Kubo behoorde tot verschillende Japanse nationale jeugdelftallen. Hij nam met Japan –17 deel aan het WK –17 van 2017 en met met Japan –20 aan het WK –20 van 2017. Kubo debuteerde op 9 juni 2019 in het Japans voetbalelftal, in een met 2–0 gewonnen oefeninterland thuis tegen El Salvador. Hij viel toen in de 67e minuut in voor Takumi Minamino. Hij nam diezelfde maand met Japan deel aan de Copa América 2019.