Забринута због пораста отпора, Немачка је напала Словачку; ово је убрзало Словачки национални устанак, који је избио 29. августа 1944. Побуњеничке снаге заузеле су централну Словачку, али су поражене 27. октобра код Банске Бистрице. Партизани су се повукли у планине и наставили герилски рат 1945. Изабрана је нова влада, чији је премијер био Тисов рођак Штефан; Јозеф је остао председник. Папски службеник "chargé d'affaires" Бурзио се састао са Тисом 22. и 29. септембра, називајући Тисоа лажовом када је председник негирао знање о депортацијама. Папа Пије XII наложио је Бурзију да Тисоу каже да Ватикан осуђује прогон појединаца због њихове расе или националности. Сједињене Државе и Швајцарска издале су формалне протесте против депортације Јевреја. Словачка пропаганда је за устанак кривила Јевреје и Чехе. Ипак, словачка влада је више волела концентрацију Јевреја у концентрационим логорима у Словачкој од њихове депортације. Тисо је тражио да Немци поштеде барем крштене Јевреје и оне у мешовитим браковима, али су његови захтеви игнорисани.