A longo prazo, o próprio pântano, que é listado na Convenção de Ramsar, pode estar ameaçado. O aumento do nível do mar devido ao aquecimento global poderia contaminar a área úmida com água salgada, afetando as plantas e a fauna, e em 2100 a área de Ciénaga de Zapata seria reduzida em um quinto. Temperaturas oceânicas mais elevadas resultantes de mudanças climáticas também podem levar a furacões e secas mais fortes. Pablo Bouza, diretor do Parque Nacional Ciénaga de Zapata em 2008, advertiu que a vegetação caída deixada por furacões poderia servir de combustível para perigosos incêndios nas estações secas.