Englannin kuningas Yrjö III luovutti Prescottia ympäröivät maat 1787 majuri Edwar Jessupille, joka perusti sinne kylän 1810. Kylä nimettiin brittien kenraalikuvernöörinä vuosina 1797–1807 toimineen Robert Prescottin mukaan, ja sinne muutti Yhdysvalloista paenneita lojalisteja. Vuoden 1812 sodan aikana kylään rakennettiin Fort Wellingtonin linnake suojelemaan Kanadan rajaa ja Saint Lawrence -jokea amerikkalaisten ja ranskalaisten hyökkäyksiltä. Prescott sai kaupunkioikeudet 1834, ja sieltä rakennettiin rautatie Bytowniin eli nykyiseen Ottawaan 1854.