Teodor se je zelo izkazal pri obrambi Bizanca med četrto križarsko vojno (1203-1204). Ostal je v mestu, dokler vanj niso vdrli Latinci (križarji) in je šele potem skupaj z ženo pobegnil preko Bosporja v Malo Azijo. Tri dni pred padcem Bizanca so branilci za cesarja razglasili Teodorjevega brata Konstantina XI. (1204-&lt;a href="1205"&gt;1205/6&lt;/a&gt;). Teodor se je naselil v Nikeji, ki je postala prestolnica novega Nikejskega cesarstva.