ב-1808, בתוקף תפקידו כמושל ערי הנזה, הונחה ברנדוט לנהל מסע מלחמה כנגד שוודיה, דרך האיים של דנמרק, אך התוכנית הסתיימה בלא כלום בשל הצורך בכוחות ובשל נטישת המערכה על ידי חיל המשלוח הספרדי. במלחמה נגד אוסטריה, הוביל ברנדוט כוח סקסוני בקרב וגראם ובהזדמנות זו, ביוזמתו שלו, הוא הוציא פקודת יום שייחסה את הניצחון בעיקר לגבורת חייליו הסקסונים, עובדה שהוכחשה על ידי נפוליאון. במהלך קרב זה נלקחו מברנדוט סמכויות הפיקוד שלו לאחר שנסוג בניגוד לפקודותיו של נפוליאון. מאוחר יותר העיר נפוליאון ש"שום דבר לא עוצר את ברנדוט". בתקופת גלותו בסנט הלנה הוא אמר, "אני יכול להאשים אותו בכפיות טובה, אך לא בבגידה".