למרות תככים משפחתיים, היה פרנצ'סקו נאמן לאחיו פרננדו השני, מלך שתי הסיציליות, ולאחר מותו בשנת 1859 מונה פרנצ'סקו למפקד הצבא. במהלך תפקידו הקצר ניסה פרנצ'סקו להגן על הממלכה, אולם לאחר מסע האלף בשנת 1861 הודח אחיינו פרנצ'סקו השני, מלך שתי הסיציליות, ופרנצ'סקו יחד עם שאר המשפחה נאלץ לברוח לרומא. בהמשך עבר פרנצ'סקו עם משפחתו לצרפת, וב-24 בספטמבר 1892 הוא מת בביתו שבפריז.