Au début du , en raison de la construction du couvent des Capucines, la collégiale subit de graves dommages aux murs et aux voûtes. Il fallut donc réparer les dégâts et, à cette occasion, redécorer le sanctuaire dans un style néoclassique, le style baroque étant finissant. Les travaux du sanctuaires, débutés vers l'an 1804 et se sont terminés en 1836. Entre 1810 et 1822, les travaux ont été suspendus en raison de la guerre d'indépendance. Le projet de restauration, conçu par Agustín Paz, a été exécuté par l'architecte néoclassiciste .