En 1805, au cours des guerres napoléoniennes, le Tyrol passe de l'Autriche au nouveau royaume de Bavière. Josef Eisenstecken participe aux combats pour la liberté au Tyrol contre les Bavarois et leurs protecteurs français en 1809. Il est en première ligne et se montre particulièrement courageux et déterminé. Le commandant suprême du Tyrol, Andreas Hofer, entend lui aussi parler de ses actes et l'appele à ses côtés. Josef Eisenstecken contribue de manière significative à la victoire des fusiliers tyroliens lors de la deuxième Bataille de Berg Isel (25 et 29 mai 1809).