В июле 2000 года Эйтан был повышен в звании до генерал-майора и назначен Командующим Центральным военным округом, сменив на посту генерал-майора Моше «Боги» Яалона. Командовал округом в первые годы Интифады Аль-Аксы, в том числе во время операции «Защитная стена» весной 2002 года.