В 1796 году вернулся на родину и был избран депутатом в Совет пятисот, где примкнул к большинству, вступившему в борьбу со всем оставшимся от времён террора. В своих речах Жордан настаивал на возвращении прав священнослужителям, на восстановлении католического богослужения и употребления колоколов. 18 фрюктидора он был арестован, но бежал в Германию, где познакомился с лучшими представителями немецкой науки и литературы. Возвратясь на родину (1800) Жордан обратил на себя внимание Бонапарта, который попытался перетянуть его на свою сторону, но безуспешно.