Eto'o a făcut parte din lotul care a câștigat Cupa Africii pe națiuni în anii 2000 și 2002, și din cel medaliat cu aur la Jocurile Olimpice de vară din 2000. La Cupa Confederațiilor FIFA 2003, în care selecționata Camerunului a fost finalistă, el a marcat un singur gol în această competiție, pe 19 iunie, împotriva Braziliei. La Cupa Africii din 2006, echipa națională a Camerunului a fost eliminată în sferturile de finală de naționala Coastei de Fildeș. Meciul a fostdecis la penalty-uri după ce în prelungiri scorul a rămas egal, 1-1, iar Eto'o a ratat penalty-ul decisiv. A câștigat totuși titlul de golgheter al competiției cu 5 goluri. A ratat un antrenament înainte de sferturi pentru a merge la ceremonia de decernare a premiului de Fotbalistul african al anului care a avut loc în Togo.