Miejsce pod przyszły sobór nie zostało wybrane przypadkowo – wzniesienie go w centralnym miejscu Warszawy miało podkreślać rosyjskie panowanie na ziemiach polskich. Dla świątyni wyznaczono miejsce, gdzie znajdował się od 1841 pomnik polskich oficerów zabitych w czasie Nocy Listopadowej za odmowę przyłączenia się do zbrojnej walki o niepodległość. Przed rozpoczęciem budowy soboru monument został przeniesiony na plac Zielony. Prawosławna katedra stanowiła zatem kontynuację ideologicznego znaczenia pomnika. Przy wyborze miejsca dla obiektu nie wzięto pod uwagę względów urbanistycznych – architektura cerkwi pozostawała w dysharmonii z otoczeniem. Zdaniem Pawła Giergonia dysharmonia ta była zamierzona przez inicjatorów budowy soboru.