Позже Малафеев уступил место основного вратаря Игорю Акинфееву в отборе к Евро-2008, однако после получения им травмы в мае 2007 года снова встал ворота, отыграв июньские матчи против Хорватии и Андорры, часть матча против Македонии и полный матч против Англии. В 2008 году Малафеев завоевал бронзовые медали чемпионата Европы, не сыграв ни одной минуты: во всех матчах ворота защищал Акинфеев. В товарищеском матче 4 июня 2008 года со сборной Литвы Малафеев начал рекордную для себя сухую серию — 653 минуты — которая закончилась 25 мая 2012 года в товарищеском матче со сборной Уругвая. Эта серия является второй в истории советского и российского футбола. Одновременно с этим Малафеев провёл семь сухих встреч подряд, что является третьим результатом после серий Виктора Чанова и Игоря Акинфеева.