Prinz'in uluslararası kariyeri, 1994 yılında daha 16 yaşındayken başladı. 1995 yılında FIFA Kadınlar Dünya Kupası finalinde Norveç'le karşı karşıya gelen Almanya kadrosunda yer aldı. Bu turnuvada Panzerler, kupayı kaldıran taraf oldu. Bir yıl sonra Prinz, Avrupa Şampiyonluğu'nun kazanılmasındaki etkili isimlerden biriydi. Almanya, 1997, 2001, 2005 ve 2009 yıllarında Avrupa Şampiyonluğu'nu kazanırken Prinz de bu başarılarda pay sahibi oldu. 2001'de aynı zamanda Almanya'da Yılın Futbolcusu seçildi. Ancak, 2002 yılında FIFA Yılın Kadın Futbolcusu unvanını Mia Hamm'e kaptırdı.