Последней медалью на крупных международных соревнованиях, завоёванной Мартином Доктором, стало серебро на чемпионате Европы 2006 года. В том же году чешский спортсмен принял участие в чемпионате мира, после окончания которого он завершил свои выступления в соревнованиях одиночек. В течение ещё двух лет Мартин соревновался в составе каноэ-двойки. В 2008 году принял предложение чешской федерации гребного спорта и стал тренером национальной команды каноистов.