Cabañas stand bereits 1999 in der Junioren-Auswahl seines Landes bei der Junioren-WM-Endrunde, bei der Paraguay trotz einer 0:4-Niederlage gegen Deutschland das Achtelfinale erreichte, während die deutsche Mannschaft in der Vorrunde ausschied. 2003 absolvierte er erste Länderspiele für die A-Nationalmannschaft. Ab 2005 gehörte er fest zur Mannschaft und wurde in sieben Qualifikationsspielen zur Fußball-Weltmeisterschaft 2006 in Deutschland eingesetzt, wobei ihm ein Tor gegen Ecuador gelang. Obwohl er im WM-Aufgebot Paraguays mit nach Deutschland fuhr, kam er im unter anderem mit den Bundesligaspielern Roque Santa Cruz und Nelson Valdez hochklassig besetzten Sturm seines Landes nicht zum Einsatz. Bei der Copa América 2007 erzielte er als Stammspieler drei Turniertore und erreichte mit Paraguay das Viertelfinale. Cabañas war fester Bestandteil der paraguayischen Nationalmannschaft während der Qualifikation für die Fußball-Weltmeisterschaft 2010 in Südafrika und mit sechs Toren in 15 Spielen erfolgreichster Torschütze seines Landes. Sein letztes Länderspiel vor dem Attentat war zugleich das letzte Qualifikationsspiel Paraguays, das 0:2 gegen Kolumbien verloren ging. Die Auswahl war schon vor diesem Spiel sicher für die Endrunde qualifiziert. Insgesamt absolvierte Cabañas 44 Länderspiele, in denen er zehn Tore erzielte.