Выступление Яна Кропидло на стороне Польши в войне с Тевтонским орденом имело для него серьезные последствия. В 1411 году он был заключен под стражу членами городского совета во Вроцлаве. Жители Вроцлава, будучи подданными чешского короля Вацлава IV Люксембургского, союзника ордена, решили нейтрализовать деятельность епископа. На свободу Ян Кропидло был отпущен через три месяца после личного вмешательства короля Венгрии Сигизмунда Люксембургского. Члены городского совета Вроцлава вынуждены были принести ему унизительную церемонию извинений. В целом, отношения Яна Кропидло с Люксембургской династией были хорошими, и, благодаря этому, епископ получил аббатства Сексард и Паннонхальма в Венгрии. В октябре 1413 году епископ Ян Кропидло участвовал в заключении Городельской унии между Польшей и Великим княжеством Литовским.