Az ötödik koalíciós háborúban Károly főherceg hadseregének tartalékát parancsnokolta. 1809-ben részt vett a eckmühli, asperni és wagrami csatákban. A főherceg lemondása után az év végéig átvette a hadsereg főparancsnokságát és II. Ferenc 1809 szeptemberében kinevezte vezérőrnagynak. János József tagja volt a békét kérő tárgyalóbizottságnak, és ő is aláírta a schönbrunni békét. A hátrányos békeszerződés miatt sok kritikát kapott, amiért 1810-ben kilépett a hadseregből.