Suharton jälkeen Indonesian presidentiksi noussut Jusuf Habibie lupasi yllättäen kansanäänestyksen itsenäisyydestä. Elokuussa 1999 pidetyssä äänestyksessä 78,5 prosenttia kannatti itsenäisyyttä. Vaikka Indonesian hallitus lupasi kunnioittaa tulosta, itsenäisyyttä vastustaneet militantit synnyttivät Itä-Timorin kriisin. Kansainvälisen painostuksen seurauksena Itä-Timoriin tuotiin YK:n joukkoja, mutta kriisin aikana noin puoli miljoonaa ihmistä joutui lähtemään kotoansa ja alueen infrastruktuuri kärsi pahoin.