Sau khi Nam Sudan giành được độc lập, mối quan hệ giữa nước này và Sudan đã thay đổi. Tổng thống Omar al-Bashir ban đầu tuyến bố vào tháng 1 năm 2011 rằng người dân sẽ có thể sở hữu quốc tịch kép của miền Bắc và miền Nam, song ông đã rút lại đề nghị nay sau khi Nam Sudan độc lập. Ông cũng đề nghị một liên minh theo mô hình EU. Essam Sharaf, người giữ chức Thủ tướng Ai Cập sau Cách mạng Ai Cập 2011, đã thực hiện chuyến thăm ngoại giao đầu tiên của mình đến Khartoum và Juba để chuẩn bị cho sự ly khai của Nam Sudan. Israel đã nhanh chóng công nhận Nam Sudan là một quốc gia độc lập, Israel cũng là quốc gia đang có hàng nghìn người tị nạn đến từ Nam Sudan, những người này phải đối mặt với nguy cơ bị trục xuất về quê hương của họ.