В 1801 году Стонтон официально стал инкорпорированным городом, и в нём был избран первый мэр. После этого город медленно рос, достигнув численность 2500 человек к 1850 году. В годы гражданской войны он стал одним из центров снабжения армий Конфедерации. 2 мая 1862 года город был занят войсками северян под командованием генерала Джона Фримонта перед сражением при Кросс-Кейс. В октябре 1862 года город вновь был занят войсками конфедератов, а 6 июня 1864 года в Стонтон вновь вошли северяне.