1999年はフェラーリの支援もあり、フェラーリでのテスト契約を継続しつつ、ミナルディからF1の実戦に復帰した（テスト走行中に右手を骨折し第2戦は欠場）。同年のイギリスGPでフェラーリのエースであるミハエル・シューマッハがクラッシュし足を骨折、長期欠場する事態となった。フェラーリのF1マシンを最もよく知るドライバーとして代役に抜擢される最大のチャンスが訪れたが、ミナルディでのチームメイトであるマルク・ジェネとの比較で下回る走りしかできていなかったことから、フェラーリはシューマッハーの代役にアロウズのシートを失い浪人中のミカ・サロを指名した。バドエルはこの出来事を「とても失望した。スクーデリア・フェラーリがあの時、僕にシューマッハの代役を要求してくれなかったことはキャリアの中で最低の出来事だった」と語っている。この年は荒れたヨーロッパGPで一時4位まで浮上するなど見せ場も皆無ではなかったが、マシンの戦闘力不足からノーポイントに終わった。翌年、F1レギュラーシートの獲得が難しくなったバドエルは残りのレーシングドライバー人生をフェラーリのテストドライバーとして過ごすことを決意する。