Od I wieku n.e. istniało tu państwo Indusów. W XIII wieku teren wyspy zajmowały liczne państewka muzułmańskie. W 1521 roku na Borneo osiedlili się Portugalczycy, wyparci następnie przez Holendrów. W 1847 roku wyspę częściowo zajęli Brytyjczycy, tworząc na pobliskiej wysepce Labuan swoją bazę. W czasie II wojny światowej, w marcu 1942 roku, wyspa została zajęta przez Japończyków. Obecnie była holenderska część wyspy to tereny indonezyjskie, a była brytyjska – malezyjskie. W grudniu 1962 roku powstała Narodowa Armia Północnego Borneo (która miała prawdopodobnie wsparcie materialne Indonezji) i przeprowadził pucz w celu obalenia sułtana – zwolennika przystąpienia do Federacji Malezyjskiej. Sułtan wezwał na pomoc Brytyjczyków stacjonujących w Singapurze i powstanie zostało szybko stłumione, a lewicowa Partia Ludowa powiązana z rebeliantami rozwiązana. Mimo likwidacji Narodowej Armii Północnego Borneo, w latach 60. na wyspie działała lewicowa partyzantka walcząca z siłami malezyjskimi i promalezyjskimi. Partyzantka wspierana była przez rząd Indonezji. W latach 1963–1966 na wyspie toczyły się działania zbrojne spowodowane konfrontacją indonezyjsko-malezyjską.