Vtedajšie problémy kresťanského sveta mal vyriešiť koncil v Bazileji, ktorého sa zúčastnili i Byzantínci. Druhá fáza koncilu sa konala v roku 1438 vo Ferrare a tretia o rok neskôr vo Florencii. Koncilu sa zúčastnil aj cisár Ján VIII. a patriarcha Jozef II., prostredníctvom vyslancov aj východní patriarchovia. Podobne ako pri predošlých pokusoch aj tento raz bola byzantská spoločnosť rozpoltená. Na jednej strane stáli priaznivci únie zvaní "filenotikoi", na strane druhej protivníci únie zvaní "anthenotikoi".