Клуб вышел в третий дивизион в 1998 году, в 2003 вышел в Чемпионшип; задержавшись там всего на два года, в 2005 году клуб «Уиган Атлетик» оформил выход в Премьер-Лигу Англии. В первом сезона команда не просто сохранила прописку в элитном дивизионе, но занимала к октябрю второе место; в итоге команда заняла достойное 10 место, а также достигла финала Кубка Лиги. Главный тренер Пол Джуэлл получил два раза подряд, в сентябре и октябре, титул Тренера месяца АПЛ. До 2013 года «Уиган Атлетик» являлся клубом Премьер-лиги.