Na zijn afscheid bij de Rangers besloot McLeish om niet opnieuw een Schotse club te trainen omdat hij naar eigen zeggen alles al had bereikt in het Schotse voetbal. Verscheidene Engelse clubs toonden interesse, maar uiteindelijk ging de 48-jarige coach aan de slag bij de Schotse nationale ploeg. Op 29 januari 2007 werd hij als nieuwe bondscoach voorgesteld; hij volgde zijn landgenoot Walter Smith op. McLeish kreeg de opdracht om zich te kwalificeren voor Euro 2008. Maar nederlagen tegen Italië en Georgië zorgden ervoor dat McLeish niet in zijn opzet slaagde en hij voortijdig vertrok. McLeish werd opgevolgd door George Burley.