В 1997 году Мохаммад Хатами победил на президентских выборах в Иране и назначил Масумех Эбтекар вице-президентом страны, она стала первой женщиной занявшей эту должность. В декабре 2002 года Масумех была одним из основателей Женской партии Ирана, наряду с другими известными женщинами этой страны. Партия является одним из подразделений Исламского иранского фронта участия. Масумех Эбтекар принимала меры по борьбе с загрязнением воздуха в Тегеране и устранением экологических проблем в Персидском заливе. В 2005 году на президентских выборах в Иране победил Махмуд Ахмадинежад и Масумех Эбтекар была снята с должности вице-президента страны.