Ab 1980 war Pflieger wissenschaftlicher Mitarbeiter bei der Bundesanwaltschaft in Karlsruhe und unter anderem einer von drei ermittelnden Staatsanwälten bei der Untersuchung des rechtsradikalen Sprengstoffanschlags auf das Oktoberfest 1980 mit 13 Toten. 1981 bzw. 1982 koordinierte er die Anklagen gegen die RAF-Mitglieder Peter-Jürgen Boock, Brigitte Mohnhaupt und Christian Klar und vertrat die Anklage im ersten Boock-Prozess.