Clódio participou da Terceira Guerra Mitridática sob o comando de Lúcio Licínio Lúculo, que era seu cunhado. Porém, acreditando não estar recebendo o respeito devido, Clódio incitou uma revolta entre as tropas. Outro cunhado, Quinto Márcio Rex, governador da Cilícia, entregou-lhe o comando da frota romana, mas Clódio foi capturado por piratas. Durante seu cativeiro, Clódio participou de um curioso incidente de grande repercussão. Os piratas tentavam conseguir o pagamento do resgate de Clódio de Ptolemeu de Chipre, um aliado nominal de Roma que estava, em paralelo, negociando o casamento de sua filha com Mitrídates VI do Ponto, inimigo de Roma. Ptolemeu enviou uma soma tão irrisória que os piratas, divertidos com a situação, soltaram Clódio sem ficar com o dinheiro. Humilhado, Clódio para sempre alimentou uma inimizade pelo monarca cipriota. Clódio seguiu para a Síria, onde quase perdeu a vida durante uma revolta que ele também foi acusado de instigar.