A Reserva de Niassa foi fundada em 1960 (Diploma Legislativo n.º 2884 de 23 de Julho de 1960), quando Moçambique era ainda o África Oriental Portuguesa, e os portugueses chamavam a região de "O Fim do Mundo". No entanto, não recebeu proteção alguma até o final da Guerra Civil Moçambicana, com a assinatura do Acordo Geral de Paz de Roma. Desde então, o governo de Moçambique tem posto em marcha diversos mecanismos para proteger a ecologia do norte do país.