Nel 1480 la città fu attaccata dai Turchi di Maometto II, e, dopo 15 giorni di assedio, l'11 agosto la espugnarono, facendo strage della popolazione (Sacco o Battaglia di Otranto). Il 14 agosto circa 800 prigionieri maschi furono decapitati per non aver voluto rinnegare la fede cristiana: si tratta dei Santi Martiri idruntini. I Turchi distrussero anche il Monastero di San Nicola di Casole (poco a sud di Otranto). In esso i monaci basiliani avevano costituito la più vasta biblioteca dell'allora Occidente oltre ad avere istituito la prima forma di "college" nella storia, che ospitava ragazzi provenienti da tutta Europa che si recavano a Otranto per studiare. Fu uno di questi monaci, Pantaleone, l'autore del monumentale mosaico pavimentale (il più grande in Europa) contenuto nella cattedrale. I Codici prodotti in questo monastero sono ora custoditi in prestigiose biblioteche d'Italia (a Firenze e Venezia) e d'Europa, da Parigi a Londra, da Berlino a Mosca.