В начале 2006 года был назначен главным тренером молодёжной сборной Узбекистана. В том году вместе со сборной Инилеев дошёл до четвертьфинала футбольного турнира Азиатских Игр 2006 года в Катаре. Позднее в конце2006 года после увольнения Валерия Непомнящия с поста главного тренера, он стал главным тренером национальной сборной Узбекистана и участвовал вместе со сборной в Кубке Азии 2007 года. В Кубке Азии сборная Узбекистана дошла до четвертьфинала и проиграв сборной Саудовской Аравии со счётом 2:1 и покинула турнир. В том году Рауф Инилеев был признан лучшим тренером года в Узбекистане и АФК. В сентябре 2008 года после неудачных матчей в рамках квалификации на Чемпионат Мира 2010 года, Инилеев был уволен с поста главного тренера сборной Узбекистана.