Para ese momento el desarrollo de la guerra se había vuelto en contra de Italia: las derrotas militares en África y la invasión aliada de Sicilia provocaron la caída de Mussolini: el 25 de julio el Gran Consejo Fascista votó a favor de destituirle, lo que supuso su encarcelación y la prohibición del partido fascista. No obstante, los alemanes reaccionaron con rapidez y tras liberar a Mussolini, lograron mantener el control de buena parte de Italia. Mussoini proclamó la República Social Italiana y la reconstrucción del antiguo Partido fascista con fundación del Partido Fascista Republicano (PFR); Pavolini fue nombrado secretario del nuevo partido. A todos los efectos, se convirtió en el lugarteniente de Mussolini y en el segundo hombre más importante del régimen de Saló. Reflejo de la nueva situación fue el primer Congreso del PFR, celebrado en la ciudad de Verona: mientras que Mussolini no asistió al mismo, Pavolini escenificó su nuevo poder y presentó en público el llamado «Manifiesto de Verona». Además de la dirección del partido, también se hizo cargo de las milicias asociadas al mismo y de los antiguos Camisas negras, ahora renombrados como «Brigadas Negras».