Der Kurfürst machte ihn zum Obristen und Generalfeldzeugmeister (1697) und brachte ihn (nachdem er in Brüssel zwei gescheiterte Fluchtversuche unternommen hatte) unter Aufsicht seines Rats Peter von Dulac nach München, wo er wie versprochen Gold herstellen sollte. Zunächst war er im Haus von Dulac in München, dann in Burghausen unter Aufsicht des Barons Widman. Als die Erfolge ausblieben, war die Geduld des bayrischen Kurfürsten mit dem angeblichen italienischen Grafen schließlich am Ende. 1699 wurde er auf der zu einem Staatsgefängnis umgebauten Burg Grünwald eingesperrt – als erster Häftling. Die religiösen Gemälde, mit denen er seine Zelle ausmalte, sind noch heute erhalten. Nach eineinhalb Jahren gelang ihm die Flucht ins Salzburger Land, er kehrte aber freiwillig noch einmal nach Bayern zurück, um sich mit Erlaubnis des Kurfürsten in Burghausen erneut an der Goldmacherei zu versuchen. Ein weiteres Opfer fand er dort in dem hochverschuldeten Zisterzienserkloster Raitenhaslach bei Burghausen. 1702 entwich er nach Wien, konnte dort aber zunächst nichts erreichen und kehrte nochmals nach Bayern zurück, wo er erneut in Grünwald inhaftiert wurde. Erst nach der Zweiten Schlacht bei Höchstädt (1704) wurde der Gefangene von in Bayern eingerückten österreichischen Truppen befreit. Caetano begab sich nach Wien, wo er seine Betrügereien am Hof des Alchemie-gläubigen und hochverschuldeten Leopolds I. fortsetzte. Er erhielt diesmal Geldmittel für seine Goldmacherversuche und wurde dem Kardinal Leopold Karl von Kollonitsch unterstellt. In Wien machte er auch dem dort weilenden Kurfürsten Johann Wilhelm von der Pfalz Versprechungen auf eine Goldtinktur. Der Kurfürst und der inzwischen misstrauische Kollonitsch wetteten um eine hohe Summe (500.000 Taler) um die Glaubwürdigkeit von Caetano, was diesen veranlasste, 1705 aus Wien nach Berlin zu fliehen.