Nach dem Benin-Einsatz ging die "Philomel" zur Überholung nach England, kehrte aber schon 1899 wieder nach Südafrika zurück. Während des Zweiten Burenkriegs stellte sie Marinesoldaten, Matrosen und zwei Geschütze an Land ab. Letztere zeichneten sich vor allem bei Colenso aus, bevor Ladysmith befreit werden konnte. Der Kommandant der "Philomel", Captain Bearcroft, befehligte zeitweise eine "naval brigade" unter Roberts. Am 22. März 1902 wurde die zurückgekehrte "Philomel" dann in Devonport außer Dienst gestellt. Danach lag sie fünf Jahre im Firth of Forth in Reserve.