Потужним поштовхом для розвитку та переоцінки спроможностей Командування спецоперацій стали події 11 вересня 2001 року. Реформи, що торкнулися майже усіх сторін діяльності "USSOCOM", призвели до найбільш кардинальних змін з часів заснування цього органу військового управління. У боротьбі з міжнародним тероризмом сили спеціальних операцій стали нарізним камінням у провадженні політики США стосовно терористичних організацій та рухів. Практично відразу після атак у кожному Об'єднаному командуванні США були засновані філії або окремі командування, на які покладалися завдання безпосередньої боротьби з терористами у географічній зоні відповідальності таких Командувань. Основне навантаження лягло на Командування ССО США «Центр», яке планувало, організовувало та виконувало завдання спеціальних операцій на Близькому Сході, у першу чергу в Афганістані, що перебував під владою Талібану й служив осередком та притулком міжнародних терористичних організацій. Вже 25 вересня 2001 року на встановлення контакту з Північним Альянсом до Афганістану прибули фахівці спеціальних акцій, а через 2 тижні в країну вертольотами MH-47E 160-го авіаційного полку проникли перші бойові підрозділи 5-ї групи спецоперацій — оперативні групи «Альфа» 555 та 595, що мали по 12 підготовлених операторів.