В апреле 1961 года Мануэль Пиньейро участвовал в боях на Плайя-Хирон. 6 июня 1961 был назначен заместителем министра внутренних дел Рамиро Вальдеса. С 1965 Пиньейро — член ЦК Коммунистической партии Кубы (КПК). В ведении Пиньейро находились спецслужбы и органы политического сыска — департамент разведки, департамент госбезопасности. Возглавляемые Пиньейро органы сыграли ключевую роль в ликвидации городского антикоммунистического подполья и важную — в подавлении сельского повстанческого движения. Проведённые спецоперации позволили захватить нескольких ведущих повстанческих командиров и боевиков. Эксперты рассматривали Пиньейро как «главного руководителя политической полиции Кубы».