1939年8月，苏联和纳粹德国签署《苏德互不侵犯条约》，纳粹军队于9月1日向波兰发动进攻，9月17日苏联军队向西进入波兰东部，赫鲁晓夫则陪同苏军入境。由于占领区内的乌克兰少数族裔曾受到波兰当局的压迫，他们对入境的苏军表示热烈的欢迎，并希望能在苏联的支持下获得民族独立。赫鲁晓夫的任务则是让西乌克兰人民“自愿”的投票加入苏联。期间他们组织会议、游行和示威活动，甚至在选举投票中作弊。同时他们解散乌克兰的教育与宗教机构，逮捕具有影响力的知识分子。同年11月1日，西乌克兰加入苏联的乌克兰苏维埃社会主义共和国。然而赫鲁晓夫用东乌克兰官员管理西乌克兰组织、推行农业集体化等政策使当地人对苏联的统治逐渐疏远。