La Segona Guerra Mundial va suposar un impuls important per la nova empresa creixent de 15 empleats el 1939 fins a 5.000 al final de la guerra, esdevenint un productor significatiu de parts d'aeronau, i també va desenvolupar el prototipus de caça XP-67 Bat. McDonnell també va desenvolupar el míssil guiat LBD-1 Gargoyle. McDonnell Aircraft després de la guerra va patir a causa del final de comandes per part del govern i un superàvit d'aeronaus de la guerra que va fer que hagués de prescindir de gran part dels seus treballadors. L'inici de la Guerra coreana va ajudar a McDonnell a convertir-se en un subministrador important d'avions de caça.