1900 heiratete er die Zahnärztin Rachel Romberg (1879–1955), die seine literarischen Aktivitäten betreute und zusammen mit ihrem Sohn Immanuel Bin-Gorion die Herausgabe der Schriften ihres Mannes nach seinem Tod weiterführte. Eine Reise von einigen Wochen zusammen mit seiner Frau in den russischen Ansiedlungsrayon führte Berdyczewski die harten Realitäten des dortigen jüdischen Lebens vor Augen. Nach einem Aufenthalt in Warschau kehrte er nach Deutschland zurück, lebte 1901–11 in Breslau und den Rest seines Lebens in Berlin, wo er zu Neujahr 1919 die preußische Staatsangehörigkeit erhielt.