Việc quân Nhật tiến đến Borneo và liên minh Anh-Nhật sụp đổ đã được dự đoán, các điện báo mật cho thấy các tàu Nhật Bản đậu thường xuyên tại Jesselton tiến hành hoạt động gián điệp. Nhiều binh sĩ Anh và Úc bị bắt sau khi Malaya và Singapore thất thủ đã bị đưa đến Bắc Borneo và trở thành tù binh chiến tranh tại trại giam Sandakan, sau đó họ bị buộc phải đi bộ từ Sandakan đến Ranau. Cuộc chiếm đóng khiến cư dân tại các khu vực duyên hải phải vào nội lục nhằm tìm thức ăn và chạy trốn hành động tàn ác trong thời chiến, dẫn đến hình thành một số phong trào kháng chiến; một trong số đó là quân du kích Kinabalu do Albert Kwok lãnh đạo và được các nhóm bản địa ủng hộ.