Die ersten Jahre seiner Regierungszeit waren vom Ersten Weltkrieg überschattet, unter dem Kärnten besonders schwer litt, da es zeitweise zu engstem Kriegsgebiet wurde. Mit dem Zusammenbruch der Donaumonarchie und dem Ende des Krieges waren die Kampfhandlungen für Kärnten jedoch noch nicht beendet, nachdem jugoslawische Truppen Teile Südkärntens besetzten und es zu einem Partisanenkrieg kam. Der Bischof war von Teilen seiner Diözese abgeschnitten und intervenierte bei den Bischöfen von Laibach und Lavant-Marburg um eine Waffenruhe. Hefter setzte für das besetzte Gebiet einen eigenen Generalvikar ein. Mit der Volksabstimmung vom 10. Oktober 1920 waren die Grenzen der Diözese Gurk gesichert.