Nach dem Sieg über Pharnakes II. zog Caesar in zwei Feldzügen gegen die restlichen Pompeianer: Im Afrikanischen Krieg schlug er am 6. April 46 v. Chr. in der Schlacht bei Thapsus in der Provinz Africa die republikanischen Senatstruppen unter Metellus Scipio und Cato dem Jüngeren. Cato beging nach der militärischen Katastrophe in seiner Festung Utica Selbstmord, und Caesar löste das Königreich Numidien auf, das die Pompeianer unterstützt hatte. Nach kurzem Aufenthalt in Rom zog er nach Hispanien und schlug dort 45 v. Chr. in der Schlacht bei Munda die Söhne des Pompeius, von denen nur der jüngere Sextus Pompeius entkam, der in den Augen Caesars jedoch keine Bedrohung mehr darstellte. Somit waren die letzten Pompeianer bzw. Republikaner ausgeschaltet und die Republik faktisch am Ende.