בשנת 1631 פנה גוסטב השני אדולף, מלך שוודיה אל יוהאן גאורג וניסה לכרות עמו ברית, על מנת שיאפשר לו לחצות את נהר האלבה, אך יוהאן גאורג המשיך לשמור על נייטרליות. בהמשך אותה שנה החל יוהאן ט'סרקלס פון טילי לבזוז את האזור הכפרי של סקסוניה, ובשל כך הצטרף יוהאן גאורג לכוחות הפרוטסטנטים, אך נחל תבוסה בקרב ברייטנפלד. לאחר מכן שלח יוהאן גאורג את צבאו אל תוך בוהמיה, ועד מהרה התקרבו כוחותיו לפראג. אולם עד מהרה נהדפו כוחותיו על ידי אלברכט פון ולנשטיין, ויוהאן גאורג פתח במשא ומתן לשלום, ובשנת 1635 חתם עם פרדיננד השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה על שלום פראג. לאחר מכן לחם יוהאן גאורג נגד השוודים, אולם עד מהרה הובס בקרב ויטשטוק. סקסוניה נבזזה על ידי שני הצדדים במהלך המלחמה, ולבסוף נאלץ יוהאן גאורג בספטמבר 1645 לחתום על הפסקת אש עם השוודים. בשנת 1648 נחתם שלום וסטפליה, ובו אושרו התנאים שסוכמו בהסכם פראג.