Peristiwa 11 September 2001 memberikan dampak pada keamanan nasional. Kebijakan ketat pemerintah pascakejadian ini, melanggar hak asasi warganya. Penahanan tanpa batas waktu dan tanpa dasar hukum yang jelas dan diskriminasi agama tertentu jelas bertentangan dengan hukum. ACLU juga memberikan perhatian terhadap tahanan militer di Guantanamo dengan menjadi pengamat independen sejak tahun 2004. Selain itu, pembunuhan yang ditargetkan oleh CIA tanpa alasan yang kuat di Pakistan, Somalia, Yaman dan di tempat lain adalah pelanggaran konstitusi dan hukum internasional yang terus disuarakan oleh ACLU.