Otto Müller (født 9. desember 1870 i Eckenhagen i Tyskland, død 12. oktober 1944 i Berlin) var en tysk katolsk prest som var aktiv i den kristne arbeiderbevegelse og i motstandsarbeid mot Adolf Hitlers naziregime. Han ble fengslet i 1944 på grunn av antatt deltakelse i det mislykkede attentatet mot Hitler og døde i fangenskap senere samme år.