Yhdysvaltain sisällissodan alkaessa Chattanoogan asukasluku oli noin 2 500. Sodan myötä siitä tuli kiivaasti kamppailtu taistelualue. traistelut Tennesseessä kääntyivät Pohjoisvaltioiden eduksi Etelävaltioiden kärsiessä tappiot Chickamaugan ja Chattanoogan taisteluissa syyskuun ja marraskuun välillä 1864. Sittemmin paikka oli tärkeä William Tecumseh Shermanin joukkojen huoltotukikohta. Chickamauga and Chattanooga National Military Park on nykyisin suojeltu historiallinen alue.