ב-25 באוקטובר 1187 נבחר כאפיפיור במקומו של אורבנוס השלישי. הפעולה המשמעותית הראשונה שלו כאפיפיור הייתה פרסום הבולה (איגרת אפיפיור) "אודיטה טרמנדי" ("Audita tremendi"), אשר קראה ליציאת מסע הצלב השלישי כתגובה לתבוסת ממלכת ירושלים הצלבנית בקרב קרני חיטין. ירושלים כבר נפלה בשעה שפרסם את האיגרת (או ליתר דיוק, ב-2 באוקטובר 1187), אך החדשות לא הגיעו לגרגוריוס בזמן זה.