En 1806 Gneisenau sirvió como uno de los oficiales del estado mayor del Príncipe de Hohenlohe, y combatió en Saalfeld y Jena, y un poco más tarde comandó una brigada de infantería provisional que combatió a las órdenes de L'Estocq en la campaña lituana. A principios de 1807, el Ejército prusiano envió al mayor von Gneisenau como comandante en Kolberg, que a pesar de contar con un pequeño contingente y mal protegido, con la asistencia adicional de Schill y Nettelbeck, tuvo suceso en resistir a las fuerzas de Napoleón hasta la Paz de Tilsit. El comandante recibió la muy preciada "Pour le Mérite" y la promoción a teniente-coronel.