Șamil Basaev s-a născut în satul Dișne-Vedeno, lângă Vedeno, în sud-estul Ceceniei, din părinți care făceau parte din clanul ("teipul") Benoi. Conform lui Ghenadi Troșev, Basaev ar fi avut strămoși îndepărtați de origine rusă. Basaev a primit numele lui Imam Șamil, al treilea imam al Daghestanului și Ceceniei și ultimul conducător al forțelor anti-ruse avaro-cecene în Războiul Caucazului.