W 1998 i 2000 Deschamps był kapitanem reprezentacji „Trójkolorowych”, która sięgnęła odpowiednio po mistrzostwo świata na własnych boiskach i po mistrzostwo Europy na stadionach Belgii i Holandii. Po Euro 2000 zrezygnował z występów w reprezentacji, które zakończył ze 102 spotkaniami i czterema bramkami. Do czasu zakończenia swojej kariery reprezentacyjnej był rekordzistą pod względem liczby meczów w kadrze narodowej. Obecnie przegonił go Marcel Desailly. W marcu 2004 znalazł się na liście 125 najlepszych piłkarzy stulecia FIFA ogłoszonej przez Pelégo (FIFA 100).