Beim Massaker von Kamenez-Podolsk am 29./30. August 1941 wurden nach einer Absprache zwischen Jeckeln und Wehrmacht erstmals alle Juden einer größeren Stadt ermordet. Unter den 23.000 Opfern waren 14.000 aus Ungarn deportierte Juden. Ab 15. September begannen die Einsatzgruppen C und D sowie die Polizeibataillone, alle Juden größerer Städte der Ukraine zu ermorden: zuerst in Shitomir, in der Schlucht von Babyn Jar bei Kiew, dann in der Schlucht von Drobyzkyj Jar bei Charkiw. Ab Oktober ermordeten Einsatzgruppen und Bataillone in der Westukraine alle Juden, die sie bei der ersten Mordwelle übrig gelassen hatten. Auch in Weißrussland ermordeten Schutzstaffel, Polizei und die 707. Infanterie-Division ab Oktober die Juden in größeren Städten wie Witebsk, Polozk, Borissow und in ländlichen Gegenden. In weiter östlichen Gebieten Russlands konnten viele Juden rechtzeitig fliehen; die Verbliebenen wurden ebenfalls ermordet, so in Smolensk, Rostow und Kalinin. Am 30. November und 7./8. Dezember ließ der neue Höhere SS- und Polizeiführer Friedrich Jeckeln in Riga mit allen verfügbaren Polizeibataillonen den Großteil der lettischen Juden ermorden, um das dortige Ghetto für nachrückende Judentransporte aus dem Deutschen Reich zu leeren.