La stagione 2007-2008, iniziata con la vittoria della Supercoppa italiana, vide Panucci perdere progressivamente il ruolo di terzino titolare in favore del nuovo acquisto Cicinho, venendo impiegato quasi solo difensore centrale di riserva e segnò in totale 6 gol (5 in campionato, uno in Champions League), e con la squadra arrivò 2º in campionato e vinse di nuovo la Coppa Italia.