После польского похода Красной армии и занятия ей Львова (23 сентября 1939 г.) Шептицкий официально рекомендовал священникам сотрудничать с новыми властями, хотя он был категорически отрицательно по этому поводу. После присоединения к СССР, 17 сентября 1939 года он тайно назначил: Николая Чарнецкого, Клеменса Шептицкого и Иосифа Слипого экзархами для проведения миссионерской деятельности в СССР. Уже под советской оккупацией, используя особые полномочия, предоставленные Папой Римским, в декабре 1939 года он тайно рукоположил епископа Иосифа Слипого и с согласия Пия XII назначил его в качестве соавтора. В сентябре 1940 года он тайно назначил Антони Неманцевича экзархом для Беларуси, а также своего брата Климентия Шептицкого для Великой России и Сибири. Последния действия не были поддержаны Ватиканом, который счёл их нецелесообразными. Римская курия неоднозначно отнеслась к иницииативам митрополита, желая сама заполнить всё конфессиональное пространство востока Европы. В сентябре 1940 года особые полномочия Шептицкого были аннулированы.