Il quitte Moscou en 1960. Il entraîne le Pakhtakor Tachkent à partir de 1965, mais n'y reste que deux saisons. Après cela, il se fait confier, pour la seconde fois, l'équipe soviétique. Yakushin emmène les siens en demi-finale de l'Euro 1968, mais l'URSS perd sa demi-finale et son match pour la troisième place.