Jean Baptiste Charles Bouchotte naît à Metz, en Moselle, le de Jean-Didier Bouchotte et de Marie-Lucie Georgy. Issu d’une famille de militaires, le jeune Jean-Baptiste se destine de bonne heure à la carrière militaire. Sous-lieutenant à l'École de l'artillerie de Chalons le , il est affecté au d'artillerie à pied avec le grade de lieutenant en second. Lieutenant le , Bouchotte est nommé chef de bataillon le de la même année. Il se distingue au combat de Bingen et au Siège de Mayence (1793). Il se distingue de nouveau devant Kostheim contre les Prussiens. En l'an II, Bouchotte est affecté à l'Armée des côtes de La Rochelle, puis à l'Armée des côtes de l'Ouest en l'an III. Pendant la Guerre de Vendée, il combat les Chouans à Cholet, Dôle et au Mans, avant de rejoindre l'Armée de Rhin-et-Moselle. là, il participe au second siège de Mayence.