Sein Schiff wurde kurz nach Beginn des Ersten Weltkriegs während der Seeschlacht bei den Falklandinseln am 8. Dezember 1914 versenkt. Ancker zählte zu den 187 geretteten deutschen Seeleuten und er befand sich ab diesem Zeitpunkt in britischer Kriegsgefangenschaft. Nach seiner Freilassung am 1. September 1917 und der Rückkehr nach Deutschland wurde er am 17. September zunächst der II. Marine-Division zugeteilt. Dort erfolgte zwei Tage später seine Beförderung zum Kapitänleutnant und Ancker wurde dann bis über das Kriegsende hinaus als Adjutant im Personalamt der Marinestation der Nordsee verwendet. In dieser Funktion erfolgte seine Übernahme in die Reichsmarine.