Hasta principios de 2003, la selección era conocida como "Basilé Nacional" y el equipo, fácilmente vencible, era compuesto exclusivamente por jugadores locales. A partir de junio de 2003, comienzan a ser llamados los futbolistas de origen ecuatoguineano que militaban en clubes extranjeros y no eran necesariamente nacidos en el país. Alberto Edjogo-Owono, Sergio Barila, José Luis Senobua y Andrés Malango, nacidos los primeros tres en España y el último en Estados Unidos, fueron algunos de los convocados para el partido contra de las eliminatorias para la Copa Africana de Naciones 2004. Esto dio pie a que otros futbolistas en la misma situación se incorporaran a la selección ese mismo año para disputar la primera fase de la clasificación para el Mundial 2006 contra . Rodolfo Bodipo, Iván Zarandona y Juvenal Edjogo-Owono, entre otros, llegaron para la ocasión y como entrenador fue contratado Óscar Engonga. A pesar de hacer un gran partido en la ida venciendo a los togoleses por (1:0), fueron eliminados en la vuelta tras perder por (0:2). Al año siguiente, Engonga es despedido y su reemplazante es el brasileño Antonio Dumas, quien ya había estado en contacto con Guinea Ecuatorial pues era el seleccionador de Togo en aquellos partidos eliminatorios. Con él, la selección se abrió de lo ecuatoguineano y/o lo vinculado al país y empezó a recibir desde entonces futbolistas de Brasil, algo que Dumas ya había experimentado en el seleccionado togolés. Logró en 2006 su primer título, la Copa CEMAC, que representa a la Comunidad Económica y Monetaria de África Central y en 2009 fue subcampeona de la misma competición.