In tempi più recenti Allende si è dedicata alla stesura di una trilogia per ragazzi dedicata ai nipoti: i primi volumi sono stati "La città delle bestie" e "Il regno del drago d'oro", a cui è seguito l'ultimo volume "La foresta dei pigmei". Il 10 febbraio 2006 ha partecipato alla Cerimonia di apertura dei XX Giochi olimpici invernali di Torino 2006 portando, insieme ad altre sette donne famose, la bandiera olimpica. Nel 1998 ha Ricevuto a Capri il Premio Malaparte. Nel maggio 2007 è stata insignita a Trento della laurea honoris causa in lingue e letterature moderne euroamericane. Nel settembre 2010 è stata insignita con il Premio Nazionale Cileno per la Letteratura.