В Великой Отечественной войне с 22 июня 1941 года в должности командира эскадрильи 126-го истребительного авиационного полка, в августе 1941 года (по другим данным, 4 октября 1941 года) назначен командиром этого полка. Первую победу одержал в районе Орши 29 июня 1941 года. Участвовал в Белостокско-Минском сражении, в Смоленском сражении, в обороне Москвы и в обороне Сталинграда. Полк под его командованием стал одним из лучших полков в РККА, его лётчики сбили 75 немецких самолётов. Полк воевал в составе 9-й смешанной авиационной дивизии ВВС Западного фронта, с октября 1941 — 6-го истребительного авиационного корпуса ПВО Московской зоны ПВО, с августа 1942 — 268-й истребительной авиационной дивизии 8-й воздушной армии Сталинградского фронта. Сам командир полка В. М. Найденко выполнил 186 боевых вылетов, участвовал в 120 воздушных боях, сбил 5 немецких самолётов лично и 13 в группе. Сражался на истребителях И-16, МиГ-1, МиГ-3, Р-40 «Томагаук» (с октября 1941 года).