Der Sohn des Historikers Josef Jireček und der Tochter von Pavel Jozef Šafárik setzte zum Teil das Werk seines Großvaters mütterlicherseits fort. Er war in Wien geboren und aufgewachsen, wo er das theresianische Gymnasium (1864–1872) besuchte. Schon als Schüler zeigte er großes Interesse an Fremdsprachen (Französisch, Serbokroatisch, Bulgarisch, Italienisch, Russisch, Englisch, Ungarisch, Türkisch, Griechisch). 1872 wurde er Student an der philosophischen Fakultät der Prager Universität. Dort studierte er Geschichte und moderne Philologie. Zu seinem Freundeskreis gehörten der französische Historiker Ernest Denis und die bulgarische Familie Pischurka. Im Jahre 1874 unternahm Jireček eine Studienreise nach Kroatien und Serbien und veröffentlichte mehrere Aufsätze über die Geschichte und die Landeskunde der slawischen Balkanländer. 1876 erschien sein erstes großes Buch – „Geschichte der Bulgaren“, das dem Zeitraum von der bulgarischen Staatsgründung bis zu der Unterwerfung unter die Osmanenherrschaft gewidmet war. Das Buch des 22 Jahre jungen Historikers erregte großes Aufsehen. Der Grund dafür war, dass sich in diesem Jahr das Interesse der europäischen Öffentlichkeit dem ausbrechenden bulgarischen Freiheitskampf (Aprilaufstand) zuwandte, gleichzeitig aber in Europa über das bulgarische Volk nur wenig bekannt war. Für seine Dissertation über die Geschichte der Bulgaren wurde Jireček 1876 der Doktortitel in Philosophie verliehen. Im nächsten Jahr habilitierte er mit einer Arbeit über die Heerstraße zwischen Konstantinopel und Belgrad.