La presa del potere da parte dei comunisti non era stata senza opposizione, e le unità del nuovo APR dovettero ben presto appoggiare i reparti occupanti sovietici nella repressione di un diffuso movimento di Resistenza anticomunista in Romania, attivo in particolare nelle regioni montuose della Transilvania e dei Carpazi; frammentato in piccole bande e fondamentalmente privo di assistenza dall'esterno, il movimento resistenziale anticomunista fu infine sopraffatto dalle operazioni congiunte dei reparti di sicurezza romeni e sovietici, anche se gli ultimi combattenti non furono eliminati che all'inizio degli anni 1960.