Епоха ренесансе обогатила је град лепим и монументалним грађевинама. У хугенотским ратовима (1562-1598) Париз је често био у центру догађаја: Луј Конде опсео је 1567. Париз недовољним коњичким снагама, те га је конетабл Ан Монморанси () изненадним испадом разбио 10. новембра 1567. у бици код Сен Денија, северног предграђа Париза, и приморао на повлачење. У Бартоломејској ноћи (24. августа 1572) у Паризу је поклано око 2.000 хугенота. Париским устанком на "дан барикада" (12. маја 1588), вође Католичке лиге су се одвојиле од краља: да би их укротио, он се помирио са хугенотским вођом Анријем од Наваре (каснији Анри IV). Њих двојица су 1589. са 30.000 војника опсели Париз, али им се војска распала пре напада на град одласком знатног дела католичког племства. Други покушај опсаде (7. маја-31. августа 1590) такође није успео. Краљ Анри IV (1589-1610) ушао је у град тек 1593, пошто се претходно одрекао протестантизма.