Menestyksen myötä Fakhir nimitettiin tammikuussa 2006 Marokon maajoukkueen uudeksi päävalmentajaksi ranskalaisen Philippe Troussierin tilalle. Fakhir joutui valmentamaan maataan suoraan vuoden 2006 Afrikan mestaruuskisoissa, jossa se jäi alkulohkoon. Hän jatkoi tehtävässään myös vuoden 2008 Afrikan kisojen karsinnoissa ja onnistui luotsaamaan maansa kisoihin, mutta sai karsintojen jälkeen potkut elokuussa 2007.