1519 untersagte der damalige Pfarrer Heinrich Bullinger (Vater des Reformators Heinrich Bullinger) dem päpstlichen Ablassprediger Bernhardin Samson das Predigen und setzte so das erste Zeichen für die Reformation. In den Jahren darauf kam es in Bremgarten wegen der Auseinandersetzung um die Reformation zu beinahe bürgerkriegsähnlichen Zuständen. 1529 setzte Bremgarten den Sohn und Reformator Heinrich Bullinger als Pfarrer ein, der zwei Jahre lang tätig war. Durch die politischen Umwälzungen des Zweiten Kappelerkrieges kehrte Bremgarten am 4. Oktober 1532 wieder zum katholischen Glauben zurück und wählte als neuen Kirchenpatron Nikolaus von Myra. Die Kirche als ganzes Gebäude wurde zum dritten Mal in ihrer Geschichte rekonziliert.