Swiftin Godwin-setä otti pojan takaisin Dubliniin ja maksoi hänen opintonsa Kilkennyn alkeiskoulussa vuosina 1673–1682 sekä Dublinin Trinity Collegessa. Helmikuussa 1686 Swift sai kandidaatin tutkintonsa suoritettua rimaa hipoen ("speciali gratia"). Hän suoriutui parhaiten klassisissa kielissä, latinassa ja kreikassa, mutta muissa aineissa hänen tuloksensa jäivät vaatimattomammiksi. Asiakirjoista on myös selvinnyt, ettei Swift ollut mikään mallioppilas. Hän rikkoi toistuvasti koulun sääntöjä, kuten jättämällä työt tekemättä ja viihtymällä paremmin kaupungilla kuin koulunpenkillä. Hän aloitti maisterin tutkinnon Trinity Collegessa ennen muuttoaan mainion vallankumouksen sävyttämään Englantiin vuonna 1689. Tutkinto valmistui Oxfordin yliopiston Hart Hallista vuonna 1692. Englannissa ollessaan hän käväisi tapaamassa äitiään ja päätyi lopulta Moor Parkiin valtiomies Willian Templen avustajaksi.