Im Jahr 1542 wurde im Lande die Reformation eingeführt, aber schon fünf Jahre später ordnete Herzog Heinrich der Jüngere nach dem Sieg Karls des V. über die Schmalkaldischen Truppen die Rückkehr zum katholischen Glauben an. Erst sein Sohn Herzog Julius, der nach ihm an die Macht gekommen war, führte 1568 die Reformation endgültig ein. Nach dem Vorbild von 1542 wurde das Fürstentum wieder in fünf Generalsuperintendenturen eingeteilt: Wolfenbüttel, Helmstedt, Gandersheim, Alfeld und Bockenem. Diese Kirchenbezirke waren weiter in Spezialsuperintendenturen unterteilt. Zu Gandersheim gehörte Salzliebenhalle (heute Teil von Salzgitter-Bad), zu dessen Bereich auch Groß Mahner zählte.