La începutul celei de-a doua Intifada, gruparea a devenit ținta principală a Israelului. Tăria organizației și abilitatea ei de a executa atacuri complexe și letale au surprins mulți observatori. Brigăzile Ezzedin Al-Qassam au operat câteva celule în Cisiordania, dar majoritatea au fost distruse în 2004 ca urmare a numeroaselor operațiuni ale armatei israeliene în regiune. În contrast, Hamas a păstrat o prezență puternică în Fâșia Gaza, considerată în general cartierul său general. Liderul actual al grupării este Mohammed Deif, iar adjunctul său Marwan Issa.