Schmidt, der militärische Lehrgänge bei der Wehrmacht absolvierte, nahm 1938 als Angehöriger einer Artillerieabteilung im Zuge des „Anschlusses“ von Österreich und des Münchner Abkommens am Einmarsch in Österreich und das Sudetenland teil. Nach Beginn des Zweiten Weltkrieges wurde er als Oberstabsarzt am 25. August 1939 zum Heer der Wehrmacht eingezogen. Von Anfang September 1939 bis Dezember 1942 übernahm Schmidts Parteigenosse, der Anthropologe und Rassenbiologe Friedrich Keiter, geschäftsführend die Leitung des Rassenbiologischen Instituts in Würzburg, bis Günther Just Schmidt offiziell als Lehrstuhlinhaber nachfolgte. Nach dem Überfall auf die Sowjetunion fiel Schmidt am 24. Oktober 1941 in Russland bei dem Versuch Kriegsverletzte zu retten. (Er wurde in der Nähe von Kalinin erschossen).