Ferguson debuteerde voor het Schots voetbalelftal in mei 1992 en maakte deel uit van de Schotse selectie voor het Europees kampioenschap voetbal 1992, maar wegens een conflict met de Schotse voetbalbond kwam hij slechts aan zeven interlands. Ferguson voelde zich in de steek gelaten door de voetbalbond na een incident uit 1994 waarbij Ferguson zijn landgenoot John McStay een kopstoot gaf. Men schorste hem voor twaalf wedstrijden, waarna Ferguson een selectie voor de nationale ploeg weigerde.