Nel 2013 Gobert si dichiara eleggibile per il Draft e il 27 giugno 2013 viene selezionato con la 27ª scelta assoluta dai Denver Nuggets. Viene presto scambiato con Erick Green. Il 6 luglio 2014 viene assegnato alla squadra Bakersfield Jam militante in D-League. Con gli Utah Jazz conclude la stagione 2014-2015 con una media di 9,5 rimbalzi, 2,3 stoppate e 8,4 punti, migliorando notevolmente la media della stagione 2013-14 (3,4 rimbalzi, 0,9 stoppate e 2,3 punti)..Un infortunio al ginocchio riportato durante un allenamento, costringe il centro dei Jazz ad uno stop di almeno un mese interrompendo la stagione 2015-16 a inizio dicembre. Il 7 gennaio 2016 rientra dall'infortunio, giocando 15 minuti nella sconfitta esterna contro gli Houston Rockets. Con 18 punti,18 rimbalzi e 5 stoppate trascina i Jazz nella vittoria per 109 a 82 sui Los Angeles Lakers il 16 gennaio 2016.