Nel 1799 d'Hautpoul comandò le brigate di cavalleria di Ney, Lecourbe e Baraguey d'Hilliers nel resto della campagna in Svizzera nordorientale. Nella campagna tedesca del 1800 servì Moreau distinguendosi nelle battaglie di Biberach e Hohenlinden, nella quale la sua cavalleria pesante fu fondamentale per la vittoria sulla fanteria difensiva austriaca.