Tháng 8 năm 2009, Robben chuyển tới Bayern Munich với giá 25 triệu Euro và ngay trong ngày ra mắt câu lạc bộ mới anh đã ghi 2 bàn thắng đẹp mắt vào lưới Wolfsburg.Trong mùa giải đầu tiên của anh ở CLB, Bayern đã giành được chức vô địch Bundesliga, đây cũng là chức vô địch quốc gia thứ năm của anh trong 8 năm, và lọt vào đến trận chung kết UEFA Champions League 2010. sau mùa giải đầu tiên của mình với CLB vùng Bavarian, Robben còn được trao danh hiệu cầu thủ bóng đá xuất sắc nhất năm tại Đức. Ngày 4 tháng 7 năm 2019, Arjen Robben chính thức giã từ sự nghiệp thi đấu quốc tế sau 20 năm thi đấu chuyên nghiệp. Tuy nhiên năm 2020, anh đã bất ngờ quay trở lại sân cỏ để thi đấu cho Groningen.