Después de menos de un mes en el ejército, fuerzas de la Unión capturaron su unidad de caballería. Aun así, a las pocas horas las fuerzas del general John Hunt Morgan liberaron a la caballería capturada. Mary y Molly se cambiaron a una división de infantería. Lucharon a las órdenes del general Jubal A. Early en el valle de Shenandoah. Mary y Molly lucharon en varias batallas clave de la Guerra Civil, incluyendo la Batalla de Chancellorsville, la Batalla de Gettysburg, y en la de Spotsylvania Court House donde Early y sus hombres derrotaron al general Burnside. Ambas mujeres fueron elogiadas por su habilidad y dedicación en la lucha, conocidas entre sus compañeros soldados como "valientes hombres de guerra de primera clase." Mary y Molly eran también reconocidas por su osadía y patriotismo, reclamando que "si todas las mujeres de la Confederación fueran tan patrióticas como ellos, el país habría sido libre hace mucho." Por ejemplo, una noche mientras Molly estaba de guardia, soldados de la Unión empezaron a atacar el campamento. Molly dio la señal de alarma y mató a tres soldados de la Unión con solo un arma de avancarga, un logro significativo para cualquier soldado. Debido a su heroicidad durante el ataque, Molly fue promovida a sargento, y Mary a cabo.