Reyes werd in 1885 lid van de Senaat en bleef dit tot aan zijn dood. Hij was een aantal maal voorzitter van de Senaat (1889, 1895 en 1909). In 1886 maakte hij deel uit van het campagneteam van presidentskandidaat José Francisco Vergara. Het was echter José Manuel Balmaceda die dat jaar tot president van Chili werd gekozen. Hij koos ervoor om tijdens de Chileense burgeroorlog van 1891 neutraal te blijven: hij weigerde mee te werken aan de afzettingsprocedure van Balmaceda, maar steunde de president verder niet.