Осенью 1942 года, с приближением фронта, возникла угроза захвата ГЭС немецкими войсками. Было принято решение о демонтаже части оборудования и вывозе его в Туркмению. В короткие сроки были демонтированы и к концу октября 1942 года эвакуированы два гидроагрегата, 6 фаз трансформаторов, 6 масляных выключателей и другое оборудование. В работе был оставлен один основной гидроагрегат, снабжавший неэвакуированные предприятия, и гидроагрегаты собственных нужд ГЭС, осуществляющих энергоснабжение района. Кроме того, в целях снабжения войск активно использовался бремсберг станции. Бои с немецкими войсками шли в непосредственной близости от ГЭС, в связи с чем основные сооружения станции были подготовлены к взрыву. Неоднократно станцию и бремсберг бомбила немецкая авиация, однако нарушить функционирование объектов она не смогла. Прорваться к ГЭС немецким войскам так и не удалось, а после поражения под Сталинградом им пришлось уйти с Северного Кавказа. В ноябре 1943 года началось восстановление станции — эвакуированное оборудование было возвращено, был начат его монтаж. В июне 1944 года последний гидроагрегат Гизельдонской ГЭС был введён в работу, в этом же году «Орджэнерго» было вновь переименовано в «Севкавказэнерго».