Nach dem Zusammenbruch des Heiligen Römischen Reichs und der Auflösung des Reichstages 1803 am Beginn des 19. Jahrhunderts begann für die Stadt erneut eine schwierige Phase. Zwar erlebte die Stadt am Beginn einer 10-jährigen Regierungszeit von Fürstbischof Dalberg organisatorische und bauliche Innovationen, geriet dann aber mit dem Beginn der Napoleonischen Kriege in eine isolierte Sonderstellung. Am Ende dieser kurzen Periode wurde die südliche Altstadt von Regensburg 1809 im Fünften Koalitionskrieg im Laufe der Schlacht bei Regensburg stark, und die bayerische Vorstadt Stadtamhof sogar völlig zerstört.