Unos sondeos arqueológicos realizados en 2009 revelaron que, bajo el suelo de un solar del convento, se hallaban los posibles restos del campamento real de Isabel La Católica que se sabe que se ubicó en este lugar, conocido entonces como Cerro de la Artillería, durante la conquista de la ciudad en 1487. Francisco Ramírez de Madrid, capitán de la artillería de las tropas castellanas, mandó edificar una ermita advocada a san Onofre, ya que el día de su festividad, el 12 de junio, fueron derribadas las torres que defendían el puente sobre el río Guadalmedina. Junto a la ermita fueron enterrados los soldados que murieron en el asalto. A pesar de que los Reyes Católicos ya habían cedido un convento a los frailes trinitarios que los acompañaban, este fue destruido por un terremoto en 1494. Los frailes entonces solicitaron que se les cediera la ermita de san Onofre y los terrenos colindantes, hecho que fue aprobado.