Under andra världskriget greps han flera gånger av nazisterna, bland annat efter attentatet mot Hitler (20 juli-attentatet) den 20 juli 1944, som han inte var inblandad i. I september 1944 flydde han från koncentrationslägret på Kölns mässområde. Efter krigsslutet 1945 blev Adenauer under en kort period återinsatt som borgmästare i Köln.