Dejean fut créé comte de l'Empire le . En 1809, lors du débarquement des Anglais dans l'île de Walcheren, il se rendit à Anvers pour y organiser des moyens de résistance. Peu de temps après, Napoléon retira au comte Dejean le portefeuille de l'administration de la guerre, pour avoir demandé un budget plus élevé que celui qui lui était alloué. Cette disgrâce ne fut pourtant que momentanée, et Napoléon le nomma bientôt premier inspecteur du génie (, chargé de l'inspection générale en Hollande le ) et membre du Sénat conservateur (). En 1812, il fut élu président à vie du collège électoral d'Indre-et-Loire. La même année le vit présider la commission militaire qui condamna à mort les généraux Malet, Lahorie et Guidal.