Chiến dịch Appomattox là một cuộc chạy đua giữa Lee và Sheridan, Lee cố gắng giành lấy những nguồn tiếp tế cho cuộc rút lui còn Sheridan cố gắng cắt đường của ông, với bộ binh miền Bắc tiến sát theo sau. Ngày 6 tháng 4, tại rạch Sayler, gần 1/4 số quân miền Nam (khoảng 8.000 người, chủ chốt của 2 quân đoàn) đã bị chia cắt khỏi quân chủ lực và phải đầu hàng. Nhiều chuyến tàu chở hàng của miền Nam vướt qua con rạch lên phái bắc cũng bị mất. Mặc dù Grant viết thư nói rằng đầu hàng là giải pháp cuối cùng, nhưng Lee vẫn cố gắng trốn thoát khỏi đối phương. Trong cuộc tấn công cuối cùng của Lee tại Appomattox sáng ngày 9 tháng 4, quân đoàn kiệt sức của John B. Gordon đã cố gắng phá vỡ trận tuyến của miền Bắc và tiếp cận nguồn tiếp tế ở Lynchburg. Họ đã đẩy lui được kỵ binh của Sheridan nhưng rồi lại phải đối mặt với toàn bộ các quân đoàn V và XXIV của miền Bắc. Bị bao vây ba mặt, và Lee buộc phải cùng với binh đoàn ra đầu hàng Grant tại làng Appomattox Court House cùng ngày hôm đó, và nghi lễ đầu hàng chính thức được tổ chức hai ngày sau.