Alors qu'il remplit avec zèle son double devoir de soldat et d'historien, éclate au Portugal la Restauration de la dynastie nationale de Bragance. Du fait de son ascendance, Melo est immédiatement considéré par les Espagnols comme un suspect à neutraliser. Dans les lettres mêmes de notification à Vélez de la révolution portugaise est ordonnée l'arrestation de D. Francisco Manuel de Melo qui est saisi, chargé de fers et conduit à la capitale espagnole, où il passe quatre mois en prison. Libéré en mai 1641, il est nommé par le gouvernement espagnol maître de camp et destiné aux Flandres. C'est au cours de ce voyage par terre vers les Flandres, en territoire français, que D. Francisco rencontre Philippe Hérule Puteau (Van de Putte), fils d'Erick Van de Putte, successeur de Juste Lipse à Louvain, épisode qu'il raconte, dans l"'Hospital das letras".