עבור ספרד, הפכה המלחמה לביצה ארוכה ומתישה. ב-1574, הצבא הספרדי נהדף מהמצור שהטיל על העיר ליידן, לאחר שההולנדים שברו את סוללות ההגנה שלהם ואת הסכרים אשר הגנו על המישורים הנמוכים בארצם, וגרמו לשיטפונות וסחיפות ענק בנתיבו של הצבא הספרדי. ב-1576, בעקבות עומס כלכלי שנוצר מהמלחמה בארצות השפלה, מהחזקתו של הצי שניצח בקרב לפנטו, ובעקבות האיום הגובר מצד הפיראטים באוקיינוס האטלנטי, אשר הפחית את הכנסותיו מהקולוניות באמריקה, הכריז פליפה על פשיטת רגל. צבאו של פליפה פתח במרד זמן לא רב לאחר מכן - הוא כבש את אנטוורפן ובזז את ארצות השפלה הדרומיות. בעקבות ביזתם של חייליו של פליפה, הצטרפו מספר מוקדים בארצות השפלה הדרומיות הנייטרליות למרד. ב-1579, הספרדים פייסו את ארצות השפלה הדרומיות באיחוד אראס, שנחתם בין הצדדים, בו נשבעו ארצות השפלה הדרומיות נאמנות לפליפה. בתגובה, חתמו ארצות השפלה הצפוניות על איחוד אוטרכט, כברית בין הארצות הצפוניות נגד ספרד. הארצות הצפוניות הכריזו באופן רשמי על עצמאותן ב-1581, בחקיקתו של חוק ההתכחשות.