После возвращения короля Яна из Люксембурга в 1321 году между ним и Элишкой наладилось некоторое согласие, продолжавшееся впрочем недолго, поскольку паны, самовластно управлявшие страной, видели в королеве соперницу в борьбе за власть и всячески пытались настроить короля против жены. В конце концов, незадолго до битвы при Мюльдорфе (1322 год) Элишка бежала из Чехии и поселилась в Нижней Баварии у своего зятя герцога Генриха XIV. Королева вернулась в Чехию только в 1325 году, когда её муж окончательно убедился в необоснованности возводимых на неё обвинений.