Jako rektor univerzity vyloučil 1933 ze studentské konference německého nacistického studenta pro jeho antisemitský článek, což vyvolalo diplomatický protest z německé strany a přivodilo Huizingovi zákaz publikací v Německu. Po obsazení Nizozemska Německem byl roku 1942 nejprve internován, ale na základě lékařského dobrozdání propuštěn do domácího vězení v obci De Steeg, kde roku 1945 zemřel.