המינהל הצבאי-פוליטי הראשי הוקם ב-30 ביולי 2018 על פי צו של נשיא הפדרציה הרוסית ולדימיר פוטין. באותו יום, מונה הקולונל אנדריי קרטאפולוב לתפקיד ראש המינהל הפוליטי הראשי - סגן שר ההגנה של הפדרציה הרוסית. הדיווחים הראשונים על הקמת המחלקה הופיעו בכלי התקשורת בפברואר של אותה שנה בהתייחס ל"מקורות במשרד ההגנה" שהציעו כי ניתן יהיה לארגן אותה על בסיס המנהל הראשי לעבודות חינוכיות, יורשו של המינהל הצבאי-פוליטי הראשי של צבא ברית המועצות, שהתפרק בשנת 1991 לאחר הפוטש של ועדת החירום הממלכתית כחלק מחיסול הגופים הפוליטיים של המפלגה הקומוניסטית בכוחות הצבא. לפיכך, ציין סגן יו"ר המועצה הציבורית במשרד ההגנה של הפדרציה הרוסית, אלכסנדר קנשין, כי "בהקשר של מידע עולמי ועימות פסיכולוגי, תפקיד האחדות המוסרית והפוליטית של הצבא והחברה הולך וגובר. לאין שיעור" מה שדרש לטענתו את הצורך ב"ארגון מחדש קיצוני וחיזוק משמעותי של כל המבנה בכוחות המזוינים, שיארגן, ינהל ויהיה אחראי למרכיב המוסרי והאידאולוגי בצבא הרוסי." על פי כמה דיווחים, הרעיון לשקם את המינהל הפוליטי קודם באופן אישי על ידי שר ההגנה סרגיי שויגו. ב-7 באוגוסט, בשיחת ועידה של משרד ההגנה במרכז הלאומי לניהול ההגנה, הציג שויגו אישית את ארטאפולוב לתפקיד ראש המינהל החדש.