Durante el verano de 2013, la Roma contrató al entrenador francés Rudi García, quien reposicionó a Totti como centrodelantero. El 16 de septiembre de 2013, anotó su primer gol de la temporada 2013-14 en la victoria por 3:1 contra el Parma. Cuatro días después firmó una extensión de su contrato hasta el año 2016 por 3,2 millones de euros al año. El 5 de octubre marcó su quincuagésimo doblete de su carrera en la victoria de su club por 3:0 sobre el Inter de Milán, ese partido fue el número 542 en la liga, superando a Roberto Mancini y posicionándose como el sexto futbolista con la mayor cantidad de presencias en la Serie A.