ב-1834 החל ג'ונסטון לעבוד כאיכר בטקסס, שהייתה אז חלק ממקסיקו ובשלבי השתחררות מהשלטון המקסיקני. ב-1836 התגייס כטוראי לצבא של טקסס בעת מלחמת העצמאות של טקסס. חודש לאחר מכן קודם לדרגת סרן והיה לעוזרו של מפקד המרד, סם יוסטון. הוא התקדם לדרגת קולונל, והיה לשָליש ראשי של הצבא הטקסני; בינואר 1837 התמנה לבריגדיר ג'נרל בפיקוד על הצבא הטקסני.