Un año después de asumir como presidente se presentó el Tiroteo en la Asamblea Nacional de Armenia de 1999, una intentona golpista que causó la muerte del primer ministro, , del presidente del Parlamento, Karen Demirchian, de dos vicepresidentes del Legislativo y de un ministro, en echos perpetradados por cuatro terroristas en la Cámara de Diputados. Kocharian encabezó las negociaciones con los asaltantes en el interior del Parlamento, donde permanecían aún 50 rehenes. Finalmente, los secuestradores liberaron a los rehenes y se entregaron, poniendo fin un drama de más de 18 horas.