Til 2000-sesongen var han ivrig etter å score et tittel-hattrick, men etter en kamp som varte nesten hele sesongen avsluttet han 19 poeng bak Ferraris Schumacher. I Belgias Grand Prix på Spa tok han dog en minneverdig seier, med en imponerende samtidig forbikjøring av Michael Schumacher og Ricardo Zonta på Kemmel-langsiden. I det neste løpet tok Schumacher over ledelsen i mesterskapet, vant sitt tredje mesterskap i Japans Grand Prix, sesongens nest siste løp. Schumacher har beskrevet mesterskapskampen mot Häkkinen som den beste i hele hans karriere.