לאחר מכן הוצע לשפירא לכתוב ביוגרפיה של יגאל אלון, היא החלה לעבוד על הנושא והחלה לכתוב גם על נושאים אחרים, בעיקר על ציונות וכוח. היא בחנה את השאלה – מתי השלימה התנועה הציונית עם המחשבה שעל מנת להגשים את הציונות לא יהיה מנוס משימוש בכוח. הרעיון החל ממאמר שנהפך ברבות הימים לספר בשם חרב היונה: הציונות והכוח, 1948-1881, והוא עלה במוחה ממאמרו המפורסם של מנחם בגין בעת מלחמת לבנון "בזכות מלחמת ברירה". שפירא התחקתה אחר ראשית הציונות, ובחנה את השימוש בכוח לאורך השנים. הספר כלל שני חלקים: החלק הראשון עוסק בתקופה שעד המרד הערבי ודן באתוס הדפנסיבי שאפיין עד אז את התנועה. החלק השני עוסק בתקופה שלאחר המרד הערבי, ודן באתוס האופנסיבי, שמכיר בצורך השימוש בכוח, ואינו דוחה אותו. זהו תוצר הלוואי של עבודתה על יגאל אלון ולמעשה כלל לא עוסק בו, אלא בהיסטוריה של המנטליות או בהיסטוריה של התפתחות רעיונית, עם דגש על היחס הנפשי אל רעיונות מאת בני התקופה. פועל יוצא נוסף מן העבודה על הביוגרפיה של יגאל אלון היה ספרה מפטורי הרמ"א עד פירוק הפלמ"ח, שמציג את המאבק בין בן-גוריון לבין יוצאי ההגנה והפלמ"ח, אותם רצה בן-גוריון להחליף בנאמניו יוצאי הצבא הבריטי, תוך כדי מלחמת העצמאות.