Noch am Tag des „Anschlusses“ Österreichs an Deutschland, am 12. März 1938, wurde Schönhof von der Geheimen Staatspolizei (Gestapo) verhaftet und ins Polizeigebäude Rossauer Lände gebracht. Am 17. Juni 1938 wurde er ins KZ Dachau deportiert und am 22. September 1938 nach Buchenwald. Obwohl man versuchte, Schönhof durch ein Auslandsvisum frei zu bekommen, gelang dies nicht. Anfang Oktober 1942, nach vier Jahren in Buchenwald, wurde Schönhof ins KZ Auschwitz nach Polen deportiert. Die Lageraufzeichnungen geben an, dass Schönhofs Transport am 17. Oktober das Lager erreicht hätte. Zwei Tage nach seiner Ankunft, am 19. Oktober 1942, wurde Egon Schönhof, der durch die Entbehrungen bereits physisch geschwächt gewesen sein soll, von der Schutzstaffel (SS) in der Krankenbaracke durch eine Injektion von Benzin ermordet. Andere Quellen geben abweichend davon an, dass Schönhof vor seinem Tod zumindest zwei Wochen in Auschwitz gewesen war.