1956 wurde die Zollschule Flensburg, die zuletzt in der Marineschule Mürwik beheimatet war, raus aus Flensburg verlegt. Die Innerdeutsche Grenze hatte an Bedeutung gewonnen. Der Kalte Krieg hatte begonnen. Ende März 1956 wurde die Zollschule Flensburg aufgelöst. Zum 1. April 1956 wurden offenbar Teile, vermutlich in Form des Aktenbestandes, nach Bonn verlegt. Es gibt auch die Behauptung, dass die Flensburger Zollschule nach Cuxhaven verlegt wurde. Dort in Cuxhaven soll zu dieser Zeit ebenfalls eine Zollschule existiert haben. Möglicherweise wurde aber auch alles andere nach Bad Gandersheim verlegt, wo nach dem Krieg nahe der Zonengrenze eine Zollschule eingerichtet worden war. Der genaue Verbleib der Flensburger Zollschule ist also nicht genau dokumentiert und ist unklar.