ワーレイ大尉を艦長として、マナサスはジョン・ミッチェル大佐が指揮するミシシッピ下流域艦隊の一員となった。北軍のデヴィッド・ファラガット代将の艦隊がニューオーリンズを目指して侵攻を開始し、ジャクソン砦・セントフィリップ砦の戦いが発生したが、マナサスはこれに参加した。この戦いで、マナサスはUSS ペンサコーラ（）に衝角攻撃を試みたが、ペンサコーラはこれをかわし、近距離から舷側砲による激しい攻撃をかけてきた。さらにマナサスは全北軍艦隊からの砲撃にさられた。続いて、USS ミシシッピ（ペリーの黒船の一隻）に突撃し、衝角攻撃に成功すると共に艦裁砲での攻撃も行ったが致命傷は与えられなかった。次に、USS ブルックリン（）に対しても衝角攻撃に成功しこれを大破させたが、撃沈にはいたらなかった。