A Filipines hi ha 559 àrees protegides, que cobreixen un total de 45.762 km², el 15,32% del territori, i 21.269 km² d'àrees marines, l'1,16% del total d'1.835.028 km² que pertanyen a l'arxipèlag. D'aquestes, 60 són conques forestals, 28 parcs naturals, 33 paisatges protegits, 6 santuaris i refugis de pesca i 133 santuaris marins. A més, hi ha 2 reserves de la biosfera de la UNESCO, 3 llocs Patrimoni de la humanitat i 7 llocs Ramsar. BirdLife International reconeix 117 llocs d'importància per a les aus, amb 593 espècies, que cobreixen 32.300 km², i 10 llocs d'aus endèmiques, amb 258 espècies endèmiques.