次にインドミタブルが参加した作戦は8月に実行されたペデスタル作戦であった。これは大規模なマルタへの輸送作戦であった。インドミタブルは喜望峰経由で大西洋に入り、他の参加艦艇と合流後地中海に入った。作戦中の8月12日に爆弾が命中して損傷し44名が戦死した。この損傷の修理はリヴァプールで行われた。