I Januar 2000 afsluttede Israel indkøbet af 102 stk. nye F-16I fly, i en handel til 4,5 billioner US$ (Uvist om det er U.S. eller europæiske enheder). F-16 blev også anvendt til jordmålsangreb i Libanon. Israelske F-16 deltog også i Libanon-krigen 2006og i Israel-Gaza-konflikten 2008-2009. Under og efter Libanon-krigen 2006 har israelske F-16 nedskudt et antal Iransk fremstillede droner, fløjet af Hezbollah. Dronerne blev nedskudt med Rafael Python 5 luft-til-luft missiler.