Die erste alemannische Saalkirche in Ötlingen war ebenfalls schon dem heiligen Gallus geweiht. Ihre erhaltenen Fundamente gehen auf das Jahr um 800 zurück. Die erste frühgotische Kirche mit Turm wurde erstmals 1275 urkundlich erwähnt. Von dieser Kirche sind Freskenreste an der Nordwand aus dem 14. Jahrhundert erhalten. Nach den Zerstörungen des Basler Erdbebens 1356 wurde 1410 die Kirche nach Norden und Osten erweitert. Ihre heutige Gestalt geht im Wesentlichen auf diese von Markgraf Rudolf III. veranlassten Veränderungen zurück. Aus dieser Zeit stammt auch das Tabernakel mit den Wächtern am Grab Jesu und dem „Engel des Brotes“; auch die Fenstereinfassungen wurden verziert.