Fra 1. juni 1939 til 21. oktober 1941 var Phillips vikarierende og senere vice chef for marinen (First Sea Lord). Han opnåede Winston Churchills fortrolighed og denne udnævnte ham til tilforordnet viceadmiral i februar 1940. I slutningen af 1941 blev han øverstkommanderende for flåden i Fjernøsten med hovedkvarter i Singapore. Han sejlede af sted med sin styrke under betegnelsen Force G som senere blev til Force Z. Han gik ned med sit flagskib HMS "Prince of Wales" den 10. december 1941 efter et japansk angreb kort efter udbruddet på Stillehavskrigen.