ペンバートンとそのミシシッピ軍は、はデイヴィスとジョセフ・ジョンストン将軍双方からの命令を実行する試みの中で、ジャクソン周辺に結集するジョンストン軍と合流するために出発し、一方残りの部隊はビックスバーグ周辺で守りに就いた。ジョンストンから提案されていた会合の場所を変更する命令が届き、ペンバートン軍が回れ右をしたところに、偶々グラント軍と来合わせて5月16日のチャンピオンヒルの戦いとなり、大きな敗北を喫した。ペンバートン軍はビッグブラック川まで撤退し、そこで5月17日に戦って同じように大きな損失を受けた。ペンバートンはビックスバーグを守ることに決め、5月18日にはその防衛戦まで後退した。ジョンストンからはビックスバーグ市を犠牲にして軍隊を救うよう忠告を受けたが、ペンバートンは6週間以上も要塞を死守し、その間に兵士や市民が飢えることになり降伏に繋がった。（ペンバートンは自分が北部で生まれたことによる南軍での評判を知っており、もしビックスバーグを放棄した場合に裏切り者として大衆に非難される怖れがあったので、恐らくはその判断に影響した）。