Kaudella 1989 McLaren oli edelleen ylivoimainen. Prost ja Senna taistelivat mestaruudesta kaikin mahdollisin keinoin. San Marinon GP:ssä Imolassa he solmivat herrasmiessopimuksen, jonka mukaan ensin ensimmäiseen mutkaan ehtinyt kuljettaja saisi voittaa kilpailun. Lähdössä Senna piti paikkansa, mutta lähtö kuitenkin jouduttiin uusimaan Gerhard Bergerin ulosajon takia. Uusintalähdössä Prost otti kuitenkin kärkipaikan, mutta Senna ohitti hänet vielä samalla kierroksella ja voitti koko kilpailun. Kuskien välit tulehtuivat pahasti ja lehdissä alkoi sanasota heidän välillään. Senna oli koko kauden nopeampi, kuin Prost ja voitti enemmän kisoja, mutta tasaisuudellaan ja Sennan epäonnella ranskalaisella oli mahdollisuus varmistaa mestaruus jo kauden toiseksi viimeisessä kilpailussa Japanissa. Mestaruus ratkesi kolariin 47. kierroksella radan hitaassa shikaanissa. Prost nousi kolarin jälkeen autostaan ja keskeytti, kun taas Senna työnnettiin vielä radalle. Senna voitti kilpailun mutta hänet hylättiin shikaanin oikaisun takia. Prostia on yleisesti syytetty kolarin aiheuttamisesta tahallaan.