Por su parte, los cretenses continuaron orquestando una serie de rebeliones, y en 1897 el gobierno griego de Theodoros Deligiannis, cediendo a la presión del pueblo, declaró la guerra a los otomanos. Así, en la guerra greco-turca de 1897 los otomanos derrotaron al mal entrenado y equipado ejército griego. Gracias a la intervención de las Grandes Potencias, Grecia solo perdió una pequeña parte de su territorio en la frontera con Turquía, mientras que en Creta se estableció un estado autónomo presidido por el príncipe Jorge de Grecia.