Енвер-пашу разом із Талаат-пашою та Джемаль-пашою вірмени вважають одними із головних організаторів геноциду. Звинувачення на його адресу лунають і щодо переслідувань греків і ассирійців. За різними даними жертвами етнічних чисток в Османської імперії під час першої світової стали не менше 4 мільйонів людей. Енвер ніколи не приховував, що ще в 1914 році, підозрюючи, що прихильники Росії серед вірменської громади планували повстання, він наказав роззброїти та демобілізувати вірменських рекрутів. Вірмени стверджують, що згодом вони були заслані у трудові табори, де їх масово страчували. Турецькі джерела, однак, стверджують, що демобілізовані рекрути повернулись до Вірменії. Енвер-паша не був безпосереднім виконавцем геноциду вірменського народу у 1915 р., але, відповідно до вірменських джерел, 19 травня 1916 р. Енвер оголосив: «Оттоманська Імперія повинна бути очищена від вірмен та ліванців. Перших ми знищили мечем, других ми знищимо голодом». Далі він сказав, «Я цілком погоджуюсь взяти на себе відповідальність за усе, що сталось».