Chỉ sáu ngày sau lễ thành hôn, Thảm sát Ngày lễ Thánh Barthélemy đã xảy ra do các tín đồ Công giáo Pháp tàn sát những người Huguenot, mà nghi vấn hàng đầu là do mẹ bà, Catherine de Medicis chủ mưu. Vụ thảm sát diễn ra với một sự tàn bạo khiến Ivan Bạo chúa của Nga cũng phải lên án.