Hugh MacCawell, um franciscano, foi consagrado no exterior como Arcebispo de Armagh em 1626, mas morreu antes que pudesse chegar a Irlanda. Hugh O'Reilly, o próximo Primaz (1628 - 1653), foi muito ativo nos movimentos políticos de sua época. No rescaldo caótico da Rebelião Irlandesa de 1641, em 1642, ele convocou os bispos e clérigos de Ulster a um Sínodo em Kells, em que a Guerra foi declarada lícita e piedosa. Ele se tornou proeminente na Confederação Irlandesa de Kilkenny e foi nomeado membro do Conselho Supremo que governou o país em nome do Rei Carlos I. Durante a Conquista Cromwelliana (1649 - 1653), a Irlanda foi reconquistada pelas forças do Parlamento Inglês, que foram hostis ao catolicismo.