A partir de 2012 aumentaron las acciones de milicias islamistas en el norte, en cuyas acciones estaban apoyadas desde Somalia, entre otros por la milicia Al-Shabbaab. El incidente más grave fue el sangriento asalto al centro comercial Westgate al afectar a la capital Nairobi. Durante el 2014 los ataques se incrementaron, aumentando el número de víctimas El máximo ataque yihadista, en la Universidad de Garissa, ocurrió el 2 de abril de 2015, dejando como saldo 147 personas muertas incluyendo a los cuatro terroristas que intervinieron (ataque yihadista en la Universidad de Garissa). El 26 de octubre de 2016 hubo un atentado terrorista perpetrado por la banda terrorista Al-Shabbaab hacia un hotel cercano a la frontera con Somalia mediante una explosión de coche bomba.