Gegenüber der feindlichen Übermacht wich das bayerische Heer bis nach Würzburg zurück, um sich dort mit dem Armeekorps des französischen Marschalls Bernadotte zu vereinigen. Unter Bernadotte deckten 30.000 Bayern die linke Flanke der "Grande Armée" Napoleons während deren Manöver gegen die österreichischen Streitkräfte bei Ulm. War das bayerische Heer am erfolgreichen Vorgehen gegen Mack, die zur Kapitulation eines Großteils der gegnerischen Truppen führte nicht direkt beteiligt, so befreite es nicht nur die Hauptstadt München, sondern auch weite Teile Altbayerns. Auch während der Schlacht bei Austerlitz sicherte das Korps die Flanken und Nachschubwege Napoleons. Unter großen Verlusten band die bayerische Armee Anfang Dezember 1805 dabei österreichische Truppen bei Iglau, die somit nicht in die für Napoleon siegreiche Dreikaiserschlacht von Austerlitz eingreifen konnten. In der Folge entstand das Königreich Bayern, das sich 1806 auf Druck Napoleons dem neu gegründeten Rheinbund anschloss.