摩根返鄉後仍然與其他軍官保持聯繫，並與回鄉休假的蓋茨多次會面，但他的腰患卻日漸加劇（摩根自認為患上坐骨神經痛）。1780年，克林頓率領英軍由海路南下，進攻卡羅萊納一帶。他在5月的查爾斯頓圍城戰更迫使本傑明·林肯近5,500人投降，令到大陸軍的南方部隊嚴重受損。大陸議會任命蓋茨接任南方司令，而蓋茨則即時邀請摩根前來助戰，並大力遊說議會擢升摩根為准將。摩根雖然決定出山協助蓋茨，卻礙於腰患而遲遲未能起行。1780年8月，摩根的身體開始好轉，並且預備出發，但蓋茨卻在8月16日的卡姆登戰役遭到查爾斯·康沃利斯大敗，整支南方軍隊幾乎覆滅，而他最終也被免去軍職。