Een tweede hoogtepunt in zijn loopbaan beleefde Rooney in 2016. Hoewel hij in eigen land al enkele jaren niet meer de snelste 400 meterloper was, wist hij op de EK in Amsterdam opnieuw toe te slaan. In een spannende finale slaagde hij erin om aan de finish met zijn tijd van 45,29 net voldoende voorsprong over te houden om zich de aanstormende Tsjech Pavel Maslák (zilver in 45,36), de Nederlander Liemarvin Bonevacia (brons in 45,41) en de Belg Kevin Borlée (vierde in 45,60) van het lijf te houden. Rooney werd hiermee na zijn landgenoot Roger Black (kampioen in 1986 en 1990) de eerste die de Europese titel op de 400 m wist te prolongeren.Dit succes wist de Brit niet door te trekken naar de Olympische Spelen in Rio. Eerst bleef hij op de individuele 400 m opnieuw, net als in 2008, in de halve finales steken. Vervolgens werd het Britse team op de 4 x 400 m estafette met Rooney als slotloper, nadat het in zijn serie als eerste was gefinisht, gediskwalificeerd, omdat het estafettestokje buiten de wisselzone was overgegeven.