Протягом 2008—2011 років залучався до складу молодіжної збірної Ісландії. На молодіжному рівні зіграв у 14 офіційних матчах, забив 6 голів. У 2011 році Йоуханн у складі збірної до 21 року взяв участь у молодіжному чемпіонаті Європи у Данії. На турнірі він зіграв у матчах проти команд Данії та Білорусі.