Numerosi suoi lavori sono stati successivamente pubblicati sotto forma di libri-inchiesta: il più noto fra questi è senz'altro "L'odore dei soldi" (scritto con Elio Veltri, pubblicato nel 2001 e riedito nel 2009), in cui attraverso i vari atti processuali si affronta la questione delle origini delle fortune di Silvio Berlusconi. La presentazione del libro durante l'intervista che Daniele Luttazzi fece a Travaglio nel corso della sua trasmissione "Satyricon" su Rai Due suscitò nel mondo della politica e nei media forti reazioni, soprattutto perché con essa venivano sollevati pubblicamente alcuni dubbi sui rapporti di Berlusconi e Dell'Utri con Cosa nostra. Tali relazioni erano rappresentate dal giornalista ripercorrendo vari atti processuali, in particolare quelli delle inchieste svolte dalla Procura di Caltanissetta sui mandanti delle stragi di Capaci e via d'Amelio (in cui erano indagati Berlusconi e Dell'Utri) e quelli sul processo a Palermo a carico di Dell'Utri per concorso esterno in associazione mafiosa (dove fu poi condannato in primo grado a nove anni di reclusione e in appello a sette anni).