W latach 1914–1917 górna świątynia służyła za cerkiew garnizonową 126 rezerwowego pułku piechoty. Sytuacja soboru zmieniła się wskutek październikowego przewrotu w 1917 r. i ostatecznego zwycięstwa bolszewików w rosyjskiej wojnie domowej. W 1917 r. plac przy soborze był miejscem protestów i pikiet organizowanych przez bolszewików. Jeszcze w tym samym roku zrewoltowani żołnierze zrzucili z piedestału statuę Aleksandra II. Latem 1918 r. ustawiono tam (przy jednej ze ścian soboru) pomnik ku czci poległych przedstawicieli ruchu robotniczego, ale po wkroczeniu wojsk podległych Aleksandrowi Kołczakowi został on zburzony. Soboru Bogojawleńskiego nie ominęły prześladowania nowych władz sowieckich, w tym m.in. dotknęła go akcja otwierania prawosławnych relikwii. 28 kwietnia 1922 r. przeprowadzono konfiskatę majątku. Świątynię ograbiono łącznie z 18 pudów i 11 funtów srebra, co łącznie wyniosło około 292 kilogramów. W 1924 r. sobór został przekazany ruchowi Żywej Cerkwi. Od tej pory aż do końca istnienia sobór miał pozostawać w rękach tego odłamu rosyjskiego prawosławia i być siedzibą biskupa związanego z odnowicielstwem.