Η δομή και η θεολογία της εκκλησίας ήταν ζήτημα άγριας διαμάχης επί γενεές. Αυτές οι αντιδικίες τελικά έληξαν με ένα πραξικόπημα (την "Ένδοξη Επανάσταση") το 1688, από την οποία αναδύθηκε μια εγκατεστημένη εκκλησία και ένας αριθμός αντικομφορμιστικών εκκλησιών των οποίων τα μέλη αρχικά υπέστησαν διώξεις οι οποίες σταμάτησαν με την πάροδο του χρόνου, όπως συνέβη και με την σημαντική μειονότητα ανθρώπων που παρέμειναν Ρωμαιοκαθολικοί στην Αγγλία, η εκκλησιαστική οργάνωση των οποίων παρέμεινε παράνομη μέχρι τον 19ο αιώνα.