Toujours en 1842, le 28 septembre, Caxias reçut la difficile tâche de pacifier la province du Rio Grande do Sul, qui était en pleine "Révolution Farroupilha" depuis 1835. Dans ce conflit, il se fit remarquer par un relatif humanisme à l'égard des insurgés, ce qui lui valut l'estime des révolutionnaires. Il sort vainqueur de la lutte, et, le , la paix est signée à Poncho Verde.