1993 erwarb Serdjukow eine weitere militärische Ausbildung von der Frunse-Militärakademie. Anschließend wurde er stellvertretender Kommandant eines der 76. Garde-Luftangriffsdivision zugeordneten Regiments. Zwischen 1994 und 1996 nahm er am Ersten Tschentschenienkrieg teil.