袭击北海道和本州北部后，第38特遣舰队南下与包含四艘舰队航母的英国太平洋舰队（代号“第37特遣舰队”）主力会师。7月17日空袭东京的行动因天气恶劣受阻，特遣舰队次日出动舰载机攻击横须贺海军基地，日军長門號戰艦受损，另有四艘军舰沉没。7月24、25和28日，盟军舰队袭击吴市及濑户内海，炸沉一艘航空母舰、三艘战列舰、两艘重巡洋舰、一艘輕巡洋艦和其他多艘军舰。7月28日，美国陆军航空军从冲绳出动79架-24轰炸机协同海军作战。盟军此役伤亡惨重，被击落126架战机。7月29至30日，盟军舰载机袭击舞鶴市，炸沉三艘小军舰和12艘商船，此后舰队向东转移躲避台风并补充物资。8月9至10日，舰队再次攻击日本，目标是本州北部集结的日本飞机，盟军情报结构认为这些飞机旨在突袭马里亚纳群岛的-29轰炸机基地。海军飞行员声称8月9日击毁251架敌机，击伤141架。8月13日， 第38特遣舰队出动飞机再度空袭东京地区，声称摧毁地面254架飞机，空中18架。8月15日早上，东京又一次遇袭，第一波就有103架飞机命中目标；第二波空袭前部队得知日本同意投降故取消行动。但当天仍有不少日本飞机企图偷袭特遣舰队时被击落。