Bei der World Tour 2016 erreichten sie als Fünfter der Kisch und Vitória Open sowie Vierter der Doha Open weitere Top-Ten-Ergebnisse. In Antalya spielten sie ihr nächstes internationales Finale. Bei der &lt;a href="Beachvolleyball-Europameisterschaft%202016"&gt;EM in Biel/Bienne&lt;/a&gt; kamen sie als Gruppendritte bis ins Achtelfinale, das sie gegen die Niederländer Brouwer/Meeuwsen verloren. Beim Hamburg Major belegten sie den fünften Platz und sicherten sich damit die Qualifikation für die Olympischen Spiele in Rio de Janeiro, bei denen sie nach drei Niederlagen bereits in der Vorrunde ausschieden. Anschließend wurde Flüggen zum Beachvolleyballer des Jahres gewählt. Bei der deutschen Meisterschaft setzten sich Böckermann/Flüggen im Endspiel gegen Erdmann/Kaczmarek durch und gewannen den Titel. Flüggen wurde damit zum ersten Mal deutscher Meister. Im Juli 2017 gewannen Böckermann/Flüggen das 4-Sterne-Turnier in Olsztyn. Bei der Weltmeisterschaft in Wien erreichten sie als Gruppendritter die Lucky-Loser-Runde, in der sie gegen die Italiener Ranghieri/Carambula ausschieden. Im Turnier zog sich Flüggen einen Meniskusriss zu, wodurch er unter anderem die EM in Jūrmala und die deutsche Meisterschaft verpasste. Flüggen wurde 2017 erneut zum Beachvolleyballer des Jahres gewählt.