Comenzó su carrera deportiva en el Aldosivi, con el que debutó en 1994. Tuvo un breve paso en México con el Santos Laguna y con Montevideo Wanderers en Uruguay. Tras destacar en el Banfield y en su regreso a México con Cruz Azul, en el 2000 llega al Verona de Italia. Sus grandes actuaciones le permitieron llegar a la Juventus en 2002, donde permaneció hasta 2010. En su primera temporada con el club turinés ganó la Serie A y la Supercopa de Italia, llegando también a la final de la UEFA Champions League. En 2010 se unió al Stuttgart alemán, antes de regresar a Argentina con el Lanús, y posteriormente retirarse en el Racing en 2014. A finales de ese año comenzó su carrera como entrenador, y desde entonces ha dirigido al Coras y Cafetaleros en México, al Tigre en Argentina, y al Tabor Sežana y Maribor en Eslovenia.