1945年5月にヒトラーの自殺を知ると、ヒトラーの遺言により大統領兼国防軍総司令官となったカール・デーニッツ海軍元帥のフレンスブルク政府の下に参じた。5月7日、アルフレート・ヨードル上級大将がアイゼンハワーの司令部において降伏文書に署名を行った。5月8日にヨードルが戻ってくると、カイテルはデーニッツの命を受けてソ連との休戦協定締結のためにヨードルとアイゼンハワーの間の条約案をもって英軍輸送機でベルリンへ向かった。市内の の工兵学校において、降伏文書の批准措置を行った。カイテル元帥は国防軍最高司令部総長として降伏文書批准のための署名を行った（海軍代表ハンス＝ゲオルク・フォン・フリーデブルク提督 、空軍代表ハンス＝ユルゲン・シュトゥムプフ上級大将も副署を行っている）。現在、カイテルが降伏文書の署名を行った建物は になり、独ソ戦、ベルリン攻防戦や降伏式の資料が展示されている。