כבר ב-1950 החליף סוקרנו את המשטר הפדרטיבי ברפובליקה ריכוזית, ובשנים הבאות גברו נטיותיו הרודניות. במדיניות החוץ התקרב סוקרנו לעמדות הרפובליקה העממית של סין וברית המועצות, ואילו כלפי פנים ניסה להשליט את התרבות הג'אווית על המיעוטים שביקשו אוטונומיה. בין השנים 1959 עד 1965 החיל סוקרנו על המדינה משטר אוטוריטרי שכונה "דמוקרטיה מודרכת". בשנות ה-60 נחלש כוחו של סוקרנו ובמקביל גברה השפעת המפלגה הקומוניסטית במדינה. כאשר האו"ם קיבל את מלזיה כחברה לא קבועה, למרות התנגדות חריפה של אינדונזיה, ביטל סוקרנו בראשית 1965 את חברותה של אינדונזיה באו"ם, והחל להפעיל בגלוי יחידות צבאיות שחצו ב-28 ביוני את הגבול המלזי והתעמתו עם כוחות הצבא המקומיים. פריצתה של מלחמה אזורית כוללת נעצרה רק בעקבות טיהור הקומוניסטים באינדונזיה, מלחמת אזרחים שפרצה במדינה לאחר ניסיון הפיכה ב-30 בספטמבר 1965. לאחר ניסיון זה השתלט הצבא, בפיקוד סוהארטו, על המדינה כשהוא מדכא באכזריות את תומכי המפלגה הקומוניסטית. ב-12 במרץ 1967 הפך סוהארטו רשמית לנשיא, והודיע על הדחתו של סוקרנו.