En años recientes, muchos de los edificios de madera del museo han sufrido daños por incendios. El más reciente incendio fue el 15 de septiembre de 2006, cuando el fuego destruyó completamente una casa y seriamente averió a otras dos. Según ambos Director de Instituto Hanna Skrypnyk y el Ministerio ucraniano de Emergencias, el fuego fue el resultado de arson, puesto para cubrir de robos de una valiosa colección cassoni del siglo XVIII la cual estaba exhibida en el edificio quemado. Skrypnyk notó que en tiempo soviético el museo tenía designado un grupo de seguridad y una compañía de bomberos, los cuales fueron disueltos después del derrumbamiento soviético a causa de negligencia para financiarla por parte del gobierno ucraniano.