Antiikin ajalla Khaironeia oli Orkhomenoksen alaisuudessa 400-luvun eaa. lopulle saakka. Tämän jälkeen se oli osa 11 boiotialaisen kaupungin yhteenliittymää Boiotian liittoa vuoteen 387 eaa. Liiton hajottua Korintin sodan jälkeen kaupunki oli itsenäinen vuosina 387–371 eaa. ja jälleen liitossa vuosina 371–338 eaa.