Während des Kriegs 1741 folgte Gyllenborg dem Feldmarschall Grafen Charles Emil Lewenhaupt als Geschäftsträger nach Finnland und wurde im folgenden Jahr nach Sankt Petersburg entsandt, um die Friedensverhandlungen mit dem russischen Hof zu fördern. Der Sturm von Missbilligungen, der die leitenden Personen und Teilnehmer am finnischen Krieg traf, erstreckte sich auch auf Gyllenborg. Obgleich er sich durch eine kräftige Rede im Reichsrat der Notwendigkeit, sich zu rechtfertigen, entzog, war doch der Unwille gegen ihn so groß, dass er es einige Wochen lang aus Furcht, ermordet zu werden, kaum wagte, unter starker Bedeckung sein Haus zu verlassen.