De los Santos war auch Mitglied der Nationalmannschaft Uruguays, für die er von seinem Debüt am 25. August 1996 bis zu seinem letzten Einsatz am 4. Juni 2005 33 Länderspiele absolvierte, bei denen er ein Länderspieltor erzielte. (Stand: 16. Oktober 2012) 1997 gehörte er zum Aufgebot beim FIFA-Konföderationen-Pokal. 2002 nahm er an der Fußball-Weltmeisterschaft teil und kam zu einem Einsatz als Einwechselspieler.