Als Mebrahtom Keflezighi zwölf Jahre alt war, verließ seine dreizehnköpfige Familie Eritrea und ging in die USA, um zu verhindern, dass die Kinder der Familie im äthiopischen Bürgerkrieg eingezogen werden. Sie zogen nach San Diego in Kalifornien. 1997 beantragte Keflezighi die US-amerikanische Staatsbürgerschaft. Zu diesem Zeitpunkt stand noch nicht fest, dass Eritrea zum ersten Mal in Sydney 2000 an Olympischen Spielen teilnehmen würde. Am 2. Juli 1998 wurde er US-amerikanischer Staatsbürger und startete erstmals bei den US-Meisterschaften über 5000 m. Er wurde auf Anhieb Vierter, genauso wie ein Jahr später im 10.000-Meter-Lauf.