Шаинович был обвинён Международным трибуналом по бывшей Югославии в преступлениях против косовских албанцев в ходе косовского конфликта 1999 года. 2 мая 2002 года добровольно сдался Гаагскому трибуналу, 26 февраля 2009 года приговорён к 22 годам заключения. Затем в ходе апелляции срок был уменьшен на 4 года.