Brasilian maajoukkueessa Gilberto pelasi ensimmäisen kerran 7. marraskuuta 2001 Boliviaa vastaan. Hän on pelannut yli 70 maaottelua ja tehnyt niissä kolme maalia . Hän voitti maailmanmestaruuden vuoden 2002 MM-kisoissa, joissa hän kuului pelaavaan kokoonpanoon jokaisessa Brasilian ottelussa.