Tratando de defender la frontera austroitaliana, envió a Ignaz Gyulai a defender Liubliana (conocida en aquel entonces como Laibach) en Carniola mientras él defendía personalmente Villach en Carintia. La persecución de Eugène superó sus defensas en la batalla de Tarvis y aniquiló una columna de refuerzas en la Batalla de Sankt Michael. Obligado a huir al noreste, en dirección a Hungría, Juan ofreció batalla en Raab, solo para volver a ser derrotado el 14 de junio de 1809. A pesar de recibir órdenes de unirse a su hermano el Archiduque Carlos en la Batalla de Wagram el 5 y 6 de julio, su pequeño ejército llegó tarde y no puedo evitar la derrota austríaca. Su hermano y superior le criticó su tardanza.