Лейтенант Пётр Иванович Шкидченко с июня 1941 года принимал участие в боях на фронтах Великой Отечественной войны в должности командира взвода 492-го стрелкового полка 199-й стрелковой дивизии на Юго-Западном фронте. В составе дивизии прошёл через тяжелейшие бои первого года войны, участвовал в Львовско-Черновицкой, Киевской, Харьковской оборонительных операциях. Вскоре стал помощником по разведке начальника штаба полка, а затем командиром батальона. В течение 1941 года был четырежды ранен, причём последнее ранение в конце декабря 1941 года оказалось самым тяжёлым.