Die Notfalleinrichtungen der JNES erwiesen sich während der schweren Unfälle im Kernkraftwerk Fukushima I im März 2011 als nutzlos. Ein automatisches Berichtssystem für Daten des Kernkraftwerks fiel bereits bei Eintreffen des Tsunami aus. Die Einsatzzentrale in der Nähe des Kraftwerks musste nach wenigen Tagen geräumt werden, weil sie nicht gegen das Eindringen radioaktiver Stoffe geschützt war. Auch der Strom war zeitweise ausgefallen; der vorhandene Notstromgenerator funktionierte nicht. Nachforschungen des Fernsehsenders NHK ergaben, dass bei fast allen JNES-Einsatzzentralen Schutzvorrichtungen gegen radioaktive Kontamination fehlten.