Kolejnym wielkim turniejem w karierze Zidane’a były Mistrzostwa Europy 2000. Francuzi z sześcioma punktami na koncie wyszli ze swojej grupy z drugiego miejsca, a w ćwierćfinale zagrali z Hiszpanami. Podopieczni Rogera Lemerre’a zwyciężyli 2:1, a jedną z bramek w tym spotkaniu bezpośrednim uderzeniem z rzutu wolnego strzelił właśnie Zidane. Następnie Francuz zapewnił swojej drużynie zwycięstwo w dogrywce półfinałowego pojedynku przeciwko Portugalii, kiedy to zdobył zwycięskiego gola z rzutu karnego w 117 minucie. W finałowym spotkaniu Francuzi także okazali się lepsi od swoich rywali i również po dogrywce pokonali reprezentację Włoch. Po zakończeniu mistrzostw zespół narodowy Francji awansował na pierwsze miejsce w rankingu FIFA.