Dopo l'arrivo del duca di Alva e l'istituzione del Consiglio dei torbidi, nel 1567 Baudouin, temendo ripercussioni, tornò in Francia. Nel 1568 fu nominato maestro di petizioni della sede del duca d'Angiò, fratello del re, e dal 1569 insegnò all'Università di Angers. Dopo la notte di San Bartolomeo (agosto 1572) gli fu chiesta una giustificazione per tale atto, ma egli lo difese energicamente, secondo il presidente Thou. Apparentemente il Duca d'Angiò non gliene volle, e quando fu eletto re di Polonia (maggio 1573) nominò Baudouin consigliere di Stato. Tuttavia Baudouin morì di malattia nell'ottobre successivo, a 53 anni, prima della partenza del seguito del nuovo re che ebbe luogo a dicembre. Secondo padre Jean-Noël Paquot, morì perfettamente cattolico, sorvegliato dal gesuita spagnolo Juan de Maldonado. Fu sepolto nella cappella del convento dei Mathurins. La tradizione afferma che sarebbe passata sette volte dal cattolicesimo al protestantesimo e viceversa durante la sua vita, anche se non appare una stima rigorosa.