Amikor 1099-ben a keresztes háborúk során elfoglalták Jeruzsálemet és megalapították a Jeruzsálemi Királyságot, az al-Aksza-mecset Jeruzsálem királyainak palotájaként szolgált. A keresztesek szintén azt hitték, hogy az épület „Salamon templomának” romjaira épült, és "Templum Salamonis"nak is hívták. A Sziklamecset neve ez időben "Templum Domini" (Az Úr temploma) volt.