埃爾多安執政後，土耳其與以色列關係開始惡化。雖然土耳其與其他阿拉伯國家相比之下，仍然承認以色列並與以色列維持外交關系，但土耳其和以色列的關系一直緊張。埃爾多安更在2009年出席瑞士世界經濟論壇會議期間離席抗議同場的以色列總統西蒙·佩雷斯及以色列的對巴勒斯坦的政策。埃爾多安也被指有反以色列和反猶太傾向。以色列在2010年5月襲擊多國民間人士为加沙提供物资的国际援助船队，导致了惨重的人员伤亡，其中土耳其蒙受的损失最严重。当船队行至距离加沙海岸40多海里的公海上时，以色列武装部队对船队进行拦截，并与船上救援人员发生冲突，过程中导致九人死亡、多人受伤。死者几乎全部是土耳其人。这一事件在国际社会引起了轩然大波，在土耳其国内更是引发了大规模的抗议示威。土耳其與以色列關係至此十分緊張。埃爾多安支持巴勒斯坦自治政府的同時，被指同時支持主張消滅以色列的哈马斯，而土耳其被外界認為是哈馬斯的盟友之一。以色列批評土耳其政府容許哈马斯從土耳其策劃針對以色列的恐怖襲擊，而土耳其則反駁指以色列的指控無真憑實據。