Efter den ulykkelige krig og Slesvigs tab gjorde Tscherning straks med styrke gældende, at Junigrundloven uden videre burde træde i kraft igen, og da han ikke fik medhold deri, opgav han i december 1864 sit sæde i Rigsrådet. Han førte derimod i Rigsdagens Folketing en hårdnakket kamp imod Novemberforfatningens vedligeholdelse og senere mod Junigrundlovens ændring (foreslog rigsretstiltale både imod C.A. Bluhmes og imod C.E. Frijs' ministerier). Inden de sidste valg i sommeren 1866 drev han en omfattende agitation i Nørrejylland, og da de endelige afstemninger i Rigsdagen havde fundet sted, ville han endog i sidste øjeblik prøve et så ejendommeligt skridt som at henvende sig personligt til kongen og fraråde ham at stadfæste "den gennemsete Grundlov". Han gik heri sammen med sin gamle modstander N.F.S. Grundtvig, der var Landstingets aldersformand, lige som han selv var Folketingets. De to politiske veteraner ville overtale kongen til at nægte at underskrive Grundloven af 1866, fordi den nye grundlov ville give godsejerne magten i Landstinget. Tscherning forudså nemlig de største farer for landets rolige udvikling i fremtiden af den modsætning, som formentlig var skabt mellem de to ting ved Landstingets nye ordning. Den senere politiske udvikling i Danmark, kendt som provisorietiden, gav Tscherning ret i denne bekymring.