1866 wurde García Moreno von seinem Nachfolger Carrión als Bevollmächtigter zur Vermittlung in einem Streit zwischen Peru und Spanien um die Chincha-Inseln nach Lima entsandt (siehe Spanisch-Südamerikanischer Krieg). Dort wurde ein Attentat auf García Moreno verübt, das mit dem Tod des Attentäters endete. García Moreno begab sich in diplomatischer Mission nach Chile, wo er auch längere Zeit blieb, nachdem er im September 1867 aus Ecuador verwiesen worden war. In Ecuador war Präsident Carrión im Dezember 1867 von konservativen Kräften zum Rücktritt gezwungen worden, unter anderem um einem Staatsstreich von Urbina-treuen Kräften zuvorzukommen. Sein Nachfolger Javier Espinosa konnte das erneut politisch zerrissene Land nicht zur Ruhe bringen.