Erst durch die Wirren des Truchsessischen Krieges von 1583 bis 1589 bekam das Kloster wirtschaftliche Probleme, so dass mehrfach Güter verpfändet werden mussten. Besonders litt Himmelpforten im Dreißigjährigen Krieg, als am 20. Oktober 1633 die Hessen das Klostergebäude in Brand setzten und viele Gutshöfe plünderten. Erst 1656 konnte das neu erbaute Kloster wieder geweiht werden. Und erst am 29. April 1725 konnte die neue Klosterkirche durch den Abt Petrus Nolten geweiht werden.