Karl von Hoiningen genannt Huene war der Sohn des preußischen Generalleutnants Wilhelm von Huene und dessen Ehefrau Charlotte, geborene Lossen (1798–1869). Er besuchte die Gymnasien in Koblenz und Berlin und trat Mitte Mai 1859 als Avantageur in das Kaiser Alexander Grenadier-Regiment der Preußischen Armee ein. 1860 wurde er Sekondeleutnant im Elisabeth-Regiment und nahm 1864 am Krieg gegen Dänemark teil. Im Krieg gegen Österreich wirkte er 1866 bei Soor und Königgrätz. Huene erhielt den Roten Adlerorden IV. Klasse mit Schwertern, wurde Mitte März 1868 unter Überweisung zum Großen Generalstab in den Generalstab der Armee versetzt und Ende Oktober 1869 zum Hauptmann befördert. Als Generalstabsoffizier beim Generalkommando des X. Armee-Korps nahm er 1870/71 an den Schlachten bei Vionville, Gravelotte, Noisseville, Beaune-la-Rolande, Orléans, Beaugency und Le Mans sowie der Belagerung von Metz teil.