しかし、2013年7月にキール大統領により副大統領職を解任され、同年12月にはマチャル支持派と政府軍の間で戦闘が勃発（南スーダンクーデター未遂事件 (2013年)）。周辺諸国の介入もあり2015年8月には両者が和平に合意、2016年4月にキールを引き続き大統領、マチャルを第一副大統領とする暫定政権が発足した（2013年より副大統領職を引き継いだは引き続き副大統領のまま）。しかし和平は長く続かず、同年7月8日に両者が面会中に双方の警護隊が衝突したことをきっかけに再び両者の対立が激化し、7月23日にマチャルは第一副大統領を再び解任された。その後、キールに対する反政府勢力に武力闘争を呼びかけたことで和平を目指す周辺諸国からの顰蹙を買い、やむなく南アフリカに拠点を移した。