Il est nommé en vice-ministre des Affaires étrangères chargé des questions des pays d'Afrique et du Proche et Moyen-Orient. Le président Medvedev le nomme représentant spécial du président de la Fédération de Russie, le , pour les questions proche-orientales. Depuis le déclenchement de la guerre civile syrienne, Mikhaïl Bogdanov est particulièrement chargé du dossier vis-à-vis du Kremlin. Il s'oppose à une dès le début de la crise et pose dès le départ les questions qui seront mises au grand jour à partir de l'intervention russe en Syrie trois ans plus tard. Il fait part aussi de l'appui de la Russie au Hezbollah libanais dans le règlement de la crise.