В 1854 году, во время Восточной (Крымской) войны, Е. В. Березин находился на корабле «Императрица Александра» при обороне Кронштадта от нападения англо-французского флота. 6 декабря 1854 года произведён в мичманы. В 1855 году находился на загородной батарее Кронштадта.