Sous la présidence de Barack Obama, Issa dirige la commission de la Chambre des représentants sur la Surveillance et la réforme du gouvernement. À ce poste, il supervise notamment les auditions sur l'opération Fast and Furious, le scandale de l'Internal Revenue Service de 2013, accusé de se concentrer sur des groupes conservateurs, ou encore l'attaque du consulat américain de Benghazi.