След идването си на власт, Фридрих Вилхелм прави опит за известни реформи в управлението на Прусия, но без съществен резултат. Във външната политика се опитва да запазва неутралитет в Наполеоновите войни и не се включва във Втората и Третата коалиция. Въпреки това през 1806 Прусия е принудена да се включи във войната. В битката при Йена на 14 октомври 1806 г. Фридрих Вилхелм претърпява пълно поражение от Наполеон Бонапарт и трябва да бяга със семейството си в Източна Прусия.