Durante a Guerra Irã-Iraque, Hussein temia tanto a influência iraniana sobre a população xiita iraquiana que aumentou suas políticas de repressão a essa comunidade e deportou ao menos 40 mil xiitas ao Irã para evitar o risco de derrubada seu regime. O evento mais infame foi o massacre de 148 civis da cidade xiita de Dujail. Uma forte oposição também partiu dos curdos, contra a qual também foi lançada uma violenta campanha destinada a reafirmar o controle sobre a população de maioria curda das áreas do norte do Iraque e derrotar as forças rebeldes peshmerga curdas. Um dos episódios mais conhecidos foi o ataque contra cidade curda de Halabja com uma mistura de gás mostarda e agentes nervosos, que matou 5.000 civis. Em última análise, a guerra iraquiana-iraniana, com duração de oito anos, terminaria em um impasse.