Der letzte stark prägende Abschnitt waren im Quartär die vier Kaltzeiten (Günz, Mindel, Riß und Würm). Die Alpengletscher schürften die Landschaft immer weiter ab, unter anderem wurde die Tuffdecke über dem Hohentwiel-Schlotpfropfen abgetragen. In der letzten Kaltzeit, der Würm-Kaltzeit vor 20.000 Jahren, drang der Rheingletscher wieder nach Norden vor. Der Bodensee-Vorlandgletscher, Teil des Rheingletschers, trug dabei die Molasse- und Tuffschichten um den Hohentwiel-Pfropfen soweit ab, dass der Pfropfen an die Oberfläche gelangte. Heute ist an der Nord- und Ostseite der Tuff verschwunden und der Pfropfen ragt 100 Meter frei empor. Tuff ist nur im Westen vorhanden, da hier der Pfropfen die Wirkung der Eismassen in ihrer Vorstoßrichtung neutralisierte. Da die Eismächtigkeit in der Würmeiszeit nicht mehr so groß war, ragte die Spitze des Hohentwiel beim letzten Vordringen des Gletschers wohl aus dem Eis hervor.