В августе 1943 года был назначен на должность командира 96-го стрелкового корпуса, который принимал участие в боевых действиях в ходе Люблин-Брестской наступательной операции. За отличие при освобождении Бреста ему было присвоено почётное наименование «Брестский». Вскоре корпус принимал участие в ходе освобождения городов Данциг и Гдыня, в форсировании рек Висла и Одер во время Восточно-Померанской и Берлинской наступательных операций, а также в освобождении городов Тухоля, Бютов, Гарц, Нойштрелиц и Варен. За проявленное исключительное мужество и решительные действия, а также героизм и личный пример генерал-лейтенант Якуб Джангирович Чанышев был награждён орденом Кутузова 1-й степени.