Le , les rebelles prennent la capitale du pays N'Djaména, à l'exception du palais présidentiel où le président Idriss Déby semble s'être réfugié. La France évacue une partie de ses ressortissants. Le 4 février, le Conseil de sécurité de l'ONU condamne les attaques contre le gouvernement tchadien. L'armée tchadienne repousse les rebelles avec l'aide logistique de la France. La stabilité régionale au Tchad est alors assurée conjointement par la force de l'Union européenne EUFOR (déployée de mars 2008 à mars 2009, environ ) et par les forces françaises de l'opération Épervier. Menant une guerre de mouvement, les rebelles venus du Soudan voisin multiplient les attaques rapides dans l'est du pays avec pour but avoué la chute du gouvernement tchadien. En juin 2008, des combats ont opposé pour la première fois l'EUFOR et ces rebelles autour de la ville de Goz Beïda, au sud d'Abéché. Le 17 novembre 2008, deux hélicoptères soudanais visent délibérément des véhicules belges de l'EUFOR. En 2009, le président soudanais Omar el-Bechir visite le pays sans être arrêté, alors qu'un mandat d'arrêt international avait été émis à son encontre pour crimes de guerre et génocide.