Hitler invadiu a URSS em Junho de 1941, e muitas igrejas foram reabertas sob a ocupação alemã. Stalin terminou a campanha antirreligiosa, a fim de unir o país e evitar uma grande base de apoio aos nazistas (que existiu em algumas áreas nas fases iniciais da invasão). Em Setembro de 1941, três meses após o ataque nazista, os últimos periódicos antirreligiosos foram fechados, oficialmente por causa de falta de papel. As igrejas foram reabertas na União Soviética e a Liga dos Ateus Militantes foi dissolvida. Emelian Iaroslavski, líder e fundador da liga, que encabeçou toda a campanha antirreligiosa nacional na década de 1930, viu-se obrigado a escrever um artigo elogioso ao cristão ortodoxo Fiódor Dostoiévski por seu suposto ódio aos alemães.