Perang Dunia II meletus pada bulan September 1939; Yugoslavia diinvasi oleh kekuatan Poros satu setengah tahun kemudian, dan Negara Merdeka Kroasia () didirikan pada 10 April 1941. Teritori NDH mencakup seluruh Bosnia dan Herzegovina, hampir seluruh Kroasia, dan sebagian Serbia. Maglajlić segera mengorganisir perlawanan terhadap otoritas NDH. Pada Mei 1941, ia secara resmi masuk ke Partai Komunis Yugoslavia yang ilegal. Meskipun ayahnya meragukan sikap partai itu terhadap agama, kekejaman NDH terhadap Bosnia mendorongnya untuk mendukung gerakan perlawanan Partisan. Karena kesetiaannya kepada rezim fasis diragukan, Ustaše memaksa ayah Maglajlić untuk pensiun dari posisinya sebagai hakim syariat.