Gedurende die tydperk van sy bediening in Pretoria (1914–1920) word hy ontroer deur al die leed van broedertwis wat deur die uitbreek van die Rebellie (1914) veroorsaak word, veral insidente soos die fusillering van Jopie Fourie en sy besoeke aan rebelle in die Sentrale Gevangenis. Die griepepidemie van 1918–1919 bemoeilik sy taak verder.