27 жовтня 2007 року Пфістер був призначений тренером збірної Камеруну серед 80 інших кандидатів. Він тренував Камерун на Кубку африканських націй 2008 року, який відбувся в Гані. На турнірі сенегальці дійшли до фіналу, де поступились Єгипту (0:1). Таким чином Пфістер вдруге у своїй кар'єрі програв фінал африканського континентального турніру. Німецький тренер покинув збірну 26 травня 2009 року.