Η δράση του Νικοτσάρα συνεχίστηκε, τόσο στη στεριά όσο και στη θάλασσα. Έγινε υπαρχηγός στον πειρατικό στόλο του Σταθά και πέτυχε καίρια πλήγματα κατά του τουρκικού στόλου στη Μακεδονία και στην Εύβοια. Η μοίρα του δεν ήθελε να πάρει μέρος στον Απελευθερωτικό Αγώνα του 1821, καθώς τραυματίστηκε θανάσιμα από πυροβολισμό Τούρκων στην παραλία κοντά στο Λιτόχωρο, τον Ιούλιο του 1807, λίγο μετά τη νίκη του επί ισχυρής δύναμης Τουρκαλβανών στις ακτές της πόλης. Ο Νικοτσάρας πέθανε στο καράβι του και ενταφιάστηκε στη Σκιάθο, κοντά στη Μονή της Ευαγγελίστριας, όπου υπάρχει και το λεγόμενο «ρέμα του Νικοτσάρα». Το όνομά του δόθηκε σε χωριό της Δράμας, με 309 κατοίκους (απογραφή 2001).