A háború irányítása során végig magának tartotta meg a stratégiai döntéseket, katonai tanácsadói köre csak pár emberből állt, és igazán csak Robert E. Lee tábornokra hallgatott, akinek javaslatait általában akceptálta. Lee lemondását 1863 augusztusában, a Gettysburgi csata elvesztése után sem fogadta el. Davist később sokat kritizálták azért, mert ugyan gyakorlatilag maga látta el a főparancsnoki teendőket, de tábornokai között nem tudott hatékony összhangot fenntartani, és gyakran nem a megfelelő katonákra bízta a déli hadseregek vezényletét. Általános stratégiája, amely a Konföderáció teljes területének túlzottan merev védelmét irányozta elő, elaprózta az erőforrásokat és nem tudta megakadályozni az északi csapatok célirányos betöréseit.