Vom 5. März 1893 bis zum 5. März 1897 diente Lamont als U.S. Kriegsminister im Präsident Clevelands Kabinett. Während seiner Amtszeit drängte er zu Aufnahme eines Dreibataillon Infanterieregiments als Teil einer allgemeinen Modernisierung und der Verstärkung der Armee. Außerdem empfahl Lamont die Errichtung einer Gedenkstätte für die Armee und drängte den Kongress die wichtigsten Schlachtfelder so zu markieren, wie es im Fall von Antietam war. Er empfahl auch, dass die Gebiete, die von den Apachen Häftlinge am Fort Sill verwendet werden, für ihren dauerhaften Gebrauch erworben werden und ihr Gefangenenstatus beendet wird.