В 1997 году, выступая за скромную «Аталанту», Индзаги забил 24 гола в Серии А и незамедлительно был куплен «Ювентусом». 18 марта 1998 года во время ответного матча четвертьфинала &lt;a href="%D0%9B%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D1%87%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BE%D0%B2%20%D0%A3%D0%95%D0%A4%D0%90%201997/1998"&gt;Лиги чемпионов УЕФА 1997/98&lt;/a&gt; «Динамо» (Киев) — «Ювентус» забил 3 из 4-х мячей в ворота киевского клуба. Матч закончился со счётом 4:1 в пользу «Ювентуса». В 2001 году перешёл из «Ювентуса» в «Милан». В 2007 году в финале Лиги Чемпионов «Милан» встречался с «Ливерпулем», благодаря двум голам Индзаги «Милан» выиграл со счётом 2:1, став обладателем кубка. 15 марта 2009 года «Милан» разгромил на выезде «Сиену» со счётом 5:1. Дубль на свой счёт записал нападающий Филиппо Индзаги. Его второй мяч в ворота тосканцев стал 300-м в профессиональной карьере Индзаги. Тем самым Индзаги стал четвёртым членом элитарного «клуба 300», в котором первые три строчки занимают Сильвио Пиола (364 мяча), Джузеппе Меацца (338) и Роберто Баджо (318). 19 мая 2011 года игрок продлил контракт с «Миланом» сроком до 30 июня 2012 года. В &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%98%D1%82%D0%B0%D0%BB%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%202011/2012"&gt;сезоне 2011/2012&lt;/a&gt; на поле практически не выходил, сначала из-за травмы, после из-за большой конкуренции в атаке, в лице Ибрагимовича, Эль-Шаарави, Робиньо, Макси Лопеса, Пато и восстановившегося Антонио Кассано. 8 мая 2012 года объявил об уходе из клуба по окончании сезона. 13 мая 2012 года сыграл последний матч в футболке «Милана» против «Новары», забил победный гол на 82-й минуте, через 15 минут после выхода на поле.