El Wii U Pro Controller es el segundo mando lanzado para la consola, disponible por separado. Al igual que los mandos más tradicionales, incluye palancas deslizantes, botones y gatillos. Nintendo desveló el Pro Controller en un Nintendo Direct previo al E3 2012 con el objetivo de atraer a jugadores más profesionales y experimentados ("hardcore") para hacer a Wii U más competitiva en comparación con lo que ofrece Sony y Microsoft. Muchos analistas del videojuego han notado una similitud con el mando de la Xbox 360 de Microsoft; sin embargo, Nintendo aclara que el diseño del Pro Controller es una "versión mejorada" del mando clásico de Wii y "ofrece una experiencia más cómoda".