Le , Jérémy Morel signe un contrat de quatre ans avec l'Olympique de Marseille, la transaction s'élevant à 1,8 million d'euros. Il prend part à son premier match officiel sous les couleurs phocéennes le à l'occasion du Trophée des champions remporté par l'OM et marque son premier but en fin de match. Il est ensuite titulaire dès la première journée de Ligue 1 contre le FC Sochaux et joue ses premiers matchs de Ligue des champions. Le , il remporte la Coupe de la Ligue en entrant en jeu lors de la prolongation en finale contre l'Olympique lyonnais.