Al finalizar la guerra, el CJM se ocupó de intentar reconstruir las comunidades judías de Europa, presionar para conseguir indemnizaciones y reparaciones de Alemania, brindar asistencia a las personas desplazadas y sobrevivientes del Holocausto, y abogar por el castigo a los líderes nazis por crímenes de guerra y crímenes contra la humanidad. El Congreso Judío Mundial participó notablemente en la formulación de los principios que rigieron el Tribunal de crímenes de guerra de Núremberg y aportó pruebas contra los líderes nazis a los fiscales estadounidenses.