З початком французьких революційних війн Фердинанд прийняв сторону Австрії. В 1796 році герцогство було зайняте французькими військами під командуванням Наполеона. Фердинанд, який був залишений Австрією, відкупився від французів 2 000 000 лір і 20 найкращими картинами з пармської галереї, але уже через рік, по Кампо-Формійському мирі, герцогство повинне було віддати Цизальпінській республіці свої території по лівому березі річки По. В лютому 1801 року, по Люневільському мирі, герцог отримав як компенсацію велике герцогство Тосканське, проте втратив його по Аранхуеському договорі між Іспанією і Францією в квітні 1801 року. На місці герцогства Тоскана було створено королівство Етрурія, яке передали сину Фердинанда Людовику. Формально Фердинанд погодився віддати герцогство Наполеону.