Η ασθένεια του Καρόλου ΣΤ΄ και οι διεκδικήσεις για την αντιβασιλεία είχαν σαν αποτέλεσμα να ξεσπάσει ο Εμφύλιος πόλεμος Βουργουνδών και Αρμανιάκ, αντίπαλοι ήταν ο μικρότερος αδελφός του βασιλιά Λουδοβίκος Α΄ της Ορλεάνης και οι Δούκες της Βουργουνδίας, ο άλλος κλάδος της οικογένειας. Η Ισαβέλλα ακολουθούσε σποραδικά τον έναν ή τον άλλον κλάδο ανάλογα με τα συμφέροντα της ίδιας και του γιου της. Την εποχή που ακολουθούσε τους Αρμανιάκ οι Βουργουνδοί την κατηγόρησαν για μοιχεία με τον κουνιάδο της Ιωάννη, την εποχή που ακολούθησε τους Βουργουνδούς οι Αρμανιάκ την συνέλαβαν στο Παρίσι και την φυλάκισαν. Ο Ιωάννης Α΄ της Βουργουνδίας δολοφόνησε τον Λουδοβίκο Α΄ της Ορλεάνης (1407) με αποτέλεσμα να ακολουθήσει έκρηξη του εμφυλίου ανάμεσα στις δύο πλευρές. Ο εμφύλιος έληξε όταν οι οπαδοί του μεγαλύτερου γιου της Καρόλου Ζ΄ δολοφόνησαν τον Ιωάννη τον Άφοβο (1419), αυτό είχε σαν συνέπεια να αποκληρωθεί. Η Ισαβέλλα ήταν παρούσα στην "Συνθήκη του Τρουά" (1420) με την οποία ορίστηκε διάδοχος του Γαλλικού θρόνου ο Ερρίκος Ε΄ της Αγγλίας μετά τον θάνατο του συζύγου της Καρόλου Ζ΄, έζησε από τότε στο Αγγλοκρατούμενο Παρίσι μέχρι τον θάνατο της (1435). Η Ισαβέλλα έγινε διάσημη στην εποχή της για τις πολλές σπατάλες ιδιαίτερα σε θέματα φιλανθρωπίας. Οι ιστορικοί στα τέλη του 20ου και στις αρχές του 21ου αιώνα αναθεώρησαν πολλές απόψεις που είχαν για την ίδια μέχρι τότε επειδή στηρίχτηκαν στον φανατισμό και την προπαγάνδα.