Banisadrs presidentperiod utmärktes av konflikter med fientligt inställda mullor och oerfarna chefstjänstemän i de olika ministerierna. Upprörda ledamöter av majlis, det iranska parlamentet, krävde 16 december 1980 att han skulle straffas för att ha avslöjat militära hemligheter. Khomeini avskedade honom från posten som överbefälhavare 1981 efter militära motgångar i kriget mot Irak, där han ansågs vara en svag ledare för de iranska styrkorna. Detta innebar att Khomeini fråntog presidenten kontrollen över de väpnade styrkorna och lät denna makt övergå till sitt eget ämbete.