John Utaka totalise quarante-cinq capes et cinq buts avec l'équipe du Nigeria. Il participe notamment à un match de la coupe du monde 2002, termine troisième des coupes d'Afrique des nations 2004 et 2006 et participe aux coupes d'Afrique des nations 2008 et 2010. Il inscrit son premier but international lors des éliminatoires de la coupes d'Afrique des nations 2004.