پس از اختلافات تند با سنا، سزار در ژانویه ۴۹ پیش از میلاد مسلحانه نیروهایش را از رود روبیکن که حدود میان استان گالیا کیسالپینا و قلمرو ایتالیا را مشخص می‌کرد عبور داد؛ در مقابل، سنا نیز حول و حوش پومپیئوس گرد آمد و در تلاش برای دفاع از نهادهای جمهوری، تصمیم به اعلان جنگ به سزار گرفت. پس از زد و خوردهایی چند، دو نیرو در فارسالوس با یکدیگر رویارو شدند، جایی‌که سزار شکستی علاج‌ناپذیر به نیروهای پومپیوس تحمیل کرد. پومپیوس به مصر گریخت امّا به دستور بطلمیوس سیزدهم سربریده شد (۴۸ ق. م). سزار نیز به مصر رفت و در نبرد بر سر جانشینی میان کلئوپاترای هفتم و برادرش بطلمیوس سیزدهم درگیر شد؛ پس از حل این قضیه، جنگ را ادامه داد و پادشاه پنتوس به نام فارناک دوم را در نبرد زیله (زیله در ترکیه امروزی) را شکست داد (۴۷ ق. م). سپس روانه آفریکا (استان روم) شد، جایی‌که بازماندگان پومپیئوس به‌رهبری کاتوی کوچک مجدداً سازمان یافته بودند، و آنان را در نبرد تاپسوس شکست داد (۴۶ ق. م). بازماندگان به هیسپانیا پناهنده شدند، جایی‌که سزار روانه شد و آنان را در نبرد موندا این‌بار قاطعانه درهم کوبید (۴۵ ق. م).