En 1639 da comienzo la Guerra de los Obispos entre Inglaterra y Escocia y Thomas Fairfax toma parte reclutando un regimiento de dragones. En la primera incursión de la guerra no participó en ningún combate pero al año siguiente tomó parte de la batalla de Newburn, donde los ingleses fueron derrotados pese a lo que fue nombrado caballero en enero de 1641.