エルコレ1世の後継者アルフォンソ1世（1476年 - 1534年）は、ロドリーコ・ボルジャ（後のローマ教皇アレクサンデル6世）の私生児ルクレツィア・ボルジャの3人目の夫となった。（なお、マントヴァのゴンザーガ家に嫁いだイザベラ・デステ（イザベッラ・デステ）は、アルフォンソ1世の姉にあたる。）当時のフェラーラはルネサンスの文化が花開いた都市の1つで、宮廷には各地から文学者や芸術家などが集まった。ヴェネツィアに対抗するカンブライ同盟に加盟し、ヴェネツィアと教皇ユリウス2世の間に平和的合意が成された後にも、フランスのルイ12世と同盟関係を保った。したがって、教皇はフェッラーラ領の空位を宣言し、1510年に破門した。1526年から1527年にアルフォンソ1世は、神聖ローマ皇帝カール5世が編成した教皇クレメンス7世に対する遠征に加担することで（＝ローマ掠奪）、1530年にフェッラ―ラ公の地位を取り戻した。