Але після аншлюсу Австрії у 1938 році Ґізела Янушевська стала жертвою нацистського режиму: її квартира в Граці була конфіскована нацистською Німеччиною в 1940 році, тому вона була змушена переїхати до Відня. Але й тут Янушевська стала жертвою расової політики нацистів. Так її депортували до концтабору Терезінштадт, де вона і померла 2 березня 1943 року на 77-у році життя.