В 1910 году Колокотронис получил звание полковника. Накануне Балканских войн, в Пирее был образован Отдельный полк из добровольцев с острова Крит, который номинально ещё был под юрисдикцией султана. В силу своих связей с Критом, ведущих своё начало с Критского восстания 1897 года, Колокотронис попросил и получил командование одним из батальонов полка. «1-й батальон критян», принял участие в Первой Балканской войне. При этом батальон был первым, вошедшим в освобождённый город Фессалоники, в день его покровителя Святого Дмитрия, 26 октября 1912 года. С 30 октября и до начала ноября 1912 года, во главе батальона, Колокотронис прошёл через полуостров Халкидики и занял Афон, который турки оставили без боя.