Destacó por su condena pública de la homosexualidad, basada en la Biblia, y sus campañas en contra de los derechos de la comunidad LGBT. Los colectivos pro-derechos LGBT calificaron a Falwell como «agente de intolerancia» y «fundador de la industria anti-gay». Falwell apoyó la campaña de Anita Bryant de 1977 "Save Our Children", para revocar una ordenanza municipal del Condado de Miami-Dade en Florida contra la discriminación por orientación sexual y un movimiento similar en California. Se hizo famoso en 1993 por afirmar que «el sida no es solamente un castigo de Dios a los homosexuales, es el castigo de Dios a la sociedad que tolera a los homosexuales», además de afirmar: "Espero vivir para ver el día en que, como en los primeros días de nuestro país, no tengamos más escuelas públicas. Las iglesias las habrán conquistado de nuevo y los cristianos las manejarán. ¡Qué día feliz será ése!". Entre sus numerosos ataques contra la comunidad homosexual también destacaron polémicas afirmaciones como que un Teletubby era un modelo homosexual destinado al reclutamiento de los niños y que las organizaciones LGBT enfurecían a Dios y que era uno de los motivos por los que había permitido los atentados del 11 de septiembre. Falleció el 15 de mayo de 2007, a los 73 años.