Durante la Guerra de sucesión española tras la muerte sin descendencia de Carlos II de España, último representante de la Casa de Habsburgo los problemas políticos del momento afectaron las relaciones de Clemente XI con los grandes poderes católicos, y el prestigio moral de la Santa Sede sufrió mucho por su reconocimiento obligado de uno de los dos pretendientes a la corona de España Carlos, Archiduque de Austria, como rey de España, presionado por el ejército imperial que había sitiado Roma tras derrotar al ejército borbónico francés en el norte de Italia. La respuesta de Felipe V de España, el otro pretendiente, fue expulsar de la corte de Madrid al nuncio papal Antonio Félix Zondadari el 10 de marzo. Poco después, el 22 de abril de 1709, Felipe V promulgaba un decreto por el que se reconocía la independencia de hecho de los obispos españoles respecto a Roma al establecer que en el procedimiento de las causas eclesiásticas se volviera al uso «que tenía antes que hubiese en estos reinos nuncio permanente». Así, los obispos tendrían que ejercitar su jurisdicción sobre «lo que cabe en su potestad», tanto en materia de dispensas como de justicia, de los que antes de la ruptura se ocupaba la curia romana.