I sommeren 1996 skiftede Brian Steen Nielsen så noget overraskende til japansk fodbold, idet han fik kontrakt med Urawa Red Diamonds. Kombineret med, at landsholdet fik ny træner (Bo Johansson), betød det, at han blev droppet til landsholdet i en periode. Det blev imidlertid kun til en enkelt sæson i Japan, og efter endnu en sæson i OB skiftede han til AB, hvor han som holdkaptajn var med til at vinde pokalturneringen. Han var nu vendt tilbage til landsholdet, hvor han sammen med Stig Tøfting udgjorde en tung midtbane. Imidlertid var den otte år yngre Thomas Gravesen dukket op, og Brian Steen Nielsen måtte ved EM 2000 indstille sig på at være reserve. Efter VM i fodbold 2002, hvor han fik 11 minutter i alt, stoppede han selv sin landsholdskarriere.