Babası'nın 1617 senesinde vefat etmesi ve ardından tahta çıkan amcası I. Mustafa'nın tahtan indirilmesiyle ağabeyi II. Osman tahta çıktı. Genç Osman, başta Şehzade Mehmed'e kıymayan ancak iktidarının üçüncü yılında Lehistan seferi'ne çıkarken, kendisinin yokluğunda muhtemelen sultanlardan birinin herhangi bir kardeşinin tahta çıkarma girişimini engellemek için, altı kardeşinden en büyüğü olan Şehzade Mehmed’i yaklaşık 16 yaşında boğdurttu. Şehzade Mehmed'in idam edilmesi halk ve askerler arasında hoşnutsuzluk ve huzursuzluk yarattı çünkü Şehzade Mahmud'dan 18 yıl sonra ilk defa bir şehzade katli olmuştu. Ardından 1621 büyük kışın yaşanması bu idama yoruldu ve padişaha karşı hoşnutsuzluk oluştu. Şehzade Mehmed, yeniçeriler tarafından sevilmekteydi. Kendisi öldükten sonra ayaklanma olduğu rivayet edilmektedir. Şehzade Mehmed'in boğulurken II. Osman'a şöyle dediği rivayet edilir; "Osman, dilerim Allah'tan, ömrü devletin berbad olup benim ömrümden nice mahrum eylediysen, sen dahi behremend olmayasın!"