La seconda stagione di Vidal con il club campione di Germania, ora allenato da Carlo Ancelotti, inizia con la conquista della Supercoppa tedesca: nella sfida del 14 agosto i bavaresi s'impongono per 2-0 sul Borussia Dortmund, con la rete iniziale che porta la firma del cileno. L'annata vede per i bavaresi la conquista del campionato, secondo consecutivo per il cileno, grazie al successo per 6-0 del 29 aprile 2017 contro il Wolfsburg; Vidal e compagni sono tuttavia protagonisti di una parte finale al di sotto delle aspettative: in Champions League — competizione durante la quale il centrocampista mette a segno tre reti, tra cui spicca la doppietta nell'1-5 sull' nel ritorno degli ottavi di finale — la compagine tedesca esce infatti sconfitta dal doppio confronto dei quarti contro il , così come nella Coppa nazionale, eliminata nella semifinale dal Borussia Dortmund a seguito del 2-3 esterno del 26 aprile.