1994年11月より有価証券委員会担当第一副首相。1996年1月に解任。1996年ロシア連邦大統領選挙において、チュバイスはエリツィン陣営の選挙対策本部の責任者に就任し、ベレゾフスキーや他の新興財閥と協力し、エリツィンを再選に導く。エリツィン再選の功労により、1996年7月より大統領府長官に就任しエリツィン政権の「摂政」の異名をとる。1997年3月解任。第一副首相兼蔵相に就任。1997年11月解任。その後、UES会長に就任。