Trong nhiều thế kỷ, những người hành hương Cơ đốc giáo đã có thể đến khu vực Núi Đền, nhưng bạo lực ngày càng gia tăng đối với những người hành hương đến Jerusalem (ví dụ như trường hợp của Al-Hakim bi-Amr Allah đã ra lệnh phá hủy nhà thờ Mộ Thánh) dẫn đến sự bùng phát các cuộc Thập tự chinh. Quân Thập tự chinh chiếm được Jerusalem vào năm 1099 và Mái vòm đá được trao cho dòng Augustinô và họ đã biến nó thành một nhà thờ, trong khi Nhà thờ Hồi giáo Al-Aqsa gần đó cũng lần đầu tiên trở thành một cung điện trong một thời gian. Trong phần lớn thế kỷ 12, công trình này trở thành một trong những trụ sở của các Hiệp sĩ Đền thánh. Các Dòng Hiệp sĩ hoạt động từ năm 1119, đã xác định Mái vòm đá đã được xây dựng trên vị trí cũ của đền thờ Solomon vốn đã bị phá hủy từ năm 537 trước công nguyên. Dòng chữ "Templum Domini" được cho là ám chỉ tới Mái vòm đá trên con dấu chính thức của các đại thống lĩnh của các dòng thánh (như Everard des Barres và Renaud de Vichiers) và nhanh chóng trở thành hình mẫu kiến trúc cho nhà thờ đền thánh trên khắp châu Âu.