Po návratu a absolvování zdravotní dovolené nastoupil v létě 1945 jako styčný důstojník u Rudé armády v Kladsku kvůli jeho plánovanému připojení k Československu. To se nakonec neuskutečnilo a František Kynych se vrátil do Čech. Byl povyšován až do hodnosti plukovníka a 8. srpna 1945 jmenován pobočníkem náčelníka hlavního štábu generála Bohumila Bočka. Hlavně díky jeho vlivu zůstal v armádě i po únorovém puči. Působil ve Vojenském vědeckém ústavu a pro Ministerstvo národní obrany a k 1. letnu 1951 byl trvale přeložen do výslužby. Poté pracoval jako mzdový účetní na výstavbě Letenského tunelu. 28. února 1951 byl ve stejný den jako generál Boček zatčen a vyšetřován orgány Obranného zpravodajství za údajnou protistátní činnost v hradčanském Domečku. Byly mu odebrány veškeré příjmy a zabaven byt a i když byl v roce 1952 zproštěn obvinění, byl zcela bez prostředků. Byl proto nucen nastoupit do práce jako pomocný dělník a s manželkou bydlet u dceřiny rodiny. Postupně se zpět domohl důchodu v plné výši, rehabilitace však nikoliv. Zemřel 29. října 1968.