Cissé was aanvoerder van het Senegalese elftal dat op het WK 2002 de kwartfinale haalde. Hij speelde op dat WK vier van de vijf wedstrijden, enkel in de tweede groepswedstrijd tegen Denemarken bleef hij op de bank. In datzelfde jaar 2002 bereikte Cissé met Senegal de finale van de Afrika Cup, maar daarin beet Senegal in het zand tegen Kameroen. In de strafschoppenreeks tijdens de finale was Cissé een van de drie Senegalezen die een strafschop miste. Cissé kwam ook in actie op de Afrika Cup 2004, maar daarin werd Senegal reeds in de kwartfinale gewipt door gastland Tunesië.