Néanmoins, de nouvelle crises internes secouent le parti les années suivantes, et culminent en 1986, lorsque Abdel Fattah Ismail et la plupart des autres dirigeants historiques de la révolution sont assassinés sur ordre d’un autre cadre du parti, Ali Nasser Mohamed. Ces exécutions provoquent de violents combats à Aden entre partisans des belligérants rivaux, qui font des milliers de victimes, et aboutissent à la victoire d'un autre cadre, Ali Salem al-Beidh, mais ces événements impactent profondément la crédibilité du PSY auprès de la population. À la fin des années 1980, confronté à une baisse des aides soviétiques en raison du déclin de l'URSS et à la suite de la découverte de ressources pétrolières au Yémen du Nord, la population du sud, perdant confiance en ses dirigeants, devient favorable à l'unification du pays.