Montoyan viimeiseksi Formula 1 -osakilpailuksi jäi kaudella 2006 Yhdysvaltain GP. Montoya aloitti kolarirysän törmäämällä tallitoveriinsa Kimi Räikköseen, jolloin molempien McLaren-tallin autojen kilpailu päättyi ensimmäiseen mutkaan. Kilpailun jälkeen Montoya ilmoitti siirtyvänsä NASCAR-sarjaan. McLaren vapautti hänet sopimuksestaan ja korvasi loppukauden ajaksi testikuski Pedro de la Rosalla. Montoya saavutti kauden aikana 28 pistettä sijoittuen MM-sarjan kahdeksanneksi.