В 67—62 годах до н. э. Марк Пупий был легатом, подчинявшимся Гнею Помпею. Во время войны с пиратами он командовал флотом в Геллеспонте и Пропонтиде, позже принимал участие в Третьей Митридатовой войне. В 63 году до н. э. он командовал одним из отрядов, взявших штурмом Храмовую гору в Иерусалиме. В 62 году до н. э. Пизон вернулся в Рим и победил на консульских выборах; его коллегой стал патриций Марк Валерий Мессалла Нигер.