El 20 de diciembre de 2012 se hizo pública la partida de Tapper a CNN, donde serviría como principal corresponsal en Washington y conduciría un nuevo espacio de lunes a viernes. Tapper comenzó su empleo en CNN en enero de 2013 con su propio programa, "The Lead with Jake Tapper". En 2014 ganó tres National Headliners Awards por sus coberturas del atentado de Boston y la oleada de tornados en Oklahoma, y un Sigma Delta Chi Award por su reporte sobre fraude académico en la Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill.