במהלך מלחמת אפגניסטן, ממשלת איחוד האמירויות הערביות סיפקה סיוע הומניטרי וכלכלי ללוחמים האפגנים. והחל משנת 2001, לאיחוד האמירויות יש נוכחות צבאית והומניטרית קטנה באפגניסטן.