Von 1910 bis 1936 befand sich im Nicolaihaus das Lessing-Museum, das die Nationalsozialisten schließen ließen. Das Gebäude trug bis dahin auch die Bezeichnung "Nicolai-Körner-Lessing-Haus". Zwischen 1936 und 1945 wurden in das Gebäude Soldaten zwangseingewiesen. Am Ende des Zweiten Weltkriegs fielen der Gartenflügel und Teile des linken Seitenflügels den alliierten Luftangriffen und Endkämpfen zum Opfer. Die durch Straßenkämpfe beschädigte Fassade des Nicolaihauses wurde ab 1952 wiederhergestellt. Die Innenräume des Nicolaihauses baute man für das "Zentralinstitut für Denkmalschutz der DDR" zu Büros und Werkstätten um. Der linke Seitenflügel wurde 1953/1954 wiederaufgebaut. Zwischen 1974 und 1984 wurde das Haus umfangreich restauriert.