Die Abteilung Rollstuhlsport wurde 2008 im Verein gegründet, als der Rollstuhl-Sportclub Hamburg von 1975 e. V. in den HSV eingegliedert wurde. Betrieben werden ausschließlich Rollstuhlbasketball und Wheelsoccer. Dorothee Vieth wurde 2011 Weltmeisterin im Straßenrennen (Handbikesport) und holte 2016 Gold bei den Paralympics in Rio de Janeiro.