Als am 22. Juni 1941 der Krieg gegen die Sowjetunion begann, stand Küblers XXXXIX. Gebirgs-Armeekorps (1. Gebirgs-Division, 68. Infanterie-Division, 257. Infanterie-Division und später 4. Gebirgs-Division) im Verband der Heeresgruppe Süd. Nach den Grenzkämpfen war es Küblers Korps, welches Lemberg am 30. Juni erneut einnahm. Dort hatte der NKWD tausende politischer Gefangener ermordet, woraufhin es in der ukrainischen Stadt in den folgenden Tagen zu einem Pogrom gegen die lokale jüdische Bevölkerung kam (vergleiche Hubert Lanz). Diese Ereignisse fanden in Küblers Verantwortungsbereich statt, ohne dass dieser gegen die Ausschreitungen vorging. In den nächsten Wochen durchbrach das Korps die Stalin-Linie und eroberte Winnyzja. Danach spielte Küblers Verband eine entscheidende Rolle in der Kesselschlacht bei Uman im Juli/August 1941. Kübler bemerkte später im Kreis von Angehörigen seines Stabes: „Diese Schlacht war die Krönung meines militärischen Lebens. Etwas größeres kann nicht mehr nachkommen.“ Danach marschierte das Korps durch die Nogaische Steppe und in das Donez-Becken, wo es am 21. Oktober 1941 Stalino eroberte. Im November/Dezember wurde es jedoch von den sowjetischen Truppen am Mius in die Verteidigung gezwungen.