Ausztria német megszállása után azonban visszatért Bécsbe, itt töltötte élete utolsó éveit. Itt hunyt el, rövid idővel a második világháború vége előtt, 1944. február 12-én, 88 éves korában. A Habsburg család hagyományos temetkezőhelyén, a bécsi kapucinusok templomának kriptájában helyezték örök nyugalomra.