Dne 18. července 1939 odešel do Polska, kde vstoupil do československé armády, později byl po postupu do Sovětského svazu internován do několika táborů. V březnu roku 1941 však odjel přes Oděsu do Haify, kde se s dalšími vojáky stal součástí 11. československého praporu Karla Klapálka. Prapor bojoval na frontách v Libanonu a v Sýrii, následně pak prapor byl nasazen v Tobruku. Tam působili českoslovenští vojáci až do dubna 1942, kdy se vrátili zpět do Palestiny, kde jako 200. československý protiletadlový pluk bojovali v Haifě, opět v Tobruku a v Derně. Od července roku 1943 pak prapor byl rozdělen a vojáci nastoupili do různých jednotek ve Velké Británii. Bojovali na různých místech ve Francii, mimo jiné se letech 1944 a 1945 účastnili bojů o přístav Dunkirk. Dne 19. května 1945 se Josef Nesnídal dostal do Prahy, kde pak byl 7. září téhož roku propuštěn z armády.