Rientrato in Giappone, lo "Ayanami" lasciò il 30 giugno Kure di scorta a un convoglio carico di truppe che si fermò alle isole Amami Ōshima il 2 luglio: per due settimane condusse in loco ricognizioni anti-sommergibile, quindi il 17 ebbe ordine di raggiungere Mergui in Birmania, allo scopo di ripetere l'operazione di aprile; passando per Mako, Singapore e Sabang, giunse a destinazione il 31 luglio. Tuttavia l'8 agosto, in risposta all'improvviso sbarco statunitense su Guadalcanal, la missione fu annullata e lo "Ayanami" fece rotta verso la grande base aeronavale di Truk: vi si fermò il 21 agosto dopo una tappa a Balikpapan e subito riprese il mare di scorta a un gruppo di rifornimento per la 2ª Flotta (cui la 19ª Divisione era stata riassegnata) e la 3ª Flotta, che il 23-25 agosto ingaggiarono un'infruttuosa battaglia aeronavale contro la Task force 61. Nella prima metà di settembre seguì le due formazioni, direttesi a sud per tentare un secondo aggancio delle forze nemiche; riguadagnata la base, lo "Ayanami" fu assegnato alla difesa della petroliera "Toho Maru" che il 24 settembre si fermò alle isole Shortland, base avanzata per le operazioni nipponiche su Guadalcanal. Il 29 settembre partì con una chiatta al traino per recare materiali all'Isola di Rendova, ma dovette rientrare a causa del tempo pessimo; la missione fu completata con successo il 1º ottobre. Lo "Ayanami" fu quindi intensamente impegnato nelle azioni del cosiddetto "Tokyo Express": trasportò nuclei di fanteria sull'isola il 4, 7, 11, 17 e 19 ottobre. La settimana successiva, ormeggiato alle Shortland, ricevette un preavviso di mantenersi pronto a intervenire nella battaglia delle isole Santa Cruz, poi annullato. Il 2 e il 5 novembre portò nuovamente a termine due trasporti truppe, quindi dal 6 fu in navigazione di scorta all'incrociatore leggero (ammiraglia della 3ª Squadriglia), che si fermò a Truk il 9.