Tras el golpe de estado comunista el 25 de febrero de 1948, empezó el declive del museo, el cual se convertiría en propiedad de estado en abril de 1950. Durante el tiempo de la dictadura comunista y hasta su disolución en 1989, la razón de ser de la sinagoga fue objeto de una continua disputa, permitiendo las "campañas por la paz y contra el fascismo", pero prohibiendo trabajos de corte más religioso y achacando atributos sionistas a muchos otros. Aquello hizo que las actividades del museo de exhibición, investigación, publicación y colaboración con especialistas y comisarios de judaica extranjeros, fueran prohibidas hasta el punto de casi no poder operar.