Einige Jahre lang schränkte die WMORO ihre Tätigkeiten ein, bis sich 1912 der erste Balkankrieg abzeichnete, der damit endete, dass Makedonien zwischen Serbien, Griechenland und zu einem kleineren Teil Bulgarien, das dafür Thrakien und Adrianopel erhielt, aufgeteilt wurde. Während der Balkankriege wurde die Organisation als Makedonisch-Adrianopeler Landwehr der bulgarische Armee unterstellt und kämpfte an dessen Seite in Thrakien gegen die Türken, sowie später in Makedonien gegen die Serben und Griechen.