Mit der Invasion der USA ab 2003 und den nachfolgenden Christenverfolgungen wurde das Leben für die Christen Mossuls gefährlich. Zum Schutz der Christen wurden die schmalen Straßen, in denen sich unter anderem die syrisch-orthodoxe Thomaskirche befand, für Kraftfahrzeuge gesperrt. Es gelang islamistischen Terroristen trotzdem, eine Bombe, versteckt unter Mehlsäcken auf einem Handkarren, in die Nähe der Kirche zu bringen. Am 23. Dezember 2009 explodierte diese Bombe, beschädigte die Kirche und tötete zwei – muslimische – Passanten, während fünf Menschen verletzt wurden. Viele Christen verließen nun die Stadt. Als der Daesch (IS) am 4. Juni 2014 Mossul angriff, lebten von etwa 60.000 Christen vor US-Invasion 2003 noch rund 30.000 in der Stadt. Von diesen blieb nach der Eroberung der Stadt durch Daesch am 10. Juni 2014 niemand. Damit ertönte nach den Worten des syrisch-orthodoxen Erzbischofs der Kathedrale, Nicodemos Daoud Matti Sharaf, der gleichzeitig die völlige Gleichgültigkeit des Westens hinsichtlich des Schicksals der Christen des Nahen Ostens verurteilte, erstmals nach 1800 Jahren kein christliches Gebet mehr in den Gemäuern dieser ältesten Kirche Mossuls.