В конце 1979 года был одним из инициаторов ввода советских войск в Афганистан и устранения Х. Амина. Политически это было для Андропова крайне выгодным — армия ввязывалась в бесперспективную войну и надолго выбывала из борьбы за власть, а война подрывала позиции Рашидова.