V roku 1204 bol chrám vyplienený počas IV. križiackej výpravy, rabovaniu sa nevyhli ani hroby cisárov. Vzácne relikvie boli odnesené na západ (najmä do Benátok), relikvie Gregora Naziánskeho skončili v Ríme. Chrám bol poničený a začal pustnúť. Po znovuzískaní mesta nechal cisár Michal VIII. v chráme vztýčiť sochu archanjela Michaela. V 14. storočí bol chrám čiastočne zrekonštruovaný za vlády cisára Andronika II. Po dobytí Konštantínopola Mehmedom II. sa chrám po tom, čo bola moslimami skonfiškovaná Hagia Sofia stal sídlom konštatinopolského patriarchu. V roku 1456 sa však pre chátrajúci stav budovy patriarcha Gennadios II. presťahoval do Chrámu Matky Božej v kláštore Pammakaristos a Mehmed II. nechal chrám zbúrať. Na jeho mieste následne vyrástla Fatihova mešita.