Nach der Unabhängigkeit verschlechterten sich die Beziehungen Eritreas zu Äthiopien allmählich. Die Regierung des unabhängig gewordenen Staats Eritrea verfolgte eine nationalistische Außenpolitik und Eritrea geriet in den folgenden zwei Jahrzehnten mit allen seinen Nachbarn in Grenzkonflikte. Mit Äthiopien entwickelten sich schon kurz nach der Unabhängigkeit Grenzstreitigkeiten. 1995 kam es zu Gefechten mit jemenitischen Truppen um die Hanish-Inseln. 1998 eskalierte der Grenzkonflikt mit Äthiopien, nachdem eritreische Truppen strittige Grenzgebiete besetzt hatten. Im Eritrea-Äthiopien-Krieg kam es zu schweren Kämpfen, insbesondere um das eigentlich bedeutungslose Grenzgebiet Yirga, das nach eritreischer Auffassung zur Region Gash-Barka, nach äthiopischer dagegen zu Tigre gehört.