Через переїзди й матеріальну невлаштованість Довнар-Запольський декілька разів міняв місце навчання. В одинадцять років його віддали до мінської гімназії, де він провчився один рік. За цей час батько отримав посаду мирового судді в Мозирі та помешкання і перевів сина до мозирської прогімназії. У ній хлопчик закінчив шість класів. У 1885 році батько перевів його до сьомого класу київської Першої чоловічої гімназії, з якої у восьмому класі його було виключено. Причиною виключення стала заборонена література, яку знайшов у його помешканні інспектор гімназії А. Старков. Це були поема Тараса Шевченка «Марія», українські журнали «Громада» й «Основа», лист відомого історика Миколи Костомарова до видавця газети «Колокол» та ін. Як показало слідство, проведене в гімназії, Митрофан Довнар-Запольський купив цю літературу в Болгарії, де гостював у матері, а за Емським указом, виданим імперським урядом 18 травня 1876 pоку, заборонялися як друкування української літератури, так і ввіз її з-за кордону.