Prudente de Morais werd na de uitroeping van de republiek (1889) lid van de regerende junta van de deelstaat São Paulo (16 november - 14 december 1889) en was van 14 december 1889 tot 18 oktober 1890 president van de deelstaat São Paulo. Hij was samen met de president van de deelstaat Minas Gerais de enige niet-militaire president van een deelstaat na de republikeinse revolutie. Daarnaast werd hij tot vicevoorzitter van de Grondwetgevende Vergadering gekozen die tot taak had een nieuwe, republikeinse grondwet, te schrijven. Nadien werd hij lid van de Senaat (tussen 1891 en 1902) en was enige tijd haar voorzitter. Hij stelde zich kandidaat voor de eerste presidentsverkiezing in februari 1891, maar maarschalk Deodoro da Fonseca, het hoofd van de interim-regering, won de presidentsverkiezing, zij het met een krappe marge.