Während des Zweiten Weltkrieges besetzte nach dem Kriegseintritt Japan im Dezember 1941 im Rahmen des Pazifikkrieges den Nordteil Ostneuguineas. Die Zivilverwaltung wurde suspendiert. Am 23. Januar 1942 überwältigten die japanischen Verbände die australische Garnison von Rabaul und nahmen den Hafen ein. US-Verbände landeten zur Unterstützung Australiens 1942 in Papua. Am 7. Mai in der Schlacht im Korallenmeer verhinderten alliierte Verbände die Eroberung von Port Moresby durch die Japaner. Zeitweise wurde Port Moresby Hauptquartier des US-Generals Douglas MacArthur. Der Norden Ostneuguineas wurde Schauplatz von heftigen Kämpfen zwischen alliierten Verbänden und japanischen Verbänden. Die Japaner griffen mehrfach Port Moresby an. Am 20. Juli versuchten japanische Luftlandetruppen, bei Buna einen Brückenkopf zu errichten. Alliierte Luftangriffe behinderten die japanischen Truppentransporte. Die Japaner konnten Port Moresby nicht einnehmen. Am 12./13. August landeten die japanischen Verbände bei Buna und versuchten auf dem Kokoda Track, das Owen-Stanley-Gebirge zu überqueren. Die Japaner bombardierten zur Deckung die Milne-Bucht. Nach Beschuss durch die Flotte nahmen die Japaner am 23. August Nauru und am 26. August Ocean Island ein. In der Schlacht um die Milne-Bucht 24. – 31. August konnten die US- und australischen Einheiten eine 1.800 Mann starke japanische Landungseinheit zurückdrängen. Am 17. September stoppten zwei australische Brigaden den japanischen Vormarsch auf Neuguinea. Mitte Dezember 1942 verstärkten die Australier und Japaner ihre Einheiten auf Neuguinea. Die Japaner konnten Neuguinea nicht vollständig erobern.