Im Jahr 2001 fotografierte Niedringhaus die Folgen der Terroranschläge am 11. September in New York. Kurz darauf arbeitete sie erstmals in Afghanistan, wo sie in Masar-e Scharif und Kabul drei Monate lang über den Sturz der radikalislamischen Taliban berichtete. Ab 2002 arbeitete sie für die US-amerikanische Nachrichtenagentur Associated Press (AP), auch als Fotojournalistin und Kriegsberichterstatterin.