Eleito como secretário-geral, o cargo principal da ONU, em 1991, os mandatos de Boutros-Ghali na agência permanecem controversos. Em 1992, ele apresentou A "Agenda para a Paz", uma sugestão de como a ONU poderia reagir a conflitos violentos. Entretanto, ele foi criticado pelo fracasso da ação da ONU durante o genocídio em Ruanda em 1994, que deixou oficialmente mais de um milhão de mortos, e ele foi incapaz de angariar apoio ONU para a intervenção na ininterrupta Guerra Civil Angolana. Uma das tarefas mais difíceis de seu mandato foi lidar com a crise da Guerra Civil Iugoslava após a desintegração da ex-Iugoslávia. Sua reputação ficou complicada em maiores controvérsias sobre a eficácia da ONU e o papel dos Estados Unidos na agência.