Литовцы принимали участие в восстаниях 1830 и 1863 годов. Подавление восстаний отразилось и на церковной жизни, политика русификации, проводимая во второй половине XIX века русским правительством, включала в себя содействие распространению православия и ущемление прав Католической церкви. Множество католических священников было выслано в Сибирь и иные удалённые регионы Российской империи. Ряд католических храмов был превращён в православные церкви, было запрещено строить новые и ремонтировать старые католические храмы. Было запрещено занимать государственные должности (в частности, учителей в школах и гимназиях) лицам католического вероисповедания. В 1865 году Александр II утвердил закон, по которому всем высланным из западных губерний предлагалось в течение 2-х лет продать или обменять свои земли, а покупать их могли только православные. В 1864 году М. Н. Муравьёв, генерал-губернатор Литвы, ввёл запрет на использование латинского алфавита и печатные тексты на литовском языке. Запрет распространялся и на церковные книги. Относительная нормализация церковной жизни в Литве произошла в конце XIX-начале XX веков.