Masaryk romangué com a Ministre d'Assumptes Exteriors després de l'alliberament de Txecoslovàquia com a part del multipartit, però dominat pels comunistes, Front Nacional. Els comunistes sota la direcció de Klement Gottwald veieren com la seva posició quedava reforçada després de les eleccions de 1946, però Masaryk es va quedar en el càrrec de Ministre d'Assumptes Exteriors. Estava preocupat per mantenir l'amistat de la Unió Soviètica, però estava desanimat pel vet que posen sobre la participació txecoslovaca en el Pla Marshall. El febrer de 1948, la majoria dels membres de gabinet no comunistes van dimitir, esperant forçar eleccions noves, però en canvi es va formar un govern comunista sota la direcció de Gottwalde, en el que ha estat conegut com a cop txec (o febrer victoriós al Bloc Oriental). Masaryk romangué com a Ministre d'Assumptes Exteriors, tot i que estava aparentment insegur de la seva decisió, i possiblement li sabia greu la seva decisió de no oposar-se al cop comunista emetent una proclama als txecs per la ràdio nacional, on era una celebritat molt estimada.