לאחר ששירת רק כמה שבועות בשלבים המאוחרים של מלחמת הבורים השנייה, הועבר וילקוקס להודו בסוף פברואר, כדי לקבל פיקוד על מחוז בלגאום. הוא הועלה לדרגה קבועה של קולונל ב-29 במרץ 1902, ביום בו קיבל דרגת שדה של בריגדיר גנרל. הוא הועלה לדרגת מייג'ור גנרל וקיבל פיקוד על חטיבה בשנת 1906, בפברואר ומרץ 1908 הוא פיקד על כוח שדה עמק בזאר נגד שבט זאקה ח'ל של האפרידי, ובמרץ 1908 מונה למפקד דיוויזיה וקודם לדרגת לוטננט גנרל לאחר פיקודו על כוח שדה מוהמנד ביולי 1908. בשנת 1907 הוא קיבל את תואר עמית מסדר האמבט (CB). באוקטובר 1910 מונה למפקד צבא הצפון, ובשנת 1913 קיבל את תואר אביר מפקד מסדר כוכב הודו (KCSI). בשנת 1914 הוא קיבל את תואר אביר מפקד מסדר האמבט (KCB).