Le , Mota est suspendu pour 100 matchs par la Ligue majeure de baseball pour avoir testé positif au Clenbuterol, une substance interdite. Il est le troisième joueur de la MLB à être suspendu deux fois pour dopage et à recevoir une suspension de 100 parties, après Manny Ramírez et Eliézer Alfonzo. Réintégré dans l'équipe en août, il termine la saison avec une moyenne de points mérités de 5,23 en 20 manches et deux tiers lancées, et une défaite en 26 parties jouées. Il accorde 4 points en une manche et deux tiers lancées dans les séries éliminatoires mais remporte la Série mondiale 2012 avec San Francisco.