Ben Khalifa wurde von der U-15 bis zur U-18 für alle Schweizer Juniorenauswahlteams mehrfach berufen. So nahm er mit der U-17 an den Europameisterschaften 2008 und 2009 sowie an der Weltmeisterschaft 2009 teil, wo er mit seiner Mannschaft den Titel errang. Dabei kam er in allen sieben Spielen von Beginn an zum Einsatz, schoss vier Tore, bereitete drei weitere vor und belegte bei der Wahl zum besten Spieler des Turniers den zweiten Rang. Am 11. August 2010 debütierte Ben Khalifa beim 1:0-Sieg der Schweizer Nationalmannschaft über Österreich.