Schlageter voit le jour le , sixième de onze enfants dans une famille d'agriculteurs catholiques de Schönau im Schwarzwald. Il fréquente l'école de Schönau, puis le lycée Berthold à Fribourg-en-Brisgau, où il vit au foyer épiscopal des séminaristes. Il se destine à la prêtrise. Des problèmes de santé le conduisent à changer de voie et à rejoindre, en 1913, le lycée Heinrich-Suso de Constance. Après le déclenchement de la Première Guerre mondiale, il passe en 1914 un baccalauréat « d'urgence » "(Notabitur)", et s'engage volontairement dans l'armée, rejoignant le le d'artillerie badois, dans le régiment 76 à Fribourg. Parallèlement, il s'inscrit à partir du semestre d'hiver 1915-16, comme étudiant en théologie à l'université Albert-Ludwig à Fribourg. Il est envoyé sur le front occidental comme soldat dans une unité de communication. Il y participe à plusieurs batailles, en 1915 en Champagne et dans les Flandres, en 1916 à Verdun et dans Somme. Il est blessé deux fois, et promu sous-officier en , puis lieutenant un an plus tard. Il est décoré de la Croix de fer de seconde classe, puis en 1918 celle de première classe pour des patrouilles à haut risque. Il est démobilisé à la fin de .