Els serveis catòlics van ser substituïts pels luterans durant la reforma protestant, coincidint amb la influència exercida per Johannes Honter. Posteriorment, Harro Magnussen va erigir una estàtua en record de Honter a un costat de l'edifici. L'estructura va ser parcialment destruïda durant un gran incendi provocat per les forces invasores dels Habsburg el 21 d'abril de 1689 (durant la Gran Guerra de Turquia). Després, es va conèixer com a "Església Negra". Una gran part de l'estructura interior es va modificar durant el segle XVIII, trencant amb el disseny original.