Embedsstillingen i Jylland tiltalte imidlertid ikke Fibiger, og 1842 søgte han og fik sin afsked med oberstløjtnants karakter og vendte tilbage til København, hvor han straks genoptog sin litterære virksomhed, navnlig som medarbejder ved "Militært Repertorium". Ved krigens udbrud i 1848 attråede han forgæves ansættelse i den aktive hær; derimod blev han i 1849 af direktøren for Armeens personel, oberst August Baggesen, i krigsministerens fraværelse ansat som kommandant i Fredericia, men da ministeren selv fra Als havde udnævnt oberstløjtnant Christian Lunding til denne vigtige post, måtte Fibiger efter få dages forløb fratræde denne og nøjes med at overtage kystkommandoen i det nordvestlige Fyn, hvor han forblev indtil våbenstilstanden. I 1851 døde han som oberst. Han var Ridder af Dannebrog.