Under bröllopet i Paris inträffade den berömda massakern under Bartolomeinatten på de hugenotter som hade samlats i staden för att närvara vid bröllopet, och det religiösa inbördeskriget bröt ut på nytt. Under massakern hölls Henrik och Margot under husarrest i Paris av hennes familj. Henrik tvingades konvertera till katolicismen, och Margot ska ha räddat åtskilliga hugenotter genom att ge dem asyl i sin egen våning.