Niemimaan sodan aikana Itävalta elpyi ja Frans I:n hovin sodan kannattajat suostuttelivat Frans I:n käyttämään tilaisuutta hyväkseen ja hyökkäämään Ranskaan kun sen armeija oli sodassa. Vuoden 1809 huhtikuussa Itävalta hyökkäsi ilman sodanjulistusta ja yllättivät ranskalaiset. He olivat kuitenkin liian hitaita käyttääkseen tilannetta todella hyväkseen. Napoleon saapui Pariisista järjestämään tilanteen. Itävalta voitettiin Eckmühlin taistelussa ja sen joukot vetäytyivät Tonavan yli menettäen Regensburgin linnoituksen. Itävalta pysyi kuitenkin taistelukykyisenä ja Grande Armée jatkoi etenemistä. Ranskalaiset valloittivat Wienin jälleen kerran ja yrittivät ylittää Tonavan kaakossa olevan Lobau-saaren kautta, mutta hävisivät Aspern-Esslingin taistelun, mikä oli ensimmäinen Grande Arméen tappio. Seuraava joenylitys onnistui ja Wagramin taistelussa ranskalaiset aiheuttivat Itävallalle 40 000 miehen tappiot. Tuli tulitauko ja myöhemmin lokakuussa Schönbrunnin rauha. Viides liittokunta oli kaatunut ja Itävalta menetti rauhan aluemuutosten seurauksena kolme miljoonaa kansalaista.