У кінці 1990 після безальтернативних виборів став президентом МРСР. На посаду він був призначений постановою Верховної Ради РСР Молдова № 251-XII від 3 вересня 1990 року. За законом Верховної Ради РСР Молдова № 589-XII від 23 травня 1991 РСР Молдова була перейменована в Республіку Молдова. На підставі Конституції Республіки Молдова парламентом постановою № 722-XII від 19 вересня 1991 року призначені вибори президента на 8 грудня 1991. Президентом Молдови був обраний Мірча Снєгур. Він не підтримав Народний фронт Молдови в прагненні до негайного об'єднання з Румунією, за що Народний фронт певний час намагався оголосити йому бойкот. Проте вже в 1992 повернув собі підтримку Народного фронту, виступивши жорстким прихильником ліквідації самопроголошеної автономії Придністров'я, що зрештою вилилося в Придністровський конфлікт. У березні 1994 з ініціативи Президента Снєгура і під його тиском в Молдові відбувся сумнівної легітимності референдум, що формально затвердив Молдову як незалежну і цілісну державу.