En 1941, tras la invasión del Eje de Yugoslavia, Drapšin recibió la orden del Partido Comunista de Yugoslavia de organizar el levantamiento armado en la región de Herzegovina. Su conducta en Herzegovina le reportó duras críticas de la dirección del partido, así como medidas disciplinarias, pero en enero de 1943 fue nombrado comandante de la Primera División de Eslavonia del Ejército Yugoslavo de Liberación Nacional, conocido como "Partisanos". Dos meses más tarde recibió el grado de Mayor General, y en mayo de 1944 se convirtió en comandante del Sexto Cuerpo del Ejército Partisano.