Махарадзе регулярно писал статьи в грузинской политической прессе с 1990-х годов. В 2003 году, вскоре после революции роз в Грузии, он стал соучредителем и сопредседателем политического движения «Чвени Аджара» («Наша Аджария»), которое выступало против режима аджарского правителя Аслана Абашидзе. В феврале 2004 года Махарадзе стал депутатом Парламента Грузии, а в июне был избран в Верховный совет Аджарии, региональный законодательный орган, переизбранный после отставки Абашидзе. Махарадзе был избран председателем Верховного Совета 20 июля 2004 года. Он был единственным кандидатом на эту должность, поскольку другой, также член антиабашидзевского движения, Коба Хабази, ранее отозвал свою кандидатуру. Махарадзе был переизбран на эту должность 2 декабря 2008 года. После , его сменил Автандил Беридзе 28 октября 2012 года. Сам Махарадзе был избран в парламент Грузии по списку Единого национального движения.