Církev bratrská, podobně jako 16 dalších církví a náboženských společností v České republice, žádá o navrácení naturálního majetku a jiných hmotných statků, které si nárokuje v rámci procesu oddělení církví od státu známý jako sekularizace (viz Církevní restituce v České republice). Církev bratrská odhaduje, že její majetek k 25. 2. 1948 měl hodnotu přes 761 milionů Kč. Případná vlastnická práva bude muset jednotlivě prokazovat.