Được xem là một đơn vị tinh nhuệ và tuyệt đối trung thành với Tổng thống, trong Biến cố Phật giáo, 1963, Lực lượng Đặc biệt được cố vấn Ngô Đình Nhu sử dụng như lực lượng xung kích tấn công các chùa, đặc biệt là chùa Xá Lợi. Mặc dù vậy, Lực lượng Đặc biệt hoàn toàn bị vô hiệu hóa trong đảo chính năm 1963 khi Chỉ huy trưởng Lê Quang Tung bị giết chết ngay khi cuộc đảo chính vừa nổ ra. Trước đó, bằng một thủ pháp nhỏ, các tướng lãnh tham gia đảo chính đã điều các đơn vị thuộc Lực lượng Đặc biệt ra khỏi Sài Gòn. Mất đi lực lượng cơ động trung thành và tinh nhuệ này, Tổng thống Ngô Đình Diệm và Cố vấn Ngô Đình Nhu không còn cách nào khác ngoài việc đào tẩu khỏi Dinh Độc Lập. Cả hai ông đều bị quân đảo chính giết chết trong xe thiết giáp không lâu sau đó.