In 1935 verklaarde Gendoen, een oud-premier en lid van de MPRP, dat het sovjet-economische systeem (planeconomie) niet geschikt was voor Mongolië. Dit leidde tot een zuivering in partij en staat. Dit betekende tevens de opkomst van maarschalk Tsjoibalsan, een keiharde stalinist. Tsjoibalsan en diens aanhangers vernietigden een groot deel van de kloosters van het lamaïsme, ofwel het Tibetaans boeddhisme, en maakte het gelovigen moeilijk om hun geloof te praktiseren. Daarnaast verdwenen veel monniken en nonnen in gevangenkampen. Ook intellectuelen werden gevangengezet en hard aangepakt. Vanaf halverwege de jaren dertig werd de landbouw gecollectiviseerd en werd het de nomaden dusdanig moeilijk gemaakt, dat zij niet meer konden rondtrekken door het land. Tijdens de Tweede Wereldoorlog vocht Mongolië aan de kant van de Sovjet-Unie. In 1939 vond er een grensconflict tussen de Japanners (die de Mongoolse grens waren genaderd tijdens hun veldtocht tegen China) en het Mongoolse Leger plaats, deze laatste bijgestaan door Russische onder maarschalk Georgi Zjoekov. Dit korte gevecht, bekend onder de naam Slag bij Halhin Gol, leidde tot een zege voor het Mongoolse Leger (dat ten opzichte van het inwonertal vrij groot was). Op 9 augustus 1945 erkende China de onafhankelijkheid van Buiten-Mongolië, waardoor de spanningen met dat land afnamen.