In oktober 1061 was hij opnieuw de machtigste figuur, ditmaal bij de verkiezing van Anselmus van Lucca de Oudere als paus Alexander II. De nieuwe bisschop van Rome voerde het reformatie-programma uit zoals dit door Hildebrand en zijn volgelingen was bedacht. In zijn jaren als pauselijke adviseur speelde Hildebrand een belangrijke rol in de verzoening met de Normandische Staat in Zuid-Italië, in de anti-Duitse alliantie met de Pataria-beweging in Noord-Italië en vooral bij de invoering van een wet die de kardinalen het exclusieve recht gaf om een nieuwe bisschop van Rome te kiezen.