前述のように、マケドニアからは大きな衝突なしにセルビア人勢力（ユーゴスラビア軍）が撤退し、ユーゴスラビア紛争の前半で激戦地となったクロアチアやボスニア・ヘルツェゴビナに比べて平穏に独立を達成した。しかし、1990年代後半、隣接するセルビア領のコソボ自治州で発生したコソボ紛争によって、セルビア側の勢力の迫害を恐れたアルバニア人の難民が大量にマケドニア共和国に流れ込んだ。セルビアがコソボ自治州から撤退した後、彼らの多くはコソボへと帰還していった。