Nel 1809 divampò una rivolta popolare, capeggiata da Andreas Hofer con la collaborazione di padre Joachim Haspinger e dell'oste Peter Mayr, che, dopo sanguinose battaglia, inizialmente vinte dai tirolesi (famose le battaglie del Bergisel nei pressi di Innsbruck, presso la Chiusa di Lienz, presso la "Pontlatzer Brücke" nell'alta valle dell'Eno e in Alta Val d'Isarco presso la "stretta dei Sassoni"), fu soffocata dalle truppe comandate dal generale bavarese Carl Philipp von Wrede. Hofer era uno dei tre rappresentanti tirolesi che nel gennaio 1809 si erano recati a Vienna per prendere accordi sull'insurrezione. Diverse furono le ordinanze hoferiane che miravano ad un ripristino dello stato precedente al 1805; alcuni segnali provenienti da Vienna sembravano confermare la legittimità del governo provvisorio ma anche le speranze della popolazione per un ritorno all'Austria. Il 29 settembre Hofer ricevette da parte dell'imperatore una collana d'onore e un po' di soldi per il Tirolo.