Im Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher in Nürnberg war Ohlendorf einer der Hauptzeugen der Anklage. Er schilderte emotionslos im Detail die Massenmorde seiner Einsatzgruppe. Zugleich erregte er damit auch Unwillen bei den Angeklagten, insbesondere bei Hermann Göring, der ihm vorwarf, mit seinen wahrheitsgemäßen Schilderungen sich und die anderen Täter unnötig zu belasten.