"Ark Royal" operovala v roce 1993 během války v Bosně v Jaderském moři pod vedením kapitána Terryho Loughrana. V březnu roku 1999 byla poslána do loděnice v Rosythu na montáž, kde byla odzbrojena o střely Sea Dart. Taktéž byla rozšířena přední paluba, kde vzniklo nové místo pro "zaparkovaní" letadel. Znovu do provozu byla uvedena v roce 2001. V roce 2003 působila při invazi do Iráku v Perském zálivu pod vedením kapitána Alana Masseyho (později Viceadmirál a Druhý lord Admirality). Během jedné operace ve válce v Iráku došlo k nehodě, při které se ve vzduchu srazily dvě helikoptéry. Při této kolizi přišlo o život šest britských a jeden americký voják. Její nasazení v Perském zálivu bylo zfilmováno do pozdějšího dokumentu s názvem 'Ark Royal'.