Λίγους μήνες μετά τη γέννηση του διαδόχου, ξέσπασε η επανάσταση του 1688 - γνωστή καλύτερα ως η ένδοξη επανάσταση. Τον Δεκέμβριο του 1688 η Μαρία φεύγει για Γαλλία με τον γιο της. Οι συνωμότες κάλεσαν την μεγαλύτερη κόρη του Ιακώβου, Μαρία, με τον σύζυγό της, Γουλιέλμο, να πάρουν το θρόνο. Ο Ιάκωβος καταφέρνει να φύγει και να επανενωθεί με την οικογένειά του στις 23 Δεκεμβρίου. Στην εξορία, έζησαν ως φιλοξενούμενοι του Λουδοβίκου ΙΔ΄ της Γαλλίας στο κάστρο του Σεν Ζερμέν αν Λεγιέ.