A metà del XVIII secolo, Jenin fu designata la capitale amministrativa dei distretti combinati di Lajjun e Ajlun . Vi sono indicazioni che l'area comprendente Jenin e Nablus rimase funzionalmente autonoma sotto il dominio ottomano e che l'impero avesse difficoltà a riscuotervi le tasse. Durante la campagna napoleonica in Egitto che si estese in Siria e Palestina nel 1799, un funzionario locale di Jenin scrisse un poema che elencava e invitava i leader arabi locali a resistere a Bonaparte, senza menzionare il Sultano o la necessità di proteggere l'impero ottomano.