住在伊斯坦堡的基督徒，主要是希腊人和亚美尼亚人，已经发生了重大变化。在奥斯曼帝国崩溃过程中，这些非穆斯林的少数民族被土耳其人驱逐，民族宗教关系紧张开始于19世纪20年代，持续了一个世纪，在1912年到1922年的十年间（巴尔干战争、第一次世界大战和土耳其独立战争）达到顶峰。此后，伊斯坦堡的基督徒人口从1914年的45万下降至1927年的24万。今天，大部分留在土耳其的希腊人和亚美尼亚人等少数民族都居住在伊斯坦堡附近。今天在伊斯坦布尔的土著亚美尼亚人数量约为45,000人（不包括1991年以后从亚美尼亚来到土耳其的近4万劳工，大多在伊斯坦布尔）； 而希腊人从1924年的15万人，下降到目前的仅有大约4000人。目前有6万伊斯坦布尔希腊人居住在希腊，但继续保留其土耳其国籍。