В начале войны в той же должности. В конце июня 1941 года 14-й стрелковый корпус вошел в состав 9-й армии Южного фронта и участвовал в приграничном сражении, в ходе которого осуществлял оборону по восточному берегу реки Прут, отражал наступление немецких и румынских войск северо-западнее города Кишинев. Затем в тяжелых условиях отхода войск Южного фронта его части в составе Приморской группы войск (с 19 июля — Отдельная Приморская армия), выполняли задачи по прикрытию приморского (одесского) направления, в конце июля вели оборонительные бои на восточному берегу реки Днестр в районе Тирасполь, Паланка, Овидиополь. В начале августа корпус был расформирован, а майор Чиннов приказом по Приморской армии от 9 августа 1941 года назначен начальником штаба 95-й стрелковой дивизии. Ее части участвовали в тяжелых боях при обороне Одессы. Особо отличился в бою под ст. Выгода, где был разгромлен Румынский пехотный полк. В ходе боя майор Чиннов лично возглавил контратаку пулеметных рот, был ранен. За мужество и отвагу в этом бою он был награжден орденом Красного Знамени. С 30 сентября 1941 года был начальником 1-го (оперативного) отделения, он же заместитель начальника оперативного отдела штаба 10-й армии Южного фронта. С 25 января 1942 года и. д. для особых поручений при командующем войсками Калининского фронта генерал-полковнике И. С. Коневе. С 15 июля 1942 года служил начальником оперативного отдела, а с августа заместителем начальника штаба по ВПУ 41-й армии этого же фронта. Ее войска вели оборонительные бои западнее и юго-западнее города Белый.