1968 gründete sie die Firma "Motoko Ishii Lighting Design Inc." in Tokio. Ishii realisierte weltweit Hunderte von Beleuchtungsprojekten, zu denen die Expo ’70 in Osaka, die Akashi-Kaikyō-Brücke (weltweit längste Hängebrücke), das historische Dorf Shirakawago (Weltkulturerbe), der Bahnhof Tokio, der Tokyo Tower sowie Laserkunstaufführungen in Wien und Brüssel, eine Produktion von Giacomo Puccinis Madama Butterfly, das Shanghai World Financial Center und die Illumination des Brandenburger Tors gehören.