Under det tyske angrepet på Norge 9. april 1940 var DS «Kong Harald» på sitt årlige verkstedbesøk i Trondheim. Alle hurtigruteavganger ble innstilt, og kom først i gang igjen utpå sommeren samme år. På grunn av krigsfaren ble Tromsø nordligste anløp høsten 1941. Seilingene videre til Finnmark ble utført av mindre skip og kuttere – den såkalte erstatningsruten. I desember 1941 var DS «Kong Harald» i farvannet under det 2. Lofotraidet, og ble oppbragt av britiske krigsskip utenfor Lødingen. Prisemannskap ble satt ombord, og planen var å ta skipet med til Storbritannia. DS «Kong Harald» hadde imidlertid for lite kull til overfarten, og skipet ble derfor etterlatt. 14 av mannskapet valgte å bli med angrepsstyrken tilbake til Storbritannia. 21. januar 1943 ble skipet angrepet av to norske torpedobåter i Frøysjøen ved Bremanger, men torpedoene bommet og eksploderte nær land. I juli 1944 på Folda, sør for Rørvik ble hun angrepet av en uidentifisert ubåt. Torpedoene passerte under skroget og gjorde ingen skade. 4. oktober 1944 lå DS «Kong Harald» ved Bergen Mekaniske Verksted i Laksevåg da allierte bombefly angrep ubåtbunkeren like ved. Skipet ble påført betydelige skader, men ble reparert.