Red River kampagnen fra marts – maj 1864 anså hans overordnede, Ulysses S. Grant, for en strategisk forstyrrelse, da han ønskede, at Banks i stedet skulle rykke østpå og erobre Mobile, Alabama, som del af en koordineret række offensiver i foråret 1864. Banks var uenig i planen, og håbede i stedet at kunne iværksætte en ekspedition, som skulle erobre Galveston, men offensiven blev beordret af stabschefen Henry W. Halleck. Hallecks plan var godkendt af Lincolns regering og general Banks gik i gang med at udføre den under protest. Han kæmpede mod general Richard Taylor (søn af tidligere præsident Zachary Taylor) og blev tvunget til at trække sig tilbage efter en kampagne, som ikke udrettede meget. En flådestyrke under David Dixon Porter ankom til Red River med det formål at erobre bomuld som et værdifuldt krigsbytte, og Banks tillod rige spekulanter at deltage i indsamlingen af bomuld. Hertil kom en tilknyttet styrke, som var ude af stand til at komme ad landvejen fra Arkansas, to tilknyttede korps under General William T. Sherman som fungerede delvist uafhængigt og en faretruende lav vandstand på floden som forsynede hæren. Sydstaternes styrke på Red River var underlagt Jonathan H. Carter og overgav sig først i juni 1865, to måneder efter at Robert E. Lee overgav sig ved Slaget ved Appomattox Courthouse i Virginia.