Indonesia on työskennellyt muiden valtioiden kanssa saadakseen syytteeseen Al-Qaidaan ja muuhun sotilaalliseen islamismiin liittyneiden pommi-iskujen tekijöitä. Tuhoisassa Balin pommi-iskussa Kutan turistikaupungissa vuonna 2002 kuoli 202 henkeä, joista 164 oli ulkomaisia matkailijoita. Iskut ja niitä seuranneet matkustusvaroitukset ovat vahingoittaneet pahasti Indonesian matkailualaa.