Az amerikai polgárháború kitörésekor Abraham Lincoln elnök felhívására Sigel a 3. missouri ezred parancsnokaként katonai alakulatba szervezte főleg a környékbeli német-amerikaiakat és szívesen mentek zászlója alá a magyar-amerikaiak is, Kaliforniából is. Lincoln elnök 1861 augusztus 7-én dandártábornoknak nevezte ki Sigelt. Sigel eleinte vereséget szenvedett a déliektől 1861 augusztus 10-én a Wilson’s Creek-i ütközetben (Missouri), a következő év márciusában Arkansas államban vívott Pea Ridge-i ütközetben kitüntette magát, ezért 1862. augusztus 7-én előléptették vezérőrnagynak. Az 1862. augusztus 28–30-i második Bull Run-i csatában megsebesült a keze. Váltakozó szerencsével harcolta végig Sigel a hosszú és küzdelmes polgárháborút, amely végül az északiak győzelmével végződött, újra létrejött az egységes Egyesült Államok, s eltörölték a rabszolgaság intézményét. Szívesen harcoltak Sigel német csapataiban a magyarok, hiszen a magyar emigránsok közül sokkal többen tudtak németül, mint angolul, s e miatt a német-amerikai alakulatokban otthonosabban érezték magukat. Hogy mennyien lehettek a német alakulatokban a magyar emigránsok, ezt nem lehet tudni az alakulatok német nemzeti jellege miatt. Ugyanez a helyzet a Rajna-vidékről származó Carl Schurz tábornok alakulataival is.