La saison 2005-2006 le voit disputer deux manches de coupe du monde (où il concourt à la fois dans les épreuves du kilomètre et de la vitesse individuelle). Meneses obtient comme meilleur résultat une neuvième place sur le contre la montre à Sydney. Un mois plus tard, il se trouve à Bordeaux pour participer à ses troisièmes championnats du monde. Encore une fois, il ne parvient pas à finir dans les dix premiers du kilomètre et de la vitesse individuelle. Lors du second semestre, à Carthagène des Indes, il conserve la médaille d'or du kilomètre, acquise quatre ans plus tôt lors des précédents Jeux d'Amérique centrale et des Caraïbes. En novembre, malgré une forme perfectible, il profite des Jeux sud-américains pour se parer d'or dans les disciplines du kilomètre et du keirin (et obtenir l'argent dans l'épreuve de vitesse par équipes). En décembre, il est l'unique représentant de la sélection colombienne à la manche moscovite de la coupe du monde 2006-2007. Sa neuvième place ne lui permet pas de se qualifier pour les championnats du monde 2007.