雖然兩國存在领土争端，但在反恐、禁毒和阻止非法移民方面兩國也有所合作。摩洛哥曾协助西班牙当局调查2004年發生的馬德里三一一連環爆炸案。摩洛哥宪兵與西班牙巡逻队一起在直布羅陀海峽打击非法移民。