Assumindo o ofício de Governador das Armas da Província do Grão-Pará em 1º de abril de 1822, notabilizou-se por comandar, no cargo, as tropas portuguesas sediadas em Belém nos combates da Guerra da Independência do Brasil até à sua capitulação em 15 de agosto de 1823, quando se retiraram para Portugal. José Maria de Moura foi elevado por Dom João VI em 1819 do posto de coronel de artilharia para brigadeiro. Depois foi elevado ao mais alto posto do Exército, o de tenente-general. Vindo a falecer no dia 10 de janeiro de 1836 em sua cidade natal, foi casado com Maria do Carmo da Silveira e Araújo (nascida em 1796).