En el marco de la Segunda Guerra Mundial, los ejércitos de las Potencias del Eje invadieron Yugoslavia en 1941, desarticulándola en diversos territorios bajo su dominio. Gran parte de Kosovo fue entregada a la Gran Albania ocupada por la Italia fascista, el sur quedó bajo la administración del Reino de Bulgaria y el norte por la Serbia de Nedić. Durante la ocupación, los grupos armados albaneses locales (llamados "Vulnetari") iniciaron una campaña para establecer un territorio kosovar homogéneamente étnico, para lo cual se realizaron redadas y deportaciones de eslavos, judíos y gitanos, lo que se incrementaría tras la capitulación italiana y la ocupación de Albania por la Alemania Nazi en septiembre de 1943. Se estima que entre 10 000 y 30 000 serbios fueron asesinados y más de 100 000 huyeron de la zona.