Mengawali musim 2013, Jeff Gordon sempat memimpin Daytona 500 sebanyak 31 lap sebelum masalah temperatur mobil mengakhiri harapannya untuk memenangi lomba bergengsi tersebut. Usai mengalami beragam kesialan selama empat lomba, Gordon bangkit dan finis ketiga di Martinsville. Di lomba NRA 500 di Texas, Gordon memimpin 15 lap sebelum bagian depan mobilnya rusak dan membuatnya harus puas finis di urutan 38. Gordon jalani start lomba ke-700 di Bojangles' Southern 500 dimana ia berhasil finis ketiga di lomba tersebut. Pada lomba di Pocono di bulan Agustus yang juga bertepatan dengan ulang tahunnya yang ke-42, Gordon start di posisi 42 dan sempat memimpin jauh di akhir lomba sebelum kecelakaan yang dialami Matt Kenseth membuyarkan kemenangan di depan mata karena Gordon harus tersalip rekan setimnya Kasey Kahne di dua lap tersisa saat restart. Gordon secara matematis gagal masuk ke Chase usai ia kalah satu poin dari Joey Logano usai lomba di Richmond pada 7 September, tetapi pada 13 September pihak NASCAR kemudian memasukkan Gordon ke Chase usai ditemukan manipulasi lomba yang dilakukan tim Penske Joey Logano yang bekerjasama dengan David Gilliland dari tim Front Row Motorsports yang dimaksudkan untuk membantu Logano masuk ke Chase. Pada lomba Goody's Headache Relief Shot 500 di Martinsville, Gordon sukses keluar sebagai pemenang usai menyalip Matt Kenseth. Kemenangan ini menjadi kemenangan pertamanya di Martinsville sejak tahun 2005. Gordon akhiri musim 2013 dengan berada di posisi enam klasemen akhir.