Blatter voitti 1998 jatkokauden, vaikka 11 Fifan johtoryhmän jäsentä oli nostanut syytteet Blatteria vastaan. Hänen vastaehdokkaansa oli kamerunilainen Issa Hayatou. Blatter sai 195 äänestä 139. Blatter oli luvannut puheenjohtajana tehdä jalkapallosta entistä maailmanlaajuisemman lajin. Nämä lupaukset konkretisoituivat MM-kilpailuissa, jotka pidettiin Etelä-Koreassa ja Japanissa vuonna 2002 ja Etelä-Afrikassa 2010.