Adolf Hitlerin liitettyä Itävallan Saksaan vuonna 1938 Lorenz liittyi välittömästi natsipuolueen jäseneksi - asia, jonka hän myönsi julkisesti vasta vuosia myöhemmin, kun jäsenhakemus tuli tietoon. Hän työskenteli toisen maailmansodan aikana vuonna 1942 miehitetyssä Puolassa Poznanissa (Posen) Rudolph Hippiuksen tutkimuksen tutkimuspsykologina nimikkeellä Ehrenametlicher Mitarbeiter tutkimassa "saksalais-puolalaisten hybridien" rodullista lisääntymiskelpoisuutta, ja niiden perusteella pääteltiin että hybridit menettivät kummankin "rodun" parhaat puolet. Lorenzin osallistumisen laajuutta tutkimuksessa ei ole tullut tietoon. Tutkimuksen perusteella rodullisesti alempiarvoisiksi tai psykologisesti asosiaalisiksi luokitellut kuljetettiin keskitysleireille Sodan loppuvaiheessa Lorenz siirrettiin rintamalle, ja hän joutui neljäksi vuodeksi sotavankeuteen Neuvostoliittoon.