Under borgerkrigen angrep Yagüe nordover fra Marokko, og inntok Mérida og Badajoz. Yagüe beordret deretter Badajoz-massakeren, hvor tusener av fanger og sivile ble henrettet i en av borgerkrigens største massakre. Yagüe ble forfremmet til oberst og marsjerte mot Madrid og inntok Trujillo, men han klarte ikke å innta hovedstaden. Senere tok han del i Aragónoffensiven og slaget ved Ebro. I mai 1938 ble han for noen uker fratatt kommandoen på grunn av kritiske uttalelser om Franco.