Após meses de conversações, em 1958, Quwatli fundiu a Síria com o Egipto para formar a República Árabe Unida e abdicou do cargo de presidente para dar o lugar a Nasser. Como agradecimento, Nasser entregou a Quwatli o título honorário de "Primeiro Cidadão Árabe". Contudo, Quwatli tornou-se crescentemente descontente com a união, crendo que a Síria passou a ser um Estado policial subordinado ao Egipto. Em 1961, apoiou a sucessão da Síria, mas os planos para ele completar a sua presidência não se materializaram. Quwatli deixou a Síria na sequeência do golpe de Estado de 1963, e morreu de ataque cardíaco, no Líbano, semanas depois da derrota da Síria na Guerra dos Seis Dias em 1967. Foi sepultado em Damasco no dia 1 de Julho.