Nach der maurischen Eroberung im Jahr 714 entstand die Stadt Medina Afraga, auf die das historische Zentrum zurückgeht. Nach dem Fall des Kalifats von Córdoba im Jahr 1010 geriet die Stadt unter die Herrschaft von Saragossa und Lleida. König Alfons I. versuchte 1134 in der Schlacht von Fraga vergeblich, sie zu erobern. Gleichzeitig mit Lleida wurde sie 1149 erobert. In der Folge war die Stadt zwischen Aragonien und Katalonien umstritten. 1391 erhielt Fraga einen Markt. 1610 wurden die Morisken vertrieben. Im Spanischen Erbfolgekrieg erhielt Fraga 1709 die Bezeichnung „ciudad“ und 1710 den Titel „vencedora y fidelisima“.