Palafox, tenta alors une brève campagne afin de libérer le pays, mais quand Napoléon en personne entra en Espagne à la tête de son armée et détruisit en quelques semaines les armées ennemies l'une après l'autre, Palafox fut forcé de battre en retraite dans Saragosse, où il soutint à nouveau un siège mémorable. Celui-ci se termina après trois mois par la chute de la ville, ou plutôt l'arrêt de la résistance. La ville était en ruines et les maladies avaient balayé des milliers de défenseurs. Palafox lui-même victime de l'épidémie, tomba aux mains des Français et fut gardé prisonnier à Vincennes jusqu'en .