상황은 19세기에 변한다. 타이완 섬은 그 전략적인 위치와 자원 때문에 서구 열강과 일본, 그리고 청나라의 관심을 집중적으로 받기 시작했고, 청나라는 이 곳에 급격한 근대화 정책을 실시한다. 1887년에 황실 칙령으로 푸젠-타이완 성이 선포되었으며 1897년에 이르자 타이완은 청나라에서도 가장 발전한 지방들 중 하나로 떠오른다. 하지만 1895년에 청나라가 청일전쟁에서 일본 제국에게 패배하자, 청나라는 일본에게 타이완 섬을 강제로 할양해야만 했다. 청나라 충성파들은 타이완 민주국을 세워 일본에게 저항하고자 하였으나, 일본은 압도적인 화력으로 이들을 손쉽게 물리치고 타이완을 지배하기 시작하였다.