1999年巴基斯坦发生政变，时任陆军参谋长的佩尔韦兹·穆沙拉夫推翻了谢里夫及其现有的民选政府，此后，阿巴西作为巴基斯坦情报局主席的任期终止，同时作为国民大会成员的任期也随着大会的解散而终止。