Anel Ahmedhodžić absolvierte im Jahr 2014 zwei Spiele für die schwedische U15-Nationalmannschaft und zehn Partien für die U16-Mannschaft im Jahr 2015 sowie 14 Einsätze für die U17-Elf bis 2016, mit der er auch an der U17-Europameisterschaft 2016 in Aserbaidschan teilnahm. Dort erreichte Schweden das Viertelfinale, wo die Skandinavier gegen die Niederlande ausschieden. Bei diesem Turnier kam Anel Ahmedhodžić zu drei Einsätzen. Nach sechs Einsätzen für die U18-Mannschaft im Jahr 2017 nahm er im selben Jahr mit der U19-Nationalmannschaft an der U19-Europameisterschaft in Georgien teil. Dort schieden die Schweden nach der Gruppenphase aus und Ahmedhodžić kam in allen drei Partien zum Einsatz. Bei der erfolglosen Qualifikation für die EM-Endrunde 2018 im Nachbarland Finnland war er ebenfalls dabei. Insgesamt absolvierte Anel Ahmedhodžić für die U19 acht Partien. Am 22. März 2019 absolvierte er beim 0:2 im Testspiel im spanischen Marbella gegen Russland sein erstes Spiel für die U21-Mannschaft. Am 9. Januar 2020 lief Anel Ahmedhodžić während eines inoffiziellen Freundschaftsspiels in der katarischen Hauptstadt Doha gegen Moldawien erstmals für die schwedische A-Nationalmannschaft auf.