Banaba (Isola Ocean) rimase comunque il quartier generale della colonia sino all'evacuazione dei britannici nel 1942 nel corso della Guerra del Pacifico quando l'Isola Ocean e le Isole Gilbert venero occupate dai giapponesi. Le forze statunitensi sbarcarono a Funafuti il 2 ottobre 1942 e su Nanumea e Nukufetau nell'agosto del 1943 e costruirono in loco delle basi aeree di appoggio. Gli atolli delle Ellice e quelli delle Sporadi fornirono un posto di appoggio durante la Battaglia di Tarawa e durante la Battaglia di Makin che ebbero inizio il 20 novembre 1943. Il colonnello Fox-Strangways, fu commissario residente delle isole Gilbert ed Ellice nel 1941, con sede a Funafuti.