In 2003 werd Barker met Team New Zealand verslagen door Alinghi met 5-0. Ondanks deze nederlaag bleef Barker schipper van het team, dat inmiddels de naam Emirates Team New Zealand had gekregen. Het team won in 2007 de Louis Vuitton Cup door het Italiaanse Luna Rossa Challenge met 5-0 te verslagen, en mocht hierdoor aantreden als uitdager in de America's Cup 2007. Deze eindigde voor Barker in een 2-5 nederlaag tegen titelverdediger Alinghi onder leiding van Brad Butterworth.