Nagy-Britanniában a polgárság az 1905-ös választásokon a Liberális Pártra adta legtöbb szavazatát. 1907-ben őt kérte fel a brit kormány Transvaal tartomány kormányzására. Botha fáradhatatlanul dolgozott a Brit Birodalommal való megbékélésen. Munkája végül eredményt ért el és létrehozták a független Dél-afrikai Uniót. Létrehozta 1911-ben az Egységes Dél-afrikai Pártot. Az első világháború kirobbanásakor azonnal felajánlotta segítségét a briteknek és csapatokat küldött Német Délnyugat-Afrika ellen, ami viszont hatalmas búr felkeléshez vezetett (Maritz-felkelés), ennek következtében épphogy csak hatalmon tudott maradni.