В 1994 году в соседней Руанде начался геноцид народа тутси народом хуту. Вскоре Руандийский патриотический фронт, сформированный тутси, захватил власть, и массовые убийства прекратились. Опасаясь возмездия, более 2 миллионов хуту бежали в заирские провинции Северное и Южное Киву, где при поддержке властей начали вооружаться с целью вернуть власть на родине и развернули военную кампанию против новых руандийских властей и конголезских тутси. В 1996 году Мобуту, в тот период постоянно находившийся во Франции и Швейцарии на лечении от рака простаты, лишил гражданства руандоговорящих тутси, живших в Киву. 7 октября губернатор провинции Южное Киву отдал им приказ покинуть её. 24 октября 1996 года ополчение тутси захватило Увиру, 30 октября — столицу Южного Киву Букаву, а 1 ноября вошло в столицу Северного Киву Гому. Атакам подверглись и лагеря беженцев. Восстание было подготовлено и активно поддержано Руандой, которая вооружала и тренировала повстанцев. Руандийские офицеры участвовали в разработке планов боевых операций, а в ряде случаев войска этой страны вели бои в Заире. Низкий боевой дух и задолженность по заработной плате привели к отсутствию организованного сопротивления со стороны правительственных войск, так что борьба с повстанцами велась в основном силами беглых руандийских частей, наёмников и боевиков УНИТА, чьи базы располагались на территории страны. Местные жители, недовольные грабежом со стороны конголезских солдат, приветствовали восстание. 17 декабря 1996 года Мобуту вернулся на родину.