W reprezentacji Holandii Thijssen zadebiutował 30 kwietnia 1975 roku w przegranym 0:1 meczu z Belgią. Polscy kibice pamiętają go z meczu, który odbył się 15 października tamtego roku, gdy Holandia pokonała 3:0 Polskę w eliminacjach do Mistrzostw Europy 1976, a on sam zdobył jedną z bramek. W swojej karierze wystąpił na rozgrywanych we Włoszech Euro 1980. Swoją karierę reprezentacyjną zakończył w październiku 1981 wygranym 3:0 meczem z Belgią, rozegranym w ramach eliminacji do Mistrzostw Świata w Hiszpanii. W kadrze "Oranje" Thijssen wystąpił w 14 meczach i zdobył 3 gole.