Obejmując urząd na drugą kadencję, Lincoln planował odbudowę kraju. Zastosował weto kieszonkowe wobec ustawy Wade’a-Davisa, która zakładała powrót do Unii stanów południowych, pod warunkiem złożenia przysięgi lojalności. Lincoln odmówił także „bezwzględnego zaangażowania do jakiegokolwiek pojedynczego planu odnowy”, jak wymagał tego projekt, ponieważ to „zniszczyłoby konstytucje i rządy wolnych stanów, przyjętych już i sprawujących władzę w Arkansas i Luizjanie”. 3 lutego 1865 roku spotkał się w Hampton Roads nieoficjalnie z przedstawicielami Konfederacji, gdzie obiecał amnestię i niepodejmowanie środków karnych wobec buntowników. Proponując pięcioletni okres wprowadzania 13. poprawki, nalegał na ponowną akceptację Konstytucji USA. Postulował także odszkodowania dla właścicieli ziemskich, którzy mieli utracić niewolników.