Nachdem Frankreich und Spanien 1659 Frieden geschlossen hatten, bekämpfte Duquesne Piraten im Mittelmeer. Im Holländischen Krieg kämpfte er gegen die spanisch-niederländische Flotte im Mittelmeer unter anderem in der Seeschlacht vor Palermo. 1685, nach Aufhebung des Edikt von Nantes, war er als Hugenotte einer der Wenigen, der wegen seines protestantischen Glaubens nicht verfolgt wurde. Sein Sohn Henri Duquesne floh hingegen in die Schweiz, und seine Frau musste dem evangelischen Glauben abschwören, um ihr Erbe zu erhalten.