ルワンダ大量虐殺と内戦の期間、施設は閉鎖されている。現地の職員の大部分は避難し、あるいは国境を越えて難民となりコンゴ民主共和国（旧ザイール）に逃れた。委託を受けてゴリラを探索してきた「トラッカー」と呼ばれる人々はほとんどが家を追われ財産を失い、中には目の前で家族が殺害された人や、避難先から帰国後に投獄された人もいた。ルワンダ人職員は混乱の時期も機会をとらえ、ゴリラの監視を続けた。内戦中、ゴリラを食肉にしようと密猟者が罠を大幅に増やしても、ゴリラは良好な状態で生き残った。