Hookers militære karriere sluttede ikke med hans dårlige indsats i sommeren 1863. Han fortsatte og fik igen et ry som en solid leder af et korps, da han blev overført med XI og XII korps fra Army of the Potomac vestpå som forstærkning af Army of the Cumberland omkring Chattanooga i Texas. Hooker havde kommandoen i slaget ved Lookout Mountain og spillede en vigtig rolle i generalløjtnant Ulysses S. Grants afgørende sejr i Slaget ved Chattanooga. Han blev udnævnt til midlertidig generalmajor i den ordinære hær for sin succes ved Chattanooga, men var skuffet over at opdage, at Grants officielle rapport om slaget satte dennes ven William Tecumseh Shermans indsats over Hookers.