Wanchope werd op 31 januari 2015 aangesteld als de bondscoach van Costa Rica. De oud-spits had de nationale voetbalploeg de maanden ervoor al op interim-basis onder zijn hoede, nadat Jorge Luis Pinto na het succesvolle wereldkampioenschap voetbal 2014 vertrok. Met Costa Rica won Wanchope in september 2014 de Copa Centroamericana door in de finale Guatemala (1–2) te verslaan. Zijn eerste interland als officieel bondscoach leidde Wanchope in maart 2015, toen Costa Rica gelijkspeelde tegen Paraguay. Wanchope bereikte in juli 2015 met Costa Rica de kwartfinale van de CONCACAF Gold Cup, waarin het land werd uitgeschakeld door het Mexicaans voetbalelftal. Wanchope won in zijn periode als hoofdtrainer van Costa Rica – de kwartfinale tegen Mexico was zijn negende wedstrijd als bondscoach – met het nationaal elftal geen enkele wedstrijd. Op 12 augustus 2015 nam hij ontslag, nadat hij een steward had aangevallen tijdens een kwalificatiewedstrijd voor de Olympische Spelen tussen Mexico en Panama.