הגרמנים כבשו את קומרוב ב-13 בספטמבר 1939 (בערב ראש השנה), אך נסוגו ממנה כעבור שבועיים. ב-28 בספטמבר 1939 נכנס לעיירה הצבא האדום, אבל כעבור 12 ימים ברחו ממנה על-פי הסכם מולוטוב-ריבנטרופ. רבים מיהודי קומרוב התלוו לחיילי הצבא האדום הנסוגים מזרחה. עם חזרת הגרמנים לעיירה הוחרמו ונגנבו מהיהודים דברי ערך והחלו חטיפות לעבודת כפייה במחנה העבודה בזמושץ' (Zamosc).