El primer conflicto internacional que debió enfrentar la joven república fue la guerra con la Gran Colombia (1828-1829). El presidente de este país, Bolívar, ofuscado por el fin de su influencia en el Perú y Bolivia, desató su ira sobre el gobierno peruano, acompañándolo de reclamos territoriales (exigía la entrega de las provincias peruanas de Tumbes, Jaén y Maynas). La campaña marítima fue favorable al Perú, cuya marina capturó el puerto de Guayaquil, pero no lo fue la campaña terrestre, en la que una avanzada del ejército peruano sufrió un revés en la batalla del Portete de Tarqui, aunque no fue una derrota definitiva. La batalla final nunca se dio, pues ambas partes acordaron celebrar la paz, finalizando así la guerra, sin que hubiera un vencedor. En el tratado de paz y amistad, firmado el 22 de septiembre de 1829, se mantuvo la situación territorial previa al conflicto. Poco después falleció Bolívar y la Gran Colombia se fraccionó en tres repúblicas: Venezuela, Nueva Granada (Colombia) y Ecuador.