Ngày 22 tháng 6 năm 1941, phát xít Đức tấn công xâm lược Liên Xô. Trụ sở của Viện Quang học di tản sang thành phố Yoshkar-Ola và Maksutov bắt đầu làm việc ở nơi này từ tháng 9. Năm 1944 Maksutov phong làm giáo sư. Từ tháng 8 năm 1944 đến tháng 3 năm 1945 ông được cử tới Viện Hàn lâm Khoa học để xác định tên gọi và các chỉ tiêu trong việc thiết kế các công cụ thiên văn học. Sau chiến tranh, năm 1946 ông được bầu làm viện sĩ thông tấn của Viện Hàn lâm Khoa học Liên Xô, làm việc trong bộ phận Vật lý và Toán học. Từ năm 1952 ông là người đứng đầu Khoa Công cụ Thiên văn của Đài thiên văn Chính của Viện hàn lâm Khoa học Xô Viết (tức Đài Thiên văn Pulikovo).