Poco más tarde, el 4 de febrero de 1899, estalló la guerra entre el gobierno de Aguinaldo y los ocupantes norteamericanos, tras el asesinato de un soldado filipino por un guardia estadounidense al cruzar el Puente de San Juan. Aguinaldo dirigió a las tropas filipinas contra las fuerzas superiores de los ocupantes. A pesar de derrotas sucesivas, continuó la lucha en retirada, mientras se replegaba con sus tropas hacia el norte de Luzón, isla donde se encontraba Baler, lugar donde todavía permanecían sitiados un grupo de soldados españoles, presuntamente desconocedores de la nueva situación.