В 1873—1875 годах Наливкин участвовал в военных походах в Туркестан — в Хивинском и Кокандском походах. В знак протеста против жестких действий по отношению к мирному населению во время боевых действий генерала М. Д. Скобелева Наливкин подал в отставку. Был назначен помощником начальника Наманганского уезда Ферганской области.