В 1994, после падения коммунистического режима, Прокоп Мурра был привлечён к судебной ответственности вместе с группой партийно-государственных руководителей (включая Бесника Бектеши, Ламби Гегприфти, Пали Миску, Ленку Чуко, Хайредина Челику, Фото Чами). Суд признал его виновным в злоупотреблении властью и приговорил к 5 годам заключения. В 1996 было возбуждено новое уголовное дело — по факту преступлений против человечности. Прокоп Мурра получил 20 лет тюрьмы, однако после политического кризиса и массовых беспорядков 1997 были освобождён по амнистии.