Ginter pelasi Saksan alle 18–21-vuotiaiden maajoukkueissa kaikkiaan 29 ottelua. Hän pelasi alle 21-vuotiaiden EM-kilpailuissa Saksan kaikki kolme ottelua 2013 ja neljä ottelua 2015. Hän pelasi viisi ottelua Saksan saavuttaessa olympiahopeaa Rio de Janeirossa 2016. Hän teki maalin otteluissa Meksikoa ja Portugalia vastaan. Hän pelasi kokonaisuudessaan myös loppuottelun Brasiliaa vastaan.