Раненый при обороне Шипки в руку и голову и контуженный, Духонин 5 октября 1877 года был награждён золотой саблей с надписью «За храбрость» и 25 ноября того же года — чином генерал-майора (со старшинством от 5 сентября). Кроме того, в 1878 году ему был пожалован орден св. Станислава 1-й степени с мечами и в 1879 году — орден Святой Анны 1-й степени с мечами.