Fra og med 2002/2003-sæsonen blev Asian Champions Cup, Asian Cup Winners Cup og Asian Super Cup samlet til én turnering, der blev kaldt AFC Champions League. I de foregående år havde de nationale mestre og de nationale pokalmestre deltaget i hver sin turnering, men nu deltager begge hold i samme turnering. I den første udgave deltog der (efter adskillige kvalifikationsrunder) seksten hold. 2003/2004-sæsonen blev aflyst pga. SARS-virus og krigen i Irak. I 2004 blev turneringen relanceret med 28 hold fra fjorten lande. I det nuværende format er disse 28 hold delt i syv grupper med fire hold i hver, hvor de spiller ude og hjemme mod de øvrige hold i gruppen. De syv gruppevindere og den forsvarende mester kvalificerer sig til kvartfinalerne. Kvartfinaler, semifinaler og finaler spilles over to kampe med sædvanlige regler om udebanemål, ekstratid og straffesparkskonkurrence, hvis der er mållighed efter to kampe. I 2007 deltog også klubber fra Australiens Hyundai A-League-turnering i Champions League.