Histiaios ogillade livet i Susa och började nära planer på att återupprätta sitt styre över Miletos genom att anstifta ett uppror i Jonien. 499 f.Kr. rakade han huvudet på sin mest pålitlige slav, tatuerade in ett meddelande på dennes huvud och väntade så tills hans hår hade vuxit ut igen. Slaven sändes därefter till Aristagoras, som instruerades att ånyo raka slavens huvud och läsa meddelandet, vilket uppmanade honom att göra uppror mot perserna. Aristagoras, som var illa omtyckt av sina egna undersåtar efter att en expedition till Naxos hade slutat med ett misslyckande, lydde Histiaios uppmaning och med hjälp av atenarna och eretrianerna anföll och brände han Sardis. Enligt Herodotos var detta hela orsaken till upproret, även om detta är ganska otroligt. När Dareios fick nyheten om upproret, skickade han efter Histiaios, som låtsades helt ovetande om dess orsaker, men bad att få återvända och krossa det. Dareios blev lurad och tillät honom att ge sig av.