In der "Barisan Rakyat Timor Timur" (BRTT) wurde Salvador Ximenes Soares daraufhin unter Francisco Lopes da Cruz Generalsekretär. Die BRTT wurde im Juni 1999 mit "Forum Persatuan Demokrasi dan Keadilan" (FPDK, ) zur Vereinigte Front für Osttimor (UNIF) vereinigt, als Dachorganisation der pro-indonesischen Milizen. Nach dem Abzug der Indonesier aus Osttimor und der letzten Gewaltwelle durch indonesische Sicherheitskräfte und den Milizen kehrte Soares in seine Heimat zurück. Er erklärte, Unabhängigkeitsführer Xanana Gusmão hätte ihn persönlich eingeladen.