Сёння салёнасць вады складае каля 4÷11 % і мае значныя гадавыя і сезонныя ваганні. Возера звязана з морам каналам са шлюзам. Гідралагічны рэжым вадаёма падтрымліваецца дзякуючы прэсным водам з возера Мандра. У заходняй частцы лімана арганізавана прыродаахоўная тэрыторыя пад назвай «Вая», якая ў наш час ахоплівае 12% плошчы возера. У 2003 годзе возера Бургас было абвешчана водна-балотнымі ўгоддзямі міжнароднага значэння ў рамках Рамсарскай канвенцыі ў складзе прыродаахоўнай тэрыторыі Бургаскія азёры.