Đến thập niên 1550, nhiều người trong giới quý tộc chấp nhận đức tin Kháng Cách, từ đó xuất hiện những mầm mống phát sinh cuộc tranh chấp lâu dài được biết đến với tên Chiến tranh Tôn giáo Pháp. Cuộc nội chiến được đẩy nhanh bởi cái chết đột ngột của Henri II năm 1559, bắt đầu thời kỳ suy thoái kéo dài của vương quyền Pháp. Sự tàn bạo và thái độ cực đoan là những đặc điểm nổi trội của giai đoạn này, thể hiện trong vụ Thảm sát Ngày lễ Thánh Barthélemy trong tháng 8 năm 1572, có khoảng từ 30 000 đến 100 000 người Huguenot bị tàn sát trên khắp nước Pháp. Cuộc chiến kết thúc khi Henri IV, từng là một chiến binh Huguenot, ban hành Chỉ dụ Nantes, ban một số quyền tự do có giới hạn cho cộng đồng thiểu số Kháng Cách. Công giáo trở nên quốc giáo, tài sản của người Kháng Cách Pháp tiêu tán dần trong thế kỷ kế tiếp, nhất là khi Louis XIV ban hành Chỉ dụ Fontainebleau thu hồi Chỉ dụ Nantes, và thiết lập Công giáo là tôn giáo duy nhất của nước Pháp. Phản ứng lại Chỉ dụ Nantes, Friedrich Wilhelm I xứ Brandenburg công bố Sắc lệnh Potsdam, ban quyền tự do nhập cư cho di dân Huguenot Pháp, cũng như miễn thuế cho họ trong vòng 10 năm.