Cuando estalló la Guerra Civil, Lane fue uno de los primeros tejanos en pedir la secesión. La reputación militar de Lane era tan grande que la primera compañía confederada voluntaria criada en el condado de Harrison recibió su nombre, aunque Lane se uniría a la 3.ª Caballería de Texas. Lane participó en las batallas de Wilson's Creek, Chustenahlah, Pea Ridge y tanto en el Asedio de Corinto como en la Segunda Batalla de Corinto. Lane lideró el tercer Texas en la batalla de Franklin, y fue elogiado por el general P. G. T. Beauregard por sus esfuerzos. Lane fue gravemente herido en la Batalla de Mansfield en 1864, donde las fuerzas confederadas rechazaron un impulso para capturar Shreveport, Louisiana o Marshall, Texas o ambos. Antes de que terminara la guerra, Lane fue ascendido al rango de general de brigada en 1865, siendo confirmado el último día en que se reunió el Congreso Confederado.