1641 fiel die Kathedrale während der Rebellion einem Brand zum Opfer. Ausgrabungen von 1989 bestätigten dies mit der Entdeckung einer 0,6 m dicken Ascheschicht. Ein Wiederaufbau hat nicht stattgefunden, da Ardfert als Bischofssitz ausgedient hatte. Aber 1670 wurde das südliche Querschiff soweit hergerichtet, dass es als anglikanische Gemeindekirche dienen konnte. Diese Funktion behielt das Querschiff bis 1871, wonach das Dach entfernt wurde und es wie der Rest der Kathedrale verfiel. Etwas später noch im 19. Jahrhundert wurden zwei Strebebögen errichtet, um die sich gefährlich neigende Südwand des Kirchenschiffs zu stützen. 1982 begannen Restaurierungsarbeiten, in deren Zuge 1994 das Querschiff mitsamt einem neuen Dach wiederhergestellt worden ist und strukturelle Verbesserungen die Entfernung der Strebebögen ermöglichten.