Сирия обрела независимость от Франции в 1946 году, а Марокко в 1956 году, после чего страны установили дипломатические отношения. Однако, позднее Сирия столкнулась с политическими беспорядками внутри страны, поскольку волна панарабизма и антиизраильских настроений среди населения росла. В 1963 году произошёл Алжиро-марокканский пограничный конфликт, где на сторону Марокко встали страны Западного мира, а Объединённая Арабская Республика поддержала Алжир. С тех пор Сирия испытывала недоверие к Марокко из-за тесных связей этой страны с Западом, особенно с США и Израилем, так что эти страны имели ограниченное сотрудничество. В 1965 году король Марокко Хасан II тайно пригласил агентов Моссада и Шабака на встречу лидеров Лиги арабских государств в Касабланке, что сыграло важную роль в ходе боевых действий Шестидневной войны и поражения сирийцев, что ещё сильнее обострило отношения с Марокко. В 1966 году в Сирии произошёл государственный переворот, а Марокко удалось подавить беспорядки и сохранить у власти правящую династию. Смена власти в Сирии стала ещё одной причиной возникновения напряжённости в отношениях с Марокко. В 1973 году отношения немного улучшились, когда Марокко послало войска на помощь своим арабским союзникам во время Войны Судного дня, однако потепление продлилось недолго.