Jednym z problemów polsko-litewskich była wówczas działalność "Ypatingasis būrys", czyli tzw. "Strzelców Ponarskich". Była to litewska formacja policyjna kolaborująca z niemieckimi narodowymi socjalistami. Jej członkowie brali czynny udział w organizowanych przez Niemców pogromach ludności różnych narodowości. Uczestniczyli oni m.in. w mordach w Ponarach, gdzie śmierć poniosła część polskiej inteligencji wileńskiej oraz żołnierzy Armii Krajowej.