Връща се в Македония след Илинденско-Преображенското въстание през 1904 година и става секретар на българската община в Кичево. Подпомага Даме Груев във възстановяването на организацията. В 1906 година при разкритията от Лигушевата афера поп Тома отново е арестуван и осъден на доживотен затвор. Лежи 9 месеца в Битолския затвор, но в 1908 година след Хуриета е амнистиран.