Im Anschluss absolvierte Jakobs von 1999 bis 2001 den Vorbereitungsdienst für den höheren Auswärtigen Dienst und war nach dessen Abschluss zwischen 2001 und 2004 Erster Sekretär für Politik und Presse an der Botschaft in Saudi-Arabien sowie von 2004 bis 2007 Erster Sekretär für Kultur und Bildung an der Botschaft in Spanien. Anschließend folgte zwischen 2007 und 2009 eine Verwendung im Referat Beziehungen zur Islamischen Welt im Auswärtigen Amt sowie von 2009 bis 2012 als Konsul für Politik und Wissenschaft am Generalkonsulat in New York City, ehe er zwischen 2012 und 2016 in Personalunion sowohl stellvertretender Leiter des Referats Internationale Konferenzen und Gipfeltreffen als auch stellvertretender Leiter des Organisationsstabes für die Deutsche G7-Präsidentschaft 2015 war und dort den G7-Gipfel auf Schloss Elmau 2015 mitorganisierte.