Μετά τη νίκη του Γάλλου Αυτοκράτορα Ναπολέοντα Α στη Μάχη της Ιένας-Άουερστετ και την επακόλουθη εκκένωση από την Πρωσία των πολωνικών επαρχιών της, τον Νοέμβριο του 1806 ο Πονιατόφσκι ζητήθηκε από τον Πρώσο Βασιλιά Φρειδερίκο Γουλιέλμο Γ΄ να αναλάβει τη διοίκηση της Βαρσοβίας, με το οποία συμφώνησε. Ανέλαβε επίσης τη διοίκηση των δημοτικών φρουρών της πόλης και των πολιτοφυλακών πολιτών που οργανώθηκαν από τους κατοίκους της περιοχής. Όλα αυτά αποδείχτηκαν μια βραχείας διάρκειας πολωνική προσωρινή αρχή, διότι η γρήγορη διαδοχή εκδηλώσεων στην ευρωπαϊκή σκηνή παρουσίασε στους Πολωνούς νέες ευκαιρίες και τους ανάγκασε σε νέες επιλογές.