Μια δεύτερη ναυμαχία έγινε στα ανοιχτά της Πανόρμου και στον θαλάσσιο χώρο ανάμεσα στην Πάνορμο και τη Ναύπακτο. Έγινε στις 7 Οκτωβρίου 1571 μεταξύ των ενωμένων στόλων της Ισπανίας, της Βενετίας, της Γένουας, της Νεάπολης και Σικελίας και του Πάπα και του ενιαίου στόλου της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας στην είσοδο του Κορινθιακού κόλπου κοντά στις νήσους νότιες Εχινάδες. Η ναυμαχία έμεινε γνωστή σαν Ναυμαχία της Ναυπάκτου επειδή τότε ολόκληρος ο κόλπος λεγόταν από τους Ενετούς "Κόλπος της Ναυπάκτου". Στη Πάνορμο δημιουργήθηκε νεκροταφείο για τους χριστιανούς νεκρούς της ναυμαχίας.