В середине VIII века долины вокруг Манглиси принадлежали роду Джуаншериани, одной из ветвей династии Хосроидов, позже перешли в собственность рода Липаритиди. Во время турецкого нашествия окрестности посёлка были разорены, в них почти не осталось оседлого населения, а турки-сельджуки пасли здесь скот. В 1121 году на горе Дидгори, недалеко от Манглиси, произошла решающая битва между грузинским и турецким войском, которая принесла победу коренному народу. Однако свободная жизнь продолжалась недолго. Вторжение Тамерлана в Грузию надолго оставило Манглисский край в руинах. Ещё в 1770 году Манглисская епархия значилась в списке разорённых.