Ranskan valtauksen jälkeen Bokassa palveli Vapaan Ranskan afrikkalaisessa yksikössä. Hänen sotilasuransa jatkui Ranskan armeijassa myös toisen maailmansodan jälkeen, ja hän palveli asevoimissa Indokiinan sodassa. Bokassa osallistui muun muassa Điện Biên Phủn taisteluun, jossa Ranska kärsi tappion. Hänet ylennettiin vuonna 1956 vänrikiksi. Vuonna 1961 hän oli jo kapteeni.