Unul dintre episoadele cele mai dramatice la bordul Air Force One s-a întâmplat în timpul atacurilor din 11 septembrie. Președintele George W. Bush a fost reținut la sol la Emma E. Booker Elementary School din Sarasota, Florida, după atacul de la World Trade Center din New York. A zburat cu un VC-25 de la Sarasota-Bradenton International Airport la Barksdale Air Force Base în Louisiana și apoi la Offutt Air Force Base în Nebraska înainte de a reveni la Washington. În ziua următoare, oficialii de la Casa Albă și Departamentul de Justiție au explicat că președintele Bush a făcut acest lucru, deoarece au a fost informații specifice și credibile că Air Force One și Casa Albă erau, de asemenea, țintele teroriștilor. Investigațiile ulterioare au arătat că motivul ar fi fost o problemă de comunicare.