През 1810 г. Макдоналд служи в Испания, а през 1812 г. командва лявото крило на Великата армия в руския проход на Наполеон. През 1813 г., след участието си в битките при Лютцен и Баутцен, на маршала е заповядано да нахлуе Силезия, но претърпява тежка загуба от войските на генерал Блюхер в битката при Кацбах. В Битката на народите (1813 г.) Макдоналд е изтласкан от Либертволквиц от австрийския IV корпус на Йохан фон Кленау; при контраатаката, войските му си възвръщат селището. След битката, маршалът, заедно с принц Понятовски, е натоварен със задачата да прикрие евакуацията на френската армия от Лайпциг. След взривяването на последния мост над река Елстер, той успява да преплува реката, но Понятовски се удавя. По време на дефанзивната кампания през 1814 г. Макдоналд отново се доказва. Той е един от маршалите, които Наполеон изпраща в Париж, за да оповестят абдикацията му. Докато всички изоставят Бонапарт, той му остава верен. Посъветван е от Наполеон да засвидетелства предаността си към новия режим, и е награден от императора със сабята на Мурад бей за своята вярност.