Томас Вейр был активным сторонником договора «Торжественная лига и Ковенант» и офицером шотландской антироялистской армии. В чине лейтенанта он служил в Ольстере во время Ирландского восстания 1641 года. В 1650 году Вейр получил пост командующего эдинбургской городской гвардией и звание майора. После того, как в Эдинбург доставили побеждённого генерала армии роялистов маркиза Монтроз, которого в Шотландии считали предателем, то Вейр, в чьей власти оказался пленник, жестоко издевался над ним до самой казни.