В ході міжетнічного конфлікту в Палестині Мішмар-га-Емек неодноразово піддавався нападам, як під час арабського повстання 1936—1939 років, так і пізніше. Євреї, зі свого боку, організували в кібуці навчальний табір «Пальмаха». 4 квітня 1948 року Мішмар-га-Емек був атакований великими силами Арабської визвольної армії при підтримці артилерії. Командувач АВА Фавзі аль-Кавукджі кинув на захоплення маленького кібуцу більше тисячі солдатів. Була організована евакуація дітей і жінок, а захисники кібуцу, яких було вп'ятеро менше, ніж нападників, отримали підкріплення. До 12 квітня єврейські частини під командуванням Іцхака Саді змусили арабську армію відступити, що призвело до втечі жителів навколишніх арабських сіл. Остання атака Кавукджи на Мішмар-га-Емек привела його частини в котел, з якого їм ледве вдалося вирватися. Після цього АВА фактично пішла з Галілеї. Ще раз військові дії торкнулися Мішмар-га-Емека в грудні, коли частина жителів загинула в результаті бомбардування іракських ВВС.