Für das Referendum zur Unabhängigkeit Osttimors von Indonesien 1999 kehrte Magno in ihre Heimat zurück. Nach Bekanntgabe des Ergebnisses, das sich für die Unabhängigkeit aussprach, kam es zu massiven Angriffen von pro-indonesischen Milizen auf die Bevölkerung. Magno und ihre Familie floh, wie viele andere Einwohner nach Kupang in Westtimor. Als auch hier Milizen die Flüchtlinge attackierten, floh die Familie weiter nach Bali und kehrte erst nach Eintreffen der internationalen Eingreiftruppe INTERFET im Oktober 1999 nach Osttimor zurück.