חברים אחרים ב-RNII נעצרו אף הם, ונותן החסות הצבאי לקבוצה, המרשל מיכאיל טוכאצ'בסקי, הוצא להורג. רוב האישים החשובים שעבדו במכון הוצאו להורג במהלך השנים 1937–1938, וקורוליוב היה מהבודדים בקבוצה שהצליחו לשרוד. התוכנית נותרה שנים מאחור והרחק מאחורי ההתקדמות המהירה שנעשתה בגרמניה. הטיהורים של סטלין במהלך התקופה הזו החלישו באופן חמור את הצבא זמן קצר לפני הפלישה הגרמנית של 1941.