Im März 1798 nahmen die Franzosen die Schweiz ein (Franzoseneinfall). Sie riefen die Helvetische Republik aus und zerschlugen die alte Herrschaftsordnung. Wohlen war nun eine Gemeinde im kurzlebigen Kanton Baden und gehörte zum Distrikt Sarmenstorf. Die Gemeinde war zwar vom Untertanenstatus befreit, doch trieben die fremden Truppen viele Einwohner mit Einquartierungen, Proviantforderungen und Zwangsrekrutierungen in die Armut. Der Kanton Baden war innerlich zerrissen und kaum regierbar. Während die meisten Dörfer in den Freien Ämtern (für die sich rasch der Name Freiamt einbürgerte) den Anschluss an die konservativen Kantone Luzern oder Zug forderten, hielten die Wohler den Anschluss an den neuen Kanton Aargau (der zunächst nur den Berner Aargau umfasste) für die bessere Lösung. Sie versprachen sich davon eine liberalere Staatsordnung und somit bessere wirtschaftliche Rahmenbedingungen. Seit dem Inkrafttreten der Mediationsakte am 10. März 1803 gehört Wohlen zum Bezirk Bremgarten im Kanton Aargau.