ปัคทาคอร์เป็นสโมสรเดียวจากสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตอุซเบกที่เคยแข่งขันในโซเวียตท็อปลีก ซึ่งเป็นลีกสูงสุดของสหภาพโซเวียต และแข่งขันในอุซเบกิสถานซูเปอร์ลีกนับตั้งแต่ฤดูกาล 1992 หลังจากสหภาพโซเวียตล่มสลาย ปัคทาคอร์ชนะเลิศอุซเบกิสถานซูเปอร์ลีกในฤดูกาล 2019 ซึ่งเป็นสมัยที่ 12 โดยก่อนหน้านี้ปัคทาคอร์ยังเคยชนะเลิศหกสมัยติดต่อกันตั้งแต่ฤดูกาล 2002 ถึง 2007