En el marco de las guerras napoleónicas, Juan recibió el mando de un ejército en Alemania con apenas dieciocho años en septiembre de 1800. A pesar de su renuencia personal, mostró valentía pero no logró evitar ser aplastado en la Batalla de Hohenlinden el tres de diciembre de 1800. Desmoralizado y en retirada, su ejército se desintegró y tuvo que pedir un armisticio el 22 de diciembre. Tras el Tratado de Lunéville de 1801, fue nombrado Director General del Servicio de Ingeniería y Fortificaciones y posteriormente comandante de dos academias militares.