La polarización política del país durante el gobierno socialista de Salvador Allende también afectó a la UCV, pero se intentó mantener el ambiente académico. El Senado Académico reafirmó los valores de la universidad y rechazó el eventual cierre de esta. Además, denunció el quiebre del Estado de Derecho y se pronunció a favor de la necesidad de buscar salidas constitucionales a la crisis. En agosto de 1973 la Federación de Estudiantes, apoyada por sectores estudiantiles opositores al Gobierno, decidió tomarse la Casa Central de la universidad. Como reacción, grupos que apoyaban al Gobierno se tomaron los edificios contiguos a la Casa Central, situación que derivó en violencia entre ambos bandos. Ante esto, el rector desalojó las dependencias ocupadas mediante la fuerza pública. Después de esos hechos y en protesta por la violación de la autonomía universitaria, solicitando la renuncia del rector Allard, la Federación de Estudiantes nuevamente se tomó la Casa Central. La ocupación duró hasta el 11 de septiembre, fecha en que la Armada ocupó la Casa Central, para entregarla tres días después a las autoridades universitarias.