W roku 1993 zwyciężył w następnym turnieju międzystrefowym w Biel. W drodze do finałowego meczu pretendentów pokonał Michaela Adamsa i Władimira Kramnika. W finałowym meczu przegrał jednak z Anatolijem Karpowem. W mistrzostwach świata FIDE (Groningen 1997), rozgrywanych systemem pucharowym Gelfand dotarł do półfinału, w którym został wyeliminowany przez Ananda. W kolejnych turniejach mistrzowskich awansował do IV (1999 i 2000) oraz V rundy (2001), w kolejnych latach przegrywając z Aleksandrem Chalifmanem, Aleksiejem Szyrowem i Piotrem Swidlerem.