Nella stagione 1997-1998, iniziata con la conquista della Supercoppa italiana, è campione d'Italia e finalista di Champions League per l'ultima volta in carriera: nell'atto conclusivo del torneo continentale, la Juventus si arrende al (0-1). Per il secondo anno consecutivo, Peruzzi viene eletto miglior portiere della Serie A e classificato fra i primi dieci al mondo.