南北戦争の開始時点でワシントンとの通信が遮断されたとき、デュポンは独自の判断でチェサピーク湾に艦隊を送り、陸軍がメリーランド州アナポリスに上陸するのを守った。1861年6月、南軍に対する海軍の作戦を立案するために作られたワシントンの理事会議長となった。デュポンは海軍将官に指名され、南大西洋封鎖戦隊指揮官としてUSS"ウォバシュ"に乗艦し、バージニア州ノーフォークから当時のアメリカの海軍士官が率いた中でも最大の艦隊を率いた。11月7日、サウスカロライナ州ポートロイヤル港にある2つの砦を襲いその占領に結びつけた。この勝利で北軍の海軍はジョージア州南部からフロリダ州東海岸全体までを支配し、効果的な海岸封鎖が確立された。デュポンはアメリカ合衆国議会からその輝かしい戦術的成功について称賛を受け、1862年7月16日に海軍少将に指名された。