ในช่วงเริ่มต้นฤดูกาล 2016–17 ผู้จัดการทีมคนใหม่ เปเตอร์ โบส ใส่ชื่อฟัน เดอ เบก ในทีมอายักซ์สำหรับการแข่งขันยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก รอบคัดเลือก นัดที่พบกับปาโอกจากกรีซ ด้วยเหตุผลสองประการที่ว่า โบสประทับใจในการเล่นของฟัน เดอ เบก ในเกมกระชับมิตรก่อนเปิดฤดูกาลที่ออสเตรีย ประกอบกับรีเชดลี บาซูร์ ได้รับบาดเจ็บ และแนมาญา กูแดลย์ ถูกแบนจากการลงเล่น วันที่ 26 กรกฎาคม เขาลงเล่นเป็นตัวจริงครั้งแรกในแชมเปียนส์ลีกในนัดที่เสมอกับปาโอก 1–1 ขณะที่เล่นให้กับทีมสำรองระหว่างฤดูกาล เขากับอับเดอลัก นูรี เป็นเพียงสองผู้เล่นที่ได้คะแนนเฉลี่ยมากกว่า 7 จากการให้คะแนนโดย "ฟุตบัลอินเตอร์นาโชนัล" ในเดือนพฤศจิกายน เขามีชื่อติดทีมยอดเยี่ยมประจำสัปดาห์ของยูฟ่ายูโรปาลีก จากผลงานของเขาในนัดที่พบกับปานาซีไนโกส เขาเป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มกองกลางสามคนร่วมกับนูรีและแลสเซอ เชอเนอ ในเดือนเมษายน ค.ศ. 2017 "เดลีเอ็กซ์เพรส" รายงานว่าบาร์เซโลนาและไบเอิร์นมิวนิกกำลังติดตามผลงานของฟัน เดอ เบก เขาลงเล่นแทนที่เชินในนาทีที่ 70 ของยูฟ่ายูโรปาลีก นัดชิงชนะเลิศ ที่อายักซ์พ่ายแพ้ต่อแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด 2–0