In der Zeit des byzantinischen Reichs informiert die Chronik von Galaxidi des Mönchs Evthemios über die Geschichte Amfissas. Die Bulgaren überfielen und eroberten Amfissa Ende des 10. Jahrhunderts n. Chr. Im Rahmen des Falls von Konstantinopel im vierten Kreuzzug 1204 und der nachfolgenden Entstehung des lateinischen Kaiserreichs kam Amfissa unter fränkische Herrschaft. Gleichzeitig erfolgte eine Umbenennung Amfissas nach Salona durch Bonifatius von Montferrat, den König des Königreichs Thessaloniki. Salona ist ein auch noch heute (selten) gebräuchlicher Name für Amfissa. Amfissa wurde zum Sitz des Barons von Salona. Für 100 Jahre bis zirka 1304 hielten die Franken die Oberhoheit über Amfissa und errichteten auch in diesem Zeitraum die Burg von Amfissa. Nach den Franken hatten die Katalanen für einige Jahre die Herrschaft über Amfissa inne, bis 1394 die Stadt an das Osmanische Reich fiel. Während der osmanischen Besatzungszeit berichteten Reisende wie William Martin Leake über Amfissa. Amfissa würde von 300 türkischen (osmanischen) und 400 bis 500 griechischen Familien bewohnt. Die unmittelbare Umgebung von Amfissa sei ausschließlich von Griechen bewohnt. Bereits in dieser Zeit waren die Oliven von Amfissa für ihre Qualität berühmt.