Sanit ja damarat olivat alueen ensimmäisiä asukkaita, ja viimemainittujen /Geio-Daman -klaanin tiedetään olleen alueella jo vuonna 1390. Damarat käyttivät kaupungin alueesta nimitystä #kanubes. Saksalaiset asuttivat kaupungin vuonna 1900. Kaupungissa toimi tuolloin Reinin lähetyksen lähetysasema. Saksalaisten hereroja ja namoja vastaan vuonna 1904 käymän sodan aikana taisteluita käytiin myös Otjiwarongon ympäristössä. Tämä tapahtui muutamia vuosia ennen kuin Otjiwarongosta tuli alueen hallintokeskus ja virallisesti kaupunki. Rannikon Swakopmundista rakennettiin kapearaiteinen rautatie Otaviin, ja se kulki Otjiwarongon kautta, minkä ansioista Otjiwarongosta tuli menestyvä maatalouden keskus. Ei-valkoisia varten rakennettiin omia kaupunginosia owamboja, damaroita ja hereroita varten. Nämä tunnettiin yhteisnimellä Orwetoveni.