A inizio anni ottanta, i Rossoblù sono autori di una doppia retrocessione in Serie C1, alternandosi tra la prima e la seconda divisione verso la fine degli anni ottanta e l'inizio degli anni novanta. Nel 1993, il Bologna, retrocesso nuovamente in C1, fallisce ed è rifondato sotto la denominazione di "Bologna Football Club 1909", ripartendo proprio dal terzo livello calcistico. Segue una rapida doppia promozione che riporta i Felsinei in Serie A e nelle competizioni europee, accogliendo i talenti di Roberto Baggio e Giuseppe Signori: nel corso della stagione 1998-1999 vince la Coppa Intertoto e raggiunge le semifinali di Coppa Italia e di Coppa UEFA. Nella stagione 2001-2002, grazie al conseguimento di 52 punti, il Bologna sfiora il posizionamento in quarta piazza in campionato e di conseguenza la possibilità di partecipare all'edizione successiva della Champions League, a causa di una sconfitta all'ultima giornata; tuttavia grazie al settimo posto finale godette della qualificazione in Coppa Intertoto.