Наступного року був учасником розіграшу Кубка Америки 2015 року у Чилі, де зайняв з командою на третє місце. Фарфан також був ключовим виконавцем для Перу під час кваліфікації на чемпіонату світу 2018 року, де він забив 3 голи. Крім цього Джефферсон забив одну з двох голів у домашній перемозі 2:0 проти Нової Зеландії в рамках міжконтинентального плей-оф за право зіграти на мундіалі. Ця перемога дозволила перуанцям вийти на чемпіонат світу 2018 року у Росії після 36-річної відсутності, куди поїхав і сам Фарфан.