วันที่ 8 พฤศจิกายน 2490 คณะทหารรัฐประหาร มีการถอนรากถอนโคนฝ่ายซ้าย โดยเฉพาะผู้สนับสนุนของปรีดี ส่วนหนึ่งอ้างเหตุไขคดีสวรรคตไม่ได้ด้วย รัฐบาลจอมพล ป. หวนคืนสู่อำนาจอีกครั้งในปี 2491 และใช้นโยบายปราบปรามชาวจีน มลายู และนักการเมืองภาคอีสาน เดือนเมษายน 2491 เกิดเหตุการณ์ชุมนุมประท้วงของชาวบ้านดุซงญอ จังหวัดนราธิวาส ซึ่งรัฐบาลใช้กำลังปราบปรามอย่างหนัก ในปี 2492 ปรีดีและพันธมิตรซึ่งประกอบด้วยทหารเรือและอดีตสมาชิกเสรีไทยพยายามเพื่อยึดอำนาจคืน แต่ไม่สำเร็จ จึงถูกเรียกว่า กบฏวังหลวง นับแต่นั้นพันธมิตรทางการเมืองของปรีดีก็หมดอำนาจลงอย่างสิ้นเชิง