Но период относительного благополучия и процветания королевства продолжался недолго. В 1509 году скончался миролюбивый Генрих VII и на английский престол вступил его воинственный сын Генрих VIII. Англо-шотландские отношения осложнились тем фактом, что жена Якова IV Маргарита Тюдор стала наследницей престола Англии. Участились стычки между английскими и шотландскими моряками. В 1512 году был возобновлен союз Шотландии и Франции, причем каждая из сторон обязалась вступить в войну с Англией в случае её нападения на другую. Генрих VIII вступил вступил в Священную лигу против Франции, и в 1513 году английские войска высадились на французском побережье. В ответ Яков IV выслал свой флот на помощь Франции и объявил о мобилизации ополчения. 22 августа 1513 года шотландские войска пересекли английскую границу и захватили крепости Норхэм, Итал и Уарк. Навстречу шотландцам двинулись войска Томаса Говарда, графа Суррея. 9 сентября 1513 года в битве при Флоддене шотландская армия была полностью разбита, король Яков IV, его внебрачный сын архиепископ Александр и множество видных шотландских дворян погибли на поле боя.