Avec le déclenchement de la Révolution française, le commerce maritime est interrompu par les Anglais qui maîtrisent les mers. Les affaires de François Bonnaffé connaissent alors une période de stagnation. En 1791, la révolte des esclaves à Saint-Domingue met un coup d'arrêt brutal à la croissance de l'économie bordelaise en général, et aux affaires de la maison Bonnaffé en particulier. Cette même année, sa femme Jeanne décède. François commence alors à se retirer progressivement des affaires au profit de son fils Jean de Lance, qui doit faire face à la dépréciation des assignats, et sauve plusieurs fois la vie de son père en payant grassement des révolutionnaires.