12月12日、村田は同期の奥宮正武とともに出撃し、パナイ号事件を起こした。村田の操縦する九六式艦上攻撃機と僚機で高度2500mからの水平爆撃の直撃弾で「パナイ号」を撃沈した。そのとき村田は攻撃したのは中国船と思っていたが、後に米艦であることがわかった。日本側はアメリカ側に誠意を示して陳謝したが、攻撃した村田にはお咎めはなかった。