По време на гражданската война в Босна и Херцеговина Карагьоз бей джамия претърпява тежки поражения, но след края на конфликта е реставрирана, заедно със Стари мост и други исторически обекти в старата част на Мостар. Отворена е за поклонници и посетители през 2004 година.