Etter Tysklands angrep på Sovjetunionen i 1941 trakk de sovjetiske styrkene seg tilbake etter å ha gjennomført omfattende drap på politiske fanger, blant dem Rainiai-massakren og andre steder. Den tyske okkupasjonsmakten avsatte ikke umiddelbart den litauiske regjeringen, og denne prøvde en kort stund å holde på en litauisk uavhengighet, men forgjeves. Men okkupasjonsmakten fjernet stadig flere deler av regjeringens myndighet, og denne oppløste seg selv 7. august 1941.