Vào tháng 10 năm 2005, chính phủ của al-Bashir đã đàm phán chấm dứt Nội chiến Sudan lần thứ hai, dẫn đến một cuộc trưng cầu dân ý ở miền Nam, dẫn đến việc tách miền nam thành một quốc gia riêng biệt của Nam Sudan. Trong khu vực Darfur, ông giám sát chiến tranh ở Darfur đã dẫn đến số người chết khoảng 10.000 người theo Chính phủ Sudan, nhưng hầu hết các nguồn cho rằng từ 200.000 và 400.000 người. Trong nhiệm kỳ tổng thống của mình, đã có một số cuộc đấu tranh dữ dội giữa Janjaweed các nhóm dân quân và phiến quân như Quân đội giải phóng Sudan (SLA) và Phong trào công lý và bình đẳng (JEM) dưới dạng chiến tranh du kích ở vùng Darfur. Cuộc nội chiến đã thay thế hơn trên tổng số dân 6,2 triệu người ở Darfur and has created a crisis in the diplomatic relations between Sudan and Chad. Phiến quân ở Darfur mất sự hỗ trợ từ Libya sau cái chết của Muammar Gaddafi và sự sụp đổ của chế độ của ông vào năm 2011.