Dann änderte sich die politische und wirtschaftliche Situation Preußens im Krieg gegen Napoleon, sodass größere Baumaßnahmen unmöglich wurden. Nach den verlorenen Schlachten bei Jena und Auerstedt am 14. Oktober 1806 zogen am 24. Oktober französische Truppen in Potsdam ein und machten die Stadt für zwei Jahre zum Hauptkavalleriedepot. In der Heiligengeistkirche wurde ein Futtermagazin eingerichtet. Neben der Beköstigung durchziehender Truppenteile lagen ein paar Tausend französische Soldaten und ihre Pferde in Dauerquartier. Zudem musste eine hohe Kriegskontribution aufgebracht werden, was die inzwischen völlig verarmte Stadt endgültig in eine Finanzkrise stürzte. 1811 wurde die Ruine der barocken Schaufassade abgetragen und auf dem ehemaligen Standort der Nikolaikirche eine Grünfläche angelegt.