Childers lehnte, obwohl er anfangs noch irischer Delegationsleiter war, das anglo-irische Abkommen vom 6. Dezember 1921, das zur Bildung eines Irischen Freistaates führte, strikt ab. Insbesondere die noch vorhandene konstitutionelle Verbindung zum Vereinigten Königreich sowie Einschränkungen der Machtbefugnisse und Hoheitsrechte waren Hauptkritikpunkte, die zur Spaltung der Sinn Féin führten: Die für den Vertrag eintretende Cumann na nGaedheal stand der radikal-republikanischen Mehrheit der Sinn Féin und der IRA schließlich im Irischen Bürgerkrieg gegenüber, der von Juni 1922 bis April 1923 geführt wurde. Daraufhin wurde er von den Soldaten des Irischen Freistaates als Drahtzieher gegnerischer Propaganda gejagt und schließlich in Glendalough festgenommen. Am 24. November 1922 wurde Childers in Dublin bei den "Beggar's Bush Barracks" von einem Erschießungskommando exekutiert. Seine letzten Worte lauteten: "Take a step forward, lads. It will be easier that way." („Macht einen Schritt nach vorne, Jungs. So wird es einfacher.“)