En 1962, le gouvernement britannique commence à étudier la possibilité d'installer sur l'atoll une base militaire anglo-américaine comprenant un aéroport. Dans ce but, Aldabra est incorporé en 1965 au territoire britannique de l'océan Indien, un nouveau territoire britannique d'outre-mer créé dans le cadre de la prochaine indépendance de Maurice. Face à la protestation du public et des scientifiques dans ce qui sera appelée l'« affaire Aldabra », l'idée est finalement abandonnée quelques mois plus tard au profit de Diego Garcia dans l'archipel des Chagos. À cette occasion, des scientifiques font preuve d'un regain d'intérêt pour Aldabra et y débutent de nouvelles campagnes de recherche entre 1967 et 1979 au cours desquelles une station de recherche est construite en 1970 et 1971. Entre-temps, les Seychelles récupèrent Aldabra qui est détaché du territoire britannique de l'océan Indien avec son indépendance en 1976 et le rapport de la est remis au gouvernement du nouveau pays en 1980. Sur la base de ce rapport et sous l'autorité de la créée en 1979, l'atoll est classé réserve naturelle le . L'année suivante, Aldabra est inscrit sur la liste du patrimoine mondial de l'Unesco et il constitue un site Ramsar depuis le . La réserve est également reconnue zone importante pour la conservation des oiseaux depuis 2001.