Tijdens de Meidagen van 1940 vocht Beek als reserve-majoor der Infanterie in de Slag om de Grebbeberg. Na de capitulatie werd hij lid van de verzetsorganisatie Legioen Oud-Frontstrijders (LOF), die in 1941 opging in de Ordedienst (OD). In mei van dat jaar werd hij in het kader van anti-joodse maatregelen van de bezetter ontslagen bij De Bijenkorf.