Im darauffolgenden Jahr 2013 konnte Whitlock nahtlos an die Erfolge aus dem Vorjahr anknüpfen. Bei den Einzel-Europameisterschaften im April in Moskau war er mit der Silbermedaille im Mehrkampf, der Goldmedaille im Einzelfinale beim Bodenturnen und der Bronzemedaille am Pauschenpferd der erfolgreichste Athlet. An seinem Spezialgerät dem Pauschenpferd wurde er im Oktober bei der Weltmeisterschaft im belgischen Antwerpen Vizeweltmeister, während er im Mehrkampf beim gleichen Wettbewerb mit dem 4. Platz nur knapp eine Medaille verpasste.