Après l'échec des pourparlers de Rambouillet, la campagne des bombardements de l'OTAN, le départ des forces serbes du Kosovo et l'installation de la mission de l'ONU au Kosovo (Minuk), Hashim Thaçi est élu membre du Conseil administratif intérieur de la province. À partir de 1999, il devient un des interlocuteurs privilégiés de Washington et des États de l'Union européenne, et condamne en 2001 les émeutes albanaises au sud de la Serbie et en Macédoine. L'année suivante, son rival, Ibrahim Rugova, est élu président du Kosovo.