"מלכה הבלתי מוכתר של אירלנד" כפי שעתיד היה פרנל להיקרא, נולד במחוז ויקלו, למשפחה ממעמד בעלי האחוזות הכפריים האירים. הוא היה הבן השלישי (והילד השביעי) לג'ון הנרי פרנל, בעל אחוזות פרוטסטנטי, ולאשתו האמריקאית דליה סטיוארט, בתו של קפטן צ'ארלס סטיוארט, קצין בצי האמריקני בימי המלחמה עם אנגליה בשנים 1812–1815. ניתן לומר שפרנל ינק את השנאה לאנגלים עם חלב אימו. על אף שהיה שייך לכנסייה של אירלנד, אשר אנשיה תמכו באיחוד עם אנגליה, ועל אף קרבת דם רחוקה למשפחת המלוכה האנגלית, ולמשפחות אצולה אנגלו-איריות, היה פרנל עתיד להשיג את תהילתו כמנהיגה של הדרישה לעצמאות העם האירי מן האנגלים.