Ab 1846 ist McCarthy sichtbar als selbständiger Architekt mit Sitz in Dublin. Neben Aufträgen des staatlichen "Board of Ecclesiastical Commissioners", das die Mittel zum Bau und Ausbau von Kirchen der anglikanischen Staatskirche vergab, bemühte sich McCarthy auch um den Bau katholischer Kirchen im Einklang der von Pugin vertretenen Prinzipien. Um eine Musterkirche zu haben, bot er an, in Glendalough einen Entwurf für eine ländliche Pfarrkirche ohne Honorar zu entwickeln. Die Kirche wurde im "Early-English"-Stil der englischen Frühgotik errichtet und wurde zum Vorbild vieler seiner nachfolgenden ländlichen Kirchen, die bis heute als besonders gelungen gelten. Der zweite wichtige Erfolg in diesem Jahr war der Gewinn des Architekturwettbewerbs für die katholische Stadtkirche in Ballinasloe. Beide Projekte sollten jedoch unter der großen Hungersnot in Irland leiden. In Glendalough wurde die angestrebte Innendekoration nie umgesetzt, in Ballinasloe fiel der Bau später unter die Leitung eines anderen Architekten, der einige Veränderungen durchführte. Zu den weiteren frühen Kirchen gehört die Pfarrkirche in Kilskyre, die trotz der ländlichen Lage aufwendig im sogenannten Decorated Style, dem mittleren Stil der englischen Gotik erbaut wurde. Diese Bemühungen fanden die Aufmerksamkeit der englischen Zeitschrift "The Ecclesiologist":