Turecká vláda trvala až do 20. století. Během ní se snažili Turci obyvatelstvo islamizovat, což se jim podařilo jen zčásti (dodnes je v zemi 33 % muslimů). Různé národy (Řekové, Srbové, Bulhaři a Albánci), které v zemi žily, postupně začaly organizovat národně osvobozenecké hnutí. Přestože někteří aktivisté žádali přičlenění k nově vzniklému Bulharsku, tato snaha neuspěla, jelikož bylo příliš vzdálené. Přesto po berlínském kongresu z roku 1878 došlo k určitému otevření Makedonie Bulharsku – hlavně v oblasti obchodu – ačkoliv sama zůstávala stále pod osmanskou vládou. Roku 1913 během balkánských válek byla země konečně zbavena turecké nadvlády a rozdělena mezi Bulharsko, Řecko, Srbsko a Albánii; to byl konec Makedonie jako jedné země.