1968年8月华约组织入侵捷克斯洛伐克之后苏军中央集群再一次组建，由参与了“多瑙河”行动但在华约组织达成目标后没有撤出的5个师（主要来自的第38集团军下属单位）构成。这次的中央集群全部部署在捷克斯洛伐克境内。虽然苏军从名义上是“暂时”驻守在捷克斯洛伐克，但事实上他们一直驻扎到冷战结束前的1991年，其间定期组织代号“友谊”（Druschba）的华约组织武装力量联合演习，从而确保对捷克斯洛伐克国内政治动向的监控。在苏联和捷克斯洛伐克签订协定之后，苏军中央集群的指挥部于1991年6月27日最后撤出，中央集群随即解散。