"Protocyon" behoort binnen de hondachtigen tot de groep van de Zuid-Amerikaanse honden, de Cerdocyonina. Dit is de zustergroep van de Canina, die de wolven, jakhalzen, dhole en Afrikaanse wilde hond omvat. Volgens de huidige inzichten migreerden vier hondachtigen over de landengte van Panama naar Zuid-Amerika tijdens de "Great American Biotic Interchange": twee stamvormen van de Zuid-Amerikaanse honden in het Plioceen, en de grijze vos en reuzenwolf in het Laat-Pleistoceen. De gemeenschappelijke voorouder van de Zuid-Amerikaanse honden ontwikkelde zich in Noord-Amerika en de vroege vormen leken sterk op de hedendaagse krabbenetende vos. Rond 4,3 miljoen jaar geleden vond een splitsing plaats tussen de ontwikkelingslijn van de Zuid-Amerikaanse vossen en de clade van de manenwolf en de zustertaxa "Protocyon", "Speothos" en "Theriodictis". De verwantschap van "Protocyon" met de andere Zuid-Amerikaanse honden is in onderstaand cladogram weergegeven: