Expansiunea Imperiului Salonicului a fost scurtă, încheindu-se cu dezastruoasa Bătălie de la Klokotnița împotriva Bulgariei din 1230, unde Teodor Comnen Dukas a fost făcut prizonier. Redus la un vasal al bulgarilor, fratele și succesorul lui Teodor, Manuel Comnen Dukas, nu a putut împiedica pierderea majorității cuceririlor fratelui său în Macedonia și Tracia, în timp ce nucleul original al statului, Epirul, s-a eliberat sub conducerea lui Mihail al II-lea Comnen Dukas. Teodor a recuperat Salonicul în 1237, punându-l pe tronul orașului pe fiul său Ioan Comnen Dukas și apoi pe Demetrios Angelos Dukas, în timp ce Manuel, cu sprijinul nicean, a pus mâna pe Tesalia. Conducătorii Tesalonicului au purtat titlul imperial din 1225/7 până în 1242, când au fost nevoiți să renunțe la el și să recunoască suzeranitatea imperiului rival de la Niceea. Dinastia Komnenodoukas a continuat să conducă ca despoți ai Tesalonicului încă patru ani după aceea, dar în 1246 orașul a fost anexat de Imperiul de la Niceea. Epirul și Tesalia au fost ocupate pentru scurtă vreme de Niceea. Mai important, victoria a deschis calea recuceririi niceiene a Constantinopolului. În cele din urmă Mihail Ducas Angelos Comnen Paleologul (fiul guvernatorului Salonicului, co-împărat al Imperiului de la Niceea cu Ioan al IV-lea Lascaris) și generalul său Alexios Strategopoulos au restaurat Imperiul Bizantin în 1261 după 57 de ani în care cetatea a fost sub stăpânirea Imperiului Latin.