Ti dobri odnosi so kmalu izginili po tretji makedonski vojni (171-168 pr. n. št.). Leta 169 pr. n. št., med vojno proti Perzeju, je Rodos poslal Agepolisa kot veleposlanika pri konzulu Kvintu Marciju Filipu, nato pa v Rimu v naslednjem letu, v upanju, da bo preobrnil senat proti vojni. Rodos je med vojno ostajal vestno nevtralen, vendar je bil po mnenju sovražnih elementov v senatu nekoliko preveč prijazen do poraženega kralja Perzeja. Nekateri so dejansko predlagali razglasitev vojne otoški republiki, vendar je bilo to preprečeno. Leta 164 je Rodos postal stalni zaveznik Rima.