El álbum obtuvo dos nominaciones a los BRIT Awards como Mejor Artista Femenina Británica durante dos años consecutivos, así como dos nominaciones a los Premios Grammy en las categorías de y gracias al sencillo «This Is Love», además de ser el tercer álbum consecutivo de Harvey en ser nominado a dichos premios. En el año 2001, "Stories from the City, Stories from the Sea" fue nominado al Mercury Music Prize (sus nominaciones anteriores fueron para "Rid of Me" y "To Bring You My Love"). La ceremonia de premiación se llevó a cabo el 11 de septiembre de 2001. Aquel día Harvey se encontraba en Washington D.C. y fue testigo de los ataques terroristas al Pentágono desde la habitación del hotel en que se hospedaba. Fue anunciada como la ganadora y aceptó su premio por teléfono, diciendo que «ha sido un día muy surrealista. Todo lo que puedo decir es muchas gracias, estoy absolutamente sorprendida». La victoria convirtió a Harvey en la primera solista femenina en recibir el Mercury Prize. También estuvo nominado como álbum del año en los Shortlist Music Prize en Estados Unidos y en los Q Awards, organizado por la revista "Q" en las islas británicas. En los South Bank Sky Arts Awards basados en "The South Bank Show" y organizado por Sky Arts, ganó el premio al mejor álbum de pop.