Lahoud oli sotilasuralla kenraali Michel Aounin alaisena Libanonin sisällissodan viimeisinä vuosina vuoteen 1989. Arabiliiton saatua aikaan tulitauon Lahoud loikkasi Syyrian hallitsemaan Länsi-Beirutiin. Siellä hänet nimitettiin Syyrian armeijan upseerin Ali Hammoundin suosituksesta Libanonin Syyria-mielisen vastahallituksen armeijan komentajaksi. Lahoud toimi armeijan ylipäällikkönä vuosina 1989–1998.