Nell'estate del 2000 viene ceduto al Napoli per ben 18 miliardi di lire, ma in una stagione nefasta per i partenopei, che retrocedono in Serie B, lo svizzero, anche a causa di problemi fisici, disattende le aspettative, siglando appena un gol in 16 presenze nel campionato di Serie A 2000-2001 e patendo sotto l'aspetto tattico il cambio di allenatore da Zdeněk Zeman a Emiliano Mondonico, avvenuto dopo due sole giornate di campionato. Nelle tre annate successive gioca in Serie B con il club napoletano, collezionando 59 presenze e 3 gol.