Tras la proclamación de la Segunda República, se convirtió en jefe superior de policía en Barcelona. En 1932 fue nombrado Director General de Seguridad por el gobierno de Manuel Azaña. Al frente de este puesto tuvo un destacado papel durante «la Sanjurjada», logrando desactivar la intentona golpista. Sin embargo, su imagen quedó tocada tras los Sucesos de Casas Viejas y hubo de dimitir por la enorme presión a la que se vio sometido. Cuando Menéndez envió un grupo Guardias de Asalto al mando del capitán Rojas para que acabara con la insurrección, ordenó a Rojas que abriera fuego «sin piedad contra todos los que dispararan contra las tropas».