Le delta fut intégré au réseau Natura 2000 (site SCI) et la Roumanie, puis l’Ukraine signèrent la Convention de Ramsar, mais les moyens financiers et matériels de la nouvelle structure étant limités, les anciennes pratiques ne disparurent pas du jour au lendemain et la « restauration écologique » ne toucha que progressivement les zones humides détruites sous le régime communiste, à partir de 1994. La plupart des projets ne dépassent pas les mais ils sont nombreux et, cumulés, ils concernent plus de .