Setelah serangan militer pada Perang Chechnya II berakhir dan para separatis mengubah taktik menjadi perang gerilya, komando keseluruhan pasukan federal di Chechnya dipindahkan dari militer ke FSB pada Januari 2001. Sementara tentara tidak memiliki sarana teknis untuk melacak gerilyawan. kelompok, FSB menderita kekurangan kecerdasan manusia karena ketidakmampuannya untuk membangun jaringan agen dan informan. Pada musim gugur 2002, separatis melancarkan kampanye terorisme besar-besaran terhadap warga sipil Rusia, termasuk serangan teater Dubrovka. Ketidakmampuan pasukan federal untuk melakukan operasi kontra-teroris yang efisien menyebabkan pemerintah mengalihkan tanggung jawab "menjaga ketertiban" di Chechnya dari FSB ke Kementerian Urusan Dalam Negeri (MVD) pada Juli 2003.