Наприкінці березня 2010 року в Москві і в Дагестані сталися великі теракти. 29 березня 2010 в московському метро сталися два вибухи, в результаті яких загинули 40 людей, а 31 березня в дагестанському Кизлярі в результаті вибухів загинуло 12 людей. Вже через кілька годин після першого теракту Бортніков заявив, що, за попередніми даними, їх здійснили «угруповання, які мають відношення до Північного Кавказу». 1 квітня глава ФСБ заявив, що ці дані підтвердилися, а організатори московських і кизлярських вибухів вже відомі. При цьому Бортніков визнав зростання кількості терактів і заявив, що боротьба з терористами повинна вестися до кінця, в той же час відзначивши важливу роль «попереджувальних заходів, роз'яснювальної роботи в ЗМІ, з духовенством, сприяння людям, які оступилися».