Jonathan Edwards wirkte nach seiner Zeit in Northampton einige Jahre in der Kirchgemeinde des Grenzdorfes Stockbridge (Massachusetts). Die Arbeit war überaus schwierig. Konflikte mit dem dominierenden Williams-Clan und ihrem teilweise kritisierten Verhalten den Indianern gegenüber, Armut, schwere Krankheit und die Bedrohung von denjenigen Indianern, die von den Franzosen angestachelt wurden, waren fast dauernd vorhanden. Trotz all dieser Schwierigkeiten verfasste Edwards 1752 sein abschließendes Werk über den Abendmahlsstreit ("Misreprentations Corrected, and Truth Vindicated."), und es gab eine Schule für die Mohawks. 1754 lief es Edwards in Stockbridge gut, doch noch während seiner Amtszeit begann der Siebenjährige Krieg genannte Konflikt, der in den USA "French and Indian War" (1754–1763) heißt. 1753 und 1754 war Edwards teilweise schwer krank. Im September 1754 wurden vier Menschen von französisch angestachelten Indianern umgebracht. Die einquartierten Truppen mussten verköstigt werden. Doch einige der Mohawks, die früher lasterhaft lebten, wollten in die Nachfolge Christi treten. Edwards sorgte sich uneigennützig für das ganze Wohl der ihm anvertrauten Menschen und hielt teilweise vier Predigten am Sonntag, zwei für die weißen Siedler, einen für die Housatonic und einen für die Mohawks.