Akpoguma es hijo de una madre alemana y un padre nigeriano. Ha sido internacional con la selección de Alemania en las categorías sub-16, sub-17, sub-18, sub-19, sub-20 y sub-21. El 16 de mayo de 2012, disputó en Liubliana la final del Campeonato Europeo de la UEFA Sub-17 ante la selección de los Países Bajos; permaneció en el banco de suplentes hasta el minuto 80, cuando reemplazó a Leon Goretzka, y el encuentro lo terminaron ganando los neerlandeses en tanda de penales por 5:4. Con la sub-19 ganó el Campeonato Europeo de la UEFA Sub-19 2014. También jugó la Copa Mundial de Fútbol Sub-20 de 2015, en la que fue capitán de su equipo. En 2018 declaró que está dispuesto a representar internacionalmente a Nigeria si no es convocado a la selección alemana.