Tại đội tuyển Đức, Möller vô địch World Cup 1990 và Euro 1996. Ông thi đấu 85 trận, ghi 29 bàn cho đội tuyển. Ngoài 2 chức vô địch trên, ông còn tham dự World Cup 1994, 1998, về nhì Euro 1992.