Шавьер в составе сборной Португалии принимал участие в Чемпионате мира для юношей младше 17 лет. Он пропустил Чемпионат Европы 1996 года, но был ключевой фигурой своей команды на Евро-2000, запомнившись не только хорошей игрой, но и своей заметной внешностью — его высветленные волосы и борода резко контрастировали со смуглым цветом кожи. Он едва не забил гол в ворота Фабьена Бартеза в полуфинальном матче против Франции, однако в итоге именно Абел стал виновником поражения своей команды — основное время встречи завершилось вничью, а в овертайме Шавьер, по мнению арбитра матча, сыграл рукой в штрафной, и Зинедин Зидан с пенальти забил «золотой гол», который вывел французов в финал.