Nachdem Abraham Lincoln ermordet worden war, rückte Andrew Johnson als neuer US-Präsident ins Amt auf. Wade war auch ihm nicht wohlgesinnt. So kritisierte er die Pläne von Johnson, die die Reconstruction vorsahen. Wade war ein starker Befürworter des 14. Zusatzartikels zur Verfassung, der sich mit dem Bürgerschaftsrecht befasst. Ebenso war er maßgeblich an der Aufnahme der Staaten Nebraska und Kansas in die Union beteiligt. 1867 wurde Wade dann Präsident pro tempore des Senats.