בשנים 1936-1937 שודרגה התחנה ממבנה עץ ארעי למבנה קבע מאורך ומעט מקומר, בהתאם לתוואי המסילה שהשיקה לו. בצמוד לתחנה הוקם גם בית המכס, באגפה הדרומי. הקמת בית המכס נועדה לפתור את בעיית הניתוק מבית המכס הוותיק ביפו, שהיה בשליטה ערבית בעת מאורעות המרד הערבי הגדול והקשה על סוחרים ועולים בשחרור מטענם.