Ako „akcionár“ Hlavných správ sa v komunikácii s Norbertom Bödörom, synom šéfa bezpečnostnej služby Bonul Miroslava Bödöra cez aplikáciu Threema v marci 2018 označil podnikateľ Marian Kočner, v roku 2019 obvinený z objednávky vraždy investigatívneho novinára Jána Kuciaka s partnerkou. Kočnerovo vyhrážanie sa Kuciakovi Hlavné správy v roku 2017 prezentovali v článku s titulkom "„Kočner pohrozil presstitutovi z Aktualít: Začnem sa zaujímať o tvojich rodičov a rodinu“". Kočnerova komunikácia vyvoláva podľa Martina Hanusa z denníka Postoj podozrenie, že „Hlavné správy minimálne od istého času nenadržiavali Kočnerovi iba z plezíru“. Redakcia Hlavných správ reagovala stanoviskom, že Kočner mal o kúpu Hlavných správ záujem, no jeho ponuky neboli akceptované. Podľa dát z tzv. „Kočnerovej knižnice“ však Kočner Hlavné správy finančne podporoval a šéfredaktor Robert Sopko o tom vedel - cez WhatsApp Kočnerovi napísal: „Dík aj za podporu, čo došla na účet.“