В начале 1501 года он переселился в Падую, где занимался переписыванием греческих манускриптов, а в 1509 году вернулся в Венецию, где возобновил свою издательскую деятельность. Испытываемые Венецией в ходе войны Камбрейской лиги финансовые трудности и перспектива получения покровительства папы Римского заставила Захарию отправиться в Рим, где в то время ещё не было греческой типографии. При поддержке банкира Агостино Киджи это упущение было исправлено. 13 августа 1515 года в его типографии вышел сборник гимнов Пиндара. Затем последовали другие издания, выполненные на высоком уровне, последним из которых стал вышедший в мае 1523 года греко-латинский словарь . Затем Каллиерги вновь посвятил себя копированию манускриптов, последний известный из которых датирован октябрём 1524 года (MS. Vat. Ottoboni gr. 89). Среди собственных трудов Каллиерги есть труды по грамматике и катехизис в восьми частях под названием "Erotemata".