Здравоохранению республики был нанесён большой урон в связи с процессами распада СССР, периодом независимости и двумя последующими войнами. Была разрушена инфраструктура система здравоохранения, произошёл отток высококвалифицированных медицинских кадров, была дезорганизована система управления. Первая и вторая чеченские войны практически полностью уничтожили остатки материальной базы системы здравоохранения Чечни. Граждане республики вынуждены были уезжать на лечение в другие регионы России. Здравоохранение Чечни работало в режиме чрезвычайной ситуации.