Весной 1995 года Мыларщиков участвовал в бою на Лысой горе в районе села Бамут, был контужен; в бою погиб его друг Сергей Съедин, пулемётчик. В 1997 году прошёл отбор в группу «Альфа», через полтора года отправился в очередную командировку в Чечню. Участник операций по освобождению заложников в театральном центре на Дубровке и в школе № 1 города Беслан. За время службы в «Альфе» окончил Академию ФСБ (специалитет). 15 января 2005 года участвовал в штурме дома в Махачкале, в котором скрывались члены террористической группировки «Дженнет» во главе с Расулом Макашариповым. В ходе операции были убиты пятеро боевиков, но сам Макашарипов избежал гибели, а сам Мыларщиков получил тяжёлое ранение (третье по счёту). В связи с этим ранением он вышел в отставку в звании полковника.