Ngày 27 tháng 3 năm 1999, Scholes lập hat-trick cho đội tuyển Anh trong trận gặp Ba Lan. Ngoài ra, Scholes đã ghi cả hai bàn trong chiến thắng 2–0 của đội tuyển Anh trên sân Hampden Park trước Scotland trong trận lượt đi play-off Euro 2000, ấn định tổng tỉ số 2–1 và giành quyền vào vòng chung kết. Trong trận đấu vòng loại gặp Thụy Điển vào tháng 6, Scholes trở thành cầu thủ Anh đầu tiên và cuối cùng bị đuổi khỏi sân trong một trận đấu quốc tế trên sân vận động Wembley cũ.