הצי, שנותר נאמן לממשלה האנטי-קומוניסטית, השתתף במלחמת האזרחים ביוון (1946-1949). עם הצטרפות יוון לנאט"ו הלך והתהדק שיתוף הפעולה בינו לבין הצי האמריקני, והדבר בא לידי ביטוי בהסתמכות הולכת וגוברת על ספינות וכלי נשק מתוצרת ארצות הברית. מאז שנות השישים, בעקבות ההידרדרות המחודשת של היחסים בין טורקיה ליוון, עיקר ייעודו של הצי ההלני הוא להעניק מענה הולם לאיום הנשקף ממדינה זו. בשנים האחרונות, לבד מן התפקיד אותו הוא מוסיף למלא במסגרת הברית האטלנטית, השתתף הצי במלחמת המפרץ (1991) ואוניותיו אף נטלו חלק עם כוחות ימיים בינלאומיים אחרים בפעולות לדיכוי הטרור העולמי באזור האוקיינוס ההודי לאחר פיגועי 11 בספטמבר 2001. בשנת 2006, בעקבות מלחמת לבנון השנייה, צורפה הפריגטה היוונית "קנאריס" (Kanaris) לכוח יוניפי"ל וערכה סיורים למניעת הברחות נשק ללבנון.