米国の映像作家と出会い、1962年の11月28日に結婚しようとするが、一柳との離婚が法的に成立しておらず、1963年3月1日に結婚は「無効」とされてしまう。同年の6月6日に再度結婚をする。1963年8月8日、娘キョーコをもうける。1964年、ニューヨークに戻り、活動を再開する。1966年にロンドンのの招きで渡英し、活動の場をロンドンに移した。その時期にジョン・レノンと関係を持ちはじめる。コックスとは1969年2月2日に離婚した。ヨーコはコックスから娘を引き取ろうとし、法廷闘争も行った。コックスはその混乱の渦中で、事件を起こし逮捕されるような事態に陥った。程なくヨーコは娘の親権を放棄した。母と娘は全く会えないまま長い年月が過ぎ去ったが、キョーコが20代になり子供を産む時になってヨーコに連絡を取った。それは、キョーコが「子供におばあちゃんとの接点がないのは不憫だ」と思ったからだという。こうした経緯もありヨーコが娘のことを公に語れなかった年月が長かったので、人々にはヨーコの子供はショーンのみと勘違いされがちであるが、ジョン・レノンの死の後は、コックスやキョーコと親しく連絡を取りあっているという。