Během libanonské občanské války v roce 1975 stálo muzeum v přední linii oddělující od sebe bojující frakce. Budova muzea postavená ve stylu egyptského obrození a sbírky v něm umístěné utrpěly během války značné škody, ale většina artefaktů byla zachráněna díky na poslední chvíli přijatým preventivním opatřením.