היה חבר באל-קאעידה תחת הנהגתו של אוסאמה בן לאדן, וניהל את מערכי התעמולה של הארגון בשנים 1999 עד 2001, בנוסף לתכנון חלק גדול מפעולות הטרור של הארגון באותן שנים והיה גם מפקד היחידה המיוחדת של אל קאעידה לפיגועים בחו"ל. במרץ 2003 נלכד על ידי כוח משותף של סוכני CIA ושירותי המודיעין הפקיסטניים (ISI) במקום מסתור ברוואלפינדי, פקיסטן, ונמסר לחסות ה-CIA. ב-2006 הועבר לחסות צבאית במתקן המעצר בגואנטנמו. במרץ 2007, לאחר חקירה בעינויים, מוחמד התוודה על הגיית ותכנון פיגועי 11 בספטמבר (2001), ניסיון פיצוץ מטוס אמריקן איירליינס על ידי ריצ'רד ריד (2001), פיגוע במועדון לילה בבאלי, אינדונזיה (2002), הפיגוע במגדלי התאומים (1993), רצח דניאל פרל (2002) ומספר תוכניות אחרות שסוכלו ופשעים נוספים. ב-2008 הועמד למשפט מול ועדה צבאית באשמת פשעי מלחמה ורצח, והוא צפוי לעונש מוות אם אכן יורשע. בנוסף ביקש שידונו אותו למוות כדי שיהיה שאהיד, אך חזר בו ביולי 2019 מרצונו למות, ואיים לחשוף את קשרי סעודיה, עם זאת, מתנהל דיון מסועף על קבילות העדויות, שנמסרו תחת "שיטות חקירה מתקדמות" (Enhanced interrogation techniques), שנחשבות לרוב כעינוי.