Decydujące znaczenie dla niepodległości Peru miało powodzenie w sąsiednich krajach antyhiszpańskich powstań pod przywództwem Argentyńczyka José de San Martín i Wenezuelczyka Simóna Bolívara. Jose de San Martín w 1821 zdobył Limę i doprowadził do proklamacji niepodległości Peru. Pełnię niepodległości Peru uzyskało po zwycięstwie podkomendnego Simóna Bolívara, gen. Antonia de Sucre, który w 1824 roku pokonał Hiszpanów w bitwie pod Ayacucho. W roku 1825 powstała Boliwia poprzez oderwanie się Górnego Peru. W latach 1836-1839 Peru i Boliwia tworzyły Konfederację Peruwiańsko-Boliwijską. W roku 1845 prezydentem Peru został Ramón Castilla. Zniósł on niewolnictwo, wprowadził reformę finansów, rozbudował kolej, stworzył powszechny system oświatowy, a także wspierał producentów saletry i nawozów produkowanych z guana. W tym okresie kraj co pewien czas wstrząsany był udanymi i nieudanymi zamachami stanu, doprowadzającymi do zmian prezydentów.