Helmer maakte zijn debuut in het Duits voetbalelftal op 10 oktober 1990. Op die dag werd een vriendschappelijke wedstrijd tegen Zweden met 1–3 gewonnen. Jürgen Klinsmann, Rudi Völler en Andreas Brehme scoorden voor de Duitsers en de tegentreffer kwam van Stefan Rehn. Helmer mocht van bondscoach Berti Vogts in de basis beginnen en hij speelde het gehele duel mee. De andere Duitse debutant dit duel was Thomas Strunz (Bayern München). In 1992 werd de verdediger door Vogts opgenomen in de Duitse selectie voor het Europees kampioenschap. Hier werd de finale gehaald, waarin Denemarken met 2–0 te sterk was. Helmer speelde in drie wedstrijden mee. Zijn toenmalige teamgenoten Flemming Povlsen (Denemarken) en Michael Schulz (eveneens Duitsland) waren ook actief op het toernooi. Twee jaar later mocht Helmer mee naar het WK 1994. Vogts nam Helmer opnieuw op in zijn selectie. Uiteindelijk was Bulgarije in de kwartfinales te sterk met 2–1. Helmer speelde in drie duels mee dit toernooi. Zijn toenmalige teamgenoten Adolfo Valencia (Colombia), Jorginho (Brazilië) en Lothar Matthäus (eveneens Duitsland) waren ook actief op het toernooi.