У період ковенантского руху та громадянських воєн середини XVII століття генеральна асамблея стала одним із центральних органів державної адміністрації Шотландії і отримала можливість визначати політику країни. Після завоювання країни Олівером Кромвелем, в 1653 р. генеральна асамблея була розпущена. Її відновлення як вищого органу церковної адміністрації Шотландії відбулося тільки після Славної революції 1688 р.