Cam în această perioadă, împăratul Alexandru I i-a cerut ministrului său de externe Ioannis Kapodistrias să îi trimită lui Ipsilanti o scrisoare prin care să îi reproșeze liderului Eteriei depășirea mandatului încredințat. Capodistrias l-a anunțat pe Ipsilanti că numele i-a fost șters din lista ofițerilor Imperiului Rus și i s-a comandat să înceteze acțiunile militare. Ipsilanti a încercat să ignore scrisoarea, dar Tudor Vladimirescu a considerat aceasta îl dezleagă de orice obligație față de Eteria. Între cele două tabere a izbucnit un conflict, iar Eteria a încercat să-l asasineze pe Valdimirescu pe 26 mai. După pierderea sprijinului românilor, intrarea forțelor otomane în Muntenia a pecetluit soarta Eteriei. Dezastrul exilaților greci a fost total după înfrângerea din Bătălia de la Drăgășani de pe 7 iunie.