Elokuvallaan "Minä päivänä tahansa" (1999) Stone palasi vallan ja väkivallan kuvaukseen. "Aleksanteri" (2004) on elämäkertaelokuva Aleksanteri Suuresta. "World Trade Center" (2006) kertoo New Yorkin terrori-iskun tarinan kahden poliisin näkökulmasta. Elokuvaa kiiteltiin mutta samalla arvosteltiin siitä, että elokuva oli tehty liian pian tragedian jälkeen. "W." (2008) on elokuva presidentti George W. Bushista.