W latach 1642–1648 pierwsi karmelici berdyczowscy organizowali podstawy życia zakonnego i wykańczali przekazane im budowle. Po wybuchu powstania Chmielnickiego i pierwszych atakach na klasztor, podjęto decyzję o ewakuacji zakonników. Forteca została opuszczona, a następnie splądrowana przez wojska kozackie i tatarskie.