Neticesinde 1996-1997 sezonunun devre arasında Süper Lig'in köklü ekiplerinden Trabzonspor'un teklifini kabul ederek kiralık futbolcu statüsünde buraya transfer oldu. Trabzonspor için ilk resmî karşılaşmasına 16 Şubat 1997 tarihinde Antalyaspor'a karşı oynanan Süper Lig karşılaşmasında çıktı. Bu ilk karşılaşmasında oyuna 56. dakikada Arçil Arveladze'nin yerine dahil olmasına rağmen kaydettiği 2 golle ertesi gün birden medyanın gündeminde olmayı başardı. Sezonun kalan karşılaşmalarında sonradan oyuna dahil olarak toplam 11 resmî karşılaşmada forma giydi. Sezon sonu İtalya'da düzenlenen 13. Akdeniz Oyunları için Türkiye Olimpik millî takımı kadrosuna davet edildi ve burada sergilediği performansla takımını sırtlayarak finale kadar yükselmesine önemli katkıda bulundu. Bu performansından dolayı üzerinde olan beklentileri daha da artırmayı başardı. 1997-98 sezonu için Trabzonspor kadrosunda forvet mevkiinde olan fazla futbolcu sayısını azaltmak için bir futbolcu kiralık olarak gönderilmesi kararlaştırıldı. Çetin Güner'in üstün performansı sayesinde kendisi takımda tutuldu ve ilerleyen yıllarda büyük çıkış yapacak Fatih Tekke kiralık olarak Altay'a verildi. 1997-1998 sezonunun başında iyi bir giriş yaptı. Önce üç gol atmayı başardı, daha sonra VfL Bochum'a karşı oynanan UEFA Kupası karşılaşmasında takımının galibiyet golünü atarak takımının tur şansını rövanş karşılaşmasına kadar sürdürmesini sağladı. Sezon ilerleyen haftalarında sakatlık ve formsuzluklar nedeniyle kadroya girmeye zorlandı ve kendinden beklenen gelişmeyi yapamadı. Buna rağmen sözleşmesinin bitimine iki ay kalana kadar kadroda tutuldu ve sonra Şubat 1999 tarihinde sözleşmesi çift taraflı feshedilerek yol ayrımına gidildi.