Na een jaar werd duidelijk dat zijn taak erin zou bestaan landvoogd Alva te helpen met het berechten van opstandige edelen en ketters in de Nederlanden. Op 22 augustus 1567 kwamen ze samen aan in Brussel, waar hij onmiddellijk begon met het opzetten van de Raad van Beroerten. Del Rio werd zelf een kopstuk van deze uitzonderingsrechtbank, die een schijn van legaliteit moest verlenen aan beslissingen die uiteindelijk door de landvoogd werden genomen. Waar hij vooral het inhoudelijke werk deed, stond Juan de Vargas bekend als de opvliegende gunsteling die de praktische leiding nam en opereerde Jerónimo de Roda eerder in de schaduw. Del Rio verhoorde tal van hoge heren, onder wie Lamoraal van Egmont en Antoon van Stralen. Hij kreeg ook diverse delicate terreinopdrachten toevertrouwd. Na de nietsontziende plundering van Mechelen in oktober 1572, die door Alva als een straf van God werd geduid, moest hij de orde gaan herstellen en de schuldigen vervolgen. Het volgende jaar werd hij charterbewaarder van Vlaanderen en lid van de Geheime Raad. Dat was een beloning voor onvoorwaardelijke trouw, want als voormalig favoriet van kardinaal Granvelle had hij Alva's gunst moeten verdienen.