Zwischen 1950 und 1955 wurde Santiago Vernazza in sechs Länderspielen der argentinischen Nationalmannschaft eingesetzt. Dabei schoss er ein Tor. Die Teilnahme an einer Fußball-Weltmeisterschaft war ihm wie vielen argentinischen Fußballkönnern seiner Generation verwehrt geblieben, da zunächst der Zweite Weltkrieg zwischen 1938 und 1950 kein Weltchampionat zuließ und sich Argentinien in der Folge erst 1958 wieder für eine Fußball-Weltmeisterschaft qualifizierte. An dieser hätte Santiago Vernazza ob seiner Leistungen sicher teilnehmen können, sein Engagement in Italien machte weitere Länderspiele jedoch unmöglich, da Legionäre in der Nationalmannschaft zur damaligen Zeit nicht gern gesehen waren. 1955 gehörte er beim Gewinn der Campeonato Sudamericano zum argentinischen Aufgebot und kam während des Wettbewerbs als Einwechselspieler zu zwei Einsätzen.