그러나 막부는 오히려 뒤에서 서양 세력과 손잡는 한 편, 각 번을 단속해 세를 키웠다. 일제히 외세를 공격하기로 했던 5월 10일, 존양파가 득세했던 조슈 번만이 바칸 해협에서 미국 상선에 포격을 가했고 막부를 비롯한 각 번은 결국 아무것도 하지 않았다. 조슈 번만 프랑스를 비롯해 서양 각국의 공격을 받아 큰 피해를 입었고(시모노세키 전쟁), 교토 조정 역시 거꾸로 궁지에 몰리게 됐다. 교토 황실은 존양파 귀족들을 실각시키고, 대신 그 자리에 구니노미야 아사히코 친왕 등 막부에 협조해 황실 존속을 주장한 소위 공무합체 파들을 앉혔다.