Хворобливий Федір Іванович майже не займався державними справами, а фактичним правителем Московської держави був брат його дружини, цариці Ірини Федорівни, Борис Годунов. Після смерті польського короля Стефана Баторія прихильники московської орієнтації у Речі Посполитій у 1573—1574 і 1587 роках безуспішно висували кандидатуру Федора Івановича на престол Речі Посполитої. За правління Федора Івановича Московська держава поступово виходила з господарської кризи і тяжких наслідків Лівонської війни 1558—1583.