Passé sous le contrôle russe après les partages de la Pologne, elle change de nom pour devenir en 1803 l'Université impériale de Vilna (Императорский Виленский университет) sous la direction du prince Adam Jerzy Czartoryski. L'Université connait alors un développement sans précédent jusqu'à sa fermeture pour esprit séditieux au lendemain de l"insurrection polonaise de 1830.