ב-2014 התמנתה גורגייבה לסגנית נשיא הנציבות האירופית לענייני תקציב ומשאבי אנוש בנציבותו של ז'אן-קלוד יונקר. היא הייתה סגנית הנשיא היחידה שלא כיהנה קודם לכן כשרה בממשלה של מדינה אירופאית. במסגרת תפקיד זה היא הייתה אחראית על ניהול התקציב של האיחוד האירופי כלפי הפרלמנט האירופי, הנציבות האירופית ובית המשפט האירופי לביקורת. היא נכנסה לתפקיד בזמן משבר החוב של יוון ומדינות אחרות בדרום האיחוד האירופי. למרות המשבר והביקורת על התקציב הגדול של האיחוד היא השיגה הגדלה של התקציב זמן קצר לאחר כניסתה לתפקיד.