La Khan entrò nell'Alto Commissariato delle Nazioni Unite per i Rifugiati (UNHCR) nel 1980, e lavorò ricoprendo diverse mansioni nella sede centrale e in operazioni sul campo, per promuovere la protezione internazionale dei rifugiati. Nel periodo 1991-95 fu "Senior Executive Officer" di Sadako Ogata, l'allora Alto Commissario dell'ONU per i rifugiati. Fu nominata capo missione dell'UNHCR in India nel 1995, più giovane rappresentante nazionale dell'UNHCR all'epoca, e nel 1998 guidò il Centro per la ricerca e la Documentazione dell'UNHCR. Guidò la squadra dell'UNHCR in Macedonia del Nord (all'epoca Repubblica di Macedonia) durante la crisi del Kosovo nel 1999, e venne nominata Vice Direttore della Protezione Internazionale più tardi nello stesso anno.