12 декабря 1940 года Фёдора призвали в ряды Красной Армии. После окончания ускоренных офицерских курсов Свердловского пехотного училища младший лейтенант Ванин в должности командира взвода участвует в битве под Москвой, затем — Сталинградская битва, Курская дуга. Во время Курской битвы Фёдор подорвался на мине. Несколько месяцев провёл в госпитале.