Euro 2000 öncesi kadroya seçilen Nedvěd, ayak bileğinden sakatlandığı için antrenmanlarda yer alamadı. Hollanda ile yapılan ilk maçta tartışmalı bir penaltı golüyle 1-0 yenildiler. Fransa ile yaptıkları ikinci maçta 1-0 geridelerken kendisine ceza sahasında yapılan faulle kazanılan penaltıyı Karel Poborský gole çevirip 1-1 beraberliği yakaladı. Çektiği iki şutu Fransız kaleci Fabien Barthez kurtardı ve Fransa bir gol daha atarak 2-1 kazandı. Danimarka ile yaptıkları üçüncü maçta ise 2-0 kazandılar. Ancak bu galibiyet gruplardan çıkmalarına yetmedi ve elendiler. Euro 2000 sonrasında Nedvěd, Jiří Němec'in yerine kaptan oldu.