約翰一世统治时期，曾在城内设有驻防长官，其在接替军区将军之前，似乎与之共存过一段时间。11世纪时，塞萨洛尼基公国因地理位置重要而常由皇室成员把持。第四次十字军东征中，塞萨洛尼基城及馬其頓大部分地区被拉丁人占据，成为萨洛尼卡王国的一部分，直到1224年被伊庇魯斯專制國夺回。1246年尼西亚帝国在收复塞萨洛尼基城及馬其頓大部分地区之后，重新恢复了军区。1392年，奥斯曼土耳其人侵占此地，当时军区实际上只余塞萨洛尼基城本身。1402年拜占庭重新收复此地后，塞萨洛尼基成为一名专制君主的治所，直到1423年该城向威尼斯投降。1430年，在经历了奥斯曼帝国的之后，塞萨洛尼基最终沦陷。