Böcklin erhielt seine Erziehung in der Pagerie des Herzogs von Braunschweig. Anschließend trat er in dessen Militärdienste und nahm während des Ersten Koalitionskrieges als Hauptmann an der Belagerung von Maastricht teil. Mit diesem Dienstgrad ging er 1803 in die Badische Armee über und avancierte 1805 zum Major im Grenadierbataillon. Im Jahr darauf marschierte er nach Preußen, nahm an der Belagerung von Danzig teil und gehörte auch zu den Truppen, die Tirol besetzten. Nachdem Böcklin 1809 zum Oberst und Regimentskommandeur aufgestiegen war, zog er mit seinem sogenannten „Pfälzerregiment“ gegen Österreich und 1812 gegen Russland. Dort erlebte er den Brand von Moskau. Auf dem Rückzug war er zur Bewachung des Tresors von Kaiser Napoleon abgestellt und geriet Anfang Dezember 1812 bei Wilna in Gefangenschaft. Böcklin kehrte erst 1814 in seinem badische Heimat zurück und wurde mit der Organisation des Landsturms beauftragt.