Pendant l'insurrection de Kościuszko il est blessé à Maciejowice. Capturé par les Russes, il est transféré à Saint-Pétersbourg avec Kościuszko et Julian-Ursyn Niemcewicz. Fiszer est le seul prisonnier à refuser de témoigner. Ce refus lui vaut une déportation à Nijni Novgorod en plein milieu du terrible hiver russe. Il tombe très malade et ne retrouve jamais le plein usage de ses jambes.