Um membro de longa data do PAIGC, Sanhá serviu como governador das regiões de Gabú e Bafatá antes de se tornar Presidente da Assembleia Nacional Popular em 1994. A Guerra Civil na Guiné-Bissau eclodiu em junho de 1998 entre elementos do exército leais ao general Ansumane Mané e aqueles leais ao presidente João Bernardo Vieira. Em 26 de novembro de 1998, Sanhá dirigiu a primeira sessão da Assembleia Nacional Popular desde o início da guerra. Embora Sanhá tenha sido um crítico tanto dos rebeldes quanto de Vieira, ele concentrou suas críticas mais em Vieira.