Das Dorf war Teil des Kelnhofes Lunkhofen, das im Jahr 694 dem Kloster St. Leodegar in Luzern geschenkt worden war und neben Islisberg auch Arni, Jonen, Oberlunkhofen und Unterlunkhofen umfasste. 1291 kaufte Rudolf I. den Kelnhof, auch die Stadt Luzern und 15 weitere Dörfer gelangten für 2000 Mark Silber in den Besitz der Habsburger. Diese Transaktion war eine der Ursachen, dass die drei Urkantone die Eidgenossenschaft gründeten. Nachdem der Kelnhof verwaltungstechnisch zuerst zum Freiamt Affoltern gehört hatte, bildete er zwanzig Jahre später ein eigenes Amt, das so genannte Kelleramt. 1415 wurde Islisberg durch die Stadt Zürich erobert. Während die Zürcher die Blutgerichtsbarkeit übernahmen, war die niedere Gerichtsbarkeit bereits seit 1410 im Besitz der Stadt Bremgarten. 1529 wurde die Bevölkerung von Islisberg reformiert, musste aber 1531 nach der Zweiten Kappelerkrieg wieder zum Katholizismus übertreten. 1797, ein Jahr vor dem Zusammenbruch der alten Herrschaftsverhältnisse, verkaufte Bremgarten seine Rechte an die Dorfgemeinschaften.