Entre 1926 et 1929, la persécution que le régime inflige aux ecclésiastiques s'intensifie. L'abbé Maldonado est plusieurs fois convoqué au poste de police régional. Il doit plusieurs fois se cacher. En tant que curé de Santa Isabel, il doit faire face à l'affront des autorités gouvernementales. Au moment de la révolte des Cristeros, l'abbé Maldonado doit entrer en clandestinité, car tout l'État de Chihuahua est à feu et à sang et les prêtres, religieux ou religieuses, s'ils sont découverts, sont condamnés à la prison et souvent à la mort. Il est arrêté, avec quelques compagnons, le vendredi saint 1936 dans un village appelé La Boquilla, alors qu'il s'apprêtait à retourner dans sa cachette, de retour d'une visite à une moribonde qui demeurait près de la gare. Après son arrestation, on compte sur place deux cents cartouches sur le sol. Faute de preuve, il est libéré quelque temps plus tard.