4 декабря 1939 года Белосток стал центром Белостокской области Белорусской ССР. Был разделен на 3 района. 27 июня 1941 года вновь занят немцами; в городе и его окрестностях в ходе Белостокско-Минского сражения была окружена 10-я армия РККА. В последующих боях она была разгромлена, но части бойцов и командиров удалось выйти из окружения. Многие из оставшихся продолжили борьбу с врагом в рядах партизанских отрядов.