בקיץ 1919 נשלח יקיר לאוקראינה לפקד על אוגדת חיל רגלים. ולאחר מכן מונה למפקד ארמייה שכללה שתי אוגדות חיל רגלים. שתי אוגדותיו הוקפו על ידי הצבא הלבן ויקיר בצעד נועז פרץ את המצור והוביל את חילותיו למרחק של 400 ק"מ לחבור עם הצבא האדום בז'יטומיר. על פעולותיו בשדה הקרב עוטר יקיר פעמיים בעיטור הדגל האדום, אות ההצטיינות הסובייטי הגבוה ביותר באותה עת. בהמשך לחמו גיסותיו של יקיר בצבא הלבן בחזית פטרוגרד (לימים לנינגרד וכיום סנקט פטרבורג). לאחר מכן לחם נגד פרטיזנים אנרכיסטים בדרום אוקראינה. בתקופה זו תחת פיקודו הייתה גם יחידה של גריגורי קוטובסקי שהיה בין גיבורי מלחמת האזרחים. בסוף הוא השתתף במלחמה הפולנית-סובייטית בשנת 1920, במהלכה הגיע הצבא האדום אל שערי ורשה, אך בסיומה הייתה לפולין השליטה בליטא ובחלקים נרחבים ממערב אוקראינה ורוסיה הלבנה (כיום בלארוס). על השתתפותו בקרבות אלו זכה יקיר בשלישית בעיטור הדגל האדום והיה לאחד המפקדים המעוטרים ביותר בצבא האדום.