Ngày 22 tháng 5 năm 1809, tại Trận Aspern-Essling, khi đang chiếm ưu thế so với quân Áo, Lannes nhận được lệnh ngừng tấn công vì nguồn tiếp tế cho quân Pháp bị gián đoạn. Trong khi đang đi kiểm tra vị trí đóng quân của các đơn vị dưới quyền, Lannes ngồi nghỉ tại một tảng đá và bất ngờ một viên đạn đại bác rơi xuống đúng chỗ vị thống chế vừa đi qua. Bị thương nặng, Lannes được chuyển đến đảo Lobeau nằm giữa sông Danube để chữa trị. Bác sĩ phẫu thuật Larrey của lực lượng cận vệ đã quyết định cắt cụt chân phải của vị thống chế, tuy vậy vẫn không ngăn được sự hoại thư và Jean Lannes chết sau đó một tuần vào ngày 31 tháng 5 năm 1809. Napoléon đã ở bên ông trong giờ phút hấp hối và nói chuyện với vị thống chế rất lâu. Sau khi chết, thi thể Lannes được chuyển về Điện Panthéon trong một buổi lễ trọng thể. Sau này hài cốt vị thống chế được chôn tại Nghĩa trang Montmartre.