2016年11月2日のUEFAチャンピオンズリーグ、レギア・ワルシャワ戦で監督として100試合を達成した。クラウディオ・ラニエリ（レスター・シティFC）、フェルナンド・サントス（ポルトガル代表）とともにFIFAより年間最優秀監督の最終候補に選出された。リーガ15節のデポルティーボ・ラ・コルーニャ戦での勝利により連続無敗記録を35試合とし、クラブ記録を樹立した。その後も無敗記録を40試合に伸ばしてFCバルセロナが保持していたスペイン記録を更新した。2016-2017シーズンは、過密日程も考慮してローテーションを敷いて選手の体調管理に気を配り、欠場を嫌うことで有名なエースのFWロナウドですら例外なく休養を与えた。その結果、大事なシーズン終盤戦でもチームは息切れすることなく、リーグ戦を逃げ切り、2011-2012シーズン以来、5年ぶりのプリメーラ・ディビシオン優勝に導いた。その勢いのまま史上初の二連覇を目指すUEFAチャンピオンズリーグでも勝ち進み、決勝戦の相手は奇しくもジダンの古巣ユヴェントスFCであったが、4-1で勝利し、UEFAチャンピオンズリーグ改称後初の二連覇という快挙を成し遂げた。またレアル・マドリードは1957-58シーズン以来、59年ぶりの二冠達成であった。同年、オンズドール年間最優秀監督賞、FIFA最優秀監督賞を受賞した。