Le frodi elettorali verificatesi in occasione delle elezioni legislative del 1957, con la mancata elezione di numerosi ministri filo-musulmani, innescarono una violenta rivolta islamica. Conosciuta come guerra civile del 1958, essa ebbe come lontana conseguenza una successiva lunga guerra civile, durata 17 anni (1975-1990). Shihab, sempre comandante delle Forze Armate schierò l'esercito contro i nazionalisti panarabi naseriali. Riuscì in tal modo a impedire che l'opposizione prendesse il controllo di posizioni di importanza strategica, quali erano gli aeroporti e gli edifici governativi.