Bereits de Veres Vater hatte die Adelsopposition gegen König Heinrich III. unterstützt. Nachdem Robert de Vere Ende 1263 sein Erbe übernommen hatte, unterstützte er auch während des offenen Zweiten Krieg der Barone die Rebellen unter Simon de Montfort, 6. Earl of Leicester. Im Mai 1264 wurde er vor der Schlacht von Lewes von Montfort zum Ritter geschlagen. De Vere gehörte der Armee von Simon de Montfort dem Jüngeren an, die am 1. August 1265 vor Kenilworth Castle von der Armee des Thronfolgers Eduard überrascht und geschlagen wurde. Nach dem entscheidenden Sieg der königlichen Partei wenige Tage später in der Schlacht von Evesham wurde ihm das Amt des Chamberlain und der Titel Earl of Oxford entzogen, dazu verlor er umfangreiche Besitzungen wie die Honour von Oxford an Roger Mortimer. Andere Ländereien fielen an Gilbert de Clare, 6. Earl of Gloucester Nach den Bedingungen des 1266 erlassenen Dictum of Kenilworth konnte er den Großteil seiner Besitzungen zurück erwerben und wurde wieder als Earl anerkannt. Er musste eine Strafe in Höhe von 2500 Mark an Mortimer für die Rückgabe der Honour of Oxford zahlen. Diese wurde mit einem Heiratsvertrag verbunden, nach dem eine von Mortimers Töchtern de Veres ältesten Sohn heiraten sollte. Das Amt des Chamberlain erlangte erst sein Enkel John de Vere, 7. Earl of Oxford wieder erlangen.