В результате начавшейся в 1517 году Реформации империя оказалась расколотой на лютеранский север и католический юг. Протестантство в первой половине XVI века приняли многие крупные княжества (Саксония, Бранденбург, Курпфальц, Брауншвейг-Люнебург, Гессен, Вюртемберг), а также важнейшие имперские города — Страсбург, Франкфурт, Нюрнберг, Гамбург, Любек. Католическими остались церковные курфюршества Рейна, Брауншвейг-Вольфенбюттель, Бавария, Австрия, Лотарингия, Аугсбург, Зальцбург и некоторые другие государства. Конфессиональный раскол империи в условиях возрождения претензий на гегемонию в Европе императора Карла V (Итальянские войны), а также проводимой им политики централизации имперских институтов привёл к обострению внутреннего положения Германии и нарастанию конфликта между сословиями империи и императором. Нерешённость церковного вопроса и провал попыток императора достичь компромисса по теологическим вопросам на Аугсбургском рейхстаге 1530 года вызвал оформление двух политических союзов в Германии — протестантского Шмалькальденского и католического Нюрнбергского. Их противостояние вылилось в Шмалькальденскую войну 1546—1547 годов, потрясшую конституционные основы империи. Хотя Карл V одержал победу в войне, вскоре против него сплотились все основные политические силы империи, недовольные универсализмом политики Карла, желавшего создать «всемирную империю» на основе своих немецких, австрийских и испанских владений, и непоследовательностью в решении церковных вопросов. В 1555 году на рейхстаге в Аугсбурге был заключён Аугсбургский религиозный мир, который признал лютеранство в качестве легитимной религии и гарантировал свободу вероисповедания для имперских сословий, по принципу cujus regio, ejus religio. Карл V отказался подписать это соглашение и вскоре сложил с себя полномочия императора.