1855 begann Schneller selbständig zu missionieren. Seinem Wirken war wenig Erfolg beschieden, so dass er sich seit 1860 caritativen Aufgaben zuwandte. In diesem Jahr war es infolge des drusisch-maronitischen Bürgerkriegs in Syrien im Bereich des heutigen Libanon sowie in Damaskus zu Christenverfolgungen gekommen, bei denen rund 30.000 Christen ihr Leben lassen mussten. Schneller reiste nach Beirut und Sidon, nahm nach seiner Rückkehr am 11. November 1860 einige Waisenkinder bei sich auf und begann mit dem Aufbau eines Waisenhauses. 1861 wurde ein Unterstützungskomitee, dem Vertreter der evangelischen Gemeinde Jerusalems, eingeschlossen Bischof Samuel Gobat angehörten, gegründet. Nach einer Grundschule für die 6 bis 14-Jährigen folgte eine vierjährige Berufsausbildung. 1871 waren bereits 55 Kinder im Waisenhaus untergebracht und 1884 mehr als 90. 1882 wurde zusätzlich eine Abteilung zur Ausbildung von Blinden eröffnet.