मात्र त्यानंतर लगेचच झालेल्या पानिपतच्या दुसर्‍या लढाईत केवळ दुर्दैवाने अकबराच्या मुघल सैन्याकडून हेमूच्या सैन्याचा पराभव झाला. हेमूला पकडून त्याचा शिरच्छेद करण्यात आला. हेमूचे समर्थक व हजारो हिंदूंची कत्तल अकबराच्या मुघल सैन्याकडून करण्यात आली.