Durant la première partie de la saison 2008-2009, le nouvel entraîneur de Barcelone Pep Guardiola préfère Sergio Busquets à Touré dans le rôle de milieu défensif. Lors de la finale de la Ligue des champions 2009 face à Manchester United, il est aligné en défense centrale au côté de Gerard Piqué afin de pallier l'absence du titulaire habituel, et ce malgré le fait qu'il n'a joué qu'à deux occasions à ce poste pour Barcelone. En , Barcelone confirme que Touré est libre de quitter le club durant l'été.