In den letzten Jahren hatte er auch seine Familienangehörigen zum Filmemachen ermutigt und unterrichtet. Seine Frau Marziyeh Meshkini drehte bisher zwei erfolgreiche Filme und seine ältere Tochter Samirā Makhmalbāf erhielt sogar den Preis der Jury bei den Internationalen Filmfestspielen von Cannes im Jahr 2003 für "Fünf Uhr am Nachmittag". Auch seine jüngere Tochter Hanā Makhmalbāf und sein Sohn Maysam Makhmalbāf haben inzwischen jeweils einen Film gedreht. Makhmalbāf gründete auch eine nichtstaatliche Organisation, die das Ziel hat, es afghanischen Kinder zu ermöglichen, im Iran die Schule zu besuchen. Mittels einer Änderung im iranischen Gesetz aufgrund seiner Kampagne, die auch in seinem Film Reise nach Kandahar thematisiert wurde, konnten inzwischen zehntausende afghanische Flüchtlingskinder im Iran zur Schule gehen. Seine Stiftung half dort weiterhin, Schulen und Krankenhäuser zu errichten. Heute tritt Mohsen Makhmalbāf international für die aktuelle oppositionelle Bewegung in der Islamischen Republik Iran ein und lebt seit 2005 im Exil, seit 2009 in Paris.