Orhun Ene, 202 kez millî formayı giydi. 1987 yılında Suriye'nin Lazkiye kentinde düzenlenen Akdeniz Oyunları'nda altın madalya kazanan takımda yer aldı . 1993, 1995, 1997, 2001 yıllarında Avrupa Basketbol Şampiyonası'nda Türk millî takımının oyun kurucusu olarak görev yaptı.