1820'de Ali Paşa, Konstantinopolis'te siyasi bir rakibine suikast düzenlenmesini emretti. Babıali'nin otoritesini yeniden kurmaya çalışan Sultan II. Mahmud, bu fırsatı değerlendirerek Ali Paşa'nın görevinden alınmasını emrederek ona karşı harekete geçti. Ali Paşa resmi görevlerinden istifa etmeyi reddetti ve Osmanlı birlikleri hareketlerine karşı çetin bir direniş gösterdi ve dolaylı olarak 20.000 Türk askeri Ali Paşa'nın ordusuyla savaşırken Yunan Bağımsızlık hareketine yardım etti. 4 Aralık 1820'de Ali Paşa, Arnavut birlikleri ile Souliotes'in 3.000 askerle katkıda bulunduğu bir Osmanlı karşıtı koalisyon kurdu. Ali Paşa, Souliotes'in desteğini esas olarak Souliotes'in topraklarına geri dönmesine izin vermeyi teklif ettiği için ve kısmen de Ali'nin ortak Arnavut kökenine dayanan başvurusu nedeniyle kazandı. Başlangıçta koalisyon başarılı oldu ve bölgenin çoğunu kontrol etmeyi başardı, ancak Ali Paşa'nın Arnavut birlikleri Mora'daki Yunan isyanlarının başladığı konusunda bilgilendirildiğinde burayı terk ettiler. Ancak Ocak 1822'de Osmanlı ajanları Ali Paşa'ya suikast düzenledi ve başını Sultan'a gönderdi. Ölümünden sonra paşalık ortadan kalktı ve Yanya Eyaleti'ni oluşturmak için Berat Paşalığı ile birleştirildi ve Yanya Sancağı ile Berat Sancağı, Ergiri ve Preveze ile birleştirildi.