En 1925 se produjo el levantamiento en armas por la Guerra Cristera. El 25 de agosto de 1970 se elevó a la categoría de ciudad a San Miguel el Alto, cabecera del municipio del mismo nombre. El 30 de marzo de 2001 el INAH declara a San Miguel el Alto como Zona de Monumentos Históricos, Patrimonio Histórico y Arquitectónico de la Nación.