У жніўні 1942 года камандуючы арміяй генерал А. І. Данілаў прызначыў палкоўніка В. А. Пянькоўскага, як лепшага камандзіра дывізіі ў арміі, на пасаду начальніка штаба 21-й арміі. На гэтай пасадзе Пянькоўскі ваяваў да Перамогі, у тым ліку — калі армія за выдатныя баявыя поспехі ў красавіку 1943 года была перайменаваная ў 6-ю гвардзейскую армію. На чале штаба арміі ваяваў на Паўднёва-Усходнім, з верасня 1942 на Сталінградскім, з кастрычніка 1942 — на Данском, з вясны 1943 — на Варонежскім, з кастрычніка 1943 — на 2-м Прыбалтыйскім, з мая 1944 — на 1-м Прыбалтыйскім, з лютага 1945 — зноў на 1-м Прыбалтыйскім, з красавіка 1945 года — на Ленінградскім франтах. Паспяхова кіраваў працай штаба арміі ў Курскай бітве, у Белгарадска-Харкаўскай наступальнай аперацыі, у бітве за Днепр, у Беларускай і Прыбалтыйскай наступальных аперацыях, у блакадзе Курляндскай групоўкі нямецкіх войскаў.