Касније истог месеца, Баћовић је помогао у организовању четничкe Независне група националног отпора и желео је да ступи у контакт са британским снагама за које је очекивао да ће се искрцати на јужној јадранској обали. Баћовић и Остојић су 11. септембра 1944. упозорили четнички штаб да се муслимани и Хрвати у великом броју придружују партизанима и да четницима у Босни и Херцеговини недостаје хране и муниције. Предложили су да Михаиловић затражи савезничку окупацију Југославије или да ризикује да политички и војно изгуби рат. Истакли су да је југословенско становништво осетило да партизане сада подржавају три највеће савезничке силе, а да су четници остављени на цедилу. Баћовић је увек упозоравао Михаиловића да се пази сарадње са Немцима и Италијанима и често га упозоравао да Михаиловић не сме бити виђен да отворено сарађује са окупаторима. Партизани и Црвена армија су 20. октобра ослободили Београд, а четници су ускоро изгубили Србију, седиште свог покрета. После слома четничког покрета почетком 1945. Баћовић више није био одан Михаиловићу.