Durante la Seconda intifada (o Intifāḍa al-Aqsā), Israele lo accusa di aver organizzato numerose aggressioni contro soldati e civili israeliani nella Striscia di Gaza e in Israele. Viene condannato a 12 anni di prigione ma rimesso in libertà il 14 maggio 2000. Viene anche riportato sulla stampa che Shaḥāda è coinvolti nella produzione di razzi Qassām, lanciati contro obiettivi civili israeliani, ma anche di altri tipi di armi artigianali e nel contrabbando di attrezzature militari all'interno della Striscia di Gaza.