В середине сезона Рио пропустил несколько месяцев из-за обострения старой травмы спины. Он отсутствовал на поле начиная с конца октября и вернулся в состав «"красных дьяволов"» 23 января 2010 года в 23-м туре английской Премьер-лиги, когда «Юнайтед» дома разгромил «Халл Сити». В этом же матче произошёл скандальный инцидент: Фердинанд ударил рукой в лицо нападающего «Халла» Крэйга Фэгана. Рассмотрев данный эпизод, Дисциплинарный комитет ФА наложил на игрока «Манчестер Юнайтед» трёхматчевую дисквалификацию; после апелляции Рио её срок был увеличен до четырёх матчей. Следующий матч после вынесения вердикта ФА Фердинанд провёл лишь 16 февраля против «Милана» в 1/8 финала Лиги чемпионов. Последствия всё той же травмы не позволили Рио принять участие в финале Кубка лиги 28 февраля, в котором манкунианцы обыграли «Астон Виллу» со счётом 2:1 и защитили прошлогодний титул.