Во время восстания в Москве — Соляного бунта в 1648 году повстанцы разгромили дом Траханиотова и потребовали от царя его выдачи. Царь Алексей Михайлович вначале отослал Петра Траханиотова на воеводство в Устюжну-Железнопольскую, но с дороги его вернули и казнили. Пытавшегося бежать из Москвы Траханиотова казнили на Земском дворе. Алексей Михайлович решился на высылку из дворца Морозова только 11 июня. В ночь с 11 на 12 боярин был отправлен в Кирилло-Белозерский монастырь. Не участвовавшие в восстании дворяне воспользовались недовольством и потребовали от царя созыва Земского собора.