Живот Јевреја је ипак текао нормално до октобра 1940. године, када влада ограничава права јеврејске дјеце на средње и више образовање. Кон је тада с бројним сарајевским професорима основала посебан први разред гимназије како би се Јеврејима омогућило даљње школовање. Положај Јевреја се драстично погоршао окупацијом Југославије у априлу 1941. Кон је отпуштена из службе, а затим затворена у концентрациони логор Раб. Након ослобођења логора 1943. Кон се домогла партизанске територије и постала директорица гимназије у Глини. Њена дјеца су се придружила партизанима; син Михаел је погинуо у Двору на Уни, а кћерка Мирјана (касније Папо) је заробљена на Игману 1943. и одведена у концентрациони логор Равензбрик. Приликом заробљавања и касније представљала се као српкиња, Мирјана Папић. Марија Кон и њена кћерка, касније суткиња и професорица породичног права, биле су међу петином сарајевских Јевреја који су преживјели Холокауст. Кон је у периоду 1945 - 1949. обављала разне функције у области културе и школства у Мостару и Сарајеву. Радила је као професор југословенске књижевности на Вишој педагошкој школи у Сарајеву (1949.), а 1950. позвана је да учествује у стварању Катедре за њемачки језик и књижевност Филозофског факултета Универзитета у Сарајеву. Од 1957. је вандредни професор Њемачке књижевности. Бавила се њемачком књижевношћу од 17. до 20. стољећа, а посебно преводилачким радом, те је прва водила Одсјек за германистику и англистику. Пензионисала се 1968. године, али је наставила водити бригу о раду Одсјека, који је 1984. организовао прославу “изузетног јубилеја”, њеног 90. рођендана. Умрла је у Сарајеву 9. августа 1987. године.