Schumacher aloitti kauden 1994 vakuuttavasti voittamalla seitsemästä ensimmäisestä kilpailusta kuusi ja sijoittumalla kerran toiseksi. Kauden keskivaiheilla hänelle kuitenkin tuli ongelmia, kun hänet hylättiin Britannian GP:ssä ja Belgian GP:ssä. Schumacher sai kahden kilpailun kilpailukiellon, koska hän oli ensiksi mainitussa jatkanut radalla mustista lipuista huolimatta. Schumacherin vastoinkäymisten vuoksi Ayrton Sennan kuoleman jälkeen Williams-tallin ykköskuljettajaksi noussut Damon Hill pääsi mukaan mestaruustaistoon. Kauden päättäneen ja mestaruuden ratkaisseen Australian GP:n loppuratkaisu oli vähintäänkin kyseenalainen. Kilpailun lopussa toisena ollut Hill tavoitti johdossa ollutta Schumacheria, Schumacher ajoi ulos ja rikkoi autonsa ajokelvottomaan kuntoon. Hill tuli takaa ja yritti ohittaa Schumacherin sisäkautta, jolloin Schumacher kiilasi Hillin kylkeen. FIA:n mukaan kyseessä oli normaali kilpailutilanne, eikä tästä siten langetettu rangaistuksia. Kolaroinnin aiheuttamien vaurioiden johdosta Hill joutui keskeyttämään kisan. Seuraavalla kaudella 1995 Schumacher voitti yhdeksän kauden 17:stä kilpailusta ja voitti toisen mestaruutensa 33 pisteen erolla jälleen toiseksi sijoittuneeseen Hilliin. Edellisen kauden tapaan Schumacher oli Benettonin ykköskuljettaja. Ferrari-talli kuitenkin etsi kuljettajaa nostamaan takavuosina menestyneen italialaistallin suosta, ja kaudella 1996 Schumacher aloitti ensimmäisen kautensa Ferrarin riveissä.