Privé de ses appointements, Lesueur se trouve presque réduit à la misère lorsqu'en 1804, Bonaparte le nomme maître de la chapelle des Tuileries, en remplacement de Giovanni Paisiello. Temporairement différé par Nicolas Dalayrac dont "Le Pavillon du Calife" tombe, il donne alors son œuvre la plus célèbre, "Ossian ou Les Bardes", qui remporte un immense succès à l'Opéra et devient l'opéra préféré de l'empereur, qui accorde au compositeur la croix de chevalier de la Légion d'honneur. Lesueur compose ensuite la "Marche triomphale" du sacre de Napoléon et, à cette occasion, dirige à Notre-Dame une messe de Paisiello et un "Vivat" de l'abbé Roze. En 1813, il est nommé membre de l'Académie des beaux-arts en remplacement d'André Grétry.