Hij werd stichter en voornaamste leider van de Vrienden van de Sovjet-Unie in België. Zijn vrouw werd secretaris van de Vrouwenunie tegen de imperialistische oorlog. Toen de oorlog tussen Duitsland en de Sovjet-Unie losbrak, werd hij op 22 juni 1941 opgepakt en opgesloten in het Fort van Hoei, samen met Julien Lahaut. Ze werden allebei gedeporteerd naar het concentratiekamp Neuengamme en in juli 1944 naar Mauthausen. Ze kwamen daar aan na een lange voettocht van Hamburg, over Hannover, Halle, Thüringen tot in Praag. Na daar te zijn opgesloten, werden ze naar de gevangenis van Linz gevoerd en van daar naar Mauthausen. Beide mannen ontsnapten aan de dood. Terug in België vernam Jacquemotte dat zijn vrouw als Joodse was omgekomen in Auschwitz-Birkenau, na eerst in Ravensbrück te zijn opgesloten.