Il ghiacciaio Zoller è stato scoperto e mappato durante la Spedizione Discovery, condotta da 1901 al 1904 e comandata da Robert Falcon Scott, e così battezzato nel 1964 dal Comitato consultivo dei nomi antartici in onore del tenente John E. Zoller, un cappellano della marina militare statunitense che passò l'inverno del 1957 presso la base aeronavale statunitense nei pressi del canale McMurdo.