Dann wurde McKiernan nach Fort Hood, Texas versetzt und übernahm das Kommando über die 1. US-Kavalleriedivision von Oktober 1999 bis Oktober 2001. Danach wurde er als Operationschef (G-3) im Hauptquartier der US Army im Department of the Army eingesetzt. Ein Jahr später, am 6. September 2002, übernahm er das Kommando über die 3. US-Armee und damit über die Truppen der US Army (ARCENT), die dem US Central Command (CENTCOM) unterstellt sind. In dieser Verwendung übernahm er auch das Kommando über das Coalition Forces Land Component Command in Vorbereitung auf die Operation Iraqi Freedom, dem Einmarsch von US-geführten Koalitionstruppen in den Irak. Im März 2003, zu Beginn des Irakfeldzuges, kommandierte McKiernan alle beteiligten US- und Koalitionsbodentruppen. Von 2004 bis 2005 war er stellvertretender Kommandierender General bzw. Stabschef des US Army Forces Command, dem größten Kommando der US Army. Und übernahm anschließend, am 15. Dezember 2005, das Kommando der &lt;a href="Seventh%20United%20States%20Army"&gt;7. US-Armee/US Army Europe&lt;/a&gt;.