Fin 1943, à la suite de l'armistice de Cassibile, l'occupation italienne cède sa place à l'administration allemande dans le cadre de l'occupation de la Zone sud. L'année suivante marque le début des bombardements alliés sur les installations, obligeant la SGTE à suspendre l'ensemble de ses dessertes, comme lors du bombardement du pont ferroviaire de Saint-Martin-le-Vinoux ou après le sabotage de la ligne du GVL par les maquisards, suivi de l'incendie du village de Saint-Nizier par les Allemands. Bien qu'affectée par les combats, la SGTE ne sera cependant jamais visée directement.