Während des Ersten Türkenkrieges fielen die Osmanen 1532 ins Weinviertel ein. Im Zuge der Reformation war Mistelbach, ebenso wie die meisten niederösterreichischen Gemeinden bis etwa zum Jahr 1570 weitestgehend protestantisch geworden. Unter Kaiser Matthias und seinem Bischof Melchior Khlesl mussten im Zuge der mit aller Härte durchgeführten Gegenreformation 1603 alle Mistelbacher zum katholischen Glauben konvertieren. Der damalige Mistelbacher Dechant namens Faschang, der Vater von vier Kindern war, wurde exkommuniziert. Unter Kaiser Ferdinand II. mussten die wenigen noch verbliebenen Protestanten, die nicht konvertieren wollten, das Land verlassen. Nachdem Mistelbach sich dem gefügt hatte, erhielt es vom Kaiser ein weiteres Marktprivilegium.