Когда в марте 1472 года Амадей умер, Иоланда стала регентом своего маленького сына Филиберта и правила Савойей от его имени до собственной смерти в 1478 году. Как и её брат Карл, она была союзником герцога Бургундии Карла против своего собственного брата, короля Франции Людовика XI. После поражения Бургундии в битве при Грансоне в 1476 году герцог обвинил её в союзе с Людовиком и заключил в тюрьму. После освобождения она помирилась со своим братом и оставалась с ним в хороших отношениях до самой своей смерти.