W rezultacie większość Kozaków pozostała poza rejestrem, co zemściło się na Rzeczypospolitej podczas powstania Chmielnickiego. Na przykład przed bitwą nad Żółtymi Wodami w kwietniu 1648 r. Kozacy rejestrowi z wojsk pod komendą Stefana Potockiego (syna hetmana wielkiego koronnego Mikołaja Potockiego), podporządkowani bezpośrednio pułkownikowi Stanisławowi Krzeczowskiemu przeszli na stronę powstańców – Kozaków Zaporoskich i przesądzili o klęsce wojsk Rzeczypospolitej.