Пілсудскі быў арыштаваны 22 ліпеня 1917. Яго перавезлі ў гданьскую турму, адкуль праз астрог у "Шпандау" і крэпасці "Весэль" трапіў у Магдэбург. Праз некалькі месяцаў да яго далучыўся . Падчас арышту (7 лютага 1918) у Пілсудскага і Аляксандры Шчарбінскай нарадзілася першая дачка  — Ванда. Ад моманту яго арышту, і да таго вялікая папулярнасць, — як ахвяры пераследаванняў і сімвала барацьбы з акупантамі — яшчэ болей узрастае. Становішча на фронце, якое стала пагаршалася, прымусіла немцаў разгледзець пытанне аб вызваленні Каменданта. Да яго прыслалі графа Гары Кеслера, якому было патрэбна здабыць ад Пілсудскага афіцыйную заяву, што той не стане чыніць немцам нічога благога. Аднак Пілсудскі катэгарычна адмовіўся падпісаць «дэкларацыю лаяльнасці». Аднак з выбухам у Германіі Лістападаўскай рэвалюцыі, у крэпасці з'явіліся два нямецкія афіцэры, апранутыя ў цывільнае адзенне, якія спярша перавезлі Пілсудскага і Саснкоўскага ў Берлін, адкуль спецыяльным цягніком яны былі накіраваны далей у Варшаву.