En 1805, le commandement de Don fut transféré au d'infanterie et en 1806, il fut nommé Lieutenant-gouverneur de Jersey, un poste qu'il occupa pendant l'ensemble de la durée des guerres napoléoniennes. À Jersey, il fit ériger des routes et des fortifications, organisa les forces armées locales et développa de forts liens avec les communautés locales. Son mandat fut uniquement interrompu pendant une courte période en 1809 lorsqu'il fut envoyé prendre part à l'opération de retrait de milliers de troupes à la suite de l'échec de l'Expédition de Walcheren. En 1814, après de nombreuses années de service à Jersey, Don fut nommé général et prit la fonction de Lieutenant-gouverneur de Gibraltar. Confronté à une épidémie de fièvre jaune, il tira profit de l'expérience acquise au cours de ses précédentes missions pour organiser et mettre en place un système sanitaire efficace dans le territoire, avec notamment un accès à de l'eau propre, un nouvel hôpital ainsi que le parc des jardins botaniques de Gibraltar.