Van Aert genoot zijn opleiding bij het jeugdteam van Telenet-Fidea. Na een anoniem eerste seizoen bij de junioren in 2010–2011, liet hij voor het eerst van zich spreken in 2011–2012. Zo won hij dat seizoen de cross in Ruddervoorde. Het was dat seizoen de enige cross die Mathieu van der Poel niet wist te winnen. Op zowel het BK als het WK werd hij tweede, dit achter respectievelijk Daan Soete en diezelfde Van der Poel. Vanaf het seizoen 2012–2013 maakte Van Aert de overstap naar de beloften. Als eerstejaars presteerde hij uitstekend; hij won verschillende crossen en werd zowel op het BK als het WK derde. In het daaropvolgende seizoen domineerde hij samen met Van der Poel de beloftecategorie. Van Aert kroonde zich dat seizoen tot wereldkampioen in Hoogerheide, nadat hij drie weken eerder gediskwalificeerd werd op het BK in Waregem vanwege een valse start. Ook won hij zijn eerste wedstrijd bij de elite; in Otegem klopte hij Klaas Vantornout en Rob Peeters.