Ο ναός ξαναχτίστηκε σε ρυθμό τρίκλιτης βασιλικής και εγκαινιάστηκε από τον αρχιεπίσκοπο Κρήτης Φαντίνο Ντάντολο στις 3 Ιανουαρίου 1446. Αν και υπέστη ελαφρές ζημιές από τον σεισμό του 1508, καταστράφηκε από πυρκαγιά στις 3 Απριλίου 1544, από την οποία όμως διασώθηκαν τα κειμήλια και λείψανα του ναού. Ο ναός επανακατασκευάστηκε στον ίδιο ρυθμό το 1557. Μετά την κατάκτηση του Χάνδακα από τους Τούρκους το 1669, τα κειμήλιά του φυγαδεύτηκαν στην Βενετία και ο ναός μετατράπει σε μουσουλμανικό τέμενος, αφιερωμένο στον Ζαδέ Φαζίλ Αχμέτ Κιοπρουλή, πορθητή του Χάνδακα. Το τέμενος ήταν γνωστό ως Βεζίρ Τζαμί. Το κτίριο καταστράφηκε από τον σεισμό του 1856.