Iverson blev rask i tide til at kunne slutte sig til Army of Northern Virginia i Marylandkampagnen. I slaget ved South Mountain trak hele hans brigade sig tilbage efter at deres brigadechef, brigadegeneral Samuel Garland, var blevet dødeligt såret. Iversons regiment tog også flugten i Slaget ved Antietam nogle få dage senere, selv om han fik samling på dem, så de vendte tilbage til slaget. Efter slaget blev Iverson forfremmet til brigadegeneral den 1. november og fik kommandoen over brigaden, hvilket fik den rangældre oberst, som midlertidigt havde haft kommandoen til at træde ud af hæren i afsky. Hans første opgave som leder af brigaden var i slaget ved Fredericksburg, men han blev placeret i reserven og kom ikke i kamp. Der opstod imidlertid snart en konflikt. Da han forsøgte at udpege en ny oberst for 20. North Carolina, som var en personlig ven udenfor regimentet, underskrev 26 af hans feltofficerer en protest mod denne handling. Iverson forsøgte at arrestere alle 26 officerer, men besindede sig til sidst. Hans ven blev ikke den nye oberst, men hele vinteren afviste Iverson at udnævne nogen af de andre kandidater til posten.