Na deze Engelse miskleun trok het leger zich terug in Engeland en bleef hij in Engelse dienst tot na de slag bij Leipzig (16-19 oktober 1813), waarna hij ontslag nam en naar Den Haag vertrok om als militair adviseur van Van Hogendorp te dienen. Samen met Jacob Fagel vertrok hij op 19 november 1813 naar Londen, waar ze op 21 november aankwamen. Ze hadden een uitnodigingsbrief van Van Hogendorp bij zich, die de erfprins als "soeverein" uitnodigde om het bestuur van de Nederlanden op zich te nemen. Omdat de Fransen toen al op de terugtocht naar hun vaderland waren, keerden de Oranjes terug naar Nederland en nam Willem I als Soeverein Vorst de regering van de Nederlanden over van het Driemanschap. Hendrik de Perponcher werd bevorderd tot kolonel en toegevoegd als adjudant van Willem I. Al op 17 maart 1814 werd hij bevorderd tot generaal-majoor, en op 21 april 1815 werd hij luitenant-generaal. In die rang commandeerde hij de 2e Nederlandse divisie bij Quatre-Bras en Waterloo. In mei 1849 werd hij bevorderd tot generaal der infanterie.