Ahmad Šah Dorrani teki Kandaharista Afganistanin ensimmäisen pääkaupungin vuonna 1747 jona se oli 1780-luvulle asti. Vuosien 1839–1881 välillä britit yrittivät hallita Kandaharia sekä muita alueita Afganistanissa ja kävivät tuona aikana kaksi sotaa: Ensimmäisen- ja Toisen afgaanisodan. Neuvostoliitto miehitti Afganistanin 1980-luvulla ja kävi Afganistanin sodan afganistanilaisia joukkoja vastaan. Kandaharissa käytiin tuolloin ajoittain rajuja taisteluita. Talibanit valtasivat vuonna 1994 Kandaharin ampumatta laukaustakaan ja vaikka pääkaupunkina oli Kabul hallitsi Mullah Omar maata Kandaharista käsin vuoteen 2001 asti.