Το 1817 μυήθηκε στην Οδησσό από τον Εμμανουήλ Ξάνθο στη Φιλική Εταιρεία. Έδρασε σαν οπλαρχηγός στη συνέχεια στις παραδουνάβιες περιοχές. Μετά την ήττα των επαναστατών στη Μάχη του Δραγατσανίου, υπερασπίστηκε μαζί με τον Γεωργάκη Ολύμπιο και 350 συντρόφους τους για 13 μέρες στη Μάχη στη Μονή Σέκκου. Στο τέλος ο Ολύμπιος ανατινάχθηκε στην πυριτιδαποθήκη, ενώ ο Φαρμάκης παραδόθηκε με όρους στον επικεφαλής των Τούρκων Σελίχ Πασά, έπειτα από διαμεσολάβηση Αυστριακού διπλωμάτη. Οι όροι όμως αυτοί δεν τηρήθηκαν ύστερα από