Son mandat est caractérisé par la gestion tendue de la crise malgache de 2009 : faire accepter aux partis politiques du pays le nouveau gouvernement, s'aligner avec les arbitres internationaux pour débloquer les sanctions liées à la prise de pouvoir sans élection démocratique, et organiser une nouvelle élection présidentielle qui symbolise la sortie de la crise. L’élection présidentielle a lieu en 2013. Le MAPAR, la nouvelle formation politique d'Andry Rajoelina, appuie la candidature d'Hery Rajaonarimampianina qui remporte les scrutins et accède à la présidence.