Dal 2002 approda alla nazionale maggiore, inserito dal CT Frank Farina prima nella squadra che partecipa all'edizione di Nuova Zelanda della Coppa delle nazioni oceaniane, dove Milicic sigla una rete aprendo le marcature nell'incontro vinto 8-0 sulle e condivide il percorso che vede l'Australia raggiungere la finale, poi persa per 1-0 con la , e convocandolo anche per la successiva, quella di Australia 2004, dove sigla 2 reti e dove la sua nazionale conquista il quarto titolo continentale della sua storia sportiva.