2005 wurde Baldini Fünfter in London, musste jedoch bei den Weltmeisterschaften 2005 in Helsinki nach 35 Kilometern wegen Krämpfen aufgeben. 2006 kam er in London erneut auf den fünften Platz und verbesserte seinen italienischen Rekord auf 2:07:22 h. Bei den Europameisterschaften 2006 in Göteborg holte er erneut Marathon-Gold. 2007 wurde er Vierter in New York City.