Vonder Putten gehörte seinerzeit der von Gustavo Ferrín und Ángel Castelnoble trainierten uruguayischen U-16-Auswahl bei der U-16-Südamerikameisterschaft 2004 in Paraguay an und belegte mit dem Team den dritten Platz. Er wirkte in mindestens einer Partie mit und schoss ein Tor in diesem Wettbewerb. Er war Mitglied der von ebenfalls von Ferrín betreuten U-17-Auswahl Uruguays. Mit dieser nahm er an der U-17-Südamerikameisterschaft 2005 in Venezuela teil und wurde Vize-Südamerikameister. Bei der U-17-Weltmeisterschaft 2005 stand er ebenfalls dem uruguayischen Kader. Im Verlaufe des WM-Turniers bestritt er drei Länderspiele (kein Tor). Später wurde er auch in die uruguayische U-20-Nationalmannschaft berufen und gehörte den Aufgeboten bei der U-20-Südamerikameisterschaft 2007 und der U-20-Weltmeisterschaft 2007 an. Im WM-Turnier wurde er ebenfalls dreimal (kein Tor) eingesetzt.