2014 absolvierte Andretti seine neunte IndyCar-Saison für Andretti Autosport, die ihre Motoren wieder von Honda bekamen. Bei den ersten fünf Rennen schaffte er es zweimal aufs Podium. In Birmingham wurde er Zweiter, beim Indianapolis 500 Dritter. Weitere Podest-Platzierungen gelangen ihm in der Saison nicht mehr. Andretti beendete die Saison auf dem neunten Gesamtrang. Damit unterlag er intern seinen Teamkollegen Hunter-Reay und Carlos Muñoz, setzte sich jedoch gegen Hinchcliffe durch. Anfang 2015 nahm Andretti für den familiären Rennstall zunächst an einem Rennen der FIA-Formel-E-Meisterschaft teil. Anschließend ging er 2015 für Andretti Autosport in der IndyCar Series an den Start. Mit einem zweiten Platz in Detroit und einem dritten Platz in Fontana erreichte er zwei Podest-Platzierungen. Er wurde wie schon im Vorjahr Gesamtneunter. Mit 429 zu 436 Punkten wurde er hinter Hunter-Reay zweitbester Andretti-Fahrer. 2016 blieb Andretti ein weiteres Jahr für Andretti Autosport in der IndyCar Series. Ein achter Platz in Sonoma war sein bestes Ergebnis. Als schlechtester Fahrer seines Teams erreichte er den 16. Gesamtrang.