Военные операции Франции были продолжены в 1798 году вторжением в Швейцарию, Неаполь и в папские области, где позже были основаны республики. Наполеон смог убедить Директорию выдать санкцию на военную экспедицию в Египет, одной из целей которой было перекрытие торгового маршрута англичан в Индию. Получив одобрение, Наполеон в мае 1798 года отправился в Египет во главе 40 000 армии. Но экспедиция потерпела неудачу, поскольку военный флот англичан под командованием Нельсона настиг французов и потопил большинство их кораблей в битве при Абукире. Армия французов потеряла возможность вернуться домой и оказалась перед лицом враждебной Османской империи. Сам Наполеон спасся бегством во Францию, где он возглавил государственный переворот в ноябре 1799 года, провозгласив себя Первым консулом (его войска оставались в Египте до своей капитуляции английским войскам в 1801 году, после чего их репатриировали обратно во Францию).