Nedorit de foștii colegi și vânat de Aliați, Himmler a „rătăcit” câteva zile în împrejurimile orașului Flensburg, (aproape de Danemarca), capitala regiunii guvernate de Dönitz. Încercând să scape de arestare, s-a deghizat în sergent-major al poliției militare, cu numele „Heinrich Hitzinger”, și-a ras mustața și spera să se reîntoarcă în regiunea natală, Bavaria. Avea asupra sa un set complet de documente contrafăcute, însă a stârnit suspiciune în orașul Bremen, la un punct de control militar britanic. A fost arestat la 22 mai 1945 de sergentul Arthur Britton și a fost recunoscut imediat. Himmler urma să compară, împreună cu alți lideri, la tribunalul de la Nürnberg, inculpat pentru crime de război, crime împotriva păcii și crime împotriva umanității, însă s-a sustras judecării sinucigându-se cu cianura de potasiu dintr-o capsulă pe care britanicii nu i-o descoperiseră la timp.