Nel marzo 2003 il Marocco si è espresso contro l'intervento anglo-americano in Iraq, segnando in questo modo un momentaneo raffreddamento nelle relazioni con i suoi tradizionali alleati occidentali. Muhammad VI si è schierato apertamente contro il fondamentalismo islamico, specialmente dopo gli attentati di Casablanca del 16 maggio 2003. Proprio l'attuazione di attente politiche di contrasto al terrorismo da parte del governo, ha reso il Marocco il più sicuro tra i paesi del Nordafrica, sommato alla solida collaborazione dei servizi segreti marocchini con quelli europei sul fronte antiterrorismo.