2004 szeptemberében a visszavonulás mellett döntött, de 11 hónappal később, 2005 augusztusában honfitársaival, Zinédine Zidane-nal és Lilian Thuram-mal együtt bejelentették visszatérésüket a válogatottba, hogy a csapat bejusson a 2006-os világbajnokságra. A világbajnokságon legyőzték Spanyolországot, a korábbi bajnok Brazíliát, majd a 2004-es Eb-döntős Portugáliát. Az Olaszország ellen büntetőkkel elveszített döntő után Makélélé újra vissza akart vonulni a válogatottságtól, de továbbra is játszott Franciaország színeiben a 2008-as Európa-bajnokság selejtezőiben és az Európa-bajnokságon is. 2008. június 17-én, Thurammal együtt jelentette be végleges visszavonulását.