Whittaker est l'un des 79 députés conservateurs qui ont soutenu une motion rebelle de 2011 appelant à un référendum sur l'UE . Il rejoint également un amendement rebelle de 2013 exprimant son regret de ne pas avoir inclus le référendum dans les plans du gouvernement . Whittaker a par la suite soutenu les plans du gouvernement d'organiser un référendum, et soutient Remain lors du référendum d'adhésion à l'UE de 2016 . À la suite du référendum, il déclare qu'il soutenait le résultat et la position du gouvernement sur le déclenchement de l'article 50 .