У 30-х роках XIX століття прискорюється занепад Грецького Братства в Ніжині. Це пов'язане було з тим, що внаслідок імперських реформ російського самодержавства Ніжин з великого полкового міста та важливого центру торгівлі поступово перетворився на глуху провінцію, після перемоги в Греції національно-визвольної революції та проголошення в 1830 році державної незалежності ніжинські греки поступово починають повертатися на історичну батьківщину або переселятися до великих портових міст на півдні України та Росії. В Ніжині залишилися тільки ті, хто не мав коштів на переїзд та породичався з місцевими жителями. Якщо в 1746 році в Ніжині нараховувалось 1800 греків, у 1782 році — близько 765, то в 1869 році їх вже було не більше 365 чоловік.