Το 1943 ο Φρικ αντικαθίσταται από τον Χίμλερ, καθώς ο Χίτλερ θέλει όλο και πιο έντονα την επικράτηση της SS σε όλες τις εκφάνσεις του Γερμανικού Ράιχ. Ο Φρικ παραμένει Υπουργός άνευ χαρτοφυλακίου και τοποθετείται ως "Προστάτης του Ράιχ" στο Προτεκτοράτο της Βοημίας και Μοραβίας (Reichsprotektor für Böhmen und Mähren), την διαμελισμένη και υπό γερμανική κατοχή Τσεχία, θέση στην οποία παραμένει μέχρι την κατάρρευση της Γερμανίας και την λήξη του Πολέμου. Τον Μάιο του 1945 ο Φρικ συλλαμβάνεται από τις αμερικανικές δυνάμεις και παραπέμπεται να δικαστεί στην Δίκη της Νυρεμβέργης.