Scholl, 36 mérkőzésen szerepelt a német válogatottban 1995 és 2002 között és nyolc gólt jegyzett. Tagja volt az 1996-os Európa-bajnokságot megnyerő válogatottnak. Scholl is pályára lépett mind három mérkőzésén a válogatottnak a 2000-es Európa-bajnokságon.