Na začátku sezóny 2006 Sató pohodlně porážel svého týmového kolegu Júdži Ideho. Ten byl ale až po skutečně tragických výsledcích a vystoupeních vystřídán Franckem Montagnym. Toho pak vystřídal ke konci sezóny Sakon Jamamoto. Za celou sezónu nikdo z týmu nebodoval a Satův nejlepší výsledek byl z posledního závodu sezóny, Grand Prix Brazílie. Tam obsadil 10. místo, když za sebou nechal svého kolegu Jamamota, Roberta Doornbose z Red Bullu, oba vozy Toro Rosso a oba vozy Midland. Porazit tolik vozů, byl pro Super Aguri nejlepší výsledek v sezóně.