Die Nationalsozialisten diffamierten ihre Werke als "Entartete Kunst", und so wurde sie in ihrem Wirken ab 1933 eingeschränkt. In der Zeit von 1934 bis zum Zweiten Weltkrieg reiste sie im Sommer jeweils für längere Zeit ins Ausland, besuchte hierbei Norwegen, Bulgarien und fuhr zu ihren Geschwistern nach Riga. Die Reisen regten sie zur Landschaftsmalerei an. 1939 wurde ihre deutschstämmige Familie wegen der Bestimmungen des Deutsch-Sowjetischen Grenz- und Freundschaftsvertrags nach Polen in den so genannten Warthegau umgesiedelt. Dabei gingen viele Werke von Kerkovius verloren. Sie arbeitete zurückgezogen als Malerin und verdiente mit ihrer Lehrtätigkeit und der Bildteppichweberei ihren Lebensunterhalt.