Početkom rata, Hug Sinkler umire, i njegovu poziciju kao šef Tajne obaveštajne službe preuzima pukovnik Stuard Menzis (Stuard Menzies). On će upravljati ovom organizacijom u ratnom periodu, koja tada doživljava masovnu ekspanziju. Povećanju svedoči informacija da je, kada je Menzi stupio na funkciju rukovodioca, ova služba imala tek 42 oficira i 55 sekretara, da bi početkom 1944, u godini kada se dogodila operacija Overlord,u štabu SIS-a radilo 837 ljudi. Menzi je bio od velikog značaja za rat, i bio je jedan od retkih ljudi koji su zadržali svoju funkciju tokom celog rata.