Babangida nació en la ciudad de Manni, el 17 de agosto de 1941, en el seno de una familia musulmana, perteneciente a la etnia gwari. No se sabe en donde realizó sus estudios primarios, pero se sabe que cursó en la Escuela Militar de Kaduna y después en una Academia Militar en la India.Posteriormente, ingresó a las Fuerzas Armadas de Nigeria el 10 de diciembre de 1962, desempeñando funciones administrativas durante el régimen militar de Olusegun Obasanjo. Fue oficial durante la Guerra de Biafra (1967-1970) y fue comandante superior en la Academia de Defensa de Nigeria entre 1970 y 1972.