Üsküb est durement touchée par la Deuxième Guerre austro-turque. En 1689, l'armée autrichienne, après avoir obligé les Turcs à lever le siège de Vienne, pénètre en Macédoine. Üsküb, où sévit une épidémie de choléra, est déserte et sa forteresse en mauvais état : 400 cavaliers suffisent aux Autrichiens pour la prendre le 25 octobre. Le général Engelberto d'Ugo Piccolomini fait incendier la ville le même jour, pour anéantir le choléra, mais probablement aussi pour venger les dégâts faits à Vienne par les Ottomans. Üsküb continue de brûler pendant deux jours, les dégâts sont considérables, surtout dans le quartier juif.