Nach Studium und Promotion (1990) an der Universität Hamburg war er von 1993 bis 1997 dort am Archäologischen Institut der Universität Hamburg als wissenschaftlicher Mitarbeiter tätig. Seit 1995 ist er Mitherausgeber der Zeitschrift Hephaistos. Von 1996 bis 2003 war er zusammen mit Burkhard Fehr und Dietrich Willers Mitherausgeber des "Neuen Pauly – Enzyklopädie der Antike" mit Zuständigkeit für den Bereich der Architekturgeschichte, zudem auch für die antike Sachkultur. Fachliche Schwerpunkte von Christoph Höcker sind die Architekturgeschichte der Antike, das Nachleben der Antike in Mittelalter und Neuzeit und die Vermittlung von Altertumswissenschaft an ein breiteres Publikum. Von 2001 bis 2014 hatte er einen Lehrauftrag am Institut für Geschichte und Theorie der Architektur im Department für Architektur an der ETH Zürich, den er wegen der Annahme der Eidgenössischen Volksinitiative «Gegen Masseneinwanderung» aufgab. Von 2009 bis 2010 war er Lehrbeauftragter am Institut für Archäologie der Universität Bern; seit 1999 verschiedene Lehraufträge an der Universität Augsburg.