В 1553 году Энн Кук вышла замуж за сэра Николаса Бэкона , Хранителя Великой Печати королевы Елизаветы, и у них было два сына, Энтони и Фрэнсис Бэкон, позднее ставший философом и пионером научной революции. Некоторое время Анна Бэкон была ведущей фрейлиной королевы Елизаветы . Ее религиозные взгляды оставались строго пуританскими, и она призвала к искоренению всего папизма в англиканской церкви .