Le déclenchement de la guerre avec le Royaume-Uni en 1812 mena à de nouveaux affrontements avec les Amérindiens dans le Nord-Ouest et Harrison continua de commander l'armée dans l'Indiana. Après la chute de Detroit, le général James Winchester devint le commandant de l'armée du Nord-Ouest. Il donna à Harrison le grade de brigadier-général, qu'il refusa car il voulait le commandement complet de l'armée ; le président James Madison remplaça Winchester par Harrison le . Harrison héritait d'une armée de conscrits qu'il entreprit d'entraîner. Il était initialement dépassé en nombre par les Britanniques et leurs alliés amérindiens. Lors de l'hiver 1812-1813, Harrison construisit une position défensive près des rapides de la Maumee dans le nord-ouest de l'Ohio. Il la nomma Fort Meigs en honneur du gouverneur de l'Ohio, .