In september 1943 werd Clark benoemd tot bevelhebber van het Amerikaanse Vijfde Leger. Hij was betrokken bij de geallieerde landingen in Italië (Operatie Avalanche). Daarna was Clark verantwoordelijk voor de Slag om Monte Cassino en gaf hij het fel gecontesteerde bevel om het Middeleeuwse klooster van Monte Cassino te bombarderen. Vele vluchtelingen die er hadden schuil gevonden kwamen daarbij om. Na het bombardement werden de kloosterruïnes bezet door Duitse para's die er een formidabele defensieve positie van maakten.