I den efterfølgende borgerkrig, kendt som Anarkiet, viste Matilde sig at være sin mands stærkeste støtte. Da England blev invaderet i 1138, hidkaldte hun tropper fra Boulogne og dets allierede Flandern og belejrede Dover Castle med succes og drog derefter nordpå til Durham, hvor hun indgik en traktat med David 1. af Skotland i 1139.