Lors de la Quatrième Croisade, les tombeaux furent d’abord profanés et pillés par Alexis IV Ange qui se servit de leurs trésors pour acheter la paix aux croisés. Une fois la ville aux mains des croisés, ceux-ci, au témoignage de Nicétas Choniatès, pilleront les tombes impériales pour dérober or et bijoux . Même la tombe de Justinien ne fut pas épargnée. Le tombeau de l’empereur Héraclius fut ouvert et sa couronne d’or à laquelle des cheveux étaient collés fut emportée. Certains de ces trésors furent emportés à Venise où on peut encore les voir dans la basilique Saint-Marc; le corps de saint Grégoire pour sa part fut transféré à Rome.