Die Hunkpapa leisteten unter ihren Häuptlingen Sitting Bull und Gall der US-Armee erbitterten Widerstand. Nach der Schlacht am Little Bighorn im Jahr 1876 flohen sie nach Kanada, kehrten aber aus Nahrungsmangel bis 1881 in kleinen Gruppen ins Dakota-Territorium zurück. Nach der Ermordung von Sitting Bull im Dezember 1890 suchten etwa 100 Hunkpapa Zuflucht bei Häuptling Big Foot von den Minneconjou. Vierzehn Tage später, am 29. Dezember 1890, kam es zum Massaker von Wounded Knee, bei dem Big Foot und fast alle Hunkpapa den Tod fanden.