Flávio Amado zadebiutował w reprezentacji Angoli 3 września 2000 roku. Jego największym sukcesem reprezentacyjnym jest jak dotychczas wywalczenie kwalifikacji na Mistrzostwa Świata 2006, pierwszej w historii Angoli. W 2006 wystąpił również z reprezentacją na Pucharze Narodów Afryki (faza grupowa). Na turnieju w Niemczech wystąpił w trzecim meczu grupowym z Iranem (1:1), w którym zdobył bramkę w drugiej połowie. Tym samym Flavio Amado jako jedyny Angolczyk strzelił gola na mistrzostwach świata w Niemczech 2006. W 2008 i 2010 ponownie zagrał w Pucharze Narodów Afryki (w edycji 2008 zdobył 1 gola, w 2010 - 3). W reprezentacji Angoli 70 meczów i zdobył 29 bramek.