Assez rapidement une mésentente s’établit entre les Maltais et les Français sur des questions d'abord religieuses. Des mouvements d'opposition aux Français se créent, attisés en sous-main par les Britanniques qui viennent de détruire la flotte méditerranéenne française à la bataille d'Akoubir le août 1798. La Royal Navy impose alors un blocus maritime, appuie une révolte des Maltais contre les autorités d'occupation françaises.