Während der Reformationswirren blieb Zug beim alten Glauben und stand auf der Seite der katholischen Orte der Innerschweiz, unter anderem in den Kappelerkriegen von 1529 und von 1531. Bei Kappel am Albis (1531) und am Gubel bei Menzingen kam es zu Kämpfen zwischen den religiös verfeindeten Eidgenossen. Die Lage am Rande der Innerschweiz machte Zug zum konfessionellen Grenzort. Die ganze Zeit bis 1798 war in der Schweiz geprägt von innenpolitischen Rivalitäten und Turbulenzen.