Кілійський жудець було утворено 1941 року на території захопленої внаслідок операції «Мюнхен» Ізмаїльської області УРСР. Його було сформовано зі східної частини колишнього Ізмаїльського жудеця Королівства Румунія та західної — Аккерманського. Таким чином, Кілійський жудець на заході межував зі здрібнілим внаслідок цієї реорганізації Ізмаїльським жудецем, а на сході — зі зменшеним у розмірах Аккерманським. На північ від нього простягався Бендерський жудець губернаторства Бессарабія, а на південь — жудець Тульча. На південному сході жудець виходив до Чорного моря.