Woumen werd voor het eerst vermeld in 1096, als "Walnes". Voordien heeft er waarschijnlijk al een houten kerkje gestaan. Ene "Wouter van Woumen" zou deelgenomen hebben aan de Eerste Kruistocht. In 1139 werd voor het eerst melding gemaakt van de kerk van Woumen. Omstreeks 1189 betwistte ene "Boudewijn van Woumen" het tiendrecht, dat in handen was van de Abdij van Corbie. Woumen vormde een ambacht binnen het Brugse Vrije. In 1488 werd de plaats verwoest door de troepen van Maximiliaan, als vergelding voor de Vlaamse Opstand tegen Maximiliaan. Ook in 1583 werd de kerk "gedestrueert ende verbrandt", nu door de Calvinisten.