Forbundet var trolig eneste norske fagforbund som fikk laget beredskapsplan etter utbruddet av andre verdenskrig i 1939, og forbundsledelsen i Norsk Sjømannsforbund ble også det eneste norske fagforbundsledelsen som klarte å flykte fra det tyske angrepet på Norge 9. april 1940. Denne beredskapsplanen ble dermed en del av innsatsen for å hindre at den norske handelsflåten falt på tyske hender i forbindelse med okkupasjonen. Den norske handelsflåten ble organisert i Nortraship, som da ble verdens største rederi, drevet av den norske eksilregjeringen i London.