A la dècada de 1990, un exèrcit rebel liderat per Paul Kagame, també refugiat a Uganda, va engegar una Guerra Civil ruandesa que va culminar amb el genocidi ruandès de 1994, en el que entre 500.000 i 1.000.000 tutsis i hutus políticament moderats foren assassinats per extremistes hutus. La guerra es va acabar quan les forces de Kagame van ocupar tot el país, permetent a milers d'exiliats tutsis, inclosa Museminali, retornar a llurs llars.