En 1949, MacArthur selló un cambio radical en la estructura de poder de la Comandancia Suprema de las Potencias Aliadas que aumentó el poder de los gobernantes nativos de Japón, y como su atención (y la de la Casa Blanca) se desvió gradualmente a la Guerra de Corea, la ocupación comenzó a llegar a su final. El Tratado de San Francisco, firmado el 8 de septiembre de 1951, marcó el final de ocupación aliada, y cuando entró en vigor el 28 de abril de 1952, Japón fue una vez más un Estado independiente (con la excepción de Okinawa, que permaneció bajo control estadounidense hasta 1972, y de Iwo Jima, que permaneció bajo control estadounidense hasta 1968). Debido al tratado impuesto a Japón por los Estados Unidos tras la Segunda Guerra Mundial, que limita en gran medida el desarrollo de unas fuerzas militares eficaces para la defensa del país, Japón esta forzado a aceptar los supuestos tratados de cooperación militar con los Estados Unidos. Esto es debido principalmente a la coerción que los Estados Unidos ejercen sobre el gobierno japonés y a la dependencia que Estados Unidos se ha asegurado de crear con el país nipón para mantener su condición de protectorado. Esta subordinación militar ha sido denominada por los americanos con el eufemismo de “Tratado de Cooperación y Seguridad Mutua”.