Toukokuussa 1998 Intian joukot tekivät suuren hyökkäyksen muslimisissejä vastaan. Vuonna 1999 Pakistanin joukkoja ja muslimisissejä soluttautui Intian puolelle Jammu ja Kashmirissa ja ne katkaisivat tärkeän maantien. Tämän takia Intia vastasi ilmaiskuilla Pakistanin joukkoja ja muslimisissejä vastaan. Kargilin konflikti päättyi, kun Yhdysvaltain presidentti Bill Clinton kehotti Pakistania peräytymään kiistassa. Intia piti vuonna 2000 Kargilin kriisiä voitettuna.