Blokhuijsen plaatste zich wel voor het EK allround 2012 in Boedapest, waar hij een goed toernooi reed. Na drie afstanden stond hij eerste in het klassement, voor Sven Kramer. Op de 10 km kon hij tot halverwege de race goed partij geven. Nadat hij een paar versnellingen van Kramer had weten te pareren moest hij uiteindelijk toch capituleren. Blokhuijsen werd, net als in 2011, 2e op het EK allround achter Sven Kramer. Tijdens het EK wist hij op alle vier de afstanden een medaille te winnen (2× zilver en 2× brons).