Im weiteren Verlauf des 16. Jahrhunderts hatte Bunde unter Pestepidemien zu leiden. Pastor Oldeborch berichtete für 1566 von 300 Pesttoten. Infolge des Spanisch-niederländischen Krieges fiel Herzog von Alba in das Rheiderland ein und plünderte Bunde, bevor er in der Schlacht von Jemgum (1568) über Ludwig von Nassau siegte. In der weiteren Folge des Krieges ließ Ernst Casimir von Nassau-Dietz, von 1607 bis 1632 und Statthalter von Friesland, Groningen und Drente, auf ostfriesischem Gebiet eine Grenzfestung anlegen, aus der das heutige Bad Neuschanz hervorging. Für diese Grenzkorrektur ohne Rechtsgrundlage, die bis heute Bestand hat (Neuschanz ragt in die Gemeindefläche von Bunde hinein), erhielten die Grafen von Ostfriesland erst viele Jahre später Ausgleichszahlungen.