Pekhart ma za sobą występy w młodzieżowej reprezentacjach Czech. Grał w drużynach do lat 16, 17, 18, 20 i U-21. Uczestniczył między innymi w Mistrzostwach Europy U-17 2006 oraz Mistrzostwach Świata U-20 2007. Czesi na obu tych turniejach wywalczyli srebrne medale. W reprezentacji do lat 21 czeski napastnik zadebiutował 21 sierpnia 2007 w przegranym 0:1 pojedynku ze Szkocją. 9 czerwca 2009 strzelił hat-tricka w zwycięskim 8:0 spotkaniu z San Marino. W seniorskiej reprezentacji zadebiutował 22 maja 2010 w meczu z Turcją (2:1).