1991 wurde Najib Verteidigungsminister. Während seiner Amtszeit wurden 1993 malaysische Soldaten nach Bosnien und Herzegowina geschickt, um sich an den dortigen Friedensmissionen zu beteiligen. Auch an der UNOSOM-II-Operation in Somalia beteiligte sich Malaysia, dabei wurde während der Schlacht von Mogadischu ein malaysischer Soldat getötet. Später kritisierte Najib die UN-Mission dahingehend, dass zu viel auf militärische Aktionen gesetzt wurde. Seitdem bevorzugt Malaysia eher die Beteiligung an Missionen zur Friedenserzwingung nach Kapitel 6 der Charta der Vereinten Nationen als an friedenserhaltenden Missionen nach Kapitel 7. Nach vierjähriger Amtszeit übernahm er das Bildungsministerium, das er bis 2000 leitete. Danach wurde er wieder Verteidigungsminister.