Ascendió a teniente coronel en 1902 e ingresó en el Estado Mayor, recién creado, en 1904. En 1907, ascendió a coronel y participó en las últimas etapas de la campaña macedonia en 1908, supervisando operaciones para el Comité Macedonio de la comarca de Salónica con el pseudónimo de Parmenión. Después de la Revolución de los Jóvenes Turcos, el 3 de agosto de 1908, Danglís pasó a presidir la nueva Organización Panhelénica, compuesta por oficiales que habían participado en la actividad armada en la Macedonia otomana.