Місто було засноване в XIX столітті як порт, який в основному використовувався для работоргівлі. У 1879 році в Банана прибула експедиція Генрі Мортона Стенлі, фінансована королем Бельгії Леопольдом II. Після Берлінської конференції (1884) європейські держави визнали басейн річки Конго за бельгійцями, і на церемонії, що відбулася в Банана в 1885 році, король оголосив про створення Вільної держави Конго, що поклало початок періоду європейської колонізації Африки. Банана була головною військово-морською базою Бельгійського Конго до проголошення незалежності в 1960 році.