15 lipca 1918 roku SM UC-90 został przyjęty do służby w Cesarskiej Marynarce Wojennej, a jego dowództwo objął por. mar. (niem. "Oberleutnant zur See") Justus Oldekop. Do momentu zakończenia działań wojennych okręt nie uczestniczył w żadnej misji bojowej i nie odniósł sukcesów. 13 listopada 1918 roku U-Boot został internowany w szwedzkiej Karlskronie. 1 grudnia 1918 roku okręt przekazano Japonii, gdzie został wcielony do Japońskiej Cesarskiej Marynarki Wojennej pod oznaczeniem O-4 ( 潜水艦). Jednostka służyła do 1921 roku, a następnie została zezłomowana w Kure.