Nach der Entlassung aus britischer Kriegsgefangenschaft kam er 1946 als wissenschaftlicher Assistent an die Universität Hamburg, wo er sich bei Rudolf von Laun auf "Internationales Recht" und als Referent für das sogenannte "Ostrecht" ("Osteuropäisches Recht") spezialisierte. Zwischen 1947 und 1953 arbeitete er an der "Forschungsstelle für Völkerrecht und ausländisches öffentliches Recht" der Universität. Er war am Wiederaufbau der deutschen Osteuropaforschung nach dem Zweiten Weltkrieg wesentlich beteiligt. Von 1953 bis 1959 stand Meissner in Diensten des Auswärtigen Amts. Als Leiter des "Referats Sowjetunion" gehörte er den Beobachter-Delegationen der Bundesregierung bei den Konferenzen von Berlin im Februar 1954 und Genf im Juli und November 1955 an und begleitete als mehrsprachiger Diplomat Konrad Adenauer 1955 bei seinen Verhandlungen mit Chruschtschow über die Rückkehr der deutschen Kriegsgefangenen. Im Frühjahr 1956 wurde er Gesandtschaftsrat an der deutschen Botschaft in Moskau.