Bouhaddi on pelannut Ranskan naisten maajoukkueessa vuoden 2019 MM-kilpailujen päättyessä 145 maaottelua. Ensimmäisen maaottelunsa hän pelasi helmikuussa 2004. Hän on pelannut olympialaisissa 2012 ja 2016, MM-kilpailuissa 2015 ja 2019 sekä EM-kilpailuissa 2005, 2009, 2013 ja 2017.