I England skjedde Den ærerike revolusjon i 1688 hvor den katolske kong Jakob II av England ble avsatt og det protestiske paret Vilhelm III og Maria II ble innsatt. Det førte til at Andros ble avsatt og et nytt charter ble gitt kolonien. Charteret av 1692 var en betydelig endring fra dets forgjenger. Det ga hjemmestyre, etablerte valgbar lovgivningsmakt, ga stemmerett til alle jordeiere (tidligere var det kun de som tilhørte en menighet som kunne stemme), og slo sammen Massachusetts Bay-kolonien med kolonien Plymouth. Etter Andros avsettelse og arrestasjon, ble William Phips utpekt til kongelig guvernør og Mather kom tilbake til Massachusetts med ankomst den 14. mai 1692. Etter hans tilbakekomst, kom kravet fra administrasjonen av Harvard at han flyttet nærmere institusjonen. Da han ikke ville forlate sin kirke Second Church nektet han gjøre det og gikk til sist av som president.