São Tomé og Príncipes kvinnelandslags historie dermed svært kort. I kvaøifiseringen til Afrikamesterskapet i 2002 møtte de naboen Gabon og tapte klart i begge kampene. Deretter, i kvalifiseringen til 2006-mesterskapet møtte laget Togo. São Tomé og Príncipe tapte igjen klart for mesterskapsdebutanten. Det var den siste registrerte kampen til São Tomé og Príncipe.