Zusammen mit seinem Schulkollegen Ernest-Paul Graber baute Naine die Sozialdemokratische Partei der welschen Schweiz auf und spielte eine aktive Rolle bei zahlreichen Streiks und Protestaktionen. Beide bekannten sich offen zum Pazifismus, was Naine 1903 eine Verurteilung wegen Verweigerung des Militärdienstes einbrachte. 1914 enthielten sich Naine und Graber als einzige Abgeordnete des Nationalrates der Stimme anlässlich der Übertragung der Vollmachten an den Bundesrat, um nicht indirekt den Militärkrediten und der Landesverteidigung zustimmen zu müssen. Er beteiligte sich auch während des Krieges aktiv an pazifistischen Kongressen und nahm teil an der Zimmerwalder Konferenz 1915. Aus seiner pazifistischen und idealistischen Grundhaltung heraus lehnte Naine jegliche Gewalt zur Erreichung sozialistischer Ziele ab und galt deshalb nach dem Landesstreik als ein moderater Vertreter der radikalisierten Sozialdemokratie. Er bekämpfte zusammen mit Graber aktiv die Kommunisten und Linksabweichler um Jules Humbert-Droz innerhalb der SP.