Der Mähnenwolf ist mit dem eigentlichen Wolf nur entfernt verwandt. Lange wurde eine Verwandtschaft mit südamerikanischen Kampfüchsen wie dem Andenschakal vermutet. Nach neuen Untersuchungen ist der Mähnenwolf jedoch mit überhaupt keinem lebenden Wildhund sonderlich nahe verwandt. Demnach stellt er neben dem Waldhund und den südamerikanischen Kampfüchsen eine dritte Linie der südamerikanischen Hunde dar. Die drei Linien haben sich offenbar vor ihrer Einwanderung über die Mittelamerikanische Landbrücke bereits vor 6 bis 7 Millionen Jahren in Nordamerika auseinanderentwickelt. Unter den Hunden ist er der größte Überlebende der südamerikanischen Großtierfauna des Pleistozän.