נוביצקי הגיע להישגים גם במדי נבחרת גרמניה, אותה הוביל לזכייה במדליית הארד באליפות העולם 2002 ובמדליית הכסף באליפות אירופה 2005; בשני הטורנירים נבחר לשחקן המצטיין וסיים כקלע המוביל. הוא זכה במשך חמש שנים רצופות בפרס יורוסקאר לכדורסלן האירופאי המצטיין של השנה, וכן בפרסי מר אירופה ושחקן השנה של פיב"א אירופה בשנת 2005.