西班牙是不承认科索沃单方面宣布独立的五个欧盟成员国之一，并积极反对科索沃加入联合国教科文组织和国际刑警组织等国际组织。此外，西班牙支持塞尔维亚坚持按照2013年在欧盟主持下签署的《布鲁塞尔协议》的规定，在科索沃建立塞尔维亚自治社区。一些人解释了西班牙对科索沃的强硬立场，将其内部问题与加泰罗尼亚独立运动以及联合王国在直布罗陀的争端相提并论。在2017年加泰罗尼亚独立公投危机期间，塞尔维亚强烈支持西班牙的领土完整，塞尔维亚外交部长表示，西班牙是塞尔维亚最好的国际朋友之一。