אינדונזיה ערכה את הופעתה הראשונה בגביע אסיה באיחוד האמירויות הערביות בגביע אסיה 1996 אך מתוך שלושה משחקים השיגה הנבחרת רק נקודה אחת בתיקו של שתי נקודות לכל נבחרת עם נבחרת כווית. ההופעה השנייה של הנבחרת הייתה בלבנון בגביע אסיה 2000 אך גם הפעם היא השיגה רק נקודה אחת מתוך שלושה משחקים. הנבחרת הצליחה להשיג מעט יותר בגביע אסיה 2004 שנערך בסין ובו הצליחה לנצח את נבחרת קטאר בתוצאה 1:2 וזהו הניצחון הראשון אי פעם של הנבחרת בגביע אסיה אך לצערה זה לא הספיק על מנת לעבור לשלב הבא.