Avant de quitter Washington après l'ajournement du Congrès en , Stevens demanda en privé à Lincoln d'accroître la pression militaire sur le Sud même si le conflit se terminait. Il ne le revit jamais car le président fut assassiné le par le sympathisant confédéré John Wilkes Booth. Stevens n'assista pas aux cérémonies quand le train funèbre s'arrêta à Lancaster prétendument pour des raisons de santé.