2019年4月11日、を受け、スーダン国防軍や治安機関から出された辞職勧告を受諾し、国防軍によって身柄を拘束された。軍主導の暫定政権樹立に向けた協議が開始され、バシール政権は30年で幕を下ろすこととなった（2019年スーダンクーデター）。4月16日、バシールは首都ハルツームにあるコベル刑務所へと身柄を移された。また同日、隣国ウガンダはバシールより亡命を打診されれば受け入れると表明した。