După absolvirea școlii militare de ofițeri cu gradul de sublocotenent, Ioan Istrate a ocupat diferite poziții în cadrul unităților de geniu sau în eșaloanele superioare ale armatei, cele mai importante fiind cele de comandant al Regimentului 1 Geniu, Brigăzilor 4 și 5 Infanterie și Diviziei 9 Infanterie. A comandat Divizia 9 Infanterie în cel de-Al Doilea Război Balcanic.