В начале 2007 года главный тренер национальной сборной Словакии Ян Коцян, находясь под впечатлением от выступлений Марека за «Брешиа», вызвал его в состав главной команды страны. 7 февраля 2007 года в испанском городе Херес-де-ла-Фронтера в товарищеском матче со сборной Польши состоялся дебют Марека Гамшика за национальную сборную. Он вышел на поле на 81-й минуте при счёте 2:2, который и был зафиксирован на табло после финального свистка. 13 октября того же года Марек записал на свой счёт первый гол за сборную, и это случилось в матче отборочного турнира чемпионата Европы 2008 года со сборной Сан-Марино. Марек открыл счёт в матче, который в итоге завершился со счётом 7:0. Тот отборочный цикл, в котором Марек провёл 6 матчей и забил 2 гола, оказался для словаков не самым удачным и они заняли лишь четвёртое место в группе D, которое не позволило им выйти в финальную стадию чемпионата Европы.