Kun tilanne alkoi kehittyä Fransin kannalta uhkaavaksi, hän päätti tehdä myönnytyksiä liberaaleille. Hän julisti 25. kesäkuuta 1860 vuoden 1848 perustuslain palautetuksi voimaan, erotti vihatut ministerinsä ja lupasi lehdistönvapauden, pikaiset vaalit sekä armahduksen kapinallisille. Oli kuitenkin jo liian myöhäistä. Kun Garibaldin joukot nousivat maihin myös mantereella ja alkoivat edetä kohti kuningaskunnan pääkaupunkia Napolia, Fransin armeija ja laivasto hajaantuivat. Garibaldi marssi Napoliin 7. syyskuuta ja kuninkaan joukot kärsivät tappion Volturnon taistelussa 1.–2. lokakuuta. Frans pakeni Gaetan linnoitukseen, joka kesti sardinialaisten piiritystä kolme kuukautta. Sillä välin 21.–22. lokakuuta pidetyssä kansanäänestyksessä koko kuningaskunta päätettiin lakkauttaa. Gaetan antauduttua 13. helmikuuta 1861 Frans pakeni Roomaan paavi Pius IX:n turviin. Kun Roomakin liitettiin yhdistyneeseen Italiaan vuonna 1870, hän siirtyi Pariisiin.