Fernández ma za sobą występy w młodzieżowych reprezentacjach Chile, zarówno U-17 jak i U-20. W 2005 roku był kapitanem zespołu na Młodzieżowych Mistrzostwach Świata w Holandii. Tam zagrał w 4 meczach i zdobył 1 gola w wygranym 7:0 meczu z Hondurasem. Chile wyszło wówczas z grupy, ale w 1/8 finału przegrało z gospodarzami turnieju, Holandią, 0:3.