Shaun Johnson po raz pierwszy w reprezentacji kraju w rugby league wystąpił w 2010 roku w kategorii U-20. W barwach „Kiwis”, seniorskiej kadry, zadebiutował w 2012 roku meczu z Australią w ramach tzw. Anzac Test. W 2013 znalazł się w składzie na Puchar Świata, gdzie Nowozelandczycy dopiero w finale ulegli australijskim „Kangaroos”. Sam Johnson zdobywając 76 punktów, został najskuteczniejszym graczem turnieju. W międzyczasie został najlepszym zawodnikiem meczu z Francją, kiedy to zdobył 24 punkty; zdobył także zwycięskie przyłożenie w półfinałowym pojedynku z gospodarzami turnieju, Anglią.