ב-1999 מונה קופר כמאמנה של ולנסיה. בעונתו הראשונה זכה קופר בסופרקאפ הספרדי הוביל את הקבוצה למקום השלישי ולהעפלה לגמר ליגת האלופות בפעם הראשונה בתולדות המועדון (הפסידה לריאל מדריד). בעונתו השנייה והאחרונה הוביל קופר את הקבוצה להופעה שנייה בגמר ליגת האלופות בה הפסידה בפנדלים לבאיירן מינכן ולמקום החמישי בליגה.