Andreas Hofer wurde als Oberkommandant an die Spitze der gegenbayerischen Bewegung gewählt. Bereits am 11. April 1809 konnte er sich in einem Gefecht bei Sterzing gegen die Bayern durchsetzen. Am 12. April kam es zur ersten Schlacht am Bergisel mit Andreas Hofer und Martin Teimer an der Spitze der Tiroler Streitkräfte. Schon zwei Tage später, nach dem Sieg Teimers bei Wildau (auch Wilten) über das bayerisch-französische Korps Bisson, konnten die Österreicher und die Tiroler Rebellen in Innsbruck einziehen. Den bayerischen und französischen Truppen gelang es jedoch, Teile Tirols wieder unter ihre Kontrolle zu bringen und Innsbruck zurückzuerobern. Nachdem sich am 13. Mai die bayerisch-französischen Truppen in einer blutigen Schlacht bei Wörgl durchgesetzt hatten, kam es vom 25. bis zum 29. Mai zur zweiten Schlacht am Bergisel, wobei sich die bayerischen Truppen am 29. Mai geschlagen ins Unterinntal zurückziehen mussten. Es folgte der Znaimer Waffenstillstand mit erneuter Besetzung Tirols durch napoleonische Truppen. Dem Aufruf zum Landsturm folgte ein erneuter Sieg der Rebellen am 13. August: 15.000 bayerische, sächsische und französische Soldaten unter der Führung von Marschall Lefebvre standen dabei einem ebenso großen Tiroler Schützenaufgebot unter Andreas Hofer gegenüber (dritte Schlacht am Bergisel).