В основе управления лежала войсковая единица «полк», разделённая на сотни. Несмотря на уничтожение польских государственных учреждений и шляхетских привилегий сохранившиеся магистраты, по-прежнему ведают земским управлением и городскими судами. Кроме того, в Чернигове присутствует царский воевода в ведении которого находился верхний замок и гарнизон. Тем не менее, фактическими хозяевами положения становятся гетман и полковник (в руки которого постепенно переходит городская власть). Создаются чертежи новой крепости и производится ремонт старой. Черниговские казаки принимают активное участие в боевых действиях Великой Северной войны на стороне войска Петра I. После победы под Полтавой Пётр I по дороге в Санкт-Петербург посетил Черниговскую фортецию. По его указу установлены дополнительные орудия. Со временем фортеция теряет своё значение и в 1799 году Черниговская крепость упраздняется за ненадобностью — укрепления ликвидируются, валы раскапываются. В 1899 году орудия, оставшиеся в городе, были установлены на доставленных из Киева лафетах на краю Вала, где и стоят до сих пор.