De Hongaarse vorst Stefanus Báthory, de eerste van Transsylvanië, behield de religieuze vrijheid zoals vastgelegd in het Edict van Torda, maar hij interpreteerde deze verplichting in een steeds engere zin. Aan het einde van de regeerperiode van de Báthorys nam Sigismund Báthory als vorst binnen het Heilige Roomse Rijk met het leger van Transsylvanië deel aan de Vijftienjarige Oorlog. Deze oorlog begon als een oorlog van christenen tegen de Turken, maar eindigde als een conflict tussen Transsylvanië, de Habsburgers, de Ottomanen en woiwode Michaël de Dappere van Walachije. Het gevolg hiervan was dat het vorstendom rond 1601 opnieuw onder Habsburgse soevereiniteit, nu die van keizer Rudolf II, stond die de contrareformatie steunde en de Rooms-Katholieke Kerk tot de staatskerk van het Habsburgse Rijk wilde maken. Dit voornemen werd afgebroken, althans wat Transsylvanië betreft, door de verkiezing, op 5 april 1603 van István Bocskai als vorst van Transsylvanië, en twee maanden later ook als koning van Hongarije. István Bocskai leidde van 1604 tot 1606 een succesvolle opstand tegen de Habsburgers die leidde tot het verdrag van Wenen in 1606. Daarbij werd onder meer bepaald dat de edelen en burgers van Transsylvanië hun eigen vorsten mochten kiezen. Dit was politiek gezien echter voorlopig niet uit te voeren omdat de Kroaat Georg Keglevic - opperbevelhebber, generaal, vice-ban van Kroatië, Slavonië en Dalmatië - in 1602 al tot baron van Transsylvanië was uitgeroepen.