1945年（昭和20年）8月にソ連によって南樺太に侵攻（樺太の戦い）されて南樺太が実効支配されたこと、また同年9月に連合国軍の指示により朝鮮総督府が業務を完全に停止したことにより、事実上樺太・朝鮮に対する統治権を喪失し、実効性を喪失した。1946年1月のSCAPIN-677により南樺太と朝鮮半島に対する日本政府の施政権が停止され、1952年4月に発効されたサンフランシスコ平和条約で樺太・朝鮮に対する主権放棄により樺太・朝鮮に対する統治権喪失が確定した。1945年（昭和20年）10月4日にGHQの覚書により制定された大赦令（昭和20年10月17日勅令第579号）第1条第34号により、国境取締法違反の罪は大赦となり、現に身柄拘置、拘束中の者につき、刑法犯、経済犯を伴うものを除き、捜査中、予審または公判係属中あるいは刑の執行中であっても、即時身柄を釈放となった。