Петион вернулся на Гаити в феврале 1802 года в составе французской экспедиции Шарля Леклерка, после смерти которого в ноябре того же года командование принял отличавшийся жестокостью генерал Рошамбо. Его действия вызвали резкий протест многих чернокожих офицеров, и они перешли на сторону восставших. В числе примкнувших к островитянам, борющимся за независимость, был и Александр Петион. В 1803 году в ходе борьбы за независимость Гаити освободил Порт-о-Пренс от французских войск.