Il réalise le premier triple-double de sa carrière, le 2 février 2013, contre les Bobcats de Charlotte, enregistrant 21 points, 11 rebonds et 11 passes décisives. Lors de cette saison avec les Rockets, James Harden se révèle être l'un des joueurs les plus clutchs de la Ligue et l'un des meilleurs joueurs NBA. Il se révèle comme le patron de cette franchise et porte les Rockets vers les playoffs. Pour le récompenser de son excellente saison, les coachs NBA le sélectionnent pour le NBA All-Star Game 2013 qui se dispute à Houston. Lors de ce match il inscrit 15 points, capte 6 rebonds et délivre 3 passes décisives. L'équipe de sa conférence s'impose sur le score de 143 à 138 et son partenaire pour un match, Chris Paul, est désigné MVP du All Star Game. Toujours lors de cette saison, le , il bat son record de points en un match en marquant 46 points face à son ancienne équipe le Thunder d'Oklahoma City.