In questi anni la squadra staziona stabilmente nella massima serie, acquisendo la nomea di provinciale terribile, in virtù dei buoni risultati che spesso otteneva contro le squadre metropolitane (degne di nota sono in particolare le quattro vittorie in otto partite dal 1945 al 1949 contro il "Grande Torino" dominatore del campionato in quegli anni). Nel campionato 1947-1948 l'Atalanta ottiene il suo miglior piazzamento di sempre in massima serie in cent'anni di storia, la quinta posizione. L'allenatore è ancora Ivo Fiorentini, tornato in città dopo il triennio d'inizio anni 1940, mentre si rivedono a Bergamo giocatori come Cominelli e Fabbri che avevano fatto bene negli anni precedenti la guerra. La stagione è ricca di soddisfazioni, come le vittorie contro il Grande Torino, poi vincitore dello Scudetto, il Milan, il Bologna e l'Inter (0-3 a San Siro).