Mit dem Auslaufen der Besitzrechte der USA am Panamakanal Ende 1999 wurde die amerikanische Militärpräsenz in dem Land beendet, die auch zwei Basen der 12th AF umfasste. Ab 2010 beteiligte sich die 12th AF nach dem schweren Erdbeben in Haiti an den Hilfsmaßnahmen im Rahmen der Operation Unified Response. Sie ist auch an der andauernden Operation New Horizons beteiligt.