En 1817, después del triunfo de Chacabuco, Fernando Errázuriz vuelve a reanudar sus labores en el Cabildo de Santiago, y es elegido Rector de la Universidad de San Felipe. Como alcalde de la capital se granjea la simpatía de los patriotas y de los hombres de rectitud moral por la probidad de su comportamiento. Las actas edilicias dan testimonio de sus actividades: reprime violentamente los juegos de azar; obliga a una fiscalización espartana de los dineros fiscales; y realiza obras de hermoseamiento de la ciudad.