Будучи руководителем зарубежного чехословацкого Сопротивления, Бенеш координировал действия чехословацких подразделений, сражавшихся на фронтах в составе союзных армий, а также поддерживал связь с внутренним Сопротивлением в чешских землях. Он был инициатором и координатором операции «Антропоид», в результате которой был ликвидирован начальник Главного управления имперской безопасности третьего рейха, фактический имперский протектор Богемии и Моравии Рейнхард Гейдрих.