29 апреля Джон забил единственный гол в первом полуфинальном матче Лиги чемпионов против «Арсенала». «Манчестер Юнайтед» вышел в финал турнира, победив лондонский клуб со счётом 4:1 по сумме двух встреч, но уступил там «Барселоне» (0:2). В отличие от прошлогоднего финала, О’Ши появился на поле с первых минут и отыграл полный матч.