Entre los siglos XVI y XVII se crean muchas empresas de artesanías en Úzhgorod. En este período la ciudad se dedica principalmente a la lucha religiosa entre Transilvania (protestante) y Austria (católica). En 1646 la Unión de Úzhgorod fue proclamada y la Iglesia greco-católica se estableció en Subcarpatia, en una ceremonia celebrada en el castillo de Úzhgorod por la Santa Sede. En 1707 Úzhgorod fue la residencia de Ferenc Rákóczi II, líder de la guerra de liberación nacional del pueblo húngaro.