La siguiente clasificatorias que jugó fueron las de la Eurocopa 2000, en donde consiguió avanzar y ayudó a los dirigidos de Dino Zoff a conseguir el subcampeonato de dicho torneo, asociándose en la mayoría de los partidos con Paolo Maldini y Fabio Cannavaro. También disputó los mundiales de Francia 1998, Corea del Sur-Japón 2002 y Alemania 2006, además de la Eurocopa 2004; Nesta participó de las fases clasificatorias de los mencionados torneos. Para el mundial realizado en Alemania, Nesta arrancó como titular pero una lesión lo mandó a la banca de suplentes, a pesar de eso logró coronarse como campeón del Mundial Alemania 2006.