Împreună cu junimiști, Știrbei a făcut o revenire triumfătoare în Adunare, în scrutinul electoral din ianuarie 1888, deși victoria generală a fost pusă în pericol de disputele fracționale. Potrivit unei relatări, el s-a alăturat opoziției după eșecul negocierilor secrete cu Brătianu, care dorea ca el să devină liberal național. În martie, el a fost util în formarea "opoziției unite" care l-a îndepărtat pe Brătianu și l-a înlocuit cu junimistul Th. Rosetti. Ulterior el a fost Ministrul Lucrărilor Publice (martie-noiembrie 1888) și al Internelor (noiembrie 1888-martie 1889), fiind din nou ales la Dolj în octombrie 1888. În calitate de ministru de interne, a trebuit să se ocupe de efectele unei revolte țărănești care a avut loc în prima jumătate a anului 1888, precum și de prima grevă generală a tipografilor, care s-a încheiat prin satisfacerea anumitor cerințe ale muncitorilor. De asemenea, el a fost însărcinat cu rezolvarea chestiunii participării române la Expoziția Universală de la Paris, participare la care s-a opus vărul său, Georges Bibesco, care conducea Comitetul Național. Un contemporan l-a descris ca fiind "loial, muncitor, priceput și precis în îndatoririle sale". În contrast, George Panu al Partidului Radical a batjocorit "cea mai profundă muțenie" a lui ca deputat, singura "pasiune" vizibilă fiind aceea de a-și recâștiga un loc ministerial. În ciuda faptului că el are "toate calitățile negative", un "absolut nimeni" în politică.