Inicialmente el general Salom estaba a cargo de Pasto, pero volvió a Quito por orden de Bolívar. Una guarnición quedó ocupando la ciudad al mando del coronel Juan José Flores. En junio de 1823 estalla el segundo levantamiento de Pasto esta vez al mando del coronel Agustín Agualongo. Después de la victoria de Bolívar sobre los realistas en la batalla de Ibarra el 17 de julio de 1823 le dio órdenes a Salom de pacificar Pasto. Salom debe coordinar sus fuerzas con el general José de Jesús Barreto y el coronel Joseph Hermógenes Maza y sin contemplaciones de ningún tipo completa la tarea en menos de un mes. Los castigos continuaron 1.000 pastusos fueron reclutados a la fuerza y 300 fueron exiliados a Quito y Guayaquil; se fusilaron a cabecillas y prisioneros realistas y se confiscaron gran cantidad de bienes. Se ordena además la ejecución de 14 habitantes ilustres de Pasto, arrojándolos en parejas y amarrados a los precipicios del Río Guáitara. Según Gutiérrez Ramos: «así intervinieron los jefes patriotas en las crueles campañas llevadas al cabo contra aquella Vendée colombiana, hasta el punto de haber violado cínicamente compromisos solemnemente adquiridos». Sin embargo, el 18 de agosto Agualongo volvió a concentrar suficientes guerrilleros alrededor de Pasto como para asediar a la guarnición republicana, la que tuvo que abandonar cinco días después. Salom fue reemplazado por el general Joseph Mires al mando de las fuerzas patriotas. El 13 de septiembre el coronel Flores venció a Agualongo y reconquista Pasto para la causa patriota. El 13 de octubre Salom vence al coronel realista en Catambuco.