De republiek bestond van 1996 tot 1999 toen Rusland het gebied heroverde. Hierbij kreeg de regering in Grozny nooit de complete controle over het gebied. Lokale krijgsheren, met name Arbi Barajev, beheersten grote gebieden en maakten zich schuldig aan mensensmokkel, ontvoeringen, diefstal, moord, slavenhandel en aanslagen op de Tsjetsjeense regering. Bovendien vochten ze onderling over hun territoria. Deze krijgsheren werden soms (tijdelijk) gesteund door de Russische FSB, die ook de Tsjetsjeense staat soms steunde en op deze wijze Itsjkerië trachtte te ondermijnen. Vanaf 1998 werd president Maschadov steeds vaker geconfronteerd met aanslagen op zijn regering, Hij stuurde troepen naar opstandige gebieden in het land, zoals naar Goedermes waar de zogenaamd wahabitische Barajev een poging deed om zijn maffioze heerschappij uit te breiden door te proberen de stad te veroveren. In een laatste reddingspoging om Basajev en zijn wahabisme te stoppen, verklaarde Maschadov de sharia wetgevend, maar het was te laat. Toen in 1999 de geradicaliseerde Basajev bovendien Dagestan binnentrok om ook dit gebied toe te voegen aan zijn gedroomde "islamitische staat" en er tegelijkertijd een serie bomaanslagen op Russische appartementen plaatsvonden, vielen de Russen onder leiding van ex-KGB'er Vladimir Poetin het gebied opnieuw binnen, en begon de Tweede Tsjetsjeense Oorlog.