Durant la Guerra de 1812 a Canadà, el tinent coronel Scott va prendre el comandament d'una partida de desembarcament durant la Batalla de Queenston Heights en Ontàrio Canadà el 13 d'octubre de 1812, però va ser forçat a rendir-se juntament amb el comandant de la milícia el general brigadier William Wadsworth, quan la majoria dels membres de la milícia de Nova York van refusar entrar a Canadà en suport a la invasió.