Tereny podmokłe w delcie Niemna znajdują się pod ochroną Konwencji ramsarskiej. W celu ochrony dzikiej przyrody oraz promocji badań w 1992 r. powstał Park Regionalny Delty Niemna. Obejmuje on 239,5 km² i obejmuje 14 rezerwatów przyrody, a także jeden zbiornik retencyjny. Około 20% powierzchni Parku stanowią wody. Od 1999 r., w październiku organizowane jest liczenie ptaków przez litewskie Stowarzyszenie Ornitologów i administrację parku regionalnego. Każdego roku delta jest zalewana, jednak największe zagrożenie dla niej stanowi zanieczyszczenie, rozwój rolnictwa, rybołówstwa i turystyki.