St. Clair foi membro do Conselho dos Censores de Pensilvânia em 1783 e foi eleito delegado do Congresso da Confederação, servindo desde 2 de Novembro de 1785 até 28 de Novembro de 1787. O Caos governava no início de 1787 com a Rebelião de Shays na sua máxima força força e os estados recusando-se a resolver disputas de terras ou a contribuírem para o governo federal agora com seis anos de idade. Em 2 de Fevereiro de 1787, os delegados finalmente reuniram-se em quórum e elegeram St. Clair para um mandato de um ano como Presidente do Congresso Continental. O Congresso promulgou a sua legislação mais importante, a criação do Território do Noroeste, durante o mandato de St. Clair como presidente. O tempo estava a acabar para o Congresso da Confederação, no entanto, durante a presidência de St. Clair, a Convenção de Filadélfia estava a elaborar uma nova Constituição dos Estados Unidos, que iria abolir o antigo Congresso.