26 октября 2002 Международный трибунал по бывшей Югославии открыл против Беары уголовное дело по обвинению в геноциде боснийцев и участии в резне в Сребренице и Жепе. 10 октября 2004 Беара добровольно прибыл в Гаагу и сдался. 10 июня 2010 суд признал его виновным по всем пунктам и приговорил к пожизненному лишению свободы. Поданная Беарой апелляция была отклонена. Отбывал наказание в одной из германских тюрем, где и скончался.