Перебуваючи в Японії, Беато активно працював. У вересні 1864 року він був офіційним фотографом військової експедиції до Сімоносекі. У наступному році Беато зробив серію пейзажів міста Наґасакі і його околиць. З 1866 року з робіт Фелікса Беато дуже часто малювали карикатури в газеті "Японський Удар".