Palattuaan Kreikkaan Ksenofon osallistui spartalaisen kuninkaan Agesilaoksen sotaretkeen Persiaa vastaan. Agesilaoksesta ja Ksenofoninsta tuli pian ystäviä ja Ksenofon pääsi pian kuninkaan sisäpiirin jäseneksi. Vuonna 395 eaa. Ateena liittoutui Persian kanssa ja aloitti niin sanotun Korintin sodan Spartaa vastaan. Ksenofon seurasi Agesilaosta Kreikkaan ja otti osaa Koroneian taisteluun spartalaisten puolella. Tämän seurauksena Ksenofon karkotettiin Ateenasta. Agesilaos palkitsi kuitenkin ystävänsä Skilloksessa sijaitsevalla maatilalla, joka sijaitsi vain muutaman kilometrin päässä Olympiasta. Ksenofon lähetti myöhemmin kaksi poikaansa Spartaan, jossa he saivat perinteisen spartalaisen kasvatuksen.