С ноября 1960 года — вновь в Генеральном штабе: заместитель начальника и с января 1961 года начальник оперативного управления Главного Оперативного управления. В период Карибского кризиса с октября по ноябрь 1962 года находился на Кубе в качестве представителя Министра обороны СССР во главе оперативной группы советских генералов и адмиралов. Имел задачу организовать отражение агрессии со стороны США силами группировки советских войск (42 тысячи человек) и кубинской армии. После урегулирования кризиса некоторое время занимался подготовкой работников кубинского Генерального штаба. Считался знатоком кубинских вопросов, затем также неоднократно направлялся на Кубу в различные командировки. Был лично знаком с Фиделем Кастро и Раулем Кастро.