I 1600-tallet var der omfattende uroligheder blandt andet Befrielsen af Moskva fra polsk invasion (1612), opstande som Saltopstanden (1648), Kobberopstanden (1662) og Moskvaopstanden i 1682. Byen ophørte med at være Ruslands hovedstad i 1712, da den i 1703 grundlagte Sankt Petersborg blev udnævnt til ny hovedstad. Da Napoleon invaderede Rusland i 1812, evakuerede moskovitterne byen og brændte den af, da Napoleons tropper nærmede sig. Napoleons hær, der var plaget af sult, kulde og lange forsyningslinjer, blev dog tvunget til hurtigt at trække sig tilbage igen.