С 1842 по 1846 Комонфорт был членом Конгресса; в 1854 принял участие в движении Альвареса против Санта-Анны. Во время своего президентства Комонфорту пришлось вести тяжелую борьбу с реакционной партией и духовенством, имущество которого согласно Закону Лердо было продано частным лицам. В 1858 году Комонфорт был свергнут в результате восстания оппозиции. Он бежал в США и вернулся, когда либеральная партия во главе с Бенито Хуаресом получила власть. Во время иностранной интервенции в Мексику Комонфорт командовал корпусом, но был разбит французами. Однако он не сложил оружия и вскоре был убит во время нападения отряда бандитов.