1938 wurde der Architekt Sybold van Ravesteyn (1889–1983) beauftragt, den Entwurf für einen neuen Tierparkbau an einem neuen Standort in Blijdorp zu erstellen. Diese denkmalgeschützten Anlagen wurden zwischen 1939 und 1941 errichtet. Während der Bombardierung von Rotterdam 1940 wurde der alte Zoo zerstört, noch bevor die neuen Anlagen fertiggestellt waren. Viele Tiere fanden den Tod oder flüchteten in den Ort. Neun Tiger, sechs Löwen, vier Panther, drei Jaguare und ein Puma wurden nach reiflicher Überlegung der Tierparkleitung erschossen. Im Dezember 1940 wurde der nördliche Teil des Diergaarde Blijdorp eröffnet. Im April 1941 wurde Kuipers Ziel verwirklicht, den gesamten Zoo für das Publikum zu öffnen und nicht nur für die Mitglieder der Stiftung. Von 1943 bis 1945 wurden Kuiper und seine Assistentin Agatha Gijzen von der deutschen Besatzungsmacht wegen ihrer politischen Überzeugung vom Dienst suspendiert. Unter anderem wandte er sich aktiv gegen das Anbringen von Verbotsschildern für Juden und seine Familie nahm regelmäßig Untergetauchte auf. Nach Kriegsende kehrte er als Direktor zurück, legte aber 1947 sein Amt nieder, da seine Ansichten und die der Stichting Volkskracht zu weit auseinandergingen. Dem Beirat blieb er jedoch verbunden.