Niceta Coniata fu testimone oculare dei gravi disordini che avvennero con la presa di Costantinopoli da parte dei Crociati. Alessio V fuggì nella mattina del 12 aprile. Ancora prima che la capitale cadesse, fu subito nominato un nuovo imperatore, il generale Costantino XI Lascaris (1204-1205), che insieme al fratello, il generale Teodoro I Lascaris, tentò di salvare Costantinopoli con un attacco notturno, ma fallirono e fuggirono a Nicea, dove fondarono un nuovo impero, visto che non c'era più nulla da fare per la capitale. Niceta assistette al saccheggio di Costantinopoli da parte dei crociati; dopo cinque giorni, egli e la sua famiglia riuscirono a fuggire da quelle scene di devastazione grazie a un amico veneziano, mercante di vini, il quale finse che il gruppo costituisse il suo bottino. Quindi, decise di rifugiarsi a Nicea col nuovo Imperatore: mentre stavano andando ad imbarcarsi al porto, un crociato prese una donna del suo gruppo con l'intento di stuprarla, ma Niceta senza timore lo affrontò verbalmente e lo convinse a lasciarla andare. Rifugiatosi in Tracia, nelle vicinanze della capitale, Niceta constatò quanto si fosse diffusa l'ostilità verso i privilegiati abitanti di Costantinopoli.