Protegido dos militares que promoveram o Golpe de Estado no Brasil em 1964 e impuseram a ditadura, deles recebeu diversas homenagens, como a Medalha do Pacificador e a Medalha Amigo da Marinha. Mas em 2009 uma rua com seu nome na cidade de São Carlos foi renomeada para homenagear o cardeal católico Hélder Câmara, um dos mais conhecidos opositores do regime imposto pelo golpe. Em 2017 um bloco carnavalesco foi proibido de homenagear Fleury. Em 2021, uma outra rua, na Vila Leopoldina em São Paulo, que levava seu nome foi rebatizada, dessa vez em homenagem a Frei Tito, ativista católico pelos direitos humanos, e uma das pessoas torturadas por ele.