בשנת 1917 החריבה שרפה גדולה חלקים גדולים מהעיר. לאחר מלחמת יוון–טורקיה, בוצע חילופי אוכלוסין בין המדינות. הטורקים המוסלמים בסלוניקי עזבו ובמקומם באו פליטים יוונים רבים שהעיקו על כלכלת העיר. במלחמת העולם השנייה הושמדה קהילת יהודי סלוניקי. העיר שהייתה מחולקת לנוצרים, מוסלמים ויהודים הפכה לעיר של נוצרים בלבד.