Vrchním velitelem válečného loďstva se skutečně stal krátce před jejím vypuknutím v roce 1939, též byl povýšen na pětihvězdičkového admirála, což byla hodnost, která nebyla od dob druhého Francouzského císařství udělena. Po rychlé porážce Francie nacistickým Německem zůstalo válečné loďstvo prakticky jedinou neporušenou ozbrojenou složkou, která si navíc u veřejnosti zachovala morální kredit. To samozřejmě posílilo i Darlanovu pozici. Stal se stoupencem kapitulace a na žádost maršála Philippe Pétaina vstoupil do vlády Vichistické Francie. Byl odhodlán nevydat válečné loďstvo Němcům, i když ve způsobu, jak toho docílit v případě jejich snahy o převzetí, se jeho názor měnil. Původně byl zastáncem jeho odplutí do Velké Británie, po ochlazení vztahů v důsledku akcí britské Royal Navy proti francouzské flotile v Anglii, Alexandrii a hlavně v Mers-el-Kébiru pak pro jeho samopotopení.