1839 half Lappenberg nicht nur den Verein für Hamburgische Geschichte zu gründen, er wurde auch sein erster Vorsteher. Die größten Probleme als Archivar hatte er 1842 zu meistern, als beim Großen Brand sehr viele Archivalien für immer vernichtet wurden. 1849 wurde Lappenberg als Abgeordneter des Hamburger Senats in den Bundestag nach Frankfurt am Main entsandt. 1855 verlieh ihm die Universität Kiel den Titel "Dr. h.c." Da ihm durch seine Augenkrankheit die Erblindung drohte, ging Lappenberg 1863 mit 69 Jahren in Pension. Otto Beneke wurde sein Nachfolger als Senatsarchivar.