Són característics del paisatge portuguès els bruguerars ("charnecas") d"Erica vulgaris", vegetació xeròfila de Portugal, anàloga a la màquia del mediterrani francès i el "heath" de les Illes Britàniques. Per extensió es dona el nom de "charneca" a l'hàbitat on pot trobar-se la planta, terreny àrid i pedregós. Conforme a la normativa de la Unió Europea, el territori d'aquest país es divideix en tres regions biogeogràfiques: mediterrània, atlàntica i, en els arxipèlags de les Açores i Madeira, macaronèsica. Destaca en el seu patrimoni natural un bé natural, patrimoni de la Humanitat declarat per la Unesco el 1999: la Laurisilva de Madeira. Compta amb cinc reserves de la biosfera: Paúl do Boquilobo (1981), illa de Corvo (2007), illa Graciosa (2007), illa de Flores (2009) i Geres-Xures, transfronterer amb Espanya. 86.581 hectàrees estan protegides com aiguamolls d'importància internacional a l'empara del Conveni de Ramsar, en total, 28 llocs Ramsar. Té un parc nacional, el de Peneda-Gerês.