南北戦争の1861年、バージニア州はアメリカ連合国に加盟した。アメリカ連合国がポーツマスの造船所を支配することになるのを恐れた造船所の指揮官はその焼却を命じた。南軍は実際に造船所の接収を目指し、文民で鉄道建設者のウィリアム・マホーン（後に有名な南軍士官になった）が主導した念入りな策略により、武装闘争無しに接収された。北軍はハンプトン・ローズの対岸にあるモンロー砦に撤退し、ここが北軍の支配下にある唯一の地になった。1862年初期、南軍の鉄装甲艦CSS"バージニア"がUSS"メリマック"の燃やされた船殻を使って再建造された。北軍がハンプトン・ローズを封鎖する間、有名なハンプトン・ローズ海戦で"バージニア"は北軍の装甲艦USS"モニター"と海戦を戦った。南軍は1862年5月に造船所から撤退し、このときに再度造船所を焼いた。