1940, im Alter von 65 Jahren, wurde er Gouverneur der Italienischen Ägäis-Inseln, 1941 Generalgouverneur von Italienisch-Libyen und Oberbefehlshaber der italienischen Truppen in Nordafrika. Formal unterstand ihm auch Rommel und das Deutsche Afrikakorps. Mit Rommel hatte Bastico wiederholt heftige Auseinandersetzungen, die ihm den Spitznamen „Bombastico“ einbrachten. Nach Rommels Beförderung zum Generalfeldmarschall ernannte Mussolini Bastico am 12. August 1942 zum Marschall von Italien. Nach der verlorenen zweiten Schlacht bei El Alamein und dem Verlust von Libyen verlor Bastico Ende 1942 seinen Posten und wartete bis Kriegsende auf ein neues Kommando.