У политички живот је ушао крајем деведесетих година и убрзо постао председник странке. На изборима 1999. године, његова странка је добила девет мандата, а Лапид је први пут постао члан Кнесета. У време НАТО агресије на СР Југославију 1999. године, Лапид је јавно бранио српски народ и присећао се његове позитивне улоге у односу према Јеврејима за време Холокауста.