Bei seiner ersten Junioren-Weltmeisterschaft 2006 in Presque Isle gewann er den Titel im Einzel, wurde in der Verfolgung Zweiter und verpasste im Sprint und im Staffelrennen als Vierter nur knapp eine Medaille. 2007 gewann Bø bei der Junioren-WM in Martell zwei weitere Medaillen. Im Einzel als Vierter und im Sprint als Fünftplatzierter verpasste er die Medaillen knapp, im Verfolgungsrennen wurde er hinter dem Deutschen Florian Graf Zweiter, ebenso mit Espen Årvaag und Magnus L‘Abeé-Lund im Staffelrennen hinter den Österreichern. Schon in seinem jungen Alter musste Bø einige Rückschläge verkraften. Nach der Saison 2006/2007 wurde er krank und konnte über Monate kaum trainieren, sodass er nicht für die Junioren-WM 2008 nominiert wurde. Umso überraschender kam daher der fünfte Rang bei den Norwegischen Meisterschaften bei den Senioren, obwohl er sich vorher den rechten Arm ausgekugelt hatte. Im Frühjahr 2008 ließ sich Bø die Mandeln entfernen. Es traten aber langwierige Blutungen auf, die erst im Herbst endgültig gestoppt werden konnten.