De naam 'Nijenklooster' verwijst naar het "Nieuwe klooster". dat hier in 1204 werd gesticht vanuit het "Oldeklooster", een Norbertijner klooster dat in 1175 als dubbelklooster was gesticht waar nu Kloosterburen ligt. De monniken vertrokken naar het nieuwe klooster dat oorspronkelijk buitendijks lag, in de oorspronkelijke monding van de Hunze. Tot het klooster, dat de heilige Nicolaas als patroon had, behoorde ook het Munnekeaagt te Eenrum (in het huidige 't Aagt). De abt van het klooster had de leiding over het Schouwerzijlvest. Aan de abt van het klooster is een volksverhaal over Abelstok verbonden, dat verband houdt met zijn abtenstok, die waarschijnlijk een doorwaadbare plaats door de Kromme Raken markeerde. Het klooster zou net als haar naamgenoot Nijenklooster in Fivelingo zijn platgebrand in of kort na 1536 tijdens de Gelderse Oorlogen. Toch zou het volgens sommige bronnen rond 1590 nog zijn beschouwd als afzonderlijke parochie. Bij de reductie in 1594 werd het klooster opgeheven. Rondom de plek van het klooster zijn volgens overleveringen menselijke resten en funderingen gevonden, waarvan de locaties echter onbekend zijn.