באפריל 2003, זמן קצר לאחר פלישת כוחות הקואליציה לעיראק במרץ, הופצץ ביתו של אל-מג'יד בפצצה מונחת לייזר. צבא הממלכה המאוחדת שנכנס לבית לאחר ההפצצה סבר כי אל-מג'יד חוסל. אולם בדיקות שנערכו שינו את הערכת כוחות הקואליציה. ב-21 באוגוסט 2003 דיווח צבא ארצות הברית כי אל-מג'יד נתפס חי. הוא נחשב למבוקש החמישי בחשיבותו (לאחר חוסיין, בניו ומזכירו הצבאי).