In 1998 stapte Fisichella over naar Benetton. Opnieuw reed hij een goed seizoen en pakte zelfs een poleposition tijdens de Grand Prix van Oostenrijk. Hij werd negende in het kampioenschap met zestien punten.In 1999 werd hij tweede in de Grand Prix van Canada en eindigde hij met dertien punten op een negende positie in het kampioenschap.In het volgende jaar behaalde Fisichella drie podiumplaatsen en werd hij zesde in het kampioenschap met achttien punten.