Подстрекаемая англичанами, Порта стала готовить наступление на позиции французов в Египте. Исходя из своего принципа «нападение — лучшая защита», в феврале 1799 года Наполеон начал поход на Сирию. Он взял штурмом Газу и Яффу, но не смог овладеть Акрой, которую с моря снабжал британский флот, а на суше укреплял Пикар де Фелиппо. 20 мая 1799 года началось отступление. Наполеон всё ещё был в состоянии нанести поражение туркам, которые расположились около Абукира (25 июля), но понимал, что оказался в ловушке. 23 августа он тайно отплыл во Францию на фрегате «Мюирон» в сопровождении Бертье, Ланна, Мюрата, Монжа и Бертолле, бросив армию на генерала Клебера. Счастливо миновав встречи с кораблями англичан, Наполеон возвратился во Францию в ореоле завоевателя Востока.