1412 geriet Greifswald mit dem Pommernherzog Wartislaw VIII. aneinander, als seine Bürger dessen Vasallen angriffen. Der Streit zog sich bis 1415 hin, ehe es durch die Vermittlung der Stände zu einer Aussöhnung kam. Die Stadt erhielt außerdem die Fischereirechte im Greifswalder Bodden. Als 1326 Herzog Wartislaw IV. starb und um seine noch unmündigen Kinder der Erste Rügische Erbfolgekrieg mit Mecklenburg um die Herrschaftsfrage entbrannte, schloss sich Greifswald mit seinen Nachbarstädten Stralsund, Anklam und Demmin zu einem Landfriedensbündnis zusammen, um den pommerschen Herzögen die Macht zu erhalten. Mit Hilfe des dänischen Königs konnten die Mecklenburger abgewiesen werden. Das gleiche Städtebündnis wurde erneut geschlossen, als es galt, sich am Ende des 14. Jahrhunderts vor Seeräubern und Raubrittern zu schützen. Als es um 1390 zwischen Pommern und dem Deutschen Orden zu Streitigkeiten kam, die auch die Beziehungen zu Polen beeinträchtigten, räumte Greifswald den polnischen Kaufleuten Verkehrsprivilegien ein, um den Handel mit ihnen aufrechtzuerhalten. 1452, mit der Verleihung der "Goldenen Privilegien" durch den Pommernherzog Wartislaw IX., erhielt Greifswald weitreichende Handelsrechte, die der Stadt zu wirtschaftlicher Macht und Wohlstand verhalfen.