Hugenotterna utmanade den katolska hegemonin och utsattes för svåra förföljelser som kulminerade i blodbadet under Bartolomeinatten 1572 då tusentals hugenotter mördades. Mellan 1562 och 1598 utkämpades mellan hugenotter och katoliker de åtta så kallade hugenottkrigen (även kallade religionskrigen), vilkas förlopp bestämdes av maktkampen mellan adelsfamiljerna och det instabila förhållandet mellan den franska kronan och den katolska kyrkan. Ediktet i Nantes 1598 gav hugenotterna vissa fristäder och viss religionsfrihet, men detta återkallades av Ludvig XIV 1685. Först efter franska revolutionen 1789 fick hugenotterna full religionsfrihet.