Nachdem die Türken im November 1444 ein christliches Kreuzfahrer-Heer in der Schlacht bei Warna besiegt hatten, rief Papst Eugen IV. erneut zum Kreuzzug gegen die Türken auf und ernannte Anfang 1445 eine Reihe von Kreuzpredigern, darunter auch Capistran. Zu dieser Zeit standen für ihn aber noch andere Aufgaben im Vordergrund. Nach der Eroberung Konstantinopels rief Papst Nikolaus V. wiederum zu einem Kreuzzug gegen die Türken auf, konnte für dieses Ziel aber keine Begeisterung entfachen. Capistran, der sich zuvor in Polen aufgehalten hatte, begann im Mai 1454 auf deutschem Boden mit seinen Kreuzpredigten. (Dass er bereits früher, z. B. in Wien, Türkenpredigten gehalten haben soll, hält Hofer für unwahrscheinlich.) Da Capistran in Deutschland wenig Unterstützung für diesen Kreuzzug fand und zudem Nachrichten über das Vorrücken der Türken in Richtung Ungarn eintrafen, reiste er nach Ungarn. Er ließ dabei die drängenden Bitten seiner Ordensbrüder unberücksichtigt, die ihn wegen innerfranziskanischer Konflikte unbedingt nach Italien holen wollten. Im Juni 1455 nahm er an den Beratungen des ungarischen Reichstags in Raab teil und versuchte, die zerstrittenen Adligen zu gemeinsamem Handeln zu bewegen. Anschließend zog er predigend durch das Königreich Ungarn einschließlich Siebenbürgen. Erst als im April 1456 Sultan Mehmed II. mit einem starken Heer gegen die Südgrenze des Königreichs Ungarn vorstieß, kam die zuvor schleppende Aufstellung von Truppen voran. Capistran warb mit seinen Kreuzpredigten eine große Zahl von Freiwilligen an, die zwar kampfbegeistert, aber schlecht bewaffnet waren. Im Juli 1456 nahm er unter der Führung von Johann Hunyadi an der erfolgreichen Verteidigung Belgrads teil. Kurz nach dem Krieg kam es zum Ausbruch einer Seuche, der auch Hunyadi erlag. Anfang August trat bei Capistran hohes Fieber auf, am 23. Oktober 1456 starb er in Ilok, Kroatien.