24 Şubat 2019 tarihinde Manchester City'ye karşı oynanan 2019 EFL Cup Finalinde maç 0-0 devam ederken uzatma dakikalarının sonan yakın Maurizio Sarri, penaltı vuruşları için Arrizabalaga'yı Willy Caballero ile değiştirmek üzere çağırdı. Sarri, Arrizabalaga'nın birkaç dakika önce yaptığı bir kurtarışta yaptığı dalışla bacağına kramp girmesinden endişe duymuştu. Ancak Arrizabalaga, değişimi reddetti ve eliyle sahada kalacağını işaret etti. Penaltılar sırasında bir penaltı kurtarırken, Chelsea maçı 4-3 kaybetti. Maçtan sonra hem Arrizabalaga hem de Sarri, durumun yanlış anlaşıldığını söyledi. Sarri, Arrizabalaga'nın devam edemeyecek kadar kramp yaşadığını düşünmüştü. Daha sonra Arrizabalaga, Sarri ile buluştu. Ondan ve kulübün geri kalanından özür diledi. Davranışlarının sonucu olarak bir haftalık maaşı kesildi. Sarri, kulüp kuralları nedeniyle disiplin kararını kulübe bıraktı. Arrizabalaga, Chelsea'nin bir sonraki maçı olan Tottenham'a karşı oynanan Premier Lig maçında yedeğe düşürüldü ve onun yerine Caballero oynadı. 9 Mayıs 2019 tarihinde Arrizabalaga, Chelsea'nin UEFA Avrupa Ligi yarı final ikinci ayağındaki rakibi Eintracht Frankfurt'a karşı penaltı vuruşlarında iki penaltı çıkardı ve Chelsea'nin finale çıkmasına katkıda bulundu.