Pada 429 SM, di tengah berkecamuknya Perang Peloponesos (431–404SM) antara Atena dan Sparta, PerdikasII mengirim bantuan militer kepada Sparta di Akarnania, tetapi pasukan Makedonia terlambat datang, sehingga pasukan Atena dapat memenangkan Pertempuran Naupaktus. Pada tahun yang sama, pasukan Atena mencoba membalas tindakan ini dengan meyakinkan Sitalkes untuk menyerang Makedonia, tetapi Atena menolak mengirimkan angkatan lautnya untuk membantu Sitalkes di Kalkidiki, kemungkinan karena Atena merasa takut dengan ambisi sang raja Trakia. Sitalkes mundur dari Makedonia akibat kurangnya persediaan untuk para tentara pada musim dingin. Pada 424SM, PerdikasII membantu meyakinkan sekutu-sekutu Atena di Trakia untuk membelot dan bersekutu dengan Sparta. Sebagai gantinya, jenderal Sparta Brasidas bersedia membantu PerdikasII memadamkan pemberontakan Arabaios, penguasa Linkestis (di Makedonia Hulu), meskipun ia sempat mengungkapkan kekhawatirannya karena Arabaios didukung oleh pasukan Iliria dalam jumlah yang besar dan juga karena sekutu Sparta di Kalkidiki rentan diserang Atena ketika pasukan Sparta sedang disibukkan di tempat lain. Dalam Pertempuran Linkestis, pasukan Makedonia panik dan melarikan diri sebelum pertarungan dimulai, sehingga Brasidas mengamuk, dan pasukan-pasukannya menjarah kereta kuda pengangkut perbekalan milik Makedonia yang telah ditinggalkan. Akibatnya, PerdikasII berbalik melawan Sparta dan kembali bersekutu dengan Atena, sehingga menghadang bala bantuan Liga Peloponesos di Tesalia dan memaksa Arabaios dan para pemberontak lainnya untuk menyerah dan menerima raja Makedonia sebagai penguasa mereka.