W reprezentacji Egiptu Youssef zadebiutował w 1985 roku. W 1990 roku został powołany przez selekcjonera Mahmouda El-Gohary'ego do kadry na Mistrzostwa Świata we Włoszech. Tam był podstawowym zawodnikiem Egiptu i rozegrał 3 spotkania grupowe: z Holandią (1:1), z Irlandią (0:0) i z Anglią (0:1). W swojej karierze grał także w Pucharze Narodów Afryki 1992, Pucharze Narodów Afryki 1994 i Pucharze Narodów Afryki 1996. Od 1985 do 1997 roku rozegrał w kadrze narodowej 52 spotkania i zdobył 2 gole.