Castillo kwam 23 keer (vijf doelpunten) uit voor de nationale ploeg van Colombia in de periode 1999–2005. Hij maakte zijn debuut op woensdag 31 maart 1999 in de vriendschappelijke uitwedstrijd tegen Venezuela (0-0), net als doelman Agustín Julio (Independiente Santa Fe), Pedro Portocarrero (Independiente Santa Fe), Manuel Galarcio (Atletico Junior), Franky Oviedo (America de Cali), Johnnier Montaño (Quilmes), Héctor Hurtado (America de Cali), Gustavo Del Toro (Independiente Santa Fe) en Orlando Ballesteros (Atletico Bucaramanga). Castillo won in 2001 met Colombia voor eigen publiek het toernooi om de Copa América.