La población de San Juan Cotzal sufrió de manera notable durante la Guerra Civil de Guatemala, especialmente con la política contrainsurgente de los gobiernos de Fernando Romeo Lucas García y de Efraín Ríos Montt, la cual propició la concentración de la población en las denominadas «aldeas modelo», como Santa Avelina, San Felipe Chenlá y Ojo de Agua, en donde los habitantes se encontraban bajo control militar, residían forzosamente en centros de características urbanas y tenían que participar en las Patrullas de Autodefensa Civil (PAC) organizadas por el gobierno guatemalteco.