Moshe Dayanin erottua 1979 ulkoministerin tehtävistä Begin ehdotti Shamiria Dayanin seuraajaksi. Pääministerin toimiston johtavan virkamiehen Yechiel Kadishain mukaan Begin halusi Shamirin ulkoministeriksi, koska ei halunnut jakaa valtaa, ja siksi vielä poliittisesti nimetön Shamir olisi hyvä valinta ulkoministeriksi. Beginin johtaman koalition liberaalit edustajat eivät halunneet Shamiria ulkoministeriksi, joten Begin otti tehtävän ensin itse haltuunsa. Shamirista tuli lopulta ulkoministeri 1980. Hän jatkoi ulkoministerinä edelleen vuoden 1981 vaalien jälkeen. Hän johti rauhansopimuksen jälkeisiä suhteiden normalisoimiskeskusteluja Egyptin ja Libanonin sodan jälkeisiä rauhanneuvotteluita Libanonin kanssa.