Com o passar dos anos, uma rixa começou a surgir entre o general Amin e o presidente Obote, especialmente com o fato de que Amin estaria reconstruindo o exército ugandense com grupos étnicos do Nilo Ocidental, de onde ele descendia. Outro ponto de contenda foi o apoio do general a operações na rebelião no Sudão do Sul e sua falta de interesse na questão do atentado contra a vida de Obote em 1969. Em outubro de 1970, Obote assumiu o comando das forças armadas, rebaixando Amin de seu posto de comandante de todas as forças armadas para apenas a de líder do Exército de Uganda.