По време на Сръбско-българската война през 1885 г. Паприков е началник-щаб на Западния корпус и има заслуги за успешните действия на българските войски при Сливница (5 – 7 ноември) и ръководи операциите срещу Пирот, въпреки че първоначално подкрепя стратегията на княз Александър Батенберг за отстъпление.