Nel novembre 2008, risponde ad un'altra convocazione per un match di qualificazione per i mondiali 2010 contro la Giamaica, ma, ancora una volta, non gioca perché gli viene preferito l'allora portiere del Cluj Lars Hirschfeld. In più, Begović perde la CONCACAF Gold Cup 2009 perché il Portsmouth lo vuole con la prima squadra sin dagli inizi della preparazione estiva. Verso la fine del giugno 2009, discute con Miroslav Blažević, il c.t. della Bosnia, la possibilità di giocare per i dragoni. In Bosnia vari media avevano già riportato lo scoop che voleva Begović oramai deciso a giocare per il suo Paese d'origine, quando, il 12 luglio successivo, nel corso di un programma radio canadese, Begović stesso dichiara di voler proseguire la sua carriera con i "Canucks". Riguardo al suo colloquio con il c.t. della Bosnia, poi, aggiunge che si è trattato di un equivoco causato da una traduzione errata. Nella stessa intervista, poi, Begović afferma: