"Sixtinská madona" byla sice uchráněna před bombardováním Drážďan, neboť byla spolu s ostatními uměleckými předměty z drážďanských sbírek ukryta v podzemní štole nedaleko Pirny, avšak poté co úkryt objevila speciální brigáda Rudé armády, jejímž úkolem bylo shromažďovat umělecké předměty nalezené v sovětské zóně a odesílat je do Moskvy, putovala do SSSR i ona. Obraz byl spolu s jinými díly krátce umístěn v zámku Pillnitz u Drážďan, odkud byl v bedně převezen po železnici do Moskvy, kde byl umístěn do Puškinova muzea. Zde byl také v roce 1946 dočasně vystaven spolu s dalšími uměleckými poklady, jichž se Sověti zmocnili. Po Stalinově smrti se však v roce 1955 sovětská vláda rozhodla vrátit obraz zpět do Německa „pro podporu a utužení rodícího se přátelství mezi sovětským a německým lidem“. Ve světovém tisku se následně rozběhla polemika, v níž se tvrdilo, že drážďanská umělecká sbírka byla v době svého pobytu v SSSR poškozena.