1979 wurde der Kis-Balaton in die Ramsar-Konvention zum „Schutz international bedeutsamer Feuchtgebiete“ aufgenommen. Seit 1997 ist er Teil des Nationalparks Balaton-Oberland (Balaton-Felvidéki Nemzeti Park). Er gehört zum Schutzgebietssystem Natura 2000 der Europäischen Union. Vom 18.000 Hektar großen naturgeschützten Gesamtgebiet des Kis-Balatons sind über 1400 Hektar besonders geschützt. Dieses Gebiet darf nur unter fachlicher Touren-Begleitung begangen werden. Der Parkwald (Vörsi Parkerdő) mit der Kis-Balaton-Insel Mariaasszony bei Vörs, die Milanenburg-Insel (Kányavári-sziget) und das Büffelreservat (Bivaly reservatum) bei Balatonmagyaród sind frei besuchbar.