Am 28. April 1664 wurde er Scholar, und im April 1665 erhielt er den Bachelor-Abschluss. Sein eigentlicher Durchbruch als Mathematiker und Naturwissenschaftler erfolgte, als die Universität im Sommer 1665 wegen der Großen Pest geschlossen wurde und er an seinen Wohnort Woolsthorpe zurückkehrte, wo er die nächsten zwei Jahre bis zur Wiedereröffnung der Universität in relativer wissenschaftlicher Isolation verbrachte.