W reprezentacji Egiptu El-Hadary zadebiutował 1996 roku. W 1998 roku po raz pierwszy w karierze został powołany na Puchar Narodów Afryki, na którym jako rezerwowy wywalczył mistrzostwo Afryki. W kolejnych dwóch turniejach – w 2000 i w 2002 roku – dochodził z Egiptem do ćwierćfinałów. W 2006 roku znalazł się w kadrze powołanej przez Hassana Shehatę na Puchar Narodów Afryki 2006. Spisywał się udanie, a w finale z Wybrzeżem Kości Słoniowej (0:0 po 120 minutach), w serii rzutów karnych obronił strzały Didiera Drogby i Bakariego Koné, a Egipt wygrał 4:2 i został mistrzem Afryki. W tamtym roku federacja CAF uznała go Bramkarzem Roku w Afryce. W 2008 roku Shehata powołał go na Puchar Narodów Afryki 2008, a Egipt ponownie wywalczył mistrzostwo kontynentu. W 2010 roku po raz trzeci wygrał Puchar Narodów Afryki. W 2017 wystąpił po raz 7 w Pucharze Narodów Afryki. Z reprezentacją na boiskach Gabonu zdobył srebro ulegając w finale reprezentacji Kamerunu 1:2. Został najlepszym bramkarzem tych rozgrywek.