Kort efter Luthers død i 1546 flygtede Katharina under Den schmalkaldiske krig til Magdeburg. Hun forsøgte at vende tilbage, men måtte kort efter i 1547 flygte igen, denne gang til Braunschweig. Hun kunne dog vende hjem senere på året, men fandt sine bygninger og landbrug forsømt. Med støtte fra et par fyrster indrettede hun sig beskedent, til hun i 1552 pga. pest og misvækst igen forlod Wittenberg. Denne gang flygtede hun til Torgau, hvor hendes vogn væltede ved byporten, og hun fik bækkenbrud. Hun døde kort efter af følgerne.