Il quitte Thessalonique pour Constantinople, puis se rapproche du pouvoir impérial et du patriarcat. Il continue de mener une vie de pauvreté et de prière en habitant une « cellule hésychaste ». On sait également qu'il eut plusieurs disciples, les plus importants étant Niphon et Ménas. C'est aussi à cette période qu'il se rapprocha de la princesse-religieuse Irène-Eulogie Choumnaia, devenant même son père spirituel et son protégé. Les attaques de Baarlam contre Palamas et l'hésychasme reprenant de plus belle, Akindynos prend de plus en plus d'importance, et s'impose en conseiller et intermédiaire. Malgré quelques désaccords, il finit par se ranger du côté de son compatriote, Palamas, et défend l'hésychasme au synode de 1341, lorsque survient la mort de l'empereur Andronic III. Baarlam ayant perdu ses soutiens, Palamas décida de s'affranchir de l'autorité d'Akindynos, qui entra bientôt en conflit avec lui. La tension atteint son paroxysme lors du second synode de la même année. La camp de Palamas alla jusqu'à réclamer la mort d'Akindynos, qui échappa de peu à l'assassinat. En parallèle, les intrigues de palais se poursuive à Byzance. Il s'ensuit une guerre civile de cinq ans entre la régente Anne de Savoie, soutenue par le patriarche, et Jean Cantacuzène. Le patriarche Kalékas, hostile à Palamas, excommunia ce dernier et décida de prendre Akindynos sous son aile, envisageant même de le nommer évêque. Sentant le vent tourner, la régente décida de prendre ses distances avec le patriarche Kalékas, et convoqua un synode pour le déposer et excommunier Akindynos. Quand Jean Cantacuzène fit son entrée victorieuse à Constantinople en 1347, il confirma cette décision.