V únoru 2006 podruhé jako kapitán přivedl národní tým do finále afrického mistrovství, Pobřeží slonoviny však podlehlo Egyptu v penaltovém rozstřelu, ve kterém Drogba nedal gól. O 6 let později, tedy roku 2012 na Africkém poháru národů dovedl svůj národní tým opět do finále proti Zambii, jenže i díky jeho neproměněné penaltě v průběhu zápasu došlo na závěrečný penaltový rozstřel. V 9. kole přestřelil bránu Gervinho a titul získala Zambie.