Од 2002. године, у поморској бази налазио се и војни затвор "Гвантанамо Беј" који је био логор за лица осумњичена да помажу исламске терористе, као и за заробљенике из Авганистана и касније Ирака. Јануара 2009. године, председник Барак Обама је потписао налог којим се затвор распушта.