Ritarikuntavaltion hajoaminen 1500-luvulla synnytti valtatyhjiön, jonka täytti ensin Puola. Vuosina 1558–1583 käytiin Venäjän ja sen länsinaapurien, lähinnä Puolan kesken Liivinmaan sota, jonka lopputuloksena Vironmaa joutui Ruotsille, Liivinmaa ja Latgallia Kuurinmaan herttuakunnalle. Ruotsi vahvisti asemiaan valtaamalla vuonna 1621 Riian, joka samoin kuin koko Liivinmaa liitettiin Ruotsiin Altmarkin rauhassa 1629. Liivinmaan papiston ja virkamiehistön kouluttamiseksi kuningas Kustaa II Aadolf perusti Tarttoon yliopiston vuonna 1632.