La arquitectura del edificio presenta una mezcla de estilos moderno en su parte frontal y neoclásico en su sector izquierdo, producto del terremoto que destruyó el edificio el año 1960. El edificio está compuesto por dos plantas que terminan formando un hexágono regular. Un tragaluz dirigido al campus universitario ilumina la sala de exposiciones, que se une al grueso de la edificación, orientada hacia la Plaza Perú. El complejo está rematado con un atrio que señala el acceso principal que se proyecta desde un amplio ventanal hacia el hall interior. Uno de los primeros árboles plantados en la universidad, una secoya, crece al costado del museo.