После догађаја од 27. марта 1941. године, радио је на формирању Одбора за одбрану земље, а после Априлског рата и окупације Краљевине Југославије, на припремама за оружани устанак. Првог дана после напада Трећег рајха на Совјетски Савез, 22. јуна, Шефкет је ухапшен с групом комуниста, али, на масовно тражење грађана Бање Луке, после неколико дана, сви су пуштени из затвора.