Nachdem im Januar 1558 mit dem russischen Einfall Iwans des Schrecklichen der Livländische Krieg begann, tagten im Juni 1558 die livländischen Stände in Dorpat. Dort setzte sich Christoph von Münchhausen dafür ein, sich um Hilfe an Dänemark – und nicht an die näheren Reiche Polen-Litauen oder Schweden – zu wenden. Nachdem die Stände jedoch Schweden um Unterstützung baten, eroberte er im Namen des dänischen Königs die Stadt und die Ordensburg Reval und wurde zum Statthalter von Estland ernannt. Bischof Johann hatte schon zuvor versucht, sein Stift unter dänische Oberhoheit zu bringen, was aber vom friedliebenden dänischen König Christian III. zurückgewiesen worden war. Dessen junger Nachfolger Friedrich II. schloss nun im September 1559 mit Christoph von Münchhausen einen Vertrag, wonach Bischof Johann gegen eine Summe Geldes auf sein bischöfliches Amt verzichtet und der König das Recht erhält, einen Nachfolger zu bestellen. Er verkaufte also faktisch, namens seines Bruders Johann, dessen Stifter Ösel-Wiek und Kurland, die dieser säkularisiert hatte, an den König Friedrich II. von Dänemark, der sie seinem Bruder Magnus als neuem Bischof übergab. Im April 1560 landete der junge, leichtlebige, charakterlose Magnus mit einem Haufen Landsknechte auf Ösel, wo die Domherren sich seiner Wahl und Herrschaft rasch fügten.