בתחילת שנות ה-90 התנהלו מלחמות אזרחים בשתי מדינות אלה (ראו מלחמת האזרחים האתיופית ומלחמת האזרחים בסומליה), שהשפיעו על מערכת היחסים ביניהן. בשנת 2006 השתלט איחוד בתי הדין האסלאמיים (ארגון מוסלמי בסומליה) על חלקה הדרומי של סומליה והכניס מיד את חוקי שריעה בשטחה. ממשלת המעבר הפדרלית של סומליה ביקשה לחזק את מעמדה במדינה בעזרת חיילים אתיופים, שומרי שלום של האיחוד האפריקאי ותמיכת תעופה מארצות הברית, מה שהוביל בסופו של דבר לתבוסת איחוד בתי הדין האסלאמיים. לאחר התבוסה, התאחדות איחוד בתי הדין האסלאמיים התפצלה למספר סיעות שונות: התנועה הרדיקלית א-שבאב המשיכה להילחם נגד הממשלה וחינתה את נסיגת הכוחות המזוינים האתיופים במדינה. בין 31 במאי ל-9 ביוני 2008, ממשלת המעבר הפדרלית של סומליה והקבוצה הרדיקלית "הברית למען שחרור סומליה" השתתפו בשיחות השלום בג'יבוטי, שתווכו על ידי האומות המאוחדות. הוועידה הסתיימה עם חתימת הסכם על נסיגת הכוחות האתיופים בתמורה לסיום העימות המזוין. בהמשך הורחב הפרלמנט הסומלי ל-550 מושבים כדי להכיל את חברי הברית למען שחרור סומליה. בינואר 2009 משכה אתיופיה את כוחותיה מסומליה.