Nachdem die Kommunistische Partei ihre Aktivitäten aufgrund des Münchner Abkommens im November 1938 einstellen musste, emigrierte Clementis über Polen und die Sowjetunion nach Frankreich. Nach dem Ausbruch des Zweiten Weltkriegs wurde er von den französischen Behörden verhaftet. Weil er sich freiwillig zur Tschechoslowakischen Armee in Frankreich meldete, wurde er aus der Haft entlassen. Infolgedessen, aber auch wegen seiner Kritik am Deutsch-sowjetischen Nichtangriffspakt und dem Winterkrieg zwischen der Sowjetunion und Finnland wurde er aus der KSČ ausgeschlossen. Dann emigrierte er mit seiner Gruppe nach London, wo sie zuerst interniert, später jedoch entlassen wurden, und arbeitete danach für den Tschechoslowakischen Rundfunk in London als Journalist und Sprecher.