2000-ben a McLaren csapat tesztpilótája volt, majd 2001-re leszerződtette őt a BAR-Honda csapata a 2000-ben gyengén teljesítő Ricardo Zonta helyére. Panis több pontot is szerzett, teljesítménye azonban így is alulmaradt csapattársával, Jacques Villeneuve-vel szemben. 2002-ben sem volt sikeresebb, és 2003-ra újfent csapatot váltott. Két évet töltött a Toyota csapatánál, ám itt sem tudott jobb eredményeket elérni. Utolsó versenyén, a 2004-es japán nagydíjon 37 éves volt, amivel magasan ő volt a mezőny legidősebb pilótája.