Дебютував Фаулер за свою нову команду через місяць на полі «Фулхема», на тому ж стадіоні, де він дебютував за «Ліверпуль» вісім років тому. У частині сезону Фаулер забив 12 голів, допомагаючи «Лідсу» у кваліфікації Кубка УЄФА. Фаулера було включено до складу збірної Англії на ЧС-2002, але там він вийшов лише один раз на заміну у переможному матчі проти Данії.