В 1951 году товарищ по Военной академии майор Гамаль Абдель Насер привлёк майора Хусейна аль-Шафеи в подпольную организацию «Свободные офицеры» и выдвинул его на роль её представителя в бронетанковых частях. Аль-Шафеи стал одним из лидеров движения и в 1952 году был назначен одним из шести членов тайного Каирского руководящего комитета «Свободных офицеров». Во время революции 23 июля 1952 года командир 1-й бронетанковой бригады подполковник Хусейн аль-Шафеи вместе с подполковником Сарватом Окраша и другом Насера «красным майором» Халедом Мохи эд-Дином руководил действиями заговорщиков в Кавалерийском управлении египетской армии. Когда в самый решающий момент отключилось электричество, аль-Шафии и Окраша поставили задачу верным революции частям при свете карманных фонариков. По их приказу бронетанковые подразделения были переброшены в район аэродрома эль-Маза, в Аббасию и блокировали Управление пограничных войск в Каире. Около 4 часов утра 23 июля аль-Шафии прибыл к Насеру в здание командования армией и доложил ему об успешном завершении операции. Утром 25 июля он вместе генералом Мухаммедом Нагибом и рядом других лидеров «Свободных офицеров» вылетел из Каира в Александрию чтобы решить судьбу короля Фарука. Эль-Шафеи поддержал Нагиба, Садата и Юсефа Седдыка, которые выступили против предложения Гамаля Салема предать короля суду и казнить. Он командовал войсками, окружившими королевский дворец в Александрии и 26 июля вместе с Нагибом, полковником Ахмедом Шауки, Гамалем Салемом и капитаном Исмаилом Фаридом участвовал в импровизированных проводах Фарука I на борту яхты «Аль-Мархуса».