Der Bürgerkrieg erreichte Norfolk im Jahr 1861. Virginia stellte sich auf die Seite der Konföderation und forderte von den Soldaten im Norfolk Naval Shipyard die Unterstellung unter die Konföderation oder die Kapitulation. Der Kommandeur des Standortes Charles Stewart McCauley, war loyal zu den USA und befahl, da er Norfolk nicht verteidigen konnte, die Zerstörung von Schiffen und Kriegsgerät. Dennoch fiel den Konföderierten bei der Eroberung des Standortes Kriegsgerät in die Hände. 1862 fand in der Schlacht von Hampton Roads ein Seekampf zwischen zwei Panzerschiffen statt. Norfolk fiel an die Nordstaaten.