Auch 1989 gelang es Ferrari nicht, ein dem McLaren ebenbürtiges Auto zu bauen. Berger und Nigel Mansell schieden häufig wegen technischen Defekten aus. Zudem setzte Berger ein schwerer Unfall beim Großen Preis von San Marino in Imola zu, bei dem er wegen eines gebrochenen Frontflügels mit 280 km/h in die Streckenbegrenzung der Tamburello-Kurve gefahren war und sein Ferrari Feuer gefangen hatte. Berger hatte sehr viel Glück und überlebte den Unfall mit Verbrennungen an den Händen. Erst gegen Saisonende erholte er sich von dem Unfall und gewann den Großen Preis von Portugal.