C'est après et grâce à l'invasion française par l'Expédition d'Égypte de Bonaparte qu'il entreprit ses premières explorations en rejoignant une caravane de retour de la Mecque en direction de l'ouest de l'Afrique du Nord, le 5 septembre 1798. Il se fit passer pour un musulman, un jeune Mamelouk versé dans le commerce avec le Fezzan. Il put ainsi atteindre la fameuse oasis de Siwa, six ans après sa première « découverte » par William George Browne en 1792, puis et enfin Mourzouq le 17 novembre 1798.