Beim Tod des Vaters, der 1597 im Türkenkrieg im ungarischen Raab den Tod fand, war Vratislav Eusebius erst drei Jahre alt. Seine zwei Jahre ältere Schwester hieß Anna, die jüngere Schwester hieß Frebonie und die jüngste Schwester Eva starb im Kindesalter. Da Vratislav Eusebius der einzige Sohn war, stand ihm das väterliche Erbe zu. Die Vormundschaft über ihn und seine Schwestern übte zunächst seine Mutter aus. Da jedoch eine testamentarische Verfügung zur Vormundschaft nicht bestand, wurde sie 1603 gerichtlich an Polyxena übertragen, die eine verwitwete Schwester von Vratislavs Eusebius Vater war. Trotzdem standen die Kinder weiterhin unter der Obhut ihrer Mutter. Als 1608 die Großmutter Maria d. Ä. verstarb, zahlte Polyxena die deren Töchtern zustehenden Anteile aus, mit denen die Herrschaft Leitomischl belastet war. Danach verwaltete sie Leitomischl als Vormund Vratislavs Eusebius. Da die Pernsteiner Leitomischl nur als Pfand besaßen, bestand nach dem Tod Maria d. Ä. die Gefahr, dass der böhmische Landesherr Kaiser Rudolf II. das Pfand einlösen und Vratislav Eusebius außer den Prager Pernstein-Palais keine Einnahmequellen haben würde. Möglicherweise durch den Einfluss seiner Mutter oder seiner Vormündin Polyxena am Prager Königshof blieb Leitomischl auch nach 1608 im pernsteinischen Besitz. Nachdem sich die verwitwete Mutter 1606 mit Bruno von Mansfeld verheiratet hatte, lebten Vratislav Eusebius und seine Schwestern vermutlich in Wien.