Door de Reformatie, godsdienstoorlogen en pestepidemieën nam de animo voor de heiligdomsvaart in de loop van de 16e eeuw flink af, zowel in Maastricht als in naburige steden. In 1489 en 1552 ging de heiligdomsvaart wegens oorlogsdreiging niet door. Bij het beleg van 1579 gingen de 'hemelse doeken' verloren en raakte het borstbeeld van Sint-Servaas ernstig beschadigd. In 1608 kwamen er nog maar 13.000 pelgrims. Nadat in 1632 bij het vredesverdrag met Frederik Hendrik de stedelijke soevereiniteit van het tweeherige Maastricht voor de helft was overgegaan in handen van de protestantse Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden, kwam er een verbod op processies en andere religieuze manifestaties in het openbaar. Waarschijnlijk was de laatste heiligdomsvaart-oude-stijl in 1629.