29 ноября 1790 года перешёл из Николаева в Севастополь. Принимал участие в русско-турецкой войне 1787—1791 годов. 10 июля 1791 года вышел на поиск флота противника в составе эскадры контр-адмирала Ф. Ф. Ушакова. 11 июля у Балаклавы русские суда обнаружили противника и до 15 июля фрегат в составе эскадры принимал участие в преследовании турецких судов, пытаясь принудить их к бою, но противнику удалось уклониться от боя, а в ночь на 16 июля уйти от преследования. 19 июля вместе с эскадрой вернулся в Севастополь, а 29 июля вместе с ней вышел по направлению к румелийскому берегу. 31 июля (11 августа) 1791 года участвовал в сражении при Калиакрии под командованием капитана второго ранга Львова в составе той же эскадры. За храбрость, проявленную в этом сражении, командир фрегата «Святой Николай» был награждён золотой шпагой. После сражения крейсировал у Варны, а 20 августа вместе с эскадрой вернулся в Севастополь.