З 19 вересня 1939 року — командувач ВМС в Данцигській бухті. 13 жовтня 1939 року повернувся на свій колишній пост. З 6 листопада 1939 року — інспектор військово-морських навчальних закладів. У квітні-липні 1940 року тимчасово виконував обов'язки командувача розвідувальними силами, а в квітні 1940 року під час операції «Везерюбунг» командував 3-ю бойовою групою, яка проводила операцію із захоплення порту Берген (Норвегія). До складу групи увійшли легкі крейсери «Кельн» (флагман) і «Кенігсберг», навчальний артилерійський корабель «Бремзе», плавбаза торпедних катерів «Карл Петерс», міноносці «Вольф» і «Леопард», а також група малих бойових кораблів. З 1 серпня 1940 року — командувач крейсерами. 14 жовтня 1941 року відомство Шмундта було перетворено в штаб командувача адмірала в північних водах.