Původně stál v těchto místech kostel svatého Jana Křtitele románského původu, který je doložen již roku 1233. Až do roku 1741 byl kostelem farním. Faráře sem dosazoval opat Ostrovského kláštera, po zániku kláštera spadal pod správu benediktýnů ze Svatého Jana pod Skalou. Při kostele byl založen malý benediktýnský ženský klášter, opuštěný v roce 1630. Dále kostel spravovali světští duchovní, ale postupně chátral a pustl. Jeho úlohu později převzal nový kostel v sousedním Osově, kam byly přeneseny v roce 1737 zvony a křtitelnice. V roce 1768 byl zbořen. Stávající kostel byl postaven na náklady Jana Adolfa z Kounic, tehdejšího majitele osovského panství. Původně byl považován za hřbitovní kapli, v roce 1787 zde konzistoř povolila i konání mší. Vysvěcen byl roku 1794. Opravy kostela proběhly v roce 1939 (střecha) a potom v 90. letech 20. století (střecha a fasáda). Pravidelné bohoslužby se v kostele již nekonají. Obec Skřipel podala žádost na Arcibiskupství pražské o bezúplatný převod areálu do svého majetku.