Na zijn schoolopleiding werkte Champollion enkele jaren in de militaire administratie in Figeac. In 1798 verhuisde hij naar Grenoble, waar hij in eerste instantie werkte in een bedrijf van zijn neven. Hij raakte bevriend met Joseph Fourier, die in 1802 tot prefect van het departement Isère was benoemd en in 1798-1801 als geleerde de Expeditie van Napoleon naar Egypte had meegemaakt. Champollion werd in december 1803 benoemd tot lid van de "Société des Arts et de Sciences de Grenoble", en Fourier betrok hem vanaf 1804 bij het uitgeven van de "Description de l'Égypte", een omvangrijk werk dat vele jaren in beslag nam. In deze periode ontdekte hij ook de zesde-eeuwse crypte van Saint Oyand onder de kerk van Sint Laurentius in Grenoble.