ВШЭ первой в России перешла на систему бакалавриата и магистратуры, эксперты вуза ответственны за разработку и внедрение ЕГЭ. С 2013 года вуз участвует в Проекте 5—100. Представители ВШЭ входят в Экспертный совет при Правительстве России, Общественную палату, различные советы и комиссии. Сотрудники вуза участвовали в создании стратегий развития страны, в модернизации образования и здравоохранения, реформе государственной службы, работали над программой «Электронная Россия» и многих других проектах.