После рукоположенния Вайхляйн лишь изредка посещал монастырь в Ламбахе. По свидетельству отца Георга Шёнбергера в 1684 году Романус служил исповедником в небольшом приходе Оберкирхен (ныне коммуна Холленштайн-ан-дер-Ибс в Нижней Австрии). Между 1687 и 1690 (или 1691) годами служит капелланом, музыкальным руководителем и композитором в бенедиктинском женском монастыре Ноннберг в Зальцбурге. В 1691 по просьбе настоятельницы Ноннберга году был назначен музыкальным руководителем и педагогом в монастырь в Южном Тироле, основанный в 1681 ноннбергскими монахинями. Вайхляйн привёз в Забен некоторое количество музыкальных инструментов из Ламбаха. Помимо собственно музыкальной работы так же занимался организацией в театральных постановок: , , , , . В январе 1705 года Вайхляйн вернулся в Ламбах и уже в марте был назначен приходским священником в Кляйнфрауэнхайд. Приход Кляйнфрауэнхайд с преимущественно венгерским населением находился на территории, разорённой и опустошённой в ходе Великой Турецкой войны турецкими войсками и венгерскими повстанцами. В 1692 году Пал Эстерхази передал эти территории монастырю Ламбах для восстановления. Романус Вайхляйн умер в Кляйнфрауэнхайде 8 августа 1706 года по всей видимости от брюшного тифа .