Den mittlerweile 14-jährigen Henry und seinen Bruder, beide intelligente, begabte Schüler, schickte Katherine 1549 zum Studium ans St John’s College an der University of Cambridge, das ein Zentrum protestantischer Ideen war, und wo sowohl Latimer als auch Cecil studiert hatten. Ihr Freund, der Humanist Thomas Wilson, war dort ihr Lehrer. Um ihren Kindern näher zu sein, bezog sie ein Haus in Kingston in der Nähe der Universitätsstadt. 1551 brach dort eine Epidemie der gefürchteten Schweißkrankheit aus. Die beiden Jungen flohen zwar sofort in den Ort Buckden, doch zu spät, beide hatten sich bereits angesteckt. Als Katherine, die ihnen nachgeeilt war, am frühen Morgen des 14. Juli 1551 in Buckden ankam, war Henry bereits tot. Charles starb eine halbe Stunde später in ihrer Anwesenheit. Sie waren nur 15 und 13 Jahre alt geworden.