W 1986 kandydował w wyborach prezydenckich. Osiągnął najlepszy rezultat w pierwszej turze, w drugiej turze pokonał go jednak Mário Soares (Diogo Freitas do Amaral otrzymał 48,8% głosów). W latach 1988–1991 ponownie kierował Centrum Demokratyczno Społecznym, a w pierwszej połowie lat 90. ponownie zasiadał w portugalskim parlamencie w okresie VI kadencji. W 1995 przewodniczył sesji Zgromadzenia Ogólnego ONZ. Odszedł później z założonej przez siebie partii po konflikcie z wchodzącymi w skład jej kierownictwa eurosceptykami. W kolejnych wyborach wspierał Partię Socjaldemokratyczną (2002) i Partię Socjalistyczną (2005). Należał do zdecydowanych przeciwników interwencji w Iraku. Po sukcesie socjalistów w wyborach z 2005 objął stanowisko ministra spraw zagranicznych w gabinecie José Sócrates. Zrezygnował z niego w 2006, motywując to problemami zdrowotnymi.