Ko se je aprila 1994 pričel genocid v Ruandi, so nekateri delegati MSF, ki so bili vključeni v Mednarodni Odbor Rdečega Križa (ICRC), postali del medicinske ekipe za zaščito prebivalstva. Skupini sta sodelovali in vodili vse glavne bolnišnice v Kigaliju, prestolnici Ruande, ter jih obdržali operativni skozi najhujši del dobe genocida. MSF je skupaj z več drugimi organizacijami morala zapustiti državo leta 1995, čeprav je veliko prostovoljcev sledilo politiki Rdečega križa glede ohranjanja nevtralnosti. MSF je takrat javno pozvala k francoski vojaški intervenciji v regiji, ki je vsaj posredno sprožila hudo begunsko krizo v sosednjih državah. Veliko članov MSF je takrat pričelo podpirati nevtralno vlogo kot boljše izhodišče za ponujanje zdravstvene nege kot prevzemanje vloge hkratnih pričevalcev dogajanja, kar je bil dotedaj pomemben vidik identitete organizacije. Razprava je pomembno vplivala na evolucijo MSF, ki je po zasnovi postala bolj podobna Rdečemu križu.