1785 brachte Baudin aus Kanada vertriebene Franzosen von Nantes ins damals spanische New Orleans (Deportation der Akadier). Als er von dort zur Île de France unterwegs war, könnte er im Oktober 1786 auf Jamaika mit dem Botaniker Franz Joseph Märter (1753–1827) verhandelt haben. Dieser war von Joseph II. mit der Leitung eines Expeditionsteams betraut worden, das aber in der Zwischenzeit auseinandergebrochen war. In der Folge brachte Baudin von Februar bis März 1787 einen früheren Begleiter Märters, den Gärtner Franz Boos (1753–1821) aus Frauenalb in Baden, von der niederländischen Kapkolonie auf die Île de France. Für die Rückfahrt im Dezember charterte Boos Baudins "Pepita (Josepha)," die in "La pépinière (Die Gärtnerei)" umgetauft wurde. Weil das Schiff nicht genug Platz bot, ließ Boos am Kap einen Teil des dort Gesammelten unter der Obhut seines erkrankten Gehilfen Georg Scholl (1751–1831) zurück. Über Málaga und Triest erreichte er im August 1788 Wien. Baudin, den er sehr rühmte, war ihm dorthin vorausgereist. Die größten Tiere, die sie mitbrachten, waren zwei Zebras.