Библиотека не пострадала при разграблении Рима в 1527 году, но перенесла последствия двух пожаров в начале XVII века. Также она пострадала, когда семья Фарнезе принимала в гостях шведскую королеву Кристину, та отказалась платить своим слугам и они грабили Фарнезе.