1999 Kocian siirtyi 1. FC Kölniin apulaisvalmentajaksi. Kolmen Köln-kauden jälkeen hän jatkoi apulaisena Eintracht Frankfurtissa. 2005 hän toimi lyhyen aikaa Rot-Weiss Essenin päävalmentajana siirtyen sitten Sportfreunde Siegenin peräsimeen. Marraskuussa 2006 hän palasi kotimaahansa ja korvasi Dušan Galisin Slovakian jalkapallomaajoukkueen päävalmentajana. Kocianin johdolla Slovakia jäi neljänneksi EM2008-karsinnoissa.