Marie se potřetí provdala 21. června 1401 v "Králově paláci" (Palais de la Cité) v Paříži za Jana Bourbonského. Smlouva byla po složitých jednáních uzavřena v Paříži 27. května 1400. Měli spolu tři děti. Dne 18. března 1408 byl Jan jmenován nejvyšším komořím Francie a 19. srpna 1410 se stal nástupcem svého otce jako vévoda bourbonský. Mariin otec požádal krále Karla VI. , aby 25. října 1415 nebojoval v bitvě u Azincourtu, ale Mariin manžel bojoval, byl zajat a strávil zbytek života v anglickém zajetí.