Ketjureaktion hallinnan menettäminen voi johtaa ns. reaktiivisuusonnettomuuteen, jossa ydinreaktorin teho kasvaa äkillisesti, kuten tapahtui Tšernobylin onnettomuudessa. Tällöin reaktorin polttoaine kuumenee nopeasti, mikä voi johtaa sen vaurioitumiseen ja radioaktiivisten aineiden vapautumiseen. Ydinreaktorit pyritään suunnittelemaan siten, että lämpötilan nousu tai jäähdytysveden kiehuminen hidastaa ketjureaktiota. Tämä estää reaktorin tehon hallitsemattoman kasvun. Ketjureaktion nopeaa pysäyttämistä varten reaktoreissa on pikasulkujärjestelmä, joka työntää säätösauvat reaktorin sydämeen. Jos säätösauvat jumittuvat, niin ketjureaktio voidaan pysäyttää myös pumppaamalla reaktoriin booriliuosta, joka absorboi neutroneja.