W 1983 stanął na czele Ludowej Armii Wyzwolenia Sudanu. W tym samym roku wybuchła trwająca ponad 20 lat wojna domowa między islamską północą a chrześcijańskim i animistycznym południem kraju. Konflikt pochłonął 2 mln ofiar, kolejne 4 miliony ludzi zostało przesiedlonych.