Im August 36 v. Chr. besiegte Agrippa ein starkes Geschwader des Sextus Pompeius in der Seeschlacht von Mylae und fasste danach an der Nordostküste Siziliens Fuß. Inzwischen war Octavian nahe Tauromenium gelandet, wurde aber von den nach ihrer Niederlage bei Mylae zurückgekehrten Pompeianern unerwartet attackiert und konnte sich nur mühsam unter großen Verlusten auf das italische Festland retten. Agrippa gelang jedoch die Einnahme von Tyndaris, wohin dann auch Octavian mit größeren Truppenkontingenten segelte. Pompeius, dessen Situation somit wesentlich ungünstiger geworden war, zog sich in den Nordosten Siziliens zurück, wo er als wichtigsten Stützpunkt Messana besaß; außerdem hielt er im Westen der Insel weiterhin das Bollwerk Lilybaeum. Als er von dort Verstärkungstruppen zu sich kommen ließ, wurden diese von Lepidus’ Legionen verfolgt. Lepidus bezog seine Stellung nahe jener von Octavian, kam mit diesem aber bald in Konflikt, da er sich aufgrund seines großen Anteils am Landheer nicht mehr unterordnen wollte. Octavian fürchtete, dass Lepidus sich mit Pompeius verbünden könnte und suchte daher eine schnelle kriegerische Entscheidung. Trotz seiner nun wesentlich stärkeren Stellung machte er sich daher mit Pompeius Zeit und Ort einer Seeschlacht aus, deren Bedingungen Pompeius gleichberechtigt mitverhandeln durfte. Die vereinbarte militärische Auseinandersetzung fand am 3. September 36 v. Chr. bei Naulochos statt und endete mit einer völligen Niederlage für Pompeius, der daraufhin mit einer kleinen Flotte von Sizilien floh und unbehelligt in östlicher Richtung davonsegelte.