У одлучујућем мечу за пласман на Европско првенство 2000. у Холандији и Белгији је постигао гол против Хрватске у Загребу (2:2). Захватио је лопту главом (или вратом) окренут леђима од гола и савладао Дражена Ладића. Југославија је успела да избори повољан резултат и као прва у групи се пласирала на шампионат Старог континента оставивши иза себе Ирску и Хрватску. Станковић је на Еуру 2000. одиграо два меча, а национална селекција је стигла до четвртфинала, где ју је као и две године раније у Француској зауставила Холандија.