Неста начал свой последний сезон с «Миланом», выиграв 6 августа 2011 года в Пекине Суперкубок Италии, команда одержала победу над «Интером» со счётом 2:1. «Милан» финишировал вторым после «Ювентуса» в Серии А в том сезоне, выбыл в полуфинале Кубка Италии и в четвертьфинале Лиги чемпионов соответственно. 10 мая 2012 года во время пресс-конференции Неста объявил о своём уходе из Серии А в конце сезона. 13 мая он сыграл последний матч в футболке «Милана», выйдя на замену на 82-й минуте матча с «Новарой». За десять сезонов в миланском клубе Неста сыграл 325 матчей, забив десять голов. В «Милане» он выиграл два титула чемпиона Серии А, Кубок Италии, два Суперкубка Италии, две Лиги чемпионов, два Суперкубка УЕФА и Клубный чемпионат мира.