پس از انتخاب احمدی‌نژاد به عنوان رئیس‌جمهور ایران و تمایل وی به پیشبرد برنامه هسته‌ای ایران و مخالفت غربی‌ها با این تلاش که منجر به صدور تحریم‌های علیه ایران انجامید، ترکیه همواره سعی کرد که به عنوان یک میانجی بین‌المللی بین ایران و اتحادیه اروپا و آمریکا عمل کند و طرفین را به حل دیپلماتیک این منازعه تشویق کند. ترکیه با این رویه سعی داشت از طرفی جایگاه خود را در خاورمیانه تقویت کند و از بروز جنگ در همسایگی خود جلوگیری نماید و از طرفی با این مانور سیاسی خود را برای عضو شدن دائم در اتحادیه اروپا مقتدر نشان دهد. موضوع جنگ داخلی سوریه نیز از مهم‌ترین چالش‌های روابط دوجانبه در این کشور بود. ترکیه همواره اعلام کرده بود روابط دوجانبه با ایران تحت تأثیر مسائل جنگ داخلی سوریه می‌باشد. در این دوره، تنها نقطه اشتراک از نظر سیاسی، موضعگیری دو کشور در قبال کودتای ۲۰۱۳ مصر بود که هردو کشور آن را محکوم کردند.