İkinci İntifada ve Ekim 2000 ayaklanmalarından sonra, Barak istifa etti. Daha sonra başbakanlık için yapılan özel seçimi Likud’un Ariel Şaron’una karşı kaybetti. Buna rağmen, İşçi Partisi, Ariel Şaron’un Milli Birlik hükûmetinde kaldı. Koalisyonda Likud, Shas, Yisrael BaAliyah ve Birleşmiş Torah Yahudiliği vardı ve işçi partisine bu koalisyonda iki önemli kabine görevi verildi. Peres Dışişleri Bakanı oldu ve Benyamin Ben-Eliezer ise Savunma Bakanı oldu. İşçi Partisi Nisan 2002’de Filistinlilere karşı Batı Şeria’da gerçekleştirilen Güvenlik Kalkanı Operasyonu’nu destekledi. Peres ve Ben-Eliezer’in barışı desteklemedikleri ve Ariel Şaron’un kuklaları oldukları eleştirileri üzerine, 2003’te İşçi Partisi hükûmetten ayrıldı.