Es folgte die napoleonische Zeit, in der um 1806 nach der Schlacht bei Jena und Auerstädt sehr bald auch die ersten Franzosen in Pretzsch eintrafen, den Einwohnern mit Gewalt ihre Habseligkeiten nahmen und den Ort plünderten. Nachdem in der Schlacht bei Wartenburg die Franzosen wieder zurückgedrängt wurden, kam es auch in Pretzsch zu kleineren Kampfhandlungen. Kanonenkugeln aus der Zeit finden sich in der Mauer des Hauses in der Elbstraße 6. Durch den Wiener Kongress war Sachsen, das auf der Seite Napoleons gekämpft hatte, zu Reparationen an Preußen verurteilt worden. So kamen Nordsachsen und damit auch Pretzsch 1815 nun endgültig an Preußen. Nach einem Besuch des preußischen Königs 1817 in Pretzsch wurde das Schloss Bestandteil des Großen Potsdamschen Militärwaisenhauses. Nach Umbauten am Schloss und der Trennung des Vorwerks Domäne vom Schloss-Amt kamen 1829 die ersten Mädchen nach Pretzsch. Die Kavaliershäuser wurden zu Lehrerwohnungen umgebaut. Bereits Ende 1829 waren etwa 220 Kinder im Pretzscher Waisenhaus untergebracht. Ebenfalls zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurden zwei Pretzscher Röhrwasseranlagen gelegt, die den Ort mit Frischwasser versorgten.