Bedžat ovat asuttaneet perinteistä asuinseutuaan ainakin 5 000 vuotta. Heistä on mainintoja historiallisissa egyptiläisissä, roomalaisissa ja kreikkalaisissa kirjallisissa lähteissä. 5 000 - 3 000 vuotta sitten heidän alueensa olivat tärkeä kullan lähde egyptiläisille. 100-luvulla jaa. eteläiset bedžat joutuivat Aksumin kuningaskunnan alaisuuteen. Tällöin osa eteläisistä bedžoista omaksui tigrinjan kielen. 600-luvulla he kääntyivät kristinuskoon, mutta islamin vaikutus alueella alkoi jo 640-luvulla. Suurin osa bedžoista kääntyi islamiin 1300-lukuun mennessä. Osa bedžoista ja etenkin "hadendowat" osallistuivat vuonna 1882 alkaneeseen mahdistikapinaan mahdistien puolella. Osa bedžoista, "amararit" ja "bisharit", osallistuivat sotaan brittien ja egyptiläisten joukkojen puolella. Nämä kärsivät tappion mahdisteille Tofrekin taistelussa vuonna 1885. Brittien ja egyptiläisten onnistui kuitenkin kukistaa mahdistit vuoteen 1898 mennessä. Sudan itsenäistyi vuonna 1956 ja vuonna 1978 aloitettiin bedžojen alueella sijainneen Port Sudanin suuret modernisointi- ja laajentamistyöt. Eritrea itsenäistyi vuonna 1993. Egyptin bedžat ovat arabilaistuneet voimakkaasti. Sittemmin bedžat ovat osallistuneet Sudanin sisällissotaan etelän puolella. Bedžojen sissiryhmät ovat muun muassa tehneet iskuja öljyputkia vastaan. Bedžojen mielestä heidän alueensa on jätetty köyhyyteen ja Sudanin hallitus on ajanut omaa näkemystään islamista väkivaltaisesti tehden hyökkäyksiä bedžojen moskeijoita ja uskonnollisia kouluja vastaan.