Ebenfalls im November 1933 wechselte Jüttner vom Stahlhelm in die Sturmabteilung (SA), in der er den Rang eines SA-Brigadeführers erhielt. Vorübergehend war er mit der Wahrnehmung der Geschäfte eines „Wehrstahlhelmführers“ beauftragt, ehe er im Dezember 1933 als hauptamtlicher SA-Führer in die Oberste SA-Führung (OSAF) wechselte und dort die Leitung der Abteilung „Ausbildung und Organisation“ übernahm. Zu seinen Leitungsaufgaben gehörte auch die Organisation der SA-Aufmärsche auf den Reichsparteitagen. Kurz nach dem sogenannten Röhm-Putsch, bei dem ein Teil der SA-Führung ermordet wurde, wurde Jüttner im Juli 1934 zum Chef des Führungsamtes befördert. Im November 1937 zum SA-Obergruppenführer befördert, war Jüttner 1938 während der Sudetenkrise Verbindungsmann zum Sudetendeutschen Freikorps. Zudem bekleidete er ab 1939 die Position des stellvertretenden Stabschefs der SA. Nach dem Tod von Viktor Lutze übernahm er Anfang Mai 1943 kommissarisch dessen Amt als Stabschef der SA, bis er Anfang August 1943 in dieser Funktion von Wilhelm Schepmann abgelöst wurde.