Enfrentado a esta realidad, la Stavka había estado preparando un nuevo eje de ataque hacía la costa báltica por entre los dos grupos de ejército alemanes. Para ello, debía cambiar el eje de avance del Primer Frente Báltico de Riga hacia el este y el suroeste. El 24 de septiembre, la Stavka ordenó al Frente de Leningrado y a la Flota del Báltico que completaran la liberación de Estonia y que organizaran una operación anfibia para liberar el archipiélago Moonsund (véase Operación Moonsund). Mientras tanto los 2.º y 3.º Frentes Bálticos debían asaltar Riga. Y, lo que era más importante, el 1.º Frente Báltico de Bagramián y parte del 2.º Frente Bielorruso de Cherniajovski, atacarían a lo largo del eje Siauliai-Memel, tomarían Memel y Liepäja para después aislar al Grupo de Ejércitos Norte de Prusia Oriental, lo que facilitaría enormemente la completa destrucción de todas las fuerzas alemanas en la región báltica. Este avance debía ser apoyado por un ataque del Tercer Frente Bielorruso de Iván Cherniajovski en dirección a Königsberg (actual Kaliningrado).