Nilsen var i troppen til EM i fotball for kvinner 2005, men debuterte ikke på A-landslaget før den 11. mars 2006 i en kamp mot Finland, og har til sammen spilt 21 U-landskamper. Hun var med i troppen til VM i fotball for damer 2007 i Kina, Sommer-OL 2008 i Pnom Penh og EM i fotball for kvinner 2009.