З распадам СССР Валгадонскі дэндрарый прыйшоў у заняпад. Тэрыторыя перастала ахоўвацца, многія ўнікальныя дрэвы былі высечаны вандаламі, у запаведнай зоне ўладкоўваліся шматлікія пікнікі, адбывалася паступовае засмечванне дэндрапарка. У 2006 годзе Адміністрацыяй Растоўскай вобласці была прынята пастанова № 418, у якай 70 аб'ектаў, улучаючы Валгадонскі дэндрарый, былі абвешчаны асабліва ахаванымі прыроднымі тэрыторыямі. Высілкамі грамадскіх арганізацый і гарадской адміністрацыі тэрыторыя парка была расчышчана і ўпарадкавана.