Главным богатством заповедника является обилие перелётных птиц. В зимний период здесь гнездятся утки, как речные, так и нырковые, гуси, лебеди, пеликаны, лысухи, султанки, турач, фламинго. Обычны цапли, каравайки, колпицы, кулики. В заповеднике встречаются также кабан и волк. В водоёмах водится много рыбы, прибрежная территория и акватория внесены в список водно-болотных угодий международного значения. Большинство птиц, занесенных в «Красную книгу» Азербайджана, обитают на территории заповедника и на пограничных территориях.