Am 28. Februar 2007 verletzte sich Dominique Gisin erneut. Beim ersten Trainingslauf für die Abfahrt in Tarvisio zog sie sich nach einem Sturz einen Kreuzband- und einen Innenbandriss am linken Knie sowie einen Innenband-Anriss am rechten Knie zu. Es folgte die insgesamt siebte Knieoperation. Gisin fand wieder den Anschluss an die Weltspitze, Spitzenergebnisse blieben aber in der Saison 2007/08 mit Ausnahme eines neunten Platzes aus. Am 18. Januar 2009 gewann sie – zeitgleich mit Anja Pärson – ihr erstes Weltcuprennen, die Abfahrt in Altenmarkt-Zauchensee. Sechs Tage später bestätigte sie diesen Erfolg mit dem Abfahrtssieg in Cortina d’Ampezzo. Bei der Weltmeisterschaft 2009 in Val-d’Isère schied sie in der Abfahrt aus.