Nokdim byl založen roku 1982. Vznik osady byl živelný a nepředcházel mu souhlas izraelské vlády. Vesnice byla založena 5. července 1982 jako připomínka smrti dvou obyvatel nedaleké osady Tekoa – Eliho Pressmana (zabit v červnu 1982 během války v Libanonu) a Davida Rosenfelda (správce turistického centra v Herodiu, zavražděn v červnu 1982 svými palestinskými zaměstnanci) a nazvána podle nich El-David (אל-דוד). Hned po jejich pohřbu se skupina šesti rodin vydala do dosud neobydlené krajiny jižně od Herodia a usadili se tu ve stanech.