Do historie se most zapsal ještě jednou, a to velmi tragicky: právě zde se v roce 1992 odehrávala nejhorší zvěrstva spáchaná Srby na Muslimech (Bošnjacích) během bosenské, resp. jugoslávské války v rámci etnických čistek. Na jaře a v létě roku 1992 byli na most naháněni bosňanští obyvatelé Višegradu. Přímo na mostě byli vražděni a jejich těla byla házena do řeky Driny. Mrtvých bylo tolik, že si ředitel vodní elektrárny Bajina Basta, ležící níže po proudu řeky, stěžoval a žádal, aby přísun mrtvol byl omezen, protože těla ucpávají propustě v přehradě a zaměstnanci vodního díla je nestačí odstraňovat. Ačkoliv most je mimořádnou památkou muslimské architektury na Balkáně, po skončení jugoslávských válek žije na obou stranách mostu pouze pravoslavné obyvatelstvo.