Gdy w 1559 r., po moskiewskim najeździe na Inflanty, zakon zwrócił się z prośbą o pomoc do cesarza, Ferdynand nie był w stanie przeprowadzić żadnych działań, nie chciał też otwarcie występować przeciw Moskwie, szczególnie że car głosił ideę krucjaty przeciw protestantom inflanckim. Do końca życia cesarz pozostał w zasadzie neutralny wobec I wojny północnej, milcząco godząc się na rozbiór państwa zakonnego pomiędzy Polskę, Danię i Moskwę.