De à , le Viêt Minh dirige le gouvernement vietnamien. Des négociations ont lieu avec la France pour définir une intégration du Viêt Nam indépendant dans la nouvelle Union française. En parallèle, et dès , le Viêt Minh mène au sud des actions de guérilla contre les troupes françaises. Fin septembre, des éléments Viêt Minh mènent pendant plusieurs jours des actions antifrançaises à Saïgon, massacrant des Blancs et des métis Eurasiens. La ligue est organisée en « hiérarchies parallèles », distinguant « zones occupées », « zones libérées » et « zones contestées », étendant ses ramifications dans tout le pays. Les rafles et les arrestations permettent au Viêt Minh de faire place nette dans la classe politique vietnamienne : à la fin 1946, il ne reste que sur 444 de l'assemblée provisoire, dont deux membres neutres, rescapés de l'ancienne opposition. Les accords Hô-Sainteny semblent permettre une reconnaissance par la France du gouvernement Viêt Minh, mais la déclaration d'indépendance de la Cochinchine, et l'échec de la conférence de Fontainebleau entraînent en la reprise du conflit armé, désormais connu sous le nom de guerre d'Indochine.