Ορίστηκε βοηθός προπονητή με την Εθνική Γερμανίας στις 23 Αυγούστου 2006. Παρόλο που δεν αναγράφεται ως επίσημα αναγνωρισμένος προπονητής από τηνΓερμανική Ποδοσφαρική Ομοσπονδία, λόγω της αποβολής του Γιοάχιμ Λεβ στο προηγούμενο παιχνίδι, ο Φλικ ήταν ουσιαστικά ο προπονητής της εθνικής Γερμανίας στον προημιτελικό του Ευρωπαϊκού πρωταθλήματος ποδοσφαίρου 2008 εναντίον της Πορτογαλίας στις 19 Ιουνίου 2008, ο οποίος έληξε 3 –2 υπέρ της Γερμανίας. Αφού τερμάτισε δεύτερος στο Ευρωπαϊκό πρωτάθλημα ποδοσφαίρου 2008 και τρίτος στο Παγκόσμιο Κύπελλο ποδοσφαίρου 2010, έφτασε στα ημιτελικά του Ευρωπαϊκού πρωταθλήματος ποδοσφαίρου 2012 και κέρδισε το Παγκόσμιο Κύπελλο Ποδοσφαίρου 2014 ως βοηθός προπονητή της Γερμανίας. Έγινε αθλητικός διευθυντής στη Γερμανική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία μετά το Παγκόσμιο Κύπελλο 2014 έως τις 16 Ιανουαρίου 2017.