20 Nisan 1999'da Columbine Lisesi öğrencileri Eric Harris ve Dylan Klebold intihar etmeden önce 12 öğrenci ve bir öğretmeni öldürüp, 21 kişiyi yaraladı. Bu okul katliamı sonrası grubun bu katliama ilham verdiği söylendi ve ilk çıkan haberler katillerin grubun hayranı olup, katliam sırasında grubun t-shirtünü giydiklerini iddia etti. Bu iddialar daha sonra yanlış çıksa da yerel medya ve kamuoyundaki tartışmalar, Manson'ın müziğini Harris ve Klebold'a ilham vermekle suçluyordu. Daha sonra çıkan raporlar iki katilin grubun hayranı olmadığını - hatta tam tersine grubun müziğini sevmediğini açıkladı. Buna rağmen bazı diğer gruplar ile birlikte Marilyn Manson, din, politika ve eğlence dünyasından önemli isimler tarafından eleştirildi.