Kerajaan Filipina dan Indonesia menentang pertubuhan persekutuan, seperti juga Parti Rakyat Brunei dan kumpulan komunis yang berpangkalan di Sarawak, dan pada tahun 1962, berlaku pula Pemberontakan Brunei. Presiden Indonesia Sukarno bertindak balas dengan menggerakkan sukarelawan bersenjata dan, kemudian, angkatan tentera ke Sarawak. Ribuan anggota komunis Sarawak pergi ke Borneo, Indonesia Borneo, dan menjalani latihan dengan Partai Komunis Indonesia. Pertunangan yang paling penting dalam konfrontasi itu bertempur di Plaman Mapu pada April 1965. Kekalahan di Plaman Mapu akhirnya mengakibatkan jatuhnya Sukarno dan ia digantikan oleh Suharto sebagai presiden Indonesia. Rundingan dimulakan semula antara Malaysia dan Indonesia dan membawa kepada berakhirnya konfrontasi pada 11 Ogos 1966.