עם תום המלחמה וביטול העבדות (בתיקון ה-13 לחוקה) עלתה שאלת שילובן מחדש של המדינות המורדות באיחוד, במסגרת מה שכונה "תקופת השיקום" ("Reconstruction"). לינקולן היה בעד עמדה פייסנית כלפי מדינות הדרום, אולם הוא נרצח כמעט מיד אחרי סיום המלחמה על ידי מתנקש דרומי, ולאנדרו ג'ונסון, סגן הנשיא שהחליפו לאחר הרצח, לא היה כוח רב.