Sit aktive liv til trods var Clarke i lange perioder plaget af alvorlig sygdom. Han fik poliomyelitt i 1959. I 1962 blev han midlertidig lammet efter en ulykke. I 1988 blev han diagnosticeret med postpolio-syndrom. Efter dette blev han tvunget til at bruge rullestol. Hans dykkerskole ved Hikkaduwa, syd for Colombo ble ødelagt under tsunamien i december 2004 men senere genopbygget.