In mei 2014 werd Kuipers door de UEFA aangesteld om de Finale UEFA Champions League 2014 tussen Atlético Madrid en Real Madrid te fluiten op zaterdag 24 mei in het Estádio da Luz in Lissabon. Kuipers werd tijdens de Madrileense finale geassisteerd door zijn vaste assistenten Sander van Roekel en Erwin Zeinstra. De Turkse scheidsrechter Cüneyt Çakır was de vierde official en Pol van Boekel en Richard Liesveld completeerden het arbitrale zestal, als vijfde en zesde official. Tot slot was Angelo Boonman, eveneens uit Nederland, aanwezig als zevende official. In de wedstrijd, die in een 4–1 overwinning eindigde voor Real Madrid, trok Kuipers twaalf maal een gele kaart. Dit leidde tot een record: nooit eerder werden zoveel kaarten getrokken in een Champions Leaguefinale.