1820 год ознаменовал собой поворотный пункт долгой гражданской войны в Аргентине с провинциями, воевавшими между собой и с Буэнос-Айресом, после падения центрального правительства после битвы при Сепеде. У Гуэмеса были враги на двух фронтах: королевские войска на севере и губернатор Тукумана Бернабе Араос на юге. Араос заключил союз с богатыми землевладельцами Сальты, выступив против Гуэмеса, и победил его 3 апреля 1821 года. Кабильдо Сальты, в котором доминировали консерваторы, свергнуло Гуэмеса с должности губернатора. Его гаучо вернули власть в мае. Однако вскоре полковник Хосе Мария Вальдес воспользовался своим знанием местности, пообещал землевладельцам признать их право собственности и при их поддержке 7 июня снова занял Сальту. Гуэмес бежал из города, но был убит выстрелом в спину. Он сумел добраться до своего лагеря в Чамикаль, отдал последние приказы своей армии и умер от ран 17 июня. Его люди вернули Сальту, на этот раз навсегда, 22 июля.