Comyn war nach dem Tod seines Onkels zum Oberhaupt der älteren Linie der Familie aus Badenoch geworden. Zur Unterscheidung von der jüngeren Familienlinie, den Earls of Buchan wurde er als "Red Comyn" bezeichnet. Dieser Beiname bezog sich auf das rote Wappen der Familie. Nach dem Rückschlag im Streit um den Titel Earl of Menteith hielt er sich in den 1260er Jahren offenbar nur selten am schottischen Königshof auf. Da er aufgrund seiner englischen Besitzungen auch ein englischer Baron war, durfte er sich am englischen Königshof aufhalten, wo er nachweislich 1262, 1264 und 1265 war. Zu dieser Zeit befand sich Heinrich III. in einem schweren Konflikt mit einer Adelsopposition, die 1264 zum offenen Zweiten Krieg der Barone gegen den König führte. In diesem Bürgerkrieg kämpfte Comyn auf der Seite des englischen Königs und nahm 1264 an der Schlacht von Lewes teil, in der er gefangen genommen wurde. Bereits im nächsten Jahr konnte die königliche Partei aber durch den Sieg bei Evesham den Bürgerkrieg für sich entscheiden. Der englische König hatte bereits 1262 Comyn den Besitz seiner umfangreichen Ländereien in Northumberland bestätigt. 1267 erhielt er die königliche Erlaubnis, sein Gut Tarset in Northumberland zu befestigen. Heinrich III. belohnte ihn mit weiteren Gunstbeweisen und Privilegien sowie einem jährlichen Geschenk von £ 50. Dazu versprach er Comyn 1266 weiteren Landbesitz, doch dieses Versprechen wurde nie umgesetzt.