ביוני 2011 מונה לסגן שר החוץ של רוסיה לענייני המזרח התיכון. ב-23 בינואר 2012 נשיא רוסיה דמיטרי מדבדב מינה אותו לשליחו המיוחד למזרח התיכון. מאז המעורבות הרוסית במלחמת האזרחים בסוריה, בוגדנוב מעורב בניהול המשא ומתן מול ארגוני המורדים הסורים לצורך הגעה להסדר ולסיום מלחמת האזרחים בסוריה.