Em perdeu seu derradeiro campeonato para Fernando Alonso, numa disputa acirrada com o espanhol, que mostrou que assim como Schumacher era um piloto muito rápido, constante e com raros erros naquela temporada. Superou a marca de "pole positions" de Senna e protagonizou, no Grande Prêmio de Mônaco, mais um acontecimento polêmico em sua carreira. Michael Schumacher parou sua Ferrari na saída da curva "Rascasse", provocando uma bandeira amarela no local e prejudicando teoricamente a volta de seu principal adversário, o espanhol Fernando Alonso. Apesar de conquistar a pole-position, os comissários decidiram, após quase oito horas de reunião e análise, que ele deveria ser punido, largando da última posição. Esta Punição foi rebatida pelo chefe de equipe Jean Todt que alegou ter sido imposta sem qualquer evidencia real e apesar da telemetria do seu carro mostrar claramente que ele havia feito aquilo de propósito. Na prova de Mônaco de 2007 este mesmo incidente gerou nova discussão após o também piloto da Ferrari, Kimi Raikkonen, ter ficado preso no mesmo ponto do circuito, ainda que neste caso o carro tenha sido danificado na curva anterior. Apesar da punição, no dia seguinte conseguiria acabar a corrida em quinto lugar em uma de suas mais impressionantes performances. Sua última corrida foi no Grande Prêmio do Brasil, realizado em Interlagos, São Paulo, em 22 de Outubro de 2006. Apesar de ter tido vários problemas com sua Ferrari, o alemão fez questão de brindar todos os fãs de Fórmula 1 com uma das suas mais inesquecíveis corridas, realizando uma série de brilhantes ultrapassagens que o levaram a um quarto lugar final. Michael Schumacher se aposentou da Fórmula 1 conquistando praticamente todos os mais importantes recordes da categoria.