Са циљем да Руско царство избије на обале Балтичког мора на западу, руски цар Иван Грозни године 1558. напада Ливонију и започиње Ливонски рат. Већ 1560. ливонска војска је претрпела одлучујући пораз у сукобу са далеко моћнијим и бројнијим непријатељем, због чега је ливонско племство затражило званичну помоћ споља у сукобу са Русијом. Највећи део Ливоније добровољно је прихватио власт Пољско-литванске уније, племство са севера земље заклело се на верност шведској круни, док је Езелвички бискуп своју земљу продао Данцима. Руска војска је током првих десет година рата постепено заузела готово целу територију Ливоније, али је након заједничке контраофанзиве коју су крајем 1570-их започели Пољско-литванска унија и Шведска била приморана да одступи са освојених територија. Ливонски рат је званично завршен 1583. године поразом и повлачењем руске војске. По окончању рата цела северна Естонија остаје под управом Шведске и политички је организована као Шведска Естонија, јужни делови су ушли у састав Пољско-литванске државе (Ливонско војводство), док је острво Сарема остало под управом Данске.