Vuonna 1804 NWC:n vuotuisessa kokouksessa Fort Kaministiquiassa Thompsonista tehtiin yhtiön täysjäsen. Hän johti alueen turkiskauppaa muutaman vuoden ajan. Tästä huolimatta hän pystyi täydentämään karttojaan Yläjärven alueella. Lewisin ja Clarkin tutkimusretken johdosta vuoden 1806 vuosikokouksessa NWC päätti lähettää Thompsonin etsimään kauppareittiä Tyynellemerelle.