ב-1993 התנגד מקיין למעורבות אמריקאית במלחמת האזרחים בסומליה ואמר כי מדובר ב"משימה לא ממוקדת שאין לה מטרה". לאחר ששמונה עשר אמריקאים נהרגו בקרב מוגדישו, הציג מקיין יוזמה להשבת חיילי הכוחות המזוינים של ארצות הברית שבסומליה למולדתם באופן מיידי, אך היוזמה לא עברה בסנאט. מקיין הוסיף להתנגד למבצע "תמיכת הדמוקרטיה" (Uphold Democracy) בהאיטי ב-1994. תחילה, התנגד מקיין למעורבות צבאית מצד ארצות הברית במלחמת בוסניה, והצביע ב-1992 נגד יוזמת ממשלו של הנשיא ג'ורג' הרברט ווקר בוש להיתר שימוש ב"הפגנות כוח" בחבל הבלקן. השקפתו של מקיין בעניין מלחמות יוגוסלביה השתנתה לאחר טבח סרברניצה ב-1995, והוא הצביע בעד נתינת הרשאה לנאט"ו להפציץ את בוסניה והרצגובינה נגד צבא רפובליקה סרפסקה.