Op 29 juni 1236, in de tijd van de Reconquista, werd Córdoba veroverd door de katholieke koning Ferdinand III. Vanaf deze dag werden alle Moren de stad uitgezet met zoveel spullen als zij mee konden nemen. Een groot deel van de Romeinse gebouwen werd verdeeld onder de adel die had bijgedragen aan de verovering, waarvan velen afkomstig waren uit Noord-Spaanse regio’s zoals Burgos en Navarra. In de regeringsperiode van Koning Ferdinand III werden er veertien nieuwe kerken gebouwd en in 1241 werd Córdoba onderverdeeld in veertien wijken. Elke wijk had haar bijbehorende kerk. Onder het bewind van koning Alfons XI werden nog meer religieuze bouwwerken geconstrueerd, waaronder de Sinagoga de Córdoba en het Alcázar de los Reyes Cristianos; het laatste zou later worden veranderd in een koninklijk paleis. Ook werd Córdoba in de 15de eeuw de katholieke uitvalsbasis voor de verovering van Granada in 1478.