A guerra da sucessão espanhola (1701–1714) causou a diminuição dos missionários e instabilidade nas missões. Devido a isso, nenhuma missão foi construída neste período. Em 1718, San Rafael era a maior das missões de Chiquitos, e com uma população de 2.615 habitantes não conseguia manter o rápido crescimento demográfico. Em 1721, os jesuítas Frei Felipe Suárez e Frei Francisco Hervás estabeleceram um desdobramento da missão de San Rafael, que foi nomeada missão de San Miguel de Velasco. Para o sul, San Ignacio de Zamucos foi fundada em 1724, mas abandonada em 1745. Atualmente, nada restou desta missão.