De omgeving rondom Mutters is waarschijnlijk al rond 3000 v.Chr. bewoond geweest. Er zijn urnen gevonden uit de bronstijd. Rond 1100 werd het dorp als "Muttres" voor het eerst genoemd. De naam is waarschijnlijk afkomstig van "mutt", dat heuvel betekent. In 1729 brandde een deel van het dorp af. De bevolking van het dorp leed ernstig onder de napoleontische oorlogen van 1796-1797 en 1809. Bij "Schupfenwirt" aan de Brennerstraat vestigde Andreas Hofer gedurende de Slagen bij de Bergisel in de maanden mei en augustus van het jaar 1809 zijn hoofdkwartier.