В 1656 году, когда к Риге со стороны Коброншанца подступает русское войско царя Алексея Михайловича, начинается обстрел города, в результате которого в Яковлевскую церковь попадает несколько снарядов, два из которых в память об осаде Риги были вмурованы в центральный фасад, а ещё два — в алтарную часть церкви. Позже осадившие город отступили, поскольку идея взятия города измором провалилась по причине подоспевшей со стороны Рижского залива военной помощи, вовремя обеспеченной королём Карлом X Густавом, а также из-за плохой погоды и мародёрства пригородных крестьян, систематически грабивших русские подводы.