עם פרוץ מלחמת העולם השנייה הגיעו לזברז' פליטים ומספר היהודים בעיר עלה ל-5,000. הגרמנים נכנסו לזברז' ביולי 1941, ובאוגוסט 1942 גורשו כ-560 יהודים מהעיר למחנה ההשמדה בלז'ץ. לאחר האקציה הוקם בזברז' גטו. עד דצמבר 1942 גורשו ונרצחו עוד אלפי יהודים בעיר. בדצמבר 1942 היו בגטו כ-2,000 יהודים.