Il 4 giugno 1800 dopo un lungo assedio le truppe austro-russe fecero il loro ingresso in città; il governo instaurato dagli occupanti revocò le riforme religiose in senso giansenista avviate dalla repubblica democratica e il 9 giugno l'arcivescovo Lercari nominò vicario generale il Lambruschini. Solo pochi giorni dopo, il 24 giugno, le truppe francesi, vinta la battaglia di Marengo, ripresero il controllo di Genova, ma contrariamente alle speranze dei giansenisti non ebbe comunque a realizzarsi la loro richiesta di rinnovamento, perché nel frattempo la politica di Napoleone nei confronti della chiesa era cambiata e l'imperatore per rafforzare il proprio potere era intenzionato a giungere ad un accordo con le autorità ecclesiastiche.