Avant de commencer la saison 2005-2006, le capitaine vétéran, Michael Finley, a été limogé, laissant Nowitzki comme le dernier joueur restant du trio du début des années 2000. Nowitzki a obtenu une moyenne de 26,6 points, 9,0 rebonds et 2,8 passes décisives pendant la saison. Non seulement c’était sa troisième saison à plus de 2000 points, mais sa moyenne de 26,6 points était la plus élevée jamais enregistrée par un européen. Il a amélioré son pourcentage de tirs, établissant des records personnels de la saison au niveau des tirs (48,0%), les tirs à trois points (40,6%) et les lancers francs (90,1%). Pendant le All-Star Weekend 2006 à Houston, Nowitzki a marqué 18 points pour vaincre Ray Allen et Gilbert Arenas dans le concours à trois points.