В 2002 году Эрни отправился в Японию и Южную Корею на свой третий чемпионат мира. В первом матче против сборной Португалии Стюарт был капитаном своей команды. В остальных поединках он выходил на замену. В 2003 году Эрни вновь занял третье место на Кубке конфедераций. В июне 2004 года в отборочном матче Чемпионата мира 2006 против сборной Гренады он сыграл свой сотый матч за сборную.