Konstantinopolis'in 1453'te Osmanlılara düşmesinden sonra 1509'da binaya Türkçe isim veren Kapı (İsa'nın kapısı "İsa Kapi") bir depremle yıkıldı. 1551 ve 1560 arasında Vezir Hadim İbrahim Paşa (d. 1562/63)   - yakınlardaki Silivri Kapısı semtinde bulunanlar (Turkish) adını taşıyan bir Cuma camisi   - binayı küçük bir camiye dönüştürdü (Turkish). Aynı zamanda Mahkeme Mimar Mimar Sinan'ın (Cuma Camii'ni de tasarlayan) mevcut kompleksi büyütmesine izin verdi. Sinan bir Medrese (Kur'an okulu) ve onları eski kiliseye bağlayan bir Dershane (ilkokul) inşa etti. Bu dini kurumların, nüfusun ağırlıklı olarak Hristiyan olduğu kentin Theodosian Surları boyunca seyrek yerleşmiş mahallelerdeki konumu, Vezir'in şehrin İslamlaştırılması politikasını sürdürme arzusunu göstermektedir. On yedinci yüzyıl boyunca kompleks depremlerden birkaç kez hasar gördü ve 1648'de restore edildi. 1741'de Ahmet Ağa   - başka bir baş hadım ("vakfının" tüzüğünde İbrahim Paşa, İmparatorluk Hareminin şu anki baş haremini yönetici olarak belirledi (Turkish)   - küçük bir çeşmenin inşasına sponsor oldu (Turkish). 1894 İstanbul depremi binayı mahvetti (depremden sadece iki duvar geçti) sonra terk edildi. Kalıntılar şimdi İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi'nin koltuğu Cerrahpaşa Hastanesi'nin bahçesinde bulunmaktadır.