En 2011 Lynn Margulis dio su apoyo a que se realice una nueva investigación independiente de los hechos del 11 de septiembre en EE. UU., sobre cómo se derrumbó el World Trade Center 7 (el tercer edificio) en el día de los ataques. Afirma que las explicaciones dadas hasta ahora por el Gobierno, la Comisión de investigación del gobierno, el NIST, la FEMA y otros órganos relacionados con las investigaciones realizadas, demuestran que respondían al gobierno estadounidense, y no sería realmente un análisis científico independiente (ver:Teoría de la demolición controlada del World Trade Center).