Díky předsednictví odborů v roce 1990 získal místo v 28. politbyru a místo tajemníka ústředního výboru strany. Později ve stejném roce, 27. prosince, byl s pomocí Michaila Gorbačeva zvolen viceprezidentem Sovětského svazu. Janajev, který měl rostoucí pochybnosti o tom, kam Gorbačovovy reformy vedou, začal spolupracovat se skupinou podobně smýšlejících funkcionářů. Ti se poté Gorbačova pokusili sesadit během pokusu o puč v srpnu 1991. Po třech dnech se převrat zhroutil, ale během své krátké doby u moci byl Janajev úřadujícím prezidentem Sovětského svazu. Poté byl zatčen za svou roli v puči, ale v roce 1994 byl amnestován Státní dumou. Zbytek života strávil prací v ruské správě cestovního ruchu.