Від персів територія Фокеї була звільнена у 479 р. до н. е., і за допомогою усієї Греції місто було відбудоване. Фокея увійшла до Делоського союзу і сплачувала до союзницької скарбниці по два таланта — з огляду на те, що була тепер не надто великим поселенням. Водночас, на відміну від інших афінських союзників, фокейці зберегли право карбувати власну монету. Гегемонія Афін, щоправда, все одно була обтяжливою, і у 412 до н. е. Фокея повстала. Приборкати невдоволених афіняни намагалися кілька років, але без успіху. Натомість спартанцям, що за часів Коринфської війни теж брали місто в облогу, пощастило більше. Завдяки хитрощам, цар Агесилай несподіваним нападом захопив Фокею.