Quando il porto fu spostato parecchio più ad est, alla foce del fiume, l'originario utilizzo dell'edificio divenne obsoleto, e la Custom House divenne il quartier generale del governo locale in Irlanda. Fu durante la Guerra d'indipendenza irlandese del 1921 che l'Irish Republican Army diede fuoco alla costruzione, nel tentativo di dare un duro colpo al dominio inglese in Irlanda. Gli originali interni previsti da Gandon furono completamente distrutti dalle fiamme e la cupola centrale collassò. Un'enorme quantità di dati storici unici furono distrutti dal fuoco, tra i quali registri su nascite e matrimoni delle parrocchie risalenti sino al Medioevo. Nonostante raggiunse l'obiettivo di colpire il governo britannico, l'attentato alla Custom House fu un totale disastro per l'IRA, dato che numerosi attentatori furono catturati mentre abbandonavano il luogo.Dopo il trattato Anglo-irlandese, fu restaurata dal governo dello Stato Libero d'Irlanda. I risultati di questa ricostruzione sono tutt'oggi visibili sulle parti esterne dell'edificio; la cupola fu ricostruita usando calcare di Ardbraccan, notevolmente più scuro della pietra di Portland usata nell'originale costruzione.