Mellan den 1 januari 1941 och den 30 april 1942 var Günsche inskriven vid SS:s officersskola i Bad Tölz. Därefter förde han befäl över ett pansargrenadjärkompani inom "Leibstandarte Adolf Hitler" på östfronten. Günsche blev den 12 januari 1943 Hitlers personlige adjutant och var det till augusti 1943, då han åter inkallades till fronttjänst. Han blev ånyo Hitlers adjutant i februari 1944 och befordrades till Sturmbannführer i december samma år. År 1944 var Günsche närvarande vid attentatet mot Hitler; Günsche blev lindrigt sårad.