Roku 1806 vyhlásilo Prusko Francii válku a vévoda z Brunšviku se stal velitelem pruské armády. Dne 14. října téhož roku v bitvě u Jeny Napoleon porazil pruskou armádu a ve stejný den v bitvě u Auerstadtu byl vévoda vážně zraněn a o několik dní později zemřel. Vévodkyně z Brunšviku se dvěma ze svých synů utekla ze zničeného paláce v Altoně, kde byla přítomna se svou snachou Marií Bádenskou. Její další snacha Luisa Oranžsko-Nasavská odešla do Švýcarska se svou matkou – vzhledem k postupující francouzské armádě byly instruovány britským velvyslancem, aby uprchly. Mariiným švagrem králem Gustavem IV. Adolfem byly pozvány do Švédska. Marie nabídku přijala, Augusta však odešla do malého městečka Augustenborg východně od Jutska. Zde zůstala se svou neteří princeznou Luisou Augustou Dánskou, dcerou její sestry královny Karoliny Matyldy Hannoverské. V září 1807 jí bylo dovoleno, aby se přesunula do Londýna. Odstěhovala se do Montague House, a to se svou dcerou Karolinou Brunšvickou.