Als Ergebnis all dieser Spannung betrachtete die englische Herrschaft Dublin als unzuverlässig und ermutigten daraufhin englische Protestanten dorthin überzusiedeln. Diese „Neu-Engländer“ bildeten die Basis der englischen Regierung in Irland bis ins 19. Jahrhundert. Protestanten wurden die Mehrheit in Dublin in den 1640er Jahren, als Tausende von ihnen vor der Irischen Rebellion 1641 flohen. Als die Stadt danach immer mehr von katholischen irischen Kräften bedroht wurde, wurden die katholischen Iren von der englischen Garnison aus der Stadt vertrieben. In den 1640er Jahren wurde die Stadt zweimal während der Irischen Konföderationskriege belagert: 1646 und 1649. Doch beide Male wurden die Belagerer vertrieben, bevor die Belagerung Wirkung zeigte. Bei der zweiten Belagerung 1649 wurde eine Gruppe aus irischen Konföderierten und englischen Royalisten, die von einer englischen Regierungsgarnison geleitet wurden, in die Schlacht von Rathmines geführt, die in den südlichen Außenbezirken der Stadt stattfand. Nach der Eroberung Irlands durch Cromwell in den 1650er Jahren war es Katholiken zwar verboten innerhalb der Stadtgrenzen zu wohnen, doch wurde dieses Gesetz niemals streng durchgesetzt. Ironischerweise führte diese religiöse Diskriminierung dazu, dass die alte englische Gemeinde die Wurzeln zu Ihrer Heimat verlor und sich selbst als Teil der irischen „Ureinwohnerschaft“ ansah. Am Ende des 17. Jahrhunderts war Dublin die Hauptstadt des Königreich Irlands – befehligt von der protestantischen neuen englischen Minderheit. Niemals in ihrer bisherigen Geschichte war Dublin größer, friedlicher und florierender als zu dieser Zeit.