Entre la nef principale et le chœur, au milieu de la cathédrale une chapelle-mausolée érigée dans les années 1628/1630, d'après le projet de Giovanni Battista Trevano, a remplacé un autel gothique. À son intérieur se trouve un autel et le tombeau de saint Stanislas, évêque et martyr canonisé en 1253, saint patron de la Pologne et de la cathédrale de Cracovie. Le duc Bolesław V et l'évêque Prandota transfèrent les restes du saint dans une nouvelle chasse richement décorée et offert par la sainte Kinga. Le premier cercueil du saint avait la forme d'une caisse romane. Le second reliquaire du saint fut offert par la reine Hedwige, elle même canonisée après sa mort. Le donateur du troisième était le roi Zygmunt Vasa. Le cercueil actuel, qui date de 1669-1671, est l'œuvre de Peter von der Rennen de Gdańsk. Avec le temps, l'autel saint Stanislas est devenu l'Autel de la Patrie. C'est ici que les rois déposaient les drapeaux pris pendant les batailles de : Płowce en 1331, Grunwald en 1410, Vienne en 1683.