Во время Гражданской войны на Британских островах клан Макнил поддержал роялистов. Вождь клана Нил Ог получил звание полковника в армии короля Чарльза (Карла) II Стюарта. Он участвовал в сражении при Вустере в 1651 году. Его внук Родерик Ду (Родерик Черный) получил королевскую грамоту на владение островом Барра как своей собственной вотчиной. Родерик привел свой клан в в 1689 году. Он поддержал первое восстание якобитов в 1715 году. После поражения восстания он и два его сына — Родерик и Джеймс — вынуждены были отправиться в изгнание во Францию. После смерти своего отца они вернулись в Шотландию, и Родерик был брошен в корабль-тюрьму «Royal Sovereign». Затем он был привезен в лондонскую тюрьму и был там до 1747 года.