Whitehall wurde 1759 von Hauptmann Philip Skene unter dem Namen „Skenesboro“ gegründet. Die erste Urkunde stammt aus 1765, als der britische König Georg III. dem Gründer das zugehörige Land garantierte. 1777 fand hier ein Gefecht während des Amerikanischen Unabhängigkeitskrieges statt, als während des Saratoga-Feldzuges nach der Schlacht von Ticonderoga britische Truppen die sich zurückziehenden Amerikaner verfolgten. Whitehall war ebenfalls durch den Britisch-Amerikanischen Krieg betroffen. Die Stadt nennt sich „Geburtsort der US-Marine“.