Inizia molto giovane al Nacional di Montevideo, compagine della propria città di nascita, ma prima ancora che compia vent'anni viene ceduto al piccolo Amsterdam di Paso de los Toros, con cui trascorre la stagione 1973. Acquistato dal Peñarol l'anno seguente, con i rivali del Nacional rimane però per un periodo breve, trasferendosi presto in Paraguay alla volta del Club Guaraní. Guadagnatosi la titolarità con la compagine giallonera, si interessa a lui il Salamanca, che lo porta in Spagna e gli fornisce una prima esperienza nel calcio europeo, a cui ritornerà un anno dopo, in seguito a un altro periodo al Guaraní per la stagione 1978-1979. Stavolta, difatti, è l'Espanyol di Barcellona a richiederne i servigi, nuovamente in Primera División spagnola. Dopo due annate, passa al Sabadell, in Segunda División, e nel 1985 si risolve a fare ritorno in patria, ricongiugendosi al Peñarol dove già aveva militato dieci anni prima. Con il club della capitale vive un periodo di successi, ottenendo i primi titoli nazionali in carriera (due campionati uruguaiani consecutivi) e la vittoria della Coppa Libertadores 1987. Giocata la Coppa Intercontinentale 1987, Pereira viene acquistato dall'Independiente, club argentino; al suo primo anno, il portiere vince il campionato nazionale. In seguito, dopo aver disputato tre ulteriori stagioni e tre partite di Coppa Libertadores 1990, torna in Uruguay, dove chiude la carriera a trentanove anni.