Dirk III sloot vervolgens vrede met Emo. In 1225 wijdde hij de houten kerk van Wierum tot abdij. Daarop begonnen de voorbereidingen voor de bouw van een nieuwe stenen kloosterkerk, waarschijnlijk naar voorbeeld van het moederklooster in Prémontre. In 1227 werd de slotgracht voltooid en in 1235 werd begonnen met het bakken van stenen. Met het aftichelen van met name knipklei waren de monniken overigens al rond 1220 begonnen op percelen van daarvoor toestemming verlenende boeren in de buurt van Winneweer. De kalkarme en ijzerrijke knipklei leverde de kenmerkende rode kloostermoppen op die voor het klooster en de kerk werden gebakken. Tussen 1238 en 1259 verrees deze abdij met klokkentoren. Het klooster omvatte naast de kerk met sacristie en kruisgang een refter, keuken, kapittelzaal, hospitium (voor pelgrims en andere gasten), dormitorium, scriptorium (schrijfatelier), boekerij (bibliotheek), werkvertrekken (voor bijvoorbeeld timmerwerk en smeedwerk) en een school. De boekerij zou afgaande op citaten van kerkvaders en theologen een behoorlijke omvang hebben gehad en over ten minste 100 boeken hebben beschikt. De boekerij werd tijdens de Saksische Vete in 1515 door plunderende Saksische benden in brand gestoken, maar de kroniek bleef daarbij behouden en is daarmee het enige premonstratenzer handschrift uit Groningen dat bewaard gebleven is. De abdijschool werd, waarschijnlijk na klachten van de circatoren in opdracht van de heer van Prémontre en de definitoren in 1276 verplaatst naar Westeremden, waar zich al een parochieschool bevond.