הרקע למשבר הטילים בקובה החל עוד בשנת 1959 כשפידל קסטרו הדיח את פולחנסיו בטיסטה מהשלטון, הקים משטר קומוניסטי והחל במגעים עם ברית המועצות. ארצות הברית הגיבה בחריפות וניתקה כל קשר דיפלומטי עם קובה ואף ניסתה להפיל את השלטון ב-1961 (הפלישה למפרץ החזירים) אך נכשלה.