Konoe valittiin toisen kerran pääministeriksi 21. heinäkuuta 1940. Hänen johtamansa hallitus järjesteltiin uudelleen 18. heinäkuuta 1941. Konoen kolmas hallitus pyrki aikaansaamaan Yhdysvaltain kanssa neuvotteluratkaisun Yhdysvaltain aloittamaan, pääasiassa öljytuotteita koskevaan kauppasaartoon, joka uhkasi Japanin laivaston operointikykyä Aasiassa ja armeijan sodankäyntikykyä Kiinassa ja mahdollisuutta ylläpitää tehokasta uhkaa pohjoisessa Neuvostoliittoa vastaan siltä varalta, että Neuvostoliitto olisi uhannut Sahalinilta tai uhannut Japanin hallitsemia alueita Kiinassa. Konoen hallitus valmistautui neuvottelujen epäonnistumisen varalta myös Yhdysvaltain vastaiseen sotaan. Kolmen vallan sopimus Italian ja Saksan kanssa akselivaltioihin tarjosi Japanille tukea mahdollista Neuvostoliiton hyökkäystä vastaan Mantšuriassa. Maat olivat käyneet rajasodan Mongoliassa 1939. Akselivallat tarjoisivat Japanille Konoen suunnitelmissa diplomaattisen liittolaisen, joten Japani ryhtyi Saksan ja Italian liittolaiseksi.