President Floriano benoemde militairen op de belangrijkste ministeries en consolideerde zijn macht. Toch kreeg ook Floriano als snel te maken met problemen binnen het leger en de - overwegend monarchistisch gezinde - marine. In de deelstaten Rio Grande do Sul en Santa Catarina braken opstanden (Federalistische Revolte) uit geleid door federalisten en ontevreden militairen (1893). De republikeinse troepen onderdrukten de opstanden echter. Op 6 september 1893 brak de Marineopstand uit geleid door de admiraals Custódio de Melo (voorheen een medestander van Floriano), Eduardo Wandenkolk (voorzitter van de Militaire Club) en Luís Filipe de Saldanha da Gama (een monarchist). De admiraals hoopten dat Floriano zou aftreden om bloedvergieten te voorkomen, zoals zijn voorganger, president Da Fonseca, maar dit gebeurde niet. In maart 1894 werd de opstand onderdrukt.