Schweinsteiger begon met voetballen bij FV Oberaudorf en speelde tevens bij TSV 1860 Rosenheim alvorens hij in 1998 de overstap naar de jeugd van FC Bayern München maakte. Daarvoor debuteerde hij in het seizoen 2002/03 in de hoofdmacht. Vervolgens werd hij met Bayern landskampioen in de seizoenen &lt;a href="Bundesliga%202002/03"&gt;2002/03&lt;/a&gt;, &lt;a href="Bundesliga%202004/05"&gt;2004/05&lt;/a&gt;, &lt;a href="Bundesliga%202005/06"&gt;2005/06&lt;/a&gt;, &lt;a href="Bundesliga%202007/08"&gt;2007/08&lt;/a&gt;, &lt;a href="Bundesliga%202009/10"&gt;2009/10&lt;/a&gt;, &lt;a href="Bundesliga%202012/13"&gt;2012/13&lt;/a&gt;, &lt;a href="Bundesliga%202013/14"&gt;2013/14&lt;/a&gt; en &lt;a href="Bundesliga%202014/15"&gt;2014/15&lt;/a&gt; en won hij met zijn ploeggenoten de DFB-Pokal in 2002/03, 2004/05, 2005/06, 2007/08 en 2009/10. Daarnaast bereikte hij met Bayern de finale van de &lt;a href="UEFA%20Champions%20League%202009/10"&gt;Champions League 2009/10&lt;/a&gt;, waarin Inter Milaan met 2-0 won. Op 19 mei 2012 miste hij de vijfde, beslissende strafschop tegen Chelsea in de finale van de Champions League 2012, na 120 minuten en een eindstand van 1-1. Schweinsteiger en Bayern wonnen de &lt;a href="UEFA%20Champions%20League%202012/13"&gt;Champions League 2012/13&lt;/a&gt; vervolgens wel, door in de finale Borussia Dortmund te verslaan.