XVI—XVII века, наполненные религиозными и австро-турецкими войнами, мало изменили собор. В эту эпоху в Австрии установилась идеология Pietas Austriaca, католическая по духу и барочная по форме, и интерьеры собора также были переработаны в стиле барокко. Реконструкция началась в 1647 году — с нового, барочного, алтаря работы Йоганна Якоба и Тобиаса Покка (1647). В 1693 и 1697 годах были написаны два образа Девы Марии, в 1700 году установлены два боковых алтаря. Наконец, через 40 лет после изгнания турок из-под Вены, в 1722 году, статус собора и епархии был повышен — до архиепископского.