Далее о судьбе Балдуина Ибелина ничего не известно вплоть до 1246 года, когда король Генрих I Лузиньян пожаловал ему должность сенешаля Кипрского королевства. В 1247 году Балдуин от имени короля Генриха во главе ста кипрских рыцарей участвовал в провальной обороне Аскалона от осадивших город айюбидских войск. В 1249 году Балдуин, вместе со своим братом Ги Ибелином, во главе кипрских рыцарей присоединился к Седьмому крестовому походу под руководством французского короля Людовика IX. В апреле 1250 года после поражения крестоносцев при Фарискуре Балдуин Ибелин вместе с королён Людовиком IX попал в плен к египтянам, но через месяц был освобождён за выкуп.