W czerwcu 1940, po serii prowokacji związanych ze stacjonującą na Litwie Armią Czerwoną, 14 czerwca 1940 roku ZSRR przedstawił Litwie ultimatum, żądając zgody na okupację kraju przez Armię Czerwoną, która 15 czerwca 1940 w sile 150-tysięcy żołnierzy rozpoczęła okupację Litwy i obsadziła granicę litewsko-niemiecką. Prezydent Litwy Antanas Smetona zbiegł na terytorium Niemiec, władzę objął rząd kierowany przez kryptokomunistę Justasa Paleckisa, który sprawował władzę jednocześnie prezydenta i premiera Litwy. 21 lipca 1940 komuniści litewscy proklamowali Litewską Socjalistyczną Republikę Radziecką, która 3 sierpnia tego samego roku formalnie weszła w skład ZSRR. Kilkanaście dni przed wybuchem wojny niemiecko-sowieckiej, NKWD rozpoczęło masowe deportacje Litwinów na Syberię, które do wybuchu wojny objęły ok. 35 tysięcy osób.