Το 1914 οι κάτοικοι της Κάτω Παναγιάς, όπως και όλης της Ερυθραίας, εκδιώκονται από τις οικίες τους, για να επιστρέφουν οι περισσότεροι το 1919, με την κατάληψη της Δυτικής Μικράς Ασίας από τον Ελληνικό Στρατό. Κατά την προέλαση του τουρκικού στρατού το 1922 και ενώ, λόγω της άμεσης γειτνίασης με τη Χίο, θα μπορούσαν να εξασφαλίσουν εύκολη διαφυγή, οι περισσότεροι κάτοικοι παρέμειναν στις εστίες τους, υποτιμώντας προφανώς την έκταση των αντιποίνων που τους περίμενε. Αν και δεν υπάρχουν επίσημα στοιχεία, περί τους 800 κατοίκους βρήκαν τραγικό θάνατο. Οι υπόλοιποι κάτοικοι, κυρίως γυναικόπαιδα και ηλικιωμένοι μεταφέρθηκαν στην Ελλάδα σε διάφορες περιοχές (Χίο, Αττική κλπ), ενώ το 1924 ένας συμπαγής πυρήνας μεταφέρθηκε στην περιοχή της Κυλλήνης, δημιουργώντας την ομώνυμη κοινότητα της Κάτω Παναγιάς.