Nach Ablauf seiner Dienstzeit kehrte Seneca Inggersen 1739 nach Europa zurück und legte im September 1739 in Amsterdam die Prüfung zum „Oberchirurg“ ab. In diesem Rang heuerte er im Oktober 1739 erneut bei der Ostindien-Companie an. Im Juni 1740 erreichte er Batavia. Dort erlebte er im Herbst desselben Jahres den Aufstand der chinesischen Arbeiter gegen die niederländische Kolonialmacht mit, die zum Massaker führte, bei dem rund 10.000 Chinesen durch niederländische Soldaten und Einheimische getötet wurden. Dieses Massaker führte zum Einbruch der Zuckerproduktion, da diese sich weitgehend in chinesischen Händen befunden hatte. Bis 1741 unternahm er im Dienst der Companie zahlreiche Reisen u. a. nach China und Ceylon. Die dabei gewonnenen Kontakte und Kenntnisse der Sprachen und Umstände beförderten bald seinen Aufstieg.