McDougall war Teilnehmer der Charlottetown-Konferenz, der Québec-Konferenz und der Londoner Konferenz, an der die Grundlagen der zukünftigen Kanadischen Konföderation ausgearbeitet wurden. In der ersten kanadischen Bundesregierung von John Macdonald war McDougall ab 1. Juli 1867 Minister für staatliche Bauvorhaben, bei der darauf folgenden Unterhauswahl 1867 wurde er zum Abgeordneten des Wahlkreises Lanark North gewählt. Im Unterhaus trat McDougall für eine Politik der Expansion ein und forderte die die Ausdehnung Kanadas bis an den Pazifik. 1868 war er in London an den Verhandlungen zur Übertragung des von der Hudson’s Bay Company kontrollierten Territoriums Ruperts Land an Kanada beteiligt.