Dal 2001, Adria Airways cominciò un lento declino registrando una forte diminuzione del numero annuale di passeggeri a causa degli attentati dell'11 settembre operando in perdita per i successivi 5 anni di attività. Ciò nonostante, nel luglio 2002, l'azienda canadese Bombardier Aerospace assegnò alla compagnia aerea slovena il compito di provvedere alla manutenzione, prima in Europa, dei propri Bombardier CRJ dotandola di una struttura atta allo scopo, e due anni più tardi, il 18 novembre 2004, entrò a far parte della Star Alliance come membro regionale.