エカチェリーナ2世時代の第二次露土戦争（1787年-1791年）では、名将アレクサンドル・スヴォーロフ将軍の麾下でオスマン帝国側の重要戦略拠点であるイズマイル要塞（現ウクライナオデッサ州）攻撃に加わった。クトゥーゾフは5度におよぶ要塞の稜堡に対する果敢な攻撃で、1790年12月、イズマイル要塞を陥落させ、スヴォーロフより賞された。その後、1802年には予備役となったが、1805年の第三次対仏大同盟で現役に復帰した。