Das Chemische Institut war durch den Bombenangriff am 27. November 1944 fast völlig zerstört worden. Erst 1947 konnte die Lehrtätigkeit in bescheidenem Umfang wieder aufgenommen werden und Staudinger beteiligte sich trotz fortgeschrittenen Alters aktiv am Wiederaufbau. Seine 1940 gegründete Abteilung für makromolekulare Chemie war 1951 in ein staatliches Forschungsinstitut umgewandelt worden und Staudinger leitete es nach seiner Emeritierung 1951 noch fünf Jahre ehrenamtlich. Mangels ausreichender finanzieller Förderung war es anfangs in seinem Privathaus untergebracht. Der 1953 verliehene Nobelpreis führte zu einer besseren Finanzierung seines Instituts (so stellte der Fonds der Chemischen Industrie unmittelbar 10.000 DM zur Verfügung). 1956 wurde er mit einer offiziellen Feier der Universität an seinem 75. Geburtstag verabschiedet. 1957 hielt er Gastvorlesungen in Japan, wobei er auch vom Tenno empfangen wurde, und hielt auf Einladung von Hermann Mark einen Vortrag an dessen Institut in Brooklyn, bei dem allerdings deutlich wurde, dass Staudingers Forschung an seinem Institut damals nicht mehr auf der Höhe der Zeit war im Vergleich zu der von Mark in den USA auf breiter interdisziplinärer Basis und in enger Verbindung zur Industrie begründeten Schule. Das 1962 neu dafür errichtete Institutsgebäude trägt heute den Namen "Hermann-Staudinger-Haus".