Mandó la vanguardia del gran ejército egipcio reunido por el sultán Qutuz para combatir a los mongoles que habían invadido Siria en el 1259. Fue la parte del ejército encargada de atraer a las fuerzas enemigas a la celada que el sultán preparó en las «pozas de Goliat», donde las hordas mongolas acaudilladas por el general Kitbuqa fueron derrotadas en la batalla de Ain Jalut del 3 de septiembre de 1260. Baibars mandó también las fuerzas que acabaron con la última resistencia enemiga en Beit She'an, donde habían tratado de reagruparse. Más tarde, quedó a cargo de perseguir a los restos de las huestes mongolas y expulsarlas de la región. Solicitó luego en vano a Qutuz que le entregase el gobierno de Alepo o de Palestina. La negativa del sultán hizo que Baibars se contase entre los descontentos que lo asesinaron el 23 de octubre cerca de Gaza, cuando el ejército se hallaba ya a las puertas de Egipto de regreso de la victoriosa campaña. Parece que los motivos del asesinato fueron tanto el descontento por el reparto de recompensas tras la victoria como el derrocamiento del sultán al-Mansur Nur al-Din Ali, hijo de Aibek, que algunos de los mamelucos de este no le habían perdonado a Qutuz.