Zu den Präsidentschaftswahlen in Togo 2005 kündigte Yamgnane am 3. März 2005 eine Kandidatur an, beendete diese jedoch bereits Ende März zu Gunsten Emmanuel Bob-Akitanis. Für die Präsidentschaftswahl in Togo 2010 kandidiert er als Bewerber gegen Faure Gnassingbé. Kontakte Yamagnes zur französischen Botschaft führte zur Ausweisung des ersten Sekretärs der Botschaft und damit zu einer diplomatischen Krise zwischen Togo und Frankreich. Nach französischer Auffassung hatte der Sekretär der Botschaft seine Kompetenzen nicht überschritten, sondern normale Kontakte auch zu Vertretern der Opposition. Frankreich fordert die Zurückrufung eines togoischen Diplomaten vergleichbaren Ranges.