Ο Αιμίλιος Παύλος ακολούθησε μια τυπική καριέρα ρωμαίου αξιωματούχου, ξεκινώντας από το αξίωμα του τριβούνου και προχωρώντας σε αυτό του curule aedile και του πραίτωρα, στο οποίο αναρριχήθηκε το 191 π.Χ. Υπό την ιδιότητά του αυτή μετέβη στην Ισπανία, όπου κατήγαγε σημαντικές νίκες εναντίον των Λουζιτανών. Για άγνωστους λόγους άργησε πολύ να ανέλθει στην επόμενη ιεραρχική βαθμίδα: εκλέχτηκε ύπατος για πρώτη φορά μόλις το 182 π.Χ. και ασχολήθηκε αρχικά με την αντιμετώπιση τοπικών φυλών στη Λιγουρία. Η ατυχής για τη Ρώμη πορεία του Γ΄Μακεδονικού Πολέμου έκανε τη Σύγκλητο να εκλέξει ξανά ύπατο τον Αιμίλιο Παύλο (μαζί με τον Γάιο Λικίνιο Κράσσο) προκειμένου να αντιμετωπίσουν την κατάσταση στη Μακεδονία. Πράγματι ο Αιμίλιος Παύλος μετέβη στη Μακεδονία και κατόρθωσε να νικήσει και να αιχμαλωτίσει τον αντίπαλό του, βασιλιά της Μακεδονίας Περσέα, στη Μάχη της Πύδνας το 168 π.Χ. Επιστρέφοντας στη Ρώμη πήρε εντολή να ξεκαθαρίσει το τοπίο και στην Ήπειρο, η οποίο ακολουθούσε φιλομακεδονική πολιτική. Το αποτέλεσμα ήταν να επιτεθεί σε περίπου εβδομήντα πόλεις, τις οποίες λαφυραγώγησε, παρά τη συνήθη τακτική του, και από τις οποίες πήρε αιχμαλώτους που έφταναν τις 150,000, τους οποίους και μετέφερε στη Ρώμη για να πωληθούν ως δούλοι.