2011 yılında Tunus'ta başlayan Arap dünyası protestolarının 25 Ocak 2011'de Mısır'da da başlaması üzerine 10 Şubat 2011'de yetkilerinin çoğunu yardımcısı Ömer Süleyman'a devretti, 11 Şubat 2011'de ise görevini orduya ve anayasa mahkemesine devrederek istifa etti. İstifa ettikten kısa bir süre sonra tutuklandı ve yargılanmaya başlandı. Bir süre idamla yargılanmıştır. 2 Haziran 2012 günü yardımcısı ile birlikte ömür boyu hapis cezasına çarptırılmış, oğulları ile yargılanan birkaç kişi ise beraat etmiştir. Kısa süre sonra Mübarek'in idam edilmesini isteyen göstericiler, Mübarek'in yargılandığı mahkeme önünde polisle çatışmışlardır. Yaşanan gelişmeler üzerine Mübarek depresyona girmiştir.