Tot 25 juni 2001 lag de USS Nimitz in onderhoud en werd de kernbrandstof bijgetankt. Vervolgens kreeg het schip de marinebasis Naval Air Station North Island nabij Coronado aan de Baai van San Diego als nieuwe thuisbasis toegewezen. Op 13 november kwam het daar aan. In 2002 werden nieuwe testen en proefvaarten gedaan. In maart 2003 vertrok het schip opnieuw op missie. In de Perzische Golf loste het in april 2003 de USS Abraham Lincoln (CVN-72) af tijdens Operation Iraqi Freedom in Irak. Op 5 november 2003 keerde de Nimitz weer naar San Diego waar gepland onderhoud werd uitgevoerd. Van mei tot november 2005 bevond het vliegdekschip zich opnieuw in de Perzische Golf.