Sverige tog sig däremot till EM-slutspelet 2000. Han såg fram emot det första mästerskapet efter VM-bronset i USA 1994. Men EM-premiären mot Belgien 2000 blev inte alls vad Patrik Andersson hoppats på. Det började med en förlust i en match där den svenske lagkaptenen blev utvisad när det var tio minuter kvar. I den avslutande matchen mot Italien var kapten Andersson tillbaka, där blev spelet bättre även om blågult förlorade med 2–1.