Quando irrompeu a guerra civil entre Júlio César e Pompeu, em 49 a.C., Pédio se juntou à facção de César. No ano seguinte, Pédio conseguiu uma função de pretor através de uma nomeação pessoal de César, permanecendo na Itália. Neste mesmo ano, Pédio derrotou Tito Ânio Papiano Milão perto de Turios, na Lucânia. Em 45 a.C., serviu como legado contra os pompeianos da Hispânia e participou da Batalha de Munda. César recompensou seu parente com um triunfo e lhe outorgou o título de procônsul.