De fait, les marges de manœuvre de Benazir Bhutto sont très limitées face au président qui bénéficie du soutien de l'armée. Elle se voit imposer Yaqub Khan aux Affaires étrangères et Mirza Aslam Beg en tant que chef de l'armée, tandis que cette dernière garde la main sur son budget ainsi que les affaires nucléaires, diplomatiques et militaires. Sur ce plan, son mandat marque une période de transition dans la région, avec le retrait des troupes soviétiques d'Afghanistan. Jusqu'ici, le pouvoir avait reçu l'aide et le soutien du gouvernement américain dans leur lutte contre l'URSS. En juin 1989, Benazir Bhutto rencontre le président américain George H. W. Bush à Washington qui s'inquiète du développement nucléaire du pays. Elle reçoit cette année le Prix pour la liberté de l'Internationale libérale, alors que son mandat marque la libération de nombreux prisonniers politiques et une réduction de la censure. L'année 1989 correspond également au retour du Pakistan au sein du Commonwealth. En décembre 1988, Rajiv Gandhi et Benazir Bhutto se rencontrent à Islamabad.