In 1526 viel Marcello Colonna met 3000 soldaten en 800 infanteristen het Vaticaan aan en plunderde het Vaticaans paleis. Paus Clemens VII beschuldigde de Colonna’s van majesteitsschennis en rebellie en brandmerkte ze als vijanden van de Apostolische stoel. De paus excommuniceerde Pompeo Colonna en nam hem de kardinaalshoed af op 21 november 1526. In 1527, bij de plundering van Rome, viel hij samen met de troepen van de keizer Rome binnen om bevriende families te beschermen. Hij bood onder meer onderdak aan de toekomstige paus Julius III.