ในวันที่ 8 เมษายน ค.ศ. 2017 เนย์มาร์โดนใบแดงไล่ออกจากสนาม ในนัดที่ บาร์เซโลนา พ่ายแพ้ มาลากา 0-2 ทำให้ เนย์มาร์โดนแบน 3 นัด ส่งผลให้เขาหมดสิทธิ์ลงเล่นในศึกเอลกลาซิโก กับ เรอัลมาดริด อีกด้วย ต่อมา ในวันที่ 6 พฤษภาคม ค.ศ. 2017 เนย์มาร์ทำประตูที่ 10 ในลาลิกา ในนัดที่ บาร์เซโลนาเปิดสนามกัมนอว์เอาชนะ บิยาร์เรอัล 4-1 ต่อมา ในวันที่ 14 พฤษภาคม ค.ศ. 2017 เนย์มาร์ทำแฮตทริกยิง 3 ประตู ในนัดที่ บาร์เซโลนา เอาชนะ ลัสปัลมัส 4-1 ต่อมา ในวันที่ 21 พฤษภาคม ค.ศ. 2017 ลาลิกา นัดปิดฤดูกาล 2016–17 บาร์เซโลนา เปิดสนามกัมนอว์เจอกับ เออิบาร์ เป็นนัดตัดสินแชมป์ลาลิการะหว่าง บาร์เซโลนา กับ เรอัลมาดริด ในนัดนี้ บาร์เซโลนา จะต้องชนะ เออิบาร์ และต้องลุ้นให้ มาลากา เอาชนะ เรอัลมาดริด บาร์เซโลนาจึงจะได้แชมป์ลาลิกา โดย บาร์เซโลนา เอาชนะ เออิบาร์ 4-2 แต่สุดท้าย เรอัลมาดริดก็เอาชนะ มาลากาไปได้ 2-0 ทำให้ บาร์เซโลนาพลาดการคว้าแชมป์ลาลิกาไปอย่างน่าเสียดาย ต่อมา ในวันที่ 27 พฤษภาคม ค.ศ. 2017 ในการแข่งขันโกปาเดลเรย์ รอบชิงชนะเลิศ 2017 บาร์เซโลนา พบกับ เดปอร์ติโบอาลาเบส ที่สนามบีเซนเตกัลเดรอน เนย์มาร์ ทำประตูที่ 3 ในโกปาเดลเรย์ช่วยให้ บาร์เซโลนา เอาชนะไป 3-1 คว้าแชมป์สมัยที่ 29 มาครองได้สำเร็จ