Setelah Proklamasi Kemerdekaan Indonesia pada 17 Agustus 1945, Ki Fatah Hasan kembali menekuni Pesantren dan membantu K.H. Syam'un yang menjadi Bupati Serang dan Komandan Batalyon Siliwangi Wilayah Banten. Namun saat terjadi Agresi Militer Belanda II pasca Indonesia Merdeka, Ki Syam'un dan Ki Fatah Hasan (yang saat itu menjadi Wakil Bupati Serang dan Anggota KNIP) gencar melakukan gerilya dari satu gunung ke gunung lainnya demi mempertahankan Wilayah Banten dari Agresi Militer Belanda. Saat bergerilya itulah banyak pejuang-pejuang Banten yang gugur di tempat persembunyian. Ki Syam’un sendiri wafat di daerah perbukitan Kamasan-Anyer. Sedangkan Ki Fatah Hasan tidak diketahui di mana rimbanya. Sejak saat itu, Ki Fatah Hasan tidak kembali ke rumah, tidak tahu apakah ditangkap Belanda atau wafatnya di mana dan dikuburkan di mana.