Vuonna 1974 Portugalissa tapahtui vallankumous, joka päätti sotilashallinnon, ja siirtomaille myönnettiin itsenäisyys. Timorissa vaalit oli tarkoitus järjestää 1978. Maahan muodostui kuitenkin kaksi kilpailevaa faktiota, joista Gusmão osallistui FRETILINin toimintaa. Indonesia aloitti puolestaan häirintäkampanjan ja hyökkäykset Portugalin Timoriin. Vuoden 1975 lopulla FRETILIN sai voiton ja julisti maan 28. marraskuuta 1975 itsenäiseksi. Yhdeksän päivää myöhemmin Indonesia valloitti maan.