В Красной Армии с июня 1918 года. Служил военным руководителем Старо-Ахматовского волостного военкомата Сергачского уезда Нижегородской губернии, в марте 1919 года стал помощником Сергачского уездного военного комиссара и председатель уездной комиссии по борьбе с дезертирством. В октябре 1919 года направлен в действующую армию Гражданской войны на Восточный фронт командиром батальона 2-го стрелкового полка Отдельной Уфимской стрелковой бригады, вскоре за отличия назначен помощником командира этого полка. С января 1920 — командир 526-го стрелкового полка 59-й стрелковой дивизии. В 1919 году воевал против войск адмирала А. В. Колчака, в 1920 году в составе Семипалатинской группы войск принимал участие в разгроме остатков отрядов оренбургских казаков атамана А. И. Дутова и войск Отдельной Семиреченской армии атамана Б. В. Анненкова. В начале июля 1920 дивизия была расформирована, а 526-й стрелковый полк Д. Т. Козлова вошёл в состав 3-й Туркестанской стрелковой дивизии, вскоре он был переименован в 22-й стрелковый полк. Далее воевал на Туркестанском фронте, в-основном сражался с басмачами в Ферганской области. В мае 1921 года стал командиром 16-го стрелкового полка 2-й Туркестанской стрелковой дивизии.