Хотя Арсеньев не принимал прямого участия в Гражданской войне, успешно избегая уговоров и мобилизации как красными, так и белыми, и прочими силами, он в той или иной степени помогал обоим враждующим сторонам. Сын Арсеньева Владимир, не успевший окончить реальное училище, в 1919 был мобилизован в Русскую армию, затем перешёл на сторону Народной армии, участвовал в боевых действиях под Никольском-Уссурийским, был ранен и попал в японский плен, где провёл около двух недель. Имеются сведения, что в апреле 1920 года Арсеньев снабдил отступавшие войска Народно-революционной армии топографическими картами, однако биограф Арсеньева считает, что это крайне маловероятно. Кроме того, один из соратников С. Г. Лазо Н. К. Ильюхов в своих воспоминаниях сообщал, что с февраля по март 1920 года Арсеньев консультировал технический комитет Военного совета Приморья, в состав которого входили известные революционеры С. Г. Лазо, В. М. Сибирцев и А. Н. Луцкий, по поводу размещения партизанских баз в недоступных для японских интервентов местах.