জোয়াহেরুল ইসলাম ছাত্রজীবন থেকেই রাজনীতিতে যুক্ত হন। ১৯৭৯ সালে সরকারী সাদাত বিশ্ববিদ্যালয় কলেজ শাখা ছাত্রলীগের সভাপতি, টাঙ্গাইল জেলা ছাত্রলীগের যুগ্ম আহ্বায়ক, ১৯৮০ সালে টাঙ্গাইল জেলা ছাত্রলীগের সিনিয়র সহ-সভাপতি ও ১৯৮৩ সালে জেলা ছাত্রলীগের সভাপতি নির্বাচিত হন। তিনি কেন্দ্রীয় ছত্রলীগের সহ-সম্পাদক হিসেবেও দায়িত্ব পালন করেন। নব্বইয়ের স্বৈরাচার বিরোধী আন্দোলনের সময় গঠিত ছাত্র সংগ্রাম পরিষদের টাঙ্গাইল জেলা কমিটির আহ্বায়ক ছিলেন।