Im Dezember 1894 rückten die Italiener in Äthiopien ein. Mit Beginn des Italienisch-Äthiopischen Krieges schlugen die Truppen Baratieris am 14. Januar 1895 Ras Mengesha Yohannes bei Coatit und zwei Tage darauf bei Senafe. Im März besetzte er Adigrat und wurde zum Generalleutnant befördert. Auch nach der für die italienischen Kolonialtruppen verlustreichen Schlacht um den Amba Alagi im Dezember 1895 wurde er nicht von seinem Posten abgesetzt. Im Februar 1896 wurde er von Crispi zu einem baldigen Prestigesieg gedrängt. Als er allerdings nach langer Untätigkeit die vorrückenden Schoaner am 1. März 1896 in der Schlacht von Adua angriff, erlitt seine Truppen eine verheerende Niederlage, die zum Rücktritt Crispis führten, womit auch Baratieri seinen größten Förderer verlor. Der Nachfolger Crispis Antonio Starabba di Rudinì enthob ihn schließlich seines Kommandos. Im Juni 1896 wurde Baratieri vom Militärgericht in Asmara unter anderem wegen Fahrlässigkeit und Unterlassung angeklagt. Scipio Sighele bot seine Verteidigung an, da er der Ansicht war, dass die Hauptschuld an dem Geschehenen vor allem in der Regierung Crispi zu suchen seien.