Malgrado queste concessioni, Manin non intendeva seguire una linea moderata di collaborazione col governo austriaco, persuaso che ogni tentativo di compromesso fosse ormai impraticabile. Egli era convinto peraltro della necessità di prevenire una probabile azione repressiva che gli austriaci avrebbero potuto mettere in atto una volta ripreso il controllo della situazione. Decise quindi di organizzare al più presto un'insurrezione che avesse l'obbiettivo di cacciare gli austriaci e di proclamare la repubblica. A tale scopo aveva preso segretamente contatti con gli operai dell'Arsenale e con alcuni ufficiali della Marina Imperiale che in gran parte era costituita da italiani. Contando anche sull'appoggio della guardia civica, il piano era di occupare l'Arsenale e costringere gli austriaci, che a Venezia potevano contare su un solo reggimento, ad abbandonare la città. Era inoltre persuaso che, nonostante l'apparente calma, i veneziani non avessero dimenticato i fatti sanguinosi del giorno 18. Il 21 marzo, inoltre, cominciarono ad arrivare le prime informazioni precise sulla insurrezione di Milano e si diffuse in città la falsa notizia che gli austriaci volessero bombardare Venezia.