Während des Serbisch-Bulgarischen Krieg (1885) war Metschkonew Hauptmann im Generalstab der bulgarischen Armee. Er kämpfte in der Schlacht bei Sliwniza und als Teil des Erkundungstrupps beim Vorrücken der bulgarischen Streitkräfte auf seiner Heimatstadt Pirot (→Schlacht von Pirot). Dabei spielten seine Erfahrungen als Freiheitskämpfer aus der Region eine nennenswerte Rolle. Nach dem Krieg befehligt Metschkonew von 1888 bis 1891 den 5ten Infanteriebataillon in Russe und von 1891 bis 1895 den 11ten Infanteriebataillon in Sliwen, als er zum Stabschef der 6ten Infanteriedivision ernannt wurde. Am 3. Juli 1899 beendete er seine Militärlaufbahn in ging in die Reserve.