Über den familiären Hintergrund von Johannes Limpidarios ist nichts bekannt. Nach dem Sieg der Partei von Johannes VI. Kantakuzenos im byzantinischen Bürgerkrieg 1347 diente er als Flottenkommandant dem Despoten Nikephoros II. Dukas, der zwischen 1351 und 1355 apanagierter Statthalter der Hafenstadt Ainos und einiger weiterer thrakischer Städte am Hellespont war.