Al llarg de la seva història, l'IDHC ha denunciat vulneracions en matèria de drets humans en territori espanyol, en aspectes com les retallades de drets socials, les vulneracions de la llibertat d'expressió, la llibertat de reunió i el dret a la participació política i violacions de drets de persones immigrants. L'entitat s'ha mostrat crítica davant les actuacions policials del referèndum de l'1 d'octubre i els processos judicials posteriors, així com davant l'empresonament de polítics i membres de la societat civil catalana.