Als der Hof sich 1567 auf Schloss Montceaux aufhielt, versuchte er am 27. September, diesen durch einen plötzlichen Überfall, die Surprise de Meaux, in seine Gewalt zu bringen. Das Unternehmen misslang aber, und der Krieg entbrannte von neuem, in welchem Coligny mit Condé und nach dessen Tod in der Schlacht bei Jarnac (13. März 1569) allein die Hugenotten befehligte. Voller Zuversicht in die Gerechtigkeit seiner Sache führte er, obwohl vom Pariser Parlament geächtet, den Kampf unter den schwierigsten Verhältnissen fort.