El problema internacional más espinoso que afrontó el gobierno de Achá fue el enfrentado con Chile, a causa de la ocupación, por parte de este país, de la bahía de Mejillones, en el departamento del litoral boliviano del Pacífico. Hacía ya varios años que los chilenos habían iniciado una descarada política expansionista sobre territorio boliviano (Atacama), cuyas riquezas en guano y salitre ambicionaban. Se agotaron todos los medios diplomáticos para llegar a una solución que dejara satisfecha a Bolivia, y el congreso boliviano autorizó al presidente a declarar la guerra a Chile como último recurso en caso de que todos los recurso diplomáticos se acabaran (5 de junio de 1863). Pero la defensa continental ante la agresión de la flota española del Pacífico en 1864, hizo dejar a un segundo plano dicho problema, y Bolivia se unió a la cuádruple alianza contra España, junto con Perú, Chile y Ecuador.