יוצאת דופן מבין המדינות המוסלמיות היא איראן, אשר הייתה בין המדינות הראשונות אשר הכירו במדינת ישראל בזירה הבינלאומית (במרץ 1950 הכרה "דה-פקטו" בלבד), וכן פיתחה יחסי ידידות ואף נחשבה לידידתה המוסלמית הקרובה ביותר של ישראל עד לפרוץ המהפכה האיראנית, בשנת 1979. שגריר ישראל נמלט מאיראן עוד באותה השנה, לאחר תקיפות אתרים ישראלים. איראן מחרימה את ישראל ומנהיגיה קוראים פעמים רבות להחרים את ישראל ואף להשמידה.