Abbott konnte zwar mit dem Khan "Allah Quli Bahadur" sprechen, wurde von diesem dann aber mit Briefen an den Zaren abgesandt. Auf dem Weg nach Russland wurde Abbott jedoch von kasachischen Räubern festgesetzt. Bei dem Überfall verlor er durch einen Schwerthieb einige Finger der rechten Hand. Abbotts Vorgesetzten, die nichts über seinem Verbleib in Erfahrung bringen konnten, entsandten darauf hin mit Richmond Shakespeare einen weiteren Emissär nach Khiva, der den Khan von der Freilassung der russischen Sklaven überzeugen konnte. Abbott wurde schließlich aufgrund der diplomatischen Briefe an den Zaren von den Räubern entlassen und erreichte am Kaspischen Meer russischen Boden. Von hier aus setzte er seine Reise nach Sankt Petersburg fort, wo er seine Briefe überbrachte. Der Empfang dort war sehr kühl, und die überbrachten Angebote wurden zurückgewiesen. Im August 1840 gelangte Abbott schließlich nach Großbritannien. Im September 1841 kehrte er nach Indien zurück, wo er 1844 Margaret Anne Harriet Hutchison heiratete, die im folgenden Jahr nach der Geburt einer Tochter starb. 1845 wurde Abbott Beauftragter für den Hazara-Bezirk im heutigen nordwestlichen Pakistan, der eigentlich noch zum gerade eben im Ersten Sikh-Krieg besiegten Sikh-Reich gehörte.