1895年，第十三世達賴喇嘛阿旺·羅桑土登嘉措親政。由於清政府同英國簽訂了一系列有損西藏的條約，駐藏大臣在西藏的威信不斷受到考驗，西藏和清政府之間也逐漸疏遠。十三世達賴喇嘛首先對與涉外有瓜葛的人實行嚴厲懲治，凡查出確實與英人入侵有關的人或被處罰、或籍沒、或入獄、或梟首。再是派人推倒印度人在藏印邊界上豎立的界碑，對印度進口貨物依舊課什一稅。1903年7月18日，在榮赫鵬率領下從錫金越界進入離邊界20英里的崗巴宗與清廷駐藏幫辦何光燮知府、代表十三世达赖的堪仲（秘书长）策墨林·阿旺羅桑丹貝堅贊、代本察绒·旺久杰布（其父曾負責《中英藏印條約》劃界）會面，榮赫鵬指責藏方沒有遵守《中英藏印條約》與《中英藏印續約》，要求談判邊界與通商問題，但是藏方要求使團先退回錫金才談判。1903年12月，由于对噶廈政府拒绝执行中英藏印條約不满，導致木龍年戰爭。1904年3月31日，英国军队和藏军交火，运用机枪和大炮杀了700多人。4月中旬，英军进入了江孜地区，面对江孜宗山坚固的防御工事，英军从印度调来了4000多名援军和8门大炮，以及大量先进的穿甲炮弹。6月，西藏政府發佈徵兵廣告以回擊英軍。剛接替裕鋼駐藏大臣之職的有泰此時仍舊主和，對藏軍進行多方約束和限制，向清政府提出「今欲折服其（西藏）心，非任其戰任其敗，終不能了局」。7月7日，英军攻陷江孜宗山，達賴喇嘛感到敗局已成，派人與英人談判，要求不得進入拉薩。由於和議未成，舊率軍前進，七月底渡過雅魯藏布江。十三世达赖喇嘛於7月29日率親信途经青海逃往蒙古，臨走前指定甘丹赤巴策墨林·阿旺罗桑丹贝坚赞為代理攝政。8月3日，榮赫鵬佔領拉薩。達賴喇嘛的出走加之對西藏氣候的不適應，英軍不能在拉薩長駐。榮赫鵬找到駐藏大臣有泰，並拿出已經準備好的拉薩條約草案，要他令西藏代表進行談判。有泰上奏朝廷，說「達賴喇嘛兵敗潛逃，聲名狼藉」，請求褫革達賴喇嘛的封號，由班禪額爾德尼來拉薩掌理宗教事務。清政府於8月26日下令「將達賴喇嘛名號暫行革去，並著班禪額爾德尼暫攝」，但九世班禅曲吉尼玛（22岁）不接受。9月7日，统帅英军的上校荣赫鹏，與西藏哲蚌、色拉、甘丹三大寺的住持等人在拉萨签订了《拉萨条约》，代理攝政策墨林活佛在《拉薩條約》上蓋了達賴喇嘛的印章。有泰向清廷報告拉薩條約的內容，清政府決定和英國商談修改拉薩條約，賠款由清政府償還。条约送北京，清廷坚持不在该约上签字。清政府派唐绍仪、张荫棠等赴印度同英方谈判，唐绍仪坚持中国对西藏的主权不容侵犯。