Ateenan arkeologinen seura perustettiin 6. tammikuuta 1837 Kreikassa suoritettujen arkeologisten kaivausten sekä Kreikan muinaismuistojen kunnostuksen ja ylläpidon tukemiseksi pian Kreikan itsenäistymisen jälkeen, sillä uuden valtion taloudellinen tilanne oli heikko. Perustajat olivat Kreikan vapaussodan johtajia, liikemiehiä ja oppineita. Itsenäisyyden alkuvuosina seura oli käytännössä ainoa maan muinaisjäänteiden kaivauksia ja kunnostustöitä suorittanut taho. 1800-luvun kuluessa seura suoritti monet varhaisista kaivauksista erityisesti Ateenan ja Attikan alueen keskeisimmillä muinaisjäännepaikoilla, kuten Ateenan Akropoliilla, jonka kaivaukset olivat seuran ensimmäinen suuri hanke.