Klasztor zbudowany został w 1088, został silnie ufortyfikowany ze względu na piratów oraz Turków seldżuckich. W 1208 wyspę zdobyła Wenecja. Po upadku Konstantynopola około stu rodzin osiedliło się na Patmos. Na początku XVI w. kontrolę nad wyspą przechwycili Turcy.