Marca 1941 so ga mobilizirali v vojaško enoto v Srbiji, a se je po kapitulaciji Jugoslavije uspel vrniti v Medvode, kjer je še naprej delal v istem podjetju. Med vojno je stanoval v Medvodah, kjer so bila v upravni stavbi podjetja poleg kemijskega laboratorija tudi stanovanja za zaposlene. Sodeloval je z Osvobodilno fronto in med drugim ilegalno tiskarno Eda Bregarja-Dona preskrboval s tiskarsko barvo, ki so jo delali v tovarniškem laboratoriju. V začetku leta 1944 je bil za kratko zaprt v Ljubljani. Pibernikova družina je med vojno živela v Šiški (sprva pod italijansko zasedbo), tako da jo je le občasno obiskoval. Ob povratku je večkrat s seboj vozil pakete za dachauske zapornike in jih oddal na pošti v Medvodah, ki so bile pod nemško zasedbo.