Krisis pengungsi Danau-Danau Besar adalah istilah yang mengacu kepada peristiwa keluaran sekitar dua juta orang Rwanda ke negara-negara tetangganya di kawasan Danau-Danau Besar Afrika pada April 1994. Sebagian besar dari pengungsi ini adalah orang-orang Hutu yang melarikan diri dari Front Patriotik Rwanda (RPF) yang didominasi orang Tutsi, karena mereka takut RPF akan membalas dendam setelah orang-orang Hutu membantai orang-orang Tutsi di Rwanda selama peristiwa Genosida Rwanda. Upaya untuk menyalurkan bantuan kemanusiaan sangat terganggu oleh menyusupnya kelompok Interahamwe dan pejabat-pejabat pemerintahan yang telah melakukan genosida. Mereka bahkan menggunakan kamp-kamp pengungsi sebagai markas untuk menyerang pemerintahan baru Rwanda yang dipimpin oleh Paul Kagame. Kamp-kamp pengungsi di Zaire pun dipolitisasi dan dimiliterisasi. Setelah mengetahui bahwa bantuan kemanusiaan mereka dipakai untuk kepentingan para pelaku genosida, banyak organisasi-organisasi kemanusiaan yang menghentikan penyaluran bantuan. Konflik ini terus memanas hingga akhirnya Perang Kongo Pertama meletus pada tahun 1996. Perang tersebut dimulai setelah para pemberontak yang didukung oleh RPF menyerbu Zaire dan mencoba memulangkan para pengungsi.