Etter dette overtok McIlroy . Han gikk imidlertid av etter at laget hadde skuffet kapitalt og ikke scoret ett eneste mål i kvalifiseringen til fotball-EM i 2000. Deretter tok han over Stockport County, som han ledet frem til november 2004. I november 2005 ble han midlertidig manager for Morecambe FC, og med han som sjef i siste del av sesongen ble klubben nummer 5 i Conference National. Dermed var laget kvalifisert for playoff til The Football League, men klubben tapte 4-3 sammenlagt mot Hereford United FC i en dramatisk playoff semifinale.