Zur Zeit des Lettischen Unabhängigkeitskrieges, noch im Dezember 1918, als sich die Bolschewiki Wenden näherten, floh ein Großteil der Gemeinde nach Riga, das sicher schien, da es um jeden Preis verteidigt werden sollte. Hermann Bergengruen trug schwer an der Frage, ob er bei den Wenigen bleiben sollte, die in Wenden zurückblieben, oder ob er sich der Mehrheit seiner Gemeinde anschließen sollte. Er entschied sich für Letzteres. Der militärische Druck der Bolschewiki auf Riga erhöhte sich immer mehr, so dass auch aus dieser Stadt Viele flohen, die neue lettische Regierung eingeschlossen. Personen, die in Riga blieben, litten psychisch unter der Flucht der Anderen. Dies bewog Bergengruen, in der Stadt zu bleiben. Nach der Flucht des Pastors der Petrigemeinde übernahm er deshalb dessen Posten. Er rechnete mit dem Schlimmsten und sprach offen aus, dass er gerne weiterleben würde. In seiner lebensbejahenden Haltung beantwortete er die Beschwerden der Gemeinde über die schwere Zeit damit, dass sie mit Christus litten, wobei er auf hinwies. Seine Leiden betrachtete er als selbstverständlichen Bestandteil christlichen Lebens, nicht als besonderes Martyrium.