Dal 1702 al 1706 Heister ha studiato nelle università di Giessen e Wetzlar, poi si è trasferito a Amsterdam, dove ha studiato anatomia sotto Frederik Ruysch (1638-1731). Nell'estate del 1707, fu assistente medico presso l'ospedale di campo a Bruxelles e Gand durante la Guerra di successione spagnola. Quindi viaggiò a Leida, dove studiò anatomia sotto Bernhard Siegfried Albinus (1653-1721) e Govert Bidloo (1649-1713), frequentando anche lezioni di Hermann Boerhaave su chimica e malattie oculari. Nel 1708 ottenne il dottorato dalla Università di Harderwijk, e nell'estate del 1709, rientrò nell'esercito olandese come chirurgo di campo durante l'assalto di Tournai e subito dopo si distinse nella cura dei feriti nella Battaglia di Malplaquet.