ב-1996, בזמן מלחמת קונגו הראשונה, אוגנדה הייתה תומכת עיקרית בהדחתו של הנשיא הזאירי, מובוטו ססה סקו, ותמכה במנהיג המורדים לאורנט דסירה קבילה. בין 1998 ל-2003, אוגנדה לקחה חלק במלחמת קונגו השנייה כנגד הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו והמשיכה לתמוך בקבוצות מורדים כמו "התנועה לשחרור קונגו".