Nach dem Attentat auf Hitler am 20. Juli 1944 wurde Bernaschek verhaftet und zuerst in das Polizeigefängnis in Linz, dann ins KZ Mauthausen, dann in die Polizeidirektion Wien (Oktober 1944), von dort in das Gestapogefängnis im vormaligen Hotel Metropol am Morzinplatz und Anfang März 1945 wieder nach Mauthausen gebracht. In Mauthausen wurde Bernaschek misshandelt und gefoltert. Kurz vor Kriegsende wurde Bernaschek, wie aus Zeugenberichten hervorgeht, am 18. April 1945 im Konzentrationslager Mauthausen vom SS-Oberscharführer Niedermeier durch einen Genickschuss ermordet. Seine Familie erhielt eine zynische Beileidsmitteilung der Lagerleitung mit der Sterbeurkunde, auf der als Todesursache Lungenentzündung verzeichnet war.