В началото на 1990-те Сенаки става един от центровете на звиадистите, привърженици на сваления с преврат грузински президент Звиад Гамсахурдия. Въоръжените стълкновения между неговите привърженици и официалната войска на Грузия, под ръководството на новия президент Едуард Шеварднадзе, прерастват в гражданска война. На 28 март 1992 г. звиадистите започват офанзива и за няколко дни завземат поредица от градове в Западна Грузия, между които и Сенаки. Градът неколкократно преминава под контрола ту на едната, ту на другата воюваща страна. В боевете се включват и руски десантни части, които също водят боеве в Сенаки. На 25 октомври 1993 г. правителствените войски влизат окончателно в града.