2004-05 sezonuna 2004 UEFA Süper Kupası finali ile başladı. Pepe, ilk Avrupa maçında 90 dakika forma şansı buldu. Ancak Valencia'ya 2-1 yenilip kupayı kaybettiler. Ligde de ilk 11'deki yerini kapan futbolcu, ilk haftalarda sıklıkla forma şansı buldu. Ayrıca kariyerinde ilk kez UEFA Şampiyonlar Ligi maçlarında forma giydi. Ancak zaman içinde yerini Pedro Emanuel, Jorge Costa ve Ricardo Costa gibi daha deneyimli isimlere kaybetti. İlk sezonunda ligde sadece 15 maçta forma şansı bulan futbolcu bir gol atıp, bir de kırmızı kart gördü. Porto için başarısız geçen sezonun tek tesellisi penaltılarla kazandıkları 2004 Kıtalararası Kupa oldu. Pepe ise bu maçta yedek kulübesinde bekledi.