Nach Ende des Studiums war Schapira vornehmlich als Regisseur von Kurzfilmen tätig. "Heb ab" aus dem Jahr 2006, für den Grand Corps Malade die Filmmusik schrieb, lief auf der Berlinale 2007 und gewann den mit dem Silbernen Bären prämierten Preis der Jury. Auch weitere Kurzfilme Schapiras waren auf Festivals erfolgreich, so wurde "La fille de l’homme" 2011 auf dem Filmfest Dresden für den Goldenen Reiter nominiert. "Kein Zutritt" erhielt 2013 eine César-Nominierung in der Kategorie Bester Kurzfilm und lief 2013 im Wettbewerb um den Preis der Jury des Tribeca Film Festivals. Im Jahr 2016 veröffentlichte Schapira mit "Die Weissagung" seinen ersten Langfilm, der von ARTE koproduziert wurde und am 7. Oktober 2016 erstmals im Fernsehen lief. Schapira kehrte 2018 mit der Krimiserie "Ad Vitam – In alle Ewigkeit" zum Fernsehen zurück, wobei er bei drei der gesamt sechs Folgen Regie führte.