Несмотря на быструю победу Писарро, вскоре начались восстания индейцев, которые периодически продолжались в течение всего колониального периода. В 1537 году Манко Инка, которого испанцы сделали , восстал против новых правителей и восстановил государство «неоинков». Это государство продолжало бросать вызов испанской власти даже после того, как испанцы подавили восстание и обезглавили Тупака Амару на городской площади Куско в 1572 году. Позднее восстания в боливийском нагорье обычно организовывались старейшинами общины и носили локальный характер, за исключением являясь Тупака Амару II в восемнадцатом веке.