Помимо Южного Судана, который после референдума в 2011 году стал независимым государством, политика центральных властей по исламизации и арабизации вызвала повстанческие и сепаратистские движения и в других имеющих исторические и этнические особенности регионах страны — Дарфуре, Кордофане, Бедже. В Дарфуре противостояние доходило до масштабных боёв и резни в ходе разгоревшегося с 2003 года конфликта, а на востоке до 2006 года политико-вооружённое противостояние оказывал так называемый «Восточный фронт народа беджа».