Im Oktober 1944 wurde Skorzeny im Rahmen des Unternehmens Panzerfaust in Ungarn eingesetzt. Dabei handelte es sich um einen „SS-Putsch“ gegen den Reichsverweser Miklós Horthy und die ungarische Regierung, da es Anzeichen gab, dass Ungarn das Bündnis mit Deutschland aufkündigen wollte. Unter der Leitung von Skorzeny besetzte seine Sondereinheit am 15. Oktober 1944 die wichtigsten Regierungsstellen in Budapest; Miklós Horthy jr., der einzige lebende Sohn Horthys, wurde mit einem Flugzeug nach Deutschland entführt. Angesichts der Drohung, dass „sein Sohn an die Wand gestellt“ würde, wenn er nicht Folge leisten würde, gab Horthy der Erpressung nach, erklärte seinen Rücktritt und begab sich in deutsche Gefangenschaft. Horthy wurde durch Ferenc Szálasi, einen Vertreter der faschistischen Pfeilkreuzler, ersetzt. Skorzeny wurde noch im Oktober zum SS-Obersturmbannführer befördert.