1991 blieb Morbidelli Testfahrer bei Ferrari und wurde Stammfahrer bei Minardi. Er erreichte viermal die Top-10 und ein siebter Platz in Mexiko war sein bestes Ergebnis. Für das letzte Rennen, dem Großen Preis von Australien, wechselte er zu Ferrari. Er ersetzte dort Alain Prost, der das Team zuvor verlassen hatte. Morbidelli wurde Sechster und kam damit erstmals in die Punkteränge. Da das Rennen wegen extremen Regens nach 14 von 81 Runden abgebrochen wurde, bekam er nur einen halben Punkt. Er beendete die Saison auf dem 24. Gesamtrang.