Nachdem die PD die ersten freien Wahlen 1991 noch nicht für sich entscheiden konnte, war sie ein Jahr später erfolgreicher und löste das 50-jährige kommunistisch-sozialistische Regime des Landes ab. 1992 wurde Berisha zum ersten nicht-kommunistischen Staatspräsidenten Albaniens nach dem Zweiten Weltkrieg gewählt. Nach demokratischen und wirtschaftlichen Reformen, welche die internationale Gemeinschaft anfänglich als erfolgreich beurteilte, waren er und seine Partei 1996 an massiven Wahlfälschungen beteiligt, die der PD eine Drei-Viertel-Mehrheit im Parlament einbrachten. Bei der wenige Monate später folgenden finanziellen Krise und den dadurch ausgelösten bürgerkriegsähnlichen Unruhen sah er sich gezwungen, Anfang 1997 den Ausnahmezustand über das Land zu verhängen. Dies konnte die Lage jedoch nicht beruhigen, und nach dem viel zu spät erfolgten erzwungenen Rücktritt der Regierung unter Aleksandër Meksi anfangs März berief Berisha den Sozialisten Bashkim Fino zum Premier einer breit abgestützten Übergangsregierung. Im Juli 1997 gewannen die Sozialisten die Neuwahlen und Berisha gab seinen Rücktritt bekannt.