Ян Матура родился 29 января 1980 года в городе Чески-Крумлов, но заниматься лыжным двоеборьем чех начал в небольшом городке Ломнице над Попелку. В 1997 году молодой Матура принял участие в чемпионате мира в норвежском Трондхейме. В эстафете чешская сборная была близка к пьедесталу, но в итоге заняла 4-е место.