Nach dem "Großen Kretischen Aufstand" von 1866 bis 1868, bei dem das Kloster Arkadi zerstört wurde, beschäftigte die kretische Frage erneut die Großmächte. Aber erst nach der Niederlage der Osmanen im Russisch-Türkischen Krieg von 1877/78 wurden den Christen bestimmte Rechte garantiert. Der Freiheitswille war jedoch ungebrochen, und so kam es 1889 und ab Mai 1896 erneut zu Aufständen. Den letzteren unterstützte das unabhängige Griechenland mit regulären Truppen und Freiwilligenverbänden, die am 21. Februar 1897 Kreta besetzten, was zum Türkisch-Griechischen Krieg führte. Auf dem "Profitis Ilias", einem 122 Meter hohen Berg im Osten des Stadtgebiets von Chania, wurde 1897 als erstes die griechische Fahne aufgezogen. Er ist deshalb für die Kreter von herausragender nationaler Bedeutung. Der Krieg endete mit einem militärischen Sieg der Osmanen. Die griechischen Truppen unter Kronprinz Konstantin wurden sowohl auf Kreta als auch in Thessalien entscheidend geschlagen.