En 1940, les Japonais envahissent l'Indochine et Robert Moitessier, officier de réserve, est fait prisonnier. Bernard Moitessier arbore le drapeau français sur la façade de la maison familiale, et, arrêté avec sa mère et ses deux frères, manque d'être tué pour avoir esquivé la gifle d'un officier dans la prison où la famille reste retenue quelques semaines. En août 1945, le Japon capitule et toute la famille est relâchée, mais la flambée de violence continue et une guerre civile débute entre ceux qui veulent chasser les colons, ceux qui veulent rester fidèles à la France et les Français qui veulent garder leur rôle d'avant-guerre. C'est ainsi que les affrontements se succèdent. Bernard Moitessier fait d'abord partie d'une patrouille, puis est engagé comme matelot-interprète. Il participe parfois aux affrontements, en prenant bien soin de détourner son arme quand il est contraint de tirer sur quelqu'un. Après un an sous les drapeaux, il revient à la vie civile. Exemple et symbole de cette guerre fratricide, son frère Françou tue un de leurs amis d'enfance puis se suicide. Bernard réintègre l'entreprise paternelle pour une courte période, puis monte une entreprise de cabotage à la voile. Mais six mois plus tard, soupçonné de trafic d'armes par la sûreté française, il est contraint d'arrêter son activité florissante.