A comienzos de ese mismo siglo bajo el mandato del abad Pierre I se había procedido a reconstruir íntegramente la abadía, siguiendo el estilo románico que imperaba en aquella época. En el siglo posterior se reforma el claustro empezando ya a denominarse Saint-Guilhem-le-Désert. También a finales del XII se trasladan de la cripta a un sarcófago de mármol en el altar mayor los restos de Guillermo I para ser objeto de veneración pública.