이나모토는 1999년 FIFA 세계 청소년 축구 선수권 대회에서 주축 멤버로 활약하며 대표팀이 준우승을 거두는 데 크게 공헌하였고, 필리프 트루시에 감독에 의해 2000년 하계 올림픽 대표팀에 선발되었다. 이후 2002년 FIFA 월드컵에도 참가하여, 벨기에와의 조별 예선 첫 경기와 러시아와의 조별 예선 두 번째 경기에서 골을 넣는 등 맹활약을 펼쳐 팀의 16강을 이끌었다.