Nella stagione 1992-1993 subisce la frattura della costola contro la nel novembre 1992, restando lontano dai campi per oltre un mese; durante questo periodo ha degli screzi con Trapattoni e con la dirigenza bianconera. Tra le tante marcature di Baggio in quest'annata, va ricordato il poker rifilato all' (5-1) l'8 novembre 1992, sua prima quaterna in carriera. In Coppa UEFA, in semifinale contro il , il fantasista realizza una doppietta nella gara di andata finita 2-1 per i bianconeri, terminando la serata come migliore in campo, e quindici giorni dopo, a Parigi, è ancora il "numero dieci" a siglare il successo per 0-1 che vale la finale, dove mette poi a referto un'altra doppietta nella sfida d'andata, stavolta contro il ; al ritorno la Juventus vince per 3-0 e si aggiudica il trofeo, il primo della carriera per un Baggio che, grande protagonista del trionfo continentale, alla fine dell'anno solare è insignito del Pallone d'oro e del FIFA World Player, vincendo anche l'Onze d'or. Chiude la stagione con 21 gol in campionato (secondo nella classifica marcatori alle spalle di Giuseppe Signori), 6 in Coppa UEFA, 2 in Coppa Italia e con la fascia di capitano al braccio.