В апреле 1511 г. Афонсу де Албукерки отплыл из Гоа с отрядом в 1200 солдат на 17 или 18 кораблях. Фернан Магеллан снова принимал участие в экспедиции, на это раз в качестве капитана. 1 июля флот подошел к Малакке. Несмотря на сильное сопротивление и использование малаккцами артиллерии, 24 августа 1511 года португальцы захватили Малакку. Город стал опорным пунктом португальцев в Юго-Восточной Азии.