25 февраля 1969 года Ян Зайиц вместе с тремя однокурсниками снова приехал в Прагу. Он отправился на Вацлавскую площадь и в подъезде дома № 39 облил себя бензином и поджёг. Зайиц не успел выбежать из подъезда и умер на месте. Это произошло в 21-ю годовщину коммунистического переворота в Чехословакии.