A "Hedwig" sikere után Mitchell egy újabb filmes vállalkozásba fogott: egy olyan valós szexuális jeleneteket tartalmazó filmet szeretett volna forgatni, amelynek szerepeit nem sztárok, hanem mindennapi emberek játsszák. A hároméves kutatómunka eredményeként készült el a "Shortbus" című film, amelyet a 2006-os cannes-i fesztiválon mutattak be.