À cette époque, bien que l'antisémitisme soit très peu présent en Serbie, la communauté juive eut, comme le reste de la Serbie, à souffrir des conséquences des guerres successives. Beaucoup de Juifs firent le choix de s'installer en Israël et aux États-Unis, notamment. Pendant la Guerre du Kosovo, la Fédération des communautés juives de Yougoslavie organisa le transfert de nombreux Juifs âgés, de femmes et d'enfants à Budapest, en Hongrie ; il s'agissait de les mettre en sécurité. Beaucoup d'entre eux s'installèrent définitivement dans ce pays.