Ведёт свою историю от Троицкой лаврской семинарии, основанной в 1742 году. В 1814 году в исправленных и приспособленных зданиях Троицкой лаврской семинарии начала свою деятельность именно как Московская духовная академия. В 1913 году, в числе трёх других, по случаю празднования 300-летия царствующего дома Романовых, получила звание Императорской. В 1919 году, после революции, была закрыта, а в 1946 году воссоздана.