La seva defensa del títol va ser complicada. Amb un McLaren no tan fiable com el de l'any anterior va perdre alguns punts importants al principi de la temporada però es va beneficiar del trencament de cama de Michael Schumacher al Gran Premi de Gran Bretanya del 1999.Així el seu rival va ser Eddie Irvine i la irregularitat de l'irlandès va fer que la Scuderia Ferrari no pogués aprofitar els problemes de McLaren. Així la lluita pel campionat de pilots va durar fins a l'última cursa, el GP del Japó on Mika va guanyar i va proclamar-se bicampió de la categoria.