В составе национальной сборной Югославии Стоякович становился чемпионом мира в 2002 году и чемпионом Европы в 2001 году. В 1999 году он выигрывал бронзовую медаль чемпионата Европы. В 2001 году Предраг был признан самым ценным игроком чемпионата Европы, в 2002 — вошёл в символическую сборную чемпионата мира. В 2000 году принимал участие в Олимпийских играх в Сиднее.