1991年，随着苏联国内政治形势的急剧变化，多个加盟共和国先后宣布独立，并成立了独立国家联合体。1991年12月25日，戈尔巴乔夫宣布辞去苏联总统职务，苏联正式解体。解体后的苏联分裂成了15个独立国家，各国相继建立了自己的铁路系统，独立自主地管理各自的领土范围内的铁路，瓦解了苏联全国铁路统一管理的局面。前苏联的32个铁路局被重新改组为40个铁路局（系统），其中俄罗斯联邦继承了19个，乌克兰继承了6个，哈萨克斯坦继承了3个，其余国家各继承了1个。