Thorkildsen voitti n ja sekä sijoittui toiseksi , , ja . Ateenan maailmancupissa 2006 hän voitti keihäskilpailun tuloksella 87,17. Santiago de Chilen junioreiden MM-kilpailuissa 2000 ja Grosseton junioreiden EM-kilpailuissa 2001 hän sai hopeaa.