Zemplénin tasankojen ja vuorten kohtaamispaikan koskematon ja monimuotoinen luonnonympäristö on suotuisaa elinaluetta myös niitty-, vesi- ja metsälinnuille. Täällä pesivät säännöllisesti mustat tikat, eurooppalaiset vihreät tikat, lehtopöllöt, mutta myös pyyt ja mustahaikarat, purolaaksot tarjoavat pesimäalueita uhanalaiselle koskikaralle. Zemplénin kukkulat tukevat suurta petolintukantaa ja suojeltavista lihansyöjälinnuista aavikkohaukka, huuhkaja, keisari- ja maakotkat munivat ja hautovat näiden vuoristojen erämetsissä. Joidenkin pesäpaikkaprojektien ansiosta Zemplén pitää yllä myös Unkarin suurinta viirupöllökantaa. Peipot, eurooppalaiset viherpeipot, monet tunnetummat tiaiset (talitiainen, viitatiainen ja sinitiainen), tiklit ja kangaskiurut ovat näissä metsissä asuvia laululintuja. Kesän viettävät täällä valkoiset västäräkit, tervapääskyt, haarapääskyt, räystäspääskyt ja kuhankeittäjät, talvella täältä löytyy kalliokiipijä, sepelrastas, punakylkirastas ja räkättirastas sekä tiaisista kuusi- ja töyhtötiainen. Lintulajiensa poikkeuksellisen monipuolisuudesta johtuvasti alue on sisällytetty niin sanottuun Ramsar-luetteloon (kts. Ramsarin sopimus) kansainvälisesti merkittävänä kosteikkona.