Par la suite, plusieurs auteurs, dont , directeur du House Select Committee on Assassinations, ont affirmé que Carlos Marcello a participé à un complot pour assassiner Kennedy, avec notamment d'autres chefs mafieux, tels que Sam Giancana, Santo Trafficante Junior et le syndicaliste Jimmy Hoffa. À la suite de l'assassinat de Sam Giancana, le 19 Juin 1975, assassiné par balles à son domicile pourtant placé sous étroite surveillance par le F.B.I, à quelques jours de son témoignage devant la commission d'enquête sénatoriale Church (active de 1975 à 1976 sur les activités illégales des agences fédérales de renseignement à la suite du scandale du Watergate), le F.B.I surprit également cette communication de Santo Trafficante : "". Enfin en 1992, l'ancien avocat de plusieurs "parrains" mafieux, dont Carlos Marcello, Frank Ragano révéla plusieurs éléments notamment la haine de Marcello pour les Kennedy et son désir d'en finir avec ces derniers. Dans son autobiographie publiée en 1994 et intitulée "Mob Lawyer", il révéla que le « boss » de Floride, Santo Trafficante Junior, lui avait confessé, avant sa mort survenue en 1987, que Carlos Marcello était impliqué dans l'attentat contre le président Kennedy du 22 novembre 1963.