Idővel azonban megmutatkoztak a gondok is. A gazdaságba áramló nemesfém fokozta az inflációt, az állandó háborúk elnéptelenítették a Francia Királysághoz képest amúgy is ritkán lakott országot (amit csak fokozott a moriszkók és zsidók kiűzése) és az adminisztráció is egyre nehézkesebbé és bürokratikusabbá vált. A kincstár egyre inkább a tengerentúli ezüst- és aranyszállítmányoktól függött és a fokozódó kiadások miatt rendszeressé vált, hogy az állam fizetésképtelen lett. Gondot okoztak az észak-afrikai berber kalózok is, amelyek rendszeresen fosztogatták a mediterrán partvidéket és a lakosokat elhurcolták rabszolgának. Bár az 1571-es lepantói csata megtörte a török tengeri dominanciát, becslések szerint 1-1,25 millió európai került így rabszolgaságba a 16–19. században, főleg Spanyolországból és Itáliából. Pusztító járványok is tizedelték a lakosságot: az 1596-1602-es pestis 6-700 ezer áldozatot követelt, a teljes népesség kb. 10%-át. A 17. században összesen mintegy 1,25 millióan estek járványok áldozatául Spanyolországban.