A partir da eleição geral de 1895, os sindicalistas liberais estiveram em coalizão com o Partido Conservador, sob o ex-oponente de Chamberlain, Lord Salisbury. Nesse governo, Chamberlain promoveu a Lei de Compensação dos Trabalhadores de 1897. Ele serviu como Secretário de Estado para as Colônias, promovendo uma variedade de esquemas para construir o Império na Ásia, África e nas Índias Ocidentais. Ele foi o principal responsável por causar a Segunda Guerra dos Bôeres (1899–1902) na África do Sul e foi o ministro do governo mais responsável pelo esforço de guerra. Ele se tornou uma figura dominante na reeleição do Governo Unionista nas "Eleições Khaki" em 1900. Em 1903, ele renunciou ao Gabinete para fazer campanha pela reforma tarifária (ou seja, impostos sobre as importações em oposição à política existente de livre comércio sem tarifas). Ele obteve o apoio da maioria dos parlamentares sindicalistas para essa postura, mas os sindicalistas sofreram uma derrota esmagadora nas eleições gerais de 1906. Pouco depois das celebrações públicas de seu 70º aniversário em Birmingham, ele foi incapacitado por um derrame, encerrando sua carreira pública.