Пытаясь восстановить религиозное единство своей империи (Мартин Лютер высказал свои идеи ещё в 1517 году), Карл активно вмешивался в дела германских правителей. Признаками распада I Рейха были: т. н. Рыцарская война 1522—1523 годов, когда союз лютеранских аристократов напал на земли, принадлежавшие Трирскому архиепископу и курфюрсту, и Крестьянская война 1524—1525 годов. Карл воевал с лютеранской Шмалькальденской лигой. 24 апреля 1547 года — через год после смерти Лютера — при Мюльберге (на Эльбе) войска Карла, которыми командовал Фернандо Альварес де Толедо герцог Альба, одержали крупную победу. Однако вынужденный тратить людей и деньги на итальянские войны и многие другие дела император не смог остановить рост сепаратизма в Германии, распространение там протестантизма и разграбление протестантами собственности Католической церкви. Его брат Фердинанд был вынужден заключить с князьями-протестантами Аугсбургский мир.