Nel 1587 Toyotomi Hideyoshi invase l'isola e gli Ōmura si sottomisero, anche se subirono la perdita del commercio di Nagasaki. Sumitada morì di tubercolosi quello stesso anno e gli succedette suo figlio Yoshiaki. Come suo padre, Yoshiaki era un cristiano, e in quella veste era noto come "Sancho". Yoshiaki prestò servizio nell'invasione coreana del 1592, guidando 1.000 uomini sotto Konishi Yukinaga. Nel 1600 scelse di rimanere neutrale durante la campagna di Sekigahara e, di conseguenza, gli fu ordinato di ritirarsi in favore di suo figlio Sumiyori. Benché battezzato in gioventù, Sumiyori perseguitò quei cristiani che risiedevano ancora nelle terre degli Ōmura e aiutò a sconfiggere la ribellione di Shimabara (1637-38).