Lorsque la première guerre de religion éclate, il est parmi les premiers à rejoindre Louis, prince de Condé, nommé chef des protestants. François voit sa place de colonel-général confisquée au profit du duc de Randari. Bien que souffrant de la fièvre, il combat à la bataille de Dreux en 1562. L'année suivante, il défend Orléans lors du siège de la ville par les troupes de François, duc de Guise. Le siège est levé à la suite de l'assassinat du duc.