В 1991 году, после развала Советского Союза, институт оказался на территории Украины. В результате нарушения хозяйственно-экономических связей между предприятиями бывших союзных республик, всеобщего спада производства, остановок и закрытия угольных шахт, институт был поставлен на грань выживания. Его научно-исследовательская деятельность неизбежно сокращалась, как и число сотрудников.