2 августа 1938 года в соответствии с приказом НКО № 0039/п батальоному комиссару Сусайкову было присвоено звание корпусной комиссар. В том же месяце назначен членом Военного совета (ЧВС) Орловского военного округа, в марте 1939 — ЧВС Белорусского особого военного округа. Иван Захарович был в числе делегатов XVIII съезда ВКП(б), проходившего в Москве с 10 по 21 марта. В сентябре принимал участие в польском походе в качестве ЧВС Белорусского фронта, в котором состоял до ноября. Сусайков входил в число военных и партийных руководителей, подписавших приказ № 005 Военного совета Белорусского фронта войскам фронта о целях вступления Красной Армии на территорию Западной Белоруссии. Принимал участие в советско-финской войне 1939-40 годов в должности комиссара 28-го Особого стрелкового корпуса. В июне 1940 года ЧВС Калининского военного округа, а 13 июля назначен членом Военного совета Прибалтийского военного округа, который был создан на основе управления Калининского военного округа до официального вхождения прибалтийских стран в состав СССР. 23 — 31 декабря 1940 года в Москве проходило совещание руководящего состава РККА, на котором было признано, что командование округа не справляется со своими обязанностями. Иван Захарович на совещании отсутствовал. 25 декабря 1940 года Сусайков выводится из Военного совета округа и переводится на должность заместителя начальника Главного автобронетанкового управления по политчасти. В марте 1941 года Иван Захарович был резко понижен в должности и назначен начальником Борисовского автотракторного училища.