Babangida zadebiutował na Pucharze Narodów Afryki w 2000 roku, ponieważ reprezentacja Nigerii wycofała się z turnieju w 1996 roku w Republice Południowej Afryki z powodów politycznych i opuściła Puchar Narodów Afryki 1998 w Burkina Faso przez dyskwalifikację. Babangida strzelił dwa gole przeciwko Afryce Południowej, co pomogło Nigerii dostać się do finału, gdzie zostali minimalnie pokonani w rzutach karnych. Wystąpił w pięciu meczach swojej drużyny, zaczynając w wyjściowej jedenastce dwa z nich.