Áreas masivas de tierra fueron despejadas para la agricultura y otros propósitos, y aparte de los impactos obvios que esta prematura limpieza de la tierra tuvo en la particular ecología de las regiones, también se vieron muy afectados los indígenas australianos, mediante la reducción de los recursos en los que se basaba su comida, refugios y otros productos básicos. Estos fueron progresivamente forzados en áreas más pequeñas y en la reducción de su número, ya que la mayoría murió de enfermedades recién introducidas y por la falta de recursos. La resistencia indígena en contra de los colonos estaba muy extendida y la prolongada lucha, entre los años 1788 y la década de 1930, llevó a la muerte de al menos 20.000 personas indígenas y entre 2.000 y 2.500 europeos. Desde la mitad hasta finales del siglo XIX muchos australianos indígenas en el sudeste de Australia fueron reubicados, a menudo por la fuerza, a las reservas y las misiones. La naturaleza de muchas de estas instituciones permitieron que las enfermedades se propagasen con rapidez y muchas fueron cerradas cuando la población se redujo.