Зайнявши пост президента, Пейшоту здійснив низку кроків з посилення диктаторського режиму, встановленого своїм попередником. В результаті найбільш помітними подіями його президентства стали повстання морських офіцерів у 1893—1894 роках, а також виступ федералістів у штатах Ріу-Гранді-ду-Сул і Санта-Катаріна, які було жорстоко придушено.