Pendant le siège de Brest, le bourg de Guipavas se retrouva entre les lignes ennemies. « Les lignes américaines sont proches du haut du bourg, à hauteur du hameau du Menhir, alors que les lignes allemandes frôlent le bas du bourg, contrôlant le quartier de Pontrouf. Entre elles, l'ossature d'un village vide, sur lequel les obus pleuvent sporadiquement ». .Le , pendant les combats pour la libération de Brest, la flèche de la chapelle Notre-Dame-du-Reun est abattue et dans la nuit du , l'église paroissiale Saint-Pierre-et-Saint-Paul est dévastée par un incendie. Seuls le porche septentrional et les pignons des bras du transept sont épargnés. Deux cent trente-sept immeubles furent abattus dans la commune, quatorze civils fusillés par les nazis ; en tout c'est près de 50 guipavasiennes et guipavasiens qui furent tués lors du siège de Brest, dont une famille guipavasienne entière de dix personnes dans l'explosion de l'abri Sadi-Carnot à Brest. Par ailleurs 24 soldats originaires de la commune ont été tués pendant la Seconde Guerre mondiale.