Z zmanjševanjem vpliva Hanse je Riga postala predmet tujih vojaških, političnih, verskih in gospodarskih stremljenj. Riga je sprejela reformacijo leta 1522, s čimer se je končala oblast nadškofov. Leta 1524 so ikonoklasti ciljali na kip Device Marije v stolnici, da bi pokazali nestrinjanje z verskimi ikonami. Obtožena je bila čarovništva in obsojena na utopitev v reki Daugavi. Ker je kip plaval, so ga v Kubsbergu označili za čarovnega in ga zažgali . Z razpadom Livonskega reda med Livonsko vojno je imela Riga dvajset let status svobodnega cesarskega mesta Svetega rimskega cesarstva, še preden je pod vplivom poljsko-litovskega zveze leta 1581 z Drohiczynsko pogodbo končala vojna za Rigo. Leta 1621, med poljsko-švedsko vojno (1621–1625), je bila Riga in obdajajoči trdnjava Daugavgriva pod oblastjo švedskega kralja Gustava Adolfa, ki se v tridesetletno vojno ni vmešal le zaradi politične in gospodarske koristi, pa tudi v prid nemškega luteranskega protestantizma. Med rusko-švedsko vojno (1656–1658) je Riga zdržala obleganje ruskih sil.