Una de les primeres situacions que va haver d'enfrontar Pérez va ser la Guerra contra Espanya. La guerra va començar com un conflicte diplomàtic entre el Perú i Espanya, nascut de l'anomenat «incident de Talambo», una baralla entre individus de les dues nacions que va acabar amb diversos ferits i dos morts, un d'espanyol i l'altre peruà. Una esquadra enviada des d'Espanya amb una missió diplomàtica i científica va protestar per la mort del seu compatriota i va exigir un càstig per als culpables. La manca d'entesa entre l'enviat espanyol i el govern peruà, unit a la informació errònia proporcionada pel primer a l'esquadra, va portar a l'ocupació espanyola el 14 d'abril de 1864 de les peruanes illes Chincha, font d'ingressos molt important per a aquell país. La signatura el 2 de febrer de 1865 del Tractat Vivanco-Parella, pel qual Perú es comprometia a pagar una indemnització va ser rebutjada per l'opinió pública peruana, donant començament a una revolta militar que portaria a l'enderrocament del president constitucional i a l'ascens al poder de coronel Mariano Ignacio Prado el 28 de novembre del mateix any. Un mes abans, Xile havia declarat la guerra a Espanya. El 14 de gener de 1866 es va signar el "Tractat d'Aliança ofensiva i defensiva, celebrat entre les Repúbliques de Perú i Xile" pel qual ambdós països van unir les seves forces contra Espanya.