Megindult az újjáépítés és az elnéptelenedett területek újra birtokba vétele. Ezt hátráltatta az újabb háborús időszak, a Rákóczi-szabadságharc kitörése. A Kis-Kárpátokban folyt a győztes szomolányi csata, melyben szlovák felkelők is részt vettek. Ez volt az első olyan diadal, ahol a nagyszámú, de képzetlen kurucok reguláris császári egységeket futamítottak meg és elfogták Johann von Ritschan tábornokot is. Az egyik végső, katasztrofális vereséget is a mai Szlovákia területén szenvedték el a kuruc csapatok 1708-ban Trencsén mellett. A szabadságharc számára kedvezőtlenné váló európai politikai helyzet, az 1710-es évi pestis és a belső társadalmi ellentmondások miatt ugyan elbukott, de ennek köszönhetően maradt fenn Magyarország rendi alkotmánya a Habsburg birodalmon belül (lásd: Szatmári béke). Az épített örökségre nézve azonban súlyos következményekkel járt ezen vereség. A mítosz szerint számos várat ekkor a császáriak egyszerűen felrobbantottak (például Zboró várát), az igazság azonban az hogy a kisebb történelmi várak ekkorra már elvesztették katonai és stratégiai jelentőségüket, melyen a harcok csak tovább rontottak.