Toen het Continental Congress op 1 juli 1776 begon met het debat over de Onafhankelijkheidsverklaring herhaalde Dickinson zijn positie. Hij vond dat het Congress eerst de Artikelen van Confederatie moest afmaken en aannemen, en dan een bondgenootschap moest zoeken met een sterke buitenlandse macht. Op 2 juli werd er gestemd over onafhankelijkheid. Dickinson bleef die dag afwezig bij de stemming. Datzelfde deed hij twee dagen later toen de Onafhankelijkheidsverklaring werd aangenomen. Hij weigerde deze ook te ondertekenen. Dickinson verliet het Congress toen gesteld werd dat niemand lid van het Congress kon zijn zonder dat deze de Onafhankelijkheidsverklaring ondertekende. Dickinson voegde zich bij de militie van Pennsylvania en kreeg de rang van brigadegeneraal. Hij trok aan het hoofd van een leger van 10.000 man aan op Elizabeth, New Jersey, om een aanval van de Britten op Staten Island te voorkomen. In december 1776 trok hij zich terug uit actieve dienst.