Em outubro de 2005, Noda criticou o primeiro-ministro Junichiro Koizumi, que parecia ainda considerar os crimes de guerra do Japão na Segunda Guerra Mundial como crimes de guerra, mas Noda também foi criticado pelo seu apoio à visita de Koizumi ao Santuário Yasukuni. Em 15 agosto de 2011 - o aniversário da rendição do Japão na Segunda Guerra Mundial - ele expressou que os grandes criminosos de guerra condenados pelos Aliados não eram propriamente criminosos de guerra, em sua visão.