عنان در طول زمان تبلیغات برای حمله به عراق در سال ۲۰۰۳ از ایالات متحده و بریتانیا خواست تا بدون تأیید سازمان ملل به عراق حمله نکنند. در سپتامبر ۲۰۰۴ در مصاحبه‌ای با شبکه بی‌بی‌سی از عنان دربارهٔ قانونی بودن این حمله پرسیدند و او پاسخ داد: «از دیدگاه شورای امنیت سازمان ملل و ملت عراق و همچنین از دیدگاه منشور ملل متحد این حمله، غیرقانونی است.» حمله به عراق به تیرگی رابطه کوفی عنان با آمریکا انجامید.