Під час Другої світової війни безвиїзно залишався в Перемишльській єпархії, через територію якої у вересні 1939 року, згідно з пактом Молотова—Ріббентропа, було прокладено німецько-радянську демаркаційну лінію. Мешкаючи до 22 червня 1941 року на території, що контролювалася Червоною армією, був запідозрений радянськими спецслужбами у нелояльності до радянської влади, і вони встановили за ним таємний нагляд. У період гітлерівської окупації його двічі викликали на допит у гестапо, де погрожували ув'язненням у концтаборі за виявлені випадки переховування євреїв греко-католицьким духовенством єпархії.