Meyer von Schauensee geriet nach seiner Entlassung 1800 mit Napoleon Bonaparte in Streit, weshalb dieser ihn auf Überseekommandos versetzte. 1801 wurde er Generalstabschef und Kommandant der Landungstruppe im Mittelmeerseekrieg gegen England und 1802 schliesslich Generalstabschef der Französischen Antillenarmee und sollte den Einsatz gegen den Aufstand auf Saint-Domingue führen. Doch bereits kurz nach seiner Ankunft dort starb er am Gelbfieber.