Након немачког напада на Совјетски Савез 22. јуна 1941. године, већина института и универзитета из западног дела Русије евакуисана је у источне крајеве, далеко од борбених линија. Николај Богољубов се преселио у Уфу, где је постао начелник одељења за математичку анализу у Уфском државном ваздухопловном техничком универзитету и на Уфском педагошком институту, остајући на тим позицијама у периоду од јула 1941. до августа 1943. године.