Dopo l'invasione nazista dell'Unione Sovietica avviata nel giugno 1941 con l'operazione barbarossa, i comunisti invitarono il popolo bulgaro a non cooperare con il governo e le truppe tedesche. Il 24 giugno, il partito annunciò l'inizio di una lotta armata ed iniziò ad organizzare il movimento partigiano, del quale ne divenne la forza principale. Il Partito dei Lavoratori guidò le attività dei gruppi terroristici e di guerriglia in Bulgaria, pubblicando anche giornali e opuscoli illegali per incitare la resistenza. Contribuì inoltre all'organizzazione del Fronte patriottico () e come suo membro annunciò il ritiro della Bulgaria dal Patto tripartito e l'adesione alla coalizione antinazista. Al FP si unirono anche la sinistra del BRSDP, l'Unione agraria di Stamboliskij e il gruppo nazionalista Zveno.