Después de que la Alemania nazi rompió el Tratado de no agresión entre el Tercer Reich y la Unión de Repúblicas Socialistas Soviéticas y atacó la Unión Soviética y la ciudad polaca de Kresy, también ocupada por los soviéticos, Boy permaneció en Lwów (en la actualidad Lviv, Ucrania). La ciudad fue capturada en la noche del 4 de julio de 1941, y el escritor fue arrestado y llevado a las colinas Wulka, donde fue asesinado por ser "un espía soviético", junto a otros cuarenta y cinco profesores, artistas e intelectuales polacos, en lo que sería denominada la masacre de los profesores de Lviv.