Infolge der Beschlüsse der Cortes von Cádiz wurden die Orden unterdrückt und 1821 gaben die Brüder des heiligen Johannes von Gott das Hospital auf. 1826 wurden die letzten Kranken in andere Hospitäler verlegt. Von 1830 bis 1834 wurde das Gebäude als Schule genutzt, in der Folge wechselte die Nutzung. Während der französischen Intervention in Mexiko wurde das Gebäude abermals als Hospital genutzt. Diesmal richtete es sich an Prostituierte. Ab 1875 wurde es öffentlich geführt und erhielt den Namen "Morelos Hospital". Ab 1914 wurde es als Frauen- und Kinderhospital genutzt. Der Gebäudekomplex wurde 1937 zum nationalen Kulturerbe erklärt und während der Olympischen Sommerspiele 1968 infolge eines Funktionswandels als Ausstellungsraum genutzt. Es behielt seine Funktion als Zentrum für Kunsthandwerk. 1981 wurde es der Museumsstiftung übergeben.