Die Strapazen der Wien-Reise 2001 machten ihm klar, dass er seine Vortragstätigkeit in Hinkunft einschränken müsse. Am 21. September 2001 war auch er durch die große Explosion einer Chemiefabrik in Toulouse betroffen. Er zählte monatelang zu den „sans-fenêtres“, den „Fensterlosen“, wie die Betroffenen in Anlehnung an die „sans-abri“, die Obdachlosen, genannt wurden, und konnte während dieser Zeit nur einen Teil seiner kleinen Gemeindewohnung bewohnen. Anfang 2005 musste sich Seel einer Krebsoperation unterziehen, von der er sich nicht mehr erholte. Gepflegt und betreut hat ihn in den letzten Jahren sein langjähriger Gefährte Éric Feliu. Im November starb Seel im 83. Lebensjahr. Am 28. November wurde er auf dem Dorffriedhof von Bram, in der Nähe von Carcassonne, bestattet.