Flera höga ledare inom Einsatzgruppen dömdes till döden eller till långvariga fängelsestraff vid Einsatzgruppenrättegången 1947–1948. Så sent som i juni 1951 hängdes Einsatzgruppen-ledarna Paul Blobel, Werner Braune, Erich Naumann och Otto Ohlendorf. Den förstnämnde, Paul Blobel, hade fört kommandot vid Babij Jar samt även haft ansvaret för den så kallade Aktion 1005. SS-Gruppenführer Arthur Nebe, befälhavare för Einsatzgruppe B från juni till oktober 1941, dömdes emellertid till döden och avrättades i mars 1945 av den egna regimen för inblandning i 20 juli-attentatet mot Adolf Hitler 1944.