Els orígens del castell de Flix són incerts, i alguns autors suggereixen que sota l'estructura del castell s'hi troben vestigis d'època romana i fins i tot hom diu que fou bastit sobre les restes d'un far o talaia ibèrica. Encara apreciem restes del castell original per dins del que es va construir al . El 1837, durant la primera guerra carlina, es va construir l'actual castell, i el 1874, durant la tercera guerra carlina, uns murs i una gran torre rodona hi foren afegits. La seua situació geogràfica el convertí en un dels més importants de la comarca, junt amb el castell de Mequinensa i el castell de Miravet. Tenia importància tant a la guerra civil del , com a la dels segadors del i la de Successió del .