"Suomen hallintohistoriaan" Jussila laati ministerivaltiosihteerin ja kenraalikuvernöörin kanslioita käsittelevän luvun. Hallintohistoriallisissa tutkimuksissaan Jussila korosti aatteiden merkitystä historian liikkeelle panevana voimana. Porvoon valtiopäivien aikaan Suomi oli maakunta mutta kehittyi vähitellen valtioksi. Venäjän ja Suomen johtavat virkamiehet ja politiikan toimijat tulkitsivat Suomen autonomista asemaa hyvin eri tavoin. Porvoon valtiopäiviä Jussila käsitteli myös teoksissa "Maakunnasta valtioksi" ja "Suomen historian suuret myytit". Erityisen tarkasti hän on niissä pureutunut 1800-luvun lopulla rakennettuun käsitykseen, että Suomen valtio olisi syntynyt Porvoon valtiopäivillä.