Чагатай, сын Чингисхана, разместил здесь столицу своих владений. Под власть Пекина эти земли перешли в середине XVIII века по итогам третьей ойратско-маньчжурской войны. Долгое время Кульджа являлась фактической административной и военной столицей Цинского Синьцзяна (дословно "«Новых рубежей»").