Als Anerkennung seiner Taten erhielt Pirquet nicht nur den Rang eines Kapitänleutnants, sondern er erhielt darüber hinaus am 17. Juli 1813 das Ritterkreuz des Militär-Maria-Theresia-Ordens mit dem Datum von 3. Mai 1809. Im Juni 1813 kehrte er in den aktiven Dienst zurück und übernahm ein Jägerbataillon. Die Befreiungskriege gegen das Napoleonische Frankreich machte Pirquet zunächst in Kärnten, dann in Italien mit. Am 18. September 1813 griff er bei Hermagor im Gailtal einen zahlenmäßig deutlich überlegenen Gegner an und konnte dabei persönlich eine französische Fahne erbeuten. Dank dieser und noch anderer erfolgreicher Taten sah sich Pirquet im Dezember 1813 außerordentlich zum Major befördert. 1814 in ein Tiroler Jägerkorps versetzt, rief ihn der Österreichisch-Neapolitanische Krieg im folgenden Jahr wieder auf das Schlachtfeld. Am 23. April 1815 gelang Pirquet als Kommandant der Vorposten ein Überfall auf die neapolitanischen Truppen bei Cesenatico. Zwar befanden sich die Neapolitaner in der Überzahl, doch Pirquet nützte den Überraschungseffekt. Diese Überrumpelung kostete den Gegner um die 250 Tote und Verwundete, während die Österreicher vergleichsweise geringe Verluste erlitten. Kaiser Franz I. von Österreich verlieh ihm dafür am 2. Mai 1815 das Ritterkreuz des österreichisch-kaiserlichen Leopold-Ordens. Im Oktober 1815 erfolgte seine Beförderung zum Oberstleutnant und seit dem Jahr 1816 kommandierte Pirquet das 9. Jägerbataillon.