Основна цінність Никонівського літопису полягає в багатстві відомостей по московській історії: її укладачі, прагнучи до найбільшої повноти, з'єднали витяги з кількох літописних зведень. Є в літописі і унікальні звістки. Вони вимагають особливо ретельного джерелознавчого аналізу: додаткові, порівняно з іншими джерелами, відомості про початкові століття руської історії можуть виявитися не відбиттям якихось знову знайдених історичних документів, а твором істориків XVI століття, засмучених убогістю відомостей, що містяться в Повісті временних літ і інших джерелах того часу. Крім власне літописних статей Ніконівський літопис містить у своєму складі пам'ятки інших жанрів: особливу, так звану «Кипріяновську» редакцію «Сказання про Мамаєве побоїще», особливі редакції житій Олександра Невського, Михайла Чернігівського, митрополита Петра, митрополита Олексія, Сергія Радонезького. Включено в літопис «хоженіе» (тобто опис подорожі) митрополита Пимена в Константинополь, послання константинопольського патріарха Луки Андрію Боголюбському, послання, якими обмінювалися митрополит Макарій та Іван Грозний, повчання новгородського архієпископа Симеона, докладна розповідь про митрополита Ісидора, який прагнув на Флорентійському соборі 1439 р. санкціонувати злиття православної і католицької церков, й ін. історичні джерела.