De 1943 jusqu'en 1944, Schellenberg est responsable du contre-espionnage et des affaires internationales du SD en remplacement de Jost, et coordonne les activités de ces agents. Grâce à sa pénétration de l'organisation diplomatique des nazis, il gère l'affaire Cicéro et remet à Hitler les plans du débarquement en Normandie. En France son bras armé est le sinistre Helmut Knochen qui démantelait grâce à la torture la plus brutale les réseaux de résistance et, appuyé jusqu'en de Théo Dannecker, un autre de ses sbires du SD chargé des questions juives, faisait pression sur la police française pour l'application de la politique antisémite des nazis, ne rendait de comptes directement qu'à Schellenberg lui-même et au "SS-Brigadeführer" Carl Oberg. En Europe de l'Est Schellenberg avait comme agent, d'abord en Autriche puis en Hongrie Wilhelm Höttl, qui travaillera pendant quelques années pour les Américains après la guerre. Otto Skorzeny, l'officier SS qui délivrera Mussolini au Gran Sasso dirige son service de commandos.