Thomas blev født i Newsom's Depot i Virginia, 8 km fra grænsen til North Carolina. I 1831 blev Thomas, hans søstre og hans mor, som var enke, tvunget til at forlade deres hjem og skjule sig i de nærliggende skove i kølvandet på Nat Turners slaveopstand. Efter at have fået eksamen fra West Point i 1840 gjorde han tjeneste som underordnet officer i artilleriet under Seminolekrigen i Florida i 1841 og i den Mexicansk-amerikanske krig, hvor han deltog i slagene ved Fort Brown, Resaca de la Palma, Monterrey, og Buena Vista. Han blev 3 gange forfremmet for tapperhed i kamp. Fra 1851 til 1854 var han instruktør på West Point. I 1855 blev han udnævnt til major i 2nd U.S. Cavalry af Jefferson Davis, som på det tidspunkt var krigsminister i USA. Den 26. august 1860 under et sammenstød med en comanchekriger ved Clear Fork, Brazos River i Texas blev Thomas såret af en pil, som passerede gennem hans kind og fotsatte ind i brystet på ham. Thomas trak pilen ud, og efter at en læge havde forbundet ham, fortsatte han kampen.