После срыва Варкизского соглашения и начала гражданской войны 23 марта 1945 года был арестован. В 1947 году (в городе Нафплионе) был судим и десятикратно приговорён к смертной казни. Был переведен в тюрьму на остров Керкира в 9-ую камеру корпуса смертников. В 1952 году, согласно действующему тогда законодательству, смертный приговор был заменён на пожизненное заключение. Через 12 лет, в 1956 году был освобождён правительством К. Караманлиса, в связи с проблемами со здоровьем, возникшими в результате многомесячных голодовок, которые он проводил в знак протеста против бесчеловечного режима содержания политических заключённых.