Hashim Thaçi vendte tilbage til Kosovo i november 1998 hvor han involverede sig i guerillakrigen, der havde fundet sted i nogle år, men tydeligt var blusset op i sommeren 1998. Det følgende år var han leder af den kosovoalbanske delegation ved Rambouillet-forhandlingerne. I vesten blev han betragtet som fornuftens stemme i UÇK, og hans tilstedeværelse ved forhandlingerne viste en vilje til at acceptere autonomi for Kosovo inden for serbiske rammer. Thaçi arbejdede samtidig for at sikre sin gruppering magten i UÇK, og da der skulle dannes en provisorisk regering, blev der satset på en koalition med ham som premierminister – til den borgerlige leder af LDK, Ibrahim Rugovas fortrydelse. I den samme periode skal han angiveligt have sørget for likvidering af en række af sine rivaler.