I 1989 reiste bin Laden til sitt hjemland Saudi-Arabia, men hans harde kritikk av myndighetene der gjorde at han måtte flykte fra landet i 1991. Han reiste til Pakistan og senere til Sudan, hvor han oppholdt seg fram til 1996. Da slo han seg ned i Afghanistan og etablerte et nært samarbeid med det regjerende Taliban-styret, som varte inntil den amerikansk-ledede invasjonen i 2001. Det var i denne perioden al-Qaida utviklet seg til et internasjonalt terrornettverk.