La segunda guerra de Argelia (1992-2002), también conocida como "años de plomo" o guerra civil argelina, de una violencia enorme, terminó con más de 100.000 muertos. La fragmentación del FIS llevó consigo un enfrentamiento cada vez mayor entre la burguesía y la juventud urbana de clase baja, que fue el primer sector social movilizado por los islamistas. La burguesía, favorable a los antiguos líderes del FIS, se inclinó por el brazo armado del partido, el Ejército Islámico de Salvación (AIS), y la juventud urbana pobre se decantó durante los primeros años de la guerra por un conjunto de grupos armados que después formarían el Grupo Islámico Armado (GIA). Este grupo aglutinó a los antiguos miembros del grupo armado dirigido por Buyali en los años 80, a algunos hitistas que estaban en el maquis y a algunos yihadistas llamados “afganos”, que habían regresado a Argelia. El GIA monopolizó la lucha armada durante la guerra frente a los grupos fieles al FIS, y exportó la yihad a Europa. Algunos franceses fueron asesinados en Argelia, y el GIA secuestró un avión de Air France en el aeropuerto de Argel en diciembre de 1994, además de emprender una campaña de atentados en el verano y el otoño de 1995. Durante los años 1994 y 1995 la violencia era tal que el Estado y el Gobierno eran incapaces de controlarla. A partir de 1993 fueron asesinados numerosos profesores, universitarios, escritores, periodistas, médicos, etc. No eran necesariamente afines al régimen argelino, pero para los jóvenes de clases bajas esas personas encarnaban el modelo de intelectual afrancesado que era necesario eliminar. La exportación del terrorismo a Francia también derivó en oposición entre el GIA, partidario de la violencia, y el FIS, que desarrollaba una estrategia de pacto con el régimen.