Boris Jelcin ho jmenoval ministrem zahraničí a na deset měsíců na přelomu let 1998 a 1999 předsedou vlády. Ve funkci premiéra ho zastihlo bombardování Jugoslávie leteckými silami NATO. Primakov dostal zprávu o bombardování ve chvíli, kdy letadlem mířil na oficiální návštěvu Washingtonu. Návštěvu však na palubě letadla zrušil a dal pokyn otočit let zpět do Moskvy, v diplomatických kruzích získal tento krok pojmenování „Primakovova smyčka“ či „Primakovova otočka“.Byl v příbuzenském vztahu s bývalým sovětským politikem Alexejem Kosyginem.