Berhalter bestritt 44 A-Länderspiele für die USA. Er spielte unter anderem zwei Partien bei der Fußball-Weltmeisterschaft 2002 in Japan und Südkorea. Mit der Nationalmannschaft der USA hatte er sich für die Fußball-Weltmeisterschaft 2006 in Deutschland qualifiziert, wurde dann aber von Trainer Bruce Arena für das Turnier nicht berufen. Nachdem sich während der Vorbereitung Cory Gibbs am Knie verletzt hatte, wurde Berhalter zwei Wochen vor Beginn der WM in den Kader nachnominiert.