El trabajo en el "Dongui Bogam" comenzó en el año 29 del reinado del Rey Seonjo (1596) por los médicos principales de Naeuiwon (내의원, "clínica real"), con el objetivo de crear una compilación exhaustiva de la medicina tradicional. El médico principal Heo Jun dirigió el proyecto pero el trabajo fue interrumpido debido a la segunda invasión japonesa de Corea en 1597. El rey Seonjo no vio que el proyecto se llevara a cabo, pero Heo Jun firmemente se mantuvo en el proyecto y finalmente completó el trabajo en 1610, en el segundo año del reinado del rey Gwanghaegun.