El catolicosado fue ampliamente desacreditado y al morir el catolicós Khacatur III Shiroyan el 24 de diciembre de 1895 quedó vacante y nunca más tuvo un titular. Esto ocurrió en medio de las Masacres hamidianas y a las disputas con Echmiadzin y a la corrupción. Las dos diócesis que formaron el catolicosado fueron transferidas a la jurisdicción del patriarcado armenio de Constantinopla. El catolicosado permaneció vacante, pero todavía hubo un "locum tenens", el vardapet Arsan Markarian, quien fue asesinado en 1904. En 1915, durante el genocidio armenio, los monjes de Aghtamar fueron masacrados, la iglesia de la Santa Cruz saqueada, y los edificios monásticos destruidos. La iglesia quedó en desuso a través de las décadas después de 1915 y recibió numerosos actos de vandalismo. El obispado de Aghtamar se hundió, como las demás diócesis armenias de Asia Menor.