ב-1837 - כ"ד בטבת התקצ"ז, כשנתיים לאחר הקמת בית הכנסת, התחוללה בצפת וסביבותיה רעידת אדמה חזקה אשר הותירה אלפי הרוגים, החריבה את העיר וזרעה הרס רב. ע"פ המסורת, האדמו"ר מאבריטש חזה את הרעש העומד להתרחש וקרא ברבים לבוא ולהתכנס בבית הכנסת שלו בלשון: "כל מי שחפץ חיים, יבוא ויחזיק בספר התורה". רבים מחסידיו ומתושבי צפת שעו לעצתו והגיעו להתאסף סביב ארון הקודש, תחת כיפת בית הכנסת. ואכן, כאשר ארעה רעידת האדמה, על אף שחלקים גדולים מבית הכנסת נהרסו כליל, אותו מעגל בו הצטופפו האדמו"ר ותלמידיו נשאר שלם כליל, קירותיו ותקרתו. עם-זאת, רעידת האדמה גבתה קורבנות גם ממשפחתו הקרובה של האדמו"ר. בנו החורג - בן האישה האלמנה שנשא בצפת, לא שמע לאזהרות והיה אף הוא בן הנספים. בעקבות העובדה שרוב מבנהו של בית הכנסת נשמר ולא נהרס ברעידת האדמה – בשונה משאר בתי הכנסת בצפת, היה ביה"כ בימים שלאחר הרעש מקום התפילה המרכזי של יהודי צפת, יחד עם בית כנסת האלשיך, שגם הוא שרד את רעידת האדמה ולא ניזוק כלל. בבית הכנסת נותר ספר תורה בכתב ידו של האדמו"ר מאבריטש, ספר שאת הפסוק האחרון בו כתב משה מונטיפיורי בעת ביקורו בבית מדרשו של האדמו"ר, ב-1839. ספר התורה שרד בשלמותו את רעידת האדמה והוא נמצא בשימוש עד היום. בפברואר 2011, נגנב מבית הכנסת כתר ספר התורה על ידי פורצים אלמוניים. כשבוע לאחר מכן, הוא אותר על ידי משטרת ישראל והוחזר לבית הכנסת.