Après un bref service dans l'est, il fut envoyé au Kentucky et par la suite au Tennessee. Arrivant trop tard pour la bataille de Shiloh, il remplaça Grant comme commandant de l'armée du Tennessee. Après avoir participé à la lente avancée de Halleck sur Corinth, il est revenu au Kentucky et a combattu aussi bien à Perryville et à Stones River dans la campagne de Tullahoma.