Sob o coronel Muammar Gaddafi a Líbia continuou a seguir uma política externa direcionada ao longo de linhas ideológicas e pragmáticas. Isto resultou em vários casos de conflito entre as duas nações entre 1972 e 1976. Em 1976 o Sudão acusou a Líbia de estar envolvida em uma conspiração terrorista contra o seu governo. Isso conduziria a um rompimento das relações entre as nações. No final dos anos 1970 e na década de 1980 a política externa do Sudão e da Líbia confrontaram ao longo de vários conflitos regionais. Estes, incluíram o Conflito entre Chade e Líbia, a Guerra Líbia-Egito e o apoio da Líbia ao ditador de Uganda, Idi Amin. Nestes casos, o conflito da Líbia com o Sudão resultou dos objetivos regionais de Gaddafi do pan-arabismo e foi fortemente influenciado pelas relações com o Egito. O conflito entre Chade e Líbia em particular, influenciou a política externa de vários países africanos com respeito a Líbia. Os apoiantes da Líbia foram colocados contra um lado anti-Líbia que incluiu o Sudão e o Egito. Alguns países subsarianos, como o Zaire, apoiaram as forças anti-Líbia no Chade por receio de uma expansão da Líbia. Em 1986, a Líbia colaborou com o governo Mahdi sob Omar al-Bashir a assumir o poder no Sudão, retomando as relações entre as duas nações. Após este ponto ambas as nações empregaram marcadamente diferentes estratégias de política externa. O Sudão adotou um percurso não-alinhado, tentando obter ajuda ocidental, enquanto construía melhores relações com os países árabes. Isto incluiu laços de cooperação com a Líbia. A Líbia passou a buscar ligações regionais mais fortes, com Gaddafi tentando aumentar sua influência no continente africano. Isso alteraria a natureza das relações entre as duas nações.