Nastanak odlikovanja Zlatni ljiljan je, kao i u slučaju većine ostalih odlikovanja koje je stvorila i dodeljivala Armija Republike Bosne i Hercegovine, lociran u vreme raspada SFRJ i početka rata u Bosni i Hercegovini. Kao i u svim vojskama sveta, osmišljavanje i dodeljivanje odlikovanja je, kao bitan motivacioni faktor, uvedeno u svrhu optimizacije i povećanja ljudskog potencijala vojske. U slučaju Oružanih snaga RBiH, potreba da se ratni doprinos, što pojedinaca što koletiva, adekvatno prizna i valorizuje se pojavila u samoj prvoj fazi rata u BiH i početnom stupnju organizacije vojske. Suočena sa dosta nadmoćnijim neprijateljem i brojnim organizacionim poteškoćama, u borbi za sam fizički opstanak i u nedostatku materijalne podrške za vođenje rata, ljudstvo je za Oružane snage RBiH dugo vremena bio jedini faktor na kog se ozbiljno moglo računati. Želja da se što više ojača volja i borbeni moral ljudstva kao glavnog faktora na kog se u ovoj fazi rata moglo osloniti putem ratnih odlikovanja, bio je jasan motiv rukovodeće i komandne strukture za njihovo uspostavljanje. Nakon određenih pojava stihijnosti, lutanja i nejasnoća vezanih za nivo nadležnosti dodeljivanja i za same kriterije, značka Zlatni ljiljan je prihvaćena kao najviše ratno priznanje za pripadnike Armije RBiH leta 1992. godine. Ekvivalent značci za pripadnike Ministarstva unutrašnjih poslova RBiH je bila Zlatna policijska značka.