ב&lt;a href="%D7%A2%D7%95%D7%A0%D7%AA%202012/2013%20%D7%91%D7%91%D7%95%D7%A0%D7%93%D7%A1%D7%9C%D7%99%D7%92%D7%94"&gt;עונת 2012/2013&lt;/a&gt; היה נוייר חלק מהעונה הגדולה ביותר בהיסטוריה של באיירן מינכן. בעונה זו, באיירן מינכן זכתה בטרבל. באיירן מינכן ונוייר זכו באותה עונה באליפות הבונדסליגה בפער שיא של 25 נקודות מהסגנית בורוסיה דורטמונד, כשנוייר סופג 18 פעמים בלבד, ושובר את שיא הבונדסליגה למיעוט ספיגות. באיירן זכתה גם בגביע הגרמני לאחר ניצחון 2–3 בגמר על שטוטגרט. באיירן ונוייר עברו באותה עונה בליגת האלופות את יובנטוס וברצלונה מבלי לספוג שער אחד. בגמר ליגת האלופות 2013 נוייר ובאיירן ניצחו 1–2 את בורוסיה דורטמונד משער ניצחון של אריין רובן בדקה ה-89, ובאיירן זכתה בליגת האלופות בפעם הראשונה מאז עונת 2000/2001. נוייר שיתף פעולה בהגנת הקבוצה בעונה זו עם פיליפ לאם, דאנטה, ג'רום בואטנג, דויד אלאבה וחאבי מרטינס.