Selama Reformasi Protestan, penduduk Finlandia secara bertahap pindah ke Lutheranisme. Pada abad ke-16, Mikael Agricola menerbitkan buku pertama kali yang ditulis dalam bahasa Finlandia. Universitas pertama di Finlandia, Akademi Kerajaan Turku, didirikan tahun 1640. Finland suffered a severe bencana kelaparan tahun 1696–1697, di mana pada saat itu sepertiga penduduk Finlandia meninggal, dan wabah besar beberapa tahun kemudian. Pada abad ke-18, perang antara Swedia dan Rusia menyebabkan wilayah Finlandia diduduki 2 kali oleh Rusia, yaitu ketika Perang Utara Besar (1714–1721) dan Perang Rusia-Swedia (1742–1743). Diperkirakan hampir satu generasi pemuda hilang selama Perang Utara Besar dan hancurnya kota Helsinki.