В период президентства Стоянова Болгария продолжала интеграцию в структуры НАТО и ЕС. В июле 1997 года на Мадридском саммите Болгария получила статус страны-кандидата на членство в НАТО. 4 мая 1999 года во время натовских бомбардировок Югославии Болгария предоставила силам НАТО свою территорию и воздушное пространство, также во время марш-броска российских десантников на Приштину Болгария закрыла своё пространство для российских военных самолётов.