Своей игрой де Бур вновь привлёк внимание представителей тренерского штаба «Аякса», в состав которого вернулся в 1993 году. На этот раз он сыграл за команду из Амстердама следующие шесть сезонов. За это время Де Бур вместе с командой четыре раза становился чемпионом Нидерландов, дважды — обладателем Суперкубка, обладателем Кубка, победителем Лиги чемпионов УЕФА, обладателем Межконтинентального кубка, обладателем Суперкубка УЕФА.