La ejecución de la sentencia se demoró ocho meses, y se llevó a cabo el 9 de abril de 1938, a pesar de las gestiones del Vaticano. Según diversos autores, la ejecución la ordenó personalmente Franco, en reacción a la protesta de varios gobiernos extranjeros, entre los que incluía la Santa Sede, contra los bombardeos por parte de la aviación franquista de objetivos civiles (como los que tuvieron lugar el 16, 17 y 18 de marzo contra Barcelona, condenados públicamente por la Santa Sede a través de una nota oficiosa publicada el 24 de marzo en "L'Osservatore Romano").