1915年，《中俄蒙协约》签订，这表明中华民国对外蒙古拥有了宗主权，但是俄国人也得到了各种殖民特权。据此，同年6月9日，外蒙古宣布取消“独立的大蒙古国与共戴年号”。袁世凯册封八世哲布尊丹巴为“呼图克图汗”，并赦免独立运动人士。外蒙古取消独立，实行自治。此时外蒙古上层的僧俗两派斗争趋于白热化，哲布尊丹巴呼图克图派人毒死了“外务大臣”杭达多尔济，压制了世俗王公的势力。博克多汗国从“独立国家”转为“自治”，但是中国无法在蒙古驻军、移民，博克多汗仍是外蒙古实际上的最高统治者。