Honshū ist gebirgig und seismisch sehr aktiv, Vulkanausbrüche und vor allem Erdbeben kommen häufig vor. Das Große Kantō-Erdbeben im September 1923 fügte Tōkyō schwere Schäden zu, 1995 wurden durch ein Erdbeben in Kōbe 6400 Menschen getötet. Das Tōhoku-Erdbeben 2011, insbesondere der nachfolgende Tsunami, forderte über 15.000 Todesopfer und führte zur Nuklearkatastrophe von Fukushima.