Seit 2000 nahm Musiał wiederholt zu Antisemitismus von Polen in der NS-Zeit Stellung. Er deutete diesen als Reaktion auf eine Kollaboration von Juden mit den sowjetischen Besatzern Ostpolens. Etwa 30 Pogrome an geschätzt zehntausenden ostpolnischen Juden nach dem Überfall der Wehrmacht auf die Sowjetunion 1941 erklärte Musiał als Reaktion auf den vorherigen sowjetischen Terror gegen die nichtjüdische Bevölkerung und machte die Juden dafür mitverantwortlich: „Die antijüdischen Emotionen resultierten aus dem Verhalten, das nicht wenige Juden an den Tag legten“. Damit übernehme er laut Klaus Wiegrefe unkritisch das antisemitische Klischee vom „Jüdischen Bolschewismus“, dass Juden und Kommunisten gleichsetzt.