Efter ännu en kort sejour i Togo så blev Keshi ny förbundskapten för hemlandet Nigeria 2011. Där förde han Nigeria till Afrikanska mästerskapet 2013, som Nigeria kunde vinna efter 1-0 mot Burkina Faso i finalen. Keshi hade även hand om laget i FIFA Confederations Cup 2013, där man åkte ut i gruppspelet efter 6-1 mot Tahiti, 1-2 mot Uruguay och en 0-3-förlust mot världsmästarna Spanien.