В качестве заместителя начальника албанского военного отряда был послан османской администрацией в Египет в 1798 году для войны с Наполеоном. Обладая твердой волей, безграничным честолюбием и большими дарованиями, Мухаммед Али проявил себя в битве при Абукире, хотя чуть и не погиб вместе со многими турками. Но был эвакуирован флотом Сиднея Смита. После битвы при Абукире карьера Мухаммеда Али пошла вверх, он скоро выдвинулся и стал командиром полка, вернувшегося в Египет в 1801 году.