Al-Baghdadi tenia un doctorat en estudis islàmics per la Universitat de Bagdad i va començar a interessar-se pel gihad després de l'ocupació nord-americana de l'Iraq el 2003. Bagdadí, que va néixer a Samarra el 1971, es va unir a la insurrecció contra la invasió nord-americana el 2003 que va enderrocar al dictador Saddam Hussein.