במוקדמות יורו 1996 פתח מיכאילוב בשמונה מתוך עשרת משחקיה של בולגריה, שהעפילה לטורניר אליפות אירופה לראשונה בתולדותיה. בטורניר עצמו זכה מיכאילוב להיות הקפטן הבולגרי הראשון באליפות אירופה, אך נבחרתו הודחה כבר בסיום שלב הבתים. לאחר הטורניר עבר סרט הקפטן, לאחר שש שנים אצל מיכאילוב, לטריפון איבנוב.