Efter finska kriget 1808–1809 och storfurstendömet Finlands avträdande till Ryssland gavs universitetet 1809 det nya namnet "Kejserliga Akademien i Åbo." Efter Åbo brand flyttades universitetet efter kejserligt ryskt påbud (1827) till Helsingfors 1828 och fick då namnet "Kejserliga Alexanders Universitetet i Finland." Universitetet fungerade i drygt fyra år i tillfälliga utrymmen i Helsingfors, tills den präktiga nya huvudbyggnaden som ritats av den tyske arkitekten Carl Ludvig Engel kunde tas i bruk 1832. Universitetets viktigaste uppgift blev att utbilda tjänstemän för storfurstendömets behov.