Войдя в состав Османской империи, Босния лишилась своего флага на чуть менее чем триста лет. Первое упоминание флага Боснии за этот период встречается в 1760 году, когда использовался пашами из западной и южной Герцеговины во время сражений, в частности, похожий флаг использовался в Хотинской битве 1673 года. В отличие от османского флага, фон был зелёным, а не красным, а полумесяц со звездой были повёрнуты не вправо, а влево. В 1833 году, после создания , он стал её официальным флагом. В 1831 году капитан (градоначальник) города Градачац Хусейн Градашчевич поднял восстание против османского ига. Флаг повстанцев напоминал предыдущий, но полумесяц со звездой были жёлтыми и были обращены вправо, как на флаге Османской империи. Вновь в Боснии и Герцеговине восстание вспыхнуло в 1875 году, и тогда повстанцы использовали бело-красный биколор (белая полоса сверху, красная снизу), на верхней полосе присутствовали красные полумесяц и звезда. Флаг Боснийского вилайета, на территории которого велось восстание, был очень похож на флаг повстанцев Градашчевича. После временного успеха повстанцев и провозглашения независимого государства, использовался флаг Боснийского вилайета. Тем не менее, во время коронации императора Священной Римской империи Фердинанда II королём Венгрии в 1618 году использовался апокрифичный флаг Боснии, представлявший герб боснийского феодала Стефана Вукшича-Косачи (рука, одетая в серебряные латы, держит такую же саблю с золотой рукоятью на червлёном фоне) на синем полотнище.