Rudonja je za slovensko nogometno reprezentanco nastopil na 65-ih tekmah in zanjo dosegel en zadetek. Edini zadetek v dresu slovenske reprezentance je Rudonja zabil na povratni kvalifikacijski tekmi za nastop na svetovnem prvenstvu 2002 proti Romuniji v Bukarešti, ki se je končala z 1:1. S svojim zadetkom je Sloveniji zagotovil nastop na svetovnem prvenstvu, saj se je tekma v Ljubljani končala z izidom 2:1 za Slovenijo. Rudonja je po številu nastopov za izbrano vrsto Slovenije na šestem mestu. Po navadi je igral na mestu napadalca ali levega veznega igralca.