Учреждение премии в области альтернативной музыки обсуждалось Национальной академией с 1990 года. Главной задачей было определить, какая именно музыка имеет право называться альтернативной. Премия была представлена на 33-й церемонии «Грэмми» и вручена ирландской певице Шинейд О’Коннор за альбом "I Do Not Want What I Haven’t Got". В этом же году был выдвинут и принят принцип, по которому должны отбираться работы номинантов: для получения награды вокальный или инструментальный альбом должен содержать не менее 51 % музыки, которую можно отнести к «альтернативной», «нетрадиционной» и «существующий вне мейнстрима музыкальной индустрии». В 1994 году премия изменила название на «Лучшая альтернативная запись». Нынешнее наименование было возвращено академией в 1999 году на 41-й церемонии награждения. Начиная с 2001 года премия вручалась не только исполнителю альбома, но и другим участникам записи: продюсерам, звукорежиссёрам и прочему персоналу.