Helmikuussa 2006 Toppmöller palasi valmennustehtäviin siirryttyään Georgian jalkapallomaajoukkueen peräsimeen. Hän luotsasi maata Ralf Mingen kanssa EM-karsinnoissa 2008. Sijoitus karsintalohko B:ssa oli toiseksi viimeinen Georgian voitettua vain kolme pelaamastaan 12 karsintaottelusta. Georgian jalkapalloliitto antoi Toppmöllerille potkut huhtikuussa 2008.