All'inizio della nuova stagione, Pandev ritrova l'allenatore Rafael Benítez, suo tecnico all'Inter. Il 28 settembre 2013, nella sesta giornata di campionato contro il Genoa, Pandev realizza una doppietta (primi gol stagionali per lui), contribuendo alla vittoria dei partenopei per 2-0. Il 20 marzo 2014 segna il suo primo gol in Europa League contro il , fissando il temporaneo 1-0 per i partenopei (la partita terminerà 2-2, risultato che non permette al Napoli di accedere ai quarti di finale della competizione). Il 3 maggio 2014 vince la sua quinta Coppa Italia (la seconda con il Napoli) con un 3-1 ai danni della allo Stadio Olimpico di Roma.