Ernst Jakob Christoffel wurde als Sohn einer Handwerksfamilie in Rheydt am Niederrhein geboren. Nach seinem Theologiestudium an der Predigerschule Basel fuhr er 1904 als Missionar in den Orient. In Sebaste (heute Sivas), einer Stadt im Nordosten der Türkei, übernahm er mit seiner Schwester Hedwig die Leitung zweier Waisenhäuser des Schweizer Hilfskomitees für Armenien. Dort blieben und leiteten sie drei Jahre lang diese Einrichtungen für Opfer der Massaker von 1894 und 1896.