Egy hét múlva a maláj nagydíjon az időmérő edzést a változékony körülmények között hatalmas fölénnyel nyerte a két Ferrari előtt. Vasárnap a futam szintén esős körülmények között kezdődött. Riválisa, Alonso a második kanyarban nekicsúszott Vettelnek. Vettel autója sérülés nélkül megúszta, azonban Alonso egy körrel később kicsúszott, és kiesett a versenyből. Vettel az ötödik körben kiállt száraz pályás gumikért, ami túl korainak bizonyult, emiatt visszaesett a második helyre. Ekkor csapattársa Webber vezetett, Vettel volt a második, mögöttük a két Mercedes haladt Hamilton, Rosberg sorrendben. Vettel a 42. körben kiállt a második helyről kereket cserélni. A következő körben az élről Webber is kiállt, akit addigra Vettel majdnem megelőzött a gyors kivezetőköre miatt. "Get him out of the way. He is too slow." - hangzott el a háromszoros bajnok rádióüzenete a csapat felé. Ám a csapat Webber-Vettel sorrendben várta a leintést, nem akarták, hogy esetleg a 2010-es török nagydíjon történtek megismétlődjenek. Vettel szorosan követte csapattársát, majd két körrel később, a csapatutasítást megtagadva, a 46. körben a bokszutca fala és Webber autója közti szűk résben próbálta megelőzni sikertelenül, majd kanyarokon keresztül autó-autó elleni kemény csatában előzte meg csapattársát saját maga és Webber célba érését kockáztatva. Vettel végül megnyerte a versenyt és átvette a vezetést a bajnokságban 9 ponttal Räikkönen előtt. Az eset óriási port kavart, Vettel ugyanis egyértelműen megtagadta a csapat utasítását, ezzel tovább romlott a kapcsolat a két csapattárs között. A német versenyző rövidesen bocsánatot kért a csapat tagjaitól, ám Kínában, a sajtótájékoztatón már kijelentette, hogy hasonló helyzetben ugyanezt tenné.