После победы Кубинской революции Мануэль Пити Фахардо в звании команданте был назначен директором гражданской больницы Монсанильо, затем директором военного госпиталя Сантьяго-де-Куба. Представлял Кубу на международном медицинском конгрессе в Порту-Алегри (Бразилия). Руководил строительством Школьного городка «Камило Сьенфуэгос» в районе Бартоломе Масо (Орьенте, ныне провинция Гранма). Летом 1960 был личным врачом Фиделя Кастро.