Né dans une famille d'hidalgos, Joaquín de la Pezuela fait des études militaires au Collège d'artillerie de Ségovie et participe au siège de Gibraltar puis à des combats contre les Français au Pays basque et en Navarre en 1793 et 1794. Il part pour l'Amérique du Sud en 1805 en tant que commandant de l'armée du Haut-Pérou. Le vice-roi du Pérou José Fernando de Abascal y Sousa le nomme ensuite à la tête de l'artillerie royale, qu'il réorganise totalement avant d'être promu brigadier en 1813.