Untuk musim 2013, Johnson memulai dengan finis ke-14 di Sprint Unlimited ketika ia tersungkur dalam kecelakaan beruntun pada lap ke-14 bersama dengan Kyle Busch, Kurt Busch, Mark Martin, Jeff Gordon dan Denny Hamlin. Setelah itu, ia menempati posisi keempat dalam Budweiser Duel pertama yang menghasilkan posisi start kesembilan untuk lomba Daytona 500 2013. Dalam lomba Daytona 500, Johnson memulai dengan baik, mengambil alih pimpinan lomba dari Jeff Gordon pada lap 32 dan memimpin beberapa lap sebelum tercecer ke papan tengah persis di pertengahan lomba. Jelang akhir lomba, Johnson bersaing bersama Brad Keselowski untuk memimpin sampai sebuah periode caution keluar karena debris di trek. Johnson memanfaatkan keunggulan pada restart terakhir. Dengan lima lap tersisa, Johnson memimpin lomba dan bersaing ketat bersama Greg Biffle dan Danica Patrick. Johnson kemudian menahan laju Dale Earnhardt, Jr. dan Mark Martin untuk memenangkan lomba Daytona 500. Ini adalah kemenangan Daytona 500 pertama Johnson dengan kepala kru Chad Knaus karena saat ia memenangkan lomba edisi tahun 2006 ia dikepalai oleh Darian Grubb sehubungan dengan Knaus yang saat itu kena larangan tampil selama lomba lomba. Hasil ini juga menjadi hasil terbaiknya di Daytona 500 sejak 2006 karena biasanya ia paling maksimal selalu finis di urutan ke-27 terutama di lomba enam tahun terakhir yang kerap diwarnai tabrakan dan kegagalan mekanis.