Der Yasukuni-Schrein war 1869 unter dem Namen "Tōkyō Shōkonsha" (Tokioter Schrein zum Herbeirufen der Totengeister, "shōkonsha" wurden allgemein Schreine zur Verehrung von Kriegstoten genannt) im Stadtbezirk Chiyoda (unmittelbar nördlich des Kaiserpalastes) der neuen Hauptstadt Tokio gegründet worden, wo er noch heute steht. Im Schrein sollte aller Kriegsgefallenen als "kami" und „Heldenseelen“ (, "eirei") gedacht werden, die auf der kaiserlichen Seite in den Restaurations-Wirren (wie dem Boshin-Krieg) gekämpft hatten. Dies wurde später auch auf die Toten aus anderen Konflikten erweitert, wie der japanischen Strafexpedition nach Taiwan (Mai–Dezember 1874). 1879 bestimmte ihn der Tennō zum "Bekkaku kanpeisha" (Reichsschrein der Sonderklasse) und gab ihm den Namen "Yasukuni", basierend auf der Textstelle "waga motte kuni o yasunzuru nari" (jap. für ) aus dem chinesischen Geschichtswerk "Zuozhuan" mit der Bedeutung „ich tat es, um das Land zu befrieden“.