Jones gab 2001 gegen Australien sein Debüt für die Nationalmannschaft und war bis zur Weltmeisterschaft 2003 stetiges Mitglied des Teams. So wurde er auch für den WM-Kader nominiert und gehörte in allen Spielen zur Stammformation, bis er sich gegen Italien einen Knöchel brach. Diese Verletzung setzte ihn einige Wochen außer Kraft, an den folgenden Six Nations konnte er jedoch wieder teilnehmen. Ein Jahr später gewann Wales bei diesem Turnier den Grand Slam, Jones fiel jedoch erneut verletzt aus. Er kam wieder gestärkt zurück und aufgrund herausragender Leistungen wurde er mit dem Kapitänsamt ausgezeichnet, das er während der Sommertour nach Argentinien übernahm. Auch bei den Ospreys war er inzwischen zum Spielführer ernannt worden und führte sie zum Meistertitel in der Magners League.