En 1793 estalla la Guerra del Rosellón contra la Convención Nacional francesa. Francisco de Borja, al mando de una escuadra de veinticuatro navíos y nueve fragatas, se apodera de las islas de Sant'Antioco y San Pietro, que pertenecían al rey Víctor Amadeo III de Cerdeña y se encontraba en posesión de los franceses. Estas posesiones son devueltas al Rey de Cerdeña. Más tarde se encarga de proteger las operaciones de los ejércitos piamonteses y napolitanos sobre las márgenes del Var.