После ликвидации этой организации, флаг ограниченно использовался басмаческим движением — национально-освободительным движением народов Средней Азии против советских властей. В СССР данный флаг был признан пантюркистским, и запрещён. Стал использоваться за пределами СССР различными туркестанскими и среднеазиатскими организациями и активистами, которые выступали за независимость Средней Азии от Советского Союза. Начиная со второй половины 1980-х годов (см. статью Перестройка), данный флаг уже вполне открыто стал использоваться в самом СССР, исключительно в советской Средней Азии, в основном в Узбекской ССР, ограниченно в Казахской ССР, Киргизской ССР, Туркменской ССР и Таджикской ССР, различными организациями, партиями и активистами как символ борьбы против советской власти, которые выступали за независимость Средней Азии, за демократические преобразования, свободу слова и печати, свободу религии, но в то же время придерживались секуляризма, выступали за признание национальных языков республик в качестве официальных.