Yhdysvaltain vapaussodan sytyttyä New Brunswickissa järjestettiin Yhdysvaltojen itsenäisyysjulistuksen kolmas lukeminen 6. heinäkuuta 1776. Fort Leen taistelun hävinneet amerikkalaiset olivat vetäytyneet New Brunswickin ja sittemmin George Washingtonin johtama armeija vetäytyi yli Raritanjoen ja kävi sittemmin Trentonin taistelun brittejä vastaan. Britit valtasivat New Brunswickin joulukuussa 1776. Washingtonin joukot pakottivat heidät vetäytymään keväällä 1777 ja mennessään britit polttivat aluetta. Vapaussodan taistelut New Brunswickissa olivat hävityksen jälkeen ohi. Rutgersin yliopisto eli silloinen Queens College oli perustettu vuonna 1766, mutta se jouduttiin siirtämään vapaussodan aikana. Sittemmin yliopisto oli jaoittain suljettuna opiskelijoiden pulan takia, mutta se avasi ovensa uudelleen nykyisellä nimellään vuonna 1825.