In den nächsten Jahren arbeitete Bobola als Superior des Jesuitenklosters in Babrujsk und später bis 1642 als Prediger in Warschau, Płock und Łomża. 1652 ging er nach Pinsk, wo er schon früher, 1642 bis 1646, tätig gewesen war. Als feuriger Prediger bekannt, versuchte er die dortigen Orthodoxen zum Katholizismus zu bekehren. Bobola wurde 1657, während des Chmelnyzkyj-Aufstandes, von den Kosaken in Janów Poleski ermordet.