Il remporte enfin des titres avec l’Inter après quelques saisons, d’abord la Coupe d’Italie 2005, puis le doublé Supercoupe-Coupe en 2006 ainsi que le Scudetto 2006 après le jugement de l’affaire Calciopoli. Francesco Toldo est le titulaire indiscutable de l’Inter jusqu’au début de la saison 2005/2006 où Julio César lui sera préféré par Roberto Mancini.