Нишков е роден в разложкото село Долно Драглища в заможно семейство – баща му хаджи Никола Нишков е кмет на селото. Учи в родното си село I и II отделение и после в Банско III и IV. Михаил Нишков работи в бащиния си Хаджиниколов хан в Мехомия. В 1868 година се жени за съселянката си Кадифа. Многократно е кмет на родното си село. Участва в подготовката на въстание в 1876 година и е член на революционния комитет, основан от Георги Николов Чолаков. След разкриването на комитетите в Разлога е арестуван и затворен в Неврокоп заедно с племенника си Лазар Нишков. След освобождението си се връща в Долно Драглища.