Первое боевое крещение молодой офицер получил в 1808 году в финляндскую кампанию. Уже 25 февраля подпоручику Книперу за понесённые им труды была объявлена Высочайшая благодарность. В этой войне он сражался против шведских войск под городами Гельсингфорсом (29.02) и Никорлебы (11.04) и деревнями Мутом (12.02), Гостелло (5.03), Кирка Перхо (27.06), Ланфертом (17 и 25.08). 30 сентября 1808 г. Христофор Христофорович был произведён в поручики. За отличие в сражении 2, 3, 4 и 5 марта 1809 года при занятии Аландских островов получил «Высочайшее благоволение».