Forte crisi attraversò pure il comparto della protezione civile, con l'U.G.E.M. che, dopo le dimissioni del presidente Gianneli, vide azzerarsi diverse volte la propria dirigenza, l'ultima volta nel 2002. Nel tentativo di governare la situazione di stallo nel 2003 la direzione del comparto venne affidata ad un triumvirato che nel 2004 trasferì le consegne al ricostituito U.G.E.M.. Nonostante il clima di incertezza il comparto della protezione civile ebbe modo di proseguire la sua attività, in occasione delle tragedie del terremoto di San Giuliano di Puglia del 2002, dello tsunami nel sud est asiatico del 2004 e della morte di papa Giovanni Paolo II nel 2005: in tutte queste occasioni, migliaia di confratelli vennero coinvolti nelle attività sotto la guida confederale.