Il sert à l'armée de Hanovre lorsqu'il est fait chevalier de la Légion d'honneur le , puis officier de l'Ordre le . Créé baron de l'Empire en 1810, il participe à la guerre d'Espagne ; il combat au siège de Cadix, ce qui lui vaut le grade de général de brigade le . À la bataille de Gebora le , il prend une nouvelle fois part aux affrontements. Au siège de Badajoz, dont il a été nommé gouverneur, le général Philippon défend les approches de la place par des sorties faites à propos et par des retranchements ou contre-approches qui rendent très difficiles les progrès des assiégeants. Le , il fait une sortie avec , s'empare de la tranchée et la détruit avant de se retirer. Le , le général Beresford, ayant appris que le duc de Dalmatie s'avance au secours de Badajoz, se décide à lever le siège et à concentrer ses forces pour livrer bataille à Albuera le . Il se met alors en mouvement ; mais au moment où son arrière-garde se retire, le général Philippon fait encore une sortie à la tête de la garnison, et taille en pièces un régiment portugais de troupes légères qui se trouve en dernière ligne. Le , le général Beresford assiège à nouveau la ville. Philippon parvient à prolonger suffisamment longtemps la défense pour donner le temps au maréchal Soult de venir secourir la place. Les 6 et , la garnison française soutient deux attaques qu'elle repousse. Les assiégeants, désespérant alors de s'emparer de cette ville, brûlent dans la nuit du 17 leurs approvisionnements de siège et le au matin, ils lèvent le siège de Badajoz.