En décembre 1944, au début de l'offensive allemande des Ardennes, les nouvelles ne laissant rien présager de bon, les élèves sont renvoyés dans leurs foyers. Le 21, l'Alumnat n'est plus occupé que par huit Pères, un Frère, trois religieuses et deux enfants de Mabompré qui est alors impossible à rallier. Dans l'après-midi du 23, les troupes allemandes atteignent le village. Du 23 décembre 1944 au 9 janvier 1945, Bure est en zone de combats et la population du village se réfugie dans les caves de l'établissement qui accueillent à certains moments jusqu'à 600 personnes. La plupart des habitants ne les quittent que le 16 janvier. Le bâtiment est atteint par une trentaine d'obus. Les murs résistent, mais la toiture est défoncée et les vitres sont en éclats. Les réparations urgentes effectuées, les cours reprennent le 9 avril 1945.