1990 ve 1992 yılları arasında Bosna-Hersek Millet Meclisi'nde Sırp Demokrasi Partisi'nin milletvekili olarak bulundu. Ardından Bosnalı Sırp Meclisi adında paralel hükûmet yapıları kurmaya başladı. 1992-1995 yılları arasında Bosna genelinde başta Srebrenitsa, Foča ve Markale katliamları olmak üzere işlenen cinayet, toplu katliam ve tecavüzler sonucu işlenen soykırım suçunun baş sorumlularından biri olarak arandığı ilan edildi. Dayton Anlaşması müzakerelerinde Papa II. John Paul, Aliya İzzetbegoviç, Richard Holbrooke, Slobodan Milošević, Slobodan Praljak ve Kresimir Zubak isimlerle beraber bulundu. 3 Nisan 2000 tarihinde SFOR'un Fransız komandosu tarafından tutuklandı ve Lahey'de eski Yugoslavya için oluşturulan (ICTY) Uluslararası Ceza Mahkemesi'ne teslim edildi. 27 Eylül 2006 tarihinde BM Lahey Savaş Suçluları Mahkemesi tarafından 27 yıl hapis cezasına çarptırıldı. 17 Mart 2009'da cezası 20 yıla düşürüldü. Momcilo Krajinsnik, mahkemede Slobodan Milošević ve Radovan Karadžić'ten sonra yargılanan en üst düzey siyasi yetkililerden birisiydi. 2009'da nakledildiği İngiltere'de cezasının üçte ikisini çekmesinin ardından 2013'te serbest kalmıştı.