Nach dem Ende seiner aktiven Karriere wechselte Mlakar in den Funktionärsbereich. Nachdem er einige nationale Wettbewerbe als Technischer Direktor oder Assistent bestritt, war er bei der Skiflug-Weltmeisterschaft 2004 offiziell Wettkampfleiter. Bei der Skiflug-Weltmeisterschaft 2006 am Kulm übernahm er den Posten des Technischen Assistenten. Auch bei der Skiflug-Weltmeisterschaft 2008 in Oberstdorf gehörte er auf dieser Position zum Wettkampfteam.