In 2016 nam van Niekerk voor het eerst deel aan de Olympische Zomerspelen. In de finale van de 400 meter mannen moest van Niekerk van start gaan in baan 8 maar toch liep hij naar de olympische titel. Met een tijd van 43,03 seconden verbrak hij ook het wereldrecord, dat sinds 1999 op naam stond van Michael Johnson.