ソ連軍のアフガニスタン侵攻においては、中央情報局（CIA）とともにムジャーヒディーンを大々的に支援したが、このころからイスラム原理主義の影響が強くなったとされ、アフガニスタン紛争では最初はグルブッディーン・ヘクマティヤール率いるヒズベ・イスラーミー（ヘクマティヤール派）の、後にはターリバーンの後ろ盾になったとされる。パキスタンの核開発にも深く関与した。また、アフガニスタンに対するほか、インドに対する活動も行なっているといわれており、ラシュカレ・タイバなどのテロ組織の背景にISIの存在があるとの指摘は根強い。一方で国内のワジリスタン紛争には関与が消極的とも伝えられる。