Tijdens de Eerste Wereldoorlog waren Smuts en premier Louis Botha voorstanders van een pro-Britse politiek en Smuts leidde militaire expedities tegen de Duitse koloniën Duits-Zuidwest-Afrika en Duits-Oost-Afrika. Zijn voormalige strijdmakkers kwamen in opstand, maar de Maritz-rebellie van 1914 werd door het leger neergeslagen. In 1917 werd hij als minister van Defensie lid van het "Imperial War Cabinet" (Imperiale Oorlogskabinet) van de Britse premier David Lloyd George, waarbij hij inspraak had over alle grote beslissingen in de Eerste Wereldoorlog.