I 1978 brøt det ut opptøyer med stadige demonstrasjoner særlig blant studenter og med støtte fra konservative religiøse. I januar 1979 flyktet sjahen av Iran. Imam ayatollah Khomeini tilbake fra eksil. Mehdi Bazargan ble statsminister og leder for en ikke-religiøs overgangsregjering. Det oppsto konflikt mellom Bazargans regjering og Khomeini om hvem som hadde øverste myndighet i landet. Bazargan la frem et grunnlovsforslag der de geistliges rolle var sterkt avgrenset. En komite av religiøse ledere omarbeidet forslaget der "velayat-e faqih", en ordning der en religiøs rettslærd har rang over presidenten, var innarbeidet. Innenfor sjia-islam hadde det tradisjonelt vært et klart skille mellom det religiøse og politiske hierarkiet, noen dette brøt med. "Velayat-e faqih" er den iranske revolusjonens grunnlagsdogme. Gisselaksjonen i USAs ambassade medvirket til å felle Bazaragans regjering og den 444 dager lange okkupasjonen av ambassaden ble av Khomeini utnytte til å sikre seg makten. Landets første president, Abolhassan Bani-Sadr som hadde returnert sammen med Khomeini i 1979, ble tvunget i eksil i 1981. Bani-Sadr var kritisk til ayatollahenes brutalitet og deres manglende kunnskaper om styring av et land. Det teokratiske regimet ble konsolidert i løpet av 1980-årene og forholdet til vestlige land ble forverret. Khomeini døde i 1989. Den iranske revolusjonen påvirket sjiagrupper i andre land i form av religiøs agitasjon og væpnede aksjoner med revolusjonen i Iran som inspirasjon.