In mei 1855 nam de Nez Percé deel aan de Raad van Walla Walla. Hier sloten de volkeren van het Columbia-plateau een drietal verdragen met de Verenigde Staten. Hierbij werd het eerste reservaat voor de Nez Percé gecreëerd, maar veel gebied hoefden ze hierbij niet in te leveren. In de herfst van 1860 werd er goud gevonden in de bedding van de Clearwater en de goudkoorts die volgde zorgde ervoor dat er binnen twintig jaar 15.000 blanken in het gebied kwamen te wonen. Het leger bouwde hierdoor ook een fort in het gebied en het Bureau of Indian Affairs vestigde er een agentschap. Door de komst van kolonisten vroegen de Nez Percé om de verdrijving van de indringers, maar in plaats daarvan werd er in 1863 een nieuw verdrag gesloten waarin hun gebied werd ingekrompen tot 30 000 vierkante kilometer. In de periode die volgden gingen meer Nez Percé landbouw bedrijven en vee houden. De bizonjacht nam af en steeds meer mensen bekeerden zich tot het christendom, zonder dat er enige vorm van geweld bij kwam kijken.