Kolmikymmenvuotinen sota aiheutti syvän haavan kaupungin kukoistavaan kehitykseen, ja väkiluku putosi 18 000:sta 12 000:een. Vuosien 1631 ja 1642 välillä kaupunki piiritettiin viisi kertaa, ja vuosina 1642-1650 se oli ruotsalaisten miehittämänä. 17. syyskuuta 1631 keisarilliset joukot, johtajanaan marsalkka Johann Tilly, kokivat yhden kolmikymmenvuotisen sodan suurimmista tappioistaan Leipzigin alueella Breitenfeldin taistelussa ruotsalaisia vastaan. Breitenfeld on nykyään Leipzigiin kuuluva entinen ritarisukutila, ja siellä on Ruotsin armeijan johtajan, kuningas Kustaa II Aadolfin muistomerkki. Vuosi taistelun jälkeen, 16.11.1632, Kustaa II Aadolf kaatui Lützenin taistelussa, noin 10 km nykyisestä Leipzigin kaupunginrajasta lounaaseen.