Brady a l'idée de photographier la guerre. Gardner grâce à ses relations et en particulier à Allan Pinkerton (qui est alors à la tête des opérations de renseignement qui deviendra le Secret Service) qui transmet l'idée de Brady à Lincoln. Pinkerton recommande Gardner au poste de chef photographe de l' "U.S. Topographical Engineers". Après ce bref mandat, Gardner devient photographe de l'état-major du général George B. McClellan, commandant l'Armée du Potomac. C'est alors que Gardner abandonne la gestion de la galerie de Brady. Gardner reçoit le grade honoraire de capitaine, puis il photographie la Bataille d'Antietam en , développant ses photos grâce à son laboratoire itinérant.