Als Ergebnis neunjähriger engagierter Forschung und Sammlung hatte Lindheimer schließlich einige Hundert unbekannte texanische Pflanzenarten entdeckt, wovon allein 48 Spezies noch heute seinen Namen tragen; Beispiele sind die Kakteenart "Opuntia lindheimeri" und der „Texas Yellow Star“, auch bekannt als „Lindheimer Daisy“ ("Lindheimera texana"). Seine Partner Engelmann und Gray machten Lindheimers Forschungsergebnisse und Entdeckungen bekannt und erhielten sie so der Nachwelt bis heute. So finden sich noch heute Teile seiner Sammlung von etwa 100.000 Pflanzen nicht nur in den USA, sondern auch weltweit in über zwanzig Instituten, z. B. in Deutschland, Russland, England, Frankreich und Spanien. Große Teile dieser Sammlung wurden auf der Pariser Weltausstellung von 1867 gezeigt. Darüber hinaus gibt es mit der so genannten Rattennatter, der auch als texanische Kückennatter bezeichneten Schlangenart ein Lebewesen, das von ihm entdeckt und nach ihm benannt wurde. Die zoologische Bezeichnung lautet „elaphne obsoleta lindheimeri“.