Dopo la cattura di Strasburgo, von Werder comandò un corpo d'armata in Franca Contea e comandò le truppe tedesche durante la Battaglia di Digione contro i garibaldini, riportando una pesante sconfitta. Partecipò all'assedio di Belfort sotto il generale Udo von Treskow e poi affrontò i francesi di Charles Denis Bourbaki alla Battaglia di Villersexel e poi a quella di Lisaine, dove sconfisse definitivamente l'armata di Bourbaki.