サギノー・ベイは7月9日に航空機輸送任務で真珠湾を出港し、エニウェトク環礁とマジュロに寄港した。8月に入って護衛空母部隊の旗艦となり、来るペリリューの戦いに備えてソロモン諸島に進出。ペリリューおよびアンガウルの戦いでは、空中援護を提供した。作戦を終えてマヌス島ゼーアドラー湾に帰投したサギノー・ベイは、トーマス・L・スプレイグ少将率いる第77.4.1任務群（通称「タフィ1」）に加わり、10月20日からのレイテ島の戦いではレイテ湾南東海面を哨戒した。10月24日、日本艦隊の動きも少しずつ入ってくる中、サギノー・ベイは航空機交換のため、シェナンゴ ("USS Chenango, CVE-28") とともに第77.4.1任務群を離れ、モロタイ島に向かった。このためサギノー・ベイとシェナンゴはレイテ沖海戦には参加できなかったが、10月25日朝に第77.4.1任務群に突入してきた神風特別攻撃隊の最初の洗礼を受けなかった。交換を終えた後、サギノー・ベイは10月28日にマヌス島で第77.4.1任務群に合流した。11月10日、ゼーアドラー湾に停泊中の給兵艦 ("USS Mount Hood, AE-11") が大爆発を起こして木っ端微塵となった時、サギノー・ベイは爆風によって小破。また、マウント・フッドの爆発であらゆる方角に吹き飛ばされた乗員を救助していった。