Während des Zweiten Weltkrieges standen 1941 griechische, britische, australische und neuseeländische Truppen auf Kreta. Sie sollten die Insel gegen die Deutschen und Italiener halten, um die britische Schifffahrt im Mittelmeer zu sichern. Das gelang nicht, ab dem 20. Mai 1941 war Kreta Schauplatz des Unternehmens Merkur, der ersten großangelegten Luftlandeoperation im Zweiten Weltkrieg, mit dem Ergebnis, dass die Insel von deutschen und italienischen Truppen erobert wurde. Der anschließende Partisanenkampf, dem sich große Bevölkerungsteile anschlossen, führte zu eskalierenden Kriegsverbrechen. So wurden auf Befehl des deutschen Generaloberst Kurt Student am 2. Juni 1941 die meisten männlichen Bewohner des Ortes Kondomari erschossen und die Stadt Kandanos zerstört. Am 14. September 1943 wurden in der Gemeinde Viannos 500 Bewohner, zumeist Frauen und Kinder erschossen. Am 20. Mai 1944 umstellten Einheiten unter dem Befehl des deutschen Kommandanten der "„Festung Kreta“" General Bruno Bräuer das jüdische Viertel (278 Mitglieder) der Stadt Chania. Flüchtende Einwohner wurden erschossen, alle anderen per Schiff nach Iraklio gebracht und zwei Wochen später nach Griechenland deportiert. Der ehemals griechische Frachter "Tanais" ("Danae"), der die überlebenden Mitglieder der jüdischen Gemeinde zusammen mit Hunderten griechischer Geiseln und einigen italienischen Kriegsgefangenen nach Athen bringen sollte, wurde am 9. Juni 1944 von dem britischen U-Boot "Vivid" torpediert und sank. Nur vier der jüdischen Einwohner Chanias sollen überlebt haben.