V lednu 1958 skončil čtvrtý na Velké ceně Argentiny. V únoru byl před plánovaným závodem v Havaně na Kubě unesen Hnutím 26. července. Po 26 hodinách byl propuštěn a předán argentinskému velvyslanectví. Motivem únosců bylo vynutit si zrušení závodu a prokázat neschopnost Batistova režimu. V roce 1999 byl podle této události natočen film režiséra Alberta Lecchiho "Operación Fangio". S kariérou se rozloučil čtvrtým místem na Grand Prix Francie s vozem Maserati. Vozy Maserati v tomto roce za Ferrari značně zaostávaly. K Velké ceně Francie se váže i historka, která dokazuje, jakému respektu se Fangio těšil mezi svými kolegy. Mike Hawthorn jedoucí v čele na voze Ferrari Dino měl možnost předjet Fangia o jedno kolo, ale přibrzdil a nechal Fangia projet cílem se stejným počtem kol. Své jednání poté okomentoval slovy: „Fangio se nepředjíždí o jedno kolo“.