Този ход на френския император шокира прусаците, които виждат влиянието си в Германия сведено до нула. Прусия открито започва да се готви за война и на 1 октомври 1806 г. отправя ултиматум към Наполеон да напусне с войските си цяла Германия. Фридрих-Вилхелм II не съобразява това с руснаците, в резултат на което те не могат да пристигнат навреме на помощ. От своя страна Наполеон не се бави и веднага тръгва от Бавария на север. Великата армия се движи в три колони, на фронт от 50 км и напредва с по 25 км на ден. Конницата се движи напред, за да предотврати изненади. Толкова бързо достига тя пруските територии, че не позволява идването на руснаците и се озовава в близост до Берлин преди прусаците да се опомнят. Наполеон отделя част войниците под командата на маршал Даву, а с основните сили (100 000 д.) разбива една пруска армия при Йена (14 октомври). По същото време 63 000 прусаци нападат 27 000 французи на Даву при Ауерщат, но не успяват да ги отблъснат. Когато научават за събитията при Йена, те отстъпват, Даву контраатакува, а друга войскова част начело с Бернадот отрязва пътя им за отстъпление. Двете битки костват на Прусия 25 000 убити и толкова пленени. Кралят бяга на изток, под закрилата на руснаците, а победоносните французи влизат в Берлин.