לאחר מספר חודשי תיקון ואימון צוותי אוויר חדשים, שבה שוקאקו במאי 1943 לפעילות ועמדה לצאת למתקפת-נגד באיים האלאוטיים, אך המבצע נזנח בעקבות הניצחון האמריקני באטו. תחת זאת, הפליגה שוקאקו למעגן הצי בטרוק, שם עגנה במשך שארית השנה, ולבסוף שבה ליפן לתחזוקה.