In quattro campionati di massima serie sulla panchina dei "grifoni", guida la squadra, nel 2003, alla vittoria della Coppa Intertoto e alla qualificazione in Coppa UEFA; il periodo in biancorosso termina con la retrocessione in Serie B avvenuta alla fine dell'annata 2003-2004, dopo lo spareggio interdivisionale disputato contro la . Come modulo, al Perugia ha utilizzato il 3-5-2: l'idea della difesa formata da tre uomini fu studiata dopo una conversazione con Marco Materazzi, un componente della linea difensiva.