Mimo że prowadził szeroko zakrojoną działalność wydawniczą, szczególne znaczenie teologiczne ma jego wydanie pism łacińskich i greckich Ojców Kościoła: "Patrologia Latina" (PL), zbiór pism od Tertuliana do Innocentego III wydawany w latach 1844–45 i obejmujący 221 tomów, oraz "Patrologia Graeca" (PG), najpierw wydana tylko po łacinie (85 tomów do 1856), a następnie tekst oryginalny wraz z łacińskim tłumaczeniem od Barnaby do Soboru Florenckiego w 165 tomach wydanych w latach 1857–58. Trudno przecenić znaczenie tych serii w dziele popularyzacji pism Ojców Kościoła, ich systematyzacji i zebrania w jednej kolekcji, taniej i względnie dostępnej dla indywidualnego duchowieństwa oraz seminariów. Mimo wszystkich niedociągnięć wynikających z pośpiechu, "Patrologia" Migne'a pozostaje jak dotąd najobszerniejszym wydaniem tych pism, pozostając zawsze stałym i najważniejszym odniesieniem we wszelkich pracach patrologicznych.