Marcin Libicki est le petit-fils de , président de la société de crédit à Varsovie, exilé en Sibérie en 1905, commandeur de l'Ordre Polonia Restituta. Son père est , avocat, professeur à l'Université de Poznań, officier de l'armée polonaise assassiné en 1940 à Katyń. Il a pour frère le géologue et homme d'affaires Jacek Libicki (né le à Cracovie), directeur puis président de l'entreprise minière POLTEGOR, consul honoraire de France à Wrocław (1993-2003). Il est le père de Jan Filip Libicki, historien et homme politique, député puis sénateur, handicapé moteur, et de Piotr.