Според легендата, манастирът е основан на мястото, където търновският патриарх Йоаникий II посреща тържествено цар Иван Асен II след победата му при Клокотница, станала в деня на празника на Св. 40 мъченици Севастийски. Новопостроеният манастир е на достъпно място в края на село Мерданя, а т. нар. стар манастир, който е построен първи след победата на цар Иван Асен ІІ, се намира в близкия лес, но от него вече са останали само почти незабележими руини. Манастирският комплекс е обявен за паметник на културата.