1939年3月14日にナチス・ドイツが軍隊をチェコスロバキア領内に進め、国家をドイツ保護領のボヘミア・モラビア保護領（チェコ地域）とスロバキア共和国に解体すると、共産党は直ちに非合法化された。同年に第二次世界大戦が始まり、1940年にイギリスの支援でエドヴァルド・ベネシュを大統領とした亡命政府がロンドンで成立し、1943年にソ連と友好協力相互援助条約を締結すると、共産党は亡命政権との協力を進めた。また、ソ連に亡命した共産党員は1941年からの独ソ戦でソビエト赤軍に従軍してドイツ国防軍と戦った。一方、チェコスロバキア国内でも共産党員は厳しい弾圧を受け、多くの党員が強制収容所で命を落としながらもナチス支配に抵抗し、赤軍のチェコスロバキア侵入が近づいた1944年8月には、保護国成立に対抗して結成されていたスロバキア共産党が亡命政権派と協力してスロバキア民衆蜂起を実行したが、自力での祖国解放には失敗した。