Ferran era el cinquè dels sis fills que va tenir Francesc II Gonzaga i Isabel d'Este, marquesos de Màntua. Els seus pares el van destinar a la carrera de les armes i el van enviar a Madrid el 1523, per servir l'emperador Carles V, on va conèixer l'escriptor italià Baldassarre Castiglione. Molt valorat per l'emperador, el 1526 era un dels capitans imperials destinats a la guerra contra França, i el 1527 estava entre els principals protagonistes del saqueig de Roma. Va aprofitar per passar a visitar la seva mare que havia anat a Roma per tractar amb el papa sobre el nomenament del seu fill Ercole com a cardenal.