Het nazi-regime droeg het gezag in de provincie in 1933 over aan een Gauleider. Tijdens de oorlog, die begon met de inval en verovering van Polen in 1939, nam de nationaalsocialistische terreur toe met de arrestatie en internering van degenen die zich voorheen als opposanten van de nazi-ideologie hadden opgesteld, en met de deportatie van de laatste nog overgebleven Joden. In 1944 brak het Sovjetleger door in oostelijk Duitsland en in januari 1945 bereikte het Pommeren. Het Pommerenoffensief en de Slag om Berlijn speelde zich hier af en door de nazi-autoriteiten geblokkeerde evacuatiepogingen hadden tot gevolg dat de bevolking op grote schaal slachtoffer werd van plundering, verkrachting en moord. De Pommerse bevolking ten oosten van de Oder, 1.750.000 bewoners, voor zover al niet gevlucht, werd vrijwel geheel uit Pommeren verdreven. Minstens 200.000 van hen kwamen om bij de vlucht of tijdens de Sovjet-invasie en daarna tijdens internering in afwachting van hun uitzetting. Zie Verdrijving van Duitsers na de Tweede Wereldoorlog.