Pierwsze wzmianki dotyczące Debrzna pochodzą z XII w. Osada leżała w granicach średniowiecznej Polski, następnie w XIV w. została zajęta przez Krzyżaków. W 1354 roku miasto otrzymało prawa miejskie z nadania wielkiego mistrza krzyżackiego Winricha von Kniprode. Po wybuchu powstania przeciw Krzyżakom, w 1454 miasto uznało władzę króla Polski. Podczas wojny trzynastoletniej obronione przed Krzyżakami w 1455, jednakże z czasem ponownie utracone. W 1461 miasto zdobył Kazimierz IV Jagiellończyk, a w 1462 roku Debrzno zostało zajęte przez wojska krzyżackie i było oblegane przez wojska Korony Polskiej przez 8 dni, ale nie zostało zdobyte. W 1464 Krzyżacy opuścili miasto, uprzednio je grabiąc i paląc. W wyniku zapisów II pokoju toruńskiego zostało włączone w granice Polski, a po dwunastu latach król Polski potwierdził prawa miejskie Debrzna. Miasto leżało w granicach województwa pomorskiego Korony Polskiej. W 1587, 1620 i 1648 miały miejsce pożary miasta.