Le général Pellet reprend en juin 1946 la direction des Affaires militaires au ministère de la France d'outre-mer. Le , il est promu général de corps d'armée. De juin à décembre 1947, Pellet est commandant en chef interarmées des forces françaises à Madagascar. Il mate dans le sang l'insurrection de nationalistes malgaches. Entre quinze à vingt mille révoltés sont tués. Les militaires français perdent dans les opérations. Le , il est remplacé par le général Garbay.