V pomnichovském období musel z ministerstva odejít a po německé okupaci v březnu 1939 se opět zapojil do odboje, mj. se podílel na vytvoření Politického ústředí. V červnu 1940 byl zatčen a vězněn v Berlíně. I když byl po dvou letech obžaloby zproštěn, až do konce války byl internován postupně v Terezíně, na Pankráci a ve Flossenbürgu. Po osvobození Československa vstoupil do národně socialistické strany a přešel z diplomacie do kanceláře prezidenta republiky, kde se stal vedoucím politického odboru. Zprostředkovával mj. kontakt prezidenta Beneše s demokratickými ministry (za únorových událostí se s ním údajně počítalo jako s úřednickým premiérem). Po uchopení moci komunisty byl penzionován a v letech 1950 až 1952 zase uvězněn. Propuštěn byl kvůli zdravotním komplikacím a žil pak v Chýnově.