W 1810 Napoleon postanowił wcielić Republikę do Francji jako tzw. departament Simplon. Anektowana Republika Rodańska pozostawała w granicach francuskich do 1813. Niebawem po klęsce wojsk francuskich pod Lipskiem z departamentu wycofała się francuska administracja i 26 grudnia ogłoszono ponownie niepodległość. Decyzję mieszkańców Republiki zaakceptowano ostatecznie pokojem paryskim. Jednak już 4 marca 1815 – po długich międzynarodowych negocjacjach i przyjęciu nowej konstytucji – Republika połączyła się ze Szwajcarią.