Jean, en ung uppfinnare deltar i en flygtävling vid världsutställningen i Paris 1889. Där träffar han Nadia, en cirkusartist. Jean räddar henne från Grandis, en bandit som skoningslöst förföljer Nadia för att stjäla Bluewater, en gåtfull ädelsten som hon bär runt sin hals. Efter en flykt befinner sig Jean och Nadia ombord på Nautilus, en mystisk ubåt under befäl av kapten Nemo. Han tar dem med på ett äventyr som de inte kunnat drömma om.