В октябре 1941 года делегат ЦК КПЮ и Верховного штаба НОАЮ Иван Милутинович прибыл в Черногорию и сформировал Главный штаб НОАЮ в Черногории, а Байо был назначен политруком штаба. В середине ноября был сформирован Черногорско-Санджакский партизанский отряд численностью 3600 человек: его командиром был назначен Арсо Йованович, а политруком — Байо Секулич. Отряд участвовал в битве за Плевлю 1 декабря 1941, после неудачного штурма которой отошёл в Санджак и стал налаживать связи с партизанскими отрядами, покидавшими Сербию. Зимой 1941-1942 годов Байо руководил действиями по борьбе с четниками на территории Васоевича. В конце марта в Колашине черногорцы готовились четников и итальянцев, но ещё 20 марта 1942 четники нанесли предупреждающий удар. В битве за Црквине Байо был убит.