Durch die Zusammenlegung der Banne Detfurth mit Alfeld hatte die Taufkirche St. Gallus ihre Sonderstellung als Archidiakonatskirche verloren. Die „Pfarrrechte“ über die Kapellengemeinde in Klein Düngen blieben aber bestehen. Durch die enge kirchliche Verbindung zwischen Klein Düngen und der Pfarrei Detfurth verlief deren Entwicklung parallel und somit konnte auch in Klein Düngen die Reformation nicht eingeführt werden. Der schmalkaldische- und der Dreißigjährige Krieg hatten auch Auswirkungen auf Klein Düngen. Die Siedlung wurde gebrandschatzt und ausgeplündert, die "Marienkapelle" beschädigt.