После освобождения страны, Басакидис, как и тысячи других коммунистов и участников Сопротивления, был гоним правым правительством и был заключён в тюрьму в городе Навплион. После того как т. н. «Белый террор» монархистов привёл страну в 1946 году к Гражданской войне (1946—1949), Барсакидис примкнул к Демократической армии Греции (ДСЭ) и с февраля 1947 года стал военным руководителем при штабе ДСЭ Пелопоннеса.