בדצמבר 1862 פתח גרנט במערכת ויקסבורג, והחל בניסיונות לכבוש את עיר המבצר ששלטה על נהר המיסיסיפי. במשך ארבעה חודשים ביצע גרנט שבעה ניסיונות כושלים להגיע אל ויקסבורג. כוחותיו של פמברטון הצליחו לסכל את חלקם, וחלקם נכשל עקב תנאי השטח הקשים. פמברטון הפך שאנן עקב כישלונותיו החוזרים של גרנט, וסדרת פעולות הטעיה של גרנט גרמה לפמברטון לפספס את המאמץ המרכזי של גרנט באפריל 1863 – צליחה של נהר המיסיסיפי ממערב למזרח בנקודה דרומית לוויקסבורג. הארמייה של גרנט החלה בהתקדמות אגרסיבית אל עבר ג'קסון בירת מיסיסיפי וניצחה בשני קרבות בדרך לשם. באותה הזמן מונה מפקד חדש לזירה: גנרל ג'וזף א' ג'ונסטון הגיע לג'קסון ב-13 במאי, יום לפני שהסתערו עליה גייסותיו של גרנט, ופינה אותה מייד. פמברטון קידם את כוחותיו מוויקסבורג מזרחה לכיוון ג'קסון על מנת לחבור עם כוחותיו של ג'ונסטון בניסיון לשתף פעולה כנגד גרנט. אולם, פקודות סותרות של ג'ונסטון, חוסר החלטיות של פמברטון, והזנחת המודיעין בדבר מקום המצאו של יריבו גרנט, גרמו לכך שכוחותיו של פמברטון התנגשו ללא תכנון בכוחותיו של גרנט וספגו תבוסה מוחצת בקרב צ'מפיון היל ב-16 במאי. פמברטון נסוג לעבר נהר ביג בלאק, שם ספג מפלה קשה נוספת ב-17 במאי. ב-18 במאי נסוג פמברטון אל תוך ביצורי ויקסבורג. ג'ונסטון, מפקד הזירה, שלח הודעה לפמברטון וביקש ממנו להקריב את העיר ולהציל את חייליו. פמברטון סרב, מכיוון שהצעה זו עמדה בסתירה להוראת ג'פרסון דייוויס המפקד העליון - (פמברטון, במקור מצפון ארצות הברית, חשש כנראה גם מגינוי ציבורי אם ינטוש את ויקסבורג.)