En mars 1793, Treize-Septiers entra dans l’insurrection vendéenne par la participation de ses habitants, mêlés à ceux des paroisses voisines, à la prise de Montaigu des mains des Républicains, jusqu'en septembre de la même année. À la suite de la reprise définitive de Montaigu par les Républicains le 30 septembre 1793, puis de Clisson le octobre, l'Armée de Mayence, commandée par Kléber, rencontra le 6 octobre lors de la bataille de Treize-Septiers l'armée catholique et royale de d'Elbée et Bonchamps qu'elle défit. Le bourg, en particulier l'église et le presbytère, fut alors incendié, ainsi que les hameaux alentour, jusqu'à Saint Symphorien, qui était alors une paroisse indépendante.