1941 unterhielt er lose Verbindungen zum Widerstandskreis um den preußischen Finanzminister Johannes Popitz, der nach einem erfolgreichen Putsch gegen Hitler den Kronprinzen oder seinen zweiten Sohn Louis Ferdinand als neuen Repräsentanten Deutschlands einsetzen wollte. Dem Staatsstreich vom 20. Juli entzog Wilhelm von Preußen sich jedoch und wies auch Louis Ferdinand an, sich davon fernzuhalten.