Lange Zeit haftete ihm der Makel an, keine einzige Einzelmedaille bei den Nordischen Skiweltmeisterschaften oder bei Olympischen Winterspielen erreicht zu haben. Besonders deutlich wurde diese Leistungsdiskrepanz zwischen Weltcup und Großereignissen bei den Olympischen Spielen 2006 in Turin: Nachdem Manninen zuvor die letzten sieben Weltcuprennen gewonnen hatte, erreichte er in den olympischen Einzeldisziplinen als Topfavorit nur den neunten und zwölften Rang. Bei den Weltmeisterschaften 2007 in Sapporo konnte er erstmals im Sprint einen Weltmeisterschaftstitel gewinnen.