Kolejnym zadaniem Cromwella było „przywrócenie porządku” w Irlandii. Ta w większości katolicka wyspa pozostawała wierna Domowi Stuartów. Cromwell przybył na wyspę w sierpniu 1649 i pozostawał tam przez 9 miesięcy. 15 sierpnia przypłynął do Dublina. Następnie zajął porty Drogheda i Wexford. W każdym z tych miast Armia Nowego Wzoru dokonała masakry mieszkańców (3500 w Drogheda i 2000 w Wexford). Po upadku Wexfordu (październik 1649), Cromwell wysłał część swojej armii do Ulsteru, sam zaś przystąpił do oblężenia Waterford, Kilkenny i Clonmel na południowym wschodzie Irlandii. Przy oblężeniu pierwszego i ostatniego z tych miast doznał jednak porażki. Udało mu się jednak przeciągnąć na stronę parlamentu protestanckich rojalistów. 26 maja 1650 opuścił Irlandię, gdyż doszły go wieści, że syn Karola I, Karol II Stuart, został ogłoszony królem w Szkocji i szykuje się do najazdu na Anglię.