1941年4月至5月，政治局对空军出现的高事故率进行了调查，这导致包括空军司令帕维尔·雷恰戈夫中将在内的几名指挥官被免职。5月，一架德国Ju 52运输机降落在莫斯科，由于飞机事先未被防空部队发现，这导致空军部队的领导层被大规模逮捕。内务人民委员部很快将注意力集中在他们身上，并开始调查一项德国间谍在军队中涉嫌反苏的阴谋，并声称该阴谋以空军为执行中心，并与之前在大清洗中的一些阴谋有关。嫌犯于6月初从苏军反间谍机构转移到内务委员会。1941年6月22日，德国开始进攻苏联，此后，进一步的逮捕行动仍在继续。