Yakin ha fatto parte della rosa della Nazionale elvetica per il campionato del mondo 2006 in Germania come sostituto di Johan Vonlanthen, infortunatosi prima dell'inizio dell'evento. Successivamente, ha partecipato anche agli Europei casalinghi del 2008 dopo una stagione ad alto livello, nella quale è risultato capocannoniere del campionato svizzero con lo Young Boys.