После травмы ахиллова сухожилия Иванкову потребовалось хирургическое вмешательство и серьёзная многомесячная реабилитация. Через год после травмы Иван вернулся к соревнованиям и выиграл свою вторую золотую медаль в многоборье на чемпионате мира 1997 года. В 2001 году он привёл белорусскую команду к золотой медали на чемпионате мира в Генте, Бельгия. В индивидуальных упражнениях он занял второе место в многоборье. Два года спустя, Беларусь финишировала 13-й на чемпионате мира в Анахайме и не смогла попасть на Олимпийские игры 2004 года в Афинах. Иванков выступал в Афинах в индивидуальных соревнованиях. После выступлений на чемпионатах мира 2005 и 2006 годов, Иванков решил закончить спортивную карьеру.