Forholdene medførte, at oprør og optøjer blandt bønder og borgere i Moskva på denne tid var hyppigt forekommende. Der opstod uroligheder på grund af skatter på salt (Saltopstanden, 1648), devalueringen af mønternes værdi (Kobberopstanden, 1662), ligesom en større opstand i 1682 opstod efter uklare magtforhold i riget. Den langt største bondeopstand i 1600-tallets Europa brød ud i 1667. Som frie folk i det sydlige Rusland reagerede kosakkerne mod den stigende centralisering af staten, og flygtede livegne bønder sluttede sig til oprørerne. Kosakkernes leder Stenka Razin førte sine følgere op lange Volga og opfordrede til bondeopstande og for at afsætte den lokale administration og erstatte den med kosakker og kosakkernes love. Zarens hær knuste til sidst oprørshæren i 1670 og tog året efter Stenka til fange og halshuggede ham.