Das Gotteshaus liegt im vormaligen jüdischen Viertel Wadi al-Yahoud, welches heute Wadi Abu Dschamil heißt. Der Distrikt wurde während des libanesischen Bürgerkrieges aufgegeben, als die PLO unter Jassir Arafat das Viertel attackierte. 1976 wurden die Torarollen der Synagoge vom Oberhaupt der libanesischen Juden, Josef Farhi, nach Genf in Sicherheit gebracht und dem Bankier Edmond Safra anvertraut, der sie in seinen Bankkoffern verstaute; die meisten befinden sich seitdem in israelischen Synagogen. Im Libanonkrieg 1982 wurde die Magen-Abraham-Synagoge durch Panzergranaten beschädigt, sodass Trümmer und Schutt über dem Boden verstreut waren. Dabei wurde eine Marmortablette mit den Zehn Geboten und ein Marmor-Davidstern zerstört. Im Mai 2009 wurde mit der Renovierung der Synagoge begonnen und die Arbeiten 2010 beendet.