Djaout gehörte zu den ersten Intellektuellen, die Opfer des algerischen Bürgerkriegs wurden. Aufgrund seiner Unterstützung des Säkularismus und seiner ablehnenden Haltung dem Fanatismus gegenüber verübte die Groupe Islamique Armé am 26. Mai 1993 ein Attentat auf Djaout, dem er eine Woche später im Alter von 39 Jahren erlag.