Il terremoto del 1997 provocò crepe e disconnessioni agli archi ed alle volte della chiesa, che nel 2003 fu dichiarata totalmente inagibile. La commissione incaricata dal subcommissario al sisma stanziò dei fondi per avviare degli interventi di consolidamento, che però non furono mai eseguiti per ragioni prevalentemente burocratiche (la legge, infatti, vietava di destinare i fondi del terremoto a società private, e proprio in quel periodo la giunta Storace aveva intestato l'immobile alla Gepra, una società privata controllata dalla regione; per tale ragione l'intervento dovette essere definanziato).