В январе 1711 года Пётр Великий грамотой вызвал архиепископа Иоанна в Москву. В столице святитель поселился в Донском монастыре, где местоблюститель патриаршего престола Стефан (Яворский) вручил ему царский указ о назначении его на Тобольскую кафедру. 28 февраля Иоанн был возведён в сан митрополита. Несмотря на высокий сан и обширную епархию, это назначение было фактической ссылкой, причиной которой послужило недоверие к Иоанну со стороны московского правительства и его прямой конфликт с князем Александром Меншиковым. В одном из имений князя в Черниговской епархии был построен храм, князь сам назначил дату его освящения и потребовал прибытия в указанный день архиепископа Иоанна. Но святитель возразил, что назначение даты — дело архиерея, а не князя, и освятил храм в выбранный им самим день. В ответ на такие действия Иоанна Меншиков, затаивший обиду, выхлопотал у царя назначение святителя на Сибирскую кафедру. Церковное предание сообщает, что когда Иоанну стало известно о причине его перевода в Сибирь, то он пророчески произнёс: «"Да, далеко мне ехать, но он будет ещё дальше меня"» (пророчество связывают с опалой и ссылкой Меньшикова в город Берёзов, расположенный севернее Тобольска). По другой версии, причиной возведения Иоанна в митрополиты была положительная реакция Петра I на написанный им «Синаксарь» о Полтавской битве.