Trong Chiến tranh Nga-Nhật (1904-1905), Phụng Thiên là nơi diễn ra Trận Phụng Thiên từ ngày 19 tháng 2 đến ngày 10 tháng 3 năm 1905. Thu hút hơn 600.000 người tham gia chiến đấu, đây là trận chiến lớn nhất kể từ Trận Leipzig năm 1813 và cũng là trận chiến thời hiện đại lớn nhất từng xảy ra ở châu Á trước chiến tranh thế giới thứ hai. Sau chiến thắng của Nhật Bản, Phụng Thiên trở thành một trong những căn cứ chính của sự hiện diện và mở rộng kinh tế của Nhật Bản vào miền nam Mãn Châu. Chính trong thời gian này, Phụng Thiên là một trong những tâm dịch chính của bệnh dịch hạch Mãn Châu (1910-1911), cuối cùng đã dẫn đến khoảng 60.000 người chết.