Johannes observerte også osmanenes fremstøt mot Morea og benyttet seg nå av eksteskapsallianse for å prøve å styrke sin stilling. Han fikk i 1458 giftet bort sin datter Theodora (som tok navnet Despina Khatun) med Uzun Hasan, sultan i Aq Qoyunlu Samtidig gjorde han fremstøt i forsøk på å forene den ortodokse kirken med den katolske. Allerede i 1434 hadde han besvart brev fra pave Eugenius IV, i sterk motsetning til de tidligere keiserne i Trapezunt som konsekvent hadde ignorert pavens missiver. Metropolitten i Trapezunt var også med i den bysantinske delegasjonen til det økumeniske Konsilet i Firenze 1438-1439. (Konsilet vedtok faktisk i 1439 en gjenforening av de to kirkene, men patriarken av Konstantinopel, Josef II, som ledet østkirkens delegasjon døde to dager etter vedtaket og avtalen ble aldri godkjent i den østlige synoden.)