Během války v Abcházii v letech 1992–1993 byla Akvaskja opakovaně ovládnuta abchazskými partyzány a gruzínskými vládními jednotkami, tudíž zde docházelo k častým střetům a obec i její okolí bylo zaminované. Zbylí Abchazové odsud během války uprchli, jakmile se obce poprvé zmocnila gruzínská armáda, ale vrátili se po skončení bojů. Jakmile padla definitivně do abchazským rukou, většina gruzínského a megrelského obyvatelstva uprchla z Abcházie, avšak někteří potomci z megrelských rodin, jež osídlily mezi prvními v 19. století Novou Akvaskju, zde zůstali a žijí tu i v současnosti. Nyní však tvoří velkou menšinu.