מונדיאל 2006 סימן את תום עידן זידאן בנבחרת צרפת. צרפת סיימה במקום השני בבית המוקדם לאחר שתי תוצאות תיקו מול שווייץ וקוריאה הדרומית וניצחון על טוגו החלשה והעפילה לשמינית הגמר. בשמינית הגמר הפכה צרפת פיגור 0–1 מול ספרד לניצחון 1–3 וברבע הגמר הדיחה צרפת את ברזיל כשניצחה 0–1 משער של תיירי הנרי. בחצי הגמר ניצחה צרפת את פורטוגל 0-1 משער של זינדין זידאן בבעיטת עונשין והעפילה למשחק הגמר נגד איטליה. צרפת הובילה 0–1 במשחק הגמר משער בדקה השביעית של זינדין זידאן בבעיטת עונשין, אולם איטליה השוותה ל-1-1 וניצחה 3–5 בבעיטות הכרעה לאחר שדויד טרזגה החמיץ את הבעיטה השנייה לצרפת. במהלך ההארכה רשם זידאן אקורד סיום צורם לקריירה הספורטיבית שלו, כאשר הורחק בעקבות נגיחה בחזהו של מרקו מטראצי. משחק הגמר היה משחק הפרישה של זידאן מקריירה מקצוענית ולמרות ההרחקה וההפסד במשחק הגמר, הוא נבחר לשחקן המצטיין בטורניר.