Estonsko uplatňovalo politiku neutrality, ale to dva mocné sousedy příliš nezajímalo. Sovětský svaz a nacistické Německo podepsaly 23. srpna 1939 Pakt Ribbentrop–Molotov. V dohodě se obě mocnosti dohodly na rozdělení zemí, které se mezi nimi nacházejí (Polsko, Litva, Lotyšsko, Estonsko a Finsko), přičemž Estonsko spadlo do sovětské „sféry vlivu“. Rusové od té doby hledali záminku k vydírání. Stal se jí incident s ponorkou Orzel. Po německé invazi do Polska našla tato polská ponorka útočiště v Tallinnu. Když na Polsko zaútočil 17. září i Sovětský svaz, Estonci umožnili polské ponorce uniknout. Sovětský svaz pak obvinil Estonsko z porušení neutrality. 24. září 1939 vyhlásil ultimátum, že mu estonská vláda musí poskytnout vojenské základny na svém území. Päts vyhověl, ale to Rusům stejně nestačilo. V červnu 1940 provedli invazi. Päts vyzval lid, aby se nebránil. Musel pak podepsat množství prosovětských a protiústavních dekretů a pak byl Sověty zatčen.