Dans la deuxième période de son histoire (1967-2009), la doctrine du HCR se retourne passant de la défense du « droit de partir » à celle du « droit de rester ». Le HCR développe le concept de demande d’asile « manifestement infondée » et d’externalisation de l’asile ainsi que celles justifiant les programmes de « retours volontaires » qui sont souvent, de fait, des retours forcés. Cette évolution, observe Anne Hammerstad, est bien accueillie par les États financeurs qui augmentent massivement le budget du HCR précisément durant cette période. La même relation s’observe en ce qui concerne le conflit bosniaque pour lequel la préoccupation constante du HCR, selon François Crépeau, a été d’éviter un afflux de réfugiés vers les pays de l’Union européenne. De même, Michael Barutciski, auteur d’une thèse sur le HCR, observe que l’extension récente du mandat du HCR à la prise en charge des « déplacés internes » est compatible avec les politiques occidentales de fermeture des frontières et de rejet des exilés, l'argument de l'exil interne servant fréquemment à rejeter les demandes d'asile exprimées dans un pays étranger.