Devenu entre-temps dirigeant au sein de la CONMEBOL, Burga est arrêté par la police péruvienne le , dans le cadre du scandale de corruption qui ébranle la FIFA en . Réclamé par la justice américaine, il encourt une peine prison allant jusqu'à 20 ans. Des faits de blanchiment d'argent, association de malfaiteurs et fraude électronique lui sont reprochés durant son mandat comme président de la fédération péruvienne de football.