Maria Luísa tinha apenas seis anos de idade quando sua família deixou definitivamente o Reino das Duas Sicílias para se exilar em Roma, devido à tomada de seu país pela Expedição dos Mil de Giuseppe Garibaldi. Na capital dos Estados Pontifícios, sob a proteção do Papa Pio IX, a jovem princesa viveu até os dezoito anos, inicialmente no Palácio do Quirinal e, mais tarde, no Palácio Farnese. Nesse período viu a partida de suas irmãs Maria Anunciata, Maria Imaculada e Maria Pia, após os casamentos destas com príncipes estrangeiros, e também testemunhou a epidemia de cólera de 1867, onde pereceram sua mãe e seu irmão mais novo.