ב-1906, לאחר שהקייזר וילהלם השני בגרמניה ביקש ממנו, רוזוולט שכנע את הצרפתים לבוא לוועידה בינלאומית שתפתור את המשבר המרוקאי הראשון, בנוגע להשפעת האירופאים במרוקו. צרפת רצתה לשלוט במרוקו, למגינת ליבה של גרמניה, שרצתה נוכחות בצפון אפריקה. רבים חששו ממלחמה בין שתי המעצמות. סולטן מרוקו לא יכול היה לשלוט בערים שלו. הוועידה התקיימה באלחסירס, ספרד, בנוכחות 13 מדינות. גרמניה הייתה במיעוט, ומשלחתה הייתה חלשה. רוזוולט תמך בצרפת ולא רצה לחזק את הגרמנים. הוא שיתף פעולה עם השגריר הצרפתי, והגיע להסכם באפריל, שבו הצרפתים הפחיתו במקצת את כוחם כשהבטיחו את עצמאות הסולטן, עצמאות כלכלית וחופש תפקודי לכל המעצמות, אולם גרמניה לא השיגה דבר.