הלמר הצליח בצורה משמעותית בבאיירן מינכן, והיה חלק מחוליית הגנה שכללה את לותר מתאוס, מרקוס באבל ואולף תון. הלמר זכה עם באיירן מינכן בשלוש אליפויות, גביע מקומי אחד, שני סופר קאפ, וזכייה בגביע אופ"א בשנת 1996, לאחר ניצחון במפגש כפול בגמר מול בורדו, בו כבש שער. בשנת 1997 מונה לקפטן הקבוצה, עד לעזיבתו בתום עונת 1999, לאחר הפסד בגמר ליגת האלופות למנצ'סטר יונייטד משני שערים בתוספת הזמן. הלמר הופיע 191 פעמים במדי באיירן מינכן, והבקיע 24 שערים.