Эстебан Альварадо выступал за молодёжную сборную Коста-Рики. В 2007 году он поехал на чемпионат мира среди молодёжных команд в Канаду. Однако на турнире Эстебан был лишь вторым вратарём после Альфонсо Кесады и не провёл на поле ни одной минуты. Коста-Рика заняла в группе лишь третье место и не смогла пройти дальше.