Les récits antiques des spectacles donnés par Titus constituent les derniers témoignages de la naumachie en usage. Il est possible que la succession rapprochée dans le temps de deux grands incendies, celui de 64 puis celui de 80, ait contraint ou favorisé le déplacement de nombreux Romains sur la rive droite du Tibre, où les incendies sont beaucoup plus rares. Un tel afflux a nécessité la construction de nouvelles zones résidentielles et le réaménagement de la naumachie a pu libérer progressivement près de de terrain constructible. Si en 64, Néron a fait évacuer les gravats vers Ostie, pour l'incendie de 80, Titus puis Domitien ont pu récupérer ces matériaux pour combler la naumachie. Une fois qu'une partie du bassin est comblée et nivelée, les terrains ont pu être mis en vente ou cédés pour de nouvelles constructions. Le travail a probablement été achevé sous Trajan qui fait construire une nouvelle naumachie dans la plaine vaticane. Il a pu céder une grande partie de ce qui reste du « Bois des Césars » à cette occasion pour compenser la réquisition d'une grande surface dans la plaine vaticane.