Villadóniga war Mitglied der A-Nationalmannschaft Uruguays, für die er zwischen dem 20. September 1936 und dem 11. November 1937 sechs Länderspiele absolvierte. Dabei erzielte er drei Länderspieltore. Er gehörte dem Aufgebot Uruguays bei der Südamerikameisterschaft 1937 an. Zudem nahm er mit Uruguay 1936 an der Copa Hector Gomez und 1937 an der Copa Lipton teil.