In 1805 was hij de commandant van een kleine voorhoede in het leger onder leiding van Michail Koetoezov. Bij de Slag bij Hollabrunn verzekerde hij de veilige aftocht van dat leger door herhaalde aanvallen van een grotere troepenmacht af te slaan. Bij de Slag bij Austerlitz op 2 december 1805 vocht Bagration tegen de Franse linkervleugel aangevoerd door Joachim Murat en Jean Lannes. Hij nam ook deel aan de Slag bij Eylau (7 februari 1807), de Slag bij Heilsberg (11 juni 1807) en de Slag bij Friedland (14 juni 1807).