Pod koniec sierpnia 1862 generał Kearny dowodził swą dywizją w tragicznej II bitwie nad Bull Run, w której armia unionistów została niemal zniszczona przez Armię Północnej Wirginii Roberta E. Lee. Wojska unionistów cofały się w stronę Waszyngtonu, odpierając ataki następujących konfederatów. 1 września doszło do starcia pod Chantilly. Podczas gwałtownej burzy z ulewą i wyładowaniami atmosferycznymi. Kearny postanowił sprawdzić, czy nie istnieje wyłom w liniach unionistów. Jednemu ze swych podwładnych, który ostrzegał go przed niebezpieczeństwem, odpowiedział: "The Rebel bullet that can kill me has not yet been molded" (pol. Rebeliancka kula, która mogłaby mnie zabić, nie została jeszcze odlana). Wjechawszy w ciemnościach pomiędzy oddziały konfederackie Kearny zignorował wezwanie do poddania się i próbował uciekać, gdy pojedyncza kula trafiła w podstawę czaszki, zabijając go na miejscu. Konfederacki generał major A.P. Hill usłyszawszy strzały podbiegł do ciała z latarką i powiedział żołnierzom: "You’ve killed Phil Kearny, he deserved a better fate than to die in the mud" (pol. Zabiliście Phila Kearny’ego, który zasłużył na lepszy los niż śmierć w błocie). Ciało zabitego zostało odstawione do linii unionistów wraz z listem kondolencyjnym od generała Lee. Jak na ironię, w tym samym mniej więcej czasie po Waszyngtonie krążyły pogłoski, że Abraham Lincoln zamierza zastąpić McClellana nie kim innym, a właśnie Wspaniałym Kearnym.