Maljković fue entrenador asistente de la selección sub-18 de Serbia y Montenegro que consiguió la cuarta posición en el Europeo de 2004 en dicha categorías, así como la selección sub-19 que consiguió la plata en el Campeonato Mundial de Baloncesto sub-19 de 2005. En agosto de 2011, Maljković fue nombrada seleccionadora absoluta de la selección Serbia. En el EuroBasket femenino de 2013, Serbia consiguió llegar a semifinales, el cual era el mayor éxito de equipo nacional desde la ruptura de Yugoslavia en 1991. A sus 32 años, Maljković era además de la única mujer, la seleccionadora más joven del campeonato.