Après la désorganisation due à l'invasion française en 1792, l'application des articles organiques aboutit à la dissolution du séminaire par le préfet Jeanbon Saint André en 1803. Dès 1805, Bruno Franz Leopold Liebermann était nommé par le nouvel évêque Joseph Ludwig Colmar comme supérieur du séminaire pour réorganiser la formation des élèves théologiens. La municipalité de Franz Konrad Macke propose pour cette nouvelle institution l'ancien couvent des augustins, très spacieux, mais gravement endommagé par les divers bombardements de la ville. Colmar a choisi les formateurs parmi les cercles alsaciens connus de lui, dans le mouvement qui est devenu plus tard connu comme cercle de Mayence.