Na początku lat 1960. rząd Malajów rozpoczął proces zjednoczeniowy z pozostałymi krajami regionu. Został on zahamowany antymalezyjską rebelią w Brunei w wyniku której rząd brunejski wycofał się ze zjednoczeniowych pomysłów. Reakcją na rebelię z Brunei było powstanie w Sarawaku które jednak nie odniosło większych rezultatów i 16 września 1963 r. przyłączono północne Borneo i zmieniono nazwę kraju na Malezję (początkowo w jęz. polskim również jako Malajzja). Oba powstania wsparła Indonezja rządzona przez Sukarno, co doprowadziło do konfrontacji indonezyjsko-malezyjskiej. Do jej zakończenia doszło po 1965 roku, gdy władzę w Indonezji objął Suharto, który wsparł Malezję w walce z partyzantami w Sarawaku.