Skagen rettet i 1990 et kritisk blikk mot miljøkonsekvensene av oppdrettsnæringen med artikkelen «Requiem for Salmo Salar». Skagen var også en av de første forfattere som tok til orde mot norsk deltagelse i krigen mot Serbia. Han startet en debatt i Norge om steinerskolene med artikkelen "Slik dør Steinerskolen", trykket i tidsskriftet "Steinerskolen" i 2003, hvor han mente steinerpedagogikken var i ferd med å forsvinne fra skolene. I 2009 kritiserte han i flere artikler Tore Rems biografi om Jens Bjørneboe "Sin egen herre". I en artikkel i "Klassekampen" hevdet Skagen at Rem hadde feiltolket Bjørneboes forhold til antroposofien, og at han heller ikke hadde sett sammenhengen mellom Bjørneboes individualisme og samfunnsengasjement. Skagen har siden 2009 vært tilknyttet "Dag og Tid" som kommentator.