Алесандро Фарнезе прекарва детството си в испанския кралски двор, където е възпитаван заедно с братовчед си Карлос Испански и вуйчо си Хуан Австрийски, негови връстници. През 1565 година се жени тържествено в Брюксел за португалската принцеса Мария ди Гимарайш, но след това отново се завръща в Мадрид. През 1571 година взима участие в битката при Лепанто под командването на дон Хуан Австрийски.