Pe plan internațional, Berger a jucat în două turnee importante pentru Cehia. El a jucat un rol important în campania naționalei sale la Campionatul European de Fotbal din 1996, marcând în finală, însă Cehia a fost învinsă în cele din urmă de Germania. El a făcut o pauză de 17 luni de la echipa națională în perioada 1997-1998 după o dispută cu antrenorul Dušan Uhrin, revenind în echipă după plecarea lui Uhrin. Cel de-al doilea și ultimul său turneu major a fost Euro 2000, dar datorită suspendării și a ieșirii premature a țării sale din competiție, el a jucat doar un meci. S-a retras din echipa națională în 2002, la vârsta de 28 de ani, cu un total de 44 de selecții și 18 goluri.