Sebástian Abreu era constantemente convocado para a Seleção Uruguaia, pela qual disputou diversas competições como a Copa América de 1997, Copa América de 2007 e a Copa do Mundo FIFA de 2002. "El Loco" completou 31 gols pela seleção do Uruguai, e empatou com Héctor Scarone na artilharia da Seleção Uruguaia, apesar de ser contestada, pois Abreu contou gol em jogo não oficial. Na mesma época, foi processado por fazer um "chapéu" em Cristo durante a gravação de um comercial.