Als Napoleon Bonaparte 1798 seine Invasion nach Ägypten plante, nahm auch Jeanin unter Befehl General Jean-Baptiste Klébers daran teil. Er kämpfte bei Chebriss (13. Juli 1798) und bei den Paramiden (21. Juli 1798). Er nahm an der Belagerung von Akkon März/Juni 1799 teil und kämpfte u. a. vor Abukir (25. Juli 1799). Im darauffolgenden Jahr nahm Jeanin u. a. an der Schlacht bei Heliopolis (20. März 1800) und im August/September 1801 an der Belagerung von Alexandria teil. Anschließend kehrte Jeanin zusammen mit seinem Kommando wieder nach Frankreich zurück.