Po zdobyciu przez Turków w 1471 roku otrzymała nazwę Gözleve ("Gezlev"). Po 1485 część Chanatu Krymskiego. Po przyłączeniu Krymu do Rosji w 1783 r. miasto otrzymało dzisiejszą nazwę Eupatoria. W 1855 w trakcie wojny krymskiej w okolicach miasta doszło do bitwy, w której połączone siły turecko-francusko-brytyjskie odniosły zwycięstwo nad wojskami rosyjskimi.