בין מייסדי המכון בשנה זו היה מרטין אינדיק, דיפלומט אקדמאי אוסטרלי, ולשעבר סגן מנהל איפא"ק. אינדיק ביקש לייצר מוסד לימוד ומחקר על-מפלגתי והערכות לא תלויות במזרח התיכון. הוא ראה את המכון כ"ידידותי לישראל, אבל מבצע מחקרים אמינים במזרח התיכון באופן מציאותי ומאוזן". בכך נועד המחקר להיות יותר עצמאי ובעל איכות אקדמאית. מתחילתו, המכון התמקד בעיקר במחקר ביחסי מדינות ישראל-ערב, נושאים מדיניים וביטחוניים, ובמדיניות ארצות הברית במזרח התיכון בכללותה. בעקבות מאורעות חדשים שהתרחשו בשנות התשעים, כמו התפרקות ברית המועצות, מלחמת המפרץ הראשונה, והשינויים האסטרטגיים שחלו באזור, הרחיב המכון את סדר היום שלו וביקש להתמקד גם בטורקיה ובעלייה של האסלאמם הפוליטי. תחת הנהגתו של אינדיק, המכון צבר מוניטין של מרכז למחקר מעמיק ואמין במדיניות המזרח התיכון, ומשך בין היתר גם אינטלקטואלים ערבים להתעניין בפרסומיו.