Under andre verdenskrig ble Napoli utsatt for kraftig bombing av allierte styrker til 1. oktober 1943 da allierte styrker inntok byen. Tyske styrker ødela deler av byen før de trakk seg tilbake. Særlig havneområdet ble ødelagt av krigshandlingene og bybildet ble vesentlig forandret ved gjenoppbyggingen. De tyske styrkene minela havnen før de trakk seg tilbake og senket skip i havnen. Kaier, kraner og kraftverk ble sprengt. De tyske styrkene plasserte tidsinnstilte sprengladninger rundt omkring i byen, noen med flere dagers forsinkelse. Bakgrunnen var alliert landgang i Italia (ved Salerno) og statskuppet mot Mussolini i september 1943. Fire dager før allierte inntok byen gjorde innbyggerne opprør mot de tyske styrkene ("Quattro Giornate di Napoli"). Opprøret medvirket til at de tyske styrkene trakk seg ut av byene raskere enn planlagt. Omkring 20.000 innbyggere døde i forbindelse med at allierte inntok byen.