Nella stagione 2001-2002 la squadra migliorò ulteriormente il piazzamento in classifica, arrivando all'ottavo posto. L'anno successivo il Perugia si comportò molto bene in Coppa Italia dove, guidato da Fabrizio Miccoli — che si laureò miglior marcatore dell'edizione, prima volta assoluta per un giocatore biancorosso —, sfiorò la finale, venendo eliminato solo in semifinale dal ; si qualificò poi nuovamente per l'Intertoto classificandosi nono, al termine di un'annata ricca di soddisfazioni.