Maria Anna starb am 16. Mai 1696 im Alter von 61 Jahren im Uceda Palast in Madrid an Brustkrebs und wurde im "Pantheon der Könige" des Klosters El Escorial bestattet. Knapp drei Jahre später verschied auch Joseph Ferdinand im Alter von nur sechs Jahren. 1700/1701 brach nach dem Tode Karls II. der spanische Erbfolgekrieg aus.