Mia Khalifa föddes den 10 februari 1993 i Beirut, Libanon. Hon och hennes familj lämnade sitt hem och flyttade till USA i januari 2001 på grund av den pågående konflikten i södra Libanon. Hennes familj är katoliker och hon uppfostrades i denna tro i, vad hon beskriver som, "ett mycket konservativt hem", men är inte längre en praktiserande katolik. Khalifa gick i en fransk privatskola i Beirut där hon lärde sig engelska. Efter att ha kommit till USA bodde hon i Montgomery County i Maryland, och spelade lacrosse när hon gick i high school. Khalifa har beskrivit hur hon blev mobbad i skolan för att ha varit "den mörkaste och konstigaste tjejen i skolan" – något som förvärrades efter 11-september-attackerna.