Im September 1944, nach dem slowakischen Nationalaufstand, wurde sie zusammen mit ihrem Mann in das Zwangsarbeitslager von Sereď in der Nähe von Nitra gebracht. Im Oktober wurden sie nach Auschwitz verlegt. Trude Sojka sah ihren Mann nicht wieder, der wahrscheinlich bei einem Todesmarsch ums Leben kam. Trude Sojka blieb einen Monat in Auschwitz und wurde dann nach Groß-Rosen in Polen verlegt, später nach Kudowa-Sąkisch und ab März 1945 zu den Zittwerken Kleinschönau, wo viele schwangere jüdische Frauen für den Bau von Flugzeugen und anderen Maschinen Zwangsarbeit verrichteten.