W 1999 roku Berhalter znalazł się w zespole na Puchar Konfederacji. Wystąpił na nim w 3 meczach: z Brazylią (0:1), Meksykiem (0:0, 0:1 po dogrywce) i Arabią Saudyjską (2:0). Tamten Puchar Konfederacji drużyna USA zakończyła na 3. miejscu.