Ekim 2004'te, 2006 FIFA Dünya Kupası elemelerinde mücadele eden Honduras'ın teknik direktörlüğüne üçüncü kez getirildi. Herrera teknik direktörlüğünde 2005 UNCAF Uluslar Kupası'nı ikinci sırada tamamlayan takım, bu sayede katılmaya hak kazandığı 2005 CONCACAF Altın Kupa'da yarı final oynadı. Ocak 2007'de görevinden istifa ederek yerini Flavio Ortega'ya bıraktı. Clausura 2008 sezonunda Marathón ile lig ikincisi oldu. Ocak 2010'da Belize millî takımının teknik direktörlüğünü yapmaya başladı ve Aralık 2011'deki istifasına kadar görevini sürdürdü. 2011'de beşinci kez Marathón'u, 2012'de ise ikinci kez España'yı ve son olarak 2014-2015 yıllarında Lobos UPNFM'yi çalıştırdı.