Kanzler rejoint l'armée pontificale en 1845 avec le grade de capitaine. Il prit part à la Première guerre d'indépendance italienne (1848) contre l'Empire autrichien et fut nommé colonel du premier régiment de l'armée pontificale en 1859. Un an plus tard, il en a été fait général par le commandant en chef Lamoricière, en reconnaissance de ses actes de bravoure à Pesaro et Ancône contre l'armée piémontaise au cours de la Deuxième guerre d'indépendance italienne. En octobre 1865, il devient commandant suprême des forces armées du pape et pro-ministre de l’armée. Il commanda l'armée pontificale à Mentana le lors de sa victoire contre l’armée des patriotes de Garibaldi, pourtant supérieure en nombre. Il supervisa la défense de Rome, en septembre 1870. Au cours de celle-ci, les soldats pontificaux ne livrèrent qu’une résistance symbolique, le pape voulant éviter un bain de sang. Malgré tout, Kanzler et ses troupes eurent droit à une reddition avec tous les honneurs militaires.