Dopo la partenza di Jonathan Sexton, trasferitosi nel 2013 in Francia per giocare con il Racing Métro, Madigan dovette competere con il neozelandese Jimmy Gopperth, appena arrivato dal Newcastle, per la maglia di numero 10 titolare. I due ebbero anche occasione di giocare insieme, con Madigan schierato primo centro. Considerato il suo livello di forma, l'irlandese venne dato tra i possibili convocati nei British and Irish Lions per il loro tour in Australia del 2013. Madigan segnò la meta decisiva che permise al Leinster di vincere la semifinale del Pro12 2013-14 contro l'Ulster; in seguito la franchigia irlandese vinse il torneo sconfiggendo in finale i Glasgow Warriors.