На чемпионате Европы 2016 выступил во всех четырёх матчах национальной сборной. В поединке 1/8 финала против сборной Польши Шакири отличился голом на 82-й минуте матча. Взятие ворот было очень эффектным — Джердан пробил через себя с линии штрафной и отправил мяч точно в нижний угол ворот. В серии послематчевых пенальти Шакири реализовал свой 11-метровый удар, однако это не спасло сборную Швейцарии от вылета из турнира.