Генерал-мајор је постао 15. јануара 1991. и командује пешадијском дивизијом. Генерал-пуковник је постао 21. октобра 1995. и преузео је команду над I корпусом пакистанске армије. Када је 1998. генерал Џехангир Карамад дао оставку на место начелника Генералштаба, било је доста других генерала са јачим рангом. Међутим председник владе Наваз Шариф је поставио Первеза Мушарафа као оданог генерала. Током 1999. командује током Каргилског рата са Индијом. Тај сукоб је довео до неповерења између политичара и генерала. Шариф је покушао да нађе дипломатско решење сукоба.