Ещё в 1844 году Вернёй начал работать с палеонтологическим материалом из Испании, привезённым другими учёными. В 1849—1862 годах неоднократно приезжал на Пиренеи, где проводил геологические исследования в Испании и Португалии вместе с Эдуардом Коломбом. В 1847 году изучал Силурийский период Богемии, в 1858—1864 годах несколько раз побывал на Везувии и на вулкане Санторин (вулкан) одноимённого острова.