Huth verruilde in augustus 2009 Middlesbrough voor Stoke City FC, nadat Middlesbrough was gedegradeerd uit de Premier League. Hij stond op 14 mei 2011 met Stoke City in de finale van de strijd om de FA Cup. Daarin verloor de ploeg van trainer-coach Tony Pulis met 1–0 van Manchester City door een treffer in de 74ste minuut van Yaya Touré.