La organización jugó su papel más destacado durante la Invasión de Irak, en el año 2003. Los fedayines, pese a que generalmente solo iban armados con AK-47, lanzagranadas, morteros y algunas piezas de artillería, fueron la fuerza que inicialmente más resistencia presentó a las tropas de la coalición. El 22 de julio de 2003, tras un intenso combate, mueren en Mosul los hijos de Sadam, Uday y Kusay, y a la sazón líderes de los fedayines. El grupo paramilitar promete venganza, y eleva el tono de sus amenazas, utilizando términos islamistas, como que profundizará en su yihad contra las tropas extranjeras. Si bien es cierto que se atribuye un importante papel de los Fedayines en la insurgencia del Triángulo Suní, la organización como tal, deja de existir en 2003.