Beauregard retourne du Mexique en 1848. Pendant les douze années suivantes, il est responsable de ce que le département du génie appelle . Une grande partie de ses travaux d'ingénierie sont cependant effectués ailleurs, réparant d'anciens forts et en construisant de nouveaux sur la côte de Floride et à Mobile en Alabama. Il améliore également les défenses des Forts Jackson et Saint Philip sur le fleuve Mississippi en dessous de La Nouvelle-Orléans. Il travaille sur un conseil d'ingénieurs de l'armée et de la marine pour améliorer la navigation des canaux de navigation à l'embouchure du Mississippi. Il crée et brevette une invention qu'il appelle (« pelle à barres auto-agissante ») destinée à être utilisée par les navires pour traverser des bancs de sable et d'argile.