У 1999 році він був призначений одним з двох членів Сполученого Королівства в Європейську комісію в якості єврокомісара із зовнішніх зв'язків, де він відповідав за програми розвитку і співробітництва союзу, а також за зв'язок з Хав'єром Соланою, Верховним представником Європейського Союзу з питань закордонних справ і політики безпеки. Він обіймав цю посаду в Комісії Проді з 23 січня 2000 року по 22 листопада 2004 року. Паттен спостерігав за багатьма кризами в галузі європейської зовнішньої політики, особливо за нездатністю Європейського Союзу виробити спільну єдину політику до війни в Іраку в 2003 році. Хоча він був висунутий на посаду президента наступної комісії в 2004 році, він не зміг заручитися підтримкою Франції та Німеччини.