La victoire d'Alexandre à Gaugamèles ouvre la route vers Babylone qui se rend sans combattre grâce à Mazaios, ancien satrape de Cilicie et commandant de la cavalerie perse à Gaugamèles. Les prêtres babyloniens de Marduk sont par ailleurs traditionnellement hostiles aux Perses. Alexandre s'évite de la sorte un long siège qui aurait laissé la possibilité à son adversaire de se ressaisir. Les trois semaines entre la bataille de Gaugamèles et l'entrée d'Alexandre dans la ville (fin octobre 331 av. J.-C.) sont désormais mieux connues grâce à la découverte d'une tablette cunéiforme babylonienne qui, bien que détériorée, fait une nette allusion à la chronologie de la bataille de Gaugamèles et à ses suites. Cette tablette évoque en effet la fuite de « vers le pays de Guti » (la Médie) et indique que les autorités de Babylone ont négocié avec le vainqueur, qui garantit le maintien des traditions religieuses. Alexandre donne ainsi l'ordre de rebâtir le sanctuaire de Marduk, qui tombe en ruine. Mazaios est alors désigné de satrape de Babylonie. Alexandre inaugure ainsi sa politique de ralliement de l'aristocratie perse. Il maintient néanmoins une forte garnison à Babylone, montrant davantage de prudence qu'envers les Égyptiens.