Начало второй мировой войны освободило его из лагеря и он вернулся во Львов, а затем переехал в Броды. Там его и застал «Золотой сентябрь», и куда провод ОУН, осознавая особую важность философа для националистического движения, выслал специальную группу с заданием перевести его за границу и предоставить ему возможность свободно работать: в Кракове его ждала чистая квартира и аккуратно приготовленные рукописи прошлых лет. Во время войны Ю. Вассиян активно готовил теоретические и пропагандистские материалы для Провода ОУН (мельниковцы) под руководством Андрея Мельника. В январе 1944 был арестован гестапо и отправлен в концлагерь в г. Брец близ Берлина.