Начало Греческой революции 1821 года застало митрополита Евгения в Анхиалос. Митрополит Анхиалоса был одним из немногих священников отказавшихся подписаться под провозглашённой Вселенским патриархатом анафемой революции и Александра Ипсиланти и зачитать анафему публично, когда этого потребовали турки. Был арестован османскими властями и заключён в тюрьму в Константинополе.