Efter Tysklands angreb på Sovjetunionen i 1941 blev Jankuhn forflyttet til de okkuperede områder i Ukraine og Søydrusland med tilsvarende opgaver som i Norge. Det videre ansvar for arkæologi under okkupationsmagten blev overladt til Ernst Sprockhoff, hauptmann i Wehrmacht og arkæolog fra Humboldt-Universität zu Berlin.