1 липня 1941 року ремонт був закінчений; підводний човен перейшов до місця свого постійного базування в Новоросійськ і вже 16 липня вийшов у свій перший бойовий похід. До кінця листопада «Щ-203» чотири рази виходив в море для несення дозору в районі південно-західніше Новоросійська, південніше Керченської протоки і для розвідки в районі Феодосії. У грудні «Щ-203» був залучений до участі в Керченсько-Феодосійській десантній операції.