Après son retour en Indonésie en 1974, il dirige la société publique aéronautique Industri Pesawat Terbang Nusantaraa puis est nommé ministre d'État à la Recherche et à la Technologie par Suharto en 1978. Le , il devient vice-président et, après la démission de Suharto le , troisième président de l'Indonésie depuis l'indépendance. Il organise la transition vers un régime démocratique, stabilise l'économie. La principale crise à laquelle il est confronté est le désir d'indépendance du Timor-Oriental. Après avoir proposé sans succès un « statut spécial », que les dirigeants timorais refusent, il organise, avec l'ONU, un référendum, le , sur le devenir de ce territoire.