11 сентября 2001 года в 08:01 утра от гейта A17 отбыл самолёт рейса 93 авиакомпании United Airlines, вылетевший по маршруту Ньюарк—Международный аэропорт Сан-Франциско. Борт был захвачен террористами, участвовавшими в событиях 11 сентября и два часа спустя потерпел катастрофу, разбившись в поле близ города Шанксвилл (Пенсильвания). Основываясь на изменении курса следования самолёта, а также на собранной в процессе расследования информации, ряд экспертов полагает, что падение самолёта стало следствием попытки пассажиров и членов экипажа вернуть контроль над самолётом, а сам борт направлялся в здание Капитолия или Белого дома в Вашингтоне, округ Колумбия. В память об этой трагедии аэропорт Ньюарка был переименован в Международный аэропорт Ньюарка Либерти ( — «свобода»). Новое название аэропорта ссылается ещё и на расположение в 11 километрах от аэропорта известной Статуи Свободы. Несмотря на изменения названия, часть местных жителей до сих пор продолжает называть аэропорт прежними и сокращёнными именами: «Аэропорт Ньюарк» или просто «Ньюарк».