1793年2月にフランス革命戦争が勃発し、クックは再びフッドと任務に就き、フッドの新しい旗艦で、海峡艦隊所属の100門艦「」に乗った。1794年2月21日、クックは指揮官に昇任し、小型の火船「」の指揮をまかされた。3か月の後、「インセンダイアリー」はで、海峡艦隊へ、リチャード・ハウの信号を艦隊に取り次ぐ役目を負い、また、指揮下のフランス艦隊の偵察を務めた。1794年6月1日、クックは栄光の6月1日に立ち会ったが、彼の艦は交戦するには小さすぎた 。この海戦の後、艦隊への一斉昇進にクックも加えられ、7月23日にとなった。その後1年間、のとして、74門艦の「モナーク」でニューファンドランド島沖に駐屯した。そしてイギリスに戻ったクックは、28門艦「」の指揮官となった。クックはこの任務を引き受けたが、この艦が西インド諸島へ行かされることを知って辞任した。ガードナーから、今後の西インド諸島での任務は戦死の可能性があるだろうと聞かされたからである。