Encorajada pela Segundo Bull Run, os Confederados fizeram sua primeira invasão do Norte com a Campanha de Maryland. O general Lee liderou homens do exército do norte da Virgínia através do rio Potomac em Maryland em 5 de setembro. Lincoln então restaurou as tropas de John Pope para McClellan. McClellan e Lee lutaram na Batalha de Antietam, perto de Sharpsburg, Maryland, em 17 de setembro de 1862, o dia mais sangrento da história militar dos Estados Unidos. O exército de Lee, finalmente controlado, retornou à Virgínia antes que McClellan pudesse destruí-lo. Antietam é considerada uma vitória da União porque interrompeu a invasão de Lee pelo Norte e proporcionou uma oportunidade para Lincoln anunciar sua Proclamação de Emancipação.