Podczas powstania warszawskiego położenie klasztoru umożliwiało łączność między Starówką a Rybakami i na prośbę powstańców o otwarcie bram klasztoru ówczesna przeorysza, Matka Janina Byszewska otworzyła nieprzerwaną od początku istnienia klasztoru klauzurę. Już w pierwszych dniach Powstania Warszawskiego siostry Sakramentki udzieliły też schronienia ludności cywilnej uciekającej przed prześladowaniami Niemców, w tym mieszkańcom Woli ocalałym z masakry Woli.