Skagerrak után a "Deutschland" és a három megmaradt testvérhajója visszatért az Elba torkolata előtti őrszolgálatok teljesítéséhez és időnként áthelyezték a Balti-tengerre őket hasonló feladatok ellátására. A skagerraki csata tapasztalatai alapján a régi csatahajókat az újabb, 1916. augusztus 19-ei előretörés alkalmával már nem vetették be. Júliusban Rudolf Bartels sorhajókapitány váltotta Meurert a hajó parancsnokaként. Egy hónap után őt Reinhold Schmidt sorhajókapitány követte, aki a hajó utolsó parancsnoka lett. 1916 végén a II. csatahajóraj hajóit kivonták a "Hochseeflotte" állományából, ami után a "Deutschland" 1916. december 22. és 1917. január 16. között feladatok nélkül horgonyzott a Kieli-öbölben. Január 24-én Hamburgba hajózott, ahol karbantartások végett április 4-ig szárazdokkba került. Ez idő alatt a "Deutschland" legelülső 8,8 cm-es ágyúit a hátulsó felépítményre helyezték át és két hasonló űrméretű légvédelmi ágyút kapott ide helyettük. Július 28-án áthajózott a Balti-tengerre, ahol folytatta az őrjáratait. Rövid ideig a Balti-tenger nyugati felének partvédelmi parancsnokságának zászlóshajójaként teljesített szolgálatot, míg szeptember 10-én a "Stettin" át nem vette e szerepet. Augusztus 15-én a II. csatahajórajt feloszlatták és a hónap 31-én Kielbe hajózott.