Во время рокоша Николая Зебжидовского Себастьян Собеский сохранил верность польскому королю Сигизмунду III Вазе, был инициатором примирительного съезда в Люблине в июне 1607 года. В июле того же 1607 года принимал участие в разгроме рокошан королевской армией в битве при Гузове. В 1609—1611 годах участвовал в походе польского короля Сигизмунда III Вазы на Смоленск и осаде города.