У травні та серпні 1922 року, будучи вже наркомом військово-морських сил Грузинської РСР, Еліава виїжджав до Туркестану, де брав участь у розробці військово-політичних і партійно-організаційних заходів з метою радянізації Середньої Азії, пропаганди серед місцевого населення, ліквідації басмацтва й відновлення народного господарства. У подальшому за діяльність у Туркестані був нагороджений двома Орденами Червоного Прапора: 1928 року — за поданням ЦВК Туркменської РСР, і 1932 року — за поданням ЦВК Узбецької РСР.