Kościół Sant'Elena znajduje się w dzielnicy Castello na wschodnim krańcu Wenecji, na wyspie o tej samej nazwie. Pierwsza kaplica, poświęcona cesarzowej Helenie, została zbudowana w 1028 roku i powierzona augustianom, którzy zbudowali obok niej klasztor. Natomiast pierwsza wiadomość o wyspie pochodzi z 1060 roku i znajduje się akcie notarialnym dotyczącym zakupu domu położonego w pobliżu klasztoru. W 1205 roku doża Pietro Ziani zarządził zbudowanie kościoła. W 1211 roku dzięki staraniom augustianina Aicardo sprowadzono z Konstantynopola do Wenecji ciało cesarzowej Heleny, matki Konstantyna Wielkiego; miasto zostało wówczas splądrowane przez Wenecjan biorących udział w IV wyprawie krzyżowej). Dokument z 1176 roku potwierdza istnienie na wyspie klasztoru i hospicjum dla pielgrzymów udających się do Ziemi Świętej. Augustianie wkrótce włączyli kaplicę w obręb kościoła.