Am 31. Dezember 1975 landeten während der Invasions Osttimors indonesische Truppen in Manatuto und besetzten zunächst die Küste östlich der Stadt und das Gebiet um die Überlandstraße bis nach Laclubar. Erst zwischen Mai und Juni 1978 wurde der Rest des damaligen Subdistrikts von den Indonesiern erobert. In Carlilu, Tuquete und der Stadt Manatuto gab es Ende 1979 indonesische Umsiedlungslager für Osttimoresen, die zur besseren Kontrolle von den indonesischen Besatzern umgesiedelt werden sollten. In der Krise von 1999 blieb auch Manatuto nicht von Zerstörungen verschont.