В 1992 году Сергей Багапш стал 1-м заместителем председателя Совмина Абхазской АССР. В первые дни грузино-абхазской войны 1992—1993 Багапш обеспечил выезд из Сухуми для десятков семей, вёл переговоры с грузинской стороной в Сухуми и Тбилиси, в том числе с Эдуардом Шеварднадзе. В ходе боевых действий занимался материально-техническим обеспечением обороноспособности Абхазии, прежде всего — оружием, боеприпасами, горючим, медикаментами, продовольствием. Вёл организаторскую работу среди добровольцев юга России и Северного Кавказа, участвовал в переговорном процессе по мирному урегулированию грузино-абхазского конфликта. По данным некоторых СМИ во главе добровольческого отряда принимал участие в боях за Сухуми.