Судан поддерживал Эритрею в ходе войны за независимость от Эфиопии. В этот период времени суданские власти оказывали помощь как Фронту освобождения Эритреи, так и Народному фронту освобождения Эритреи. В 1989 году Омар аль-Башир захватил власть в Судане с помощью Национального исламского фронта (НИФ) во главе с Хасаном ат-Тураби. Национальный исламский фронт поддерживал движение Эритрейского исламского джихада, которое вело кампанию против Народного фронта освобождения Эритреи и вооружённых сил этой страны с целью привести к власти исламские правительства на всей территории Африканского Рога. В декабре 1991 года Судан направил официального представителя в Эритрею и примерно в это же время отказался от поддержки Фронта освобождения Эритреи, закрыв их представительство в Судане.