Затем ван Стокум переезжает в США в надежде учиться у Альберта Эйнштейна и в начале 1939 года начинает работать у профессора Освальда Веблена в Институте перспективных исследований. Начало Второй мировой войны застаёт его за преподавательской деятельностью. Стремясь вступить в борьбу против Гитлера, он вербуется в канадскую армию и в июне 1942 года становится пилотом бомбардировщика. Несмотря на его желание участвовать в боевых действиях, армейское командование использует его в качестве тест-пилота. В конце концов он добивается перевода в Королевские ВВС Нидерландов (в изгнании), и с 6 июня 1944 года активно участвует в авианалётах, сопровождавших Нормандскую операцию союзников против Германии. 10 июня во время шестого боевого вылета его «Галифакс» был сбит зениткой около французского города Лаваль и все семь членов экипажа погибли.