När Mosby blev friställd 1901 var han utan både pension och sparpengar och president Roosevelt ordnade ett arbete åt honom som specialagent för inrikesdepartementet. I sitt nya ämbete tog han itu med de omfattande bedrägerier som gjorde det möjligt för stora boskapsägare i Nebraska att gratis förfoga över enorma arealer av federal betesmark. Roosevelt stödde honom i hans strid med boskapsägarna, men Mosby anklagade också de två republikanska senatorerna från Nebraska för delaktighet i bedrägerierna och det var att överstiga en politisk gräns som inte fick överstigas. Mosby blev omplacerad till justitidepartementet som biträdande jurist, med sin svåger som byråchef. Mot slutet av sitt liv bodde Mosby hos en av sina döttrar och fick under flera år lön utan att behöva arbeta. Han använde tiden för skriftlig polemik rörande gettysburgfälttåget där han försvarade J.E.B. Stuart. Mosby avled under ett kirurgiskt ingrepp 1916.