ซาเนตติลงเล่นให้ทีมชาติอาร์เจนตินาเมื่อวันที่ 16 พฤศจิกายน ค.ศ. 1994 แมตช์เจอชิลี โดบการนำของโค้ชดาเนียล พาสซาเรลลา เขายังได้รับใช้ทีมชาติด้วยลงเล่นในฟุตบอลโลกปี1998 และ2002 อีกทั้งยังเป็นส่วนหนึ่งของทีมที่ได้เหรียญเงินจากโอลิมปิกฤดูร้อน 1996 ที่แอตแลนตา, สหรัฐอเมริกา