Kızıl Ordu'nun Azerbaycan'a müdahalesinden sonra Habib Bey Nahçivan’ın komissarı tayin edildi, fakat Bolşevik'lerle çalışmayı redd etdiği için 1920 yılının 1 Eylül tarihinde tutuklandı ve 30 Aralık tarihinde Bolşevik'ler tarafından kurşuna dizilerek idam edildi.