Luego de la evacuación de Egipto por las tropas de Napoleón Bonaparte en 1801 de Egipto, el gobernante de El Cairo Nassib Pashá tomó represalias contra los franceses ordenando una matanza de cristianos. Los armenios sobrevivientes se refugiaron en el antiguo El Cairo. A partir de 1820 la situación política de Egipto permitió el envió de sacerdotes por el patriarca. El 26 de agosto de 1849 fue ordenado el primer obispo armenio para Egipto en el monasterio de Bzommar en Líbano, Paul Acderian, quedando establecida la archieparquía de Alejandría en 1850. A la muerte de Acderian en 1866 la archieparquía fue reducida a eparquía en 1867 y quedó administrada por el vicario apostólico de Egipto.