Vuonna 1204 Kreeta myytiin tuhannella hopeamarkalla Venetsialle neljännen ristiretken seurauksena. Genovalaiset kuitenkin ehtivät asettua Kreetalle ensin, ja vasta viiden vuoden kuluttua venetsialaiset saivat saaren haltuunsa. Kreetasta tuli Venetsian ensimmäinen merentakainen siirtokunta, ja myöhemmin se oli Venetsian kauppaimperiumin tärkeimpiä osia. Välimeren yli kuljetettiin viiniä, suolaa ja puuta, mutta kaupan tuotto päätyi rikkaille venetsialaisille. Kreetalaiset kapinoivat venetsialaisia vastaan, minkä vuoksi kaupungit jouduttiin linnoittamaan. Ajan kuluessa kreetalaiset osallistuivat jo yhdessä venetsialaisten kanssa saaren hallintaan. Lisäksi venetsialaiset viljelivät maata ja hakkasivat saaren metsiä. Venetsialaiskaudella roomalaiskatolisuudesta tehtiin virallinen uskonto, mutta ortodoksinen usko piti kansan keskuudessa pintansa.