A raíz del sismo del 19 de septiembre de 2017, el inmueble quedó severamente afectado, por lo que el gobierno estatal ordenó retirar las más de 900 obras de arte que albergaba el museo y resguardarlas en las bóvedas de Museo Internacional del Barroco. El 24 de septiembre se anunció que el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) sería el encargado de reparar los daños ocasionados por el terremoto.