Пещерите вероятно са били първоначално прокопани в меката вулканична скала от фригийското население, което обитава района на Кападокия през VIII-VII в. пр.н.е. По римско време, вече покръстените жители на областта разширяват многоетажните тунели, като изграждат параклиси с надписи на гръцки. По времето на Византийската империя, подземният град Деринкую вече е напълно оформен и интензивно използван за защита на населението от арабите по време на Арабско-византийските войни през 780–1180 г. Градът е свързан и с други подземни градове посредством километрични тунели. Някои артефакти открити в тези подземни селища се отнасят към средновизантийския период между V и X век. Тези градове остават да служат за убежища на християнското население и по време на монголските нашествия на Тимур от XIV век.