In 1578 benoemde Willem van Oranje hem tot vestingcommandant van Maastricht, waar hij in ijltempo verbeteringen aanbracht aan de vestingwerken van Maastricht. Onder zijn leiding werden onder andere de stadswallen verzwaard, diverse muurtorens gemoderniseerd, de grachten uitgediept, en binnen de stad retranchementen aangelegd en de opritten naar bestaande katten verbeterd. Samen met militair gouverneur Melchior van Schwarzenberg leidde hij in 1579 de verdediging van de stad tijdens het Beleg van Maastricht. Tijdens de laatste fase van het beleg, toen de verdediging van de westelijke muur nabij de Brusselsepoort onhoudbaar bleek, ontwikkelde Tapijn het plan om de nog bestaande eerste stadsmuur van Maastricht als reserveverdedigingslinie te gebruiken, om de bevolking de gelegenheid te geven zich in het oostelijk stadsdeel Wyck terug te trekken. Daarna zou het westelijk stadsdeel in brand worden gestoken en de Maasbrug deels worden afgebroken. Het compacte stadsdeel Wyck op de oostelijke Maasoever verwachtte hij nog zeker twee maanden met succes te kunnen verdedigen, daarmee tijd winnend voor het langverwachte ontzet door het Staatse leger. Het plan werd niet uitgevoerd doordat Tapijn tijdens de gevechten ernstig gewond raakte en de gevechtsleiding op het kritieke moment verloor. Parma liet hem na de zeer bloedige inname van de stad overbrengen naar zijn hoofdkwartier in de abdij van Hocht, ten noorden van Maastricht. Volgens sommige bronnen zou hij in Limburg aan de Vesder zijn overleden.