На початку червня 1848 року в Валахії сталася ліберальна революція, яка спочатку обмежила авторитарне правління Георгія Бибеску, а потім повалила його. Після зречення Бибеску бояри обрали Баляну до Правління тимчасового уряду разом з іншими діячами Валахії. Правління пропрацювало до 13 вересня 1848 року, коли розпочалася турецько-російська окупація Валахії. 24 серпня 1850 року Барбу Штирбей, що керував Валахією, призначив Баляну міністром внутрішніх справ у кабінеті «родичів і близьких друзів». Він також був обраний головою Асамблеї. Потім знову відбулись російська та турецька окупація Валахії, під час якої Емануїл Баляну залишався виконувати державні справи.