У складі збірної був учасником кубка Азії з футболу 2004 року у Китаї, кубка Азії з футболу 2007 року у чотирьох країнах відразу, кубка Азії з футболу 2015 року в Австралії. Алі аль-Хабсі був основним голкіпером команди також на Кубку Країн Перської затоки, у тому числі на переможному для оманців турнірі 2009 року. Тричі поспіль визнавався кращим воротарем турніру.