W latach 1775–1776 był deputowanym do 2. Kongresu Kontynentalnego, lecz pomiędzy grudniem 1775 a majem 1776 przebywał w Monticello (najpierw ze względu na chorobę żony, a potem śmierć matki). Kiedy powrócił na obrady Kongresu, został powołany na członka pięcioosobowej grupy, mającej opracować projekt Deklaracji niepodległości. Oprócz niego, nad dokumentem pracowali John Adams, Benjamin Franklin, Robert R. Livingston oraz Roger Sherman. Jefferson pracował nad dokumentem od 11 do 28 czerwca 1776, a 2 lipca Kongres zaaprobował jej tekst. Po głosowaniu z 4 lipca, w którym przyjęto Deklarację, przyszły prezydent brał udział w debacie nad Artykułami Konfederacji i we wrześniu 1776 wrócił do rodzinnego miasta.