בדצמבר 2000 מונה למפקד מחוז ירושלים. בימים אלו הייתה האינתיפאדה השנייה בראשיתה, ותקופתו כמפקד המחוז הייתה מהסוערות שעברו על ירושלים. כניצב התמודד לוי עם אירועים רבים, בהם סגירת ה"אוריינט האוס", מהומות בהר הבית, התמודדות עם אלימות רבה במגרשי הכדורגל, מעצרים של בכירים בעולם התחתון, אסון ורסאי. יותר מכול הייתה זו התקופה החמה ביותר של האינתיפאדה שבה שוטרי המחוז התמודדו עם גל טרור חסר תקדים. פיגועי ההתאבדות הרבים שהכו בעיר הציבו את לוי בחזית אל מול התקשורת, מה שהפך אותו לדמות ציבורית אהודה בלב הקוצנזוס. לוי לקה בלבו במהלך אחד הפיגועים, אך לא התפנה לקבלת טיפול רפואי עד שאחרוני הפצועים וההרוגים פונו מזירת האירוע.