Протягом війни у Боснії 1992–1995 рр. Жепа стала одним із трьох боснійських анклавів у східній Боснії, оточених сербами, поряд зі Сребреницею дещо північніше та Горажде далеко південніше, після того, як інші міста такі як Фоча, Братунаць і Зворник зазнали етнічних чисток. Жепа витримала 40-місячну облогу з боку боснійських сербів. Боснійські урядові війська в анклаві були представлені 285-ю Легкою гірською бригадою АРБіГ, командиром якої був Авдо Палич. У квітні 1993 р. ООН оголосила Жепу "зоною безпеки" і розмістила тут невеликий підрозділ української армії в рамках UNPROFOR. 25 липня 1995 р. селище захопило Військо Республіки Сербської (ВРС), яке вигнало місцеве населення. Невдовзі після захоплення Жепи сербами полковник Авдо Палич зник. За свідченнями очевидців, його було вбито за наказом генерала ВРС Ратка Младича. Під час захоплення загинули 116 босняків.