Хелман Мкалеле дебютировал за сборную ЮАР в 1994 году. Позже игрок трижды принимал участие в Кубке африканских наций: в 1996 (ЮАР стала чемпионом), 1998 (2 место) и 2000 (3 место) годах. Футболист участвовал в Кубке конфедераций 1997, на котором забил 2 гола: в ворота сборной Чехии (итоговый счёт 2:2) и Уругвая (счёт 3:4 в пользу Уругвая). В 1998 году он вместе со сборной поехал на чемпионат мира 1998 во Франции. Всего Мкалеле провёл за сборную ЮАР 66 матчей и забил 8 голов.