Il 6 agosto 2011 vince la Supercoppa italiana con il Milan battendo l'Inter a Pechino per 2-1, partita nella quale è autore dell'assist per il momentaneo pareggio di Ibrahimović. Il 21 giugno 2012, tramite una conferenza stampa, Seedorf annuncia l'addio al Milan dopo 10 anni. In totale, con la maglia rossonera, ha disputato 432 partite e ha segnato 62 gol, vincendo due Champions League, una Coppa del mondo per club, due scudetti, una Coppa Italia, due Supercoppe italiane e due Supercoppe europee.