В 1648 году Луцк, как и другие волынские города и городки, подвергся нападению казаков. Доминиканский костёл также пострадал от нападения. Хотя сами кельи и здание костёла не претерпели разрушения, и не были опустошены и разграблены. Архивные документы, которые включали княжеские и королевские привилегии, налоговые квитанции, завещания, письма были утоплены в болоте. Кроме монастырского комплекса были ограблены два дома в городе, принадлежавших монастырю. Не обошла такая участь и монастырское село Новостав. В начале 1649 года доминиканцы вернулись в Луцк и возобновили деятельность ордена. Заработала школа, начались службы и обычная монастырсая жизнь. Однако в 1653 году монастырь снова приостановил деятельность в связи с событиями Хмельнитчины. В 1670 г. монахи были вынуждены бежать из города, поскольку он был подвергнут нападению татар. Однако члены монастыря быстро вернулись, как только миновала угроза.