Škrilec kehrte 2004 an die slowenische Botschaft in Budapest zurück. Als Botschaftsrätin war sie für den Bereich Wirtschaft zuständig. Im Februar 2006 wurde sie Stellvertreterin des Botschafters Ladislav Lipič. Von Juni bis September 2007 und von Dezember 2008 bis Mai 2009 amtierte Škrilec als Geschäftsträgerin. Danach wurde sie 2010 im Ministerium Projektleiterin der Wirtschaftsdelegationen des Präsidenten und Ministerpräsidenten in der Abteilung für Wirtschaftsdiplomatie. Im folgenden Jahr wurde sie zur Bevollmächtigten Ministerin ernannt und leitete die Abteilung für Globale Herausforderungen. Zu ihren Aufgaben gehörte die nationale Koordination der Ziele für nachhaltige Entwicklung (SDG) und die slowenische Teilnahme an der Konferenz der Vereinten Nationen über nachhaltige Entwicklung (Rio+20). Sie nahm an der UN-Klimakonferenz in Doha 2012 teil.