Ensimmäisellä Panathinaikos-kaudellaan Gkékas jatkoi siitä mihin Kallitheassa jäi ja voitti liigan maalipörssin 17 maalilla. Maaliskuussa 2005 Gkékas teki debyyttinsä Kreikan maajoukkueessa MM-karsintaottelussa Albaniaa vastaan. Kreikka voitti ottelun 2–0. Ennen maajoukkue-esiintymistään Gkékas ei ollut koskaan aiemmin edustanut Kreikkaa edes nuorten maaotteluissa. Gkékas kuului myös Kreikan joukkueeseen vuoden 2005 Confederations Cupissa. Kaudella 2005–2006 larissalainen sai kokemusta eurocup-peleistä, kun Panathinaikos pelasi mestarien liigassa.