En un inicio existió una tregua que duró casi 5 años hasta que las continuas provocaciones y la destitución de la gobernación por orden de Huáscar,motivó la rebelión de Atahualpa,dando inicio a la Guerra civil incaica,para la cual se había aliado con el pueblo Cañari por el odio que le tenían a Atahualpa al ser partícipe de campañas en el norte.En un primer momento,Huáscar tuvo ventaja sobre su hermano pero este contaba con las experimentadas tropas "norteñas" que habían seguido a su padre en las campañas del norte así como hábiles generales como Quizquiz que terminaron venciéndolo y capturándolo.Fue ejecutado ,por orden de su medio hermano,en el pueblo de Andamarca y sus restos arrojados al río Yanamayo.