Паникьосан от инвазията на генерала от Юга Робърт Лий в Мериленд, Линкълн връща Макклелан на длъжността командващ всички армии около Вашингтон точно навреме за битката при Антиетам през септември 1862 година. Победата в тази битка дава възможност на Линкълн да подпише Прокламацията за освобождение. Линкълн отново освобождава Макклелан веднага след провеждането на изборите за Конгрес от 1862 година и назначава републиканеца Амброуз Бърнсайд да ръководи Армията на Потомак, който поема ангажимент да следва визията на Линкълн за агресивен подход срещу Ричмънд и генерал Лий. След като Бърнсайд е победен категорично в битката при Фредериксбърг, Джоузеф Хукър поема командването, но и той е сразен при Чансълърсвил в май 1863 г. и също е освободен от поста.