למונדיאל 2006 הגיע מטראצי כמחליף על ספסל הסקוודה אזורה אך פציעתו של אלסנדרו נסטה הקפיצה אותו למגרש כבר במשחק השני בשלב הבתים נגד נבחרת צ'כיה. באותו משחק כבש שער ראשון במדי הנבחרת, אך במשחק הבא הורחק ונעדר ממשחק שמינית הגמר מול אוסטרליה. הוא שב להרכב במשחק רבע הגמר והגיע עם הנבחרת עד הגמר, תוך שהוא נוטל חלק במשחק דרמטי בשלב חצי הגמר מול המארחת גרמניה. במשחק הגמר מול צרפת השווה מטראצי ל-1:1 לאחר יתרון צרפתי מפנדל מוצלח של זינדין זידאן. תוצאה זו נשמרה עד תום 90 הדקות והמשחק המשיך להארכה.