De Labor-partij viel in 1916 uit elkaar. Premier Hughes, die Fisher een jaar eerder was opgevolgd, startte de Nationalistische Partij en Cook volgde hem. Hij werd zijn minister van de Marine. Namens Australië nam Cook deel aan de Parijse vredesconferentie waar hij de annexatie van Duits-Nieuw-Guinea voorstond. Van 1920 tot 1921 bekleedde de oud-premier de positie van minister van Financiën.