Tijdens Operatie Barbarossa, de inval in de Sovjet-Unie, vormde het 12e Korps een deel van Pantsergroep 2. Het was de bedoeling dat de drie infanteriedivisies in het spoor van de pantserdivisies van generaal Heinz Guderian zouden oprukken. Tijdens de eerste dag stak het korps de Westelijke Boeg over, maar de 45e Infanteriedivisie slaagde er niet in om het fort van Brest-Litovsk te veroveren. De Sovjets hielden stand tot 29 juni. Het korps hergroepeerde zich en het hervatte de opmars naar het oosten. Het nam deel aan de vernietiging van de omsingelde Sovjetlegers bij Minsk. In augustus 1941 werd het korps bij Gomel ingezet om het 2e Leger te ondersteunen.