In augustus 2002 werd Mühlberg geëvacueerd vanwege de hoogwaterstand in Centraal-Europa. Op 24 mei 2010, pinkstermaandag, werd de stad opnieuw door een natuurramp getroffen; eerst een zware hagelbui, daarna volgde een tornado. Ruim 300 huizen werden zwaar beschadigd en de kerktoren van het Mariensternklooster viel naar beneden.