Am 21. September 2013 wurde Fernando Filoni sowie die gesamte Leitung der Kongregation für die Evangelisierung der Völker von Papst Franziskus dauerhaft im Amt bestätigt. Anlässlich der Irakkrise 2014 entsandte Papst Franziskus Kardinal Filoni im August 2014 als päpstlichen Sondergesandten zu einer Friedensmission in den Irak. Derselbe erhob ihn mit Wirkung vom 28. Juni 2018 unter Beibehaltung seiner Titelkirche zum Kardinalbischof. Am 8. Dezember 2019 wurde Luis Antonio Kardinal Tagle von Papst Franziskus zu seinem Nachfolger als Präfekt der Kongregation für die Evangelisierung der Völker ernannt.