Като треньор Кийгън води Нюкасъл от 1992 г. до 1997 г. Там той поставя световен рекорд като привлича Алън Шиърър за 15 милиона лири. Кийгън е начело на Фулъм през 1998 и 1999 г. След това той поема английския национален отбор, който под негово ръководство достига до финалите на Европейския шампионат през 2000 г. Същата година той преминава в Манчестър Сити и напуска отбора през 2005 г.