Em 1994 houve um golpe militar, levando Yahya Jammeh ao papel de chefe de Estado. Em agosto de 1996, Darboe fundou o Partido Democrático Unido com base na "democracia, constitucionalismo e Estado de Direito" e se tornou seu primeiro líder. Ele concorreu pela primeira vez à presidência nas eleições presidenciais de 1996, onde ficou em segundo lugar contra Jammeh, ganhando 35,84% dos votos contra 55,77% de Jammeh. No entanto, a eleição foi amplamente criticada pelos observadores por suas falhas.