Пауэлл попал под огонь критики за свою роль в американском вторжении в Ирак в 2003 году. В заявлении для прессы 24 февраля 2001 года, он заявил, что санкции против Ирака предотвратили бы создание оружия массового поражения Саддамом Хусейном. Как и в дни, предшествовавшие войне в Персидском заливе, Пауэлл (в отличие от вице-президента Чейни и министра обороны Рамсфелда) изначально выступал против насильственного свержения Саддама, предпочитая продолжать политику сдерживания. Известно, что он, в частности, настоял, чтобы операция против Ирака не начиналась без рассмотрения вопроса в ООН (знаменитое размахивание пробиркой), что, по некоторым сведениям, едва не стоило ему должности.