Einige der früher von den Inka unterworfenen Völker schlugen sich auf die Seite der Eroberer, in der Hoffnung, dadurch ihre Unabhängigkeit zu erreichen. Atahualpas General Quisquis, der die Hauptstadt besetzt hatte, versuchte vergebens, die Spanier und deren Verbündete aufzuhalten. Am 15. November 1533 erreichte Pizarro Cusco und wurde von vielen Adeligen als Befreier begrüßt. Túpac Huallpa verstarb bereits auf dem Weg nach Cusco, Pizarro setzte Manco Cápac II., einen Halbbruder Atahualpas und Huáscars, zum Sapa Inka ein. Manco Cápac war anfangs mit Pizarro eng verbündet, musste aber bald erkennen, dass er nur eine Marionette der Spanier war. 1536 organisierte er allgemeinen Aufstand, belagerte Cusco und griff die neu gegründete Hauptstadt Lima an, was die Spanier in ärgste Bedrängnis brachte. Letztlich aber scheiterte der Aufstand und Manco zog sich mit seinen Anhängern nach Vilcabamba an den Osthang der Anden zurück. Von dort aus leistete er den spanischen Eindringlingen durch Guerillaaktionen weiter Widerstand, bis er 1544 von sieben Spaniern ermordet wurde, die nach innerspanischen Auseinandersetzungen zu ihm geflohen waren. Seine Söhne Sayri Túpac und Titu Cusi Yupanqui konnten die Unabhängigkeit von Vilcabamba bewahren. Zeiten des Widerstands und friedlicher Koexistenz wechselten ab, bis der spanische Vizekönig 1572 nach der Ermordung eines spanischen Botschafters Vilcabamba den Krieg erklärte. Am 24. Juli 1572 wurde der letzte Inkaherrscher, Túpac Amaru, gefangen genommen und zwei Monate später in Cusco enthauptet.