Pero el emperador ya había advertido que en España existía un claro vacío de poder político, pues tanto Carlos como Fernando acudían a él para pedir apoyo a sus respectivas pretensiones, a lo que hay que añadir la ventaja militar que le otorgaba la ocupación de numerosas plazas españolas por las tropas imperiales y la salida de las tropas españolas hacia Portugal. Tras convocar a padre e hijo a Bayona, adonde llegó Fernando el 20 de abril (dejando en Madrid como su representante a una Junta de Gobierno), y sus padres, Carlos IV y María Luisa de Parma, el 30 de abril, Napoleón obtuvo de ellos la abdicación a su favor, el 5 de mayo de 1808, tras lo cual cedió la Corona a su hermano José I Bonaparte el 6 de junio.