Когда Арканзас вышел из состава Союза и началась Гражданская война, Макнейр набрал семь добровольческих рот, сформировал из них батальон и командовал им в сражении при Уильсонс-Крик в составе подразделения . Вскоре батальон достиг размеров полка и 17 августа 1861 года был оформлен как . Макнейра избрали командиром этого полка. Он командовал им в сражении при Пи-Ридж, когда принял командование всей бригадой после смерти Маккаллоха и пленения его заместителя, Льюиса Хеберта. В конце лета 1862 года бригада Макнейра была присоединена к армии Эдминда Кирби Смита и участвовала в Кентуккийской кампании. Во время сражения при Ричмонде бригада Макнейра опрокинула правый фланг федеральной армии, чем способствовала разгрому противника. За заслуги при Ричмонде Макнейр получил звание бригадного генерала (датировано 4 ноября 1862 года).