לאחר הפלישה ליוגוסלביה, המדינה נכבשה על ידי גרמניה וחלק מהאזורים נכבשו על ידי איטליה, הונגריה, בולגריה ואלבניה והתקיימה גם המדינה העצמאית של קרואטיה. לאחר מסע הפצצה על ערי סרביה הגדולות, התקיים משטר בובות גרמני בראשות מילאן נדיץ', שיחד עם הצבא הגרמני וכוחות הכיבוש רדפו את היהודים בסרביה, באזור ווביובינה הכבושה בהונגריה ובשטח שהיה בידי האוסטאשה. יהודים סרבים שלא הועברו למחנות ריכוז בגרמניה נרצחו או במחנות הריכוז הנאציים בתוך סרביה (כגון מחנה הריכוז צרווני קרסטו ומחנה הריכוז באנייצה) או הועברו למחנה הריכוז יאסנובאץ שהיה בשליטת האוסטאשה, ונרצחו שם. יהודים שחיו באזורים הכבושים בהונגריה עמדו בפני הוצאות להורג המוניות, והידוע לשמצה ביותר היה הטבח בדרום באצ'קה.