L'équipe passe tout près du titre lors de la saison 2001-2002 : le club lombard reste en tête du championnat toute la saison et compte six points d'avance sur ses premiers poursuivants à quatre journées de la fin, avant de s'écrouler. Le club perd le titre lors du dernier match sur une défaite face à la Lazio de Rome (2-4 après avoir mené 2-1). La même année, l'équipe est éliminée en demi-finale de la coupe de l'UEFA. En 2002-2003, l'Inter termine à la deuxième place du championnat devant son rival le Milan AC, qui l'élimine néanmoins en demi-finale de la Ligue des champions en application de la règle du but inscrit à l'extérieur bien que les deux matchs se soient déroulés dans la même enceinte (0-0; 1-1). Cette élimination cruelle marque la fin de la période Cuper et l'arrivée d'Alberto Zaccheroni sur le banc des nerazzurri en .