但该州北部是玉米带，且靠近像伊利诺伊和艾奥瓦这样的自由州，协助黑奴逃离蓄奴州的地下铁道行动十分频繁，加上沿密苏里河的奉行自由主义的城市工商业繁盛，人口占比高，密苏里州在南北战争时选择了北方阵营，从而免受了战争破坏和战后军事管制的损失。