Iniziò la carriera di allenatore il 13 gennaio 1998 come vice di Guus Hiddink alla guida dei Paesi Bassi. Il successivo 1º luglio fu nominato commissario tecnico proprio dei oranje. Riuscì a condurre la sua nazionale fino alla semifinale dell'europeo 2000, giocato in casa. I Paesi Bassi fecero vedere un gioco tra i migliori della manifestazione, ma persero la semifinale contro l' ai tiri di rigore e Rijkaard si dimise immediatamente, il 30 giugno 2000.