On peut faire remonter l’idée de justice transitionnelle aux tribunaux de Nuremberg et de Tokyo, lorsque, en 1945, les puissances alliées victorieuses élargirent les instruments de la justice pénale existante pour pouvoir juger les dirigeants et certains militaires japonais et allemands pour crimes de guerre et génocide, tout en exonérant la grande majorité des personnes impliquées dans le nazisme ou le système idéologique japonais. Cette idée a pris ampleur et cohérence dans les années 1980 et suivantes, avec les procès d'anciens membres des juntes militaires en Grèce (1975) et en Argentine (1983). L'accent était alors mis sur la justice pénale avec une attention particulière à la promotion des droits de l’homme. La prise de conscience internationale qui en est résultée a conduit à une prise en compte accrue des droits humains dans l’établissement des lois et des conventions internationales.