Vuonna 2012 Çakır Alptekin saavutti 1 500 metrillä pronssia Istanbulin MM-hallikisoissa ajalla 4.08,74 ja kultaa sekä Helsingin EM-kilpailuissa ajalla 4.05,31 että Lontoon olympialaisissa ajalla 4.10,23. Hän kuitenkin menetti olympiakultansa ja Helsingissä 2012 voittamansa Euroopan mestaruuden. Urheilun kansainvälinen vetoomustuomioistuin CAS ilmoitti elokuussa 2015, että Çakır Alptekin saa kahdeksan vuoden kilpailukiellon ja kaikki hänen tuloksensa 29. heinäkuuta 2010 lähtien hylätään. Häneltä oli löydetty epäilyttäviä veriarvoja biologisesta dopingpassista kesän 2010 ja syksyn 2012 väliltä. Turkin yleisurheiluliitto vapautti hänet dopingsyytöksistä, minkä vuoksi kansainvälinen yleisurheiluliitto IAAF valitti tapauksesta CAS:iin. Pitkä kilpailukielto johtui siitä, että käry oli Çakır Alptekinille jo uran toinen. Vuonna 2016 Maailman antidopingtoimisto Wada lyhensi Çakır Alptekinin kilpailukieltoa neljällä vuodella hänen tehtyään yhteistyötä dopingviranomaisten kanssa. Hänen kilpailukieltonsa päättyi 10. tammikuuta 2017. Helmikuussa 2017 Çakır Alptekin osallistui seurajoukkueiden maastojuoksun Euroopan cupiin, jossa antoi positiivisen dopingnäytteen ja sai kahdeksan vuoden kilpailukiellon ajalle 28.4.2017–27.4.2025.