Man mano che il conflitto si espande, le forze fondamentaliste sunnite aumentano progressivamente la loro influenza ed entrano in conflitto aperto con le forze secolari dell'ESL le quali perdono progressivamente terreno su numerosi fronti. I gruppi armati jihadisti che insorgono sono inizialmente raggruppati nel Fronte al-Nusra, affiliato di Al Qaida in Siria, il quale ottiene i maggiori successi nel Governatorato di Idlib e da cui nel 2013 si distaccano diverse unità che confluiscono nell'organizzazione dello Stato Islamico (ISIS) che, usando a suo favore il malcontento della minoranza sunnita irachena, lancia una massiccia offensiva in Iraq nel giugno 2014. L'ISIS nell'agosto 2014 proclama la nascita del califfato nella vastissima area controllata a ridosso della frontiera tra Iraq e Siria.