31 sierpnia 2006 podjęto uchwałę o zmianie nazwy stacji. Początkowo planowano zmianę nazwy na Arsenał, dla upamiętnienia akcji pod Arsenałem. Ostatecznie zatwierdzono zmianę z Ratusz na Ratusz Arsenał (bez łącznika). Zmiana weszła w życie 29 grudnia 2006 wraz z przyłączeniem do I linii stacji Marymont, lecz dopiero od 12 stycznia lektor w pociągach zaczął odczytywać nazwę stacji według nowego wzoru. 26 marca 2007 r. ok. godz. 17:30 odbyła się uroczystość zmiany nazwy stacji na Ratusz Arsenał. Odsłonięcie nowej nazwy nastąpiło, przy wyjściu ze stacji od strony ul. Długiej, w 64 rocznicę akcji pod Arsenałem.