Durant el seu primer any de funcionament va rebre 133.000 passatgers i oferia vols a Plymouth, París, Amsterdam i Rotterdam. El 1990, l'aeroport va rebre 230.000 passatgers però les xifres van caure dràsticament després de la Guerra del Golf i no es va recuperar fins a l'any 1993. En aquest moment, es va aprovar l'ampliació de la pista d'aterratge que va ser inaugurada el 5 de març de 1992. L'any 1995, es va vendre l'aeroport a l'empresari irlandès Dermot Desmond. El 5 de desembre de 2005, es va inaugurar una nova estació de tren que donaria servei a l'aeroport anomenada "London City Airport DLR station". L'estació de tren va ser oberta en una branca de Docklands Light Railway, donant accés ferroviari a l'aeroport per primer cop. El 30 de novembre de 2006, l'aeroport va ser venut a un consorci format per l'asseguradora American International Group i Global Infraestructure Partners.