Via het station van Wolfsburg werd later ook het transitverkeer tussen de Bondsrepubliek Duitsland en de Duitse Democratische Republiek afgewikkeld. Wolfsburg was namelijk het laatste station in West-Duitsland voor de Duits-Duitse grens, het volgende station in het oosten van Oebisfelde. Het gebouw dat gebruikt werd voor de grensafhandelingen staat op een van de perrons en is nog steeds behouden. Dit gebouw wordt gebruikt als wachtruimte en door spoorwegmedewerkers.