Макдоналд остава без служба до 1809 г., когато Наполеон го назначава за военен съветник на принц Йожен дьо Боарне, вицекрал на Кралство Италия, и корпусен командир. Повежда армията от Италия, която трябва да се присъедини към Наполеон и в битката при Ваграм повежда атаката, която разбива австрийския център и спечелва победата.