Ved borgerkrigens udbrud blev Slocum udpeget til oberst for 27th New York Infantry, som var et regiment med to års tjenestetid opstillet i Elmira, New York. Han førte regimentet i generalmajor David Hunter's division i det Første slag ved Bull Run, hvor hans regiment havde 130 døde og sårede, og han blev såret i låret. I august 1861 blev han udpeget til brigadegeneral i den frivillige hær og ledede 2nd Brigade i generalmajor William B. Franklin's 1st Division, I Korps under Peninsula kampagnen og 1st Division, VI Korps i Syv dages slaget, hvor han udmærkede sig i Slaget ved Gaines' Mill.