Die Vertreibung von 37 Reformierten aus Arth sowie die Auslieferung dreier Personen an die Inquisition und die Vollstreckung der Todesstrafe gegenüber weiteren vier Reformierten bewog Zürich dazu, den fünf Innerschweizer Kantonen im Jahr 1656 den Krieg zu erklären. Ziel des Ersten Villmergerkrieges war es, die Bestimmungen des zweiten Kappeler Landfriedens zu revidieren. Dabei wurde Rapperswil erfolglos belagert, 9000 Berner Soldaten marschierten im Freiamt ein. Am 24. Januar 1656 fand die Erste Schlacht von Villmergen statt, bei der rund 600 Berner und 200 Innerschweizer starben. Der "Dritte Landfrieden" bestätigte schliesslich die alten konfessionellen Regelungen.