Ostatnią dużą imprezą w jego karierze były mistrzostwa świata w Ramsau w 1999 roku. Indywidualnie wystąpił tylko w sprincie, w którym uzyskał najgorszy wynik spośród reprezentantów Francji - zajął 39. miejsce. Wziął jednak udział w sztafecie, gdzie Francuzi zajęli czwartą pozycję, przegrywając walkę o brązowy medal z reprezentantami Rosji o zaledwie 0.1 sekundy. Ostatni oficjalny występ Fabrice Guy zanotował 21 marca 1999 roku w Zakopanem, gdzie zajął 33. miejsce w Gundersenie. Po zakończeniu sezonu 1998/1999 zakończył karierę.