In diese Phase der personellen, ökonomischen und geistigen Schwäche fiel mit dem Reformationsversuch von Erzbischof Gebhard I. von Waldburg eine der schwierigsten Phasen der Klostergeschichte. Während des Truchsessischer Krieges von 1583 bis 1588 gehörten das Kloster Wedinghausen, die Stadt Arnsberg und der Landdrost Kaspar von Fürstenberg zur „katholischen Partei.“ Deswegen wurden 1583 Kloster und Stadt mehrfach geplündert. In einem Bildersturm wurden zahlreiche Kunstwerke zerstört. Die Chorherren wurden vertrieben und nur sieben von ihnen kehrten nach der Niederlage des ehemaligen Erzbischofs zurück.