Da grev Frederik Marcus Knuth 1847 blev amtmand i Sorø og designeret overdirektør for Sorø Akademi og den påtænkte højskole efter Grundtvigs tanke, valgte han Klein til sin fuldmægtig og senere ekspeditionssekretær, men disse planer forstyrredes, da Knuth i marts 1848 blev udenrigsminister. Klein fulgte ham snart til København og sendtes som dansk sekretær (den senere minister F.H. Wolfhagen var tysk sekretær) til den regeringskommission, som skulle følge den fremrykkende danske hær i slesvig og ordne dets administration. Klein sejlede med kong Frederik VII til Sønderborg og kørte der fra ved nattetid til Haderslev, ikke uden fare for at opsnappes af freischärlere, undervejs fordelende kongens proklamation til slesvigerne. Kommissionen måtte efter Slaget ved Slesvig drage nord på og ty over til Middelfart. I sommeren 1848 fik Klein sammen med senere appellationsretsråd Ed. Lehmann det hverv at gennemgå de 9 store kasser med augustenborgske papirer, som var bragte fra Als; de politiske af disse ligge til grund for Wegeners afhandling i "Anti-slesvig-holstenske Fragmenter".