Στις 15 Απριλίου/1240 ο σύζυγός της Βαλδουίνος Β΄ στέφθηκε αυτοκράτορας στην εκκλησία της Αγίας Σοφίας στην Κωνσταντινούπολη· ο μοναδικός τους γιος Φίλιππος του Κουρτεναί γεννήθηκε τρία χρόνια αργότερα (1243). Η περίοδος ειρήνης δεν κράτησε για πολύ, καθώς ο σύζυγός της αναχώρησε ξανά για την Γαλλία στα τέλη του 1243, προκειμένου να συναντήσει τον μακρινό εξάδελφό του βασιλιά Λουδοβίκο Θ΄ της Γαλλίας. Την αντιβασιλεία στην Κωνσταντινούπολη ανέλαβε η ίδια η Μαρία των Μπριέν και ο Φίλιππος του Τουσί, γιος του Ναρζό του Τουσί και της πρώτης συζύγου του, η οποία ήταν κόρη του Θεοδώρου Βρανά και της Αγνής της Γαλλίας. Ο Βαλδουίνος παρέμεινε πολλά χρόνια στην Γαλλία και ακολούθησε τον βασιλιά Λουδοβίκο Θ΄ στην Ζ΄ Σταυροφορία. Επέστρεψε στις 8 Οκτωβρίου/1248 προκειμένου να πληρώσει τα τεράστια χρέη του σε 24.000 άτομα.