Stoddart est pendant de nombreuses années le président de la Campagne pour une Grande - Bretagne indépendante, qui fait campagne pour que le Royaume-Uni mette fin à son adhésion à l'Union européenne, poste qu'il occupe de 1985 à mai 2007. En 2016, pour le référendum sur l'UE, il appelle au retrait de l'Union européenne .