Boukhari posiada obywatelstwo holenderskie, ale wybrał występy w reprezentacji Maroka. W kadrze zadebiutował w 2001 roku, a rok później został powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki w Mali. Tam wystąpił w 2 meczach grupowych: z Burkina Faso (2:1) oraz RPA (1:3), ale z Marokiem nie wyszedł z grupy. Boukhari brał także udział w meczach eliminacji do Mistrzostw Świata w Niemczech.