第二次世界大戦中は経済行政本部（SS-WVHA）に配属され、長官であるオズヴァルト・ポール親衛隊大将の副官となった。強制収容所を運営するD局局長リヒャルト・グリュックスを監督し、またカムラー自身も強制収容所の建設を任務とするC局局長としてガス室を含む絶滅収容所の建設に携わっている。1943年のワルシャワ・ゲットー蜂起の後、親衛隊全国指導者ハインリヒ・ヒムラーはカムラーを報復のゲットー破壊作戦の監督に任じた。