In quello stesso anno River conobbe Keanu Reeves mentre stava filmando "Parenti, amici e tanti guai" con suo fratello Joaquin e la Plimpton, i due divennero subito molto amici e River anni dopo descriverà Reeves come "Il suo fratello maggiore". In seguito la sua carriera alternerà film di rilievo modesto ("Le ragazze di Jimmy" di William Richert, 1988 con Matthew Perry dove viene fotografato da Matthew Rolston), altri popolari ("Indiana Jones e l'ultima crociata" di Steven Spielberg, 1989 con Harrison Ford e Sean Connery che incassò oltre 474 milioni di dollari ai botteghini; la commedia ambientata in una pizzeria italo-americana "Ti amerò... fino ad ammazzarti" di Lawrence Kasdan, 1990 dove lavora per la prima volta con Keanu Reeves), sporadiche apparizioni nei talk-show "Today", "The Donahue Show" e "CBS This Morning" e puntate nel cinema indipendente, specialmente di Gus Van Sant. Nei primi mesi del 1989, Phoenix ricevette una candidatura all'Oscar come miglior attore non protagonista (così come al Golden Globe) e ricevette il premio miglior attore non protagonista del National Board of Review per la sua grande prova in "Vivere in fuga". Phoenix balzò in piedi durante la cerimonia in cui Kevin Kline lo ha battuto per l'Oscar. Tuttavia, la maggior parte dei critici considerò la sua candidatura, a una così giovane età e dopo solo una manciata di film, come un'indicazione che era solo una questione di tempo prima che Phoenix avrebbe vinto la statuetta d'oro come miglior attore.