El 6 de agosto de 2008, Abdallahi fue depuesto por un golpe de Estado llevado a término por la cúpula militar del país tras un convulso periodo de inestabilidad política y como reacción a los cambios en los mandos militares. Se formó una junta militar autodenominada Alto Consejo de Estado, presidida por Mohamed Uld Abdelaziz, que asumió "de facto" la Presidencia de la República.