Im Herbst 1805 wurde die "Endymion" Teil des vor Cádiz kreuzenden Geschwaders von Konteradmiral Sir Thomas Louis und damit ein Teil der Flotte von Vizeadmiral Horatio Nelson. Anfang Oktober schickte Nelson Louis’ Verband nach Gibraltar, um Wasser und Proviant aufzunehmen, weshalb die "Endymion" an der Schlacht von Trafalgar vom 21. Oktober nicht teilnehmen konnte. Allerdings ist es sehr wahrscheinlich, dass sie mit ihrem Verband das Zusammentreffen bei Trafalgar begünstigt hat, denn die sich von Nelson abgesetzten Schiffe Admiral Louis' (darunter 5 Linienschiffe) wurden von spanischen Beobachtern an der Küste gesichtet. Diese offensichtliche Schwächung der britischen Flotte mag – so der britische Historiker Brian Lavery in seinem Buch "Nelson's Fleets at Trafalgar" die französisch-spanische Flotte zum Auslaufen ermuntert haben. 1807 war sie unter dem Kommando von Kapitän Thomas Bladen Capel an Admiral John Thomas Duckworths Dardanellen-Operation beteiligt und brachte den britischen Gesandten zu (vergeblichen) Verhandlungen mit dem Osmanischen Reich nach Istanbul. Beim Durchbruch durch die Dardanellen unter Beschuss türkischer Küstenbatterien wurden drei Besatzungsmitglieder der Fregatte getötet und neun verwundet. Ab 1808 diente die "Endymion" in britischen Gewässern, wo sie erneut eine Reihe französischer Freibeuter aufbrachte.