Perrée kämpfte u. a. tapfer vor Abukir (1./2. August 1798) und Akkon (März/Mai 1799). Am 14. Mai 1799 traf er auf britische Schiffe unter Führung von Admiral Sidney Smith, denen er aber entkam. Auf dem Weg zurück nach Toulon war nur geplant, auf der Insel Lampedusa Trinkwasser und Proviant zu laden. Am 18. Juni wurden sie von einem britischen Verband unter Admiral Keith überrascht und angegriffen. Perrée verlor alle seine Schiffe und geriet mit seinen Offizieren in Kriegsgefangenschaft.