En 1990, l'Union soviétique propose un traité nucléaire. Durant cette décennie, plusieurs visites ont lieu entre les dirigeants pakistanais et russes. L'approvisionnement militaire de la part de la Russie montre l'intérêt du pays pour les nations musulmanes du sud du continent. Cependant, le support du Pakistan aux talibans, à l'origine de soulèvements selon les russes en Asie comme la Tchétchénie. Craignant de nouveaux soulèvement, Benazir Bhutto commença à entreprendre une coopération entre les deux pays pour lutter contre les groupes armées et les réseaux de narcotiques passant par les États d'Asie centrale à destination de la Russie. Cette politique continua sous le gouvernement de Nawaz Sharif à partir de 1997. Les services d'intelligences russe et pakistanais font alors cause commune. Le Pakistan est alors pour la Russie un élément clé pour la paix dans la région.