軍は1862年の残りの期間、目立った活動は行わなわず、12月15日に司令官はナサニエル・バンクスに交替した。バンクスはメキシコ湾岸軍管区、メキシコ湾岸軍および第19軍団の司令官を兼任したが、実質的にはこれらは同一部隊であった。バンクスはルイジアナ南部で何回か軍を動かし、1863年5月21日からは軍が参戦した最初の大規模な戦いであるポートハドソンの包囲戦が開始され、7月9日にはポートハドソンの南軍は降伏した。翌年、第13軍団と第16軍団が追加され、メキシコ湾岸軍は3個軍団編成に増強された。この拡大により、第14軍団長はバンクスに代わってウィリアム・エモリー（が就任した。