Естонија је учествовала на 23. Европском првенству у атлетици на отвореном 2016. одржаном у Амстердаму од 6. до 10. августа. Ово је десето европско првенство у атлетици на којем је учествовала Естонија. Репрезентацију Естоније представљало је 24. спортиста ( 16 мушкарца и 8 жена) који су се такмичили у 16 дисциплина (10 мушких и 6 женских).