La carrera militar y el legado de Werner Mölders son un ejemplo de los desafíos que plantea el reconocimiento del heroísmo de las fuerzas armadas alemanas en el escenario cultural, político y social de la posguerra. En 1998, con ocasión del 61.º aniversario del bombardeo de Guernica por la Legión Cóndor durante la Guerra Civil Española, el parlamento alemán decidió que los miembros de aquella fuerza aérea, entre ellos Mölders, «ya no debían ser honrados». En 2005, el Ministerio de Defensa de Alemania decidió retirar el sobrenombre «Mölders» del ala de caza JG 74. La decisión fue ratificada por el ministro de Defensa, Peter Struck, el 11 de marzo de 2005 y a las 10:00 horas de ese mismo día se eliminaron todas las banderas y estandartes que llevaban el apellido del as de la aviación.