В январе 1998 года назначен первым вице-премьером, курировал силовой блок правительства ЧРИ. В 1999 году назначен министром государственной безопасности ЧРИ. Сайт grani.ru в 2002 году утверждал, что в мае 1999 года Атгериев лично звонил директору ФСБ Владимиру Путину и официально, в качестве министра госбезопасности, предупреждал его о готовящемся вторжении боевиков на территорию Дагестана. В июне 1999 года посетил с частным визитом Москву с целью сбора средств с коммерческих структур для помощи боевикам.