Za swoje zbrodnie Möckel został skazany 22 grudnia 1947 na karę śmierci w pierwszym procesie oświęcimskim, który toczył się przed Najwyższym Trybunałem Narodowym w Krakowie. Początkowo nie przyznawał się do winy jednak w obliczu świadków oraz zebranych dowodów tłumaczył się podległością służbową oraz "koniecznością wykonywania rozkazów". Wyrok wykonano przez powieszenie w krakowskim więzieniu Montelupich.