Né dans le de Paris de parents castillans, Juan Gomez grandit avec les sonorités de la radio espagnole puis des radios libres. Il rêve dès l'enfance d'en faire son métier. Il fait ses débuts, à 19 ans comme standardiste à l'émission "le téléphone sonne" de France Inter en 1990, il est alors repéré par le producteur de l'émission. Il devient ensuite pigiste pour France Inter. En 1992, à l'occasion de l'Exposition Universelle de Séville et des jeux olympiques de Barcelone, Juan Gomez fait valoir son bilinguisme français-espagnol et commence à travailler pour RFI. Il est régulièrement sollicité pour coanimer l'émission Génération 90, après que celle-ci ait diffusé un de ses reportages. Lorsque le présentateur principal de ladite émission, Franck Mathiau, devient Directeur de l'Antenne de RFI, il le remplace. Il a alors 23 ans. Il animera ensuite Visiteur de la nuit, un programme sur l'Europe. En 1996, RFI, voulant une émission interactive dans laquelle les auditeurs pourraient poser des questions aux journalistes de la radio, lance Appels sur l'actualité, que Juan Gomez est chargé de présenter. Le succès est immédiat et l'émission, une des seules structures de débat ouvert à toute la Francophonie, devient emblématique de la station. Faisant de Juan Gomez un des journalistes les plus appréciés du public de RFI, notamment en Afrique.