Po rajdzie na Danbury Arnold kontynuował swą podróż do Filadelfii. Spotkanie z członkami Kongresu nastąpiło 16 maja. W tym czasie w Filadelfii przebywał również generał Schuyler, lecz wkrótce wyjechał do Albany do swojej kwatery głównej. Będąc najwyższym stopniem oficerem w regionie, Arnold przypuszczał, że oznacza to bliskie objęcie dowództwa. Jednak Kongres Kontynentalny po raz kolejny pominął Arnolda i ze względów politycznych przyznał to zadanie nowo świeżo awansowanemu generałowi Thomasowi Mifflinowi. Już wcześniej Arnold był pomijany w awansach na rzecz młodszych i mniej doświadczonych oficerów. Powodowało to u niego urazę i w konsekwencji zrezygnował ze swoich obowiązków 11 lipca 1777 roku. Wkrótce jednak generał Waszyngton poprosił o pilne przydzielenie Benedicta do Departamentu Północnego ze względu na zdobycie Fortu Ticonderoga przez Brytyjczyków. To dowodziło głębokiej wiary Waszyngtona w wojskowe umiejętności Arnolda. Kongres przychylił się do żądania Waszyngtona.