У земљи је у мају 1992. букнуо Таџикистанског грађанског рата, у коме су учествовале разне фракције које су се међусобно бориле. Емомали Рахмон је био први вођа Таџикистана, и он је задржао власт до данас. Међутим, он је оптужен за етничко чишћење других етничких група током Таџикистанског грађанског рата. Године 1997. успостављено је примирје између Рахмонова и опозиционих партија. Мирни избори су одржани 1999, али се опозиција жалила да су били непоштени. На овим изборима, Рахмонов је имао само једног противкандидата којем је дозвољено да се региструје, и реизабран је готово једногласно. Руске трупе су и даље стациониране у јужном Таџикистану, како би чувале границу са Авганистаном. Након терористичких напада 11. септембра, америчке и француске трупе су такође стациониране у овој земљи.