En 1860, Mosquera déclare la sécession de l'État fédéral de Cauca et la guerre à la Confédération grenadine. Il reçoit rapidement le soutien des états fédéraux de Santander et Tolima (partie occidentale de l'État fédéral de Cundinamarca ayant fait sécession). La guerre civile voit s'affronter les conservateurs emmenés par le président Mariano Ospina Rodríguez et les libéraux conduits par Mosquera pendant deux ans. Le , Mosquera prend Bogota. Il se déclare alors président provisoire. Le voit la victoire définitive des libéraux lors d'une bataille près de Cartago.