Johan besteeg de troon nadat zijn broer op 9 augustus 1854 was verongelukt. Onder invloed van zijn premier Friedrich Ferdinand von Beust streefde hij naar het Groot-Duitse ideaal van een verenigd rijk inclusief Oostenrijk. Saksen streed in 1866 in de Oostenrijks-Pruisische Oorlog aan de kant van Oostenrijk. Na de nederlaag in de Slag bij Königgrätz sloot hij zich aan bij de Noord-Duitse Bond en in 1871 bij het Duitse Keizerrijk.