Nachdem Pompeius’ Ehefrau, Caesars Tochter Iulia, im Kindbett gestorben war, entfiel ein wesentliches Element des Bündnisses zwischen den beiden Machtpolitikern. Zudem hatte Pompeius mehr und mehr das populare Fahrwasser verlassen, sich dem Senat angenähert und war für das Jahr 52 v. Chr. zum "consul sine collega", das heißt zum alleinigen Konsul, gewählt worden. Die Situation spitzte sich zu, als Caesar mit Billigung Pompeius’ durch den Senat ultimativ aufgefordert wurde, sein Kommando niederzulegen und als Privatmann nach Rom zurückzukehren. Dies hätte für Caesar die Gefahr eines Gerichtsverfahrens wegen Überschreitung seiner Befugnisse bedeutet. In dieser Situation setzte sich Caesar mit seinen Truppen zum Grenzfluss Rubikon in Bewegung, der das militärfreie Stadtgebiet Roms von den Nordprovinzen trennte. Pompeius erhielt darauf am 7. Januar 49 v. Chr. vom Senat die Order, die Republik gegen Caesar zu verteidigen. Am 10. Januar überschritt Caesar den Rubikon und begann damit den Krieg gegen die Republik. Er marschierte gegen Rom, das von Pompeius geräumt wurde, und danach nach Spanien, wo er Pompeius’ Truppen ausschaltete. Pompeius selbst wurde später in Griechenland in der Schlacht von Pharsalos geschlagen und kurz darauf in Ägypten ermordet; die anderen senatorischen Heere (welche 6 Legionen umfassten) wurden nacheinander in Africa, in der Schlacht bei Thapsus, und Hispanien, in der Schlacht von Munda, besiegt. Damit konnte Caesar sich zum Alleinherrscher Roms aufschwingen.