Pacifiste jusqu'en 1938, il est mobilisé pendant la Seconde Guerre mondiale à Mours-Saint-Eusèbe près de Romans au pied du massif du Vercors. Il entre ensuite dans la Résistance, encouragé par Pierre de Lescure. Jean Bruller prend alors le pseudonyme de "Vercors", nom dudit massif montagneux (sans savoir que celui-ci deviendra par la suite le théâtre d'événements liés à une branche de la résistance), selon un procédé utilisé par de nombreux résistants. À l'automne 1941, il fonde avec Pierre de Lescure les Éditions de Minuit, maison d'édition clandestine et y publie sa nouvelle "Le Silence de la mer" le . Il est le concepteur du logo à l'étoile des Éditions de Minuit qui est utilisé à partir de 1945. Il participe également au Comité national des écrivains (CNE) et au Mouvement de la paix. Il a écrit ses souvenirs dans "La Bataille du silence". Il fait partie de la Commission d'épuration de l'édition, mais il en démissionne en raison de l'inégalité des sanctions à l'encontre des écrivains, collaborateurs avec l'Allemagne nazie, et à l'encontre de leurs éditeurs, jamais pénalisés. Il refuse dans le même temps de participer à l'établissement d'une « liste noire » et renvoie les auteurs au jugement de leur conscience.