Il rejoint alors la Scuderia Ferrari et la lutte pour le titre entre les deux rivaux se dénoue au même endroit le 21 octobre 1990, où un nouvel accrochage dès le premier virage permet à Senna d'enlever le titre. Avant la fin d'une saison 1991 sans victoire, Prost est licencié par Ferrari pour avoir critiqué publiquement l'équipe. Au terme d'un congé sabbatique en 1992 au cours duquel il n'a de cesse de préparer son retour, Prost rejoint l’écurie Williams, incitant de fait, le champion en titre des pilotes Mansell à partir pour le championnat américain de CART. Au volant d'une voiture très compétitive et très en forme malgré ses , Prost remporte le championnat de 1993 et se retire dans la gloire d'un quatrième titre mondial et adoubé par son rival de jadis, Ayrton Senna qui signe à ce moment la paix des braves quelques mois avant son tragique décès sur le circuit d'Imola.