Initialement, la Force aérienne d'Extrême-Orient comprenait également des aéronefs et du personnel de la Philippine Army Air Corps. La FEAF fut en grande partie détruite pendant la campagne des Philippines de 1941–42. Lorsque 14 Boeing B-17 Flying Fortress survivants et 143 membres de la force de bombardement lourd furent retirés de Mindanao à Darwin, en Australie, au cours de la troisième semaine de décembre 1941, le quartier général de la FEAF le suivit en quelques jours. Les B-17 étaient le seul avion de combat de la FEAF à échapper à la capture ou à la destruction lors de la retraite alliée.