O "Kaga" bateu em um recife de coral em Palau no dia 1º de fevereiro depois de ter partido para tentar interceptar porta-aviões norte-americanos que estavam atacando o Mandato do Pacífico Sul. Os danos reduziram sua velocidade máxima para dezoito nós. Reparos temporários foram realizados e ele continuou para o Mar de Timor, onde a Primeira e Segunda Divisão de Porta-Aviões lançaram ataques aéreos contra Darwin, na Austrália, a partir de um ponto cem milhas náuticas (190 quilômetros) ao sudoeste da extremidade oriental de Timor. O "Kaga" contribuiu com 27 B5N que carregavam bombas, dezoito D3A e nove Zero, que pegaram os defensores de surpresa. Oito navios foram afundados, incluindo o contratorpedeiro norte-americano , com outros catorze sendo danificados, enquanto o porta-aviões perdeu apenas um B5N. A embarcação deu cobertura para a invasão de Java em março a partir da Baía de Staring, porém sua única contribuição foi lançar 27 B5N e nove Zero no dia 5 para um ataque contra Tjilatjap. As aeronaves bombardearam navios mercantes no porto, afundando oito, e atacaram baterias antiaéreas e um armazém. A maior parte das forças Aliadas nas Índias Orientais Holandesas se renderam no final do mês. O "Kaga" não pode participar de um ataque no Oceano Índico em abril por causa dos danos sofridos na colisão com o recife de coral. Ele em vez disso seguiu para Sasebo em 15 de março e entrou em uma doca seca no dia 27, com os reparos sendo finalizados em 4 de maio.