XVII—XVIII века Великое княжество Литовское пришло в упадок. В результате Третьего раздела Речи Посполитой в 1795 году город вошёл в состав Российской империи. Экономическое положение постепенно улучшалось, но в 1812 году в ходе вторжения в Россию армия Наполеона проходила через Каунас и город понёс серьёзные разрушения.