Nel corso del rastrellamento del Ghetto di Roma (16 ottobre 1943), Maglione fu incaricato da Papa Pio XII perché prendesse informazioni e si interessasse della questione. Egli convocò l’ambasciatore von Weizsäcker per chiedergli «di salvare tanti innocenti». L’ambasciatore, dopo aver chiesto cosa avrebbe fatto il Vaticano «se le cose avessero [avuto] a continuare», si sentì rispondere: «La Santa Sede non vorrebbe essere messa nella necessità di dire la sua parola di disapprovazione». L’ambasciatore allora continuò: «Io penso alle conseguenze, che provocherebbe un passo della Santa Sede […] Le note direttive vengono da altissimo luogo […] Vostra eminenza mi lascia libero di non “faire état” di questa conversazione?».