O grupo surgiu no contexto da Guerra do Iraque, lutando contra as forças de ocupação estrangeiras (lideradas pelos Estados Unidos) e também contra outras facções iraquianas, especialmente contra os rivais sunitas. Em 2004, eles lideravam o movimento xiita de insurgência. Com isso, seu líder, Muqtada al-Sadr, se tornou um homem procurado, taxado como terrorista. Com o passar do tempo, al-Sadr tentou mudar as diretrizes do grupo para torná-lo um movimento político mais legítimo, com o propósito de tentar alcançar alguma coisa nas eleições de 2005. Muqtada al-Sadr ordenou então que o Exército Mahdi baixasse suas armas e pediu um cessar-fogo. A trégua, contudo, durou menos de um mês, antes da violência voltar com toda a força. Nesse momento, o Iraque passou por um período de enorme conflito e tensão sectária e religiosa, que deixou centenas de milhares de mortos. Em 2008, após perder força devido as ofensivas das forças armadas iraquianas, o grupo foi dispersado e, teoricamente, abolido.