De marxistisch georiënteerde FRELIMO – inmiddels een politieke partij – richtte zich op de DDR en de Sovjet-Unie voor economische en ideologische steun. Binnenlands probeerde men Mozambique te veranderen in een volksrepubliek. Al spoedig werd FRELIMO zelf geconfronteerd met een verzetsbeweging: RENAMO. Deze beweging werd gesteund door het toenmalige Rhodesië, Zuid-Afrika, en, indirect, door de Verenigde Staten. RENAMO brandde velden plat en viel bevoorradingstrucks aan. Daarnaast had de droogte van 1983 een verwoestende uitwerking. Tegen het eind van de jaren tachtig was Maputo veranderd in één grote smerige ruïne, terwijl Gorbatsjov FRELIMO liet weten dat hij het regime niet langer zou steunen. Niettemin was hij wel van mening dat de Sovjet-Unie recht had op een soort betaling, dus namen de Russen bij hun vertrek het weinige vee dat de burgeroorlog had overleefd mee naar Rusland.