בתקופת מלחמות נפוליאון ופלישתו לרוסיה (1812), נסוגו אביו ובני ביתו עם צבא רוסיה לרוסיה הפנימית, מסע שבמהלכו נפטר רבי שניאור זלמן. משה ובני משפחתו לא הצטרפו למסע. כאשר ניסה משה להגיע לשקלוב נפל בשבי הצבא הצרפתי. הוא הואשם בריגול ונידון למוות אך שוחרר. משערים כי שהותו בשבי הביאה להתפרצות מחודשת של אי השפיות שממנה סבל בצעירותו. ממכתב שכתבה אמו בשנת 1817 עולה לכאורה כי בשנה זו כבר היה מצבו הנפשי מעורער.