Conclusa l'esperienza al Bologna, Pagliuca firmò per l', ritrovando la massima serie alle soglie dei 40 anni. Debuttò il 19 agosto 2006 nel 6-0 esterno sul , valido per il primo turno preliminare di Coppa Italia. Il 17 settembre, alla seconda giornata di campionato, toccò quota 571 presenze in Serie A scendendo in campo contro il : in tal modo superò Dino Zoff e divenne il portiere con più apparizioni nel massimo campionato italiano. In seguito allungò fino a 247 incontri la sua striscia di partite disputate consecutivamente, prima di essere bloccato da problemi alla schiena; fu poi colpito da un virus influenzale prima della sfida contro il , valida per la 25ª giornata, e una volta ristabilitosi non ritrovò posto in squadra, poiché di lì in avanti l'allenatore Nedo Sonetti, che nel frattempo aveva rilevato Attilio Tesser, gli preferì Dīmītrios Eleutheropoulos, portiere di riserva fino a quel momento. A fine campionato l'Ascoli si classificò 19º, retrocedendo in Serie B.