В 1542 году по предложению Карла V Виглиус стал членом в Мехелене, а через несколько лет возглавил этот орган власти. Ему так же были доверены другие ответственные посты, и вскоре Виглиус стал одним из наиболее доверенных придворных императора, которого он сопровождал в 1546 году во время Шмалькальденской войны. Стремительный взлёт карьеры Виглиуса объясняется его обширными знаниями, которые были полезны императору в его спорах с сословиями. Хотя считалось, что Виглиус является автором императорского эдикта против религиозной терпимости сам он утверждал, что всегда был против суровости этого документа. После отречения Карла V в 1556 году, Виглиус также хотел подать в отставку, но Филипп убедил его остаться на государственной службе, наградив званием коадъютора Сен-Баво.