Klub byl založen roku 1926 jako "Slávia Mutěnice" a brzy se zařadil k nejlepším v regionu, roku 1942 vyhrál putovní Dubňanský pohár. Od roku 1948 existoval pod názvem "Sokol Mutěnice" a hrál soutěže hodonínského okresu, největším úspěchem byla I. A třída v letech 1968–1976. V roce 1981 se oddíl přejmenoval na "Velkovýkrmny Mutěnice", od roku 1993 má současný název. Vzestup přišel od roku 1994, kdy se prezidentem klubu stal Miroslav Jagoš. Mutěnice postupovaly stále výše, od roku 2001 hrály divizi, v roce 2006 postoupily do MSFL a hned v prvním roce získaly druhé místo. Mutěnicemi prošel také Radek Petr, nejlepší brankář Mistrovství světa ve fotbale hráčů do 20 let 2007.