Era de familia criolla aristocrática. Hijo del doctor Justo Pastor de Orbegoso y de Francisca de Moncada, cuarta condesa de Olmos. Nació en la hacienda Chuquisongo, en la intendencia de Trujillo, hoy departamento de La Libertad. Heredó las propiedades de su familia y se dedicó a la agricultura. Militó al principio como oficial de las milicias coloniales, para luego enrolarse en el Ejército Libertador de José de San Martín. Colaboró con la independencia de su país no solo como militar, sino ofreciendo su fortuna personal, al igual que muchos otros patriotas criollos. Durante la dictadura de Simón Bolívar fue nombrado prefecto de La Libertad. Durante el gobierno de José de La Mar participó en la guerra contra la Gran Colombia como comandante de caballería. Tras el derrocamiento del presidente La Mar se retiró a su hacienda (1829). Pero retornó a la vida pública como diputado por Huamachuco, en la Convención Nacional convocada en 1833.