В составе национальной сборной Йорг Хайнрих дебютировал 21 июня 1995 года в матче со сборной Италии. Всего, в период с 1995-го по 2002-й годы он провел 37 матчей за сборную и забил 2 гола. Хайнрих был в составе немецкой команды на чемпионате мира-1998 и Кубке конфедераций — 1999.