Pizarro is in 1471 of 1476 in Trujillo, in die streek Extremadura in Kastilië gebore. Hy was die buite-egtelike seun van Gonzalo Pizarro Rodríguez de Aguilar (1446–1522), 'n infanterie-kolonel, en Francisca González Mateos, 'n vrou van arm herkoms. Sy presiese geboortedatum is onseker, maar vermoedelik iewers in die 1470's, waarskynlik 1471. Weinig aandag is aan sy opvoeding betaal en hy het ongeletterd grootgeword. Via sy moeder was hy aan Hernán Cortés, die vroeëre veroweraar van Meksiko, verwant. Op 10 November 1509 seil Pizarro met Alonso de Ojeda van Spanje na die Nuwe Wêreld op 'n ekspedisie na Urabí. Hy het na Cartagena geseil en hom aangesluit by die vloot van Martín Fernández de Enciso en vergesel in 1513 Balboa aan die Stille Oseaan. In 1514 het hy 'n ondersteuner in Pedro Arias Dávila, die goewerneur van Castilla de Oro, gevind en is vir sy rol in die arrestasie van Balboa met die posisies van burgemeester en magistraat in Panama-stad vanaf 1519 tot 1523 beloon.