Die Luftangriffe auf Königsberg im August 1944 beschädigten die Sternwarte wie auch zahlreiche andere Universitätsgebäude stark. Während der Schlacht um Königsberg befand sich in der nahe gelegenen Bastion Sternwarte ein Gefechtsstand der Wehrmacht, der bis zur Kapitulation am 9. April 1945 gehalten werden konnte. Somit lag das Sternwartengelände bis zuletzt im Bereich der Kampfhandlungen.