Anfangs widmete sich Jakuntschikowa der Landschaftsmalerei und der Darstellung der Natur. Im Sommer 1888 entstand in Schukowka, wo die Polenows lebten, die Studie "Das Boot auf der Kljasma". Im Herbst 1888 reiste sie mit ihrer Familie in Westeuropa. Während der Reise starb ihre jüngste Schwester Jelena (1882–1888) in Italien. Im Winter 1888 stellten Ärzte bei Jakuntschikowa Tuberkulose fest und empfahlen eine Klimaänderung. Sie verzichtete auf die Fortsetzung des Studiums in Moskau und begab sich zur Behandlung nach Wien, Italien und Biarritz. Im Sommer 1889 kehrte sie nach Moskau zurück und fuhr im Herbst mit der Familie zur Weltausstellung Paris 1889. Dort studierte sie dann an der Académie Julian bei William Adolphe Bouguereau und Tony Robert-Fleury. Die Sommer verbrachte sie in Russland. Sie arbeitete auf den Landgütern ihres Vaters Wwedenskoje bei Swenigorod, wo sie das Herrenhaus besonders liebte, und Tscherjomuschki-Snamenskoje am Rande Moskaus sowie in Abramzewo. Ihr Wandbild "Das Schweigen" befindet sich dort am Eingang des Museums.