ביולי 1939 פרסמה ממשלתו של דראגישה צבטקוביץ' תקנות לגירוש יהודים שהתגוררו ביוגוסלביה אך לא היו אזרחי המדינה. בפרוץ מלחמת העולם השנייה הכריזה הממלכה על נייטרליות, אך המשיכה במשא ומתן עם הגרמנים על הצטרפות להסכם התלת-צדדי. ב-1940 מנתה הקהילה הספרדית בבלגרד כ-9,000 נפשות והקהילה האשכנזית כ-3,000. באוגוסט 1940 החלו מגבלות לא רשמיות על רישום יהודים למוסדות חינוך, שהובלו על ידי שר החינוך היוגוסלבי אנטון קורושץ שהיה ידוע כאנטישמי. ב-4 באוקטובר 1940 פורסמו תקנות רשמיות שהגבילו את הפעילות הכלכלית של יהודי יוגוסלביה, קבעו נומרוס קלאוזוס במוסדות להשכלה גבוהה, ואסרו עיסוק במקצועות מסוימים. האליטה האינטלקטואלית היוגוסלבית מתחה ביקורת נוקבת על חוקים אלו. בהמשך, הוגבלו גיוסם של יהודים לצבא וקבלתם לקורסי קצינים. הרב הראשי ד"ר יצחק אלקלעי אולץ להתפטר מתפקידו כסנטור. במקביל החלו להתפרסם בעיתונות היוגוסלבית מאמרי שטנה אנטישמיים. ב-25 במרץ 1941 חתמה יוגוסלביה על ההסכם התלת-צדדי, ויומיים לאחר מכן פרצה בממלכה הפיכה צבאית בתמיכת מנהלת המבצעים המיוחדים הבריטית. פאבלה קאראג'ורג'ביץ', מועצת העוצרים וממשלת יוגוסלביה הודחו ופטר השני הומלך על יוגוסלביה. פאבלה ומשפחתו הוגלו לקניה והושמו במעצר בית עד תום המלחמה. עם פרוץ ההפיכה הצבאית שהובילה להדחתו של פאבלה קאראג'ורג'ביץ', פסקו הלימודים והפעילות הקהילתית ברחבי הממלכה.