Den 26 januari 1885 intogs Khartoum av mahdisterna, och den brittiske generalguvernören Charles George Gordon (Gordon Pasha) dödades. Detta innebar slutet på det turkisk-egyptiska styret av området. I augusti samma år lät Muhammed Ahmed (al-Mahdi) fullständigt förstöra Khartoum, och Omdurman utsågs till huvudstad i hans rike. Den 1 september 1898 återtog britterna under Omdurman i, Slaget vid Omdurman, och Khartoum, och mahdisterna var besegrade.