Preud’homme nahm als "Nummer 1" mit der belgischen Nationalmannschaft an den Fußballweltmeisterschaften 1990 und 1994 teil. Bei dem Turnier 1994 wurde er zum besten Torhüter der WM und im selben Jahr zum Welttorhüter des Jahres gewählt. Bereits 1989 erhielt er eine Auszeichnung als zweitbester Torhüter der Welt hinter Walter Zenga. Für sein erstes großes Turnier wurde Preud’homme bereits 1980 nominiert, als ihn Trainer Guy Thys in den Kader für die Europameisterschaft berief. Damals war er hinter den älteren Theo Custers und Jean-Marie Pfaff aber nur dritter Torwart. Sein letztes Spiel für die "roten Teufel" absolvierte Preud’homme im Achtelfinale der WM 1994 bei der 2:3-Niederlage gegen Deutschland.