En noviembre de 1629, Wenworth fue nombrado consejero privado y en enero de 1632 Lord Diputado de Irlanda, gracias en parte a su reputación de hombre despiadado. Puso en práctica la política de "Thorough" (gobierno dirigido y centralizado por él y William Laud) con cierta brutalidad, prolongando la tradición inglesa de usar Irlanda para realizar experimentos sociales y militares. Se ha considerado generalmente que empleó métodos autocráticos y extremos. El conde (y luego Duque) de Ormond se convirtió en el principal apoyo de Wentworth en Irlanda. Wentworth planeaba confiscar grandes extensiones de tierra a los católicos para, de una parte, sanear las arcas de la Corona y, de otra, debilitar el poder católico en el país, una política que Ormonde secundaba. No obstante, estas medidas enfurecieron a varios parientes de Ormonde, que se opusieron a Wentworth y finalmente llegaron a rebelarse por las armas. En 1640, mientras Wentworth estaba en Inglaterra con motivo de la Guerra de los Obispos, Ormonde fue nombrado comandante en jefe de las fuerzas en Irlanda.