בעונת זכתה יובנטוס בתואר היוקרתי ביותר באירופה, ליגת האלופות. פרוצי פתח בשער קבוצתו במשחק הגמר מול אייאקס אמסטרדם. המשחק הגיע להכרעה בדו-קרב פנדלים, ובמהלכו עצר פרוצי את הבעיטות של אדגר דווידס וסוני סילוי, וסייע לקבוצתו לזכות בתואר לאחר ניצחון 4-2 בבעיטות ההכרעה. בשנתיים שלאחר מכן זכו פרוצי ויובנטוס בשתי אליפויות נוספות, בתואר הסופר קאפ האירופי ובתואר הגביע הביניבשתי. כמו כן הגיעה הקבוצה פעמיים נוספות לגמר ליגת האלופות, אך נוצחה בגמר 1997 על ידי בורוסיה דורטמונד ובגמר 1998 על ידי ריאל מדריד. בעונות אלו חולק לראשונה תואר שוער העונה בסרייה א', ופרוצי זכה בתואר פעמיים רצופות, ב-1997 וב-1998. בסיום עונת סיים פרוצי את דרכו ביובנטוס לאחר 301 הופעות בכל המסגרות.