In 1939 sloten Hitlers Duitsland en Stalins Sovjet-Unie een niet-aanvalsverdrag (Molotov-Ribbentroppact). Hitler gaf Stalin de vrije hand in de Baltische staten. In juni 1940 werd Letland door de Sovjet-Unie bezet. Ulmanis werd gearresteerd en naar Stavropol gedeporteerd. Daar werkte hij in in zijn oude beroep tot juli 1941, toen hij na de Duitse inval opnieuw werd gearresteerd. Pas in het post-Gorbatsjov-tijdperk werd duidelijk dat Ulmanis in 1941 gevangen was gezet in de gevangenis van Krasnovodsk en aldaar in 1942 gestorven was aan dysenterie. Hij liet geen vrouw of kinderen na; zijn motto was dat hij getrouwd was met Letland. Zijn achterneef Guntis Ulmanis werd in 1993 president van Letland. Hij heeft in Krasnovodsk nog mee helpen zoeken naar de stoffelijke resten van zijn oudoom om ze in Letland te laten herbegraven. Deze zoektocht bleef echter zonder resultaat.