Jiří Bělohlávek już w młodym wieku został wprowadzony przez ojca, sędziego z zawodu, zapalonego pianistę, w tajniki muzyki klasycznej. Mając cztery lata został członkiem chóru dziecięcego, a wkrótce potem rozpoczął naukę gry na fortepianie. Uczył się również gry na wiolonczeli pod kierunkiem Karela Pravoslava Sádlo. Później rozpoczął studia w Konserwatorium w Pradze oraz w Akademii Muzycznej w Pradze. Wtedy też zaczął dyrygować kształcąc się pod kierunkiem Roberta Brocka, Aloisa Klimy, Bohumíra Liška i Josefa Veselki. W 1968 roku, w czasie praskiej wiosny, znanej jako krótkie interludium umiarkowanego komunizmu w Czechosłowacji, rumuński dyrygent Sergiu Celibidache dawał wykłady dla studentów dyrygentury w Pradze, a Bělohlávek przyciągnął jego uwagę. W tym czasie Celibidache pracował w Szwecji jako główny dyrygent Orkiestry Symfonicznej Szwedzkiego Radia. Zaprosił Bělohlávka do siebie oferując mu stanowisko swego asystenta. Bělohlávek przyjął ofertę i następne dwa lata spędził w Sztokholmie pracując z Celibidache.