Во время Русско-турецкой войны 1877―1878 годов Кишмишев находился в составе действующего корпуса генерал-адъютанта Лорис-Меликова на кавказском театре военных действий. Участвовал во взятии Ардагана 5 мая 1877 года, за что был награждён золотой саблей «За храбрость». За боевое отличие в Авлияр-Аладжинском сражении, произошедшем 3 октября того же года, Кишмишев 8 ноября 1878 года был произведён в генерал-майоры с оставлением в Генштабе. За штурм Карса 6 ноября получил подарок по чину, а за осаду Эрзерума в 1878 году был награждён орденом Св. Станислава 1-й степени с мечами. По окончании боевых действий на Кавказе в феврале 1878 года Эрзерум отходил к России, а Кишмишев назначался начальником Эрзерумского округа. Кишмишеву поручались приведение в порядок моста через Аракс и далее идущей каракуртской дороги. Также он был назначен ответственным за размещение больных и раненых, ассенизации турецких воинских кладбищ и оздоровлении города во избежание появления в городе разного рода инфекционных болезней (вскоре по результатам Берлинского трактата в июне того же года, Эрзерум отходил обратно к Турции).