Bedoya begynte som forsvarer og fortsatte senere som defensiv midtbanespiller for klubben Club Santa Fe. Han begynte hos Deportivo Cali i 1998 hvor han var en del av troppen som vant ligatittelen i 1998. I 2001 flyttet Bedoya til Argentina der han spilte for Racing Club de Avellaneda som vant turneringen Apertura. Han spilte ved forskjellige klubber på 2000-tallet før han i 2011 signerte en ettårskontrakt med klubben Club Santa Fe. I løpet av denne tiden var han også en del av den colombianske troppen som vant Copa América 2001. Bedoya har også klart å skaffe seg 46 røde kort i sin karriere.