מלחמת ספרד–אמריקה הדרומית בין ברית צ'ילה ופרו לבין ספרד התקיים גם כן בתקופת נשיאותו של פרס. צ'ילה תחת פרס צידדה (ביחד עם מדינות נוספות ביבשת) ביחד עם פרו מחשש לדריסת רגל ספרדית מחודשת בתוך יבשת אמריקה הדרומית. המערכה הימית בין צ'ילה לספרד הייתה מבין המערכות החריפות ביותר במסגרת המלחמה. ב-31 במרץ 1866 הסתיימה המלחמה בנסיגת הצי הספרדי מחופי פרו וצ'ילה ובהכרה ספרדית רשמית בעצמאותה של פרו. בהמשך ביצע פרס רפורמה בקוד המסחרי והסדיר מבחינה ממשלתית קוד החדש של דיני מכס. בהמשך ביצע פרס בראשות ממשלתו תיקון חוקתי כאשר סעיף 5 לחוקה שנגע לנושא דת פורש מחדש, והממשל הכריז על חוק חופש הדת בשנת 1865. בשנה שלאחר מכן נחתם הסכם גבול עם בוליביה ששם לרגע קץ לחיכוך בין שתי המדינות. הסכסוך הטריטוריאלי הוצט מחדש בהמשך ולבסוף הוביל למלחמת האוקיינוס השקט. באוגוסט 1871 אושרה רפורמה בחוקת 1833, שאסרה על בחירתם הישירה של נשיאי הרפובליקה. עם זאת, משך זמן הכהונה הוקצר לתקופה של חמש שנים ללא בחירה ישירה ובכך הסתיימה תקופתן של הממשלות שמשלו בפועל במשך עשר שנים כל אחת.