Командуя 2-й дивизией, Калларис принял участие в Первой Балканской войне, первоначально в провинции Македония, а затем в провинции Эпир. Здесь в Эпире, в боях за освобождение города Янина погиб его старший сын, лейтенант запаса Спиридон Калларис. Похоронив сына, генерал Калларис продолжил сражение. 2-я дивизия была переброшена морем назад в Македонию, где с началом Второй Балканской войны приступила к ликвидации болгарских батальонов и нерегулярных отрядов в городе Салоники (после сдачи турками города греческой армии в октябре 1912 года по болгарскому запросу в город были допущены на отдых 2 болгарских батальона, число которых незаконно возросло перед началом болгарской атаки на бывших союзников: Сербию и Грецию).