日中戦争で活躍した神州丸は、当然1941年末開戦予定の太平洋戦争（南方作戦）にも投入される事となった。12月8日、太平洋戦争作戦第1号であるマレー作戦、タイ領シンゴラへの第25軍（軍司令官：山下奉文陸軍中将、軍参謀長鈴木宗作陸軍中将）司令部の上陸に携わった。本作戦において神州丸は「龍城丸」の秘匿名称で呼ばれており、山下奉文第二十五軍司令官や作戦主任参謀要員辻政信陸軍中佐が乗船していた。辻中佐は大本営陸軍部（参謀本部）作戦課戦力班長だったが、マレー作戦にあたり第二十五軍の作戦主任参謀要員に任命されていた。