À l'origine, la chapelle romane a été construite en 1187 au bord de la Mugnone par les chanoines réguliers de Saint-Augustin Portuense, surnommés "polverosi" (en français "poussiéreux") en raison de la couleur de leur robe. Au , le couvent de San Donato appartint à la confrérie des Umiliati. En 1322, la propriété passa sous le contrôle des cisterciens et en 1442 le pape Eugène IV y installa les religieuses de Santa Maria Maddalena della Convertite de Borgo Pinti.