Formelt hadde jødiske borgere av Tyskland anledning til å utvandre også etter krigsutbruddet. Deportasjon til utryddelsesleirer i det okkuperte Polen begynte høsten 1941. På dette tidspunktet foregikk det massedrap på jøder i de erobrede områdene av Sovjetunionen inkludert Litauen og de andre baltiske landene. Massedrapet begynte straks tyske styrker invaderte Sovjetunionen 22. juni 1941. Først ble bare menn myrdet, fra august ble kvinner og barn inkludert, og fra og med oktober ble til dels hele samfunn utslettet. I Generalguvernementet begynte storstilt massedrap på jøder våren 1942. Drapsanlegget i Belzec ble bygget sent på høsten 1941. I Galicia, som var okkupert av Sovjetunionen da tyske styrker invaderte, begynte masseskytingene i oktober 1941.