В 1992 году вуз получил статус университета, но Гражданская война в Таджикистане привела к эмиграции части преподавателей. В 2007 году сгорел основной учебный корпус вуза, огонь уничтожил более 9 тыс. квадратных метров площади. На государственные деньги здание было реконструировано, а также проведен капитальный ремонт в общежитиях. В 2014 году полезная учебная площадь корпусов вуза составила 105140 м², число посадочных мест — 15107. На 2014 год в вузе обучались 7595 студентов (из них 796 по президентской квоте), 661 человек на постдипломной подготовке (магистры, интерны, клинические ординаторы), 225 аспирантов и докторантов, 113 соискателей, 700 слушателей подготовительного отделения. Благодаря безупречному высокому профессионализму профессорско-преподавательского состава ТГМУ и системе образования, не уступающей учебным заведениям Европы, в сентябре 2008 г. Европейской ассамблеей бизнеса (ЕАБ) ТГМУ им. Абуали ибни Сино была присуждена международная премия «Европейское качество». Постепенно растет число иностранных студентов (их подготовка ведется с 1977 года): в 2000 году их было 223, а в 2010 году уже 530 (в 2014 году — 514).