På grunn av tidsperioden sangen ble laget i og den resignasjonen og litt sinte feelingen til sangen, så mange «Who'll Stop the Rain» som en tynt skjult protest mot Vietnamkrigen. Teksten i det tredje verset og dens referanser til musikk, store folkemengder, regn, folkemengder som forsøker å holde seg varm, handler om bandets opplevelser under Woodstockfestivalen i august 1969. Det er også en linje i sangens andre vers om "«five-year plans and new deals wrapped in golden chains»" som kan indikere en gjennomgående forakt for alle politikere.