Francis desta l'interesse di diverse squadre: Miami Heat, Dallas Mavericks, Houston Rockets e Los Angeles Clippers. Il 20 luglio 2007, Francis sceglie i Rockets, firmando un contratto di un anno con opzione per il secondo. Torna così alla squadra in cui aveva vissuto i suoi anni migliori, rifiutando un'offerta più vantaggiosa (sia a livello economico che di squadra) come quella degli Heat. Le difficoltà in "preseason", però, lo lasciano fuori dalla rotazione di coach Rick Adelman, che non è convinto dalle prestazioni di Francis. In "regular season" gioca poco e male, facendo registrare le medie più basse in carriera (soli 5,5 punti, 2,3 rimbalzi e 3 assist). I continui problemi al tendine del quadricipite sinistro lo costringono a sottoporsi a un intervento chirurgico, che pone fine alla sua stagione dopo sole 10 partite giocate. Francis si avvale dell'opzione del contratto per il 2º anno e rimane a Houston; i postumi dell'intervento chirurgico non gli permettono però ancora di giocare. Il 24 dicembre 2008 i Rockets, per abbassare il tetto salariale e scendere sotto la "luxury tax", cedono Francis ai Memphis Grizzlies per una scelta al Draft NBA 2011. Il 27 gennaio 2009 la carriera NBA di Francis finisce: i Grizzlies lo tagliano, in una stagione 2008-09 che non lo vede mai in campo.