In den 1990er Jahren wurde mit dem Markieren einzelner Abschnitte im Elberadweg begonnen. So wurde zum Beispiel 1993 sein Abschnitt in der Sächsischen Schweiz markiert und ausgeschildert. Ab 1998 wurde die Streckenführung ebener und öfter asphaltiert. Ab diesem Jahr gab es auch die ersten Pauschalreisen. 2001 folgten die ersten Informationsbroschüren, da der Elberadweg immer mehr genutzt wurde. Nach dem Hochwasser in Mitteleuropa 2002 brach der Tourismus kurzzeitig ein, da viele Teile des Radweges erst wieder instand gesetzt werden mussten. Weitere Schäden verursachte das Hochwasser 2013, die aber leicht zu reparieren waren.