Po raz pierwszy na arenie międzynarodowej Manuel Maierhofer pojawił się 3 marca 2007 roku w Toblach, gdzie w zawodach juniorskich zajął 24. miejsce w zawodach metodą Gundersena. W 2010 roku wystartował na mistrzostwach świata juniorów w Hinterzarten, gdzie zajął 40, miejsce w zawodach indywidualnych. Jeszcze dwukrotnie startował na imprezach tego cyklu, najlepsze wyniki osiągając podczas MŚJ w Erzurum w 2012 roku, gdzie indywidualnie był jedenasty, a w sztafecie wywalczył srebrny medal. W sezonie 2011/12 zwyciężył w klasyfikacji generalnej cyklu Alpen Cup, sześciokrotnie zajmował miejsca na podium, z czego dwa razy wygrał, trzy razy był drugi i raz trzeci.