Abui Bakr va residir a Medina i va continuar enviant expedicions al nord, però els dos anys del seu califat els va ocupar principalment a reprimir les revoltes quan diverses tribus van fer apostasia. Aquestes lluites foren anomenades "guerres de la Ridda". Els califes Úmar (634-644) i Uthman (644-656) van residir també a Medina, que va restar la capital de l'imperi. L'assassinat d'Uthman a la ciutat, sense guàrdia per a defensar-lo, va alertar sobre el fet que no era la capital adequada. El nou califa Ali ibn Abi Tàlib fou designat a Medina, però no fou ben acceptat a les províncies: Síria donava suport al seu governador Muawiya i la Meca i Bàssora el van donar a Talha i al-Zubayr.