대한민국과는 1973년 12월에 수교하였으나 1978년 공산주의 정권 수립과 동시에 단교되었다가, 2002년 1월에 탈레반 정권 붕괴 이후 과도정부 수립과 함께 국교정상화되었다. 동년 9월에 대사관도 재개설하였다. 대한민국은 항구적 자유 작전의 일부인 아프가니스탄 전쟁당시 아프가니스탄에 군사를 파병하였다. 2007년 2월 27일 폭탄 테러로 한국군 장병 1명이 사망했고, 같은 해인 2007년 7월 19일에 가즈니 주 카라바그 부근에서 독일인과 한국인 봉사단 23명이 탈레반에 의해 납치되어 한국인 2명 (목사 1명, 봉사자 1명)이 살해 되었다. 결국 협상의 타결로 나머지 일행들은 석방되었다. 그 이후 본국의 불안한 치안상황 등 여러 정황에 따라 국민의 신변안전을 위해, 대한민국 정부는 허가없이 아프가니스탄으로 입국하는 것을 엄금하고 있다. 카불에 대한민국 대사관이 개설되어 있다. 서울에 주한 대사관이 개설되어 있다. 모두 43 명(재외국민 34 명, 시민권자 9 명)의 한민족들이 아프가니스탄에 거주(2017년 11월 기준)하고 있다.