Shore werd in 1787 terug naar Brits-Indië gestuurd om in de bestuursraad zitting te nemen. De nieuwe gouverneur-generaal was Lord Cornwallis, die in 1792 in de Derde Oorlog tussen Mysore en de Britten het gebied onder controle van de Company aanzienlijk uitbreidde. De bestuurders van de Company hadden daarna behoefte aan een gouverneur-generaal die de handelsbelangen beter diende in plaats van dure militaire conflicten te voeren. Shore was met zijn kennis en ervaring met de boekhouding van de koloniën de ideale kandidaat en werd in 1793 geïnstalleerd als opvolger van Cornwallis. Zijn beleid was erop gericht de vrede te handhaven maar zo mogelijk onderlinge conflicten tussen de inheemse machthebbers te bevorderen, zodat deze de Britse koloniën met rust zouden laten.