ב-28 בדצמבר 1929 נתמנה לאחראי על תחום התעופה הקרבית במיניסטריון התעופה הבריטי ובשנת 1933 הועלה לדרגת מרשל והוענק לו תואר אצולה. בשנת 1935 נתמנה לאחראי על תחום המחקר והפיתוח במיניסטריון התעופה. ב-14 ביולי 1936 הועמד בראשו של פיקוד מטוסי הקרב של חיל האוויר המלכותי ובשנת 1937 זכה לתואר של יועץ המלך לענייני תעופה. בתפקידים אלה, שמילא בתקופה שקדמה למלחמת העולם השנייה, מילא דאודינג תפקיד מכריע בביסוס כשירותו ועוצמתו של חיל האוויר המלכותי. הוא האמין בחשיבות המחקר והפיתוח ונאבק כדי להשיג להם מימון מספיק. לדעתו חלפו ימיו של המטוס הדו-כנפי והוא דרבן לפיתוח מטוס הספיטפייר. בשנתיים שקדמו לפרוץ המלחמה היה דאודינג משוכנע שמלחמה עם גרמניה הנאצית היא אפשרות ממשית וכי גרמניה לא מסתירה כלל את גידולו ופיתוחו של חיל האוויר שלה, הלופטוואפה. ב-26 באפריל 1937, בזמן מלחמת האזרחים בספרד, הפגינה גרמניה את יכולתו של חיל האוויר שלה להרוס עיר בלתי מוגנת, בהפצצת גרניקה. דאודינג האמין שבריטניה צריכה להיות במעמד של עוצמה כדי להגן על עצמה מפני מטוסי ההפצצה של גרמניה, והמשיך לדחוף לייצורם של הספיטפייר וההוריקן, מטוסי היירוט המהירים והחד-כנפיים, ולפיתוח הרדאר שיתן התראה נאותה מפני התקפה אווירית. דאודינג פיתח מערכת יירוט חדשה, שכונתה מערכת דאודינג (The Dowding System) שהתבססה על שילוב הרדאר עם תצפיתנים, תקשורת מאובטחת ומערך נ"מ. הוא הגה תוכנית אסטרטגית שבמרכזה עמדה מערכת זו. הוא הבין שאם תפרוץ מלחמה יהיה חיל האוויר המלכותי בעמדת מיעוט מול הלופטוואפה ויעמוד בסכנת שחיקה מבלי יכולת להתמודד מול שיעור אבדות גבוה. מערכת היירוט שפיתח אפשרה להזניק כוחות של טייסות בודדות למקומות הנכונים כדי לא להיגרר לקרבות אוויר ענקיים, דבר שיאפשר לחסוך בכוחות וכן להימנע מחשיפת מלוא כוחו של חיל האוויר המלכותי בפני האויב. תוכניתו הייתה לנצח את האויב על ידי "עקיצות יתוש", קרב התשה מר שיגרום לאויב אבדות בלתי נסבלות לטווח הארוך, תוך שמירה על כוחותיו של חיל האוויר המלכותי.