Зоф га је уврстио у састав за Европско првенство 2000. Био је стартер у победама над Турском и Белгијом. Последњи меч групне фазе против Шведске је преседео на клупи, исто као и утакмицу четвртине финала против Румуније. У полуфиналној утакмици против Холандије, Замброта је искључен у 34. минуту. Италија је у финале прошла након бољег извођења једанаестераца, где је поражена од Француске. Замброта је због искључења у полуфиналу био суспендован, па је пропустио финале.