Alemania invadió Yugoslavia el 6 de junio de 1941 y Von Horstenau fue nombrado plenipotenciario general en Zagreb, la capital del Estado Independiente de Croacia, que había sido una provincia del Imperio austrohúngaro, Ante Pavelic, su gobernante había sido reconocido por Alemania. Edmund Glaise von Horstenau y sus tropas se acantonaron en Zagreb. Los croatas en ese momento mantenían brutales hostilidades relacionadas con intolerancia religiosa con la población serbia en Yugoslavia, los croatas eran simpatizantes de los italianos fascistas y, por tanto, aliados de Alemania. La Wehrmacht fue por decir lo menos, impotente, así como de los fascistas italianos, ante la agresión a los serbios, apoyando con "no-intervenir" a los Ustasha, un grupo paramilitar pertenecientes a la religión católica croata, en extremo crueles que deseaban el exterminio de los ortodoxos, judíos, gitanos y comunistas, es decir, serbios.