Lors des attentats du 11 septembre 2001, le musée et le bâtiment étaient pour la plupart intacts, mais les débris aéroportés de l'effondrement du World Trade Center ont dû être évacués de certains des espaces intérieurs . Les zones d'exposition et d'accès public du Heye Center totalisaient à l'origine environ . Le musée s'est ensuite étendu dans une partie du rez-de-chaussée en 2006. Six ans plus tard, les bureaux de la National Archives and Records Administration à New York ont déménagé dans la Custom House .