Wraz z odejściem od władzy stanął na czele sojuszu politycznego Rodzina Lavalas powstałego w wyniku rozpadu ruchu Lavalas (Préval stanął na czele konkurencyjnej Organizacji Politycznej Lavalas). Rodzina Lavalas wygrała wybory samorządowe i parlamentarne w 2000 roku, on sam zwyciężył w wyborach prezydenckich w 2001 roku. Wyniki wyborów zostały zakwestionowane przez opozycję i obserwatorów. Sytuacja w latach 2001-04 była niestabilna. Opozycja domagała się rezygnacji Aristide’a, dochodziło do zamieszek i zamachów. Kryzys polityczny odbił się na gospodarce. W lutym 2004 roku wybuchły wielodniowe zamieszki. Według pierwszych informacji prasowych, sam ustąpił ze stanowiska w ich następstwie. Według niego samego został porwany przez Amerykanów i siłą zmuszony do wyjazdu z kraju. Niezależnie od prawdziwości obu wersji Aristide po zamieszkach udał się na emigrację: najpierw na Jamajkę, a potem do Republiki Południowej Afryki. Pomimo amerykańskich wysiłków mających zatrzymać jego powrót do kraju, w marcu 2011 roku powrócił na Haiti.