Per tre anni difende la porta della formazione genovese vivendo un lungo dualismo con l'altro estremo difensore della rosa, Satiro Lusetti, proveniente dall'Andrea Doria. Bonetti è infatti titolare (24 presenze) nella stagione 1946-1947 per poi essere relegato fra le riserve nell'annata successiva (5 sole presenze in campionato), e riconquistare il posto fra i pali per le due stagioni successive.