На зворотному шляху, через землі русинів, що належать Королівству Польському, Ісідор оголосив про унію і проводив служби східно-православних священиків у католицьких церквах і навпаки, згадував Папу і стверджував, що обряди, які виконують східні православні, тієї ж влади, що і католицькі. Це викликало невдоволення як католиків, так і православних, але східноправославні дворяни Великого князівства Литовського віддавали перевагу Ісидору. Деякі дослідники вважають, що вони визнали його лише як східно-православного митрополита, а не як кардинала і легата Папи, але інші сумніваються. Ситуація ускладнювалася тим, що Польща та Литва опиралися на сторону Базельського собору, який незабаром висунув його антипапу; Велике князівство Литовське відхилило Флорентійський собор та позицію Ісидора як легата Папи Євгена IV.