У 2008 році «Динамо» продовжило прогресувати — підсумком стало 3-тє місце і можливість взяти участь у Лізі чемпіонів. Це була друга бронзова медаль чемпіонату Росії для Колодіна. Також у цьому сезоні пройшов чемпіонат Європи, який виявився вдалим для збірної Росії, яка вийшла в півфінал. Колодін зіграв важливу роль в успіху команди — він був основним центральним захисником збірної і провів 4 матчі. Після завершення Євро трансферна ціна на Дениса, на думку авторитетного німецького ресурсу Transfermarkt, зросла майже на 1 млн євро, причому інші центральні захисники збірної Росії в ціні впали. В цілому вдалий для Колодіна сезон був зіпсований першою в професійній кар'єрі серйозною травмою — 27 вересня, в матчі 23-го туру чемпіонату Росії з «Крилами Рад», захисник самарців О Бом Сок завдав Денису серйозну травму гомілкостопа. Росіянину потрібна була операція й тривале відновлення. Травма була настільки серйозною, що Денис думав і про завершення кар'єри. Однак невдачі в кінцівці сезону не вплинули на загальну оцінку гри Колодіна — він втретє поспіль був включений у список 33 найкращих футболістів чемпіонату Росії і повернув собі перше місце на своїй позиції. Підсумкові показники сезону — 22 матчі й один забитий м'яч у ворота ЦСКА.