에서 주베르는 나폴레옹 보나파르트 전체 지휘에서 한 부분을 맡게 되었다. 그는 밀레지모 전투 에서 피에르 오주로 휘하, 로디 전투 에서 앙드레 마세나 휘하에서 여단을 지휘했다. 또한 주베르는 8월 카스틸리오네 전투 에도 참가했다. 주베르는 곧 나폴레옹 보나파르트의 특별한 주목을 받기 시작했고, 1796년 12월 사단장이 되면서 중요한 분견대 지휘관으로 여러 차례 지명 되었다. 그리하여 리볼리 전투에서 아디제 강 계곡에서 방어군을 지휘했다. 1797년 봄 전역(오스트리아 침공)에서 그는 티롤(Tyrol)에서 보나파르트군 좌익 분견대를 지휘해 큰 활약을 벌였고, 슈타이어마르크 공국(Styria)에서 산맥을 통과해 그의 사령관과 재합류해 함께 싸웠다.