Efter kort at have gjort tjeneste som general Joseph E. Johnstons assisterende generaladjudant i Shenandoah Dalen blev Smith forfremmet til brigadegeneral den 17. juni 1861 og fik kommandoen over en brigade i Army of the Shenandoah, som han førte i det Første slag ved Bull Run den 21. juli. Han blev alvorligt såret i nakken og skulderen, og han blev rask, mens han samtidig havde kommandoen over det mellemste og østlige Florida. Han vendte tilbage til aktiv tjeneste i oktober som generalmajor og divisionschef i den konfødererede Army of the Potomac i det nordlige Virginia.