Custer fou comissionat com a sub-tinent al 2n de cavalleria, i immediatament s'uní al seu regiment a la Primera batalla de Bull Run, on el comandant de l'exèrcit Winfiel Scott el destacà perquè portés missatges al major general Irvin McDowell. Després de la batalla, fou assignat al 5è de cavalleria, on va servir durant els primers dies de la Campanya de la Península el 1862. Com a oficial de l'estat major del major general George Brinton McClellan, Custer fou promogut al rang de capità.