Le 18 mai 2015, le ministre de la Défense nationale et des anciens combattants Pontien Gaciyubwenge est limogé après avoir participé à une tentative de coup d'État. Emmanuel Ntahomvukiye est alors nommé ministre à sa place par le président Pierre Nkurunziza, qui le juge « apolitique ». Premier civil à occuper ce poste depuis une cinquantaine d'années, il prend officiellement ses fonctions le 25 mai 2015, et est reconduit le 24 août 2015.