しかし2014年には、リビア国民評議会から権限を委譲された世俗的なリビア国民代議院に対抗して、イスラム過激派が勢力を増し内戦が勃発（2014年リビア内戦）。首都トリポリでも戦闘が行われ、イスラム系勢力によって結成されたが首都を制圧。リビア国民代議院は東部の港湾都市トブルクに退去して、二つの政府が並立する状態になった。また、ISILもリビアに進出し限定的な支配を固め、日本はこれを強く非難し、領土が解放された際には祝意を表明している。