Марио Суарес выступал за все сборные Испании младших возрастов, с U16 по U21. Он принимал участие в чемпионатах мира среди молодёжных команд 2007 и 2009 годов, а до этого становился чемпионом Европы среди юношей (2006). В феврале 2013 года главный тренер «"красной фурии"» Висенте дель Боске вызвал Марио в основную сборную, чтобы заменить травмированного Хаби Алонсо, и 6 февраля Суарес дебютировал за сборную Испании в товарищеском матче с командой Уругвая (3:1 в пользу испанцев). В дальнейшем Суарес играл за сборную в отборочном матче чемпионата мира-2014 против сборной Финляндии (6 сентября 2013) и в товарищеской игре с Нидерландами (31 марта 2015 года).