V roku 1835 sa mexickým prezidentom stal Antonio López de Santa Anna, ktorého podporoval aj Stephen Austin. Jeho politika ale vyvolávala nevôľu amerických kolonistov. V roku 1835 sa vzťahy oboch strán vyhrotili a začala sa Texaská revolúcia. Stephen Austin sa jej zúčastnil ako veliteľ texaských vojsk pri bitke pri Bexar, potom ale odcestoval do Spojených štátov, aby si zaistil ich podporu. Sam Houston bol Stephenom Austinom vymenovaný za najvyššieho veliteľa Texaskej armády. 21. apríla 1836 sa texaským silám podarilo vybojovať rozhodujúce víťazstvo nad mexickou armádou. V prvých prezidentských voľbách Texaskej republiky Stephen Austin ohlásil svoju kandidatúru, rovnako, ako Sam Houston. Sam Houston sa stal víťazom a Stephena Austina vymenoval za ministra zahraničných vecí (First Secretary of State). Tento úrad zastával ale len dva mesiace pred svojou tragickou smrťou, zapríčinenou zápalom pľúc.