Het bezettingsregime was hard, maar niet te vergelijken met het regime in Polen. Onder het Duitse bewind van de rijksprotector Konstantin von Neurath werden de Tsjechen uitgesloten van vormen van hoger onderwijs. Met name na de moord op de plaatsvervangend Reichsprotektor, Reinhard Heydrich, namen de nazi's wraak en vermoordden onder meer de voltallige bevolking van het dorpje Lidice. Alleen al tussen 28 mei en 9 juni 1942 werden bijna 1800 doodvonnissen uitgesproken door de Duitse krijgsraad. Buiten de aanslag op Heydrich in 1942 en een opstand in Praag in mei 1945 was het verzet van de Tsjechen echter zeer beperkt. Van de Tsjechen kwamen tussen de 36.000 en de 55.000 mensen om het leven. De Joden en de Roma in het Protectoraat werden grotendeels gedeporteerd of vonden de dood.