Nell'Ottocento, con la nuova riforma amministrativa, Noto perse il ruolo di capovalle, che passò a Siracusa. Tuttavia nel 1837, a causa del moto carbonaro di Siracusa, Noto divenne capoluogo di provincia, e nel 1844 anche centro di una diocesi. Nel 1848 scoppiò la Rivoluzione siciliana indipendentista e Noto vi partecipò, la rivolta venne repressa l'anno successivo e il netino Matteo Raeli, ministro del governo rivoluzionario, andò in esilio a Malta.