Byl odpůrcem plánu vpádu do Norska, který považoval německými silami za neuskutečnitelný. Jeho organizací bylo nakonec pověřeno OKW a velení námořnictva OKM. V období podivné války se tajně setkal s Carlem Goerdelerem, který mu navrhoval zorganizování puče s cílem odstranit Hitlera a jednat s Británií a Francií o míru. Halder takový puč nepovažoval za proveditelný a odmítl ho. Následně se významnou měrou podílel na vypracování a realizaci plánu útoku na Francii, Belgie a Nizozemsko na jaře 1940. Po úspěšném obsazení Francie, díky von Mansteinově plánu útoku přes Ardeny, byl povýšen do hodnosti generál Generloberst. Následně se podílel na přípravě útoku na balkánské země.