Ranskan tunnustettua Iranin islamilaisen tasavallan vuonna 1986 MEK siirsi päämajansa Irakiin. Siellä MEK:n aseellinen siipi järjestäytyi vuonna 1987 Massoud Rajavin johtamaksi Kansalliseksi vapautusarmeijaksi (NLA). Se oli hyvissä väleissä Irakin diktaattori Saddam Husseinin hallinnon kanssa, jolta se sai rahoitusta ja aseita. Sen jäsenet jopa taistelivat Irakin–Iranin sodassa Irakin puolella. Tämän vuoksi monet iranilaiset alkoivat pitää heitä maanpettureina. MEK:n ja NLA:n keskuksena Irakissa toimi Bagdadin lähelle perustettu Ashrafin leiri. Aivan Irakin–Iranin sodan lopussa MEK suoritti heinäkuussa 1988 Iranin alueelle suuren hyökkäyksen, jonka oli Rajavin mukaan tarkoitus nostattaa vallankumous Iranissa. Yli tuhat MEK:n jäsentä kuoli tuhoontuomitussa operaatiossa ja moninkertainen määrä Khomeinin hallinnon sen seurauksena määräämissä poliittisten vankien joukkoteloituksissa.