Năm 2002, Văn Quyến được gọi vào đội tuyển U20 quốc gia dự vòng loại U20 châu Á. Năm 2003, ba tháng liên tục anh được bình chọn cầu thủ xuất sắc nhất trong giải bóng vô địch quốc gia Việt Nam. Và đặc biệt giây phút chói sáng lịch sử của cầu thủ này là bàn thắng để đời ghi được trong trận thắng lịch sử của đội tuyển U23 Việt Nam trước đội tuyển quốc gia Hàn Quốc trong trận đấu tại Oman ngày 19/10/2003, vòng loại Giải vô địch bóng đá 2004. Sau đó, Văn Quyến được gọi vào đội tuyển bóng đá U23 Việt Nam tham dự SEA Games 22. Ở giải đấu này, anh đã ghi được nhiều bàn thắng quan trọng và trở thành cầu thủ được nhắc đến nhiều nhất. Màn trình diễn xuất sắc của Văn Quyến đã giúp anh giành danh hiệu Quả bóng vàng Việt Nam năm 2003 khi chỉ mới 19 tuổi.