En 1638, los acontecimientos en su país nativo otra vez le obligaron a regresar a Escocia, donde fue nombrado Lord General a la cabeza del Ejército de los Covenanters por la administración escocesa, y participó como tal en la Guerra de los Obispos. Los regimientos escoceses eran generalmente llamados a servicio por los terratenientes y los líderes que obligaban a sus arrendatarios a enviar a su parentela a batallar apelando al deber feudal o mediante coerción. Sin embargo, el apoyo entre los Presbiterianos de Escocia estaba muy extendido y el ejército Covenanter logró alcanzar los más de 20,000 hombres. Desde 1639 marcharon bajo una bandera con el lema "Por la corona de Cristo y los Covenant".