Омејер је био дугогодишњи члан Француске репрезентације. С репрезентацијом је освојио светска првенства 2001., 2009. (проглашен за најбољег голмана), 2011., 2015. и 2017., Европска првенства 2006. (проглашен за најбољег голмана турнира), 2010. и 2014. године и Олимпијске игре 2008. и 2012. Свој деби за репрезентацију имао је 1999. године у квалификацијама за Европско првенство 2000. против Румуније.