Como parte de la Guerra sucia en México, desplegada por el Gobierno de México en los años setenta, una de las organizaciones atacadas fue el PCM, organización que bajo el liderazgo de Vélez Pliego en Puebla y Tlaxcala resistió diversas acciones represivas en su contra. Vélez fue el primer funcionario de la BUAP abiertamente comunista que logró ser primero secretario general en 1972 y finalmente 1981 llegar a su rectoría por dos periodos: 1981 a 1984 y 1984 a 1987.