26 марта 1863 года Роберт Купер продолжил службу в армии, и стал подполковником в 4-го Кентуккийского кавалерийского полка (после отставки полковника Бейлса). 4 июня 1863 года Купер был ранен, когда лошадь упала на него во время боя во Франклине, штат Теннесси. Затем участвовал против Джона Моргана в его рейде. Он командовал полком в битве при Чикамоге в сентябре 1864 года, после чего вернулся на родину в отпуск по болезни.