Karnity po raz pierwszy wymienione zostały w roku 1349, w przywileju dla wsi Bożęcin. Początkowo był to folwark krzyżacki. Inne źródła podają, że Karnity wymienione były w dokumentach z roku 1360 jako wieś pruska na 24 łanach, pod nazwą "Karnythen". Po wojnie trzynastoletniej, w 1470 r., został on nadany razem z innymi dobrami ziemskimi Hansowi von Schönaich, który to był dowódcą w wojsku krzyżackim. Ród Shönaich był w posiadaniu dóbr ziemskich w okolicach Karnit z siedzibą w Borecznie przez około 300 lat, aż do czasu ich sprzedaży w 1815 r. rodowi von Albedyll. Ród ten z kolei był w posiadaniu majątku ziemskiego do lat dwudziestych XX w., kiedy to własność przeszła w posiadanie rodziny von Günter.