Sur la recommandation de son oncle Philippe Villiers de l’Isle-Adam, grand maître de l’ordre, il entre en 1531 dans l’ordre de Saint-Jean de Jérusalem et devient chevalier de Malte. Il prend part, en 1541, à l’expédition de Charles Quint contre Alger dont il relate les faits. En 1548, il commande la flotte envoyée en Écosse pour ramener à la cour de France, pour ses fiançailles au dauphin François, Marie Stuart. Il réalise alors un exploit naval considéré jusqu’alors comme impossible pour tromper la vigilance des Anglais : après le débarquement des Français à Perth, il contourne en galères l’Écosse par le nord au large des Orcades. Il descend la mer d’Irlande et fait embarquer Marie Stuart à Dumbarton dans l’estuaire de la Clyde pour gagner Morlaix. En 1551, il tente en vain, depuis Malte, de défendre Tripoli contre les Turcs. Rentré en France, il est nommé en 1553 vice-amiral de Bretagne après ses campagnes en Hongrie et au Piémont.