Родился в 1769 году в албанской семье в Кавале (Македония). О ранних годах рассказывают по-разному. По одной версии, он сын мелкого помещика Ибрагима Аги, по версии, изложенной в Британике, его отец был агой и мелким землевладельцем, а Н. Н. Муравьёв-Карский писал, что отец Мухаммеда служил военным чиновником у правителя Кавалы и имел одиннадцать сыновей, младшим из которых был Мухаммед. Мухаммед Али потерял родителей и воспитывался в чужой семье. Став взрослым, завел табачную торговлю и даже не помышлял о военной службе. Но когда исполнилось 30 лет, в его жизни произошел крутой перелом. Во время войны с Францией Турция объявила набор в армию. Был призван и Мухаммед Али. Муравьёв пишет, что хотя среди 300 человек, набранных в Кавальском округе, находился сын вельможи (или сын правителя Кавалы, или сын чорбаджи Праусты), начальство отрядом доверили Мухаммеду Али