באוגוסט 2018 חזר נוייר ללבוש את אפודת השוער הראשון של באיירן מינכן, בניצחון 0–5 על איינטרכט פרנקפורט במשחק הסופר קאפ הגרמני. נוייר המשיך לשחק בקביעות בעונת 2018/19, והודח עם קבוצתו כבר בשמינית גמר לליגת האלופות על ידי ליברפול. בהמשך העונה נפצע נוייר ואת מקומו בהרכב ירש סוון אולרייך. נוייר הספיק לחזור בדיוק לגמר הגביע הגרמני, והצטיין במשחק בו ניצחה באיירן את ר.ב. לייפציג בתוצאה 0–3, מה שהשלים דאבל עבור באיירן מינכן. בעונת 2019/20 זכה נוייר עם באיירן בטרבל נוסף, ואף בישל שער לרוברט לבנדובסקי בגמר הגביע הגרמני, בו ניצחה באיירן 2–4 את באייר לברקוזן. בחודש אוגוסט 2020, נוייר המשיך לשחק בעמדת השוער במסגרת חידוש עונת המשחקים בליגת האלופות, שנדחתה בעקבות מגפת הקורונה, והמשיך להציג יכולת טובה. נוייר ניצח עם באיירן מינכן 0–1 את פריז סן ז'רמן בגמר ליגת האלופות 2020 והשליםטרבל שני בקריירה, לאחר שהציג בגמר יכולת שיא.. בעונת 2020/21 ספגה ההגנה של באיירן מינכן 44 שערי ליגה, מתוכם נוייר ספג 42 שערים ב-33 הופעות, שזו הכמות הגבוהה ביותר שבאיירן מינכן ספגה בעונה אחת מאז הגעת נוייר לקבוצה. עם זאת, באיירן מינכן זכתה בכל זאת באליפות התשיעית ברציפות בבונדסליגה. בגביע הגרמני הודחו באיירן ונוייר באופן מפתיע על ידי הולשטיין קיל בשמינית הגמר, ובליגת האלופות הודחו באיירן ונוייר ברבע הגמר על ידי פריז סן ז'רמן לאחר הפסד 3-2 בבית וניצחון 1-0 בחוץ.