במרץ 1917, לאחר שגרמניה החלה במלחמת צוללות בלתי מוגבלת, ביקש רוזוולט אישור מווילסון להכין את הצי למלחמה. וילסון סירב. רוזוולט היה לתומך נלהב בשימוש בצוללות, ובעת מלחמת העולם הראשונה פיתח מספר תוכניות שנועדו לעצור את איום הצוללות הגרמניות על חילות הים של מדינות ההסכמה. אחת התוכניות כללה בנייה של מחסום שהיה אמור להיות מורכב משורה של מוקשים ימיים שיונחו לאורך הים הצפוני, מנורווגיה עד סקוטלנד. התוכנית התקבלה, אך המלחמה הגיעה לסיומה לפני שניתן היה לממשה במלואה. ב־1918, הוא ביקר בסקוטלנד, באנגליה, בוויילס ובצרפת כדי לבחון את המתקנים הימיים. רוזוולט רצה לספק נשק לצי הסוחר. לאחר שהבין שאסור למכור להם נשק, הוא ביקש את אישורו של וילסון להחכיר נשק לסוחרים. וילסון אישר זאת בצו נשיאותי, וכך נקבע תקדים בו השתמש רוזוולט ב־1940.