Santinis måske mest prestigefulde trænerjob kom, da han fra 2002 til 2004 stod i spidsen for Frankrigs landshold, som han førte til guld ved Confederations Cup 2003. Han kvalificerede også holdet til EM i 2004. Her gik man videre fra den indledende runde, men blev i kvartfinalen besejret af de senere mestre fra Grækenland.