Er regierte ab 1309 zusammen mit seinem Bruder Nikolaus II. über Werle. Nach dessen Tod 1316 entschloss man sich zur Teilung und Johann übernahm die Herrschaft über den Teil Werle-Güstrow und Johann III., der Sohn Nikolaus II., übernahm die Herrschaft Werle-Goldberg. Der dänische König Christoph II. versprach am 4. Mai 1326 Johann zusammen mit den Fürsten von Mecklenburg Heinrich II. die Belehnung mit den rügischen Besitzungen. Im Rügischen Erbfolgekrieg konnten diese Ansprüche jedoch nicht durchgesetzt werden. Er war seit dem Jahr 1311 mit Mechthild († 1333/1344), der Tochter Heinrichs I. von Braunschweig, verheiratet. Durch mehrere Prozesse gegen Juden wegen Hostienschändung in seinem Herrschaftsgebiet (Güstrow, Krakow am See) entledigte er sich seiner Schulden.