Lahir di Chatham, Kent dari seorang ayah yang bekerja di Chatham Naval Dockyard, Hodgskin bergabung dengan angkatan laut pada usia 12 tahun. Dia naik jabatan dengan cepat ke pangkat letnan satu pada tahun-tahun persaingan dengan angkatan laut Prancis. Setelah kekalahan AL Prancis pada Pertempuran Trafalgar, peluang untuk kenaikan pangkat tertutup dan Hodgskin semakin terlibat dengan permasalahan disipliner dengan atasannya. Akhirnya dia diadili dalam sidang militer dan dipecat pada 1812. Peristiwa ini mendorong penerbitan buku pertamanya, "An Essay on Naval Discipline" (1813), sebuah kritik pedas terhadap rezim otoriter brutal angkatan laut pada saat itu.