In 1991 werd de Tomahawk met de lancering van 261 TLAM-C's en 27 TLAM-D's tegen doelen in Irak daadwerkelijk voor het eerst ingezet tijdens Operatie Desert Storm. De gemiddelde trefzekerheid bij deze acties bleek 85% te zijn. Tijdens de jaren 90 werden de Tomahawks telkens ingezet als de Verenigde Staten tactische doelen op de lange afstand wilde treffen. Belangrijke acties waren onder meer in 1998 Operatie Desert Fox in Irak en Operatie Allied Force in 1999 in Servië. Hierbij werden enkele honderden Tomahawks met een conventionele lading afgevuurd.