Nel 1578 partecipò alla prima battaglia attaccando Kunimiya Ishijō nella provincia di Inaba assieme al fratello Mōri Motoharu. Nel 1585, mentre il clan Mōri era impegnato alla conquista di Shikoku da parte di Toyotomi Hideyoshi, Motoyasu riconquistò un castello nella provincia di Hoki che era stato espugnato durante l'assenza della maggior parte delle forze Mōri. Nello stesso anno Motoyasu divenne governatore del castello di Gassantoda nella provincia di Izumo dopo la morte del fratello Motoaki. Nel 1591 fu spostato al castello di Kanbe nella provincia di Bingo da Toyotomi Hideyoshi. Partecipò alle invasioni giapponesi della Corea mettendosi in mostra durante la battaglia di Byeokjegwan.