Walcząc pod rozkazami Rosecransa i dowodząc „środkowym skrzydłem” nowo stworzonej Armii Cumberland, Thomas dał prawdziwy popis dowodzenia w bitwie nad Stones River, utrzymując centrum cofającej się na całej linii armii unionistów i raz jeszcze odbierając zwycięstwo Braggowi. On też dowodził najważniejszymi manewrami podczas tzw. „Kampanii Tullahoma”, prowadząc wojska z Decherd do Chattanooga w okresie od 22 czerwca do 3 lipca 1863 roku i forsując rzekę Tennessee. W bitwie pod Chickamauga 19 września 1863 roku, dowodząc XIV Korpusem, ponownie utrzymał się na niemal straconej pozycji, broniąc się przed zaciekłymi atakami Bragga, mimo że całe skrzydło unionistów na prawo od niego załamało się. Thomas zgromadził rozproszone oddziały na wzniesieniu Horseshoe Ridge, zapobiegając poważnej klęsce Unii i przekształceniu porażki w pogrom. Przyszły prezydent James Garfield, w czasie wojny oficer Armii Cumberlandu, przybył do Thomasa w czasie bitwy z rozkazem Rosecransa, by się wycofał; gdy Thomas oznajmił, że chce zostać z tyłu, by zapewnić armii bezpieczny odwrót, Garfield powiedział Rosecransowi, że Thomas "„stoi jak skała”". Po bitwie przylgnął doń przydomek „Skała spod Chickamauga”, oddający jego determinację utrzymania ważnej pozycji wbrew przeciwnościom.