С началом гражданской войны в 1990 году, из-за обвинений в пособничестве РПФ (отряды которого впервые вошли в город 4 октября того же года), местные тутси стали активно подвергаться притеснениям: многие были арестованы, а некоторые убиты (отдельные убийства представителей тутси происходили и до этого, на протяжении всего периода независимости страны, начиная с 1962 года). При этом начатый тогдашними властями Руанды 7 апреля 1994 года геноцид против тутси Ньягатаре затронул минимально, поскольку уже 8 апреля он был занят частями РПФ, ставши, таким образом, первым городом, перешедшим под контроль РПФ в ходе решающего наступления, приведшего в итоге к прекращению геноцида и завершению гражданской войны в стране.