Während des Krieges nutzte die Wehrmacht das Gebäude als Lager. Um den Nordbahnhof zu entlasten, forderte die Deutsche Reichsbahn am 12. Dezember 1942 den Bahnhof zurück und setzte ihn provisorisch wieder instand. Am 1. November 1943 konnte der Personenverkehr zwischen dem Nordwestbahnhof und Jedlersdorf wieder aufgenommen werden. Durch sowjetischen Artilleriebeschuss im Zuge der Wiener Operation im April 1945 wurde der Nordwestbahnhof kurz vor Kriegsende schwer beschädigt. Das Empfangsgebäude wurde ab 14. September 1952 abgetragen. Trotzdem wurden nach dem Krieg hier auch die Züge der Nordbahn abgefertigt, denn diese war durch die Sprengung der Nordbahnbrücke unterbrochen; die Nordwestbahnbrücke (Nordbrücke) war hingegen bereits am 25. August 1945 wieder befahrbar.