Thern spelade alla matcherna i EM 1992 och var även lagkapten. Här blev samarbetet med före detta klubbkamraten från MFF och Benfica Stefan Schwarz en stor framgång på innermittfältet. Förbundskaptenen Tommy Svensson hade sett dem dominera mittfältet tillsammans i Benfica, då de slog ut ett Arsenal i storform i Europacupen i november 1991.