Il 9 maggio 1509 il disastro di Agnadello segnò infatti la fine delle ambizioni veneziane e dell'Alviano, che fu ferito e catturato dai Francesi, mentre Girolamo Borgia, che prese parte alla battaglia, trovò scampo nella fuga e si rifugiò a Napoli, dove tornò a dar credito alla politica spagnola, illudendosi che la condizione di Vicereame spagnolo del Regno di Napoli fosse solo provvisoria e che un Regno napoletano, una volta riguadagnata l'indipendenza, avrebbe potuto esercitare un ruolo da protagonista nelle vicende italiane. Legatosi alla famiglia d'Avalos, divenne intanto precettore di Alfonso ma nel 1513, alla notizia del ritorno in Italia dell'Alviano, al servizio della Francia, ora alleata di Venezia contro la Spagna, lasciò nuovamente Napoli per unirsi al condottiero, che lo incaricò di tenere i contatti con la corte francese. Tutto fu però inutile per le riaccese speranze del Borgia perché nell'ottobre del 1515, un mese dopo il trionfo di Melegnano a cui diede un contribuito fondamentale, Bartolomeo morì dopo breve malattia.