Když Švédové roku 1642 plenili Moravu, Balbín obhajoval doktorát. V témže roce provázel po Čechách španělského církevního pedagoga Rodriga de Arriagu. Šest let poté se zúčastnil obrany Prahy. Když hrozil útok švédských vojsk, přihlásil se Balbín ihned do akademického praporu a pod vedením svého profesora, jezuity Jiřího Plachého, udatně hájil Karlův most. Ve studentském praporu bojoval také malíř Karel Škréta a lékař Jan Marek Marků. Při obraně Staroměstské mostecké věže byl Bohuslav Balbín zraněn.