Pierwszymi zadaniami SB OUN było rozpracowywanie i zwalczanie OUN-M. Zabezpieczała ona także banderowskie grupy marszowe, które po agresji Niemiec na ZSRR, instalowały nacjonalistyczną administrację. Prawdopodobnie to właśnie SB stała za udanymi zamachami w Żytomierzu na Mykołę Sciborskiego i Omelana Senyka, melnykowskich działaczy.