In het conflict tussen koning Filips II van Frankrijk en graaf Boudewijn IX van Vlaanderen over het leenheerschap van Artesië raakte de familie Béthune verdeeld. Willem en zijn oudste zoon Daniel ondersteunden de Franse koning, terwijl zijn broers en jongere zoon Robert VII partij kozen voor de graaf van Vlaanderen. Vanaf februari 1200 namen Willem en zijn broer Cono samen met de graaf van Vlaanderen deel aan de Vierde Kruistocht. In tegenstelling tot zijn jongere broer blonk Willem II niet uit in deze kruistocht, maar hij nam in april 1204 wel deel aan de verovering van Constantinopel, waarna graaf Boudewijn IX van Vlaanderen tot eerste keizer van het nieuw opgerichte Latijnse Keizerrijk werd verkozen. Na de desastreuze Slag bij Adrianopel, waaraan Willem niet deelnam, keerde hij met 7.000 andere kruisvaarders terug naar zijn vaderland. Zijn broer Cono en kardinaal Peter van Capua hadden hen nog tevergeefs, volgens kroniekschrijver Godfried van Villehardouin zelfs in tranen, proberen te overtuigen om te blijven, maar zonder succes. Cono bleef in Constantinopel en zou daar vele jaren later sterven. Willem zelf stierf in april 1214, enkele maanden voor de Slag bij Bouvines.