Sau khi trở thành vua phá lưới của Euro 2008, Villa bắt đầu mùa bóng 2008–2009 bằng bàn thắng ngay trong trận mở màn với Mallorca. Tháng 10 năm 2008, Kaká đã có lời tán dương Villa khi phát biểu với Canal+, anh khẳng định Villa là "cầu thủ Tây Ban Nha xuất sắc nhất" cũng như "cầu thủ mà anh thích chơi cùng nhất là David Villa của Valencia." Ngày 2 tháng 12, Villa xếp hạng 7 trong cuộc bầu chọn Ballon d'Or năm 2008 và vào ngày 12 tháng 1 năm 2009, anh tiếp tục đứng hạng 9 trong cuộc bầu chọn Cầu thủ xuất sắc nhất năm của FIFA, đồng hạng với người đồng hương tại Barcelona, Andrés Iniesta.