9세기에 들어 콘스탄티노폴리스 대학교 내에 마그나우라(Magnaura) 학교가 부설되었고, 11세기에는 철학과 법학분야의 새로운 학교들이 ‘중심학교들(Capital Schools)’라는 이름으로 대학교 내에 부설되었다. 콘스탄티노폴리스 대학교는 제4차 십자군에 의한 콘스탄티노폴리스 함락으로 인해 쇠락의 길을 걷기 시작하였는데, 1453년 이슬람교도들에 의해 콘스탄티노폴리스가 함락될 때까지 교회에 종속되어 신학대학으로서의 명맥만을 유지하였다. 콘스탄티노폴리스가 이슬람교도들의 수중에 놓이자 이 대학교는 메흐메트 2세에 의해 이스탄불 대학교로 재탄생하여 오늘날에 이르고 있다.