Maaliskuussa 2012 Faber jätti FC Eindhovenin ja siirtyi PSV Eindhovenin apuvalmentajaksi. Penkin alle menneiden EM-kisojen 2012 jälkeen van Marwijk tiimeineen jätti maajoukkueen. Faber jatkoi PSV:ssä Phillip Cocun apuvalmentajana ja voitti Alankomaiden mestaruuden kauden 2014/15 päätteeksi. Tuore mestari jätti PSV:n ja siirtyi kesäkuussa Eredivisieen nousseen NEC Nijmegenin päävalmentajaksi. Faber luotsasi NEC:n liigassa sijalle 10 ja sarjapaikka säilyi turvallisella erolla. Kauden jälkeen Faber siirtyi FC Groningenin peräsimeen. Faberin johdolla Groningen sijoittui Eredivisien keskikastiin hänen kahden valmentajakautensa aikana. Groningen ei jatkanut hänen sopimustaan kauden 2017/18 jälkeen.