В 1999 году Огюстен Мисаго был арестован по обвинению в участии руандийского геноцида. Во время судебного процесса ему было предъявлено обвинение в ответственности за убийство 30 студентов, которые, как считало обвинение, просили у него защиты. Находился 14 месяцев в заключении, после чего с него было снято обвинение и он был освобождён из заключения.