Mykonos nằm dưới sự kiểm soát của người La Mã trong triều đại của Đế chế La Mã và sau đó trở thành một phần của Đế quốc Byzantine cho đến thế kỷ thứ XII. Năm 1204, với sự sụp đổ của Constantinople trong cuộc Thập tự chinh thứ tư, Mykonos đã bị Andrea Ghisi, một người họ hàng của công tước Venice chiếm đóng. Hòn đảo đã bị tàn phá bởi Catalan vào cuối thế kỷ XIII và cuối cùng được trao lại cho sự cai trị của người Venice trong năm 1390.