Giai đoạn 1945-1954, cả nước bước vào cuộc Kháng chiến chống thực dân Pháp xâm l­ược. Hải quan Việt Nam phối hợp cùng các lực l­ượng thực hiện chủ trương bao vây kinh tế và đấu tranh kinh tế với địch. Nhiệm vụ chính trị của Hải quan Việt Nam thời kỳ này là bám sát và phục vụ kịp thời nhiệm vụ của Cách mạng, tạo nguồn thu cho Ngân sách quốc gia, kiểm soát hàng hoá xuất nhập khẩu, đấu tranh chống buôn lậu giữa vùng tự do và vùng tạm chiếm.