Nebioloa kritisoitiin suuresta egosta, diktaattorimaisesta johtotavasta ja kyseenalaisesta taktikoinnista. Hän muun muassa kiristi itselleen Kansainvälisen olympiakomitean jäsenyyden sanomalla, että hän ei anna eteläafrikkalaisten juoksijoiden osallistua Barcelonan olympialaisiin mikäli häntä ei valita. Nebiolon uraan mahtui myös muita skandaaleita. Hänet liitettiin rahoitussotkuun, kun Rooman olympiastadionia kunnostettiin jalkapallon vuoden 1990 MM-kilpailuja varten, mutta Nebioloa ei koskaan virallisesti syytetty. Vuonna 1987 yleisurheilun MM-kilpailuissa Roomassa italialainen pituushyppääjä Giovanni Evangelisti hyppäsi pronssille, mutta hän menetti mitalin, kun selvisi, että italialaiset mittamiehet olivat huijanneet mittauksessa. Primo Nebiolon osallisuus asiaan ei koskaan selvinnyt, mutta hän oli tuolloin myös Italian yleisurheiluliiton puheenjohtaja.