לאחר עזיבתו, עבד לוברס כפרופסור אורח באוניברסיטת הרווארד. הוא היה גם מועמד לראשות נאט"ו, אך לא נכנס לתפקיד בעקבות וטו של ארצות הברית. לוברס היה גם פעיל מאוד בתחום איכות הסביבה והשתתף בפסגת כדור הארץ. בשנת 2001 מונה לוברס על ידי מזכ"ל האו"ם קופי אנאן לעמוד בראש נציבות האו"ם לפליטים. הוא החזיק בתפקיד זה עד שנת 2005. בשנת 2004 התלוננה אחת העובדות בנציבות כנגד לוברס בטענה שהטריד אותה מינית. לוברס הכחיש כל קשר לכך. כתוצאה מפרשה זו (אשר גרמה לחקירה פנימית של האו"ם) התפטר לוברס מתפקידו. לאחר מכן פרש מפעילות ציבורית באופן סופי.