ב-28 בספטמבר 1996 מונה ונגר למאמן ארסנל מהפרמייר ליג האנגלית. ונגר לא היה ידוע באנגליה קודם לכן, אולם הצליח להוביל את המועדון להצלחה במהירות. תחת הדרכתו זכתה הקבוצה ב-3 אליפויות הפרמייר ליג, כולל שני דאבלים. במסגרת האירופית, לעומת זאת, נחלה ארסנל אכזבות רבות לאורך התקופה, כשלא הצליחה להעפיל לשלבים המאוחרים של ליגת האלופות. עם זאת, ב-2006 הגיעה הקבוצה לגמר המפעל, בו הפסידה לברצלונה.