Στις 22 Ιουνίου 1941, όταν ξεκίνησε η εισβολή στη Σοβιετική Ένωση από τους Ναζί, ο Μανουσιάν συνελήφθη από τη γερμανική Κατοχή σε μια αντικομουνιστική επιδρομή στο Παρίσι. Κρατούμενος σε στρατόπεδο στην Κομπιένη, με τις προσπάθειες της συζύγου του, Μελινέ Ασαντουριάν, αφέθηκε ελεύθερος μετά από μερικές εβδομάδες χωρίς να του απαγγελθούν κατηγορίες.