W reprezentacji Uzbekistanu Magdeev zadebiutował 21 sierpnia 2002 w przegranym 0:2 towarzyskim spotkaniu z Azerbejdżanem. W 2004 roku wystąpił we 2 meczach Pucharu Azji 2004: z Turkmenistanem (1:0) i ćwierćfinale z Bahrajnem (2:2, k. 3:4). W 2007 roku został powołany przez selekcjonera Raufa Inileyeva do kadry na Puchar Azji 2007, ale nie rozegrał tam żadnego spotkania.