Liivinmaan sodan aikana Muhun valloittivat tanskalaiset. Vuodesta 1645 saarta hallitsivat vuorostaan ruotsalaiset. Ruotsin kuningatar Kristiina läänitti alueen Magnus De la Gardielle. Ruotsi luopui alueistaan virossa Uudenkaupungin rauhassa ja Muhu liitettiin Venäjän keisarikuntaan. Venäjän vallan alaisuudessa Muhu kuului hallinnollisesti Liivinmaan kuvernementtiin. 1850-luvun puolivälissä Nikolai I:n hallituskaudella 70 prosenttia asukkaista kääntyi ortodoksiseen uskoon, koska maata alettiin jakaa kääntyneille. 1900-luvun alussa Muhussa oli noin 6 000 asukasta. Viron itsenäisyyssodan aikana Muhu oli tuolloin syttyneen Saarenmaan kapinan keskuksia ja kapinan alkupaikka. Itsenäisen Viron aikana Muhu oli jaettu kahteen kuntaan, jotka yhdistettiin vuonna 1939. Neuvostovallan aikana Muhu jaettiin kahteen kyläkuntaan vuonna 1945 ja neljään vuonna 1950. 1954 kyläkuntien määrä supistettiin jälleen kahteen ja nekin liitettiin yhteen vuonna 1960. Itsenäisessä Virossa Muhu oli ensimmäinen virallinen kunta, se perustettiin virallisesti 1. lokakuuta 1990.