Tiedot Bonnetin sotilasurasta ovat epäselviä, mutta hänellä oli majurin arvo Barbadoksen armeijassa. Tämä johtui todennäköisesti hänen maaomistuksestaan, sillä orjakapinoiden taltuttaminen oli tärkeä armeijan tehtävä. Bonnetin asepalvelus tapahtui samaan aikaan Espanjan perimyssodan kanssa, mutta ei ole tiedossa että hän olisi osallistunut siihen.