L'importanza militare di Serra do Pilar venne evidenziata per la prima volta durante la guerra peninsulare quando il sito fu utilizzato dal generale Arthur Wellesley per lanciare un attacco a sorpresa contro i francesi attraverso il Duero e riprendere Porto. La posizione prominente del monastero fungeva da unica roccaforte liberale sul lato sud del Duero durante l'assedio di Porto. Il monastero fu fortificato nel corso del XIX secolo per sfruttare la sua posizione strategica. Nel 1910 il sito è stato dichiarato Monumento Nazionale del Portogallo. Nel 1927 iniziò la ricostruzione di porzioni del monastero che erano state distrutte nel corso delle guerre successive. Nel 1947 alcuni dei terreni del monastero furono convertiti in una caserma che rimane sul sito fino ad oggi. Dalla fine del XX secolo il monastero e il parco sono aperti al pubblico e nella chiesa si continua a celebrare la messa domenicale. Nel 1996 il monastero è stato incluso nella lista del patrimonio dell'umanità dell'UNESCO assieme al centro storico di Porto.