Rajan sulkeminen vahingoitti kuitenkin enemmän Afganistania. Maan talouselämä pysähtyi täysin, kun Pakistanin satamien ja rautatieverkon kautta ei enää tullut Afganistaniin saakka elintarvikkeita ja muita hyödykkeitä. Siten myöskään tulli- ja verotuloja ei enää tullut, ja Afganistanin talous ajautui kriittiseen tilaan. Kriisi jatkui puolitoista vuotta, mutta tilanne oli edennyt jo niin pitkälle, että Muhammad Daud ei voinut enää antaa periksi asiassa. Lopulta Afganistanin kuningashuoneen muut jäsenet olivat saaneet tarpeekseen, ja kuningas Zahir Šah ilmoitti pääministerin erosta maaliskuussa 1963. Muhammad Daudin tilalle pääministeriksi nimitettiin Mohammad Yusuf. Muhammad Daudin eron jälkeen suhteet Pakistaniin normalisoituivat Iranin šaahin toimiessa välittäjänä. Paštunestan-kysymys jäi ratkaisematta, mutta Afganistan ei kriisin jälkeen enää vaarantanut suhteitaan Pakistaniin. Kun Pakistan ajautui kaksi vuotta myöhemmin sotaan Intiaa vastaan, Afganistan ei hyödyntänyt tilannetta ratkaistakseen Paštunestanin-kysymyksen edukseen.