Nel 1552 papa Giulio III, riorganizzò l'Ateneo dopo i tragici eventi del Sacco di Roma del 1527, assegnando al Collegio degli avvocati concistoriali l'autorità di conferire il dottorato in diritto civile e in diritto canonico. Tale riforma venne confermata alla fine del secolo da Sisto V, il quale aggiunse alle prerogative del Collegio la scelta del rettore dello "Studium" romano. Nel 1811-1812, i francesi, nel tentativo di riformare l'Università romana in base alle indicazione di Giovanni Ferri de Saint-Costant, previdero l'eliminazione dell'insegnamento di Diritto canonico e l'introduzione di quelli di Diritto civile, commerciale, processuale civile e processuale penale. La riforma non fu mai attuata, in quanto il dominio francese su Roma si interruppe bruscamente nel 1814, e il papa Leone XII, con la riorganizzazione degli studi universitari che operata nel 1824, si limitò a mantenere il precedente ordine degli studi, salvo innovarne la metodologia di insegnamento. Tale innovazione riscosse il consenso dei grandi giuristi tedeschi Friedrich Carl von Savigny e K.J.A. Mittermaier, i quali ebbero occasione di visitare la facoltà.