Первый матч за новую команду Алексей сыграл 18 марта 2001 года, выйдя на замену в игре чемпионата против московского «Спартака». Уже 7 апреля Березуцкий открыл счёт своим голам за «Черноморец», забив гол в ворота «Ростельмаша» и принеся тем самым очко в копилку новороссийской команды. Отыграв за «моряков» ещё 14 матчей, в июле 2001 года Березуцкий был куплен московским ЦСКА.