Το αποικιακό Βίντχουκ ιδρύθηκε στις 18 Οκτωβρίου 1890, όταν ο φον Φρανσουά έθεσε την πέτρα θεμελίωσης του οχυρού, το οποίο είναι πλέον γνωστό ως Alte Feste (Παλαιό Φρούριο). Από το 1904 έως το 1907, οι φυλές των Χερέρο και Νάμα επαναστάτησαν ενάντια στη βίαιη γερμανική αποικιοκρατία. Η σκληρότατη αντίδραση των γερμανών κατακτητών οδήγησε σε αυτό, που αργότερα ονομάστηκε «πρώτη γενοκτονία του εικοστού αιώνα», καθώς κυβερνητικοί αξιωματούχοι διέταξαν την εξαφάνιση των ιθαγενών. Στη γενοκτονία των Χερέρο και των Νάμα, οι Γερμανοί σκότωσαν συστηματικά 10.000 Νάμα (το ήμισυ του πληθυσμού) και περίπου 65.000 Χερέρο (περίπου το 80% του πληθυσμού). Μετά το 1907, η ανάπτυξη επιταχύνθηκε καθώς οι αυτόχθονες μετανάστευαν από την ύπαιθρο στην αναπτυσσόμενη πόλη για να αναζητήσουν εργασία. Περισσότεροι Ευρωπαίοι έποικοι έφθασαν από τη Γερμανία και τη Νότια Αφρική. Επιχειρήσεις ανεγέρθηκαν στην οδό Κάιζερ (επί του παρόντος Λεωφόρος Ανεξαρτησίας), και κατά μήκος της κυριαρχούσας κορυφογραμμής του βουνού πάνω από την πόλη. Αυτή την περίοδο χτίστηκαν και τα τρία κάστρα του Βίντχουκ, το Χάινιτσμπουργκ, το Ζάντερμπουργκ και το Σβέρινσμπουργκ.