דעיכת הקרטלים הביאה להרגעה משמעותית של המצב הביטחוני בערים הגדולות, אך באזורים הכפריים נמשכה המלחמה בגרילות, שהשתלטו על תעשיית הסמים. באמצע שנות ה-90 צמחו ארגוני "הגנה עצמית" שמטרתם הייתה להילחם בגרילות הקומוניסטיות. ארגונים אלה אוחדו למיליציה ימנית קיצונית הידועה בשם AUC (כוחות ההגנה העצמית המאוחדות של קולומביה) ונתמכו על ידי אלה שהיו מאוימים על ידי הגרילות: בעלי אדמות עשירים, אנשי עסקים, חברות להפקת נפט ויהלומים וכן באופן בלתי רשמי על ידי חלק מהצבא והממשל. ה-AUC התאפיינו באכזריות רבה וביצעו מעשי טבח רבים באזרחים הכפריים שלטענת הארגון היו תומכי הגרילות. סוף שנות ה-90 ותחילת שנות ה-2000 היא השיא של האינטנסיביות של הלחימה שבה היו מעורבים שלושה צדדים: צבא קולומביה, גרילות השמאל הגדולות FARC ו-ELN וגרילת הימין AUC. שיחות השלום עם גרילות השמאל שיזם הנשיא אנדרס פסטרנה לא הניבו תוצאות משמעותיות. התגברה טקטיקת החטיפות מצד הגרילות, שחטפו בין היתר גם אזרחים זרים, כולל אמריקאים וישראלים. מצב זה וכן הפיגועים של 11 בספטמבר בארצות הברית וכן הקשר בין ה-FARC לאל-קאעידה הביאו לכך שממשל בוש הכניס את הגרילות הקולומביאניות לרשימת ארגוני הטרור והציע סיוע לממשלת קולומביה במלחמה נגדן.