В 2001 году в составе национальной команды он стал победителем Кубка Америки. На турнире Бедойя принял участие в поединках против Венесуэлы, сборных Чили, Эквадора, Перу, Гондураса и Мексики. В матче против Гондураса он забил гол. В составе национальной команды он выиграл турнир.