Kosova Savaşı sırasında ÇHC, Yugoslavya Federal Cumhuriyeti'ni destekledi, ve NATO'nun Sırbistan ve Karadağ'daki hedeflerine karşı işlediği hava saldırılarına karşı çıktı. ÇHC perspektifine göre Slobodan Milošević, Kosova'nın YFC'nden ayrımlasını önlemek amacıyla hareket etti, bu açıdan da YFC'nin toprak bütünlüğünün korunması üzere Çin, Milošević'in eylemlerini destekledi. Çinli memurlar, NATO'nun Kosova'daki müdahalesinin özellikle Çin'in Sincan ve Tibet bölgeleri için tehlikeli bir emsal teşkil edebileceği inancındaydı, bu nedenle de bu müdahaleye karşı çıktılar. Savaş sırasında Belgrad'daki Çin Büyükelçiliği'nin bombalanması, Çin'in NATO eylemlerine yönelik karşıtlığını pekiştirdi.