Ο Φουνκ δικάστηκε με άλλους Ναζί ηγέτες στις δίκες της Νυρεμβέργης. Κατηγορήθηκε από τους Συμμάχους εισαγγελείς ότι συμμετείχε στενά στην κατάσχεση και διάθεση της περιουσίας των Γερμανών Εβραίων από το κράτος και σε συνωμοσία για διάπραξη εγκλημάτων κατά της ειρήνης, σχεδιασμό, έναρξη και διεξαγωγή πολέμων επίθεσης, εγκλήματα πολέμου και εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας.