Nel settembre 1969 Willy Brandt subentrò a Kurt Georg Kiesinger come Cancelliere della Germania e Leo Bauer divenne consigliere personale del cancelliere, impiegato nella Cancelleria federale. Egli fornì consulenza, principalmente, sulle relazioni tra Germania Est e Ovest ("Ostpolitik") in un momento in cui i governi da entrambe le parti del confine interno erano desiderosi di regolarizzare varie questioni rimaste in sospeso dopo la separazione che durava dal 1949. Eppure, nonostante la sua posizione nel cuore delle istituzioni politiche della Germania Ovest, Bauer rimase un estraneo. Si diceva che Hans-Jürgen Wischnewski considerasse la costante vicinanza di Bauer al cancelliere come una minaccia alla propria posizione di fiducia come "amministratore delegato" del Partito Socialdemocratico ("Parteigeschäftsführer"). Per quanto riguardava il vice capo del partito, Bauer stesso dichiarò che Helmut Schmidt era "probabilmente uno di quelli che credevano che il suo ruolo fosse diminuito perché [Bauer] era così fermamente evocato come consigliere di Brandt".