Nachdem die eroberten Gebiete des Ordens durch die Übersiedlung des Hochmeisters in die Marienburg 1309 zu einem ordentlichen Staatswesen zusammengeführt worden waren, wurden zur Verwaltung des Landes Komtureien eingerichtet. Der Bereich des späteren Kreises Mohrungen gehörte im Norden zur Komturei Elbing, der Süden zur Komturei Christburg. Im Schutze der durch den Orden errichteten Burgen wurden in diesen Komtureien Einwanderer vorwiegend aus dem mitteldeutschen Raum (Thüringen und Harz) angesiedelt. Zu Beginn des 14. Jahrhunderts wurden die ersten Stadtrechte verliehen. Von den 1939 im Landkreis bestehenden Städten erhielt Saalfeld bereits 1305 das Stadtrecht. Nach der Niederlage des Ordens gegen Polen in der Schlacht von Tannenberg 1410 bis zum Abschluss des Zweiten Thorner Friedens 1466 war das Kreisgebiet unter polnischer Herrschaft.