לאחר התפרקות ברית המועצות הצי היה במשבר עקב בעיות תקציביות. אחד משיאי המשבר בצי הייתה טביעת הצוללת הרוסית קורסק בשנת 2000. בשנת 2003 טבעה צוללת גרעינית נוספת ובתאונה זו נהרגו 9 אנשי צוות. בעקבות המקרה מפקד הצי פוטר מתפקידו ונשפט ל-4 שנות מאסר על תנאי.