Sankta Marias kyrka var ursprungligen ett klosterkapell. Kapellet omnämndes redan på 1300-talet som tillhörande cistercienserna. I början av 1500-talet upplöstes Cisterciensorden och Sankta Marias kyrka blev då stiftskyrka. Kyrkan skadades inte nämnvärt i jordbävningen 1880 och kom därmed att delvis ersätta Zagrebs domkyrka som var stängd under tiden då den reparerades.