1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau. Fahrwangen war zwar nun ein Teil des Untertanengebiets der Stadt Bern, dem so genannten Berner Aargau, doch das Dorf blieb eine fast gänzlich autonome Gerichtsherrschaft der Hallwyler. Erst im 18. Jahrhundert konnten die Berner ihren Einfluss nach und nach ausdehnen. 1528 wurde die Reformation eingeführt. Bis 1531 war Fahrwangen in kirchlichen Belangen der Pfarrei Sarmenstorf unterstellt. Als Sarmenstorf nach dem Zweiten Kappelerkrieg wieder katholisch geworden war, wurde Fahrwangen der Pfarrei Seengen zugeteilt und war erst ab 1817 eine eigene Pfarrei (die Kirche steht in Meisterschwanden). Im März 1798 nahmen die Franzosen die Schweiz ein und riefen die Helvetische Republik aus. Seither gehört Fahrwangen zum Kanton Aargau.