1221-இல் மங்கோலியப் பேரரசர் செங்கிஸ் கான் பாமியான் நகரத்தை கைப்பற்றி அழித்தார். கிபி 14-ஆம் நூற்றாண்டின் இறுதி முதல் 15-ஆம் நூற்றாண்டின் தொடக்கம் வரை தைமூர் நிறுவிய தைமூரிய வம்சத்தினர் பாமியான் நகரத்தை ஆண்டனர். 1840-இல் முதலாம் ஆங்கிலேய-ஆப்கானியப் போரின் போது பாமியான் நகரத்தின் வாழ்க்கை மிகவும் சிக்கலாக இருந்தது. 1998- 2001- ஆம் ஆண்டுகளில் பாமியான் நகரம் தாலிபான் தீவிரவாதிகளின் மையமாக விளங்கியது.