Maaliskuussa 1991 88,7 % kirgisialaisista äänesti Neuvostoliitossa pysymisen puolesta. Neuvostoliiton vallankaappauksen jälkeen elokuussa 1991 presidentti Askar Akajev ja varapresidentti German Kuznetsov kuitenkin erosivat kommunistisesta puolueesta, jonka koko johto erosi, ja korkein neuvosto julisti tasavallan itsenäiseksi. Akajev valittiin presidentiksi ilman vastaehdokkaita lokakuussa 1991 ja uudelleen 1995.