Após recuperar-se de uma lesão, no dia 5 de maio Malouda saiu do banco e entrou no segundo tempo da vitória de 2 a 1 contra o Liverpool, pela final da Copa da Inglaterra. Malouda sofreu uma pequena lesão no último jogo da Premier League, uma derrota de 2 a 1 para o Blackburn, que o deixou em dúvida para a final da Liga dos Campeões. Ele passou por um teste de aptidão tarde e começou no banco de reservas na decisão da Champions League, em Munique. No dia 19 de maio, na final contra o Bayern de Munique, na Allianz Arena, Malouda entrou no segundo tempo no lugar de Ryan Bertrand. Após empatarem em 1 a 1 no tempo normal, o Chelsea venceu por 4 a 3 na disputa por pênaltis e tornou-se o primeiro clube londrino a conquistar a Liga dos Campeões. Depois de uma temporada de altos e baixos, Malouda prometeu continuar no clube e afirmou que iria trabalhar duro dele para recuperar o seu bom futebol.