1942年11月にブロイアーはアレクサンダー・アンドレ（）将軍に代わってクレタ島の司令官となった。彼は部下をクレタ島の住民に対しもっと敬意を持って接する態度をとらせようとした。3月25日のギリシャの独立記念日にブロイアーは刑務所から100名のクレタ島民を釈放し、その中には後にギリシャの首相になったコンスタンディノス・ミツォタキスがいた。ブロイアーは間もなく厳格だが公正なクレタ島で最も人情味のある司令官という評判を得た。ドイツ軍がスターリングラードとエル・アラメインで敗北した後、ブロイアーは地下指揮壕の建設、スーダ（）湾周辺の防衛の強化、弾薬備蓄量の増加を命じた。しかし、第22歩兵師団長時代の蛮行で名高いフリードリッヒ＝ヴィルヘルム・ミュラー将軍がブロイアーに代わりクレタ島要塞の司令官になった。