Napoleon wachtte op versterkingen en maakte pas zes weken later, op 30 juni, een nieuwe poging om de Donau over te steken, ditmaal met succes. Napoleon stond nu met 188.000 man tegenover het Oostenrijkse leger van 150.000 man. Bij het dorp Deutsch-Wagram kwam het op 5 juli later tot een beslissende veldslag, de Slag bij Wagram. De enorme veldslag bleef onbeslist tot de volgende dag, toen Napoleon met een massaal artilleriebombardement door een batterij van 112 kanonnen grote gaten in de Oostenrijkse linie sloeg. Aartshertog Karel besefte dat het een kwestie van tijd was voor het hele Oostenrijkse leger uit elkaar zou vallen, en beval een terugtrekking in de richting van Bohemen. De Fransen achtervolgden de Oostenrijkers en in midden-juli tekenden Napoleon en Karel een wapenstilstand.