Les deux pays disparaissent au début de la Seconde Guerre mondiale : la Pologne est envahie, partagée et annexée par l'Allemagne nazie et l'URSS stalinienne en 1939, cette dernière annexant aussi les pays baltes, dont la Lituanie, l'année suivante. La Pologne renaît en 1945, mais la Lituanie doit attendre la dislocation de l'URSS, en 1990. Les deux pays retrouvent alors une frontière commune, mais elle est beaucoup plus courte que pendant l'entre-deux-guerres, ne s'étendant plus que sur . En effet, les régions orientales de la Pologne de l'entre-deux-guerres sont devenues soviétiques et biélorusses en 1945.