Bertrand tog som frivillig värvning vid ingenjörstrupperna och avancerade snabbt. Han medföljde 1797 Napoleons expedition till Egypten och befordrades tack vare sina förtjänster till överste och kort därefter till brigadgeneral. Han deltog sedan i nästan alla Napoleon I:s fälttåg, och bidrog kraftigt till segrarna i slaget vid Austerlitz och Slaget vid Friedland och blev därefter Naopoleons personlige adjutant. Det var Bertrand som konstruerade flotten där mötet i Tilsit ägde rum 1807.