Po śmierci ostatniego księcia mazowieckiego Janusza III, zamek został ofiarowany w posagu królowej Bonie, żonie Zygmunta Starego. W 1549 r. przeprowadzono na zamku kolejne prace budowlane, tym razem z przeznaczeniem na rezydencję królowej Bony, wtedy też wykonano najstarszy znany opis warowni. Największych zniszczeń zamek doznał w okresie potopu szwedzkiego oraz 1708 r. w czasie wojny północnej. Po III rozbiorze Ciechanów wraz z zamkiem przypadł Prusom, nastąpiła rozbiórka resztek zabudowań wewnętrznych oraz północno-wschodniego narożnika murów. Od 1818 r. ruiny zamku stały się własnością rodu Krasińskich. Na początku XX wieku przeprowadzono (staraniem Adama i Edwarda Krasińskich, prezesujących Towarzystwu Opieki nad Zabytkami Przeszłości) pierwsze poważne prace remontowe - dokonano rekonstrukcji bramy zachodniej, odbudowano północno-wschodni narożnik murów, zaplombowano pęknięcia. Zamek przekazano w użytkowanie miejscowej straży ogniowej - m.in. wzniesiono drewnianą wieżyczkę do celów ćwiczeniowych, tzw. wspinalnię.