После возвращения в Европу в 1781, Хьюз в 1782 году, уже контр-адмиралом, командовал дивизионом в составе флота лорда Хау в экспедиции по снятию осады с Гибралтара и был при мысе Спартель, а по заключении мира в 1783 году стал главнокомандующим в Вест-Индии. Среди его капитанов был Горацио Нельсон, который обратил внимание адмирала на то, что он юридически не имеет власти приостановить действие Навигационных актов, чтобы разрешить торговлю с Соединенными Штатами, в чём Хьюза убедили некоторые купцы. Также на юридических основаниях он отказался подчиняться военно-морскому комиссару на Антигуа, назначенному Хьюзом. Нельсон критиковал Хьюза за то, что тот не живет в «стиле британского адмирала… он не придает себе тот вес, который, я считаю, должен иметь английский адмирал». В результате Нельсон в 1787 году был отозван и переведен на половинное жалование.