Михаило VIII је умро 11. децембра 1282. године, док је припремао нови напад на Тесалију. Његова смрт поклапа се са Сицилијанском вечерњом која је за неко време отклонила опасност са запада. Андроник II Палеолог, Михаилов наследник, могао је одбацити омражену унију. Везе између цркава Тесалије и Византије су обновљене. Јован се морао суочити са проблемима у сопственој држави. Нићифор, његов брат, био је слаб владар, под свемоћним утицајем своје супруге Ане. Ана је посетила свог рођака Андроника у Цариграду и тамо испланирала заверу против Јована. Године 1283. или 1284. Нићифор и Ана позвали су Јовановог сина Михаила у Епир, ради склапања династичког брака услед кога би Нићифорова држава била остављена Михаилу у наслеђе. Михаило је загризао мамац и отишао у Епир, где је ухваћен и послат у Цариград. Умро је у затвору. Андроник је покренуо инвазију на Тесалију, али је избила епидемија која је десетковала његову војску. Јован следеће године напада Арту светећи се своме брату.