W nawie południowej, najbliżej ołtarza św. Franciszka z Asyżu usytuowany jest ołtarz św. Jana Kapistrana, założyciela pierwszego klasztoru obserwanckiego na ziemiach polskich. Umieszczony w nim obraz o wymiarach 133 × 200 cm przedstawia świętego w pełnej postaci, w brązowym, bernardyńskim habicie. W ręce dzierży czerwoną chorągiew z monogramem IHS. Na drugim planie widać scenę batalistyczną, w tle zaś obwarowane miasto i pasmo górskie. Malarz uwiecznił tym samym bitwę węgiersko-turecką pod Belgradem (1456), w której brał udział św. Jan Kapistran, nie tylko jako kapelan, ale jako jeden z dowódców. Warto zwrócić uwagę, że zakonnik został przedstawiony jako dość młody człowiek, a w rzeczywistości uczestnicząc w bitwie, liczył 70 lat. Ołtarzowy obraz utożsamiany jest z wizerunkiem świętego, wymienianym w klasztornej kronice pod rokiem 1634, jednak był później wielokrotnie przemalowywany.