Karimov slo hardt ned på all opposisjon, som konsekvent blir omtalt som «islamsk ekstremisme». Det var også en væpnet gruppe, "Usbekistans islamske bevegelse", som gjennomførte væpnede aksjoner i Usbekistan. Karimovs utenrikspolitikk var først ganske vestlig orientert og etter terrorangrepene på USA 11. september 2001 lot han USA og NATO lede en militærflybase i Usbekistan i oktober 2001, til bruk i krigen i Afghanistan.