Pernajanlahti () on noin 20 kilometriä pitkä merenlahti Suomenlahden pohjoisrannikolla Loviisan kaupungissa, entisen Pernajan kunnan alueella. Pernajan kirkonkylä sijaitsee lahden itärannalla. Lahti kuuluu Natura 2000 -alueisiin. Se on suojattu myös Ramsarin sopimuksen piirissä.