Sin dal medioevo le isole Ertholmene erano utilizzate come riparo dai pescatori provenienti da Bornholm; all'epoca le due isole maggiori erano note come "Kierkeholmen" (per Christiansø) e "Boeholmen" (per Frederiksø). La prima abitazione permanente risale al XVII secolo, ai tempi delle guerre dano-svedesi, quando la Danimarca cercò di potenziare il controllo nel Baltico centrale con la costruzione di una base navale. La scelta cadde su Christiansø, dove fu costruito un forte, seguita da Frederiksø, dove ne fu costruito un secondo nel 1684 che servì come avamposto della marina danese fino al 1855.