Στην διάρκεια του Μακεδονικού αγώνα (1904-1908) η Νάουσα αποτέλεσε σημαντικό κέντρο κατά της δράσης τών βούλγαρων κομιτατζήδων. Ελληνικά ανταρτικά σώματα υποστηρίζονταν από την πόλη με σημαντικότερους οπλαρχηγούς, τον Επαμεινώνδα Γκαρνέτα και Ιωάννη Σημανίκα. Ο Μακεδονικός Αγώνας αποτέλεσε την αφετηρία των νικηφόρων απελευθερωτικών πολέμων της περιόδου 1912-1913, που είναι γνωστοί στην ιστοριογραφία ως βαλκανικοί πόλεμοι. Η Νάουσα θα απελευθερωθεί από την Οθωμανική κυριαρχία στις 17 Οκτωβρίου του 1912.