После начала войны за независимость Фуат организовал турецкое сопротивление против греческого вторжения в Западной Турции. Фуат был командующим турецкими силами в Западной Анатолии, позже Совет представителей выбрал Фуата командующим национальными силами в войне за независимость. Анкара где находился штаб Фуата стал центром освободительной войны турецкого народа.