Hillela zastąpił John Frusciante, z którym Red Hot Chili Peppers nagrali "Mother’s Milk" (1989), a następnie "Blood Sugar Sex Magik" (1991) z przebojem „Under the Bridge”. Kiedis, znowu uzależniony, pokłócił się z następcą Frusciante, Dave’em Navarro, którego w końcu wyrzucił z zespołu i wraz z Fleą przekonał Frusciante (uzależnienie doprowadziło gitarzystę do skrajnej biedy, śmierci klinicznej, przeszczepu skóry i zębów) do powrotu. Wspólnie wydali "Californication" (1999) i zagrali na Woodstocku. Kolejne płyty w dyskografii zespołu to "By the Way" (2002), "Stadium Arcadium" (2006), "I'm With You" (2011), "The Getaway" (2016).