Desde el principio, el nuevo gobierno tuvo que hacer frente al estallido del problema colonial cubano, largo tiempo gestado y en el que se complicaban las peticiones de autonomía local con el problema de la abolición de la esclavitud (constantemente retrasada por la influencia del grupo de presión esclavista, dominante en las esferas económicas —Antonio López, futuro marqués de Comillas—, mientras que el grupo antiesclavista dominaba en el ambiente intelectual —Julio Vizcarrondo, Rafael María de Labra—). La guerra abierta estalló el 10 de octubre de 1868 con el Grito de Yara (Céspedes), que aprovechó la revolución en la metrópoli para declarar la independencia.