Nel 1570, Balthasar von Dernbach divenne principe-abate di Fulda. Per riformare il territorio dell'abbazia e difenderlo dalle crescenti pressioni dettate dal trovarsi in un'area fortemente esposta all'influenza del protestantesimo, questi convocò i gesuiti a Fulda nel 1571 e, dal 1602, si attivò particolarmente per incrementare le disposizioni della Controriforma, arrivando a danneggiare gli interessi della nobiltà locale, in gran parte di fede evangelica. Durante la Guerra dei Trent'anni, le truppe protestanti del vicino langraviato d'Assia-Kassel occuparono l'area del vescovato di Fulda nel 1631. Il langravio Guglielmo V ricevette Fulda come pegno da re Gustavo II Adolfo di Svezia che aveva conquistato l'area con le proprie truppe e governò l'area del monastero col titolo di principe di Buchen. Il principe-abate Johann Bernhard Schenk zu Schweinsberg dovette fuggire e morì nel 1632 durante la battaglia di Lützen. Fu solo il suo successore, Hermann Georg von Neuhof, ad ottenere la piena restituzione dell'abbazia e del principato clericale con la pace di Praga del 1635 e successivamente fece ritorno a Fulda. Nel 1700, il principe-abate Adalbert von Schleifras commissionò all'architetto Johann Dientzenhofer la ricostruzione della cattedrale cittadina e l'erezione di un palazzo cittadino di stile barocco sul sito di quella che era la basilica di Ratgar, abbattendo quindi l'edificio medievale a vantaggio della nuova struttura.