イオアンネスの祖父、エマヌエル・フォカス()は、1453年、コンスタンティノープルの陥落時に兄弟のアンドロニコス()とともに逃げ落ちた。2人は当初ペロポネソス半島に住んでいたが、1470年にエマヌエルのみケファロニア島に移り住んだ。イオアンネスの父、イアコヴォス()は、島内のヴァレリアノス村で独立した家を立て、兄弟と区別するためにヴァレリアノスのフォカス()と呼ばれるようになった。