Malgré les liens de la famille avec celle de Jules César, son frère prend le parti adverse pendant la guerre civile de 49 et combat avec Caton contre César en Afrique. Lors de la défaite des troupes de Caton, le frère d'Agrippa est fait prisonnier mais il est libéré par Octave qui intercède en sa faveur. Nul ne sait si les deux frères se sont combattus en Afrique mais le jeune Marcus Agrippa intègre probablement les troupes de César durant la campagne de 46 et 45 contre Sextus Pompée, à l'instar de son ami Octave. Ils participent vraisemblablement tous les deux à la bataille de Munda.