Au début de la saison 1956, le médecin personnel de Louison Bobet et son masseur Raymond Le Bert lui conseillent la plus grande prudence et de ne pas précipiter son retour. Les suiveurs doutent même de le revoir un jour à son meilleur niveau. Il fait sa rentrée le sur la course Gênes-Nice remportée par son frère et qu'il termine au rang. La semaine suivante, dans Marseille-Nice il bat au sprint François Mahé et Louis Bisilliat pour prendre la deuxième place derrière le jeune Raymond Meysenq. Il anime la fin de course du Tour de Campanie puis prend la quatrième place du Critérium national derrière Roger Hassenforder, Louis Caput et Jean Forestier. Il signe ensuite un authentique exploit sur Paris-Roubaix en réglant au sprint les cinq hommes qui l'accompagnaient, dont le Belge Rik Van Steenbergen, grand favori de la course. Sa victoire dans l'une des plus belles classiques de la saison prouve qu'il est encore un grand champion, quelques mois seulement après son opération. Il s'engage alors sur le Tour d'Espagne à la tête de l'équipe de France dirigée par Sauveur Ducazeaux mais, affaibli par un début de grippe, il abandonne l'épreuve sur laquelle il n'aura jamais pesé. Il retrouve sa condition sur les Boucles de la Seine où il se classe deuxième, avant de prendre la troisième place du championnat de France dominé par son ami et coéquipier Bernard Gauthier. Pour autant, s'estimant à court de forme, il déclare forfait pour le Tour de France dont il est le tenant du titre. En fin de saison, il est huitième des Mondiaux, puis du Tour de Lombardie remporté par André Darrigade.