Соглашение не смогло развеять напряженности в стране, за 10 лет мирной жизни сторонам так и не удалось научиться мирно сосуществовать в одном государстве. В 1983 году президент Судана Джафар Мухаммед Нимейри объявил о создании исламского государства, живущего по законам шариата, в том числе и для христиан на юге страны. Автономная область Южный Судан была упразднена 5 июня 1983 года, положив начало Второй суданской гражданской войне.