Wie aus Grabungsfunden in der "Grotte d’Aldène" zu erschließen ist, sind seit vorgeschichtlicher Zeit Menschen in der Region unterwegs. Auch Zeugnisse der Megalithkultur (ca. 3500–4000 v. Chr.) sind vorhanden. Cesseras erscheint möglicherweise erstmals unter dem Namen "villa Censaradus" („Landgut des Censaradus“) in einer Urkunde Karls des Kahlen aus dem Jahre 844. Im 13. Jahrhundert wurde der Grundherr ("seigneur") des Ortes wegen Ketzerei verhaftet und in Carcassonne ins Gefängnis gesperrt; König Ludwig IX. gab den Ort in die Hände von Raimund II. Trencavel, der den König auf dem sechsten Kreuzzug (1248–1254) begleitet hatte. Während des Hundertjährigen Krieges (1337–1453) zogen Wegelagerer und Räuberbanden durch den Ort und zerstörten die Kirche Saint-Geniès. Am 25. Oktober 1591 – in der Zeit der Religionskriege – fand in der Gegend von Cesseras und Azillanet eine Schlacht zwischen katholischen und protestantischen Heereseinheiten statt.