また第二次シュレージエン戦争ではゾーアの戦い（1745年）、ロクールの戦い（1746年）およびラウフフェルトの戦い（1747年）に参加した。なおたびたび勇気を示したものの、ヴェルナーは大尉に留まる。そしてライン川で行われた数度の戦闘の中、彼は足に傷を負った。これはヴェルナーの長い軍歴における、唯一の負傷である。その後、恐らく療養に訪れていたカールスバートで、彼の獲得を試みていたプロイセン王国のハンス・カール・フォン・ヴィンターフェルト少将と出会う。