Jan Albert, vychován v duchu částečně katolickém, částečně protestantském, ještě v roce 1547 na přání otce bojoval na katolické straně v císařském vojsku ve šmalkaldské válce. Po převzetí vlády však ve svém vévodství zavedl luteránství (to vyhlásil současně se strýcem v roce 1549), smířil se se severoněmeckými protestantskými knížaty a v roce 1552 se zúčastnil již na protestantské straně výpravy proti císaři. Reorganizoval universitu v Rostocku a církevní organizaci v Meklenbursku, přeložil fragmenty bible. V Polsku intervenoval při obraně svého bratra Kryštofa, který se měl stát arcibiskupem Rigy, ale v důsledku neshod se Švédy byl polským králem uvězněn. Jan Albrecht dosáhl jeho osvobození výměnou za zřeknutí se uchazečství o arcibiskupský stolec. Roku 1573 stanovil, že dědění meklenburského trůnu bude nadále nastupovat na zásadě primogenitury.