Hideyoshin kuoltua vuonna 1598, valtakunnan bugyōiden tuli toimia yhteistyössä sijaishallitsijoina toimineen viiden vanhimman neuvoston kanssa kunnes Hideyoshin poika, Toyotomi Hideyori, tulisi täysi-ikäiseksi. Vanhimpien ja bugyōiden välit kuitenkin kiristyivät, sillä heidän keskuudestaan valtaa alkoi tavoitella Tokugawa Ieyasu. Mitsunarin ja Ieyasun välit kärjistyivät lopulta siihen pisteeseen, että Mitsunari yritti epäonnekkaasti murhata Ieyasun. Poliittista konfliktia seurasi avoin sota, joka ratkaistiin Sekigaharan taistelussa vuonna 1600. Mitsunarin johtama Länsi-Japanin armeija koki tappion Ieyasun liittoumalle, ja Mitsunari teloitettiin.