Dramat 5 sierpnia 1944 roku, dnia masakry dokonanej przez Niemców na mieszkańcach dzielnicy Wola w ogarniętej powstaniem warszawskim, nie ominął Szpitala Wolskiego. W gabinecie dyrektorskim zginęli zastrzeleni: dyrektor - doktor Józef Marian Piasecki, pediatra profesor Janusz Zeyland oraz ksiądz kapelan Kazimierz Ciecierski. Personel szpitala oraz chorzy zostali rozstrzelani przy ul. Górczewskiej. Już po kilku dniach Szpital Wolski wznowił jednak działalność pod kierownictwem dr. Zbigniewa Woźniewskiego. Personel szpitala aż do drugiej połowy października 1944 niósł pomoc polskiej ludności cywilnej wypędzanej przez Niemców z Warszawy. Dr Woźniewski i jego podwładni opuścili Warszawę dopiero 28 października 1944. Ponadto między sierpniem a październikiem 1944 roku ordynator oddziału wewnętrznego, dr Janina Misiewicz, zorganizowała przy pomocy ocalałych z rzezi pracowników trzy pozawarszawskie filie Szpitala Wolskiego (w Podkowie Leśnej, w Olszance w Puszczy Mariańskiej oraz w Pszczelinie pod Brwinowem).