Pafos har sitt ursprung i "Palaio-Paphos" ("Gamla Pafos"), beläget 18 kilometer öster om den nuvarande staden. Enligt legenden grundades staden vid tiden för Trojanska kriget. En stor bebyggelseanläggning som grävts ut på platsen har daterats till 1.200 f. Kr. Afrodites främsta kultplats, Afrodite Paphias helgedom, fanns i staden.