После неудачи так называемого корниловского мятежа перебрался в Новочеркасск. С февраля по апрель 1918 года воевал в партизанском отряде М. Ф. Семилетова, принял участие в Степном походе. Летом 1918 года коротко служил в донском Министерстве земледелия и землеустройства. Затем получил в главном штаб Донской армии назначение в тяжёлую морскую артиллерию. Воевал с красными в составе Свободно-партизанского артиллерийского дивизиона Донской армии и в составе семилетовского артиллерийского дивизиона дошёл до Новороссийска. 13 марта 1920 попал в плен к красным в Новороссийске. В штабе третьей бригады 33-й Кубанской дивизии всем пленным было предложено перейти на службу в Красную Армию и сформировать гаубичную батарею, Савинков смог скрыть своё имя и принял это предложение. Служил командиром артиллерийской батареи. В многочисленных анкетах, заполнявшихся бывшими офицерами, Савинков записывал себя «анархистом-индивидуалистом», что позволяло избегать приёма в компартию. В конце мая 1920 года батарея Савинкова в составе дивизиона выступила в поход на Польский фронт, во время короткого отпуска Виктор сумел предупредить в Новочеркасске жену, что при первой же возможности уйдёт в Польшу. В ночь с 20 на 21 августа 1920 года бежал из батареи с ещё одним офицером и двумя вахмистрами, был интернирован поляками.