Tijdens de Zweedse Zondvloed werd de kapel geplunderd en verwoest door Zweedse en Brandenburgse troepen. De kerk werd herbouwd dankzij giften van Stefan Warszycki, slotvoogd van Kraków en Michał Warszycki, de voivode van Sandomierz. Tevens werd het gebouw bij de Kościuszko-opstand in 1794 zwaar beschadigd tijdens de belegering van de stad door het russische leger van Aleksandr Soevorov.