Angesichts der sich 1985 rasch verschlechternden Beziehungen zwischen Burkina Faso und Mali suchte Sankara militärische Verbündete. Während des Krieges um den Agacher-Streifen im Dezember 1985, als innerhalb des westafrikanischen Conseil de l’Entente die Elfenbeinküste Mali unterstützte, fand Burkina Faso Unterstützung in Ghana. Bei der nächsten Sitzung der gemeinsamen Minister-Kommission kündigten Burkina Faso und Ghana am 16. August 1986 Schritte für die weitere Integration an. Die Kommission vereinbarte die Bildung eines "politischen Gremiums auf hoher Ebene", das Maßnahmen zur Harmonisierung der Währungen und des Handels, des Energiesektors, des Transportsektors und des Bildungssystems erarbeiten sollte. Englisch und Französisch sollten an den Oberschulen, Gymnasien und Universitäten des jeweils anderen Staates Pflichtfach werden, und für die Juristenausbildung sollte eine gemeinsame Institution geschaffen werden. Die Streitkräfte beider Staaten veranstalteten im September und Oktober 1986 gemeinsame Manöver, die jeweiligen "Komitees zur Verteidigung der Revolution" sollten zusammengeschlossen werden. Eine vollständige Vereinigung beider Staaten in einer Union sollte innerhalb von zehn Jahren erreicht werden.