Rice sostenne l'invasione da parte del Ruanda, dell'Uganda, dell'AFDL e dell'Angola dello Zaire (più tardi conosciuta come la Repubblica Democratica del Congo) nel 1996 e la destituzione del dittatore Mobutu Sese Seko, dicendo privatamente che "tutto è meglio di Mobutu ". Secondo Gérard Prunier uno dei collaboratori del Segretario aggiunto ha detto che "l'unica cosa che dobbiamo fare è guardare dall'altra parte", rispetto all'intervento continuo del Ruanda. Il corrispondente del New York Times, Howard W. French, ha detto che, secondo le sue fonti, la stessa Rice ha fatto l'osservazione. Le guerre del Congo, guidate dal Ruanda, hanno provocato oltre cinque milioni di morti. Nel 2012, quando ricopriva il ruolo di ambasciatrice alle Nazioni Unite, Rice si è opposta agli sforzi di condannare pubblicamente il presidente ruandese Paul Kagame per aver sostenuto nuovamente un gruppo di ribelli congolesi, questa volta nel conflitto congolese del 2012, nonostante il saccheggio della capitale regionale di Goma. Il governo ruandese è stato un cliente quando Rice ha lavorato a Intellibridge nel 2001-02.