פומפידו פתח את מונדיאל 1990 כשוער הראשון של ארגנטינה, לפני סרחיו גויקוצ'אה, שהיה מחליפו גם בתקופתו בריבר פלייט. במשחק הפתיחה הפסידה ארגנטינה במפתיע ל, לאחר שפומפידו ספג שער נגיחה באשמתו מראשו של הקמרוני פרנסואה אומאם-ביאיק. הכדור החלש עבר מתחת לגופו של פומפידו וחדר לרשת. במשחק השני של ארגנטינה בשלב הבתים, בדקה ה-11 של המשחק, התנגש פומפידו בחברו לנבחרת, חוליו אולרטיקואצ'אה, ושבר שתי עצמות ברגל ימין, השוקה והשוקית. הוא הוחלף בגויקוצ'אה, שבסדרה של הופעות מצוינות, במיוחד בעצירת פנדלים, העלה את ארגנטינה עד לגמר הטורניר. בעקבות הפציעה היה פומפידו מושבת לשנה מהמגרשים, ולא שב עוד לשחק במדי הנבחרת.