Nel XII secolo, probabilmente a causa del catastrofico terremoto del 1117, la chiesa superiore venne ricostruita in stile romanico, tuttavia tra il 1615 e il 1617 essa subì un ulteriore radicale rinnovamento: le scale che portavano alla cripta furono murate e l'ingresso spostato all'esterno, e l'edificio assunse l'aspetto attuale, anche se nel corso del secolo successivo l'aula venne sopraelevata. La chiesa, cui nel corso del tempo venne aggiunto il toponimo "Monte" dal Monte di Pietà che sorge proprio di fronte all'edificio chiesastico, istituito nel 1490 dal frate francescano Michele da Acqui, divenne una parrocchia nel XVI secolo che però venne soppressa nel 1805 a causa di un decreto napoleonico, di conseguenza aggregata alla parrocchiale di Santa Anastasia.