Von den 1000 Sätzen der Erstausgabe in 23 Bänden wurden rund die Hälfte an Mitarbeiter der Expedition verteilt, nur 150 wurden frei verkauft. Von dieser Erstausgabe sind weltweit mindestens elf erhalten. Dazu gehört die Ausgabe des von Napoleon gegründeten Institut d’Égypte in Kairo, das im Dezember 2011 im Rahmen der revolutionären Proteste nach einem Brandanschlag zerstört wurde. Im Gegensatz zu tausenden historischen Dokumenten der Institutsbibliothek, die bei dem Brand zerstört wurden, konnte die "Description de l'Égypte" jedoch fast ohne Schaden gerettet werden. Angesichts zahlreicher Medienberichte über den vermeintlichen Verlust des Werks stellte der ägyptische Kulturminister kurz nach dem Brand klar, dass sich zudem noch zwei weitere vollständige sowie ein unvollständiger Satz der Erstausgabe in Ägypten befänden. 2015 wurde bekannt, dass seit 1958 ein bis dahin über Jahrzehnte vergessener Satz derselben Erstausgabe in einem Gebäude der Ägyptischen Botschaft in Madrid aufbewahrt wurde, der offenbar als Staatsgeschenk Ägyptens an Spanien vorgesehen war.