Nel frattempo, in Sudan era scoppiata una ribellione religiosa guidata da Muhammad Ahmad che si era autoproclamato Mahdi. I ribelli mahdisti assediarono la capitale locale di Kordofan ed annientarono due spedizioni britanniche appositamente inviate per risolvere la situazione. Il generale inglese Charles George Gordon, ex governatore del Sudan, inviato nella capitale sudanese Khartum con l'ordine di evacuare la minoranza di europei ed egiziani dalla città, invece di evacuare la città, preparò la città all'assedio che ebbe luogo nel 1884-85. Malgrado però gli sforzi, Khartum cadde e Gordon finì ucciso dagli insorti. La caduta di Khartum portò alla proclamazione di uno Stato a forte caratterizzazione religiosa, governato dapprima dal Mahdi e poi dal suo successore, il "califfo" Abdullahi. Nel 1896, durante il regno di ʿAbbās Ḥilmī II figlio di Tawfīq, una massiccia forza anglo-egiziana sotto il comando del generale Herbert Kitchener, iniziò la riconquista del Sudan. La campagna si concluse con la vittoria degli anglo-egiziani nella battaglia di Omdurman, la capitale mahdista.