Nach dem Abstieg 2001 gelang nur ein Jahr später der direkte Wiederaufstieg, um bereits in der Saison 2003 später wieder den Gang in die 1. Division antreten zu müssen. Nach der Saison 2004 wurde dem Club die Profi-Lizenz verweigert. Somit wurde der Verein neuorganisiert und in "FK Noworossijsk" umbenannt. Zur Saison 2005 musste die Mannschaft in der Amateurliga antreten. Noch während der Saison wurde der ursprüngliche Name "Tschernomorez" wieder eingeführt. Die Mannschaft gewann die Süd-Gruppe und wurde im Finalturnier Amateurmeister Russlands. Nach einem 3. Platz im Jahr 2006 in der 2. Division gelang im Jahr 2007 mit dem ersten Tabellenplatz der Wiederaufstieg in die 1. Division, wo ein Jahr später der 9. Platz erreicht werden konnte. In der Spielzeit 2009 reichte es nur für den 18. Platz. Somit stieg der Verein ab und spielte 2010 in der 2. Division „Süd“. In dieser Saison gelang jedoch der sofortige Wiederaufstieg. In der langen Saison 2011/12, in der die Angleichung der bisher üblichen Spielzeit von März bis November an das System der großen europäischen Ligen vollzogen wurde, reichte es am Ende nur zu einem 18. Platz. Daraufhin spielt "Noworossijsk" nun wieder in der 2. Division.