Em 1996, Katanec tornou-se técnico, inicialmente na Seleção Eslovena de Futebol Sub-21, como auxiliar, e no comando da equipe principal, conseguiu o feito de levar a Eslovênia a seus primeiros torneios oficiais como país independente, a Eurocopa 2000 e, principalmente, a Copa de 2002. Na Euro, os estreantes, após empate em 3 x 3 contra a Iugoslávia (chegaram a estar vencendo por 3 x 0) e derrota em 1 x 2 para a Espanha (quando tiveram o azar de sofrer o gol da derrota um minuto após terem empatado parcialmente a partida), terminaram eliminados na primeira fase, após empate sem gols contra a Noruega, que também terminou eliminada ali - ambos precisavam vencer para obter a classificação.