W XVII w. miejscowość ta nosiła nazwę "Bączal Wyższy", sąsiedni zaś zwał się "Bączalem Niższym". Obie miejscowości należały do rodów rycerskich. Własność Opactwa Tynieckiego nazywano "Bączalem Opata", obecnie wieś o nazwie Opacie. Przez wioskę przechodził front bitwy pod Gorlicami z maja 1915 roku, czego świadectwem są licznie rozsiane po okolicznych miejscowościach cmentarze wojenne. Podczas II wojny światowej i w latach PRL w miejscowych lasach działał czynnie Ruch Oporu i Armia Krajowa. Jesienią 1943 roku na terenie Bączala Górnego rozegrała się jedna z ważniejszych akcji zbrojnych podziemia z terenu gminy Skołyszyn, polegająca na zniszczeniu przez grupy wypadowe Gwardii Ludowej zlewni kontyngentowego mleka, której rezultatem była dezorganizacja jego poboru dla okupanta hitlerowskiego. Od 1 maja 1944 roku działała założona podczas zebrania w tutejszym lesie konspiracyjna Gminna Rada Narodowa, a 8 września 1944 powstała tutaj konspiracyjna jasielska Powiatowa Rada Narodowa.