Als nachgeborener Sohn war Ferdinand zunächst für eine geistliche Laufbahn vorgesehen, bevorzugte jedoch ein militärisches Kommando. Er wurde daher Führer der aus 5000 Mann bestehenden bayerischen Truppen im für Bayern erfolgreichen Kölner Krieg 1583 bis 1584. 1584 erstürmte Ferdinand Godesberg und eroberte Bonn. Infolgedessen gelang es ihm, seinen jüngeren Bruder Ernst als Kurfürsten von Köln einzusetzen.