Осенью 1931 года Сергей Фёдорович Галаджев был переведён на службу в аппарат политического управления Северо-Кавказского военного округа. В 1932 году Галаджев поступил в Военно-политическую академию имени В. И. Ленина в Ленинграде, окончил академию с отличием в 1936 году. После окончания Галаджева оставили в академии: он занимал должность начальника курса, одновременно исполняя обязанности декана сухопутного факультета, осенью 1937 года Галаджев стал начальником второго курса комиссаров, через два года — помощником начальника учебного отдела. В мае 1939 года Галаджев был назначен начальником военно-политического училища 57-го особого корпуса, однако он не успел вступить в должность, поскольку начался военный конфликт на реке Халхин-Гол. Галаджев в боях участвовал в качестве руководителя агитпропчасти при политотделе авиационных частей особого корпуса. В 1940 году Галаджев был назначен политруком 32-й стрелковой дивизии, с 5 октября того же года был военкомом 32-го стрелкового корпуса.