Aumeier greps av de allierade den 11 juni 1945. Året därpå utlämnades han till Polen och ställdes inför rätta inför Högsta nationella domstolen. Inför rätten bedyrade Aumeier att han aldrig själv dödat någon i Auschwitz samt inte haft vetskap om gaskamrarna. I december 1947 dömdes han vid Auschwitzrättegången i Kraków till döden för brott mot mänskligheten och avrättades genom hängning den 28 januari 1948.