Nikoloz Tskitishvili commence sa carrière professionnelle au Slovan Ljubljana en 1999. Il joue au Benetton Trévise de janvier à , remportant le titre de champion d'Italie. Il est sélectionné au de la draft 2002 par les Nuggets de Denver. Il y reste jusqu'en , étant alors transféré aux Warriors du Golden State avec Rodney White, en échange d'Eduardo Nájera, Luis Flores et un futur premier tour de draft 2007. Après seulement 12 matchs avec les Warriors, il signe en tant qu'agent libre avec les Timberwolves du Minnesota. Il est transféré au cours de la saison 2005-2006 aux Suns de Phoenix en échange d'un second tour de draft.