10 січня 2001 було оголошено, що новим інвестором-оператором команди стає корпорація «"Silicon Valley Sports &amp; Entertainment"», відома тим, що керувала командою НХЛ «Сан-Хосе Шаркс». Новим головним тренером став Френк Яллоп. Перед початком сезону 2001 року в «Сан-Хосе Ерсквейкс» з'явилися нові гравці, які відіграли важливу роль в історії команди: Джефф Ейгус (став капітаном команди), Двейн Де Росаріо. 29 березня 2001 року повідомлено, що гравцем «Ерсквейкс» став 19-річний Лендон Донован, котрого його власник — «Байєр 04 Леверкузен», погодився віддати в оренду в МЛС. Команда успішно провела старт регулярного чемпіонату, програвши лише 2 гри у 16 турах. Регулярний чемпіонат «Сан-Хосе» завершив на 2-у місці у Західному дивізіоні (у сезонах 2000–2001 МЛС була поділена на 3 дивізіони замість 2 конференцій. Також регулярний сезон було скорочено через події 11 вересня) і вдруге в своїй історії вийшла до плей-оф. Завдяки результативності Роналда Серрітоса, Двейна Де Росаріо, Лендона Донована команда встановила рекорд клубу по середній результативності — 1,8 м'яча за гру (у попередньому сезоні — 1,09). В другій половині чемпіонату клуб здобув декілька перемог з великим рахунком — над «Ді Сі Юнайтед» 4:0, «Нью-Інгленд Революшн» 5:1, Колорадо Рапідз 5:2. У чвертьфіналі «Сан-Хосе» обіграв «Коламбус Крю» — 6:1 за сумою двох матчів, а у півфіналі «Маямі Ф'южн» (4:0, 0:1, 1:0).