Vallankumousvuoden 1848 aikana Marr oli radikaalien demokraattien äärisiiven edustajana Hampurin perustuslakia säätävässä kansalliskokouksessa. Hän kannatti tasavallan perustamista vallankumouksella ja kritisoi Frankfurtin kansalliskokousta sekä Saksan liberaaleja. Vuoden 1848 vallankumouksen epäonnistuminen ajoi Marrin aatteelliseen kriisiin. Hän hylkäsi uskonsa radikalismiin, valistukseen ja saksalaiseen idealismiin. Vuonna 1852 Marr lakkautti "Mephistopheles"-lehden ja muutti Costa Ricaan. Hän vietti seitsemän vuotta Keski-Amerikassa ja Yhdysvalloissa, mutta ei löytänyt itselleen pysyvää toimeentuloa. Amerikassa hän omaksui uuden maailmankatsomuksen, joka perustui rotuoppiin ja frenologiaan. Hän uskoi kallonmuotojen osoittavan valkoihoisen kaukasidisen rodun ylivertaisuuden muihin ihmisrotuihin, ja hänestä tuli valkoisen ylivallan, mustien orjuuden ja eugeniikan kannattaja sekä juutalaisten ja työläisten emansipaation vastustaja.