След края на активната си състезателна кариера през 1979 г. Берти Фогтс става треньор на младежкия национален отбор на Западна Германия до 21 г. и заема тази длъжност до 1990 г. Паралелно с нея от 1986 г. е асистент на Франц Бекенбауер в мъжкия национален отбор. След края на Мондиал 90, на който бундестимът триумфира със световната титла, Бекенбауер се оттегля и Фогтс го наследява на поста. Води отбора на четири големи първенства. На Евро 92 губи финала с резултат 0-2 от отбора на . Печели титлата на Евро 96 след златен гол на Оливер Бирхоф срещу отбора на . На Мондиал 94 Германия завършва първа в групата си, но губи четвъртфинала срещу отбора на след голове на Христо Стоичков и Йордан Лечков. На Мондиал 98 Германия отново е отстранена на четвъртфинала, този път от отбора на . След края на първенството се оттегля от поста си и е заменен от Ерих Рибек.