LAF perustettiin neuvostomiehityksen pakolaisiksi ajamien liettualaisten keskuudessa Berliinissä 17. marraskuuta 1940. Järjestön johtajana toimi Kazys Škirpa, Liettuan entinen Saksan suurlähettiläs. Saksa alkoi suunnitella Operaatio Barbarossaa eli Neuvostoliittoon kohdistuvaa hyökkäystä jo joulukuussa 1940 ja liettualaisjärjestö valjastettiin tämän päämäärän käyttöön. LAF alkoi tehdä läheistä yhteistyötä Saksan sotilaallisen vastatiedustelun eli Abwehrin kanssa. Saksalaisten tuella LAF perusti maanalaisen verkoston miehitettyyn Liettuaan. Järjestön aktivisteja koulutettiin Itä-Preussissa, ja Liettuaan salakuljetettiin järjestön tekemiä lentolehtisiä.