Walczył w wojnie iracko-irańskiej początkowo w szeregach paramilitarnego Związku Mobilizacji Uciemiężonych (Basidż), następnie w oddziałach Korpusu Strażników Rewolucji Islamskiej. Od 1991 lub 1992 do 2005 był dowódcą sił lądowych Korpusu. Następnie stanął na czele ośrodka badań strategicznych opracowującego nową strategię Iranu wobec ewoluujących regionalnych zagrożeń. Wskazywano na jego udział w opracowywaniu taktyki tzw. wojny nieregularnej, asymetrycznej. Mohammad Ali Dżafari przez wiele lat utrzymywał bliskie kontakty z dowódcami organizacji Badr, siły zbrojnej przy popieranej przez Iran Najwyższej Radzie Islamskiej w Iraku.