1 października 2015 roku Joanna Wajda rozpoczęła pracę w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. W tym czasie pełniła m.in. funkcję koordynatora ds. mediów Państwa Gospodarza Szczytu NATO w Warszawie, była członkiem zespołu zadaniowego odpowiedzialnym za media i ściśle współpracowała z Kwaterą Główną NATO w Brukseli przy przygotowaniach do Szczytu.