Er war der Sohn von Herzog Ottavio Farnese von Parma und Margarethe von Parma, der unehelichen Tochter des Kaisers Karl V., somit ein Neffe König Philipps II. von Spanien und von Don Juan de Austria. Er machte eine bedeutende militärische und diplomatische Karriere in Diensten Spaniens, sprach Italienisch, Spanisch, Lateinisch, Französisch und Niederländisch, kämpfte in der Schlacht von Lepanto (1571) und dann in den Niederlanden.