Od července 1972 do února 1973 byla Meinhofová ve vězení v Kolíně nad Rýnem v úplné izolaci. Přesto všechno se jí podařilo z vězení propašovat několik dopisů. Zveřejnění těchto dopisů ji zajistilo velké množství sympatizantů po celém NSR. V listopadu 1972 napsala článek, ve kterém schvaluje únos izraelských sportovců palestinskými teroristy na olympiádě v Mnichově (více: Mnichovský masakr). Dne 29. listopadu 1974 byla odsouzena k osmi letům odnětí svobody za její účast při osvobozování Andrease Baadera v roce 1970 a přesunuta do věznice Stammheim ve Stuttgartu. V následném soudním procesu byla obviněna ze čtyř vražd a vícenásobného pokusu o vraždu.