Dopo la morte del cugino Filippo, avvenuta nel dicembre dello stesso anno, Napoleone salì al potere succedendogli nel governo di Milano, nella carica di anziano del Popolo di Milano, e contemporaneamente in quella di podestà di Como, Novara, Bergamo e Lodi. Napoleone proseguì la linea politica tracciata dal predecessore, parteggiando sempre per i guelfi e favorendo le imprese di Carlo I d'Angiò. La vittoria angioina nella Battaglia di Benevento del 26 febbraio 1266 contro i ghibellini del re Manfredi, segnò il trionfo del partito guelfo nell'Italia Settentrionale e Italia Centrale e la fine del dominio degli Hohenstaufen sul Regno di Sicilia. Mentre Napoleone regnava a Milano, suo fratello Raimondo, vescovo di Como, aveva ricevuto dalla Lega guelfa il diritto di designare i podestà di Mantova e di Ferrara tra i propri familiari, fatto che consolidò ancora di più il potere dei Della Torre in Italia. Il Fratello francesco aveva la signoria del Seprio, mentre Paganino quella di Vercelli, anche se di breve durata in quanto venne ucciso e poi vendicato da Napoleone.