В октябре 1944 года генерал-майор авиации Нечипоренко назначен командиром 276-й бомбардировочной авиадивизии, которая участвовала в Мемельской, Восточно-Прусской (Браунсбергской) наступательной операциях, в разгроме кёнигсбергской группировки противника. За участие в Браунсбергской наступательной операции генерал-майору авиации Нечипоренко Степану Игнатьевичу объявлена благодарность Верховного Главнокомандующего. Всего за годы войны генерал-майор авиации Нечипоренко совершил 27 боевых вылетов.