Ermeni kuvvetleri, 1993'in Temmuz ayında, Birinci Dağlık Karabağ Savaşı sırasında Ağdam'ı işgal etmiştir. Yoğun çatışmalar, tüm nüfusu doğuya kaçmaya zorlamış, Ağdam'ı hayalet bir kasaba haline getirmiştir. 2020 Dağlık Karabağ Savaşı'nı sona erdiren bir anlaşmanın parçası olarak, kasaba ve çevresi 20 Kasım 2020'de Azerbaycan kontrolüne geri verilmiştir.