Los grupos ecologistas denuncian el mal estado del delta y la protección insuficiente del mismo. La superficie protegida a día de hoy es de sólo el 10% y cualquier ampliación de la protección ha sido rechazada. Tampoco se ha incorporado al delta en el Convenio Ramsar de humedales, en el cual se incluyen los humedales del delta del Ebro, el de Doñana o los «Aiguamolls de l'Empordà».