תחנת הרכבת המרכזית נחשבת לבעלת חשיבות אסטרטגית בגלל מיקום העיר. התחנה בבולוניה חרותה בתודעת הציבור האיטלקי בעקבות הפיגוע החבלני שבוצע בה באוגוסט 1980 שבו נרצחו 85 קורבות. הפיגוע ידוע בשם Strage di Bologna או טבח בולוניה. האמונה הרווחת היא שפצצה הוטמנה על ידי פעילים נאו פשיסטים - אולי על מנת ליצור דעת קהל שלילית כלפי קומוניסטים איטלקים. בולוניה מרושתת ב 3 אוטוסטרדות: A1 (אוטוסטרדת השמש = "Autostrada del Sole") המחברת את מילאנו-פירנצה-רומא ועוברת בבולוניה. A13 (הצפונית) בולוניה - פאדובה. A14 (לאורך הים האדריאטי) בולוניה - אנקונה - טארנטו. בנוסף לכך בולוניה מוקפת בשני כבישי טבעת עירוניים: