Im Jahr 1969 wurde Meagan Trainer der irischen A-Nationalmannschaft – zu einer Zeit, als er noch selbst aktiv war, nachdem er 1961 gegen Schottland im Hampden Park debütiert hatte. Das Team befand sich zu dem Zeitpunkt seiner Übernahme als Trainer in der Qualifikationsphase für die WM 1970 in Mexiko und hatte dabei die ersten drei Spiele in Serie verloren. Bei seinem Trainerdebüt anlässlich eines Freundschaftsspiels gegen Schottland (1:1) absolvierte er noch selbst sein 17. und letztes Länderspiel, bevor sein Pflichtspieleinstand mit einer 0:3-Niederlage gegen die Tschechoslowakei endete (nach einem Hattrick von Jozef Adamec). Kurze Zeit später sorgte zumindest das 1:1 daheim gegen Dänemark dafür, dass Irland in der Qualifikationsrunde nicht komplett punktlos blieb. Nach zwei Pleiten in Freundschaftsspielen gegen Polen und Deutschland begann die Qualifikation für die Europameisterschaft 1972 mit einem Achtungserfolg beim 1:1 gegen Schweden, aber danach setzte es vier Niederlagen in Folge, zuletzt daheim ein 1:4 gegen Österreich. Nach nicht einmal zwei Jahren wurde Meagan dann von den Aufgaben befreit und somit endete seine zwölf Partien andauernde Ära sieglos. Insgesamt litt er besonders darunter, dass er oft auf wichtige Leistungsträger verzichten musste, da Länderspiele sonntags stattfanden – nur einen Tag nach Vereinsspielen. Meagan setzte insgesamt 30 verschiedene Akteure ein. Davon gaben zehn ihren Einstand, darunter auch Steve Heighway vom FC Liverpool.