フランスからの帰国後は、初代大統領ジョージ・ワシントンのもとで初代国務長官をつとめた（1790年-1793年）。ジェファーソンとアレクサンダー・ハミルトンは国家の財政政策、特に戦時負債の資金集めについて争論を始めた。ハミルトンは負債が各州で平等に負担されるべきものと考え、ジェファーソンは各州がそれぞれに負った負債について責任があるものと考えた（バージニア州は独立戦争の間に多くの負債を抱えてはいなかった）。連邦党員とのさらなる争論の中で、共和制を脅かすトーリーや君主制主義者とハミルトンや連邦党の他の者達を同一視するようになった。連邦主義を王党主義に擬え、「ハミルトン支持者達は王冠、小冠および司教冠を待ち望み、欲しくて堪らないでいると指摘した。ジェファーソンとジェームズ・マディソンは民主共和党を設立し率いた。マディソンや選挙参謀であるジョン・J・ベックリーと共に全国的な共和主義者の同盟ネットワークを作るために動き、国中の連邦党支持者と戦った。この頃、アメリカの首都をニューヨークからワシントンに移転することが決められた。ジェファーソンは1793年にフランスとイギリスが開戦したときに強くフランスを支持した。歴史家のローレンス・S・カプランは、ワシントンがこの戦争にアメリカ合衆国は巻き込まれるべきではないと言っていることに同意しながらも、ジェファーソンが「心情的にはフランス側を支持した」と述べている。1793年に行動的なフランス公使エドモン＝シャルル・ジュネが着任して、アメリカの中立を変えさせようと世論を操作し、大衆にアピールしようとした。これを危険視したジェファーソンは阻止を図った。シャクナーに拠れば、ジェファーソンは国内での政治的成功はヨーロッパでのフランス軍の成功に掛かっていると考えた。