Podporoval príklon politiky Komunistickej strany Československa (KSČ) počas Prvej československej republiky k politike Komunistickej strany Sovietskeho zväzu (KSSZ) – tzv. boľševizáciu strany. Pod jeho vedením KSČ v roku 1946 vyhrala voľby v Česku, a v roku 1948 nátlakovými akciami vyvolala politickú krízu, ktorá vyústila až do nastolenia komunistami riadenej vlády vo Februárovom prevrate. Pôvodne deklaroval tzv. „špecifickú Československú cestu k socializmu“, ktorej sa však po uchopení moci vzdal pod vplyvom Sovietskeho zväzu. V 50. rokoch 20. storočia už presadzoval proces sovietizácie Česko-Slovenska. Pripustil politické procesy, ktoré mali pacifikovať opozíciu a snahu o nezávislosť od ZSSR. Nakoniec hlavného iniciátora týchto čistiek, Josifa Vissarionoviča Stalina prežil len o deväť dní. Počas Gottwaldovho prezidentského pôsobenia sa vystupňoval komunistický teror. Bolo vynesených viac ako 230 rozsudkov smrti, vyše 100 000 ľudí sa ocitlo z politických dôvodov vo väzení a ďalšie státisíce osôb boli prenasledované a perzekvované.