Otten übernahm dann 1912 während des Türkisch-italienischen Kriegs die Leitung der inneren Abteilung eines Lazaretts des Roten Kreuzes in Tripolitanien (Nordafrika). Romberg berief ihn danach zum Oberarzt an der Medizinischen Klinik in München. Im Jahr 1916 erfolgte seine Berufung zum außerordentlichen Professor. Während des Ersten Weltkrieges war Otten auf deutscher Seite Marinestabsarzt der Reserve. 1917 ging er nach Magdeburg und übernahm hier am Krankenhaus Magdeburg-Altstadt die Leitung der Medizinischen Klinik, die von ihm modernisiert wurde. Schwerpunkte der Erneuerung waren das EKG, die Ermöglichung der Gastroskopie, die Bakteriologie und die Röntgenologie. Außerdem führte Otten am 1. Juli 1927 eine Beratungsstelle für Berufskrankheiten ein. Unter seiner Leitung wurde auch ein Pflegepraktikum für Medizinstudenten eingeführt.