Вернер је 17. маја 2017. године позван у репрезентацију за ФИФА Куп kонфедерација 2017. године у Русији. У првој утакмици на турниру против Аустралије ушао је у игру уместо Сандра Вагнера, док је други меч у групи против Камеруна 25. јуна почео као стартер и на ком је постигао своја прва два гола за сениорску репрезентацију. Четири дана касније, Вернер је постигао трећи гол Немачке у победо од 4-1 над Мексиком у полуфиналу турнира. У финалу 2. јула 2017. године, Вернер је асистирао победничком голу Ларса Стиндл-а против Чилеа. Са три гола и две асистентције, Вернер је проглашен за најбољег играча турнира.