Da Baresi mit dem AC Mailand zweimal in die zweite Liga ging, wurde er auch für die Nationalmannschaft nicht mehr berücksichtigt und auch für den WM-Kader 1986 nicht nominiert. Im Gegensatz zu seinem Bruder Giuseppe, der beim Turnier in Mexiko drei Spiele absolvierte. Franco Baresi kehrte erst am 8. Oktober 1986 im ersten Spiel nach Enzo Bearzot wieder in die „Squadra“ zurück und spielte fortan als Libero. Bei der Europameisterschaft 1988 in der BRD, als Italien erst im Halbfinale gegen die UdSSR (0:2) ausschied, etablierte sich Baresi als Libero in der Nationalmannschaft. Seine Art, aus dem Fußgelenk seine Pässe zu schlagen, erinnerte an Franz Beckenbauer und brachte ihm den Spitznamen „Franz“ ein.