Участник Гражданской войны на стороне Белого движения на Востоке России, в армии адмирала А. В. Колчака. С 1918 по 1922 годы после занятия Екатеринбурга войсками Сибирской армии, В. Н. Цытович зачислен в штат Николаевской академии Генерального штаба, исполняя должность помощника библиотекаря.