Au , pendant la Guerre de Succession de Bretagne, l’abbaye est saccagée et les moines s’installent intra-muros dans le logis dit du Petit Saint-Mélaine, rue du Chapitre. Les arcades de la nef et les fenêtres hautes sont refaites, ainsi que le chœur. En 1432, la tour du clocher est reconstruite sur les bases romanes.