Покойный муж Маргариты в завещании распорядился выплатить своей вдове двести тысяч дукатов единовременно и ежегодно платить ей по четыре тысячи дукатов. 20 декабря 1597 года вдовствующая герцогиня покинула Феррару и вернулась в Мантую. В пути её сопровождала свита, посланная братом, в то время уже бывшим герцогом Мантуи и Монферрато. При дворе Винченцо I она носила титул «Светлейшая госпожа Феррары». Здесь вдовствующая герцогиня нашла применение своим политическим талантам. Так, в июне 1601 года Винченцо I назначил сестру правительницей Монферрато, перед тем, как отправиться на войну с Османской империей в Венгрии. В это время, действуя от имени брата, она начала тайные переговоры о браке наследного принца Франческо и принцессы Маргариты, старшей дочери савойского герцога Карла Эммануила; брак был заключён в 1608 году. В конце 1601 года Маргарита вернулась в Мантую. С июня по октябрь 1602 года она снова исполняла обязанности правительницы Монферрато.