По наређењу Наполеона, Египатски научни институт је основан крајем августа 1798. године у Каиру и његов председник је био Гаспар Монж. Сама организација института је урађена по угледу на Француски институт. У њему се налазила библиотека, неколико лабораторије, радионица и разне колекције. Међутим, радионица није служила само за истраживања, већ је снабдевала и војску потребном опремом. Бројни инструменти су морали да се направе у Каиру како би се надокнадили они који су били изгубљени када је потопљена француска флота у августу 1798. године током Битке код Абукира и протеста у Каиру у октобру исте године. Осим што су се бавио истраживањем и снабдевањем војске, Институт је такође публиковао журнал ("La Decade Egyptienne") и новине ("Courier de L'Egypte").