К началу Отечественной войны 1812 года полковник Ляпунов командовал Псковским пехотным полком и 1-й бригадой 7-й пехотной дивизии, отличился при обороне Смоленска, за Бородинское сражение был произведён в генерал-майоры и далее отличился в уличных боях в Малоярославце и под Красным. Во время Заграничного похода 1813 года сражался в Польше и был комендантом Плоцка, летом того года из-за тяжёлой болезни вынужден был оставить армию и уехал в отпуск.