Niskanen representerte Finland under Vinter-OL 2014, hvor han fikk sitt store gjennombrudd med gull på lagsprint sammen med Sami Jauhojärvi og 4.-plass på 15 km klassisk. Han vant sitt første verdenscuprenn da han vant 15 km klassisk i Kuusamo 30. november 2014. Da han tok sin andre verdenscupseier på 15 km klassisk i Kuusamo 27. november 2016 ble han den første løperen til å vinne 15 km klassisk i Kuusamo to ganger. Under VM 2017 i Lahtis gikk han sammen med Sami Jauhojärvi på Finlands lag som tok bronse på lagsprint, og han tok gull på 15 km klassisk med intervallstart.