En revanche, Ali Bhutto est largement vu comme un dirigeant autoritaire, voir un autocrate, peu respectueux de la démocratie et de ses opposants. Pour le chercheur français Christophe Jaffrelot, sa défense du socialisme et ses mesures islamiques étaient insincères et avant tout destinées à la conquête du pouvoir, d'autant qu'il « tourna rapidement le dos à ses amis progressistes pour renouer avec son milieu d'origine, celui des propriétaires fonciers les plus conservateurs ». Son bilan social mitigé ne remet pas en cause le pouvoir des grands propriétaires terriens. De plus, Ali Bhutto a joué un rôle dans le déclenchement de la guerre de 1965 puis dans la sécession du Bangladesh quand il refuse de laisser le pouvoir à Mujibur Rahman. Ses concessions aux islamistes sont aussi vues comme le précurseur de la profonde politique d'islamisation conduite par Muhammad Zia-ul-Haq et il échoue par ailleurs à durablement contrôler l'armée et son autonomie financière.