5 maja 1942, w związku z coraz aktywniejszą działalnością francuskiego Ruchu Oporu, został skierowany na nowo utworzone stanowisko Wyższego Dowódcy SS i Policji we Francji (na miejsce dotarł 12 maja). Jest jednym z odpowiedzialnych za brutalny terror wymierzony w społeczeństwo francuskie i bojowników Ruchu Oporu oraz zarządzenia dyskryminujące miejscową ludność żydowską (w tym za obowiązek noszenia opaski z żółtą gwiazdą Dawida), a następnie za deportację ok. 75 tysięcy Żydów francuskich do obozów zagłady (przeżyło z nich jedynie kilka tysięcy). Urzędującemu w Paryżu przy 57 boulevard Lannes Obergowi podlegały wszystkie komendantury Sipo-SD i Ordnungspolizei na terenach okupowanej Francji (jego wpływy wzrosły w listopadzie 1942 po zajęciu wolnej strefy). W walce z francuskim podziemiem wydał rozporządzenie uderzające w krewnych zidentyfikowanych bojowników: mężczyźni powyżej 18 roku życia mieli być rozstrzelani, a kobiety deportowane, dzieci natomiast powierzane reedukatorom. Do walki z oddziałami maquis delegował pułki Orpo i policji SS. 20 lipca 1944 razem z dowódcą Sipo-SD we Francji SS-Staf dr Helmutem Knochenem został aresztowany przez uczestników spisku na życie Hitlera, obaj zostali wypuszczeni tego samego dnia po stłumieniu buntu.