Około 1690 rozpoczęto budowę nowego kościoła, którego architektem był Lorenzo Gafà. Dobudowana została dzwonnica z trzema dzwonami, zaś stary kościół został zaadoptowany na zakrystię. Niestety 11 stycznia 1693, na skutek trzęsienia ziemi kościół został uszkodzony. Odbudowany w latach 1693–94, jak wynika z raportu biskupa Davide Cocco Palmieri, z dużym poświęceniem lokalnej ludności.Proboszcz parafii Qormi napisał do Stolicy Apostolskiej prośbę o pozostawienie kościoła w granicach parafii, argumentując to m.in. tym, że jego fasada zwrócona jest w stronę kościoła parafialnego w Qormi. Papież Klemens XI przychylił się do tej prośby, do dziś na fasadzie kościoła znajduje się jego herb.