รัฐบาลอภิสิทธิ์เผชิญการประท้วงใหญ่ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2552 และเดือนเมษายนและพฤษภาคม พ.ศ. 2553 อภิสิทธิ์ดำเนินโครงการปรองดองเพื่อสืบสวนเหตุสลายการชุมนุม แต่การทำงานของคณะกรรมการสืบสวนข้อเท็จจริงกลับถูกทหารและหน่วยงานของรัฐขัดขวาง กองทัพไทยปะทะกับกัมพูชาหลายครั้งระหว่าง พ.ศ. 2552−2553 ซึ่งเป็นการสู้รบนองเลือดที่สุดในรอบกว่าสองทศวรรษ เหตุความไม่สงบในชายแดนภาคใต้บานปลายขึ้นระหว่างรัฐบาลอภิสิทธิ์ และรายงานการทรมานและการละเมิดสิทธิมนุษยชนเพิ่มขึ้น