Pepys visse, lavorò e scrisse il suo diario in un periodo di eventi storici significativi, tra cui la Seconda guerra Anglo-Olandese del 1665-1667, la "grande peste" del 1665, e l'incendio di Londra del 1666. In molteplici occasioni nel 1667 e nel 1668 apparve di fronte ad una commissione scelta del Parlamento inglese per difendere la contabilità del Ministero della Marina e per persuadere all'emissione di fondi sufficienti al mantenimento della flotta.