Dopo la rivolta antinazista dell'agosto del 1944 (che prese il via su iniziativa di alcune guarnigioni dell'esercito), i tedeschi, chiamati in soccorso da Tiso, repressero l'insurrezione e occuparono militarmente il Paese, ma nei mesi successivi le truppe della Wehrmacht furono gradualmente sospinte al di fuori dei confini dall'Armata Rossa e da reparti rumeni e cecoslovacchi che giungevano da est. La Repubblica Slovacca cessò di esistere definitivamente "de facto" il 4 aprile 1945, quando l'Armata Rossa prese Bratislava e occupò tutta la Slovacchia. Finì di esistere "de jure" quando il governo slovacco in esilio capitolò al generale Walton Walker che comandava il XX Corpo della Terza Armata USA, l'8 maggio 1945, nel villaggio di Kremsmünster, in Alta Austria. Diversi esponenti di spicco del regime (tra cui lo stesso Tiso) furono processati e condannati nel dopoguerra per collaborazionismo dai tribunali della ricostituita Cecoslovacchia.