Jan hield zich nu een jaar lang bezig met het verbeteren van de uitrusting van de Zeeuwse vloot. Toen zijn broer, luitenant-admiraal Cornelis Evertsen, echter sneuvelde in de Vierdaagse Zeeslag, werd hij op 21 juni 1666 weer van stal gehaald, tegen het aanvankelijk verzet van Johan de Witt in. Pas toen Evertsen zich bereid verklaarde om, hoewel formeel "Tweede Persoon" direct onder De Ruyter, in feite allereerst Aert Jansse van Nes en dan Cornelis Tromp het bevel te laten overnemen, beval De Witt de Staten-Generaal aan de benoeming van de Staten van Zeeland te bekrachtigen, iets wat nodig was omdat de admiraliteiten ook generaliteitsinstellingen waren. Evertsen verklaarde bij zijn aanstelling net als zijn vader en broers het leven voor het vaderland te willen geven. Zeven weken later op 4 augustus 1666, de eerste dag van de Tweedaagse Zeeslag, werd Jan Evertsen als commandant van de voorhoede op de "Walcheren" te drie uur 's middags een been afgeschoten door een boutkogel. Hij overleed de volgende dag om vijf uur in de nacht.