Po śmierci Aarona księgę odkupił od jego bliskich bogaty karaim, Izrael ben Simcha z Basry, który przekazał kodeks w latach 1040-1050 karaimskiej wspólnocie z Jerozolimy. Troska nad nim została powierzona braciom Joshiyahu i Hizkiyahu, religijnym liderom wspólnoty. Już wtedy obowiązywały liczne ograniczenia mające na celu ochronę kodeksu. Zarówno przedstawiciele judaizmu karaickiego jak i rabinicznego mogli korzystać z niego jedynie w celu udzielania odpowiedzi na pytania o prawidłowe warianty tekstu, nigdy zaś do lektury czy studiów. Kodeks pozostał w Jerozolimie do końca XI wieku, a po zdobyciu Jerozolimy podczas pierwszej krucjaty w roku 1099, wraz z innymi świętymi dziełami był przetrzymywany (podobnie jak ocalali Żydzi) przez krzyżowców dla uzyskania okupu. Żydowski historyk, S. D. Goitein w 1952 roku odkrył dwa judeo-arabskie listy z genizy kairskiej, które opisują, jak mieszkańcy Aszkelonu pożyczali z Egiptu pieniądze by zapłacić za księgi. Jeden z nich, "List karaickich starszych z Aszkelonu", mówi o tym, że pieniądze, pożyczone z Aleksandrii były użyte do odkupienia 230 kodeksów biblijnych, setki innych ksiąg i ośmiu zwojów Tory. Prawdopodobnie był wśród nich również ten kodeks. Odkupione dokumenty zostały przetransportowane do Egiptu na początku XII wieku. Judeo-arabskie inskrypcje na pierwszej stronie kodeksu wzmiankują, że księga została następnie przeniesiona do rabinicznej synagogi w Fustat.