У 2000 році Бабкін вступив до аспірантури кафедри історії і політології Державного університету управління (Москва). 19 грудня 2003 року там же захистив дисертацію на здобуття наукового ступеня кандидата історичних наук за темою «Повалення монархії в Росії в 1917 році і Православна церква» за спеціальністю 07.00.02 — Вітчизняна історія.