1942年中盤に日本軍がイギリス軍をインド洋から放逐したことを受けて、同地における通商破壊戦を行うことを目的にUボートや封鎖突破船を派遣し、日本軍占領下のペナンの海軍基地を拠点にして日本海軍と共同作戦を行ったほか、ヒトラー自らの指示でUボートを日本海軍に提供した。また日本海軍もドイツ軍からの依頼を受けて潜水艦と特殊潜航艇をヴィシー政権軍とイギリス軍が戦っていたアフリカ南部のマダガスカル島に送り、イギリス海軍艦艇を攻撃し撃沈するなど被害を与えた（マダガスカルの戦い）ほか、遣独潜水艦作戦を行うなど、いくつかの共同作戦を展開した。