Mendoza disputó 36 partidos y anotó un gol con la Selección chilena de fútbol, siendo su debut la victoria por 2-0 contra Venezuela en Santiago, el 6 de julio de 1991 en el primer partido de la Copa América de ese año. En dicha copa, Mendoza fue uno de los puntos altos del equipo chileno junto al arquero Patricio Toledo. En la selección se mantuvo como lateral diestro titular indiscutido en los procesos de Arturo Salah, Mirko Jozic y Xabier Azkargorta, hasta el año 1996, en el que pierde el puesto ante la regularidad de Cristián Castañeda, Moisés Villarroel e incluso otras variantes.