У 1998 році Данкан був покликаний в національну збірну США для участі на чемпіонаті світу. Однак, через локаут було прийнято рішення про розформування цієї команди і набір нової з гравців, що представляють та місцеві коледжі. Перший шанс зіграти за збірну представився в 1999, коли Данкана викликали на відбіркові матчі до Олімпійських ігор. Він набирав 12,7 очка, 9,1 підбирання і 2,4 блокшота в середньому за гру і допоміг команді здобути у кваліфікації 10 перемог у 10 матчах. Але взяти участь у Олімпіаді в Сіднеї Данкану не судилося: травма коліна змусила його відмовитися.