В 2002—2004 гг. л Ставридис был командующим офицером первого в мире атомного авианосца USS Enterprise (CVN-65), входившего в состав авианосной ударной группы ВМС США «Энтерпрайз», проведя боевые действия в Персидском заливе в поддержку операций «Иракская свобода» и «Несокрушимая свобода».