После чемпионата мира его результативность несколько упала, и в 1995 году он забил 17 мячей в 27 встречах. В том же году Джузеппе Синьори был назначен капитаном «Лацио», а 11 июня 1995 года Серджо Краньотти объявил, что отпускает Синьори в «Парму» за очень значительные деньги. Это возмутило тиффози, которые отправились с манифестацией к дому Краньотти, забросали дом помидорами, яйцами и кучей монет, требуя, чтобы Краньотти не продавал Синьори. Руководство «Лацио» этого явно не ожидало: в тот же день Краньотти сообщил, что прекращает переговоры. В 1996 году Синьори забил 24 гола в 31 матче и в третий раз стал лучшим бомбардиром чемпионата, но Сакки не взял его на ЧЕ-96. У Синьори начался игровой кризис, 15 мячей в следующем сезоне. После того как Дино Дзофф покинул тренерский пост и тренером «Лацио» стал швед Свен-Ёран Эрикссон, Джузеппе Синьори был вынужден покинуть клуб в сезоне 1997/98 — отношения с новым тренером не сложились, причём настолько, что когда «Лацио» в отсутствие Синьори выиграл Кубок Италии, Эрикссон отказался отдавать награду игроку, несмотря на то, что за те полгода выступления за «Лацио» в Кубке Синьори успел отличиться 6 забитыми мячами, став лучшим бомбардиром первенства. Синьори начал играть за «Сампдорию», где его не часто выпускали на поле, и в 17 матчах Синьори забил всего лишь 3 мяча. После перенесённой операции на позвоночнике он перешёл в «Болонью» в июле 1998 года, в составе которой забил 67 мячей за 5 лет. Потом была недолгая игра в Греции за «Ираклис» и полсезона за аутсайдера венгерского чемпионата — «Шопрон».