З 1535 за 1547 Штіфель був протестантським пастором в Хольцдорфі. До цього періоду належать його головні праці в галузі математики. Потім почалася Шмалькальденська війна, і Штіфелю знову довелося тікати (в Кенігсберг). 1559 року він переїхав до Єна, де став першим професором математики в університеті міста.