Gygax wurde im März 2004 erstmals in die Schweizer Fussballnationalmannschaft berufen. Viermal kam er in der Vorbereitung auf die Europameisterschaft 2004 zum Einsatz und spielte dann auch in allen drei Vorrundenspielen der Schweizer in Portugal. In der folgenden WM-Qualifikation gehörte der Offensivspieler zum Stamm der Nationalmannschaft und stand auch im Schweizer Aufgebot zur Weltmeisterschaft 2006 in Deutschland, bei der er aber nur zu zwei kürzeren Einsätzen kam. Bis zur EM 2008 in der Schweiz gehörte er auf der rechten Aussenseite wieder zum Kern des Nationalteams. Beim Turnier selbst stand er erneut im Aufgebot der Schweiz, kam aber erneut nur zu einem kurzen Einsatz. Nach der EM wurde er nicht mehr für die Nationalmannschaft berücksichtigt worden. In 35 Länderspielen erzielte Gygax 5 Tore.