Năm 1954, CIA cho rằng những nhà lãnh đạo của Guatemala ủng hộ chủ nghĩa xã hội, và sau đó Mỹ đã lật đổ chính quyền ở đây (Đảo chính Guatemala năm 1954). Chiến dịch tình báo của CIA hỗ trợ cuộc đảo chính này có mật danh là Operation PBSUCCESS. CIA đã tuyển dụng và đào tạo một đơn vị lính đánh thuê nhỏ dưới sự chỉ huy của một người Guatemala lưu vong tên là Carlos Castillo Armas để chiếm đóng Guatemala, với 30 máy bay Mỹ không mang phù hiệu để hỗ trợ đường không. Đại sứ Mỹ Peurifoy chuẩn bị danh sách những người Guatemala cần xử tử. Cuộc đảo chính dẫn tới việc nhà độc tài quân sự Carlos Castillo Armas lên nắm quyền, người đầu tiên trong một loạt các nhà cai trị độc tài được Hoa Kỳ hậu thuẫn ở Guatemala. Cuộc đảo chánh đã bị chỉ trích rộng rãi trên trường quốc tế và tạo nên tâm lý chống Mỹ lâu dài ở Mỹ Latinh. Cố gắng bào chữa cho cuộc đảo chính, CIA đã khởi động Operation PBHISTORY, tìm kiếm bằng chứng về ảnh hưởng của Xô viết ở Guatemala, nhưng bị thất bại. Castillo Armas nhanh chóng thể hiện quyền lực độc tài, cấm phe đối lập, giam giữ và tra tấn các đối thủ chính trị, và đảo ngược các cải cách xã hội của Cách mạng. Gần bốn thập kỷ của cuộc nội chiến tiếp theo, những du kích cánh tả đã chiến đấu với một loạt các chế độ độc tài thân Mỹ tại Guatemala. Có ít nhất 200.000 người đã bị giết, phần lớn là thường dân. Đỉnh điểm của cuộc chiến là chiến dịch diệt chủng ở Ixil của tổng thống Rios Montt.