Konsekwencją ugody perejasławskiej i wkroczenia wojsk moskiewskich na teren Rzeczypospolitej (budowa w Kijowie rosyjskiej cytadeli i obsadzenie go wojskiem rosyjskim i inwazja na Wielkie Księstwo Litewskie) była długoletnia (1654–1667) wojna Rzeczypospolitej z Carstwem Rosyjskim, toczona na obszarze Rzeczypospolitej po środkową Wisłę. W 1658 roku została zawarta pomiędzy Hetmanatem a Rzecząpospolitą unia hadziacka, Była to próba politycznego uregulowania stosunków Kozaczyzny z Rzecząpospolitą. Unia hadziacka ustanawiała Wielkie Księstwo Ruskie jako trzeci równoprawny człon Rzeczypospolitej (obok Korony i Litwy). Postanowienia unii nie weszły ostatecznie w życie w wyniku buntu inspirowanego z Moskwy, odsunięcia od władzy przez prorosyjskie powstanie propagatora unii hetmana Iwana Wyhowskiego i śmierci w czasie zamieszek Jerzego Niemirycza, faktycznego intelektualnego promotora Unii. Trwałym dziedzictwem unii hadziackiej było przekształcenie Kolegium Kijowsko-Mohylańskiego w Akademię Mohylańską- jedyną szkołę o statusie wyższym (akademii) na obszarze Ukrainy.