De entre sus obras pictóricas en formato mural destacan los murales que se encontraban en el Hotel del Prado en la Ciudad de México en 1947, realizados en colaboración con su hermano Miguel Covarrubias. A causa del daño sufrido en el edificio por sismo de 1985, fueron rescatados, junto con obra de Roberto Montenegro y Diego Rivera, y trasladados a un edificio propiedad del Fondo Nacional de Fomento al Turismo en donde se resguardaron durante algún tiempo, para después ser donados al Instituto Nacional de Bellas Artes, y posteriormente darlos en comodato en 1950 al Museo de Arte Popular. Ambos murales trataban de la historia de la República Mexicana, mostrando los recursos naturales y el folclore de la cultura Mexicana.