Англичане считали свой союз с Пальмахом временным. Пальмах же стремился сохранить самостоятельность и подчинялся исключительно Хагане. В мае 1943 года после второго сражения при Эль-Аламейне англичане стали требовать роспуска Пальмаха. Они ликвидировали учебные лагеря и конфисковали оружие, которое когда-то поставили Хагане. Через несколько дней бойцы Пальмаха ночью пробрались в британский арсенал и унесли все отобранное оружие. Сотрудничеству с англичанами был положен конец. Организация ушла в подполье.