На заседании ВЦИК 20 мая 1918 года Свердлов впервые провозгласил политику раскола деревни на два враждующих лагеря бедняков и кулаков. Свердлову приписывают авторство директивы Оргбюро ЦК РКП(б) от 24 января 1919 г., предписывавшую осуществление жёстких карательных мер при подавлении казацких восстаний против Советской власти на Дону. Во время мятежа левых эсеров летом 1918 года арест Свердлова был одной из основных целей восставших, в ответ на что Свердлов и Ленин приказали арестовать руководство левых эсеров, находившееся в Большом театре на заседании V съезда Советов.