Im Februar startete Karnijenka bei der Nordischen Skiweltmeisterschaft 2007 in Sapporo. Nachdem er dort im Einzelrennen über 30 km ausgeschieden war, gewann er über 10 km überraschend die Silbermedaille hinter dem Norweger Lars Berger. Geholfen hatten ihm dabei wechselnde Wetterbedingungen, die ihm als Starter mit niedriger Startnummer entgegenkamen. Bei seinem letzten Rennen der WM, der Staffel, erreichte der Rang 13.