Aguilar begon in 2002 zijn carrière bij Pachuca, waardoor hij na twee jaar verhuurd werd aan Indios voor de duur van twee seizoenen. In 2006 werd hij doorgeschoven naar het eerste elftal en op 6 augustus debuteerde hij tegen Cruz Azul (2–3 nederlaag). Hij speelde de gehele wedstrijd mee en scoorde tien minuten na de rust de 2–2. In 2007, 2008 ("als CONCACAF Champions Cup") en &lt;a href="CONCACAF%20Champions%20League%202009/10"&gt;2009/10&lt;/a&gt; won Aguilar met Pachuca de CONCACAF Champions League. In 2008 en 2010 nam Aguilar met Pachuca deel aan het FIFA WK voor clubs. Tevens won Aguilar met Pachuca, als enige Mexicaanse club ooit, de CONMEBOL Sudamericana. Op 23 mei 2011 werd de verdediger verkocht aan Club América. Hij debuteerde voor die club op 31 juli 2011, toen er met 1–1 gelijk werd gespeeld tegen Deportivo Toluca. Op 26 mei 2013 won Aguilar zijn eerste titel met América, toen in de beslissende wedstrijd gewonnen werd van Cruz Azul. Een jaar later, op 26 maart 2014, verlengde de rechtsback zijn verbintenis tot 2016. Hij had eerder al aangegeven zijn carrière te willen afsluiten bij América. Dit deed hij niet, want in januari 2021 verliet hij América. Zijn periode bij América was zeer succesvol, met onder anderen twee CONCACAF Champions League-titels. Een half jaar later werd Juárez zijn nieuwe club.