2004年、ヘンリーのニュージーランド代表ヘッドコーチ就任に伴いアシスタントコーチに就任（担当はフォワード）。ニュージーランド代表は順調に戦歴を重ねラグビーワールドカップ2007では予選プール4戦4勝で1位通過するも、決勝トーナメント準々決勝対フランス戦で敗北。同年12月、ヘンリーの留任が決定しハンセンもアシスタントコーチ職に留まる。2009年、ロビー・ディーンズのラグビーオーストラリア代表ヘッドコーチ就任に伴い空席となったクルセイダーズヘッドコーチ就任が噂されたが、NZRUはクラブチームと代表チームの兼任を認めずクルセイダーズヘッドコーチにはトッド・ブラックアダーが就任。ラグビーワールドカップ2011で24年ぶりにニュージーランド代表が優勝。同年11月1日、ヘンリーのオールブラックスヘッドコーチ勇退が発表される。ヘンリーからの強い推薦もあり、同年12月16日、NZRUはハンセンをオールブラックス・ヘッドコーチ職へ昇格させる人事案を発表した（契約期間は2年）。ジョン・ハート、グラハム・ヘンリーに続き3人目となるオールブラックス選出経験のないヘッドコーチに就任。