La cárcel de Lecumberri también sirvió para encarcelar y asesinar a jóvenes durante el movimiento estudiantil de 1968, la mayoría de ellos torturados con golpes y descargas eléctricas en los genitales. Todo esto ocurrió a partir de agosto y hasta el 2 de octubre de 1968, día en que el gobierno mexicano ordenó la intervención, en la Plaza de las Tres Culturas de Tlatelolco, que resultó en la muerte de muchas personas, sobre todo jóvenes estudiantes del Instituto Politécnico Nacional y de la UNAM.