Lokakuussa 2016 Leekens korvasi potkut saaneen Milovan Rajevacin Algerian jalkapallomaajoukkueen päävalmentajana. Algerian menestys Afrikan mestaruuskilpailuissa 2017 jäi Leekensin johdolla vaisuksi. Joukkue pelasi alkulohkossaan 2–2 tasapelit Zimbabwen ja Senegalin kanssa sekä hävisi 2–1 Tunisialle. Pisteet riittivät vain lohkon kolmossijaan ja Algerian turnaus päättyi aikaisin. Leekens ilmoitti putoamisen jälkeen eroavansa tehtävästään.