Quando os conquistadores retornaram ao Peru em 1532, uma guerra de sucessão entre os filhos de Sapa Inca Huayna Capac, Huáscar e Atahualpa, e a agitação entre os territórios recém-conquistados enfraqueceram o império. Talvez mais importante, doenças como a varíola, a gripe, o tifo e o sarampo também se espalharam pela América Central através dos europeus.