Estland ställde första gången upp i kvalet till europamästerskapet i fotboll för damer inför EM 1997. De spelade även i detta kvalet i klass B, precis som i kvalet till VM, vilket innebar att de inte hade någon möjlighet att kvala in till huvudturneringen. De hamnade i kvalet till EM 1997 i samma grupp som Tjeckien, Polen och Vitryssland och slutade på en sista plats.