Шуп с самого начала стал ярым противником военного вторжения на Индокитайский полуостров. В 1961 году, когда Патет Лао угрожали проамериканскому правительству Лаоса, он отвергал призывы к вооружённому вмешательству. В 1962 Шуп развернул боевую вертолётную группу в Сайгоне и то лишь потому что получил прямой приказ. Он предупреждал против дальнейшего вторжения в Южный Вьетнам, куда приезжал в октябре 1962. Он выступал против стратегической программы «Гамлет» и действий по подготовке южновьетнамской армии, против любых планов военных действий во Вьетнаме и затем сказал: «каждый ответственный военный, насколько мне известно» был против войны. Твёрдая позиция Шупа о неучастии в войне имела большое влияние на Кеннеди, который до своей гибели 22 ноября 1963 показывал, что желает положить конец американскому участию в Южном Вьетнаме, рассматривая эту войну как внутренний вьетнамский конфликт.