Козацтво відігравало ключову роль в україно-польській війні. Богдан Хмельницький саме в Микитинській Січі у січні 1648 року був обраний гетьманом Війська Запорізького. Після завершення війни 1648–1654 рр. Запорізька Січ (в той час нею була Чортомлицька Січ) продовжувала бути адміністративно-військовим центром усього Запоріжжя. В травні 1709 року царський уряд Російської імперії зруйнував Січ, використавши як привід те, що частина козаків під керівництвом гетьмана Івана Мазепи і кошового отамана Гордієнка воювала проти Петра І у Північній війні.