En , lorsque Bonaparte, en route pour la Campagne d'Égypte, s'empare de Malte, Doublet fait partie de la délégation qui négocie à bord de l'Orient, le navire amiral, les conditions de la reddition de l'Ordre. Il intervient en particulier lorsque la question du montant de la pension à allouer au grand maître est abordée. Il fait observer que ce montant lui parait insuffisant. Bonaparte le toise et lui rétorque sèchement qu'il n'avait qu'à s'adresser directement au Directoire.