Uralkodása alatt mindvégig anyja befolyása alatt állt, aki eleinte mérsékelt valláspolitikát folytatott, ám a kitörő vallásháborúban végül a szélsőségesen katolikus lotaringiai hercegi Guise-ház mellé állt. Károly uralkodásának legnevezetesebb eseménye Szent Bertalan éjszakája, amikor a megbékélés jegyében Párizsba gyűlt hugenották ezreit mészárolta le az államhatalom biztatására a fanatikus tömeg.