Speciesbanken ble imidlertid også blandet dypt inn i statens finanser ved store lån, og i 1799 også ved at staten lånte halvdelen av bankens sølvbeholdning. Også tap knyttet til Københavns brann i 1795 og fallitter under gjenoppbygningen bidro til bankens problemer. Heretter var det ikke mulighet for oppkjøp kurantbanksedler.