Goran Pandev dispute son premier match de Ligue des champions au Stadio Olimpico contre les Roumains du Dinamo Bucarest. À l'issue de la double opposition durant laquelle il marque un but son club se qualifie pour la phase de groupe. Lors de cette phase de groupe Goran Pandev disputera cinq rencontres sur les six possibles et marquera quatre buts dont notamment un doublé à domicile contre le Real Madrid. Malgré de bonnes performances personnelles la Lazio termine à la dernière place de son groupe et est éliminé de la compétition. En championnat la saison 2007-2008 est réussi pour Goran Pandev qui va marquer 14 buts pour 32 matchs disputer. Cette saison est encore aujourd'hui (en 2020) la saison la plus prolifique d'un point de vue personnel pour lui. Cependant, d'un point de vue collectif la saison est un échec car la Lazio termine à la place.