Stabilitosi nella top 50, Wattana non ottiene altre grandi prestazioni nella sua seconda parte di carriera. Dopo 8 anni di fila, il thailandese manca la qualificazione al Campionato mondiale nel 2000, riuscendo comunque a figurare al Crucible Theatre nelle successive quattro edizioni e nel 2006, uscendo sempre al primo turno. Nella stagione 2007-2008 partecipa alla fase finale solo in due tornei, il Northern Ireland Trophy e lo UK Championship, oltre che uno molto minore, la Euro-Asia Masters Challenge, in cui perde in finale. Al termine dell'annata esce dal Main Tour dopo 19 stagioni consecutive.