Un gouvernement provisoire (l"'Assemblée Nationale") est instauré qui siège à la "Banca Giuratale" de Mdina le 3 septembre 1798. Ce gouvernement demande de l'aide étrangère et finalement, la flotte britannique qui vient de gagner la bataille navale d'Aboukir le août arrive en renfort à Malte, accompagné d'Alexander Ball. En raison de la rivalité entre Vitale et Caruana, c'est finalement Alexander Ball qui devient le président de l'Assemblée. Un congrès national est alors organisé, composé des chefs de village et de prêtres.