Vittorioso è, invece, il cammino in Coppa dei Campioni: nel primo turno il Lussemburgo viene sconfitto dai rossoneri con un complessivo 14-0 con Altafini che segna una cinquina nella gara d'andata (ancora al 2016 record di gol segnati in una sola partita di Coppa dei Campioni/Champions League). Agli ottavi il Milan affronta gli inglesi dell'Ipswich Town eliminati grazie a un 3-0 in casa e ad una sconfitta per 2-1 in trasferta. Nei quarti di finale e nelle semifinali arrivano i successi contro i turchi del Galatasaray e gli scozzesi del Dundee Football Club superati rispettivamente con risultati complessivi di 8-1 e 5-2. In finale l'avversario è il Benfica, già campione nelle due edizioni precedenti: allo Stadio di Wembley l'undici che scende in campo è formato da Ghezzi, David, Trebbi, Benítez, Maldini, Trapattoni, Sani, Rivera, Pivatelli, Altafini e Mora. I rossoneri chiudono il primo tempo in svantaggio per una rete segnata da Eusébio ma riescono a ribaltare le sorti dell'incontro nella ripresa con Altafini che sfrutta due assist di Rivera e batte due volte Costa Pereira. Cesare Maldini, con la fascia di capitano al braccio, può così alzare la prima Coppa dei Campioni della storia del club. Il Milan è la prima squadra italiana a conquistare l'Europa e la terza squadra in assoluto a sollevare il trofeo dopo le vittorie di e Benfica nelle prime sette edizioni.