Диоцез Клойн был основан в 1152 году на Соборе в Келлс, став одной из двенадцати викарных епархий архиепархии Кашела. С XIII по XV век, после завоевания Ирландии норманнами, в епископы Клойна ставились, главным образом, англичане. В 1250 году при епископе Николасе из Эффингэма в Клойне была построена церковь Святого Колмана на месте прежнего древнего храма. К началу XV века некогда богатая епархия из-за действий ирландских и английских феодалов оказалась разорённой. По этой причине в 1429 году кафедра в Клойне была объединена с кафедрой в Корке. Одним из самых известных епископов Корка и Клойна в XV веке был блаженный , беатифицированный римским папой Львом XIII в 1896 году.