מאז פיגועי 11 בספטמבר ומתקפת האנתרקס שבאה בעקבותיה, הייתה לתפקיד משמעות מיוחדת במסגרת המלחמה העולמית בטרור. עם מינויו, העיר מי שכיהן אז בתפקיד המזכיר, טומי תומפסון: איני יכול להבין מדוע לא תקפו הטרוריסטים את אספקת המזון שלנו, שכן מאוד קל לעשות זאת...". כמו מחלקות פדרליות אחרות של ארצות הברית, הייתה מחלקת הבריאות ומשאבי האנוש נתונה לארגון מחדש של כוח האדם והחוזים הפדרליים שלה בהובלתו של המחלקה לביטחון המולדת.