McDowells Armee verlor die Erste Schlacht am Bull Run. Am 15. August 1861 wurde er des Kommandos enthoben und führte zunächst bis zum 13. März 1862 eine Division und bis zum 4. April 1862 das I. Korps der Potomac-Armee. Am 14. März 1862 wurde McDowell zum Generalmajor der Freiwilligen befördert.