Эрик (Эрих) Кандель родился 7 ноября 1929 года в Вене в еврейской семье. Его родители Герман и Шарлотт Кандель переехали в Вену из Коломыи. Герман Кандел владел магазином игрушек на венской улице Кучкергассе, у них был старший сын Людвиг. Эрик учился в венской начальной школе. В 1939 году семья Канделей вынуждена была уехать из Австрии из-за преследований гитлеровского режима. Эрик и Людвиг выехали сначала в Бельгию, а потом в США, где смогли воссоединиться с родителями.