Во время Партенопейской республики в Неаполе последовал за королевским двором в Палермо. 26 апреля 1799 года ему было присвоено звание лейтенанта и передано командование над военным кораблём «Липари». В апреле 1800 года Сеттимо участвовал в осаде Генуи, после чего был направлен в Адриатическое море под командование коммодора Карло Актона. Во время патрулирования Адриатического моря в июне 1800 года его судно было захвачено британской эскадрой.