1565 року цар Іван Грозний розділив свою державу на опричнину і земщину, Новгородські землі потрапили до першої, а Софійська сторона міста до другої. Цар власноруч із своїм військом взимку 1569—1570 років здійснив погром міста, який тривав 1,5 місяця, людей тисячами катували і топили у Волхові, майно церков, монастирів і купців було пограбоване. На кінець XVI століття припадає Поруха, спричинена Лівонською війною.