Riportato il Bologna in Serie A, Cazzola trova l'accordo per venderlo al socio di minoranza Renzo Menarini, che il 2 agosto 2008 ufficializza l'acquisto. Cazzola rimane presidente fino al 12 settembre, quando gli subentra Francesca Menarini, figlia di Renzo. Nel campionato 2008-2009 è confermato come allenatore Daniele Arrigoni, che però il 3 novembre, dopo la sconfitta sul campo del per 5 a 1, viene esonerato e sostituito dal debuttante Siniša Mihajlović. Dopo un buon inizio, il 14 aprile 2009, a 7 giornate dal termine del campionato, Mihajlović viene a sua volta sollevato dall'incarico ed il suo posto è affidato a Giuseppe Papadopulo, un tecnico esperto nelle salvezze delle squadre e che nel campionato precedente aveva riportato il Lecce in serie A. Il 31 maggio 2009, grazie al successo per 3-1 sul , il Bologna si assicura la quart'ultima piazza del campionato, e di conseguenza la permanenza nella massima serie. La stagione è caratterizzata dalla straordinaria prolificità del centravanti Marco Di Vaio, autore di 24 reti, arrivando al secondo posto nella classifica marcatori del campionato e all'ottavo posto in quello della Scarpa d'oro.