Van 29 oktober tot 7 december 1945 werd Generaal Yamashita door een Amerikaans militaire commissie wegens oorlogsmisdaden berecht voor zijn vermeende aandeel in wat bekend zou worden als het "Bloedbad van Manilla". Hierbij brachten tussen 4 februari en 3 maart 1945 19.000 Japanse militairen, die in de Filipijnse hoofdstad Manilla door de Amerikanen waren omsingeld, meer dan 100.000 burgers op vaak gruwelijke wijze om het leven. Ook werd hij berecht voor oorlogsmisdaden tijdens de gevechten in Malakka en Singapore.