Nach der Übernahme der Macht durch Maximilien de Robespierre, wurde im Juli 1794 auch Pierre Samuel du Pont als „Reaktionär“ ("réactionnaire") verhaftet. Er entkam der Guillotine durch den Sturz Robespierres. Im Jahre 1795 wurde er als Abgeordneter in den Rat der Fünfhundert gewählt. Nach dem Staatsstreich vom 4. September 1797 wurde er dann erneut für eine Nacht verhaftet.