Ο Λίντνερ εξελέγη νέος πρόεδρος του FDP μετά την παραίτηση του Φίλιπ Ρέσλερ μετά τις γερμανικές ομοσπονδιακές εκλογές του 2013 , στις οποίες το FDP απέτυχε να ξεπεράσει το όριο του 5% για να εισέλθει στην ομοσπονδιακή βουλή, για πρώτη φορά από το 1949.