Die 1185 Zakynthos erobernden Normannen begründeten den sichtbaren westlichen Einfluss auf die Stadtgestaltung und Architektur. Unter der langwährenden Herrschaft der Republik Venedig (14. bis Ende 18. Jahrhundert) prägten diese das Stadtbild. In Anlehnung an den Markusplatz in Venedig entstand so die Platia Agiou Markou (Agios-Markos-Platz) in Zakynthos, welcher an seiner westlichen Seite auch eine katholische Kirche aufweist. Der venezianische Einfluss schlug sich auch im kulturellen Leben der Stadt nieder: Sie wurde zu einem Zentrum der Ionischen Schule in der Musik; nach der türkischen Belagerung von Candia (heute Iraklio) auf Kreta kamen ab 1669 viele kretische Bürger nach Zakynthos. Auch die erste Musikschule des neuzeitlichen Griechenlands wurde in Zakynthos (Stadt) gegründet. Unter der auslaufenden venezianischen und der englischen Herrschaft im 18. und 19. Jahrhundert blühte auch die Literatur auf. Exponent dieser Kultur ist der berühmteste Sohn der Stadt, der Dichter Dionysios Solomos. 1864 endete die britische Herrschaft: danach kam die Stadt wie die Republik der Ionischen Inseln an das Königreich Griechenland. Nach dem Zweiten Weltkrieg erntete die Stadt Anerkennung für das Verhalten ihres Bürgermeisters Loukas Carrer und des griechisch-orthodoxen Bischofs während der deutschen Besatzungszeit von September 1943 bis Oktober 1944: die Auslieferung der knapp 300 Menschen jüdischen Glaubens wurde verweigert und die Menschen versteckt.