Bayle richtte het populairwetenschappelijke tijdschrift "Nouvelles de la Republique des Lettres" (1684-1687) op. Hij pleitte voor religieuze tolerantie, voor een strikte scheiding tussen geloof en wetenschap en hield een pleidooi voor "deugdzame" atheïsten, maar keerde zich tegen volkssoevereiniteit en het recht van verzet om een burgeroorlog in Frankrijk te vermijden. Nadat Bayle zich anoniem had verzet tegen de Glorious Revolution waarin het Engelse parlement de steun van stadhouder Willem III had ingeroepen tegen de zittende vorst Jacobus II, ontbrandde een pamflettenstrijd. Bayles voormalige vriend en huisgenoot, de calvinist Pierre Jurieu, was hierin zijn voornaamste tegenstander. Bayle stelde dat absolutisme en gewetensdwang niet samen hoefden te gaan omdat burgers met een andere godsdienst toch goede staatsburgers konden zijn. Het toekennen van het recht van verzet aan burgers - wat bij de hugenoten gebruikelijk was - maakte hen echter voor de staat tot potentiële vijanden. De door Bayle bepleite scheiding van kerk en staat zou ook de Franse staat losser maken van de Rooms-Katholieke Kerk. Volgens Jurieu was dit alles echter een uiting van onverschilligheid en ondermijnde het het goed recht van de hugenoten tegenover de Franse staat. In 1693 werd Bayle ontslagen door het prinsgezinde stadsbestuur en door toedoen van de gereformeerde kerk die in het conflict partij koos voor Jurieu. Bayles werk werd omschreven als rampzalig en ontoelaatbaar; hij kreeg geen pensioen en mocht geen privélessen meer geven.