Als Kommandeur schickte Wharton im Jahr 1811 Truppen nach Georgia und Florida, um zusammen mit Einheiten der Armee Aufstände der natürlichen Ureinwohner Nordamerikas („Indianer“) niederzuschlagen. In Whartons Amtszeit fiel der britisch-amerikanischen Krieg von 1812, der für die "Marines" Einsätze in Annapolis, Fort McHenry, Portsmouth, Bladensburg und New Orleans brachte; sie kämpften ferner unter General Henry Dearborn an der Grenze zu Kanada.