En 1996, Cronenberg adapte un autre écrivain culte, J. G. Ballard, avec "Crash", film sur la fascination sexuelle qu'exercent les accidents de voiture. L'œuvre, assez controversée, obtient le Prix spécial du jury au Festival de Cannes. Passionné par les rapports entre l'humain et la technologie, Cronenberg réalise "eXistenZ" en 1999 avec Jude Law et Jennifer Jason Leigh, film dans lequel il explore les frontières floues entre monde réel et réalité virtuelle. La même année, il préside le jury du Festival de Cannes. En 2002, "Spider", sa nouvelle réalisation, « étudie » l'esprit d'un schizophrène joué par Ralph Fiennes.