Itävalta-Unkarin valtakunnan hajotessa vuonna 1918 Hlinka asettui tukemaan tšekkien ja slovakkien yhdistämistä samaan valtioon. Hän kuitenkin pettyi pian Tšekkoslovakiaan ja laati vuonna 1919 Pariisin rauhankonferenssia varten muistion, jossa ehdotti Slovakialle kansanäänestystä itsenäisyydestä. Vuoteen 1922 mennessä hän ajoi puolueensa oppositioon Prahan hallitusta vastaan ja syytti tšekkejä autonomian riistämisestä Slovakialta. Eräiden hallinnollisten muutosten jälkeen Hlinka omaksui maltillisemman kannan ja salli 1927 puoluettaan edustaneen Jozef Tison osallistumisen Tšekkoslovakian hallitukseen. Puolue kuitenkin palasi oppositioon vuonna 1929 sen jälkeen kun sen johtomiehiin kuulunut Béla Tuka oli tuomittu maanpetoksesta Unkarin agentiksi väitettynä. 1930-luvulla Hlinkan puolue teki yhteistyötä Tšekkoslovakian muiden separatististen vähemmistökansallisuuksien, unkarilaisten ja sudeettisaksalaisten kanssa.