Il cammino in Coppa Italia ha inizio il 20 novembre 1938, partendo dal terzo turno eliminatorio: la squadra disputa il match contro il (club nel frattempo neopromosso in Serie C), valevole per il passaggio alla fase finale dai sedicesimi. La sfida si conclude con un pareggio a reti bianche ed è necessaria una ripetizione per sancire l’ufficiale passaggio del turno, che si giocherà quattro giorni dopo: alla fine la spunterà il Palermo, prevalendo per 3-0 e accedendo così ai sedicesimi di finale. Lì la squadra batterà il in casa, sbloccando il risultato sul 2-1 ai tempi supplementari, con un gol del capitano Gennaro Santillo, ma verrà eliminata agli ottavi di finale dal , formazione di Serie A, in trasferta (3-0).