Територія басейну зазнала ураження через аварію на Чорнобильській АЕС. У 2007 році в нижній частині басейну створено загальнозоологічний заказник «Чорнобильський спеціальний», куди входить гирло Прип'яті з рукавами, старицями, островами та прилеглою акваторією Київського водосховища.