Το 1947 υποχρεώθηκε λόγω της πολιτικής κατάστασης (Εμφύλιος πόλεμος) να αλλάξει ξανά την επωνυμία, όπου αφαιρώντας τον όρο «Ελλάς» (λόγω της συνήχησης με τον ΕΛΑΣ) μετονομάστηκε σε «Αθλητική Ένωσις Μοσχάτου» γνωστή και ως «ΑΕΜ». Η Αθλητική Ένωση Μοσχάτου πλέον και με ηγέτη τον Κώστα Νεστορίδη, την επόμενη χρονιά (1947-48) κατέκτησε το πρωτάθλημα και την άνοδο στην Β' Κατηγορία, δίχως να παραχωρήσει έστω μια ισοπαλία.