Κατά τη διάρκεια της Πατριαρχίας του κτίστηκε το νέο κτίριο της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης του οποίου τα εγκαίνια έγιναν στις 6 Οκτωβρίου 1896. Λίγο πριν ξεσπάσει ο Ελληνοτουρκικός πόλεμος του 1897 ο Άνθιμος δέχθηκε την επίσκεψη απεσταλμένου της Εθνικής Εταιρίας προκειμένου να τον μυήσει και να τον ενημερώσει για τους σκοπούς της οργάνωσης και των ακραίων σχεδίων της, που περιελάμβανε και εμπρησμούς στη Κωνσταντινούπολη. Απειλώντας τότε ο Άνθιμος ότι θα ενημέρωνε σχετικά τις Αρχές της Πόλης απαίτησε από την ελληνική πρεσβεία την άμεση αναχώρηση του εν λόγω απεσταλμένου, όπως και έγινε. Έπίσης στη διάρκεια της πατριαρχίας του έστειλε αντιπροσωπία του Οικουμενικού Πατριαρχείου στη Μόσχα, η οποία παρέστη στην τελετή στέψης του Τσάρου της Ρωσίας Νικολάου Β΄.