Nell'estate del 1998 viene ingaggiato l'allenatore Ottmar Hitzfeld, che nell'annata d'esordio vince la Coppa di Lega (4-0 in finale allo Stoccarda) e guida il Bayern alla sua sesta finale di UEFA Champions League, risoltasi con un epilogo imprevedibile che arride al , in gol due volte nei minuti di recupero dopo che i tedeschi erano stati in vantaggio fino al novantesimo. In questa stagione la squadra ha comunque messo in bacheca il titolo tedesco e lo stesso fa nella successiva, superando il all'ultima giornata grazie a una migliore differenza reti. La stagione 2000-2001 è memorabile: il Bayern mette in bacheca il diciassettesimo titolo tedesco e, per la quarta volta, la UEFA Champions League battendo in finale il ai tiri di rigore, con il portiere Kahn decisivo, che riesce a parare il tiro a Mauricio Pellegrino. Persa la Supercoppa UEFA contro il Liverpool, nel 2001 il club di Monaco di Baviera conquista per la seconda volta la seconda coppa Intercontinentale sconfiggendo il . Il Bayern ottiene poi il "double" campionato-coppa nazionale nel 2002-2003, con Giovane Élber capocannoniere della Bundesliga. Nell'ultima stagione di Hitzfeld, con in squadra il nuovo acquisto Roy Makaay, la squadra termina al secondo posto il campionato.