Рэферэндум за незалежнасць праведзены 29 лютага 1992. Пасля абвяшчэння незалежнасці пачаліся сутыкненні з этнічнымі сербамі. ЗША і ЕС прызналі рэспубліку 7 красавіка 1992. Жорсткія баі з удзелам трох бакоў — баснійцаў, сербаў, харватаў, потым між баснійска-харвацкім саюзам (18 сакавіка 1994) і сербамі, узаемныя этнічныя "чысткі" працягваліся да канца 1995 (гл. Аблога Сараева). Краіны НАТА актыўна ўмяшаліся ў канфлікт у сяр. 1995, бамбілі пазіцыі баснійскіх сербаў. У гэты ж час баснійска-харвацкі саюз правёў паспяховы наступ у верасні 1995, заняў да 50% тэрыторыі Босніі і Герцагавіны. Канфлікт завяршыўся падпісаннем Дэйтанскіх пагадненняў (папярэдняя згода 21 лістапада 1995, падпісаныя 14 снежня 1995 у Парыжы).