Im März 1919 trat Stern freiwillig mit zwei seiner Brüder in die Rote Armee ein und erhielt seine Feuertaufe im Frühjahr 1919, als er die Freischaren des Ataman Grigorijew bekämpfte. Er diente dann als Kommissar im Hauptquartier der 1. Brigade der 2. Ukrainischen Schützen-Division, die im Mai 1919 mit den Polen kämpfte. 1920 war er Militärkommissar der 408. Kompanie des 21. Schützen-Regiments. Von August 1919 bis Dezember 1920 war er politischer Kommissar in der 46. Schützen-Division, schließlich Leiter der politischen Abteilung der 138. Brigade der 46. Schützen-Division. Er nahm an Kämpfen an der roten Südfront gegen die Weißgardisten unter Denikin und Wrangel teil. Stern beendete den Bürgerkrieg als roter Regimentskommissar, der 1921 auf der Krim kämpfte. Von Januar bis August 1921 nahm er an der Niederschlagung eines Bauernaufstands in der Provinz Tambow teil. Im Oktober 1921 wurde er Militärkommissar der 8. Brigade der 3. Kasaner-Schützendivision, später Kommissar im Hauptquartier der gleichen Division. Seit März 1923 war er Militärkommissar im 1. Reiterkorps der Roten Kosaken-Kavallerie. Im Dezember 1923 wurde er nach Turkestan geschickt, wo er an den Feindseligkeiten gegen die Basmatschi als Teil der selbständigen 2. turkestanischen Kavallerie-Brigade im Verband der roten Choresmer-Gruppe teilnahm, wobei er als Militärkommissar und Leiter der politischen Abteilung dieser Brigade fungierte. Schtern machte von sich Reden, als er aufständische usbekische Yarmaten in der Nähe von Margelan besiegte und diese im Februar 1924 durch geschickte Manöver einkreisen konnte.