Le 12 juillet, il entre dans la baie d'Aboukir avec deux vaisseaux de ligne anglais, quelques frégates, plusieurs vaisseaux de guerre turcs et 120 bâtiments de transport. Le 26 messidor (14 juillet 1799), Sidney Smith débarque à Aboukir une armée turque venue porter le coup de grâce aux soldats français. Elle est attaquée et écrasée par Bonaparte le 7 thermidor (25 juillet) lors de la bataille d'Aboukir. C'est lors de cette bataille que Kléber déclare : « Général, vous êtes grand comme le monde ! »