No Dáil, Griffith serviu como Ministro de Assuntos Internos de 1919 a 1921 e Ministro de Relações Exteriores de 1921 a 1922. Em setembro de 1921, foi nomeado presidente da delegação irlandesa para negociar um tratado com o governo britânico. Após meses de negociações, ele e os outros quatro delegados assinaram o Tratado Anglo-Irlandês, que criou o Estado Livre da Irlanda, mas não como uma república. Isso levou a uma divisão no Dáil. Depois que o Tratado foi aprovado pelo Dáil, de Valera renunciou ao cargo de presidente e Griffith foi eleito em seu lugar. A divisão levou à Guerra Civil Irlandesa. Griffith morreu repentinamente em agosto de 1922, dois meses após o início da guerra.