1787 trat Friedrich Christian Freiherr von Eben und Brunnen als Fahnenjunker in die Preußische Armee ein und diente zunächst in dem Leib-Husaren-Regiment „von Eben“ seines Vaters, des Husaren-Generals Karl Adolf August von Eben und Brunnen. Er nahm 1787 am preußischen Einmarsch in Holland und 1792/95 an den Feldzügen des Ersten Koalitionskriegs gegen Frankreich teil. 1792 erfolgte seine Ernennung zum Premierleutnant. 1794 erhielt er mit 21 Jahren wegen vorzüglicher Tapferkeit den Orden Pour le Mérite.