El 21 de juliol de 1633 el rei Felip IV el presenta per a bisbe de Girona, el papa Urbà VIII el nomena el 19 de desembre de 1633, pren possessió el 20 de febrer de 1634 amb procurador, i entra en el bisbat el 12 de març. En 1636 realitza un viatge a Roma. Realitzà visita pastoral els anys 1634-1635, 1638-1639, 1640 i 1641. En plena revolta dels Segadors de 1640 defensà al poble enfront de les brutalitats dels terços espanyols, arribant a excomunicar-los, aconseguint la simpatia dels revoltats i les ires de la cort; però en 1643, ocupada Girona per les tropes franceses, les autoritats del Principat el desterren per mantenir-se fidel al seu rei i no voler jurar fidelitat al monarca francès LLuís XIII. Sotmesa Catalunya a l'obediència del rei d'Espanya, torna fra Parcero a Girona a principis de 1653, però per poc de temps perquè estava dolgut per la seva expulsió i no volia continuar-hi.