Auch nach der Machtübernahme Dollfuß' und der Errichtung des österreichischen Ständestaates blieb die Organisation bestehen. Nach dem Anschluss und der Eingliederung Österreichs in das Dritte Reich wurde der bisherige Interpol-Präsident Michael Skubl abgesetzt und unter Hausarrest gestellt. Sein Nachfolger wurde der österreichische Nationalsozialist Otto Steinhäusl. Nach dessen baldigem Tod wurde der Sitz der IKPK von Wien nach Berlin-Wannsee verlegt und dem Reichssicherheitshauptamt unterstellt. In einem der zwei von der IKPK genutzten Häuser fand die Wannseekonferenz betreffend die „Endlösung der Judenfrage“ statt. In Berlin wurde die IKPK durch den SS-Obergruppenführer Reinhard Heydrich präsidiert, nach dessen Tod durch ein Attentat des tschechischen Widerstands in Prag durch den SS-Obergruppenführer Ernst Kaltenbrunner, der nach dem Krieg in Nürnberg hingerichtet wurde. Die Akten der IKPK, die nach Berlin überführt wurden, etwa die so genannte internationale Zigeunerregistratur, aber auch die Akten betreffend Falschmünzerei und Passfälschung waren für die Nationalsozialisten hilfreich bei der Verfolgung bestimmter Personengruppen, sowie bei ihrer massenweisen Herstellung von Falschgeld und von falschen Pässen im KZ Sachsenhausen bei Berlin. Mit Kontrollratsgesetz Nr. 31 vom 1. Juli 1946 wurden die „deutschen Polizeibüros und -agenturen politischen Charakters“ aufgelöst.