Begin zestiende eeuw groeide de spanning tussen de unionisten en de anti-unionisten. Toen de unionisten hulp vroegen aan koning Christiaan II ging hij daar gretig op in. Het verhaal eindigde met het Stockholms bloedbad (1520). Onder leiding van Gustaaf Wasa namen de Zweden de wapens op, het begin van de Zweedse Onafhankelijkheidsoorlog. De oorlog eindigde met het vredesverdrag van Malmö, waardoor naast de Zweedse onafhankelijkheid, tevens een einde kwam aan de Unie van Kalmar. Een poging de unie te herstellen leidde tot de Zevenjarige Oorlog (1563-1570), zonder resultaat.