Säsongen började med en andraplats. Ferrari verkade ha problem med livslängden på sina V8-motorer, vilket lett till att Schumacher fått starta långt bak. Schumacher startade dock från pole position i San Marinos Grand Prix 2006 och lyckades hålla undan för Fernando Alonso och vinna på hemmabanan. Detta var Schumachers 66:e pole position, vilket är en mer än Ayrton Sennas tidigare rekord.