Après la Crise d'octobre, alors que Vallières abandonne le FLQ et prône l'investissement du Parti québécois (PQ), Gagnon prend ses distances de l'indépendantisme, et du « nationalisme bourgeois » du PQ, et participe en 1972 à la création de l'organisation marxiste En lutte ! (dont il sera secrétaire général), et de sa revue. En 1980, il incite la population à voter NON au référendum sur l'indépendance. Après la fin d'En lutte !, en 1982, Gagnon s'éloigne de la vie publique, mais continue de publier. En 1995, Jean-Daniel Lafond le filme avec Pierre Vallières pour le documentaire de l'Office national du film "La Liberté en colère". Il décède le , à 66 ans.