装甲艦への武装方式にも改良が行われていった。アメリカ連合国のバージニアに見られるように従来の戦列艦・フリゲートと同じ砲列甲板式の舷側砲が使用されていたが、次第に比較的少数の巨砲を搭載するようになり、ケースメート式の中央砲郭艦、バーベット上に配置する露砲塔艦（バーベット艦）、砲塔を有する砲塔艦（ターレット艦）などが開発されていった。砲塔艦の中には、艦中央付近に左右非対称に2基の砲塔を積んだものもあり、中央砲塔艦と呼ばれる。沿岸用の装甲艦では、砲塔艦の特殊な類型として、帆走を廃止して極端な低乾舷としたモニター艦が出現した。装甲艦同士のハンプトン・ローズ海戦で互いに装甲を貫通できなかったことは、装甲を打ち破るために巨砲搭載が進むきっかけとなった。また、火砲以外に衝角が装着され、リッサ海戦などの戦訓から重要視された。