Para 1999, Tuero deixa a equipe e anuncia sua aposentadoria do automobilismo (decisão reconsiderada mais tarde), e para seu lugar Badoer, então piloto de testes da Ferrari, volta ao time. Nakano abandona a F-1 para dedicar-se a outras categorias, dando lugar ao espanhol Marc Gené. No GP do Brasil, Badoer tinha-se lesionado numa mão em testes e não tinha recuperado a tempo, sendo substituído pelo piloto Stéphane Sarrazin. que era "test-driver" da Prost. O francês iria ter aquela que viria a ser a sua única experiência na Fórmula 1, mas bate na Curva do Café e abandona. Badoer viveria seu melhor momento na F-1 no GP da Europa, quando chegou a ocupar a quarta posição, mas perde a chance de pontuar quando o motor de seu carro quebrou. Ao sair, não contém as lágrimas. Seu companheiro Gené marcou o único ponto da equipe após resistir bravamente aos ataques do norte-irlandês Eddie Irvine, da Ferrari, que brigava pelo título com Mika Häkkinen, da McLaren. Após três campeonatos sem pontuar, o time fica novamente em 10º, com 1 ponto ganho, à frente da estreante BAR.