С сентября 1943 года командовал Днепровской военной флотилией. В Белорусской наступательной операции флотилия поддерживала наступавшие по реке Березине войска и провела под его руководством целую серию речных десантных операций (Десант в районе Скрыгалово — Конковичи, Пинский десант и другие). При активном участии моряков флотилии были освобождены Бобруйск и Пинск. 25 сентября 1944 года Виссариону Григорьеву было присвоено воинское звание контр-адмирал. В январе 1945 года корабли флотилии были переведены на Вислу и приняли участие в Висло-Одерской наступательной операции. Весной 1945 года часть кораблей были переброшены на реку Одер и участвовали в Берлинской наступательной операции (в том числе высадив Одербергский десант), а отряд полуглиссеров флотилии проявил отвагу при штурме Берлина, действуя на реке Шпрее.