Zijn debuut als international liet een tijd op zich wachten, omdat San Marino tot 1990 geen lid was van de FIFA en de UEFA en dus uitgesloten werd van deelname aan het WK en het EK. Omdat de interlandcarrière van Bonini voor Italië geen vervolg meer kreeg na de negen jeugdinterlands voor Italië -21, mocht hij nog uitkomen voor San Marino. In 1990 speelde hij zijn eerste kwalificatiewedstrijd voor het EK 1992. Tussen 1990 en 1995 speelde Bonini negentien interlands voor San Marino. Hij kwam met de dwergstaat nooit uit op een eindtoernooi.