Il primo impiego operativo in un'azione di guerra venne dalla partecipazione (non ufficiale) tedesca alla guerra civile spagnola. Sei di questi velivoli trovarono un impiego bellico nella Legione Condor, una unità aerea appartenente alla Germania nazista formata da volontari ed impiegata durante il conflitto in supporto alle forze nazionaliste di Francisco Franco. I primi tre arrivarono nell'autunno 1936 assegnati alla VJ/88, la speciale squadriglia creata per testare gli aerei da caccia. Posti agli ordini del Leutnant Heinrich Brücker, questi tre biplani parteciparono all'offensiva nazionalista contro Málaga nel gennaio 1937 e in seguito attaccarono le postazioni nemiche attorno Bilbao. Nonostante l'Hs 123 non si rivelò particolarmente adatto al bombardamento in picchiata, il capo di stato maggiore della legione Condor, l'Oberstleutnant Wolfram von Richthofen, nella primavera di quello stesso 1937 inviò a Brücker altri tre Hs 123. Di questi sei aerei, per l'estate ne erano andati persi quattro per varie ragioni, e gli ultimi due vennero trasferiti ad un'unità spagnola.