Die indonesische Armee sieht sich für ihre Beteiligung an der Ermordung von 500.000 bis weit über eine Million Menschen, vorwiegend Intellektuellen, (vermeintlichen) Kommunisten, regierungskritischen Studenten und Teilen der chinesischen Bevölkerung, bei dem Massaker in Indonesien 1965–1966 und während der Besetzung Osttimors (1975–1999), in der knapp 200.000 Timoresen starben, mit schweren Vorwürfen konfrontiert. Die Verbrechen der indonesischen Streitkräfte während des Suharto-Regimes sind bis heute juristisch ungeklärt und gesellschaftlich nahezu unaufgearbeitet.