No início do século XIX, os coptas alcançaram um mínimo histórico: cerca de 100 mil fiéis. Em 1805, uma relativa liberdade religiosa surgiu, e com ela, o aumento do número de coptas. Somente no século XIX foi decretada plena liberdade religiosa no Egito, mais especificamente durante a colonização britânica; para aproveitar a oportunidade de maior expansão, o Papa Leão XIII quis organizar melhor a Igreja Católica no Egito, dando-lhe uma hierarquia e permitindo a chegada de outras ordens, como os capuchinhos e jesuítas; após a Primeira Guerra Mundial de 1927 a 1937, a Igreja começa a se reerguer, e o número de fiéis passou de 20.000 a 47.000. Pouco após a Segunda Guerra Mundial eram 63.000, com 88 presbíteros e 70 igrejas. Em 9 de agosto de 1947 foi de novo nomeado um Patriarca católico para Alexandria e foi criada a Diocese de Assiute, que, com a de Minia (criada em 1938) constituía a Igreja católica copta do Egito. Em 1952, a Revolução Egípcia trouxe como consequência o fim da liberdade religiosa, e perseguições religiosas ao cristianismo passaram a ocorrer por alguns períodos a nível local, contanto, não promovidas pelo Estado.