Da borgerkrigen brød ud i 1861 organiserede Dawes en frivillig enhed fra Mauston i juni og blev snart valgt til kaptajn. Kompagni K blev indrulleret i 6. Wisconsin regimentet, som i de første måneder af krigen gjorde vagttjeneste i Washington D.C.. I juni 1862 blev Dawes forfremmet til major. Han gjorde tjeneste med sit regiment i Andet slag ved Bull Run, i Slaget ved Antietam og slaget ved Fredericksburg. I marts 1863, blev Dawes forfremmet til oberstløjtnant og og deltog i slaget ved Chancellorsville.