Изначально мекленбургские герцогства не принимали участия в коалиционных войнах против Франции, а лишь выплачивали Пруссии деньги за контингент. После битвы при Йене и Ауэрштедте в город потянулись сначала бежавшие прусские солдаты, а затем грабя и неся разрушения, по мекленбургской земле прошлась французская армия. 29 ноября 1806 года Мекленбург был оккупирован французским генералом Клодом Игнацем Франсуа Мишо, Росток был вынужден смириться с постоем войск, унижениями, запретами и выплатой контрибуций. Город, живший морской торговлей, особенно пострадал от континентальной блокады Англии. Лишь после вступления Мекленбурга в Рейнский союз 22 марта 1808 года французские оккупанты покинули герцогство и морская торговля стала восстанавливаться, хотя и только в рамках Балтийского бассейна. Но французы вернулись в Росток уже 17 августа 1810 года, за чем последовали ограничения публичной и частной жизни граждан Ростока. В 1812 году, отправляясь в русский поход, французы забрали с собой мекленбургских солдат численностью в две тысячи человек. После поражения Великой армии в России последние французские солдаты покинули гарнизон Ростока 26 марта 1813 года.