ב-29 באפריל 1997 מונה בגאפש לתפקיד ראש ממשלת אבחזיה. בשנת 1998 התגברה המתיחות בין גאורגיה ואבחזיה, כאשר הממשלה האבחזית הגולה שבסיסה בטביליסי נערכה בעמדות לאורך הגבול עם השלטון הבדלני של אבחזיה. כתוצאה מהמלחמה בת ששת הימים נמלטו 30,000 פליטים גאורגים שהתגוררו באזור בשליטת הבדלנים לזוגדידי שבגאורגיה הסמוכה לגבול.