Il mercato estivo vede le cessioni di Samir Handanovič, Mauricio Isla e Kwadwo Asamoah. Vengono invece acquistati Maicosuel e Willians. Nell'agosto 2012 la formazione partecipa, per il secondo anno di fila, ai play-off di Champions League. La partita di andata contro i portoghesi del Braga finisce 1-1, come anche il ritorno: i friulani cedono poi ai rigori, per l'errore di Maicosuel. In campionato viene confermato l'avvio difficile: l'Udinese perde sia contro Fiorentina che Juventus, ritrovandosi senza punti alla sosta di settembre (davanti, soltanto, alle penalizzate Atalanta e Siena). Alla ripresa, i bianconeri pareggiano contro i toscani facendosi rimontare sul 2-2: finisce invece 1-1 il debutto nella fase a gruppi di Europa League. Seguono un 2-1 sul Milan (prima vittoria stagionale), gli 0-0 con Torino e Genoa, il 3-2 in casa del Liverpool in coppa e il 2-1 subìto ad opera del Napoli.