Divenne campionessa mondiale nello slalom gigante nelle edizioni di Sierra Nevada 1996 (dove invece non terminò lo slalom speciale) e Sestriere 1997; sulle nevi italiane ottenne la medaglia d'oro anche nello slalom speciale, una doppietta che solo pochi atleti nella storia dello sci hanno saputo conquistare. In quella stessa stagione in Coppa del Mondo si aggiudicò la coppa di cristallo di slalom gigante con 140 punti di vantaggio su Katja Seizinger: per la prima volta una sciatrice italiana vinse una Coppa di specialità, al termine di una stagione durante la quale la Compagnoni si aggiudicò cinque vittorie nel circuito - tra cui lo slalom speciale di Semmering del 29 dicembre, unica sua vittoria in Coppa del Mondo nella specialità - e il 4º posto nella classifica generale.