Собор созван в весной (1650), в связи с тем, что в стране вспыхнули волнения, явившимися продолжением Московского восстания (1648). Крупные восстания произошли: Пскове (начало 27-28 февраля) и Новгороде (15 марта), которые объединились против царского правительства, что было чрезвычайно опасным для правительства Алексея Михайловича. В Новгороде и Пскове посадские люди и стрельцы образовали самостоятельные правительства в земских избах, свергли царских воевод и организовали свою вооружённую силу. В Москве в это время также происходили крупные волнения. Московские приказы (май-июнь 1650) вызывали старост московских слобод и брали сведения о "худых" и "воровских" речах в Москве. Шведский резидент в Москве — Эберс, в своих письмах сообщал, что летом (1650) в Москве происходили большие волнения и в ней ждали такого же восстания, какое произошло в Соляной бунт (1648).