Galya'da savaşların sona ermesinina ardından Roma senatosu, Sezar'ın ikinci konsüllüğünü onaylamayı reddetti ve görevlerinden ayrılarak hakkındaki adli kovuşturmayla yüzleşmesi için Roma'ya dönmesi emrini verdi. Politk kariyeri ve İç savaş arasında bir seçim yapmak zorunda kalan Sezar "XIII. Lejyon"la birlikte Rubicon nehrini geçerek tercihini iç savaştan yana kullandı. Lejyon, iç savaş boyunca senatoda yer alan Optimates kliğinin komutanı Pompey idaresindeki Cumhuriyet lejyonlarına karşı Sezar'a sadık kaldı. XIII. Lejyon tüm iç savaş boyunca görev yaptı, Dyrrhachium ve Farsalus savaşında çarpıştı. Farsalus'ta Pompey'e karşı elde edilen kesin zaferin ardından Lejyon terhis edildi ve lejyonerler geleneksel arazi dağıtımı ile emekliye ayrıldı. Ancak bir süre sonra Thapsus Savaşı ve iç savaşın son çarpışması olan Munda Savaşı için yeniden göreve çağrıldı. Munda'nın ardından Sezar Lejyonu yeniden terhis etti ve Lejyonerlere İtalya'da arazi vererek emekli etti.