Waul est capturé lors de la chute de Vicksburg, le . Waul est promu brigadier général le , même s'il n'est pas échangé que le . Sa performance et son commandement sont félicités par le major général Stephen D. Lee Waul commande ensuite une brigade de la division de John G. Walker dans le département du trans-Mississippi confédéré. La brigade de Waul combat lors de la campagne de la Red River à la bataille de Mansfield et à la bataille de Pleasant Hill, en Louisiane.