In 1938 werd hij als minister opgevolgd door Joachim von Ribbentrop. Von Neurath werd vervolgens rijksminister zonder portefeuille. Na de bezetting van Tsjecho-Slowakije werd hij "Reichsprotektor" van Bohemen en Moravië ("Böhmen und Mähren"). In 1941 diende hij zijn ontslag in, vanwege het harde optreden van de nazi's in Bohemen en Moravië. Hitler aanvaardde het ontslag niet, maar de plv. rijksprotector Reinhard Heydrich verkreeg praktisch alle bevoegdheden. Von Neurath werd op 21 juni 1943 bevorderd tot SS-Obergruppenführer (SS-generaal). Op 23 augustus 1943 werd zijn ontslag uiteindelijk aanvaard.