Dans la Coupe du monde, il enregistre son premier top dix à Pokljuka durant la saison 1994-1995, avec une septième place sur l'individuel, peu avant de se classer troisième au relais de Ruhpolding. Il prend part ensuite aux Championnats du monde à Antholz, où il est notamment de l'individuel. En 1996, avec une cinquième place à Brezno, il réalise sa meilleure performance individuelle en Coupe du monde. C'est de nouveau à Ruhpolding, qu'il monte sur un podium en Coupe du monde en 1997, remportant cette fois une victoire sur la course par équipes. Neuner prend part aux Jeux olympiques de Nagano en 1998, où il est du sprint et onzième du relais. Il parvient en 2000 à obtenir une septième place à Oberhof dans un sprint, son dernier résultat significatif en biathlon, dont il est actif jusqu'en 2001.