Anfang Oktober 2020 kehrte Choupo-Moting in die Bundesliga zurück und unterschrieb beim FC Bayern München einen zunächst bis zum Ende der &lt;a href="Fu%C3%9Fball-Bundesliga%202020/21"&gt;Saison 2020/21&lt;/a&gt; laufenden Vertrag. Er fungierte in seiner ersten Saison hauptsächlich als „Backup“ für Stürmer Robert Lewandowski und erzielte neun Tore in 32 Pflichtspielen. Mit den Bayern gewann er die FIFA-Klub-Weltmeisterschaft 2020 und wurde Deutscher Meister.