מפקד הקונפדרציה, רוברט לי, ניצח בקרבות בווירג'יניה, אך בשנת 1863 נעצרה התקדמותו צפונה והוא החל לסגת דרומה, תוך כדי אבדות כבדות, לאחר קרב גטיסברג. במערב, השיג האיחוד שליטה על נהר המיסיסיפי, לאחר תפיסתה של ויקסבורג, ובשל כך חילק את הקונפדרציה לשניים, תוך שהוא מנתק את ארקנסו ולואיזיאנה משאר המדינות. האיחוד הצליח להפיק תועלת לאורך זמן מיתרונו בציוד ובכוח אדם בשנת 1864, כשיוליסס סימפסון גרנט נלחם בסדרה של קרבות לאורך היבשת נגד גנרל רוברט לי, בעוד הגנרל ויליאם שרמן כבש את העיר אטלנטה וצעד אל הים. התנגדותה הצבאית של הקונפדרציה נעצרה לאחר כניעתו של לי בפני גרנט בבית המשפט באפומטוקס ב-9 באפריל 1865.