На чемпионат мира 2018 года в России Манджукич был вызван в качестве одного из основных игроков. Он принял участие в шести матчах своей команды на турнире. Манджукич сравнял счёт в матче 1/8 финала со сборной Дании, забил победный гол в полуфинальном матче с командой Англии. В финальном матче со сборной Франции он сначала срезал мяч в свои ворота, а затем, воспользовавшись ошибкой вратаря французов, забил гол в ворота соперника. Хорватская сборная проиграла со счётом 2:4 и стала серебряным призёром чемпионата мира.