In augustus 1941 werd hij, inmiddels bevorderd tot officier-vlieger der tweede klasse, aangesteld als commandant van GVT7. In die hoedanigheid verrichtte hij na het uitbreken van de oorlog met Japan op 8 december 1941 onder zware omstandigheden met zijn GVT belangrijk verkenningswerk. Op 17 december 1941 bracht hij als commandant van de Dornier Do 24 vliegboot "X-32" de Japanse torpedobootjager "Shinonomé" nabij het oliestadje Miri in Sarawak tot zinken waarvoor hij per Koninklijk Besluit 8 november 1946 nummer 90 voor de eerste maal onderscheiden werd met het Vliegerkruis. Na de invasie van Java op 1 maart 1942 werd besloten tot evacuatie. Op 2 maart 1942 week Sjerp met de onder zijn commando staande Dorniervliegboten, met zijn vrouw en kind aan boord, uit naar Australië. Het gezin overleefde wonderbaarlijk een Japanse luchtaanval op de uitgeweken vliegboten in de baai van Broome op 3 maart 1942 (zie de Aanval op Broome). Tot juli van dat jaar verbleef Sjerp in Australië. Hij vloog de eerste vlucht van de Netherlands Forces Intelligence Service (NEFIS) uit, met als bestemming Nieuw-Guinea. Sjerp volgde met andere Marine Luchtvaartdienst vliegers vanaf 5 september 1942 tot november 1942 een opleiding op Amfibie-Catalina’s bij Corpus Christi (Royal Netherlands Military Flying School) in de Verenigde Staten. De eerste Catalina’s, waaronder één onder commando van Sjerp, vertrokken op 17 november 1942 van Corpus Christi om na een reis van bijna twee maanden in China Bay, Sri Lanka, aan te komen. In 1943 opereerde hij met het 321 Dutch Squadron RAF vanuit deze basis in de Indische Oceaan en nabij Afrika waarbij met name konvooibescherming (vooral nachtvluchten), onderzeebootbestrijdingsoperaties en verkenningen werden uitgevoerd.