Les Slaves, ancêtres linguistique de la nation majoritaire en République de Macédoine du Nord moderne, s'installent au et forment leurs propres États : d'abord des petits duchés nommés « Sklavinies » (qui se multiplient jusque dans le Péloponnèse), puis de grands royaumes comme la Serbie ou la Bulgarie (qui se substituent à l'autorité de Constantinople). Après avoir été reconquis pour un siècle par les Byzantins au , ces royaumes retrouvent leur indépendance, mais sont envahis au par les Ottomans, qui conservent toute la Macédoine jusqu'en 1912. Les Ottomans encouragent le développement des villes, où se concentre l'élite économique musulmane, alors que les campagnes, où vivent les Chrétiens, sont livrées à la pauvreté, à l'insécurité et à l'exode rural. Cette migration, d'abord vers les montagnes, entraîne l'émergence des haïdouks, hors-la-loi qui luttent contre la puissance ottomane. Cet exode s'oriente ensuite vers les villes et fait naître une première élite économique slave à la fin du . L'Empire ottoman est alors sur le déclin et, après les indépendances grecque et bulgare, naît une première conscience slavo-macédonienne. La région est nettement sous-développée et son identité culturelle reste incertaine. Selon les langues, des écoles financées par les Grecs, les Bulgares et les Serbes tentent d'inculquer aux Macédoniens un sentiment d'appartenance à leur pays respectif, afin de pouvoir facilement annexer la région. De grandes organisations de libération voient le jour à la fin du et en 1903.