У 2010 році єгиптяни з Ахмедом захистили звання континентальних чемпіонів на турнірі в Анголі. Саме на цьому змаганні Ель-Мохаммаді 28 січня 2010 року забив перший гол за збірну у ворота Беніну (2:0). Після цього «фараони» не кваліфікувались і пропустили три континентальні турніри поспіль (2012, 2013 та 2015 років) і пробились лише на Кубок африканських націй 2017 року у Габоні. На цьому турнірі Ель-Мохаммаді зіграв у чотирьох матчах, включно з фіналом, і здобув з командою срібні медалі турніру.