Dennoch wurde die CPN bald darauf verboten, woraufhin de Groot gemeinsam mit Lou Jansen und Jan Dieters die CPN aus dem Untergrund leitete. Zu Beginn der Besatzungszeit leistete die CPN einen nicht zu vernachlässigenden Beitrag zum niederländischen Widerstand, so beanspruchte sie zum Beispiel die Auslösung des Februarstreiks im Jahr 1941 für sich. Dabei handelte es sich um die erste größere Widerstandsaktion gegen die Verfolgung der niederländischen Juden. Des Weiteren brachte sie die Zeitung "De Waarheid" als Nachfolger von "Het Volksdagblad" heraus. Bis zum Beginn des deutschen Überfalls auf die Sowjetunion vertrat de Groot den Standpunkt, dass eine englische Dominanz für die Niederlande ebenso schädlich wie die Deutsche Besatzung sei. Außerdem kritisierte er in "De Waarheid" regelmäßig die Exilregierung unter Pieter Sjoerds Gerbrandy.