לקראת עונת 1991/1992 הצטרף חואן קרלוס לברצלונה, אלופת ספרד אותה אימן יוהאן קרויף ההולנדי. באותן שנים כונתה הקבוצה "קבוצת החלומות" בשל הצלחתה המקצועית תחת קרויף, וחואן קרלוס שיחק לעיתים קרובות כמגן השמאלי בהרכבה. בעונתו הראשונה בקבוצה עזר לה לזכות באליפות שנייה ברציפות עם 22 הופעות. בגביע אירופה שותף ב-5 משחקים ואף פתח במשחק הגמר נגד סמפדוריה, בו ניצחה ברצלונה 1-0 בהארכה וזכתה בתואר לראשונה בתולדותיה. בנוסף, פתח במשחק הראשון מבין השניים בסופר קאפ הספרדי נגד קבוצתו לשעבר אתלטיקו מדריד. ברצלונה ניצחה 1-0 במשחק זה וזכתה בתואר לאחר תיקו 1-1 בגומלין. בעונתו השנייה בברצלונה שיחק חואן קרלוס כשחקן הרכב ומחליף לסירוגין. הוא זכה עם הקבוצה באליפות נוספת, השלישית של ברצלונה ברציפות, וכן בסופר קאפ הספרדי והאירופי. מליגת האלופות הודחה ברצלונה על ידי צסק"א מוסקבה כבר בסיבוב השני.