La famiglia granducale rimase a Gaeta per diversi mesi e poté rientrare a Firenze solo il 28 luglio 1849. Seguirono anni relativamente tranquilli per la famiglia di Leopoldo II, fino allo scoppio della Seconda guerra d'indipendenza italiana. Il 27 aprile 1859, infatti, di fronte alla popolazione che sosteneva l'entrata in guerra a fianco del Piemonte contro l'Austria, Leopoldo II per evitare spargimenti di sangue decise di lasciare la città. La giovane Maria Luisa, che aveva allora quattordici anni, disse addio alla sua città natale.