Nel mese di maggio 1945, in seguito all'offensiva partigiana finale e al crollo del NDH, le unità rimanenti della Guardia nazionale si unirono alle altre forze dell'Asse e ai profughi civili nell'ultimo disperato tentativo di cercare rifugio tra gli alleati occidentali. Ciò provocò molte vittime della Guardia nazionale nel successivo Massacro di Bleiburg e durante il quale i partigiani vittoriosi mostrarono poca pietà o addirittura tendenza a trattare i prigionieri della Guardia nazionale separatamente dagli ustascia catturati. Quelle guardie nazionali che sopravvissero alla prova, così come i membri delle loro famiglie, furono per lo più trattati come cittadini di seconda classe nella Jugoslavia di Tito, anche se ci furono alcune eccezioni, in particolare con il leggendario giornalista sportivo Mladen Delić. Nel 1945 i partigiani distrussero il cimitero centrale della Guardia nel Cimitero di Mirogoj a Zagabria.