Au moment de l'attaque de Pearl Harbor, l"'Amagiri" est affecté à la division ( escadron de destroyers) de la flotte, où il est déployé depuis le district naval de Kure, escortant les troupes japonaises pour des opérations de débarquements pendant la bataille de Malaisie à la fin de 1941. Il fait ensuite partie de l'escorte des croiseurs lourds "Suzuya", "Kumano", "Mogami" et "Mikuma" déployés pour l'opération "L". En mars, le destroyer prend part à l'opération "T" et à l'opération "D", et couvre des opérations de dragage de mines autour de Singapour et de Johor. Il coule en compagnie des "Mogami" et "Mikuma" le paquebot britannique "Dardanus", le navire à vapeur "Gandara" et le navire marchand "Indora". Les 13 et , le destroyer accoste à Singapour et à la baie de Cam Ranh avant de rejoindre la base de Kure pour un entretien.