La colonie obtient l'indépendance en 1963 et rejoint la Fédération de Malaisie sous le nom de Sabah. C'est l'époque où le président indonésien Soekarno se lance dans une confrontation Indonésie-Malaisie. S'appuyant sur l'historique du don de la zone de l'est de Sabah par le sultan de Brunei à celui de Sulu, les Philippines revendiquent également le territoire.