Během první balkánské války (v letech 1912-1913) byla pro potřeby věřících uzavřena a sloužila srbské armádě, která Prizren obsadila, jako sklad munice. Později ji pro stejný účel využívalo také bulharské vojsko. Přední část mešity se v roce 1919 zřítila a obnovena byla až na počátku 21. století. V roce 1968-1969 byla stavba upravena na muzeum orientálního písemnictví, a v letech 1973-1978 kompletně zrekonstruována. Další obnova mešity se uskutečnila po válce v Kosovu v roce 2011 za pomoci tureckého nadačního fondu TIKA.