W 1998 roku Stewart także znalazł się w kadrze USA na mistrzostwa świata. Drużyna prowadzona przez Steve'a Sampsona zajęła jednak ostatnie miejsce w swojej grupie i pożegnała się z turniejem. Earnie ponownie pojawił się na boisku w każdym ze spotkań. Ostatnią wielką imprezą w karierze Amerykanina były Mistrzostwa Świata 2002. Na boiskach Korei Południowej i Japonii reprezentacja USA niespodziewanie dotarła do ćwierćfinału, gdzie lepsi od nich okazali się jednak Niemcy. W pierwszym meczu grupowym z Portugalią Stewart był kapitanem swojego zespołu, jednak w dalszej części turnieju pełnił już rolę rezerwowego, a opaskę kapitańską przejął Claudio Reyna.