Pochodził z muzułmańskiej rodziny albańskiej. Karierę rozpoczynał w Egipcie, u boku Muhammada Ali Paszy. W czasie greckiej wojny o niepodległość tłumił wystąpienia Greków na Krecie - w 1828 podległe mu oddziały zdobyły Frangokastello, zajęte wcześniej przez powstańców Chadzimichalisa Delianisa. W 1832 objął stanowisko gubernatora Krety i sprawował je przez dwadzieścia lat. Od tego czasu był nazywany "Giritli" (Kreteńczyk). Działał na rzecz pojednania chrześcijan i muzułmanów, sam pojął za żonę córkę duchownego prawosławnego i pozwolił jej by pozostała przy swojej wierze. Umiarkowana polityka Mustafy Naili Paszy nie przekonała Greków, którzy w 1840 wzniecili powstanie na wyspie, stłumione przez siły podległe gubernatorowi. W 1851 został odwołany z funkcji gubernatora Krety i powrócił do Stambułu.