En 1994, con la llegada de Luciano Moggi, Lippi llega a ser el director técnico de la Juventus FC. Este cambio de entrenador en el equipo "bianconero" provocó la cesión de varios futbolistas por motivos de presupuesto, por lo que pocos creían que la Juventus tenía la posibilidad de obtener algún título. Sin embargo, la "vecchia signora" logró ganar el Scudetto después de 9 años. Sería el comienzo de un quinquenio de grandes satisfacciones para la Juventus, que concluyó con tres Scudettos, una Copa de Italia, dos Supercopas de Italia, una Liga de Campeones, y una Supercopa de Europa. Después de cinco exitosas temporadas con la Juventus, los resultados decayeron y Lippi dimitió para pasar al Inter de Milán, donde no logra los éxitos obtenidos con el club "bianconero" (el conjunto lombardo fue 4º en la Serie A 1999-2000 y Lippi fue despedido apenas comenzada la temporada siguiente); por lo que regresa a Turín en junio de 2001 y obtiene otro bicampeonato de Liga en las temporadas 2001-02 y 2002-03, y dos Supercopas de Italia en los años 2002 y 2003.