Летом 2016 года Эдер стал победителем чемпионата Европы во Франции. На турнире он сыграл в матчах против команд Исландии, Австрии и Франции. В финале против хозяев турнира, французов, Эдер забил единственный гол, который помог Португалии впервые в истории выиграть континентальное первенство. Этот мяч стал для него первым забитым за сборную в официальном матче.