Од 2000. године до 2005. године био је члан Народне скупштине Египта и водећа личност Муслиманског братства. Када је Муслиманско братство након револуције 2011. основало Странку слободе и правде (ФЈП), Мурси је постао њен председник. Као њен кандидат, учествовао је на председничким изборима одржаним у мају и јуну 2012. године. На њима је победио Ахмеда Шафика, последњег премијера под режимом у револуцији свргнутог Хоснија Мубарака.