Bulatovićin asema kohosi huomattavasti byrokratianvastaisen vallankumouksen jälkeen ja hän oli Serbian presidentti Milosevićin ja tämän politiikan olennainen tukija Jugoslavian sosialistisessa liittotasavallassa. Jugoslavian hajoamissotien myötä Montenegron osatasavallan presidenttinä Bulatović vastasi montenegrolaisreserviläisten osallistumisesta Dubrovnikin piiritykseen ja Bosnian sotaan. Kansainvälinen Jugoslavia-tuomioistuin selvitti Bulatovićin osuutta sotarikoksiin Bosnia-Hertsegovinassa, mutta häntä vastaan ei nostettu syytteitä. Bulatović toimi Miloševićin, Radovan Karadžićin ja Nikola Šainovićin puolustusten todistajana.