Pompeiuksen puolelle Labienus toi 3 700 galli- ja germaaniratsuväkeä. Hän taisteli Caesaria vastaan Farsaloksen taistelussa, jonka jälkeen hän pakeni Kerkyraan ja sieltä Afrikkaan. Siellä hän taisteli Caesaria vastaan Ruspinan ja Thapsuksen taisteluissa. Sen jälkeen kun Caesar oli kukistanut vastustajansa Afrikassa Labienus pakeni Espanjaan jossa Pompeiuksen pojat yrittivät vielä tehdä vastarintaa. Labienus kuoli Mundan taistelussa.