Fatto nuovamente ritorno a Verona, nel 1524 realizza un affresco, "Dio Padre e le sette Virtù", per il palazzo Portalupi, sotto commissione di Giulio della Torre. A partire da questi anni, il suo stile muterà nuovamente, orientandosi sempre di più verso quelli allora in voga a Roma e che si erano diffusi in Lombardia grazie alla circolazione delle stampe dei lavori di Raffaello e all'abbandono della città eterna da parte di molti artisti a seguito dello storico sacco che flagellò la città. Questo nuovo modo di concepire la pittura da parte di Giovan Francesco, già intravisto nell'affresco appena menzionato, arriverà alla sua massima espressione nella predella di San Bernardino, ora conservata a Bergamo. I continui viaggi di Giovan Francesco contribuirono anche ad importare a Verona numerose contaminazioni stilistiche, influendo su alcuni pittori locali come Francesco Morone e il Torbido.