Revenu à Paris en 1810, à l’époque du divorce de Napoléon Ier et Joséphine de Beauharnais, Rapp ne craint pas de blâmer la conduite de son maître, et reçoit, en récompense de sa franchise, l’ordre de retourner dans son gouvernement de Dantzig. Il n’en est pas moins créé grand officier de la Légion d'honneur le . Il donne toutefois une nouvelle preuve de sa sincérité à l’Empereur en condamnant l’expédition projetée au-delà du Niémen, dont il prévoyait les funestes résultats.