Perikles de Jongere werd vervolgens in 407 v.Chr. ook als een van de tien Atheense "strategoi" (veldheren) verkozen, om de vorige opperbevelhebber, Alkibiades, die bij het Atheense volk in ongenade was gevallen, te vervangen. Het ambt bracht hem echter weinig geluk. Hij kon weliswaar samen met de andere "strategoi" in de slag bij de Arginusae voor zijn vaderstad Athene een grote overwinning behaalden, maar werd daarna in het zogenaamde Arginusaeproces samen met zijn collega's, Aristokrates, Diomedon, Erasinides, Thrasyllos en Lysias ter dood veroordeeld en in 406 v.Chr. geëxecuteerd.