Nella stagione di esordio di Bagnoli l'Inter ottiene il secondo posto alle spalle del , grazie a una rimonta in classifica nelle ultime giornate; la squadra viene impostata per giocare in contropiede, sfruttando le caratteristiche di Ruben Sosa e Salvatore Schillaci. Nel campionato 1993-1994 la squadra viene rinforzata dagli acquisti degli olandesi Wim Jonk e Dennis Bergkamp, che nei mesi successivi entrano in contrasto con l'allenatore. La squadra non ottiene i risultati previsti, a causa di problemi tattici ed errori di mercato, e Bagnoli viene esonerato a febbraio, dopo la sconfitta interna contro la . Si tratta del secondo esonero, dopo quello nella stagione di esordio nella Solbiatese; Bagnoli, che aveva già deciso di lasciare la panchina interista a fine stagione, conclude la carriera di allenatore a 59 anni, rifiutando diverse offerte negli anni successivi.