Der Dornröschenschlaf in den die Burg verfiel, bewahrte sie vor wesentlichen baulichen Veränderungen und Anpassungen. Infolge des Friedens von Lunéville 1801 gelangte Sirmione zur Provinz Brescia, so dass die Scaligerburg in Sirmione heute die einzige Scaligerburg ist, die in der Provinz Brescia liegt. Während der napoleonischen Epoche wurde der Zwinger überdacht, der in den 1860er Jahren noch mit zwei Fenstern durchbrochen wurde, und unter den ab 1815 herrschenden Habsburgern der Palas aufgestockt. Nach dem Zweiten Italienischen Unabhängigkeitskrieges und dem Fall der Lombardei an das im Entstehen begriffene Königreich Italien 1859 wurde die Burg als Stützpunkt der italienischen Gardaseeflottille genutzt. Zwischen 1861 und 1917 wechselten sich Gemeinde und Staat mehrmals als Besitzer ab, da die Gemeinde zwar das Bauwerk nutzen wollte, aber immer Schwierigkeiten mit dem finanziellen Unterhalt hatte. Der verwahrloste Zustand und die von der Gemeinde unter anderem als Postamt, Gefängnis sowie als Unterkunft, der in Sirmione stationierten Carabinieri genutzten Anlage, ließen bei den staatlichen Denkmalschutzbehörden den Entschluss reifen, die Burg zu enteignen. Bestärkt wurden sie dabei auch von dem kommunalen Plan, das mittlerweile verlandete Hafenbecken der Burg in einen Garten zu verwandeln. Die 1911 eingeleitete Enteignung konnte 1917 abgeschlossen werden. Nach dem Ersten Weltkrieg begannen die ersten bedeutenden Restaurierungsarbeiten. Dabei wurde die in den 1860er Jahren vorgenommenen baulichen Änderungen wieder rückgängig gemacht, das Hafenbecken erneut ausgehoben und geflutet sowie die Brustwehren und Zinnen rekonstruiert.