Mirza Begić bestritt mit der slowenischen U-20-Nationalmannschaft die Europameisterschaft 2005 und belegte mit ihr den 10. Rang. Bei der Basketball-Europameisterschaft 2011 in Litauen stand er im Kader der A-Nationalmannschaft Sloweniens und beendete das Turnier auf dem siebten Platz. Mit 1,9 Shotblocks pro Spiel führte er die Turnierstatistik an.