Opór, jaki stawiły wojska Południa, okazał się wyjątkowo silny. Siły konfederackie pod dowództwem generałów Josepha Johnstona i P.G.T. Beauregarda znajdowały się wówczas w Manassas w Wirginii. W lipcu 1861 wojska Unii pod dowództwem generała majora Irvina McDowella zostały zatrzymane nad Bull Run, gdzie została stoczona pierwsza bitwa tej wojny. Wojska Północy poniosły tu sromotną klęskę i w popłochu wycofały się z powrotem do Waszyngtonu. To w tej bitwie Thomas Jackson otrzymał chlubny przydomek "Stonewall", ponieważ jego oddziały były dla wojsk Unii jak kamienna ściana. Kongres Stanów Zjednoczonych w obawie, aby inne stany nie wystąpiły z Unii, wydał 25 lipca tzw. rezolucję Crittendena-Johnsona, która mówiła, że wojna toczy się w obronie istnienia Unii, a nie o zniesienie niewolnictwa.