Является наиболее титулованным клубом Бразилии на международной арене. «Трёхцветные» первыми среди бразильских клубов трижды выиграли Кубок Либертадорес, при этом все три раза после этих побед команда завоёвывала и титул сильнейшего клуба планеты — в 1992 и 1993 годах был завоёван Межконтинентальный кубок, а в 2005 году «Сан-Паулу» выиграл Клубный чемпионат мира. Кроме того, «Сан-Паулу» выигрывал Южноамериканский кубок, Суперкубок Либертадорес, Кубок КОНМЕБОЛ, дважды Рекопу и единственный розыгрыш Кубка обладателей Кубка КОНМЕБОЛ.