Também foram sepultados no Panteão os restos mortais dos Imperadores do Brasil D. Pedro II e D. Teresa Cristina. As suas urnas aí repousaram enquanto durou o banimento imposto pelo governo republicano do Brasil, revogado em 1920. No ano seguinte, as urnas contendo os despojos dos soberanos brasileiros foram removidas e conduzidas até o couraçado "São Paulo", que os conduziu até o Rio de Janeiro, onde foram sepultados no Mausoléu Imperial, sito à Catedral de São Pedro de Alcântara, em Petrópolis, no Rio de Janeiro.