Την 8 Ιουλίου 1822, επικεφαλής δύναμης 300 ανδρών και με συμπαραστάτες τους Πάνο Κολοκοτρώνη και Γεώργιο Μαυρομιχάλη, αντιστάθηκε επί τριήμερο στην προέλαση του Δράμαλη, στο Ναύπλιο. Στη Β΄ Εθνοσυνέλευση (Μάρτιος-Απρίλιος 1823), ο Υψηλάντης δεν υποχώρησε στις πιέσεις των προκρίτων να μονοπωλήσουν την εξουσία και η στάση του ενίσχυσε το κύρος του. Θέλησε να λειτουργήσει κατευναστικά μεταξύ των αντιμαχομένων στον Εμφύλιο. Ξεχώρισε στη μάχη των Μύλων (κοντά στο Άργος), όπου διορίστηκε αρχηγός των ελληνικών δυνάμεων και χάρη στη γενναιότητά του απέκρουσε τον Ιμπραήμ. Τον Απρίλιο του 1827, στις εργασίες της Γ' Εθνοσυνέλευσης, αντιτάχτηκε στην "εν λευκώ" ανάθεση των διαπραγματεύσεων για την επιτυχή έκβαση του ελληνικού αγώνα στη Μεγάλη Βρετανία.