Ve východní Evropě pokračoval antisemitismus v 21. století v podobném rozsahu jako v 90. letech 20. století. Rozpad Sovětského svazu a nestabilita nových států vedly k nárůstu národnostních hnutí a obviňování Židů. K tomu docházelo převážně na základě obvinění, že mohou za ekonomickou krizi, zatímco obviňovatelé přebírali místní hospodářství a upláceli vládu tradičními a náboženskými motivy antisemitismu (např. rituální oběti). Většina antisemitských událostí má formu útoků na židovské hřbitovy a budovy (komunitních center a synagog). Nicméně došlo však též k násilnému fyzickému napadení Židů v Moskvě v roce 2006, kdy neo-nacisté pobodali 9 lidí v synagoze Bolshaya Bronnaya, na kterou byl v roce 1999 spáchán neúspěšný bombový atentát. Ve východní Evropě také proběhlo vyhrožování židovským poutníkům v Umani na Ukrajině a útok na menoru v městě Moldova v roce 2009, který byl spáchán extremistickou křesťanskou organizací.