Война 1812 года нанесла большой ущерб недостроенному собору. Французы сожгли иконостасы, от пожара упали и повредились колокола. Однако икона Николы Можайского и богатая утварь, спрятанная в подвалах, уцелела. К 1814 году была достроена колокольня, наверху были устроены часы с боем. В 1829 году в ротонде была устроена церковь Спаса Нерукотворного.