С началом войны продолжил обучение в академии, после окончания которой в августе 1941 года был назначен на должность начальника 2-го отделения штаба 260-й стрелковой дивизии, которая вела боевые действия в ходе Орловско-Брянской оборонительной операции, а вскоре — в оборонительных боевых действиях на тульском направлении. В ноябре соединения дивизии вследствие понесённых потерь были включены в состав 290-й стрелковой дивизии, а Некрасов был назначен на должность начальника 1-го отделения — заместителя начальника штаба этой же дивизии, после чего принимал участие в боевых действиях в ходе Тульской, Калужской и Ржевско-Вяземской наступательных операций.