旧金山湾区的交通离不开各种设施之间的配合，如发达的公路、桥梁、隧道、高速路、铁路、机场、轮渡，以及单车和人行通道。这些设施的建造、维护和运营由多个机构负责，包括加州交通部、旧金山交通局和。这些机构共同管理着州際公路、州道、2个地铁系统、2个通勤列车机构、8座跨湾大桥、跨湾渡轮、当地的公交车、3座国际机场（旧金山、奧克蘭和圣何塞三座机场），以及纵横交错的公路、隧道和步行道，例如。湾区有着相当多的高速公路系统，也非常容易出现拥堵。公司的一项研究发现，湾区公路是全世界第4拥堵的。在旧金山，由于一些民众，有些线路不能很好地衔接在一起，例如海灣大橋（80號州際公路西端）和金门大桥（101号国道南端）之间就缺乏一条高速通道。另外，由于1989年洛馬普里塔地震，一些路段受损而被移除，却没有重建，使像内河码头这样的邻近地区开始复兴。湾区有三条南北走向的“大动脉”：5号州际公路、101号国道和1号州道。其中101号国道和1号州道直接覆盖湾区9县，而5号州际公路则从湾区东侧直接进入圣华金县，使连接萨克拉门托和洛杉矶的线路更近。其他的本地公路则将一些郊区也连入主要的交通网络。