Ruanda a causa de la seva alta qualificació professional i també a la seva experiència de cooperació anterior, el 1994, doncs, el record del camp de refugiats de Mugunga, a l'est del Zaire, on havia treballat tres anys enrere, era molt viu. De la mateixa manera que els seus companys assassinats, es va traslladar a la zona dels Grans Llacs d'Àfrica el novembre de 1996 per participar en una acció d'emergència. Un cop finalitzada, va demanar quedar-se per a treballar en un projecte d'assistència a petits hospitals a l'Àfrica, i més concretament a Ruanda, país que es trobava en una difícil situació política i social, quan tot just començaven a fer-se els judicis pel conegut com a Genocidi de Ruanda. A banda, a principi del 1997 el país encara estava immers en el conflicte congolès i el seu suport a les forces de Laurent Kabila. La nit del 18 de gener de 1997, acabada d'instal·lar a la seva nova casa a Ruengheri, al nord-oest de Ruanda, al costat de la frontera amb Zaire i Uganda, Flors Sirera juntament amb els seus altres dos companys cooperants de l'ONG Metges del Món, el sevillà Manuel Madrazo i el madrileny Luis Valtueña, va ser assassinada pel Front Patriòtic Ruandès (FPR). Socors Avedillo, la quarta persona que integrava l'equip espanyol es va salvar per trobar-se a Goma (Zaire).