Tras el golpe militar de 1955 permaneció como preso político en la cárcel de Caseros.durante dos años y medio, recuperando su libertad bajo el gobierno de Arturo Frondizi. Durante la presidencia de éste se convirtió en el máximo dirigente del peronismo, y triunfó como candidato a gobernador en 1962, pero el presidente intervino la provincia, lo que no le evitó ser derrocado días después.