In den Anfängen des griechischen Befreiungskrieges diente Karaiskakis in einer Einheit auf der Peloponnes; er nahm an den Intrigen teil, die die griechische Führung entzweiten. Da er jedoch die Notwendigkeit einer stabilen griechischen Regierung erkannte, unterstützte er Ioannis Kapodistrias, der das erste griechische Staatsoberhaupt wurde.