Ergenekon davasında tutuksuz yargılandı. Mahkeme günü mahkemeye gelmedi ve Erzurum Adliyesi'nin üstünden 2 F-16 uçurttu. İlerleyen yıllarda, Saldıray Berk ve dönemin Erzincan Başsavcısı İlhan Cihaner hakkında Ergenekon üyesi olduğu gerekçesi ile soruşturma başlatan İliç Savcısı Bayram Bozkurt, Saldıray Berk'in Genelkurmay Başkanı olmasını engellemek için soruşturmaya dahil edildiğini ifade etti. Bozkurt, 15 Temmuz Darbe Girişimi sonrası Fetullahçı yapılanmaya üye olma suçundan tutuklandı.