Sa mère, Maura Degollado Guízar, étant la sœur de l'un des derniers généraux des "Cristeros", sa famille est conduite à quitter Cotija pour se réfugier dans les villes de Zamora et de Jamay. Marcial Maciel Degollado est alors confronté à la pauvreté et à la guerre. Il a durant cette période côtoyé José Luis Sanchez del Rio, futur bienheureux qui, à l'âge de 14 ans, suivit les Cristeros et fut assassiné pour avoir refusé d'apostasier.