28 апреля 1862 года Баярд получил звание бригадного генерала добровольческой армии и получил одну из кавалерийских бригад Раппаханокского департамента. 16 апреля 1862 года его бригада участвовала в перестрелке у Фалмута, а 18 апреля стояла во Фредериксберге. В мае бригада была направлена в долину Шенандоа для участия в операции по окружению армии Томаса Джексона. Федералам не удалось окружить Джексона, но кавалерия Баярда активно преследовала противника и нанесла несколько поражений конфедеративной кавалерии из-за чего генерала Джорджа Стюарта временно отстранили от командование кавалерийскими частями, заменив его на Тёрнера Эшби. 6 июня 1862 года кавалерия Баярда участвовала в перестрелке у Харрисонберга, где был убит Тёрнер Эшби. 9 июня Баярд участвовал в сражении при Порт-Репаблик: ему удалось совершить дерзкий рейд на Порт-Репаблик и едва не захватить в плен самого Джексона.