במקביל להתקדמות לכיוון פשרה במלחמת האזרחים בין הדרום לצפון, בפברואר 2003 החל מרד נוסף במחוז דארפור שבמערב. ממשלת סודאן הופתעה מעוצמת המרד, שפעיליו טענו כי החבל מופלה מבחינה כלכלית, וכדי לסיים את המרד חימשה מיליציות ערביות, מיליציות הג'נג'אוויד (שפירוש שמן הוא "אדם חמוש רכוב על סוס"), ואלו החלו להיאבק במורדים. אלא שהמיליציות לא נאבקו רק בארגוני המורדים במחוז, אלא הפכו את הסכסוך ליותר ויותר אתני. שמן נקשר באונס, טבח אזרחים ושריפת כפרים של שחורים אנימיסטים במחוז, ובשל כך יש הרואים באירועים רצח עם וטיהור אתני. בפברואר 2004 הכריזה הממשלה כי היא ניצחה את המרד במערב, אולם הלחימה נמשכה עד פברואר 2010, אז נחתם הסכם הפסקת אש בין הממשלה למורדים. האו"ם מעריך שכ-300,000 אנשים נהרגו או רעבו למוות עקב הסכסוך וכי למעלה מ-2.8 מיליון נפשות נעקרו מבתיהן ומוגדרים כפליטים. רבים מהם עקרו לצ'אד הסמוכה.