1942 wurde er angewiesen, das erste Lazarett in Stalingrad zu errichten. Nur wenige Tage, bevor die Rote Armee die Stadt einschloss, wurde er aber nach Lourdes weiterkommandiert, um dort eine Abteilung für den Transport von Verletzten aufzubauen. Als Chef dieser Abteilung kam er 1943 in Italien an. Im September 1943 wurde Müller Stadtkommandant von Assisi.