Am 9. Oktober 1806, ein Tag nach Ablaufen des preußischen Ultimatums, erklärte Napoleon Preußen den Krieg. Zwar übertrug Friedrich Wilhelm III. dem Herzog von Braunschweig, Karl Wilhelm Ferdinand, den Oberbefehl über die preußischen Truppen, doch riss weder dieser noch der König die Leitung des Feldzuges an sich. Napoleon dagegen konnte schneller reagieren. Er ließ seine Truppen von Würzburg aus nach Thüringen marschieren. In der Schlacht bei Saalfeld am 10. Oktober 1806 fiel der bei Hofe einflussreiche Prinz Louis Ferdinand, ein Neffe Friedrichs II. Bei der darauffolgenden Schlacht bei Jena und Auerstedt wurde das Heer des Königs vernichtend geschlagen. Friedrich Wilhelm gelang es kaum noch, sich selbst in Sicherheit zu bringen. Er fand Weimar, wohin er sich zuerst wenden wollte, schon von den Franzosen besetzt. Immer wieder musste er – geführt von ortskundigen Bewohnern der Gegend – die Richtung wechseln, um den vorrückenden Truppen Napoleons zu entkommen. Als er schließlich in Sömmerda ankam, hatte er 26 Stunden ununterbrochen ohne Verpflegung im Sattel gesessen. Nach der Schlacht bei Jena und Auerstedt wurde die Quadriga des Brandenburger Tors auf Weisung von Napoleon als Kriegsbeute nach Paris gebracht. In Paris wurde geplant, die Quadriga des Brandenburger Tors entweder auf den späteren Arc de Triomphe oder Porte Saint-Denis zu platzieren.