В мае 1980 году Мусевени создал партию Патриотическое движение Уганды, которая на выборах 1980 года лишь одно место в парламенте. Мусевени обвинил Милтона Оботе и его Народный конгресс Уганды в фальсификациях и в 1981 году создал Армию национального сопротивления (АНС), которая развязала партизанскую войну в стране. На этом этапе АНС, чью идеологическую платформу определяли левые студенты Университета Макерере, активно использовала марксистскую риторику. В январе 1986 года АНС заняла столицу страны Кампалу и 29 января Йовери Мусевени был провозглашен президентом.