La importància de Snowdonia per a la conservació de l'hàbitat i la vida silvestre a la regió es reflecteix en el fet que gairebé el 20% de la seva superfície total està protegida pel Regne Unit i la legislació europea. La meitat d'aquesta àrea va ser deixada de costat pel govern en virtut de la Directiva d'Hàbitats d'Europa com a zona especial de conservació. Al parc es poden trobar mamífers, tals com llúdries, fures, cabres salvatges, i fins i tot martes, encara que aquests últims no han estat vist en anys. Quant a les aus, s'inclouen corbs, falcons pelegrins, àguiles peixateres, merlins i milans reials. Un altre famós habitant de Snowdonia és "Chrysolina cerealis". El parc compta amb tres Convenis de Ramsar: