Filipe se envolveu em vários confrontos durante a guerra, como na Batalha de Creta e na Batalha do Cabo Tênaro, em que ele foi mencionado nos despachos por suas ações no controle dos holofotes. Ele também recebeu a Cruz de Guerra grega por bravura. Deveres menos gloriosos incluíram alimentar as caldeiras do navio de transporte RMS "Empress of Russia". O príncipe foi promovido a subtenente após uma série de cursos em Portsmouth, em que ele conseguiu nota máxima em quatro das cinco seções do exame de qualificação. Filipe foi designado em junho de 1942 para o contratorpedeiro HMS "Wallace", que se envolveu na escolta de comboios pela costa britânica e na invasão aliada da Sicília.