Но осуществить эти планы оказалось непросто вследствие нестабильной политической ситуации в мире. Военные действия помешали поездке братьев Гумбольдтов в Италию, где Александр предполагал осмотреть действующие вулканы. Не состоялось и путешествие по Нилу до Асуана, поскольку богатый компаньон Гумбольдта, английский лорд Бристоль, был арестован по политическим мотивам. Военные расходы привели к оскудению государственной казны Франции, поэтому члены Исполнительной директории решили перенести на более поздний срок кругосветное плавание капитана Бодена, с командой которого надеялись отправиться в путешествие Александр и его новый друг, молодой ботаник Эме Бонплан. Попытка примкнуть к французской научной экспедиции в Египет также оказалась безуспешной: французский флот был наголову разбит англичанами при Абукире, что прервало морское сообщение республики с Александрией.