El verdadero significado de la división ocurrió entre los desembarcados que estaban preparados para comprometerse con los "Realistas", siempre y cuando se garantizasen sus tierras y derechos civiles, y aquellos, tal y como Owen Roe O'Neill, que quería anular completamente la presencia británica en la isla. Los nativos demandaban una Irlanda católica e independiente y la permanente expulsión de los colonos ingleses. La mayoría de los militantes estaban concienciados en recuperar tierras ancestrales de sus familias que habían perdido durante la colonización. Luego de escaramucear con los "Confederados", O'Neill se retiró con sus hombres hacia Úlster y no se volvió a unir a sus antiguos camaradas hasta la reconquista de Cromwell en 1649. La lucha interna, obstaculizó fatalmente los preparativos de la "Confederación de leales a la Corona", alianza para repeler la invasión del parlamentario Nuevo Ejército Modelo.