Nach der Säkularisierung des Erzbistums im Jahr 1566 gelangte sein Territorium – und damit auch die Burg Kokenhusen – an Polen. Das führte dazu, dass die Anlage 1577 während des Livländischen Krieges von russischen Truppen Iwans des Schrecklichen überfallen und eingenommen, im darauffolgenden Jahr aber von Polen zurückerobert wurde. Im Schatten der Burg hatte sich schon im 13. Jahrhundert eine Ansiedlung gebildet, die 1277 von Erzbischof Johannes I. von Lune Stadtrechte erhielt und zu jener Zeit schon von einer Stadtmauer umgeben war. Später Umschlagplatz für Güter aller Art und prosperierendes Mitglied der Hanse, war die Stadt durch die zahlreichen kriegerischen Auseinandersetzungen im 15. und 16. Jahrhundert stark geschwächt. Außerdem hatte Kokenhusen nach dem Bau eines Flusshafens im nahe gelegenen Jaunjelgava seine wirtschaftliche Vormachtstellung in der Region eingebüßt und versank in der Folge allmählich in der Bedeutungslosigkeit.