Sau cuộc đảo chính ở Chile năm 1973, tướng Augusto Pinochet lên nắm quyền. Sepúlveda đã bị bỏ tù hai năm rưỡi, sau đó được phóng thích có điều kiện nhờ vào nỗ lực của Tổ chức Ân xá Quốc tế chi nhánh Đức và bị quản thúc tại gia.