Als es 1296 zum offenen Krieg kam, stand Macduff wahrscheinlich noch auf englischer Seite, während Andrew Fraser als Gegner des englischen Königs verhaftet wurde. Macduff stand aber nicht dauerhaft im englischen Lager. Als William Wallace eine Rebellion gegen die englische Herrschaft führte, schloss sich Macduff ihm an. Im August 1297 wurden Macduff und seine beiden Söhne vom Earl of Strathearn gefangen genommen, doch dann wechselte der Earl ebenfalls die Seiten und ließ Macduff wieder frei. In der Schlacht von Falkirk 1298 kämpfte er an der Spitze des Aufgebots von Fife und fiel in der Schlacht.