В 1941 году, в ходе немецко-румынского вторжения в Бессарабию, купол храма был повреждён снарядом. После освобождения Кагула в 1944 году в ряды РККА вступило множество старообрядцев, 21 из которых погибло, а 7 пропали без вести. В 1949 году 31 старообрядец был депортирован в Сибирь. В 1962 году, в ходе очередной богоборческой кампании церковь закрыли. Её настоятелем тогда был о. Киприян. Здание церкви использовалось как военный склад.