1640. december 1-én a madridi udvar politikájával elégedetlen portugál nemesek egy csoportja (az ún. negyven összeesküvő) megrohanták a lisszaboni királyi palotát és meggyilkolták de Vasconcelost. Margit megpróbálta lecsillapítani a város főterén, a Terreiro do Paçón tüntető portugálokat, de nem járt sikerrel. IV. János néven még aznap királlyá kiáltották ki Braganza hercegét és ezzel elkezdődött a 28 évig tartó restaurációs háború. Margitot letartóztatták, de hamarosan visszaküldték Madridba.