10 stycznia 1991 roku „Ark Royal” popłynął na wschodnie Morze Śródziemne w związku z wojną w Zatoce Perskiej, lecz ostatecznie nie było konieczności użycia okrętów na tym akwenie. W kwietniu 1993 roku ponownie został skierowany na Morze Śródziemne i Adriatyk jako okręt flagowy Task Group 612.02, wspierającej operację sił pokojowych ONZ w byłej Jugosławii. Jego samoloty brały udział w operacji "Deny Flight" do sierpnia 1993, kiedy został tam zastąpiony przez „Invincible”. Ponownie operował na Adriatyku od lutego 1994, a jego Harriery prowadziły loty rozpoznawcze i wymuszające zakaz lotów wokół oblężonego Sarajewa. 16 kwietnia 1994 jeden Sea Harrier został zestrzelony, pilot katapultował się. Służbę tam okręt pełnił do maja. W sierpniu 1994 roku został wycofany do rezerwy w Portsmouth, oczekując na planowany remont, który został odłożony z przyczyn finansowych.