Након слома Прашког пролећа и инвазије земаља Варшавског пакта на Чехословачку у августу 1968. године, Свобода је осигурао пуштање чехословачких реформских политичара из заточеништва у Москви. Међутим, знао је да не може уверити Брежњева да цехословачки представници не потписују тајне Московске протколе, који су осигурали совјетско војно присуство у Чехословачкој све до 1991. године. Остао је недирнут у смењивању реформских комуниста са челних позиција у Чехословачкој. Држао се политике подређености Совјетском Савезу, уверен како је тиме након Прашког пролећа спасао животе хиљада људи од „незамисливих последица“.