A principios del siglo XX, los armenios católicos del Imperio otomano sufrieron el mismo destino que el resto de la nación armenia con el genocidio perpetrado en el Estado turco desde 1915 a 1923. Cifras de la matanza y destrucción sobre la Iglesia católica armenia: 156 iglesias, 32 monasterios, 148 escuelas y 6 talleres destruidos, 270 sacerdotes y 300 religiosos muertos. Fueron asesinados los obispos: Hagop Topuzian (de Muş), Stefano A. Israelian (de Kharput), Andrea Elia Celebian (de Amida), Mikael Khatchadourian (de Melitene) y Ignatius Maloyan (de Mardin). La Iglesia armenia se dispersó entre los países vecinos como Siria, y en 1928 un sínodo realizado en Roma decidió trasladar el patriarcado a Beirut, manteniendo a Constantinopla como una arquidiócesis. En la Armenia actual, una comunidad armenio-católica surgió solo en el siglo XIX por refugiados del Imperio otomano.