Trần Công Minh được gọi vào đội tuyển quốc gia lần đầu tiên vào năm 1995 để chuẩn bị cho SEA Games 18. Tại Sea Games này, ông chia sẻ vị trí hậu vệ phải với hậu vệ Nguyễn Chí Bảo (Công an TP.HCM). Trong trận đấu cuối cùng của vòng bảng gặp Indonesia, chính nỗ lực dốc bóng lăn xả của ông đã tạo cơ hội để tiền vệ Nguyễn Hữu Đang đệm bóng ghi bàn thắng quyết định của trận đấu, loại đội tuyển chủ nhà Indonesia, đồng thời đem lại chiếc vé vào bán kết cho đội tuyển Việt Nam.