Theo một số nguồn tin quân sự Nga, đơn vị này đã "giảm uy tín" và mất tinh thần bởi các hành động lôi kéo chính trị trong những trận đấu chính trị xung quanh sự sụp đổ của Liên bang Xô viết, trong đó KGB tìm cách sử dụng đường lối cứng rắn chống lại Mikhail Gorbachev năm 1991, và Tổng thống Nga Boris Yeltsin cũng đã sử dụng đơn vị này như một dụng cụ sức mạnh khi tấn công vào Nhà Trắng Nga trong cuộc Khủng hoảng hiến pháp Nga năm 1993. Sau cuộc khủng hoảng năm 1993, Alpha và Vympel nhanh chóng được chuyển giao cho MVD (Bộ Nội vụ).