Il est élu administrateur du département des Basses-Pyrénées au début de la Révolution. En 1792, il est élu député à la Convention par le département des Basses-Pyrénées, il siège dans le parti Girondin. Lors du Procès de Louis XVI en janvier 1793, il vote pour l'appel au peuple, pour l'emprisonnement et le bannissement, pour le sursis. Il demande la mise en accusation de Jean-Paul Marat. Son nom ne figure pas sur la liste des députés Girondins décrété d'arrestation lors de la Journée du 2 juin 1793, mais il quitte tout de même Paris, décide de combattre ceux qui avaient proscrit ses collègues girondins. Il se trouve à Caen, à Bordeaux, à Nantes où il combat les Montagnards de son mieux. Le , Arnaud Jean Meillan est déclaré hors la loi et traître à la patrie, ses biens lui sont confisqués. Il vit dans la clandestinité dans les Pyrénées jusqu'à la chute de Maximilien de Robespierre le 9 thermidor an II (). De retour à la Convention le 8 ventôse an III (), il est envoyé en mission à l'Armée des Pyrénées (Orientales) où il fait des rapports sur les négociations de paix.