Po obaleniu dyktatury Saddama Husajna podczas II wojny w Zatoce Perskiej działacze Najwyższej Rady Rewolucji Islamskiej i organizacji Badr przybyli do Iraku. Organizacja Badr liczyła wówczas 15 tys. żołnierzy. Po tym, gdy Zjednoczony Sojusz Iracki, szyicka koalicja, do której weszła m.in. Najwyższa Rada Rewolucji Islamskiej, wygrała wybory parlamentarne w Iraku w grudniu 2005, ministrem spraw wewnętrznych w rządzie Nuriego al-Malikiego został dotychczasowy dowódca organizacji Badr Bakir Dżabr az-Zubajdi. Za sprawą jego starań po debasyfikacji irackich sił zbrojnych i policyjnych miejsce zwalnianych funkcjonariuszy związanych ze zdelegalizowaną partią Baas zajęli w znacznej mierze żołnierze organizacji Badr. Za przyzwoleniem az-Zubajdiego organizacja Badr, razem z sadrystowską Armią Mahdiego, dopuszczała się na szeroką skalę zabójstw byłych działaczy partii Baas i terroryzowała ludność sunnicką Bagdadu. Niektórzy amerykańscy oficerowie działający w okupowanym Iraku twierdzili, że organizacja Badr dopuściła się w tym okresie zbrodni wojennych, świadomie zaplanowanych przez szyickich przywódców Iraku. Organizacja została stopniowo zintegrowana z tworzoną od podstaw nową, zdebasyfikowaną policją iracką; także po zakończeniu tego procesu dopuszczała się zbrodni na sunnitach.