В 1808 году Эммануил Богданович получил назначение в русское консульство в Дании и, официально занимаясь проблемами русского торгового флота в Норвегии, участвовал в секретных миссиях против Швеции. По итогам успешной деятельности был назначен в 1810 году генеральным консулом в Любек, где оставался до занятия его французскими войсками. В 1812 году Адеркас был произведен в коллежские советники и назначен состоять при наследнике шведского престола Карле Юхане Бернадотте, который в 1813 году возглавил Северную армию в Шестой антинаполеоновской коалиции. Здесь, при штабе армии, Эммануил Богданович, благодаря своим разветвленным связям, способствовал её успешному движению и снабжению. После ухода французских войск из Любека в 1814 году, он вновь возвратился туда в качестве генерального консула. Здесь он также способствовал вначале снабжению русской армии всем необходимым, а позже — успешной отправке гвардии в Петербург. Награждён орденом Святой Анны 2 степени. В Любеке Эммануил Богданович сблизился с известным богословом пастором И. Гайбелем и участвовал в основании местного миссионерского общества. В 1820 году это повлияло на решение Адеркаса оставить дипломатическую карьеру ради назначения во вновь учрежденную в Петербурге Генеральную Евангелическо-лютеранскую консисторию, куда его рекомендовал первый епископ в России — Захарий Сигнеус.