Jones spillede mellem 1992 og 2004 intet mindre end 164 kampe for USA's landshold, hvilket giver ham nationens landskampsrekord. Han scorede 15 mål i landsholdstrøjen, og var med amerikanerne til hele tre VM-slutrunder, i henholdsvis 1994, 1998 og 2002. Størst succes opnåede amerikanerne ved 2002-slutrunden, hvor man nåede helt frem til kvartfinalerne. Han deltog også ved Confederations Cup i både 1992 og 1999, ligesom han var en del af det amerikanske OL-landshold ved OL i 1992 i Barcelona.