Для «Пари Сен-Жермен» сезон &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%A4%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%86%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%202015/2016"&gt;2015/16&lt;/a&gt; начался с победного матча Суперкубка Франции против «Лиона», окончившегося со счётом 2:0, Маркиньос в этом матче участия не принял, оставшись на скамейке запасных, его место на правом краю обороны занял Серж Орье. В конце летнего трансферного окна, согласно информации Sky Sports, бразильцем серьёзно интересовался лондонский «Челси», клуб сделал несколько попыток купить игрока, предложив сумму в диапазоне от 25,7 до 40,4 млн фунтов, но «Пари Сен-Жермен» ответил отказом. В течение сезона Маркиньос довольно редко начинал матчи в основном составе, тренерский штаб отдавал предпочтение более сыгранным по сборной Бразилии Тиагу Силве и Давиду Луису. Один из бывших защитников команды, Алекс, рекомендовал Маркиньосу покинуть команду, так как игрок являлся «востребованной целью многих больших европейских команд, в которых ему было бы предоставлено гораздо больше шансов проявить себя». В феврале 2016 года Силва раскритиковал агентство, представляющее интересы как Маркиньоса, так и Луиса за то, что оно привело в один клуб двух игроков одной позиции. Это привело к нехватке игровой практики и препятствиям в развитии Маркиньоса.