Lors du conflit malien de 2012-2013, la ville de Tombouctou tombe sous le contrôle du Mouvement national pour la libération de l'Azawad (MNLA) au printemps 2012 qui est rapidement supplanté par des mouvements islamistes plus radicaux comme Ansar Dine. Les vols à partir et vers l'aéroport sont tous suspendus. À la suite de l'engagement militaire de la France en janvier 2013 dans le cadre de l'Opération Serval, l'armée française, appuyée par celle du Mali, reprend le contrôle de l'aéroport de Tombouctou, et de sa zone, dans la nuit du 27 au .