1415 eroberte die Stadt Zürich das Kelleramt. Während die Zürcher die Blutgerichtsbarkeit übernahmen, war die niedere Gerichtsbarkeit bereits seit 1410 im Besitz der Stadt Bremgarten. 1529 wurde die Bevölkerung von Jonen reformiert, musste aber 1531 nach der Zweiten Kappelerkrieg wieder zum Katholizismus übertreten. 1797, ein Jahr vor dem Zusammenbruch der alten Herrschaftsverhältnisse, verkaufte Bremgarten seine Rechte an die Dorfgemeinschaften.