Осенью 1512 года, шейбанидские султаны собрались в Самарканде и избрали внука узбекского хана Абулхайр-хана и тимурида внука Мирзо Улугбека Кучкунджи-хана (1512—1530) верховным ханом государства Шейбанидов. В 1512 году Кучкунджи-султаном были отправлены на помощь Убайдулла-хану Мухаммед Тимур-султан и Абу Саид-султан. Они участвовали в решающем сражении в Гиждуване, в войне Шейбанидов Мавераннахра с одной стороны и контингента из Сефевидского государства под командованием Наджма Сани с другой, в ходе которой Шейбаниды во главе с Убайдулла-ханом одержали решительную победу над армией Наджма Сани и спасли страну от зависимости от государства кызылбашей. Суннизм был сохранен в ханстве как господствующее направление ислама. С приходом к власти в Мавераннахре своего родственника Кучкунджи-хана Бабур оставил свои претензии на Центральную Азию. А в 1514 году союзник Шибанидов османский султан Салим полностью разгромил кызылбашей Исмаила Сефеви в Чалдыранской битве и окончательно похоронил активную восточную внешнюю политику шаха Исмаила.