Dès sa création, l'organisation a utilisé des navires pour mener des campagnes à travers toutes les mers du globe. S'il lui arrive d'affréter des bateaux, elle en a également acheté qu'elle transforme pour mener à bien ses missions. Le plus emblématique est certainement le "Rainbow Warrior" coulé en 1985 lors d'un attentat, organisé dans le cadre des opérations des services secrets français visant à éviter la déstabilisation d'essais nucléaires.