Nach dem Anschluss Österreichs saß Scharitzer von April 1938 bis zum Ende der NS-Herrschaft im Frühjahr 1945 als Abgeordneter für das Land Österreich im nationalsozialistischen Reichstag. Ab 1938 war Scharizer auch stellvertretender Gauleiter von Wien und verblieb in dieser Funktion bis zum Kriegsende im Mai 1945. Scharizer war in dieser Funktion in antijüdische Maßnahmen wie Deportationen und Arisierungen involviert. Im Zuge des fehlgeschlagenen Staatsstreiches vom 20. Juli 1944 wurde Scharizer durch Wehrmachtsoffiziere kurzzeitig festgesetzt. Bei Kriegsende war er beim Volkssturm.