W reprezentacji Maroka El Karkouri zadebiutował w 2000 roku. W 2004 roku wystąpił w Pucharze Narodów Afryki 2004 i wywalczył wicemistrzostwo Afryki. W 2006 roku znalazł się w kadrze na Puchar Narodów Afryki 2006, na którym Maroko nie wyszło z grupy. W 2008 roku selekcjoner Henri Michel powołał go na kolejny PNA.