Durant les cerimònies ocasionals o de particular importància, les parets laterals es cobreixen amb una sèrie de tapissos, els originals dels quals van ser dissenyats per a la capella, per Rafael Sanzio i representen episodis de la "Vida de Sant Pere" i la "Vida de Sant Pau" tal com les descriuen els Evangelis i els Fets dels Apòstols: els cartons preparatoris de mida natural per a set dels deu tapissos són coneguts com a «Cartons de Rafael» i es conserven al Victoria and Albert Museum a Londres. Els tapissos de Rafael van ser saquejats durant el Saqueig de Roma (1527) i alguns van ser cremats pel metall preciós que contenien i d'altres distribuïts per tot Europa. A la fi del es va reunir una col·lecció (ja s'havien realitzat diverses col·leccions noves) i usats novament a la Capella Sixtina el 1983.