Al suo ritorno in Francia, il duca di Guisa, ormai adulto, si preparò a diventare il capo della casa di Guisa che rappresentava l'opposizione ultra-cattolica di fronte al partito protestante. Partecipò attivamente alla seconda e terza guerra di religione, al fianco di Enrico duca d'Angiò (futuro re Enrico III). Si distinse nelle battaglie di Jarnac il 13 marzo 1569 e di Moncontour il 3 ottobre 1569 ed acquisì notorietà senza tuttavia superare quella del duca d'Angiò.