公国は1803年にフランス軍に占領されたが、1805年にフランス軍はオーストリアに対する遠征に参加するためザクセン＝ラウエンブルクを離れた。イギリス、スウェーデン、ロシアは1805年の秋、第三次対仏大同盟戦争の初期にザクセン＝ラウエンブルクを占領した（1806年まで）。1806年の初頭には、プロイセン王国がフランスよりザクセン＝ラウエンブルク公国の領有権を譲られる形で同公国を占領支配した。しかしプロイセンは1806年8月6日の神聖ローマ帝国解体により、ブランデンブルク選帝侯の称号を失ったことに反発し、第四次対仏大同盟に加わってフランスに敵対した。フランスは1806年11月にイエナ・アウエルシュタットの戦いでプロイセンに勝利すると、ザクセン＝ラウエンブルクを再占領した。