Након битке код Манцикерта 1071. године, велики део Пафлагоније пао је под Селџуке. Кампања Јована II Комнина из 1130-тих година поново је успоставила византијску контролу на обали. Унутрашњост је била спољна; Јован је повратио Кастамону и Гангру, али су их Турци убрзо поново заузели. Након Четвртог крсташког рата, Пафлагонија је дошла под контролу Давида Комнина, али је 1214. године никејски цар Теодор Ласкарис заузео њене западне делове, укључујући и Амастрис. Ове територије остале су у византијским рукама до краја 14. века, када су их заузели Турци и Ђеновљани.