Йонче Христовски е женен и баща на две дъщери. Съпругата му загива по време на Скопското земетресение през 1963 година. Христовски умира на 15 април 2000 година в Скопие. През 2002 година там е основан ансамбъл за народни песни и танци на неговото име. На негово име е кръстено и македонско дружество за култура и изкуство в Германия.