Als Napoleon 1798 seine Invasion nach Ägypten plante, holte er auch Baraguey in seinen Stab. Nach der Besetzung Maltas schickte man ihn zusammen mit der Kriegsbeute zurück nach Frankreich. Von der Royal Navy abgefangen, kam Baraguey erst in englische Kriegsgefangenschaft, später dann wurde er auf Ehrenwort zurück nach Frankreich entlassen. Da man sich seiner Verganheit als Royalist (und damit seiner militärischen Unzuverlässigkeit) erinnerte, stellte man ihn vor ein Kriegsgericht und klagte ihn u. a. „des Paktierens mit dem Feind“ an. Nach Freispruch und Rehabilitierung wurde er zur Armée du Rhin kommandiert und kam in den Stab von General Michel Ney. Später kämpfte er zusammen mit Jacques MacDonald in Graubünden.