Von diesem Moment an stand Thévenard, genannt „l'Ancêtre“, als ältester der Vizeadmirale an der Spitze der Marine. Anschließend befehligte er den Hafen von Rochefort im Jahr 1796, ab 1798 war er provisorischer Befehlshaber in Toulon, um den Konteradmiral Jean Gaspard de Vence (1747–1808) zu ersetzen, der die Flotte, mit der Napoleon zu seiner Ägyptenexpedition aufbrach, zu kommandieren.