2006–2007 sezonunda Takahashi 2006 Skate Canada International'da gümüş sonrasında 2006 NHK Trophy'de altın madalya aldı. Bu sonuçlarla Grand Prix Finalina katılma şansı yakalayan sporcu burada hasta olmasına rağmen gümüş madalya aldı. Japonya Ulusal şampiyonasını ikinci kez kazandı. Ardından Torino, İtalya'da yapılan Kış Üniversite Oyunlarına (Winter Universiade) katıldı ve kazandı. Kendi ülkesinde Tokyo'da yapılan 2007 Dünya Artistik Patinaj Şampiyonasında iyi bir performas sergiledi veBrian Joubert'in ardında gümüş madalya aldı. Bu madalya erkekler kategorisinde Japonya'nın aldığı ilk gümüş madalyadır.