A independência do Sudão do Sul foi precedida por duas guerras civis, de 1955 a 1972 e de 1983 a 2005, em que 2,5 milhões de pessoas foram mortas e mais de 5 milhões deslocadas externamente. As relações entre os dois Estados têm sido marcadas por conflitos pelo Grande Oleoduto do Nilo e pela disputada região de Abyei, embora o Sudão fosse o primeiro Estado a reconhecer o Sudão do Sul. Em janeiro de 2012, o Sudão do Sul fechou todos os seus campos de petróleo em uma polêmica sobre as taxas exigidas pelo Sudão para a passagem do petróleo.