Robert Joseph Flaherty entstammte väterlicherseits einer infolge der Großen Hungersnot in Irland nach Kanada ausgewanderten Familie; seine Mutter, Susanne Klockner, war aus Deutschland eingewandert. Sein Vater, Robert Henry Flaherty, erkundete im Auftrag von Bergwerksunternehmen Erzlagerstätten im südlichen Kanada, in Minnesota und in Michigan und suchte auf eigene Faust Goldadern. Auf eine seiner Reisen nahm er seinen Sohn Robert Joseph mit; ein Jahr lang durchstreiften Vater und Sohn noch kaum erschlossene Gegenden Kanadas. In diesem Jahr erfasste ihn die Leidenschaft für die Wildnis, die ihn zeitlebens nicht losließ. Nach der Rückkehr besuchte Robert Joseph Flaherty das Upper Canada College in Toronto, anschließend studierte er Mineralogie am Michigan College of Mines. Er trat in die Fußstapfen seines Vaters und wurde Prospektor.