После смерти Генриха II, во время религиозных войн Франсуа встал на сторону либеральных католиков в пользу применения политики гражданской терпимости по отношению к протестантам. Он участвовал в составе королевской армии в битве при Дрё 19 декабря 1562 года. Он также участвовал 10 ноября 1567 года в битве при Сен-Дени, где погиб его отец. В правительстве Парижа он стал непопулярным из-за своей твердости в применении королевских указов и запрете огнестрельного оружия.