Nach dem Beginn des Bürgerkriegs stellte Benning im August 1861 ein Regiment auf (die "17th Georgia Volunteer Infantry"), zu dessen Colonel er ernannt wurde. Mit dieser Einheit ging er nach Virginia, um sich der späteren Army of Northern Virginia anzuschließen. Da Benning nach wie vor jegliche Einmischung einer Zentralgewalt in die Belange der Bundesstaaten ablehnte, erklärte er das konföderierte Wehrpflichtgesetz für ungültig und entging nur mit Glück einem Kriegsgerichtsverfahren. In der Brigade von Robert Augustus Toombs kämpfte Benning in der Zweiten Schlacht von Manassas und in der Schlacht am Antietam, wo er nach Toombs' Verwundung die Führung übernahm und eine wichtige Brücke so lange verteidigen konnte, bis Verstärkung eingetroffen war. Für diese Leistung erhielt er von seinen Männern den Spitznamen "Old Rock" und wurde im Januar 1863 zum Brigadegeneral befördert. In der Division von General John Bell Hood nahm Benning an der Schlacht bei Gettysburg und am Chickamauga teil. Im Mai 1864 wurde er in der Schlacht in der Wilderness verwundet, kehrte jedoch im Oktober zu seiner Brigade zurück und befehligte sie bis zur Kapitulation von Appomattox im April 1865.