Sopka vznikala opakovaným vyvrhováním lávy a popela a jedná se tedy o stratovulkán. V současnosti je Fudži považována za aktivní sopku s malou pravděpodobností erupce. Prvním dochovaným záznamem o erupci je z roku 800 př. n. l. Od té doby jich proběhlo několik. Posledním zaznamenaným výbuchem byla tzv. erupce Hóei v roce 1707, kdy město Edo (dnešní Tokio) vzdálené 100 kilometrů pokryla vrstva popela.