Ο Αρταφέρνης έλαβε ενεργά μέρος στην καταστολή της Ιωνικής Επανάστασης και με το πέρας της εξέγερσης ενήργησε ώστε να γίνουν συμφωνίες με τους Ίωνες εκπροσώπους και να ικανοποιηθούν ειρηνικά πολλές από τις απαιτήσεις τους. Ο Πέρσης βασιλιάς τον όρισε διοικητή ολόκληρης της Ιωνίας.