לנפוליאון כמעט ולא היו פרשים, ויחס הכוחות בקרב שהתפתח היה כ-2 או 3 ל-1 לטובת הממלוכים. על מנת להדוף את הפרשים הממלוכים, סידר נפוליאון את צבאו בריבועים דיוויזיוניים, מערך אשר נטרל את יתרונם המספרי של הממלוכים וניצל עד תום את יתרונם האיכותי של חיילי הרגלים הצרפתים על אלו הממלוכים. ההתקפות החוזרות ונשנות של הממלוכים נשברו על כידוני החיילים הצרפתים, ומכשנכשלו למוטט את הריבועים הם נסוגו משדה הקרב תוך אבדות כבדות. לאחר כישלון ההתקפות הממלוכיות הסתערו אנשי נפוליאון על הפרבר אמבבה, והשמידו את הכוחות הממלוכים שהתבצרו בו. מוראד ביי פנה דרומה אל מצרים העליונה והמשיך להילחם שם נגד חיילי נפוליאון, ואילו איברהים ביי נמלט אל סיני ומשם לאזור רצועת עזה של היום.