Selama 1980-an dan sampai awal 1990-an, Prost membentuk persaingan sengit dengan beberapa pembalap, terutama Ayrton Senna, dan juga Nelson Piquet serta Nigel Mansell. Pada tahun 1986, di lomba terakhir musim itu, Prost berhasil menjadi juara dunia setelah Nelson Piquet kandas saat melakukan pitstop dan Nigel Mansell tersingkir dari lomba. Ayrton Senna lantas bergabung dengan Prost di McLaren pada tahun 1988 dan keduanya kemudian memiliki rivalitas yang tinggi yang sering kali berbau kontroversial, termasuk tabrakan di Grand Prix Jepang 1989 yang memberikan Prost gelar juara dunia untuk ketiga kalinya. Setahun kemudian di tempat yang sama pula mereka bertabrakan lagi, tetapi kali ini Prost, yang mengemudi untuk Ferrari, kalah. Sebelum akhir musim 1991 Prost secara mendadak dipecat oleh Ferrari karena berkata lantang dengan mengatakan bahwa mobil Ferrarinya mirip truk. Setelah cuti sementara pada tahun 1992, Prost bergabung dengan tim Williams di 1993, dan kemudian kembali menjadi juara dunia setelah juara 1992, Nigel Mansell keluar dari F1 untuk berkompetisi di CART. Sesaat setelah berhasil menjadi juara dunia 1993, Prost lantas memutuskan untuk pensiun, dan menyerahkan kursinya di Williams pada mantan rival beratnya, Ayrton Senna.