بازرگان در ردیف اندیشمندان مدرن مسلمان شناخته می‌شود، او به عنوان نماینده تفکر لیبرال-دموکراسی اسلامی شناخته می‌شود. بلافاصله پس از انقلاب، بازرگان جناحی را رهبری کرد که مخالف شورای انقلاب تحت سلطه حزب جمهوری اسلامی و شخصیت‌هایی مانند آیت الله محمد حسین بهشتی بود. وی با ادامه جنگ ایران و عراق و دخالت روحانیون در همه ابعاد سیاست، اقتصاد و جامعه مخالفت کرد. در نتیجه، او با آزار و اذیت مبارزان و انقلابیون جوان در داخل ایران روبرو شد.