Esto tuvo un repercusión inmediata en el trabajo de la fundición de Tongoy y en el uso del ferrocarril que conectaba el poblado hacia el interior, cuya frecuencia empezó también a disminuir. En 1891, en plena Guerra Civil, partidarios del derrocado presidente José Manuel Balmaceda habrían desarmado varias líneas férreas para detener a los rebeldes, afectando entre otros al ferrocarril Tamaya-Tongoy y dificultando aún más su marcha.