Hamm vào học tại Đại học Bắc Carolina, Chapel Hill, nơi cô giúp đội Tar Heels giành bốn chức vô địch bóng đá nữ của National Collegiate Athletic Association (NCAA) trong 5 năm (cô không thi đấu năm 1991 để tập trung thi đấu Giải vô địch bóng đá nữ thế giới 1991 ở Trung Quốc). Tar Heels chỉ thua một tổng số 95 trận có Mia Hamm trong đội hình. Cô có tên trong danh sách cầu thủ của năm toàn nước Mỹ và của Atlantic Coast Conference (ACC) trong ba năm cuối đại học. Cô cũng giành giải Vận động viên nữ của năm của ACC vào năm 1993 và 1994.