Największą potyczką powstania listopadowego na Suwalszczyźnie była bitwa pod Mariampolem, stoczona 22 kwietnia 1831. W Justianowie na Suwalszczyźnie 23 grudnia 1831 zmarła Emilia Plater. W pobliskim Kopciowie znajduje się jej grób. W 1861 na północnym krańcu Suwalszczyzny, w Aleksocie, oraz w sąsiadującym z Suwalszczyzną Kownie miała miejsce Manifestacja Jedności Rzeczypospolitej Obojga Narodów – największa z manifestacji organizowanych dla uczczenia unii w Krewie w 1861. W 1863 stoczno na Suwalszczyźnie kilka bitew powstania styczniowego, w tym zwycięskie pod Jastrzębną, Kadyszem i Gruszkami pod dowództwem Józefa Konstantego Ramotowskiego. W 1870 w ramach represji carskich po powstaniu pozbawiono praw miejskich Lipsk, Bakałarzewo, Filipów, Przerośl, Raczki, Wiżajny, Sopoćkinie, Łoździeje, Simno, Olitę, Wisztyniec, Ludwinów, Sereje, Pilwiszki i Sudargi (po zakończeniu panowania carskiego niektóre miejscowości odzyskały prawa miejskie). W 1897 największymi miastami Suwalszczyzny były Suwałki, Augustów, Kalwaria i Mariampol.