Oltuaan Ranskassa Britannian siirtoarmeijan komentajana ja johdettuaan Dunkerquen evakuoimista toukokuussa 1940 Alexander siirrettiin Britteinsaarten Southern Commandin komentajaksi. Vuonna 1942 hänet komennettiin ylipäälliköksi Burmaan. Saman vuoden elokuussa Alexanderista tuli Lähi-idän joukkojen ylipäällikkö. Hänen alaisuudessaan ollut brittiläinen 8. armeija voitti Montgomeryn johdolla saksalaisen Rommelin johtaman armeijan Pohjois-Afrikassa loka–marraskuussa 1942 käydyssä El Alameinin toisessa taistelussa. Myöhemmin hän johti operaatiota Sisiliassa sekä valtasi ankarien taisteluiden jälkeen Italian niemimaan syyskuun 1943 ja syksyn 1944 välisenä aikana. Marraskuussa 1944 Alexanderista tuli koko Välimeren alueen ylipäällikkö, ja hänet nimitettiin sotamarsalkaksi.