Durante a Segunda Guerra Mundial, na década de 1940, o governo japonês decidiu instituir a "Província Metropolitana de Tóquio". A partir desta iniciativa extinguiu-se aquilo que era conhecido como . Durante a mesma guerra, foi intensamente bombardeada a partir de 1942 até 1945. Por causa disto, em 1945 a população de Tóquio era a metade que em 1940. Os bombardeios mais pesados a atingiram em 1944 e 1945, destruindo aproximadamente um terço da cidade, e matando mais de 80 mil pessoas. Tóquio tinha cerca de 7,3 milhões de habitantes em 1940; no final da guerra, a população havia caído pela metade, para cerca de 3,5 milhões. Ao terminar a guerra, em setembro de 1945, foi ocupada militarmente e passou a ser governada pelas Forças Aliadas. O general Douglas MacArthur estabeleceu os quartéis da ocupação no que atualmente é o edifício DN Tower 21 (anteriormente conhecido como Dai-Ichi Seimei), em frente ao Palácio Imperial. Na segunda metade do , Estados Unidos aproveitou Tóquio como um centro importante de logística durante a guerra da Coreia. Na atualidade, onde permanecem sob controle estadunidense a Base aérea de Yokota e algumas poucas instalações militares menores.