В ходе русско-персидской войны 1796 года подчинялся Валериану Зубову и оказывал поддержку его войскам. В военном отношении экспедиции Зубова сопутствовал полный успех, но непривычный климат Закавказья оказался губительным для здоровья многих офицеров и нижних чинов, начались болезни. 5 сентября 1796 года контр-адмирал Николай Степанович Фёдоров скончался на острове Сара близ Ленкорани. Сменивший его Фёдор Матвеевич Апраксин также скончался от малярии три месяца спустя.