Imbas dari Perang Yugoslavia dan pemberian sangsi kepada Republik Serbia dan Montenegro berdampak besar kepada perekonomian Makedonia. Ketika Yunani melakukan embargo perdagangan terhadap Republik Makedonia tahun 1994-95, juga berakibat besar terhadap perekonomian Makedonia. Sejumlah bantuan ekonomi mulai diberikan kepada Republik Makedonia pada akhir Perang Bosnia, November 1995.