In 2002 werd Joan van den Akker op de wereldkampioenschappen voor junioren zesde op de 100 m in 11,96 s en zevende op de 200 m in 25,06. In 2003 werd ze op de Europese kampioenschappen voor junioren zevende op de 100 m en zesde op de 4 x 100 m estafette. Tijdens de wereldkampioenschappen van 2003 in Parijs nam zij samen met Jacqueline Poelman, Pascal van Assendelft en Annemarie Kramer deel aan de 4 x 100 m estafette. De ploeg nomineerde zich voor de Olympische Spelen door van de 20 deelnemende landen de twaalfde tijd te lopen. Desondanks bleef de finale onbereikbaar, al liep het Nederlandse viertal met 43,96 wel de snelste tijd van het seizoen. In 2004 werd Joan van den Akker Nederlands kampioene op de 100 m.