Nach einem kurzzeitigen Bündnis "Kydonias" mit Makedonien, das 220 v. Chr. auf Kreta interveniert hatte, um die Verhältnisse zu stabilisieren, verlor Makedonien 196 v. Chr. nach dem zweiten Krieg gegen Rom die Hegemonie über Griechenland. Wieder unabhängig, kam es erneut zu Kriegen der rivalisierenden kretischen Städte untereinander. 189 v. Chr. kämpfte "Kydonia" gegen "Knossos" und "Gortyn", 184 v. Chr. eroberte die Stadt wegen Auseinandersetzungen um die Kontrolle über das "Diktynnäische Heiligtum" auf der Halbinsel "Rodopou" die Polis "Polyrrhenia" mit der Hafenstadt "Phalasarna". Diese Konflikte endeten erst 67 v. Chr. mit der Besetzung der Insel durch die römischen Truppen.