Verheyen begon zijn spelerscarrière bij KFC Lentezon Beerse, waarna hij via FC Turnhout bij Sporting Lokeren terechtkwam. In het seizoen 1976/77 won Lokeren van FC Barcelona met sterspeler Johan Cruijff met 2-1. Verheyen scoorde het eerste doelpunt. Met Lokeren speelde hij in 1981 de finale van de Beker van België, waar het met 4-0 van Standard Luik verloor. In 1983 maakte hij de overstap naar Club Brugge, waar hij in 1986 de Beker zou winnen. Hij zou ook 24 keer voor de Rode Duivels spelen en deelnemen aan het WK 82 in Spanje en het EK 84 in Frankrijk. In 1987 verhuisde hij naar AA Gent. De Gentenaars degradeerden echter en Verheyen besliste, na 429 wedstrijden, te stoppen op het hoogste niveau en als speler-trainer bij White Star Lauwe aan de slag te gaan. Een jaar later werd hij trainer van SV Waregem, waar hij na anderhalf jaar ontslagen werd. Vervolgens werd hij assistent-trainer bij Club Brugge, eerst van Hugo Broos, daarna van Eric Gerets. In 1999 werd hij hoofdtrainer van blauwzwart, maar dit werd geen succes. Nog tijdens het seizoen vroeg Verheyen zelf om een stap opzij te zetten en weer assistent-trainer te worden. Uiteindelijk zou hij de club toch nog naar de tweede plaats leiden. Vervolgens zou hij gedurende 5 jaar Trond Sollied bijstaan. Ook van Jan Ceulemans werd hij in 2005 de assistent, tot hij samen met diens ontslag aan de kant werd gezet. In 14 jaar in Brugse loondienst zou hij 4 Belgische titels (1996, 1998, 2003 en 2005) en 4 bekerzeges (1995, 1996, 2002 en 2004) winnen. Hij zat ook bij meer dan 100 Europese wedstrijden in de dug out. Eind seizoen 2008-2009 werd Verheyen ontslagen bij KMSK Deinze, wegens slechte resultaten, met degradatie tot gevolg.