Budowę zabudowań jezuickich podjęto w 1647 roku pod koniec panowania króla Władysława IV i w 1650 roku otworzono kolegium ze szkołą, jednak dalszą budowę przerwano w 1654 po wybuchu wojny polsko-rosyjskiej. Pierwszy kościół pw. śś. Piotra i Pawła zbudowano około 1654 z fundacji proboszcza Franciszka Dołmat-Isajkowskiego. W listopadzie 1654 do Grodna przyjechał król Jan Kazimierz, aby w obliczu zagrożenia ze strony wojsk rosyjskich ciągnących na zachód, pogodzić zwaśnionych hetmanów Janusza Radziwiłła i Wincentego Gosiewskiego. Król modlił się w kościele jezuitów. Obrona Grodna jednak nie powiodła się i wojska moskiewskie zajęły miasto, które opuściły w 1659.