После начала Египетского похода Наполеона в 1798 году распался франко-турецкий альянс и почти все преподаватели-французы покинули Стамбул. Заключив мир с Францией, султан начал реформу административного аппарата. Также он покровительствовал образованию, печатному делу и культуре (особенно музыкантам и композиторам, среди которых выделялся Деде Эфенди). В октябре 1805 года в столице скончалась валиде-султан Михришах Султан (похоронена в тюрбе при комплексе, построенном на её средства). С помощью французского генерала Себастьяни турки укрепили оборонительную систему столицы и приступили к созданию армии нового образца. В 1807 году по велению султана в Ускюдаре, рядом с мечетью Селима (Селимийе джами), возведённой в 1803 году, были построены большие казармы, названные Селимийе. Вскоре после этого янычары, недовольные реформами и ростом налогов, подняли восстание, сместили Селима III и возвели на престол Мустафу IV, сына Абдул-Хамида I.