抗日战争爆发后的1938年3月，朱家驊任国民政府軍事委員会参事室主任。4月，任中国国民党中央執行委員会秘書長兼党務委員会主任委員兼中央調査統計局局長，在党務方面担当枢要。因担任中央調査統計局局長，被视为陳果夫、陳立夫兄弟的CC系的一員。7月，任三民主義青年团幹事会常務幹事兼中央团部代理書記長。第二次世界大战德国发动闪击战后，朱家驊继续主张中德合作，但後来德意日三国軍事同盟成立，中德合作未能继续。