С июня по октябрь 1941 года — командующий войсками Харьковского военного округа. С декабря 1942 года — командир 206-й стрелковой дивизии Южно-Уральского военного округа. С мая 1942 года — в распоряжении Военного совета Донского фронта. С 22 октября по 28 ноября 1942 года — командир 49-й стрелковой дивизии в составе 24-й армии Донского фронта. С января 1943 года — заместитель командира 7-го стрелкового корпуса того же фронта (с марта 1943 года — Воронежского фронта). 17 апреля 1943 года корпус был преобразован в 35-й гвардейский стрелковый корпус, а А. Н. Черников назначен его командиром. Корпус (с октября 1943 года — в составе 2-го Украинского фронта) в январе — феврале 1943 года участвовал в ликвидации окружённой под Сталинградом группировки гитлеровских войск, в оборонительной операции войск Воронежского фронта в районе города Харькова, в Курской битве, в форсировании реки Днепр и захвате плацдармов на его правом берегу, в наступательной операции 2-го Украинского фронта.