V roce 1626 získal český představený řádu titul velkopřevora a v roce 1694 bylo jeho sídlo definitivně přeloženo do barokně přebudovaného paláce u kostela Panny Marie pod řetězem v Praze. Nejvyšším rozhodnutím z 2. dubna 1881 pak císař František Josef I. dovolil, aby čeští velkopřevoři užívali knížecí titul. Jednotné české velkopřevorství přetrvalo i rozpad Rakousko-Uherska roku 1918, ovšem v důsledku anšlusu Rakouska roku 1938 se rozdělilo na české a rakouské.