У вересні 1941 року Горшкову було присвоєно звання контрадмірала, а в жовтні він був призначений командувачем Азовської флотилії. Під час Керченсько-Феодосійської десантної операції, що проводилася в період з 25 грудня 1941 по 2 січня 1942 року, він керував висадкою десантних частин на північне узбережжя Керченського півострова. Член ВКП(б) з 1942 року.