De flamboyante officier werd voor verdiensten gepromoveerd tot "chef d'escadron" (aanvoerder ruiterij) van het 13e Regiment Jagers ("chasseurs") in januari 1807. Hij nam functies op tijdens de veldslagen van Eylau en Friedland. De romantische uitspattingen van zijn vleugeladjudant zorgden ervoor dat Murat zich wilde ontdoen van Flahaut. Diens affaire met Caroline Bonaparte kwam Napoleons schoonbroer ter ore, alsook de zaak rond de Poolse gravin Potocka (die op haar beurt een affaire had met Murat). In juli 1807 werd Flahaut benoemd tot officier van het Legioen van Eer.