Его жена была близка с Жозефиной Бонапарт, и, когда Наполеон Бонапарт внезапно вернулся из египетского похода в октябре 1799 года, он неоднократно пытался привлечь Гойе, который был тогда президентом Директории, к своим политических проектам. После переворота Бонапарта 18 брюмера (9 ноября 1799 года) Гойе отказался уйти в отставку со своего поста и попросил аудиенции с Бонапартом в Тюильри в попытке спасти республику. Он был сопровождён в Люксембургский дворец и после освобождения удалился в своё имение в Обонн.