Van Aerle spillede desuden 35 kampe for det hollandske landshold, som han debuterede for 14. oktober 1987 i en EM-kvalifikationskamp på udebane mod Polen. Han var en del af den hollandske trup, der vandt guld ved EM i 1988 i Vesttyskland. Her spillede han alle hollændernes fem kampe i turneringen, inklusive finalesejren over Sovjetunionen.