Em 1582, D. Álvaro de Bazán, vencedor da Batalha Naval de Vila Franca contra a esquadra francesa enviada aos Açores em apoio à causa de D. António, prior do Crato, não acometeu a cidade e nem a Ilha. No ano seguinte, quando do desembarque da Baía das Mós, entrou vitorioso em Angra pelo portão de São Bento, uma vez que o acesso por mar lhe era vedado pelos fogos combinados do Forte de São Sebastião e do Forte de Santo António. Foi ainda aqui, no Forte de São Sebastião, que o marquês de Santa Cruz recebeu a rendição formal das tropas francesas aquarteladas na ilha.