Существуют мнения, что Тесей существовал в реальности и что миф о его победе над Минотавром — это рассказ об освобождении Афин от власти Критской морской державы. В частности, Фриц Шахермайр датирует эти события примерно 1500 годом до н. э. и связывает их с минойским извержением. Миф о победе над Марафонским быком — это, возможно, аллегорическое описание присоединения Марафона к Афинам. Античной традиции, рассказывающей об афинском синойкизме, учёные в целом доверяют, но по ряду принципиальных вопросов ведутся дискуссии. Нет единого мнения о том, был ли синойкизм только политическим ("симполитией") или был связан с переселением части населения Аттики в новый центр. Неясно и когда произошло объединение региона: звучат мнения в пользу микенской эпохи и X—IX или даже VIII веков до н. э. Сторонники последней версии говорят о том, что в образе Тесея античные мифографы объединили черты двух персонажей. Один из них — типичный герой эллинской мифологии, убивающий чудовищ и совершающий военные походы, а другой — правитель из «тёмных веков», при котором Афины оформились как государство. В любом случае образ Тесея исследователи считают многослойным. С происхождением от Посейдона связан слой ранней классики, победы героя над чудовищами — зрелая классика, а государственная деятельность — это полуисторическое и символическое толкование, характерное для поздней античности.