Après deux matchs amicaux, Eto'o est retenu pour participer à la Coupe d'Afrique des nations. Il joue le premier match contre le Ghana (1-1), profitant de l'indisponibilité de Joseph-Désiré Job. Le , lors de la seconde rencontre face à la Côte d’Ivoire, Eto'o inscrit son premier but international à la (3-0). Il ne joue pas le troisième match de poule mais marque lors des trois matchs en phase finale. Il ouvre le score en quart-de-finale contre l'Algérie (2-1), inscrit le second but contre la Tunisie en demi (3-0) et le premier en finale contre le Nigeria mais ne prend pas part à la séance de tirs-au-but (2-2 tab 4-3). Avec ses quatre buts, Eto'o termine second meilleur buteur du tournoi aux côtés de son compatriote Patrick Mboma et dernière Shaun Bartlett (5 buts). Avec son but le en qualifications pour le Mondial 2002 contre la Somalie, Eto'o signe la meilleure série internationale de sa carrière avec cinq buts en autant de rencontres.