Aron Gunnarsson pelasi Islannin alle 17-, 19- ja 21-vuotiaiden maajoukkueissa. Hän pelasi kaksi ottelua alle 21-vuotiaiden EM-kilpailuissa 2011. Ensimmäisen A-maaottelunsa hän pelasi Valko-Venäjää vastaan helmikuussa 2008. Ensimmäisen arvokisojen karsintaottelunsa hän pelasi 2–2-tasapeliin päättyneessä Norjaa vastaan syyskuussa 2008. Ensimmäisen maaottelumaalinsa hän teki EM-karsintaottelussa Latviaa vastaan lokakuussa 2014.