Приналежність до Товариства Ісуса та своєрідність поглядів, що посилались на філософію епохи Відродження, призвели до того, що в умовах наукової революції Кірхер став символом відсталості, а перегляд поглядів на його роль у науці XVII століття почався лише 1980-х років. Основоположні дослідження його наукової біографії побачили світ лише після 2000-х років.