Cixis gesamte Wirkungsperiode war von erheblichen innenpolitischen Unruhen geprägt: Der Taiping-Aufstand wurde mit der Eroberung Nanjings durch Regierungstruppen im Jahre 1864 endgültig niedergeschlagen. 1866 nutzte ein gewisser Jakub Bek die Dunganenaufstände in Chinesisch-Turkestan aus, um ein Regime namens Jetti-Schahr zu errichten. Es konnte erst 1877 von General Zuo Zongtang beseitigt werden; fünf Jahre später erhielt das Gebiet unter dem Namen Xinjiang den Status einer Autonomen Region. Dazu kamen Volksaufstände in mehreren Provinzen, etwa 1865 in Gansu.