Nach der Niederlage des Revolutionsheeres bei Coron wurde der inkompetente und verschwenderische Befehlshaber am 17. September 1793 von seinen Aufgaben abberufen. Santerre schloss sich daraufhin den politischen Anhängern Héberts an und geriet nach deren Sturz im April 1794 in Haft, aus der er erst nach dem Umsturz vom 9. Thermidor II (27. Juli 1794) frei kam. Er quittierte seinen Dienst bei der Nationalgarde, unterstützte politisch nur noch den Staatsstreich des 18. Fructidor V (4. September 1797) und lebte seitdem zurückgezogen.