בשנת 1935 החל ללמוד רפואה באוניברסיטת ורשה, שם התוודע לאידאולוגיה המרקסיסטית. בסוף שנת הלימודים הרביעית, בספטמבר 1939, קטעה מלחמת העולם השנייה את לימודיו. אמו של קלינגברג דחתה ניסיונות להציל את עצמה ומשפחתה מהנאצים, ולמעשה חרצה את גורלה וגורל המשפחה כשנותרה בצד הפולני. קלינגברג עצמו הצליח, בעידודו של אביו, להימלט לשטחי ברית המועצות, שם המשיך בלימודיו באוניברסיטת מינסק והיה פעיל בקומסומול. עם פלישת גרמניה לברית המועצות, ב-22 ביוני 1941, התנדב לצבא האדום, שבו שירת כרופא המתמחה באפידמיולוגיה בדרגת קפיטן (מקביל לסרן). במהלך המלחמה הגיע לעמדה רפואית בכירה למדי במנגנון הבריאות הסובייטי של בלארוס.