בקיץ 1998 חתם לינקה בבאיירן מינכן, וכבר בעונתו הראשונה בקבוצה זכה בדאבל, ופתח בהרכב הקבוצה במשחק גמר ליגת האלופות 1999, בו הפסידה באיירן מינכן למנצ'סטר יונייטד משני שערים בתוספת הזמן. כעבור שנתיים, בגמר ליגת האלופות 2001, לינקה הבקיע את הפנדל האחרון והמכריע בדו-קרב הפנדלים נגד ולנסיה, שהעניק את הגביע לבאיירן מינכן. כמו כן, היה שותף לזכייה באותה שנה בטורניר הגביע הביניבשתי, לאחר ניצחון בגמר על בוקה ג'וניורס.