W reprezentacji Austrii Lainer zadebiutował 17 listopada 1982 roku w wygranym 4:0 meczu Euro 84 z Turcją. W swojej karierze grał też w eliminacjach do MŚ 1986, do Euro 88, do Euro 92 i do MŚ 1994. Od 1982 do 1994 roku rozegrał w reprezentacji 28 meczów, w których zdobył 1 gola.