Rauno Sappinen spielte erstmals für Estland in der U-16 Auswahl gegen Lettland im September 2011. Ein weiteres Länderspiel folgte gegen Irland, bevor der Mittelfeldspieler noch im selben Jahr in der Altersklasse der U-17 gegen Deutschland in der Qualifikation für die U-17 Europameisterschaft 2012 in Slowenien debütierte.