Historie obce Šatoj byla od jejího založení až po 21. století určována především její strategickou polohou v dolní části Argunské soutěsky. Také v období první a druhé čečenské války proběhly na území šatojského okresu i přímo v jeho správním centru některé významné bojové operace. V roce 1996 to byla například bitva u obce Jaryšmarda, během níž byla kolona vozů ruského 245. motostřeleckého pluku, mířícího do Šatoje, prakticky celá zničena ze zálohy čečenskými bojovníky, vedenými polním velitelem Chattábem. Během druhé čečenské války ve dnech 22. – 29. února 2000 proběhly u správního centra okresu těžké boje, známé pod termínem "Bitva o Šatoj". Na čečenské straně se operace zúčastnilo několik tisíc bojovníků, kterým se podařilo uniknout z Grozného, v jejichž čele byli všichni významní polní velitelé – Aslan Maschadov, Ruslan Gelajev, Chattáb a Šamil Basajev. Po nasazení dělostřelectva a letectva federální vojenské síly dosáhly 29. 2. 2000 vítězství a ovládly Šatoj.