С ноября 2001 по февраль 2003 года Говард занимала должность начальника штаба по глобальным операциям (J-3) Объединённого комитета начальников штабов в Пентагоне. С февраля 2003 по февраль 2004 года она была ассистентом Объединённого комитета начальников штабов. С мая 2004 по сентябрь 2005 года Говард находилась на посту командира 7-й в составе трёх кораблей, выполнявших задачи по перевозке войск и оборудования для поддержки подразделений Корпуса морской пехоты США. Под её командованием эскадра вместе с 5-й участвовала в операциях по цунами в Индонезии и в северной части Персидского залива. В декабре 2005 — июле 2006 годов Говард занимала должность заместителя директора N3 Управления начальника военно-морских операций.