Na de Ottomaanse verovering van Constantinopel in 1453 bleef de kerk in gebruik tot de regering van Bayezid II. Toen maakte het hoofd van de eunuchen Hüseyin Ağa er tussen 1506 en 1513 een moskee van, waarbij de mozaïeken die de kerk versierden, verwijderd werden. De portico en de madrassa dateren uit die tijd.