Si la saison en club est stérile de titre, Johnson vit sa plus belle année en tant que capitaine de la sélection nationale avec la conquête de deux titres majeurs de sa carrière. Il est à nouveau sélectionné pour participer au Tournoi des Six Nations. Lors du match d'ouverture en , l'Angleterre défait la France 25 à 17, avec vingt points inscrits au pied par Jonny Wilkinson et un essai de Jason Robinson. La sélection anglaise gagne ensuite contre le pays de Galles, l'Italie et l'Écosse. Lors du match contre les Italiens, Wilkinson obtient le capitanat pour la première fois, il remplace Johnson indisponible en raison de la naissance de son premier enfant. Dans le même temps, l'Irlande remporte elle aussi tous ses matchs, le match entre les deux équipes à Lansdowne Road s'annonce alors décisif pour l'attribution du titre. L'Angleterre gagne la rencontre largement 42 à 6 et remporte le Tournoi en réalisant le Grand Chelem. C'est le second Grand Chelem pour le deuxième ligne britannique après celui réalisé en 1995.