1861. június 17-én Bee dandártábornoki előléptetésben részesült és a manassasi vasúti csomóponthoz menetelő dandár parancsnokának nevezték ki. Előléptetését a konföderációs szenátus posztumusz erősítette meg. Bee a Konföderációs Shenandoah hadsereg harmadik dandárjának parancsnokaként Joseph E. Johnston dandártábornok vezetése alatt működött a Shenandoah-völgyben, a hadsereg Johnston után legmagasabb rangú tisztjeként. Johnston vasúton keletre csoportosította át hadseregének zömét, mikor Irvin McDowell Északkelet-Virginiai hadserege elhagyta Washingtont, hogy megütközzön P. G. T. Beauregard dandártábornok Konföderációs Potomac hadseregével. 1861. július 21-én előzetes összecsapásokkal elkezdődött a Bull Run-i csata, melyet mindkét fél a háború döntő csatájának tekintett.