Durante la pandemia de COVID-19, Li fue la primera en proponer el cierre del centro de Wuhan (conocido como medidas de prevención y control de Categoría A); su propuesta fue adoptada por el gobierno chino y el cierre de Wuhan se implementó a las 14 horas del 23 de enero de 2020 (antes de la víspera del Año Nuevo chino de 2020), El 1 de febrero, se fue a Wuhan con un equipo de trabajadores médicos de Hangzhou para ayudar a combatir la epidemia. El 20 de abril de 2020, el "South China Morning Post" informó sobre una investigación realizada por Li y su equipo en la Universidad de Zhejiang, identificando más de 30 cepas del virus SARS-CoV-2, y que algunas de las cepas más agresivas generaron 270 veces más carga viral que las versiones más suaves; descubrieron que las cepas agresivas estaban relacionadas con brotes en Europa y en el estado de Nueva York, mientras que las cepas menos agresivas se encontraron en los estados de Washington y California.