לאחר פרישתו משחייה תחרותית בשנת 1984, המשיך שמיר את הקריירה הספורטיבית שלו כשחקן כדור מים בהפועל גבעת חיים עימה היה שותף לזכייה בשמונה אליפויות, ושיחק בנבחרת ישראל עימה זכה במדליית זהב במשחקי המכבייה ה-12 ב-1985, והשתתף באליפות העולם שנערכה במדריד ב-1986. באליפות זו היה ניר שחקן השביעייה הפותחת וסיים שני בנבחרת בכיבוש שערים עם ארבעה.