Silva nahm mit der uruguayischen U-20-Auswahl an der U-20-Südamerikameisterschaft 1991 teil und belegte mit der Mannschaft den dritten Turnierrang. Im Verlaufe des Turniers wurde er von Trainer Juan José Duarte sechsmal (zwei Tore) eingesetzt. Im selben Jahr bestritt er mit der Celeste auch die Junioren-Fußballweltmeisterschaft 1991, bei der er mit der Mannschaft aber bereits in der Gruppenphase ausschied. Silva spielte auch für die uruguayische A-Nationalmannschaft. Für diese bestritt Silva von seinem Debüt am 19. Oktober 1994 bis zu seinem letzten Einsatz am 12. November 2005 insgesamt 49 Länderspiele und erzielte dabei 14 Tore. Mit der Celeste nahm er am FIFA-Konföderationen-Pokal 1997, an der Fußball-Weltmeisterschaft 2002 und an der Copa América 2004 teil.