Die Stadt wurde um das Jahr 70 n. Chr. unter dem Namen Clausentum von den Römern gegründet. Die Siedlung hatte eine vorwiegend strategische Bedeutung als Hafen für die damals bereits bedeutenden Städte Salisbury und Winchester. Größere Bedeutung erlangte die Stadt nach der normannischen Invasion 1066. Damals hieß sie „Hamwic“. Das nahe gelegene Winchester wurde zur Hauptstadt Englands und Southampton zum wichtigsten Handelshafen. Mit Beginn der britischen Expansion in Asien und Nordamerika verlor der Hafen seine herausragende Stellung an Städte wie Liverpool.