Римский полководец Гай Марий упоминал о поселении в этом месте еще в 102 году до н. э. Название Эг-Морт происходит от окситанского "Aigas Mòrtas" — «мёртвые воды». В источниках оно впервые встречается в латинизированной форме "Aquae Mortuae" в 1248 году в связи с началом Седьмого крестового похода. До XVI века город являлся одним из самых значимых пунктов средиземноморского побережья Франции. В 1538 году здесь проходили переговоры королей Карла V и Франциска I, закончившиеся мирным договором в Ницце.