Im Oktober 2018 erklärte Herdegen, beim Bundesparteitag der CDU im Dezember 2018 gegen Angela Merkel für den Parteivorsitz zu kandidieren. Er sagte: „Ich glaube, die Partei sehnt sich mehrheitlich nach einer programmatischen Erneuerung. Aber es ist so wie bei vielen anderen großen Erschütterungen: Das was wir jetzt sehen, diese Warnzeichen in Kiel sind nur Vorboten größerer Verschiebungen, die entweder ihre Antwort finden innerhalb der CDU selbst, indem sie sich selbst inhaltlich erneuert und personell, oder indem sie zu dieser Erneuerung unter ganz schlechten Bedingungen vom Wähler gezwungen wird.“ Im November zog er die Bewerbung zurück.