בשנת 1993 חתם ציקלר בבאיירן מינכן, והחל לשחק בקבוצת המילואים, בה הבקיע שישה שערים ב-21 הופעות. כבר בעונתו השנייה בקבוצה, ציקלר הפך לבורג משמעותי בקבוצה הבכירה, וזכה עמה בתארים רבים. ציקלר שיחק 12 עונות בבאיירן מינכן, זכה עמה בשבע אליפויות, ארבעה גביעים וחמישה סופר קאפ. לבד מהתארים המקומיים, ציקלר זכה בשלושה תארים בינלאומיים עם באיירן מינכן. הראשון הוא גביע אופ"א בשנת 1996 לאחר ניצחון כפול בגמר על בורדו. השני היה בשנת 2001, אז זכה ציקלר עם באיירן מינכן בליגת האלופות, לאחר ניצחון במשחק הגמר על ולנסיה, בו הבקיע בבעיטות ההכרעה לאחר שנכנס כמחליף במהלך המשחק. באותה שנה ציקלר הוסיף את התואר הבינלאומי השלישי, בזכייתה של באיירן מינכן בטורניר הגביע הביניבשתי, לאחר ניצחון בגמר על בוקה ג'וניורס. ציקלר פתח בגמר ליגת האלופות 1999, בו הפסידה באיירן מינכן למנצ'סטר יונייטד משני שערים בתוספת הזמן, אך הוחלף בדקה ה-71.