Während des Lateinischen Kaiserreichs, nach dem Vierten Kreuzzug, war der Komplex der Sitz des venetianischen Klerus. Die Ikone der Theotokos Hodegetria war hier untergebracht. Das Kloster war auch Residenz des letzten lateinischen Kaiser, Balduin II. Nach der palaiologischen Restauration wurde es wieder von orthodoxen Mönchen bewohnt. Der bekannteste unter ihnen war Gennadios Scholarios, der erste ökumenische Patriarch von Konstantinopel (1454–1464) unter türkischer Herrschaft.