Po návratu do své rodné vlasti se rozhodl Eminger pro vstup do nově vznikající Československé armády, kam byl přijat ve své původní hodnosti štábního kapitána. Následně byl odvelen na Slovensko, kde se zúčastnil bojů proti maďarským jednotkám. Za to byl následně vyznamenán Československým válečným křížem. Následně byl vyslán do Budapešti, kde sloužil jako vojenský přidělenec československé vojenské mise. Ke konci ledna roku 1921 byl povýšen do hodnosti majora generálního štábu.