Im Mai 1942 war die "Indomitable" zusammen mit der zusätzlich nach Reparatur neu eingetroffenen "Illustrious" an der Landung auf der zu Vichy-Frankreich gehörenden Insel Madagaskar (Operation Ironclad) beteiligt. Damit befanden sich drei der vier modernen Träger der Royal Navy im Indischen Ozean. Am 8. Mai wurde "Indomitable" vom französischen U-Boot "Monge" angegriffen, das U-Boot wurde aber von den Begleit-Zerstörern "Active" und "Panther" versenkt.