Louis impose le Luthéranisme à l’Université de Heidelberg, et éclaircit au besoin les rangs des professeurs : les théologiens calvinistes qu'il a congédiés trouvent protection à Neustadt an der Weinstraße auprès du comte Jean-Casimir, son frère cadet, où ils ouvrent le "Collegium Casimirianum". Au cours de la Guerre de Cologne, Louis est le seul prince luthérien à prendre fait et cause pour le prince-archevêque Gerhard Truchsess de Waldbourg. Dans le cadre de la réforme religieuse de l'électorat, Louis modifie l'étiquette, l'organisation des milices bourgeoises et finalement édicte en 1582 les principes d'une nouvelle administration.