Peu de temps après, la guerre reprend entre Charles Quint et François . Parallèlement, le lieu de la tenue du concile pose problème : le duc de Mantoue formule des exigences démesurées tandis que la république de Venise refuse à demi-mot d'héberger l'assemblée, qui est donc ajournée. Le , Paul III publie de nouveau une bulle d'indiction, mais la guerre retarde de nouveau l'ouverture du concile jusqu'au , cette fois à Trente, dans les Alpes, terre d'Empire.