הגרמנים פלשו ליוון ב-6 באפריל 1941, שלושה שבועות לאחר מכן, כאשר עמדו לפני כיבוש אתונה, נמלט פטרוס לכרתים. הוא היה אחד הקצינים האחרונים מצבא יוון שהתפנו מאתונה. בכרתים היה לראש מטהו האישי של המלך. ב-20 במאי כבשו הגרמנים את כרתים. משפחת המלוכה נאספה על ידי משחתת בריטית ופונתה לאלכסנדריה. עם זאת, עקב מדיניותו הפרו-איטלקית של פארוק, מלך מצרים, לא התקבלה משפחת המלוכה היוונית בסבר פנים יפות וחבריה התפזרו ללונדון ולדרום אפריקה. לפטרוס וארינה הותר להתאחד שוב בירושלים.