Den 9 april 1940 inledde Tyskland Operation Weserübung och ockuperade Norge och året därpå anlände Wagner, som hade befordrats till Hauptsturmführer, till landet. Han kom att arbeta under Heinrich Fehlis, som var befälhavare för Sicherheitspolizei (Sipo) och Sicherheitsdienst (SD) ("Befehlshaber der Sicherheitspolizei und des SD", BdS) i Norge. Wagner fick ansvar för avdelning IV B – Gestapoavdelningen för jude-, frimurar- och kyrkoärenden. Wagners överordnade inom Reichssicherheitshauptamt (RSHA) i Berlin var Adolf Eichmann. Wagners avdelning var initialt blygsam; under sig hade han endast två SS-officerare. Wagner var ivrig att kartlägga Norges judar och tog kontakt med Harry Koritzinsky (1900–1989), som var sekreterare i Det mosaiske trossamfunn. Wagner och Koritzinsky kom att ha ett stort antal möten vid Victoria Terrasse i Oslo, där Gestapo och Sicherheitsdienst hade sitt högkvarter. Koritzinsky anmodades bland annat att överlämna en översikt över Norges samtliga "heljudar", det vill säga de personer som hade minst tre far- och morföräldrar som var judar, enligt Nürnberglagarnas terminologi.