Nachdem Roland Freisler im Februar 1945 bei einem Luftangriff ums Leben gekommen war, übernahm zunächst Wilhelm Crohne vorübergehend das Amt. Am 12. März 1945 wurde Haffner letztlich von Hitler zum neuen Präsidenten des Volksgerichtshofes ernannt. Kurz darauf begann die Schlacht um Berlin. Unmittelbar nach dem letzten Geburtstag Hitlers, am 20. April 1945, kamen vorbereitete Evakuierungsmaßnahmen der Reichsregierung, Reichsministerien und des Sicherheitsapparats zur Ausführung. Alle Reichsminister sammelten sich im Raum Eutin-Plön, da dieser noch kampffrei war. Haffner setzte sich sodann, nach nur vier Hauptverhandlungen, am 24. April 1945 auf Anraten Wilhelm Keitels von Potsdam nach Schwerin ab und von dort weiter nach Bad Schwartau. In Bad Schwartau wollte er den Volksgerichtshof neu etablieren. Vor den herannahenden britischen Truppen floh Dönitz, der nach dem Suizid Hitlers von diesem zum Reichspräsident bestimmt worden war, zusammen mit der letzten Reichsregierung schließlich am 2. Mai 1945 von Plön weiter nach Flensburg-Mürwik. Der Volksgerichtshof wurde dabei offenbar nicht mit nach Flensburg verlegt, was aber nicht dazu führte, dass die dortige NS-Militärjustiz keine harten Urteile fällte. Über die Aktivitäten des Volksgerichtshofs in Bad Schwartau existieren keine umfassenden Quellen. Die Besetzung Bad Schwartaus durch die englischen Truppen verhinderte weitere Aktivitäten.