Saksan liittotasavallan maajoukkueessa Hoeneß pelasi vuosina 1972–1976 35 ottelua, joissa hän teki viisi maalia. Hän oli mukana sekä 1972 EM-kisoissa että 1974 MM-kisoissa, joissa molemmissa Saksan liittotasavalta voitti mestaruuden, kuten myös 1976 EM-kisoissa, joissa Saksa saavutti hopeaa.