En début de saison 1998, Stéphane Cali améliore les records de France du 50 mètres et 60 mètres en salle en réalisant successivement 5 s 65 et 6 s 53 lors de la réunion d'Eaubonne. Une semaine plus tard, il remporte la médaille de bronze du 60 mètres lors des Championnats d'Europe en salle de Valence avec le temps de 6 s 60, terminant derrière le Grec Ángelos Pavlakákis et le Britannique Jason Gardener. Vainqueur de son deuxième titre national à Dijon en 10 s 18, il remporte le 100 mètres de la Coupe d'Europe 1998. Handicapé par de nombreuses blessures, il est privé de Jeux olympiques en 2000 et des Championnats du monde 2001.