Hormis pour les ruisseaux et une grande partie des petites rivières, la presque totalité des berges ont été fortement artificialisées par la canalisation, rectification ou détournement de nombreuses sections de cours d'eau. Il reste deux vastes zones humides d'importance nationale ou internationale, en Scarpe-Escaut (Zone humide d'importance nationale) et le Marais audomarois (classé au titre de la Convention de Ramsar). Les étangs les plus vastes, suivis dans le cadre de la directive cadre sur l'eau, sont l'Val-Joly à Eppe-Sauvage, l'étang du Vignoble à Valenciennes, la mare à Goriaux (affaissement minier) à Raismes et l'étang du Romelaëre à Saint-Omer ainsi que les plans d’eau d’Ardres, Brèmes-les-Ardres et Guînes.