Nepherites I. ergriff im Herbst des Jahres 399 v. Chr. die Macht und ließ seinen Vorgänger Amyrtaios gefangen nehmen und hinrichten. So steht es in einem aramäischen Papyrus (Papyrus Brooklyn 13). Er ließ sich in Memphis oder Sais krönen. Danach residierte er in Sais oder Mendes. Außenpolitisch ist zu erwähnen, dass er Sparta im Krieg gegen Persien unterstützte. Er lieferte 500.000 Scheffel Getreide und die Ausrüstung für 100 Trieren. Militärisch beteiligte er sich jedoch nicht.