Prima nazionale non americana ad essere invitata alla Copa América, nell'edizione del 1999 organizzata dal Paraguay, il Giappone esce al primo turno, classificandosi ultimo nel girone con i padroni di casa del dopo una pesante sconfitta per 4-0, contro il giocherà una partita combattuta ed equilibrata che però perderà per 3-2, ottenendo un solo punto nel pareggio per 1-1 contro la grazie a un rigore trasformato di Wagner Lopes, calciatore brasiliano naturalizzato giapponese.