Polkinghorne representó por primera vez a la selección femenina de fútbol de Australia en 2006 y ha jugado más de 100 partidos, marcando 9 goles. Jugó tanto en la Copa Mundial Femenina de la FIFA 2007 como en la Copa Mundial Femenina de la FIFA 2011. También fue convocada para la Copa Mundial Femenina de la FIFA 2015, pero no jugó ningún partido en ella.