После окончания Тринадцатилетней войны Ян Косцелецкий как староста мальборкский представлял интересы польской короны в Королевской Пруссии. Летом 1467 года на съезде прусских станов вел переговоры о получении денег для оплаты наемников. Участвовал в съездах с тевтонскими послами в Эльблонге и Мальборке. Он также активно участвовал в назначении администратором Вармии (1467). В 1469 году принимал участие в переговорах с прусскими станами о создании трибунала (высшего судебного органа). Во время войны с за епископство Вармийское (1472—1478) воевода иновроцлавский Ян Косцелецкий вначале был командуюющим польской армией. Однако не сумел защитить замки Вармийского эпископства, что стало причиной конфликта с прусскими станами, во время коротого Казимир Ягеллончик взял Яна Косцелецкого под свою защиту. В 1474 году присутствовал на переговорах в о судьбе Вармии и прусских привилеев. Заседал в польском сенате вместе со старшим братом Николаем.