После того как Ньянатилоке было отказано во въезде в управляемую британцами Шри-Ланку и другие британские колонии в Азии, в 1920 году он отправился в Японию со своими немецкими учениками Бхиккху Ваппо (Людвиг Штольц) и сестрой Уппалаваной (Эльза Буххольц). В течение пяти лет он преподавал пали и немецкий в японских университетах, в том числе в университете Тайсё, где ему помогал монах Экай Кавагути, и в университете Комадзава, где он преподавал вместе с президентом Ямагами Согеном (), который также изучал пали на Шри-Ланке. Он встречался с японскими тхеравадинскими монахами, но не смог остаться ни в одном монастыре в Японии. Он пережил Великое землетрясение в Канто 1923 года, которое разрушило Токио, и был удивлён, увидев, что университеты открылись всего через два месяца после бедствия. В этот период Ньянатилока продолжал работать над своими переводами палийских текстов. В 1921 году он посетил Яву, где он заразился малярией, и Таиланд, где он, очевидно, надеялся остаться, так как в этой стране Тхеравада была основной религией. Хотя тайский посол в Японии дал ему пропуск и визу, в Таиланде его арестовали по подозрению в шпионаже и через несколько недель депортировали. Через Китай он вернулся в Японию.