In de jaren tachtig en negentig bleek de dienst nog niet in staat om terrorisme aan te pakken. Men had de aanslagen in Jemen en Tanzania niet aan zien komen, evenals de bomaanslag in het World Trade Center van New York in 1993. Aanwijzingen leidden naar de Saoedische terrorist Osama bin Laden. De CIA kon hem echter niet vinden. Zo kon deze opnieuw toeslaan op 11 september 2001, met grootschalige aanslagen in Washington D.C. en New York. Aanslagen waarbij de CIA opnieuw faalde om ze aan te zien komen, ondanks enkele sterke aanwijzingen. Oorlogen in Afghanistan en Irak gaven de CIA weer nieuwe gelegenheden om clandestiene operaties uit te voeren en om inlichtingen te verzamelen.