Il 5 marzo 2009, alla luce dei fatti avvenuti durante la partita pareggiata contro la Roma quattro giorni prima, il procuratore federale Stefano Palazzi deferisce Balotelli, accusandolo di "violazione dell'art. 1 comma 1 del CGS, per avere rivolto gesti offensivi nei confronti di un calciatore avversario" (Christian Panucci). Il suo comportamento riceve qualche critica da parte dell'opinione pubblica e di altri calciatori. Il 19 aprile 2009 è vittima di cori dai contenuti razzisti da parte degli ultras della Juventus. Il fatto desta scalpore e porta alla modifica di una parte del regolamento della FIGC, dando al direttore di gara la possibilità di sospendere una partita qualora si verifichino atteggiamenti razzisti da parte del pubblico presente. La stagione si conclude con la conquista dello scudetto da parte dell'Inter, alla quale Balotelli contribuisce in modo decisivo, realizzando 8 reti.