En el choque directo ante su principal rival por la lucha del título de la liga, dio dos asistencias de gol a Marco Di Vaio y a Lilian Thuram para vencer al A. C. Milan por 2-1. En el encuentro ante el Brescia, ganado por 2-1 marcó su gol #100 en la Serie A. Mientras que en la Liga de Campeones anotó cinco goles, el más importante de ellos fue el marcado ante el Real Madrid en el encuentro de vuelta de las semifinales, consiguiendo de esta manera el pase a la final del torneo donde serían derrotados por el Milan en tanda de penales por 2-3. También tuvo un buen inicio durante la temporada 2003-04, consiguiendo el título de la Supercopa de Italia tras vencer al A. C. Milan por 5-3 en el Giants Stadium de la ciudad de Nueva York, El 18 de diciembre de 2003, con el tanto marcado ante el A. C. Siena llegó a los 150 goles anotados con la camiseta "bianconera", y un mes más tarde ante el mismo rival marcó su cuarto triplete en su carrera.