Nel 1984 fu convocato in Vaticano e sottoposto ad un processo da parte della Congregazione per la Dottrina della Fede, allora presieduta dal prefetto Joseph Ratzinger (in seguito eletto papa col nome di Benedetto XVI), a causa delle tesi esposte nel suo libro "Chiesa: Carisma e Potere". Nonostante le giustificazioni fornite, l'anno successivo fu condannato al silenzio rispettoso ("silentium obsequiosum"). A causa di pressioni internazionali la decisione fu parzialmente revocata nel 1986. Nel 1992, a seguito di ulteriori minacce di provvedimenti disciplinari da parte dell'allora papa Giovanni Paolo II se avesse preso parte al Summit della Terra, Boff abbandonò l'ordine dei francescani.