Au championnat du monde 2006, Ken Doherty débute par une brillante victoire 10-1 contre Barry Hawkins, et élimine ensuite Matthew Stevens, en gagnant les 5 dernières manches. Il est alors le favori pour le match contre Marco Fu, mais s'incline 13-10, malgré avoir mené 10-9. Il a reconnu après cette défaite ne pas avoir su saisir sa chance mais pensait qu'il avait encore quelques années pour revenir gagner le titre. Il termine la saison 2005-2006 à la seconde position du classement mondial, son plus haut classement jamais atteint, et a bien entamé la saison 2006-2007, en atteignant les quarts de finale du trophée d'Irlande du Nord à Belfast. Il continue la saison en atteignant les huitièmes de finale au Grand Prix à Aberdeen, ainsi qu'au championnat du Royaume-Uni à York. Il atteint également les quarts de finale au Masters et à la coupe de Malte. En revanche, il perd au premier tour du championnat du monde 2006. Bien que déçu, il nie alors vouloir arrêter sa carrière. En , Doherty gagne le championnat d'Irlande professionnel en battant Michael Judge 9-4 en finale.