פליטי דרום סודאן הם הפליטים אשר ברחו מדרום סודאן מאז מלחמת האזרחים השנייה. מאז זכתה סודאן לעצמאות בשנת 1956, התנהלו בה עימותים קשים בין הצפון המוסלמי-ערבי ובין הדרום הנוצרי-אנימיסטי. מלחמת האזרחים הסודאנית השנייה בין ממשלת סודאן לבין צבא השחרור העממי הסודאני (SPLA) שהתרחשה בשנים 1983–2005 על רקע מתיחות אתנית, דתית, חברתית וכלכלית בין הצדדים, הייתה עקובה מדם ואכזרית ביותר והביאה למיליוני עקורים ופליטים.