Er galt als einer der Architekten der Konfliktschlichtung des Kargil-Krieg im Mai Juni 1999. Naik wurde tot in seiner Wohnung aufgefunden. Am zwei bis drei Tage toten Körper wurden im "Pakistan Institute of Medical Sciences" (PIMS) ein gebrochener Unterkiefer, gebrochene Rippen und Traumata an den Lungen und der Leber festgestellt. Ein Sprecher des PIMS schloss Mord als Todesursache nicht aus, erklärte aber, dass die ersten medizinischen Voruntersuchungen die Zweifel an einem Mord nach Folter gestärkt hätten.