Dal 1994 al 1996 militò nella , che lo acquistò dai lusitani per 10 miliardi di lire. Nella prima annata in Italia, schierato dall'allenatore Marcello Lippi a centrocampo in coppia con un altro neoacquisto, il francese Deschamps, Sousa fu determinante nel conseguimento del "double" nazionale composto dallo scudetto, mancante al club torinese da nove anni, e dalla Coppa Italia (arrivando inoltre alla finale di Coppa UEFA persa contro il Parma), venendo insignito del Guerin d'oro quale miglior giocatore della Serie A; inversamente nella seconda, sia a causa di vari infortuni sia perché gli avversari presero a marcarlo a uomo, offrì un rendimento al di sotto delle aspettative, conquistando comunque nel corso della stagione una Supercoppa Italiana e giocando poi da titolare la vittoriosa finale di Champions League contro l'Ajax. Due furono le sue reti in maglia bianconera, entrambe in match di cartello: la prima in campionato, l'8 gennaio 1995, nella sfida-scudetto del Tardini contro il Parma, e la seconda il 17 aprile 1996 al , nella semifinale di ritorno della Champions League giocata al la Beaujoire.