Jak innym papieżom leżało mu na sercu wyzwolenie Ziemi Świętej. W tym celu zorganizował IV krucjatę. Już w pierwszym roku swojego pontyfikatu Innocenty rozpoczął walkę z herezją albigensów. Wysłał do nich z misją kilku mnichów, następnie biskupa i dwóch legatów. Ich misje nie dawały żadnych rezultatów, a albigensi rośli w siłę. Gdy w 1208 zabili jednego z papieskich legatów Innocenty III postanowił użyć siły. Nakazał biskupom nałożenie interdyktu na morderców oraz miasta, które udzielały im schronienia. Papież zwrócił się szczególnie przeciwko hrabiemu Rajmundowi z Tuluzy, który już wcześniej został ekskomunikowany przez zamordowanego legata. Papież podejrzewał, że to Rajmund był inicjatorem morderstwa. Pomimo tego, że hrabia zaprzeczał, jakoby miał z nim coś wspólnego, Innocenty wezwał mieszkańców Francji do walki z albigensami. Na czele krucjaty przeciwko heretykom stanął Szymon z Montfort.