Den tyske annekteringen av Østerrike i 1938 gjorde ham til tysk statsborger, noe som ble et problem ved utbruddet av andre verdenskrig i 1939. Pauli flyttet til USA i 1940 der han var professor i teoretisk fysikk ved Princeton. Etter avslutningen av krigen ble han i 1946 en naturalisert statsborger av De forente stater før han returnerte til Zürich der han stort sett forble resten av livet.