Im September 1856 kehrte Brigadier General William S. Harney als Kommandeur der Bundestruppen nach Florida zurück. Da er sich an die Lektionen im zweiten Seminolenkrieg erinnerte, ließ er wieder die Forts in einer Linie durch Florida bemannen und Patrouillen tief ins Seminolengebiet vorstoßen. Er plante, die Seminolen in den Big Cypress Sumpf und die Everglades abzudrängen, da er der Ansicht war, die Seminolen könnten dort während der niederschlagsreichen Jahreszeit nicht überleben. Er wollte die Indianer dann stellen, wenn sie ihr überflutetes Rückzugsgebiet verlassen würden, um im trockenen Land Felder zu bestellen. Ein Teil von Harneys Plan war es auch, Boote zu benutzen, um auch Inseln und trockene Landflächen in den Sümpfen zu erreichen. Zuerst unternahm er jedoch einen Versuch, mit den Seminolen zu verhandeln, konnte aber nicht einmal einen Kontakt zu ihnen herstellen. Anfang Januar 1857 befahl er seinen Truppen, die Indianer aktiv zu verfolgen. Harneys Plan führte kaum zu Erfolgen und im April wurden er und die Fifth Infantry abgezogen und zu den Aufständen nach Kansas entsandt.