Im Anschluss kehrte Ortega abermals als Nachfolger von José de la Paz Herrera an die Spitze der honduranischen Nationalmannschaft zurück. Anfang Januar 2007 nominierte er die Spieler für den im Februar anstehenden UNCAF Nations Cup 2007. Er erlitt jedoch am 6. Januar einen Schlaganfall, in dessen Folge er drei Tage vor Turnierbeginn Anfang Februar im Alter von 62 Jahren verstarb.