Das Dekret Nr. 122 des tschechoslowakischen Präsidenten Edvard Beneš vom 18. Oktober 1945 verfügte die Auflösung der Deutschen Universität in Prag, rückwirkend zum 17. November 1939, dem Tag, an dem die tschechische Universität geschlossen wurde. Im Zuge der Machtübernahme durch die Kommunisten wurde die akademische Freiheit beschnitten und die Universität nach sowjetischem Muster umgestaltet. Dies wirkte sich auch aus auf die internationalen Beziehungen und Forschungsmöglichkeiten. Dennoch konnten Forschungsergebnisse auf hohem Niveau erzielt werden. Ein bemerkenswertes Beispiel sind die Forschungen von Jaroslav Heyrovský, der für seine Entwicklung der Polarographie 1959 den Nobelpreis erhielt.