Cette escadre de marine fluviale est constituée le 16 mai 1861, sous le contrôle de l'armée fédérale jusqu'au 30 septembre 1862. Son premier commandant est John Rodgers, responsable et de sa constitution et de son organisation. Andrew H. Foote succède à Rodgers et pousse le commandant de l'armée de l'Ouest, le major général Henry W. Halleck à lancer une opération en aval, sur la rivière Tennessee, contre le Fort Henry. Foote devait opérer en liaison avec l'armée du District de Cairo (armée qui prendra plus tard le nom d'Armée du Tennessee), commandée par Ulysses S Grant, mais il neutralisera le fort avant que les troupes de Grant n'aient pu se mettre en position.