З липня 1993 до грудня 1997 року — президент, гендиректор ТОВ «Телекомпанія НТВ». Саме Малашенко, за свідченням ветерана телекомпанії Володимира Кондратьєва, придумав бренд «НТВ», при цьому було вирішено не розшифровувати абревіатуру, лишивши розгадку на розсуд глядачеві . Як один з топ-менеджерів каналу Малашенко брав участь в закупівлі телематеріалу для показу в ефірі. 1995 року був ведучим деяких випусків програми «Герой дня» (НТВ) . 1996 року брав участь в проведенні президентської кампанії Єльцина. Багато російських ЗМІ характеризують Малашенка як «людину, котра відповідала за передвиборний піар Єльцина в період виборів 1996 року і фактично зробила його президентом вдруге». Згодом він згадував: