Drei Jahre später begann der Zweite Weltkrieg. Ab dem 1. September 1939 mussten alle Lichter verdunkelt werden, was auch die U-Bahn-Züge und besonders die Hochbahnhöfe betraf. Der Bahnhof Schönhauser Allee überstand den Zweiten Weltkrieg mit geringen Schäden. Ende April 1945 wurde der Zugverkehr wegen der Kampfhandlungen in der Hauptstadt komplett eingestellt.