Рио открыл сезон 2011/12 участием в манчестерском дерби в рамках Суперкубка Англии. Он, как и Видич, был заменён в перерыве при счёте 0:2 в пользу «Манчестер Сити». Во втором тайме «Юнайтед» забил три гола и одержал волевую победу, сохранив трофей у себя ещё на год. Фердинанд провёл большую часть сезона без травм, оставаясь, несмотря на не слишком удачную игру в Суперкубке, футболистом стартового состава. После травмы Неманьи Видича (декабрь 2011 года), которая вынудила серба пропустить половину сезона, партнёром Рио по центру обороны стал Джонни Эванс. Их выступление в паре высоко оценил сэр Алекс Фергюсон. «Манчестер Юнайтед» до последних минут сезона претендовал на чемпионский кубок Премьер-лиги и даже лидировал с отрывом от второго места в 8 очков, но в итоге уступил трофей «Сити» из-за худшей разницы забитых и пропущенных мячей при равенстве очков. В еврокубках манкунианцы не смогли повторить успехи последних лет, не выйдя из группы Лиги чемпионов и вылетев из Лиги Европы на ранней стадии плей-офф.