Beim Kongress-Baseball-Attentat vom 14. Juni 2017 wurde Scalise von dem 66-jährigen Baugutachter James Hodgkinson aus Belleville, Illinois, in die Hüfte geschossen. Der Attentäter starb nach einem Schusswechsel mit der Polizei. Bei der Einlieferung ins Krankenhaus war Scalise zunächst in einem kritischen Zustand, der nach mehreren Operationen stabilisiert werden konnte. Scalise kehrte am 28. September 2017 in den Kongress zurück.