Javier Zanetti zadebiutował w zespole z Mediolanu 27 sierpnia 1995 roku w meczu przeciwko zespołowi Vicenzy Calcio. Odkąd gra w klubie zdobył w zespołem Nerazzurrich 16 tytułów: Puchar UEFA 1998, gdzie w finale zdobył piękną bramkę po strzale spoza pola karnego, Puchar Włoch 2005, 2006, 2010, 2011 Superpuchar Włoch 2005, 2006, 2008 (zdobył decydującego gola w serii rzutów karnych w meczu o Superpuchar Włoch 2008 w meczu przeciwko AS Roma) i 2010 oraz pięć tytułów mistrza Włoch za sezony &lt;a href="Serie%20A%20%282005/2006%29"&gt;2005/2006&lt;/a&gt;, &lt;a href="Serie%20A%20%282006/2007%29"&gt;2006/2007&lt;/a&gt;, &lt;a href="Serie%20A%20%282007/2008%29"&gt;2007/2008&lt;/a&gt;, &lt;a href="Serie%20A%20%282008/2009%29"&gt;2008/2009&lt;/a&gt; oraz &lt;a href="Serie%20A%20%282009/2010%29"&gt;2009/2010&lt;/a&gt; i najważniejsze Klubowe Mistrzostwo Świata 2010. Argentyńczyk został pierwszym kapitanem włoskiego klubu, który powiódł swój klub do zwycięstwa w Pucharze Europy, Pucharze Włoch i w lidze. W ciągu swej przygody z Interem pracował z 20 szkoleniowcami. Do Zanettiego należy także klubowy rekord pod względem liczby gier w kolejnych meczach (149).