Vaikka Jugoslavia oli julistautunut puolueettomaksi toisen maailmansodan syttyessä syyskuussa 1939, sota kohtasi Jugoslavian huhtikuussa 1941. Kroatian Banovinan kuten Jugoslavian kuningaskunnan aika päättyi huhtikuussa 1941 akselivaltojen hyökkäykseen Jugoslaviaan. Kahdessa viikossa Saksa, Bulgaria, Unkari ja Italia valtasivat maan, ja se antautui 17. huhtikuuta. Jugoslavia jaettiin hyökkääjien kesken, ja osasta muodostettiin Saksan ja Italian tukema Kroatian kuningaskunta. Šubašić liittyi tässä vaiheessa Dušan Simovićin pakolaishallitukseen. Lähtiessään maasta hän ei