W dniu agresji niemieckiej na Polskę, 1 września 1939, Waszyński znajdował się wraz z ekipą filmową we Lwowie. Został zesłany przez władze radzieckie na Syberię. 10 grudnia 1941 zaciągnął się do Armii Andersa i wraz z nią przeszedł do Iranu, a następnie do Iraku (1942) i mandatowej Palestyny (1943). Przemarsz wojsk Andersa na Bliski Wschód utrwalili Waszyński i Konrad Tom w dokumentalnym filmie "Dzieci" (1943), nazwanym przez autora biografii Waszyńskiego, Samuela Blumenfelda, testamentem reżysera. Film przedstawia postać żołnierza, który co tydzień wysyła list do matki pozostałej w Kowlu, relacjonując jej bieżące wydarzenia. Jest to jedyny film, w którym Waszyński wspomina o swoim rodzinnym mieście. Jako żołnierz II Korpusu Waszyński był w Egipcie i Włoszech. Będąc członkiem wojskowego zespołu filmowego robił zdjęcia w czasie bitwy o Monte Cassino (1944).