Na de instelling van de republiek (november 1889) verzoende Saldanha da Gama zich met de republiek, ondanks mogelijke monarchistische ideeën. Desondanks vroeg president Floriano Peixoto hem in april 1893 om minister van Marine te worden (als opvolger van admiraal Custódio de Melo). Wegens meningsverschillen met de president weigerde Saldanha da Gama resoluut.