До 2003 року команду називали «Basilé Nacional» її часто легко перегравали інші суперники, збірна складалася виключно з місцевих гравців. З червня 2003 року місцева федерація дозволила запрошувати гравців екваторіальногвінейського походження, які грали в зарубіжних клубах і не обов'язково були народжені в Екваторіальній Гвінеї. Альберто Еджого-Овоно, Серхіо Барілья, Хосе Луїс Сенобуа та Андрес Маланго, перші три з яких народилися в Іспанії, а останній в США, вийшли на поле у матчі проти Марокко в кваліфікації до Кубка африканських націй 2004 року. Це призвело до того, що цього ж року, до команди приєдналися й інші гравці напередодні матчів кваліфікаційного раунду до Чемпіонату світу з футболу 2006 року проти Того. Родольфо Бодіпо, Іван Зарандона та Ювенал Еджого-Овоно також вийшли на поле, а тренером збірної став Оскар Енгонга. Незважаючи на відмінну гру та перемогу над Того в першому матчі з рахунком 1:0, у матчі-відповіді Екваторіальна Гвінея зазнала поразки з рахунком 0:2 та вилетіла з турніру. У наступному році Енгонгу звільняють, а на його місце приходить бразилець Антоніу Думаш, який вже був знайомий з Екваторіальною Гвінеєю, так як саме він тренував збірну Того в тих відбіркових матчах. З його допомогою до збірної почали виклитася як екваторіальногвінейські і/або пов'язані з нею гравці, так і бразильці, цю тактику Думаш вже випробував на тоголезькій збірній. Збірна виграла свій перший титул у 2006 році, перемігши в Кубку CEMAC, що представляє Економічне та валютне співтовариство Центральної Африки, і в 2009 році збірна зайняла друге місце в тому ж турнірі.