Während des Zweiten Weltkrieges war Holfelder im Warthegau an Planungen beteiligt, 35.000 an Tbc erkrankte Polen durch Gas zu ermorden. Holfelder befürwortete im Mai 1943 gegenüber einem hochrangigen Offizier der Wehrmacht in Posen die „Ausrottung der Juden“ und merkte an, es sei „humaner, auch Kinder zu töten, als sie als Juden leben zu lassen“. Bei der SS-Panzer-Division Leibstandarte SS Adolf Hitler war Holfelder beratender Röntgenologe. Ab Januar 1944 gehörte Holfelder als SS-Führer dem Stab des SS-Oberabschnitts Warthe an. Bei der Niederschlagung des Warschauer Aufstandes 1944 war Holfelder verwundet worden, da der Röntgensturmbann aufgrund der Kriegslage als Kampfeinheit Verwendung fand. Holfelder fiel in der Schlacht um Budapest.