29 ноября 1862 года Негли был назначен генерал-майором и принял командование 8-й дивизией Армии Огайо (). Его дивизия вместе с дивизией под командованием генерала Джорджа Томаса в составе XIV-го корпуса Армии Союза участвовала в сражении при Стоун-Ривер, где Джеймс Негли сыграл важную роль в победе Союза. Затем участвовал в Туллахомской кампании и битве при Чикамоге, где после разгрома Армии Союза, он был обвинён в этом поражении, освобождён от командования, но впоследствии был оправдан. Когда Улисс Грант в 1864 году стал генерал-аншефом, он снова пригласил Джеймса Негли в свою команду. Но в январе 1865 года Негли окончательно ушёл в отставку с военной службы.