היחסים האישיים בין ברנס לבין טרומן נעשו מתוחים, במיוחד כאשר הנשיא חש שברנס ניסה להתוות את מדיניות החוץ בעצמו מבלי ליידע את הנשיא. אחת הדוגמאות המוקדמות למערכת יחסים זו הייתה ב בדצמבר 1945. טרומן ראה בהישגי הוועידה כלא ממשיים, ומתח ביקורת קשה על כישלונו של ברנס להגן על איראן, שלא הוזכרה כלל בסיכום הסופי של הוועידה. "נותרתי באפלה בנוגע לוועידת מוסקה", אמר טרומן לברנס בבוטות. במכתבים מאוחרים יותר לברנס, נקט טרומן בקו נוקשה יותר בנוגע לאיראן: "ללא האספקה הזאת מארצות הברית, רוסיה הייתה מובסת בחרפה. אך כעת רוסיה מעוררת מרד ומחזיקה כוחות על אדמתה של ידידתה ובעלת בריתה - איראן. ...אלמלא רוסיה הייתה ניצבת מול אגרוף ברזל ושפה תקיפה הייתה מתרחשת מלחמה נוספת. הם מבינים רק שפה אחת... אני לא חושב שעלינו להתפשר עוד... עייפתי מהילדותיות של הסובייטים". מצב דברים זה הוביל למשבר איראן ב-1946, שבו ברנס נקט בגישה תקיפה יותר ויותר כלפי סטלין, שהגיעה לשיאה בנאום שהוא נשא בגרמניה ב-6 בספטמבר. "ההצגה מחדש של המדיניות בגרמניה", שגם נודע בשם "נאום התקווה", קבע את הטון העתידי של מדיניות ארצות הברית באמצעות התכחשות לתוכנית מורגנטאו, תוכנית כלכלית שהייתה אמורה להחליש את תעשייתה של גרמניה. באותה שנה נבחר ברנס כאיש השנה של המגזין "טיים". טרומן ואחרים סברו שברנס היה ממורמר על כך שהוא לא היה שותפו למרוץ ויורשו של רוזוולט ובשל כך הוא לא רחש כבוד כלפי טרומן. בין אם הדברים היו כך ובין אם לאו, ב-1947 חש ברנס שעליו להתפטר מהקבינט בתחושת מרירות.