Pendant la Seconde Guerre mondiale, il fut le commandant en second de l'opération Torch, l'invasion alliée de l'Afrique du Nord. Adjoint du général Eisenhower, lors d'une visite secrète du sous-marin britannique HMS "Seraph", il débarque sur la côte algérienne à Messelmoun les 21 et 22 octobre 1942 pour rencontrer les mouvements de résistance français avec le consul Robert Murphy, où sont conclus les accords de Cherchell, qui vont contribuer significativement au succès rapide du débarquement Allié à Alger, le 8 novembre 1942 (16 jours après) et de toute l'opération Torch.&lt;br&gt; Clark obtint le commandement de la 5e Armée des États-Unis peu de temps avant la prise de Salerne, en Italie, en septembre 1943. En , il prit le commandement du d'armées, contrôlant ainsi toutes les troupes en Italie. Sa conduite des opérations pendant la bataille de Monte Cassino fut contestée, comme le furent la lenteur de la reconquête de l'Italie et son incapacité à capturer les unités allemandes de la ligne Gustave, où Clark hâta ses unités afin d'être le premier à entrer dans Rome plutôt que d'exploiter une faille dans les positions allemandes. Du fait des choix de Clark, la ligne Gustave ne fut brisée qu'un an plus tard.