Din a doua jumătate a secolului al XIX-lea, sunt văzute ca simbol al Bosniei și Herțegovinei, obiecte ale revendicărilor ideologice și ale legendelor etnogenetice naționaliste sud-slave, precum și ale unor opinii divergente pe marginea interpretării lor arheologică, artistică și istorică. Deși naționalismul bosniac, croat și sârb au încercat toate să le alipească propriilor lor culturi, paradoxal, niciunul din cele trei grupuri etnice (bosniaci, și ) din Bosnia și Herțegovina nu le-au reținut în conștiința lor colectivă, lăsându-le în voia elementelor și expuse distrugerii umane (care le-a înjumătățit numărul), ceea ce sugerează că revendicările culturale se bazează mai ales pe construcții artificiale. Anume, ideea despre originea bogomilă a lor se sprijinea pe teoria originii bogomile a bosniacilor musulmani, a cărei ideologizare și distorsionare a istoriei a fost criticată de mulți specialiști, Wenzel afirmând, de exemplu, că „astfel au fost date în dar musulmanilor, accentuându-le dreptul de moștenire asupra pământului cu implicația că creștinii de mai târziu erau, comparativ, niște «nou-veniți»”. Destrămarea Iugoslaviei și Războiul Bosniac (1992–1995) a dus la o reapariție a teoriei bogomile în lucrări publice care căutau o legitimitate istorico-politică, sugerând că islamizarea nu a fost cauzată doar de ocupația otomană, ci că ar fi fost un eveniment cauzat de bogomili, și deci unul care afirma diferența etnică și confesională între populația bogomilă și cele catolică și ortodoxă. Ea nu a avut însă influență asupra gândirii științifice și asupra cercetării comparative.