Руины древнего Ахетатона нашли солдаты Наполеона во время его Египетского похода, а научное исследование местности начал Джон Гарднер Уилкинсон. Обнаружение в 1887 году неким феллахом Амарнского архива с перепиской фараонов и ближнеазиатских правителей привело к первым систематическим раскопкам в 1891/1892 году Обществом исследования Египта под руководством египтолога Флиндерса Питри. Поскольку данный архив отражал геополитическую обстановку XV - конца XIII веков, термин амарнский период используется как анахронизм для характеристики описываемого времени.