При императоре Иоанне I Цимисхии, дукс, командовавший профессиональными войсками тагматами, размещенными в феме, был переведен в город и, кажется, сосуществовал некоторое время со стратигом прежде чем принял обязанности последнего. В XI веке дукат Фессалоник имел такую важность, что он часто управлялся членами императорской семьи. Город и большая часть Македонии были захвачены латинянами после Четвёртого Крестового похода и стали частью королевства Фессалоник, которое просуществовало до 1224 года, когда оно было захвачено Эпирским царством. Фема была воссоздана после того, как город, и большая часть Македонии перешли к Никейской империи в 1246 году и просуществовала до захвата турками-османами в 1392 году. К этому времени, однако, эта фема была существенно уменьшена до предела самого города. Возвращенный Византией в 1402 году, город стал резиденцией деспота, пока город не был сдан Венеции в 1423 году во время очередной осады турками, которая закончилась завоеванием города в 1430 году.