В 1996 году Хайнце вновь был вызван «под знамёна» сборной Дании. Он выступал на чемпионате мира 1998 и чемпионате Европы 2000, где в отборочном турнире, в игре с Белоруссией, он забил мяч прямым ударом с углового. После ухода из сборной Петера Шмейхеля, Хайнце стал капитаном команды. Он выводил сборную на матчи чемпионате мира 2002. На этом турнире Хайнце заболел и страдал высокой температурой. Он был заменён во второй игре своей команды и оставшиеся игры смотрел со скамейки запасных.