В 1922 году Новгородов окончил университет и вместе с М. К. Аммосовым представлял Якутию в Народном комиссариате по делам национальностей. Он принимал участие в установлении границ ЯССР. Также Новгородов был избран Якутским губернским съездом ревкома в депутаты XI съезда РКП(б). Семён Новгородов умер от острой уремии 28 февраля 1924 года. Похоронен на Смоленском кладбище в Санкт-Петербурге.