The Neptunes, 2003 yılında çeşitli sanatçıların çalışmalarının ve remixlerine yer verdiği "The Neptunes Present... Clones" adlı bir albüm yayımladı. Albüm, "Billboard" 200 listesinde zirveye yerleşti. Ayrıca grup, Jay-Z'nin de birçok hitinin prodüktörlüğünü üstlendi. Jay-Z ile çalıştığı "Frontin'" şarkısı büyük hit ("Billboard" dergisine göre; 2003 yılının en büyük 34. hiti) oldu. N.E.R.D, "Fly or Die" adındaki ikinci stüdyo albümünü Mart 2004'te yayımladı. Ayrıca Pharrell Williams, 2004 Grammy Ödülleri'nden iki ödülle döndü: "Yılın Prodüktörü" ve Justin Timberlake’ın "Justified" albümündeki çalışmasıyla "En İyi Pop Vokal Albümü".