San Franciscos kystlinje har vokst seg større enn de naturlige grensene. Hele strøk, som Marina District, Mission Bay, Bayview-Hunters Point, samt store deler av Embarcadero, er bygd på kunstig land. Treasure Island er helt og holdent en kunstig øy som ble lagd ved hjelp av materiale fra mudring og fra byggearbeider med Bay Bridge på Yerba Buena Island. Slike landområder bruker å være ustabile ved jordskjelv. Den resulterende likvifaksjonen fører med seg omfattende skade på byggene som står på området, noe som skjedde i Marine District under jordskjelvet i 1989. De fleste av byens naturlige vannveier, som Islais Creek og Mission Creek, er lagt i rør og bygd over, men SFPUC undersøker muligheter for å bringe noen av disse tilbake.