Olympiavuosi 2004 meni Keskisalolta pilalle loukkaantumisen takia. Hän kuitenkin toipui vammoistaan ja teki paluun kilpakentille juosten Helsingin MM-kisojen 2005 alkuerissä. Seuraavan vuoden EM-kisoissa Göteborgissa finaalin hidas alkuvauhti suosi myös 1 500 metrin matkoja juoksevaa Keskisaloa, ja hän nousi loppusuoralla kilpailun yllätysvoittajaksi ajalla 8.24,89. Kyseessä oli Suomen ensimmäinen arvokisavoitto estejuoksussa 70 vuoteen (Volmari Iso-Hollo voitti olympiakultaa Berliinissä 1936) ja maan ensimmäinen estejuoksun Euroopan mestaruus; viimeksi suomalainen oli voittanut EM-mitalin 3 000 metrin esteissä vuonna 1978, kun Ismo Toukonen saavutti pronssia Prahassa. Ateenan maailmancupissa Keskisalo sijoittui vuonna 2006 neljänneksi. Hänet valittiin vuoden lopussa Vuoden urheilijaksi.