Der deutsche Reichskommissar Josef Terboven ernannte Lie nach der deutschen Besetzung Norwegens 1940 (Operation Weserübung) zum kommissarischen Polizeichef des Landes. In dieser Rolle wurde er zum Rivalen Vidkun Quislings um die Gunst der deutschen Besatzer. Bereits 1935 hatte er dessen Partei Nasjonal Samling wieder verlassen, war aber 1940 wieder eingetreten. Zugute kamen ihm gute Kontakte zu Heinrich Himmler. Auf Druck Terbovens, der mit ihm zunächst sogar Quisling ersetzen wollte, ernannte ihn Quisling 1942 zum Polizeiminister in seinem neu gebildeten Kabinett. Lie wurde auch Chef der 1941 durch Himmler ins Leben gerufenen norwegischen SS, zuletzt im Rang eines SS-Standartenführers. In dieser Funktion war Lie zeitweilig auch an der Ostfront auch bei der Einsatzgruppe D unter Otto Ohlendorf, um mehr über die Gegebenheiten vor Ort zu erfahren.