Nach einigen Wochen bei der Familie in Braintree kehrte Adams im Januar 1777 zum Kontinentalkongress zurück, der aufgrund des Kriegsgeschehens für einige Zeit nach Baltimore auswich und ab Februar wieder in Philadelphia tagte. Adams arbeitete in 26 Ausschüssen mit, von denen der "Board of War" der zeitintensivste war und ihm keine Gelegenheit bot, sich in die Konzeption der Konföderationsartikel einzubringen. Er blickte optimistisch in die Zukunft, da er angesichts des Unvermögens der Briten, in den ersten beiden Kriegsjahren einen Sieg herbeizuführen, eine Niederlage der Kontinentalarmee im dritten Jahr für noch unwahrscheinlicher erachtete. Zudem war Adams zuversichtlich, dass bald das Königreich Frankreich oder Spanien den Amerikanischen Unabhängigkeitskrieg ausnutzte, um das Vereinigte Königreich in Europa in einen Krieg zu ziehen. Nach der amerikanischen Niederlage in der Schlacht von Brandywine floh Adams mit dem Kontinentalkongress vor der anrückenden britischen Armee aus Philadelphia über Lancaster nach York. Als General Horatio Gates kurz darauf die British Army in der Schlacht von Saratoga besiegte, erkannte Adams darin sofort den entscheidenden Wendepunkt im Unabhängigkeitskrieg.