В кампанию против Австрии 1809 года он командовал войсками в Италии. Несмотря на неудачный исход битвы при Сачиле (город в Италии) с австрийским войском эрцгерцога Иоанна Габсбурга, Богарне сумел переломить ход военных действий и нанес своему противнику ряд поражений в Италии, а затем в Австрии. Важную для французов победу он одержал в Венгрии в сражении при Раабе (ныне венгерский город Дьер), а затем отличился в решающей битве при Ваграме (ныне селение в Австрии).