От 1852 до 1855 г. Партений е учител по църковославянски език в Богословското училище на Халки. Принуден е да напусне заради Кримската война, тъй като властите смятат, че той преподава руски. Поради здравите си връзки с руското посолство, заминава за Света гора и се връща в Цариград чак след сключването на мира. До 1858 г. е управител на българското училище в Цариград, където устройва преподаването на съвременни начала. Едновременно служи в българската църква „Свети Стефан“ и в руската църква.