Margaret Levyns est d'abord éduquée à la maison par sa mère et par la suite est scolarisée à l'école des filles d'Ellerslie. Elle a obtenu une inscription de première classe à l'université et a obtenu deux bourses. En 1908, elle s'inscrit au dans l'intention d'étudier les mathématiques, la géologie et la chimie, avec en sus la botanique pour son "honours year". Le professeur Harold Pearson l'a persuadée de prendre la botanique comme sujet majeur. Après avoir remporté deux bourses d'études, la bourse Reine Victoria et la Bourse Commémorative de l'Exposition universelle de 1851, et avoir passé les années 1912-14 au Newnham College, elle est retournée en Afrique du Sud et a rapidement reçu une bourse du John Innes Centre où elle a choisi d'étudier la génétique. De retour en Afrique du Sud pour la deuxième fois, elle occupe un poste de chargée de cours au Département de Botanique du South African College, qui devint plus tard l'Université du Cap ; elle y a notamment pour élève John Phillip Harison Acocks. Elle a été la première femme à recevoir un Doctorat en sciences de l'Université du Cap, pour sa thèse de 1932 intitulée « Une étude taxonomique de "Lobostemon" et "Echiostachys"' ».