Cependant, depuis 2002, les Bafana Bafana sont en perte de vitesse, en témoignent leurs mauvais résultats obtenus lors des CAN 2004, 2006 et 2008 où ils échouèrent au premier tour. Une des plus larges défaites de l’Afrique du Sud a lieu à Monastir, en Tunisie, le qui se solde par un 4-0 pour le Nigeria, dans la phase de poule de la CAN 2004. L’équipe d'Afrique du Sud a aussi remporté la Cosafa Cup en 2002 contre le Malawi, 2007 contre la Zambie. Elle a même participé à la Gold Cup 2005, en étant éliminée en quarts aux tirs au but par le Panama (1-1 tab 5-3). Elle est récompensée en 2010 avec l'organisation de la Coupe du monde de football 2010, c'est la première fois qu'un pays africain organise une phase finale, mais n’est toutefois pas qualifiée pour la CAN 2010 en Angola. L'entraîneur Carlos Alberto Parreira estemplacé par le Brésilien Joel Santana pour préparer la Coupe du monde 2010. À huit mois de celle-ci, Santana est démis de ses fonctions à la suite des mauvais résultats en matchs de préparation.