De aanvankelijk geplande ontvoering mondde uit in de Moord op Abraham Lincoln. Toen hij hoorde van de moordaanslag vluchtte hij naar Montreal in Canada. In Washington werd hij gezocht door de autoriteiten voor zijn betrokkenheid bij de moord. De "Albany Evening Journal" noemde John Surratt als de sluipmoordenaar van William Seward, terwijl de poging tot moord op de minister was gepleegd door Lewis Powell. Hij verbleef onder de hoede van een priester in Quebec in de tijd dat zijn moeder werd gearresteerd, berecht en opgehangen. Met de hulp van andere geconfedereerden kon hij met een vals paspoort een passage boeken naar Liverpool waar hij in september 1865 aankwam.