Later verzoende hij zich met de regering, en in 1964 werd hij benoemd tot minister van defensie onder president Gustavo Díaz Ordaz. In die functie trad hij hard op tegen demonstranten. In 1966 liet hij de universiteit van Morelia bezetten in een actie waarbij een dode en meerdere gewonden vielen. Zijn rol bij het Bloedbad van Tlatelolco waarbij op 2 oktober 1968 250 demonstranten werden vermoord is niet geheeld duidelijk. Aanvankelijk gaf hij er niets te maken hebben gehad - wat inderdaad mogelijk was, delen van het leger waren van tevoren niet ingelicht en zelfs beschoten door paramilitairen, om zo de schuld op de demonstranten te kunnen schuiven - hoewel hij het bloedbad wel rechtvaardigde. Later gaf hij echter toe dat de Mexicaanse regering overspannen had gereageerd. Een jaar voor zijn dood erkende hij dat hij, samen met Díaz Ordaz en minister Luis Echeverría, verantwoordelijk was geweest voor de planning. Hij overleed in 1979.