In anderen Bereichen konnte die IGAD noch keine durchschlagenden Erfolge verzeichnen. Kenia und Uganda konzentrieren sich eher auf die Ostafrikanische Gemeinschaft als auf die IGAD. Auch konnte die IGAD den Eritrea-Äthiopien-Krieg 1998–2000 nicht verhindern und die weiterhin bestehenden Spannungen zwischen beiden Ländern nicht abbauen. Eritrea erklärte 2007, dass es wegen Differenzen mit Äthiopien bezüglich Somalia seine Mitgliedschaft in der IGAD suspendieren möchte. 2008 versuchten Kenia und Sudan erfolglos, Eritrea zur Rückkehr in die Organisation zu bewegen.