La guerra lo sorprese nella casa di Ceffonds, dove ospitò i famigliari sfollati da Ambriéres nei cui pressi infuriava la battaglia della Marna. A dicembre riprese le lezioni, dedicate alla storia del sacrificio e alla "lettera ai Galati" di Paolo. I suoi corsi negli anni di guerra trattarono nel loro complesso gli "Atti degli Apostoli", la figura di Paolo e il cristianesimo giudaizzante. Non rimase estraneo alle riflessioni che la grande strage della guerra sollecitava negli spiriti. Avendo sospeso le pubblicazioni della sua "Revue", Loisy fu invitato a collaborare agli "Entretiens des non-combattants pendant la guerre" di Paul Desjardins, e nel marzo del 1915 pubblicò l'opuscolo "Guerre et religion".