Перебежчик Олег Гордиевский так описывал роль Пеньковского в событиях начала 1960-х: «Это был единственный серьёзный источник в Советском Союзе у Запада, который рассказал всю подноготную ракетного кризиса на Кубе в 1962 году и берлинского кризиса 1961 года… Он назвал точные цифры — какого типа ракеты, сколько ядерных боеголовок, сколько их размещено на Кубе, на что готов Хрущёв, куда ведёт хрущёвский авантюризм… Фактически, в двух ситуациях, по крайней мере, он помог избежать конфронтации. А конфронтация в те годы была бы ядерная, потому что пока Пеньковский не сообщил все точные данные о советских возможностях, американцы сильно их переоценивали, хотя действительно были очень мощные ракеты советские, они бы сильно поразили Соединённые Штаты и, наверное, уничтожили бы полностью Британию, но Советский Союз не выиграл бы ядерную войну, в конце 70-х он мог бы выиграть, но в те годы он не мог выиграть. Поэтому Кеннеди чувствовал за собой силу, и он настоял на своём, и в Германии, и на Кубе, в Карибском бассейне, и выиграл».