מלחמת הבורים השנייה פרצה באוקטובר 1899, ופלטני שירת עם הגדוד הראשון של הרגימנט שלו בדרום אפריקה משלהי 1899, כשהוא מחזיק בדרגת ייצוג של לוטננט קולונל מ-11 בנובמבר 1899. הוא לחם בקרבות בלמונט, אנסלין ונהר מודדר (נובמבר 1899) ובקרב מג'רספונטיין (דצמבר 1899). בשנה שלאחר מכן מונה לסגן המפקד של הרגימנט באפריל, השתתף בצעדה לבלומפונטיין ופרטוריה, ובקרבות גבעת היהלומים (יוני 1900), בלפסט (אוגוסט 1900) ובמעבר לקומטיפורט בספטמבר. על שירותו במלחמה, הוא הועלה לדרגת קולונל ב-29 בנובמבר 1900. הוא נשאר עם הרגימנט שלו בדרום אפריקה עד שהמלחמה הסתיימה במאי 1902, ויצא לבריטניה באונייה בריטניה כחודשיים אחר כך.