Batioja speelde in totaal drie officiële interlands voor Ecuador in de periode 1987-1991. Onder leiding van de Uruguayaanse bondscoach Luis Grimaldi maakte hij zijn debuut op 31 maart 1987 in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Cuba (0-1) in Machala. Batioja maakte deel uit van de Ecuadoraanse selectie die deelnam aan de strijd om de Copa América 1991, maar hij kwam niet in actie tijdens het toernooi in Chili.