開市開港の延期はなったものの、その後の道程は平坦ではなかった。攘夷運動は収まる気配を見せず、将軍徳川家茂は朝廷の圧力に屈し、文久3年5月10日（1863年6月25日）をもっての攘夷実行を約束させられた。同日、長州藩は下関の砲台から外国船への砲撃を開始、下関海峡は封鎖された。日本に戻ったオールコックは、武力による解決を決心し、下関戦争が勃発する。これに勝利した英・仏・蘭・米の四カ国連合軍に対し、幕府は自らが賠償交渉を行うことにした。オールコックの後任の英国公使ハリー・パークスは、条約に対する天皇の勅許と兵庫の早期開港を求め、慶応元年9月（1865年11月）、8隻からなる3カ国連合艦隊（米国は代理公使のみ派遣）を大坂に派遣し、その圧力の下、第一次長州征討のため京都にいた幕府首脳と交渉した。結果、安政五カ国条約に対する勅許と関税率改定を勝ち取る（翌年に改税約書が締結）。幕府は兵庫の早期開港は拒否したが、協定通りの開港は約束した。しかし、実際にはこのとき孝明天皇は兵庫開港には勅許を与えておらず、幕府が勅許を得たのは慶応3年5月24日（1867年6月26日）のことであった。