Kontrowersje i krytykę środowiska historyków i publicystów wzbudziły liczne wypowiedzi Jarosława Szarka jako dyrektora Instytutu Pamięci Narodowej. O zwycięstwie polskim w bitwie warszawskiej powiedział, że „uratowało nie tylko Rzeczpospolitą, ale łacińską cywilizację przed zagładą (...)”. Porozumienia Okrągłego Stołu nazwał „drugą Jałtą i porozumieniem ponad Polakami”. Obarczył Niemców, wbrew badaniom historycznym i ustaleniom samego IPN-u, odpowiedzialnością za pogrom w Jedwabnem. Polskie elity po 1945 nazwał „lumpenelitami”. W swoich publikacjach gloryfikował także udział dzieci w powstaniu warszawskim. Potwierdził również tezę jakoby Lech Wałęsa miał współpracować z SB jako TW Bolek.