Messi 2004 júniusában mutatkozott be Argentína színeiben, egy Paraguay elleni barátságos meccsen, az U-20-as válogatottban. 2005-ben tagja volt annak a csapatnak, amely megnyerte a hollandiai ifjúsági világbajnokságot. A tornán megkapta a legjobb játékosnak járó Aranylabdát és a legjobb góllövőnek járó Aranycipőt.