Im Rahmen des Polnisch-Sowjetischen Kriegs führte Roja von Januar bis August 1919 die "2. „Legionen“-Infanteriedivison" (2 Dywizja Piechoty Legionów) und war an der litauisch-weißrussischen Front eingesetzt. Er zeichnete sich im Kampf gegen die Rote Armee aus. Im August 1919 wurde er zum Kommandeur des "Militärbereichs Kielce" (Dowództwo Okręgu Generalnego „Kielce“) und im März 1920 zum Kommandeur des "Militärbereichs-Korps VIII." in Toruń (Dowództwo Okręgu Korpusu nr VIII w Toruniu) ernannt. Nach einem kurzen Einsatz an der Nordfront, begann Roja an den Chancen auf einen Sieg gegen die Bolschewisten zu zweifeln. Er entwickelte verschiedene Ideen zu einem Separatfrieden und geriet so in einen Konflikt mit Piłsudski. Im August entzog Piłsudski ihm wegen seiner Einmischung in die Politik und Verbreitung von Defätismus das Kommando. Nach Kriegsende wurde Roja zunehmend zu einem Kritiker Piłsudskis und dessen Sanacja-Bewegung. 1928 wurde er für die radikale Bauernpartei Stronnictwo Chłopskie in den Sejm gewählt. Hier wurde er Vizepräsident des parlamentarischen Militärausschusses. Im Dezember 1929 verlor er seinen Parlamentssitz. 1930 kritisierte er Piłsudski in einem öffentlichen Brief, dessen Publikation von der Zensur untersagt wurde. Weitere Aktionen Rojas endeten auf Anweisung des Kriegsministers, General Tadeusz Kasprzyckis, mit der zeitweiligen Zwangseinweisung in die psychiatrische Abteilung eines Militärkrankenhauses.