Sul finire del 1991, dopo la mancata qualificazione al successivo Europeo, la panchina azzurra viene affidata ad Arrigo Sacchi: Zenga, confermato titolare ma poco avvezzo agli schemi del nuovo CT, è subito insidiato dagli emergenti Gianluca Pagliuca e Luca Marchegiani, che nel giro di un anno scavalcano il più anziano collega, sancendo la fine della sua carriera in nazionale. La sua ultima presenza in nazionale risale al 4 giugno 1992, nella partita della US Cup vinta per 2-0 contro l' a Boston.