Ο Στογιάκοβιτς κλήθηκε για πρώτη φορά στην εθνική ομάδα της &lt;a href="%CE%A3%CE%B5%CF%81%CE%B2%CE%AF%CE%B1%20%CE%BA%CE%B1%CE%B9%20%CE%9C%CE%B1%CF%85%CF%81%CE%BF%CE%B2%CE%BF%CF%8D%CE%BD%CE%B9%CE%BF"&gt;Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γιουγκοσλαβίας / Σερβίας και Μαυροβουνίου&lt;/a&gt; το 1998 μαζί με άλλους ελληνοποιημένους καλαθοσφαιριστές που αγωνίζονταν μέχρι τότε στο ελληνικό πρωτάθλημα (Τάρλατς, Γκούροβιτς και Γιάριτς). Αγωνίστηκε με τα χρώματά της από το 1999 έως το 2003. Κορυφαίες στιγμές του Στογιάκοβιτς με το εθνόσημο ήταν η κατάκτηση του Ευρωμπάσκετ του 2001 και του Μουντομπάσκετ του 2002. Σε αμφότερες τις διοργανώσεις αναδείχτηκε από κοινού με τους Ντέγιαν Μποντιρόγκα, Βλάντε Ντίβατς, Ντράγκαν Τάρλατς, Μίλαν Γκούροβιτς κ.ά. σε έναν από τους πρωταγωνιστές εκείνης της ομάδας.