I valet 1948 besegrades Calderón Guardia av Otilio Ulate Blanco med 10 000 röster i ett omstritt val. Ulate förklarades som vinnare av två av de tre ledamöterna i valstyrelsen. Samtidigt vann dock Calderón Guardias parti en majoritet i kongressen, och ogiltigförklarade presidentvalet, i syfte att hålla ett nytt val som de räknade med att Calderón Guardia skulle vinna. Detta ledde till att José Figueres Ferrer startade ett uppror mot regeringen, vilket resulterade i Costaricanska inbördeskriget mars till april 1948. Figueres Ferrers sida vann inbördeskriget, och efter en övergångsperiod med juntastyre och ny konstitution, lämnades makten 1949 över till Ulate Blanco, vilket inledde en lång period av stabilitet och demokrati i landet. Figueres Ferrer återkom senare som demokratiskt vald president under två mandatperioder.