In seinen späteren Jahren zog sich Thompson weitgehend aus der Öffentlichkeit zurück, abgesehen von seinen Stellungnahmen zum Bombenanschlag in Oklahoma City. Nachdem er das Attentat zunächst begrüßt hatte, änderte er daraufhin seine Position und verurteilte es als Versuch der Regierung, das Ansehen der Rechtsextremen zu zerstören.