Unmittelbar nach dem Münchner Abkommen machte auch Sachsen gegenüber der Rest-Tschechoslowakei Ansprüche auf Auslieferung von Archivalien aus den tschechischen Landesarchiven geltend. Prochno, der als Kenner der Prager Bestände galt, wurde auf Vorschlag der Oberlausitzischen Gesellschaft der Wissenschaften vom Hauptstaatsarchiv Dresden mit der Erstellung einer Liste der in Frage kommenden Archivalien beauftragt. Auf Vorschlag von Hellmut Kretzschmar wurde Prochno vom Leiter der Deutschen Archivkommission Ludwig Bittner in die Unterkommission zur Vertragsformulierung für ein Archivabkommen mit der Tschechoslowakei berufen. Nachdem am 6. Juli 1940 gefassten Beschluss der Abgabe aller die Oberlausitz betreffenden Archivalien nach Bautzen, wurde Prochno nach Prag im Protektorat Böhmen und Mähren abgeordnet, um aus den ca. 32.000 unverzeichneten Archivalien der Böhmischen Hofkammer die Oberlausitzer Betreffe auszusondern. Im Juni 1941 wurde Prochno als Landesarchivrat zum deutschen Direktor des böhmischen Landesarchiv Prag berufen. Der Transport der Prager Hofkammerakten in das Staatliche Zweigarchiv der Sächsischen Oberlausitz auf die Ortenburg in Bautzen erfolgte im Spätsommer 1941. Ende März 1943 überbrachte Prochno persönlich vier Koffer mit 175 Urkunden aus der Zeit zwischen 1406 und 1619 nach Sachsen. Nach der Befreiung Prags im Jahre 1945 wurde Prochno verhaftet. Er verstarb am 10. September 1945 in polizeilicher Schutzhaft in Prag, Augenzeuge seines Todes war der Volkskundler Josef Hanika.