Itämeren laivastolla oli tukikohdat Suomen suuriruhtinaskunnassa Helsingissä, Suomenlinnassa ja Katajanokalla. Laivaston toisen taistelulaivaosaston tukikohta oli pääasiallisesti Helsingissä. Suomessa toimi myös Suomen meriekipaasi. Ensimmäisen maailmansodan aikana laivaston yhteydessä toimi brittiläinen sukellusvenelaivue, jonka alukset upotettiin Helsingin edustalle Harmajan matalikolle keväällä 1918 Suomen sisällissotaan osallistuvan Saksan Itämeren-divisioonan lähestyessä Helsinkiä. Itämeren laivaston alukset puolestaan evakuoitiin Itämeren laivaston jäämarssina tunnetun operaation aikana Helsingistä ja Tallinnasta Kronstadtiin.