4 січня 2016 року Зідан був призначений головним тренером «Реала», змінивши на посту Рафаеля Бенітеса. Про це було оголошено на спеціальній прес-конференції президентом клубу Флорентіно Пересом. Під керівництвом Зідана «Реал» став першим клубом в історії, який виграв три Ліги чемпіонів поспіль. Останній трофей він завоював у 2018 році у Києві на НСК «Олімпійський», здолавши «Ліверпуль». Всього як тренер Зідан провів 149 матчів. 31 травня 2018 року Зідан повідомив, що подає у відставку з посади.