Am 1. März 2006 gab er seinen Einstand in der dänischen A-Nationalmannschaft beim 2:0-Sieg im Testspiel in Tel Aviv gegen Israel. In der Qualifikation zur Fußball-EM 2008 in der Schweiz und Österreich kam er zu sechs Einsätzen; die dänische Mannschaft verpasste die Qualifikation zur Endrunde. In der Vorausscheidung zur WM-Endrunde 2010 in Südafrika kam er zu neun Einsätzen und wurde mit der A-Nationalmannschaft Gruppensieger vor Portugal. Jacobsen wurde dann in den dänischen Kader nominiert und spielte in allen drei Gruppenspielen. Die Dänen schieden als Gruppendritter aus. In der folgenden Qualifikation zur EM 2012 in Polen und der Ukraine spielte er achtmal und wurde durch ein 2:1-Sieg im letzten Qualifikationsspiel gegen Portugal erneut Gruppensieger; Jacobsen spielte in den Gruppenspielen bei der Endrunde und schied mit der dänischen Mannschaft erneut als Gruppendritter aus.