A BL-ben a Bayern München csoportelsőként jutott tovább Valencia CF előtt, majd találkozott az Arsenal FC-vel. Londonban 3-1 arányban győzött a Bayern München, míg Münchenben a londoniak nyertek 0:2-re, de idegenben több lőtt góllal a Bayern München jutott tovább. Elszenvedte szezonbeli harmadik, egyben utolsó vereségét a bajor alakulat. A negyeddöntőben az olasz Juventus FC-vel került szembe a német alakulat, akiken 4:0-s összesítéssel (2:0;2:0) jutottak tovább. Az elődöntőben az FC Barcelona lett az ellenfele a Bayern Münchennek. A bajorok 4:0-s hazai, illetve 3:0-s idegenbeli győzelemmel múlták felül a katalánokat, gy már 4 éven belül harmadjára játszott a legrangosabb európai kupasorozat döntőjében. A rivális Borussia Dortmund ellen lépett pályára az FC Bayern München a Bajnokok Ligája döntőjében. A német rangadót a müncheniek nyerték meg 2:1 arányban. A Bayern München a közvélemény szerint a legerősebb csapattá fejlődve ült fel Európa trónjára a Wembley Stadionban 2013. május 25-én.