Nach dem Beginn des Russlandfeldzuges im Sommer 1941 leitete Kroeger bis November 1941 das Einsatzkommando 6 der Einsatzgruppe C, das im östlichen rückwärtigen Frontgebiet Massenerschießungen von sowjetischen Funktionären und sowjetischen Juden durchführte. Nach der Aufstellung der Wlassow-Armee fungierte Kroeger als Verbindungsmann Heinrich Himmlers und der SS zum Stab von Wlassow. Er war im SS-Hauptamt im Ressort Volkstum tätig und wurde 1943 Leiter der Germanischen Leitstelle zur Rekrutierung ausländischer SS-Männer in Paris und 1944 in Kopenhagen.