Zamachy z 11 września diametralnie zmieniły postawę Waya. Postanowił kompletnie zmienić swoje życie, wyprowadzić się z piwnicy w domu matki, w której dotychczas mieszkał, i rzucić sztukę. Pierwszą piosenką jaką napisał, było „Skylines and turnstiles” zainspirowane atakami z 11 września. Wraz z Mattem Pelissierem i Rayem Toro założył zespół, w którego skład wszedł również grający na basie brat Gerarda, Mikey. To Mikey wymyślił nazwę zespołu, inspirując się książką Irvine Welsha „Ecstasy: Three Tales Of Chemical Romance”. Wkrótce dołączył do nich Frank Iero. Szybki sukces wywołał w wokaliście załamanie, które doprowadziło do uzależnienia od leków i alkoholu. Jednak dzięki pomocy przyjaciół i psychoterapeuty w sierpniu 2004 roku wyszedł z nałogów. W przeciwieństwie do Pelissiera, który z tego powodu został usunięty z zespołu. Głównymi inspiracjami muzycznymi są dla niego Iron Maiden, Misfits, David Bowie, The Smiths, Queen, Pink Floyd i Smashing Pumpkins.