Po ukończeniu studiów w 1523 r. przeniósł się do Rzymu, gdzie podejął pracę jako wykładowca filozofii moralnej przy papieskim wydziale teologicznym. W 1527 r. był tam świadkiem gwałtownych wydarzeń zbrojnych, zwanych Sacco di Roma, polegających na brutalnym zdobyciu i złupieniu miasta przez armie niemiecko − hiszpańską pod dowództwem Karola V. W wyniku tych okoliczności, Sepúlveda został zmuszony do ucieczki ze stolicy zagrożonej dalszymi zamieszkami i udał się do Neapolu, gdzie też został do czasu uspokojenia się sytuacji. Na powrót do Rzymu zdecydował się rok później, tj. w 1528 r. Wrócił w towarzystwie Francisca de Quiñones, z którym to pośredniczył w rozmowach pomiędzy Karolem V i nowo wybranym papieżem, Klemensem VII, mających na celu załagodzenie konfliktu.W tym samym czasie otrzymał zaproszenie na koronację papieską Klemensa, która miała mieć miejsce w Bolonii, mieście położonym niecałe 400 km na północ od Rzymu. Po zakończonych uroczystościach koronacyjnych, Sepúlveda podejął decyzję o zostaniu w Bolonii na dłużej i zamieszkał tam do roku 1534, który przyniósł informację o śmierci papieża.