Toen Maximiliaan in 1486 naar Duitsland geroepen werd om er de opvolging van zijn vader Frederik III te regelen, bekleedde Filips van Kleef in de Nederlanden ad interim het algemeen bestuur, samen met Engelbrecht II van Nassau-Dillenburg en kanselier Jean Carondelet. Bij de terugkeer van Maximiliaan nam Filips actief deel aan de onderdrukking van de opstand in de Vlaamse steden (Ieper, Brugge en Gent), en toen Maximiliaan in Brugge gevangen gehouden werd, bood hij zich vrijwillig aan als een van de gijzelaars die er met hun leven borg moesten voor staan dat de vorst na zijn vrijlating de afgedwongen akkoorden van 16 mei 1488 zou naleven.