In 2009 werd Muyters Vlaams minister van Financiën, Begroting, Werk, Ruimtelijke Ordening en Sport in de Vlaamse regering-Peeters II. Philippe Muyters zette onder andere zijn schouders onder de begeleiding van werkzoekenden. Als minister van begroting kon hij telkens een begroting in evenwicht voorleggen ondanks de gevolgen van de kredietcrisis en Europese staatsschuldencrisis. Als minister van Sport werd hij door zijn Europese collega's unaniem aangeduid als expert-minister bij het World Anti-Doping Agency (WADA). Hij zette zich ook achter een administratieve vereenvoudiging van de 'omgevingsvergunning'.