Com o colapso do comunismo, em 1989-1990, a Jugoslávia mergulhou numa onda de nacionalismo extremo. Depois de a Croácia abandonar a federação, em 1991, os bósnios croatas e os bósnios muçulmanos aprovaram um referendo a favor da criação de uma república multinacional e independente. Mas os sérvios bósnios recusaram separar-se da Jugoslávia, que nessa altura se encontrava sob o domínio da Sérvia. Em 1992, durante a dissolução da Iugoslávia, a Bósnia e Herzegovina foi arrastada a chamada Guerra da Bósnia, uma guerra civil sangrenta e devastadora, em que as populações acabaram por ser saneadas das regiões tomadas por cada nacionalidade. Assim começou uma guerra brutal, que incluiu o Cerco de Sarajevo durante mais de três anos (15.000 mortes), bem como a outras cidades (Tesanj, Mostar, Gorazde, Maglaj, Bihac, etc), a "limpeza étnica" e a criação de campos de concentração.