В январе 1813 года назначен командующим Императорской гвардии. В кампании 1813 года, в ходе Войны шестой коалиции отличился в сражениях при Лютцене, Бауцене, Дрездене и Лейпциге (битва народов). В 1814 году Мортье, командуя Императорской Гвардией, участвовал в обороне и сдаче Парижа.