21 ноября 2005 года РФС и Чернышов пришли к согласию о прекращении трудового договора, который был заключен 1 апреля 2004 года и был рассчитан до 31 июля 2006 года. В отборочном турнире к молодёжному чемпионату Европы 2004 года команда Чернышова, стартовав с 4-х побед, в итоге не вышла из группы, заняв 2-е место. В следующем отборочном цикле — вновь 2-е место в группе, после чего последвало поражение в стыковых матчах от датчан (0:1, 1:3), при этом в ответной игре в составе усиленной игроками первой сборной команды пятеро россиян получили красные карточки и были удалены с поля. За время работы Чернышова с молодёжной сборной команда два раза попадала в топ-16. 17 игроков потом играли за первую сборную на чемпионате Европы 2008 года, где заняли 3-е место. С июля 2002 по август 2003 года входил также в штаб национальной сборной России.