Operacionalmente, el B-1B tuvo su bautismo de fuego apoyando las operaciones contra Irak durante la Operación Zorro del Desierto en diciembre de 1998. Los B-1B también se han usado en la Operación Fuerza Aliada de patrulla en las zonas de exclusión aérea en Iraq y, más notablemente, en las operaciones de ataque en Afganistán y la Operación Libertad Iraquí.