Филип IV съумява да предразположи към себе си фламандското градско население; графът на Фландрия останал почти сам пред нахлулата френска армия е пленен, а Фландрия е присъединена към Франция. В същата 1301 г. започват вълнения сред покорените фламандци, които силно притесняват френския наместник Шатийон. Въстанието обхваща цяла Фландрия, и в битката при Куртре през 1302 г. французите са разбити напълно. След това войната с променлив успех продължила повече от две години; само през 1305 г. фламандците са принудени да отстъпят на Филип голяма част от своята територия, да се признаят за негови васали, да накажат със смърт около 3000 свои граждани, да разрушат крепости и др. Войната с Фландрия е продължителна, главно за това, че вниманието на Филип Хубави е отвлечено по това време от борбата с папа Бонифаций VIII.