Sodan ensimmäisenä siviilien kohdistuneena pidetään Kozibrodissa tapahtunutta massamurhaa, jossa paikalliset serbijoukot tappoivat 26. heinäkuuta 1991 kymmenen kroaattipoliisia ja seitsemäntoista siviiliä. Tämän jälkeen vastaavia tapauksia tapahtui muun muassa Kusonjessa, Daljissa, Tovarnikissa, Voćinissa ja Škabrnjassa. Pahin massamurha tapahtui Vukovarin piirityksen jälkeen. Vukovar antautui marraskuussa 1991 tuhoisan piirityksen jälkeen, ja Jugoslavian liittoarmeijan joukot syyllistyivät kaupungissa murhiin, raiskauksiin, kidotuksiin ja etniseen puhdistukseen. Vukovarissa tapahtui samalla myös joukkomurha, jossa serbit tappoivat Ovčaran maatilalla ainakin 194 muun kansalaisuuden edustajaa, jotka oli siirretty sinne Vukovarin sairaalasta.