В 1942 году епископ Горазд и несколько клириков за укрывательство убийц Рейнхарда Гейдриха были расстреляны. Чешская православная церковь была запрещена, её имущество конфисковано, храмы закрыты, духовенство подвергнуто арестам и заключениям.