22 липня 2018 року Едмілсон перейшов у катарський «Аль-Духаїль». З командою виграв Кубок Еміра Катару 2019 року, забивши один з голів у фіналі проти «Ас-Садда» (3:1), а наступного року став чемпіоном Катару. Це дозволило Едмілсону з командою поїхати на домашній клубний чемпіонат світу, де Жуніор зіграв в обох матчах і забив гол у грі проти південнокорейського клубу «Ульсан Хьонде» (3:1), завдяки чому команда здобула перемогу і посіла 5 місце. Станом на 11 лютого 2021 року відіграв за команду з Дохи 52 матчі в національному чемпіонаті.