Am 7. Juni 1805 setzte Napoleon Eugène als Vizekönig von Italien ein, jedoch ohne größere Befugnisse. Eugène, kurz zuvor von Napoleon adoptiert, heiratete am 13. Januar 1806 weltlich und einen Tag später kirchlich in München auf Anweisung Napoleons und im Beisein des französischen Kaiserpaares die 17-jährige Prinzessin Auguste Amalie von Bayern und wurde damit zum Schwiegersohn des bisherigen Kurfürsten Max IV. Joseph und seit 1. Januar 1806 ersten bayerischen Königs Max I. Joseph. Aus der Heirat aus Staatsräson entwickelte sich eine innige Liebesbeziehung; ein Leben lang blieben die beiden ein glückliches Paar. Eine Woche nach der Hochzeit reisten sie nach Mailand ab, begleitet von Friederike von Wurmb, der Erzieherin der Prinzessin. Das gemeinsame Streben, von Napoleon das Königtum Italien zu erhalten, blieb unerfüllt, immerhin wurde Eugène 1807 zusätzlich Fürst von Venedig. Als im Frühjahr 1809 österreichische Truppen in Italien einmarschierten, konnte Eugène sich wieder als Soldat beweisen. Nach zunächst glücklosen Aktionen in der Schlacht bei Sacile am 16. April 1809 bezwangen er und die napoleonischen Truppen die Österreicher unter Erzherzog Johann in der Schlacht bei Raab in Ungarn am 14. Juni 1809. Gehorsam gegenüber Napoleon, unterwarf er anschließend das von Andreas Hofer angeführte aufständische Tirol und ließ Hofer am 20. Februar 1810 in Mantua erschießen.