Kaupunki tuhoutui saraseeniarabien hyökkäyksessä 900-luvulla. Saaren asutus vetäytyi rannikolta saaren sisäosiin, jossa saaren keskiaikaiseksi keskukseksi tuli Palaiochóra. Nykyinen Aíginan kaupunki on kehittynyt ja kasvanut 1800-luvun alkupuolelta ja Kreikan itsenäistymisestä lähtien. Kaupunki oli tärkeä keskus itsenäisen Kreikan ensimmäisinä vuosikymmeninä. Se oli merkittävässä roolissa Kreikan vapaussodassa osmaneja vastaan vuodesta 1821, ja toimi itsenäistyneen Kreikan väliaikaisena pääkaupunkina vuosina 1827–1829. Sinne perustettiin myös Kreikan ensimmäinen nykyaikainen toisen asteen koulu. Aikakautta edustavat kaupungin lukuisat uusklassiset rakennukset.