במוקדמות מונדיאל 1994 הבקיע קנופ חמישה שערים, וסייע לנבחרתו להעפיל למונדיאל 1994, ולהשתתף במונדיאל לאחר 28 שנות היעדרות. קנופ היה באותה תקופה חלק מחולייה התקפית חזקה בנבחרת השווייצרית, שכללה גם את סטפן שפויזאט, אלן סוטר וצ'יריאקו ספורצה, ובהמשך גם קובילאי טורקילמאז. במונדיאל 1994 עצמו, הבקיע קנופ צמד בניצחון 4-1 על נבחרת רומניה. שווייץ וקנופ הודחו בשמינית גמר המונדיאל, לאחר הפסד 3-0 לספרד. קנופ השתתף עם שווייץ גם במוקדמות יורו 1996, בהן הבקיע שער אחד, וסייע לשווייץ להעפיל ליורו 1996 עצמו. עם זאת, קנופ לא נכלל בסגל השווייצרי לטורניר זה. קנופ סיים את הקריירה בנבחרת שווייץ עם 49 הופעות, בהן הבקיע 26 שערים.