בשנת 1958 ז'ואאו בטיסטה פיגיירדו הועלה דרגת לוטננט קולונל. בין השנים 1959–1960 עבד בשירות המחלקה השלישית של המטה הכללי של הכוחות המזוינים. בשנת 1961 עבד בתור המזכיר הכללי של המועצה לביטחון לאומי. בשנת 1964 הועלה פיגיירדו לדרגת קולונל ומונה לראש הסוכנות הלאומית לשירות המודיעין (SNI) בריו דה ז'ניירו. פיגיירדו אמנם לא היה מעורב בהפיכת 1964 שהחלה את הדיקטטורה הצבאית בברזיל אך עם הזמן נכנס לשורות הכת הצבאית ששלטה בראש הדיקטטורה. בשנת 1966 הועבר בתפקיד לפקד על חיל המוצב הציבורי בעיר סאו פאולו, ובשנת 1967 על בריגדת חיל הפרשים המוצבת בריו דה ז'ניירו, שם שהה עד 1969, אז הועלה לדרגת מייג'ור גנרל. ז'ואאו פיגיירדו הועלה בידי הנשיא הצבאי, ארטור דה קוסטה אה סילבה, לדרגת הפיקוד העליון של ​​הארמייה השלישית, זמן קצר לאחר מכן עמד בראש הקבינט הצבאי של הנשיא אמיליו גרסטזו מדיסי. בשנת 1974 הוא הועלה לדרגת גנרל וקיבל מחדש את תפקיד ראש הסוכנות הלאומית לשירות המודיעין, תפקיד אותו מילא עד 1978.