První zápas v reprezentaci odehrál 15. srpna 2001 proti Jižní Koreji, přátelské utkání skončilo výhrou českého týmu 5:0. Grygera odehrál celé střetnutí. 12. února 2003 si připsal první gólovou trefu v reprezentačním dresu během přátelského utkání proti domácí Francii. V 7. minutě otevřel skóre, když pěknou střelou překonal francouzského brankáře Ulricha Ramého, český tým si z Francie odvezl vítězství 2:0. Druhý gól vstřelil v domácím kvalifikačním utkání o Euro 2008 17. listopadu 2007 na Letné proti Slovensku. Ve 13. minutě vstřelil první branku zápasu, který česká reprezentace vyhrála poměrem 3:1.