Vuonna 1562 katoliset tappoivat hugenotteja Vassyn verilöylyssä, mikä rikkoi uskonrauhan ja aloitti yli kolmekymmentä vuotta kestäneet Ranskan uskonsodat. Sotia rauhoitti hetkellisesti Saint Germainin uskonrauha 1570, jossa hugenoteille myönnettiin uskonnonvapaus pienissä osissa Ranskaa. Sota jatkui uudestaan 1572 Pärttylinyön verilöylyn jälkeen, jossa koko protestanttinen silloinen aristokratia sekä noin 30 000 hugenottia surmattiin. Hugenottien johtoon nousi Henrik Navarralainen, jota vastaan katoliset perustivat paavi Gregorius XIII:n ja Espanjan kuninkaan Filip II:n kanssa katolisen liigan. Henrik lopulta voitti sodassa liigan, nousi Ranskan kuninkaaksi ja laillisti hugenotit Nantesin ediktillä 1598.