En 1871, après la défaite de la France face à la coalition menée par la Prusse furent signés les traités de Versailles puis de Francfort qui confirmaient l’annexion de l’Alsace-Lorraine : Strasbourg redevint allemande. L’université en fut très affectée, une grande partie de l'élite de la région, que ce fût dans l'éducation, les affaires ou l'administration, quitta alors l'Alsace pour s’exiler en France. Entre décembre 1871 et janvier 1872, Paul Lobstein, professeur de dogmatique à la faculté de théologie protestante puis doyen en 1921, prend la plume et ressent le besoin de coucher sur papier son examen de conscience au moment où l'Alsace connaît un des tourments les plus importants de son histoire. Dans l'esquisse biographique qui lui est consacrée, "Un Alsacien idéal", il écrit : « L'annexion de L’Alsace est plus qu'un crime, c'est un sacrilège ; voilà pourquoi nous ressentons une blessure poignante qui saignera toujours et dont la brûlure nous fera toujours souffrir. (…) Voilà donc l'Alsacien, condamné par sa conscience à toujours souffrir, toujours être obligé par sa conscience à toujours protester.». La guerre fut difficilement vécue par les strasbourgeois, en effet, le siège de la ville causa d’importants dégâts dans la cité. L’église du Temple Neuf fut détruite alors qu’elle abritait une bibliothèque exceptionnelle rassemblant plus de volumes, dont au moins manuscrits. Deux collections s'y distinguaient : la bibliothèque du séminaire protestant, qui fut celle de l'université protestante et dont l'origine remontait au Gymnase, d'une part et la bibliothèque municipale créée au à partir de l'achat de la bibliothèque privée de l'historien strasbourgeois Jean-Daniel Schoepflin par la ville d'autre part.