З 1987 року два сезони захищав кольори команди клубу «Бенфіка». За цей час виборов титул чемпіона Португалії. 1988 року дійшов з командою до фіналу тогорічного Кубка європейських чемпіонів, в якому португальці лише у серії післяматчевих пенальті програли нідерландському ПСВ. Сам Елзо пробивав пенальті першим серед гравців «Бенфіки» і свій удар реалізував.