In de slag bij Gettysburg leidde hij het XI Corps. Door een verkeerde defensieve positie werd zijn leger hier wederom teruggedrongen door het Army of Northern Virginia. Toen hij zich terugtrok organiseerde hij een nieuwe defensieve positie op Cemetery Hill waar hij uiteindelijk kon standhouden. Na Gettysburg werd Howard met zijn leger naar het westelijke front gestuurd om daar slag te leveren. Na de dood van James B. McPherson werd hij de commandant van het Army of the Tennessee en leidde vervolgens de linkerflank tijdens Shermans Mars naar de Zee.