Az ország nemzetiségi feszültségei hatására I. Sándor jugoszláv király 1929. január 6-án felfüggesztette a törvényhozást és bevezette a királyi diktatúrát, az ország nevét pedig Jugoszláv Királyságra változtatta. Bár a két ország érdekei sok tekintetben eltértek egymástól, külpolitikai orientációjuk sem ugyanabba az irányba mutatott, mégis a viszonyok javulni kezdtek. 1940 decemberében aláírták a magyar–jugoszláv örök barátsági egyezményt. 1940 márciusában Jugoszlávia csatlakozott a német-olasz-japán háromhatalmi egyezményhez, így lényegében egy szövetségi táborba került Magyarországgal. Másnap azonban egy németellenes puccs eltávolította Dragiša Cvetković kormányát, Jugoszlávia német megtámadása nem volt kétséges. 1941. április 6-án a Harmadik Birodalom magyar területeken átvonulva megkezdte a támadást Jugoszlávia ellen, április 10-én elfoglalták Zágrábot és Horvátország kikiáltotta a függetlenségét. Ezt követően - arra hivatkozva, hogy az a Jugoszlávia, mellyel Magyarország a barátsági szerződést korábban megkötötte, már nem létezik - a 3. magyar hadsereg is megkezdte megszálló hadműveleteit Jugoszlávia területén. Magyarország szerepének megítélését tovább rontja az 1942-ben elkövetett Újvidéki vérengzés amikor magyar rendvédelmi alakulatok a szerb és zsidó lakosság körében követtek el tömeggyilkosságot. Erre mintegy válaszol, 1944-45 telén a vajdasági szerbek által létrehozott népőrség kezdett tisztogató akcióba az ott élő magyar és német ajkú lakosság ellen, mely délvidéki vérengzések néven vonult a történelembe.