1861 wurde Roggenbach badischer Minister des großherzoglichen Hauses und der auswärtigen Angelegenheiten. Er kämpfte zusammen mit Julius Jolly für die deutsche Einigung unter preußischer Vorherrschaft, die sogenannte Kleindeutsche Lösung. 1863/64 war er zudem badischer Handelsminister. 1865 trat Roggenbach im Zuge der Schleswig-Holstein-Krise zurück.