Durant la guerra civil, la sanitat naval va quedar molt dividida en estructures i personal. Pocs oficials van quedar a la zona republicana, de forma que els metges encarregats de tasques administratives del Ministeri de Marina de Madrid van ser destinats a Cartagena. Es pot destacar la tasca d'alguns vaixells hospital i de l'Hospital de Marina de Cartagena, en especial la del cap de la Clínica Quirúrgica Rafael Abengoechea Laita (1888-1963). El vaixell de la Companyia Transatlàntica "Marqués de Comillas", ben reformat per dos metges de l'Aeronàutica Naval de Barcelona –ubicada a l'aeròdrom d'El Prat– i amb personal sanitari civil i militar competent, va assistir i evacuar més de 500 ferits de l'expedició a Mallorca del capità Bayo. A aquesta expedició es van destinar uns 30 metges, 25 estudiants dels dos darrers cursos de medicina i 30 infermeres (algunes, monges dissimulades sota vestimenta seglar). Mancaren ambulàncies i bots per traslladar els ferits al vaixell, que, malgrat la protecció de la Creu Roja, fou bombardejat el 18 d'agost.