In november 1977 werd besloten dat Zwartkruis als assistent van Happel in de aanloop naar en tijdens het wereldkampioenschap voetbal 1978 zou gaan fungeren. In de loop van het WK, waar Nederland uiteindelijk de finale zou halen, kreeg Zwartkruis een steeds belangrijkere rol. Dankzij zijn bijdrage op het wereldkampioenschap kreeg hij na het WK weer de leiding over het Nederlands elftal. Nederland wist zich onder zijn leiding te kwalificeren voor het EK 1980 in Italië. Op dit kampioenschap werd Nederland echter reeds uitgeschakeld in de eerste ronde. Na het EK bleef Zwartkruis bondscoach. Hij probeerde het elftal te verjongen en te vernieuwen, maar dit pakte niet goed uit in de kwalificatiewedstrijden voor het WK 1982. Zwartkruis nam op 12 januari 1981, vlak na het vriendschappelijke Mini WK in Uruguay, ontslag. Hij werd opgevolgd door Kees Rijvers.