Po trestu za nedostatečnou podporu císaře za šmalkaldské války (tzv. "Pönfall") v roce 1547 přišla Lubáň jako ostatní členové Šestiměstí o svá privilegia a celý pozemkový majetek. Většinu vesnic, které město vlastnilo v období svého rozkvětu, se již nepodařilo získat zpět. Pouze obce Geibsdorf a Laubaner Hohwald mohly zůstat v majetku města po několik století. Finanční situaci Lubáně nezhoršila jen tato opatření, ale také povodně (1550, 1556), mor a městský požár (1554). K hospodářskému oživení došlo až ve druhé polovině 16. století. V 70. letech se ustavila obchodní komora výrobců plátna, jejíž stanovy byly potvrzeny městskou radou v roce 1577. Na přelomu 16. a 17. století se navzdory své okrajové poloze stala Lubáň krátce důležitým kulturním centrem Horní Lužice. Pozitivní vývoj ale přerušila třicetiletá válka a několikeré plenění města. Ve 20. až 30. letech 17. století v Lubáni několikrát přenocoval Albrecht z Valdštejna. V posledních letech války městská populace trpěla zejména pod útoky švédské armády. Jedním z následků války potom bylo předání markrabství Horní Lužice do správy saského kurfiřta Jana Jiřího I. po té, co byl uzavřen tzv. Pražský mír (1635).