Baker a fait campagne pour le Brexit avant et pendant le référendum de 2016. Il dit qu'il avait initialement rejoint le Parti conservateur avec l'intention expresse de faire campagne pour que le Royaume-Uni quitte l'Union européenne . Il a présidé les conservateurs pour la Grande - Bretagne, un groupe soutenant " Vote Leave" et du groupe de recherche européen eurosceptique jusqu'à ce qu'il devienne ministre . Il a été décrit par le "New Statesman" comme quelqu'un qui avait été "le plus doctrinaire du gouvernement et l'un des rares défenseurs sincères d'une sortie sans accord de l'Union européenne" avant de démissionner . En 2010, lors d'une réunion de l'Alliance libertaire, il a estimé que "l'Union européenne doit être totalement détruite", le considérant comme "un obstacle au libre-échange et à la paix entre toutes les nations de l'Europe, ainsi que le monde". Selon Baker, le Brexit représente une opportunité pour davantage de libre-échange en dehors de l'UE, mais favorise également le protectionnisme à l'encontre de la Chine .