De retour à Cuba en tant que capitaine général (1879 – 1881), il affronta les indépendantistes dans la Petite Guerre dont il sortit victorieux. Il fut nommé capitaine général de Catalogne en 1881. De 1893 à 1896, il obtint la charge de gouverneur général des Philippines. Sous sa gouvernance, le Katipunan, une société secrète philippine indépendantiste, se développa et fit éclater la Révolution philippine en . Blanco tenta de répondre à la crise tant par la répression, plaçant huit provinces sous loi martiale, que par la conciliation en promettant l'amnistie pour tout révolutionnaire qui se rendrait. Si les Espagnols sont généralement victorieux sur le terrain militaire, ils perdirent néanmoins le contrôle de la province de Cavite et l'insurrection continuait de gagner des partisans. Blanco, accusé de ne pas être assez énergique envers les rebelles, fut remplacé en par Camilo García de Polavieja, réputé plus dur.