W czasie powstania jońskiego udzieliło wraz z Atenami pomocy greckim powstańcom, za co, z rozkazu króla Persji Dariusza I, miało zostać ukarane. W roku 490 p.n.e. flota perska dokonała desantu i po 6 dniach oblężenia zdobyła miasto. Świątynie zostały splądrowane i spalone, a ludność wywieziona i osiedlona w okolicach Suzy, gdzie zachowała swój język i zwyczaje. Z Eretrii Persowie wyruszyli przeciwko Atenom, ale zostali pokonani pod Maratonem.