藤森的領導後期開始也被批過於專制而遭受不少非議，其於任期後段捲入多宗政治貪污醜聞，更因此於2000年大选時引發一連串違憲、賄賂及選舉舞弊問題，激發嚴重示威抗議；最終其於選后決定下台，藉外訪行程流亡日本並於酒店以傳真遞交請辭信。由於其父母早已-{向}-日本使館為藤森申請保留日本國籍，並且亦沒有於在1985年修例時放棄，因此擁有日本居留權。當時日本國內態度對藤森甚為正面，其中原因是在1997年的日本駐秘魯大使館人質危機中表現果斷。藤森在下台前順便宣佈了對1980年至1995年間曾觸犯人權罪行的軍警特赦，此舉受到人權組織及多個國家的批評。