לוגנר שמונה הופעות וארבעה שערים במדי נבחרת גרמניה בכדורגל עד גיל 21. בשנת 2009 השתתף עם נבחרת זו באליפות אירופה בכדורגל עד גיל 21 - 2009, וזכה עם הנבחרת בטורניר, לאחר שהבקיע צמד בניצחון 0–4 על נבחרת אנגליה במשחק הגמר. במאי 2017 זומן וגנר לסגל נבחרת גרמניה לגביע הקונפדרציות 2017 על ידי המאמן יואכים לב. וגנר ערך את הבכורה במדי נבחרת גרמניה הבוגרת ב-7 ביוני 2017 במשחק ידידות השהסתיים בתיקו 1-1 מול נבחרת דנמרק, כאשר פתח בהרכב והוחלף בדקה ה-66 על ידי יוליאן בראנדט. שלושה ימים לאחר מכן, הבקיע סנדרו את שעריו הראשונים במדים הלאומיים, כשפתח בהרכב מול נבחרת סן מרינו והבקיע שלושער בניצחון של גרמניה בתוצאה 0–7 במסגרת מוקדמות מונדיאל 2018. לאחר שלא זומן למונדיאל 2018 הודיע וגנר על פרישה מנבחרת גרמניה ואמר שבכוונתו להקדיש את כל כולו לבאיירן מינכן.