Sein literarisches Debüt hatte O’Neill 1989 und 1990 mit zwei Romanen, die relativ kurz sind und hauptsächlich um einen einzelnen Charakter in einem kleinen Umfeld kreisen. Sein dritter Roman und hoch beachtetes bisheriges Hauptwerk, "At Swim, Two Boys" von 2001, beschreibt eine Liebesgeschichte zwischen zwei sehr gegensätzlichen jungen Männern und spielt in Dublin im Rahmen der historischen Ereignisse des Osteraufstands 1916; der Titel ist eine Anspielung auf den Roman "At Swim-Two-Birds" von Flann O’Brien. Geschrieben als „stream of consciousness“, hat "At Swim, Two Boys" Rezensenten wiederholt an James Joyce denken lassen. Die offizielle Vorstellung von "At Swim, Two Boys" im Somerset House in London fiel auf den 11. September 2001 und wurde von den Ereignissen des Tages überrollt.