Etter terrorangrepet 11. september 2001 iverksatte USA og deres allierte Operasjon Enduring Freedom den 7. oktober 2001, hvor amerikanske styrker invaderte Afghanistan og styrtet Taliban-regimet. Baradar kjempet imot den amerikansk-støttede Nordalliansen og, ifølge "Newsweek", "hoppet opp å en motorsykkel og kjørte sin gamle venn [Omar] i sikkerhet i fjellene" i november 2001. Baradar begynte da å kjempe imot den nyopprettede afghanske regjeringen under president Hamid Karzai og koalisjonsstyrkene, men han skal angivelig stå bak flere forsøk på å begynne fredsforhandlinger med Karzai-regjeringen, blant annet i 2004 og 2009.