В период Революции и Империи Бертолле много занимался вопросами, связанными с национальной обороной. В 1798—1799 годах в качестве научного консультанта Наполеона Бонапарта принимал участие в Египетском походе. 24 декабря 1799 года стал сенатором, 4 января 1803 года — сенаторери в Монпелье.