Jakir megítélése a mai napig igen vegyes. A polgárháború ifjú parancsnokaként eltúlzott erőszakkal (lángszórókkal, géppuskákkal) lépett fel a civil ellenállókkal, illetve a kozákokkal szemben, és a rekvirálásban is részt vett. Később, a sztálini kollektivizálás idején aktív résztvevője volt a termények és állatok erőszakos elvételének, és szintén fegyverrel torolta meg az éhező parasztok tiltakozását. Ukrajnában sokan a mai napig személyesen teszik felelőssé az 1932–33-as éhínség kialakulásáért. Ha mindez nem lenne elég, Sztálin szemében bizonnyal szálka volt zsidó származása, illetve az, hogy a polgárháború alatt és után (már csak a családi ismeretség miatt is) sokáig a gyűlölt Trockij mellett állt. Jakir néhány személyes tulajdonsága is zavarta a puritán vezért: hogy nem titkoltan luxusban élt Kijevben (a Mezsihirja rezidencia egyik palotájában), hogy dácsákat adott bérbe, és hogy katonai karrierje mellett jelentős kereskedelmi tevékenységet is folytatott.