Werner Rathmayr debuterade internationellt på hemmaplan i den österrikiska delen av tysk-österrikiska backhopparveckan i Bergiselschanze i Innsbruck 4 januari 1990. Backhopparveckan ingår som en del av världscupen. Werner Rathmayr slutade på en 69:e plats i sin första internationella tävling. Rathmayr deltog i junior-VM 1990 som arrangerades i MS 1970 i Štrbské Pleso i dåvarande Tjeckoslovakien. Han startade i lagtävlingen och vann guldet tillsammans med österrikiska laget, före Finland och Jugoslavien.