Nedvěd bermain di Piala Super UEFA 1999 melawan Manchester United. Lazio memenangi pertandingan tersebut dengan skor 1-0 Pada musim itu, Lazio memenangi dwigelar domestik - memenangi Serie A dan Coppa Italia pada 2000, di mana Nedvěd berperan penting. Nedvěd memenangi Supercoppa untuk kali kedua pada tahun 2000. Bersama Siniša Mihajlović, Nedvěd diusir di partai perempatfinal Coppa Italia pada Desember 2000, dan pertandingan tersebut berakhir buruk untuk sang jawara bertahan: mereka takluk 5-3 dalam agregat pada Udinese. Nedvěd bermain di Liga Champions UEFA buat pertama kalinya, mencetak gol di partai yang berkesudahan 2-2 melawan Real Madrid di fase grup kedua, tetapi itu tidak cukup untuk meloloskan Lazio ke babak selanjutnya. Di pertandingan terakhir, Nedvěd dikritik oleh pelatih Leeds United, David O'Leary karena tekel keras terhadap Alan Maybury, meskipun wasit tak menganggapnya sebagai sebuah pelanggaran. Ia akhirnya dijatuhi hukuman larangan bertanding tiga kali di kompetisi Eropa oleh UEFA.