Aghahowa on pelannut 32 ottelua Nigerian maajoukkueessa ja tehnyt niissä 14 maalia, mukaan lukien Nigerian ainoan maalin vuoden 2002 MM-kisoissa. Hän oli Nigerian paras maalintekijä Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2002. Hän pelasi myös vuoden 2000 olympialaisissa.