במהלך השנים ערך בן ארי עבודות מחקר בישראל, ביפן, בסינגפור ובהונג קונג. תחומי המחקר העיקריים בהם הוא עוסק נוגעים לחברה היפנית (התנהלות החיים בקרב מעמד הפועלים, תהליך החינוך בגיל הרך והשתלבות יוצאי יפן בקרב תושבי סינגפור) ולתפקיד הצבא בחברה האזרחית. בישראל התמקדו מחקריו בהשפעת צה"ל על הווי החברה (דוגמאות למחקריו הם "הדינמיקה החברתית של שירות במילואים", "תפקיד הצבא באינתיפאדת אל אקצא" ו"מגדר והומוסקסואליות בצבא"). בשנים 2003–2007 עמד בן ארי בראש מכון טרומן לקידום השלום, הפועל במסגרת האוניברסיטה העברית.