Był jednym z przywódców ruchu studenckiego we Francji i paryskiego Maja 68. Współorganizował okupacje administracji uniwersytetu w Nanterre 22 marca 1968 roku, która zainicjowała masowe protesty. Po zakończeniu okupacji został jednym z liderów nawiązującego do okupacji Ruchu 22 Marca, który zapowiedział na 2 maja organizację protestów w ramach „dnia antyimperialistycznego” w Nanterre. Podczas wydarzeń Maja 68 był zwolennikiem pokojowej taktyki, sprzeciwiał się użyciu przemocy. Zyskał wówczas przydomek „Czerwony Dany”. W 1968 został wydalony z Francji do Niemiec po tym, jak znaleziono przy nim instrukcje produkcji materiałów wybuchowych (Cohn-Bendit był wówczas obywatelem Niemiec). Po deportacji zamieszkał we Frankfurcie nad Menem, gdzie został redaktorem naczelnym lewicowej gazety „Pflasterstrand” (był nim do 1990). Przyjaźnił się z Joschką Fischerem – związani byli z alternatywnym klubem Batschkapp i założyli ugrupowanie „Revolutionärer Kampf” ("Walka Rewolucyjna").