Del breve intermezzo napoleonico, rimane ancora oggi la divisione della grande galleria che dava su piazza del Quirinale per ricavare tre ambienti tuttora sussistenti: la Sala Gialla, la sala di Augusto e la sala degli Ambasciatori. Questa ristrutturazione, eseguita per mano dell'architetto Raffaele Stern, portò alla perdita dell'unità del preziosissimo ciclo di affreschi realizzati nel XVII secolo da Pietro da Cortona. Altri ambienti furono solo leggermente modificati. Ovviamente, il palazzo fu depredato dei suoi arredi e delle sue opere d'arte, in particolare due quadri di Tiziano e del Guercino; tuttavia Napoleone Bonaparte non fece in tempo a utilizzare personalmente il Quirinale, in particolare perché i fondi a esso destinati vennero dirottati per la campagna militare di Russia del 1812.