Вайна ў Косава ў 1999 годзе прывяла да ўнутранага расколу партыі. Парламенцкая фракцыя ў другой палаце падтрымала ўмяшанне НАТО, у той час як фракцыя ў першай палаце была супраць інтэрвенцыі. У 2003 годзе Зялёныя левыя амаль аднадушна выступілі супраць вайны ў Іраку.