由於地型上的崎嶇和海運上的不便，直到19世紀中葉以前，臺東都還是清朝政府眼中的化外之地，除少數逃犯外，多數百姓視入後山為畏途。這樣的情形一直要到1874年牡丹社事件後才有所改變。清廷在此之後派遣自強運動的重要推手－福建船政大臣沈葆楨赴臺經略後山，將今日中央山脈以東，今宜蘭縣南側、花蓮縣、臺東縣，以及屏東縣牡丹鄉、滿州鄉東側濱海，劃為卑南廳，歸屬臺灣府，廳治設於今臺東市。有鑒於臺灣西部清領區對東部聯絡艱難，沈葆楨由北至南連開數條道路橫貫臺灣本島，自此打開東部對外的聯繫。在開路的同時，沈葆楨從福建招來的移民也搭乘一艘艘的帆船登陸臺東，今臺東市寶桑里一帶是東部最早的漢人移民據點。1886年臺灣建省，將卑南廳升格為臺東直隸州，州治設於今花蓮瑞穗鄉，並於原卑南廳治設州同，花蓮港設州判，預計於州下設三個行政區。但由於發生大庄事件，州治毀敗，實際上的州治仍在卑南。