1993 yılının Eylülünde, Azerbaycan Bağımsız Devletler Topluluğu'na katıldı. 1991 yılında Dağlık Karabağ bölgesindeki çatışmalar büyük bir savaşa dönüştü. 1994’te ateşkes imzalandı ancak anlaşmazlıklar devam etti. 1994 yılında çatışmaların sonunda Ermeniler, Dağlık Karabağ da dahil olmak üzere Azerbaycan'ın yüzde 16 kadarını kontrolü altına aldı. Yaklaşık 30.000 kişi yaşamını kaybetti ve bir milyon kişi bulunduğu yerden ayrılmak zorunda kaldı. Dört Birleşmiş Milletler Güvenlik Konseyi kararı (822, 853, 874 ve 884), "Ermeni güçlerinin Azerbaycan'ın işgal altındaki tüm topraklarından çekilmesini istedi". 1970 nüfus sayımına göre 510.000 Rus ve 484.000 Ermeni Azerbaycan'da yaşamaktaydı; 1990'larda ise birçok Rus ve Ermeni, Azerbaycan'ı terk etti. 25-26 Şubat 1992'de Ermenistan'a bağlı kuvvetlerin Azeri sivilleri topluca katlettiği Hocalı Katliamı, İnsan Hakları İzleme Örgütü de dahil olmak üzere birçok uluslararası örgüt tarafından soykırım olarak kabul edilmektedir.