לאחר הפרעות בקישינב ב-1903, הוחלט לארגן הגנה עצמית בהומל, ויחזקאל חנקין התמנה לעמוד בראש ההגנה. הוא ארגן תחתיו קבוצה של כ-400 צעירים יהודים. על ידי התחפשות לאיכר והתערות ביישובים הסמוכים נודע לחנקין המועד שנקבע לפרעות בהומל, ועל שום כך ההגנה בעיר הייתה מוכנה. הקרבות שפרצו נמשכו שלושה ימים. המשטרה הרוסית התערבה, לצִדם של הפורעים, וכשפתחה באש על המגינים היהודים נהרג אחד מהם, וחנקין נפצע. לאחר הפרעות נרדפו ראשי ההגנה היהודית על ידי השלטונות. חנקין ואשתו ברחו לקייב ומשם לאודסה. באודסה הם זכו לעזרה מראשי הקהילה היהודית, ובין השאר מאיר דיזנגוף ארגן עבורם פספורטים. יחד עם עוד שניים מחברי ההגנה היהודית בהומל המשיכו לאיסטנבול דרך היבשה, ומשם בספינה ליפו.