Першим європейцем, який зустрів могікан, був Генрі Гудзон (1609). З початку XVII століття могікани були втягнуті в торгівлю хутром і вели війни з мохоками, які в результаті війни 1624–1628 років (Боброві війни) відтіснили могікан до річці Коннектикут, але пізніше частина їх повернулася на свої колишні землі. Війни з мохоками завершилися укладенням тривалого миру в 1664 році, але в 1669 році мохоки завдали могіканам нищівної поразки при Хофманс-Феррі близько нинішнього міста Скенектаді в штаті Нью-Йорк. До 1672 року їхня чисельність впала приблизно до 1 тисячі чоловік. Взимку 1690-91 років серед них спалахнула епідемія натуральної віспи, а наступної зими ця хвороба забрала життя дуже багатьох могікан. У протиборстві англійців і французів могікани підтримували перших, але пізніше вони стали на бік американців. У 1730 році значна частина могікан переселилася на річку Саськуеханна в Пенсільванії, а пізніше в Огайо, де їх села існували приблизно з 1740 по 1810 рік, після чого їх слід там втрачається, ймовірно, в результаті їх розчинення серед вайандотів (гуронів). Чисельність цих могікан на 1768 рік оцінювалася в 300 осіб. Інша їх частина (громада Хусатонік) близько 1736 року була зібрана в місію біля села Стокбрідж (Массачусетс) на заході Массачусетсу. Ці могікани змогли зберегти свою культуру і самобутність. У XVIII столітті частина могікан була звернена в християнство моравськими братами і стала відома як моравські індіанці (Moravian). Нині моравські індіанці живуть на півдні канадської провінції Онтаріо і вважаються належними до народу делаварів. Під час Семирічної війни, відомої в Америці як Франко-індіанська війна і тривала не сім, а дев'ять років 1754–1763, могікани разом з мохоками боролися на боці англійців проти французів.