Przez wiele lat Lokvenc grał w reprezentacji Czech, w której debiutował 6 września 1995 w eliminacyjnym spotkaniu do ME 1996 (wszedł na ostatnie 10 minut, a zespół zwyciężył 2-0). Po tym spotkaniu zagrał jeszcze w potyczce z Luksemburgiem i na blisko 2 lata zniknął z kadry. Od 1997 był jednak regularnie powoływany do reprezentacji. Od czasu MŚ 2006, na skutek ciężkiej kontuzji, Lokvenc nie pojawił się już nigdy w barwach narodowych. Ostatecznie w kadrze Vratislav rozegrał 74 mecze i strzelił 14 bramek.