Учасник німецько-радянської війни з 1941 року, співробітник особливого відділу Південного фронту. Брав участь у обороні Одеси та Севастополя. З січня 1942 року — співробітник УНКВС Смоленської області, з квітня — оперуповноважений 4-го Управління НКВС СРСР. З грудня 1942 року молодший лейтенант держбезпеки С. К. Цвігун — старший оперуповноважений особливого відділу НКВС 387-ї стрілецької дивізії по обслуговуванню 1271-го стрілецького полку на Донському і Сталінградському фронтах.