Hän opettaa Sveitsin yliopistoissa, muun muassa Baselin yliopiston historianlaitoksella. Hänen viimeisin tutkimuksensa keskittyy "terrorismin vastaisen sodan" ja öljyn hinnan suhteeseen. Ganser myös kyseenalaistaa syyskuun 11. päivän terrori-iskujen virallisen selityksen.