Ο Βοναπάρτης ετοιμαζόταν να θέσει σε εφαρμογή τις βλέψεις του για την Μάλτα που είχε, προηγουμένως, εκθέσει στο Διευθυντήριο. Το τελευταίο, παίρνοντας ως αφορμή μια δήλωση της 10ης Οκτωβρίου 1793 του Μεγάλου Μαγίστρου Εμανουέλ ντε Ροάν-Πολντύκ στην οποία δεν αναγνώριζε την Πρώτη Γαλλική Δημοκρατία, διέταξε τον Βοναπάρτη να καταλάβει την νήσο της Μάλτας. Καθοδόν για την Εκστρατεία της Αιγύπτου, αποβίβασε 15.000 άνδρες στις 10 Ιουνίου 1798 απέναντι σε περίπου 2.000 Μαλτέζους Εθνοφύλακες, οι οποίοι είχαν την υποστήριξη 362 ιπποτών, εκ των οποίων οι 260 ήσαν Γάλλοι. Κατέλαβε το νησί έπειτα από μικρή αντίσταση.