歷代碑林因缺乏管理，一度遭到人为的破坏。明嘉靖三十四年（1556年），发生嘉靖大地震，大量碑石断裂。乾隆三十七年（公元1772年），陝西巡撫毕沅至碑林视察，见衡宇倾圮，碑石橫臥散亂，毕沅開始重修和保护碑林。