Тренер Альфио Басиле вызвал Месси на Кубок Америки 2007 года. На турнире Лионель действовал в атакующем ключе, ближе к острию атаки, где играл Карлос Тевес. В матче с Колумбией он заработал пенальти (победа 4:2). В 1/8 финала против Парагвая он отдал голевую передачу, а в следующих стадиях забивал Перу (4:0) и Мексике (3:0) соответственно. Четвертьфинальный гол команде Перу, забитый, когда Месси увидел опрометчивый рывок голкипера вперёд и технично перекинул вратаря с угла штрафной, признали лучшим голом турнира. Учитывая временами неуверенное продвижение бразильцев по турнирной сетке, «альбиселесте» рассматривались в финале как фавориты. Однако сборная Бразилии, несмотря на отсутствие ключевых игроков, сыграла грамотно и дисциплинированно, одержав победу со счётом 3:0. Месси на турнире провёл все шесть игр и забил два гола, а также был признан лучшим молодым игроком турнира.