Die Engländer erhielten Bayonne 1152, als die Herzogin Eleonore von Aquitanien sich mit Heinrich (II.) vermählte. Sie hoben die Freiheiten und den Wohlstand der Stadt, die von König Johann Ohneland 1215 kommunale Rechte erhielt. Die Einwohner schickten den Engländern 1224 insgesamt 30 Galeeren zur Unterstützung von La Rochelle gegen Ludwig VIII. von Frankreich. Seit 1291 befand sich Bayonne in einem Handelskrieg mit der Normandie und veranlasste so den Krieg zwischen Frankreich und England; 1293–1295 war es von den Franzosen besetzt. Später geriet die Stadt mit dem Adel in Fehde und wurde, als 1368 der Adel König Karl V. von Frankreich zu Hilfe rief, besiegt. Gegen Ende des Hundertjährigen Kriegs gelang König Karl VII. von Frankreich die Eroberung Bayonnes: 1451 nahmen Dunois und der Graf Gaston IV. von Foix das Schloss von Guiche und 15 andere Vorwerke von Bayonne. Die Vorstadt St. Leon wurde gestürmt und in Brand gesetzt. Am 19. August kapitulierte der Gouverneur Beaumont; Dunois und der Graf von Foix, die über St. Leon und St. Esprit einrückten, vereinigten sich bei den Stufen der Kathedralkirche. Bayonne blieb nun bei Frankreich.