Im September 1937 geriet Fleischhauer, der für die Münchener Gauleitung mit der Vorbereitung für die Wanderausstellung „Der ewige Jude“ beschäftigt war, in eine Auseinandersetzung mit Wilhelm Grau, Leiter der Abteilung „Judenfrage“ im Reichsinstitut für Geschichte des neuen Deutschland unter Walter Frank. Wilhelm Grau, der sich massiv in die Vorbereitsarbeiten einmischte, ließ dabei einige ihm lächerlich erscheinende Stücke aus dem Ausstellungsensemble entfernen. Ebenso stellte sich das Reichspropagandaministerium gegen ihn. Am 7. Oktober 1937 stellte Rosenberg eine Bescheinigung gegen die Ämter von Goebbels und Frank für Fleischhauer aus, mit dem er für bestimmte Arbeitsgebiete „zur persönlichen Verwendung“ eingeteilt wurde. Zudem habe er, wie es dort heißt, „Weisungen“ zur Bearbeitung von Fragen erhalten, die mit der Bekämpfung des „Weltjudentums“ in Verbindung stehen würden. Fleischhauer schien dieses Papier als eine Art „Schutzbrief“ verstanden zu haben. Rosenberg, der in Goebbels’ Propagandaministerium und Franks Reichsinstitut eine Konkurrenz zu den ihm unterstehenden NS-Institutionen sah, bereitete jedoch die schleichende Übernahme von Fleischhauers "Welt-Dienst" vor. Sein Mitarbeiter August Schirmer erhielt den Auftrag, enge Beziehungen zu Fleischhauer und dessen Kollegen aufzubauen, um diesen aus seiner leitenden Position beim "Welt-Dienst" zu verdrängen. So fand die „Redaktionsaufnahme“ des Amtes Rosenberg nunmehr im Herbst 1937 statt. Am 24. September 1938 setzte Schirmer, Hauptstellenleiter im Amt Rosenberg, einen Brief an Rosenberg auf. In dem Brief, der zahlreiche Angaben über die beabsichtigten Forschungen in apokrypher antisemitischer Literatur – inklusive Quellen und Bearbeiter – enthält, teilte Schirmer ihm mit, dass „das Archiv und die Bücherei des Welt-Dienstes durch Schenkung des […] Fleischhauer“ nunmehr in die Hände Rosenbergs „übergegangen seien“.