В 1991 году во время битвы за Вуковар храм получил тяжёлые повреждение: уничтожен интерьер, повреждена крыша и колокольня. Удалось спасти 39 икон с иконостаса, три евангелия, часть архивов и священных сосудов. После войны был восстановлен только экстерьер храма.