A Szovjetunió felbomlását követően a cég Baskíria helyi kormányzatának ellenőrzése alá került. 2002-ben Baskíria elnöke, Murtaza Rahimov aláírt egy rendeletet, amely lehetővé tette az energiaipari vállalatok privatizációját. Ezt követően a Basnyefty tulajdonjoga a fiához, Ural Rahimovhoz közelálló cégekhez került. Az apa és fia kapcsolata időközben megromlott, közben a Basnyeftyben a Vlagyimir Jevtusenkov irányítása alatt álló AFK Szisztyema befektetőcsoport egyre több részvényt szerzett, míg végül 2009-ben többségi tulajdonos lett.