STS-9 juga merupakan misi terakhir yang menggunakan sistem penomoran STS yang asli sampai STS-26, yang didesignasi atas Kejadian Challenger dari STS-51-L. Dibawah sistem baru, STS-9 akan didesignasi ulang menjadi STS-41-A. Misi yang awalnya direncanakan menjadi pelanjutnya misi STS-9, STS-10, dibatalkan karena masalah muatan; misi ini sebagai gantinya diikuti oleh STS-41-B. Setelah misi ini, Columbia ditarik dari misi Pesawat Ulang Alik untuk direnovasi, dan tidak meluncur lagi smapai digunakan kembali di misi STS-61-C di awal Januari 1986.