ในช่วงนี้ได้เกิดกรณีพิพาทอินโดจีนขึ้นระหว่างประเทศไทยกับประเทศฝรั่งเศส คริสตจักรโรมันคาทอลิกในประเทศไทยซึ่งอยู่ในความดูแลของบาทหลวงชาวฝรั่งเศสคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส จึงถูกตั้งข้อรังเกียจไปด้วย การเบียดเบียนคริสต์ศาสนิกชนเกิดขึ้นหลายแห่งทั่วประเทศ บาทหลวงบุญเกิดซึ่งทำงานแพร่ธรรมอยู่ที่จังหวัดนครราชสีมาถูกตำรวจจับเมื่อวันที่ 12 มกราคม พ.ศ. 2484 โดยตั้งข้อหาเป็น แนวที่ 5 ของฝรั่งเศส