Gatsjina en het paleis zijn bij de Duitse aanval op de Sovjet-Unie licht beschadigd. De Russische legertop wilde versterkingen aanleggen rond Gatsjina, om de Duitse troepen de opmars naar Leningrad te verhinderen, maar omdat de opmars van de Duitsers veel sneller verliep dan verwacht viel Gatsjina op 10 september 1941 in Duitse handen. In januari 1944 werden de Duitse troepen weer verdreven uit Gatsjina, maar aangezien zij zich verschanst hadden in het paleis met de dikke muren is Gatsjina zwaar beschadigd. Ook in het park zijn veel oude bomen verloren gegaan, omdat de Wehrmacht de bomen liet kappen voor een vrij schootsveld.