Déterminé à unifier toute la chrétienté, Rodolphe entreprend une croisade contre les Turcs musulmans en 1593. Mais en 1604, aidé par les Turcs, un noble protestant hongrois, Étienne Bocskai, lance le soulèvement de Bocskai et s'empare de la Transylvanie puis en 1605 de la Transdanubie. En 1605, Rodolphe étant malade mentalement, cède à son frère Matthias, le contrôle des affaires hongroises notamment celles des rebelles protestants de Hongrie. Le résultat en est la paix de Vienne signée le entre Rodolphe et le prince de Transylvanie, Étienne Bocskai. Malgré l'opposition ferme de Mgr Melchior Klesl, évêque catholique de Vienne, la paix garantit les droits et privilèges en matière constitutionnelle et religieuse en Transylvanie et en Hongrie royale (actuelle Slovaquie). La liberté religieuse et confessionnelle est établie, notamment pour les protestants. Ainsi, à Sopron (Hongrie), l'accord reconnaît l'autorité des Hongrois luthériens sur la ville ; en Transylvanie, les Calvinistes obtiennent la tolérance religieuse.