1862年11月5日、バーンサイドはポトマック軍の司令官に任命され、アメリカ連合国の首都リッチモンドを目指し南下した。12月11日 - 12月15日のフレデリックスバーグの戦いでは、第9軍団は第2軍団と右翼大師団（Right Grand Division）を構成し、エドウィン・サムナー少将がその指揮をとった。第9軍団の兵力は31個連隊、5個砲兵中隊であったが、フレデリックスバーグでは戦死111人、戦傷1,067人、行方不明152人、合計1,330人の損害を受けた。北軍は敗北し、北へ引き上げた。この戦いの後しばらくして、ジョン・セジウィックが軍団長となり、ウィルコックスは師団長に戻った。