Bani-Sadr ble avsatt den 21. juni 1981 av det iranske parlament på grunn av konflikter med mullaene og spesielt med lederen for landets juridiske system, Mohammad Beheshti. Khomeini anses å ha formådd parlamentet til å avsette Bani-Sadr. Bani-Sadr hadde også vært motstander av gisselaksjonen i den amerikanske ambassaden, som begynte i 1979 og varte til januar 1981.