Peu après la victoire française d'Aboukir le , le chef mamelouk manque d'être fait prisonnier à Samhud par Desaix, et engage rapidement des pourparlers. Il cesse finalement les hostilités et adopte la neutralité en octobre. En 1800, le général Jean-Baptiste Kléber, nouveau commandant en chef de l'armée française, propose à Mourad Bey de se joindre à lui en échange du titre de gouverneur de la Haute-Égypte. Le chef mamelouk accepte, et tout en assurant Kléber de protéger la Haute-Égypte des Ottomans, il invite l'ensemble des mamelouks à se rallier à lui. Lors de la bataille d'Héliopolis le , lui et ses hommes font partie de l'aile droite française, mais dès le début de la bataille, le bey se retire dans le désert avec ses cavaliers sans prendre part au combat. Après le retour des Français au Caire, il invite Kléber ainsi que le général Damas dans sa demeure : à l'issue de cette entrevue, Mourad Bey fait remettre au général en chef un sabre et un poignard ornés de diamants. Confirmé dans ses fonctions de gouverneur de la Haute-Égypte, il est chargé de collecter les impôts sur les terres relevant de sa juridiction pour le compte de la République française. Kléber est assassiné peu après au Caire et est remplacé par le général Menou, auquel Mourad Bey reste fidèle.