Zginął 6 kwietnia 1994 w katastrofie lotniczej. Wraz z nim śmierć poniósł prezydent Burundi, Cyprien Ntaryamira. Odpowiedzialni za zamach byli prawdopodobnie żołnierze Hutu z gwardii prezydenckiej. Jednak o spowodowanie wypadku gwardia prezydencka oskarżyła Tutsi, co stało się pretekstem do przeprowadzenia masakry ludności. W chwili śmierci prezydenta Habyarimany – wedle konstytucji Rwandy – rozpoczęła pełnić obowiązki premier Rwandy Agathe Uwilingiyimana, jednak została zabita rankiem następnego dnia.