Le , la flotte française, forte de 55 navires de guerre et 280 transports, quitte le port de Toulon principalement, mais aussi ceux de Marseille, Gênes et Civitavecchia, embarquant une armée de hommes commandée par le général Bonaparte, ainsi que quelques dizaines de scientifiques et administrateurs. Elle traverse la mer Méditerranée échappant presque miraculeusement à la flotte britannique de l'amiral Nelson. Le 6 juin, elle se retrouve devant Malte qui tombe sans coup férir. Le 2 juillet, elle est à Alexandrie qui est enlevée d'assaut. L'armée se dirige vers Le Caire et remporte une victoire sur les Mamelouks au pied des Pyramides le 21 juillet. Deux jours plus tard, Bonaparte entre au Caire. Pendant ce temps, Nelson a appris la destination prise par la flotte française. Le août il surprend les navires de guerre français près d'Aboukir, trop gros pour entrer dans le port d'Alexandrie et alignés au mouillage selon les ordres du vice-amiral Brueys. Sur 13 vaisseaux de lignes et 4 frégates, seuls 2 vaisseaux et deux frégates parviendront à s'échapper. La Grande-Bretagne est définitivement maîtresse de la mer Méditerranée tandis que Bonaparte et son armée se retrouvent isolés en Égypte. Pour se dégager, ce dernier conçoit alors la glorieuse (victoires à Gaza, à Jaffa et au Mont Thabor, prises de Tyr, de Nazareth…), éprouvante (absence de ravitaillement suffisant ; près d'un millier de morts de la peste) et finalement vaine campagne en Terre sainte ; échouant à faire tomber Saint-Jean d'Acre malgré un siège du 20 mars au , ravitaillé et soutenu par la flotte anglaise.