Podczas wojny chińsko-japońskiej (1894–1895) został wysłany do Mandżurii. Z czasem zaczął być krytykowany za uparte negowanie nowych odkryć naukowych na temat etiologii beri-beri. Mori nie uznał dowodów przedstawionych przez Kanehiro Takaki i wierzył we wcześniejsze hipotezy, które głosiły, że jest to choroba zakaźna. W Mandżurii na beri-beri zmarło 27 tys. japońskich żołnierzy, 47 tys. zginęło w walce. W 1907 r. został naczelnym chirurgiem armii. Przeniesiony do rezerwy w 1917 roku.