На 4-ом съезде РСДРП (1906, Стокгольм) СДКПиЛ вошла в РСДРП как территориальная организация. Дзержинский являлся делегатом 4-го съезда РСДРП, был введён в редакцию центрального органа партии, стал представителем польских социал-демократов в военно-революционной организации РСДРП. С июля по сентябрь 1906 года находился в Петербурге, затем снова в Варшаве, где в декабре был арестован; в июне 1907 года освобождён под залог. На 5-м съезде РСДРП (1907) заочно избран членом ЦК РСДРП. В апреле 1908 года в Варшаве вновь арестован. В 1909 году приговорён к лишению всех прав состояния и пожизненному поселению в Сибири (село Бельское, затем Сухово и Тасеево, Канского уезда Енисейской губернии), откуда бежал в ноябре 1909 на Капри к М. Горькому. В 1910 году переехал в Краков, откуда нелегально приезжал в российскую часть Польши.