In occasione della partita -Siena del 1º febbraio 2004, valida per il campionato di Serie A 2003-2004 e terminata 4-0 per i nerazzurri, fu protagonista di un acceso diverbio con Marco Materazzi, il quale finì per sferrargli un pugno lesionandogli in maniera accentuata le labbra e uno zigomo. Lo stesso Cirillo denunciò l'accaduto in diretta televisiva poco dopo la partita. Qualche giorno più tardi, presso la sede de "La Gazzetta dello Sport", avvenne una cerimonia di riconciliazione tra i due calciatori.