Narastający konflikt etniczny doprowadził ostatecznie do wybuchu wojny domowej w Kosowie w latach 1998–1999. W rezultacie bombardowania Kosowo znalazło się pod tymczasowym zarządem ONZ. Kosowskie kluby wycofały się z mistrzostw Jugosławii i od sezonu 1999/2000 najlepsze zespoły występowały w Superlidze Kosowa. Besa startowała w Superlidze i zajęła siódme miejsce. W sezonach 2004/2005, 2005/2006 i 2006/2007 klub zostawał mistrzem kraju. Przez następne lata zajmował miejsca od 2 do 5. W sezonie 2016/2017 zajął szóste miejsce w lidze i wygrał Puchar Kosowa, ale nie otrzymał licencji na rozgrywki UEFA. Rok później był jedenasty i spadł do Liga e Parë. W drugiej lidze spędził dwa lata – w sezonie 2019/2020 przed zawieszeniem rozgrywek zajmował pierwsze miejsce i wrócił do Superligi. W następnym sezonie 2020/2021 na siedem kolejek przed końcem został zdegradowany do niższej ligi.