Bien que certainement déjà habitée, Hydra fut peuplée par des Samiens fugitifs, au temps de Polycrate. Elle est longtemps restée en marge des grands évènements de l’histoire, de l’Antiquité au Moyen Âge. Elle fut souvent plus proche d'Argos, de Corinthe et de Sparte, que des Athéniens, fut échangée entre Trézène, Égine et Samos, et devint définitivement romaine en 63 avant notre ère, après les Guerres pontiques. Le christianisme semble y être établi au : Hydra fait désormais partie du monde byzantin. L’île, dépeuplée comme beaucoup d'autres au cours du Moyen Âge, se repeuple d'Arvanites à partir de la fin du , puis devient, à partir du , une puissance marchande et navale. Au début du , au faîte de sa fortune, la marine hydriote comptait 125 navires et plus de marins.