Từ tháng 12 năm 2018 trở đi, Bashir phải đối mặt với cuộc biểu tình quy mô lớn yêu cầu ông phải rời khỏi quyền lực. Kể từ ngày 11 tháng 4 năm 2019, tình trạng của Bashir với tư cách là tổng thống đã trở nên không chắc chắn sau khi nhiều nguồn tin cho thấy ông đã từ chức. Sau một cuộc đảo chính của quân đội Lực lượng vũ trang Sudan xác nhận trong một "thông báo quan trọng" trên truyền hình nhà nước. ông đã bị lật đổ. Chính quyền mới giam giữ ông trong nhà tù Khartoum khét tiếng, nơi ông từng tống giam nhiều thế hệ người chống đối suốt 3 thập niên cầm quyền của mình.