I oktober 2004 förhandlade al-Bashirs regering fram ett slut på det andra sudanesiska inbördeskriget, ett av de längsta och dödligaste krigen under 1900-talet, genom att ge begränsad autonomi till Sydsudan (vilket senare omvandlades till avskiljande som en ny suverän stat). Sedan dess blev dock hans regering kritiserad för dess roll i Darfurkonflikten, där folkmord mot den icke-arabiska befolkningen har lett till dödstal på mellan 200 000 och 400 000. Hans styre ledde till våldsamma strider mellan Janjaweedmilisen och rebellgrupper som Sudanesiska folkets befrielsearmé (SPLA), Sudans befrielserörelse (SLA) och Justice and Equality Movement (JEM) i form av gerillakrig i Darfurregionen. Inbördeskriget ledde till att över 2,5 miljoner drivits på flykt, och de diplomatiska relationerna mellan Sudan och Tchad blev ansträngda.