במהלך מלחמת העולם הראשונה נכבשה העיר על ידי כוחות מעצמות המרכז ועם תבוסתן הוכללה בשטחי ממלכת יוגוסלביה. במהלך מלחמת העולם השנייה נכבשה פריזרן על ידי צבא ממלכת איטליה וסופחה רשמית לאלבניה הכבושה. לאחר כניעת האיטלקים השתלטו הגרמנים על פריזרן. בהמשך, לאחר תום המלחמה, נכללה פריזרן בשטחי יוגוסלביה ולאחר התפרקותה, נכללה העיר בשטחי סרביה. במהלך מלחמת קוסובו נפגעה העיר והאוכלוסייה ממוצא אלבני אולצה לעזוב אותה. כמה עשרות מתושבי פריזרן נהרגו בלחימה.