Geschaffen wurde die Zentralstelle für Verdachtsanzeigen im Zusammenhang mit den Anschlägen vom 11. September 2001. Zunächst im Bundeskriminalamt angesiedelt, war die FIU seit dem 26. Juni 2017 bis zum 30. April 2021 eine Abteilung der Generalzolldirektion und gehört dort zur Direktion VIII – Zollkriminalamt. Zum 1. Mai 2021 wurde die FIU aus der Direktion VIII in eine eigene Direktion X der Generalzolldirektion integriert.