Mit der Abfindung der noch verbliebenen Mägde am 29. Oktober 1596 trat nach dem Tod der letzten Nonne das Ende des Klaraklosters in Nürnberg ein. Die Verwaltung der Grundherrschaft hat der Innere Rat 1574 einem eigenen Pfleger aus dem Kreis der ratsfähigen Familien übergeben. Das Klarenamt existierte bis zum Ende der reichsstädtischen Zeit und hatte seinen Sitz bei den ehemaligen Klostergebäuden, in denen seit 1618 das Leihhaus untergebracht war. In gleicher Weise verfuhr man mit dem Grundbesitz des Klosters Pillenreuth, dessen Verwaltung dem Klarenamt zugeschlagen wurde. Während des Zweiten Markgrafenkriegs hatten die letzten Nonnen aus Pillenreuth im Klarakloster Zuflucht gefunden, doch konnten sie wegen Zerstörung ihrer Konventsgebäude nicht mehr zurückkehren. Noch zu Lebzeiten hat die letzte Nonne 1591 die Klostergüter dem Rat übergeben.