Designato da Hidalgo come suo erede sulla panchina dei "bleus", la carriera come allenatore di Michel comincia alla guida della nazionale francese olimpica, con cui ottiene la medaglia d’oro nel 1984, e prosegue con la guida della nazionale maggiore, con cui raggiunge il terzo posto al mondiale del 1986 (eliminando e e perdendo la semifinale contro la ), ma fallisce la qualificazione all'europeo del 1988. In seguito alle critiche dell’opinione pubblica e a contrasti con vari giocatori, viene esonerato e sostituito da Platini dopo il pareggio esterno del 22 ottobre 1988 contro in una gara di qualificazione al mondiale italiano del 1990.