Η ημερομηνία μύησης του Κυπριανού στη Φιλική Εταιρεία παραμένει άγνωστη. Ωστόσο, το 1820, φιλοξενεί τον Φιλικό Δημήτριο Ίπατρο και τού υπόσχεται οικονομική βοήθεια για την επανάσταση των Ελλήνων. Αργότερα, τον Οκτώβριο του ίδιου έτους, ο Αντώνιος Πελοπίδας (υπό τις διαταγές του Αλέξανδρου Υψηλάντη), στάλθηκε να παραλάβει την εισφορά του Αρχιεπισκόπου.