В 1801 году Нельсон был 2-м флагманом в эскадре адмирала Хайда Паркера при действиях в Балтийском море и Копенгагенском сражении, за победу в котором 19 мая удостоен титула виконта Нельсона Нильского и Бёрнем-Торпского, а 4 августа - титула барона Нельсона Нильского и Хилбороского (с условием, позволившим близким родственникам унаследовать титул). Затем командовал эскадрой в Ла-Манше, которая была сформирована для противодействия Булонской флотилии французов. В 1803—1805 годах командовал эскадрой Средиземного моря, действовавшей против Франции и Испании. В сентябре 1805 года эскадра Нельсона заблокировала франко-испанский флот в Кадисе, а 21 октября разгромила его в Трафальгарском морском сражении, в котором Нельсон был смертельно ранен французским снайпером в первый день битвы, при наступлении на объединённые силы французского и испанского флота. Мушкетная пуля, выпущенная с расстояния 15 метров, пробила золотой эполет адмирала, прошла через плечо, раздробила позвоночник и пробила лёгкое, наполнив его кровью.