Nach dem "Pentagon Building Performance Report" der American Society of Civil Engineers von 2003 zerfetzten die massiven Außenwände, Mauerringe und dicht stehenden Betonsäulen des Pentagon den Großteil des Flugzeugs in kleine Teile, die verstreut ins Gebäudeinnere flogen und bis zur Unkenntlichkeit deformiert wurden. Das Gebäude war seit 1993 aufwändig renoviert worden; die vom Aufprall betroffene Außenseite gehörte zu den besonders verstärkten Teilen. Die bombensicheren Fenster aus mehrlagigem Laminatglas waren erst Wochen zuvor in ein Korsett neuer Stahlträger und Betonplatten eingebaut worden, um Anschläge wie den in Oklahoma City überstehen zu können. Darum blieb die Fassade um den Einschlag herum noch 19 Minuten lang stehen und fiel erst infolge des intensiven Feuers. Nur wenige größere Flugzeugtrümmer wurden geborgen: darunter das Fahrgestell, ein Rad, der Flugdatenschreiber und Rumpfstücke, darunter eins mit dem Symbol der Fluggesellschaft. Der rechte Flügel war zuerst auf ein massives Generatorhaus, der linke auf eine Entlüftungsanlage geprallt. Dabei und beim Aufprall auf die Außenfront rissen die Flügel ab. Dem entsprach das 27,4 (nicht 5,5) Meter breite Einschlagsloch. Zudem verbrannte ein großer Teil des Kerosins beim Einschlag, sodass die Gebäudeschäden weit geringer blieben als beim WTC. Das kleinere Loch in Ring C entstand durch ein abgerissenes und mit hohem Tempo aufgepralltes Rad des Fahrwerks. Aufräumarbeiter und Feuerwehrleute hielten Flugzeugteile vor dem Abtransport in den Händen. Hunderte Augenzeugen sahen den Anflug und den Einschlag des Flugzeugs von den benachbarten Straßen aus, viele bemerkten auch Passagiere in den Fenstern. Renee May und Barbara Olson hatten aus dem Flugzeug mit Angehörigen telefoniert. Alle 53 getöteten Passagiere, sechs Crewmitglieder und die fünf Entführer wurden durch DNS-Spuren identifiziert.