Quando a Guerra Civil começou, Crook assumiu o posto de coronel dos voluntários de Ohio, combatendo na Virginia Ocidental. Foi promovido a brigadeiro em 7 de setembro de 1862. Comandou a brigada de Ohio formada pelos regimentos da Divisão Kanawha que participou da Campanha de Maryland. Crook entrou em ação nas batalhas de South Mountain e de Antietam. Nessa época ele manteve uma duradoura amizade com seu oficial, coronel Rutherford B. Hayes da vigésima terceira infantaria de Ohio.