У роки Першої світової війни 1914—1918 років командував бригадою, сформованою з поляків, яка у складі австрійської армії воювала на Східному фронті. У липні 1917 року внаслідок конфлікту з німецькою окупаційною владою (відмовився присягнути німецькому кайзеру) був заарештований і ув'язнений в тюрмі у Марієнбурзі. Був прихильником так званої федеративної концепції, яка передбачала розчленування Російської імперії і створення у Східній Європі федеративної держави — Міжмор'я у складі Польщі, Литви, України і Білорусі. У листопаді 1918 року Пілсудський, посівши пост тимчасового керівника Польської держави, проводив агресивну політику стосовно Західно-Української Народної Республіки.