I 1559 forlenedes han med Han Herreds Provsti. I april 1563 blev han rigsråd. Samme år blev han som følge af krigen proviantmester og fik sammen med 3 andre rigsråder et overtilsyn i Jylland. Da han i 1567 ombyttede Aalborg med Helsingborg Len, som han beholdt til sin død, kom han i nærheden af krigsskuepladsen og kom derved til at spille en aktiv rolle i krigsbegivenhederne. For at støtte Daniel Rantzau på dennes tog ind i Sverige sendtes han i efteråret 1567 sammen med Bjørn Kaas og Jørgen Marsvin i spidsen for en større styrke, som 1. december stod i Småland, hvor de udstedte en proklamation til befolkningen, men få dage efter måtte de hastigt trække sig tilbage over grænsen, tvunget hertil af et mytteri mellem deres egne. I 1569 blev det overdraget Brahe, Jørgen Bille og Steen Bille at føre tilsyn med den skånske grænses forsvar. Den fred, der det næste år blev sluttet, kom Brahe ikke længe til at nyde godt af, da han allerede 9. maj 1571 døde på Helsingborg Slot. Han blev begravet i Kågerød Kirke ved Knudstrup.