«Leave Me Alone» recibió reseñas positivas de los críticos de la música. Stephen Thomas Erlewine de Allmusic sintió que la canción era la mejor en "Bad", y comentó: «¿Por qué todas sus mejores canciones son himnos paranoicos?». Steve Morse, un escritor de "The Boston Globe", la describió como una «parodia» de la enemistad de Jackson con los «tabloides llenos de "paparazi"». Jon Parales de "The New York Times" comentó que «Leave Me Alone» tenía un «mensaje inequívoco». Después de su muerte en junio de 2009, "Rolling Stone" la listó como uno de las obras más monumentales de Jackson, y la composición de la canción recibió los elogios en general.