Известно, что незадолго до начала вторжения боевиков в Дагестан в начале августа 1999 года никак себя не проявил и от ведения активных боевых действий воздержался. Более того, по некоторым сведениям, в тот период вице-президент вообще покинул территорию Чечни и переправился в соседнюю Грузию, где намеревался пройти курс лечения в связи с обострившимися заболеваниями позвоночника. Несмотря на наличие серьёзных противоречий с Президентом ЧРИ А. Масхадовым, с началом контртеррористической операции осенью 1999 года его отряды приняли участие в боевых действиях против Объединённой группировки федеральных войск в составе сил сопротивления, хотя личное участие в конфликте Арсанов открыто не афишировал. В связи с этим фактом заместитель министра иностранных дел ЧРИ Усман Ферзаули в ноябре 1999 года распространил официальное заявление руководства сепаратистов о том что, Арсанов банально скрылся от начавшейся войны и фактически самоустранился от исполнения непосредственных обязанностей. Хотя впоследствии, по мере продвижения групп Вооружённых сил России вглубь Чечни, на сетевых ресурсах сепаратистов всё чаще сообщалось, что накануне войны Ваха Арсанов не бежал, а выехал за границу "«с особым заданием от Президента Ичкерии»". Очевидно, в январе 2004 года «задание» закончилось, поскольку с того периода вице-президент Ичкерии прервал всякие контакты с журналистами и был вынужден длительное время скрываться на конспиративных квартирах в Грозном. Хотя немногим раньше, в декабре 2001 года Масхадов специальным указом вновь уволил своего заместителя, лишил звания дивизионного генерала и наград за самовольный отъезд из Чечни.