V auguste 1806 sa pruský kráľ Fridrich Viliam III. rozhodol ísť do vojny nezávisle od akéhokoľvek iného veľkého vojska. 8. októbra 1806 rozpútal Napoleon všetky francúzske sily východne od Rýna do Pruska. Napoleon porazil pruskú armádu pri Jene (14. októbra 1806) a Davout ešte v ten istý deň porazil ďalšiu pri Auerstädte. 160 000 francúzskych vojakov (s pribúdajúcou kampaňou pribúdalo) zaútočilo na Prusko a pohybovalo sa takou rýchlosťou, že ako účinná vojenská sila zničili celú pruskú armádu. Z 250 000 vojakov utrpeli Prusi 25 000 obetí, ďalších 150 000 stratili ako zajatcov, 4 000 diel a viac ako 100 000 muškiet. Napoleon v Jene bojoval iba s oddielom pruských síl. Bitka pri Auerstädte sa týkala jedného francúzskeho zboru, ktorý porazil väčšinu pruskej armády. Napoleon vstúpil do Berlína 27. októbra 1806. Navštívil hrobku Fridricha Veľkého a dal pokyn svojim maršalom, aby mu zložili klobúky, a povedal: „Keby bol nažive, dnes by sme tu neboli“. Napoleonovi trvalo iba 19 dní od začiatku útoku na Prusko, aby ho vyradil z vojny dobytím Berlína a zničením jeho hlavných armád v Jene a Auerstädte. Sasko opustilo Prusko a spolu s malými štátmi zo severného Nemecka sa spojilo s Francúzskom.