באוקטובר 1944, חודשיים אחרי שחרור פריז, הגיעה משלחת צבאית סובייטית לצרפת. טרפר יצר עימם קשר וב-6 בינואר 1945 המריא חזרה למוסקבה במטוסו האישי של סטלין. אחרי נחיתתו נידון טרפר לחמש עשרה שנות מאסר בטענה כי שיתף פעולה עם הגסטפו כדי להציל את עורו, והוא נכלא בלוביאנקה כמו חלק מסוכניו שנשארו בחיים. בשנת 1955, אחרי שסטלין מת והצמרת הסובייטית עברה תהפוכות, שוחרר טרפר וחזר אל אשתו וילדיו. גזר דינו בוטל על ידי בית המשפט הסובייטי העליון על היותו "נטול כל בסיס" והוא קיבל תעודה רשמית שטיהרה את שמו.