Nella primavera del 1859 si combatté la Seconda guerra d'indipendenza italiana. Le vittorie delle truppe franco-piemontesi determinarono il ritiro delle guarnigioni austriache di stanza nella Legazione. Immediatamente si costituì a Bologna una Giunta di governo presieduta dal marchese Gioacchino Napoleone Pepoli, cugino di Napoleone III, che proclamò decaduta la sovranità pontificia ed intimò al cardinal legato Giuseppe Milesi Pironi Ferretti di lasciare subito la città; ciò che avvenne l'11 giugno. Due giorni dopo, lasciò la propria sede il cardinal legato di Ravenna ed il 21 fu abbandonata quella di Ferrara. Subito dopo giunse a Bologna da Torino il marchese Massimo d'Azeglio, come regio commissario dell'ex Legazione. Il d'Azegliò gestì la fase di transizione dal vecchio al nuovo regime. Fu insediata un'assemblea delle Romagne, che il 6 settembre votò l'annessione dell'ex Legazione al Regno di Sardegna.