Po zniszczeniach w 1648 w wyniku wojen kozackich, toczonych za króla Jana Kazimierza podjęto w 1669 odbudowę kościoła i klasztoru. Obecny kształt świątyni jest zasługą fundacji kasztelana krakowskiego, księcia Janusza Antoniego Wiśniowieckiego, potomka królewskiego rodu Wiśniowieckich. Fundacja miała miejsce w 1718, a przyczynił się do niej dworzanin księcia, Michałowski, który wstąpił do zakonu franciszkanów i został dożywotnim gwardianem. Nowy kościół wzniesiono z kamienia ciosanego. Budowę ukończono w 1739. Kościół został przebudowany w stylu dojrzałego baroku. Rzeźby ołtarzowe były dziełem Tomasza Huettera, a obrazy - W. Łuczyckiego. Figury przy bocznych ołtarzach – "Król Dawid" i "Św. Hieronim" - były dziełem lwowskiego rzeźbiarza, Sebastiana Fesingera. Na parapecie schodów frontowych ustawiono rzeźbę przedstawiającą Niepokalane Poczęcie Najświętszej Maryi Panny a na przykościelnym dziedzińcu rzeźbę św. Antoniego Padewskiego – patrona zakonu i świątyni. Obie rzeźby były przypisywane Sebastianowi Fesingerowi.