Die Besiedlung der Althener Flur lässt sich bis ins 11. Jahrhundert zurückverfolgen, als deutsche Siedler den Ort als Angerdorf erbauten, dessen Struktur noch heute erkennbar ist. Die erste urkundliche Erwähnung des Dorfes stammt aus dem Jahre 1270. 1486 begründete Herzog Albrecht die Lehnsherrschaft seines Rats Johann Preußer. Während des Schmalkaldischen Kriegs (1547) und während des Dreißigjährigen Kriegs (1632 und 1642) wurde Althen geplündert und in Brand gesteckt. 1708 erwarb der Leipziger Professor Quintus Septimus Florens Rivinius den Ort, bis er nach mehreren Eigentümerwechseln vom Rat der Stadt Leipzig gekauft wurde. 1714 kam es zum Neubau des mittelalterlichen Kirchenschiffs.