2001 року прийняв пропозицію очолити збірну Камеруну, з якою наступного року тріумфував у розіграші Кубка африканських націй. Також керував камерунцями на чемпіонаті світу 2002 року, де, попри непогану гру, африканці не змогли вийти з групи. У наступному розіграші Кубка африканських націй 2004 року камерунці вже на стадії чвертьфіналів вибули з боротьби, поступившись майбутнім бронзовим призерам нігерійцям, після чого Шефер залишив Камерун.