Vielä Ruotsin sisällissota 1590-luvulla toi rauhattomuutta Turkuun, mutta 1600-luvulla kaupunki ei enää joutunut taistelutantereeksi. 1600-luvulla Turun asema laajan alueen keskuksena korostui entisestään, kun sinne perustettiin lukuisia uusia hallinto- ja koululaitoksia. Lääninhallitus kaupunkiin perustettiin vuonna 1617, Turun hovioikeus 1623, lukio 1630 ja Turun akatemia, Suomen ensimmäinen yliopisto, vuonna 1640. Ruotsi sai Itämeren alueella itselleen suurvalta-aseman, kun muut valtiot olivat 1600-luvun alun aikana heikentyneet.