Nach kurzer Friedenszeit begann 1805 der dritte Koalitionskrieg, bei dem die Bayern und somit auch Mühldorf auf der Seite Napoleons kämpften. Im September besetzten die Österreicher die Stadt für zwei Wochen, bevor die Franzosen unter der Führung von Napoleon in die Stadt einrückten und die Besatzer vertrieben. Auf ihrem Rückmarsch machten diese nochmals für ein halbes Jahr in Mühldorf Halt. Nach kurzer Friedenszeit besetzten 1809 wieder die gegen Napoleon kämpfenden Österreicher die Stadt, die aber einer französischen Übermacht zurückweichen mussten. Das sollte für mehr als hundert Jahre die letzte Besetzung der Stadt sein, und die Stadt begann sich wirtschaftlich zu erholen.