Ряд его рукописей остался неопубликованным. Коллекция буддийских древностей, собранная Э. Э. Ухтомским, считалась до революции 1917 г. наиболее полным собранием предметов буддизма Восточной Сибири. В 1900 году эта коллекция выставлялась на Всемирной выставке в Париже, где получила золотую медаль, и послужила основным материалом для классического исследования Альберта Грюнведеля по буддийской мифологии. После реквизирования советским правительством она составила важную часть восточной коллекции Эрмитажа и других музеев Санкт-Петербурга.