Jaubert nasqué a París, era fill de François Hippolyte Jaubert de l'Armada Francesa que morí a la Batalla del Nil el 1798 i de Rosalie Mélanie Cheminade que va morir el 1817. Hippolyte va ser adoptat pel seu oncle, el comte François Jaubert (1758–1822), que va ser Conseller d'Estat i Governador del Banc de França durant el Primer Imperi Francès. Malgrat que Jaubert preferia la història natural, el seu oncle el va fer estudiar Dret però va estudiar amb els naturalistes René Desfontaines (1750–1831) i Antoine-Laurent de Jussieu (1748–1836). Quan morí el seu oncle, el 1826, ell n'heretà el títol i la immensa fortuna.