Lors du coup d'État de 1999 de Pervez Musharraf, Rafiq Tarar n'est pas, contrairement au Premier ministre Nawaz Sharif, renversé par le putsch. Il continue à assurer la présidence jusqu'en , date à laquelle il est relevé de ses fonctions et remplacé par Pervez Musharraf, après avoir refusé de démissionner. De même, Rafiq Tarar restera membre de son parti, refusant de rejoindre la Ligue musulmane du Pakistan (Q) créée pour soutenir le nouveau président et conserve des liens avec Nawaz. Il s'est depuis retiré de la vie politique.