Durante el último decenio del siglo XVIII al producirse las desamortizaciones, y ya en el siglo XIX con la invasión francesa, junto a otros factores internos, provocaron la pérdida de los recursos patrimoniales con los que poder ejercer la histórica labor asistencial y devocional de las cofradías. La archicofradía de la Vera Cruz, sufrió daños que la obligaron a trasladar a la Quinta Angustia, en 1814, algunos de sus pasos. Las grandes cofradías desaparecieron pero no las procesiones ni los cofrades, ya que, las unidades gremiales se segregaron en cofradías menores.