Under de tyske og sovjetiske besættelser fra 1940 til 1954 mistede Litauen omkring 780.000 af sine indbyggere, mange i Paneriai-massakren. Alene under holocaust myrdedes omkring 200.000 jøder i massakrer i Litauen. Det anslås, at 120.000-300.000 flyttede til andre dele af Sovjetunionen, blev sendt i eksil i Sibirien eller blev dræbt, mens andre valgte at flytte til lande i vesten.