Μετά την κατάληψη της Γιουγκοσλαβίας από τη Ναζιστική Γερμανία, ο Κούτσερα ανέλαβε από τους Αδόλφο Χίτλερ και Χάινριχ Χίμλερ διοικητικές αρμοδιότητες στη Σλοβενία, με σκοπό να προχωρήσει στον εκγερμανισμό της περιοχής. Αργότερα μετατέθηκε στη Σοβιετική Ένωση (σε εδάφη της σημερινής Ρωσίας και Λευκορωσίας), όπου συνεργάστηκε με τον στρατηγό των Waffen-SS Έριχ φον ντεμ Μπαχ-Ζελέφσκι, σε μεγάλης κλίμακας αντιανταρτικές επιχειρήσεις εναντίον πραγματικών ή μη παρτιζάνικων στόχων ως Ηγέτης των SS και της Αστυνομίας (SSPF), συμμετέχοντας παράλληλα στην εξόντωση Εβραίων.