Quelques mois plus tard, le retour de Napoléon, lors des Cent-Jours, fait espérer à Lepeletier, ainsi qu'à tous les nostalgiques de la Révolution, un « second 10 août ». Élu député à la chambre des représentants par le collège électoral de Dieppe, par 52 voix sur 68 votants, il se montre confiant devant les déclarations de Napoléon et adhère à l'Acte additionnel, acclamant l'Empereur au Champ de mai. Devant les menaces extérieures, il propose même qu'il soit déclaré « sauveur de la patrie », le 8 juin. En « vieux républicain », rejeté dans l'opposition et persécuté par Napoléon sous le Consulat et l'Empire, il affirme faire le sacrifice de ses griefs politiques et personnels contre Napoléon, afin de soustraire la France à une seconde restauration des Bourbons, au joug de l’étranger, en se plaçant derrière l'Empereur. Le 30 mai, il publie une proclamation, en qualité de commissaire impérial, pour le département de Seine-Inférieure, où il s'est rendu avec des pouvoirs illimités.