L'Aragon connait cependant des troubles importants en 1590 et 1591 ("Alteraciones de Aragón"). Aux Cortes d'Aragon, réunies à Tarazona, Philippe II décide de remodeler les institutions aragonaises, même s'il ne les supprime pas. Le roi a les pouvoirs de choisir le vice-roi, même s'il n'est pas aragonais, et le justicier d'Aragon, la députation du royaume perd le contrôle des impôts, la surveillance du territoire et la nomination des représentants des villes, la cour de justice passe sous le contrôle du roi. Enfin, Philippe II impose un tribut de aux Aragonais. Le est une période de décadence pour les institutions aragonaises. En 1598, Philippe III interdit aux Cortes d'Aragon de se réunir : l'interdiction perdure jusqu'à la fin de son règne, en 1621. En 1626, les Cortes d'Aragon, réunies à Barbastro, entrent en conflit avec le roi Philippe IV. L'Aragon est forcé de verser des impôts particulièrement lourds, afin de soutenir l'effort de guerre en Allemagne et aux Pays-Bas. La région se trouve plongée dans la pauvreté, en proie aux pillages et à la mendicité. La guerre se poursuit en Aragon même, puisque, en 1641, une importante armée est réunie afin de soumettre la Catalogne.