Figlio dell'architetto Emmanuele Palazzotto (1798-1872) e della baronessa Maria Angela Martinez Napoli, nasce a Palermo e ha numerosi fratelli attivi a Palermo, tra cui il medico Domenico Palazzotto (1832-1894), l'architetto Giovan Battista Palazzotto (1834-1896), Pietro Palazzotto (1837-1860), morto sul Volturno al seguito di Garibaldi, e monsignor Giuseppe Palazzotto (1839-1919).