Гедеон не долго пробыл инспектором и 19 апреля 1838 года был уволен от училищной службы и назначен настоятелем Пожайский Успенский мужской монастырь (близ Ковно), только что отобранного у замешанных в польском мятеже католических монахов и преобразованного в православный монастырь. Филарет и тут не замедлил ободрить и утешить Гедеона. «"Скажите отцу Гедеону"», — писал митрополит Филарету Гумилевскому, — «"что он назначен настоятелем Пожайского монастыря. Мне жаль, что далеко и что служба особого рода, но такой жребий послал ему Бог. А чтобы он принял сие назначение в истинном его значении, скажите ему, что... Государь Император обращает на сей монастырь особенное внимание и прошедшим летом был в нем, что посему Св. Синод искал на сие место человека, на которого можно было бы положиться. Итак, назначение Св. Синода есть выражение доброго мнения о назначенном... Поэтому я искренно советую ему идти в назначенное место благодушно, стараться оправдать доверие начальства верным и незамедлительным действованием к устройству обители и быть уверену, что начальство будет к нему внимательно и милостиво. В содержании затруднения опасаться нет причин: кроме повышенных окладов, монастырь имеет значительные неокладные доходы"».