La società fu fondata nel 1997 e la guida della squadra fu affidata a Przemysławowi Przyłuskiemu. La prima stagione disputata in Ekstraliga Kobiet terminò con un terzo posto, nonostante le difficoltà logistiche incontrate dalla squadra nel corso dell'anno. Nelle due stagioni successive consolidò la sua posizione ai vertici del campionato polacco con un quarto e un secondo posto. Nella stagione 2000-2001 arrivò il primo titolo nazionale, con la vittoria della Ekstraliga Kobiet a scapito delle campionesse in carica del Czarni Sosnowiec, grazie alla differenza reti negli scontri diretti, avendo concluso il campionato in testa a pari punti. Questa stagione diede il via a un'egemonia durata otto anni in cui l'AZS Breslavia ha vinto otto Ekstraliga Kobiet consecutive. Negli stessi anni partecipò a sette edizioni della UEFA Women's Cup, inclusa la prima edizione della competizione. In tutte e sette le partecipazioni l'AZS Breslavia partì dalla fase a gironi, superandola solo nell'edizione 2004-2005 e nell'edizione 2004-2005, quando raggiunse la seconda fase a gironi, terminando sempre fuori dalle prime due posizioni che ammettevano ai quarti di finale. Nonostante fosse campione di Polonia in carica, non partecipò alla UEFA Women's Cup 2007-2008, poiché quasi tutte le calciatrici erano impegnate nella XXIV Universiade. Dal 2008 in poi la squadra è sempre rimasta ai vertici della Ekstraliga Kobiet, sempre però riuscire a vincere altri campionati.