После начала Первой мировой войны в декабре 1914 года назначен командующим австро-венгерскими войсками на Балканах. В мае 1915 года назначен командующим на Итальянском фронте. В 1916—1917 годах командовал войсковой группой в Тироле, потом опять вернулся на Итальянский фронт. Эрцгерцог Евгений военным талантом не отличался и практически всю работу за него проделывали штабные офицеры. За успешные действия австро-германских войск в 1917 году 11 ноября 1917 года награждён немецким орденом Pour le Merite.