Die Truppen der deutschen Wehrmacht erreichten schon eine Woche nach dem Angriff auf die Sowjetunion (22. Juni 1941) Vilnius. Nur sehr wenige Juden konnten rechtzeitig ins Landesinnere flüchten. Die verbliebene jüdische Bevölkerung war zunächst den Übergriffen der lokalen Bevölkerung und der deutschen Einsatzgruppen ausgeliefert. Am 4. Juli richteten die deutschen Behörden einen so genannten Judenrat ein, der die Gewähr für die Umsetzung der Anordnungen der neuen Machthaber zu übernehmen hatte. Am 8. Juli trat die Verordnung über das Tragen eines Judensterns in Kraft, nach der es Juden unter anderem verboten war, sich nach 6 Uhr abends auf den Straßen aufzuhalten. Zugleich erhielten die arbeitsfähigen Juden Bescheinigungen, die sie (und ihre Familien) vor der Erschießung schützen sollten. Personen ohne Bescheinigung wurden von litauischen Hilfstruppen "(Ypatingis burys)" aufgegriffen und ins Gefängnis Lukiškis gebracht. Von dort ging es fast ausnahmslos zur Erschießung nach Ponar.