Allo scoppio della seconda guerra mondiale nel settembre 1939, Warburton-Lee partecipò con la sua flottiglia alle operazioni di protezione del traffico navale nell'oceano Atlantico centrale prima di rientrare in patria per servire con la Home Fleet. Ai primi di aprile 1940 la 2nd Destroyer Flotilla fu impegnata nell'operazione Wilfred, il minamento delle acque della Norvegia onde bloccare alcune vitali rotte commerciali della Germania, ma l'operazione fu cancellata dopo che i tedeschi ebbero avviato, quasi in contemporanea, l'invasione anfibia di Norvegia e Danimarca. Dislocato al largo della costa settentrionale della Norvegia, il 9 aprile Warburton-Lee ricevette l'ordine di dirigere sul porto di Narvik dopo rapporti piuttosto vaghi circa lo sbarco di un piccolo contingente di tedeschi; con la sua flottiglia di cinque cacciatorpediniere, Warburton-Lee penetrò non visto nell'Ofotfjord davanti Narvik nelle prime ore del 10 aprile, solo per scoprire che la città era stata occupata da un ampio contingente di truppe tedesche supportate da dieci cacciatorpediniere: Warburton-Lee fece subito attaccare le unità tedesche ferme all'àncora, affondando in rapida successione due cacciatorpediniere nemici e danneggiandone altri tre prima di ordinare alla sua flottiglia di ripiegare.