הפרוטקטורט של בוהמיה ומוראביה נותר תחת שליטה גרמנית במהלך מלחמת העולם השנייה, ואילו הרפובליקה הסלובקית הייתה חלק ממדינות הציר עד לכיבושה במהלך המרד הסלובקי בשנת 1944. הקרב האחרון שהתרחש ב במהלך המלחמה היה הקרב על פראג במאי 1945.