2000 Avrupa Futbol Şampiyonası sonrasında Mustafa Denizli, Fenerbahçe ile anlaştı. Yardımcılığına Oğuz Çetin'i alan Denizli, sezona Almanya kampı ile başladı. Sezona 4 maçta 3 galibiyet 1 mağlubiyet ile başladı. 5. hafta Beşiktaş ile oynanan maçta 3-0 yenilirlerken, Denizli o sıralar var olan 5+1 yabancı kuralını unutarak maçın ikinci yarısı yaptığı değişiklikler sonucu sahaya 6 yabancıyla çıktı. Beşiktaş'ın galibiyeti 3-0'lık hükmen galibiyet olarak tescillendi. Denizli ve yönetim arasında sorunlar baş gösterdi. Ancak daha sonra toparlanan takım ilk yarıyı Galatasaray'ın ardından averajla bitirdi. İkinci yarı 25. haftaya kadar puan kaybı yaşamadılar. Şampiyonlar adaylarından Gaziantepspor'a karşı ilk yarısını 3-0 kaybettikleri maçı 4-3'e çevirdiler. Sonraki hafta Trabzonspor'a yenilip, ikinciliğe düşseler de sonraki maç Kadıköy'de Galatasaray'ı 2-1 yenip liderliğe tekrar geldiler ve son üç maçlarını da kazanıp şampiyon oldular. Kupayı ise finalde penaltılarla kaybettiler. Denizli, böylece Galatasaray'dan sonra bir başka büyük takım olan Fenerbahçe'yi de şampiyon yapıyordu. Fenerbahçe'yi şampiyon yapan ilk Türk teknik direktör oldu.