Durante as jornadas de Maio em Barcelona, esquadrões de Partido Comunista da Espanha (aparentemente sob ordens de Joseph Stalin) foram às ruas para caçar os líderes anarquistas, Berneri foi arrastado de sua casa e assassinado. Seu corpo, crivado de balas, foi encontrado durante a noite, perto da sede da Generalidade da Catalunha.