Его отец Генри Перси погиб в битве при Таутоне 29 марта 1461 года, а его владения и титулы были конфискованы по приказу короля Эдуарда IV Йорка. После поражения Ланкастеров в битве Генри Перси был арестован и заключён во Флитскую тюрьму в Лондоне. С 1464 года он содержался в лондонском Тауэре.