1885 wurde Conakry zum Sitz des ersten französischen Gouverneurs in Guinea, der bis 1893 auch für die Elfenbeinküste und Dahomey zuständig war. Deutschland gab die von Friedrich Colin geltend gemachten Ansprüche auf die nördlich von Conakry gelegenen Regionen Kapitaï und Koba am 24. Dezember 1885 zugunsten Frankreichs auf. Die beiden Kolonialmächte Frankreich und Portugal legten nach der Berliner Kongokonferenz den genauen Grenzverlauf zwischen ihrem Besitz in einem Vertrag vom 15. Mai 1886 fest. 1897 führten sie eine Kopfsteuer ein, die von da ab den größten Teil der Steuereinnahmen der Kolonie erbrachte. Die französische Kolonialherrschaft kannte kein Konzept, das der britischen „indirect rule“ vergleichbar wäre, also keine Herrschaft, die sich vorwiegend auf vorhandene traditionelle Strukturen stützte. Sie übten eine direkte Form der Herrschaft aus. Wo traditionelle Oberhäupter nützlich waren, blieben sie im Amt, wo nicht, wurden sie abgesetzt. In Fouta Djallon kam es 1900, 1905 und 1911 zu Revolten, die jeweils mit der Ernennung neuer „Almamy“ durch die Franzosen und weiterer Beschneidung ihrer Macht endeten. Statt mit den traditionellen Herrschern, gingen die Franzosen in Guinea ein Bündnis mit der einflussreichen islamischen Bruderschaft der Tijaniyya ein. Sie unterstützten diese Bruderschaft gegenüber konkurrierenden Bruderschaften und die Tijaniyya gab dafür ihren Segen zur französischen Kolonialherrschaft.