Dès 1515, les pensées de la Réforme sont prêchées par Michelle de Saubonne au Parc Soubise à Mouchamps. De grandes familles bas-poitevines la suivent tels les Rohan. Les premières persécutions se déclenchent en Bas-Poitou contre les réformés tandis que la religion calviniste progresse parmi les populations rurales. De nombreuses paroisses comme Pouzauges, Chantonnay ou Saint-Gilles-sur-Vie deviennent des bastions du calvinisme en Bas-Poitou. En 1562, le bocage devient le théâtre d'instabilités : combat de Mouilleron, saccage de Luçon et des bourgades environnantes (), siège et occupation de Fontenay. Pouzauges, Montaigu et La Châtaigneraie sont prises par les Huguenots en 1563. La paix d'Amboise ramène cependant le calme jusqu'à la Saint-Barthélémy en 1572 où les violences s'allument puis s'éteignent au gré des trêves et des reprises de combats. Les scènes de pillage, d'incendies, perpétrées par l'un ou l'autre parti, se répètent et ravagent le Bas-Poitou, notamment sur les abbayes.