Bij de mislukte belegering van 1793 door de troepen van de Eerste Franse Republiek onder leiding van Francisco de Miranda liep de vlak bij de stadswallen gelegen commanderij zware schade op. Vanwege de aanhoudende oorlogsdreiging besloten veel Maastrichtenaren, waaronder veel adellijken, hoger geplaatste geestelijken en "émigrés", de stad te verlaten, zo ook de bewoners van de Nieuwen Biesen. Een groot deel van het centrale archief van de balije Biesen was in opdracht van landcommandeur Von Reisenach in Duitsland in veiligheid gebracht, evenals de kerkschat en andere kunstvoorwerpen.