Báthory, com seu chanceler Jan Zamoyski, comandaram o exército da República em uma brilhante e decisiva campanha contra as forças invasoras de Ivan, o Terrível durante a Guerra da Livônia. Os russos tinham invadido a Livônia e tomado Dorpat do vassalo da República, o Ducado da Curlândia. O exército da República sob o comando de Báthory derrotou a força russa em Velikiye Luki. Em 1581, Estêvão penetrou no coração da Moscóvia e em 22 de agosto, sitiou a cidade de Pskov, cuja grande extensão e imponentes fortificações encheram o pequeno exército da República de desânimo. Mas o rei, apesar do pessimismo de seus próprios oficiais e do protesto do núncio apostólico Possevino, a quem a cúria, iludida pela ideia de uma união das igrejas, tinha enviado expressamente de Roma para mediar entre o tsar e o rei de Polônia, manteve o cerco à cidade ao longo do severo inverno do ártico, até que, em 13 de dezembro de 1581, Ivan, o Terrível, preocupado com a segurança da terceira maior cidade de seu império, assinou o tratado de paz em Jam Zapolski (15 de janeiro de 1582), cedendo Polatsk e devolvendo toda a Livônia para a República.