La paix d'Amiens a rendu à Bourke son entière liberté et celui-ci peut reprendre son service actif. Il fait partie, au mois de brumaire an X, de l'armée expéditionnaire de Saint-Domingue. Au moment du débarquement, il contribue puissamment, avec 300 hommes de marine, à la prise du Port-de-Paix. À la suite de cette affaire (10 pluviôse), il devient premier aide de camp du général en chef Leclerc. La même année, il commande l'avant-garde du corps d'armée du général Debelle et reçoit un coup de baïonnette au bas-ventre à la première attaque de la Crête-à-Pierrot. À la seconde, il est chargé de diriger la marche de la division Boudet et commande la réserve de l'armée, ayant sous ses ordres Pétion, depuis président de la république haïtienne. Après la prise de la Crête-à-Pierrot et l'accomplissement d'une mission auprès du commandant des forces anglaises à la Jamaïque, Bourke, qui est chef de brigade depuis le 24 messidor an X, est blessé le 11 vendémiaire an XI, à l'attaque de la ville du Cap par les noirs révoltés.