8 квітня 2011 року на чемпіонаті Європи Алія пошкодила ногу в першому ж виді фінальних змагань у багатоборстві — при приземленні після виконання опорного стрибка. Поміст вона залишила на руках у одного з тренерів команди. Судді оцінили виступ Мустафіної в 15,375 бала. Завдяки цій оцінці, Алія очолила протокол змагань після першого снаряда, але через цю травму була змушена знятися зі змагань. Після обстеження німецькі лікарі діагностували розрив хрестоподібних зв'язок лівого коліна. 13 квітня спортсменку прооперував у спеціалізованій клініці доктор Міхаель Штробель, який свого часу лікував німецького тенісиста Бориса Беккера. Через тривалу реабілітацію спортсменка пропустила чемпіонат світу, а почала тренуватися через 3 місяці після травми. Бет Тведдл, яка в своїй кар'єрі травмувалася кілька разів, зазначила, що для неї було дивним, як швидко гімнастка відновилася після важкої травми, додавши при цьому, що вона переживала за неї. Тренер збірної Андрій Родіоненко вважав, що страх за свою ногу залишиться на все життя, що не дозволило б гімнастці виступати на тому ж рівні й далі. Алія заявляла, що страху як не було, так і немає.