Im Jahr 1608 hatten sich evangelische Landesfürsten im Reich zur so genannten Union zusammengeschlossen. In Franken gehörten die Markgrafen von Ansbach und Bayreuth sowie die Reichsstädte zu diesem Bündnis. Die katholische Seite reagierte 1609 mit einem Gegenbündnis, der Liga. Die Gegensätze zwischen beiden Lagern mündeten schließlich im Dreißigjährigen Krieg, der zur größten Belastung des Zusammenhalts innerhalb des Fränkischen Reichskreises wurde. Am Beginn des Krieges war Franken kein unmittelbarer Kriegsschauplatz, wobei aber immer wieder plündernde Heere durchzogen. Erst nach dem Sieg der schwedisch-sächsischen Truppen unter Gustav Adolf im September 1631 bei Breitenfeld nahe Leipzig, rückten die schwedischen Truppen bis nach Franken vor, fanden in der Stadt Nürnberg Unterstützung und konnten von hier aus im Mai 1632 bis nach München vorstoßen. Als im Juli 1632 der kaiserliche Feldherr Wallenstein mit einem großen Heer bei Zirndorf nahe Nürnberg ein befestigtes Lager eingerichtet hatte, waren die Schweden gezwungen, sich wieder von Bayern nach Franken zurückzuziehen. Auch die Schweden richteten bei Nürnberg für drei Monate ein Lager ein, das aber von Nürnberg nicht ausreichend versorgt werden konnte. Zwar versuchten die Schweden eine Entscheidung zu erzwingen, jedoch konnten sie die Schlacht an der Alten Veste gegen Wallensteins Truppen nicht gewinnen und zogen sich nach schweren Verlusten Richtung Württemberg zurück. Nach dem Abzug der kaiserlichen Truppen und nach dem Tod des schwedischen Königs in der Schlacht bei Lützen kam Franken in die Hand des schwedischen Feldherren Bernhard von Sachsen-Weimar, der im Juni 1633 vom schwedischen Reichskanzler Axel Oxenstierna mit dem Herzogtum Franken belehnt wurde. Nach der totalen Niederlage der Schweden in der Schlacht bei Nördlingen im September 1634 verlor er das fränkische Lehen wieder.