Auf der Bahn wurde Müller im Jahr 2000 Deutscher Meister in der Mannschaftsverfolgung. Im Punktefahren wurde er 2001, 2002 und 2005 nationaler Meister. In der Saison 2003 gewann er zusammen mit Guido Fulst die Madison-Wettbewerbe bei den Weltcups in Moskau und Sydney. Als Österreicher wurde er 2008 nationaler Meister im Punktefahren, im Madison und im Scratch. Bei der Bahnrad-Weltmeisterschaft 2009 in Pruszków gewann er die Bronzemedaille im Scratch. Auf der Straße gewann Müller 2001 eine Etappe bei der Berlin-Rundfahrt. In der Saison 2006 war er beim Grand Prix Buchholz erfolgreich. Ein Jahr später konnte er die 15. Etappe beim International Cycling Classic für sich entscheiden.