При дворі Тойотомі затоваришував з Ісіда Міцунарі. У 1600 році Токуґава зібрав війська для нападу на коаліцію на чолі із Ісіда Міцунарі. Рід Санада спочатку виступив на боці Токуґави. Але його роду довелося відступити до родинного замку Уеда. Коли Токугава відправив свою армію на Накасендо, клан Санада висунувся проти нього, і його 40-тисячного війська, з 2 тисячами бійців. Облога замку на чолі із Токуґава Хідетада тривала дуже довго. Зрештою призвело до того, що Хідетада не з'явився на бій при Секіґахарі, де його чекав Іеясу. За цей Токуґава бажав покарати Масаюкі та Юкімуру з клана Санада. Лише завдяки заступництву старшого брата Санада Нобуюкі смерть була замінена засланням. Юкімура став ченцем в одному з монастирів в Кії — у м.Кудояма.