De retorn a Mèxic i per la mort del bisbe Manuel Ignacio González de Campillo Gómez del Valle és nomenat en absència bisbe de la ciutat de Puebla el 19 de desembre de 1814, prenent el lloc fins al seu retorn el 1815, pel que sembla es va mantenir fora de la política durant la Guerra d'Independència, però sovint és investigat per sospites de pertànyer a Los Guadalupes.