В 1560-е годы остров занимали корсары-гугеноты из Ла-Рошели. Когда Людовик XIV предоставил госпоже де Ментенон монополию на ввоз табака из Америки, Нуармутье сделался гнездом табачных контрабандистов. В XVII—XVIII веках начинается сооружение разветвлённой системы дамб и польдеров. Во время Вандейского мятежа на территории острова произошло несколько столкновений между правительственными войсками и повстанцами.