À la suite de l'insurrection royaliste de 1795, où Napoléon se distingue et qui le porte au grade de général de division, le rapport s'inverse : . Plus tard, leurs relations se ternissent et un s'engage quant à la question de la succession impériale. Alors que Joseph refuse la présidence de la république italienne et la place de chancelier du Sénat, Napoléon s'inquiète des positions libérales que prend son frère, celui-ci n'hésitant pas à contester publiquement les décisions prises par le Premier Consul. En le plaçant sur le trône du royaume de Naples en 1806, Napoléon ne se contente pas seulement de mettre en place le système familial qu'il entend imposer à l'Europe, mais il en profite également pour freiner l'ambition de Joseph.