"San Juan" lại gia nhập cùng "Saratoga" ngoài khơi Trân Châu Cảng vào ngày 19 tháng 1 năm 1944, và đã hỗ trợ cho việc chiếm đóng Eniwetok trong tháng 2. "San Juan" sau đó hộ tống cho các tàu sân bay "Yorktown" và "Lexington" trong các đợt không kích xuống Palau, Yap và Ulithi vào các ngày 30 tháng 3 và 1 tháng 4. Ngày 7 tháng 4, chiếc tàu tuần dương gia nhập cùng chiếc tàu sân bay "Hornet" mới (CV-12) để hỗ trợ cho cuộc đổ bộ lên Hollandia vào tháng 4, rồi tấn công Truk trong các ngày 29-30 tháng 4. Sau khi quay trở về căn cứ tại quần đảo Marshall, nhóm của "Hornet" bắt đầu hỗ trợ cho chiến dịch Mariana vào đầu tháng 6, không kích Iwo Jima và Chichi Jima tại quần đảo Bonin trong khi lực lượng Hoa Kỳ đổ bộ lên Saipan. "San Juan" đã giúp vào việc bảo vệ đội đặc nhiệm của nó trong Trận chiến biển Philippine trong khi không lực hải quân từ tàu sân bay Mỹ đánh bại một đòn phản công của Nhật Bản để cố giữ quần đảo Mariana, và như vậy đã quét sạch phần lớn sức mạnh của không lực hải quân Nhật Bản.