À partir de 2003, l'Organisation Badr prend part à la guerre d'Irak. En février et , peu avant l'invasion de l'Irak par les États-Unis, les troupes de l'Organisation Badr se rassemblent à Souleimaniye, puis se répandent dans les provinces de Dilaya et Wasit. En , l'Organisation Badr annonce déposer les armes pour devenir une faction politique, notamment afin de se concilier les Américains. Mais les membres du Badr s'infiltrent dans la police après la nomination en 2005 de Bayane Baqer Soulagh au ministère de l'Intérieur, et commettent des assassinats et des actes de tortures et de séquestration contre des sunnites, et notamment contre d'anciens membres du régime de Saddam Hussein. Plusieurs de ces assassinats auraient été commandités par l'Iran. À partir de 2009, le Badr entre également en conflit avec les sadristes, qui cherchent à prendre leurs distances avec l'Iran.