תוניסיה השקיעה באופן עקבי מאמצים בעמידה לצדה של אלג'יריה במאבקים בינלאומיים, זאת לעומת יחסיה הרעועים עם לוב. בשנות ה-70 שינתה תוניסיה את עמדתה כלפי סהרה המערבית כדי לא לפגוע ביחסיה עם הרשויות האלג'יריות. תוניסיה הייתה המדינה הראשונה שחתמה על חוזה האחווה וההסכמה עם אלג'יריה, בשנת 1983. לאורך ההיסטוריה העצמאית של אלג'יריה, היא הצטרפה למספר מיזמים כלכליים עם תוניסיה, כולל הצינור חוצה-המדינות שעובר מאלג'יריה דרך תוניסיה לאיטליה. בשנת 1987 קירבה הדחתו מהשלטון בתוניסיה של הנשיא חביב בורגיבה, והחלפתו בזין אל-עאבדין בן עלי הדיפלומטי יותר, את שתי המדינות שוב. לאחר המהפכה התוניסאית, כאשר האיסלאמיסטים המיוצגים על ידי תנועת א-נהדה לקחו את מושכות הכוח בקרתגו, היחסים בין המדינות הורעו, לאחר שפוליטיקאים מקומיים בתוניסיה האשימו את המשטר והמודיעין האלג'יראי במארב הטרור על סיור של צבא תוניסיה קרוב לגבולות ב-29 ביולי 2013. לטענתם קרתה התקרית בגלל חששות של אלג'יריה ממעבר המהפכה מתוניסיה לארצם, ובשל הצורך לערער את היציבות בביטחון הפנים השביר. שר הפנים של תוניסיה אמר כי לאלג'יריה הוקל כי תוניסיה לא מתכוונת לייצא אליהם את המהפכה. שתי המדינות חברות באיחוד האפריקני.