Redescendu à la place du classement mondial 2012-2013, Holt atteint un nouveau quart de finale en tournoi classé, lors du Masters d'Allemagne 2013. Après avoir dominé Mark Williams et Kurt Maflin, il est battu par le futur vainqueur du tournoi ; Ali Carter. Quelques jours après, il va jusqu'en demi-finale du Snooker Shoot-Out. En fin de saison, il reconnait la joie de jouer au Crucible Theatre. Il y est balayé par le futur demi-finaliste de l'épreuve ; Ricky Walden. Contrairement à d'habitude, Holt ne s'énerve pas de cette performance, et se montre même joueur, levant les bras vers le ciel lorsqu'il remporte son unique manche dans le match. En 2013, il atteint la demi-finale du Masters de Shanghai, après avoir éliminé Judd Trump au premier tour. Il est finalement battu par Xiao Guodong, révélation du tournoi. Lors du Masters d'Allemagne 2014, Holt atteint un nouveau quart de finale ; le deuxième de suite dans ce tournoi. Il est aussi finaliste sortant de l'Open de Zhangjiagang et de l'Open de Yixing . En toute fin de saison, Holt continue sa progression et obtient en 2014 son meilleur classement : celui de mondial. Au cours de l'année 2015, Michael Holt est quart de finaliste à deux reprises ; lors du championnat du circuit des joueurs (épreuve finale) et au Shoot-Out. Pendant le premier tournoi cité, il remonte une situation de 0-3, pour s'imposer 4 à 3, contre Stephen Maguire.