После военного переворота, в результате которого главой государства стал генерал Максимилиано Эрнандес-Мартинес, Альберто Масферрер пытался предотвратить насилие. Но спустя месяц после переворота началось крестьянское восстание 1932 года, в ходе которого были уничтожены тысячи представителей коренных народов Сальвадора. Сам Альберто Масферрер был приговорён к ссылке в Гондурас, но умер от сердечного приступа, находясь под арестом в Сан-Сальвадоре.