Wenige Tage nach der Gründung der PNR, noch im März 1929, erhob sich die Armee unter General José Gonzalo Escobar gegen die Regierung. Portes Gil gelang es mit Hilfe von Bauernmilizen die Rebellen zu schlagen. Außerdem konnte er den seit 1926 andauernden katholisch-bäuerlichen Cristeros-Aufstand beenden. Portes Gil setzte sich, gegen den Willen von Calles, für die Fortsetzung der Agrarreform ein. So erhielten während seiner Amtszeit 692 Dörfer Land zugewiesen. Während der Präsidentschaft von Portes Gil normalisierte sich das Verhältnis Mexikos zu den ausländischen Konzernen. Des Weiteren ebbten die Konflikte des mexikanischen Staates mit der katholischen Kirche ab. Bleibende Verdienste erwarb sich Portes Gil mit der Erteilung der Autonomie an die Nationale Universität Mexikos "(Universidad Nacional Autónoma de Mexico – UNAM)".