È stato scelto il 25 giugno 2009 con la 16ª chiamata del Draft dai Chicago Bulls. A Chicago James Johnson vi rimane per 1 stagione e mezzo: nella prima stagione gioca sotto la guida di coach Vinny Del Negro 65 partite, di cui 11 da titolare. Ha tenuto di media 3,9 punti, 2 rimbalzi e 0,7 assist in 11,6 minuti a partita, e per quanto riguarda il tiro come media aveva il 41,5% dal campo e il 32,6% da 3 punti ("career-high" per lui). Per quanto riguarda i play-off (a cui i Bulls si qualificarono arrivando ottavi nella Eastern Conference) Johnson disputa 4 delle 5 partite della serie tra i suoi Chicago Bulls e i Cleveland Cavaliers, ma senza segnare punti, e giocando di media solo 5 minuti a partita in cui ha potuto raccogliere pochi rimbalzi e servire pochi assist (0,3 di media in entrambi i campi); i Bulls verranno comunque eliminati dai Cavs nella serie per 4-1. Alla fine della stagione il coach Del Negro viene sostituito da Tom Thibodeau. Con l'arrivo di quest'ultimo Johnson gioca molte meno partite e il 28 gennaio 2011 viene mandato a giocare in D-League negli Iowa Energy. Viene richiamato dai tori il 15 Febbraio 2011 dopo aver giocato 8 partite nella lega di sviluppo statunitense. Tuttavia con i tori non rimane molto visto che una settimana esatta dopo essere stato richiamato è stato ceduto. In totale con i tori nella seconda stagione ha giocato solo 13 partite, di cui nessuna da titolare.