В 1946 году Пападопулос получил звание капитана, принимал участие в Гражданской войне (1946—1949). С 1947 по 1949 год участвовал в борьбе против коммунистической «Демократической армии» на севере страны. Был отмечен рядом военных наград, в том числе военным крестом.