En 1423, Navarino, como el resto del Peloponeso, sufrió su primera incursión otomana, dirigida por Turahan Bey, que se repitió en 1452. También fue en Navarino que el emperador Juan VIII Paleólogo se embarcó en 1437, en dirección al concilio de Ferrara, y donde el último déspota de Morea, Tomás Paleólogo, se embarcó con su familia en 1460, luego de la conquista otomana del despotado de Morea. Después de 1460, la fortaleza, junto con los otros puestos de avanzada venecianos y Monemvasía y la península de Mani, eran las únicas áreas controladas por cristianos en la península. El control veneciano sobre Navarino sobrevivió a la Primera Guerra Otomano-Veneciana (1463–79), pero no a la Segunda (1499–1503): después de la derrota veneciana en la batalla de Lepanto en agosto de 1500, la guarnición de 3.000 soldados se rindió, aunque estaba bien provisionada para un asedio. Sin embargo, los venecianos lo recuperaron poco después, el 3 y 4 de diciembre, pero el 20 de mayo de 1501, un ataque conjunto otomano por tierra y mar a cargo de Kemal Reis y Hadim Alí Pashá lo recapturaron.