20 червня 1821 р. в Мореї прийняв на себе командування армією та керівництво повстанням в ході Грецької війни за незалежність від Османської імперії, представляючи свого брата Олександра Іпсіланті. Незважаючи на популярність свого імені, він скоро втратив майже всякий престиж; цьому найбільше сприяли його явні претензії на корону.