У 1864 році єпископ Сімферопольський і Таврійський Гермоген писав: «Ще в 1375 році в Балаклаві була побудована церква в ім'я Дванадцяти апостолів. Справжня ж кам'яна церква побудована у 1794 році, але в Кримську війну була пошкоджена ворогом і потім відновлена прихожанами і освячена 8 липня тисячі вісімсот сімдесят п'ятого року в ім'я святого Миколая Чудотворця». Вона була військовою церквою Балаклавського грецького батальйону, у 1859 перейшла до єпархіального відомства.