Linken debyytti Saksan maajoukkueessa tapahtui 15. marraskuuta 1997. Hän sai jalkapallon MM-kisoista 2002 hopeaa ollen joukkueen avainpelaajia. Turnauksen jälkeen hän ilmoitti lopettavansa maajoukkueuransa. Hän pelasi kuitenkin vielä yhden maaottelun 2004, sillä maajoukkueen valmentaja Jürgen Klinsmann pyysi henkilökohtaisesti häntä mukaan paikkaamaan loukkaantumisista kärsinyttä puolustusta. Linke pelasi yhden ottelun Itävaltaa vastaan, kunnes lopetti lopullisesti uransa maajoukkueessa. Hän pelasi yhteensä 43 maaottelua ja teki niissä yhden maalin.