Letztlich waren Reformation, Bauernkrieg und ständige Machtkämpfe mit Würzburg der Ausgangspunkt für eine Fülle von Veränderungen, an deren Ende zuerst die geistliche und später auch die territoriale Spaltung des Henneberger Landes von Franken und die Angliederung an Thüringen stand. 1546/1547 kam es zum Schmalkaldischen Krieg (das Heer Kaiser Karls V. besiegt am 24. April 1547 das protestantische Heer in der Schlacht bei Mühlberg). In den Jahren 1553 und 1554 kam es im Zuge des sogenannten Markgräflerkrieges zu Plünderungen, Brandschatzungen und Verwüstungen im Henneberger Land. Das an der nördlichen Peripherie des Fränkischen Reichskreises gelegene Henneberg war auch im Konflikt zwischen Markgraf Albrecht Alcibiades von Brandenburg-Kulmbach und den Städten Würzburg, Bamberg, Nürnberg sowie Herzog Heinrich dem Jüngeren von Braunschweig-Wolfenbüttel, wie schon im Schmalkaldischen Krieg, neutral. Seine Transitlage machte es jedoch wiederholt zum Schauplatz von Auseinandersetzungen.