Den lutherske reformasjonen ble gjennomført i 1539 i Berlin. Under tredveårskrigen mellom 1618 og 1648 ble en tredjedel av byen ødelagt og befolkningen redusert til halvparten. Kurfyrst Fredrik Vilhelm av Brandenburg gav Berlins innbyggere stor religionsfrihet og oppmuntret til storstilt immigrasjon. Blant annet omfattet denne immigrasjonen franske hugenotter. I løpet av Fredrik Vilhelms regjeringstid økte Berlins befolkning til 20 000, hvorav en tredjedel var franskmenn. Også jøder ble gitt lov å slå seg ned i byen, og det kom mange innvandrere fra Bøhmen, Polen og Salzburg. I de følgende årene ble forstedene Friedrichswerder, Dorotheenstadt og Friedrichstadt grunnlagt.