Alors qu'elle était encore étudiante, Tsujimoto a fondé en 1983 Peace Boat, avec d'autres étudiants de l'université et des militants pacifistes, comme Makoto Oda, de l'association "Beheiren" ("Betonamu ni Heiwa o Shimin Rengo", Ligue des Citoyens pour la Paix au Vietnam). Boat Peace est une organisation citoyenne qui travaille à la promotion de la paix, des droits de l'homme, de l'égalité, du développement durable et du respect de l'environnement par l'organisation de voyages éducatifs. Elle a acquis le statut de Consultant Spécial auprès du Conseil Économique et Social de l'organisation des Nations unies. Au Japon, le groupe critique le silence du gouvernement japonais sur ses agressions passées; le premier voyage de Peace Boat s'est fait dans les pays qui ont été envahis par le Japon pendant la Seconde Guerre mondiale, et l'association travaille pour la réconciliation entre le Japon et ces pays. Ses passagers ont également rencontré Yasser Arafat à plusieurs reprises; en raison de son soutien à la cause palestinienne, Israël a refusé l'entrée de Peace Boat dans le pays en 2002. Tsujimoto a également travaillé à Osaka comme coordinatrice d'organisations à but non lucratif, et était présente au Sommet de la Terre de Rio de Janeiro en 1992, comme représentante d'une ONG.