En un principio la unión fue exitosa, pero en las décadas siguientes perdió gran parte de su apoyo inicial debido principalmente a su aplicación forzada en las parroquias y monasterios ortodoxos, lo que provocó varios levantamientos masivos, particularmente la Rebelión de Jmelnytsky, de los cosacos de Zaporozhia debido a la que la Comunidad polaco-lituana perdió Ucrania de la Margen Izquierda. Los eparquías de Leópolis y de Przemyśl inicialmente permanecieron ortodoxas, y más tarde se unió a la Iglesia greco-católica ucraniana la eparquía de Leópolis, pero solo al final del siglo XVII. La tenaz resistencia provenía de algunos monasterios como el de las Cuevas de Kiev y las hermandades ortodoxas, particularmente en Leópolis, Vilna y Kiev.