Die erste Kritik an Čepičkas Führungsstil ging ebenfalls auf sowjetische Initiative zurück. 1954 regte Chruschtschow die Rehabilitation von Čepičkas Vorgänger Ludvík Svoboda an, der 1950 seiner Ämter enthoben und kurzfristig auch verhaftet worden war. Die tschechoslowakische Führung lehnte dies zunächst ab. Die Folge war eine scharfe Rüge des sowjetischen Parteichefs. Obwohl Čepička in diesem Fall nicht der Hauptverantwortliche war, verfügte die neue Regierung Viliam Široký II während der Präsidentschaft von Antonín Zápotocký noch 1954 eine empfindliche erste Kürzung seiner Kompetenzen. Doch erst infolge des XX. Parteitages der KPdSU 1956, der die Entstalinisierung einleitete, wurde Čepička geopfert und verlor endgültig seinen Ministerposten. Bis 1958 blieb er Mitglied des Zentralkomitees der KSČ und arbeitete als Leiter des Amtes für Erfindungen und Normalisierung. Seit 1959 bezog er, nach einem Infarkt arbeitsunfähig geworden, Invalidenrente.