Das Verhältnis der Staatsmacht und der Kosaken war aber nicht nur von Kooperation geprägt. Immer wieder begehrten die Kosaken gegen die aus ihrer Sicht zu großen Einschnitte in ihre freie Lebensweise auf. Während der russischen Zeit der Wirren waren die Kosaken maßgeblich an den Unruhen und den Kampfhandlungen in Zentralrussland beteiligt. Im späten 17. Jahrhundert organisierte der Ataman Stenka Rasin einen großen Aufstand in Südrussland und etwa hundert Jahre später waren es die Kosaken unter Jemeljan Pugatschow, die sich zusammen mit Tataren und Baschkiren zum Pugatschow-Aufstand gegen die verschärfte Leibeigenschaftspolitik Katharinas der Großen erhoben. Bei diesen Aufständen, denen sich auch zahlreiche unzufriedene Bauern und Angehörige der Unterschichten anschlossen, und die darum durchaus als soziale Revolutionen bezeichnet werden können, nahmen die Kosaken einerseits eine militärische Führungsrolle ein, andererseits versorgten sie die Aufständischen durch ihre Losungen von Freiheit und Gleichheit auch mit einer Art Programm, das begeistert aufgenommen und während der Aufstände teilweise in die Praxis umgesetzt wurde.