Le centre de formation sert aussi de modèle pour d'autres clubs. Ainsi depuis 2005 le club a signé un accord avec le club bulgare, le PFK Litex Lovetch qui a ouvert un centre de formation avec 150 élèves, suivant les conseils de Daniel Rolland et Bernard Turpin, formateurs à l'AJ Auxerre. Ces liens ont favorisé le transfert du joueur macédonien, Robert Popov qui évoluait au Litex Lovetch. L'AJ Auxerre a également contribué à la création d'un centre de formation en République du Congo afin d'aider au développement du football dans ce pays. Le Congo a ainsi organisé et remporté la Coupe d'Afrique des nations junior 2007 se qualifiant ainsi pour la Coupe du monde de football des moins de 20 ans 2007. L'AJA a ensuite recruté quatre jeunes congolais issus de ce centre de formation. L'AJ Auxerre possède aussi des partenariats avec des clubs franciliens pour y dénicher les futurs talents : Brétigny-sur-Orge dans l'Essonne, Le Perreux-sur-Marne dans le Val-de-Marne, ou encore le Cergy-Pontoise Football Club dans le Val-d'Oise.