Tuvo a su cargo los puertos de Arica, Iquique, Antofagasta, Coquimbo, Valparaíso, San Antonio, Talcahuano, Puerto Montt, Puerto Chacabuco y Punta Arenas. También se incluía Valdivia, pero este fue destruida por el terremoto de 1960. Antes de 1960 eran administrados por el Servicio de Explotación de Puertos del Servicio Nacional de Aduanas.