In 1999 nam hij deel aan de presidentsverkiezingen die hij met een overweldigende meerderheid wint. In zijn poging om de Algerijnse Burgeroorlog te beëindigen, verleent hij alle islamisten die kleine vergrijpen pleegden amnestie. Op 16 september 1999 sprak de Algerijnse bevolking zich overtuigd uit voor het vredesplan van de president, al bleven de terreuracties verdergaan. Op 8 april 2004 werd hij herkozen met 85 procent van de stemmen.