W reprezentacji Szkocji McKinlay zadebiutował 17 listopada 1993 roku w wygranym 2:0 wyjazdowym spotkaniu z Maltą, rozegranym w ramach eliminacji do Mistrzostw Świata w USA i w debiucie zdobył gola. W 1996 roku na Euro 96 zagrał w jednym meczu Szkotów, zremisowanym 0:0 z Holandią (0:0). Natomiast w 1998 roku został powołany przez Craiga Browna do kadry na mundial we Francji. Tam także zaliczył tylko jedno spotkanie – przegrane 1:2 z Brazylią. Ostatni mecz w kadrze rozegrał w październiku tamtego roku przeciwko Wyspom Owczym (2:1). W drużynie narodowej zagrał 29 razy i strzelił 4 gole.