2001 veröffentlichte Maher sein erstes Independent-Album. 2005 schloss er einen Vertrag mit EMI ab, woraufhin verschiedene von ihm geschriebene Lieder von Künstlern wie Chris Tomlin, Crowder oder Third Day aufgenommen wurden. 2007 wurde er bei Essential Records unter Vertrag genommen, wo er im April 2008 das Album "Empty &amp; Beautiful" veröffentlichte, mit dem ihm der Durchbruch gelang. Maher tourte danach neben den USA auch durch Europa und Australien. Es folgten weitere Alben bei Essential, die ihm Platzierungen in den Billboard 200 und den Top Ten der Top Christian Albums einbrachten. Im April 2013 veröffentlichte er das Album "All the People Said Amen", die daraus ausgekoppelte Single "Lord, I Need You" wurde von der Recording Industry Association of America mit Platin ausgezeichnet. Maher trat beim Weltjugendtag 2013 in Rio de Janeiro vor über drei Millionen Menschen auf. Im März 2015 veröffentlichte er sein bislang erfolgreichstes Studioalbum "Saints and Sinners" mit der Single "Because He Lives (Amen)", die sein erster Nummer-eins-Erfolg in den Christian Airplay-Charts war und mit Gold ausgezeichnet wurde. Bis heute verkauften sich seine Alben über 550.000 Mal.