Wkrótce potem zadebiutował jako reżyser filmem "Masażysta" (2005), który przyniósł mu Złotego Lamparta w sekcji filmów wideo na MFF w Locarno. Kolejne projekty Mendozy również spotkały się z uznaniem na międzynarodowych festiwalach filmowych: realistyczny dramat o życiu w wielkomiejskich slumsach "Proca" (2007) zdobył Nagrodę Caligariego na 58. MFF w Berlinie, brutalny kryminał "Kinatay" (2009) wyróżniono nagrodą za reżyserię na 62. MFF w Cannes, a opowieść o losach bezdzietnej pary z wyspiarskiego plemienia Bajau "Druga żona" (2012) nagrodzono na 69. MFF w Wenecji.