Od października do listopada 1939 pełnił obowiązki dowódcy policji bezpieczeństwa Sipo i SD na obszarze Naczelnego Dowódcy na Wschodzie i w Okręgu Wojskowym "Łódź" i rezydował w Łodzi. Od początku listopada 1939 przebywał w Krakowie, gdzie objął funkcję szefa Sipo i SD w Generalnym Gubernatorstwie. Jemu powierzono przygotowanie planu Akcji AB. Według zeznań części świadków ponosi odpowiedzialność za aresztowanie i deportację profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego (Sonderaktion Krakau). Kierował też Akcją AB. W czasie narady u gubernatora Hansa Franka majacej miejsce 31 maja 1940 prezentował pogląd, że nadzór nad Judenratami a za ich pośrednictwem nad całością ludności żydowskiej, powinna sprawować wyłącznie policja bezpieczeństwa. Jesienią 1940 doprowadził do utworzenia gett w GG.