El defensa fue seleccionado, el 16 de junio de 2017, en la lista oficial del director técnico Óscar Ramírez para la realización de la Copa de Oro de la Concacaf que tuvo lugar en Estados Unidos. Sin embargo, al ser una nómina de veintiséis futbolistas en la cual viajarían veintitrés, el 29 de junio se confirmó que el zaguero quedó fuera de la competencia, al igual que Jimmy Marín y José Leitón. Ese mismo día se presentó la lesión del lateral Ronald Matarrita, por lo que el cuerpo técnico decidió reemplazarlo por Juan Pablo, haciéndose con un puesto en la convocatoria de último momento. El 7 de julio se disputó el primer encuentro del certamen en el Red Bull Arena de Nueva Jersey, lugar donde se efectuó el clásico centroamericano contra Honduras. Vargas permaneció en la suplencia y, por otra parte, su compañero Rodney Wallace brindó una asistencia a Marco Ureña al minuto 38', quien concretó el único gol de su nación para la victoria ajustada de 0-1. Cuatro días posteriores se dio el segundo cotejo ante Canadá en el BBVA Compass Stadium, escenario en el cual prevaleció la igualdad a un tanto. El 14 de julio fue el último compromiso por el grupo frente a Guayana Francesa en el Estadio Toyota de Frisco, Texas. Los "Ticos" se impusieron 3-0 para asegurar un lugar a la siguiente ronda como líderes de la tabla con siete puntos. Su selección abrió la jornada de los cuartos de final el 19 de julio en el Lincoln Financial Field de Philadelphia, Pennsylvania, contra Panamá. Un testarazo del rival Aníbal Godoy mediante un centro de David Guzmán, al minuto 76', provocó la anotación en propia puerta de los panameños, lo que favoreció a su combinado en la clasificación a la otra instancia por el marcador de 1-0. La participación de su escuadra concluyó el 22 de julio en el AT&amp;T Stadium, con la única pérdida en semifinales de 0-2 ante Estados Unidos.