Населена переважно боснійцями Бієліна стала чи не першим місцем, втягнутим у війну 1992—1995 рр., з огляду на її ключове стратегічне положення поблизу сербського кордону. У перші дні квітня 1992 р. місто піддалося нападу з боку сербського напіввійськового формування, очоленого Арканом. Згідно з тодішніми звістками в ЗМІ, до 100 цивільних осіб було вбито, а населення всіх відмінних від сербської національностей було вигнано. Це був один з перших прикладів етнічної чистки в Боснії і Герцеговині. Так Бієліну було включено в проголошений сербами державний утвір — Республіку Сербську. 13 березня 1993 р. всі три мечеті було висаджено в повітря сербськими ополченцями Желька Ражнатовича. Найбільшу мечеть, що на головній площі міста, було відновлено за кошти Євросоюзу. Місцева католицька церква, хоча й була в той час у занедбаному стані, уціліла. Тоді як кількість боснійців знизилася на 83,5%, представники інших етнічних груп зникли майже повністю.