Le sanctuaire est pris pour cible à de nombreuses reprises après l'invasion de l'Irak (2003). Le , le dignitaire chiite (fils du Grand ayatollah Abu al-Qasim al-Khoei) est assassiné aux abords du mausolée. Le de la même année, une voiture piégée explose sur le parvis du monument au moment de la prière du vendredi, causant la mort de 82 personnes, dont l'ayatollah , chef du Conseil suprême islamique irakien.