Город Гейнсвилл был основан в 1850 году участке земли в 16 гектаров, пожертвованном Мэри Кларк. Изначально жители назвали своё поселение Либерти, но, поскольку город с таким названием уже существовал, один из первых поселенцев округа Кук, полковник Уильям Фитцхью предложил назвать город в честь генерала Эдмунда Гейнса. Фитцхью служил под руководством Гейнса, который в своё время симпатизировал техасской революции.