Der Orden steht in der Tradition des während der Kreuzzüge 1099 in Jerusalem gegründeten katholischen Johanniterordens, der seit dem 16. Jahrhundert als Malteserorden bekannt ist. Anlässlich des Griechischen Unabhängigkeitskriegs versuchten französische Mitglieder des Malteserordens 1823 und erneut 1826 Gelder einzuwerben, mit denen ein Söldnerheer aus demobilisierten Soldaten aufgestellt und eine Mittelmeerinsel, z. B. Rhodos, als souveränes Ordensterritoriums für den Malteserorden erworben werden sollte. Die Bemühungen um Landerwerb blieben letztlich erfolglos. In England konnten aber ein Grundvermögen und einige Freiwillige zusammengebracht werden, die am 12. Januar 1831 unter der Leitung eines spanischen Adligen eine Organisation gründeten, die sich selbst zunächst als neugegründete englische Zunge des Johanniterordens verstand. Als Hauptquartier wurde ein Clubhaus im "St John’s Gate" in Clerkenwell im London Borough of Islington, dem Torhaus eines ehemaligen Johanniterklosters, eingerichtet. Am 29. Januar 1831 wurde der anglikanische Priester und ehemalige Hofkaplan George IV., Rev. Sir Robert Peat, in Anwesenheit des Generalagenten der französischen Zunge des Malteserordens interimsweise zum ersten Großprior gewählt. Man war sich aber einig, dass dieser neue englische Organisation entgegen den Traditionen des Ordens weder monastisch noch zölibatär, sondern pluriform und säkular sein sollte. Nach längeren internen Streitigkeiten wurde 1838 Sir Henry Dymoke zum Prior gewählt, und unter seiner Führung wurde der Kontakt zu den Johanniterorden in Frankreich und Deutschland aufgenommen. Versuche, die offizielle Anerkennung durch den Malteserorden zu erhalten, schlugen fehl, und die englische Priorei erklärte sich zum souveränen Orden in England unter der Bezeichnung "The Sovereign and Illustrious Order of St. John of Jerusalem, Anglia".