17 сентября 1811 года Спасский собор серьёзно пострадал от пожара (по преданию, от забытой «грошовой свечи»). Сгорело всё внутреннее убранство, обгорели некоторые главы. Перед вторжением французов в Москву в 1812 году в Спасо-Прилуцкий монастырь были эвакуированы драгоценности патриаршей ризницы, Троице-Сергиевой лавры, Чудова, Новоспасского, Знаменского, Николо-Угрешского, Покровского, Новодевичьего, Вознесенского монастырей и некоторых московских соборов и монастырей. Драгоценности хранились в сгоревшем Спасском соборе до освобождения Москвы. Спасский собор был реставрирован в 1813—1817 годах. Были заменены повреждённые пожаром главы, которым были приданы барочные кувшинообразные формы, устроен новый иконостас.