Do konspiracji w 1942 roku zwerbował go jego starszy brat Antoni Kimszal ps. Emir, organizując oddział partyzancki w okolicach Suwałk. Początkowo Stanisław pełnił funkcję łącznika i wywiadowcy na terenie Placówek AK Zaboryszki i Sejwy w III rejonie obwodu Suwałki AK. Kolportował ulotki, gazetki, przenosił rozkazy. Od października 1943 żołnierz oddziału dywersyjno-sabotażowego, gdzie dowodził patrolem, potem drużyną. W 1944 roku ukończył konspiracyjną szkołę podoficerską i uzyskał stopień kaprala. W okresie „Burzy” oddział partyzancki „Emira” wszedł w skład odtwarzanego 41 pułku piechoty AK i walczył w rejonie Sopoćkinie – Augustów. Stanisław awansował na dowódcę 1 plutonu w 8 kompanii. Wyróżnił się 20 czerwca 1944 w bitwie z Niemcami nad Kanałem Augustowskim gdzie został ranny. 6 sierpnia 1944 roku, w okolicach Sarnetki partyzanci złożyli broń na ręce wkraczającej na te tereny Armii Czerwonej. Partyzantów, w tym Stanisława Kimszala, pod eskortą odprowadzono do Kowna, a potem do Wilna. Dowództwa oddziałów AK podstępnie aresztowano.