Mit dem nach Kriegsbeginn rasch anwachsenden Bedarf der Kriegsmarine an hochseetüchtigen, kleinen Schiffen wurde das Schiff 1940 requiriert und nach entsprechendem Umbau am 1. März 1940 als Wetterbeobachtungsschiff mit der Bezeichnung "WBS 4" in Dienst gestellt. Die Besatzung bestand aus 19 Mann sowie einem fünfköpfigen Trupp meteorologischen Fachpersonals. "WBS 4" wurde dem Marinegruppenkommando West (MGK West) zugeteilt. Seine erste Einsatzfahrt begann am 20. März in Wilhelmshaven und führte in das sogenannte "Operationsgebiet 2" nördlich von Island, wo es gemeinsam mit den ebenfalls entlang der geplanten Fahrtstrecke positionierten Wetterbeobachtungsschiffen "Fritz Homann" ("WBS 3") und "Adolf Vinnen" ("WBS 5") den Ausbruch des Hilfskreuzers "Atlantis" durch die Dänemarkstraße in den Nordatlantik mit Wetterinformationen unterstützen sollte. Die Wettermeldungen begannen am 30. März. Nach Abschluss dieser Aktion lief die "Hinrich Freese" an die norwegische Küste, um Anfang April unmittelbar vor und während der deutschen Invasion Norwegens als Fischdampfer getarnt den Schiffsverkehr vor Bergen nach Deutschland zu melden. Nach etwa 25 Tagen auf See kehrte die "Hinrich Freese" Mitte April nach Wilhelmshaven zurück.