Vid krigsutbrottet 1939 var Korten stationerad vid Luftflotte 4 i Österrike. Året därpå överflyttades han till Luftflotte 2 och deltog bland annat i luftkriget över Storbritannien. År 1941 kom han åter till "Luftflotte 4" och tog del i Balkanfälttåget och Operation Barbarossa. Under slaget vid Stalingrad 1942–1943 var Korten befälhavare för först I. Fliegerkorps och senare Luftwaffenkommando Don. I augusti 1943 begick chefen för Luftwaffes generalstab, Hans Jeschonnek, självmord och Korten efterträdde då denne.