Po októbrovej revolúcii sa v roku 1918 stal Frunze vojenským komisárom pre Ivanovo. Počas počiatočných dní ruskej občianskej vojny bol Frunze vymenovaný hlavou severnej skupiny armád. Potom čo Frunze porazil admirála Alexandra Kolčaka a Bielu armádu pri Omsku, poveril ho Lev Trockij (vtedajšia hlava Červenej armády) velením na východnom fronte.