パキスタンはアメリカ同時多発テロ事件の後、アメリカ政府から「空爆して石器時代に戻す」と脅迫され、アメリカに協力していた。しかしパキスタンは19世紀のグレート・ゲームや20世紀のインド・パキスタン分離独立などの結果、パンジャーブ人やパシュトゥーン人などの複数の民族が相互不干渉の微妙なバランスの下で１つの国家を形成しているだけで、パンジャーブ人が主体となる中央政府がパシュトゥーン人の領域（連邦直轄部族地域）を支配している訳ではなかった。大英帝国の時代から連邦直轄部族地域（FATA）はパシュトゥーン部族の自治が認められており、中央政府の法律は現在でも及んでいない。また中央政府の軍隊が連邦直轄部族地域に入ったことも無かった。パキスタンは建国後も苦難の歴史が続き、印パ戦争で３回インドに敗北し、東パキスタン（バングラデシュ）を失い、現在もカシミール地方をいつ失うか分からない状態が続いている。インド軍はパキスタン軍の２倍の戦力を誇りパキスタンは通常戦力では歯が立たない為、軍統合情報局（ISI）がターリバーンやカシミール過激派を養成して、インド軍に対してゲリラ戦やテロ攻撃を仕掛けることを黙認している。またパキスタンは国家統一を図り、インドのヒンドゥー・ナショナリズムに対抗するためにイスラム化を進めたので、パキスタン国民の大半はオサマ・ビン・ラディンを英雄だと思っていた。パキスタンが国内でターリバーンやアルカーイダを取り締まることは困難であり、また将来の印パ戦争やカシミール紛争に向けてターリバーンを取り締まりすぎることは国益に合致しない。アメリカに対する協力は国内の反発を生み、2003年12月にカシミール過激派がムシャラフ大統領の暗殺未遂事件を起こした。パキスタン政府は重い腰を上げ、建国以来初めて南ワジリスタンに軍を派遣した（ワジリスタン紛争）。しかしパキスタンは国内のターリバーンの存在は否認しており、アメリカ軍の無人攻撃機や特殊部隊もクエッタなどの大都市には手を出せないでいた。連邦直轄部族地域の国境警備は現地採用の辺境部隊が担当しているが、辺境部隊の兵士はターリバーンと同じ民族であり思想的にも近いため、取り締まりには非協力的でありターリバーンの越境時に援護射撃を行う場合すらあった。