Im Oktober 1807 verließ Munro Indien in Richtung Großbritannien und war dort die nächsten sechs Jahre als Regierungsberater für indische Angelegenheiten tätig. Die von ihm gemachten Vorschläge zur Reform des Systems der Steuererhebung, des Militärwesens, der Rechtspflege und des Polizeiwesens stießen auf breite Zustimmung. Im Juni 1813 verlieh ihm der Prinzregent Georg den Brevet-Rang eines Colonel der British Army. Am 30. März 1814 heiratete er Jane Campbell und kehrte im Herbst 1814 zusammen mit dieser nach Madras zurück, um seine Reformkonzepte umzusetzen. Dies gelang ihm zumindest zum Teil durch Beharrlichkeit gegen lokale Widerstände. 1817 brach der Dritte Marathenkrieg aus und Munro wurde im Rang eines Brigadier-General wieder in den militärischen Dienst reaktiviert und später zum Major-General befördert. Bei dem Feldzug gegen Maratha war er trotz nur kleiner ihm zur Verfügung stehender Kräfte außerordentlich erfolgreich. Nach Kriegsende begab er sich wieder nach England. Im Oktober 1818 wurde er als "Companion" des Bathordens (CB) ausgezeichnet und am 26. November 1819 als Knight Commander des Bathordens (KCB) geadelt. Wenig später erhielt er die Ernennung zum Gouverneur der Präsidentschaft Madras als Nachfolger von Hugh Elliot und schiffte sich gegen Jahresende 1819 wieder Richtung Indien ein.