Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd de stad zwaar beschadigd door een Duitse aanval met bommenwerpers. In de nacht van 2 december 1943 vielen 105 Junkers Ju 88 bommenwerpers de haven aan. Zuid-Italië was inmiddels in handen van de geallieerden en de haven lag vol met oorlogs- en transportschepen. Bari lag met zijn haven in de frontlijn van de Italiaanse Veldtocht. Ruim 20 schepen zonken als een gevolg van de aanval, waaronder het Liberty vrachtschip "John Harvey" met een lading mosterdgas. Het schip lag te wachten om gelost te worden. De lading was geheim en de havenautoriteiten waren hiervan niet op de hoogte gesteld. Het mosterdgas kwam vrij en reddingswerkers konden niet adequaat reageren op de bijzondere verwondingen, waardoor het totaal aantal doden van de aanval op zo’n 2000 uitkwam, waarvan de helft burgers. Op bevel van de allerhoogste politieke en militaire leiders bleef dit geheim en pas in 1967 werd dit bij het grote publiek bekend, na de publicatie van het boek "Disaster at Bari" van Glenn Infield. Een opmerkelijk feit is dat uit dit drama ook iets positief kwam. Wetenschappers stelden vast dat de slachtoffers een opmerkelijk bloedbeeld hadden wat betreft de witte bloedlichaampjes. Van hieruit is uiteindelijk de chemotherapie ontwikkeld. Nog tijdens de Tweede Wereldoorlog verbleven Geallieerde officieren in het Palazzo Fizzarotti.