In den 1860er Jahren nahm Clarke als "Deputy Assistant Master-General" an den Neuseelandkriegen teil. Nachdem er das 57. Regiment während des Zulukriegs 1879 befehligt hatte, wurde Clarke 1880 Kommandant (Commandant-General) der britischen Kolonialtruppen am Kap der Guten Hoffnung (Colonial Forces of the Cape of Good Hope). Während seines Kommandos, das bis 1882 dauerte, führte er Kampagnen in Basutoland und Transkei. Anschließend folgte von 1883 bis 1884 für Clarke eine Verwendung als "Assistent Adjutant Quartermaster General" in Aldershot. Von 1884 bis 1886 war er "Assistent Adjutant General Headquarters". Darauf folgte eine Verwendung als "Deputy Adjutant-General" in Irland. Im Jahr 1889, im Alter von fünfzig Jahren, wurde Clarke zum Brigadier befördert und wieder nach Aldershot versetzt, wo er zunächst die 3. Infanteriebrigade kommandierte und ab 1892 den Dienstposten eines "Deputy Adjutant-General, HQ" bekleidete. Im Folgejahr, 1893, wurde Clarke Oberkommandierender (Commander-in-Chief) der Madras Army, einer der drei Präsidentschaftsarmeen Britisch-Indiens. Unter Clarkes Führung wurde die Madras Army 1895 ebenso wie die Armeen der beiden anderen Präsidentschaften als selbstständige Armee aufgelöst und in der Army of India zusammengefasst. Die Army of India wurde in vier Kommandobereiche aufgeteilt, die jeweils von einem Lieutenant-General geführt wurden. Clarke erhielt das entsprechende Kommando in Madras und behielt es bis 1898. Von 1893 bis 1895 war er auch Mitglied des "Council Governing" für Madras. Nach seiner Rückkehr nach Europa wurde er 1899 zum Nachfolger George Stuart Whites als "Quartermaster-General to the Forces" ernannt und war als solcher für Fragen der Versorgung und Unterbringung der gesamten British Army zuständig. Während seiner Amtszeit, die bis 1903 dauerte, war er unter anderem mit Maßnahmen zur Heeresvergrößerung während des Zweiten Burenkriegs beschäftigt.