ב-14 באפריל נורה לינקולן ומת ביום המחרת. דייוויס הביע צער על מותו. מאוחר יותר הוא אמר שהוא האמין שלינקולן היה נוקשה פחות כלפי הדרום בהשוואה ליורשו, אנדרו ג'ונסון. לאחר מכן הכריז ג'ונסון על פרס של 100,000 דולר על לכידתו של דייוויס והוא האשים אותו בסיוע לתכנון הרצח. כשהמערכת הצבאית של הקונפדרציה נכנסה לאי-סדר מוחלט, החיפושים אחר דייוויס התחדשו ביתר שאת.