À la fin de la saison 1997 et après avoir terminé ses études secondaires au , il est admis à l'institut australien du sport (AIS), où il retrouve son ami d'enfance Vince Grella. La carrière des deux joueurs se confondent au cours des années suivantes. Pour la saison 1997-1998, lui et Grella signent avec le nouveau club de National Soccer League (NSL) , mais Bresciano est obligé d'attendre jusqu'à la pour faire ses débuts en NSL. Il dispute ensuite tous les matchs du reste de l'année, et Carlton termine deuxième avec une place en finale. Bresciano marque le but décisif dans les arrêts de jeu de la demi-finale et qualifie le club pour sa première grande finale, qu'il perd 2-1. Il reste avec les « Bleus » pour la saison 1998-1999, marquant quatre buts en 18 matchs, mais le club termine bien loin du top six. En 1998 et 1999, Bresciano fait plusieurs apparitions pour l'Australie dans différents matchs avec les moins de 20 ans et moins de 23 ans, dont la Coupe du monde des moins de 20 ans en 1999, où les jeunes « Socceroos » sont éliminés au premier tour.