De luchthaven raakte zwaar beschadigd tijdens de aardbeving op Java op 27 mei 2006 en moest daarom voor twee dagen worden gesloten. Delen van de landingsbaan waren afgeschuurd en de vertrekhal was ingestort. Gedurende deze twee dagen werden de meeste vluchten geannuleerd of omgeleid naar luchthaven Adisumarmo. Nadat de luchthaven op 30 mei 2006 weer in gebruik was genomen, moesten alle passagiers tijdelijk gebruikmaken van de internationale vertrekhal, totdat de nieuwe hal voor binnenlandse vluchten gereed was.