После мартовской революции 1848 года в Вене и начала восстания в Венгрии Шлик был назначен губернатором в Кракове, а в конце года возглавил отдельный корпус в Галиции и состоял в распоряжении российского генерала Лидерса, чей корпус был направлен Россией в помощь Австрии на подавление восстания в Венгрии. Затем он присоединился к армии князя Виндишгреца и сыграл решающую роль в поражении венгров под Капольно. За боевые отличия в этой кампании Шлик 5 сентября 1849 года был произведён в генералы от кавалерии. 13 августа 1849 года российский император Николай I наградил его орденом св. Александра Невского. 26 марта 1850 года ему был пожалован командорский крест военного ордена Марии Терезии.