Depois da captura de Mannheim, Ney foi promovido a general de divisão em março de 1799, passando a comandar a cavalaria nos exércitos da Suíça e do Danúbio. Durante a Batalha de Winterthur Ney recebeu feridas na coxa e no pulso. Depois de se recuperar, lutou em Hohenlinden sob o comando do general Moreau em dezembro de 1800. A partir de setembro de 1802, Ney passou a comandar as tropas francesas na Suíça e a desempenhar funções diplomáticas.