Osmanien valtakunta valtasi Epeiroksen vuonna 1430. Osmanivallan aikana Epeiros oli osa Albaniaa, ja sen väestö oli pitkälti albaaneja. Vuonna 1788 Ioánninan paššaksi nimitettiin Ali pašša, joka lopulta vuodesta 1810 hallitsi Epeiroksen lisäksi aluetta Albaniasta Peloponnesokselle Osmanien valtakunnasta riippumatta. Hänen hallintonsa voidaan nähdä eräänä syynä vuonna 1821 alkaneelle Kreikan vapaussodalle.