Pada 2 September 1789, suatu soal siasat besar-besaran bakal dilaksanakan dalam kalangan orang yang ada hubungan kebangsawanan dan keagamaan dipersetujui dalam kalangan anggota Sidang Kebangsaan. Beliau yang merasa terancam nyawanya cuba melarikan diri sebaik sahaja mendapat khabar ini. Meskipun beliau menyamar berpakaian seperti seorang duta, namun orang ramai mengesannya dan menahannya untuk dibawa menghadap Maximilien de Robespierre di dewan bandar Paris. Namun, Robespierre melepaskan Germaine; Germaine dibawa pulang dengan pengawasan Louis Pierre Manuel ke rumahnya. Pada keesokan hrinya; Jean-Lambert Tallien yang mengetuai Komun Paris keesokan harinya berjumpa Germaine membawakan pasport baru yang membolehkan Germaine melepasi sempadan polis.