John non fu presente alla Battaglia di Stirling Bridge, nonostante il suo probabile ed indiretto contributo e in quegli anni la sua vita politica è relativamente oscura. De Moray morì subito dopo la battaglia e William Wallace emerse come Guardiano di Scozia nei primi mesi del 1298. È opportuno ricordare che in quel tempo, pochi o nessuno dei grandi protagonisti della Rivoluzione rispondevano all'immagine dei patrioti idealisti o i cattivi invasori che sono giunti sino a noi attraverso i secoli. Gli interessi personali e famigliari erano importanti e difficilmente venivano dimenticati. Per John e gli altri nobili Wallace non era altro che un "parvenu", non certo un eroe, ma un figuro che in tempi normali non avrebbe mai scalato i vertici della società feudale. Per John vi fu un altro e personale motivo di irritazione, il vescovado vacante di Saint Andrews non venne preso da suo fratello William Comyn, ma dietro ordine di Wallace, da William Lamberton. Alcuni storici locali contemporanei asseriscono che per questo John disertò la Battaglia di Falkirk il 22 luglio del 1298, ma la questione è ancora incerta e dibattuta.