Евгений Николаевич Андреев скончался 12 июля 1889 года в Париже, во время проведения Всемирной Парижской выставки, где он был комиссаром русского отдела. Тело Андреева было перевезено в Российскую империю, он был похоронен в Санкт-Петербурге на Новодевичьем кладбище.