Bereits während der Perestroika Michail Sergejewitsch Gorbatschows kritisierte Tschudakowa die sowjetische Ordnung. 1993 unterzeichnete sie den Aufruf von 36 Literaten zu vorgezogenen Wahlen für den Obersten Sowjet Russlands. Im September 1993 lud Jelzin die Gruppe zu einem Gespräch in seine Datsche ein. Nach der Auflösung des Obersten Sowjets unterschrieb Tschudakowa im Oktober 1993 den "Offenen Brief der 42", in dem von Jelzin die Auflösung aller Parteien und Gruppierungen gefordert wurde, die sich gegen die legitime russische Regierung stellten. 1994–2000 arbeitete sie im Präsidentenrat mit und war Mitglied der Begnadigungskommission.