Après le troisième partage de la Pologne en 1795, la ville est annexée par l’Autriche. En 1809, elle rejoint le Duché de Varsovie. Après la disparition de celui-ci en 1815, elle se retrouve dans le royaume du Congrès. En 1817, le monastère des Cisterciens est fermé. Pendant l’Insurrection de Novembre, les soldats de Jędrzejów sont sous le commandement de Piotr Wysocki et défendent Varsovie. En 1863, les habitants participent encore à l’Insurrection de Janvier. En 1870, Jędrzejów perd son statut de ville (elle le retrouvera en 1916). À partir de 1885, une voie ferrée relie Jędrzejów à Cracovie. Au début du , l’industrie se développe, une brasserie commence ses activités.