Na začátku 15. století se Krupky a okolních obcí, tak jako většiny Čech, dotkly husitské války. Majitel Krupky Albrecht z Koldic a krupští měšťané byli věrnými spojenci císaře Zikmunda. Ke Krupce se husité poprvé dostali v roce 1426 po vítězné bitvě u Ústí nad Labem (bitva na Běhání). Husité pronásledovali prchající křižáky a v místech, kde dnes leží Bohosudov, jich údajně asi tři sta pobili. Potomci padlých rytířů nechali na tomto místě postavit kapličku, kolem které kolem roku 1500 vznikla vesnice – dnešní Bohosudov. V téže době husité vypálili světecký klášter. Přeživší jeptišky se skrývaly v lesích kolem Krupky. Poslední z nich schovala sošku Panny Marie do lípy v místě, kde dnes stojí bohosudovská bazilika. K této sošce se váže vznik poutní tradice v Bohosudově. První pouť se konala roku 1610. V následujících letech se husité dostali ke Krupce ještě dvakrát, a to v roce 1429 a v dubnu roku 1433, kdy dobyli hrad i město.