Entre les films "Kundun" en 1997, qui évoque la jeunesse du dalaï-lama et "À tombeau ouvert" avec Nicolas Cage, en 1999, il préside le jury du Festival de Cannes 1998 qui décerne à l'unanimité la Palme d'or à "L'Éternité et Un Jour" de Theo Angelopoulos. Mais l'image forte de cette édition reste la remise du Grand prix à Roberto Benigni pour "La vie est belle" au cours de laquelle l'acteur-réalisateur italien se jette aux pieds de Scorsese avant de le prendre dans ses bras et de le soulever de joie.