הלפרין השתתף במבצע לפיד, הנחיתה האמפיבית של בעלות הברית בחופי צפון אפריקה המערבית. תחת עלטה מוחלטת הוביל את ספינת הסיור שלו בחופי מרוקו הצרפתית, הוא היה הראשון מבין החיילים אמריקאים שנחתו על החוף באפריקה. הוא נחת באזור פורט ליוטה, סימן את נתיבי הגישה, הכווין את הכוחות הנוחתים ולקח בשבי שני קציני אויב. על לחימתו במבצע זכה בעיטור צלב הצי, העיטור השני בדרגתו מבין עיטורי הכוחות המזוינים. השתתף בפלישת בעלות הברית לסיציליה (מספינת USS Ancon) ובפלישה לאיטליה. בנובמבר 1943 הועבר לכוח המשימה 122 וביוני 1944 היה מהחיילים הראשונים שנחתו על חוף צרפת במהלך הפלישה לנורמנדי והוביל את כוחות הקורפוס השביעי. על לחימתו במבצע זכה לכוכב הארד. הוא שב לארצות הברית בסוף יולי 1944 ושירת בבסיס ההדרכה לנחיתה אמפיבית, פורט פירס בפלורידה. בדצמבר 1944 נשלח למערכה באסיה ומונה למפקד יחידה 6 של הצי האמריקאי. תחת פיקודו היו 9 קצינים ו-35 לוחמים מהצי האמריקאי שהופקדו על אימונם של כ-2,500 לוחמי גרילה סיניים. הכוחות לחמו נגד הצבא היפני הקיסרי, בין המבצעים בהם השתתפו היה השמדת פריגטה יפנית בהדחק של 1,000 טון בנמל אמוי. לאחר כניעת מגיני אמוי קיבל הלפרין את חרבותיהם של האדמירל היפני וקציני מטהו. על לחימתו ביפנים ופועלו זכה לכוכב הכסף ולעיטור כוכב הארד נוסף. כמו כן זכה לעיטור הכבוד הגבוה ביותר מהרפובליקה של סין. במהלך שירותו התקדם בדרגות עד שחרורו כקצין בדרגת לוטננט קומנדר.