二氧化氯作为氧化剂或消毒剂时有许多用途。 二氧化氯可用于空气消毒， 并且是2001年美国炭疽攻击事件后用于美国建筑物净化的主要试剂。在新奥尔良，路易斯安那和周围的墨西哥湾沿岸发生2005年飓风卡特里娜灾难之后，都会使用二氧化氯清除被淹没的房屋中危险的霉菌。