استر روز بعد از کودتای ۲۰ ژوئیه بازداشت شد. در روز ۴ اوریل دفتر یاداشت‌های روزانه دریاسالار کاناریس کشف شد و در خشم ناشی از خواندن ان هیتلر دستور اعدام تمام اعضای مقاومت المان و توطئه گران نظامی را داد. در ۸ اوریل استر بونهوفر و کاناریس در دادگاه نمایشی و غیر علنی اس اس با ریاست قاضی اوتو ثوربک به مرگ محکوم شدند و در سحرگاه روز بعد هر سه در اردوگاه مرگ فلوسنبورگ به دار اویخته شدند. آن‌ها را بزور قبل از دار زدن عریان کرده بودند. اردوگاه دو هفته بعد بدست ارتش ایالات متحده امریکا آزاد شد.