Roomalaiset myönsivät Klazomenaille koskemattomuuden ("immunes") ja verovapauden Antiokhos III:tta vastaan käydyn Rooman–Syyrian sodan jälkeen solmitussa Apamean rauhassa vuonna 188 eaa. Merirosvot tuhosivat kaupungin Mithridateen sotien aikaan noin vuonna 84 eaa. Roomalaisella kaudella Klazomenai kuului Asian provinssiin.