Jean Marquet est le fils d'Eugène, Hippolyte Marquet, capitaine d'armes de la marine, né à Monnetier-Mornex (Haute-Savoie) et de Caroline, Victoire, Antoinette Wiffling, originaire de La Seyne. Jean Marquet épousa, le , Julienne, Cécile Audibert avec laquelle il eut deux enfants ; Odette Marquet née en 1911 à Hanoï et décédée en 1980, et Georges Marquet né en 1913 et mort pour la France à 27 ans en juin 1940 dans les derniers combats de la Somme face à l'envahisseur.