Inició la temporada 2009-10 entre los once titulares que, tras empatar 2-2 con el Chelsea, perdieron la Community Shield en tanda de penales, donde el jugador anotó el único de los lanzamientos de su equipo que terminó en gol. Su primer tanto en la campaña lo marcó en Liga de Campeones el 30 de septiembre, en una victoria por 2-1 ante el VfL Wolfsburgo que dejó líder al Manchester United en su grupo. Casi dos meses después, el 21 de noviembre, convirtió el segundo de los tres goles que el cuadro mancuniano le hizo al Everton para obtener un triunfo en la treceava jornada de liga. Debido a los numerosos lesionados en el plantel, entre ellos ocho defensores, Carrick jugó de zaguero central en el encuentro contra el West Ham que se disputó el 5 de diciembre y ganaron por 4-0. Ingresó en el primer tiempo en lugar del lesionado Gary Neville, quien tampoco se encontraba en su posición habitual, y tuvo un desempeño elogiado por el entrenador Alex Ferguson. Tres días después volvió a ejercer de defensor central, esta vez en una línea de tres en el partido de vuelta frente al VfL Wolfsburgo, donde tuvo dificultades para marcar al delantero Edin Džeko y, tras una entrada sobre Makoto Hasebe, estuvo cerca de provocar un penal. No obstante, el Manchester United ganó por 3-1 de visitante y se quedó con el primer puesto de su grupo.