O parlamento inglês aprovou leis conhecidas como o Código Clarendon, criado para fortalecer a posição da restabelecida Igreja Anglicana. Ele concordou com o código, mesmo sendo a favor de uma política de tolerância religiosa. A principal questão estrangeira do início de seu reinado foi a Segunda Guerra Anglo-Holandesa. Em 1670, assinou o Tratado Secreto de Dover, uma aliança com o seu primo Luís XIV de França. O rei francês concordava em auxiliar o inglês na Terceira Guerra Anglo-Holandesa e pagar uma pensão a Carlos, em troca Carlos prometia se converter ao catolicismo em uma data futura não especificada.