Figlio dell'ingegnere marittimo Jean-Charles Rigault e nipote, per parte di madre, dell'ammiraglio Claude Mithon de Senneville de Genouilly, distintosi durante la guerra d'indipendenza americana, Charles Rigault de Genouilly entrò nel 1825 all'École polytechnique; due anni dopo entrò nella Marina e fu imbarcato come aspirante di 1ª classe sulla fregata "Fleur de Lys". Partecipò alla guerra d'indipendenza greca, all'invasione di Algeri e, dopo la rivoluzione di Luglio, alla guerra civile portoghese; a seguito dei moti italiani del 1830-1831 fu il primo soldato francese a superare i bastioni e ad entrare nella Cittadella di Ancona il 22 febbraio 1832.