Сразу после Октябрьской революции в ноябре 1917 года перешёл на сторону Советской власти и покинул армию, став бойцом в красногвардейском отряде города Орша, вскоре стал командиром взвода в этом отряде. В Красной Армии — с марта 1918 года. Участник Гражданской войны в России. С марта 1918 года С. Черняк командовал взводом в 10-м Минском, с 1919 года — в 72-м стрелковом полку на Западном фронте против мятежников из корпуса Довбор-Мусницкого, германских интервентов, польских войск.