Il 14 agosto, durante la battaglia di Schwyz, Oudinot fu nuovamente ferito da una pallottola che lo colpì alla spalla; rientrò in servizio alla metà di settembre, giusto in tempo per prendere parte alla decisiva vittoria francese nella seconda battaglia di Zurigo: nonostante il suo incarico amministrativo come capo di stato maggiore, Oudinot si pose alla testa dei reparti d'avanguardia che catturarono la stessa Zurigo, subendo la sua sedicesima ferita (una pallottola nella coscia). In seguito accompagnò Massena in Italia, e quando quest'ultimo fu assediato a Genova con la sua armata nell'aprile 1800 Oudinot fu inviato attraverso le linee nemiche per recapitare degli ordini alle forze di soccorso francesi del generale Louis Gabriel Suchet, combattendo sotto di lui nel corso dei fallimentari tentativi di rompere il blocco di Genova. Dopo la capitolazione di Genova nel giugno 1800, Oudinot fu assegnato come capo di stato maggiore all'Armata d'Italia del generale Guillaume Marie-Anne Brune, mettendosi ancora una volta in luce durante la battaglia di Monzambano: per questa azione Napoleone gli consegnò una spada d'onore.