Hij speelde nadien nog een belangrijke rol in de zogenaamde Korinthische Oorlog en leidde in 389/388 een Atheense vloot, die echter bij gebrek aan financiële steun haar successen niet wist te benutten. Tijdens een plundertocht van zijn strijdkrachten in Aspendus, werd Thrasyllus in zijn tent door de lokale bevolking vermoord.