Cuando los ejércitos de Leopoldo I de Habsburgo avanzaron sobre los territorios húngaros, muchas nobles se resistieron a rendirse a las fuerzas germánicas, tal fue el caso de su madre Helena Zrínyi y de su padrastro Emérico Thököly. Soportaron asedios, hasta que finalmente Zrínyi fue llevada con sus hijos (entre ellos Francisco Rákóczi II) ante el emperador en Viena. La madre fue separada de sus hijos y Francisco creció en la corte de Viena por un tiempo, hasta que en 1700 fue descubierto conspirando contra el emperador, intentando buscar aliados en Francia para alcanzar la independencia de Hungría. Fue arrestado, pero consiguió escapar con ayuda de un soldado prusiano y escapó a territorios polacos, donde su gente lo esperaba. Aprovechando la serie de conflictos surgidos durante la Guerra de Sucesión Española que estalló en 1701, Rákóczi reanudó sus planes y consiguió un ejército de 6.000 soldados húngaros y de 600.000 mercenarios polacos con los que decidió marchar contra el emperador germánico en 1703. Si bien la nobleza no apoyó directamente esta rebelión, pues la consideraban un mero alzamiento campesino, los ejércitos de Rákóczi ocuparon los territorios septentrionales húngaros para finales de ese mismo año. Al poco tiempo avanzaron y Transdanubia pasó a sus manos. La asamblea de nobles de Transilvania reunida en Gyulafehérvár lo escogió entonces en 1704 como "príncipe de Toda Hungría", tras lo cual continuó con sus ofensivas contra el imperio germánico. Sin embargo, una victoria germánica de Leopoldo I de Habsburgo frente a los franceses y bávaros en la Batalla de Höchstädt, puso en una posición en extremo ventajosa al emperador. En 1706 Rákóczi no pudo recibir apoyo francés, y pronto se vio forzado a retirar su ofensiva mantenida contra el nuevo emperador germánico José I de Habsburgo, hijo del fallecido Leopoldo I.