W ekipie „Biancoscudatich” Floccari wystąpił w 45 meczach, po czym w 2007 przeniósł się do Atalanty BC. Po raz pierwszy wystąpił w niej 2 września w zwycięskim 2:0 meczu przeciwko Parmie. O miejsce w podstawowej jedenastce Atalanty włoski napastnik rywalizował z takimi piłkarzami jak Simone Inzaghi, Riccardo Zampagna i Antonio Langella. W 2008 roku po konflikcie z trenerem drużyny – Luigim Delnerim, Riccardo Zampagna odszedł z Atalanty do Vicenzy, a Floccari zaczął grywać w wyjściowym składzie. W debiutanckim sezonie w zespole „Nerazzurrich” Włoch razem z drużyną zajął dziewiąte miejsce w Serie A i z ośmioma trafieniami na koncie należał do najlepszych strzelców Atalanty. W kolejnych rozgrywkach także spisywał się bardzo dobrze, a 5 października 2008 strzelił dwa gole w wygranym 4:2 pojedynku z Sampdorią.