La saison 2013-2014 est cependant bien différente du côté de Houston. L’arrivée de l’ex All-Star et Défenseur de l’année, Dwight Howard, semble nécessaire pour élever le niveau de jeu de Houston, leur permettant peut-être de viser plus haut à la fin de la saison. Lors de cette première saison ensemble, les deux joueurs se complètent bien dans le jeu et Houston réalise une excellente saison collective. Harden est sélectionné par les entraîneurs comme réserviste pour le NBA All-Star Game 2014. Il enregistre 8 points, 5 passes décisives, un rebond et une interception sur ce match. Les Rockets terminent la saison 4e de la Conférence Ouest avec un bilan de 54 victoires pour 28 défaites. Harden remporte les honneurs de la All-NBA First Team pour la première fois de sa carrière.