Wallner speelde sinds 2001 in totaal 29 wedstrijden voor de Oostenrijkse nationale ploeg, daarin kon hij zeven keer scoren. Hij maakte zijn debuut op woensdag 25 april 2001 in een kwalificatiewedstrijd voor het WK tegen Liechtenstein (2-0), toen hij na 89 minuten aantrad als vervanger van Andreas Herzog.