Tras el anuncio de su retiro, Neuner logró completar la más exitosa temporada de su carrera. Ganó en total diez carreras individuales, incluyendo ocho de diez carreras de "sprint" y se alzó con el título de la clasificación general de la Copa del Mundo por tercera ocasión. Durante el Mundial de 2012 agregó dos medallas de oro, una de plata y una de bronce a su palmarés.