В ночь с 21 на 22 августа 1991 года председатель КГБ СССР В. А. Крючков был арестован за активное участие в создании и деятельности Государственного комитета по чрезвычайному положению (ГКЧП), который предпринял попытку антиконституционного захвата власти в СССР (формально лишился своего поста спустя 6 дней из-за отставки союзного правительства). За содействие ГКЧП были возбуждены уголовные дела в отношении первых заместителей председателя КГБ Г. Е. Агеева и В. Ф. Грушко, заместителя председателя КГБ В. А. Пономарёва, начальника службы охраны Ю. С. Плеханова и его и заместителя В. В. Генералова, начальника УКГБ по Москве и Московской области В. М. Прилукова. Участие руководителей КГБ в создании и содействии ГКЧП и провал его выступления положили начало крупнейшей в истории советских органов госбезопасности реорганизации. 21 августа постановлением Верховного Совета РСФСР Управление КГБ СССР по Москве и Московской области было подчинено КГБ РСФСР. Утверждённый Верховным Советом СССР 29 августа 1991 года на должность председателя КГБ СССР В. В. Бакатин видел свою задачу в том, чтобы превратить КГБ из организации, являвшейся «„щитом и мечом“ партии» и «партийной охранкой», в современную спецслужбу, приспособленную для работы в рамках «нетоталитарного государства». 28 августа указом президента СССР была образована государственная комиссия для расследования деятельности органов государственной безопасности, которую возглавил народный депутат РСФСР С. В. Степашин. Инспекторскому управлению КГБ СССР была поручена работа по проверке различных аспектов деятельности КГБ с целью выявления нарушений конституции страны и решений Комитета конституционного надзора СССР. Под руководством В. В. Бакатина за несколько месяцев 1991 года были осуществлены следующие мероприятия по реформированию и реорганизации советских органов государственной безопасности: