Am 10. Oktober, seinem Geburtstag, kündigte Taur Matan Ruak an, dass er bei den Präsidentschaftswahlen in Osttimor 2012 antreten werde. Bei der ersten Runde am 17. März 2012 erhielt er 25,71 % und belegte damit Platz 2 hinter dem FRETILIN-Kandidaten Francisco „Lú-Olo“ Guterres. Die zweite Runde fand am 16. April statt. Dabei gewann Taur Matan Ruak 61,23 % der Stimmen. Am 20. Mai 2012 wurde Taur Matan Ruak zum Staatspräsidenten vereidigt.