И в Балканските войни Мишич също така е помощник на началника на щаба на върховното командване генерал Путник и е негова дясна ръка. Непосредствено участва в планирането и ръководенето на операциите против османската Вардарска армия, заради което след Кумановската битка е произведен в чин генерал. Особено изпъква с правилната преценка на ситуацията в първия ден на Брегалнишката битка, когато сръбското върховно командване в Скопие разглежда въпроса на коя линия да приеме битката. Приемането на неговото предложение има важно влияние на по-нататъшното развитие и краен изход на това ключово сражение от Междусъюзническата война. След края на войната е втори път пенсиониран.