Rzeźba terenu Parku została ukształtowana w czasie zlodowacenia środkowopolskiego. Jej cechą charakterystyczną jest mozaika form geomorfologicznych, którą tworzą ciągi moren czołowych, kemy, ozy, misy wytopiskowe i sandry. Występują nieliczne wydmy, powstałe w wyniku procesów eolicznych. Wzniesienia Parku, w kilku miejscach przekraczające wysokość nawet 200 m n.p.m., poprzedzielane są obszarami równin, zabagnionymi nieckami i dolinami niedużych rzek. Przez środek obszaru szeroką doliną płynie rzeka Supraśl. W całej Puszczy Knyszyńskiej jest wiele torfowisk i obszarów podmokłych, tworzących się w dolinach rzek i strumieniach oraz w zagłębieniach bezodpływowych. Jeziora zachowały się w stanie szczątkowym i to jedynie na obszarach pogranicznych Puszczy na wschodzie i południowym wschodzie.