У березні 2014 року затриманий при в'їзді до Росії, де утримувався під вартою за сфабрикованими звинуваченнями у злочинах проти федеральних військ, скоєних у ході першої чеченської війни. У травні 2016 року засуджений до 22,5 років ув'язнення. Російська правозахисна організація «Меморіал» визнала Миколу Карпюка разом зі Станіславом Клихом політв'язнями. 7 вересня 2019 року звільнений в рамках обміну між Україною і РФ.