Læger uden Grænser begyndte arbejdet i Srebrenica i Bosnien og Herzegovina som en del af en af FN's konvojer i 1993, et år efter Krigen i Bosnien-Hercegovina var brudt ud. Byen var blevet omringet af den serbiske hær og var med sine omkring 60.000 bosniakker en enklave, der blev beskyttet af UNPROFOR, en styrke udsendt af FN. MSF var den eneste organisation, der ydede lægehjælp til områdets civile. Ligeledes fordømte MSF ikke folkemordene af frygt for at blive udvist af landet; organisationen fordømte dog at andre organisationer blev nægtet adgang. MSF blev tvunget til at forlade området i 1995, da den serbiske hær erobrede byen. 40.000 civile bosniakker blev deporterede, mens omkring 7.000 blev dræbt i massehenrettelser.