Со второй половины 1957 года прежде благополучный Ливан был накрыт волной политического кризиса, и в 1958 году разразилась полномасштабная гражданская война. В дневнике ван Гулика взрывы и стрельба отмечаются как повседневные события. Тем не менее, министр работал над статьями о китайском искусстве для «Итальянской энциклопедии» и консультировал главу миссии по делам мусульман Китая ван Кидинга, который одновременно возглавлял представительство Нидерландов на Тайване. 8 июля 1958 года пришлось эвакуировать семью в христианскую горную деревню, а сам ван Гулик переместился в отель «Сент-Джордж», где он ложился спать с оружием у изголовья. В такой обстановке были написаны два очередных романа о судье Ди («Монастырь с привидениями» и «Красный павильон»). После высадки американцев пришёл приказ Гааги эвакуировать семьи посольских работников. Хорошо зарекомендовав себя на Ближнем Востоке, ван Гулик летом 1959 года был назначен полномочным министром в Куала-Лумпур: это посольство имело ключевое значение после того, как независимая Индонезия разорвала дипломатические отношения с Нидерландами. Перевод в Малайзию, где была большая китайская община, полностью отвечал и личным интересам ван Гулика.