De jaren die daarop volgden waren wisselvallig, hoofdzakelijk door enkele hardnekkige blessures, waardoor ze soms lange tijd buiten strijd was. Toch slaagde Dejaeghere er nog telkens in om zich voor de grote kampioenschappen (WK Edmonton 2001, EK München 2002 en WK Parijs 2003) te plaatsen. In 2004 kon ze zich net niet plaatsen voor de Olympische Spelen in Athene. In 2005 verkoos Veerle Dejaeghere de 5000 m boven de 1500 m en ze selecteerde zich dan ook op die afstand voor de WK in Helsinki.