В 1999 году Эстигаррибиа сыграл четыре матча за основную сборную Парагвая. В последнем матче 22 апреля за сборную он вышел на замену на 39-й минуте в товарищеском матче против сборной Колумбии. В трёх первых своих матчах Эстигаррибиа неизменно выходил в стартовом составе. Был в заявке на домашнем Кубке Америки 1999, но на поле не выходил.