Sassanidihallitsija Šapur I (241–271) olisi perustanut kaupungin ja Šapur II (306–380) yliopiston, jossa olisi ollut tiedekunnat astronomialle observatorioineen; teologialle ja lääketieteelle opetussairaaloineen. Toiminnasta olisivat vastanneet varsinkin nestoriolaiset kristityt. Akatemian on katsottu olleen muinaisen maailman merkittävin lääketieteen keskus 500- ja 600-luvuilla. Siellä olisi toiminut maailman vanhin opetussairaala, sekä suuri kirjasto ja yliopisto. Akatemia olisi tarjonnut koulutusta lääketieteen, filosofian, teologian ja luonnontieteiden alalla ja jatkanut zarathustralaisia, persialaisia ja Intian perin teitä, mutta ennen kaikkea antiikin Kreikan sivistystä. Paikka olisi ollut myös kreikkalaisen kirjallisuuden käännöskeskus. Koululla olisi ollut suuri merkitys antiikin Kreikan filosofisen perinnön säilyttämisessä sen jälkeen, kun Platonin akatemia oli sulkenut ovensa Ateenan kaupungin lopetettua avustuksensa. Tällöin filosofit olivat lähteneet etsimään onneaan muualta. Gundishapur olisi ollut merkittävä keskus, jonka kautta etenkin kreikkalainen lääketiede olisi päätynyt islamilaisen maailman käyttöön abbasidien tultua valtaan vuonna 750.