หลังการปฏิวัติคิวบา เกบารามีบทบาทสำคัญหลายอย่างในรัฐบาลใหม่ ไม่ว่าจะเป็นการร่วมพิจารณาคดีในศาลปฏิวัติ ทบทวนการอุทธรณ์และการยิงเป้าอาชญากรสงครามที่ถูกตัดสินลงโทษ ริเริ่มการปฏิรูปที่ดินการเกษตรในฐานะรัฐมนตรีอุตสาหกรรม เป็นหัวหอกการรณรงค์เพื่อการรู้หนังสือทั่วประเทศซึ่งประสบผลสำเร็จ ปฏิบัติหน้าที่ผู้ว่าการธนาคารแห่งชาติและผู้อำนวยการฝึกสอนให้แก่กองทัพคิวบา และเดินทางไปทั่วโลกในฐานะผู้แทนทางทูตจากสังคมนิยมคิวบา ตำแหน่งต่าง ๆ ดังกล่าวยังทำให้เขามีหน้าที่หลักในการฝึกสอนกองกำลังอาสาสมัครซึ่งสามารถขับไล่ผู้บุกครองอ่าวหมูออกไปได้ และชักนำให้สหภาพโซเวียตเข้ามาติดตั้งขีปนาวุธนิวเคลียร์ในคิวบาซึ่งกระตุ้นให้เกิดวิกฤตการณ์ขีปนาวุธใน ค.ศ. 1962 นอกจากนี้ เขายังเป็นนักจดบันทึกและนักเขียนที่ผลิตผลงานออกมาจำนวนมาก โดยเขียนคู่มือการสงครามกองโจรต้นแบบ ร่วมกับบันทึกความทรงจำเกี่ยวกับการเดินทางไปทั่วทวีปด้วยจักรยานยนต์ในวัยหนุ่มของเขา ประสบการณ์ชีวิตและความรู้เกี่ยวกับลัทธิมากซ์-เลนินนำพาให้เขาสรุปว่าความด้อยพัฒนาและการตกอยู่ในภาวะพึ่งพาของโลกที่สามเป็นผลที่แท้จริงจากจักรวรรดินิยม ลัทธิอาณานิคมแนวใหม่ และทุนนิยมผูกขาด ทางเยียวยามีเพียงทางเดียวคือการใช้แนวคิดสากลนิยมของชั้นชนกรรมาชีพและการปฏิวัติโลก เกบาราออกจากคิวบาใน ค.ศ. 1965 เพื่อก่อการปฏิวัติคอมมิวนิสต์ในประเทศอื่น ครั้งแรกในคองโก-กินชาซาแต่ไม่ประสบความสำเร็จ และครั้งต่อมาในโบลิเวีย ที่นี่เขาถูกกองทัพโบลิเวียซึ่งมีซีไอเอสนับสนุนอยู่จับ และถูกประหารชีวิตโดยไม่ผ่านกระบวนการยุติธรรม