Šljapnikov si dedicò all'organizzazione sindacale e fu eletto presidente del sindacato dei metallurgici. In ottobre, quando nel partito fu discussa la possibilità dell'insurrezione, egli apparve esitante e non ebbe alcun ruolo nelle giornate decisive. Fu comunque eletto commissario del popolo (ministro) al lavoro nel primo governo sovietico e propose una coalizione con menscevichi e socialrivoluzionari. Nel giugno del 1918, durante la guerra civile, gli fu affidato il comando della 11ª Armata operante nel Caucaso, ma le sconfitte subite provocarono la sua sostituzione, nel febbraio del 1919, con Konstantin Aleksandrovič Mechonošin.