כנשיא בתקופת השיקום, הנהיג ג'ונסון מדיניות שנוייה במחלוקת - הוא קבע שעל המדינות שפרשו לכנס אספות ולערוך בחירות כדי להקים מחדש את הממשלות שלהן. בפועל, מדינות הדרום בחרו ברבים ממנהיגיהן הישנים והעבירו חוקים שנישלו את השחורים מזכויות אזרחיות. מתנגדיו, הרפובליקנים, סירבו לתת לחברי הקונגרס הדרומיים לחזור והעבירו חוקים כנגד הדרום. ג'ונסון הטיל וטו על החוקים, והרפובליקנים עקפו את הוטו, דפוס שנשמר במשך שארית כהונתו (חמש עשרה פעמים, יותר מכל נשיא אחר, אושרו מחדש חוקים שביטל בידי הקונגרס). ג'ונסון עצמו ביטל פקודה לפיצוי עבדים משוחררים. הוא אף התנגד להעברת התיקון הארבעה עשר לחוקת ארצות הברית, שהעניק אזרחות ל-4 מיליון עבדים משוחררים. ב-1866, יצא למסע ברחבי ארצות הברית כדי לקדם את עצמו, בניסיון לגבור על יריביו הפוליטיים. כשהעימות בין הנשיא לקונגרס גבר, הגביל הקונגרס את זכותו של ג'ונסון לפטר את חברי הקבינט שלו, אולם ג'ונסון המשיך לנסות לפטר את מתנגדיו. כשניסה לפטר את מזכיר המלחמה שלו, ניסה בית הנבחרים להדיח אותו והוא חמק רק בקושי מהדחה בסנאט.