העמותה הוקמה בעקבות רצח ראש הממשלה יצחק רבין, על ידי קבוצת אנשי חינוך מן החברה הציונית דתית, ובראשם ד"ר שלמה פישר, הרבנית יפה גיסר וד"ר יהודה בן-דור, בוגרי 'מכון מנדל', מתוך הבנה שיש לחזק את יחסה של החברה הציונית-דתית לדמוקרטיה ולערכיה. בשנים האחרונות חברה עמותת יסודות למכללת הרצוג, ופועלת כעמותה רשומה במערכת החינוך הממלכתית דתית, בקרב מנהלים, מורים ובעלי תפקידים נוספים, בבתי הספר, הישיבות והאולפנות. בתשס"ז השתתפו בתוכנית כ-3,000 תלמידים ו-500 מורים