Joachim Löw décide de prendre Emre Can pour la première fois en équipe nationale allemande, en vue des deux matchs de qualification contre la Pologne et l'Écosse, respectivement les 4 et 7 septembre 2015. Il est titularisé lors du match contre la Pologne en tant qu’arrière droit. Il joue l'intégralité de la rencontre et l'équipe allemande gagne 3 buts à 1. Sélectionné lors de l'Euro 2016, il prend plus d'importance en équipe d'Allemagne lors de la victoire en Coupe des confédérations 2017 en Russie. Emre Can inscrit son premier but en sélection le 8 octobre 2017 face à l'Azerbaïdjan. Titularisé au milieu de terrain ce jour-là, il inscrit le dernier but des siens, qui s'imposent largement sur le score de cinq buts à un.