Anjidiv constitue un excellent refuge qui sera utilisé par les chrétiens et les hindous du continent lors de l'invasion de royaumes côtiers par Tipû Sâhib, au cours de la Troisième guerre du Mysore en 1790. L'île restera sous la souveraineté portugaise jusqu'au , date à laquelle l'Inde reprend les territoires aux Portugais au cours de l'Opération Vijay.