In 1851 onderzocht Cunningham de boeddhistische ruïnes van Centraal-India. In 1856 werd hij aangesteld als hoofd van de genie in Birma, dat kort daarvoor door de Britten was veroverd. Vanwege zijn plaatsing in Birma was hij niet in India tijdens de opstand van 1857. In 1858 werd hij in de North-Western Provinces (tegenwoordig het noordwesten van Pakistan, langs de Afghaanse grens) aangesteld, opnieuw als hoofd van de genie. Toen hij in 1861 met pensioen ging, was hij opgeklommen tot de rang van generaal-majoor.