Vers le milieu de l’année 1943, la Gestapo est sur sa trace pour sa participation au réseau parisien de l'Orchestre rouge, son nom ayant été découvert dans des documents saisis à Bruxelles lors du démantèlement, dans cette ville, de la centrale de ce réseau d'espionnage. Se sachant menacée, elle veut protéger ses enfants qu'elle avait emmenés avec elle en France. Elle les ramène alors à Bruxelles où elle peut compter, pour les cacher, sur sa famille et des amis. Imprudente ou provocatrice, elle se montre un peu trop dans le milieu mondain bruxellois. Son fils Louis émettra l'opinion, plus tard, que Suzanne Spaak cherchait à attirer l'attention pour détourner les Allemands de retrouver ses enfants cachés, la Gestapo ne pouvant croire qu'elle aurait pris le risque de les ramener à Bruxelles où une surveillance serrée était exercée sur les milieux proches de la famille Spaak. Les nazis pouvaient croire que les enfants étaient restés à Paris et cette ruse paraît d'abord réussir. Mais des membres de la famille sont arrêtés, puis c'est Lucie, la fille aînée de Suzanne qui est faite prisonnière, et celle-ci est arrêtée à son tour. Par contre, son fils Louis échappe à l'arrestation. Pour les besoins de l'enquête menée en France contre le MNCR, Suzanne est ramenée à Paris, écrouée à la prison de Fresnes. Elle est condamnée à mort en et torturée par le Heinz Pannwitz, qui la fait fusiller le , treize jours avant la Libération de Paris.