Barcelona, Real Madrid'in Santiago Bernabéu Stadyumu'nda oynadıkları El Clasico'yu 6-2 kazandı ve 1930'dan beri Real Madrid'in aldığı en büyük yenilgi oldu. Bu maçta Messi, 2 tane de gol kaydetti. Her golünden sonra kameralara giden Messi, formasını kaldırıp, "Sindrome X Fragil" (Katalanca: Frajil X sendromu) yazan tişörtünü gösterdi ve bu hastalığa yakalanmış çocuklara desteğini gösterdi. Messi, Şampiyonlar Ligi yarı finalinde Andrés Iniesta'nın duraklama dakikalarında attığı golün hazırlanışında yer aldı ve Chelsea'yi geçen Barcelona, finalde Manchester United'ın rakibi oldu. 13 Mayıs'ta, Copa del Rey finalinde Athletic Bilbao'yu 4-1 yenerlerken, Messi, bir gol iki asist yaptı ve ilk Copa del Rey'i kazandı. Daha sonra La Liga'yı kazanıp, duble yaptılar. Barcelona 27 Mayıs 2009 tarihinde Şampiyonlar Ligi Finali'nde 2-0'lık galibiyetle, 3. kupasını kazandı. Messi, 70. dakikada ikinci golü kaydetti ve 9 golle Şampiyonlar Ligi gol kralı oldu. Böylece en genç gol kralı unvanını da kazandı. Bu muhteşem sezon sonra Messi, UEFA Yılın Forveti ve UEFA Yılın Futbolcusu ödüllerini kazandı. Bu Şampiyonlar Ligi galibiyetiyle, Barcelona Copa del Rey, La Liga ve Şampiyonlar Ligi'ni bir sezonda kazanarak, "üçleme" yapan ilk İspanyol kulübü oldu.