Dopo la morte di Yuan, Li divenne Presidente della Repubblica di Cina per la prima volta dal 7 giugno 1916 al 1 luglio 1917. In questo periodo la sua leadership fu influenzata dai generali dell'Esercito Beiyang e in particolare dal Premier (anche lui Beiyang) Duan Qirui. Duan era ansioso di portare la Cina nella prima guerra mondiale mentre Li era più esitante. Erano in disaccordo sull'idea di Duan di tagliare i rapporti con la Germania. Li obbligò Duan a dimettersi il 23 maggio 1917 dopo che furono scoperti i suoi prestiti segreti dal Giappone. Duan fuggì a Nanchino per radunare le sue forze e molti altri generali abbandonarono il governo. Li chiese aiuto allora al generale Zhang Xun, segretamente filo-tedesco, che chiese di sciogliere l'Assemblea e così fu fatto il 13 giugno. Inaspettatamente però Zhang occupò Pechino il giorno successivo con le sue forze e prese prigioniero Li. Infatti Zhang voleva in realtà restaurare la monarchia e rimise al potere l'imperatore Pu Yi, abdicato nel 1912. Li chiese aiuto a Duan che con le sue forze e quelle di tutti gli altri signori della guerra repubblicani ripresero la capitale. Li riprese la sua carica di Presidente quello stesso giorno, il 12 luglio, con nuovo Vicepresidente Feng Guozhang ma dopo solo 5 giorni, sconvolto dai recenti avvenimenti, si dimise e Feng divenne nuovo Presidente. Li si ritirò in pensione a Tientsin.