ב-1866 הוצא קסטר משורות המתנדבים, הורד לדרגת לויטננט קולונל (מקביל לסגן-אלוף), והוצב בגדוד הפרשים השביעי בפורט ריילי, קנזס. ב-1867 נשפט על נפקדות, לאחר שעזב את עמדתו כדי לפגוש את אשתו, והושעה לשנה. הוא חזר לצבא ב-1868, מוקדם מתקופת ההשעיה. ב-1868 השתתף במסע קרבות בפיקודו של הגנרל ווינפילד סקוט הנקוק נגד השאיין. ב-1873 נשלח לשטחי הדקוטה להגן על צוות עובדים של חברת הרכבת מפני הסו. ב-4 באוגוסט 1873 נלחמו קסטר וחטיבת הפרשים השביעית בפעם הראשונה עם הסו. ב-1875 נשבע קסטר שלעולם לא יילחם שוב בילידי אמריקה. ב-17 במאי 1876 יצא קסטר עם חטיבת הפרשים השביעית מפורט אברהם לינקולן (הנמצא באזור דקוטה הצפונית). סייריו גילו מחנה גדול של אינדיאנים, ובניגוד להוראות שקיבל ולמרות נחיתותו המספרית, החליט לתקוף מיד. בימים ההם הניחו שהאינדיאנים יברחו כשיעמוד מולם כוח פרשים גדול. הקרב שהאמריקאים מכנים "קרב ליטל ביגהורן" או "עמידתו האחרונה של קסטר" או "טבח קסטר" התרחש ב-25–26 ביוני 1876. קסטר נהרג בקרב ב-25 ביוני. מתוך כ-650 חיילים, קצינים וגששים מצד כוח חיל הפרשים האמריקאי, כ-268 נהרגו וכ-55 נפצעו.