En Alemania, la Reforma condujo a la guerra entre la Liga de Esmalcalda protestante y el emperador católico Carlos V. La primera guerra de nueve años terminó en 1555, pero las continuas tensiones produjeron un conflicto mucho más grave, la Guerra de los Treinta Años, que estalló en 1618. En los Países Bajos, las guerras de la Contrarreforma fueron la revuelta holandesa y la Guerra de los Ochenta Años, parte de la cual fue la Guerra de Sucesión de Juliers, que incluyó también el noroeste de Alemania. La Guerra de Colonia (1583–89) fue un conflicto entre facciones protestantes y católicas que devastó el Electorado de Colonia. Después de que el arzobispo gobernara el área convertida al protestantismo, los católicos eligieron a otro arzobispo, Ernesto de Baviera, y lo derrotaron exitosamente a él y a sus aliados.