Hij volgde zijn schoonvader Histiaeus op toen deze naar het Perzische hof was geroepen. Op aanstoken van zijn schoonvader en mede uit vrees voor zijn eigen veiligheid, organiseerde hij rond 500 v.Chr. de Ionische Opstand, die uiteindelijk zou leiden tot de Perzische Oorlogen.Toen de opstand een ongunstige wending nam, vluchtte Aristagoras naar Thracië waar hij sneuvelde.