Формально «очисткой» оккупированных территорий от евреев занималось германское Министерство восточных территорий, которым руководил видный теоретик нацизма — Альфред Розенберг. Первоначальный план предусматривал переселение евреев за Урал, вне пределов Европы. Однако из-за провала блицкрига этот план потерял актуальность и ведущая роль по приведению в жизнь «окончательного решения еврейского вопроса» перешла к главе СС Генриху Гиммлеру. Первоначально Гиммлер планировал провести основную часть уничтожения евреев силами специальных команд — айнзатцгрупп. Однако их сил оказалось недостаточно и были созданы многочисленные отряды из местных жителей, сочувствовавших идеям нацизма. Именно эти отряды коллаборантов и выполнили основную часть массовых расстрелов осенью 1941 года. В результате до конца 1941 года к востоку от линии Молотова — Риббентропа было расстреляно около миллиона евреев.