Theo báo Sài Gòn Giải phóng, đầu năm 1947, Pháp khởi sự cuộc chiến tranh tái xâm lược Việt Nam. Lệnh kháng chiến từ phía chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa cũng đã được ban hành. Có bốn linh mục ở miền Nam là các linh mục Hiền, Kính, Luật và Sang đã đi chiến khu tham gia kháng chiến và dư luận cho rằng các linh mục này “lạc đàng”. Một tờ truyền đơn được phổ biến vào thời điểm đó cho rằng các linh mục này là những người yêu nước. Giám mục Jean Cassaigne Sanh yêu cầu linh mục Nguyễn Văn Bình bày tỏ ý kiến về nội dung của tờ truyền đơn. Câu trả lời của linh mục Bình không làm hài lòng giám mục Sanh. Sau lần hỏi đáp với vị Đại diện Tông Tòa Sài Gòn, Nguyễn Văn Bình được điều chuyển rời khỏi chủng viện. Ngoài ra, cũng vì cùng bị nghi ngờ là chủ xướng việc phân phát truyền đơn trên, ngoài linh mục Nguyễn Văn Bình còn có ba linh mục khác, trong đó có linh mục Giuse Phạm Văn Thiên bị điều chuyển khỏi các chức vụ tại Chủng viện.