Klęska Bułgarii w II wojnie bałkańskiej sprawiła, że wraz z granicami państwowymi zmieniły się także granice Egzarchatu Bułgarskiego. Pięć eparchii w Macedonii przeszło do Serbskiego Kościoła Prawosławnego, zaś administratury w południowej Dobrudży – do Rumuńskiego Kościoła Prawosławnego. Zlikwidowana została eparchia w Turcji europejskiej. Mimo to egzarcha Józef do końca życia (zmarł w 1915) miał nadzieję na podporządkowanie struktur prawosławnych w Macedonii kierowanej przez siebie administraturze. Stało się tak na krótko w 1915, po wejściu Bułgarów (walczących w I wojnie światowej po stronie Państw Centralnych) do Macedonii. Klęska Bułgarii w wojnie uniemożliwiła zachowanie takiego stanu rzeczy.