Il rejoint ensuite les rangs du jeune Torpedo-ZIL Moscou à partir de 1999, dans un premier temps en tant qu'entraîneur de l'équipe réserve. Après le départ de à l'issue de la saison 2001, Nikonov est appelé à le remplacer dans le cadre de l'exercice 2002. Après avoir mené l'équipe en quatorzième position, assurant ainsi son maintien, il quitte ses fonctions en fin d'année 2002 et devient brièvement adjoint du nouvel entraîneur Sergueï Aleinikov avant que des désaccords entre les deux hommes n'amènent très vite à son départ.