ב-3 ביולי 2013 היה סובחי שותף להדחתו של הנשיא הנבחר, מוחמד מורסי. ההדחה באה בעקבות הפגנות אזרחיות המוניות שקראו לצבא להדיח את מורסי. לטענתם של א-סיסי, סובחי ויתר ראשי הצבא, מורסי לא שעה להפצרותיו של הצבא להימנע מפגיעה במוסדות המדינה, ולפיכך נאלץ הצבא להתערב. בעקבות הדחת מורסי היו התנגשויות בין הצבא והמשטרה לבין תומכי מורסי, שגבו מאות הרוגים, ואלה הגיעו לשיא ב-14 באוגוסט 2013, שבו נמנו 638 הרוגים וכ-4,000 פצועים.