В августе 1918 года перешёл через линию фронта и вступил в Красную Армию. Участник Гражданской войны, воевал красноармейцем в Мозырской группе войск на Западном фронте против белополяков. В марте 1919 года был уволен по болезни. Вернулся в родные края, к тому времени очищенные немцами после расторжения Брестского мира. С апреля 1919 года работал председателем рабочего комиссариата совхоза «Дворец», с мая — председателем правления совхоза «Дойничево» и начальником полевой милиции. В сентябре 1919 года Бобруйский уезд был оккупирован польскими войсками и Шутов ушёл с отступавшей Красной Армией. Вскоре был заброшен на оккупированную территорию для организации партизанского движения, арестован польскими оккупантами, бежал, воевал в партизанском отряде.