鸦片战争之后，1844年福州作为五口之一正式开埠。自1845年南台岛的英国领事馆建立起，先后有17个国家在福州设领事馆。台江地区沿江和上、下杭一带成为进出口贸易中心，而福州的茶叶出口更占到中国茶叶出口总量的35%。外资、民营与官营的银行、企业、商号等相继在福州开办。1847年，基督教新教开始在福州传播，并在此后创立了许多教会学校和福州最早的报纸和期刊。洋务运动兴起后，1866年（同治五年），清政府在马尾设立了福建船政局（后改福州船政局）以建造现代舰船，并开设福建船政学堂培养相关人才。随后福建水师成立。1884年中法战争期间，在马尾港发生的马江海战导致福建水师几乎全军覆没。晚清的福州是中国较为现代化的城市。清朝立宪运动后，福建省咨议局于1909年在福州开幕。1911年11月9日，福建同盟会击败清军，占领福州，成立了福建军政府。