1661年4月21日由明延平王鄭成功率25,000大軍由金門航渡台灣海峽，4月30日由鹿耳門水道進入臺江內海，5月1日在禾寮港登陸後抵擋住荷蘭海軍陸戰隊陸上及海上的反攻，5月2日第一次議和，5月4日普羅民遮城投降，5月5日，鄭軍攻入大員市街圍攻熱蘭遮城，1662年1月25日鄭軍從北、東、南三面砲轟烏特勒支碉堡和熱蘭遮城，同時派出16艘戰船來到熱蘭遮城附近的碼頭，引誘荷軍分散火力，以掩護攻城部隊奪取烏特勒支碉堡，到了晚上，碉堡三面牆壁都被擊毀，荷軍只得放棄碉堡，點燃炸藥引線後撤退，讓鄭軍順勢奪下碉堡，1月27日，大員評議會決議放棄一切抵抗，要求和談，2月1日，雙方代表到大員街依照本國習俗，舉行誓約、簽字、蓋章等程序，完成締約，條約內容大多由荷蘭人提出，鄭成功也幾乎都同意，只是當揆一要求釋放遭俘虜的奴隸時，卻被鄭成功怒斥「和約裡根本沒有提到奴隸」，迫使揆一放棄索回奴隸，2月9日，分散於各地的荷蘭人陸續抵達，2000名荷蘭人登上8艘荷蘭船艦，等候出航，揆一在海灘上將熱蘭遮城的鎖匙交給鄭氏官員，鄭成功也進入熱蘭遮城接收堡壘以及裡面的財產。《熱蘭遮城日誌》記錄至這一天為止，荷蘭東印度公司離開台灣，結束台灣荷蘭統治時期，台灣便歸鄭氏統治（明朝統治）。此為鄭成功攻臺之役