Le partage de l'île a pour origine de l'opposition entre les empires coloniaux des Pays-Bas et Portugal au . La partie occidentale fait alors partie dès 1949 de la nouvelle République d'Indonésie à la suite de sa proclamation de l'indépendance. L'invasion indonésienne du Timor oriental en 1975 marque le point de départ d'une occupation violente de vingt-cinq années au cours de laquelle entre 60 000 et 100 000 soldats et civils est-timorais trouvent la mort. Le Timor occidental a été un refuge pour de nombreux réfugiés. Avec l'aide de l'ONU, le Timor oriental accède à l'indépendance en 2002 ce qui permet de stabiliser l'économie de la région.