1980年，巴尼萨德尔成为了第一任由人民选举出的伊朗总统。虽然有霍梅尼的支持，但实际上他与伊斯兰共和党的关系并不融洽，这种情况在激进学生占领了美国大使馆后得到进一步恶化，他并不支持这一行动。霍梅尼还指派他担任伊朗革命委员会主席。他希望能放慢伊斯兰革命的速度，但未能取得实质结果。随着与伊拉克摩擦的升级，他开始在军队中安插力量，组织总统卫队试图叛变。1980年6月，霍梅尼解除了其军事领导权。但同年9月伊拉克正式攻击伊朗之后，他又被委任为最高防御委员会主席。在这之后直到他的总统任期结束为止，他基本上都在前线的指挥所内。