Im Jahre 1895 trat Aguinaldo der Bruderschaft des Katipunan unter der Führung von Andrés Bonifacio bei, einer Geheimorganisation, deren Bestreben die Vertreibung der spanischen Besatzer und die Unabhängigkeit der Philippinen war. Er diente dort zuerst als Leutnant unter General Baldomero Aguinaldo und erreichte innerhalb von wenigen Monaten den Rang eines Generals. Mit dem Katipunan führte Aguinaldo das Land 1896 während der philippinischen Revolution gegen die spanische Fremdherrschaft. Er gewann nennenswerte Siege in Cavite und schaffte es, die Spanier zwischenzeitlich aus der Provinz zu vertreiben. Allerdings zwang der erneuerte Druck des spanischen Militärs die Rebellen zur Umstrukturierung ihrer Kräfte auf mehr zusammenhaltenden Methodiken. Denn es zeigte sich, dass die isolierte Aufteilung, die für den Katipunan so zweckmäßig war und der Organisation geholfen hatte, im Verborgenen aufzuleben, nun in einem offenen Krieg, der eine vereinigte Führerschaft erforderlich machte, von großem Nachteil war.