De otro lado, a pocos días de asumir el poder, tuvo que afrontar las consecuencias del pavoroso terremoto del sur del Perú, ocurrido el 13 de agosto de 1868, que es el mayor sismo registrado en el Perú en época moderna junto con el de 1746. Ocasionó unos 40 000 muertos y la destrucción total de Moquegua, Arequipa, Tacna, Iquique; un maremoto arrasó los puertos de Arica, Mollendo e Islay. Frente a Arica se hundió la corbeta "América", recientemente adquirida, pereciendo su capitán Mariano Jurado de los Reyes y el resto de sus tripulantes.