Однако армянское население Карабаха и Зангезура отказывалось подчиняться властям АДР. Созванный 22 июля 1918 года в Шуше I съезд армян Карабаха провозгласил Нагорный Карабах независимой административно-политической единицей и избрал собственное Народное правительство (с сентября 1918 года — Армянский национальный совет Карабаха). Это привело к началу армяно-азербайджанской войны, продолжавшейся в регионе вплоть до установления в Азербайджане советской власти.