Успешная полоса клуба остановилась в связи с аннексией Австрии Германией в 1938 году. В результате клуб лишился игроков и членов своего персонала еврейского происхождения, а Маттиас Синделар умер при загадочных обстоятельствах 23 января 1939 года в своей квартире, официальной причиной смерти было отравление угарным газом. Он неоднократно вызывался в сборную Германии по футболу, но всегда отказывался ссылаясь на травмы или завершение международной карьеры. В период после Аншлюса клуб не достиг каких-либо успехов, играя в "Gauliga Ostmark" (фактически чемпионата Австрии), но им удавалось сохранить своё название «Аустрия» несмотря на попытки нацистов его переименовать.