1979 starb der gesamte Kader von Pachtakor in einem Flugzeugunglück an Bord einer Tupolew Tu-134. Eine neue Mannschaft wurde aus Freiwilligen zusammengestellt. In den folgenden drei Jahren sollte Pachtakor laut Beschluss des sowjetischen Fußballverbandes seinen Platz in der obersten Spielklasse in jedem Fall behalten dürfen, unabhängig von den sportlichen Ergebnissen. Kurz darauf kam Andrei Jakubik zum Verein, der maßgeblich dazu beitrug, dass der Club 1982 auf dem sechsten Tabellenplatz landete – der bisher besten Platzierung. 1984 musste man aber den Abstieg in die Perwaja Liga antreten, in der man sechs Jahre lang verblieb. In der Saison 1990 gelang jedoch der Wiederaufstieg, so dass man 1991 die letzte Spielzeit der Sowjetunion noch einmal in der obersten Liga verbrachte.