A primeira ação da carreira do "Shōkaku" foi participar do Ataque a Pearl Harbor em dezembro de 1941, no início da Guerra do Pacífico. Depois disso, o navio participou de um ataque contra Rabaul em janeiro de 1942, de um ataque contra forças britânicas no Oceano Índico entre março e abril, da Batalha do Mar de Coral em maio e de vários confrontos e operações na Campanha de Guadalcanal, incluindo as batalhas das Salomão Orientais em agosto e das Ilhas Santa Cruz em outubro. Ele foi seriamente danificado nesta última e precisou retornar ao Japão para reparos.