A tanulói létszám hatszáz és ezer között váltakozott, egyszer emelkedett ezer fölé. Jelentkező nem mindig akadt, s volt, hogy egy fakultás teljes egészében szünetelt, például 1663–1664-ben a török hadjárat, 1683-ban Thököly Imre nagyszombati bevonulása miatt. Ha minden évfolyam elindult, az első évtizedekben körülbelül kétszáz egyetemista tanult egyszerre az intézményben. A karok közül végig a bölcsészeké volt a legnépesebb, és mindig több volt a külsős, mint a jezsuita. Az egyetemi anyakönyvekből az is kiderül, hogy a külsősök közül sokan készültek szerzetesnek, s végeztek teológiát egyházi javadalom birtokában lévő papok is.