Frei kuului Sveitsin maajoukkueeseen myös vuoden 2008 EM-kisoissa, mutta loukkasi vasemman polven nivelsiteensä jo avausottelussa Zdeněk Grygeran taklauksesta eikä pystynyt jatkamaan kisoja. Sveitsin joukkue jäi alkulohkoon hävittyään Tšekille 1-0 ja Turkille 2-1. Päätösottelussaan he voittivat kisojen päätteeksi vaisun Portugalin maalein 2-0. Vuoden 2010 MM-kisoissa hän pelasi kahdessa ottelussa.