Pesawat ini dimulai pembuatannya pada pertengahan 1980-an yang kemudian disusul penerbangan perdananya pada bulan 28 September 1988. Dibuat dalam dua prototipe yang digunakan sebagai uji di darat yang berada pada area di mana Il-86 menempuh program sertifikasi 1200 jam. Setelah Uni Soviet bubar pada tahun 1991, pesawat Il-96 mendapatkan sertifikasi oleh Rusia pada tanggal 29 Desember 1992. Tahun berikutnya Il-96-300 masuk operasional di maskapai penerbangan Aeroflot.