Озеро использовалось комбинатом № 817 с 1948 года как часть контура охлаждения первого в СССР промышленного ядерного реактора «А-1» и остальных ядерных реакторов, введённых в эксплуатацию в последующие годы: водозабор, слив воды второго и третьего контуров, а в начальный период прямоточно и первого контура охлаждения, после предварительного отстаивания радионуклидов, а также для слива малоактивных отходов радиохимического завода. Для разделения участков водозабора и слива использованной воды была построена струеразделительная дамба длиной 3 км, конструкция которой приводит к циркуляции воды озера по кругу (против часовой стрелки). Плановый сброс среднеактивных и аварийный высокоактивных жидких радиоактивных отходов производства осуществлялось ниже плотины «П-2» по течению реки Течи. Предполагалось, что радионуклиды осядут в проточных прудах-водоёмах «В-3» и «В-4». Но, в дальнейшем с радиоактивным загрязнением реки часть её воды в начале 1950-х годов была пущена в обход озера Кызылташ и прудов из озера Иртяш через озеро Бердениш путём устройства каналов, а высокорадиоактивные отходы начали сливать в озеро Карачай (спецводоём «В-9»). При радиационной аварии 1957 года озеро Бердениш попало в зону Восточно-Уральского радиоактивного следа и значительно загрязнено выпавшими радиоактивными осадками, после чего каналы были перекрыты, а часть русла реки Течи была направлена по обводному левобережному каналу с озера Кызылташ минуя водоёмы «В-3», «В-4» и «В-10». С созданием Теченского каскада водоёмов ниже по течению реки Течи, с 1964 года сток с озера в каскад водоёмов регулируется плотиной «П-2», основное русло реки Теча направлено по обводному левобережному каналу в обход озера Кызылташ и каскада водоёмов.