17 сентября во время сражения при Энтитеме весь VI корпус остался в резерве, и 43-й Нью-Йоркский не был задействован и потерял только 1 человека раненым. 19 сентября полковник Винтон стал бригадным генералом, а 24 сентября подполковник Бейкер получил звание полковника и возглавил полк. Майор Уилсон стал подполковником, а капитан Джон Фраер - майором. В октябре, когда полк стоял в мерилендском Хагерстауне, в него вели 5 рот, доведя его численность до исходных 10-ти рот.