"Bayern" gia nhập Hải đội Chiến trận 3 của Hạm đội Biển khơi vào ngày 15 tháng 7 năm 1916, chỉ hai tuần sau Trận Jutland. Con tàu đã có thể sẵn sàng tham gia chiến dịch này, nhưng thủy thủ đoàn của con tàu, được hình thành với hầu hết là từ chiếc thiết giáp hạm tiền-dreadnought cũ "Lothringen" vừa được cho ngừng hoạt động, đã được cho nghỉ phép. Vào lúc đưa vào hoạt động, chỉ huy của "Bayern" là Đại tá Hải quân (Kapitän zur See) Max Hahn. Ernst Lindemann, người sẽ chỉ huy thiết giáp hạm "Bismarck" trong trận chiến duy nhất vào Chiến tranh Thế giới thứ hai, từng phục vụ trên tàu như một điện báo viên vô tuyến.