În urma accidentării sale la turneul Euro 2012, s-a dezvăluit că Papadopoulos a suferit o ruptură de ligamente. După o absență de opt luni, Papadopoulos a revenit să joace intrând în locul lui Kostas Manolas în minutul 46 al victoriei scor 1-0 cu Kavala FC, într-o partidă disputată la 30 ianuarie 2013. La 10 martie 2013, el a reușit să înscrie 2 goluri împotriva lui AEK Athena într-o victorie scor 3-0 de acasă. Cu această victorie, Olympiacos a câștigat cel de-al 40-lea titlu din istorie.