Henri Hajdenberg, président de 1995 à 2001, explique ce repli par « la seconde Intifada et la montée consécutive de l'antisémitisme dans certaines banlieues, l'attentat de New York du 11 septembre 2001, les discours antisionistes et antisémites de ben Laden, la prise de pouvoir par le Hamas et les tirs de roquettes sur les civils israéliens après le désengagement de Gaza, et les déclarations du président iranien appelant à la destruction d'Israël, niant la Shoah et tentant de doter son pays de l'arme nucléaire. » « Depuis dix ans, l'idée qu'Israël est de nouveau menacé dans son existence se propage dans la communauté juive. » Au moment de la seconde Intifada, des Juifs de France ont pu avoir le sentiment d'être insuffisamment protégés contre les violences antisémites, accusant le gouvernement Lionel Jospin de « laxisme ». Les questions sécuritaires ayant marqué l'élection présidentielle de 2002, les voix des Juifs se sont reportées vers la droite. En 2010, les Verts et le PCF ne figuraient ainsi pas parmi les invités au dîner annuel du CRIF. Le CRIF a été courtisé par Nicolas Sarkozy avant l'élection présidentielle de 2007 et il est resté un interlocuteur attentionné. Le vice-président du CRIF Meyer Habib assure les relations entre le président français et Benyamin Netanyahou, dont il est l'un des plus influents conseillers.