W 2000 roku El-Sayed był podstawowym zawodnikiem Egiptu w Pucharze Narodów Afryki 2000 i wystąpił na nim w 4 meczach: z Zambią (2:0), z Senegalem (1:0), Burkina Faso (4:2) i w ćwierćfinale z Tunezją (0:1). Został po raz drugi uznany najlepszym bramkarzem Pucharu Narodów Afryki. Z kolei w 2004 roku został powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki 2004. Tam rozegrał 2 spotkania: z Zimbabwe (2:1) i z Algierią (1:2). W latach 1992-2005 rozegrał w kadrze narodowej 110 meczów.