כחמש שנים לאחר הקמת הרפובליקה הדרום-אפריקאית, הוחלט על הצורך בקביעת דגל רשמי. עקב זאת, ב-6 בינואר 1857 התכנסו נציגים בעיר פוצ'פסטרום, והחליטו על עיצוב מוסכם. ב-18 בפברואר 1858, הובא דגל ארבעה צבעים לאישורה של מועצת העם, הגוף המחוקק העליון של הרפובליקה, וזה קיבל את אישורה. עקב כך הדגל נכנס לתוקף. הדגל היה בשימוש רשמי 16 שנים, עד לאוקטובר 1874. באותה השנה, החליט נשיא הרפובליקה דאז, תומאס פרנסיס בורחס, להביא למועצת העם הצעה לדגל חלופי. ההצעה, "הדגל האזרחי" (Burgers Vlag), התבססה על דגלם של ראשוני האפריקאנרים שנדדו בטרק הגדול, כארבעים שנה קודם לכן. היא כללה רקע כחול עם צלב אנדראס אדום בעל מסגרת לבנה. למרות מטענו ההיסטורי וההרואי של הדגל החדש, הוא היה לא פופולרי, וב-10 במאי 1875, מועצת העם חזרה בה מהחלטתה הקודמת, והחזירה את דגל ארבעת הצבעים למעמדו כדגל הרפובליקה. הדגל היה בתוקף עד ה-31 במאי 1902, אז הרפובליקה הדרום-אפריקאית הובסה על ידי בריטניה במלחמת הבורים, וחדלה מלהתקיים.