Am 1. Juli 1943 wurden auch die ursprünglich vom OKM über die Comercial Maritima de Transportes S.A. (Transcomar), Madrid, für die Versorgung der deutschen Truppen auf Kreta gekauften zehn kleinen spanischen Frachter von der MMR übernommen und mit deutschen Mannschaften besetzt. Nach dem Waffenstillstand von Cassibile und der darauf folgenden deutschen Besetzung Italiens im September 1943 wurden die beschlagnahmten bzw. erbeuteten italienischen und zuvor von Italien übernommenen jugoslawischen und griechischen Handelsschiffe ebenfalls der MMR zugewiesen. Dazu zählten auch etwa 750 Küstenfrachter, Motorsegler und Fischereifahrzeuge und 450 Binnenschiffe, alle mit weniger als 1000 BRT, in italienischen Gewässern sowie rund 600 griechische Motorsegler in der Ägäis. Schließlich wurden im Herbst 1943 auch die Schiffe der Schwarzmeer-Schiffahrts-GmbH übernommen, die bis dahin im Schwarzen Meer die gleiche Funktion wie die MMR im Mittelmeer erfüllt hatte.