Der Seekopf war bis ins Pleistozän fest mit der gegenüberliegenden Schlösselschneid verbunden. Die Wettersteinkalk-Barriere des Hochkienbergsattels wurde aber vom Seetraun-Gletscher durchbrochen und ausgeräumt – wobei die große Störung diesen Durchbruch erleichtert haben dürfte. Der Seetraun-Gletscher war ein Abzweig des Tiroler-Achen-Gletschers, der von Reit im Winkl und dem Dreiseengebiet kommend weiter in Richtung Ruhpoldinger Talkessel vorstieß. Gemäß Klaus Doben (1970) betrug die damalige Ferneishöhe am Seekopf rund 1200 Meter, der Berg war somit während der Riß- und der Würm-Kaltzeit von Ferneismassen bedeckt. So findet sich östlich des Gipfels auf Raibler Schichten würmzeitlicher Till.