Il 28 aprile 1941 il "Myoko" tornò operativo e l'11 agosto passò agli ordini del capitano di vascello Teijirō Yamazumi. Nei mesi seguenti la 5ª Divisione incrociatori fu affidata al contrammiraglio Takeo Takagi e inserita nella 3ª Flotta del viceammiraglio Ibō Takahashi, concentrata nelle isole Palau per operare in supporto all'invasione delle Filippine. Il 6 dicembre salpò in compagnia del "Nachi" e di altre unità (cacciatorpediniere e due navi portaidrovolanti) sotto il comando generale del contrammiraglio Kyūji Kubo. Questa formazione condusse riusciti sbarchi a Legaspi l'11 dicembre e a Davao il 20, quindi il "Myoko" e il "Nachi" da soli appoggiarono la facile occupazione di Jolo il 24 dicembre, tornando lo stesso giorno alle Palau per rifornimento; il 29 salparono e il 31 si fermarono a Davao.