Vers 1700 , les palais sont détruits. Les historiens divergent quant à l'origine de ces destructions. Certains estiment qu'elles sont dues à une invasion indo-européenne, à des Louvites venus d'Anatolie en particulier. D'autres pensent qu'il s'agirait des Hyksos venus d'Égypte, ou encore de troubles internes tels qu'une guerre civile. Enfin, il y a la thèse d'un tremblement de terre, peut-être engendré par l'éruption de Santorin, mais celui-ci n'aurait affecté que la partie centrale de l'île puisque le palais de Malia est épargné par la destruction.