Reyes debütierte am 6. September 2003 in der spanischen Fußballnationalmannschaft und bestritt insgesamt 21 Spiele, in denen ihm vier Tore gelangen. Bei der Fußball-Weltmeisterschaft 2006 stand er im Kader der Spanier und kam zu einem Einsatz. Bei der zwei Jahre später folgenden Fußball-Europameisterschaft spielte Reyes keine Rolle mehr im Team von Trainer Luis Aragonés.