Présenté hors compétition au Festival de Cannes en 1990, le film déclenche une polémique. Les critiques français y voient une récupération catholique . La scène finale du film, onirique, dans laquelle un wagon se détache, les portes s’ouvrent, les enfants sautent au ralenti dans une campagne brumeuse et disparaissent dans la joie, a suscité la condamnations de Claude Lanzmann au point de conduire quelques intellectuels à qualifier Wajda d’antisémite. Le réalisateur de "Shoah" a vu dans cette scène un désir de consoler les spectateurs par un flou artistique qui est à ses yeux la récupération esthétique de la destruction des Juifs. De même, le virulent article de Danièle Heymann publié dans Le Monde du 13-14 mai 1990 accuse le film d'une distorsion de la réalité. Ceci choque profondément la scénariste du film Agnieszka Holland, Marek Edelman, membre de l'Organisation juive de combat au ghetto de Varsovie ou encore Alina Margolis, médecin qui, elle-aussi, a été enfermée dans le ghetto de Varsovie qui réagissent sur les pages du même journal.