У 1866 р. коли загострилась ситуація між Австрією та Пруссією імператорським наказом Бенедека було призначено головнокомандуючим австрійською групою військ на богемському театрі військових дій (з широкими повноваженнями). Сам Бенедек був проти цього призначення, але імператор наполіг. За два дні до битви під Садовою (3 липня 1866 р.) переконував імператора припинити військові дії. Миру досягнуто не було і австрійська армія отримала велику поразку. Після цього Бенедек передав командування Ерцгерцогу Альбрехту, а сам вирушив до Відня. Там його очікував військовий суд. Бенедек, не дивлячись на те, що не вважав себе винним у поразці, визнав свою вину не перекладаючи відповідальність на інших військових керівників.