Buckner fue seleccionado por los San Francisco 49ers en la primera ronda (puesto 7) del Draft de la NFL de 2016, y firmó un contrato de cuatro años por $18.19 millones totalmente garantizado y un bono por firmar de $11.42 millones. Buckner terminó su año de novato con 73 tacleadas, seis capturas, dos recuperaciones de balón suelto y una desviación de pase en 15 juegos ycomo titular. Lideró a todos los linieros defensivos de la NFL con 1,108 jugadas en la temporada y ocupó el tercer lugar con sus 73 tacleadas, por detrás de Damon Harrison y Linval Joseph. Las seis capturas de Buckner ocuparon el cuarto lugar entre los novatos.