Вслед за "Air Do" другие компании стали снижать цены на авиабилеты в города Хоккайдо вследствие чего коэффициент заполнения кресел перевозчика упал до 50 %. В 2000 году префектура Хоккайдо дополнительно капитализировало авиакомпанию и назначила одного из своих высокопоставленных чиновников главой "Air Do". По причине разразившегося кризиса коммерческих авиаперевозок после террористических атак 11 сентября 2001 года авиакомпания понесла существенные убытки, и получила отказ от правительства Хоккайдо в её дальнейшем финансировании. В июне 2002 года "Air Do" объявила о начале процедуры реструктуризации собственной деятельности.