Boční kaple je zasvěcena Panně Marii. Je sklenuta pásy a šestidílnou klenbou se štukovými barokními žebry. V kapli stojí tři oltáře, nejstarší z nich je oltář Panny Marie Bolestné z let 1761–1762. Na něm bývala umístěna gotická pieta z první poloviny 15. století, v druhé polovině 20. století přemístěná do děčínského muzea. Při levé stěně kaple stojí empírový oltář svaté Gaudencie, který spolu s ostatky světice darovala kostelu roku 1855 mikulášovická rodačka Agnes Theresia Heinová (1792–1856), abatyše cisterciáckého kláštera Sankt Marienthal v Horní Lužici. Nejmladší je novogotický oltář Panny Marie Lurdské.