Пасля тэрактаў 11 верасня 2001 года цягніка № 1 прыйшлося перанакіраваць, паколькі лінія праходзіла непасрэдна пад будынкам Сусветнага гандлёвага цэнтра і была моцна пашкоджаная ў выніку абвальвання вежаў-блізнят. Першапачаткова лінія працавала як чаўнок побач з маршрутамі 2 і 3 на Таймс-сквер з-за абломкаў, якія зваліліся на рэйкі на поўдзень ад Пенсільванскага вакзала. Калі абломкі былі расчышчаны да 17 верасня, цягнікі маршруту № 1 курсіравалі толькі паміж 242-й вуліцай і 14-й вуліцай, робячы мясцовыя прыпынкі на поўнач ад 96-й вуліцы і экспрэс-прыпынку на поўдзень ад гэтага пункту. Мясцовае паведамленне было заменена 2 і 3 маршрутаў, якія курсуюць экспрэсам ад Канал-стрыт да Фултан-стрыт з-за смецця, які пакрывае прыпынку паміж імі. Скіп-стоп-сэрвіс на маршруце 9 быў прыпынены на час дзеяння плана аварыйнай службы 9/11. 19 верасня, пасля некалькіх затрымак пераключэння на 96-й вуліцы, абслугоўванне было зменена. Цягнікі 1 лініі рабілі усё прыпынку ў любы час ад 242-й вуліцы да Нью-Лотс-Авеню праз тунэль Кларк-стрыт і лінію IRT Істэрн-Паркуэй, замяніўшы маршрут 3 цягнікоў у Брукліне, так як 3 заканчваліся на 14-й вуліцы ў гэты перыяд. Усе цягнікі 1 працягвалі курсіраваць экспрэсам з 2 паміж вышэйзгаданымі вуліцамі да 1 кастрычніка, калі ён скончыўся на Чамберс-стрыт у Манхэтэне ноччу.