Mellan 1952 och 1966 spelade Novák totalt 75 landskamper för det tjeckoslovakiska fotbollslandslaget, och var under 71 av dessa lagkapten. Han deltog i fotbolls-VM i Schweiz 1954, i Sverige 1958 och i Chile 1962, där Tjeckoslovakien tog sig till final men förlorade mot Brasilien, samt i fotbolls-EM i Frankrike 1960, där tjeckoslovakerna slutade trea.