С 1992 по 2001 год Альберто Койоте выступал в сборной Мексики. В её составе он стал победителем Золотого кубка КОНКАКАФ в 1993 году, а также бронзовые медали Кубка короля Фахда в 1995 году (современный Кубок конфедераций). Также Альберто выступал на Кубке Америки в 1995 году. За сборную полузащитник провёл 54 матча.