Ebenso wie sein – in diesem Sommer ebenfalls aus der Bundesliga zu Chelsea gewechselte – Teamkollege Timo Werner musste sich Havertz an das Niveau in der höchsten englischen Liga genauso gewöhnen wie an den traditionell engeren Terminplan auf der Insel. In der Hinrunde kam der Deutsche auf neun direkte Torbeteiligungen, beim 6:0 gegen Barnsley im Ligapokal traf er dreimal. Aufgrund einer COVID-19-Infektion sowie einer Verletzung verpasste der Offensivspieler mehrere Partien und war nach dem Trainerwechsel von Frank Lampard zu Thomas Tuchel stellenweise nur Ergänzungsspieler. Beim 2:0 gegen Fulham am 34. Spieltag erzielte Havertz beide Treffer, was sich am Saisonende nach nur drei Punkten aus den letzten drei Spielen auszahlen sollte. Mit einem Punkt Vorsprung vor dem direkten Konkurrenten Leicester City gelang den "Blues" die erneute Qualifikation zur "Königsklasse". Im FA Cup stand Chelsea im Finale, verlor jedoch 0:1 gegen Leicester City. In der Champions League gelang den Londonern in der Saison ein – durchaus überraschender – Durchmarsch. Nach dem Sieg in Gruppe E schaltete Chelsea im Achtelfinale Atletico Madrid, im Viertelfinale den FC Porto und im Halbfinale Rekordsieger Real Madrid aus, sodass man im Champions-League-Finale in Porto gegen den englischen Meister Manchester City antrat. Obwohl Manchester City vor dem Spiel als leichter Favorit galt, konnte Chelsea gewinnen. Havertz selbst stand in diesem Finale in der Startelf und erzielte in der 42. Minute die 1:0-Führung, die Chelsea im restlichen Spiel verteidigen konnte. Nach 2012 gewann der FC Chelsea somit zum zweiten Mal die Champions League.