Sainio on pelannut Suomen naisten jalkapallomaajoukkueessa 48 ottelua. Viimeksi hän oli maajoukkueen mukana lokakuussa 2020 Skotlantia vastaan. Vuoden 2009 EM-kilpailuissa hän kuului Suomen aloituskokoonpanoon kahdessa alkulohko-ottelussa sekä puolivälieräottelussa Englantia vastaan. Nuorten maajoukkueissa hän pelasi alle 19-vuotiaiden EM-kisoissa kotikisoissa 2004 sekä 2005 Suomen selviytyessä välieriin sekä alle 20-vuotiaiden MM-kisoissa 2006.