לאחר שהושלמה המערכה על ירושלים במלחמת העצמאות, הועסק פלסנר על ידי בית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי במיון וקטלוג ספרים וכתבי עת מהספריות הפלסטיניות הנטושות במערב העיר. הוא השתתף בפרויקט בשנים 1949–1950, ובשנת 1951 החל לעבוד כספרן המכון למדעי המזרח. במקביל, החל ללמד בשנת 1952 במכינה לערבית של האוניברסיטה העברית, ובשנת 1955 מונה לפרופסור חבר בחוג לשפה וספרות ערבית באוניברסיטה. עם שובו לאקדמיה, שב פלסנר גם לפעילות מחקרית שוטפת, ובשנת 1962 יצא לאור תרגומו המדעי לגרמנית (בשיתוף עם הלמוט ריטר) של ספר תכלית החכם. ב-1963 הועלה לדרגת פרופסור מן המניין ומונה לראש החוג לתרבות האסלאם, תפקיד בו כיהן עד פרישתו בשנת 1969.