Pada awal 1945 saat ia bertugas, Jepang sudah dalam keadaan tersudut setelah kekalahan di Leyte. Akibat keadaan perang yang berubah, rencana Operasi Terusan Panama dibatalkan. Kemudian pada April 1945, Amerika Serikat membombardir Kure. "I-13" berhasil menyelamatkan diri dan menuju Korea Selatan untuk mengisi suplai. Pada awal Mei 1945, "I-13", , , dan dilengkapi dengan snorkel baru.