Kun Mississippin osavaltio erosi unionista juuri ennen sisällissodan alkua, Barksdale erosi kongressista tullakseen adjutanttikenraaliksi ja sitten majoitusmestari-kenraaliksi Mississippin miliisiin prikaatinkenraalin arvoisena. Toukokuussa 1861 hänet nimitettiin everstiksi konfederaation armeijaan 13. Mississippiin jalkaväkirykmenttiin, rykmenttiin jota hän johti ensimmäisessä Bull Runin taistelussa sinä kesänä. Seuraavana keväänä hän osallistui Virginian niemimaalla käytyihin taisteluihin ja Seven daysin taisteluun. Kun hänen prikaatinkenraalinsa Richard Griffin haavoittui kuolettavasti Savagen aseman taistelussa 29. kesäkuuta 1862, Barksdale otti prikaatin komennon, ja johti sen veriseen ja turhaan hyökkäykseen Malvern Hillin taistelussa. Prikaati tultiin tuntemaan "Barksdalen Mississippin prikaatina". Hänet ylennettiin prikaatinkenraaliksi 12. elokuuta 1862.