Um die Mitte des 6. Jahrhunderts v. Chr. kam Ionien zunächst unter die Kontrolle der Lyder, um 546 unter die Herrschaft der Perser. 500 v. Chr. kam es zum so genannten ionischen Aufstand, der mit dem Eingreifen Athens und dem Beginn der Perserkriege endete. Die Westküste Kleinasiens, und damit auch Ionien, wurde infolge der griechischen Siege in den 470er Jahren befreit. Allerdings fiel Ionien im so genannten Königsfrieden von 386 v. Chr. wieder an die Perser. Erst als Alexander der Große mit der Eroberung des Perserreiches begann, wurde Ionien wieder griechisch. In den folgenden Jahrhunderten blieb es zwischen den Diadochen (den Nachfolgern Alexanders) heftig umkämpft. Es wurde schließlich Teil kleinerer Staatsbildungen (Teil des Reiches von Pergamon), bis es nach 133 v. Chr. in der römischen Provinz "Asia" aufging. Nach 395 n. Chr. war Ionien Teil des oströmischen bzw. byzantinischen Reiches. Der Name Ionien wurde auch später noch teilweise in anachronistischer Weise gebraucht. Die Landschaft wurde im 11. Jahrhundert von den Seldschuken erobert, fiel kurz darauf bis ins 14. Jahrhundert an Byzanz zurück und ging dann endgültig im osmanischen Reich bzw. der späteren Türkei auf.