Vegelius saapui takaisin Suomeen (Vaasaan) kapteeniksi ylennettynä jääkärien pääjoukon mukana 25. helmikuuta 1918. Suomen sisällissotaan hänet komennettiin patterinpäälliköksi Jääkäritykistön 2. patteriin ja otti osaa taisteluihin Länkipohjassa, Pitkäjärvellä, Orivedellä, Kangasalla ja Lempäälässä sekä Tampereella. Tampereen valtauksen jälkeen hänet siirrettiin tykistön uudelleen järjestelyn jälkeen muodostettuun Jääkäritykistöprikaatin 2. jääkäripatteriston komentajaksi ja hän otti osaa sen komentajana taisteluihin Karjalan kannaksella.