Memasuki tahun 2003, Tomy diberitakan oleh majalah "Tempo" bahwa ia seperti berada di belakang kebakaran Pasar Tanah Abang pada 2003, karena ia sudah mengajukan proposal renovasi pasar itu sebelum terjadinya kebakaran. Laporan yang ditulis oleh wartawan Bambang Harymurti, Ahmad Taufik dan Teuku Iskandar Ali ini menimbulkan kontroversi dan Tomy sempat mempidanakan wartawan "Tempo" atas pencemaran nama baik. Menurut aktivis George Junus Aditjondro juga, bahwa Artha Graha (dan Tomy) sebenarnya pada 2004 dibekingi oleh presiden SBY dan pada saat itu berusaha mencari untung dalam rekonstruksi pasca gempa bumi di Aceh 2004 dan gempa bumi Nias 2005. Di tahun akhir 2000-an juga, ia dituduh melanggar hak masyarakat adat Papua lewat PT Kurnia Tama Sejahtera yang melakukan pembalakan liar di hutan-hutan Papua namun tidak memberi ganti rugi yang cukup.