Nel 1837 Emanuele fu condotto forzatamente a Napoli con l'obbligo di restarvi per dieci anni. Ma vedendolo sempre più afflitto, il re napoletano gli concesse dopo due anni di rientrare in Sicilia: a Palermo, a Lentini ma non a Siracusa; mettere piede in quella città gli era proibito. Seguì le vicende da lontano e quando nel 1848, a seguito della rivoluzione siciliana, la monarchia borbonica venne dichiarata decaduta, gioì nel vedere che Siracusa era riuscita a riottenere il ruolo di Capo Valle e capoluogo a seguito del governo costituzionale di Ruggero Settimo. Egli poté rientrare in città il 20 febbraio del 1848 e fu accolto con entusiasmo dalla popolazione. Pancali fu uno dei deputati del nuovo governo generale. Ma già l'anno dopo i Borbone repressero il neo-Regno ristabilendo la loro sovranità; il titolo fu quindi nuovamente dato a Noto. Pancali nel 1858 fu ancora una volta il capo dei patrioti di Siracusa, fu eletto Presidente del Comitato Segreto di Agitazione.