Im Mai 2001 wurde Boldon in den USA positiv auf das Stimulanzmittel Ephedrin getestet. Er wurde von der IAAF nur verwarnt, da es sein Erstvergehen war. Bei den Weltmeisterschaften im August desselben Jahres gewann er Bronze über 100 Meter und Silber mit der 4-mal-100-Meter-Staffel. Die Staffel lief in der Besetzung Marc Burns, Ato Boldon, Jacey Harper, Darrel Brown Landesrekord.