L'hypothèse a été avancée que le manuscrit serait tombé entre les mains de la reine Christine de Suède en 1648 à l'occasion de la bataille de Prague et qu'elle aurait récupéré ensuite le manuscrit pour l'emporter plus tard à Rome, après son abdication. Le cardinal Odescalchi, son légataire, l'aurait par la suite confié à la bibliothèque du Collège romain. On perd ensuite la trace du livre pendant deux siècles, mais selon toute vraisemblance, il était conservé comme le reste de la correspondance de Kircher, dans la bibliothèque du Collège romain, actuelle Université pontificale grégorienne. Il y resta probablement jusqu'à l'invasion de la ville par les troupes de d'Italie, qui annexa les États pontificaux en 1870. Le nouveau gouvernement italien décida de confisquer beaucoup de biens de l'Église, notamment la bibliothèque du Collège romain. D'après les recherches de Xavier Ceccaldi et d'autres, de nombreux livres avaient été transférés à la hâte, juste avant ces événements dans les bibliothèques privées de ses facultés – ces dernières avaient été exemptes des confiscations. La correspondance de Kircher se trouvait parmi ces livres et, apparemment, le manuscrit de Voynich aussi, vu qu'il portait encore l'ex-libris de Petrus Beckx († 1887), Supérieur général de la Compagnie de Jésus et proviseur de l'université à l'époque.