С 1988 по 1996 год исполнял ряд должностей в 504-м подразделении военной разведки, ответственном за сбор информации через агентурные сети и осведомителей в странах арабского мира. С 1996 по 1998 год находился на учёбе, а в дальнейшем вернулся в 504-е подразделение и занял должность командира иерусалимского округа подразделения, ответственного за Западный берег реки Иордан. На этом посту Мордехай и округ подразделения под его командованием были удостоены знака отличия главы Управления разведки Генштаба армии за достижения в ходе операции «Защитная стена» и деятельность в ходе Второй палестинской интифады.