בחלקו המזרחי של האגן מתרחשות רעידות אדמה רבות, יותר מאשר בחלקו המערבי. הסיבה לכך היא קיום גבולות טקטוניים פעילים רבים יותר באגף זה של האגן: העתק צפון אנטוליה המפריד בין לוח אנטוליה הנע מערבה בקצב של עד 20 ס"מ בשנה, לבין הלוח האירואסייתי שמצפון לו. דוגמה לתוצאות הרות האסון של פעילות העתק זה היא רעידת האדמה באיזמיט (1999) בעוצמה של 7.4 בסולם ריכטר. העתק פעיל נוסף הוא הבקע הסורי-אפריקני, האחראי לתזוזת לוח ערב למרחק של 105 ק"מ צפונית ללוח האפריקאי. אזור נוסף הנפגע תדיר מפעילות סייסמית הוא חצי האי הבלקני.