Seit 1990 ist sie Mitgründerin und Mitglied des Vorstands der Initiative Selbständiger Immigrantinnen, einem Bildungsträger in Bereich Existenzgründung für Immigrantinnen. Von 1991 bis 1994 initiierte und leitete Czarina Wilpert das Projekt MIBA (Mehrsprachige Immigrantinnen in Beruf- und Ausbildung) des Berliner Frauenbundes 1949 e.V. Seit 1996 engagiert sie sich im Verein Eine Welt der Vielfalt e.V., einer gemeinnützigen Organisation, die sich mit ihrem Bildungsprogramm „Eine Welt der Vielfalt“ für Diversity und Menschenrechte und gegen Diskriminierung einsetzt. Wilpert gründete den Verein 1996 anlässlich der rassistischen Ausschreitungen in Rostock-Lichtenhagen und war bis zum 7. November 2017 Vorstandsvorsitzende. Heute unterstützt sie den Verein als Ehrenvorsitzende.