На должность флаг-капитана Черноморского флота по оперативной части Колчак взял капитана 1-го ранга М. И. Смирнова. Смирнов в своё время учился в роте, где Колчак был фельдфебелем, служил вместе с ним в Морском генштабе, а во время Первой мировой войны состоял наблюдателем в ходе союзнической Дарданелльской операции. Уже на пути в Севастополь Колчак и Смирнов обсуждали план работы на Чёрном море. Колчак решил прекратить заграждение минами собственных баз и ставить мины как можно ближе к берегам неприятеля и в таком количестве, чтобы их не успевали вытраливать, в несколько ярусов, чтобы не могли проходить ни большие корабли, ни подводные лодки, ни мелкосидящие суда. Первая задача, поставленная Колчаком флоту, заключалась в очистке моря от вражеских военных кораблей и прекращении неприятельского судоходства вообще. Для достижения этой цели, выполнимой только при полной блокировке Босфора и болгарских портов, М. И. Смирнов начал планирование операции по минированию портов врага. Для борьбы с подводными лодками Колчак пригласил на Черноморский флот своего товарища по столичному офицерскому кружку капитана 1-го ранга Н. Н. Шрейбера, изобретателя специальной малой мины для подводных лодок; были заказаны и сети для заграждения выходов подводных лодок из портов.