После поражения итальянских войск под Сталинградом Кавальеро был смещён со своей должности и заменён генералом Витторио Амброзио одним из организаторов и участников будущего отстранения от власти и ареста Муссолини. В связи с перемирием со странами Антигитлеровской коалиции и последующей оккупацией немцами Севера и Центра Италии, в том числе и Рима, всё правительство, в том числе и Генеральный штаб были перемещены в город Бриндизи, на юге страны. Здесь же штаб начал сепаратное сотрудничество с английскими и американскими военными. Осенью 1943 года маршал Бадольо снял генерала Амброзио с должности начальника генштаба и назначил маршала Джованни Мессе, который занимал эту должность до 1 марта 1945 года. После окончания Второй мировой войны и преобразования Италии в Республику в 1946 году, Генеральный штаб был переименован в Генеральный штаб Итальянской армии (Stato maggiore dell’Esercito italiano).