Od 1648 Nikon należał już do najbliższego otoczenia cara Aleksego I. Ze względu na znaczenie Monasteru Nowospasskiego regularnie spotykał się z władcą i wiele z nim rozmawiał. Zaczął również zyskiwać w społeczeństwie opinię protektora biednych, gotowego pośredniczyć przed carem w sprawach najuboższych i skrzywdzonych, co faktycznie czynił. W początkowym okresie swojego przebywania w otoczeniu cara archimandryta nie miał jeszcze jednak wpływu na kluczowe dla polityki państwa sprawy. W tym samym 1648 roku Nikon, jako przełożony jednego z najważniejszych monasterów w kraju, podpisał się pod nowym zbiorem praw ("Ułożenie soborowe"), ale nie brał udziału w pracy nad jego opracowaniem. Powstanie ludowe, które przekonało Aleksego I do podjęcia prac nad zbiorem praw, skłoniło go do poszukiwania poparcia u duchowieństwa, a w konsekwencji do wsparcia grupy Rtiszczewa, Nieronowa i Wonifatiewa.