W reprezentacji Rumunii rozegrał 40 meczów. Początkowo był zmiennikiem Silviu Lunga. Po mundialu 1990 został pierwszym bramkarzem i grał w eliminacjach do Euro 1992 i mundialu 1994. Później przez wiele lat musiał rywalizować o miejsce w składzie z Bogdanem Steleą. Na mundialu 1994, na którym Rumunii doszli do ćwierćfinału, w pierwszych dwu meczach grał Stelea, ale później został zastąpiony przez Pruneę. Podobnie było dwa lata później na Euro 1996. Po tym turnieju, głównie dzięki udanym występom w UD Salamanca, w pierwszej jedenastce grał już Stelea. Na mundial 1998 i Euro 2000 Prunea pojechał jako rezerwowy. Ostatni mecz w reprezentacji rozegrał w 2001 roku.