El 1995, Almeida va aparèixer amb Antonio Banderas i Salma Hayek al thriller d'acció de Robert Rodriguez Desperado. Aquesta pel·lícula és la seqüela de la pel·lícula independent El Rodriguez de Maria i la segona entrada a la Trilogia de Mèxic. Joaquim de Almeida retrata al principal vilà Bucho, un ric però casualment sanguinari cap de droga, que governa una ciutat fronterera mexicana desgavellada. Almeida va substituir Raúl Juliá com a Bucho, després de la mort de Juliá el 1994. Desperado va ser projectat fora de competició al Festival de Canes de 1995. Va guanyar un Globus d'Or portuguès al millor actor en la seva següent pel·lícula, el drama portuguès de 1995 Adão e Eva (Adam i Eva), on va interpretar al principal rival de la carrera de personatges femenins Francisco.