Intorno al 1531, un piano emerse per sposare Isabella a János Zápolya, Voivoda della Transilvania e Re d'Ungheria. Quando Luigi II d'Ungheria fu ucciso nella battaglia di Mohács nel 1526, l'Ungheria fu divisa tra il Regno d'Ungheria pro-asburgica e il Regno dell'Ungheria orientale pro-Zápolya. Le parti erano impegnate nella Piccola guerra in Ungheria. Zápolya aveva sostenuto la sua richiesta solo ottenendo il sostegno e diventando un vassallo dell'Impero Ottomano. Bona Sforza, ardente oppositrice degli Asburgo, sostenne Zápolya e cercò di convincere il marito Sigismondo a fornire sostegno militare e la mano di Isabella. Sigismondo, la cui prima moglie era la sorella di Zápolya, Barbara, rifiutò di non voler turbare gli Asburgo e dubitando della capacità di Zápolya di rimanere sul trono. Alla fine, Sigismondo cedette alla condizione che un trattato di pace fosse concluso tra Zápolya e gli Asburgo. Il trattato di Gran Varadino fu firmato nel febbraio 1538. L'arciduca Ferdinando e Zápolya accettarono di dividere l'Ungheria tra loro e che Ferdinando avrebbe ereditato il territorio di Zápolya poiché a quel tempo era senza figli.