Gershom Scholem berichtet in einem Brief an Walter Benjamin von Bemühungen der Familie, die Freilassung Werner Scholems zu erreichen. Diese seien gescheitert, da sich Scholem auf einer Liste von Häftlingen befunden habe, die nur mit der Erlaubnis von Joseph Goebbels freigelassen werden durften: „Göbbels braucht ein paar Juden dort, an denen er zeigen kann, daß er den Bolschewismus zertreten hat, und dazu ist anscheinend u. a. mein Bruder ausersehen.“ Eine vermutlich in Dachau angefertigte Büste Scholems wurde 1937 in der Propagandaausstellung "Der Ewige Jude" in München gezeigt. Als aus der Partei ausgeschlossener Kommunist und nichtreligiöser Jude blieb Scholem nach Angaben seiner Tochter in den Konzentrationslagern isoliert, obwohl er sich für zahlreiche Mitgefangene einsetzte.