Los malayos y los musulmanes en Singapur fueron cada vez más incitados por las acusaciones del Gobierno Federal de que el PAP maltrataba a los malayos. Se produjeron numerosos disturbios raciales y se impusieron frecuentes toques de queda para restablecer el orden. La situación política externa también era tensa en ese momento, con Indonesia principalmente, porque este país estaba en contra del establecimiento de la Federación de Malasia. El presidente Sukarno de Indonesia declaró el "Konfrontasi" (confrontación) contra Malasia e inició acciones militares hacia la nueva nación, incluido el bombardeo de MacDonald House en Singapur en marzo de 1965 por comandos indonesios que provocaron la muerte de tres personas. Indonesia también realizó actividades racistas para provocar a los malayos contra los chinos. Uno de los disturbios más notorios fueron los disturbios raciales de 1964 que tuvieron lugar el día del nacimiento de Mahoma el 21 de julio, cerca de Kallang Gasworks; veintitrés personas murieron y cientos resultaron heridas. Más disturbios estallaron en septiembre de 1964. El precio de los alimentos se disparó cuando el sistema de transporte se interrumpió durante este período de revueltas, causando más dificultades. El gobierno regional de Singapur más tarde nombró el 21 de julio de cada año como el día de la Armonía Racial.