După ce și-a făcut studiile la Douai, Mortier s-a înrolat în Gărzile Naționale, fiind ales căpitan în 1791. Participă cu distincție la Războaiele Revoluției Franceze, luptând în nordul Franței la Jemmapes, Hondschoote, Fleurus. Trece apoi la „Armata Rinului”, cu gradul de adjutant general șef de brigadă. Se distinge și aici într-o lungă serie de bătălii, cum ar fi Altenkirchen, Giessen sau Friedberg. În 1797 i se oferă gradul de general de brigadă, pe care îl refuză, dar sfârșește prin a-l accepta în februarie 1799. Se distinge apoi sub comanda lui Masséna în cadrul celei de-a doua bătălii de la Zürich, unde este acesta din urmă îl numește general de divizie chiar pe câmpul de bătălie (25 septembrie). În 1803, Mortier ocupă Hanovra, la ordinul Primului Consul Bonaparte.