Em 2002, foi novamente campeão africano e artilheiro da CAN disputada no Mali, com 3 gols (empatado com Salomon Olembé e o nigeriano Julius Aghahowa. No mesmo ano, fez um gol no empate por 1 a 1 contra a República da Irlanda, e novamente pouco fez para evitar a queda na fase de grupos. Sua última competição internacional foi a Copa Africana de 2004, disputada na Tunísia. Mboma balançou as redes 4 vezes e foi novamente o artilheiro do torneio, empatado com outros 4 jogadores (Jay-Jay Okocha, Francileudo Santos, Youssef Mokhtari e Frédéric Kanouté).