Atakowi Niemiec na ZSRR od początku towarzyszyły zbrodnie na Żydach, aczkolwiek początkowo nie wydano w tym celu jasnych rozkazów. Zadaniem Einsatzgruppen otrzymanym przed rozpoczęciem wojny było „oczyszczanie” terenu z sowieckich funkcjonariuszy i „elementów radykalnych”. Jednak powszechne utożsamianie Żydów z komunizmem przez funkcjonariuszy niemieckich spowodowało, że zabijanie Żydów traktowali oni jak oczywistość. W rozkazie do dowódców Einsatzgruppen 1 lipca 1941 Reinhard Heydrich doprecyzował, że „operacje oczyszczające” mają być skierowane „przede wszystkim przeciw komunistom i Żydom”. Początkowo zabójstwa dotyczyły głównie żydowskiej inteligencji (uznawanej za potencjalny czynnik oporu) oraz funkcjonariuszy i urzędników sowieckich narodowości żydowskiej. Dopiero po kilku tygodniach okupacji Einsatzgruppen przystąpiły do masowych, nieselektywnych mordów na ludności żydowskiej.