第二次世界大戦が勃発した後、1941年にパルマッハが創設される際にはイツハク・サデーに協力して創設メンバーとなった。サデーによれば、1942年の春頃から11月の第二次エル・アラメイン会戦でイギリス軍がドイツ軍に勝利するまでの、後に""と呼ばれた時期に、アヴィダンは"ドイツ小隊"と呼ばれる部隊を創設して指揮官となった。この部隊はアヴィダンをはじめとするドイツ出身のユダヤ人戦闘員で構成されており、ドイツ語やドイツ人の生活習慣に精通している事を利用してドイツ・アフリカ軍団の戦線後方に潜入して情報収集や妨害工作、ゲリラ戦を行った。エル・アラメイン戦でイギリス軍が勝利しパレスチナ地域への脅威が無くなった後、ドイツ小隊も組織としての活動（ゲリラ戦等）はなくなったが、アヴィダンは引き続き、パルマッハの要員にドイツ語を教えるなどの職務に就いた。