La AP mantuvo la hegemonía en el movimiento estudiantil, eligiendo a todos los presidentes de la UNE, hasta al menos el golpe militar de 1964. Antes de 1964 circulaba su periódico Brasil Urgente, fundado por Frei Carlos Josaphat. Después del golpe militar, la organización hizo que su personal principal se escondiera o se exiliara. Este contexto contribuyó a la radicalización de la organización y la remoción de sus bases identificadas con el cristianismo. En 1965 se adoptó una Resolución que formulaba abiertamente el objetivo de conquistar el poder por la vía insurreccional, a través de la estrategia de la Revolución Socialista de Liberación Nacional. En ese momento, Aldo Arantes se convirtió en el nuevo Coordinador General en reemplazo de Betinho, quien había sido elegido en 1963. La AP comenzó a publicar un nuevo periódico mensual llamado "Revolução" que se imprimía en mimeógrafo. En 1966, la AP volvió a ser la fuerza hegemónica de la Unión Nacional de Estudiantes cuyo presidente pasó a ser José Serra.