Након инвазије Нацистичке Немачке и њених савезника на Краљевину Југославију опсерваторија као и све установе у Србији долазе у тешку ситуацију. Вермахт шаље у опсерваторију своје професоре који врше попис инструмената као немачку имовину, поред тога, тражилац комета и спектрохелиограф, односе за Трећи рајх. Немачка војска се затим усељава у круг опсерваторије, коју претварају у противваздушно артиљеријско упориште, а библиотеку у официрску кантину. Током борби за ослобођење Београда, октобра 1944, тешко су оштећени, Управна зграда, геодетски павиљон, водоторањ, павиљон Великог рефрактора и тригонометријска тачка.