Finalement, Côme réussit à revenir en Serie A en 2002-2003, après des années difficiles. Mais cette joie est de courte durée : avant-dernier avec 24 points en 34 journées, il est relégué. En parallèle, le club connaît de graves difficultés financières et est vendu par le président Enrico Preziosi. Une spirale négative semble l'engloutir : en trois ans, il connaît autant de rétrogradations. De plus, le 22 décembre 2004, il est officiellement mis en faillite et obligé de repartir au niveau amateur, en Serie D.