En décembre 1980, Obote reprend le pouvoir à la faveur d'élections contestées, déclenchant une guerre civile. Après plusieurs années de combat, Obote est renversé en 1985 par un coup d'état de ses propres généraux mais le régime ne parvient pas à contenir la rébellion de l'Armée Nationale de Résistance ("National Resistance Army" - NRA), et début 1986, avec la prise de Kampala, Yoweri Museveni s'empare du pouvoir.