W obliczu zagrożenia konfliktem zbrojnym Stanisław Domański został zmobilizowany do Wojska Polskiego w sierpniu 1939. Po wybuchu II wojny światowej w okresie kampanii wrześniowej otrzymał zadanie organizacji szpitala wojskowego. Według jednej wersji był internowany na Węgrzech. Został wzięty do niewoli i przebywał w niemieckich obozach jenieckich: Oflag VII A Murnau, Stalag IV G Oschatz, Oflag IV C Colditz (Lipsk). W tym czasie jego w domu Domańskich schronienie otrzymali uciekinierzy wojenni, a także kwaterowali Niemcy. Sanatorium dr. Domańskiego, umiejscowione po prawym brzegu Sanu znalazło się po sowieckiej stronie wpływów ustalonej w pakcie Ribbentrop-Mołotow z 23 sierpnia 1939 między III Rzeszą a ZSRR. Radzieckie władze zorganizowały w budynku magazyny przeznaczone dla straży granicznej. Po ataku Niemiec na ZSRR z 22 czerwca 1941, w wyniku ostrzału artyleryjskiego Niemców prowadzonego z terenu Sanoka (ulica Sanowa, Glinice), trafiony został dach budynku, wskutek czego wybuchł pożar, który zniszczył sanatorium (nie przebywali w nim podczas ostrzału żołnierze, a były tylko składowane koce wojskowe). Stanisław Domański powrócił z niewoli do Sanoka z pogorszonym zdrowiem. Mimo jego starań o odbudowę sanatorium, nie zostało to zrealizowane i ostatecznie lekarz sprzedał zrujnowany budynek jako materiał rozbiórkowy.