Jego dalszą karierę reprezentacyjnę zatrzymały przewlekłe problemy zdrowotne, m.in. uraz kręgosłupa (w końcówce 2009 roku), a następnie więzadeł w prawym kolana (w marcu 2011 roku). Wobec problemów zdrowotnych nie znalazł się w składzie Argentyny na Puchar Świata. Sam zawodnik przyznał później, że chociaż przed mistrzostwami zdążył odzyskać pełną sprawność fizyczną, jednak nie doszedł do optymalnej dyspozycji meczowej. Hernández wrócił do reprezentacji w połowie 2012 roku – początkowo wziął udział w sierpniowym sparingu ze Stade Français. Pierwszy po ponadtrzyletniej przerwie oficjalny mecz w kadrze rozegrał w tym samym miesiącu przeciw Republice Południowej Afryki. Było to jednocześnie pierwsze spotkanie „los Pumas” w rozgrywkach The Rugby Championship, które zastąpiły dotychczasowy Turniej Trzech Narodów. W pierwszych spotkaniach po powrocie występował na swojej ulubionej pozycji łącznika ataku, jednak z czasem sytuacja ta uległa zmianie. Kiedy w drużynie rosnąć zaczęła rola Nicolása Sáncheza, Hernández został przesunięty na pozycję obrońcy. Daniel Hourcade, który objął stanowisko selekcjonera reprezentacji w październiku 2013 roku, zdecydował się na jeszcze inne rozwiązanie: na pozycji łącznika ataku ustawił Sáncheza, jako obrońcę Joaquína Tuculeta, zaś „el Mago” został przekwalifikowany na . W myśl tej taktyki Hernández jako „dwunastka” miał w trakcie spotkań brać na siebie część odpowiedzialności za rozgrywanie akcji. Początkowo wyrażał swoje niezadowolenie z faktu przesuwania go pomiędzy pozycjami w zależności od doraźnej potrzeby, jednak z czasem przywykł do nowej pozycji. W październiku 2014 roku uczestniczył w spotkaniu z Australią – pierwszym wygranym meczu w historii występów Argentyńczyków w The Rugby Championship.