Ο πόλεμος αυτός αποδείχτηκε ιδιαίτερα επιζήμιος για τη Μακεδονία και το Φίλιππο Ε΄, που έχασε μονομιάς ένα στόλο που του πήρε τρία χρόνια να συγκεντρώσει, καθώς και τους συμμάχους του Αιτωλική και Αχαϊκή Συμπολιτεία, οι οποίες προσχώρησαν στο στρατόπεδο των Ρωμαίων. Αμέσως μετά τον κρητικό πόλεμο, οι Δάρδανοι, μια φυλή βαρβάρων, πέρασε τα βόρεια σύνορα της Μακεδονίας, αν και ο Φίλιππος τους απέκρουσε σχετικά εύκολα. Το 197 π.Χ., ο Φίλιππος ηττήθηκε από τις ρωμαϊκές δυνάμεις στις Κυνός Κεφαλές και αναγκάστηκε να παραδοθεί. Η νέα αυτή ήττα τον υποχρέωσε να εγκαταλείψει τις περισσότερες από τις περιοχές που είχε κάτω από το σκήπτρο του εκτός Μακεδονίας. Επίσης υποχρεώθηκε να στείλει το γιο του, Δημήτριο, σαν όμηρο στη Ρώμη και να καταβάλλει πολεμική αποζημίωση. Ο γιος του Περσέας, που διεξήγαγε τον Τρίτο Μακεδονικό Πόλεμο, υπήρξε ο τελευταίος βασιλιάς της Μακεδονίας.