Tras el estallido de la Guerra civil española, De Pablo se mantuvo durante el sitio de Badajoz organizando la resistencia del bando republicano. Cuando la ciudad cayó en manos del bando sublevado, el 14 de agosto de 1936, y temiendo la represión de que ya habían sido objeto otros dirigentes izquierdistas, huyó junto con el alcalde de la ciudad, Sinforiano Madroñero, hacia Portugal, consiguiendo atravesar la frontera. En Campo Maior fueron localizados por efectivos de seguridad portugueses, y debido a la cooperación del régimen militar de António de Oliveira Salazar con Franco, entregados a las tropas sublevadas, que fusilaron a ambos en Badajoz, sin juicio previo, el 20 de agosto, frente al frontón donde actualmente se ubica el Instituto Zurbarán.