В березні 1939 року І. О. Богданов призначений начальником прикордонних військ НКВС Білоруської РСР, а в червні 1940 року йому було присвоєно звання генерал-лейтенанта. На цій посаді брав активну участь в підготовці та проведенні операції з вторгнення РСЧА в Західну Білорусь. Під час радянсько-фінської війни також перебував на фронті, брав участь у бойових діях. Після закінчення бойових дій Зимової війни повернувся на попередню посаду до Білорусі, виконував завдання щодо створення системи прикордонної охорони на новій лінії державного кордону після анексії СРСР західнобілоруських земель.