L'exil n'est cependant pas la seule source d'inquiétude pour la famille. Avec la chute de l'Empire tsariste en 1917, plusieurs parents de Marguerite sont assassinés en Russie. C'est notamment le cas de deux de ses oncles paternels (les grands-ducs Paul Alexandrovitch et Georges Mikhaïlovitch), d'un de ses grands-oncles paternels (le grand-duc Dimitri Constantinovitch) et de deux de ses grands-tantes maternelles (la tsarine Alexandra et la grande-duchesse Élisabeth). Peu de temps après ces événements, la famille grand-ducale de Hesse, à laquelle Marguerite est étroitement apparentée par sa mère, est renversée en même temps que toutes les autres dynasties allemandes au cours de l'hiver 1918-1919. Finalement, les exilés grecs traversent quelques problèmes de santé, plusieurs d'entre eux contractant la grippe en 1920.