В сборной Югославии он выступал с 1959 по 1966 годы. Дебют его состоялся 11 октября 1959 в матче против Венгрии (мадьяры праздновали победу 4:2). Через год Шошкич выиграл две награды: в Риме он стал олимпийским чемпионом, на первом первенстве Европы во Франции он стал серебряным призёром. На чемпионате мира в Чили его самоотверженная игра принесла победу югославам над немцами со счётом 1:0, а в итоге югославы финишировали четвёртыми. В 1963 году в матче сборной Англии и сборной мира (англичане выиграли 2:1) Шошкич сыграл второй тайм, выйдя на замену вместо легендарного Льва Яшина. Также в 1964 году Шошкич сыграл в Белграде в составе сборной Югославии в матче против сборной Европы (европейцы взяли верх со счётом 7:2). После перехода в «Кёльн» Шошкича прекратили вызывать в сборную.