La ocupación francesa fue impopular, por lo que los malteses se rebelaron y los franceses se vieron forzados a refugiarse en las fortificaciones. Gran Bretaña y el Reino de las Dos Sicilias enviaron municiones y ayuda. Los británicos también enviaron su flota, al mando del almirante Nelson, que efectuó el bloqueo de las islas. Las aisladas fuerzas francesas se rindieron en 1800, y los británicos tomaron el control del archipiélago, convirtiéndolo en su protectorado.