Первым европейцем, встретившим могикан, был Генри Гудзон (1609). С начала XVII века могикане были втянуты в торговлю мехами и вели войны с мохоками, которые в результате войны 1624—1628 годов (см. Бобровые войны) оттеснили могикан к реке Коннектикут, но позже часть могикан возвратилась на свои прежние земли. Войны с мохоками завершились было заключением длительного мира в 1664 году, но в 1669 году мохоки нанесли могиканам сокрушительное поражение при Хофманс-Ферри около нынешнего города Скенектади в штате Нью-Йорк. К 1672 году их численность упала приблизительно до 1 тысячи человек. Зимой 1690-91 годов среди них вспыхнула эпидемия оспы, а следующей зимой эта болезнь унесла жизни очень многих могикан. В противоборстве англичан и французов могикане поддерживали первых, но позже они стали на сторону американцев. В 1730 году значительная часть могикан переселилась на реку Саскуэханна в Пенсильвании, а позже в Огайо, где их деревни имелись приблизительно с 1740 по 1810 год, после чего их след там теряется, вероятно, в результате их растворения среди вайандотов (гуронов). Численность этих могикан на 1768 год оценивалась в 300 человек. Другая их часть (община хусатоник) около 1736 года была собрана в миссию около деревни на западе Массачусетса и с тех пор известна под названием стокбридж (Stockbridge). Эти могикане смогли сохранить свою культуру и самобытность. В XVIII веке часть могикан была обращена в христианство моравскими братьями и стала известна как моравские индейцы (Moravian). Ныне моравские индейцы живут на юге канадской провинции Онтарио и считаются принадлежащими к народу делаваров. Во время Семилетней войны, известной в Америке как Война с французами и индейцами и продолжавшейся не семь, а девять лет 1754—1763, могикане вместе с мохоками боролись на стороне англичан против французов.