Med 2. svetovno vojno so bili otoki edini del Britanskega imperija, ki ga je zasedel Tretji rajh, z edino izjemo dela Egipta, ki ga je zasedel Afriški korpus za časa druge bitke pri El Alameinu. Nacistična zasedba med letoma 1940 in 1945 je bila kruta. Več otočanov so odvedli na prisilno delo v celinska delovna taborišča, tiste otoške Jude, ki se niso pravočasno odselili, so poslali v koncentracijska taborišča. Nastal je partizanski odpor in nemško maščevanje, obtožbe zaradi kolaboracije. Na otoke so na prisilno delo pripeljali večinoma Ruse in prebivalce iz vzhodnoevropskih držav, da so gradili utrdbe, ki so danes turistične znamenitosti. Kraljeva vojna mornarica je od časa do časa blokirala otoke, še posebej po osvoboditvi celinske Normandije leta 1944. Močna pogajanja so vodila do človekoljubne pomoči Rdečega križa, vendar sta med petletno nemško zasedbo na otokih vladala velika lakota in pomanjkanje.