W kościele znajdowały się nagrobki Zygmunta Kazanowskiego podkomorzego koronnego, przeniesiony do katedry św. Jana oraz Stanisława Warszyckiego i żony jego Zofii z Górskich h. Nałęcz, po którym zostały tylko napisy. Kościół posiadał wysoką dzwonnicę, ogrody na skarpie od strony Wisły, a całe założenie otoczone było murem. W klasztorze oprócz zakonnic przebywały także osoby świeckie, często chroniąc je przed karą czy publicznym zniesławieniem. Zgromadzenie Bernardynek w Warszawie posiadało też drugi drewniany klasztor na Pradze, praktycznie zlikwidowany po Rzezi Pragi w 1794 roku.