Muller iniziò la sua carriera da allenatore nell'Ontario University Athletics Conference nella stagione 2005-2006 presso la Queen's University, nella sua città natale di Kingston; concluse l'annata con un record di 8-13-1-2. Muller fu inoltre nominato assistente di Marc Habscheid presso il Team Canada, con cui conquistò nel 2005 il torneo amichevole "Lotto Cup Tournament" svoltosi in Slovacchia. Nel marzo del 2006 invece ricoprì l'incarico di vice-allenatore di Greg Gilbert al mondiale U-18.