Московский дворянин из рода Шеиных, одной из ветвей дворян Морозовых. Иван Дмитриевич Шеин — потомок в IX колене от Михаила Прушанина, новгородца, героя Невской битвы, внук Василия Михайловича Морозова-Шеи, от прозвища которого ведётся фамилия.