Im April 2016 überraschte Maker mit der Ankündigung, sich für die NBA-Draft anmelden zu wollen, was seit einer Änderung der Regularien 2005 direkt nach dem Ende der Schulzeit nicht mehr möglich war. Tatsächlich beriefen sich Maker und seine Ratgeber darauf, dass Maker bereits 2015 einen Schulabschluss erworben habe und anschließend nur ein weiteres, freiwilliges Jahr an der kanadischen Schule verbracht habe. Somit umging Makers Mentor Edward Smith dessen Collegezeit, die für seinen früheren Schützling Ater Majok in Konflikten frühzeitig und wenig vielversprechend geendet hatte. Tatsächlich bestätigte die NBA Makers Teilnahmeberechtigung am Draftverfahren 2016, der dort an zehnter Position von den Milwaukee Bucks ausgewählt wurde, nachdem an erster Stelle mit Ben Simmons bereits ein weiterer Australier ausgewählt worden war. Maker wurde in Milwaukee den an ihn gebundenen hohen Erwartungen selten gerecht und erzielte für die Mannschaft im Schnitt 4,5 Punkte sowie 2,6 Rebounds je Begegnung.