La rivière Boyer doit son nom à un colon qui a chassé et piégé dans le bassin versant avant l'époque de Lewis et Clark. Explorateurs, y compris Lewis et Clark, Jean-Jacques Audubon et Prince Maximilian zu Wied-Neuwied, a traversé la région près de l'embouchure du Boyer alors qu'ils remontaient la Rivière Missouri. Cette zone fait maintenant partie de la Boyer Chute Réserve nationale de faune (NWR). Il s'agissait à l'origine d'une île de sable et de sédiments déposée dans la rivière Missouri par la rivière Boyer. Progressivement, la rivière Missouri a érodé un chenal majeur (chute) à travers les sédiments; ceci est devenu connu sous le nom de Boyer Chute, et était le canal préféré utilisé par les explorateurs et les commerçants jusqu'au Missouri a finalement changé de cap.