Panenka représente l’ancienne équipe de Tchécoslovaquie pour la première fois contre l’Écosse, le , pour un match des tours préliminaires à la Coupe du monde 1974 (défaite 2-1). Il marque son premier but international contre la France le lors d'un match amical. Champion d'Europe 1976, il figure aussi dans la sélection nationale troisième à l’Euro 1980.