&lt;a href="%D7%A2%D7%95%D7%A0%D7%AA%202012/2013%20%D7%91%D7%91%D7%95%D7%A0%D7%93%D7%A1%D7%9C%D7%99%D7%92%D7%94"&gt;עונת 2012/2013&lt;/a&gt; הייתה פיצוי הולם עבור באיירן מינכן ובואטנג על העונה הקודמת. בעונה זו שיתף בואטנג פעולה עם שני שחקני הגנה חדשים שהצטרפו, חאבי מרטינס ודאנטה, נוסף על פיליפ לאם ודויד אלאבה. בשלב הבתים של ליגת האלופות ספג בואטנג כרטיס אדום בניצחון 4-1 על באטה בוריסוב, שגרר השעיה לשני משחקים. את שער הבכורה שלו בבונדסליגה הבקיע בואטנג במרץ 2013 בנגיחה לאחר שקיבל בישול מפיליפ לאם, בניצחון 3-2 על פורטונה דיסלדורף. בהמשך העונה הבקיע בואטנג שער בבעיטת יעף בניצחון 5-0 על נירנברג. בתום עונה זו זכו באיירן מינכן ובואטנג באליפות הבונדסליגה בפער שיא של 25 נקודות מהסגנית בורוסיה דורטמונד, וניצחו בגמר הגביע הגרמני 3-2 את שטוטגרט. בנוסף, בואטנג ובאיירן ניצחו בגמר ליגת האלופות 2013 את בורוסיה דורטמונד בתוצאה 2-1, כאשר שער הניצחון של באיירן מינכן, שהובקע בדקה ה-89, החל במסירת עומק ארוכה של בואטנג, שהגיעה לפרנק ריברי, שבישל את השער לאריין רובן. ניצחון זה השלים עבור באיירן מינכן זכייה בשלושה תארים, הטרבל ראשון בתולדות המועדון. בואטנג היה אחד ממצטייני העונה הזו.