Auch während der &lt;a href="Snooker-Saison%201996/97"&gt;Saison 1996/97&lt;/a&gt; stand Doherty regelmäßig in den finalen Turnierrunden. Trotz mehrerer Halbfinalteilnahmen schaffte er es aber über weite Teile der Saison nie ins Endspiel. Erst bei der Snookerweltmeisterschaft 1997 gewann er gegen Alain Robidoux sein Halbfinalspiel. Somit stand er zum ersten Mal in seiner Karriere im Finale der Weltmeisterschaft. Dort traf er auf den Schotten Stephen Hendry, der seit 1992 jede Weltmeisterschaft gewonnen hatte. Diesmal zog er aber den Kürzeren: Doherty prägte das Spiel über weite Teile und gewann am Ende mit 18:12 den Weltmeistertitel. Er war damit der erste Spieler, der sowohl Amateurweltmeister als auch U21-Amateurweltmeister als auch Profi-Weltmeister geworden war. Zudem war er der erste Ire, der die professionelle Weltmeisterschaft gewann. Dieser Umstand bescherte Dohertys Titel eine große Aufmerksamkeit auf der irischen Insel. So gab die Dubliner Polizei später bekannt, während der finalen Session habe man keinen einzigen Notruf erhalten. Bei seiner Rückkehr wurde er von circa 250.000 Menschen begrüßt. Außerdem wurde er 1997 Irlands Sportler des Jahres. Seine Erfolge brachten ihm ferner auch das Lob der damaligen irischen Präsidenten Mary Robinson ein, die ihn als „Vorbild für die Jugend“ beschrieb. Zusätzlich wurde Doherty, ein Anhänger von Manchester United, zu einer Präsentation der WM-Trophäe nach Old Trafford eingeladen. Am Ende der Saison belegte er mit Platz 3 den bis dahin besten Weltranglistenplatz seiner Karriere.