Після відходу шведів з Польщі та укладення союзу з Данією і підписання Оливського миру, війна була припинена. Чарнецький був переведений на східний кордон Речі Посполитої, де йшла війна з Московщиною. У 1660 році командував польськими загонами в битвах під Полонкою і на річці Басьо.