Im Aufstand der Vendée (1793–1796) war Cholet eine Hochburg der königstreuen Aufständischen; hier versammelten sich im März 1793 (Erste Schlacht bei Cholet) 15.000 Vendéer und töteten bzw. verhafteten eine republikanische Besatzung von rund 500 Nationalgardisten. Cholet war dann im Oktober 1793 in der Zweiten Schlacht bei Cholet erneut Schauplatz einer erbitterten Auseinandersetzung. Diesmal standen rund 40.000 Vendéer, angeführt u. a. von Maurice d’Elbée 26.000 republikanischen Linientruppen unter dem Oberkommando von General Kléber gegenüber. Die Schlacht endete mit einer Niederlage und Flucht der Aufständischen, in deren Tross Tausende Familien waren, die in die Kämpfe verwickelt wurden. Die zweite Schlacht bei Cholet und das Flüchtlingsdrama danach werden in Frankreich zu den tragischsten Phasen des Bürgerkrieges der Vendée gezählt.