Innocenzo III inviò ancora invano, nel 1203, dei legati pontifici, con il compito di combattere l'eresia. L'uccisione nel 1208 del legato papale Pietro di Castelnau, di cui furono incolpati i Catari, fu la scintilla che scatenò la cosiddetta crociata contro gli albigesi. Essa, che negli intenti doveva limitarsi ad una rappresaglia contro i nemici della Chiesa si trasformò in una lunga guerra di conquista da parte dei baroni francesi del Nord ai danni delle contee provenzali. La crociata contro gli albigesi, che assunse la forma di un vero e proprio genocidio, terminò nel 1229 con la sconfitta del Sud, con strascichi che si protrassero fino al 1244 con la caduta della roccaforte catara di Montségur.