Williams bleef net als Paul Telfer in de Premier League spelen, daar hij en Telfer werden overgenomen door Southampton. Beide clubs gingen in oktober 2001 akkoord met een constructie waarbij Williams een week op huurbasis voor "The Saints" uitkwam, waarna hij permanent overkwam. Bij Southampton werd Williams herenigd met zijn oude Coventry City-coach Gordon Strachan. In het voorjaar van 2003 bereikte hij met Southampton de finale van de FA Cup. Southampton verloor van Arsenal met 1–0. Robert Pirès scoorde. Williams zat de hele wedstrijd op de bank, want Claus Lundekvam en Michael Svensson speelden de hele wedstrijd.