Nach dem Frieden von Tilsit schied er 1807 aus dem Gremium aus und wurde als vortragender Generaladjutant zu einem der militärischen Berater von König Friedrich Wilhelm III. Mit seiner konservativen Haltung, die einen Großteil der Preußischen Reformen ablehnte, erlangte er schnell das Wohlwollen des Monarchen, der ihn zunächst zum Vorsitzenden des Komitees für die Reorganisation der Armee und Dezember 1808 zum Abteilungsleiter im Kriegsministerium machte. Mit diesem Wechsel in die Verwaltung legte von Wylich und Lottum auch seinen militärischen Rang ab. Schon 1810 kehrte er aber als Generalmajor wieder in den Militärdienst zurück. Im gleichen Jahr wurde er Vorsitzender des Direktoriums des Großen Potsdamer Militär-Waisenhauses. 1812 reiste er nach Warschau, um dort über den geplanten Durchzug von Napoleons Truppen auf dem Feldzug gegen Russland zu verhandeln.