Al estallar la Primera Guerra de los Balcanes se alistó en el ejército serbio y fue herido mientras luchaba en el pueblo de Strevica. Durante la Segunda Guerra de los Balcanes, se unió a un destacamento de voluntarios serbios y luchó en la Batalla de Bregalnica. Durante la Primera Guerra Mundial, Babunski y su destacamento chetnik lucharon contra las fuerzas austrohúngaras en el verano de 1914 y más tarde combatieron en el Frente macedonio, donde Babunski fue ordenado por el general francés Louis Franchet d'Espèrey después de que él y sus hombres capturaran dos submarinos enanos alemanes y sus tripulaciones. Después de la guerra, Babunski y su fuerza de 250 hombres ayudaron a las autoridades serbias a reprimir la resistencia búlgara en las ciudades macedonias de Bitola y Tikveš, cometiendo varias atrocidades en el proceso. Considerado uno de los comandantes chetnik más famosos de su época, Babunski murió en Veles en febrero de 1920.