Emerson est formé au Grêmio et à Botafogo. Il fait ses débuts professionnels en 1994 après un retour dans son premier club. En trois ans, il remporte deux Coupes du Brésil, deux Championnats Gaúcho, une Copa Libertadores et une Recopa Sudamericana. En 1997, Emerson déménage en Europe pour jouer pour le Bayer Leverkusen, où il passe trois nouvelles années. En 2000, Fabio Capello et l'AS Rome s'offre ses services. Après quatre ans dans la capitale italienne et un titre de champion dès la première saison, Emerson est embauché par la Juventus Turin. À nouveau champion d'Italie, il quitte précipitamment le club durant l'été 2006, le club turinois étant mêlé au "Calciopoli" et relégué administrativement. Capello parti au Real Madrid, il fait venir son milieu de terrain en Espagne qui l'aide à remporter la "Liga". Mal accepté par les supporters, Emerson ne reste qu'une saison et retourne en Italie, au Milan AC. Peu utilisé en deux saisons malgré des victoires en Supercoupe de l'UEFA et Coupe du monde des clubs, Emerson retourne terminer sa carrière au Brésil où il joue une poignée de match pour le Santos FC.