У време његове владавине, Велики Турски рат још увек је трајао. Након неуспеле опсаде Беча 1683. Света Лига искористила је немоћ Турака и узела им многе територије у Европи. Аустријанци су стигли чак до Качаника. Мустафа II је био одлучан да поврати изгубљене територије, па је стао на чело војске и командовао њом лично. Прво је османска флота повратила Хиос од Венеције два пута, затим је повратила и Ојнуска острва 1695. године. У јуну 1695. Мустафа је отишао у свој први поход против Аустрије. У септембру 1695. године успео је да освоји Липову и да сломи венецијанску флоту код Цејтинбурна. Победио је Аустрију у бици код Лугоша 1695. Затим се османска армија вратила у престоницу. У то време се турска тврђава Азов успешно бранила од руских окупатора.