V roce 1940 změnil klub název z "Bohemians" na "Bohemia", který byl jakžtakž přijatelný i pro německé okupanty. Na konci války byl stadion u Botiče částečně zničen při únorovém bombardování Prahy. Po válce se název vrátil, ale ne na dlouho. Již po únorovém komunistickém puči se název měnil na "Železničáři Praha", později na "Spartak Praha Stalingrad" a poté na "ČKD Praha". Název Bohemians se vrátil až roku 1965. Celou tuto éru provází sestupy a postupy mezi první a druhou ligou.