Son olarak 17 Ağustos 1999 Marmara depreminde çok ağır hasar alarak kullanılamaz hale gelince yeniden inşa edilmek üzere bir kez daha tamamen yıkıldı. 2002 yılında tekrar temeli atıldı ve 30 Ocak 2004 tarihinde ibadete açıldı. Cami günümüzde hala kullanılmakta olup ziyarete açıktır. Yanındaki toplam on bin metrekarelik alanda yapılan Fevziye Camii Parkı, içinde doğal dere görüntüsünde göl, su kemeri, köprü, oturma grupları, yürüyüş yolları ve kafeteryaları olan bir dinlenme tesisi olarak düzenlenmiştir.