1799年にはロシアのフョードル・ウシャコフ提督が諸島を占領した。1800年3月21日、ロシアとオスマン帝国による共同の保護国として七島連合共和国（イオニア七島連邦国、）が建国された。これは、コンスタンティノープルの陥落以来はじめてギリシャ人の自治が限定付きながら認められたものであった。しかしながら1807年、アイラウの戦いでフランスがロシアを破ると、ティルジット条約によりイオニア諸島はフランス帝国の支配下に戻されることになった。