13 grudnia 1940 roku niemieckie władze okupacyjne wydały zarządzenie przeniesienia Szpitala Starozakonnych na Dworskiej do nowych siedzib w getcie warszawskim. Przeniesienie było odkładane ale w maju 1941 donoszono, że szpital został przeniesiony. Szpital otrzymał wtedy nową oficjalną nazwę: "Żydowski Szpital Zakaźny Czyste" i funkcjonował do 1943 roku. Do opuszczonych pawilonów Szpitala Starozakonnych przeniesiono szpital św. Ducha i Szpital Skarbowców. W czerwcu 1941 roku, kiedy wybuchła wojna niemiecko-radziecka oba szpitale wyeksmitowano i urządzono niemiecki szpital wojskowy. Losy lekarzy żydowskich w getcie warszawskim opisała Maria Ciesielska. Istnieją też opisy naocznych świadków.