Tijdens de winter van 1571-1572 verbleef hij samen met zijn broer Charles in Keulen. Daar nam hij deel aan de voorbereidingen voor een nieuwe inval in de Nederlanden. In augustus 1572 werd hij door Willem van Oranje naar Frankrijk gestuurd om daar te overleggen met diens schoonvader Gaspard de Coligny, de leider van de hugenoten. Boisot had echter de pech dat in de nacht van 23 op 24 augustus de Bartholomeusnacht plaatsvond, het begin van een bloedige repressie van de calvinisten. De Coligny werd gedurende die nacht vermoord. Boisot werd bij de grensstad Mézières gevangen genomen en zat een half jaar in Franse gevangenschap. Pas in het voorjaar van 1573 wist hij naar Engeland te ontvluchten; van daaruit begon hij te opereren als watergeus.