1738 setzte er seine Lehrtätigkeit fort, und von 1741 bis 1748 war er der Kommandeur der Ausbildungskompanie. Während des Russisch-Schwedischen Kriegs (1741–1743) befehligte Malygin ein 54-Kanonen-Schiff. 1751 wurde er Kommandant der "Archangel Rafail". Als sich sein Gesundheitszustand am Beginn der 1750er Jahre verschlechterte, bat er um einen Dienstposten an Land und wurde Hafenkommandant von Riga. Während des Siebenjährigen Kriegs verblieb er auf diesem Posten und wurde anschließend Chef des Büros der Admiralität in Kasan, wo er 1764 starb.