Under angrepet på Norge 9. april 1940 lå DS «Polarlys» i Bergen. Hun ble straks rekvirert av den tyske Kriegsmarine og flyttet til Marineholmen for å gjøre tjeneste som losjiskip. Tyskerne malte navnet «Satan», på henne, men navnet ble senere endret til «Tan». Ved juletider 1940 ble skipet levert tilbake til BDS og fikk straks tilbake sitt opprinnelige navn. Ikke lenge etter var DS «Polarlys» tilbake i hurtigrutetrafikk igjen, og gikk uten uhell fram til vinteren 1944/45, da hun ble rekvirert på ny av den tyske okkupasjonsmakten i oktober/november 1944. I mars 1945 gikk skipet i opplag ved Stamnes i Osterfjorden, og ble liggende her til freden kom. Sommeren 1945 var hun tilbake i hurtigruten, og etter nødvendig vedlikehold og utbedringer fortsatte hun til 11. oktober 1951 da passasjersertifikatet løp ut.