В 1649 году поляки были из Чернигова окончательно изгнаны, и монастырь вновь становится православным. Среди его игуменов были такие церковные и культурные деятели, как Димитрий Ростовский, Лазарь Баранович, Феодосий Черниговский, Иоанникий Галятовский, и другие. Последний реконструировал Успенский собор, построил трапезную Петропавловскую церковь, устроил в монастыре библиотеку и заказал пышный иконостас (погиб от зажигательной бомбы в 1941 году).