La maggior parte dei loro film di animazione presenta burattini realizzati con parti di bambole e altri materiali organici o inorganici, spesso parzialmente disassemblati, all'interno di un'atmosfera tetra e malinconica. Forse il loro lavoro più conosciuto è "Street of Crocodile", basato sull'omonima storia breve dell'autore e artista polacco Bruno Schulz. Presentato in concorso al 39º Festival di Cannes, questo cortometraggio fu selezionato dall'animatore e regista Terry Gilliam come uno dei migliori film di animazione di tutti i tempi e il critico Jonathan Romney lo incluse nella sua lista dei migliori film in ogni medium (per il "critics' poll" del 2002 di Sight &amp; Sound). Il film ha ispirato il videoclip per il brano "Closer to God", della band Nine Inch Nails, diretto da Mark Romanek, e ha influenzato lo stile di alcuni video della band Tool. Sempre nel 1986, i Quay collaborano come animatori al video musicale per il brano di Peter Gabriel "Sledgehammer", diretto da Stephen R. Johnson; questo video non soddisfò però i Quay, riconoscendolo troppo imitativo allo stile dei lavori di Švankmajer. Hanno realizzato due lungometraggi in "live action": "Institute Benjamenta, or This Dream People Call Human Life", prodotto da Keith Griffith e Janine Marmot, un film con attori in carne e ossa tratto dal romanzo "Jakob von Gunten", di Robert Walser, e "The Piano Tuner of Earthquakes", prodotto da Keith Griffiths. Hanno anche diretto e animato una sequenza nel film Frida.