Während der zweiten Hälfte des Unabhängigkeitskampfes 1824 bis 1827 begleitete er Ioannis Kapodistrias nach Griechenland, der ihn förderte und später zum Kriegsminister ernannte. Nach dessen Ermordung gehörte Metaxas von 1831 bis zum 6. Februar 1833 der Provisorischen Regierung an, deren Vorsitzender er ab dem 18. August 1832 war.