Pada tahun 1963, Lekra mengklaim memiliki total 100.000 anggota yang tersebar di seluruh 200 cabang. Selama periode ini, berada di bawah pengawasan yang lebih ketat oleh Tentara Nasional Indonesia. Setelah kudeta gagal Gerakan 30 September, yang populer diyakini telah dipromosikan oleh Partai Komunis, dan diikuti dengan pembunuhan massal, Suharto pengganti Sukarno dan pemerintah Orde Baru melarang Lekra bersama-sama dengan organisasi-organisasi komunis terkait lainnya.