באזור העיר נתגלו שרידים ארכאולוגיים מתקופת האבן החדשה ובהמשך מתקופת הממלכה התראקית. השטח נכבש על ידי האימפריה הרומית המערבית במאה ה-1, ובמקום שבו שוכנת העיר המודרנית הוקמה מצודה בשם "נובֶה", כחלק משרשרת מצודות שהקימו הרומאים לאורך הדנובה. בהמשך עבר האזור לחזקת האימפריה הביזנטית. היישוב נחרב במאה ה-7, והוא מתועד שוב, בשם סיסטובו בכתבים עות'מאניים מהמאה ה-15. העיר הפכה לעיר הנמל המרכזית של צפון בולגריה ונותרה במעמד זה עד אמצע המאה ה-19, עת הוקם הנמל בעיר רוסה. באוגוסט 1791 נחתם בסבישטוב, "חוזה סיסטובה" אשר סיים את המלחמה העות'מאנית-אוסטרית (1791-1788) וקבע את הגבולות בין שתי הישויות. ב-1810 נכבשה העיר בידי כוחות האימפריה הרוסית, הועלתה באש ונחרבה עד היסוד; פעולות השיקום והחזרת הנמל לפעילות מלאה נמשכו 25 שנים. ביולי 1877, במהלך המלחמה העות'מאנית-רוסית (1877–1878) חצה צבא הדנובה של האימפריה הרוסית את נהר הדנובה בסמוך לעיר והיא הייתה העיר הראשונה בבולגריה ששוחררה מעול העות'מאנים. ב-4 במרץ 1977 אירעה רעידת אדמה חזקה באזור רומניה וגם העיר סבישטוב ספגה נזקי תשתית רבים וכ-100 הרוגים.