Os requisitos prévios para o referendo incluem um recenseamento, que define o modo como a riqueza e o poder político se distribuirão entre as regiões. O censo define as bases de um processo de registo eleitoral, o qual permitiu que se fizessem eleições gerais no Sudão em 2010, o que por sua vez preparou o cenário para o referendo. No início de 2008, o censo foi adiado três vezes por diversos problemas entre os quais se destacam os desacordos entre o norte e o sul sobre as suas obrigações decorrentes do acordo de Naivasha, dificuldades de financiamento e um enorme desafio logístico. No sul, os campos de minas dos tempos da guerra civil dificultavam a movimentação, enquanto quase cinco milhões de sudaneses são nómadas. Mais de dois milhões são deslocados internos do sul e permanecem em campos de refugiados nos arredores de Cartum, a capital do país, enquanto muitos refugiados políticos permanecem no Uganda e no Quénia. Além disso, houve uma complicação adicional conhecida como o conflito do Darfur a oeste, onde civis que tinham fugido dos ataques se negaram a participar no recenseamento com receio de que o governo utilizasse os dados recolhidos contra si. Os grupos rebeldes do Darfur foram unânimes na denúncia contra o censo previsto, enquanto o Movimento Justiça e Igualdade ameaçou atacar qualquer agente censitário.