По предположению С. Карпова и Р. Шукурова, между 1404 и 1427/28 годами территории Хаджимирогуллары перешли Трапезундской империи. Также, возможно, Лала Йоргуч-паша, назначенный в 1426 году Мурадом II управлять Амасьей, присоединил этот бейлик к османам вместе с другими бейликами региона, поскольку к 1427 году регион был аннексирован Османской империей. Согласно османским переписям, сыновья Хаджи Эмира Ибрагима-бея, Хаджи Эмир (II) и Иннает в 1455 году владели землями семьи. Последнее появление Хаджиэмирогуллары, которые сошли с политической сцены, произошло во время борьбы между Мехмедом II и правителем Ак-Коюнлу Узун Хасаном. В исторических записях упоминается, что беи Кызыл Ахмед и Джаникоглу, спровоцированные Узун Хасаном, чтобы предотвратить завоевание Трапезунда Мехмедом II, назначили командующим человека по имени Эмир-бей и разграбили Токат. Считается, что упомянутый Эмир-бей мог быть сыном Сулеймана-бея. Этот Эмир-бей укрылся у Дулкадирогуллары после победы Мехмеда над Узун Хасаном в битве при Отлукбели. В конце концов, этого последнего представителя Хаджимирогуллары отправили в Эдессу.