慶長5年（1600年）、家康の会津征伐に従い、そのまま東軍に与する。徳川秀忠の中山道軍に従い、西軍の真田昌幸を攻撃することになり、康長は日根野吉重と共に上田城の支城・冠者ヶ嶽城を攻めて大敗した（『上田軍記』）。このため関ヶ原本戦には参加できなかったが、東軍であったことで、所領は安堵された。