Thon cũng dự Giải vô địch bóng đá châu Âu 1988 tổ chức tại quê nhà và ghi một bàn thắng hiếm hoi bằng đầu trước Đan Mạch ở vòng bảng (thắng 2–0). Ông chơi toàn bộ 4 trận đấu cho Đức ở giải này cho đến khi đội nhà phải dừng bước tại bán kết. Vì chấn thương hoặc bất đồng với huấn luyện viên đội tuyển quốc gia Berti Vogts, Thon không tham dự các giải đấu lớn sau này như là Giải vô địch bóng đá thế giới 1994, các Giải vô địch bóng đá châu Âu 1992 và 1996. Trận đấu quốc tế cuối cùng của ông là trận gặp Iran ở vòng bảng Giải vô địch bóng đá thế giới 1998, kết thúc sự nghiệp quốc tế 14 năm với 52 trận đấu và 3 bàn thắng.