Nach dem Amtsantritt der Regierung Bush im Frühjahr 2001 entwickelte sich Matthews indessen binnen kurzer Zeit zu einem der prominentesten Kritiker der republikanischen Administration. 2002/2003 sprach er sich nachdrücklich gegen einen neuerlichen Krieg im Irak aus; in späteren Jahren warf er der Bush-Regierung vor, sie habe sich „krimineller Handlungen“ schuldig gemacht ("caught in acts of criminality").