A Juventusban és az 1994-es vb-n nyújtott jó teljesítménye miatt az 1994-95-ös idény előtt a Parma megpróbálta leigazolni Baggiót. Baggio eleinte visszautasította a Parma ajánlatait, és a Juventus is hajlott arra, hogy megtartsa őt. Sokáig úgy nézett ki, hogy a fiatal Alessandro Del Piero kerül Parmába, azonban végül Baggio meggondolta magát, és a két csapat nyélbe üthette az üzletet. A Parmánál rögtön első idényében UEFA-kupa-győztesnek mondhatta magát. Ebben a döntőben is betalált, ahol az ellenfél ezúttal Baggio korábbi csapata, a Juventus volt. Az odavágón, hazai pályán ő szerezte a győztes gólt, míg a visszavágón a Parma neki köszönhetően egyenlített Gianluca Vialli vezető találata után. Ezzel az újabb két góllal Baggio már öt gólnál járt az UEFA-kupa-finálékban. Az európai sikerek ellenére a bajnokságban nem sikerült maradandót alkotni sem Alberto Malesani, sem Carlo Ancelotti irányítása alatt. A legjobb eredmény ebben az időszakban egy második hely volt, melyet Ancelotti edzősködése idején ért el a Parma.