Tras ser liberado en 1872, Ootori aceptó participar en el gobierno Meiji. En un primer momento trabajó en el proyecto de ganar tierras al mar; en 1866 fue nombrado presidente del "Gakushūin," y en 1889 fue enviado como embajador en China y Corea. Jugó un papel determinante en el inicio de la primera guerra chino-japonesa.