Во время войны за независимость Греции, в 1827 году, здание снова понесло урон — в него попало несколько снарядов с Акрополя. В результате рухнул купол и северо-восточная часть. На оставшейся невредимой алтарной стене сохранились фрагменты византийских фресок.