En 1809, une seconde invasion française menée par le maréchal Soult prend le nord du pays mais est aussitôt repoussée par la coalition anglo-portugaise. Enfin, en 1810, une troisième invasion menée par Masséna et Ney à la tête d'une puissante armée est arrêtée lors de la bataille de Buçaco avant de devoir rebrousser chemin, poursuivies par les troupes de Wellington. En octobre, elles quittent le Portugal avant d'être définitivement expulsées d'Espagne en 1814. Malgré la victoire, ces guerres laissent le pays ruiné et dévasté. C'est la fin du Portugal comme puissance européenne et maritime. Le roi Jean envisage même de rester au Brésil.