W 1924 Harris powrócił do Anglii i objął dowództwo nad 58 Eskadrą - pierwszą powojenną eskadrą ciężkich samolotów bombowych. Opracował on system prowadzenia nocnych lotów szkoleniowych, dzięki czemu piloci trenowali nocne operacje. W latach 1927-1929 ukończył wyższą szkołę oficerów sztabowych Staff College w Camberley. W owym czasie akademia była zdominowana przez oficerów kawalerii, piechoty i marynarki, z którymi Harris nie potrafił znaleźć zrozumienia. Po ukończeniu uczelni, objął dowództwo nad eskadrą łodzi latających, w której rozwijał techniki nocnego latania. W latach 1934-1937 był Zastępcą Dyrektora Planowania w Ministerstwie Lotnictwa. W 1937 wyraził opinię o arabskim powstaniu w Palestynie (1936–1939), że „"jedna 250 funtowa lub 500 funtowa bomba zrzucona na każdą wieś rozwiązałaby problem powstania"”. W latach 1937-1938 dowodził 4 Grupą Lotniczą, a następnie w latach 1938–1939 dowodził brytyjskimi siłami powietrznymi w Mandacie Palestyny i Emiracie Transjordanii.