Alankomaat oli toisen maailmansodan aikana Natsi-Saksan miehittämänä, mutta Koen jatkoi sodan aikana harjoittelemista ja osallistui kansallisiin kilpailuihin. Saksa valtasi Alankomaat toukokuussa 1940. Koen oli pari viikkoa aikaisemmin mennyt kihloihin valmentajansa Blankersin kanssa, ja he menivät naimisiin 29. elokuuta. Heidän esikoisensa Jan Blankers nuorempi syntyi elokuussa 1941, eikä Blankers-Koen pystynyt kilpailemaan vuoden 1941 aikana. Hän aloitti harjoittelun sisäradalla kuitenkin jo kolme kuukautta pojan syntymän jälkeen. Vuoden 1942 aikana Blankers-Koen päätti keskittyä myös 80 metrin aitoihin ja sivusi vielä saman vuoden aikana matkan maailmanennätysaikaa 11,3.