Ook in het seizoen 2020/21 ging Flick door met zijn prijzenregen bij Bayern: op 24 september 2020 won de club voor de tweede keer in de clubhistorie de UEFA Super Cup, nadat UEFA Europa League-winnaar Sevilla FC in de verlenging met 2–1 werd verslagen in het Ferenc Puskásstadion. Zes dagen later wist Flick met zijn ploeg de wedstrijd om de DFL-Supercup te winnen door 3–2 winst tegen Borussia Dortmund in de Allianz Arena. Het was hiermee de achtste supercupwinst in de clubhistorie en de vijfde prijs van het kalenderjaar. Flick werd op 1 oktober 2020 uitgeroepen tot "UEFA Men's Coach of the Year". Op 11 februari 2021 wist Flick in Qatar met zijn ploeg de strijd om de FIFA Club World Cup te winnen door in de finale CONCACAF Champions League-winnaar Tigres UANL met 1–0 te verslaan.