I desember 2020 argumenterte Flynn for at Trump burde innføre unntakstilstand og militærstyre ("martial law") i stater med omstridt valgresultat (det vil si stater Trump tapte) for å gjennomføre et nytt valg med tvang. Twitter utestengte Flynn i januar 2021 fordi han brukte sin konto der til å spre konspirasjonsteorier og støtte til QAnon. Dette skjedde etter stormingen av den amerikanske kongressbygningen. Sommeren 2020 kom det frem at han sluttet opp om QAnon. Blant QAnon-tilhengere anses Flynn som en martyr og helt, og Flynn har støttet deres konspirasjonsteorier særlig knyttet til Trumps valgnederlag. I mai 2021 kom det i nyhetsreportasjer frem at Flynn skal ha antydet støtte til militærkupp i USA på samme måte som i Myanmar. Flynn kom med uttalelsen under en konferanse og han fikk applaus fra forsamlingen. Flynn uttalte senere at fremstillingen i reportasjen ikke var riktig og at han aldri støttet ide om militærkupp.