1600-luvun suotuisa kasvu tyrehtyi vuosina 1700–1721 suuren Pohjan sotaan ja sitä seuranneeseen isoonvihaan eli venäläiseen miehitykseen. Turku oli isonvihan aikana venäläisen miehityshallinnon keskus. Vuosina 1742–1743, hattujen sodan aikana, kaupunki miehitettiin jälleen pikkuvihan myötä. Pikkuviha päättyi Turun rauhana tunnettuun rauhansopimukseen. 1700-luvun jälkipuolisko oli rauhaisampaa, ja sitä leimasi Turussa teollisuuden kasvu. Turussa toimi 1700-luvulla kaksi valtakunnan suurimpiin kuulunutta tupakkatehdasta. Laivojen rakentaminen alkoi Turussa vuonna 1732 perustetulla Åbo Gamla Skeppswarf -telakalla, ja telakkateollisuudesta kehittyi aikaa myöten kaupungin merkittävin teollisuudenhaara. Kaupungin asukasluku nousi ja oli vuosisadan vaihtuessa jo noin 11 000. 1700-luvun lopulla kulttuuri ja tiede kukoistivat kaupungissa. Tästä esimerkkeinä olivat esimerkiksi ensimmäisen kasvitieteellisen puutarhan ja laboratorioiden perustaminen ja Suomen vanhimman sanomalehden "Tidningar Utgifne Af et Sällskap i Åbo" ilmestyminen vuonna 1771. Vuonna 1790 Turussa perustettiin Suomen vanhin yhä toimiva yhdistys, Musikaliska Sällskapet i Åbo eli Turun Soitannollinen Seura.