25 жовтня 2000 в товариському матчі проти збірної Мексики Клейн дебютував за збірну США. 19 січня 2003 в поєдинку проти збірної Канади він забив свій перший гол за національну команду. У тому ж році Кріс у складі національної команди взяв участь у Кубку Конфедерацій. На турнірі він зіграв у матчі проти збірної Бразилії.