V roce 1917 začal působit v hnutí za estonskou nezávislost, jež byla vyhlášena v únoru 1918. Byl jedním ze tří členů Výboru na záchranu Estonska, který 24. února vydal Estonskou deklaraci nezávislosti, načež se Päts stal předsedou prozatímní vlády. Vzápětí byl zatčen německými vojáky, kteří v té době estonské území okupovali, ale po příměří v listopadu 1918 byl propuštěn a mohl pokračovat ve funkci. V prozatímní vládě zastával též funkci ministra zahraničí (1918) a ministra války (1918-1919), takže řídil estonská vojska ve válce o nezávislost (proti Rudé armádě a tzv. Baltské domobraně).