Никодим остава на воденската катедра от 1899 до 1904 година. При управлението му се развихря гръцко-българският въоръжен сблъсък в Южна Македония и Никодим изглежда не успява да се справи с възникналите проблеми и се появяват търкания с паството му. Консулът Евгениос Евгениадис първоначално дава положителна оценка на Никодим като интелигентен и грамотен и добър партньор на консулството. По-късно обаче тази оценка се променя, когато консулството разбира, че чрез сътрудничеството с него владиката се опитва да събере повече пари. Директорът на гръцкото училище във Воден и секретар на гръцкия революционен комитет Атанасиос Франгос също свидетелства за лошите отношения между владиката и гъркоманските първенци. Ръководството на гръцката община в града пише писмо до патриарха, в което се оплаква, че Никодим пренебрегва задълженията си и се занимава само с придобиването на имущество. Вселенската патриаршия през октомври 1901 година изпраща във Воден като екзарх Константий Берски, който в доклада си до патриаршията пише, че оплакванията не са сериозни. След напускането на екзарха, Никодим кани на среща 80 първенци, но се явяват само 20 и между тях не се постига съгласие. На 27 февруари 1902 г. Никодим е избран за член на Светия Синод за годините 1902-1903 и единодушно е оправдан по обвиненията срещу него. Патриарх Йоаким III Константинополски информира за решението на Синода Воденската община и препоръчва на първенците да изоставят партизанщината и да работят за развитието на църковните и образователни институции. Така с изтеглянето на Никодим в Цариград кризата е разрешена.