Přesunutí základen ALN do Tuniska a Maroka změnilo charakter válečných operací. Povstalci byli odtrženi od území Alžírska, čehož záhy využili Francouzi a začali stavět obranou linii podél hranic, nazývanou Muricova linie. Cílem bylo oslabit síly FLN tak, aby začala být ochotná vyjednávat. De Gaulle chtěl v Alžírsku prosadit totožný model jako v ostatních francouzských koloniích. Alžírsku měla být udělena nezávislost, ale zároveň měla být uchována spolupráce a respektování francouzských zájmů. Problémem se ale opět ukázali kolóni, kteří protestovali proti udělení práva na sebeurčení. Zde se velmi jasně projevil postoj de Gaulla, který jako reakci na boje mezi kolóny a policií prohlásil, že o budoucnosti Alžírska se bude rozhodovat v budovách Elysejského paláce a ne na alžírských ulicích. Zahájil tedy jednání se zástupci GPRA. Na těchto jednáních se řešila hlavně tři hlavní problémy: území Sahary, postavení evropské menšiny a rozmístění francouzských základen. Roku 1960 bylo oznámeno že bude připraveno referendum o sebeurčení Alžírska, které se uskutečnilo v lednu 1961. Alžírští Evropané se však s myšlenkou francouzského Alžírska odmítli rozloučit a pokusili se o státní převrat, během něhož v dubnu 1961 obsadili významné budovy v Alžíru. Tato akce však skončila neúspěchem. Většina pučistů byla zatčena, ti, kterým se podařilo uprchnout, vytvořili teroristickou organizaci OAS tj. Organizaci tajné armády.