En diciembre de 1849, después de la renuncia de José María Castro Madriz, se llevan a cabo las primeras elecciones en el país por medio de las cuales se eligió a un presidente. El ganador de esta elección fue el entonces candidato liberal y exvicepresidente del Estado, Juan Rafael Mora Porras, quien fue el que condujo al país a la victoria sobre los filibusteros encabezados por William Walker en la Campaña Nacional de 1856 y 1857. Mora Porras sería reelegido nuevamente en 1853 y en 1859. Durante esta época, las elecciones representaban un papel secundario en la selección del presidente, limitándose a una función legitimadora simbólica. Los presidentes eran escogidos mediante una serie de alianzas políticas entre la burguesía cafetalera y el ejército​ hasta el comienzo del Estado Liberal. Juan Rafael Mora Porras fue depuesto forzosamente de su cargo en agosto de 1859, lo que condujo a que se realizaran elecciones presidenciales en 1860, donde resultaría electo José María Montealegre Fernández, un fuerte opositor a la presidencia de Mora. Esta fue la segunda ocasión en la que un periodo presidencial se veía interrumpido desde la creación del cargo, siendo la primera la renuncia realizada por José María Castro Madriz a la presidencia en 1849.