Autoridades estadunidenses e israelenses acusaram Mughniyeh de associação com muitos bombardeios, sequestros e assassinatos, começando pelo bombardeio dos quartéis de Beirute e bombardeios da embaixada dos Estados Unidos, ambos ocorreram em 1983 e mataram mais de 350 pessoas, bem como o seqeestro de dezenas de estrangeiros no Líbano na década de 1980. Ele foi indiciado na Argentina por seu suposto papel no ataque da embaixada israelense em Buenos Aires em 1992. Os maiores ataques para os quais se afirma que ele é responsável aconteceram no início da década de 1980, pouco depois da fundação do Hezbollah, quando Mughniyah estava com 20 e poucos anos. As autoridades dos Estados Unidos o acusaram de matar mais cidadãos estadunidenses do que qualquer outro militante antes dos ataques de 11 de setembro. Os atentados e os sequestros que ele alegadamente organizou são creditados como uma forma de acabar com a presença militar dos Estados Unidos no Líbano na década de 1980.