1994 wurde Blažević Trainer der Kroatischen Fußballnationalmannschaft. Mit ihm qualifizierte sich Kroatien für die EM 1996 und erreichte dabei das Viertelfinale. Sein größter Coup stand ihm aber noch bevor. Er führte die kroatische Mannschaft zu ihrer ersten WM-Teilnahme 1998 und wurde dabei Dritter. Blažević setzte seine Arbeit noch bis November 2000 fort, verpasste in der Zwischenzeit aber mit seiner Mannschaft die Qualifikation für die EM 2000. Nach einem mäßigen Start in die Qualifikation zur WM 2002 trat er zurück.