Počas SNP opustil Bratislavu a vrátil sa do rodnej dediny. Po vojne sa zúčastňoval stretnutí skupiny "mladej katolíckej inteligencie" s cieľom vytvoriť novú katolícku stranu, ktorá by bola alternatívou voči len dvom po vojne povoleným stranám (Demokratická strana a KSS). Strana nebola založená, aj pretože DS navrhla katolíkom Aprílovú dohodu, čo napomohlo k jej víťazstvu v parlamentných voľbách 26. mája 1946. Po prehratých voľbách komunisti zostrili taktiku a zosnovali „protištátne sprisahanie“. Čarnugurský bol zatknutý a 16. júna 1946 vypovedal aj o katolíckej skupine pri výsluchu v zaisťovacej väzbe v Ilave.  Stal sa obeťou ťaženia boľševikov proti nekomunistickým politikom a v máji 1948 bol odsúdený v rámci procesov s predstaviteľmi DS (Miloš Bugár, Ján Kempný a ďalší) na 15 mesiacov.