Primele deteriorări ale podului, care rezistase nevătămat în ambele războaie mondiale, s-au produs în mai 1991, când artileria sârbă, comandată de Miodrag Perušić, a lovit podul în două locuri și a dărâmat clădirile aflate la capetele sale. Podul Vechi a rezistat 427 de ani, până pe 9 noiembrie 1993, când a fost distrus în timpul războiului bosniac de o serie de 60 de lovituri trase de tunurile tancurilor forțelor croate ale Republicii Croate Herțeg-Bosnia.