I september 1793 mønstrede Flinders igen "HMS Bellerophon", som var under kaptajn Pasleys kommando. I 1794 tjente Flinders på skibet, da det var med i slaget kendt som Glorious First of June, det første og største søslag mellem Storbritannien og den Første franske Republik under de franske revolutionskrige. Flinders skrev en detaljeret beretning om det intense slag og beskrev også, hvordan kaptajn Pasley mistede sit ene ben efter et 18-pund skud, som gik gennem barrikaderne ved agterdækket. Både Pasley og Flinders overlevede, men Flinders foretrak herefter ekspeditioner i stedet for militæropgaver.