След започването на Сръбско-българската война Пере Тошев е доброволец в отряда „Македонски харамии“ на капитан Коста Паница. Отличава в боевете при Сливница и в сражението при Пирот, при което е ранен и след това нагреден с орден „За храброст“. В периода от 1885-1890 година Пере Тошев и Андрей Ляпчев устройват наново редица тайни съвещания из Пловдивските села. Вземат решение за организирането на нова македоно-одринска освободителна организация. През 1890 година двамата обикалят Македония с разузнавателна цел.