Kolejnymi zawodami miały być dla Hanyū zawody z cyklu Grand Prix – NHK Trophy 2017. Jednakże podczas treningu poprzedzającego czwarte zmagania najlepszych łyżwiarzy w cyklu Grand Prix, Hanyū upadł podczas próby wykonania poczwórnego lutza. Kontuzja prawego kolana i kostki spowodowana upadkiem okazała się na tyle poważna, że zmusiła go do wycofania się z zawodów w wyniku czego po raz pierwszy od sześciu sezonów nie weźmie on udziału w finale cyklu Grand Prix. 18 grudnia 2017 roku Japońska Federacja Łyżwiarska potwierdziła, iż kontuzja, jakiej Hanyū nabawił się tuż przed NHK Trophy 2017 okazała się znacznie poważniejsza niż początkowo uważano. Z tego też powodu Hanyū zdecydował się zrezygnować z udziału w mistrzostwach Japonii, by skupić się na powrocie do pełni sprawności przed zbliżającymi się igrzyskami olimpijskimi. 24 grudnia 2017 roku ogłoszono, że Hanyū został wybrany, aby reprezentować swój kraj podczas Zimowych Igrzysk Olimpijskich 2018 oraz mistrzostwa świata 2018.