След идванието на националсоциалистите на власт в Германия, между 1933 и 1934 г., Геземан е ректор на Немския университет „Карл Фердинанд“ в Прага. Той е член на Судетската германска партия (SdP), която го издига на изборите през 1935 г. като свой основен кандидат в Прага. Веднага след окупацията на Чехословакия и началото на Втората световна война, през 1940 г., министерството на външните работи на Третия Райх го изпраща в Югославия за организирането на Германски научен институт в Белград; след нахлуването на Вермахта в Югославия през април 1941 г. (т.нар Югославска операция), през август Геземан напуска Белград и отново се заема с преподаване в университета в Прага. През 1941 г. става директор на славянския институт, който през февруари 1943 г. става част от Фонда „Райнхард Хайдрих“ (Reinhard-Heydrich-Stiftung). Болестта на сърцето, както и класифицирането му като „политически опортюнист“ от Службата за сигурност (SD) са причина за предсрочното му оттегляне в пенсия през 1944 г.