El 11 de julio de 2002 se inició la crisis de la isla de Perejil. Miembros de la Armada real marroquí ocuparon la deshabitada isla del Perejil, un promontorio situado en la costa norteafricana. Seis días después el gobierno español inició la "Operación Romeo-Sierra" y 28 miembros del Grupo de Operación Especiales de la Armada Española tomaron el control del islote capturando los seis cadetes marroquíes presentes, que no ofrecieron resistencia. La relación diplomática no fue restaurada hasta enero de 2003. Aquel mes de julio, Marruecos se quejó de la falta de neutralidad al tratar el conflicto del Sahara Occidental cuando tomo asiento en el Consejo de Seguridad de Naciones Unidas, además en octubre España suspendió las ventas de armas a Marruecos debido a la crisis del islote del Perejil. El presidente del gobierno José Luis Rodríguez Zapatero visitó Marruecos en abril de 2004, y el rey Juan Carlos I también efectuó una visita en enero de 2005. En ambas ocasiones se hicieron declaraciones conjuntas para llegar a una solución negociada al conflicto del Sahara. Sin embargo, las visitas del presidente y del rey en 2006 y 2007 volvieron a enfriar las relaciones. En 2008 sin embargo se dio otro paso en el "proceso de Barcelona" creando la Unión por el Mediterráneo, a propuesta del presidente francés, dónde estaban incluidas España y Marruecos.