15 марта 2014 года Чуркин наложил вето на проект резолюции о признании незаконным и не имеющим юридической силы референдума об отделении Крыма от Украины. Он оговорился, что Россия «не оспаривает принцип территориальной целостности государств», в то же время отметив, что «до 1954 года Крым был частью России» и был передан Украине «в нарушение законодательства и без учёта мнения народа Крыма», который должен сам «определить своё будущее». При этом ранее в связи со случаем Косова Чуркин отмечал, что «Хельсинкский заключительный акт допускает изменение границ государств, но только политическими средствами и только по согласию сторон». В ответ на упрёки по поводу присоединения Крыма к России со стороны представителей других стран, в частности США и Великобритании, Чуркин заявлял, что «народ Крыма вполне определённо выразил свою волю на референдуме. 93 % населения проголосовало за воссоединение с Россией, от которой Крым был отторгнут несправедливо и незаконно», а касательно «позиции представителя Соединённого Королевства, то хочу посоветовать: верните Мальвинские острова, верните Гибралтар, верните аннексированную вами часть Кипра, верните архипелаг Чагос в Индийском океане, который вы превратили в огромную военную базу. Тогда ваша совесть будет, может быть, чуть более чиста, и сможете рассуждать на другие темы».