20 декабря 1922 года на Народном собрании был избран президентом Польши после убийства в Варшаве Габриэля Нарутовича. На этом посту посту он находится с 22 декабря 1922 года до 14 мая 1926 года. В 1926 году Станислав Войцеховский в ходе Майского переворота вооружённым путём был отстранён от власти своим старым другом Юзефом Пилсудским. После этого Войцеховский жил частной жизнью и умер в Голомбках, около Варшавы в 1953 году в возрасте 84 лет.