I Tokyo var von Stillfried-Rathenitz fram till 1870 i tjänst både vid den nordtyska legationen och samtidigt som politisk korrespondent för Österrikes regering. År 1871 grundade han fotostudion Stillfried &amp; Comp. i Yokohama, och två år senare visade han upp sina fotografier i Wien vid Världsutställningen 1873 (han deltog senare även i andra utställningar). Assistenten Hermann Andersen gjorde han år 1875 till sin kompanjon, och efter en brand 1877 köpte de den brittisk-italienske fotografen Felice Beatos butik och negativarkiv. Under slutet av 1870-talet var han i styrelsen för det japanska statstryckeriet i Tokyo, och sedan (mellan 1880 och 1883) reste han i Hongkong och Siam, för att därefter återvända till Wien. Han genomförde 1889 en stor fotoresa till Dalmatien, Bosnien-Herzegovina och Grekland, men efter det målade han mest akvareller.