Seit 1705 gehörte die Stadt zum Kurfürstentum Braunschweig-Lüneburg und späteren Königreich Hannover. Im Siebenjährigen Krieg wurde Harburg 1757 von französischen Soldaten ohne große Gegenwehr aus der Festung eingenommen. Nach Reorganisation der hannoverschen Truppen bei Stade wurde die Festung (u. a. vom Schwarzenberg aus) dann einige Wochen später unter schweres Kanonenfeuer genommen, unter dem auch die Zivilbevölkerung leiden musste. Nach vierwöchigem Beschuss kapitulierten die Franzosen am 31. Dezember. Von 1803 bis 1805 besetzten erneut französische Truppen Harburg, nachdem Hannover gegenüber Napoleon kapituliert hatte. Aufgrund des Pariser Vertrags vom 15. Februar 1806 zwischen Preußen und Frankreich wurde Hannover gegen Abtretung des Herzogtums Cleve und des Markgraftums Ansbach durch Preußen in Besitz genommen und daraufhin Harburg 1806 von preußischen Truppen besetzt. Im gleichen Jahr begann auch die Besatzungszeit Hamburgs durch Frankreich zur Durchsetzung der Kontinentalsperre. Nach einem kurzen Zwischenspiel als Teil des Königreichs Westphalen gehörte Harburg von 1811 bis zum Befreiungskrieg unmittelbar zum französischen Kaiserreich als Teil des Elbmündungsdepartements. In dieser Zeit wurde die Bremer Straße als Heerstraße angelegt. 1813/1814 wurde eine erste durchgängige Elbquerung durch die Franzosen errichtet. 1814 nach den Befreiungskriegen gehörte Harburg wieder zum Königreich Hannover.