Quan els exèrcits de Leopold I d'Habsburg van avançar sobre els territoris hongaresos, moltes nobles es van resistir a rendir-se a les forces germàniques. Aquest fou el cas de la seva mare Helena Zrínyi i del seu padrastre Emeric Thököly. Van haver de suportar setges, fins que finalment Zrínyi va ser portada amb els seus fills (entre ells Francesc Rákóczi II) davant l'emperador a Viena. La mare va ser separada dels seus fills i Francesc va créixer en la cort de Viena durant un temps, fins que el 1700 va ser descobert conspirant contra l'emperador, intentant buscar aliats a França per aconseguir la independència d'Hongria. Va ser arrestat, però va aconseguir escapar amb ajuda d'un soldat prussià i va escapar a territoris polonesos, on la seva gent l'esperava. Rákóczi va saber treure profit de la sèrie de conflictes sorgits durant la Guerra de Successió Espanyola que va esclatar en 1701, i va reprendre els seus plans. Va aconseguir un exèrcit de 6.000 soldats hongaresos i de 600.000 mercenaris polonesos amb els quals va decidir marxar contra l'emperador germànic el 1703. Si bé la noblesa no va donar suport directament a aquesta rebel·lió, ja que la consideraven un mer alçament camperol, els exèrcits de Rákóczi van ocupar els territoris septentrionals hongaresos cap a finals d'aquell mateix any. Al cap de poc temps, van avançar i Transdanúbia va passar a les seves mans. L'assemblea de nobles de Transsilvània reunida a Gyulafehérvár el va escollir llavors el 1704 com a "Príncep de Tota Hongria", i després va continuar amb les seves ofensives contra l'imperi germànic. No obstant això, una victòria germànica de Leopold I d'Habsburgo davant els francesos i bavaresos a la Batalla de Blenheim, va posar en una posició en extrem avantatjosa a l'emperador. El 1606 Rákóczi no va poder rebre suport francès, i aviat es va veure forçat a retirar l'ofensiva que mantenia contra el nou emperador germànic Josep I d'Habsburg, fill del traspassat Leopold I.