In den Wirren der Hussitenkriege brannten die Hussiten 1430 die Stadt nieder. 1469 wurde die Gemeinde zur selbständigen Pfarrei erhoben. Ein Streit um Braurechte mit dem benachbarten Pretzfeld führte 1510 zum Bierkrieg. Albrecht Dürer weilte 1515 in Ebermannstadt und schuf ein Ölgemälde der Stadtansicht. Das Ende des Zweiten Markgrafenkriegs 1552 brachte die Verwüstung Ebermannstadts durch Truppen des Markgrafen Albrecht Alcibiades. Im Dreißigjährigen Krieg besetzten die Schweden 1633 den Ort.