Blanco spilte for det meksikanske landslaget i tre VM, i Frankrike i 1998, i Korea-Japan i 2002 og i Sør-Afrika 2010. Han scoret ett mål i hver av disse mesterskapene. Han var medlem av det meksikanske landslaget som vant Confederations Cup i 1999 der ble han også turneringens toppscorer med hele seks mål, inkludert ett mål i finalen. Han ble tildelt Gullstøvelen (som toppscorer) og «Silver Ball» for fremragende spill i denne turneringen. Blanco spilte i alt 120 landskamper for Mexico.