Kahn daha önceden Almanya millî futbol takımı 1994 FIFA Dünya Kupası kadrosuna çağrılsa da ilk millî karşılaşmasına çapraz bağlarındaki zedelenmenin iyileşmesinden iki ay sonra, 23 Haziran 1995'te İsviçre millî futbol takımına karşı oynanan maçta çıktı. Oliver Reck ile birlikte, İngiltere'de düzenlenen Euro 96'yı kazanan takımın kadrosunda yedek kaleciydi. Fransa'daki 1998 FIFA Dünya Kupası'nı yedek kulübesinde seyretti fakat Andreas Köpke'nın turnuva sonunda emekliliğini açıklaması Kahn için ilk 11'de başlamak anlamına geliyordu. İki yıl sonra Euro 2000'de hayal kırıklığı yaratarak grupları geçemeyen Almanya'da kaptanlığı da forvet Oliver Bierhoff'tan Kahn devraldı.