На президентских выборах 2004 УРП «С» поддержала кандидатуру Виктора Ющенко. Анатолий Матвиенко за свою поддержку Ющенко был назначен премьер-министром Автономной республики Крым. С ноября 2005 по 15 мая 2006 Анатолий Матвиенко занимал должность заместителя председателя Секретариата президента Украины, а затем был избран депутатом Верховной рады.