Jandarbijew wurde als Drahtzieher hinter dem Angriff von Schamil Bassajews islamistischer Tschetschenen-Guerilla-Bewegung auf die benachbarte russische Teilrepublik Dagestan im Jahre 1999 angesehen. Diese Aktion führte zum Zweiten Tschetschenienkrieg, in dessen Folge Jandarbijew das Land verließ. Nach Aufenthalten in Pakistan und den Vereinigten Arabischen Emiraten ließ er sich schließlich 2001 in Katar nieder, wo er sich um Unterstützung der muslimischen Glaubensbrüder für die tschetschenische Sache bemühte. Dieser Umstand führte zu erheblichen Spannungen zwischen Russland und dem Emirat Katar, das sich trotz eines Interpol-Haftbefehls weigerte, Jandarbijew auszuliefern.