В начале 1856 года Коста-Рика была вынуждена вступить в войну, известную как "Национальная кампания 1856—1857 годов", или Флибустьерская война, с целью изгнания американского авантюриста Уильяма Уокера с территории Центральной Америки. На первом этапе компании, в котором Мора лично сопровождал армию (правительство было передало вице-президенту Франсиско Марии Ореамуно), армия Коста-Рики победила в сражениях у Санта-Розы, Сардинале и при Ривасе. Но в последующие дни армию поразила эпидемия холеры, и солдаты Моры покинули территорию Никарагуа и вернулись в Коста-Рику. В дальнейшем болезнь распространилась по всей стране и унесла жизни 10 000 человек, почти десятую часть населения Коста-Рики того времени.