Bij het uitbreken van de oorlog in Spanje kreeg Bessières voor het eerst een eigen leger onder zijn hoede. Hij schond het vertrouwen dat Napoleon in hem had gesteld niet, want hij versloeg de Spanjaarden volledig in de Slag bij Medina de Rioseco in 1808. In 1809 kreeg hij weer een plek in het Grande Armée in de Donau-vallei. Bij zowel de Slag bij Essling en de Slag bij Wagram speelde hij een grote rol als bevelhebber van de cavalerie van de Keizerlijke Garde. Later dat jaar (1809) verving hij Jean-Baptiste Bernadotte als bevelhebber van het Leger van het Noorden. In deze functie behaalde hij successen tegen de Britse invasie van Walcheren en in 1811 werd hij opnieuw naar Spanje gestuurd. Hoewel de rechterhand van André Masséna was hij afwezig bij de Slag bij Fuentes de Oñoro. In 1812 riep Napoleon hem naar Rusland op om wederom de cavalerie van de Keizerlijke Garde de leiden, ditmaal in de Slag bij Borodino. In 1813, na de terugtrekking van de Grande Armée uit Rusland kreeg hij het bevel over de volledige Franse cavalerie.