Het IKV ontwikkelde zich onder invloed van nieuwe oorlogen steeds meer tot een niet-pacifistische organisatie voor conflictbeheersing, waarvan het zwaartepunt van het werk steeds meer opschoof naar de conflictgebieden. Van plaatselijke IKV-kernen was steeds minder sprake en ook de relaties met de kerken kregen minder aandacht. In 1990 pleitte Faber met betrekking tot de Eerste Golfoorlog voor een politieke oplossing, maar ook voor internationale militaire aanwezigheid. In Irak was Mient Jan Faber eind 2002 en begin 2003 bij de Tweede Golfoorlog nog stelliger voor militair ingrijpen. Het bracht hem in aanvaring met onder andere de Raad van Kerken. De pacifistische Quakers verlieten bijgevolg het IKV. De voorzitter van Pax Christi Nederland, bisschop Ad van Luyn, nam in dezen in Amsterdam deel aan een vredesdemonstratie, maar Faber liep niet mee. Hierdoor kwam Faber allengs in een isolement. De functie van algemeen secretaris werd in 2004 opgeheven; Faber trad toen terug. Vanaf dat moment kwam het IKV onder leiding van een directeur. Bij het jubileum van het IKV in 2006 werd Mient Jan Faber alsnog gehuldigd.