Unter Stepaschins Leitung hatten Kampfeinheiten des FSK, verstärkt durch Offiziere der Armee, versucht, verdeckt den tschetschenischen Präsidenten Dschochar Dudajew zu stürzen. Stepaschin hatte als „Falke“ den Einmarsch im Dezember 1994 im ersten Tschetschenienkrieg befürwortet, wurde im Juni 1995 wegen schwerer Fehleinschätzungen während der Geiselnahme von Budjonnowsk entlassen (150 Tote bei der Erstürmung eines Krankenhauses, Jelzin: „Die Terroristen haben uns völlig überrascht“), blieb aber Sekretär der russischen Tschetschenien-Kommission. Bis 1997 arbeitete er in der Regierung als Leiter der Verwaltungsabteilung, die u. a. Analysen für den Inlandsgeheimdienst und das Innen- und Justizministerium erstellte.