No Ano Novo de 1947, a confiança geral da população viu uma organização política querer apresentá-lo como candidato em sua eleição, mas ele recusou por considerar a política como um reino estranho e diferente para ele que não queria associar com ele. Mas logo houve uma grande agitação na região em que padres e freiras estavam sendo presos antes que uma rebelião explodisse. Ele aceitou o convite de seu pai para retornar à sua antiga cidade natal em 30 de março de 1947, mas voltou para casa em 9 de abril depois de ouvir sobre massacres perto de sua casa, onde também soube da prisão de religiosos. Botovasoa sabia que poderia ser capturado e morto devido ao seu status de educador religioso, mas não temia o que lhe aconteceria.