1944年9月14日に八百屋の息子として生まれたネッツァーは、1953年、9歳の時、FCメンヒェングラートバッハというクラブでサッカーを始める。1963年、ボルシアMGに移籍。1965-66年シーズンにボルシアMGとプロ契約を結び、ヘネス・ヴァイスヴァイラー監督の信頼を得て1973年まで230試合出場82ゴールの活躍を見せ、1969-70、1970-71シーズンのドイツ・ブンデスリーガ優勝や1972-73シーズンのドイツリーグカップ優勝などのタイトルを獲得し、個人としても1972年、1973年と2年連続でドイツ年間最優秀選手賞を受賞した。1972年は、欧州選手権での活躍もあわせてバロンドール投票でフランツ・ベッケンバウアーに次ぐ2位タイ（ゲルト・ミュラーと同票数）となった。1973年のDFBポカール決勝、すでにレアル・マドリードへの移籍が決まっていたネッツァーをヘネス・バイスバイラー監督はベンチに座らせた。そして、同点で迎えた91分にネッツァーがピッチに立つと、3分後の94分にネッツァーは決勝ゴールを挙げた。