Το Φλυγόνιο ήταν μία από τις πόλεις που κατέστρεψε ο περσικός στρατός του Ξέρξη στο πέρασμά του από τη Φωκίδα. Καταστράφηκε επίσης και το 346 π.Χ. στον Γ΄ Ιερό Πόλεμο από τον Φίλιππο Β΄ τον Μακεδόνα, μαζί με άλλες φωκικές πόλεις, εφαρμόζοντας την ποινή που επέβαλαν οι Αμφικτύονες των Δελφών στους Φωκείς, επειδή καλλιεργούσαν μέρος της κοιλάδας της Άμφισσας που θεωρείτο ότι ανήκε στο ιερό μαντείο, όπως αναφέρει ο αρχαίος περιηγητής Παυσανίας.