Gêné par une blessure à la cuisse en fin d'année 2019 et confronté à une rude concurrence en défense centrale avec la présence de José Fonte, Gabriel, Djalo et Agouzoul, il ne débute que trois rencontres comme titulaire en championnat lors de la première partie de saison 2019-2020. Un possible départ est alors évoqué lors du mercato hivernal. Il a lieu le 31 janvier 2020, Soumaoro étant prêté avec option d'achat jusqu'au terme de la saison au Genoa CFC, club de Serie A. Il n'est pas conservé par le club italien au terme de son prêt et réintègre le groupe lillois dans un rôle de doublure d'expérience de José Fonte.