עם כניסתה של ארצות הברית למלחמת העולם השנייה, היה ואן פליט מפקד רגימנט הרגלים ה-8. הוא פיקד על הרגימנט במשך שלוש שנים, והוביל אותו במהלך הפלישה לנורמנדי בחוף יוטה והקרבות בחזית המערבית. הוא היה קצין מוכשר מאוד, אולם לא זכה לקידום כלשהו כי הרמטכ"ל ג'ורג' מרשל התבלבל בינו לבין קצין אלכוהוליסט ידוע בעל שם דומה. הטעות התבררה כאשר חברו לשעבר לספסל הלימודים של ואן פליט, דווייט אייזנהאואר העמיד את מרשל על טעותו, ולפיכך ב-1 באוגוסט 1944 הוא הועלה לדרגה זמנית של בריגדיר גנרל (כוכב אחד), ומונה לעוזר מפקד הדיוויזיה ה-2. הדיוויזיה הייתה חלק מהקורפוס ה-5 אשר היה חלק מהארמייה הראשונה של קורטני הודג'ס. הוא לחם עם הדיוויזיה בקרב פאלז, ובספטמבר של אותה שנה הועבר לפקד על הדיוויזיה ה-4, ובאוקטובר הועבר לפקד על הדיוויזיה ה-90 אשר הייתה חלק מהקורפוס ה-3 שהיה חלק מהארמייה השלישית של ג'ורג' פטון. ב-15 בנובמבר 1944 הועלה לדרגה זמנית של מייג'ור גנרל (שני כוכבים), ובדצמבר פיקד על הדיוויזיה במהלך הקרב על הבליטה. בפברואר 1945 השתתפה הדיוויזיה שלו בפריצת קו זיגפריד, ועוד באותו החודש הוא הועבר לפקד על הקורפוס ה-23, אשר שימש ככוח כיבוש במערב גרמניה. במרץ של אותה שנה הועבר לפקד על הקורפוס ה-3. הוא פיקד על הקורפוס במהלך כיבוש כיס הרוהר, ולאחר מכן התקדם דרך בוואריה עד שנצטווה לעצור על הגבול האוסטרי.