Comenzó su carrera como futbolista en el Atlético Paranaense. Aquí Kléberson ganó el Campeonato Paranaense en el 2000 y el 2001, y la Serie A de Brasil en 2001. Sus actuaciones en el club lograron que el entrenador de la , Luiz Felipe Scolari, llamara al jugador para ser parte del plantel que jugó la Copa Mundial de 2002 en Corea del Sur y Japón.