Універсітэт Джубы быў заснаваны ў 1977 годзе, з мэтай даць магчымасць атрымаць вышэйшую адукацыю жыхарам паўднёвых раёнаў Судана. Падчас Другой суданскай грамадзянскай вайны студэнты ўніверсітэта працягвалі навучанне ў Хартуме, бо на поўдні краіны ішлі баявыя дзеянні. У 2006 годзе ўрад Судана пагадзіўся змяніць назва ўніверсітэта на "Нацыянальны ўніверсітэт Джубы".