Желая избежать ответа царю за неудавшуюся экспедицию в Наксос, он поднял восстание среди ионийских городов Малой Азии (499 год до н. э.), обещая им демократическое правление. Афиняне прислали им на помощь 20 кораблей, и сперва дела ионийцев шли хорошо, но в 498 году до н. э. они принуждены были отступить в Эфес. В 498 году до н. э. афиняне вернули свои корабли, персы покорили Кипр; Аристагор бежал во Фракию, где и пал при осаде Эннеа-Годой (впоследствии Амфиполь).