Von Januar bis März 1943 nahm die 46. Armee als Teil der Schwarzmeer-Gruppe der Transkaukasischen Front und ab 6. Februar – der Nordkaukasischen Front an der Nordkaukasischen Operation teil. Im Zuge dieser Operationen wurden die Städte Maikop (29. Januar, in Zusammenarbeit mit den Partisanen) und Krasnodar (12. Februar, in Zusammenarbeit mit der 18. Armee) zurück erobert. Am 11. März erreichten die Armeetruppen den Kuban-Abschnitt im Gebiet südlich von Troizkaja, wo sie in die Defensive übergingen. Am 3. März 1943 wurde das Armeeoberkommando in Frontreserve und am 30. März in die Stawka-Reserve zurückgezogen, die 46. Armee trat am 10. April zur Reservefront und am 15. April zum Steppen-Militärbezirk über.