Bereits während seiner Zeit bei Go Ahead Eagles Deventer übernahm er den Posten des Jugendtrainers und wurde später Co-Trainer der Profimannschaft. Danach wurde Lodeweges Trainer beim Gelderländer Amateurverein VVOG, bevor er den FC Zwolle, der Vorgängerverein von PEC Zwolle, betreute. In der Folge war Co-Trainer und Cheftrainer bei diversen Klubs in den Niederlanden und im Ausland. Von 2016 bis 2017 trainierte er die niederländische U20-Nationalmannschaft, bevor er über den Umweg als Co-Trainer in Zwolle als Assistenztrainer von Ronald Koeman zur niederländischen A-Nationalmannschaft stieß. Die "Elftal" hatte vor der Inthronisierung von Koeman und Lodeweges die Qualifikation für die EM 2016 in Frankreich und der Weltmeisterschaftsendrunde 2018 in Russland verpasst. Nachdem Dwight Lodeweges und Ronald Koeman die niederländische Mannschaft übernahmen, gelang "Nederlands Elftal" in der Gruppenphase in der Liga A in der UEFA Nations League der Gruppensieg vor Weltmeister Frankreich und dem Erzrivalen Deutschland. In den "Final four" erreichte die Niederlande das Finale und unterlag dort Europameister Portugal. In der Qualifikation für die europaweit ausgetragene EM-Endrunde qualifizierte sich die "Elftal" als Gruppenzweiter für das Turnier, dass aufgrund der Corona-Krise auf das Jahr 2021 verschoben wurde.