Bei der EM-Endrunde 2013 gehörte Bogdanović nunmehr auch einem Endrundenkader der Herren-Nationalmannschaft an, mit der er den Gruppensieg in der Zwischenrunde erreichen konnte, als der gerade 21-Jährige in allen Zwischenrundenspielen zweistellig punkten konnte. Im Viertelfinale blieb Bogdanović jedoch blass und erziele nur zwei Punkte durch Freiwürfe, als man dem schwach ins Turnier gestarteten Titelverteidiger Spanien mit 30 Punkten Unterschied deutlich unterlag. In den Platzierungsspielen rettete die serbische Auswahl den siebten Platz, der der letzte europäische Startplatz bei der WM-Endrunde im folgenden Jahr war, nachdem WM-Gastgeber Spanien die Bronzemedaille gewann.