В 2003 году в Ираке вновь началась война. В июле 2005 года эмиссар Египта в Ираке Ихаб аль-Шариф был похищен и убит инсургентами. 8 октября 2008 года страны договорились возобновить полные дипломатические отношения. В январе 2018 года посол Египта в Ираке сделал заявление, что его страна продолжит всемерно поддерживать правительство Ирака в их борьбе с террористическим подпольем в стране.