La saison 2016 se révélera néanmoins fructueuse pour le pilote italien qui fera preuve d'une grande régularité au cours de la saison en signant deux pole positions, 5 podiums et parvient à renouer avec le succès en obtenant une deuxième victoire en carrière au cours du Grand Prix de Malaisie marqué par une grande lutte avec son coéquipier Andrea Iannone qui finira par chuter, et le multi champion du monde Valentino Rossi. Il achève cette saison 2016 au rang, soit deux places de plus par rapport à 2015.