Під час боротьби за незалежність Ірландії будівля чотирьох судів серйозно постраждала в ході бойових дій. Під час Великоднього повстання воно було зайняте батальйоном повстанців під командуванням Неда Дейлі, після чого піддалося бомбардуванню британської артилерії, під час якої центр Дубліна був частково зруйнований. Ще більшої шкоди будівлі було завдано під час громадянської війни. 14 квітня 1922 року воно було зайняте частинами республіканців на чолі з Рорі О'Коннором. Після декількох місяців протистояння, частини Тимчасового уряду Ірландії за наказом командувача Майкла Коллінза атакували будівлю, що призвело до тижня бойових дій в Дубліні. В ході обстрілу 29 червня Історична будівля була зруйнована. 30 червня вже при здачі захисників будівлі в її західному крилі стався потужний вибух, що знищив Національний архів Ірландії, розташований в задній частині будівлі. В результаті цього вибуху загинули цінні архівні документи майже за тисячу років. З приводу причин вибуху немає єдиної думки. Є оцінки, що архів був замінований і підірваний республіканцями. Прихильники республіканців, зокрема майбутній прем'єр-міністр Ірландії Шон Лемасс, заперечували навмисний характер вибуху, стверджуючи, що вони використовували архів як сховище боєприпасів, а вибух був викликаний їх випадковою детонацією.