После окончания спортивной карьеры в 2005 году и рождения дочери, Наталья стала тренером. Самой известной её воспитанницей является чемпионка мира 2015 года и чемпионка Европы 2014 года Марина Арзамасова. В 2016 году Духновой было присвоено почётное звание «Заслуженный тренер Республики Беларусь».