Ele estudou para o sacerdócio em Veracruz durante um período de perseguição religiosa da Guerra Cristera e, assim, assistiu a aulas subterrâneas que eram conduzidas em segredo e passava a maior parte do tempo administrando aos pobres e doentes, ajudando também a conduzir Missas secretas para evitar a detecção. Ele chamou a atenção do Bispo São Rafael Guízar Valencia, que começou a orientar o seminarista e também a tornar-se um amigo íntimo. O sucessor de Valência - Manuel Pío López - o nomeou acólito (aquele que prepara as celebrações litúrgicas) em 16 de julho de 1939. Foi ordenado sacerdote em 21 de dezembro de 1940 e tornou-se professor e diretor espiritual, sendo nomeado prefeito de teólogos entre 1940 e abril de 1947, quando foi confessor das Irmãs de Banderilla. Como confessor popular, ele costumava passar de seis a oito horas no confessionário com pessoas que esperavam até meia-noite para vê-lo.