Em janeiro de 2000, o contingente armado da Frente Islâmica de Salvação se desfez e muitos se renderam sob uma anistia patrocinada pelo governo de Bouteflika. No mesmo ano citado, como resultado da guerra civil, a Igreja viu seus membros diminuir drasticamente: mais da metade das 177 freiras do país havia partido, enquanto mais de 40 centros missionários foram abandonados. Além do mais, a população católica já se havia reduzido para aproximadamente 20.000, apenas um quinto do número de 40 anos antes. Os católicos formaram comunidades em torno de igrejas maiores nas cidades de Oran, Constantina e Argel por razões de segurança, abandonando algumas das 37 paróquias que permaneceram no país. Dados de 2016, contavam na Arquidiocese de Argel 1.500 fiéis, em treze paróquias, 47 sacerdotes (21 diocesanos e 24 religiosos) e 57 religiosas; na Diocese de Constantina, 1.500 católicos, em sete paróquias e duas missões, com onze sacerdotes (três diocesanos e oito religiosos) e vinte irmãs; na Diocese de Oran, 1.500 fiéis, em sete paróquias, com vinte sacerdotes (a maioria religiosos) e quarenta religiosas; e na Diocese de Laghouat, 2.000 fiéis, em dez paróquias, assistidos por dezesseis sacerdotes (treze religiosos) e 36 religiosas.