L'alliance française n'a pas été plus favorable à l'Autriche que son inimitié. Après les défaites face à la France et à la Sardaigne qui ont ôté à l'Autriche son influence en Italie, chassé les dynasties en place (donc l'oncle paternel du petit archiduc), permis l'annexion des différents États italiens et la proclamation du royaume d'Italie au profit du roi de Sardaigne en 1861, c'est un nouveau revers pour l'empereur d'Autriche qui, en 1866, à cause d'une autre défaite militaire cette fois-ci face à la Prusse, verra son pouvoir sur les États allemands s'effondrer au profit du roi de Prusse. Face à ces échecs et pour apaiser ses peuples, l'empereur se résout à mettre fin à son pouvoir absolu, à octroyer une charte puis à donner une place pleine et entière aux Magyars qui ont dangereusement mis sa couronne en péril au début de son règne. La Hongrie, si souvent en révolte, devient un royaume indépendant sous l'autorité de l'empereur d'Autriche, partageant certaines prérogatives avec l'Autriche. En juin 1867, l'empereur François-Joseph est couronné roi de Hongrie à Budapest au détriment des populations slaves de l'empire qui lui étaient restées fidèles. En 1871, la fondation de l'Empire allemand au profit du roi de Prusse Guillaume après une guerre victorieuse contre la France sera également considérée comme un camouflet pour l'empereur d'Autriche, tandis que l'Empire français s'effondre et que, pour la troisième fois, la France devient une république. Cette même année 1871, le petit archiduc de 7 ans devient orphelin de mère.