Se tenant à l'écart des débats entre Montagnards et Girondins, mais proche de bon nombre de Girondins, il échappa à l'arrestation de ces derniers () et fit partie du groupe de la Plaine. Après le 9 thermidor an II, il devint le chef des modérés. Élu membre du Comité de salut public le 25 frimaire an III, il fut chargé du ravitaillement de Paris. Son intransigeance lui valut le surnom de « Boissy-Famine ». Promoteur du décret du 3 ventôse, instituant la séparation des Églises et de l'État et la liberté des cultes, il est présent à la Convention lors des soulèvements populaires des 12 germinal et  an III. Le peuple des faubourgs insurgés, ayant envahi la salle des séances, voulut forcer la Convention à établir la Constitution de 1793 ; on menaça le président Théodore Vernier et Boissy d'Anglas, et pour les effrayer, on plaça devant eux la tête du représentant Jean Bertrand Féraud, qui venait d'être assassiné sous leurs yeux. L'événement est relaté par Louvet dans une correspondance adressée à Mathieu-Guillaume-Thérèse Villenave du 5 prairial an III (), quatre jours après les faits (). Boissy d'Anglas salua alors la tête de son collègue ; puis il se rassit, impassible jusqu'à l'intervention des sections royalistes de la Garde nationale. Il contribua par ailleurs à la rédaction de la Constitution de l'an III. Il devint alors le symbole vivant .