Als Basel und die grösseren Mittellandstädte Zürich und Bern, in denen eine regere Geistigkeit lebendig war als in Luzern, mit ihren ausgedehnten Territorien die Reformation annahmen, blieb Luzern mit der übrigen Innerschweiz beim alten Glauben. Daraus erwuchsen Luzern bisher kaum gekannte vielfältige Führungsverpflichtungen. Politisch wurde der Stand zum Vorort der Katholischen Orte, die mit dem Rücken zur Wand der Alpen standen und die Angst der Isolation spürten. Das hatte zur Konsequenz, dass sich die Katholischen Orte, als sich im letzten Drittel des 16. Jahrhunderts der konfessionelle Gegensatz verschärfte, an die Mächte im Süden anlehnten, an Savoyen, an Spanien, das Mailand innehatte, an Österreich und an das Papsttum. Am meisten Staub wirbelte der Abschluss des Goldenen Bundes auf, in dem sich 1586 die sieben Orte zwecks Sicherung des katholischen Glaubens verbanden. Während indessen die Länderorte in den Kappelerkriegen (Erster Kappelerkrieg 1529/Zweiter Kappelerkrieg 1531) den Kampf gegen die Reformierten noch wesentlich mitgetragen hatten, war Luzern in den späteren Konfessionskriegen, den beiden Villmergerkriegen von 1656 und 1712, weitgehend auf sich allein gestellt.