Kolmikymmenvuotisessa sodassa Anklam kärsi ihmistappioita. Sota toi kaupunkiin myös jälleen ruton. Westfalenin rauhassa vuonna 1648 Anklamista muodostui ruotsalainen raja- ja kasarmikaupunki. Pohjan sodassa puolalaiset hävittivät ruotsalaisten hallussa ollutta Anklamia.