Arriva al Palermo nella stagione 2006-2007 per 3,5 milioni di euro; coi rosanero firma un contratto da 400.000 euro a stagione. Sigla una rete in tutta la stagione, nella gara di Coppa Italia persa in casa per 3-2 contro la . Conclude la sua stagione in malo modo nella penultima gara di campionato fratturandosi la clavicola della spalla sinistra a causa di un fallo commesso dall'attaccante del Siena Mario Frick. Guana riuscirà ad essere pronto per il ritiro pre-campionato della stagione 2007-2008, annata nella quale avrà qualche problema in più visto l'ingaggio di Giulio Migliaccio da parte della società, giocatore che gli contenderà più volte il posto da titolare. Ma i veri problemi sorgono nella stagione 2008-2009, poiché la società acquista centrocampisti potenzialmente più titolari di lui quali Fabio Liverani o Antonio Nocerino: gioca difatti molto poco, quasi sempre partendo dalla panchina, e la sua stagione è anche segnata da infortuni, soprattutto quello che lo tiene lontano dai campi di gioco da marzo a maggio. Tornato disponibile gioca da titolare le ultime partite della stagione.