Pod koniec wojny, wraz z wkroczeniem Wehrmachtu na teren Węgier 19 marca 1944, a następnie odsunięciem (15 października 1944) od władzy przez Niemców regenta Horthyego (po nieudanych próbach Horthyego zawarcia zawieszenia broni z aliantami zachodnimi), Szálasi został nominalną głową państwa z ramienia partii strzałokrzyżowców. Stało się to możliwe dzięki jego całkowitej lojalności wobec III Rzeszy. Będąc u władzy umożliwił rozpoczęcie na szeroką skalę operacji eliminowania partii lewicowych oraz wznowienie wydawania Żydów Niemcom (Holocaust, zdaniem S. Żerki w 1944 wyrażał sprzeciw wobec wywożenia ludności żydowskiej do obozów). Wobec braku pociągów Żydów wysyłano w marsze śmierci. Szálasi kontynuował walkę u boku Wehrmachtu i Waffen-SS z wojskami rumuńskimi i radzieckimi w trakcie długotrwałych walk o Budapeszt zakończonych zdobyciem miasta przez Armię Czerwoną 13 lutego 1945.