הרפובליקה הסלובקית השתתפה לראשונה במשחקים הפאראלימפיים באולימפיאדת הנכים לילהאמר (1994), אולימפיאדת החורף הראשונה שהתקיימה לאחר פירוק צ'כוסלובקיה. מאז, משתתפת סלובקיה במשחקי הקיץ ובמשחקי החורף כבדרך קבע.