Als Indonesië kon het land in de beginjaren niet veel presteren vanwege de onstabiele politieke situatie. In 1996 haalden ze de eerste keer de eindronde van de Azië Cup, ze werden in de eerste ronde uitgeschakeld, zo ook in de twee volgende edities. In 2007 was Indonesië een van de vier gastlanden voor de Azië Cup, maar kwam het opnieuw niet voorbij de eerste ronde.