У 1808 році Наполеон Бонапарт спрямовує Бессьєра до Іспанії, який того ж року завдає поразки іспанцям у битві біля Медіна-дель-Ріо-Секо. Втім не зумів упоратися з партизанським рухом, тому Бонапарт відзиває Бессьєра до Франції. У 1809 році останній очолює кінноту гвардії у битвах під Ландсхутом, Асперном та Ваграмом. За свої звитяги отримує титул герцога Істрійського. У 1811 році повертається до Іспанії, втім діяв тут невдало. Внаслідок його суперництва з Массеною французькі війська були розбиті у Португалії.