Fernández was in 2005 aanvoerder van Chili op het WK Onder-20 in Nederland. Hij scoorde eenmaal in de groepswedstrijd tegen Honduras, die met 7-0 gewonnen werd door de Chilenen. In de achtste finale verloor de ploeg van bondscoach José Sulantay van Nederland. Later in 2005 debuteerde Fernández tegen Peru in het Chileens nationaal elftal. Isla speelde mee in elf interlands in het kwalificatietoernooi voor het Wereldkampioenschap voetbal 2014 in Brazilië, waarvan hij er vijf verloor. Op het kampioenschap in de zomer van 2014 zou Fernández met Chili het moeten opnemen tegen onder meer het Nederlands voetbalelftal. Op 20 mei werd echter duidelijk dat Fernández door een enkelblessure niet tijdig fit is en deelname aan het toernooi misloopt. Fernández was wel fit voor de Copa América 2015, gehouden in Chili. Chili won het toernooi en Fernández kwam als invaller in het veld tijdens de finale tegen Argentinië.