De Discovery-expeditie, genoemd naar het schip, was een gezamenlijke onderneming van de Royal Society en de Royal Geographical Society, waarvan Markham intussen voorzitter was. Terwijl de Royal Society een wetenschapper aan het hoofd van de expeditie wilde en Scott slechts zag als kapitein van het expeditieschip, wisten Markham en Scott uiteindelijk hun slag thuis te halen en kreeg hij de volledige leiding. Kort voor zijn vertrek werd Scott gepromoveerd tot Fregatkapitein.