Margrete var datter af Kong Henrik 2. af Frankrig i hans ægteskab med Katarina af Medici og dermed søster til de franske konger Frans 2., Karl 9. og Henrik 3. I 1572 blev hun gift med huguenotlederen Kong Henrik 3. af Navarra og blev dermed dronning af Navarra. Ægteskabet med den protestantiske Henrik skulle være et led i forsoningen mellem katolikker og protestanter i Frankrig, men brylluppet blev i stedet anledning til Bartholomæusnatten, en massakre på huguenotterne, der foregik i Paris natten mellem 24. og 25. august og blev anledning til en genopblussen af Religionskrigene i Frankrig. I 1589 blev hun dronning af Frankrig, da hendes mand besteg den franske trone under navnet "Henrik 4." På dennes foranledning og med pavens godkendelse blev det barnløse ægteskab annulleret i 1599. Henrik giftede sig året efter med Marie af Medici.