MacArthur fut responsable de l'application des condamnations pour crimes de guerre rendues par le Tribunal militaire international pour l'Extrême-Orient. À la fin de l'année 1945, les commissions militaires alliées dans diverses villes d'Asie jugèrent Japonais, Taïwanais et Coréens pour crimes de guerre. Environ furent condamnés dont à mort. Les accusations portaient sur des événements comme le massacre de Nankin, la marche de la mort de Bataan et le massacre de Manille. Le procès à Manille du général Tomoyuki Yamashita, le commandant des forces japonaises dans les Philippines à partir de 1944 fut critiqué car Yamashita fut pendu en raison du massacre de Manille, perpétré par Iwabuchi, qu'il n'avait pas ordonné et dont il n'était probablement pas informé. Iwabuchi s'était suicidé à la fin de la bataille de Manille.