Grazie alle grandi sfide che si trova a fronteggiare Caritas Ambrosiana cresce, sviluppando processi d'intervento che permettono l'osservazione dei bisogni emergenti della comunità: le nuove forme di povertà, la tratta di esseri umani a scopo di sfruttamento sessuale, il carcere, la violenza sulle donne, la condizione dei minori, gli stranieri, i disabili e gli anziani diventano i temi centrali d'intervento. Sono questi gli anni che vedono Caritas Ambrosiana attiva con missioni umanitarie in ex Jugoslavia (1993), Ruanda (1994), Kossovo (1996), e nel terremoto dell'Umbria e Marche (1997).