Nó bắt đầu tham chiến trong Chiến tranh Kosovo năm 1999. Chiếc B-2 là máy bay đầu tiên sử dụng Vũ khí tấn công điều khiển chung (JDAM) trong chiến tranh. Từ đó, chiếc máy bay này đã hoạt động tại Afghanistan trong Chiến dịch Tự Do Vĩnh Viễn và tại Iraq trong Chiến dịch Tự Do Iraq.