I reparti impiegati durante la guerra civile tra il 1990 e il 1993, decimarono il materiale bellico a disposizione dell'aeronautica, con la maggior parte dei velivoli distrutti a terra o durante operazioni militari, costringendo il ministero della difesa ruandese a ricostruire la struttura della forza aerea reintegrando il parco velivoli, ritornando all'operatività dal 1996.