Nel 1996, il collasso delle piramidi finanziarie portò a proteste popolari di massa che fecero precipitare il paese nel caos durante i primi mesi del 1997, causando circa 2.000 morti (Anarchia albanese del 1997); una forte ondata d'emigrazione si riversò sull'Italia. L'ONU intervenne con l'Operazione Alba. Il 24 luglio 1997 Berisha diede le dimissioni dal suo secondo mandato ricevuto dal parlamento, nel momento in cui nel paese era stato proclamato lo stato d'emergenza. Le gravi responsabilità di Berisha per i fatti del 1997, mentre era in carica come Presidente della repubblica non sono mai state chiarite. Nel settembre 1998 Sali Berisha prese parte a Tirana nel tentato colpo di Stato contro il governo di Fatos Nano dopo l'uccisione del deputato democratico Azem Hajdari. Nel 1999 l'Albania servì da appoggio alle missioni internazionali di supporto ai profughi del Kosovo (missione Arcobaleno). Le elezioni parlamentari del 2001 sono state vinte dal Partito Socialista d'Albania del premier Ilir Meta.