Im Mittelalter gab es im Zentrum vom heutigen Embrach ein Kollegiatstift vermutlich der Augustiner-Chorherren. Grundmauern des ersten Klosterbaus, welche bei Ausgrabungen im Jahr 1992 freigelegt wurden, lassen sich auf das 9. Jahrhundert datieren. Das Chorherrenstift St. Peter wurde 1386 im Sempacherkrieg und 1444 im Alten Zürichkrieg zweimal gebrandschatzt und geplündert. Die neu erbaute gotische Stiftskirche wurde nach dem Niedergang des Chorherrenstifts und nach dessen Aufhebung in der Reformation 1524 als reformierte Kirche weiter benutzt. 1778 stürzte diese Kirche jedoch nach einem Erdbeben ein. Der Architekt David Vogel errichtete 1779–1780 den Neubau der heutigen Kirche.