1884 började Sun studera vid det som idag är Queen's College i Hongkong, där hans intresse för kristendomen fördjupades och han lät sig döpas av en amerikansk pastor från Kongregationalistkyrkan. Vid denna tid ingick Sun också sitt första äktenskap med Lu Muzhen, en ung bondflicka som hans föräldrar utsett åt honom. Kinas nederlag i Fransk-kinesiska kriget 1885 gjorde ett djupt intryck på Sun som nu började intressera sig alltmer för politik. Suns broder tog avstånd från Suns konvertering och skickade honom åter till Hawaii, vilket innebar att han fick avbryta sin utbildning i Hongkong.