После битвы у Стонгебру во время войны против Сигизмунда в 1598 году принцесса Анна бежала вместе с Сигизмундом в Польшу, а Маргарета осталась в Швеции. Её супруг получил от Сигизмунда управление Кальмаром. В мае 1599 года её супруг и шурин были казнены как сторонники Сигизмунда шведским королем Карлом IX во время Кальмарской кровавой бани. Маргарета бежала к Сигизмунду и Анне в Польшу, где обвинила своих братьев Эрика Браге (1552—1614) и Магнуса Браге (1564—1633) в соучастии в вынесении смертного приговора своему супругу. За её верность Сигизмунд назначил ей пенсию и поселил вместе с детьми в Дании. В 1628 году ей было разрешено вернуться в Швецию, где она умерла десять лет спустя. Она была тетей Маргареты Браге по отцовской линии.