Pentagonia vastaan tehtiin 11. syyskuuta 2001 terrori-isku, jossa kuoli 184 ihmistä. Rakennukseen iskeytyi American Airlinesin lennolla 77 kaapattu kone. Rakennus kärsi pahoja vaurioita, mutta ei tuhoutunut toisin kuin World Trade Centerin kaksoistornit New Yorkissa.