לבאואר היו בעיות נוספות להתמודד איתן בנוסף להתנהגות האנטישמית המחפירה של תלמידיו. הוא החל לאבד את ראייתו, מה שעורר בו חרדה רבה. למעשה ראייתו התייצבה ורק בשנים האחרונות לחייו חלה הידרדרות נוספת מעטה. הוא פרש בשנת 1936. האנטישמיות החמירה במלחמת העולם השנייה. באואר חגג את יום הולדתו ה-70 ב-20 בספטמבר 1944, הוא נאלץ לענוד טלאי צהוב ולחלוק את ביתו עם משפחות אחרות. בפברואר 1945 לאחר המצור על בודפשט הוא היה בדרך לקנות טיפות עיניים כשקרס ברחוב וקיבל מכה בראשו. נלקח לבית חולים שם נפטר זמן קצר לאחר מכן. במשך חייו הוא פרסם בהרחבה, בעיקר בכתבי עת מדעיים זרים. חלקם מופיעים בכרך החמישי של פוגנדורף, Pogendorf, Bibliographisch Literarisches Handwörterbuch.