Jako kierownik resortu obrony poparł w 2003 r. amerykańską inwazję na Irak. Po opublikowaniu raportu Huttona, uznającego informacje o irackiej broni biologicznej za niewiarygodne, domagano się dymisji Hoona. Hoon pozostał jednak na swoim stanowisku. 21 lipca 2004 r. ogłosił plan reorganizacji Brytyjskich Sił Zrojnych.