Malgré la faible vulnérabilité en vol de l'appareil, la forte présence aérienne alliée rendait cependant les opérations très risquées. Au début , alors qu'ils atterrissaient sur l'aérodrome où ils venaient d'être transférés, dix-huit Ar 234 furent coiffés par des Spitfire, qui en détruisirent trois et en endommagèrent deux autres, tuant deux pilotes allemands. Néanmoins, quand le temps s'amélioraient, les Ar 234 menaient autant de missions que possible au-dessus des Pays-Bas et dans le cadre de la défense d'Aix-la-Chapelle. L'un d'entre eux fut capturé au sol, le , après qu'il eut été contraint par un P-47 à atterrir en catastrophe avec ses moteurs en panne. En effet, si ses pilotes le trouvaient agréable à piloter, la faible fiabilité des moteurs de l'Arado demeurait un problème constant. L'extinction des moteurs à la suite d'une manœuvre trop brusque était très courante, le pilote devait alors attendre d'être en dessous de d'altitude et de de vitesse pour rétablir l'alimentation en carburant sans risque d'incendie. Le problème empirait quand, à cause des pénuries de carburant convenable, on utilisait l'avion avec des carburants inadaptés. Autre problème majeur pour les pilotes, l'avion, bien que certains prototypes en eussent disposé, était dépourvu de siège éjectable, ce qui rendait périlleuse l'évacuation de l'appareil en cas de problème. Le pilote devait alors se glisser par une écoutille vitrée située sur le dessus de son habitacle, solution qui, si elle était satisfaisante dans le cas des bombardiers précédents, se révélait quasiment impraticable sur un avion à réaction. La longueur de piste nécessaire au décollage provoqua aussi nombre d'accidents, mais l'entraînement des pilotes sur le Me 262 et l'usage fréquent de fusées d'assistance au décollage finirent cependant par régler le problème.