Le service de médecine nucléaire qu’il dirige à la Pitié-Salpêtrière est spécialisé en pathologie thyroïdienne, et suit une des plus grandes cohortes européennes de patients atteints de cancer thyroïdien. André Aurengo a notamment hébergé chez lui et soigné dans son service des enfants ukrainiens irradiés, victimes de l’accident de Tchernobyl.