Hij studeerde aan de universiteit van Frankfurt en sloot zich in 1920 aan bij de Duitse communistische partij. Hij ging ook deel uitmaken van de Frankfurter Schule, een linkse filosofische stroming gebaseerd op het marxisme. Toen Hitler aan de macht kwam in 1933 werd hij opgesloten in een concentratiekamp en werd hij vervolgens gedwongen het land te verlaten. Hij emigreerde naar de Verenigde Staten. Hij verkreeg de Amerikaanse nationaliteit in 1939. Door het niet-aanvalspact tussen Duitsland en de Sovjet-Unie (1939) raakte hij zijn vertrouwen kwijt in het communisme en verliet hij de partij. Wittfogel doceerde aan de Columbia-universiteit en de universiteit van Washington tot 1966. In 1957 verscheen zijn grote werk "Oriental despotism".