Alla fine della guerra civile, Tom rimase nell'esercito ed ebbe il grado di primo luogotenente nel 7º Reggimento di cavalleria degli Stati Uniti, reparto dove operavano anche i suoi fratelli George e Boston. Nel novembre 1868 fu leggermente ferito ad una mano nell’attacco all'accampamento dei Cheyenne meridionali di Black Kettle lungo il fiume Washita, nell’attuale Oklahoma.