Падчас аблогі Сараева 25 жніўня 1992 з бібліятэкі былі выкрадзены каля 700 рукапісаў і інкунабул, а таксама ўнікальная калекцыя баснійскіх выданняў культурнага адраджэння XIX стагоддзя. Перад нападам у бібліятэцы налічвалася 1,5 млн тамоў і больш за 155 тысяч рэдкіх кніг і рукапісаў. Некаторыя грамадзяне і бібліятэкары спрабавалі выратаваць частку кніг у той час як яны знаходзіліся пад снайперскім агнём, прынамсі, адзін чалавек загінуў. Аднак большасць кніг выратаваць ад пажару не атрымалася.