במרץ 2020 הופסקה תנועת הרכבות בין בית שמש לירושלים ביחד עם תנועת רכבות הנוסעים בכל הארץ כחלק מהגבלות שהטילה הממשלה על התחבורה הציבורית עקב התפשטות נגיף הקורונה, הקו נשאר מושבת גם אחרי ה-22 ביוני 2020, כאשר חזרה הרכבת לפעול. במסגרת ההתמודדות עם המשבר הכלכלי הנוצר עקב נגיף הקורונה, משרד האוצר הציע לבטל את הקו עקב כמות הנוסעים הנמוכה בו והוא אכן בוטל.