Po zdobyciu złotego medalu Niyongabo zmagał się z kontuzjami. Uzyskał co prawda jeden z najlepszych rezultatów w historii na 1500 m (3:29,18 22 sierpnia 1997 w Brukseli - zajął wówczas 2. miejsce za Hichamem El Guerroujem), ale nie odzyskał pozycji z lat ubiegłych. Odpadł w eliminacjach biegu na 1500 metrów na mistrzostwach świata w 1999 w Sewilli. Start w igrzyskach olimpijskich w Sydney w 2000 miał również nieudany - zajął 15. miejsce w biegu eliminacyjnym.