Намагаючись відновити релігійну єдність своєї імперії (Мартін Лютер висловлював свої ідеї ще 1517 року), Карл активно втручався у внутрішні справи німецьких правителів. Ознаками розпаду держави були так звана Лицарська війна 1522-1523 років, коли союз лютеранських аристократів напав на землі, що належали трірському архієпископу і курфюрсту, та Селянська війна 1524-1525 років. Карл воював з лютеранською Шмалькальденською лігою. 24 квітня 1547 року (через рік після смерті Лютера) під Мюльбергом (на Ельбі) війська Карла, якими командував герцог Альба, здобули перемогу.