Miguel Borja dispute la Coupe du monde des moins de 20 ans de 2013 en Turquie, jouant un total de deux matchs. Il dispute également le Tournoi de Toulon. Il fait partie de la liste des 18 joueurs colombiens sélectionnés pour disputer les Jeux olympiques d'été de 2016. Lors du tournoi, il dispute trois rencontres.