Осенью 1941 года Василий Николаевич принимал участие в совместной англо-советской операции «Согласие». На фронтах Великой Отечественной войны лейтенант Наумов с декабря 1941 года. Воевал на самолётах Ар-2, ДБ-3Ф, Б-3 Бостон. С началом Великой Отечественной войны на базе Закавказского военного округа был создан Кавказский фронт. В его составе В. Н. Наумов участвовал в Керченско-Феодосийской десантной операции 1941—1942 гг. Поддерживая действия десанта на Керченском полуострове, Василий Николаевич в составе экипажа совершил 10 боевых вылетов, сбросив на передний край обороны немцев и их военные объекты 70 ФАБ-50, 6 ФАБ-250 и 2 РРАБ-3. Весной 1942 года ему было присвоено звание старшего лейтенанта.