1950年7月，马罗山在拉科西教条主义和宗派主义路线统治下的政治大清洗中被国家安全机构逮捕。他先被判处死刑，后改判为无期徒刑。1956年3月，在苏联共产党的干涉下获释出狱，并恢复名誉。他后来回忆说：“是苏共第二十次代表大会的精神挽救了我。”