1985年1月21日，婆罗浮屠的九座舍利塔被九枚炸弹严重损坏，是为1985年婆羅浮屠爆炸案。1986年，执行炸弹袭击的右翼极端组织的两名成员分别被判20年监禁，另外一人被判13年监禁。1991年一位穆斯林盲人传教士Husein Ali Al Habsyie被指控策划了1980年代中的一系列爆炸事件，其中包括对婆罗浮屠的袭击，他被判终身监禁。2006年5月7日，一场里氏6.2级的地震袭击中爪哇的南部沿海地区。此次地震在日惹附近的城市造成严重的毁坏和人员伤亡，但婆罗浮屠安然无恙。