Les années 2000 assoient la suprématie du club qui remporte six championnats en neuf ans dont le dernier en 2008, et le doublé Ligue des champions-Coupe intercontinentale en 2001. Cette période est associée aux noms de Stefan Effenberg, Michael Ballack ou encore Oliver Kahn. Depuis les années 1990, grâce à une gestion excellente du club par ses dirigeants Karl-Heinz Rummenigge, Franz Beckenbauer et son président du conseil de surveillance Uli Hoeness, il est l'un des clubs les plus sains d'Europe. Il continue de fournir la majorité des joueurs à l'équipe d'Allemagne.