Pada peringkat akhir perang, bandar ini dimusnahkan sekali lagi oleh Tentera Bersekutu dengan pengeboman pada waktu siang dan malam untuk tempoh lebih enam bulan sebagai sebahagian daripada Kempen Borneo pada tahun 1945. Aksi ini meninggalkan hanya tiga bangunan yang kekal berdiri. Perang di Borneo Utara berakhir dengan penyerahan diri rasmi Tentera Darat Jepun yang ke-37 oleh Leftenan Jeneral Baba Masao di Labuan pada 10 September 1945.