בספטמבר 1940 סופחה ליטא לברית המועצות, אז נאסרה פעילותם של הארגונים הציוניים והחלו החרמות רכוש ורדיפה אחרי הבורגנות הליטאית עליה נמנו רבים מהיהודים. ביוני 1941 נכבשה ליטא בידי הנאצים, וביולי עברה משפחת בירגר, כמו כל היהודים, להתגורר בחדר קטן בגטו קובנה שבפרבר סלובודקה.