Ngày 29 tháng 3 năm 1461, chỉ tầm 1 tháng sau chiến thắng, nhà Lancaster bị đánh bại trong Trận Towton trước quân đội được lãnh đạo bởi con trai của Công tước York - Edward xứ March. Kết quả của trận chiến này là việc Henry VI bị phế truất và Edward tự xưng làm Quốc vương, chính là Edward IV của Anh. Margaret không từ bỏ, bà giong buồm trở lại Wales, Scotland và về Pháp - nơi bà tìm kiếm sự ủng hộ quân sự từ họ hàng là Quốc vương Louis XI của Pháp. Không lâu sau đó, Margaret nhận được lời mời liên minh của kẻ thù cũ - Bá tước Warick - vì sự mâu thuẫn giữ Bá tước với quyết định kết hôn Elizabeth Woodville của Tân vương Edward. Để thành lập liên minh, con gái thứ của Warwick là Anne Neville được cưới cho con trai bà, và bà yêu cầu Warwick tự mình trở về đánh quân nhà York rồi bà mới theo sau. Năm 1470, ngày 3 tháng 10, Warwick thành công phục vị cho chồng bà, Henry VI của Anh, sau khi thành công tuyên bố phế bỏ Edward IV, đây cũng là lý do mà Warwick có biệt danh 「The Kingmaker」 trong lịch sử Anh.