Zum Start der nächsten Saison erreichte Wilkinson die erste Runde der British Open, wo er mit 3:5 gegen Dominic Dale verlor. Nach einer Qualifikationsniederlage beim Grand Prix erreichte er beim Benson &amp; Hedges Championship das Halbfinale, wo er mit 4:5 gegen Stuart Bingham verlor. Nach einer Niederlage in der Qualifikation für den UK Championship verlor er bei den China Open in der Runde der letzten 48. Im Jahr 2001 verlor er bei drei Ranglistenturnieren sein Auftaktspiel, erste bei der Snookerweltmeisterschaft die zweite Qualifikationsrunde, in welcher er gegen Michael Holt ausschied. Auf der Weltrangliste verlor er drei Plätze und beendete die Saison auf Platz 37.