1592年（宣祖25年）、日明戦争がはじまると、金山寺は僧兵の拠点として活用された。1596年（宣祖29年）の慶長の役のさい、金剛門一つだけを残し、あとは火災で焼失した。1635年（仁祖13年）に守文大師が再建した。