Niels Wubben commence sa carrière en tant que vététiste. Il est notamment vice-champion d'Europe de cross-country espoirs (moins de 23 ans) derrière Mathias Flückiger en 2010. Après avoir goûté au cyclo-cross lors de la saison 2010-2011, il termine troisième du championnat des Pays-Bas de cyclo-cross en 2012. Aux mondiaux de cyclo-cross 2012 à Coxyde, en Belgique, il se classe et premier coureur néerlandais. Il décide alors de se concentrer désormais pleinement sur la discipline. Il quitte l'équipe de VTT Rabobank-Giant Offroad Team et rejoint Rabobank Development le janvier 2013 puis l'équipe Telenet-Fidea en 2014. En 2014 et 2015, il participe aux mondiaux et termine respectivement et . Il n'est pas conservé à l'issue de la saison 2015. Il participe à des compétitions de cyclo-cross et de VTT jusqu'en début d'année 2017, puis arrête sa carrière.