En , le premier ministre William Fox, critiqué par le Parlement pour sa gestion des conflits militaires contre des rebelles maori, est contraint de démissionner. Alfred Domett a la confiance du Parlement pour lui succéder le . Il a pour particularité d'être le premier agnostique déclaré à la tête du gouvernement. Favorable à l'achat ou à la saisie de terres maori au bénéfice des colons, il adopte une position très dure vis-à-vis des tribus qui s'opposent à la vente de leurs terres, voire à toute autorité coloniale. Estimant publiquement qu'il est plus utile de « conquérir » les Maori que de les intégrer à la société coloniale, il entre en conflit avec le gouverneur George Grey. Grey regrette l'invasion coloniale des terres maori de la région du Taranaki en 1860, et souhaite « réparer cette injustice ». Domett, à l'inverse, déclenche la Guerre du Waikato en , soit l'invasion du territoire du mouvement indépendantiste maori, le Kingitanga. En octobre, Domett recommande ouvertement que toutes les terres fertiles du Waikato et du Taranaki soient confisquées à leurs propriétaires maori, en punition pour leur résistance à l'autorité coloniale, et qu'elles soient vendues aux colons, les profits revenant à l'État. Cette prise de position accentue des dissensions latentes au sein du gouvernement, et en précipite la chute. Il démissionne le , et reprend avec une grande efficacité sa carrière dans l'administration, tout en continuant à siéger au Parlement.