Con la nazionale africana ha giocato anche i mondiali di calcio 2014, la Coppa d'Africa 2015 e la Coppa d'Africa 2017. In quest'ultima manifestazione, vinta dal Camerun, che ha sconfitto in finale l'Egitto 2-1, Aboubakar ha messo a segno la rete decisiva. Nello stesso anno ha partecipato alla FIFA Confederations Cup 2017 in Russia, dove ha segnato un gol nella terza e ultima partita dei suoi, persa contro la (3-1).