Koncem roku 1918 byl generál Štefánik vyslán do Ruska za Československými legiemi na Sibiř. Dorazil na místo spolu s generálem Janinem. Cílem bylo zajistit vojenskou spolupráci s admirálem Kolčakem, který byl podporován západními mocnostmi, legionáři také měli i nadále držet Sibiřskou magistrálu pro případ budoucí vojenské intervence. Tyto aktivity měly zajistit výhodnou pozici pro Čechoslováky na nadcházejících pařížských mírových jednáních. Během několika měsíců sice dílčích úspěchů dosáhl, ale celkově je možno hovořit spíše o neúspěchu této mise. Legionáři byli unaveni, a protože válka skončila, chtěli se především vrátit domů a ne se vracet na frontu. Navíc v legiích nevládla disciplína, mnoho vojáků také podporovalo revoluci, což bylo pro radikálně protibolševického Štefánika zklamáním. Na Sibiři se také prohloubily jeho vleklé zdravotní potíže. Štefánik pak odjel do Paříže s tím, že legie je nutno co nejrychleji vrátit domů.