В 1995 году Елена Чебукина сменила волейбольное гражданство с российского на хорватское и с тех пор выступала за сборную Хорватии. В её составе дважды становилась призёром чемпионатов Европы, а также участвовала в Олимпийских играх 2000, чемпионате мира 1998, розыгрыше Кубка мира 1995.