Yad Mordechai perustettiin vuonna 1943 ja sen ensimmäiset asukkaat olivat juutalaisia siirtolaisia Puolasta. Se sai nimensä Varsovan geton kansannousun johtaja Mordechai Anielewiczin mukaan. Kibbutsin perustaminen oli osa hanketta levittää juutalaissiirtokuntia kohti Negevin autiomaata.