Die nun türkisch "Hanya" genannte Stadt wurde 1651, da die eigentliche Hauptstadt Kretas "Candia" der Belagerung durch die osmanischen Truppen 21 Jahre lang standhielt, Verwaltungssitz der gesamten Insel. Sitz des Paschas und damit neue Inselhauptstadt (wenn auch nominell erst ab 1841) blieb "Hanya" auch nach der Einnahme "Candias" im Jahre 1669. Die Festungsinseln "Gramvousa" und "Souda" fielen erst 1692 bzw. 1715 in osmanische Hand, die erstere bei dem Versuch der Venezianer, "Hanya" zurückzuerobern. Unter der Osmanenherrschaft änderte sich auch das Stadtbild. Kirchen wurden in Moscheen umgewandelt und erhielten Minarette, öffentliche Bäder (Hamams), und Brunnen wurden gebaut, und die vor allem in den Vierteln "Kastelli" und "Splantzia" siedelnden türkischen Zuwanderer errichteten zahlreiche große Privathäuser mit Holzerkern. Viele Christen hingegen verließen Kreta, um der Unterdrückung der neuen Herrscher zu entgehen, und fanden Zuflucht auf den Ionischen Inseln.