Javi García won in juli 2006 met het Spaans elftal het EK –19 in Polen, samen met onder andere zijn clubgenoten Antonio Adán, Esteban Granero, Alberto Bueno en Juan Manuel Mata. Bovendien was de middenvelder aanvoerder van "La Furía Roja". Op het EK bereikte Spanje finale door in de groepsfase Turkije (5-3), Schotland (4-0) en Portugal (1-1) achter zich te houden en in de halve finale van Oostenrijk te winnen (5-0). In de finale werd met 2-1 gewonnen van Schotland door twee doelpunten van Bueno. Javi García maakte twee doelpunten op het toernooi, beide tegen Oostenrijk in de halve finale. In 2004 was Javi García al verliezend finalist op het EK –17. In 2007 nam hij deel aan het WK –20 in Canada.