Mit dem Prinzen Eugen von Savoyen korrespondierte Pálffy vertraulich über den Aufstand unter Rákóczi in der Zeit von 1704 an. Pálffy, welcher seit dem Jahre 1680 mit Elisabeth, geborener Freiin von Weichs verehelicht gewesen und mit ihr die sogenannte ältere Nikolaische Linie des Geschlechtes Pálffy begründet hatte, starb zu Preßburg und wurde in der Familiengruft im Franziskanerkloster zu Malacka beigesetzt.