W 1572 pod wpływem matki i Gwizjuszów przyzwolił na krwawą rozprawę z hugenotami w Paryżu. Doszło do niej w nocy z 23 na 24 sierpnia, (tzw. Noc św. Bartłomieja), gdy żołnierze królewskiej gwardii szwajcarskiej znienacka napadli i, razem z podburzonym tłumem Paryżan, zabili w ciągu dwu dni ok. 3 tys. protestantów (w tym wielu szlachciców) przybyłych na ślub przywódcy hugenotów – Henryka Burbona, króla Nawarry z siostrą Karola, Małgorzatą de Valois (nazywaną przez rodzinę "Margot").