Thrasybúlos vedl athénskou flotilu k vítězství v námořních bitvách u Kynosémy (411 př. n. l.), Kyzika (410 př. n. l.) a Arginusae (406 př. n. l.), celou válku však Sparta a její spojenci díky početní převaze vyhráli a roku 404 př. n. l. nastolili v Athénách loutkovou vládu zvanou Třicet tyranů, která zahájila represe proti demokraticky smýšlejícím občanům. Thrasybúlos uprchl do Théb, kde získal podporu tamního vládce Ismenia a podařilo se mu získat jako základnu pevnost Phyle (novořecky Fyli) v hornatém pohraničí Attiky; původně při něm bylo jen sedmdesát mužů, ale postupně se přidávali další. Sparťané proti Phyle vyslali trestnou výpravu, Thrasybúlovým mužům se však podařilo pobít sto dvacet útočníků a útok odrazit. To bylo začátkem roku 403 př. n. l. signálem k velkému povstání proti Třiceti tyranům, Thrasybúlovým stoupencům se podařilo obsadit Pireus, v rozhodující bitvě zabít vůdce oligarchů Kritia a obnovit v Athénách demokratické zřízení. Aby uklidnil situaci, vyhlásil Thrasybúlos amnestii na všechny činy spáchané za spartské okupace.