Na temporada 2012-13, o início não saiu como planejado para o Celtics. O armador da equipe, Rajon Rondo, enfrentou problemas com lesões e acabou virando desfalque. O ala-armador Ray Allen deixou Boston e rumou para Miami, em busca de mais um título. Em 27 de janeiro de 2013, contra o Miami Heat, Pierce anotou o seu primeiro triplo-duplo na temporada: 17 pontos, 13 rebotes e 10 assistências. Em 10 de fevereiro de 2013, contra o Denver Nuggets, Pierce realizou mais um triplo duplo na temporada: 27 pontos, 14 rebotes e 14 assistências, tornando-se o jogador mais velho a fazer, pelo menos, 20 pontos, 12 rebotes e 12 assistências. O recorde pertencia justamente a outro ídolo do Celtics: Larry Bird. O terceiro triplo-duplo de Pierce na temporada ocorreu no dia 29 de março de 2013, contra o Atlanta Hawks: 20 pontos, 10 rebotes e 10 assistências. Chegando ao fim de mais uma temporada regular, Pierce acabou com médias de 18.6 pontos, 6.3 rebotes e 4.8 assistências por jogo. A campanha, no entanto, já não era mais empolgante: 41 vitórias e 40 derrotas (devido ao atentado na Maratona de Boston, o Celtics não disputou a 82ª partida), a 7ª melhor da Conferência Leste. Logo na primeira fase dos Playoffs, a equipe foi derrotada em 6 jogos pelo New York Knicks. Na série, Pierce obteve médias de 19.2 pontos por jogo, além de 26.8% nos arremessos de três pontos, 5.7 rebotes e 5.3 assistências.