A existência da milícia pró-Indonésia foi confirmada pelo tenente-general "Kiki Syahnakri", último "comandante militar de Timor Timur," na sua declaração à Comissão da Verdade e da Amizade em Outubro de 2007. A comissão buscava esclarecer as conexões que a milícia pró-Indonésia tinha com os protestos violentos em torno do referendo da independência em Timor-Leste em 1999. Naquela época, a milícia pró-Indonésia havia tentado intimidar a população. A operação trovão matou até 3.000 pessoas, violou centenas de mulheres e crianças, expulsou três quartos da população de Timor-Leste e destruiu 75% de sua infraestrutura. Foi necessário uma intervenção internacional para impedir que o massacre continuasse. As Nações Unidas enviou uma força internacional de paz para impedir a violência e a sabotagem praticada pela milícia pró-Indonésia. Durante esse período o Timor-Leste ficou sob a administração das Nações Unidas até o resultado do referendo. O referendo resultou no apoio de 78,5% da população querendo a independência do país e em 20 de maio de 2002 eles conseguiram.