Mequinenza volta a ser lugar de importância durante as Guerras Carlistas e depois na Guerra dos Matiners. Durante a última guerra civil (1936-1939), a área municipal foi palco de violentos combates na Batalha do Ebro, entre junho e novembro de 1938. Como resultado, a ponte sobre o rio Ebro foi destruído e não sera reconstruído até os anos cinquenta.