1999 року Боланьйо потрапив до заявки на розіграш Кубка Америки 1999 року у Парагваї, де був основним гравцем збірної і прийшов з нею до чвертьфіналу. А вже наступного року допоміг своїй збірній дійти до фіналу розіграшу Золотого кубка КОНКАКАФ у США.