Ab Oktober 1995 war Pflieger Leiter der Staatsanwaltschaft Stuttgart und von Juli 2001 bis zu seiner Pensionierung Ende Juni 2013 württembergischer Generalstaatsanwalt, das heißt Leiter der Generalstaatsanwaltschaft Stuttgart. In dieser Funktion war er unter anderem zuständig für den Amoklauf von Winnenden, bei dem am 11. März 2009 (einschließlich des Täters) 16 Menschen zu Tode kamen, sowie – bis zur Selbstenttarnung der rechtsextremen Terrorzelle Nationalsozialistischer Untergrund (NSU) – für den Mord an der Polizeibeamtin Michèle Kiesewetter 2007. Außerdem war er ab 2004 Mitglied einer Projektgruppe "Zusammenarbeit von Polizei und Justiz auf dem Gebiet der Bekämpfung des islamistischen Terrorismus", die sich nach den ersten islamistischen Attentaten in Europa – insbesondere nach dem Bombenanschlag auf Vorortzüge von Madrid am 11. März 2004 – mit der Verhinderung solcher Terrortaten befasste.