In 1990 verloor Thorn de finale van de FA Cup van Manchester United na het spelen van een replay. Thorn speelde beide wedstrijden. Een jaar later won Thorn de Full Members Cup met Crystal Palace. Everton werd met 4–1 verslagen na verlenging, waarin tweemaal werd gescoord door Ian Wright. Toen de Premier League werd opgericht, in 1992, was Crystal Palace een van de eerste clubs die degradeerden. Thorn en de club dwongen algauw een nieuwe promotie af, door in mei 1994 kampioen te worden van de First Division. Thorn verliet Crystal Palace na dat seizoen. De centrale verdediger keerde namelijk terug naar zijn eerste club Wimbledon, dat ook in de Premier League actief was. In 1996 verhuisde hij naar Schotland, waar hij voor Heart of Midlothian uitkwam. Hier speelde hij slechts een handvol wedstrijden en nog datzelfde jaar ging Thorn op een lager niveau spelen bij de Engelse tweedeklasser Tranmere Rovers. Tranmere Rovers was de werkgever van voormalig Liverpool-aanvaller John Aldridge, die oog in oog stond met Thorn in de FA Cup-finale van 1988. In 1998 stopte hij met voetballen bij Tranmere Rovers wegens blessureleed.