Les Juifs de Zamość souffrent beaucoup sous l'occupation russe. Peu après le congrès de Vienne en 1815, beaucoup sont expulsés de leur maison près de la forteresse, afin d'être détruites et remplacées par des fortifications. Après la violente répression de l'insurrection polonaise en 1830, le gouverneur russe décrète l'expulsion des Juifs de la ville, comme punition pour ne pas avoir obéi à l'ordre de recensement de la population juive. Bien que cet édit n'ai pas été appliqué, l'installation de nouveaux Juifs en ville va être interdite pendant de nombreuses années. En 1831, une épidémie de choléra ravage la ville entrainant de nombreuses victimes juives. En 1870, de l'argent est volé dans un des camps militaires de la ville et huit Juifs sont accusés du vol, arrêtés et menacés de la peine de mort. Ce n'est qu'après d'énormes efforts de la communauté juive, de Juifs influents et de l"'Alliance Israélite Universelle" en France, que ces huit Juifs sont reconnus innocents et libérés.