במהלך מלחמת העולם השנייה וכיבושה של אינדונזיה בידי היפנים, אינדונזים רבים עברו להתגורר במלבורן. במהלך תקופה זו הושמו יהודי אינדונזיה במחנות, והמוסלמים נדרשו להתפלל לכיוון טוקיו ולא מכה. מצידה של אוסטרליה, חיילים מטעמה לקחו חלק בקרב בורנאו נגד היפנים. ב-17 באוגוסט 1945, פחות מחודש לפני כניעתה של יפן, הכריז סוקרנו, שהנהיג את המושבה, על עצמאות המדינה. לאחר ההכרזה נדרשו עוד ארבע שנים של מלחמת גרילה נגד ההולנדים והיפנים בטרם הוכרה עצמאותה של אינדונזיה.