I 1662 besejrede Zheng Chenggong hollænderne og etablede en base på øen. Zheng havde kæmpet for Mingdynastiet, der kollapsede i 1644. Zhengs styrker blev senere besejret af Qingdynastiet i 1683. Derefter blev Taiwan en stadig mere integreret del af Kina indtil Qingdynastiet i 1895 ved Freden i Shimonoseki afstod Taiwan og øen Penghu til Japan som følge af nederlaget i den 1. kinesisk-japanske krig. Taiwan kom herefter under japansk styre. Taiwan producerede ris og sukker, der blev eksporteret til Japan og var base for Japans kolonisering af sydøstasien og stillehavet under 2. verdenskrig. Det japanske undervisningssystem blev indført og mange taiwanesere kæmpede på japansk side under krigen.