Zamach stanu doprowadził do konfliktu wewnętrznego w kraju między zwolennikami i przeciwnikami Bractwa Muzułmańskiego. Punktem kulminacyjnym tego konfliktu była masakra w Kaiarze z 14 sierpnia 2013, kiedy to siły bezpieczeństwa spacyfikowały obozy zwolenników Bractwa Muzułmańskiego przed meczetem Rabi’a al-Adawijja i na Placu An-Nahda. W pacyfikacji śmierć poniosło 638 osób, z czego 595 to cywile, a 4. tys. osób zostało rannych. Masakra ta wywołała kolejne krwawe starcia między stronami, które przyniosły kolejne setki ofiar. W okresie od 14 do 18 sierpnia 2013 z powodu użycia przez siły bezpieczeństwa w Egipcie życie straciło łącznie 1089 osób.