ב-11 ביוני 2015, לאור הצלחתו באמפולי, חתם סארי לעונה אחת כמאמן קבוצת נאפולי, עיר הולדתו, שם החליף את רפאל בניטס הספרדי. מיד עם כניסתו לתפקיד, הביא סארי לקבוצה את השוער פפה ריינה, הקשר אלן מרקוס ואת המגן אלסייד היסאיי, שלושה שחקנים שייחשבו כמובילי הקבוצה בשנים שלאחר מכן. לאחר עונה אחת במועדון בסיומה נפרדה קבוצתו מגונסאלו היגוואין, מלך שערי הקבוצה והליגה האיטלקית באותה עונה עם 36 שערים, שנמכר ליובנטוס עבור 90 מיליון יורו, חתם סארי לשלש שנים נוספות במועדון. בעונת 2016–2017 הוביל סארי את קבוצתו למקום השלישי בליגה האיטלקית ובסיומה של העונה נבחר למאמן השנה בסרייה א'. בעקבות הצלחתו בעונה זו, האריך סארי את חוזהו במועדון עד ל-2020. את עונת 2017–2018 החלה נאפולי בהצלחה רבה וקבעה שיא חדש לניצחונות רצופים בליגה האיטלקית. במהלך כל החורף הובילה נאפולי את טבלת הסרייה א', זכתה באליפות החורף. אמנם לקראת סיום העונה נאפולי תחת סארי איבדה גובה במירוץ האליפות וסיימה במקום השני לאחר יובנטוס. לאחר סיום עונת 2017/2018 סארי עזב את נאפולי.