Выступая за молодёжную сборную Югославии, Халилходжич завоевал золото молодёжного чемпионата Европы в 1978 году. В составе взрослой сборной Югославии Вахид Халилходжич провёл 15 матчей и забил в них 8 мячей. Принимал участие в ЧЕ-1976 и ЧМ-1982.