Όταν ο Α΄ Βαλκανικός Πόλεμος ανακηρύχθηκε, ο Μισίρκωφ πήγε στη Μακεδονία ως ανταποκριτής πολέμου της Ρωσίας. Εκεί μπορούσε να ακολουθήσει τις στρατιωτικές επιχειρήσεις του βουλγαρικού στρατού. Ο Μισίρκωφ δημοσίευσε μια σειρά άρθρων στον ρωσικό τύπο και μερικά άρθρα όπου απαιτούσε να εκδιωχθούν οι Οθωμανοί από τη Μακεδονία. Το 1913, μετά την εκδήλωση του Β΄ Βαλκανικού Πολέμου, ο Μισίρκωφ επέστρεψε στη Ρωσία, όπου εργάστηκε ως δάσκαλος και στα βουλγαρικά σχολεία της Οδησσού. Εκεί έγραψε το ημερολόγιό του, το οποίο βρέθηκε το 2006. Αργότερα διορίστηκε δάσκαλος του βουλγαρικού σχολείου στο Κισινάου. Ενώ εργαζόταν ως δάσκαλος σε αυτό, ο Μισίρκωφ απέστειλε επιστολή στον Βούλγαρο ακαδημαϊκό Αλεξανταρ Τεοντοροφ-Μπαλαν με αίτημα να διοριστέι καθηγητής στο πανεπιστήμιο της Σόφιας. Το αίτημα αυτό δείχνει σαφώς τον αυτοπροσδιορισμό του εκείνη την εποχή - "Ως Βούλγαρος, θα επέστρεφα πρόθυμα στη Βουλγαρία, εάν υπάρχει ανάγκη επιστημονικής έρευνας για την τύχη των βουλγαρικών εδαφών, ιδίως της Μακεδονίας". Μια σύντομη επιστολή με παρόμοιο περιεχόμενο απεστάλη σε άλλον καθηγητή στο πανεπιστήμιο της Σόφιας, τον Βασίλι Ζλαταρσκι, με το αίτημα να διοριστεί ως επίλεκτος "στο νεοσυσταθέν τμήμα ιστορίας της Μακεδονίας και των άλλων δυτικών βουλγαρικών εδαφών".