עם התקדמות המלחמה חל שינוי בתפיסת הבריטים באשר לתפקידי חיל הספר, והוא נתפס כיחידה צבאית לכל דבר. הכוח אורגן במסגרת חטיבתית שכללה גדוד ממוכן, גדוד פרשים, ויחידה נוספת לאבטחת הדרך בין בגדאד לחיפה. במאי 1941 נשלחה פלוגה D של הגדוד הממוכן למערב עיראק לסייע בדיכוי מרד רשיד עאלי אל-כילאני. הפלוגה, בהנהגתו של הקצין הלא-בריטי הבכיר ביותר בחיל, שכרי אל-עאמורי, סירבה לחצות את הגבול אל עיראק. כתוצאה מכך פורקה הפלוגה. על פי עדויותיהם של יוצאי חיל הספר היהודים, הפנו החיילים הערבים בפלוגה את נשקיהם כלפי מפקדיהם הערבים. יחידה אחרת, מהלגיון הערבי, השלימה את המשימה - תפיסת תחנת המשטרה בעיירה רוטבה. ביוני 1941 השתתפו אנשי החיל במבצע אקספורטר, כיבוש סוריה ולבנון מידי אנשי צרפת של וישי. במהלך המלחמה נשלחו אנשי החיל למשימות באזורים שונים. הם הוצבו במזרח סוריה (בסמוך לעיר דיר א-זור ובצפונה, בסמוך לגבול טורקיה. כמו כן, בשנת 1943 נשלחו מספר יחידות של הכוח לעיר בנדר עבאס שבאיראן, כדי לסייע במלחמה במגפת הארבה שפרצה שם.. לאות הכרה בשירותם, צעדה קבוצה מחיילי החיל במצעד יום הניצחון בלונדון ביוני 1946.