Con l'arrivo di Carlo I d'Angiò a Roma nel 1265, gli abitanti della conca iniziarono le trattative per la ricostruzione della città, per mezzo dell'invio di alcuni ambasciatori. Papa Clemente IV rivendicò l'appartenenza della diocesi di Amiterno al territorio della diocesi di Rieti tramite una lettera, evidenziando una controversia: la diocesi forconese, nel frattempo, fu assorbita da quella reatina, e sarebbe stato assurdo avere una città con due sedi vescovili. Così facendo il pontefice si schierò contrariamente alla ricostruzione, appoggiando i baroni feudatari, poiché il territorio, compresa Rieti, si trovava nello Stato Ecclesiastico. Carlo, però, rifiutò le pretese del pontefice e, dopo la battaglia di Benevento, nel 1266 fece ricostruire Aquila, esortando l'inurbamento dei castelli vicini: "Refayte l'Aquila ché io vollio in veritate! La moneta promessa per termene portate". Gli abitanti si sottomisero spontaneamente al re angioino. Dieci anni dopo, nel 1276, vennero cominciati i lavori per la costruzione della cinta muraria, mentre la città divenne sempre più vasta e popolosa arrivando, alla fine del Duecento, a contare circa 60.000 abitanti. Secondo Buccio, l'ambasciatore reale per la nuova riedificazione fu il cancelliere papale Jacopo da Sinizzo.