Панопея была разрушена во время греко-персидских войн Ксерксом I в 480 году до н. э. В 395 году до н. э. её территория была разграблена беотийцами, которые попытались захватить город, но смогли взять силой только его окрестности. В 346 году до н. э. Панопея была снова разрушена Филиппом II Македонским в конце Третьей Священной войны. Город был взят римлянами в 198 году до н. э. при первой же атаке; и был разрушен в третий раз в период военного конфликта между Суллой и Архелаем, полководцем Митридата VI Понтийского, в I веке до н. э.