Die Hohenburg auf einer Anhöhe am Hirschbach wurde von den Herren von Thann begründet, die sich fortan nach Hohenburg benannten. Um 1180 heiratete der aus dem heutigen Döllnitz in der Oberpfalz stammende Heinrich von Tolnze Irmingard, die Tochter des letzten Hohenburgers. Aus dieser Verbindung entstammt unter anderem der Freisinger Fürstbischof Konrad I. von Tölz und Hohenburg (reg. 1230–1258). Nach dem Tod Gebhards, des letzten männlichen Abkömmlings der Tölz-Hohenburger, gliederte Herzog Ludwig der Strenge spätestens im April 1262 die Herrschaft als Landgericht in seine Landesherrschaft ein, wobei Hohenburg in einem gewissen Umgriff als eigenes Amt innerhalb von Tölz geführt wurde. Sein Nachfolger Rudolf I. reichte dieses Amt 1294 als Lehen an seinen Gefährten und damaligen Tölzer Pfleger Konrad von Egling aus. Nach dem Tod des letzten Eglingers 1396 ging die Herrschaft auf den Schwiegersohn Konrad VI. von Maxlrain über, gefolgt bereits 1397 von seinem Bruder Wilhelm. Unter ihm erfolgte 1410–1420 ein Neubau der Burg. Wiederum in weiblicher Erbfolge kam die Hofmark 1522 an Wolfgang von Schellenberg, den Gemahl Reginas, der letzten Maxlrainerin auf Hohenburg. Deren Sohn Dionys verkaufte 1566 Burg und Gericht an Hanns Paul Hörwarth aus Augsburg, der durch seinen Umzug die bairischen Hörwarth begründete. Hohenburg blieb bis 1800 als Fideikommissgut in dieser Familie, die in diesem Jahr in männlicher Linie ausstarb. 1705 geriet Hohenburg in Mitleidenschaft der Bayerischen Volkserhebung, da sich Hohenburger Untertanen aktiv am Widerstand gegen die österreichischen Besatzer beteiligten. Dieser Aufstand fand sein tragisches Ende in der Sendlinger Mordweihnacht. Laut Johann Nepomuk Sepp waren dabei 158 Mann aus Lenggries beteiligt.