Vào ngày 11 tháng 12 năm 1991, Honeckers tìm nơi trốn tránh trong Đại sứ quán Chile tại Moskva, đồng thời xin tị nạn chính trị ở Liên Xô. Bất chấp lời đề nghị giúp đỡ từ Triều Tiên, thay vào đó, Honecker hy vọng được bảo vệ đặc biệt từ Chile vì dưới thời của Honeckers, Đông Đức đã cho nhiều người Chile lưu vong sau cuộc đảo chính quân sự năm 1973 của Augusto Pinochet. Ngoài ra, cô con gái Sonja đã kết hôn với một người Chile. Tuy vậy, Chính quyền Chile tuyên bố ông không thể vào đất nước của họ mà không có hộ chiếu Đức hợp lệ.