Wegen des Vorwurfs, Informationen bei den Ermittlungen zu dem Luftangriff bei Kundus vom 4. September 2009 zurückgehalten zu haben, wurde neben dem Staatssekretär Peter Wichert am 26. November auch Schneiderhan vom neuen Verteidigungsminister Karl-Theodor zu Guttenberg von seinen Aufgaben entbunden. Schneiderhan formuliert in seinem Demissionsgesuch: „Sehr geehrter Herr Minister, Sie haben Ihre Erklärung vom 6.11.09 zum Luft-Boden-Einsatz in Kunduz auf der Grundlage des Abschlussberichtes Com-Isaf abgegeben. Andere Zwischenberichte, Berichte und Meldungen wurden Ihnen nicht vorgelegt. Dafür übernehme ich die Verantwortung. Deshalb bitte ich Sie, mich von meinen Dienstpflichten zu entbinden und in den Ruhestand zu versetzen.“ Über den genauen Ablauf der Entlassung, genauer über das Ausmaß der nicht vorgelegten Informationen, gibt es jedoch widersprüchliche Darstellungen. Schneiderhan beteuert, zu Guttenberg spätestens am 25. November auf seine Nachfrage hin alle Berichte zum Vorfall vollständig zur Verfügung gestellt zu haben und mitnichten Berichte unterschlagen zu haben. Schneiderhan wurde am 3. Dezember mit einem Großen Zapfenstreich in den Ruhestand versetzt. Am 18. März 2010 sagte Schneiderhan schließlich vor dem Kunduz-Untersuchungsausschuss des Bundestages aus.