Kolejny medal w zjeździe Müller wywalczył na rozgrywanych w 1988 roku igrzyskach olimpijskich w Calgary. Podobnie jak cztery lata wcześniej zajął w tej konkurencji drugie miejsce, plasując się za Zurbriggenem, a przed Francuzem Franckiem Piccardem. W zawodach pucharowych Szwajcar dziewięciokrotnie zajmował miejsca w czołowej dziesiątce, jednak na podium znalazł się tylko dwukrotnie: 16 stycznia w Bad Kleinkirchheim i 2 marca 1988 roku w Beaver Creek wygrywał zjazd. W klasyfikacji generalnej ponownie był dziewiąty, a w klasyfikacji zjazdu zajął piątą pozycję. Ostatnie zwycięstwo odniósł na początku &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20narciarstwie%20alpejskim%20m%C4%99%C5%BCczyzn%201988/1989"&gt;sezonu 1988/1989&lt;/a&gt;, 9 grudnia 1988 roku w Val Gardena, gdzie był najlepszy w zjeździe. Dzień później po raz ostatni stanął na podium zawodów PŚ, zajmując trzecie miejsce w tej samej konkurencji. Sezon ten zakończył na dwunastym miejscu w klasyfikacji generalnej, a w klasyfikacji zjazdu był szósty. Swój ostatni medal na międzynarodowej imprezie zdobył podczas mistrzostw świata w Vail w 1989 roku, gdzie po raz kolejny był drugi w swej koronnej konkurencji. O 0,19 sekundy lepszy był tam Hans-Jörg Tauscher z RFN, a trzecie miejsce ze startą 0,09 sekundy do Müllera zajął Karl Alpiger.