Van 1783 tot 1784 diende Mifflin als president van het Continental Congress. In die functie ondertekende hij het Verdrag van Parijs, wat een officieel einde van de Onafhankelijkheidsoorlog betekende, en benoemde Thomas Jefferson als Amerikaans ambassadeur naar Frankrijk. Later nam hij deel aan de Constitutional Convention en was een van de ondertekenaars van de Grondwet.