Jarni je na položaju levega krila za hrvaško nogometno reprezentanco odigral 81 tekem, kar ga uvršča na drugo mesto večne lestvice nastopov za Hrvaško. Edini zadetek je v reprezentančnem dresu dosegel v četrtfinalu Svetovnega prvenstva v nogometu 1998 proti Nemčiji. Zbral je tudi 7 nastopov in 1 gol za reprezentanco SFRJ in igral na svetovnih prvenstvih 1990, 1998 in 2002 ter na Evropskem prvenstvu 1996. Kot edini Hrvat je odigral vseh 14 tekem na prvenstvih v letih 1996, 1998 in 2002.