Op 31 oktober 2004 liep officieel de ambtstermijn van president Leonid Koetsjma af. Bij de eerste ronde van de presidentsverkiezingen die op die dag plaatsvonden, nam Janoekovytsj het op tegen ongeveer vijfentwintig andere kandidaten, waarvan de kandidaat van de democratische oppositie, Viktor Joesjtsjenko, de belangrijkste was. Uiteindelijk won Joesjtsjenko de verkiezingen met een gering verschil: 39,87 % van de stemmen was voor Joesjtsjenko tegen 39,32 % voor Janoekovytsj. Van de resterende kandidaten behaalde niemand meer dan 6 % van de stemmen. In deze verkiezingen, die in het teken stonden van geweld, fraude en wederzijdse beschuldigingen, genoot Janoekovytsj de onofficiële steun van president Koetsjma, al had deze hem nooit officieel tot "kroonprins" benoemd. De staatsmedia besteedden vrijwel uitsluitend aandacht aan de campagne van Janoekovytsj en de onafhankelijke media werden in hun functioneren gedwarsboomd.