По некоторым сведениям Кения поддерживала бойцов за независимость Южного Судана. В 2002 году в Кении был подписан Мачакосский протокол, ознаменовавший прекращение огня между Суданом и Южным Суданом. Подписание этого протокола привело к созданию автономного региона Южный Судан, а затем и к независимости Южного Судана в 2011 году. Во время войны за независимость лидеры Южного Судана находили убежище от преследования в Кении. На пике второй гражданской войны в Судане Кения приняла около 100 000 беженцев.