Gillet participe à la réaction thermidorienne tout en demeurant fidèle à la République. À partir du 18 germinal an III (), il apparaît comme membre du Comité de salut public. Bien que sa présence au comité soit épisodique, il prend en charge le dossier des fournitures militaires. Au moment de l'insurrection du (20 mai) il dirige la force publique de Paris et participe à la répression des émeutes de la faim. Il quitte le Comité le 15 messidor (3 juillet).