Butler otti vastaan Etelä-Afrikan brittijoukkojen päällikkyyden lokakuussa 1898 edellisen päällikön William Goodenough’n kuoleman jälkeen. Hän käytännössä hallitsi koko aluetta jonkin aikaa Alfred Milnerin poissaollessa. Toisen buurisodan ollessa ovella Butler tunsi sympatiaa buurivaltioita kohtaan, minkä lisäksi hän inhosi Cecil Rhodesia ja sitä, että hänen näkökulmastaan brittien imperialismilla ei ollut henkisesti ja aineellisesti enää mitään hyvää tarjottavana. Hän ilmoitti 4. heinäkuuta 1899 eroavansa päällikön tehtävästä, ja hallitus hyväksyi eron 9. elokuuta. Hänen seuraajakseen asemassa tuli läntisen sotilaspiirin komentaja Frederick Forestier-Walker. Butler itse otti Forestier-Walkerin entisen asemapaikan, jolloin tehtävät vaihtuivat päittäin.