V roce 1997 započal Badoer svou dlouhou spolupráci s týmem Ferrari jako testovací jezdec. V roce 1999 se vrátil k závodění, opět do týmu Minardi. Při Grand Prix Velké Británie 1999 měl jezdec Ferrari Michael Schumacher ošklivou nehodu, při níž si zlomil nohu. Očekávalo se, že ho nahradí právě Luca Badoer. Ferrari se však rozhodlo angažovat finského pilota, Miku Sala, za což tým kritizoval jeho bývalý jezdec, Jean Alesi.