El 31 de mayo de 2010, Shayetet 13 tomó parte en una operación contra el barco Mavi Marmara, que formaba parte de la Flotilla de la Libertad, para evitar que llegara al puerto de Gaza. El operativo logró hacerse con el control del barco, pero tuvo un resultado de 9 muertos y varias decenas de heridos entre los pasajeros del Mavi Marmara. Algunos miembros del Shayatet 13 también resultaron heridos.