В «Спартаке» провёл семь сезонов, 6 раз становясь чемпионом страны и один раз завоевав Кубок России в 1998 году. Следует отметить его игру в еврокубках: он стал одним из лучших бомбардиров в Кубке УЕФА 1997/98, забив «Вальядолиду» (дважды), «Карлсруэ», «Аяксу» (трижды); голы Ширко каждый раз выводили «Спартак» в следующий круг. В середине сезона 2001 года он перешёл в московское «Торпедо», где выступал до 2003 года, когда был отдан в аренду в ярославский «Шинник», а позже был выкуплен ярославцами.