In diesen Jahren einer allgemeinen Diskussion um die beste Staatsform, des Kontakts mit der Politik, aber auch von Ereignissen wie der Bartholomäusnacht (1572), bei der er selber fast ums Leben gekommen ist, konzipierte Bodin sein bedeutendstes Werk, "Les six livres de la république" („Sechs Bücher über den Staat“, 1576). Hierbei suchte er einen Mittelweg einzuschlagen zwischen dem von vielen Katholiken vertretenen Machiavellismus, wonach ein Herrscher die Pflicht und damit das Recht habe, ohne moralische Rücksichten zum Vorteil seines Staates zu handeln, und dem von protestantischen Theoretikern vertretenen Ideal einer Volksherrschaft oder zumindest einer Wahlmonarchie. Ausgehend von der These, dass das Klima eines Landes den Charakter seiner Einwohner präge und damit auch die für sie geeignetste Staatsform in weitem Umfang vorgebe, postuliert Bodin als ideales Regime für das klimatisch gemäßigte Frankreich die erbliche Monarchie. Ein derartiger Monarch soll „souverän“, d. h. keiner höheren Instanz unterworfen sein, wenn auch einer gewissen Kontrolle unterliegen durch Institutionen wie die Obersten Gerichtshöfe ("Parlements") und die Ständeversammlungen ("États"). Grundsätzlich jedoch soll der Monarch „nur Gott verantwortlich“ sein und damit auch über den konfessionellen Parteien stehen. Mit seinem Postulat einer souveränen, durch Erblichkeit legitimierten, religiös neutralen Monarchie trug Bodin der historischen Situation Rechnung, dass die jungen Könige, die nach 1559 auf Heinrich II. folgten, zwar legal auf den Thron gelangt waren, aber nicht über die nötige Macht verfügten, um die Auseinandersetzungen zwischen Katholiken und Protestanten zu beenden, und dass ihre Schwäche nicht zuletzt daraus resultierte, dass die französische Krone seit 1534 letztlich stets auf Seiten der Katholiken stand, somit selber Partei war und nicht als schlichtende Instanz auftreten konnte.