En 847 surgieron algunos señoríos feudales: (878) Campobasso asume una importancia económica siempre creciente llegando a ser la “capital” del Condado bajo el señorío de los De Molisio, de Venafro (964), de Larino, de Trivento (992) y, en el año 1000, los de Bojano, de Isernia y de Campomarino. Con la llegada de los normandos, en el siglo XI, los diversos condados fueron unificados y puestos bajo el control del condado de Bojano, que los normandos llamaron "Comitatus Molisii". La integridad de Molise se conservó hasta el año 1221, cuando el condado pasó a Federico II Hohenstaufen. En aquel año el Molise deviene la sede de un "giustizierato," esto es de un distrito de justicia imperial, donde la autoridad del rey se sobreponía a la de los feudatarios. En 1531, Molise pasó bajo la dominación española y fue agregado a la "Capitanata" (región histórica de Apulia, que se corresponde con la provincia de Foggia). Fue este un período de aislamiento y de grave crisis económica y social, dada la presencia en el territorio de numerosas bandas de bandoleros.