Setelah serangan terhadap World Trade Center pada 11 September 2001, Presiden Gloria Macapagal-Arroyo bergabung dengan Presiden AS, George W. Bush, dalam menggunakan tragedi itu sebagai sarana untuk mengecap Sison sebagai seorang teroris - meskipun hal itu banyak diprotes oleh para politikus terkemuka Filipina. Akibatnya, status perlindungan Sison dipertanyakan dan ia mengalami kesulitan karena tidak mempunyai tanah air.