Австрийските Хабсбурги водят началото си от Фердинанд I, брат на Карл V. Той също съумява да разшири значително земите и властта си благодарение на своя брак. Тъй като е женен за Анна Ягелонина, принцеса на Чехия и Унгария, когато брат ѝ Лайош II е убит от турците в битката при Мохач през 1526 г. и не оставя мъжки наследници, Фердинанд наследява тези две кралства. В началото Унгария практически е само тясна ивица земя по границата с Австрия, тъй като останалата част е под турска власт. Фердинанд се опитва да сложи под властта си автономната Трансилвания, също част от Унгария. Но унгарските аристократи са враждебно настроени и на Хабсбургите през цялото време ще им се налага да се борят със сепаратизма на Унгария. През 1556 г. Фердинанд е избран за император и оттук нататък до 1740 г. неизменно неговите наследници държат тази титла. От тях по-важни са: Рудолф II (1576 – 1612), Фердинанд II (1619 – 1637), Фердинанд III (1637 – 1658) и Леополд I (1658 – 1705). При Фердинанд II Хабсбургите се включват в Тридесетгодишната война против германските протестанти, което им коства много сили и средства и накрая води до тяхното поражение. Едва при Леополд I започва възстановяване. При него австрийската монархия разширява много териториите си. Първо по време на войната с Османската империя (1683 – 1699) Хабсбургските армии завладяват цяла Унгария, а по време на Войната за испанското наследство (1702 – 1714) завладяват Австрийска Нидерландия, Сицилия и Милано. Така след 1700 г. този клон на Хабсбургите се превръща в единствен, но достатъчно могъщ представител на рода. При Карл VI (1711 – 1740) настъпват нови разширения в Унгария, макар че е изгубена Сицилия. Този Хабсбург няма мъжки наследници и затова завещава всичко на любимата си дъщеря Мария Тереза, а повечето европейски държави предварително признават това в т. нар. "Прагматическа санкция". Лятна резиденция на Хабсбургите е двореца Шонбрун във Виена.