На момент початку Словацького національного повстання 1944 року командував Східнословацьким корпусом, розташованим у Пряшові. Організаторами повстання передбачалося, що відразу після його початку корпус перейде на їх сторону та надаватиме збройну відсіч німецьким частинам. Однак, Малар вважав початок повстання, яке спалахнуло у Словаччині 29 серпня 1944 року як відповідь на введення до країни німецьких військ для боротьби з партизанами, передчасним, а саме повстання — приреченим на невдачу без своєчасної підтримки з боку Червоної армії. Він так і не віддав наказу щодо збройного опору німецьким частинам, обидві дивізії корпусу були роззброєні, частина солдатів пізніше приєдналася до партизанів, інші розійшлися по домівках, а решта була відправлена німцями до концентраційних таборів.