Efter 1550-talets tavastiska fälttåg fick Haapajärvi vara ifred fram till tiden efter klubbekriget (1596-97), fram till 1599 då Sigismunds anhängare i mars 1599 under Ambrosius Henriksson angrep bosättningarna i Pyhäjärvi, Haapajärvi, Reisjärvi och Lestijärvi. Haapajärvi besparades klubbekriget och 25-åriga kriget mot Ryssland (1570-95). Under stora ofreden krävdes ett okänt antal dödsoffer. Även missväxter på 1720- och 1740-talen besvärade bosättningen, samt lilla ofreden. Två tredjedelar av ortens befolkning beräknas ha östligt (savolaxiskt) ursprung, en tredjedel västligt. Dialekten har uppstått som en blandning mellan savolaxiska och västliga dialekter.