W 1947 obrany został nowy biskup banjalucki i administratura wznowiła swoją działalność. Kolejne straty materialne eparchia poniosła w czasie wojny w Bośni i Hercegowinie w latach 1991–1995. Zniszczone wówczas zostały dwie cerkwie, trzy zaś poniosły znaczne straty. W 1997 w strukturach eparchii działało 98 parafii obsługiwanych przez 78 kapłanów oraz 5 klasztorów, w których życie mnisze prowadziły 23 osoby.