Fathi Shiqaqi est expulsé d’Égypte en direction de la Bande de Gaza en 1981 à la suite de l’assassinat du président du pays, Anouar el-Sadate. Cela le pousse à organiser, avec Abdelaziz Awda, les premières structures du Jihad islamique palestinien (JIP) à Gaza. Fathi Shiqaqi a été arrêté et condamné par Israël à un an de prison en 1983, et à trois ans de plus au début de l'année 1986 pour ses activités subversives.