1992 lebten in der Stadt bereits 7000 Einwohner, mehrheitlich Aseris. Während des Kriegs um Bergkarabach wurde die Stadt am 27. Februar 1992 von armenischen Freischärlern eingenommen, wobei unter unklaren Umständen mehrere hundert Menschen starben. Das Ereignis führte als Massaker von Chodschali zum Rücktritt der aserbaidschanischen Regierung und zu verstärkten Kampfhandlungen von beiden Seiten.