Babangida gjorde inte sin debut i Afrikanska mästerskapet förrän 2000, eftersom Nigeria drog sig ur upplagan 1996 i Sydafrika på grund av politiska skäl och missade Afrikanska mästerskapet 1998 genom en diskvalificering. Babangida gjorde två mål mot Sydafrika, vilket tog Nigeria till finalen mot Kamerun, där de spelade 2–2 efter full tid, innan de blev besegrade på straffar med 3–4. Han spelade i alla lagets fem matcher, varav två från start.