5 апреля 1999 года в 04:18 Штаб ВВС и ПВО был атакован силами НАТО, по нему были выпущены две ракеты. В июне 2000 года у здания был открыт памятник солдатам ВВС и ПВО, погибшим в войне 1999 года. В 2000-2001 гг. оно было реконструировано.