В начале хорватской войны тогда генерал-лейтенант Панич командовал первой военной областью, штаб которой располагался в Белграде. В сентябре 1991 ему поручают командование операцией по взятию хорватского города Вуковар. Одной из главных проблем, с которой ему пришлось столкнуться, стала дезорганизация армии, вызванная распадом страны. Разделив силы северную и южную оперативные группы и наладив взаимодействие с добровольческими формированиями, Панич после трёхмесячных боёв добивается успеха и берёт город, к тому моменту фактически полностью разрушенный. В том же году досрочно получает звание генерал-полковника. Как один из командующих югославскими войсками в битве за Вуковар обвинялся хорватской стороной в военных преступлениях, но не предстал перед судом.