その後の旅団輸送隊は、1944年9月にパラオ諸島のペリリュー島へアメリカ軍が上陸すると、同島駐留の1個中隊が防衛戦闘に参加した。パラオ本島駐留の旅団輸送隊主力も、他の陸軍船舶部隊と協力して第14師団の歩兵第15連隊第2大隊を輸送して逆上陸作戦を成功させた。残存戦力は、パラオ本島で敗戦を迎えた。