Lannes est donc chargé de préparer à Lyon la logistique de la campagne d'Égypte, puis est envoyé à Marseille pour continuer les préparatifs. Arrivée à Malte le , l'armée française prend La Valette. Lannes, d'abord rattaché au quartier général, est alors nommé commandant d'une brigade de la division Kléber, l'une des cinq de l'armée d'Orient. Lannes participe à la prise d'Alexandrie, aux batailles de Chebreiss et des Pyramides, mais son rôle est assez secondaire. Kléber et Menou, blessés, sont remplacés par les généraux Dugua et Vial, tandis que le mécontentement s'installe dans l'armée, démoralisée par les conditions de l'expédition. Si Lannes partage le mécontentement, il n'en fait pas état trop visiblement, et prend le le commandement de la division Menou, remplaçant Vial parti gouverner Rosette et sa province. Restant au quartier général sous l'œil de Bonaparte, la division et son nouveau commandant sont utilisés pour contrer la révolte du Caire, en dispersant les groupes de paysans qui souhaitent aider les insurgés. En récompense de ces services, et de la même façon que pour Murat et Dommartin, le généralissime lui offre la maison que Lannes habite au Caire.