С 1998 года — заместитель Главнокомандующего внутренними войсками Министерства внутренних дел Российской Федерации. С мая 1999 года — заместитель Главнокомандующего внутренними войсками Министерства внутренних дел Российской Федерации по чрезвычайным ситуациям. Активный участник отражения вторжения боевиков в Дагестан в августе-сентябре 1999 года и второй чеченской войны. В 2000—2001 годах — командующий группировкой внутренних войск МВД России на Северном Кавказе. С 4 июня 2004 года — временно исполняющий обязанности командующего Объединенной группировкой войск (ОГВ) по проведению контртеррористических операций на территории Северо-Кавказского региона (сменил на этом посту генерал-полковника В. П. Баранова, получившего тяжелое ранение в результате террористического акта в Грозном 9 мая 2004 года). Исполнял обязанности командующего до июля 2005 года. Вновь был командующим ОГВ в течение нескольких месяцев 2006 года.