Kaudella 2003 Panis siirtyi Toyotalle Mika Salon tilalle, mutta tilanne ei parantunut. Kausi 2004 oli Panisin viimeinen, ja hänen viimeiseksi kisakseen jäi Japanin GP. Formula 1 -sarjassa ei ollut nyt mukana yhtään ranskalaista ensimmäistä kertaa sitten 1960-luvun. F1-uransa päätyttyä Panis on ajanut testejä Toyotan F1 -tallille ja auttanut F1-auton kehitystyössä.