Stones debütierte am 6. September 2012 bei der 1:3-Niederlage gegen Deutschland für die U19-Auswahl des englischen Fußballverbands. Im Juni 2013 nahm er mit der U20-Nationalmannschaft an der U20-Weltmeisterschaft in der Türkei teil. Stones kam in der Gruppenphase zweimal zum Einsatz, in der er mit der Mannschaft als Gruppenletzter ausschied.