W Grecji Mineyko został mianowany naczelnym inżynierem prowincji Epiru i Tesalii. W 1878 roku dokonał sensacyjnego odkrycia archeologicznego. Jego wyprawa znalazła ślady świątyni Zeusa w Dodonie. Naukowiec stworzył mapę topograficzną i etnologiczną Epiru, napisał wiele prac naukowych na temat historii i kultury Grecji. W 1880 roku ożenił się z Prozerpiną Manarys – córką dyrektora liceum w Jáninie (Grecja). W 1891 roku ich rodzina osiedliła się w Atenach. Mineyko został mianowany głównym inżynierem Ministerstwa Robót Publicznych Grecji. Był również członkiem Komitetu Wykonawczego na Krecie, a w 1897 roku został szefem sekcji topograficznej Sztabu Generalnego armii greckiej. Brał udział w rekonstrukcji i w renowacji antycznych obiektów olimpijskich, w tym Stadionu Panathinaikos (Kalimarmaro) goszczącego pierwsze nowoczesne Igrzyska Olimpijskie w 1896 roku. Podczas igrzysk Mineyko pisał sprawozdania ze stadionu olimpijskiego do polskiej gazety „Czas”. W polskich czasopismach wydawanych w Krakowie i we Lwowie publikował listy, przedstawiając problemy greckiej polityki dotyczące konfliktów etnicznych z progreckiego punktu widzenia. Mineyko wziął udział w wojnie grecko-tureckiej w 1897 roku. Podczas I wojny bałkańskiej, jego plany strategiczne były kluczowe w osiągnięciu przez Greków kilku znaczących zwycięstw. Pracował jako główny inżynier w Ministerstwie Robót Publicznych do sierpnia 1917 roku, kiedy to dostał zawału serca. Choroba spowodowała dymisję. Zygmunt Mineyko zmarł 27 grudnia 1925 roku.