Syn generał-gubernatora Syberii, wyznania protestanckiego. Jego rodzina wywodziła się z Saksonii, do Rosji wyemigrowała w 1751. Ojciec Pawła, Johann, najpierw został urzędnikiem na poczcie, potem dyrektorem, a u szczytu kariery zasłużył na tytuł generała-gubernatora. Pestel miał trójkę braci - Władimira, Michaiła i Aleksandra. Wykształcenie podstawowe odebrał w domu, następnie w latach 1805-1809 uczył się w Dreźnie. W szkole uczył się języków obcych, matematyki, algebry, geometrii, trygonometrii, fizyki, zasad artylerii, budowy fortyfikacji, geografii i historii. Nauka w niemieckiej szkole bardzo wpłynęła na niego - nauczyciele starali się wpoić w nim, i w innych rosyjskich uczniach, nienawiść do swojego kraju. Całe życie Paweł wyrażał nieskrywaną niechęć do Słowian.W 1810 wstąpił do korpusu paziów; ukończył go z wyróżniającymi wynikami, w nagrodę jego nazwisko znalazło się na marmurowej tablicy z imionami najlepszych absolwentów, uzyskał również stopień chorążego w Litewskim Pułku Lejbgwardii. Walczył w wojnie francusko-rosyjskiej r. 1812, wyróżniając się w bitwie pod Borodino, gdzie został ciężko ranny, a następnie otrzymał złotą szpadę za dzielność. Brał następnie udział w bitwach pod Dreznem, Kulm i Lipskiem. W 1821 awansował na pułkownika i został mianowany dowódcą wiackiego pułku piechoty.