1960-ті роки команда розпочала у Серії С. В сезоні 1960-61 "жовто-сині" вийшли до Серії В, а в наступному сезоні — до Серії А. В сезоні 1962-63 «Модені», переважно завдяки грі бразильця Шінезінью, змогла втриматися у вищому дивізіоні. Проте в сезоні 1963-64, незважаючи на повернення до клубу форварда Серджіо Брігенті, «Модена» потрапила до Серії В після програного «Сампдорії» матчу плей-оф.