Sławę zdobył w walkach z korsarzami muzułmańskimi zagrażającymi wówczas wybrzeżom europejskim. W 1519 roku pobił wojska tureckie pod Pianosą. W trakcie toczących się od końca XV wieku wojen włoskich dowodził flotą w służbie królów Neapolu, papieży i króla Francji Franciszka I, zwalczając początkowo wpływy hiszpańskie. W maju 1528 roku zadał prohiszpańskiej flocie neapolitańskiej druzgocącą klęskę w Zatoce Salestyńskiej. Jednak zrażony agresywną polityką Francuzów już w 1528 przybył z oddziałami do Genui, gdzie wcześniej za pomocą swej rodziny i stronników opanował sytuację polityczną. Odtworzył znaczenie urzędu doży; sam nie przyjął tytułu, lecz został cenzorem (1528–1555), obejmując urząd wzorowany na starorzymskim urzędzie cenzora. Nowa Republika Genui wybierała od tego czasu dożę na 2-letnią kadencję. Wkrótce wyzwolił Genuę i Neapol spod wpływów francuskich i latem 1528 roku podpisał historyczne porozumienie z dowódcą wojsk cesarskich we Włoszech, oddając swą prywatną flotę, składającą się z 12 galer na usługi Karola V. Ten zwrot w polityce genueńskiej okazał się trwały i od teraz na blisko dwa wieki los Republiki Genui został związany z losem Hiszpanii. Zdominowała ona całkowicie politycznie Genuę w zamian za co jej kupcy i bankierzy otrzymali rozliczne przywileje handlowe i finansowe w Imperium Hiszpańskim. Jednym z największych beneficjentów nowej orientacji politycznej stał się sam Andrea Doria i jego ród, który na długie lata zapewnił sobie dominującą pozycję w rodzinnej republice.