Etapa regulace systémem mnohostranných dohod začala po Krymské válce. Na základě Pařížské smlouvy (1856) byla založena Evropská dunajská komise, která se skládala z Rakouska, Ruska a řady nedunajských zemí (Francie, Velká Británie, Prusko, Sardínie, Turecko). Prakticky se tato dohoda stala prostředkem nadvlády nedunajských zemí nad řekou a existovala do 1. světové války. Komise měla svou vlajku, administrativu, flotilu, policii, soud a mohla zakázat podunajským státům stavbu přístavních a hydrotechnických zařízení. Po skončení 1. světové války byla ujednána v srpnu 1920 dohoda v Paříži za účasti převážně nedunajských zemí. Poté byly 23. července 1921 přijaty konvence a závěrečný protokol o režimu plavby. Pro tok řeky od ústí do Ulmem byla znovu ustanovena Evropská dunajská komise (Francie, Velká Británie, Itálie, Rumunsko). Pro tok mezi Brăilou a Ulmem a síť říčních cest, jež byly stanoveny mezinárodními byla ustavena Mezinárodní dunajská komise s účastí dunajských (Německo, Rakousko, Maďarsko, Československo, Jugoslávie, Rumunsko) i nedunajských (Velká Británie, Itálie, Francie) zemí. Tyto komise měly široké pravomoce, které nebyly vždy v souladu podunajských zemí. Mezinárodní dunajskou komisi opustilo v roce 1936 Německo a po zabrání "Německem" také "Rakousko" (1938) a "Československo" (1938–39).