In de Copa Libertadores 1963 was Botafogo opnieuw de tegenstander in de halve finale en ook hier kregen de Carioca's een zware nederlaag aangesmeerd, 0-4. In de finale tegen het Argentijnse Boca Juniors zetten Coutinho en Lima al na een half uur de 3-0 op het bord. Sanfilippo kon wel nog twee keer scoren en opende ook in de terugwedstrijd de score, maar na de gelijkmaker van Coutinho bezorgde Pelé in de 82ste minuut ook hier een tweede opeenvolgende titel. In de intercontinentale beker trof de club dit jaar AC Milan, dat in San Siro met 4-2 won, waaronder twee goals van voormalig Botafogo-ster Amarildo. De terugwedstrijd werd met dezelfde cijfers door Santos gewonnen waardoor er besloten werd om twee dagen later opnieuw een wedstrijd gespeeld werd. Dalmo scoorde in de 31ste minuut via een strafschop het enige doelpunt voor Santos waardoor ook hier voor de tweede keer op rij gezegevierd werd. Hoewel dat jaar wel niet het Campeonato Paulista gewonnen werd mocht de club wel nog vieren in de Taça Brasil. Daar trof de club alweer Bahia in de finale en na de heenwedstrijd (6-0), was de titel eigenlijk al binnen. Ook de terugwedstrijd werd gewonnen.