Durante la [Colonización española de América|Colonia]] hasta la consumación de la Independencia, el templo comenzó a cobrar gran importancia en la festividad en conmemoración a la toma de México, conocido como el Paseo del Pendón. Dado que San Hipólito se había convertido en el patrón de la Ciudad de México las festividades eran llevadas a cabo el 13 de agosto. El evento consistía de un desfile, desde el Palacio Nacional hasta la iglesia de San Hipólito, encabezado por el virrey, las autoridades eclesiásticas, civiles y militares.