Loppuvuodesta 2001 Dujković siirtyi Ruandan maajoukkueen valmentajaksi. Hän johdatti kansanmurhasta toipuvan maan suureksi riemuksi Afrikan mestaruuskisoihin 2004 ensi kertaa sen historiassa. Joukkue esiintyi edukseen myös alkulohkossa kukistamalla Kongon demokraattisen tasavallan ja pelaamalla tasan Guinean kanssa. Tappio Tunisialle avausottelussa maksoi kuitenkin jatkopaikan pisteen erolla. Dujković jätti Ruandan sopimusneuvotteluiden kariuduttua kesällä 2004.