Het Verdrag van Jay werd in de Verenigde Staten echter niet goed ontvangen. Het deed de reputatie en invloed van Jay geen goed. De Senaat stemde, mede door de steun van Washington en Hamilton, in met het verdrag, maar Thomas Jefferson en James Madison voerden felle oppositie tegen het verdrag. Zij vreesden dat nauwere economische banden met Groot-Brittannië de federalisten in de kaart zou spelen. Ook was er ongenoegen omdat er geen schadevergoeding kwam van de kant van de Britten voor slaven die in de oorlog gestolen waren. Het verdrag liep na tien jaar af. Daarna lukte het niet een nieuw verdrag af te sluiten en dit leidde uiteindelijk tot het uitbreken van de Oorlog van 1812 tussen de Verenigde Staten en Groot-Brittannië.