Sau khi vắng mặt hơn hai mùa, Lippi trở lại câu lạc bộ vào năm 2001 sau khi thay thế Carlo Ancelotti, ký hợp đồng với những cầu thủ tên tuổi như Gianluigi Buffon, David Trezeguet, Pavel Nedvěd và Lilian Thuram, giúp đội bóng thêm hai danh hiệu Scudetto trong các mùa 2001-02 và 2002-03. Juventus cũng là lọt vào trận chung kết Champions League năm 2003, nhưng thua Milan trên chấm phạt đền sau khi trận đấu kết thúc với tỷ số hòa 0-0. Kết thúc mùa giải tiếp theo, Lippi được bổ nhiệm làm huấn luyện viên trưởng đội tuyển quốc gia Italy, chấm dứt một trong những kỷ nguyên huấn luyện thành công nhất trong lịch sử của Juventus.