6 listopada 1994 Rahmonow został wybrany prezydentem, natomiast zaprzysiężony 16 listopada tego samego roku. We wczesnym okresie władzy walczył z islamistycznymi, zbrojnymi ruchami opozycyjnymi wspieranymi przez zagranicznych dżihadystów, w tym; Al-Kaidę, Islamską Republikę Afganistanu, talibów a także uzbeckich islamistów. Opozycja na czele z Islamską Partią Tadżykistanu domagała się utworzenia w Tadżykistanie państwa islamskiego a następnie jego przemianę w kalifat rozciągnięty na całą Azję Środkową. Wojna zakończyła się zwycięstwem sił rządowych i podpisaniem porozumienia pokojowego w 1997 roku.