Das syrische Regime schloss stattdessen ein Bündnis mit dem schiitischen Iran, versuchte 1980 eine Union mit Libyen und ließ einen anderen altbaathistischen sunnitischen Gründervater der Partei, Aflaqs Mitkämpfer Salah ad-Din al-Bitar, ermorden. Im Irakisch-Iranischen Krieg unterstützte Syrien ab 1980 schließlich den Iran gegen den Irak. Daraufhin brach das irakische Regime im Oktober 1980 die Beziehungen zu Syrien ab und unterstützte 1980/82 den Aufstand der Muslimbrüder in Syrien. Syrien schloss im Gegenzug 1982 die Grenzen zum Irak kappte die irakische Erdölpipeline zum Mittelmeer. Erst 1987 kamen Saddam Hussein und Assad wieder zu einem Treffen zusammen, eine Versöhnung jedoch scheiterte. Syrien bot lediglich einen Neustart der in der nationalen Aktionscharta ursprünglich vereinbarten Kooperationen an, während Irak die Einstellung der syrischen Unterstützung für den Iran forderte. Nach Ende des Irakisch-Iranischen Krieges wiederum war es Irak, der Syrien 1988 eine Neuorientierung auf die ursprünglichen Kooperationsziele (vor allem in militärischer Hinsicht gegenüber Israel) und 1989 die Teilnahme an der Gründung eines Arabischen Kooperationsrates anbot, doch Syrien lehnte wegen der Unterstützung Iraks für die antisyrischen Militärs im Libanon ab. Nach der irakischen Annexions Kuwaits 1990 beteiligte sich Syrien 1991 gar am US-alliierten Krieg gegen den Irak. Erst 1997 konnte eine Normalisierung der Beziehungen zwischen den beiden baathistischen Nachbarländern erreicht werden.