En octubre de 1943, Peko se convirtió en comandante del II Cuerpo del Ejército Partisano. Bajo su mando, el cuerpo se convirtió en una de las unidades más exitosas de su ejército. En el otoño de la 1943, participó en la liberación de la mayoría del territorio de Montenegro, Herzegovina y el Sandžak, siendo hostigados por los alemanes en la "Operación Kugelblitz". Luego dirigió el Cuerpo en intensos combates en la operación Drina-Lim en la primavera de 1944. Tras penetrar en Serbia y liberar un territorio considerable en la cuenca del Morava, fue nombrado comandante del Primer Ejército, que llevó a cabo las operaciones para la liberación del oeste de Serbia, Belgrado y Šumadija.