Trener Tochel zadeklarował na początku sezonu &lt;a href="II%20liga%20polska%20w%20pi%C5%82ce%20no%C5%BCnej%20%282006/2007%29"&gt;2006/2007&lt;/a&gt; „budowanie drużyny na wychowankach i piłkarzach z regionu”. Spośród nich wyróżniał się przede wszystkim Mariusz Sacha, uczestnik Mistrzostw Europy U-19 2006 i Mistrzostw Świata U-20 w 2007. Jesienią udało się zrealizować cel sprzed rozpoczęcia rozgrywek – zajęcie miejsca w środku tabeli – 9. miejsce było w dużej mierze zasługą dobrej postawy na własnym boisku. Mimo niewielkiej rotacji składu, „Górale” grali w rundzie wiosennej znacznie gorzej (trwała m.in. passa 720 minut bez zdobytej bramki), by ostatecznie wywalczyć 12. lokatę, dwa punkty nad strefą barażową. W trakcie rozgrywek zatrzymano – w związku z postępowaniem antykorupcyjnym – kolejne dwie osoby: kapitan Pater został zawieszony przez klub na jeden mecz, a drugiego trenera Michała Nowaka zwolniono.