С этого момента арабы перестали играть значительную роль в истории Грузии, и постепенное объединение страны под властью Багратиони происходило без какого-либо вмешательства с их стороны. Только Тбилиси и его окрестности по-прежнему находились под властью эмира, отношения которого с Халифатом теперь были в лучшем случае шаткими. В течение XI века богатые жители города приобрели большую власть в качестве совета старейшин («биреби») и сохранили эмират в основном для того, чтобы избежать налогов со стороны грузинских королей. Грузинский царь Баграт IV трижды брал город (1046, 1049, 1062), но не мог удержать его под своей властью. К 1060-м годам Сельджукская империя, возглавляемая Алп-Арсланом, сменила арабов в качестве главной мусульманской угрозы для Грузии. Сельджуки назначили нового эмира в Тбилиси, но после его смерти в 1080 году городом снова стали управлять местные старейшины. В 1121 году Давид IV Строитель, царь Грузии, победил сельджуков в Дидгорской битве, позволив ему войти в Тбилиси в следующем году и положив конец почти 500 лет арабского присутствия в Грузии. Тбилиси потерял автономию и стал царской столицей, но его жители долгое время оставались преимущественно мусульманами.