У 1996 році Френкі Фредерікс підтверджує свою репутацію вічно другого, здобувши дві срібні медалі на дистанціях 100 і 200 метрів на Олімпійських іграх в Атланті. У 1997 році на чемпіонаті світу в Афінах Фредерікс у черговий раз здобув срібну медаль на дистанції 200 метрів. Наступного року намібійський бігун у складі збірної Африки переміг на дистанції 200 метрів та здобув бронзову медаль у естафеті 4×100 метрів на Кубку світу в Йоганесбурзі. У 1999 році Френкі Фредерікс переміг на чемпіонаті світу в приміщенні на дистанції 200 метрів. Проте в цьому році він отримує травму, що призвело до того, що намібійський спринтер пропустив чемпіонат світу на відкритому повітрі 1999 року та 2001 року, а також Олімпійські ігри у 2000 році. Проте після повернення після травми Фредерікс на великих міжконтинентальних турнірах зумів виграти лише Ігри Співдружності у 2002 році на дистанції 200 метрів. На Олімпійських іграх 2004 року він зайняв лише 4-те місце на дистанції 200 метрів, і після завершення сезону закінчив активні виступи.