1 мая 1795 года принят на службу в чине гардемарина. 1 мая 1796 года произведен в чин мичмана. В 1798—1800 годах плавал из Архангельска в Средиземное море, а затем из Триеста в Севастополь. В 1801 году вернулся сухопутным путём в Санкт-Петербург. 31 декабря 1804 года произведен в чин лейтенанта. В 1804—1808 годах участвовал в боевых действиях в Средиземном море, в том числе в Дарданелльском и Афонском сражениях, за которые награждён орденом Св. Анны 3-й степени. 26 ноября 1809 года "«За беспорочную выслугу восемнадцати шестимесячных морских кампаний»" Качалов был награждён орденом Св. Георгия 4-й степени 12 декабря 1811 года произведен в чин капитан-лейтенанта. В 1812 году командовал придворными яхтами.