Ab 1683 war Haddock erster Commissioner of the Victualling Office, also Chef des Amtes, das für die Verproviantierung der britische Schiffe zuständig war. Dieses Amt hatte er bis 1690 inne. 1678 war er außerdem in die Politik eingetreten, als er für Aldeburgh ins House of Commons gewählt wurde. Von 1685 bis 1689 gehörte er noch einmal dem Britischen Unterhaus an, diesmal für New Shoreham. Kurz vor der Thronbesteigung von Wilhelm III. wurde er zum Third Sea Lord befördert, ein Amt, das er bis zu seinem Tod am innehatte. 1690, zum Ende seiner militärischen Karriere, nahm Haddock zusammen mit Henry Killigrew und John Ashby am Krieg der zwei Könige (auch Wilhelminisch-Jakobinischer Krieg) in Nordirland teil.