Fenaja begleitete den Papst 1804 zur Kaiserkrönung Napoleons I. und blieb danach einige Monate in der französischen Hauptstadt. Im Mai 1805 ging er nach Florenz, um den als jansenistisch betrachteten Ansichten von Scipione de’ Ricci entgegenzutreten und dessen Annahme des päpstlichen Urteils von 1804 entgegenzunehmen. Am 23. Dezember 1805 wurde Benedetto Fenaja zum Lateinischen (Titular-)Patriarchen von Konstantinopel erhoben. Die Verfolgung des Klerus, die nach der französischen Besatzung Roms unter General Miollis einsetzte, veranlasste Benedetto Fenaja im Juni 1809 Rom zu verlassen. Über Florenz und Bologna gelangte er nach Paris, wo er seine letzten Lebensjahre verbrachte.