Na de vlucht van Hess naar Engeland verloor Haushofer zijn invloed in de politiek. De betrokkenheid van zijn zoon Albrecht Haushofer bij de aanslag op Hitler op 20 juli 1944 leidde ertoe dat Karl Haushofer voor een periode van 8 maanden werd opgesloten in Dachau. Tijdens de Neurenbergprocessen trachtte Haushofer zijn geopolitieke invloed te minimaliseren. In 1946 pleegde hij op 76-jarige leeftijd met zijn vrouw zelfmoord.