Dopo il quinto posto del torneo 1997-98, Ancelotti lasciò l'incarico a Malesani. L'ex tecnico della Fiorentina ottenne un risultato migliore in Serie A, classificandosi quarto, ma soprattutto realizzò un "double" di coppe: il Parma vinse infatti la Coppa Italia contro i viola (per i gol segnati in trasferta) e la UEFA contro il Marsiglia, battendolo per 3-0. In agosto fu conquistata anche la Supercoppa nazionale, sconfiggendo in rimonta (2-1) il Milan. Il campionato 1999-2000 vide i ducali terminare al quarto posto, in compagnia dell'Inter: i nerazzurri vinsero però lo spareggio che metteva in palio la Champions League, facendo figurare gli emiliani in quinta posizione. Agli inizi del 2001, Sacchi sostituì Malesani in panchina salvo poi dimettersi dopo appena 3 partite: il tecnico di Fusignano indicò come motivazione l'eccessivo stress derivato dall'incarico.