פליק החל את קריירת הבוגרים שלו בס.ו. זנדהאוזן בגיל 18. כעבור שנתיים, בגיל 20, חתם בבאיירן מינכן, שם שיחק חמש עונות, וזכה בארבע אליפויות הבונדסליגה, ובגביע אחד. כמו כן, פליק פתח בהרכב בגמר גביע אירופה לאלופות 1987, בו הפסידה באיירן מינכן לפורטו. בשנת 1990 עזב פליק את באיירן מינכן לאחר חמש עונות, בהן צבר 104 הופעות וכבש חמישה שערים.