В 1996 году 29-летний форвард перебрался в чемпионат Италии, став футболистом «Интера». Не привыкшему играть в закрытой манере итальянского футбола Саморано потребовалось достаточно долгое время на адаптацию, в результате чего в первом своём сезоне в Серии А он сумел забить лишь 7 голов. Перед началом следующего сезона руководство «нерадзурри» приобрело бразильского нападающего Роналдо, после чего Саморано всё чаще стал оказываться на скамейке запасных (другими его конкурентами были Роберто Баджо и Кристиан Вьери), а его европейская карьера пошла на спад. Впрочем, периодически чилийцу удавалось демонстрировать лучшие образцы игры. Так, в финале Кубка УЕФА 1998 именно Саморано сумел открыть счёт в матче с «Лацио», проложив своей команде путь к победе (в результате «Интер» выиграл со счётом 3:0).