Im Jahr 1992, nach dem Zerfall der Sowjetunion, war der FK Tjumen Gründungsmitglied der neu entstandenen Obersten Liga, jedoch stieg das Team als Tabellenletzter von 20 Teams ab. In der Saison 1993 gelang durch den Sieg in der Ost-Staffel der 1. Liga die Rückkehr ins russische Fußballoberhaus und 1994 konnte die Mannschaft mit einem 12. Platz die beste Ligaplatzierung der Vereinsgeschichte erreichen. Nach dem Abstieg 1995 gelang 1996 der erneute Aufstieg in die Oberste Liga.