Bei der unmittelbaren Vorbereitung der Tiroler Erhebung kehrte Andreas Hofer auf seiner Rückreise von Wien bei verschiedenen Wirten in Tirol ein und besprach mit ihnen die geplanten Aktionen, damit sie die Schützen und Bauern ihrer Umgebung verständigten. Mayr übernahm diese Aufgabe für seinen Umkreis und kämpfte am 25. und 29. Mai 1809 an der Spitze der Pfeffersberger gemeinsam mit Josef Eisenstecken am Bergisel. Nach dem Waffenstillstand von Znaim (12. Juli 1809), als die österreichischen Truppen aus Tirol abberufen wurden und die Franzosen beinahe kampflos Innsbruck besetzen, trafen sich Peter Mayr und der Sternwirt Peter Kemenater aus Schabs beim Kreuzwirt Martin Schenk in Brixen zu einer Lagebesprechung (bekannt als "Dreischwur"). Sie beschlossen, Munition und Lebensmittel zu beschaffen, die Brixner Klause zu befestigen, die Ladritscher Brücke abzubrechen und auf den Höhen der Eisackschlucht Material für Steinlawinen aufzuschichten. Dort sperrte Peter Mayr mit Schützenkompanien aus dem unteren Eisack- und westlichen Pustertal die Eisackschlucht nördlich von Oberau ab und rieb am 4./5. August 1809 gemeinsam mit Josef Speckbacher die vor allem aus sächsisch-thüringischen Truppen bestehende Division Rouyer auf. Dieser Ort erhielt deswegen später den Namen Sachsenklemme. Marschall François-Joseph Lefebvre, der am 6. August 1809 mit 7.000 Mann in Sterzing eintraf, musste sich daraufhin nach Innsbruck zurückziehen.