V prvních měsících druhé poloviny roku 1806 se situace v Prusku začala vyostřovat. I přes zjevně nepřátelské nálady mezi Francií a jejími protivníky Napoleon do poslední chvíle váhal s válečnými přípravami a věřil, že krize bude zažehnána. K tomu však nedošlo, neboť 15. září se jeho nepřátelé sjednotili ve IV. koalici, v níž byly zainteresovány Anglie, Švédsko, Rusko a Prusko. Počátkem podzimu pak Prusko předložilo Napoleonovi ultimátum, které bez odezvy vypršelo 7. října. Francouzský císař neváhal a druhého dne jeho armáda překročila hranice Saska. O týden později (14. října 1806) Napoleon porazil část pruské armády v bitvě u Jeny a hlavní část nepřátelských sil ve stejnou dobu rozdrtil v bitvě u Auerstedtu maršál Louis-Nicolas Davout. Během jediného dne tak přestala pruská armáda téměř zcela existovat jako bojová síla. Její ztráty činily 45 000 mrtvých, zraněných a zajatých, dále přišla o 200 děl a porážka v ní vyvolala naprostý morální rozklad. V reakci na tento kolaps zažádal pruský král 22. října o mír, Napoleon si však při zdlouhavém jednání s vyslanci pruského krále Fridricha Viléma III., jenž uprchl do Königsbergu, záměrně kladl nesplnitelné podmínky, neboť po příměří ani míru s Pruskem netoužil. 26. října vstoupila francouzská vojska do Berlína a v průběhu dalších bojů se Francouzi převalili přes celé Západní Prusko až k břehům Baltského moře, přičemž zajali tisíce nepřátelských vojáků.