Cependant, en 1592, la guerre des évêques n'épargne pas la ville, qui est bombardée et incendiée par les Strasbourgeois. À nouveau, en 1610, les troupes protestantes assaillent et prennent Molsheim, cité catholique, en 1610. Enfin, la guerre de Trente Ans puis la de Hollande sont désastreuses pour Molsheim, prise en 1632 par les troupes suédoises de Gustaf Horn, par les troupes impériales en 1677, enfin par l'armée de Louis XIV.