Chomutov se stal nejbohatším řádovým panstvím v Čechách, později však začalo docházet k jeho úpadku. Když byl v roce 1410 řád německých rytířů poražen vojsky polského krále Vladislava II. v bitvě u Grunwaldu, byl komtur Oldřich z Ústí roku 1411 donucen předat majetek českému králi Václavu IV. Převážně německé obyvatelstvo Chomutova patřilo mezi odpůrce kalicha a tak již roku 1421 byl Chomutov dobyt vojsky Jana Žižky a město vypleněno. Kostel, který byl spolu s komendou poškozen již při požáru města v roce 1408, utrpěl škody také v těchto bojích.