Gorthusen, som 1846 var blevet deputeret og chef for Rentekammerets 3. sektion med etatsråds titel, fratrådte i efteråret 1848 ligeledes sin stilling i Rentekammeret, da dette hævedes, men blev i København, medens flertallet af de holstenske embedsmænd for længst var flygtet efter oprørets udbrud, og indtrådte, efter i 1851 at have erholdt konferensrådstitlen, i 1852 atter i statstjenesten som departementschef i "Det holsten-lauenborgske Ministerium", ved hvis organisation han efter kongens ønske var blevet taget med på råd. 1859 udnævntes han til amtmand over amterne Travendal, Reinfeld og Rethwisch og forblev efter Holstens afståelse i tjenesten, men blev allerede i foråret 1866 pensioneret af den østrigske statholder, feltmarskal-løjtnant Ludwig Karl Wilhelm von Gablenz, og flyttede til Plön, hvor han døde 29. september 1878. 25. april 1853 var han blevet Ridder af Dannebrog.