Rothen, Fransa millî takım formasını giydiği 2003-2007 yılları arasında 13 maça çıktı ve bir gol attı. Millî takım forması altında 2003 FIFA Konfederasyonlar Kupası ve 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası turnuvalarında mücadele eden Rothen, millî takım ile Konfederasyon Kupası şampiyonluğu yaşarken, Avrupa Futbol Şampiyonası'nda ise çeyrek final gördü.