موج سوم پاک‌سازی‌های قومیِ قرن بیستم، در آغاز، میان و پس از پایان جنگ سرد بوقوع پیوست. اگرچه این فرایند در زمان جنگ سرد هرگز متوقف نشد ولی آهنگِ روندِ آن بسیار نسبت به پیش کُند شد. مهم‌ترین پاک‌سازی قومی در خلالِ جنگ سرد، درگیری‌های خشونت‌آمیز میان یونیانیان و ترک‌های جزیرهٔ قبرس و پس از آن حملهٔ نظامیِ ترکیه به قبرس بود که باعث تجزیهٔ جزیره و به وجود آمدن نواحیِ جدا از هم ترک و یونانی گردید. این تفکیک بر اساس زبان و قومیت ساکنان جزیره به وجود آمد. پس از پایان جنگ سرد، دوباره جریان تازه‌ای از پاک‌سازی‌های قومی در جهان سربرآورد که از آن جمله می‌توان به نسل‌کشی‌های یوگسلاوی و پاک‌سازی‌ها در قفقاز جنوبی اشاره کرد.