Em maio de 1940, a Alemanha Nazista invandiu os Países Baixos e o governo de ocupação deu início às perseguições aos judeus com implementação de leis restritivas e discriminatórias; registros obrigatórios e segregações aconteceram posteriormente. Por exemplo, Anne e Margot foram proibidas de continuar frequentando as escolas em que estavam matriculadas, sendo direcionadas para instituições próprias para judeus; além disso, eram obrigadas à se identificarem com a estrela de Davi costurada em suas vestimentas. Em abril de 1941, em uma tentativa de evitar que suas companhias fossem confiscadas por serem propriedades de um judeu, Otto transferiu suas ações e liquidou as empresas, transferindo seus ativos para Jan Gies, um de seus principais colaboradores. Os lucros dos negócios continuaram com poucas mudanças e, apesar de receberem uma renda mínima, era suficiente para sustentar a família. No mesmo período, ele tentou conseguir visto nos Estados Unidos para sua família; no entanto, o pedido nunca foi processado devido ao fechamento do consulado norte-americano em Roterdã, consequência da destruição na cidade após a Batalha dos Países Baixos.