Sein erstes Länderspiel absolvierte Rapaić 1994, bis zur WM 2002 wurde er jedoch nur 20 Mal eingesetzt. Nachdem er bei der WM in Japan und Südkorea 2002 das Siegtor gegen Italien schoss, war er Stammspieler. Er hatte die Wahl zwischen Kroatien und Serbien (da er Serbe aus Kroatien ist), entschied sich jedoch für Kroatien.