Bonnin historia ulottuu jo roomalaisaikoihin. Vuonna 10 eaa. roomalaiset rakensivat sillan Reinin yli paikassa nimeltä Bonna. Teutoburgin taistelun jälkeen vuonna 9 jaa. tästä leiristä tuli 7000 legioonalaisen linnoitus. Rooman häviön jälkeen linnoituksesta tuli kaupunki.