Er unternahm grundlegende historische Untersuchungen zur Rekonstruktionsära nach dem Bürgerkrieg und begründete auf diesem Gebiet die "Dunning-Schule" an der Columbia University. Viele Professoren an Südstaaten-Universitäten gehörten zu dieser Schule, die ein überwiegend negatives Bild der Rekonstruktion als Unterdrückung der weißen Südstaatler durch radikale Republikaner und Geschäftemacher aus dem Norden (Carpetbaggers) und ihre weißen Südstaaten-Kollaborateure, die Scalawags, sowie die freigelassenen Schwarzen ("Freedmen") zeichnete. Seinen Niederschlag fand dieses Bild unter anderem im Film "Vom Winde verweht" von 1939 und dem gleichnamigen Buch von Margaret Mitchell. Die Plantagenbesitzer der Vorkriegszeit wurden positiv gesehen und verteidigt und Abolitionisten aus dem Norden für die Verschärfung der politischen Lage und den Kriegsausbruch verantwortlich gemacht. Dunning selbst war Anhänger der Demokraten und entschiedener Gegner der Sklaverei in den Südstaaten. Die Dunning-Schule wurde in den 1930er Jahren von "revisionistischen" Historikern wie Howard K. Beale kritisiert und später von "neoabolitionistischen" Historikern, die der Bürgerrechtsbewegung Ende der 1950er und der 1960er Jahre nahestanden (wie Eric Foner) und schon seit Anfang des 20. Jahrhunderts von afroamerikanischen Historikern wie W. E. B. Du Bois und später John Hope Franklin.