Die Verbrechen, die während seiner zweiten Amtszeit als Außenminister durch das japanische Militär verübt wurden, gehörten zu den Hauptgründen, weshalb Hirota Kōki in den Tokioter Prozessen (1946–1948) angeklagt wurde. Ende des Jahres 1937 waren japanische Truppen in Nanjing einmarschiert und hatten das Massaker von Nanking verübt. Hirota war zwar nicht vom Beginn des Angriffs auf Nanjing in Kenntnis gesetzt worden, hatte aber durch das japanische Militär Informationen über die laufende Ermordung von insgesamt 300.000 Menschen in der Stadt erhalten. Nach Ende des Zweiten Weltkrieges warf man ihm vor, zu diesem Zeitpunkt nichts gegen die Verübung der Verbrechen unternommen zu haben.