Während des Deutschen Krieges war Flemming 1866 Führer der Divisionskavallerie der 3. Division bei der 1. Armee. Er nahm an den Schlachten bei Münchengrätz, Gitschin sowie Königgrätz teil und erhielt für sein Wirken den Kronen-Orden III. Klasse mit Schwertern. Unter Stellung à la suite seines Regiments wurde er am 30. Oktober 1866 zum Kommandeur der 8. Kavallerie-Brigade in Erfurt ernannt und am 22. März 1868 zum Generalmajor befördert. In Genehmigung seines Abschiedsgesuches stellte man Flemming am 21. November 1869 mit Pension zur Disposition. Anlässlich seiner Verabschiedung erhielt er den Roten Adlerorden II. Klasse mit Eichenlaub. Er starb am 7. Januar 1886 in Wiesbaden.