IBU-cupen 2009/2010 var en samling skidskyttetävlingar under vintern 2009/2010. Dessa fungerade som underdivision till världscupen. Titelförsvarare på herrsidan var Christoph Knie och på damsidan Natalja Sokolowa. De 7:e och 8:e tävlingarna planerades i Cesana-San Sicario och Cēsis, men i juli 2009 ändrades detta till Martell och Pokljuka.