Впервые в состав сборной ЮАР Темба Мгуни был вызван в 1998 году перед началом Кубок африканских наций в Буркина-Фасо. В ее составе он дебютировал в поединке групповой стадии против Намибии, в котором «Бафана Бафана» победила со счетом 4:1. На континентальном турнире сборная ЮАР дошла до финала, где уступила Египту. Летом того же года Мгуни входил в состав национальной команды на Чемпионате мира во Франции.