L'ocupació alemanya d'Estònia durarà 9 mesos fins a la derrota de l'Imperi alemany el novembre de 1918. Els germano-bàltics reprenen el poder de la regió sota la tutela de les autoritats militars alemanyes i anul·len totes les mesures preses a favor dels estonians des del començament de la revolució. Aproximadament bolxevics i nacionalistes estonians són executats, entre els quals sens dubte Vilms. El país és saquejat pel nou ocupant a qui li manca de tot. El sistema educatiu és germanitzat i l'ensenyament a la universitat de Tartu, que ha estat reoberta, es fa d'ara endavant de nou en alemany. Els dirigents germanòfons creen l'abril un Consell Nacional ("Landesrat") que representa les tres províncies bàltiques, i que està sobretot compost de 35 representants germano-bàltics (per a les 3 regions) i de 13 representants estonians. El Consell proposa a l'emperador Guillem II de Prússia de crear un gran ducat bàltic (Baltikum). Els dirigents alemanys, que han pres altres compromisos en el marc del tractat de pau amb Rússia i que tenen una confiança limitada en els dirigents locals, no donen el seu vistiplau fins al setembre després d'haver renegociat la cessió del conjunt dels països bàltics pels russos: la creació del Baltikum és proclamada el novembre, en el mateix moment que l'Imperi alemany s'esfondra. Durant aquest període, els dirigents estonians, que han passat a la clandestinitat, s'han posat en contacte amb els dirigents d'Itàlia, França i el Regne Unit, que accepten reconèixer el principi d'una independència d'Estònia. L'11 de novembre, mentre els alemanys vençuts sobre el front occidental deposen les armes, el govern provisional estonià surt de la clandestinitat i Päts, que ha estat alliberat, es posa al capdavant. El 21 de novembre els ocupants alemanys li remeten oficialment el poder quan el règim imperial allemany s'esfondra.