Après le , celui qu'on appelle parfois Thirion de La Moselle continue à afficher avec ostentation ses convictions montagnardes et crétoises. Il réclame la mise en application de la Constitution de 1793, alors jugée trop démocratique par la majorité de la Convention. Le 3 frimaire an III (décembre 1794), il vote la mise en accusation de Carrier tout en y voyant une réaction contre-révolutionnaire. Il tente ensuite de défendre Collot-d'Herbois, qui est déporté en Guyane le 12 germinal an III (1er avril 1795). Il regrettera en l'an VI d'avoir participé à la chute de Robespierre, prélude à la "sanglante, affamante et atroce réaction". Dénoncé par le conventionnel Joseph-Nicolas Pierret, il est décrété d'arrestation après l'insurrection du et arrêté le 8 prairial, accusé d'avoir été le secrétaire de séance des insurgés. Il publie alors deux brochures pour se justifier et bénéficie de l'amnistie du 4 brumaire an IV () avec la dissolution de la Convention et les débuts du Directoire.