Zum 6. Januar 1933 wechselte er als Operndirektor nach Leipzig, der nach einer weitgehenden organisatorischen Trennung vom Schauspiel große Autonomie hatte. Dort arbeitete er zunächst mit dem Generalmusikdirektor Gustav Brecher zusammen, der von den Nationalsozialisten wegen seiner jüdischen Herkunft angefeindet und auf deren Druck am 11. März 1933 beurlaubt wurde. Der rechte "Nationale Weckruf" monierte, der neue Operndirektor sei „der Schüler Brechers“. Am 1. Mai 1933 trat Schüler aber der NSDAP bei. Nach Schülers eigener Darstellung hatte ihn der Leipziger Oberbürgermeister Carl Friedrich Goerdeler dazu gedrängt, um ihn nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten halten zu können. Als der Schauspieldirektor Detlef Sierck, der mit einer Jüdin verheiratet war, seine Stellung aufgeben musste, bekam Schüler 1936 die Gesamtleitung der „Bühnen der Reichsmessestadt Leipzig“ übertragen. Ab 1939 trug er den Titel eines „Generalintendanten“. In Leipzig inszenierte Schüler u. a. die Uraufführungen von Adolf Vogls "Die Verdammten" (1934), Hans Stiebers "Der Eulenspiegel" (1936) und Winfried Zilligs "Die Windsbraut" (1941). Nach dem Einmarsch der Amerikaner in Leipzig im April 1945 gab Schüler an, er sei in den bürgerlichen Widerstandskreis um Goerdeler und den Umsturzversuch vom 20. Juli 1944 eingeweiht gewesen.