V roce 1985 ovládla radnici nacionalistická strana Šiv Sena (doslova „Šivádžího armáda“) a za její vlády se do té doby multikulturní ráz města začal viklat. Docházelo k diskriminaci muslimů a přistěhovalců z oblastí mimo Maháráštru. Při nepokojích, které následovaly po zničení mešity Babri masdžíd v Ajódhji v prosinci 1992, zde zemřelo na 800 lidí, a při teroristických útocích 12. března 1993 zahynulo dalších 300 a byla zničena budova Bombajské burzy a Air India. Náboženské třenice neusnuly ani v novém tisíciletí a při vlakových útocích v červenci 2006 zemřelo více než 200 lidí. Další útok otřásl celým světem v listopadu 2008, když skupiny teroristů napadly střelbou i výbušninami hlavní nádraží, hotel Tádžmahal a několik dalších míst ve městě. Bombaj se změnila ve válečnou zónu a speciální jednotky bojovaly s teroristy téměř tři dny. Zemřelo přes 150 lidí včetně několika desítek cizinců.