En 1858, Nakayama est à la tête des courtisans qui s'opposent au Traité de commerce et d'amitié signé entre le Japon et les États-Unis qui ouvre les ports de Kanagawa, Kobe, Nagasaki, Niigata et Hakodate au commerce étranger et à l'installation des Américains. En , Nakayama est nommé consultant spécial de l'empereur pour les affaires nationales mais en 1864 est éloigné de la cour en conséquence de son implication dans l'incident de Kinmon, tentative de contrôler l'empereur. Cependant, son bannissement est levé en janvier 1867 lorsque Kōmei meurt de façon inattendue et que le petit-fils de Nakayama, un garçon âgé de seulement quatorze ans, accède au trône impérial.