Током рата у Хрватској Јанко Бобетко одбија понуђено место Министра одбране Републике Хрватске, али се ипак враћа из пензије те укључује у рату у Хрватској, а 10. априла 1992. године предсједник Фрањо Туђман му додељује чин генерала збора Хрватске војске (еквивалент генерал пуковнику). Готово истовремено послат је у Босну и Херцеговину ради командовања операцијама око Ливна. Исте године преузима заповедништво на јужном фронту током ког успешно води акције деблокаде Дубровника и операције у дубровачком залеђу: Тигар, Конавле и Влаштица.