עם פרוץ מלחמת העולם השנייה נכבשה טרנופול על ידי הסובייטים, בהתאם להסכם לחלוקת פולין. מאז הפכה טרנופול מוקד לפליטים שנמלטו מהחלק הגרמני של פולין, והרב שליטא פעל רבות לעזרתם.