Cuan estalló la Guerra de Esmalcalda a pesar de sus esfuerzos por impedirla, Jorge recibió bajo su techo el fugitivo Camerarius y su familia. También intercedió por Jonas, quien había provocado la ira de Mauricio de Sajonia, y buscó restringir al clero de "palabras sospechosas y frívolas que pudieran servir para causar discordia". Aunque "odiaba" el Interim de Augsburgo, sintió que debía prestar una mano en la preparación del Interim de Leipzig, para evitar males peores. En 1549 el candidato del emmperador Michael Heldingk (Sidonius) fue postulado por el capítulo como Obispo de Merseburgo. Hasta su llegada, Jorge continuó administrando la diócesis. Para fortalecer la confesión luterana tan firme como fuera posible antes de una amenazante tormenta, ahora pronunció sus potentes sermones "Sobre los Falsos Profetas" y "Sobre el Sacramento Digno del Cuerpo y la Sangre de Cristo", que dirigió contra Roma y los fanáticos religiosos protestantes. Después se retiró a sus territorios en Anhalt. Viajó a menudo a Warmsdorf, donde continuó predicando, y cuando la ocasión se presentó, buscó mediar en la disputa de Andreas Osiander.