In der &lt;a href="Fu%C3%9Fball-Bundesliga%202011/12"&gt;Saison 2011/12&lt;/a&gt; wurde Höwedes Mannschaftskapitän des FC Schalke 04. Im März 2013 verlängerte er seinen ursprünglich 2014 auslaufenden Vertrag bis zum 30. Juni 2017. Gleich zu Beginn der Saison konnte er als Nachfolger des nach Bayern München gewechselten Manuel Neuer den Supercup entgegennehmen. Durch den DFB-Pokal-Sieg spielte Höwedes erstmals in der 2009 neugegründeten UEFA Europa League; man schied erst im Viertelfinale gegen Athletic Bilbao aus. Höwedes verpasste wegen eines Außenbandrisses am Knie und später eines Muskelbündelrisses sowohl die Achtel- wie auch die Viertelfinalbegegnungen. In der Liga kam er nur auf 22 Einsätze. Dennoch stand er im Kader der deutschen Fußballnationalmannschaft für die EM in Polen und der Ukraine.