Ο ταγματάρχης Κίτσενερ υπηρέτησε ως αξιωματικός πληροφοριών στην Εκστρατεία του Νείλου το 1884-85. Ήταν παρών στο Αμπού Κλέα. Στα τέλη της δεκαετίας του 1880, φέροντας το βαθμό του Επίτιμου Συνταγματάρχη, υπήρξε κυβερνήτης των Περιοχών της Ερυθράς Θάλασσας (οι οποίες εκείνη την εποχή ήταν πρακτικά κάτι περισσότερο από το λιμάνι του Σουακίν). Τραυματίστηκε σοβαρά στη γνάθο κατά τη διάρκεια μίας αψιμαχίας και ανάρρωσε στην Αγγλία. Επίσης πήρε μέρος στη Μάχη του Τόσκι (1889). Έχοντας γίνει "σιρντάρ" (αρχιστράτηγος) του Αιγυπτιακού Στρατού το 1892 - με το βαθμό του ταξίαρχου και στη συνέχεια του υποστράτηγου του Βρετανικού Στρατού - οδήγησε το 1896 τις αγγλοαιγυπτιακές δυνάμεις προς τις πηγές του Νείλου, κατασκεύασε ένα σιδηρόδρομο για τη μεταφορά υλικών και προσωπικού και κατενίκησε τους Σουδανούς στη Μάχη του Ομντουρμάν στις 2 Σεπτεμβρίου του 1898, κοντά στο Χαρτούμ. Η δεύτερη θητεία του Κίτσενερ στο Σουδάν (1886–1899) τού απέφερε πανεθνική φήμη και έλαβε τους τίτλους του Υπασπιστή της Βασίλισσας Βικτωρίας και του Ταξιάρχη Ιππότη του Τάγματος του Λουτρού. Ωστόσο, αυτή η εκστρατεία θα κάνει γνωστή και τη σκληρότητά του, ένα στοιχείο της τακτικής του που έγινε καλά γνωστό μετά από τον Πόλεμο των Μπόερς. Μετά από τη νίκη του στη Μάχη του Ομντουρμάν, διέταξε την εκταφή και το διασκορπισμό των λειψάνων του Μαχντί. Είναι επίσης πολύ πιθανό ότι ο Κίτσενερ απέτρεψε έναν πόλεμο μεταξύ του Ηνωμένου Βασιλείου και της Γαλλίας, όταν αντιμετώπισε με πυγμή αλλά χωρίς βία τη γαλλική στρατιωτική αποστολή υπό τον ταγματάρχη Μαρσάν, η οποία σκόπευε να διεκδικήσει τη Φασόντα, στο επεισόδιο που έμεινε γνωστό ως Επεισόδιο της Φασόντα.