Από το 1938 ο Πουρκάγιεφ υπηρέτησε ως επιτελάρχης της Στρατιωτικής Επαρχίας της Λευκορωσίας, ως ο Σοβιετικός στρατιωτικός ακόλουθος στο Βερολίνο κατά την έναρξη του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου το 1939, ενώ συμμετείχε και στο σχεδιασμό της Σοβιετικής εισβολής στην Πολωνία. Από τον Ιούλιο του 1940, ο Πουρκάγιεφ υπηρέτησε ως Αρχηγός του Επιτελείου της Ειδικής Στρατιωτικής Επαρχίας του Κιέβου , ενώ από την αρχή του σοβιετογερμανικού πολέμου υπηρέτησε ως Επιτελάρχης στο Νοτιοδυτικό μέτωπο (Ιούνιος–Ιούλιος 1941), και αργότερα στην 60η Στρατιά και τον 3ο Στρατό Σοκ. Το 1942-43 υπηρέτησε ως διοικητής του μετώπου Καλίνιν, ενώ από τον Απρίλιο του 1943, το Άπω Ανατολικό Μέτωπο (από το 1945 ήταν γνωστό ως 2ο Άπω Ανατολικό Μέτωπο). Από το Σεπτέμβριο του 1945 έως τον Ιανουάριο του 1947 ο Πουρκάγιεφ υπηρέτησε ως διοικητής της Στρατιωτικής Επαρχίας της Άπω Ανατολής, όπου ήταν υποψήφιος στο Υψηλότερο Σοβιέτ της ΕΣΣΔ (1946-1950).