Troost-Ekong was jeugdinternational en kwam onder andere uit in het Nederlands voetbalelftal onder 19 onder Wim van Zwam en het Nederlands beloftenelftal onder 20. Hij werd in 2015 door Stephen Keshi opgenomen in de Nigeriaanse selectie voor de kwalificatiewedstrijden voor het Afrikaanse kampioenschap in 2017. Hij maakte op 13 juni 2015 zijn debuut voor Nigeria als basisspeler in een wedstrijd tegen Tsjaad die met 2-0 werd gewonnen. Troost-Ekong maakte deel uit van de Nigeriaanse selectie op de Olympische Zomerspelen 2016 waarmee hij een bronzen medaille won.