Dalam keadaan yang kacau ini, Muhammad Ahmad ibn as Sayyid Abd Allah, seorang fakir atau orang suci, memulai pergerakan yang ingin mengusir orang Turki dan memurnikan ajaran Islam. Ia melancarkan perang suci dan berhasil merebut Khartoum dari Mesir. Setelah kemenangan itu, Muhammad Ahmad menguasai banyak wilayah yang kini menjadi bagian dari Sudan, dan dari situ ia mendirikan sebuah negara Islam yang disebut Mahdiyah. Negara ini menerapkan syariat Islam secara keras, dan dikenal akan penindasannya terhadap orang-orang Kristen, termasuk Kristen Koptik.