У 1830 році було побудовано нову будівлю для семінарії, навпроти Спасо-Преображенського кафедрального собору. Через порушення правил будівництва та бракованих матеріалів будинок семінарії вдалося запустити в експлуатацію тільки через 10 років, після довгих ремонтів. У другій половині XIX століття в семінарії існували революційні гуртки та підпільна друкарня. Під час революції 1905—1907 років семінарія була більш, ніж на два місяці закрита через бунт учнів. У роки Кримської та Першої світової війни багато семінаристів було призвано на фронт.