בפועל מאז אמצע יוני 1941 היו תוכניות גרמניות שנועדו לפלישה אל תוך הראג' הבריטי בתת-היבשת ההודית שעברו דרך איראן ותוכננו להתבצע לאחר סיום מוצלח שלהם יחלו הגרמנים בסוף מבצע ברברוסה, הפלישה לברית המועצות. משימות סיור של יועצים צבאיים גרמנים ברחבי איראן כדי להתכונן למימוש תוכניות אלה נקבעו לא לפני סוף אוגוסט 1941. לכן, כאשר בקשה בריטית-סובייטית משותפת דרשה מהממשלה האיראנית לגרש את כל האזרחים הגרמנים החיים בה באופן מיידי, הגרמנים באיראן, 690 איש על פי רישומי ממשלת איראן, עדיין לא היוו איום ממשי על בעלות הברית, ורזא שאה לא ראה חשיבות רבה בגורמים הגרמנים בתוך איראן עצמה. מספר גרמנים אכן היו מעורבים במודיעין ובתעמולה, אך הם פעלו למען מוסדות גרמנים יריבים, שלעיתים קרובות חיפשו מטרות שונות או אפילו מנוגדות. יתר על כן, לא הייתה שום הוכחה להכנות הגרמניות המשוערות לקראת הפיכה נגד בעלות הברית באיראן. משבר פרץ כאשר ביוני 1940 התגלה שראש הממשלה האיראני, אחמד מתין דפתרי, קידם ריגול ואיסוף מודיעין אחר ראש הממשלה הבריטי, וינסטון צ'רצ'יל. דפתרי פוטר ונכלא בהוראת רזא שאה במיידית. הבריטים במיוחד חששו מהתערבות גרמנית באיראן לאחר שכזאת בעיראק הביאה למלחמה האנגלו-עיראקית. כאשר נשאלה בנוגע ל"בעיית היהודים" בידי גרמניה הנאצית, הממשלה האיראנית הודיעה לשגרירים גרמנים שהיא רואה איראנים יהודים כמוטמעים בין החברה האיראנים. התגובה סימנה את פועל הממשלה להציג את האחדות הלאומית שבין עמי איראן. פליטים רבים מבין יהודי פולין שגורשו מברית המועצות לאחר פלישתה לפולין, ברחו דרך איראן אל ארץ ישראל. סך הכל, לאורך מלחמת העולם השנייה, 120,000 פליטים פולנים הגיעו לאיראן במהלך המלחמה.