עומר נרצח במסגד בשעת התפילה על ידי פירוז נהונדי (אבו לֻאלֻאה), חייל סאסאני לשעבר, שנלקח כעבד לחצי האי ערב לאחר שנשבה בקרב אל-קאדסיה. לפני מותו הספיק עומר למנות מועצת "שורא".