Trots att han tidigare hade varit satrap i Armenien hade Dareios III ingen erfarenhet av imperiet. Inte desto mindre visade han sitt mod under det första året av sin regeringstid genom att personligen tvinga Bagoas att svälja gift. År 334 f.Kr., just som Dareios hade lyckats att åter underkuva Egypten, anföll Alexander i Mindre Asien. Som svar på den makedoniska aggressionen mobiliserade satraperna i väster och gick inkräktaren till mötes. Dareios III och flera av hans satraper vädjade till grekiska legosoldater för att förstärka sina arméer. Det finns många frågor om de grekiska legosoldaternas roll i den persiska militärmaktens förfall enligt uppgifterna i olika källor. Den persiska armén led ett första nederlag i slaget vid Granikos mot makedonska trupper som var vana vid krig. Fler nederlag följde i slagen vid Issos (332 f.Kr.), Gaugamela och Babylon (331 f.Kr.). De befolkningar som erövrades av makedonierna tycktes tämligen lättade över att befrias från den persiska överhögheten, enligt olika författare. Alexander stötte ständigt längre fram och tågade därefter till Susa, som kapitulerade och överlämnade en stor skatt. Erövraren vände så österut i riktning mot Persepolis som gav sig i början av 330 f.Kr. Dareios fann då sin tillflykt i Ekbatana och samlade en armé omkring sig. Från Persepolis gick Alexander sedan mot Pasargad en bit längre norrut, där han behandlade Kyros II:s grav med respekt. Han ställde sedan kosan mot Ekbatana. På vägen gav sig Dareios III:s satraper till Alexander. Vid tiden för Dareios III:s flykt tycks satraperna närmast kungen ha organiserat en komplott. Dareios III mördades av flera av sina satraper, som gav sig till Alexander eller återvände till sin provins för att utropa sig till kung. På order av Alexander visades storkungens lik hedersbetygelser och skickades till Persepolis för att begravas.