Em 26 de agosto de 1999, em uma assembléia improvisada, o Pe. Joseph Ageng Marwata, anunciou que o Externato São José estaria fechado por tempo indeterminado devido a "eventos inesperados". Em outubro de 1999 a Escola abriu as portas para abrigar os refugiados da crise timorense de 1999, chegando a receber 5000 pessoas.