Během tažení 1813 v Sasku velel MacDonald 11. sboru. V květnu bojoval statečně v bitvách u Grossgörschen a u Budyšína, ale byl pak těžce poražen Blücherem na Kačavě (26. srpna 1813). V bitvě u Lipska kryl ústup Francouzů a unikl přeplaváním řeky Bílý Halštrov v místech, kde zahynul maršál Poniatowski. Na dalším ústupu pak velel levému křídlu proti Blücherovi.