Im August 1797 kehrte er, nachdem er sich durch Erpressung bereichert hatte, nach Paris zurück, wo er zum Befehlshaber der Pariser Militärdivision ernannt wurde und den Staatsstreich des 18. Fructidor V (4. September 1797) mit brutaler Gewalt durchführte. Doch wurde er gegen seine Erwartung nicht in das Direktorium gewählt. Als Nachfolger des kurz zuvor verstorbenen Generals Hoche wurde er im Oktober 1797 Oberkommandierender General der Rhein-Mosel-Armee und der Sambre-Maas Armee (später Armée d’Allemagne) und Chef der Zivilverwaltung für die besetzten, linksrheinischen Länder. Das Direktorium beauftragte ihn, die Eingliederung dieses Gebietes in das französische Staatsgebiet voranzutreiben. Augereau, "" war mit dieser Aufgabe überfordert. Napoleon Bonaparte, der ihn als draufgängerischen Soldaten schätzte, hatte bereits vorher seine Beförderung zum Chef einer großen Armee und Zivilverwaltung als grobe Fehlentscheidung der politischen Führung in Paris kritisiert. Eifersüchtig auf Napoleons Erfolge, soll er den Frieden von Campo Formio hintertrieben und zusammen mit deutschen Jakobinern geplant haben, den Rastatter Kongress zu sprengen und eine Revolte zur Bildung einer südwestdeutschen, eigenständigen Republik – für die er als Gründer anzusehen sei – anzuzetteln. Augereau wurde daraufhin am 29. Januar 1798 abberufen und nach Perpignan versetzt, was einer Degradierung gleichkam.