Im März 1938 flüchteten viele, die Verfolgung befürchteten, vor den die Macht übernehmenden Nationalsozialisten mit der Nordbahn über Lundenburg (Břeclav) in die Tschechoslowakei. Ab 1943 wurden jüdische Wiener vom Nordbahnhof aus in Vernichtungslager deportiert; zuvor waren die Deportationszüge vom Aspangbahnhof abgefahren.