I början av oktober 1939 utnämndes Krüger till Högre SS- och polischef (HSSPF) i Generalguvernementet, den del av Polen som var under tysk ockupation och inte inlemmades i Tredje riket. Som HSSPF hade han ett övergripande ansvar för Aktion AB, den tyska plan som syftade till att mörda den polska intelligentian och överklassen samt de personer som misstänktes för antitysk verksamhet. På order av Krüger förövade Sicherheitspolizei (Sipo) och Ordnungspolizei (Orpo) den 12 oktober 1941 en massaker på omkring 12 000 judar i Stanislau i distriktet Galizien. Massakern blev känd som "Der Stanislauer Blutsonntag", den blodiga söndagen i Stanislau.