Kaupungin väkiluku kasvoi vuonna 1871, kun 200 kilometriä etelämpää, Pine Creekistä, löytyi kultaa. Toisen maailmansodan aikana 19. helmikuuta 1942 Darwiniin tehtiin ilmahyökkäys, joka tappoi 243 ihmistä. Helmikuun 1942 ja lokakuun 1943 välisenä aikana japanilaiset tekivät yli 60 sotilaslentoa Darwinin yli.