בתקופת כהונתו התמודד עם שני משברים: המהפכה האיסלמית האיראנית והפלישה הסובייטית לאפגניסטן. לאחר ששליט איראן השאה מוחמד רזא פהלווי הודח, בז'ז'ינסקי תמך בכך שארצות הברית תתיר לו להיכנס לתחומה לצורכי טיפול רפואי, דבר שמנהיגי המהפיכה התנגדו לו. בנובמבר 1979 נפגש בז'ז'ינסקי באלג'יר עם ראש ממשלתה הזמנית של איראן, מהדי באזרגאן, שנחשב גורם ששאף לשמור על קשרי איראן וארצות הברית, צעד שהוביל להשתלטות על השגרירות האמריקנית בטהראן על ידי מתנגדיו של באזרגאן ולהחזקת בני הערובה בשבי ליותר משנה, עד היום האחרון לכהונת קרטר. בעת הדיונים על הצעדים שעל ארצות הברית לנקוט כדי להביא לשחרורם, תמך בז'ז'ינסקי במבצע צבאי לשחרורם, בניגוד לעמדת שר החוץ סיירוס ואנס. המבצע יצא לדרך באפריל 1980 אך נכשל כבר בתחילתו (מבצע טופר העיט).