Nadir Lamyaghri rejoint la sélection marocaine en 2004 et participe à cinq Coupes d'Afrique des nations avec le Maroc en 2004, 2006, 2008, 2012 et 2013, il a participé aussi en coupe d'Afrique des locaux CHAN 2014 organisé en Afrique du Sud. Sa meilleure participation reste en 2004 alors qu'il est sur le banc et que le Maroc arrive en finale et perd contre la Tunisie sur le score de (2-1). Après l'élimination du Maroc au premier tour de la CAN 2013, il met fin à sa carrière en sélection, mais fait son retour en équipe nationale le mois suivant.