Seit Mitte der 60er Jahre begannen sie, konspirative Gruppen für gewaltsame Anschläge aufzubauen, die sich „Jugend Mohammeds“, „Soldaten Allahs“, „el-Taliaa el-Moqatila“ (Kämpfende Avantgarde) u. a. nannten. Zunächst wurden mehrere ihrer Führer hingerichtet. 1976 übernahm Scheich Adnan Aqlah die Führung und die Gruppen gingen dazu über, Anschläge auf baathistische und alawitische Ziele auszuführen, was die interkonfessionellen Spannungen verschärfte. Am 16. Juni 1979 verübte die Untergrundbewegung das „Massaker an der Artillerieschule“ von Aleppo, bei dem 50 alawitische Kadetten getötet wurden. Die Alawiten wurden gezielt getötet, andere Offiziersschüler ließen die Täter gehen. Es sollte ein Startsignal für einen Volksaufstand wie im Iran gegen den Schah sein. Assad reagierte, indem er zunächst gegnerische Kräfte in der Baath-Partei und unter den Alawiten unter Kontrolle brachte. Nach blutigen Kämpfen zwischen dem bewaffneten Arm der Muslimbrüder und regierungstreuen Truppen gelang es Assad, deren Revolte zunächst niederzuwerfen. Ihre Organisation mit geschätzten 10.000 bis 30.000 Mitgliedern und etwa 1000 Untergrundkämpfern blieb aber intakt, sie gaben sich eine neue Führung, zu der auch Ali Sadreddin al-Bajanuni gehörte.