La primera mención a este edificio aparece en 1262 en un escrito de compraventa colindante, mientras que aparece referido como «baño de Santa María» por primera vez una década más tarde. Por lo tanto, no aparece en ninguna fuente islámica anterior, sino que todas son posteriores a la conquista de la ciudad por parte de Fernando III de Castilla, quien los cedió a la Casa de Córdoba, concretamente a Domingo Muñoz "el Adalid". En 1380, el entonces señor de dicha casa cedió la propiedad de los baños al Cabildo de Córdoba, a cambio de una restauración urgente en el mismo. Los responsables de varias modificaciones acometidas en ellos en 1329 fueron dos alarifes mudéjares que fabricaron una nueva caldera. Las últimas obras de las que hay constancia datan de 1524, cuando se volvió a reparar la caldera aprovechando restos de la caldera de los baños árabes de San Pedro. La explotación de los baños la cedió pronto el Cabildo a particulares; una vez abandonado su uso como baños, al Cabildo lo arrendó como casa de vecinos. El documento más antiguo de arrendamiento como vivienda data de 1611.