Khartum laajeni kauas yli vanhojen rajojensa 1950- ja 1960-luvuilla. Vanhoja rakennuksia purettiin ja niiden tilalle rakennettiin yläluokan asuinalueita. Khartumin yliopisto perustettiin vuonna 1956. Pohjois-Khartumista muodostui maan teollisuuden keskus ja se kasvoi suhteellisesti nopeammin, kuin Omdurman tai Khartum. Koko Khartumin elintaso oli huomattavasti korkeampi kuin Sudanin maaseudun, mikä johti luonnollisesti maaseudulta kaupunkiin suuntautuvan muuttoliikkeeseen. 1900-luvun loppupuolella kaupunkiin on muuttanut myös suuria joukkoja pakolaisia, esimerkiksi Etiopiasta ja Eritreasta. Kaupunkiin on vaikuttanut myös Sudanin oma sisäinen epävakaus. 20. elokuuta 1998 Yhdysvaltojen risteilyohjukset tuhosivat al-Shifan lääketehtaan. Yhdysvaltain viranomaiset olivat uskoneet tehtaan valmistavan kemiallisia aseita Osama bin Ladenin Al-Qaida-ryhmälle. Vuonna 2008 darfurilainen kapinallisryhmä Justice and Equality Movement eli Jem teki hyökkäyksen kaupunkia vastaan. Kaskushallinnon joukot löivät kuitenkin lopulta hyökkääjät takaisin.