Năm 1582 tổng Giám mục Köln Gebhard Truchsess von Waldburg ly khai nhà thờ Công giáo và cưới bà Agnes von Mansfeld-Eisleben là người của đạo Tin Lành. Ông đã bị Giáo hoàng Gregor XIII khai trừ ra khỏi đạo và Ernst của Bayern, một người được tin cậy theo đạo Công giáo được cử làm người kế tục, ngoài những việc khác cũng là vì nếu không thì vị tổng Giám mục Köln đã có thể lật bỏ đa số Công giáo trong hội nghị tuyển hầu bầu hoàng đế của Thánh Chế La Mã ("Kurfürstenkollegium"). Chiến tranh Köln vì thế đã diễn ra từ 1583 đến 1588, trong đó các thành phố Deutz, Bonn và Neuss đã bị tàn phá. Cuộc chiến với sức hủy hoại của nó chỉ là một mường tường trước cho xung đột về tôn giáo kế tiếp theo đó trong nước Đức.