Bevestigd als "aide de camp" (vleugeladjudant) en benoemd tot kapitein, kwam Rapp dankzij de steun van generaal Jean Moreau in contact met hooggeplaatste officieren van de verschillende legers. Hij vergezelde Desaix naar Italië in september 1797 waar hij Napoleon Bonaparte ontmoette in Passariano, in de buurt van Campo-Formio. Rapp sloot zich aan bij Desaix op de Egyptische veldtocht en diende met onderscheiding in de grote veldslagen, waaronder de aanval op Malta (10 juni 1798) en de Slag bij de Piramiden.