Британія та Франція відновили війну в 1803 року. Обидвоє заперечували американський нейтралітет і намагалися порушити торгівлю зі своїм ворогом. Припущення було в тому, що маленькі нейтральні нації можуть отримати добру вигоду від воєн великих держав. Джефферсон не мав довіри до Наполеона, і Великої Британії, але вважав Британію як найбільш безпосередню загрозу американським інтересам. Тому він і Медісон зайняли загальнопрофранцузьку позицію і застосували ембарго, щоб зашкодити британській торгівлі. І Велика Британія, і Франція порушили морські права США. Британці посягали більше, а також вражали тисячі американських моряків в Королівському флоті; Франція ніколи не робила нічого подібного враження. Джефферсон у 1807 р. підписав Закон про ембарго, який забороняв весь експорт та імпорт. Призначений для того, щоб зашкодити британцям, це набагато більше зашкодило американській торгівлі. Руйнівний Закон про ембарго, який припинив торгівлю США, було скасовано в 1809 році, коли Джефферсон пішов з посади. І Велика Британія, і Франція залишалися ворожими до Сполучених Штатів. Війна 1812 р. стала логічним продовженням програми ембарго, оскільки США оголосили війну Великій Британії.