Το 1064, ο Σάντσο Ραμίρεθ, Βασιλιάς της Αραγωνίας, και οι Φράγκικές Χριστιανικές δυνάμεις του, με επικεφαλής τον Γουλιέλμο Η´της Ακουιτανίας και τον Γουλιέλμο του Μοντρεΐλ της Νορμανδίας, εισέβαλαν στην πόλη, η οποία την εποχή εκείνη ήταν μέρος του εμιράτου της Σαραγόσας. Αυτή η επίθεση, που προκάλεσε πάνω από 50.000 θύματα, είναι γνωστή ως η Πολιορκία του Μπαρμπάστρο. Ωστόσο, το επόμενο έτος, η πόλη ανακαταλήφθηκε από τους Μαυριτανούς. Το 1101 κατακτήθηκε από τον Πέτρο Α´ της Αραγωνίας, ο οποίος την έκανε έδρα της επισκοπής. Το Μπαρμπάστρο έκτοτε ακολούθησε την ιστορία της Αραγωνίας και της Ισπανίας.