Vier Jahre später feierte Walchhofer bei der Weltmeisterschaft 2003 in St. Moritz den größten Erfolg seiner Karriere. Wohl hatte er kurz zuvor durch den Sieg in der Kombination in Kitzbühel seinen ersten Weltcuperfolg geschafft; in Weltcup-Abfahrten war er noch sieglos gewesen, doch mit vier zweiten Plätzen in der laufenden Saison kam sein Titel im Abfahrtslauf, in dem er mit Start-Nr. 31 gestartet war und mit einem Vorsprung von 51 Hundertstelsekunden auf den Norweger Kjetil André Aamodt gewann, nur bedingt überraschend. Erst am 29. November 2003 realisierte er in der Abfahrt von Lake Louise in dieser Disziplin seinen ersten Sieg.