בגיל 16 הצטרף ארנן להגנה. כעבור שנתיים, עם פרוץ המאורעות בירושלים בשנת 1948, עבר קורס מ"כים, הוצב בגדוד מוריה של חטיבת עציוני של החי"ש, והשתתף בקרבות במרבית הגזרות בירושלים. הוא לחם בעטרות, בנווה יעקב, בשייח' ג'ראח ובימין משה ונפצע קל בניסיון לפרוץ לעיר העתיקה דרך שער יפו. השתתף בארגון השיירות לשכונות הספר של העיר ובמבצעי נחשון ומכבי לפריצת הדרך לירושלים הנצורה.