La campagne des îles Gilbert et Marshall commença le 20 novembre 1943 avec l'invasion américaine de Tarawa et de Makin dans les îles Gilbert. Le 21 novembre 1943, le "I-39" reçut l'ordre de se rendre à Tarawa avec les sous-marins "I-19", "I-35", "I-169" et "I-175". Avec un hydravion Yokosuka E14Y1 (nom de code allié "Glen") à son bord, il s'est mis en route de Truk pour sa deuxième patrouille de guerre ce jour-là, avec une zone de patrouille assignée au sud-ouest de Tarawa. Le 24 novembre 1943, il a signalé qu'il approchait de sa zone de patrouille et le 25 novembre - le même jour où il a été réaffecté à la " division sous-marine" du " escadron de sous-marins" - il a signalé qu'il était arrivé dans sa zone de patrouille.