Tony Fernández signe son premier contrat professionnel avec les Blue Jays de Toronto en 1979. Il dispute son premier match dans le baseball majeur le et fait partie de l'effectif régulier des Blue Jays à partir de la saison 1985, où le joueur d'arrêt-court prend part à 161 des 162 matchs de saison régulière de son équipe. Il joue de plus en séries éliminatoires pour la première fois en 1985 et frappe dans une moyenne au bâton de ,333 dans les sept matchs entre Toronto et Kansas City dans une Série de championnat qui se solde par une amère défaite des Jays.