אחיו של ספייר, פול, שניהל את המפעל המשפחתי, גויס לצבא עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה. ספייר לא גויס בשל גילו ועל כן הופקד בידיו ניהול העסק. מאורעות המלחמה אילצו את ספייר להעתיק את מיקומו של המפעל. עם זאת, תוך כדי המלחמה, כאשר מצבו של העסק המשפחתי התייצב ועיסוקיו הציבוריים איפשרו זאת, החל ספייר לתעד את מצב הקהילות היהודיות ברחבי העולם (אירופה, אפריקה ואסיה). הוא חשף עדויות על מעשי זוועה שביצע הצבא הרוסי נגד יהודים בפולין, תיעד רדיפות יהודים ברומניה ובמקומות נוספים במרכז אירופה, ואסף מסמכים דו"חות ונתונים סטטיסטיים, אשר חלקם הגיעו אליו מידי ישראל זנגוויל. ממצאי מחקרו זה פורסמו בספרו "היהודים והמלחמה" שיצא לאור בשנת 1917. הוא המשיך לנהל את העסק, עד שנת 1922, במקביל לעבודתו בממשלה ולפעילותו הציבורית. בתוקף תפקידו במשרד החקלאות עסק בשיקום אזורים חקלאים שנהרסו במלחמה. לאחר הצהרת בלפור יסד בשנת 1918 את "ליגת ידידי הציונות" ושנה לאחר מכן ייצג את הציונים הצרפתים בוועידת השלום בפריז. בשנת 1920 הוזמן על ידי ד"ר חיים ויצמן לביקור משותף בארץ ישראל על מנת לסייע במשא ומתן על קו הגבול עם סוריה. אולם בעקבות מחלוקת עם ויצמן, חדל ספייר לעסוק בפעילות ציונית רשמית.