27 lipca 1940 na stanowisku szefa wywiadu wojskowego zastąpił go Filipp Golikow. Iwan Proskurow został dowódcą lotnictwa Frontu Dalekowschodniego, a w październiku zastępcą szefa Sztabu Generalnego do spraw Lotnictwa Bombowego Dalekiego Zasięgu. Tuż przed atakiem Niemiec na ZSRR, 22 czerwca 1941 został odwołany z tego stanowiska pod zarzutem awaryjności w podległych mu pułkach i objął dowództwo sił powietrznych 7 Armii, skoncentrowanej w Karelii.