Грађански рат се, међутим, тиме није завршио. Цезар је, идући за својим противником, дошао у Египат, где се у то време водила династичка борба за власт између Клеопатре и њеног млађег брата Птолемеја XIII. Стигавши у Египат Цезар је стао на Клеопатрину страну надајући се, по свој прилици, да ће га краљица наградити не само својом љубављу него и новцем неопходним за рат. Војска и народ у Александрији определили су се за краља и отпочели опсаду двора у коме је био Цезар. Међутим, Цезару је стигло појачање и он је у бици код Нила (47. п. н. е.) однео победу: Птолемеј Дионис је погинуо и власт је припала Клеопатри. У међувремену су се остаци Помпејеве војске и флоте окупили у Африци, где су примили нове регруте и одреде афричких савезника. Цезар је искрцао своју војску у Африци и код Тапса се сукобио са помпејевцима, којима је тада задао пресудан пораз (46. п. н. е.). Помпејеви синови Гнеј и Секст Помпеј покушали су да образују нову војску у Хиспанији, али је Цезар код Мунде уништио и последње њихове снаге.