16 мая 1648 года Чарнецкий был среди многочисленных польских дворян, которые оказались в плену у Богдана Хмельницкого после битвы под Жёлтыми Водами. Он был послан в цепях в Крым, откуда был выкуплен за большие деньги в 1649 году. После этого он вновь принимал активное участие в битвах против казаков во время восстания Хмельницкого, в том числе и в победной для поляков Берестецкой битве (1651) и в разгромной битве под Батогом (1652). В последней он едва избежал смерти, спрятавшись в стоге сена и наблюдая расправу казаков над несколькими тысячами поляков. Вследствие этого он всегда придерживался мнения, что никакие компромиссы с врагами Речи Посполитой невозможны.