W drugiej rundzie eliminacji 30 zespołów zostało przydzielonych do 5 grup liczących po sześć drużyn. W grupach grały systemem każdy z każdym, mecz i rewanż. Zwycięzcy grup awansowały do finałów. Pierwsze trzy drużyny z grup awansowały do Pucharu Narodu Afryki 2006. W grupie C, ponieważ zajmujący trzecie miejsce zespół Egiptu był gospodarzem awansował dodatkowo zespół Libii, który zajął czwarte miejsce.