В 1945 году собор оказался в западном секторе города. Настоятель, протоиерей Димитрий Кратиров, признал юрисдикцию Московского Патриархата после приходского собрания, составленного из советских солдат. При этом собор остался собственностью города. Посетивший Берлин протопресвитер Николай Колчицкий отметил: «Среди общих развалин вокруг храм оказался почти уцелевшим; имеется только маленькая пробоина в куполе и выбиты стекла, но сейчас храм находится в полном порядке».