Dès le début, des luttes intestines viennent paralyser le fonctionnement de la CEI. En effet, les rivalités ethniques et régionales, restés dans l’ombre sous l’hégémonie soviétique, éclatent au grand jour (guerres civiles au Tadjikistan, en Ciscaucasie, en Moldavie et en Géorgie ; conflits inter-ethniques entre l’Arménie et l’Azerbaïdjan ("voir Guerre du Haut-Karabagh")). Le 20 mars 1992, la force collective de maintien de la paix de la CEI est créée à Kiev. Les missions "JPFK", "CISPFK" et "PFK" de maintien de la paix débutent.