С 1990-х годов по настоящее время основной письменностью, используемой в ГБАО, является алфавит на основе таджикской кириллицы, приспособленный под фонетику шугнанского. Для передачи на письме специфических звуков шугнанского языка часто используются диграфы с буквой "ь": так, диграф "дь" передаёт звук /ð/ (например, "дьар" «далеко»). С 1990 года в ГБАО начало выходить шугнаноязычное издание «Фарҳанги Бадахшон» («Культура Бадахшана»), приложение к газете «Бадаҳшони Советӣ» («Советский Бадахшан»), которое печаталось на таджикском кириллическом алфавите. Через год приложение стало самостоятельной газетой. С началом Гражданской войны в Таджикистане после распада СССР издание прекратилось. С конца 1990-х годов вышло несколько букварей и учебных пособий под авторством учёного Додхудо Карамшоева. Эти пособия закрепили кириллическую письменность на базе таджикского алфавита в качестве основной для образования и книгопечатания на шугнанском в таджикистанском Бадахшане. С начала 2000-х с использованием этой письменности выпускаются книги на шугнанском для детей.