開戦時、大発搭載設備を持たない2艇は佐伯防備隊に所属し、大発搭載艇は各地の攻略作戦に従事した。開戦直後のウェーク島攻略作戦で、第四艦隊所属の第三十二号哨戒艇（旧葵）、三十三号哨戒艇（旧萩）は自ら擱座して陸戦隊を揚陸させるなど活躍、2隻は山本五十六連合艦隊司令長官より感状を授与された。