Nel 2018 Brügger esordisce nel lungometraggio di finzione con la commedia "The Saint Bernard Syndicate", presentata in concorso al Tribeca Film Festival dove vince i premi per il miglior attore e la migliore sceneggiatura in un lungometraggio narrativo. Nel 2019 ha presentato al Sundance il docufilm Cold Case Hammarskjöld, frutto di una lunga indagine durata sette anni sul caso, tutt'ora irrisolto, della morte del Segretario Generale dell'ONU Dag Hammarskjöld in un misterioso incidente aereo, avvenuto nel 1961 mentre il diplomatico si trovava in missione nell'odierna Zambia. Nelle settimane successive all'anteprima del film Andreas Rocksen e Mads Brügger hanno pubblicato l'esito delle loro ricerche in articoli apparsi su The Guardian. Il film ha vinto il premio per la miglior regia nella sezione per i documentari stranieri al Sundance Film Festival ed è tra i tre finalisti del premio Lux 2019 del Parlamento europeo. Il Filmfest München dedica a Brügger una retrospettiva nel 2019.