Распад Југославије који је довео до грађанског рата од 1991. до 1995. године, као и санкције погодиле су све југословенске клубове. Након распада СФР Југославије формирана је Савезна Република Југославија, коју су сачињавали Србија и Црна Гора. Партизан је у ратним годинама освојио две титуле за редом, у сезонама &lt;a href="%D0%9F%D1%80%D0%B2%D0%B0%20%D0%BB%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D0%A1%D0%A0%20%D0%88%D1%83%D0%B3%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D1%98%D0%B5%20%D1%83%20%D1%84%D1%83%D0%B4%D0%B1%D0%B0%D0%BB%D1%83%201992/93."&gt;1992/93&lt;/a&gt; и &lt;a href="%D0%9F%D1%80%D0%B2%D0%B0%20%D0%BB%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D0%A1%D0%A0%20%D0%88%D1%83%D0%B3%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D1%98%D0%B5%20%D1%83%20%D1%84%D1%83%D0%B4%D0%B1%D0%B0%D0%BB%D1%83%201993/94."&gt;1993/94&lt;/a&gt;. Тај успех Партизан је поновио и у сезонама &lt;a href="%D0%9F%D1%80%D0%B2%D0%B0%20%D0%BB%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D0%A1%D0%A0%20%D0%88%D1%83%D0%B3%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D1%98%D0%B5%20%D1%83%20%D1%84%D1%83%D0%B4%D0%B1%D0%B0%D0%BB%D1%83%201995/96."&gt;1995/96&lt;/a&gt; и &lt;a href="%D0%9F%D1%80%D0%B2%D0%B0%20%D0%BB%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D0%A1%D0%A0%20%D0%88%D1%83%D0%B3%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D1%98%D0%B5%20%D1%83%20%D1%84%D1%83%D0%B4%D0%B1%D0%B0%D0%BB%D1%83%201996/97."&gt;1996/97&lt;/a&gt;. Између 1998. и 1999. године дошло је до сукоба у аутономној покрајини Косову и Метохији између албанских терориста из редова Ослободилачке војске Косова са једне стране и југословенских снага безбедности са друге. Рат на Косову и Метохији довео је до мешања НАТО-а и бомбардовања СР Југославије без дозволе Уједињених нација, 24. марта, само четири дана након 112. вечитог дербија између Црвене звезде и Партизана. Првенство је било званично прекинуто 14. маја 1999. због НАТО бомбардовања СР Југославије, након 24 одиграна кола. 12. јуна 1999. Партизан је проглашен шампионом.