Albasini commence la saison 2016 en janvier par la première épreuve de l'World Tour : le Tour Down Under. Après un stage en février en Afrique du Sud, Paris-Nice en mars et le Tour du Pays basque en avril, il participe aux classiques ardennaises. Chef de file de son équipe pour la Flèche wallonne, il tente une offensive dans les derniers kilomètres sans résultat. Au sommet du Mur de Huy, il est septième. Lors de Liège-Bastogne-Liège, il est à l'origine de l'attaque décisive de la course lors de l'ascension de la côte de la rue Naniot à de l'arrivée. Trois autres coureurs sont avec lui et à l'arrivée, Albasini est dominé au sprint par Wout Poels. Il termine ce bloc de courses par le Tour de Romandie dont il remporte la dernière étape en sortant vainqueur d'un groupe d'échappés. Albasini est en juin chef de file de son équipe au Grand Prix du canton d'Argovie dont il est seizième. Il est ensuite dominé par Peter Sagan lors du sprint pour la victoire sur la troisième étape du Tour de Suisse. Il est présent sur le Tour de France où son équipier Adam Yates se classe quatrième. Sélectionné pour la course en ligne des Jeux olympiques de Rio, il figure dans la première échappée de la course. Une fois celle-ci reprise, Albasini abandonne la course. Il est ensuite chef de file de la sélection suisse pour la course en ligne du championnat d'Europe sur route où il se classe . En revanche, il refuse d'être sélectionné pour la course en ligne des championnats du monde de Doha.