Era il figlio più giovane di Gneo Pompeo Magno e della sua terza moglie, Mucia Terzia. La sua data di nascita è di dubbia collocazione, si propende per gli anni tra il 68 a.C. e il 66 a.C., se si tiene conto degli studi di Emilio Gabba, in contrasto con la fonte di Appiano che la pone nel 75 a.C. Ebbe una sorella, Pompeia, e un fratello maggiore Gneo Pompeo il Giovane, comandante di tredici legioni durante la battaglia di Munda, nella quale perse la vita. I due fratelli seguirono le orme del padre nella guerra contro Cesare.