Nel 1995 ancora Mario Martone le offre il ruolo della protagonista del film "L'amore molesto", tratto dal bestseller omonimo di Elena Ferrante. Il film è presentato in concorso al Festival di Cannes 1995, e l'interpretazione di Anna Bonaiuto riceve il plauso generale, tanto da farle vincere i maggiori premi cinematografici della stagione: il David di Donatello, il Nastro d'argento, il Globo d'oro e la Grolla d'oro come miglior attrice protagonista. Nel 1998 Fulvio Wetzl le offre il ruolo di Marina nel film "Prima la musica, poi le parole", pellicola che parteciperà a molti festival internazionali, a cominciare dal Giffoni Film Festival 1999.