Още в началото на испанското присъствие някои луисеньо са покръстени и заселени в мисията Сан Диего де Алкала. Малко по-късно са създадени мисиите Сан Луис Рей и Сан Хеан Капистрано. През 1834 г. мисиите са секуларизирани и луисеньо и хуаненьо са оставани да се справят сами. Като цяло двете племена са приятелски настроени към белите заселници по време и след Златната треска. През 1875 г. Правителството създава няколко резервата и племето е заселено в тях. Федералният контрол върху резерватите и асимилационната политика водят до частично прекратяване на федералните услуги през 1950-те. Това стимулира племето да възобнови племенното самоуправление и самоопределение. През 1960-те благодарение на нови федерални програми за подпомагане на местното население, племето влиза в нова по-добра фаза на развитие. Днес луисеньо е едно от важните федерално признати племена в региона. То контролира 8 ранчерии или резервата, 5 в околностите на Сан Диего, 2 в околностите на Ривърсайд и 1 в околността на Сан Бернардино.