En , Yepes rejoint River Plate. Il remporte le Tournoi d'ouverture 1999 et celui de clôture 2000. À son retour victorieux de la Copa América 2001, l'Argentine est en crise et il doit mettre sa famille à l’abri. En fin d'année, des clubs italiens se manifestent mais seulement pour un transfert à l'été 2002. Le FC Nantes fait une offre avec un contrat immédiat.