Po rozpadu SSSR v roce 1991 nastala v Novosibirsku, stejně jako v celé zemi, hluboká hospodářská krize. Mezi léty 1991–1998 se průmyslová výroba snížila na méně než třetinu, přičemž pokles nejvíce zasáhl sofistikované technologické obory jako radioelektroniku, mikroelektroniku, výrobu přístrojů a letecký průmysl. Počet obyvatel po desetiletích strmého růstu poprvé klesl. Zároveň však proběhla transformace na tržní hospodářství, vznikla celá řada malých firem a větší roli začaly hrát služby.