Werner Steiner war der Sohn seines gleichnamigen Vaters Werner Steiner (* um 1452; † 6. Dezember 1517), Amman von Stadt und Amt Zug und dessen Ehefrau Margaretha (* in Menzingen; † 10. November 1501 in Zug), Tochter von Hans Zürcher. Sein Grossvater, Ulrich Steiner, starb 1476 in der Schlacht bei Grandson und zwei seiner Brüder sowie ein Vetter in der Schlacht bei Marignano, in der sein Vater die Zuger Soldaten anführte.