Im Vatikan wurde Bertone als enger Vertrauter Joseph Ratzingers und Mann für heikle Aufgaben wahrgenommen. Er galt als volksnah und aufgeschlossen und wurde vor dem Konklave 2005 auch selbst als papabile betrachtet. Kardinal Bertone nahm an der Beerdigung von Johannes Paul II. teil und begab sich anschließend mit den wahlberechtigten Kardinälen in das kurze Konklave. Die Wahl seines langjährigen Chefs zum Papst kommentierte der Fußball-Fan Tarcisio Bertone mit seiner bekannten Bemerkung, die Kirche habe in Ratzinger „ihren Beckenbauer gefunden“. Im August 2005 begleitete Bertone den neu gewählten Papst Benedikt XVI. auf seiner Reise zum Weltjugendtag 2005 nach Köln.