Il a été marqué par les deux guerres mondiales. Donnant à la fois l'accès de Bruges vers la Manche au sud et la mer du Nord, il a été, lors de la Première Guerre mondiale, un enjeu stratégique pour les Allemands comme pour les Alliés, ce qui a justifié la bataille de l'Yser. L'armée allemande y avait de plus installé l'une de ses bases de sous-marins. Sur la jetée ouest, le "St. George Memorial" commémore la bataille de Zeebruges () lors de laquelle la Royal Navy détruisit la base de sous-marins allemande. Le port conserve d'ailleurs encore de cette époque un dangereux dépôt immergé de munitions.