En exil, elle continue de diriger le Parti du peuple pakistanais. Celui-ci effectue un retour sur la scène politique lors des élections législatives de 2002, où recueillant 25,8 % des voix, il devient la principale formation de l'opposition au gouvernement de Musharraf, parvenu au pouvoir à la suite d'un coup d'État contre Nawaz Sharif. Benazir va ainsi se rapprocher de ce dernier et signer avec lui la « charte de la démocratie » en 2006, poursuivant l'objectif de mettre un terme au régime militaire, mais aussi de renforcer la fédéralisation, l'indépendance de la justice et vise un retour au parlementarisme. Elle se rapproche aussi des États-Unis auxquels elle promet une lutte accrue contre Al Qaïda. L'administration américaine fait ainsi pression sur Musharraf pour permettre le retour de Benazir Bhutto au Pakistan et les deux personnes se rencontrent secrètement à Abou Dabi le 27 juillet 2007. Leur accord aboutit à l'ordonnance nationale de réconciliation adoptée le 5 octobre 2007 qui amnistie de nombreux politiques ; en échange, Bhutto donnera les voix du PPP à Musharraf pour l'élection présidentielle.