El declive del monasterio sólo comenzó tras la destrucción de Quíos por los otomanos en 1822, durante la Guerra de independencia de Grecia. El monasterio fue saqueado y se llevaron botín y nunca recuperó su anterior gloria. En 1881, un terremoto añadió más daño a la iglesia principal, llevando a la caída de su cúpula, mientras que otros edificios diversos, como el campanario de 1512, quedaron destruidos. En 1952, debido a la escasez de monjes, Néa Moní fue convertido en un convento. Según el censo de 2001, está habitado por solo tres monjas.