Aunque el Consejo Nacional Checo se disolvió en 1945 y sus miembros eran impopulares entre las autoridades soviéticas, Smrkovský fue cooptado en el presidium del Comité Central del KSČ. Trabajó como presidente del Land Property Fund y en 1946 fue elegido miembro de la Asamblea Nacional. Durante la crisis del gobierno en febrero de 1948, se desempeñó como comandante de las Milicias Populares y ayudó a apoyar el exitoso golpe de Estado comunista en febrero de 1948 (que más tarde se conocería como el "Febrero Victorioso"). Luego encontró trabajo en el Ministerio de Agricultura.