1991年のロシア大統領選挙において、彼は共産党により副大統領候補に選ばれた（大統領候補は、元首相ニコライ・ルイシコフ）。1992年、彼はロシア連邦の国防第一次官を務めた。1993年10月、最高会議派との対立の際、武力解決に反対し、国防省の会議への出席を拒否した。また、1994年のチェチェン紛争においても反対の立場をとった。