Revenu au jeu en septembre, A-Rod termine la saison avec 18 circuits, 57 points produits et une moyenne au bâton de, 272 en 122 matchs joués. Il connaît de mauvaises séries éliminatoires et est d'abord limité à deux coups sûrs en quatre matchs de Série de division face aux Orioles de Baltimore. Le gérant des Yankees, Joe Girardi, le retire en neuvième manche du troisième match, le 10 octobre, et envoie plutôt Raúl Ibáñez comme frappeur suppléant à la place d'A-Rod avec New York qui tire de l'arrière 2-1. Ibáñez frappe un circuit pour égaler la marque et fait gagner son club en manches supplémentaires. Dans le cinquième match décisif face aux Orioles le , Rodriguez est laissé sur le banc et c'est Eric Chavez qui joue le match au troisième but. À l'instar de ses coéquipiers, Rodriguez n'a aucun succès à l'attaque à la ronde éliminatoire suivante et ne frappe qu'un coup sûr en neuf pour une moyenne de ,111 en trois matchs de Série de championnat, perdue sur quatre défaites consécutives face aux Tigers de Détroit. A-Rod termine les éliminatoires de 2012 avec 3 coups sûrs en 25 et une moyenne au bâton de ,120.