Il Tashichoedzong fu quasi totalmente distrutto dal tremendo terremoto del 1897 e da altri incendi, ma ogni volta è stato ricostruito dai Desi e dai Je Khenpo del tempo. Nel 1962, dopo che la capitale fu trasferita da Punakha a Thimphu, l'attuale dzong fu ricostruito dal terzo re, Jigme Dorji Wangchuck, come sede del governo seguendo un piano diverso da quello precedente. Solo la torre centrale, il Lhakhang Sarp (nuovo tempio) e il principale Gönkhang (tempio protettore) rimangono dal precedente Dzong. Dopo il suo completamento nel 1968, il nuovo Tashichoedzong fu consacrato dal 66º Je Khenpo Yonten Tarchin; il 16° Karmapa Rangjung Rigpai Dorje; e Je Kudre, Jamyang Yeshe.