Због непослушности у Лисабонском инциденту Сењавин је пао у немилост и више није командовао ратним бродовима. Бавио се само администрацијом лука. Међутим остао је јако популаран, тако да су за време устанка декабриста, завереници планирали да он постане члан привремене владе. Када је избио Грчки рат за независност 1821, грчки устаници су тражили руског цара да им пошаље чувенога Сењавина, али њиховом захтеву није удовољено. Тек после смрти цара Александра I Романова, нови цар Николај I Романов поставио га је на чело Балтичке флоте.