Поселение возникло в 1930 году как поселок спецпереселенцев (раскулаченных). Название восходит к гидрониму (реке Сухая Скопкортная (ранее Скопкартна)). К 1950 году Скопкортная известна как лесоучасток. С 18 апреля 1974 года по 2006 год — центр Скопкортненского (первоначально Верх-Яйвинского) сельсовета.