Когда Цезарь поссорился с сенатом и двинулся на Рим, Лабиен отказался перейти Рубикон и отправился помогать Помпею и республиканцам. Он сражался при Эпидамне и Фарсале, затем последовал за Катоном в Африку, a после смерти Катона присоединился в Испании к сыновьям Помпея и был убит в сражении при Мунде. Голова Лабиена была отправлена Цезарю.