В начале 2005 года после победы Виктора Ющенко на президентских выборах был назначен главой Службы безопасности Украины. В рамках общего реформирования аппарата управления страной им была поставлена задача реформировать СБУ, создав на её базе две структуры с одним подчинением: национальную разведку и национальное бюро расследований. В ведение национального бюро расследований планировалось передать контрразведку и все вопросы, затрагивающие государственную безопасность.