Die Präsidentschaftswahl in Tadschikistan 1999 wurde am 6. November 1999 abgehalten und war die erste Präsidentschaftswahl nach der Beendigung des Tadschikischen Bürgerkriegs im Jahr 1997. Wahlsieger wurde der Amtsinhaber Emomalij Rahmon, der seit der Präsidentschaftswahl 1994 das höchste politische Amt Tadschikistans innehat.