Le Consulat le nomme préfet maritime le , toujours à Toulon, dès la création de cette institution. Il continue à maintenir la correspondance avec les troupes d'Égypte. Il veille à la formation de l'escadre de secours que constituait Ganteaume à destination initiale des Côte des Barbaresques ainsi que celle de l'amiral Linois - un de ses amis intimes - et de l'adjudant général Pierre Devaux pour la Bataille d'Algésiras, où le , la marine française prend sur ses vainqueurs d'Aboukir une si fière revanche. Durant ses fonctions à Toulon, il participe à l'affaiblissement de la course barbaresque en Méditerranée.