Kun he Schmalkaldenin sodassa kieltäytyivät taistelemasta protestantteja vastaan, heidät karkotettiin Böömistä, mutta he saivat turvapaikkoja Preussissa ja Puolassa. Puolaan siirtyneet liittyivät 1570 Sendomirin kokouksessa reformoituihin ja luterilaisiin. Samoin omaksuivat Böömiin ja Määriin jääneet 1575 kalkkilaisten, luterilaisten ja reformoitujen kanssa yhteisen tunnustuksen ("Confessio Bohemica"). Menetettyään kaikki oikeutensa emämaassaan kolmikymmenvuotisen sodan aikana veljesseurakunta hajaantui suuren piispansa Amos Comeniuksen aikana. Seurakunnan viimeisistä jäänteistä muodostui seuraavalla vuosisadalla herrnhutilaisten kantajoukko.