Pada tahun 1954 Prijono menyampaikan cadangan untuk ortografi baharu bagi Bahasa Indonesia. Prijono mencadangkan gabungan huruf seperti 'nj' dan 'ng' digantikan dengan aksara IPA. Ortografi yang sama, 'Ejaan Kongres', turut diguna pakai di Semenanjung Melayu. Kerajaan Indonesia melantik Prijono sebagai pengerusi jawatankuasa pengejaan. Pada tahun 1960 sistem ortografi Prijono adalah asas cadangan MELINDO untuk ortografi Melayu-Indonesia bersama. Kerajaan Malaysia dan Indonesia bersetuju untuk melaksanakan ortografi MELINDO, tetapi projek itu menemui jalan mati kerana hubungan antara kedua-dua negara menjadi semakin buruk disebabkan Konfrontasi.