In den ersten Jahren der Nach-Taliban-Zeit konnte sich der afghanische Fußball weitgehend rehabilitieren. Es bildeten sich viele Fußballvereine, und auch verschiedene Regionalverbände wurden gegründet. Ebenso konnte die Infrastruktur im Kinder- und Jugendfußball weiterentwickelt werden. Vor allem in den Provinzen Kabul, Herat und Masar-e-Scharif konnte der Fußball sich weiterentwickeln. Die Nationalauswahl jedoch stagnierte über Jahre hinweg. 2005 trat die AFF der SAFF bei, und die Nationalmannschaft nahm regelmäßig an den Südasienmeisterschaften teil, kam aber jeweils nicht über die Vorrunde hinaus. Bei den Qualifikationsspielen zur Weltmeisterschaft scheiterte man stets in der 1. Qualifikationsrunde; während man zur Qualifikation zur Weltmeisterschaft 2010 gegen Syrien verlor, scheiterte man zur WM 2014 an Palästina. An der Qualifikation zur Asienmeisterschaft nahm Afghanistan gar nur einmal teil; auch hier war nach der 1. Qualifikationsrunde zum Asien-Cup 2004 Schluss. Der einzig nennenswerte Erfolg einer afghanischen Länderauswahl in dieser Phase war der Gewinn der Silbermedaille der U-23-Nationalmannschaft bei den Asienspielen 2010, wo man nach vier Siegen in Folge ins Finale einzog und erst dort gegen Indien verlor.