Скоро след това Фушими е възстановен, и се озовава под контрола на Тории Мототада, васал на Токугава Иеясу. През 1600 г. замъкът е превзет от Ишида Мицунари в известната обсада на Фушими. Тори Мотодада защитава замъка в продължение на единадесет дни, забавяйки силите на Ишида и позволявайки на господаря си Токугава да събере армията си. Това забавяне оказва голямо влияние върху битката при Секигахара, която се случва скоро след това и отбелязва окончателната победа на Токугава над съперниците му.