A második világháború időszaka is hatalmas károkat okozott az iskola életében. Az 1940-es földrengés úgy megrongálta az épületet, hogy át kellett költöztetni a kollégiumot a Tanítóképzőbe. A tanítás is szünetelt, amit 1944 decemberében kezdtek újra, az akkor már renbehozott saját épületében. Ekkor a fiúk mellé lánynebulókat is felvettek rendes tanulónak, és vállalták a tanítóképző beindítását is. Magánvizsgát tehettek azok a fiatalok is, akiknek a háború miatt meg kellett szakítaniuk tanulmányaikat.