Tijdens het bombardement van 14 mei 1940 werd het inmiddels monumentale gebouw geraakt en voor twee derde verwoest. Kenmerkend was het grote, gapende gat in het midden - dit was de plek die volledig in puin lag. Vrijwel meteen na het bombardement tekende Dudok zelf een voorstel om het gebouw uit te breiden in oostelijke richting, dus richting de Blaak. Dit plan werd echter resoluut van tafel geveegd door de gemeente en er werd besloten om alleen technische aanpassingen te verrichten aan de restant van het gebouw, zodat de verkoop weer door kon gaan. Het deel dat behouden was gebleven (de voorkant van het gebouw, wat ongeveer een derde was) werd grotendeels verbouwd en op 22 januari 1941 alweer geopend.