Como campeão da Libertadores de 1962, o Santos se qualificou automaticamente para a fase semifinal da Copa Libertadores da América de 1963. O primeiro confronto do Santos seria contra o Botafogo. Antes do primeiro jogo, disputado no Pacaembu, a equipe do Botafogo entregou a Pelé um cartão de prata com os dizeres: “"Ao Catedrático do Futebol. A Homenagem da Academia Botafoguense"”. A partida terminou empatada em 1-1, com um gol de Pelé. Na partida seguinte, no Maracanã, o Santos exibiu uma grande atuação, goleando o Botafogo por 4-0, com três gols de Pelé. A final seria disputada contra o argentino Boca Juniors. O Santos iniciou a série final ao vencer, por 3 a 2, na primeira fase e derrotou o Boca Juniors por 2 a 1, na "La Bombonera", com um gol de Pelé, sagrando-se bicampeão continental. Com o título, o Alvinegro foi enfrentar o Milan, campeão europeu, na disputa do Mundial Interclubes de 1963. No primeiro jogo, vitória do Milan por 4-2, com os dois gols santistas marcados por Pelé. Durante a partida, Pelé, Zito e Calvet se lesionaram, e não jogaram os demais confrontos. Com uma vitória por 4-2 no segundo jogo e por 1-o no terceiro jogo, o Santos foi bicampeão mundial.