Hancock stemde bij het referendum over het Britse lidmaatschap van de Europese Unie tegen een Brexit. Als kandidaat voor het partijleiderschap sprak hij zich uit tegen een 'no-deal'-Brexit: beëindiging van het Britse lidmaatschap zonder dat er een overeenkomst is gesloten tussen de EU en het Verenigd Koninkrijk over de voorwaarden van het vertrek. Hancock bleef minister van volksgezondheidszorg en sociale zaken in de regering van Boris Johnson, die een 'no-deal'-Brexit nadrukkelijk niet uitsloot. Ook in het kabinet Johnson-II, dat op 13 december 2019 aantrad, hield hij deze post en speelde een centrale rol bij de ontwikkeling van het Britse beleid tijdens de coronapandemie.