Silajev nimitettiin Venäjän neuvostotasavallan ministerineuvoston puheenjohtajaksi eli pääministeriksi kesäkuussa 1990. Kun Neuvostoliiton pääministeri Valentin Pavlov ja hänen hallituksensa erotettiin elokuun 1991 vallankaappausyrityksen jälkeen, perustettiin tilapäiseksi hallitukseksi ”Neuvostoliiton kansantalouden operatiivisen hallinnon komitea”, jota 24. elokuuta – 19. joulukuuta 1991 johtanut Silajev oli käytännössä pääministeri. Hän jatkoi samanaikaisesti Venäjän neuvostotasavallan pääministerinä 26. syyskuuta saakka, jolloin Venäjän presidentti Boris Jeltsin pakotti hänet siirtymään uuden tasavaltojen välisen talouskomitean puheenjohtajaksi. Silajev oli 14. marraskuuta – 26. joulukuuta 1991 myös viimeksi mainittua komiteaa seuranneen ”valtioiden välisen taloudellisen komitean” puheenjohtaja ja siten itsenäistyneiden neuvostotasavaltojen muodostaman lyhytikäisen talousyhteisön pääministeri.