Am 6. April 1656 kam es im Rahmen des Zweiten Nordischen Krieges bei Kozienice zu einer Schlacht zwischen der polnischen Armee unter Stefan Czarniecki und den Schweden unter "Tornskjöld". Die Schlacht konnten die Polen für sich entscheiden. Im Jahr darauf, 1657, wurde die Stadt aber von den Schweden zerstört. Johann III. Sobieski befreite die Stadt 1685 für 15 Jahre von allen Lasten. Während des Großen Nordischen Krieges wurde Kozienice 1704 erneut von schwedischen Truppen zerstört. 1782 zerstörte ein Brand große Teile der Stadt. Bei der Teilung Polens kam Kozienice zu Russland. In den 1840er Jahren entstand in Kozienice eine evangelische Filialgemeinde von Radom, die die „holländischen“ Siedlungen aus dem 18. Jahrhundert im Weichseltal, sowie neue Kolonien in der Umgebung (Wólka Tyrzyńska, Chinów, Paciorkowa Wola, Łuczyńska Kolonia) umfasste, 1845 insgesamt 366 Protestanten. 1921 gab es schon 2369 Protestanten im Powiat Kozienicki – die größte Zahl unter den Powiaten der Woiwodschaft Kielce (1919–1939), jedoch nur 4 in Kozienice selbst.