Zahájení nacistického útoku na Sovětský svaz překvapilo NKVD, jehož vězení na územích připojených Sovětským svazem v důsledku paktu Molotov–Ribbentrop byla plná politických vězňů. V okupovaném východním Polsku byla NKVD pověřena evakuací a likvidací více než 140 000 vězňů (příkaz k evakuaci NKVD č. 00803). Na Ukrajině a v západním Bělorusku bylo nutno evakuovat 60 000 lidí pěšky. Podle oficiálních sovětských údajů bylo ve věznicích údajně popraveno více než 9800 osob, během evakuace bylo popraveno 1443, 59 bylo zabito při pokusu o útěk, 23 bylo zabito německými bombami a 1057 zemřelo z jiných příčin.