Lorsque la guerre de Sécession éclate en 1861, Davies choisit de suivre son état natal et la cause de l'Union. Il est élu colonel du 16th New York Infantry Regiment le . Davies commande une brigade au cours de la première bataille de Bull Run ce mois de juillet. Puis, Il commande la dixième brigade dans les défenses de Washington, DC, jusqu'au . À cette date, Davies est promu au brigadier général dans l'armée de l'Union, et il est transféré dans l'armée du Tennessee sur le théâtre occidental.