2007-08 के सत्र के लिए, बेयर्न के पुनर्निर्माण में मदद करने के लिए कठोर दस्ते परिवर्तन किए। वे आठ नए खिलाड़ियों की कुल हस्ताक्षर किए और, बेचा जारी या उनके खिलाड़ियों में से नौ बाहर उधार दिया था। पूर्व जर्मनी के कोच जुरगेन क्लिन्स्मन्न् बेयर्न का नया कोच बनाया गया, लेकिन टीम पिच पर खराब प्रदर्शन किया। जल्द ही जुरगेन क्लिन्स्मन्न् खराब प्रदर्शन के लिए अपनी नौकरी से निकाल दिया गया था। बेयर्न भी यूईएफए चैंपियंस लीग के फाइनल तक पहुँच लेकिन तिहरा को पूरा करने के लिए पहले जर्मन क्लब बनने में नाकाम रहने, इंटरनेजियोनल से 2-0 से पीटा गया।