Tra il 1817 al 1845 gli spazi del complesso ospitarono una caserma e una fabbrica di fuochi di artificio; nel 1815 vi alloggiarono le truppe austroungariche di passaggio verso Roma, in procinto di partecipare alla Guerra austro-napoletana. Nel 1817 parte dell'edificio fu assegnato alla "Pia Casa del lavoro" e parte fu adibito ad abitazioni private. Dopo il 1827 la chiesa venne affittata come studio allo scultore Lorenzo Bartolini, con conseguente sconsacrazione.