Во время следствия вёл себя мужественно. На первом допросе протестовал против своего ареста и заявил: «Мы не желаем, чтобы Польша была 17-й республикой СССР, мы хотим свободы и будем за неё бороться». Позднее, на вопрос о лицах, занимавших руководящие посты в структуре подпольного совета министров в Польше, ответил, что отказывается их назвать, так как связан присягой польскому лондонскому правительству. Лишь 8 мая на очередном допросе признал свою ответственность, за то, что не выполнил приказ командования Красной армии о сдаче радиостанции, с помощью которой осуществлялась связь с Лондоном и политическую ответственность за действия Армии Крайовой. 18-21 июня 1945 состоялся так называемый «Процесс шестнадцати», на котором Янковскому и другим подсудимым были предъявлены обвинения. Из обвинительного заключения по обвинению Окулицкого Л. Б., Янковского Я. И., Бень А. В., Ясюковича С. И. и других в количестве 16 человек в преступлениях, предусмотренных ст. ст. 58-6, 58-8, 58-9, 58-11 Уголовного Кодекса РСФСР. «""Следствие считает установленным, что: