De vuelta en Francia Napoleón le nombra barón y cirujano honorífico de los "Chaseurs de Garde" (guardia personal del emperador), aunque seguirá cumpliendo sus tareas de cirujano de campaña, incluso en Waterloo, donde fue capturado por los prusianos, pero liberado posteriormente al ser reconocido por un médico alemán, antiguo alumno suyo. En el testamento de Napoleón se puede leer una reseña en la que lega «cien mil francos a Larrey, el hombre más valioso que jamás he conocido».