Als 1794 ein Krieg mit Frankreich drohte, wurde Smith zum Brigadegeneral der Miliz von Maryland berufen; während der Whiskey-Rebellion kommandierte er die Streitkräfte seines Staates. Nach dem Ausbruch des Britisch-Amerikanischen Krieges diente er als Generalmajor in der Miliz, wobei er die Verteidigung von Baltimore und Fort McHenry organisierte. Der Sieg der US-Streitkräfte geht zu einem großen Teil darauf zurück, dass Smith die Vorkehrungen für die britische Invasion getroffen hatte.