Während der Bündner Wirren im Dreissigjährigen Krieg kam Flims eine gewisse Bedeutung zu, als der später zum katholischen Glauben konvertierte Jörg Jenatsch 1621 vor dem Hause seines politischen Gegners und Protestanten Joseph von Capol erschien und ihn niederschiessen liess. Im Mai 1799 kam es zu Kämpfen der Truppen Napoleons gegen die Bündner Oberländer in der Nähe von Reichenau. Die Schlacht mit über 600 Toten hinterliess in Flims keine Spuren. Die Franzosen marschierten auf ihrem Rachefeldzug zwar durch Flims, verschonten aber das Dorf. Dies geschah aus Respekt vor dem späteren Offizier der Ehrenlegion, Hauptmann Ragettli, der an der Niederlage der Oberländer massgeblich beteiligt war. Österreichische, französische und russische Truppen wechselten sich damals in Bünden als plündernde Besatzer ab.