Los convulsos asuntos de Italia y la lucha de poderes con el rey Francisco I de Francia estaban en plena efervescencia en la década de 1520. En 1527, viéndose cercado después del saqueo de la Ciudad Eterna, el papa Clemente VII finalmente aceptó firmar la paz con el emperador Carlos V de Alemania, el cual como parte del trato debió reponer a losMédici en el gobierno de Florencia en la persona de Alejandro de Médici -aparentemente hijo natural del papa con una sirvienta negra. Como manera de conservar la lealtad del papa de manera definitiva, se acordó el compromiso de Alejandro con Margarita, de apenas cinco años de edad. El 9 de julio de 1529, Margarita fue legitimada por su padre a ruego de su tía abuela, Margarita de Austria.