Nunmehr als Kommandeur führte Decker die Fußbatterie 1849 bei der Niederschlagung der Badischen Revolution in den Gefechten bei Hornburg, Rinnthal, Ubstadt, Bischweiler und Kuppenheim. Vom 27. Mai 1852 bis zum 1. Februar 1856 war er Artillerieoffizier vom Platz in Küstrin und wurde anschließend mit der Beförderung zum Major und unter Stellung à la suite des Garde-Artillerie-Regiments Kommandeur des Trains des Gardekorps. Daran schlossen sich Verwendungen als Kommandeur der Festungsabteilung des 3. Artillerie-Regiments sowie als Kommandeur der II. Abteilung an. Am 1. Juli 1860 zum Oberstleutnant befördert, erhielt er am 18. Oktober 1861 den Charakter als Oberst. Das Patent bekam Decker am 17. Mai 1863 und am 9. Januar 1864 folgte seine Versetzung als Brigadier in die Pommersche Artillerie-Brigade Nr. 2, dass ab Mitte Juni 1864 die Bezeichnung Pommersches Feldartillerie-Regiment Nr. 2 führte. Unter Stellung à la suite seines Regiments wurde Decker am 18. April 1865 nach Münster versetzt und zum Kommandeur der 7. Artillerie-Brigade ernannt. In dieser Stellung erhielt er am 19. Oktober 1865 den Kronen-Orden II. Klasse. Bei der Mobilmachung anlässlich des Deutschen Krieges wurde Decker am 20. Mai 1866 zum Kommandeur der Artillerie der Mainarmee ernannt, die er in den Kämpfen bei Hammelburg, Aschaffenburg, Werbach, Helmstadt, Üttingen-Roßbrunn sowie bei der Beschießung von Würzburg. Nach dem Friedensschluss wurde er am 20. September 1866 zum Generalmajor befördert und mit dem Roten Adlerorden II. Klasse mit Eichenlaub und Schwertern sowie im November 1866 mit dem Ehrenkomtur des Oldenburgischen Haus- und Verdienstordens des Herzogs Peter Friedrich Ludwig mit Schwertern ausgezeichnet.