Şahın devrilmesinden sonra 1979'da Humeyni İran'a dönünce onun önde gelen yardımcılarından biri oldu. İslami Cumhuriyetçi Parti'nin kuruluşunda önemli rol oynadı. Devrim Konseyi'nde görev aldı. Devrimin ilk yıllarında içişleri bakanlığını üstlendi. 1980'de meclise seçildi ve meclis başkanlığına getirildi. Dokuz yıl boyunca meclis başkanı olarak görev yaptı ve zamanla İran'ın ikinci güçlü kişisi konumuna geldi. İran-Irak Savaşı (1980-1988) sırasında etkili rol oynadı.Ağustos 1988'de savaşı sona erdiren ateşkesi kabul etmesi için Humeyni'yi ikna etti.