Он остался на этом посту до конца войны и принял участие практически во всех сражениях Северовирджинской армии. Томас хорошо проявил себя в сражении у Кедровой Горы, и затем сражался на трудном участке боя во втором сражении при Булл-Ран. В ходе мерилендской кампании бригада Томаса участвовала в сражении за Харперс-Ферри и после взятия города была оставлена там, из-за чего пропустила сражение при Энтитеме.