Ele acompanhou a arquiduquesa Maria Ana da Áustria como seu confessor quando ela foi a Espanha para se casar com Filipe IV (1649). Na morte do rei, a viúva permaneceu como regente do reino durante a minoria de Carlos II, e Juan foi nomeado Inquisidor-geral (1666), cargo que lhe permitiu entrar na Junta de Regência, tornando-se a figura mais influente na Corte. A partir dessa data, ele atuou na prática como primeiro-ministro. Seus fracassos na guerra de devolução e o reconhecimento da independência de Portugal em 1668 lhe renderam a inimizade de João José da Áustria, que, apoiado pelo descontentamento popular geral e por meio de um pronunciamento militar, conseguiu que ele fosse banido da Espanha em 1669.