Les activitats comercials hi continuaren durant els imperis romà i romà d'Orient; eren prou pròsperes per atraure l'atenció dels pirates. Els participants de la Quarta Croada dividiren l'Imperi Romà d'Orient i les Cíclades caigueren dins l'òrbita de Venècia. Els senyors feudals hi crearen alguns feus, dels quals el ducat de Naxos fou el més important. El ducat va ser conquistat per l'Imperi otomà, tot i mantenir les illes autonomia administrativa i fiscal. La prosperitat econòmica hi continuà malgrat els pirates. L'arxipèlag tingué una actitud ambigua durant la Guerra de la independència. Des que s'adheriren a Grècia en la dècada de 1830, les Cíclades han compartit la seua història. El primer període fou de prosperitat comercial, a causa de la seua posició geogràfica, abans que s'obriren noves rutes i els mitjans de transport canviaren. Després de sofrir un èxode rural, hi començà l'afluència de turistes. El turisme, però, no n'és l'únic recurs.