Сетто начал карьеру в клубе «Росарио Сентраль» из своего родного города. В 2000 году он дебютировал в аргентинской Примере. После удачного молодёжного чемпионата мира Мауро перешёл во французский «Нант», выступающий в Лиге 1. В 2004 году Сетто помог команде выйти в финал Кубка Франции. В 2007 году Мауро на правах аренды перешёл в «Тулузу». 11 августа в матче против «Лиона» он дебютировал за новую клуб. По окончании сезона руководство команды выкупило трансфер Сетто за 1,3 млн евро. 6 декабря в 2008 года в поединке против «Лилля» он забил свой первый гол за «Тулузу».