1997 erhielt Brandstetter ein Angebot, an die Universität Linz zu wechseln; 1998 erlangte Brandstetter als Nachfolger von Winfried Platzgummer den Posten eines Ordinarius für Strafrecht an der Universität Wien. 2007 wurde er Vorstand des Instituts für Österreichisches und Europäisches Wirtschaftsstrafrecht an der Wirtschaftsuniversität Wien. Brandstetter war als Strafverteidiger des technischen Direktors der Gletscherbahnen Kaprun, von Rudolf Fischer in der Telekom-Affäre, von Tilo Berlin sowie Rakhat Aliyev tätig. Letzterer hatte seinen Wohnsitz zeitweise sogar im Privathaus Brandstetters. Außerdem trat Brandstetter als Vertrauensperson von Wolfgang Kulterer im Untersuchungsausschuss zur Hypo-Alpe-Adria-Bank auf. Weiters war Brandstetter Verteidiger von Bundeskanzler Werner Faymann in den Ermittlungen in der Inseratenaffäre.