W katakumbach w dalszej części kościoła dolnego pochowani są m.in. siostry miłosierdzia i księża misjonarze, wśród nich pierwszy wizytator zgromadzenia misjonarzy, biskup poznański Michał Bartłomiej Tarło, wysocy urzędnicy państwowi z czasów Sejmu Wielkiego, Księstwa Warszawskiego i Królestwa Polskiego: wojewoda podlaski Stanisław Bernard Gozdzki, wojewoda pomorski Jerzy Detloff Flemming, wojewoda ruski i starosta warszawski August Aleksander Czartoryski, starosta warszawski i minister stanu w Królestwie Polskim Walenty Faustyn Sobolewski, minister Tadeusz Dembowski, działacz dobroczynny Jan Tadeusz Lubomirski, działacz gospodarczy Andrzej Artur Zamoyski, Maria Anna de la Grange d'Arquien Wielopolska, siostra królowej Marii Kazimiery i żona kanclerza Jana Wielopolskiego, oraz księżna Maria Radziwiłłowa, działaczka filantropijna.