Su primera temporada completa como primer entrenador del Olympique de Lyon comenzó de forma irregular, perdiendo la Supercopa de Francia y alternando victorias con derrotas en la Ligue 1 2016-17. Si bien el "OL" no pudo superar la fase de grupos de la Liga de Campeones, siendo repescado para la Liga Europa; en la Ligue 1 mejoró sus números y terminó la primera vuelta asentado en la 4ª posición. En la Liga Europa, los pupilos de Génésio fueron eliminados por el Ajax de Ámsterdam en semifinales; mientras que conservaron la 4ª plaza hasta el final de la Ligue 1.