Alfonso speelde 38 interlands voor Spanje, waarin hij elf keer scoorde. Hij nam onder meer deel aan het EK van 2000 in Nederland. Zijn goal in blessuretijd tegen Joegoslavië voorkwam destijds een vroegtijdige aftocht voor de Spanjaarden. Alfonso behaalde met het Spaans olympisch elftal de gouden medaille op de Olympische Zomerspelen 1992 in Barcelona.