Агра је средњовековни град, који је основао 1506. султан Делхијског султаната Сикандар Лоди. После њега султанатом је владао Ибрахим Лоди. Ибрахим Лоди је владао до 1526. када га је Бабур победио у првој бици код Панипата. Бабур је основао Могулско царство и започело је златно доба Агре. Агра је била главни град Могулског царства у време цара Ахбара Великога, Џанагира и Шаха Џахана. Шах Џахан је 1649. преместио главни град из Агре у Шахџаханабад (на месту данашњег Делхија).