Çekler 2006 FIFA Dünya Kupası'nda Amerika Birleşik Devletleri ile yaptıkları ilk maçı 3-0 kazandı. Ama maçta anahtar olarak görülen oyuncular sakatlandı. Onların yokluğunda grupta Gana ve turnuvanın kazananı İtalya ile oynadılar. Bu iki maçta yenilerek grubu üçüncü bitirdiler. Nedvěd'in Gana maçının ikinci yarısının başında attığı gol ofsayt olarak nitelendirildi ve sayılmadı. İtalya maçında attığı şutu Juventus'tan takım arkadaşı Gianluigi Buffon kurtardı. Nedvěd, Ağustos 2006'da Sırbistan-Karadağ ile yaptıkları dostluk maçı öncesi tekrar millî takımı bırakacağını açıkladı. Sırbistan-Karadağ maçı onun doksan birinci ve son millî maçı oldu. Takım arkadaşları ve Brückner Euro 2008 öncesi onu kararından döndürmeye çalışsalar da o dönmeyi reddetti. 91 millî maça çıkan Nedvěd 18 gol attı.