1992年、ムジャーヒディーンがアフガニスタン民主共和国を倒したが、すぐに内輪もめが始まった。1993年頃のクンドゥーズ州はパシュトゥーン人のアブドゥル・ラスル・サイヤフ（）の影響下にあり、アミール司令官が地元の豪族・軍閥を率いていた。地元豪族の生業は農業と国境貿易であり、国境の街シルハンを巡ってラシッド・ドスタムと交戦した。隣国では1992年からタジキスタン内戦が起き、クンドゥーズ州には4万人の難民や反政府ゲリラが流入した。1994年3月、軍がカーブルとタジキスタンの間の輸送路を確保するために、州都クンドゥーズを占領した。1997年6月、ターリバーンはバルフ州のマザーリシャリーフを追われて敵中に孤立していた。ヘクマティヤール派のバグラニー司令官はターリバーンに協力し、クンドゥーズを占領した。9月、ターリバーンはマザーリシャリーフに再度侵攻したが、ドスタムに撃退された。1998年8月、ターリバーンはヘクマティヤール派の内応などによって、マザーリシャリーフを占領した。