Во второй половине XVI века, в эпоху Реформации Париж сотрясали религиозные войны, охватившие Францию. Преследовалось инакомыслие, еретики отправлялись на костёр. Около 20 тысяч горожан исповедовали идеи протестантства. В ночь на 24 августа 1572 года произошла Варфоломеевская ночь, унёсшая жизни свыше 5 тысяч человек. В этот период город подвергся 5-летней осаде войсками короля Наварры, в ходе которой погибло около 30 тысяч человек. В начале XVII века при Генрихе IV были построены многие известные строения, в частности Новый мост и Королевская площадь. В 1622 году Париж стал архиепископством.