Como responsable de las Fuerzas aéreas, en la madrugada del 17 al 18 de julio de 1936 se aseguró de la fidelidad de los aeródromos y distintas unidades aéreas. En esas horas inciertas, Núñez de Prado se dirigió en avión a Zaragoza, ciudad que aún no se había sublevado formalmente, a fin de persuadir al general Cabanellas, al mando la V División Orgánica, de que no se uniese a la sublevación. Pero todo indicaba que Cabanellas, ya implicado en la insurrección de agosto de 1932, también en esta ocasión seguía las instrucciones de los golpistas, pues no respondió a ninguna de las comunicaciones telefónicas que el ministro de la Guerra le dirigía desde Madrid. Núñez de Prado sabía que ir a Zaragoza era ir a una muerte segura y pidió al ministro y presidente del Gobierno viajar mejor a Sevilla, donde todavía se podía controlar la situación, aunque su petición fue desoída y finalmente aceptó la orden de Casares Quiroga por mera disciplina militar.