西藏民主改革前，甘丹寺定编住寺僧人为3300名，实际多时达5000～6000人。1959年藏区骚乱中，古寺遭到近代第一次破坏。1959年成立了僧众民主管理委员会，从上寺庙的教务、学习、生产、生活等皆由僧众民主管理。1962年国务院定为全国重点文物保护单位。