Da konflikten brød ud igen, deltog han i det såkaldte "Parliament of Devils" i oktober 1459, der fordømte de York-støtter som forrædere, der blandt andre lovovertrædelser var anklaget for at være skyld i hans fars død fire år før. Den 30. december 1460 ledte Percy Lancaster-hærens centrum i det for Lancaster-sagen succesfulde Slag ved Wakefield, hvorefter hæren marcherede sydpå og plyndrede på vejen mod London. Han kæmpede mod Warwick i Det 2. slag ved St Albans den 17. februar 1461, og han ledte Lancaster-hærens bagtrop i Slaget ved Towton den 29. marts 1461, dog blev "hans bueskytter blændet af en snestorm", og han blev enten dræbt i nærkamp eller døde af sine sår kort tid efter. Han blev begravet i St Denys's Church, York. Han blev posthumt frataget sin ære, liv og gods af det sejrende Edvard 4.'s første parlament i november 1461, og hans søn af samme navn blev fængslet i Tower.