Die Liquidierung des Heiligen Römischen Reiches, den Zusammenbruch Preußens nach der Niederlage bei Jena und Auerstedt sowie die französische Besetzung Berlins 1806 verfolgte Humboldt von seinem Posten in Rom. An Staatsminister Karl August Fürst von Hardenberg, der auch die Geschäfte des Außenministers ausübte, schrieb er im Herbst 1806: „Ich war niemals ehrgeizig oder interessiert und zufrieden mit dem Posten in dem Lande, das ich bewohne und das ich liebe und habe weder gesucht noch gewünscht, in eine andere Lage zu kommen, aber jetzt ist es mir peinlich, hier müßig zu sein und nichts für das bedrängte Vaterland tun zu können.“ Anderweitige Verwendung hatte man aber in Berlin offenbar nicht für ihn, und so blieb er noch bis zum Oktober 1808 in Rom.