За день до драфта НБА 2016 года Карис Леверт написал открытое письмо генеральным менеджерам клубов НБА о том, что он сможет играть в НБА несмотря на травмы ноги. 23 июня 2016 года Карис был выбран на драфте НБА 2016 года под общим 20-м номером командой «Индиана Пэйсерс». Он стал пятым игроком «Мичиган Вулверинс», который был выбран в первом раунде драфта НБА с 2013 года. 7 июня 2016 года права с драфта на Кариса Леверта вместе драфт-пиком второго раунда были обменены «Пэйсерс» в «Бруклин Нетс» на Таддеуса Янга. 14 июля 2016 года Леверт подписал контракт с «Нетс». Он пропустил Летную лигу НБА 2016 года и предсезонные сборы. Карис возобновил тренировки в начале регулярного сезона. Он дебютировал в НБА в матче против «Денвер Наггетс». За 9 минут игрового времени Леверт ни забил ни одного из трёх бросков с игры, зато взял 4 подбора и сделал 3 перехвата. 30 декабря 2016 года в матче «Вашингтон Уизардс» он впервые в карьере преодолел отметку 10 набранных очков (на счету Кариса было 12 баллов в графе результативность), но в то же самое время его бывший партнер по «Мичиган Вулверинс» Трей Бёрк набрал 27 очков. 3 февраля 2017 года Карис Леверт в матче против «Индиана Пэйсерс» впервые в карьере вышел в стартовом составе «Нетс». 6 апреля в матче против «Орландо Мэджик» он набрал 20 очков, что стало его наивысшей результативности в НБА. Несмотря на пропуск части матчей регулярного сезона Карис Леверт был близок к включению в сборную новичков: он занял 12 место в голосовании.