W reprezentacji Belgii De Wilde zadebiutował 23 sierpnia 1989 w wygranym 3:0 meczu z Danią. Następnie wystąpił na Mistrzostwach Świata 1990, na których Belgowie przegrali w 1/8 finału z Anglikami 1:0. W 1994 roku Filip ponownie znalazł się w kadrze drużyny narodowej na mistrzostwa świata. Podobnie jak na poprzednim mundialu pełnił na nich rolę zmiennika dla Michela Preud’homme i na murawie nie pojawił się w żadnym ze spotkań. Później Georges Leekens powołał De Wilde na Mistrzostwa Świata 1998. Na turnieju tym Belgowie nie zdołali wyjść z grupy, a Filip wystąpił w dwóch pierwszych pojedynkach. W 2000 roku belgijski piłkarz wziął udział w mistrzostwach Europy, na których „Czerwone Diabły” po raz kolejny zostały wyeliminowane już w pierwszej fazie turnieju. De Wilde dla drużyny narodowej zaliczył łącznie 33 występy.