In ihren offenen Gewässerabschnitten ist die Zschauke weitgehend naturnah, zudem wurde ihr Verlauf in den letzten Jahrhunderten nicht verändert. Der Oberlauf des Kaitzbachs sowie die Zschauke und der Nöthnitzbach liegen in Hanglage und sind zum Teil von konventioneller Landwirtschaft umgeben, sodass bei Starkregenereignissen Bodenabträge von mehreren 100 Tonnen pro Hektar möglich sind, die durch das entstehende Hochwasser in Form von Schlamm auf Verkehrswegen und angrenzenden Grundstücken abgelagert sowie beim Kaitzbach bis in den Großen Garten transportiert werden können. Das Einzugsgebiet der Zschauke war am 2. Mai 1996 von einem etwa einstündigen Starkregen betroffen, der 40 mm (= 40 &lt;a href="Niederschlag%23Niederschlagsmessung"&gt;Liter/m²&lt;/a&gt;) brachte. Infolge dessen wurden die verrohrten Durchlässe verstopft und die Grundstücke der Possendorfer und der Boderitzer Straße überflutet. Im Rahmen des Hochwasserschutzes wurde 1997/1998 das Hochwasserrückhaltebecken Zschauke mit 4050 m³ in Kaitz wiederhergestellt, zudem wurden drei kleinere Regenrückhaltebecken in Boderitz geschaffen (1997, 1998, 2007). Ein knapp 3000 m³ fassendes Regenrückhaltebecken wurde 2003 im Zuge des Baus der Autobahn 17 nahe der Anschlussstelle Dresden-Südvorstadt errichtet. Während des Elbhochwassers im Juni 2013, das etwas geringer ausfiel als die Jahrhundertflut im August 2002, waren mehrfach fallende Pegel am eingestauten Hochwasserrückhaltebecken Zschauke sichtbar. Ein zwei Wochen später folgendes Starkregenereignis führte allerdings zu Schäden am Becken.