V 90. letech uvalilo mezinárodní společenství na Svazovou republiku Jugoslávii sankce, což znamenalo i konec spolupráce a obchodu se zahraničními partnery. Pro elektrárnu Kostolac B to znamenalo především problém se získáváním potřebných náhradních dílů a nových zařízení. Mnohé se tak získávaly svépomocí, či nelegálními kanály a za vysokou cenu. Během bombardování na jaře 1999 přešla elektrárna na válečný provoz. 2. května 1999 zničila americká bomba transformátor, o dva dny později pak i rozvodnu.