Kepulauan Maluku tetap kembali lagi menjadi satuan pemerintahan yang dikepalai gubernur, yakni Provinsi Maluku yang dibentuk dua hari setelah Proklamasi, menjadikannya provinsi tertua di Indonesia bersama dengan tujuh provinsi lainnya. Provinsi Maluku diresmikan oleh Undang-Undang pada 1958. Kawasan Maluku Utara dimekarkan menjadi Provinsi Maluku Utara pada 1999, meninggalkan Provinsi Maluku seepenuhnya dengan kawasan Maluku Selatan. Sejak disatukannya tiga kegubernuran di Kepulauan Maluku pada abad ke-19 hingga kini, Maluku selalu beribu kota di Ambon.