W 1708, gdy Iwan Mazepa przeszedł na stronę Szwedów, biskup został oskarżony o współpracę z nim przeciwko carowi. Przybył do Głuchowa i brał udział w wyborach nowego hetmana. Carskie śledztwo pozwoliło mu oczyścić się z zarzutów zdrady. Biskup Jan był obecny w czasie obrzędu obłożenia Mazepy ekskomuniką (przeprowadził go metropolita kijowski Joazaf) i podpisał stosowny akt. Hierarcha poparł reformy Piotra Wielkiego, zaś po bitwie pod Połtawą napisał dzieło pt. "Synaksar". Jan zainicjował także kult swojego poprzednika na katedrze, biskupa Teodozjusza, sam napisał troparion i kondakion na jego cześć.