Saský kurfiřt Johann Friedrich I. se roku 1547 účastnil Šmalkaldské války na straně protestantů proti císaři Karlu V. a po bitvě u Mühlbergu byl zajat a odsouzen k popravě. Cranach, který císaře maloval ještě jako malého chlapce roku 1508, se během obléhání Wittenbergu k němu vydal osobně, aby se za kurfiřta přimluvil. Kurfiřt podepsal kapitulaci, aby ochránil svou manželku Sibyllu bránící Wittenberg, a trest byl nakonec změněn na doživotní vězení. Malíř ho následoval roku 1550 do Augsburgu a setkal se zde s Tizianem, který pro císaře maloval portrét jeho syna Filipa II.. Později pracoval pro kurfiřta ve vyhnanství v Innsbrucku, odkud se roku 1552, po podepsání mírové smlouvy z Passau, spolu s ním vrátil. Dílnu a obchod předal svému synovi Lucasovi a provázel kurfiřta do jeho nového sídla Výmaru. Zde ve věku 81 let zemřel v domě své dcery Barbary. Poslední dochovaný dokument uvádí výčet obrazů pro Augsburg, které Cranach vyhotovil roku 1552. Jeho potomci provozovali malířskou dílnu ve Wittenbergu po čtyři generace a lékárna fungovala až do roku 1871, kdy ji zničil požár.