שוורצר עלה עם הנבחרת למונדיאל 2006 שהתקיים בגרמניה, לאחר ניצחון על אורוגוואי בפלייאוף. במונדיאל הוא שיחק בשני משחקים בשלב הבתים, בניצחון נגד יפן 3-1 ובהפסד לברזיל 2-0, אך בתיקו 2-2 נגד קרואטיה שוורצר לא שיחק. אוסטרליה עלתה לשמינית הגמר ושוורצר פתח בהרכב בהפסד 1-0 לאיטליה. בשנת 2007 שוורצר השתתף עם נבחרת אוסטרליה בגביע אסיה (AFC Asian cup) והגיע איתה עד לרבע הגמר, שם הודח על ידי יפן. בשנת 2010 הוא העפיל שוב למונדיאל שהתקיים בדרום אפריקה. הוא שיחק בכל שלושת המשחקים בשלב הבתים נגד גרמניה, גאנה וסרביה, אך האוסטרלים לא עברו את שלב הבתים. בשנת 2011 הגיע שוורצר עם נבחרת אוסטרליה עד לגמר גביע אסיה, אך בגמר הם הפסידו ליפן וסיימו את הטורניר במקום השני. ב-5 בנובמבר 2013 הודיע מארק שוורצר על פרישתו מהנבחרת הלאומית.