A cruz acabou por desaparecer durante a rápida ocupação da Bielorrússia pelas forças alemãs em junho-julho de 1941. Não existem relatos confiáveis do que teria acontecido com ela naquele ano; pelo menos três versões diferentes circulam, além de sua possível destruição em incêndios ou saques. A versão oficial soviética declarava de forma abrupta que a cruz havia sido saqueada pelos alemães. Já em 1991, o ministro da cultura da Bielorrússia alegou que a cruz, juntamente com outros tesouros do país, havia sido levada para Moscou. Já documentos em alemão da organização Alfred Rosenberg registraram um "tesouro de Mahilyow", que teria sido capturado pelos alemães em Smolensk; não existe, no entanto, evidência de que entre estes tesouros estaria a Cruz de Polotsk.