Перший свій матч у складі збірної Тимерлан Гусейнов провів 16 жовтня 1993 року у товариському матчі проти збірної США. Також він брав участь у кваліфікаційному раунді до чемпіонату Європи 1996 та ще у декількох товариських матчах. Свій дебютний гол Гусейнов забив 13 листопада 1994 року у матчі проти збірної Естонії на 72-й хвилині. Всього Тимерлан провів 14 матчів за збірну та забив 8 голів (з них по два дублі). Цікаво, що усі матчі за національну команду Гусейнов провів будучи гравцем «Чорноморця» і ні до, ні після одеського клубу до збірної не викликався.