ブトロス＝ガーリは、100万人以上の死者を出したとされる1994年のルワンダ虐殺の際に国連が行動を起こさなかったことで批判され、また、継続中のアンゴラ内戦への介入についても国連内の支持を集めることができなかった。また、のユーゴスラビア紛争への対応は、最も困難な課題のひとつだった。ボスニアでは国連平和維持軍が機能せず、1995年12月にNATOが介入せざるを得なくなった。ブトロス＝ガーリの評判は、国連の有効性や国連におけるアメリカの役割をめぐる大きな論争に巻き込まれていった。