Дејтонским мировним споразумом, Уставом Босне и Херцеговине и Уставом Републике Српске, Војска Републике Српске наставила је да постоји и у посљератном периоду као војна сила Републике Српске. Истовремено је након Рата у Босни и Херцеговини у ВРС почела постепена реформа. Са око 180.000 војника и официра за неколико година број особља је смањен на 20.000 људи. Упоредно с тим, дошло је до промјене у броју корпуса; са ратних шест, смањено је на четири и на крају на три. Главни штаб је преименован у Генералштаб и премјештен је у Бијељину. Почетком 2000. број војника у ВРС био је 10.000, а послије укидања обавезног служења војног рока смањен је на 7.000 војника. Прије него што је постала дио Оружаних снага Босне и Херцеговине, ВРС је бројала 3.981 војника и официра.