W reprezentacji Australii Petkovic zadebiutował 11 kwietnia 2001 roku w wygranym 31:0 meczu eliminacji Mistrzostw Świata 2002 z Samoa Amerykańskim. W 2005 roku został powołany do kadry na Puchar Konfederacji. Zagrał na nim w pojedynku z Tunezją (0:2), a Australia zakończyła turniej na fazie grupowej.