A fine campionato Fowler viene convocato per i mondiali del 2002, scendendo in campo però in una sola occasione, entrando come sostituto nella vittoria della nazionale inglese contro la Danimarca negli ottavi di finale del torneo. All'inizio della stagione 2002-03 Fowler soffre un aggravamento di un precedente infortunio all'anca, che lo costringe a rimanere fermo fino a dicembre. A causa di ciò e dei problemi finanziari che cominciano a gravare sul club, il valore tecnico ed economico del calciatore comincia a diminuire. Nonostante tutto però, Fowler totalizza quindici reti in trentuno presenze con la maglia del Leeds, con una media pari a quasi un gol ogni due partite.