Le , Goran Pandev retourne à l'Inter Milan et s'engage pour quatre ans, il portera le numéro 27. Il disputera les six derniers mois de la saison avec son nouveau club. Dès le il est titulaire avec sa nouvelle équipe et dispute le match contre le Chievo Vérone. Pour ce déplacement à Vérone, il dispute les 67 premières minutes du match avec son équipe et participe à la victoire 1-0 de l'Inter. Ces six mois avec son club sont couronnés de succès, car il remporte son premier "Scudetto" en terminant avec son club à la première place en championnat deux point devant l'AS Rome. Il aura participé à ce titre en disputant 19 matchs et en marquant 3 buts. En particiapnt à deux matchs il participe aussi au titre de son équipe en Coupe d'Italie 2009-2010. Il aide son équipe à réaliser un triplé historique en participant à six matchs de la Ligue des champions 2009-2010. Il dispute notamment la finale au stade Santiago-Bernabéu à Madrid. Goran Pandev aide son club à remporter un quintuplé en remportant la Supercoupe d'Italie 2010 match durant lequel il marque le but de l'égalisation. Il participe ensuite à la Coupe du monde des clubs 2010, compétition durant laquelle il inscrit un but en finale.