Mujica war auch Mitglied der A-Nationalmannschaft Uruguays, für die er zwischen dem 18. Mai 1966 und dem 20. Juni 1970 22 Länderspiele absolvierte. Dabei erzielte er zwei Länderspieltore. Bei der Südamerikameisterschaft 1967 gewann er mit der Celeste den Titel. Mujica nahm mit Uruguay auch an der Weltmeisterschaft 1970 teil. Dort absolvierte er insgesamt sechs Spiele, bestritt damit alle Partien der Gruppenphase sowie der Finalrunde und erzielte auf dem Weg zum vierten Platz der Uruguayer in der Turnierwertung einen Treffer im ersten Spiel gegen Israel.