Скоро след атентатите от 11 септември 2001 г., президентът Каримов се съгласява да помогне на САЩ в тяхната „война срещу тероризма“, и решава, че страната му ще действа като база за операции по време на Войната в Афганистан от 2001 г. насам. Узбекски военни обекти като военновъздушната база K2 в Джанабад са използвани от антитерористичната коалиция. Благодарение на тази военно-стратегическа помощ от страна на узбекистанските власти те получават икономическо сътрудничество от Съединените щати. Настъпва влошаване на отношенията вследствие от репатрирането на повече от 450 бежанци узбеки в американски бази и критиките от ООН за репресиите в Андижан. На 30 юли в 2005 г., Tашкент реагира със затварянето на американски бази, разположени по цялата територия и преориентира на своята външна политика към Русия, присъединява се към Евразийската Икономическа Общност, организация под егидата на Москва. Узбекистан изразява и намерение да влезе в "Организацията за Колективна Сигурност" и други про-руски агенции.