Menestyksellisintä konemallin käyttöä oli se, että vuonna 1943 palveluskäyttöön saatuja Henschel Hs 293 -liitopommeja, jotka olivat eräänlaisia varhaisia meritorjuntaohjuksia, ryhdyttiin sijoittamaan He 177 -koneisiin. Yksi kone kantoi kolme liitopommia. Ase osoitti iskuvoimansa niin Jäämerellä kuin Italian maihinnousutaisteluissa. Esimerkiksi polttoainetta ja räjähteitä täynnä olleen rahtialus "S/S Black Princen" tuho Anzion maihinnousussa aiheutui juuri liitopommin osumasta. Viiden He 177 A-3/R5:n nokkaan asennettiin 75 mm BK 7.5 PaK 40 -panssarintorjuntatykki käytettäväksi itärintamalla panssarintorjuntaan, mutta ratkaisu osoittautui epäonnistuneeksi.