Après l'invasion de la Yougoslavie en 1941, la Bosnie est absorbée dans le territoire du nouvel État indépendant de Croatie, dont les Oustachis constituent le parti unique. Džafer Kulenović, qui avait succédé à Spaho en 1939, collabore avec le nouveau régime, de même qu'une partie des cadres de son parti ; il fait lui-même partie du gouvernement d'Ante Pavelić, mais sans avoir de réel pouvoir. On retrouve ensuite, au cours du conflit en Yougoslavie, des Musulmans aussi bien dans la résistance que dans la collaboration. Lors de sa première session, le Conseil antifasciste de libération nationale de Yougoslavie créé par les Partisans bénéficie de la participation d'un ancien sénateur de l'Organisation musulmane yougoslave.