W pierwszych miesiącach wojny domowej w Rosji Nowoczerkask był jednym z głównych ośrodków białych, to w tym mieście oraz w Rostowie nad Donem gen. Ławr Korniłow i gen. Michaił Aleksiejew rozpoczęli tworzenie Armii Ochotniczej. Chcąc zniszczyć tę siłę w zarodku, rząd Lenina skierował nad Don zgrupowanie pod dowództwem Władimira Antonowa-Owsiejenki, co zmusiło białych do opuszczenia miasta w końcu lutego 1918 r. Nowoczerkask znalazł się w granicach Dońskiej Republiki Radzieckiej, która przetrwała do maja tego samego roku. Następnie, po obaleniu republiki wskutek antybolszewickiego powstania Kozaków, stał się stolicą Republiki Dońskiej. Został ostatecznie zajęty przez Armię Czerwoną 7 stycznia 1920 r.