W reprezentacji Meksyku Borgetti zadebiutował 5 lutego 1997 w meczu z Ekwadorem, jednak dopiero podczas kampanii eliminacyjnej do Mistrzostw Świata 2002 znalazł miejsce w podstawowym składzie drużyny narodowej, dla której zaczął strzelać regularnie bramki. Wystąpił w turniejach Copa América 2001 i 2004 oraz na Mistrzostwach Świata 2002. W 2003 zdobył Złoty Puchar CONCACAF, na którym zdobył 3 bramki. W 2005 zaś błysnął na Pucharze Konfederacji w Niemczech, na którym Meksyk zajął 4. miejsce. W 2006 został powołany na Mistrzostwa Świata, jednak już w pierwszym meczu grupowym z Iranem (3:1) odniósł kontuzję, która wyeliminowała go z dalszych gier. Łącznie rozegrał dla reprezentacji Meksyku 89 meczów i zdobył 46 goli, co czyni go najskuteczniejszym strzelcem tej drużyny narodowej w historii.