In 1790 stonden de Oostenrijkers terug in de Zuidelijke Nederlanden en was het uit met de Verenigde Nederlandse Staten. Meyer werd gearresteerd en nadien vrijgelaten. Hij hield zich verder gedeisd tijdens het Oostenrijks bestuur en correspondeerde in het diepste geheim met andere vonckisten en met Vonck zelf. Hij fulmineerde tegen Oostenrijk, tegen de adel en tegen de Roomse kerk. Meyer keerde pas terug naar de openbaarheid toen de Franse overwinning vernam van generaal Dumouriez in Jemappes (1792); de Oostenrijkers trokken zich terug. Meyer werd een gedreven pro-Franse activist, bracht een bezoek aan generaal Dumouriez en liet zich door de Fransen benoemen in het bestuur van Gent. Hij organiseerde de confiscatie van de goederen van de Sint-Pietersabdij. Hij verzamelde alle bestuurders van de stad in de leegstaande Sint-Baafskathedraal, waar hij vurige redevoeringen hield ten gunste van de Franse Revolutie. Meyer trok naar Parijs, waar hij de Fransen de nodige inlichtingen gaf over steden in Staats-Brabant, waar de Franse strijd verder ging. Hij werkte met Luikenaars en Zuid-Nederlanders aan nieuwe wetgeving voor de Franse Nederlanden. Meyer verbleef in Parijs in 1793.