Iniciada la Guerra de las Escuelas, decretó la movilización de 14.000 hombres para apoyar a las fuerzas insurrectas. Sin embargo, para finales de 1876 tuvo que huir del país debido a la deplorable situación en la guerra. Huyó a Guatemala, donde ya vivía su familia política y algunos conservadores como la ; Silverio Arango, prefecto del Departamento del Sur, fue elegido nuevo presidente estatal. Arango tuvo que rendir a las fuerzas conservadoras en el llamado Acuerdo de Manizales, que significó el fin de la guerra y del control conservador sobre Antioquia.