Pius hållning under andra världskriget har blivit livligt debatterad. Han ingrep inte aktivt mot de nazistiska judeförföljelserna, därför att detta enligt hans mening skulle förvärra deras situation. Pius skall, enligt uppgift, även ha känt till de planerade massmorden i Fosse Ardeatine 1944. Däremot gav Vatikanstaten skydd åt många enskilda. På Pius order gav Vatikanen skydd åt hundratusentals enskilda judar och politiska flyktingar, även om han utåt föredrog att föra tyst diplomati. Även många efterspanade nazistiska krigsförbrytare fick åren efter andra världskriget hjälp av Vatikanen att ta sig till Argentina, med Pius goda minne.