Μετά τις νικηφόρες μάχες στα Σέρβια, στην Καστανιά και την κατάληψη της Κοζάνης, των Γρεβενών και της Κατερίνης (16 Οκτ.), ακολούθησε η αποφασιστική για την περαιτέρω εξέλιξη των πολεμικών επιχειρήσεων, Μάχη των Γιαννιτσών (18/20 Οκτ.), στην οποία ο Ιεροδιάκονος Παϊσιος Νουφράκης επέδειξε ανυπέρβλητο ηρωϊσμό και ανδρεία, όχι μόνο εμψυχώνοντας τους συμπολεμιστές του, αλλά πολεμώντας ο ίδιος στην πρώτη γραμμή του μετώπου. Στη Μάχη των Γιαννιτσών, τη φονικότερη και σημαντικότερη ίσως του Α΄ Βαλκανικού Πολέμου, ο Ιεροδιάκονος Παϊσιος Νουφράκης έλαβε το πρώτο παράσημο, το πρώτο αριστείο ανδρείας. Μετά την κατάληψη της πόλεως των Γιαννιτσών από τον ελληνικό στρατό, άνοιξε ελεύθερα ο δρόμος για την προέλαση των ελληνικών στρατιωτικών δυνάμεων προς την καρδιά της Μακεδονίας και τη Θεσσαλονίκη, την οποία και ελευθέρωσαν την 26 Οκτωβρίου 1912, ανήμερα του πολιούχου της, Αγίου Δημητρίου. Ο Ιεροδιάκονος Παϊσιος Νουφράκης ήταν κι εκεί παρών, αυτόπτης μάρτυρας των μεγάλων εκείνων επικών και ανεπανάληπτων στιγμών του Ελληνισμού.