Tussen 1991 en 1998 speelde Merson in totaal 21 wedstrijden voor het Engels voetbalelftal en maakte daarbij drie doelpunten. Hij behoorde tot de selecties voor Europees kampioenschap voetbal in 1992 en het Wereldkampioenschap voetbal in 1998. Onder leiding van bondscoach Graham Taylor maakte hij zijn debuut voor de nationale ploeg op 11 september 1991, toen hij na 67 minuten inviel voor John Salako in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Duitsland (0-1).