Onder het Franse regime werd de scheiding van Kerk en staat doorgevoerd met de ontmanteling van de traditionele voorrechten van de Kerk van het ancien régime. De Kerk verloor grotendeels haar bezit en werd door allerlei maatregelen onder de controle van de staat geplaatst. Zo werden de priesters onder andere verplicht de eed van trouw aan de Franse grondwet af te leggen. Priesters die dit niet deden, werden gedeporteerd of moesten onderduiken. Guillaume De Smet bediende, samen met onderpastoor D’Hooghe, in het geheim de parochie Waarschoot. Heel snel ondervond hij aan den lijve de repressie van de Franse bezetter tijdens de Boerenkrijg. Op 2 februari 1798 vielen Franse troepen Waarschoot binnen. De Smet en D'Hooghe konden ontsnappen en moesten zich geruime tijd schuilhouden in de bossen rond Waarschoot.