In de 16e eeuw was Värska het centrum van een "guba", een district met juridische en administratieve bevoegdheden. In de 18e eeuw behoorde de plaats tot de bezittingen van het klooster in Petsjory. In de 19e eeuw lag het dorp in een "nulk", een regio waar de taal Seto werd gesproken, de "nulk Tsätski". Tsätski lag in de gemeente Lobotka met Lobotka als hoofdplaats. Het gebied kwam pas in 1919, tijdens de Estische Onafhankelijkheidsoorlog, onder Estland; daarvoor viel het onder het Gouvernement Pskov.