Durante todo el siglo XVII, y a partir del reinado de Felipe III la Diputación se vio reducida a una labor de colaboración en armas, hombres y recursos económicos a las demandas acuciantes de la Monarquía Hispánica y al proyecto centralizador de la Unión de Armas, especialmente a partir de 1640 tras la sublevación de Cataluña y Portugal. La urgencia de las necesidades del Imperio llevó a la monarquía de Felipe IV a obviar los procedimientos forales en numerosas ocasiones sin que la Diputación pudiera oponerse debido a la especial coyuntura bélica y al escaso poder que a mediados del podía esgrimir la institución aragonesa ante estos desafueros.