Zaire ekonomisinin tam anlamıyla çökmesiyle ve doğu-batı sorununun çözümlenmesi ile Mobutu 1990 yılında ülkenin yavaş da olsa demokratikleşmesi yönünde adımlar atmaya çalışmış ancak başarılı olamamıştır. Ülkedeki tüm olumsuzluklara rağmen Mobutu iktidarının çöküşü komşu ülke Ruanda'da gerçekleştirilen soykırım ile başlamış, Ruanda'da soykırımından sorumlu Hutu etnik grubuna mensup binlerce Ruandalının Zaire'ye kaçması Mobutu'nun gücünü olumsuz yönde etkilemiştir. Hutuluları takip eden Tutsi hükumetine bağlı askeri birlikler ile ülke içerisindeki Mobutu karşıtlarının oluşturduğu birlik çok kısa bir süre içerisinde tüm Zaire'yi ele geçirmeyi başarmış, hasta olan ve uluslararası desteğini de kaybeden Mobutu'yu görevden kısa sürede uzaklaştırmışlardır. 1997 yılında isyancıların lideri konumunda olan Laurent-Désiré Kabila ülkenin yeni devlet başkanı olarak göreve getirilmiş, Kabila'nın ilk icraatlarından biri de ülkenin ismini Zaire'den tekrar Demokratik Kongo Cumhuriyeti olarak değiştirmek olmuştur. Mobutu karşısında oluşturulan bu birliktelik kısa sürede bozulmuş, 1998 yılında yine Ruanda merkezli isyancı güçlerin oluşturduğu birlik ülkeyi doğudan itibaren ele geçirmeyi hedeflemiş ancak bu ilerleyiş Angola ve Zimbabve askeri güçlerinin de Kabila güçlerine yardım etmesi ile fazla ilerlemeden geri püskürtülmüştür. Yaşanan bu gelişmeden sonra ülke kendi içerisinde farklı güç odaklarına bölünmüş ve yıllarca süren iç savaşlara neden olmuştur. Uzun yıllar süren müzakereler 2003 yılında olumlu yönde sonuçlandırılarak, tüm tarafların katılımı ile ülkede geçici hükûmet kurulmuştur.