En 1209 débute la croisade contre les albigeois (les cathares). Pressé par le duc de Bourgogne, Eudes III, et du comte de Nevers, Hervé IV de Donzy, il se range sans entrain du côté des croisés catholiques, ce qui lui permettra de conserver son vicomté. Il fournit armes, vivres et châteaux aux troupes de Simon de Montfort. Il est par ailleurs présent à Béziers, après le siège de la ville, lorsque le vicomté de Béziers de Raymond-Roger Trencavel échoie à Simon de Montfort. En 1210 Aymeri III de Narbonne participe au siège de Minerve mais pas à celui de Castelnaudary devant l'insistance de ses sujets.