Walker sert comme assistant de l'inspecteur général du département de la Caroline du Sud, la Géorgie et de l'Est de la Floride, de au . Il est promu colonel et l'adjoint de l'inspecteur général le . Le , Walker est immédiatement au commandement d'une force qui déloge une force de l'armée de l'Union lors de la première bataille de Pocotaligo, Caroline du Sud, alors qu'elle essaie d'élargir sa tête de pont de Port-Royal, de la Caroline du Sud obtenue à la bataille de Port-Royal, le . Walker est promu brigadier général le . Il est alternativement deux fois responsable du troisième sous-district et du quatrième sous-district de la Caroline du Sud. Il commande à Kinston en Caroline du Nord, où il s'en va simplement le , quand il est appelé pour aider le général P. G. T. Beauregard à défendre Petersburg, en Virginie, au cours de la campagne de l'Overland le .