Участник Гражданской войны с декабря 1918 года, когда вступил в партизанский отряд А. П. Щенникова, сражавшийся против англо-американских интервентов и белогвардейской Северной армии генерала Е. К. Миллера на Пинеге. Впоследствии с этой даты исчислялся стаж пребывания П. И. Кулижского в РККА. В начале 1919 года отряд соединился с красными войсками и вошёл в состав 481-го стрелкового полка 6-й армии. Воевал на архангельском направлении. В декабре 1919 года направлен на учёбу.