לאחר שחרורו ב-1975 חדל באהונר לעסוק באקטיביזם עד המהפכה האיראנית שבעקבותיה יצא השאה לגלות בינתיים, ובמקומו עלה לשלטון ח'ומייני, שהפך תוך זמן קצר למנהיג העליון של איראן. בהונאר היה בינתיים חלק מהצוות שאכלס את המשרד לתרבות והכוונה אסלאמית. עם הזמן הועלה לתפקידי צמרת וכבר ב-1981 היה אחראי על הצנזורה באיראן, שבמסגרתה צונזר כל כלי תקשורת שלא אושר על ידי צוות מנהיגים מוסלמים. מלבד זאת, בהונאר "טיהר" כל השפעה של גורמים חילוניים באוניברסיטאות איראניות. יחד עם מוחמד עלי רג'אי טיהרו השניים את האוניברסיטאות האיראניות לא רק מהשפעות של גורמים חילוניים אלא מהשפעות אמריקניות ואירופיות.