Het Molotov-Ribbentroppact gaf de Sovjet-Unie de mogelijkheid de Baltische Staten in te lijven. Zonder veel weerstand trokken de troepen in 1940 binnen en een groot deel van de Baltische Vloot en personeel werd overgebracht naar de haven van Tallinn. Op 22 juni 1941 viel het Duitse leger aan in Operatie Barbarossa. Tussen 10 en 20 juni waren al vliegtuigen gesignaleerd bij Kronstadt die zeemijnen plaatsten om de toegang tot de marinehaven en Sint-Petersburg te blokkeren. Hitler wilde de ontsnappingsmogelijkheid van de vloot naar het neutrale Zweden afsnijden en, eenmaal opgesloten achter het mijnenveld, de vloot vernietigen. De opmars van de Wehrmacht was zo snel dat eind augustus de marine en grote delen van het leger zich terugtrokken uit Tallinn. De vloot werd onderweg fel aangevallen en forse verliezen werden geleden. Vanaf 1 september 1941 was Krondstadt weer de thuishaven van de Baltische Vloot.