Нейпир был членом Совета генерал-губернатора Индии до 1865 года, в течение короткого времени занимал должность генерал-губернатора после внезапной смерти лорда Элгина. В январе 1865 годна он принял на себя командование бомбейской армией. В марте 1867 года он получил звание генерал-лейтенанта и в том же году принял командование карательной экспедицией в Абиссинию, чем впоследствии снискал себе наибольшую славу как офицера.