A pesar de un buen arranque en la temporada 2012-13, con una victoria en la Community Shield contra el Chelsea en Villa Park por 3 a 2, Agüero tuvo que ser sustituido en el primer juego de liga ante el Southampton debido a una lesión de tobillo, por lo que no pudo disputar un partido ante el Real Madrid por la Champions League. Luego de ese partido, Agüero declaró que hubiese fichado por el Real Madrid si estos hubiesen hecho una oferta por él en 2011, pero luego pasó a decir "que no le dejaron otra opción que fichar por el City". El Kun regresó en un empate 1 a 1 contra el Arsenal por la Premier League y anotó su primer gol en la temporada ante Fulham el 29 de septiembre. Sin embargo, cuando estaba recuperando su mejor momento de forma volvió a lesionarse en una victoria 3 a 0 ante el Stoke el 2 de enero.