Baqofa wurde im August 2014 von der islamistischen Terrormiliz Daesch (IS) eingenommen. Fast alle Einwohner flohen, die meisten in die christliche Stadt Ankawa im Norden der kurdischen Metropole Erbil. Nur wenige alte Personen blieben zurück und versteckten sich in ihren Häusern. Nach zwei Wochen nahmen kurdische Peschmerga Baqofa wieder ein. Die Front war nur 3 km entfernt, und niemand kehrte in seine Wohnung zurück. Am 3. Mai 2016 stürmte Daesch den Ort erneut, wurde aber noch am selben Tag erneut zurückgeworfen. Diese Kämpfe führten jedoch zu einer weiteren Zerstörung der Infrastruktur, darunter auch der Wasserleitungen. Nach der Vertreibung des Daesch aus der Region kehrten einige Familien nach Baqofa zurück. Im Juni 2017 lebten hier wieder 30 Familien. Am 24. Oktober 2017, nach dem Sieg über den Daesch in der Schlacht um Mossul, kam es zu Gefechten zwischen Peschmergas und irakischen Regierungstruppen, weshalb die zurückgekehrten Bewohner erneut fliehen mussten.