Under den tyske okkupasjonen under andre verdenskrig var jernbanebroen viktig for de tyske okkupasjonsstyrkene. Nordjylland var viktig i forhold til Angrepet på Norge, hvor flyplassen i Aalborg ble brukt som brohode for angrepet på Norge. Begge broene over Limfjorden var viktige ledd i de tyske forbindelseslinjene og forutsatte tysk kontroll over området. Flyplassen i Aalborg ble derfor tidlig inntatt av tyske fallskjermsoldater, og kun to av disse var tilstrekkelig til å innta jernbanebroen. Det var vakthold på broen under hele krigen, med kanon- og lystårn i begge ender av denne. De tyske militære underminerte broen slik at den raskt kunne bli sprengt om de måtte trekke seg tilbake etter et militært angrep. Også i dag er det identifiserte steder hvor sprengstoff skal plasseres i en tilsvarende situasjon.