Storbritannien sendte længe sine straffefanger over Atlanten til de amerikanske kolonier. Den trafik stoppede med USA's uafhængighedserklæring i 1776. Da de britiske fængsler var overfyldte, besluttede Storbritannien i 1786 at oprette en ny fangekoloni i det land, som Cook havde opdaget 16 år tidligere. Kaptajn Arthur Phillip fik ansvaret for at grundlægge den nye koloni. Han sejlede en flåde (kendt som "First Fleet") på 11 skibe og omkring 850 straffefanger til Australien og lagde den 18. januar 1788 til ved Botany Bay, men fandt stedet uegnet til en koloni på grund af dårlig jord og manglende ferskvand. Han sejlede længere mod nord og ind i Port Jackson den 26. januar 1788. Dette blev stedet for den nye koloni. Den officielle proklamation og navngivning af kolonien fandt sted den 7. februar 1788 og Arthur Phillip blev den første Generalguvernør af New South Wales. Oprindeligt skulle byens navn have været Albion, men Phillip ændrede det til Sydney til ære for Thomas Townshend, Lord Sydney og hans rolle i grundlæggelsen af kolonien.