В 1929 году Аннемари Шульц вступила в КПГ. Там она стала женским лидером местной группы КПГ в Котбусе, а в 1932 году — женским лидером группы избирателей Лаузица. Кроме того, она была студенткой Партийной школы имени Розы Люксембург (Reichsparteischule Rosa Luxembourg) в Фихтенау. В апреле 1932 года Шульц был избран депутатом прусского государственного парламента от округа Берлин. После пожара Рейхстага в феврале 1933 года, в котором нацисты обвинили коммунистов, Шульц была арестована и до ноября 1933 года находилась в женской тюрьме Барнимштрассе. После покушения на жизнь Гитлера группой генералов 20 июля 1944 года она и ее муж Георг были снова арестованы и сначала отправлены в полицейскую тюрьму на Мауэрштрассе. Оттуда их позже перевели в тюрьму недалеко от Франкфурта-на-Одере и в августе 1944 года доставили в трудовой лагерь Одерблик в Швейтиге (ныне Свецко, Польша). Шульц выжила в трудовом лагере, в том числе потому, что лагерные врачи спасли ее от отправки в концлагерь Равенсбрюк.