Spike Lee har vunnit och nominerats till flertalet priser. Bland annat har han nominerats till två Oscars, 1990 i kategorin Bästa originalmanus för "Do the Right Thing" och 1998 tillsammans med Samuel D. Pollard för Bästa dokumentär med filmen "4 Little Girls". Vidare har han tävlat fyra gånger om Guldbjörnen och tre gånger om Guldpalmen. 2007 vann han två Emmy Awards för dokumentärserien "" som undersökte hur amerikanska regeringen hanterat Orkanen Katrina. Vid filmfestivalen i Cannes 2018 vann han Grand Prix för "BlacKkKlansman". På Oscarsgalan 2019 vann Lee för Bästa manus efter förlaga för "BlacKkKlansman".