Dne 15. dubna 1240 (Velikonoce) byl Balduin v Hagii Sofii korunován latinským císařem. Jejich jediný známý syn, Filip z Courtenay se narodil v roce 1243. Toto období relativního klidu však nemělo trvat dlouho. Balduin na konci roku 1243 odešel do Francie, kde měl v úmyslu hledat podporu u krále Ludvíka IX. Během jeho nepřítomnosti se Marie stala vládkyní říše, s Filipem z Toucy, který byl z počátku regentem. Filip byl synem Narjota z Toucy a jeho první manželky. Jeho matka byla dcerou Teodora Branase a Anežky Francouzské. Balduin byl nepřítomen několik let, nejdříve zůstal ve Francii a pak spolu s Ludvíkem IX. vyrazil na Sedmou křížovou výpravu. Vrátil se 8. října 1248.