La Guerra dels Trenta Anys (1618-48) fou especialment devastadora. L'Elector va canviar tres cops de bàndol, a resultes d'això tant els exèrcits protestants com els catòlics van assolar el país, assassinant, cremant, capturant homes i fent pillatge. Més de la meitat de la població va ser assassinada o desplaçada. Berlín i altres ciutats importants foren arruïnades, duent dècades la reconstrucció. Per la Pau de Westfàlia, que posà fi a la Guerra dels Trenta Anys el 1648, Brandenburg va obtenir Minden i Halberstadt, també la successió a la Pomerània Central (incorporada el 1653) i el ducat de Magdeburg (incorporat el 1680). Amb el Tractat de Bromberg (1657), va concloure durant la Segona Guerra del Nord, els electors s'alliberaren del vassallatge polonès (Tractat de Cracòvia) del ducat de Prússia i va obtenir Lauenburg-Bütow i Draheim. El Tractat de Saint-Germain-en-Laye (1679) va expandir la Pomerània de Brandenburg al baix Òder.