През февруари 1809 г. австрийците предприемат недвусмислени враждебни действия чрез основната си армия – 200 000 души, командвани от ерцхерцог Карл. Той напредва по Дунав, тоест през вражеската Бавария, за да не позволи на французите да се концентрират. Наполеон обаче успешно събира силите си в Регенсбург (също 200 000 войници) и пресреща Карл при селцето Екмюл. Битката, водена главно от корпусана маршал Даву, завършва с френска победа, което води до падането на Виена на 13 май. Възползвайки се от това, Наполеон издава Виенския декрет, с който лишава папата от светска власт и анексира земите му. По негова заповед са построени два моста през дунавския остров Лобау и част от Великата армия го преминава, заемайки позиции при селата Асперн и Еслинг. Тогава обаче водите се вдигат поради пролетното снеготопене и мостът става неизползваем. Преди да се прехвърлят и останалите наполеонови войски, австрийците атакуват. След двудневна битка французите са принудени да се изтеглят обратно. В нея загива и добрият приятел на Наполеон, маршал Жан Лан.