Бесерра начал свою карьеру в «Гвадалахаре», в качестве сменщика Освальдо Санчеса. Дебют Мигеля состоялся летом 2002 года, когда Санчес поехал в составе сборной Мексики на Чемпионат Мира 2002. В следующем сезоне он перешёл в «Дорадос», но в течение сезона принял участие всего в 7 матчах из-за высокой конкуренции.