Pendant la Seconde guerre de Tchétchénie (1999-2000), Soupian Abdoullaïev soutient Aslan Maskhadov et rejoint très tôt les rangs de l'insurrection. Il est nommé brigadier général à la fin du conflit et devient l'un des membres du gouvernement de Maskhadov. En 2002, il intègre le soi-disant Comité de défense nationale (GKO) et le Comité militaire de la république séparatiste tchétchène, dont il devient le Ministre des Finances.