Dans leurs tentatives de répression de la résistance, les forces allemandes et fascistes italiennes (en particulier les SS, la Gestapo et les milices paramilitaires telles que Xª MAS et les Brigate Nere) ont commis des crimes de guerre, des exécutions sommaires et des représailles systématiques contre la population civile. Les prisonniers et les suspects de résistance étaient souvent torturés et violés. Parmi les atrocités de masse les plus notoires, on peut citer le Massacre des Fosses ardéatines où 335 civils juifs et prisonniers politiques sont exécutés sans procès lors d'une opération de représailles après une attaque à la bombe de la résistance à Rome, le massacre de Sant'Anna di Stazzema où environ 560 villageois sont tués lors d'une opération anti partisane dans les Apennins centrales et le massacre de Marzabotto où environ 770 civils sont tués dans des circonstances similaires. Au total, civils italiens ont été délibérément tués, dont de nombreuses femmes et enfants.