En juveniles, participó en el Campeonato Sudamericano sub-17 de 1999, jugado en Uruguay, logrando el tercer puesto y la clasificación al mundial juvenil disputado en Nueva Zelanda, también fue partícipe del plantel uruguayo del Sudamericano sub-20 de 2001 disputado en Ecuador. Campeonato Sudamericano Sub-20 de 2003 realizado en febrero en Uruguay. El entrenador era Jorge Orosmán Da Silva. La selección uruguaya sub-20 clasificó a la fase final, pero en ella la participación fue mala: obtuvo una sola victoria (contra Ecuador), un empate (contra Argentina) y perdió los otros 3 partidos y quedó eliminada de la Copa Mundial sub-20 de ese mismo año. Martín Silva fue el arquero titular durante todo el campeonato, excepto en el último partido, contra Brasil, en el que fue reemplazado por Sebastián Viera.