Nach Ausbruch des Ersten Balkankrieges sprach er sich für die volle Unabhängigkeit seines Heimatlandes aus, wofür ihn die osmanische Justiz in Abwesenheit zum Tode verurteilte. Am 28. November 1912 nahm Myfit Bey in Vlora an der Proklamation der albanischen Unabhängigkeit teil. In der ersten albanischen Regierung unter seinem Cousin Ismail Qemali übernahm Myfit Bey das Amt des Innenministers. Diesen Posten trat er bald an Esat Pasha Toptani ab und wurde stattdessen zum Außenminister berufen. Zur Jahreswende 1913/14 versah er für kurze Zeit das Amt des Ministerpräsidenten. Anfang 1914 wurde Myfit Bey als albanischer Vertreter in die Internationale Kontrollkommission entsandt, die die Staatswerdung Albaniens begleiten sollte. Daneben hatte er verschiedene Ministerämter inne. Wegen Differenzen mit dem als Fürst von Albanien eingesetzten Wilhelm zu Wied trat er im Juli 1914 zurück.