Anfang Mai 2013 wurde Seehofer zum Spitzenkandidaten der CSU für die Bayerische Landtagswahl am 15. September 2013 gewählt, bei der die CSU die absolute Mehrheit im Landtag zurückeroberte. Seehofer war in seiner ersten Amtszeit als Ministerpräsident kein Landtagsmitglied, gewann aber bei der Landtagswahl 2013 in dem neu geschaffenen Stimmkreis Neuburg-Schrobenhausen mit 61,5 % der abgegebenen Erststimmen das Direktmandat. Am 8. Oktober 2013 wurde er von 100 der 176 Mitglieder des Landtags erneut zum Ministerpräsidenten gewählt.