Pericles no deseaba un enfrentamiento con el ejército espartano en una batalla a campo abierto, por lo que volvió a dirigir una expedición naval para saquear la costa del Peloponeso, esta vez llevándose 100 naves atenienses con él. Según Plutarco, justo antes de partir las naves hubo un eclipse lunar que asustó a las tripulaciones, pero Pericles utilizó los conocimientos astronómicos que había adquirido de Anaxágoras para calmarles. En el verano de ese mismo año se desencadenó una epidemia que diezmó a los atenienses. Los detalles exactos de la enfermedad se desconocen y han sido objeto de extensos debates. En cualquier caso, la epidemia provocó un nuevo descontento general en la ciudad, y Pericles se vio obligado a defenderse en un discurso final muy emocional (Véase "Discurso fúnebre de Pericles"), del cual Tucídides nos relata una parte. A este discurso se le considera una oración monumental, que demuestra las virtudes de Pericles y, al mismo tiempo, su amargura frente a la ingratitud de sus compatriotas.Temporalmente logró con ello calmar el resentimiento popular y capear el temporal, pero sus enemigos internos salieron con una última apuesta para derrocarle: lograron quitarle el generalato e imponerle una multa estimada de entre 15 y 50 talentos. Las fuentes antiguas mencionan a Cleón, un político naciente de la escena política ateniense durante la guerra, como fiscal en el juicio de Pericles.