سلیمانی در ابتدای جنگ ایران و عراق گردانی متشکل از نیروهای رزمی کرمان را تشکیل داد که کمی بعد به تیپ زرهی و نهایتاً به لشکر ۴۱ ثارالله تبدیل شد. او از ابتدای تشکیل این لشکر در سال ۱۳۶۱ تا رفتن به نیروی قدس در سال ۱۳۷۶ فرمانده این لشکر بود و در بسیاری از عملیاتهای سپاه در جنگ نقش کلیدی داشت. لشکر ۴۱ ثارالله تحت فرماندهی او متشکل از نیروهای سه استان کرمان، سیستان و بلوچستان و هرمزگان بود، و به لشکر «خط شکن» معروف بود. این نیروی رزمی در ابتدا یک گردان بود که قبل از عملیات فتح‌المبین توسط حسن باقری به سطح تیپ ارتقا پیدا کرد و قاسم سلیمانی توانست وارد جلسات فرماندهان سپاه شود. با این حال تا عملیات رمضان، تیپ وی عمدتاً نقش پشتیبانی را برعهده داشت. سلیمانی از فرماندهان عملیات‌های والفجر هشت، کربلای چهار و کربلای پنج بود. سلیمانی چندین بار در جنگ مجروح شد از جمله در عملیات بستان از ناحیه شکم و در عملیات طریق القدس در اثر انفجار خمپاره از ناحیه دست و شکم مجروح شد.