In den letzten 300.000 Jahren während der Eiszeitalter haben Gletscher die Landschaft stark überformt. Ausgehend von der Absaroka Range östlich des Yellowstone-Nationalparks entstand mindestens dreimal ein großflächiger Plateaugletscher, der nahezu das gesamte Gebiet beider Nationalparks bedeckte. Die Tetons waren bis auf die höchsten Spitzen vollständig vergletschert. Eine große Gletscherzunge erstreckte sich vom Yellowstone-Gebiet nach Süden. Die vorletzte Eiszeit, in der Region als "Bull Lake Stage" bezeichnet, erreichte die größte Ausdehnung. Sie hinterließ Endmoränen im Jackson Hole. Alle glazialen Ablagerungen südlich von Jackson Lake stammen aus dieser Epoche. In der letzten Eiszeit, in Nordamerika "Wisconsin glaciation" und in den Rocky Mountains "Pinedale stage" genannt, reichte die Gletscherzunge nicht ganz so weit. Sie endete mit dem Zungenbecken, in dem der Jackson Lake als Zungenbeckensee gebildet wurde. Ihre Endmoräne am Südende des Sees veranlasste den Snake River nach dem Abschmelzen der Gletscher sich einen neuen Abfluss im Südosten zu suchen. Kleinere Gletscher gingen aus den Tetons hervor und schürften die Trogtäler der Ostflanke wie beispielsweise Cascade Canyon, Avalanche Canyon oder Death Canyon, aus. Ihre Endmoränen stauen die kleineren Seen unterhalb der Berge, wie den Jenny Lake, auf. Die Ebene des Jackson Hole ist mit glazialen Schottern bedeckt, in diesen liegen eine Vielzahl an kleiner Toteisseen.