Sfortunatamente, le ambizioni politiche di Luigi, principe di Condé, che ambiva al trono, provocarono una forte rivalità tra lui e il principe, che innescò la ripresa delle ostilità tra il re e i protestanti di cui Condé era il capo. Enrico s'impegnò allora personalmente nella seconda e terza guerra di religione e grazie ai suoi luogotenenti si fece onore vincendo le battaglie di Moncontour e di Jarnac. Nel corso di quest'ultima il principe di Condé rimase ucciso.