בהמשך, התבססו בעין כרם לוחמים עיראקיים. לאחר פרשת דיר יאסין, שהתרחשה ב-9 באפריל, פונו הנשים והילדים מהכפר לאל-ולג'ה, לבית ג'אלא ולבית לחם. במהלך קרבות עשרת הימים כבש צה"ל את הכפרים בדרום מערב ירושלים כולל עין כרם שנכבשה ב-18 ביולי על ידי פלוגת יהונתן. אחרוני התושבים בכפר והלוחמים ששהו בו עזבו אותו בין ה-11 ל-16 ביולי, לאחר שכוחות צה"ל השתלטו על ח'רבת בית מזמיל וח'רבת אל-חמאמה, והפגיזו את עין כרם, היא נפלה כמעט בלי ירייה.