Почетком деведесетих година прошлог века, после заливског рата B-1B је пребачен у улогу конвенционалног бомбардера. Прво је служио у борбама током бомбардовања Ирака - операције Десерт Фокс 1998. године, а поново током НАТО акције на Косову следеће године. B-1B је учествовао у операцијама САД и НАТО војних снага у Авганистану и Ираку . Очекује се да ће B-1B наставити да служи до 2030-их, а B-21 Рајдер ће почети да замењује B-1B после 2025. Планирано је да се B-1B повуче из употребе до 2036. године.