Цинские императоры одновременно являлись монгольскими ханами, покровителями тибетского буддизма и защитниками мусульман Туркестана. Однако их политика изменилась с созданием в 1884 году провинции Синьцзян. В эпоху Большой Игры, пытаясь воспользоваться Дунганским восстанием (1862—1877) в Северо-Восточном Китае, Магомет Якуб бек Бадаулет при поддержке британцев вторгся в Синьцзян из Центральной Азии и объявил себя правителем королевства Кашгар. Император послал войска и успешно отвоевал потерянные территории, после чего распространил на Синьцзян ту же систему управления, что уже действовала во Внутреннем Китае. Кумульское ханство, инкорпорированное в империю в качестве вассала в 1757 году, после совместных действий против джунгаров, сохранило этот статус после преобразования Синьцзяна в провинцию вплоть до Синьхайской революции и даже позже, до 1930 года. В начале XX века Британская Империя отправила в Тибет крупную экспедицию и принудила тибетцев подписать договор. Цинская монархия ответила объявлением о распространении на Тибет своего суверенитета, результатом всего этого стала Англо-китайская конвенция 1906 года. Британцы обязались не аннексировать Тибет и не вмешиваться в управление им, китайцы — не допускать в горную страну другие державы. В начале XX века империя по образцу и подобию Синьцзяна, преобразованного в провинцию ранее, поступила и с Маньчжурией, создав на её территории три провинции, официально названных «тремя северо-восточными». В них был назначен новый, девятый по счёту, наместник.