През този период благодарение на четенето на Библията и кореспонденцията с брат Д`Андел Колини се присъединява към Реформистката църква и окончателно приема калвинизма, в което убеждава и съпругата си. През 1560 година той открито се обявява за хугенот и иска от краля реформи в полза на хугенотите, които да получат църкви за богослужение. През 1562 година по време на Първата религиозна война Колини е помощник на водача на хугенотите Луи дьо Бурбон, принц дьо Конде, а след битката при Дрьо, когато Конде е взет в плен, Колини поема командването. Тази война приключва с мира от Амбоаз. През 1567 година хугенотите отново се вдигат на бунт и водят успешно войната благодарение умелата стратегия на Конде и Колини, които бързо завземат крепостите около Париж и Сен Дьони. Във всички религиозни войни адмиралът взема дейно участие и става все по-враждебен към католиците и рода Гиз. Той е важна фигура в битките при Жарнак и Монконтур (1569) и лично договаря благоприятния за хугенотите мир от Сен Жермен (1570). Колини се е сближил с крал Шарл IX, който е имал намерение благодарение на адмирала да спечели реформистите в Европа и да присъедини Нидерландия към Франция.