Восточно-Уральский заповедник был создан в 1966 году. Его образованию предшествовала Кыштымская авария 1957 года в соседнем с Кыштымом городе Челябинск-40 на химкомбинате «Маяк», сопоставимая по масштабам с Чернобыльской аварией. В результате этой аварии часть территории Челябинской, Свердловской и Тюменской областей подверглась радиоактивному заражению, получившему название Восточно-Уральский радиоактивный след (ВУРС). На территории размерами около 150х9 км выпало около 2 млн кюри радионуклидов, площадь заражения, в котором уровень радиации превышал фоновое значение в 2 раза, составила около 15 000 км². Всего было заражено около 23 000 км² территории с 217-ю населёнными пунктами и населением около 270 000 человек. При ликвидации последствий из наиболее загрязнённой части ВУРСа было отселено около 12 000 человек из 23 деревень, строения, имущество, скот уничтожены путём захоронения в траншеях, как и снятый на некоторых участках верхний слой грунта, местами почва обрабатывалась специальными реагентами. В южной, начальной (головной) части ВУРС заражение поверхности грунта стронцием-90 на площади в 1,5 км² составляло более 700 Ки/км², местами даже превышала 3000 Ки/км². Для предотвращения распространения радионуклидов за пределы заражённой территории в 1959 году была создана санитарно-защитная зона. На месте этой зоны в головной части ВУРСа в 1966—1968 годах был создан Восточно-Уральский радиационный заповедник. Занимает территорию размерами около 24х9 км вдоль направления ВУРСа. В современной России никогда не имел официального статуса заповедника, несмотря на многочисленные попытки ПО Маяк передать территорию в ведение Министерства природных ресурсов.