ממשלת שוורדנדזה נקטה בצעדים קשים לדיכוי הזוויאדיסטים, וכוחות הביטחון בשיתוף עם מיליציית המחדריוני ביצעו מעצרים והטרדות של תומכי גמסחורדיה. למרות הביקורת הבינלאומית שהביאו עמם צעדים אלו, יוקרתו האישית של שוורדנדזה, שזוהה עם צעדיו האמיצים של גורבצ'וב בתקופת הגלזנוסט והפרסטרויקה, הביאה לתמיכה בינלאומית בממשלתו. בספטמבר 1992 נכנסו חיילים גאורגים לאבחזיה על מנת לדכא שם התארגנויות של תומכי גמסחורדיה בין האוכלוסייה הגאורגית בחבל, דבר שהביא להחרפת היחסים האתניים המתוחים ממילא באבחזיה. בספטמבר 1993, פרצה מלחמה בין הכוחות הגאורגים והבדלנים האבחזים. המלחמה הסתיימה בתבוסת הכוחות הגאורגים, שנאלצו לסגת מאבחזיה כשבעקבותיהם 300,000 פליטים גאורגים. מעריכים כי המלחמה גבתה את חייהם של 10,000 הרוגים.