Il Pakistan non riuscì a vincere alcun incontro di qualificazione alla Coppa d'Asia 2000 ma ottenne il primo punto nelle qualificazioni al campionato del mondo pareggiando 3-3 contro Sri Lanka un match di qualificazione a ; perse quindi tutti gli altri incontri di qualificazione al mondiale nippo-coreano. Nell'edizione del 2003 della SAFF Cup perse 2-1 ai supplementari contro l'India la finale per il terzo posto. Nel medesimo anno la nazionale vinse per la prima volta un incontro di qualificazione alla Coppa d'Asia battendo per 3-0 Macao, ma venendo eliminata dopo la sconfitta subita contro Singapore. Chiuse l'anno perdendo entrambi gli incontri con il Kirghizistan validi per le qualificazioni al .