Après le baccalauréat, Emmanuelle Bercot intègre l'École de danse Serge Alzetta, puis l'École du spectacle, où elle découvre le théâtre. Élève au cours Florent et à la Fémis, elle travaille sous la direction de Robert Hossein et Jean-Luc Tardieu. Après avoir raté le concours d'entrée au conservatoire, elle est admise, alors qu'elle n'a pas encore de culture cinéphile, au concours de la Femis. Dans ce cadre, elle tourne le documentaire "True Romanès" (1995), puis le court-métrage, "Les Vacances", et son film de fin d'études "La Puce" (1999), sélectionné à la Cinéfondation au 52e Festival de Cannes, récit du dépucelage d'une adolescente par un homme mûr. Ces deux derniers films, , révèlent Isild Le Besco, actrice fétiche de la cinéaste.