І. Матейку присудили 25 років виправно-трудових таборів, позбавлення прав на термін п'ять років і конфіскацію майна. Священик оскаржував вирок, але Верховний Суд УРСР залишив його без змін. Початок відбуття покарання рахували з 13 січня 1950 року. Ув'язнення відбував у таборах «Степлагу» — табору для політичних в'язнів у системі ГУЛАГ. спершу на копальнях «Екібастузуголь», а потім у мідно-свинцевому руднику «Джезкалган» (стара назва Кенгіра). Брав участь у Кенгірському повстанні 1954 року. Після перегляду справи Президією Верховного Суду УРСР 2 березня 1956 року звільнений 18 липня 1956 року. Про це свідчить довідка, видана начальником табору ІТЛ-1 МВС СРСР від 18 липня 1956 р., в якій сказано, що І. Матейка "із ув'язнення звільнити зі зняттям судимості.