Wraz z wybuchem w 1987 Intifady, Brygada Nachal rozpoczęła wypełnianie zadań bojowych w Strefie Gazy i na Zachodnim Brzegu. Służba ta trwała przez wiele miesięcy i miała specyficzny charakter działań antyterrorystycznych. Podczas intifady Al-Aksa brygada zabezpieczała osiedla żydowskie w Samarii i Judei. W 2002 wzięła udział w Bitwie o Dżanin.