Luego de las Leyes de Reforma en 1862, la cárcel ocupó el edificio del Colegio de San Miguel de Belem o de San Miguel de las Mochas, una institución educativa y de asistencia que fue el primer conservatorio para mujeres de la Nueva España. Tras la Segunda Intervención Francesa, el entonces presidente Benito Juárez ordenó clausurar el colegio y las alumnas que cursaban en el mismo fueron trasladas al Colegio de las Vizcaínas. Tras la instauración del Segundo Imperio Mexicano, Maximiliano I ordenó constituir un comité dedicado a supervisar las cárceles de México, entre las que se contaba la de Belén.