Peu après, Todor Alexandrov est assassiné dans des circonstances obscures et Ivan Mihailov prend la tête du VMRO. Sa responsabilité dans le meurtre d'Alexandrov n'est pas assurée et le VMRO dénonce rapidement les communistes tout en prenant sa revanche sur les plus proches d'entre eux. Certains historiens comme Zoran Todorovski pensent de leur côté que le meurtre a été organisé par l'entourage de Mihailov, influencé par le gouvernement bulgare qui voyait d'un mauvais œuil l'union du VMRO et des communistes. Cet assassinat entraîne des divisions au sein de l'organisation et d'autres meurtres ont lieu, notamment ceux de Petar Tchaoulev à Milan et d'Aleksandar Protogerov. En 1925, l'armée grecque lance une opération sur la frontière bulgare afin de prendre Pétritch, où se trouve le siège du VMRO, mais l'action est condamnée par la Société des Nations et les actes terroristes du VMRO reprennent.