Huitième des Jeux olympiques de 1988, il se distingue dès l'année suivante en remportant les Championnats d'Afrique de Lagos dans le temps de 1 min 45 s 71. Il se classe troisième de la Coupe du monde des nations 1989 et deuxième des Jeux du Commonwealth 1990. En 1992, Nixon Kiprotich remporte la médaille d'argent du 800 m des Jeux olympiques de Barcelone, s'inclinant de quatre centièmes de secondes seulement face à son compatriote William Tanui. Il établit la meilleure performance mondiale de l'année 1993 en 1 min 43 s 54.