Vuonna 1993 maassa oli kaksi rinnakkaista hallitusta – yksi Mobutun puolella, toinen häntä vastaan. Mobutun ollessa sairaalahoidossa Euroopassa tutsit ottivat Zairen itäosat haltuunsa. Mobutu antoi tukensa hutuille, joita on syytetty Ruandan kansanmurhasta 1994. Marraskuussa 1996 hallitus määräsi tutsit poistumaan maasta kuolemanrangaistuksen uhalla, jolloin syttyi kapina.