La révolution cubaine de 1959 redonna un nouveau souffle à la base aéronavale et Key West retrouva le rôle stratégique des temps de guerre. En , John Fitzgerald Kennedy visita Key West un mois après le dénouement de l’affaire des missiles de Cuba. Key West est resté un point de chute des nombreux exilés cubains arrivant par la mer de 1960 à 1980 (exode de Mariel).