שייטת הים הכספי הוקמה על ידי פיוטר הגדול בנובמבר 1722 כשטבילת האש הראשונה שלה הייתה במלחמת רוסיה–פרס (1722–1723) שבמהלכה הצליחה השייטת לכבוש שורת מבצרים בחוף הים הכספי ולהביס את הצי הפרסי במהלך מבצעים לכיבוש דרבנט ובאקו. בהתאם לתנאי הסכם גוליסטן האימפריה הרוסית קיבלה בלעדיות על אחזקת צי צבאי בים הכספי. מ-1867 ועד 1992 הבסיס העיקרי של השייטת היה בבאקו. ב-1918, בעיצומה של מלחמת האזרחים ברוסיה הגיעו האנגלים לבאקו ומרבית מספינות השייטת הושמדו ולכן הועבר בסיסה לפטרובסק, באותה תקופה הייתה השייטת כחלק מהצי הלבן של הצבא הלבן. ב-1920 השייטת חזרה לבאקו ושם ישבה עד להתפרקות ברית המועצות. באוגוסט 1941 השייטת נטלה חלק במבצע משולב עם חיל הנחתים וחיל הצנחנים במבצע לכיבוש איראן, יחד עם צבא בריטניה, והשייטת עגנה לעיתים קרובות גם בפהלוואי, נואושהר ובנדר-שך שבצפון אירן ולחופי הים הכספי. ב-1992 אוניות שייטת הים הכספי חולקו בין מדינות חבר המדינות שבים הכספי ושייטת הים הכספי הרוסית עברה לבסיס הימי באסטרחן.