Nach einem Kurzlehrgang für Offiziere in der Panzertruppe wurde Schoenborn am 15. September 1944 mit der Führung der 18. Volksgrenadier-Division beauftragt, dessen Kommandeur er unter gleichzeitiger Beförderung zum Generalmajor am 1. Dezember 1944 wurde. Die Division rekrutierte sich zu der Zeit aus Personalrestbeständen der in Frankreich zerschlagenen 18. Luftwaffen-Felddivision. Ihr Aufstellungsort war Dänemark. Die Division unter Schoenborn nahm anschließend an der Unternehmung Wacht am Rhein teil. Am 5. Februar wurde er erneut in die Führerreserve versetzt, um am 19. Februar 1945 mit der stellvertretenden Führung der 5. Panzer-Division ernannt zu werden. Mit dieser nahm er an den Kämpfen um Ostpreußen bis zu seiner Verwundung (Oberschenkeldurchschuss) am 10. April 1945 teil. Am 15. April wurde er mit einem Lazarettschiff nach Kopenhagen verlegt. Von August bis Dezember 1945 lag er in einem Lazarett in Hameln. Am 6. Dezember 1945 wurde er Kriegsgefangener. Anschließend war Schoenborn vom 13. Mai 1947 bis 5. März 1948 in Adelheide interniert.