Махера аль-Асада также часто называют в числе главных виновников кровопролития во время восстания в Сирии в 2011 году. Считается, что одну из ведущих ролей в подавлении восстаний (в частности, в Даръа), сыграла находящаяся в непосредственном подчинении Махера аль-Асада 4-я дивизия, части которого расквартированы в районе Голанских высот и близ Дамаска. 27 апреля 2011 года правительство США наложило санкции на имущество Махера аль-Асада в связи с его деятельностью при подавлении восстания в Сирии. 23 мая 2011 года Европейский союз по тем же причинам также наложил ряд санкций на Махера аль-Асада; при этом в официальных документах ЕС Махер аль-Асад назван «основным осуществителем репрессий против демонстрантов».