Az első világháború idején Oroszországban csatlakozott a szerveződő Csehszlovák Légióhoz, ahol századosként szolgált. Harcolt a Magyarországi Tanácsköztársaság ellen is. Az új Csehszlovák hadsereg tisztje, egészen Csehszlovákia 1938-as felosztásáig, ekkor a szlovák hadsereghez került, ahol már tábornoknak léptették elő. A magyar–szlovák kis háborúban ő vezette a magyarok ellen harcoló szlovák csapatokat. Malár volt a Szlovák hadsereg egyik legképzettebb tisztje és beosztottai is tisztelték. 1939-ben megkapta a német Vaskeresztet a lengyelországi beavatkozás után. 1942-ben az Oroszországban harcoló "Szlovák gyorshadtest" parancsnoka és e minőségében kapta meg 1942. január 23-án a Vaskereszt Lovagkeresztjét. 1942-1944 között katonai attasé Rómában, Budapesten, majd Berlinben.