Estaba asignado a la "Escuadra del Canal" al estallar la Segunda guerra bóer (1899–1900), y fue enviado a Gibraltar para escoltar transportes de tropas hacia la provincia del Cabo.El 4 de diciembre de 1899, el "Niobe" y el crucero protegido HMS "Doris" rescataron tropas y tripulación del buque SS "Ismore", que había encallado. Más tarde participó en acciones durante la Segunda guerra bóer y le fue concedida la "Medalla Sudafricana de la Reina" a su tripulación.