Cette même année, Isnard ne cesse de rappeler la « trahison républicaine » des habitants du chef-lieu départemental, les Toulonnais ayant remis « les clefs de la ville » et permis l'accès de la rade et du port à la marine anglaise. Le siège mal engagé a permis à un jeune officier français d'origine corse, Napoleone Buonaparte, de s'illustrer en montrant la qualité de la formation militaire qu'il avait reçue à l'école de Brienne et à l'école d'application d'artillerie de Paris. Isnard parvient à faire désigner Draguignan comme une éphémère seconde préfecture du Var. Mais la décision finale revient à Napoléon Bonaparte qui, conscient de la situation périlleuse de Toulon vis-à-vis d'une agression militaire de la flotte britannique toute puissante en mer Méditerranée, préfère confier la responsabilité préfectorale à Draguignan en 1797. L'argument d'une rancune personnelle envers les Toulonnais justifiant ce transfert n'est pas recevable : non seulement Toulon devait d'abord redevenir un grand port de guerre, mais encore il convient de noter que les deux autres grands ports militaires français n'avaient pas reçu non plus, à cette même époque, le statut de préfecture. Ainsi Cherbourg n'était que sous-préfecure (la préfecture de la Manche étant attribuée à Saint Lô), de même que Brest (la préfecture du Finistère revenant à Quimper). Que Toulon ne soit qu'une sous-préfecture n'était donc pas, en tant que tel, une aberration, mais bien une précaution stratégique, d'un point de vue militaire.