1938年，德国與奥地利合併後，泡利成为了德国人。1939年，第二次世界大战爆发后，他的处境變得很困难。1940年，他試圖申請成為瑞士公民，這樣他就可以繼續在苏黎世联邦理工学院教書，可惜未果。他只好遠赴美國普林斯顿高等研究院擔任理论物理教授。二战過後，在1946年，泡利在返回苏黎世之前加入美国国籍。1949年，他終於獲得了瑞士国籍。他回到蘇黎世，並在那裡度過餘生。