C 1778 бригадир, c 1779 под начальством А. В. Суворова. 24 ноября 1780 г. он был произведен из бригадиров в генерал-майоры и затем играл видную роль в операциях, предшествовавших присоединению Крыма к России. После очередного восстания крымских татар, спровоцированного Турцией, в июле 1782 генерал-фельдмаршал Г. А. Потёмкин распорядился двинуть русский войска к Крымским границам и генерал-майор Яков Репнинский был одним из командующих гусарскими и пикинерными полками. По занятию Крыма русскими войсками, в 1785 Репнинский был назначен в Херсон — командиром расположенных в нём войск. В 1786 г. состоял в Екатеринославской армии, 26 ноября 1787 г. получил орден св. Георгия 4-й ст. за 25 лет службы, 14 апреля 1789 г. произведён в генерал-поручики.