Majuri Pierre Buyoya syrjäytti Bagazan ja kaappasi vallan armeijan avulla 3. syyskuuta 1987. Hutujen ja tutsien väliset jännitteet purkautuivat jälleen vuonna 1988 väkivaltaisina yhteenottoina hutuopposition, armeijan ja kovan linjan tutsien välillä johtaen noin 150 000 ihmisen kuolemaan. Buyoya hyväksyi vuonna 1991 uuden demokraattisen perustuslain ja vuoden 1993 vaaleissa nousi valtaan maan ensimmäinen hutupresidentti, FRODEBU-puolueen Melchior Ndadaye. Armeijan tutsiupseerit murhasivat Ndadayen lokakuussa 1993. Maa syöksyi jälleen sisällissotaan, joka vaati kymmeniätuhansia kuolonuhreja. FRODEBU:n johtama hallitus onnistui kuitenkin säilyttämään valtansa ja nostamaan uudeksi presidentiksi Cyprien Ntaryamiran helmikuussa 1994. Ntaryamira sai kuitenkin surmansa lentokoneen alasampumisessa 6. huhtikuuta 1994 yhdessä Ruandan presidentin Juvénal Habyarimanan kanssa.