Während des Livländischen Krieges wurde die Stadt 1570 durch die Truppen des Zaren Iwan des Schrecklichen zerstört, nachdem dieser den Verdacht schöpfte, dass sich die Bürger Nowgorods mit Polen-Litauen zu verbünden suchten. Am 15. Januar 1582 wurde der Vertrag von Jam Zapolski (Waffenstillstand) im Dorf Jam Zapolski nahe Nowgorod zwischen Polen-Litauen und Russland geschlossen. Während der Zeit der Wirren im Polnisch-Russischen Krieg 1609–1618 wurde Nowgorod zwischen 1611 und 1617 von den Schweden besetzt und zerstört. Die genannten Kriege und Ereignisse führten dazu, dass die Einwohnerzahl Nowgorods auf 8000 absank, in gleichem Maße sank auch die politische und wirtschaftliche Bedeutung.