Federer zet zich in voor verschillende goede doelen. Zo heeft hij in 2003 de "Roger Federer Foundation" opgericht met als doel projecten voor minderbedeelde kinderen te financieren in Zuid-Afrika, het land waar zijn moeder opgroeide. In 2005 zette hij zich in voor het VN-jaar voor de sport. Na de tsunami van 2004 heeft hij diverse tennisevenementen georganiseerd om geld voor de slachtoffers in te zamelen. Sinds 2006 is hij ook Goodwill Ambassador van UNICEF, waarvoor hij in datzelfde jaar de slachtoffers van de tsunami in het Indische Tamil Nadu bezocht. In januari 2010 organiseerde Federer een benefiettoernooi in Melbourne om geld op te halen voor slachtoffers van de aardbeving in Haïti.