コカ生産者組合と急進的先住民族グループ、特にエボ・モラレス（社会人民主義者のリーダーでありサンチェスの最大の政敵）及びフェリペ・キスペ（農民同盟の指導者で、1980年代にテロリストとゲリラに関係したとして投獄された経験を持つ）は、ボリビアガス紛争と呼ばれる暴動を引き起こした。彼らはボリビアの天然ガス資源をチリに輸出しようというサンチェスの計画を止めようとした。暴動を阻止できず、ラパス市とエルアルト市が先の見えない混乱に陥ったために、サンチェスは2003年10月17日に辞任に追い込まれた。また、同日ボリビアからアメリカ合衆国に脱出した。