Au début de la Seconde Guerre mondiale, le "Sturgeon" a effectué des patrouilles en mer du Nord. Le 6 septembre, il fut bombardé par erreur par l'aviation britannique. Lors de sa deuxième patrouille, il a tiré trois torpilles sur un sous-marin non identifié, qui était en fait son navire jumeau, le , mais les torpilles ont manqué leur cible. Lors de sa troisième patrouille, il a manqué le U-23 allemand et a été endommagé après avoir touché le fond, nécessitant des réparations. Le 20 novembre, il a coulé le chalutier armé allemand "V-209" avec des torpilles. Ce naufrage est la première attaque réussie d'un sous-marin britannique de la guerre et remonte le moral des sous-mariniers britanniques. Au cours de ses patrouilles suivantes en mer du Nord, le "Sturgeon" a repéré et coulé plusieurs navires, dont le transport de troupes allemand "Pionier" et les navires marchands danois SS "Sigrun" et SS "Delfinus". Par la suite, le "Sturgeon" a patrouillé dans le golfe de Gascogne, a servi de balise pendant l'opération Torch, puis, après avoir été à nouveau endommagé par des avions alliés, a escorté les convois arctiques PQ 15 et PQ 17. Le "Sturgeon" a été transféré à la "8 flottille de sous-marins", qui opérait en mer Méditerranée, en octobre 1942 pour soutenir les débarquements alliés en Afrique française du Nord.