Mutō tuomittiin Tokion kansainvälisessä sotarikostuomioistuimessa kuolemaan sotarikoksista. Hänet todettiin vastuulliseksi sotavankien ja siviilien näännyttämisestä nälkään, kidutuksista, murhista ja yleensä "sodan lakien" rikkomisesta. Hän oli myös osavastuussa Nanjingin verilöylystä. Hänen omaa vakuutteluaan syyttömyydestä pidettiin "uskomattomana". Mutō teloitettiin hirttämällä.