A mediados del siglo XIV, durante la Guerra de los Dos Pedros, el Castillo sufrió importantes destrozos y reformas, debido al papel protagonista que la plaza de Borja, por su carácter fronterizo, tuvo en esta confrontación. A partir de esta guerra y hasta el siglo XVI, el castillo continuó su vida militar, aunque cada vez más integrado en la vida cotidiana de la población, puesto que la comunidad judía vivió en torno a esta fortificación en lo que actualmente se conoce como Cinto.