Zmiana zadań postawionych przed Einsatzgruppe z. b. V. miała prawdopodobnie związek z koncepcjami „rozwiązania kwestii żydowskiej”, rozważanymi w tym okresie przez niemieckie kierownictwo. Dla nazistowskich przywódców, którzy z rasizmu i antysemityzmu uczynili rdzeń swej ideologii, wysoce niedogodna była sytuacja, w której pod niemieckim panowaniem znalazło się ponad 2 mln polskich Żydów. Jeszcze przed zakończeniem kampanii wrześniowej SS-Gruppenführer Reinhard Heydrich, szef służb bezpieczeństwa III Rzeszy, zaproponował, aby wysiedlić polskich Żydów na tereny wschodniej Polski, które zgodnie z zapisami układu Ribbentrop-Mołotow miały znaleźć się pod okupacją ZSRR (plan ten został najprawdopodobniej zaakceptowany przez naczelne dowództwo Wehrmachtu). Jednocześnie chcąc przyspieszyć masowy eksodus ludności żydowskiej do strefy sowieckiej, Niemcy rozpoczęli brutalne pogromy i wysiedlenia. Jedna z najważniejszych ról w tej operacji przypadła grupie operacyjnej von Woyrscha.