Das Gebiet von Udupi wurde 1799 im Vierten Mysore-Krieg von den Briten erobert und als Teil des Distrikts Kanara in die Provinz Madras eingegliedert. 1862 wurde der Distrikt Kanara in die Distrikte South Kanara (heute Dakshina Kannada) und North Kanara (heute Uttara Kannada) geteilt. Das Gebiet des heutigen Distrikts Udupi kam zu South Kanara, das 1956 zu einem Teil des nach den Sprachgrenzen des Kannada neuformierten Bundesstaates Mysore (heute Karnataka) wurde. Als eigenständiger Distrikt wurde Udupi 1997 aus dem Nordteil des Distrikts Dakshina Kannada gebildet.