Le , Lester lance un match complet d'un seul coup sûr face aux Blue Jays de Toronto. Il perd un match parfait après deux retraits en lorsqu'il accorde un coup sûr à Maicer Izturis. Avec 15 gains contre 8 revers, il est le meneur des Red Sox pour les victoires en 2013. Il maintient une moyenne de points mérités de 3,75 en 213 manches et un tiers lancées lors de 33 départs et ajoute 177 retraits sur des prises. Il lance plus de 200 manches en une année pour la de sa carrière. Lester savoure la conquête d'un second titre lorsque Boston remporte la Série mondiale 2013 sur Saint-Louis. Il effectue cinq départs dans les séries éliminatoires et gagne 4 matchs contre une défaite. Il se montre excellent tout au cours du parcours des Sox en matchs d'après-saison avec une moyenne de points mérités de 1,56. En Série mondiale, il n'accorde qu'un point mérité pour une moyenne de seulement 0,59 et enregistre 15 retraits sur des prises en 15 manches et un tiers. Il est le lanceur gagnant des matchs 1 et 5 de la série finale, qui se conclut après 6 rencontres.