Коли в 1896 році в Османській імперії султаном Абдул-Хамідом II була піднята чергова кривава хвиля вірменських погромів, відбулися масові вбивства вірмен, — Екарян взяв участь в організації оборони Вана. Йому вдалося отримати вантаж зброї з сусідньої Персії. Потім османські влади посадили його до в'язниці, разом з 40 його товаришами, і потім випустили в кінці конфлікту. Він покинув Османську Імперію на вимогу Султана. Знайшов притулок у Урмии, в Персії. Після Младотурецкой революції, він повернувся до рідного Ван в 1908 році. Багато вірменських (а також македонських) революціонерів тоді "умовно приєдналися до Младотурецкого руху".