I 1999 ble Mexcio igjen, som vinner av Gold Cup, invitert til Copa América 1999. De havnet i gruppe med Chile, Venezuela og Brasil. Mexico startet med 1-0 mot Chile med Hernández som målscorer, før de tapte 1-2 for Brasil før de vant 3-1 mot Venezuela, der Cuauhtémoc Blanco scoret to mål og så fikk rødt kort. I kvartfinalen møtte de . Mexico startet med å ligge under 0-2 før Hernández utliknet. Peru gikk opp til 3-2 før Gerardo Torrado satte inn 3-3 mot slutten av kampen. Det ble dermed straffesparkkonkurranse, og Mexico fortsatte den positive trenden og vant 4-2. Semifinalen ble et gjensyn med Brasil, og igjen ble det tap for Mexico. I bronsefinalen ble det nok et gjensyn, nå mot Chile, og igjen vant Mexico.