Das Schicksal der demokratischen Tschechoslowakei wurde schließlich mit dem Münchner Abkommen im Jahr 1938 und dem Einmarsch der Wehrmacht auf Befehl Hitlers im Jahr darauf besiegelt. Prag wurde Hauptstadt des neu errichteten Protektorates Böhmen und Mähren. In diesem Jahr lebten etwa 120.000 Juden in den böhmischen Ländern, viele davon in Prag. Die Nationalsozialisten ließen von ihnen etwa 78.000 ermorden. Am 27. Mai 1942 verübten Widerstandskämpfer ein tödliches Attentat auf Reinhard Heydrich, den stellvertretenden Reichsprotektor. Als zum Ende des Zweiten Weltkrieges am 1. Mai 1945 in Prag die Nachricht vom Selbstmord Hitlers bekannt wurde, fand die aus Berlin angeordnete dreitägige Trauerbeflaggung noch ohne Widerstand statt. Erst als sowjetische Truppen sich dem Stadtgebiet näherten, kam es am Nachmittag des 4. Mai in der Stadt zum Aufstand Prager Bürger und zu Barrikadenkämpfen. Am 9. Mai erreichten Truppen des Generals Wlassow, der zuvor noch an der Seite der Wehrmacht gekämpft hatte, die Stadt und konnten so die Aufständischen unterstützen. Die Rote Armee konnte Prag nach heftiger Gegenwehr schließlich einnehmen. Auf Anordnung des sowjetischen Diktators Stalin wurden viele Angehörige der Prager Einheiten der Wlassow-Armee ebenso wie Wlassow selbst inhaftiert.