Perjanjian New York dilatarbelakangi oleh usaha Indonesia untuk merebut daerah Papua bagian barat dari tangan Belanda. Semasa berlangsungnya Konferensi Meja Bundar di Den Haag saat pengakuan kedaulatan Indonesia oleh Belanda disebutkan bahwa masalah Papua bagian barat akan diselesaikan dalam tempo satu tahun sejak KMB. Namun sampai tahun 1961, tak terselesaikan.