Elle sort quasiment intacte de la défaite de 1940. Mais en , les Britanniques attaquent la flotte à Mers El Kébir et la détruisent par crainte du danger qu'elle représente. L'autre moitié de la flotte, groupée à Toulon, se saborde le pour éviter de tomber aux mains des Allemands qui envahissent la zone libre. En 1945, la marine française libre dispose d'une centaine d'unités françaises et 140 bâtiments légers cédés par les Alliés, soit un tonnage de , la moitié seulement de sa puissance de 1939 avec la majorité de ses navires de ligne hors de combat ou obsolètes. Au total, 98 navires (dont 5 des Forces navales françaises libres) furent perdus durant ce conflit.