В апреле 2015 года в товарищеском матче против сборной Парагвая Хесус дебютировал за сборную Мексики. В том же году Дуэньяс стал обладателем Золотого кубка КОНКАКАФ. На турнире он сыграл в матче против сборной Ямайки. 11 февраля 2016 года в матче против сборной Сенегала Хесус забил свой первый гол за национальную команду.