Recrutado pelo exército polonês para Guerra Defensiva Polonêsa de 1939, Lokajski serviu como comandante de pelotão no 35º Regimento de Infantaria Polonesa. Após a Batalha de Brest ele foi levado como prisioneiro de guerra pelo soviéticos, mas conseguiu fugir para Varsóvia, o que provavelmente salvou o destino de outros oficiais poloneses, do Massacre de Katyn. Em Varsóvia, ele se reuniu com sua família e abriu uma loja fotográfica. Ao mesmo tempo, ele atuou como professor em uma das universidades que operam secretamente em Varsóvia (ver Educação da Polônia durante a Segunda Guerra Mundial). Depois que seu irmão, Józef Lokajski, foi morto pelos alemães, Eugênio assumiu suas funções na unidade Armia Krajowa, onde ele começou a servir como a pessoa responsável pelo transporte de armas e munições. Lá, ele serviu com distinção como "Tenente Brok" (nome de guerra).