Al-Muhammadi debytoi Egyptin jalkapallomaajoukkuessa Norsunluurannikkoa vastaan elokuussa 2007. Hän tuli kahdessa ensimmäisessä ottelussa vaihdosta kentälle Egyptin voittaessa Afrikan-mestaruuden 2008. Seuraavissa Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2010 Egypti voitti jälleen mestaruuden. Al-Muhammadi tuli jälleen kahdessa ensimmäisessä pelissä vaihdosta mukaan, mutta pelasi nyt lopuissa neljässä ottelussa täyden ajan, ja teki ensimmäisen maajoukkuemaalinsa ottelussa Beniniä vastaan. Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2017 hän pelasi neljä ottelua Egyptin hopeajoukkueessa. Hän pelasi Egyptin kaikki neljä ottelua ja teki kaksi maalia Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2019.