第二次起义被后世称为“大普鲁士起义”，这次起义在1260年，骑士团遭受其在13世纪的最大失利——杜尔贝战役后爆发。这次起义时间最长，规模最大，对条顿骑士团威胁最大。在这次起义中，条顿骑士团再次退守其五座最为坚固的城堡。尽管教皇乌尔班四世多次催促，骑士团的援军迟迟未到，而他们的形势看起来会更糟。但对骑士团而言，幸运的是，普鲁士人缺少团结，步调不一，且援军最终在1265年左右到达普鲁士。普鲁士氏族一个接一个地投降，起义最终在1274年结束。后三次较小的起义则依靠外国援助，一两年内即被镇压。1295年的最后一次起义实际上结束了普鲁士十字军，普鲁士成为了信奉基督教的德语地区，本地的普鲁士人和大量来自德意志的不同邦国的定居者融入其中。