Schon im Nachwuchsbereich zählte Anja Rücker zu den herausragenden Läuferinnen der DDR. Bereits im Alter von 13 Jahren lief sie die 400 Meter in 56,25 s und mit 16 Jahren schon 54,47 s. Einen seltenen Doppelerfolg erzielte sie bei der letzten Kinder – und Jugendspartakiade der DDR 1989, als sie über 100 Meter und 400 Meter siegte. Mit 19 Jahren hatte sie bereits eine Bestleistung von 51,33 s. Von 1992 bis 1998 stagnierte jedoch ihre Entwicklung über 400 Meter. Einer der Gründe waren zunehmende Achillessehnenprobleme, welche sie 1995 zwangen, ein Jahr zu pausieren. Sie nahm an den Olympischen Sommerspielen 1996 teil, bei der sie mit der 4x400m-Staffel eine Bronzemedaille gewann. Für diesen Gewinn wurden sie und die Staffel vom Bundespräsidenten mit dem Silbernen Lorbeerblatt ausgezeichnet. Nach dem Gewinn des Weltmeistertitels 1997 mit der 4-mal-400-Meter-Staffel, musste sie sich Ende 1997 an beiden Achillessehnen operieren lassen.