Mutaguchi dinaikkan pangkat ke Leftenan Jeneral pada permulaan Perang Pasifik pada tahun 1940 dan dilantik panglima Divisyen Ke-18 Tentera Darat Imperial Jepun dalam bulan Apri 1940. Divisyen ini terlibat dengan serangan awal terhadap Tanah Melayu dan seterusnya serangan terhadap Singapura. Mutaguchi sendiri tercedera dalam Pertempuran Singapura dalam bulan Februari 1942. Divisyen Ke-18 dipindahkan ke Filipina selepas kejatuhan Singapura dan pada bulan April 1942 Divisyen ke-18 dipindahkan ke Burma.