Per il 1999 la potenza del motore, a quanto si può leggere da un comunicato tra Honda e Mugen, fu aumentata a 790 cavalli. Questo incremento di potenza e di affidabilità notevole (in passato avevano patito molti ritiri), unito ad una monoposto molto performante, consentì a Heinz-Harald Frentzen di lottare per il mondiale fino a due gare dalla fine, ovvero al Nürburgring, e di arrivare 3° nel mondiale piloti. L'altro pilota invece patì la sfortuna di ritirarsi in molte gare, in quella che fu la sua ultima stagione in Formula 1. Grazie a ciò il team motorizzato (la Jordan) si piazzò al 3º posto nel mondiale costruttori.