В августе 2002 года Тотти получил тяжёлую травму колена, из-за которой выбыл из строя на полтора месяца и пропустил начало сезона. Лишь 20 сентября он вновь появился на поле, выйдя на замену в игре с «Болоньей». 24 сентября забил первый мяч в сезоне, поразив ворота «Модены» с пенальти. После этой игры у Тотти случился конфликт с Фабио Капелло; он связывался с плохим микроклиматом в команде, из-за чего клуб неудачно стартовал в Серии А.