Em 1918, Berzarin alistou-se no Exército Vermelho e lutou contra as tropas aliadas em Archangelsk durante a Guerra Civil. Entre 1921 e 1923, continuou o treinamento militar nos Cursos de Comando de Leningrado, aprendeu o manuseio de metralhadoras no "Curso Vistrel" e um curso de comando no Distrito Militar da Sibéria. Em 1922, ele se tornou membro do Komsomol. Em 1923, foi designado para a atuar na Sibéria .