Také společnosti Škoda Auto se týkal skandál koncernu Volkswagen známý též jako Dieselgate. Škoda Auto namontovala dieselové motory EA 189 se sporným softwarem do zhruba 1,1 milionů vozů značky Škoda. V roce 2015 vytvořila rezervu ve výši 3,2 miliardy korun na budoucí servisní prohlídky spojené aktualizací softwaru a další náklady. V září 2017 oznámila Škoda Auto záměr nabízet chystané modernizované verze vozů Fabia a Rapid pouze se zážehovými motory. Spotřebitelé v Česku podali hromadnou žalobu prostřednictví společnosti Safe Diesel.