Neben der für die Kysylkum typischen Fauna finden sich am Aydarsee verschiedene Wasservögel, welche vom Aralsee hierher migrieren. Der See wird in der Ramsar-Liste als wichtiges Vogelgebiet geführt, er befindet sich an der Kreuzung der afro-eurasischen und zentralasiatischen Flugbahnen und ist ein Zentrum für die Wanderung und Überwinterung von Wasservögeln mit mehr als 100 Arten, bietet Lebensraum für bedrohte Arten wie die Weißkopfruderente (Oxyura leucocephala), den Steppenkiebitz (Chettusia gregaria), den Krauskopfpelikan (Pelecanus crispus), die Rothalsgans (Rufibrenta ruficollis), die Zwerggans (Anser erytropus) und den Bindenseeadler (Haliaetus leucoryphus) und bietet eine wichtige Nahrungsquelle und einen Laichboden für verschiedene Fischarten. Die wichtigsten Vegetationsformen sind die von Einheimischen genutzten Schilfgürtel, Salzkräuter und Tamarisken. Ein Aktionsplan zur Aufrechterhaltung der Stabilität der ökologischen Bedingungen, 2008–2015, ist vorhanden.