Шпанија ће изгибти обје преостале колоније до краја 19. вијека. Санто Доминго је прогласио независност као Република Шпански Хаити 1821. године. Након уједињења, а затим одвајања од бивше француске колоније Хаити, предсједник Доминиканске Републике потписао је споразум којим је земља поново постала шпанска колонија 1861. године. То је довело до рата за обнову Доминиканске Републике, што је резултирало доминиканском независношћу од Шпаније 1865. године. Куба се за независност од Шпаније борила у Десетогодишњем рату (1868—1878) и Малом рату (1879—1880) и коначно Кубанском рату за независност (1895—1898). Америчка интервенција 1898. довела је до Шпанско-америчког рата у коме су Сједињене Државе освојиле Порторико, Гвам (који су још увијек америчке териториј) и Филипинска острва у Тихом океану. Под војном окупацијом, Куба је постала амерички протекторат до независности 1902. године.