הראשונים למרוד נגד סמכותו של הבישוף היו חברי מועצת העיר ב-20 באוגוסט 1790, אך לא עלה בידם להדיחו. אך ב-27 באפריל 1792, פלשו כוחות צרפת המהפכנית לעיר וגירשו ממנה את הבישוף. פורנטרוי הפכה להיות בירתה של רפובליקה תלויה, שב-1793 הפכה להיות המחוז הצרפתי של מון-טרביל. ב-1800, סופח המחוז אל המחוז של או-רן כתת-מחוז. במהלך מלחמת הקואליציה האנטי-צרפתית השישית כנגד נפוליאון, נכנסו כוחות הקואליציה לפורנטרוי ב-24 בדצמבר 1813. לאחר שחרורה של העיר, עתידה כמקום מושב הבישוף לשעבר היה לא ברור. הנהגת העיר נחלקה לשתי סיעות, הסיעה הדתית, ששאפה להשיב על כנו את הבישוף כמנהיג הקנטון, מצד אחד, והסיעה הצרפתית שרצתה לשמור על מעמדו של השלטון החילוני הקיים. אף על פי כן, לאחר נפילתו של נפוליאון, העיר הועברה ב-1815 לשליטתו של קנטון ברן כדי לפצות אותו על אובדנו של קנטון וו, שהפך להיות קנטון עצמאי ב-1803. שתי הסיעות, הדתית והחילונית, שמרו על כוחם בעיר בשנים הבאות. חייה הפוליטיים של פורנטרוי במהלך המאה ה-19 התאפיינו בעימות קשה בין הליברלים הרדיקלים, לבין הקתולים השמרנים. הסיעה הדתית חיזקה את כוחה ב-1860, כאשר אולץ ראש העיר, יוזף טרוליאט, לפנות את כסאו. הרדיקלים החזיקו את תפקיד ראש העיר ואת הרוב במועצת העיר מ-1860 ועד 1972.