Tot het begin van de 14e eeuw, toen Aagtekerke een eigen kerk kreeg, maakte het dorp deel uit van de parochie Domburg. De kerk werd gewijd aan Sint Agatha. De toren is vroeg-15de-eeuws en het schip is het resultaat van een verbouwing van het oude schip in 1625 na verwoestingen tijdens het Beleg van Middelburg in 1572-1574. Het koor is verdwenen en vervangen door een consistoriekamer. In het interieur bevinden zich een preekstoel uit 1625 en een in 1669 door Rombout Verhulst vervaardigd epitaaf voor Hendrick Thibaut (ambachtsheer van Aagtekerke en burgemeester van Middelburg) en zijn gezin. De toren kreeg in de 18de eeuw voor een groot gedeelte een bekleding met afwijkende, in die tijd gebruikelijke, bakstenen. Bij de restauratie van 1956 werden de muren van de 19de-eeuwse pleisterlaag ontdaan.