Zu Beginn des Amerikanischen Bürgerkriegs dienten im "Marine Corps" unter Berücksichtigung aller Dienstgrade weniger als 1900 Marines. Am 16. März 1861 gründete der Kongress der Konföderierten Staaten das Gegenstück zu den "U.S. Marines", das "Confederate States Marine Corps". Als Folge desertierten aus dem USMC 16 Offiziere und etwa 100 weitere Soldaten, die zum Süden überliefen. Bei den Nordstaaten bewirkte das Überlaufen dieser Militärs jedoch einen strategischen Aderlass, da sich einige der besten Marines darunter befanden. Darüber hinaus brach ein offener Konflikt zwischen den Flagg- und den Stabsoffizieren des "USMC" aus. Letztgenannte betrachteten sich eher als Verwalter und nicht als Anführer des Krieges, während sich die Admiralität durch Ämterpatronage wieder auf Sollstärke zu bringen versuchte. Als Auswirkung dieser Geschehnisse nahmen an der ersten Schlacht am Bull Run nur 13 Offiziere und mehrheitlich aus Rekruten bestehende 336 weitere Marines teil, was zur Folge hatte, dass diese die von ihnen erwartete Leistung nicht erbringen konnten und dazu noch vom Schlachtfeld flohen, wie der Rest der Unionstruppen. Bei einem weiteren Einsatz, der Landung bei Fort Fisher, verhinderte nur das Eingreifen der Landstreitkräfte eine Niederlage der Marines. Die Personalstärke des Heeres von knapp 500.000 marginalisierte die Marines zusätzlich, sodass ihre Hauptaufgabe die Bewachung von Stützpunkten blieb.