Переговоры между повстанцами и правительством в 2003—2004 годах формально завершили 22-летнюю вторую гражданскую войну, хотя отдельные вооружённые столкновения в ряде южных районов имели место и позже. 9 января 2005 года в Кении было подписано Найвашское соглашение, предоставившее региону автономию, а лидер Юга Джон Гаранг стал вице-президентом Судана.