1780'lerde Kongre'deki ilk görevi sırasında, Madison daha güçlü bir merkezi hükümet sağlamak için Konfederasyon Maddelerini değiştirmeyi tercih etti. 1790'larda Hamilton'un merkezileştirme politikalarına ve Alien and Sedition Acts'e muhalefet etti. Chernow'a göre, Madison'ın 1790'larda Virginia ve Kentucky Kararlarına verdiği destek "Anayasa Konvansiyonu'nda federal hükümetin eyalet yasaları üzerinde veto hakkı olması gerektiğini savunan bir adam için nefes kesici bir evrimdi." Tarihçi Gordon S Wood, Kutsal Özgürlük Ateşi'nde (1995) olduğu gibi, Lance Banning'in "Madison'ın 1790'larda görüşlerini değiştirmediğini" iddia eden tek günümüz bilim adamı olduğunu söylüyor. 1812 Savaşı sırasında ve sonrasında. Madison, ulusal banka, güçlü bir donanma ve doğrudan vergiler de dahil olmak üzere 1790'larda karşı çıktığı çeşitli politikaları desteklemeye geldi.