Durante los años de la Transición se vio envuelta por su apoyo o intervención en varios atentados ultraderechistas contra huelguistas, políticos de izquierdas, sindicalistas, manifestaciones vecinales o estudiantiles y redacciones de periódicos. Uno de estos grupos, los Guerrilleros de Cristo Rey, al cual pertenecían destacados miembros de Fuerza Nueva, fue el responsable del asesinato de varias personas durante aquellos años. Entre los atentados terroristas imputados a militantes de Fuerza Nueva se encontraron la matanza de Atocha de 1977 o el asesinato de la activista Yolanda González, militante del trotskista Partido Socialista de los Trabajadores, en 1980. Asimismo sus relaciones durante sus primeros años con Falange Española Independiente fueron bastantes tensas, al contrario que con FE de las JONS.