Au cours de la saison 2006-2007, Wade a raté 31 matchs en raison de blessures, malgré tout, il a été élu pour son troisième All-Star Game consécutif. L'équipe a souffert de blessures en général au sein de l'équipe et le bilan était de 20-25 le février 2007. Au cours d'un match face aux Rockets de Houston le 21 février 2007, Wade s’est disloqué l’épaule gauche et a quitté le terrain en fauteuil roulant. Wade a choisi de retarder la chirurgie et de rééduquer son épaule pour pouvoir débuter les playoffs. Après avoir manqué 23 matchs, Wade retrouve sa place au sein de la formation. Au cours de la saison, Wade a cumulé en moyenne 27,4 points, 7,5 passes décisives, 4,7 rebonds et 2,1 interceptions, tout en tirant à 50% au tir. Preuve de la notoriété grandissante du spectaculaire Dwyane Wade, son maillot numéro 3 est le plus vendu dans le monde entre mai 2005 et décembre 2006.