Вернувшись в 1834 году в Кронштадт, Матюшкин некоторое время командовал фрегатом «Амфитрида», но вскоре был переведён в Черноморский флот. Командуя фрегатом «Браилов» и кораблём «Варшава», крейсировал у кавказских берегов, неоднократно перевозя десантные отряды и принимая деятельное участие в делах против горцев; в 1838 году участвовал в битве против горцев и при взятии местечек Туапсе и Шапсухо и за отличие произведён в капитаны 2-го ранга. В 1840 году произведён в капитаны 1-го ранга и в 1849 году — в контр-адмиралы.