Le , le général Tomás Cipriano de Mosquera s'insurge contre le gouvernement de Mariano Ospina Rodríguez, décrétant la séparation de l'État souverain de Cauca de la Confédération grenadine. Commence alors la guerre civile colombienne de 1860-1862 qui voit s'affronter militairement les partis conservateur et libéral. Les premiers souhaitent un État centralisé fort et un grand pouvoir pour l'Église tandis que les seconds souhaitent un État fédéral laissant un grand pouvoir aux États fédérés et une mise à l'écart de l'Église dans les affaires de l'État. Jorge Isaacs retourne alors au champ de bataille afin de combattre sous les ordres du général Braulio Henao contre la révolution commandée par Cipriano de Mosquera, participant notamment à la bataille de Manizales qui se déroule le lors de cette guerre civile. C'est à cette période qu'il se déclare être conservateur. Bien des années plus tard, en 1893, Jorge Isaacs expliquera son intervention aux côtés des conservateurs, déclarant :