In der Saison 2006/07 sagte Lambiel aufgrund fehlender Motivation die Teilnahme an der Europameisterschaft ab, nachdem er bereits im November wegen einer Grippe nicht an der NHK Trophy teilnehmen konnte und somit auch das Grand-Prix-Finale verpasste. Im März bestritt er deshalb nach Skate Canada, wo er gewonnen hatte, mit der Weltmeisterschaft erst den zweiten internationalen Wettbewerb der Saison. Nach verpatztem Kurzprogramm holte er sich in Tokio mit seiner lang erwarteten Flamencokür, choreographiert von Antonio Najarro, die Bronzemedaille hinter Brian Joubert und Daisuke Takahashi.