Ο πρώτος πρόεδρος της ΡΦΣ ήταν ο Βιτσισλάφ Κολοσκόφ, ο οποίος παραιτήθηκε από την θέση του εξαιτίας της πολλής κριτικής εναντίον του. Στις 2 Απριλίου 2005, νέος πρόεδρος της ΡΦΣ έγινε ο Βιτάλι Μουτκό, ο οποίος έλαβε 96 από τις 99 πιθανές ψήφους κατά την διάρκεια της ψηφοφορίας. Κατά την διάρκεια της διοίκησης του, η Εθνική Ρωσίας κατέκτησε την 3η θέση στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου 2008, η Εθνική Ρωσίας Παίδων κατέκτησε το Ευρωπαϊκό πρωτάθλημα ποδοσφαίρου Παίδων 2006, η Ζενίτ Αγίας Πετρούπολης κατέκτησε το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ και το Σούπερ Κύπελλο Ευρώπης (η ΤΣΣΚΑ Μόσχας κατέκτησε το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ 1 μήνα μετά τον διορισμό του Μουτκό). Αλλά μετά ακολούθησαν οι αποτυχίες, και η κύρια από αυτές ήταν η ήττα της Εθνικής Ρωσίας από την Εθνική Σλοβενίας στον επαναληπτικό αγώνα για τα προκριματικά του Παγκοσμίου Κυπέλλου Ποδοσφαίρου 2010, κάτι που δεν έδωσε στην Εθνική Ρωσίας την δυνατότητα να συμμετέχει στην τελική φάση του Παγκοσμίου Κυπέλλου Ποδοσφαίρου 2010. Στις 24 Νοεμβρίου 2009, λίγες μέρες μετά την ήττα της Εθνικής Ρωσίας από την Εθνική Σλοβενίας, ανακοινώθηκε η παραίτηση του Βιτάλι Μουτκό, και την ίδια μέρα ο Νικίτα Σιμονιάν ορίστηκε πρόεδρος της ΡΦΣ. Ο Νικίτα Σιμονιάν ήταν πρόεδρος της ΡΦΣ μέχρι τις 3 Φεβρουαρίου 2010, όποτε και έγινε η ψηφοφορία για την εκλογή του νέου προέδρου της ΡΦΣ. Ένας από τους λόγους της παραίτησης του Μουτκό ήταν η επιθυμία του Ντμίτρι Μεντβέντεφ, πρόεδρου της Ρωσικής Ομοσπονδίας, ότι όλοι οι κυβερνητικοί υπάλληλοι έπρεπε κατά την διάρκεια 1 μηνός να παραιτηθούν από τις θέσεις των προέδρων των αθλητικών οργανισμών (αυτό έγινε μετά την αποτυχημένη εμφάνιση της Ρωσίας στους Χειμερινούς Ολυμπιακούς Αγώνες 2010, στο Βανκούβερ). Στις 3 Φεβρουαρίου 2010, νέος πρόεδρος της ΡΦΣ ορίστηκε ο Σεργκέι Φούρσενκο.