Jáki atya első jelentős tudományos könyve az úttörő "A fizika látóhatára", amelyet a Chicagói Egyetem kiadója adott ki 1966-ban. Ebben, valamint az elkövetkező írásainak jelentős részében Jáki atya tekintélyes és vitatott személyiséggé vált azzal, hogy a nyugati tudomány történetének egy olyan új elbeszélése mellett érvelt és bizonyított, amely mélyen felkavarta azt az általános nézetet, amit kezdetben Francis Bacon, René Descartes és az őket követő utódaik, a 19. századi francia „enciklopédisták” és brit utilitaristák sugalltak és fejtettek ki. Röviden összefoglalva Jáki érve az volt, hogy három előítélet sújtja a tudomány fejlődése és különösen annak sikerei köré font magyarázatot: az empirizmus, az idealizmus és az antiklerikalizmus. Felfedezve és elmélyítve a francia katolikus fizikusok és Pierre Duhem tudománytörténész úttörő munkáit (akiről egy jelentős életrajzot is írt), Jáki atya a középkori vallásosság és tudomány jelentősége mellett érvelt, mint amelyek előkészítették az utat Kopernikusz, Kepler, Galilei és Newton fizikai és csillagászati áttörésének. Sem az ókori vagy a baconi empirizmus, sem az ókori vagy modern idealizmus nem találhatta volna meg a metafizikai realizmus „középútját”, ami aztán a tudományos áttörést mozdította elő a 17. században, legszembetűnőbb példaként Newtonnál.