Mit der Verteidigung durch den Représentant en mission Merlin de Thionville wurde die „provisorische Armee von Mainz“ rehabilitiert und bekämpfte den royalistisch-katholischen Aufstand der Vendée im Westen Frankreichs auch gegen die Katholische und königliche Armee der Vendée. Sie war in Herbst und Winter 1793 an den Schlachten bei Cholet, der Schlacht bei Le Mans und Schlacht bei Savenay beteiligt, die die Royalisten nachhaltig schwächten und den Aufstand vorübergehend niederschlugen. Klébers Einsatz wurden diese Erfolge zugeschrieben. In dieser Zeit entwickelte sich eine enge Freundschaft zu dem jüngeren Général de division Marceau, der auf Klébers Vorschlag hin das Oberkommando über die Armeen des Westens erhalten hatte. Ein Plan Klébers zur Vierteilung des Aufstandsgebietes und der Besetzung ausschließlich mit disziplinierten Linientruppen wurde nicht angenommen. Das Oberkommando über die "Armée de l’Ouest" (vereinigte Armeen von La Rochelle, Brest und von Mainz) wurde an General Turreau zurückgegeben, von dessen terroristischer Kriegsführung gegen die Aufständischen und die Zivilbevölkerung Kléber und Marceau sich distanziert haben sollen.