Le 13 juillet 2019, Edu Exposito s'engage avec le SD Eibar, pour un contrat de cinq ans. Il retrouve donc la Liga lors de la saison 2019-2020. Il joue son premier match sous ses nouvelles couleurs en championnat, le 17 août 2019 face au RCD Majorque. Il entre en jeu à la place de Gonzalo Escalante mais son équipe s'incline ce jour-là sur le score de deux buts à un. Il inscrit son premier but en première division le 29 septembre de la même année, contribuant à la victoire de son équipe face au Celta de Vigo, en championnat (2-0).