マジーディーは1996年12月に開催されたAFCアジアカップ1996のサッカーサウジアラビア代表戦で代表デビューを果たした。彼は当時の代表監督であったブランコ・イヴァンコヴィッチの下ではアリ・ダエイやアーラシュ・ボルハーニーの控え選手としてベンチを温める事が多く、AFCアジアカップ2004を直前に控えた2004年の代表合宿では代表招集を辞退した。その後再び招集されるようになり、2007年時点で41試合に出場、10得点を決めた。AFCアジアカップ2007前の合宿ではの下で、AFCアジアカップ2011前の合宿ではアフシン・ゴトビの下で招集された。2011年8月23日にはカルロス・ケイロス新監督のもと再び代表に招集された。マジーディーは1996年から2011年まで16年間に渡りイラン代表で活躍し最も招集歴の長い選手だったが、実際に出場した試合数は多くなかった。ファルハード・マジーディーとペルセポリスFCの主将であったアリー・キャリーミーは2014 FIFAワールドカップ・アジア予選においてイラン代表サポーターの人気を二分する選手と考えられている。2011年9月27日、マジーディーはイラン代表からの引退を表明した。