За час пасля Сен-Жэрменскага міру Каліньі авалодаў даверам караля, што выклікала раздражненне як каралевы-маці, так і Гізаў. Шлюб Генрыха Наварскага і Маргарыты Валуа абгарнуўся страшнай разнёй гугенотаў на вуліцах Парыжа і іншых гарадоў, якая ўвайшла ў гісторыю як Варфаламееўская ноч. Сярод ахвяр гвалту быў і Каліньі. Спробы выбіць гугенотаў з Сансера і Ла-Рашэлі, зрэшты, скончыліся безвынікова. У 1573 годзе быў выдадзены эдыкт, які пацвердзіў права гугенотаў на адпраўленне пратэстанцкіх абрадаў у Ла-Рашэлі, Мантабане і Німе.