In Folge des Zweiten Markgrafenkriegs wird Schweinfurt 1554 niedergebrannt (siehe: Schweinfurt, Zweites Stadtverderben). Die mittelalterliche jüdische Gemeinde fand danach 1554/1555 ihr Ende. Das Motiv für das Vorgehen der Schweinfurter war ihre starke Verschuldung bei den Juden. Am 3. September 1555 erteilt Kaiser Karl V. (1519–1556) der Reichsstadt das Privilegium, dass sie die Juden, die vor dem Stadtverderben in Schweinfurt wohnten und ihre abgebrannten Häuser wieder aufbauen wollen, daran hindern darf. Die Stadt braucht auch künftig keine Juden mehr aufzunehmen, mit der offiziellen Begründung des jüdischen Wuchers. Bis zu diesem Zeitpunkt war Schweinfurt weit und breit die einzige Reichsstadt, die überhaupt noch Einwohner jüdischen Glaubens hatte. Die Synagoge wurde 1555 geschlossen.