Después de que los españoles arribaran en el siglo XVI, los huicholes se retiraron a las escabrosas montañas del norte de Jalisco y Nayarit. Mientras que estaban convertidos nominalmente al cristianismo por los franciscanos durante el periodo colonial, la mayoría de la cultura huichol nativa logró mantenerse intacta debido al aislamiento y a que en el área había escasez de minerales y demás recursos de interés para los españoles. Historiadores y antropólogos mexicanos Fernando Benítez afirman que probablemente los huicholes han mantenido su sistema de antiguas creencias mejor que cualquier otro grupo indígena en México. Gran parte de esta tendencia aislante permanece intacta aunque circunstancias económicas han forzado a un número de huicholes a migrar hacia áreas como Guadalajara y la Costa para trabajar o vender sus mercancías.