Perry a 2012–2013-as snooker szezon-t egy Wuxi Classic-n lévő 2. körrel kezdte, köszönhetően Matthew Stevens visszalépésének, ahol 5–4-re kikapott Ricky Walden-től. 5–1-re legyőzte Marco Fu a 2012-es Australian Goldfields Open 1. körében, mielőtt elérte a legjobb eredményét a szezonban a 2012-es Shanghai Masters-n. Barry Pinches-t győzte le a selejtezőkben, Matthew Stevens-t 5–2-re az első körben, majd Neil Robertson-t 5–0-ra, hogy elérje a negyeddöntőket. A negyeddöntőkben Perry és Mark Williams között Perry lökött egy 131-t, hogy kiharcolja a döntő frémet, amit elvesztett. Nyert két egyéb mérkőzést is pontszerzőn a szezonban. Az első a 2013-as Welsh Open első köre volt, ahol a világelső Mark Selby-t győzte le 4–0-ra. A következő körben a veterán Alan McManus 4–3-ra győzte le. A másik a 2012-2013-as Players Tour Championship - döntő alatt volt, ahova 20.-ként selejtezte magát a kiemelési lista alapján. Stuart Bingham-t győzte le 4-2-re, mielőtt 4–3-ra Ben Woollaston-tól kapott ki. Perry szezonja befejeződött, amikor a 2013-as snooker-világbajnokság selejtezőinek utolsó körében 10–4-re legyőzte a ranglista 84. helyezettje: Sam Baird. 20.-ként zárta a szezont.