יהודה ברנר נולד בפולין בשנת 1916, עלה עם הוריו לארץ ישראל בשנת 1926. המשפחה התיישבה בעפולה שנוסדה שנה קודם לכן. לאחר סיום למודיו בבית הספר היסודי בעפולה למד בבית הספר המקצועי שליד הטכניון בחיפה. הצטרף לקן "השומר הצעיר" בחיפה היה חבר בהנהגה הארצית של הארגון. לאחר מכן היה חבר בהכשרה של חברי התנועה שהתכוננה לעלות על הקרקע בגליל, שתייסד לאחר מכן את קיבוץ אילון. היה רכז של התנועה בקומונה בתל אביב. בעת מאורעות תרצ"ו-תרצ"ט התנדב יהודה ברנר ליחידה המגויסת של ארגון ההגנה ושירת ביחידת נוטרי גוש עפולה שבסיסה בכפר ילדים.