S nástupem Aurangzéba na císařský trůn začal proces postupné ztráty stability a decentralizace říše. Souviselo to mj. s Aurangzébovou násilnou islamizací země, která kontrastovala s dosavadní náboženskou tolerancí Mughalů vůči neislámským tradicím. Uvnitř říše se začala formulovat lidová hnutí se silně protimughalskými postoji. Významnými odpůrci Mughalů byli zejména Džátové, Maráthové a sikhové. Ve druhé polovině 18. století mughalská říše ztratila postavení nejmocnější říše Indického poloostrova a s příchodem 19. století se stala loutkovým státem Britské říše. Posledním mughalským císařem byl Bahádur Šáh II., jehož čistě formální postavení bylo ukončeno v roce 1858 potlačením velkého indického povstání.