Pekarík și-a făcut debutul la echipa naționale împotriva Emiratelor Arabe Unite la 10 decembrie 2006. El a înscris primul său gol la națională într-o victorie scor 7-0 cu San Marino. El a făcut parte din echipa națională de fotbal a Slovaciei la Campionatul Mondial din 2010 și UEFA Euro 2016.