Hämäläinen osallistui vuonna 1917 suojeluskuntien perustamiseen Keski-Suomessa ja oli sisällissodan puhjetessa upseerina Jyväskylän suojeluskuntapiirin esikunnassa. Sodan aikana hänet siirrettiin Karjalan II rykmentin XI pataljoonaan, jonka mukana hän osallistui Antrean taisteluihin Hannilassa ja Viipurin vapautukseen. Hämäläinen toimi Jyväskylän suojeluskuntapiirin päällikkönä 1919–1932. Hänen sotilasarvonsa oli vuonna 1928 majuri. Vuoden 1932 Mäntsälän kapinan yhteydessä Hämäläistä epäiltiin virkavelvollisuuden laiminlyönnistä, sillä hän ei ollut estänyt kapinallisia kokoontumasta Jyväskylän asemalle. Syytettä ei kuitenkaan nostettu.