Pirquet tat sich in etlichen Schlachten der Koalitionskriege gegen Frankreich hervor und kommandierte als Fähnrich bei Hohenlinden eine Kompanie. 1805 erbeutete er als Leutnant und Kommandant einer Streifabteilung vierzig gegnerische Proviantschiffe auf dem Bodensee. An dem schweren Gefecht bei Schloss Ebelsberg nahe Linz am 3. Mai 1809 zeigte sich Oberleutnant Pirquet sehr beteiligt. Dank seines Einsatzes gelang die Evakuierung des Schlosses, er selbst blieb aber scheinbar tödlich verletzt auf dem Schlachtfeld zurück. Die Franzosen transportierten ihn mit den übrigen Gefangenen und Verwundeten nach Linz. Hier konnten die Ärzte wider aller Erwartungen sein Leben doch noch retten. 1811 kehrte Pirquet nach fünfzehnmonatiger Gefangenschaft in die Heimat zurück und suchte wegen seiner langen Rekonvaleszenz um den vorläufigen Ruhestand an.