Подальші 200 років були мирними. Ліма стала важливим політичним, соціальним, комерційним центром для андійських народів. Але експлуатація індіанців колоніальними господарями призвела до повстання в 1780, яке очолив інка Тупак Амару II. Заколот був коротким і закінчився тим, що всіх учасників було схоплено і страчено. Перу продовжувало бути лояльним до Іспанії до 1824 року, допоки в країну не прийшли два визволителі: венесуелець Сімон Болівар і аргентинець Хосе де Сан-Мартін. У 1866 році Перу перемогло в короткій війні з Іспанією, але програло битву з Чилі в Тихоокеанський війні (1879—1883 р.), що завершилася втратою багатих соляних копалень у північній пустелі Атакама. Перу також воювало з Еквадором у 1941 році через спірні кордони. За «Угодою Ріо-де-Жанейро 1942 року» Перу отримало район північніше від річки Мараньйон, але це не сподобалося Еквадору.