Par crainte d'un retournement de situation en leur défaveur, les troupes japonaises mettent fin à l'autorité française le 9 mars 1945 par un coup de force sans véritable ultimatum. Seul un « aide-mémoire », émanant du commandement des forces impériales japonaises, est présenté à Jean Decoux par l'ambassadeur Matsumoto à pour être rendu, signé ou non, à . Ce document demande l'accord du gouverneur général pour que l'ensemble de l'administration de l'Indochine passe sous l'autorité unique de l'armée japonaise. Le vice amiral d'escadre jugeant ces conditions inacceptables, refuse de donner son accord. Cette décision lui vaut d'être prisonnier des japonais à Loc Ninh en Cochinchine, avec une vingtaine de personnes de son entourage. Il ne sera libéré qu'à la capitulation nipponne le 30 septembre 1945.