Miguel speelde zijn eerste interland voor Portugal op 12 februari 2003 tegen Italië. Hij maakt deel uit van de selecties voor onder meer het EK 2004, het WK 2006, het EK 2008 en het WK 2010. Tijdens het EK 2004 in eigen land begon Miguel als tweede keus op de positie van rechtervleugelverdediger, achter Paulo Ferreira. Na de met 1-2 verloren openingswedstrijd tegen de latere kampioen Griekenland, kreeg Miguel zijn kans van bondscoach Luiz Felipe Scolari en werd hij basisspeler. In 2004 behaalde Miguel met Portugal de tweede plaats, nadat in de finale met 1-0 werd verloren van wederom Griekenland. Op het WK 2006 eindigde hij met zijn land op de vierde plaats.