28 мая 1890 года Владимир Павлович был назначен главным командиром Санкт-Петербургского порта, а 28 марта 1893 года был произведен в чин вице-адмирала. В 1896 году Верховский был переведен на должность начальника Главного управления кораблестроения и снабжения. Его деятельность на этом посту способствовала упадку русского флота, завершившемуся поражением в Цусимском сражении. Тем не менее, 6 декабря 1899 года он был награждён орденом Белого орла. 14 апреля 1902 года Владимир Павлович был назначен членом Адмиралтейств-совета. 1 января 1903 года он был награждён орденом Святого Александра Невского, а в 1904 году был произведен в чин адмирала.