Wzrastał wraz z bratem w cieniu swojego sławnego ojca. W 49 p.n.e. po przekroczeniu przez Cezara Rubikonu i wybuchu wojny domowej ojciec i starszy brat wraz z konserwatywnymi senatorami udali się na Wschód, a Sekstus pozostał wraz z macochą Kornelią Metellą w Rzymie. Po przegranej bitwie pod Farsalos Pompejusz Wielki został zmuszony do ucieczki. Spotkał Kornelię i Sekstusa w Mitylenie i razem odpłynęli do Egiptu. Tam Sekstus był świadkiem zdradzieckiego zabójstwa ojca. Kornelia powróciła do Rzymu, a Sekstus przyłączył się do przeciwników Cezara zbierających wojska w Afryce. W 46 p.n.e. Cezar jednak pokonał pod Tapsus wojska dowodzone przez Metellusa Scypiona i Katona Młodszego. W następnym roku w bitwie pod Mundą pokonani zostali bracia Pompejusze, i tylko Sekstus zdołał zbiec, ukrywał się początkowo w północnej Hiszpanii, a w 43 p.n.e. zdołał opanować Sycylię.