Il continue de progresser à Toulouse et, après une mauvaise entame de l'équipe de France lors du Tournoi des Six Nations 2003, il est rappelé pour les deux derniers matchs du Tournoi face à l'Italie et le Pays de Galles, cette fois comme demi d'ouverture. Cette fois, il répond aux attentes en inscrivant un essai dans chacun de ces deux matchs. Puis, il réalise une excellente fin de saison avec le Stade toulousain qui se hisse jusqu'en finale du Top 14 et surtout remporte la coupe d'Europe. Michalak y inscrit notamment l'essai de la victoire lors de la demi-finale face au Munster.