2000 yazında kiralık dönemi biten ve Barcelona'ya geri dönen Baía, kulüp tarafından serbest bırakıldı ve hemen ardından tekrar Porto ile anlaştı. Sakatlıktan dolayı bir sezon sahalardan uzak kaldıktan sonra, ilk maçına 2001-02 sezonunda, 26 Kasım 2001 tarihinde Vila Real takımıyla oynanan rezerve ligi karşılaşmasında çıktı. 16 gün sonra, 12 Aralık'ta, A takımın CD Santa Clara ile oynadığı kupa maçında forma giydi. Tamamen iyileştikten sonra, 2002 Dünya Kupası kadrosuna dahil edildi.