Lorsque la guerre américano-mexicaine éclate, il se lance dans la guerre avec passion. Il est officier d'état-major successivement pour trois généraux : P. F. Smith, Benjamin Butler et Gideon J. Pillow. À ce titre, il passe beaucoup de temps sur les lignes, à transmettre les ordres entre les quartiers-généraux et les officiers commandant sur le terrain. Lors de la bataille de Monterey, il sert sous Zachary Taylor qui loue dans l'un de ses rapports ses qualités militaires. Il est breveté capitaine le pour bravoure et conduite méritoire lors de plusieurs combats à Monterey. Il est breveté commandant le pour bravoure et conduite méritoire dans l'affaire du pont national au Mexique. Il est breveté lieutenant colonel le pour bravoure et conduite méritoire lors de la bataille de Chapultepec. L'obtention de ces trois brevets lors de la guerre en fait de lui le seul premier lieutenant de l'armée autant récompensé. Le général Pillow reconnaît officiellement que Hooker .