Pozostał sekretarzem Karola Wojtyły, gdy ten 16 października 1978 został wybrany na papieża i przyjął imiona Jan Paweł II. Był przy Janie Pawle II 13 maja 1981 w czasie zamachu na placu św. Piotra dokonanego przez Mehmeta Alego Ağcę, a podejmowane przez niego szybkie decyzje przyczyniły się do uratowania życia papieża. W 1987 został wiceprzewodniczącym Rady Administracyjnej Fundacji Jana Pawła II.