Des del 1992 i després de l'esclat de la Guerra Civil algeriana, l'Església Catòlica, que servia principalment a treballadors estrangers a la zona, va rebre moltes amenaces. Moltes veus des d'Europa aconsellaven a l'Església que abandonés el país, tanmateix, Pierre Claverie s'hi va oposar fermament, car, encara que no aconseguiria obtenir la nacionalitat algeriana, ell es considerava algerià i es negava a abandonar les persones del seu país. Durant aquest temps, ell es va negar també a quedar-se callat, perquè quan li semblava que calia, no dubtava pas a criticar públicament les dues forces que vivien la tragèdia de la guerra civil: el front islàmic de Salut i el govern algerià.