Markkanen pelasi nuorten maajoukkueessa 32 ottelua. Suomen koripallomaajoukkueessa hän pelasi 129 ottelua, joissa hän teki yhteensä 1 432 pistettä. Kyseisellä pistemäärällä Markkanen on kaikkien aikojen pistetilastossa yhdennellätoista sijalla. Markkanen oli myös mukana vuoden 1995 EM-kisoihin päässeessä joukkueessa. Hän edusti Suomea kuudessa kisaottelussa tehden 7,5 pisteen keskiarvot. Eniten pisteitä, neljätoista, hän teki Turkkia vastaan.