À cette époque John Comyn est encore en opposition contre Édouard comme le montre le commandement royal du de cette année à Jeanne, l'épouse de Comyn, de venir à Londres avec ses enfants sans délai. Après la défaite de l'armée anglaise à la bataille de Stirling Bridge par William Wallace et Andrew de Moray († 1297) le , Édouard prend la menace écossaise au sérieux. Il établit son quartier général à York dans l'été de 1298, et le il défait les Écossais à la bataille de Falkirk. John III Comyn participe avec sa cavalerie aux forces armées écossaises menées par William Wallace.