Kontynuowała swoje sukcesy, zdobywając tytuł mistrzyni świata w Edmonton w 2001 i w Paryżu w 2003. Część wygranej Mutola przeznaczyła na cele charytatywne, przede wszystkim na poprawę sytuacji biednych w Mozambiku. Na kolejnych Igrzyskach w Atenach w 2004 próbowała obronić tytuł mistrzowski, ale ostatecznie zajęła czwarte miejsce. Mutola uszkodziła ścięgno udowe i przez tę kontuzję skończyła się jej doskonała passa. Nie powiodło się jej również na następnych igrzyskach olimpijskich, w Pekinie, gdzie zajęła 5. miejsce.