明治になってから、そのパリ万博の参加者だった田中芳男や町田久成によって、日本国内での博物館の設置が進められた。1872年（明治5年）、ウィーン万博への出品準備として開かれた湯島聖堂博覧会（文部省博物館）が日本の博物館の始まりとされ、東京国立博物館はこの時をもって館の創立としている。文部省博物館は翌年には太政官所轄の「博覧会事務局」に改編。1875年（明治8年）、博覧会事務局から博物館と書籍館（国立国会図書館の前身）が分離して文部省の管轄に復帰し、前者は東京博物館と改称された。また、博覧会事務局は内務省管轄の博物館に改編され、東京にはこれら2系統の博物館が存在することとなった。東京博物館は1877年（明治10年）に上野公園内に移転して、教育博物館と改称された。この教育博物館は現在の国立科学博物館である。なお、東京国立博物館は前述の内務省管轄の博物館を前身とし、教育博物館とは別に人文系の博物館として同じく上野公園内に1882年（明治15年）に移転したもので、その建物はイギリス人のジョサイア・コンドルの設計によるものであった（関東大震災で倒壊）。