Um sich dem Dienst in der polnischen Armee zu entziehen, floh Bierut aus Warschau nach Ostpolen, das nach dem 17. September 1939 von der Roten Armee okkupiert wurde. Von dort begab er sich nach Kiew, wo er 1940 in die "Kommunistische Allunions-Partei (Bolschewiki)" (die später in KPdSU umbenannt wurde) eintrat. Im Jahre 1941 zog er nach Minsk und arbeitete dort während der Zeit der deutschen Okkupation beinahe zwei Jahre in der Stadtverwaltung, um seine Agententätigkeit für den sowjetischen Geheimdienst NKWD zu tarnen. Auf Stalins Befehl begab er sich 1943 ins deutsch besetzte Warschau und übernahm im Untergrund bald wichtige Funktionen im Zentralkomitee und Generalsekretariat der neu entstehenden Polnischen Arbeiterpartei.