Man misslyckades med att kvala in till EM 2000, och efter två VM-kvalmatcher till 2002 års turnering avgick bronstränaren Miroslav Blažević och efterträddes av Mirko Jozić. Denne lyckades föra Kroatien till sitt andra VM, som inte skulle bli lika lyckad som 1998 års VM. Kroatien hade kvar stjärnan Davor Šuker, men dennes karriär var på nedgång och han förpassades mest till bänken. Man fick en dålig start som inleddes med en 0–1-förlust mot Mexiko efter en mexikansk straffspark. Kroatien repade sig trots det och skrällslog Italien med 2-1 i nästa match, men förlust mot Ecuador stoppade kroaterna från fortsatt spel.