Après la bataille de Guadalajara, du Jarama et de Brunete on lui donne le commandement du V Corps d'armée. En 1938, il dirige les opérations militaires pendant la Bataille de l'Èbre, avec le rang de colonel et sous son commandement le V Corps d'armée (Enrique Líster) et le (Manuel Tagüeña). Après la chute de la Catalogne il passe en zone centrale où Juan Negrín le nomme général (cas unique chez les officiers de milices) et chef de l'armée du Centre le . Au sortir de la guerre Juan Modesto partit pour l'Union soviétique dont le gouvernement reconnut son grade militaire.