La 30 iunie 2016, Hajduk a anunțat că Vlašić a fost numit vice-căpitan al clubului, iar Lovre Kalinić a continuat să fie căpitan. Deoarece Kalinić a fost în vacanță prelungită ca urmare a faptului că a făcut parte din echipa croată care a participat la UEFA Euro 2016, Vlašić a fost căpitanul lui Hajduk pentru prima dată pe 14 iulie 2016, în prima etapă a sezonului, într-o remiză din deplasare, scor 2-2 împotriva lui CS Municipal Studențesc Iași în al doilea tur de calificare al Ligii Europa 2016-2017. În ciuda vârstei fragede, Vlašić a fost căpitan de încă patru ori în acel sezon.