Offenbar aufgrund des Waffenstillstands von Compiègne am 11. November 1918 kehrte er nach Berlin zurück und war offenbar erneut im Admiralstab tätig. Vom 6. Januar 1919, dem Beginn des Spartakusaufstands, bis zum 15. Mai 1919 befand sich Isendahl in nicht bekannter Funktion beim Generalkommando Lüttwitz. Vom 15. Mai bis zum 30. September 1919 war er beim Reichsmarineamt (RMA, seit dem 15. Juli 1919 Admiralität) der Vorläufigen Reichsmarine tätig.