Ein Jahr später verpasste Jonnier bei den Olympischen Spielen von Turin in Pragelato als Viertplatzierter über 50 Kilometer und mit der Staffel zweimal knapp den Sprung auf die Medaillenränge. In der &lt;a href="Skilanglauf-Weltcup%202006/07"&gt;Skilanglauf-Saison 2006/07&lt;/a&gt; erreichte Jonnier mehrere sehr gute Platzierungen. Darunter mit einem zweiten Platz über 30 Kilometer Freistil in Rybinsk und als Dritter über die halbe Distanz in Changchun und in der Verfolgung von Falun erstmals Platzierungen auf dem Podest als Einzelläufer. Bei den Militärweltmeisterschaften in Haanja gewann er hinter seinem Landsmann Vittoz über 15 Kilometer die Silbermedaille. Bei der Nordischen Skiweltmeisterschaft 2007 in Sapporo war seine beste Platzierung ein fünfter Platz mit der Staffel. Die Saison beendete er auf den 21. Platz in der Weltcupgesamtwertung und den neunten Platz in der Distanzwertung.