Der Prut bildet in seinem Unterlauf an mehreren Stellen Feuchtgebiete in der Steppengraslandschaft. Flache, vom Fluss gespeiste Seen bei Cahul und Giurgiulești wurden zu Schutzzonen erklärt. Solche Seen tragen zum Ausgleich der jahreszeitlich bedingten Wasserschwankungen bei und stellen wertvolle Ökosysteme zur Bewahrung der Biodiversität dar. Zur Wasserregulierung dienen unterhalb des Costești-Stausees an mehreren Stellen Deiche längs des Flusses, die nach den Vorgaben des um Hochwasserschutz bemühten Ingenieurs Anghel Saligny seit 1965 errichtet wurden und die natürlichen Seen am Ufer, die Nebenarme und Sumpfgebiete zu Ackerflächen machten. Eines dieser regulierten Gebiete ist der Trifești-Sculeni-Deich zwischen Sculeni und dem flussaufwärts gelegenen rumänischen Ort Trifești. Hinter dem 1972 bis 1974 am Flussufer errichteten Deich ist eine Ebene entstanden, die durch mehrere parallel zum Fluss verlaufende Kanäle, die bis zum Grundwasser reichen, entwässert wird. Das für die Feldbewässerung nicht benötigte Wasser der Trifești-Sculeni-Eindeichung wird in den Prut und den Jijia, einen rechten Nebenfluss des Prut abgeleitet. Der Deich zwischen beiden Orten ist 30 Kilometer lang und durchschnittlich drei Meter hoch. Seit der Jahrtausendwende werden Untersuchungen angestellt mit dem Ziel, ehemalige Überschwemmungsflächen zu renaturieren. Der durchschnittliche Jahresniederschlag in der Region beträgt 500 Millimeter (Messstation Iași).