Im 7. Jahrhundert wird Thun in der Fredegar-Chronik erwähnt. Im Jahre 1033, als Konrad II. den Titel als König von Burgund verliehen bekam, wurde Thun ins Heilige Römische Reich eingegliedert. Vor 1200 bauten die Herzöge von Zähringen das heutige Schloss und erweiterten die Stadt um die Hauptgasse bis zum Rathausplatz. Im Mittelalter standen auf dem Schlossberg eine Kirche und eine Burg und an der Aare eine Siedlung mit einem Flussübergang. Gegen Mitte des 12. Jahrhunderts gehörte die Gegend zum zähringischen Rektorat Burgund. Als das Geschlecht der Zähringer 1218 ausstarb, erbten die ostschweizerischen Grafen von Kyburg die Stadt. Im 12. und 13. Jahrhundert bestanden zudem zwei Adelsfamilien, die sich von Thun nannten, eine freien Standes und die andere als kyburgische Ministerialen. 1264 erhielt Thun das Stadtrecht. Auseinandersetzungen um die Herrschaft im Hause Kyburg führten 1322 zum Brudermord im Schloss Thun. Graf Eberhard, der Brudermörder, musste Hilfe bei Bern suchen und Thun 1323 an Bern verkaufen. Er erhielt die Stadt als Lehen zurück, seine Nachfahren mussten sie aber 1384 zusammen mit Burgdorf endgültig an Bern abtreten. 1476 erhielten die Thuner als Auszeichnung für ihre Leistungen in der Schlacht bei Murten an Stelle des schwarzen Sterns einen goldenen in ihr Wappen.