Em 21 de outubro, no entanto, o presidente Ndadaye e seis de seus ministros foram mortos por insurgentes tutsis. Isso marcou o início da Guerra Civil do Burundi, com a violência étnica generalizada. Kinigi e outras figuras importantes do governo se refugiaram na embaixada francesa e sobreviveram ao caos. Depois de alguns dias, Kinigi conseguiu reunir 15 dos 22 ministros para continuar governando, se tornando presidente interina. Sua posição foi reforçada quando Pierre Buyoya e Jean Baptiste Bagaza, ex-presidentes militares, apoiaram o seu governo. Em janeiro de 1994, o Parlamento elegeu Cyprien Ntaryamira, o ex-ministro da Agricultura, como presidente pelo restante do mandato de Ndadaye. Como Ntaryamira era um hutu, sua eleição gerou hostilidade entre os tutsis. Kinigi, no entanto, reconheceu Ntaryamira como presidente, mas renunciou ao cargo de primeira ministra quando o novo governo assumiu. Ela foi objeto de críticas, ataques e ameaças de todos os lados e não demorou muito para que ela deixasse o país. Em fevereiro, ela foi substituída por Anatole Kanyenkiko, também membro dos tutsi.