Jominis sveitsiske patriotisme var sterk og han trakk seg tilbake fra koalisjonsstyrkene da han innså at han ikke kunne hindre brudd på Sveits' nøytralitet. Bortsett fra hans kjærlighet for fedrelandet var hans ønske om å studere, lære og praktisere krigskunst hans viktigste drivkraft. Ved det kritiske øyeblikket i slaget om Eylau utbrøt han følgende: «Om jeg var den russiske kommandanten for to timer!». Da han sluttet seg til koalisjonsstyrkene fikk han grad som generalløytnant og ble utnevnt til rådgiver (fransk: aide-de-camp) for Aleksander I av Russland. Han ga viktig assistanse til koalisjonsstyrkene under felttoget i Tyskland høsten 1813. En anklage om at han hadde avslørt antall, stillinger og hensikter den franske arméen hadde ble i ettertid av Napoléon avvist som grunnløs. Som sveitsisk patriot og fransk offiser avslo han å ta del i passeringen av Rhinen ved Basel og den påfølgende invasjonen av Frankrike.