Op 21 juli 1944, één dag na de mislukte aanslag op Hitler, werd Popitz gearresteerd. Op 3 oktober 1944 werd Popitz door het "Volksgerichtshof" (Volksgerechtshof) onder Roland Freisler ter dood veroordeeld. Himmler trachtte het doodvonnis uit te stellen, omdat hij hoopte bij eventuele onderhandelingen met de geallieerden, gebruik te kunnen maken van Popitz. Toen bleek dat de geallieerden niet bereid waren tot onderhandelingen, werd Popitz op 2 februari 1945 in de gevangenis Plötzensee opgehangen.