В 1853 году Юхарин был назначен почётным попечителем частного мужского пансиона в Николаеве и в 1854 году — командиром батареи № 1, устроенной для защиты Николаева. В том же году на шхуне «Опыт» Юхарин командовал отрядом судов, защищавших Николаев от англо-французов, и в 1855 году в чине контр-адмирала командовал морскими батальонами, сформированными из рекрутских запасных рот, а затем заведовал всеми перевязочными пунктами в окрестностях Николаева.