Ab August setzt die Hochwassersaison des Logone ein. In dieser überschwemmt der Fluss die Plaines d’inondation du Logone et les dépressions Toupouri und die Waza-Ebene; beide Gebiete stehen unter dem Schutz der Ramsar-Konvention. Mit Abtrocknen des Yaeres fließt ein Teil der Wassermassen zurück in den Logone, der andere Teil fließt in den El Beid und verlängert die Flutsaison des Flusses. Außerdem führt er den Überschwemmungsgebieten ca. 850.000 Tonnen an Sedimenten zu.