После выздоровления был зачислен в 393-й батальон морской пехоты и под командованием его легендарного командира майора Цезаря Куникова принял участие в высадке морского десанта под Новороссийском. Затем участвовал в обороне захваченного этим десантом плацдарма, получившего название «Малая земля». Там стал командиром группы снайперов, довёл свой личный счёт до 276 гитлеровцев и румын. После переброски на другие участки Северо-Кавказского фронта, в августе 1943 года, группа снайперов Филиппа Рубахо была направлена на сухопутный участок фронта под Новороссийском. Затем он вернулся в Геленджик и в составе своего батальона готовился к новому десанту на причалы Новороссийского порта.