13 февраля 2002 года в товарищеском матче против сборной Португалии Санчес дебютировал за сборную Испании. В том же году в составе сборной Хоакин принял участие в чемпионате мира в Японии и Южной Корее. На турнире он сыграл в матчах против команд ЮАР и Южной Кореи где не забил решающий пенальти (ранее в том же матче он получил травму, к тому же не был засчитан забитый после его навеса гол, поскольку арбитр ошибочно посчитал, что мяч покинул пределы поля).