W reprezentacji Portugalii zadebiutował 9 listopada 1996 roku w wygranym 1:0 meczu eliminacji do MŚ 1998 z Ukrainą. Portugalczycy ostatecznie nie zakwalifikowali się jednak do Mundialu we Francji. Pierwszym wielkim turniejem w karierze reprezentacyjnej Conceição były Mistrzostwa Europy w Piłce Nożnej 2000. W dwóch pierwszych spotkaniach rundy grupowej przeciwko Anglii (3:2) i Rumunii (1:0) były gracz FC Porto był rezerwowym i w drugiej połowie zmieniał João Pinto. W ostatnim pojedynku rundy grupowej z Niemcami (3:0) zagrał pełne 90 minut i strzelił hat tricka. Po tym meczu do końca turnieju wychodził w podstawowym składzie, a Portugalia zakończyła turniej po porażce w półfinale z późniejszym triumfatorem Francją (1-2 po złotym golu dla Francji w dogrywce).