Усі ці часи укріплення Манасії розглядались владою як потужне укріплення в стратегічно важливому районі: за даними перепису 1476/78 років в монастирі квартирував османський гарнізон в 70 шабель на чолі з диздаром. 1689 року австрійці на короткий час захопили монастир, але турки швидко оговталися і відбили його назад. Після підписання Пожаревацького миру 1718 року монастир знову відійшов Габсбурзькій монархії. Австрійці до 1735 року відбудували і реконструювали монастирські укріплення. Втім після повернення турків духовне життя в Манасії знову завмерло. Так було до початку XIX століття та Першого сербського повстання, після якого духовне життя тут відновлювалося зусиллями ченця Іоаникія.