Синагога несколько раз повреждалась. Во время занятия Вильно русскими войсками в 1655 году она была спалена русскими. В 1748 году пожар уничтожил часть синагоги, галерею для женщин и биму. В очередной раз синагога пострадала во время восстания Костюшко в 1794 году. Существует легенда, согласно которой Виленский Гаон ночью достал из Арон-Ха-Кодеш свиток Торы и прочитал её 7 раз. В результате русский снаряд, выпущенный по синагоге, не взорвался.