Após a invasão, Hitler confiou à SS ações de extermínio codinome Operação Tannenberg e AB-Aktion para remover líderes em potencial que pudessem formar uma resistência à ocupação alemã. Os assassinatos foram cometidos pela "Einsatzgruppen" (forças-tarefa; grupos de destacamento), assistidos por grupos paramilitares locais. Homens das unidades de "Einsatzgruppen" foram retirados da SS, "Sicherheitsdienst" (SD) e da polícia. Cerca de 65 mil civis poloneses, incluindo ativistas, intelectuais, acadêmicos, professores, atores, ex-oficiais e outros, foram mortos no final de 1939. Quando a liderança do exército registrou reclamações sobre a brutalidade que os "Einsatzgruppen" enfrentavam, Reinhard Heydrich informou que estava agindo "de acordo com a ordem especial do "Führer"". O primeiro massacre sistemático de judeus pelos "Einsatzgruppen" ocorreu em 6 de setembro de 1939 durante o ataque a Cracóvia.