新教和天主教之間的緊張局勢在16世紀後半葉愈演愈烈，《奧格斯堡和約》的約束力開始失效，趨於瓦解。由於一些改宗新教的親王主教拒絕放棄對教區的統治權，作為回應，哈布斯堡家族、帝國天主教諸侯和西班牙人尋求奪回對上述教區的控制。1583年至1588年間的科隆戰爭是在此背景下發生的。事件的緣由是因科隆選侯格布哈特·特魯赫澤斯·馮·瓦爾德堡改宗加爾文派，由於其是帝國的選帝侯（選侯），勢必會導致選侯中新教勢力強過天主教，新教徒會被選為國王和皇帝可能性出現。西班牙軍隊隨後驅逐了格布哈特，先前在選舉中以十票對十二票輸給格布哈特的恩斯特被重新選舉為科隆大主教，後者來自維特爾斯巴赫家族。此後，天主教區域內巴伐利亞公國、維爾茨堡等地的“教隨國立”政策變得嚴厲而且苛刻，這導致了天主教轄區內的路德派信徒只能在改宗和流亡之間選擇。原先信奉新教路德派的諸侯國，如：萊茵-普法爾茨、拿騷、黑森-卡塞爾、勃蘭登堡-普魯士先後改宗加爾文派。因此在十七世紀初，萊茵河畔、多瑙河南岸是以天主教占多數，新教路德派在神聖羅馬帝國和北歐佔多數，加爾文派立足於帝國中西部、瑞士、荷蘭。三個教派的信徒無處不在，然而，在一些獨立領地和帝国自由城市，三派信徒人數處於均等。