Înainte de Euro 2000, Nedvěd nu s-a putut antrena normal din cauza unei accidentări la gleznă. În primul meci al Cehiei de la turneul final, împotriva Olandei, el și coechipierul său, Jan Koller, au lovit bara fără să înscrie, cu Olanda marcând din penalty dintr-o lovitură de pedeapsă cu controversată pentru a câștiga cu 1-0. În al doilea meci, împotriva Franței, a fost faultat, iar penaltiul primit în urma acestui fault a fost transformat de Karel Poborský care a dus scorul la 1-1. În ciuda faptului că a dat două șuturi pe poartă, Nedved nu a putut să-l învingă pe portarul francez Fabien Barthez, iar Franța a câștigat meciul cu 2-1. A jucat în cel de-al treilea meci, împotriva Danemarcei; deși Cehia a câștigat cu 2-0, echipa sa fost eliminată din turneu. După Euro 2000, Nedvěd a preluat banderola de căpitan de la Jiří Němec.