В период ковенантского движения и гражданских войн середины XVII века генеральная ассамблея стала одним из центральных органов государственной администрации Шотландии и получила возможность определять политику страны. После завоевания страны Оливером Кромвелем, в 1653 г. генеральная ассамблея была распущена. Её восстановление как высшего органа церковной администрации Шотландии произошло только после Славной революции 1688 г.