Después de que Saadeh fue ejecutado y sus líderes de alto rango fueron arrestados, el partido permaneció clandestino Crisis del Líbano de 1958 cuando se puso del lado del presidente pro-occidental Camille Chamoun contra los rebeldes nacionalistas árabes. Esto ocurrió justo después de que el Partido fuera acusado de haber planeado el asesinato de Adnan al -Malki, un oficial del ejército de izquierda del Partido Baaz Árabe Socialista en Siria, y después de que los miembros del Partido habían huido a Beirut. El Partido en ese momento todavía veía a la Unión Soviética con desprecio, y se opuso a la Nacionalismo árabe que era corriente de Nasser, mientras conservaba su compromiso con el Nacionalismo Sirio. De hecho, la idea de tener la Gran Siria subsumida bajo el credo del nacionalismo árabe fundado en el idioma árabe, la cultura árabe y la cultura islámica fueron aborrecidas por el PSNS, que mantuvo su profunda creencia en el historicismo social y antropológico sirio, es decir, el proceso de asociación nacional y social que caracteriza al Creciente Fértil y que lo diferencia de la Península Arábiga o África del Norte.