Infolge der Reformation wurde der Ordensstaat ein Herzogtum und Livland wurde dabei lutherisch. Der Livländische Krieg dauerte von 1558 bis 1583. Als Teil des Ordensstaates wurde Livland nach dem Ende des livländisch-litauischen Krieges durch die Union von Wilna (28. November 1561) aufgeteilt. Estnische Landesteile gingen an Schweden, einige kleinere Gebiete fielen an Dänemark oder kamen unter polnische Hoheit. Kurland wurde als Erbherzogtum vom letzten Deutschordensmeister Herzog Gotthard Kettler unter polnischer Oberherrschaft geführt, der restliche Teil kam zum vereinten Polen-Litauen. Riga kam nach kurzer Unabhängigkeit, ebenso wie einige der dänischen Besitzungen, ebenfalls zu Polen.