En mai 1968, certains auteurs profitent de l'agitation pour contester les deux co-rédacteurs en chef du journal. René Goscinny, mis en accusation devant une sorte de tribunal populaire par certains auteurs qu'il a lancés et qui désormais lui reprochent son succès, décide de virer les meneurs qui sont Nikita Mandryka et Jean Giraud. Il faut une intervention de Jean-Michel Charlier pour qu'ils soient repris dans "Pilote". Après cet événement, l'ambiance au sein de l'équipe du journal se dégrade petit à petit. René Goscinny devient alors directeur de "Pilote" et impose sa patte sur la ligne éditoriale pour en faire un journal véritablement pour adulte, alors que Jean-Michel Charlier reste partisan d'un journal pour adolescent. Il finit par démissionner en de sa fonction de co-rédacteur en chef. Dargaud le nomme directeur littéraire, chargé de l'édition des albums. Il quitte les éditions Dargaud en 1974 à la suite d'une mésentente concernant la politique éditoriale. Tout en continuant d'écrire des scénarios pour la bande dessinée, il part aux Etats-Unis pour tourner "Les Dossiers Noirs", série d'enquêtes télévisées qui seront diffusées sur FR3.