உலகத் தமிழர்கள் அவரைத் தமிழ்த்தேசியத் தலைவராக மதிக்கிறார்கள், என்றாலும் இலங்கை, இந்தியா, ஐக்கிய அமெரிக்கா, ஐக்கிய இராச்சியம், மற்றும் பல நாட்டு அரசுகளால் அவர் ஒரு பயங்கரவாதியாக அறிவிக்கப்பட்டார். இந்தியப் பிரதமர் இராசிவ் காந்தி படுகொலையில், அவருக்கு தொடர்பு இருப்பதாக இந்திய அரசு கருதியதால் அவரை இந்தியாவுக்கு நாடு கடத்த இந்திய அரசு முனைப்பு காட்டியது. இறுதியாக வேலுப்பிள்ளை பிரபாகரன் 2009, மே 18 அன்று முல்லைத்தீவுப் பகுதியில் கொல்லப்பட்டதாக இலங்கை இராணுவம் அறிவித்தது. எனினும் விடுதலைப் புலிகளின் பன்னாட்டுத் தொடர்பாளர் செ. பத்மநாதன் விடுத்த அறிக்கையில் பிரபாகரன் 2009 மே 17 ஆம் நாள் இறந்ததாக அறிவித்தார். அத்துடன் அவரது மூத்த மகன் சார்ல்ஸ் அன்டனி, மகள் துவாரகா ஆகியோரும் இராணுவத்தினருடன் நடந்த மோதலில் கொல்லப்பட்டார்கள். பிரபாகரனின் இளைய மகன் பாலச்சந்திரன் படைத்துறையால் கொல்லப்பட்டதாகப் பின்னாளில் செய்திகளும், அவரது உடலின் ஒளிப்படமும் கிடைக்கப் பெற்றது. மதிவதனியின் நிலையும், துவாரகாவின் நிலையும் புரியப்படவில்லை.