De bewoning werd hervat in de 10e eeuw toen ook de Kerk van de Heilige Apostelen (Agii Apostoli Solaki) werd opgericht (ca. 1000 n.Chr.). Deze werd echter in 1204 verwoest door indringers uit Nauplion. De kerk werd herbouwd, maar had weer zwaar te lijden in de Onafhankelijkheidsoorlog (1826/27). Toen Athene in 1834 tot hoofdstad van Griekenland werd uitgeroepen volgde koortsachtige bouwactiviteit zodat het hele gebied met huizen was bedekt toen de archeologische opgravingen door de American School of Classical Studies in 1931 van start gingen. Zo'n 350 vervallen negentiende-eeuwse huizen werden onteigend en gesloopt. In de 19de eeuw waren al incidenteel opgravingen gedaan, met name aan de noordkant tijdens de uitbreiding van de spoorweg tussen Athene en Piraeus in 1890-91 (de huidige metrolijn 1). In de jaren 1953-56 werd de Stoa van Attalus herbouwd om te dienen als museum (het Agora Museum) en werkruimte voor de archeologen.