Als Verwandter und führender Unterstützer von König John Balliol spielte Comyn eine wichtige Rolle, als es im Streit um die englische Oberherrschaft Anfang 1296 zum Krieg gegen England kam. Zusammen mit sieben schottischen Earls, darunter der mit ihm verwandte John Comyn, 7. Earl of Buchan, überquerte er am 26. März von Annandale aus den Solway und unternahm einen Raubzug nach Nordengland. Sie brannten die Vororte von Carlisle nieder, doch ihr Angriff auf die Stadt selbst scheiterte. Zwei Wochen später war Comyn in Hexham Abbey, als das Kloster niedergebrannt wurde. Als die Schotten erfuhren, dass der englische König Eduard I. mit einem Heer im Anmarsch war, zogen sie sich nach Schottland zurück. Am 22. April nahm Comyn an der Rückeroberung von Dunbar Castle teil, doch als der englische König nach dem Sieg in der Schlacht bei Dunbar am 28. April die Übergabe der Burg erreichte, geriet Comyn zusammen mit zahlreichen anderen schottischen Adligen in Gefangenschaft und wurde als Geisel nach England gebracht. Seine Frau war bereits in England und hatte freies Geleit nach London erhalten, nachdem der englische König von Comyns Kampf auf schottischer Seite erfahren hatte, was er als bewaffnete Rebellion ansah. Eduard I. sorgte für den Unterhalt von Comyns Frau und ihren Kindern, während er selbst zusammen mit anderen schottischen Gefangenen in den Tower of London gebracht wurde. 1297 versprach Comyn, den englischen König im Krieg gegen Frankreich bei dessen Feldzug nach Flandern zu unterstützen, doch vor 1298 war er wieder in Schottland.