Vuonna 1775 Jefferson kutsuttiin niin kutsuttuun toiseen mannermaankongressiin (tai siirtokuntien kongressiin). Vaikka Jefferson ei ollut hyvä puhuja, hänet tunnettiin hyvänä kirjoittajana, ja hän saikin tehtäväkseen luonnostella Yhdysvaltain itsenäisyysjulistuksen. Syksyllä 1776 Jefferson erosi virastaan kongressissa ja hänet valittiin uudelleen Virginian uuden osavaltion kongressiin "Virginia House of Delegatesiin" (entinen "Virginia House of Burgesses"). Jefferson suunnitteli 1770-luvun lopulla uutta uskonnonvapautta Virginiassa takaavaa lakipykälää, joka yllättäin hyväksyttiinkin vuonna 1786. Tämä oli yksi Jeffersonin uran siihen mennessä suurimmista saavutuksista.