Otrzymał przydział do 2 Pułk Ułanów Grochowskich im. Generała Józefa Dwernickiego, który stacjonował w Suwałkach, a następnie – już w czasie kampanii wrześniowej – do Brygady Kawalerii „Plis”. We wrześniu 1939 pułk przebył szlak bojowy w składzie Suwalskiej Brygady Kawalerii prowadzącej walki z Niemcami, wchodząc w skład Samodzielnej Grupy Operacyjnej „Narew”. W pierwszej dekadzie września uczestniczył w obronie Wizny. Jego szlak bojowy zakończyła 5 października 1939 bitwa pod Kockiem. W następnym dniu brygada złożyła broń i ruszyła w kierunku Modlina. Za udział w kampanii wrześniowej ks. kpt. Jan Chrabąszcz został odznaczony Krzyżem Walecznych, jako jeden z 29 kapelanów Wojska Polskiego.