У 1803-1805 роках герцогство було окуповано французькими військами, які потім пішли воювати з Австрією. Восени 1805 року на початку Війни третього коаліції герцогство було зайнято англійськими, шведськими і російськими військами. В грудні Французька імперія передала Саксен-Лауенбург, яким все одно вже не володіла, Прусському королівству.