Kek siirtyi 2006 Slovenian alle 15- ja 16-vuotiaiden maajoukkuevalmentajaksi. Tammikuussa 2007 hän nousi Slovenian A-maajoukkueen peräsimeen Branko Oblakin potkujen jälkeen. Kek luotsasi Slovenian EM2008-karsinnoissa lopulta karsintalohkon toiseksi viimeiseksi. Eroa lohkon neloseen Valko-Venäjään jäi vain kaksi pistettä.