En dépit de ses succès, son comportement, parfois étrange, inquiète ses proches. Victime d'idées fixes, il prétend que son oncle et sa tante veulent l'empoisonner ou ne forcent l'empereur à abdiquer. Tandis que Pierre serait envoyé en Europe afin de l'y marier et d'empêcher son retour outre-Atlantique. Cependant, les idées de persécution se réalisent en partie, lorsque le , un coup d'État républicain renverse le régime impérial, mettant ainsi fin aux projets de Pierre et l'obligeant à partir en exil en Europe avec sa famille. La famille impériale, à l'exception du jeune Auguste alors en mer, embarque aux premières heures du matin le , à bord du bateau à vapeur "Alagoas" escorté par un cuirassé jusqu'à la limite des eaux territoriales brésiliennes, à destination de Lisbonne. Durant la traversée de l'Atlantique qui ramène la famille impériale brésilienne en Europe, Pierre adopte un comportement psychotique, tentant d'étrangler le capitaine de l"'Alagoas," l'accusant de comploter contre sa famille. Il est dès lors confiné dans sa cabine. Il présente de nouveau des troubles psychiques qui le mettent dans un état parfois léthargique, parfois d'excitation. Il est sujet à des idées de persécution, refusant de se nourrir et ne dormant presque pas. Craignant que le navire soit bombardé, il porte une bouée de sauvetage et envoie des messages d'alerte dans des bouteilles.