A polgárháború közeledtével Ewell túlnyomórészt szecesszióellenes, unionista érzelmeket látszott táplálni, de mikor hazája, Virginia az elszakadás mellett döntött, 1861. május 7-én benyújtotta leszerelési kérelmét és belépett a Virginiai Ideiglenes Hadseregbe. Május 9-én ezredesi rangban vették át a lovassághoz. A május 31-én Fairfax Court House mellett vívott kisebb összecsapásban vállon találták, s ezzel az első tiszt lett, aki a konfliktus során megsebesült. Június 17-én előléptették dandártábornokká és dandárparancsnoki beosztást kapott a konföderációs Potomac hadseregben. Részt vett a Első manassasi csatában, de a harci cselekményből kimaradt. A konföderációs állások jobbszéle, Union Mills jutott neki. P. G. T. Beauregard, a hadsereg parancsnoka egy jobbszárnyi támadást akart indítani, de utasítása eltévedt és ezután a figyelmét elvonta saját balszárnyának megkerülése. Noha a konföderációs hadsereg nem hagyta magát és szerencsétlenségét átvészelte, majd a győzelmet is kivívta, Ewell reputációja megszenvedte az esetet.