Bu dönemde Fenerbahçe, altyapıda da yeniden Türkiye'nin önde gelen kudret merkezlerinden biri haline geldi. Nitekim, sarı lacivertliler 2007'de gençlerde, 2008, 2009, 2011 ve 2012'de yıldızlarda Türkiye şampiyonu olurken, A takımında tecrübe kazanan ya da altyapısından yetişen Semih Erden ve Ömer Aşık gibi değerleri NBA'e yolladı. 2010 yılında Dünya Şampiyonası'nda ikinci olan millî takıma Erden ve Aşık'ın yanı sıra Ömer Onan ve Oğuz Savaş'ı verdi.