Врховни штаб руководио је устанком из окупираног Београда, до половине септембра 1941. године, а потом са ослобођене територије западне Србије (Ужице). У току рата налазио се на ослобођеној територији Санџака (Нова Варош), источне (Иванчићи, Фоча) и западне Босне (Бихаћ, Босански Петровац, Дрвар, Јајце, Милиниште), Црне Горе (Жабљак) и Далмације (острво Вис). Од октобра 1944. до краја рата седиште Врховног штаба било је у ослобођеном Београду. Командант Врховног штаба и Врховни командант НОВ и ПОЈ био је маршал Југославије Јосип Броз Тито, а о безбедности Врховног штаба бринуо је Пратећи батаљон Врховног штаба.