Клапка емигрира в Османската империя, а по-късно се установява в Швейцария. Участва във всички по-сериозни опити на унгарските емигранти да се възползват от конфликтите между Великите сили, за да възобновят борбата срещу Хабсбургите. Първият, през 1854 – 1855, не сполучва, тъй като Австрия запазва неутралитет в Кримската война. По време на войната на Франция и Пиемонт срещу Австрия през 1859 година Клапка заедно с Кошут формира емигрантско правителство в Генуа и подготвя нахлуване на австрийска територия с легион от унгарски доброволци. Проектът е осуетен в последния момент от решението на френския император Наполеон III да сключи мир с Франц Йосиф. През 1866 година Клапка подготвя нов легион, този път в Силезия, и участва в Австрийско-пруската война на страната на Бисмарк.