Erster Inhaber dieses Amtes war der Brite Ian Martin zwischen Mai und November 1999. Er sollte als Chef der UNAMET das Unabhängigkeitsreferendum in Osttimor 1999 umsetzen, das aber zu einer letzten Gewaltwelle der indonesischen Besatzung führte. Ab dem 20. September landeten Truppen der INTERFET in Osttimor, um im Land wieder für Ruhe und Ordnung zu sorgen. Das Land kam unter UN-Verwaltung. Am 17. November 1999 übernahm der Brasilianer Sérgio Vieira de Mello, der zwischen 1999 und 2002 auch die UNTAET leitete und das Land in seine Unabhängigkeit von Indonesien führte. Nachfolger Mellos für die UNMISET war zwischen 2002 und 2004 der Inder Kamalesh Sharma.