У 2002 році Педру Емануел перейшов у «Порту». У першому ж сезоні він виграв чемпіонат Португалії і завоював Кубок УЄФА. У наступному сезоні команді підкорилася Ліга чемпіонів, а в Міжконтинентальному кубку проти колумбійського «Онсе Кальдас» Педру Емануел забив вирішальний пенальті в серії, ставши останнім гравцем, який торкнувся м'яча в історії змагань, оскільки це був останній розіграш турніру. З «Порту» він ще двічі завоював Кубок і чотири рази виграв чемпіонат. Завершив професійну кар'єру футболіста виступами за команду «Порту» у 2009 році.