In 1702 was hij betrokken bij de onderhandelingen tussen Frederik I van Pruisen met de Staten-Generaal over de nalatenschap van de koning-stadhouder. In 1704 werd hij ambachtsheer van Amstelveen. Na te zijn binnengehaald via de Amstel logeerde John Churchill, de overwinnaar van de Slag bij Blenheim, bij Witsen thuis. Witsen was betrokken bij de erfenis van Johan van Scharphuizen, de gouverneur van Suriname en plantage-eigenaar. Zijn neef Jonas Witsen huwde de schatrijke erfgename en plantersdochter, inwonend bij Witsen. Na de dood van Johannes Hudde in 1704 en de opkomst van Joan Corver was zijn rol uitgespeeld. Raadspensionaris Heinsius deed nog een hernieuwde poging Witsen weg te promoveren door hem aan te bieden curator van de Leidse universiteit te worden, maar Witsen weigerde wederom. Het was hem vergund nog één jaar aan de macht te blijven, maar na 1 februari 1706 was het, na 24 jaar tot de regerende burgemeesters behoord te hebben, definitief gedaan met zijn politieke carrière.