Pendant la Guerre de Bosnie-Herzégovine, Ljubuški est certes bombardée au printemps 1992 trois fois par des avions de l'armée populaire yougoslave mais elle reste relativement épargnée. Après que le Conseil de défense croate renforce ses territoires à la fin de l'été 1992, Ljubuški intègre à son tour la République d'Herceg-Bosna. Lorsque le conflit croato-bosniaque s'amplifie en 1993, une grande partie des Bosniaques de Ljubuški est chassée par le Conseil de défense croate. Selon des témoignages d'un Bosniaque chassé, des habitants croates se sont opposés à l'expulsion de leurs voisins bosniaques. Par la suite, d'autres réfugiés - pour la plupart des Croates du centre de la Bosnie - sont logés dans les maisons et les appartements des expulsés.