Однако вскоре планы московского правительства изменились, и было принято решение о завоевании портов в Прибалтике. В 1558 году началась Ливонская война, а уже 22 мая 1558 года полки Алексея Басманова установили контроль над Нарвой, которая и стала на некоторый период главным торговым портом Русского государства. Однако поражение в Ливонской и русско-шведской войне (1570—1582) и заключённые Ям-Запольский и Плюсский мирные договоры привели к утере не только Нарвы, но и Копорья, Яма, Ивангорода и прилегающей к ним территории южного побережья Финского залива. Проект первого русского порта на Балтике реализован не был.