מחלקת ההגנה ממוקמת בפנטגון במחוז ארלינגטון, וירג'יניה, מחוץ לוושינגטון הבירה, לאורך נהר הפוטומק. היא כוללת את הצבא, הצי, חיל האוויר, חיל הנחתים, כמו גם סוכנויות לא קרביות כגון הסוכנות לביטחון לאומי והסוכנות למודיעין צבאי. התקציב השנתי של מחלקת ההגנה היה בקירוב 425 מיליארד דולרים ב-2006. סכום זה לא כולל עשרות מיליארדים בתקציבים נוספים (supplemental) שאושרו על ידי הקונגרס במהלך השנה, במיוחד עבור המלחמה בעיראק. ואינו כולל גם את ההוצאות של מחלקת האנרגיה על תכנון ובדיקת כלי נשק גרעיניים.