Форт був побудований після Англо-американської війни як одне з укріплень для захисту гавані одного з найважливіших в той час портів в Сполучених штатах. Форт Самтер ставився до фортів «Третьої системи» яка була розроблена після війни 1812 року і був названий на честь генерала Томаса Самтера героя війни за незалежність. Будівництво почалося 1827 року, але йшло повільними темпами і форт не був повністю завершений до 1861 року, коли опинився на території Конфедеративних Штатів Америки.