Erste internationale Erfahrungen sammelte Marina Aitowa im Jahr 1999, als sie bei den Jugendweltmeisterschaften in Bydgoszcz mit einer Höhe von 1,79 m den vierten Platz belegte, wie auch bei den anschließenden Juniorenasienmeisterschaften in Singapur mit 1,79 m. Daraufhin gewann sie bei den Zentralasienspielen in Bischkek mit übersprungenen 1,83 m die Silbermedaille hinter ihrer Landsfrau Swetlana Salewskaja gewann. Im Jahr darauf gewann sie bei den Asienmeisterschaften in Jakarta mit 1,83 m die Silbermedaille hinter der Inderin Bobby Aloysius und erreichte anschließend bei den Juniorenweltmeisterschaften in Santiago de Chile mit 1,80 m Rang neun. 2001 wurde sie bei den Ostasienspielen in Osaka mit 1,80 m, ehe sie bei den Juniorenasienmeisterschaften in Bandar Seri Begawan mit einer Höhe von 1,85 m die Goldmedaille gewann. Daraufhin nahm sie an der Sommer-Universiade in Peking teil, schied dort aber mit 1,80 m in der Qualifikation aus. Im Jahr darauf gewann sie bei den Asienmeisterschaften in Colombo mit 1,84 m die Bronzemedaille hinter der Kirgisin Tatjana Jefimenko und der Inderin Aloysius. Anschließend nahm sie an den Asienspielen in Busan teil und gewann dort mit 1,88 m die Silbermedaille hinter Jefimenko.