Toen Doihara, verscheidene maanden na zijn benoeming tot burgemeester van Mukden, in Tokio was om rapport uit te brengen over zijn werk in het noordoosten van China, brak het Mantsjoerije-incident uit. Hoewel Doihara toen niet ter plaatse was, werd hij in 1946 schuldig bevonden door het Internationaal Militair Tribunaal van het Verre Oosten voor het plegen van deze terreurdaad.