En 1999, le NCIS et la Marine Corps Criminal Investigative Division (CID) (« Division des enquêtes criminelles du corps des marines ») signèrent un mémorandum d'accord appelant à l'intégration du CID dans le NCIS, et en 2000, le Congrès accorda aux agents spéciaux civils du NCIS l'autorité pour exécuter les mandats et réaliser des arrestations. Une appréciation croissante du changement des menaces culmina avec l'attentat à la bombe terroriste de l'USS "Cole" au Yémen et les attaques du 11 septembre 2001. Ceci conduisit le NCIS à transformer le système ATAC en Multiple Threat Alert Center (MTAC) (« Centre d'alertes des menaces multiples ») en 2002.