Thatcher volgde doelman Neil Sullivan naar Tottenham Hotspur, maar werd daar een rotatiespeler. Tottenham tastte niettemin aardig in de buidel voor Thatcher en betaalde £ 5.000.000 ,-. Thatcher was nooit een vaste waarde bij Spurs. Desondanks mocht hij aantreden in de verloren finale van de League Cup in 2002. Blackburn Rovers won de League Cup. Hij speelde 90 minuten op de positie van linksachter. Na drie seizoenen verliet hij White Hart Lane. Hij speelde 36 wedstrijden voor Spurs in de Premier League.