Thomas urodził się w miejscowości Newsom’s Depot w hrabstwie Southampton, w pobliżu granicy z Karoliną Północną. W roku 1831 Thomas, jego siostry i owdowiała matka zostali zmuszeni do ucieczki z domu i ukrycia się w lasach wobec wybuchu powstania niewolników pod wodzą Nata Turnera. Zgodnie z obowiązującym w Wirginii prawem edukacja niewolników była nielegalna, ale Thomas nauczył swych piętnastu niewolników czytać. Po ukończeniu w roku 1840 Akademii Wojskowej Stanów Zjednoczonych służył jako młodszy oficer w wojnie z Seminolami na Florydzie (1841) i w wojnie amerykańsko-meksykańskiej, biorąc udział w bitwach o Fort Brown, pod Resaca de la Palma, Monterrey i Buena Vista i odbierając trzykrotnie pochwały za wyjątkową waleczność. W latach 1851–1854 był instruktorem w West Point. W roku 1855 otrzymał awans na majora i przydział do 2. pułku kawalerii (później przemianowanego na 5. pułk) z rąk Jeffersona Davisa, w tym czasie sekretarza wojny. 26 sierpnia 1860 roku, w czasie potyczki z Komanczami nad rzeką Brazos w Teksasie, Thomas został zraniony strzałą, która przeszła przez fałdę skórną koło podbródka i utkwiła w piersi. Thomas sam wyciągnął strzałę i gdy chirurg zaszył ranę, wrócił do boju.