Obwohl Trobriand nach der Schlacht von seinem Divisionskommandeur wegen seines exzellenten Einsatzes für die Beförderung zum Brigadegeneral vorgeschlagen wurde, erhielt er diesen Rang erst am 5. Januar 1864. Er übernahm dann die zuvor von J. H. Hobart Ward kommandierte Brigade, nachdem Ward seines Kommandos wegen Trunkenheit enthoben worden war. Während des Petersburg-Feldzugs und des Appomattox-Feldzugs kommandierte Trobriand gelegentlich eine Division; insbesondere nachdem Gershom Mott nach einer Verwundung im letzteren Feldzug ausfiel. Am 9. April 1865, dem Tag der Kapitulation der konföderierten Nord-Virginia-Armee erhielt Trobriand eine Brevet-Beförderung zum Generalmajor der Freiwilligen. 1867 wurde er schließlich zum Brevet-Brigadegeneral im regulären Heer befördert.