Zakladatelem kláštera byl český kníže Boleslav II. a stavba musela započít ještě před rokem 993, například kronikář Přibík Pulkava z Radenína tak považuje za rok založení kláštera již rok 992. Tentýž kníže o šest let později založil další benediktinský klášter na Ostrově u Davle. Prvním opatem nového kláštera se stal jistý Anastasius, zmiňovaný též jako Astrik. V polovině 11. století postavil opat Meinhard v Břevnově románskou basiliku sv. Benedikta a Vojtěcha a založil klášter v Rajhradě u Brna. Počátkem 14. století přestavěl opat Bavor z Nečtin klášter i kostel, který je od té doby zasvěcen sv. Markétě, a založil klášter v Broumově. V klášteře žila řada vynikajících mnichů, například Jan z Holešova, který patrně jako první používal diakritický pravopis. Roku 1420 klášter zničili táborité. Mniši, kteří přežili, odešli do Broumova. K obnově kláštera došlo až v polovině 16. století, koncem 17. století za opata Tomáše Sartoria vznikl dnešní Starý konvent (na počest významného obnovitele kláštera Sartoria byla po něm pojmenována blízká "Sartoriova ulice").