В силу длительной, в течение нескольких миллионов лет, полной изоляции, данный континент не имел широкого набора представителей фауны, если сравнивать с Евразией или Северной Америкой. Между двумя Америками произошло интересное событие — Великий межамериканский обмен — 3 миллиона лет назад участки морского дна поднялись и образовали современный панамский перешеек. Это спровоцировало первое, подтверждаемое раскопками, большое вымирание в Южной Америке, когда виды из Северной Америки стали мигрировать на новый континент. До этого события, Южная Америка обладала уникальной фауной — почти все животные были эндемиками, жившими только на этом континенте.