Когда Мальдини только исполнилось 19 лет, он был приглашён в сборную своей страны, где и сыграл первый матч 31 марта 1988 года против Югославии. Встреча закончилась со счётом 1:1. Паоло завершил карьеру в сборной в 2002 году, сразу после чемпионата мира по футболу в Японии и Корее.