Sefilian absolvierte 1986 das armenische Kolleg „Gevorg Tschatalbaschian“ in Beirut. Während des libanesischen Bürgerkrieges (1975–1990) beteiligte er sich an der Selbstverteidigung der armenischen Gemeinde und agierte gleichzeitig als Mitglied und politischer Aktivist der libanesischen Vertretung der nationalistischen Armenischen Revolutionären Föderation (ARF). 1990 wurde Sefilian nach Armenien entsandt, um freiwillige militärische Einheiten für den bevorstehenden Krieg mit Aserbaidschan in Bergkarabach auszubilden. Ab 1991 nahm er unmittelbar an den bewaffneten Kämpfen teil. Die von ihm persönlich befehligten Spezialeinsatzkräfte spielten eine entscheidende Rolle bei der Eroberung der damals mehrheitlich aserbaidschanisch besiedelten Stadt Schuscha im Mai 1992. Seine Einheiten waren zudem im weiteren Kriegsverlauf an der Eroberung der Städte Aghdam, Kəlbəcər, Mardakert (Ağdərə) und Martuni (Xocavənd) involviert.