1995 gewann er für den Film "Confessionnal" beim Vancouver International Film Festival den Preis für das beste kanadische Drehbuch. 1996 erhielt er für "Confessionnal", seinem Filmregiedebüt, einen Genie Award für die beste Regie und den "Claude Jutra Award". Über die Jahre hinweg gab es auch sieben Genie-Nominierungen für unterschiedliche Filme. 1998 wurde Lepage beim Toronto International Film Festival für den Film "Nô" als bester kanadischer Kinofilm ausgezeichnet. 2001 folgte der Spezialpreis beim Prix Jutra für den Film "Possible Worlds". Für das Filmdrama "Die andere Seite des Mondes" erhielt Lepage bei den Internationalen Filmfestspielen Berlin 2004 in der Sektion Panorama den FIPRESCI-Preis. 2004 brachte ihm dieser Film den "Genie Award" für das beste adaptierte Drehbuch ein. 2007 bekam er von der Europäischen Kommission den "Europäischen Theaterpreis". Ursprünglich sollte er ihn gemeinsam mit Peter Zadek erhalten, da dieser jedoch sein Erscheinen bei der Preisverleihung absagte, ist Lepage alleiniger Preisträger.