После событий 11 сентября 2001 года "Mesaba Airlines" была вынуждена сократить штат сотрудников на 20 % и перейти к режиму общей экономии расходов. Осенью 2003 года Northwest Airlines объявила о планах по выводу из эксплуатации всего парка реактивных Avro RJ-85 по причине их топливной неэффективности и большого возраста самолётов. Поскольку на флот Avro RJ-85 приходилось более половины всех доходов "Mesaba Airlines", руководству компании удалось провести переговоры с NWA, позволившие продолжить эксплуатацию данных самолётов на неопределённый период времени. В 2005 году было объявлено о начале программы замены Avro на региональные реактивные самолёты Canadair Regional Jets, 15 единиц которых поступили в авиакомпанию в период с сентября 2005 по конец 2006 года.