7 февраля 1812 года Эбле получил должность, которая сыграла роковую роль в его жизни. В преддверии Русского похода его сделали главным начальником строительства и понтонов Великой армии. В ходе кампании в России Жан-Батист Эбле и его подчинённые безупречно справлялись со своими профессиональными обязанностями, позволяя частям Великой армии безостановочно преследовать русскую армию, сжигавшую за собой все мосты. Отличился при взятии Смоленска 17 августа. Однако настоящий подвиг французские понтонёры и их командиры совершили при форсировании Березины с 26 по 29 ноября. При отступлении, Наполеон распорядился уничтожать всё, что невозможно было эвакуировать, чтобы лишить русскую армию военных трофеев. Эбле получил приказ «избавиться» от своего понтонного парка, но храбрый генерал отказался исполнять волю императора, и его неповиновение спасло армию. К Березине он привёл две походные кузницы, две повозки с углём и шесть — с инструментами. 100 отчаянных понтонеров, используя эти запасы, сознательно жертвуя собой, вошли в ледяную воду и за ночь навели три моста. Сплошным потоком по этим переправам двинулись войска. Мосты рушились, но их неизменно восстанавливали, отбивая при этом атаки наседавшего противника. Эбле неотлучно находился у мостов, воодушевляя своих самоотверженных солдат.