С 1991 по 2000 года занимала пост верховного комиссара ООН по делам беженцев при генеральных секретарях ООН Хавьере Пересе де Куэльяре, Бутросе Бутрос-Гали и Кофи Аннане. Была избрана 21 декабря 1990 года на заседании Генеральной Ассамблеи сроком на три года с 1 января 1991 года. Дважды переизбиралась на должность комиссара: 4 ноября 1993 года на пять лет до 31 декабря 1998 года, и 29 сентября 1998 года на два года до 31 декабря 2000 года. Предшественником Огаты был Торвальд Столтенберг, а преемником — Рууд Любберс, а сама она стала первой женщиной в должности комиссара по делам беженцев. Этот период ознаменовался операцией в Северном Ираке, распадом Югославии и балканскими войнами, в том числе в Косово, Боснии и Герцеговине, войной в Конго, геноцидом в Руанде, постсоветскими конфликтами между Арменией и Азербайджаном, а также в Таджикистане и Чечне. Чтобы помочь 27 миллионам беженцев, персонал Управления комиссара Огаты увеличился до более чем пяти тысяч человек, а его бюджет превысил 1 миллиард долларов. Вместе с тем позиция комиссара неоднократно входила в противоречие с планами генерального секретаря, ввиду чего её считали преемником Бутроса Бутроса-Гали и звали «Садако Садако-Огата». Так, в 1993 году Огата выступила в Совете Безопасности ООН, став первым верховным комиссаром в этом качестве, и потребовала того, чтобы ООН либо нарушила сербскую осаду боснийской Сребреницы, либо осуществила крупномасштабную эвакуацию. Её выступление вызвало смущение у членов Совбеза и возмущение самого Бутроса-Гали, а слова были проигнорированы, однако правота Огаты подтвердилась в 1995 году, после резни в Сребренице, убийства сербами 8 тысяч мусульманских мужчин и мальчиков.