Après la dissolution de l'Union soviétique en 1991, le club est placé au sein de la nouvelle troisième division russe. Ses performances sportives restent cependant très similaires à sa période soviétique, et après deux saisons décevantes, il est relégué en quatrième division à partir de 1994. Il connaît à partir de là ses premières performances notables, terminant notamment cinquième de la sixième zone en 1996. Il retrouve par la suite le troisième échelon en 1998 après la disparition du quatrième niveau professionnel, où il joue quatre autres saisons avant de retrouver le troisième échelon du fait de la disparition du quatrième échelon professionnel.