Nel 1918, Gurakuqi fu nuovamente nominato ministro dell'istruzione nel nuovo governo di Durazzo. L'anno seguente partecipò alla conferenza di pace di Parigi. Nel 1921, fu nominato ministro dell'interno nel governo di Hasan bey Prishtina. Nel 1924 Gurakuqi fu uno dei leader della rivoluzione che rovesciò il regime di Ahmet Zogu e stabilì un governo democratico. Fan Stilian Noli divenne il nuovo primo ministro, mentre Gurakuqi prese parte al nuovo breve governo come ministro dell'economia e delle finanze. Nell'agosto 1924, Gurakuqi andò in viaggio a Ginevra per difendere gli interessi albanesi alla Lega delle Nazioni, ma con la deposizione dell'amministrazione democratica di Fan Noli da parte delle forze più autoritarie di Zogu, fu costretto all'esilio in Italia.