Jaguary neslúžili vo Irackej vojne v roku 2003. Bolo síce plánované, že budú operovať z Turecka nad severným Irakom, ale Turecko odmietlo vstup na svoje základne a tak bol severný útok odvolaný. Požiadavky ministerstva financií Spojeného kráľovstva na zníženie výdajov na obranu viedli 21. júla 2004 ministra obrany, ktorým bol Geoff Hoon, k predloženiu detailného plánu na vyradenie Jaguarů do roku 2007. Predpokladaný termín vyradenia v októbri 2007 bol zmenený iba päť dní dní predtým na 30. apríla 2007.