Kiedy 8 czerwca 1862 oddziały Konfederacji gen. Thomasa Jacksona zaatakowały gen. Fremonta pod Cross Keys, regiment Krzyżanowskiego został użyty do wsparcia gen. Juliusa Stahela. Udało im się zapobiec zniszczeniu armii Fremonta wraz z innymi oddziałami Stahela. Później w tym samym roku Krzyżanowski został dowódcą drugiej brygady, która była częścią trzeciej dywizji, a składała się z piechoty i artylerii. Brała ona udział w bitwach pod Sulpher Springs, Waterloo Springs i Govenon. Dywizja Krzyżanowskiego walczyła także w I bitwie nad Bull Run. Lincoln przedstawił go do awansu na stopień generała brygadiera, ale Kongres nie spełnił jego prośby.