Dia dua kali menjabat sebagai Sekretaris Negara (kepala pemerintahan), tetapi karena kesulitan dari dalam dan luar negeri, dia gagal mencegah invasi Spanyol dan pengunduran diri Carlos IV dari Spanyol. Napoleon Bonaparte tidak menyukai orang yang menjadikan Spanyol sekutu yang tidak pasti seperti yang ditunjukkan oleh kampanye Portugal 1801 atau seruan untuk mengangkat senjata melawan Prancis pada saat Pertempuran Jena-Auerstedt. Putra Mahkota Fernando, Pangeran Asturia berupaya untuk mengusir Godoy pada 1807. Ketidakpopulerannya memuncak dalam Kerusuhan Aranjuez yang memaksanya diasingkan.