Paul Fay war vom 2. bis zum 28. November 1963 kommissarischer Marinestaatssekretär unter Präsident John F. Kennedy als Nachfolger des zurückgetretenen Fred Korth. Fay und Kennedy waren seit ihrer gemeinsamen Zeit bei der United States Navy befreundet. Wenige Tage nach Kennedys Ermordung am 22. November 1963 legte er sein Interimsamt nieder und kehrte auf den Posten des "Under Secretary" zurück. Sein Nachfolger als Staatssekretär wurde Paul Nitze.