В 1573 года, князь Петр Тутаевич начинает принимать деятельное участие в ливонской войне и является одним из главных доверенных царских воевод. Он сопровождал царя в начале кампании, в походе на Литву, принимал деятельное участие во взятии Пайды (Вейсенштейна). После взятия этого города был послан с королём Магнусом к городу Каркусу, который также был взят русскими войсками. В том же году Шейдяков был назначен наместником псковским и упоминается в чине свадьбы короля Магнуса и двоюродной племянницы государя, княжны Марии Владимировны.