Вся жизнь В. П. Науменко была связана с украинским национальным движением. В начале 1870-х он стал членом киевской «Старой громады», с 1875 года — её казначей, с 1876 года вошёл в состав так называемой группы двенадцати — тех членов «Старой громады», которые приняли решение после издания Эмского указа перенести свою деятельность за границу. Науменко редактировал материалы перед их отправкой за границу М. Драгоманову, который занимался вопросами их печати в женевской типографии. С начала 1900-х гг. Науменко фактически возглавлял «Старую громаду». Активно работал он и в созданном в 1873 году по инициативе членов «Старой громады» Юго-Западном отделе Российского географического общества. В 1906—1910 гг. Науменко — активный член киевской «Просвиты». В 1902 году купил на своё имя участок земли, на котором находилась могила Тараса Шевченко, и взял на себя заботы по поддержанию её в порядке.