Anschließend musste er nach Deutschland zurückkehren und wurde nach seiner Genesung ab Oktober 1942 zum Generalinspekteur der Panzertruppe geschickt. Als Oberst (Beförderung am 1. Juni 1942) war er kurzzeitig im Januar/Februar 1944 als Kommandeur die 20. Panzer-Division eingesetzt. Es folgte vom 8. Februar 1944 bis 21. Februar 1944 das Kommando über die 6. Panzer-Division und anschließend bis 18. September 1944 das Kommando über die 1. Panzer-Division an der Ostfront. Die Division wurde im Hube-Kessel eingeschlossen. Marcks sollte daraufhin zu einem Ausbruch bewegt werden. Hierfür war sogar vorgesehen ihn zu verhaften. Marcks schloss sich aber freiwillig an. Im April 1944 wurde er zum Generalmajor befördert. Er erkrankte und musste abermals ein Kommando deswegen abgeben.