Houston is in Augustus 1836 deur die broers Augustus Chapman Allen en John Kirby Allen gestig en is genoem na Sam Houston, die gewilde generaal van die Slag van San Jacinto tydens die Texaanse Onafhanklikheidsoorlog, wie in September 1836 tot die president van die Republiek van Texas gekies is. Die stad is op 5 Junie 1837 geïnkorporeer en James S. Holman het die eerste burgemeester geword. In dieselfde jaar het Houston die hoofstad van die Republiek van Texas geword.