Efter kriget återvände Frank Blair till Saint Louis och återupptog sin advokatpraktik. Hans förmögenhet hade använts för att rekrytera trupper och han stod på ruinens brant. Politiskt tog Blair ställning för president Andrew Johnson och mot de radikala republikanerna. I Missouri tog han avstånd från de radikala republikaner som kontrollerade delstaten politisk, anslöt sig till det demokratiska partiet och bekämpade domstolsvägen radikal lagstiftning med yrkesförbud och fråntagen rösträtt för tidigare rebeller. Blair förespråkade en försoningspolitik gentemot sina gamla motståndare och ville begränsa de politiska och sociala konsekvensera av inbördeskriget och slaveriets avskaffande. President Johnson nominerade Blair som amerikanskt sändebud till Österrike 1867, men de radikala republikanerna i senaten godkände inte utnämningen. Demokraterna utsåg 1868 Horatio Seymour till presidentkandidat och Frank Blair till vicepresidentkandidat. Under valkampanjen hävdade Blair att den militära rekonstruktionen var författningsvidrig och att det republikanska styret i sydstaterna borde störtas, något som anses ha skadat demokraternas chanser i valet. När missnöjda republikaner bildade det liberalrepublikanska partiet allierade Blair sig med dem och blev i ett fyllnadsval utsedd till ledamot av den federala senaten. Där fortsatte han sina angrepp på den radikala rekonstruktionspolitiken. Blair spelade en dominerande roll när det liberalrepublikanska partikonventet utsåg Horace Greeley till sin presidentkandidat. Efter valet fick Blair ett slaganfall och hans arbetsförmåga försvann. Missouris guvernör utnämnde honom till statens försäkringsinspektör; en sinekur för att ge honom försörjning. Han dog 1875 efter ett fall, bara 54 år gammal.