En 1996, il entre en cours de match dans le Tournoi des Cinq Nations 1996 contre le pays de Galles avant d'être victime d'une grave blessure à la cheville droite. En , Fabien Galthié est titulaire au poste de demi de mêlée contre l'Irlande pour le match d'ouverture du Tournoi des Cinq Nations 1997. Il est victime d'une entorse du genou en deuxième mi-temps et il ne peut pas jouer d'autre rencontre du Tournoi, conclu par un Grand Chelem pour les Bleus de France. Philippe Carbonneau le remplace lors du premier match. Fabien Galthié est absent six mois des suites de sa blessure. Le , il joue avec les Barbarians français contre l'Afrique du Sud à Brive. Les "Baa-Baas" s'imposent 30 à 22. Sans son demi de mêlée international, le club de Colomiers parvient pourtant en quart de finale du championnat de France 1996-1997 contre le voisin toulousain. Le , Fabien Galthié est titulaire pour une victoire contre l'Italie. Victime d'une luxation claviculaire après de jeu, il manque les deux matchs suivants de Coupe latine. Il est de nouveau apte pour jouer les "". Lors du premier test-match, la France s'incline . Une semaine après, pour le dernier match au Parc des Princes, la France est dépassée défensivement, physiquement, et elle perd .