Током Рата у Босни и Херцеговини, Економски факултет у Бањој Луци је прекинуо све стручне и научне контакте са свим економским факултетима из бивше СФРЈ, изузев економских факултета из Србије. Факултет је запао у материјално-финансијску кризу и престао је сваки научно-истраживачки рад, а скоро цијела мушка популација студената и један број наставног особља били су у јединицама Војске Републике Српске и активни учесници рата. Ипак, настава никада није прекидана и испити су редовно одржавани према унапријед прописаном годишњем распореду.