Nonostante Zanetti avesse giocato quasi tutte le gare di qualificazione al e tutte quelle della Confederations Cup 2005, venne escluso da José Pekerman dall'elenco dei 23 convocati per la fase finale del Mondiale. Tornò nel giro della nazionale sotto la guida di Alfio Basile, partecipando alla Coppa America 2007 in Venezuela. La "Selección" venne sconfitta in finale, a Maracaibo, ancora dal Brasile, che s'impose per 3-0.