1654 року укладання шлюбу своєї доньки зі шведським королем зміцнив зовнішньополітичне становище Гольштейн-Готторпського герцогства. 1657 року надав допомогу Швеції під час війни проти Данії. За Роскільським миром 1658 року в герцогстві Шлезвіг Гольштейн-Готторп звільнявся від сюзеренітету Данії, отримав амт (округ) Швабштедт і половину секуляризованої Шлезвізької єпархії. З відновленням війни того ж року війська Данії та Бранденбург окупували більшу частину герцогства. Фрідріх III опинився обложеним в замку Тьоннінг, де помер 1659 року. Йому спадкував син Крістіан Альбрехт.