하르툼을 수도로 두는 수단 중앙 정부가 직접 통치하고 아랍계 무슬림이 다수를 차지하는 수단과는 달리 남수단은 기독교와 토착종교를 믿고 흑인이 다수를 차지하는 지역으로 독립 이후 줄곧 내전을 거듭해 왔다. 이 지역의 자치 지위는 제2차 수단 내전 종전 이후 남수단 측 &lt;a href="%EC%88%98%EB%8B%A8%20%EC%9D%B8%EB%AF%BC%20%ED%95%B4%EB%B0%A9%EA%B5%B0/%EC%9A%B4%EB%8F%99"&gt;수단 인민 해방군/운동&lt;/a&gt;(SPLA/M)과 수단 정부 측 국민당 간의 평화 협정에 기초를 둔다. 이 전쟁은 아프리카에서 가장 오랫동안 지속된 내전이었다. 그리고 2011년 1월 9일부터 1주일 동안 남수단 독립 국민투표가 실시되었는데, 2월 7일 개표 결과 투표율 97.58%, 찬성율 98.83%로 분리 독립이 확정되면서 남수단의 독립이 확정되었다.