Nel 1223, fu scelto dall'imperatore di Nicea Giovanni III Vatatze per occupare la sede del Patriarcato ecumenico, che si era trasferito lì dopo la caduta di Costantinopoli. Germano assunse il trono patriarcale il 4 gennaio 1223 e si dimostrò rapidamente un prezioso alleato di Vatatze. Durante tutto il suo patriarcato, Germano si sforzò di ristabilire la sua autorità come leader del mondo ortodosso politicamente frammentato, sostenendo nel contempo Vatatze nelle sue pretese sull'eredità imperiale bizantina. Così Germano si scontrò con i prelati dell'Epiro per il loro sostegno ai sovrani epiroti, e in particolare l'arcivescovo di Ocrida, Demetrio Chomatenos, che aveva presieduto l'incoronazione di Teodoro Comneno come imperatore a Salonicco, sfidando direttamente la posizione di Nicea. Dopo la sconfitta degli epiroti a Klokotnitsa nel 1230, tuttavia, i vescovi dell'Epiro furono gradualmente sopraffatti; nel 1232, lo scisma fu guarito con la chiesa dell'Epiro riconoscendo la sua autorità, seguita da un "tour" nella regione da parte di Germano nel 1238.