Paavo Puurunen fait ses débuts avec l'équipe de Finlande en 1994. Dès la saison 1995-1996, il obtient des résultats significatifs, tels que sa onzième place au sprint lors des Championnats du monde de Ruhpolding. C'est au même endroit, qu'il obtient son premier podium dans un relais en Coupe du monde en 1999.