Під час повстання 1648 — 1654 років під керівництвом Богдана Хмельницького 27 червня 1649 року кримська орда під час руху до Збаража спустошила містечко, майже всі жителі Дунаївців загинули. Наприкінці 17 століття в (1672–1699) місто знаходилося на території Османської імперії, а згодом — Речі Посполитої. Після другого поділу Польщі в 1793 році місто відійшло до Російської імперії, а від 1797 року — воно перебувало в складі Подільської губернії.