Con su selección fue titular en la Copa Mundial de Francia 1998, donde fue campeón; en la Eurocopa 2000, donde fue también el ganador; en la Copa Mundial de Fútbol de 2002, donde no pasó la primera ronda, siendo el campeón defensor; y en la Eurocopa 2004, donde fueron eliminados a manos de , quien a la postre se hizo con el trofeo. En total, con la selección francesa ha disputado 97 partidos y logrando 2 goles. Lizarazu formó parte de una de las mejores defensas de la historia de Francia junto a Lilian Thuram, Laurent Blanc y Marcel Desailly.