Para esta temporada Fabio Capello era el nuevo entrenador. Creó un nuevo equipo que fue apodado como «Los Invencibles de Capello», en sustitución de «Los inmortales de Sacchi». En la copa italiana perdieron en semifinales ante el Juventus, tras terminar 1-0 en el global de la eliminatoria. Van Basten disputó 7 partidos en los que marcó 4 goles. En el resto de la temporada el equipo no perdió ni un solo partido en toda la liga (alcanzaron los 58 partidos sin derrotas en la liga) y cedieron únicamente 12 empates. Así, se proclamó campeón de liga, y por segunda vez en su carrera del campeonato italiano con 25 goles en 31 partidos.