ジョン・ハンターはスコットランドのに、海上貿易船の船長をしていたウィリアム・ハンターの息子として生まれた。母親のヘレンは旧姓をドラモンドといい、数度にわたってエディンバラの護民卿を務めたの姪だった。子供のころ、ハンターは、ノーフォークのリンの町やエディンバラにやらされておじと共に生活し、その当時の古典教育を受けた。その後エディンバラ大学に入ったが、すぐに退学して、1754年5月に、のトマス・ナックストン艦長のキャプテンズ・サーヴァントとして海軍に入った。1755年には、の熟練船員として乗員名簿に登録され、後にとしてとで任務についた。ネプチューンに乗艦していたころ、1757年に、ロシュフォール遠征に参戦し、その後に1758年のブレスト沖の航海と1759年のエイブラハム平原の戦いに加わり、当時、ネプチューンの一等海尉であったジョン・ジャーヴィスと面識ができた。