Die Union wurde einen Monat später aufgelöst, als Sukarno, Präsident von Indonesien, eine Politik der Konfrontasi (indonesisch, "Konfrontation") mit dem neu gegründeten Malaysia verfolgte. Die Indonesier behaupteten, dass die malaysische Regierung am 29. August verkündet hatte, dass Malaysia am 16. September 1963 gegründet werden würde, bevor das Ergebnis des Referendums über die Wünsche der Bevölkerung von Borneo bekannt war. Die Proklamation von Malaysia wurde bis zum 16. September verschoben, um dem UN-Team Zeit für einen Bericht zu geben. Das UN-Team berichtete zu Gunsten von Malaysia, aber die Philippinen und Indonesien weigerten sich, die neue Föderation anzuerkennen. Am 16. September brach Malaysia die diplomatischen Beziehungen zu den beiden Ländern ab. Indonesien revanchierte sich, indem es die Handelsbeziehungen mit der neuen Nation einstellte.