Джонс погиб в 1864 году в сражении в Глуши, во время первой атаки федеральной армии, когда наводил порядок в рядах своей бригады, которая занимала позиции на южной стороне дороги Оранж-Тенпайк. Пуля попала в него примерно в 13:00, когда бригада попала под удар федеральной бригады Бартлетта. Тело Джонса было отправлено домой, и его похоронили на кладбище Марлвуд в Шарлоттсвилле.