Lo que sí es cierto es que al comienzo de la anexión de Austria por Hitler, hizo el saludo nazi durante un concierto con la Filarmónica de Viena, paradójicamente violando las propias reglas nazis sobre los lugares en donde procedía llevar a cabo tal manifestación. Al parecer y tras el referéndum, controlado por los nazis para justificar la anexión, Böhm declaró que “cualquiera que no apruebe en un cien por ciento esta acción de nuestro Führer, no merece llevar el honorable nombre de alemán”. En agosto de 1944 fue incluido en la Gottbegnadeten-Liste