아프가니스탄 전쟁 초기에 조지 W. 부시 행정부는 할단 훈련소를 알카에다의 훈련 시설이라고 설명하며 적 전투원들을 관타나모만 수용소에 가두었다. 그러나 2006년 이후로 &lt;a href="9/11%20%EC%9C%84%EC%9B%90%ED%9A%8C"&gt;9/11 위원회&lt;/a&gt; 보고서와 노르웨이 국방 연구소의 국제 테러리즘 및 세계 지하디즘 연구부장 브뤼니아르 리아의 주장, 관타나모만 수용소 수용자들의 재판 기록물 등은 부시 행정부의 이러한 판단에 의문을 표한다. 사우디아라비아인 관타나모만 수용소 수용자 아부 주바이다는 할단 훈련소는 오사마 빈라덴의 요청으로 2000년에 탈레반이 폐쇄했다고 증언했다. 수단인 수용자 누르 우트만 무하메드와 사우디아라비아인 수용자 할리드 술라이만 자이드 알후바이시도 이 증언을 뒷받침했다. 브뤼니아르 리아는 2008년에 쓴 책에서 할단 훈련소와 탈레반, 알카에다의 간부들 사이에 이념적 마찰이 생겨 할단 훈련소가 폐쇄됐다고 주장했다. 아부 주바이다와 알후바이시, 무하메드도 이를 증언했다. 미국 정부가 할단 훈련소와 연관됐다고 주장하던 57명의 수용자 가운데 27명이 풀려났는데 이 가운데에는 아부 주바이다의 친구인 알후바이시도 포함됐다.