Putin đã làm nhiều người theo chủ nghĩa quốc gia Nga và cả bộ trưởng quốc phòng của ông bất ngờ, khi ngay sau Các vụ tấn công ngày 11 tháng 9 năm 2001 tại Hoa Kỳ, đồng ý thành lập các căn cứ quân sự liên minh tại Trung Á trước và trong khi diễn ra cuộc tấn công quân sự do Mỹ tiến hành vào Afghanistan. Những người theo chủ nghĩa quốc gia Nga phản đối bất kỳ sự hiện diện quân sự Hoa Kỳ nào tại lãnh thổ thuộc Liên Xô cũ, và đã hy vọng rằng Putin sẽ giữ người Mỹ bên ngoài các nước cộng hòa Trung Á, hay ít nhất buộc Washington phải đảm bảo rút quân ngay lập tức khi hoàn thành sứ mệnh. Mặt khác, Putin ủng hộ cuộc chiến tranh chống khủng bố của chính phủ Hoa Kỳ , và đã bày tỏ sự chia buồn sâu sắc tới các nạn nhân của vụ khủng bố kinh hoàng tại Mỹ.