Audycje RWE/RS były intensywnie zagłuszane przez służby bezpieczeństwa i struktury sił zbrojnych państw komunistycznych. Jak podaje w swoich wspomnieniach Jan Nowak-Jeziorański, koszty zagłuszania były mniej więcej trzy razy wyższe od kosztów nadawania audycji. Ze względu na sposób propagacji fal krótkich zagłuszanie nigdy nie było w stanie zakłócić wszystkich audycji. 28 czerwca 1956 roku, jedną z zagłuszarek zniszczyła protestująca ludność Poznania, domagając się wolności słowa podczas Poznańskiego Czerwca 1956. 18 listopada 1956 roku, protestujący w Bydgoszczy zniszczyli zagłuszarkę znajdującą się na Wzgórzu Dąbrowskiego. Tydzień później władze PRL ogłosiły, że rezygnują z zagłuszania, jednak w rzeczywistości sytuacja w eterze nie uległa zmianie, bowiem nadal utrudniano odbiór poprzez radiostacje zagłuszające z terenu ZSRR, Bułgarii, Węgier, Czechosłowacji i Rumunii. Pracowały one do 1 stycznia 1988, ze szczególną intensywnością działając w czasie inwazji wojsk Układu Warszawskiego na Czechosłowację w 1968 oraz podczas stanu wojennego w PRL (1981–1983). Komunistyczne służby bezpieczeństwa przeprowadzały również bezpośrednie ataki przeciwko RWE/RS. Zamordowano kilku pracowników, przeprowadzano zamachy bombowe. Wielu pracowników RWE było szykanowanych poprzez anonimowe telefony z pogróżkami czy fabrykowanie spreparowanych donosów przez Służbę Bezpieczeństwa (np. przypadek Macieja Morawskiego, francuskiego korespondenta Rozgłośni Polskiej RWE). Na początku lat 50. słuchanie radia było ścigane i karane przez wojskowe sądy rejonowe wyrokami 2–3 lat pozbawienia wolności za „szerzenie wrogiej propagandy”.