9. dubna 1809 Rakousko rozpoutalo proti Francii válku, když jeho armáda vpadla do Bavorska a v Tyrolích Andreas Hofer rozpoutal lidové povstání. S Anglií, Sicílií a Sardinií vytvořilo Rakousko pátou koalici. Napoleon poté vpadl se 175 tisíci muži do Bavorska. 22. dubna zvítězil nad arcivévodou Karlem u Eggmühlu. V bitvě byl mimo jiné Napoleon lehce zraněn na pravé noze. Poté Francouzi dobyli Řezno a 13. května bez boje padla Vídeň. Přesto bitva u Aspern a Esslingu skončila první Napoleonovou porážkou v bitvě, ale 5. až 6. července Napoleon vyhrál bitvu u Wagramu. Arcivévoda poté ustoupil na Moravu a svedl ústupovou bitvu u Znojma. 10. července požádal císař František I. o mír. 12. července bylo ve Znojmě podepsáno příměří a 14. října byl v Schönbrunnu podepsán mír. Rakousko ztratilo zbytek provincií na Jadranu, čímž se stalo vnitrozemským státem. Tyrolské povstání bylo krutě potlačeno.