Im Zweiten Kongokrieg ab 1998 stieg Nkunda in der von Tutsi geführten sowie von Ruanda und Uganda unterstützten Rassemblement Congolais pour la Démocratie (RCD) zum Major auf. Der Gruppierung gelang es im Kampf um Ressourcen und regionalpolitische Einflusssphären gegen die kongolesische Regierung – und damit Nkundas ehemalige Verbündete – zeitweise, große Landesteile im Osten der DR Kongo zu kontrollieren. Mit dem Friedensschluss von Pretoria am 30. Juni 2003, der den Krieg offiziell beendete, sollten die Soldaten der verschiedenen Rebellentruppen in die nationale Armee eingegliedert werden. In dieser beförderte man Laurent Nkunda im Jahre 2004 zum General.