На 59-тите награди „Златен глобус“ през 2002 г. Форд се запознава с актрисата от хитовия сериал „Али Макбийл“ Калиста Флокхарт. Той започва да се среща с нея докато е все още женен. Предлага ѝ брак в уикенда за Свети Валентин през 2009 г. Женят се на 15 юни 2010 г. в Санта Фе, Ню Мексико, където актьорът се снима в „Каубои и извънземни“. Двамата са родители на осиновения през 2001 г. син на Калиста – Лиъм Флокхарт, който към 2019 г. е студент в колежа Армхърст в Окръг Хампшир, Масачузетс.