Němec pelasi Tšekkoslovakian maajoukkueessa 20 maaottelua ja Tšekin maajoukkueessa 64 maaottelua. Ainoan maaottelumaalinsa hän teki toukokuussa 1998 ystävyysottelussa Etelä-Koreaa vastaan. Tšekkoslovakian yltäessä MM-kilpailuissa 1990 puolivälieriin Němec kuului joukkueeseen mutta ei vielä saanut peliaikaa. EM-kilpailuissa 1996 Tšekin maajoukkue saavutti hopeaa ja Němec pelasi avauskokoonpanossa joukkueensa kaikki kuusi ottelua. EM-kilpailuissa 2000 Němec pelasi avauskokoonpanossa Tšekin kaikki kolme ottelua joukkueen karsiutuessa alkulohkovaiheessa.