תוך כדי המלחמה ניסה הג'וינט לעזור, כל עוד ארצות הברית הייתה נייטרלית, בעיקר על ידי משלוח מזון. אולם מהר מאוד הפכה הנהגת הג'ויינט באירופה, בעיקר בפולין, להיות עצמאית, כי לא הייתה בקשר של ממש עם ארצות הברית. אחרי פרוץ המלחמה בין גרמניה לארצות הברית בדצמבר 1941, הפך משרד הג'ויינט בוורשה לגורם מרכזי בניסיונות הנואשים לשמור על הקיום היהודי הפיזי. הוא היה לגורם המרכזי בניסיונות התנגדות ללא נשק, ובסופו של דבר היה הגזבר של הג'וינט, דוד גוזיק, לגזבר ולמגייס הכספים למען מורדי גטו ורשה.