Durante as invasões japonesas da Coreia (1592-98), Pyongyang foi capturada pelos japoneses até que eles fossem derrotados no Cerco de Pyongyang. Mais tarde, no século XVII, foi ocupada temporariamente durante a segunda invasão da Coreia pela dinastia Qing até os acordos de paz entre a Coreia e os manchus. Apesar das invasões terem tornado os coreanos desconfiados com estrangeiros, a influência do cristianismo começou a crescer depois que o país se abriu ao mundo no século XVI. Pyongyang tornou-se a base da expansão cristã na Coreia e, em 1880, tinha mais de 100 igrejas e mais missionários protestantes do que qualquer outra cidade asiática.