In seguito tutti gli ebrei convertiti ed i loro discendenti sarebbero stati chiamati "nuovi cristiani" o "marranos". Venne loro concesso un periodo di grazia di 30 anni durante i quali non sarebbe stata consentita alcuna indagine sulla loro reale fede; questo periodo venne successivamente esteso fino al 1534. Tuttavia una rivolta popolare scatenatasi nel 1506 (il Massacro di Lisbona) portò alla morte di migliaia di ebrei e all'esecuzione dei capi rivoltosi da parte di Manuele I. Quelli che furono etichettati come "nuovi cristiani" rimasero sotto la sorveglianza dell'inquisizione portoghese dal 1536 al 1821.