Гней Помпей был сыном консула и внуком претора; тем не менее его семья по своему происхождению и положению была ближе к всадничеству, чем к сенатской аристократии. Первый Магн вошёл в состав нобилитета, заняв одно из первых мест в римской политической жизни и последовательно связав себя брачными узами с представительницами знатнейших родов Рима: Эмилиев, Муциев, Юлиев и Корнелиев. Двое его сыновей родились от Муции Терции и оба погибли в гражданских войнах: Гней в 45 году до н. э., разбитый Гаем Юлием Цезарем при Мунде, а Секст — в 35 году до н. э., когда он после поражения от Гая Юлия Цезаря Октавиана начал было войну с Марком Антонием на Востоке.