Boyer-Fonfrède trat schon zu Beginn der Revolution in seiner Heimatstadt als Redner auf und profilierte sich, im Gegensatz zu seinem Herkunftsmilieu, als Gegner der Sklaverei. 1790 wurde er in die Freimaurerloge "L'Amitíé" aufgenommen. Als Mitglied des Nationalkonvents votierte er zwar für die Hinrichtung Ludwigs XVI., sprach aber gegen die Septembermassaker, das Revolutionstribunal und gegen Jean-Paul Marat.