A invasão indonésia e posterior ocupação foi nefasta para a educação em Timor-Leste, primeiro porque destruiu todos os estabelecimentos de ensino (inclusive o Liceu), e; segundo porque excluiu a população timorense do acesso à instrução formal, fazendo com que, em 1999, fosse registrado o assustador indicador de que 90% da população era analfabeta.