Nach Aufenthalten in Chiwa und Kokand, wo er versucht hatte, eine Allianz gegen das russische Vordringen in Zentralasien zu organisieren oder zumindest die Abschaffung der Sklaverei zu erwirken, erreichte Hauptmann Arthur Conolly Buchara im Oktober 1841. Conolly war vor einer Reise nach Buchara gewarnt worden, hatte aber die Hoffnung, neben seinem diplomatischen Auftrag auch die Freilassung Stoddarts zu erwirken. Zuerst wurde Conolly freundlich aufgenommen. Da der Emir aber keine Antwort auf einen an Königin Victoria gesandten Brief erhielt, fühlte er sich vor den Kopf gestoßen oder hielt Conolly für einen Betrüger. Als Großbritannien schließlich im Ersten Anglo-Afghanischen Krieg mit dem Rückzug Generalmajor William Elphinstones eine militärische Katastrophe erlitt, beschloss der Emir, seine beiden Gefangenen hinrichten zu lassen.