Clintonová podporovala letecké útoky NATO proti Jugoslávii v roce 1999 a později vzpomínala, že svého manžela, amerického prezidenta Billa Clintona, vybízela k "bombardování". Clintonová podpořila jednostranné vyhlášení nezávislosti Kosova na Srbsku 17. února 2008. Při své návštěvě Kosova v roce 2012 prohlásila, že o kosovské nezávislosti se "nebude diskutovat".