Με 34 συμμετοχές για την Εθνική Πορτογαλίας, ο Καπούσο έπαιξε σε πιο αμυντικό ρόλο από ότι στην Πόρτο και έπαιξε στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 2000 (δύο συμμετοχές ως αλλαγή στο τέλος του αγώνα και μία εμφάνιση ως βασικός εναντίον της Γερμανίας, όπου η Πορτογαλία είχε ήδη προκριθεί) και στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 2002 (αντικαθιστώντας τον Σέρζιο Κονσεϊσάο στη νίκη με 4-0 εναντίον της Πολωνίας). Αφού ο Λουίς Φελίπε Σκολάρι ανέλαβε ως προπονητής της Εθνικής ομάδας στις αρχές του 2003, δεν κλήθηκε ποτέ ξανά.