Umm Qasr on ollut suurimman osan historiastaan kalastajakylä, mutta sillä on ajoittain ollut myös sotilaallista merkitystä. Aleksanteri Suuri kulki alueen kautta vuonna 325 eaa. Makedonian valloittaessa Mesopotamiaa. Toisen maailmansodan aikana kaupungin kautta kuljetettiin amerikkalaisen Lend-Lease-ohjelman kautta Neuvostoliitolle luovutettuja tarvikkeita. 1950-luvun alussa Irakin kuningas Faisal II sijoitti huomattavia summia rahaa kaupungin sataman jälleenrakennukseen ja nykyaikaistamiseen. Faisal II:n kukistuttua vallankaappauksessa vuonna 1958 maan uusi hallinto perusti paikalle laivastotukikohdan, joka toimi Irakin laivaston päätukikohtana Irakin sotaan saakka vuonna 2003. Sataman kehitystä kiihdytettiin Abd al-Karim Qasim kaudella vuodesta 1961 lähtien tarkoituksena vähentää Irakin riippuvuutta Shatt al-Arab vesireitistä merelle. Sataman uusiminen ja rautatie Basraan ja Bagdadiin valmistuivat vuoteen 1967 mennessä. Sataman rakennustöistä vastasivat suurimmaksi osaksi länsisaksalaiset, libanonilaiset ja ruotsalaisetyhtiöt.