В боях Великой Отечественной войны с июня 1941 года. В составе полка участвовал в Белостокско-Минском и Смоленском оборонительных сражениях. В августе полк был выведен на переформирование, а капитан К. П. Заклепа был направлен в 1-ю запасную авиационную бригаду, где в кратчайший срок сформировал 569-й штурмовой авиационный полк. В октябре 1941 года полк вошёл в состав ВВС Калининского фронта, участвовал в битве за Москву до марта 1942 года. В августе 1942 года назначен старшим инспектором по технике пилотирования и заместителем командира 3-й авиационной бригады Резерва Верховного Главнокомандования.