Villar spillede over en periode på hele 19 år 120 kampe for Paraguays landshold. Han debuterede for holdet i marts 1999 i et opgør mod Guatemala, og spillede sin sidste landskamp i juni 2018, da paraguayanerne tabte til Japan i en venskabskamp. Han repræsenterede sit land ved tre VM-slutrunder, VM 2002 i Sydkorea/Japan, VM 2006 i Tyskland, samt VM 2010 i Sydafrika. Bedst gik det ved VM i 2010, hvor holdet nåede kvartfinalen. Derudover deltog han ved hele syv udgaver af Copa América, heriblandt 2011-udgaven, hvor holdet nåede finalen, der dog blev tabt til Uruguay.