सन् 1843 तक यह एक छोटा सा गाँव था। उस समय गोवा और पुर्तगाली भारत की राजधानी उस स्थान पर थी जो आज पुराना गोवा कहलाता है। पुराने गोवा में प्लेग के प्रकोप से बहुत तबाही मची और 1843 में उपनिवेशी सरकार को उसे छोड़ना पड़ा। तब पणजी राजधानी बना। सन् 1961 में गोवा मुक्ति संग्राम के अंतर्गत भारत ने ऑपरेशन विजय नामक सैन्य हस्तक्षेप में गोवा से पुर्तगाली सरकार को हटा दिया और उसे फिर भारत में विलय कर लिया। 1961 से 1987 तक पणजी गोवा, दमन और दीव नामक केन्द्रशासित प्रदेश की राजधानी रहा। 1987 में गोवा को राज्य का दर्जा दिया गया और तक से पणजी उस राज्य की राजधानी है। एक नई विधानसभा परिसर का मार्च 2000 में मांडवी नदी के पार आल्तो पोरवोरिम में उद्घाटन किया गया।