V únoru 2003, měsíc před americkou invazí do Iráku, Mueller jako ředitel FBI svědčil před senátním výborem pro zpravodajské služby. Prohlásil, že Irák se snažil oklamat mezinárodní společenství, protože stále vlastnil zbraně hromadného ničení a existovalo nebezpečí, že poskytne teroristům chemické nebo biologické zbraně. Dále před výborem uvedl, že sedm států označených americkou vládou za státní sponzory terorismu — Írán, Irák, Sýrie, Súdán, Libye, Kuba a Severní Korea — působí proti Spojeným státům a nadále podporují teroristické skupiny, které útočí na Američany.