Sus grandes actuaciones durante la temporada 2012-13 le llevaron a formar parte de los 23 jugadores seleccionados por Scolari para disputar la Copa Confederaciones 2013 que se disputaba en Brasil, y a la que Brasil estaba invitado por ser el organizador del Mundial de 2014. Brasil se alzó con el título derrotando en la final a la por tres a cero aunque Filipe no llegó a disputar ningún minuto del torneo ante la titularidad de Marcelo.