Kilkuset górników ze Złotoryi wzięło udział w 1241 w bitwie z Mongołami pod Legnicą, większość z nich zginęła w walce. W 1290 miasto otrzymało prawo mili, było także ośrodkiem handlu soli i sukna. W 1328 Złotoryja wraz z resztą księstwa legnickiego stała się lennem Czech. Najazdy husytów w latach 1427, 1428 i 1431 spowodowały konieczność zbudowania murów obronnych, których znaczne fragmenty wraz z Basztą Kowalską zachowały się do dzisiaj. W 1456 miał miejsce bunt plebejski, który zakończył się zgładzeniem burmistrza. Na pierwszej mapie Europy z 1467 r. Mikołaj z Kuzy na obszarze Śląska oprócz Wrocławia zaznaczył tylko Złotoryję. W 1497 w mieście panowała epidemia. Aurimontanus założył szkołę miejską w 1504 r.