Nascuda quinze anys després del casament dels seus pares, Zofia Baniecka era filla única d'un pare escultor i una mare professora de Varsòvia. Els seus pares no eren religiosos, però va anar a una escola catòlica. Després va estudiar a la Universitat de Varsòvia, abans de la invasió soviètica i alemanya de Polònia. Zofia tenia molts amics jueus amb tendències intel·lectuals, com els seus propis pares. A finals de 1940, els ocupants nazis van ordenar a la família que es traslladés quan la seva casa va caure dins dels límits del recentment establert gueto de Varsòvia.