Werner Albl trat 1984 beim Nachschubbataillon 310 als Wehrpflichtiger in die Bundeswehr ein und wurde im Anschluss in Gießen zum Reserveoffizieranwärter ausgebildet. 1986 verließ er die Bundeswehr, wurde 1987 aber im Nachschubbataillon 5 in Wetzlar wieder als Offizieranwärter eingestellt. 1988 begann er ein Studium der Betriebswirtschaftslehre an der Universität der Bundeswehr in München und wurde 1992 Zugführer in der 5. Kompanie des Nachschubbataillons 2 in Kassel. Während dieser Zeit nahm er als Zugführer im "Deutschen Unterstützungsverband Somalia" im Rahmen der UNOSOM II-Blauhelmmission in Beledweyne in Somalia teil. Von 1994 bis 1996 war er als Kompaniechef der 6. Kompanie des Gebirgstransportbataillons 83 in Kümmersbruck eingesetzt, bevor er drei Jahre lang als Logistikoffizier im Stab des Eurokorps in Straßburg eingesetzt wurde. Von 1999 bis 2001 war Albl Teilnehmer des 42. Generalstabslehrgangs des Heeres an der Führungsakademie der Bundeswehr in Hamburg.