Az 1736. évi török hadjárat alatti mellőzése sértette az önérzetét. Mindenki őt akarta fővezérnek, de a poszt mégis Lotaringiai Ferencé és Friedrich Heinrich von Seckendorff alvezéré (egykori berlini követé) lett. Pálffy Jánost mindez lesújtotta, de az uralkodó iránti hűségében nem ingatta meg. Kínos elégtételéül szolgált neki az idegen hadvezérek ügyetlen veresége, ami miatt Károly király az 1739-es belgrádi békekötésnél a Száván túl fekvő addig meghódított területekről kénytelen volt lemondani. A Pálffyval szemben elkövetett méltatlanságot ellensúlyozandó, Károly király 1740. február 20-án az Aranygyapjas rendet adományozta neki. 76 évesen újranősült, Stubenberg Mária Juliannát vette feleségül.