อย่างไรก็ตามสมเด็จพระจักรพรรดิเปโดรที่ 1 แห่งบราซิลหรือพระเจ้าเปโดรที่ 4 แห่งโปรตุเกส พระเชษฐาทรงสละราชบัลลังก์แก่เจ้าหญิงมาเรีย ดา กลอเรียให้ครองราชบัลลังก์โปรตุเกสในพระนาม สมเด็จพระราชินีนาถมาเรียที่ 2 แห่งโปรตุเกส พระชนมายุ 7 พรรษา ผู้ซึ่งขณะนั้นทรงประทับอยู่ที่ลอนดอน ด้วยสถานะที่พระราชินีนาถมาเรียต้องอภิเษกสมรสกับเจ้าชายมิเกล พระปิตุลา เจ้าหญิงอิซาเบล มาเรียทรงดำรงเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ในพระราชนัดดาจนกระทั่งพ.ศ. 2371 เมื่อเกิดสงครามกลางเมืองขึ้นเรียกว่า สงครามเสรีนิยม ระหว่างฝ่ายอัตตาธิปไตยซึ่งสนับสนุนให้เจ้าชายมิเกล พระเชษฐาครองราชสมบัติในพระนาม สมเด็จพระเจ้ามิเกลแห่งโปรตุเกสกับฝ่ายเสรีนิยมซึ่งสนับสนุนสิทธิในราชบัลลังก์ของสมเด็จพระราชินีนาถมาเรียที่ 2 แห่งโปรตุเกสและเจ้าหญิงอิซาเบล มาเรียผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ ในขั้นต้นพระเจ้ามิเกลด้วยการสนับสนุนจากเจ้าหญิงมาเรีย เทเรซาแห่งเบย์รา พระเชษฐภคินีพระองค์โตทำการถอดถอนสมเด็จพระราชินีนาถมาเรียที่ 2 ผู้เป็นพระนัดดาออกจากราชบัลลังก์และถอดถอนเจ้าหญิงอิซาเบล มาเรียออกจากตำแหน่งผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ แต่ในท้ายที่สุดฝ่ายเสรีนิยมเป็นฝ่ายได้รับชัยชนะ ผลที่ตามมาคือพระเจ้ามิเกลถูกเนรเทศออกจากประเทศอีกครั้ง และการครองราชบัลลังก์ครั้งที่สองของสมเด็จพระราชินีนาถมาเรียที่ 2