En julio de 1937 se encuentra cubriendo un sector del frente al mando de la 11.ª División, con la que intervendría en la Batalla de Brunete. Meses después fue nombrado comandante de la III División Navarra, interviniendo en la Batalla de Teruel y luego en la exitosa Ofensiva de Aragón. En junio de 1938 sus tropas lograron expulsar a la 43.ª División republicana de la Bolsa de Bielsa tras dos meses de una fuerte resistencia por parte de los republicanos. En enero de 1939 su división participó en la Campaña de Cataluña, logrando ocupar un buen número de poblaciones hasta alcanzar Vich, donde se detuvo su avance. Al mes siguiente ascendió a general de brigada por méritos de guerra. Iruretagoyena terminó la guerra en el frente de Levante.