In Junie 1912 ds. Kestell en sy gesin Ficksburg verlaat nadat hy ’n beroep aangeneem het na die Tweetoringkerk in Bloemfontein. Hy is in 1909 verkies tot moderator van die Vrystaatse Kerk en hierdie eer is weer aan hom bewys met die volgende Sinodale sittings, in 1912 en 1916. As moderator was hy op 16 Desember 1913 een van die sprekers by die onthulling van die Nasionale Vrouemonument in Bloemfontein. Hy is in 1911 verkies tot voorsitter van die Raad der Kerke, die voorloper van die Algemene Sinode wat in 1962 tot stand gekom het. Met die Rebellie van 1914 was daar groot meningsverskil in feitlik elke gemeente en het die Kerk gedreig om te skeur, maar ds. Kestell het daarin geslaag om met groot wysheid op ’n konferensie van predikante op 27 Januarie 1915 in Bloemfontein en weer op die Sinode van April 1915 die kwessie grootliks te ontlont.