Події, що послідували після здобуття незалежності, а саме "Таджицька громадянська війна", що тривала до 1997 року, була значним випробовуванням і загрозою для нормального функціонування Душанбинського зоопарку, що позначилось на втратах у кількості утримуваних тварин, в тому числі і через економічні негаразди. Державне фінансування закладу більше не могло бути таким, як раніше. Співробітники та добровольці зоопарку боролися, в першу чергу, за своє власне виживання. Відтак, колись знаменитий зоопарк був занедбаний і поставлений перед необхідністю вибиратися з труднощів самотужки. Однак, оскільки Душанбинський зоопарк є єдиним державним закладом у цій сфері в країні, у теперішній час (від середини 2000-х років) державний контроль за ним відновлений