Μετά την ιταλική συνθηκολόγηση του Σεπτέμβρη του 1943, τα νησιά έγιναν εν συντομία ένα πεδίο μάχης μεταξύ των Γερμανών, των Βρετανών και των Ιταλών στη Μάχη της Δωδεκανήσου. Οι Γερμανοί κυριάρχησαν και παρόλο που εκδιώχθηκαν από την ηπειρωτική Ελλάδα το 1944, τα Δωδεκάνησα παρέμειναν κατεχόμενα μέχρι το τέλος του πολέμου το 1945. Κατά τη διάρκεια της Γερμανικής κατοχής, τα Δωδεκάνησα παρέμειναν υπό την ονομαστική κυριαρχία της Ιταλικής Κοινωνικής Δημοκρατίας, αλλά εκ των πραγμάτων υπέκειντο στη γερμανική στρατιωτική διοίκηση. Μετά το τέλος του Β' Παγκοσμίου Πολέμου, τα νησιά τέθηκαν υπό προσωρινή βρετανική διοίκηση.