Marraskuun alussa 2011 Keshistä tuli Nigerian maajoukkueen päävalmentaja. Helmikuussa 2013 Nigeria voitti Keshin alaisuudessa Afrikan mestaruuden 19 vuoden tauon jälkeen. Keshi oli itse pelaajana voittamassa maan edellistä mestaruutta vuonna 1994. Keshi luotsasi Nigerian myös MM-kisoihin 2014. Joukkue voitti alkulohkossaan Bosnia ja Hertsegovinan, hävisi Argentiinalle ja pelasi tasan Iranin kanssa, mikä riitti jatkopaikkaan. Pudotuspelien ensimmäisellä kierroksella Nigeria hävisi Ranskalle 2–0. Kisojen jälkeen Nigeria pelasi heikosti Afrikan mestaruuskisojen karsinnoissa ja Keshi sai lokakuun puolivälissä potkut. Vain pari viikkoa potkujen jälkeen Nigerian liitto palkkasi Keshin takaisin päävalmentajaksi. Afrikan mestaruuskisojen 2015 karsinnoissa Nigeria ei voittanut Keshin alaisuudessa otteluakaan ja hänen työtään varjostivat jatkuvat riidat maan jalkapalloliiton kanssa. Lopulta Nigerian liitto ei jatkanut enää Keshin sopimusta ja hänet korvasi kesällä 2015 Sunday Oliseh.