Houtart estuvo fuertemente ligado al movimiento de la teología de la liberación, de la cual se lo consideró uno de sus más radicales exponentes, al punto de haber estado ligado a la Revolución Sandinista de Nicaragua. Por ello, Houtart no escapó a la controversia que en los años 1980 y 1990 se generó ante la condena y sanción que la Santa Sede llevó a cabo hacia esa corriente de pensamiento.