První jednotky, které dostaly letouny Harrier II, byly umístěné v Západním Německu jako odstrašující síla proti jednotkám Varšavské smlouvy. V případě války měly útočit na pozemní cíle. Letouny Harrier II měly podstatně delší dolet a odolnost v boji než předchozí typ Hawker Siddeley Harrier, ze kterého byly odvozeny. Proto byl kladen velký důraz na působení v operacích hluboko za nepřátelskými liniemi, kde měl zasahovat důležité cíle. Na konci roku 1990 byly již jednotky s Harriery II plně operačně způsobilé. Války v Perském zálivu v roce 1991 se letouny ještě nezúčastnily, protože byly považovány za ještě příliš nezralé pro bojové nasazení, ale několik letounů se zúčastnilo hlídání bezletových zón v Iráku od roku 1993. V roce 1996 byly vyřazeny poslední letouny RAF Harrier první generace a letouny Harrier II převzaly všechny jejich úkoly.