In der Folge spielten die Muslimbrüder eine Hauptrolle im Widerstand, der sich dem Regime der Baath-Partei entgegenstellte. Dieser Konflikt entwickelte sich zu einem bewaffneten Kampf gegen die säkulare Regierung. Nach dem Massaker von Hama 1982 kamen die Aktivitäten der Muslimbrüder in Syrien aber nahezu völlig zum Erliegen.