In 1998 maakte Donaldson deel uit van het team dat namens de UUP deelnam aan de vredesonderhandelingen die een eind moesten maken aan het sectarisch geweld in Noord-Ierland. Hij verliet de delegatie aan het eind van de onderhandelingen uit protest tegen sommige afspraken, met name het ontbreken van een directe koppeling tussen de toelating van de nationalistische partij Sinn Féin tot de Noord-Ierse regering en de ontmanteling van de nationalistische paramilitaire beweging IRA. Donaldson werd binnen de UUP het boegbeeld van het verzet tegen het Goedevrijdagakkoord, dat door partijleider David Trimble en de partijtop werd gesteund.