Deutschland hingegen erkannte 1992 die unabhängige Republik an und gründete eine Botschaft in der Hauptstadt Duschanbe. Bis 2001 war es damit der einzige EU-Mitgliedstaat mit einer ständigen Vertretung in Tadschikistan. Im September 1992 kam es in Tadschikistan zu einem Bürgerkrieg zwischen der Regierung und islamischen Oppositionellen. Im Jahr 1994 wurde ein Waffenstillstandsabkommen beschlossen und Emomalij Rahmon wurde zum Staatspräsidenten gewählt. 1997 unterzeichneten die Regierung und die Vereinigte Tadschikische Opposition einen Friedensvertrag, womit der fünfjährige Bürgerkrieg beendet war. Im Jahr darauf kam es jedoch wieder zu Unruhen und schweren Gefechten zwischen Regierungstruppen und Einheiten der islamischen Opposition. Auf den Anschluss Tadschikistans an die Gemeinschaft Integrierter Staaten folgte 1999 die Auflösung der bewaffneten Einheiten der Vereinigten Tadschikischen Opposition. Präsident Rahmon wurde für weitere sieben Jahre gewählt.