В постсоветский период, начиная с 1993 и по 2001 год, Мирненский сельский Совет последовательно преобразовывался в: Мирненскую сельскую администрацию, администрацию Мирненского сельского округа, и, наконец, Администрацию Мирненского сельского округа Муниципального образования «Томский район».