Οι Γερμανοί απαντούσαν στο αυξανόμενο κύμα αντίστασης με αντίποινα, που οδήγησαν σε μαζικές εκτελέσεις αμάχων, μαζικές εκτελέσεις κρατουμένων και καταστροφές πολυάριθμων χωριών. Τα στρατόπεδα πολιτικών κρατουμένων του Χαϊδαρίου στην Αθήνα και του Παύλου Μελά στη Θεσσαλονίκη υπήρξαν οι έμψυχες αποθήκες δεσμωτών από τις οποίες ο κατακτητής αλίευε στην τύχη τα θύματά του και τα εκτελούσε στο Σκοπευτήριο της Καισαριανής ή στο Επταπύργιο. Στην ύπαιθρο ολόκληρα χωριά και κωμοπόλεις καίγονταν και ο πληθυσμός τους εκτελούνταν. Στις 16 Αυγούστου 1943, εκτελέστηκαν στο χωριό Κομμένο 317 άνθρωποι, ανάμεσά τους νήπια και παιδιά. Στις 9-13 Δεκεμβρίου 1943 οι Γερμανοί πυρπόλησαν τα Καλάβρυτα και εκτέλεσαν συνολικά 677 άτομα από την κωμόπολη και τα γύρω χωριά. Στις 10 Ιουνίου 1944 πυρπολήθηκε το Δίστομο και εξοντώθηκε ολόκληρος ο πληθυσμός του. Και τέλος στις 13 Αυγούστου του ίδιου χρόνου πυρπολήθηκαν τα Ανώγεια στην Κρήτη και εκτελέστηκε το μεγαλύτερο μέρος του πληθυσμού τους. Σύμφωνα με στοιχεία της Εθνικής Αλληλεγγύης, της εαμικής αντιστασιακής οργάνωσης που έπαιζε το ρόλο του Ερυθρού Σταυρού κατά τη διάρκεια του αγώνα, 49.188 Έλληνες εκτελέστηκαν από τους Γερμανούς, τους Ιταλούς και τους Βούλγαρους. Γενικά, οι Γερμανοί για έναν νεκρό στρατιώτη τους σκότωναν 10 Έλληνες, για έναν αξιωματικό 100 και για συνταγματάρχες και στρατηγούς πάνω από 1.000.