Vévodství se připojilo k Prusku v válce třetí koalice proti Francii. Po prohře v bitvě u Jeny, byl vévoda nucen vstoupit v roce 1806 do Rýnského spolku. V roce 1809 bylo Sasko-Výmarsko a Sasko-Eisenach, které byly sjednoceny pouze v osobě vévody, formálně sloučeny do vévodství Sasko-Výmar-Eisenach.