22 сентября 1991 года было провозглашено создание независимой Республики Косово, а затем проведены несанкционированные (среди албанской общины) референдум о независимости (99 % голосовавших при явке 87 % проголосовали за независимость) и президентские выборы, на которых президентом был избран Ибрагим Ругова. 22 октября 1991 года независимость Республики Косово признала Албания. Началось формирование вооружённых формирований сепаратистов, которые в 1996 году были объединены в Армию освобождения Косова. В крае развернулась партизанско-террористическая война, жертвами которой стали сотни мирных жителей, чиновников и военных Югославии. Первоначально борьбу с сепаратистами вели лишь милицейские подразделения, но в 1998 году в военные действия вступила югославская армия. Война сопровождалась массовыми репрессиями, убийствами мирных жителей и этническими чистками. Албанскими ополченцами были разрушены многие памятники православной культуры. В 1999 году в военные действия вмешалась НАТО: массированным бомбардировкам были подвергнуты югославские города и военные объекты. Около полумиллиона, в основном албанцев, осталось без крова. В результате сербское правительство было вынуждено согласиться на ввод в Косово военного контингента НАТО KFOR и переход края под управление Организации Объединённых Наций, что и было осуществлено на основании резолюции СБ ООН № 1244 от 10 июня 1999 года.