Nell'estate del 1968 Brugnera passa insieme a Enrico Albertosi al (in cambio di Francesco Rizzo), legando alla formazione sarda tutto il resto della sua carriera – con l'eccezione della sfortunata stagione 1974-1975 disputata nelle file del (sole 5 presenze in campionato). Brugnera è uno dei simboli del Cagliari di quegli anni: vede lo splendore della banda di Manlio Scopigno e la caduta di quella squadra fino alla Serie B, dovuta anche al prematuro ritiro del trascinatore Riva.