Coulibaly beteiligte sich auch an dem Aufstand im September 2002 gegen Laurent Gbagbo, in dessen Verlauf er nach einem internen Machtkampf die Führungsrolle an Guillaume Soro abgeben musste. Im August 2003 wurde er unter dem Verdacht, die ivorische Regierung zu destabilisieren, in Paris verhaftet, jedoch gegen Kaution freigelassen, worauf er nach Belgien floh, das er 2007 mit unbekannten Ziel verließ. Im Juni 2008 verurteilte ihn ein französisches Gericht in Abwesenheit wegen „Anführens oder Organisierens einer Söldnertruppe“ zu vier Jahren Haft. Zusammen mit ihm wurden 12 Männer mit Haftstrafen zwischen zehn Monaten auf Bewährung und dreißig Monaten unbedingt belegt.