Kerstin Garefrekes ha debuttato con la nazionale tedesca nel novembre del 2001 nella partita contro ai Paesi Bassi. Due anni dopo, ha vinto il suo primo titolo internazionale, la vittoria ai Mondiali di Calcio femminili negli Stati Uniti. È stata una giocatrice importante per la squadra, partendo da titolare in 5 dei 6 incontri delle tedesche ai mondiali e segnando 4 gol. È stata proprio lei a segnare il primo e l'ultimo gol delle tedesche in quei mondiali. Nel 2004 vinse la medaglia di bronzo alle Olimpiadi di Atene e nel 2005 vinse gli europei femminili.