Il instaure un style de gouvernement très personnel qui conduit à l'apparition d'une dictature de gauche. La liberté d'expression est fortement restreinte. Nombre d'intellectuels progressistes qui le soutenaient au départ, comme José Martí, prennent leurs distances ou s'exilent. En 1875, durant la guerre pour l'indépendance de Cuba, toujours colonie de l'Espagne, il reconnait officiellement l'indépendance de l'ile. Fervent partisan de la réunion des pays d'Amérique centrale en une seule entité, il est tué en 1885 à la bataille de Chalchuapa en tentant d'imposer par la guerre son projet.