Canobbio teki ensiesiintymisensä Uruguayn maajoukkueessa 7. lokakuuta 2001 vuoden 2002 MM-karsintaottelussa Kolumbiaa vastaan. Hänet valittiin mukaan kokoonpanoon vuoden 2007 Copa Américaan, jossa hän pelasi kaksi ottelua Uruguayn saavuttaessa pronssia. Hän pelasi kaikkiaan yhdeksän maaottelua.