Kurz vor seinem Amtseintritt kam es 1648 im ukrainischen Teil des Reiches zum Aufstand der Saporoger Kosaken unter ihrem Hetman Bohdan Chmelnyzkyj, der auch von den Krimtataren unterstützt wurde. Von Aufständischen wurden blutige Massaker an katholischen Polen und Juden verübt, wobei die Zahl der Opfer auf eine Viertelmillion geschätzt wird. Die Polen konnten Ende Juni 1651 das vereinte Heer der Kosaken und Krimtataren in der Schlacht bei Berestetschko schlagen und damit die Kontrolle in Wolhynien und Podolien wieder herstellen, aber der interne Konflikt ging weiter. Die ukrainischen Kosaken schlossen 1654 mit dem Vertrag von Perejaslaw eine Allianz mit Russland, und der Kosaken-Aufstand ging in den Russisch-Polnischen Krieg 1654–1667 über.