Par ses prétentions exagérées à Rastadt, et ses entreprises en Italie et en Suisse, le Directoire, qui arme toute l'Europe contre lui, néglige néanmoins de lever des armées capables de tenir tête à l'orage, et ouvre les hostilités avant d'avoir réuni tous les moyens dont il dispose. Lorsque l'Armée du Danube, commandée par Jourdan, franchit le Rhin le et entre en Souabe, elle ne compte que et ne tarde pas à se trouver en présence de l'archiduc Charles qui réunit, lui, plus de sous ses ordres. Il est battu à Ostrach le et Stockach le . L'avantage remporté n'est pas aussi considérable que l'espérait Jourdan, il continue sa retraite et se porte vers les débouchés de la Forêt-Noire. Le général Moreau doit alors effectuer une retraite célèbre, et Jourdan est disgracié. Le , il est remplacé par André Masséna.