이후 2008년 5월 4일부터 2016년 5월 9일까지 런던 시장으로 재임했으며, 2016년 7월 13일부터 2018년 7월 9일 까지 영국 외무부 장관으로 역임했다. 존슨은 영국 보수당 내에서 EU 회의파의 중심적 인물로 있었으며, 2016년 6월 23일에 실시된 국민투표의 결과를 아슬아슬하게 찬성으로 이끈 주역이기도 하다.