Em 14 de outubro de 2011, a Federação Islandesa de Futebol anunciou que tinha designado Heimir como auxiliar-técnico da Seleção Islandesa de Futebol e como técnico principal Lars Lagerbäck . A Islândia classificou para o "play-off" da repescagem da Copa do Mundo de 2014, no entanto, perdeu a vaga para a Croácia. Pouco tempo depois, Heimir e Lagerbäck assinou um novo contrato, dessa vez como co-técnicos. Apos a Eurocopa de 2016, com a aposentadoria de Lagerbäck, Heimir então se tornará o único técnico da Seleção Islandesa de Futebol, e ira comandar a seleção no mundial de 2018 na Rússia.