Nel 1198 fu eletto pontefice Innocenzo III, con cui il potere della Chiesa romana raggiunge il suo apogeo. Il papa stesso intervenne nell'elezione dell'imperatore, appoggiando Federico II, eletto re di Germania nel 1212. Nel 1220 Federico II fu consacrato imperatore da papa Onorio III. Avendo poi disatteso le promesse di partecipazione alle crociate, fu scomunicato dal nuovo papa Gregorio IX, ma nel 1228 guidò una spedizione in Terrasanta e con un accordo diplomatico ottenne la restituzione di Gerusalemme (quinta crociata). Nuovamente scomunicato poi deposto (1245) da papa Innocenzo IV al concilio di Lione, fu duramente sconfitto dai comuni a Parma nel 1248.