Ağdam var åstedet for flere slag i Nagorno-Karabakh-krigen. Ifølge journalisten Robert Parsons, brukte aserbajdsjanske styrker Ağdam som base for angrep mot Nagorno-Karabakh, og skøyt BM-21 Grad-raketter og brukte bombeangrep derfra mot sivile. Etter at byen ble tatt over, flyktet nesten hele befolkningen østover.