Di antara tahun 1999 hingga 2002, Pondok al-Islam, menjadi pusat kegiatan jihad karena keterlibatan ketiga bersaudara tersebut di dalam satuan operasi khusus JI. Kebanyakan operasi jihad awal yang dilakukan oleh JI —seperti pengeboman malam Natal tahun 2000, Bom Bursa Efek Jakarta, serangan bom terhadap Kedutaan Besar Filipina di Jakarta dan Bom Bali 2002— sebagian besar direncanakan atau dimulai dari Lamongan. Setelah mereka bertiga ditangkap pada akhir tahun 2002, dua orang di antaranya diadili dan dijatuhi hukuman mati. Ali Imron diberi hukuman penjara seumur hidup, dan bersama dengan saudara tirinya, Ali Fauzi, mulai berusaha untuk mengalihkan pandangan orang terhadap pesantren tersebut dari stigma negatif dan kekerasan. Ketika Mukhlas, Amrozi dan rekan mereka dari Jawa Barat, Imam Samudera, dieksekusi oleh regu tembak pada tahun 2008, Pondok al-Islam dibanjiri para pengagum mereka yang datang untuk menemui keluarga atau berkunjung ke penjara tempat mereka pernah ditahan. Pemakaman Mukhlas dan Amrozi merupakan sarana bagi ribuan militan untuk berkumpul bersama dan merayakan "kesyahidan" mereka, dan makam mereka berdua kemudian menjadi tujuan populer bagi kawula muda yang berharap bisa mengikuti jejak mereka.