Bevoegdheidsgeschillen met gouverneur-generaal Hans Frank leidden op 9 november 1943 tot zijn ontslag. Vanaf november 1943 tot april 1944, commandeerde Krüger de 7. SS-Freiwilligen-Gebirgs-Division Prinz Eugen in bezet Joegoslavië. Aansluitend nam hij het commando van de 6. SS-Gebirgs-Division Nord over en was van augustus 1944 tot februari 1945, opperbevelhebber van het V. SS-Freiwilligen-Gebirgskorps. In februari 1945 was hij Himmlers gevolmachtigde voor het Duitse "Südost-Front", in april en mei 1945 commandeerde hij een kampfgruppe van de Ordnungspolizei in de Heeresgruppe Süd, die vanaf 1 mei 1945 als Heeresgruppe Ostmark werd aangeduid.