Miasto założył w 1268 król czeski Przemysł Ottokar II jako twierdzę obronną na granicy z Węgrami. Zbudowano wówczas gotycki kościół św. Małgorzaty i zamek. Marchegg zostało miastem królewskim. W 1278 miało tu dojść do spotkania wojsk austriackich i węgierskich przed bitwą pod Suchymi Krutami przeciw Czechom.