Na období jednoho roku jej volí Shromáždění hlav států Africké unie při jednom ze svých summitů (ročně jsou zpravidla uspořádány dva). Doposud bylo zvykem, že se předsedou stala hlava státu či vlády země pořádající summit. V roce 2007 však Súdánský prezident Umar al-Bašír nebyl z důvodu pokračující krize v Dárfúru pro většinu členských zemí přijatelný a zvolen byl proto ghanský prezident John Agyekum Kufuor.