Com a eclosão da Revolta na Vendéia contra a República dos "ateus", como era referida pelos insurgentes, ele foi preso e encarcerado, situação que se repetiu também a sua família, como um dos príncipais promotores do levante. Ele foi libertado pelos realistas e viria a se tornar um de seus líderes. Lescure lutou em Thouars em maio de 1793. Na Batalha de Fontenay-le-Comte, ele foi o primeiro a entrar na cidade e libertar os prisioneiros realistas. Ele foi ferido na Batalha de Saumur em junho. Após um ataque malsucedido a Nantes, ele reuniu suas forças com La Rochejaquelein e tentou em vão reunir as tropas do Exército Católico e Real dispersas.