Kristine Andersen a fost convocată prima dată la naționala daneză pe 20 februarie 1996. În același an, ea a fost selectată în echipa care a reprezentat Danemarca la Olimpiada din 1996, dar a fost singura handbalistă daneză care nu a jucat în niciun meci. Datorită unor accidentări, ea nu a jucat la Olimpiada din 2000, unde țara sa a câștigat o nouă medalie de aur. După Olimpiadă, antrenorul Jan Pytlick a primit sarcina de a reîntineri echipa, iar Andersen a devenit o opțiune importantă. Ea a făcut parte din selecționata daneză care s-a clasat pe locul patru la Campionatul Mondial din 2001 și, de asemenea, din echipa care anul următor a câștigat medalia de aur la Campionatul European găzduit de Danemarca. Kristine Andersen a fost printre cele mai bune marcatoare la acest campionat, cu 42 de goluri marcate, și a fost selecționată în echipa ideală a competiției.