Era el hijo mayor del sultán Selim II y su concubina de origen veneciano Nurbanu Sultan (Cecilia Baffo). Después de su circuncisión en 1557, Murad fue nombrado "sanjak-bey" de Akşehir por su abuelo Süleyman I en 1558. A la edad de 18 años fue nombrado "sanjak-bey" de Saruhan. Solimán murió en una campaña militar en Hungría cuando Murad tenía 20 años (septiembre de 1566), y su padre se convirtió en el nuevo sultán. Selim II rompió con la tradición al enviar a su hijo mayor fuera del palacio para gobernar una provincia, y Murad fue enviado a Manisa.