Društvo je odigralo temeljno vlogo pri pripravi in razvoju grške osamosvojitvene vojne. Na pobudo Filikí Etería je spomladi 1821 izbruhnila vstaja v kneževinah Moldavija in Vlaška ter na Peloponezu. 1. januarja 1822 je zasedanje državnega zbora v Epidavru razglasilo grško neodvisnost. Petnajst dni kasneje je zastavo Héterije zamenjala modro-bela grška zastava.