Особисто Франц пережив ще одне приниження: Наполеон вимагав руку його дочки Марії-Луїзи, і Франц мав погодитись на це споріднення з Наполеоном, якого вважав простим авантюристом. Франц розглядав цей шлюб як велику жертву батьківщині, але політичне становище країни не покращилось. Після особистих перемовин з Наполеоном у Дрездені, в травні 1812 року, Франц змушений був відправити свої війська проти Росії; але в липні 1813 року він долучився до Шостої коаліції союзників, що воювали з Наполеоном. За першим Паризьким миром він повернув більшу частину втрачених земель.