Po pádu Robespierrově však byl admirál Truguet nejen rehabilitován, ale roku 1795 jmenován ministrem námořnictva. Povolal do služby i kapitána Brueyse a roku 1795 prosadil jeho povýšení do hodnosti kontradmirála. Následujícího roku 1796 byl Brueys účastníkem neúspěšné výpravy do Irska. Byl zástupcem velitele námořní složky výpravy admirála Justina de Gallese (transportovanému vojsku velel generál Lazare Hoche) a po návratu byl v listopadu 1796 povýšen do hodnosti viceadmirála. Dostal rozkaz velet flotile na Jadranu. Tam se setkal s generálem Bonaparte a stal se jeho bezmezným obdivovatelem. V Benátkách jej zastihlo roku 1797 uzavření míru v Campo-Formio. Následně dle podmínek mírové dohody obsadil Jónské ostrovy. Generál Napoleon Bonaparte viděl v Brueysovi pečlivého statečného námořníka, nevadilo mu, že nemá žádné rozsáhlé velitelské zkušenosti strategického charakteru a prosadil jej do funkce velitele flotily, která měla v rámci Napoleonova egyptského tažení dopravit francouzské vojsko do severní Afriky