В 1477 году мамлюкский султан Аль-Ашраф Саиф аль-Дин Кайт-Бей заложил на месте руин маяка крепость, призванную оборонять северные рубежи Египта от турок, и мечеть внутри неё. В начале XVI века султан Аль-Ашраф Кансух аль-Гаури закончил мощные стены. Также в цитадели была оборудована тюрьма для важных персон, позже здесь обосновался турецкий гарнизон. В 1798 году крепость Кайт-Бей заняли французы, а после их ухода она была отремонтирована по приказу Мухаммеда Али-паши. В 1882 году при обстреле Александрии британцами цитадель была сильно разрушена, особенно пострадали северная и западная стороны. В 1904 году военные провели восстановительные работы в верхней части крепости, египетский король Фарук I пытался превратить её в одну из своих резиденций, но после революции 1952 года цитадель переоборудовали в Морской музей (в 1984 году здесь были проведены большие реставрационные работы).