Alyssa Naeher (s. 20. huhtikuuta 1988) on yhdysvaltalainen jalkapalloilija, pelipaikaltaan maalivahti. Hän on pelannut Yhdysvaltain naisten maajoukkueessa 53 maaottelua. Hän oli varamaalivahtina vielä MM-kisoissa 2015, kun Yhdysvallat voitti kultaa, mutta on sen jälkeen noussut maajoukkueen ykkösmaalivahdiksi. Hän voitti maailmanmestaruuden vuonna 2019 ja saavutti olympiapronssia vuodelle 2021 siirretyissä Tokion olympialaisissa.. Naeher edustaa seuratasolla Chicago Red Starsia.