במהלך השנה הראשונה לכהונתו השנייה, קיים בותפליקה משאל עם על "תוכנית הפיוס הלאומית", שמטרתה המוצהרת היא סיום מלחמת האזרחים במדינה, הן מבחינה פוליטית והן מבחינה משפטית. התוכנית זכתה לתמיכה רחבה שבעקבותיה הורה בותפליקה לממשלה ולפרלמנט לבדוק את פרטי יישומה. מבקריו טוענים כי התוכנית רק תעניק חסינות לאנשי הצבא ולטרוריסטים שביצעו פשעים במהלך המלחמה, וקראו ליישום תוכנית דומה לוועדת האמת והפיוס של דרום אפריקה. בותפליקה התעלם מדרישה זו וזכה לתמיכה מצד הלאומנים, האסלאמיסטים והדמוקרטים, מלבד אנשי המפלגה הסוציאליסטית FFS.