En la temporada 2005-06 Nowitzki se quedó como el único miembro superviviente de aquel "Big Three" tras la baja de Finley. Nowitzki quedó como la gran y casi única referencia, a expensas del rendimiento de Terry y el crecimiento como jugador de Josh Howard. Con estos dos últimos respondiendo como escuderos de Nowitzki, el equipo alcanzó las 60 victorias. Dirk promedió 26.6 puntos, 9 rebotes y 2.8 asistencias. Con récords en tiros de campo (48%) triples (40.6%) y tiros libres (90.1%) que, sin embargo, superaría al año próximo. Como en la temporada pasada, fue incluido en el Primer quinteto de la NBA y volvió a quedar tercero en la lucha por el MVP, tras Nash y LeBron James. En el Concurso de Triples del All-Star 2006, Nowitzki se llevó el título tras superar en la ronda final a Ray Allen y a Gilbert Arenas.