Mimo niedostatecznej liczby okrętów podwodnych w momencie wybuchu II wojny światowej, dowodzący w tym czasie flotą podwodną w randze "kommodore’a" Karl Dönitz, nie skierował U-1 wraz z innymi jednostkami typów II do operacji przeciw Wielkiej Brytanii i Francji. Na swój pierwszy wojenny patrol bojowy U-1 wypłynął z Kilonii dopiero 15 marca 1940 roku, celem wsparcia – wraz z innymi jednostkami swojego typu – niemieckiej inwazji na Norwegię. Patrolował wówczas wody na południowy zachód od Norwegii, jednak nie odniósłszy żadnych sukcesów już 29 marca powrócił do Niemiec, zawijając do Wilhelmshaven. Już 4 kwietnia 1940 roku – ponownie pod dowództwem dwudziestoośmioletniego Jürgena Deecke – wypłynął na swój drugi patrol bojowy, z którego jednak nigdy nie powrócił. Za datę zatopienia jednostki, uznaje się 6 kwietnia, kiedy U-1 raportował swoją pozycję. Jego zatopienie zostało początkowo przyznane przez Brytyjczyków należącemu do Royal Navy HMS „Porpoise”, który zaatakował torpedą niezidentyfikowany okręt. Po przeprowadzeniu jednak dalszych analiz brytyjska Admiralicja uznała, że pierwszy okręt podwodny III Rzeszy wpadł na minę na polu minowym nr 7, postawionym przez brytyjskie niszczyciele HMS „Express”, „Esk”, „Icarus” i „Impulsive” na północ od Terschelling. Przeprowadzone po odnalezieniu w 2007 roku wraku na pozycji 54-15.159N 05-10.07E oględziny jednostki, wykazały całkowicie urwaną rufę okrętu, co mogłoby potwierdzać zniszczenie U-1 przez eksplozję miny.