Hij leefde tijdelijk teruggetrokken tijdens het kortstondige bewind van Frans II, maar kwam vanaf 1560 weer op de voorgrond tijdens het regentschap van Catharina de' Medici. Inmiddels waren na de dood van Hendrik II de Hugenotenoorlogen uitgebroken, waarbij Anne koos voor de katholieken. In de Slag bij Dreux in 1562 leidde hij de katholieken naar een overwinning op de protestanten, waarbij aan beide zijden zware verliezen werden geleden. Hij was betrokken bij de onderhandelingen over het Edict van Amboise, waarmee in 1563 de eerste Hugenotenoorlog besloten werd.