1517 yılında Avrupa'da başlayan Protestan Reformu Estonya'yı da etkiledi. 1524 yılından sonra Estonların çoğu Protestanlığa geçtiler. 1558–1582 yılları arasında Rusya ile Danimarka, Litvanya, Lehistan ve İsveç arasında çıkan Livonya Savaşı'nı Rusya kaybetti. Estonya'nın kuzey bölümü İsveç İmparatorluğuna geçti, güney kısmı ise Lehistan-Litvanya Birliği egemenliğine girdi. 1625 yılına gelindiğinde Estonya'nın tümü İsveç egemenliği altına girmişti.