Il 24 marzo 1999 Viggers tornò in Bosnia come comandante della Multi-National Division (South-West) nello SFOR e gli venne garantita la promozione a maggiore generale, dal 1º settembre 1999. Per il suo servizio in Bosnia ricevette una Queen's Commendation for Valuable Service il 3 novembre 2000. Il 9 febbraio 2000 divenne Capo dello Staff del comando di terra e rimase in tale posizione sino al maggio del 2003. L'11 maggio 2000 ricevette un'ulteriore nomina onoraria a colonnello comandante dell'Adjutant General's Corps. Nel maggio del 2003 venne nominato Comandante generale delle Multi-National Force in Iraq, con base a Baghdad dopo l'occupazione delle forze statunitensi e inglesi dell'area irachena; per il suo servizio in questa guerra venne nominato Compagno dell'Ordine di San Michele e San Giorgio il 23 aprile 2004. Successivamente venne posto come Segretario Militare e Capo del Personale Esecutivo dell'Esercito dal 20 ottobre 2003.