Tras su independencia de España la nueva nación de México afirmó que Texas era parte de su territorio. Se establecieron asentamientos alrededor de la bahía, en particular Galveston y Anáhuac, así como Lynchburg y San Jacinto. Siguiendo a un creciente malestar, Texas se rebeló y se independizó en 1836 en la batalla de San Jacinto, cerca de la bahía, en el curso el río San Jacinto. La nueva República de Texas creció rápidamente y se unió a los Estados Unidos en 1845. La bahía ganó notoriedad por la guerra una vez más durante el combate naval de la batalla de Galveston, que forma parte de la guerra civil americana, que Texas perdió en última instancia.