Innocentius III (1160/1161-1216) wordt vrij algemeen gezien als een van de invloedrijkste pausen in de geschiedenis van de kerk. Met name zijn strijd met de wereldlijke machten heeft hem deze kwalificatie opgeleverd. Zo maakte hij veelvuldig gebruik van interdicten en andere censuur om wereldlijke heersers te dwingen om zijn beslissingen te aanvaarden. Hij excommuniceerde de Engelse koning Jan zonder Land (1167-1216), dwong de Franse koning Filips II Augustus (1165-1223) zijn vrouw Ingeborg, van wie hij gescheiden was, weer terug te nemen en slaagde hij er in om keizer Otto IV (1175-1218) afgezet te krijgen. Ook hervormde hij het kerkelijk recht. Verder steunde hij onder andere de opkomende bedelorden, met name Franciscus van Assisi en de minderbroeders, maar ook Dominicus Guzman bij diens stichting van de dominicanen. Ook de Vierde en Vijfde Kruistocht, die overigens weinig succesvol waren, en de kruistocht tegen de ketters in het zuiden van Frankrijk (Albigenzische Kruistochten) werden door hem uitgeroepen.