הפלישה הגרמנית ב-22 ביוני 1941 דחתה מייד את העבודה על "איוואן האיום", אך היא חודשה בספטמבר. ב-14 באוקטובר פונו הבמאי וצוותו, יחד עם יתר אולפני מוספילם, לאלמא אטא שבקזחסטן, הרחק מהחזית. אייזנשטיין עבד על התסריט במשך רוב 1942, שעות רבות ביממה, תוך שהוא מקבל הערות מבכירים כמו שר הקולנוע איוואן בולשקוב. בין היתר, בכפוף לצורכי המלחמה, שוותה בתחילה לאיוואן אנגלופיליה מודגשת, שהועלמה לאחר שווינסטון צ'רצ'יל הודיע שחזית שנייה לא תיפתח באותה השנה; אייזנשטיין, שהספיק לצלם כמה סצנות עם מיכאיל רום בדראג, בתפקיד אליזבת הראשונה, נאלץ להסיר אותן. גם מלחמת ליבוניה צוירה כמאבק אנטי-גרמני. אייזנשטיין נדרש להגן, מול התנגדות בולשקוב ויתר אנשי ועדת הקולנוע הממשלתית, על אורך העלילה – "איוואן" נועד להכיל שני חלקים, אך אייזנשטיין החל לטעון באותה שנה שתידרש טרילוגיה – ועל האלמנטים המקוריים והנוקבים, שהיו עשויים להתפרש כחתרניים ואכן היו כאלו תכופות, שמילאו אותה. הוא נאלץ להתפשר רבות אך גם הצליח לשמר את רוב רעיונותיו.