Hun hadde en god 2006 utendørssesong, etter at hun mistet starten av sesongen på grunn av skade. I oppkjøringen til EM senket O'Rourke hennes egen irske nasjonale rekord på 100 meter hekk to ganger, og satte en personlig rekord med 12,85 før mesterskapet. Under EM i friidrett 2006 tok O'Rourke hjem sølv på kvinnenes 100 meter hekk, og satte ny irsk rekord med 12,72. Senere i samme mesterskap løp O'Rourke den første etappen på det irske laget i 4 x 100 m stafett, som også satte ny nasjonal rekord med 44,38. De kvalifiserte seg imidlertid ikke til finalen, med kom på sjetteplass i sin semifinalen, og 12.-plass totalt i de to semifinalene. De andre på laget var Joanne Cuddihy, Ailis McSweeney og Anna Boyle.