Afslutningen på kompagniets tid blev indledt med et oprør blandt sepoyerne mod deres britiske ledere, der til dels skyldtes spændinger som følge af britiske forsøg på at gøre Indien til et vestligt land. Det tog et halvt år at slå Sepoy-oprøret ned, og det krævede store tab af menneskeliv på begge sider. Herefter tog den britiske regering direkte kontrol med Indien, og dermed indledtes en periode, som kaldes det britiske Raj, hvor en udpeget generalguvernør administrerede Indien og dronning Victoria blev kronet som kejserinde af Indien. Det britiske ostindiske kompagni blev opløst i 1858.