Ursprünglich wurde das heutige Gebiet der Gemeinde von den Huilliche bewohnt. Im 18. und 19. Jahrhundert befand sich auf dem Gebiet die spanische Mission Pilmaiquén. Nach der chilenischen Unabhängigkeit 1818 wurde San Pablo zunächst Teil der Stadt Osorno. 1845 wurde die Schule gegründet, und somit wuchs die Bevölkerung des Dorfes stetig an. Am 22. Dezember 1891 wurde San Pablo schließlich zu einer unabhängigen Gemeinde erklärt. Erster Bürgermeister wurde Guillermo Heufemann.