So siedmimi gólmi v kvalifikácii na Majstrovstvá sveta 2006 bol druhým najlepším strelcom Portugalska. Počas turnaja strelil svoj prvý gól na Majstrovstvách sveta v zápase proti Iránu z penalty v druhom zápase skupinovej fázy. Vo štvrťfinále proti Anglicku bol jeho tímový spoluhráč z Manchestru United Wayne Rooney vylúčený, kvôli faulu na Portugalského obrancu Ricarda Carvalha. Hoci rozhodca neskôr objasnil, že červená karta bola spôsobená iba Rooneyho priestupkom, anglické médiá špekulovali, že Ronaldo ovplyvnil jeho rozhodnutie agresívnym podaním sťažnosti, po ktorej bol videný ako žmurká na lavičku Portugalska po odchode Rooneyho z ihriska. Bol poslaný streliť víťaznú penaltu v tomto zápase, vďaka čomu postúpilo Portugalsko do semifinále. Ronaldo bol následne vypískaný pri prehre 1:0 v semifinále proti Francúzsku. Technická študijná skupina FIFA ho prehliadla o cenu Najlepšieho mladého hráča na turnaji a odovzdala ju Nemcovi Lukasovi Podolskemu, pričom pri rozhodovaní uviedla jeho správanie. Po Majstrovstvách sveta 2006 sa zúčastnil štyroch kvalifikačných zápasov na EURO 2008, v ktorých strelil dva góly.