לקראת הבחירות של 2006 החליט להתמודד על המושב בבית הנבחרים של ארצות הברית ממנו פרש חבר הקונגרס הדמוקרטי הוותיק מרטין סאבו. בבחירות המקדימות גבר על מספר מועמדים, בהם ראש הצוות של סאבו, עם 41% מהקולות. במהלך מסע הבחירות קרא אליסון ליציאה ארצות הברית מעיראק ולסיום המלחמה בה. הוא התריס על אופן הטיפול של ממשלת ארצות הברית בנפגעי הוריקן קתרינה וכן על נסיונותיו של ממשל בוש לאסור הפלות מלאכותיות. בבחירות הכלליות אליסון זכה ברוב של 56%.