1865年4月林肯總統遇刺時，主謀者約翰·威爾克斯·布思另外安排刺殺约翰逊，企圖加上對時任美國國務卿威廉·亨利·西華德的刺殺，使美國聯邦政府陷入癱瘓。但是喬治·阿澤羅德特因為害怕，沒有對约翰逊下手，刺殺行動失敗。事後布斯在追捕過程中被聯邦士兵射殺，喬治·阿澤羅德特等四名同夥均被處絞刑。林肯遇刺身亡後，安德魯·约翰逊以副總統繼任為總統。就任總統後，作为民主党人的他繼續沿用林肯內閣，因此仍被视为共和党政府。之後的重建時期，作為南方民主黨人，由於在南方重建採取妥協及同情南方的立場（他曾兩次擔任田納西州州長），與控制國會絕大多數的共和黨議員意見不合，使他于1868年成為美國歷史上首位被彈劾的總統，但最終在參議院以一票之差避過彈劾的命運，而他亦顺利完成總統任期。