Canalejas esiintyi vuodesta 1906 näkyvästi katolisen kirkon vaikutusvallan vastustajana eikä hyväksynyt Espanjan hallituksen käymiä salaisia neuvotteluita Pyhän istuimen kanssa. Tultuaan helmikuussa 1910 pääministeriksi hän ajoi läpi niin sanotun lukkolain ("Ley del candado"), joka kielsi uusien uskonnollisten sääntökuntien perustamisen. Canalejasin hallitus uudisti myös vaalilainsäädäntöä tarkoituksenaan vahvistaa demokratiaa ja heikentää paikallisten mahtimiesten vaikutusvaltaa. Lisäksi se sääti yleisen asevelvollisuuden ja ehdotti Katalonian alueelle rajoitettua itsehallintoa. Toisen Marokon kriisin aikana vuonna 1911 Canalejas määräsi Espanjan joukot miehittämään Larachen, Arcilan ja Alcazarquivirin kaupungit pohjoisessa Marokossa. Seuraavana vuonna Espanja joutui kuitenkin hyväksymään Fèsin sopimuksen, joka supisti sen etupiiriä Marokossa.