En forma paralela sobre el tema belicista del himno, esta la polémica sobre su origen santanista, ya que Antonio López de Santa Anna es uno, si no, el más odiado personaje de la historia mexicana, sobre todo se recuerda su participación en la Intervención estadounidense en México y en la Guerra Texana, los principales defensores de esta polémica están en la llamada Izquierda, mientras los llamados políticos de Derecha normalmente defienden el himno como una obra propia de su tiempo que ha ganado su lugar en la historia y estima del pueblo. Como refuerzo del rechazo al himno se marca su estilo musical conocido como "Quinta Real" por su parecido con la Marcha Real, una marcha militar que desde 1791 se usa como himno de España.