Roku 1798 musel řád kapitulovat před Napoleonem Bonaparte, táhnoucím s armádou na své egyptské tažení (řídě se svým heslem „nepozvedni meče proti bratru křesťanovi“), a usadil se na několik desetiletí v Rusku, přičemž ztratil během dalších desetiletí většinu svých převorství (tzn. pozemků a jmění) a tím i na významu.