Under Stora ofreden flydde Wegelius 1713 till Torneå och Lappland, varifrån han 1722 återvände till sitt pastorat. Han var i Finland den förste representanten för den spenerska pietismen. Aktstycken rörande hans process är publicerade av Jacob Tengström i "Handlingar till upplysning af Finlands kyrkohistoria".