Im Zweiten Weltkrieg nahm die die deutsche Wehrmacht 1939 die Stadt ein, übergab sie aber nach den Bestimmungen des deutsch-sowjetischen Nichtangriffspaktes an die Sowjetunion. Während der folgenden sowjetischen Periode zwischen September 1939 und Juni 1941 wurden zahlreiche Polen nach Sibirien deportiert, der Ort selbst wurde nun russisch "Ljubatschew" (Любачев) genannt und war bis Januar 1940 Hauptort des "Ujesd Ljubatschew" innerhalb der Oblast Lwow der Ukrainischen SSR. Nach einer Verwaltungsreform wurde der Ort ab dem 10. Januar 1940 der Sitz der Rajonsverwaltung des "Rajon Ljubatschew". Nach dem deutschen Überfall auf die Sowjetunion kehrte im Juni 1941 die Wehrmacht zurück. Die deutschen Besatzungsbehörden richteten ein Ghetto für die Juden ein. Von den 7.000 Insassen wurden etwa 4.500 im Laufe der folgenden Monate erschossen, die übrigen ins Vernichtungslager Belzec deportiert. Während des Krieges wurde Lubaczów weitgehend zerstört. Der Einmarsch der Roten Armee am 22. Juli 1944 im Rahmen der sowjetischen Sommeroffensive beendete die Kämpfe nicht, jedoch wurde der Ort samt dem gleichnamigen Rajon im Oktober 1944 wieder offiziell an Polen zurückgegeben. Der Bürgerkrieg zwischen polnischen und ukrainischen Partisaneneinheiten dauerte im Südosten Polens noch mehrere Jahre an. Im Zuge der Aktion Weichsel wurde die ukrainische Bevölkerung der Stadt von den polnischen Behörden nach Westen deportiert.