Pela Seleção Moçambicana, Rui Évora jogou 22 vezes entre 1994 e 1998, tendo atuado em 2 edições da Copa Africana de Nações (1996, jogando as 3 partidas, e 1998, disputando apenas um jogo, contra o Egito - esta foi, também, a última partida do goleiro pelos "Mambas", que foram eliminados na primeira fase..