2006 FIFAワールドカップ後に就任したアルフィオ・バシーレ監督は、2007年2月7日のフランスとの親善試合にサネッティを招集。この代表復帰戦で見事な活躍を見せ、ハビエル・サビオラの決勝点をアシストしてバシーレ監督政権下初勝利に貢献した。2007年のコパ・アメリカ2007では同大会4回目の出場を果たし、キャプテンのアジャラを補佐する副キャプテンとして準優勝に貢献。2007年4月、National Giuseppe Prisco Awardに出席した。コパ・アメリカ2007終了後にアジャラが代表引退すると、キャプテンマークはサネッティに渡された。2007年11月17日に行われた2010 FIFAワールドカップ・南米予選のボリビア戦は116試合目の出場となり、アジャラが保持していたアルゼンチン代表最多出場記録（115試合）を塗り替えた。2008年10月にディエゴ・マラドーナ監督が就任すると、マラドーナ監督の意向でハビエル・マスチェラーノがキャプテンに就任し、サネッティではなくマンチェスター・シティFCのパブロ・サバレタがレギュラーとして起用された。南アフリカで開催された2010 FIFAワールドカップ本大会ではエステバン・カンビアッソとともに選外となり、マラドーナ監督は南米だけでなくヨーロッパの識者からも強い批判を浴びた。サネッティの代わりに30歳のアリエル・ガルセがサプライズ選出されたが、ガルセは過去5年間で2度しか代表に招集されたことがなく、本大会では出場機会なしに終わっている。