Anche se smorzata da sette generazioni sotto lunga occupazione della Grecia da parte dei sovrani ottomani, l'identità sociale greca apparve molto viva a Pouqueville e, come fervente credente degli ideali umanistici della rivoluzione francese, cominciò a sviluppare ben presto una crescente simpatia per il nascente movimento di rinascita nazionale della Grecia. La sua condizione di prigioniero del sultano turco gli impedì di fare altro che portare cure mediche alla popolazione oppressa, ma i suoi scritti crearono una nuova e forte corrente supporto intellettuali ed emotivo alla causa. La sua indagine umana della Grecia del 1798 è la prima manifestazione del movimento filellenico del XIX secolo. Il suo impulso presto si diffuse in tutta Europa con l'ampia pubblicazione dei suoi libri che mise in moto un trend costante tra le più grandi menti del tempo per seguire i suoi passi attraverso la terre nuovamente riscoperte della Grecia. La rinascita dell'antica nazione proseguì nei decenni successivi, con la sua guerra d'indipendenza, la sua liberazione, e con la disgregazione dell'impero ottomano.