Zofia Baniecka var enebarn, hennes far var skulptør og hennes mor var lærer. Foreldrene var ikke religiøse, men hun gikk på en katolsk skole. Hun begynte så å studere ved Universitetet i Warszawa, frem til den tyske og den sovjetiske invasjonen av Polen. På grunn av sine intellektuelle foreldre hadde Baniecka mange jødiske venner fra sekulære familier. Sent i 1940 beordret de tyske okkupantene familien til å flytte, da deres bosted lå innenfor grensene for den nylig etablerte Warszawagettoen.