Depuis l'indépendance de la Lituanie en 1991, le débat sur la participation lituanienne à l'Holocauste reste un sujet difficile. Les nationalistes lituaniens modernes soulignent la résistance anti-soviétique, mais certains partisans lituaniens, vus en Lituanie comme des héros dans la lutte contre l'occupation soviétique, étaient aussi des collaborateurs nazis ayant coopéré au meurtre de la communauté juive lituanienne. Le gouvernement lituanien post-soviétique déclara à plusieurs reprises qu'il s'engageait à commémorer l'Holocauste, à combattre l'antisémitisme et à traduire en justice les criminels de guerre nazis. La Coalition nationale de soutien à la communauté juive soviétique déclara que « la Lituanie a fait des progrès lents mais significatifs dans la poursuite des collaborateurs lituaniens soupçonnés d'être impliqués dans le génocide nazi ». La Lituanie fut le premier des États post-soviétiques nouvellement indépendants à légiférer pour la protection et le marquage des sites liés à l'Holocauste. En 1995, le président de la Lituanie, Algirdas Brazauskas, s'exprima devant la "Knesset" israélienne et présenta des excuses publiques au peuple juif pour la participation lituanienne au génocide juif. Le , à l'occasion du anniversaire de l'Holocauste en Lituanie, le Seimas (Parlement lituanien) tint une session au cours de laquelle , historien nommé prochain ambassadeur de la République en Israël, prononça une allocution en hébreu pour les Juifs lituaniens.