После начала войны с СССР 25 января 1942 года Кранебиттер был назначен командиром полиции безопасности и СД в Харькове. Занимался уничтожением евреев при помощи газвагенов. Также руководил массовыми казнями в окрестностях города, в ходе которых были расстреляны несколько тысяч заключённых. По прямому приказу Кранебиттера были убиты 60 детей из детской больницы. После освобождения Харькова Красной армией ему было предъявлено обвинение. На харьковском судебном процессе, проходившем в декабре 1943 года, он был признан одним из главных виновных в гибели 40 000 человек.