באוגוסט 1944 מונה קובי למפקד האווירי של גיס מס' 10 (10OG – ראשי תיבות של No. 10 Operational Group), שעתיד היה לשנות את שמו במהרה לכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון (1TAF – ראשי תיבות של Australian First Tactical Air Force). בתפקידו זה פיקד על כוח בן 20,000 איש בכוח התקיפה הנייד העיקרי של ה-RAAF במערכה בדרום מערב האוקיינוס השקט, כוח שכלל מטוסי קרב, סיוע אווירי קרוב ויחידות הנדסה להקמת שדות תעופה. קובי הביע חשש בנוגע להיררכיית הפיקוד, שעל פיה היה מטה ה-RAAF במלבורן אחראי למנהלה של ה-10OG, בעוד שפקודות הקשורות לפעילות המבצעית עברו ממפקדת ה-RAAF (RAAF Command) דרך הכוח האווירי השלוש-עשרה (Thirteenth Air Force), יחידת המשנה (NAF) של חיל האוויר של ארצות הברית האחראית על אזור האוקיינוס השקט ומפקדת האזור הפסיפי הדרום מערבי. הוא האמין שסידור זה דרש ממנו "לנסות ולשרת שני אדונים", מצב שמצא אותו "בלתי מעשי". בתחילת 1945 חדל הכוח האווירי היפני בדרום מערב האוקיינוס השקט מלהתקיים בפועל, ותפקידיו של הכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון הצטמצמו לתחזוקת בסיסים ולתקיפת איים שכוחות ארצות הברית דילגו על כיבושם במהלך המערכה בפיליפינים (1945-1944). בין 22 ל-25 בדצמבר 1944 ביצעו מטוסי קרטיס P-40 וורהוק ובריסטול בופייטר של הכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון, 513 גיחות נגד מטרות בהלמהרה. במהלך ינואר 1945 בוצעו 661 גיחות נוספות נגד מטרות בהלמהרה, בסולאווסי, במורוטאי ובצפון גינאה החדשה. במהלך מרץ ואפריל התכונן הכוח האווירי הטקטי האוסטרלי הראשון לקרב טראקאן, פעולה שהתבססה על שיפוט לקוי של קצינים במטה של קובי, שהעריכו כי ניתן לתקן במהירות את שדה התעופה של האי כדי לתמוך במערכה לכיבוש בורנאו.