На початок Другої світової війни «Аякс» входив до складу 6-ї підводної дивізії, що базувалась у Бресті, разом з однотипними човнами «Персе», «Архімед» і «Понселе». У квітні 1940 року разом зі своїм «сістер-шипом» «Архімед» супроводжував конвой HX 41 з Галіфакса до Великої Британії. Через загрозу захоплення наступаючими німецькими військам Бреста разом з ще 13 французькими підводними човнами та одним танкером вийшов з ВМБ та перейшов до Касабланки, куди прибули 23 червня. Після нападу Королівського флоту Британії на Мерс-ель-Кебір човен патрулював уздовж узбережжя Марокко.