Veio ao time de Avellaneda juntamente com Raúl Savoy, com quem fazia celebrada dupla ofensiva no Chacarita Juniors, onde debutou. Por eles, os "diablos" cederam 25 milhões de pesos e dois jogadores. Fernández, que em 1963 foi o artilheiro do Sul-Americano do ano pela Argentina, já havia sido decisivo neste ano também no Independiente: estreou com dois gols frente ao Rosario Central e marcou também o tento do título argentino, na penúltima rodada, frente ao River Plate.