С началом второй интифады, под управлением Баргути, «Танзим» увеличил своё влияние и вместе с такими террористическими организациями, как «Бригады мучеников Аль-Аксы», «ХАМАС», «Исламский Джихад» и другие, стал одним из основных исполнителей терактов против граждан Израиля. Начиная с 2001 года террористические организации стали интенсивно сотрудничать между собой. По данным «ШАБАКа» на октябрь 2004 года, «на протяжении интифады, наибольшую активность в этой совместной деятельности проявлял „Танзим“ (объединение советов народного сопротивления в Газе). На июнь 2004 года, 92 % совместных терактов были осуществлены именно при участии „Танзима“. „Исламский джихад“ начал принимать участие в деятельности в Самарии в 2001 году, а боевики Газы — в 2003-м. Зато „ХАМАС“ начал сотрудничать с другими лишь после операции „Защитная стена“ („Хомат Маген“ -חומת מגן ), во второй половине 2002 года, причем главным образом в Газе. В совместной деятельности участвует и „Народный фронт“.»