Nach einem halben Jahr Bundesliga wurde Netzer erstmals für die Nationalmannschaft nominiert. Er absolvierte sein erstes Länderspiel am 9. Oktober 1965 gegen Österreich; doch konnte er sich nicht für einen Stammplatz empfehlen und wurde für die Weltmeisterschaft 1966 nicht berücksichtigt. Für die EM-Endrunde 1968 konnte sich die DFB-Auswahl nicht qualifizieren, unter anderem durch das 0:0 gegen Albanien (Schmach von Tirana), bei dem Netzer in der Mannschaft stand. 1970 stand Netzer im Aufgebot für die WM-Endrunde in Mexiko, verletzte sich jedoch kurz vor der Abreise; für ihn rückte Hennes Löhr in den Kader. Bundestrainer Helmut Schön setzte meist auf den Kölner Wolfgang Overath als Spielgestalter – insbesondere nach dem als Schmach von Tirana in die deutsche Fußballgeschichte eingegangenen Versuch, mit beiden Regisseuren anzutreten. Die Rivalität zwischen Netzer und Overath bestimmte die frühen 1970er Jahre.