Im Vorfeld des Völkermordes in Ruanda fanden auch im Nationalpark immer wieder Kämpfe statt, in deren Verlauf 1992 auch das Verwaltungszentrum des Nationalparks angegriffen wurde. Als Folge wurde das Zentrum aufgegeben, und alle Aktivitäten im Park wurden bis 1999 eingestellt. Nach dem Ende des Völkermordes kam es bis heute immer wieder zu vereinzelten Versuchen verschiedener Rebellengruppen, sich in dem Park einzurichten.