El pueblo se destacó prominentemente durante la Guerra de Independencia de México. Ignacio Allende, nativo de San Miguel, fue un líder clave en la guerra contra la dominación española. Capturado cuando marchaba hacia Estados Unidos en busca de armas, fue juzgado en Chihuahua, sentenciado y fusilado. Su cabeza fue expuesta en uno de los ángulos de la Alhóndiga de Granaditas en Guanajuato junto a las de Miguel Hidalgo, Juan Aldama y Mariano Jiménez. La población de San Miguel el Grande fue elevada a ciudad el 8 de marzo de 1826 y cambió el nombre por "San Miguel de Allende" en honor al héroe nacional.