Als sich die Konfrontasi zwischen Indonesien und Malaysia 1963 verschärfte, schickte das Bomber Command Staffeln aus Victors und Vulcans in den Fernen Osten. Über die nächsten drei Jahre waren ständig vier V-Bomber dort stationiert. Die stationierten Staffeln wechselten sich reihum durch die entsprechenden Geschwader ab. Im April 1965 führte das No. 35 Squadron RAF eine Eilverlegung nach Butterworth und Tengah durch. Air Chief Marshal John Grandy berichtete, dass die V-Bomber eine wirksame Abschreckung bilden würden, Konflikte nicht in großangelegtem Stil zu führen. Politische, ethnische und persönliche Spannungen sorgten 1965 dafür, dass Singapur sich von Malaysia löste und seine Unabhängigkeit proklamierte. Mit dem Ende der Konfrontasi zog die Royal Air Force 1966 ihre letzten V-Bomber aus der Region ab. Im folgenden Jahr verkündete die britische Regierung ihre Absicht, alle noch verbliebenen Truppen aus dem Fernen Osten zurückzuziehen. Am 8. Dezember 1968 wurde die Singapore Naval Base offiziell an die Regierung von Singapur übergeben.