Juanfran teki ensiesiintymisensä Espanjan maajoukkueessa 26. toukokuuta 2012 pelatussa ystävyysottelussa Serbiaa vastaan. Maajoukkueen päävalmentaja Vicente del Bosque valitsi hänet myös vuoden 2012 EM-kilpailuihin osallistuvaan kokoonpanoon.