Com a camisa da Seleção Turcomena de Futebol, Naboychenko disputou onze jogos entre 1997 e 2004. Fez parte do elenco que disputou a Copa da Ásia de 2004, primeiro - e até agora - único torneio oficial disputado pelos turcomenos como nação independente, que cairia ainda na primeira fase, com apenas um ponto, ficando à frente da tradicional seleção da Arábia Saudita.