Le Krach boursier de 1929 fut particulièrement cruel pour le FEC. Le chemin de fer passa en redressement judiciaire en septembre 1931, 18 ans après la mort de Flagler. Un service d'autocar commença à se substituer aux embranchements à partir de 1932. Quant à l"'Overseas Railroad", il fut détruit par un ouragan en 1935 ; l'État de la Floride le racheta et réutilisa une bonne partie de l'infrastructure pour construite l'Overseas Highway, longue de 205 km et qui fut ouverte à la circulation le 29 mars 1938.