В 2016 году Фагерсон сыграл три тест-матча шотландской сборной. Позже он выступал на Кубке шести наций 2017 года, летних и осенних тест-матчах сборной. В 2018 году он пропустил начало Кубка шести наций, попав в заявку только на два последних матча и выйдя на замену в игре против Италии. После того, как в игре против сборной США на поле вышли Зандер и его брат Мэтт (проводил дебютный матч), братья Фагерсоны стали 48-й парой братьев, сыгравших за сборную Шотландии. 47-й парой в тот же день стали братья Джордж и Пит Хорн, причём Пит также проводил свою дебютную игру против США. Подобный случай выхода сразу двух пар братьев стал 8-м в истории шотландского регби. Фагерсон участвовал в розыгрыше Кубка мира 2019 года в Японии, сыграв три матча. В игре против сборной Японии 19 октября он занёс попытку, однако шотландцы проиграли 21:28 и не вышли из группы.