В политических целях поводом массовых репрессий духовенства и верующих послужила борьба с японской разведывательной и диверсионной сетью, активно действовавшей в России ещё со времён Русско-японской войны 1904—1905 годов и японской военной интервенции в советскую Россию 1918—1922 годов. Согласно доктрине «Большого террора» милитаристическая Япония (проводившая в то время агрессивную экспансионисткую политику «Великой восточноазиатской сферы сопроцветания») развернула шпионскую сеть на территории СССР с целью подготовки к последующей оккупации советского Дальнего Востока и Сибири. В частности, большую агентурную работу японцы вели среди своих единоверцев — буддистских народов СССР, японская агентурная сеть существовала среди буддистского духовенства. В газете «Правда» писалось, что «…японская разведка выступает иногда в костюме религиозных проповедников, буддийских и иных священников. Японские агенты, основывая храмы и монастыри, создают хорошо замаскированные опорные пункты для организации шпионажа и диверсий». Япония позиционировала себя как покровителя буддийских народов и чтобы привлечь на свою сторону советских буддистов, особенно монголов и бурятов, предлагала образовать марионеточное панмонгольское буддистское государство на территориях бывшего СССР и передать в нём власть Джецун-дамбе — традиционному светскому и духовному главе монголов. В своих стараниях привлечь буддистские народы на свою сторону японцы дошли до того, что объявили Японию Шамбалой. Следовательно буддистские монахи, недовольные советской властью, участвовали в распространении японской пропаганды и сотрудничали с японской разведкой и армией.