Al triunfo de la Revolución, el comandante Che Guevara ocupó militarmente La Cabaña el 3 de enero de 1959. Allí estableció su comandancia y supervisó personalmente, en los primeros días de la revolución, muchos de los fusilamientos de partidarios de Batista acusados de crímenes de guerra. Más tarde, con la partida del Che Guevara de Cuba, se convertiría en un supuesto campo de concentración en La Cabaña, donde se encerrarían y torturarían a disidentes, católicos y homosexuales como el cantautor cubano Pablo Milanés.