Tras derrotar a Early, Custer y Sheridan volvieron a las líneas del ejército de la Unión, que asediaba la ciudad de Petersburg, pasando allí el invierno siguiente. En abril de 1865, las líneas confederadas se desmoronaron finalmente, y Robert E. Lee comenzó a retirarse hacia el juzgado de Appomattox, perseguido por la caballería nordista. Custer se distinguió durante sus acciones en la batalla de Waynesboro, la batalla de Dinwiddie y la batalla de Five Forks. Su división bloqueó la retirada de Lee durante su última jornada y recibió personalmente la bandera de la tregua de las fuerzas confederadas. Finalmente, Custer estuvo presente en la ceremonia de rendición en el juzgado de Appomatox, y la mesa sobre la que se firmó el documento le fue regalada personalmente como una recompensa por su papel durante la guerra. Antes del fin de la guerra Custer fue ascendido a general de brigada y mayor general del ejército regular (13 de marzo de 1865) y mayor general del ejército de voluntarios (15 de abril de 1865). Como la mayoría de los ascensos concedidos en tiempo de guerra —incluso en ejércitos regulares—, estos ascensos mayores fueron solo temporales.