Die Zustimmung von 39 der damals 48 grünen Bundestagsabgeordneten am 16. Oktober 1998 zum NATO-Krieg gegen Serbien kritisierte Ditfurth als „Überschreitung der letzten Grenze in die vollständige Systemintegration“. Damit hätten die Grünen sich endgültig von den seit 1980 gültigen Programmforderungen (Ausstieg aus der NATO, Abbau der Bundeswehr, Auflösung der Militärbündnisse in Europa, auch einseitige Abrüstung, soziale Verteidigung) abgekehrt. Sie hätten dabei „geholfen, die Menschenrechte zu militarisieren, sie als Mittel und Begründung von Kriegsführung durchzusetzen“, auch für weitere Interventionskriege ohne UN-Mandat. Das hätte eine &lt;a href="Schwarz-gelbe%20Koalition"&gt;CDU/FDP-Regierung&lt;/a&gt; unmöglich durchsetzen können. Indem Joschka Fischer das Massaker von Srebrenica und das angebliche Massaker von Racak sprachlich mit dem Holocaust verglichen habe, habe er „eine neue deutsche Auschwitzlüge“ eingeleitet. Die Grünen seien als Regierungspartei „gebraucht worden, um bei der vollständigen Integration des ehemals kritischen Alternativpotentials zu Staat, Kapital und NATO zu helfen“ und den ersten deutschen Angriffskrieg seit 1945 „nicht trotz, sondern wegen Auschwitz“ zu rechtfertigen.