Вследствие ранних успехов несторианских миссионеров христианство имело большое влияние в Монгольской империи. Около 1007 года христианство принимают монголоязычные кочевые племена кереиты. В XII веке процесс христианизации тюркских народов продолжается — христианство принимают онгуты, гузы, чигили. Сыновья Чингисхана имели христианских жён из племён кереитов и христианских учителей. Известно, что каган Гуюк (1241—1248) получил христианское воспитание, а у его шатра находилась переносная церковь. Значительному оживлению христианство в Китае подверглось во времена империи Юань, созданной после того, как монголы завоевали Китай в XIII веке. Марко Поло и другие средневековые западные современники упоминали много несторианских общин, оставшихся в Китае и Монголии. Однако они явно не были такими многочисленными, как во времена империи Тан. Во время правления внука Чингисхана, хана Мунке (1251—1260), несторианское христианство было основной конфессией в Монгольской империи. Имеются упоминания многочисленных связей монгольских правителей с христианством. Так к примеру, у Хулагу-хана (1260—1294), завоевавшего Иран мать и жена были христианками, а при взятии монголами Багдада (1258 год) все христианское население пощадили. Церковь Востока переживала последний период экспансии во времена существования Монгольской империи. Именно в этот момент, в конце XIII века, Церковь Востока достигла своего наибольшего географического охвата. К XIV веку насчитывалось 146 епархий и 25 митрополий, а исследователи отмечают, что: «в таких размерах Сиро-халдейская Церковь в то время не находила себе равной».