Razpad Jugoslavije v začetku devetdesetih let je močno zmanjšal število potovanj do Jadranskega morja, Ljubljane in Zagreba, nekdaj najprometnejših zračni poti iz Niša. Sledile so sankcije Združenih narodov, uvedene proti Srbiji in Črni gori, vključno z prepovedjo mednarodnih letalskih potovanj. V teh okoliščinah je obseg prometa dosegel najnižjo točko, edini leti so potekali v poletnem času do letališča Tivat. Leta 1998 se je obseg prometa povečal zaradi velike količine zračnega prometa iz mednarodnega letališča v Prištini, ki je bil izven uporabe zaradi številnih meglenih dni, v katerih je promet uspešno potekal iz Niša. Letališče je bilo močno poškodovano med Natovim bombardiranjem Jugoslavije leta 1999