Statt ihn vor ein Kriegsgericht zu stellen, wurde er mit halben Sold pensioniert. Erst zu Beginn des dritten Koalitionskrieges wurde von Werneck im Jahr 1805 reaktiviert. Er bekam das Kommando über ein Korps bei der Hauptarmee unter Mack. Murat besiegte die Nachhut Wernecks bei Langenau und vernichtete sie fast vollständig. Auch die Hauptarmee von Wernecks wurde am 17. Oktober in die Flucht geschlagen. Mit nur wenigen tausend Mann musste er am 18. Oktober 1805 kapitulieren. Von Werneck wurde später vor ein Kriegsgericht gestellt. Gesundheitlich angeschlagen, starb er an einem Schlaganfall in Königgrätz. Dadurch konnte der Prozess gegen ihn nicht mehr abgeschlossen werden.