De interne verhoudingen verslechterden verder en in 1440 sloten 50 edelen en 19 steden, waaronder de grootste, een zogenaamde "Pruisische Bond" gericht tegen het centrale gezag van de Orde. Zij kozen in 1454 de Poolse koning als hun soeverein en daarop brak de Dertienjarige Oorlog (1453-1466) uit waarbij de steun van de opstandige steden Danzig, Thorn en Elbing van groot belang was. De Orde kon zijn huursoldaten op den duur niet meer betalen en gaf hun leiders een aantal burchten als pand. Deze condottieri, vooral Bohemers, verkochten vervolgens hun panden aan de Poolse koning die daarmee zijn geo-strategische positie versterkte en optrok naar de Marienburg. Hij slaagde er niet in deze burcht in te nemen, maar in de Tweede Vrede van Thorn moet de hoogmeester zich in 1466 dan toch aan de Poolse koning Casimir IV overgeven, hem als zijn soeverein erkennen en aan Polen meer dan de helft van het Ordegebied afstaan: de Neumark en Pommerellen en Ermland, inclusief de Marienburg. Dit gebied heette daarom sindsdien Koninklijk Pruisen (ook wel West-Pruisen). De grote steden werden autonome Poolse rijkssteden. Het hoofdkwartier van de Duitse Orde verhuisde naar Koningsbergen (Königsberg, na 1945 Kaliningrad).