Nach so vielen Abenteuergeschichten nach Abwechslung suchend schrieb er von 1935 bis 1939 an dem mehrbändigen „Musashi“, also über den Schwertkämpfer und Philosophen Miyamoto Musashi. Der Roman „Shinsho Taiko-ki“ (新書太閤記; 1941 bis 1945), in der Übersetzung Taiko genannt, beschreibt Yoshikawa die Epoche der japanischen Reichseinigung, die mit der am Anfang von „Musashi“ dargestellten Schlacht von Sekigahara endet.