Nach Beginn des griechischen Unabhängigkeitskriegs im Jahre 1821 wurde der Sitz der Universität von Ithaka, das relativ nah an den Kampfgebieten auf dem griechischen Festland lag, nach Korfu verlegt. Die offizielle Einweihung der Ionischen Akademie fand am 29. Mai 1824 statt. Einige Monate zuvor begannen im November 1823 Vorbereitungskurse für angehende Studenten. Die Akademie hatte vier Fakultäten: Theologie, Rechtswissenschaften, Medizin und Philosophie, die allerdings nicht alle gleich eröffnet wurden.