Le film est exploité sur deux versions : l'une française d'un peu moins de trois heures et l'autre internationale, raccourcie de vingt minutes. "La Reine Margot" reçoit un accueil critique mitigé lors de sa sortie, qui coïncide avec sa présentation au Festival de Cannes, certains lui reprochant son emphase et sa théâtralité. Il devient néanmoins le succès public le plus important de Chéreau et rassemble plus de deux millions de spectateurs en salles. Deux récompenses lui sont décernées à Cannes en 1994 : le Prix du Jury et le Prix d'interprétation féminine pour Virna Lisi qui tient le rôle de Catherine de Médicis. L'année suivante, "La Reine Margot" gagne cinq trophées lors de la des Césars dont ceux de la meilleure actrice pour Isabelle Adjani et des meilleurs seconds rôles féminin et masculin pour Virna Lisi et Jean-Hugues Anglade. Le succès du film vaut à Chéreau plusieurs propositions de la part d'Hollywood, qu'il décline, préférant travailler en France et en toute liberté.