Bien qu'il s'opposât très rapidement à la politique raciale des Nazis, Furtwängler fut relativement bien traité et occupa une position enviable dans les milieux culturels du Troisième Reich. Il était, en effet, le chef d'orchestre préféré d'Adolf Hitler et de Joseph Goebbels et ce, bien avant leur arrivée au pouvoir. Furtwängler était, comme Richard Strauss, considéré par les Nazis comme un « trésor national » et à ce titre devait absolument être protégé et utilisé pour glorifier le peuple allemand. Comme Strauss, il bénéficiait d'un statut très particulier : Goebbels choisit de fermer les yeux sur certaines positions qu'il n'aurait jamais acceptées venant d'autres personnes. Ainsi en 1938, peu de temps après l'Anschluss, lorsque Furtwängler arriva dans le hall d'entrée du Musikverein de Vienne, il vit qu'un drapeau avec une énorme croix gammée avait été ajouté. Il refusa de diriger tant qu'il n'avait pas été enlevé, ce qui fut fait. Les actes de ce genre étaient normalement passibles de la peine de mort, mais il ne fut pas inquiété. Ce statut particulier provient également du fait qu'au-delà des qualités artistiques de Furtwängler ou Strauss, les nazis les considéraient suivant leurs critères raciaux comme de « purs aryens ».