Bei den Bundestagswahlen 2005 und 2009 erreichte Aigner die meisten Erststimmen unter den deutschen Bundestagskandidatinnen. Zur Bundestagswahl 2013 trat sie nicht wieder an. Sie wechselte wieder in die bayerische Landespolitik und kandidierte bei der Landtagswahl in Bayern am 15. September 2013 und am 14. Oktober 2018 erfolgreich im Stimmkreis Miesbach.