Nato nell'anno del disastroso terremoto di Tokyo, si convertì al cattolicesimo all'età di 11 anni. Data la giovane età la sua fu, più che una scelta, il desiderio di compiacere la madre che, reduce da un doloroso divorzio, trovava sollievo nell'assidua pratica religiosa. Lasciati presto gli studi di medicina, intraprese quelli di letteratura francese e fu uno dei pochi studenti giapponesi ad essere inviato, a spese dello stato, in Francia per approfondire gli studi. I tre anni passati all'estero non furono facili e, al ritorno in Giappone, contrasse la tubercolosi, il che aggravò notevolmente il suo stato emotivo. Dopo un lungo ricovero, si recò in Terrasanta per ripercorrere i luoghi dove si era svolta la vita di Cristo. In seguito iniziò la carriera di scrittore e le sue opere cominciarono ad avere un grande successo. Se si considera che esse erano profondamente influenzate dal suo credo religioso e che esso in Giappone era praticato da un numero trascurabile di persone, c'è da stupirsi che possa aver avuto in patria una tale notorietà. Endō è stato definito il Graham Greene giapponese per numerose affinità stilistiche ed anche biografiche (Greene si era convertito al Cristianesimo a 23 anni) con lo scrittore inglese.