ב-1797 הועברה העיירה ממיקומה המקורי למה שהיום נחשב למרכז העיר של סן חוזה. עם התפרקות השלטון הספרדי ועצמאות מקסיקו ב-1821 עברה סן חוזה לשלטונה. השלטון המקסיקני רצה להגדיל את האוכלוסייה הדלילה של קליפורניה וחילק חלקות אדמה גדולות באזור למקסיקנים וכן לזרים. הוא אף שאף להקטין את כוחם של המיסיונים, עקב חשש מהשפעה ספרדית, וחילק חלק מאדמותיהם. ב-1845 היו בסן חוזה כ-900 תושבים.