Este club y otros clubes de nueva creación de la misma clase fundaron la Federación Amateur de Fútbol de Chipre (CAFF), que organizó campeonatos y copas junto a la Asociación de Fútbol de Chipre (CFA). Finalmente, las dos federaciones se unieron en 1953 y Nea Salamina se convirtió en un miembro del CFA. Desde 1974, con la ocupación turca de la parte norte de la isla, el Nea Salamina ha sido un equipo "refugiado" y ha tenido su base temporalmente en Larnaca desde entonces.