五代十国吴越国时期，为解决附近军队的饮水问题，吴越王钱镠开井九十九眼，称“百井”，如今多已消失。宋代时仁和县署迁移至此，为招贤坊仁和县巷；明代时称为兴贤坊。清代始称百井坊巷。20世纪一二十年代，民国建立后，政府拆除前清杭州驻防城，将城中蒙满居民迁移到百井坊巷地区，为安置旗人还建设了住宅，俗称“十八间头”；这也是杭州最早的公建住宅。1966年，文革期间曾改称人民路，文革后恢复为“百井坊巷”。1984年7月21日，杭州下城区政府重修古井遗迹，留存的钱王井已经被列入市级文物保护点。2009年，杭州市政府发布了《百井坊巷地区有机更新城市设计》，提出要将百井坊巷地区建成“以商业、商务为核心，结合居住、配套文化为一体的综合功能区”。