В 1993 году для команды начинается новая эра в её истории. На Гран-при ЮАР 1993 года дебютирует Sauber C12 — первый болид команды для Формулы 1. Несмотря на успешный дебют Хайнца-Харальда Френтцена и статус официального представителя Mercedes-Benz, год стал неудачным для команды Петера Заубера. Карл Вендлингер получил тяжёлую травму на Гран-при Монако 1994 года и выбыл из строя до конца сезона. Руководитель команды снял с гонки и своего второго пилота до выяснения обстоятельств. Mercedes-Benz, разочарованный результатами Sauber, отказал им в поддержке и заключил соглашение с McLaren. Но, несмотря на это, команда продолжала прогрессировать и в сезоне года заняла 4 место в Кубке конструкторов. В 2005 году BMW обратилось к Петеру Зауберу с предложением о продаже контрольного пакета акций его компании. Швейцарец ответил согласием, и с конца года Sauber стал подразделением BMW и официальной заводской командой BMW в Формуле 1, формально называющейся BMW Sauber. Однако в середине сезона года концерн BMW заявил об уходе из Формулы 1. После долгих и трудных переговоров, 28 ноября 2009 года Петер Заубер выкупил долю акций BMW и вновь возглавил команду.