1892年6月25日，石井四郎出生於千叶县山武郡，是家中第四個兒子。父親石井桂出身於大名之後的華族，是當地的大地主，經營釀酒業，母親千代為上田藩藩醫之女，父母親生下四男二女。長子石井彪雄戰死於日俄戰爭中的對203高地的進攻、兩個女兒皆夭折、次子和三子分別名為剛男和三男，皆於中國服役，分別擔任陸軍小隊長和技師。