Namun, suku-suku penduduk asli Taiwan yang sebelumnya bersekutu dengan Belanda melawan Tiongkok pada Pemberontakan Guo Huaiyi pada 1652 berbalik melawan Belanda pada Pengepungan Benteng Zeelandia dan mengalahkan pasukan Tiongkok yang dipimpin Koxinga. Penduduk asli (Formosa) dari Sincan mengalahkan Koxinga setelah ia menawarkan mereka amnesti; penduduk asli Sincan kemudian bekerja untuk Tiongkok dan memegang orang Belanda dalam penghukuman mati saat pendidik asli di dataran tinggi dan dataran rendha juga menyerah dan melindungi Tiongkok pada 17 Mei 1661, merayakan kebebasan mereka dari pendidikan wajib di bawah kekuasaan Belanda dengan berburu orang Belanda dan memenggal mereka dan membuang buku-buku teks sekolah Kristen mereka.