Nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten tauchte Heese aufgrund der Gefahr einer Verhaftung in Berlin-Moabit unter. Gemeinsam mit dem Kommunisten Erich Grau beteiligte er sich an der Herstellung und Verbreitung von illegalen kommunistischen Flugschriften. Auf der Landstraße nach Bredow wurde Heese am 6. Mai 1933 verhaftet. Zunächst kam er ins Polizeigefängnis Nauen. Mithilfe eines „Schutzhaftbefehls“ wurde Heese am 17. Mai 1933 in das KZ Börnicke überführt, das als eines der ersten Konzentrationslager gilt. Am 15. Juli 1933 überstellten ihn die NS-Verfolger in das KZ Oranienburg. Zeitweise wurde er in einem Außenlager des KZ, dem „Rittergutsvorwerk Elisenau“, zu Bauarbeiten verpflichtet. Am 13. Juli 1934 entließ man ihn aus der Haft. Ende Oktober 1934 kam Heese erneut für einige Wochen in Untersuchungshaft, da die Gestapo Heese verdächtigte, weiterhin am Aufbau illegaler kommunistischer Strukturen in Nauen und Umgebung beteiligt gewesen zu sein. Während der gesamten Zeit des Nationalsozialismus stand Heese unter Beobachtung der Gestapo und anderer NS-Behörden. Im Rahmen der Aktion Gitter nach dem gescheiterten Attentat auf Hitler am 20. Juli 1944 wurde Heese nochmals verhaftet. Er kam am 20. August 1944 in das KZ Sachsenhausen, wo man ihn bald darauf, am 9. September 1944, wieder entließ.