בחודש אב בשנת תרפ"ט אירע טבח חברון. הקרבן הראשון היה תלמיד הישיבה שמואל רוזנהולץ, שנרצח בדקירת פגיון בבית המדרש ביום שישי, 23 באוגוסט. ארבעה תלמידים נרצחו ב"בית קפיליוטו־בורלנד", וב"בית קיזלשטיין" נרצח תלמיד הישיבה זאב גרינברג באכזריות. יחד עם עשרות מתושבי חברון, הלכו רבים מתלמידי הישיבה לביתו של אליעזר דן סלונים, שהיה ראש הקהל בחברון, בהנחה ששם הם בטוחים מפגיעה. הפורעים פרצו לבית בשבת ושם היה מספר הנרצחים הגבוה ביותר של תלמידי הישיבה. בסך הכול נרצחו בטבח 24 מתלמידי הישיבה, אך רבים אחרים ניצלו. אנשי היישוב היהודי פונו מהעיר וראשי הישיבה החליטו על העברתה לירושלים.