मध्यकाल में चारीकार ख़्वारेज़्मी साम्राज्य का हिस्सा था। सन् १२२० में चंगेज़ ख़ान की मंगोल फौजों ने इसपर हमला कर दिया लेकिन परवान के युद्ध में ख़्वारेज़्मी शासक जलालुद्दीन मिंगबुरनु () ने उन्हें किसी तरह टोक दिया जिस से वह और उसकी कुछ फ़ौजें ख़्वारेज़्मी साम्राज्य के नष्ट होने के बावजूद स्वयं बच पाई। १९वीं सदी की शुरुआत पर यह चंद हज़ार लोगों की जनसँख्या वाला एक व्यापारिक शहर बन चुका था। सन् १८४१ में प्रथम आंग्ल-अफ़ग़ान युद्ध के काल में यहाँ एक ब्रिटिश राज की छावनी तैनात थी जिसमें लगभग २०० गोरखा तथा अँगरेज़ सैनिक थे। कुछ-एक को छोड़कर लगभग सभी स्थानीय क़बीलाई लोगों द्वारा मारे गए। उस हादसे का वर्णन लिखते हुए एक ब्रिटिश अफ़सर ने कहा कि तब चारीकार के आसपास बहुत से मिट्टी के क़िले बने हुए थे। १९७९-८९ काल में अफ़ग़ानिस्तान में सोवियत युद्ध के दौरान भी यहाँ बहुत ज़बरदस्त लड़ाई हुई।