После взятия Константинополя крестоносцами была разорена и Дафнийская обитель. В 1206 году герцог афинский приписал её к цистерцианскому в Сире в Бургундии. За годы католического господства в монастыре был перестроен притвор, вокруг зданий устроена ограда.