"Nier" fue desarrollado por Cavia y publicado por Square Enix. Fue dirigido por Yoko Taro de Cavia y fue producido por Yosuke Saito de Square Enix. El juego fue oficialmente revelado en julio de 2009 durante la Electronic Entertainment Expo 2009, tanto para PlayStation 3 como en Xbox 360. "Nier" inicialmente estaba destinado a ser exclusivo para la Xbox 360. Después de decidir lanzarlo para PlayStation 3, los desarrolladores dividieron la versión japonesa del juego en Replicant y Gestalt, ya que creían que el público japonés respondería con más fuerza a un protagonista más joven que el adulto Nier. El adulto Nier fue el diseño original ya que Cavia quería "Un personaje masculino adulto muy fuerte como su personaje principal". Aparte de cambiar la apariencia de Nier y modificar algunas líneas de diálogo para adaptarse a él como hermano y no padre de Yonah, los desarrolladores no hicieron ningún cambio entre las 2 versiones. Las localizaciones para el juego en inglés, francés y alemán se produjeron durante el desarrollo de modo que todas las versiones podrían ser lanzados al mismo tiempo, por lo que Cavia y Square Enix podrían solicitar la opinión de América del Norte y Europa del juego para atraer jugadores fuera de Japón.