Saitōn isä oli Mizusawan klaaniin kuulunut samurai Mutsun provinssista. Saitō valmistui Japanin keisarillisesta laivastoakatemiasta vuonna 1879. Hänet lähetettiin vuonna 1884 Yhdysvaltoihin suorittamaan lisäopintoja, ja hän toimi siellä muutamia vuosia Japanin laivastoattaseana. Palattuaan Japaniin vuonna 1888 Saitō työskenteli laivaston pääesikunnassa. Hän sai komentajakapteenin arvon vuonna 1893. Kiinan–Japanin sodan aikana 1894–1895 Saitō oli risteilijä "Akitsushiman" ja sen jälkeen "Itsukushiman" päällikkönä. Hänet ylennettiin vuonna 1897 komentajaksi ja 1900 kontra-amiraaliksi.