El Campeonato Europeo de 2006, última competición antes de los Juegos Olímpicos de Turín, tuvo lugar en Lyon. Joubert retrocedió un puesto con respecto a la temporada anterior, al ser sobrepasado tanto por Yevgeni Pliúshchenko como por Stéphane Lambiel. En los Juegos Olímpicos terminó en cuarto lugar en el programa corto, pero tuvo muchos fallos en el programa libre que, con dos "axels" triples y dos "toe-loops" cuádruples, resultó demasiado ambicioso. Acabó en sexto lugar. A la vista de este resultado decidió volver a patinar su programa libre de la temporada 2003/2004 en el Campeonato Mundial el mes siguiente. En esta competición, ganó el programa corto y consiguió la segunda plaza en el programa libre y la clasificación general, a muy poca distancia del ganador, Lambiel. Al final de la temporada empezó a trabajar con Kurt Browning para preparar los programas de la temporada siguiente, aunque siguió entrenándose con Berezintsev hasta julio de 2006.