Elle est, durant longtemps, anti-germaniste et opposée à l'entrée des étudiants allemands en son sein. Le motif officiel invoqué en 1923 étant que l'hostilité militante à l'occupation militaire de la Ruhr dont témoignent les étudiants allemands est contraire à l'apolitisme revendiqué par la Confédération. Le choix de Strasbourg, ville fraîchement reconquise par la France, pour la fondation de la Confédération, l'appartenance des délégués étudiants aux nations alliées contre l'Allemagne au cours de la guerre, paraît aller dans le même sens.