Nazwa miejscowości wywodzi się od jej założycieli – iliryjskiego plemienia Pirustów. Miejscowość od samego początku była związana z morzem. Już w 1336 r. powstała tu stocznia, funkcjonująca do roku 1813. W 1624 r. Perast najechali piraci z Ulcinja, którzy doszczętnie go splądrowali i wzięli wielu mieszkańców do niewoli. W latach 1420–1797, Perast (wówczas zwany w języku weneckim "Perasto") wraz z resztą Zatoki Kotorskiej należał do Republiki Weneckiej, jako część tzw. Albanii Weneckiej. Miasto swój największy rozkwit przeżywało w XVII i XVIII w. Wówczas wybudowano większość do dziś istniejących budowli, w tym barokowe pałace bogatych rodów i 18 katolickich i prawosławnych świątyń – wszystkie w typowej wówczas dla tego regionu architekturze weneckiej. Miasta, w przeciwieństwie do innych w regionie, nie chronił mur obronny, jedynie sieć 9 wież obronnych oraz wybudowana w 1570 r. forteca św. Krzyża. W XVII wieku w Peraście mieściła się słynna szkoła morska, do której car Rosji, Piotr Wielki wysłał w 1698 r. 17 kandydatów, którzy zostali później dowódcami jego floty. Z flotą rosyjską związał się również urodzony w Peraście Matija Zmajević (1680-1735), który został admirałem floty bałtyckiej Piotra Wielkiego. To pod jego dowództwem Rosjanie pokonali Szwedów w 1720 roku w bitwie morskiej pod Granhamn. Z Perastu pochodziło również wielu innych sławnych żeglarzy, a także słynny kartograf Adriatyku A. Grubas. Szczyt rozwoju Perastu przypada na wiek XVIII, kiedy posiadał on 4 stocznie, flotę złożoną z ok. 100 statków i zamieszkany był przez 1600 osób.