Korstogene i 1100- og 1200-tallet afstedkom kun begrænsede ødelæggelser og betragtedes af muslimerne selv som en tragisk, men langtfra altødelæggende begivenhed. Derimod blev mongolernes invasioner i 1200-tallet meget ødelæggende for de islamiske lande. Under fyrsten Hulagu erobrede mongolerne Mellemøsten. I 1258 indtog de Bagdad, plyndrede byen i syv dage og slog kaliffen og 800.000 mennesker ihjel. Irak og Syrien blev ødelagt. Erobringen medførte voldsomme omvæltninger, som skulle få blivende følger. Området fik aldrig fordums styrke tilbage. Abbasiderne mistede enhver politisk magt, selvom slægten gik i landflygtighed i Egypten og fortsatte en skyggetilværelse der, beskyttet af mamelukkernes styre.