Det var et chok for familien Scholl, som havde anset hende for en ven. Han blev umiddelbart hentet til afhør, men sat fri igen for en tid, fordi hans konsulentfirma var involveret i et større projekt for Ulm kommunes økonomiafdeling. Familien fik lov til at sende ham et brev hver 14. dag, og han kunne svare en gang om måneden. Nogle aftener gik Sophie til fængslet og stillede sig så tæt som hun turde og spillede på sin fløjte "Die Gedanken sind frei" (= Tankerne er frie) der var forbudt under revolutionen i 1848 og igen i Det 3. Rige.