През 2002 г., след падането на Партията на труда от власт, Нетаняху става вътрешен министър в правителството на Ариел Шарон. По същото време се опитва да съперничи на същия за председателския пост в Ликуд. През 2003 г. оглавява финансовото министерство в новото правителство на Шарон. Като финансов министър се опитва чрез дръзки планове да облекчи положението на израелската икономика, чието състояние се влошава след избухването на Втората Интифада.