En 1078-1079, la ville est prise par les Turcs seldjoukides qui ont en général une attitude très hostile envers les chrétiens (ils sont du reste la cause de la première croisade) ; les hospices de frère Gérard et sœur Agnès réussissent cependant à passer cette période avec le retour des Fatimides en 1098 et qui prend fin avec la prise de Jérusalem par les Croisés en 1099.