Жан Рапп добре проявив себе в Єгипетській кампанії 1798–1799 років. За героїзм у битвах з мамлюками отримує звання полковника. По поверненню до Європи стає помічником Першого консула (після заколоту 18 брюмера), також є учасником італійської кампанії 1799—1801 років, зокрема відзначився у битві при Маренго у 1800 році. У 1803 році стає бригадним генералом. Після чого спрямований Бонапартом споглядати за укріпленнями на Ельбі. У 1804 році отримує Орден Почесного легіону. Того ж року за наказом Бонапарта одружується.