Участник Гражданской войны в России в составе Белой армии. В июле 1918 года был вызван В. О. Каппелем в Самару и назначен инспектором кавалерии Народной армии. По март 1919 года Борис Остроградский занимался в Омске пополнением Народной армии. С марта этого же года стал командиром 1-й бригады 2-й Уфимской кавалерийской дивизии в составе 3-го Уральского корпуса горных стрелков в Западной армии войск А. В. Колчака. Сражался под Уфой, Бирском, Златоустом и Челябинском. Чина генерал-майора был удостоен в сентябре 1919 года. Участник Сибирского Ледяного похода. В марте 1920 года он был назначен генералом для особых поручений при штабе Дальневосточной армии, занимался инспектированием кавалерийских частей. Через год, в марте 1921 года, вместе с 3-м корпусом генерала В. М. Молчанова прибыл во Владивосток. С сентября 1921 года был назначен внештатным генералом для поручений при командующем войсками Временного Приамурского правительства. Здесь в этом же году стал вице-председателем монархической организации «Вера, царь и народ» и вице-председателем «Общества кадровых офицеров».