Беназирин први језик је био енглески; као дете је ређе говорила урду и слабо је говорила локални синди језик. Беназир је у почетку похађала школу Лејди Џенингс у Карачију. Затим је послата у Самостан Исуса и Марије у Карачију, а одатле у Самостан Исуса и Марије, интернат у Мурију. Мури је близу границе са Индијом, а током Индо-Пакистанског рата 1965. Буто и остали ученици су проживели ваздушне нападе. Полагажући своје испите у децембру 1968. године, Буто је стекла О-ниво са високим оценама.