Zusammen mit der Bierspünderstraße ist die Neue Querstraße eine von nur zwei Straßen der Lübecker Altstadt, die nach dem Zweiten Weltkrieg völlig neu angelegt wurden und keine historischen Vorgänger haben. Sie wurde in den 1950er Jahren beim Wiederaufbau des sogenannten "Gründerviertels" zwischen Marienkirche und Trave, das beim Bombenangriff vom 29. März 1942 nahezu vollständig vernichtet worden war, dem Straßenraster hinzugefügt. Seit dem Bau des Ulrich-Gabler-Hauses an der Ecke Alfstraße / Schüsselbuden in den Jahren 2011–2013 ist die Neue Querstraße in Richtung Alfstraße eine Sackgasse.