De rechtervleugel van de partij werd spoedig door de linkse officieren onder leiding van generaal Hafiz al-Assad buitenspel gezet en in 1966 moest Ba'ath secretaris-generaal Michel Aflaq naar Libanon (Beiroet) vluchten. In 1971 vestigde hij zich in Irak. President Assad, een Alawitische moslim, volgde van het begin af aan een pro-Sovjet koers. In de jaren tachtig was hij een trouw bondgenoot van Iran in de Irak-Iranoorlog. Vanaf het einde van de jaren tachtig ontdeed de Syrische Ba'ath-partij zich van haar marxistische imago en richtte Syrië zich meer op het Westen. In 1982 maakte de Ba'ath-partij, en met name de voormalige leider Hafiz al-Assad, een einde aan een opstand van het Moslimbroederschap, onder andere in de stad Hama. Die opstand ontstond doordat het Moslimbroederschap leden van de Ba'ath-partij en andere seculiere partijen vermoordde en gebouwen van die partijen aanviel.