Bilić började sin karriär 1988 i sin moderklubb Hajduk Split. Senare hade han framgångsrika säsonger med Karlsruher SC i Tyskland och West Ham United och Everton i England innan han avslutade sin spelarkarriär 2001. På landslagsnivå var Slaven Bilić en av Kroatiens mest pålitliga försvarare under förbundskaptenen Miroslav Blažević och spelade 44 landskamper mellan 1992 och 1999. Bilić deltog med Kroatien i två slutspel, EM 1996 och VM 1998. Vid VM-slutspelet i Frankrike 1998 tog Kroatien brons och Bilić lagkamrat Davor Suker blev slutspelets skyttekung.