Während des Brasilianischen Unabhängigkeitskrieges wurden portugiesische Schiffe 1822 und 1823 vor Bahia von brasilianischen Marineverbänden angegriffen. Die seit dem Verlust Brasiliens hoffnungslose Bedeutungslosigkeit der portugiesischen Marine zeigte sich deutlich im Portugiesischen Bürgerkrieg. Zuerst konnte sie 1829 vor Vila da Praia die liberalen Aufständischen nicht an der Besetzung der Azoren, dann 1831 eine französische Flotte nicht am Einlaufen in den Tejo und am Beschuss Lissabons hindern, und obwohl der Großteil der portugiesischen Flotte loyal zu Dom Miguel war, unterlag sie 1833 in einer erneuten Seeschlacht vor Kap St. Vincent der Flotte Dom Pedros und konnte dessen Landung in der Algarve nicht verhindern. Vor dem französischen Angriff auf Lissabon verfügte die portugiesische Flotte über elf Linienschiffe, von denen die Franzosen sieben zerstörten. Nach dem Ende des Bürgerkriegs und der Wiedervereinigung bestand die portugiesische Flotte aus sechs Linienschiffen. Nach dem Verbot des Sklavenhandels (1836) spielten Flotte und Kolonien zunächst eine untergeordnete Rolle, im Jahr 1865 beschlossene Neubauten wurden kaum verwirklicht. Im Jahr 1876 umfasste die Flotte erst 26 Dampfer, aber noch immer elf Segelschiffe.