Am 31. Dezember 1975 landeten während der Invasions Osttimors indonesische Truppen in Manatuto. In der Stadt gab es Ende 1979 ein indonesisches Umsiedlungslager für Osttimoresen, die zur besseren Kontrolle von den indonesischen Besatzern umgesiedelt werden sollten. Bei der indonesischen Operation Donner 1999 blieb auch Manatuto nicht von Zerstörungen verschont.