Дана 14. октобра 1944. Ниш је ослобођен од окупатора. Те године болница је интегрисана у санитетску службу НОВ и ПО Југославије и постала "„Болница 13. корпуса“", за лечење рањенике из јужних делова Србије, а касније и рањеника са фронтова за коначно ослобођење Југославије (Војводина, Босна). Из овог рата болница је изашла кадровски јако ослабљена и без медицински обученог кадра, са само једним хирургом, др Слободаном Паламаревићем. Велики прилив рањеника захтевао је брзу реорганизацију болнице и хитну попуну стручним кадром јер већ на почетку њеног рада болница је имала 1.000 постеља. У том периоду Војну болницу је ојачала једна хируршка екипа Црвене армије, (6 људи са др П. И. Зањинином на челу), која је значајно помогла у раду и реорганизацији болнице.