UBSEP Türkiye ekosistemlerini, Biyolojik Çeşitlilik Sözleşmesi tarafından belirlenen ekosistem tiplerine göre 6 tematik alana bölmekte, başka deyişle Türkiye'yi 6 ana ekosistem tipine göre incelemektedir. Bunlar tarım, orman, içsu, kıyı-deniz, dağ, bozkır (step) ekosistemleridir.