Il fait partie des 23 joueurs appelés à représenter la Tunisie à la coupe d'Afrique des nations 2013. La Tunisie est éliminée dès le premier tour et, à la suite de cette élimination précoce, Harbaoui est furieux et déclare même regretté d'avoir participé à la compétition. Il pointe aussi du doigt l'incompétence de l'entraîneur Sami Trabelsi ainsi que l'indiscipline de certains joueurs qui veillent tardivement la veille des rencontres : . Ses propos font polémique et l'éloignent de la sélection pendant plusieurs années.