Die offizielle Indienststellung des neuen AG 51 erfolgte durch den damaligen Inspekteur der Luftwaffe Generalleutnant Jörg Kuebart im Januar 1994. Im Juli 1995 wurden sechs Recce-Tornados als Teil des Einsatzgeschwader 1 nach Piacenza in Italien verlegt, um an Einsätzen über dem ehemaligen Jugoslawien teilzunehmen. Nach Beteiligung an UNPROFOR, IFOR, SFOR, der Operation Allied Force und KFOR wurden die letzten Kräfte 2001 aus Italien abgezogen.