II. Fülöp 1598-as halála után fia, III. Fülöp követte a trónon, aki tíz évre békét kötött a hollandokkal, ám Spanyolország közben belekeveredett a harmincéves háborúba. Őt IV. Fülöp követte, aki helyett gyakorlatilag kegyence, Olivares de Guzmán herceg kormányozta a birodalmat. Az állandó háborúskodás és a sikertelen belső reform fokozta a belső feszültségeket. Portugália és Katalónia fellázadt; az előbbinek sikerült kivívnia függetlenségét de a franciák által segített katalán felkelést leverték. Spanyolországnak már Fülöp idején sem volt megfelelő kormányzata, de a rossz irányítás tovább fokozódott fia, a rokonházasságok miatt gyengeelméjű és testi hibás II. Károly idején, aki már képtelen volt utódot nemzeni és 1700-ban vele kihalt a Habsburg-ház spanyol ága. Az ezt követő spanyol örökösödési háborúban az ország már nem nagyhatalomként lépett fel, hanem mint a többi hatalom versengésének tárgya. A háború kompromisszummal zárult: a spanyol trónra a Bourbon-házbeli XIV. Lajos francia király unokája, a Fülöp, Anjou hercege került, de Spanyolország elvesztette itáliai és németalföldi birtokait (főképpen Ausztria javára). A Habsburg-korszak gazdasági és adminisztrációs gondjai mellett kulturális és művészeti felvirágzást, az úgynevezett Aranykort "(Siglo de Oro)" hozta Spanyolországnak. Az amerikai arany és ezüst lehetővé tette a művészek bőkezű patronálását. Ekkor épült az Escorial, a madridi udvarnak dolgozott Diego Velázquez és El Greco is. A reneszánsz zenében kiemelkedőt alkotott Tomás Luis de Victoria, Luis de Milán és Alonso Lobo. A korszak spanyol irodalmának világhírű alakjai Lope de Vega és a Don Quijote szerzője, Miguel de Cervantes.