Bobetko war auch am Kroatischen Frühling beteiligt. Während des Kroatienkrieges wurde er Stožerni General („Stabsgeneral“) und war zwischen 1992 und 1995 im Rat der kroatischen Generäle. Er war Chef des Generalstabs der HV und Kommandeur der Südfront sowie des 5. Armee-Distriktes. Bobetko war als militärischer Führer beteiligt an der Schlacht um Dubrovnik, Operation Maslenica, Operation Čagalj, Operation Medak und Operation Blitz.