La Slovénie est annexée par le Troisième Reich, les Oustachis (nationalistes croates) obtiennent d'Adolf Hitler la création de l'État indépendant de Croatie englobant les territoires appartenant aujourd’hui à la Croatie, la Bosnie-Herzégovine et une partie de la Serbie. La Voïvodine est rattachée au Royaume de Hongrie et la Macédoine est annexée par le Royaume de Bulgarie. Le Kosovo, la Métochie et une partie du Monténégro se voient inclus dans l'Albanie sous contrôle de l’Italie fasciste. Ce qui reste de la Yougoslavie, c'est-à-dire la Serbie, est placé sous l’autorité du gouvernement collaborateur de Milan Nedić directement contrôlé par l’Allemagne. Une résistance royaliste, les Tchetniks, s’organise autour de Draža Mihailović, royaliste serbe surnommé le « général des Balkans ». Cette armée est essentiellement composée de Serbes, les autres peuples ne faisant plus confiance au roi du fait de l’alliance royale avec les nazis et du souvenir de la dictature du roi Alexandre répressif envers les Croates, Bosniaques, Albanais et Bulgares. Parallèlement, les partisans communistes se développent sous la direction du croate Tito. Cette résistance ne faisant aucune distinction entre les ethnies, les peuples, les croyances et non croyances et obtient la confiance de la grande majorité des peuples slaves mais également celle du peuple albanais. Cette « résistance yougoslave » portera le slogan . Même si les Alliés misent d’abord sur Mihajlović, fidèle au gouvernement royaliste exilé à Londres, cette division a pour conséquence que c’est Tito qui bénéficiera de la confiance des Alliés après les conférences de Téhéran et de Yalta. En 1944-1945, la résistance de Tito libère les territoires occupés. En novembre 1945, la monarchie est officiellement abolie, le pays devenant la République fédérative populaire de Yougoslavie.