Начавшаяся вскоре Пелопоннесская война со Спартой нарушила планы олигархической партии. Перикла, которого общество считало одним из виновников войны, сместили и присудили к выплате большого штрафа. Однако вскоре, на фоне военных неудач, афиняне вернули ему пост стратега. Расчёт Перикла на то, что «во время великих событий и опасностей вверят отечество ему одному», полностью оправдался. Однако вскоре Перикл умер во время разразившейся в Афинах эпидемии чумы. Обстоятельства смерти Фукидида неизвестны. На момент возвращения из изгнания он уже был пожилым человеком около 60 лет. Также дряхлого старика Фукидида упоминает Аристофан в «Ахарнянах». На момент постановки этой комедии Фукидиду могло быть около 75 лет.