Elokuussa 2009 Ferrari-talli vahvisti Badoerin paluun F1-kilpakuljettajaksi tuuraamaan Unkarin GP:ssä loukkaantunutta Felipe Massaa. Alun perin Massan tuuraajaksi pestattu seitsenkertainen maailmanmestari Michael Schumacher joutui perääntymään moottoripyöräkilpailussa aiemmin saamansa niskavamman takia. Ensimmäisessä aika-ajossaan Valenciassa Badoer jäi koko joukon viimeiseksi ja kisassakin hän oli vain 17:s, kun tallitoveri Räikkönen otti kuudennen lähtöpaikan ja palkintopallisijan. Belgiassa hän lähti jälleen viimeisestä ruudusta liikkeelle ja sijoittui neljänneksitoista samalla, kun hänen tallikaverinsa Räikkönen voitti. Tämän jälkeen spekulaatiot Badoerin korvaamisesta kuljettajana kasvoivat entisestään, kunnes Ferrari ilmoitti seuraavalla viikolla Giancarlo Fisichellan korvaavan hänet kauden lopuissa kilpailuissa. Marraskuussa 2010 Ferrarin puheenjohtaja Luca di Montezemolo ilmoitti pitämässään puheessa Badoerin irtisanotuksi testikuljettajan tehtävästään.