Während der ersten, von 1918 bis 1920 währenden Unabhängigkeitszeit Aserbaidschans war er der erste Premierminister der Demokratischen Republik Aserbaidschan und führte von Mai 1918 bis April 1919 drei Kabinette, anschließend übernahm er das Außenministerium. Er förderte in seiner Amtszeit als Premierminister die 1919 erfolgte Gründung der Staatsuniversität von Aserbaidschan. Während des Russischen Bürgerkrieges lehnte er sowohl die Aufforderung der Sowjets zum Kampf gegen Anton Denikin als auch dessen Angebot zur Koalition gegen die Bolschewiken ab. Im April 1920, nachdem die von den Bolschewiki geführte Sowjetunion Aserbaidschan okkupiert hatte, floh er nach Georgien, das noch unabhängig war. In Tiflis wurde er 1920 vom geheimen armenischen Kommando Nemesis ermordet, als Rache für seine Rolle im Armenierpogrom in Baku 1918. Dieses steht durch Enver Pascha auch personell im Zusammenhang mit dem Völkermord an den Armeniern in der Türkei. Es wird aber auch als Reaktion auf die März-Ereignisse 1918 in Aserbaidschan sechs Monate zuvor gesehen, bei der mit den Bolschewisten verbündete armenische Nationalisten viele aserbaidschanische Zivilisten töteten. Getötet wurde er von Aram Jerkanjan. Xoyski wurde auf dem aserbaidschanischen Friedhof bei Tiflis beigesetzt.