No retorno à Ásia, Lewis Hamilton marcou sua sexta "pole position" no campeonato durante o Grande Prêmio do Japão, com um tempo de 1:18.404, sendo seguido no grid por Kimi Raikkonen e Heikki Kovalainen. Raikkonen largou melhor que Hamilton e dividiu a primeira curva com ele, fazendo com que Hamilton travasse as rodas e fosse na direção de Raikkonen, que ao se defender colidiu com Kovalainen, fazendo com que os três pilotos saíssem da pista e Robert Kubica assumiu a liderança, seguido por Fernando Alonso e Kovalainen. Na segunda volta, Felipe Massa perdeu o ponto de freada da curva 10 e colidiu com Hamilton, fazendo com que este rodasse na pista e fosse forçado a fazer uma parada para troca de pneus e reabastecimento, o retornando para a pista em 18.º lugar. Na volta 17, Massa e Hamilton receberam penalidades de "drive through", pelas colisões que haviam provocado nas duas primeiras voltas, com Hamilton cumprindo a punição na mesma volta e Massa na volta seguinte. Na volta 17, após as paradas de Kubica e Raikkonen, Kovalainen enfrentou problemas de motor e abandonou a corrida. Alonso parou na volta seguinte e retornou na liderança da corrida, abrindo oito segundos de vantagem nas voltas seguintes. Na volta 51, enquanto Sébastien Bourdais saia do pit lane, Massa que estava em oitavo tentou ultrapassá-lo mas colidiram na primeira curva, fazendo com que Massa rodasse na pista e voltasse atrás de Bourdais. Na volta 55, Raikkonen tentou ultrapassar Kubica para retomar a segunda colocação, porém sem sucesso. Fernando Alonso cruzou a linha de chegada na volta 67 para conquistar sua segunda vitória consecutiva da temporada, cinco segundos a frente de Kubica e seis a frente de Raikkonen, na terceira colocação.