4 kwietnia „Amazone” wyszła z Harwich na swój pierwszy patrol w rejon Wysp Fryzyjskich, powracając do bazy 12 kwietnia. 16 kwietnia okręt wyszedł na drugi wojenny patrol, powracając do bazy 28 kwietnia. Trzecia misja bojowa okrętu na Morzu Północnym rozpoczęła się 6 maja; po ataku Niemiec na Francję, Belgię i Holandię, w nocy z 10 na 11 maja rejon patrolowania „Amazone” został zmieniony na wody na zachód od Texel. 11 maja o godzinie 23:59 załoga „Amazone” wystrzeliła na pozycji dwie torpedy w kierunku okrętu podwodnego rozpoznanego jako niemiecki, którym okazał się sojuszniczy HMS „Shark” (54S). Na szczęście żadna z torped nie była celna. Okręt powrócił do Rosyth 20 maja. 24 maja okręt trafił do stoczni na krótki remont, a 28 maja zawinął do Dundee. 4 czerwca 1940 roku „Amazone” i pozostałe francuskie okręty podwodne uczestniczące w kampanii norweskiej wraz z okrętem-bazą opuściły Dundee i powróciły do Brestu, eskortowane przez brytyjskie niszczyciele HMS „Bedouin” i HMS „Ashanti”.