Шешељ постаје затим потпредседник Владе Републике Србије у кабинету Мирка Марјановића, 24. марта 1998. Позиција Србије на почетку мандата ове Владе била је тешка, а на њеном истеку и неупоредиво гора. Односи са Владом Републике Црне Горе су крајње заоштрени што је у крајњем резултовало укидањем СРЈ 2003, а оружана побуна на Косову и Метохији ескалирала је у оштар рат који се, након референдума на којем је одбијено учешће међународних преговарача, снажних спољних притисака, и краха преговора у Рамбујеу, завршио агресијом НАТО пакта у пролеће 1999.