Τα έτη 1809 και 1810 έγιναν μεγάλης κλίμακας κατασκευαστικά έργα στον Ναό της Αναστάσεως, μετά από τις μεγάλες καταστροφές που είχαν προκληθεί από την πυρκαγιά του 1808. Τα έργα αυτά, η αρπαγή από τον ηγεμόνα των Παραδουναβίων ηγεμονιών Αλέξανδρο Κούζα της κτηματικής περιουσίας που ήταν αφιερωμένη στον Πανάγιο Τάφο, η κακοδιαχείριση, καθώς και η δίωξη των Ορθόδοξων από τους Οθωμανούς μετά την έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης το 1821 οδήγησε το Πατριαρχείο σε συσσώρευση χρέους και πλήρη οικονομική καταστροφή.