Równolegle do PKWN istniał legalny z punktu widzenia prawa międzynarodowego Rząd RP na uchodźstwie, uznawany powszechnie w świecie do lipca 1945 (utworzenia Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej), z aparatem państwowym w kraju w formie Polskiego Państwa Podziemnego. Wkroczenie Armii Czerwonej na tereny Polski w granicach przedwojennych władze Polskiego Państwa Podziemnego zgodnie z dyrektywą Rządu RP na uchodźstwie chciały wykorzystać do ujawnienia istniejących struktur administracji państwa podziemnego (zorganizowanych w czasie okupacji niemieckiej przez Delegaturę Rządu na Kraj do szczebla powiatu włącznie) i odbudowy w ten sposób struktur niepodległego państwa polskiego. Operacja „Burza” militarnie wymierzona w Niemcy, politycznie skierowana była przeciwko planom ZSRR jednostronnej zmiany granicy polsko-sowieckiej ustalonej w traktacie ryskim i wprowadzenia na terenie Polski administracji podporządkowanej Moskwie. Polska administracja cywilna rozpoczęła działalność w miastach, powiatach i gminach w środkowej Polsce. Wkrótce została jednak zniszczona przez sowieckie NKWD, NKGB, lub Smiersz, a jej urzędnicy aresztowani i w większości wywiezieni w głąb ZSRR. Choć Armia Krajowa pomagała Armii Czerwonej w ramach akcji Burza w walce z Niemcami na terenie Polski, Armia Czerwona i wojska NKWD systematycznie rozbrajały również oddziały Armii Krajowej a oficerowie i żołnierze AK trafiali do więzień i obozów NKWD (najbardziej znane: Majdanek, Skrobów, Rembertów, Zamek Lubelski) i byli wywożeni później do obozów na terenie ZSRR, lub przymusowo wcielani do I Armii Wojska Polskiego.