С 3 июля 1854 года начальник инженеров Балтийского экспедиционного корпуса: в 1854 году участвовал во взятии Бомарзунда. С 8 января 1855 по 17 июня 1857 года член Комитета по фортификациям и до 25 июня 1859 года генерал-адъютант императора Наполеона III. В январе 1855 года император Наполеон III послал Ньеля в Крым, для ознакомления с положением дел под Севастополем, где он с 3 мая 1855 года в качестве начальника инженеров, управлял осадными работами (после смерти генерала Мишеля Бизо).