На подручју Косова и Метохије ЛБГ су били активни од 1993. године. Организација је пружала склониште, воду и здравствену негу за становништво угрожено НАТО бомбардовањем Југославије, а организована су и саветовалишта за жртве посттрауматског стреса. Унутар ЛБГ избила је озбиљна криза у вези са њиховим деловањем на Косову када је грчки огранак искључен из организације, јер су његови чланови пружали помоћ и албанским и српским цивилима у Приштини за време бомбардовања, док је централа своје активности усмерила првенствено на Албанце. Постојале су и оптужбе да је НАТО оправдао бомбардовање Југославије на основу извештаја ЛБГ, у којима није било ни речи о неделима Ослободилачке војске Косова. Грчки огранак ЛБГ је поново примљен тек 2005.