2014 errang Gerben Thijssen seinen ersten nationalen Titel, als er belgischer Jugend-Meister im Omnium wurde. In weiteren Disziplinen stand er auf dem Podium. Im Jahr darauf hatte er seine ersten internationalen Erfolge: Er wurde Dritter der Junioren-Weltmeisterschaft im Punktefahren sowie gemeinsam (mit Robbe Ghys) Vize-Europameister der Junioren im Zweier-Mannschaftsfahren. 2016 gewann Thijssen bei den Junioren-Europameisterschaften mit Jules Hester eine Silbermedaille im Zweier-Mannschaftsfahren sowie eine Bronzemedaille im Punktefahren.