V roce 1974 byl jmenován ředitelem zpravodajské služby Mosad, v jejímž čele nahradil Cvi Zamira. Během jeho funkčního období se podařilo zlikvidovat několik představitelů palestinské teroristické organizace Černé září zodpovědné za masakr izraelských olympioniků na LOH v Mnichově. V červenci 1976 se zasazoval za akci, která měla zachránit izraelské pasažéry uneseného letadla Air France v ugandské Entebbe. Při přípravě této akce, později známé jako operace Entebbe nařídil Chofi kacům umístěným v Ugandě provést podrobný průzkum letiště, na kterém unesené letadlo stálo a využil kontakty v etiopských tajných službách k tomu, že izraelská letadla, která operaci provedla, mohla dotankovat na zpáteční cestu do Izraele v Nairobi. V roce 1981 dohlížel na izraelský útok na irácký jaderný reaktor u Bagdádu.