В этой должности с августа 1999 года участвовал в отражении вторжения чеченских боевиков в Республику Дагестан, с октября 1999 года — участвовал во Второй чеченской войне. С октября 1999 года командовал войсками оперативной группировки «Север», с декабря 1999 — войсками оперативной группировкой «Грозный», с февраля по март 2000 года — войсками оперативной группировки «Центр» (действовала в Шатойском районе Чечни). Непосредственный руководитель боями по штурму Грозного в январе 2000 года.