Quand Fernandina fut prise début , la guerre durait déjà depuis presque un an, et la situation avait fortement évolué. Après la perte de Fort Henry et de Fort Donelson au Tennessee, et celle de Roanoke Island en Caroline du Nord, le Département de la Guerre à Richmond décida de concentrer ses forces sur les zones vitales de l'intérieur en dégarnissant une grande partie de ses côtes. Seuls quelques ports resteraient défendus. Trois d'entre eux seulement se trouvaient sur la côte Atlantique : Wilmington, Charleston et Savannah (seuls les deux premiers avaient une réelle importance). Sur toute la durée de la guerre, huit vapeurs forceurs de blocus seulement pénétrèrent dans les ports de Géorgie ou du nord de la Floride.