Nel 1975 è partito missionario per il Ruanda. Lì assolveva le funzioni di parroco, animatore della pastorale, organizzatore della formazione dei laici e promotore dell'apostolato tramite la stampa. Nel 1978 ha fondato a Kigali il centro medico Gikondo e ha dato il via alla campagna "Famiglia ruandese", finalizzata a promuovere metodi di pianificazione familiare naturali. È anche stato presidente dei centri medici associati a Kigali e capo del Centro di monitoraggio del programma di cura dell'epidemia di AIDS e dell'associazione dei malati. Per diversi anni ha servito come segretario del comitato famiglia e salute della Conferenza episcopale del paese. Si è affermato che lui a quel tempo fosse dalla parte del regime del Ruanda, anche se in quei tempi non ricopriva alcuna posizione importante nella struttura ecclesiastica locale e non aveva alcuna reale influenza sulla situazione del paese. Ai tempi del genocidio (aprile - luglio 1994) non era presente nel paese. Nel settembre del 1993 aveva infatti lasciato il paese per un anno di formazione. Ha soggiornato a Gerusalemme e poi a Varsavia dove ha seguito uno stage sull'uso degli ultrasuoni all'ospedale Bródnowski, al termine di un corso intensivo di lingua italiana a Roma. Nel 1994 ha partecipato al Sinodo speciale per l'Africa come esperto nel campo dello sviluppo e dei problemi della famiglia. Nel luglio del 1994, durante l'assenza del nunzio apostolico, è stato visitatore apostolico in Ruanda. Il paese era ormai alla fine della guerra civile, durata dall'agosto del 1994 al marzo del 1996. Dal 1981 è stato superiore della missione pallottina nel paese. Dal 1988 al 1991 è stato superiore della nuova provincia che comprendeva Ruanda e Zaire. È stato anche presidente della Conferenza dei superiori maggiori del Ruanda.