Ab Anfang Juli 1943 nach Megara/Griechenland verlegt, erfolgten Einsätze gegen italienische Truppen auf Kefalonia und Korfu (15. bis 24. September 1943 vom Flugplatz Araxos aus). Ab Oktober 1943 Einsätze gegen die Royal Navy in der Ägäis und gegen britische Truppen auf dem Dodekanes. Am 7. Oktober 1943 Angriff auf den Kreuzer HMS Penelope westlich von Rhodos. Am 9. Oktober 1943 Angriff und Versenkung des Zerstörers „HMS Panther“ westlich von Rhodos um 12.03 Uhr (C-Zeit), Beschädigung des Kreuzers HMS Carlisle. Am 18. Oktober 1943 wurde das Geschwader in "Schlachtgeschwader 3" umbenannt. Die I. Gruppe erhielt die Bezeichnung "I./SG 3". Vom 12.–16. November 1943 Einsätze bei der Schlacht von Leros, am 17. November 1943 Bombardierung von Samos. Danach Verlegung über Sarajewo und Mostar nach Markersdorf/Österreich zur Auffrischung und Ausrüstung mit Ju 87 D5. Verlegung über Deutschland nach Dorpat/Estland ab Februar 1944. Erster Einsatz durch Vorkommandos ab 3. Februar 1944. Volle Stärke ab Ende Februar/Anfang März 1944. Im März 1944 flog die I./SG 3 Einsätze im Raum Narwa, Kriwasoo, Omuti, Pleskau Nord und Süd, Ostrow, Chertova Gora und Pustoschka. Am 8. April 1944 führte die I./SG 3 ihren 2000. Feindflug seit Verlegung an die Ostfront durch. Im Mai 1944 flog die 1. Staffel /SG 3 unter Führung von Oberleutnant Töpfer ihren 1000. Einsatz seit Verlegung nach Dorpat.