Јелена је била ћерка бугарског цара Јована Асена II и Ане Марије Угарске. Била је сестра бугарског цара Калимана I и унука Андрије II Арпада и Гертруде Меранске. Деда по оцу био јој је Јован Асен I, а баба Јелена Бугарска. Година рођења Јелене није позната. Била је верена за Балдуина II од Куртноа, последњег латинског цара, пре удаје за Теодора. Ова веридба закључена је пре 1228. године. Пропашћу савеза Латинског и Другог бугарског царства, пропала је и ова веридба. Она је и формално раскинута до 1231. године. Јован Асен се потом преоријентисао на Никејско царство покушавајући да закључи споразум са Јованом III Ватацом. Савез је закључен 1234. године, када је склопљен и брак Ватацовог сина Теодора и Јелене. Обавештења о томе даје Георгије Акрополит. Јован Ватац је умро 1254. године, када његов син Теодор ступа на престо. Јелена је тако постала никејска царица. Теодор је умро 1258. године, након чега је на престо дошао његов седмогодишњи син Јован IV Ласкарис. За регента је изабран Ђорђе Музалон, који је већ после девет дана убијен од стране присталица Михаила Палеолога. По ослобођењу Цариграда, Палеолози преузимају и византијски престо. Јован је ослепљен и утамничен. Судбина Јелене није позната.