Genauso wie viele andere Siedlungen der heutigen griechischen Region Makedonien ist auch der gegenwärtige Ort Loutrochori eine Neugründung aus den Jahren 1912/13 und 1923 durch Flüchtlinge der kleinasiatischen Katastrophe und nach der Vertreibung der Pontosgriechen. Von 1941 bis 1944 war Loutrochori von deutschen Truppen besetzt, anschließend von Mitte 1947 bis März 1950 Schauplatz des griechischen Bürgerkriegs und zeitweise unbewohnt.