W latach 1996–1997 Fukal występował w młodzieżowej reprezentacji swojego kraju. W kadrze A zadebiutował 21 grudnia 1997 w wygranym 1:0 meczu z Urugwajem. Swojego pierwszego gola w barwach narodowych zdobył 29 marca 2000 w towarzyskim spotkaniu z reprezentacją Australii. Jego kraj wygrał wówczas 3:1. W tym samym roku został powołany przez selekcjonera Jozefa Chovanca do 23-osobowej kadry na Euro. Na tym turnieju Czesi zajęli 3. miejsce w swojej grupie, a sam Milan wystąpił w dwóch z trzech spotkań swojej ekipy. Ostatni mecz w reprezentacji rozegrał 30 kwietnia 2003 r. Łącznie w barwach narodowych wystąpił 19 razy i 2 razy wpisał się na listę strzelców.