In 1570 maakte hij een einde aan de Scandinavische Zevenjarige Oorlog, maar een nieuwe confrontatie meldde zich aan; een oorlog met het tsaardom Rusland. Een van de redenen voor de koele verstandhouding met de Russen was dat de heerser van Rusland, Ivan de Verschrikkelijke, tijdens de gevangenschap van Johan en zijn vrouw Catharina aan Erik XIV het verzoek had gestuurd om Catharina aan hem uit te leveren om zijn vrouw te worden (ondanks zijn ziekte en de aversie die hij had tegen Catharina zag Erik wel in, dat hij hierop niet kon ingaan). De oorlog zou in totaal 25 jaren duren en drie bestanden kennen (1580, 1585 en 1590). Uiteindelijk zou de oorlog pas na de dood van Johan beslecht worden in het voordeel van Zweden, dat Estland heroverde.