Educat segons la religió de la Reforma, escapà de la Massacre del dia de Sant Bartomeu. Formà part de l'entorn d'Enric de Navarra, i continuà, després de la seva accessió al tron de França, prestant-li serveis com a conseller i secretari de finances, i secretari de la seva cambra. Després d'haver compost poesies en versos escandits a la manera antiga, s'alliberà de la influència clàssica personalitzada en Jean Antoine de Baïf. De Certon es conserven sonets lipogramàtics, sextines (poesies de sis estrofes de sis versos amb dues rimes i una mitja estrofa), i paràfrasis dels Salms. És autor d'un "Traité sommaire de la quantité française pour faire et composer des vers mesures a la façon des Grecs et des Latins", que restà inèdit. (1611 o 1612)