Al 1993 es va adherir a la Sōka Gakkai i va conèixer el seu president: Daisaku Ikeda, premi per la pau de les Nacions Unides i actual mestre del jugador. Baggio recentment ha obert una sala de reunions/pregaries a Thiene, a uns 12 km de la casa que té a Caldogno. La Sokka Gakkai és seguida per més de 9 milions de persones a l'Àsia, especialment el Japó. Aquest fet ha esdevingut un dels motius pels quals té una estima especial per l'Extrem Orient i alhora té molts fans a països com ara la Xina, Corea i especialment al Japó, país on nombrosos equips van intentar fitxar en força ocasions al llarg dels anys. L'estiu del 2000, després de deixar l'Inter va admetre que una experiència a la lliga japonesa de futbol li hagués satisfet però va preferir no fitxar per cap club, tot esperant anar-hi a jugar durant el mundial de futbol del 2002 disputat en aquest continent.