加菲尔德获提名后不久受命到首都向战争部长埃德温·M·斯坦顿汇报，讨论他今后的军事任务。财政部长萨蒙·波特兰·蔡斯觉得他和自己年轻时没什么两样，两人结为好友，政治立场类似，都属激进派共和党。1863年12月担任议员后，加菲尔德对林肯似乎不愿强硬对待南方各州颇感失望。以宾夕法尼亚州联邦众议员撒迪厄斯·史蒂文斯为首的激进派在众议院占优，要求没收叛变分子拥有的土地，但林肯表示会否决国会任何打击面太大的法案。加菲尔德在众议院辩论时支持此类法案，并援引英格兰光荣革命，暗示如果林肯抗拒国会意志，就该把他赶出白宫。加菲尔德曾支持林肯的《解放黑奴宣言》，惊叹“伊利诺伊州二流律师（林肯曾是律师）”宣讲后就“让这个时代永远为后世牢记，堪称世界历史上的奇迹”。