Johann Jacoby wurde als Sohn des jüdischen Kaufmanns "Gerson Jacoby" und dessen Frau "Lea Jonas" als jüngstes von insgesamt fünf Kindern geboren. Nach dem Abitur am Collegium Fridericianum studierte er ab 1823 Medizin an der Albertus-Universität Königsberg, die zu jener Zeit stark von den Lehren Immanuel Kants beeinflusst war. Unterstützt von Eduard von Simson gründete er am 2. Februar 1827 das dritte Littauer-Kränzchen, das 1829 zur Corpslandsmannschaft Littuania wurde. Das Studium schloss er 1827 mit einer Dissertation über das Delirium tremens und 1828 mit dem Staatsexamen ab. Er arbeitete als praktischer Arzt und ab 1829 auch am jüdischen Krankenhaus in Königsberg. Nach dem Ausbruch der großen Choleraepidemie reiste er im staatlichen Auftrag 1831 während des polnischen Aufstands in einen russisch kontrollierten Distrikt, um sich als erster ostpreußischer Arzt am Ort des Geschehens über die Seuche zu informieren. Wenig später brach der Cholera-Aufstand in Königsberg aus. Sein ärztlicher Einsatz wurde in der Heimatstadt honoriert, und der preußische Oberpräsident, Theodor von Schön, soll geäußert haben: „Ich werde auch nach Berlin darüber berichten, aber einen Orden, eine Auszeichnung, wissen Sie, können Sie nicht bekommen. Sie sind Jude.“