Le , Šešelj se livre au TPIY, qui a retenu contre lui « huit charges de crimes contre l'humanité et six charges de violations des lois et coutumes de la guerre pour sa participation à une entreprise criminelle collective ». Les faits qui lui sont reprochés se sont déroulés entre 1991 et 1995, durant la guerre de Croatie en Krajina et Slavonie occidentale, et durant la guerre de Bosnie. Il aurait ainsi participé à la purification ethnique lors de ces conflits.