Плагге был призван на службу в вермахт в качестве капитана запаса в начале Второй мировой войны и в это же время прекратил платить членские взносы нацистской партии. Служа первоначально в Польше после немецкого вторжения, он стал свидетелем злодеяний, которые заставили его принять решение «работать против нацистов». В 1941 году Плагге был назначен командующим инженерным подразделением "Heereskraftfahrpark 562" (подразделение технического обслуживания транспортных средств 562 или HKP 562; буквально "«Армейский автомобильный парк»"), которое обслуживало и ремонтировало военную технику. В начале июля 1941 года, после немецкого вторжения в Советский Союз, HKP 562 был развёрнут в Вильнюсе.