Die geschichtlichen Wurzeln des Fischmarktes reichen bis ins 16. Jahrhundert zurück, als der Shōgun Tokugawa Ieyasu Fischer aus Osaka nach Edo brachte, um seinen Hof mit Fisch zu versorgen. Er gab ihnen auch die Erlaubnis, den nicht an den Hof gelieferten Fisch in der Nähe der Nihombashi zu verkaufen. Parallel entwickelte sich auch der Handel mit Gemüse und Früchten. Der Markt wurde 1923 durch das Große Kantō-Erdbeben stark zerstört, wurde allerdings in Nihombashi wieder aufgebaut. Erst im Jahre 1935 erfolgte der Umzug nach Tsukiji, wobei die Gebäude im deutschen Stil der Neuen Sachlichkeit errichtet wurden.