1958年の革命によりイラクは一転して東側陣営になったものの、日本との友好関係は継承された。1960年1月、在イラク日本公使館が大使館に格上げ。同年、在日イラク公使館も大使館に格上げされた。1963年2月8日、王政打倒のクーデターの立役者で約4年半ほど権力の座にあったアブドルカリーム・カーシム首相がクーデターに遭って失脚、翌日に処刑される。以後、1968年7月17日にバアス党による無血クーデターが起こってバアス党による一党独裁体制が確立するまで、バアス党との二派を中心とした権力闘争が続くが、いかな凄惨な権力闘争であろうとも、それがイラク国内にとどまる限りは日本との関係を阻害する要因とはならなかった。この間、1964年9月7日には日本とイラクとの間で貿易協定が発効し、1968年5月7日には司法共助取極が発効している。