В сентябре 1993 года достигло высшей точки длительное противостояние президента Б. Н. Ельцина и Верховного Совета России. 21 сентября президент Ельцин подписал указ № 1400, которым предписывал Съезду народных депутатов и Верховному Совету прекратить свою деятельность. В тот же день Конституционный суд пришёл к заключению, что данный указ не соответствует Конституции и является основанием для немедленного прекращения полномочий президента. 22 сентября VII (экстренная) сессия Верховного Совета на основании статей 121.6 и 121.11 конституции констатировала прекращение полномочий президента Ельцина с момента издания данного указа и переход их к вице-президенту А. В. Руцкому. В эти дни Баранников прибыл по приглашению председателя Верховного совета Р. И. Хасбулатова в «Дом Советов». 22 сентября Верховный Совет дал согласие и. о. президента Руцкому на назначение Баранникова на должность министра безопасности России. В тот же день Руцкой подписал соответствующий указ, однако в здание министерства на Лубянке Баранников допущен не был. В ходе штурма Дома Советов 4 октября 1993 года он был арестован вместе с другими назначенными Руцким министрами (кроме Василия Трушина) и в тот же день уволен Б. Н. Ельциным с военной службы.