Марек Собеский был избран от Русского воеводства послом на сейм в 1649—1650 годах. В 1650 году служил под командованием Иеремии Вишневецкого под Каменцем-Подольским, в сентябре того же года временно заменил его во главе полка. После боёв под Каменцем-Подольским Марек Собеский отвёл хоругви на зимние квартиры. В конце 1650 года представлял Русское воеводство на новом сейме. Затем служил под командованием гетмана польного коронного Мартина Калиновского, где командовал казацкой хоругвью. Зимой-весной 1651 года участвовал в военной кампании против украинских казаков, командуя конным полком. Когда польская армия дошла до Бара (24 марта 1651 года) гетман польный коронный Мартин Калиновский расставил полки на квартиры. Полк М. Собеского и полк И. Вишневецкого были расквартированы в Станиславове и соседних деревнях. В апреле Марек Собеский со своим полком двинулся на Каменец-Подольский, чтобы соединиться дивизией Мартина Калиновского. 22 апреля прибыл под Каменец-Подольский, откуда вместе с главными силами польской армии под командованием гетмана великого коронного Николая Потоцкого и двинулся на Гусятин (7 мая). Участвовал в битве с казаками под Копычинцами (12 мая 1651 года). 22 мая прибыл в лагерь польской армии под Сокалем. Две из его хоругвей были включены в состав полка Николая Потоцкого. Отличился в битве с казаками под Берестечком (28-30 июня 1651 года), получив в награду трофейную саблю погибшего перекопского мурзы Тугай-бея. Затем Марек Собеский участвовал в наступлении польско-шляхетской армии вглубь Украины и в битве под Белой Церковью (23 ноября 1651 года), служил под командованием Стефана Чарнецкого и командовал полком Николая Потоцкого. 28 ноября после заключения Белоцерковского мирного договора Марек Собеский был одним из двух заложников, отправленных в лагерь украинского гетмана Богдана Хмельницкого для соблюдения условий перемирия.