Bessières byl synem chirurga, který sídlil v jihofrancouzském malém městečku Praysacu (dnes cca 2500 obyv.) a žil v skromných majetkových poměrech. Jean-Baptiste byl tichý poslušný, zbožný chlapec a byl určen též k dráze chirurga. Vystudoval na slavné lékařské fakultě v Montpelier, ale musel si pak na živobytí přivydělávat i bradýřstvím a vlásenkářstvím. Nadšen revolučními myšlenkami vstoupil roku 1790 jako prostý voják (spolu se svým celoživotním přítelem, pozdějším maršálem Muratem) do konstituční gardy Ludvíka XVI. Po rozpuštění královské gardy (1792) vstoupil do armády a sloužil pak v Pyrenejích a roku 1794 byl povýšen na kapitána. Jeho hvězdná hodina udeřila, když potkal generála Bonaparte v roce 1796 a účastnil se jeho prvního italského tažení. Zde se vyznamenal a upozornil na sebe svého vrchního velitele, který mu svěřil vytvoření a velení jezdecké gardové jednotky. S generálem Bonaparte se v hodnosti plukovníka účastnil i egyptského tažení v letech 1798-1799. Při kampani se vyznamenal zejména v bojí u St. Jean d’ Acre (21. března – 21. května 1799) a v pozemní bitvě u Abukiru (25. července 1799). S Bonapartem se vrátil do Francie a při převratu 18. brumaire (9. listopadu 1799) stál pevně na jeho straně. V bitvě u Marenga (14. června 1800) zazářil spolu s generálem Kellermannem provedením jezdeckého útoku, kterým přinutil Rakušany k ústupu. Jako poslední z budoucích císařských maršálů byl povýšen roku 1800 do hodnosti brigádního generála a pak 13. září 1802 na divizního generála. Konečně 19. května 1804 byl jmenován maršálem císařství. Po návratu z Egypta navázal v rodném Prayssacu známost se svou příbuznou Marie-Jeanne Lapeyriere, krásnou, oduševnělou praktikující katoličkou a mezi oběma vzniklo pevné citové pouto, které vydrželo až do Bessieresovy smrti (svatba 1801).