Paulinho Santos speelde bijna zijn gehele profcarrière voor FC Porto, van 1992 tot 2003, met uitzondering van drie seizoenen bij zijn jeugdclub Rio Ave FC. Bij Porto werd de controlerende middenvelder een decorstuk. Paulinho Santos werd uiteindelijk acht maal Portugees landskampioen, daarvan zeven landstitels in de jaren negentig en de laatste in zijn afscheidsseizoen 2002/03. Daarnaast won Paulinho Santos tot vijf keer toe de Portugese voetbalbeker met FC Porto. Hij eindigde in stijl, met winst van de &lt;a href="UEFA%20Cup%202002/03"&gt;UEFA Cup 2002/03&lt;/a&gt; na een spannende finale tegen het Schotse Celtic Glasgow (de 2–3 van de Braziliaanse aanvaller Derlei viel pas in minuut 115).