En 1805, la Bavière se rallia à la France et Deroy fut fait grand-aigle de la Légion d'honneur par Napoléon le de la même année. Il prit alors la tête d'une division de l'armée bavaroise qui était rassemblée à Amberg et Ulm pour s'opposer à une éventuelle agression de l'Autriche. Cette division, cantonnée à Amberg, était forte de 17 bataillons d'infanterie, 10 escadrons de cavalerie et trois batteries d'artillerie, répartis en trois brigades sous les ordres des généraux Minucci, Marsigli et Mezanelli. Au mois de septembre, face à l'avancée des forces autrichiennes, l'armée bavaroise se replia au nord de la rivière Main. S'étant retiré sur Bamberg entre le 24 et le , Deroy fit sa jonction avec le corps français du maréchal Bernadotte au début du mois d'octobre. La Grande Armée de Napoléon contraignit rapidement les troupes autrichiennes du général Mack à capituler dans Ulm le , ce qui permit au contingent bavarois d'aller combattre dans le Tyrol. La division Deroy participa dans un premier temps à la poursuite du corps de Kienmayer et atteignit Salzbourg à la fin du mois d'octobre, où elle fut chargée de lutter contre les forces autrichiennes de l'archiduc Jean qui occupaient les montagnes. Le , le colonel bavarois Pompei s'empara d'un certain nombre de positions à proximité de Lofer, au sud-ouest de Salzbourg. Encouragé par ce succès, Deroy ordonna une attaque sur le col de Strub, à à l'ouest de Lofer. L'endroit était défendu par les hommes de la brigade autrichienne , soutenue par de la milice et des irréguliers tyroliens. L'assaut se solda par un échec sanglant : entre furent mis hors de combat, parmi lesquels Deroy, blessé d'une balle de pistolet. De son côté, Saint-Julien ne perdit que 200 hommes et un canon. Conduit à Lofer puis à Munich pour sa convalescence, Deroy prit ensuite le commandement des troupes d'occupation du Tyrol et du Vorarlberg.