En el lugar que ocupa el arboreto se encontraba anteriormente el mausoleo de Myeonseong de Joseon, la emperatriz de Gojong, en el siglo XIX. El instituto de especímenes botánicos se estableció en 1922 después del cambio de ubicación de la tumba. Durante la guerra de Corea, fue destruido en su mayor parte y luego el gobierno lo reconstruyó.