Hamburg a németországi muzulmán közösség központja. Menekültként, vendégmunkásként és diákként számos országból érkeztek muzulmánok a városba. A muszlim közösség etnikailag igen tagolt, a különböző országokból érkezők vallásuk gyakorlása közben is elkülönülnek egymástól. A városban összesen 26 mecset működik, melyek közül a legidősebb a törökök által alapított Ali Imám-mecset. A muszlimok 1999-ben alapították meg a Hamburgi Iszlám Közösségek Tanácsát, hogy az segítse a muzulmánok többségi társadalomba történő integrációját és a muzulmán vallással szembeni bizalmatlanság eloszlatását. Jelen vannak ugyanakkor a városban a radikális iszlámot követők is; 2001-ben Hamburgból indult útjára a New York-i repülőgépes támadásokat kivitelező csoport vezetője, Mohamed Atta is.