In de 17e en 18e eeuw leefden de inwoners van het dorp onder andere van de walvisvaart, koopvaardij en het loodsen van schepen door het Marsdiep van en naar Amsterdam. In die tijd werd voor de kust de Slag bij Kijkduin uitgevochten. Het dorp groeit en bloeit maar aan het eind van de 18e eeuw neemt het snel groeiende Den Helder, met zijn zee- en oorlogshaven het economisch zwaartepunt van Huisduinen over. In 1799 landden de Engelsen en Russen in het noorden van Holland, in Huisduinen werd onder andere de kerk van de Jansenisten verwoest. Tijdens de Franse overheersing verloor het dorp de uitoefening van zijn eigen recht. Wel werd door toedoen van Napoleon Bonaparte het Fort Kijkduin gebouwd. Vanaf 1822 stond op het fort een vuurtoren.