Nachdem Lincoln für die brasilianische Nationalmannschaft lange nicht berücksichtigt worden war, überlegte er im Jahr 2005 kurzzeitig, für Deutschland zu spielen, was von Coach Jürgen Klinsmann jedoch abgelehnt wurde. Im Mai 2007 wurde er schließlich von Carlos Dunga aufgrund einiger Absagen anderer Spieler in den vorläufigen Kader Brasiliens für die Copa América 2007 berufen. Den Sprung in den endgültigen Kader für die Südamerika-Meisterschaft schaffte Lincoln allerdings nicht. In der Saison 2007/2008 war er bereit, für die türkische Nationalmannschaft aufzulaufen, was von Trainer Fatih Terim jedoch abgelehnt wurde.