Wczesne lata życia Franciszek spędził na dworze ojca we Florencji. W 1784 został wysłany do Wiednia, gdzie wychowywał się pod okiem stryja, cesarza Józefa II. Józef pragnął osobiście kierować i czuwać nad edukacją młodego bratanka, tak aby przekazać mu swoje koncepcje i zasady oraz swój sposób myślenia. Cesarz tak scharakteryzował swojego bratanka: "Lubi pluskać się w wodzie, karmić ptaki, układać na dwadzieścia różnych sposobów swoje książki i swoje papiery. Ani polowanie, ani jazda konna, ani spacer, ani teatr, ani muzyka, ani przyjęcia nie są w stanie wyrwać go z jego gnuśności..." Podczas VIII wojny austriacko-tureckiej kilkakrotnie u boku stryja odwiedzał wojska austriackie na linii frontu.