30 листопада лідери АПОДЕТІ, УДТ та ще двох малих партій, що знаходились на окупованій Індонезією частині Східного Тимору випустили спільну декларацію щодо приєднання території до Індонезії. Вранці 7 грудня 1975 року почалося збройне вторгнення індонезійських військ, в якому у різний час брало участь від 20 до 40 тисяч солдатів. Через бойові дії, голод і епідемії загинуло близько третини населення колишньої колонії (понад 200 тисяч осіб), а 17 липня 1976 року Східний Тимор був включений до складу Індонезії як 27-ма провінція. Почали проводитись заходи щодо асиміляції населення, але спротив, у тому числі збройний, не припинявся. Проходили демонстрації тиморських студентів і молоді проти нової влади. Внаслідок масових виступів, а також під тиском світової громадськості й після припинення підтримки індонезійських дій Сполученими Штатами новий президент Індонезії Хабібі змушений був оголосити про проведення референдуму з питання самовизначення Східного Тимору.