Tres candidatos disputaron las elecciones, Buyoya se presentó para la reelección por el partido oficialista UPRONA, debiendo competir contra Melchior Ndadaye, candidato del opositor Frente para la Democracia en Burundi (FRODEBU), que aglutinaba a las fuerzas de centroizquierda contrarias al gobierno; y Pierre-Claver Sendegeya, del Partido de la Reconciliación Popular (PRP), de carácter monárquico y conservador. Tanto Buyoya como Ndadaye fueron apoyados por numerosos partidos políticos menores, mientras que Sendegeya concurrió solo con el respaldo de su partido. La elección marcó un hito para la historia de Burundi, pues puso fin al estado militarista y autoritario dominado por minoría tutsi y buscó por primera vez instaurar una democracia no racial que pusiera fin a las tensiones entre dicho grupo étnico y los hutus, la etnia mayoritaria. El gobierno de Buyoya buscaba evitar una situación similar a la que ocurría en la vecina Ruanda, inmersa en una guerra civil entre el gobierno de mayoría hutu encabezado por Juvénal Habyarimana y los sectores opositores mayoritariamente tutsis.