В 2004 году Густаво Феррин вызвал Йонатана Иррасабаля на чемпионат Южной Америки для игроков не старше 16 лет. На этом турнире вратарь провёл как минимум один матч — Уругвай уступил Парагваю со счётом 2:3. В 2005 году вместе со сборной Уругвая занял второе на ЧЮА для игроков не старше 17 лет. В том же году он сыграл на чемпионате мира среди юношеских команд в Перу. В 2007 году Иррасабаль занял со сборной третье место на молодёжном чемпионате Южной Америки, а затем провёл две встречи на молодёжном чемпионате мира в Канаде.