Першою військовою операцією АС на територію країни-члена було розміщення миротворців із ПАР, Ефіопії та Мозамбіку в Бурунді в травні 2003 року з метою забезпечення виконання мирного договору (див. Місія Африканського Союзу в Бурунді). Війська АС також були направлені до Судану із спробою забезпечити перемир'я у Дарфурському конфлікті. Зараз (2008) планується направлення військ до Сомалі, куди вже прибули миротворці з Уганди.