Када је избила Октобарска револуција, Колчак је био у Јапану. Колчак се понудио Британцима да се бори у њиховој армији, али Британци су закључили да је кориснији ако победи бољшевике и врати Русију на страну савезника. Колчак се вратио у Русију у Омск, где је пристао да постане министар беле сибирске владе, у којој су већину чинили есери. У новембру 1918, непопуларна регионална сибирска влада је свргнута у државном удару. Козаци под атаманом Красилником су ухапсили четири есера. Након тога Колчак је тајним гласањем изабран за председника владе. Есере је протерао, али њихове активности довеле су до мале побуне у Омску 22. децембра 1918. године. Побуну су угушили козаци и чешка легија стрељавши 500 побуњеника. Есери су започели преговоре са бољшевицима и у јануару 1919. придружила су се Црвеној армији.