Saksan hyökätessä Neuvostoliittoon vuonna 1941 käytössä oli edelleen muutamia BA-3 -autoja lähinnä jalkaväen yksiköihin liitetyissä tiedusteluosastoissa. Monet menetettiin sodan alkukuukausien aikana, mutta niitä oli esimerkiksi esikuntien suojelutehtävissä aina vuoteen 1945 saakka.