W 2003 roku wystartował w Formule 1 w zespole Toyoty (z której silnikami startował przez cały okres występów w serii CART). Pierwszy sezon miał całkiem udany jak na debiutanta, zajął 13. miejsce z 10 zdobytymi punktami (o 4 więcej niż doświadczony kolega z zespołu Olivier Panis). Kolejny sezon nie był już tak udany – zdobył w nim tylko 3 punkty i po Grand Prix Niemiec został zastąpiony przez Ricardo Zontę. Ogółem wystartował w ciągu dwóch sezonów w 28 wyścigach i zdobył 13 punktów. Najwyższe miejsce, jakie zajął w wyścigu, to szóste (trzykrotnie). Po tym da Matta zapowiedział że już nigdy nie wystartuje w Formule 1, gdyż uważał że za mało jest w niej bezpośredniej rywalizacji, a zbyt duży nacisk kładzie się na osiągi pojazdu.