Ипак Наполеонове провокације су краља увукле у рат у октобру 1806. године. Наполеон је поразио пруску војску у бици код Јене и Ауерштета 14. октобра 1806. године. Фридрих Вилхелм је био на челу пруске војске, која је била толико поражена, да се после битке распала. Краљевска фамилија је побегла у источну Пруску, где су зависили о милости руског цара Александра I Романова.