L'année suivante, Scoglio part pour rejoindre le Genoa CFC, déclenchant une période d'instabilité. L'entraîneur allemand Eckhard Krautzun est nommé et qualifie avec difficulté l'équipe pour la CAN 2002, dans un groupe qui comprend le Maroc, le Gabon et le Kenya ; il réussit à mener l'équipe à la coupe du monde 2002 en Corée du Sud et au Japon pour la troisième temps de son histoire et malgré un groupe difficile comprenant la Côte d'Ivoire, Madagascar, Congo et la RD Congo.