Als die Nord-Virginia-Armee nach dem Tod von General Thomas J. Jackson neu organisiert wurde, bekam Hill kein Kommando über ein Korps. Wenig später, am 14. Juli 1863, wurde er schließlich zum Generalleutnant befördert und ersetzte General William Joseph Hardee als Kommandierender General unter General Braxton Bragg. Hardee wurde ausgewechselt, da dieser Bragg häufig kritisiert hatte. Auch Hill hatte Probleme mit Bragg und kritisierte diesen wiederholt. Hill kämpfte unter General Bragg auch in der Schlacht am Chickamauga. Der Mangel an Streben und die vielen Chancen, die Bragg hat verstreichen lassen, brachten Hill so in Rage, dass er Präsident Jefferson Davis vorschlug, Bragg abzulösen. Davis jedoch favorisierte Bragg, so dass letztlich Hill fallen gelassen wurde. Hill verlor sein Kommando und sein Rang wurde nie vom konföderierten Senat bestätigt, da Davis die erforderlichen Papiere nie weiterleitete.