МиГ-25 также применялись во время Афганской войны, армяно-азербайджанской войны в Нагорном Карабахе и в Чечне. В Афганистане на 1986 год на аэродроме в Шинданде находилось 10 советских разведчиков МиГ-25РБ. Потерь в ходе войны не имели.