Naitōn tutkimus sai aikaan yhden Japanin arkkitehtuurintutkimuksen vilkkaimmista kiistoista. Arkkitehtuurin historian tutkija Miyakami Shigetaka julkaisi pian omat analyysinsa ja piirustuksensa, jotka haastoivat Naitōn tulkinnan. Shigetakan mukaan "Tenshu sashizu" perustui "Shinchō kōkiin" eikä ollut sen sisältöä tukeva itsenäinen lähde. Naitōn ja Shigetakan johtopäätökset linnan ulkoarkkitehtuurista ovat kuitenkin yhtäpitäviä. Joka tapauksessa kiista kiinnitti huomion Azuchin linnaan oman aikansa arkkitehtuurin huipentumana. Kiistaa ei ole ratkaistu, mutta Naitōn versiota esitellään laajalti linnaa käsittelevissä julkaisuissa. Linnan ylimmistä kerroksista tehtiin myös Sevillan maailmannäyttelyyn vuonna 1992 rekonstruktio, joka perustui Naitōn tulkintaan.