In seiner zweiten Amtszeit gelang es Wakatsuki nicht, das sich immer mehr der Regierungskontrolle entziehende Militär in seine Schranken zu weisen, wodurch es in der Mandschurei zum Mukden-Zwischenfall und in dessen Folge zur eigenmächtigen Besetzung der Mandschurei durch die japanische Armee kam. Diese Geschehnisse zwangen ihn im Dezember, seine Amtsgeschäfte niederzulegen. Auch nach seinem Rückzug prangerte Wakatsuki offen die Macht des Militärs an und warnte vor einem Krieg mit den USA. Nach Beginn des Pazifikkriegs plädierte er für einen baldestmöglichen Friedensschluss.