Le pays connaît ensuite une instabilité politique durable, marquée par des coups d'état, des massacres inter-communautaires, puis une guerre civile à partir de 1993. Celle-ci s'est conclue en 2000 par les accords d'Arusha, ouvrant une période de paix précaire. Depuis 2010, les tensions sont à nouveau particulièrement importantes.