Janusz Radziwiłł war Calvinist, verstand sich als Beschützer des reformierten Glaubens und unterstützte den Unterhalt und Bau von reformierten Schulen und Kirchen in Litauen. Er führte 1654 nach Ausbruch des Russisch-Polnischen Kriegs die Truppen in Litauen und Livland. Nach dem im Jahr 1655 vom polnischen König provozierten Angriff Schwedens auf Polen taktierte Janusz Radziwiłł zwischen den in Livland eingedrungenen Schweden und den Russen, die er als gefährlicher einschätzte. Er löste 1655 nach der Flucht König Johann Kasimirs ins deutsche Reich zusammen mit seinem Vetter Bogusław Radziwiłł im Vertrag von Kėdainiai die Lubliner Union mit Polen zugunsten eines Bündnisses Litauens mit dem Schwedenkönig Karl X. Gustav zwecks Vertreibung der Russen aus Litauen auf. Dieser Schritt brachte die reformierten Radziwiłłs in der Öffentlichkeit Polens, besonders bei Hofe, für alle Zeit in den Ruf von Landesverrätern.