Au cours du , un clocher de bois est érigé au-dessus du porche d'entrée de l'abbatiale. Lors des guerres de religion dans la région, les Huguenots provoquent à leur tour des dommages au site. Ils endommagent notamment le chœur, le porche ainsi que le clocher. Au , l'église devient paroissiale. Plus tard lors de la Révolution française, l'abbatiale est vendue comme bien national en 1791. Et lors des insurrections vendéennes, l'édifice sert aux républicains de hangar à fourrage et de dépôt de munitions.