ב-14 ביולי 2008 הוגשה נגד אל-בשיר תביעה רשמית בבית הדין הפלילי הבינלאומי בהאג על רצח עם, שלפי כתב האישום המשיך להתבצע עד זמן הגשת כתב האישום בחבל דארפור. בעקבות הפעילות הנמשכת בדארפור ביקש לואיס מורנו-קמפו, התובע הראשי של בית הדין הבינלאומי, להוציא צו מעצר בינלאומי נגד אל-בשיר.