ביוני 1862 מינה דייוויס את הגנרל רוברט אדוארד לי במקום ג'וזף א' ג'ונסטון הפצוע בפיקוד על ארמית וירג'יניה הצפונית, הכוח העיקרי של הקונפדרציה בזירה המזרחית. בדצמבר אותה שנה ערך דייוויס סיור בארמיות של הקונפדרציה בזירה המערבית. סביבו היה מעגל מצומצם מאוד של יועצים צבאיים. לרוב הוא קיבל את ההחלטות האסטרטגיות המרכזיות בעצמו, אף על פי שהוא התייחס בכבוד להשקפותיו של לי. על בסיס הנתונים של מצב האספקה המוגבלת של הדרום בהשוואה לזו של הצפון, החליט דייוויס שהלחימה של כוחות הקונפדרציה תתרכז בעיקר על הגנה אסטרטגית. הוא המשיך לנקוט בגישה זו לכל אורך המלחמה והקדיש תשומת לב מיוחדת להגנת בירתו ריצ'מונד. הוא אישר את המתקפות האסטרטגיות של לי כאשר הוא חש שהצלחתן תזעזע את הביטחון העצמי של הצפון ותגרום לשמירה על השקט באותה גזרה. עם זאת, המערכות המעטות שבהן פלשו כוחות הקונפדרציה אל הצפון נחלו תבוסה. קרב אנטיאטם העקוב מדם שהתנהל במרילנד והפלישה לקנטקי (שניהם ב-1862), סחטו את כוחותיהם של אנשים שלא היה להם תחליף ושל קצינים מוכשרים. המתקפה הסופית שהובילה למרחץ הדמים בן שלושת הימים בקרב גטיסברג ב-1863, פגעה בכוחו של הדרום עוד יותר.