Втім з самого початку влада в Кандагарі не була сильною та стабільною, оскільки ханством стали правити декілька братів Дост Мухаммед-хана, який став еміром Афганістану. Їхні постійні суперечки між собою послаблювали державу. Разом з тим збільшувалося невдоволення централізаторською політикою Дост Мухаммед-хана. Це особливо позначилося у 1831—1837 роках, що завадило еміру Афганістану захопити Гератське ханство. Така політика призвела у 1839 році до зайняття Кандагару англійськими військами, які відновили на троні Шуджу-Шаха Дуррані (відомо як Перша англо-афганська війна). Останні також спиралися на допомогу Гератського ханства. Втім у 1842 році внаслідок послаблення Герату та потужне повстання в Кабільській та Кандагарській областях англійці відступили.