سازمان حکومتی صفویان در آغاز آمیخته‌ای از ساختار رده‌بندی صوفیان و ساختار سنتی پادشاهی در ایران بود. به این روی که در بالای هرم نیرو شاه جای داشت که هم آدم نخست فرمان‌روایی و هم مرشد کامل بود و پس از او وکیل یا وکیل نفس نفیس همایون بود. وکیل دارای نقش وزیر اعظم (رئیس دیوان‌سالاری) بود و هم میانجی بین مرشد کامل و صوفیان. در ساختار نظامی ایل‌های قزلباش نیز رده‌بندی ایلی صوفیانه وجود داشت. اما دیوان‌سالاری فرمان‌روایی بر اساس ساختارهای کهن ایرانی کار می‌کرد چرا که قزلباشان از آغاز در کارهای دیوانی نقش چندانی نداشتند. نقش شاه به عنوان مرشد پس از جنگ چالدران سست شد و این کار در زمان شاه تهماسب یکم و شاه محمد خدابنده و شاه عباس ادامه یافت، به آرامی نقش باورهای صوفیان در ساختار فرمان‌روایی کاهش یافت به گونه‌ای که ردهٔ وکالت به کلی از میان رفت و بسیاری از اختیارهای مقام‌های صوفی به مقام‌های دیوانی داده شد. کارهای عامدانه و هوشمندانه شاه تهماسب یکم و شاه عباس یکم در کاهش باورهای صوفیانه، برای کنترل کردن خودسری‌های سران قزلباش در این روند نقش بسیاری داشت. در زمان شاه عباس بزرگ بینندهٔ ساخت سازمان فرمان‌روایی تازه‌ای هستیم که بر اساس الگوی دیوان‌سالاری کهن ایرانی درست شد و تا پایان پادشاهی قاجارها تقریباً پایدار ماند.