К началу Отечественной войны 1812 года полковник Мерлин командовал 2-й резервной артиллерийской бригадой. Отличился в сражениях при Бородино и под Красным, за многочисленные боевые отличия при изгнании Наполеона из пределов России был произведён в генерал-майоры. Во время Заграничных походов 1813 годов командовал артиллерией 3-го пехотного корпуса, отличился в Битве народов под Лейпцигом и при взятии Суассона.