Von 2006 bis 2012 spielte Huỳnh für die vietnamesische Nationalmannschaft, mit der er unter anderem an der Asienmeisterschaft 2007 teilnahm, bei der Vietnam als Co-Gastgeber fungierte. Er erreichte mit der Mannschaft das Viertelfinale, wo sie dem Irak mit 0:2 unterlagen. Ein Jahr später gewann Huỳnh mit Vietnam durch ein 3:2 im Finale gegen Thailand die Südostasienmeisterschaft 2008.