Consideraba crucial mantener la amistad de la URSS pero le consternó el veto que impusieron a los países orientales con respecto a su posible participación en el Plan Marshall. En febrero de 1948 la mayoría de los ministros del gobierno no comunistas dimitieron, esperando forzar nuevas elecciones. Sin embargo, la respuesta se limitó a la formación de un nuevo gobierno bajo Gottwald, en lo que pasó a ser conocido como el Golpe de Praga (o "febrero victorioso" en el bloque del Este). Masaryk siguió como Ministro de Exteriores y principal ministro no comunista o compañero de ruta. Sin embargo, tenía dudas con respecto a su decisión y puede que lamentase no haberse opuesto al golpe comunista con algún discurso en la radio checa, donde era una celebridad.