ב-11 בינואר 1546 מת ארנסט, ובמקומו עלה לשלטון בנו פרנץ אוטו, דוכס בראונשווייג-לינבורג. מכיוון שבנו היה צעיר בעת מותו, שלטה אשתו סופיה ממקלנבורג-שוורין כעוצרת עד לבגרותו. הרפורמציה הפרוטסטנטית הייתה כל כך חזקה בדוכסות, שהיא נותרה חזקה על אף תקופת העוצרות ומלחמת שמלקלדן.