Les partisans juifs en Lituanie ont également combattu contre l'occupant nazi. En , l'Organisation du parti uni, dirigée par Abba Kovner, tente de déclencher un soulèvement dans le ghetto de Vilna et s'engage par la suite dans des opérations de sabotage et de guérilla contre les nazis. En , dans le cadre de son opération "Tempête", l'Armée de l'Intérieur polonaise lance l'opération "Ostra Brama" pour tenter de reprendre la ville de Wilno. La Lituanie continua son exil, sur la base des ambassades des États-Unis et du Royaume-Uni.