Az első Metal Gear eredetileg egy modern katonai küzdelmeket tartalmazó akciójátéknak indult. Viszont, az MSX2 hardvere limitálta a képernyőn egyszerre megjelenő pisztolygolyók és ellenségek számát, ami miatt úgy érezte Kodzsima, hogy ez rontana a harci aspektuson. Paul Brickhill ‘A nagy szökés’ című könyve, és a könyvön alapuló film által inspirálva úgy változtatott a játékmeneten, hogy egy börtönszökésre koncentráljon. Az Official PlayStation 2 Magazine számára írt cikksorozatban Kodzsima több hollywoodi filmet is meghatározott mint fő inspirációi a Metal Gear sorozat játékmenetének és történetének. Továbbá kitért arra, hogy a Metal Gear Solid megalkotásakor a James Bond sorozat hatott rá a legjobban. Az eredeti cselekmény többször utal a 80-as években jelen lévő, a Hidegháború miatt kialakult nukleáris háborús hisztériára. A további játékok iraki és iráni nukleáris fegyver vizsgálatok körül forogtak volna, de a Közel-Keleten kialakuló kényes politikai helyzet miatt hanyagolták ezeket az ötleteket. A 2001. szeptember 11-ei támadások miatt különböző változtatások mentek végbe a készítése során.