Nach dem Zusammenbruch der Sowjetunion brachen auch die Passagierzahlen ein. Aufgrund der zusammengebrochenen Wirtschaft des Landes, dem Transnistrien-Konflikt und dem Abbruch sämtlicher wirtschaftlicher und diplomatischer Beziehungen zu anderen ehemaligen Sowjetstaaten fand 1992 und 1993 so gut wie kein Flugverkehr mehr statt. Teilweise musste der Flughafen über Wochen gesperrt werden, da kein Treibstoff mehr zur Verfügung stand. Sämtliche Flüge innerhalb Moldaus wurden zuvor eingestellt. Nach einigen Reformen und Initiativen der moldauischen Behörden erhielt der Flughafen am 31. Mai 1995 den Status eines Internationalen Flughafens. Seitdem hat sich der Luftfahrtsektor stetig erholt.