Pravděpodobně počátkem jara 1944 se Malár vrátil opět na Slovensko. Společně s ministrem obrany Ferdinandem Čatlošem iniciovali již 12. února vznik Východoslovenské armády, která byla vyjmuta pozemnímu velitelství v Banské Bystrici a podléhala ministrovi obrany a prezidentovi Tisovi. Společně s Čatlošem připravovali vojenský převrat a záchranu slovenské samostatnosti. Pravděpodobně od 10. června převzal velení Východoslovenské armády po sudetském Němci plk. Rudolfovi Pilfouskovi. Malárova armáda se stala součástí wehrmachtu od 3. srpna 1944, byla jí podřízena a podařilo se jí zpravodajsky infiltrovat. V srpnu 1944 jednal v Piešťanech s umírněnými Hlinkovci o přípravě ozbrojeného povstání Slovenska. Po předčasném vypuknutí povstání se oproti očekávání Goliana nepřidal k povstalcům a zůstal loajální ministrovi obrany Ferdinandu Čatlošovi, kterému jeho alibistický politický plán u sovětů nevyšel. (tzv. Čatlošovo memorandum). Ve středu 30. srpna odletěl z Prešova do Bratislavy a zástupci armády plk.Talskému slíbil, že se do večera vrátí. Po cestě přistál v Popradu a nabádal vojáky, aby neposlouchali Goliana a exilovou Benešovu vládu a odešli zpět ke svým útvarům. Když se dostavil do prezidentské kanceláře, zjistil, že Čatloš již není velitelem armády a Bratislavu kontroluje německý vyslanec Ludin. V rozhlasovém projevu ze dne 30. srpna 1944 se postavil proti povstání a vyzval všechny vojáky, aby se vrátili do kasáren, čímž vyvolal nejen v armádě, ale v celé společnosti dokonalý zmatek, neboť byl uznávanou vojenskou autoritou. Všem posádkám vzkázal, že "ešte neprišiel náš čas" a své Východoslovenské armádě vzkázal, ať vyčká jeho příjezdu. Na druhý den odpoledne 31. srpna tajně odletěl z Bratislavy, ale byl skupinou Mathias na letišti v Prešově ihned zajat i s jeho velitelským štábem. Jako vojenský stratég chtěl, aby Čatlošova akce skončila úspěchem, ale svoji činnost společně dobře nepromysleli a zcela podcenili.