V roce 1995 flotilu doplnil další letoun ATR 42 a společnost přepravila svého dvou miliontého cestujícího. O rok později se Croatia Airlines staly prvními aerolinkami létajícími do Sarajeva po Válce v Bosně a Hercegovině. V roce 1997 přibyl do flotily společnosti první Airbus A320, nesoucí jméno "Rijeka" a v roce 1998 první Airbus A319, nesoucí jméno "Zadar". V tomto roce se Croatia Airlines staly členem Asociace evropských aerolinií (AEA). V roce 1999 se flotila rozšířila o další dva nové Airbusy a společnost začala prodávat Boeingovou část letového parku. V té době přepravily již 5 milionů cestujících.