El exilio de Hipias supuso el inicio de la democracia en Atenas, que llegó con el alcmeónida Clístenes de Atenas. Más tarde los espartanos consideraron que una Atenas libre y democrática podría representar un peligro para la hegemonía de Esparta e intentaron reponer a Hipias como tirano, pero este se había refugiado ya en la corte persa de Darío I. Persia amenazó con atacar a Atenas si esta no readmitía a Hipias, posibilidad que los atenienses rechazaron de plano aun a riesgo de entrar en conflicto con la gran potencia asiática. Poco después se produciría la Revuelta jónica contra los persas de 499 a. C., apoyada calurosamente por Atenas. Aplastado el levantamiento el 494 a. C., los persas buscaron el desquite. Hipias animó a Darío a iniciar la primera de las Guerras Médicas y participó en la expedición. Este, entre otras cosas, aconsejó el desembarco en la llanura de Maratón. Resultó muerto en Lemnos, durante dicha guerra, poco después de la batalla de Maratón (490 a. C.).