Nun flogen Ju 88 bei Nacht Angriffe auf britische Stützpunkte in Nordafrika – oft angegriffen von mit Radar ausgerüsteten RAF-Nachtjägern vom Typ Bristol Beaufighter – und bei Tag Nahunterstützung für das deutsche Afrikakorps. Die Angriffe auf den Nachschub für Malta gingen weiter, die Konvois „Harpoon“ und „Vigorous“ wurden fast vollständig vernichtet. Anfang August 1942 unternahm unter dem Decknamen Operation Pedestal ein Konvoi von dreizehn Frachtern, dem Tanker "Ohio" und starken Sicherungskräften den Durchbruch zur belagerten Insel: neun Frachter, ein Zerstörer, zwei Kreuzer und der Träger HMS "Eagle" sanken nach Angriffen von allen verfügbaren Ju 88 und He 111, deutschen und italienischen U-Booten, einem Verband italienischer Kreuzer und Maschinen der Regia Aeronautica. Die "Ohio" erreichte Malta und konnte die Verteidiger mit dringend benötigtem Treibstoff versorgen.