La abadía todavía sufrió saqueos y destrucción durante las guerras que afectaron a Polonia en el siglo XVII, en especial en la Guerra de los Treinta Años y en la Primera Guerra del Norte (1655-1660) (calificada como «El Diluvio» en Polonia). En particular, Leubus fue ocupada y saqueada por las tropas suecas en 1638, que se llevaron el tesoro de la abadía y los relicarios. Por razones de seguridad, la biblioteca se trasladó en 1642 a Szczecin, donde un rayo hizo que se quemara por completo.