Habiendo solicitado pasar a América en la primera ocasión que se enviase caballería es nombrado comandante del regimiento de Cazadores-Dragones destinado a reforzar el ejército realista acantonado en Lima que se encontraba próximo a operar en la capitanía general de Chile. Sin embargo cuando la expedición española arribó a su destino el ejército libertador del general José de San Martín ya había derrotado a su contraparte realista en los llanos de Maipú siendo que la mitad de los transportes españoles fueron capturados por la escuadra patriota pudiendo desembarcar únicamente algunos restos de la expedición en Talcahuano entre los que se encontraba el regimiento de Bobadilla quien actuó durante la Segunda campaña al sur de Chile que dirigieron los ejércitos patriotas contra los últimos reductos realistas en la región. Tras participar en diversos combates de la campaña en marzo de 1822 pasa al Perú para solicitar auxilios para la plaza de Chiloé siendo portador de los mismos en octubre de ese año para luego embarcarse con su regimiento con destino al Perú donde arriba en marzo de 1823, teniendo ocasión de servir en la Segunda Campaña de Intermedios dirigida por el general independentista Andrés de Santa Cruz, incorporándose al ejército realista del Sur al mando del general Gerónimo Valdés y participando en la Batalla de Zepita y las acciones de Sicasica y Ayo Ayo. En 1824 se incorpora al estado mayor del Ejército del Norte al mando del general José de Canterac combatiendo en la Batalla de Junín y finalmente en la de Ayacucho tras la cual capituló junto al resto del ejército real. El general inglés Guillermo Miller le recordaría en sus memorias como ""un hombre alegre, sumamente entretenido y de facha muy militar"."