Rooney 2003-ban lépett pályára először az angol válogatottban. A 2004-es Európa-bajnokságon ő lett a legfiatalabb gólszerző, a torna során négy találattal segítette az angol nemzeti csapatot. A 2006-os világbajnokságon szintén játszott, de a torna előtti lábtörése rányomta a bélyegét a teljesítményére. A 2008-as Európa-bajnokságra az angolok nem jutottak ki, a 2010-es világbajnokságon, és a következő 2014-es világbajnokságon a nyolcaddöntő, illetve a csoportküzdelmek jelentették a végállomást. Rooney eddigi 118 válogatott fellépésén szerzett 53 góljával az angol nemzeti csapat történetének legeredményesebb játékosa, Bobby Charltont megelőzve, a pályára lépések számában pedig már csak Peter Shilton áll előtte.