В 1861—1863 годах работал в Анатомическом институте в Париже, занимаясь исследованиями суставов человека. В 1863—1864 годах работал ассистентом в Марбурге, затем — в Берлине у Рудольфа Вирхова, был приват-доцентом Берлинского университета. Участвовал в Австро-прусско-датской войне, затем в 1865 году работал врачом-ассистентом у Бернгарда фон Лангенбека, в 1868 году получил право преподавания медицины и принял предложение Ростокского университета, став преемником Густава Симона. В начале 1870 года Гютер переехал из Мекленбурга в Померанию и возглавил кафедру в Грайфсвальдском университете. Принимал участие во Франко-прусской войне офицером санитарной службы. В 1877—1878 годах являлся ректором Грайфсвальдского университета. Вместе с Альбертом Люкке основал «Германский журнал по хирургии».