Mientras cubría la retirada de los franceses tras la derrota en la batalla de Novi, Grouchy recibió catorce heridas y fue hecho prisionero. Al ser liberado volvió a Francia. A pesar de haber protestado entonces contra el golpe de Estado de 18 de Brumario, fue empleado de nuevo por el Primer Cónsul, logrando una destacada actuación en Hohenlinden. No tardó mucho en aceptar el nuevo régimen de gobierno de Francia, y desde 1801 en adelante fue empleado por Napoleón en posiciones militares y políticas de importancia. Sirvió en Austria en 1805, Prusia en 1806, Polonia en 1807, España en 1808 y comandó la caballería del ejército de Italia en 1809 durante el avance de Eugène de Beauharnais hacia Viena.