Во время Восточной войны 1853—1856 годов Никитин находился в составе войск, оберегавших берега Эстляндии. Назначенный на должность дивизионного квартирмейстера 3-й гвардейской пехотной дивизии, Никитин 26 января 1855 года был произведён в полковники, а в сентябре 1856 года назначен обер-квартирмейстером отдельного гренадерского корпуса. В марте 1859 г. состоялось назначение Никитина командиром Бутырского пехотного полка, а в декабре того же года он был назначен на ту же должность в Несвижский гренадерский генерал-фельдмаршала князя Барклая-де-Толли полк, которым командовал более двух лет.