Сферай навуковых інтарэсаў Томаса Бона з'яўляюцца гісторыя гістарыяграфіі і культура памяці, этналогія, гісторыя урбанізацыі, гісторыя народных павер'яў і забабонаў, гісторыя нонканфармізму, гісторыя нацыяналізму, развіццё нацыянальных дзяржаў, грамадзянская гісторыя і развіццё грамадзянскай супольнасці, сацыяльная і рэгіянальная гісторыя, гісторыя Беларусі, гісторыя паўсядзённага жыцця ў СССР, палітыка і грамадства пасля Чарнобыля.