Pendant la Guerre de Cologne, l'abbaye est détruite en 1583. Elle va mettre quarante années à se reconstruire. De 1597 à 1617, il n'y a plus d'abbesse. Elle subit aussi la guerre de Trente Ans. À la fin, les nonnes refusent de recevoir le nonce Fabio Chisi (qui deviendra le pape Alexandre VII) en route pour le traité de Münster. En 1663, l'abbesse Anna Maria von Capellen démissionne sous la pression des sœurs.