Japani haastoi vuonna 1876 Kiinan valta-aseman Koreassa ja otti haltuunsa aiemmin Kiinan suojeluksessa olleet Riukiusaaret vuonna 1879. Kiinan hallitus antoi Koreaa koskeneet kysymykset Lin vastuulle. Hän pyrki tukemaan Korean hovin sisäisissä valtakamppailuissa kiinalaismielistä ryhmittymää ja järjesti nuoren kiinalaisen upseerin Yuan Shikain Korean käskynhaltijaksi. Vuonna 1883 Li sai komentoonsa Vietnamin rajalle sijoitetut joukot, ja hän yritti neuvotteluilla saada Ranskan tunnustamaan Annamin kuulumiseen Kiinan etupiiriin. Seurauksena oli kuitenkin Kiinan–Ranskan sota, jonka Kiina hävisi, ja Annam päätyi Ranskalle. Li toimi Kiinan edustajana sodan päättäneissä Tianjinin rauhanneuvotteluissa vuonna 1885. Samana vuonna hän sopi japanilaisen Itō Hirobumin kanssa Korean muuttamisesta Kiinan ja Japanin yhteiseksi protektoraatiksi. Japanilaiset rohkaisivat 1890-luvun alussa Kiinaa vahvistamaan otettaan Korean asioista. Li erehtyi luottamaan heidän vilpittömyyteensä, vaikka todellisuudessa Japani valmistautui valtaamaan Korean kokonaan itselleen.