Terytorium administratury w czasie II wojny światowej znalazło się w granicach Niezależnego Państwa Chorwackiego (NDH), którego władze prowadziły agresywną politykę antyserbską i antyprawosławną. Według danych Synodu Biskupów Serbskiego Kościoła Prawosławnego do upadku NDH w 1945 na terenie eparchii zamordowanych zostało 100 tys. wiernych i 14 kapłanów, ponadto zniszczono jeden monaster i 64 cerkwie, zaś dalszych 21 świątyń parafialnych i trzy klasztory zostały poważnie uszkodzone. Z rąk ustaszy śmierć poniósł ordynariusz eparchii, biskup Platon, uznany następnie za świętego nowomęczennika.