Em 1974, após a Revolução do 25 de abril em Portugal e, consequentemente, o fim da guerra colonial, o jovem Dhlakama ingressou na FRELIMO (Frente de Libertação de Moçambique). No entanto, pouco tempo depois abandonou esse movimento para se tornar, em 1976, um dos fundadores da RNM (Resistência Nacional de Moçambique), um movimento armado criado com o apoio do regime minoritário da então Rodésia do Sul. Após a morte do primeiro presidente, André Matsangaíssa em combate, e depois de uma luta pela sucessão, Dhlakama tornou-se presidente deste movimento de oposição ao regime, que se começou a designar RENAMO. A guerra civil em Moçambique, que envolvia a FRELIMO (no Governo), e a RENAMO (na oposição), durou 16 anos, durante os quais Dhlakama se manteve a liderar a guerrilha. Em 1984 a República Popular de Moçambique, sob o governo da FRELIMO, e a República da África do Sul, sob o regime minoritário da Apartheid, assinaram o Acordo de Nkomati que previa que cada país acabasse com o apoio aos movimentos armados de oposição do outro e assim eventualmente terminar com a guerra, mas o acordo fracassou.