Ian Kershaw escreveu que a subjugação das igrejas protestantes provou ser mais difícil do que Hitler tinha previsto. Com 28 igrejas regionais separadas, a sua tentativa de criar uma Igreja Reich unificada através "Gleichschaltung" acabou por fracassar, e Hitler ficou desinteressado em apoiar o chamado movimento alinhado nazista "cristãos alemães". Hitler instalou seu amigo Ludwig Muller, nazista e ex-capelão naval, para servir como bispo do Reich, mas as opiniões heréticas de Muller contra São Paulo e as origens semíticas de Cristo e a Bíblia rapidamente alienaram seções da igreja protestante. O pastor Martin Niemöller respondeu com a "Liga de Emergência" dos "Pastores," que reafirmou a Bíblia. O movimento cresceu na Igreja Confessante, da qual alguns clérigos se opuseram ao regime nazista. A Igreja Confessante foi banida em 1 de julho de 1937. Niemöller foi preso pela Gestapo e enviado aos Campos de Concentração. Ele permaneceu principalmente em Dachau até a queda do regime. As universidades teológicas foram fechadas e outros pastores e teólogos presos. Dietrich Bonhoeffer, outro porta-voz principal da Igreja Confessora, foi desde o início um crítico do racismo do regime Hitler e tornou-se ativo na Resistência alemã - apelando aos cristãos para que se pronunciassem contra as atrocidades nazistas. Preso em 1943, foi implicado na execução do atentado de 20 de julho de 1944 para assassinar.