Sommaren 1963 nådde spänningarna inom NOI sin höjdpunkt. Malcolm trodde att Elijah Muhammad var avundsjuk på hans popularitet (det fanns också flera äldre präster som var avundsjuka). Malcolm såg med kritiska ögon på "Marschen till Washington för arbete och frihet" (där bland annat Martin Luther King Jr. framförde sitt tal "I have a dream") och kunde inte förstå varför svarta människor var så upphetsade över en demonstration som "anordnades av vita framför en staty av en president som har varit död i hundratals år och som inte gillade oss när han levde". När han ombads kommentera mordet på John F. Kennedy svarade han att det var "chickens coming home to roost," och tillade att "Chickens coming home to roost never made me sad. It only made me glad." Denna kommentar ledde till en del ramaskri och att NOI beordrade Malcolm att vara tyst i det offentliga. Även om han behöll sina uppdrag och sin position i hierarkin inom NOI förbjöds han av Elijah Muhammad att tala offentligt i nittio dagar. Malcolm lydde.