Ab dem 16. März 2015 war Vestergaard Bundestrainer der Deutschen Frauen-Handballnationalmannschaft. Er war Nachfolger seines Landsmanns Heine Jensen, dessen Vertrag am 7. Januar 2015 nach dem elften Platz bei der Handball-Europameisterschaft der Frauen 2014 rückwirkend zum 31. Dezember 2014 aufgelöst worden war. Am 28. März 2016 gaben Vestergaard und der Deutsche Handballbund bekannt, dass der ursprünglich bis Ende 2017 laufende Vertrag einvernehmlich aufgelöst wird. Ab dem Sommer 2016 bis zum November 2016 trainierte er den Verein CSM Bukarest. Im Sommer 2018 übernahm er die Männermannschaft von Randers HH. Im September 2018 wechselte er zum dänischen Frauen-Erstligisten Viborg HK.