Después del final de la Guerra Civil, Cobb regresó a su casa y volvió a ejercer la abogacía. A pesar de la presión de sus antiguos electores y soldados, se negó a hacer comentarios públicos sobre la política de reconstrucción hasta que recibió un indulto presidencial, aunque se opuso en privado. Finalmente, al recibir el indulto a principios de 1868, comenzó a oponerse enérgicamente a las leyes de Reconstrucción, pronunciando una serie de discursos ese verano que denunciaban amargamente las políticas de los republicanos radicales en el Congreso de Estados Unidos.