В конце 1638 года Джонстон выступил с довольно радикальной идеей полной ликвидации епископальной системы в пресвитерианской церкви, которую он считал "«прабабушкой всех злоупотреблений, узурпаций, болезней и бед церкви»". Получив доступ к архивам шотландского парламента и генеральной ассамблеи, Джонстон смог подкрепить свою точку зрения решениями высших органов государственной и церковной власти и провести акт о ликвидации епископата через генеральную ассамблею шотландской церкви, что повлекло за собой войну шотландцев с королём.