Una volta che l'assedio ebbe inizio verso fine marzo 1799, Smith ancorò le sue navi "HMS Theseus" e "HMS Tigre" cosicché le loro bordate potevano contribuire alla difesa della città. Molti assalti francesi furono respinti così come vennero frustrati i tentativi di aprire brecce nelle mura con l'impiego di mine. All'inizio di maggio gli assedianti ricevettero finalmente, via terra, l'artiglieria e riuscirono ad aprire una breccia nelle mura, ma i successivi assalti furono respinti e, grazie alla presenza delle navi di Smith, fu possibile anche fare sbarcare i rinforzi ottomani giunti da Rodi. L'ultimo assalto francese, il 9 maggio, venne anch'esso respinto e poco dopo quest'insuccesso, nel medesimo mese, Napoleone compì una rovinosa ritirata delle sue truppe fino in Egitto. Qui, dopo la vittoria contro gli ottomani sbarcati dalle navi inglesi ad Abukir, in agosto salpò per rientrare in Francia, riuscendo ad eludere il pattugliamento marittimo britannico del Mediterraneo, e lasciando le sue truppe al comando del generale Jean-Baptiste Kléber.