Als Herzog Philipp I. von Pommern-Wolgast 1560 starb, wurde Zitzewitz ins politische Abseits geschoben, während seine Widersacher, unter anderem Ulrich von Schwerin, während der Minderjährigkeit der Herzöge an die Macht gelangten. Er zog sich auf seine Güter zurück, korrespondierte aber mit den jungen Herzögen, den Räten und auswärtigen Fürstenhöfen. Erst 1563 kehrte er in die aktive Politik zurück, als in Pasewalk Verhandlungen mit den Schweden stattfanden. 1565 während des Siebenjährigen Nordischen Krieges wurde er als Vermittler nach Kopenhagen und Stockholm geschickt. Als Vertrauter Herzog Johann Friedrichs wurde er 1567 wieder mit der Koordination der gesamten pommerschen Politik beauftragt und folgte diesem nach Stettin, als Herzog Barnim IX.(XI.) sich von der Regierung zurückzog. Dort wurde er zum Hofgerichtspräsidenten und zum obersten Aufseher über den gesamten Regierungsapparat ernannt. Eine Machtfülle, die kein pommerscher Beamter vor ihm hatte. 1570 hatte er einen Vorsitz bei den Friedensverhandlungen der nordischen Kriegsparteien in Stettin und leitete hier im Besonderen die Verhandlungen mit Brandenburg.