Ріхард Меллер-Нільсен вперше викликав Аллана Нільсена до національної збірної Данії. 16 серпня 1995 року він дебютував у матчі проти збірної Вірменії. Він вийшов на заміну в тому матчі й вже через 45 секунд після свого виходу забив м'я у ворота вірменської збірної встановивши рахунок 2:0 на користь Данії. Також він викликався до збірної Данії для участі в Євро 1996, яке проходило в Англії; Аллан взяв участь лише в одному матчі своєї збірної, в якому забив один з м'ячів у ворота збірної Туреччини, збірна Данії перемогла з рахунком 3:0.