В 2002—2003 годах Хучбаров участвовал в подготовке террористок-смертниц для различных терактов, в том числе и для захвата Театрального центра на Дубровке; им же были подобраны «шахидки», взрывавшие себя в Москве и Моздоке. По показаниям Рустама Ганиева, организатора взрыва автобуса с военными в Моздоке в июне 2003 года, Руслан Хучбаров также нёс ответственность за взрыв у здания УФСБ Ингушетии в Магасе 15 сентября 2003 года, когда двое смертников на грузовике ГАЗ-53 подорвали бомбу, мощность которой составила почти тонну в тротиловом эквиваленте; в результате взрыва погибли 3 человека, а 32 получили ранения. Полковник лично закупал селитру для этого теракта.