Les soldats néerlandais venus des colonies ou réfugiés en Grande-Bretagne participent aussi au débarquement puis à la bataille de Normandie, avant de se diriger vers les Pays-Bas à la fin de l'année 1944 pour participer à la libération de leur pays et de la Belgique aux côtés des forces étrangères et des réseaux de résistance. Profitant du conflit, Soekarno proclame l'indépendance de l'Indonésie en 1945, avec le soutien du Japon, qui décrète l'indépendance du territoire après l'avoir envahi en 1941. Il s'ensuit un conflit de quatre ans au terme duquel les Pays-Bas sont conduits à reconnaître l'indépendance indonésienne, élément déclencheur du déclin de la puissance commerciale néerlandaise. À la fin de la Seconde Guerre mondiale sont formellement adoptés les accords de coopération économique du Benelux avec la Belgique et le Luxembourg.