Nel 2004 dà vita al soggetto ed alla sceneggiatura di "Se mi lasci ti cancello" ("Eternal Sunshine of the Spotless Mind"), nel quale torna a lavorare con il regista Michel Gondry, co-sceneggiatore, che gli vale l'Oscar 2005 per la "miglior sceneggiatura originale". Kaufman nel 2008 debutta dietro la macchina da presa per il film "Synecdoche, New York", basato su una sua sceneggiatura e presentato al Festival di Cannes 2008. Tutte le sue opere portano come marchio di fabbrica l'introspezione, la "psicoanalisi" dei personaggi. In alcuni casi, addirittura, il film si svolge quasi interamente nella mente del protagonista, come in "Se mi lasci ti cancello", "Essere John Malkovich e Sto pensando di finirla qui".