阿爾巴尼亞擁有衛生部運行的普遍保健制度。據世界衛生組織的統計，在2000年阿爾巴尼亞已經名列世界前55位最佳醫療服務表現。雖然阿爾巴尼亞共產主義政權的垮台後的數年醫療服務和制度曾一度陷入崩潰狀態，但是自2000年以來至今醫療服務和制度一直在改革和完善化。在2000年阿爾巴尼亞共有51家醫院，其中包括軍醫和專科設施。最常見的死因是循環系統疾病，其次是癌性疾病。人口和健康調查於2009年4月完成了一項調查，詳細介紹了阿爾巴尼亞的各種衛生統計資料，包括男性變性手術、墮胎和其他方面。死亡的主要原因是心血管疾病、創傷、癌症和呼吸道疾病。目前阿爾巴尼亞已經成功地剷除了瘧疾等疾病。