Auf dem Asienfeldzug Alexanders nahm Perdikkas als Befehlshaber einer Phalanx an allen großen Schlachten teil, so zuerst am Granikos. Bei der Schlacht bei Issos kämpfte er 333 v. Chr. als Kommandant seiner Taxis auf dem rechten Flügel und wurde 331 v. Chr. während der Schlacht von Gaugamela, bei der er mit seinen Truppen in der Mitte der Phalanx stand, erneut verwundet. Im Januar 330 v. Chr. erscheint er bei der Einnahme des strategisch bedeutenden Gebirgspasses der „persischen Tore“ weiterhin als Regimentskommandant. Im weiteren Verlauf des Feldzuges wurde er 330 v. Chr. zu einem Leibwächter Alexanders und zum Kommandanten einer Kavallerieschwadron ernannt.