Baraja hrál v Realu Valladolid, v Atléticu Madrid a nakonec ve Valencii. Nejúspěšnější období zažil ve Valencii, se kterou vyhrál mj. &lt;a href="Poh%C3%A1r%20UEFA%202003/04"&gt;Pohár UEFA 2003/04&lt;/a&gt; a Superpohár UEFA 2004.