L'esordio in Divisione Nazionale, massima serie dell'epoca, avvenne il 23 settembre 1927. Nella stagione 1928-1929 la Pro Patria fu una delle squadre qualificate al primo campionato di Serie A della storia. In quel campionato vi fu la contestata gara del 20 gennaio 1929 a Novara, con sconfitta per 3-2, in cui il centrocampista Nicolò Giacchetti, sino ad allora presente in 34 gare di massima categoria, colpì l'arbitro Gama, protagonista di un arbitraggio contestatissimo, venendo per questo motivo squalificato per un anno. Il giudice sportivo, squalificò inoltre diversi dirigenti ed altri giocatori della compagine bustocca.