Kurz nach der Schlacht von Tannenberg eroberten 1410 Polen und Litauer die Stadt. 1440 trat Mohrungen dem Preußischen Bund bei, der gegen den Deutschen Orden opponierte und zwischen 1454 und 1466 den so genannten preußischen Städtekrieg führte. Die Rückeroberung Mohrungens für den Ordensstaat gelang dem Elbinger Komtur Oberstspittler Heinrich Reuß von Plauen 1461. Er machte die Stadt zu seinem Amtssitz als Hochmeisterstatthalter. Während des Reiterkrieges eroberten 1520 erneut Polen Mohrungen brandschatzten es.