После провозглашения независимости Индонезии Натсир вошёл в состав Центрального национального комитета Индонезии. Занимал пост министра информации в и Шарира, а также в Хатты. 3 апреля 1950 года по его инициативе в Индонезии начался процесс, известный как (); в результате этого процесса федеративная Республика Соединённые Штаты Индонезии, образованная по итогам Гаагской конференции круглого стола и состоявшая из 17 государственных образований, была преобразована в унитарную Республику Индонезию. С сентября 1950 по апрель 1951 года Натсир возглавлял индонезийское .