Morales remporte la Série mondiale 2013 avec Boston. Il se bat contre des blessures toute la saison régulière. Celle-ci ne débute qu'à la fin mai, le temps de soulager des douleurs causés par un disque du dos. Un mois plus tard, il retourne sur la liste des blessés. Après un premier match comme lanceur partant le 30 mai contre Philadelphie, il n'est utilisé que comme releveur. Finalement, il ne lance que dans 20 matchs des Red Sox, remporte deux victoires contre deux défaites, et affiche une moyenne de points mérités de 4,62 en 25 manches et un tiers lancées. En séries éliminatoires, il accorde un point aux Rays de Tampa Bay en un tiers de manche dans la Série de division mais blanchit les Tigers de Détroit malgré deux coups sûrs et un but-sur-balles accordés en une manche lancée au total en deux apparitions en Série mondiale.