1993 begann er eine Ausbildung zum "Principal Warfare Officer" und beendete sie 1994 mit Auszeichnung. Als "Operations Officer" der "Combined Task Unit" diente er auf der "HMAS Adelaide" im Rahmen der "Operation Stabilise" (16. September 1999 – 23. Februar 2000), als Teil der Internationalen Streitkräfte Osttimor (INTERFET). Im Januar 2000 wurde Mayer zum Commander befördert und in die Vereinigten Staaten als erster ADF-Kontaktoffizier zum US Joint Command in Norfolk entsandt. Nach seiner Rückkehr Mitte 2002 übernahm er das Kommando über die "HMAS Canberra".