Fokker C.XIVI использовались ВМС Нидерландов в качестве учебно-тренировочных, также на них патрулировали побережье и выполняли разведывательные полёты. В результате Голландской операции, начатой частями Вермахта, Нидерланды были оккупированы. В мае 1940 года во Францию перелетело 12 «Фоккеров», а в мае они были эвакуированы в Англию, откуда 12 машин были отправлены морем в Голландскую Ост-Индию (Голландские колониальные владения на островах Малайского архипелага и в западной части острова Новая Гвинея), где до нападения Японии самолёты использовались в качестве учебно-тренировочных. В ходе оборонительного сражения в Ост-Индии Fokker C.XIVI использовались для патрулирования и связи. К апрелю 1942 года все машины были потеряны.