Najbardziej dramatycznym momentem w powstańczych dziejach szpitali wolskich była masowa rzeź mieszkańców dzielnicy dokonana w pierwszych dniach powstania przez oddziały SS i policji niemieckiej. W „czarną sobotę” 5 sierpnia 1944 Niemcy wymordowali personel i pacjentów Szpitala Wolskiego oraz Szpitala św. Łazarza. Dzień później ofiarą masakry padli także pacjenci Szpitala Dziecięcego Karola i Marii. Dzięki odważnej postawie personelu zagłady uniknął natomiast Szpital Zakaźny św. Stanisława. Po kilku dniach udało się także doprowadzić do wznowienia działalności przez Szpital Wolski. Personel obu placówek aż do końca października 1944 niósł pomoc polskiej ludności cywilnej wypędzanej przez Niemców z Warszawy.