Desde 1991, os Étendard IVMs originais foram retirados de serviço na marinha francesa, e os Super Étendards experimentaram uma contínua modernização nos anos 90 para poder utilizá-los com armas de última geração guiadas por laser. Estas mudanças incrementaram o avião e passaram a ser denominados de Super Étendard Modernisé (SEM), no qual participou nas operações da OTAN sobre Kosovo em 1999, fazendo parte de 400 missões de combate. O SEM também participou em operações de combate na Operação Liberdade Duradoura.