En septiembre de 1973, se traslada a Concepción, contratado como ayudante de carpintero por una empresa constructora. En su segundo día de trabajo, el 11 de septiembre, se produce el Golpe de Estado en Chile de 1973; los militares allanan la población donde vive Aldunate, allanan su casa y se llevan libros y revistas que les parecen sospechosos, como los volúmenes de la Revista Mensaje; arrestan, además, a todos los sacerdotes obreros menos a él, aunque después son liberados. Tiempo después regresa a la capital; durante su período obrero en Santiago vive con el jesuita Ignacio Vergara Tagle; primero, en una mediagua construida por el padre Vergara Tagle en Villa México, Cerrillos; luego, en otra mediagua levantada por Vergara Tagle, en Montijo, Pudahuel. El Padre Aldunate «era el encargado de las comidas: comíamos porotos tres o cuatro días a la semana y pollo arvejado los otros. Ahí comencé a hacer un poco de estadística de los precios de las cosas. Veía el costo de vida del obrero y cuánto gasta. Con esos datos creamos un IPC del obrero».