Joly war bereits mehrfach an Crosslauf-Europameisterschaften und Crosslauf-Weltmeisterschaften der beste Schweizer Läufer. An den Crosslauf-Europameisterschaften 2009 in Dublin belegte er den zehnten Platz. In den Jahren 2007, 2008 und 2010 wurde Joly Schweizermeister Crosslauf. Stéphane Joly startete für Stade Genève.