Большинство историков резко критикуют военные решения Дэвиса, назначение друзей (в частности, Леонидаса Полка и Теофилуса Холмса) на ответственные позиции, пренебрежение нарастающим кризисом в тылу, неготовность делегировать власть. Почти до самого конца войны Дэвис сопротивлялся попыткам назначить главнокомандующего армией, пытаясь исполнять его обязанности самостоятельно. 1 февраля 1865 года под сильным давлением законодателей Роберт Ли взял на себя эту роль, но было уже слишком поздно что-то исправить. По политическим соображениям Дэвис настаивал на равномерной защите всей южной территории. Это привело к распылению и без того ограниченных ресурсов Юга, а также сделало его уязвимым для согласованного наступления Союза на ослабленном Западном фронте (например, захват Нового Орлеана в начале 1862 года). Дэвис позволил Ли вторгнуться на север в 1862 и 1863 годах, в то время как западные армии оставались под сильным давлением. Ли проиграл битву при Геттисберге, осада Виксберга северянами закончилась успехом, Север также взял под свой контроль реку Миссисипи, разделив Конфедерацию на две половины. Неспособность координировать несколько сил с обеих сторон реки Миссисипи при осаде Виксберга в первую очередь стала следствием неспособности Дэвиса обеспечить межведомственные договорённости и заставить генералов Эдмунда Кирби Смита, Эрла Ван Дорна и Теофилуса Холмса работать вместе.