En enero de 1944 se encontraba de vacaciones en las sierras de Córdoba, aislado por un temporal de lluvias, cuando se produjo el terremoto que destruyó la capital sanjuanina. Tras un complicado viaje de regreso, llegó a la ciudad destruida y se hizo cargo del rescate de los bienes de la Iglesia en la misma. Reunió las cenizas de las víctimas desconocidas del terremoto en la Iglesia de la Concepción, la única que se encontraba parcialmente en pie. Durante las obras de reconstrucción de la ciudad, puso la misma y el entero Valle de Tulum bajo la advocación de la Virgen María. Durante los siguientes años, se dedicaría a la acción pastoral relacionada con la reconstrucción de la ciudad y los pueblos vecinos, y se mantuvo apartado de conflicto de la Iglesia con el gobierno peronista.