Po německé invazi v dubnu 1941 se Jugoslávie rozpadla a k moci se dostali pravicoví extremisté. Na území Chorvatska a Bosny a Hercegoviny byl vyhlášen fašistický Nezávislý stát Chorvatsko. Pozderac se na podzim 1941 připojil ke komunistickým partyzánům. Účastnil se prvního zasedání Aantifašistické rady národního osvobození Jugoslávie (AVNOJ), pořádaného v Bihaći v listopadu 1942. Sám byl zvolen místopředsedou Výkonného výboru AVNOJ.