In december 1880 volgde de promotie tot brigadier-generaal en in 1886 verving hij generaal George Crook in diens strijd tegen Geronimo. Miles wist er ook voor te zorgen dat deze opstandeling zijn wapens tegen het Amerikaanse leger neerlegde. Hij nam vervolgens nog eenmaal de wapens op tegen de inheemse volkeren en dat was in 1890 toen de Sioux in opstand kwamen tegen de Amerikanen. Zijn eigen bevelen waren medeverantwoordelijk geweest voor het Bloedbad van Wounded Knee.