美利堅聯盟國总统傑佛遜·戴維斯任命本杰明出任总检察长，但他迁至里士满后基本无事可做。戴维斯为本杰明的能力折服，任命他担任战争部长。他坚定支持总统，戴维斯投桃报李，1862年3月本杰明因邦联在羅諾克島之役惨败饱受指责之际反而升任国务卿。