Schmidthuber oli 7. SS-vapaaehtoisvuoristodivisioona Prinz Eugenin komentaja aikana 20. tammikuuta 1944 – toukokuu 1945. Toisen maailmansodan lopussa hän oli Budapestissa. Raoul Wallenberg uhkasi häntä sotarikossyytteillä, mikäli hän jatkaisi juutalaisten toimittamista keskitysleireille kaupungista. Venäläiset vapauttivat idän keskitysleirit muutamia päiviä myöhemmin. Nürnbergin oikeudenkäynneissä hän antoi todistuksen, kuinka muuan SS-yksikkö oli sulkenut joukon Krivaya Reka -nimisen kaupungin asukkaita kirkkoon ja räjäyttänyt sen. Myöhemmin hänet luovutettiin Jugoslaviaan vastaamaan sotarikossyytteisiin. Schmidthuber hirtettiin yhdessä neljän muun saksalaiskenraalin kanssa Belgradissa 27. helmikuuta 1947.