Калі ў 1992 годзе краіна распалася і югаслаўскае нацыянальнае першынства спыніла сваё існаванне, «Борац» пачаў выступаць у навастворным першынстве Рэспублікі Сербскай, дзе быў безумоўным лідарам: у перыяд 1993—2001 гадоў выйграў усе восем розыгрышаў чэмпіянату, у агульнай складанасці дванаццаць разоў станавіўся ўладальнікам Кубка Рэспублікі Сербскай (у 1995 годзе турнір не праводзіўся па прычыне баявых дзеянняў у рэспубліцы). Пазней далучыўся да адзінай лігі Босніі і Герцагавіны, дзе таксама выступаў паспяхова: у перыяд 2012—2015 тройчы запар заваёўваў тытул чэмпіёна краіны, пяць разоў перамагаў у Кубку Босніі і Герцагавіны.