L'intersaison 2004 voit l'ouvreur du Stade toulousain Yann Delaigue quitter le club. Ainsi, alors que Frédéric Michalak continue de joueur principalement demi de mêlée avec son club, il y est repositionné ouvreur, poste auquel il avait déjà joué en équipe de France et chez les jeunes du Stade toulousain. Sa première saison comme ouvreur de l'équipe première du Stade toulousain est un succès puisque le club remporte une nouvelle coupe d'Europe, un titre auquel contribue Michalak en inscrivant des essais en quart de finale face à Northampton Saints et en demi finale face aux Leicester Tigers. En revanche, avec le XV de France, il doit faire face à la concurrence de son ex-coéquipier Yann Delaigue qui s'est relancé avec le Castres olympique et dont il doit se contenter d'être la doublure lors du Tournoi des Six Nations 2005.