Vieira erotti armeijan komentajan Ansumané Manén 6. kesäkuuta 1998. Mané joukkoineen alkoi kapinan Vieiran hallintoa vastaan, mikä johti sisällissotaan. Rauhansopimus allekirjoitettiin marraskuussa ja samalla muodostettiin tilapäishallitus, jonka oli tarkoitus johtaa maata vuoden 1999 uusiin vaaleihin. Parlamentti vaati 27. marraskuuta Vieiran eroa.