Nach einer misslungenen Qualifikation für die WM 1994 in den USA führte McAllister als Kapitän die „Bravehearts“ zur Euro 1996 ins benachbarte England. Dort sorgte besonders das Aufeinandertreffer mit dem Gastgeber und Erzrivalen für Brisanz. Beim Stand von 0:1 wurde Schottland ein Elfmeter zugesprochen. Dabei scheiterte McAllister an Englands Torhüter David Seaman und letztlich ging die Partie für Schottland mit 0:2 verloren. Zwar konnte die Schweiz besiegt werden, aber aufgrund der schlechteren Tordifferenz musste Schottland erneut vorzeitig die Heimreise antreten. Zwei weitere Jahre später gelang McAllister mit Schottland – zwischenzeitlich hatte er gegen Schweden sein 50. Länderspiel bestritten – die Qualifikation für die WM-Endrunde 1998 in Frankreich, die er jedoch verletzungsbedingt verpasste.