Bernt Michael Holmboe fikk hjemmeundervisning fra ung alder, men ble i 1810 sendt til katedralskolen i Christiania. Her tok han også ekstratimer i matematikk. Han begynte på Det Kongelige Frederiks Universitet i 1814, samme år som Norge fikk sin grunnlov, løsrev seg fra Danmark og erklærte seg selvstendig. Dette førte til krig mellom Norge og Sverige, ettersom Kielfreden samme år dikterte at Danmark som tapende part i Napoleonskrigene skulle avstå Norge til Sverige. Holmboe markerte seg i den forbindelse som talsperson for det frivillige studentkorpset som ble etablert som en reaksjon på den svenske innrykningen i Norge. Holmboe var opptatt av litteratur og kjempet Henrik Wergelands sak, og han sies dessuten å ha «dyrked musikken med held».