Като панславист, той активно подкрепя федералистката и проюгославска политика на Земеделския съюз и на премиера Стамболийски. След Деветоюнския военен преврат през 1923 година Георги Капчев емигрира в Югославия, където според спомените на негов правнук преподава в Белградския университет. Според Иван Михайлов, Капчев като про-югославски ориентиран емигрант е назначен на държавна работа и получава месечно възнаграждение в Белград в размер на 4000 динара.