A eficácia de Johnston na Guerra Civil Americana foi prejudicada por tensões com o presidente da Confederação Jefferson Davis. A vitória o iludiu na maioria das campanhas que comandou pessoalmente. Ele foi o comandante confederado sênior na Primeira Batalha de Bull Run em julho de 1861, mas a vitória geralmente é creditada a seu subordinado, P.G.T. Beauregard. Johnston defendeu a capital confederada de Richmond, Virginia, durante a Campanha da Península em 1862, retirando-se sob a pressão da União do Maj. Gen. George B. McClellan com força superior. Ele sofreu um ferimento grave na Batalha de Sete Pinheiros e foi substituído por Robert E. Lee.