Στις 19 Ιουλίου 1942, ο Χάινριχ Χίμλερ διέταξε να αρχίσει η μεταφορά των Εβραίων από τα γκέτο στα στρατόπεδα θανάτου. Στις 22 Ιουλίου 1942 ξεκίνησε η μεταφορά των κατοίκων του γκέτο της Βαρσοβίας. Μέσα στις επόμενες 52 ημέρες (μέχρι τις 12 Σεπτέμβρη του '42), περίπου 300.000 άνθρωποι από τη Βαρσοβία και μόνο είχαν μεταφερθεί με τραίνα στο Στρατόπεδο εξόντωσης Τρεμπλίνκα. Πολλά ακόμη γκέτο εκκενώθηκαν τελείως. Υπήρξαν προσπάθειες ένοπλης αντίστασης στα γκέτο κατά τη διάρκεια του 1943, όπως η Εξέγερση του Γκέτο της Βαρσοβίας και η Εξέγερση του γκέτο του Μπιάλιστοκ, όμως δεν μπόρεσαν να αναμετρηθούν με τον ισχυρότερο γερμανικό στρατό, και οι συμμετέχοντες Εβραίοι είτε εκτελέστηκαν είτε στάλθηκαν στα στρατόπεδα εξόντωσης.