2000년 초반 세계무역센터 역의 트랙 스위치 교체로 인해 E는 유클리드 애비뉴로 연장 되었으나 늦은 밤 시간대는 커낼 스트리트로 운항되었다. E 계통은 2001년 9월 11일 테러에 의해 다시 영향을 받았는데, 그 종착역인 세계무역센터 역이 세계무역센터 지대의 북동부 자리에 있었기 때문에, 한동안 브루클린의 유클리드 애비뉴에서 늦은 밤 시간대를 제외한 IND 풀튼 스트리트 선의 완행으로 일시 운행 중단 된 C 계통을 대신하여 E가 다시 운영되었다. 2001년 9월 24일에 C 계통이 복원되었고, 2002년 1월까지 세계무역센터 역이 폐쇄될 예정 이었기 때문에 E 계통은 커낼 스트리트로 축소되었다.