De trotse leuze van de stad was "Kto protiv Boga i Velikogo Novogoroda?", "Wie kan er op tegen God en het Grote Novgorod?". De stad bleek echter op den duur niet in staat om zijn grote bevolking voldoende te voeden en werd daardoor afhankelijk van Vladimir-Soezdal voor de import van graan. De belangrijkste steden in dit gebied, Moskou en Tver, gebruikten deze afhankelijkheid om langzamerhand de macht te verkrijgen over Novgorod. Met name het Grootvorstendom Moskou aasde op Novgorod. Uiteindelijk was het Ivan III die de Novgorodische troepen versloeg in 1471 tijdens de Slag bij de Sjelon en daarop de stad in 1478 annexeerde. Novgorod bleef daarop nog gedurende bijna een eeuw de op twee na grootste stad van Rusland, tot de hongersnood van de jaren 60 van de 16e eeuw en de plunderingstocht van Ivan de Verschrikkelijke in 1570, waarbij duizenden inwoners werden gedood tijdens het Bloedbad van Novgorod. Het inwonertal liep daardoor terug tot 10 à 20.000. De heersende elite werd bij het bloedbad gedeeltelijk vermoord en gedeeltelijk gedeporteerd naar steden als Moskou en Jaroslavl.