במהלך מלחמת העולם השנייה, הוסתרו העתיקות מהמוזיאון במבנה עצמו, בכספות של בנק יוון ובמערות טבעיות ברחבי יוון. בשנת 1948, על אף המלחמה שהתנהלה ביוון, נפתח מחדש המוזיאון ושיקומו החל. מנהל המוזיאון דאז, כריסטוס קארוזוס, השתמש בפינוי המוזיאון כדי לבצע ארגון מחדש של המוצגים במוזיאון. הארגון נמשך עד שנת 1964, אז חזר המוזיאון לתפקודו הרגיל.