Năm 1944, đơn vị của Fölkersam chuyển sang Waffen-SS và trở thành bộ phận chính của "SS-Jagdverband Ost". Đơn vị này hoạt động ở Mặt trận phía Đông và tham gia vụ bắt cóc Miklós Horthy nhỏ và gây sức ép với cha anh ta, nhiếp chính Hungary Miklós Horthy trong Chiến dịch Panzerfaust. Trong trận chiến Bulge, Fölkersam đã tham gia Chiến dịch Greif và phối hợp chặt chẽ với Otto Skorzeny. Vào tháng 1 năm 1945, sau khi được đưa sang Mặt trận phía Đông, ông đã chiến đấu chống lại Hồng quân ở miền trung Ba Lan. Adrian von Fölkersam bị giết trong hành động vào ngày 21 tháng 1 năm 1945 gần Inowrocław, Ba Lan. Vào thời điểm tử trận, ông là một SS-Hauptsturmführer (tương đương Đại úy), và là chỉ huy của "SS-Jagdverband Ost".