A háború utolsó nagy csatájában, az Omdurmani csatában is részt vett katonáival. Miután kitört a Második búr háború 1898-ban, megkapta a 3. brit hadosztály fölötti parancsnokságot. 1899. december 10-én ő vezette a harcba a brit erőket, a Stormbegi csatában, ahol hosszú küzdelem után végül a búr katonák kerekedtek felül és legyőzték az angolokat. A csatában 135 angol katona vesztette életét. Gatacre mindig is keményen bánt embereivel, ennek ellenére emberei szerették őt. William Forbes Gatacre 1906-ban halt meg Abesszíniában. Életéről Lady Gatacre írt könyvet halála után négy évvel, 1910-ben.