Soedjatmoko stammte aus einer Adelsfamilie und war der älteste Sohn des Arztes Saleh Mangoendiningrat sowie dessen Ehefrau Isnadikin Citrokusumo. Er begann nach dem Schulbesuch ein Studium der Medizin an der Medizinischen Hochschule "(Geneeskundige Hogeschool)" in Batavia. Aufgrund seiner politischen Aktivitäten wurde er während der Besetzung Niederländisch-Indiens durch die Kaiserlich Japanische Armee im Zweiten Weltkrieg 1943 aus der Universität verwiesen und begab sich daraufhin nach Surakarta, wo er in der Praxis seines Vaters arbeitete. Nach der indonesischen Unabhängigkeitserklärung am 17. August 1945 trat er in den diplomatischen Dienst ein und gehörte 1947 zur Delegation bei den Vereinten Nationen in New York City. Im Anschluss begann er ein Studium an der Harvard Graduate School of Public Administration, das er jedoch wegen seiner diplomatischen Tätigkeiten abbrechen musste. Er fungierte kurzzeitig als Geschäftsträger der Botschaft im Vereinigten Königreich sowie als Politischer Referent an der Botschaft in den USA.