In der Nationalmannschaft debütierte er am 12. Oktober 1997 in einem Spiel der Qualifikation zur Fußball-Weltmeisterschaft 1998 gegen Argentinien. Es endete 0:0. Im selben Jahr nahm er mit Uruguay am FIFA-Konföderationen-Pokal teil, wo er mit der Nationalmannschaft den vierten Platz belegte. Mit der Celeste erreichte er sodann bei der Copa América 1999 das Finale – dieses verlor man aber deutlich gegen Brasilien. Bis zu seinem bislang letzten Einsatz am 1. Juni 2004 absolvierte Antonio Pacheco zwölf Partien für die Celeste und erzielte dabei drei Tore.