Luis Enrique chơi cho đội tuyển Tây Ban Nha trong ba kì World Cup: 1994, 1998 và 2002, cũng như Euro 1996) và ghi 12 bàn thắng sau 62 lần khoác áo. Ông cũng là thành viên trong đội hình giành huy chương vàng tại Thế vận hội Mùa hè 1992 ở Barcelona, và có 13 lần ra sân trong đội hình chính vào ngày 17 tháng 4 năm 1991, trong đó có 22 phút trong trận giao hữu thua 0-2 trước România tại Cáceres.