Nach dem Ende der indonesischen Diktatur 1998 konnte in Verhandlungen zwischen Portugal, Indonesien und den Vereinten Nationen ein Unabhängigkeitsreferendum in Osttimor für den 30. August vereinbart werden. Die Abstimmung brachte ein klares Ergebnis für die völlige Unabhängigkeit Osttimors von Indonesien, doch indonesische Sicherheitskräfte und pro-indonesische Milizen überzogen das Land mit einer letzten Gewaltwelle. Die Vereinten Nationen entsandten daraufhin die internationale Eingreiftruppe INTERFET unter australischer Führung, die das Land wieder befriedete. Osttimor kam daraufhin bis 2002 unter UN-Verwaltung. Bei den verschiedenen UN-Missionen bis 2012 war Portugal immer beteiligt, teils durch Soldaten, teils durch Polizeikräfte. Die osttimoresisch-portugiesischen Beziehungen nahmen in dieser Phase stark zu.