Tatsächlich hatte die Republik in dieser Zeit vor allem einen militärischen Überlebenskampf zu führen. Der Konvent entsandte Kommissare (die von Saint-Just angesprochenen Volksvertreter) an die verschiedenen Kriegs- und Bürgerkriegsfronten, die vor allem mit unzuverlässigen Armeeführungen schonungslos aufräumen sollten. Der Nachlässigkeit verdächtige Generäle sollten militärgerichtlich abgeurteilt und durch erprobte und tatendurstige jüngere Offiziere ersetzt werden, zum Teil auf Vorschlag der Mannschaften. Die Umorganisation der Revolutionsheere wurde hauptsächlich von dem Militäringenieur Lazare Carnot geleitet, ebenfalls Mitglied des Wohlfahrtsausschusses. Dabei wurden die Reste der alten Linientruppen mit den jüngst erst Ausgehobenen zu neuen Truppenkörpern vereinigt, die loyal zur Revolutionsregierung standen. Zur Jahreswende 1793/1794 zeichneten sich erste Erfolge dieser Maßnahmen ab, auch weil infolge des Massenaufgebots nun das zahlenmäßige Übergewicht der Revolutionsheere den Druck des Mehrfrontenkriegs aufzuwiegen begann. Ein Ende der Bedrohung für die Republik schien aber sowohl in der Vendée als auch an den nordöstlichen Grenzen Frankreichs noch weit entfernt.