Die erste bekannte urkundliche Erwähnung des Ortes stammt aus dem Jahr 1194. Im Jahr 1305 ging der Ort an die Herren von Henneberg. 1356 entstand die Pfarrei Hausen. Für das 15. Jahrhundert ist der Bau des Chorturmes der Pfarrkirche belegt. Ab 1542 ging Hausen mit dem Amt Mainberg an den Würzburger Bischof. Seit 1625 wurde Hausen im Rahmen des Dreißigjährigen Krieges von schwedischen und im Jahr 1796 im Rahmen des Zweiten Markgrafenkrieges von französischen Truppen heimgesucht.