em 1990, Rahmon foi eleito deputado popular para o Supremo Soviete da RSS tajique. O presidente Rahmon Nabiyev foi forçado a renunciar nos primeiros meses da Guerra Civil no Tajiquistão em agosto de 1992. Akbarsho Iskandarov, Presidente do Supremo Soviete, tornou-se presidente interino. Iskandarov renunciou em novembro de 1992 na tentativa de acabar com a agitação civil. No mesmo mês, os soviéticos supremos se reuniram em Cujanda para sua 16ª sessão e declararam o Tajiquistão uma república parlamentar. Rahmon foi então eleito pelos membros do Supremo Sovietecomo seu presidente - um cargo equivalente ao do presidente - e o chefe de governo. Mais tarde o ex-ministro do Interior Yaqub Salimov lembrou que a nomeação de Rahmon foi feita porque ele era "não descritivo", no qual outros comandantes de campo pensavam que ele poderia ser deixado de lado "quando ele tivesse servido ao seu propósito".