در سپتامبر ۱۹۹۱، تاجیکستان درست پیش از انحلال اتحاد جماهیر شوروی در دسامبر ۱۹۹۱ به یک کشور مستقل تبدیل شد. در ۳۰ سپتامبر ۱۹۹۲، یونان و تاجیکستان روابط دیپلماتیک برقرار کردند. در تاریخ ۱ دسامبر ۲۰۰۹ در آتن، وزیر امور خارجه تاجیکستان، خامرخون ظریفی با وزیر امور خارجه یونان جورج پاپاندرو ملاقات کرد. توجه اصلی در هنگام تبادل نظر به مسائل روابط دو جانبه تاجیکستان و یونان، به ویژه در زمینه تجارت و اقتصاد و همچنین سایر موضوعات منطقه ای مورد علاقه دو طرف بود.