Im Russisch-Schwedischen Krieg von 1808–1809 war Duncker ein wichtiger Offizier in der schwedischen Armee. Während des Rückzugs der Armee von General Johan Adam Cronstedt von Mikkeli über Iisalmi und Leppävirta im März 1808 nach Oulu kommandierte Duncker die Nachhut. In der Schlacht von Pulkkila am 2. Mai 1808 zeichnete er sich aus, sodass der schwedische General Johan August Sandels ihn beauftragte, die Siegesnachricht dem König zu überbringen. Es folgte Dunckers Beförderung zum Major. Seine Fähigkeiten führten dazu, dass er im Juni 1808 den russischen Invasionstruppen einen großen Transport mit Nachschub abnehmen konnte.