Sein erstes Spiel für die Schweiz absolvierte Jan von Arx an der U18-Junioren-Europameisterschaft 1995. Sowohl an der Junioren-Weltmeisterschaft 1997, als auch an der Junioren-Weltmeisterschaft 1998 gehörte er zum Kader der Schweizer U20-Nationalmannschaft. 1999 wurde er erstmals in die Schweizer Eishockeynationalmannschaft berufen und nahm an der Weltmeisterschaft 1999 teil, wo er in vier Spielen zwei Tore und zwei Assists erzielte.