En 1998, Malick revient avec un film de guerre, "La Ligne Rouge" ("The Thin Red Line"), qui évoque la sanglante bataille de Guadalcanal durant la guerre du Pacifique, d'après le roman de James Jones. Le film explore l'intimité des soldats par le biais de monologues intérieurs en voix-off. Le film est un grand succès critique et public, avec notamment un Ours d'or à la Berlinale.