Nasi sfruttò i suoi contatti tra gli ebrei di Cipro per interferire attivamente nel conflitto diplomatico tra Venezia ed Istanbul che sarebbe maturato nella Guerra di Cipro, conclusasi con l'occupazione turca dell'isola. Pare siano stati i complotti di Nasi a provocare l'espulsione dall'isola degli ebrei di Famagosta nel 1568; mentre Marrano Righetto, arrestato nel 1570 per aver tentato d'incendiare l'Arsenale di Venezia, era un parente di Nasi.