Gortat begann seine Karriere bei ŁKS Łódź in Polen. 2003 wechselte er mit 19 Jahren in die Basketball-Bundesliga zu RheinEnergie Köln. Anfangs nur sporadisch eingesetzt, entwickelte er sich zu einem Leistungsträger der Mannschaft, die 2006 Deutscher Meister sowie 2004, 2005 und 2007 Deutscher Pokalsieger wurde. Zudem wurde er im NBA-Draft 2005 von den Phoenix Suns in der zweiten Runde als 57. Spieler ausgewählt, jedoch wurden die Draft-Rechte an die Orlando Magic weitertransferiert. Er blieb aber bis 2007 in Deutschland, ehe er in die USA wechselte.