Les frères Barberousse chassent définitivement les Espagnols de l’îlot du "Peñon" en 1529. Aruj Barberousse décide de créer un véritable port en reliant l’îlot à la terre ferme, réalisant la jetée et l'amirauté d'Alger, ainsi qu'une rade pour les navires. Ces aménagements permettent à la ville de devenir la principale base des corsaires en Méditerranée occidentale. Alger devient la capitale de sa régence et c'est le même terme d""' qui, dans les actes internationaux, s'applique à la fois à la ville et au pays qu'elle commande. Charles Quint organise l'expédition d'Alger en 1541, qui est un échec. Les défenses de la ville sont alors remaniées surtout vers la mer ; la ville est entourée d'une enceinte percée par les portes "Bab Azoun", "Bab El Oued", "Bab J'did", "Bab Dzira" et défendue par une série de forts ("bordj"), établis du : "Lefanar", "Goumen", "Ras el Moul", "Setti" "Taklit", "Zoubia", "Moulay Hasan" (devenu Fort l’Empereur après l'occupation française), Q"ama’at El Foul" et "Mers Debban." Plus tard sont construits le "Bordj J'did", datant de 1774, puis ceux de "Lebhar" et "Ma-Bin" au début du .