Yagul was vir die eerste keer tydens die Middel- tot Laat Voor-Klassieke tydperk (950–100 v.C.) bevolk en tydens die Klassieke tydperk (500–700 n.C.) is residensiële, burgerlike en seremoniële strukture op dié terrein opgerig. Die meeste sigbare oorblyfsels dater egter van die Postklassieke tydperk (1250–1521), toe dié terrein as hoofstad van 'n stadstaat ("altépetl") gedien het. Uitgebreide Voor-Klassieke begrafnisse is op Yagul uitgegrawe, vergesel met keramiek-figuur-vaartuie wat die toenemende invloed van Monte Albán op die plaaslike elite aandui. Tydens die Laat-Klassieke tydperk, onmiddelik voor die Spaanse verowering van die Asteekse Ryk (1521–1523), het Yagul 'n bevolking van sowat 6 000 gehad. Ná die Spaanse verowering is die bevolking na die nabygeleë moderne dorpie Tlacolula de Matamoros verhuis waar hul nasate tot vandag toe bly.