על אף שבעונה העוקבת סיימה יובנטוס כסגנית ליריבתה מילאן בליגה המקומית, היא זכתה פעם נוספת בליגת האלופות בגמר של 1995/1996, כשניצחה את אייאקס אמסטרדם בפנדלים. בעונות הבאות הצטרפו כוכבים נוספים לקבוצה: כריסטיאן ויירי, זינדין זידאן, פיליפו אינזאגי ואדגר דווידס. בשנתיים שלאחר מכן יובנטוס זכתה פעמיים באליפות הסרייה א' וגם הגיעה פעמיים לגמר ליגת האלופות, שם הפסידה לבורוסיה דורטמונד ולריאל מדריד בהתאמה. בסוף שנות ה-90 התלהטה היריבות עם אינטר מילאנו ורומא. מאמן רומא, זדנק זמאן האשים את הצוות הרפואי של יובנטוס בסימום בין השנים 1993–1998. למרות זאת, אחרי חקירה מקיפה זוכתה יובנטוס מכל אשמה.