1900-luvulla kaupungin asemaa pyhänä kaupunkina uhkasivat arabinationalismi ja sekularismi. Uudenaikaiset valtion hallinnon haarat veivät valtaa uskonoppineilta, jotka olivat perinteisesti hallinneet kaupunkia. Itsenäisessä Irakissa Karbala oli šiialaisten tärkeä keskus muuten sunnimuslimien johtamassa maassa. Tilanne synnytti luonnollisesti jännitteitä ja esimerkiksi vuonna 1977 satoja pyhiinvaeltajia pidätettiin. Tilannetta kiristi entisestään Iranin vallankumous vuonna 1979, joka nostatti valtaan šiialaisen uskonoppineen ajatollah Ruhollah Khomeinin. Khomeini oli asunut jonkinaikaa Irakissa ja hänellä oli läheiset yhteydet maan šiiajohtajiin. Irakin–Iranin sota ei myöskään helpottanut jännitteitä.