Marcelo Silva gehörte 2009 der U-20-Auswahl Uruguays an und war Teil des Aufgebots beim im Januar jenen Jahres ausgetragenen "Campeonato Sudamericano Sub-20 "Juventud de América"". Er nahm auch an der U-20-Fußball-Weltmeisterschaft 2009 in Ägypten teil. Im Laufe des Turniers wurde er in den drei Partien gegen die Nationalmannschaften Brasiliens, Usbekistans und Englands eingesetzt. Für die Olympischen Sommerspiele 2012 stand er in einer 32-köpfigen Vorauswahl-Liste des uruguayischen Nationaltrainers Óscar Tabárez. Berücksichtigt wurde er letztlich jedoch nicht.