Die Qualifikation zum Afrika-Cup 2004 fand im Zeitraum zwischen September 2002 und September 2003 statt. 49 Nationalmannschaften des afrikanischen Fußballverbandes nahmen an der Qualifikationsphase teil. Sie wurden dreizehn Gruppen zugelost, zehn davon mit vier Mannschaften und drei mit drei Mannschaften. Für den Afrika-Cup qualifizierten sich neben Gastgeber Tunesien und Titelverteidiger Kamerun die dreizehn Gruppensieger und der bestplatzierte Gruppenzweite der Vierergruppen.