לאחר כיבוש יוגוסלביה על ידי גרמניה הנאצית, סופח האזור להונגריה. בשלהי ינואר 1942 ערכו חיילים הונגרים בסיוע בני הפולקסדויטשה פוגרום בבצ'יי כחלק מהטבח בדרום באצ'קה ובו נרצחו 110 יהודים וכן 102 אזרחים ממוצא סרבי. בהמשך, הובלו שאר בני הקהילה למחנות ההשמדה במקביל להשמדת יהדות הונגריה. הניצולים המעטים עלו לישראל והקהילה לא חידשה את פעילותה. ב-1963 נהרס מבנה בית הכנסת. בראשית המאה ה-21, עדיין קיים היה בית העלמין היהודי בשטח העיר, ובו כ-200 מצבות ומהן כשליש שבורות. בית העלמין הוקף בחומת אבן.