העשור הראשון לעצמאות המדינה לווה במלחמת אזרחים עקובה מדם, בה, על פי ההערכות איבדו את חייהם כמיליון תושבים, ו-1.7 מיליון תושבים איבדו את בתיהם והפכו לפליטים במדינות שכנות. ב-1983 נטשה מפלגת השלטון "חזית השחרור של מוזמביק", בראשות המנהיג סמורה מאשל (שנהרג לאחר שלוש שנים בהתרסקות מטוס מסתורית) את דרכה המרקסיסטית. יורשו של מאשל, ז'ואקין שיסאנו החל בשיחות שלום עם המורדים, וב-1990 הגיעו להסכמה על חוקה חדשה, דמוקרטית-ליברלית. ב-1992 הושג הסכם שלום בתיווך האו"ם בין ממשלת מוזמביק למורדים מבית.