この内戦のなかで最も凄惨な様相を呈したのは、1572年のサン・バルテルミの虐殺とみられている。1570年の和議によってユグノーは大幅な信教の自由を認められ、そうしたなかで改革派のコリニー提督が国務会議の構成員として迎えられたが、コリニーは翌1571年には宮廷内で影響力を増大させ、国王シャルル9世に執拗に迫り、新教国と連携してフランスを八十年戦争に介入させようとした。これに対し、イスパニアとの戦争を望まない母后カトリーヌは提案は反対し、ついにはコリニーの暗殺の意志を固めるのである。聖バルテルミの祭日にあたる1572年8月24日が決行の日に選ばれた。命令はおそらくシャルル9世から発せられたものと思われる。かくしてコリニー提督は、アントワーヌの子でユグノーの若き指導者と目されるアンリ・ド・ナヴァル（のちのブルボン朝初代アンリ4世）と王妹（カトリーヌ・ド・メディシスの娘）マルグリット・ド・ヴァロワの婚礼の儀に集まったカルヴァン派貴族数十名とともにルーブル宮で殺害された。事態はこれで収まらず、パリではその後3日間にわたってカトリック教徒が2千とも3千ともいわれるプロテスタントを襲撃し、虐殺におよんだ。12の地方都市をあわせると約1万人が虐殺され、両勢力による暗殺、婦女暴行、拷問、略奪が相次いだ。