En 1842 dominó dos nuevos levantamientos contra la esclavitud, en Minas Gerais y São Paulo. Durante las etapas finales de la Guerra de los Farrapos fue nombrado comandante del ejército en operaciones y presidente-gobernador de la Provincia de San Pedro del Sur, con el grado de Mariscal de Campo, a los 39 años de edad. Logró la Paz de Ponche Verde, que terminó con nueve años de guerra civil, conservando las buenas relaciones con los jefes vencidos. Fue premiado con el título de Conde de Caxias y nombrado senador vitalicio del Imperio.