En 1941, des milliers de Juifs sont emprisonnés, affamés et finalement massacrés par des collaborateurs nazis lituaniens (bataillons TDA, police de sécurité et "Ypatingasis būrys") dans ce qui était alors le plus grand massacre de l’histoire du pays. Le complexe est considéré comme le premier camp de concentration situé sur le territoire que l’Allemagne nazie a conquis lors de son invasion vers l’Est. Après la Seconde Guerre mondiale, les Soviétiques utilisèrent le fort à nouveau comme une prison durant plusieurs années.