Alla morte del re Gustavo Adolfo nella battaglia di Lützen, Horn, assieme al generale Johan Banér, fu posto al comando delle forze svedesi operanti in Germania, mentre il cancelliere Oxenstierna, suo suocero, assunse la guida politica della nazione. La conduzione delle operazioni nei seguenti anni fu per Horn piuttosto problematica: i tentativi di coordinare lo sforzo bellico svedese con quelli del comandante protestante Bernardo di Sassonia-Weimar, che operava indipendentemente, ebbero risultati altalenanti. Dopo l'assassinio del comandante imperiale Albrecht von Wallenstein Horn riuscì a conquistare alcuni territori in Svevia, ma dovette riunirsi rapidamente con le truppe di Bernardo di Sassonia per contrastare l'avanzata delle truppe spagnole del cardinale-infante Ferdinando d'Asburgo; il 6 settembre 1634 le forze protestanti e svedesi furono duramente battute nella battaglia di Nördlingen e Gustav Horn fu preso prigioniero dagli imperiali.