Aproape toate cele nouă piese incluse pe "The Phantom Agony" abordează teme din domeniul social sau politic. Cântecul „Cry for the Moon” este bazat pe poveștile despre abuzurile pe care le comit preoții catolici asupra copiilor, iar „Feint” a fost scrisă după uciderea politicianului de origine olandeză, Pim Fortuyn. „Façade of Reality” comemorează Atentatele din 11 septembrie 2001, iar de-a lungul cântecului apar două fragmente din discursurile lui Tony Blair. Prin intermediul piesei „Run for a Fall”, chitaristul fondator al formației Epica, Mark Jansen, își exprimă sentimentele de frustrare față de fostul său grup, After Forever. Textul piesei „Seif Al Din” vorbește despre fundamentalismul islamic.