Después de estos hechos, La salud de Vian se quebrantó seriamente, contrajo malaria y lo tuvo fuera del escenario bélico hasta 1943. Se le asignó como adjunto del Almirantazgo y ayudó a la planificación de un desembarco masivo en Normandía; sin embargo, tuvo que ser reasignado al Mediterráneo para apoyar en la Operación Husky y en la Operación Avalanche para luego volver a Inglaterra en enero de 1944 e incorporarse al equipo que planeaba la Operación Overlord.