La saison 1943-1944 est marquée par la disparition de Firmin Sehet, Président d'honneur et fondateur du club, et la déportation en mai 1944 de Maurice Fournil, André Lucas et Benjamin Remacle pour faits de résistance. Le président Lozai se réfugie en Algérie jusqu'à la fin de la guerre, laissant le poste de président à M. Chauvet. Malgré les bombardements, la pénurie et les problèmes de transport, le club remporte l'épreuve régionale de qualification pour le CFA. En 1944, la finale de la Coupe de Normandie contre le FC Dieppe ne peut se disputer à cause des événements. La saison 1944-1945 est marquée par le match amical organisé contre les "Royal Marines" en octobre 1944 pour récolter des fonds en faveur d'Henri Mallet, un membre du club amputé d'un bras à la suite d'un bombardement. Le club termine deuxième du championnat de Normandie, marqué par le forfait de nombreuses équipes à cause du manque d'équipement, comme l'illustre un match mémorable contre Le Havre AC où les Quevillais disputent la première mi-temps à sept contre onze à la suite d'une crevaison qui empêche le reste de l'équipe d'arriver à temps. En Coupe de France, le club est éliminé par le Stade français en de finale.