Etter sin fratreden gikk Messimy inn i hæren med kapteins rang. I 1915 var Messimy blitt forfremmet til oberstløytnant. Den 27. juli 1915 ble han såret i Vogesene, der han ledet en enhet "Chasseurs Alpins". Han ble så forfremmet til oberst og gitt kommando over 6. "chasseur"brigade. Han ble såret igjen den 4. september 1916 ved Somme. Messimy ble forfremmet til "general de brigade" den 11. september 1917 og overført til kommandoen over 213. infanteribrigade. Ved krigsslutt var han kommandant for 162. infanteridivisjon med hvilken han hadde inntatt Colmar. Det ble sladret om han at han sikkert var Mata Haris elsker, - han hadde vitnet til hennes fordel under rettssaken.