В 1701 и 1704 годах — посланник в Берлине, выступал за заключению союза с прусским королём Фридрихом I Гогенцоллерном, однако последний не был заинтересован в союзе с Речью Посполитой. В 1706 году после поражения Августа Сильного Ян Ежи Пржебендовский не признал новым королём Речи Посполитой Станислава Лещинского и вынужден был уехать в эмиграцию. В 1709 году после поражения шведов под Полтавой вернулся в Польшу вместе с Августом Сильным. Участвовал в варшавской вальной раде, где призывал к проведению налоговой реформы. В 1713 году был включен в состав тайного саксонского кабинета при Августе Сильном. В 1727 году Ян Ежи Пржебендовский подписал торговое соглашение с императором Священной Римской империи о свободном товарном транзите через Силезию на Украину.