Il generale Bonaparte marciò lungo il Nilo, vinse facilmente la battaglia delle Piramidi contro i Mamelucchi il 21 luglio, quindi raggiunse ed occupò Il Cairo. Nel frattempo tuttavia l'ammiraglio Nelson, ottenute finalmente informazioni a Napoli sui movimenti francesi, ritornò indietro e la notte del 31 luglio 1798 attaccò di sorpresa nella rada di Abukir la flotta francese dell'ammiraglio Brueys; la battaglia terminò con una netta vittoria britannica: le navi francesi venne distrutte o affondata e l'ammiraglio francese rimase ucciso. Il disastro della flotta mise in grave difficoltà il generale Bonaparte che, pur mantenendo il controllo della terraferma ed estendendo la sua conquista verso Assuan e l'istmo di Suez, era in pratica bloccato e isolato con il suo esercito in Oriente, senza poter ricevere aiuti dalla madrepatria.