8 ноября 2020 года город Шуша в результате боевых действий полностью перешёл под контроль Азербайджана. Реставрацию музейно-мавзолейного комплекса Вагифа взял под свой контроль Фонд Гейдара Алиева. 16 марта 2021 года президент Азербайджана Ильхам Алиев в ходе поездки в Шушу лично ознакомился с планом реставрации мавзолея. Завершение работ по реконструкции мавзолея было намечено на лето 2021 года. В августе 2021 года, после ремонтных работ мавзолей был заново открыт.