Співпрацював з польською санаційною владою у справі полонізації та деукраїнізації Галичини. Кореспондував із греко-католицьким духовенством, а зокрема із Митрополитом Андреєм Шептицьким у справах Волинської трагедії. У другій половині грудня 1939 року був позбавлений резиденції при вулиці Чарнецького 32 (нині вул. Винниченка), певний час проживав у домі отців місіонерів на вулиці Дверницького (нині вул. Свєнціцького). Повернувся у архієпископський палац 16 липня 1941. Прогресуюча хвороба призвела до того, що митрополит більшість керівних функцій склав на єпископа-помічника Евгеніуша Базяка, котрий від 26 квітня 1944 року виконував функцію коад'ютора із правом наступництва.