Die USA begannen nun, große Truppenteile auf den Militärbasen in der Kanalzone zusammenzuziehen. Panamaische Behörden behaupteten, dass die US-Truppen ihre Basen verließen und illegalerweise Fahrzeuge in Panama anhielten und durchsuchten. Während einer solchen Durchsuchung kam es zu einem Feuergefecht zwischen US-Marines und panamaischen Soldaten, bei denen ein US-Marine getötet wurde. Am 20. Dezember 1989 starteten die USA die Invasion. Die in die Operation Just Cause eingebundenen Truppen erreichten ihre primären Ziele in kurzer Zeit, und die ersten Truppenabzüge fanden bereits am 27. Dezember statt. Die USA waren durch einen jahrzehntealten Vertrag dazu verpflichtet, die Kontrolle über die Kanalzone am 1. Januar zu übergeben. Am Tag der Invasion wurde Endara auf einer US-Militärbasis als Präsident vereidigt.