カリモフ政権の反テロ政策については2001年まで、どちらかというと「ムスリムの人権を抑圧している」という方向で報道されていたところ、同年9月11日のアメリカ同時多発テロ事件以後は状況が変わった。ウズベキスタンが対テロ戦争におけるアメリカの戦略的同盟国とみなされるようになり、アメリカのアフガニスタン進攻の際には800人のアメリカ軍を国内に受け入れサポートした。中国とロシアが主導する上海協力機構にも加盟し、テロ対策を担う地域対テロ機構（RATS）の本部がタシュケントに置かれた。しかしながら、カリモフ政権とアメリカの蜜月は中露から懸念された。2005年5月13日に武装勢力が刑務所を襲撃して収監者を逃亡させたアンディジャン事件、及びその鎮圧方法をめぐり、アメリカはカリモフ政権を非難した。中露の後押しもあってカリモフはアメリカ軍に撤収するように促し、アメリカ軍は7月にウズベキスタンから撤収するも、2012年6月にはカリモフ政権は集団安全保障条約機構（CSTO）から脱退してロシアからの独立も保つ動きも行った。