Lorsque débute la Seconde Guerre mondiale, il est en poste comme mécanicien à la escadre de sous-marins à Brest avec le grade de quartier-maître de classe. Refusant l'armistice du 22 juin 1940, il quitte la France pour l'Angleterre et s'engage immédiatement dans les forces françaises libres. En juillet, il est intégré au Bataillon de fusiliers marins qui vient d'être créé. Il participe alors à l'expédition de Dakar puis à la campagne du Gabon avant d'être projeté au Levant où il prend part à la campagne de Syrie. À la fin de l'année 1941, Bernier et son bataillon, intégrés à la brigade française libre, sont engagés dans la guerre du désert. Promu second-maître en , il s'illustre comme chef de pièce de DCA lors de la bataille de Bir-Hakeim de mai à juin 1942 puis au cours de la seconde bataille d'El Alamein en octobre. Il participe ensuite à la campagne de Tunisie.