In de herfst van 330 v.Chr., terwijl het leger in de hoofdstad van Drangiana, Phrada-Prophtasia (zuiden van Herat) verbleef, werden Philotas, de zoon van Parmenion en hipparch van de cavalerie, gevangengenomen en veroordeeld. Dit gebeurde omdat ze lucht gekregen hadden van een complot tegen de koning, maar ze dit niet bekendgemaakt hadden. Al in de lente van 331 v.Chr. was Asander, de broer van Parmenion, van zijn functie als satraap van Lydië ontheven, terwijl het officiële verslag over de Slag bij Gaugamela Parmenion in een slecht daglicht gesteld had. Het is mogelijk dat de kritiek van Philotas op de Perzische ceremonies, die nu ingevoerd werden door de koning, Alexander kwaad gemaakt hadden. Parmenion had bovendien ook niets willen doen om de gemoederen te bedaren toen de troepen in Ekbatana zeiden dat ze graag naar Europa wilden terugkeren. Philotas werd veroordeeld voor de Koinon van de Macedoniërs. De beschuldigingen kwamen van Craterus, die hierin zijn kans schoon zag om zich te ontdoen van een rivaal. Philotas werd gestenigd nadat hij gedwongen bekentenissen afgelegd had. Alexander wist niet of Parmenion ook betrokken was, maar stuurde toch officiers om hem te vermoorden. Het kon hem niet veel schelen dat de troepen in Medië in opstand kwamen nadat ze gehoord hadden over de moord.