Nach einem Jahr in Finnland kehrte Johansson nach Dänemark zurück und übernahm im Sommer 1996 die dänische Nationalmannschaft. Durch ein Tor von Ole Bjur gestaltete er auch hier sein Debüt erfolgreich, die schwedische Nationalmannschaft wurde in Göteborg mit einem 1:0-Auswärtserfolg geschlagen. Nachdem der Europameister von 1992 die Qualifikation zur Weltmeisterschaft 1994 verpasst hatte und bei der Europameisterschaft 1996 in der Gruppenphase gescheitert war, führte er die Nationalmannschaft mit offensiver Spielweise als Gruppensieger in der Qualifikation zur Weltmeisterschaftsendrundenteilnahme 1998. Als Gruppenzweiter hinter Frankreich zog die Mannschaft ins Achtelfinale ein, in dem Nigeria mit einem 4:1-Erfolg deutlich bezwungen wurde. In einem engen Spiel gegen den späteren Finalisten Brasilien mussten sich Michael und Brian Laudrup, Thomas Helveg, Peter Schmeichel und die anderen Mannschaftskollegen im Viertelfinale mit einer 2:3-Niederlage geschlagen geben. In der Qualifikationsrunde zur EURO 2000 war die Mannschaft zwar nicht mehr so souverän wie zuvor, erreichte aber hinter Italien den zweiten Platz der Qualifikationsgruppe. In den Play-Off-Spielen der Gruppenzweiten dominierte die Mannschaft jedoch Israel mit 5:0- respektive 3:0-Siegen. Noch im Jahr 1999 wurde bekannt, dass Morten Olsen Bo Johansson, der bekanntgab, dass er seinen Posten nach dem Turnier zur Verfügung stellt, ersetzen wird. Im Turnier war sie schließlich chancenlos und blieb ohne Tor- und Punkterfolg.