В мае 1999 года фракция голосовала за импичмент главе государства — основная масса депутатов поддержала обвинение президента в развязывании войны в Чечне, а 24 депутата голосовали и за импичмент Ельцину по обвинению в вооружённом разгоне Верховного Совета в октябре 1993 года. «Яблочники», однако, отказались поддержать другие статьи обвинений, в том числе предложенную КПРФ статью о «геноциде русского народа». «Яблоко» критиковало президентскую и правительственную политику и регулярно голосовало против проектов государственных бюджетов, вносимых Кабинетом министров в Думу.