В декабре 1640 года португальцы провозгласили своим королём герцога Браганского, принявшего имя Жуана IV. Он подписал немедленно мирный договор с Нидерландами и заручился поддержкой англичан и французов. Началась Португальская война за независимость, вынуждавшая Испанию сражаться на нескольких фронтах. В 1659 году году Филипп IV подписал Пиренейский мир, чтобы сосредоточить ресурсы на возвращение мятежного королевства под испанскую корону. В этой 28-летней войне (самой продолжительной и разрушительной между двумя странами) испанские армии потерпели поражение в Монтихо (1644), Элваш (1659), Амейшиале (1663), Каштелу-Родригу (1664), Вила-Висозе (1665). Португалия отделилась от Испании, тогда как каталонцы, возмущённые насильственными действиями французов, остались в испанском подданстве, после того как Филипп IV подтвердил их фуэросы.