Als Alexandra beschloss, ihren Mann nach Jekaterinburg zu begleiten, entschloss sie sich, Maria mitzunehmen, während die anderen in Tobolsk zurückbleiben mussten, da Alexei sich bei dem Versuch mit einem Schlitten die Treppe des Hauses herunterzurutschen, verletzt hatte. Durch eine Attacke der Hämophilie war er zu geschwächt, um zu reisen. Da Maria die robusteste Tochter war, begleitete sie ihre Eltern. Sie schlief anfangs mit ihren Eltern in einem Zimmer, welches sie nach Ankunft der restlichen Familie Alexei überließ. In der Gefangenschaft fiel es ihr nicht schwer, Kontakte mit den Wachen aufzunehmen. Sie sprach gern mit ihnen, fragte sie nach ihrem Leben und ihren Familien. Es ist überliefert, dass Maria in einen der Bewacher verliebt war und dieser in sie. An ihrem Geburtstag überbrachte er ihr einen Kuchen und küsste sie auf die Wange, was besonders die Zarin empörte. Die Zarin und ihre Töchter hatten Perlen und anderen Schmuck versteckt bei sich, um für eine eventuelle Flucht vorbereitet zu sein, da aller anderer Besitz konfisziert war. Dieser Schmuck wurde von den Mädchen und der Zarin in ihre Korsetts eingenäht, nur Maria durfte dies nicht tun, aufgrund ihrer Verfehlung, wie die Zarin es nannte. Es ist erwiesen und historisch belegt, dass Maria als einzige keinen Perlengürtel bei ihrer Erschießung trug. Der Soldat, der als Bewacher der Zarenfamilie Maria geküsst hatte, gab dies später zu Protokoll und wurde nach dem Vorfall aus dem Haus entfernt. Sie war 19, als sie in der Nacht zum 17. Juli 1918 mit ihrer Familie in der "Villa Ipatjew" bei Jekaterinburg erschossen wurde.