Für den zunehmenden Antisemitismus macht er maßgeblich den israelbezogenen Antisemitismus, die Demonstrationen am Al-Quds-Tag und die AfD verantwortlich. In der Kontroverse um den Göttinger Friedenspreis an den Verein European Jews for a Just Peace vertrat er, dass der Verein sich zu den Zielen von BDS bekenne und somit eine Organisation mit antisemitischen Zielen unterstütze. Ein Jahr nach dem Anschlag in Halle (Saale) 2019 kritisierte er, dass Angriffe auf Juden von der Polizei nur als Körperverletzung aufgenommen würden, nicht aber der antisemitische Hintergrund einer Tat. Er wies daraufhin, dass laut einer EU-Studie nur jede fünfte antisemitische Straftat gemeldet werde. Mit Blick auf antisemitisches Mobbing an Schulen sprach Königsberg von „systematischer Verharmlosung“ auf Seiten der Politik. Die meisten antisemitischen Vorfällen fänden unterhalb der Wahrnehmungsgrenze der Öffentlichkeit statt. Bei einer Anhörung im Abgeordnetenhaus von Berlin forderte er von der Politik bei der Bekämpfung von Antisemitismus: „Passivität und Schweigen wird die Judenhasser aller Couleur ermuntern, Appeasement hat noch nie funktioniert. Von daher reicht die Verantwortung für ein gedeihliches Zusammenleben weit über die Politik hinaus. Hier ist die Zivilgesellschaft gefordert, indem sie klarstellt, dass sie Homophobie, Sexismus, Rassismus und Antisemitismus bannt.“