17 березня 2013 року Мехді Халіль дебютував у складі національної збірної Лівану в матчі зі збірною Бахрейну. У складі збірної був учасником кубка Азії з футболу 2019 року в ОАЕ. На кінець 2020 року зіграв у складі збірної 40 матчів, у яких пропустив лише 28 м'ячів.