Tra il 1940 e il 1941, migliaia di lituani furono arrestati e centinaia di prigionieri politici furono arbitrariamente giustiziati. Più di 17.000 persone furono deportate in Siberia nel giugno 1941. Dopo l'attacco tedesco all'Unione Sovietica, l'apparato politico sovietico fu distrutto o ritirato verso est. La Lituania fu quindi occupata dalla Germania nazista per poco più di tre anni. Nel 1944 l'Unione Sovietica occupò nuovamente la Lituania. Dopo la seconda guerra mondiale e la successiva soppressione dei Fratelli della Foresta lituani, le autorità sovietiche uccisero migliaia di combattenti della resistenza e civili accusati di averli aiutati.