Con il nuovo allenatore Rafael Benítez, vince subito la Supercoppa italiana contro la Roma(quarto trofeo nel corso dell'anno): il macedone è autore, in chiusura di primo tempo, del momentaneo pareggio prima della doppietta di Samuel Eto'o. Il 18 dicembre, l'Inter si laurea campione del Mondo sconfiggendo per 3-0 il grazie anche ad una sua rete. In campionato l'Inter arriva seconda, dietro al Milan.