Javi se incorporó más tarde a la pretemporada 2012-13 con el Athletic Club, después de haber disputado la Eurocopa y los Juegos Olímpicos con la selección. El 15 de agosto, en su segundo partido de pretemporada, se marchó del Estadio de Lasesarre en el descanso del encuentro que les enfrentaba al Barakaldo CF.Poco después, la prensa publicó que el Bayern de Múnich estaba dispuesto a abonar la cláusula de rescisión para ficharle.Finalmente, el 28 de agosto de 2012, pasó el pertinente examen médico previo a su fichaje por el Bayern Múnich.