Ehrenmalmin vanhemmat olivat hovioikeudenneuvos Samuel Magnus Ehrenmalm ja Renata Juliana Åkerhielm ja puoliso vuodesta 1798 Gustava Charlotta Blomstedt (k. 1827). Ehrenmalm tuli ylioppilaaksi Turussa 1780 ja valmistui filosofian maisteriksi 1876. Hän oli samana vuonna ylioppilas Uppsalassa. Papiksi hänet vihittiin Turun hiippakunnassa 1789. Sandelsin jääkäripataljoonan pataljoonansaarnaaja hänestä oli tullut jo 1786, kuninkaan luvalla alaikäisenä ja ilman pappisvihkimystä. Rykmentinpastori Ehrenmalmista tuli 1789 ja maaherra Magnus Wilhelm Armfeltin kotisaarnaaja samana vuonna. Ylimääräiseksi hovisaarnaajaksi Ehrenmalm tuli 1790 ja Tenholan kirkkoherraksi 1802. Hän oli edustaja aatelissäädyssä Porvoon valtiopäivillä 1809.