De grote stadsbranden van Kopenhagen van 1728 en 1795 lieten Holmen's Kerk ongemoeid en de bombardementen in 1659 en 1807 veroorzaakten slechts lichte schade aan het gebouw. De kerk bevindt zich dus grotendeels nog in oorspronkelijke staat. In een plint aan de noordzijde van het koor is overigens nog een kanonskogel zichtbaar, mogelijk van een Zweedse aanval in 1658.