Dort wurde er kurz darauf zum Oberbefehlshaber des virginischen Heeres ernannt. Als dieses Teil der konföderierten Streitkräfte wurde, beförderte Präsident Davis Lee und vier andere zu Brigadegeneralen. Die anderen vier erhielten Truppenkommandos, Lee musste die Verteidigung der Hauptstadt organisieren. Nach dem ersten konföderierten Sieg bei Manassas wurde der Rang des Full Generals (Vier-Sterne-Generals) geschaffen und Lee wurde nach Samuel Cooper und Albert Sidney Johnston als dritter Soldat der Konföderation zu diesem befördert. Die Abzeichen eines konföderierten Generals (drei Sterne im Eichenkranz) wollte er aber nie tragen – er trug die Abzeichen eines Obersten der Provisional Army of the Confederate States (PACS) – drei Sterne, äquivalent zu seinem erdienten Rang im US-Heer.