Жубер је погинуо 1799. године у бици код Новог. Наполеон Бонапарта се октобра исте године вратио из Египта. Сијес је њему предложио исто што и Жуберу. Борба против Друге коалиције текла је успешно, а Наполеон није желео да све заслуге припадну Директоријуму. Због тога је прихватио Сијесов план. У државном удару 18. бримера збачен је други Директоријум. Наполеон је преузео власт формирајући привремени Конзулат. Сијес и Роже-Дико били су друга двојица конзула. Убрзо је Сијес пензионисан на месту привременог конзула. Постао је један од првих чланова Сената. Представљао је Сенат 1799. године. Од Наполеона је добио велико имање у Крону.