В начале 1960-х зародилась политическая вражда между этими двумя странами, когда про-христианская политика Чада вызвала возмущение многих суданских мусульман. Судан позволил повстанцам из ФРОЛИНА организовать лагеря на западе своей территории (Дарфур) и проводить оттуда рейды на Чад. В 1975 году был свергнут президент Чада Франсуа Томбалбай, отношения между президентами Джафаром Нимейри и Феликсом Маллумом установились на удивление сердечными, отчасти из-за того, что обе страны опасались ливийского вмешательства в свои дела. В конце 1970-х Судан продавил проведение переговоров между лидерами повстанцев и правительством Чада и призвал Маллума включить лидеров боевиков в своё правительство.