Od roku 1992 Fonseca występuje w reprezentacji Kostaryki. W barwach narodowych wystąpił w ponad stu spotkaniach, strzelił 47 bramek. Z 47 golami na koncie jest rekordzistą swojego kraju. Swoją 47 bramkę w reprezentacji zdobył w meczu z Chile. Fonseca wystąpił w dwóch spotkaniach na Mundialu 2002. Zdobywając 19 bramek jest najlepszym strzelcem wszech czasów Pucharu Narodów UNCAF. W 1999 roku został wybrany najlepszym piłkarzem turnieju. Strzelił wówczas 5 goli.