W reprezentacji Belgii De Boeck zadebiutował 6 października 1993 w towarzyskim spotkaniu przeciwko Gabonowi. W 1998 znalazł się w kadrze Georges'a Leekensa na mistrzostwa świata. Na turnieju tym wystąpił tylko w zremisowanym 2:2 meczu z Meksykiem, kiedy to w 67 minucie zmienił Franky'ego Van Der Elsta. Cztery lata później De Boeck został powołany na kolejny mundial. Na boiskach Korei Południowej i Japonii Belgowie zajęli drugie miejsce w swojej grupie i awansowali do 1/8 finału. W tej fazie turnieju zespół Roberta Waseige przegrał 2:0 z późniejszymi zwycięzcami mistrzostw – Brazylijczykami. Łącznie dla drużyny narodowej De Boeck rozegrał 36 meczów, w których strzelił jednego gola.