La sélection connaît alors une période d'instabilité dans ses résultats et plusieurs sélectionneurs se succèdent. Engagée dans les phases qualificatives la Coupe du monde 2002, elle termine deuxième du groupe 2 derrière le Honduras et se qualifie ainsi pour le tour final. L'équipe est en course pour la qualification jusqu'en septembre 2001, mais connaît deux défaites de suite à domicile, après quarante-cinq matchs d'invincibilité au National Stadium, d'abord face au Mexique puis face au Honduras qui l'élimine définitivement. La sélection parvient ensuite à se qualifier pour les phases finales de la Gold Cup 2003 où elle est battue sèchement par le Mexique sur le score de cinq buts à zéro en quart de finale.