Весной 2006 года Попова попала в число шести штангистов сборной России, которых обвинили в употреблении запрещённых препаратов. Международная федерация тяжёлой атлетики оштрафовала Федерацию тяжёлой атлетики России на 250 тысяч долларов, а сама Валентина была дисквалифицирована на два года и лишена серебряной медали чемпионата Европы 2006 года. Незадолго до начала пекинской Олимпиады Попова всё-таки объявила о завершении карьеры: причиной тому стала ещё одна положительная допинг-проба, взятая во внесоревновательное время, что привело к автоматической пожизненной дисквалификации спортсменки. Сама она объяснила причину ухода из спорта не столько дисквалификацией, сколько участившимися травмами спины и желанием больше времени проводить с семьёй.