Klementinum vstoupilo do dějin také účastí svých studentů na bojových akcích v letech 1648 a 1848. Když v roce 1648 napadli Prahu Švédové, velký podíl na tom, že se jim nepodařilo dostat se přes Karlův most do Starého Města, měla studentská legie vedená otcem jezuitou Jiřím Plachým. Tyto události připomíná socha studenta na prvním nádvoří. V revolučním roce 1848 bylo Klementinum centrem červnového povstání. Studenti opevnění v Klementinu dokonce zajali prezidenta českého gubernia hraběte Lva Thuna – propustili ho teprve po naléhání Palackého a Šafaříka. Barikády v Klementinu stavěli studenti i v průběhu pražského květnového povstání v roce 1945.