W 1991 został aresztowany. W 1994 stanął przed sądem oskarżony w procesie Ramiza Alii (tzw. procesie kawowym) o nadużycie władzy i naruszanie praw obywatelskich i został skazany na 8 lat więzienia. W 1996 ponownie stanął przed sądem oskarżony o zbrodnie ludobójstwa popełnione w okresie, kiedy pełnił funkcję ministra. Opuścił więzienie w czasie rewolucji piramidowej 1997 i skorzystał z dobrodziejstwa amnestii.