בעלות הברית לא ניסו לכבוש בחזרה את ג'אווה, סומטרה, טימור או באלי, אך כן ערכו מתקפה אמפיבית על בורנאו ב-1945, במהלכה שיחררו שבויי מלחמה וכבשו מצבורי נפט. בסופו של דבר נכנעו הכוחות היפניים על איים אלה עם סיום המלחמה. רוב החיילים הוחזרו ליפן, אך כ-1,000 חיילים ערקו מיחידותיהם ונטמעו באוכלוסייה המקומית. מאוחר יותר, חיילים אלה סייעו לכוחות הרפובליקנים במהלך המהפכה הלאומית של אינדונזיה.