På trods at slægten som nævnt allerede var repræsenteret med to medlemmer i rigsrådet, blev Jørgen Rosenkrantz 9. juni 1563 ligeledes optaget i rådet. Den Nordiske Syvårskrig var netop udbrudt mellem Danmark og Sverige. En af kong Frederiks første handlinger efter krigsudbruddet var netop at udnævne Jørgen Rosenkrantz til rigsråd. Jørgens ældre bror Holger var kongens nærmeste ven, og med endnu en Rosenkrantz i rådet ville kongen sikre sig yderligere støtte til sin politik. Samtidig skiftede Jørgen Rosenkrantz endnu engang sit len. Han blev nu lensmand på Kalø Slot, der lå kun få kilometer fra Rosenholm. Familien havde nu ofte bopæl her, og han yngste søn Holger fødtes på Kalø i 1574. Jørgen Rosenkrantz beholdte Kalø Len til sin død i 1596.