Le , le Congrès continental approuve la nomination de Moore en tant que général de brigade dans l'armée continentale, et le place au commandement de toutes les forces armées régulières en Caroline du Nord. Moore est l'un des cinq Nord-Caroliniens à atteindre au moins le rang de général de brigade dans l'armée continentale. En tant que brigadier, il sert sous le général Charles Lee, commandement du qui est responsable du théâtre sud des opérations. Moore est notamment chargé de protéger Wilmington des attaques des navires britanniques croisant dans la région de Cape Fear après la bataille de Moore's Creek Bridge. Moore alterne phase d'observation et de harcèlement des Britanniques et de leurs auxiliaires loyalistes tout en améliorant les défenses de Wilmington. Il ordonne l'installation de deux nouvelles batteries côtières et fait couler des navires dans le chenal principal du fleuve Cape Fear au sud de la ville pour barrer le passage à de plus grands navires. En avril et , quelques unités britanniques de la force de du général Henry Clinton débarquent près de Wilmington menaçant la garnison de Moore alors composée de . Mais Clinton estime rapidement que la Caroline du Nord n'est pas un objectif idéal, et la majorité de la flotte et de l'armée britanniques fait route vers le sud et Charleston le .