La scurt timp după izbucnirea celui de-al doilea război mondial, controlul zonei a căzut în mâinile sovieticilor, între 1940 și 1941, pe baza pactului Molotov-Ribbentrop. În 1941, Germania nazistă a atacat Uniunea Sovietică, a invadat Lituania și a ocupat orașul. Între iunie și septembrie 1941, germanii, împreună cu colaboratorii lituanieni, au distrus aproape toate casele din oraș și au ucis mai mult de 3000 de persoane, majoritatea evreilor. Orașul a fost scena unui contraatac de succes al diviziei germane de tancuri Panzer Großdeutschland în toamna anului 1944, iar după lupte a fost scena unor fotografii de propagandă în care numele orașului era prezentat în mod proeminent. Orașul a fost capturat de Armata Roșie în august 1944. După război, a făcut parte din Republica Sovietică Socialistă Lituaniană în cadrul Uniunii Sovietice.