Il W.29 iniziò ad equipaggiare i reparti da caccia della Kaiserliche Marine dalla primavera del 1918, incaricato di difendere lo spazio aereo attorno alle stazioni navali di Borkum e Zeebrugge sulla costa del Mare del Nord. Dato il suo minore raggio d'azione rispetto ai più grandi W.19 era utilizzato congiuntamente ai W.12 rimanendo, quando le condizioni lo consentivano, sulla superficie del mare in attesa che i W.19 in avanscoperta riuscissero ad individuare degli obiettivi. A quel punto i W.12 ed i W.29 potevano alzarsi in volo ed il gruppo degli idrocaccia andare ad ingaggiare i velivoli avversari, normalmente i più grandi idrovolanti britannici, come i Felixstowe F.2 ed i Curtiss America, che si spingevano fino alle coste meridionali del tratto di mare. Nella marina tedesca rimasero in servizio fino alla firma dell'Armistizio di Compiègne.