Po německé invazi do Jugoslávie v dubnu 1941 a rozpadu státu nebyl veřejně činný. Roku 1942 podepsal tzv. Mostarskou rezoluci, v níž významní mostarší muslimové odsoudili jednání Nezávislého státu Chorvatsko. Ćišićovi synové Husref a Mithat se přidali ke komunistickým partyzánům a oba zahynuli. Jako sympatizant partyzánů pak byl roku 1945 jmenován delegátem třetího zasedání Zemské antifašistické rady národního osvobození Bosny a Hercegoviny (ZAVNOBIH). Roku 1945 pak byl coby kandidát Národní fronty zvolen poslancem Ústavodárného shromáždění Demofratické federativní Jugoslávie. Ćišić byl hlasitým zastáncem národního uznání muslimů v Bosně a Hercegovině, ale jeho názory nenašly širší podpory, a tak roku 1946 nehlasoval pro přijetí celojugoslávské ústavy. Rovněž tak se zasazoval o rovnoprávní postavení Bosny a Hercegoviny v jugoslávské federaci. Na Titovu přímou intervenci se Bosna a Hercegovina po válce ustavila jako plnohodnotná republika, a nikoli jen autonomní oblast v rámci jiné jugoslávské republiky.