Het buitenlands beleid van Fox kenmerkte zich door het afstappen van de Estradadoctrine, waarbij Mexico elke buitenlandse regering respecteerde zonder rekening te houden met de manier waarop deze aan de macht was gekomen. Hierdoor bekoelde de relatie tussen Cuba en Mexico, die in het verleden relatief goed was geweest. Hoewel Fox enkele keren conflicten heeft gehad met de Verenigde Staten, onder andere over de Amerikaanse invasie in Irak en het bouwen van een muur op de grens tussen Mexico en de Verenigde Staten, was de verhouding met de noorderbuur over het algemeen redelijk. In november 2005, na het mislukken van de FTAA-top, kwam Fox in botsing met de Venezolaanse president Hugo Chávez. Chávez zei het te betreuren dat "de president van een volk als de Mexicanen een schoothondje van het imperium is geworden." Fox riep de Venezolaanse ambassadeur op het matje en eiste excuses van Chávez. Deze weigerde dit echter, en beide landen riepen hun ambassadeurs terug.