Tijdens dit werk van lange adem begon Jansenius zich politiek te roeren, hoewel hij als voorstander van onafhankelijke Spaanse Nederlanden in Madrid op enige argwaan botste. Na het verlies van 's-Hertogenbosch (1629) kruiste hij op vraag van aartsbisschop Jacobus Boonen de degens met de calvinist Gisbertus Voetius. In antwoord op een pamflet van Voetius riep hij de Bosschenaars op de ware Kerk trouw te blijven. Het zette een lange polemiek in gang. Met instemming van de regering volgde hij op met een anti-Frans boek dat de politiek van kardinaal de Richelieu op de korrel nam en hem verweet dat hij zich allieerde met protestanten om des te beter de Habsburgers te treffen. Deze "Mars Gallicus" (Franse Mars) verscheen in 1635 onder pseudoniem. Dat jaar organiseerde Jansenius als rector ook het studentenverzet tijdens Beleg van Leuven door Frankrijk en de Republiek.