Narodil sa v Severnej Virgínii, po vypuknutí americkej občianskej vojny mu prezident Abraham Lincoln ponúkol funkciu vrchného veliteľa Únie, Lee však zostal verný Severnej Virgínii, ktorá sa pridala ku Konfederácii. Po dlhú dobu aktívnymi výpadmi udržoval v šachu silnejšie severoamerické vojská, v bitke pri Chancellorsville už siahal po cieli svojich snáh: zničení Potomackej armády a víťazstve Konfederácie. Severanom sa však podarilo kvôli smrti generála Jacksona a následnému zmätku včas ustúpiť. V bitke pri Gettysburgu v júli 1863 bol Lee porazený a jeho elitné jednotky utrpeli strašné straty. Po zvyšok vojny vytrvalo vzdoroval zničujúcej presile severoamerických vojsk, ktorým opakovane spôsoboval značné straty, avšak bol postupne zatlačovaný a nakoniec so svojou vyčerpanou armádou kapituloval pri Appomattoxe.