Francois Pienaar urodził się w afrykanerskiej rodzinie robotniczej. Profesjonalną karierę sportową rozpoczął w 1989 roku w drużynie prowincji Transwal. W 1993 roku zadebiutował w reprezentacji narodowej, gdzie szybko przejął po legendarnym Naasie Botha funkcję kapitana drużyny. Jego największym sukcesem jest wygrana w Pucharze Świata w 1995 roku, gdzie RPA pełniło funkcję gospodarza.