ارنستو گوارا اولین فرزند از پنج فرزند ارنستو گوارا لینچ و سلیا ده لاسرنا بود که در۱۴ ژوئن ۱۹۲۸، در روساریوی آرژانتین در خانواده‌ای از طبقه فرادست متولد شد. پدر گوارا یک صنعت‌گر و معمار بود. او در رشته معماری تحصیل کرده بود اما هیچ‌گاه موفق به دریافت مدرک نشد. او (ارنستوی پدر) از سمت پدر تباری اسپانیایی و از سمت مادر تباری ایرلندی داشت و نسلش به لوئیس ماریا پرالتا که زمین‌داری ثروتمند و شهردار سن خوزه کالیفرنیا در اوایل قرن ۱۹ بود، می‌رسید. خوان آنتونیو گوارا، پدر پدربزرگ ارنستو گوارا (ارنستوی پسر)، آرژانتین را در جریان تب طلا به مقصد کالیفرنیا ترک و آنجا با زنی مکزیکی ازدواج کرد. فرزند آن‌ها، روبرتو گوارا کاسترو، در کالیفرنیا متولد شد و به آرژانتین بازگشت. روبرتو گوارا با آنا ایزابل لینچ، زنی آرژانتینی از تبار ایرلندی، ازدواج کرد و ارنستو گوارا لینچ، پدر ارنستو (چه) گوارا، از آن دو زاده شد. پدر ارنستو با توجه به طبیعت پر جنب و جوش او، گفت که «اولین چیزی که باید بدانید، این است که در رگ‌های پسر من خون شورشیان ایرلندی جریان دارد.»