Van 1991 tot 1994 was Latysjev hoofd van het regionaal directoraat van het MVD voor kraj Krasnodar. Hij was viceminister van het MVD en tegelijkertijd vicevoorzitter van de Federale Anti-Terrorisme Commissie van augustus 1994 tot mei 2000. Latysjev voerde veiligheidsoperaties uit in Dagestan bij de start van de Tweede Tsjetsjeense Oorlog in 1999 en was zeer succesvol in het stoppen van etnische onlusten in Karatsjaj-Tsjerkessië.