James rimase al fianco di Carlo dall'agosto all'ottobre del 1647, presso Hampton Court, ma nel marzo seguente, per evitare l'arresto da parte dei Parlamentaristi, egli raggiunse la regina Enrichetta Maria di Borbone-Francia e il Principe a Parigi; in settembre il Nunzio venne espulso dall'Irlanda ed approfittandone James tornò nell'isola per tentare di riunire tutte le parti sotto la bandiera del re. Adesso i Confederati erano molto più disposti a trattare giacché nel 1647 avevano subito un rovescio militare dopo l'altro, nel gennaio 1649 James concluse un accordo di pace sulla base della concessione della libertà religiosa. Il 30 gennaio di quell'anno Carlo I venne giustiziato e James proclamò suo figlio Carlo nuovo sovrano ed egli fu a sua volta insignito dell'Ordine della Giarrettiera nel mese di settembre. James fu messo a capo delle armate dei Confederati e dalla Francia furono inviate in Irlanda delle truppe di inglesi realisti. A quel punto egli aveva sotto controllo quasi tutta l'isola, ma questo non impedì a Oliver Cromwell di effettuare la Conquista dell'Irlanda fra il 1649 e il 1650. James tentò di riprendersi Dublino, ma fu duramente sconfitto alla battaglia di Rathmines del 2 agosto 1649, tentò quindi di fermare l'avanzata di Cromwell tramite il mantenimento di una linea di città fortificate che attraversava la nazione, ma la cosa non funzionò, il New Model Army le prese una dopo l'altra a partire da quel settembre e a cominciare dall'assedio di Drogheda.