После победы сандинистской революции к власти в Никарагуа пришёл СФНО во главе с Даниэлем Ортегой. Эден Пастора стал заместителем министра внутренних дел Томаса Борхе, потом заместителем министра обороны Умберто Ортеги. Возглавил также никарагуанское народное ополчение и получил звания «бригадный команданте» и «партизанский команданте».