No entanto, outros projetos menos conhecidos do Infante chegaram a colocar completamente em risco a expedição. Nesse mesmo mês de Setembro, o papa Eugénio IV redigiu outra bula a pedido do Infante, denominada "Romanus Pontifex", concedendo a Portugal o direito de tomar posse das porções não conquistadas das Ilhas Canárias. Este inesperado levantamento enfureceu a Coroa de Castela, a qual reclamava desde longos anos a soberania das ilhas, estando ainda em processo de as subjugar inteiramente. O prelado castelhano Afonso de Cartagena, bispo de Burgos, então no Concílio de Basileia, lançou uma ofensiva legislativa, fornecendo volumes de documentação provando que as Canárias pertenciam a Castela desde longa data. Reconhecendo que havia sido levado pelas ideias do Infante D. Henrique, o Papa anulou a bula em Novembro seguinte.