Das Leavenworth County wurde am 30. August 1866 als Original-County aus als frei bezeichneten – in Wirklichkeit aber von Indianern besiedelten – Gebiet des Kansas-Territoriums gebildet und gehört zu den ersten 33 Countys, die von der ersten Territorial-Verwaltung gebildet wurden. Benannt wurde es – ebenso wie die Bezirkshauptstadt – nach Henry Leavenworth (1783–1834), einem Offizier im Krieg von 1812.