Ωστόσο κατά την εκστρατεία εναντίον της Πρωσίας, τον ίδιο χρόνο, κατηγορήθηκε έντονα από το Ναπολέοντα επειδή δεν συμμετείχε με το στρατό του στις μάχες της Ιένας και του Άουερστετ (14 Οκτωβρίου 1806). Ο Ναπολέων το βράδυ της 13ης Οκτωβρίου, πιστεύοντας ότι είχε αντιμετωπίσει το σύνολο του Πρωσικού στρατού στην Ιένα, έστειλε εντολές στον Μπερναντότ και στον Νταβού να πέσουν πίσω από το Νάουμπουργκ και να περάσουν μέσα από τις γραμμές υποχώρησης των Πρώσων. Εκτελώντας αυτές τις εντολές ο Μπερναντότ, χωριστά από το Νταβού, έφυγε από το Νάουμπουργκ το ξημέρωμα το πρωί της 14ης για το Ντόρνμπουργκ και βάδισε προς την Απόλντα, όπου έφτασε στις 16:00. Εμποδισμένος από την πολύ κακή κατάσταση των δρόμων, δεν μπόρεσε να πάρει μέρος στη Μάχη της Ιένας, αν και κατάφερε να εξαναγκάσει τους Πρώσους να υποχωρήσουν και από τα δύο πεδία της μάχης, τοποθετώντας τα στρατεύματά του στα υψώματα της Απόλντα. Στη συνέχεια ο Μπερναντότ κατηγορήθηκε ότι σκόπιμα αρνήθηκε να υποστηρίξει τον Νταβού, που είχε απροσδόκητα συναντήσει το κύριο σώμα του Πρωσικού στρατού στο Άουερστετ, από ζήλεια και ο Ναπολέων, αν γίνουν πιστευτά τα απομνημονεύματά του από την Αγίας Ελένη, κάποια στιγμή να περάσει τον Μπερναντότ από στρατοδικείο. Στην πραγματικότητα έκανε ό, τι είχε διαταχθεί και βασικά υπεύθυνες για την απουσία του ήταν τις διφορούμενες και έμμεσες εντολές που εξέδωσε ο Μπερτιέ και η άγνοια του Ναπολέ για της θέσεις των Πρώσων.