Le jeune joueur du collège de Peabody fait le saut dans le monde du basket-ball en 1979. En effet, Paul Thompson opte pour l'Université Tulane pour évoluer en National Collegiate Athletic Association (NCAA). Il y fait ses gammes et compile en moyenne plus de 15 points par matchs. Il est repéré par les scouts de National Basketball Association (NBA) et de la Continental Basketball Association (CBA) ce qui lui vaut une au troisième tour de la Draft 1983 de la NBA (il est aussi drafté par la CBA) par les Cavaliers de Cleveland. Lors de sa seconde saison à Cleveland, Paul Thompson fait partie d'un échange qui l'envoie chez les Bucks de Milwaukee pour la fin de saison 1984-1985. Libéré par les Bucks lors de la pré-saison, il signe en tant que agent libre (ou ), avec les 76ers de Philadelphie pour la saison 1985-1986, saison où il prend part qu'à 23 rencontres.