La prima Repubblica Cisalpina durò fino al 1799, quando fu occupata e sciolta dagli austriaci e dai russi, ovvero da due degli eserciti che facevano parte della seconda coalizione. Nell'anno 1800 Napoleone invase nuovamente l'Italia proveniente dall'Egitto riuscendo a riconquistare i territori precedentemente sottratti dalla seconda coalizione e ridando vita, tra l'altro, alla Repubblica Cisalpina. Nell'occasione Napoleone decretò l'utilizzo del tricolore per le Guardie Nazionali di ogni città. Un proclama del 20 settembre 1800 ribadì i colori della coccarda nazionale, ovvero bianco, rosso e verde, specificando che essa doveva essere apposta sui vestiti in modo tale da essere ben visibile. In questo contesto nacque la Repubblica Subalpina, organismo statale filo napoleonico che sostituì il Regno di Sardegna sabaudo: anche la Repubblica Subalpina ebbe vita breve, dato che l'11 settembre 1802 fu annessa alla prima Repubblica francese.