Arrivé à Malte, le major général Louis-Alexandre Berthier choisit, pour secrétaire de l'état-major général de l'armée d'Orient, le jeune Brunet, qui reste dès ce jour, attaché à la personne du général Bonaparte, et le suit aux Pyramides, au Caire, à Jaffa, à Saint-Jean d'Acre et à Aboukir.