W trakcie jego rządów w lipcu 1995 doszło do masowych egzekucji muzułmanów w Srebrenicy w Bośni. W kwietniu 2002 Holenderski Instytut Dokumentacji Wojny (NIOD) opublikował raport, w którym obarczył rząd Holandii oraz ONZ współodpowiedzialnością za to, że nie podjęły wystarczających działań, by zapobiec masakrze w Srebrenicy, którą chroniło wówczas 200 holenderskich żołnierzy w ramach oddziałów ONZ. 16 kwietnia 2002, kilka dni po publikacji tego dokumentu, Wim Kok podał się do dymisji, przyjmując w tej kwestii polityczną odpowiedzialność. Nie ubiegał się o reelekcję, a po przegranych przez Partię Pracy wyborach 22 lipca 2002 zakończył urzędowanie na stanowisku premiera.