Janosch Brugger prend part à ses premières compétitions officielles junior à partir de 2012. Il remporte plusieurs de ce genre de course dès 2013 et prend part aux Championnats du monde junior en 2014, mais surtout au Festival olympique de la jeunesse européenne en 2015, où il compte trois podiums. Il remporte notamment la médaille d'or au 7,5 kilomètres libre. Aux Championnats du monde junior 2016, il est notamment cinquième du dix kilomètres classique. Cette année-là, il est diplômé de l'école de ski de Furtwangen et devient membre des douanes. Finalement, il devient champion du monde junior du sprint à Soldier Hollow.