Након Алексијеве смрти, Трапезунт је прошао кроз период грађанског рата. Након краткотрајне стабилности током владавине Василија (1332—1340), око Трапезунта се две групе боре за превласт: провизантијска страна предвођена Сколаријима и Амитзантаранти, који су представљали интересе домаће олигархије. Врхунац кризе је у периоду 1347-1348. године. Истовремено се води грађански рат и у Византијском царству. Немире у Трапезунту искористили су Турци да освоје Оинон и опседну Трапезунт, док су Ђеновљани заузели Керас. Сем тога, епидемија бубонске куге (Црна Смрт) шири се из Кафе ка Трапезунту и другим градовима на обали Црног мора. Трапезунтско царство је успело да изађе из кризе. Цар Михаило је абдицирао у корист свога нећака Алексија III који је успео да смири ситуацију. Под владавином Алексија III Трапезунт је сматран важним трговинским центром и богатим градом. Отпочела је политика склапања династичких бракова са суседним турским владарима.