In 1632 veroverde Frederik Hendrik, tijdens zijn veldtocht langs de Maas, de steden Venlo, Roermond, Stokkem, Sittard en Maaseik. Op 9 juni van dat jaar omsingelden zijn troepen de stad Maastricht. Het Beleg van Maastricht eindigde op 22 augustus met de capitulatie van stad en garnizoen. De stad was nu in handen van de protestantse Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden. Deze nam in het stadsbestuur de plek in van de Brabantse hertog en respecteerde het condominium met Luik. De vredesvoorwaarden gaven protestanten en katholieken dezelfde rechten, dus beiden kregen godsdienstvrijheid. Wel werden als gevolg van die rechten de St.-Janskerk en de St.-Matthiaskerk toegewezen aan de protestanten. In 1638 werden enkele Maastrichtenaren (waaronder de franciscaner pater Vink) ter dood veroordeeld vanwege het Verraad van Maastricht. Als gevolg daarvan moesten de minderbroeders-franciscanen en de eveneens bij het Verraad betrokken jezuïeten de stad verlaten. De middeleeuwse vesting werd gemoderniseerd en op de Markt werd door Pieter Post een nieuw stadhuis gebouwd in Hollandse barokstijl (1664).