Родился в 1888 году в городе Чернигове, в семье рабочего. Окончил начальную школу, затем учился в Киевской рисовальной школе (педагог — русский художник Николай Иванович Мурашко), школу не окончил, в 1905 году был арестован и отправлен на каторжные работы за революционную деятельность. В то время Алексей Пастушенко был несовершеннолетним, приговорён к четырём годам заключения, отбывал срок в Лукьяновской тюрьме и в Александровской центральной каторжной тюрьме. В 1910 году был освобождён из тюрьмы, жил на поселении в городах Киренске и Черемхове. Алексей Пастушенко не один раз бежал, когда был на поселении, но был пойман и арестован. Последний побег Пастушенко совершил из Верхоленского уезда со своей будущей супругой — ссыльной Гордашниковой Еленой Ефимовной, которая сделала подложные документы, по поддельному паспорту они были Михайловские, как муж и жена. Некоторое время жили в Иркутске. В 1916 году был арестован, это был последний его арест, отбывал срок в Иркутской губернской тюрьме. В начале Февральской революции был освобождён, жил в Иркутске с женой и с двумя дочерьми, затем в городе Томске, после левоэсеровского мятежа жили в городе Мариинске, потом вновь вернулись в Иркутск, где родились дочь и сын. У Алексея Пастушенко и Е. Е. Михайловской — три дочери и один сын. В начале 1930-х годов семья уехала в Москву. Пастушенко в Москве был заведующим массовым отделом в Всекохудожнике, затем был преподавателем.