27 мая 2016 года был назначен главным тренером «Манчестер Юнайтед», подписав с клубом трёхлетний контракт. 7 августа состоялся первый официальный матч «красных дьяволов» под руководством Моуринью: в этой игре команда со счётом 2:1 победила «Лестер Сити» и выиграла Суперкубок Англии.