Γεννήθηκε στις 6 Ιουνίου 1822 στα Ψαρά και ήταν το τέταρτο από τα επτά παιδιά του αγωνιστή της ελληνικής επανάστασης και πολιτικού Κωνσταντίνου Κανάρη και της Δέσποινας Μανιάτη. Η γέννησή του φέρεται να συνέβη την ίδια ημέρα που ο πατέρας του ανατίναξε την τουρκική ναυαρχίδα στη Χίο. Σπούδασε από το 1833 μέχρι το 1843 στη Βαυαρική Στρατιωτική Σχολή του Μονάχου, έπειτα κατατάχθηκε στο ελληνικό πολεμικό ναυτικό και αργότερα συνέχισε τις σπουδές του στη Γαλλία υπηρετώντας παράλληλα επί μια τριετία στο γαλλικό πολεμικό ναυτικό. Το 1886 διετέλεσε γενικός επιθεωρητής του στόλου και τρία χρόνια μετά (1889) αποστρατεύθηκε, ανακλήθηκε όμως μετά τον πόλεμο του 1897, αναλαμβάνοντας προσωρινά την αρχηγία της Θωρηκτής Μοίρας από τις 7 Αυγούστου μέχρι τις 20 Δεκεμβρίου του 1897.