Slaven Bilić esordisce con la maglia della Nazionale croata il 5 luglio 1992, nell'amichevole persa per 1-0 contro l' a Melbourne. Nelle partite successive entra stabilmente nella rosa del commissario tecnico Miroslav Blažević, diventando uno dei due titolari al centro della difesa e qualificandosi con la squadra agli europei del 1996, dove la Croazia viene eliminata ai quarti dalla Nazionale tedesca, che successivamente si aggiudicherà il torneo.