В годы войны И. А. Кассирский занимал ответственные посты главного терапевта Главного врачебно-санитарного управления Наркомата путей сообщения СССР, постоянного консультанта Военной академии им. М. В. Фрунзе, неоднократно выезжал для оказания помощи раненым в действующую армию на Ленинградский, Прибалтийский и Воронежский фронты. Участвовал И. А. Кассирский и в борьбе со вспышками инфекционных заболеваний в ряде областей и районов страны, в частности, организовывал противоэпидемические мероприятия в только что освобождённом Сталинграде.