UE i Afryka dokonują również spotkań na szczeblu ministerialnym. Na pierwszym z nich 10 października 2001 r. w Brukseli przedstawiciele UA oraz trójki UE wspólnie potępili zamachy terrorystyczne z 11 września. Na drugim zaś, 28 listopada 2002 r. w Ouagadougou w Burkina Faso przyjęto deklarację potępiającą terroryzm we wszystkich formach oraz przygotowano plan działania dotyczący walki z handlem ludźmi. Unia Europejska również przedstawiła wówczas dokument o nazwie "Platforma przyszłych stosunków między Afryką a UE", który zapowiadał podjęcie szerokiej współpracy obu regionów. Ponadto UE zadeklarowała w nim, że będzie traktować UA jako głównego reprezentanta Afryki.