В XI веке военно-морской флот, как и вся Византийская империя, начал приходить в упадок. Столкнувшись с новыми военно-морскими вызовами со стороны Запада, византийцы всё чаще вынуждены были полагаться на флоты итальянских городов-государств, таких как Венеция и Генуя, что оказало катастрофическое воздействие на экономику Византии и её суверенитет. После кратковременного периода восстановления при Комнинах последовал ещё один период упадка, который завершился падением империи в 1204 году в результате Четвёртого крестового похода. После восстановления империи в 1261 году несколько императоров династии Палеологов пытались возродить флот, но их усилия имели только временный эффект. К середине XIV века византийский флот, который когда-то мог выставить сотни военных кораблей, был в лучшем случае ограничен несколькими десятками единиц, и контроль над Эгейским морем окончательно перешёл к итальянскому и османскому флотам. Однако ослабленный флот действовал до падения Византийской империи в 1453 году.