Mis à la tête de l'armée française du Rhin pendant l'année 1800, avec à sa demande Charles Malenfant comme adjoint à l'État-major. Il commence par remporter une victoire sur les Autrichiens de Kray à la bataille d'Engen. Dans le même temps, le général Lecourbe, son lieutenant, remporte un succès complet sur un corps autrichien à la bataille de Stockach. Deux jours après, Moreau livre une nouvelle bataille assez sanglante à Moëskirch et réussit encore à vaincre les Autrichiens de Kray. S'ensuit une série ininterrompue de succès pour l'armée française du Rhin. Moreau et Lecourbe réussissent notamment à forcer le passage du Danube après une nouvelle victoire à Höchstadt. Le général autrichien Kray signe alors un armistice. L'armée française du Rhin, sur sa lancée, s'établit en Bavière.