В серпні 2006 року після того як австрійці програли збірній Угорщині, Шарнер розкритикував непрофесіоналізм у футбольному союзі. Після цього тренер збірної Йозеф Гікерсбергер заявив, що Шарнер ніколи не буде грати за Австрію до тих пір, як він керує збірною. У 2008 році Пауль проявив інтерес до повернення в збірну незадовго до початку Чемпіонату Європи, але навіть особиста бесіда з Гикерсбергером не дозволила йому потрапити в заявку на чемпіонат Європи. Тільки в серпні місяці Шарнер повернувся в збірну, якою керував Карел Брюкнер і навіть був призначений капітаном команди у 2009—2010 роках.