Venäjän vallan aikana Kirgisiaan levisi uusia maataloustekniikoita, mutta enimmäkseen niiden vaikutus oli kielteinen. Paimentolaiselämää viettäneiltä kirgiiseiltä takavarikoitiin heidän maansa, joka luovutettiin venäläisten ja ukrainalaisten siirtokuntien hyväksi. Venäjän keräämät verot ja pakkotyö, kohdistuivat kaikki alkuperäiskansoihin, mikä aiheutti kirgiisien keskuudessa tyytymättömyyttä ja nosti jännitteitä venäläisiä kohtaan. Vuonna 1916 Kirgisiaan levisi muilta Venäjän valloittamilta alueilta verinen venäläisvastainen Basmatšin kapina, johon osallistui kirgiisien lisäksi kazakkeja, uzbekkeja ja turkmeeneja. Arviolta 2000 slaavilaista uudisasukasta ja vielä suurempi joukko paikallista väestöä surmattiin. Venäjän ankarat vastatoimet ajoivat kolmasosan Kirgisian väestöstä Kiinaan.