Im August desselben Jahres übertrug man Fletcher das taktische Kommando über die Invasionsstreitkräfte in der Schlacht um Guadalcanal, deren Oberbefehl Vice Admiral Robert L. Ghormley hatte. In den folgenden heftigen Kämpfen in den südlichen Salomonen unterstanden ihm die USS Enterprise, die USS Saratoga und die USS Wasp. In der Schlacht bei den Ost-Salomonen wurde die Enterprise schwer beschädigt, einige Wochen später die Wasp durch ein U-Boot versenkt.