Al setembre de 1856 el general de brigada William S. Harney va tornar a Florida com a comandant de les tropes federals. Recordant les lliçons apreses en la segona Guerra Seminola va posar en peus un sistema de forts al llarg de la frontera de la Florida i les patrulles s'endinsaven al territori seminola. Va planejar confinar-los als aiguamolls del Big Cypress i als Everglades, perquè creia que allí no podrien sobreviure. Es presumeix que va poder capturar als indis perquè van sortir dels aiguamolls a la recerca d'espais secs on poder conrear. Part del pla de Harney va implicar l'ús de bots per arribar a les illes i altres àrees seques en els pantans. Va intentar posar-se en contacte amb ells però sense resultat. A principis de gener de 1857, va ordenar a les seves tropes a perseguir enèrgicament als indis. El pla de Harney va donar pocs resultats però, i va ser transferit juntament amb el 5è d'Infanteria a Kansas per ajudar en els aixecaments de l'abril.