Марек, вновь взявший себе 17-й номер, стал вторым по стоимости футболистом в истории неаполитанского клуба после Диего Марадоны. За свой новый клуб Марек дебютировал 15 августа 2007 года в матче первого круга Кубка Италии с «Чезеной». Игра завершилась победой неаполитанцев со счётом 4:0, а сам Марек забил гол и отдал голевую передачу. Спустя несколько дней Марек дебютировал за «Наполи» и в матче Серии A. Дебют получился не самым удачным, так как «Наполи» на своём поле проиграл «Кальяри» со счётом 0:2. А уже 16 сентября в матче 3-го тура против «Сампдории» Марек забил свой первый гол в Серии A и принёс победу своему клубу. Уже после нескольких выступлений за новый клуб молодой словак вновь заинтересовал руководство «Манчестер Юнайтед», которое, по разным данным, готово было предложить за него от 16 до 18 миллионов евро. В начале 2008 года появились слухи о возможном переходе Марека в «Ювентус», однако генеральный менеджер «Наполи» Пьерпаоло Марино опроверг эту информацию. В Кубке Италии «Наполи» дошёл до стадии 1/8 финала, в которой был выбит римским «Лацио». Чтобы удержать словака в клубе, руководство клуба уже в апреле продлило контракт с Мареком до 2013 года. По новому контракту Гамшик стал получать 1 миллион евро в год, став одним из самых высокооплачиваемых игроков команды. Свой первый сезон в Серии A после возвращения «маленькие ослы» закончили на 8-м месте, которое позволило им попасть в Кубок Интертото. Сам Марек принял участие в 37-и матчах и забил 9 голов, проведя больше всех матчей и забив больше всех голов среди всех игроков клуба. В конце сезона руководство «Челси» было готово выложить за Гамшика более 20 миллионов евро, однако конкретных предложений так и не последовало.