С открытием в 1853 году военных действий против Турции Лехнер первоначально оставался в прежней должности командира Дунайского инженерного округа, а после высадки англо-французских войск в Крыму был назначен военным губернатором Измаила, 27 марта 1855 года произведён в инженер-генералы; в начале 1856 года являлся также заведующим Измаильской и Килийской крепостями и войсками, расположенными по течению Дуная.