Maldonado Aguirre inició su carrera política en medio de la polarización que se vivía en Guatemala durante la guerra civil de ese país centroamericano. Era un férreo opositor al gobierno de Jacobo Arbenz, también participó en el golpe de Estado de 1954. Desde un principio se incorporó a la corriente política de derecha, formando parte del Movimiento de Liberación Nacional (MLN), por el que fue diputado de 1966 a 1970. En ese partido conoció al futuro Presidente de Guatemala Álvaro Arzú, junto con quien fueron expulsados del partido a finales de la década de 1970 por el líder de esa organización, Mario Sandoval Alarcón, por haberse tenido acercamiento con el partido de la Democracia Cristiana Guatemalteca.