Ordina l'uccisione di Carlo Alberto dalla Chiesa, appena nominato prefetto di Palermo, e comincia la feroce "guerra allo stato" che culminerà con la Strage di Capaci e la Strage di via D'Amelio. Riina viene arrestato nel 1993 e Provenzano rimane da solo al timone della mafia siciliana. A dargli la caccia si presentano il procuratore Piero Grasso e la squadra di polizia denominata "Gruppo Duomo", guidata da Renato Cortese che scopre che nel 2003 Provenzano si è ricoverato in Francia per curare un tumore alla prostata. Seguendo la scia dei cosiddetti "pizzini", nel 2006 Provenzano è arrestato nelle campagne di Corleone. Allora s'interrompe il flashback e tutto ritorna all'inizio e Provenzano, arrestato, incontra il procuratore Grasso nel carcere di Terni e così si conclude il film.