Lajos a katolikus egyházzal is igyekezett jó viszonyt ápolni, ezért trónra lépve eltörölte az 1438-ban életbe léptetett bourges-i pragmatica sanctiót, amely a bázeli zsinat pápai hatalmat korlátozó szellemisége jegyében készült. A Szentszék kezdettől fogva harcolt a gallikanizmust erősítő rendelkezés ellen, amely gyakorlatilag kivonta ellenőrzése és irányítása alól a francia egyházszervezetet. XI. Lajos inkább diplomáciai haszonra vágyott, de uralkodása alatt rendeleteivel fokozatosan részben visszaálltotta a pragmatica sanctióban foglaltakat. A helyzetet IV. Sixtusszal kötött konkordátuma rögzítette 1472-ben, amikor az egyházfő elfogadta a király jogát a javadalommal járó egyházi pozíciók betöltésére. A zsinatok is megritkultak: 1467 után hosszú időre tartományi szinódus sem ült össze.