V červnu roku 2016 negativně postihnul rozvíjející se společnost pokus o vojenský převrat v Turecku. Turkish Airlines oznámily rekordní finanční ztrátu za první pololetí roku 2016 ve výši 644,4 milionů amerických dolarů. Od začátku platnosti zimního letového řádu byly zrušeny lety do osmnácti destinací, o lety přišla města: Aalborg, Akaba, Batna, Bordeaux, Friedrichshafen, Gassim, Chudžant, Ivano-Frankovsk, Janov, Kano, Karlsruhe, Kermanšáh, Münster-Osnabrück, Oš, Pisa, Rotterdam, Santiago de Compostela a Tlemcen. Na mnoha dalších, zejména evropských, ale i několika mezikontinentálních trasách bylo oznámeno snížení počtu frekvencí – například linka Istanbul - Budapešť byla redukována z 25 na pouhých 14 letů týdně. Linky z Istanbulu do Prahy se zimního letového řádu 2016 redukce provozu nedotkly a lety zůstaly v nabídce s frekvencí tří letů denně. Také linka do Košic, zavedená v létě 2016, pokračovala v provozu i přes zimu 2016 s nabídkou tří letů týdně. Až desítky letadel byly staženy z provozu a uzemněny. V březnu 2017 byly ukončeny lety do japonské Osaky, naopak od 12. prosince 2016 otevřely Turkish Airlines lety na Zanzibar.