Da Neidenburg nahe der Grenze zum polnisch beherrschten Masowien lag, war es mehrfach Ziel polnisch-litauischer Angriffe. Erstmals hatte 1331 der litauische Fürst Gediminas die Stadt angegriffen, scheiterte aber ebenso wie später seine Söhne Algirdas und Kęstutis. Ein Friedensschluss im Jahre 1397 schuf einige Jahre Sicherheit, doch wurde Neidenburg schon 1410 im Krieg zwischen dem Deutschen Orden und Polen von polnischen Truppen eingenommen und geplündert. Das Gleiche wiederholte sich 1414 nach längerer Belagerung. Während des Dreizehnjährigen Krieges zwischen dem Deutschen Orden und dem sich gegen die finanzielle Ausbeutung wehrenden Preußischen Bundes (1454–1466) schloss sich Neidenburg den Aufständischen an, musste aber eine Besetzung durch polnische Truppen hinnehmen, die den Bund unterstützten. Erst mit dem Abschluss des Zweiten Thorner Friedens zogen die Polen wieder ab. Auch im letzten Feldzug des Ordens gegen Polen, dem Reiterkrieg von 1519 bis 1526, versuchte das polnische Heer, die Stadt zu erobern, musste die Belagerung nach sieben Wochen jedoch ergebnislos abbrechen. Als Anerkennung für die Standhaftigkeit der Bürger, erließ Hochmeister Albrecht der Stadt für zwanzig Jahre die Grundzinsen. Wegen ihrer strategischen Bedeutung als Grenzstadt zu Polen wurde die Burg nach dem Krieg zu einer modernen Festung ausgebaut. Für den Ordensstaat sehr früh, wurde schon 1524 in Neidenburg die Reformation eingeführt.