Aubameyang Gabon millî takımıyla ilk resmi maçına 2009 yılında henüz 19 yaşındayken çıktı ve attığı gollerle takımın en golcü futbolcusu olma unvanını ele geçirdi. Kariyerinde dört kez Afrika Uluslar Kupası turnuvasına katılırken, ülkesini bir kez Yaz Olimpiyatları'nda temsil etme fırsatını yaşadı. 2015 Afrika Uluslar Kupası'nda göstermiş olduğu performansla, Afrika'da Yılın Futbolcusu ödülünü kazandı. Ödülü kazanan ilk Gabonlu oyuncu olurken Avrupa doğumlu olup da ödülü kazanan Frederic Kanoute'den sonra ikinci futbolcuydu.