Τροφοδοτούμενοι από εθνοτικές εντάσεις ξέσπασαν οι Πόλεμοι της Γιουγκοσλαβίας, με τις πιο σοβαρές συγκρούσεις να λαμβάνουν χώρα στην Κροατία και στη Βοσνία, όπου οι Σερβικοί πληθυσμοί αντιτάχθηκαν στην ανεξαρτησία από τη Γιουγκοσλαβία. Η ΟΔΓ παρέμεινε έξω από τις συγκρούσεις, αλλά παρείχε υλικοτεχνική, στρατιωτική και οικονομική υποστήριξη προς τις σερβικές δυνάμεις στην Κροατία και στη Βοσνία και Ερζεγοβίνη. Σε απάντηση ο ΟΗΕ επέβαλε κυρώσεις κατά της Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γιουγκοσλαβίας το Μάιο του 1992, που οδήγησαν σε πολιτική απομόνωση και κατάρρευση της οικονομίας.