1999 überwies Luxemburg dem Treuhandfonds der Vereinten Nationen drei Millionen Luxemburgische Francs für die Organisation des Unabhängigkeitsreferendums in Osttimor. Während der Osttimorkrise im September 1999 wurden 15 Millionen US-Dollar für humanitäre Hilfe in Osttimor und 15 Millionen US-Dollar für die Aktivitäten der Internationalen Streitkräfte Osttimor (INTERFET) bereitgestellt. Auch 2001 gehörte Osttimor zu den „Projektländern“ für luxemburgische Entwicklungshilfe. 2001–2002 wurden für den Bereich Gesundheit 620.000 Euro zur Verfügung gestellt. Ein Projekt wurde beim Besuch von Außenminister José Ramos-Horta in Luxemburg im Dezember 2000 vereinbart.