Ще більша міграція почалася з початком Визвольної війни під проводом Богдана Хмельницького у 1648 році, а згодом після ухвал Переяславської ради (щодо союзу з Московією). У 1662 році в Москві створено Малоросійський приказ, до якого регулярно прибували посольства з гетьманських столиць та Запорізької січі. Водночас почалося переселення української інтелігенції до Москви (чимало науковців, священиків, освітян). В результаті у 1669 році утворилося Малоросійські подвір'я. За статистичними підрахунками науковця О.Брюкнера український вплив в значній мірі європеїзував тогочасну Москву.