В течение всего 1940 года работал над подписанием соглашения о союзе между Германией и Японией, а 13 августа 1940 года уведомил японское посольство в Берлине о решении заключить такой договор. В сентябре 1940 года принял участие в переговорах, приведших к заключению Берлинского пакта. После заключения пакта Генрих Георг Штамер был направлен на дипломатическую службу в Токио.