במהלך שנות ה־2000 המשיך מרכז מרשל לתפעל את רכיבי מעבורות החלל שהיו באחריותו. ב־1 בפברואר 2003, עם חזרתה של מעבורת החלל קולומביה ממשימת STS-107, התפרקה המעבורת בעת החדירה לאטמוספירה ו־7 אנשי צוותה נהרגו (ביניהם האסטרונאוט הישראלי הראשון - אילן רמון). בחקירת האסון התברר כי פיסת בידוד ממכל הדלק החיצוני (שהיה באחריות מרכז מרשל), שנפלה בעת השיגור, פגעה במגיני החום של כנפה השמאלית של המעבורת. למרות האסון כמעט ולא נעשו שינויים במכל החיצוני. למעשה, נאס"א החליטה כי נפילת חלקים ממכל הדלק החיצוני בעת השיגור הוא בלתי נמנע, ועל כן הוכנס נוהל חדש לבדיקה מקיפה של המעבורת לפני חדירתה לאטמוספירה.