Der neue Nationaltrainer Morten Olsen, ehemaliger Nationalmannschaftskollege von Heintze, setzte ihn auch nach der Europameisterschaft ein. So wirkte Heintze in der Qualifikation zur Weltmeisterschaft 2002 mit, in der man sich als Gruppenerster durchsetzte. Bei der Weltmeisterschaft selbst spielte er noch in den ersten beiden Gruppenspielen gegen Uruguay und Senegal als Mannschaftskapitän. Nach dem Turnier trat er aus der Nationalmannschaft zurück, was er bereits vor dem Turnier angekündigt hatte. Seit seinem Comeback 1996 war er in allen 52 Länderspielen der Nationalmannschaft dabei, womit er einen nationalen Rekord einstellte.