16 июня началась 2-я Балканская война, в которой Болгария оказалась вынуждена воевать в одиночестве против своих бывших союзников. Боевые действия изначально развивались для Болгарии крайне неудачно — в этой ситуации генерал Вазов получил должность военного министра, которую занимал меньше двух месяцев, с 28 июня по 22 августа 1913 года. После окончания войны он подал в отставку из-за несогласия с политикой правительства Васила Радославова.