En 1968, il devint vice-Président du gouvernement de Oldřich Černík. Au début, il était opposé à l'Occupation de 1968 de la Tchécoslovaquie par les forces du Pacte de Varsovie, mais plus tard, devint l'un des éminents représentants du régime de Gustáv Husák. Štrougal a été Président du gouvernement de la Tchécoslovaquie du au .