Wohl spätestens seit der Reformation in Anhalt-Bernburg (1524–1526) hatte Altenburg bis 1772 einen eigenen Pfarrer, dann wurden Waldau und Altenburg kirchlich vereint. Von 1807 bis 1818 kam es durch die Franzosenzeit zu einer erneuten Trennung. Infolge der sehr positiven Einwohnerentwicklung erhielt Altenburg noch vor 1867 wieder einen eigenen Prediger. 1863 starb mit Alexander Carl das Herzogtum Anhalt-Bernburg aus. 1869 ging das Amt Nienburg aus dem Kreis Köthen in den erst 1864 neugeschaffenen Kirchenkreis Bernburg über. Zu diesem Zeitpunkt gehörte Altenburg noch immer zum Amt Bernburg.