בתקופה זו התחזקו קשריו עם "ההגנה". צוות בית החולים העביר קורסים לעזרה ראשונה. חשיבותם של הרופאים עלתה לאחר פרוץ מאורעות הדמים ב-1936; בית החולים הפך למוקד רפואי ראשון במעלה, בו הוגשה עזרה דחופה לנפגעי המאורעות. בשנת 1938 כאשר הוקמה "גדר הצפון" גויס ד"ר פלר לצוות הרפואי של המבצע ונמנה עם הצוות שטיפל במאות העובדים והמגינים.