2002 verteidigte Eto’o in Mali den Afrika-Cup mit seiner Mannschaft. Bei der Weltmeisterschaft 2002 in Japan und Südkorea gewann Kamerun nur ein Spiel gegen Saudi-Arabien, bei dem Eto’o einen Treffer erzielte (1:0). Beim Konföderationen-Pokal 2003 blieb ihm der Turniersieg verwehrt, da Kamerun im Endspiel gegen Frankreich unterlag.