De Santa Maria in Aracoeli heeft een romanogotisch karakter. De kerk bevat veel versieringen. Ze is langwerpig van vorm en verdeeld in drie beuken die van elkaar worden gescheiden door tweeëntwintig verschillende zuilen. Op de derde zuil van links staat "a cubiculo Augustorum", deze zuil komt waarschijnlijk uit het slaapvertrek van de keizer. In de kerk zijn meerdere altaren. De vloer van de kerk is gesierd met geometrische figuren van cosmatenwerk (stukjes gekleurd marmer) afkomstig uit oude ruïnes, en bezaaid met grafstenen van beroemdheden. De decoraties op het vergulde plafond van het middenschip beelden de Europese overwinning in de Slag bij Lepanto in 1571 uit. Aan het eind van het middenschip zit de apsis, deze is vierkant. Beide zijschepen bestaan uit negen kapelletjes, waarvan sommige van bekende Romeinse geslachten zijn. Bij de "Capella Bufalini" zijn fresco's die scènes uit het leven van de heilige Bernardinus van Siena uitbeelden van de schilder Pinturicchio. Deze fresco's zijn duidelijk renaissancistisch, te zien aan de realistische weergave. De Maria boven het hoofdaltaar is daarentegen juist heel gestileerd. Vooraan links is een graf met een marmeren landkaart, van Eugenio Ruspoli, een in 1893 door een olifant gedode ontdekkingsreiziger. Verderop is een gedenksteen voor Felis de Fredis, de wijnbouwer die in 1506 de Laocoöngroep terugvond onder zijn wijngaard. Aan de rechterkant van het portaal naar de zijuitgang is het graf van de geliefde van Michelangelo, Cecchino Bracci. Michelangelo schreef voor hem veel gedichten.