След победата на Сандинистката революция през 1979 г. става президент на Никарагуа и управлява до 1990 г. По време на управлението си Ортега е подкрепян от СССР и другите социалистически страни, от които получава милиони долари под формата на помощи и военна техника, с помощта на които да се бори против „контрите“ – военни отряди, противници на народното управление на страната, финансирани и обучавани от ЦРУ. След спиране на помощите през 1989 г., поради разпадането на СССР, е принуден да търси мирно разрешаване на конфликта и да разреши демократични избори, които губи катастрофално.