如郭沫若在《洪波曲》中揣测的，珞珈山之所以未遭轰炸，是因为日军“想完整地保留下来让自己来享福”。1938年10月26日，武昌弃守，日军果然将珞珈山校园辟为其中原司令部，“本亲善之旨”“以资保全原貌”。司令部驻扎在图书馆里，并在图书馆楼顶四角修了四个了望塔。理学院中还修有关押抗日人士的地牢。学生饭厅及俱乐部成为野战医院和军官俱乐部，男生寄宿舍成为住院部。文、理、工学院由大批文职人员使用，十八栋则由高级官员居住。附中成为车辆调度场，原邮局附近则成为一片马厩。未建的大礼堂后面（现人文馆后的小苗圃）成为军马场，日军为喂养军马而从日本引种水花草。为了缓解住在这里休养的大批日本伤兵的思乡之情，同时亦有炫耀武功和长期占领之意，日军于1939年从日本引来樱花树苗在武大校园栽植。抗战期间，珞珈山校舍虽整体保存了下来，但其内部还是遭受了严重的破坏，抗战结束后进行了大规模的整修。