初代ロシア連邦首相となったチェルノムイルジンはエリツィンに対して忠誠を誓い、アレクサンドル・ルツコイ副大統領と議長のルスラン・ハズブラートフがエリツィンに対して離反した際には、1993年9月のロシア議会（人民代議員大会と最高会議）解散に関する大統領令を支持し、最高会議ビルに立てこもったルツコイとハズブラートフらを武力で鎮圧した。1995年5月には、大統領与党として設立された選挙ブロック「我が家ロシア」評議会議長に就任。自身も同年12月下院国家会議選挙で、「我が家ロシア」で比例区から当選したが、「我が家ロシア」そのものは得票率において、ロシア自由民主党・ロシア連邦共産党に次ぐ第3党に留まった（議席数65）。しかし1996年ロシア連邦大統領選挙でのエリツィン大統領の再選には多大な貢献を行い、8月10日に首相に再任される。1996年4月1日に大統領令により「チェチェン紛争解決国家委員会」が設置され、さらにチェルノムイルジンは同委員会議長に任命され、第一次チェチェン紛争の収拾に尽力した。さらに1996年11月5日から11月6日にかけてエリツィンが心臓手術を受けている間に臨時大統領を務めた。