Sekitar tahun 249, Wabah Siprianus berjangkit di mana-mana. Karena yakin bahwa wabah ini muncul akibat keengganan umat Kristen mengakui ketuhanan dirinya, Kaisar Decius pun mengeluarkan maklumat berisi perintah aniaya terhadap umat Kristen pada tahun 250. Kali ini Origenes tidak melarikan diri. Eusebius meriwayatkan betapa Origenes "menanggung siksa dan derita badani dengan kungkung besi pada lehernya di dalam penjara bawah tanah, dan dengan kedua kaki terpasung selama berhari-hari". Wali Kota Kaisarea mewanti-wanti agar Origenes tidak dibunuh sebelum dapat dipaksa mengaku murtad di muka umum. Origen dipenjarakan dan disiksa selama dua tahun, tetapi menolak murtad. Pada tahun 252, Kaisar Decius mangkat dibunuh dan Origenes pun dibebaskan dari penjara. Kendati demikian, kesehatannya telanjur memburuk akibat siksa badani yang ditanggungnya, dan akhirnya menghembuskan nafas terakhir pada umur enam puluh sembilan tahun, kurang dari setahun sesudah dibebaskan. Menurut salah satu legenda yang baru muncul belakangan dan diriwayatkan kembali oleh Hieronimus serta banyak penyusun buku panduan perjalanan, Origenes wafat dan dikuburkan di kota Tirus, tetapi legenda ini tidak begitu dapat dipercaya.