Tras la caída de Missolonghi (22 de abril de 1826) se retiró, hasta que el presidente Ioannis Kapodistrias lo nombró como miembro del comité para la administración del material de guerra, cargo al que renunció en 1828. Tras el asesinato de Kapodistrias (ocurrido el 9 de octubre de 1831) y la posterior dimisión de su hermano y sucesor, Augustinos Kapodistrias (13 de abril de 1832), Mavrokordatos fue nombrado ministro de hacienda. Fue vicepresidente de la Asamblea Nacional de Argos (julio de 1832), y nombrado por el rey Otón como su ministro de hacienda, y en 1833 como .