Von dem bis 1874 in Spanien anhaltenden Bürgerkrieg zwischen Republikanern, Kantonalisten, Karlisten und dem Sohn Isabellas nahestehenden Militärs waren auch die Kolonien betroffenen. Das Deutsche Reich intervenierte beispielsweise kurzzeitig in Culebra auf Puerto Rico und auf Kuba war bereits 1868 ein Aufstand ausgebrochen, in den sich die USA erstmals einmischten und der bis 1878 andauerte. Ein zweiter Aufstand auf Kuba wurde 1880 niedergeschlagen, der 1895 ausgebrochene dritte Kubanische Unabhängigkeitskrieg mündete schließlich 1898 in den Spanisch-Amerikanischen Krieg, in dem Spanien von den aufstrebenden Vereinigten Staaten vernichtend geschlagen wurde und damit seine letzten prestigeträchtigen Kolonien nicht nur in Amerika, sondern auch in Asien verlor. Deutschland zwang daraufhin Spanien zum Verkauf der Marianen und Karolinen, wie es schon 1885 den Verkauf der Marschall-Inseln erzwungen hatte.