Tomcaty brały też udział w wojnie w Afganistanie i drugiej wojnie w Zatoce Perskie. Ostatnia misja bojowa F-14 została zakończona 8 lutego 2006 roku, gdy dwie maszyny typu F-14D Tomcat wylądowały na lotniskowcu USS „Theodore Roosevelt” po bombardowaniu w Iraku. Podczas ostatniej operacji bojowej "Iracka Wolność" ("Iraqi Freedom") samoloty F-14 wykonały 1163 misji bojowych w czasie 6876 godzin, zrzucając ponad 4300 ton różnego rodzaju uzbrojenia.