En 1939, l'Allemagne nazie d'Adolf Hitler et l'URSS de Staline signèrent le pacte germano-soviétique, et, malgré des antipathies profondes, ces deux dictateurs devinrent de facto des alliés au moment du déclenchement de la Seconde Guerre mondiale. L'Australie déclara la guerre à l'Allemagne pour son invasion de la Pologne, tandis que l'URSS envahissait et annexait aussitôt l'est de la Pologne, selon l'accord signé avec Hitler. En conséquence, aux premiers stades de la guerre, le Parti communiste australien s'opposa et chercha à perturber l'effort de guerre australien, considérant la guerre comme de nature « impérialiste ». Le Premier ministre Robert Menzies interdit le CPA après la capitulation de la France en 1940. Mais en 1941, Staline fut obligé de rejoindre la cause des Alliés, lorsque Hitler renia le Pacte et envahit l'URSS. Celle-ci subit alors toute la puissance meurtrière de la machine de guerre hitlérienne, et le Parti communiste australien en perdit sa précédente horreur de la guerre. Le nombre de ses adhérents atteignit les , il prit le contrôle d'un certain nombre de syndicats importants, et un candidat communiste, Fred Paterson, fut élu au Parlement du Queensland. Le CPA restait toutefois en marge de la vie politique australienne. Le Parti travailliste gardait les faveurs de la classe ouvrière, mais il allait se scinder au milieu des années 1950, car certains de ses membres s'inquiétaient de l'influence des communistes dans certains syndicats.