Rentré à Paris le , il dut s'imposer au sein des Jacobins, où l'assemblée du club lui offrit la présidence ce même jour. Pendant son absence, de nombreux députés de la nouvelle Assemblée s'étaient inscrits au Club, dont les nouveaux députés de la future Gironde. À cette période, la question des émigrés incitait les dirigeants révolutionnaires à prôner la guerre aux princes allemands qui les accueillaient ; le plus ardent partisan de la guerre était Jacques Pierre Brissot, l'un des nouveaux députés de Paris. Dans un premier temps, Robespierre se prononça pour la guerre, puis, après Jacques-Nicolas Billaud-Varenne (), il dénonça le caractère belliciste de la France contre l'Autriche à la tribune des Jacobins : d'abord le , puis le , le , le et le . Il jugeait imprudente une telle décision qui, d'après lui, faisait le jeu de Louis XVI. À ses yeux, l'armée française n'était pas prête pour mener une guerre, qui pouvait en cas de victoire, renforcer un roi et des ministres hostiles à la Révolution ; il estimait que la véritable menace n'était pas parmi les émigrés de Coblentz, mais en France même. De plus, la guerre étant ruineuse pour les finances de la France, il valait mieux favoriser les droits du peuple. Il souligna enfin le caractère contre-productif de la voie militaire pour l'expansion parmi les peuples d'Europe des principes de la Révolution française : « Personne n'aime les missionnaires armés ; et le premier conseil que donnent la nature et la prudence, c'est de les repousser comme des ennemis ». Robespierre mit enfin en avant la menace d'une dictature militaire, représentée par Gilbert du Motier de La Fayette, responsable de la répression des suisses de Châteauvieux par François Claude de Bouillé en 1790 et de la fusillade du Champ-de-Mars du . Il prononça un ultime discours anti-belliciste avant la déclaration de guerre, le .