אתלטיקו הצליחה לזכות בתואר הסופר קאפ הספרדי בפתיחת העונה הבאה, לאחר ניצחון 2-1 בסיכום שני מפגשים, שוב בדרבי של מדריד מול ריאל. חואנפראן פתח ושיחק לאורך צמד משחקי הסופר קאפ. ב&lt;a href="%D7%A2%D7%95%D7%A0%D7%AA%202015/2016%20%D7%91%D7%9C%D7%99%D7%92%D7%AA%20%D7%94%D7%90%D7%9C%D7%95%D7%A4%D7%95%D7%AA"&gt;עונת 2015/2016 בליגת האלופות&lt;/a&gt;, היה חואנפראן לחלק משמעותי מהקבוצה ששוב הצליחה להעפיל עד לגמר. הוא כבש את הפנדל השמיני והמכריע בניצחון 8-7 על פ.ס.וו. איינדהובן. במשחק הגמר שוב פגשה אתלטיקו את ריאל, והמשחק הוכרע בבעיטות עונשין. חואנפראן, הבועט הרביעי של אתלטיקו, היה המחמיץ היחיד מבין שתי הקבוצות בדו-קרב, וראה את ריאל שוב זוכה על חשבון קבוצתו באליפות אירופה, עם 5-3 בתום הדו-קרב.