У період від 1941 по 1944 роки Б. Г. Гафуров — секретар ЦК КП (б) Таджикистану з пропаганди, від 1944 по 1946 — другий секретар, від 1946 по 1956 — перший секретар ЦК КП Таджикистану. Одночасно від 1948 року по квітень 1951 року був першим секретарем Сталінабадського обкому КП(б)Т. На 19-му (1952) і 20-му (1956) з'їздах партії обирався членом ЦК КПРС.