Quando da proclamação da República brasileira (1889), o governo provisório do presidente marechal Deodoro da Fonseca (1889-1891) reartilhou e reguarneceu as fortificações brasileiras. O Forte de São Domingos de Gragoatá recebeu, então, moderna artilharia raiada (canhões Withworth e Krupp de 32 e 75 milímetros). Eleito constitucionalmente em 1891, o marechal Deodoro fechou o Congresso Nacional (3 de novembro de 1891), buscando, por um golpe militar, a reforma da Constituição, ampliando os poderes do Executivo. Nesse momento, o almirante Custódio José de Mello (1840-1902) e outros oficiais generais organizaram um bem-sucedido contragolpe que conduziu à renúncia de Deodoro (23 de novembro), assumindo, a presidência, o vice-presidente marechal Floriano Peixoto (1891-1894). Rezando o artigo 42 da Constituição brasileira de 1891 que "Se no caso de vaga, por qualquer causa, da presidência ou da vice-presidência, não houverem ainda decorrido dois anos do período presidencial, proceder-se-á nova eleição.", e ocorrendo atritos políticos entre o presidente e o almirante Custódio de Melo, este sublevou a Marinha do Brasil (novembro de 1893) exigindo o cumprimento da Constituição: iniciava-se a Revolta da Armada (1893-1894).