Efter Al-Qaidas attacker 2001 mot World Trade Center och Pentagon i USA förändrades förhållandet mellan Sudan och Uganda abrupt. Sudans regering var angelägen om att undvika den skuld som häftade vid dem som hade givit Al-Qaida-ledaren Usama bin Ladin en fristad i flera år under 1990-talet. Efter att USA:s utrikesdepartement betecknat LRA som en terroristorganisation, den 5 december 2001 gick Sudan med på att sluta ge stöd till LRA.