Pada dekade-dekade berikutnya, bangsa Afghan, Sikh dan Maratha bertarung melawan satu sama lain dan Mughal, satu-satunya negara terfragmentasi dari kekaisaran tersebut. Kaisar Mughal Shah Alam II membuat upaya untuk memulihkan penurunan Mughal, dan secara mutlak telah memberikan perlindungan dari kekuatan-kekuatan luar. Pada tahun 1784, pasukan Maratha di bawah kepemimpinan Mahadji Scindia memenangkan kesepakatan sebagai pelindung dari kaisar di Delhi, sebuah keadaan masih berlanjut sertelah Perang Inggris-Maratha Kedua. Setelah itu, British East India Company menjadi pelindung dinasti Mughal di Delhi. Setelah pemberontakan pecah yang berujung pada tahun 1857–58, Kaisar Mughal terakhir, Bahadur Shah Zafar, dilengserkan oleh pemerintah Inggris, yang kemudian memegang kekuasaan formal dari sebagian besar bekas kekaisaran tersebut, menandai permulaan Kemaharajaan Britania.