Dans les années 1990, il s'affirme en parallèle comme un pilier de l'équipe de France. Avec les Bleus, il remporte la Coupe du monde 1998, le championnat d'Europe 2000 et la Coupe des confédérations en 2001 et 2003. Considéré comme l'un des meilleurs défenseurs du football français, il est sélectionné à 116 reprises en équipe de France, dont il est le capitaine de 2000 à 2004. Il est le seul Français membre de l'Académie "Laureus World Sports Awards" avec David Douillet.