I 2006 kom han på sjetteplass ved VM i friidrett innendørs i Moskva, og fjerdeplass ved EM i friidrett i Göteborg. Han løp inn til sjetteplass ved World Athletics Final 2006, med en ny bestenotering for sesongen på 10,10 sekunder. I EM var han med å vinne bronsemedalje på stafetten, bak Storbritannia og Polen. Frankrike stilte da med et helt nytt lag: Oudéré Kankarafou, Pognon, Fabrice Calligny og David Alerte. På slutten av sesongen, ble Pognon valgt ut til å delta ved Verdenscupen i friidrett 2006, der han kom på femteplass på 100 meter.