Under ledelse av den bosniske adelsmannen Husein Gradaščević (1802–1834) gjorde adelen opprør mot osmanene i 1831, og til tross for at opprøret ble slått ned året etter blir Gradaščević sett på som en av de fremste bosniske nasjonalheltene. I 1878 ble Bosnia-Hercegovina okkupert av Østerrike-Ungarn, noe som også innebar en modernisering av landet. I 1918 ble Bosnia-Hercegovina underlagt Kongeriket Jugoslavia. Under den andre verdenskrig ble landet rammet av en omfattende etnisk rensning; jøder ble utryddet og serbere myrdet i omfattende grad. Etter 1945 ble Bosnia en republikk i det kommunistiske Jugoslavia. Den 5. april 1992 ble Bosnia-Hercegovina erklært som en selvstendig stat anerkjent av FN og stormaktene, men ikke av serbere i Bosnia eller Serbia og Montenegro. Bosnia-krigen kom som en følge av oppløsningen av Jugoslavia og de nasjonale og etniske motsetningene, og varte i litt over tre år, fra 1992 til 1995. Den ble avsluttet grunnet at NATO grep inn og som lenge hadde tropper i landet.