Han blev president i Förbundsrepubliken Jugoslavien 1997. Han avgick från presidentposten den 6 oktober 2000 efter att ha förlorat valet den 24 september. Han blev arresterad och åtalad för bland annat maktmissbruk i Serbien i april 2001. Han utlämnades till Internationella krigsförbrytartribunalen för det forna Jugoslavien den 28 juni 2001. Milošević häktades av krigsförbrytartribunalen och var åtalad misstänkt för brott begångna under kriget i före detta Jugoslavien under hans tid vid makten. Han åtalades i oktober 2001 misstänkt för krigsförbrytelser och brott mot mänskligheten under kriget i Kroatien och åtalades i november 2001 misstänkt för folkmord och krigsförbrytelser under kriget i Bosnien samt kriget i Kosovo. Milošević hann dock avlida innan rättegångarna avslutats.