Iniciado el gobierno presidencial de Piérola en plena Guerra del Pacífico fue nombrado coronel del Ejército de Reserva y luego jefe de estado mayor del Ejército del Norte. Hizo una arriesgada visita al interior de Bolivia para estudiar la posibilidad de una ofensiva sobre el territorio chileno, que consideró practicable. Participó en la defensa de Lima, batiéndose con valor en el Morro Solar, el 13 de enero de 1881, y causando tantas bajas en el Ejército de Chile, que impresionó a los mismos chilenos, al punto que los invasores le perdonaron la vida. Herido levemente en batalla fue tomado prisionero, siendo trasladado a Chile.