ב-1801, כאשר נבחר ג'פרסון לנשיאות, הוא לא התכחש להסכם. הוא השאיר את השגריר הפדרליסטי בלונדון רופוס קינג, כדי לשאת ולתת על החלטה מוצלחת בנוגע לנושאים חריגים הנוגעים לתשלומי הכספים ולגבולות. הידידות בין שתי האומות נפגעה כאשר פג תוקפו של ההסכם ב-1805. ג'פרסון דחה את האפשרות של חידוש הסכם ג'יי באמצעות חתימת הסכם מונרו-פינקי ב-1806 כפי שנשאו ונתנו עליו הדיפלומטים שלו בלונדון. היחסים בין האומות הפכו לעוינים כהקדמה למלחמת 1812. ב-1815 החליף הסכם גנט את הסכם ג'יי.