任期9か月目の9月11日、ニューヨークとワシントンD.C.で同時多発テロが発生。3日後の9月14日に世界貿易センタービル跡地（いわゆるグラウンド・ゼロ）を見舞い、救助作業に当たる消防隊員や警察官らを拡声器で激励してリーダーシップを発揮し、一時は歴代トップだった湾岸戦争開戦時のジョージ・H・W・ブッシュの89パーセントをも上回る驚異的な支持率91パーセントを獲得した。18日にはとする合同決議が上院98対0、下院420対1で通る（これはグアンタナモ湾収容キャンプでの無期限の拘留の根拠となる）。12日に開かれた国際連合安全保障理事会と第56回国際連合総会ではアメリカに連帯、哀悼を表してテロへの対応を求める決議が満場一致で採択され、28日には安保理決議でテロ対策が全世界に義務化され、11月10日にニューヨークのルドルフ・ジュリアーニ市長とともに国際連合総会の演説で国際社会の支持に感謝してテロとの戦いを宣言した。また、炭疽菌小包によるバイオテロであるアメリカ炭疽菌事件も起き、同時テロとともに国内はパニック状態になった。