Po powstrzymaniu działań ofensywnych generała Lee w Karolinie Południowej, Karolinie Północnej i Georgii prezydent Lincoln podniósł kwestię niewolnictwa w kontekście wojny. Nie chciał tego robić wcześniej, by nie rozdrażnić stanów przygranicznych (Wirginia, Maryland, Kentucky i Missouri), które zachowały niewolnictwo, ale nie dokonały secesji. 22 lipca 1862 roku prezydent przedstawił, na posiedzeniu gabinetu, wniosek o proklamacji zniesienia niewolnictwa. Sprzeciwił się temu Seward, który uważał, że może to spowodować bunt na Południu, a przez to zatrzymanie produkcji bawełny, co może z kolei skutkować interwencją zbrojną mocarstw europejskich. Lincoln postanowił się wstrzymać i ogłosił tę decyzję dopiero 22 września po zwycięstwie pod Antietam. Dekret prezydenta mówił, że wszyscy czarnoskórzy niewolnicy ze stanów walczących przeciw Unii będą wolni od 1 stycznia 1863 roku. Seward krytykował takie posunięcie, zarzucając, że Lincoln znosi niewolnictwo na obszarach, gdzie nie sięga jego władza, natomiast na obszarze Unii utrzymuje "status quo". Dzięki takim posunięciom około 180 tys. Afroamerykanów wstąpiło do armii wojsk Północy i walnie przyczyniło się do zwycięstw nad Konfederacją. Po zakończeniu wojny, 11 kwietnia 1865 roku, Lincoln stwierdził, że Afroamerykanom należy się nie tylko wolność, ale także ograniczone prawa obywatelskie.