Tukhtakhodjaev zadebiutował w reprezentacji Uzbekistanu 28 stycznia 2009 roku w wygranym 1-0 w meczu eliminacji do Puhcaru Azji 2011 z reprezentacją Zjednoczonych Emiratów Arabskich.Swoją pierwszą, a zarazem jedyną jak do tej pory bramkę w kadrze strzelił 31 marca 2015 roku w przegranym 5-1, towarzyskim meczu z reprezentacją Japonii. Znalazł się w kadrze Uzbekistanu na Puchar Azji 2015, gdzie zanotował jeden występ - w fazie grupowej w przegranym 2-1 meczu z Chinami. Jak do tej pory w narodowych barwach zaliczył 57 występów, zdobywając w nich 1 gola.