Im November 1805 besuchte das Königspaar Friedrich Wilhelm III. und Luise gemeinsam mit dem russischen Zar Alexander I. die Königsgruft zur Festigung ihres Bündnisses gegen Napoleon Bonaparte. Als dieser im Folgejahr nach seinem Sieg über die preußische Armee bei Jena und Auerstedt auf seinem Marsch nach Berlin am 25. Oktober 1806 durch Potsdam kam, besuchte er die Königsgruft in der Garnisonkirche. Napoleons Worte, man würde nicht bis hierher gekommen sein, wenn Friedrich noch lebte, fielen wahrscheinlich nicht in der Garnisonkirche, sondern bei der Besichtigung von Friedrichs Wohnung im Stadtschloss. Aus Respekt vor Friedrich dem Großen stellte Napoleon die Garnisonkirche unter seinen persönlichen Schutz, während die Französische Kirche und die Heiligengeistkirche der französischen Kavallerie als Fouragemagazine dienen mussten.