С началом войны в июле 1941 года подполковник Цыганков назначен командиром 78-го дорожно-эксплуатационного полка, который действовал на волховском направлении (с сентября — в составе 54-й отдельной армии). В этой должности занимался строительством, восстановлением дорог и мостов, организацией регулирования и дорожно-комендантской службы на фронтовых дорогах. Приказом по войскам 54-й отдельной армии от 21 сентября 1941 года назначен командиром 76-го дорожно-эксплуатационного полка. С октября 1941 года был начальником штаба и врид командира 1-й отдельной стрелковой бригады 54-й армии Ленинградского фронта (с 14 января 1942 г. — 1-я отдельная горнострелковая бригада). Во второй половине октября — декабре 1941 года она в составе 54-й армии принимала участие в Тихвинских оборонительной и наступательной операциях. 14 января 1942 года бригада была преобразована в горнострелковую и из Синявинской группы войск 54-й армии передана в состав прибывшей на волховское направление 8-й армии. Приказом по войскам Волховского фронта от 17 июля 1942 года полковник. Цыганков назначен командиром этой бригады (утвержден приказом НКО от 4.5.1943). Участвовал в Синявинских наступательных операциях 1942 и 1943 гг.