בעקבות הכישלון התמנה מרצ'לו ליפי לתפקיד מאמן הנבחרת. בתחילת 2006, לאחר כשנה וחצי של היעדרות מהנבחרת, חזר פרוטה לסגל של ליפי, ואף זומן לטורניר מונדיאל 2006. בטורניר עצמו זכתה איטליה בתואר אלופת העולם, ופרוטה פתח בכל שבעת משחקיה של נבחרתו, בהם הוחלף רק פעמיים (רבע שעה לסיום ההארכה בחצי הגמר מול , ובדקה ה-61 של משחק הגמר מול ).