Latem 1994 roku zamknął rosyjskie śledztwo w sprawie zbrodni katyńskiej, umarzając sprawę z powodu śmierci winnych. W decyzji o umorzeniu stwierdził, że Józef Stalin i jego bliscy współpracownicy, członkowie Biura Politycznego WKP(b) – Mołotow, Woroszyłow, Kalinin, Kaganowicz, Mikojan i Beria – także szefowie NKWD – Ludowego Komisariatu Bezpieczeństwa Państwowego i MGB ZSRR oraz wykonawcy egzekucji są winni zbrodni przeciwko pokojowi, zbrodni wojennej i zbrodni przeciwko ludzkości, czyli zbrodni z artykułu 6 § a,b określonych w Statucie Międzynarodowego Trybunału Wojskowego w Norymberdze, oraz winni ludobójstwa obywateli polskich. Za winnych uznał także dopuszczających się fałszerstw członków radzieckiej Komisji Burdenki, twórców fałszywego aktu oskarżenia w sprawie katyńskiej przed Międzynarodowym Trybunałem Wojskowym w Norymberdze oraz wszystkich ukrywających zbrodnię katyńską do upadku ZSRR. Decyzja Anatolija Jabłokowa została zakwestionowana przez kierownictwo rosyjskiej Głównej Prokuratury Wojskowej i Prokuratury Generalnej Federacji Rosyjskiej; śledztwo powierzono innemu prokuratorowi, któremu zlecono zmianę kwalifikacji prawnej czynu na „nadużycie władzy”. W 1994 roku Anatolij Jabłokow musiał odejść z prokuratury wojskowej i armii, po czym zaczął pracować jako adwokat.