Сезон 2011/12 Марат начал в перерыве дебютного поединка против «Ольяненсе», забил гол и принес своей команде победу со счетом 1:1. Затем смог поразить ворота «Маритиму» и «Пасуш де Феррейры» в двух турах кряду. Весной Измайлов забил в ворота «Металлиста» (1:1) и помог своей команде выйти в полуфинал Лиги Европы. Летом 2012 года форвард довольно неожиданно был вызван в сборную России и отправился на свой второй чемпионат Европы. Практически сразу после окончания турнира Измайлов намекнул, что хочет сменить клубную прописку: