S'opposant à la politique d'union sacrée durant la Première Guerre mondiale, il rejoignit le Parti social-démocrate indépendant (USPD) lors de sa création en 1917, et il dirigea son service de presse. D'août à novembre 1918, il dirigea aussi le bureau berlinois de l'agence de presse soviétique ROSTA. Nommé préfet de police de Berlin le 9 novembre 1918, lors de la révolution allemande menant à la chute du Kaiser, Emil Eichhorn fut destitué le 4 janvier 1919, après un combat acharné et la prise d'assaut de la préfecture de police. Il y eut le lendemain une manifestation de masse à Berlin contre ce renvoi qui déboucha sur une insurrection « spartakiste » brutalement réprimée par les corps francs.