Dal 1945 al 1956, piccole bande armate, aiutate dalla popolazione locale, proseguirono la guerriglia nei territori rurali contro le truppe regolari russe, in ottica indipendentista. Moltissimi cittadini baltici (nella fattispecie: 50.000 estoni, 60.000 lettoni e ben 120.000 lituani), ma anche ucraini, polacchi, ungheresi, romeni, bulgari, serbi e croati si diedero infatti alla macchia per cercare di combattere con le armi i nuovi regimi istituiti da Mosca nell’Europa dell’Est. Tali movimenti furono stroncati con interventi operativi del KGB e dell’NKVD: con il primo acronimo si fa riferimento alla polizia segreta sovietica, la quale continuò la sua attività fino al crollo dell'URSS nel 1991. Sulla base di statistiche molto parziali si calcola che nella sola Lituania, tra il primo gennaio e il 15 marzo 1945, siano state effettuate 2257 «operazioni di pulizia».