A causa d'un conflicte religiós, quan un esportista d'Halicarnàs de nom Agasicles es va quedar amb el trofeu que havia guanyat en uns Jocs dedicats a Apol·lo, en comptes de dedicar-lo al deu, com era tradicional. Per aquest motiu les altres cinc ciutats la van excloure de la Lliga Dòrica segurament cap al , segons diu Heròdot. La lliga va passar a anomenar-se "Pentàpolis dòrica". Al , el regne de Lídia la va sotmetre, i la va mantenir fins a la seva caiguda, quan va passar a Pèrsia segurament l'any 546 aC. A començaments del , amb la revolta de Jònia, es va independitzar, però es va haver de sotmetre altre cop a Pèrsia cap al 494 aC, si bé va conservar la seva autonomia interna i la seva prosperitat i força; en aquests anys, depenia del sàtrapa de Sardes o Lídia. Ligdamis I va assolir la tirania el 494 aC; la seva vídua (o filla) Artemísia I la Valenta va lluitar al costat de Xerxes en la batalla de Salamina. Ligdamis va ser nomenat sàtrapa de Cària (satrapia de vegades independent i d'altres era una sub-satrapia de Lídia) i els seus descendents van governar tota Cària, amb una certa independència de Pèrsia fins que el 386 aC, els perses en van assolir un domini més directe; el sàtrapa o sobirà més conegut va ser Mausol, que va traslladar la capital de Milàs a Halicarnàs. La seva dona i germana, Àrtemis II de Cària, li va erigir un monument funerari que ha donat nom a aquestes edificacions per la seva esplendidesa, conegut com a "Mausoleu d'Halicarnàs", que era considerat una de les set meravelles del món antic.