A mohácsi csatában elesett II. Lajos, Magyar-, valamint Csehország pedig uralkodó nélkül maradt. A Habsburgokkal kötött korábbi szerződés értelmében a korona Ferdinánd főhercegre szállt volna (mint ahogyan Csehország esetében meg is történt), a magyar nemesség egy jelentős része azonban nem akart idegen uralkodót és 1526 novemberében, a székesfehérvári országgyűlésen megválasztották Szapolyai Jánost királynak. Az arisztokrácia egy másik része, azonban azt remélve, hogy a Habsburgok katonai ereje elegendő lesz a törökök elleni védekezéshez, decemberben Ferdinándot ismerte el az ország urának. A két párt és a két király kezdetektől feszült viszonya hamarosan fegyveres összecsapásokig fajult. Szapolyai János 1528. március 20-án a szinai csatában súlyos vereséget szenvedett és Lengyelországba volt kénytelen visszavonulni, amelynek királyával, I. Zsigmonddal jó kapcsolatokat ápolt. Menekülése előtt még magához hívatta Fráter Györgyöt, hogy bizonyos értékeit őrizze meg számára. György ehelyett csatlakozott a külföldre távozó királyhoz és az ő ügyének szentelte energiáit, tehetségét. Legalább háromszor visszatért Magyarországra, hogy tárgyaljon a János-párti főurakkal (többek között Ártándy Pál, Báthory István, Tornallyai Jakab és Czibak Imre váradi püspök), biztosítsa hűségüket és sereggel vonuljanak a visszatérő uralkodó elé. György későbbi életét a Szapolyai-család iránti hűség határozta meg (kivéve azt az alkalmat Buda török megszállás után, amikor úgy ítélte, hogy ezzel az országnak ártana).