2003 wurde er schließlich für zwei Jahre Cheftrainer bei Lokomotive. Im März 2004 übernahm er zusätzlich das Amt des Cheftrainers der russischen Nationalmannschaft, die ein weiteres Mal nach 1996 die Olympiaqualifikation verpasst hatte. Bei der EM 2005 verabschiedete man sich im Viertelfinale gegen den späteren Titelträger Griechenland vom Kampf um die Medaillen und verlor auch die Platzierungsspiele gegen den regionalen Rivalen Litauen sowie gegen Kroatien. Die Qualifikation für die WM 2006 wurde verpasst und Babkow trat von seinem Amt als Nationaltrainer wieder zurück. Im Anschluss war er für drei Jahre Trainer von Spartak Primorje aus dem ostsibirischen Wladiwostok an der Pazifikküste. Nachdem er auch dieses Amt 2009 niederlegte, kehrte er als Sportdirektor zu Lokomotive in Nowosibirsk zurück.