Mùa giải 2018-19 là mùa giải lịch sử của câu lạc bộ, ngôi vị á quân Cúp QG Ý khi thảm bại trước Lazio với tỷ số 0-2. Tuy nhiên với vị trí thứ 3 ở giải quốc nội đã giúp cho Atalanta lần đầu tiên trong lịch sử tham dự UEFA Champions League