Zu Beginn des Russisch-Japanischen Krieges hatte Şıxlinski die Funktion eines leitenden Batterieoffiziers inne. Nachdem sein Landsmann, Befehlshaber der 2. transbaikalischen Batterie-Division, Oberst Səməd bəy Mehmandarov als Kommandeur der 7. Artillerieeinheit nach Ostsibirien verlegt wurde, stieg Şıxlinski vorübergehend zum Batteriekommandeur auf und beteiligte sich an der Schlacht am Nanshan im Mai 1904, wofür ihm der Orden der Heiligen Anna der 2. Klasse verliehen wurde. Während der verlustreichen Belagerung von Port-Arthur zog sich Şıxlinski bei einem der japanischen Frontalangriffe auf die russischen Befestigungsanlagen eine schwere Schrapnellwunde am Bein zu, befand sich aber ununterbrochen an vorderster Front. Trotz russischer Niederlage in diesem Krieg fanden die Heldentaten von Şıxlnski große Wertschätzung. Im September 1905 erhielt er den Russischen Orden des Heiligen Georg der 4. Klasse, die Verdienstauszeichnung des Heiligen Wladimir der 4. Klasse und das Goldene Schwert für Tapferkeit.