Prvé MacKinnonove skúsenosti s národným tímom získal na svetovom turnaji do 17 rokov 2011 v kanadskom Winnipegu, kde reprezentoval tím Canada Atlantic do 17 rokov. Pretože bol druhým najmladším hráčom turnaja, tak sa stal siedmym najproduktívnejším hráčom. Na rovnakom turnaji hral i v roku 2012. V roku 2012 s kanadským tímom vyhral Memoriál Ivana Hlinku, kde sa stal najproduktívnejším hráčom turnaja. V roku 2013 bol spoločne so svojim spoluhráčom z Halifaxu – Jonathanom Drouinom nominovaný do kanadského tímu na Majstrovstvá sveta juniorov 2013 v Rusku, kde skončili na 4. mieste. Za seniorskú reprezentáciu nastúpil prvýkrát na Majstrovstvách sveta 2014 v Bielorusku, kde s tímom skončili až na 5. mieste. I pre svoj vek si na šampionáte pripísal 4 kanadské body za gól a 3 asistencie. Svoj jediný gól strelil vo víťaznom zápase (4:3) proti Česku, brankárovi Jakubovi Kovářovi. Bol nominovaný aj na Majstrovstvá sveta 2015, kde v 19 rokoch získal zlatú medailu. Pripísal si 4 góly a 5 asistencií.