En 1939 és mobilitzat per a participar en la Segona Guerra Mundial. En l'exèrcit és intèrpret i fa d'enllaç amb les forces britàniques. El 1940 es troba a Dunkerque quan els soldats aliats, arraconats pels alemanys, han de ser evacuats en vaixells, en l'anomenada operació Dinamo. Merle conta l'experiència d'aquells dies en un documental. Allí és fet presoner i posteriorment enviat al camp de Dortmund, on el seu captiveri durarà tres anys. Quan acaba la guerra es retira a Sarlat, on comença a escriure.