A la fi de 1968 tornà a entrenar a Espanya, i després d'una breu estada al Córdoba CF, fins que va ser nomenat seleccionador espanyol. Kubala aconseguí finalitzar una absència de dotze anys al Mundial i aconseguir la classificació per l'edició disputada a l'Argentina el 1978, tot i que no passaren de la primera fase. També va entrenar l'equip espanyol a la Eurocopa 80, on també caigueren eliminats a la primera ronda.