Pozdější snaha Salzburku dostat Berchtesgaden zcela pod svou kontrolu vyvrcholila „solnou válkou“. Arcibiskup Wolf Dietrich von Raitenau se dostával do konfliktu s Bavorskem, jednak kvůli výnosům z halleinských dolů a jednak kvůli snaze Maxmiliána I. prosadit zdvojnásobení cla na solnohradské zboží. Z těchto důvodů byl Berchtesgaden v noci ze 7. na 8. říjen 1611 okamžitě obsazen vojskem Wolfa Dietricha. Po krátkém válečném tažení Bavorů však musel Wolf Dietrich uprchnout, ale brzy byl dopaden, a donucen abdikovat a byl až do své smrti vězněn v pevnosti Hohensalzburg. Znovu obsazen rakouskými vojenskými oddíly byl Berchtesgaden teprve v době války o španělský trůn v roce 1704.