במהלך ימי המלחמה הקרה התמודד ה-UEA עם קשיים רבים. בעולם המערבי מרבית החברים היו חברים באמצעות האגודות הלאומיות והמקומיות, ואילו במדינות הקומוניסטיות החברות הייתה ברובה חברות אישית. המתיחות באה לידי ביטוי גם בתוך המדינות המערביות עצמן, כשבתחילת שנות ה-50 האשים האספרנטיסט האמריקני ג'ורג' אלן קונור חברים שפרשו מהארגון הלאומי והצטרפו ל-UEA כיחידים כ'קומוניסטים'. הארגון הלאומי שלו והוא עצמו נזרקו בסופו של דבר מן ה-UEA. תנועת האספרנטו בברית המועצות עצמה מנגד, נרדפה גם כן. המתיחות הזו נסתיימה עם קריסת ברית המועצות והתפרקות הגוש הסובייטי בתחילת שנות ה-90.