Do không có lực lượng phòng không, vương quốc cũng như phần còn lại của đảo thất thủ trước người Nhật, còn Vyner đến tị nạn tại Úc. Nhiều binh sĩ Anh và Úc bị bắt giữ sau khi Malaya và Singapore thất thủ đã bị đưa đến Borneo và bị giam giữ trong thân phận tù binh chiến tranh (POW) trong trại giam Batu Lintang thuộc Sarawak và trại giam Sandakan thuộc Bắc Borneo. Nhà cầm quyền quân sự Nhật Bản đặt phần phía nam Borneo dưới quyền của hải quân, còn lục quân chịu trách nhiệm quản lý phần phía bắc. Nằm trong chiến dịch của Đồng Minh nhằm tái chiếm các thuộc địa của họ tại phương Đông, lực lượng Đồng Minh được phái đến Borneo trong chiến dịch Borneo nhằm giải phóng đảo. Lực lượng Đế quốc Úc (AIF) giữ một vai trò quan trọng trong sứ mệnh này. Đơn vị đặc biệt Z của Đồng Minh cung cấp tình báo và các thông tin khác từ người Nhật có thể tạo thuận lợi đến AIF đổ bộ. Hầu hết các thị trấn lớn của Sarawak bị ném bom trong giai đoạn này. Chiến tranh kết thúc vào ngày 15 tháng 8 năm 1945 sau khi Nhật Bản đầu hàng và quyền cai quản Sarawak thuộc về Chính quyền quân sự Anh (BMA) kể từ tháng 9. Vyner trở về để quản lý lãnh thổ song quyết định nhượng toàn bộ vương quốc cho chính phủ Anh để làm một thuộc địa hoàng gia vào ngày 1 tháng 7 năm 1946 do thiếu nguồn lực để đáp ứng chi phí tái thiết.