ב-1961 העפיל המועדון לראשונה בתולדותיו לגמר גביע אירופה, שם הפסיד לבנפיקה ליסבון. בעקבות הישגי הקבוצה הנמוכים בעונת 1961/1962 מונה קובאלה למאמנה. תחת הדרכתו סיימה ברצלונה במקום השני והעפילה לגמר גביע ערי הירידים. אולם, ביצועים חלשים בעונה שלאחריה הובילו לעזיבתו בינואר 1963, עוד לפני אמצע העונה. מחליפו היה שחקן עבר נוסף של הקבוצה, ז'וזפ גונסלבו, שלא הצליח להוביל את הקבוצה להישגים כבעבר. ברצלונה אומנם זכתה בגביע המלך בסיום עונת 1962/1963, אך דורגה במקום השישי בליגה - הנמוך ביותר מאז 1944. חוסר ההצלחה בעונות הבאות בזירה המקומית ובזירה האירופית הוביל לחילופים תכופים בעמדת המאמן. ב-1966 ייסד המועדון את גביע גאמפר. המועדון זכה בגביע בשנה הראשונה לקיומו לאחר שגבר במשחק הגמר על אנדרלכט הבלגית. באותה עונה זכתה ברצלונה בגביע ערי הירידים וסיימה את הליגה במקום השני, בו דורגה גם בעונה שלאחר מכן.