Aufgrund eines Kompartmentsyndrom begann die Saison &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202012/2013"&gt;2012/2013&lt;/a&gt; für Fourcade mit einer Operation, wodurch er an den ersten Weltcuprennen nicht teilnehmen konnte. Sein erstes Rennen absolvierte er in Oberhof, jedoch nur mit geringem Erfolg. Auch an den Biathlon-Weltmeisterschaften 2013 in Nové Město na Moravě nahm Fourcade teil. Er gewann eine Silbermedaille mit der Herren-Staffel und kam zweimal unter die besten Zehn. Das beste Ergebnis dieser Saison erzielte er beim Weltcupfinale in Chanty-Mansijsk, er wurde hinter dem Österreicher Christoph Sumann im Verfolger Zweiter.