Davant els fets que comportaren les croades (presa i massacre de Besiers, saqueig i presa de Carcassona i mort de Ramon Roger Trencavell), dirigits des d'agost 1209 per Simó de Montfort i l'amenaça d'hostilitat constant dels legats del papa cap a la seva persona i el seu feu, va canviar de camp. Novament fou excomunicat (el 1211 arran del concili de Montpeller) pel fet de no voler lliurar els tolosans acusats d'heretgia. Organitzà aleshores la resistència contra els croats.