L'estate che fa seguito all'approdo in Serie A vede la dirigenza sostituire Ivan Jurić, artefice della promozione, con Davide Nicola. Il campionato 2016-17 inizia con 3 sconfitte consecutive, prima che la formazione muova la classifica pareggiando contro il Palermo. La prima vittoria giunge invece a fine ottobre, quando il Chievo cade per 2-0 in Calabria. Il Crotone vede tuttavia sfumare molti punti nei finali di partita: avviene, tra le altre, con l'Inter (che vince per 3-0 segnando tutti i gol nei 5' conclusivi), il Torino (doppietta di Belotti negli ultimi 10'), il Milan (prevalso a 4' dal fischio finale) e la Lazio (unica rete dell'incontro segnata al 90'). I pitagorici chiudono il girone di andata con 9 punti, che diventeranno 13 grazie al pari con il Genoa e alla vittoria (4-1) contro l'Empoli, diretta concorrente per la salvezza.