После того, как 17 августа 1945 года Республика Индонезия (РИ) провозгласила свою независимость, Факих начал устанавливать контакты с новым республиканским правительством. Он принял участие в Индонезийской исламской конференции (), прошедшей в Джокьякарте с 7 по 8 ноября 1945 года, на которой Машуми была преобразована в политическую партию. После конференции он вернулся в Гресик, однако вскоре из-за начавшихся боевых действий между индонезийцами и голландско-британскими экспедиционными силами, был вынужден перебраться в Маланг. В Маланге Факих, совместно с и начал организовывать вооружённое сопротивление оккупантам, состоявшее из бойцов обученных японцами мусульманских отрядов, став заместителем командующего сопротивлением. После того, как в декабре 1948 года , Факих с семьёй бежал в Суракарту. Там он вновь включился в работу «Мухаммадии», став заместителем председателя организации , курировавшим связи головного офиса «Мухаммадии» в Джокьякарте и суракартского отделения.