El 1936 fou nomenat president de l'Audiència Territorial de Catalunya i del Tribunal de Cassació (on va contractar com a secretari al seu amic Poblet i Guarro). També fou president de l'Ateneu Barcelonès des de finals de 1936 fins al 1939. Quan l'abril del 1937 la Generalitat va impulsar la gran investigació dels crims comesos des de l'inici de la guerra i la revolució, Andreu i Abelló va crear un tribunal especial per jutjar aquests casos i el posà sota la direcció de Josep Maria Bertran de Quintana. La investigació va fer aflorar nombrosos assassinats i s'identificaren els mateixos assassins. Dos dels anarquistes processats més importants foren Dionís Eroles i Aurelio Fernández, els quals foren cessats dels càrrecs del poder després dels Fets de Maig. Poc després, el 2 d'agost de 1937 Josep Andreu i Abelló patí un atemptat contra la seva vida. Les investigacions posteriors assenyalaren Eroles com a inductor de l'intent d'assassinat però no es va arribar a provar.