En 1992, durante la Cumbre de la Tierra de Río de Janeiro, se reestructuró el FMAM y se sacó del sistema del Banco Mundial para devenir una institución permanente y separada. El acuerdo para convertir el FMAM en una organización independiente impulsó la implicación de países en desarrollo en el proceso de toma de decisiones y en la aplicación de los proyectos. Desde 1994, sin embargo, el Banco Mundial ha servido de fideicomisario del FMAM y le ha proporcionado servicios administrativos.