Joubert vocht, als kapitein, tijdens de Spaanse Successieoorlog, ditmaal onder de leiding van admiraal Lodewijk Alexander van Bourbon, ook bekend als de graaf van Toulouse. Een poging der Fransen om de Britten te verjagen uit Gibraltar, draaide op niets uit; een Brits-Nederlandse vloot verhinderde dat in de zeeslag bij Málaga (1704). In 1712 werd hij bevorderd tot vice-admiraal. Vanaf 1713 had de welvarende kolonie Saint-Domingue een gouverneur apart van deze van de Kleine Antillen.