Cronjé syntyi vanhaan hugenottisukuun brittiläisellä Kapmaalla, mutta päätyi jo lapsuudessaan suuren vaelluksen yhteydessä Transvaalin vapaavaltioon. Hän ryhtyi marraskuussa 1880 johtamaan Transvaalissa brittien valtaa vastaan suunnattua kapinaa, sillä buurit eivät hyväksyneet brittiviranomaisten suorittamia viljan takavarikointeja verot maksamatta jättäneiltä maanviljelijöiltä. Seuranneessa ensimmäisessä buurisodassa Cronjé johti Potchefstroomin piiritystä, jota hän jatkoi jopa maaliskuussa 1881 voimaan astuneen aselevon jälkeen kunnes paikallinen brittivaruskunta antautui. Hänet valittiin myöhemmin Transvaalin parlamentin eli Volksraadin jäseneksi ja hän tuki politiikassa presidentti Paul Krugeria. Tammikuun 1896 epäonnistuneen Jamesonin hyökkäyksen päätteeksi Cronjé otti vastaan Leander Jamesonin antautumisen Doornkopissa.