En-Nesyri werd door toenmalig bondscoach Herve Renard als negentienjarige geselecteerd voor de Afrika Cup 2017. Hij kwam daar met Marokko tot de kwartfinale en maakte 3-1 in de gewonnen wedstrijd tegen Togo. Ook werd En-Nesyri als tweede spits opgeroepen voor het WK 2018. Hij kwam daarop in de laatste groepswedstrijd tegen Spanje in actie en kopte Marokko in de blessuretijd op voorsprong. Na het WK werd En-Nesyri de eerste spits en kwam hij met Marokko op de Afrika Cup 2019 vier keer in actie. Hij scoorde in de groepsfase tegen Ivoorkust en in de achtste finale tegen Benin.