Para la temporada 1989-90, con diecinueve años, fue cedido al Hellas Verona, donde jugó como titular y alcanzó 29 presencias. Aunque al final de la temporada el Verona no logró mantener la categoría y retrocedió a la Serie B, Peruzzi declaró años más tarde: «Fue una temporada fundamental, sobre todo para mi crecimiento». En la temporada 1990-91 volvió a la Roma, esta vez como titular. Sin embargo, después de transcurridas tres fechas, fue protagonista junto a Andrea Carnevale de un caso de dopaje, dando positivo en fentermina (un supresor del apetito), razón por la cual recibió una suspensión por un año.