Mais c'est en 1622 que Montpellier eut à subir l'événement le plus important qu'elle ait connu durant les guerres civiles : son siège par l'armée royale de Louis XIII. À la fin des années 1610, Louis XIII qui s’était débarrassé de la tutelle de sa mère et avait pris en mains le pouvoir commença à reprendre les principales places fortes protestantes. Il fit d'abord campagne dans l’ouest, puis se rendit en Navarre et en Béarn. L'armée royale arriva devant les murs de la ville en juillet 1622 ; les Montpelliérains refusèrent de se rendre. Le roi disposait de nombreux canons, et la ville fut soumise à un pilonnage intense durant deux mois. La défense fut acharnée. Louis XIII, qui voulait en finir rapidement, proposa finalement d’accorder son pardon aux protestants du Languedoc s’ils se rendaient, ce que les défenseurs, épuisés, acceptèrent. À la suite du siège fut donc signé l'édit de Montpellier, qui confirmait les dispositions de l'édit de Nantes, mais imposait aux protestants le démantèlement des fortifications de, Montpellier, Nîmes et Uzès. L'autorité du roi fut donc rétablie et symbolisée par la construction en 1624 d'une puissante citadelle (Lycée Joffre actuel).