בוט נכלל בסגל הגרמני ליורו 2000 ומונדיאל 2002 בו הפסידה נבחרת גרמניה לנבחרת ברזיל במשחק הגמר, אך היה השלישי בהיררכיית השוערים אחרי אוליבר קאן וינס להמן. במונדיאל 2010 בוט שוב זומן, הפעם כגיבוי למנואל נוייר וטים ויזה, ופתח במשחק על המקום השלישי מול נבחרת אורוגוואי. סך הכל בוט צבר ארבע הופעות במדי הנבחרת הגרמנית, כאשר תמיד שימש כגיבוי בהינתן שוערים עדיפים עליו.