Po wojnach śląskich Cieszyn został oddzielony od diecezjalnego Wrocławia granicą austriacko-pruską. W 1770 dla habsburskiej części diecezji wrocławskiej utworzono Wikariat Generalny. W okresie józefinizmu powstały nowe parafie, m.in. w Mostach k. Jabłonkowa, Istebnej. Cieszyńską parafię podzielono na dwie: przy dotychczasowym kościele parafialnym i przy kościele klasztornym Dominikanów (zlikwidowaną w 1790), a ponadto wydzielono z niej lokalie w Pogwizdowie, Łąkach i Ogrodzonej. W 1806 z cieszyńskiego wydzielono parafie w Jabłonkowie, Wędryni, Trzycieżu, Mostach k. Jabłonkowa, Istebnej i lokalię w Końskiej i utworzono z nich dekanat w Jabłonkowie. W połowie XIX wieku na dekanat w Cieszynie składało się 6 parafii (Cieszyn (z filią w Zamarskach), Goleszów, Leszna, Pogwizdów, Puńców, Ustroń (z filią w Wiśle)) i dwie lokalie (Łąki i Ogrodzona). Po I wojnie światowej nastąpił konflikt graniczny pomiędzy Polską a Czechosłowacją, w wyniku którego miasto i dekanat zostało przedzielone granicą państwową w 1920.