Udvidelsen nordvest over mod Østersøen viste sig at blive langt vanskeligere. I 1558 invaderede Ivan Livland og havnede således i en 25 år lang krig mod Den polsk-litauiske realunion, Sverige og Danmark-Norge. I stedet for fremgang blev Ivans styrker presset tilbage, og nationen formåede ikke at befæste positionen ved Østersøen. Samtidig prøvede Devlet I Giray fra Krim-khanatet at udnytte denne krig, og samlede 120.000 ryttere som han raserede Moskva-regionen med frem til slaget ved Molodi, som satte en stopper for disse invasioner. I tiårene derefter blev imidlertid de sydlige grænseområder stadig plyndrede af Nogajhorden og Krim-khanatet, som tog de lokale indbyggere med sig som slaver. Disse krige var en hård belastning for Rusland.