Bereits seit November 1994 zeichnete sich ein Konfliktfeld an, das die innerparteiliche Debatte der kommenden Jahre bestimmen sollte. Gerd Poppe forderte als außenpolitischer Sprecher der neuen Bundestagsfraktion militärische Einsätze in Jugoslawien. Das Massaker in der UN-Schutzzone Srebrenica im Juli 1995 markiert in dieser Auseinandersetzung eine Wende, ohne dass es zu einer einheitlichen Position der Partei gekommen wäre. In der Abstimmung über die NATO-Osterweiterung im März 1998 stimmten 14 Grüne mit Ja, sechs mit Nein und 25 enthielten sich.