In de Tweede Wereldoorlog is aan de toen aanwezige 42 beweegbare bruggen herhaaldelijk schade toegebracht. Bij de Duitse inval in Nederland op 10 mei 1940 zijn ze door het Nederlandse leger opgeblazen. Gedurende de oorlog zijn de meeste bruggen weer hersteld of door nieuwe vervangen, maar in april 1945 werden die weer door de terugtrekkende Duitse troepen opgeblazen. Ook de bedieningswerken van de sluizen in Hattem en Dieren werden herhaaldelijk vernield. In het kanaal zelf werden tientallen schepen tot zinken gebracht, maar begin 1946 kon het gehele kanaal weer voor de scheepvaart worden opengesteld.