ב-14 בספטמבר הכה צבא האיחוד את המעברים בהר סאות'. הקרב על ההר היה ניצחון מכריע של האיחוד, אך מגיני הקונפדרציה הצליחו לעכב את התקדמות האיחוד מספיק זמן עבור לי בשביל להתחיל לגבש מחדש את כוחותיו הפזורים. בבוקר 15 בספטמבר הכניעו לבסוף כוחותיו של ג'קסון 12,000 חיילי איחוד בהפרס הרפרס. הקרב הסתיים במחיר של פחות מ-300 נפגעים בצד הקונפדרציה, ובכך ג'קסון זכה באחד הניצחונות הגדולים שלו במסגרת במלחמת האזרחים כולה. לאחר הקרב מיהר ג'קסון לשוב אל לי ולהתאחד עם כוחותיו. במקביל, ארמיית הפוטומק של מקללן נעה דרך מעברי הר סאות' במטרה למצוא את צבאו של לי, שמנה אולי 11,000 איש אחר הצהריים של 15 בספטמבר, ושלט על הגבעות מצפון לשרפסבורג (אנטיאטם). מקללן העריך כי כוחותיה המפוזרים של ארמיית צפון וירג'יניה באזור הסתכמו ב"לא פחות מ-120,000 איש" - הערכה שיותר מהכפילה את כוחה בפועל של הארמייה - והוא בילה את 16 בספטמבר בהדרכת סיורים על עמדות הקונפדרציה. ג'קסון, בדרך של צעדה כפויה בן לילה, הגיע לשרפסבורג בשעות אחר הצהריים של 16 בספטמבר, והכפיל למעשה את כוחו של לי. בשעה 05:30 ב-17 בספטמבר החלו כוחות האיחוד תחת ג'וזף הוקר להתקדם דרומה אל עבר כוחות הקונפדרציה בפריפריה החלקאית מצפון העיר שארפסברג ובכך החלו בקרב אנטיאטם.