In diesem Jahr war er mit an der britischen Invasion Afghanistans im Ersten Anglo-Afghanischen Krieg beteiligt. Im April 1839 rückte er in Kandahar ein. Im Jahre wurde er als Militärberater über Herat in das Khanat Chiwa abgeordnet, um dort als Militärberater und Emissär zu wirken. Das Khanat sah sich nach dem britischen Einmarsch in Afghanistan verstärktem Druck Russlands ausgesetzt, das seine Süd-Grenze in Mittelasien absichern und erweitern wollte. Den Anlass lieferten Räuberbanden aus dem Khanat, die immer wieder Russen in die Sklaverei verschleppten. Abbotts Mission hatte jedoch nur teilweise Erfolg.