Miasto miało dla Szwedów ważne znaczenie strategiczne – jako port morski (zob. hasło: port w Braniewie) oraz jako miejsce wypadowe do prowadzenia działań zaczepnych. Braniewianie zostali obciążeni licznymi kontrybucjami oraz kosztami utrzymania garnizonu liczącego ponad 1000 żołnierzy. Od 11 lipca 1626 stacjonował w mieście król szwedzki (na zimę odpłynął do Sztokholmu, lecz powrócił na wiosnę następnego roku i przebywał jeszcze do 29 czerwca 1627). W wyniku zawartego w 1629 roku rozejmu w Starym Targu północna Warmia wróciła do Polski. Układ ten jednak nadal zabezpieczał interesy szwedzkie, gdyż w ich rękach pozostawały prawie wszystkie porty (bez Gdańska, Królewca i Lipawy). Pod uciemiężeniem wojsk szwedzkich przez następne 6 lat musiało pozostać również Braniewo, choć na szczęście nie prowadzono już tu większych działań zbrojnych. W bitwie pod Lützen 16 listopada 1632 ginie król Szwecji Gustaw II Adolf. Na wieść o śmierci króla dowódca braniewskiego garnizonu ogłosił w mieście żałobę, zakazując zabaw i muzyki, Braniewo ustrojono czarnymi flagami. Szwedzi nadal nie zamierzali ustępować. Po śmierci Gustawa Adolfa władzę przejmuje kanclerz Axel Oxenstierna. W marcu 1633 do Braniewa przybył feldmarszałek Herman Wrangel. Na jego rozkaz wokół miasta powstał system umocnień, zamieniając gród w twierdzę.