Также Жонатан Эите участвовал в отборочном турнире к кубку африканских наций 2012 (2 матча). В 2013 году нападающий попал в заявку сборной на кубок африканских наций, сыграл на турнире 3 матча и забил гол в ворота ивуарийцев.