Margreiter kehrte 1988 nach Österreich zurück und war zunächst zwei Jahre Assistent und Skilehrer im Bundessportheim St. Christoph, danach baute er eine Skischule am Patscherkofel auf. 1992 ging Margreiter als neuer Herren-Cheftrainer zum ÖSV zurück. Nach Umstrukturierungen der Trainingsgruppen gipfelte sein Erfolg als Cheftrainer in der &lt;a href="Alpiner%20Skiweltcup%201997/98"&gt;Saison 1997/98&lt;/a&gt;, als Österreichs Skiherren mit Hermann Maier an der Spitze 25 von 37 Weltcuprennen gewannen und den Gesamtweltcup sowie alle Disziplinenweltcups für sich entschieden. Hinzu kamen drei Goldmedaillen bei den Olympischen Winterspielen 1998, gefolgt von zwei Goldmedaillen bei der Weltmeisterschaft 1999. Davor hatten die österreichischen Herren unter seiner Führung bereits je eine Goldmedaille bei den Olympischen Spielen 1994 und der Weltmeisterschaft 1996 gewonnen. Als Margreiter 1999 von Toni Giger, der bis dahin Weltcup-Gruppentrainer im ÖSV war, abgelöst wurde, konnte er in seiner Bilanz zwölf WM-Medaillen (davon drei in Gold), zehn Olympia-Medaillen (viermal Gold), einen Gesamtweltcupsieg durch Hermann Maier 1998 – den ersten der österreichischen Herren seit Karl Schranz 1970 – und zehn Disziplinenweltcupsiege vorweisen.