Após o golpe militar de 1964, Elson Costa teve os direitos políticos cassados e teve de adotar outros nomes para continuar atuando na política, os codinomes usados eram Manoel de Sousa Gomes, Velho e Elio. Em 1966, foi condenado a dois anos de reclusão pela Justiça Militar, devido às "cadernetas" de Luís Carlos Prestes, que deram que serviram de base para um inquérito para apurar as atividades do partido. Cumpriu a pena em Curitiba, Paraná, e, quando solto, voltou à clandestinidade com a identidade falsa.