ואלדיביה זכתה למעמד של מחוז בסמוך לעצמאות צ'ילה. העיר אמנם לא הייתה חשובה במיוחד באותה העת, אך ראשי המדינה הצעירה חששו כי התושבים הספרדים הרבים באזור יהוו איום על עצמאות המדינה כולה אם לא תינתן להם מידה מסוימת של אוטונומיה. במהלך המאה ה-19 התפתחה העיר, עקב הגעת מהגרים רבים, בעיקר מגרמניה, ועד 1900, כבר הייתה לאחת הערים המתועשות במדינה. עם זאת, רעידת האדמה הגדולה שפקדה את האזור ב-1960, שבמהלכה נהרגו כ-6,000 בני אדם, גרמה לנזק רב בעיר, והיא החלה לדעוך.