Puolan armeija saavutti marsalkka Piłsudskin johdolla voiton puna-armeijasta, ja itsenäisen Puolan rakenustyö saattoi alkaa. Witosin ensimmäinen hallitus istui runsaan vuoden syyskuuhun 1921 muutaman ministerin erottua hallituksesta ja Witosin hallituksen näin menetettyä sejmissä enemmistön. Witos muodosti toukokuussa 1923 toisen hallituksensa, joka istui saman vuoden lopulle joulukuuhun 1923. Toisessa hallituksessaan hän joutui kutsumaan armeijaa apuun mielenosoitusten kukistamisessa, ja tämä vei hänen ja hallituksen kannatuksen. Witosin kolmas hallitus oli lyhytikäinen, sillä sen noustua valtaan hänet syrjäytti marsalkka Piłsudskin johdolla toukokuussa 1926 tehty vallankaappaus. Sen jälkeen valtaan nousi Piłsudskin johdolla Sanacja-liike, joka antoi kuitenkin vähäisemmillä valtaoikeuksilla toimivan sejmin kokoontua. Witos oli vuosina 1929-1930 oppositioliikkeen näkyvin hahmo, niinpä hänet vangittiin. Vapauduttuaan vankeudesta vuonna 1933 Witos siirtyi naapurimaahan Tšekkoslovakiaan. Helmikuussa 1936 hän oli mukana maasta poislähteneiden sanacja-vastaisten kokoontumisessa Sveitsissä, jossa oli Witosin lisäksi mukana muun muassa itsenäisyyden alun pääministeri Ignacy Paderewski sekä kenraalit Władysław Sikorski ja Józef Haller.