İoannidis, içeride baskı ve dışarıda ise agresif bir yayılmacılık politikası yürüttü. Kıbrıs adasını Yunanistan'a bağlamayı amaçlayan Enosis'i elde etmeye kararlıydı. Fırsatçı ve komünist olarak gördüğü ve "Kızıl rahip" olarak tanımladığı Kıbrıs Cumhuriyeti cumhurbaşkanı başpiskopos III. Makarios'a karşı kişisel antipati besledi. Makarios ise Kıbrıs'taki Yunan subayların 20 Temmuz 1974'e kadar adadan ayrılması için emir verdi. İoannidis bunun üzerine, 15 Temmuz 1974 yılında bu defa Kıbrıs Cumhuriyeti'nde III. Makarios'a darbe yaparak hükümeti devirdi. Bu, İoannidis'in düzenlediği üçüncü başarılı askeri darbe oldu ve ilk başta herşey plana göre ilerliyormuş gibi görünüyordu. İoannidis, tartışmalı bir isim olan Nikos Sampson'ı iktidara getirdi. Yunanlılar ve Kıbrıs Rumları'na göre Kıbrıs'ta doğan bu karışıklık, Türkiye'ye adaya askerî müdahale fırsatını verdi ve bu harekatın sorumluluğunu İoannidis'e yükledi. 20 Temmuz'da Türkiye tarafından gerçekleştirilen Kıbrıs Barış Harekatı, 23 Temmuz'da İoannidis askerî diktatörlüğünün sonunu getirdi. 24 Temmuz 1974 tarihinde Yunanistan, 7 yıl boyunca ülkeyi sert tedbirlerle yöneten cunta idaresine bir daha dönmemek üzere demokrasiye geçiş yaptı.