В 546 году до нашей эры Клазомены захватили персы. Жители Клазомен, из страха перед персами, переселились на противолежащий маленький островок Айос-Иоанис (, ныне , , Карантинный остров), который Александр Македонский соединил насыпью с материковой частью города. Археологические раскопки в дальней части острова обнаружили поселение, существовавшее со времени персидского завоевания до конца VI века до н. э., когда, вероятно, жители Клазомен вернулись на материк. В 494 году до н. э. во время Ионийского восстания Клазомены захвачены были сатрапом Лидии Артаферном I и военачальником Отаном Археологические находки свидетельствуют, что в 500—470 годах до н. э. Клазомены были покинуты жителями, которые бежали на остров. После 478 года до н. э. Клазомены входят в Первый афинский морской союз.