Após a federalização da Faculdade de Direito, o CAXIF se transfere para a então Universidade de Santa Catarina, a atual UFSC, estando hoje no Centro de Ciências Jurídicas. No contexto do golpe militar de 1964, o CAXIF se posiciona contrário ao golpe, declarando apoio ao presidente João Goulart, tendo tido depois alunos ligados a ele e professores que supostamente ajudavam o centro acadêmico perseguidos pelo regime. Presidentes do CAXIF chegaram a ser presos em sala de aula. Mesmo com a proibição das atividades dos centros acadêmicos, o CAXIF seguiu funcionando até ter sido tornado oficialmente ilegal em 1968, retornando com a retomada da democracia.