Sahabzada Yaqub Khan absolvierte eine militärische Ausbildung am "Rashtriya Indian Military College" sowie eine Offiziersausbildung am "Indian Military Academy". Er nahm als Angehöriger des Kavallerieregiments "18th King Edward’s Own Cavalry" während des Zweiten Weltkrieges an Kämpfen im Mittleren Osten teil und trat nach der Unabhängigkeit Pakistans vom Vereinigten Königreich am 14. August 1947 in die Streitkräfte Pakistans ein. Er war während des Ersten Indisch-Pakistanischer Krieges von 1947 bis 1949 zunächst Kommandeur eines Panzerregiments und im Anschluss 1949 Absolvent des "Command and Staff College" in Quetta. In der Folgezeit wurde er 1951 zum Oberstleutnant sowie 1953 zum Oberst beförderte und besuchte zwischen 1953 und 1954 die Militärschule Saint-Cyr.