Ensuite, l'Insurrection malgache de 1947, accompagnée de massacres de colons français et de Malgaches non-indépendantistes, fut suivie d'une terrible répression conduite par l'armée française qui fit plusieurs milliers de morts et d'une baisse de production de café au début des années 1950. Certains négociants français comme la Société commerciale interocéanique se spécialisent dans le café malgache en 1950, anticipant la reprise de la production malgache. Elle est implantée à Manakara, tandis que les cafés Ancel, autre maison de négoce du Havre, sont à Tamatave. Les deux tiers de l'activité de la maison Rufenacht proviennent de cafés coloniaux et son chiffre d'affaires décuple entre 1947 et 1953. Elle est approvisionnée par l'Industrielle et commerciale de l'Émyrne en arabica des hauts plateaux malgaches.