Во время африканской кампании царь Юба и Сципион предлагали разрушить Утику за поддержку Цезаря, однако Катон высказался за сохранение города, так что вскоре местные жители попросили возглавить оборону города именно его. Некоторые исследователи рассматривают новое назначение Катона как почётную ссылку. В основных военных действиях он не участвовал, но организовывал оборону Утики — «"сделал огромные запасы хлеба и привёл в порядок укрепления, воздвигнув башни, проведя перед городом глубокие рвы и насыпав вал"». После того, как стало известно о разгроме Сципиона и Юбы в битве при Тапсе (известия пришли в Утику на третий день после битвы, то есть 8 апреля 46 года), в городе началась паника. Катон успокоил горожан и предложил городскому совету обсудить вопрос о судьбе города. Ряд горожан высказывались за сопротивление Цезарю под руководством Катона и предлагали даже освободить рабов и раздать им оружие, однако крупные рабовладельцы сопротивлялись последнему предложению и начинали склоняться к сдаче города Цезарю. Поняв, что оборона города бесперспективна, он разрешил всем желающим покинуть город и просил прибывшие в Утику отряды не преследовать ушедших из города. Сам он остался в городе.