26 lipca 1941 został aresztowany przez Niemców z powodu odmowy podpisania manifestu do narodu polskiego w sprawie antyradzieckiej akcji u boku Niemiec. Został uwięziony w Forcie VII w Poznaniu i w trakcie śledztwa był torturowany. 18 stycznia 1942 władze Polskiego Państwa Podziemnego wystąpiły z bezskutecznym apelem do rządu brytyjskiego, aby ten poprosił państwa neutralne o interwencję w Berlinie na rzecz Adolfa Bnińskiego. Nocą z 7 na 8 lipca 1942 wywieziono go z poznańskiej Cytadeli i zamordowano prawdopodobnie pod Stęszewem koło Poznania (mogiły zbiorowe w Wypalankach). 10 października Ministerstwo Spraw Zagranicznych III Rzeszy zatwierdziło skazanie go na śmierć w Berlinie.