Bysanttilaisen ajan jälkeen saari päätyi Marco Sanudon valtaan ja osaksi Náxoksen herttuakuntaa vuonna 1207. Myöhemmin saarta hallitsi muun muassa Gozzadinon suku. Osmanit valtasivat saaren vuonna 1537. Venetsialaiset saivat sen takaisin vuosiksi 1568–1617. Vuonna 1821 Sífnos liittyi Kreikan vapaustaisteluun turkkilaisia vastaan ja siitä tuli pian tämän jälkeen osa itsenäistynyttä Kreikkaa.