Dopo una ridotta attività invernale, nel mese di marzo del 1941 i combattimenti ripresero veementemente, in modo particolare dal 4 al 18 marzo, con la perdita e la riconquista di molte posizioni. Dal 30 marzo la 9ª Armata ha assunto il compito di difendere il confine albanese-jugoslavo nel settore a protezione della piana di Scutari. In seguito all'avvio dell'ostilità contro la Jugoslavia, unità della 9ª Armata si attestarono sulla linea di confine iniziando a partire dal 10 aprile l'avanzata nel territorio jugoslavo, lungo due assi di penetrazione, uno su Dibër e l'altro verso Struga, occupando le due località il 12 aprile. Dopo l'armistizio chiesto dalla Jugoslavia il 18 aprile, le unità avevano partecipato alle operazioni vennero impegnate in attività di rastrellamento e di presidio. Le unità della 9ª Armata impegnate invece sul fronte greco-albanese passarono all'offensiva il 13 aprile occupando il 15 aprile Korça dopo ripetuti combattimenti. Dal 16 aprile tutto il fronte venne fatto convergere ad est e la 9ª Armata ha rioccupato il 17 aprile Ersekë raggiungendo il confine greco-albanese dalla zona dei laghi del Pindo. Dal 1º luglio 1941, la 9ª Armata, ampliati compiti e funzioni, cambiò la sua denominazione in Comando Superiore Forze Armate Albania, cedendo il III e il XXVI Corpo d'armata all'11ª Armata e ricevendo in cambio in organico il IV e il XIV Corpo d'armata, assumendo in seguito alla trasformazione, l'incarico della difesa del territorio albanese, della Dalmazia meridionale, fino al corso del Narenta, del Kossovano e del Dibrano. Il 1º dicembre, il XIV Corpo d'armata uscì dai della 9ª Armata, diventando autonomo e venne preposto al presidio del Montenegro e in cambio del XIV Corpo d'armata, la 9ª Armata ricevette il XXV Corpo d'armata assumendo anche la giurisdizione sulle forze dislocate nelle Isole Ionie di Corfù, Santa Maura, Cefalonia e Zante.