מרכז החקירה והביטחון הלאומי (CISEN) נוסד ב-13 בפברואר 1989 על מנת לספק למדינה המקסיקנית סוכנות ביון אזרחית שתתמקד בשינויים חברתיים ופוליטיים באתגרים שנוצרו לאחר סיום המלחמה הקרה. מאז הקמתה, CISEN פיתח מערכת מידע שנועדה להזהיר את האזרחים מפני סיכונים ואיומים על הביטחון הלאומי והכשירה קציני מודיעין רבים. לאורך שנות קיומה, חוותה את מעבר המדינה למערכת פוליטית פלורליסטית, יותר ויותר את המהפכה בתחום התקשורת וטכנולוגיות המידע והאתגרים החדשים שאלה הציבו בפני הביטחון הלאומי. מציאות זו אילצה את CISEN לעבור לתהליך קבוע של שינוי והתגמשות, תוך כדי חקירת מנגנונים חדשים לשיתוף פעולה ולפיתוח יכולות חדשות. זאת, מבלי להזניח את תפקידה המסורתי בענייני ביטחון לאומי. בסוף שנות התשעים, היה למרכז תפקיד מכריע בגיבוש ייעודו ליצור מודיעין אסטרטגי לנטרול איומים, זאת על רקע הקמת משטרת המניעה הפדרלית וסוכנות החקירות הפדרלית. פיגועי הטרור של ה-11 בספטמבר 2001 על הפנטגון ומגדלי התאומים בניו יורק, כמו גם הפיצוצים במדריד ולונדון ב-2004 ו-2005, בהתאמה, סימנו את קו פרשת המים של הארגון וכלל קהילת המודיעין שהחלו להתמקד במאבק הבינלאומי בטרור ובאיום החמור לביטחון ויציבות המדינה.