העונה העוקבת, 1988/1989, עמדה בסימן אבל של שחקני ליברפול בעקבות אסון הילסבורו. בדומה לרבים מחבריו לקבוצה היה זה האסון השני אותו חווה בתוך שנים ספורות - הוא אירע ארבע שנים אחרי אסון הייזל שאירע בגמר גביע אירופה לאלופות 1985 מול יובנטוס. למרות זאת סייע ניקול לליברפול לזכות בגביע ה-FA, לאחר ניצחון 2-3 על אברטון בגמר בתום הארכה. הקבוצה איבדה באותה עונה את האליפות, לאחר הפסד לארסנל במשחק ההכרעה על התואר. בעקבות יכולתו האישית המרשימה באותה עונה זכה ניקול בתואר כדורגלן השנה בליגה האנגלית מטעם התאחדות העיתונאים.