После проведения референдума и провозглашения независимости весной 1992 года разгорелась Боснийская война, охватившая всю страну. Центральные органы власти при этом находились под контролем боснийско-мусульманской общины. Мусульмане воевали против сербов или хорватов в зависимости от региона, как правило, они воевали вместе с хорватами против сербов. В конфликт оказались втянуты соседние страны, Югославия, оказывавшая помощь сербской общине, Хорватия, оказывавшая помощь хорватской. Также оказались втянуты и великие державы, прежде всего США и страны НАТО. Конфликт закончился военной интервенцией НАТО и подписанием Дейтонских соглашений 14 декабря 1995 года, которое предусматривало сохранение единого государства, состоящего из двух частей: Мусульмано-хорватской федерации и Республики Сербской.