הממשלה הרוסית הזמנית בתחילה הגבילה את ניקולאי, אלכסנדרה וילדיהם למשכנם המלכותי, ארמון אלכסנדר. בניסיון להוציא אותם מהבירה ומסכנה אפשרית, ממשלתו של אלכסנדר קרנסקי העבירה אותם לטובולסק שבסיביר באוגוסט 1917. הם נשארו שם במהלך מהפכת אוקטובר הבולשביקית בנובמבר 1917, אך אז הועברו ליקטרינבורג, שהייתה בשליטת הצבא האדום. שם מצאו את עצמם הצאר ומשפחתו, שהיו רגילים לחיי תפנוקים ומותרות, חיים בתנאים ירודים, כשהם למעשה אסירים של מהפכנים קומוניסטיים. הצאר ומשפחתו, יחד עם אלכסיי החולה, רופא המשפחה וכמה ממשרתי המשפחה, הוצאו להורג בליל 16 או 17 ביולי 1918 על ידי כיתת יורים במרתפו של בית איפטייב שם הם היו אסורים, לאחר שנאמר להם שהם נמצאים בסכנה ועליהם לרדת למרתף למען ביטחונם.