In die Krise geriet das System durch die Bildung der Zweiten Koalition. Von neojakobinisch eingestellten Abgeordneten der beiden Kammern ging daraufhin erheblicher politischer Druck aus, der im Mai und Juni zum Rücktritt von vier der fünf Direktoren führte. An die Stelle traten Emmanuel Joseph Sieyès und drei neojakobinische Direktoren. Für Sieyès war dies allerdings nur eine Übergangslösung, zu einer wirklichen Umgestaltung der Verfassung brauchte er die Unterstützung durch das Militär. Nach verschiedenen Verhandlungen mit anderen Militärs entschied er sich nach dem begeisterten Empfang von Napoleon Bonaparte nach der ägyptischen Expedition für diesen. Am 9. und 10. November 1799 kam es zum Staatsstreich des 18. Brumaire VIII, der mit einem bevorstehenden Aufstand der Jakobiner gerechtfertigt wurde.