Миршаймер также выступал с острой критикой войны США в Ираке и плана урегулирования в бывшей Югославии. Его самой известной работой в соавторстве с Стивеном Уолтом стало исследование «Израильское лобби и внешняя политика США», в котором авторы утверждали, что слишком влиятельное израильское лобби в США направляет внешнюю политику страны не в интересах Америки.