В войне между Помпеем и Цезарем, начавшейся в 49 году до н. э., он сражался на стороне последнего. В ходе этой войны Цезарь отменил все ограничения для проскриптов и их потомков, благодаря чему Каррина смог начать полноценную политическую карьеру. Предположительно в 46 году до н. э. он занимал должность претора. Гай участвовал во втором испанском походе Гая Юлия Цезаря (45 год до н. э.), а после битвы при Мунде был послан против Секста Помпея Магна с большим войском и полномочиями пропретора. Помпей, прибегнув к партизанской тактике, добился ряда успехов, так что Цезарю пришлось заменить Каррину на Гая Азиния Поллиона.