De nieuwe proost, Theodericus van Lynden, wist in 1596 te bewerkstelligen dat een kanunnikenprebende met toestemming van paus Clemens VIII aan de proost werd toegewezen, aangezien hij er, naar eigen zeggen, op toelegde. Na de inname van Maastricht door Frederik-Hendrik in 1632 behield het Luikse kathedrale kapittel het benoemingsrecht van de proosten van Onze-Lieve-Vrouwe. De Staten-Generaal volgden de paus op als collator van het kapittel. De beide aan het kapittel ondergeschikte parochiekerken, de aanpalende Sint-Nicolaas en de Sint-Maarten in Wyck, bleven na 1632 voor de katholieke eredienst behouden, dit in tegenstelling tot het Sint-Servaaskapittel, dat zijn beide parochiekerken in 1633 moest afstaan aan de protestanten. Hoewel de vrijheid van godsdienst was gewaarborgd, was de openbare beleving van het katholieke geloof in processies en reliekentoningen niet langer toegestaan.