Conscient du ressentiment grandissant des conservateurs à l'égard de l'indépendance du "Spy", le (trois jours avant la bataille de Concord, à laquelle il participe), Thomas enlève ses presses de Boston et les installe à Worcester. Ses autres biens sont détruits. À Worcester, il publie et vend des livres, construit un moulin à papier et une entreprise de reliure, et édite le journal jusqu'en 1802, à l'exception des années 1776-1778 et en 1786-1788. Le "Spy" soutient George Washington et le parti fédéraliste. Thomas est également maître de poste pendant un certain temps.