1999 wurde er Vierter beim Los-Angeles-Marathon und Elfter bei den Weltmeisterschaften in Sevilla. Beim Fukuoka-Marathon siegte er mit seiner persönlichen Bestzeit von 2:07:54 h. 2000 wurde er Zweiter beim Boston-Marathon und holte Gold bei den Olympischen Spielen in Sydney vor Erick Wainaina (Kenia) und seinem Landsmann Tesfaye Tola. 2001 wurde Abera Weltmeister im Marathon bei den Weltmeisterschaften in Edmonton. Dabei kam es zu einem packenden Finale, in dem sich Abera mit nur einer Sekunde Vorsprung gegen den Kenianer Simon Biwott durchsetzte. In Fukuoka siegte er erneut in 2:09:25 h. 2002 gewann Abera zum dritten Mal den Fukuoka-Marathon in 2:09:13 h. 2003 gewann er den London Marathon in 2:07:56 h.