Герхард Геземан являлся членом Судето-немецкой партии (SdP), которая выдвинула его на выборах в 1935 году в качестве ведущего кандидата в Праге. Уже после оккупации Чехословакии и начала Второй мировой войны, в 1940 году, министерство иностранных дел Третьего Рейха отправило его в Югославию для организации Немецкого научного института в Белграде; после вторжения Вермахта в Югославию в апреле 1941 года (см. Югославская операция), Геземан в августе покинул Белград и возобновил свою преподавательскую деятельность в пражском университете. В 1941 году он стал директором славянского института, который в феврале 1943 года стал частью Фонда Рейнхарда Гейдриха (Reinhard-Heydrich-Stiftung). Геземан больше не чувствовал себя комфортно в стенах университета: как в связи с болезнью сердца, так и потому, что служба безопасности (SD) классифицировала его как «политического оппортуниста»; в 1944 году он досрочно вышел на пенсию.