光緒21年（1895年），清廷因前一年度甲午海戰戰敗於日本，在馬關條約中同意割讓台灣、澎湖群島做為議和條件之一；另在同年度乙未戰爭之中，駐守台灣的原清兵亦不敵日軍。日本成功接收台灣全境之後，頒定「住民去就決定日」，給予居民兩年的期限，自行決定續留原址接受日本統治、或者離開台灣澎湖，移居大清帝國的領土。鄭步雲辭去原清朝官職，先返回故鄉澎湖，在1897年（光緒22年、明治30年）間返回福建廈門，赴往漳州祖籍所在之處省親，復於明治32年（1899年）十二月再回澎湖，明治43年至大正三年（1910年－1914年）授命出任澎湖廳媽宮街區長，並出任學務委員、衛生組長等公職，甚至獲得臺灣總督府授予的紳章，惟後不知何故被日本政府收回。