Die Vorbereitung auf die Saison 1998/99 verlief aufgrund permanenter Rückenschmerzen nicht optimal. Während des Winters machten sich auch erneut Kniebeschwerden bemerkbar. Unter diesen Voraussetzungen erwiesen sich die Plätze 7 (im Riesenslalom) und 8 (im Slalom) bei der Ski-WM 1999 als bemerkenswert gut. Im März 1999 hörte Compagnoni auf den Rat ihrer Ärzte und trat vom Spitzensport zurück.