З серпня 1944 року у зв'язку з реорганізацією повітряно-десантних військ — командир 38-го гвардійського повітряно-десантного корпусу Окремої гвардійської повітряно-десантної армії (з грудня 1944 року — 38-й гвардійський стрілецький корпус 9-ї гвардійської армії). Генерал-лейтенант Капітохін командував корпусом під час Віденської наступальної операції. У листопаді 1944 після командування протягом півроку корпусом, нагороджений орденом Червоного Прапора.