Во время политической борьбы, последовавшей за провозглашением независимости Таджикистана, Тураджонзода критиковал коммунистов и поддерживал политически реформы. Он требовал официального признания важности ислама в истории и культуре Таджикистана и придания исламу официального статуса. В то же время он неоднократно отрицал обвинения в том, что он добивается создания исламского государства в Таджикистане. После начала гражданской войны Тураджонзода бежал из Душанбе и был обвинен в измене. По иронии судьбы, после окончания гражданской войны, Тураджонзода был назначен заместителем премьер-министра Таджикистана, и стал безоговорочным сторонником Эмомали Рахмона.