В 1945 году, когда Красная армия заняла Маньчжурию, многие деятели БРЭМ бежали из Харбина. Матковский остался сотрудничать с советскими органами. В частности, передал информацию по Главной Японской военной миссии. В 1946 году выступал свидетелем на Токийском процессе. В том же году интернирован в СССР и осуждён на 25 лет за антисоветскую деятельность. Срок заключения впоследствии пересмотрен до 12 лет, и в 1958 году Матковский был освобождён и реабилитирован.