A szlovákok őseinek története ez idő alatt még szorosabban egybefonódott a magyar történelemmel. A török korban a két majd három részre szakadt királyi Magyarország területe szinte csak a mai Szlovákia területére korlátozódott. 1530 szeptemberében a Szapolyai János által segítségül hívott törökök a Nyitra folyó vidékét is feldúlták. Az 1538-as váradi béke sem hozott békét a Magyar királyságnak. 1541-ben elesett Buda, 1543-ban pedig a törökök elfoglalták Esztergomot és kialakították az Esztergomi szandzsákot. A tizenöt éves háború alatt ugyan visszafoglalták, de 1683-ig a párkányi csatáig nem szabadult fel véglegesen. Az 1545–1546-ban épült Érsekújvárat, egykori nevén Oláhújvárat, ahol 1573–1580 között új erőd épült, a török 1663-ban foglalta el, mely az új ejálet központja lett. Az 1552-es vesztes palásti csata után a török megszilárdította a jelenlétét az Alsó-Ipoly mentén és létrehozta a Szécsényi szandzsákot. 1599-ben a török csapatok ismét Nyitra környékét pusztították. A Bocskai-szabadságharc után a bécsi béke és a zsitvatoroki béke fordulópontot jelentett a török harcokban. Utóbbit a területi viták ellenére többször megerősítették: Bécsben (1615), Komáromban (1618), Kőhídgyarmaton (1625) és Szőnyben (1627). Az 1618-tól számítható harmincéves háború egyik csatájára 1619-ben Homonnánál került sor. Ennek eredményeképp az erdélyiek nem vonultak Bécs ellen. A harcokat végül a linzi béke zárta le I. Rákóczi György erdélyi fejedelem és III. Ferdinánd király között.