В период Муромати местный самурайский род Гото утвердил свою власть над одноименным архипелагом. Этот район был центром интенсивной европейской миссионерской деятельности в конце 16 века, в результате чего большая часть населения приняла христианство. Гото Харумаса (1548—1612) служил Тоётоми Хидэёси и участвовал в Корейской войне. Во время битвы при Сэкигахара он сохранил нейтралитет. В 1602 году после создания сёгуната Токугава Гото Харумаса принес присягу на верность Токугава Иэясу, который взамен утвердил за ним его родовые владения с доходом в 15 тысяч коку риса.