Główne cele programowe NSZ zostały sformułowane w "Deklaracji Narodowych Sił Zbrojnych" z lutego 1943. Należały do nich przede wszystkim: walka o niepodległość Polski i jej odbudowę z granicą wschodnią sprzed 1939 (ustaloną na mocy traktatu ryskiego z 1921), a zachodnią na linii rzek Odry i Nysy Łużyckiej (tzw. koncepcja marszu na zachód), przebudowa systemu sprawowania władzy (wzmocnienie pozycji prezydenta i senatu w celu przeciwdziałania chaosowi parlamentarnemu), decentralizacja organów administracji w celu rozwinięcia samorządów, wzmocnienie pozycji rodziny w społeczeństwie, a także edukacja oparta na katolickich zasadach etycznych, utworzenie tzw. Katolickiego Państwa Polskiego, armii narodowej do obrony wspólnoty narodowej przed totalitaryzmami niemieckim i sowieckim i katolickiego państwa wyznaniowego oraz ograniczona reforma rolna i oparcie gospodarki państwa na własności prywatnej. NSZ cechował zdecydowanie wrogi stosunek do podziemia komunistycznego. Narodowe Siły Zbrojne występowały zarówno przeciwko hitlerowskim Niemcom, jak też ZSRR, który po klęsce wojsk niemieckich pod Stalingradem został uznany za wroga nr 1. Oficjalnie stwierdzał to rozkaz nr 3 z lutego 1944. Organizacja ta była zarazem przeciwko idei AK zorganizowania powszechnego powstania antyniemieckiego. Jednocześnie NSZ uznawała Polski Rząd na Uchodźstwie z siedzibą w Londynie. W pracy ideowo-wychowawczej i propagandzie (wydawano ok. 70 własnych czasopism) żołnierzom wpajano ducha walki o niepodległość Polski, eksponowano nacjonalizm i wiarę katolicką, potępiano komunizm, atakowano tzw. partyjniactwo i wpływy dawnych piłsudczyków w AK, przeciwstawiano się dotychczasowej roli Żydów w społeczeństwie i postulowano jej ograniczenie w przyszłej Polsce.