Den 30 september 1965 genomfördes en blodig statskupp, möjligen av kommunistpartiet PKI som pekades ut som ansvariga. Den misslyckade kuppen åtföljdes av en motkupp, och armén som tagit makten under general Suhartos ledning startade ett blodigt massmord på påstådda kommunister och kommunistsympatisörer. Antikommunistiska organisationer och individer, i synnerhet muslimer, uppmuntrades att deltaga i mördandet av alla som misstänktes för att vara PKI-sympatisörer. Indoneser av kinesiskt ursprung föll också offer, Massakern i Indonesien 1965–1966 blev en av 1900-talets värsta massakrer. Det dödades mellan 100 000 och 2 miljoner människor; uppgifterna varierar.