El 3 de junio de 2013 fue incluido en la lista de convocados a la Copa Confederaciones de Brasil. En el primer encuentro de la primera ronda, que además fue su centésimo partido con Italia, le marcó de tiro libre a México y fue elegido mejor jugador del partido. En el enfrentamiento contra Japón que clasificó a su selección a la semifinal, le hizo un pase gol a Daniele De Rossi y este anotó el primero de los cuatro goles de los italianos. En la semifinal, Italia perdió con España en penales, pero se llevó el tercer puesto luego de ganarle a Uruguay por 3-2 en los penales. Pirlo formó parte del equipo ideal votado por los aficionados y fue uno de los nominados al Balón de Oro del torneo. En la clasificación a la Copa Mundial de Fútbol de 2014, le anotó de penal a Armenia en una victoria de visitante por 3-1. El 5 de junio de 2014 fue seleccionado por Prandelli en su lista de veintitrés jugadores para disputar la Copa Mundial de Fútbol de 2014 realizada en Brasil. Una semana después, anunció que se retiraría de la selección concluido el torneo.