W czasie I wojny światowej początkowo był przeciwny włączeniu się Stanów Zjednoczonych do wojny, później służył ochotniczo jako szeregowiec United States Army na terenie kraju. W styczniu 1919 roku został zwolniony z armii i przydzielony do amerykańskiej delegacji na konferencję pokojową w Paryżu jako ekspert do spraw Finlandii i krajów bałtyckich. Pełnił tę funkcję do 17 czerwca 1919 roku. W 1925 roku otrzymał tytuł profesorski na Harvard University. W latach 1939–1940 zorganizował Harvard Columbus Expedition, wyprawę śladami Kolumba na pokładach dwóch żaglowców: barkentyny „Capitana” oraz kecza „Mary Otis”. Przepłynęła ona Ocean Atlantycki do Hiszpanii i z powrotem, odwiedzając wybrzeża wysp karaibskich, odkrytych przez Kolumba. Owocem ekspedycji była biografia Kolumba, "Admiral of the Ocean Sea" (1942), która przyniosła Morisonowi jego pierwszą Nagrodę Pulitzera w dziedzinie biografii w roku następnym.