След войната от 1812 г. федералното правителство решава да подсили Пенсакола и Пенсакола Бей. През 1828 г. е построена военноморска корабостроителница западно от града в Уорингтън. През 1834 г. в западната част на Санта Роса Айлънд е построен Форт Пикънс. През 1839 г. е построен и Форт Макрий и е завършена цялостна реконструкция и разширяване на Форт Баранкас през 1844 г.