Nimr al-Nimr syntyi vuonna 1959 tai 1960 Awamian kylässä Qatifin piirikunnassa Saudi-Arabian Al-Šarqiyyan provinsissa. Hän matkusti Iraniin opiskelemaan teologiaa maassa vuonna 1979 tapahtuneen islamilaisen vallankumouksen jälkeen. Hän opiskeli myös Syyriassa ja palasi Saudi-Arabiaan vuonna 1994.