18 сентября 1811 года Фредерик Спенсер поступил на службу в королевский флот в качестве мичмана. В 1811—1815 годах он участвовал в наполеоновских войнах в Средиземном море. Первоначально Фредерик служил в качестве лейтенанта под командованием своего старшего брата, капитана Роберта Кавендиша Спенсера (1791—1830), на борту фрегата «Оуэн Глендоуэр», затем получил под своё собственное командование бриг «Готовность» на станции Южная Америка. 26 августа 1822 года Фредерик Спенсер был произведён в капитаны. Во время Войны Греции за независимость он командовал фрегатом «Талбот» в Наваринском сражении 20 октября 1827 года . В ноябре того же года Фредерик был награжден Орденом Бани. В следующем году он участвовал в составе военно-морской бригады в Морейской экспедиции. В награду за свои действия Фредерик Спенсер был награжден Орденом Святого Людовика, орденом Святой Анны и Орденом Спасителя.