In de winter volgde Gardner het leger van Ambrose Burnside en fotografeerde hij de Slag bij Fredericksburg. Op 26 mei 1863 opende hij samen met zijn broer James Gardner hun eigen studio in Washington D.C. Vervolgens fotografeerde Gardner ook de Slag bij Gettysburg en het Beleg van Petersburg. Na de moord op president Lincoln werd hij door het ministerie van Oorlog gevraagd of hij foto's wilde maken van de samenzweerders die gevangen werden gehouden op de schepen de USS Saugus en de USS Montauk. Hij was vervolgens ook bij hun executie aanwezig op 7 juli 1865 en legde deze vast.