Urodziła się w 1956 roku w rwandyjskiej prefekturze Gikongoro, gdzie od dzieciństwa odczuwała skutki konfliktu etnicznego. Ostatecznie została zmuszona do opuszczenia szkoły w Butare i ucieczki do Burundi. 27 członków jej rodziny zginęło w ludobójstwie Tutsi dokonanym przez Hutu. W 1992 roku Mukasonga osiadła we Francji, gdzie pracuje w opiece społecznej. Zadebiutowała w 2006 roku autobiografią "Inyenzi ou les Cafards". Jej powieść "Maria Panna Nilu" (2012), która opisuje katolicką szkołę dla dziewcząt z internatem w przededniu ludobójstwa w Rwandzie, przyniosła Mukasondze m.in. Nagrodę Renaudot oraz Nagrodę im. Ahmadou Kouroumy. W 2019 roku powieść została zekranizowana przez Atiqa Rahimi; obraz miał premierę podczas Międzynarodowego Festiwalu Filmowego w Toronto. W 2019 roku angielskie tłumaczenie jej wspomnień pod tytułem "The Barefoot Woman" znalazło się w finale National Book Award w kategorii przekładu.