Il complesso è stato ristrutturato numerose volte nel corso del tempo, soprattutto a causa dei danni riportati dai terremoti subìti dalla città di Catanzaro, come quelli del 1638, 1783 e quelli nel XIX secolo. Proprio a causa di questi ultimi, la struttura della chiesa rimase gravemente ferita, tanto da dover rimanere chiusa per oltre mezzo secolo, dal 1832 al 1891.