Letadla Zmaj Fizir FP-2 byla použita v dubnové válce, kdy se Jugoslávie bránila napadení nacistickým Německem,fašistickým Italským královstvím a Maďarským královstvím. Italové zajali 13 letadel FP-2 Zmaj Fizir a společně s letadly Rogožarski PVT je používali od května 1941 do června 1943 proti povstalcům v Černé Hoře a Albánii. Němci zajali 15 letounů Zmaj Fizir FP-2 na letišti Butmir v Sarajevu (IATA: SJJ, ICAO: LQSA) a předali je svým spojencům, Nezávislému státu Chorvatsko, kde je používali po celou válku, počínaje rokem 1941. V Chorvatsku byly letouny použity nejen pro výcvik, ale také pro boj proti partyzánům. Protože letadlo nebylo ani zdaleka nové a dodávky náhradních dílů z továrny skončily v roce 1941, počet provozuschopných FP-2 se snižoval a v roce 1944 měli Chorvati v letovém stavu pouze tři letadla tohoto typu. Celkem však použilo Chorvatsko 23 letounů FP-2, 15 darovaných nacistickým Německem v roce 1941 a 8 vyrobených továrnou Zmaj v letech 1943–4.