Hans-Ekkehard Bob je kasneje sodeloval tudi v Operaciji 25, napadu na Balkan. Nad Jugoslavijo je dosegel dve zračni zmagi. 6. aprila 1941 je sestrelil Messerschmitt Bf 109 jugoslovanskega kraljevega letalstva (njegovo 20. sestreljeno letalo) ter 7. aprila še IK-2. Po uspešni okupaciji Balkana je bila JG 54 umaknjena v vzhodno Prusijo, kjer so jo na novo opremili z lovci Messerschmitt Bf 109F. 22. junija 1941 je 9./JG 54 začela z napadalnimi akcijami v operaciji Barbarossa, nemški invaziji na Sovjetsko zvezo. Bob je svojo prvo zračno zmago na tem delu bojišča dosegel 23. junija, ko je sestrelil sovjetski lahki bombnik. Pri napadu pa je njegovega Bf 109 F-2 (W.Nr. 9207) »Rumena 1« + ~, zadel obrambni ogenj bombnika in ga tako poškodoval, da je moral zasilno pristati za frontno črto. v bližini Radviliskisa. V enoto se je uspel vrniti šele čez dva dni. Drugič je bil zadet že 13. julija, ko je bil v bližini Borodkina spet prisiljen zasilno pristati. Tretjič je enako usodo doživel 20. avgusta, ko je bil 50 kilometrov južno od Dna njegov Bf 109 F-2 (W.Nr. 12696) »Rumena 1« + ~ zadet v hladilnik motorja. Povsem podobna zgodba se je ponovila 30. oktobra, ko se je na »prostem lovu« nad reko Volkov zapletel v spopad s sovjetskim lovcem Polikarpov I-16. V boju je bil njegov Bf 109 F-2 »Rumena 1« + ~ zadet v hladilnik motorja, zaradi česar je moral Bob ponovno pristati za sovražnikovo črto. Tudi tokrat se je uspel izmuzniti s sovražnega območja in se vrniti v enoto.