Após a queda do Muro de Berlim, em 1989, a organização foi levada a intervir na dissolução da Iugoslávia e conduziu suas primeiras intervenções militares na Bósnia em 1992-1995 e, posteriormente, na Iugoslávia em 1999. Politicamente, a organização procurou melhorar as relações com países do antigo Pacto de Varsóvia, muitos dos quais acabaram por se juntar a aliança em 1999 e 2004.