ジャンネッティーノ・ドーリア (Giannettino Doria) とジネッタ・チェントゥリオーネ（Ginetta Centurione）の間に生まれた。1547年、により父が死亡、大伯父アンドレア・ドーリアの後継者と見なされるようになった。当初結果を残せなかったものの、1560年のジェルバ島の戦いで戦果をあげ、同年アンドレア・ドーリアが没したことで後継者としての地位を固めた。1571年10月7日のレパントの海戦では神聖同盟艦隊右翼の指揮官を務めたが、ジェノヴァ艦隊の多くはドーリア家の船であったため過度に慎重になり、対手であるウルチュ・アリの艦隊に中央の裏を突かれる危機を招いた。この危機は友軍により脱したが、ジャナンドレアに大伯父程の技量が無く、機動も遅く戦意に欠けることが明らかになった。