Με την παράδοση της Ναζιστικής Γερμανίας κατέρρευσε και η κυβέρνησή της. Ο Ίνκβαρτ συνελήφθη από καναδικά στρατεύματα και παραπέμφθηκε για να δικαστεί, μαζί με άλλα κορυφαία στελέχη του ναζιστικού καθεστώτος στη Δίκη της Νυρεμβέργης. Ύστερα από την ακροαματική διαδικασία, ο Ίνκβαρτ κρίθηκε ένοχος για τις τρεις από τις τέσσερις κατηγορίες που είχαν απαγγελθεί (εκτός αυτής της συμμετοχής σε συνωμοσία) και το Δικαστήριο τον καταδίκασε σε θάνατο με απαγχονισμό. Η ποινή εκτελέστηκε στις 16 Οκτωβρίου 1946 σε ειδικά στημένη αγχόνη.