בימי המרד האוקראיני בשנים 1648–1676 הפכה יאגיילניצה לזירת קרבות קשים. התושבים המקומיים ניסו אז להשתחרר משליטתם של המגנטים הפולנים ומאימת הדיכוי העו'תמאני. ב-1654 צבא הקוזקים של ההטמן בוגדן חמלניצקי לא הצליח לכבוש את טירת יאגיילניצה.