Bashir tuomittiin maaliskuussa 2005 Indonesiassa kahden ja puolen vuoden vankeuteen balilaisten yökerhojen pommituksen (2002) takana olleesta salaliitosta. Balin pommitusten 202 uhrista 88 oli australialaisia turisteja. Bashir vapautettiin Cipinangin vankilasta 14. kesäkuuta 2006. Muiden muassa Australian pääministeri John Howard ilmaisi tyytymättömyytensä Bashirin saamaan lyhyeen vankeusrangaistukseen. Bashir väittää syytteitä lavastetuiksi.