В 1809 году Юзеф Виельгорский был организатором вооруженных сил в Кракове и Кельцах в связи с вторжением австрийской армии. С 8 августа 1809 года глава военного департамента Временного правительства обеих Галиций по военным нуждам. В 1810 году был назначен руководителем по снабжению продовольствием армии Варшавского герцогства. С 1811 года — заместитель военного министра, князя Юзефа Понятовского, и дивизионный генерал. Из-за болезни Юзеф Виельгорской во время русской кампании Наполеона Бонапарта с незначительными силами оставался в Варшаве.