Першим великим турніром для Труссьє з національною збірною Японії став Кубок Америки 1999 року, де азійці здобули лише одне очко і не вийшли з групи, наступного ж року на Кубку Азії 2000 року Труссьє привів команду до чемпіонського титулу. 2001 року збірна під його керівництвом стала фіналістом домашнього Кубка конфедерацій, де японці поступились лише у фіналі французам. А на чемпіонаті світу 2002 року Японія виграла свою групу та вперше в історії вийшла у плей-оф чемпіонату, де, щоправда, в першому ж раунді вилетіла від майбутніх бронзових призерів турніру турків. По завершенні «мундіалю» Філіпп покинув збірну Японії.