После вторжения в Мэриленд бригада Андерсона вместе с другими бригадами дивизии Дэниеля Хилла была оставлена для охраны ущелий в Южных Горах. 14 сентября бригада участвовала в обороне ущелья Фокса. После отступления к Шарпсбергу дивизии Хилла было поручено оборонять центр позиций армии Конфедерации во время сражения при Энтитеме, и бригада Андерсона была поставлена на правом фланге на дороге Санкен-Роуд, рядом с алабамской бригадой Роберта Родса. Когда северяне начали наступление на центр противника, бригады Родса и Андерсона были единственными бригадами на этом участке. Генерал Ли послал им на помощь дивизию Ричарда Андерсона, и справа от северокаролинцев встала джорджианская бригада Эмброуза Райта. Когда началось наступление федеральной дивизии Исраеля Ричардсона, бригада Райта была атакована с фланга и вынужденно отступила, и вслед за ней бригада Андерсона тоже была оттеснена назад и понесла тяжёлые потери. Бригада имела 1200 человек в начале сражения и потеряла 103 человека убитыми, 235 ранеными и 177 пленными.