În 1941, când a început Marele Război Patriotic, Iuri Ziegel, un etnic german, a fost deportat la Alma-Ata împreună cu familia sa. Felix a reușit să se întoarcă la Universitate pe care a absolvit-o în 1945. În același an a fost publicată prima sa carte „Eclipsele Lunii”. În 1948, după trei ani de muncă la Academia de Științe a URSS, a obținut diploma de candidat în științe (Кандидат наук) în domeniul astronomiei și a început să țină cursuri, mai ales la din Moscova și la Planetariu. Cele mai populare emisiuni vorbite în aceea perioadă au fost "Viața pe Marte" și "Tunguska". Cea din urmă, bazată pe povestirea SF "Explozia" (Взрыв) a lui Alexander Kazanțev, era cu un soldat în rolul principal care era interpretat de un actor profesionist, care implica publicul într-o discuție cu privire la natura Fenomenului Tunguska din 1908.