Al estallar guerra con la Gran Colombia en 1829, pidió su reincorporación al servicio, siendo aceptado en su grado de coronel. Hizo la campaña como edecán del presidente José de La Mar y estuvo presente en la batalla de Tarqui. Luego pasó a Lima con pliegos oficiales y apoyó el golpe de estado del general Antonio Gutiérrez de la Fuente que, en entendimiento con Gamarra, depuso al vicepresidente Manuel Salazar y Baquíjano, el 6 de junio de 1829. Fue ascendido a General de Brigada.