No início do , depois da perseguição de Diocleciano e da controvérsia donatista que surgiu depois, Constantino convocou concílios de bispos cristãos para definir uma fé "ortodoxa" ou correta, ampliando o que já estava estabelecido pelos concílios anteriores. Diversos deles foram realizados durante os séculos IV e V, provocando disputas e cismas, incluindo o cisma ariano, o cisma nestoriano e o cisma miafisita. No , o Império Romano do Ocidente ruiu, Roma foi saqueada por duas vezes, em 410 e 455 e Rômulo Augusto, o último imperador romano do ocidente, foi forçado por Odoacro a abdicar em 476. Porém, com exceção das deserções já citadas no oriente, a igreja permaneceu viva como instituição na forma da comunhão, tensa, entre o ocidente e o oriente. No , Justiniano I recuperou a Itália e outras partes do Mediterrâneo, o que levou a ainda outro saque a Roma, em 546. O império logo perdeu todas estas conquistas, mas manteve Roma, incorporada ao Exarcado de Ravena, até 751. As conquistas muçulmanas do iniciariam um processo de conversão da maior parte do mundo cristão na Ásia ocidental e no norte da África ao islamismo, enfraquecendo muito tanto o Império Bizantino quanto sua igreja. A atividade missionária liderada a partir de Constantinopla não levou a uma expansão significativa do poder da igreja estatal imperial, pois as regiões fora do controle político e militar do império criaram suas próprias igrejas estatais, como foi o caso da Igreja Búlgara em 919.