Маггетти был выбран под 13-м номером на драфте НБА 1999 года командой «Сиэтл Суперсоникс» и тут же был обменян в «Орландо Мэджик». В первом своём сезоне в среднем набирал 8,4 очка и 3,9 подборов. В следующем сезоне Кори перешёл в «Лос-Анджелес Клипперс», и в этом же году принимает участие во всезвёздном уик-энде в конкурсе по броскам сверху.