Das Frankenloch ist ein älteres, naturnahes Altwasser in einem fortgeschrittenen Verlandungsstadium und wird nur noch bei außergewöhnlichem Hochwasser von der Werra durchströmt. Die Fläche lag Jahrzehnte lang direkt an der DDR-Grenze und war dadurch weitgehend geschützt. Das gilt auch für die auf Thüringer Seite angrenzenden Gebiete, die sich zu einem weitgehend ungestörten Landschaftsteil entwickelten, da der ehemalige Grenzstreifen erst in einiger Entfernung verlief. Ohne die Lage am Rande des ausgedehnten Auenschutzgebiets, mit seinen Gewässern und Röhrichten, wäre die Bedeutung des Frankenlochs als Schutzgebiet viel geringer.