Il quitte Liverpool le et participe à l'opération Menace sur Dakar qui est un échec, les forces françaises pétainiste refusant de se rallier et tirant sur les gaullistes. Il reçoit le baptême du feu lors des opérations de ralliement du Gabon puis débarque au Cameroun. Il combat en Érythrée contre l'armée italienne et participe à la victoire de Keren en ainsi qu'à la prise de Massaoua le 8 avril suivant où il remplit plusieurs missions de liaison. Il combat ensuite lors de la campagne de Syrie et entre à Damas le . Nommé caporal en novembre 1941 dans la compagnie du capitaine Pierre Messmer, il s'apprête à suivre des cours à Alep en Syrie pour devenir aspirant lorsqu'il apprend que son unité doit aller se battre en Libye. Il décide alors, malgré l'opposition de ses chefs, de renoncer à son cours pour partir combattre. Lors de la campagne de Libye, Lionel Beneyton sert comme chef de chenillettes Bren Carrier. Il combat à Bir-Hakeim en mai et juin 1942 puis est promu caporal-chef à la bataille d'El Alamein puis sergent sur le piton de l'Himeimat () où sera tué le le lieutenant-colonel Dimitri Amilakvari, son chef d'unité. Il participe en avril et à la campagne de Tunisie, à la suite de quoi il est nommé aspirant, puis sous-lieutenant en .