Torna al Torino nel 2002 in qualità di dirigente del settore giovanile, mentre l'anno dopo succede a Sandro Mazzola come direttore generale. Zaccarelli si cimenta anche come allenatore nel finale del campionato di Serie A 2002-2003, subentrando a Renzo Ulivieri, e prima dei play-off di Serie B 2004-2005, al posto di Ezio Rossi: in questo frangente porta i granata alla promozione, e questo risulterà decisivo per le sorti del clib granata che, pur non venendo promosso in Serie A in virtù delle decisioni della Covisoc, si guadagna comunque la permanenza in cadetteria dopo la revoca dell'affiliazione e la successiva rifondazione, grazie al lodo Petrucci, sotto la guida di Urbano Cairo.