Již jako věhlasný lékař se stal profesorem na lékařské fakultě (později také několikanásobným děkanem lékařské fakulty) a zemským lékařem v Čechách. Roku 1640, když doprovázel Šternberky, navštívil Řím a roku 1642 byl zvolen Karlovou univerzitou za komisaře s cílem urovnání dlouholetých sporů mezi Karolinem a Klementinem. Po útoku Švédů na Prahu roku 1648 inicioval obnovení studentské legie a sám se stal jedním z jejích důstojníků. Jeho věhlas byl znám i mezi Švédy, kteří Markových služeb příležitostně využívali. Marci pečoval např. o Františka ze Šternberka vážně raněného při švédském vpádu na Malou Stranu, jenž ale navzdory jeho péči zemřel. Krátce nato jej švédský generál Wittenberg požádal, aby léčil jeho těžce nemocnou manželku, která navzdory jeho péči zemřela v srpnu 1648. Počátkem října 1648 byl Švédy na Malé Straně zadržen a propuštěn teprve v nedlouho před koncem obléhání, začátkem listopadu 1648. K této době se vztahuje i příhoda, kdy se vracel od nemocné zpět do Prahy. Nezvolil však stejnou cestu přes Malou Stranu jako při cestě do švédského tábora. Vydal se po druhém břehu Vltavy k Vyšehradu. Když hlídka v bráně spatřila kočár, mylně jej považovala za švédskou delegaci, proto začala s palbou. Naštěstí Jan Marcus Marci zraněn nebyl, ale padl jeden kůň ze spřežení.