Avignonet-Lauragais es conocido por la masacre que tuvo lugar en el pueblo en el periodo de la cruzada contra los cátaros. El 28 de mayo de 1242, un tribunal de la Inquisición pontificia compuesto por doce hombres, cinco monjes y cuatro sirvientes dirigidos por el dominico Guillaume Arnaud y el franciscano Etienne de Saint-Thibéry se detuvo en la ciudad. Varios hombres dirigidos por Pierre-Roger de Mirepoix provenientes del castillo de Montsegur atacaron y mataron a los inquisidores y sirvientes mientras dormían. Constituyó uno de los últimos intentos de resistencia de la población del Languedoc antes de la toma de Montségur por los cruzados franceses, en marzo de 1244.