Переведенный 9 марта 1852 года поручиком в Гвардейский Генеральный штаб, Альфтан 6 декабря 1853 года был произведён в штабс-капитаны, с 15 февраля 1854 года состоял в распоряжении командующего войсками в Финляндии и находился на этой должности во всё время военных действий союзного англо-французского флота против берегов Финляндии, с 20 марта 1855 года был старшим адъютантом командующего по части Генерального штаба и 17 сентября того же года получил чин капитана. С 1 января по 29 мая 1857 года Альфтан являлся дивизионным квартирмейстером 1-й гвардейской пехотной дивизии, 30 августа 1859 года произведён в полковники и с 15 марта 1860 года был начальником штаба 3-й гвардейской пехотной дивизии.