Nachdem es während des Zweiten Weltkriegs ab Herbst 1940 zur Besetzung Südvietnams durch das Japanische Kaiserreich gekommen war, organisierte Pendatun den Aufbau einer Guerilla-Truppe der "Legion of the Philippines", die gegen die Besatzungsmacht der Kaiserlich Japanischen Armee in Südvietnam kämpfte. Als schließlich nach dem Angriff auf Pearl Harbor ab dem 8. Dezember 1941 mit der Schlacht um die Philippinen auch die Besetzung der Philippinen durch japanische Truppen begann, trat er der Armee des Commonwealth der Philippinen "(Philippine Commonwealth Army)" bei, um gegen die japanischen Truppen zu kämpfen. Diese erlitt jedoch zusammen mit den auf den Philippinen stationierten US-Streitkräften am 9. Juni 1942 eine Niederlage, die zur Besetzung der Philippinen durch die Japaner führte.