Nel 2008-2009 Delneri disputa un campionato tranquillo stazionando sempre nelle posizioni di centro classifica. Da sottolineare la vittoria per 3-1 sull'Inter di José Mourinho poi campione d'Italia. La dirigenza, non più guidata da Ivan Ruggeri, dichiara di non voler andare oltre la salvezza. A poche settimane da fine stagione annuncia che non allenerà più la squadra orobica l'anno successivo. Termina la stagione all'undicesimo posto con 47 punti.