Coby součást Joint Force Harrier 3. peruť operovala po boku strojů Sea Harrier Fleet Air Arm a byla schopná operovat z letadlových lodí Royal Navy. Tyto operace zahrnovaly operaci Allied Force v Kosovu roku 1999, operaci Palliser v Sierra Leone roku 2000 a Telic v Iráku roku 2003. V srpnu 2004 bylo také oznámeno, že 6 Harrierů bude nasazeno v Afghánistánu k podpoře sil NATO.