Zu Beginn gab es Streitigkeiten zwischen UN und Australien, ob die Mission auch eine militärische Komponente Teil von UNMIT werden sollte. Australien weigerte sich aber seine Truppen, die in Osttimor Teil der International Stabilization Force ISF sind, unter UN-Kommando zu stellen. Australien stellt auch die Führung der ISF. Daher beschränkt sich die UNMIT auf eine Polizei- und Zivilmission. Auch der damalige osttimoresische Premierminister José Ramos-Horta lehnte eine UN-Militärmission als unzureichend ab.