В июле 1903 года «Манчестер Сити», который за несколько лет до того отказал Берджессу в переходе, выкупил контракт игрока, заплатив 250 фунтов. Берджесс сразу «влился» в игру «Сити», став одним из лидеров обороны, клуб провёл хороший сезон, заняв второе место в чемпионате и выиграв свой первый трофей — Кубок Англии, обыграв в финале «Болтон Уондерерс» со счётом 1:0. В следующем сезоне «Сити» занял 3-е место, проиграв в последнем туре «Астон Вилле» со счётом 1:3, хотя до этого матча «Манчестер Сити» лидировал в чемпионате. Тот матч завершился скандалом: Алекс Лик, игрок «Виллы», рассказал, что Билли Мередит, футболист «Сити», предложил ему взятку в 10 фунтов за проигрыш матча. Дальнейшее расследование Футбольной ассоциации выявило, что «Сити» выплачивал игрокам своей команды суммы более 4 фунтов, положенных по законодательству. Вследствие всех этих разбирательств несколько игроков «Сити», включая Берджесса, были дисквалифицированы до 1907 года. Контракты игроков были выставлены на аукцион, проходивший в «Королевском отеле». Четверых игроков, включая Берджесса, купил другой клуб из Манчестера — «Манчестер Юнайтед».