MacDonald, 17 Kasım 1765 Sedan, Ardennes, Fransa'da doğdu. Babası Neil MacEachen, (daha sonra MacDonald) İskoçya'nın batısındaki Güney Uist'teki Jacobite'den bir ailenin çocuğuydu. 1784 yılında MacDonald, İrlanda lejyonuna katıldı, Hollanda Cumhuriyeti'nde devrimci partiyi Prusya Krallığı'na karşı desteklemek için yetiştirildi ve 1 Nisan 1785'te Teğmen oldu. 29 Ağustos 1792'de General Charles François Dumouriez'e kamp yardımcısı olarak atandı. Jemappes Muharebesi'nde Charles ile birlikte aldığı zaferden sonra 12 Kasım 1792'de Teğmen Albay'a, ardından 8 Mart 1793'te Albay'a terfi etti.