У 1691 році Хусейн Кепрюлю призначається каймакамом Стамбула. Але вже у 1692 році він знову повертається до керування санджаком. У 1694 році стає капудан-пашою, допомагає османському військовику Мезоморті Хусейну-паші відвоювати у 1695 році у венеційців острів Хіос. З цього моменту довіра до Хусейна з боку султана Мустафи II значно зросла. У 1696 році він знову стає каймакамом Стамбула. З огляду на складну військову ситуацію того ж року Хусейн Кепрюлю отримує посаду каймакама Белграда. У 1697 році сюди підійшли основні османські війська на чолі із султаном. Під час військової ради Хусейн Кепрюлю запропонував рушити на фортецю Вараждин, щоб звідти створювати небезпеку військам Австрії та їх союзникам. Втім більшість підтримала план руху війська на Зенту. Цей план підтримав Мустафа II. Втім 11 вересня 1697 року османська армія була розбита під Зентою військами на чолі із Євгеном Савойським. Вже 17 вересня султан призначає Хусейна Кепрюлю великим візиром.