W składzie tej jednostki Korten brał udział w kampanii wrześniowej przeciwko Polsce we wrześniu 1939 roku. Potem sprawował funkcje szefa sztabu następujących ugrupowań: II Korpusu Lotniczego (na przełomie 1939/1940), 3 Floty Powietrznej (w kampanii na zachodzie i tzw. Bitwy o Anglię), znów 4 Floty Powietrznej (w trakcie walk na Bałkanach i początkowej fazie "Barbarossy"). W połowie 1942 roku otrzymał nominację na dowódcę I Korpusu Lotniczego, działającego na terenie Ukrainy (zwanego od sierpnia 1942 do lutego 1943 jako Dowództwo Powietrzne "Don"). Równocześnie ze sprawowaniem coraz ważniejszych funkcji, Korten otrzymywał wyższe stopnie oficerskie: w 1940 był generałem majorem, w sierpniu 1942 generałem porucznikiem, a w styczniu 1943 już generałem lotnictwa, oprócz tego w maju 1941 został odznaczony Krzyżem Rycerskim. W czerwcu 1943 został na krótko dowódcą 1 Floty Powietrznej (współdziałającej z Grupą Armii "Północ"), a już w sierpniu tego samego roku został szefem sztabu generalnego Luftwaffe, zastępując gen. Hansa Jeschonnka, który popełnił samobójstwo. Jednym z obowiązków Kortena był udział w naradach sytuacyjnych u Adolfa Hitlera, gdzie przedstawiał führerowi działania Luftwaffe.