Fra den 20. Oktober 1942 var Heim læge ved 6. SS bjergdivision Nord, der deltog på den finske side af fortsættelseskrigen mod Sovjetunionen. Detaljer om Heims aktiviteter i Finland er i hovedsagen ukendte. På et tidspunkt var han læge ved divisionshospitalet i Oulu. I 1944 havde Heim rang af SS-Hauptsturmführer i Waffen-SS. I begyndelsen af 1945 blev Heim sammen med SS-divisionen forflyttet til Vestfronten, og under Ardenneroffensiven deltog han i kampene i Vogeserne.