Papst Julius II. erhob ihn im Jahr 1507 zum Kardinal und ernannte ihn zum Generalinquisitor in Kastilien. 1509 führte er eine Expedition nach Afrika an und zahlte selbst für eine Söldnertruppe, mit der er Oran eroberte. Cisneros organisierte die vorwiegend franziskanischen Missionen in Amerika und in der Karibik und sandte Mönche in die Missionsgebiete.