Các thể chế liên bang của Nam Tư vào lúc này đều dừng hoạt động. Nhà nước vẫn chính thức tồn tại, bao gồm Serbia, Montenegro cùng Bosna và Hercegovina và hoàn toàn do Chủ tịch người Serb Slobodan Milošević kiểm soát. Sau sự ly khai của Croatia, người Bosnia gốc Croatia và người Bosnia Hồi giáo không còn muốn ở lại trong một liên bang mà người Serb hoàn toàn thống trị. Tuy nhiên, người Bosnia gốc Serbia thì lại phản đối mạnh mẽ việc tách khỏi Serbia. Điều này đã dẫn đến việc tẩy chay các cuộc trưng cầu dân ý cả của chính quyền Bosnia do người Hồi giáo thống trị và thực thể của người Serb mới được thành lập- Cộng hòa của người Serb tại Bosna và Hercegovina (sớm đổi tên thành Cộng hòa Srpska). Ngay sau cuộc trưng cầu dân ý của mình, chính phủ Bosnia tuyên bố ly khai khỏi Cộng hòa Liên bang Xã hội chủ nghĩa Nam Tư, khiến nổ ra Chiến tranh Bosnia giữa các dân tộc thù địch lẫn nhau.