Во время Крымской войны состоял на службе при 45-м флотском экипаже. Отличился в ходе боя за Камчатский манеж в ночь с 10 на 11 марта 1855 года, личным примером ободрив и призвав молитвой солдат отряда генерал-лейтенанта Хрулёва на сражение с неприятелем. В этом бою, во время помощи раненым и умирающим, отец Иоанникий был контужен. Контузия впоследствии оказалась смертельной.