La 5 iulie 1940 Emanoil Catelli este arestat de grupul operativ al forțele N.K.V.D. de la Bălți pentru activitatea antirevoluționată, iar la 6 august este transferat la penitenciarul din Chișinău. De teamă să nu-l scape, grupul operativ a procedat, ca de obicei, mieșelește. Mai întâi, l-au arestat apoi au purces la întocmirea tuturor formelor legale. Mandat de arestare n-a existat pentru motivul că nu ajungeau formulare. Odată cu începerea operațiunilor militare pentru eliberarea Basarabiei de către România, Emanoil Catelli este transferat în interior Imperiului sovietic, ajungând în munții Ural. Astfel, că în 1942 Catelli este adus al Kazan. În timpul interogărilor Emanoil Catelli afrima că nu regretă pentru faptele comise anterior, și se va împotrivi mereu bolșevismului.