Am 3. Juni 2016 debütierte Khalfan bei der 1:3-Testspielniederlage gegen Jordanien für die Nationalspieler der Vereinigten Arabischen Emirate, als er in der 58. Spielminute für Ahmed Ali eingewechselt wurde. Im Januar 2019 nahm er mit der Auswahl an der Asienmeisterschaft im eigenen Land teil. Beim 2:0-Sieg gegen Indien im zweiten Gruppenspiel gelang ihm sein erstes Länderspieltor. Mit "al Abyad" scheiterte er erst im Halbfinale am späteren Asienmeister Katar.