1522 verdingte sich Niklaus Manuel ein weiteres Mal als Feldschreiber bei Albrecht vom Stein und nahm an einem weiteren Kriegszug in die Lombardei teil. Bei Novara wurde er dabei an der Hand verwundet. Später nahm er auch noch an der Schlacht bei Bicocca teil. 1523 wurde er Landvogt von Erlach, Echallens und Nidau. 1526 war er als Deputierter kurzzeitig an der eidgenössischen Tagsatzung in Baden. Ab April 1528 wird er erstmals als Mitglied des Kleinen Rates von Bern geführt. Dieses Amt bekleidete er bis zu seinem Tode.