Zwei Schleusen am Anfang und Ende des Alsterfleets regeln den Pegelstand der Alster und ermöglichen den Schiffsverkehr zwischen Alster und Elbe: Die Rathausschleuse unter der Schleusenbrücke (zwischen Rathausmarkt und Poststraße) und die Schaartorschleuse unter der Schaartorbrücke. Letztere ist Teil der Deichverteidigungslinie und wurde zum Schutz der Hamburger Innenstadt nach der Sturmflut 1962 angelegt. Um die Alster auch bei Elbhochwasser entwässern zu können, wurden hier drei Pumpen installiert, die pro Stunde bis zu 130.000 Kubikmeter Wasser von der Alster in die Elbe fördern können.