Auch wurde die für den Gesamtstaat eingeführte Gesamtstaatsverfassung vom Deutschen Bund, dessen Mitglieder Holstein und Lauenburg waren, für Holstein und Lauenburg nicht anerkannt. Die daraufhin 1863 unter Einfluss dänischer Nationalliberaler entworfene Novemberverfassung galt jedoch nur für Dänemark und Schleswig, worin die deutschen Staaten eine Verletzung des Londoner Protokolls sahen. Daraufhin führte der Deutsche Bund im Dezember 1863 eine Bundesexekution gegen das Herzogtum Holstein durch, im Februar 1864 drangen schließlich Truppen Preußens und Österreichs in Schleswig ein und lösten so den Zweiten Schleswigschen Krieg (1. Februar bis 30. Oktober 1864; er gilt auch als der erste der drei deutschen Einigungskriege) aus. Dänemark verlor diesen Krieg und Preußen und Österreich besetzten die Herzogtümer Schleswig, Holstein und Lauenburg. Dänemark wurde im Wiener Friedensvertrag von 1864 gezwungen, Schleswig und Lauenburg an Preußen und Holstein an Österreich abzutreten, beide in Vertretung für den Deutschen Bund. Hieran erinnert heute noch die nationale Gedenkstätte bei den Düppeler Schanzen, wo jedes Jahr am 18. April der Jahrestag der verlorenen Entscheidungsschlacht begangen wird. Nachdem Preußen mit Österreich 1866 im Deutschen Krieg vordergründig um die Verwaltung der ehemals dem Dänischen König unterstehenden Gebiete, tatsächlich aber um die Vorherrschaft in Deutschland gekämpft hatte, gewann das siegreiche Preußen im Prager Frieden die Herzogtümer, wobei auf Intervention des Kaisers von Frankreichs eine Volksabstimmung im nördlichen Schleswig in Aussicht gestellt wurde, damit die meist dänischsprachigen Bewohner wählen konnten, ob sie zu Dänemark oder zu Preußen gehören wollten. Preußen ging 1867 im Norddeutschen Bund und dieser 1871 im geeinten Deutschland auf.