Po říjnové revoluci, v roce 1918, se stal Frunze vojenským komisařem pro Ivanovo. Během počátečních dnů ruské občanské války byl Frunze jmenován hlavou severní skupiny armád. Poté, co Frunze porazil admirála Alexandra Kolčaka a Bílou armádu v Omsku, předal Lev Trockij (hlava Rudé armády) celkovou kontrolu východní fronty právě Frunzemu.