Thomas Kröger begann seine Laufbahn bei seinem Heimatverein im niedersächsischen Melle. Über Lintorf und Osnabrück kam er zum Bundesligisten SV Bayer Wuppertal. Nach einer Station beim VC Bottrop 90 ging er nach Belgien, wo er 2004 das Pokalfinale erreichte. 2005 kam er zurück nach Deutschland und spielte mit evivo Düren in der Champions League. Im Juni 2006 feierte er in Düren sein Debüt in der A-Nationalmannschaft. Anschließend wechselte er zum österreichischen Champions-League-Teilnehmer Aon hotVolleys Wien. Bei der WM in Japan führte er die deutsche Mannschaft als Libero zum neunten Rang. Nach dem Gewinn der österreichischen Meisterschaft 2007 wechselte er zum VfB Friedrichshafen, mit dem er in der Saison 2007/08 das nationale Double schaffte. Mit der Nationalmannschaft erreichte er bei den Olympischen Spielen in Peking im August 2008 den neunten Platz. 2009 wurde er mit dem VfB Friedrichshafen erneut Deutscher Meister. Nach der Saison 2009/10 beendete er bei den RWE Volleys Bottrop seine aktive Hallen-Karriere.