Matthäus valgte å fortsette på landslaget også etter VM-sluttspillet, og avsluttet landslagskarrieren med sitt fjerde EM-sluttspill i 2000, 20 år etter hans første sluttspill. Han forlot Bayern München samme år, og avsluttet karrieren med en halv sesong i den amerikanske klubben &lt;a href="New%20York/New%20Jersey%20MetroStars"&gt;New York/New Jersey MetroStars&lt;/a&gt;. Han har senere vært trener for , og ble i januar 2006 ansatt som trener i den brasilianske klubben Atletico Paranaense.