Po kapitulacji Lee pod Appomattox Court House Halleck został wyznaczony dowódcą okręgu wojskowego z siedzibą w Richmond. Wziął udział w pogrzebie Lincolna. Jego przyjazne stosunki z Williamem Shermanem uległy gwałtownemu pogorszeniu po kłótni wokół skłonności Shermana do łagodnego traktowania byłych Konfederatów. W sierpniu 1865 roku został oddelegowany do okręgu wojskowego Kalifornii, co było rodzajem zesłania. W czasie pełnienia tych obowiązków udał się – wraz z fotografem Eadweardem Muybridgem – do właśnie nabytej Rosyjskiej Ameryki. Na równi z senatorem Charlesem Sumnerem jest postrzegany jako propagator nadania regionowi nazwy „Alaska”. W marcu 1869 roku został mianowany dowódcą okręgu wojskowego z siedzibą w Louisville w Kentucky.