De hervormingen van keizer Jozef II betekenden in 1787 het einde voor de functie, maar dankzij de Brabantse Omwenteling volgde nog een bewogen coda. Bij de daarop volgende restauratie herstelde keizer Leopold II het ambt (voorlopig op 18 december 1790 en definitief op 29 juli 1791). De Franse inval in november 1792 dwong de Secretaris tot een aftocht met de rest van de regering. Na de Slag bij Neerwinden volgde een tweede restauratie, tot de Slag bij Fleurus het Oostenrijkse gezag in juni 1794 weer verjoeg. Keizer Frans II ontbond zijn Nederlandse regering op 23 juli 1794, maar liet de Secretarie nog voortbestaan in verband met de niet-bezette gebieden Limburg, Luxemburg en Gelre. Op 1 januari 1795 volgde de definitieve opheffing.