Las disputas entre distintas facciones políticas llevaron a rebeliones y a una regencia inestable y casi anárquica. Sin embargo, los grupos rebeldes no estaban en contra de la monarquía, aunque algunos declararon la secesión de sus provincias como repúblicas independientes, pero solo mientras Pedro II fuese incapaz de gobernar. El caso más notorio fue el de Río Grande del Sur y Santa Catarina, los cuales, por medio de la Guerra de los Farrapos, se proclamaron independientes del Imperio brasileño. Debido a esto, Pedro II fue declarado emperador prematuramente y «Brasil disfrutó de casi medio siglo de paz interna y un rápido progreso económico».