El 5 de julio de 2018 se desligó del Udinese para ser el nuevo fichaje del Napoli. El 18 de agosto debuta en la fecha 1 de la Serie A, en el partido de visitante contra la Lazio, que termina con marcador de 2 a 1 a favor del conjunto napolitano. Karnezis juega algunos partidos de la liga italiana alternándose con David Ospina. Con el regreso de Alex Meret al campo después de una larga lesión, Karnezis se convierte en el tercer portero del Napoli; sin embargo, logra jugar los últimos dos partidos de la temporada: contra el Inter de Milán y el Bologna. En su primera temporada con los "azzurri", el guardameta griego totaliza 9 presencias y 7 goles recibidos. Durante su segunda temporada en el Napoli, no jugó ningún partido, pero ganó la Copa Italia.