Durante la guerra nel Nord il partito si divise tra pacifisti e sostenitori della guerra contro gli Stati Confederati d'America che accettarono di appoggiare Lincoln. Tra questi vi fu Andrew Johnson, che fu vicepresidente e succedette a Lincoln dopo la sua morte per assassinio nel 1865. Nell'immediato dopoguerra la vita politica degli Stati Uniti fu comunque monopolizzata dai Repubblicani, che sospesero temporaneamente dall'Unione alcuni Stati meridionali e ammisero al voto gli ex schiavi afroamericani, per cui il Partito Democratico fu per qualche tempo fuori gioco. Johnson accusò il Partito Repubblicano di avere dissolto l'Unione invece di restaurarla e di avere «assoggettato dieci Stati, in tempo di pace, al dispotismo militare e alla supremazia negra». Peraltro nel sud molti membri del Partito Democratico appoggiarono le attività del Ku Klux Klan, fondato infatti da Nathan Bedford Forrest e altri Democratici Condederati nel 1865. Come appunto dichiarato dallo storico Eric Foner (Democratico lui stesso), "In effetti il Klan era una forza militare che agiva negli interessi del Partito Democratico".