Nach dem Referendum von 1999 floh ein Großteil der Bevölkerung vor den damit verbundenen Unruhen in die Berge, als pro-indonesische Milizen die Bewohner ab Juli 1999 angriffen. Bis August hatten die meisten Menschen ihre Häuser verlassen. Markt und Hafen wurden am 6. August geschlossen. 30 Prozent von Hera wurde zerstört, viele Bewohner wurden getötet. Nach dem Eingreifen der INTERFET kehrten die Menschen zurück.