В Египском походе Наполеона Дюпюи особенно отличился в сражении при Пирамидах в 1798 году. Произведенный в том же году в третий раз в генералы, он был назначен каирским губернатором и во время Каирского восстания 21 октября 1798 года, был убит арабами.