Während der Herzog Dünkirchen belagerte, hatte von Freytag das Kommando über ein „Obervationskorps“ bestehend aus Truppen aus Hannover, Großbritannien, Österreich und Hessen. Dieses sollte die Belagerungsarmee decken. Anfangs war er durchaus erfolgreich, sah seine Truppen durch die Franzosen aber in Gefahr. In der Tat marschierte Jean-Nicolas Houchard gegen ihn. Die Truppen von Freytags wurden in mehreren Gefechten und Schlachten zwischen dem 5. und 8. September 1792 in Arneke, Rexpoede und Hondschoote besiegt. Der Rückzug der Truppen zwang auch zur Aufgabe der Belagerung von Dünkirchen. Beim nächtlichen Rückzuge durch das Dorf Rexpoede (6./7. September 1792) wurde von Freytag verwundet und geriet kurze Zeit in Gefangenschaft, aus der er aber durch seine Truppen unter Generallieutenant von dem Bussche bald wieder befreit wurde. Auf Grund seiner Verletzung gab er das Kommando an den General Graf Wallmoden ab. Stattdessen befehligte er die Truppen im Kurfürstentum selbst.