嘉靖初，起复为稽勋员外郎，与郎中余宽等伏阙争大礼，被下诏狱，再次被廷杖夺俸。迁吏部文选清吏司郎中、考功郎中，擢南京通政司参议。嘉靖二十年（1542年）任光禄寺卿，不久告老还乡。十年后，复起任南京光禄卿，次年致仕。嘉靖三十四年十二月十二日（1556年1月23日），嘉靖大地震，马理夫妇遇難。