Μετά την εισβολή της ναζιστικής Γερμανίας στην ΕΣΣΔ τον Ιούνιο του 1941, ούτε οι Γερμανοί έκλεισαν τη Λαύρα, αλλά κατάσχεσαν όλα όσα είχαν απομείνει από την επιδρομή των σοβιετικών αρχών. Τότε σχηματίσθηκε η Ουκρανική Αυτοκέφαλη Ορθόδοξη Εκκλησία, με τη στήριξη των αρχών κατοχής. Ωστόσο η Λαύρα του Ποτσαΐβ δεν ακολούθησε σε αυτό που απεκάλεσε «σχίσμα». Αντιθέτως, το 1941 απετέλεσε το κέντρο του λεγόμενου «Αυτονομιστικού» κινήματος, που διεκδικούσε την υπαγωγή στη δικαιοδοσία της Μόσχας, ενώ ταυτοχρόνως θα ήταν ελεύθερο να δρα ανεξαρτήτως αυτής για όσο διάστημα το Πατριαρχείο Μόσχας θα βρισκόταν υπό τον σοβιετικό έλεγχο. Το Πατριαρχείο Μόσχας, μετά την παράκληση του Στάλιν, που έπαυσε κάθε καταπίεση, υπεστήριξε ολόθυμα τον αγώνα κατά των Γερμανών. Αν και το γεγονός ότι ήταν ένα ιδιαίτερα «ορατό» κέντρο της Ορθοδοξίας απέτρεψε τη Λαύρα από το να αναλάβει ενεργό ρόλο, ωστόσο παρέσχε καταφύγιο σε όσους από τον τοπικό πληθυσμό καταδιώκονταν από τις αρχές κατοχής. Τον Αύγουστο του 1944 ο Κόκκινος Στρατός έδιωξε τον κατακτητή από τη Βολυνία.