Il est transféré à l'Inter Milan où il réalise une excellente saison en s'imposant comme un titulaire indiscutable malgré une concurrence rude (Vieira, Cambiasso...), étant même élu meilleure recrue de l'année par le quotidien sportif italien, la "Gazzetta dello Sport" en devançant son coéquipier Hernán Crespo (passé de Chelsea à l'Inter) et Adrian Mutu (passé de la Juventus à la Fiorentina) . À l'issue de cette saison l'Inter remporte son premier championnat (sur le terrain) depuis 1989 mais sera malheureusement éliminé par Valence en huitième de finale de Champions League. La saison suivante, il se blesse aux ligaments croisés en décembre 2007, il est alors éloigné des terrains pendant plus de six mois. Son club gagne encore le "Scudetto" mais Dacourt ne dispute que 9 matchs. Alors que Dacourt avait perdu deux finales de coupe d'Italie avec la Roma contre l'Inter (2005 et 2006), cette fois-ci il perd deux finales avec l'Inter contre la Roma (2007 et 2008).