L'esordio in Serie A avvenne il 21 maggio del 1961, in un -Inter conclusosi con la vittoria dei nerazzurri per 2-0. Facchetti rappresentò l'Inter fino al 1978 vincendo la Coppa dei Campioni nel 1964 e nel 1965 e il campionato italiano nel 1963, 1965, 1966 e 1971. Con la squadra nerazzurra vinse anche due Coppe Intercontinentali ed una Coppa Italia. Con l'Inter in 634 partite realizzò 75 gol: fu nel 1965-1966 il primo difensore a segnare 10 reti nel campionato italiano.