2019年12月20日、マンチェスター・シティでジョゼップ・グアルディオラのアシスタントコーチを務めていたクラブOBのミケル・アルテタが3年半契約で監督として正式就任することが発表された。2020年3月10日、2月27日にELで対戦したオリンピアコスFCのオーナーであるエヴァンゲロス・マリナキスが世界的に流行してた2019新型コロナウイルスに感染していることを自身のSNSで公表した。翌3月11日、この試合後に複数の選手がマリナキスと濃厚接触をしていたことから感染者との接触日から14日間は自宅待機という政府の方針に従い当該選手と近くに座っていた4人のスタッフが3月12日まで自宅待機となり、延期でこの日に組まれていたマンチェスター・シティFC戦が再び延期となった。さらに翌日の3月12日、監督のミケル・アルテタが2019新型コロナウイルスに感染したことが判明し、ファーストチームの選手全員とコーチ陣を含むかなり多くのアーセナル関係者がアルテタとの最後の接触日から14日間の自宅待機となった。プレミアリーグ公式は、数時間前に今後の試合は予定通り試合を行う旨の発表をしていたが、このアルテタの感染の発表を受けて3月13日の午前に緊急のクラブ会議を行った。その後も他のプレミアリーグチームの選手やスタッフから感染者や感染の疑いがある人物が続出し、3月13日にプレミアリーグは4月4日までイングランドのプロチームの試合全てを一時中断する決定をしたことを発表した。結局、2019-20シーズンは、25年ぶりにトップ6入りを逃し欧州カップ戦出場圏外となる8位でリーグ戦を終えた。しかし、シェフィールド・ユナイテッド（対戦時のリーグ順位8位）、マンチェスター・シティ（同2位）などリーグ戦で上位に位置していた難敵を倒して勝ち上がってFA杯決勝でチェルシーをオーバメヤンの2得点で逆転し最多優勝記録を伸ばす14回目の優勝を果たした。これにより2020-21シーズンのEL出場権を獲得した。また、アルテタは、監督として初のタイトル獲得となった。