2001 wurde Baier Botschafter in Algier für die Demokratische Volksrepublik Algerien, wo der Bürgerkrieg der 1990er gerade zu einem Ende kam. 2006 kehrte er in den Innendienst zurück und wurde Leiter des Referats "Multilaterale völkerrechtliche Fragen" im Völkerrechtsbüro. 2010 fungiert er als Vorsitzender der "Legal Drafting Group" (Rechtsgestaltung) der Task Force für Internationale Kooperation bei Holocaust-Bildung, Gedenken und Forschung (ITF, heute IHRA) mit Hauptsitz Berlin.