Die Nachfolgeregierungen unter Alfons Goppel von 1962 bis 1978, Franz Josef Strauß von 1978 bis 1988, Max Streibl von 1988 bis 1993, Edmund Stoiber von 1993 bis 2007 und Günther Beckstein von 2007 bis 2008 waren reine CSU-Regierungen mit absoluter Mehrheit; von 2003 bis 2008 hatte die CSU sogar eine Zwei-Drittel-Mehrheit im Landtag. Mit der 16. Landtagswahl 2008 verlor die CSU jedoch die absolute Mehrheit und war seit Jahrzehnten erstmals gezwungen, unter Horst Seehofer eine Koalition mit der FDP einzugehen, bis 2013 wieder die absolute Mehrheit der CSU gewonnen wurde. 2018 ging sie dann wieder verloren, als sechs Parteien in den Landtag einzogen. Die CSU bildete daraufhin eine neue Regierungskoalition mit der Landesvereinigung Freie Wähler Bayern.