Nel 1942-1943 la Triestina fu nuovamente sull'orlo della retrocessione. Al termine del campionato si classificò tredicesima a pari punti con e Venezia. Solo dopo aver vinto un torneo di qualificazione contro di loro poté acquisire la certezza della permanenza nella massima categoria. Nel 1943-1944 il campionato non venne disputato. Vi fu un torneo dell'Alta Italia, diviso in gironi regionali e finale interregionale fra le vincenti. Dopo aver passato il primo turno contro squadre regionali, la Triestina venne eliminata nel girone di semifinale dal . Nel 1944-1945, di fatto, non vi fu attività sportiva da parte dell'U.S. Triestina.