Po vzostupe Talibanu v roku 1996 sa Masúd, ktorý odmietol fundamentalistický výklad islamu Talibanu, vrátil k ozbrojenej opozícii, kým nakoniec neunikol do Kulobu v Tadžikistane, predtým avšak, na svojej ceste na sever, strategicky zničil tunel Salang. Stal sa vojenským a politickým vodcom Zjednoteného islamského frontu pre spasenie Afganistanu alebo Severnej aliancie, ktorá do roku 2000 ovládala iba 5 až 10 percent krajiny. V roku 2001 navštívil Európu a na stretnutiach na vysokej úrovni s Európskym parlamentom vyzval lídrov, aby vyvíjali tlak na Pakistan, za ich podporu Talibanu. Taktiež požiadal o humanitárnu pomoc, aby pomohol ľudom, ktorí žili v biednych podmienkach za vlády Talibanu. Masúd bol zavraždený na podnet al-Káidy a Talibanu pri samovražednom bombovom útoku 9. septembra 2001. O dva dni neskôr došlo k útokom z 11. septembra v Spojených štátoch, čo viedlo Organizáciu Severoatlantickej zmluvy podniknúť inváziu do Afganistanu, kde sa spojili s Masúdovými silami. Jeho sily nakoniec vyhrali dvojmesačnú vojnu v decembri 2001, čím bol Taliban zbavený moci.