1958年初发生的所谓“反革命叛乱”中，扎西才旺多杰说服群众不要叛逃，要相信中国共产党，以稳定当地局势。但是，1958年，他被平叛部队在囊谦卡家中错误逮捕，后被释放。1960年12月，他再度当选为玉树藏族自治州州长。