Jednakże już 22 kwietnia 1941 roku zaprotestował przeciwko przepisowi nakazującemu Żydom noszenie gwiazdy Dawida, wyrażając to w słowach: „Jeżeli oznacza się i piętnuje ludzi za pochodzenie, rasę i przynależność do innego narodu, rodzi się wstydliwe pytanie o człowieczeństwo i moralność... ani cudzołożnicy, ani nierządnice nie są napiętnowani widocznymi znakami”. W okresie ludobójczych działań ustaszów przeciwko Serbom, na wieść o masakrze w Glina Stepinac, 14 maja 1941 roku wysłał list do Ante Pavelicia, przywódcy ustaszy i "poglavnika" Niepodległego Państwa Chorwackiego (NDH), w którym wyraził nadzieję, że na całym terytorium Chorwacji nie zostanie zabity ani jeden Serb, jeśli nie udowodni mu się winy w sprawiedliwym procesie. Natomiast w liście z 21 lipca napisał do Pavelicia: „Przekonany jestem, że dzieje się tak poza Pańską wiedzą”. Kiedy 12 października 1941 roku ustasze zburzyli synagogę w Zagrzebiu arcybiskup Stepinac publicznie potępiając ten czyn, powiedział: „Dom Boży jakiejkolwiek wiary jest świętym miejscem...”.