Trzy miesiące po powrocie do Polski aresztowany przez UB, przewożony wielokrotnie do Warszawy na przesłuchania. Na Rakowieckiej przesłuchiwany m.in. przez Józefa Różańskiego (Goldberga). Żona Maria, mgr filozofii i historii, wykładająca historię w Liceum im. M. Konopnickiej, poddana była ciągłej inwigilacji ze strony kuratorium, ostatecznie zwolniona. Jeszcze w 1945, po powrocie z Krakowa do Inowrocławia (gdzie przebywała podczas okupacji, pracując w kawiarni „Pani” na ul. św. Jana 17) została wyrzucona z willi, do której wprowadził się funkcjonariusz UB, rekwirując całe mienie. Zamieszkała z rodzicami, gdzie także dokwaterowano funkcjonariusza UB z rodziną, który z kolei terroryzował Chojnów i Dzikiewiczów. Wacław Chojna nie mógł nigdzie podjąć stałej pracy. Uniemożliwiono mu studiowanie matematyki na Uniwersytecie w Toruniu. Dzięki pomocy Jana Mazurkiewicza „Radosława” ostatecznie dostał pracę w spółdzielni rzemieślniczej w Inowrocławiu, której został prezesem. Był członkiem ZBoWiD (wówczas wiceprezesem tej organizacji był „Radosław”). W czasie Poznańskiego Czerwca podczas Targów Poznańskich w 1956. uruchomił demonstrującym robotnikom zdobyty przez nich jeden z czołgów . Zmarł 2 grudnia 1976 w Warszawie. Do końca życia był w bliskim kontakcie z Janem Mazurkiewiczem. Pochowany na Powązkach Wojskowych. Jego „pierwszy” grób jest także na Powązkach Wojskowych – spoczywa w nim żołnierz, któremu może Chojna przekazał dokumenty, a który zginął na Bielanach w 1939 (kwatera A25-1-44).