L'1 de febrer de 2019 fou traslladat a la presó madrilenya de Soto del Real en un autocar de la Guàrdia Civil, per fer front al Judici que va començar el 12 de febrer de 2019. En diverses entrevistes, Cuixart s'ha pronunciat dient que farà servir el judici per acusar l'Estat, argumentant "que l'Estat ha decidit fer servir la justícia penal per desactivar als seus adversaris, en aquest cas els independentistes".