Први грађански рат између Владе Судана и Народног покрета за ослобођење Судана вођен је између 1955. и 1972. године и окончан је Споразумом у Адис Абеби. Тиме је Јужни Судан добио известан степен аутономије, али су ова аутономна права кршена од стране власти у Картуму. Због тешког положаја становништва јужног дела земље, избијају нове побуне 1962. и 1972. године, а потом и нови грађански рат (1983—2005), који се завршава мировним договором према којем је Јужни Судан добио самоуправу и право да на референдуму 2011. године одлучи да ли жели пуну независност. У међусобним сукобима зараћених страна током 50 година страдало је око 3 милиона људи.