W dwa miesiące po bitwie gettysburskiej (9 września), w związku z reorganizacją armii, Stuart otrzymał dowództwo Korpusu Kawalerii. Nie został jednak awansowany do stopnia generała porucznika (tak stopień nosili inni dowódcy korpusów), co bywa interpretowane jako wyraz nagany za jego wcześniejsze działanie. Wiosną następnego roku Stuart walczył z nacierającymi na Richmond wojskami federalnymi pod dowództwem generała Granta. Znakomicie radził sobie podczas wstępnych walk poprzedzających bitwy w Wilderness i pod Spotsylvanią. Następnie musiał zmierzyć się z odparciem rajdu federalnej kawalerii generała Philipa Sheridana na Richmond. 11 maja 1864 roku stoczył ostatnią bitwę – pod Yellow Tavern, gdzie zwyciężyli Jankesi. W trakcie walki, gdy Stuart zajmował stanowisko przy konfederackiej baterii artylerii, jeden z szarżujących na nią żołnierzy federalnych, John Huff (z 5. pułku kawalerii z Michigan) dostrzegł go i strzelił ze swojego rewolweru Colt. Kula trafiła dowódcę południowej jazdy w podbrzusze. Oficerowie zabrali go z pola bitwy, a ten mimo ranny, starał się zachęcić swoich podkomendnych do dalszej walki.