Kurz bevor die Rote Armee die Stadt am 3. Juli 1944 zurückeroberte, zog Heuser mit dem letzten SS-Nachkommando des BdS am 1. Juli aus Minsk ab. Der Marschweg des Rückzugs erfolgte über Augustowo und Ortelsburg nach Nakeln in Westpreußen, wo die Führerschule der Sicherheitspolizei nach Bombenangriffen auf Berlin ausquartiert worden war. Hier unterrichtete er etwa vier Wochen die Teilnehmer des Lehrgangs, um dann ab August 1944 nach Beförderung zum SS-Hauptsturmführer als Chef vom Einsatzkommando 14 (EK-14) eingesetzt zu werden. Die Hauptaufgabe des EK-14 als Einheit der Einsatzgruppe H bestand darin, den Aufstand in der Slowakei mit anderen Verbänden niederzuschlagen. Noch im März 1945 führte Heuser in Krems an der Donau eine Kampfgruppe.