La scurtă vreme în oraș a izbucnit o epidemie, (cel mai probabil de tifos), iar pe 1 august legatul papal a murit. În septembrie, liderii cruciați i-au scris Papei Urban al II-lea, cerându-i să preia personal controlul orașului, dar Papa a declinat oferta. În lunile care au urmat până la sfârșitul anului 1098, cruciații au preluat controlul asupra zonelor rurale înconjurătoare, deși acum cavalerii aveau și mai puțin cai, iar țăranii musulmani refuzau să le ofere alimente. Cavaleri și pedestrașii de rând au început să sufere de foame și au amenințat că vor pleca spre Ierusalim fără liderii lor, care nu făceau nimic decât să se certe între ei. În noiembrie, Raymond a cedat pretențiilor lui Bohemund de dragul continuării cruciadei și pentru potolirea propriilor oameni. La începutul anului 1099, Raymond a plecat către Ierusalim, lăsându-l pe Bohemund stăpân peste proaspăt înființatul Principat al Antiohiei. În primăvara anului 1099, sub conducerea lui Raymond, cruciații asediau Ierusalimului.