A su vez, otro de los problemas a los que se enfrenta la UA es las rivalidades y divisiones entre los jefes de estado y los gobiernos, que, como en la mayoría de organismos multilaterales, no han sido capaces de demostrar unidad de respuesta o de posición ante crisis graves en el continente como en Costa de Marfil, la intervención militar en Libia de 2011 o Mali en 2013, o sobre la violencia de Boko Haram. Esta dificultad de coordinación ha servido a menudo de pretexto para la intervención de potencias extranjeras en el continente a través de la injerencia humanitaria de antiguas metrópolis coloniales u otras potencias interesadas en el continente. En los últimos años, sin embargo han avanzado en coordinación tomando posiciones conjuntas ante el golpe de Estado en Mali de 2020 o la suspensión de Madagascar como miembro de la UA por tener un gobierno instalado de manera inconstitucional.