Passato per la terza volta al tecnico Jupp Heynckes, nel 2011-2012 il Bayern raggiunge per la nona volta la finale della UEFA Champions League, ma la perde nello stadio di casa ai tiri di rigore contro gli inglesi del . L'annata si chiude senza titoli, dato che i bavaresi vengono superati dal Borussia Dortmund sia in campionato (dove chiudono secondi) sia nella coppa nazionale, dove vengono battuti in finale dai gialloneri. La situazione si inverte, però, nella stagione successiva, in cui il Bayern ha la meglio sui rivali nella Supercoppa nazionale, in Bundesliga, vincendo il titolo con il record di punti, vittorie, punti di distacco dalla seconda e turni di anticipo per la conquista aritmetica del titolo (il ventitreesimo), e in UEFA Champions League, dove giunge in finale per la terza volta in quattro anni e, a Wembley, sconfigge la squadra di Dortmund per 2-1 (gol di Mandžukić e Robben), mettendo in bacheca il trofeo per la quinta volta. I "Rossi" si aggiudicano anche la Coppa di Germania battendo in finale lo e centrano così lo storico "treble".