W reprezentacji Czechosłowacji Siegl zadebiutował 25 marca 1992 roku w zremisowanym 2:2 towarzyskim spotkaniu z Anglią. Po rozpadzie Czechosłowacji zaczął grać w reprezentacji Czech, w której po raz pierwszy wystąpił 23 lutego 1994 w sparingu z Turcją (4:1), w którym strzelił 2 gole. W 1997 roku zagrał w Pucharze Konfederacji 1997. W reprezentacji Czechosłowacji wystąpił 4 razy, a w reprezentacji Czech od 1994 do 1998 roku 19 razy i strzelił 7 goli.