ב-12 ביוני 2014 (ט"ו בסיון התשע"ד) נחטפו ונרצחו שניים מתלמידי הישיבה (גיל-עד שער ונפתלי פרנקל), בעת שעלו לטרמפ בצומת אלון שבות, יחד עם תלמיד בישיבה הגבוהה שבי חברון (אייל יפרח).