1943 und 1944 kommandierte Giffen Schlachtschiff- und Kreuzerverbände im Pazifik, er nahm an den späteren Gefechten um Guadalcanal sowie den Schlachten um die Gilbert- und Marshallinseln. Im Mai 1944 wurde Giffen zum Vizeadmiral befördert und wurde Befehlshaber des 10. Marinedistrikts in der Karibik. Ab August 1945 war er Oberbefehlshaber aller Versorgungseinheiten der Atlantikflotte. Anfang September 1946 zog sich Vizeadmiral Robert C. Giffen aus dem aktiven Dienst zurück. Er starb am 10. Dezember 1962 in Annapolis, Maryland.