El 12 de agosto, Kimmich comenzó la temporada 2018-19 jugando en la Supercopa de Alemania y también ganó el título cuando su equipo derrotó al Eintracht Frankfurt con una victoria por 5-0. La semana siguiente, el 18 de agosto de 2018, Kimmich jugó en la victoria por 1-0 contra el &lt;a href="SV%20Drochtersen/Assel"&gt;SV Drochtersen/Assel&lt;/a&gt; en la primera ronda de la Copa de Alemania. Kimmich jugó en el partido inaugural de la temporada de la Bundesliga contra el Hoffenheim el 24 de agosto de 2018. El Bayern ganó el partido 3–1. El primer gol de la temporada de Kimmich llegó contra el Hannover el 15 de diciembre de 2018. Hizo su aparición número 100 en la liga con el club el 9 de febrero de 2019 durante una victoria por 3-1 sobre sus rivales, el Schalke.