Die mehrmaligen Belagerungen der Stadt durch feindliche Truppen, (1583 Truchsessischer Krieg, 1642 Dreißigjähriger Krieg und 1673 Holländischer Krieg) wirkten sich auch auf St. Kilian aus. Obwohl 1642 die Mauern der Kirche durch den Beschuss der Belagerer große Löcher aufwiesen, die die Feinde, nachdem sie in die Kirche eingedrungen waren, als Schießscharten benutzten, ließen sich die Schäden nach dem Abzug der Belagerer bald beheben. Die Kirche kam in allen kriegerischen Auseinandersetzungen ohne große Blessuren davon. Dies bestätigen auch Stadtdarstellungen wie die Merians von 1646, sie zeigen die Kirche in „Lechnich“ während der Belagerung von 1642 und einige Jahre später in unversehrtem Zustand. Das Bauwerk war zu dieser Zeit einschiffig und schloss an der Südseite mit einem etwas niedrigeren Chor ab. An seiner Westseite stand ein Turm, der einen hoch aufragenden spitzen Helm trug.