В 2002 году Педру Эмануэл перешёл в «Порту». В первом же сезоне он выиграл чемпионат Португалии и завоевал Кубок УЕФА. В следующем сезоне команде покорилась Лига чемпионов, а в Межконтинентальном кубке против колумбийского «Онсе Кальдас» Педру Эмануэл забил решающий пенальти в серии. С «Порту» он ещё трижды завоевал Кубок и выиграл чемпионат. В 2009 году Педру Эмануэл завершил карьеру футболиста и стал тренером.