Im Januar 2005 beendete Joubert seine Zusammenarbeit mit seinem Trainer Laurent Depouilly, die knapp ein Jahr gedauert hatte. Als Grund gab man ein gestörtes Vertrauensverhältnis an. Während dieser Zeit wurde er auch vom ehemaligen Olympiasieger Alexei Jagudin beraten, der wiederum die Zusammenarbeit beendete, da er sich nicht mit Jouberts Choreografen Nikolai Morosow verstand. Joubert wechselte 2005 wieder zu seiner ersten Trainerin Véronique Guyon, trennte sich jedoch sehr bald wieder von ihr wegen Meinungsverschiedenheiten. Andrei Berezintsev wurde sein neuer Trainer. 2005 konnte Joubert seinen EM-Titel nicht verteidigen. Er wurde Zweiter hinter Pljuschtschenko. Bei der Weltmeisterschaft reichte es nur zum sechsten Platz.