Военните действия в Испания не са непосредствена част от Войната на петата коалиция, но я предпоставят. Окуражена от неуспехите на Наполеон, Австрия решава за пореден път да му отправи предизвикателство. В началото на 1809 г. ерцхерцог Карл навлиза с армията си в Бавария. Французите обаче вече са наясно с австрийските планове и реагират навреме. На 16 април императорът пристига в Щутгарт и поема командването на Великата армия. След серия бързи и добре обмислени операции той принуждава противника си да отстъпи и месец по-късно влиза във Виена. Няколко дни по-късно се разиграва битката при Асперн-Еслинг. Той не успява да се прехвърли навреме през Дунав при основните си сили (начело с маршал Лан) и те са разбити. Лан е убит, а Наполеонова Франция търпи първото си голямо поражение.