Nel 1996 lascia definitivamente la Puglia per passare al , come riserva di Massimo Taibi. Esordisce in Serie A il 15 maggio 1997, sul campo della , unica sua presenza stagionale. Riconfermato anche per la stagione successiva, è inizialmente in ballottaggio con Matteo Sereni per il posto da titolare; l'allenatore Vincenzo Guerini sceglierà quest'ultimo, e Marcon disputa un nuovo campionato da rincalzo. Nella stagione 1998-1999 è il vice di Valerio Fiori, subentrandogli per diverse giornate a causa di alcune incertezze del titolare.