Своєрідність особистості Хосрова II проявлялося також в релігійній сфері. Їм побудований величезний храм Анахіти в Кангаварі, недалеко від Керманшаху, несхожий на звичайні зороастрійські храми. У цей час іранське образотворче мистецтво відчуває сильний вплив Візантії, і зороастрийские образи уподібнюються християнським. Дві дружини Хосрова були християнками: дочка Маврикія Марія і сирійка Ширін, прославлена ​​в пізнішій поетичній традиції. Шахіншах призначав католікоса Селевкії-Ктесифона; згідно вірменського історика Себеос, після взяття Єрусалиму Хосров навіть був суддею в офіційно влаштованому диспуті між трьома основними гілками християнства в його імперії: несторіанами, монофісітами і православними («халкедонітамі»); перемогу і свою підтримку він віддав монофісіти і змусив кожного християнина Ірану дотримуватися Нікейського Символу віри. У відносинах між зороастрійцями і християнами Хосров наказав кожному дотримуватися законів батьківської віри, відрікатися від яких заборонялося як тим, так і іншим. У його ж царювання в країні починає поширюватися іслам. Мухаммед звертався з проповіддю в посланнях до Іраклію і до Хосрову. Шахіншах велів повісити принесли йому це послання. Втім, саме він знищив буферне арабське царство Лахмідів, чим сприяв пізнішому завоювання Ірану «воїнами пророка». Іншою обставиною, що полегшила це завоювання, була смута, яка запанувала в Ірані після повалення Хосрова.