Дебют во взрослой команде у Полака состоялся 28 апреля 1999 года, когда Ян на 75-й минуте товарищеского матча со сборной Польши вышел на поле, заменив Мартина Чижека. Сыграв в 2000 году ещё один матч за сборную против Мексики, Полак на долгое время перестал вызываться в состав национальной команды. Следующий матч за сборную Полак провёл 9 февраля 2005 года против Словении и на 79-й минуте отметился голом. В 2006 году Полак сыграл на мировом первенстве в Германии, а в 2008 выступил на чемпионате Европы. Свой последний матч в футболке национальной сборной Полак провёл 29 марта 2011 года против сборной Лихтенштейна.