19 декабря 1990 года Баия дебютировал в составе сборной Португалии, одержав победу в товарищеском матче против сборной США (1:0). До 2002 года провёл 80 матчей за сборную, выйдя на поле на чемпионатах Европы 1996 и 2000 годов, а также на чемпионате мира 2002 года. На Евро-2000 отбил пенальти в исполнении Арифа Эрдема в матче 1/4 финала против сборной Турции.