Im Dezember 1861 zog er als Freiwilliger in den Bürgerkrieg und war zunächst Major im 76. Infanterieregiment von Ohio. Er war Teilnehmer zahlreicher auf dem westlichen Kriegsschauplatz ausgetragener Konflikte, darunter der Schlacht um Fort Donelson, dem Ersten Schlacht um Corinth und der Schlacht um Vicksburg. Im Jahr 1863 wurde Warner zum Oberstleutnant befördert und zum stellvertretenden Kommandeur seines Regiments ernannt, das von Vicksburg nach Chattanooga versetzt wurde. Als Generalinspekteur im Stab von General William T. Sherman kämpfte Warner im Atlanta-Feldzug und wurde im Oktober 1864 Kommandeur des 108. Ohio-Infanterie-Regiments. Wenige Wochen später folgte die Beförderung zum Brigadegeneral, im Frühjahr 1865 erhielt Warner den Brevet-Rang eines Generalmajors. Im Juli 1865 musterte Warner schließlich ab. Er begann sich politisch zu engagieren und gehörte für zwei Sitzungsperioden dem Senat von Ohio an.