La promotion de Bonnaud au grade de général de division est confirmée le et il est transféré à l'armée des côtes de Cherbourg le . Selon une autre source, Bonnaud commande en un détachement de l'armée du Nord envoyé en Vendée pour réprimer le soulèvement royaliste. Le septembre, il est placé à la tête d'un contingent de hommes de l'armée de Cherbourg pour assister le général Hoche dans la défense de Nantes et dans la lutte contre le chef vendéen François Athanase Charette de La Contrie. Il dirige ensuite la colonne mobile dans un engagement contre les rebelles à Saint-Florent-le-Vieil le . Du au , Bonnaud sert provisoirement comme général en chef de l'armée des côtes de Cherbourg en remplacement du général Aubert-Dubayet devenu ministre de la Guerre. Le , le Directoire fusionne les armées de Cherbourg, de l'Ouest et des côtes de Brest pour donner naissance à l'armée des côtes de l'Océan. Le décret entre en application le et le général Hoche est désigné pour exercer les fonctions de commandant en chef.