Током НАТО агресије на Савезну Републику Југославију, Војска Југославије и њене јединице РВ и ПВО су примарни циљеви НАТО авијације, а њена инфраструктура поготову. Пошто је аеродром Слатина у близини Приштине, на Косову и Метохији, био је изложен честим нападима. Неколико апарата је уништено на земљи услед поготка НАТО-вих пројектила. Пук током рата није коришћен у борби против агресорске авијације, пошто је донета одлука у команди РВ и ПВО да су апарати типа МиГ-21 превише застарели како би се супродставили модерним авионима ваздушних снага НАТО. Неколико апарата МиГ-29 204. лап је било пребазирано на аеродром Слатина по ратном распореду.