Depois que o Exército Patriótico Ruandês invadiu o norte de Ruanda no início da guerra civil, Mobutu enviou várias centenas de tropas da Divisão Especial Presidencial para auxiliar o governo de Juvénal Habyarimana. Em 1993, a Divisão Especial Presidencial foi enviada para reprimir os distúrbios em Masisi, Kivu do Norte, mas inflamou a situação depois que ficou do lado dos residentes hutus contra os indígenas Bahunde. Um relatório das Nações Unidas de 1996 observou que o primeiro-ministro Étienne Tshisekedi e sua equipe estiveram sujeitos a vigilância rotineira e assédio pelos soldados da Divisão Especial Presidencial.