По окончании срока своих депутатских полномочий, Обер-Дюбайе 21 сентября 1792 года вступил в революционную армию. 2 апреля 1793 года он был произведён в бригадные генералы. Во время Осады Майнца (1793), он, вместе с генералом Клебером, оборонял город, но 23 июля 1793 года вынужден был капитулировать перед превосходящими силами противника. По условиям капитуляции французская армия Майнца могла возвратиться на Родину при условии, что все солдаты и офицеры дадут слово ровно год не воевать против войск антифранцузской коалиции. Это условие было принято, слово дано, поэтому армию перебросили в Вандею, сражаться против повстанцев, которые не входили в состав коалиции и на которых не распространялось данное слово.