Ritiratosi dall'attività agonistica nel 1994, intraprende la carriera come allenatore, iniziando dal settore giovanile del e passando poi, nel 1999, al settore giovanile della . Dal 2001 al 2004 fa parte dello staff tecnico della prima squadra bianconera di Marcello Lippi, che nel biennio 2002-2003 vince consecutivamente lo scudetto e la Supercoppa italiana. Nell'estate del 2004 diventa secondo di Fabio Capello, con cui vince i campionati 2005 e 2006 – poi revocati dalle sentenze seguite a Calciopoli.