Nei mesi precedenti il generale Bonaparte, isolato con il suo esercito in Egitto, aveva tentato di organizzare il territorio conquistato, ma la rivolta del Cairo del 21 ottobre 1798, duramente repressa, dimostrò l'ostilità della popolazione locale. Inoltre la situazione strategica dei francesi si stava rapidamente deteriorando dopo l'intervento in guerra dei turchi e dei russi; l'Impero Ottomano stava organizzando nuovi eserciti per attaccare i francesi e il generale decise nel febbraio 1799 di invadere la Siria per anticipare i movimenti del nemico. La nuova avanzata, iniziata con la conquista di al-Arish e di Giaffa, dove la popolazione venne massacrata, si concluse con un fallimento; il generale Bonaparte dovette abbandonare l'assedio di San Giovanni d'Acri, difesa accanitamente da Jazzar Pascià con il concorso delle navi dell'ammiraglio britannico William Sidney Smith. Il comandante francese, dopo aver respinto un attacco dei turchi al Monte Tabor il 16 aprile, fu costretto a ripiegare attraverso il deserto dal 20 maggio 1799 e le truppe francesi subirono gravi sofferenze e privazioni. Rientrata in Egitto, l'armata riuscì a distruggere il 25 luglio un altro esercito turco sbarcato ad Abukir, ma la situazione generale francese in Oriente divenne critica.