Peel zrezygnował ze stanowiska w 1827 r., kiedy premierem został George Canning. Peel nie zgadzał się z premierem w sprawie równouprawnienia katolików, które popierał Canning. W 1828 r. Peel ponownie stanął na czele Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, kiedy premierem został jego protektor, książę Wellington. Peel był wówczas uznawany za drugą osobę w stronnictwie torysów, po zwycięzcy spod Waterloo.