W roku 1809 cesarz udobruchał się nieco i powierzył mu dowodzenie eskadrą stacjonującą w Rochefort, co miało związek z niszczącym atakiem angielskich branderów podczas rajdu na Île-d'Aix. Rok później Napoleon postawił go na czele dowództwa floty Królestwa Holandii. Wyparty przez nacierające armie VI koalicji, Truguet był jednym z pierwszych, którzy opuścili cesarza.