След атентатите от 11 септември 2001 г., Чейни способства за осигуряването на оправдание за влизане във война с Ирак. Той е сред основните поддръжници на нахлуването на американски войски в Ирак през март 2003 г. и участва в изготвянето на разузнавателната документация, която осигурява мотивацията за него. Чейни твърди, че има връзки между Саддам Хюсеин и ал Кайда], въпреки че президентът Буш получава класифициран дневен меморандум на 21 септември 2001 посочващ, че американското разузнаване няма доказателства, свързващи Саддам Хюсеин с атентатите от 11 септември и ал Кайда. Комисията за 11 септември също заключава през 2004 г. че „няма сътрудничество“ между Ирак и ал Кайда. Чейни многократно твърди, че Ирак притежава оръжия за масово унищожение, които представляват заплаха за САЩ. Преди началото на войната Чейни прави няколко лични визити на щабквартирата на ЦРУ, където поставя под въпрос заключенията на анализатори на агенцията от средно ниво. Той твърди, че нахлуването в Ирак ще бъде „огромен успех“ и че американските войски ще бъдат посрещнати като освободители, и посещава страната многократно. Чейни често критикува критиците, наричайки ги „опортюнисти“, които разгласяват „цинични и вредни лъжи“, за да придобият политическа полза, докато американските войници загиват в Ирак. В отговор сенаторът Джон Кери заявява, „Трудно е да се назове служител на правителството с по-малко правдоподобност за Ирак [от Чейни].“