Od 1995 roku uczestniczył aktywnie w życiu politycznym Rosji. Stanął na czele ruchu „Honor i Ojczyzna”. W 1996 roku był kandydatem na prezydenta Federacji Rosyjskiej. Podczas I wojny czeczeńskiej mianowany sekretarzem Rady Bezpieczeństwa Rosji. Reprezentował rząd rosyjski w negocjacjach z powstańcami. Doprowadził do wygaszenia konfliktu w Czeczenii i wraz z Asłanem Maschadowem podpisał rozejm w Chasawjurcie. Opuścił stanowisko sekretarza Rady Bezpieczeństwa Rosji po konflikcie z ministrem Anatolijem Kulikowem.