Han blev naturaliseret som dansk undersåt, holdt som privatdocent forelæsninger ved universitetet og udgav 1812 et lille sympatetisk skrift om Oehlenschläger. Samme år blev han ansat ved universitetet i Kiel og 1813 udnævnt til overordentlig professor i historie. Som sådan fremstillede han både historiske og politiske emner; hans forelæsninger over "Fædrelandets", det vil sige det danske monarkis historie blev grundlaget for hans senere hovedværk, og hans fremstilling af Ditmarskens historie blev længe efter hans død udgivet af Wilhelm Heinrich Kolster (1873); selv udgav Dahlmann "Forschungen aus dem Gebiete der Geschichte" (2 bind, 1821-24), hvori bland andet en for forståelsen af Sakse banebrydende afhandling. Stærkt grebet af den tyske nationale frihedsbevægelse fejrede han sejren ved Waterloo i en festtale ved universitetet (1815) og førtes derved ind i det politiske liv i Holsten; uden at ville bryde forbindelsen med den danske krone og med fast tro på betydningen af en kraftig kongemagt var han dog en bestemt modstander af absolutismen og håbede på, at Holsten kunne få sin gamle stænderforfatning genoplivet.