Im Krieg zwischen dem Kurfürsten von Sachsen Friedrich und seinem Bruder Wilhelm wurden auch die merseburgischen Städte Lützen und Zwenkau stark betroffen. Johann versuchte eine Einigung im sächsischen Bruderstreit herbeizuführen. Nach Friedensschluss ließ der Bischof die Schäden in den betroffenen Städten in seinem Herrschaftsbereich beseitigen. Außerdem veranlasste er größere Baumaßnahmen in Merseburg; unter anderem wurden die Befestigungen seiner Residenz und der Stadt verstärkt.