Im Juli 1862 wurde er zum Generalmajor befördert und nach Westen beordert, wo er das Kommando über den Wehrbezirk West-Louisiana übernahm. Im Frühjahr 1864 besiegte er trotz einer Niederlage in der Schlacht bei Pleasant Hill Nathaniel Prentiss Banks auf dessen Red-River-Feldzug. Taylor wurde aber von seinem Vorgesetzten Edmund Kirby Smith von einer größeren Verfolgungsaktion abgehalten, da dieser sich US-General Frederick Steele in Arkansas zuwenden wollte. Kirby Smith und Taylor entzweiten sich über diese Streitfrage, und Taylor bat kurz darauf um ein neues Kommando. Er wurde zum Generalleutnant befördert (neben den Kavalleristen Wade Hampton III. und Nathan Bedford Forrest war er der einzige Konföderierte ohne militärische Vorbildung, der diesen Rang erreichte) und übergab ihm den Wehrbereich Alabama, Mississippi und Ostlouisiana.