1911 wurde Jellicoe Stellvertreter von George Callaghan, dem Befehlshaber der Grand Fleet (Britische Flotte). Zu Beginn des Ersten Weltkriegs wurde er zum Befehlshaber der Grand Fleet bestellt. In der Skagerrakschlacht 1916 war er somit ihr Befehlshaber. Sein Umgang mit der Flotte während der Schlacht ist umstritten, einige Historiker beschreiben Jellicoes Taktik als zu vorsichtig, während andere ihm keine wesentlichen Fehler unterstellen. Das von ihm erfolgreich durchgeführte Crossing the T Manöver bewirkte, dass sich die beschädigte deutsche Flotte mit einer Gefechtskehrtwendung aus dem Kampf entfernen musste. Jellicoe wurde vorgeworfen, die deutsche Hochseeflotte nicht verfolgt zu haben, um ihr einen finalen Schlag zu versetzen. Allerdings war das Risiko durch deutsche Torpedoangriffe gegeben, weshalb er von einem erneuten Angriff Abstand nahm, um die britische Flotte zu schonen. In der Heimat zeigte sich die britische Öffentlichkeit enttäuscht, dass die Royal Navy, nicht wie bei der Schlacht von Trafalgar, als eindeutiger Sieger hervorging.