Το 1968 αποχώρησε από την εθνική, η Δυτική Γερμανία απέτυχε να προκριθεί στην τελική φάση του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος του 1968 αλλά και η πρόκληση του Παγκοσμίου Κυπέλλου στο Μεξικό τον επανέφερε στην ομάδα. Ήδη στον πρώτο αγώνα με αντίπαλο το Μαρόκο (3 Ιουνίου 1970, 2–1) και με διαφορά λεπτών από τον Πελέ, έγινε ο πρώτος ποδοσφαιριστής που σκόραρε σε τέταρτη διοργάνωση. Στον προημιτελικό με την Αγγλία η Γερμανία έκανε μεγάλη ανατροπή, παίρνοντας παράλληλα εκδίκηση για τον τελικό του 1966, τέσσερα χρόνια πριν. Από 0–2 σε 3–2 και ο Ζέελερ πέτυχε το γκολ της ισοφάρισης στο τέλος του αγώνα με την αξιομνημόνευτη κεφαλιά στο πίσω μέρος του κεφαλιού, χωρίς να βλέπει το τέρμα. Έκανε, όμως, μεγάλη εμφάνιση και στον ημιτελικό απέναντι στην Ιταλία, σε έναν αγώνα που έχει μείνει στην ιστορία ως το «αγώνας του αιώνα». Σημείωσε τρία γκολ στη διοργάνωση και κατέκτησε την τρίτη θέση με την ομάδα. Συνολικά συμμετείχε σε 21 αγώνες της κορυφαίος διοργάνωσης (επίδοση ρεκόρ για την εποχή) και σημείωσε 9 τέρματα. Στη διοργάνωση του Μεξικού κατέρριψε και το ρεκόρ διεθνών συμμετοχών με την εθνική της Δυτικής Γερμανίας με την 72η εμφάνισή του. Ορίστηκε ως ο δεύτερος επίτιμος αρχηγός της εθνικής μετά τον Φριτς Βάλτερ.