Bereits als 16-Jähriger verlor Baudin bei einem Kampf gegen die britische Marine 1808 im Indischen Ozean einen Arm. 1812 erhielt er als Schiffsleutnant und Befehlshaber der Brigg "Rénard" vor Genua den Befehl, 14 mit Munition beladene Fahrzeuge bis nach Toulon zu begleiten. Von britischen Kreuzern verfolgt, konnte er sein Geschwader bis nach St. Tropez retten. Hierauf wurde er zum Kapitän befördert. Er stand unter anderem bereit, seinen geschlagenen Kaiser Napoléon Bonaparte nach der Schlacht bei Waterloo durch die britischen Kreuzer zu führen, doch konnte sich Napoléon nicht dazu entschließen.