Teleki nimitettiin opetusministeriksi toukokuussa 1938 ja pääministeriksi helmikuussa 1939. Hänen hallituksensa lakkautti useita fasistisia puolueita, mutta ei puuttunut juutalaisvastaiseen lainsäädäntöön. Maailmansodan aikana hän toivoi Unkarin voivan saada Saksan tuella takaisin Trianonin rauhassa menetettyjä alueita, mutta pelkäsi liiallista riippuvuutta Saksasta. Saksan avulla Unkari sai Tšekkoslovakian pilkkomisen yhteydessä itselleen Karpato-Ukrainan ja Romania pakotettiin luovuttamaan sille Pohjois-Transylvanian alue. Telekin hallitus tuki näitä toimenpiteitä. Hänen johdollaan Unkari solmi kuitenkin myös ikuisen ystävyys- ja rauhansopimuksen Jugoslavian kanssa joulukuussa 1940. Valmistautuessaan hyökkäämään Jugoslaviaan huhtikuun 1941 alussa Saksa vaati Unkaria liittymään Jugoslavian valtaukseen, kun taas Britannia vaati sitä ehdottomasti olemaan liittymättä. Teleki ei halunnut pettää Jugoslavian kanssa tehtyä sopimusta ja mahdottomaksi katsomassaan tilanteessa hän teki itsemurhan 3. huhtikuuta 1941. Valtionhoitaja Miklos Horthy ja muu hallitus olivat aiemmin samana päivänä hyväksyneet yhteistyön Saksan kanssa. Itsemurhaviestissään Teleki julisti olevansa syyllinen siihen, ettei kyennyt estämään Unkaria rikkomasta lupauksiaan ja liittoutumasta ”roistojen” kanssa.