En 1799, d'Hautpoul comandó brigadas de caballería al mando de Ney, Lecourbe y Baraguey d'Hilliers en el resto de la campaña en el noreste de Suiza. En la campaña alemana de 1800, sirvió a las órdenes de Moreau y se distinguió en las batallas de Biberach y Hohenlinden, durante las cuales su caballería pesada fue fundamental para desbaratar las defensas de infantería austriacas.