Rodríguez spillede gennem sin karriere 51 kampe for det uruguayanske landshold, hvori han scorede fire mål. Han debuterede for holdet 17. februar 2000 i en venskabskamp mod Ungarn. Han var en del af den uruguayanske trup til VM 2002 i Sydkorea/Japan, og spillede alle holdets kampe i turneringen, der endte med exit efter det indledende gruppespil.