Depois de alguns anos relativa calma na sequência do acordo de 2005 que pôs fim à Segunda Guerra Civil Sudanesa entre o governo sudanês e os rebeldes do Exército Popular de Libertação do Sudão, combates eclodiram novamente no período que antecedeu a independência do Sudão do Sul em 9 de julho de 2011, iniciando no Cordofão do Sul em 5 de junho e se espalhando para o estado vizinho do Nilo Azul, em setembro. O SPLM-N, uma divisão do Exército Popular de Libertação do Sudão recém-independente, pegou em armas contra a inclusão dos dois estados sulistas no Sudão, sem consulta popular e contra a falta de eleições democráticas. O conflito se confunde com a guerra em Darfur, uma vez que em novembro de 2011 o SPLM-N estabeleceu uma aliança com os rebeldes de Darfur, chamada Frente Revolucionária do Sudão (SRF).