Niettemin zijn schendingen van de mensenrechten aanzienlijk toegenomen aan het eind van de eeuw, wat in 1996 escaleerde tot de Nepalese Burgeroorlog, waarbij veiligheidspolitie in groten getale uittrok tegen leden van de Communistische Partij van Nepal (Maoïstisch). In deze burgeroorlog die tot november 2006 duurde, was Nepal volgens de Verenigde Naties een van de landen met de meeste ontvoeringen en arrestaties door de veiligheidsdiensten ter wereld. Volgens de maoïsten ging het om 36.849 ontvoeringen. De veiligheidstroepen werden beschuldigd van gedwongen verdwijningen, onwettige moorden, willekeurige gevangennemingen, martelingen en tegenwerking van zowel rechtbanken als onderzoeken naar de situatie van de mensenrechten, zonder dat dit leidde tot strafvervolging.