1796 zog er nach Paris, wo er dem französischen Direktorium den Anlass zur Intervention in der Schweiz gab, indem er sich auf den von Frankreich garantierten Lausanner Vertrag von 1564 berief, in dem der Waadt ihre bestehenden Freiheiten zugesichert waren. Er wurde deshalb in konservativen Kreisen als «Totengräber der Alten Eidgenossenschaft» bezeichnet. Laharpe war zeitweise der unbestrittene Führer der radikalen schweizerischen Revolutionärspartei, der sogenannten Patrioten.