Sarubin arbeitete nach Abschluss der Untersuchung in der Moskauer Lubjanka in der 7. Abteilung, die für die Balkanstaaten und Griechenland zuständig war. Anfang 1940 leitete er im Sonderlager Koselsk die Befragung der dort internierten polnischen Offiziere. Er schrieb nach seinem Aufenthalt in Koselsk eine Dienstanweisung mit genauen Instruktionen, wer von den polnischen Offizieren auf welche Weise für den NKWD angeworben werden könnte. Die überwältigende Mehrheit der in Koselsk gefangenen Offiziere hatte er allerdings nicht zur weiteren Befragung empfohlen. Diese wurden im April und Mai 1940 in Katyn erschossen. Polnische Historiker werfen daher Sarubin vor, er habe auf diese Weise zur Auslöschung der polnischen Elite beigetragen.