Od 2006 Houghton jest selekcjonerem reprezentacji Indii. W 2007 roku przegrał po dwumeczu z Libanem eliminacje Mistrzostw Świata 2010. Mimo porażki w eliminacjach Houghton zachował stanowisko selekcjonera. W 2008 wygrał z reprezentacją Indii AFC Challenge Cup, co oznaczało wywalczenie awansu do Pucharu Azji, po 27-letniej przerwie. W 2010 przedłużył kontrakt z Indyjską Federacją do 2013.