"Mixotoxodon" ist der einzige bekannte Vertreter der Notoungulata, der im Rahmen des Großen Amerikanischen Faunenaustausches Nordamerika erreichte. Vor allem in Fundstellen des jüngeren Pleistozäns (Rancholabrean) treten Fossilien von "Mixotoxodon" regelmäßig gemeinsam mit Fossilresten von "Eremotherium" und der Gattung "Equus" auf. Das auffällige gemeinsame Auftreten dieser Taxa wurde auch als „EME-Häufung“ (nach den beteiligten Gattungen "Eremotherium", "Mixotoxodon" und "Equus") bezeichnet und scheint eine typische Faunenassoziation des jüngeren Pleistozäns in diesem Gebiet zu repräsentieren.