Han var søn af Otte Kruse til Ballegård (død 1628, gift 1. gang med Magdalene Krabbe, født ca. 1581) og Sophie Staverskov (død tidligst 1668, gift 2. gang 1635 med Laurids Ebbesen (Udsen) til Tulstrup, 1559-1646), fik undervisning på Sorø Akademi og immatrikuleredes 1646 ved universitetet i Leiden. 1650 foretog han, da hofjunker, på ny en rejse til udlandet, sandsynligvis for at uddanne sig i krigsvæsenet. Samme år havde hans moder, enke 2. gang efter Laurids Ebbesen til Tulstrup, købt Spøttrup, og af denne gård kom Kruse o. 1653 i besiddelse. Et par år efter blev han ansat som løjtnant ved et kompagni jyske sogneryttere, og 1657 blev han ritmester for kompagniet. Senere på året fik Kruse udnævnelse som generaladjudant til hest. I øvrigt forlyder der intet om hans deltagelse i krigen i dette og det følgende år, men 1659 blev det overdraget ham som oberst at oprette et nørrejysk rytterregiment, og med dette stødte han til landgangshæren, der samledes i Kiel under Hans Schack, og som i forening med Ernst Albrecht von Ebersteins aldeles tilintetgjorde den svenske hær på Fyn 14. november i det glimrende slag ved Nyborg.