W 1410 Morąg został zajęty przez wojska Władysława Jagiełły, które spod Grunwaldu kierowały się na Malbork. W czasie wojny polsko-krzyżackiej (nazywanej „głodową”), w 1414 miasto zostało spalone. Od 1440 Morąg był członkiem antykrzyżackiego Związku Pruskiego. W 1454 Związek Pruski wypowiedział posłuszeństwo Zakonowi i poddał Prusy królowi polskiemu. Związkowcy opanowali zamek w Morągu przed 22 lutego 1454, a w czerwcu tego roku w Elblągu miasto złożyło hołd Kazimierzowi Jagiellończykowi. Jednak w 1461 miasto zajęte zostało przez wojska Zakonu.