O "Bellerophon" regressou a águas europeias com a retomada das guerras com a França, juntando-se a uma frota sob o comando do vice-almirante Cuthbert Collingwood que estava num bloqueio a Cádis. A frota reforçada, comandada então por Horatio Nelson, atacou a força conjunta franco-espanhola. Na Batalha de Trafalgar, a 21 de Outubro, o "Bellerophon" teve um difícil confronto contras os navios franceses e espanhóis, sofrendo pesadas baixas incluindo a morte do seu capitão, John Cooke. Depois de ser reparado, o "Bellerophon" partiu para participar no bloqueio das frotas inimigas do Canal da Mancha e do Mar do Norte. Em 1809, zarpou para o Báltico para efectuar ataques aos navios russos e, em 1810, partiu, de novo, para a costa francesa, para participar em acções de bloqueio aos seus portos. Entre 1813 e 1814, prestou serviço de escolta a comboios na América do Norte, e em 1815 recebeu uma comissão para bloquear o porto atlântico francês de Rochefort. Em Julho de 1815, derrotado em Waterloo, e procurando fugir para a América através do bloqueio pelo "Bellerophon", Napoleão subiu a bordo "do navio que o perseguiu durante vinte anos" para, finalmente, se render aos britânicos. Foi o último serviço marítimo do "Bellerophon". Quando saiu do serviço activo, foi convertido em navio-prisão em 1815, e o seu nome alterado para "Captivity" em 1824, para ceder a sua designação a outro navio. Seguiu para Plymouth em 1826, onde se manteve ao serviço até 1834, quando os últimos presos saíram. O Almirantado deu ordem para ser vendido em 1836, e posteriormente desmantelado.