Inocêncio também convocou o mais importante concílio da Idade Média, o Quarto Concílio de Latrão, que se destaca por ter definido o papel da Eucaristia na Igreja por meio da declaração do dogma da transubstanciação, da doutrina que “fora da Igreja não há salvação”, da obrigatoriedade da confissão anual e de novas leis sobre a consanguinidade e o casamento. Considerando que era sua função como papa defender a Igreja e a cristandade, convocou e organizou sete cruzadas, das quais as mais importantes foram a Quarta e a Quinta Cruzada, que fazem parte das nove cruzadas contra o Islã, bem como a Cruzada Albigense, que eliminou o catarismo no sul da França, e a Cruzada Livônia, uma das expedições que extinguiu de forma definitiva o paganismo da Europa Setentrional.