W XVII i początkiem XVIII wieku flota Zakonu Joannitów była u szczytu swej potęgi. Zakon, przeważnie razem z flotami innych państw europejskich, angażował się w bitwy morskie przeciwko Imperium Osmańskiemu, jak np. czy w roku 1656. Rycerze Zakonu brali również udział w bitwie pod Lepanto w roku 1571, pod dowództwem księcia Juana de Austria. Ważną częścią maltańskiej gospodarki, aż do wczesnych lat XVIII wieku było też korsarstwo.