Parnellin suku oli Pohjois-Irlannin protestantteja ja tullut Englannista 1600-luvun jälkipuoliskolla. Suku oli useimmista Irlannin protestanttisista maanomistajasuvuista poiketen varsin brittiläisvastainen. Parnellin isoisoisä Sir John Parnell oli toiminut Irlannin valtiovarainministerinä 1700-luvun lopussa ja vastustanut voimakkaasti Irlannin ja Ison-Britannian unionin muodostamista. Hänen isosetänsä, whig-poliitikko paroni Henry Parnell oli toiminut 1830-luvulla eri ministerintehtävissä Ison-Britannian hallituksessa. Hänen äitinsä isä oli yhdysvaltalainen kommodori Charles Stewart, joka oli taistellut brittejä vastaan vuoden 1812 sodassa. Parnell kävi koulunsa Englannissa ja opiskeli Cambridgen yliopistossa, josta hänet kuitenkin erotettiin vuonna 1869 vähäisen kuririkkomuksen vuoksi.