Etwa seit 2001 engagierte Todenhöfer sich dann als entschiedener Gegner der US-amerikanischen Kriege in Afghanistan 2001 und im Irak 2003. Über beide Kriege schrieb er Bücher, die in hoher Auflage verkauft wurden. Er bereiste regelmäßig die Kriegs- und Krisengebiete im Nahen und Mittleren Osten. Um auch in für Journalisten gesperrte Zonen des Iraks zu kommen, verkleidete er sich als Arzt. Nach der Rückkehr von einer solchen Erkundung bekannte er, sich dort oft „für den Westen geschämt“ zu haben, und vertrat in einem Interview im "Stern" die Ansicht, Bush habe noch mehr Menschen getötet als Bin Laden. Todenhöfer verwahrte sich 2005 jedoch gegen den Vorwurf des Antiamerikanismus und erklärte, Ehren-Oberst der US-Armee zu sein.