Ele realinhou o eixo de seu exército e marchou com seus soldados em direção à cidade de Eckmühl. Os franceses conquistaram uma vitória convincente na resultante Batalha de Eckmühl, forçando Charles a retirar suas forças sobre o Danúbio e a Boêmia. Em 13 de maio, Viena caiu pela segunda vez em quatro anos, embora a guerra continuasse, já que a maioria do exército austríaco havia sobrevivido aos compromissos iniciais no sul da Alemanha. Em 17 de maio, o principal exército austríaco de Carlos havia chegado ao Marchfeld. Carlos manteve a maior parte de suas tropas a vários quilômetros da margem do rio, na esperança de concentrá-las no ponto em que Napoleão decidiu atravessar. Em 21 de maio, os franceses fizeram seu primeiro grande esforço para atravessar o Danúbio, precipitando a Batalha de Aspern-Essling. Os austríacos desfrutaram de uma superioridade numérica confortável sobre os franceses durante toda a batalha. No primeiro dia, Carlos dispôs de 110 mil soldados contra apenas 31 mil comandados por Napoleão. No segundo dia, os reforços haviam aumentado o número de franceses para 70 mil.