Zum Förderer in der Zeit des Nationalsozialismus wurde Hanns-Conon von der Gabelentz. Im Jahr 1933 wurden seine Werke in der Ausstellung „Entartete Kunst“ in Dresden geächtet. Im Jahr 1934 zog er nach Berlin-Charlottenburg. 1936 waren rund 40 seiner Werke Teil der nationalsozialistischen Ausstellung „Entartete Kunst“, Felixmüller wurde aus dem Verein Berliner Künstler ausgeschlossen. Im Jahr 1937 wurden seine Bilder aus allen öffentlichen Sammlungen entfernt. Die Nationalsozialisten vernichteten zwischen 1938 und 1939 insgesamt 151 seiner Werke. 2012 tauchte beim Schwabinger Kunstfund ein Aquarell „Paar in Landschaft“ (1924) auf. Im Jahr 1941 verlegte er seinen Wohnsitz wegen der drohenden Bombardierung nach Darmsdorf. Sein Berliner Domizil wurde 1944 bei einem Bombenangriff zerstört, und er zog 1944 nach Tautenhain bei Leipzig. Nach kurzem Kriegsdienst (1944/45) kam er 1945 in Sowjetische Kriegsgefangenschaft.