Am 15. November 1945 wurde Johann Kick im Dachau-Hauptprozess, der im Rahmen der Dachauer Prozesse stattfand, aufgrund der Anklage von Kriegsverbrechen vor ein US-amerikanisches Militärgericht gestellt. Unter den insgesamt vierzig Beschuldigten des Dachauer Lagerpersonals war Johann Kick als einziger Angehöriger der Politischen Abteilung des KZ Dachau vertreten. Die Klageführung unterstellte ihm insbesondere an der Zusammenstellung der sogenannten Invalidentransporte und Strafvollzügen an Lagerinsassen mitbeteiligt, und für eine gewaltsame Vernehmungsführung politischer Häftlinge in Dachau verantwortlich, gewesen zu sein.