Von 1988 bis 1990 kommandierte McKiernan in Deutschland das 1. Bataillon, 35. US-Panzerregiment der 1. US-Panzerdivision. Danach wurde er im Juli 1990 Senior-Beobachter und Kontrolleur der Panzertruppen am Combat Maneuver Training Center (CMTC) bei Hohenfels in Deutschland. Im Dezember 1990 wurde er ins Hauptquartier des VII. US-Korps versetzt, um dort den Taktischen Kommandoposten des Korps während der Operationen Desert Shield und Desert Storm zu übernehmen. Nach dieser Verwendung ging er wieder ans CMTC und bald darauf absolvierte er das US Army War College.