Đang khi trong ụ tàu, "Thompson" nhận được tin tức về việc quân đội Bắc Triều Tiên đã vượt qua vĩ tuyến 38 để tấn công Nam Triều Tiên, khơi mào cho cuộc xung đột. Nó hoàn tất việc đại tu trước thời hạn, quay trở về San Diego vào ngày 20 tháng 7 năm 1950 và tích cực huấn luyện trong tháng 8 và tháng 9. Nó cùng tàu chị em khởi hành từ San Diego vào ngày 4 tháng 10, đi đến Trân Châu Cảng năm ngày sau đó, để rồi lại lên đường vào ngày hôm sau để hướng sang đảo san hô Midway. Sau khi khởi hành được 24 giờ, các con tàu được lệnh đổi hướng để tuần tra ngoài khơi đảo Wake nhân cuộc gặp gỡ giữa tướng Douglas MacArthur và Tổng thống Harry Truman tại đây. Chiếc tàu quét mìn đã ở lại đây qua đêm, được tiếp nhiên liệu từ tàu chở đầu trước khi tiếp tục hành trình đi sang Nhật Bản, đi đến Sasebo vào ngày 21 tháng 10.