În războiul din 1809 a comandat flancul drept extrem al armatei principale. Izolat de Carol ca urmare a rezultatului Bătăliei de la Eckmühl, s-a retras în Boemia, însă a reușit să se alăture din nou arhiducelui înaintea marilor bătălii de lângă Viena (Aspern-Essling și Wagram). Din 1809 până în 1813 Bellegarde, acum feldmareșal, a fost guvernatorul general al Galiției, dar adeseori a fost convocat pentru a prezida întâlnirile Consiliului Aulic, în special în 1810, atunci când se punea problema reorganizării armatei austriece.