Na znak mieru medzi oboma stranami bol dohodnutý sobáš medzi Margarétou z Valois a Henrichom III. Navarrským. Po svadbe 23. augusta 1572, na ktorej sa v Paríži zhromaždila skoro celá hugenotská šľachta, bola na hugenotov zorganizovaná krvavá masakra tzv. Bartolomejská noc, ktorej udalosti viedli k vypuknutiu štvrtej v rokoch 15721573 a piatej hugenotskej vojne 15741576. Mierom z Beaulieu v roku 1576 získali hugenoti náboženské slobody, no odpoveďou katolíckej strany bolo založenie Svätej ligy pod vedením vojvodu Henricha I. de Guise, ktorá mala za cieľ definitívne hugenotov zničiť. Šiesta a siedma hugenotská vojna boli skôr občianske vojny, a boli sprevádzané početnými povstaniami. V roku 1585 pod nátlakom kráľ Henrich III. zrušil ediktom z Nemours, čo sa stalo príčinou vypuknutia ôsmej hugenotskej vojny 15851589 nazvanej aj vojna troch Henrichov. V roku 1588 dal však kráľ pokyn na zavraždenie nepohodlného vojvodu de Guise, no o rok neskôr sa sám stal obeťou vraždy. Jeho smrťou vymrel rod Valoisovcov. Dedičom francúzskeho trónu sa tak stal vodca hugenotov Henrich III. Navarrský (francúzsky kráľ ako Henrich IV.), ktorý si však musel korunu vybojovať počas deviatej hugenotskej vojny v rokoch 15891598. V boji dosiahol značné víťazstvá (napr. pri Arques-la-Bataille 1589 a Ivry-la-Bataille 1590). V snahe zabezpečiť jednotu krajiny konvertoval v roku 1593 na katolicizmus a v roku 1594 sa mu podarilo dobyť aj Paríž. Obdobie hugenotských vojen sa skončilo vydaním Nantského ediktu z roku 1598.