A Segunda Coligação reascendeu em novembro de 1800 e Bernadotte esperava conseguir algum comando no exterior. Entretanto, o general Jean Victor Marie Moreau venceu a Batalha de Hohenlinden em 3 de dezembro e o conflito foi encerrado com o Tratado de Lunéville. Bernadotte voltou para o Exército do Oeste em abril de 1801 na expectativa de liderar alguma divisão na planejada invasão ao Reino Unido. Em vez disso ele recebeu a oferta para se tornar embaixador em Constantinopla no Império Otomano ou governador-geral de Guadalupe, no Caribe, recusando ambas. A crescente insatisfação de muitos oficiais militares e políticos com a posição cada vez mais dominante de Napoleão ficou maior quando ele reconciliou a França com a Igreja Católica através da Concordata de 1801.