In den folgenden Jahren betätigte sich Ogden weiterhin erfolgreich in der Eisenbahnbranche. 1862 wurde er Präsident der Union Pacific Railroad. 1871 erlitt Ogden einen wirtschaftlichen Rückschlag, als durch das große Feuer in Chicago ein Großteil seiner dortigen Besitzungen zerstört wurde. Am selben Tag brannte auch eine ihm gehörende Holzfirma in Wisconsin ab. Allerdings hat er diese Rückschläge finanziell verkraftet. Seit Anfang der 1860er Jahre lebte er in New York City. Dort gehörten bekannte nationale Persönlichkeiten zu seinem Freundeskreis. Politisch war er im Jahr 1860 zu den Republikanern übergetreten, deren Haltung zur Sklaverei er unterstützte. Nach einem Disput mit Präsident Abraham Lincoln über die Emanzipations-Proklamation, die er für verfrüht hielt, verließ er die Partei wieder. Er starb am 3. August 1877 in New York.