У березні 1867 року, коли на Півдні розпочалася Реконструкція, Шерідан був призначений військовим губернатором 5-го військового округу (Техас і Луїзіана). Він суворо обмежив реєстрацію виборців з числа колишніх конфедератів і постановив, що тільки зареєстровані виборці (включаючи негрів) можуть служити присяжними. Крім того, розслідування смертельно небезпечного бунту в Новому Орлеані 1866 року, коли білі расисти вбили 34 негри, стосувалося численних місцевих чиновників; Шерідан звільнив з посади мера Нового Орлеана, генерального прокурора Луїзіани та окружного суддю. Пізніше він усунув губернатора Луїзіани Джеймса М. Веллса, звинувативши його як «політичного брехуна та нечесну людину». Він також звільнив губернатора штату Техас Джеймса У. Трокмортона, колишнього конфедерата, за те, що він «перешкоджав реконструкції держави», замінивши його республіканцем Елайшею Пиз, який програв на попередніх виборах Трокмортону.