McKinlay fikk sin debut for i en kamp mot i 1995. Han ble tatt ut i troppen til EM i fotball 1996 og siden VM i fotball 1998 av landslagstrener Craig Brown, hvor han i sistnevnte turnering spilte Skottlands gruppespillkamper mot henholdsvis og . På grunn av sin relativt sene debutalder (30 år) fikk McKinlay få landskamper, og ved at han ikke ble tatt ut etter 1998 endte han opp med 22 landskamper for Skottland.