11 липня 1995 року тодішній президент клубу та його головний спонсор Міша Нікшич був убитий поряд з кафе «Міг» на Звездарі, після чого новим президентом клубу став Браніслав Троянович. У сезоні 1995/96 років «Звездара» посіла друге місце в Сербській лізі Белград й вийшла до Другої союзної ліги Б. Осінню частину сезону 1996/97 років клуб провів у Другій лізі Б, але завдяки вдалим виступам в ній, навесні був переведений до Другої союзної ліги А, в якій фінішував на 6-му місці. У сезоні 1997/98 років виступав у об'єднаній Другій союзній лізі, в якій посів друге місце, переможцем же став «Міліціонар». У наступному сезоні 1998/99 років, який був призупинений через бомбардування Югославії силами НАТО, «Звездара» посіла 3-тє місце, й поступилася лише «Хайдуку-Ліону» (Белград) та «Чукаричкам», які й вийшли до Першої ліги Сербії.