Diferente de outros generais confederados de origem aristocrática, Jackson nasceu em família trabalhadora, no estado da Virgínia (atualmente sua cidade natal está localizada na Virgínia Ocidental). Em 1842, foi apontado para a Academia Militar dos Estados Unidos em West Point, se formando quatro anos depois. Ele serviu no exército americano durante a Guerra Mexicano-Americana (de 1846–1848), se destacando em combate como na Batalha de Chapultepec. De 1851 a 1861, ele lecionou no Instituto Militar da Virgínia, onde não era muito popular entre os estudantes. Nesse meio tempo, ele se casou duas vezes. Sua primeira mulher morreu dando a luz, mas sua segunda esposa, Mary Anna Morrison, viveu até 1915. Pessoalmente, Jackson era um devoto cristão e tinha uma posição ambígua com relação a escravidão no país. Sendo ele mesmo dono de escravos, sua esposa afirmava que ele era "justo mas duro" com seus servos. Apesar de mostrar, em diferentes ocasiões, oposição a instituição, sua visão cristã era que a escravidão era sancionada por Deus e portanto não cabia a ele questiona-la.