Когато през юни 1940 г. е окупиран Париж, Дарлан е сред поддръжниците на колаборационистката политика на Филип Петен, провъзгласил се за глава на френската държава. Дарлан запазва поста си на морски министър във вишисткото правителство, и изпраща голяма част от флота във Френска Северна Африка. Англичаните се опасяват, че военноморските сили се преминат под контрола на германците, и на 3 юли 1940 г. ги атакуват при Марс ел Кабир, в резултат на което загиват около 1300 френски моряци. Даже след това, Дарлан отказва да предаде флота под контрола на германците.