Estonské námořnictvo bylo vytvořeno po vyhlášení nezávislosti estonské republiky roku 1918. Jako den vzniku námořnictva se slaví 21. listopad. Zapojilo se do estonské osvobozenecké války. Jádro námořnictva tvořily torpédoborce "Lennuk" (ex "Avtroil") a "Wambola" (ex "Spartak"), Brity zajatá plavidla ruského carského námořnictva. Roku 1933 byly prodány do Peru. Dále tři dělové čluny "Lembit" (ex "Liber", ex "Bobr", rozebrán 1924), "Laine" (ex "Sputnik", potopen 1941) a "Wanemunde" (ex "Imperator", potopen 1941), torpédový člun "Sulev" (ex A32) a minonosky "Ristma" (ex "Apostol Pjotr", rozebrána 1960) a "Suurop" (ex "Apostol Pavel", potopena 1941). Významnou posilou byly, ve Velké Británii postavené, dvě střední minonosné ponorky třídy "Kalev". Roku 1939 byl ve stavbě také dělový člun "Pikker". Roku 1940 byla země okupována Sovětským svazem, její námořnictvo zaniklo a válečné lodě převzalo sovětské námořnictvo. Za druhé světové války byla jejich značná část potopena.