Als Napoleon Bonaparte 1798 seine Invasion Ägyptens plante, stellte er Houdar de La Motte für verschiedene Aufgaben frei. Nach der Kapitulation Maltas am 11. Juni blieb Houdar de La Motte auf Malta und sollte u. a. die erbeuteten Fahnen des Malteserordens nach Frankreich bringen. Noch in Sichtweite der Insel wurde sein Schiff von der Royal Navy aufgebracht und er selbst gefangen genommen.