Im Jahr 1574 floh er ins Elsass und sammelte neue hugenottische Truppen. Im nächsten Bürgerkrieg erfolglos, wurde er schließlich 1585 nach Guernsey vertrieben und gemeinsam mit seinem Cousin von Papst Sixtus V. exkommuniziert. Nach seiner Rückkehr nach Frankreich heiratete er in zweiter Ehe 1586 Charlotte de la Trémoille (1568–1629), Tochter von Louis III., Herzog von Thouars, die seinetwegen dem katholischen Glauben abschwor. 1587 wurde er in der Schlacht von Coutras (20. Oktober 1587) verwundet und erlag ein Jahr später seinen Verletzungen. Es gab zu seinem Tod Gerüchte, die besagten, dass er von seinen Dienern vergiftet worden sei. Seine Frau wurde verdächtigt, diese Tat beauftragt und die Mörder bezahlt zu haben, um eine Liebschaft mit einem Pagen oder möglicherweise mit Heinrich IV. persönlich zu verheimlichen. Seine schwangere Frau wurde verhaftet und eingesperrt, so dass sie im September 1588 ihren Sohn Henri II. im Gefängnis von Saint-Jean-d’Angély zur Welt brachte. Hier verbrachte sie weitere sechs Jahre, obwohl es keine Beweise für ihre Beteiligung an der Tat gab, es gelang ihr aber auch nicht, ihre Unschuld zu belegen. 1595 gelang es Jacques-Auguste de Thou, dem jungen Prinzen von Condé einen Anspruch in der Thronfolge zu sichern, obwohl er von vielen als illegitimer Sohn angesehen wurde. Heinrich IV. erkannte ihn als ersten „Prinz des Blutes“ () von Condé an und ließ ihn im katholischen Glauben erziehen.