1940年6月後，他再度返回立陶宛，1940年11月至1941年5月間擔任維爾紐斯市執行委員會主席。1941年6月納粹德國入侵蘇聯時，維塔斯與許多其他共產黨人不同，選擇留在立陶宛開展反德活動；據信他並未獲得蘇聯内务人民委员部與立陶宛共產黨（布爾什維克）的支援。維塔斯與、、主教等立陶宛知識分子接觸，並與希奥利艾、帕內韋日斯、考那斯等地的一些小型反德團體建立了聯繫。