Nach der Schulzeit begann Charbonnier eine Ausbildung, brach sie jedoch ab, um für Regionalzeitungen zu arbeiten und sich mit Illustrationen für Kinoprogramme durchzuschlagen. Während des Golfkriegs 1991 wechselte er schließlich zum Satiremagazin "La Grosse Bertha" und lernte dort Philippe Val kennen, der sein Mentor wurde. Charbonnier arbeitete für verschiedene Zeitungen und Zeitschriften, darunter waren "L’Écho des Savanes", "Télérama", "Fluide glacial" und "L’Humanité". 2006 war er auch für "Charlie Hebdo" tätig, als Val die Mohammed-Karikaturen nachdrucken ließ, die in der rechtskonservativen dänischen Jyllands-Posten erschienen waren. "Charlie Hebdo" erstritt sich vor Gericht das Recht, sich über jedwede religiöse Figur lustig zu machen. Nach dem Weggang von Philippe Val im Mai 2009 übernahm Charbonnier die Leitung mit der Absicht, "Charlie Hebdo" wieder den alten subversiven Geist einzuhauchen.