8 listopada 1918 roku Canaris przypłynął do Kilonii, gdzie zastał go bunt marynarzy – epizod rewolucji 1918 roku w Niemczech. Jako zaciekły antykomunista i monarchista zgłosił się do gubernatora Kilonii Gustava Noske, podejmując się tłumienia demonstracji i buntów środowisk lewicowych. W czasie walk w Berlinie w styczniu 1919 roku przyłączył się do Dywizji Kawalerii Gwardii (niem. "Garde-Kavallerie-Schützen-Division") przybyłej prosto z frontu wojennego. Po upadku powstania Canaris został wysłany na południe Niemiec w celu zbadania sytuacji, nawiązania współpracy z innymi kontrrewolucjonistami i zorganizowania "Einwohnerwehr" – oddziałów zbrojnych prawicy bawarskiej. Z podobną misją udał się do Saksonii. Pełnił wówczas funkcję oficera łącznikowego ds. "Einwohnerwehr" przy Zgromadzeniu Narodowym.