점점 인도 지사는 실질적인 권력을 동인도 회사로부터 빼앗아 가고 있었으나, 공식적인 인도 정부의 수장은 아니었다. 그런데 1857년 인도에서 세포이들이 동인도회사에 대항하여 반란을 일으켰고, 곧 동인도회사의 책임을 물어서 영국 정부는 무굴 제국 멸망 후 동인도회사를 해산하고 인도를 직접 지배로 정책을 전환하였다. 이제 인도가 공식적인 영국 영토가 되어서 명칭은 인도 총독으로 변경된다. 인도 총독은 인도 정부의 공식적인 수장으로서, 영국 군주의 대리자였으며, 인도 내부의 번왕국들과 서로 보호국 등을 맺은 대가로 보낸 대사이기도 하였다. 인도의 관리들은 이제 총독에 의해서 임명받았으며, 카슈미르나 마이소르 등 지방에 내려보내는 지방관 등도 총독이 인정해야 했다. 1947년 인도 제국이 독립하고 인도 제국은 파키스탄과 인도로 분할되었다. 총독 직위는 사라졌고 다시 파키스탄과 인도의 지사(그냥 총독이라고 통칭하겠다)라는 직위가 생겨났다. 신생 독립국 인도의 총독은 영국 국왕의 대리자였을 뿐이며, 2대만 존속되었다. 인도의 마지막 총독은 라자고팔라차리라는 인도인 변호사였다(인도 초대 총독은 루이스 마운트배튼경). 한편 파키스탄의 경우는 4명의 총독 모두가 파키스탄인이었으며 각각 1950년과 1956년 이들은 헌법 개정으로 공화국이 되고 총독의 권한은 대통령의 권한이 되었다.