La stagione 2005-2006 non fu altrettanto positiva. La stagione iniziò con la richiesta di esclusione del Messina dalla Serie A da parte della F.I.G.C., a causa di irregolarità fiscali. Il Consiglio federale ratificò l'esclusione, su indicazione della COAVISOC. La società si appellò alla Camera di Conciliazione del CONI, la quale il 26 luglio 2005 confermò l'esclusione del Messina dalla Serie A. La società decide di ricorrere al TAR del Lazio, che il 2 agosto 2005 diede ragione ai siciliani, riammettendoli in massima serie; una settimana dopo il Consiglio di Stato confermò la decisione del TAR.