Осенью 1648 года Марек Собеский участвовал в избрании на польский королевский трон Яна II Казимира Вазы. Участвовал в борьбе с восставшими украинскими казаками. Марк и Ян Собеские во главе собственных надворных хоругвей служили под командованием воеводы русского, князя Иеремии Михаила Вишневецкого. Конная рота (100 чел.) Марека Собеского находилась с начала 1649 года в составе польской армии. Он был избран послом на коронационный сейм и участвовал в торжествах по случаю коронации Яна II Казимира. В 1649 году во главе собственной хоругви, которая входила в состав дивизии подчашего коронного Николая Остророга, участвовал в обороне Збаража (июль — август), а также в многочисленных стычках с казаками. 13 июля 1649 года был награждён за отражение казацкого штурма на збаражский замок. Приобрёл значительную популярность в армии и поддержку Иеремии Вишневецкого.