En 1658 participó en la batalla de las Dunas (aunque su flota no llegó a entrar en combate), nominalmente como segundo de Edward Montagu, aunque dadas las frecuentes ausencias de éste en Londres Stayner actuaba "de facto" como comandante en jefe. En verano de 1659 era contralmirante de Montagu en el estrecho de Sund, y en 1660, con el mismo rango, formaba parte de la flota que escoltó a Carlos II de Inglaterra de vuelta a las islas británicas tras su exilio en los Países Bajos Españoles; tras la restauración de Carlos II en el trono de Inglaterra fue nuevamente nombrado caballero, ya que su nombramiento anterior, hecho por el gobierno de Cromwell, no le fue reconocido.