Lombaerts hrál na mládežnické úrovni v Belgii za Club Brugge KV. V letech 2004–2007 hrál (již profesionálně) za KAA Gent. V červenci 2007 přestoupil do zámožného ruského klubu Zenit Petrohrad, s nímž získal řadu titulů včetně vítězství v &lt;a href="Poh%C3%A1r%20UEFA%202007/08"&gt;Poháru UEFA 2007/08&lt;/a&gt; a následném triumfu v Superpoháru UEFA 2008.