Społeczno-polityczne konsekwencje ludobójstwa odczuwane są w Burundi do dnia dzisiejszego. Nienawiść i nieufność podsycane pamięcią o ludobójstwie były jedną z kluczowych przyczyn, które doprowadziły najpierw do masakr na tle etnicznym w sierpniu 1988, później natomiast – do klęski rozpoczętego na początku lat. 90. procesu demokratyzacji oraz wybuchu wieloletniej wojny domowej, w której poniosło śmierć blisko 300 tys. ludzi (1993–2005). O ile bowiem wcześniej stosunki pomiędzy przedstawicielami obu grup etnicznych układały się mimo wszystko w miarę poprawnie (zwłaszcza na prowincji), o tyle masakry 1972 roku trwale podzieliły Hutu i Tutsi. Pamięć o ludobójstwie wywarła w szczególności olbrzymi wpływ na kształtowanie się tożsamości grupowej Hutu, którzy postrzegali odtąd siebie samych jako społeczność naznaczoną męczeństwem, natomiast Tutsi – jako grupę jednoznacznie obcą i wrogą. W obozach dla uchodźców na terenie Tanzanii i Rwandy, gdzie po ludobójstwie 1972 roku schroniły się dziesiątki tysięcy Hutu, pielęgnowano nienawiść wobec Tutsi i postawy odwetowe. Tworzyły się tam radykalne organizacje Hutu, których bojownicy dokonywali zbrojnych rajdów na terytorium Burundi. W jednym z obozów dla uchodźców – w Mishamo na terenie Tanzanii – Rémi Gahutu założył w kwietniu 1980 roku ugrupowanie o nazwie "Parti de Libération du Peuple Hutu" (PALIPEHUTU). Stało się ono wkrótce najsilniejszym i najbardziej radykalnym ugrupowaniem ekstremistów Hutu. Po rozpadzie PALIPEHUTU, do którego doszło na początku lat 90., powstały na jego bazie najbardziej radykalne i nieprzejednane organizacje Hutu, w szczególności tzw. "Forces Nationales de Libération" – FNL, które dopuściły się licznych zbrodni podczas wojny domowej w latach 1993–2005.