Babbel edusti Bayernia kuuden kauden ajan ja nousi myös Saksan maajoukkuerinkiin pelaten EM-kultaa 1996 voittaneessa joukkueessa. Bayernin paidassa Babbel juhli aiemmin samana vuonna UEFA Cupin voittoa ja kaikkiaan hän sai olla maistamassa liigamestaruusglooriaa kolmesti.