Am 19. Dezember 1939 wurde das Gehalt polnischer Arbeitnehmer im öffentlichen Dienst auf maximal 80 % des deutschen Tariflohns begrenzt, ab dem 11. Mai 1940 galt dies auch für die restlichen polnischen Arbeitnehmer. Somit musste ein Großteil der Polen in Ciechocinek von einem Einkommen unterhalb des Existenzminimums leben. Als Jahresurlaub wurden 7 Arbeitstage erlaubt, im Oktober 1942 wurde der Urlaubsanspruch für polnische Arbeitnehmer komplett gestrichen. Ciechocinek wurde am 22. Dezember 1939 offiziell in "Hermannsbad" umbenannt (nach Hermann von Salza, der das Gebiet 1235 dem Deutschordensland einverleibt hatte). Die Verwaltung der vom deutschen Staat beschlagnahmten polnischen Immobilien in der Stadt übernahm am 27. Mai 1940 die deutsche GHTO ("Grundstücksgesellschaft der HTO mbH"). Sie ließ die von ihr verwalteten Häuser verwahrlosen. Am 1. Juni 1940 wurde die Badesaison in Ciechocinek eröffnet. "Kurgäste" waren jedoch fast ausschließlich deutsche Soldaten. Ab dem 1. Januar 1942 fielen auch die polnischen Einwohner Ciechocineks unter ein spezielles Strafrecht, das selbst bei geringsten Anlässen die Todesstrafe erlaubte. Die letzten 80 in der Stadt lebenden Juden wurden am 22. April 1942 von der deutschen Schutzpolizei verhaftet, der SS übergeben und im KZ Kulmhof ermordet. Die Kurgäste wurden am 12. Juli 1944 aufgefordert, Ciechocinek zu verlassen, da der Ort vollständig mit verwundeten deutschen Soldaten von der zusammenbrechenden Ostfront belegt werde. Die beginnende sowjetische Großoffensive führte ab 12. Januar 1945 zum Ende der deutschen Besatzung in Ciechocinek. Am 18. Januar verließen fast alle deutschen Einwohner die Stadt, am 21. Januar 1945 marschierte dann die Rote Armee ein.