1999 zahlte Alves dem lokalen indonesischen Militärchef von Atauro 90 Millionen Rupien, damit die Streitkräfte nicht auf der Insel Verwüstungen anrichten, wie es im restlichen Osttimor während des indonesischen Abzugs geschah. Tatsächlich zogen die Truppen am 20. September friedlich ab. Alves überließ man zudem drei Sturmgewehre. Bis zum Eintreffen der INTERFET-Truppen entstand aber ein Machtvakuum, in dem sich pro-indonesische Gruppen und Unabhängigkeitsbefürworter gegenüber standen. Am 23. September wurde eine Zusammenkunft am Strand von Beloi durchgeführt, bei der Alves vor den führenden Vertretern des Dorfes zur Versöhnung zwischen den Gruppen aufrief. Auf das Gerücht, dass einige Leute das Haus des ehemaligen Chefs von Beloi und indonesischen Kollaborateurs Antonio Miguel Pacheco niederbrennen wollten, drohte Alves jeden zu erschießen, der Gewalt planen würde. Ansonsten sprach er in versöhnlicher Weise, und seine Rede wurde gut aufgenommen und überzeugte anscheinend die meisten Zuhörer. Das Treffen war fast vorbei, als Pacheco eintraf. Pachero beschuldigte Alves nun, dass er hinter den Plänen stecke, sein Haus niederzubrennen. Alves griff nun zu einem der Gewehre, dass er zur Versammlung mitgebracht hatte. Pacheco schrie, wenn Alves ein Mann sei, solle er ihn erschießen. Alves geriet in Wut und schoss zweimal in die Luft. Pacheco schrie weiter und drehte sich um, als ob er weggehen wollte. Da traf ihn ein dritter Schuss in den Kopf und tötete ihn. Über die Umstände gibt es unterschiedliche Angaben. Sagten Zeugen zunächst aus, Alves hätte Pachero erschossen, erklärten sie in der Verhandlung 2004, sie hätten den Schuss entweder nicht selbst gesehen oder Alves habe sich im Umdrehen das Gewehr auf die Schulter gelegt und ein Schuss habe sich dann gelöst, der versehentlich Pachero traf.