2006 sammanträdde en ny partikongress. I sitt öppningsanförande på kongressen påtalade Lars Ohly att fraktionsbildarna i Vägval Vänster skadade partiet med sina ageranden och öppna strid i media. Kongressen ansågs konsolidera partiet genom att markera slutpunkten för de interna striderna samtidigt som partiets vänsterprofil stärktes med antagandet av en valplattform som bland annat innehöll krav om ökade satsningar på den offentliga sektorn. Riksdagsvalet 2006 blev en tillbakagång för partiet med endast 5,85% och ledde till ett maktskifte, vilket fick till följd att partiet förlorade sitt tidigare inflytande.