Po upadku SFR Jugosławii w 1991 roku Kosowo pozostało w składzie FR Jugosławii. Kosowskie kluby uczestniczyły w mistrzostwach FR Jugosławii, w sezonie 1996/97 KF Prishtina zwyciężył w grupie wschodniej II ligi FR Jugosławii i awansował do I ligi. W sezonie 1997/98 zajął trzecie miejsce w grupie B pierwszej ligi jugosłowiańskiej. Narastający konflikt etniczny doprowadził ostatecznie do wybuchu wojny domowej w Kosowie w latach 1998–1999. W rezultacie bombardowania Kosowo znalazło się pod tymczasowym zarządem ONZ. Kosowskie kluby wycofały się z mistrzostw Jugosławii i od sezonu 1999/2000 występowały w Superlidze Kosowa. Kraj znajdował się pod kontrolą ONZ. 17 lutego 2008 roku proklamowano niepodległość Kosowa.