Karsinnat EM-kisoihin 2012 alkoivat Sveitsiltä tappioilla Englannille ja Montenegrolle. Avausvoitto tuli Walesia vastaan. Takkuilevasta alusta huolimatta sveitsiläismedia kertoi marraskuussa, että maan jalkapalloliitto ja Hitzfeld ovat tehneet alustavan sopimuksen saksalaisen jatkamisesta aina vuoteen 2014 saakka. Lopulta Sveitsi jäi lohkonsa kolmanneksi Englannin ja Montenegron taakse. Näin Sveitsi jäi ensimmäistä kertaa sitten vuoden 2002 arvokisojen ulkopuolelle. Tästä huolimatta Hitzfeld sai jatkaa työtään ja johdatti Sveitsin lohkovoittajana MM-kisoihin 2014. Lokakuussa 2013 Hitzfeld ilmoitti jättävänsä maajoukkueen MM-kisojen jälkeen ja lopettavansa pitkän valmennusuransa. MM-lopputurnauksessa Sveitsi voitti Ecuadorin ja Hondurasin edeten jatkoon alkulohkostaan. Neljännesvälierissä Sveitsi laittoi Argentiinan tiukoille, mutta taipui lopulta jatkoajan viimeisillä hetkillä pudoten kisoista 1–0 tappion myötä. Tappioon päättyi myös Hitzfeldin 31-vuotinen ura valmentajana.