В период его работы министром внутренних дел происходят вооружённые стычки в Карабахе. 22 марта 1920 года в день праздника Новруз, происходит военное столкновение в Шуше и её окрестностях. Парламент проводит заседание в связи с этим. Мустафа бек Векилов выступает на заседании:«С одной стороны из-за того, что народ в связи с праздником отдыхал у себя дома, с другой стороны люди не ожидали такого предательства и нападений, эта ситуация была внезапной. Несмотря на это, наши военные части в Шуше, офицеры в их главе, с героической скоростью отбили их атаку».