Nothdurfter besuchte zunächst das Franziskanergymnasium in Bozen, studierte in der Folge in London Theologie und ging in den frühen 1980er Jahren als Jesuiten-Novize nach Lateinamerika, um sich für arme Bevölkerungsschichten zu engagieren. Dort schloss er sich in der Folge dem Ejército de Liberación Nacional an, mit dem er, "Comandante Miguel" genannt, den bolivianischen Coca-Cola-Repräsentanten Jorge Lonsdale entführte. Am 5. Dezember 1990 wurden Nothdurfter und die Geisel von Scharfschützen erschossen.