Тенгинским полком он командовал до 12 марта 1812 года, когда был назначен шефом Тифлисского пехотного полка, расположенного на Кавказе и поэтому не принимал участия в войне 1812 года и войне шестой коалиции. Бунтовавший в это время в Кахетии царевич Александр, усилившийся лезгинами в числе 3000 человек, был им разбит под Сигнахом. После этого полк Пестеля принимал участие в делах против персов; находился в продолжавшемся более пяти часов сражении с персидскими войсками под начальством эриванского сардаря Гуссейн-Хана при Карабюрки и был награждён за это сражение орденом Св. Анны 2-й степени.