Впоследствии он был отправлен в Джорджию вместе с корпусом Лонгстрита, но не успел принять участия в сражении при Чикамоге. Его местонахождение во время осады Ноксвилля неизвестно. Позже его вернули на восток и он сражался во время Оверлендской кампании, в сражениях в Глуши и при Спотсильвейни, причем был ранен в обоих. Незадолго до осады Петерсберга он покинул Северовирджинскую армию и принял командование военным округом в Джорджии, пока не сдался в плен в Кингстоне. 2 мая 1865 года его условно освободили в Ресаке. 24 июля Уоффорд был амнистирован правительством США. Фактически, солдаты, которыми он командовал, сдались федеральной армии последними в той войне.