Sommeren 1940 ble Sovjetunionen og Nazi-Tyskland enige om delingen av blant annet Polen, Estland, Latvia og Litauen. Estland ble innlemmet i Sovjetunionen, og DS «Estonia» ble overtatt av de nye makthaverne. Under Tysklands angrep på Sovjetunionen sommeren 1941 ble skipet tatt i prise av den tyske marinen. Hun ble ført til Åbo i Finland og brukt som moderskip for marinefartøyer i Østersjøen. Fra 1943 gjorde skipet tjeneste som losjiskip ved FlaK-Schule (FlugabwehrKanone – anti-luftskyts skole) i Swinemünde, senere i Kiel. Etter den tyske kapitulasjonen i mai 1945 ble DS «Estonia» funnet i Kiel, og var i så dårlig forfatning at hun unngikk å bli tatt som krigserstatning.