Đức Quốc xã xâm lược Hà Lan vào ngày 10 tháng 5 năm 1940 và nắm quyền kiểm soát đất nước. Một số công dân Amsterdam đã che chở cho người Do Thái, do đó khiến bản thân và gia đình của họ có nguy cơ cao bị bỏ tù hoặc đưa đến các trại tập trung. Hơn 100.000 người Do Thái Hà Lan đã bị trục xuất đến các trại tập trung của Đức Quốc xã, trong đó có khoảng 60.000 người sống ở Amsterdam. Đáp lại, Đảng Cộng sản Hà Lan đã tổ chức cuộc đình công vào tháng Hai với sự tham dự của 300.000 người để phản đối các cuộc đột kích. Có lẽ người bị trục xuất nổi tiếng nhất là cô gái trẻ Do Thái Anne Frank, người đã chết trong trại tập trung Bergen-Belsen. Vào cuối Chiến tranh thế giới thứ hai, liên lạc với phần còn lại của đất nước bị phá vỡ, lương thực và nhiên liệu trở nên khan hiếm. Nhiều công dân đã đến vùng nông thôn để kiếm ăn. Chó, mèo, củ cải đường thô và củ hoa tulip — nấu thành bột giấy — đã được tiêu thụ để sống sót. Nhiều cây cối ở Amsterdam đã bị chặt để làm nhiên liệu, và gỗ được lấy từ các ngôi nhà, căn hộ và các tòa nhà khác của những người Do Thái bị trục xuất.