Nel 1988 dopo 4 anni in Formula 1, Brundle decise di partecipare al Campionato del mondo sportprototipi guidando per il team TWR-Jaguar, alla guida di una Jaguar XJR-9. Nella stessa stagione vince il titolo mondiale piloti; con la stessa vettura vince anche la 24 Ore di Daytona. Rimase comunque collaudatore per la Williams in massima serie e partecipò al Gran Premio del Belgio, in sostituzione di Nigel Mansell (affetto da problemi di salute), arrivando settimo al traguardo, sfiorando la zona punti.