Pomimo choroby, usiłował doprowadzić do powstrzymania inwazji na Irak. Z tego powodu 13 stycznia 2003 Jan Paweł II apelował do przedstawicieli korpusu dyplomatycznego o pokój w Iraku: "Nie wolno się uciekać do wojny, nawet gdy chodzi o tzw. dobro wspólne". Zaznaczał, że wojna jest zawsze porażką ludzkości i jedynie w "skrajnej ostateczności" oraz "na bardzo rygorystycznych warunkach" może być ona ogłaszana. Potępił wszelkie formy przemocy, w tym przede wszystkim terroryzm.