Aanvankelijk was er de rijksprotector Konstantin von Neurath, die echter te zachtzinnig werd bevonden en vanaf 1941 de facto werd vervangen door Reinhard Heydrich. Deze regeerde het protectoraat met ongekende terreur en trad zeer hard op tegen het verzet. Hácha was niet in staat om hier iets aan te doen en stond machteloos. Toen Heydrich in 1942 door de mannen van Operatie Anthropoid werd gedood, liet Himmler ter vergelding het bloedbad van Lidice aanrichten. Hitler dreigde Hácha reeds op Heydrichs begrafenis met het doden van 10.000 Tsjecho-Slowaken, en met deportatie van de gehele Tsjecho-Slowaakse bevolking in geval van een volgend incident. Karl Frank volgde Heydrich op als rijksprotector, wat wel voor de Tsjecho-Slowaken een lichte verbetering betekende in vergelijking met Heydrich.