V roce 1949 Nizozemsko patřilo mezi 12 zakládajících členských států NATO. Po pádu Berlínské zdi v roce 1989 se Severoatlantická aliance angažovala ve válce v Jugoslávii. První vojenské operace NATO proběhly mezi lety 1992 a 1995 při válce v Bosně a Hercegovině a později v roce 1999 v Jugoslávii. V ovzduší občanské války v Jugoslávii přijala Rada bezpečnosti OSN rezoluci č. 824, která vyhlásila města Sarajevo, Tuzla, Bihać, Goradže, Žepa a Srebrenica bezpečnými zónami pod záštitou Ochranných sil Spojených národů (UNPROFOR), v nichž klíčovou roli hrála nizozemská armáda. 11. července 1995 Srbové dobyli bosňáckou enklávu Srebrenici, obléhanou od léta 1992. Zahynulo a zůstalo nezvěstných 8373 bosňáckých mužů a chlapců ve věku od 13 do 77 let, což z "bezpečné zóny" učinilo dějiště největšího hromadného masakru v Evropě po druhé světové válce. Tehdy fatálně selhali nizozemští vojáci UNPROFOR. V červnu roku 2017 odvolací soud v Haagu v zásadě potvrdil rozsudek civilního soudu z roku 2014, na základě kterého nese Nizozemsko část viny na masakru bosenských muslimů v Srebrenici v roce 1995. Podle rozsudku je stát zodpovědný za smrt asi 300 muslimských mužů, jejichž deportaci z tzv. bezpečné zóny OSN do rukou bosensko-srbských jednotek umožnili nizozemští vojáci.