Ondertussen woedde de Tachtigjarige Oorlog volop in de Nederlanden. Verepaeus keerde terug in 1567. Hij verbleef in Hilvarenbeek (1567-1573) bij zijn broer Hendrik, deken van Hilvarenbeek. De reden dat hij niet naar Mechelen reisde, was de Spaanse Furie in Mechelen (1572). Van 1573 tot 1580 verbleef hij dan toch in Mechelen, in het Thaborklooster. Toen de Spanjaarden andermaal Mechelen binnen stormden (1580), vluchtte Verepaeus via Turnhout en Bree naar ’s-Hertogenbosch (1583). Hier, in Spaans-Brabant verbleef hij voor de rest van zijn leven. 's-Hertogenbosch was ondertussen een bisschopsstad geworden. Verepaeus gaf les Latijn in de Latijnse school en in 1589 werd hij rector van de Latijnse school. Dit combineerde hij met de functie (en inkomen) van kanunnik van het Sint-Janskapittel. In 1598 stierf hij in ’s-Hertogenbosch. Alle boeken die hij had uitgegeven ademden de geest van de Contrareformatie, die kenmerkend was in de Zuidelijke Nederlanden na het Concilie van Trente; nochtans speelde de invloed van Erasmus ook door in zijn boeken over pedagogie.