Im Feldzug von 1813 erhielt er den Befehl über das Heer in Innerösterreich, das später zur „italienischen Armee“ wurde. Obwohl ihm Eugen Beauharnais kräftemäßig überlegen war, konnte er ihn über Tarvis in die Ebene und weiter über Vicenza bis Verona zurückdrängen. Es glückte ihm aber nicht, die Stadt selbst zu nehmen. 1814 wurde er, der inzwischen erkrankt war, zum Kommandierenden General in Siebenbürgen und später in Galizien ernannt. Dort starb er dann nach längerem Leiden. Johann von Hiller wurde ein „Radetzky seiner Zeit“ genannt, da er nicht nur militärisch erfolgreich war, sondern auch wie dieser durch seine Fürsorge für die Truppe bei den Soldaten besonders beliebt war. Als Theresienritter war er bereits 1789 in den Freiherrnstand erhoben worden.