Το πανεπιστήμιο ιδρύθηκε το 1579 ως Ιησουητική Ακαδημία (Κολλέγιο) της Βίλνιους από τον Μεγάλο Δούκα της Λιθουανίας και Βασιλιά της Πολωνίας, Στέφανο Μπάτορυ. Ήταν το τρίτο παλαιότερο πανεπιστήμιο (μετά την Ακαδημία της Κρακοβίας και την Αλμπερτίνα) στην Κοινοπολιτεία Πολωνίας-Λιθουανίας. Μετά την Τρίτη Διάσπαση της Πολωνίας (1795) και την εξέγερση του Νοεμβρίου (1830-1831), το πανεπιστήμιο έκλεισε και ανέστειλε τη λειτουργία του μέχρι το 1919. Μετά τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, το πανεπιστήμιο επιχειρήθηκε ανεπιτυχώς να επανεκκινήσει από τη Λιθουανία (Δεκέμβριος 1918) και τις σοβιετικές δυνάμεις κατοχής (Μάρτιος 1919). Τελικά επανέλαβε την λειτουργία του ως Πανεπιστήμιου Στέφανου Μπάτορυ στην Πολωνία (Αύγουστος 1919), περίοδος που ακολουθήθηκε από νέα σοβιετική κατοχή το 1920 και λιγότερο από δύο χρόνια της Δημοκρατίας της Κεντρικής Λιθουανίας, που ενσωματώθηκε στην Πολωνία το 1922.