W reprezentacji Kanady Jamie Lowery zadebiutował 29 stycznia 1985 roku w zremisowanym 0:0 towarzyskim meczu z Paragwajem w Vancouver. W tym samym roku został powołany przez selekcjonera Tony'ego Waitersa do kadry na Mistrzostwa Świata. Tam był rezerwowym zawodnikiem i wystąpił w tylko w meczu z Francją. W 1991 wystąpił w pierwszej edycji Złotego Pucharu CONCACAF, na którym Kanada odpadła w fazie grupowej. Podczas tego turnieju 30 czerwca 1991 w przegranym 1-3 meczu z Meksykiem w Los Angeles Lowery wystąpił ostatni raz w reprezentacji. W latach 1986-1991 rozegrał w kadrze narodowej 20 meczów i strzelił jedną bramkę.