Von 1976 bis 1982 war er auch Präsident des Österreichischen Fußball-Bundes. In seiner Amtszeit qualifizierte sich die österreichische Nationalmannschaft unter Teamchef Helmut Senekowitsch für die Fußball-Weltmeisterschaft 1978, bei der es zum 3:2-Sieg Österreichs gegen Deutschland kam. Ebenso gelang dies für die Fußball-Weltmeisterschaft 1982. Dennoch wurde der erfolgreiche Teamchef Karl Stotz vor der WM von Sekanina abberufen, der glaubte, Ernst Happel als Nachfolger verpflichten zu können, was sich jedoch als Irrtum herausstellte. Felix Latzke und der ÖFB-Angestellte Georg Schmidt mussten einspringen, unter deren Ägide es zum skandalumwitterten 0:1 gegen Deutschland kam. Als ÖFB-Präsident betrieb Sekanina den Umbau des damaligen Praterstadions sowie die Einrichtung eines "VIP-Klubs".