С апреля 1944 гвардии подполковник А. Пекарев — начальник политотдела 19-й гвардейской рудненской стрелковой дивизии. Он участвует в Смоленской, Белорусской, Мемельской, Гумбиннен-Гольдапской и Восточно-Прусской наступательных операциях 3-го Белорусского фронта.