У тому ж році в матчі проти збірної Уругваю гольова передача Алекса на Івана Кав'єдеса допомогла збірній Еквадору вперше в історії кваліфікуватися на чемпіонат світу 2002 року. У 2002 році Агінага потрапив у заявку збірної в Японії і Південній Корею на світову першість. На турнірі він зіграв у матчах проти команд Хорватії, Мексики та Італії.