Australien sendte igen sine væbnede styrker afsked for at kæmpe sammen med Storbritannien i anden verdenskrig. Australske styrker spillede en fremtrædende rolle i kampene i Felttoget i Nordafrika, herunder operation Compass, belejringen af Tobruk, det græske felttog, slaget om Kreta, det syrisk-libanesiske felttog og det Andet slag om el-Alamein. Menzies blev vurderet som en upassende leder i krigstid, og i 1941 overtog Labor magten under John Curtin. Krigen kom nærmere da HMAS "Sydney" og den tyske hjælpekrydser "Kormoran" sænkede hinanden ud for Vestaustralien. "Sydney" gik ned med hele sit mandskab på 645 mænd, og selve skibet blev aldrig fundet igen.