Během zářijového tažení se u Lubaczowa a Oleszyce strhly těžké boje mezi postupujícími Němci a ustupující polskou 21. divizí horské pěchoty ("21 Dywizja Piechoty Górskiej"), při nichž byl 16. září zabit brigádní generál Jozef Kustron. 7. září 1939 byl Lubaczów bombardován letadly Luftwaffe a o pět dní později bylo město obsazeno jednotkami Wehrmachtu. 26. září 1939 sem v souladu s Paktem Ribbentrop–Molotov dorazila sovětská Rudá armáda. Během období sovětské vlády mezi zářím 1939 a červnem 1941 bylo mnoho obyvatel deportováno na Sibiř. Město neslo pouze ruský název "Ljubačev" (Любачев) a až do ledna 1940 bylo sídlem "ujezdu Ljubačev", v rámci Lvovské oblasti. Po správní reformě se 10. ledna 1940 stalo město sídlem "Rajónu Ljubačev". Po napadení Sovětského svazu 22. června 1941 se sem vrátili Němci. Německá okupační správa zřídila pro Židy z města a okolí ghetto. Z celkového počtu 7000 zde shromážděných lidí bylo asi 4500 v následujících měsících zastřeleno, zbylí byli posláni do Vyhlazovacího tábora Belzec. Během druhé světové války byl Lubaczów z velké části zničen.