Im Jahr 1810 wurde er zum Gouverneur des Louisiana-Territoriums ernannt, das 1812 in Missouri-Territorium umbenannt wurde. Nach Ausbruch des Krieges von 1812 legte Howard sein Amt nieder, um der Armee beizutreten. Dort erhielt er den Rang eines Brigadegenerals. Dabei wurde er in Illinois in Kämpfe mit feindlichen Indianern verwickelt. Auf dem Rückweg nach St. Louis erkrankte Howard. An den Folgen dieser Erkrankung ist er am 18. September 1814 in St. Louis verstorben.