2001/2002 финансовый год оказался одним из самых сложных для Emirates. В результате бомбардировки аэропорта Коломбо, были уничтожены три и повреждены ещё три из двенадцати самолётов авиакомпании SriLankan. Несколько месяцев спустя, после терактов 11 сентября, из-за снижения интереса к авиаперевозкам, последовали многочисленные отмены рейсов. Авиакомпания объявила о замораживании набора персонала, но не сделала никаких сокращений. Была снижена частота полетов по многим направлениям. Нестабильная ситуация в регионе, однако, принесла пользу Emirates, так как другие авиакомпании сократили рейсы в Дубай и снизили конкуренцию.