В 1960 году на базе водоёма был основан Тудакульский заказник площадью 30 тыс. га. В настоящее время охраняемых территорий на Тудакуле нет. Госкомприроды Узбекистана осуществил проект «"Водохранилища Тудакуль и Куюмазар — новая территория Рамсар"» для включения водоёма в Рамсарскую конвенцию о водно-болотных угодьях, имеющих международное значение в связи с местообитанием птиц.