Efter meningsskiljaktigheter med Castro rörande kommunisternas inflytande sedan Huber Matos, kommandant för den revolutionära armén i Camagüey, fängslats i oktober 1959 gick Marin och flera andra revolutionärer (bland annat expresidenten Carlos Prio Socarras) i exil i USA och Mexiko. I maj 1960 grundade Marin där "Frente Revolucionario Democratico", FRD, med syfte att störta Castro, som Marin menade utvecklats till en diktator. Marin återvände som del av den misslyckade Grisbuktsinvasionen 1961 och togs tillfånga. Sedan han identifierats avrättades han i Havanna genom arkebusering.