В 1614 году во время польско-литовского нашествия монастырь был сожжен, о чём сообщают писцовые книги 1620 года. До сожжения в обители две деревянные церкви: Рождества Богородицы и Пророка Илии, при этом одну из них по актам называли Монастырь Обжей Рождества Пресвятыя Богородицы. В 1628 году повелением царя Михаила Романова церкви восстановили почти в прежнем виде. Обитель терпела нужду, «имела всего два колокола весом в 1,5 пуда каждый». С этими колоколами связано древнее предание о двух спрятанных в озере больших колоколах, один из которых после ухода врагов не достали, и его гул издавался из водоёма. Ещё одно предание говорит о том, как монахи монастыря увидели Саму Богородицу, как прошла Она у монастырской ограды и благословила Свою обитель.