1409年，骑士团所控制的萨莫吉希亚地区爆发萨莫吉希亚起义，这次起义引发了1409年至1411年间的波兰-立陶宛-条顿战争，这场战争中最著名的战役是格伦瓦德之战（又称坦能堡之战），在这场战役中，波兰和立陶宛-罗斯联军彻底击败条顿骑士团。波兰立陶宛方面继续向条顿骑士团发起进攻，但因未能攻下马尔堡，这次攻势变得没有意义。波兰一方未能攻下马尔堡并消灭条顿骑士团（随后的普鲁士公国）；在18、19乃至20世纪，波兰都要承受这次失败所带来的苦果。索恩和约对波兰和立陶宛的边界做出些许调整，包括萨莫吉希亚在内的一些地区都给了波兰立陶宛一方。此后双方展开多次协商与和议，但都没什么效果，相反更多的是军事冲突和仲裁。1414年至1418年的康斯坦茨宗教会议试图对波兰和骑士团做出仲裁，但这个问题并未议决。1415年，克拉科夫学院院长保卢斯·弗拉蒂米里在此次宗教会议上呈交专著《论在异教徒问题上教皇与皇帝的权力》，在这篇专著中，弗拉蒂米里支持宽容，反对条顿骑士团的暴力传教，并认为异教徒享有与基督教徒和平共处的权利和政治独立。这一阶段波兰立陶宛与条顿骑士团之间的冲突在1422年的梅尔诺条约中画上句号。波兰与骑士团之间的另一场战争（参见巴巴伊斯卡斯战役）以双方签署布热希奇·库雅夫斯基和约宣告结束。