Milošević utracił władzę w wyniku wyborów prezydenckich w październiku 2000 roku. SPS odsunięto od władzy po wyborach parlamentarnych w grudniu 2000 roku. Wybory w grudniu wygrała koalicyjna Demokratyczna Opozycja Serbii. W marcu 2002 roku Serbia i Czarnogóra podpisały porozumienie tworzące federację dwóch republik w miejsce Jugosławii. Wobec nasilających się w Czarnogórze tendencji do niezależności 4 lutego 2003 roku FRJ przekształcono w związek państw pod nazwą Serbia i Czarnogóra. 7 marca 2003 roku w zamachu przeprowadzonym przez mafię zginął premier Serbii Zoran Đinđić, który w czerwcu 2001 roku przekazał Miloševicia w ręce Międzynarodowego Trybunału w Hadze. Krótko przed zamachem Đinđić wypowiedział wojnę serbskim gangom. Po śmierci Đinđicia premierem został Vojislav Koštunica. 12 marca 2003 roku urząd prezydenta objął Svetozar Marović. W tym samym roku Serbia i Czarnogóra utworzyły federację. W 2004 roku wybory prezydenckie wygrał Boris Tadić, a na premiera Serbii wybrano Vojislava Koštunicę. W tym samym roku w Kosowie wybuchły zamieszki. W 2005 roku, po zabiciu przez Serbów kilku Albańczyków próbujących przedostać się do Macedonii, wybuchły protesty ludności albańskiej. W tym samym roku Czarnogóra przedstawiła projekt przekształcenia unii serbsko-czarnogórskiej w dwie niezależne od siebie republiki.