Сеес Нотебоом е роден на 31 юли 1933 г. в Хага, Нидерландия. Баща му загива през 1945 г. в края на войната при британските бомбардировки на окупирания от Германия град. Майка му се омъжва повторно през 1948 г. и под въздействие на втория си баща, ревностен католик, момчето учи в манастирски училища на Францисканския орден във Вернай и на Августинския орден в Айндховен. Завършва гимназиалното си образование в Утрехт.