Nagano kiirehti Japanin hyökkäystä Pearl Harboriin maan polttoainevarastojen ehtymisen uhan vuoksi. Hän erosi Hideki Tōjōn painostuksesta helmikuussa 1944. Tämän jälkeen hän esiintyi julkisuudessa vasta Tokion kansainvälisessä sotarikostuomioistuimessa, jossa häntä syytettiin osallisuudesta hyökkäyssodan suunnitteluun. Hän kuoli kärsimiinsä sairauksiin vankilassa kesken oikeudenkäynnin, mistä lehdet kirjoittivat suurin otsikoin.