Während sich Michael Bolles Forschung zu Beginn seiner Universitätskarriere insbesondere der Untersuchung ökonomischer Makrosysteme widmete, ist seine spätere Forschung im Bereich politischer Ökonomie und Europäischer Integrationsforschung anzusiedeln. Seine Forschungsschwerpunkte liegen dabei unter anderem auf der europäischen Währungspolitik, der Osterweiterung der europäischen Union, auf der Europäischen Finanzkrise sowie der Stabilität des Verhandlungssystems der Europäischen Union. Darüber hinaus beschäftigt sich Bolle mit den sozio-ökonomischen Bedingungen von politischer Systemstabilität und Regimewechseln.