V marci 2002 bol zaradený do hlavnej posádky Expedície 9 s Padalkou a Michaelom Finckeom, štart bol naplánovaný na jeseň 2003. Po havárii raketoplánu Columbia prešli plány letov na ISS zásadnou revíziou, v priebehu ktorej Kononenko z posádky vypadol.