Po odbyciu rekonwalescencji Tolly wrócił do wojska w 1808 r. i dowodził korpusem w walkach ze Szwedami w czasie wojny fińskiej. W 1809 r. rozgłos w całej Europie przyniósł mu szybki śmiały marsz po zamarzniętej Zatoce Botnickiej. Dzięki temu wybiegowi udało się mu zaskoczyć armię nieprzyjaciela i zdobyć Umeę. Ten wyczyn został uwieczniony przez poetę Jewgienija Baratyńskiego a sam Tolly został mianowany generałem teraz już pełnej rangi. Później otrzymał stanowisko generała-gubernatora Finlandii. Rok później w styczniu 1810 został ministrem wojny, na stanowisku tym pozostawał do września 1812 r. Jako minister wojny przyczynił się do wzmocnienia armii rosyjskiej.