"FIFA 07" are 43 de echipe naționale. Cele mai notabile reprezentative cară lipsesc sunt cele a Olandei (care a ajuns în șaisprezecimile CM 2006) și a Japoniei (inclusă doar în versiunea de Xbox 360, deși a ajuns în șaisprezecimile CM 2002, dar drepturile de licențiere aparțin companiei Konami).