Nominato vescovo ausiliare di Ayacucho il 23 maggio 1988, il 3 luglio dello stesso anno riceve l'ordinazione episcopale. Il 23 maggio 1991 viene nominato amministratore apostolico di Ayacucho; il 13 maggio 1995 viene promosso arcivescovo della medesima sede. Partecipa alla mediazione dei numerosi conflitti interni del Paese, causati dal terrorismo di estrema sinistra. Viene accusato di non aver fornito assistenza alle vittime di violenza, accuse che respinge. È nominato mediatore nel controverso episodio dell'assalto presso l'ambasciata giapponese a Lima ad opera del Movimento Rivoluzionario Tupac Amaru. La mediazione tuttavia fallisce con l'uccisione di tutti i terroristi da parte della polizia militare peruviana in un blitz il 22 aprile 1997.