L’université dut cependant interrompre ses cours au cours des journées de 1848 qui secouèrent toute l’Allemagne. Les assemblées générales et les manifestations massives se multipliaient, exigeant la liberté de la presse, le droit de réunion, l'armement de la population, et la création d'un parlement national allemand. Zeuner rejoignit les barricades à Dresde au cours des journées de . Alors que plusieurs de ses compatriotes furent condamnés à mort ou aux travaux forcés, Zeuner fut gracié : il put terminer ses études, et passa même sa thèse de doctorat à l'Université de Leipzig en 1853, mais fut interdit d'enseigner par toutes les universités saxonnes.