C'est à cette époque que dans un Maghreb où les anciens États sont en déliquescence qu'apparaissent les frères Barberousse, corsaires grecs convertis à l'islam qui s'implantent dans la ville voisine de Jijel. Ils se joignent aux différentes tentatives de reprendre la ville aux Espagnols grâce à leur savoir-faire en matière de navigation. Ils finissent par fonder leur propre État autour d'Alger, basé en partie sur l'activité corsaire, et étendent rapidement leur influence sur l'Algérie septentrionale en rentrant progressivement dans l'orbite ottomane et en se présentant aux yeux de la population comme concurrents directs des Espagnols. Béjaïa devient rapidement un objectif stratégique ; les Barberousse évincent progressivement les Hafsides de Constantine et Annaba. Charles Quint se sert de la ville comme un repli après la désastreuse expédition de 1541 contre Alger.