Au moment de l'attaque de Pearl Harbor, l"Isonami" est affecté à la division ( escadron de destroyers) de la flotte, où il est déployé depuis le district naval de Kure. Du au , il fait partie de l'escorte des croiseurs lourds "Suzuya", "Kumano", "Mogami" et "Mikuma" déployés à partir de Samah, de la baie de Camranh et de l'Indochine française en appuyant les opérations d'invasion de Malaisie, Banka-Palembang et Anambas. Le , l"'Isonami" participe à l'opération "J", à l'opération "T" le et à l'opération "D" le . Il effectue des patrouilles d'escorte au large de Port Blair pendant les raids japonais dans l'océan Indien. Les 13 et , le destroyer accoste à Singapour et la baie de Camranh avant de rejoindre la base de Kure pour un entretien.