Brooks został wybrany z numerem 26 draftu NBA w 2007 przez Houston Rockets. Przełomowym momentem w karierze Aarona Brooksa była wymiana między Houston Rockets a Orlando Magic, w wyniku której do klubu z Florydy trafił rozgrywający Rafer Alston. Jego miejsce w pierwszej piątce Rockets zajął Brooks. Od tego momentu zdobywał średnio 14,5 punktu i 4,5 zbiórki na mecz. Szczególnie udany występ zaliczył w czwartym meczu półfinałów konferencji przeciwko Los Angeles Lakers, gdy rzucił swój życiowy rekord 34 punktów, a Houston Rockets, osłabieni brakiem Yao Minga doprowadzili rywalizację z przyszłymi mistrzami NBA do stanu 2-2. Ostatecznie Rockets przegrali jednak 3-4.