По возвращении на службу в 1785 году Карпов был назначен советником комиссариатской комиссии, а в 1786 году переведён в Каспийскую флотилию, где неоднократно принимал участие в перестрелках с горцами у берегов Кавказа, при высадке десанта в устье реки Терек был ранен. В 1788 году получил чин капитана 2-го ранга.