Il 29 novembre 1941, al comando del capitano di corvetta Masaki Kimotsuki, salpò dalla rada della base aeronavale di Truk con la divisione d'appartenenza e il resto della 6ª Squadriglia, fermandosi il 3 dicembre all'atollo di Kwajalein nelle isole Marshall. Fu quindi inquadrato nella froza d'occupazione dell'Isola di Wake guidata dal contrammiraglio Sadamichi Kajioka e comprendente, oltre la 30ª Divisione, i cacciatorpediniere , "Oite", tre incrociatori leggeri (, "Tatsuta", ), due cacciatorpediniere-trasporto rapido, gli incrociatori ausiliari "Kinryu Maru" e "Kongo Maru" e una nave appoggio sommergibili. L'8 dicembre la formazione salpò e giunse all'alba dell'11 dinanzi all'isola; Kajioka, con gli incrociatori leggeri, intraprese un bombardamento avvicinandosi man mano alla riva. Improvvisamente la guarnigione statunitense rispose al fuoco con qualche cannone da 127 mm, piazzando numerose granate sulle navi giapponesi: lo "Yayoi", che con i gregari si era portato a ovest degli isolotti di Peale e Wilkes per cannoneggiarli, invertì precipitosamente la rotta e fu raggiunto da una granata, che provocò un morto e diciassette feriti. Poté comunque rimanere in azione e fu presente al secondo assalto anfibio all'isola, che il 23 dicembre ebbe successo. Rientrato a Kwajalein con i gemelli, il 31 prese in consegna un convoglio che condusse al sicuro a Truk il 3 gennaio 1942; dieci giorni, risolti i danni, dopo salpò con lo "Yubari" e la 29ª Divisione di scorta alla nave appoggio idrovolanti "Kiyokawa Maru", due trasporti e un'unità ausiliaria per ricongiungersi, presso l'atollo di Woleai, alla forza di spedizione per Rabaul: il 17 la riunione fu compiuta e il 23, dopo una breve scaramuccia, Rabaul fu presa. Lo "Yayoi" rimase dunque per un paio di settimane nella zona, incaricato di pattugliamenti anti-sommergibile e compiti di scorta.