Марквард Вилхелм с по-големия си брат Франц Георг фон Шьонборн посещава йезуитския колеж в Ашафенбург. На 19 декември 1695 г. става духовник. Заедно с брат си през 1700 г. той е "домицелар" в манастир "Св. Петер" в Трир и следващата година домхер. От 1702 г. той следва, заедно с брат си Франц Георг, в Залцбург църковно право, философия и теология. След избухването на Испанската наследствена война братята напускат несигурния Залцбург и отиват в Италия. По нареждане на баща им те продължават да следват в Сиена. През 1704 г. баща им ги изпраща в университета в Лайден, където до 1706 г. следват право. След завършването им братята се разделят. Брат му Франц Георг фон Шьонборн става 1729 г. архиепископ на Трир и княжески абат на Прюм, от 1732 г. също княжески епископ на Вормс и княжески абат на Елванген (1732 – 1756), ерцканцлер за Бургундия и посланик при Светия престол.