После поражения французов при Неервиндене князь-епископ вернулся в Люттих. Вернувшись из Льежа в Вервье, он был арестован и приговорен к смертной казни. Несмотря на просьбы населения, князь-епископ отказался его помиловать, и Шапюи публично казнён на площади Реколле (ныне площадь Мученичества) 2 января 1794 года. Память о нём надолго сохранилась среди населения: площадь, на которой он был казнён и похоронен, получила название Площадь мученика, и на ней в 1880 году была воздвигнута статуя Шапюи. На монументе написано «Умер за независимость гражданской власти».