Канхеле — воспитанник клуба «Бока Хуниорс». В 2002 году он дебютировал в аргентинской Примере. Через год Франко помог клубу выиграть чемпионат, а также завоевать Кубок Либертадорес и Межконтинентальный кубок. В 2004 году Канхеле стал обладателем Южноамериканского кубка. Франко не был игроком основы и в 2005 году в поисках игровой практики перешёл в «Индепендьенте». В новой команде он столкнулся с трудностями адаптации и через полгода присоединился к «Колону». Летом 2006 года Канхеле на правах аренды перешёл в турецкий «Сакарьяспор». 6 августа в матче против «Коньяспора» он дебютировал в турецкой Суперлиге. 20 августа в поединке против «Сивасспора» Франко забил свой первый гол за «Сакарьяспор». 9 марта 2007 года в матче против «Кайсериспора» он сделал хет-трик.