Το 1870 ιδρύθηκε η Βουλγαρική εξαρχία και μια μακρά περίοδος εθνικών ανταγωνισμών λαμβάνει χώρα και στο Κάτω Νευροκόπι. Το 1882 ξεκίνησε η προσπάθεια της Ελληνικής πλευράς να αμυνθεί στις Βουλγαρικές αξιώσεις με τη βοήθεια της ελληνορθόδοξης Μητρόπολης. Οι εξαρχικοί του Κάτω Νευροκοπίου διεκδίκησαν το ναό του Αγίου Δημητρίου. Το 1899 οι εξαρχικοί προκάλεσαν επεισόδια για τον έλεγχο του ναού και η Οθωμανική διοίκηση αποφάσισε να αναστείλει τη λειτουργία του. Το Πάσχα του 1901 οι Οθωμανική διοίκηση επέτρεψε την επαναλειτουργία του ναού με τη συμφωνία της εναλλάξ λειτουργίας σε ελληνικά και βουλγαρικά, αλλά το Πάσχα του 1902 λόγω της συνέχισης των επεισοδίων, ο ναός ξανάκλεισε. Την επόμενη χρονιά, Βούλγαροι κομιτατζήδες ανέλαβαν ένοπλη δράση στην περιοχή προκειμένου να τρομοκρατήσουν τους Ελληνικούς πληθυσμούς. Τότε δολοφονήθηκε και ο δάσκαλος Θωμάς Παπαγεωργίου. Στην κορύφωση του Μακεδονικού Αγώνα, τον Οκτώβριο του 1903, με πρωτοβουλία του μητροπολίτη Δράμας, ο ναός του Αγίου Δημητρίου λειτούργησε ξανά, ενόψει της γιορτής του ομώνυμου αγίου με συμμετοχή πατριαρχικών και εξαρχικών. Ανήμερα του Αγίου Δημητρίου όμως, ένοπλη ομάδα 30 κομιτατζήδων επιτέθηκαν στο ναό και συνέλαβαν τους Έλληνες εκκλησιαστικούς επιτρόπους Ιωάννη Ζαφειρίου, Νικόλαο Γερμανό, το γιο του Γεώργιο Γερμανό και το δάσκαλο Κωνσταντίνο Χρηστίδη, τους οποίους εκτέλεσαν. Την παραμονή των Χριστουγέννων του 1906, σώμα 300 κομιτατζήδων περικύκλωσαν το Κάτω Νευροκόπι και μετά από τρίωρη επίθεση δολοφόνησαν τους Έλληνες προύχοντες.