По некоторым сведениям, Роберт также имел отношение к гибели 10 февраля 1567 года лорда Дарнли, опостылевшего мужа королевы. В дальнейшем Роберт Бойд состоял в Тайном совете Марии Стюарт, был среди оппозиционеров графа Морея, регента Шотландии после её отречения, а в 1568 году, после бегства королевы из замка Лохлевен, сражался на её стороне в битве при Лангсайде (вместе с сыном Томасом Бойдом). Потерпев поражение, Мария Стюарт бежала в Англию, и Роберт Бойд неоднократно навещал её при дворе Елизаветы I.