Parreira refuse à plusieurs reprises des offres au poste de sélectionneur du Brésil entre les Coupes du monde 1998 et 2002. Fin 2000, lorsque la "Seleção" est dans la tourmente après le limogeage de Vanderlei Luxemburgo, il refuse le poste, affirmant qu'il ne veut pas revivre le stress et la pression entourant l'attente d'un cinquième titre mondial. En juillet 2001, après deux défaites du Brésil contre le Mexique et le Honduras lors de la défense de son titre à la Copa América 2001 en Colombie, le public brésilien réclame le remplacement de Luiz Felipe Scolari par Parreira. Ce dernier déclare seulement qu'il assistera indirectement Scolari pour la campagne vers la Coupe du monde 2002. En janvier 2003, Parreira est nommé sélectionneur avec Mário Zagallo comme adjoint avec la lourde tâche de défendre leur titre lors de la Coupe du monde 2006 en Allemagne. Mais le , le Brésil tombe en quart de finale contre la France (0-1, but de Thierry Henry).