În anul 1911 Gemal a fost numit guvernator al Bagdadului. El a demisionat pentru a se reangaja în armată și a participa la Primul Război Balcanic, pe linia frontului de la Salonic, pentru apărarea posesiunilor otomane din Turcia europeană. În octombrie 1912 a fost promovat la rangul de colonel. La finele Primului Război Balcanic a jucat un rol însemnat în propaganda Junilor Turci împotriva negocierilor cu țările europene învingătoare.