Sukarno pasó de la democracia hacia el autoritarismo y mantuvo su poder a base del constante enfrentamiento entre las fuerzas armadas y el Partido Comunista de Indonesia (PKI). El 30 de septiembre de 1965, un intento de golpe de Estado fue contrarrestado por el ejército, quien dirigió una violenta campaña anticomunista, durante el cual se atribuyó al PKI el intento de golpe de estado y el partido fue disuelto. Entre 500 000 y un millón de personas fueron asesinadas durante estos enfrentamientos. El jefe del ejército, el general Suharto, suplantó al ya debilitado Sukarno y en marzo de 1968 fue nombrado formalmente presidente. La administración del "nuevo orden" fue apoyada por el gobierno de Estados Unidos, y alentó a la inversión extranjera directa en el país, un factor importante para el crecimiento económico en las tres décadas posteriores. Sin embargo, el "nuevo orden" autoritario fue ampliamente acusado de corrupción y represión violenta de la oposición política.