Tämän jälkeen Wallace hyökkäsi Pohjois-Englantiin, Northumberlandiin ja Cumberlandiin. Palattuaan hänet lyötiin ritariksi ja nimitettiin "Skotlannin vartijaksi", hallitsemaan John Balliolin nimissä. Monet skottiaateliset olivat kuitenkin yhä Edvard I:n puolella, ja Wallacen menestyskausi jäi lyhytaikaiseksi. Kesällä 1298 englantilaiset tulivat uudelleen raja-alueelle ja yrittivät houkutella skotteja avoimeen yhteenottoon. Wallace kuitenkin vältteli taistelua ja suuntasi voimansa sissisotaan. Kesäkuussa 1298 Edvard I tuli Skotlantiin 90 000 miehen kanssa ja murskasi Wallacen johtamat joukot Falkirkin taistelussa, jossa käytettiin ensimmäisen kerran laajassa mitassa myöhemmin menestykselliseksi osoittautunutta pitkäjousta. Wallace onnistui pakenemaan, mutta hänen sotamaineensa oli mennyt. Tästä eteenpäin Wallace piilotteli, eikä hänen vaiheistaan juuri tiedetä. Joidenkin viitteiden mukaan hän olisi ollut Ranskassa pyytämässä tukea Filip IV:ltä, mutta nämä yritykset kuivuivat kokoon lopullisesti Ranskan ja Englannin tehtyä rauhan. Hänen piilopaikkansa kavallettiin englantilaisille vuonna 1305.