Paulus Buys en Willem van Oranje bespraken de toestanden van het Spaanse juk in de Nederlanden en uiteindelijk keerde Buys weer terug naar Holland om in het geheim steun te vinden in de vorm van geld voor Oranje en zijn legers. In 1572 weigerde Leiden, aangevuurd door Buys, een Spaans garnizoen te huisvesten. In 1573 werd Buys gekozen als hoofd van de Raad van State, dit omdat er een risico was dat Oranje kon sneuvelen bij het beleg van Haarlem, waar hij uiteindelijk nooit zelf bij betrokken is geweest. In 1574 tijdens de belegering van Leiden was hij betrokken bij het doorsteken van de dijken rondom Leiden om de Spanjaarden verder uit de buurt te houden. Op 3 oktober werd Leiden ontzet door de Watergeuzen, en in 1577 werd Buys door Willem van Oranje als Heemraad van Rijnland benoemd.