Nel 1990 diventò responsabile delle nazionali giovanili svedesi, incarico che mantenne fino al 1995: in questi anni ebbe modo di apprezzare il talento del giovane Fredrik Ljungberg. Successivamente diventò l'allenatore della Nazionale B per due stagioni, prima di essere promosso a vice-allenatore della prima squadra nel 1998 a fianco a Tommy Söderberg. Dopo Euro 2000, Lagerbäck (soprannominato "Lasse") affiancò lo stesso Söderberg alla guida tecnica della squadra: sotto la loro guida, la si qualificò per i Mondiali di calcio Giappone-Corea del Sud 2002 e per il Campionato europeo di calcio 2004.