Obwohl sie schon Staatsoper war, erhielt die Oper zusätzlich nach der Wende den offiziellen Titel „Sächsische Staatsoper“. Das Hochwasser der Elbe im August 2002 fügte dem Opernhaus einen Schaden von 27 Millionen Euro zu. Drei Monate nach der Hochwasserkatastrophe eröffneten am 9. November 2002 Tänzer des Semperoper Balletts und die Sächsische Staatskapelle die Spielzeit mit dem Ballett "Illusionen – wie Schwanensee".