Under Ayub Khans styre genomfördes en stor jordreform. En ny konstitution trädde i kraft 1962, men makten stannade i Ayub Khans händer. Utrikespolitiskt sökte Ayub Khan stöd av USA som fick inrätta militära baser i Pakistan. Kriget mellan Pakistan och Indien 1965 undergrävde Ayub Khans ställning (trots att han utnämnde sig till fältmarskalk) och 1968 lämnade han över makten till arméchefen Yahya Khan.