Berbera on historiallisesti ollut kiinteämmissä yhteyksissä Intian valtameren rannikon kaupunkeihin, kuin Somalian sisämaahan. Sen kautta kulki kauppaa Etiopian, Arabian, Persianlahden ja Jemenin alueilta Intian valtamerelle. Berbera on saattanut olla osa muinaisten egyptiläisten tuntemaa Puntmaata. Antiikin kreikkalaiset tunsivat kaupungin nimellä "Malo". Antiikin aikojen jälkeisinä vuosisatoina Berberan pohjoispuolelta Arabiasta tuli useita muuttoaaltoja ja näiden muuttajien sekoittuminen paikallisiin loi nykyisen somalien kansan. Somaleista tuli tärkeä alueellinen voimatekijä Adalin sulttaanikunnan perustamisen myötä 1300–luvulla. Adal valloitti suuren osan Afrikan sarvea, mukaan lukien Berberan. Kaupunki liikkui ilmeisesti jonkin verran länteen alkuperäiseltä paikaltaan, sulauttaen itseensä Bandar Abbasin kylän. Etiopian–Adalin sodan aikana etiopialaiset tuhosivat kaupungin vuonna 1513.