En tant que "Haupsturmführer" dans la SS, Mohnke monte au front dans les rangs de la SS « Leibstandarte SS Adolf Hitler », lors de la campagne de Pologne en , puis en tant que "Sturmbannführer" dans la Waffen-SS, il participe à l’invasion des Balkans au , dans laquelle il perd un pied. Après plusieurs vaines tentatives de doter la « Leibstandarte » d’une composante blindée, il est transféré dans un bataillon de réserve, puis nommé commandant d’un régiment de la SS « Hitlerjugend » qui vient d'être créée.