Après 1989, elle revient en Pologne et travaille comme journaliste pour Gazeta Wyborcza pendant une dizaine d'années. Elle écrit sur la Pologne et le monde de l'islam. Selon Ryszard Kapuściński, Beata Pawlak écrit sur l'islam comme nul autre dans la presse polonaise. Elle a magistralement combiné connaissance avec sensibilité, passion avec responsabilité, diligence avec une remarquable détermination pour expliquer ce monde. En mars 2002, elle entreprend un voyage à travers l'Asie. De l'Inde, via le Népal, la Thaïlande et la Malaisie, jusqu'en Indonésie. Elle meurt le 12 octobre 2002 dans une attaque terroriste sur l'île indonésienne de Bali.