С началом войны Пащенко продолжил учёбу в спецшколе, после окончания которой в марте 1942 года был назначен на должность начальника штаба 31-й стрелковой бригады (Калининский фронт), в конце того же месяца — на должность помощника начальника оперативного отдела, в мае — на должность начальника штаба 2-го гвардейского стрелкового корпуса, а в декабре — на должность начальника штаба 33-й стрелковой дивизии, которая принимала участие в боевых действиях в ходе Великолукской наступательной операции.