בסופו של דבר חולק החבל לשבע מדינות (וילאיאת) בסודאן: חבל בחר אל-ע'זאל הופרד מאקווטוריה ב-1948, וחולק לארבע מדינות. השטח הנותר (הנקרא חבל אקווטוריה) חולק ב־1976 לשלוש מדינות (אקווטוריה המזרחית, אקווטוריה התיכונה ואקווטוריה המערבית). במהלך מלחמות האזרחים בסודאן ובאוגנדה סבל האזור מתוצאות המלחמות ומאלימות קשה בין תושביו. חלקי אקווטוריה בסודאן שימשו כבסיסים למחתרות שונות שהתנגדו לשלטון המרכזי באוגנדה.