Questo ordine venne completamente stravolto con Napoleone all'inizio del XIX secolo: i beni ecclesiastici furono incamerati dall'amministrazione statale e i nobili avversi al regime furono privati di titoli e beni, riottenibili dietro pagamento di pesanti ammende. Nell'ambito di una riorganizzazione del territorio nel 1809 al comune di Arese venne aggregato quello di Valera, fino a tale data autonomo e di un unico proprietario; l'unione dei due comuni divenne definitiva solamente nel 1844 dopo che lo stesso comune di Arese era stato temporaneamente soppresso e aggregato a quello di Garbagnate Milanese e che nel 1811 l'intera proprietà di Valera era passata dai Lattuada-Settala ai Marietti. Con la restaurazione austriaca ai nobili e agli istituti religiosi si sostituì una nuova borghesia costituita di imprenditori dell'agricoltura e intorno al 1838 sorse la prima attività industriale: nella frazione Torretta si installò una filanda di proprietà della famiglia Gallazzi. La popolazione aresina partecipò attivamente ai moti insurrezionali del 1848 erigendo una barricata all'ingresso meridionale del paese, barricata che venne abbattuta completamente solo due anni più tardi.