El 22 d'octubre de 1705 l'arxiduc Carles s'instal·lava a Barcelona, jurant les Constitucions el 7 de desembre al convent de Sant Francesc. L'entrada a Barcelona dels austriacistes creà una nova situació: el bisbe de Barcelona, Benet de Sala i de Caramany va voler mantenir-se al costat del poble davant les arbitrarietats del virrei; sent confinat a Madrid entre 1704 i 1706, i va haver d'exiliar-se en marxar l'arxiduc Carles; el bisbe de Tortosa, Silvestre Garcia, fou expulsat refugiant-se a Castelló; o el de Lleida, Francesc Solís, partidari dels Borbons, acabà refugiat a Madrid. La situació es complicà encara més quan Climent XI reconegué a Carles III com a rei d'Espanya i li concedí tots els drets que els monarques tenien sobre l'Església. La guerra es caracteritzà per la lluita aferrissada. Quan es conqueriren Lleida i Tortosa la violència fou ferotge, practicant-se el pillatge i el saqueig, i «el honor de las mujeres no se respetó ni en los lugares más sagrados; el Santa Sanctorum fue profanado, robando las preseas y derramando las Formas sin reverencia a tan augusto y divino Sacramento» com testimoniaren els mateixos borbònics; encara que, les tropes austriacistes, formades principalment per holandesos i anglesos, també cometeren sacrilegis a les esglésies. El 1710, el Partit Tory britànic, que s'havia mostrat crític amb la intervenció britànica a la Guerra de Successió, pujà al poder. Mesos després, a l'abril de 1711, morí l'emperador Josep I, germà de l'arxiduc Carles, pujant aquest al tron imperial sota el nom de Carles VI, i produint-se un canvi d'equilibris europeu, suscitant-se el temor de la constitució d'una gran potència habsburguesa, signant-se els tractats d'Utrecht i Rastatt, que consagraven un nou equilibri europeu i abandonaven als catalans a la seva sort. A inicis de 1714 les tropes borbòniques van ocupar quasi la totalitat del Principat, iniciant-se un setge a Barcelona que duraria 14 mesos, fins a l'11 de setembre de 1714.