Зі збірною Німеччини до 20 років Керн поїхав на молодіжний чемпіонат світу 1999 року в Нігерії, де зробив хет-трик у матчі групового етапу з Парагваєм (4:0), але його команда поступилась наступні дві гри і сенсаційно не вийшла з групи.