La presidenza di Alberto Fujimori (1990-2000) vide l'esercito riconquistare il protagonismo nella scena pubblica, ma il suo maggiore potere politico ha portato ad alcuni casi di corruzione. Il conflitto interno cessò per la maggior parte dopo la cattura nel 1992 di Abimael Guzmán, leader del gruppo terroristico Sendero Luminoso, ma una breve guerra di confine con l'Ecuador scoppiò nel 1995. Durante questo periodo, le donne vennero incorporate nell'esercito prima come coscritti nel 1993 e poi come ufficiali nel 1997. I commando dell'Esercito ebbero una partecipazione importante nell'esercitazione" Chavín de Huantar ", che mise fine alla crisi degli ostaggi all'ambasciata giapponese. Nel 1999, un anno dopo la firma di un trattato di pace con l'Ecuador, la coscrizione venne soppressa e sostituita dal servizio militare volontario.