Vycpálek iniziò la carriera di allenatore nel 1958 a Palermo, città in cui fece in seguito trasferire la sua famiglia dopo l'occupazione della Cecoslovacchia da parte dell'Armata Rossa durante la primavera di Praga. Al termine della stagione 1958-1959, il secondo posto raggiunto nel campionato cadetto valse la promozione rosanero in Serie A. Venne poi esonerato dalla panchina palermitana il 15 maggio 1960, poche ore prima della trasferta sul campo dell' (3-3), per decisione dell'allora segretario Totò Vilardo.