W 1993 r. rozpoczął się proces przeciwko Krenzowi: w sprawie śmierci uciekinierów na granicy wewnątrzniemieckiej oraz w sprawie fałszerstw wyborczych. W 1999 r. Federalny Trybunał Sprawiedliwości utrzymał wyrok Berlińskiego Sądu Krajowego z 28 sierpnia 1997 o karze sześciu lat więzienia dla oskarżonego (co on sam określił jako „Siegerjustiz”, czyli „sprawiedliwość zwycięzców”). W latach 1999–2003 Krenz odbywał karę w zakładzie Berlin-Hakenfelde (później Berlin-Plötzensee). 18 grudnia 2003 wyszedł na wolność, wykonanie pozostałej części kary zawieszono. W 2009 r. wydał wspomnienia pt. "Gefängnis-Notizen" ("Notatki więzienne"), które spowodowały wzrost jego popularności. Do aktywnej polityki jednak już nie powrócił.