W 1987, po opuszczeniu oddziału kosmonautów Makarow powrócił do pracy w biurze konstrukcyjnym. Został zastępcą kierownika jednego z wydziałów Zjednoczenia Naukowo - Produkcyjnego „Energia” (НПО „Энегрия”). Uczestniczył w programach konstruowania i budowy stacjo orbitalnej Mir oraz kompleksu Energia – Buran.