Masaka foi um local estrategicamente importante durante a Guerra Uganda-Tanzânia (1978-79) e, portanto, foi guarnecido por tropas do Exército de Uganda. Esses soldados aterrorizaram os civis locais e a maioria fugiu da cidade. De 23 a 24 de fevereiro de 1979, a Força de Defesa Popular da Tanzânia e os rebeldes aliados de Uganda atacaram o assentamento, resultando na Batalha de Masaka. A cidade foi bombardeada com artilharia e caiu para as forças lideradas pela Tanzânia após resistência à luz. Os tanzanianos posteriormente arrasaram grande parte da cidade para se vingar de atrocidades cometidas pelo Exército de Uganda durante sua invasão anterior ao noroeste da Tanzânia.