Die Diözese ist ein Suffraganbistum des Erzbistums Vilnius und wurde aufgrund der am 4. April 1926 veröffentlichten apostolischen Konstitution von Papst Pius XI. gegründet. Diese regelte die Anpassung der administrativen Grenzen der römisch-katholischen Kirche im Baltikum an die damaligen politischen Grenzen. Es handelt sich bei dem Bistum Kaišiadorys um diejenigen Gebiete des Erzbistums Vilnius, die nach der polnischen Besatzung des mehrheitlich polnischsprachigen Gebietes um Vilnius ab dem 12. Oktober 1920 nicht zur Litwa Środkowa und ab 1922 nicht zur Polnischen Republik gehörten, sondern bei der 1918 gegründeten Republik Litauen verblieben.