Katolikus apja a papi pályára szánta, ő azonban apja halála után (1560) a református vallásra tért át, melynek tanaival anyja ismertette meg titokban. Beutazta Itáliát, Németországot, Hollandiát és Angliát. A Szent Bertalan-éj után azon buzgólkodott, hogy Erzsébet angol királynét hitsorsosainak védelmére indítsa, de fáradozása kárba veszett. 1575-ben Navarrai Henrik szolgálatába lépett és a pénzügyeket rendezte; a vallásháboruk alatt padig több ízben diplomáciai küldetésben járt. Mikor Navarrai Henrik Franciaország trónjára került, Mornay-t államtanácsossá és Saumur kormányzójává nevezte ki, ahol Mornay protestáns akadémiát alapított. De mikor a király később a katolikus vallásra tért, Mornay szakított vele és ekkor kegyvesztetté lett. Hitsorsosai előtt vallásos buzgóságánál és tudományosságánál fogva nagy tekintélyben állott; a „hugenották pápájának” nevezték.