После начала Крымской войны в 1853 году Искандер-Бегу были поручены организация и обучение отрядов башибузуков вдоль Дуная. На следующий год он провёл несколько успешных кавалерийских атак на позиции русской армии, за что был повышен в ранге, а в начале 1855 года переведён в Евпаторию, где ему было поручено командование кавалерийским отрядом из 400 человек. Его отряд сыграл решающую роль в отражении штурма Евпатории русскими войсками, за что Ильинский получил титул паши, соответствующий генералу. На разных полях сражений Европы и Азии получил до 40 ран.