Im zweiten Vierkaiserjahr 193 n. Chr. hatten sich innerhalb von kaum drei Monaten zwei Staatsstreiche abgespielt und die Kaiser Pertinax und Didius Julianus kurz den Kaisertitel innegehabt. Didius Julianus verlor seinen Thron, nachdem der Statthalter der Provinz Pannonia superior (Pannonien), Lucius Septimius Severus (193–211), von den Donaulegionen in der Provinzhauptstadt Carnuntum zum neuen Kaiser ausgerufen worden war. Ihm schloss sich auch die Leg XI CPF an. Am Eilmarsch des Kaisers Septimius Severus nach Rom beteiligte sie sich aber nicht, da "Durostorum" zu weit von der Provinz Italia entfernt war. Nachdem Septimius Severus seine Stellung in Rom gefestigt hatte, musste er mit Pescennius Niger (193–194), dem Statthalter von Syrien, fertigwerden. Diesen hatten die Legionen des Ostens zum Gegenkaiser ausgerufen hatten. Zusammen mit der Legio I Italica kämpfte die Leg XI CPF auf Seiten von Kaiser Septimius Severus bei der Belagerung von Byzantium (heute Istanbul in der Türkei), an der Kilikischen Pforte und bei Issus, wo Pescennius Niger im Jahre 194 n. Chr. eine endgültige Niederlage erlitt.