Nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten wurde Prodinger im März 1938 in das KZ Dachau verschleppt, wo er noch im selben Jahr verstarb. 1960 wurde eine Straße in Salzburg nach ihm benannt, des Weiteren findet sich am oberen Ende der Rampe des Österreichischen Parlamentsgebäudes eine Gedenktafel für die zwölf unter den Nationalsozialisten ermordeten Parlamentarier.