Trong cuộc Chiến tranh Schleswig lần thứ hai chống Đan Mạch năm 1864 – cuộc chiến đầu tiên trong quá trình thống nhất nước Đức, Goeben đã chỉ huy lữ đoàn của mình ở phía trước Dybbøl, và tham gia trong trận đột chiếm Dybbøl. Ngoài ra, lữ đoàn của ông cũng góp phần vượt biển tới đảo Als và đánh chiếm đảo này. Trong tất cả các trận đánh với quân Đan Mạch, ông đã thể hiện tài thao lược của mình và nhờ đó ông được trao tặng Huân chương Quân công ("Pour le Mérite") của Vương quốc Phổ, cùng với nhiều huân chương khác của Phổ, Đức và Áo.