Pendant la Seconde Guerre mondiale, au cours de la campagne de Crimée de l'automne 1941, la ville tombe aux mains des Allemands de la "11. Armee". Le , les Soviétiques débarquent à Eupatoria qui se soulève contre l'occupant nazi, avec l'aide des partisans. Les Allemands, qui acheminent des renforts reprennent la ville peu de jours après. La ville est définitivement libérée en 1944.