El campeonato de 1941 contó con la participación de ocho clubes y se disputó mediante dos rondas con encuentros de ida y vuelta. Sin embargo, en la decimosegunda fecha el torneo fue suspendido debido a la participación de la selección peruana en el Campeonato Sudamericano de aquel año. Una vez reanudado, Universitario de Deportes consiguió el título tras vencer en los dos últimos encuentros a Atlético Chalaco y Alianza Lima por 1:0 y 3:1 respectivamente. En 1945 obtuvieron nuevamente el título nacional tras diez victorias, un empate y tres derrotas. El goleador del campeonato fue Lolo con dieciséis anotaciones.