Влітку 1649 року за дорученням Богдана Хмельницького командував українськими військами у Білорусі. Учасник Пилявської битви 1648 та походу козацьких військ у Галичину. В жовтні 1648 Мартин Небаба очолював авангард української армії під час походу на Замостя. На початку 1649 року — наказний гетьман лівобережних полків. На чолі свого полку брав участь у Зборівській облозі 1649 та Зборівській битві 1649. Виступав проти укладення Зборівського мирного договору 1649.