Nel 1832 dopo i moti, le proteste e tutta una serie di insurrezioni cittadine, l'aggregato fu parzialmente trasformato in caserma. Dopo i disordini provocati dai moti di Palermo del 1848, palazzo Sclafani fu dichiarato bene demaniale, l'amministrazione dell'Ospedale ne mantenne il possesso fino al 1852, quando l'istituzione ospedaliera fu definitivamente trasferita nei locali della casa gesuitica di San Francesco Saverio fino all'8 settembre 1943, allorquando l'intero complesso della compagnia di Gesù fu raso al suolo durante un'incursione aerea nel contesto dei bombardamenti cittadini della seconda guerra mondiale. In realtà il complesso di san Francesco Saverio non fu mai bombardato ma demolito dalla Regione Siciliana per realizzare un pensionato universitario. La chiesa omonima dell'arch. Angelo Italia è perfettamente funzionante ed è caratterizzata dall'impianto centrale e da sistema delle cupole.