В 2003 году Бёрд вернулся в «Индиану Пэйсерс» в качестве президента по баскетбольным операциям. Под его руководством «Пэйсерс» перестроили команду и вернулись в плей-офф в 2011 году. Бёрд выменял на драфте 2008 года права на центрового Рой Хибберта, в 2011 году обменял Джорджа Хилла из «Спёрз», подписал свободного агента форварда Девида Уэста и выбрал Пола Джорджа и Лэнса Стивенсона на драфте 2010 года. Благодаря этим баскетболистам, и Дэнни Грейнджеру, в 2011 году «иноходцы» выиграли первую серию в плей-офф за семь лет. В следующем сезоне , уже без травмированного Грейнджера, «Пэйсерс» вышли в финал конференции впервые за девять лет, где уступили в равной борьбе в семи матчах будущем чемпионам «Майами Хит». По итогам сезона Ларри был признан лучшим руководителем баскетбольного клуба в НБА. Летом 2012 года Ларри Бёрд покинул пост президента «Индианы», назвав в качестве одной из причин проблемы со здоровьем, его заменил Донни Уолш, уже возглавлявший команду в прошлом.