Entre los años 1947 y 1948 fue rector de la Universidad Carolina. Después del golpe de estado comunista en febrero de 1948 renunció a todas sus funciones universitarias y fue obligado a abandonar la vida pública. En agosto de 1952 tuvo que mudarse de Praga por la persecución administrativa, pero logró el permiso de las autoridades para volverse a su pueblo natal, Hrabyně. En los últimos años de su vida, fue víctima de una serie de restricciones en el ámbito personal y su obra fue duramente criticada por la propaganda comunista, siendo sus textos prohibidos y excluidos de las bibliotecas públicas. Sufrió un acoso persistente del poder totalitario comunista, que consistía sobre todo en registros domiciliarios constantes; además, su pensión, que al principio era bastante elevada, le fue reducida progresivamente hasta el mínimo. Incluso en estas condiciones difíciles fue capaz de dedicarse a su trabajo de investigación. Se ocupó sobre todo de la lógica, la economía nacional, la polémica en relación con ambos campos y la redacción de sus memorias. La mayoría de todo ello se quedó solo en manuscritos. Incluso tras la Revolución de Terciopelo (1989), se publicaron solo unos pocos títulos de ese período. Falleció tras años de sufrimiento en condiciones muy modestas, con el único apoyo de su familia y sus amigos más cercanos.