Tolomeo Cesare nacque nel 47 a.C. dalla regina Cleopatra e dal generale romano Gaio Giulio Cesare, a seguito di una relazione nata tra i due nel corso della guerra civile alessandrina. Alla sua nascita la madre regnava insieme al fratello minore Tolomeo XIV, di circa dodici anni. All'inizio del 46 a.C. la coppia reale si recò a Roma insieme a Cesarione, ospite in una villa di Cesare sul Gianicolo; i sovrani egizi erano ancora in città quando, il 15 marzo del 44 a.C., ebbe luogo l'assassinio di Cesare da parte di cospiratori repubblicani.