Um 1700 werden die Yanktonai erstmals von Pierre-Charles Le Sueur in Berichten erwähnt. Dann tauchen sie erst 1804 wieder bei Lewis und Clark auf, die ihr Wohngebiet im Quellgebiet von Sioux, James und Red River besuchten. Am Britisch-Amerikanischen-Krieg von 1812 waren auch einige Yanktonai-Krieger unter Häuptling Waneta beteiligt, der für seine Verdienste bei den Briten sogar zum Captain befördert wurde. Er trat als junger Häuptling in die britische Armee ein und zeichnete sich durch besondere Leistungen im Kampf gegen die Amerikaner bei Fort Mergs und Stephenson im Ohiogebiet aus. Er machte sogar eine Reise nach London und wurde am Königshof vorgestellt. Im Vertrag von Washington am 19. April 1858 hatten die Yanktonai fast ihr gesamtes Stammesgebiet an die Regierung abgetreten und wurden in mehrere Reservate umgesiedelt. Als Gegenleistung erhielten sie Geld, Lebensmittel und Warenlieferungen von der Regierung. Der Amerikanische Bürgerkrieg (1861–1865) führte zu Zahlungsschwierigkeiten und zum Ausbleiben der jährlichen Lieferungen, das eine Hungersnot bei ihnen auslöste. Es kam zu Unruhen in einigen Gruppen, doch beim Ausbruch des Sioux-Aufstands 1862 in Minnesota hielt sie der Oberhäuptling der Yankton Palaneapape (‘Struck A Pawnee’, auch "Padani Apapi" oder "Pa-Da-Ni-A-Ha-Hi" – ‘Struck by the Ree’) aus dem Konflikt heraus und warnte die weißen Siedler rechtzeitig, den Schutz der Forts aufzusuchen. Er rettete damit vielen Weißen das Leben.