Mientras tanto, los rumores de una insurrección se extendieron por París, y Enrique III prohibió la entrada en la ciudad al Duque de Guisa. Sin embargo, este se presentó en la capital el 9 de mayo. Ante los preparativos de las tropas reales, París, que apoyaba a los Guisa, no tardó en llenarse de barricadas (Día de las barricadas del 12 de mayo de 1588). Al perder el control de la capital, Enrique III huyó de París a Chartres. Obligado a reconciliarse con los liguistas, el 15 de julio firmó en Ruan el «Edicto de Unión» contra los protestantes, y dejó la ciudad portuaria de Boulogne-sur-Mer en manos de la Liga a fin de que estos pudieran recibir a la flota española. Seguidamente el Duque de Guisa fue nombrado lugarteniente general del rey en todo el reino (jefe del ejército).