Der Bürgerkrieg und die damit verbundene Niederlage der Konföderierten trafen Wetumpka schwer. Viele Bewohner wanderten ab. Die Einwohnerzahl, die vor dem Krieg mehrere Tausend betragen hatte, sank bis 1870 auf 1137 – mehr als die Hälfte davon ehemalige Sklaven. Auf der Verwaltungsebene schuf die Rekonstruktions-Regierung von Alabama eine neue Einheit – das Elmore County, zu dessen Verwaltungssitz Wetumpka bestimmt wurde. In den 1880ern war die Stadt Schauplatz zweier verheerender Naturkatastrophen – einer großen, Brücken und Gebäude in Mitleidenschaft ziehenden Flut im Jahr 1886 und einem Erdbeben drei Jahre später. Bis 1900 war die Einwohnerzahl auf die Hälfte des Stands von 1870 gesunken. Um die Jahrhundertwende kehrte sich der Niedergang langsam um. Neue Infrastruktureinrichtungen kamen hinzu. Die wichtigsten: eine Landwirtschaftsschule, die sich der zielgerichteteren Nutzung der Ressourcen in der Region widmete (1897) und ein Güterdepot der Louisville and Nashville Railroad, welches den Warenabtransport erleichterte (1906). Im ersten Viertel des 20. Jahrhunderts folgten Gehsteige, Elektrizitätsversorgung und öffentliche Wasserversorgung, die Etablierung eines öffentlichen Schulsystems, die Errichtung einer bepflasterten Verbindungsstraße nach Montgomery sowie – im Jahr 1913 – ein neues Theater.