In deze functie wordt hij medeverantwoordelijk gehouden voor het Bloedbad van Tlatelolco, een schietpartij aan de vooravond van de Olympische Spelen waarbij 200 tot 300 demonstranten om het leven kwamen. Echeverría zelf heeft betrokkenheid altijd ontkend en zei dat hij pas na afloop via de telefoon van het bloedbad op de hoogte werd gesteld. De gebeurtenissen van 1968 hebben hoe dan ook zwaar een stempel gedrukt op de rest van Echeverría's loopbaan.