Miały także miejsce rozruchy antykatolickie np. Tumult w Gdańsku w 1525 r. w wyniku którego ścięto 14 zwolenników przyjęcia luteranizmu oraz w Rydze, gdzie miejscowi protestanci w trakcie „rozruchów kalendarzowych” wynikłych z wprowadzenia kalendarza gregoriańskiego stracili w 1586 roku wójta Testiusza i syndyka Wellinga, którzy wspierali katolików. W 1724 roku na skutek Tumultu toruńskiego zakończonego zdemolowaniem kolegium jezuitów skazano na śmierć 11 protestantów w tym 2 burmistrzów co wywołało oburzenie poza granicami kraju i kryzys dyplomatyczny. Jeśli sprawcami byli katolicy najczęściej unikali oni odpowiedzialności choć podczas Tumultu krakowskiego 1574 ścięto pięciu plebejuszy uczestniczących w zajściach. Jednakże podobne ekscesy były stosunkowo rzadkie, a ich ofiary nie przekraczały kilkunastu zabitych. Kontrreformacja w Polsce nie stosowała aż tak drastycznych metod, jakie stosowane były w Europie Zachodniej wobec protestantów (np. w Hiszpanii czy we Francji).