Senza assegnazione dopo la pace di Amiens, fu destinato nel dicembre 1801 alla spedizione di Santo Domingo, comandata dal generale di divisione Leclerc, cognato del Primo console Napoleone Bonaparte. Fressinet fu assegnato, nel febbraio-marzo 1802, alla divisione del generale di divisione Jean-François Joseph Debelle, poi, in agosto, a quella del generale Jean Boudet. Fu lui che ebbe l'incarico di concludere con i generali haitiani Henri Christophe e Toussaint Louverture il negoziato che portò poi alla loro sottomissione.