По окончании Восточной войны Жан-Жак Пелисье был с марта 1858 по май 1859 года французским послом в Англии, а во время австро-итальянской войны 1859 года командовал французскими войсками на Рейне. С 10 мая по 11 декабря 1851 года (1-й раз) и с 24 ноября 1860 по 22 мая 1864 года занимал пост генерал-губернатора Алжира.