Los irlandeses católicos formaron su propio gobierno, Irlanda confederada, con el objetivo de luchar guerras posteriores, negociar con Carlos I y entre otras cosas poner fin a las colonizaciones y también lograr una parcial revocación de las ya existentes. Los siguientes diez años estuvieron plagados de conflictos sangrientos entre los bloques rivales (étnicos y religiosos) a lo largo de Irlanda, hasta que finalmente los irlandeses fueron derrotados y el país fue ocupado por el Nuevo ejército modelo en la Conquista de Irlanda por Cromwell durante el período de 1649 a 1653.