El 9 d'agost d'aquell mateix any, pressionat per un George W. Bush compromès a promoure la democràcia a l'Orient Pròxim després del caos posterior a la invasió nord-americana de l'Iraq, Abbas va anunciar que les eleccions parlamentàries que s'haurien hagut de convocar el 15 de juliol serien finalment el gener de 2006. El 20 d'agost va concretar la data d'aquestes eleccions: les primeres eleccions des de 1996 se celebrarien el 25 de gener. Es van realitzar canvis en el sistema electoral per afavorir a les candidatures de Fatah, el partit d'Abbas. Hamàs, encara que va mostrar la seva oposició a aquests canvis, va decidir finalment presentar-se a les eleccions centrant el seu discurs en la corrupció, el nepotisme, el caos i els suborns característics dels últims anys de govern de Fatah. El 15 de gener del 2006, Abbas va declarar que no canviaria la data de les eleccions tot i els disturbis que estaven tenint lloc a la franja de Gaza, sempre que Israel permetés als palestins de Jerusalem Est votar en aquestes eleccions. Les grans potències occidentals esperaven que una victòria àmplia de Fatah i Abbas enfortissin i legitimessin a aquest últim per reprendre el procés de pau amb Israel. Les eleccions es van celebrar en la data prevista i van resultar en una aclaparadora victòria de Hamàs. Els palestins ràpidament van comparar a Abbas amb Chadli Bendjedid, el president algerià que va convocar eleccions el 1991 esperant guanyar-les fàcilment, les va perdre davant partits islamistes i va ser destituit per un cop d'estat militar que va donar començament a la sagnant guerra civil algeriana.