Odsunięty w 1930 od prezesury Reichsbanku Schacht uczestniczył w dojściu do władzy Adolfa Hitlera, pośrednicząc w jego kontaktach z kręgami przemysłowymi i finansowymi Niemiec, niechętnymi do początku lat 30. wobec NSDAP. Po dojściu Hitlera do władzy został w 1934 r. ministrem gospodarki Rzeszy i ponownie prezesem Reichsbanku. Organizował rozbudowę przemysłu zbrojeniowego poprzez system tzw. weksli MeFo (niem. Metallurgische Forschungsgesellschaft mbH) umożliwiających bezgotówkowe rozliczanie wierzytelności w przemyśle ciężkim Niemiec. 26 listopada 1937 został usunięty ze stanowiska (15 stycznia 1938 zastąpił go Walther Funk) po naradzie u Hitlera (opisanej w protokole Hossbacha), gdy uświadomił sobie, że polityka Hitlera prowadzi bezpośrednio do wojny światowej i wyraził swoje obiekcje wobec takiej polityki. Po zamachu na Hitlera w lipcu 1944 internowany w obozie koncentracyjnym Sachsenhausen (w tzw. "Zellenbau") jako tzw. "Ehrehäftling".