У 1813 році під Лейпцигом відбулася найбільша битва Наполеонівських воєн — Битва народів. При цьому школа Святого Томи використовувалася як військовий госпіталь. Після поразки Наполеона кантор школи Йоганн Готфрід Шіхт присвятив російському генералу Рєпніну-Волконському кантату «Рятівник Святого Томи» (). У 1817 році ректор Рост писав: «Три основні цілі, які переслідує школа Святого Томи — це виховання обдарованих молодих людей з метою досягнення досконалості, на стільки на скільки це можливо, вивчення наук, а також музичну освіту і розвиток музичних здібностей.» У 1835 році ректор Йоганн Готфрід Штальбаум перетворив школу в гуманістичну гімназію. У 1843 році перед будівлею школи був відкритий пам'ятник Баху. У відкритті брав участь відомий композитор Фелікс Мендельсон. При ректорі Фрідріхові Кранеру була заснована шкільна бібліотека, численне зібрання природничо-наукової, географічної, історичної та художньої літератури були передані до фонду бібліотеки Лейпцизького університету в 1985 році. У 1849 році при гімназії був заснований академічний співочий гурток Аріон, який проіснував до 1936 року.