V času reformacije se samostan ni pridružil reformacijskemu gibanju v Magdeburgu, temveč je ostal katoliški. Leta 1524 pa je samostan izgubil pokroviteljstvo nad cerkvijo svetega Janeza v Magdeburgu in cerkvijo Sankt-Ulrich-und-Levin. V času Šmalkaldenske vojne v letu 1546/1547 je bil samostan izropan, tako da je mestni svet prevzel ključno oblast nad oskrunjeno Marijino cerkvijo. 1550/1551 je bil med obleganjem mesta s cesarskimi enotami ponovno poškodovan dormitorij. V Augsburškem verskem miru iz leta 1555 je bila priznana imuniteta samostana, temeljila jena vrnitvi ključa leta 1558. Položaj menihov, ki so postali majhna katoliška skupnost, je ostal težaven. Leta 1570 so se kanoniki odločili, da bodo svoja bela oblačila opustili pred samostanom. Papež Gregor XIII. je leta 1582 govoril v cerkvi in Norberta Xantenskega, ki je bil pokopan v samostanu razglasil za svetnika. Grobnico so nato premestili zahodno od tedanje in izdelali marmorno nagrobno ploščo.