Gorchakov participó como oficial general en las operaciones italianas y suizas de 1799 junto con el general Rimsky-Korsakov. Después regresó a Rusia y se convirtió en jefe del Regimiento de Mosqueteros de Neva el 7 de febrero de 1800, mientras servía como gobernador de Vryborg y como jefe del regimiento de la Guarnición de Vryborg entre marzo y agosto de 1800. Luego sirvió en la siguiente guerra contra Napoleón en Polonia en 1806-1807 (Batalla de Heilsberg). Sucedió a Barclay de Tolly como Ministro de Guerra en agosto de 1812, y fue ascendido a general de la infantería el 11 de septiembre de 1814. Destituido del mando en diciembre de 1815 después de otra acusación de "malversación", fue dado de baja en septiembre de 1817. Alekséi Gorchakov murió en diciembre de 1817 en San Petersburgo.