Po porážce Německa ve válce a uzavření příměří v listopadu 1918 byl Markgraf a většina válečných lodí Širokomořského loďstva internována královským námořnictvem ve Scapa Flow. 21. června 1919 velitel internované floty kontradmirál Ludwig von Reuter nařídil potopení floty. Na rozdíl od většiny potopených lodí nebyl Markgraf nikdy vyzvednut a dně zálivu leží dodnes.