Das Bezirksmuseum Donaustadt befindet sich auf dem Kagraner Platz und stellt in seiner Dauerausstellung die Geschichte der Bezirksteile dar. Das Österreichische Gartenbaumuseum in Kagran beherbergt seit 1977 die größte heimische Sammlung zum österreichischen Gartenbau und Kleingartenwesen. Die Sammlung wurde 2001 durch die Sammlung Sädtler (Österreichisches Blumenbindemuseum) erweitert. Das Sondermuseum Aspern-Essling 1809 widmet sich ebenso wie das Museum im Schüttkasten Essling der Schlacht bei Aspern. Das 1972 gegründete Lobaumuseum informierte bis zur Schließung 2009 über die Ökologie der Lobau und der Donau-Auen sowie über die heimische Fauna und Flora. Zudem wurde die Geschichte der Lobau und das Wirken von Generalfeldmarschall Erzherzog Karl dargestellt.