Debuttò nella selezione nazionale il 25 maggio 1942, a Buenos Aires contro l', nell'incontro di Copa Lipton, ove segnò anche la sua prima rete. In seguito partecipò ad alcune competizioni minori, come la Copa Nicanor R. Newton, la Copa Juan R. Mignaburu e la Copa Héctor Rivadavia Gómez. Fu poi convocato al Campeonato Sudamericano de Football 1945, dove debuttò il 18 gennaio a Santiago contro la ; in questo incontro fu schierato da titolare, e giocò tutti e novanta i minuti. Saltò la sfida con l' del 31 gennaio, sostituito da Mario Boyé, così come contro la il 7 febbraio. Tornò in campo nel secondo tempo di - Argentina dell'11 febbraio, rilevando lo stesso Boyé; contro il venne schierato titolare. Muñoz disputò anche l'ultima gara del torneo contro l', lasciando il posto a Boyé al 77º. Conclusa questa manifestazione, fu impiegato durante la Copa Rosa Chevalier Boutell, in cui assommò 3 presenze e un gol.