Tento čin měl pro český národ dalekosáhlé následky, jelikož nacistický teror ještě zesílil. Již 28. května zahájili nacisté popravy pro schvalování atentátu na Heydricha a 29. září bylo zaznamenáno, že stanný soud odsoudil za tyto údajné zločiny 252 lidí. Jedním z nejznámějších míst poprav se stala kobyliská střelnice. Odhaduje se, že v reakci na atentát, při tzv. (druhé) heydrichiádě, nacisté zabili 2 tisíce lidí. Mimo jiné vypálili obce Lidice (10. června 1942) a Ležáky (24. června 1942). Zároveň úspěšný atentát vzbudil ve světě pozitivní ohlas a na jeho základě byla Brity odvolána Mnichovská dohoda, 5. srpna 1942 ji prohlásila za neplatnou od samého počátku a přislíbena poválečná obnova Československa v jeho „předmnichovských“ hranicích, což bylo jedním z hlavních politických cílů atentátu.