Uno dei più drammatici episodi accaduti a bordo dell'Air Force One ebbe luogo l'11 settembre 2001, giorno tristemente passato alla storia come quello dei gravi attentati terroristici di matrice islamica che sconvolsero gli Stati Uniti. In tale data, il presidente George W. Bush volò a bordo dell'Air Force One raggiungendo Sarasota, Florida, per presenziare ad un evento scolastico, che abbandonò a seguito degli attacchi. Invece di ritornare alla Casa Bianca, i servizi segreti ordinarono di portare l'aereo presidenziale alla base aeronautica di Barksdale, in Louisiana, e di formare un comando aereo strategico (ora chiamato Comando strategico degli Stati Uniti) con quartier generale alla base di Offutt, in Nebraska, prima di ritornare a Washington. Il giorno seguente, i funzionari della Casa Bianca e del Dipartimento di Giustizia dissero che il piano fu attuato perché era evidente che la Casa Bianca e l'Air Force One erano dei possibili bersagli.