Κατά την Παλινόρθωση το 1660, οι νέες αρχές απομάκρυναν τον Ουίλκινς από τη θέση που του έδωσε ο Κρόμγουελ. Έλαβε τη θέση του πρεβενδάριου στο Γιορκ και του εφημέριου στο Κράνφορντ του Μίντλσεξ. Το 1661 υποβαθμίστηκε σε ιεροκήρυκα στο Γκρέις Ιν, καταλύοντας με τον φίλο του Σεθ Ουάρντ. Το 1662 έγινε εφημέριος στον ναό του Αγίου Λαυρεντίου του Εβραίου, στο Λονδίνο. Υπέφερε κατά τη Μεγάλη πυρκαγιά του Λονδίνου, χάνοντας τον οίκο, την βιβλιοθήκη και τα επιστημονικά όργανά του.