Vuonna 1600 edesmenneen Toyotomi Hideyoshin nimittämässä sijaishallitsijoiden neuvostossa syntyi erimielisyyksiä, ja Japanin daimiot jakaantuivat kahteen leiriin Ishida Mitsunarin ja Tokugawa Ieyasun ympärille. Muneshige siirtyi Mitsunarin palvelukseen. Osapuolet kohtasivat Sekigaharan taistelussa, joka päättyi Ieyasun voittoon ja Mitsunarin teloitukseen. Muneshige ei itse ollut osallistunut taisteluun, koska oli samana päivänä valtaamassa Otsun linnaa Kyōgoku Takatsugulta.