Znečištění připadá na vrub testování biologických zbraní. Aralské moře je dnes spolu s Černobylem bráno jako synonymum pro ekologickou katastrofu úděsných rozměrů. Ústup jezera a jeho veliké znečištění zcela zničilo kdysi bohatý rybářský průmysl, a navíc vedlo ke vzniku a rozšíření solných pouští a bažin v okolí.