بوتفلیقه در ۱۹۹۹ دوباره به الجزایر بازگشت و با حمایت احزاب جبهه آزادی‌بخش میهنی و فراخوان میهنی برای مردم‌سالاری کاندیدای ریاست‌جمهوری شد و پس از تحریم انتخابات از سوی کاندیداهای اپوزیسیون به ریاست جمهوری انتخاب شد. او پس از پیروزی برای پایان جنگ داخلی با اسلام‌گرایان تلاش کرد. او در سال ۲۰۰۴ با ۸۵٪ آراء و در سال ۲۰۰۹ با ۹۰٪ آراء مجدداً به ریاست جمهوری رسید.