Under den tyske invasion af Polen i 1939, der var indledningen til 2. verdenskrig, var Stettin base for den 12. Panzer-Division, der angreb og skar den polske korridor over. Senere i 1940 var Stettin udskibningshavn for Operation Weserübung, Nazitysklands angreb på Danmark og Norge. Under krigen placerede tyskerne mange tvangsarbejdere i byen, hovedsagelig polakker, men også tjekkere, italienere, franske, belgiere og hollændere.