Weisse przeprowadził dwa remonty budynku Obserwatorium: w 1829 i 1858–1859. Po rewolucji krakowskiej w 1846 roku Kraków został ponownie włączony do Austrii. 13 czerwca 1855 miała miejsce zaaranżowana wizyta cesarza Franciszka Józefa I w Obserwatorium Krakowskim, dzięki czemu uzyskano cesarską zgodę na finansowanie remontu. W 1861 Weisse ze względów zdrowotnych wyjechał do Górnej Austrii. W 1862 przeszedł na emeryturę, a w następnym roku zmarł. Kolejnym dyrektorem Obserwatorium Krakowskiego został Franciszek Karliński, jego były adiunkt, który powrócił do Krakowa w 1862 z Obserwatorium Paryskiego i otrzymał stanowisko profesora zwyczajnego astronomii i matematyki wyższej. Inwentarz Obserwatorium Krakowskiego obejmował wówczas: 96 instrumentów, 10 zegarów, 941 książek, 100 sprzętów. Pierwszym adiunktem Karlińskiego został Jan Kowalczyk, który jednak już w 1865 przeniósł się do Obserwatorium Warszawskiego. Następnym został Daniel Wierzbicki, który współpracował z Karlińskim ponad 36 lat aż do swojej śmierci w 1901 roku. Obok etatu adiunkta Karliński uzyskał od 1877 trzeci etat naukowy - asystenta, na którym zdobywało doświadczenie wielu młodych naukowców.