Dopo aver militato in diverse squadre in Serie C1 e Serie C2, ha giocato nell', fino a diventare il capitano della formazione che tra il 1995 e il 1997 ha ottenuto il doppio salto dalla C1 alla Serie A. Particolarmente importante il suo gol al 3' di recupero della sfida contro il , alla penultima giornata del campionato di Serie A 1997-1998, che sancì la matematica salvezza dei toscani. In azzurro Baldini ha chiuso la sua carriera da calciatore nel 2001.