Shaqiri remporte la Supercoupe d'Allemagne, où son club bat le Borussia Dortmund (2-1). Quelques jours plus tard, pour son deuxième match officiel, il inscrit un but et donne deux passes décisives contre le SSV Jahn Regensburg en Coupe d'Allemagne. Il est aussi titulaire à la place de Franck Ribéry lors de la première journée de Bundesliga face à Greuther Fürth (3-0). Il offre ensuite une passe décisive lors de la et de la , pour Mario Mandžukić. Le duo est efficace depuis le début de la saison et le Suisse continue de surprendre par son énergie. Il fait à nouveau forte impression chez le BATE Borisov, lors de la phase de poules de Ligue des champions, où il offre une passe décisive à Ribéry lors de la première défaite bavaroise de la saison (3-1). Il délivre une passe décisive pour le consécutif. Le , il inscrit un but et donne une passe décisive face au même BATE, lors de la dernière journée de poule, permettant à son club d'arracher de justesse la du groupe au FC Valence. Le , il marque son premier but en Bundesliga contre le Borussia Mönchengladbach. Il remarque à nouveau en coupe d'Allemagne, face au FC Augsbourg d'un plat du pied, sur une offrande de Thomas Müller. Munich étrille ensuite Hambourg 9 à 2, match pendant lequel il marque un but et délivre une passe décisive. Le match suivant face à Nüremberg, Shaqiri marque de nouveau et permet aux siens de l'emporter 4-0 et ainsi conforter leur fauteuil de leader. Quelques jours plus tard, en coupe, Shaqiri marque et est l'auteur de 3 passes décisives, le Bayern se qualifiant pour la finale. Lors de cette saison 2012-2013, il réalise un triplé inédit avec le Bayern Munich : Ligue des champions - Coupe - Championnat, avec la Supercoupe en début de saison. Shaqiri inscrit, bien qu'il soit rarement titulaire, huit buts et treize passes décisives en 38 matches.