Po wygaśnięciu dynastii Luksemburgów w 1438 roku królem czeskim, węgierskim i niemieckim został zięć Zygmunta Luksemburskiego, Albrecht II Habsburg (1438–1439) z albertyńskiej linii Habsburgów, który wkrótce po objęciu tronu zmarł. Jego syn Władysław V Pogrobowiec, urodzony już po śmierci ojca, został oddany pod opiekę właśnie Fryderykowi. W Czechach istniała silna opozycja przeciw rządom Habsburgów, co groziło wewnętrzną wojną. W 1448 Fryderyk mianował swoim namiestnikiem miejscowego magnata Jerzego z Podiebradów, przywódcę stronnictwa utrakwistów, który własnymi siłami opanował sytuację w kraju. Na Węgrzech Władysława uznała tylko część szlachty, większość opowiedziała się za królem Polski Władysławem III. Dopiero po śmierci tego ostatniego pod Warną w 1444 całe Węgry podporządkowały się Władysławowi V. Regencję objął jednak Jan Hunyady i Fryderyk nie miał wpływu na wydarzenia w tym państwie. W 1453 młody król został uznany za pełnoletniego i wyzwolił się spod protekcji cesarza.