Anfang 1979, als Falk Professor für Völkerrecht an der Princeton University war, besuchte er den iranischen Revolutionsführer Ruhollah Chomeini in seinem Haus im französischen Exil. In einem Bericht der New York Times vom Februar 1979, nachdem Chomeini in den Iran zurückgekehrt war, schrieb Falk: „Die Darstellung von ihm als fanatisch, reaktionär und Träger von rohen Vorurteilen scheint sicher und glücklicherweise falsch zu sein.“ Falk schrieb, dass Chomeinis Gefolge einheitlich aus gemäßigten, progressiven Individuen zusammengesetzt sei, und dass „der Iran, nachdem er ein neues Modell der Volksrevolution geschaffen hat, die größtenteils auf gewaltfreier Taktik basiert, vielleicht noch ein dringend benötigtes Modell humaner Regierungsführung eines Drittweltlandes liefern könne“. Ende 1979 war Chomeini zum Obersten Religionsführer des Iran geworden und begann, gemäßigte Kräfte aus seinen Kreisen zu entfernen. Er ließ politische Gegner verhaften und sogar töten und unterstützte Studenten, die die US-Botschaft in Teheran übernommen hatten und amerikanische Geiseln für 444 Tage festhielten. Falk wurde kritisiert, weil er Chomeini fehleingeschätzt und unterstützt haben soll. Falk änderte später seine Meinung über Chomeinis Regime und nannte es „das terroristischste seit Hitler“.