Während des Großen Nordischen Krieges sah sich Thorn vom 26. Mai bis 14. Oktober 1703 einer Belagerung durch die Armee des schwedischen Königs Karl XII. ausgesetzt. Die 6.000 Mann zählende Garnison, die aus sächsischen Soldaten Augusts des Starken, des Kurfürsten von Sachsen und Königs von Polen, bestand, konnte den Fall der Stadt letztlich nicht verhindern. Durch den schwedischen Beschuss hatten nicht nur die Befestigungsanlagen der Stadt, sondern auch ihre Häuser schwere Schäden erlitten. Das altstädtische Rathaus war infolge des Beschusses ausgebrannt, ebenso fast die gesamte Westseite des altstädtischen Marktes und weitere Häuser. Zahlreiche andere Gebäude waren zum Teil schwer beschädigt worden. Die Stadtbefestigung wurde nach der Einnahme von den Schweden geschleift. Die Kriegsschäden und die in den Folgejahren mehrmals zu zahlenden Kontributionen ließen die Stadt für lange Zeit verarmen. Überdies wurde Thorn im August und September 1708 von einer Pestepidemie heimgesucht, die bis 1710 andauerte und in der Stadt und ihrer Umgebung rund 4.000 Todesopfer forderte.