Elneny maakte op 3 september 2011 zijn debuut in het Egyptisch voetbalelftal tegen Sierra Leone. Deze wedstrijd in het kwalificatietoernooi voor het Afrikaans kampioenschap voetbal 2012 eindigde in een 2–1 nederlaag. Elneny speelde de volledige wedstrijd en maakte in de vijftiende minuut een eigen doelpunt; ook Mohamed Salah en Ahmed Hegazy debuteerden in dit duel in het nationaal elftal. Op 4 juni 2014 maakte hij zijn eerste interlanddoelpunt in de vriendschappelijke wedstrijd tegen Jamaica (2–2).