El 4 de junio de 1942 Heydrich murió tras ser herido por un asesino en la Operación Antropoide, ocurrida en Praga el 27 de mayo. El sucesor del "Carnicero de Praga", el coronel general Kurt Daluege, ordenó arrestos masivos y ejecuciones, y la destrucción de los pueblos de Lidice y Ležáky, identificados falsamente por la inteligencia alemana como instigadores del asesinato. En 1943, el esfuerzo militar alemán se aceleró. Bajo la autoridad de Karl Hermann Frank, ministro del Estado alemán para Bohemia y Moravia, unos 350 000 trabajadores checos fueron enviados al "Reich". Dentro del protectorado, toda la industria no relacionada con la guerra estaba prohibida. La mayor parte de la población checa obedeció hasta los últimos meses anteriores a la finalización de la guerra, mientras varios miles participaron en el movimiento de resistencia.