Pada tahun 1603, James VI, Raja Skotlandia mewarisi takhta Kerajaan Inggris dan Kerajaan Irlandia. Ia memindahkan istananya dari Edinburgh ke London dan memerintah dengan nama James I dari Inggris dan Irlandia. Dengan pengecualian pada masa Protektorat, Skotlandia tetap menjadi kerajaan terpisah dan merdeka dari Kerajaan Inggris, meskipun ada konflik antara kerajaan dengan Covenanters sehubungan dengan pembentukan pemerintahan gereja. Revolusi Agung yang meletus pada 1688-1689 menyebabkan tergulingnya James II dari Inggris (atau James VII dari Skotlandia) oleh Parlemen Inggris yang mendukung William dan Mary. Pada akhir 1690-an, Skotlandia dilanda oleh musibah kelaparan, yang mengurangi populasi negara hampir 20 persen.