In 1641 brak de Elfjarige Oorlog uit, die begon met de opstand van 1641. Hierbij werden vele Engelse protestanten omgebracht, die zich als Engelse en Schotse kolonisten in zogenaamde "plantations" gevestigd hadden. De Ieren zouden daar zwaar voor boeten. Olivier Cromwell herstelde hardhandig het gezag (Slag bij Drogheda, 1649) en grote gebieden gingen opnieuw in Engelse handen over.