Nach dem Zweiten Weltkrieg entwickelte sich die heute als WEGA bekannte Einheit aus der 1955 organisatorisch eingerichteten "Bereitschaftsabteilung", die im Jahr 1959 wieder in "Alarmabteilung" umbenannt wurde. Diese bestand aus zwei Einsatzkommanden, so genannten EKOs. Durch die Entwicklung in den 1970er-Jahren (1973 Überfall eines palästinensischen Terrorkommandos auf einen Transport jüdischer Emigranten, 1975 Ermordung des türkischen Botschafters durch armenische Terroristen in Wien und Anschlag auf die OPEC-Konferenz mit Geiselnahme durch ein Terrorkommando unter Carlos) fand ein Umdenken im Innenressort statt und es wurden Einheiten (Gendarmerieeinsatzkommando, WEGA, Kranich) eingerichtet, um gegen die erhöhte Gefährdung durch Terroranschläge gerüstet zu sein. 1994 kam es zu einer Umstellung des Dienstsystems innerhalb der Abteilung auf den 6-Gruppen-Plandienst. Eine weitere Umstellung gab es 2001 mit der Unterteilung in WEGA PEK und WEGA MEK. 2005 fand die bislang letzte organisatorische Umstellung statt und die Abteilung ist seither in der Abteilung für Sondereinheiten des LPK Wien unter dem Namen Einsatzeinheit (EE) WEGA geführt.