1996年アメリカ合衆国大統領選挙でも政権奪還に失敗したが、2000年アメリカ合衆国大統領選挙では党の大統領候補であるジョージ・W・ブッシュがクリントン政権の副大統領だった民主党の大統領候補であるアル・ゴアを史上稀にみる接戦の末に破って当選した（1888年アメリカ合衆国大統領選挙以来112年ぶりに得票数で劣るも獲得選挙人数で勝利した事例となった）。2001年9月11日の同時多発テロ事件はアメリカ国民を団結させ、ジョージ・W・ブッシュ政権の支持率を一時は90パーセントに上昇させたが、共和党右派の対外強硬派が外交主導権を握るきっかけとなり、アフガン戦争・イラク戦争が実施された。ほぼ挙国一致で支持されたアフガン戦争に比してイラク戦争は内外から強い反対が起こり、支持率降下のきっかけになり、2004年の大統領選挙は子ブッシュが再選を果たしたものの、2006年の中間選挙はハリケーン・カトリーナ被災対応遅れへの批判、イラク戦争批判の高まり、共和党議員のスキャンダル連続などが重なって上下両院の過半数を民主党に奪われた。