Durante el tiempo que Stopes pasó en Manchester, estudió carbón y bolas de carbón e investigó la colección de Glossopteris (helechos semilleros de Permia). Este fue un intento de probar la teoría de Eduard Suess sobre la existencia de Gondwana o Pangea. Un encuentro casual con el explorador antártico Robert Falcon Scott durante una de sus conferencias de recaudación de fondos en 1904 brindó la posibilidad de probar la teoría de Suess. La pasión de Stopes por demostrar la teoría de Suess la llevó a discutir la posibilidad de unirse a la próxima expedición de Scott a la Antártida. No se unió a la expedición, pero Scott prometió traer muestras de fósiles para proporcionar evidencia de la teoría. Scott murió durante la Expedición Terra Nova de 1912, pero los fósiles de plantas de las Montañas Reina Maud que se encontraron cerca de los cuerpos de Scott y sus compañeros proporcionaron esta evidencia.