Zappacosta durchlief bis auf die U-21-Nationalmannschaft keine Junioren-Auswahlen für Italien. Für die U-21 debütierte er am 5. September 2013 bei der 1:3-Niederlage gegen Belgien. Mit den "Azzurrini" qualifizierte er sich für die U-21-Fußball-Europameisterschaft 2015 in Tschechien, bei der Italien jedoch in der Vorrunde ausschied. Für die U-21-Auswahl absolvierte er von 2013 bis 2015 17 Partien.