Lothar Koenigs besuchte das Kaiser-Karls-Gymnasium in Aachen und studierte anschließend Klavier und Dirigieren an der Hochschule für Musik Köln. Nach dem Studium hatte er Engagements in Hagen, Münster und Bonn. Von 2000 bis 2003 war er Generalmusikdirektor an den Städtischen Bühnen Osnabrück. Seit 2009 ist Lothar Koenigs Music Director der Welsh National Opera.