År 1561 under det Livländska kriget blev Dünamünde en del av Storfurstendömet Litauen och sedermera Polsk-litauiska samväldet. Under den andra halvan av 1500-talet ändrades Dünas lopp och skapade en ny flodmynning cirka fem kilometer längre väster ut. Det var i samband med detta som ett nytt, mindre fäste, skapades som låg närmare flodmynningen. 1582 inspekterades fästningen av den polske kungen Stefan Batory, som kallade fästet Dynemunt. Den 1 augusti intogs fästningen av Sverige genom Greve Fredrik Joakim Mansfeld, som döpte om fästet till Neumünde ("Nya mynningen"). Detta nya fäste är idag lokaliserat till den moderna stadsdelen Daugavgrīva i Riga. På en karta från 1653, som skapats av den svenska krigsmakten visar, syns att fästet är förstört och själva borgen i ruiner. Material såsom sten användes för att bygga ett nytt fäste på den andra sidan av floden Düna. År 1700 intogs Dünamünde av sachsarna, men återerövrades den 11 december 1701 av svenskarna, togs 10 augusti 1710 av ryssarna, då kommendanten Stackelberg överlämnade den till fältmarskalk Boris Sjeremetjev och förblev, genom freden i Nystad (1721), under ryskt styre fram till Lettlands självständighet. Joachim Cronman blev senare komendant för fästet och dog där den 5 mars 1703.