Le ottime partite del girone di ritorno porterà a chiudere il torneo in quarta posizione a 66 punti in parità con la Lazio (scontri diretti pari, differenza reti a favore dei bianconeri), guadagnando l'accesso ai preliminari di Champions League: il traguardo era stato raggiunto anche nel 2004-05, con lo stesso piazzamento. Di Natale vince per il secondo anno di fila la classifica dei marcatori, andando in rete per 28 volte.