В феврале 1994 года стал единственным из подсудимых по делу ГКЧП, который отказался принять амнистию и предстал перед судом. 11 августа 1994 Варенников был оправдан за отсутствием состава преступления, в связи с тем, что он выполнял приказ вышестоящего начальника. Также в приговоре было указано следующее: