Поражение в войне побудило шведов снова восстать, и в 1501 году Швеция была объявлена независимым государством. В течение нескольких лет Иоганн вел борьбу против Стена Стуре, в после его смерти в 1503 году против его преемника Сванте Нильссона Стуре. Война привела к ещё большему противостоянию с городами Ганзы, особенно с Любеком. Покорить шведов оказалось для Иоганна решительно невозможным, так как сторону их держали ганзейские города. Попытки норвежцев добиться независимости были подавлены принцем Кристианом (сын Иоганна и в последующем король Дании Кристиан II), назначенным наместником в Норвегии в 1506 году.