Με 39 γκολ σε 75 εμφανίσεις με την εθνική ομάδα της Βραζιλίας, ο Μπεμπέτο είναι ο έκτος καλύτερος σκόρερ της εθνικής ομάδας του. Ήταν ο πρώτος σκόρερ της Βραζιλίας στο Κόπα Αμέρικα του 1989, το οποίο και είχε κατακτήσει. Στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 1994, μαζί με τον Ρομάριο αποτελούσαν ένα εντυπωσιακό επιθετικό δίδυμο, βοηθώντας την Βραζιλία να κατακτήσει το τέταρτο Μουντιάλ της. Ο πανηγυρισμός του στο τέρμα που σημείωσε ενάντια στην Ολλανδία, όπου άρχισε να κουνάει τα χέρια του πέρα-δώθε σαν να νανουρίζει μωρό, έγινε διάσημος. Αφορμή για τον πανηγυρισμό ήταν η γέννηση του τρίτου παιδιού λίγες ημέρες πριν. Ήταν επίσης μέλος της εθνικής ομάδας που κατέκτησε το Κύπελλο Συνομοσπονδιών το 1997, ενώ κέρδισε το ασημένιο Ολυμπιακό μετάλλιο το 1988 και το χάλκινο το 1996. Το 1989 ο Μπεμπέτο ανακηρύχθηκε Νοτιοαμερικάνος ποδοσφαιριστής της χρονιάς.