В июле 1943 года был назначен на должность командира 33-го стрелкового корпуса, который принимал участие в ходе Уманско-Ботошанской, Ясско-Кишиневской, Дебреценской, Будапештской и Венской наступательных операций, а также в освобождении городов Фокшаны, Плоешти, Орая, Сату-Маре, Мишкольц, Будапешт, Залаэгеусег и Фридберг. За отличия при освобождении Трансильвании 33-й стрелковый корпус получил почётное наименование «Трансильванский». За умелое руководство корпусом в ходе операций на территории Венгрии и Австрии и проявленные при этом высокие боевые качества генерал-лейтенант Алексей Иванович Семёнов был награждён орденом Кутузова 2 степени.