1990 setzte Ligier leicht überarbeitete Vorjahresfahrzeuge (Ligier JS33B) ein, die wiederum von Ford-Motoren angetrieben wurden. Das Aerodynamik des Wagens war ineffektiv, und das selbst konstruierte Getriebe erwies sich im Laufe der Saison als defektanfällig. Als Piloten meldete das Team Nicola Larini und Philippe Alliot. Die Fahrerwahl wurde in der Fachpresse zumeist mit Skepsis gesehen; Beobachter trauten beiden keine herausragenden Leistungen zu. Alliot kam neunmal ins Ziel, erreichte aber bei keinem Rennen die Punkteränge und verfehlte zudem einmal die Qualifikation. In den USA wurde er von der Teilnahme am Rennen ausgeschlossen, weil einige Ligier-Mechaniker vorschriftswidrig versuchten, außerhalb der Boxengasse Alliots Auto zu reparieren. In Deutschland wurde Alliot disqualifiziert, weil ihn Streckenposten nach einem Unfall angeschoben hatten. Larini kam dreizehnmal ins Ziel. Er erreichte mit zwei siebten Plätzen zu Saisonende die besten Ergebnisse des Teams in diesem Jahr. Das französische Konkurrenzteam Larrousse, das mit Lamborghini-Triebwerken ausgerüstet war, erreichte in dieser Saison elf Punkte und eine Podiumspositionierung. Aufgrund des Ausbleibens von Erfolgen unterlag Ligier ab dem Rennen in Deutschland der Vorqualifikation, wurde jedoch kurioserweise schon zwei Rennen darauf wieder davon befreit, da das nicht zu den Vorqualifikanten gehörige Team Onyx zum Großen Preis von Belgien den Betrieb einstellte und Ligier daraufhin wieder aufrücken konnte