Незважаючи на хороший перший сезон, незабаром Томас став гравцем заміни, якому доводилося підміняти таких футболістів, як Джеймі Реднапп і Джон Барнс, що до того моменту грав у центрі півзахисту. Виною всьому стали травми, які почали турбувати Томаса. У 1995 році Майкл з лавки запасних спостерігав за фіналом Кубка ліги, в якому два голи Макманамана принесли перемогу «червоним», а рік потому Томас всього на п'ять хвилин з'явився у фінальному матчі Кубка Англії проти «Манчестер Юнайтед» — він вийшов на заміну Робу Джонсу на 85-й хвилині, але не зміг завадити принциповим суперникам «Ліверпуля» виграти цей матч з рахунком 1:0.