In Berlin wehrte sich Nabokow publizistisch gegen die strategische Neuausrichtung der Kadetten, die Pawel Miljukow in seinem Pariser Exil vorgeschlagen hatte, nämlich bei der Bekämpfung der Bolschewiki mit den Sozialrevolutionären zusammenzuarbeiten. Nabokow obsiegte, Miljukow blieb er freundschaftlich verbunden und lud ihn nach Berlin ein. Bei dessen Vortrag in der alten Berliner Philharmonie verübte Pjotr Schabelski-Bork, ein monarchistischer Exilrusse, ein Revolverattentat auf Miljukow, dem er verübelte, dass dieser angeblich die Ehre der Kaiserin Alexandra beleidigt habe. Nabokow rang ihn nieder und entriss ihm die Waffe, doch ein zweiter Attentäter namens Sergei Taborizki trat herzu und feuerte dreimal auf Nabokow. Er war nach wenigen Sekunden tot, Miljukow überlebte unverletzt. Die Täter, rechtsradikale russische Emigranten, waren Mitglieder der „Aufbau-Vereinigung“, die die "Protokolle der Weisen von Zion", eine antisemitische verschwörungstheoretische Schmähschrift, nach Deutschland gebracht hatten. Sie wurden festgenommen und wegen Körperverletzung mit Todesfolge zu zwölf bzw. vierzehn Jahren Gefängnis verurteilt. 1927 kamen sie im Rahmen einer Amnestie frei. Im Mai 1936 ernannte das NS-Regime Taborizki und Schabelski-Bork zum Stellvertreter bzw. Sekretär Wassili Biskupskijs, des Leiters der neugegründeten staatlichen „Russischen Vertrauensstelle in Deutschland“. Taborizki arbeitete nach dem deutschen Einmarsch in die Sowjetunion mit der Gestapo zusammen. Nabokow wurde am 1. April 1922 auf dem Russischen Friedhof in Berlin-Tegel beigesetzt.