В 1563 году датский король Фредерик II начал так называемую северную семилетнюю войну против Швеции. До XIX века между странами произошло ещё несколько войн за гегемонию в регионе. В последующие годы Фредерик II получил известность как покровитель наук и искусств, в 1576 году он пожаловал астроному Тихо Браге остров Вен и выделил средства на постройку обсерватории Ураниборг. При Фредерике III Дания стала абсолютной монархией: были ликвидированы ригсрод и ригсдаг, монархия объявлена наследной, на государственные должности стали принимать не только дворян, но и выходцев из городского сословия. Была проведена военная реформа, введена рекрутская повинность, расходы на армию в 1662 г. по сравнению с 1602 г. выросли в 40 раз. Но поскольку крестьяне уклонялись от рекрутских наборов, в 1680 г. была восстановленная наёмная армия. В 1671 г. была введена «Табель о рангах», по образцу которой позже Петром I был создан аналогичный документ в России. При преемнике Фредерика Кристиане V прошла кодификация датского законодательства. В конце XVII века в Дании появились первые королевские и частные мануфактуры.