Horn puolusti pitkän vihan aikana Tallinnaa venäläisiä vastaan vuosina 1570–1571 ja 1577. Hän valtasi Läänemaan 1581 ja toimi Narvan käskynhaltijana vuosina 1581–1582 ja 1588–1590. Valtaneuvos hänestä tuli vuonna 1588. Horn joutui Juhana III:n epäsuosioon jouduttuaan luovuttamaan Kaprion, Jaaman ja Iivananlinnan venäläisille. Hänet tuomittiin kuolemaan, mutta armahdettiin viime hetkellä mestauspaikalla. Horn asettui kuningas Sigismundia vastaan sisällissodassa, tämän isä oli ollut Juhana III, ja yritti Suomessa Kaarle-herttuan lähettiläänä vaikuttaa Klaus Flemingiinkin.