Tinggogoy memperoleh penugasan pertamanya di luar lingkup kemiliteran ketika ia ditunjuk sebagai anggota DPR dari fraksi TNI/Polri pada bulan November 1998. Selama lebih dari dua tahun menjabat sebagai anggota Dewan Perwakilan Rakyat, ia terlibat dalam penanggulangan sejumlah konflik seperti Konflik Aceh dan Konflik Timor-Timur. Ia digantikan dari jabatannya sebagai anggota DPR pada bulan April 2001 karena kecenderungannya untuk menolak pemakzulkan Presiden Indonesia Abdurrahman Wahid. Ia pensiun dari militer beberapa saat kemudian.