1 февраля 1942 года был переведён в лагерь уничтожения Освенцим на должность начальника III отдела главного корпуса Освенцим I (), где оставался до 16 августа 1943 года. Именно в это время концлагерь Освенцим заработал репутацию наиболее жестокого места обращения с заключёнными. 19 марта 1942 года по приказу Аумайера у стены казни были расстреляны 144 женщины. 27 май 1942 года он руководил аналогичным расстрелом 168 заключенных. В период с мая по июнь 1943 года был вызван обергруппенфюрером СС Фридрихом Ёккельном для прохождения службы в строительной бригаде СС 5-го танкового корпуса. Это подразделение отвечало за строительство укреплений в районе Ораниенбаум-Ленинград под руководством Организации Тодта.