Toen in 1859 de Tweede Italiaanse Onafhankelijkheidsoorlog uitbrak en hertog Frans V van Modena werd afgezet en er daar een tijdelijke regering werd opgezet, werd Farini als commissaris van Piëmont-Sardinie naar deze stad gestuurd. Hij werd echter na enkele maanden teruggeroepen, nadat er vrede gesloten werd en de oorlog beëindigd was. Vervolgens kreeg hij de taak om met tijdelijk regeringen van andere Italiaanse staten te onderhandelen over een "fusie". Ook vormde hij samen met generaal Fanti een leger voor het verenigde Italië.