Ende November 1956 verlegte die "Boston" das erste Mal als Lenkwaffenkreuzer. Ziel des nunmehr an der Ostküste in Norfolk, Virginia stationierten Schiffes war das Mittelmeer, die Fahrt dauerte bis März 1957. Später im Jahr führte die "Boston" noch eine Trainingsfahrt für Midshipmen nach Kuba und dann Chile durch, darauf folgte ein NATO-Manöver in Nordatlantik und dann ab Ende November eine Werftliegezeit zur Instandhaltung bei Norfolk Naval Shipyard. Diese dauerte, inklusive Erprobungsfahrten, bis Juni 1958, als die zweite Mittelmeerfahrt begann. Während dieses Einsatzes war die "Boston" auch bei der Libanonkrise vor Ort, um die Evakuierung von US-Bürgern zu decken. Im August 1959 folgte eine dritte Einsatzfahrt in die Region der Sechsten Flotte, ab Februar 1960 dann eine Instandsetzungsperiode in der Charleston Naval Shipyard. Im Oktober verlegte die "Boston" für zwei Monate ins Mittelmeer. Im April 1961 gehörte der Kreuzer zu der Kampfgruppe, die während der gescheiterten US-amerikanischen Invasion in der Schweinebucht auf Kuba vor der Küste bereitgehalten wurde. Der Befehl zum Einsatz dieser Gruppe blieb aber aus. Im Herbst des Jahres wurde die "Boston" dann zu Instandhaltungsarbeiten einige Wochen in Charleston eingedockt. Bereits Ende 1961 verlegte sie das fünfte Mal ins Mittelmeer und kehrte im März 1962 zurück zur Ostküste. Nur fünf Monate später folgte die nächste Fahrt zur Sechsten Flotte, während der die "Boston" sechs Wochen im September und Oktober das Flaggschiff der Flotte war.