Syyskuussa 1942 Rommel joutui lähtemään sairauslomalle Italiaan ja Saksaan. Tällä välin liittoutuneiden komentaja Afrikassa oli vaihtunut. Uusi komentaja, Bernard Montgomery, organisoi joukkonsa ja aloitti suuren hyökkäyskannan Rommelin joukkoja vastaan. Saatuaan kuulla El Alameinin toisen taistelun alkaneen Rommel keskeytti sairauslomansa äkillisesti ja palasi Afrikkaan. Rommel ryhtyi välittömästi vastahyökkäykseen ja oli erittäin vihainen siitä, ettei hänen sijaisensa ollut jo aloittanut sitä. Rommelin hyökkäys tuli liian myöhään ja hän kärsi tappion. Tappion seurauksena Rommel aloitti mittavan perääntymisen, joka päättyi lopulta Tunisiassa Saksan Afrikan armeijan antautumiseen. Perääntymisen teki erittäin vaikeaksi se, että Rommelilta alkoi huonon huoltotilanteen seurauksena bensiini loppua. Rommel ei totellut Hitlerin käskyä, jonka mukaan hänen olisi pysyttävä asemissaan ja taisteltava, koska se olisi merkinnyt koko hänen armeijansa täydellistä tuhoutumista.