Ende Juni 1999 und Dezember 2003 ist die Kirche von albanischen Extremisten angegriffen worden. Bei den Ausschreitungen im Kosovo 2004 kam es auch in Ferizaj zu Protesten von Albanern. Am Abend des 17. März schlug der anfänglich friedliche Protest in Gewalt um, welche sich dann gegen die serbische Kathedrale richtete. Die vor Ort anwesenden griechischen Soldaten wurden am späten Abend durch US-amerikanische Truppen abgelöst, woraufhin sich die Lage wieder beruhigte. Die KFOR-Truppen konnten Randalierer vom Eindringen in die Kirche abhalten, sodass lediglich der Eingangsbereich der Hl.-Uroš-Kathedrale Brandschäden nahm.