W październiku 1859 stłumił antyniewolnicze powstanie Johna Browna. Prezydent James Buchanan powierzył Lee dowództwo oddziałów milicji i żołnierzy piechoty morskiej, aby stłumili powstanie i aresztowali jego przywódców. Kiedy Lee przybył na miejsce, milicja otoczyła Browna i jego zakładników. Gdy Brown odmówił skapitulowania, Lee zaatakował. Brown i jego poplecznicy zostali schwytani po kilku minutach walki. W 1860 rozpoczął służbę w teksańskim Fort Mason.