Il 19 luglio 1992, con un attentato in via D'Amelio, a Palermo, fu ucciso Paolo Borsellino. Secondo il PM Antonino di Matteo, l'assassinio di Borsellino fu eseguito per «proteggere la trattativa dal pericolo che il dott. Borsellino, venutone a conoscenza, ne rivelasse e denunciasse pubblicamente l'esistenza, in tal modo pregiudicandone irreversibilmente l'esito auspicato». Dal luogo del delitto non verrà mai rinvenuta l'agenda rossa, nella quale il magistrato annotava tutte le sue intuizioni investigative senza separarsene mai. In seguito alla strage di via d'Amelio, il decreto "Scotti-Martelli" fu convertito in legge e oltre 100 detenuti mafiosi, ritenuti particolarmente pericolosi, furono trasferiti in blocco nelle carceri dell'Asinara e di Pianosa e sottoposti al regime del 41 bis, che fu applicato anche ad altri 400 mafiosi detenuti.