אוקינלק התקשה להחליט אם לנהל את קרב ההכרעה נגד רומל בקו מרסא מטרוח, מכיוון שאגפו השמאלי של מערך ההגנה הבריטי, היה חשוף לאיגוף מדרום מצד כוחות השריון של הציר. מטרתו הייתה לעכב את התקדמות כוחותיו של רומל במרסא מטרוח, ולנהל שם קרב השהיה, במטרה להרוויח זמן נוסף לצורך ביצור קו אל-עלמיין, שנמצא כ-160 ק"מ מזרחה משם, וכ-70 ק"מ ממערב לנמל אלכסנדריה. בנקודה זו, המרחק בין חוף הים התיכון לבין שקע קטארה, הבלתי עביר לתנועת שריון, היה כ-65 ק"מ בלבד, עובדה שהקשתה על כוחות אויב לאגף מדרום את כוחות הארמייה השמינית הבריטית, וצימצמה את רוחב החזית עליה נדרשה הארמייה להגן. ב-26 ביוני 1942, פתח רומל בהתקפה. הוא תכנן לאגף את הכוחות הבריטיים במרסא מטרוח, אלא שהכוחות הבריטיים נהנו מעדיפות מספרית בולטת, ויכלו למחוץ את כוחותיו, אלא שהבריטים לא הבינו את מצב האויב שמולו הם עומדים, ועל כן בחרו לסגת לאל-עלמיין. הכישלון בהגנתה של מרסא מטרוח עורר פאניקה במפקדת הצבא הבריטי בקהיר וגרם לאוקינלק לתכנן תוכנית לנסיגה ולפינוי קהיר במקרה שעמדת אל-עלמיין תיכבש. עם זאת, הוא החל להקים עמדות הגנה מערבית לאלכסנדריה והציף במים אזורים נרחבים בדלתא של הנילוס. ב-1 ביולי, פתח רומל בהתקפה על אל-עלמיין ("קרב אל-עלמיין הראשון"), אולם לא הצליח לפרוץ את הקו, מאידך גם הבריטים ספגו אבדות כבדות ולא הצליחו להדוף לחלוטין את הכוחות הגרמניים.