ביוני 2011, לאחר עונה אחת בלבד בגנואה, חתם ראפיניה בבאיירן מינכן תמורת 5.75 מיליון אירו, אליה הגיע ביחד עם מנואל נוייר ששיחק עמו בשאלקה 04. ראפיניה הגיע בעיקר כגיבוי לפיליפ לאם בעמדת המגן הימני, ולא תוכנן להיות שחקן הרכב. ראפיניה וכבש את שערו הראשון בקבוצה במשחק ליגת האלופות מול ויאריאל בעונת &lt;a href="%D7%A2%D7%95%D7%A0%D7%AA%202011/2012%20%D7%91%D7%91%D7%95%D7%A0%D7%93%D7%A1%D7%9C%D7%99%D7%92%D7%94"&gt;2011/2012&lt;/a&gt;, ואת שערו הראשון בבונדסליגה במדי באיירן מינכן הבקיע מול פורטונה דיסלדורף בנובמבר 2011 בניצחון 0–5. עד לסיום עונת 2011/12 ערך ראפיניה 24 הופעות ליגה, וסיים עם הקבוצה במקום השני בליגה לאחר בורוסיה דורטמונד. ראפיניה ובאיירן מינכן הפסידו בנוסף בשני גמרים באותה עונה. בגמר הגביע הגרמני בתוצאה 2–5 לבורוסיה דורטמונד, ובגמר ליגת האלופות 2012 לצ'לסי. ראפיניה לא שיחק בשני גמרים אלו. בעונת 2012/13 פחתה משמעותית כמות ההופעות של ראפיניה, שערך 13 הופעות ליגה בלבד. עם זאת, ראפיניה זכה עם באיירן מינכן באותה עונה בטרבל, שכלל אליפות בבונדסליגה וזכיות בליגת האלופות ובגביע הגרמני.