Per il resto della stagione la Ferrari ha scelto di affidare la sua monoposto a Michael Schumacher, che ha poi dovuto rinunciare per problemi al collo. Al suo posto è subentrato Luca Badoer. Dati gli scarsi risultati di quest'ultimo, la Ferrari decide di sostituirlo dopo due gran premi con un altro pilota italiano, Giancarlo Fisichella. Dopo il decorso post-operatorio Massa è sottoposto a una serie di esami neurologici, coordinati dal medico delegato della FIA, svoltisi a Parigi il 10 ottobre 2009. A seguito dei risultati positivi ottenuti, Massa torna il 12 ottobre alla guida di una vettura di Formula 1, la Ferrari F2007 in dei "test" a Fiorano. Al Gran Premio del Brasile gli viene affidato l'incarico di sventolare la bandiera a scacchi.