Ma Jun inizia ad essere convocata dalla federazione calcistica della Cina per vestire la maglia della formazione Under-16 fin dal 2007, con la quale debutta nel corso del Campionato asiatico di calcio femminile Under-16 di Malaysia 2007. In quell'occasione è autrice della rete che apre le marcature della finale per il terzo posto giocata contro le avversarie della , incontro poi vinto dalle coreane che, dopo aver rimontato la rete nei tempi regolamentari, battono le cinesi ai tiri di rigore accedendo così al Mondiale Under-17 di Nuova Zelanda 2008.