Mustafa II. sa narodil v roku 1664. Na trón nastúpil po svojom strýkovi Ahmedovi II. v roku 1695. Jeho vláda je spojená najmä s vojnou proti Svätej lige reprezentovanej habsburgovským Rakúskom, Ruskom a Benátkami. Sám sultán sa tiež zúčastnil osmanských ťažení v Uhorsku. V roku 16951696 sa Osmani pokúsili získať stratené územia v uhorskom Sedmohradsku. Podarilo sa im dobyť pár pevností v okolí Temešváru, avšak i napriek opakovaným pokusom nedokázali k ríši natrvalo pripojiť žiadne územie. Nepriaznivá bola pre Osmanov aj situácia na ruskom fronte, kde v roku 1696 padla osmanská pevnosť Azov. Naopak úspešné boli námorné boje proti Benátčanom. Po tom, čo Turci 11. septembra 1697 utrpeli zásadnú porážku v bitke pri Zente, sa začali zložité vyjednávania, ktoré viedli ku Karlovskému mieru (1699), a k strate takmer celého Uhorska v prospech Habsburgovcov. Poľsko-litovskému štátu sa vrátil Kamenec a Ruská ríša svoju hranicu posunula na Dnester. Benátky si zase ponechali svoje výdobytky v Morei. Prehra na severe sa odzrkadlila na vnútornom stave krajine. Sultán sa chcel orientovať na reformu krajiny, avšak už v roku 1701 museli osmanské vojská riešiť situáciu vo vzbúrenej Basre, ktorá sa pridala na stranu Safíjovskej Perzie, a v roku 1703 nasledovala vzbura janičiarov prezývaná aj Edirnský incident. Vojenská elita v Konštantínopole nebola spokojná s predstaviteľmi novej osmanskej vlády reprezentovanej Fejzullahom Efendim, sociálnym vrstvám v Konštantínopole zase vadilo, že sultán a jeho administratíva sídli v Edirne namiesto hlavného mesta. Fejzullah bol popravený a po tom, čo sa Mustafa odmietol vrátiť do Konštantínopola sa vzbura obrátila aj proti nemu. Po tom, čo janičiari vytiahli na Edirne, Mustafa pod nátlakom abdikoval a stiahol sa do ústrania, kde krátko na to koncom roka zomrel. Za nového panovníka janičiari zvolili Ahmeda III.