במהלך מלחמת תשע השנים לחם מקסימיליאן עמנואל לצד אוסטריה וספרד, ובשנת 1691 מונה למושל ארצות השפלה הספרדיות. במהלך מלחמת הירושה הספרדית תמך מקסימיליאן עמנואל בצרפת, ובשנת 1604 הובס בקרב בלנהיים. לאחר מכן הוחזקו מקסימיליאן עמנואל ומשפחתו בשבי באוסטריה, ובוואריה חולקה בין אוסטריה לנסיכות הבוחר מפפאלץ. בשנת 1706 הובס מקסימיליאן עמנואל שוב בקרב ראימיאי, ונאלץ לברוח לצרפת. בשנת 1713 נחתם הסכם אוטרכט ובו הוסכם על החזרת נסיכות הבוחר מבוואריה למקסימיליאן עמנואל, ובשנת 1715 חזר יחד עם משפחתו למינכן.