9.11以降、米国はコニーをテロリスト、LRAをテロ組織に指定した。2008年11月、当時のジョージ・W・ブッシュ大統領はアメリカアフリカ軍にウガンダ軍と南スーダン軍の対LRA共同掃討作戦「ライトニング・サンダー」への支援を指示した。2010年5月にはバラク・オバマ大統領はに署名して2011年10月にはアメリカ軍を中央アフリカに展開させ、中央アフリカの森林地帯に潜伏するジョゼフ・コニーの追跡を行ってきたが、2013年3月、中央アフリカの政変で反政府勢力セレカが政権を掌握したため追跡を断念。代わりに国務省がジョゼフ・コニーの身柄拘束に500万ドル懸賞金をかけることとなった。