هاشمی در دوره جنگ، علاوه بر ریاست مجلس، یکی از ائمه جمعه موقت تهران (تا سی سال بعد)، نماینده امام (خمینی) در شورای عالی دفاع (بعد از کشته شدن مصطفی چمران در سال ۱۳۶۰)، و جانشین فرمانده کل قوا در ماه‌های پایانی جنگ ایران و عراق بود. او در وادار کردن روح‌الله خمینی به پذیرش خاتمه جنگ با عراق نیز نقش داشت. تنها سه ماه بعد از آن‌که هاشمی در خرداد ۱۳۶۷ از سوی روح‌الله خمینی به جانشینی فرماندهی کل قوا منصوب شد، ایران قطعنامه ۵۹۸ شورای امنیت را پذیرفت.