Kun sotaoikeus totesi syyskuussa 1899 toistamiseen Dreyfusin syylliseksi maanpetokseen kyseenalaisin perustein, hallitus painosti presidenttiä armahtamaan tämän. Waldeck-Rousseaun hallituksen muista saavutuksista merkittävin oli vuoden 1901 yhdistyslaki, joka kumosi kaikki yhdistymisvapauden rajoitukset laillisiin päämääriin tähdänneiltä järjestöiltä. Eräät uskonnolliset yhteisöt jätettiin näiden oikeuksien ulkopuolelle, koska niiden katsottiin olevan ulkomailta käsin johdettuja. Waldeck-Rousseau vastusti kuitenkin seuraajansa Émile Combesin tiukkaa laintulkintaa, joka johti tuhansien katolisten koulujen sulkemiseen. Lisäksi Waldeck-Rousseaun pääministerikaudella Ranskan armeijaa puhdistettiin epäluotettavina pidetyistä upseereista ja monarkistien toimintaa rajoitettiin. Vuoden 1900 maailmannäyttely Pariisissa toi paljon myönteistä julkisuutta. Waldeck-Rousseau erosi terveyssyistä pääministerin tehtävistä kesäkuussa 1902. Hän kuoli kaksi vuotta myöhemmin maksasyöpään.