La formación del nuevo gobierno no significó su salida del mismo, pues siguió teniendo presencia en el Consejo de Ministros como ministro sin cartera. En mayo de 1937 se convirtió en ministro de Estado en el nuevo gobierno presidido por Juan Negrín, en sustitución del socialista Julio Álvarez del Vayo. A mediados de aquel año Giral y Negrín viajaron a París para intentar convencer al gobierno francés de que debía ponerse fin a la política de no intervención, iniciativa en la que no tuvieron éxito. En abril de 1938, durante la crisis provocada por la derrota republicana en Aragón, hubo un nuevo cambio de gobierno; Giral abandonó el Ministerio de Estado, pero continuó en el gabinete como ministro sin cartera. Estuvo presente en la última reunión de las Cortes republicanas, celebrada en el Castillo de Figueras el 1 de febrero de 1939.