Nach dem Rücktritt von Corbyns Schattenkabinett nach dem EU-Mitgliedschaftsreferendum im Vereinigten Königreich 2016 wurde Lewis zum Schattenverteidigungsminister ernannt. Im September 2016, als Lewis sich auf seine erste Rede als Schattenverteidigungsminister vorbereitete, änderte Corbyn einen Teil seiner Strategie, in der er verkündete, dass er Labours derzeitige Politik in Bezug auf Atomwaffen nicht ändern wolle. Lewis wurde durch eine Haftnotiz über die Änderung informiert. Einen Monat später entfernte Corbyn Lewis aus dem Amt des Schattenverteidigungsministers und ersetzte ihn durch Nia Griffith. Lewis wurde dann zum Schattengeschäftssekretär ernannt. Der Schritt wurde als taktische Herabstufung angesehen.