Op 3 juni 1992 werd Honecker aangeklaagd door het Landgericht van Berlijn voor aanzetting tot doodslag, vanwege zijn bevel gericht te schieten op vluchtelingen aan de Duits-Duitse grens. Bij het verlaten van de Chileense ambassade werd Honecker door de Russische autoriteiten opgepakt en uitgeleverd aan Duitsland. Op 29 juli keerde Honecker terug in Berlijn om zich tegen de aanklacht te verweren. Hij werd wegens leverkanker opgenomen in het Berlijnse gevangenisziekenhuis Moabit.