Esta unión continúa con los reyes Felipe II de Portugal (Felipe III de España) y Felipe III de Portugal (Felipe IV de España), la conocida como "dinastía filipina". El último, Felipe III de Portugal, tuvo que hacer frente a la larga rebelión portuguesa iniciada por el II Duque de Braganza. Este aprovechó la Sublevación de Cataluña (1640) para, con la ayuda del Cardenal Richelieu, hacerse con el trono portugués y tomar el nombre de Juan IV de Portugal. Las victorias portuguesas en las batallas de Elvas en 1659 y Villaviciosa en 1665 reforzaron la independencia de Portugal, finalmente reconocida por el Tratado de Lisboa de 1668, ya en tiempos del último Austria, Carlos II.