O papel desempenhado pelo LDK na cidade significou que quando o Exército de Libertação do Kosovo começou a atacar as forças sérvias e iugoslavas a partir de 1996, Pristina manteve-se amplamente calma até a eclosão da Guerra do Kosovo em março de 1999. A cidade foi colocada sob estado de emergência no final de março e grandes áreas foram fechadas. Após a OTAN iniciar os ataques aéreos contra a Iugoslávia em 24 de março de 1999, eclodiu a violência generalizada em Pristina. As forças sérvias e iugoslavas bombardearam vários distritos e, em conjunto com paramilitares, conduziram expulsões em larga escala dos albaneses étnicos, acompanhadas por saques e destruição de propriedades albanesas. Muitas das pessoas expulsas foram direcionadas para trens, aparentemente trazidos para a estação principal de Pristina com o propósito de deportá-las para a fronteira com a Macedônia do Norte, onde foram forçadas ao exílio. O Departamento de Estado dos Estados Unidos estimou em maio de 1999 que entre 100.000 e 120.000 pessoas haviam sido expulsas de Pristina pelas forças do governo e paramilitares.