Il devient ensuite le premier président de la Fédération de Russie et se voit réélu pour un second mandat, dans des conditions polémiques, en 1996. Sa présidence est marquée par des crises financières et politiques, ainsi que par des affaires de corruption. Affaibli par la maladie, il démissionne le . Vladimir Poutine, qu'il a nommé président du gouvernement quelques mois auparavant, lui succède.