Una nueva era y el regreso a la cima comenzó en 1990, cuando muchos jugadores jóvenes, incluyendo a Vladimír Šmicer y Patrik Berger, que llegaron al club gracias al empresario Boris Korbel. En 1996 el Slavia ganó su decimocuarto título después de 49 años. Durante esta temporada, el Slavia jugó la semifinal de la Copa de la UEFA y cuatro jugadores del equipo rojiblanco integraron el equipo checo que logró el subcampeonato de la Euro 96.