En 1937, Heinz Neumann fue arrestado en Moscú como parte de la Gran Purga de Iósif Stalin y más tarde ejecutado. Margarete nunca se enteró de su destino exacto. Fue arrestada y enviada a un campo de trabajo del Gulag en Siberia como "esposa de un enemigo del pueblo". Tras el pacto nazi-soviético de agosto de 1939, formó parte de un número de comunistas alemanes entregados a la Gestapo en 1940 por los soviéticos.