В 1861 году Вааген был приглашён императором Александром II в Петербург, где провёл около двух лет. Результатом его знакомства с сокровищами искусства Императорского Эрмитажа была книга: «Die Gemäldesammlung in der Kaiserlichen Eremitage in St.-Petersburg» (Мюнхен, 1864; 2-е издание — , 1870). После посещения Петербурга, Вааген осмотрел и описал ещё картинные галереи Вены и Испании; потом вторично посетил Париж для отчёта о произведениях искусства на Всемирной выставке 1867 года, и умер на пути в Копенгаген 15 июля 1868 года..