Durante la Guerra dei Trent'anni Magdeburgo subì un grave assedio da parte delle truppe imperiali, venendo espugnata il 20 maggio del 1631, e in seguito messa a sacco. Solo un piccolo gruppo di 4000 abitanti si salvarono, trovando rifugio nel duomo. Il pastore principale Reinhard Bake s'inginocchiò davanti al generale Tilly implorando di risparmiare le vite dei rifugiati. La cattedrale scampò l'incendio, ma venne riconsacrata di nuovo alla religione cattolica. Tuttavia, quando Tilly lasciò la città, il duomo venne saccheggiato e tutte le vetrate distrutte. Nel 1648, al termine della guerra, la cattolica Diocesi di Magdeburgo venne definitivamente soppressa (fino al 1973).