לעימותים בין ישראל לשכנותיה הערביות הייתה השפעה על הקהילות שנותרו במדינות ערב לאחר גלי העלייה של שנות ה-50 וה-60. בעקבות מבצע קדש גירשו שלטונות מצרים יותר מ-30,000 יהודים. הקהילות היהודיות הקטנות בעיראק ובלוב שידעו שגשוג ופריחה סבלו לאחר מלחמת ששת הימים מהתנכלויות ונאלצו לברוח. יהודי איראן עזבו ברובם לאחר המהפכה האירנית ב-1979. בסוריה הוחזקה ההקהילה היהודית כבת ערובה ויציאתם הותרה רק בשנות ה-90. גם שארית יהודי תימן עזבו בשנות התשעים.