Malki bezit zowel de Belgische als de Syrische nationaliteit en komt aldus in aanmerking voor de nationale ploeg van zowel België als Syrië. In mei 2008 werd hij opgenomen in de voorselectie voor het Belgisch nationaal elftal voor de Olympische Zomerspelen 2008. Enige tijd later besliste Malki echter zich beschikbaar te stellen voor het Syrisch voetbalelftal. Malki maakte deel uit van de selectie voor de Azië Cup 2011.