Noch wichtiger als seine diplomatischen Aufgaben waren jedoch seine Rolle als Militärkommandant. Während des Französisch-Englischen Kriegs beschattete er im August 1202 zusammen mit William Marshal und dem Earl of Surrey die französische Armee unter Philipp II., als sie nach Johanns Sieg bei Mirebeau die Belagerung von Arques abbrach. Dabei entkamen sie nur knapp einem französischen Gegenangriff unter Guillaume II. des Barres. 1203 erhielt Salisbury die wichtige Burg von Pontorson an der Grenze zur Bretagne zurück, die er zuvor gegen Besitzungen in England eingetauscht hatte. Da er zudem Verwalter der Burg von Avranches war, sollte er so Angriffe von der Bretagne auf die Normandie abwehren. Nachdem die Normandie 1204 von Frankreich erobert worden war, erhielt Salisbury im Mai 1204 das Kommando in der Gascogne. Im September 1204 wurde er Constable von Dover Castle und Warden of the Cinque Ports, was er bis Mai 1206 blieb. Im 1205 segelte er mit Verstärkungen nach La Rochelle. 1208 ernannte ihn der König zum Hüter der Welsh Marches, und 1210 nahm er am Feldzug des Königs nach Irland teil.