З 14 вересня 1918 року — флаг-капітан по оперативній частині Волзької військової флотилії, якою командував Ф. Ф. Раскольников. Брав участь у боях проти білогвардійців. М. М. Струйський розробляв операції, особисто разом з командуючим брав участь у Сарапульському прориві та поході флотилії по Камі, у звільненні біля села Гольяни 432 полонених «баржі смерті», яку при відступі білі планували затопити (див. Іжевсько-Воткінське повстання).