Dalla stagione 1995-1996 sino a quella 2000-2001 tornò a vestire la casacca del Bayern e proprio nell'estate del 2001 si ritirò come calciatore, continuando tuttavia a lavorare come dirigente calcistico. La sua seconda esperienza nei bavaresi fu tormentata da vari infortuni. Attivo anche con la Nazionale tedesca, Strunz fu convocato dal 1990 al 1999, trionfando agli Europei del 1996.