Anschließend trat Georg Basta in die Dienste des römisch-deutschen Kaisers Rudolf II. Dieser gab ihm im sogenannten Langen Türkenkrieg von 1593 bis 1606 zwischen der Habsburgermonarchie und dem Osmanischen Reich den Oberbefehl über die habsburgische Armee und die Verwaltung von Siebenbürgen als kaiserlicher Lehnsträger. Am 4. September 1605 (datiert Prag) wurde er Reichsgraf mit der Ergänzung „von Hust“ (Huszt im nordungarischen Komitat Marmaros) mit Wappenbesserung, wurde am 15. März 1606 "böhmischer Herr" und erhielt das Inkolat. Er hatte den Auftrag, das durch Okkupation des Hauses Habsburg 1598 vertragsweise erworbene Siebenbürgen wegen der ihm zugeschriebenen "Begabung, Unerschrockenheit und eisernen Ausdauer" zu sichern.