Цягам японскіх ўварванняў ў Карэю 1592—1598 гадоў Міцунары знаходзіўся ў галоўным штабе Хідэёсі, у замку Нагоя на Кюсю. Ён займаўся пытаннямі забеспячэння і камунікацый, і неаднаразова наведваў японскія базы ў Карэі. Паколькі вайна знішчыла дзяржаўную казну, Міцунары выступаў за спыненне баявых дзеянняў, у выніку чаго нажыў сабе ворагаў сярод калег-палкаводцаў.