Schnippenkötters eigenes Abitur wurde erst nach Ableistung des Reichsarbeitsdienstes anerkannt, so dass er erst danach ein Studium der Rechtswissenschaften an der Ludwig-Maximilians-Universität München aufnehmen konnte. Noch vor dem Beginn des Zweiten Weltkrieges meldete er sich als Freiwilliger zum Wehrdienst in der Wehrmacht und diente erst in der Marineartillerie sowie später bei der Flugabwehr. Während des Überfalls auf Polen und des Westfeldzuges diente er als Leutnant und wurde 1942 als Hauptmann Batteriechef im Afrikakorps. Kurz vor seiner Entsendung zur Generalstabsausbildung geriet er bei der ersten Schlacht von El Alamein im Juli 1942 allerdings in britische Kriegsgefangenschaft.