Es a finales del siglo XVII cuando el Senado de Hamburgo ordena el traslado de hospicios y hospitales fuera de las murallas, y éstos son trasladados a St. Pauli. En 1762 la Iglesia de San Pauli, levantada en 1682, fue totalmente destruida por el ejército danés durante un asalto que pretendía recaudar fondos para una inminente guerra contra el Imperio ruso. En el siglo XVIII volvió a ser reconstruida, pero en la Guerra de la Sexta Coalición Napoleón ordenó a la "Grande Armée" que se la incendiara junto a todos los edificios, evitando así que pudieran refugiarse en ella los soldados enemigos.