Tijdens de eerste ISU World Cup Junioren op de buitenijsbaan van Asker won Verweij de 5000 meter. Bij het NK Allround 2009 op 28 december 2008 in Thialf eindigde hij als vierde, mede door een spectaculaire verbetering van zijn persoonlijke record op de 10 kilometer met bijna een halve minuut. Hierdoor wist hij zich te plaatsen voor het EK Allround 2009. Op de eerste dag kwam hij op dit toernooi ten val op de 500 meter, waardoor hij de kans op een topklassering verspilde, wel slaagde hij er in om de afsluitende 10 kilometer te mogen rijden en eindigde uiteindelijk op de twaalfde plaats. Op het WK junioren werd hij later dat seizoen wereldkampioen allround, op de 5000 meter en samen met Lucas van Alphen en Pim Cazemier op de ploegenachtervolging. Op 20 maart 2009 kreeg Verweij op het "Gala Schaatser van het Jaar" voor de tweede keer de Egbert van 't Oever Aanmoedigingsprijs uitgereikt.