Nachdem Alabama dafür gestimmt hatte, sich den Konföderierten Staaten von Amerika anzuschließen, schrieb sich Morgan, bereits 37 Jahre alt, als Gefreiter bei den Cahawba Rifles ein, die als Freiwillige in der Armee der Konföderierten Staaten von Amerika dienten, und wurde dem 5. Alabama Infanterie-Regiment zugeteilt. Im Sommer 1861 nahm er an seinem ersten Gefecht während der Ersten Schlacht von Manassas teil. Morgan wurde schnell zum Major und dann zum Oberstleutnant befördert und war Oberst Robert E. Rodes unterstellt, einem späteren konföderierten General. Im Jahre 1862 nahm er seinen Abschied und kehrte nach Alabama zurück, wo er im August ein neues Regiment rekrutierte, die 51. Alabama Partisan Rangers, deren Kommandeur er wurde. Er führte die Truppe in der Schlacht von Murfreesboro, wo er mit der Kavallerie von Nathan Bedford Forrest operierte. Die Konföderierten erlitten eine Niederlage.