ב-31 במאי 1460 כבשו העות'מאנים את העיר, והיא שמרה על חשיבותה ושימשה כמקום משכנו של שליט הפלופונסוס מטעמם. ונציה שלטה במיסטרס בין 1687 ל-1715, ובעת מרד אורלוב היא נכבשה על ידי האימפריה הרוסית שבאה לעזרת היוונים המורדים. העות'מאנים שבו וכבשו את העיר, ואוכלוסייתה הצטמצמה, וב-1825 הרס אותה אבראהים פאשא כליל. העיר ננטשה ותושביה עברו להתגורר בספרטה המודרנית שנוסדה ב-1834. כיום העיר אינה מיושבת למעט מספר נזירות המתגוררות במנזר פנדנאסס, אך הרשות המקומית שבתחומה היא שוכנת קרויה על שמה ("Δήμος Μυστρά"). בשנת 1989 הכריז ארגון אונסק"ו על מיסטרס אתר מורשת עולמית.