В историографии Можайские соглашения рассматриваются как весьма значимый договор. Хюбнер (1998) говорит, что «высокое значение этого договора, которое было названо» вехой в европейской истории ", для московского государства было обусловлено не только его содержанием, но и тем, что великая европейская держава была готова заключить его на основе полностью равный статус, без предварительного военного конфликта, заставляющего стороны делать это ". Однако стороны не смогли извлечь практические преимущества из договора. Ни одна из сторон не смогла помешать шведским силам вторгнуться и занять часть своих ливонских притязаний, датские и польские короли договорились о взаимной поддержке против Швеции в Северной Семилетней войне . Иван IV задержал выполнение соглашений о свободной торговле и заключил семилетнее перемирие с Швецией в 1564 году. В последующие годы Иван IV сосредоточился на Магнусе Гольштейнском, а не на Фридрихе II, утвердив его в качестве короля Ливонии под его вассалом.