หลังจากนั้น ซีดานก็ได้ผันตัวเองมาเป็นผู้จัดการทีมและหัวหน้าผู้ฝึกสอน โดยเริ่มจากการเป็นผู้จัดการทีมเรอัลมาดริดชุดเยาวชนก่อน ในฤดูกาล 2015–16 ผลงานของเรอัลมาดริดไม่ค่อยดีนัก เมื่อเทียบกับคู่แข่งสำคัญคือบาร์เซโลนา โดยการแข่งขันเอลกลาซีโก ก็แพ้ให้กับบาร์เซโลนาไปถึง 0-4 ที่สนามซานเตียโก เบร์นาเบว ของตัวเองไปอย่างบอบช้ำ ดังนั้นเมื่อถึงเดือนมกราคม ค.ศ. 2016 ผู้บริหารสโมสรจึงตัดสินใจปลดราฟาเอล เบนีเตซ ผู้จัดการคนเดิมออก แล้วแต่งตั้งให้ซีดานขึ้นมาเป็นแทน ซึ่งในระยะเวลาเพียงไม่นาน ซีดานก็ทำให้เรอัลมาดริดกลับมาสู่เส้นทางของตัวเองได้ เมื่อพบกับเอลกลาซีโกอีกครั้งเป็นครั้งที่ 2 ในฤดูกาล ก็เป็นฝ่ายบุกไปเอาชนะได้ถึงสนามกัมนอว์ 1-2 และจบฤดูกาลด้วยการเป็นรองแชมป์ มีคะแนนห่างจากบาร์เซโลนาที่ได้แชมป์เพียงคะแนนเดียว (91 กับ 90) และยังพาทีมได้แชมป์ยูฟ่าแชมเปียนส์ลีกเป็นสมัยที่ 11 อีกด้วย โดยเป็นฝ่ายเอาชนะแอตแลนติโกมาดริด ทีมคู่แข่งจากกรุงมาดริดเหมือนกัน ในรอบชิงชนะเลิศที่ต้องตัดสินด้วยการดวลจุดโทษ หลังจากเสมอกันในเวลา 120 นาที 1-1 ซึ่งทำให้ซีดานประสบความสำเร็จได้แชมป์รายการนี้ทั้งในฐานะผู้เล่นและผู้จัดการทีมเป็นคนที่ 7 อีกด้วย