En 1993, durante la crisis constitucional rusa, Yeltsin, quien para ese entonces era presidente de la Federación Rusa, usó a Alfa y Vympel durante un enfrentamiento en el centro de Moscú contra las fuerzas parlamentarias que estaban del lado del vicepresidente Alexander Rutskói (declarándolo un presidente en funciones). La facción pro-parlamento se había apoderado de la Casa Blanca rusa, junto con varios diputados del Soviet Supremo que habían sido tomados como rehenes. Yeltsin ordenó a las tropas rusas que asaltaran el edificio, incluidos elementos de los paracaidistas, los Grupos Alfa y Vympel, las fuerzas terrestres rusas y la unidad de fuerzas especiales de las Tropas Internas, Vityaz. Sin embargo, las tropas Alfa inicialmente se negaron a atacar la Casa Blanca, supuestamente llevando a su comandante, el general Zaitsev, al borde del suicidio por la abierta insubordinación de sus tropas ante una orden presidencial. Cuando una de las tropas Alfa, el teniente Sergeyev, que estaba cerca de la Casa Blanca, fue mortalmente herido por disparos de francotiradores desde el cercano Hotel Ukraina, la unidad finalmente accedió a moverse. La crisis terminó cuando las fuerzas de Yeltsin, paracaidistas apoyados por tanques y vehículos blindados de transporte de personal, asaltaron y tomaron la Casa Blanca el 4 de octubre de 1993, matando a decenas, y posiblemente cientos, de personas, y asegurando la victoria total de la facción de Yeltsin. Al final, Rutskoy y los otros líderes de la facción anti-Yeltsin, negociaron su rendición a las tropas Alfa, que habían entrado en el edificio bombardeado y en llamas después de que cesó el tiroteo, y los llevaron , junto con los diputados del Soviet Supremo detenidos, a la prisión de Lefortovo.