En 1572/3, l'amiral en chef ottoman ("capitan pacha") Uluç Ali Reis construit la nouvelle forteresse de Navarin, comme remplacement de l'ancien château franc, qui perd rapidement de son importance : la nouvelle fortification couvre mieux la principale entrée fonctionnelle de la baie vers le sud, d'autant plus que l'entrée nord, plus étroite, est bloquée en 1571 par des navires sabordés à la suite de Lépante ; le nouveau site dispose également d'un approvisionnement en eau plus sûr. À la fin du , l'ancien château se contente d'une garnison symbolique, et devient de plus en plus délabré et partiellement ruiné au cours du . Pendant la guerre de Morée, les Ottomans concentrent leurs défenses sur le nouveau château, et la garnison de 100 hommes de l'ancien château se rend aux Vénitiens sous Francesco Morosini sans bataille le . Comme le reste du Péloponnèse, les forteresses demeurent sous contrôle vénitien jusqu'en 1715, date à laquelle les Ottomans les reprennent. Les Vénitiens envisagent d'améliorer ou de démolir la forteresse, mais finissent par y apporter quelques modifications avant sa reconquête par les Ottomans. De même, les Ottomans ne procèdent à aucune réparation ou amélioration majeure, bien que la forteresse possède une garnison symbolique. En avril-, la région est temporairement tenue par les Russes, pendant la guerre russo-turque de 1768-74 et la révolution d'Orloff en Grèce, animée par les Russes.