Den ersten Kriegseinsatz hatte die USS "Intrepid" im Rahmen der Operation Flintlock, der Schlacht um die Marshall-Insel Kwajalein. Dazu wurde sie am 16. Januar 1944 der CVG-6 zugeteilt, die der Task Group 58.2 angehörte. Zusammen mit der "Essex", dem leichten Träger "Cabot", den Schlachtschiffen "North Carolina", "South Dakota" und "Alabama" sowie zwei Zerstörerdivisionen bereitete sie die Landungen der Marines auf dem Kwajalein-Atoll vor. Am 29. Januar flogen ihre Maschinen fast den ganzen Tag Attacken auf Roi-Namur, die noch bis zum 2. Februar fortgesetzt wurden. Der Träger ging am 4. Februar in der kurz zuvor eroberten Lagune des Majuro-Atolls, etwa 430 Kilometer südöstlich von Kwajalein, vor Anker.