Desde septiembre de 2004 a marzo de 2005, la 31.ª MEU, incluyendo el Equipo de Desembarco de Batallón 1.er Batallón 3.º de Infantería de Marina con la Batería Charlie del 1.er Batallón 12.º de Infantería de Marina asignada, realizaron acciones de combate en apoyo de la Operación Iraqi Freedom. Su participación incluyó una importante función en la Operación Phantom Fury, la limpieza de Faluya en noviembre de 2004.