Christian Quesnot est chef d’état-major particulier du Président de la République d'avril 1991 à septembre 1995. À ce titre, il a ainsi eu un rôle extrêmement important dans la stratégie militaire française au Rwanda avant et pendant le génocide des Tutsi. Avant le génocide, il considère le Front patriotique rwandais comme des « Khmers Noirs » qui cherchent à créer un « Tutsiland » de l’Ouganda au Burundi. Il porte auprès de François Mitterrand la suggestion de l'amiral Jacques Lanxade, chef d'état-major des armées, « d'autoriser, sous réserve de la plus extrême discrétion et avec l'accord préalable, cas par cas, de l’État-major des Armées, une aide opérationnelle temporaire de quelques conseillers auprès des états-majors ainsi qu'auprès des unités récemment dotées des nouveaux matériels ».