Slovakia itsenäistyi lopulta natsi-Saksan tuella ja Čatlošista tuli maan puolustusministeri. Čatlošin johdolla Slovakia osallistui Saksan rinnalla hyökkäykseen Puolaan. Maan sisäpolitiikassa hän oli tukenut ensin Vojtech Tukan johtamia radikaaleja, mutta kääntyi lopulta presidentti Jozef Tison johtamien maltillisten puolelle. Toisen maailmansodan kuluessa Saksan tappio alkoi näyttää koko ajan entistä selvemmältä. Čatloš yritti lopulta ottaa yhteyttä slovakialaisiin vastarintataistelijoihin. Kesällä 1944 hän laati niin sanotun Čatlošin muistion, joka oli suunnitelma yhteistyön tarjoamisesta eteneville neuvostojoukoille Slovakian armeijan toteuttaman vallankaappauksen jälkeen. Neuvostoliiton puolelta suunnitelmaan ei kuitenkaan vastattu mitenkään. Lopulta samana vuonna alkoi Slovakian kansannousu. Čatloš vastusti aluksi kansannousua, mutta 2. syyskuuta hän pakeni kapinallisten valtaamalle alueelle. Čatloš vangittiin ja hänet siirrettiin joksikin aikaa Neuvostoliittoon.