Participó, al igual que su hermano Leandro, en los movimiento independentista acaecidos en San Salvador en 1811 y 1814, tras el último gesto emancipador de 1814 fue encarcelado en ciudad de Guatemala hasta 1819 cuando fue indultado de sus cargos. Durante los años en que estuvo en prisión y debido al hecho que había quedado viudo contrajo nupcias son su sobrina Josefa de Aranzamendi, la cual falleció pocos años después.