Thunder Bayn MM-hiihdoissa 1995 Myllylä saavutti pronssia perinteisen 10 kilometrillä ja oli takaa-ajokilpailussa sekä perinteisen 30 kilometrillä neljäs. Viestiin hän ei osallistunut sairastumisen vuoksi. Maailmancupin kokonaispisteissä hän oli kahdeksas. Kausi 1995–1996 oli välivuosi arvokisojen osalta ja Myllylä sijoittui maailmancupissa kahdesti palkintokorokkeelle; hän oli kolmas joulukuussa Santa Caterinan 10 kilometrillä ja tammikuussa Nové Měston 15 kilometrillä, molemmat perinteisellä hiihtotavalla. Maailmancupin lopputuloksissa hän oli 14:s. Alkutalvesta 1996–1997 Myllylä voitti ensimmäiset maailmancupin osakilpailunsa. Joulukuussa hän oli nopein Davosin perinteisen hiihtotavan 10 kilometrillä ja tammikuussa Kavgolovon vapaan tyylin 30 kilometrillä. Trondheimin MM-hiihdot Myllylä aloitti sijoittumalla kymmenenneksi vapaan 30 kilometrillä, mutta perinteisen 10 kilometrillä hän saavutti pronssia ja nousi tämän jälkeisessä takaa-ajossa MM-hopealle. Hän oli mukana myös Suomen hopeaa saavuttaneessa viestijoukkueessa ankkuriosuuden hiihtäjänä. Kilpailujen päätösmatkalla, perinteisen 50 kilometrillä hän voitti ensimmäisen maailmanmestaruutensa vajaan minuutin erolla Erling Jevneen. Maailmancupin kokonaistuloksissa Myllylä sijoittui toiseksi Björn Dählien jälkeen. Myllylä palkittiin Vuoden urheilijana 1997.