Hija única de Dolores Villanueva y Elices y de Felipe de Acuña y Solís, de rancio abolengo aristocrático y descendiente del obispo Acuña, famoso líder comunero. Su nacimiento, según las fuentes anteriores a 2000, ocurrió en la localidad de Pinto, pueblo cercano a Madrid, en 1851, y según investigaciones del profesor Fernández Riera publicadas en 2005, en la calle de Fomento de la capital española, en 1850. El ilustrado ambiente familiar y una grave afección ocular fomentaron una personalidad culta, sensible y con una fuerte base intelectual (intensificada por la tutela paterna). Con apenas diecisiete años, viajó al extranjero, visitando la Exposición Universal de París (1867) y más tarde residió una temporada en Roma, donde su tío, Antonio Benavides, era embajador español.