Des fouilles furent conduites vers 1885, ce qui entraina la démolition des nombreux bâtiments qui formaient le complexe monastique. Une décennie plus tard, l'inauguration de la gare de Monastiráki participa également au bouleversement du monastère en déclin depuis l'indépendance grecque. Jadis « Grand monastère », l'institution prit peu à peu le nom populaire actuel de « Petit monastère » (), qui désigne aussi par extension le quartier environnant. L'église fut une nouvelle fois rénovée en 1890. En 1907, des travaux d'aménagement de la place donnèrent à l'endroit une physionomie plus proche des espaces publics actuels. Enfin, en 1911, un nouveau clocher néoclassique remplaça le précédent.