Keïta profilierte sich in weiterer Folge als Regisseurin für das Kino beziehungsweise auf Filmfestivals. Ihr Kurzdokumentarfilm "Le nerf de la douleur" (1999) lief unter anderem am panafrikanischen Filmfestival FESPACO in Ouagadougou. Mit "Une journée à l’école Gustave Doré" (2000), "Les états généraux de la Psychanalyse" (2001) und "J’ai fait le rêve" (2003) folgten weitere dokumentarische Regiearbeiten. Sie gründete mit Sonrhay Empire Productions ihr eigenes Filmproduktionsunternehmen, dessen Name sich auf das im 16. Jahrhundert untergegangene Songhaireich bezieht. Ihren internationalen Durchbruch als Filmregisseurin hatte Rahmatou Keïta mit ihrem ersten abendfüllenden Dokumentarfilm "Al’lèèssi ... Une actrice africaine" aus dem Jahr 2003, an dem sie seit 1998 gearbeitet hatte. Im Film wird anhand des Lebens der Schauspielerin Zalika Souley die Glanzzeit und der Niedergang der nigrischen Filmindustrie geschildert. "Al’lèèssi ... Une actrice africaine" war auf der Berlinale 2004, den Filmfestspielen von Cannes 2005 und weiteren bedeutenden Filmfestivals zu sehen. Keïta war 2009 die Ehrenpräsidentin des panafrikanischen Filmfestivals FESPACO. Bei den Filmfestspielen von Cannes 2014 stellte sie ihren Kurzspielfilm "Jìn’naariyâ!" vor.