Le projet est relancé sous Napoléon à la suite de l'affaire des brûlots qui voit la destruction partielle de l'escadre de Rochefort. La construction s'étale de 1809 à 1812. Le fort est remis à la Marine dès le mois de pour permettre son armement. Jusqu'au milieu du , il subit quelques adaptations à cause des assauts des marées. On installe des casemates entre 1848 et 1850. Propriétaire du fort, l'armée fait plusieurs expérimentations de tirs d'artillerie en 1863. Le fort sert aussi de prison pour quelques communards en 1871. Le fort est totalement réaménagé, dix ans plus tard, pour s'adapter aux progrès de l'artillerie rayée. Au début du , il sert de prison de transit aux bagnards. Il est déclassé peu avant la Première Guerre mondiale.