בוגוד המשיך בתמיכתו בקיסר לאורך מלחמת האזרחים. הוא הדף ניסיון של גנאיוס פומפיוס ויובה הראשון מלך נומידיה לפלוש לממלכתו, ולאחר תבוסת כוחות פומפיוס באפריקה הוא הצטרף לקיסר בהיספניה ונלחם כנגד בניו של פומפיוס בקרב מונדה בשנת 45 לפנה"ס, שבמהלכו הצטיין בשדה והיה מהגורמים שהטו את כף המאזניים לטובתו של קיסר.