בשנת 1821 נאלצו זואאו השישי וקרלוטה חואקינה לחזור לפורטוגל, בעקבות המהפכה הליברלית, וז'ואאו נאלץ להסכים לחוקה שהתקבלה על ידי הקורטס. בשנת 1824 ניסה בנה מיגל בתמיכתה להדיח את ז'ואאו מהשלטון, אולם המרד נכשל בתמיכה בריטית, ומיגל הוגלה לווינה, וקרלוטה חואקינה נעצרה במעצר בית. ב-7 בינואר 1830 מתה קרלוטה חואקינה בסינטרה, והיו טענות על כך שהתאבדה.