Tháng 10 năm 1911, sau khi Khởi nghĩa Vũ Xương bùng nổ, Triều đình nhà Thanh ra lệnh cho ông trấn áp khởi nghĩa ở Vũ Hán. Phùng cho quân Bắc Dương án binh bất động đến khi Viên Thế Khải được phục chức, rồi tiến quân chiếm lại Hán Khẩu và Hán Dương từ tay quân cách mạng trong trận Dương Hạ. Trong trận đánh, ông ra lệnh san bằng Hán Khẩu. Sau đó, theo lệnh Viên Thế Khải, Phùng dừng đánh Vũ Xương. Viên sau đó đàm phán với phe cách mạng, buộc Hoàng đế cuối cùng Phổ Nghi thoái vị và năm 1912 trở thành Tổng thống lâm thời Trung Hoa Dân Quốc vừa thành lập. Phùng theo Viên gia nhập chính phủ mới và được vinh danh cho những cống hiến của mình trong Cách mạng Tân Hợi dù ông từng tích cực đàn áp khởi nghĩa.