Ursprünglich war Flers ein kleines mittelalterliches Dorf, dessen Mittelpunkt seine Kirche war. Seine Geschichte geht bis ins 12. Jahrhundert zurück. Zu dieser Zeit gehörte es der Familie "Aunou", die eine Burg errichten ließ. Im 13. und 14. Jahrhundert ging Flers in den Besitz des Hauses Harcourt über. Das Dorf wuchs und wurde schließlich zu einer Baronie. Zwischen 1527 und 1541 ließ der Baron von Flers an alter Stelle das Schloss Flers errichten. Das Schloss wurde immer wieder umgebaut, vor allem im 18. Jahrhundert, als der Corps de Logis ergänzt wurde. Während des Aufstands der königstreuen Chouans im Zuge der Französischen Revolution war das Schloss zunächst Sitz der Chouans. Es wurde später jedoch von den Republikanern besetzt und im Jahr 1800 in Brand gesetzt. 1820 wurde es zunächst von einer Familie erworben, 1901 ging es in den Besitz der Gemeinde über. Ab 1820 entstanden in Flers viele Textilfabriken. Im Juni 1944 beschlossen die Alliierten, die Stadt zu bombardieren, um die deutsche Verstärkung aufzuhalten. Siebzig Prozent der Stadt wurden zerstört. Flers wurde bis in die 1960er-Jahre wieder aufgebaut. Seit den 1970er-Jahren entstand neben der Textilindustrie in Flers auch eine wichtige Lebensmittelindustrie.