Во время Второй мировой войны, когда японские войска захватили Филиппины в 1942 году, Лаурель пошёл на сотрудничество с японскими оккупационными властями и участвовал в организации временного правительства, затем стал председателем комитета по подготовке конституции; в ходе выборов 1943 года был избран президентом Второй Филиппинской республики. Представлял Филиппины в ходе Великой Восточноазиатской конференции в Токио в 1943 году. Во время войны Лаурель был дважды атакован партизанами. Когда в марте 1945 года на Филиппины для их обороны прибыли дополнительные японские силы под командованием Томоюки Ямаситы, он оказал ему значительную поддержку. После капитуляции Японии 15 августа 1945 года Лаурель объявил о роспуске правительства Филиппинской Республики, и вскоре американские оккупационные власти во главе с генералом Д. Макартуром арестовали его и заключили в тюрьму Сугамо в Токио.