Bei den Kurzbahnweltmeisterschaften 2014 wurde Manaudou über 50 Meter Freistil in Weltrekordzeit Weltmeister. Außerdem wurde er Weltmeister mit der 4 × 100 m Freistil-Staffel und Vize-Weltmeister mit der 4 × 50 m Lagen-Staffel. Ein Jahr später bei den Schwimmweltmeisterschaften 2015 im russischen Kasan gewann Manaudou drei Goldmedaillen (50 m Freistil, 50 m Schmetterling, 4×100 m Freistil) und wurde daraufhin von der Sportzeitung "L’Équipe" zu Frankreichs Sportler des Jahres („Champion des champions France“) gewählt.