В мае 1940 года Войтановский был арестован югославскими властями за антигосударственную деятельность и отправлен в тюрьму Главняча. Однако после нападения Германии на Югославию и последующей капитуляции страны он был освобождён. 10 апреля 1941 года, в день провозглашения Независимого Государства Хорватия по радио он приветствовал хорватских националистов-усташей и поддержал образование НГХ, руководителем которого стал поглавник Анте Павелич. 12 апреля того же года он дал указание всем украинским националистическим единицам на территории НГХ присягнуть «на верность хорватскому государству и его вождю доктору Анте Павеличу», а также приготовить всё в Боснии для прихода хорватских войск и их союзников из оси