Em 1904, Kodama foi promovido a general. Entretanto, foi-lhe oferecido o cargo de Chefe de Estado do Exército Manchuriano durante a Guerra Russo-Japonesa. Este foi um passo para trás em termos de hierarquia, mas mesmo assim ele escolheu assumir o cargo; foi um sacrifício que provocou muitos aplausos do público. Na Guerra Russo-Japonesa ele guiou a estratégia de toda a campanha, como o General Kawakami Soroku havia feito na Primeira Guerra Sino-Japonesa, dez anos antes. Após a guerra, ele foi nomeado Chefe Maior do Exército Imperial Japonês, mas ele morreu logo depois.