Ne var ki Napolyon’un Mısır’daki başarısı kalıcı olmadı. İngiliz Amiral Horatio Nelson komutasındaki İngiliz donanması, Abukir körfezinde demirlemiş Fransız donanmasını Nil Muharebesi’nde imha edince ordunun ikmal bağlantısı kesildi. Napolyon ve ordusu Mısır’a hapsolmuştu. Bu gelişme Napolyon’un Kahire’de giriştiği düzenlemelerin hızını kesmedi. Sulama projeleri, okul ve hastane inşası, gazete açma, tiyatro kurma gibi projeleri sürdürdü. Akdeniz’den Kızıldeniz’e bir kanal açılması için planlar hazırlamaya, Mısır’ın ekonomik olarak kalkınması için tedbirler almaya başladı. Dindar Müslümanları memnun etmeye çalıştı hatta kendisinin Müslüman olduğunu ima etti. Mısırlılar artık ona “"Ali Bonapart"” demeye başlamıştı.