Kroatia julistautui itsenäiseksi Jugoslaviasta kesäkuun lopulla 1991, mistä seurasi Kroatian sota. Itsenäisyysjulistuksen jälkeen maan itäosan serbit karkottivat kroaatteja alueelta Jugoslavian armeijan tuella. Vuonna 1992 YK toi maahan 14 000 rauhanturvaajaa ja loi neljä suoja-aluetta. Merkittäviä taisteluja Kroatian sodassa olivat Vukovarin ja Dubrovnikin piiritykset. Kroatia oli mukana myös Bosnia-Hertsegovinan sodassa. Kroatian sodan kiivaimmat taistelut käytiin vuoden 1991 lopulla. Virallisesti sota loppui 1992, mutta varsinaisesti sota päättyi vasta Daytonin rauhanneuvotteluihin 1995. Vielä vuonna 1995 Kroatian joukot valtasivat kolme YK:n neljästä suoja-alueesta. Serbienemmistöinen Vukovar jäi YK:n suojelukseen vuoteen 1998 asti.