Dlouhé čekání a pobyt v Avignonu byly spojené s velikými náklady a různými poplatky, které bylo možné (společně s dluhy Fridrichova předchůdce) splácet jen pomalu. Navíc dlouhá doba nepřítomnosti arcibiskupa v Salcburském knížectví začínala být nebezpečná. Jen s obtížemi se v téže době podařilo odvrátit vojenskou konfrontaci s Bavorskem. Fridrich okamžitě po svém návratu z Avignonu obnovil spojenectví s Rakouskem proti Hornímu a Dolnímu Bavorsku. Tím se ovšem konflikt mezi Rakouskem s jeho salcburským spojencem proti Dolnímu Bavorsku stal nevyhnutelným. Král Ludvík Bavorský v boji o německou královskou korunu naplánoval rozhodující bitvu na 28. října (1322). Na to Fridrich Rakouský, v očekávání, že vojsko jeho bratra ze Švábska bude v rozhodující čas na místě, přistoupil. Výsledek "bitvy u Mühldorfu" pak byl oproti všem očekáváním pro Rakousko katastrofální, arcibiskup Fridrich a vévoda Jindřich Rakouský byli zajati, stejně jako mnoho rakouských, a značná část salcburských rytířů. Následovaly vysoké válečné reparace, které byly postupně spláceny až do roku 1331. V roce 1324 obsadili Bavoři významné salcburské město Tittmoning, které zůstalo zrádně Bavorům otevřené. Salcburk pak byl nucen tyto državy znovu draze vykoupit.