Am 7. November 1939 wurde er zum Gesandten am Heiligen Stuhl, wechselte aber nach fünf Monaten als Botschafter im Deutschen Reich nach Berlin. Ab Mai 1942 gehörte er auch dem Großen Faschistischen Rat an. Bei der Abstimmung im Rat am 24./25. Juli 1943 stimmte er mit der Mehrheit des Rates für die Absetzung Mussolinis. Die neue Regierung Badoglio (Pietro Badoglio) rief ihn daraufhin aus Berlin ab und bereitete den Frontwechsel vor. Nach der Befreiung Mussolinis und der Etablierung der Italienischen Sozialrepublik flüchtete er am 24. Oktober 1943 in die Schweiz. Beim Prozess gegen Ciano in Verona wurde auch er, in Abwesenheit, am 10. Januar 1944 zum Tode verurteilt. Der Schweizer Bundesrat verweigerte ihm das politische Asyl, tolerierte aber seine Anwesenheit. Aufgrund vorgeblicher gesundheitlicher Probleme und dank der Intervention verschiedener Exponenten des Schweizer Katholizismus, darunter der Faschist Gonzague de Reynold und der Bischof von Sitten Viktor Bieler, konnte Alfieri bis 1948 in der Schweiz bleiben. Am 12. November 1946 sprach ihn ein Gericht in Italien frei, am 6. Februar 1947 endete die Untersuchung des Außenministeriums, und er konnte im Range eines Botschafters pensioniert werden. Alfieri kehrte unbehelligt nach Italien zurück und wurde als Rechtsanwalt in Mailand tätig.