5月1日、ノーチラスは5回目の哨戒でアリューシャン列島方面に向かった。ノーチラスにはアッツ島に極秘上陸させる第7歩兵特別部隊のうちの109名を乗せていた。5月11日、ノーチラスはアッツ島の北端近海でナーワル (USS "Narwhal", SS-167) と会合。ナーワルもアッツ島に極秘上陸させる部隊105名を乗せており、この2つの部隊は、来るべきアッツ島の戦いに先駆けて一種の露払いとして予備的に上陸するものであった。アッツ島への本格上陸作戦が行われる前日の5月11日、ノーチラスとナーワルはゴムボートに移乗した部隊をアッツ島のスカーレットビーチに無事上陸させて任務を果たした。5月25日、ノーチラスは36日間の行動を終えて真珠湾に帰投。メア・アイランド海軍造船所に回航されてオーバーホールに入った。艦長がウィリアム・D・アーヴィン（アナポリス1927年組）に代わった。