Yudhoyono dilantik sebagai jawatan lama Menteri Penyelaras Hal Ehwal Politik dan Keselamatan di kabinet baru Megawati. Selepas pengeboman Bali pada Oktober 2002, beliau menyelia perburuan dan penangkapan mereka yang bertanggungjawab, dan mendapat reputasi baik di Indonesia dan di luar negara sebagai salah satu daripada beberapa ahli politik Indonesia yang serius mengenai Perang Terorisme. Pidato senasa ulang tahun satu tahun pengeboman Bali (di mana banyak warga Australia terbunuh) dipuji oleh media Australia dan orang awam.