Nach dem verlorenen Krieg und der Annexion durch Preußen wurde Schmidt am 30. Oktober 1866 in den Verband der Preußischen Armee übernommen, zunächst dem Generalstab der Armee aggregiert und im Großen Generalstab verwendet. Vom 7. Juni 1867 bis zum 26. Mai 1868 kommandierte man ihn zum Generalkommando des III. Armee-Korps in Berlin und beförderte Schmidt zwischenzeitlich zum Major. Als solcher war er 1870/71 für die Dauer des mobilen Verhältnisses anlässlich des Krieges gegen Frankreich im Generalstab des Oberkommandos der 2. Armee. Schmidt nahm an den Schlachten bei Vionville, Gravelotte, Noisseville, Orléans, Beaugency und Le Mans sowie der Belagerung von Metz teil. Ausgezeichnet mit dem Eisernen Kreuz II. Klasse wurde er nach dem Friedensschluss am 21. September 1871 zum Kommandeur des I. Bataillons im 6. Brandenburgischen Infanterie-Regiment in Frankfurt (Oder) ernannt.