2011-12 के सत्र में जुप्प हेय्न्च्केस् एक दूसरे स्थायी वर्तनी के लिए बेयर्न के कोच के लिए लौट आए लेकिन बेयर्न चल रहे दूसरे सत्र के लिए एक ट्रॉफी बिना सीजन समाप्त करने के लिए थे। वे भी अपने घर स्टेडियम में चैम्पियंस लीग के फाइनल में पहुंच गया है, लेकिन पेनाल्टी शूट आउट (3-4) पर चेल्सिया के लिए खो दिया, म्यूनिख में एक अंग्रेजी टीम को केवल अपनी दूसरी हार गया था क्या और एलियांज एरीना में अपने पहले. बेयर्न भी वेम्बली स्टेडियम में घरेलू प्रतिद्वंद्वियों बोरुसिया डॉर्टमुंड की 2-1 की हार के साथ क्लब के पांचवें यूरोपीय कप जीतने के चार सत्रों में तीसरी बार चैंपियंस लीग के फाइनल में पहुंच गया। इस और पहले लीग और घरेलू कप खिताब के साथ, बेयर्न अब तिहरा जीतने के लिए 1 जर्मन क्लब बन गया। 2013-14 के सत्र में पेप गार्डियोला जुलाई 2013 1 पर प्रबंधक के रूप में पदभार संभाल लिया है।