Το έτος που ξέσπασε η Επανάσταση (1821), ο Σουλτάνος Μαχμούτ Β΄, θορυβημένος από την συνεχώς αυξανόμενη επιρροή του Αλή πασά και από πληροφορίες για πιθανή απόσχισή του από την Οθωμανική Αυτοκρατορία, διέταξε τον αποκεφαλισμό του για προδοσία ενάντια στην Υψηλή Πύλη. Δυο χρόνια αργότερα δολοφονήθηκε από αξιωματούχους του Σουλτάνου στο νησί της λίμνης των Ιωαννίνων, όπου κατέφυγε για να αποφύγει τη θανατική καταδίκη. Στο Ίτς Καλέ, την ακρόπολη του κάστρου, υπάρχουν τα ερείπια του σεραγιού του Αλή Πασά, που καταστράφηκε από τον Οθωμανικό στρατό, το Φετιχιέ τζαμί κτισμένο το 1597, η μαρμάρινη βάση του τάφου του Αλή Πασά, κάποια διασωζώμενα παλιά τουρκικά κτίσματα, κυρίως μαγειρεία, πύργοι φρουρών, πυριτιδαποθήκες, στάβλοι αλόγων και κάποια κανόνια από αυτά που ήταν τοποθετημένα γύρω από το φρούριο. Σώζεται επίσης ένας πύργος των Νορμανδών που είχε ενσωματωθεί στο σεράϊ του Αλή Πασά. Το εκκλησάκι των Αγίων Αναργύρων κτίστηκε το 1918 πάνω στο θησαυροφυλάκιο του Αλή Πασά.