Au cours de sa carrière, Jaenecke est également un membre régulier de l'équipe d'Allemagne. Avec la sélection il dispute trois tournois olympiques, remportant le bronze en 1932. Il dispute sept championnats du monde, recevant l'argent en 1930 et le bronze en 1932 et 1934. À cela, s'ajoute deux titres de champion d'Europe en 1930 et 1934 et six médailles de bronze. Précédant les Jeux olympiques d'hiver de 1936 organisés à Garmisch-Partenkirchen en Allemagne, les officiels nazis ne retiennent pas Rudi Ball dans l'équipe car il est à moitié juif. Jaenecke menace alors de ne pas participer sans son ami. Ne pouvant imaginer participer sans leurs deux meilleurs joueurs, les dirigeants allemands sélectionnent Ball. Entre 1927 et 1942, Jaenecke a porté le maillot de l'équipe nationale à 82 reprises, marquant 43 buts soit le quart du total inscrit par l'équipe durant cette période.