Quan Polònia pateix la invasió sueca que ha passat a la història amb el nom de "Segona Guerra del Nord", el 25 d'octubre de 1655, Lubieniecki està al capdavant de la delegació dels "germans polonesos" que va al rei de Suècia Charles X Gustave per aconseguir que els "Arians" (un altre nom donat als socinians) restituirà la seva llibertat de culte. Així, es pot refugiar a Cracòvia sota la protecció de la guarnició sueca. Després de la rendició de la ciutat, l'11 de setembre de 1657, va a la Pomerània sueca. Llavors es va dedicar a discussions epistolars sobre qüestions teològiques, on es va enfrontar a forts atacs luterans. El 1658, com a "Germà polonès », s'ha d'exiliar per decisió de la Dieta. Troba un nou protector en la persona del rei danès Frederic III. Després es va traslladar a Hamburg, on va ser constantment atacat pel clergat luterà.