Con nuevos jugadores tuvo un gran desempeño en la Copa América 2001 celebrada en Colombia, disputando la gran final ante el anfitrión y obteniendo el subcampeonato con una base de jugadores que llegarían a la Copa del Mundo del siguiente año. En la Copa Oro 2002, tomó la polémica decisión de probar jugadores para encontrar los últimos lugares antes de dar la lista definitiva, llevando a gente como Jair García, Adolfo Bautista, Carlos Ochoa, entre otros, sin embargo el experimento fracasó quedando eliminado en cuartos de final ante en penales. Tuvo una breve experiencia al mando de la Selección de fútbol de México, llevándola hasta los octavos de final con buen fútbol en el Mundial de Corea-Japón 2002, donde cayeron ante . Por ello, en 2005, fue nombrado ganador del Premio Nacional de Deportes (México) en la categoría de entrenador como reconocimiento a su trayectoria en el deporte mexicano e internacional.