V září 1995 se stal premiérem po neúspěšném pokusu Manmóhana Adhikárího o rozpuštění parlamentu. Několik měsíců po jeho nástupu do úřadu začali Maoisté vést válku proti monarchii. Deubova koaliční vláda se rozpadla na začátku roku 1997 a premiérem se stal nakrátko Lókéndra Bahádur Čand. Do úřadu se Deuba vrátil v červenci 2001, měsíc po masakru královské rodiny. Vyhlásil příměří s Maoisty a zahájil mírový proces. V listopadu začali Maoisté opět útočit a Deuba proto vyhlásil výjimečný stav, označil Komunistickou stranu Nepálu za teroristickou organizaci a poprvé proti povstalcům nasadil armádu. V květnu 2002 rozpustil parlament a vyhlásil nové volby na listopad téhož roku. Kvůli rozepři o pokračování výjimečného stavu ve straně byl vyloučen a založil novou stranu Nepálský kongres s přídomkem demokratický (strany se opět spojily v roce 2007). V říjnu měl v úmyslu volby odložit, což se stalo Gjánéndrovou záminkou pro jeho odvolání a dosazení Čanda, načež byly volby odloženy na neurčito. Potřetí byl jmenován ministerským předsedou v červnu 2004, ale v únoru 2005 jej Gjánéndra opět sesadil a uzmul absolutní moc. V červenci 2005 byl odsouzen ke dvěma letům odnětí svobody za korupci. Deuba, který obvinění popíral, byl v únoru 2006 z vězení propuštěn poté, co byla nově vzniklá protikorupční komise shledána protiústavní.