Na początku kampanii półwyspowej 1862 roku nadal był szefem kwatermistrzostwa Johnstona, ale uczestniczył także w działaniach zbrojnych (np. w bitwie o Williamsburg pod dowództwem gen-maj. Jamesa Longstreeta. Gdy dowodzenie armią przejął gen. Robert E. Lee, Alexandrowi zlecono zakładanie wysuniętych punktów zaopatrzenia dla wojska podczas ofensywy w trakcie bitew siedmiodniowych. Kontynuował też zbieranie informacji wywiadowczych, zajmując 27 czerwca ochotniczo miejsce w gondoli balonu i wracając na ziemię z wartościowymi informacjami odnośnie do pozycji przeciwnika pod Gaines' Mill.