Дэвисы эмигрировали в Северную Америку из Сноудонии, региона на севере Уэльса, в начале 1700-х годов. После прибытия в Филадельфию Эван, дед Джефферсона по отцовской линии, поселился в Джорджии и женился на Мэри Эмори Уильямс, вдове с двумя детьми. В 1756 году родился Самуэль Эмори Дэвис, отец Джефферсона. Во время войны за независимость он служил в Континентальной армии вместе с двумя старшими сводными братьями. В 1783 году, после войны, Самуэль женился на Джейн Кук из округа Кристиан штата Кентукки. В 1793 году семья переехала в Кентукки. У Самуэля и Джейн было десять детей; Джефферсон был последним. Он родился на ферме Дэвисов в 3 июня. Год его рождения точно неизвестен; в течение многих лет Дэвис называл 1807 год, но под конец жизни начал указывать вместо этого 1808-й. Самуэль был ещё молодым человеком, когда в 1776 году будущий 3-й президент США Томас Джефферсон составил текст Декларации независимости. Самуэль Дэвис, поклонник Томаса Джефферсона, назвал своего последнего сына в его честь. Авраам Линкольн, будущий противник Дэвиса, родился на год или два позже менее чем в 100 милях (160 км) к северо-востоку. В начале XX века недалеко от места рождения Дэвиса был установлен .