У выніку распачатай у 1517 годзе Рэфармацыі імперыя аказалася расколатай на лютэранскую поўнач і каталіцкі поўдзень. Пратэстанцтва ў першай палове XVI стагоддзя прынялі многія вялікія княствы (Саксонія, Брандэнбург, Курпфальц, Браўншвайг-Люнебург, Гесэн, Вюртэмберг), а таксама найважнейшыя імперскія гарады — Страсбург, Франкфурт, Нюрнберг, Гамбург, Любек. Каталіцкімі засталіся царкоўныя курфюрствы Рэйна, Браўншвайг-Вольфенбютэль, Баварыя, Аўстрыя, Латарынгія, Аўгсбург, Зальцбург і некаторыя іншыя дзяржавы. Канфесійны раскол імперыі ва ўмовах адраджэння прэтэнзій на гегемонію ў Еўропе імператара Карла V (Італьянскія войны), а таксама палітыкі цэнтралізацыі імперскіх інстытутаў, якую ён праводзіў, прывёў да абвастрэння ўнутранага становішча Германіі і нарастання канфлікту паміж саслоўямі імперыі і імператарам. Нявырашанасць царкоўнага пытання і правал спроб імператара дасягнуць кампрамісу па тэалагічных пытаннях на Аўгсбургскім рэйхстагу 1530 года выклікаў афармленне двух палітычных саюзаў у Германіі — пратэстанцкага Шмалькальдэнскага і каталіцкага Нюрнбергскага. Іх процістаянне вылілася ў Шмалькальдэнскую вайну 1546—1547 гадоў, якая ўзрушыла канстытуцыйныя асновы імперыі. Хоць Карл V атрымаў перамогу ў вайне, неўзабаве супраць яго згуртаваліся ўсе асноўныя палітычныя сілы імперыі, незадаволеныя ўніверсалізмам палітыкі Карла, які жадаў стварыць «сусветную імперыю» на аснове сваіх нямецкіх, аўстрыйскіх і іспанскіх уладанняў, і непаслядоўнасцю ў рашэнні царкоўных пытанняў. У 1555 годзе на рэйхстагу ў Аўгсбургу быў складзены Аўгсбургскі рэлігійны мір, які прызнаў лютэранства ў якасці легітымнай рэлігіі і гарантаваў свабоду веравызнання для імперскіх саслоўяў, па прынцыпу «"чыя краіна, таго і вера"» (). Карл V адмовіўся падпісаць гэта пагадненне і неўзабаве склаў з сябе паўнамоцтвы імператара.