Das Département Doubs wurde am 4. März 1790 aus Teilen der Freigrafschaft Burgund gebildet. 1796 trat das Haus Württemberg die Grafschaft Mömpelgard an Frankreich ab. Deren Gebiet gehörte bis 1800 zum Département Mont-Terrible, nach dessen Auflösung zum Département Haut-Rhin und schließlich ab 1814 zum Département Doubs. Nach dem Sieg der Alliierten in der Schlacht bei Waterloo war das Département Doubs von Juni 1815 bis November 1818 von österreichischen und Schweizer Truppen besetzt.