Toen brak de Hongaarse Opstand uit en de spelers van het Hongaars superelftal die de WK-finale van 1954 verloren zochten een veilig onderkomen. Kubala voelde zich als een plicht om zijn ex-landgenoten te helpen. Zoltán Czibor, Sándor Kocsis en Ferenc Puskás werden door hem overgehaald om naar Spanje te gaan. Uiteindelijk gingen Czibor en Kocsis naar Barcelona en Puskas trok naar Real Madrid. Met de Hongaren erbij werd Barcelona nog sterker en veroverde tweemaal de UEFA Cup. In 1961 behaalde de Catalaanse club voor het eerst de finale van de Champions Cup, door onder andere titelhouder Real Madrid uit te schakelen. Ondanks de fantastische voorhoede met Czibor, Kubala, Kocsis, Suárez en de Braziliaan Evaristo de Macedo, was Benfica met 3-2 te sterk. Czibor en Kocsis scoorden, maar een eigen doelpunt van keeper Ramallets kostte Barça de beker. Na de verloren finale nam Kubala afscheid van FC Barcelona. Op 30 augustus 1961 kreeg Kubala een hommage in Camp Nou. De 100.000 toeschouwers nemen afscheid van de ster door een staande ovatie en door zijn naam een kwartier lang te scanderen. Kubala barstte in tranen uit en bedankte de fans voor hun steun. In hetzelfde jaar beëindigde Kubala ook zijn loopbaan als international. Hij speelde negentien wedstrijden voor Spanje, waarbij hij tien goals maakte.