Im Jahr 1641 fand Ogilbys Aufstieg ein jähes Ende. Im Mai wurde sein Gönner Wentworth nach kurzem Prozess wegen Hochverrats im Tower von London hingerichtet. Nur wenige Monate später brach der Aufstand der katholischen Iren in Dublin aus, und Irland versank im Bürgerkrieg. Aus Ogilbys Werburgh Street Theatre wurde im Laufe der Kriegswirren ein Pferdestall der städtischen Miliz.