Com o golpe de 1964, Duarte deu declarações críticas àquele movimento político-militar, e chegou a ser detido por sua oposição. Também era muito crítico aos rumos tomados pela gestão da Universidade de São Paulo (USP), em que alegava que desde o Estado Novo a instituição tinha se desvirtuado de seu propósito original, e acentuou essas críticas durante a década de 1960, em que questionava reiteradamente as gestões da instituição e a qualidade do corpo docente. Sobre essas críticas, costumava chamar de ""rinocerontes" os catedráticos da instituição e protestava contra o que entendia ser o "terrorismo cultural"" que teria lá se instalado, entendendo que aquela universidade estava em processo de decadência. Por conta de suas críticas, atraiu muita indisposição entre os colegas docentes e acumulou numerosos inimigos ao longo dos anos.