Город был основан в XIX веке в качестве порта, который в основном использовался для работорговли. В 1879 году в Банана прибыла экспедиция Генри Мортона Стэнли, финансируемая королём Бельгии Леопольдом II. После Берлинской конференции (1884) европейские государства признали бассейн реки Конго за бельгийцами, и на церемонии, состоявшейся в Банана в 1885 году, король объявил о создании Свободного государства Конго, что положило начало периоду европейской колонизации Африки. Банана была главной военно-морской базой Бельгийского Конго до провозглашения независимости в 1960 году.