Inizia la stagione 2016/17 sfoderando una prestazione superba contro il Lione nel Supercoppa di Francia, segnando un goal e fornendo due assist. La stagione sarà nuovamente segnata dagli infortuni. Pastore giocherà appena 15 partite in campionato e 2 in Champions League, assistendo dalla panchina alla clamorosa rimonta del Barça agli ottavi (6-1).