Im osmanischen Machtbereich war die katholische Bevölkerung durch Abwanderung drastisch gesunken. Durch ständige Kriegsverwüstungen in zwei, drei Jahrhunderten verschwand die katholische Bevölkerungsstruktur fast gänzlich, mit ihrer alten čakavischen Mundart ganz aus den Gebieten zwischen Vrbas und Kupa. In diese Gebiete siedelten sich Ende des 15. und 16. Jahrhunderts verstärkt orthodoxe Christen (pravoslavci) aus Alt-Raszien, der Herzegowina, Montenegro und Ostbosnien, sowie Muslime aus dem ganzen Paschalik an. Ein Teil der katholischen Bevölkerung trat, um Leben und Eigentum zu retten, zum Islam über, in besonders starkem Maße gegen Ende des 16. und 17. Jahrhunderts in den Gegenden der Una, bei Bihać und Cazin. Es gab auch Übertritte in die serbisch-orthodoxe Kirche, insbesondere nach der Einführung der Kalenderreform von Papst Gregor XIII. im Jahre 1582. In der Bosnischen Krajina wurde dies besonders in der Gegend zwischen Banja Luka und Mrkonjić Grad verzeichnet. Nach der Eroberung von Kostajnica (70.000 Katholiken) waren unfreiwillige Auswanderungen an der Tagesordnung, welche die Anzahl der Katholiken drastisch reduzierte. Ein Teil der Bevölkerung wurde in die Sklaverei geführt, ein Großteil flüchtete in den Machtbereich der katholischen Habsburger. Im Jahre 1580 lebten dort bereits 40.000 Flüchtlinge. Gegen Ende des 17. Jahrhunderts folgten ihnen aus den Gebieten Una, Sana und Sava weitere rund 50.000 alteingesessene Katholiken. Die massivste Auswanderung aus ganz Bosnien setzte während des Großen Türkenkrieges in den Jahren 1683 bis 1699 nach der Belagerung Wiens ein. 100.000 Katholiken zogen in die freien Teile Kroatiens, Ungarns und Österreichs.