Le Cameroun dispute la Coupe des confédérations 2003. Lors du premier match contre le Brésil champion du monde en titre, Eto'o offre la victoire à son équipe (1-0). La seconde rencontre face à la Tunisie est gagnée sur le même score, avant de faire 0-0 contre le États-Unis. Laissé au repos en demi-finale gagnée 1-0 contre le Colombie, le buteur reçoit l'autorisation de repartir en Espagne pour y disputer la finale de la Coupe du Roi avec le RCD Majorque le . Le lendemain, en finale contre la France, Eto'o entre à l'heure de jeu mais ne fait pas la différence et son équipe s'incline en prolongation (0-1 ap).