1924 wechselte Emil Lohse an das Pädagogische Institut der Technischen Hochschule Dresden, wo er zuletzt als Dozent wirkte. Nach dem Tod von Oskar Seyffert wurde er zeitgleich ehrenamtlicher Leiter des Landesmuseums für Sächsische Volkskunst im Jägerhof in Dresden. Er erlebte als solcher die Bombardierung der Stadt am 13. Februar 1945 und beteiligte sich aktiv am Wiederaufbau. Bis zu seinem Tod 1949 blieb er Museumsleiter. Seine Grabstätte befindet sich auf dem Inneren Plauenschen Friedhof.