Všetky tieto vnútorné sváry negatívne poznamenali vzťahy medzi východnými a západnými kresťanmi. Krátko po skončení ikonoklastickej etapy byzantských dejín sa udiala Fotiova schizma, v rámci ktorej sa pápež a carihradský patriarcha Fotios vzájomne exkomunikovali. Prehlbujúce sa odcudzenie vyvrcholilo v roku 1054, keď za patriarchu Michaela Kerularia došlo k cirkevnému rozkolu označovanému ako tzv. Veľká schizma. Roztržka bola zavŕšená v roku 1204 dobytím a vyplienením Carihradu počas štvrtej križiackej výpravy, načo bolo sídlo patriarchov dočasne presunuté do mesta Nikaia. V 14. storočí získalo na význame mystické učenie hesychazmus, šíriace sa najviac v asketickom prostredí mníšskych komunít. Okrem toho boli podniknuté pokusy o prekonanie schizmy, konkrétne v rokoch 1274 a 1439, ktoré však stroskotali na odpore ortodoxných kresťanov.