La principessa Margherita nacque il 16 aprile 1940 nel Palazzo di Amalienborg a Copenaghen, primogenita del principe ereditario Federico e della principessa Ingrid. Suo padre era il figlio maggiore di re Cristiano X e della regina Alessandrina, e sua madre era l'unica figlia femmina del principe ereditario Gustavo Adolfo di Svezia e della principessa Margherita. La sua nascita avvenne solo una settimana dopo l'invasione della Danimarca da parte della Germania nazista il 9 aprile 1940.