Juan volgde in 1861 de kinderloze Carlos Luis op als troonpretendent, maar alleen zijn stiefmoeder Maria Theresia van Portugal kon hem ervan overtuigen zijn aanspraak op de troon niet op te geven en zich niet te verzoenen met zijn rivale Isabella II. Toen Isabella's populariteit afnam en de kansen voor het carlisme toenamen, droeg Juan zijn aanspraken over op zijn zoon Carlos (VII), die hij steunde in de Derde Carlistenoorlog.