Clinton va recolzar fortament l'acció militar dels EUA a l'Afganistan de 2001, dient que era una oportunitat per combatre el terrorisme i millorar les vides de les dones afganeses que van patir sota el govern del Talibà. Clinton va votar a favor de la Resolució Guerra de l'Iraq, la qual va autoritzar al President dels Estats Units George W. Bush fer servir la força militar en contra de l'Iraq. Tal acció hauria de ser necessària per fer complir una resolució del Consell de Seguretat de les Nacions Unides després de la continuació d'esforços diplomàtics.