בשנת 1785 מת אביו קרל פרידריך, נסיך הוהנצולרן-זיגמרינגן, ואנטון אלויס עלה לשלטון במקומו. שנתיים לאחר מכן, מתה אף אמו, ואנטון אלויס ירש את נחלותיה בהולנד. בשנת 1789 התקיימה מהפכת הבראנט בארצות השפלה האוסטריות, אשר אנטון אלויס עקב אחריה בדריכות בשל רכושו שם. בשנת 1790 עלה לשלטון לאופולד השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, ואנטון אלויס מונה ללורד צ'מברלין. עם פרוץ מלחמות המהפכה הצרפתית נמלט אנטון אלויס לווינה, אליה חזר שוב בשנת 1796. באותה שנה, צרפת סיפחה מגרמניה את השטחים שממערב לריין, ובעקבות כך איבד אנטון אלויס את כל אחוזותיו ההולנדיות בשנת 1802. כפיצוי הוא קיבל את השטח של גלאט בצפון היער השחור, ואת המנזרים העתיקים של אינזיגקופן, ביורון והולזן. בשנת 1806 הצטרפה הנסיכות לקונפדרציה של הריין, ובשנת 1815 הצטרפה הנסיכות לקונפדרציה הגרמנית.