No ano do seu centenário, o Nacional investiu no elenco focando o acesso a Serie C de 2014. O time nacionalino começou bem a competição, vencendo as duas primeiras partidas, mas com a paralisação do torneio por conta da Copa das Confederações e com uma ação de um torcedor do Remo-PA Impugnando os jogos do Genus pro conta do atraso da inscrição do time na competição. Com o termino da Copa das Confederações daquele ano retornando assim as competições e com a cassação da liminar dos torcedores do Remo, o Nacional teve sua partida contra o time do Genus Adiada. Entretanto o time nacionalino emplacou 3 derrotas consecutivas: 3-1 Paragominas em Manaus e 4-2 Genus em Porto Velho o que ocasionou a demissão do técnico Aderbal Lana do comando do time, e novamente perdendo para o Paragominas por 2-1 no Pará, chegando a ocupar o penúltimo lugar no grupo. Resultados adversos que contrariaram os torcedores devido ao bom retrospecto na Copa do Brasil e muitos dando a essa o motivo dos baixos resultados, sendo que boatos de que alguns jogadores haviam decidido abrir mão do Campeonato Brasileiro chegaram ao ouvido dos torcedores.