Nel 1999, Gené ha fatto il suo debutto in F1 al volante di una Minardi M01, conquistando un punto nello spettacolare Gran Premio d'Europa finendo sesto. Marc ha superato il compagno di squadra Luca Badoer ed è stato nominato "Best Rookie of the Year 1999". Non riuscì a ripetere l'impresa l'anno successivo, ma tornò a mostrare una prestazione superiore a quella del suo compagno di squadra.