Na maanden ven revalideren keerde Gordon terug naar het leger en verkreeg hij het commando over een brigade in de divisie van Jubal Early. Tijdens de Gettysburgveldtocht bezette de brigade van Gordon Wrightsville (Pennsylvania). Tijdens de Slag bij Gettysburg die daarop volgde nam Gordon ook deel. Bij de Slag in de Wildernis stelde Gordon voor om een flankaanval uit te voeren op het leger van de Unie die hij op 6 mei 1864 ook uitvoerde. Op 12 april 1865 gaven John Brown Gorden en zijn leger zich over aan Joshua Chamberlain.