En 1894, durante la Primera guerra sino-japonesa, Nogi sirvió como general de brigada al mando de la Brigada de Infantería, la cual penetró las defensas chinas y ocupó Port Arthur después de tan sólo un día de combate. Al año siguiente fue promovido a general de división y asignado a la División, encargada de la invasión de Taiwán. Nogi permaneció con las fuerzas de ocupación en Taiwán hasta 1898. Regresó a Japón en 1899.