Následne mnoho Kréťanov prestúpilo na islam a poturčilo sa. Takýmto spôsobom tu rástlo islamské grécke obyvateľstvo, ktoré sa však poturčovalo. V 19. storočí moslimovia tvorili pravdepodobne 45% obyvateľstva, ale iný turecký cenzus uvádza iba 24% moslimov na Kréte. Skoro všetci krétski moslimovia rozprávali po grécky. Povstanie Grékov v materskom Grécku proti tureckej moci malo ohlas aj na Kréte, kde vzniklo povstanie, ktoré potlačila až turecká armáda z Egypta, ktorá následne napadla Grécko. Ale po roku 1830 dosiahlo Grécko nezávislosť, pričom Kréta dostala autonómne postavenie po ďalších revoltách. Vznikol autonómny krétsky štát. Počas tohoto povstania padla viac ako polovica moslimského obyvateľstva. V roku 1913 grécky premiér, Kréťan Eleftherios Venizelos pripojil Krétsky autonómny štát ku Grécku. V roku 1923 sa moslimovia z Grécka (teda aj z Kréty) vysťahovali do Turecka, počas grécko-tureckej výmeny obyvateľstva.