Conflictele militare directe (Războiul polono-lituanian și Rebeliunea lui Żeligowski) au fost urmate de o serie de negocieri încheiate fără vreun rezultat în cadrul Ligii Națiunilor. După invazia sovietică a Poloniei din 1939, ca parte a înțelegerilor secrete ale Pactului Molotov-Ribbentrop, întreaga regiune a ajuns sub controlul sovietic. Aproximativ 20% din regiune, inclusiv orașul Vilnius, au fost cedate de către Uniunea Sovietică Lituaniei pe 10 octombrie 1939 în schimbul acordului părții lituaniene pentru înființarea unei baze militare a forțelor terestre sovietice pe teritoriul republicii. Conflictul legat de controlul asupra Regiunii Vilnius a fost definitiv rezolvat după încheierea celui de-al doilea Război Mondial, când atât Republica Populară Poloneză cât și Lituania au ajuns în sfera de influență comunistă și sovietică, iar un număr de etnici polonezi din regiune au fost repatriați în Polonia. Din acel moment, regiunea Vilnius a devenit parte a RSS Lituaniene și, după 1990, a republicii independente din zilele noastre, Lituania.