15 ноября 1935 года Нисидзо Цукахара был произведён в контр-адмиралы, 15 ноября 1939 года — в вице-адмиралы. В апреле 1940 года стал командующим Оборонительного района Тинкай, с 10 сентября 1941 года по 1 октября 1942 года был главнокомандующим 11-м воздушным флотом, который, базируясь на Тайване, участвовал во вторжении на Филиппины, а позднее поддерживал японское наступление в юго-западной части Тихого океана. 8 августа 1942 года, после высадки Союзников на Гуадалканале, Нисидзо Цукахара перебазировался в Рабаул, и принял командование всеми воздушными и морскими силами в районе Соломоновых островов и Новой Гвинеи. Позднее он заболел, и был заменён Дзинъити Кусакой.