An den Operationen gegen Polen, Norwegen und Frankreich nahm Scholtz nicht teil. Am 1. April 1940 wechselte er zur U-Boot-Waffe. Bei der "1. Unterseeboots-Lehr-Division" absolvierte er einen U-Boot-Lehrgang in Neustadt und Pillau. Zum 30. Juni 1940 schloss sich ein Torpedolehrgang (U.T.O.-Lehrgang) an der Torpedoschule in Flensburg-Mürwik an. Nach dessen Beendigung wurde Scholtz der Baubelehrung für "U 108" in Bremen zugeteilt, dessen Kommandant er zum 22. Oktober 1940 wurde.