De nuevo aparece un periodo sin datos relativos a Perugia hasta el fin del periodo republicano, cuando participó en la Guerra de Perusia entre Octaviano y Lucio Antonio, hermano de Marco Antonio (Bellum Perusinum, Suetoni Aug. 9; Tácit. Ann. v. 1). Lucio Antonio, presionado por tres ejércitos bajo el mando de Agripa, Salvidienus y Octaviano, se refugió en Perugia esperando la llegada de sus generales Ventidius y Asinius Pollio. Los refuerzos no llegaron y Octaviano cortó el suministro de víveres provenientes del Tíber, por donde llegaba el grano. Ventidius atacó a Octaviano pero fue rechazado. Lucio Antonio realizó un intento desesperado por salir de la ciudad que acabó en fracaso, por lo que tuvo que capitular. Lucio Antonio y los suyos se salvaron la vida, pero los principales ciudadanos de Perugia fueron ejecutados y la ciudad fue saqueada e incendiada en el año 40 a. C.