Beim Augustputsch in Moskau 1991 half der Generalleutnant bei der Verteidigung des Weißen Hauses und trat kurz danach dem russischen Sicherheitsdienst bei. Nach der russischen Verfassungskrise von 1993 wurde Stepaschin zum ersten stellvertretenden Minister für Staatssicherheit, zum ersten stellvertretenden Direktor des FSK (Föderaler Dienst für Gegenspionage, ehm. KGB, seit 1995 FSB), sowie bis 1995 zum Direktor des FSK berufen. Der FSB ging 1993 aus dem KGB hervor. Jelzin hatte kein Vertrauen in die Kader des KGB, die an den beiden Krisen beteiligt waren, und setzte mit Stepaschin einen Mann der konkurrierenden Sondertruppe des Innenministeriums an die Spitze des neu geschaffenen Dienstes für Gegenspionage.