Следующие упоминания о Кройцбурге связаны с периодом Тринадцатилетней войны. Кройцбург был взят в самом начале войны (1454) отрядами Прусского союза. В 1455 году тевтонцы возвратили себе назад Кройцбург. После этого замок и город не раз был атакован силами сторонников Прусского союза городов. Город был неоднократно разграблен, несколько раз горел. Но сам замок все же устоял. Замок упоминается в условиях II Торнского мира (1466) в числе замков, оставшихся за орденом. Долги Тевтонского ордена по результатам II Торнского мира заставили гроссмейстера Людвига фон Эльрихсхаузена заложить город и замок за 2383 марки предводителям наемных отрядов Ансельму Теттау и Михаэлю Гройзингу. В 1497 году замок выкупил епископ Иоганес, а в 1505 году владельцем стал его преемник Хиоб фон Донебек.