Он позволяет разбить Журдана, выдав все его планы врагу и приняв участие в заговоре с целью возвращения и коронации Людовика XVIII. Замыслы Пишегрю дошли до сведения Директории и когда в октябре 1795 года он попросил Директорию об отставке, к его удивлению, её немедленно приняли. Он ушёл с позором, получил предложение ехать посланником в Швецию, но отказался. В мае 1797 года выбран в члены, потом в президенты Совета пятисот, где, опираясь на роялистское большинство, выступал против Директории. Он готовил заговор, но во время переворота 18-го фрюктидора был арестован и сослан в Кайенну.