Veel stolpkerken zijn in de loop der tijd verdwenen. De eerste stolpkerk die verloren ging was die van Camperduin: zij werd al in 1799 verwoest bij de Brits-Russische inval. De Huisduiner kerk raakte in dezelfde periode beschadigd en werd in de 19e eeuw vervangen. Hetzelfde gebeurde in Den Helder en Schagerbrug. In Uitdam werd in 1843 nog een laag stolpkerkje gebouwd, maar dat is in 1940 gesloopt. In 1961 werd er in Alkmaar een stolpkerk gebouwd, ditmaal voor de katholieken. Dit unieke gebouw werd in 2007, ondanks protesten, weer gesloopt.