Koch est capturé par les Alliés et remis aux autorités polonaises le . Il est jugé par le Tribunal national suprême lors du procès d'Auschwitz à Cracovie et il est reconnu coupable d'avoir participé activement à la Shoah dans le camp d'extermination. Échappant à la peine de mort, il est condamné à la prison à vie et meurt en prison à Gdańsk en 1955, à près de .