Der Fernseh-Dreiteiler "Der Laden" wurde 1999 mit dem Adolf-Grimme-Preis mit Gold und dem Sonderpreis des Bayerischen Fernsehpreises ausgezeichnet. Einen weiteren Grimme-Preis gab es 2001 für das Krimidrama "Wambo" mit Jürgen Tarrach, das die Geschichte des Schauspielers Walter Sedlmayr nachzeichnet. 2002 folgte der Heimatfilm "Verlorenes Land" mit Martina Gedeck, Monica Bleibtreu und Nina Kunzendorf und 2003 "Schwabenkinder" mit Tobias Moretti, Vadim Glowna und Jürgen Tarrach. "Stauffenberg" mit Sebastian Koch als Claus Schenk Graf von Stauffenberg erzählt die Geschichte des Attentats auf Hitler vom 20. Juli 1944 und erhielt 2004 den Deutschen Fernsehpreis als bester Film. Michael Degens Erinnerungen als Kind jüdischer Herkunft, das in Nazideutschland überlebt, verfilmte Baier in "Nicht alle waren Mörder" mit Nadja Uhl und Aaron Altaras. In "Das letzte Stück Himmel" (2007) sind David Rott und Max von Pufendorf als ungleiches Brüderpaar neben Nora Tschirner zu sehen. "Liesl Karlstadt und Karl Valentin" mit Johannes Herrschmann, Bettina Redlich und Hannah Herzsprung ist ein Fernsehfilm über Leben und Karriere des bayerischen Komödiantenpaars.