Филатов участвовал в ряде антитеррористических операций в Чеченской Республике, в том числе операции по освобождению заложников в Будённовске в июне 1995 года. В интервью газете «Аргументы и факты» в 2015 году высказал своё мнение об операции, заявив, что на месте командующего операцией не давал бы приказа идти на штурм.