De 1996 à 2002, Iñaki Sáez est sélectionneur des équipes de jeunes espagnoles, dont l'équipe espoirs. Sous sa direction, celle-ci remporte l'édition 1998 du championnat d'Europe espoirs en battant la Grèce en finale. L'Espagne remporte également la Coupe du monde des moins de 20 ans 1999, en s'imposant en finale devant le Japon, puis obtient la médaille d'argent durant le tournoi de football des Jeux olympiques 2000. Troisième du championnat d'Europe des moins de 19 ans en 2001, la sélection espagnole s'impose en 2002 devant l'Allemagne.