Ha guidato la Nazionale femminile nel biennio 1973-1974, che aveva come capitana Mabel Bocchi, diventata poi la prima conduttrice di un programma sportivo in televisione, riuscendo a centrare la medaglia di bronzo agli Europei 1974 di Cagliari. In seguito è stato il vice di Cacco Benvenuti ai Mondiali 1975, sfiorando poi la qualificazione alle Olimpiadi di Montreal del 1976, ed è poi rimasto nello staff tecnico delle Nazionali giovanili fino al 2000. Numerosi i riconoscimenti ricevuti: fra i più importanti la Stella d'Oro al Merito Sportivo del CONI (1995) e il riconoscimento della F.I.P. (All Star Game 2006 Torino), con motivazione: «Per la sua opera in favore dello sviluppo e l'immagine della pallacanestro italiana in Italia ed all'estero e della categoria, decano degli allenatori tra l'altro ancora in attività». Diffatti Pagnini tuttora è dedito ai giovani della società da lui fondata, Scuola Basket Team ‘98 Savona, collezionando risultati lusinghieri (finali nazionali di Treviso del 3 v 3 nel 2003 e nel 2004). Ha inoltre ottenuto il Premio "Reverberi", intitolato ad uno dei massimi arbitri di basket.