Tras la renuncia de Zico, y el arribo del estratega español Luis Aragonés (quien venía de entregar a la Selección española su segunda Eurocopa), la temporada comenzó con altas expectativas, sumado al cariño de la hinchada hacía Lugano por sus buenas actuaciones. El 25 de octubre de 2008, marcó su primer gol por el torneo en un triunfo 5–2 sobre el Bursaspor en casa, y durante la doble fecha de noviembre, anotó dos goles en cada partido, el primero de estos en la goleada 4–1 en el derbi ante Galatasaray, el siguiente ante el Ankaraspor en un dos a cero a favor, y finalmente terminó la Primera Ronda del Torneo 2008–09 con cuatro goles, tras anotar el 14 de diciembre en una nueva victoria 2–0, esta vez sobre Antalyaspor. Lugano comenzó el 2009 con el pie derecho tras nuevamente convertir, ahora en una paliza 7–0 sobre Hacettepe, el día 14 de febrero, para luego repetir ante Sivasspor (4–2). El 12 de abril, "La Tota" recibió una expulsión de cinco fechas, tras golpear a Emre Aşık, durante otro clásico ante Galatasaray, esta vez de visita en un 0–0 disputado en el Estadio Ali Sami Yen. Posteriormente en su vuelta, anotó un gol en un 1–1 de visita contra Antalyaspor en el Estadio Ataturk, cerrando una temporada goleadora con 7 goles, donde terminaron cuartos en la Superliga de Turquía.