W 1989 roku Hasan at-Turabi poparł zamach stanu przeprowadzony przez Umara al-Baszira i został głównym ideologiem nowego rządu. Ogłosił, że wojna prowadzona przeciwko chrześcijanom i animistom z południa Sudanu była świętą wojną. Dostarczał również religijnej legitymacji budowaniu i konsolidacji rządów autorytarnych, chociaż były one sprzeczne z jego wcześniejszymi poglądami. W 21-osobowym rządzie al-Baszira szesnastu członków należało do Islamskiego Frontu Narodowego, a zwolennicy at-Turabiego objęli ponadto kluczowe stanowiska w wojsku. Sukces polityczny sudańskich fundamentalistów sprawił, że at-Turabi stał się postacią powszechnie szanowaną także wśród islamskich radykałów z innych państw zamieszkiwanych w większości przez muzułmanów. Jedynie w 1991 roku na krótko stracił poparcie m.in. w Arabii Saudyjskiej, gdyż podczas I wojny w Zatoce Perskiej ogłosił poparcie dla Iraku. Islamizm stał się oficjalną ideologią Sudanu i podstawą prawa karnego, które obowiązywało także niemuzułmanów. Dążąc do arabizacji i islamizacji kraju, Islamski Front Narodowy i powiązane z nim organizacje zbrojne stosowały terror. At-Turabi usprawiedliwiał działania wymierzone w Kościoły chrześcijańskie oraz represje wobec ich wyznawców, którzy nie chcieli przejść na islam i z tego powodu zostali wysiedleni na Pustynię Nubijską lub do obozów przesiedleńczych. Określał terror jako zło konieczne i wymuszoną odpowiedź na politykę Zachodu wobec świata muzułmańskiego, przejaw odnowy religijnej islamu, reakcji na klęskę arabskiego nacjonalizmu i socjalizmu.