Τους επόμενους αιώνες παρατηρήθηκαν νέες εγκαταστάσεις πολυάριθμων οικογενειών στο νησί. Μεταξύ αυτών οι οικογένειες Λαζάρου (μετέπειτα Κοκκίνη) και Ζέρβα (μετέπειτα Κουντουριώτη) από την Ήπειρο, οι Μπαρού ή Ραφαλιά, Νέγκα και Γκούμα από την Κύθνο, Κριεζή και Βώκου (μετέπειτα Μιαούλη) από την Εύβοια, Γιακουμάκη (κατόπιν Τομπάζη) και Χονδροδημήτρη ή Παπαμανώλη από τη Μικρά Ασία, Λιγνού από την Κρήτη κλπ. Ως συνέπεια του Ζ΄ Βενετοτουρκικού Πολέμου εγκαταστάθηκαν στην Ύδρα νέοι κάτοικοι προερχόμενοι από την Πελοπόννησο, η οποία πέρασε εκ νέου στα χέρια των Οθωμανών.