По све већем притиску из Совјетског Савеза да се зауставе реформе у Чехословачкој, Хусак је почео да позива на опрез. Након слома Прашког пролећа, учествовао је у чехословачко-совјетским преговорима о поништавању либералних реформи. Због свог прагматичног става током преговора, Москва га је подржала за секретара Комунистичке партије Словачке у августу 1968, а након пада Александра Дупчека, постао је и нови секретар КП Чехословачке априла 1969. године. После тога је поништио све Дубчекове либералне реформе и удаљио из партије све либерале. Године 1975, био је изабран за председника Чехословачке.