A rendszerváltozás után az egyházkerület újra "Királyhágómelléki Református Egyházkerület" néven működhetett tovább (az erdélyi egyházkerület is visszanyerte egykori nevét), legfőbb feladata pedig a demokrácia első éveiben-évtizedében erősödő román nacionalizmus elleni fellépés, a megmaradás biztosítása, és egykori intézményeinek, szervezeteinek újjáalapítása volt. Hamarosan sikerült újjáalapítani a Lorántffy Zsuzsanna Református Gimnáziumot Nagyváradon, a Szatmárnémeti Református Gimnáziumot, és létrehozták a Partiumi Keresztény Egyetemet is. Nagy nehézségek árán a nagy múltú Zilahi Wesselényi Református Kollégiumot is újjáalapították - ez az egyetlen olyan gimnáziuma az egyházkerületnek, mely máig nem vehette birtokba történelmi épületét.