Nach der Ausrufung des Protektorats Böhmen und Mähren in März 1939 blieb Syrový noch kurze Zeit in der Protektoratsregierung Rudolf Beran II im Amt. Er schloss sich dem Widerstand nicht an, zum Teil, weil er unter der Beobachtung der Gestapo stand. Als die Protektoratsbehörden anfingen, das Eigentum und Geldreserven der verschiedenen Nachfolgeorganisationen der Legionen zu beschlagnahmen, rettete Syrový – mit Unterstützung des Präsidenten Alois Eliáš – erhebliche Teile davon; sie konnten dann zur Unterstützung der Familien verhafteter Widerstandskämpfer verwendet werden. Während des Prager Aufstandes im Mai 1945 nahm er Kontakte zu den Widerstandsgruppen auf.