Cuando los franceses obligaron al infante don Antonio a salir hacia Bayona después de la explosión popular del 2 de mayo, escribió a Gil de Taboada una carta instándole a que la junta siguiese por los mismos cauces trazados para evitar males mayores. Pero el 4 de mayo Murat quiso presidirla, asistiendo algunos de los miembros, que al fin cedieron. No así Gil de Taboada, que se mantuvo firme, presentando su dimisión y retirándose a su domicilio.