В 1576 году в Москве открывается другая лютеранская церковь. До этого немецкие проповедники уже пытались обратить Ивана Грозного в свою веру, но безуспешно. Лютеранам долгое время под страхом смерти запрещалось распространять своё учение среди русских. В XVII веке открывается новый канал распространения лютеранства в Россию — через Ингерманландию. В 1611 году зафиксирован евангелический приход в Лемболово. В 1641 году уже существовала лютеранская епархия скандинавской традиции с центром в Нарве. Тем не менее пленные немцы и шотландцы, расселённые по разным российским городам после Ливонской войны, получили от царя право свободного исповедания своей веры. В Москве немцы селятся в слободе Кукуй, где у них был не только свой пастор, но и кирха. Вообще при Иване Грозном в России лютеранам жилось гораздо легче, чем их единоверцам в Западной Европе. Самым благоприятным для протестантов было царствование Бориса Годунова. При нём уже в самом центре Москвы — Белом городе — на деньги самого царя строится церковь, куда специально приглашаются проповедники из Германии. В период Смуты положение лютеранской общины стало неустойчивым: если Лжедмитрий I не чинил «иноверцам» никаких препятствий, то Лжедмитрий II едва не истребил их всех. Лютеран обвиняют в непочтительном отношении к русским святыням: якобы они сидят и спят на иконах, строят возле церквей корчмы и «всякое осквернение от немцев русским бывает».