Im Juni 1938 wurde das „Museum für Urgeschichte“ eröffnet. Kraft leitete das Institut bis zu seinem Tod beim Bombenangriff auf Freiburg im Jahre 1944. Das Museum war nach dem Krieg aus Platzmangel nicht mehr für die Öffentlichkeit zugänglich, das nun vom Museum losgelöste Institut für Ur- und Frühgeschichte und die ebenfalls von Museum und Institut getrennte Staatliche Denkmalpflege waren nun im selben Haus untergebracht. 1961 wurden die Bestände bei der Denkmalpflege eingelagert, da im Klostergebäude das spätere Naturmuseum eingerichtet wurde