Накануне ввода советских войск в Баку в ночь на 20 января 1990 года, повлёкшего за собой гибель более сотни жителей города, Эльмира Кафарова находилась в Москве. Решение о введении чрезвычайного положения в Азербайджане было принято Президиумом Верховного Советом республики в её отсутствие и позже было охарактеризовано как «незаконное». На следующий день после трагедии Эльмира Кафарова оказалась единственным представителем власти, как на союзном, так и на республиканском уровне, кто обратился к народу в связи со случившимся и выступил с осуждением действий союзного руководства. Несмотря на это, в 1994 году имя Кафаровой упоминалось в числе виновников январской трагедии, как не сумевшей обеспечить безопасность населения, однако уголовное дело возбуждено не было в связи с её кончиной.