W latach 20. dochodzi do walk pomiędzy siłami rządowymi a katolickimi bojówkarzami (tzw. powstanie cristero). Walki dotykają stan jedynie w niewielkim stopniu. Po okresie rewolucji region staje się coraz bardziej uprzemysłowiony, co jest głównie zasługą niewielkiej odległości od stolicy kraju. Sprawująca władzę w sposób autorytarny partia PRI miała w Querétaro dużo mniejsze poparcie niż w reszcie głównie wiejskich stanów. W 1997 pojawiła się tu realna opozycja wobec PRI w postaci konserwatywnej Partii Akcji Narodowej. W 2000 jej kandydat – Vicente Fox został pierwszym prezydentem spoza PRI co nie zdarzyło się przez prawie kilkadziesiąt lat.