1657, ved Karl Gustav-krigenes udbrud, kom han til København og fik her ansættelse som krigssekretær, det vil sige sekretær ved det nydannede Krigsråd, der efter enevoldsmagtens indførelse fik en fastere organisation som Krigskollegium. Denne fra først af temmelig underordnede stilling fik i de 21 år, Meier beklædte den, større og større betydning, navnlig efter Christian V's tronbestigelse. Straks efter at have tiltrådt regeringen tog denne konge ivrig fat på at udvide krigsmagten med den forestående krig for øje. Samtidig blev den gamle præsident i Krigskollegiet, feltherren Hans Schack, mere og mere affældig, og i samme forhold gled ledelsen af Hærens anliggender over i hænderne på rigskansleren Griffenfeld, som dog i begyndelsen af 1676 atter måtte afgive den til den nye præsident i Kollegiet, Johan Adolf af Plön.