In den letzten Jahren der Herrschaft von Heinrich VIII. blieb Thynne ein enger Gefolgsmann von Seymour, dabei nahm er vermutlich 1542 an der Schlacht von Solway Moss gegen schottische Truppen teil. 1544 begleitete er Seymour bei seinem erneuten Feldzug nach Schottland. Nach der Schlacht bei Pinkie Cleugh 1547 wurde er zum Ritter geschlagen. Seine Hauptaufgabe blieb allerdings nicht der Dienst als Militär, sondern die Verwaltung von Seymours Besitzungen und die Unterstützung Seymours bei der Ausübung seiner Ämter.