После Славной революции и свержения Якова II герцог Гордон удержал Эдинбургский замок против протестантов-конвенционистов. Однако его помнят как «неуверенного в своей защите», который в конце концов сдал замок 14 июня 1689 года. В результате его действий в Эдинбурге изгнанный король Яков Стюарт принял его довольно холодно в своей резиденции в изгнании, замке Сен-Жермен-ан-Ле, недалеко от Парижа. По возвращении в Шотландию его условно посадили. Вскоре после этого герцогиня оставила его и удалилась во Фландрию, в монастырь. Герцог Гордон временно восстановил свою благосклонность с восшествием на престол королевы Анны Стюарт в 1702 году и был признан ею кавалером Ордена Чертополоха, когда она возродила орден 31 декабря 1703 года. Однако герцог, будучи истинным Гордоном, не мог долго оставаться в стороне от неприятностей.