Pierwszym kościołem na miejscu dzisiejszej katedry była mała kaplica Łaski Bożej (Grace Chapel) zbudowana w latach 1849–1851, w okresie gorączki złota. W 1851 zbudowano drewniany kościół Łaski Bożej (Grace Church). Pierwszym rektorem kościoła został wielebny J. L. Ver Mehr (1849–1854). Po nim stanowisko to objął biskup William I. Kip. W 1860 położył on kamień węgielny pod nowy kościół, zlokalizowany przy skrzyżowaniu ulic Stockton i California, w miejscu, które później nazwano "Nob Hill". Działkę pod kościół ofiarował potentat kolejowy i bankier William Henry Crocker. Konsekrowany w 1862 roku, ceglany kościół otrzymał nieformalne miano katedry. W tym czasie jednym z jego rektorów był wielebny James Smith Bush, pradziadek prezydenta Stanów Zjednoczonych George’a W. Busha.