In 1998 werd Krstić aangeklaagd wegens oorlogsmisdaden door het Joegoslavië-tribunaal in Den Haag in verband met de massamoord op 8100 Bosnische mannen en jongens op 11 juli 1995 tijdens de Val van Srebrenica. Op 2 augustus 2001 werd hij de eerste persoon die tijdens dit tribunaal voor genocide werd veroordeeld en kreeg een gevangenisstraf van 35 jaar. Hij is, sinds de conventie van 1948 van de Verenigde Naties (die handelt over genocide (Genocideverdrag)) werd aangenomen, de derde persoon die hiervoor veroordeeld werd. In hoger beroep werd de veroordeling wegens genocide echter verworpen, maar het hof hield wel vast aan de aanklacht van bijstand en bijdrage aan genocide.