Le , la colonne arrive à Fachoda et renforce aussitôt les défenses de la place. Les choses se compliquent avec l’arrivée le des forces de Lord Kitchener. Celui-ci vient de remporter la victoire d’Omdurman et ne compte pas se voir contester le contrôle du Nil, de son delta jusqu’à ses sources. Après quelques négociations les Britanniques établissent un blocus autour de la place de Fachoda et la crise, de locale, devient très vite internationale. Les relations entre la France et le Royaume-Uni se tendent à un point qui fait craindre, l’espace d’un instant, qu’une guerre soit possible. Jean-Baptiste Marchand (nommé chef de bataillon entre-temps, le octobre 1898) a toutes les peines du monde à communiquer avec Paris. En janvier 1899, un accord est finalement trouvé entre les deux puissances coloniales. La mission Congo-Nil évacue Fachoda sur ordre. Elle a rempli sa mission mais ne pouvait tenir tête indéfiniment à une armée britannique beaucoup plus puissante. Pour éviter l'humiliation nationale, le gouvernement prétexte un mauvais état sanitaire de la troupe de Marchand, aussi ce dernier est ulcéré.