W czasie II wojny o Szlezwik w 1864 roku „Don Juan d’Austria” został przydzielony, razem z okrętem liniowym „Kaiser” i dwoma innymi jednostkami, na Morze Północne, jednak przybył już po zwycięskiej bitwie pod Helgolandem i nie wziął udziału w walce. Wszystkie trzy okręty wzięły udział w wojnie prusko-austriackiej, która wybuchła dwa lata później pomiędzy Prusami i Włochami a Austrią. Wojna na morzu osiągnęła swoje apogeum w lipcu 1866 roku, w czasie bitwy pod Lissą, w czasie której okręty typu "Kaiser Max" były zaangażowane w ciężką walkę, pomimo że nie zostały poważnie trafione i zadały niewielkie uszkodzenia swoim włoskim przeciwnikom. Żadna ze stron nie miała wystarczająco ciężkich dział by przebić pancerz przeciwnika. Po wojnie okręty zostały rozbrojone i wycofane z eksploatacji.