Dopo aver fallito la qualificazione al campionato del mondo del 1998 e al campionato d'Europa del 2000 ai play-off (nel primo caso contro il Belgio, nel secondo contro la Turchia per la regola dei goal in trasferta dopo due pareggi), McCarthy riuscì a portare l'Irlanda alla fase finale del campionato del mondo del 2002, svoltasi in Corea del Sud e Giappone. La sua squadra superò il girone e fu eliminata agli ottavi di finale dalla Spagna ai rigori. Nell'avvicinamento all'appuntamento mondiale McCarthy aveva lasciato fuori rosa, a seguito di un diverbio nato dopo delle critiche al suo indirizzo rilasciate dal calciatore a alcuni giornalisti, il centrocampista del Manchester United Roy Keane, uno dei calciatori più importanti. McCarthy restò alla guida della nazionale fino al 5 novembre 2002, giorno in cui rassegnò le dimissioni dopo un totale di 29 vittorie, 19 pareggi e 20 sconfitte.