Восени 1944 року військам групи армій «Е» було наказано почати відведення військ з Греції і південних районів Югославії. В результаті проведеної радянськими військами Белградської операції були перерізані основні шляхи відходу групи армій «Е» уздовж річки Морава, а сама група армій виявилося в оточенні. У грудні 1944 року, зробивши маневр через важкопрохідні, гірські райони Чорногорії та Боснії німецькі війська вийшли з оточення і були передислоковані в Угорщину, а деякі підрозділи — в Австрію і на південь Німеччини. Група армій «E» була об'єднана із залишками групи армій «F» генерал-фельдмаршала Максиміліана фон Вейхс, яка була розформована 25 березня 1945 року.