Во второй половине XIII века, во время монгольского вторжения на земли Южной Сун, в районе современного острова Хэнцинь происходили морские сражения между лоялистами и захватчиками. После того, как в середине XVI века португальцы аннексировали Макао, они фактически взяли под контроль и соседние острова к западу от колонии. В те времена в устье реки Си находились три отдельных острова — Ваньцзай (Wanzai, который португальцы называли Lapa), Малый Хэнцинь (Xiao Hengqin, который португальцы называли Dom João) и Большой Хэнцинь (Da Hengqin, который португальцы называли Montanha).