Området annekterades av Frankrike under Franska revolutionskrigen vilket ledde till att universitetet 1797 stängdes av den franska regimen, eftersom det betraktades som en reaktionär bastion. Sedan området efter krigen tillfallit Nederländerna skapade Vilhelm I av Nederländerna 1816 åter ett universitet i Leuven, ett statligt universitet under namnet Riksuniversitet ("Rijksuniversiteit"). En tid efter att Belgien hade förklarat sig självständigt bildade de belgiska romersk-katolska biskoparna åter ett katolskt universitet i Mechelen 1834. Detta universitet flyttades 1835 till Leuven som det nybildade katolska universitetet i Leuven.