La seconde moitié du amène des changements démographiques, économiques et culturels significatifs dans la ville de Zamość. La ville forteresse de Zamość, est assiégée en 1648 par les Cosaques de Khmelnitski, qui n'arrivent pas à la capturer, puis en 1656 par l'armée suédoise, qui elle aussi échoue devant ses murs. Des groupes importants de réfugiés juifs en provenance de Volhynie et de Russie, territoires dévastés par les révoltes cosaques et par les guerres entre la Russie et l'Empire ottoman trouvent un abri sûr entre ses murs. Les Juifs ashkénazes prennent rapidement l'avantage sur les Juifs séfarades qui perdent peu à peu leur position économique. Même si les Juifs séfarades ont obtenu l'autorisation de former leur propre communauté juive indépendante, certains se sont mélangés avec les Juifs ashkénazes et d'autres ont quitté la ville. La situation contribue à la création d'une culture locale spécifique tirant ses sources des traditions ashkénazes et séfarades.