Nachdem er sich 1827 sich von allen Handelsgeschäften zurückgezogen hatte, um sich ganz den öffentlichen Aufgaben widmen zu können, wurde Benecke am 2. März 1835 zum Bürgermeister gewählt. Bei dem großen Hamburger Brand 1842 führte er den Vorsitz im Senat und hatte unter anderem in der Nacht vom 5./6. Mai über die zur Eindämmung des Feuers erfolgte Sprengung des (alten) Hamburger Rathauses zu entscheiden. Als Bürgermeister war er außerdem Patron des Armenhospitals in der Vorstadt St. Georg und kaufte 1841 und 1844 zwei Grundstücke, deren Zinsertrag den Lebensunterhalt mehrerer bedürftiger Frauen sicherte. Er unterhielt zudem aus eigenen Mitteln eine Suppenküche, die jeden Tag 300 Arme mit einer warmen Mahlzeit versorgte. Nach seinem Tode vermachte er ein Drittel seines Vermögens an wohltätige Einrichtungen der Stadt, darunter das Rauhe Haus und den Sievekingschen Diakonieverein.