Po zajęciu Kijowa przez Armię Czerwoną w styczniu 1919 ukrywał się przed Czeka pod nazwiskiem Josypa Stefanowycza, współpracował z Ukraińską Akademią Nauk, latem 1919 ukrywali się wspólnie z Serhijem Jefremowem pod Kijowem. Po zajęciu miasta 30 sierpnia 1919 przez Siły Zbrojne Południa Rosji gen. Antona Denikina redagował pismo "Рада", publikował krytyczne teksty o polityce Denikina wobec Ukraińców i zachowaniu Armii Ochotniczej. Po ponownym zajęciu Kijowa przez bolszewików żył pod własnym nazwiskiem, zaangażował się natomiast w działalność niejawnego Komitetu Obywatelskiego o płaszczyźnie demokratycznej, republikańskiej i antybolszewickiej, skupionego wokół Serhija Jefremowa i złożonego głównie z działaczy Ukraińskiej Partii Socjalistów-Federalistów. Po zajęciu 4 maja 1920 Kijowa przez Wojsko Polskie i Armię URL w konsekwencji wspólnej ofensywy na Ukrainie, 26 maja 1920 został powołany przez Symona Petlurę nowy rząd URL, którego premierem został członek kijowskiego komitetu Wiaczesław Prokopowycz, a do składu rządu weszli inni członkowie tego komitetu: Ołeksandr Salikowski i Andrij Nikowski. Nikowski objął tekę ministra spraw zagranicznych. Sprawował ją również do stycznia 1922 w działającym w Tarnowie Rządzie Ukraińskiej Republiki Ludowej na Emigracji. Od listopada 1921 do stycznia 1922 był wicepremierem. Przewodniczył komisji do spraw opracowania konstytucji URL (1920-23), jako pierwszy minister spraw zagranicznych od przewrotu antyhetmańskiego (1918) uporządkował działalność ukraińskich placówek dyplomatycznych zagranicą. Na znak protestu przeciw zawieszeniu broni w wojnie polsko-bolszewickiej zawartego z pominięciem reprezentacji URL chciał demonstracyjnie podać się do dymisji, jednak nie została przyjęta przez Symona Petlurę. Był współzałożycielem Ukraińskiego Komitetu Centralnego, organizacji stanowiącej formalną przykrywkę dla działalności rządu URL na emigracji i jego agend po zawarciu polsko-sowieckiego traktatu pokojowego 18 marca 1921.