Istvánffy s-a întors acasă în 1556 și, probabil, a devenit un soldat în trupele lui Nikola Šubić Zrinski (în ), eroul Bătăliei de la Szigetvár. Între 1558 și 1559 a funcționat ca secretar al lui Olahus, care a servit în calitate de Cancelar al Ungariei din 1543. Istvánffy a devenit un oficial al Cancelariei după 1559. Olahus a fost numit guvernator regal al Ungariei în 1562.