Zmiany polityczne i gospodarcze, które nastąpiły w Polsce po 1989 roku, spowodowały rozpad Komitetu Honorowego. Fakt ten, a także trudności finansowe, wymusiły modyfikację projektu i opóźniły znacznie jego realizację. Niemniej idea budowy mauzoleum nie została nigdy zarzucona. 9 maja 1991 powołana została Fundacja „Pomnik-Mauzoleum” w Michniowie. W lipcu 1993 roku – w 50. rocznicę pacyfikacji – odsłonięto w Michniowie pomnik „Pieta Michniowska” dłuta Wacława Staweckiego. Z kolei w lipcu 1997 oddano do użytku nowy Dom Pamięci Narodowej. Mieści on odtąd stałą wystawę oraz ośrodek badawczy, dokumentujący martyrologię polskiej wsi w czasie II wojny światowej. Jednocześnie otwarte zostało tzw. Sanktuarium Męczeńskich Wsi Polskich, gdzie umieszczane są krzyże symbolizujące polskie wsie spacyfikowane przez Niemców w latach 1939–1945 (jest ich obecnie kilkaset). Na terenie sanktuarium odsłonięto również pomnik „Pożoga Wołynia”, upamiętniający polskie wsie wymordowane na Wołyniu przez ukraińskich nacjonalistów.