 nach Verlängerung. 1997 debütierte der Mittelfeldakteur gegen Mazedonien in der A-Nationalmannschaft Australiens und nahm wenig später am Konföderationen-Pokal 1997 teil, weitere Teilnahmen an diesem Turnier folgten 2001 und 2005. 2000 nahm er mit der Olympiamannschaft am Olympischen Fußballturnier im eigenen Land teil, das Team scheiterte aber ohne Punktgewinn bereits in der Gruppenphase.