Kort voor de Duitse inval in Nederland op 10 mei 1940 werd Hirschfeld waarnemend secretaris-generaal van het departement van Handel, Nijverheid en Scheepvaart (Economische Zaken). Na de inval en de daaropvolgende vlucht van de ministers naar Londen, werden de secretarissen-generaal belast met de eindverantwoordelijkheid voor hun departementen.