Le rôle de FitzGibbon en tant que Lord Chancelier d'Irlande pendant la période de rébellion de 1798 est discutable. Selon certains, il soutenait une politique intransigeante qui utilisait la torture, le meurtre et le massacre pour écraser la rébellion, car en tant que chancelier, il avait une influence considérable sur les affaires militaires et que la loi martiale ne pouvait être imposée sans son consentement. D'autres allèguent qu'en tant que Lord chancelier, il n'avait aucune influence dans les affaires militaires.