2006 musste sich Joubert bei der Europameisterschaft mit der Bronzemedaille hinter Pljuschtschenko und Stéphane Lambiel begnügen. Seine zweiten Olympischen Spiele, bei denen er als Mitfavorit gehandelt worden war, beendete er in Turin auf dem sechsten Platz. Bei der Weltmeisterschaft gewann er hinter Lambiel die Silbermedaille. Nachdem Joubert in der Saison 2005/06 mit Andrei Berezintsev zusammengearbeitet hatte, wurde er seit Oktober 2006 von Jean-Christophe Simond trainiert.