Mit der Niederlage der Griechen gegen die Makedonier in der Schlacht von Chaironeia 338 v. Chr. setzte der makedonische Einfluss in Eretria ein, zuerst unter Philipp II. von Makedonien (382–336 v. Chr.), dann unter seinem Sohn Alexander dem Großen (356–323 v. Chr.) und dessen Nachfolgern. Zwischen 322 v. Chr. (Lamischer Krieg) und 267 v. Chr. (Chremonideischer Krieg) genoss Eretria unter der Verwaltung des Philosophen Menedemos (um 345/340–263 v. Chr.), dem Begründer der sogenannten eretrischen Schule, eine gewisse Unabhängigkeit, die mit einer erneuten kulturellen Blüte verbunden war: Um 300 v. Chr. wurde das Theater erneuert und im Süden der Stadt entstanden neue Badeanlagen. Im 2. Makedonischen Krieg wurde Eretria 198 v. Chr. von den Römern besiegt, erobert und geplündert. Obwohl in der Stadt einige Quartiere wieder aufgebaut und zahlreiche öffentliche Gebäude wie das Theater, das Gymnasion, die Tholos, die Bäder, das Iseion und die Palaistra weiter in Gebrauch waren, erreichte Eretria nicht mehr die Blüte vorangehender Jahrhunderte.