Ceux restés en Moglénie ont eux aussi subi les vicissitudes de la Seconde Guerre mondiale, leur région étant durement occupée par la Wehrmacht. Il y a avait trois mouvements de résistance grecs, l’un dominée par les communistes et deux de droite, les trois ayant des membres Mégléno-roumains. Après la guerre, les forces gouvernementales de droite entreprirent des actions d’intimidation contre les minorités soupçonnées d’être favorables au communisme. En 1946, une guerre civile éclata entre le gouvernement et les communistes, avec de nouveaux combats en Moglénie. Il y avait des Mégléno-roumains des deux côtés, et leur communauté subit une nouvelle dispersion. Des villages reconquis, les forces gouvernementales chassèrent plusieurs centaines d’habitants qui arrivèrent dans des villes proches, et d’autres se réfugièrent en Yougoslavie. La guerre dura jusqu’en 1949 et à sa fin, les Mégléno-roumains qui avaient été contre le gouvernement de droite émigrèrent en petits groupes dans plusieurs pays communistes : en Yougoslavie, non seulement en Macédoine mais jusqu’en Voïvodine, en Hongrie, en Roumanie, en Bulgarie, en Tchécoslovaquie, en Pologne et en Union soviétique. Petar Atanasov, linguiste mégléno-roumain vivant en Macédoine du Nord, en a trouvé même à Tachkent.