In der Saison 2013 erlebte Tsonga Höhen und Tiefen. Das Jahr begann für ihn mit einem Viertelfinaleinzug bei den Australian Open und einem Sieg in der Erstrundenbegegnung im Davis Cup gegen Israel. In Marseille feierte er mit einem Finalsieg über Tomáš Berdych seinen zehnten Turniersieg auf der World Tour. In Monte-Carlo zog er ins Halbfinale ein, in dem er Nadal in zwei Sätzen unterlag. Im Mai spielte er sich dann bei den French Open zum fünften Mal ins Halbfinale eines Grand-Slam-Turniers. Nach einem Sieg über Federer im Viertelfinale traf er auf David Ferrer, dem er in drei Sätzen unterlag. In der zweiten Runde von Wimbledon musste er gegen Ernests Gulbis im dritten Satz aufgeben. Er musste sich schließlich am Knie behandeln lassen und die nächsten zwei Monate pausieren, da er sich eine Verletzung an der Patellasehne zugezogen hatte. Sein Comeback gab der Franzose dann im September beim Turnier in Metz, wo er sein 18. ATP-Finale erreichte, das er gegen Gilles Simon verlor. Am Ende des Jahres stand er auf Position 10 der Weltrangliste.