Naomoto begann ihre internationale Karriere im Jahr 2010 bei der U-17-Fußball-Weltmeisterschaft in Trinidad und Tobago. Sie gehört dem Kader der japanischen U-20-Nationalmannschaft an, der an der U-20-Weltmeisterschaft 2012 in Japan teilnimmt. In sechs Spielen erzielte sie zwei Tore. Seit 2014 gehört sie zum Kader der A-Nationalmannschaft und nahm mit dieser an der Fußball-Asienmeisterschaft der Frauen 2014 teil, bei der Japan erstmals den Titel gewann. Sie kam aber nur beim 7:0 im letzten Gruppenspiel gegen Jordanien zum Einsatz als einige Stammspielerinnen geschont wurden. Für die WM 2015 wurde sie nicht nominiert. 2018 gehörte sie zum Kader, der bei der Fußball-Asienmeisterschaft der Frauen 2018 den Titel verteidigen konnte, wobei sie nur im ersten Gruppenspiel gegen Vietnam zum Einsatz kam, das mit 4:0 gewonnen wurde.