В феврале 1918 года Джонатан Уэйнрайт был отправлен во Францию, где стал помощником начальника штаба 82-й пехотной дивизии США. Вместе с этой дивизией он принимал участие в Сен-Миельской операции и Мёз-Аргоннском наступлении. Получив временное звание подполковника, в составе 3-й армии он с 1918 по 1920 годы нёс оккупационную службу в Кобленце. После возвращения в ранг капитана он был повышен до майора.