2011年3月11日に発生した東日本大震災を受けて、ピースボートでは緊急支援チームを結成。宮城県石巻市を中心に、現地の社会福祉協議会やその他NPO、延べ9万人を越えるボランティアと協力し、被災者支援に取り組む。中長期で復旧・復興を支えるため、2011年4月19日に一般社団法人ピースボート災害ボランティアセンター（2019年10月1日より「一般社団法人 ピースボート災害支援センター」に団体名称を変更）を設立した。活動内容は、炊き出しや食事の配達、物資の搬送、避難所の支援、泥のかき出し、漁業支援、仮設住宅の生活支援など多岐にわたる。活動を引き継いだピースボート災害ボランティアセンター（PBV）は、その後もネパール地震（2015年4月）、熊本地震（2016年4月）、西日本豪雨（2018年7月）などの国内外で起きる自然災害の緊急支援活動に加えて、「災害ボランティア・トレーニング」を実施し、将来の災害に備えた防災・減災への取り組みも展開している。国際的には、国連防災機関（UNDRR）による「災害に強い都市づくり」キャンペーンと公式提携し、世界各地でトレーニングや啓発活動を進めている。 （2019年10月現在）