В том же году Рутенко согласился принять словенское гражданство. Дебютный матч за сборную Словении он провёл на Олимпийских играх в Афинах против сборной России, цвета которой защищал партнёр Рутенко по клубу Эдуард Кокшаров. Всего за словенскую сборную Сергей провёл 40 матчей, забил 269 мячей; стал лучшим бомбардиром чемпионата Европы 2006 года (51 результативный бросок).