В 1990-х годах в Боснии и Косове начались вооружённые конфликты, турецкое правительство также оказалось вовлеченным в этот процесс. В 1990-х годах Турция оказывала ограниченную помощь косовским албанцам, а Национальная разведывательная организация занималась тренировками бойцов Армии освобождения Косова на военной базе в Измире. С другой стороны, турецкое правительство испытывало озабоченность по факту сепаратистского мотива Косовской войны, так как это могло негативно отразиться на ситуацию с курдами внутри страны, а турки в Косово не объединялись с албанцами во время их борьбы с сербами. В течение 1990-х годов население Турции с симпатией относилось к косовским албанцам, в отличие от населения большинства европейских стран, у которого были негативные взгляды на албанцев в связи с деятельностью албанской мафии в их странах.