Im Feldzug gegen Österreich 1809 stürzte er während des Gefechtes bei Neumarkt an der Rott am 24. April erneut vom Pferd, wobei sich auch seine Verletzung von 1805 wesentlich verschlimmerte. Am 29. April 1809 wurde er zum Oberstleutnant im 3. Chevaulegers-Regiment befördert und bereits am 27. Oktober selben Jahres zum Oberst dieser Einheit ernannt. Im Frühjahr 1812 rückte er mit seinem Regiment von Ulm zum Feldzug gegen Russland aus. Auf dem Marsch musste sich Harscher bei Scheßlitz in Folge seiner 1805 und 1809 erlittenen Verletzungen felddienstuntauglich melden und das Regimentskommando abgeben.