Både gjennom sin familiearv som gjennom personlig erfaring; Sidney var i Walsinghams hus i Paris i løpet av Bartolomeusnatten, natten til 24. august 1572, da mellom 1 000 og 2 000 hugenottene i Paris ble myrdet og ytterligere 8 000–10 000 senere i provinsene. Opplevelsen bidro til å gjøre Sidney til en dedikert protestant. I løpet av 1570-tallet hadde han forsøkt å overtale Johan Kasimir av Pfalz-Simmern til å overveie et opplegg for en felles protestantisk militær front mot den romersk-katolske kirke og Spania. I 1577 ble Sidney valgt til å lede en diplomatdelegasjon til den nye keiser, Rudolf II av Det tysk-romerske rike, for å undersøke muligheten for en allianse for å utligne pavens hellige liga. Sidney forhandlet med adskillig dyktighet og dro tilbake til England med et utkast til en avtale mellom Elisabeth I og de tyske, protestantiske prinser.