Након финала ФИФА Светског купа 1990. године, Бекенбауер је рекао да ће уједињена Немачка "вероватно бити непобедива годинама" , изјава која се показала да представља терет за Фогтса током наредних година. Иако је Фогтс водио немачку репрезентацију другог места на Еуро 1992. и титуле на Еуро 1996., два пораза у четврт-финалима Светског купа 1994. и 1998. су уписана у његовој тренерској каријери. Одступио је са места тренера Немачке у септембру 1998.