В Восточную войну 1853—1856 годов Бабкин находился в Крыму, где, командуя 4-й пехотной дивизией, участвовал в сражении 4 августа на Чёрной речке; на другой день перешёл с дивизией на южную сторону Севастополя и остался там до оставления города. За Крымскую войну Бабкин был награждён орденом Св. Станислава 1-й степени с мечами.