4 июня 2005 года Маргайрас дебютировал в сборной. Он был включён в состав команды на чемпионат мира в Германии, но сыграл там только два матча, выйдя оба раза на замену. Всего отыграл 18 игр и забил один гол. Фигурировал в расширенном списке кандидатов на участие в домашнем чемпионате Европы, но не вошёл в финальную заявку.