1460年にデンマークによって併合され、1544年にデンマーク王家の分家ホルシュタイン＝ゴットルプ家のホルシュタイン＝ゴットルプ公領の首都となる。1665年にクリスチャン・アルブレヒトによりキール大学が設立される。ホルシュタイン＝ゴットルプ家からは1751年にスウェーデン王家、1762年にロシア帝国の皇帝ピョートル3世が出ている。1773年よりデンマーク王がホルシュタイン＝ゴットルプ公を兼ねた。第二次シュレースヴィヒ＝ホルシュタイン戦争と普墺戦争を経て、1866年にプロイセン王国へと併合された。