1978年年底中越关系急转直下，12月24日越南驻凭祥站的交接所撤离，车站的国际联运随即终止，不久站内的米轨客、货运输设备即予封存。车站在中越战争期间及结束后相当长一段时间内一直仅办理国内列车作业，规模亦保持不变。直至1996年2月12日中越恢复铁路国际联运。