Након тога се преселио у Коавилу и Техас, тада мексичкој држави, и постао вођа Тексашке револуције. Сем Хјустон је подржавао америчку анексију. Хјустон је постао кључна особа у историји Тексаса и био је изабран за првог и трећег председника Републике Тексас, сенатора из Тексаса након што је Тексас припојен САД и коначно гувернер ове државе. Поставши гувернер 1859. године, Хјустон је постао једина особа која је била гувернер две америчке савезне државе изабран директним гласањем, као и једини гувернер државе који је био председник стране државе. Одбио је да се закуне на верност Конфедерацији када се Тексас отцепио од Уније 1861. године са почетком Америчког грађанског рата и био је смењен са дужности. Да би спречио крвопролиће, одбио је понуду војске Уније да угуши побуну конфедералиста. Уместо тога се повукао у Хантсвил, где је и преминуо пре завршетка грађанског рата.