1603 wurde van Heemskerck als Admiral in die südasiatischen Meere geschickt, wo er in der Auseinandersetzung mit der portugiesischen Flotte militärische Erfolge erzielte. Am 25. April 1607 führte er als Admiral eine Flotte von 27 Schiffen in die Seeschlacht bei Gibraltar und zerstörte die spanische Armada vollständig, fand aber selbst dabei den Tod.