Mit der Durchsetzung der Reformation in Bremen ab 1522 kam es im St.-Remberti-Stift zu verschiedenen tief greifenden Veränderungen. Während des Schmalkaldischen Kriegs rückten 1547 kaiserliche Truppen auf Bremen zu. Um ein freies Schussfeld von den Stadtbefestigungen aus zu erhalten und um dem Gegner keine Deckung zu bieten, wurden Anfang März 1547 alle Gebäude in der Rembertivorstadt abgerissen, inklusive der Stiftsbauten und der Kirche. Als sich die kaiserlichen Truppen nach zwei vergeblichen Belagerungen Bremens schließlich zurückziehen mussten und in der Schlacht bei Drakenburg besiegt wurden, konnte das Stift dank seines Grundeigentums und Vermögens zügig den Wiederaufbau einleiten. Es wurden zunächst etwa zehn kleine Häuser errichtet, die sich um einen Wirtschaftshof gruppierten.