Questa volta il ritorno del City in Premier League fu decisamente migliore. Nel 2002-2003 si piazzò al nono posto, qualificandosi per la Coppa UEFA grazie alla vittoria del Premio Fair Play. Si concluse in questo modo il continuo cambio di categoria del club, che per 6 stagioni consecutive aveva cambiato ogni anno torneo, guadagnandosi l'appellativo di Yo-Yo Team. Fu quella l'ultima stagione al Maine Road, che il club lasciò dopo 80 anni per spostarsi al City of Manchester Stadium, nuovo stadio da 48.000 posti, originariamente costruito per ospitare i Giochi del Commonwealth del 2002. Nel 2003-2004 la squadra faticò a rimanere in massima serie, ma alla fine ci riuscì con un turno di anticipo, piazzandosi poi al sedicesimo posto, con una differenza reti di +1. La stagione europea fu deludente con un'eliminazione al Secondo Turno contro i modesti polacci del Groclin.