Isla sai ensimmäisen kutsunsa Chilen maajoukkueeseen syyskuussa 2007 ja pelasi ystävyysottelussa Sveitsiä vastaan. Hyvän peliesityksen jälkeen hän sai pelata myös Chilen seuraavassa ystävyysottelussa Israelia vastaan. Hän pelasi ensimmäisen ottelunsa 29. maaliskuuta 2009 Perua vastaan. Päävalmentaja Marcelo Bielsa valitsi hänet vuoden 2010 MM-kilpailuihin, joissa hän pelasi neljä ottelua. Vuoden 2014 MM-kilpailuissa hän pelasi myös neljä ottelua. Copa Américassa Isla pelasi vuosina 2011, 2015 ja 2016. Hän on pelannut kaikkiaan 105 maaottelua ja tehnyt niissä neljä maalia.