Die Krypta von St-Étienne stammt noch vom Vorgängerbau aus der Zeit um 1030. Infolge des zur Yonne abfallenden Geländes verfügt sie trotz ihres niedrigen Bodenniveaus über Außenfenster. Durch ihre Raumaufteilung mit Hauptraum, Umgang und Scheitelkapelle ist sie ein wichtiges Beispiel für die Entwicklung der Krypta als Bauform. Die klare architektonische Gliederung durch Wandvorlagen und Kreuzgratgewölbe mit Gurt- und Scheidbögen macht sie überdies zu einem Hauptwerk der frühromanischen Architektur. Die Krypta besitzt bedeutende Fresken in der Scheitelkapelle. Ein sehr ungewöhnliches Fresko stammt aus der Mitte des 12. Jahrhunderts: „Christus auf einem weißen Pferd“, umgeben von vier Engeln, ebenfalls auf Pferden. Die formale Grundlage dieser Szene ist ein großes juwelengeschmücktes Kreuz, das die gesamte Bildfläche bestimmt. Die thematische Idee der „Engelreiter“ geht letztlich auf Erzählungen aus der Apokalypse des Johannes zurück, wo solche Wesen geschildert werden. Aber auch das Bild des „reitenden Kaisers“ mag hier eine Rolle gespielt haben, das zur damaligen Zeit sehr populär war und hier auf Christus übertragen sein kann. Eine solche Art der Darstellung mit Christus als Reiter auf einem Pferd – und nicht auf einem Esel – ist jedenfalls extrem selten. Auf der Apsiskalotte der Kapelle findet sich eine weitere Wandmalerei, eine Maiestas Domini vom Ende des 13. Jahrhunderts.