Baez vastusti aktiivisesti Vietnamin sotaa ja taisteli ihmisoikeuksien puolesta. Lopulta hänen poliittinen vakaumuksensa nivoutui yhteen musiikin kanssa. Erityisesti kappale "We Shall Overcome" tuli kuuluisaksi Baezin esityksestä Martin Luther King -marssilla Washingtonissa. Vuonna 1969 Baez esiintyi legendaarisilla Woodstockin musiikkifestivaaleilla.