Den östra delen av kupolen rasade 1346. Efter Konstantinopels fall inför osmanerna i maj 1453 red dess erövrare Mehmet II in i staden och begav sig genast till Hagia Sofia. Betagen av dess skönhet beslutade han att omvandla kyrkan till en moské. Han lät sina soldater plundra staden i tre dagar (men förbjöd vandalism av byggnaderna) och gjorde sedan staden till sin nya huvudstad.