В начале 1990-х годов в этих двух странах бушевали гражданские войны, что сказалось на их отношениях. В 2006 году Союз исламских судов (СИС) взял на себя контроль над южной частью Сомали и незамедлительно ввёл на территории законы шариата. Переходное федеральное правительство Сомали стремилось усилить свои позиции в стране с помощью эфиопских войск, миротворцев Африканского союза и авиационной поддержки со стороны Соединённых Штатов, что в итоге привело к поражению СИС. После поражения Союз исламских судов раскололся на несколько разных фракций: радикальное движение Харакат аш-Шабаб продолжило воевать против правительства и выступало за вывод эфиопских вооружённых сил в территории страны. В период с 31 мая по 9 июня 2008 года Переходное федеральное правительство Сомали и радикальная группировка Альянс за освобождение Сомали участвовали в мирных переговорах в Джибути, которые проходили при посредничестве ООН. Конференция завершилась подписанием соглашения о выводе эфиопских войск в обмен на прекращение вооруженной конфронтации. Впоследствии парламент Сомали был расширен до 550 мест для размещения членов Альянса за освобождение Сомали. В январе 2009 года Эфиопия вывела своих военнослужащих с территории Сомали.