Van der Sar có mặt trong đội hình đội tuyển Hà Lan tham dự World Cup 1994 nhưng lại không được thi đấu. Anh đã phải chờ đến ngày 7 Tháng 6 năm 1995 cho lần ra mắt quốc tế của mình, gặp đội tuyển Belarus. Anh đã ghi bàn từ chấm phạt đền trong 3 vòng đấu loại liên tiếp tại các giải đấu quan trọng như: Euro 1996, World Cup 1998 và Euro 2000. World Cup 2002 là giải đấu lớn đầu tiên mà anh không được tham dự do Đội tuyển Hà Lan đã thất bại trong việc giành vé đến Nhật Bản - Hàn Quốc sau khi không thể cạnh tranh được với đội tuyển Bồ Đào Nha và đội tuyển CH.Ireland.