ผลของสงครามกลางเมืองครั้งที่สองนำไปสู่การปลงพระชนม์ของพระเจ้าชาลส์ที่ 1, การลี้ภัยของพระราชโอรสพระเจ้าชาลส์ที่ 2 และการเปลี่ยนระบบการปกครองของอังกฤษจากระบอบพระมหากษัตริย์ไปเป็นระบบเครือจักรภพแห่งอังกฤษ ระหว่างปี ค.ศ. 1649 ถึงปี ค.ศ. 1653 และต่อจากนั้นไปเป็นระบบรัฐผู้พิทักษ์ภายใต้การนำของโอลิเวอร์ ครอมเวลล์ระหว่างปี ค.ศ. 1653 ถึงปี ค.ศ. 1659 เอกสิทธิ์ในการนับถือคริสต์ศาสนาของนิกายเชิร์ชออฟอิงแลนด์ในอังกฤษสิ้นสุดลงด้วยการรวม การปกครองโดยโปรเตสแตนต์ (Protestant Ascendancy) ในไอร์แลนด์ ในด้านรัฐธรรมนูญสงครามครั้งนี้เป็นการวางรากฐานว่าการปกครองระบอบพระมหากษัตริย์ไม่สามารถทำได้โดยมิได้รับความเห็นชอบจากรัฐสภา แต่อันที่จริงแล้วปรัชญานี้ก็มิได้ปฏิบัติกันอย่างจริงจังจนกระทั่งถึงสมัยการปฏิวัติอันรุ่งโรจน์ในปลายคริสต์ศตวรรษ