Sau sự kiện ngày 11 tháng 9, Quốc hội Hoa Kỳ thành lập Bộ An ninh Nội địa (DHS). Tổng thống George W. Bush đã đề cử Asa Hutchinson để lãnh đạo Ban An ninh biên giới và Vận tải, bộ phận lớn nhất của DHS với hơn 110.000 nhân viên. Asa Hutchinson đã được xác nhận bởi sự nhất trí của Thượng viện vào ngày 23 tháng 01 năm 2003, trở thành Thứ trưởng Bộ An ninh Nội địa. Trong nhiệm kỳ của mình, ông xử lý nhiều vấn đề nhập cư, tập trung hạn chế đội tuần tra biên giới ngăn chặn những người nhập cư bất hợp pháp qua biên giới, giao cho các nhân viên Cơ quan Thực thi Di trú và Hải quan chịu trách nhiệm trong nước. Trong thời gian giữ chức Thứ trưởng DHS phụ trách An ninh biên giới và Vận tải trong Chính quyền George W. Bush, Asa Hutchinson ủng hộ các đề xuất của Tổng thống nhằm cung cấp nhiều cơ hội việc làm hơn cho những người nước ngoài bất hợp pháp không có tiền án, đồng thời thắt chặt an ninh ở biên giới. Ông phát biểu nhấn mạnh vấn đề cải cách nhập cư trước tiên phải bắt đầu bằng việc thực thi luật nhập cư và an ninh biên giới. Ông rời chức vụ Thứ trưởng vào ngày 01 tháng 03 năm 2005.