У серпні 2002 року Тотті отримав серйозну травму коліна, через яку вибув з ладу на півтора місяці і пропустив початок сезону. Лише 20 вересня він знову з'явився на полі, вийшовши на заміну в грі з «Болоньєю». 24 вересня забив перший м'яч у сезоні, вразивши ворота «Модени» з пенальті. Після цієї гри у Тотті трапився конфлікт з Фабіо Капелло; він був пов'язаний з поганим мікрокліматом у команді, через що клуб невдало стартував у Серії А.