Виступ футболіста у команді до 20 років привернув увагу головного тренера старшої команди Хосе Пекермана й той викликав Мессі на гру в товариському матчі проти збірної Угорщини, що відбувся 17 серпня 2005 року. У віці 18 років Мессі дебютував за дорослу збірну Аргентини на стадіоні Ференц Пушкаш, вийшовши на заміну 63-й хвилині. Однак, він зіграв лише 40 секунд і відразу ж отримав червону картку за удар суперника ліктем. Вільмош Ванцак схопив Мессі за футболку й той вдарив захисника рукою, намагаючись відштовхнути його, що арбітр трактував як навмисне порушення. Повідомлялося, що Мессі плакав у роздягальні після вилучення. Першу свою офіційну зустріч Мессі провів 3 вересня 2005 року в матчі зі збірною Парагваю, що проходив у рамках відбіркового раунду Чемпіонату світу 2006. Перед початком гри він її назвав «повторним дебютом». У ній він вийшов на заміну на 80-й хвилині. Першою грою в стартовому складі для Мессі став наступний кваліфікаційний матч проти збірної Перу, в якому йому вдалося забити вирішальний пенальті, що забезпечив їм перемогу. Після матчу Пекерман назвав його «коштовністю». Мессі регулярно виступав за збірну напередодні Чемпіонату світу 2006 року. Перший свій гол він забив у товариському матчі проти Хорватії 1 березня 2006 року. Через тиждень травма підколінного суглоба поставила під загрозу його присутність на чемпіонаті світу, але все-таки його обрали до складу команди Пекермана. До початку турніру Мессі встиг відновити форму.