16世紀の騎士戦争（1522年-1523年）、ドイツ農民戦争（1524年-1525年）、ミュンスターの反乱（1534年）、シュマルカルデン戦争（1546年-1547年）、第二次辺境伯戦争（1552年-1555年）といった一連の宗教戦争の結果、領邦教会制度の確立したドイツ（神聖ローマ帝国）においては、17世紀に三十年戦争（1618年-1648年）というヨーロッパ各国をまきこんだ大規模な宗教戦争が生じ、カルヴィニズムが社会をリードしたネーデルラントにおいては対抗宗教改革の拠点イスパニアからの独立戦争すなわち八十年戦争（1568年-1648年）へと発展した。イングランドでは清教徒革命（1641年-1649年）が起こった。また、最も激しい対立を示したのはフランスであり、ヴァシーの虐殺を機にユグノー戦争（1562年-1598年）という激しい内戦へと発展したが、そのなかからカトリックに対抗するカルヴァン派の抵抗権理論が発展して「モナルコマキ」を主張する暴君放伐論者が現れ、一方では主として知識人のなかから宗教的寛容を説く思潮が生まれた。