Wojskowy przewrót w Egipcie w 1952 roku doprowadził do przełamania impasu w rokowaniach egipsko-brytyjskich i w roku 1953 zawarto traktat, zgodnie z którym miało dojść do ewakuacji wojsk egipskich i brytyjskich z Sudanu, a po trzech latach sudańskie zgromadzenie konstytucyjne miało zadecydować o przyszłości kraju. Wybory do sudańskiego parlamentu wygrały ugrupowania proegipskie zjednoczone w ramach Partii Narodowo Unionistycznej i Al-Azhari został premierem, jednocześnie jednak gwałtowne demonstracje przeciwników unii z Egiptem były świadectwem ich siły. Zastępując 800 brytyjskich urzędników kolonialnych jedynie 4 z ich stanowisk oddano przedstawicielom południa, które nie było reprezentowane podczas rozmów w roku 1953. W rezultacie w 1955 roku w Ekwatorii wybuchł bunt, będący początkiem wojny domowej, który jednak przygasł po daniu południowcom obietnicy autonomii. 1 stycznia 1956 roku Sudan proklamował niepodległość.