《宪法》第二章建立了政府的行政机构。行政权由总督依据联邦行政会议建议行使。此章规定总督是军队统帅，有权任命和开除行政会议成员、国务部长以及所有行政政府成员。这些权力，加上解散（或拒绝解散）国会的权力（第五节第57条），是总督的“保留权力”，总督依照宪政惯例行使这些权力。一般，总督仅依照聯邦總理大臣的建议行事。至今，只有一次发生总督未经时任总理建议行事的例子：1975年澳大利亚宪政危机中，总督科尔自行解除了总理惠特拉姆的职位。