За деятельность Лифаря при немецкой власти французское Движение Сопротивления в Лондонe обвинило его в коллаборационизме и приговорило к смертной казни. После освобождения Парижа Лифарь, как и другие высокопоставленные коллаборационисты, был вынужден покинуть Францию. В 1944—1947 годах он возглавлял труппу «Новый балет Монте-Карло», где ставил балеты для Иветт Шовире. После окончания войны Национальный французский комитет по вопросам «чистки» отменил обвинение, и балетмейстер смог вернуться в Париж. С 1947 года он вновь работал в Опере. В 1958 году был уволен из театра.