Jeanette Nilsen (født 27. juni 1972 i Skien) er en norsk håndballspiller. Hun er målvakt for Njård IL. Nilsen har tidligere spilt for blant andre Nordstrand IF, Larvik, Gjerpen og Kolding. For Norge spilte hun 91 landskamper og skårte 2 mål, og ble verdensmester i 1999 og europamester i 1998. Hun har også sølv fra VM i 1997 og EM i 1996 samt bronse fra sommer-OL i 2000 i Sydney.