Edmund Mortimer entstammte der Familie Mortimer, einer angesehenen Familie des anglonormannischen Adels, deren umfangreiche Besitzungen vor allem in den Welsh Marches lagen. Er war der zweite Sohn von Roger Mortimer und von dessen Frau "Maud de Braose". Als jüngerer Sohn sollte er zunächst Geistlicher werden. Bereits 1265 wurde er nach dem Sieg des Königs im Zweiten Krieg der Barone als Nachfolger von Amaury de Montfort von König Heinrich III. zum Schatzmeister von York Minster ernannt. Anschließend studierte er Theologie an der Universität Oxford, dabei durfte er in Oxford im Haus von Walter Giffard, dem Erzbischof von York wohnen.