Το κόμμα του κέρδισε της πρώτες βουλευτικές εκλογές της Κροατίας το 1990 και ο Τούτζμαν έγινε πρόεδρος της Σοσιαλιστικής Δημοκρατίας της Κροατίας. Ως πρόεδρος ο Τούτζμαν πίεσε για τη δημιουργία ανεξάρτητης Κροατίας. Τις 19 Μαΐου 1991 έλαβε χώρα δημοψήφισμα ανεξαρτησίας, το οποίο υπερψηφίστηκε με ποσοστό 93% και τις 25 Ιουνίου 1991 η Κροατία ανακήρυξε την ανεξαρτησία της. Περιοχές με πλειοψηφία Σέρβων εξεγέρθηκαν, υποστηριζόμενες από τον γιουγκοσλαβικό στρατό, με αποτέλεσμα να ξεσπάσει ο πόλεμος της Κροατίας. Αν και υπογράφηκε κατάπαυση του πυρός το 1992, ο πόλεμος διαδόθηκε στη Βοσνία-Ερζεγοβίνη. Ο Τούτζμαν κατακρίθηκε για τον ρόλο του στον πόλεμο Κροατών-Βοσνίων, θέτοντας σε κίνδυνο τη διεθνή υποστήριξη της Κροατίας. Το 1994, υπέγραψε τη συμφωνία της Ουάσινγκτον με τον Βόσνιο πρόεδρο Αλίγια Ιζετμπέγκοβιτς. Το 1995, έδωσε την άδεια για την επιχείρηση Καταιγίδα, με την οποία έληξε ο πόλεμος της Κροατίας. Τον ίδιο χρόνο ήταν ένας από τους υπογράφοντες της συμφωνίας του Ντέιτον, με την οποία έληξε ο Πόλεμος της Βοσνίας. Επανεξελέγη πρόεδρος το 1992 και το 1997 και παρέμεινε στην εξουσία μέχρι τον θάνατό του 1999.