Bianchi laisse une année s'écouler, avant d'être nommé entraîneur de Boca Juniors, un club argentin mythique qui est mal en point. L'Argentin ravive la passion de "La Bombonera" en lançant dans le grand bain des joueurs du centre de formation comme Riquelme, Palermo, Schelotto ou encore Ibarra. Sa présence sur le banc amène l’époque la plus glorieuse du Boca, qui voit le club gagner deux Aperturas (1998 et 2000), un Clausura (1999), deux Libertadores consécutives (2000 et 2001) et la Coupe intercontinentale 2000.