Відкриття академії відбулося 29 травня 1812 р. Але незабаром Велика армія Наполеона підійшла до кордонів Російської імперії, і через початок війни студенти та викладачі так і не дочекалися початку занять. Студенти поїхали додому, а професори, демонструючи вірність російській владі, вирушили у глиб країни. Урочиста церемонія початку навчального року відбулася у січні 1813 р., але через малу кількість студентів навчання розпочалося лише у березні. Перший звичайний навчальний рік розпочався 2 листопада 1813 р. З наступного року навчальний процес почав повертатися до нормального. Заняття розпочалися 15 вересня 1814 року і тривали до 15 липня 1815 року. Такий час початку та кінця навчання зберігався до кінця існування академії.