Юрий Фельзен родился в еврейской семье, незадолго до его рождения перебравшейся в Санкт-Петербург из Риги. Его отцу Бернгарду Абрамовичу Фрейденштейну (1864—1933), как врачу, было дозволено разрешение проживать вне черты оседлости.