Desde la evangelización por parte de los jesuitas del pueblo de Matará, con la correspondiente imposición de la cultura católica y progresiva pérdida de la cultura indígena, pasando por la llegada de los primeros esclavos negros a cambio de productos manufacturados, o la Revolución de mayo de 1810. El acervo del museo se convierte en hilo conductor de esta historia de la ciudad, desde sus inicios hasta conformar su actual identidad.