Han var en søn af Christian Wilhelm Magius, blev kadet 1827, tog officerseksamen 1836 og ansattes som sekondløjtnant ved Slesvigske Jægerkorps. I 1838 blev han forsat til Jyske Jægerkorps (senere 3. Jægerkorps, 19. og 25. bataljon), hvorved han blev stående i over 42 år og altså både blev premierløjtnant (1842), kaptajn (1849), major (1864), oberstløjtnant (1866) og oberst (1867). Ved Treårskrigens udbrud i 1848 rykkede han i felten som adjudant hos sin fader og fik snart lejlighed til at vise sine fortræffelige militære egenskaber både ved Bov, i slaget ved Slesvig og i kampene ved Nybøl og Dybbøl. Navnlig under slaget ved Fredericia (1849), da han var blevet kompagnichef, udmærkede han sig særdeles, i det han kastede en slesvig-holstensk bataljon ned i slugten nordvest for fæstningen, erobrede den store redoute og tog parken ved Hejse Kro. I 1850 var han med ved Isted og var en tid lang forpostkommandør i Kokkendorf-stillingen. Efter krigen vendte han tilbage til Nyborg, hvor han blev borgerrepræsentant, og hvor kronprins Frederik blev ansat som officer ved hans kompagni. I 1863 ansattes han som chef for 19. regiments 2. bataljon, hvormed han deltog i krigen 1864.