Nach dem „Anschluss“ von Österreich an das nationalsozialistische Deutsche Reich im März 1938 emigrierte Burger im Mai 1938 in die Schweiz und von dort weiter nach Paris. Zur Organisierung der Parteiarbeit kehrte er im November 1938 illegal nach Österreich zurück und wurde zwei Tage später von der Gestapo verhaftet. Im Dezember 1940 vom Oberlandesgericht Wien wegen Vorbereitung zum Hochverrat zu zwei Jahren und neun Monaten Zuchthaus verurteilt, kam er darauf ins Zuchthaus Stein.