О позиции Луция Корнелия в первые годы борьбы между сулланской и марианской партиями ничего не известно. В 88 — 87 годах до н. э., когда Рим был взят сначала Суллой, а потом Гаем Марием и Цинной, Сципион вообще мог находиться за пределами Италии. В историографии существует мнение, что в любом случае Луций Корнелий с самого начала этой распри был противником Суллы. Так, в 90 году до н. э. он воевал под началом Луция Юлия Цезаря, брат которого Гай Юлий Цезарь Страбон Вописк позже конкурировал с Суллой из-за командования в Первой Митридатовой войне. Когда армия Суллы заняла Рим (88 год до н. э.), «Сципион как минимум не выразил одобрения» её командиру: в противном случае он стал бы жертвой марианского террора годом позже. Если в 84 году до н. э. он находился на Балканах, то поведение Цинны может говорить о принадлежности Сципиона к числу его сторонников. Наконец, Аппиан называет Луция Корнелия врагом Суллы на момент избрания консулом.