Покинул Париж 14 февраля 1812 года. По дороге домой Чернышёв исполнил важное дипломатическое поручение в Стокгольме, а по возвращении оттуда состоял при императоре. На исходе Отечественной войны отправлен к фельдмаршалу Кутузову и адмиралу Чичагову для объявления им плана общего движения русских войск к Березине. Вскоре по прибытии к Дунайской армии, Чернышёв был послан Чичаговым из Бреста с лёгким конным отрядом в герцогство Варшавское для действий в тылу австрийского корпуса Шварценберга. С этого времени начинается партизанская деятельность Чернышёва, причём ему приходилось командовать не только мелкими, но и весьма значительными отрядами, численность которых превосходила 4000 человек. Отряд Чернышёва первым вошёл в Берлин 20 февраля 1813 года; вместе с отрядом генерала Дёрнберга (где кавалерией командовал генерал-адъютант Бенкендорф), участвовал в сражении при Люнебурге 21 марта 1813 г., закончившимся полным уничтожением четырёхтысячного отряда генерала Морана.