Тем временем Кохрейн, матросам которого не платили жалованье, конфисковал находившиеся на его кораблях денежные средства в счёт долга. Сан-Мартин посчитал это бунтом, создал Перуанский флот, куда взял на службу Бушара. После завершения конфронтации с чилийцами Бушар продолжил службу Перу, и в 1828 году принял участие в войне против Колумбии; после смерти адмирала Мартина Хорхе Гисе он стал командующим Перуанским флотом, однако год спустя ушёл в отставку.