Op 1 augustus 2015 won Paris Saint-Germain voor het derde jaar op rij de Trophée des Champions door met 2–0 te winnen van Olympique Lyon. Voor het derde jaar op rij werd Thiago Silva opgenomen in het Team of the Year van de FIFA bij de Ballon d'Or-ceremonie. Net als het seizoen daarvoor won PSG in het seizoen 2015/16 naast de Trophée des Champions ook de andere drie prijzen in Frankrijk. In de finale van de Coupe de la Ligue werd Lille verslagen (2–1) en in de finale van de Coupe de France was PSG te sterk voor Olympique Marseille (2–4). Voor het vierde seizoen op rij bleek de kwartfinale het eindstation voor Paris Saint-Germain te zijn in de Champions League. Dit keer was Manchester City te sterk over twee wedstrijden. In de Ligue 1 eindigde de club liefst 31 punten boven nummer twee Olympique Lyon. Op 6 augustus 2016 pakte Paris Saint-Germain opnieuw een prijs door Olympique Lyon te verslaan voor de Trophée des Champions 2016. Silva was niet aanwezig bij deze wedstrijd. Op 22 december 2016 werd bekendgemaakt dat hij een nieuw contract tot 2020 ondertekende in de Franse hoofdstad. Het seizoen 2016/17 werd het eerste seizoen van Silva in Parijs waarin PSG niet de Ligue 1 won. Ze moesten het Franse landskampioenschap overlaten aan AS Monaco. Ook was het voor het eerst dat Silva met PSG niet de kwartfinale van de Champions League haalde. Bij de thuiswedstrijd, die met 4–0 gewonnen werd, was Silva niet aanwezig wegens een blessure. In de terugwedstrijd in de Camp Nou speelde Silva wel mee. Na drie doelpunten van Barcelona in de laatste tien minuten werd PSG in het tweeluik met 6–5 verslagen. De beide bekercompetities van Frankrijk werden wel gewonnen; in de finale van de Coupe de France tegen Angers was een eigen doelpunt in de extra tijd genoeg voor de overwinning en in de finale van de Coupe de la Ligue was PSG te sterk voor AS Monaco.