Στις εχθροπραξίες που ακολούθησαν ο Ευμένης συμμετείχε ενεργά, για παράδειγμα σε μια σειρά από αψιμαχίες στην Εύβοια, στην ευρύτερη περιοχή της Χαλκίδας και της Τανάγρας. Όσο βρισκόταν, όμως, στην Αίγινα, πληροφορήθηκε ότι ο Αντίοχος συγκέντρωνε στρατεύματα στην Έφεσο κι έτσι μπήκε στο δίλημμα για το αν έπρεπε να επιστρέψει στην πατρίδα του που θεωρητικά κινδύνευε. Ωστόσο παρέμεινε σε θέση μάχης λαμβάνοντας μέρος σε μία επιτυχημένη ναυμαχία ενάντια στο Ρόδιο ναύαρχο Πολυξενίδα, στα ανοιχτά μιας πόλης της Κιλικίας με το όνομα Κώρυκος (191 π.Χ.). Μετά από αυτό του επετράπη από τους Ρωμαίους να επιστρέψει στην πατρίδα του. Ακολούθησαν αρκετές περιπτώσεις όπου συμμετείχε ο ίδιος με το στόλο του στην προέλαση του ρωμαϊκού ναυτικού, ενώ καθοριστική υπήρξε η συμβολή του στο πέρασμα των ρωμαϊκών στρατευμάτων στην Ασία μέσω του Ελλησπόντου. Τέλος, έλαβε ενεργά μέρος στην καθοριστική Μάχη της Μαγνησίας (190 π.Χ.), όπου ο Αντίοχος ηττήθηκε οριστικά, εγκαταλείποντας τις βλέψεις του για προσάρτηση εδαφών στον ελληνικό χώρο.