Podujevo bylo jedním z center různých demonstrací v druhé polovině 20. století, které se nesly v duchu střetů albánského i srbského nacionalismu. V roce 1981 se zde konaly protesty Albánců proti nerovnoprávnému postavení autonomní oblasti Kosovo; v roce 1990 zde došlo k otravám albánských studentů, které rozdělily jugoslávskou veřejnost. V roce 2001 v blízkosti Podujeva uskutečnili Albánci útok na srbský autobus, který si vyžádal 12 mrtvých a 40 raněných. Po roce 1999 Srbové z Podujeva ve větším počtu odešli.