El 6 de septiembre de 2002, el TPIY emitió una acusación en su contra por su rol en la Masacre de Srebrenica. Se entregó y fue transferido a La Haya el 17 de marzo de 2005. Apareció en la Corte y se declaró "no culpable". El 10 de junio de 2010, la Sala de Primera Instancia dio el veredicto: Nikolić, trabajó estrechamente con Ljubiša Beara y Vujadin Popović, estuvo implicado en organizar la detención y ejecución de prisioneros en la Escuela Ročević. Demostró una determinación para llevar a cabo sus tareas asignadas en esta operación genocida. Su contribución a la Empresa Criminal Conjunta (JCE) con el genocidio fue persistente y determinado. Fue declarado culpable por su complicidad en genocidio, exterminio, asesinato y persecuciones, y sentenciado a 35 años en prisión.