Nel 1991-1992 guidò il Wageningen nella seconda divisione (la Eerste Divisie), per poi tornare in Eredivisie l'anno successivo alla guida del . Nel 1994 si trasferì invece al Fortuna Sittard, che condusse alla promozione in prima divisione e dove rimase fino al 1997. L'anno successivo emigrò in Giappone, per sedere sulla panchina dell'Omiya Ardija, militante nella seconda divisione giapponese (J. League 2), dove rimase per due stagioni. Tornò in patria nel 2000 come scout della nazionale olandese, ruolo che mantenne fino al 2001, quando divenne vice di Guus Hiddink sulla panchina della nazionale sudcoreana. La formazione asiatica, co-padrone di casa nel Campionato mondiale di calcio 2002 insieme al Giappone, raggiunse le semifinali del torneo e concluse al quarto posto. Alla fine della competizione, Verbeek lasciò l'incarico e tornò nei Paesi Bassi, accettando il ruolo di allenatore delle riserve del Psv Eindhoven, che mantenne solo per una stagione. Tornò dunque in Giappone per allenare il Kyoto Sanga, militante in J League. Anche in questo caso mantenne il ruolo per poco tempo: nel 2004 diventò infatti vice-allenatore delle .