Генерал Шишкин командовал 22-й дивизией до осени 1916 года, пройдя с ней и отступление 1915 года, и кровавые бои на оз. Нарочь и р. Стоход весной-летом 1916 года. После непродолжительного пребывания в резерве чинов при штабе Киевского (29 октября — 22 ноября 1916) и Петроградского (22 ноября 1916 — 22 января 1917) военных округов, он получил в командование 14-ю Сибирскую стрелковую дивизию на Северном фронте. После Корниловского выступления, когда из армии удалялись последние верные долгу военачальники, Михаил Иванович Шишкин вынужден был оставить с 10 сентября 1917 года свою должность и за день до октябрьского переворота, 24 октября 1917 года он был уволен в отставку.