Nos anos de 1845 e de 1846, as fortes divergências que surgiram com alguns partidários de Mazzini criaram ressentimentos e ostracismo por parte dos grupos militantes leais àquele líder político. Desapontado com a acção política, em 1847 retornou à Itália, com as suas caixas de plantas herborizadas e os manuscritos sobre a flora dos Pirenéus, graças à amnistia concedida por ocasião da eleição para o trono papal de Pio IX. Nos anos seguintes manteve-se deliberadamente distante da cena política, postura que adoptou até aos eventos de 1859 que levaram à Segunda Guerra da Independência Italiana. Decepcionado, no entanto, com as implicações dos acontecimentos, voltou a dedicar-se aos estudos botânicos e viagens científicas nos Pirenéus (1850 a 1858), na Catalunha (1860 a 1861), em Toulouse (1839), em Barcelona e em Paris (1861 a 1862).