Fu allora lo stesso Dessalines a prendere le redini della rivoluzione, aiutato anche dal sadismo e dalla ferocia del generale francese, che attuò una politica di sterminio e deportazione verso la popolazione, oltre che dalle malattie tropicali, che decimarono l'esercito invasore, incluso il proprio comandante. Il nuovo generale Marie-Joseph Donatien de Vimeur de Rochambeau attuò una repressione simile a quella del suo predecessore, ma anche la controparte nera agì per ordine di Dessalines, il quale fece giustiziare tra i 5000 e i 10.000 soldati francesi oltre che gran parte della popolazione bianca haitiana in quello che è conosciuto come il Massacro di Haiti del 1804. Il generale riuscì anche ad allearsi con l'Inghilterra, che sottopose l'isola a un blocco navale che costrinse i francesi a capitolare il 30 novembre 1803, reimbarcandosi per la Francia. Infine, il 1º gennaio 1804, Dessalines proclamò a Gonaïves l'indipendenza dell'isola, ribattezzata Haiti in omaggio alla prima denominazione fatta dai primi abitanti indigeni, "Ayti".