Desde 1852 comenzó a experimentar con el proceso de destilación del ron para obtener una bebida más suave. Finalmente dio con una fórmula satisfactoria (inédita en el mercado) y tras adquirir una antigua destilería en Santiago, el 4 de febrero de 1862 fundó la empresa Bacardí (simbolizada por un murciélago) para fabricar y vender el nuevo producto. Sus hijos José, Emilio y Facundo colaboraron activamente en el negocio familiar. Los dos últimos apoyaron públicamente la insurrección independentista de 1868, lo que ocasionó que la empresa tuviera algunos problemas con las autoridades.