El rey Felipe II nombra el 16 de mayo de 1570 como ministros plenipotenciarios para negociar los asuntos de la Santa Liga a Juan de Zúñiga y Requeséns, y a los cardenales Antoine Perrenot de Granvelle y a Francisco Pacheco de Toledo. Durante los años 1570-1576 llevó Juan a su cargo las negociaciones sobre la "Alianza de la Santa Liga" (España, Venecia, Vaticano) siendo papas Pio V y su sucesor Gregorio XIII. El esbozo del tratado de ayuda se terminó a fines de 1570. El ""'Tratado de la Santa Liga"'" fue firmado el 25 de mayo de 1571. La victoriosa Batalla de Lepanto fue librada por la armada de la Santa liga al mando de Juan de Austria el 7 de octubre de 1571. El gobierno de Francia negocia con el sultán una alianza contra la grandeza de España.