In 1499 werd Nittert Fox in de kerk begraven. De Broerkerk was de eerste kerk in de stad die in gebruik werd gegeven aan de protestanten. Na de Reductie van Groningen werd de kerk in 1614 in gebruik genomen als kerk van de universiteit. In 1702 bouwde Arp Schnitger een pijporgel voor de kerk, waarvoor hij pijpwerk uit het voorloperorgel gebruikte dat in 1679 was gebouwd door Hendrick Hermans van Loon. In 1815 werd de kerk ter beschikking gesteld aan de Groningse katholieken. Het orgel werd toen door J.W. Timpe naar Der Aa-kerk verplaatst. De kerk bleek echter te bouwvallig en werd daarom in 1895 gesloopt.