Il 29 gennaio 2014 Morsi ha dovuto affrontare un secondo processo sotto l'imputazione di evasione dalla prigione di Wadi al-Natrūn in cui era stato detenuto nel corso della Rivoluzione egiziana del 2011, per aver cospirato in combutta con gruppi militanti stranieri, inclusi Hezbollah e Hamas, e per aver provocato una gravissima situazione d'instabilità nel Paese. Il processo è stato posposto di un mese.