Face à la défiance de plus en plus massive des clients qui viennent récupérer leurs avoirs, et à la suite du suicide du directeur Eugène Denfert-Rochereau (frère du colonel Pierre Philippe Denfert-Rochereau - « le Lion de Belfort »), le CEP doit être mis en liquidation. Le Ministre des Finances, Maurice Rouvier, conscient que la fermeture du Comptoir met en péril tout le système financier, décide de lui venir en aide. La Banque de France se porte garante d’une avance de cent millions de francs (0,5 % du PIB d'alors) à la demande du gouvernement pour pouvoir assurer aux épargnants et investisseurs le retrait de leurs avoirs. Elle demande en échange la remise de son portefeuille, et un engagement de de francs des autres banquiers. Les cours de la banque sont divisés par dix. La liquidation amiable du Comptoir d'escompte de Paris devient nécessaire en , un mois avant le début de l’Exposition universelle de Paris. Il est exigé des administrateurs une contribution financière sur leurs fortunes personnelles, plusieurs d'entre eux étant poursuivis en correctionnelle pour faux bilans et accaparement.