El "HMS Indomitable" fue trasladado a apoyar acciones en la costa africana, en la isla de Madagascar y luego en Durbán donde se reunió con su cuasigemelo el HMS "Illustrious" y luego participó en la Operación Pedestal prestando apoyo a la línea de suministros destinadas a la sitiada isla de Malta. En este escenario tuvo su peor momento ya que fue atacado por Stukas y alcanzado por bombas de 500 kg que penetraron su cubierta blindada en el sector de ascensores causándoles 50 bajas, los daños fueron lo suficientemente graves como para ser enviado a los Estados Unidos para reparación hasta febrero de 1943.