Benbow est ensuite nommé commandant du port de Chatham Dockyard. Avant d'être transféré à celui de Deptford début , un poste qu'il occupe par intermittence pendant les six années qui suivent. Il commande le HMS "Sovereign" à l'été 1690, sous les ordres de son ancien commandant Arthur Herbert, devenu depuis Lord Torrington. Il est désigné "master of the fleet", et c'est en cette qualité qu'il prend part à la défaite anglaise lors de la Bataille de "Beachy Head". Après cette défaite, une Royal Commission se réunit afin de déterminer les circonstances à l'origine de ce revers. Benbow était alors considéré comme un spécialiste aussi bien de la navigation que du pilotage et la déposition qu'il fournit en lors de l'enquête préliminaire exonère en grande partie son ancien commandant, Torrington. Cependant, il ne témoignera pas pendant le procès de Torrington devant la cour martiale en décembre de la même année.