Durant el seu mandat a Califòrnia, el Pare President Juníper Serra va establir la necessitat d'un nou poble de missió entre San Diego de Alcalá i San Gabriel Arcángel. Va ser així que es va iniciar la fundació de San Juan Capistrano per Fermín Lasuen, el 19 d'octubre de 1775. No obstant això, una revolta de nadius a San Diego el va obligar a abandonar l'assentament per prestar ajuda. En retornar la tranquil·litat, Juníper Serra va refundar la missió l'1 de novembre de 1776, encara que poc després seria traslladada a causa de l'escassetat d'aigua. Cap al 1778, va ser erigida una petita església, posteriorment substituïda per la Capella de Serra, la qual és considerada l'edificació més antiga en ús de Califòrnia i l'única en peus on el Pare President va oficiar missa.