Après la Révolution iranienne, il devint un des membres du Conseil de la révolution d'Iran et bientôt devient son président. Dans le premier parlement post-révolution, il dirige le parti républicain islamique avec Ali Akbar Hashemi Rafsanjani. Il prévoyait de se présenter à la première élection présidentielle, mais il se retira après que l'ayatollah Khomeini dit à Rafsandjani et à Khamenei qu'il préférait que des non-religieux soient présidents, ce qui mena au soutien par le parti républicain islamique d'abord de Jalaleddin Farsi, puis inévitablement d'Abolhassan Banisadr.