En 1535, les chevaliers de l'Ordre participent à la prise de Tunis par Charles Quint. Ils poursuivent leur "corso" contre les navires ottomans, à laquelle répond un harcèlement similaire de la part de nombreux corsaires liés à l'Empire ottoman, comme le célèbre Dragut. Ce type de guerre, spécifique à la Méditerranée, est l'activité de prédation maritime qui s’opère entre chrétiens et musulmans, du milieu du jusqu'au milieu du , activité située entre la course et la piraterie, sous prétexte de guerre sainte. Les prises réalisées alimentent les finances de l'Ordre et permettent les travaux menés à Malte en vue de sa protection. En 1550, les chevaliers incendient la ville de Mahdia, repaire des navires corsaires de Dragut. En représailles, ce dernier débarque à Malte en et dévaste l'île. Birgu étant trop bien défendue, après un échec devant Mdina, Dragut et Sinan Pacha ravagent l'île de Gozo puis se dirigent alors vers Tripoli qui tombe le . Sous le commandement de Jean de Valette, capitaine général de la flotte en 1554 puis nouveau grand maître élu en 1557, les galères de l'Ordre harcèlent plus que jamais les navires musulmans. Si l'expédition pour reprendre Tripoli se solde par un échec retentissant devant Djerba en 1559, confirmant la supériorité de la marine turque, les forces chrétiennes réussissent néanmoins la prise de Peñón de Vélez de la Gomera en 1564. Cette même année, le capitaine Mathurin Romegas affronte et capture une caraque ottomane fortement armée et chargée d'une riche cargaison à destination de proches de Soliman. Ce dernier fait d'armes décide Soliman à lancer une expédition contre Malte pour en finir avec les corsaires de l'Ordre.