Jogou também pela Seleção Dinamarquesa, onde estreou em 1996. Foi convocado para a Copa de 1998 e a Eurocopa de 2000, sendo que o lateral-direito disputou a maioria de seus 27 jogos pela seleção neste período. Não-convocado para a Copa de 2002, Colding realizou sua última partida pela seleção contra a Espanha, em março de 2004.