En tant que port de premier plan, Nantes constitue un enjeu stratégique à l'échelle de la guerre européenne, et devient rapidement un objectif pour les chefs insurgés, qui sont en contact avec les émigrés et avec les Anglais. Après la prise facile de Thouars, Fontenay-le-Comte, Cholet, Saumur et Angers, l'attaque de Nantes a lieu à la fin juin 1793. Au sud se trouvent les forces de Charette, à l'est celle de Cathelineau ; le , les insurgés lancent un ultimatum. Parmi les responsables, Beysser et Baco soutiennent le plus fermement l'option de la défense de la ville. Le 27 juin, Cathelineau réussit à envelopper Nantes en remportant, non sans peine, un combat contre le bataillon Meuris à Nort-sur-Erdre. Le , il attaque la ville par le nord et par le nord-ouest. La défense de Nantes est dirigée par le commandant de l'armée des côtes de Brest, le général Canclaux, arrivé à Nantes début juin, qui ne dispose au total que de face à . C'est la bataille de Nantes, au cours de laquelle Cathelineau est mortellement blessé. Malgré leur supériorité numérique, les insurgés sont repoussés. Sur la rive sud, Charette n'a pas pu faire grand-chose, il se retire vers la Vendée.