শাহ আলম অনেক আক্রমণের সম্মুখীন হন, প্রধানত আফগানিস্তানের আমীর আহমেদ শাহ আব্দালি দ্বারা, যার ফলে মারাঠা সাম্রাজ্যের সাথেপানিপাতের তৃতীয় যুদ্ধ হয়, যারা দিল্লিতে মুঘল বিষয়ক এবং আবদালির নেতৃত্বাধীন আফগানদের উপর সুজেরাইন্টি বজায় রাখে। ১৭৬০ সালে আবদালির আক্রমণকারী বাহিনীকে তাড়িয়ে দেয় মারাঠারা, সদাশিবরাও ভাউ, যিনি তৃতীয় ফিরোজ জং-এর পুতুল মুঘল সম্রাট তৃতীয় শাহজাহানকে ক্ষমতাচ্যুত করেন এবং মারাঠা নিয়ন্ত্রণে শাহ আলমকে পুনরায় সম্রাট হিসেবে স্থাপন করেন।