Werkgartner stand schon früh dem Nationalsozialismus nahe. 1930 war er Mitglied einer Nationalsozialistische Betriebszellenorganisation. 1936 wurde er Mitglied der (illegalen) NSDAP und SA und unterstützte die NSDAP in der illegalen Zeit durch Geldspenden. Nach dem sogenannten Anschluss Österreichs an das Deutsche Reich wurde er zunächst kommissarisch Leiter des Instituts für Gerichtliche Medizin an der Universität Wien. 1939 wurde er außerordentlicher Professor an der Universität Graz und behielt diesen Posten bis 1946. Daneben war er Richter am Erbgesundheitsgericht und von 1940 bis 1945 am Erbgesundheitsobergericht für Steiermark und Kärnten. Während seiner Professur in Graz war er mit Bernward Josef Gottlieb befreundet, dem Leiter der Grazer Medizinischen Akademie der SS, auf der SS-Ärzte ausgebildet wurden.