In het &lt;a href="Premier%20League%202016/17"&gt;seizoen 2016/17&lt;/a&gt; kwam trainer José Mourinho naar de club. De FA Community Shield tegen Leicester City werd gewonnen en later in het seizoen ook de EFL Cup en de UEFA Europa League door in de finales Southampton en Ajax te verslaan. Rashford scoorde over alle competities dat seizoen elf doelpunten in drieënvijftig wedstrijden. In het seizoen daarop maakte Rashford zijn debuut in de UEFA Champions League, waarin hij scoorde. In de competitie was Rashford betrokken bij dertien doelpunten in vijfendertig wedstrijden, waaronder zijn twee doelpunten tegen rivaal Liverpool.