Међутим, помјесна црква није само просто територијално јединство. Канонска традиција и црквена пракса у том погледу много су флексибилније и установиле су сљедеће ставове: аутокефалија и аутономија нису се сматрале искључивим у погледу географске универзалности Цркве него у смислу њене католичности (саборности); аутокефалијом се признаје посебна идентичност помјесне цркве; аутокефалија, као и примат, није привилегија дата само једној цркви или извјесним црквама — свака помјесна црква се налази у апостолском прејемству преко своје јерархије и њеног учења о вјери. Систем аутокефалних цркава и националних јурисдикција обједињује територијално и организационо начело са мисионарским пасторалним нужностима Цркве. Са историјске тачке гледишта, систем аутокефалних цркава постоји пре шизме између Истока и Запада (1054), као и пре пада Цариграда под Турке (1453). Помјесна црква која узурпира свој статус аутокефалије или аутономије постаје некоординирана тј. неукључена у поредак православне саборности — није Црква него шизматичка скупина.