Voyant la nécessité de la création d'une école militaire, en octobre 1898, Luna établit une académie militaire à Malolos, connue sous le nom d"'Academia Militar", qui était la précurseure de l'actuelle Académie militaire philippine. Il nomma le colonel Manuel Bernal Sityar, un métis anciennement lieutenant de la garde civile, comme surintendant. Il recruta d'autres métis et espagnols qui avaient combattu dans l'armée espagnole pendant la révolution de 1896 pour enrichir l'entraînement. Cependant, l'académie dû être suspendue définitivement en mars 1899 en raison du déclenchement de la guerre américano-philippine.