En el 499 a. C. se produjo la Revuelta jónica, cuyo instigador, según Heródoto, fue el tirano de Mileto, Aristágoras, por temor a ser castigado por los persas después de fracasar en el intento de toma de Naxos, que se había rebelado en el 502 a. C. contra sus gobernantes persas. Hubo diversos factores que favorecieron la rebelión jonia: el descontento por las condiciones tributarias impuestas por los persas, el fracaso de la expedición contra los escitas para someter las zonas del mar Negro y el rechazo a los tiranos impuestos por los persas.