In der Spielzeit 1939/40 gewann Rapid erstmals die Gauliga und durfte an der deutschen Meisterschaft teilnehmen. Hier unterlagen sie dem Dresdner SC im Halbfinale mit 1:2 nach Verlängerung, gewannen dann aber das „kleine Finale“ und wurden Dritter. Im Cup scheiterten sie ebenfalls im Halbfinale. In der folgenden Saison konnten die Hütteldorfer wieder die Gauliga gewinnen. In der deutschen Meisterschaft gewannen die Grün-Weißen erneut ihre Gruppe und schafften damit die Qualifikation für das Halbfinale. In Beuthen trafen sie wiederum auf Dresden. Diesmal konnten sich die Wiener mit 2:1 durchsetzten – beide Tore schoss Binder. Im Finale der deutschen Meisterschaft trafen sie am 22. Juni 1941, dem Tag des deutschen Überfalls auf die Sowjetunion, vor 100.000 Zuschauern im Berliner Olympiastadion auf den FC Schalke 04. Schalke, die damals erfolgreichste Mannschaft, führte nach 60 Minuten mit 3:0. Binnen zehn Minuten konnte Rapid das Spiel um die "Victoria" mit einem Treffer von Georg Schors und einem Hattrick von Franz Binder drehen und somit mit 3:4 gewinnen. Dieser Sieg ist einer der bekanntesten und bemerkenswertesten Erfolge von Rapid Wien. Rapid ist damit der einzige deutsche Meister, der nicht auf dem Gebiet der heutigen Bundesrepublik Deutschland beheimatet ist.