Ce dénouement a cependant de lourdes conséquences sur la suite des négociations. Ces dernières accrochent en effet sur la situation de la frontière entre l'Irlande du Nord et la république d'Irlande, membre également de l'Union européenne. Le Royaume Uni est ainsi lié par son engagement de l'Accord du Vendredi saint qui met fin le au sanglant Conflit nord-irlandais (communément surnommé "the Troubles") ayant violemment opposé pendant plus de trente ans les partisans d'une union avec l'Irlande voisine et ceux d'un maintien dans le Royaume-Uni. Selon les termes de cet accord, le Royaume-Uni s'engage à maintenir ouverte la frontière le séparant de la république d'Irlande, les deux pays étant alors tous deux membres de l'Union européenne. Or, une sortie du Royaume-Uni de cette dernière et de son marché commun mènerait à une fermeture de la frontière avec un rétablissement des droits de douane et des contrôles d'identité, en rupture avec l'accord du Vendredi saint. De plus, les deux économies sont fortement liées, près d'un tiers des exportations nord-irlandaises étant destinées au marché irlandais en 2016. Au cours des négociations, la république d'Irlande s'oppose par conséquent catégoriquement à l'établissement d'une telle frontière.