Od roku 1773 do 1864 miasto było własnością królów Danii. Jednak, ponieważ król władał Holsztynem jako lennik Świętego Cesarstwa Rzymskiego poprzez unię personalną, miasto nie zostało włączone do państwa duńskiego, a należało do Rzeszy. Nawet po upadku Cesarstwa, co nastąpiło w roku 1806, król duński władał Kilonią jedynie jako książę Holsztynu, który w roku 1815 wszedł w skład Związku Niemieckiego. W roku 1848, kiedy w Szlezwiku wybuchła antyduńska rebelia (tzw. I wojna o Szlezwik), Kilonia została stolicą Szlezwiku-Holsztynu i była nią do zajęcia przez Duńczyków w roku 1850.