Nach seinem Ausscheiden aus dem US-Repräsentantenhaus arbeitete Stover wieder als Rechtsanwalt. Außerdem stieg er in das Immobiliengeschäft ein. In seiner Heimatstadt Versailles engagierte er sich auch im Bergbau. 1876 war er Delegierter seines Staates auf der Weltausstellung in Philadelphia. Im gleichen Jahr bewarb er sich erfolglos um die Rückkehr in den Kongress. John Stover starb am 27. Oktober 1889 in Aurora Springs und wurde in Versailles beigesetzt.