În iulie 1999, în timp ce încerca să inițieze un dialog cu partea rusă, Atgheriev a fost pentru scurtă vreme arestat pe aeroportul Vnukovo din Moscova, împreună cu adjunctul procurorului-general Adam Torhașev și alți doi oficiali de la biroul moscovit al Ministerului Cecen de Interne. Atgheriev a declarat în două rânduri presei rusești că l-a alertat pe atunci directorul Serviciului Federal Rus de Securitate, Vladimir Putin, în vara anului 1999, despre iminenta incursiune în Daghestan a militanților islamiști ceceni. Atgheriev nu a luat parte activă în Al Doilea Război Cecen (la acea vreme nu mai avea alți oameni înarmați în subordine în afara gărzilor de corp personale). Cu toate acestea, el a fost în mod fals implicat în scandalosul schimb de prizonieri al lui Andrei Babițki, un jurnalist rus răpit de armata rusă.