Nel 1859 condusse un'incursione all'arsenale di Harpers Ferry (un'armeria federale nell'odierna Virginia Occidentale) per avviare un movimento di liberazione tra gli schiavi; sequestrò dei civili, ma sette persone rimasero uccise e più di dieci ferite. Intendeva armare gli schiavi ma l'attacco fallì. Dopo 36 ore, gli uomini di Brown erano in parte fuggiti, in parte uccisi e in parte catturati, dopo scontri con agricoltori locali, truppe della milizia e dell'United States Marine Corps, guidati da Robert Edward Lee. Brown venne processato per tradimento contro il Commonwealth della Virginia, per l'omicidio di cinque persone e per incitazione alla rivolta degli schiavi locali; dichiarato colpevole, fu impiccato nel dicembre 1859.