Κατά το καθεστώς του Διευθυντηρίου, ο Ταλιέν εξελέγη μέλος του Συμβουλίου των Πεντακοσίων αλλά είχε χάσει πλέον το κύρος του επειδή κανείς δεν τον εμπιστεύονταν: οι μεν ριζοσπάστες τον θεωρούσαν μετριοπαθή, οι δε μετριοπαθείς τρομοκράτη. Διατήρησε τη θέση του έως το 1798, οπότε και συνόδευσε τον Ναπολέοντα Βοναπάρτη στην εκστρατεία του στην Αίγυπτο.