Efter 2002 har Woodward gett ut fyra böcker om den amerikanska Bush-administrationens hantering av krigen i Afghanistan och Irak. Den första boken, "Bush at War", handlar om kriget i Afghanistan och kom ut 2002. Våren 2004 utgav Woodward boken "Plan of Attack", där han redogör för bakgrunden till beslutet att anfalla Irak året dessförinnan. Den tredje boken, "State of Denial: Bush at War Part III", kom ut i september 2006. Den beskriver framför allt administrationens hantering av Irak efter invasionen. Den fjärde boken, "The War Within" behandlar Bushadministrationens interna problem kring vad strategin i Irak går ut på, ifall det ens fanns någon sådan. Böckerna bygger bland annat på ett omfattande intervjumaterial. Hans senaste bok "Rage" - kom ut 2020