מלדיני שיחק כל חייו במילאן. את הופעת הבכורה שלו במדי הקבוצה הבוגרת ערך ב-20 בינואר 1985 במשחק מול אודינזה. עונה לאחר מכן הפך לשחקן ההרכב הראשון. עם נבחרת איטליה השתתף ב-4 טורנירים של גמר גביע העולם וב-2 אליפויות אירופה, עד לפרישתו מהנבחרת אחרי גביע העולם של 2002. בתחילת הקריירה שימש מגן שמאלי, ובהמשך הוסב לבלם.