Fredrikistä tuli vuonna 1880 eversti ja 1894 "feldzeugmeister". Hänet nimitettiin syyskuussa 1889 viidennen armeijakunnan komentajaksi ja huhtikuussa 1905 joukkojen yleistarkastajaksi. Vuonna 1907 hänestä tehtiin Itävallan asevoimien komentaja. Hyvin vanhoillisia näkemyksiä edustaneena Fredrik joutui useasti erimielisyyksiin uudistushenkisemmän kruununprinssi Frans Ferdinandin kanssa. Frans Ferdinandin murhan jälkeen, muutamaa viikkoa ennen maailmansodan syttymistä Fredrik nimettiin 11. heinäkuuta 1914 koko Itävalta-Unkarin armeijan ylipäälliköksi. Samoihin aikoihin hänet myös nimitettiin armeijan ylitarkastajaksi ja joulukuussa hän sai sotamarsalkan arvon. Tämä oli ensimmäinen kerta, kun kukaan sai Itävallassa marsalkan arvon sitten arkkiherttua Albrektin.