Von 1997 bis 1999 absolvierte Enke 15 Spiele für die deutsche U21-Nationalmannschaft. 1999 wurde er von Trainer Erich Ribbeck erstmals in die A-Nationalmannschaft berufen und reiste mit zum Konföderationen-Pokal in Mexiko, wo er jedoch nicht eingesetzt wurde. Nach seinem Wechsel ins Ausland im selben Jahr geriet er aus dem Blickfeld der Nationalmannschaft. Erst 2006, als er bereits zwei Jahre für Hannover 96 gespielt hatte, wurde er vor der WM 2006 von Jürgen Klinsmann wieder in den erweiterten Kader der Nationalmannschaft berufen. Am Turnier nahm er jedoch nicht teil.