В октябре 1944 года был назначен на должность командира 38-й гвардейской стрелковой дивизии, которая принимала участие в ходе в Восточно-Прусской, Восточно-Померанской и Берлинской наступательных операциях. Дивизия под командованием Абдуллаева форсировала Вислу северо-западнее города Бромберг (Быдгощ), а также участвовал в ходе ликвидации данцигской группировки противника освобождения города Гдыня, боёв под Варшавой и в Померании. 20 апреля 1945 года полковник Абдуллаев был назначен на должность заместителя командира 114-го стрелкового корпуса, вскоре из-за болезни командира 160-й стрелковой дивизии был назначен на должность командира этой дивизии, после чего продолжил принимать участие в боях за Одер. Закончил войну 8 мая 1945 года в районе города Висмар на реке Эльба. За умелое руководство боевыми действиями дивизии Юсиф Мирза оглы Абдуллаев был награждён орденами Суворова 2-й степени и Кутузова 2-й степени.