Τον Αρταφέρνη διαδέχθηκε ο γιος του Αρταφέρνης ο νεότερος, οι Λυδοί ενσωματώθηκαν στον στρατό των Αχαιμενιδών και συμμετείχαν στην Δεύτερη περσική εισβολή στην Ελλάδα (480 - 479 π.χ.). Ο Ξέρξης Α΄ της Περσίας συγκέντρωσε τον χειμώνα του 481 - 480 π.χ. τον στρατό του στην Λυδία προκειμένου να προετοιμαστεί για την επίθεση στην Ελλάδα. Την περίοδο 480 π.χ. - 440 π.χ. υπάρχουν ελάχιστες πληροφορίες για την Σατραπεία της Λυδίας. Ο Σατράπης Πισσούθνης προσπάθησε να καταλάβει την Σάμο που είχε εξεγερθεί απέναντι στην Αθήνα (440 π.χ.) αλλά απέτυχε. Ο Πισσούθνης εξεγέρθηκε εναντίον του Πέρση βασιλιά, ο Δαρείος Β΄ της Περσίας έστειλε τον Τισσαφέρνη εγγονό του Υδάρνη να συλλάβει και να θανατώσει τον Πισσούθνη.