Активно використовувались GBU-10 і під час іншої конфлікту на Балканах, а саме — військової кампанії НАТО проти Югославії. Застосування GBU-10 ускладнювалося через часті тумани та низьку хмарність: під час операції тільки 24 із 78 днів мали сприятливі для нанесення авіаударів погодні умови. Через це основною високоточною зброєю американської авіації в конфлікті стали бомби класу JDAM, яким на відміну від боєприпасів з лазерним наведенням не заважали ні туман, ні низька хмарність. Якщо під час операції в Боснії GBU-10 використовували тільки американці, то тепер і їх союзники по НАТО, у першу чергу бельгійці та голландці. Наприклад, за час конфлікту бельгійські F-16 за допомогою бомб GBU-10 та GBU-12 знищили на землі три югославських винищувача МіГ-29, при цьому підсвічування цілей для них здійснювали голландські літаки.