Con una serie di diktat, nel giugno 1940 l'Unione Sovietica procedette all'occupazione della Lettonia e alla sua annessione; privato di ogni incarico, Balodis fu arrestato nel luglio 1940 e deportato con la sua famiglia a Syzran' in Russia dove fu messo agli arresti domiciliari. Deportato a Kujbyšev dopo l'invasione tedesca dell'URSS e condannato a scontare 25 anni di prigione nel carcere di Vladimir, con l'avvio della destalinizzazione Balodis fu liberato nel 1956 e poté rientrare in Lettonia, ritirandosi a vita privata nella sua residenza di Saulkrasti e potendo godere anche di una piccola pensione. Jānis Balodis morì infine per cause naturali l'8 agosto 1965.