Am Abend des 27. November 1944 bombardierte die britische Royal Air Force Freiburg; dabei erhielt die Herz-Jesu-Kirche zwar keinen direkten Treffer, wurde aber durch den Luftdruck in der Nähe einschlagender Bomben stark beschädigt. Am 17. Dezember 1944 erhielt die Kirche durch Jagdbomber zwei Volltreffer. Das nördliche Querschiff und die Sakristei stürzten in unmittelbarer Folge ein. Die Gottesdienste fanden in den nachfolgenden Jahren im nahe gelegenen Gemeindesaal St. Klara statt. Im September 1945 übertrug Erzbischof Conrad Gröber dem Architekten Gregor Schroeder die Leitung des Wiederaufbaus. Die Kanzel wurde wegen massiver Witterungsschäden nicht wieder eingebaut. Jedoch wurde nach dem Entwurf von Professor C. Bauer aus München am vorderen linken Vierungspfeiler eine kleine Kanzel mit der Darstellung der Fußwaschung Jesu erstellt.