Au niveau international, Éder participe à la Coupe du monde 2014 où il est vivement critiqué par les supporters portugais, on le surnomme alors le "vilain petit canard" (en portugais : "o patinho feio"). L'Euro 2016 va changer son statut. En sortant du banc, il inscrit le but de la victoire lors de la prolongation de la finale contre la France, devenant ainsi la coqueluche du public portugais.