Μετά τη λήξη του πολέμου ο φον Πάπεν συνελήφθη από τους Συμμάχους τον Απρίλιο του 1945 και προσήχθη ενώπιον του διεθνούς δικαστηρίου στη γνωστή Δίκη της Νυρεμβέργης, ως εγκληματίας πολέμου, όπου και απαλλάχθηκε των κατηγοριών. Η απαλλαγή του όμως αυτή προκάλεσε παγκόσμια διαμαρτυρία. Έτσι, αργότερα προσάχθηκε ενώπιον γερμανικού δικαστηρίου "αποναζιστικοποίησης" από το οποίο και καταδικάστηκε σε οκταετή φυλάκιση ως μέλος της ηγεσίας των Ναζί. Το 1949 μετά από αίτησή του αποφυλακίσθηκε καταβάλλοντας ένα χρηματικό ποσό.