Korean avauduttua ulkomaailmalle Pjongjangista pyrittiin tekemään kristinuskon levittämisen keskus. Kaupunkiin rakennettiin yli 100 kirkkoa ja 1880-luvulla kaupungissa sanottiin olevan enemmän protestanttisia lähetyssaarnaajia, kuin missään muualla Aasiassa. Pjongjang kärsi huomattavia tuhoja Kiinan–Japanin sodan aikana. Sotaa seurasi kulkutauti vuonna 1895, jonka jälkeen suuri osa kaupungista hylättiin ja raunioitui. Korean Japanin miehitysaikana vuosina 1910–45 Pjongjangista kehittyi teollisuuden keskus ja Korean sodan aikana kaupunki kärsi jälleen tuhoja ilmaiskuissa. Sodan aikana YK:n joukot valtasivat sen vuonna 1950, mutta se menetettiin sotaan liittyneille Kiinan kommunisteille. Sodan jälkeen kaupunki jälleenrakennettiin Kiinan ja Neuvostoliiton tuen avulla.