Продолжал службу в том же полку, в октябре 1996 года назначен заместителем командира 487–го отдельного вертолётного полка. С началом отражения вторжения чеченских боевиков в Дагестан выполнял боевые задачи в зоне военных действий. Командир вертолёта «Ми-24» войсковой части № 52380 подполковник Юрий Наумов трагически погиб — был убит при обстреле боевиками аэродрома в районе селения Ботлих Республики Дагестан 9 августа 1999 года. Экипаж Ю. Наумова доставил из Махачкалы в Ботлих начальника Генерального штаба Анатолия Квашнина с группой сопровождающих его генералов и офицеров, а через несколько минут по стоянкам вертолётов боевиками с окрестных гор был нанесен удар несколькими ПТУРСами. Один ПТУРС попал в вертолёт, где находился Наумов и его штурман Ахмет Гаязов, оба погибли при взрыве.