На элекционном сейме 1670 года был назначен послом и первым комиссаром для переговоров с Русским государством, русско-польское перемирие было подписано в 1671 году. В 1673 году Ян Гнинский участвовал в разгроме турецко-татарской армии в битве под Хотином. В 1674 году после избрания на королевский престол Яна III Собеского стал одним из его помощников и исполнял функции канцлера. В 1677—1678 годах Ян Гнинский возглавлял польскую делегацию в Стамбул и добился ратификации Журавенского договора. После смерти своей жены Дороты Яскульской в 1679 году принял духовный сан. В 1680 году Ян Гнинский получил должность воеводы мальборкского, а в 1681 году был назначен подканцлером великим коронным. В 1683 году под командованием польского короля Яна III Собеского участвовал в битве под Веной и двух битвах под Парканами.