Jagodnik begann seine Karriere bei seinem Stammverein in Koper, mit deren Herrenmannschaft er 1993 nationaler Vizemeister werden konnte. Ein Jahr später wechselte er zum KD Hopsi nach Polzela, mit dem er neben dem Pokalsieg 1996 bis 1998 drei weitere Vizemeisterschaften erreichte. Bis auf das Pokalfinale 1996 gingen alle Meisterschafts-Finalserien ebenso wie die Pokalfinalspiele 1994 und 1997 gegen den damals dominierenden Serienmeister KK Union Olimpija aus der Hauptstadt Ljubljana verloren. Nachdem Jagodnik bei seiner zweiten EM-Endrundenteilnahme 1999 hinter Mannschaftskameraden wie Marko Milič und Matjaž Smodiš wieder nur geringe Einsatzzeiten gesehen hatte, machte er sich die nach der Bosman-Entscheidung entstandene neue Freizügigkeit zunutze und wechselte erstmals ins Ausland. Mit Türk Telekomspor aus Ankara verlor er in der Saison 1999/2000 als Hauptrundenachter in den Play-offs der Türkiye Basketbol Ligi gegen den Hauptrundenersten Efes Pilsen Istanbul. Mit dem Lokalrivalen Mydonose Kolejliler verpasste Jagodnik ein Jahr später auf dem elften Platz die Play-offs, die er dann in der Schweizer Basketball-Nationalliga beim Klub aus Lausanne spielte. Bei der EM-Endrunde 2001 bezwangen die Slowenen den Gastgeber und späteren Vize-Europameister Türkei, doch nach der Verlängerungs-Niederlage im abschließenden Gruppenspiel gegen Lettland verpasste man gar die Zwischenrunde wie bei Jagodniks erster Teilnahme 1997.