Im September 2012 erhielt Krause vom Europäischen Forschungsrat im Rahmen der Starting Grants eine Förderung für sein Projekt "Ancient Pathogen Genomics of Re-emerging Infectious Disease", in dem anhand der DNA entsprechender Krankheitserreger die Evolution verschiedener historischer Infektionskrankheiten und Pandemien untersucht werden sollen. In Zusammenarbeit mit dem Max-Planck-Institut für Entwicklungsbiologie wurde im Mai 2013 eine Arbeit veröffentlicht, wonach die Erreger, die die Große Hungersnot in Irland auslösten (HERB-1), nicht mit dem heute verbreiteten Stamm des Eipilzes "Phytophthora infestans" (US-1) identisch sind. Beide Erregerstämme gehen demnach auf einen gemeinsamen Vorfahren zurück, entwickelten sich jedoch getrennt voneinander. Mit dem Aufkommen resistenter Kartoffelsorten verschwanden die HERB-1-Stämme und wurden durch US-1 abgelöst.