С 1998 по 2004 год Геннадий Шипулин возглавлял сборную России. «В сборной оказался потому, что меня не устраивали ни результаты, ни падающий авторитет главной команды нашей великой, богатейшей талантами страны»,— говорил Шипулин вскоре после того, как выиграл выборы тренера национальной команды. Под руководством Геннадия Яковлевича сборная России стабильно входила в число ведущих команд мира, в 1999 году одержала победу на Кубке мира, в 2002-м выиграла Мировую лигу. К этим достижениям необходимо прибавить серебро чемпионата мира 2002 года и две медали на олимпийских турнирах. После Игр в Афинах-2004 Шипулин оставил пост главного тренера сборной — будучи максималистом во всём, он не мог довольствоваться даже вторыми и третьими местами национальной команды на крупнейших волейбольных форумах, и надеялся, что при его преемнике, которым стал Зоран Гаич, долгожданный прорыв всё же случится.