W 1996 z piosenką „Kaelakee hääl”, nagraną w duecie z Ivo Linną, wzięła udział w estońskich eliminacjach eurowizyjnych "Eurolaul 1996". Dzięki głosom jurorów zajęli pierwsze miejsce, zostając reprezentantami Estonii w finale 41. Konkursu Piosenki Eurowizji w Dublinie. 13 maja zajęli piąte miejsce w koncercie finałowym, zdobywszy 94 punkty. W tym samym roku Ilus wydała swój debiutancki album studyjny, zatytułowany po prostu "Maarja-Liis". W 1997 ponownie wystartowała w krajowych eliminacjach do Konkursu Piosenki Eurowizji, tym razem z piosenką „Keelatud maa”, z którą wygrała finał selekcji. 18 maja zajęła ósme miejsce w finale konkursu organizowanego w Oslo. W międzyczasie wydała swój pierwszy międzynarodowy album, zatytułowany "First in Line", który został wydany pod szyldem wytwórni Universal, sprzedał się w ponad 250-tysięcznym nakładzie i osiągnął sukces komercyjny m.in. w Japonii, a także w Azji, Australii i Ameryce Południowej. W tym samym roku piosenkarka otrzymała tytuł „Wokalistki roku” i wydała album, zatytułowany "Kaua veel".