Ciril rimase a Lubiana, dove si iscrisse al liceo classico. In quegli anni, si avvicinò alle idee patriottiche dei giovani intellettuali sloveni che si battevano per l'emancipazione dei popoli slavi dal dominio austriaco e la fondazione di una nuova formazione politica degli Slavi del Sud. Con lo scoppio della Guerra balcanica nel 1912, Kotnik si arruolò come volontario nell'esercito serbo. A guerra finita, fu insignito della "Stella di Karađorđe", una delle maggiori onoficenze militari del Regno di Serbia.