À partir de la saison 2001, la compétition voit son organisation passer de la Ligue de football professionnelle russe à la Première Ligue russe qui décide de renommer le championnat "Premier-Liga" par la même occasion. Ce changement d'organisation a pour but d'offrir aux équipes du championnat une indépendance plus grande. Il coïncide par ailleurs avec la fin de l'hégémonie du Spartak Moscou, qui est successivement remplacé par la doublette CSKA et Lokomotiv Moscou entre 2002 et 2006 puis par le Zénith Saint-Pétersbourg et le Rubin Kazan entre 2007 et 2012. Les années 2010 voient également les clubs russes remporter deux compétitions européennes avec les victoires du CSKA Moscou et du Zénith Saint-Pétersbourg en Coupe UEFA en 2005 et 2008 respectivement.