До 18 февраля 1794 года Александр Михаил Поцей был назначен обозным великим литовским. 29 июня он прибыл в Вильно, где был одним из адъютантом Якуба Ясинского. Он был тяжело ранен 4 ноября в ходе обороны Праги. Это было отмечено Адамом Мицкевичем в Книге VI Пана Тадеуша, где упоминалось, что граф Поцей после восстания Костюшко вернулся в Литву и поддержал поляков, направляющихся в эмиграцию и Польские легионы в Италии. Известно также, что еще ранее Александр Поцей передал на нужды восстания существенную сумму 20 тыс. злотых. За своё участие в восстании Александр Михаил Поцей поплатился конфискацией родовых владений российскими властями, которые, однако, через некоторое время были переданы под контроль Людвику Тышкевичу и Михаилу Грановскому, которые должны были отвечать за дальнейшее поведение Поцея.