Anfang der 1990er-Jahre wurden im Rahmen eines Plans zur Truppen- und Basenreduzierung alle Flugaktivitäten von MacDill auf die Luke AFB verschoben. Nur wenige Jahre später wurde der Flugbetrieb wieder aufgenommen, nachdem MacDill AFB Standort des 6th Air Base Wing wurde. Im Rahmen der Operation Uphold Democracy in Haiti wurde man sich einmal mehr der strategisch wichtigen Lage der Basis bewusst und so erhielt die Basis neue Aufträge, namentlich zum Betrieb von KC-135-Tankflugzeugen und später auch von EC-135- und CT-43-Maschinen.