Boyacá je známa jako „Země Svobody“, neboť zde dne 7. srpna 1819 vyhrála Kolumbie bitvu u Boyacá, což byl zlomový bod ve válce za nezávislost proti Španělsku (1810-1819). V letech 1857 - 1886 tvořilo území dnešního departmentu součást stejnojmenného spolkového státu tehdejší Granandské konfederace a následně i federativních Spojených států kolumbijských.