Mais quand les Britanniques arrivent en , il est battu à la bataille de Vimeiro et isolé ; seule la signature de l’avantageuse convention de Cintra lui permet d’éviter la capture et, à son retour en France, en octobre, la cour martiale. Il est envoyé fin décembre au second siège de Saragosse, où il prend en charge le corps du maréchal Moncey, tout en prenant le commandement général. Il est placé sous les ordres du maréchal Lannes à la fin du mois de janvier et assiste à la chute de la ville. Il ne prend toutefois pas part au "Te Deum" célébré le dans Notre-Dame del Pilar, en présence de Lannes et du maréchal Mortier. Selon le général Thoumas, biographe de Lannes, Junot aurait été affligé d'avoir vu son commandement mis sous tutelle.