Cehoslovacia a fost dezmembrată și ocupată de Germania Nazistă. Procesul dispariției statului cehoslovac a început cu Acordul de la München din 1938 , (semnat, fără ca măcar reprezentanții cehoslovaci să fie consultați, de Neville Chamberlain, Édouard Daladier, Benito Mussolini și Adolf Hitler), și a fost desăvârșită de Dictatul de la Viena. Regiunea cehă a țării a fost transformată în așa-numitul Protectorat al Boemiei și Moraviei, având un așa-zis președinte (Emil Hácha), iar proaspăt separata Republică Slovacă (avându-l în frunte pe Jozef Tiso) a devenit un stat-marionetă al naziștilor. O parte a sudului Slovaciei și întreaga Rutenie (extremitarea estică a fostului stat cehoslovac) au fost anexate de Ungaria. Din 1940, Aliații au recunoscut legitimitatea guvernului în exil de la Londra sub președinția lui Edvard Beneš. Insurecția națională slovacă declanșată în august 1944 a fost reprimată de forțele germane la sfârșitul lunii octombrie, dar partizanii au continuat să lupte împotriva ocupantului până la sfârșitul războiului. În aprilie 1945, Armata Roșie i-a înfrânt pe germani și guvernul Tiso a căzut. URSS a anexat Rutenia Carpatică.