Auf der anderen Seite bestätigte Chomeini den Status der jüdischen Religion, so wie der Koran vorsieht, als Schutzbefohlene. Artikel 13 der Verfassung der islamischen Republik Iran nahm diesen Grundsatz explizit auf, ebenso ist nach Artikel 64 zumindest ein Abgeordneter jüdischen Glaubens, momentan Ciamak Moresadegh, im iranischen Parlament vorgesehen. Diese Ambivalenz drückt sich auch im privaten Sektor aus. So berichtete am 27. Februar 1985 die israelische Zeitschrift Maariw, dass eine enge Verwandte Chomeinis unter strenger Geheimhaltung in einem Jerusalemer Krankenhaus behandelt werde. Zuvor sollen schon weitere Verwandte Chomeinis in Israel behandelt worden sein. Nach den Waffenlieferungen Israels an den Iran, während des ersten Golfkrieges, mäßigte Chomeini seine Worte.