ביוני 1941, עם הפלישה הנאצית, גורשו הוא, אשתו ארנסטינה ולדמן ובנם רישארד-אריה (Ryszard) לגטו. גם שם עבד פלק בבית החולים וייצר חיסון לטיפוס משתן של חולים. ב-1942 העבירו הגרמנים את המשפחה למפעל "לאוקון" לייצור תרופות לשם המשך פיתוח החיסון למחלה.