Başkanlığı döneminde ülkede yaşanan iç savaşı bitirmeye yönelik faaliyetlerde bulunmuştur. 1990 yılında yeni bir anayasanın kabulü ile birlikte ülkenin adı "Mozambik" olmuş, komünist ve tek partili düzenden çok partili ve demokratik bir anayasal yapıya geçişin gerçekleşmesini sağlamıştır. Chissano, lideri olduğu FRELIMO'nun karşı grubu olarak yeni bir direniş hareketi olarak kurulan ve 1976'da iç savaşı başlatan RENAMO ("Mozambik Ulusal Direnişi") ile 1992 yılında Roma'da anlaşma sağlayarak iç savaşa son veren en önemli kişilerinden biri olmuştur.