В 1929 году покинул ряды КПЧ в знак протеста против внедрявшегося сталинизма. В том же году выходит его поэтическая книга «Почтовый голубь». В 1937 году большой отклик в обществе нашел цикл стихотворений на смерть первого президента Чехословакии Т. Г. Масарика «Восемь дней». В период оккупации создал поэтические книги «Погасите огни» (1938), «Веер Божены Немцовой» (1940), «Одетая в свет» (1940), «Каменный мост» (1940), где отразилось стремление поэта найти опору для сопротивления захватчикам в корнях чешской истории и культуры и красоте Праги. В мае 1945 года Ярослав Сейферт стал участником Пражского восстания, описав эти события в стихах сборника «Шлем глины» (1945), в котором звучит также благодарность Красной армии и воспоминания о поездке в Москву.