В 1796 году, через год после Батавской революции, ван Зёйлен был назначен командиром 2-й бригады Батавской армии, которая базировалась в Арнеме. Во время англо-русского вторжения в Голландию в 1799 году эта бригада входила в состав Батавской 1-й дивизии под командованием генерала Германа Виллема Дандельса. 21 августа 1799 года ван Зёйлен был ранен в бою.