Im Zuge des „Anschlusses“ Österreichs folgte 1938 eine kurze Haftzeit. 1939 trat Seitz aus der römisch-katholischen Kirche aus, wobei er jedoch in Kontakt mit der Widerstandsgruppe rund um Kaplan Heinrich Maier stand. Im Zusammenhang mit dem Attentat vom 20. Juli 1944 auf Hitler erfolgte seine Internierung, darunter auch im KZ Ravensbrück. Nach der Entlassung aus dem KZ kurz vor Ende des Zweiten Weltkriegs wurde er in die thüringische Kleinstadt Plaue verbannt.