Nach dem Ausbruch der Griechischen Revolution wurde die nun stillgelegte Moschee durch die Filomousos Eteria von Athen als Schule genutzt. Etwa zu dieser Zeit kurz nach Kriegsende wurde das Minarett der Moschee abgerissen. Von 1834 bis zum frühen 20. Jahrhundert wurde die Moschee nacheinander als Kaserne, Militärgefängnis und schließlich als Militärbäckerei genutzt. Dazu wurden weitere Ergänzungen am Gebäude für die Öfen der Bäckerei vorgenommen. Seit dem frühen 20. Jahrhundert wird es vor allem als Lagerplatz für Funde aus den Ausgrabungen in der Agora oder der Akropolis verwendet.