Marylandin kampanjan aikana syyskuussa 1862 Archer oli liian sairas ratsastaakseen ja johti prikaatiaan ambulanssista käsin. Hänen miehensä tekivät pikamarssin Harpers Ferrystä ja saapuivat Sharpsburgiin Unionin armeijan IX-armeijakunnan vasemmasta sivustasta. Hurjassa hyökkäyksessä Archer ajoi vihollisen takaisin ja valtasi uudestaan konfederaation tykistöpatterin. Kolme päivää myöhemmin Shepherdstownin taistelussa Archer ja prikaatinkenraali William Dorsey Pender johtivat hyökkäystä, joka ajoi vihollisen takaisin Potomac-joen toiselle puolelle ja antoi Leen armeijalle tilaisuuden livahtaa takaisin Virginiaan. Vaikka Archer sairasteli jatkuvasti hän johti prikaatinsa voittoihin Fredericksburgin ja Chancellorsvillen taisteluissa.