Den 10 maj 1940 inledde Nazityskland "Fall Gelb", anfallet på Benelux och Frankrike, och den 25 juni kapitulerade Frankrike formellt. Den 2 augusti 1940 utsågs Wagner till chef för civilförvaltningen i det ockuperade Elsass och kunde då förverkliga sina antisemitiska planer. Tillsammans med chefen för civilförvaltningen i Lothringen, Josef Bürckel, satte han i oktober 1940 den så kallade "Wagner-Bürckel-Aktion" i verket. Drygt 6 500 judar från Baden och Saarland och flera tusen från Elsass deporterades till interneringslägret Gurs i Pyrénées-Atlantiques i sydvästra Frankrike. De flesta av de deporterade judarna fördes 1942 via lägret i Rivesaltes till Auschwitz och Majdanek för att mördas.