Siakam foi selecionado pelos Raptors na primeira rodada do Draft de 2016 com a 27ª escolha geral. Como novato, ele jogou vários jogos no Raptors 905, o afiliado de Toronto na D-League, e ajudou o time a conquistar o título da D-League, sendo o MVP das Finais. Ele venceu o título da NBA com o Raptors em 2019 e ganhou o Most Improved Player Award no mesmo ano.