在1939年9月的波兰战役期间，西里西亚仍担任其原本的训练船角色，尽管它也曾临时作为U型潜艇的破冰船使用。当月下旬，西里西亚号又协同姊妹舰石勒苏益格-荷尔斯泰因号炮击了波罗的海沿岸的波兰阵地。炮击过程从9月25日持续至27日。行动结束后，西里西亚号舰上的六门150毫米炮被移除，以安装至新的辅助巡洋舰。1940年，西里西亚号参与了德国入侵丹麦和挪威的威悉演习行动。西里西亚号在整个行动期间都游弋于丹麦水域。在这些任务完成后，它又重新恢复了破冰职责。1941年3月，西里西亚号在波罗的海为布雷艇提供护航。从这次行动返航后，它将被改造成一艘安置在戈滕哈芬的宿营船。1942年4月4日，西里西亚号与战列舰格奈森瑙号和破冰船共同驶往戈滕哈芬。