Προς το τέλος του πολέμου, ανετέθη στον Χάνκοκ η επίβλεψη της εκτέλεσης των συνωμοτών της δολοφονίας του Αβραάμ Λίνκολν. Ο Λίνκολν είχε δολοφονηθεί στις 14 Απριλίου 1865 και στις 9 Μαΐου του ιδίου έτους είχε συγκληθεί μία στρατιωτική επιτροπή για τη δίκη των κατηγορουμένων. Ο φυσικός αυτουργός, ο Τζων Ουίλκς Μπουθ, ήταν ήδη νεκρός, αλλά η δίκη των συνωμοτών του προχώρησε γρήγορα, καταλήγοντας στις καταδίκες τους. Ο Πρόεδρος Άντριου Τζόνσον διέταξε την εκτέλεση των θανατικών ποινών στις 7 Ιουλίου. Ο Χάνκοκ ορίστηκε να επιβλέψει τις εκτελέσεις των θανατοποινιτών. Αν και δίσταζε να εκτελέσει κάποιους από τους λιγότερο υπαίτιους συνωμότες, ειδικά τη Μαίρη Σαρράττ, ο Χάνκοκ εκτέλεσε τις διαταγές του, γράφοντας αργότερα ότι «κάθε στρατιώτης ήταν υποχρεωμένος να ενεργήσει όπως εγώ υπό παρόμοιες προϋποθέσεις».