El FK Partizani Tirana fue fundado oficialmente el 4 de febrero de 1946 poco después del final de la Segunda Guerra Mundial y la liberación de Albania. Sin embargo, un año antes, en 1945, había dos equipos de división militar compitiendo en el primer Campeonato Nacional después del final de la Segunda Guerra Mundial. Los equipos se llamaron Ylli Shkodër y Liria Korçë, pero ambos se disolvieron como clubes al final de la temporada y sus mejores jugadores se trasladaron a Tirana para unirse al Ushtria, que literalmente se traduce como «el Ejército». El Ushtria jugó su primer partido amistoso el 13 de enero de 1946 contra el vigente campeón de Albania, el Vllaznia Shkodër, en un partido que terminó en un empate sin goles en Tirana bajo fuertes lluvias.