Pada 16 September 1963, Persekutuan Malaysia ditubuhkan berikutan penggabungan Persekutuan Tanah Melayu, Singapura, Borneo Utara (Sabah) dan Sarawak. Kira-kira dua tahun kemudian, parlimen Malaysia meluluskan rang undang-undang tanpa persetujuan penandatangan Perjanjian Malaysia 1963 untuk memisahkan Singapura daripada Persekutuan Malaysia. Konfrontasi dengan Indonesia turut berlaku pada awal 1960-an berikutan pembetukan Malaysia. Rusuhan kaum pada tahun 1969 iaitu Peristiwa 13 Mei membawa kepada pelaksanaan darurat, penggantungan parlimen, penubuhan Majlis Gerakan Negara (MAGERAN) serta pembentukan Rukun Negara oleh MAGERAN pada tahun 1970 yang menjadi ideologi kebangsaan bagi mendorong perpaduan dalam kalangan rakyat. Dasar Ekonomi Baru juga telah diperkenalkan pada tahun 1971 yang digunakan hingga tahun 1991 bagi membasmi kemiskinan serta menyusun semula masyarakat untuk menghapuskan pengenalan kaum mengikut fungsi ekonomi. Dasar tersebut disambung dengan Dasar Pembangunan Nasional dari tahun 1991 hingga 2000. Pada akhir tahun 1990-an, Malaysia dibelenggu oleh krisis kewangan Asia serta kemelut politik ekoran daripada pelucutan jawatan Timbalan Perdana Menteri, Dato' Seri Anwar Ibrahim.