Κατά τη διάλυση της Σοβιετικής Ένωσης το 1991, η πρώην Σοβιετική Δημοκρατία της Μολδαβίας ανακήρυξε την ανεξαρτησία της. Στην Μολδαβία υπήρξε συζήτηση για επανένωση με τη Ρουμανία. Στο ανατολικό τμήμα της χώρας, στην Υπερδνειστερία, στην οποία ανήκε και το Μπεντέρ, οι κάτοικοι ήθελαν να παραμείνουν στην Σοβιετική Ένωση και ως αποτέλεσμα επιδίωξαν να μην ενταχθούν στην ανεξάρτητη Μολδαβία μετά την διάλυση της ΕΣΣΔ. Αυτό οφείλεται στις διαφορετικές δημογραφικές συνθήκες στην Υπερδνειστερία και στην υπόλοιπη Μολδαβία. Στην Μολδαβία ζούσαν κυρίως Μολδαβοί (Ρουμάνοι), περίπου 1 εκατομμύριο Ρώσοι και Ουκρανοί (σε όλη τη χώρα, συμπεριλαμβανομένης της Υπερδνειστερίας, όπου ζούσε σημαντικότατο μέρος του σλαβικού πληθυσμού της Σοβιετικής Μολδαβίας), ενώ στην Υπερδνειστερία ζούσαν περίπου ένας ίσος αριθμός Ρώσων, Ουκρανών και Μολδαβών. Υπήρξε μια ανοιχτή σύγκρουση μεταξύ της Υπερδνειστερίας και της Μολδαβίας το 1992, κατά την οποία η Μολδαβία προσπάθησε να αποκτήσει τον έλεγχο της Υπερδνειστερίας με τα όπλα. Ο πόλεμος τελείωσε τελικά υπέρ της Υπερδνειστερίας. Από τις 19 έως τις 22 Ιουλίου 1992 έγινε σύγκρουση στο Μπεντέρ και σκοτώθηκαν 100 με 400 άτομα στην πόλη. Για μικρό χρονικό διάστημα, σχεδόν 100.000 κάτοικοι εγκατέλειψαν την πόλη. Το Μπεντέρ καταλήφθηκε για λίγο από τα στρατεύματα της Μολδαβίας, αλλά τελικά ανακτήθηκε από τις ένοπλες δυνάμεις της Υπερδνειστερίας. Αμέσως μετά την μάχη του Μπεντέρ οι δύο πλευρές κήρυξαν εκεχειρία. Η γραμμή ελέγχου Υπερδνειστερίας-Μολδαβίας περνά από την πόλη.