Când armatele franceze au intrat în Polonia în 1806, Godebski s-a prezentat comandanților militari francezi pentru a-și oferi serviciile și a primit comanda Regimentului 8 al Armatei Poloneze a Ducatului Varșoviei, cu gradul de colonel. După Tratatul de la Tilsit (1807), el a fost numit în octombrie 1807 de mareșalul Davout în postul de comandant al fortăreței Modlin. A devenit dezamăgit de politica lui Napoleon față de Polonia și a fost rănit mortal la 19 aprilie 1809 în timpul Bătăliei de la Raszyn în fruntea celor militari ai regimentului său. A fost cavaler al Ordinului Militar Virtuti Militari.