Se había hecho palmario que la habilidad de Scharnhorst superaba a las de los mejores oficiales del Estado Mayor. Educado en las tradiciones de la Guerra de los siete años, había abandonado gradualmente las anticuadas concepciones relativas a las ciencias militares y había entendido que sólo un ejército "nacional" y una política de batallas decisivas habrían podido dar respuestas a la situación política y estratégica que surgieron con la Revolución francesa. Con pasos lentos y ponderados transformó al ejército profesional, humillado en la Batalla de Jena (1806), en un ejército nacional basado en la leva universal. Consiguió la promoción a mayor general pocos días después de la Paz de Tilsit (julio de 1807) y se convirtió en el jefe de una comisión reformadora que reunía lo mejor de los oficiales más jóvenes, como August von Gneisenau, Karl Wilhelm Georg von Grolmann y Hermann von Boyen. El mismo Stein era un miembro de la comisión y garantizó a Scharnhorst libre acceso ante el Rey Federico Guillermo III, asegurándole al mismo tiempo el nombramiento de general ayudante de campo. Pero Napoleón comenzó súbitamente a sospechar, y Federico Guillermo tuvo varias veces que suspender o cancelar las reformas recomendadas.