W 1998 roku Steve Sampson powołał piłkarza do 22-osobowej kadry Stanów Zjednoczonych na mistrzostwa świata. Na mundialu tym Amerykanie zajęli ostatnie miejsce w swojej grupie, natomiast sam Agoos pełnił rolę rezerwowego i nie wystąpił w żadnym z pojedynków. 3 czerwca 2000 roku absolwent University of Virginia rozegrał setny mecz w kadrze (zwycięstwo 4:0 z RPA). W 2002 roku amerykański zawodnik został powołany przez Bruce’a Arenę na Mistrzostwa Świata w Korei Połudnoiwej i Japonii. Na turnieju w Azji reprezentacja USA dotarła do ćwierćfinału, w którym przegrała 0:1 z Niemcami. W wygranym 3:2 spotkaniu rundy grupowej z Portugalią Agoos w 71 minucie strzelił samobójczego gola. W pojedynku przeciwko Polsce jeszcze w pierwszej połowie doznał kontuzji, która wykluczyła go z gry w kolejnych pojedynkach.