All'inizio della stagione 2001-2002 Baggio mostra un'ottima vena realizzativa, ritrovandosi capocannoniere con 8 gol dopo 7 giornate. Tuttavia, il 21 ottobre 2001 rimedia una distorsione al ginocchio sinistro in seguito a un contrasto con Filippo Cristante nella sfida contro il : ripresosi rapidamente, rimedia un'altra distorsione una settimana più tardi, dopo un contrasto col centrocampista del Antonio Marasco, a cui segue la rottura del legamento crociato anteriore del ginocchio sinistro con lesione del menisco interno rimediata durante Parma-Brescia, nella semifinale di Coppa Italia. È operato a Bologna il 4 febbraio 2002 e riesce a rientrare in campo a 81 giorni dall'infortunio grazie a un pesante lavoro di rieducazione, a tre giornate dalla fine del campionato in casa contro la Fiorentina, gara del 21 aprile nella quale segna due gol. Nell'ultima di campionato contribuisce a salvare ancora il Brescia dalla retrocessione con un gol contro il Bologna (gara finita poi 3-0). La stagione si conclude con un bottino di 11 gol segnati in 12 partite, non sufficienti a garantirgli la convocazione per il Mondiale: il commissario tecnico della nazionale Giovanni Trapattoni, infatti, non lo ritiene in forma ottimale per via del recente infortunio.