Verdenscupen i skiskyting 1999/2000 ble arrangert av International Biathlon Union (IBU). Sesongen startet 2. desember 1999 i Hochfilzen i Østerrike og ble avsluttet 19. mars 2000 i Khanty-Mansijsk i Russland. Sesongen bestod av ti stevner med totalt 25 individuelle øvelser og sju stafetter. Verdensmesterskapet i Oslo inngikk også i verdenscupen. Magdalena Forsberg (Sverige) og Raphaël Poirée (Frankrike) vant verdenscupen sammenlagt for henholdsvis fjerde og første gang.