A vereség az Észak-Virginiai hadjárat fő összecsapásában, a Második Bull Run-i csatában 1862. augusztus 30-án be is következett. Pope több mint kétszeres létszámfölénye ellenére nem volt képes megsemmisíteni Stonewall Jackson hadtestét és a beérkező jelentések ellenére sem szentelt figyelmet James Longstreet hadtestének, melynek „idejében indított, erőteljes és elsöprő” támadása megfutamította hadseregét a manassasi csatamezőről. Lee olyan közel került az uniós hadsereg megsemmisítéséhez, amennyire az lehetséges volt. Az uniós hadsereg ezer katonájából kb. -et veszített el. 1862. szeptember 1-jén Chantilly-nél újra összecsapott a két hadsereg. Stonewall Jackson hadteste megütközött két uniós hadosztállyal és mindkettő parancsnokát megölve megverte őket. Az ellenállásra képtelenné vált Virginiai hadsereg rendezetlenül özönlött vissza Washington felé, a katonák pedig McDowellt és Pope-ot átkozták. Pope Hallecknek küldött táviratának hangneme letargikussá vált és a főváros felé vánszorgó hadsereg elolvadásának veszélyéről írt.