הצי הרומי חזר לשמש בתפקיד מפתח במלחמות האזרחים שפרצו בעקבות רציחתו של יוליוס קיסר. סקסטוס פומפיוס, השתלט על סיציליה והשתמש בה כבסיס לציו ולעריכת פשיטות על חופי איטליה שאיימו על אספקת המזון לרומא, לאחר כמה ניסיונות לא מוצלחים מצד אוקטביוס להביסו הפיקוד הועבר לידיו של מרקוס ויפסניוס אגריפה שתחילה בנה בסיס בטוח לצי בעיר מיסנום ובשנת 36 לפנה"ס הביס את כוחותיו של פומפיוס בקרבות במילאי ונאולוכוס ומיגר לחלוטין את כוחותיו של פומפיוס כעבור חודש.