Wilhelm von Savoyen war wieder nicht in England, als Simon de Montfort, ein aufstrebender Höfling, eine Affäre mit Eleanor, einer verwitweten Schwester des Königs begann. Heinrich wollte die Affäre vertuschen und plante für den 7. Januar 1238 eine geheime Heirat in seiner Privatkapelle im Palast von Westminster. Als Richard von Cornwall hiervon erfuhr, begann er, unterstützt von Eleanors Schwager Gilbert Marshal, 4. Earl of Pembroke und dem Earl of Winchester eine Rebellion. Sie beschuldigten Montfort und andere Höflinge und verurteilten die Heirat, weil die Magnaten nicht über diese Heirat beraten hätten, wie es eigentlich bei Heiraten von Angehörigen des Hochadels üblich war. Diese Argumentation fand zahlreiche Anhänger. Am 23. Februar 1238 traten die Rebellen in Stratford-le-Bow östlich von London bewaffnet dem König gegenüber, der sich bis zum 2. März in den Tower of London zurückzog. Wilhelm von Savoyen gelang es schließlich, die Krise zu entschärfen. Richard von Cornwall erhielt 16.000 Mark als Unterstützung für seinen Kreuzzug, was etwa der Hälfte der Einnahmen der letzten Steuer entsprach, und blieb danach dem König gegenüber loyal. Die wiederversöhnten Brüder Heinrich und Richard besuchten am 4. März 1238 ihre sterbende Schwester Johanna, Königin der Schotten, in Havering-atte-Bower.