Der Zweite Nordische Krieg von 1655 bis 1660 führte Kurfürst Friedrich Wilhelm die Bedeutung einer eigenen Seestreitmacht vor Augen, als er 1656 mangels einer eigenen Kriegsflotte die Häfen von Pillau und Memel den feindlichen Schweden öffnen musste. Während dieses Krieges erlangte er 1657 im Vertrag von Wehlau die volle Souveränität über das Herzogtum Preußen. Im selben Jahr entstand in Pillau erstmals unter brandenburgischer Flagge eine Flottille von anfangs drei Schiffen ("Clevischer Lindenbaum", "Churfürst von Brandenburg", "Lübische Schute") mit zusammen 34 Kanonen unter dem Kommando des Reiter-Obristen Johann von Hille (* um 1609 Hildesheim, † 1684). Mit der Zeit wurde der Schiffsbestand ausgebaut auf sieben größere Kriegsschiffe, drei Kanonenschaluppen und zwanzig bewaffnete Boote, die im Frischen Haff im Bündnis mit Polen erfolgreich gegen schwedische Schiffe und Befestigungen eingesetzt wurden. Nach Ende des Krieges wurde die Flotte jedoch aus Geldmangel verkleinert, schon 1662 gab es nur noch acht Einheiten, bis um 1670 nur noch die Leibjacht des Kurfürsten (Große Jacht) existierte. Um seine Einnahmen und Kontakte zu verbessern, beteiligte sich der Kurfürst fortan am internationalen Seehandel. Dazu ließ er in Holland zwei Schiffe bauen: die "Herzogtum Cleve" und die "Grafschaft Mark", die jedoch von England beschlagnahmt wurden.