היחסים בין שתי המדינות החלו להתחמם בשנת 1993, על רקע ההתחממות המשמעותית ביחסי ישראל-העולם הערבי, ובעקבות המגעים בין ישראל והפלסטינים, אשר הובילו לחתימתם של הסכמי אוסלו באותה השנה. במהלך התקופה, נחתמו מספר הסכמים כלכליים בין ישראל וקפריסין, וכן התקיים בפעם הראשונה מאז כינון היחסים ביקור ממלכתי של נשיא מדינת ישראל בקפריסין, ובעקבותיו ביקור גומלין בישראל של נשיא קפריסין. היחסים בין שתי המדינות התחממו במידה ניכרת החל משנת 2010, וזאת על רקע התדרדרות היחסים בין טורקיה וישראל, בעקבות אירועי המשט לעזה, אשר הביאו לעוינות ניכרת בין שתי המדינות. בין היתר, קפריסין הרוויחה מהירידה התלולה במספר התיירים הישראלים אשר נסעו לטורקיה, כאשר רבים מהם בחרו לנסוע לקפריסין. עם זאת, בעקבות התנצלותה של ישראל למול טורקיה, והניסיונות לשיקום היחסים בין שתי המדינות בתחילת שנת 2013, עלה החשש כי שיתוף הפעולה המחודש בין ישראל וטורקיה עשוי להוביל לבידודה של קפריסין, ולסופו של שיתוף הפעולה הישראלי עימה בסוגיות המחצבים הטבעיים בסביבתה.