Islam saapui al-Jakubin mukaan Bamiyanin alueelle abbasidikalifi al-Mansurin valtakaudella. Paikallisia hallitsijoita toimi sittemmin merkittävissä tehtävissä valtakunnassa. Paikallinen hallitsija nimitettiin esimerkiksi Jemenin kuvernööriksi vuonna 844. Bamiyanissa oli buddhalainen temppeli vielä 800-luvulla, mutta sen tuhosivat Ya'qub ibn al-Layth al-Saffarin joukot ja sen esineistö tuotiin Bagdadiin vuonna 871. Vuosina 1144–1212 Bamiyania hallitsivat ghaznavidit, jotka liitettiin Kovaresmiaan 1200-luvun alussa. Pian tämän jälkeen saapuivat mongolit, jotka tuhosivat kaupungin vuonna 1221. Yksi Tšingis-kaanin pojanpojista sai surmansa kaupungin piirityksen aikana ja kostona tämä surmasi kaikki sen asukkaat. Historioitsija Djuwaynin mukaan alue oli asumaton vielä 40 vuotta hävityksen jälkeenkin. Kaupunki ei enää koskaan toipunut entisiin mittoihinsa. Nykyinen kaupunki on rakennettu Buddha-patsaiden alapuolelle. Seuraavien vuosisatojen aikana Bamiyania hallittiin tyypillisesti Ghaznista tai Kabulista. Suurmogulien valtakunta hallitsi 1700-luvulle saakka, jonka jälkeen Bamiyan on kuulunut Afganistaniin. Kaupungissa käytiin taistelu brittien ja afgaanien välillä ensimmäisen afgaanisodan aikana vuonna 1840.