Roku 1939 ho vlámský a holandský PEN klub pozval na propagační přednáškové turné po Beneluxu, kde ho zastihla zpráva o okupaci Československa. Hostovský zvolil emigraci a po trase Brusel – Paříž – Lisabon se dostal v únoru 1941 do USA. Usadil se v New Yorku a vstoupil do služeb tamějšího československého konzulátu. Ve své vlasti se znovu objevil až v roce 1946, o rok později se vrátil s úmyslem zůstat natrvalo a začal znovu pracovat na ministerstvu zahraničních věcí. Únorový převrat však znamenal změnu situace, a Hostovský opět odešel z Československa: roku 1948 odjel jako legační tajemník ministerstva do Norska. Po krátkém pobytu v Norsku pak pokračoval do své druhé americké emigrace, v níž žil od roku 1950 až do smrti (s intermezzem v letech 1964–66, kdy pobýval v Dánsku). V roce 1957 získal americké občanství. V Americe se živil jako učitel češtiny, poradce pro evropské literatury a novinář (přispíval do amerických periodik), spolupracoval také jako redaktor s rozhlasovou stanicí Svobodná Evropa . Posléze se etabloval jako profesionální literát (přes některé problémy s jazykovou bariérou při recepci jeho děl – své literární práce psal výhradně česky a až následně nechával pořizovat jejich překlady, což se však mnohdy neobešlo bez potíží). Zemřel ve věku 65 let v květnu 1973.