Hij was verantwoordelijk voor de deportatie van meer dan honderdduizend Joden naar de concentratiekampen en vernietigingskampen. Hoewel hij wist van de Jodenvervolgingen en werkkampen (onder meer Westerbork), beweerde hij tijdens het Proces van Neurenberg dat, als hij op de hoogte was gebracht van het bestaan van daadwerkelijke vernietigingskampen in Oost-Europa, hij alles zou hebben gedaan om deze deportaties te voorkomen. Bij Himmler heeft hij verschillende pogingen ondernomen om een einde te maken aan de Jodenvervolgingen met als argument dat dit tijdens de oorlog alleen maar tot onnodige onrust leidde, in de materiële productie en onder de "Arische" bevolking. Hij verzette zich echter niet daadwerkelijk tegen zijn superieuren.