L'Ecuador giocò poi un solo incontro, a Washington contro il Brasile (sconfitta per 1-5) prima della Coppa America 1999 in Paraguay. Allenato dal nuovo CT Carlos Sevilla, fu sorteggiato nel gruppo C con Argentina, Colombia e Uruguay. Anche questa volta arrivò una delusione, con tre sconfitte consecutive. L'attaccante Iván Kaviedes realizzò due dei tre gol ecuadoriani, insufficienti per la qualificazione al turno successivo.