יצירת המשמר החופים האוקראיני החלה מיד לאחר הכרזת עצמאותה של אוקראינה, באוגוסט 1991, במקביל ליצירת כוחות משמר הגבול האוקראיני. בשנות התשעים כללו כוחות משמר הגבול האוקראיני אוגדה של 8 סירות משוריינות מפרויקט "דבורה" 1204, המוצבות באזור איזמאיל, שנמסרו לאוקראינה לאחר קריסת ברית המועצות. בשנת 1995, ספינה קטנה נגד צוללות מפרויקט "דניפרו" 1124P הועברה לצי האוקראיני תחת השם ויניציה. מאז 1999, ספינות וסירות של המשמר ממוספרות עם הקידומת BG (באנגלית: Border Guard).