ב-1877 סירב לינקולן להצעתו של הנשיא רתרפורד הייז להתמנות לתפקיד עוזרו של מזכיר המדינה, אך ב-1881 קיבל על עצמו להתמנות לשר המלחמה בממשלו של הנשיא ג'יימס גרפילד. בתפקיד זה כיהן בשנים 1881 עד 1885, גם לאחר הירצחו של גרפילד ולאחר שצ'סטר ארתור התמנה לנשיא.