Był jedynym synem Hermana VI Badeńskiego i Gertrudy Babenberg, córki Henryka Babenberga, wnuczki Leopolda VI Sławnego, bratanicy ostatniego księcia Austrii z dynastii Babenbergów Fryderyka II Bitnego (zm. 15 czerwca 1246 w Bitwa nad Litawą). Od 1248 dziedzicem Austrii i Styrii stał się Herman VI jako mąż jednej z dziedziczek tytułu. Drugim pretendentem do tytułu księcia Austrii był czeski król Przemysł Ottokar II, mąż Małgorzaty Babenberg, siostry Henryka i Fryderyka II, zarazem ciotki Gertrudy. Po niespodziewanej śmierci ojca 4 października 1250 roku (prawdopodobnie na skutek otrucia) w wieku kilkunastu miesięcy Fryderyk stał się dziedzicem ojca i matki. Jego regentem został stryj Rudolf I. Gertrudę chciano ożenić z Wilhelmem z Holandii lub jego bratem Florencjuszem. Ostatecznie w 1252 wyszła ona ponownie za księcia halickiego Romana Daniłowicza, syna Daniela Halickiego. Ze względu na śmierć cesarza Fryderyka II Hohenstaufa nikt nie mógł zagwarantować Fryderykowi sukcesji, a Austrię i Styrię po 1250 zajęli Czesi. Przemysł Ottokar II zaczął oblegać zamek pod Wiedniem, w którym przebywali Roman i Gertruda, w drugiej połowie 1253 zmuszając księcia halickiego do ucieczki i rozwiązania małżeństwa. Na mocy układu pokojowego Gertrudzie przyznano część Styrii i 400 grzywien srebra rocznie. W 1267 król czeski odebrał jej te przywileje, a ją samą wypędził.