Pendant la campagne de Pologne, il prend part à la défense de Hel, le il arrive à Gdynia en chalutier, la nuit du 13 au 14 il embarque sur chalutier "Albatros" lequel, sous le commandement du capitaine de frégate Stanisław Hryniewiecki accoste à Riga. Après plusieurs péripéties, il arrive finalement à Aberdeen le . Le , il est affecté sur l'ORP "Wilk", le 3 mai de la même année il est promu lieutenant de vaisseau. En septembre 1941, il est affecté à l'ORP "Sokół", après le départ du lieutenant de vaisseau Bolesław Romanowski, Koziołkowski devient le commandant en second de son unité. Au mois de mars 1942, il assume la tâche du commandant lors d'une mission pendant le congé de Borys Karnicki.