Сьогодні, солоність води становить близько 4-11%, і має значні річні та сезонні коливання. Озеро пов'язано з морем каналом із шлюзом. Гідрологічний режим водойми підтримується завдяки прісних вод з озера Мандри. У західній частині до лиману впадають річки Айтоська, Съндердере і Чукарська. У цій частині лиману організована природоохоронна територія під назвою «Вая», яка в даний час охоплює 12% площі озера. У 2003 році озеро Бургас був оголошений водно-болотними угіддями міжнародного значення в рамках Рамсарської конвенції у складі природоохоронної території Бургаські озера.