A Primeira Guerra Civil da Libéria gerou um saldo de 200.000 mortos e mais de 800.000 refugiados. O conflito prejudicou gravemente a realidade católica, particularmente porque a Igreja dependia muito de suas escolas, instituições de saúde e serviços sociais. As instalações da igreja sofreram grande dano físico; alguns, incluindo os da capital Monróvia, foram totalmente destruídos. Muitas congregações religiosas foram dispersas, muitos missionários forçados a sair. Embora não seja um alvo declarado de nenhuma das facções militares, a Igreja perdeu um sacerdote missionário de Gana em 1991, e cinco irmãs missionárias americanas no ano seguinte, todos executados. Em outubro de 1994, dois bispos do país foram forçados a deixar a Libéria, e o arcebispo Michael Francis foi o único a permanecer, graças à proteção oferecida por uma força de paz da África Ocidental. Os leigos católicos mantiveram o catolicismo vivo entre as pessoas durante a guerra civil, especialmente nas áreas onde as escolas haviam deixado de funcionar. Os católicos, trabalhando com o Conselho ecumênico de Igrejas da Libéria, patrocinaram grandes programas de assistência humanitária e assistência social; seu trabalho entre os refugiados, pessoas deslocadas e exilados mostrou-se consistente e efetivo. A defesa dos direitos humanos e o apoio ativo da paz e da evolução democrática continuaram a ser foco das cartas pastorais e discursos dos bispos da Libéria durante a guerra civil, que terminou em 1997, quando eleições livres levaram o presidente rebelde Charles Taylor ao poder.