Viron miehittäneet saksalaiset eivät tunnustaneet Viron itsenäisyyttä, ja Larka joutuikin tekemään työtään salassa. Hän joutui myös piiloutumaan syyskuussa 1918. Saksan miehitysaika Virossa päättyi marraskuussa 1918, ja Larka toimi marraskuusta joulukuuhun Viron asevoimien johdossa. Viron vapaussodan sytyttyä hänen johtamansa huonosti organisoitu ja varustettu virolaisarmeija ei onnistunut hallitsemaan tilannetta bolševikkejä vastaan. Sotaonni kääntyi kuitenkin Johan Laidonerin tultua Larkan tilalle tammikuussa 1919. Larkasta tuli puolestaan varasotaministeri.