Главным достижением Перси в последующие годы стала та роль, которую он сыграл во время масштабного вторжения, которое начал Давид II Брюс в 1346 году. После победы англичан в битве при Креси Генри стал одним из хранителей королевства. Чтобы отвлечь англичан, король Франции Филипп VI заключил договор с Шотландией об альянсе, призвав Давида II начать войну с Англией. Убеждённый в том, что Эдуард III не оставил в стране достаточно сил для обороны, Брюс вторгся в Англию. Узнав об этом, Генри Перси, Ральф Невилл и архиепископ Йоркский собрали армию, которая разбила шотландцев в битве при Невиллз-Кроссе. Многие шотландские магнаты были убиты, часть попала в плен. Был пленён и сам Давид II. «» сообщает, что Генри Перси был слишком болен, поэтому он не принял участие в последовавшем затем английском вторжении в Шотландию.