בתקופת מלחמת המפרץ ולאחריה, הייתה אבו גרייב מוקד לאחת המחלוקות בין סוכנויות המודיעין במערב ומשטרו של סדאם חוסיין. המערב טען כי מפעל באבו גרייב, שכביכול מייצר תחליפי חלב אם, מייצר למעשה נשק ביולוגי. המפעל נבנה ב-1980, ובמהלך מלחמת איראן–עיראק נצבע בצבעי הסוואה. במלחמת המפרץ הופצץ למרות הניסיון להסוותו. במהלך תעמולתי, הוביל המשטר העיראקי את העיתונאי האמריקאי פיטר ארנט למפעל ההרוס, על מנת שיצלם את השלטים המורים על כך שמדובר ב"מפעל חלב לתינוקות". לאחר המלחמה, נבנה המפעל מחדש על ידי ממשלת עיראק, וערב מלחמת עיראק טען קולין פאוול כי מדובר במפעל המייצר נשק ביולוגי. עם זאת, "קבוצת הסקר על עיראק", אשר מאוחר יותר בחנה את המתקנים, קבעה כי המפעל לא היה בשימוש זה זמן מה, ושנמצאו בשטחו שאריות תרכובת מזון לתינוקות, אך לא נמצאו עדויות לייצור נשק.