2 июля 2016 года директор «Боруссии» Ханс-Йоахим Ватцке сообщил, что немецкий клуб принял предложение о трансфере Мхитаряна в английский клуб «Манчестер Юнайтед». 6 июля «Манчестер Юнайтед» объявил о подписании четырёхлетнего контракта. Сумма трансфера составила, по некоторым данным, £26,3 млн. 7 августа 2016 года Мхитарян дебютировал в составе «Юнайтед», выйдя на последних минутах победного матча за Суперкубок Англии против «Лестер Сити».