Den nye regjeringen under president Samora Machel gav ly og støtte til sørafrikanske (ANC) og zimbabwiske (ZANU) frigjøringsbevegelser mens regjeringene i først Rhodesia og senere apartheid Sør-Afrika fostret og finansierte en bevæpnet opprørsbevegelse i det sentrale Mosambik kalt Resistência Nacional Moçambicana (RENAMO). Borgerkrig, sabotasje fra nabostatene og økonomisk kollaps karakteriserte det første tiåret med mosambikisk uavhengighet. Denne perioden var også preget av masseutvandring av portugisere, svak infrastruktur, nasjonalisering og økonomisk vanstyre. I løpet av det meste av borgerkrigen, klarte ikke regjeringen å utøve effektiv kontroll utenfor de urbane områdene, og mange var avskåret fra hovedstaden. Det er antatt at en million mosambikere omkom under borgerkrigen, 1,7 millioner flyktet til nabostatene og flere millioner var interne flyktninger.