Маргарета је била у пратњи свога мужа у Седмом крсташком рату. Луј је сакупио технички најопремљенију крсташку војску која је икада кренула из Европе у Свету земљу. Зиму 1248/9. Луј и крсташи провели су на Кипру. У походу је учествовала и Маргаретина сестра Беатриче. Рат је започео крсташким успехом и освајањем Дамијете 1249. године. Међутим, у бици код Мансураха краљев брат Роберт је убијен, а сам Луј је заробљен. Краљица Маргарета заслужна је за прикупљање сребра за откуп француског краља. Она је тада накратко постала прва и једина жена која је икада водила крсташки рат. У Светој земљи родила је и сина Џона Тристана. Хроничар Жоинвил преноси да је Маргарета показала изузетну храброст када јој је муж заробљен. Обезбедила је залихе хране за хришћане у Дамијети и наредила чувару собе да њу и новорођену бебу убије уколико муслимани освоје град. Такође је и убедила оне који су намеравали да побегну да остану и бране град.