Bei Ausbruch des Bürgerkriegs stellte er auf eigene Kosten das 20. Alabama Infanterieregiment zusammen, zu dessen Colonel er ernannt wurde. Nach der Schlacht um Port Gibson (Mississippi) übernahm er die Stelle des gefallenen Generals Edward Dorr Tracy als Brigadegeneral und wurde mit seinen Truppen zur Verteidigung von Vicksburg beordert. Während der vom 18. Mai – 4. Juli 1863 andauernden Belagerung von Vicksburg wurde Garrott am 17. Juni 1863 von einem Scharfschützen der Unionsarmee erschossen.