Vom 13. Januar 2003 bis zum 4. Juli 2010 moderierte Seibert die Hauptsendung der "heute"-Nachrichten um 19:00 Uhr im ZDF als Nachfolger von Klaus-Peter Siegloch. Für die Sondersendung "Wir wollen helfen!", in der das ZDF und die Bild-Zeitung 40,6 Millionen Euro an Spenden für die Opfer der Tsunamikatastrophe in Südostasien sammelte, gewann er 2005 gemeinsam mit Co-Moderator Johannes B. Kerner den Publikums-Bambi. Im gleichen Jahr moderierte er zusammen mit Nina Ruge den Bayerischen Fernsehpreis. Vom 28. Mai 2007 bis zum 3. Juli 2010 war Seibert ebenfalls als Nachfolger von Klaus-Peter Siegloch Anchorman des "heute-journals". Seine Co-Moderatorin war Dunja Hayali, mit der er ab dem 10. November 2009 auch die ZDF-Reihe "Die Sternstunden der Deutschen" präsentierte. 2009 moderierte er zusammen mit Markus Kavka ein weiteres Mal den Bayerischen Fernsehpreis.