Квалификацию чемпионата мира 2006 года Швейцария закончила на втором месте в группе, пропустив вперед Францию, и должна была соревноваться за выход в финальную часть чемпионата в стыковых матчах против Турции, бронзового призёра предыдущего чемпионата. После домашней победы 2:0 в Берне швейцарцы проиграли в Стамбуле 2:4, однако благодаря голам, забитым на выезде, получили преимущество и попали на чемпионат. Стыковые матчи проходили в крайне напряжённой атмосфере, которая после завершения стамбульского матча вылилась в безобразную драку между игроками, тренерами и полицией; несколько швейцарцев были сильно избиты, Стефан Грихтинг на десять дней попал в больницу. Многие турецкие игроки, а также один швейцарец — Беньямин Хуггель — были оштрафованы на крупные суммы и дисквалифицированы на несколько игр; сборная Турции первые три домашних матча следующего отборочного цикла должна была сыграть за границей в отсутствие болельщиков. В финальном розыгрыше чемпионата мира 2006 в Германии сборная Швейцарии сыграла вничью 0:0 с Францией, одержала победу над командами Южной Кореи (2:0) и Того (также 2:0) и, заняв первое место в группе, вышла в ⅛ финала. Основное и добавочное время матча ⅛ финала против сборной Украины закончилось нулевой ничьей; однако в серии послематчевых пенальти швейцарцы не сумели забить ни одного гола и проиграли с окончательным счётом 0:3. Сборная Швейцарии стала единственной командой на чемпионатах мира, которая выбыла из соревнований, не пропустив ни единого гола в игре. Также она стала единственной командой, не сумевшей забить ни единого гола в серии послематчевых пенальти.