בעונת 2012/13 החל באדשטובר מסכת ארוכה של פציעות שהשביתו אותו לתקופות ממושכות. הפציעה הראשונה התרחשה בדצמבר 2012 במשחק ליגה מול בורוסיה דורטמונד. פציעה זו גרמה לבאדשטובר להחמיץ את כל יתרת העונה, בה זכתה באיירן מינכן בטרבל היסטורי, שכלל זכייה באליפות, בגביע הגרמני ובליגת האלופות, לאחר ניצחון במשחק הגמר על בורוסיה דורטמונד בתוצאה 2-1. במאי 2013 חזר באדשטובר לאימוני הקבוצה, אך מיד נפצע שוב, והחמיץ בגין זאת את כל עונת 2013/14. ביולי 2014 חזר באדשטובר להתאמן עם הקבוצה והשתתף בניצחון על קבוצת פ.צ. ממינגן במשחק אימון, שהיה הראשון מאז פציעתו הראשונה, ונערך 594 ימים אחריה. את עונת 2014/15 פתח באדשטובר היטב, אך נפצע במחזור השלישי מול שטוטגרט, ונעדר שוב לתקופה ארוכה. באדשטובר חזר לשחק במחזור ה-21 של אותה עונה, כשהשלים 90 דקות בניצחון 8-0 על המבורג. באדשטובר חזר לתפוס בתקופה זו מקום בהרכב תחת המאמן פפ גווארדיולה, והבקיע שער בניצחון 7-0 על שחטאר דונצק במסגרת ליגת האלופות, שהיה השער הראשון שלו מאז שנת 2009, והפעם הראשונה שהוא פותח בהרכב במשחק ליגת האלופות מאז דצמבר 2012. באדשטובר נטל חלק בניצחון הגדול של באיירן מינכן על פורטו בתוצאה 6-1 ברבע גמר ליגת האלופות, אך נפצע במשחק זה והחמיץ את יתרת העונה. גם בעונת 2015/16 סבל באדשטובר מפציעות רבות וערך שבע הופעות ליגה בלבד. את עונת 2016/17 החל באדשטובר בבאיירן מינכן, וערך עד למחצית העונה הופעת ליגה אחת בלבד, הופעה אחת בליגת האלופות ואחת נוספת בגביע הגרמני.