Saksan hyökätessä Puolaan vuonna 1939 Boruta-Spiechowicz johti operaatioryhmä "Bielskoa" ja hieman myöhemmin operaatioryhmä "Borutaa". Hyökkäyksen jälkeen marraskuussa 1939 hän jäi saksalaisten tapaan Puolaan edenneiden neuvostojoukkojen vangiksi. Elokuussa 1941 Boruta-Spiechowicz pääsi vapaaksi niin sanotun Sikorski-Mayski -sopimuksen avulla. Neuvostoliitossa alettiin koota puolalaisia sotilasyksiköitä, joihin kuului Boruta-Spiechowiczin sittemmin komentama 5. puolalainen jalkaväkidivisiioona. Puolalaiset joukot evakuoitiin lopulta Neuvostoliitosta [ensin Iraniin ja lopulta Isoon-Britanniaan. Boruta-Spiechowicz johti evakuoitavia joukkoja ja Britanniassa hänestä tuli puolaisen 5. armeijakunnan komentaja.