Коли услід за вторгненням держав Осі в квітні 1941 Бановина разом з Королівством Югославія перестала існувати, Шубашич приєднався до Душана Симовича і його югославського уряду у вигнанні, та перед від'їздом з країни відмовився санкціонувати звільнення чималої кількості хорватських комуністів і лівих, заарештованих і утримуваних у тюрмах за часів його врядування. Владу над тими в'язницями незабаром перебрала на себе новостворена Незалежна держава Хорватія, а її ув'язнених, ймовірно, було пізніше страчено усташами.