Gibraltarille palanneet juutalaiset tarvitsivat paikan hartauden harjoittamaiselle, ja vuonna 1724 Gibraltarin kuvernööri William Hargrave antoi kauppias Isaac Nettolle joutomaata Engineer Lanen varrelta. Netto rakennutti sinne vajan, jota alettiin käyttää synagogana. Alkuperäinen vaja tuhoutui vuoden 1766 tulvissa. Sen tilalle rakennettiin uusi, joka vaurioitui espanjalaisten tulituksessa vuosien 1779–1783 piirityksen aikana. Vuonna 1812 sattui tulipalo, jonka jälkeen synagogaa uusittiin jälleen. Silloin siihen rakennettiin nykyinen holvikatto.