Borowski zgłosił się do Kierownictwa Marynarki Wojennej w Paryżu 15 grudnia 1939. 7 stycznia 1940 otrzymał przydział jako komendant wojskowy na „SS Warszawa”, który przewoził polskich uchodźców, a także służył jako transportowiec wojskowy; kapitanem „Warszawy” był wówczas Tadeusz Meissner. M.in. woził wówczas uzupełnienia dla Samodzielnej Brygady Strzelców Karpackich walczącej pod Tobrukiem, a także pływał w konwojach. Pełnił funkcję komendanta wojskowego „Warszawy” do 2 września 1941. W lipcu tego roku wniósł o obniżenie mu stopnia wojskowego, by mógł służyć na okręcie wojennym. 21 sierpnia tego roku obniżono mu stopień do kapitana marynarki, a od 3 września był oficerem broni podwodnej na niszczycielu „Garland”, a od 28 lutego 1942 do 31 maja tego roku p.o. zastępcy dowódcy. Brał na nim udział w walkach na Morzu Śródziemnym oraz w konwojach. Podczas eskorty konwoju PQ-16 w maju 1942 został poważnie ranny w lewe oko i w brzuch. Przebywał w szpitalu w Murmańsku, a następnie w Wielkiej Brytanii.