Nach dem Krieg wurde er am 8. Oktober 1797 zum Premierleutnant befördert und stieg am 30. März 1803 zum Stabskapitän auf. Im Vierten Koalitionskrieg wurde Stockhausen 1806 nach der Kapitulation des Korps „Blücher“ bei Lübeck inaktiv gestellt. Nach dem Krieg erhielt er am 21. September 1807 seinen Abschied als Major. Angebote in die Westphälische Armee zu gehen lehnte Stockhausen ab. Er zog nach Heidelberg, wo er aber schwer erkrankte.