600-luvulta 900-luvulla se oli kasaarien valtakunnan aluetta, myöhemmin kumaanien, mongolien ja Krimin kaanikunnan sekä lyhyen aikaa 1478–1485 Osmanien valtakunnan hallussa. Kasaarit kutsuivat sitä nimellä Güzliev (kaunis talo), tataarit nimellä Kezlev ja osmanit Gözleve. Varhaisempi venäläinen nimi oli tataarista johdettu Kozlov. Vuonna 1783 Venäjän keisarikunta sai haltuunsa koko Krimin ja kaupunki sai nimen Jevpatorija 1784. Britit, ranskalaiset ja turkkilaiset miehittivät kaupungin Krimin sodan aikana 1854, ja siellä käytiin Jevpatorijan taistelu talvella 1855.