Приехав с Камчатки, Арсеньев не стал сразу возвращаться в Хабаровск, и остался во Владивостоке, куда переехал насовсем весной 1919 года, оставив должность директора Гродековского музея. 1 ноября 1918 года он получил должность младшего инспектора рыболовства Управления рыбными промыслами на Дальнем Востоке. Ему дали квартиру в здании Управления на улице Петра Великого, рядом с музеем Общества изучения Амурского края. В Управлении рыбными промыслами Арсеньев проработал шесть с половиной лет, пройдя путь от младшего инспектора рыболовства до заведующего отделом охоты на морского зверя. В период Гражданской войны и интервенции им был поднят вопрос о запрещении сдавать в аренду американским и японским промышленникам советские тихоокеанские острова. Кроме того, Арсеньев был инициатором создания на Дальнем Востоке первых природных заповедников.