З листопада 2001 року по лютий 2003 року Говард обіймала посаду начальника штабу з глобальних операцій (J-3) Об'єднаного комітету начальників штабів у Пентагоні. З лютого 2003 року по лютий 2004 року була асистентом Об'єднаного комітету начальників штабів. З травня 2004 року по вересень 2005 року Говард перебувала на посаді командира 7-ї у складі трьох кораблів, які виконували завдання з перевезення військ і обладнання для підтримки підрозділів Корпусу морської піхоти США. Під її командуванням ескадра разом з 5-ю брала участь в операціях з цунамі в Індонезії і щодо в північній частині Перської затоки. У грудні 2005 — червні 2006 років Говард обіймала посаду заступника директора N3 Управління керівника військово-морськими операціями.