Alors que l'avenir de Kobayashi semble difficile après deux saisons en demi-teinte en GP2, Toyota l'appelle à l'occasion du Grand Prix du Japon 2009 pour remplacer l'Allemand Timo Glock, malade lors des essais libres du vendredi et victime d'un sérieux accident lors des qualifications, ce qui l'oblige à déclarer forfait pour la course.