С сентября 1861 по март 1862 года Эймс служил в укреплениях в Вашингтона, затем был переведен на Вирджинский полуостров, где принял командование батареей «А» 5-го артиллерийского полка. В апреле 1862 года принимал участие в осаде Йорктауна, затем прошёл Семидневную Битву, где сражался при Гейнс-Милл и при Малверн-Хилл. За Малверн-Хилл он получил временное звание подполковника, а 29 августа получил звание полковника добровольческой армии и возглавил 20-й Мэнский пехотный полк.