Im Jahr 1809 erfuhr die südliche Stadtmauer östlich vom Peterstor noch einmal eine kriegerische Nutzung. In der Schlacht bei Regensburg hatten sich auf dem Rückzug befindliche österreichische Truppen auf den Wehrgängen der Südmauer verschanzt. Sie wehrten sich zunächst erfolgreich gegen angreifende französische Truppen, die den Stadtgraben erst überwinden konnten nachdem er durch den Schutt eines zusammenstürzenden Gebäudes aufgefüllt worden war. Die österreichischen Truppen flüchteten und die französische Artillerie legte das gesamte südöstliche Stadtviertel von Regensburg in Schutt und Asche. Zum Schutz der österreichischen Truppen, die sich über die Steinerne Brücke nach Stadtamhof zurückgezogen hatten, beschoss die österreichische Artillerie von den nördlichen Höhen aus, die nachfolgenden französischen Truppen. Dabei wurde der Ort Stadtamhof ebenso zerstört wie der nördliche Brückenkopf der Steinernen Brücke, der "Schwarze Turm". Der zerstörte Torturm wurde noch im gleichen Jahr abgebrochen. In einem Stadtplan aus dieser Zeit sind von den ehemals 37 Stadtmauertürmen nur noch 22 Türme eingetragen.