Le , le comité militaire du parti Baath lance un coup d'État contre Koudsi. Les dirigeants du Baath voulaient reconstituer la République arabe unie et ont arrêté pour cela le président Koudsi. Il s'est fait bannir de Syrie la même année. Il a vécu en exil en Europe puis en Jordanie, jusqu'au jour où le président Hafez el-Assad l'ait invité à revenir en Syrie en 1971. Il est resté en Syrie tout au long des années 1970.