בינואר 1942 ביצע הצבא ההונגרי את הטבח בדרום באצ'קה. משנודעו האירועים לבייצ'י-ז'ילינסקי, הוא הוביל גל מחאות מול הממשל ותבע להעמיד לדין את הקצינים האחראים לטבח. בעקבות המחאות הורה הממשל ההונגרי להפסיק את הפעילות בבאצ'קה. במרץ 1944, לאחר כיבוש הונגריה על ידי גרמניה הנאצית במסגרת מבצע מרגרטה, נעצר בייצ'י-ז'ילינסקי על ידי הגסטפו. ב-11 באוקטובר 1944 שוחרר ממעצרו, ולאחר הפיכת צלב החץ בהונגריה ירד למחתרת. בראשית נובמבר 1944 הוא נלכד ונעצר. ב-24 בדצמבר 1944 הוא הוצא להורג בתלייה על ידי הגסטפו במתקן כליאה בכפר שופרונקהידה. ב-27 במאי 1945 הובא לקבורה בהלוויה ממלכתית בכפר טרפה שבמחוז סבולץ'-סטמאר-ברג.