Le "Bellerophon" est dans les Antilles lorsqu'éclatent les guerres napoléoniennes en . Son capitaine, John Loring, est nommé commodore de l'escadre britannique qui est rapidement à l'offensive contre les navires français dans le cadre du blocus de Saint-Domingue. À la mi-1803, l'escadre sous le commandement du capitaine Henry William Bayntun est composée du "Bellerophon", du , du , de l' et du . L'escadre capture les navires corsaires français "Poisson Volant" et "Supérieure". La "Royal Navy" les adaptent pour les utiliser à ses propres fins. La corvette "Mignonne" et un brick sont également capturés à la fin du mois de juin, après des patrouilles au large de Cap-Français. Le , l'escadron composé du "Bellerophon" et des vaisseaux de "Elephant", et "Vanguard", tombe sur deux navires français d'également , le "Duquesne" et le "Duguay-Trouin", ainsi que la frégate "Guerrière", qui essayent de fuir de Cap-Français. L'escadron donne la chasse et, le , capture le "Duquesne" après quelques échanges de tirs, tandis que le "Duguay-Trouin" et la "Guerrière" réussissent à échapper à leurs poursuivants et à rentrer en France. Un homme est tué à bord du "Bellerophon" au cours de la poursuite. Le navire reste ensuite au blocus de Cap-Français jusqu'au mois de novembre où le commandant français de la garnison, le général Donatien-Marie-Joseph de Rochambeau, négocie avec Loring l'autorisation d'évacuer ses hommes qui sont également assiégés sur terre par une force rebelle commandée par Jean-Jacques Dessalines. Les Français sont autorisés à évacuer sur trois frégates, la "Surveillante", la "Clorinde" et la "Vertu", et un certain nombre de plus petits navires. L'ensemble est escorté en Jamaïque par l'escadron.