Eine Zeit lebte er in einer Art „inneren Emigration“ in der DDR, doch mit dem 17. Juni 1953 begann sich der Konformitätsdruck zu erhöhen, eine Entwicklung, die mit dem Einmarsch sowjetischer Truppen in Ungarn im November 1956 noch zunahm. Zudem hatte es in vielen Warschauer-Pakt-Staaten Schauprozesse gegeben, und viele Anzeichen sprachen dafür, dass die SED in Ostdeutschland ähnliches plante, vorzugsweise gegen Emigranten, die die Kriegsjahre im Westen verbracht hatten. Kantorowicz erhielt Hinweise, dass auch er als Opfer ausersehen war und flüchtete im August 1957 in den Westen Berlins.