Choi disputó la Copa Mundial de Fútbol Juvenil de 1993 y los , mientras que representó a su país a nivel absoluto en las Copas Mundiales de la FIFA de 1998 y 2002. En Australia y Pakistán, Yong-soo es conocido como “Younis Choi”, debido a sus tiros bajos al arco con efecto, muy similares a la firma de entrega de bolos del jugador de cricket pakistaní Waqar Younis.