Praca redemptorystów odbywała się w trudnych warunkach. Rozbiory Polski pociągnęły za sobą przelew krwi, chociaż Tadeusz Kościuszko odnosił sukcesy w walce, nie mógł powstrzymywać okupantów w nieskończoność. Krwawe walki dotarły do Warszawy, ulice miasta pokryły się licznymi trupami. Podczas Wielkiego Tygodnia 1794 wymordowano jeńców rosyjskich. Wszyscy mieszkańcy oraz ojcowie zdawali sobie sprawę z ciągłego zagrożenia życia. Jesienią 1794 nowe posiłki armii rosyjskiej generała Aleksandra Suworowa uderzyły na Warszawę dokonując bombardowania i bezprecedensowego krwawego odwetu na ludności cywilnej. Trzy bomby przebiły się przez dach kościoła, ale nie wybuchły. W czasie walk, Klemens z towarzyszami głosił pokój, to tylko wzmogło protesty przeciw redemptorystom, określanym już mianem zdrajców. 29 grudnia 1794 Klemens pisał do swojego generalnego przełożonego: "Ciężkie nieszczęścia napełniły nas trwogą (...) Po zdobyciu przedmieścia Praga (4 listopada) zostało wymordowanych ponad 16 000 ludzi – mężczyzn, kobiet i dzieci. Musieliśmy patrzeć na te okrutne sceny, gdyż działo się to naprzeciw naszego domu. Jedynie Wisła przepływa pomiędzy tym przedmieściem a naszym domem, który stoi tuż nad brzegiem rzeki".