1406 року Піза була завойована Флоренцією. За умов початку Італійських війн 1494 року в місті почалось повстання й була проголошена незалежність республіки, однак уже 1509 року, після багатомісячної облоги, Піза капітулювала перед силами Флоренції, які мали чисельну перевагу. 1569 місто увійшло до складу великого герцогства Тоскана.