Van 1984 tot 1992 stond het bij de UNESCO op de lijst erfgoedgebieden die gevaar liepen. Tussen 1991 en 1993 vestigden zich 50.000 Soedanese vluchtelingen buiten Garamba, na te zijn opgejaagd door het Soedanese volksbevrijdingsleger, wat leidde tot een toename van stroperij. In 1996 werd Garamba opnieuw op de gevarenlijst gezet wegens stroperij op de noordelijke witte neushoorn. Na enkele nederlagen tijdens de Eerste Congo-oorlog (1996-1997) en de Tweede Soedanese Burgeroorlog, vluchtten Oegandese oproerlingen van het West Nile Bank Front en het Uganda National Rescue Front in 1997 het park in. Organisaties als het Frankfurt Zoological Society, het International Union for Conservation of Nature en het World Wildlife Fund hebben met lokale autoriteiten samengewerkt om de situatie van Garamba te verbeteren.