1963. július 26-án a Richter-skála szerint 6.1-es erősségű földrengés rázta meg Szkopjét, hajléktalanná téve . A halottak száma kb. 1000 fő volt. A földrengés lerombolta a város négyötödét, és sok műemlék is komolyan károsodott. A veszteség Macedónia akkori bruttó nemzeti termékének (GNP) 150%-a, illetve a teljes Jugoszlávia GNP-jének 15%-a volt. Nemzetközi segítséggel a város gyorsan újjáépült, de az építés során elég sokat vesztett régi török jellegéből. A régi vasúti pályaudvar romjait múzeumként megőrizték az áldozatok emlékére.