Zgodnji del zgodovine samostana se je končal približno konec prve četrtine 13. stoletja zaradi stalnih napadov piratov in posledic četrte križarske vojne, ki je zadala strahoten udarec celemu Bizantinskemu cesarstvu. Opustošeni samostan je naprej prišel pod upravo atoškega pirorja, nato pod upravo samostana Kutlumuš in zatem samostana Filotej. Deloval je kot skit. Leta 1533 so menihi iz Filoteja prodali Stavronikito Gregoriju Giromeriatisu, opatu samostana v Tesprotiji. Leta 1536 je z odlokom patriarha Jeremije I. dobil prvotni status atoškega samostana in s posvetitvijo postal dvajseti in zadnji v hierarhiji dvajsetih atoških samostanov.