Finalmente fue Lee quien asumió el nuevo puesto de general en jefe de los ejércitos confederados, el 31 de enero de 1865, cuando ya la situación militar era desesperada. Davis abogó por defender por igual todos los territorios confederados, lo que conllevaba desperdigar las fuerzas y le permitió a la Unión abordar cruciales ofensivas en el frente occidental, como la conquista de Nueva Orleans a comienzos de 1862. Otras decisiones controvertidas del presidente confederado fue el permitir a Lee invadir el norte en 1862 y 1863, cuando la situación en el frente occidental era acuciante. Cuando Lee resultó en Gettysburg, la Confederación perdió también Vicksburg, la Unión se hizo con el control del Misisipí y partió en dos el territorio enemigo. La incapacidad de Davis para coordinar los ejércitos de Edmund Kirby Smith, Earl Van Dorn y Theophilus H. Holmes o crear un organismo capaz de disponer las unidades facilitó la pérdida de Vicksburg. Durante la campaña de Franklin-Nashville, advirtió al general Beauregard que Kirby Smith no estaba dispuesto a colaborar con él.