Tuy nhiên, tới cuối thế kỷ 17 sự rủi ro quân sự của Đế chế đã gây ảnh hưởng tới đất nước, và sự chấm dứt của cuộc Đại chiến Thổ Nhĩ Kỳ với hiệp ước Karlowitz năm 1699 một lần nữa khiến Bosna trở thành tỉnh cực tây của Đế chế. Một trăm năm sau đó là khoảng thời gian của những thất bại quân sự khác, nhiều cuộc nổi dậy bên trong Bosna, và nhiều vụ bùng phát bệnh dịch. Những nỗ lực của Porte nhằm hiện đại hoá nhà nước Ottoman gặp phải sự chống đối mạnh mẽ tại Bosna, nơi giới quý tộc địa phương khiến hầu hết các biện pháp cải cách không thể được thực hiện đầy đủ. Điều này, cộng với sự rút lui chính trị trước các nhà nước Thiên chúa giáo mới xuất hiện ở phía đông, dẫn tới một cuộc nổi dậy nổi tiếng (dù không thành công) của Husein Gradaščević năm 1831. Những cuộc khởi nghĩa liên quan bị dập tắt năm 1850, nhưng tình hình tiếp tục xấu đi. Những cuộc nổi dậy nông dân sau này cuối cùng dẫn đến cuộc nổi loạn Herzegovina, một cuộc khởi nghĩa nông dân trên diện rộng năm 1875. Nó nhanh chóng lan ra và liên quan tới nhiều nhà nước vùng Balkan cũng như các Cường quốc, cuối cùng buộc Đế chế Ottoman phải nhường quyền hành chính của Bosna cho Áo–Hung qua hiệp ước Berlin năm 1878.