Entre 2005 y 2006 fue titular en el Bayern y llevó el peso del centro del campo tras la marcha de Michael Ballack al Chelsea F.C. Volvió a la convocatoria de Alemania para disputar la Copa Confederaciones 2005 y estuvo preseleccionado para el Mundial de 2006. Sin embargo, recayó de su lesión en la rodilla derecha y quedó inactivo durante seis meses. Para cuando volvió a los entrenamientos, no se encontraba en plena forma y dejó de tener confianza en sí mismo, lo que precipitó su retirada a los 27 años. El club bávaro anunció que su contrato sería "congelado" en vez de rescindido para que pudiera volver cuando quisiera, pero su vinculación con la entidad terminó en 2009.