Das Entwicklerstudio legte nach eigenen Angaben großen Wert darauf, keine tödlichen Waffen ins Spiel einzubauen. So existieren, neben einem Tauchermesser (welches primär als Werkzeug dient), lediglich diverse Defensiv-System wie etwa Torpedos, die vorübergehend die Gravitation verzerren, oder das Perimeter-Abwehrsystem, um eine Chance zu haben, direkte Konfrontationen etwa mit einem Leviathan heil zu überstehen. Diese Design-Entscheidung habe dabei auch reale Hintergründe gehabt: Die Entwicklung von Subnautica startete etwa zur selben Zeit, zu der auch der Amoklauf an der Sandy Hook Elementary School geschah. Dieser und ähnliche Vorfälle hätten Game Director Charlie Cleveland letztlich zum Verzicht auf direkte Gewalt bewogen. Zwar glaube er nicht an die Verbindung zwischen realer und virtueller Gewalt, trotzdem habe er in Subnautica aufzeigen wollen, dass Probleme auch auf kreative und gewaltlose Weise gelöst werden könnten.