En 1941, ya iniciada la Segunda Guerra Mundial, las Potencias del Eje ocuparon Yugoslavia y se formó un gobierno en el exilio en Londres. Legalmente, la Banovina de Croacia seguía siendo una parte de los territorios ocupados del Reino de Yugoslavia, mientras que el Eje procedió a dividir el territorio yugoslavo y la Banovina junto con él. Algunas de las áreas costeras de Split a Zadar, cerca del Golfo de Kotor, fueron anexionadas por la Italia fascista, pero el resto fue añadido al Estado Independiente de Croacia, un Estado títere de los nazis formado en la Yugoslavia ocupada y gobernado por la organización criminal Ustacha. Dado que el Reino de Yugoslavia se convirtió en la República Democrática Federal de Yugoslavia tras la victoria de los partisanos yugoslavos, la nueva República Socialista de Croacia se estableció dentro de ella, sustituyendo a la Banovina.