Berthier ponownie dowiódł swoich zdolności organizacyjnych podczas odwrotu Wielkiej Armii z carskiej Rosji w 1812 roku. Dzięki niemu, po klęsce w Rosji, szybko udało się zebrać nową armię i stanąć naprzeciw koalicji antynapoleońskiej. Został ranny w bitwie pod Brienne 29 stycznia 1814 roku. Przez cały okres wojen napoleońskich u boku swego wodza i cesarza, który nadał mu w 1804 księstwo Neuchâtel i w 1809 czysto tytularne księstwo Wagram (za wkład w zwycięstwo w stoczonej tam bitwie). Wobec przewagi sił nieprzyjacielskich 11 kwietnia br. przyłączył się do grona wyższych oficerów domagających się abdykacji Napoleona.