Em outubro de 1993, no entanto, Ndadaye e seus dois altos oficiais foram assassinados provocando impasse parlamentar e a guerra civil. Nteryamira foi escolhido como presidente em 5 de fevereiro de 1994, como uma solução de compromisso: ele era hutu, porém considerado um moderado, enquanto que Anatole Kanyenkiko, uma figura do UPRONA, foi nomeado primeiro-ministro.