V dubnu 1941 byla Jugoslávie obsazena německými vojsky a rozdělena mezi vítěze. Královské námořnictvo zaniklo. Většinu válečných lodí jugoslávského námořnictva získalo italské námořnictvo, po několik let existovalo i námořnictvo ustašovského Nezávislého státu Chorvatsko. Během války bojovalo i exilové jugoslávské námořnictvo, které získalo britskou korvetu "Nada" (ex HMS "Mallow" třídy "Flower") a své malé námořní síly měly také Titovy partyzáni.