In den Jahren 1904 bis 1907 nahm Maercker an den damals so genannten Herero- und Hottentottenfeldzügen teil. Im Rahmen des Nama-Aufstandes führte er die Schutztruppen-Einheiten im Gefecht bei Nubib gegen die unter dem Oberbefehl des Hereroführers Andreas vereinigten Truppen der Herero und Nama; dabei wurde er an der Schulter schwer verwundet. Im Jahre 1910 verließ er die Schutztruppe und wurde Bataillonskommandeur im Infanterie-Regiment „König Ludwig III. von Bayern“ (2. Niederschlesisches) Nr. 47. Im Jahr zuvor zum Oberstleutnant befördert, wurde Maercker 1913 Kommandant auf der Insel Borkum. 1914 folgte die Beförderung zum Oberst.