Po wojnie trzynastoletniej na mocy pokoju toruńskiego Kętrzyn wraz z resztą Prus Dolnych pozostał w granicach Prus Zakonnych, jednakże jako lenno Królestwa Polskiego. Dopiero po utworzeniu w 1525 r. lennych Polsce Prus Książęcych nastąpił szybki rozwój miasta, zahamowany wojną ze Szwecją.