Les années suivantes l'indépendance, le premier président Ahmed Ben Bella noue des relations fortes avec Gamal Abdel Nasser, tous deux amis de longue date étant fervent défenseur du panarabisme.Ahmed Ben Bella est néanmoins renversé après trois ans passés au pouvoir lors du coup d'État de 1965 mené par son vice-président Houari Boumediene qui prend le pouvoir. Cet événement provoque une détérioration de quelques mois des relations entre l’Algérie et l'Égypte, mais celles-ci reprennent lorsque Conseil de la révolution en Algérie confirme que la politique socialistes et tiers-mondistes menée par Ahmed Ben Bella.