Коли Йона, нарешті, прибув до Константинополя в 1436 році, Вселенський патріарх уже обрав єпископа грека Ісидора і призначив його новим митрополитом Київським і всієї Руси. Ісидор прибув до Москви 1437 року і справив там гарне враження своїми дипломатичними навичками та знанням слов’янської мови. Однак лише через 5 місяців, у вересні 1437 року, він виїхав з Москви, щоб взяти участь у Флорентійському соборі, де було ухвалено об’єднання Церков Риму та Константинополя.