מערכת היחסים של טורקיה עם עיראק עברה לעידן חדש לאחר הפלישה לעיראק. בעידן זה, שלמותה של עיראק חשובה לא פחות מבעיית PKK ביחסי טורקיה-עיראק. מעמדן של זכויות האוכלוסיות בכירכוך וטורקומן הם עיקרי המחלוקות. לפני הפלישה התבקשה טורקיה לסייע לפלישה על ידי ארצות הברית, אולם ב-1 במרץ 2003 דחה הפרלמנט הטורקי את היותו חבר פעיל בכוחות הקואליציה בהנהגת ארצות הברית בעיראק. החלטה זו של הפרלמנט הטורקי נתפסה כתגובה כנגד הפעולה החד-צדדית של ארצות הברית במזרח התיכון, והן כרצון להרחיק את טורקיה ממלחמת עיראק. : 3–4 בזמן שטורקיה לא יצאה מתוכניות ארצות הברית על עיראק, מנהיגי כורדיסטן העיראקית קיבלו כוח רב יותר על ידי ברית עם ארצות הברית במהלך המלחמה. הממשלה האזורית של כורדיסטן (KRG), שמתנהגת כמו יחידה עצמאית למחצה, הגיחה בסופו של דבר, ומדיניות החוץ האגרסיבית שלה הפריעה למנגנוני מדיניות החוץ הטורקית. לאחר שנת 2003 נראו מפות פוליטיות של כורדיסטן הגדולה, המכסות את אדמות טורקיה, על קירות מבני המדינה של KRG. יתר על כן, מסעוד ברזאני דיבר לעיתים קרובות על בעיותיהם של הכורדים בטורקיה והשתמע מדבריו כי יוכל לגייס את העם הכורדי כנגד ממשלת טורקיה. לבסוף התנגד ברזאני להצעותיה של טורקיה בדבר פתרון קבוע של בעיית המעמד של קירקוק, והוא התעלם מהרגישות של טורקיה ביחס לזכויות הבסיסיות של אוכלוסיית הטורקמנים בעיראק. : 4 עמדות כאלה של ברזאני פירושו פשוט כי ה- KRG התכונן להיות מדינת לאום עצמאית וממשל ברזאני היה פתוח לשימוש בכל כלי באופן פרגמטי כדי להגן על ריבונותו.