Latem 1939 r., podczas rekolekcji dla proboszczów greckokatolickich we Lwowie, nawoływał do podjęcia przeciwdziałań wobec agitacji prohitlerowskiej wśród ludności ukraińskiej. Po pakcie Ribbentrop-Mołotow, w przededniu agresji III Rzeszy na Polskę metropolita Szeptycki zapoczątkował akcję, której celem było niedopuszczenie do antypolskich wystąpień i doradzał społeczności ukraińskiej życzliwą neutralność wobec Polski. Świadectwem publicznie zajętego stanowiska metropolity jest list pasterski "Do duchowieństwa" z 1 września 1939, w którym szczególną uwagę poświęcił młodzieży: