Rutaganda, 1994 yılındaki Ruanda soykırımından kısmen sorumlularındandır. Savcı James Stewart, "Georges Rutaganda olmasaydı Ruanda soykırımı bu şekilde işlemezdi." dedi. 1994'te Kigali'de RTLM radyosunda (Radio Télévision Libre des Mille Collines) Interahamwe milislerini tüm Tutsileri yok etmeye teşvik etti. Rutaganda'nın Kigali'deki Interahamwe saklandıkları yerde Tutsi kadınları yakaladığı, tecavüz ettiği ve işkence ettiği iddia edildi. Diğer rivayetlere göre Rutaganda, Tutsileri cadı olduklarına inanarak yakalamış.