Z důvodu tureckého ohrožení Vídně se v roce 1583 císař Rudolf II. přestěhoval s celým dvorem do Prahy. V roce 1611 Praha zažila vpád pasovských vojsk. Po bitvě na Bílé hoře bylo v červnu 1621 na Staroměstském náměstí popraveno 27 českých pánů z řad českých stavů vzbouřených proti habsburskému císaři. V roce 1648 se Praha ubránila Švédům, kteří uloupili velkou uměleckou sbírku z Pražského hradu.