À sa deuxième saison, en 1986, Dykstra affiche une moyenne au bâton de ,295 avec 45 points produits et 31 buts volés. Les Mets enlèvent le championnat de la section Est de la Ligue nationale avec une formidable saison de 108 victoires. En Série de championnat, Dykstra frappe le coup de circuit gagnant qui met fin au match #3 entre New York et Houston. Il frappe pour ,304 dans la série contre les Astros, puis pour ,296 en Série mondiale, que les Mets gagnent en sept parties devant les Red Sox de Boston.