De meeste voetbalsupporters kennen Brdarić daarom vooral als aanvaller van Bayer 04 Leverkusen, waar hij speelde van 1999 tot 2004. Met Bayer 04 Leverkusen bereikte Brdarić in 2002 de finale van de UEFA Champions League onder leiding van trainer Klaus Toppmöller. Leverkusen werd op Hampden Park met 1–2 verslagen door de befaamde "Los Galácticos" van het Spaanse Real Madrid en trainer Vicente del Bosque. Brdarić moest na 39 minuten worden gewisseld met een blessure. Thans een wereldberoemde volley van Zinédine Zidane diende de maats van Brdarić het nekschot toe.