Время основания монастыря неизвестно, в турецких документах он впервые упоминается в 1566—1567 годах как мужской монастырь с небольшой однонефной церковью. Игумены монастыря дважды в 1622 и 1629 годах посещали Москву за сбором милостыни на обновление монастырских построек. После австро-турецкой войны 1697—1699 годов монахи монастыря Рача, бежавшие из Косово, участвовали в восстановлении монастыря (в 1708 году ими была построена небольшая деревянная церковь).