在阿克萨群众起义中，以色列空军主要被用于刺杀被以色列视为恐怖份子的巴勒斯坦军事组织的领导人，包括沙拉·沙克哈德（Salah Shakhade）、马赫穆德·阿布-胡努德（Mahmoud Abu-Hunud）、阿布·阿里·穆斯塔法、谢赫·艾哈迈德·亚辛、阿卜杜勒·阿齐兹·兰提西。这一政策由于在一些场合导致的平民伤亡而受到争议。以色列称与恐怖主义的战斗至关重要，同时称以色列空军的飞行员尽其所能避免平民伤亡，必要时会取消攻击。