Durante la Unidad Popular, la ANEF, bajo la conducción de Tucapel Jiménez Alfaro, se distanció del gobierno y adoptó una actitud más bien hostil, debido a los problemas económicos que enfrentaba la economía y a las denuncias por la amenaza comunista. Tucapel Jiménez, en representación de la organización, respaldó el Golpe de Estado de 1973 y participó en la campaña de apoyo al nuevo gobierno, en particular en los organismos internacionales. Progresivamente sus críticas al gobierno se acentuaron, acercándose a la oposición, dentro de los cuales también se encontraba Clotario Blest y Manuel Bustos, con quienes mantuvo conversaciones. Para debilitar su labor, el gobierno lo despidió de su puesto, debiendo abandonar la administración pública. A comienzos de 1982 Jiménez fue asesinado por agentes de la dictadura. La ANEF terminó integrándose a la Central Unitaria de Trabajadores de Chile (CUT) al fundarse ésta en 1988.