W Interze Pistone zadebiutował dopiero w rok od przyjścia 29 listopada 1995 w zremisowanym 1-1 meczu z S.S. Lazio w Pucharze Włoch. Przez cały okres gry w Interze Fontolan miał pewne miejsce w składzie Interu. Ostatni raz w barwach Interu zagrał 1 czerwca 1997 roku w meczu ligowym z Bologną. Z Interem dotarł do finału Pucharu UEFA 1997 i trzecie miejsce w Serie A. Ogółem w barwach Interu wystąpił w 60 meczach (45 w lidze, 9 w europejskich pucharach oraz 6 w Pucharze Włoch) i strzelił 1 bramkę w lidze. W 1997 roku przeszedł do angielskiego Newcastle United. W drużynie "Srok" występował do 2000 roku. Jego bilans w Newcastle to 46 meczów i 1 bramka. Jeszcze jako zawodnik Newcastle podczas sezonu 1998-99 został wypożyczony do ówczesnego beniaminka Serie A – Venezii.