Colonos dos dois lados da questão correram para os territórios a fim de garantir o resultado que desejavam na votação, mesmo enquanto o ato ainda estava sendo debatido. A aprovação da lei resultou em tanta violência entre os grupos que o território ficou conhecido como Bleeding Kansas (em português: "Sangria do Kansas"). Milhares de rufiões pró-escravidão vieram do Missouri para votar nas eleições territoriais apesar deles não serem residentes do Kansas, dando a vitória para seu lado. Pierce apoiou o resultado apesar das irregulares. Quando aqueles contra a escravidão estabeleceram um governo sombra e rascunharam a Constituição de Topeka, o presidente chamou essas ações de uma rebelião. Pierce continuou a reconhecer a legislatura pró-escravidão, que era dominada por democratas, mesmo depois de um comitê investigativo do Congresso ter determinado que as eleições foram ilegítimas. Ele despachou tropas federais para colocar um fim no governo de Topeka.