W okresie pokoju Pajol, w randze pułkownika, był posłem do Republiki Batawskiej. W 1805 roku został przydzielony do lekkiej kawalerii, wyróżnił się pod Austerlitz, następnie przebywał na Półwyspie Apenińskim. Powrócił do Wielkiej Armii przed bitwą pod Frydlantem jako generał brygady. W 1808 roku został mianowany baronem.