Nu în limitele teritoriale ale României propriu-zise, unde se aplicau legile civile, au fost comise cele mai mari crime, ci în Transnistria, teritoriu sub administrație militară, anexat formal de România. Crimele au fost comise din ordin, pe militarii șovăielnici așteptându-i aspre pedepse, cum reiese clar din declarațiile mareșalului Antonescu. Evreii care treceau Bugul meridional (limita răsăriteană a Transnistriei) fugind de Einsatzgrupele naziste, erau predați înapoi. Câteva zile după trecerea Prutului, un incident cu niște soldați dezertori care trăseseră într-o patrulă a declanșat pogromul de la Iași în care 12.000 de evrei ieșeni, civili, au fost măcelăriți sau închiși într-un tren de marfă în care au murit de sete și foame.