Poco antes del estallido de la Primera Guerra Mundial, en mayo de 1914 regresó a Europa. El 15 de diciembre de 1914, el Comando Militar alemán envió a Niedermayer con un pequeño equipo militar expedicionario a Afganistán con el objetivo de forjar una alianza con las poblaciones indígenas allí utilizando su conocimiento de su cultura para intentar incitar una revuelta contra el Imperio Británico , presencia en India y Persia, en una estrategia similar a la que luego utilizaría Lawrence de Arabia contra el Imperio Otomano durante la revuelta árabe . El 26 de septiembre de 1915, la Expedición Niedermayer-Hentig llegó a Kabul, pero a pesar de sus esfuerzos, nada de una naturaleza práctica decisiva surgió de su trabajo con Emir Habibullah. En mayo de 1916, él y su equipo recibieron órdenes de retirarse de Afganistán y adherirse a la autoridad del Imperio Otomano, lo que implicaba una peligrosa marcha de regreso a través del territorio ruso hostil, que se llevó a cabo el 1 de septiembre de 1916. Al llegar, Niedermayer recibió órdenes del alemán Misión militar a los otomanos, comandada por el mariscal de campo Baron Colmar von der Goltz, que debía comenzar un trabajo similar al que había intentado en Afganistán entre las tribus árabes dentro del territorio imperial otomano destinado a atacar a la autoridad imperial británica en el Medio Oriente . A principios de 1918 fue llamado a Alemania, llegando a Berlín en la sede general el 28 de marzo. Niedermayer fue premiado por su trabajo en el Oriente con la Orden Militar de Max Joseph y posteriormente promovido con el rango de Capitán en el Frente Occidental, donde participó en la lucha en Campaña y Flandes antes de que la guerra terminara en noviembre de 1918.