En la temporada 1996/97, su equipo terminó en el tercer puesto del campeonato italiano y finalista de la Copa de la UEFA, tras perder la final con el Schalke 04 de Alemania. Zanetti completó la temporada con 50 partidos y 2 goles (disputó 33 partidos en la liga, 12 partidos en copas internacionales y 5 en copas locales).