Le château a servi aussi de résidence à l'archevêque Olav Engelbrektsson et fut le dernier bastion de l’Église catholique en Norvège avant que l'archevêque ne soit contraint à l'exil avec la Réforme en 1537. De 1532 à 1556, le lensherre de Trondhjem habitait au château. En 1546, Steinvikholm connut un incendie. Durant la guerre de sept ans, le château fut assiégé et pris par les Suédois sans avoir à combattre. Le château devint le lieu de travail du "lensherre" jusqu'en 1575, date à laquelle Steinvikholm semble avoir été définitivement abandonné.