В конце концов Клапалеку предоставили возможность самому принять участие в боях, и в августе 1944 года он был направлен в распоряжение командования 1-го Чехословацкого армейского корпуса, сформированного и сражавшегося на территории СССР. Сразу был назначен командиром 3-й пехотной бригады и произведён в бригадные генералы. До конца войны воевал в составе корпуса, участвовал в освобождении западных районов Украины, в Восточно-Карпатской операции и штурме Дукельского перевала, в зимне-весенних операциях 1945 года по освобождению Чехословакии от немецко-фашистских войск. Дважды был ранен в боях. Стал боевым соратником и личным другом командира корпуса генерала Людвика Свободы. После перевода последнего на повышение, 5 апреля 1945 года генерал Клапалек был назначен командиром Чехословацкого армейского корпуса, во главе его принимал участие в завершающих боевых действиях, которые в Чехословакии отличались ожесточённостью.