בגלל יחסי הכוחות לרעת צה"ל החליט אראל על יזמה התקפית על בסיסי האויב על ידי לוחמי שייטת 13 והצוללת אח"י תנין. התקיפות בנמלי מצרים הניבו תוצאות מעטות והצוללים בפעולת אלכסנדריה לא חברו לצוללת ונפלו בשבי. התקיפות בלילה הראשון בנמלי סוריה לא הגיעו לשלב הכניסה לנמלים עקב אמצעי התובלה האיטיים. הכוחות לא התגלו ונערכו לביצוע בהמשך אך לאור הצלחות חיל האוויר הוערך שחיל הים הסורי לא יצא למתקפה. המטה הכללי העריך שאין נחיצות בתקיפת כלי שיט בנמלים. כישלון נוסף במלחמה זו, שחיל הים היה שותף לו, הוא תקרית ליברטי, שבה נהרגו 34 מלחים אמריקאים ו-171 נפצעו.