La Libération de 1989, à la suite de la chute de la dictature communiste, dévoile l’un des réseaux ferroviaires parmi les plus grands, les plus denses et les plus fréquentés d’Europe, mais aussi l’un des plus misérables. Durant la transition vers l’économie de marché dans les années 1990, le gouvernement privilégie le « tout-routier » et les CFR sont le « parent pauvre » de la modernisation. En 1998 la "Societatea Națională a Căilor Ferate Române" (Société nationale des chemins de fer roumains) est scindée en quatre Régies autonomes ("CFR Călători", "CFR Marfă", "CFR Infrastructură", "Societatea Feroviară de Turism") dans le but d'améliorer son efficacité, et la société fut rebaptisée "Compania Națională de Căi Ferate CFR SA" (Compagnie nationale des chemins de fer CFR SA). Une cinquième division autonome est apparue en 2002 : la " Societatea Informatica Feroviara SA". Après cette réforme, la situation économique des chemins de fer roumains commence à se redresser, stimulée par la croissance de l’économie roumaine depuis l’an 2000.