波黑戰爭后，塞爾維亞開始組織塞爾維亞人移民至科索沃，引發了阿爾巴尼亞人的反感。1990年代中葉，阿族游擊隊以塞族軍政人物及設施為目標開始進行游擊戰。1998年3月，南联盟軍隊開始協助塞爾維亞警察，進行大規模軍事行動。在接下來的幾個月裡，有二十萬阿族人在南聯盟的軍事行動中流離失所，淪為難民。阿族及西方普遍認為這是南聯盟種族清洗政策的結果，認為塞爾維亞領導人米洛舍維奇當時圖謀把科索沃的主要民族由阿族換成塞族。同時也有數萬非阿族人（包括塞族人、羅姆族人等）淪為難民。1999年3月24日，北大西洋公約組織開始轟炸塞爾維亞。北約稱戰爭的目的為保證阿族難民可以重歸家園，但戰爭又造成數十萬阿族人及塞族人逃離家園。戰後，阿族人大量重返家園，但大量塞族難民則不願回到科索沃。