Eine erste armenisch-katholische Gemeinde in Damaskus entstand 1763. Erster Pfarrer war von 1778 bis 1782 Hovsep Takatlian. Auf alten Stadtplänen kann man erkennen, dass die alte armenisch-katholische Kirche von Damaskus neben dem Lazaristenkloster an der östlichen Ecke der Al-Azariya-Straße (Lazarus-Straße, ) mit der Michael-Naimy-Gasse () stand. Diese wurde 1860 beim Massaker im Christenviertel von Damaskus schwer beschädigt. Die heutige armenische Kathedrale wurde 1930 von den Jesuiten errichtet, der rechts davon befindliche Sitz des Erzbistums bereits 1920. Auf den alten Karten ist die Kirche deshalb noch als Jesuitenkirche verzeichnet. Die Jesuiten konnten den Gebäudekomplex jedoch nicht halten, und so wurden das heutige Grundstück und Gebäude der armenisch-katholischen Gemeinde 1959 durch diese mit Geldern des Philanthropen Hanin Elias Qudsi (1893–1971) erworben. Auch eine Schule wurde 1961 mit dessen Geldern fertiggestellt. Am 6. November 1984 wurde das armenisch-katholische Patriarchal-Exarchat Damaskus errichtet, so dass die armenisch-katholische Kirche der Altstadt von Damaskus zur Kathedrale wurde. In den Jahren 2000 und 2001 wurden die Kirche, der Bischofssitz und weitere Räumlichkeiten erneuert. Die Kirche erhielt nun den Namen Kathedrale der Königin des Universums. Bischof wurde 1997 Hovsep Arnaoutian, und Pfarrer der Gemeinde in Damaskus wurde Parsegh Baghdasarian. Zu dieser Zeit gab es in Damaskus 5000 armenische Katholiken in 700 Familien.