Deux ans plus tard, à Vienne, alors que Blankers-Koen, qui s'est illustrée aux championnats des Pays-Bas d'athlétisme 1937 en remportant 4 médailles d'or, participe désormais aussi aux épreuves de sprint, elle gagne ses deux premières médailles internationales lors des premiers championnats d'Europe d'athlétisme ouverts aux femmes. Devancée sur 100 m et 200 m par Stanisława Walasiewicz et Käthe Krauss, elle réalise des temps respectifs de 12 s 0 et 24 s 9. Elle ne participe pas au concours de la hauteur, ayant été battue par Nelly van Balen-Blanken aux championnats des Pays-Bas 1938, laquelle remporte l'argent à Vienne.