Oltre il terremoto, nelle città costiere come Siracusa si verificò anche uno tsunami (maremoto): il mare si ritirò e 3 onde, in sequenza, penetrarono nella terra per circa 150 metri; il run-up (altezza dell'onda) maggiore lo si ebbe ad Augusta: dagli 8 ai 15 metri di run-up. Ma, come accadde analogamente durante l'evento sismico del 1542, davvero troppo poche sono le informazioni pervenute per poter dire di più sulle onde anomale che colpirono quest'area (nel '42, ad esempio, gli abitanti di Siracusa parlavano di «"terrore di essere inghiottiti dalle acque"», ma non si segnalò mai, in nessuna fonte dell'epoca, un eventuale maremoto). Da uno studio moderno della costa siracusana (dalla penisola di Thapsos, a nord, alla spiaggia di Vendicari, a sud) sono emersi, in totale, i depositi di 12 tsunami (di cui 3 legati ad eventi sconosciuti); tra i più antichi e distruttivi sono risultati quelli del 1600 a.C. (esplosione vulcanica di Thera) e proprio quello del 1693.