Одним из первых среди союзников Гитлера осознал неотвратимость поражения стран «оси» в войне и уже с 1942 года начал секретные переговоры с союзниками. Однако отношения с Германией оставались тесными. 18 июня 1943 года Гитлер подарил адмиралу роскошную яхту к его 75-летию (яхту спустили на воды Дуная, Гитлера на церемонии представлял гросс-адмирал Э. Редер) и в тот же день Хорти писал в Берлин: "«У меня прямо перехватило дух… Не знаю, как и отблагодарить вас»" . При этом в марте 1944 года он был вынужден дать согласие на ввод в Венгрию немецких войск, а с ними и войск СС, которые начали депортацию евреев и цыган. При приближении советских войск к границам Венгрии Хорти сместил в августе 1944 года прогерманское правительство Дёме Стояи и назначил премьером генерала Гезу Лакатоша. 15 октября 1944 года правительство Хорти объявило о перемирии с СССР. Однако вывести свою страну из войны Хорти, в отличие от короля Румынии Михая I, не удалось. В Будапеште произошёл поддержанный Германией государственный переворот, а сын Хорти — Миклош Хорти-младший был похищен отрядом СС под руководством Отто Скорцени и взят в заложники. Под нажимом Гитлера через несколько дней адмирал передал власть лидеру нацистской прогерманской партии «Скрещённые стрелы» Ференцу Салаши и был вывезен в Германию, где содержался под арестом вместе с женой, невесткой и внуком.