L'abbazia benedettina di Santa Maria in Organo (il cui appellativo è derivato da una torre chiamata "Organum" situata nei pressi del complesso, ospitante un orologio funzionante con un meccanismo azionato ad acqua) venne fondata nell'VII secolo, molto probabilmente tra il 650 e il 664, da Lupo, duca del Friuli, e per questo fin dalle origini essa fu soggetta al patriarca di Aquileia invece che al vescovo di Verona. Vista l'importanza del monastero intorno al 720 il re longobardo Liutprando gli concesse il privilegio di ripatico sul fiume Adige mentre pochi anni dopo, nel 751, il conte del Friuli lo beneficiò della costruzione di uno xenodochio, che si aggiunse a un altro già in possesso dell'abbazia. Tra il IX ed il XII secolo essa estese ancor di più i propri possedimenti grazie a donazioni e acquisti di terreni e chiese nel contado e in città, tra cui quelle di San Siro e di Santa Maria Antica. L'antico edificio chiesastico venne però ricostruito in stile romanico dopo il catastrofico terremoto del 1117 e riconsacrato nel 1131; dell'edificio più antico sono sopravvissuti solo alcuni frammenti nella cripta della chiesa.