Infolge der verlorenen Schlacht bei Jena und Auerstedt und der durch sie offenkundig gewordenen Verkrustungen in Verwaltung und Militär war der preußische Staat zu Veränderungen gezwungen. Stein kritisierte scharf die während des Kriegs deutlich gewordenen Schwächen der zivilen und militärischen Führung und machte auch vor dem monarchischen Regierungsstil nicht halt. Stattdessen forderte er grundlegende Reformen in der Struktur des Staates, um einen stabilen Unterbau für die Kriegsanstrengungen zu gewinnen. Dazu zählte insbesondere seine bereits vor Kriegsausbruch einsetzende Kritik am bisherigen absolutistischen Kabinettsystem; stattdessen plädierte er für ein Staatsministerium aus verantwortlichen Ministern, die mit dem Monarchen zusammenarbeiten.