W związku z realizacją postanowień traktatu Ribbentrop-Mołotow pomiędzy ZSRR i III Rzeszą, wojska Armii Czerwonej przekroczyły polską granicę i 17 września 1939 roku zajęły Mołodeczno. Pod okupacją sowiecką miasto włączono w skład Białoruskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej. 15 stycznia 1940 roku miasto zostało centrum rejonu w ramach obwodu wilejskiego.