עם פרוץ מלחמת העולם השנייה מונה לרופא מחוזי ומנהל בית חולים שהוקם על ידי הרוסים באנטופול ובו 30 מיטות. ב-1941 פרצה המלחמה בין ברית המועצות לגרמניה. למרות הפצרותיו של מנהל המחוז, החליט צ'רניאק להשאר באנטופול עם אשתו ההרה, אחיותיו ואמו החולה. עם כניסת הגרמנים לאנטופול כמעט נורה למוות בידם אך ניצל בזכות סרט הרופא שעל זרועו. לאחר הקמת הגטו, צ'רניאק ומשפחתו שוכנו בגיטו אנטופול, בו גרו בעלי המקצוע.