A függetlenné válás utáni időszakban Észtország volt a három balti állam közül papíron a leggyengébb és legszerényebb képességű válogatott. Az 1996-os Európa-bajnokság selejtezőiben 7–1-re kaptak ki a horvátoktól. A lejátszott tíz selejtezőből mind a tízet elveszítették. Ebben az időszakban Észtországban nem volt olyan stadion, melynek lett volna világítása. Emiatt az 1996. október 9-én rendezett Skócia elleni világbajnoki selejtező elmaradt. A mérkőzést végül Monacóban játszották le.