С началом Отечественной войны 1812 года Клюпфель из Института инженеров путей сообщения поступил юнкером в лейб-гвардии Драгунский полк и за боевое отличие в сражении под Полоцком был награждён Знаком отличия Военного ордена и 6 августа произведён в прапорщики. Затем Клюпфель принимал участие во всех боях, ведённых корпусом Витгенштейна, и изгнании Наполеона, а в Заграничных кампаниях 1813—1814 годов участвовал в сражениях под Дрезденом, Кульмом (за это сражение германский император наградил его особым Железным крестом), Лейпцигом, Монмиралем, Фер-Шампенуазом и Парижем. Среди наград, полученных им за войны против Наполеона, были ордена св. Анны 4-й степени и св. Владимира 4-й степени с бантом.