Μετά από τρεις μέρες στον κύφωνα, ο Ντεφόε μπήκε στη φυλακή Νιουγκέιτ. Ο υπουργός Ρόμπερτ Χάρλεϊ, 1ος Κόμης της Οξφόρδης και Κόμης του Μόρτιμερ, μεσολάβησε για την απελευθέρωσή του με όρο τη συνεργασία του Ντεφόε ως μυστικός πράκτορας για λογαριασμό των Συντηρητικών (Tories). Σε αντάλλαγμα γι' αυτή τη συνεργασία, ο Χάρλεϊ κατέβαλε κάποια από τα ανεξόφλητα χρέη του Ντεφόε, βελτιώνοντας σημαντικά την οικονομική του κατάσταση. Μέσα σε μια εβδομάδα από την απελευθέρωσή του από τη φυλακή, ο Ντεφόε έγινε μάρτυρας της Μεγάλης Καταιγίδας του 1703 που προκάλεσε μεγάλες ζημιές στο Λονδίνο και το Μπρίστολ, ξεριζώνοντας εκατομμύρια δέντρα και σκοτώνοντας πάνω από 8.000 ανθρώπους, ως επί το πλείστον στη θάλασσα. Το γεγονός αυτό αποτέλεσε το θέμα της "Καταιγίδας" ("Storm", 1704), μιας συλλογής από αφηγήσεις αυτοπτών μαρτύρων. Πολλοί θεωρούν αυτό το έργο του Ντεφόε ως ένα από τα πρώτα παραδείγματα σύγχρονης δημοσιογραφίας. Την ίδια χρονιά δημιούργησε την περιοδική του "Επιθεώρηση των Υποθέσεων της Γαλλίας", με την υποστήριξη του υπουργού Ρόμπερτ Χάρλεϊ, καταγράφοντας τα γεγονότα του Πολέμου της Ισπανικής Διαδοχής (1701-1714). Η "Επιθεώρηση" κυκλοφορούσε τρεις φορές την εβδομάδα, χωρίς διακοπή μέχρι το 1713. Ο Ντεφόε εντυπωσιάστηκε από το γεγονός ότι ένας άνθρωπος τόσο χαρισματικός, όσο ο Ρόμπερτ Χάρλεϊ, άφηνε ανοιχτά ζωτικής σημασίας έγγραφα και τον προειδοποίησε ότι σχεδόν προκαλούσε έναν ασυνείδητο υπάλληλο να διαπράξει προδοσία, κάτι που τελικά συνέβη με την υπόθεση του Γουίλιαμ Γκρεγκ. Όταν με το θάνατο της βασίλισσας Άννας έπεσαν οι Συντηρητικοί από την εξουσία, ο Ντεφόε συνέχισε να προσφέρει μυστικές υπηρεσίες στην κυβέρνηση και να εκδίδει φυλλάδια.