Vuonna 1998 Bemba muodosti Kongon vapautusliikkeen (MLC) Ugandan presidentin Yoweri Musevenin tuella Kabilaa vastaan. Muutamassa kuukaudessa MLC sai haltuunsa koko Pohjois-Kongon. Bemban sotavoima pakotti lopulta Kabilan toinen Kongon sodan päättäneeseen rauhansopimukseen. Hänet nimitettiin yhdeksi neljästä varapresidentistä siirtymäajan hallitukseen 2003–2006.