Poté však začaly spory i mezi Carranzou a Obregónem. Carranza byl zvolen prezidentem, zatímco Obregón se cítil upozaděný. V roce 1920 měli proti sobě kandidovat na prezidenta, avšak Obregón ještě před volbami (údajně kvůli obavám z volebních machinací) provedl vojenský převrat, během nějž byl Carranza obregonovci zavražděn. Obregón se ujal prezidentského úřadu. Svým ekonomickým nacionalismem výrazně zhoršil vztahy s USA, avšak ty se mu kolem roku 1923 podařilo urovnat. Trvale zlé byly naopak vztahy s Vatikánem, kterému se nelíbilo, že Ústava z roku 1917 provedla jednostrannou odluku státu a církve, omezila přístup katolické církve do škol a také k majetku. Vatikán svou kritiku, na rozdíl od USA, stále zesiloval, což vedlo ke vzniku hnutí radikálních katolíků, zejména na venkově (tzv. "cristeros"). Povstání kristerů mimořádně zesílilo, když roku 1924 vystřídal Obregóna v prezidentském úřadě další voják Plutarco Elías Calles, který nasadil ještě ostřejší kurz proti katolické církvi. Roku 1927 již odpor "cristeros" přerostl v regulérní občanskou válku. Obregón v roce 1928 znovu kandidoval na prezidenta, ve volbách vyhrál, ale než mohl do úřadu nastoupit, byl zavražděn katolickým radikálem.