Zbrodnie na jeńcach i ludności cywilnej były dokonywane przez Niemców już od pierwszych dni powstania. Począwszy od 2 sierpnia gestapowcy i policjanci z alei Szucha przeprowadzali masowe egzekucje na terenie Ogródka Jordanowskiego przy ul. Bagatela oraz w ruinach gmachu Generalnego Inspektoratu Sił Zbrojnych przy Al. Ujazdowskich. Do upadku powstania zamordowano tam od 5 tys. do 10 tys. Polaków. Szeregu zbrodni oddziały Wehrmachtu, SS i policji niemieckiej dopuściły się również na Mokotowie. Eksterminacja ludności Warszawy przybrała jednak największe rozmiary po przybyciu do miasta niemieckich „sił odsieczy”. Na Woli oddziały Reinefartha i Dirlewangera dokonały bezprzykładnej rzezi polskiej ludności, mordując w ciągu kilku dni od 38 tys. do 65 tys. mężczyzn, kobiet i dzieci – z czego najwięcej w tzw. czarną sobotę 5 sierpnia 1944 (Norman Davies uznał później 5 i 6 sierpnia 1944 za „dwa najczarniejsze dni w historii Warszawy”). Na Ochocie tysięcy mordów, gwałtów i rabunków dopuścili się żołnierze kolaboracyjnej brygady SS RONA. Do największych zbrodni doszło tam zwłaszcza na terenie targowiska warzywnego „Zieleniak”, w Kolonii Staszica oraz w Instytucie Radowym im. Marii Skłodowskiej-Curie.