Nooij ging bij de KNVB aan de slag als instructeur en werkte in die functie onder andere in de Verenigde Staten en Kazachstan. Hij werd zo ook bondscoach van het voetbalelftal van Burkina Faso onder 20 waarmee hij deelnam aan het Wereldkampioenschap voetbal onder 20 - 2003. In 2004 was hij korte tijd assistent-coach van FC Volendam onder interim-coach Johan Steur. In 2007 gaf hij via de KNVB trainingen in Mozambique en ging datzelfde jaar aan de slag als bondscoach. Met Mozambique nam hij deel aan de African Cup of Nations 2010. Hij vertrok op 12 oktober 2011 en werd opgevolgd door de Duitser Gert Engels.