Die Region um San Miguel gehörte zum Stammesgebiet der räuberischen Guachichilen-Indios, einer Untergruppe der Chichimeken. Im Jahr 1542 wurde die Stadt von einem Franziskaner als "San Miguel el Grande" gegründet; sie war schon damals ein wichtiger Zwischenstopp auf dem "Camino Real de Tierra Adentro", der von Mexiko-Stadt zu den „Silberstädten“ des Nordens führte. Im Jahr 1826 wurde die Stadt in "San Miguel de Allende" umbenannt; dies geschah zu Ehren des Generals Ignacio Allende, der aus San Miguel kam und im mexikanischen Unabhängigkeitskrieg eine wichtige Rolle im Kampf gegen die Spanier spielte.