Im Zweiten Koalitionskrieg erlitt Frankreich 1799 in Italien eine Niederlage gegen Österreich und Russland. Die französische Herrschaft in Italien brach zusammen, die alte Ordnung (so der Kirchenstaat) wurde zum Teil wiederhergestellt. 1800 kam es zur erneuten französischen Eroberung, Napoleon ließ Italien wieder neu ordnen. Das Großherzogtum Toskana wurde zum Königreich Etrurien, die "Cisalpine Republik" zur "Republik Italien" mit Napoleon als erstem Konsul. Piemont blieb unter französischer Militärverwaltung. Nach seiner Kaiserkrönung 1804 wandelte Napoleon die Republik Italien zum Königreich Italien um. Er krönte sich 1805 in Mailand mit der Eisernen Krone zum "König von Italien". Im Frieden von Preßburg 1805 nach dem Dritten Koalitionskrieg verlor Österreich das venezianische Gebiet wieder an Frankreich, das den Westteil Venetiens dem "Königreich Italien" zuschlug und aus dem östlichen Teil (den Gebieten an der östlichen Adria) einen neuen Vasallenstaat formte, die Illyrischen Provinzen. 1806 wurden die Bourbonen erneut aus dem Königreich Neapel verjagt und Napoleons Bruder Joseph dort als Herrscher eingesetzt, 1808 sein Schwager Joachim Murat.