Mido est à nouveau mis à l'écart de l'équipe nationale lors de la Coupe Afrique des nations 2006 à la suite d'une dispute avec l'entraîneur Hassan Shehata en demi-finale contre le Sénégal, qui commence après que Mido a été remplacé. Son remplaçant Amr Zaki marque alors d'une tête dès son premier ballon, envoyant l'Égypte en finale. Un jour plus tard, Mido se réconcilie avec Shehata, mais il reçoit une suspension de six mois de tout match international. Mido est finalement rappelé par l'Égypte à la suite de sa suspension pour les qualifications à la Coupe Afrique des nations 2008, où l'Égypte se qualifie. En , Mido est inclus dans l'équipe d'Égypte qui joue contre l'Afrique du Sud à Londres, malgré une légère blessure au genou. Il est toutefois laissé de côté lors du match qualificatif pour la Coupe d'Afrique des nations contre la Mauritanie en .