En 1531, après la Deuxième Guerre de Kappel, les paroisses réformées du comté reviennent au catholicisme, sauf dans les zones de la Limmat où l'influence de Zurich est notable. En 1712, après la deuxième bataille de Villmergen, les cantons catholiques sont exclus de l'administration du comté au profit exclusif de Zurich, Berne et Glaris.