Après le 9-Thermidor (27 juillet 1794), il est chargé de faire appliquer la politique de la Convention thermidorienne aux habitants de Lyon, il désarme les Jacobins et fait arrêter les chefs terroristes avec qui il avait un an auparavant arrêtés et condamnés les fédéralistes lyonnais. À son retour à la Convention, il critique ceux qui «traitent d'aristocrate tout ce qui n'est pas terroristes». Il est élu au Comité de sûreté générale puis au Comité de salut public. Avec vigueur, il défend le décret concernant la liberté du culte afin de calmer les querelles religieuses. Lors de l'Insurrection du 1er prairial an III (20 mai 1795) et de l'Insurrection royaliste du 13 vendémiaire an IV (5 octobre 1795), il est un des députés chargés de diriger les forces armées.