Синод је пред Априлски рат 1941. године, распустио све богословије због непосредне ратне опасности. Заслугом митрополита Јоаникија Липовца, богословија је радила крајем 1943. и почетком 1944. године, како би се обезбедило да ученици заврших разреда положе последње испите. Тако је Цетињска богословија била једина богословија Српске православне цркве која је радила за време рата.