Im Jahre 1803, Zar Alexander I. (1777–1825) regierte das Zarenreich, war die Bevölkerung in Sibirien auf 13 000 Menschen angewachsen. Davon standen 6000 Kosaken im Waffendienst. Demzufolge nahm man 1808 eine große Reform vor und setzte eine straffe Organisation durch. Das Sibirische Kosakenheer bestand nun aus Divisionen und Regimentern die in Kriegszeiten relativ schnell mobilisiert und aufgestockt werden konnten. Während des Vaterländischen Krieges im Jahr 1812 stellten die sibirischen Kosaken Kavallerie-Regimenter und Grenzschutz-Regimenter auf, welche die Russisch-chinesische Grenze bewachten und die Bewachung der Kriegsgefangenen, die nach Sibirien deportiert worden waren, übernahmen. Gleichzeitig entwickelte sich eine sibirische kommunale Selbstverwaltung, eine Provinzverwaltung, ein Rechtswesen und ein sibirisches Gouverneursparlament.