En 2009, Abubaker Kaki est éliminé prématurément des Championnats du monde de Berlin après avoir trébuché lors des demi-finales du 800 mètres. Le , aux Championnats du monde en salle de Doha, le Soudanais remporte son deuxième titre planétaire consécutif en 1 min 46 s 23, devançant le Kényan Boaz Kiplagat Lalang et le Polonais Adam Kszczot.