Mit Beginn der Neuzeit kam es zu einem deutlichen wirtschaftlichen Aufschwung aufgrund der verstärkten Handelsbeziehungen mit Italien ("siehe auch:" Fugger, Welser). Der Beiname "Goldenes Landl" für das Werdenfelser Land stammt aus dieser Zeit. Durch den Dreißigjährigen Krieg wurde diese Entwicklung beendet; die Bevölkerung verarmte. Spätere Kriege, wie den Spanischen und den Österreichischen Erbfolgekrieg zu Beginn des 18. Jahrhunderts, sowie im 19. Jahrhundert die napoleonischen Kriege, zogen ebenfalls die Bevölkerung schwer in Mitleidenschaft. 1803 endete die Herrschaft des Hochstifts Freising, das Werdenfelser Land kam zu Bayern.