С 2008 года М’Бенге начал выступать за молодёжную сборную Франции, за которую сыграл 12 матчей. Позже он принял решение выступать за сборную Сенегала. В 2011 году М’Бенге дебютировал в составе сборной Сенегала. В составе сборной Шейк участвовал в Кубке африканских наций 2012, 2015 и 2017 годов.