W 1993 r. Haszemi Rafsandżani został powtórnie wybrany na prezydenta, jednak uzyskał znacznie mniejsze poparcie (62%), przy gorszej frekwencji. Niezadowolenie społeczne budziła gospodarcza sytuacja kraju, chociaż nie była ona efektem wyłącznie działań prezydenta, ale również międzynarodowej koniunktury na rynku ropy naftowej. Prezydentowi zarzucano również niepowodzenia w powojennej odbudowie kraju, która nie postępowała równomiernie na wszystkich terenach. Pogorszyły się również stosunki między Haszemim Rafsandżanim a Alim Chameneim – Najwyższy Przywódca publicznie apelował do prezydenta o zwrócenie większej uwagi na los najuboższych oraz o zmniejszenie zależności Iranu od importu, handlu ropą oraz zagranicznych kredytów. Chamenei, który dotąd popierał reformy prezydenta, nie aprobował jego kolejnych pomysłów inspirowanych chińskim modelem gospodarki – zliberalizowania prawa pracy, dalszej prywatyzacji, wycofania się z państwowych dopłat do żywności i benzyny, przyznaniu koncesji naftowych firmom zagranicznym. Prezydentowi nie udało się również naprawić stosunków Iranu z Zachodem, w tym z USA, które to państwo, mając w pamięci kryzys zakładników, nadal widziało w Iranie głównie zagrożenie dla Izraela i dla interesów USA w regionie. Był wreszcie niepopularny z powodu korupcji w elicie władzy, jakiej symbolem się stał. Podczas drugiej kadencji pozostawał w stałym konflikcie z parlamentem, blokującym jego inicjatywy. Wycofał się z dalszej prywatyzacji i liberalizacji gospodarki, przywracając niektóre elementy centralnego planowania, które wcześniej likwidował. Rafsandżani negocjował też z Rosją budowę reaktora w elektrowni Buszer, uruchomionej ostatecznie w 2011 roku.