En su primera aparición de la temporada 2016-17 contra Sampdoria el 11 de septiembre, igualó el récord de Paolo Maldini jugando durante 25 temporadas de la Serie A. Con la Roma perdiendo por 2:1 al descanso, Francesco salió del banquillo y asistió a Edin Džeko para que igualara el marcador y luego anotó el gol de la victoria. Su anotación significó que logró marcar al menos una vez en cada una de las últimas 23 temporadas consecutivas de su carrera. El 25 de septiembre, anotó de tiro penal su gol 250 en la liga en la derrota por 3:1 ante Torino. El 29 de septiembre, dos días después de su cumpleaños 40 fue elogiado por su rendimiento en la victoria en conidicón de local por 4:0 sobre el Astra Giurgiu en la Liga Europa de la UEFA; jugó los 90 minutos del partido, proporcionando dos asistencias, mientras que también participó en el tercer gol.