Panis fu comunque confermato alla Ligier anche per il 1996, anche se Walkinshaw dichiarò, alla presentazione del team prima dell'inizio del campionato, che avrebbe preferito scegliere altri piloti rispetto al francese e che la sua conferma era dovuta solo ai suoi sponsor (Gauloises ed ELF). Le prospettive per la stagione non erano brillanti, nonostante l'essere affiancato al pilota pagante Diniz rendesse Panis indiscussa prima guida; la nuova JS43 era infatti poco più di un aggiornamento della vettura dell'anno precedente, e la situazione finanziaria ed amministrativa del team rimaneva incerta, tanto più che Walkinshaw rivendette in pratica la scuderia a Briatore. Il francese conquistò il primo punto della stagione già al secondo appuntamento stagionale in Brasile dove giunse sesto, ma nelle successive tre gare non fece segnare risultati degni di nota. Nel rocambolesco Gran Premio di Monaco, però, ottenne quella che sarebbe rimasta la sua unica vittoria in carriera, in una gara segnata dalla pioggia e da un numero incredibile di ritiri, tanto che al traguardo giunsero solo quattro piloti. La sua vittoria non fu però solo questione di fortuna, perché il francese si era dimostrato molto veloce per tutta la gara ed era stato autore di un bel sorpasso ai danni di Irvine; questo inaspettato, quanto meritato, primo posto riportò Panis all'attenzione del paddock. Il resto della stagione trascorse tuttavia senza ulteriori exploit, anche a causa dello scarso lavoro di sviluppo effettuato sulla vettura; il francese colse solo un quinto posto nel Gran Premio d'Ungheria, chiudendo la stagione con tredici punti e il nono posto in classifica.