Bani Na'im va créixer en població durant el Mandat Britànic de Palestina. Es va unir a la Gran Revolta àrab de 1936-1939 al mandat de Palestina com a lloc d'una batalla entre les forces àrabs palestines irregulars d'Abd al-Qadir al-Husayni i l'exèrcit britànic. Després de la guerra araboisraeliana de 1948, Bani Na'im va ser annexat per Jordània. Va ser ocupada després de la Guerra dels Sis Dies el 1967. El 1997, Bani Na'im va ser transferida a l'administració palestina i, conseqüentment, es va convertir en un municipi. Avui, serveix com a centre comercial per als pobles de la zona d'Hebron, encara que la majoria dels serveis governamentals són a Hebron.