Сборная Германии смогла пройти отбор на ЧМ-2014, однако участие Нойера в этом турнире было неочевидным. В конце сезона 2013/14 он получил травму плеча, но в итоге всё-таки был включён в состав своей команды на предстоящий турнир. Несмотря на это, сыграет ли Нойер в первом матче группового этапа оставалось неясным. В товарищеских матчах перед турниром играли запасные вратари Роман Вайденфеллер и Рон-Роберт Цилер, однако именно Нойер вышел в первом матче на турнире с Португалией с первых минут. Германия выиграла тот матч, следующая игра с Ганой окончилась ничьей, а последний матч группового этапа против США вновь завершился победой. В итоге немцам удалось выйти из группы. В матче 1/8 финала против Алжира Мануэль выступил в качестве полноценного «вратаря-чистильщика», так как из-за отсутствия некоторых основных игроков тренеру Лёву пришлось пойти на тактические эксперименты, из-за которых игра в обороне не была идеальной. Германия победила 2:1. В четвертьфинале ситуация с отсутствующими игроками стабилизировалась, из-за чего Нойер мог играть более спокойно. На той стадии немцы встретились с французами, благодаря голу Матса Хуммельса в начале игры сборная Германии смогла выйти вперёд, а Нойер сделал несколько важных сейвов по её ходу, благодаря чему немцы одержали победу. В полуфинале против Бразилии Германия выиграла со счётом 7:1 и вышла в финал турнира. В нём немцы играли со сборной Аргентины, в основном времени победителя выявить не удалось, однако в дополнительном времени сборная Германии благодаря голу Марио Гётце смогла обыграть аргентинцев и выиграть чемпионат мира. После окончания турнира Нойер был признан лучшим его вратарём и получил «Золотую перчатку», в семи матчах он четыре раза оставил свои ворота «сухими», а также пропустил только четыре мяча.