В 2013 году Фелипе помог молодёжной сборной Уругвая завоевать серебряные медали молодёжного чемпионата мира в Турции. На турнире он сыграл в матчах против команд Хорватии, Новой Зеландии, Испании, Ирака и Франции. В поединке против испанцев Авенатти забил гол.