그러나 1979년에 사담 후세인 정권을 장악한데 이어 1980년에 일어난 이란-이라크전쟁이 일어나면서 활동이 위축이 되면서 일부 국제선이 운항이 중단되고 말았다. 거기에 이란-이라크 전쟁 종결 이후 1988년에는 국제선 운항을 본격 재개했지만 불과 2년 후인 1990년에 이라크가 이웃 쿠웨이트 침공으로 국제 사회의 반발로 대부분의 국제선 운항이 중단 되었다. 당시 쿠웨이트 항공이 운항하던 보잉 767 기종을 쿠웨이트 국제공항에서 약탈 했으며 이후 외국 제품을 구입해 자사의 기종에 통합했다.