היחידה נוצרה מחדש ב-1943, כאשר חלק מה-SAS פוצל, וצורף ליחידת קומנדו נוספת, יחידת הקומנדו 62 (שנקראה גם כוח פשיטות זעירות, Small Scale Raiding Force). היחידה החדשה נקראה "אסקדרון הסירות המיוחד", ומפקדה היה הרוזן ג'ורג' ג'ליקו (בנו של מפקד הצי המלכותי הבריטי במלחמת העולם הראשונה, אדמירל ג'ון ג'ליקו). בסיסה של היחידה החדשה היה בחיפה, ומשם פעלה בים האגאי עם יחידת הקומנדו היוונית הרגימנט הקדוש (יוונית: Ιερός Λόχος). היחידה לחמה באיים הדודקאנסיים והקיקלאדיים במהלךמערכת הדודקאנס, והשתתפה בקרבות באיים קוס ובלרוס. באוגוסט 1944 צורפה היחידה לקבוצת המדבר ארוכת הטווח, ופעלה עמה במבצעים בים האדריאטי, בפלופונסוס, באלבניה, ולבסוף באיסטריה. היחידה הייתה יעילה מאוד, ועל פי ההערכות במהלך 1944 הביאה לריתוקן של שש דיוויזיות גרמניות.