Hiába szerzett a Juventus a 2005–06-os és a 2006–07-es szezonban újabb két bajnoki címet, az olasz labdarúgás egyik legnagyobb botrányára derült fény, és ebben a Juventus volt leginkább érintett. A csapatot kizárták a másodosztályba, valamint megfosztották ettől a két bajnoki címétől. Nedvěd a másodosztály ellenére maradt a csapatnál, sok csapattársával ellentétben, akik a kizárás után más csapathoz igazoltak. A feljutás elsőre sikerült, ezután egy évvel meghosszabbították szerződését.