Sul finire del mese, Breckinridge venne impiegato come comandante indipendente nella bassa Valle del Mississippi, assicurandosi il controllo confederato dell'area con la cattura di Port Hudson. Nel frattempo, il generale Braxton Bragg, comandante dell'Armata del Mississippi, stava preparando l'invasione del Kentucky, e Breckinridge ottenne l'ordine di unirglisi. I capi confederati ritenevano che la presenza di Breckinridge nel suo stato nativo avrebbe potuto condurre favore alla spedizione. Van Dorn era riluttante a privarsi di Breckinridge e dei suoi uomini, dal momento che le forze nemiche si stavano ritirando dopo la battaglia di Perryville. Breckinridge e la sua divisione di 7000 uomini incontrarono il generale Bragg a Murfreesboro, nel Tennessee. Con il Kentucky solidamente sotto il controllo dell'Unione, la moglie ed i figli di Breckinridge decisero di spostarsi più a sud e seguirono le sue truppe.