Aserbajdsjan meldte seg til sin første kvalifisering til EM i 1997, men trakk seg fra gruppe 8 før kvalifiseringen begynte. Landslaget var deretter borte fra all kvalifisering i ti år, før de nok en gang meldte seg på, og trakk seg fra en kvalifisering, denne gangen til VM i 2007. Kvalifiseringen til EM i 2009 var dermed den første kvalifiseringen Aserbajdsjan faktisk gjennomførte. Aserbajdsjan kom i innledende gruppe med Romania, Bulgaria og Estland. Aserbajdsjan endte på tredjeplass med seier over Estland og tap mot Romania og Bulgaria.