1876'da Meşrutiyet'in ilanı sonrası İzmir mebusu olan ve halı ticareti ile uğraşan Agop Ispartalıyan tarafından Kordon'da ve 1880 yılında ailesi için ev olarak inşa edilmiştir. Müze binası, Eylül 1922'de İzmir'in Türkler tarafından geri alınması sonucu terk edildi ve devletin mülkiyetine geçti. Bir süre Türk ordusuna karargâh olarak hizmet verdi. Şubat 1923'te İzmir İktisat Kongresi için şehre gelen Mustafa Kemal Atatürk, binayı çalışma ofisi olarak kullandı. Kongreden sonra binadaki karargâh taşındı ve devlet binayı otel olarak hizmet vermesi için kiraya verdi. Haziran 1926'da Atatürk, İsmet İnönü ile birlikte İzmir ziyareti sırasında Naim Palas adlı bu otelde konakladı. Aynı yıl 13 Ekim'de İzmir Belediyesi binayı satın aldı ve Atatürk'e armağan etti. 1930-1934 arasında Atatürk, İzmir'e beş kez geldi ve her defasında bu binada kaldı. 10 Kasım 1938'de Atatürk'ün ölümünün ardından bina, kız kardeşi Makbule Atadan'a miras kaldı. İzmir Belediyesi, 25 Eylül 1940'ta binayı kamulaştırdı ve Atatürk'ün İzmir'e gelişinin on dokuzuncu yıl dönümü olan 11 Eylül 1941'de müze olarak açtı.