С 1918 по 1921 год Смилга являлся членом Реввоенсовета последовательно т. н. Северо-Уральского-Сибирского фронта (до 20 июля 1918), 3-ей армии Восточного фронта (с 20 июля по 22 октября 1918), Восточного фронта (с 28 октября 1918 по 3 апреля 1919), Юго-Восточного фронта (с 30 сентября 1919 по 16 января 1920), Кавказского фронта (с 16 января по 21 мая 1920 и с 26 января по 29 мая 1921), Западного фронта (с 30 мая по 24 октября 1920), Южного фронта (с 25 октября по 10 декабря 1920) и Крымского фронтов. Был членом Революционного военного совета с 8 мая 1919 по 24 марта 1923 года. 31 мая 1919 года был назначен начальником Политуправления РВСР, руководившего деятельностью всех комиссаров в РККА. Этот пост занимал по январь 1921 года. Участвовал в боях против войск Алексея Каледина, Антона Деникина, повстанческих отрядов на Кавказе, Урале и Сибири, а также Вёшенского восстания. Судил штаб конно-сводного корпуса во главе с Борисом Думенко.