Фолвелл також був одним з гострих критиків Ісламу, який він у своїх промовах називав "сатанинською вірою", а пророка Мухаммеда терористом. Після нападу на Всесвітній торговельний центр у вересні 2001 року, Джеррі Фолвелл заявив, що це була частково заслужена божа кара, за те, що американське суспільство толерантно відносилося до абортів, фемінізму, гомосексуальності та інших громадянських вольностей. За ці заяви, які викликали гостру критику з багатьох боків, навіть серед республіканців, Фолвелл пізніше мусив вибачитися.