Apesar das tensões separatistas em toda a década de 1990, a Crimeia permaneceu uma república autônoma dentro da Ucrânia. Muitos esperavam que o primeiro presidente pós-soviético da Rússia, Boris Yeltsin, pressionasse para uma reintegração da Crimeia com a Rússia após o colapso da União Soviética, porém Yeltsin em última análise, não insistiu o assunto. Em vez disso, o estatuto jurídico da Crimeia como parte da Ucrânia foi reconhecido pela Rússia, que se comprometeu a defender a integridade territorial da Ucrânia no memorando assinado em Budapeste em 1994. Este tratado foi também assinado pelos Estados Unidos, Reino Unido e França. No mesmo ano, o nacionalista russo Yuri Meshkov venceu a eleição presidencial de 1994 na Crimeia e organizou um referendo sobre o estatuto da região. A Ucrânia revogou a constituição da Crimeia e aboliu o cargo de Presidente da Crimeia, em 1995. Outros empreendimentos e o futuro das bases russas da Frota do Mar Negro também têm sido um ponto de discórdia nas relações russo-ucraniana. Embora o presidente da Rússia, Dmitry Medvedev, e o presidente deposto da Ucrânia, Viktor Yanukovich, assinassem em 21 de abril de 2010 um novo acordo pelo qual a base naval de Sevastopol continuaria em mãos russas por mais 25 anos até 2042, em troca de a Ucrânia receber o equivalente a 40 bilhões de dólares por uma redução substancial, de 30%, no preço do gás russo nos próximos dez anos.