У мају 1875. године након премештања митрополита Прокопија II из Мостара у Мелник, у Македонију, именован је на трон Херцеговачке митрополије. У Херцеговину је стигао 29. јула (10. августа) исте године. Политичке прилике у Херцеговини, уочи његовог доласка биле су веома сложене. Године 1875. у јулу месецу, букнуо је устанак хришћана у Херцеговини, који је имао антитурски и антифеудални карактер. Митрополит Игњатије је допутовао 29. јула (10. августа) 1875. у Мостар, преко Дубровника, а група побуњених римокатолика је напала њега и његову пратњу код Неума. Побуњени народ је сматрао да турске власти шаљу митрополита у Херцеговину, како би својим ауторитетом утицао на смиривање устанка. Митрополит Игњатије је само случајно преживео овај напад. Херцеговачки устанак (1875-1878) дошао је као неминовност, као последица дугогодишњег социјалног, економског и верског исцрпљивања хришћанске раје. Од августа 1875. године Херцеговина је била у пламену. Херцеговачке чете потпомогнуте црногорским и бокељским добровољцима успешно су ратовале против турске војске. У новембру 1875. турска влада је покушала да смири устанак, посредством митрополита Игњатија. Турске власти су искористиле положај митрополита, који је под њиховим утицајем написао две посланице, једну свештенству, а другу православном народу у Херцеговини.