Em 14-15 de dezembro de 2013, uma tentativa de golpe de Estado foi reprimida. Combates intermitentes, em seguida, se seguiram em meio a colapsos de cessar-fogo durante a guerra civil que se seguiu e temores internacionais sobre as mais de 1.000 mortes e uma catástrofe humanitária de mais de um milhão de refugiados e fome feita pelo homem. Nesse meio tempo, as facções SPLM dentro do SPLM-Juba lideradas pelo presidente Salva Kiir e o SPLM-IO liderado pelo ex-vice-presidente Riek Machar. Kiir disse na sexagésima nona sessão da Assembleia Geral das Nações Unidas que Machar foi o culpado pelo conflito. Em meio a uma luta de poder do partido, o governo foi responsabilizado por Pagan Amum por não permitir que o grupo de oposição desarmado Liderança do Fórum dos Partidos Políticos e seu líder Lam Akol de tomar parte nas negociações. Kiir também rejeitou sua colega étnica Rebecca Garang, viúva do fundador do SPLM John Garang, em agosto alegando sua crítica que fez antigoverno. Relações com a China, o maior investidor estrangeiro no Sudão do Sul, e Uganda também melhoraram após o SPLM-IO visitar Pequim e abrir um gabinete de ligação em Kampala e aceitou uma presença de tropas de Uganda em Juba, em um movimento longe de criticar o apoio inicial do Uganda ao governo.