La ville de Copiapó fut fondée officiellement le 8 décembre 1744 par le gouverneur José Manso de Velasco, sous le nom de San Francisco de la Selva de Copiapó (Saint François de la Forêt de Copiapó), mais ses véritables origines sont antérieures à l'arrivée des Espagnols au Chili, alors qu'elle faisait partie de l'Empire inca. À cette époque, la ville s'appelait "Copayapu", que l'on pourrait traduire en « renard d'or », ou en « source turquoise ». Lorsque Diego de Almagro découvrit le Chili en 1536, il le fit en passant à travers la Cordillère des Andes par la faille de Paipote, au milieu de la vallée du Copiapó. En 2010, un accident minier à retentissement international vit 33 mineurs bloqués sous terre pendant 69 jours.