З липня 1942 року — заступник командира окремого авіаційного полку особливого призначення ВПС РСЧА, а з жовтня того ж року — заступник командира 2-ї окремої авіаційної дивізії особливого призначення ВПС РСЧА. На цій посаді у період з 29 січня по 15 лютого 1945 року підполковник А. А. Заяць був відповідальним командиром за забезпечення транспортною авіацією урядових завдань, пов'язаних з проведенням Кримської конференції глав трьох держав.