L'arcipelago è meta di numerose specie di uccelli migratori e di specie nidificanti. Dal 1996 è riconosciuto come sito Ramsar. Tra gli uccelli più facilmente avvistabili vi sono il pellicano bruno ("Pelecanus occidentalis"), la sula piedirossi ("Sula sula"), la sula fosca ("Sula leucogaster") e il gabbiano sghignazzante ("Leucophaeus atricilla"). Tra le specie presenti meritano inoltre un cenno il platanero ("Coereba flaveola lowii") e la parula delle mangrovie ("Setophaga petechia obscura"), sottospecie endemiche di Los Roques, e la tortorina grisacea ("Columbina passerina albivitta"), endemismo delle Piccole Antille.