En mayo de 1891, en Yokohama, Valois recibió la orden de proteger los intereses de Alemania en Chile ante la Guerra Civil Chilena. El "Leipzig" agotó todo su carbón durante el trayecto y tuvo que ser remolcado durante 97 horas. Tras parar brevemente en San Francisco, el "Leipzig" navegó a Valparaíso, llegando el 9 de julio. La escuadra viajó a Iquique y a Coquimbo en julio y agosto. Volvió a Valparaíso el 20 de agosto y el "Leipzig" y la corbeta británica HMS "Champion" enviaron un destacamiento a tierra para protegir los barrios ingleses y alemanes de la ciudad. Al terminar la guerra, el Leipzig visitó varios puertos de América del Sur y después Ciudad del Cabo. En marzo de 1892 fondeó en la bahía de Delagoa, desde donde el nuevo comandante de la escuadra, Friedrich von Pawelsz, del Creuer Squadron envió una delegación a Paul Krueger, el nuevo presidente de la República Bóer de Transvaal. La escuadra de cruceros de África volvió a Alemania para su desactivación en Kiel en 1893.