V podzemní části chrámu se nachází krypta - kaple zasvěcená svaté Sofii, kde jsou pochováni zakladatelé chrámu a někteří významní činitelé, mezi nimi například Karel Kramář a jeho manželka Naděžda, znalec byzantského a staroruského umění, akademik Nikodim Pavlovič Kondakov, ředitel Donské kadetské školy generál T. A. Semernikov, generálové S. A. Voronin, Nikolaj Nikolajevič Šilling, profesor S. S. Gruzděv, Fjodor Andrejevič Ščerbina a další. Je zde pochován také ing. Nikolaj Nikolajevič Ipaťjev, v jehož jekatěrinburském domě, který mu bolševici zabavili, byl zavražděn ruský car Mikuláš II. s manželkou Alexandrou a dětmi.