מגן השתתפה בפעילות נגד המדענים הגרמנים במצרים. היא נשלחה ב-1962 לאוסטריה והצליחה לשכנע את אחד המדענים להגיע לתחקור בישראל. מגן הייתה הסוכנת שדובבה את הגיורת רות בלוי, שהייתה מעורבת בפרשת יוסל'ה שוחמכר. היא השתתפה במבצע יהלום, שבו גויס מוניר רדפא, טייס עיראקי שערק לישראל ביחד עם מטוסו - מיג-21. כמו כן השתתפה במבצע זעם האל להתנקשות במחבלים האחראים לטבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן. מגן הייתה אחראית לאיסוף מודיעין ששימש למבצע, הראשון בהם היה ואאל עאדל זועייתר. היא הייתה ראש שלוחה של אגף צומת באירופה, והדריכה בקורס המתקדם של המוסד.