Юнес аль-Шибани дебютировал в сборной Ливии в 2003 году. В 2006 году был вызван на Кубок африканских наций, на котором он провёл две встречи: против Египта (поражение Ливии 0:3) и Кот-д'Ивуара (поражение 1:2).