Hoewel het Europese deel van Griekenland zich zeer betrokken voelde bij de kust van Anatolië en bevolkingsgroepen van nog vrije staten van Griekenland voortdurend Darius’ hulp inriepen, bemoeide Darius zich weinig met de Grieken. De Griekse steden in Ionië en vooral Milete, zagen hun handel echter ineenkrimpen en ontketenden een opstand. Hoewel deze opstand aanvankelijk succes had, werd zij later door Darius de kop ingedrukt. Athene en Eretria hadden de opstand gesteund en daarom voelde Darius zich gedwongen een strafexpeditie daarheen te sturen. Deze zou de geschiedenis ingaan als de Eerste Perzische Oorlog. Een eerste poging in 492 v.Chr. faalde toen de vloot in een storm bij Oros Athos verging, terwijl het leger dat door Datis en Artaphernes in 490 v.Chr. werd uitgestuurd om in Athene de pro-Perzische tiran Hippias aan de macht te brengen, in de slag bij Marathon werd verslagen.