Ngày 2 tháng 4 năm 2013, Alaba ghi bàn thắng nhanh thứ bảy trong lịch sử Champions League (25,02 giây) trong chiến thắng 2-0 trước Juventus. Ngày 25 tháng 5 năm 2013, anh thi đấu đủ 90 phút trong trận chung kết UEFA Champions League 2013 với Borussia Dortmund để trở thành cầu thủ Áo đầu tiên thi đấu trận chung kết của giải đấu này. Chung cuộc Bayern giành thắng lợi 2–1. Ngày 2 tháng 12 năm 2013, Alaba ký hợp đồng mới với Bayern München có thời hạn đến năm 2018.