Under Skid-VM på hemmaplan i Ramsau am Dachstein 1999 vann han en bronsmedalj med det österrikiska laget. I de individuella tävlingarna blev han nummer 5 (normalbacken) och 14 (stora backen). I Skid-VM 2001 i Lahtis i Finland vann Höllwarth tre medaljer. Han startade VM-tävlingarna med en fjärdeplats i stora backen. I första lagtävlingen, i stora backen, vann österrikarna (Wolfgang Loitzl, Andreas Goldberger, Stefan Horngacher och Martin Höllwarth) en bronsmedalj. I individuella tävlingen i normalbacken vann Höllwarth sin enda individuella VM-medalj. Han vann bronset efter Adam Małysz från Polen och Martin Schmitt från Tyskland. I lagtävlingen i normalbacken vann slutligen österrikarna VM-guld, 2,0 poäng före Finland och 42,0 poäng före Tyskland.