Военная поддержка, оказанная шотландцами английскому парламенту, вызвала в середине 1644 года начало гражданской войны в самой Шотландии. Во главе войск роялистов встал выдающийся полководец маркиз Монтроз, назначенный 1 февраля 1644 года наместником короля в Шотландии. Гамильтон, находясь под арестом, не мог оказать поддержку роялистам. Серия триумфальных побед Монтроза завершилась 13 сентября 1645 года полным разгромом его армии в сражении при Филипхоу. Это означало провал попытки силового решения шотландской проблемы.