Em 2004, entregou-se ao TPII e, em 2013, estava entre os seis oficiais bósnio-croatas condenados por crimes de guerra contra a população de bosníacos durante a Guerra Croata-Bosníaca. Foi condenado a 20 anos de prisão. Recorreu no início de 2017. No entanto, ao ouvir o veredicto de culpado confirmado em novembro de 2017, Praljak cometeu suicídio ao ingerir cianureto na sala do tribunal; morreu algumas horas depois.