Після перемоги коаліції шістьох партій (СДП-ХСЛП-ХСП-Ліберальна партія-ХНП-ДАІ) на парламентських виборах 2000 р. Івіца Рачан пропонує Будіші місце голови хорватського Сабору, від чого він відмовляється, сподіваючись виграти президентські вибори 2000 року. Після поразки в другому турі від Степана Месича стає депутатом парламенту. У зв'язку з поділом голосів у ХСЛП щодо вотуму довіри уряду Івіци Рачана з приводу видачі хорватських генералів суду в Гаазі влітку 2001 р. Будіша подає у відставку з посади голови ХСЛП, але на партійному з'їзді в лютому 2002 року знову стає головою ХСЛП.