VM 1991 ägde rum i Val di Fiemme i Italien. Jens Weissflog tävlade nu för återförenade Tyskland. I lagtävlingen hoppade han tillsammans med Heiko Hunger, André Kiesewetter och Dieter Thoma. Laget vann en bronsmedalj i lagtävlingen. Tyskland var 17,8 poäng efter österrikarna som vann guldet 4,8 poäng före Finland. I de individualle tävlingarna vann Weissflog en bronsmedalj i stora backen (7,5 poäng bak guldvinnaren Franci Petek från dåvarande Jugoslavien. I normalbacken blev Weissflog nummer 7.