Este ramo tem como comandante o Chefe do Estado-Maior da Força Aérea (CEMFA), principal colaborador do Ministro da Defesa Nacional e do Chefe do Estado-Maior General das Forças Armadas. O Comandante Supremo é, por inerência, o Presidente da República Portuguesa. Ao longo da sua história, a FAP tem vindo a realizar a sua missão de forma eficaz, através da realização de operações de busca e salvamento em território nacional, salvando no decorrer dos anos milhares de vidas, defendendo o espaço aéreo nacional, realizando operações de apoio aéreo aproximado, transporte aéreo e reconhecimento aéreo em conflitos armados como a Guerra do Ultramar, e tem representado as forças armadas e Portugal em diversas missões internacionais, quer de âmbito humanitário como na Guerra Civil Angolana, cultural, como a participação em festivais e demonstrações aéreas, e de manutenção da paz, em missões como a Força Internacional para Timor-Leste e a Força do Kosovo.