Als der Amerikanische Bürgerkrieg ausbrach, trat Hurlbut 1861 in das Unionsheer mit dem Dienstgrad eines Brigadegenerals ein. Im nachfolgenden Jahr wurde er zum Generalmajor befördert. In der Schlacht von Shiloh, beim Vormarsch in Richtung Corinth, Mississippi und bei der nachfolgenden Belagerung kommandierte er die 4. Division der Tennessee-Armee.