Nach seiner Ausbildung war Ernst Bregant kurz auf dem Schlachtschiff "Gneisenau". Von 10. Juli 1941 bis 2. September 1942 war er wieder auf der "Emden", mit der er auf der Ostsee Matrosennachwuchs ausbildete. Nach seiner Beförderung zum Leutnant zur See und erfolgreich absolvierter Weiterbildung in Mürwik diente er vom 3. September 1942 bis zum 23. Oktober 1943 als dritter Funktechnikoffizier (3. FTO) auf dem Schweren Kreuzer "Lützow" in Nordnorwegen, wo die "Lützow" im Altafjord lag. Am 31. Dezember 1942 kam es in der Schlacht in der Barentssee zu schweren Gefechten mit britischen Geleitstreitkräften des Nordmeergeleitzuges JW 51B.