Lagosin taloudellinen kehitys kukoisti öljyn ansiosta etenkin 1960-luvulla käydyn Biafran sodan päättymisen jälkeen. Öljynjalostuksen uuden keskuksen asukasluku kasvoi pian lähes miljoonaan. Kaupungin kehitys ei pysynyt nopeasti kasvavan väestön perässä, vaan esimerkiksi infrastruktuuri kärsi. Ruuhkat yleistyivät tiheään asutussa kaupungissa ja teollisuus saastutti sen ympäristöä. Vuonna 1975 pääkaupunki päätettiin lopulta siirtää Abujaan, vaikkakin eri toimintojen siirtoon kului seuraavat 15 vuotta. Virallinen siirto tapahtui vuonna 1991. Kaupungin merkitys ei juurikaan vähentynyt siirrosta huolimatta ja esimerkiksi monet valtionvirastot ja diplomaattiset lähetystöt sijaitsevat edelleen Lagosissa.