Beim Massaker von Kamenez-Podolsk vom 26. bis zum 28. August 1941 spielte von Roques eine bedeutsame Rolle. Da er wusste, dass die Errichtung des Reichskommissariats Ukraine am 1. September erfolgen würde, wollte er ein „befriedetes“, von Juden freies Gebiet an die künftige Zivilverwaltung übergeben. So verständigte er sich sehr schnell mit dem Höheren SS- und Polizeiführer (HSSPF) Russland Süd, Friedrich Jeckeln, dass diese zu beseitigen waren: „Ob es Jeckeln war, der v. Roques den Mord vorschlug oder umgekehrt“, so das Resümee des Historikers Hasenclever, „lässt sich nicht mehr nachvollziehen“. Im Ergebnis wurden an diesen drei Tagen 23.600 Juden unter Jeckelns Aufsicht von dessen „Aktionsstab“ und vom Polizei-Bataillon 320 ermordet.