Sebuah operasi pertambangan uranium besar era Soviet yang ditinggalkan dengan buruk dan berdiri di repositori limbah radioaktif di barat laut Tajikistan. Operasi lainnya di Tajikistan, mengekstrak dan memproses emas, antimoni, tungsten, merkuri, dan molibdenum, yang semuanya dikenal karena mengeluarkan limbah beracun. Sungai Kofarnihon, Zarafshon, dan Vakhsh melewati daerah industri berpolusi berat di negara ini, membawa polutan ke dalam Amu Darya dan menuju ke Laut Aral. Ekspansi pengolahan aluminium di Tursunzade, diusulkan pada tahun 2005, akan meningkatkan polusi industri di wilayah Dushanbe. Pengunduran diri Tajikistan tentang air untuk irigasi dari Syr Darya dan sungai dari Amu Darya juga mempengaruhi kuantitas air di hilir. Oleh karena itu, kebijakan pengelolaan air Tajikistan adalah keprihatinan regional. Penyelesaian masalah ini telah ditunda karena kemiskinan negara secara keseluruhan dan perang saudara yang terjadi pada 1992-1997. Meskipun perang saudara mengurangi aktivitas industri dan pertanian secara substansial, hal itu juga mengganggu pemantauan dan pemeliharaan kegiatan lingkungan yang diberlakukan oleh Komite Uni Soviet pada Perlindungan Alam, meninggalkan Tajikistan dengan infrastruktur yang sangat berkurang untuk kegiatan ekonomi dan lingkungan