Matkan jälkeen Eichmann siirrettiin SD:n Wienin toimistoon, jolloin hänen vastuulleen tulivat Itävallan juutalaiset. Maaliskuussa 1938 Itävalta liitettiin Saksaan, jolloin pelko levisi itävallanjuutalaisten keskuuteen. Eichmann kehitti erityisen ”koontilinjan”, jolla juutalaisilta, jotka halusivat poistua maasta järjestelmällisesti, vietiin omaisuus, käteisvarat ja oikeudet. Muutamassa kuukaudessa Eichmannin toimisto oli siirtänyt 150 000 juutalaista, ja hänet siirrettiin järjestämään samankaltaista toimintaa Prahaan.