Während des Krieges vernachlässigte er den Bau von Luftschutzbunkern, ließ sich allerdings 1943 an seinem Dresdner Wohnsitz Comeniusstraße 32 einen Privatbunker errichten. Im Dezember 1944 erklärte er Dresden zum Verteidigungsbereich. Nach den Luftangriffen vom 13. und 14. Februar 1945 führte Mutschmann die Geschäfte als Reichsstatthalter von Sachsen in Grillenburg aus und die des Gauleiters in seinem provisorischen Befehlsstand im Lockwitzgrund bei Dresden. Einen Unterstützer dieser Idee fand der Gauleiter bei Generalfeldmarschall Ferdinand Schörner, dessen Heeresgruppe Mitte auf dem Gebiet Sachsens und Böhmens aufmarschiert war.