Tras la conquista de la ciudad en 1248, Fernando III no realizó ninguna actuación en el alcázar. La corte cristiana se estableció durante décadas en los antiguos espacios almohades. Entre 1252 y 1260 Alfonso X aprovechó el espacio del edificio principal para construir el palacio Gótico. Los demás edificios del Alcázar almohade fueron reformados para su posterior uso. En el siglo XIV, tras el terremoto sucedido en 1356, que afectó gravemente a la ciudad, el rey Pedro I ordenó el derribo de tres edificios palatinos almohades para construir el palacio Mudéjar, que se adosó al palacio Gótico alfonsí. La construcción comenzó el mismo año 1356 y, según las inscripciones del propio Alcázar, finalizó en 1364.