De geschiedenis van West-Zeeuws-Vlaanderen, en dus ook van Groede, is sterk getekend door de vele overstromingen, al dan niet natuurlijk van aard. Terwijl de 13de eeuw in het teken stond van massale inpoldering, is het einde van de 14de eeuw en het begin van de 15de eeuw voornamelijk een periode van overstromingen. De bekendste zijn de Sint-Elisabethsvloed in 1404, 1421 en 1424 en de stormvloed in 1375/1376. Tijdens de Tachtigjarige Oorlog (1568-1648) waren er vele militaire inundaties. Tussen 1583 en 1612 stond Groede blank. Enkel de kerktoren was nog zichtbaar. Tijdens het Twaalfjarig Bestand (1609-1621), een rustpauze in de gevechten, kwam de streek op adem. Onder meer Jacob Cats investeerde in inpolderingen in de omgeving van Groede. In Groede begon men al snel met de heropbouw: in 1613 werden dijken gebouwd en nog in datzelfde jaar stond er reeds een nieuwe Waalse kerk. De eerste kerkrekeningen dateren van 1615.