九八式軽爆撃機は機体性能自体は優れていたものの、エンジンのトラブルが多く大型ラジエーターからの水漏れ等の故障が頻発するなど整備員泣かせの機体であった。このため部隊での稼働率は低く、現場での評判は芳しくなかった。それでも支那事変の中期以降は主力軽爆撃機として各地で活動し、大東亜戦争（太平洋戦争）初期のシンガポールの戦いや香港攻略戦にも参加した。1942年（昭和17年）以降は前線から引き上げられ、訓練部隊や司令部飛行班に回された。