Les sciences islamiques et hindoues ne sont plus soutenues par la couronne britannique, et presque toutes les "madrassa" perdent leur "waqf" (littéralement leur « fonds de dotation »). Mécontent de ces réformes, des musulmans et des hindous déclenchent la première rébellion en 1857, qui est écrasée par les forces armées britanniques, suivie de l'abdication du dernier empereur moghol Muhammad Bahâdur Shâh, la même année. En réaction, la reine Victoria supprime la CBIO et consolide le pouvoir en mettant directement le sous-continent sous l'aile de l'Empire britannique. Par conséquent, les symboles moghols sont supprimés, suscitant en retour l'hostilité de certains musulmans envers la « modernité occidentale » et une indisposition à faire usage des opportunités offertes par le nouveau régime. Cette tendance, qui se prolonge longtemps, se révèle désastreuse pour la communauté musulmane.