W styczniu 1989 r. w mieście mieszkało 1 436 400 osób. Przemiany epoki Gorbaczowa wpłynęły także na życie miasta. W 1988 r. w Nowosybirsku otwarto oddział Stowarzyszenia Memoriał. 4 października 1989 r. świętowano pierwsze Dni Nowosybirska. W tym samym czasie w Nowosybirsku powstał jeden z pierwszych nowoczesnych ośrodków analitycznych w kraju. W lutym 1990 r. miasto otrzymało status historycznego centrum nauki i kultury. W referendum z 17 marca 1991 r. 55,8% mieszkańców zagłosowało za zachowaniem Związku Radzieckiego, a 78,6% poparło pomysł wprowadzenia instytucji prezydenta Rosyjskiej FSRR. Związek Radziecki był jednak nie do uratowania. Rada Nowosybirska nie poparła puczu sierpniowego i opowiedziała się za legalną władzą. 25 grudnia 1991 r. do dymisji podał się prezydent ZSRR – Michaił Gorbaczow, następnego dnia (26 grudnia) r. Rada Najwyższa ZSRR uznała ten fakt i sama także się rozwiązała. Związek Socjalistycznych Republik Radzieckich formalnie przestał istnieć 31 grudnia 1991 roku.