Zwischenzeitlich war auch Morell selbst als möglicher Nachfolger für Petraeus gehandelt worden. Wegen seiner Rolle im Fall des Bengasi-Anschlages auf die US-Botschaft in Libyen war Morell 2012 in die Kritik geraten. Morell soll Einfluss auf Formulierungsvorlagen für Regierungs- und Kongressmitglieder genommen haben, um die Rolle islamischer Terroristen bei dem Anschlag herunterzuspielen. Im Januar 2013 trat er als amtierender CIA-Direktor ab, im Juni auch als stellvertretender CIA-Direktor. Seit März 2013 stand John O. Brennan der CIA vor, ein früherer Sicherheitsberater von US-Präsident Obama. Morell verließ die CIA nach 33 Jahren mit der Begründung, mehr Zeit für seine Familie haben zu wollen. In der Folgezeit arbeitete Morell als Sicherheitsberater im Weißen Haus. Präsident Obama berief ihn als Mitglied seines Konsultativen Geheimdienstrates.