В дальнейшем эпирское государство стало жертвой экспансии Римской республики, которая параллельно боролась с Македонией. Эпирский союз придерживался нейтралитета в двух первых войнах, но в третьей (171—168 до н. э.) поддержал Персея Македонского, что привело Эпир к трагическому концу: он в 167 году до н. э. подвергся разгрому и разорению римскими войсками. При этом 150 тысяч эпиротов были проданы римлянами в рабство, а 70 эпирских городов-полисов, принадлежавших большей частью племени молоссов, были разграблены. После этого Эпир почти полностью обезлюдел.