Im April 1941 wurde für die Ägäis die "Seetransporthauptstelle Piräus" eingerichtet. Dieser wurden unterschiedliche Seetransportstellen mit weiteren Außenstellen zugeordnet. So entstanden die Seetransportstelle Saloniki, Kreta, Patras, Dodekanes und Volos. Von April bis Juli 1941 bestand der "Seetransportchef Südost" (Saloniki). Die Unterstellung erfolgte unter den Admiral Südost. Die Dienststelle war für die deutschen Handelsschiffe und die Marine-Bordflak-Einheiten im Ägäischen Meer verantwortlich, welche die Landung auf Kreta unterstützen sollten. Im November 1944 wurde die Dienststelle aufgelöst.