Hooker blev født i Hadley i Massachusetts som barnebarn af en kaptajn i den amerikanske uafhængighedskrig. Hans grundlæggende skolegang foregik på det lokale Hopkins Academy. Han tog eksamen fra West Point i 1837 og blev udnævnt til sekondløjtnant i 1st U.S. Artillery. Hans første postering var i Florida under den 2. af Seminolekrigene. Han gjorde tjeneste i den Mexicansk-amerikanske krig i stabene under såvel Zachary Taylor som Winfield Scott. Han blev midlertidigt forfremmet for sit lederskab i stabsarbejdet og tapperhed i tre slag: Slaget ved Monterrey (til kaptajn), Slaget ved Puente Nacional (til Major) og slaget ved Chapultepec (til oberstløjtnant). Hans ry som dameven blev grundlagt i Mexico, hvor de lokale piger omtalte ham som den "smukke kaptajn".