Als Adjutant Jean-Baptiste Klébers nahm La Tour-Maubourg an der Expedition nach Ägypten teil. 1800 brachte er Kleber aus Frankreich die Nachricht vom Staatsstreich des 18. Brumaire VIII (9. November 1799), durch den sich Napoleon Bonaparte zum Alleinherrscher Frankreichs machte, aber keine Versprechen baldiger Hilfe für die notleidenden Truppen, die sich gerade nach der Kapitulation von al-Arisch zur Heimkehr rüsteten. An der Spitze des 22e régiment de chasseurs à cheval wurde er bei der Verteidigung von Alexandria gegen die Briten schwer verwundet.