SS, Holokost sırasında 5,5 ila 6 milyon Yahudi'nin ve milyonlarca diğer kurbanın soykırımındaki rolü en büyük olan örgüttü. II. Dünya Savaşı (1939-45) sırasında örgütün bütün birimlerinin üyeleri savaş suçları ve insanlığa karşı suçlar işledi. SS ayrıca ticari işletmelerde yer aldı ve toplama kampı mahkûmlarını köle işçi olarak kullandı. Nazi Almanyası'nın yenilgisinden sonra SS ve NSDAP Nürnberg Uluslararası Askerî Ceza Mahkemesi tarafından suç örgütleri olarak yargılandı. SS yönetimi içerisinde hayatta kalanlar arasında en yüksek rütbeye sahip olan Ernst Kaltenbrunner, Nürnberg davaları sırasında insanlığa karşı suçlardan suçlu bulundu ve 1946'da asılarak idam edildi.