Fue afectado por el terremoto de 1868, que destruyó la mitad de los edificios, y por la epidemia de fiebre amarilla de 1869. El terremoto y maremoto de 1877, que afectó a todas las localidades del litoral boliviano, destruyó las edificaciones que ocupaban las dos terceras partes de la población, por lo que las autoridades bolivianas del Departamento se trasladaron a Antofagasta, que había adquirido una gran importancia en ese entonces y que fue ocupada por las tropas chilenas, durante la Guerra del Pacífico, el 14 de febrero de 1879; el puerto de Cobija fue ocupado por Chile el 21 de marzo del mismo año.