Il participe à la bataille de Lincoln (1141) au cours de laquelle ses troupes sont mises en fuite et Étienne est capturé. À la bataille de Winchester, quelques mois plus tard, Guillaume est devenu le chef militaire du parti d'Étienne toujours emprisonné. Il dirige les troupes loyalistes et met en déroute les troupes de l'Emperesse. À la suite de cette bataille, Guillaume (III) de Warenne capture Robert de Gloucester, capitaine des troupes de Mathilde, ce qui permet un échange contre Étienne.