2006. augusztus 10-én írt alá a milánói együtteshez, amely 24.8 millió eurót fizetett a Juventusnak. Zlatan 4 éves szerződést kötött az Interrel. Korábbi csapattársát, Patrick Vieirát, pár nappal korábban szintén leigazolta az Inter. Átigazolása után egy interjúban Zlatan elmesélte, hogy gyermekkorában Inter szurkoló volt. Milánói karrierje egy góllal és gólpasszal kezdődött a Fiorentina ellen. Első bajnoki szezonjában 15 gólig jutott és megnyerte a 2006–2007-es bajnokságot. 97 ponttal zárták a idényt.