В 2015 году стала широко известна в связи с получением статуса свидетеля по делу об убийстве Бориса Немцова и серией публикаций о ситуации в московских тюрьмах и следственных изоляторах. 12 марта 2015 года Меркачева была допрошена в Главном следственном управлении Следственного комитета России (ГСУ СКР) по Москве. Вопросы к правозащитникам в лице Меркачевой и её коллеги Андрея Бабушкина у следователей возникли после того, как они посетили в СИЗО подозреваемых по делу об убийстве Бориса Немцова, которые рассказали им о применяемых против них пытках.