Nel 1960, sotto la guida del commissario tecnico uruguaiano Juan López Fontana, l'Ecuador prese parte per la prima volta alle eliminatorie della Coppa del mondo, in vista di . Opposta all'Argentina in una doppia sfida di andata e ritorno, la "Tri" subì due sonore sconfitte (3-6 a Guayaquil e 0-5 alla Bombonera di Buenos Aires) e fu eliminata. Non disputò più alcun match sino al 1963, quando si recò in Bolivia per partecipare al Campeonato Sudamericano. Dopo aver pareggiato per 4-4 contro i padroni di casa boliviani (poi vincitori del torneo), l'Ecuador ottiene una sola vittoria (4-3 contro la Colombia nel suo ultimo match, due altri pareggi e tre sconfitte, classificandosi penultimo. I gol fatti sono 14, quelli subiti 18. L'ecuadoriano Carlos Alberto Raffo è il capocannoniere della manifestazione con 6 gol.