선수 시절, 묄러는 아인트라흐트 프랑크푸르트 (1985–87, 1990–92, 2003–04), 보루시아 도르트문트 (1988–90, 1994–2000), 유벤투스 FC (1992-94), 그리고 FC 샬케 04 (2000-03) 를 거쳤다. 그는 유벤투스 시절, 1993년에 UEFA컵 결승전에서 보루시아 도르트문트를 합계 6-1로 승리를 거두는데 한 골을 보태어 우승을 거두었다. 그는 이후 1997년에 그의 친정팀 유벤투스 FC를 3-1로 완파하며 보루시아 도르트문트가 유럽 정상에 처음으로 오르는데 공을 세웠다.