Arsenios Eznepidis syntyi Farasan kylässä, nykyisen Turkin Çamlıcassa kreikkalaiseen kymmenlapsiseen perheeseen Prodromos ja Eulogia Eznepidikselle hieman ennen Kreikan ja Turkin väestönvaihtoa. Hänet kastoi pyhien joukkoon luettu pappismunkki Arsenios Kappadokialainen, joka nimesi hänet itsensä mukaan ja ennusti hänelle tulevaisuutta luostarissa. Arsenioksen perhe joutui muuttamaan väestönvaihdon yhteydessä Kónitsaan Epeiroksen alueelle. Arsenios suoritti siellä peruskoulun hyvillä arvosanoilla ja opiskeli puusepän ammatin. Hän osallistui Kreikan sisällissotaan kuningaskunnan puolella radiomiehenä.