Na última semana de março de 1941, uma força liderada pelos alemães lançou uma ofensiva em Cirenaica que rapidamente derrotou as forças aliadas na área, forçando uma retirada geral para o Egito em abril de 1941. A 9.ª Divisão formou a retaguarda desta retirada e, em 6 de abril, foi ordenada a defender a importante cidade portuária de Tobruque durante pelo menos dois meses. Durante o Cerco de Tobruque, a 9.ª Divisão, reforçada pela 18.ª Brigada da 7.ª Divisão e pela artilharia britânica e regimentos blindados, usou fortificações, patrulhamento agressivo e artilharia para conter e derrotar repetidos ataques de blindados da infantaria alemã. A Frota do Mediterrâneo sustentou os defensores de Tobruque, e os velhos contratorpedeiros australianos fizeram repetidas operações de "abastecimento" no porto. HMAS "Waterhen" e HMAS "Parramatta" foram afundados durante essas operações. A pedido do governo australiano, a maior parte da 9.ª Divisão foi retirada de Tobruque em setembro e outubro de 1941 e foi substituída pela 70ª Divisão de Infantaria Britânica. O 2.º/13.º Batalhão foi forçado a permanecer em Tobruque até que o cerco foi levantado em dezembro, quando o comboio que o evacuava foi atacado. A defesa de Tobruque custou às unidades australianas cerca de 3.009 baixas, incluindo 832 mortos e 941 prisioneiros.