Militaire de carrière, il prend en 1976 le commandement d'un groupe des Kopassus (Forces spéciales de l'armée de terre indonésienne). Il participe à l'invasion du Timor oriental. Il dirige notamment le groupe qui assassine Nicolau dos Reis Lobato, le premier ministre du Timor oriental le . Il suit des formations d'officier supérieur auprès de l'armée américaine à Fort Bragg et Fort Benning respectivement en 1980 et 1985. A nouveau présent au Timor Oriental en 1983, il commande les forces spéciales responsables des massacres de Kraras. Les survivants de ces massacres sont enfermés dans un camp de concentration gardé par les hommes de Prabowo où beaucoup meurent de famine et de mauvais traitements.