После августовского путча 1991 года Юрий Буртин на короткое время оказался близок к новой власти — стал членом политсовета движения «Демократическая Россия» и главным редактором одноимённой газеты. Однако уже через полгода он вместе с ещё несколькими людьми покинул движение, которое, по его мнению, почивало на лаврах и погрязло в карьеризме. Вместе с Еленой Боннэр, Леонидом Баткиным, Владимиром Библером, Львом Тимофеевым и Юрием Афанасьевым Юрий Буртин создал группу единомышленников-радикалов «Независимая гражданская инициатива», регулярно выступавшую с политическими заявлениями. Некоторое время он продолжал быть главным редактором «Демократической России», а затем газеты «Гражданская Мысль», прекратившей существование в 1993 году. В дальнейшем выступал в изданиях: «Московские новости», «Известия» (когда главным редактором был Голембиовский), «Общая газета», «Независимая газета», «Новая газета», «Новое время».