První důkazy o osídlení pocházejí z 10. století, kdy se zde usadili pastýři, pravděpodobně již tehdy románští arumuni. První zmínka o městě je z 14. stol. Původ jména může být slovanský (město mrzoutů), nebo řecký (od mesovunion-mezi horami), nebo přímo latinský, neboť arumunský název Aminciu pochází nejspíše od slova "amicus-přítel"), který mohl být později pořečtěn na "Metsovo". Místní obyvatelstvo se vždy považovali za řecké. V osmanském období bylo Metsovo velmi významným obchodním městem, místní lidé byli vzdělaní podnikatelé a také pastýři. V 18. století zde žilo okolo 2 500 obyvatel. Pocházeli odsud filantropové a podporovatelé řecké války za nezávislost, např. Jorgos Averoff a Michail Tositsas. V roce 1941 zde Italové vytvořili fašistický arumunský stát.