1539 wird im albertinischen Herzogtum Sachsen die Reformation eingeführt. Auch Seehausen wird evangelisch. Eine Urkunde belegt, dass 1551 im Dorf 22 „besessene Männer“, d. h. Bauern mit Grundbesitz, und 9 „Inwohner“ in Seehausen leben. 1560 wird das gesamte Pfarrgut mit allen Gebäuden, Äckern und Gärten für 150 Gulden an den Bauern Georg Dyme verkauft. Obwohl die Bürger schon 1580 das Fehlen einer Schule beklagten, kann ein erster Lehrer schriftlich erst für das Jahr 1620 belegt werden. 1631 während des Dreißigjährigen Krieges war Seehausen in der Schlacht bei Breitenfeld unmittelbar betroffen. Eine weitere Erneuerung der Kirche fand 1663 für 174 Taler statt. Doch bereits nach 1700 erfolgt eine weitere Erneuerung vornehmlich im inneren Teil der Kirche. In den Altar ist das Wappen des damaligen Gerichtsherrn eingearbeitet. Dieser war vermutlich der Stifter des Altars. 1764 leben in Seehausen 29 „besessene Männer“ und 9 „Häusler“ (Einwohner ohne Grundbesitz). 1788 stiftet ein Seehausener Einwohner der Kirche eine neue Orgel. 1791 ist ein schwarzes Jahr für Seehausen. Mehrere Güter brennen in diesem Jahr ab. Seehausen gehörte bis 1856 zum kursächsischen bzw. königlich-sächsischen Kreisamt Leipzig. 1856 kam der Ort zum Gerichtsamt Leipzig II, 1875 zur Amtshauptmannschaft Leipzig, 1952 zum Kreis Leipzig-Land im Bezirk Leipzig und 1994 zum Landkreis Leipziger Land.