La préfecture a été durement éprouvée dans la première moitié du tout d'abord par le tremblement de terre de Kantō de 1923 (faisant et disparus) puis par les nombreux bombardements qu'elle a dû subir durant la Seconde Guerre mondiale (plus de ). Une grande partie de la ville fut détruite au cours de ces deux catastrophes, entraînant à chaque fois la nécessité d'importants travaux de reconstruction. Ceci explique que, tout en ayant conservé un certain nombre de monuments historiques anciens, l'essentiel de la ville a développé une architecture particulièrement moderne. Entre 1946 et 1948, Tokyo a été le siège du Tribunal militaire international pour l'Extrême-Orient, plus connu sous le nom de Tribunal de Tokyo, chargé de juger les plus grands criminels de guerre japonais.