Miasto pozostawało blisko 700 lat pod władzą Cesarstwa Bizantyjskiego. W szczytowym okresie rozwoju w tej części miasta znajdowało się ponad 800 domów i 40 kościołów. Miasto zamieszkiwało wtedy 50 tysięcy mieszkańców. W 1249 roku, po trzyletnim oblężeniu, przejściowo zajęli je Frankowie. Zostali jednak zmuszeni do zwrócenia bizantyjskiego portu. Monemwasia znajdowała się w rękach cesarstwa do 1460 roku, kiedy Tomasz Paleolog, despota Morei, sprzedał ją papieżowi. Po krótkim okresie przynależności do Państwa Kościelnego władzę nad portem objęła Wenecja. Od tej pory miasto kilkakrotnie odbierali sobie Wenecjanie oraz Turcy. Republika Wenecka sprawowała władzę nad Monemwasią w latach 1471-1540 i ponownie, po okresie panowania tureckiego wiążącego się z powolnym upadkiem, w latach 1690-1715. Po 1715 roku miasto znalazło się ponownie pod władzą Imperium Osmańskiego. 28 marca 1821 roku, w czasie wojny o niepodległość, powstańcy rozpoczęli oblężenie Monemwasji. 1 sierpnia 1821 Turcy poddali miasto, które weszło w skład powstającego państwa greckiego.