Люди жили у цій місцевості з давніх часів. Протягом тисяч років тут видобували лазурит. У давні часи по території Бадахшану проходила одна з гілок Великого шовкового шляху. У 1274 році у цій місцевості перебував Марко Поло. Існують легенди, що доісламські правителі цієї області вели свій родовід від Александра Македонського. У середні віки область була завойована ісламськими феодалами, це спряло поширенню ісламу серед місцевого населення. У ХІХ сторіччі точилася боротьба за сфери впливу у Середній Азії між Британською та Російською імперіями. Афганістан, до складу якого входила частина Бадахшану, був окупований англійцями, інша частина контролювалась Бухарським еміратом, який був під протекторатом Росії. Остаточно внаслідок Великої гри Бадахшан був розділений на дві частини у 1895 році. Кордон пройшов по річці Пяндж і зберігається до нашого часу. У 1920 році на території яка належала Російській імперії була остаточно встановлена радянська влада. Після отримання Таджикистаном незалежності, там почалася громадянська війна. Представники Горно-Бадахшанської автономної області воювали проти центрального уряду. Область повернулась під контроль Душанбе тільки після підписання мирного договору у 1997 році.