W 1939 zmobilizowany. Po agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939 został wzięty do niewoli. Początkowo był jeńcem obozu w Putywlu, w listopadzie 1939 został przekazany do obozu w Kozielsku. Według stanu ze stycznia 1940 był jeńcem obozu w Kozielsku. Między 11 a 12 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 022/3 poz 50, nr akt 4304 z 9.04.1940. Został zamordowany między 13 a 14 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim. Podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943 wpis w księdze czynności pod datą 06.05.1943 jego nazwisko zostało błędnie zapisane jako Bichler. Figuruje liście AM-199-1213 i Komisji Technicznej PCK GARF-40-01213 – jako nierozpoznany kapitan. Przy szczątkach w mundurze kapitana znaleziono list w języku niemieckim z adresem Pichler Franciszek z zapisanymi słowami „Kochana Mamo...” oraz inne zapisane kartki. Akta osobowe Pichlera na dzień 10 lipca 1940 zostały przekazane z Zarządu NKWD ZSRR do spraw Jeńców Wojennych (UPW) do 1 Wydziału Specjalnego NKWD ZSRR. Jest wymieniony na liście osób, których poszukiwało poselstwo niemieckie celem przekazania ich III Rzeszy.