Kaudella 2003–2004 alkoivat vaikeudet, jotka romahduttivat Małyszin maailmancupissa kauden päätteeksi lopulta sijalle 12. Myöskään lentomäen MM-kisoista ei tullut mainittavaa menestystä. Seuraavalla kaudella Małysz hyppäsi tasaisen varmasti, vaikka 2000-luvun alun menestys olikin enää kaukainen muisto. Lopulta puolalainen nousi maailmancupissa neljännelle sijalle. Kaudella 2005–2006 Małysz nappasi yhden maailmancupin osakilpailuvoiton loppukaudesta, mutta juuri muuta mainittavan arvoista kausi ei puolalaiselle tuottanut. Olympialaisten 7. ja 14. sija kuvastivat Małyszin kautta hyvin. Tuloksena maailmancupissa oli yhdeksäs sija. Seuraavalle kaudelle, 2006–2007, Puolan hiihtoliitto palkkasi maajoukkueen uudeksi päävalmentajaksi Hannu Lepistön. Lepistö palautti Małyszin pitkästä aikaa mukaan maailmancupin kärkitaistoon, ja juuri ennen Sapporon MM-kisoja hän voitti kolme maailmancupin osakilpailua. Myös MM-kisat sujuivat Małyszilta hyvin, lopputuloksena suurmäen neljäs sija ja normaalimäen maailmanmestaruus.