Im Oktober 1802 wurde er zum Generalleutnant ("teniente general") befördert und diente als Befehlshaber im Campo de Gibraltar. Er unterstellte sich während der napoleonischen Invasion 1808 der Junta de Sevilla und erhielt, nachdem er sich in Ronda mit einer Division von 6.000 Mann neu organisiert hatte, das Kommando über das Feldlager vor Algeciras. Als Oberbefehlshaber ("Jefe del ejército del Centro") der Armee von Andalusien und "Presidente de la Junta Suprema de Madrid" zwang er den französischen General Pierre Dupont de l’Étang in der Schlacht bei Bailén zur Kapitulation (23. Juli 1808). 23.000 französische Gefangene wurden gemacht. Er drang darauf bis zum Ebro vor, wurde aber am 23. November von Jean Lannes in der Schlacht von Tudela geschlagen und von den ränkesüchtigen Generalen José de Palafox y Melci und Montijo bei der Zentraljunta so verleumdet, dass er abgesetzt wurde und mehrere Jahre außer Dienst gestellt wurde. Erst 1811 wurde er unter dem vom Duke of Wellington ausgeübten Oberbefehl an die Spitze des spanischen IV. Armeekorps gestellt, nahm an der Schlacht bei La Albuera teil und trug im Juni 1813 auch zum Sieg in der Schlacht von Vitoria bei.