В 1940 году Насутион поступил в военную академию города Бандунга, готовившую сержантский и офицерский состав для Королевской нидерландской ост-индской армии. В связи с оккупацией Нидерландов Третьим Рейхом и необходимостью защиты колонии от возможной японской агрессии, подготовка курсантов велась по ускоренной программе. В течение нескольких месяцев Насутиону были последовательно присвоены звания капрала, сержанта и унтер-офицера. Занятия в военной академии прервались в 1942 году, после начала вторжения в Нидерландскую Ост-Индию японских войск. Насутион участвовал в обороне от японцев Сурабаи, а после окончательной оккупации страны японцами некоторое время скрывался, опасаясь, что за службу в голландской армии его могут репрессировать. Позже он пошёл на сотрудничество с оккупационной администрацией, приняв участие в мобилизации и подготовке формировавшегося японцами местного ополчения ( — «"Защитники родины"»), сам при этом не вступая в эту организацию.