W reprezentacji swojego kraju Pochettino zadebiutował w 1998 roku. W 2002 roku wystąpił w zupełnie nieudanych dla „Albicelestes” mistrzostwach świata. Podopieczni Marcelo Bielsy już w rundzie grupowej musieli uznać wyższość Szwedów oraz Anglików i odpadli z turnieju. Na mundialu Mauricio zagrał we wszystkich trzech spotkaniach w pełnym wymiarze czasowym. Łącznie dla drużyny narodowej Pochettino zaliczył 22 występy, w których strzelił dwa gole.