Masařík erreichte seine besten Leistungen bei Großereignissen bei den Olympischen Winterspielen 1998 in Nagano. Mit Rang vier im Einzel verpasste er hinter dem Weißrussen Oleksij Ajdarow eine Medaille nur um einen Rang, zudem wurde er 15. im Sprintwettbewerb und mit Petr Garabík, Zdeněk Vítek und erneut Holubec, wiederum als Schlussläufer mit der Staffel, holte er den wenig befriedigenden 14. Platz. Im auf dem olympischen Sprint basierenden Verfolgungsrennen bei der WM 1998 in Pokljuka lief Masařík auf Platz 24. Bei den wegen Wetterkapriolen auf Kontiolahti und Oslo verteilten Weltmeisterschaften 1999 wurde Platz 13 im Einzel sein bestes Ergebnis. Letztmals unter die besten 20 lief Masařík bei einer WM 2000 in Oslo mit Rang 17 im Verfolgungsrennen nach einem 26. Rang im Sprint. Erfolgreich verliefen die Biathlon-Europameisterschaften 2000 in Zakopane, wo der Tscheche hinter Andreas Stitzl im Sprint die Silbermedaille gewann. Mit der Staffel verpasste er als Viertplatzierter eine weitere Medaille und wurde zudem Elfter der Verfolgung und 13. im Einzel. Bestes Resultat bei Masaříks letzter WM in Pokljuka wurde Rang 47 in der Verfolgung. Letztes Großereignis und Abschluss der internationalen Karriere wurden die Olympischen Winterspiele 2002 von Salt Lake City, wo der Tscheche 42. des Einzels wurde und mit Garabík, Roman Dostál und Vítek als Fünftplatzierter im Staffelrennen nochmals ein sehr gutes Ergebnis erreichte. Nach seiner aktiven Karriere übernahm Masařík Aufgaben in offizieller Funktion beim tschechischen Biathlonverband.