1546 trat er dann die Regierung der Grafschaft Lippe an und versuchte während seiner Amtszeit vor allem, den evangelischen Glauben in seiner Grafschaft zu festigen. Dies stieß auf Missfallen des Kaisers Karl V., dessen Truppen im Verlauf des Schmalkaldischen Kriegs (1546–1547) das Land des Grafen besetzten und nach der Niederlage der evangelischen Seite 1548 das Augsburger Interim durchsetzten. In der Folge wurde Lippe zum direkten Reichslehen. 1555 besuchte Bernhard selbst den Reichstag in Augsburg und 1556 berief er eine Versammlung der evangelischen Geistlichkeit in seiner Grafschaft ein. 1556 erklärte er zudem dem Grafen Johann von Rietberg den Krieg und belagerte dessen Hof bis 1557.