Po wybuchu II wojny światowej 1939 podczas okupacji sowieckiej, od połowy 1941 w trakcie okupacji niemieckiej był zatrudniony w Instytucie prof. Rudolfa Weigla pracując w dziale obsługi urządzeń elektrycznych. Wówczas dokonał montażu radiostacji na podstawie projektu Jana Ziębickiego, która posłużyła następnie Armii Krajowej do prowadzenia komunikacji. Został radiotelegrafistą Okręgu Lwów AK, używając znaku rozpoznawczego IKS2J na stacji nadawczej 6YL do końca wojny zajmował się odbieraniem i nadawaniem szyfrogramów w kontakcie z Londynem przez Brindisi we Włoszech. Został aresztowany przez NKWD w swoim mieszkaniu w lwowskiej dzielnicy Zamarstynów w nocy 13/14 marca 1945. Do maja 1945 był poddawany śledztwu w więzieniu przy ul. Łąckiego we Lwowie, po czym drogą lotniczą został przewieziony do Moskwy i osadzony w więzieniach Łubianka i Butyrki. Tam początkowo był nakłaniany do świadczenia przeciw AK na procesie szesnastu. Później został przewieziony drogą kolejową z powrotem do Lwowa, gdzie we wrześniu 1945 wyrokiem sowieckiego sądu wojskowego został skazany na karę 10 lat w obozie pracy. Wówczas skazani na pobyt w łagrze zostali także jego żona Urszula – 6 lat, oraz brat Stanisław – 7 lat. W listopadzie 1945 wszyscy troje zostali wywiezieni na obszar obwodu permskiego (Połowinka). Wykonywał prace w kamieniołomie, później dzięki wsparciu prof. dr. inż. Jana Węgierskiego został pomocnikiem geodety. W 1948 kary Jana i Urszuli Świtalskich zostały skrócone, wskutek czego w sierpniu tego roku mogli wrócić w rodzinne strony (brat został w łagrze).