Po śmierci w roku 1648 Władysława IV Wazy poparł kandydaturę zabiegającego o ugodę z Kozakami brata zmarłego króla, Jana Kazimierza, w staraniach o elekcję na tron Rzeczypospolitej. Po szeregu klęsk zadanych wojskom polskim, a szczególnie po bitwie pod Piławcami w 1649 roku podjął ideę utworzenia państwa kozackiego i zbudował jego struktury – Hetmanat, ze stolicą w Czehryniu. Przekonany o słabości Rzeczypospolitej i o własnej potędze zawierał liczne i często sprzeczne ze sobą sojusze (z Republiką Wenecką, Carstwem Rosyjskim, Chanatem Krymskim i Imperium Osmańskim). Opierał się na strukturach wojska zaporoskiego w sile ok. 80 tys. ludzi, na czele którego stał on sam i jego najbliższe otoczenie, kolejną pozycję zajmowała starszyzna kozacka, natomiast reżim karny spoczywał na pułkach kozackich pobierających od chłopów i mieszczan podatki oraz ściągających kontrybucje. Chmielnicki prowadził chwiejną i nie rokującą nadziei na trwałe efekty politykę, zarówno w stosunku do Rzeczypospolitej, jak i Rosji, Krymu czy Turcji, z którego to powodu jego dalekosiężne zamierzenia nigdy się nie ziściły, przyczyniły się do tego także późniejsze kroki podejmowane przez jego następców. Należy jednak przyznać, że był jednym z pierwszych kozackich wodzów, w których głowach rodziła się myśl o niepodległości.