Al termine di quella stagione Lizarazu passò all'. Tuttavia in Spagna non ebbe molta fortuna e giocò solo 16 partite di campionato, passando a fine stagione al , squadra con cui rimase per 10 stagioni, tranne un breve periodo all'Olympique Marsiglia a inizio stagione 2004-2005. Con i tedeschi è stato protagonista di un lungo ciclo di vittorie: 6 titoli nazionali, 5 Coppa di Germania e 4 Coppe di Lega, la Champions League 2000-2001 e la Coppa Intercontinentale 2001 dello stesso anno.