La chiesa fu solennemente inaugurata nel 1682 alla presenza del doge Luca Maria Invrea. Nel 1684 il convento fu quasi distrutto dal bombardamento navale francese, mentre la chiesa subì gravissimi danni e fu restaurata negli anni seguenti grazie a pubbliche sottoscrizioni. La chiesa fu consacrata nel 1732 dal vescovo di Ventimiglia Antonio Maria Bacigalupi, appartenente alla congregazione della Madre di Dio.