Die Juden Litauens waren vom Aufstand der Kosaken unter Bohdan Chmielnicki von 1648/49 weniger betroffen als die Juden der Ukraine und Polens, wo Tausende von Juden umgebracht und viele von den mit den Kosaken verbündeten Tataren als Sklaven verkauft worden waren. Zahlreiche vom Tod bedrohte Juden flohen nach Litauen. Der litauische "Rat" verfügte im Jahr 1650 eine dreijährige Trauerzeit, während der das Feiern von Festen eingeschränkt und das Tragen von Schmuck und auffälliger Kleidung untersagt war. Während des ersten Jahres durfte nicht musiziert werden, selbst an Hochzeiten nicht, und der "Rat" ließ eine Sondersteuer erheben, um der im Judentum wichtigen Verpflichtung nachkommen zu können, die gefangene Juden freizukaufen. Neue halachische Entscheide, die im orthodoxen Judentum teilweise bis heute gelten, wurden für verheiratete Frauen (hebr. "agunot") geschaffen, die sich retten konnten, deren Ehemänner jedoch vermisst wurden, auch für die Kinder der von den Kosaken vergewaltigten Frauen musste gesorgt werden.