2014年12月22日，中共中央纪委发布通告称，令计划因涉嫌严重违纪，正在接受中共的组织调查；12月31日，被免去中共中央统战部部长职务。此后，又在2015年2月28日被罢免第十二届全国政协副主席职务并撤销全国政协委员资格。他被指是神秘政商联盟组织“西山会”的首脑和发起人，在他被查之前，山西省已有多名与他相关的高级官员因贪腐而遭到调查。7月20日，中共宣布开除令计划的党籍和公职；同日，最高人民检察院以涉嫌受贿罪对其立案侦查并予以逮捕。2016年5月13日，令计划受贿、非法获取国家秘密、滥用职权案由最高人民检察院侦查终结，经依法指定管辖后，移送天津市人民检察院第一分院审查起诉，天津市人民检察院第一分院依法向天津市第一中级人民法院提起公诉，6月7日举行了不公开审理，7月4日因受贿罪、非法获取国家秘密罪、滥用职权罪被判处无期徒刑。令计划是中共十八大以来被调查的第二位在职副国级领导人，也是1949年中华人民共和国成立以来首位被查办及唯一一位没有担任过中共中央政治局委员的中共中央办公厅主任。