Preparó un importante informe sobre la organización clandestina de "Iskra" en Rusia que Mártov debía haber presentado en nombre de la junta editorial en el II Congreso del POSDR, pero que la disputa entre fracciones dejó inédito hasta 1928. La tensión entre antiguos camaradas durante el congreso —al que asistió sin voto efectivo— fue tal para Krúpskaya que cayó enferma. Si bien en el congreso su papel fue marginal, no sucedió lo mismo en las agrias disputas entre bolcheviques y mencheviques que lo siguieron. Después del abandono de Lenin de "Iskra" a mediados de octubre de 1903 por el deseo de Plejánov de readmitir a los editores apartados durante el congreso del partido, Krúpskaya permaneció dos meses más como secretaria de la publicación. Los mencheviques, conocedores de su control sobre la distribución del periódico y temiendo que la sabotease si la expulsaban del puesto, trataron de hacerse con la información necesaria para dominar la distribución colocándole una ayudante, momento en el que Krúpskaya abandonó el cargo, sin que ello acabase con los altercados por la posesión de la información necesaria para gestionar la distribución del periódico.