Na de verovering van Maastricht door Frederik Hendrik in 1632 werden beperkende maatregelen opgelegd aan het klooster, onder meer wat betreft de omvang, die tot 22 monniken beperkt werd. In 1673 werd het klooster beschadigd tijdens de belegering door de Fransen, maar later weer hersteld. Na een brand in 1681 moest de kerk opnieuw worden hersteld. In 1708 werd de kerk (opnieuw?) ingewijd door bisschop d'Ongnies van Roermond. Twee jaar na het beleg van 1794 werd het klooster door de Fransen opgeheven. De kloostergebouwen werden ingericht als kazerne en de kloosterkerk werd een militair magazijn.