De betrokkenheid van de jezuïeten bij het onderwijs aan de stadsschool veranderde aanvankelijk niet toen de stad in 1632 door de Staatse troepen van Frederik Hendrik werd veroverd. Dat gebeurde wel toen enkele jaren later drie jezuïeten, waaronder de rector van het college, werden beschuldigd en terechtgesteld wegens het verraad van 1638. Als gevolg daarvan werden de jezuïeten een jaar later uit de stad verbannen, op één pater en broeder na. De verbanning van de jezuïeten duurde 34 jaar. Het is niet bekend hoe het jezuïetencollege en de Latijnse school deze periode hebben doorstaan. In 1673 werd Maastricht veroverd door Lodewijk XIV, die de jezuïeten hun bezittingen teruggaf. In 1682 werd in Maastricht een illustere school ("Atheneum Illustre") gevestigd, bedoeld als protestantse tegenhanger van het jezuïetencollege. Deze school deelde een pand in de Sint-Jacobstraat met de Gereformeerde Latijnse stadsschool, die de pendant was van de bestaande Latijnse school, waar de jezuïeten het voor het zeggen hadden.