Кладовище після закриття прийшло у занепад, надгробки руйнувалися. 1941 року на краю кладовища окупанти розстріляли лікарів і пацієнтів Кирилівської психіатрічної лікарні. А 1961 року, під час Куренівської катастрофи селевий потік «змив» більшу частину кладовища. Відтоді від старого кладовища мало що лишилося.