11 июля 1941 года полковник Голубев был назначен начальником Новоград-Волынского пехотного училища в городе Ярославль. 9 января 1943 года переведен командиром 134-й отдельной стрелковой бригады, формировавшейся в Юж.-Ур-ВО. В апреле бригада убыла на фронт. В мае в городе Зубцов Калининской области в составе 68-й армии резерва ВГК на базе 134-й и 148-й стрелковых бригад была сформирована 157-я стрелковая дивизия, а полковник Голубев назначен ее командиром. С 4 июня он исполнял должность заместителя командира этой дивизии. 11 июля 1943 года Голубев за злоупотребление служебным положением был отстранен от должности с преданием суду Военного трибунала. В октябре, в связи с прекращением дела, он был назначен заместителем командира 88-й стрелковой дивизии. В ноябре дивизия была включена в 31-ю армию Западного фронта и находилась в обороне северо-восточнее Орши. 12 января 1944 года полковник Голубев допущен к командованию 95-й стрелковой дивизией, которая в составе 33-й армии вела бои в районе Витебска. С 21 февраля она была выведена в резерв Ставки ВГК и переброшена на ст. Старица Калининской области. С 29 мая дивизия была включена в состав 2-го Белорусского фронта. 17 июня 1944 года, накануне Могилевской наступательной операции, при подрыве машины на мине полковник Голубев получил тяжелое ранение и до 26 октября находился в госпитале. После выздоровления был признан ВВК ограниченно годным к военной службе 2-й ст. и в ноябре 1944 года назначен начальником Урюпинского пехотного училища.