ב-1940 הוצב יונגר כקצין במפקדת הוורמכט בפריז. בעת היותו בפריז יצר קשרים עם משכילים צרפתים כמו פבלו פיקאסו וז'אן קוקטו. לאחר ניסיון ההתנקשות הכושל בהיטלר ב-20 ביולי 1944 שוחרר מהצבא, על אף שככל הנראה לא היה מעורב בו. בראשית 1944 נעצר בנו על פעילותו האנטי נאצית. עד לשנת 1949 נאסר פרסומם של כתביו של יונגר. לאחר מלחמת העולם השנייה היו שלמדו זכות על יונגר וטענו שספרו "צורי שיש" מהווה אליגוריה המבקרת את השלטון הנאצי. אחרים הזכירו שהספר זכה לתשבחות בביטאון דאס רייך של יוזף גבלס, וראו ביונגר דוגמה לסופר גרמני אנטישמי.