У јануару 2007. Фогтс је постављен за тренера Нигерије и потписао је четворогодишњи уговор. Нигерија је елиминисана у четвртфиналу Купа афричких нација 2008., што је био њихов најгори учинак на такмичењу од 1982. године . Фогтс је поднео оставку на функцију у фебруару 2008.