La sécurité du président français fait l'objet d'une grande attention. Cette préoccupation s'inscrit dans un contexte double. L'assassinat du président Kennedy survenu le à Dallas a marqué les esprits. Par ailleurs l'OAS a cherché à abattre de Gaulle à plusieurs reprises, à Pont-sur-Seine en 1961, au Petit-Clamart en 1963 et encore le , peu de temps avant le voyage, au Mont Faron près de Toulon, et ceci alors que plusieurs membres de l'OAS ont trouvé refuge en Amérique du Sud. L'état-major colombien signale ainsi la présence de Château-Jobert en Amérique du Sud ; le général Gardy et plusieurs de ses proches sont installés en Argentine. La sécurité du président est assurée par les pays invitants mais ceux-ci acceptent que sa sécurité rapprochée soit gérée par ses quatre gardes du corps et les deux responsables de l’Élysée accompagnant de Gaulle. Des listes d'activistes opposants à de Gaulle sont établies et transmises aux pays sud-américains. La plupart d'entre eux, tel Georges Bidault au Brésil, conscients du généreux droit d'asile qui leur a été octroyé, ne souhaitent pas compromettre leur situation en menant des actions hostiles à de Gaulle. Des précautions importantes sont néanmoins prises dans un continent où les pronunciamentos sont courants et où les oppositions politiques, guerillas communistes ou péronisme en Argentine, sont un danger. La presse souligne d'ailleurs les impressionnants dispositifs mis en place lors des visites.