In augustus 1944 - bij het oprukken van het Rode Leger tot over de oostgrenzen van de republiek Slowakije - begon de Slowaakse Opstand tegen Tiso en de collaboratie met de nazi's, waarop de Wehrmacht en Waffen-SS Slowakije binnenvielen en bezetten. Prompt werden de deportaties van joodse Slowaken hervat onder nazi-leiding; de regering-Tiso was feitelijk machteloos: tot de Duitse capitulatie in mei 1945, ondanks hevige protesten van de Tiso-regering en de clerus, werden joden afgevoerd.