Née au Burundi au sein d'une fratrie de sept enfants, elle est la fille de parents rwandais tutsis qui s'y étaient exilés. Son père tient un restaurant à l'aéroport international de Bujumbura. En 1983, elle va à Nairobi (Kenya) suivre des études supérieures, avant d'y travailler, au sein de la succursale de l'entreprise française Spie Batignolles. En 1988, elle rencontre, Paul Kagame, alors chef du renseignement militaire en Ouganda. Le couple se marie l'année suivante. En 1990, le Front patriotique rwandais lance une attaque contre le régime du président rwandais Juvénal Habyarimana ; Jeannette Kagame part alors en Belgique rejoindre sa belle-sœur mais revient épisodiquement en Ouganda.