Tras la proclamación de Felipe II como Felipe I de Portugal (la llamada en Portugal Tercera Dinastía o Dinastía Filipina), Portugal sigue manteniendo su autonomía administrativa y legislativa según el principio de unión dinástica "aeque principaliter". Pero con el ascenso de Felipe IV, Portugal se ve arrastrado a conflictos que no considera como propios, lo que le ocasiona pérdidas comerciales, altos impuestos y bajas en sus ejércitos desplazados. De hecho la situación en el resto de España es similar con revueltas en Cataluña y Andalucía. Tras varios intentos fallidos, en el golpe de estado de 1640 los rebeldes entran en el Palacio de Lisboa y sorprenden a Vasconcelos, que trata de ocultarse en un armario sin éxito, para ser defenestrado por la fachada del Palacio Real que da a la Plaza del Mercado de Lisboa muriendo.