I årene 1794 til 1796 deltok Boyen i kampene i Polen som adjutant for general Günther. I 1799 ble han hauptmann. Han deltok i Revolusjonskrigene i generalstaben og ble såret i slaget om Auerstädt (14. oktober 1806). Etter freden i Tilsit i juli 1807 ble han major og medlem i Gerhard von Scharnhorsts kommisjon som skulle se på en reorganisering av Preussens militærvesen, hvor han støttet Scharnhorst og Heinrich Friedrich Karl vom Stein.