Nella stagione 2003-04 la Reggina inizia con alla guida ancora Franco Colomba, che viene sostituito dopo qualche giornata da Giancarlo Camolese. La squadra arriva tredicesima a pari merito con il Siena. Volti nuovi in rosa sono il centrocampista Giacomo Tedesco e il difensore Andrea Sottil. Nella stagione 2004-05 la Reggina affida la panchina a Walter Mazzarri, proveniente dal Livorno. La squadra conclude al decimo posto. Per la prima volta si disputa in Serie A il Derby dello Stretto contro il . Nella stagione 2005-06 approdano alla Reggina molti giocatori esordienti nella massima categoria; vengono ceduti: il capitano Mozart, il giapponese Nakamura e la punta Bonazzoli. La squadra si salva a tre giornate dalla fine, battendo il il 30 aprile 2006 per 3-0.