L'utilisation des bombes atomiques a fait l'objet d'une longue controverse. Peu après les attaques, un sondage d'opinion montra que 85 % des Américains défendaient l'emploi de ces armes et la génération de la guerre considérait qu'elles avaient sauvé des millions de vies. Par la suite, la décision d'utiliser les armes nucléaires a été de plus en plus critiquée, les arguments avancés étant que les attaques furent menées pour intimider l'Union soviétique, pour justifier le projet Manhattan ou que le Japon se serait finalement rendu même sans l'utilisation des bombes atomiques. En 1994, un sondage montra que 55 % des Américains soutenaient la décision de bombarder Hiroshima et Nagasaki. Le juge Radhabinod Pal du Tribunal militaire international pour l'Extrême-Orient avança que les dirigeants japonais n'avaient pas conspiré pour commettre des atrocités et affirma que la décision d'utiliser des bombes atomiques était l'exemple le plus clair d'un ordre direct pour conduire un lors de la guerre du Pacifique. Depuis lors, les universitaires japonais comme Yuki Tanaka et Tsuyoshi Hasegawa ont avancé que l'usage des bombes était immoral et constituait un crime de guerre. Au contraire, le président Truman et, plus récemment, des historiens comme Paul Fussell ont affirmé que les attaques contre Hiroshima et Nagasaki étaient justifiées car elles entrainèrent la capitulation du Japon.