A captura de Yei também foi um grande sucesso para os aliados do EPLS. Uganda não apenas impediu uma incursão sudanesa no Zaire mas, também, cumpriu seu principal objetivo estratégico durante a ofensiva. A Operação Thunderbolt, além disso, enfraqueceu a Frente do Banco do Nilo Ocidental e a Frente de Resgate Nacional de Uganda (II) em grande parte, diminuindo sua capacidade de combater o governo ugandense e seus aliados. Dos dois, a Frente do Banco do Nilo Ocidental estava em uma situação pior. Como também sofria disputas internas e deserções em massa, a desastrosa derrota no Sudão significou que a "insurgência fosse essencialmente desperdiçada em 1997". Todavia, o governo sudanês continuou a apoiar os resquícios remanescentes da Frente do Banco do Nilo Ocidental e da Frente de Resgate Nacional de Uganda (II) que haviam fugido para o Parque Nacional de Garamba. Os soldados da Força de Defesa Popular de Uganda, portanto, permaneceriam estacionados em e ao redor de Yei até pelo menos 2008, protegendo a área contra os rebeldes pró-sudaneses. Os insurgentes ugandenses que estavam sob custódia do EPLS após a Operação Thunderbolt (incluindo 500–1.000 combatentes da Frente do Banco do Nilo Ocidental) acabaram sendo expatriados para Uganda. A Etiópia também conseguiu obter o que pretendia, ou seja, pressionar o governo sudanês a reduzir seu apoio aos militantes anti-etíopes no Chifre da África. Quando a Etiópia retirou todas as suas tropas do sul do Sudão em maio de 1998 para responder à Guerra Eritreia-Etiópia, a liderança sudanesa havia concedido as principais demandas etíopes.