Zapata foi contratado pela Udinese no dia 31 de agosto de 2005 vindo do Deportivo Cali, juntamente com o seu companheiro de clube Abel Aguilar. Ambos foram contratados pela Udinese enquanto jogavam na Copa do Mundo Sub-20. No dia 18 de setembro de 2006, Zapata renovou e assinou um novo contrato de cinco anos. Naquela temporada, ele disputou 35 jogos da Serie A.