Nach weiteren Beförderungen nahm Verdier mit einem eigenen Kommando unter Befehl von Jean-Baptiste Kléber an der ägyptischen Expedition teil. Er kämpfte bei den Pyramiden (21. Juli 1798) und nahm an der Belagerung von Akkon (März/Mai 1799) teil. Obwohl er bei den Pyramiden schwer verwundet worden war, leitete er die Verteidigung von Damiette (1. November 1799). Dabei stellte er sich mit 1000 Soldaten gegen die Landung von ca. 8000 Janitscharen. Er schlug sich tapfer und erhielt neben einer weiteren Beförderung auf Wunsch Napoleons durch Kléber Ehrenwaffen.