En mai 2013, à Sotchi, Ekaterina Koneva s'impose lors des championnats de Russie par équipes en améliorant de 20 cm son record personnel avec (+1,9 m/s). Lors des championnats d'Europe par équipes, à Gateshead, elle se classe deuxième du concours avec , derrière l'Ukrainienne Olha Saladuha. En juillet, à Kazan, elle remporte pour la deuxième fois consécutive les Universiades d'été en portant son record personnel à . Sélectionnée pour les Championnats du monde de Moscou, la Russe se classe deuxième de la finale avec la marque de , devancée seulement par la Colombienne Caterine Ibargüen, médaillée d'or avec .