הרננדס היה אחד מגדולי הכובשים בהיסטוריה של נבחרת מקסיקו בכל הזמנים. הוא ערך את הופעת הבכורה שלו ב-1 בפברואר 1995, תחת המאמן מיגל מחיה בראון, בניצחונה של מקסיקו 1-0 על במשחק ידידות. בחודש נובמבר של אותה שנה, במשחק ידידות מול , כבש הרננדס את שער הבכורה שלו במדי מקסיקו, שערה היחיד של הנבחרת בתבוסה הביתית 4-1. תחת המאמן בורה מילוטינוביץ', התקיים הטורניר הראשון אליו זומן הרננדס היה גביע הזהב 1996, בו זכתה מקסיקו בפעם השנייה בתולדותיה. הרננדס רשם שתי הופעות בלבד בטורניר, ללא שערים.