Al snel werd duidelijk dat Muller een specialist was in de ploegkoers. Zo behaalde hij in 2003 aan de zijde van de ervaren Guido Fulst verschillende overwinningen in de wereldbeker. Zijn grootste successen boekte hij echter als Oostenrijker, vanaf 2008. Zo werd hij op het WK begin 2009 derde op het onderdeel scratch. Achter de ontsnapte Fransman Morgan Kneisky spurtte Angel Colla uit Argentinië voor Muller naar de tweede plek. Vier jaar later deed hij zelfs één plek beter, hij pakte het zilver achter Martyn Irvine.