Barton wurde im Anschluss zum Landwirtschaftsminister der Republik Irland ernannt, danach zum Außenminister. Im Jahre 1921 wurde er in den zweiten Dáil gewählt. Er nahm an den Verhandlungen zum Anglo-Irischen Vertrag teil. Widerstrebend unterschrieb der diesen Vertrag im selben Jahr. Während des irischen Bürgerkriegs stand er auf Seiten von Eamon de Valera.