Im Jahr 2000 wurde er Assistent von Salah Mustafa Muhammad Shehade, dem militärischen Befehlshaber der Hamas. Auf dem Höhepunkt der zweiten Intifada wurde Shehade im Juli 2002 durch einen gezielten Luftangriff von Israel getötet. In dessen Nachfolge wurde al-Dschabari ausführender Kommandant des militärischen Arms der Hamas, der Kassam-Brigaden und Mohammed Deif der militärische Oberbefehlshaber. Die Kassam-Brigaden werden von Israel und der EU als terroristische Vereinigung eingestuft.