המערכה בחצי האי האיברי נמשכה בעוצמה משתנה במשך חמש שנים. צרפת נחלה תחילה הצלחות, אך לא הצליחה לעקור את ההתנגדות הספרדית ואת הנוכחות הבריטית. ב-1812 החלה הכף נוטה לרעת הצרפתים, שכוחותיהם הדלדלו עקב מסעו של נפוליאון לרוסיה. בקיץ 1812 נפלה הבירה מדריד לזמן מה לידי המורדים לאחר קרב סלמנקה. בקרב ויטוריה שנערך ב-21 ביוני 1813, נחלו כוחות צרפתים בפיקוד ז'וזף והמרשל ז'ורדן תבוסה מידי כוחות בריטניה ופורטוגל והמורדים הספרדים, בפיקוד ארתור ולסלי (לימים הדוכס מוולינגטון). ז'וזף עצמו כמעט שנפל בשבי, ולאחר התבוסה נטש סופית את כס מלכותו ושב לצרפת, שם התקבל בזעם על ידי הקיסר והצטווה לפרוש לאחוזתו ללא תפקיד רשמי. הוא הודח מכסאו רשמית בדצמבר 1813, במסגרת הסכם שלום שחתם נפוליאון עם ספרד ובו הכיר בפרדיננד השביעי כמלך ספרד.