Zalążkiem marynarki wojennej Estonii był Batalion Morski utworzony 4 marca 1918 roku. Jego dowódcą był porucznik August Schönberg. Batalion, jako część armii został rozwiązany 15 maja z polecenia zajmujących w tym czasie Estonię Niemców. Eesti merejõud zostało utworzone 21 listopada 1918, 10 dni po kapitulacji Cesarstwa Niemieckiego. Szybkiemu utworzeniu marynarki wojennej sprzyjał fakt, że Ententa zdecydowała o przekazaniu Estonii części okrętów należących do Kaiserliche Marine, głównie tych, które Niemcy zdobyli na Marynarce Wojennej Imperium Rosyjskiego. Pierwszym okrętem wojennym wcielonym do Eesti merejõud była kanonierka „Lembit”, we flocie rosyjskiej nosząca nazwę „Bobr”, zaś w niemieckiej „Biber”. Zaraz potem do służby weszły niszczyciele min, para uzbrojonych parowców i 19 mniejszych jednostek przeznaczonych głównie do trałowania. Marynarka wojenna rozpoczęła działania zbrojne natychmiast po wprowadzeniu okrętów do służby. Okręty estońskie współdziałały z Royal Navy, której okręty pojawiły się w Tallinie 12 grudnia, w walce z bolszewikami i Landeswehrą. Kiedy 26 grudnia dwa bolszewickie niszczyciele prowadziły ostrzał portu w Tallinie, zostały przejęte przez Brytyjczyków i po kilku dniach przekazane Estonii. Weszły do służby jako „Lemuk” i „Wambola”.