Al final del siglo se desarrolla un movimiento independentista, el Katipunan, que se enfrentaría en un conflicto armado con la gobernación española y daría lugar a la llamada Revolución filipina. Uno de los personajes clave de este movimiento fue José Rizal, cirujano oftalmólogo y novelista, injustamente acusado de ser miembro del Katipunan, pero su asesinato por las autoridades españolas en 1896 hizo de él un mártir nacional y reforzó la resistencia al régimen virreinal. Otros personajes claves fueron Andrés Bonifacio fundador del Katipunan y el general Emilio Aguinaldo otro de los líderes del movimiento independentista.