Главный военный конфликт, в котором участвовала Дания во время его правления, была Северная семилетняя война 1563—1570 годов. Фредерик делал неудачные попытки завоевать Швецию, которая управлялась его двоюродным братом, королём Эриком XIV. Конфликт развился в чрезвычайно изнурительную войну, во время которой некоторые области Скандинавии полностью разорялись шведскими и норвежскими военными. Король лично вел в бой свою армию, но без особенного результата, что привело к ухудшению его отношений со знатью. Однако волнения в Швеции и участие в управлении Данией талантливого государственного деятеля Педера Оксе позволили улучшить положение дел. Война закончилась восстановлением статус-кво, что дало возможность Дании «сохранить лицо», но также показало ограниченность датской военной силы.