Joana apoiou seu esposo em sua decisão de não ceder o poder a seu filho e depois para sua filha, que era de direito Branca II de Navarra. Tal quebra da lei de sucessão e o conflito entre fazendeiros e nobres levou à guerra civil. Acusada de ter ordenando o envenenamento do príncipe Carlos, seu enteado, Joana fugiu para Geronte com seu filho Fernando, procurando a proteção do bispo.