Xochimilco se geskiedenis strek terug tot Voor-Colombiaanse tye toe in die Meso-Amerikaanse vroee Klassieke tydperk onbekende volkere in dié gebied gevestig het. Tydens die Postklassieke tydperk was Xochimilco 'n belangrike "altépetl" (stadstaat) wat in die 15de eeu deur die Asteekse Driebond oorgeneem is. Dit is saam met Tenochtitlan tydens die Spaanse verowering van die Asteekse Ryk (1519–1521) by die Spaanse Ryk ingelyf en het die graanskuur van Meksikostad geword. Xochimilco se landbou was uniek omdat kunsmatige eilande in vlakwater uit grond en organiese materiale opgerig is, waarop mielies, boontjies, tamaties, koejawels, avokados, patats, paprikas en blomme geweek is. Oorblyfsels van hierdie landbou is nog steeds in Xochimilco te siene en vorm deel van die uitgebreide kanaalstelsel.