Kristityt ovat vainonneet runsaasti myös toisiaan historiansa aikana. Ristiretket innostivat hyökkäykseen myös kristittyä Konstantinopolia neljännen ristiretken aikana vastaan vuonna 1204. Katolisen kirkon piirissä oli inkvisitio kerettiläisesti ajattelevia kohtaan. Ranskassa katolilaiset vainosivat 1500-luvulla hugenotteja, minkä johdosta suuri osa Ranskan protestanteista pakeni Saksaan, Englantiin ja Alankomaihin. Englannissa alettiin Uskonpuhdistuksen jälkeen puolestaan vainota katolilaisia. 1500–1600-luvut olivat Euroopassa katolisten ja protestanttien välisten uskonsotien aikaa. Suurimpana tämän kauden sotana oli kolmikymmenvuotinen sota 1600-luvun alkupuolella. Uskonnonvapautta ei ollut, vaan kunkin maan hallitsija määräsi uskonnon harjoittamisesta.