Im Juni 1859 bildete die "Franz Joseph" mit den zwei anderen bewaffneten österreichischen Dampfern "Benaco" und "Hess" sowie einigen Kanonenbooten die Gardaseeflottille. Die Flottille nahm an den Kampfhandlungen des Krieges mit Piemont und Frankreich teil. Dabei unterstützte sie die Landoperationen der eigenen Kräfte. Hierbei wurde die "Benaco" am 20. Juni 1859 von einer piemontesischen Batterie in Salò versenkt.