O forte propriamente dito, sob o Tenente Coronel Arídio Brasil, aderiu ao golpe militar de 1964, enquanto o vizinho Quartel General de Artilharia de Costa da 1ª Região Militar, do General Moraes, permaneceu fiel ao governo de João Goulart. Moraes ausentou-se e o coronel César Montagna, da Diretoria de Artilharia de Costa e Artilharia Antiaérea, partiu à frente de outro oficial da Diretoria e 19 da ECEME para capturar o QG num golpe de mão, efetuado ao redor das 12:00 do dia 1o de abril. Houve luta corporal e troca de tiros, ferindo um atacante e um defensor. A guarnição do forte não participou da ação. Não houve, assim, "tomada do forte de Copabana", pois o que se capturou foi o QG de Artilharia de Costa. Data do evento o chamado "episódio da bofetada", efetuada por Montagna sobre o sentinela. Nos anos seguintes, durante o regime militar, o forte serviu como presídio político.