Године 64. п. н. е. је за време трећег митридатског рата Апамеју заузео римски војсковођа Помпеј и отада је био под влашћу римске државе. Римљанима је град идаље служио и наставио је да се развија као важна војна база. Године 115. је за време владавине цара Трајана Апамеју погодио катастрофалан земљотрес, што је римске цареве све до Марка Аурелија натерало да улажу велика средства у његову обнову. Ти напори су уродили плодом, па је број становника нарастао на пола милиона, а Апамеја постала и важно културно средиште, посебно значајно због развитка неоплатонистичке филозофске школе, односно миешања Платонове филозофије са оријенталним елементима.