Έχοντας εδραιώσει τις κατακτήσεις του στην ξηρά, στο Σουλεϊμάν έφτασαν τα νέα ότι το φρούριο της Κορώνης στο Μωριά (σημερινή Πελοπόννησος) είχε περιέλθει στο ναύαρχο του Κάρολου Ε΄, Αντρέα Ντόρια. Η παρουσία των Ισπανών στην Ανατολική Μεσόγειο ανησύχησε το Σουλεϊμάν, που την είδε ως μια πρώτη ένδειξη της πρόθεσης του Κάρολου Ε΄ να ανταγωνιστεί την Οθωμανική κυριαρχία στην περιοχή. Αναγνωρίζοντας την ανάγκη να επαναβεβαιώσει την υπεροχή του ναυτικού στη Μεσόγειο, ο Σουλεϊμάν διόρισε έναν εξαιρετικό επικεφαλής του στόλου, στο πρόσωπο του Χαιρεντίν, γνωστού στους Ευρωπαίους ως Μπαρμπαρόσα. Από τη στιγμή που διορίστηκε αρχιναύαρχος ο Μπαρμπαρόσα επιφορτίσθηκε με την αναδημιουργία του Οθωμανικού στόλου, σε τέτοια έκταση που το Οθωμανικό ναυτικό ισοφάριζε σε αριθμό εκείνα όλων των άλλων Μεσογειακών χωρών μαζί. Το 1535 ο Κάρολος Ε΄ κέρδισε μια σημαντική νίκη κατά των Οθωμανών στην Τύνιδα, που μαζί με τον πόλεμο κατά της Βενετίας τον επόμενο χρόνο, έκανε το Σουλεϊμάν να δεχτεί προτάσεις από το Φραγκίσκο Α΄ της Γαλλίας να σχηματίσουν μια συμμαχία κατά του Καρόλου. Το 1538 ο Ισπανικός στόλος νικήθηκε από το Μπαρμπαρόσα στη Ναυμαχία της Πρέβεζας διασφαλίζοντας την Ανατολική Μεσόγειο για τους Τούρκους για 33 χρόνια μέχρι την ήττα τους στη Ναυμαχία της Ναυπάκτου το 1571.