Auf ihrem Parteitag in Orlando (Florida) wählte die Libertäre Partei am 29. Mai 2016 den früheren republikanischen Gouverneur von New Mexico, Gary E. Johnson, zu ihrem Kandidaten bei der anstehenden Präsidentschaftswahl. Johnson war schon bei der vorherigen Wahl Spitzenkandidat gewesen und hatte knapp 1 % der landesweiten Stimmen erhalten. In landesweiten Umfragen erreichte er im Mai Werte um 10 %. Dies wurde auf die relative Unbeliebtheit der wahrscheinlichen Kandidaten Donald Trump und Hillary Clinton zurückgeführt. Zum Kandidaten für das Vizepräsidentenamt wurde der ehemalige republikanische Gouverneur von Massachusetts, Bill Weld, gewählt. Sowohl Johnson als auch Weld hatten als Republikaner dem moderaten Flügel ihrer ehemaligen Partei angehört und vertraten vor allem in gesellschaftspolitischen Fragen eher liberale Positionen. Die Libertarian Party war bei den Präsidentschaftswahlen 2016 die einzige dritte Partei, die in allen Bundesstaaten der Vereinigten Staaten sowie in Washington, D.C. wählbar war. Deshalb und wegen der relativ guten Umfragewerte Johnsons forderte dieser, an den TV-Debatten teilnehmen zu dürfen. Dies galt allerdings als unrealistisch, da Johnsons Umfragewerte unterhalb von 15 % lagen; der Untergrenze für eine Zulassung. Nach einem negativen Bescheid reichte er am 1. September gemeinsam mit der Kandidatin der Green Party, Jill Stein, erfolglos Berufung ein.