Mitrovica regresó a Albania después de que se produjera la ocupación italiana en la segunda guerra mundial. En 1942 se unió al "Balli Kombëtar", una guerrilla de resistencia albanesa contra los italianos pero que también era anticomunista, a diferencia del movimiento partisano. Las acciones que Rexhep llevó a cabo motivaron su arresto en la cárcel de Porto Romano, a las afueras de Durrës.