El 19 de desembre de 1961, a l'edat de 73 anys, Joseph P. Kennedy va patir un accident vascular cerebral. En va sobreviure, però va perdre les seves capacitats comunicatives, quedant paralitzat tot el costat dret del seu cos. Gràcies a la teràpia, va recuperar certes habilitats i funcions. Va aconseguir caminar amb l'ajuda d'un bastó i també va millorar la seva parla. Dos anys després, quan en tenia 75, estava notablement afeblit i va haver d'utilitzar una cadira de rodes. En aquesta condició va viure sis anys més, essent testimoni de l'assassinat de John i Robert. La seva salut es va veure deteriorada per diversos atacs de cor més, morint finalment el 18 de novembre de 1969, als 81 anys, a la seva casa del Complex Kennedy a Hyannis Port.