Pada Mac 1942, Jepun menakluki Hindia dan menutup semua tetapi satu studio filem, termasuk JIF. Mochtar menjadi Heiho, seorang askar pribumi untuk kuasa Jepun, dan mengambil peranan dalam filem propaganda seperti "Berdjoang" (1943). Indonesia mengisytiharkan kemerdekaannya pada 17 Ogos 1945, dan untuk dua tahun, tiada filem cereka diterbitkan di kawasan itu. Mochtar membuat filem pertamanya selepas pengisytiharaan, "Bengawan Solo", pada 1949.