1561-ben áttért a kálvinista hitre és a jezsuita befolyás ellen harcolt. 1568-ban életét féltve külföldre távozott, és Heidelbergben, Genfben, majd Lausanne-ban tanított. 1570-ben tért vissza a francia fővárosba. A párizsi kálvinisták (hugenották) lemészárlásának céljával kirobbant Szent Bertalan-éji vérengzést még túlélte, de pár nappal később meggyilkolták, tetemét pedig a Szajnába dobták.