四一二事变爆发后，国民党在宁波率先进行清党。4月参加中国共产党第五次全国代表大会，但代表资格尚未完全确定。同月中旬，王嘉谟出任宁波地委代理书记（6月为书记），多次召开秘密会议，设法营救被捕人员。6月至7月，任中共浙江省宁波地方执行委员会书记。同年7月，中共浙江省委组织部遭破坏，王嘉谟调任省委组织部主任。8月，省委书记庄文恭因病向中央辞去书记职务。在省委书记未确定期间，王嘉谟代理中共浙江省委书记的职务。9月27日，中央派王若飞到浙江改组省委，当天召开省委会议。王若飞作政治报告，王嘉谟代表省委汇报浙江党的工作情况。省委改选后，王嘉谟仍任常委、组织部主任。