Remouillé fut touchée par les guerres de Vendée. Le , la Convention décide la levée en masse de trois cent mille hommes. Remouillé, comme beaucoup d’autres paroisses de la région, ne se soumet pas au recrutement. Le , un appel à la rébellion est lancé par quatre habitants. Ainsi au cours du même mois, les insurgés se rassemblent et coupent l'accès de la commune en bloquant le pont de la grande route (aujourd'hui D 137). Le , Jean-Baptiste Kléber déloge de Remouillé quatre cents Vendéens. Le 21, après la Bataille de Montaigu, de Charette poursuit les Républicains de Beysser en déroute jusqu'au pont de Remouillé. Le 25, Kléber reprend son offensive sur la commune. Les colonnes infernales y incendient quatorze maisons en février 1794 lors de la campagne d'« anéantissement de la Vendée ».