Danach beförderte Jelzin Lobow als Nachfolger von Marschall Jewgeni Schaposchnikow auf den wichtigen Posten des Sekretärs des Sicherheitsrates der Russischen Föderation (18. September 1993 – 18. Juni 1996), am 25. August 1995 ernannte er ihn zum Sonderbeauftragten (ständigen Vertreter) für Tschetschenien, verantwortlich für Friedensverhandlungen. Dem 1992 von Jelzin gegründeten Sicherheitsrat standen ursprünglich nur beratende Tätigkeiten zu. Mit den wichtigen „Kraft-“Ministerien für Äußeres, Finanzen, Verteidigung und Inneres, dem Ministerpräsidenten, den Vorsitzenden der beiden Parlamentskammern, sowie den Leitern des Auslandsgeheimdienstes, des Dienstes für Innere Aufklärung und der Grenztruppen Russlands stand der Sekretär de facto über Parlament und Regierung. Der Sekretär koordiniert das Militär, die Sicherheitskräfte und die Geheimdienste, er war weisungsbefugt gegenüber den Machtministerien. Der Sicherheitsrat wurde von der liberalen Presse das neue Politbüro getauft, von anderen Beobachtern als „zweite Regierung“ oder „Junta“. Im Konflikt um Tschetschenien setzt Lobow auf eine gewaltsame Lösung, der Einmarsch in Tschetschenien wurde zuerst im Sicherheitsrat abgestimmt (29. November 1994), ohne Konsultation der übrigen Institutionen. Vor der Wahl des Präsidenten und dem ersten Tschetschenienkrieg sagte Lobow 1994 zu einem Dumaabgeordneten "«Es geht nicht um Russlands Integrität, wir brauchen einen kleinen, siegreichen Krieg, um Jelzins Umfrageergebnisse zu heben»". Am 20. September 1995 entging Lobow in Tschetschenien einem Bombenattentat. Am 18. Juni 1996 übernahm General Alexander Lebed den Posten des Sekretärs des Sicherheitsrates, am 10. August 1996 übertrug Jelzin den Posten des Sonderbeauftragten auf Lebed, Lobow wurde wieder erster Vize-Ministerpräsident (18. Juni 1996 – 14. August 1996), danach bis zum 17. März 1997 Vize-Ministerpräsident.