Несмотря на это, Карим Пакрадуни активно участвовал в ливанской гражданской войне в качестве командира правохристианских фалангистских формирований. Пакрадуни состоял в политическом руководстве коалиции Ливанский фронт и военном командовании объединённой христианской милиции Ливанские силы. В ходе боёв он тесно взаимодействовал с армянскими отрядами, много сделал для их привлечения на сторону правохристиан. Являлся оперативным консультантом Башира Жмайеля, командующего фалангистской милицией и «Ливанскими силами». Курировал при Жмайеле военное сотрудничество с армянами и политические контакты с иностранными арабскими кругами.