Im Jahre 1649 wurde er erstmals als in Warschau lebend erwähnt. Er wird im Zusammenhang mit seinem älteren Bruder, dem Baumeister Antonio Affaitati, genannt. Isidoro Affaitati arbeitete folgend als Ingenieur (Hauptmann) bei der polnischen Armee, die nach dem Kosakenaufstand reorganisiert wurde. Sein jüngerer Bruder, Carlo Ambrogio Affaitati, war Kaplan, Sekretär und Beichtvater der polnischen Königin Luisa Maria Gonzaga.