Farnabazo II fue el primer miembro de la familia del que tenemos gran información. Sus disputas personales con el sátrapa de Lidia y Caria Tisafernes mientras ambos trataban de llegar a acuerdos con Esparta contra Atenas provocaron que el rey Darío II enviara a la zona a su propio hijo Ciro el Joven para negociar personalmente. Tisafernes se llevó la peor parte al perder la satrapía de Lidia en favor del príncipe. Farnabazo mantuvo la suya. Posteriormente a la muerte del rey, Farnabazo no estuvo directamente involucrado en la guerra civil desatada por Ciro contra su hermano el rey Artajerjes II. Sin embargo, la represalia que tomó Tisafernes contra las ciudades griegas del Asia Menor por su apoyo al rebelde Ciro provocó más tarde de nuevo la guerra, ya que Esparta ayudó a las ciudades que demandaban su intervención. Farnabazo tuvo que sufrir en su territorio las incursiones de los generales espartiatas Tibrón, Dercílidas y Agesilao II. Tras la Guerra de Corinto, Atenas y Esparta firmaron la paz con Persia actuando de potencia mediadora. Persia volvía a tener bajo su jurisdicción a las ciudades griegas de la Jonia. Farnabazo, quien tuvo mucho que ver en este éxito persa, fue recompensado con su matrimonio con la princesa Apame. Adicionalmente se le concedido el honor de comandar la reconquista de Egipto para el imperio, tarea que acabó en fracaso en tres diferentes campañas. Como sátrapa fue sucedido por su hijo Ariobarzanes.