Embora projetado para ser uma escolha entre os dez primeiros no Draft de 2012, Zeller decidiu retornar para sua segunda temporada em Indiana, junto com seu companheiro de equipe, Christian Watford. Em um comunicado divulgado pelo Departamento de Atletismo de Indiana, ele disse: "Cresci com a esperança de um dia ter a oportunidade de jogar na NBA, mas, neste momento, não estou pronto para que minha experiência na faculdade acabe. Minha experiência de faculdade na IU este ano excedeu minhas expectativas, dentro e fora das quadras. Estou ansioso para jogar no Assembly Hall no próximo ano para os maiores fãs do país."