Do pierwszego kontaktu Czajkowskiego z aparatem bezpieczeństwa doszło podczas jego nauki w Wyższym Seminarium Duchownym w Gościkowie-Paradyżu. 28 czerwca 1956 roku znalazł się w Poznaniu zaraz po głównej fazie demonstracji i walk, gdy trwała tam jeszcze akcja wojska i milicji przeciw demonstrantom. Chodząc w sutannie, obserwował wydarzenia. 13 lipca 1956 roku został wezwany w sprawie meldunkowej na milicję i skierowany do UB. Podczas rozmowy kleryk Czajkowski wymienił alumnów, którzy poprzednio należeli do ZMP, opowiedział też o rozbieżnościach i napięciach pomiędzy niektórymi księżmi. Po rozmowie podpisał zobowiązanie współpracy. Werbunek został dokonany w celu rozpracowania osób oraz rozeznania sytuacji panującej w Wyższym Seminarium Duchownym w Gościkowie i Gorzowie. 28 sierpnia Czajkowski listownie odwołał współpracę.