První písemná zmínka o obci pochází z roku 931, je uváděn jako "Chataprunnin" v Codexu Odalberti. Nad obcí byl ve 12. století vybudován hrad. Jinak se po staletí Kaprun vyvíjel jako horská vesnice. Během druhé světové války začala být nad vesnicí budována přečerpávací vodní elektrárna. Pracovali na ní totálně nasazení z Belgie a dalších okupovaných území. Dokončena byla až po válce, její dostavba (jedna z přehrad) byla financována z Marshallova plánu. V druhé polovině 20. století je rozvoj obce spojen zejména s rychle se rostoucím turistickým ruchem. Poté, co byla v roce 1965 otevřena lanovka k ledovci na severních svazích Kitzsteinhornu, stal se prvním rakouským ledovcovým lyžařským střediskem. Pozemní lanová dráha byla otevřena v roce 1974. Lanovka se v roce 2000 stala dějištěm požáru při němž zahynulo 152 lidí.