С 1 мая 1920 г. до 23 мая 1921 г. — командир вновь сформированной 2-й Донской стрелковой дивизии (с июня 1922 г. — 9-я Донская стрелковая дивизия). Командуя дивизией, в составе различных армий и фронтов, Б. К. Колчигин участвовал: в июле 1920 г. — в ликвидации Врангелевского десанта полковника Назарова, в августе 1920 г. — в ликвидации Улагаевского десанта, затем в Северно-Таврийской операции, в октябре 1920 г. — в освобождении Мариуполя и Мелитополя, в ноябре—декабре 1920 г. — в боях с армией Махно (лично арестовал С. Н. Каретникова), в 1921 году — в ликвидации банд Маслака, Каменюка и Попова. За бои на Кубани в августе 1920 г. Б. К. Колчигин был награждён вторым орденом Красного Знамени (1923). Л. А. Зильбер, в 1920 году начальник санитарной службы 2-й Донской стрелковой дивизии, вспоминал разговор с Б. К. Кольчигиным: — Знаете, доктор, — говорил Колчигин, — я не политик, и я ничего в политике не понимаю, но я русский человек, и, конечно, мне очень дороги интересы моей страны. Большевики — они же собиратели земли русской, продолжатели великого дела Ивана Калиты. Ну что было бы с нашей страной без большевиков? Англичане оттяпали бы Кавказ, японцы — Приморье. Вряд ли сохранились бы в неприкосновенности западные границы. Обкорнали бы нашу матушку Русь. А большевики-то всю нашу землю собирают. Вот поэтому я и с большевиками. А с политикой как-нибудь дальше разберемся.