Während des Algerischen Bürgerkrieges in den 1990er Jahren war Hanoune eine der wenigen Oppositionellen im algerischen Parlament und – trotz der säkularen Werte ihrer Arbeiterpartei – eine Gegnerin der Auslöschungspolitik ("Éradication") der Regierung gegenüber Islamisten. Im Januar 1995 unterzeichnete sie die „Sant'Egidio-Platform“ zusammen mit Vertretern anderer Oppositionsparteien, darunter die Islamischen Heilsfront, diejenige radikal-islamistiche Partei, deren Auflösung durch ein Militärdekret den Bürgerkrieg ausbrechen ließ.