Den første europeeren som besøkte sjøen var tyskeren Gustav Adolf von Götzen i 1894. Området rundt sjøen har vært et sentralt åsted for konflikten mellom Hutu og Tutsi-folkene i Rwanda, og deres allierte i Kongo, som blant annet har ført til folkemordet i Rwanda i 1994 og den første og andre krigen i Kongo. Kivusjøen ble spesielt beryktet som et dumpested for ofrene fra folkemordet.