После дополнительной краткой подготовки в школе генштаба он в 1896 году был отправлен на Филиппины, где участвовал в подавлении вооружённого восстания. Здесь, проявив храбрость и воинское умение, Мильян-Астрай был награждён высшим испанским орденом за мужество в боях — "крестом Марии-Кристины (Cruz de María Cristina)". Месяцем позже после этого офицер получил также "Красный крест за военные заслуги (Cruz Roja al Mérito Militar)" и ещё спустя месяц — "Крест первого класса за военные заслуги (Cruz Primera Clase al Mérito Militar)", став национальным героем Испании. В 1898 году он получает чин старшего лейтенанта и переводится на родину, в Бургос, где продолжает учёбу в школе генерального штаба.