Компания находилась в постоянном конфликте с Британской империей; испытывала финансовые затруднения после поражения Голландии в войне с этой страной в 1780—1784 годов, и распалась в результате этих затруднений (общий долг компании к 1796 году составлял свыше 100 млн флоринов). Обанкротившаяся Ост-Индская компания была расформирована в 1798 году, а её имущество перешло в собственность молодой Батавской республики.