Во второй половине XV века ацтекский царь Монтесума Илуикамина подчинил Халапу своей империи. В 1519 испанский конкистадор Эрнан Кортес проходил через город во время своей экспедиции до Теночтитлана. В 1555 был построен францисканский монастырь. После завоевания Мексики испанцами, важность Халапы снизилась. Однако, с ростом торговли, примерно с 1720-х город стал играть всё более заметную роль. Стала значительно расти численность населения.