Áptera volvió a estar en el bando espartano contra los macedonios en la Guerra de Cremónides en 267–266 a. C. Los conflictos internos por los que pasó Creta en el siglo III a. C., principalmente entre Cnosos y Gortina, conllevaron a que Áptera se aliase casi siempre con Cnosos. Después de la destrucción de Licto por Cnosos, durante la guerra de Licto, en 220 a. C., los aliados de Cnosos (Cidonia, Eleuterna y Áptera) se vieron rodeados por los aliados de Gortina (Lapa y Polirrenia), y por el ejército de Filipo V de Macedonia. Áptera acabó por unirse con Gortina, que entonces era la principal ciudad de Creta.