Hij had het bevel over drie divisies in de Slag bij Hohenlinden (1800) en werd vervolgens door Napoleon naar Portugal gestuurd. Daar was de Sinaasappeloorlog tussen Portugal en Spanje geëindigd met het Verdrag van Badajoz, waarmee Portugal haar bondgenootschap met Groot-Brittannië verbrak. Napoleon was echter ontevreden met het resultaat en stuurde de Franse troepen in Spanje, onder bevel van Leclerc, Portugal binnen. De Portugezen waren gedwongen om op 29 september 1801 het Verdrag van Madrid te tekenen, waarbij Portugal overeenkwam om 20 miljoen francs aan Frankrijk te betalen en Guyana aan Frankrijk af te staan.