En 1850 refunda el periódico “La Reforma”, apoyando las candidatura de Ramón Errázuriz y General José María de la Cruz contra el candidato oficialista Manuel Montt. Acusado del levantamiento de un batallón en Valparaíso, Pedro Félix Vicuña se ve obligado a huir oculto en un buque mercante inglés con rumbo a Concepción. Desde esta ciudad apoyó la Revolución de 1851, siendo nombrado de Concepción durante el levantamiento. La derrota del General Cruz fuerza a Vicuña nuevamente a la clandestinidad, período en que escribió su "obra magna" "El porvenir del hombre o relación íntima entre la justa apreciación del trabajo y la democracia", que será publicada finalmente en 1858.