Mit Beginn der Reformation begann ab den Truchsessischen Wirren mit der Eroberung von Rheinberg 1583 durch Graf Adolf von Neuenahr für die Katholische Kirche im Ort eine lange Phase der Unterdrückung, die mit diversen kurzzeitigen Unterbrechungen (Belagerung von Rheinberg im Jahre 1597 durch Moritz von Oranien) bis zur Rückeroberung von Rheinberg 1702 durch die Preußen und deren Abzug 1715 im Spanischen Erbfolgekrieges dauerte. Als 1606 die Spanier unter General Spinola die Hollander aus Rheinberg vertrieben, konnten die Kapuziner als vierter Orden ein Kloster im Ort errichten. Die Klöster wurden bis auf das vom Deutschen Orden 1802 säkularisiert. Letzterer gab 1809 seine Niederlassung in Rheinberg unter dem letzten Komtur für „Traar und Rheinberg“, „Karl Leopold Freiherr von Kerpen“, entsprechend einem Dekret zur Aufhebung von Napoleon vom 24. April 1809, auf.