Následoval vpád ruských ozbrojených sil na území Čečenska a První čečenská válka (1994–1996) a Druhá čečenská válka (1999–2009). Exilové Zákonodárné shromáždění (od roku 1996 v Moskvě) schválilo 17. listopadu 1999 vlajku totožnou s neoficiální vlajkou z roku 1990.