Fowler kam bereits in jungen Jahren in englischen Nachwuchsmannschaften zu Ehren und war maßgeblich am Europameistertitel 1993 der U-18 beteiligt, als er – obwohl zunächst nur auf der Ersatzbank sitzend – mit fünf Treffern in vier Spielern bester Torjäger war. Es folgte im November 1993 gegen San Marino sein Debüt in der U-21-Auswahl; auch dort trug er sich sofort in der Torschützenliste ein. Bis 1995 sammelte Fowler acht U-21-Länderspiele an, bevor er im Vorfeld der Euro 1996 im eigenen Land in der A-Nationalmannschaft erste Erfahrungen sammelte.