El 1805, el Tractat de Pressburg al final de la Tercera Coalició va obligar Àustria a cedir el Tirol a Baviera. A causa d'això la vall va ser unida a l'Estat de Salzburg quedant-se així amb Àustria. En canvi els habitants de la Zillertal es van unir a la insurrecció tirolesa del 1809 guiada per Andreas Hofer, amb la Batalla del Pont del Ziller (14 de maig). Després de la repressió pet la insurrecció, Zillertal és per poc temps bavaresa, fins al Congrés de Viena del 1814/1815.