Hành động xâm chiếm và chiếm đóng Đông Timor của Indonesia trong thời kỳ Suharto tại vị làm cho ít nhất 100.000 người thiệt mạng. Đến thập niên 1990, chủ nghĩa chuyên chế Trật tự Mới và tham nhũng phổ biến là một nguồn gốc gây bất mãn. Trong những năm sau khi Suharto từ nhiệm, các nỗ lực nhằm buộc tội ông tham nhũng và diệt chủng bị thất bại do sức khỏe của ông yếu và do thiếu sự ủng hộ bên trong Indonesia.