В 1861 году Эмерико Амари был избран депутатом первого парламента Королевства Италии. Год спустя, из-за смертельной болезни сына Энрико, пытался уйти в отставку, но представленное им прошение была отклонено. В 1867 году вновь избран в итальянский парламент, но уже через год окончательно ушёл из парламентской жизни. Вместо этого, с 1868 года он был избран в муниципальный совет Палермо, членом которого оставался до своей смерти, которая произошла из-за неизвестной болезни 20 сентября 1870 года, в тот же день, когда итальянские войска вошли в Рим, тем самым завершив процесс Рисорджименто.