Mladićia syytetään Kroatian ja Bosnian sodissa lukuisista sotarikoksista, muun muassa kansanmurhasta ja rikoksista ihmisyyttä vastaan sekä muun muassa Sarajevon siviilien tulittamisesta. Häntä syytetään myös erityisesti Srebrenican joukkoteloituksista kesäkuussa 1995. Bosnian sodan jälkeen Mladić palasi Belgradiin, jossa hän eli Jugoslavian presidentin Slobodan Miloševićin suosiossa ja suojeluksessa. Kun Milošević luovutettiin Haagin sotarikostuomioistuimeen Mladić onnistui vuosikaudet pakenemaan häntä etsiviä poliiseja. Hänen epäiltiin piileksivän tuomioistuinta Serbiassa, Bosnian serbialueella tai serbejä tukevan Venäjän suojissa Moskovassa. Haagin sotarikostuomioistuin kuitenkin kyllästyi tilanteeseen, ja 11. marraskuuta 2005 se ilmoitti Serbia-Montenegron valtiolle, että sen tulee toimittaa Mladić tuomioistuimen eteen vuoden 2005 loppuun mennessä. Yhdysvaltain hallitus lupasi viisi miljoonaa dollaria Mladićin kiinniotosta. Mladić on tämänkin jälkeen nauttinut serbien keskuudessa suurta kansansuosiota, erityisesti äärikansallismielinen Suur-Serbiaa tavoitteleva Serbian radikaalipuolue on kuulunut hänen tukijoihinsa. Tiettävästi Srebrenican tapahtumien avoimempi käsittely Serbiassa on vähentänyt serbien silmissä hänen sankarillisuuttaan. Serbian parlamentti tuomitsikin maaliskuussa 2010 joukkomurhan päätöslauselmassaan kiivaan keskustelun tuloksena, mutta ei määritellyt tapahtumia kuitenkaan kansanmurhaksi. Parlamentti korosti kuitenkin Mladićin kiinnioton tärkeyttä, hänen tukijoidensa protesteista huolimatta.