Ha sido internacional con la Selección de fútbol de Honduras en cinco ocasiones. Su debut fue en un amistoso contra el en noviembre de 2012. El seleccionador de entonces, Luis Fernando Suárez, lo convocó para la Copa de Oro 2013 al año siguiente. El 29 de agosto de 2014, con Hernán Medford como seleccionador, se anunció que Fuentes había sido convocado para disputar la Copa Centroamericana 2014 con .