В стране начались процессы советизации, в рамках которых были упразднены все политические партии, кроме Коммунистической партии Литвы. Граждан Литвы (в том числе политических деятелей межвоенных лет), не принявших новый государственный строй, обвинили в контрреволюционной деятельности, а многих репрессировали, выселив их из Литвы. 22 июня 1941 года после нападения Германии на СССР начались боевые действия. Одна часть населения воевала на стороне СССР: это были призванные в РККА солдаты, а также советские партизаны, ушедшие в подполье после занятия Литвы немцами. Другая часть поддержала немцев: это были хиви, оказывавшие всяческую поддержку частям вермахта и члены вспомогательной полиции. Некоторые были угнаны на принудительные работы в Германию; евреи же в большинстве своём либо были заключены в гетто, либо расстреляны во многих городах Литвы, либо ушли в подполье или в советский тыл.