La stagione successiva si apre con la conquista della Supercoppa italiana ai danni della Roma, gara disputata il 21 agosto e vinta in rimonta dai nerazzurri per 3-1. Sei giorni dopo, in occasione della cerimonia indetta per la consegna degli UEFA Club Football Awards, viene premiato come miglior attaccante della precedente stagione europea per club, aggiudicandosi anche il prestigioso UEFA Club Footballer of the Year. Il giorno successivo gioca titolare in Supercoppa UEFA contro l'Atlético Madrid. La sfida viene vinta dai "Colchoneros" che riescono a battere l'Inter per 2-0 con Milito che sbaglia un calcio di rigore nei minuti finali.