Einen erneuten Totalschaden erlitt das Arsenal während des Krieges gegen Napoleon im Jahre 1812, als es von den französischen Truppen, neben vielen anderen Bauwerken des Kremls, gesprengt wurde. Dabei brachen Teile der Nordfassade in sich zusammen, und auch der Rest des Gebäudes brannte bis auf die Grundmauern ab. Die erneute Wiederherstellung, diesmal unter Leitung des Architekten Joseph Bové, wurde 1814 im Rahmen des groß angelegten Wiederaufbaus der gesamten Stadt Moskau begonnen und 1828 abgeschlossen.