Direct na het WK in Duitsland trad hij aan als bondscoach van Polen. Onder zijn leiding haalde Polen voor het eerst de eindronde van het Europees kampioenschap, mede door overwinningen op Portugal en België. Nog voordat kwalificatie een feit was, verlengde Beenhakker zijn contract tot en met de kwalificatiereeks voor het WK 2010 inclusief het eindtoernooi mocht Polen zich daarvoor plaatsen. Op 20 februari 2008 werd hij door de Poolse president Lech Kaczyński onderscheiden met de Orde Polonia Restituta in de rang van officier.