У лютому 2005 року Нуньєс забив свій перший і єдиний гол за «Ліверпуль» — у фіналі Кубка Ліги він вразив ворота «Челсі», однак це не завадило «синім» виграти з рахунком 3:2. Тим самим Нуньєс став єдиним гравцем в історії «Ліверпуля», який забив лише один гол, але зробив це у фіналі серйозного турніру. Хоча вже влітку 2005 року Антоніо покинув «Ліверпуль» і повернувся до Іспанії, він встиг отримати медаль переможця Ліги чемпіонів, так як він взяв участь у кількох матчах кампанії, а також був на лавці запасних у фінальному матчі проти «Мілана» у Стамбулі, але на полі так і не вийшов.