Paparrigopoulos wurde in Konstantinopel als Sohn einer wohlhabenden phanariotischen Familie geboren. Sein Vater Dimitrios Paparrigopoulos, der Bankkaufmann war, stammte aus Vytina und hatte sich nach den Orlow-Revolten in Konstantinopel niedergelassen. Seine Mutter hieß Tarsia (geb. Nikokli) und seine Geschwister waren Skarlatos, Michail, Nikolaos, Lukia, Zoi, Rallou, Eleni, Euphrosyne und der spätere Juraprofessor und Rektor der Universität Athen Petros. Nach dem Ausbruch des Griechischen Unabhängigkeitskrieges 1821 wurde Dimitrios zusammen mit seinem Sohn Michail und anderen Mitgliedern der Familie zur Vergeltung vom Sultan Mahmud II. verhaftet und hingerichtet. Die Mutter flüchtete mit den überlebenden Familienmitgliedern nach Odessa, wo Paparrigopoulos das französische Lycée Richelieu d'Odessa als Stipendiat des Zaren Alexander I. besuchte. 1830 siedelte die Familie in die provisorische Hauptstadt des nun unabhängigen griechischen Staates Nafplio über, wo er Privatunterricht beim renommierten Lehrer Georgios Gennadios erhielt. Trotz dieser Studien und seiner späteren wissenschaftlichen Betätigung absolvierte er niemals ein regelrechtes Studium.