Населението на Париж нараства от 1422 до 1500 г. и търпи слаб икономически растеж. В същото време Франция е разтърсена от религиозни противоречия. Вартоломеевата нощ е масово клане на хугеноти във Франция, устроено от католиците в нощта на 24 август 1572 г., деня на св. Вартоломей. Организирано е майката на краля Катерина Медичи и херцозите дьо Гиз. През нощта в Париж са убити около 3000 хугеноти. След Вартоломеевата нощ религиозните войни във Франция се възобновяват. 12 май 1588 г. е известен като Денят на барикадите, защото за първи път парижани строят барикади, за да защитават града. Градът устоява на набезите на Анри IV (Франция) до 1594 г. За да влезе в града, той трябва да приеме за втори път католицизма. Прави това с известната си фраза „"Париж заслужава една литургия".“ Убит е на 14 май 1610 г. след покушение, извършено от Франсоа Раваяк.