Nuovamente in massima serie, il Messina si presentò ai nastri di partenza della nuova stagione con una squadra composta da molti degli artefici della promozione, tra cui Parisi, Di Napoli, Storari, Sullo. I nuovi acquisti sono Zampagna (ritornato in giallorosso dopo un anno in Umbria perché riscattato alle buste a scapito della Ternana),il giapponese Yanagisawa presentato in grande stile all'Hotel Timeo di Taormina nell'estate del 2004, il brasiliano Rafael, Donati in prestito dal Milan, Zanchi, in prestito dalla Juventus, Nicola Amoruso, il serbo Iliev e il greco Eleftheropoulos. Il campionato si chiuse al 7º posto, con la squadra che sfiorò la qualificazione in Coppa Uefa; avrebbe la possibilità di disputare la Coppa Intertoto, ma il club non ottiene la licenza per parteciparvi.