Nella stagione 1996-1997 i risultati furono più brillanti: rafforzata nel reparto offensivo dagli arrivi di Youri Djorkaeff e Iván Zamorano, in Serie A l'Inter battagliò con il per il secondo posto alle spalle della Juventus — un piazzamento che avrebbe garantito l'accesso alla Champions League 1997-1998 —, dovendosi infine accontentare della terza piazza. Nuovamente semifinalista di Coppa Italia, l'Inter raggiunse inoltre la finale di Coppa UEFA, venendo sconfitta in entrambi i casi ai tiri di rigore, rispettivamente da e : in tali occasioni, tutti i rigoristi avversari riuscirono con freddezza a battere Pagliuca, che ai sedicesimi di Coppa UEFA era stato invece decisivo nella "lotteria" dal dischetto contro il , in cui aveva parato il tiro di Erwin Dampfhofer. Chiamato ad agire da "sweeper-keeper" alle spalle della difesa a zona di Hodgson, l'estremo difensore dell'Inter ebbe un rendimento molto elevato sia in Europa, dove fu il trascinatore della squadra insieme all'attaccante Maurizio Ganz, sia in Serie A, dove ebbe la più alta media voto del campionato nelle pagelle della stampa specializzata — a pari merito con Angelo Peruzzi e Lilian Thuram —, venendo quindi premiato col Guerin d'oro; l'ottimo stato di forma gli valse inoltre il ritorno in nazionale nonché le "nomination" per il titolo di Migliore portiere AIC e per il Pallone d'oro.