Ян Дюріца дебютував за національну команду 9 липня 2004 року у товариському матчі проти збірної Японії. У складі національної збірної Словаччини Ян Дюріца брав участь у чемпіонаті світу 2010 року та Євро - 2016. За національну команду Дюріца провів 91 гру, забивши чотири голи.