Toujours capitaine, il reçoit rapidement un brevet lui permettant d'agir en tant que major, lieutenant-colonel, colonel et même major-général des détachements de volontaires, pour ses services rendus à Gettysburg, à la bataille de Yellow Tavern, à la bataille de Winchester et surtout à la bataille de Cedar Creek. Custer est, à ce jour, le plus jeune officier faisant fonction de général de division de l'histoire de l'Armée des États-Unis, les journaux tressant des couronnes de gloire au « jeune général ». Il sert avec le général Philip Sheridan lors du dernier grand raid de cavalerie, l'emporte à la bataille de Waynesboro, à la bataille de Dinwiddie et à la bataille de Five Forks, où son propre frère, Thomas Custer, obtient la plus haute distinction américaine, la médaille d'honneur (il l'obtiendra à nouveau lors de la bataille de Sayler's Creek, devenant ainsi le premier à recevoir par deux fois cette distinction).