Na de nederlaag van de conservatieven in 1861 weigerde hij de wapenen neer te leggen. Hij leidde een conservatieve verzetshaard in de Sierra Gorda en wist zelfs de liberale generaal Mariano Escobedo gevangen te nemen. Hij toonde zich een van de taaiste tegenstanders van de liberalen en Congres van de Unie zette een prijs op zijn hoofd. Toen de Fransen intervenieerden aan de zijde van de conservatieven sloot Mejía zich aan bij de Fransen, en diende in het leger van het Tweede Mexicaanse Keizerrijk van Maximiliaan van Habsburg, die in 1863 door de Fransen als keizer was geïnstalleerd. Mejía wist voor het keizerrijk Monterrey, Saltillo en Matamoros in te nemen op de liberalen.