Mercedes Tomasa nació en Mendoza el 24 de agosto de 1816. Un año más tarde, al dejar San Martín la Gobernación de Cuyo para emprender la campaña Libertadora, se mudó con su madre a la casa de sus abuelos José Escalada y Tomasa Quintana en Buenos Aires. Su padre no pudo acompañarlas debido a trabas puestas por el presidente Bernardino Rivadavia, quien no quería que San Martín entrara en la ciudad. En el año 1818, tras la victoria de la campaña Libertadora en Chile, San Martín regresó a la capital porteña, donde, una vez reunido con su familia, partió con ella para instalarse otra vez en Mendoza en la Chacra de Barriales. Cuando Mercedes tenía alrededor de dos años, la salud de su madre Remedios empeoró, y esto obligó a San Martín a retornar nuevamente a Buenos Aires para dejar a Mercedes al cuidado de sus abuelos mientras él partía a Chile para continuar la campaña Libertadora, esta vez hacia el Perú. El 3 de agosto de 1823 falleció su madre Remedios de tisis, mientras Mercedes estaba al cuidado de su abuela Tomasa.