Schmalkaldiska kriget 1546–1547 drabbade bröderna hårt. Många av dem utvandrade då till Preussen och Polen där de (genom förlikningen i Sendomir 1570) förenade sig med dessa länders lutheraner och reformerta. Andra begav sig i början av 1600-talet till Ungern, där de började kalla sig habaner och under Maria Teresia åter tvingades införliva sig med den romersk-katolska kyrkan. Det trettioåriga kriget (1618–48) ledde till att de bröder som ännu var kvar i Böhmen blev nära nog fullständigt utrotade.