הספרדים הביאו עמם לקובה את הנצרות הקתולית, והיא הייתה לדת המרכזית במדינה. באופן רשמי, מאז המהפכה הקובנית, קובה היא מדינה אתאיסטית, ונכון ל-2016, 23% מהאוכלוסייה מגדירים עצמם כחסרי דת. בשנתיים הראשונות לאחר המהפכה עזבו אותה כ-80% מהכמרים ואנשי הדת. הממשל הטיל מגבלות על הכנסייה, ואף האשים אותה בשיתוף פעולה עם ה-CIA בזמן הפלישה למפרץ החזירים. מאז 1991 הקל הממשל את יחסו לכנסייה, וב-1998 אף ביקר במדינה האפיפיור יוחנן פאולוס השני. נכון ל-2016, 60% מהתושבים מגדירים עצמם קתולים