शिवाजी ने हिंदू-मुस्लिम एकता को भी बढ़ावा दिया। मराठा हिंदू स्वराज्य में उच्च पदों पर कई मुस्लिम थे। शिवाजी की व्यक्तिगत सुरक्षा, उनके सबसे विश्वसनीय दरबारी मुसलमान थे। एक मुस्लिम जनरल ने पानीपत की तीसरी लड़ाई में मराठा सैनिकों का नेतृत्व किया था और इस कारण के लिए बलिदान दिया था।