วัดมหาบุศย์สร้างประมาณ พ.ศ. 2305 ก่อนเสียกรุงแก่พม่า 5 ปี เดิมชื่อว่า วัดสามบุตร กล่าวคือ บุตรชายสามคนพี่น้องได้ร่วมกันสร้างวัดนี้ สันนิษฐานว่าเสนาสนะในยุคนั้นคงเป็นไม้เสียส่วนใหญ่ ทำให้วัสดุไม่คงทนจนกลายเป็นวัดร้างในที่สุด ต่อมาพระมหาบุตร เปรียญ 5 ประโยค สำนักวัดเลียบได้มาเยี่ยมญาติโยมละแวกคลองพระโขนง ชาวบ้านจึงพร้อมใจกันนิมนต์ให้ท่านอยู่วัดสามบุตรเพื่อช่วยเป็นผู้นำในการบูรณะวัด เมื่อสร้างและบูรณปฏิสังขรณ์จึงได้ขนานนามวัดใหม่ว่า วัดมหาบุตร ตามนามท่าน ภายหลังชื่อได้เปลี่ยนมาเป็น "วัดมหาบุศย์" ประชาชนทั่วไปยังขนานนามวัดนี้ว่า วัดแม่นาคพระโขนง ตามอิทธิพลของวรรณกรรมเรื่อง "แม่นากพระโขนง"