במהלך כל המלחמה ביצעו חיילי הואפן אס אס פשעי מלחמה הן כנגד אזרחים והן כנגד חילי בעלות הברית, בין פשעי המלחמה שזכו ל"פרסום" היו הטבח במלמדי, הטבח באורדור-סור גלן, הטבח בפוסה ארדיאטינה, טבח דיסטמו, טבח וויניצה, טבח וולה, הטבח במהלך מבצע קוטובוס, טבח מרזבוטו ועוד..