În 1886, guvernul britanic l-a încurajat pe Sir William Mackinnon, care avea deja un acord cu sultanul și a cărui companie de transport maritim făcea comerț intensiv în regiunea Marilor Lacuri Afrcane, să întărească influența britanică în regiune. El a format „British East Africa Association”, care a fost precursoarea Compania Imperială Britanică a Africii Răsăritene, cea care a primit concesiunea în 1888 și a primit dreptul să administreze teritoriul. Compania a administrat 240 km de zonă litorală, care se întindea la râul Jubba, prin Mombasa, până la granița Africa Orientală Germană, teritoriu concesionat de la sultan. Sfera de influență britanică asupra căreia se convenise la Conferința de la Berlin din 1885, se extindea de la țărmul oceanului în interiorul continentului în ceea ce avea să fie Kenya și care, după 1890, a inclus și Uganda. Mombasa a fost centrul administrativ al teritoriului.