La mort de Pompeu no va suposar el final de les guerres civils, ja que els enemics de Cèsar eren multitud i els partidaris de Pompeu van continuar lluitant després de la seva mort. El 46 aC, Cèsar va perdre potser un terç del seu exèrcit quan el seu anterior comandant, Tit Labiè, que havia fugit amb els pompeians diversos anys abans, el va vèncer en la Batalla de Ruspina. Tanmateix, després d'aquestes hores baixes, Cèsar va tornar per vèncer l'exèrcit pompeià de Quint Cecili Metel Pius Escipió en la Batalla de Thapsus, després de la qual els pompeians es van retirar de nou a Hispània. Cèsar va vèncer a les forces combinades de Labiè i Pompeu el jove en la Batalla de Munda, a Hispània. Labiè va morir en batalla i Pompeu el Jove va ser capturat i executat. El 44 aC Juli Cèsar va morir assassinat en el senat de romà.