แต่รัฐครูเสดเหล่านี้อยู่ได้ร้อยกว่าปีก็เสียให้ชาวมุสลิมไปในที่สุด โดยเฉพาะสุลต่านศอลาฮุดดีนแห่งไคโร ยึดกรุงเยรูซาเล็มคืนในค.ศ. 1291 ชาวยุโรปจึงถูกขับออกจากตะวันออกกลางไปในที่สุด สงครามครูเสดครั้งต่อ ๆ มา เปลี่ยนเป้าหมายไปอย่างสิ้นเชิง ใน ค.ศ. 1204 สงครามครูเสดครั้งที่ 4 ลงเอยด้วยการยึดจักรวรรดิไบแซนไทน์ ตั้งจักรวรรดิละติน (Latin Empire) และรัฐครูเสดต่าง ๆ ในกรีซ หรือสงครามครูเสดตอนเหนือโดยอัศวินทิวทอนิก (Teutonic Knights) ปราบปรามชาวบอลติกอย่างโหดร้ายให้มาเข้ารีตศาสนาคริสต์