Την εποχή που ξέσπασε η Ελληνική Επανάσταση ο Μπουρνιάς βρισκόταν στην Αίγυπτο, όπου υπηρετούσε ως αντισυνταγματάρχης του γαλλικού στρατού. Μόλις έμαθε για την Επανάσταση, παραιτήθηκε και έλαβε μέρος σε αυτή ως αρχηγός των επαναστατημένων Χίων σε συνεργασία με τον αρχηγό των Σαμίων Λυκούργο Λογοθέτη. Λόγω του κύρους που είχε αποκτήσει ο Λογοθέτης με την επανάσταση στη Σάμο προσεγγίσθηκε από τον Μπουρνιά. Ο Μπουρνιάς είχε ζητήσει και παλιότερα βοήθεια από τον Υψηλάντη για την απελευθέρωση του νησιού του, επειδή όμως η επιχείρηση παρουσίαζε δυσχέρειες και κινδύνους δεν συμφώνησε. Ο Μπουρνιάς θα συναντήσει τον Λογοθέτη στη Σάμο και θα τον παρασύρει με τον ενθουσιασμό και την αποφασιστικότητά του να οργανώσει και να πραγματοποιήσει την επιχείρηση. Πράγματι, θα αποβιβαστούν στην τοποθεσία Αγία Ελένη στα παράλια της Χίου, ο Μπουρνιάς όντας επικεφαλής 150 Χίων. Οι πρόκριτοι όμως του νησιού αντέδρασαν, ενώ ο ίδιος ήλθε σε προστριβές με τον Λογοθέτη.