Im frühen 17. Jahrhundert erlebte Susdal erneut schwierige Zeiten: Es wurde von Krimtataren und zweimal von Polen-Litauen überfallen sowie mehrfach von Großbränden und Seuchen heimgesucht. In der zweiten Jahrhunderthälfte konnte sich die Stadt jedoch von diesen Katastrophen wieder erholen. Zu dieser Zeit wurden die Kremlmauern mit Wachtürmen neu erbaut sowie mehrere weitere Kirchengebäude errichtet. Nach der Gebietsreform Ende des 18. Jahrhunderts wurde Susdal Kreiszentrum innerhalb des neu gebildeten Gouvernements Wladimir. Anfang des 19. Jahrhunderts entstand der hohe Glockenturm des Maria-Gewandsniederlegungs-Klosters zum Andenken an die Siege russischer Armeen im Krieg gegen Frankreich 1812. Auch im 19. Jahrhundert gab es in Susdal kaum Industrie, die Stadt war vorwiegend landwirtschaftlich geprägt, und auch beim Bau der Eisenbahnverbindung von Moskau nach Nischni Nowgorod blieb Susdal außen vor. Die Stadt behielt jedoch ihre große Bedeutung als religiöses Zentrum und Pilgerstätte.