Em 2011, participou da Copa América e não atuou na estreia de sua seleção, que empatou em 1 a 1 com a Bolívia. Mas no segundo jogo da fase de grupos, Fernando Gago entrou no segundo tempo contra a Colômbia e se destacou com a maneira que conduziu o meio-campo, colocando a bola, literalmente, nos pés de seus companheiros de equipe. Jogou os noventa minutos do jogo contra a Costa Rica e mais uma vez foi protagonista, participando diretamente do primeiro gol de Sergio Agüero e começando a jogada que resultou no segundo gol do mesmo e sem contar a grande atuação que teve dando passes e bloqueando, com uma marcação forte, as tentativas de ataque de seu adversário.