Во время регентства Йорка, как до, так и после битвы при Сент-Олбансе, Уэйнфлит принимал активное участие в работе Тайного совета. С целью улучшения благосостояния его колледжа Уэйнфлит получил 5 июля 1456 года здание больницы Святого Иоанна Крестителя за восточными воротами в Оксфорде, а 15 июля — лицензию на открытие там колледжа. Получив папскую буллу, он официально основал его письмом от 12 июня 1458 года, превратив больницу в колледж с ректором и шестью товарищами; спустя два дня колледж св. Марии Магдалины вместе со всем своим имуществом и все работавшие там люди были приписаны к «Новому колледжу св. Марии Магдалины».