Insgesamt 44 Mannschaften meldeten sich zur Teilnahme am Afrika-Cup 1996, die ursprünglich in Kenia stattfinden sollte. Titelverteidiger Nigeria und der ursprünglich vorgesehene Gastgeber Kenia waren automatisch für die Endrunde gesetzt. Die 42 übrigen Mannschaften wurden in sieben Sechsergruppen eingeteilt. Die sieben Gruppensieger und sieben Gruppenzweiten qualifizierten sich für das Endrundenturnier, dessen Teilnehmerfeld von 8 auf 16 Mannschaften erweitert wurde.