Budowa kościoła rozpoczęła się w czasie urzędowania biskupa warmińskiego Hermana z Pragi (1338-1349), który obrał zamek w Ornecie za swoją siedzibę. Jej konsekracja pod wezwaniem Boga Wszechmogącego, Chwalebnej Dziewicy Maryi i św. Jana Ewangelisty, odbyła się pod przewodnictwem biskupa warmińskiego Henryka III Sorboma w 1379 roku. Od końca XIV wieku (pierwsza wzmianka pochodzi z 1394 roku) rozpoczęto dostawianie do naw bocznych tej samej wysokości kaplic, szeroko otwartych do wnętrza naw bocznych. W sumie powstało dziesięć kaplic. W 1494 roku kościół został ponownie konsekrowany. Nadano mu wtedy wezwanie świętych Jana Chrzciciela i Jana Ewangelisty. Od XVI wieku wygląd zewnętrzny nie ulegał zmianie. Świątynia była remontowana w 1525 roku, po zakończeniu wojny polsko-krzyżackiej. Mur został wtedy ozdobiony ceramiką ceglaną i zostały dobudowane szczyty kaplic. W 1730 kościół spłonął, podczas odbudowy świątynia otrzymała barokowy wystrój wnętrza. W latach 1889-1909 świątynia została dokładnie wyremontowana, jakkolwiek bez znaczących zmian konstrukcyjnych.