В 1647 году Ян Потоцкий вернулся из-за границы домой. В январе 1649 года приговорил к смертной казни главаря золотопотоцких повстанцев (смертный приговор был публично исполнен в Золотопотоцком замке). В марте 1649 года на сеймике галицкая шляхта избрала его ротмистром поветовой хоругви, во главе которой участвовал в Зборовской битве. В октябре 1649 года галицкая шляхта приняла решение добиваться уменьшения наголов для Яна Потоцкого. В том же году стал дворянином королевским. В следующем 1650 году получил чин королевского ротмистра.