Sua criação se deu após a Moção de censura ao governo de Mariano Rajoy de 2018 e a formação do novo Governo de Pedro Sánchez, em junho de 2018, quando foi desmembrado em três o antecessor Ministério da Educação, Cultura e Desporto. Os outros dois ministério resultantes deste desmembramento foram os Ministérios de Cultura e Desporto, e de Ciência, Inovação e Universidades, este último para o qual o Ministério da Educação perdeu competência de gestão das universidades.