Массауа була важливим портом протягом багатьох століть в складі різних держав таких як Аксумське царство, Медрі-Бахр, халіфат Омейядів, держава Беджа, Османська імперія, Єгипет, Британія, Італія та Ефіопія, а з 1991 року і Еритреї, яка здобула незалежність. До перенесення 1897 року столиці Італійської Еритреї до Асмери, Массауа була центром колонії.