No entanto, em breve surgiram conflitos dentro do novo partido, quer devido às rivalidades entre as facções que lhe deram origem (nomeadamente entre os elementos oriundos do HADITU e os dos outros grupos), quer devido a diferentes posições face ao regime nasserista. O golpe de Estado de 1958 no Iraque, que levou o brigadeiro Abdul Karim Kassem ao poder, com o apoio de comunistas e nacionalistas, e afirmando-se como alternativa a Nasser como líder do nacionalismo árabe, precipitou as divisões: os comunistas iraquianos e egípcios tomaram o partido de Kassem e opuseram-se à ideia de o Iraque se integrar na República Árabe Unida; poucos dias após o golpe iraquiano, os membros do politburo do PCE que vinham do HADITU foram expulsos, por pressão do Partido Comunista Iraquiano (que receava que esses elementos não concordassem com a linha pró-Kassem); a maior parte dos militantes oriundos do HADITU apoiaram os seus dirigentes, e no final de 1958 criaram o Partido Comunista do Egito - Movimento Democrático para a Libertação Nacional, na prática uma nova versão do HADITU..