Genscher tenne il ruolo di Ministro degli interni dal 1969 al 1974, dove il suo partito era partner di coalizione nel Governo di Willy Brandt. Durante il suo mandato assistette alla crisi seguita all'attentato di terroristi palestinesi alla squadra israeliana durante i Giochi Olimpici di Monaco del 1972, che condusse alla morte di tutti gli atleti (Massacro di Monaco di Baviera).