曼祖基奇在自己的家鄉俱樂部展開其職業生涯，後來他加盟到克里地亞首都兩支大俱樂部，首先他加盟萨格勒布队。其後在2007年加盟萨格勒布迪纳摩，他在2008-09球季成為克罗地亚足球甲级联赛最佳射手。他的多產進球能力令他在2010年夏季轉會加盟到沃尔夫斯堡。在經過2012年歐洲足球錦標賽打入三球並成為最佳射手之一的出色表現後， 他被德甲班霸拜仁慕尼黑簽入。曼祖基奇在加盟俱樂部首個賽季就為拜仁奪得三個獎盃：德甲冠軍，德國盃以及歐洲冠軍聯賽冠軍，當中，他在歐洲冠軍聯賽決賽打進第一個進球。