O primeiro presidente do país foi Qahhor Mahkamov, que, à época, era o Primeiro Secretário do Partido Comunista do Tajiquistão e foi nomeado presidente da RSS Tajique em 1990. Mahkamov ocupava os dois cargos quando se viu obrigado a renunciar à presidência em agosto de 1991, devido ao aumento de sua impopularidade decorrente de sua declaração de apoio à tentativa de golpe de 1991 em Moscou, expresso em manifestações de rua em Duchambé. Entre 1990 e 1992, o cargo de presidente foi ocupado por três pessoas distintas; tal instabilidade explicava-se pela incerteza política que se seguiu após a dissolução da União Soviética e pela violência e revoltas sociais durante a Guerra Civil do Tajiquistão. Desde 1992, Emomali Rahmonov é o presidente do país. As eleições presidenciais no Tajiquistão são bastante criticadas por observadores interncionais, que denunciam constantes injustiças e favorecimentos ao partido de situação.