Santa Ana regresó a la Presidencia y se refugió en la capital, donde decidió esperar al enemigo. En la batalla de Molino del Rey donde fueron enviados soldados de la Guardia Nacional de Tula y de Tulancingo, pero también fueron vencidos. Finalmente, el 13 de septiembre de 1847, sse da Batalla de Chapultepec y para el 16 de septiembre de 1847, la bandera estadounidense se izó en el Palacio Nacional. El gobierno de la República se trasladó a Querétaro, lugar en el que el 12 de noviembre de ese año, el Congreso designó nuevamente Presidente Interino, a Pedro María Anaya.