A partir de l'any 41 aC, el seu pare va abandonar la seva esposa, que era germana del triumvir Octavi, i es va instal·lar a la cort de Cleòpatra VII reina d'Egipte, a Alexandria. Les fonts històriques antigues esmenten que es va endur el seu primogènit, Antil, però res no se sap de Jul·lus Antoni durant aquesta etapa. Aquests fets van portar a l'enemistat amb Octavi, el qual el va derrotar a la Batalla d'Àccium i va portar al suïcidi de Marc Antoni l'any 30 aC. Octavi va fer matar el seu germà Antil, potser perquè ja havia pres la toga viril i hom no el podia considerar un nen; ell i els seus germanastres, els fills que el seu pare havia tingut amb Cleòpatra, van tenir més sort: Octàvia els va criar a Roma com si fossin fills propis.