Με την ήττα στην Μάχη του Χαττίν, στις 4 Ιουλίου 1187, οι Φράγκοι απώλεσαν μεγάλο τμήμα των Λατινικών Κρατών με την Ιερουσαλήμ. Το Τάγμα του Παναγίου Τάφου μετέφερε, τότε, την έδρα του στον Άγιο-Ιωάννη της Άκρας. Ήταν οι διαπραγματεύσεις μεταξύ του Ριχάρδου του Λεοντόκαρδου και του Σαλαντίν κατά το τέλος της Γ΄ Σταυροφορίας που έδωσε το δικαίωμα στους προσκυνητές να έχουν πρόσβαση στην Ιερουσαλήμ και στο Τάγμα να συνεχίσει το αποστολικό του έργο. Οι Πάπες συνέχισαν να παραχωρούν προνόμια στο Τάγμα που έγινε ακόμη πιο σημαντικό, με τον Ουρβανό Δ΄ να του παραχωρεί exemption το 1262, απαλλάσσοντας, έτσι, το τάγμα από κάθε μορφή υπαγωγής, με μόνη του εξάρτηση αυτήν από την Αγία Έδρα. Όμως, η οριστική κατάληψη του Αγίου-Ιωάννη της Άκρας στις 18 Μαΐου 1291 υποχρέωσε το Τάγμα να αναδιπλωθεί στην Δύση.