Pendant la guerre austro-turque de 1683-1699, la Bosnie est envahie par l'armée du Saint-Empire après la bataille de Zenta (1699) : Sarajevo est pillée et incendiée de fond en comble. Cette dévastation entraîne des changements sociaux importants. La capitale du pachalik est transférée à Travnik et Sarajevo devint une ville de garnison de janissaires. Les catholiques, soupçonnés de sympathie pour les Autrichiens, sont marginalisés, tandis que les orthodoxes obtiennent la création d'un siège de métropolite. Après le traité de Karlowitz en 1699, le pachalik perd quatre sandjaks et trois autres sont réduits, soit 12 capitaineries au total perdues par la Sublime Porte. Ces territoires sont intégrés par la monarchie autrichienne à la ligne défensive des Confins militaires.