Играл на позиции атакующего защитника и разыгрывающего защитника. 26 июня 2002 года был выбран в первом раунде на драфте НБА под общим 17-м номером командой «Вашингтон Уизардс», где провёл первые три сезона своей профессиональной карьеры, в течение которых набрал 1702 очка за 226 игр (в среднем 7,5 за игру). В &lt;a href="%D0%9D%D0%91%D0%90%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202004/2005"&gt;сезоне 2004/2005 годов&lt;/a&gt; «Уизардс» вышли в плей-офф с пятого места в Восточной конференции, дойдя до полуфинала конференции, в котором по всем статьям, со счётом 0—4 в серии, проиграли клубу «Майами Хит». 2 мая 2005 года в первом раунде плей-офф, в четвёртой игре против «Чикаго Буллз», Хуан установил свой рекорд результативности в НБА, набрав 35 очков. В межсезонье, 4 августа 2005 года, Хуан Диксон в качестве свободного агента заключил договор с клубом «Портленд Трэйл Блэйзерс», в составе которого отыграл два неполных сезона, а &lt;a href="%D0%9D%D0%91%D0%90%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202005/2006"&gt;сезон 2005/2006 годов&lt;/a&gt; стал лучшим в его спортивной карьере, в котором он набрал 935 очков за 76 игр (в среднем 12,3 за игру).