L'équipe Euskaltel Euskadi disparaît en fin d'année. Juan José Lobato est recruté pour l'année 2014 par l'équipe Movistar. Après avoir commencé la saison au Tour Down Under, il dispute le Tour de Dubaï, où il est quatrième et deuxième d'étapes gagnées au sprint par Marcel Kittel. En mars, il est deuxième de la Clásica de Almería, quatrième du Grand Prix Nobili Rubinetterie, et quatrième de Milan-San Remo, derrière Alexander Kristoff, Fabian Cancellara et Ben Swift. Il dispute ensuite les classiques flandriennes et termine notamment de Gand-Wevelgem. Au Circuit de la Sarthe, il est deuxième et troisième d'étapes. Il est à nouveau deuxième d'étape au Tour de Suisse, battu par Mark Cavendish, et au Tour d'Autriche, battu par Oscar Gatto. Lors du Tour de Wallonie, il remporte la troisième étape et termine deuxième au classement final général. En août, il gagne la première étape du Tour de Burgos et est pendant deux jours leader du classement général de cette course, que remporte son coéquipier Nairo Quintana. Deux semaines plus tard, il prend la huitième place de la Vattenfall Cyclassics. Avec deux victoires, sept deuxièmes place et la quatrième place à San Remo, le manager de Movistar, Eusebio Unzue se dit très satisfait de la première saison de Lobato dans l'équipe et le juge capable d'obtenir une victoire importante à l'avenir.