Mujibur Rahman wurde 1968 der Verschwörung und Volksverhetzung beschuldigt und für die politische instabile Lage in Pakistan verantwortlich gemacht. Verschwörung konnte ihm nicht nachgewiesen werden. Es wurde aber bekannt, dass Rahman sich 1962 und 1965, nach dem Zweiten Indisch-Pakistanischen Krieg, im Geheimen mit Vertretern der indischen Regierung getroffen hatte. Dieser Vorfall führte zu Unruhen in Ostpakistan. Außerdem reichte Außenminister Zulfikar Ali Bhutto seinen Rücktritt ein, gründete 1967 die Pakistan Peoples Party und schloss sich der Opposition gegen Ayub Khan an. Ayub Khan geriet innenpolitisch zunehmend unter Druck und übergab am 25. März 1969 die Regierungsgewalt an Armeechef Yahya Khan.