W 1939 roku Heydrich zorganizował prowokację gliwicką, która stanowiła pretekst do ataku III Rzeszy na II Rzeczpospolitą. Po wybuchu II wojny światowej utworzone i nadzorowane przez Heydricha "Einsatzgruppen" – których głównym celem miało być „neutralizowanie” ośrodków potencjalnego oporu wobec nazistów poprzez mordowanie polskich intelektualistów, ludzi nauki, wysokich urzędników i Żydów – dokonywały zbrodni wojennych i aktów terroru na nieznaną dotąd skalę. Podobne zadania oddziały SS wykonywały podczas Operacji Barbarossa. W jej trakcie Heydrich przypuszczalnie wydał ustny rozkaz mordowania Żydów bez względu na wiek, płeć i poglądy polityczne.