Une grave épidémie de peste frappe Londres à partir d', avec plus de pour la seule semaine du . Le roi, sa famille et la cour quittent Londres en juillet pour Salisbury, tandis que le Parlement se réunit à Oxford. Les diverses tentatives menées par les responsables de la santé de Londres pour endiguer l'épidémie échouent et la maladie se propage rapidement. Le roi rentre à Londres en , mais quelques mois plus tard, un immense incendie embrase le centre de la ville, détruisant plus de et , dont la cathédrale Saint-Paul. Bien que le feu se soit déclaré dans une boulangerie de Pudding Lane, la population met l'incendie sur le compte d'une prétendue conspiration catholique. Charles et son frère Jacques jouent un rôle dans la lutte contre l'incendie.