Under det tyske angrepet på Norge 9. april 1940 var DS «Tordenskjold» i Nord-Norge, og ble straks rekvirert av de norske myndighetene for krigstjeneste. 3. mai 1940 ble skipet angrepet av tyske bombefly i Solbergfjorden. To mann ble såret i angrepet, men skipet ble ikke alvorlig skadet. Like før den norske kapitulasjonen i juni 1940 seilte DS «Tordenskjold» ut av norske farvann for å unnslippe okkupasjonen. På grunn av lav kullbeholdning ombord, gikk hun først til Longyearbyen på Svalbard for å bunkre, før hun tok seg trygt til Storbritannia med hjelp fra DS "Møysalen". DS "Tordenskjold" hadde nemlig ikke nødvendig utstyr for oversjøisk navigering. Her ble DS «Tordenskjold» underlagt Nortraships kontroll, og ble brukt til troppetransporter og forsyningstjeneste til Shetland, Færøyene og Island. Under den allierte invasjonen i Normandie i juli 1944 gjorde skipet tjeneste som depotskip.