Una volta tornati in Serie A, Zamparini, grazie anche a dirigenti come Rino Foschi o Rinaldo Sagramola, riuscì a costruire un Palermo che stazionasse nella prima metà di classifica. Le prime tre stagioni si conclusero con altrettante qualificazioni alla Coppa UEFA. Se quella del primo anno, quando Guidolin restò in carica fino alla fine della stagione, fu una piacevole sorpresa e quella del 2005-2006 arrivò solo dopo le sentenze dello scandalo Calciopoli, il quinto posto della stagione 2006-2007 fu meno felice. La squadra infatti, nuovamente assegnata a Guidolin dopo un anno di separazione, lottò per tutto il girone d'andata con e per il vertice della classifica, per poi crollare nel girone di ritorno, senza neanche riuscire a qualificarsi per la UEFA Champions League. Complice l'infortunio del centravanti Amauri, per il Palermo incominciò una crisi di gioco e di risultati, specialmente dopo la vittoria del 2 febbraio 2007 in un derby col Catania che diventerà tristemente celebre: negli scontri avvenuti durante e dopo la partita attorno allo Stadio Angelo Massimino, morì l'Ispettore Capo della Polizia di Stato Filippo Raciti e tutte le competizioni organizzate sotto l'egida della FIGC (dalla Serie A alle categorie giovanili), conseguentemente, furono sospese "fino a nuova determinazione".