Il 15 novembre 1939 Tanaka ebbe il comando di una grande unità, l'incrociatore da battaglia "Kongo", a dispetto della sua specializzazione in cacciatorpediniere e utilizzo dell'armamento silurante. Il comando dell'unità gli fu riconfermato sia il 15 ottobre 1940, quando assunse anche il controllo della nave appoggio idrovolanti , sia il 15 novembre 1940. Il 15 aprile 1941 fu ridislocato per breve tempo come assistente di stato maggiore della 3ª Flotta, quindi il 1º maggio fu nominato comandante della 6ª Squadriglia sommergibili, con il quale rimase quattro mesi. Il 15 settembre fu posto alla testa della 2ª Squadriglia cacciatorpediniere, dipendente dalla 2ª Flotta, e il 15 ottobre ricevette la promozione a contrammiraglio. Il reparto di Tanaka fu poco dopo temporaneamente posto alle direttive della 3ª Flotta del viceammiraglio Ibō Takahashi, responsabile del supporto e della realizzazione della conquista delle Filippine e della porzione orientale delle Indie orientali olandesi. Tanaka guidò le sue forze da bordo dell'incrociatore leggero e nave ammiraglia "Jintsu" (cacciatorpediniere "Shiokaze", 16ª Divisione con lo "Amatsukaze" e lo "Hatsukaze", la 15ª Divisione cacciatorpediniere con lo "Hayashio", lo , il "Natsushio" e il ) inquadrato nella squadra di copertura del contrammiraglio Takeo Takagi, che protesse gli sbarchi a Legaspi (Filippine) avvenuti incontrastati il 14 dicembre 1941. Visti i rapidi progressi nell'avanzata nelle Filippine, all'inizio del gennaio 1942 Tanaka confluì con gran parte della 3ª Flotta a Mindanao e da qui fece rotta per la costa orientale del Borneo sempre sotto gli ordini del contrammiraglio Takagi e del viceammiraglio Takahashi. Intanto la 2ª Squadriglia aveva rimpiazzato la 15ª Divisione con i cacciatorpediniere "Kawakaze", "Yukikaze", "Tokitsukaze", "Ushio" e "Yamakaze".