Volgens politiedocumenten uit 1935 had de CNT toentertijd ongeveer 1,58 miljoen leden. Uiteindelijk werd de bond in 1936 opnieuw verboden. Desalniettemin vecht CNT ondergronds aan republikeinse zijde tegen de nationalisten onder aanvoering van Francisco Franco. In Barcelona nemen de anarchisten zelfs de stad over, en ook in grote gedeelten van Aragón hebben ze de touwtjes in handen. Hele gebieden worden georganiseerd naar anarchistisch model, waarin de grond bezit wordt van het collectief. Tegen het einde van de burgeroorlog raken de republikeinen onderling in conflict, waarvan de "Meidagen van 1937" een van de meest bloederige episodes is. George Orwell doet in zijn boek "Saluut aan Catalonië" uitgebreid verslag van deze periode.