Граница стала международной в 1991 году после распада Советского Союза и обретения независимости входящих в него республик. Напряженность стала очевидной в связи с Ошскими бунтами в 1990 году. В 1999—2000 годах Узбекистан начал в одностороннем порядке разграничивать и минировать участки границы, ссылаясь на угрозу трансграничного терроризма. Соглашение 2001 года о потенциальной демаркации участков границы и создании свопов, соединяющих их соответствующие анклавы с «материком», было плохо принято в Кыргызстане, и соглашение так и не было ратифицировано, что привело к сохранению напряженности вдоль границы в это время. В последние годы отношения улучшились, и в 2018 году было подписано пограничное соглашение, определяющее большую часть границы; но обсуждение статуса анклавов в настоящее время продолжается.