Die Diözese wurde am 13. Juli 1548 von Papst Paul III. errichtet. Durch Gebietsabtretung entstand 1620 das Bistum Durango. Nach der mexikanischen Unabhängigkeit wurde das Bistum Guadalajara am 26. Januar 1863 von Papst Pius IX. zur Erzdiözese erhoben. In den nachfolgenden Jahren entstanden durch weitere Gebietsabtretungen die Bistümer Zacatecas (1863), Colima (1861), Tepic (1891), Aguascalientes (1899), Autlán (1961), die Territorialprälatur Jesús María del Nayar (1962), sowie das Bistum Ciudad Guzmán und schließlich San Juan de los Lagos (1972).