В 1999 году на чемпионате мира в Рамзау финны сумели наконец победить в эстафете, а 20-летний Маннинен впервые стал чемпионом мира. По итогам сезона 1998/99 Маннинен впервые в карьере вошёл в тройку лучших общего зачёта Кубка мира, заняв второе место вслед за норвежцем Бьярте Энгеном Виком. На чемпионате мира-2001 в финском Лахти хозяева не сумели защитить своё звание чемпионов мира, заняв в командном первенстве лишь третье место после норвежцев и австрийцев. Однако спустя год на Олимпиаде-2002 в Солт-Лейк-Сити их ждал полный триумф — Самппа Лаюнен выиграл обе личные гонки, а в командном первенстве финская команда (Яри Мантила, Ханну Маннинен, Яакко Таллус, Самппа Лаюнен) уверенно выиграла прыжковую часть (только австрийцы уступали финнам на старте эстафете менее 1,5 минут) и сумела удержать преимущество до финиша, опередив немцев на 7 секунд и стала олимпийским чемпионом. В Солт-Лейк-Сити Маннинен выступил и в лыжных гонках, заняв высокое восьмое место в спринте.