Liberato con lo scoppio dei moti rivoluzionari del gennaio 1848 in Sicilia, fu eletto alla Camera dei Comuni del Parlamento siciliano per la circoscrizione di Alcamo, votando il 13 aprile di quell'anno la decadenza della dinastia borbonica e l'indipendenza dell'isola. Inoltre, Perez fece parte della commissione che doveva offrire la Corona del regno di Sicilia al duca di Genova, Ferdinando di Savoia, che però declinò, essendo impegnato nelle operazioni belliche della Prima Guerra d'Indipendenza. Nonostante ciò, il deputato siciliano decise di restare in Piemonte per partecipare al congresso per la Confederazione italiana, svoltosi dal 10 al 27 ottobre 1848 e presieduto da Vincenzo Gioberti. Tema centrale del dibattimento fu la costituzione, secondo il progetto neoguelfo, di una confederazione di Stati italiani con un ampio decentramento che partiva dai Comuni.