Foi criada pelo Decreto de Criação do dia 12 de julho de 1919, via Boletim Interno da 7ª Região Militar. A 3ª Região Militar possui a denominação histórica de "“Região Dom Diogo de Souza”", homenagem ao primeiro governador da Capitania de São Pedro do Rio Grande. Mas, desde a época do Reino Unido de Portugal, Brasil e Algarves, era tratado como Região Militar, pois na época, o governador da Capitania era também o Capitão-Geral militar. Ao longo dos anos, a 3ª RM participou da Campanha do Exército Pacificador da Banda Oriental, da Guerra contra Artigas, da Campanha da Cisplatina, da Revolução Federalista, Guerra dos Muckers, Campanha de Canudos, mandou contingentes para a 1ª Guerra Mundial e 2ª Guerra Mundial, Revolução de 1923, combateu a Coluna Prestes, participou da Revolução de 1930, da Revolução Constitucionalista de 1932 e do Golpe Militar de 1964.