El proceso de devolución de tierras se detuvo con el golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973, que marcó el inicio de una nueva etapa en las relaciones entre el Estado y los pueblos originarios de Chile. Algunas organizaciones mapuches, como la Confederación de Sociedades Araucanas y La Moderna Araucanía de Cunco, apoyaron la caída de la Unidad Popular, pero en años posteriores se manifestaron en contra el proceso de división de la propiedad indígena promovido por la dictadura. Finalmente, en 1976 el Instituto de Desarrollo Indígena fue disuelto, y parte de sus funciones se integraron al Instituto de Desarrollo Agropecuario.