2008年，中国航空业在遭受油价上涨、雪灾、地震和国际金融危机等多重不利因素的影响而惨遭打击，作为民营企业的东星航空更出现了财务危机，中国民用航空局（CAAC）于2008年5月发出《关于暂停东星航空有限公司武汉-上海-武汉航线经营权的通知》，《通知》称东星航空因长期违规拖欠、挪用应缴国库财政性资金，且财务状况恶化、安全投入严重不足，决定从5月19号停止东星航空此航线的航线经营权。在公司已经补齐了欠款后，民航局再次發文宣布恢復東星航空在這條航線上的運營權。