Grał na Mistrzostwach Świata w 1994. Nie znalazł się w prowadzonej przez Javiera Clemente kadrze na Mistrzostwa Europy w 1996 roku, a kontuzja wykluczyła go z udziału w Mistrzostwach Świata w 1998. Ostatnim turniejem Guardioli z reprezentacją Hiszpanii były Mistrzostwa Europy w 2000 roku. Piłkarze z Półwyspu Iberyjskiego po wyjściu z grupy przegrali z późniejszym zwycięzcą, Francją.