Sebbene il suo debutto con la Nazionale di calcio del Messico avvenne il 9 marzo 2005, in un incontro amichevole contro la Argentina, e la sua seconda presenza avvenne il 27 aprile 2005 (sempre amichevole ma contro la Polonia, la sua terza convocazione avvenne oltre 6 anni dopo (il 4 luglio 2011) in occasione della Copa América 2011 nella quale Peralta viene convocato fra i giocatori rappresentanti del Messico nella competizione. Dopo ciò, viene costantemente convocato con regolarità in Nazionale fino al suo ritiro. Il suo primo gol con la Nazionale messicana avviene il 10 agosto 2011 in occasione di una amichevole contro gli USA.