В 1672 году Роберт Холмс получает указание напасть со своей портсмутской эскадрой на морской караван голландских торговых судов, следовавших под охраной на родину. В завязавшейся при этом битве англичане понесли от «торговцев» неожиданно серьёзные потери, добыча же оказалась незначительной. Через несколько дней после этого было объявлено о новой, Третьей англо-голландской войне. В ней Роберт Холмс, не получив эскадры, участвует командующим своим кораблём в морской битве при Солебее. Битва эта была жесточайшей, стоившей жизни многим друзьям адмирала. После окончания военных действий в 1672 году Роберт Холмс, несмотря на многочисленные представления своих влиятельных друзей (в том числе принца Рупрехта) был отстранён от командования в военно-морских силах. В то же время он получил от короля Карла в подарок многочисленные земельные владения как в Англии, так и в Ирландии. В должности губернатора острова Уайт много внимания уделял укреплению крепостей на острове.