Die immense Erhöhung der Rüstungsausgaben und der Vormarsch in China brachten den US-Präsidenten Franklin Delano Roosevelt zu dem Entschluss, gegen Japan ein Embargo über Altmetall zu verhängen. Als das amerikanische Kanonenboot "USS Panay" von japanischen Flugzeugen in chinesischen Gewässern versenkt wurde, eilte Yamamoto in die amerikanische Botschaft und entschuldigte sich für den Vorfall, ohne sich vorher über die offizielle Position von Armee und Marine zu dem Vorfall informiert zu haben. Zusätzlich entließ Yonai den verantwortlichen Offizier öffentlich, um den Rechten eine Warnung zukommen zu lassen. Die beiden erhielten Morddrohungen, nachdem sie 1938 den Plan einer militärischen Allianz mit Deutschland und Italien kritisiert hatten. In ihren Augen würde dies trotz der geplanten Ausrichtung gegen die Sowjetunion unweigerlich früher oder später zu einem Krieg mit Großbritannien und den Vereinigten Staaten führen. Als aber im August 1939 der deutsch-sowjetische Nichtangriffspakt unterzeichnet wurde, womit der potentielle Bündnispartner Deutschland ein weitreichendes Abkommen mit dem ärgsten ideologischen Feind Japans einging, stürzte die Regierung erneut. Der neue Premierminister Abe Nobuyuki, ein General der Armee, entließ Marineminister Yonai und auch dessen Stellvertreter Yamamoto, der auf Betreiben Yonais hin jedoch zum "kaigun taishō" (Admiral) sowie zum Oberbefehlshaber der Vereinigten Flotte ernannt wurde.