Pour la Coupe du monde 1998, le Togo est éliminé au second tour, terminant dernier. À la CAN 1998, il termine dernier malgré une victoire contre le Ghana (2-1). Une des plus larges défaites de l’équipe du Togo de football fut enregistrée le , à Tunis, contre la Tunisie, sur le score de 7 buts à 0. À la CAN 2000, il frôla de peu la qualification pour les quarts, avec une égalité parfaite entre les 4 équipes (Cameroun, Ghana, Togo et Côte d’Ivoire) mais la différence de buts a permis au Cameroun et au Ghana de passer. Pour la Coupe du monde de football 2002, le Togo passe le premier tour en éliminant la Guinée-Bissau, mais fut classé quatrième sur cinq, dans la poule du Cameroun, de la Zambie, de la Libye et l’Angola. À la CAN 2002, il termina troisième du groupe, composé de la Côte d’Ivoire, de la RD Congo et du Cameroun. Pour la CAN 2004, il termine deuxième du groupe composé de la Mauritanie, du Cap-Vert et du Kenya, mais il n’est pas classé dans les deux meilleurs seconds, donc ne participe pas. À la CAN 2006, il tomba contre le Cameroun, la RD Congo et l’Angola. Il perd ses trois matchs, ne marquant que deux buts par l’intermédiaire de Mohamed Abdel Kader Coubadja Touré et de Mamam Cherif Touré contre l’Angola (2-3).