De retour sur les pistes en 2015, Francine Niyonsaba remporte le 800 mètres de la réunion de Padoue en 1 min 59 s 62, ce qui lui permet de réaliser les minima pour les Jeux olympiques d'été de 2016. Elle récidive à Rieti dans le temps d' 1 min 57 s 62 et devance la Kényane Faith Chepngetich Kipyegon, pendant que se déroulent les Jeux africains, auxquels elle a dû déclarer forfait faute de moyens accordés par son pays.