Im Zuge des aufkommenden Volksaufstandes trat Molnár am 30. Oktober 1956 von seinem Ministeramt zurück und übernahm wieder seine Funktion als Vorsitzender des Ausschusses für Geschichtswissenschaften der Akademie der Wissenschaften. Zugleich übernahm er 1957 auch wieder seine Professur für Geschichte an der Eötvös-Loránd-Universität und lehrte dort bis zu seinem Tode. Daneben wurde er Leiter der Abteilung für historischen und dialektischen Materialismus der ELTE. Des Weiteren war er zwischen 1957 und 1962 Präsident der Redaktionskommission der historischen Fachzeitschrift "Századok", deren Redaktion er bereits seit 1949 angehört hatte. 1958 wurde er Nachfolger von Erzsébet Andacs als Präsident der Historischen Gesellschaft "(Magyar Történelmi Társulat)" und bekleidete diese Funktion nach zwei Wiederwahlen bis zu seinem Tode, woraufhin Győző Ember seine Nachfolge antrat. Zudem fungierte er seit 1958 als Herausgeber der Zeitschrift "Acta Historica". In diesen Funktionen gab er eine Reihe von Studien zu nationalen Themen heraus und war maßgeblich an der Veröffentlichungen der 1964 und 1967 erschienenen zweibändigen Geschichte Ungarns "(Magyarország története)" beteiligt.