1997 року став впливовою особою в комітеті з зовнішньої політики Сенату. Позиція Байдена щодо Югославії зіграла велику роль в ухваленні рішень президентом Біллом Клінтоном. Байден першим називав Слободана Милошевича військовим злочинцем, також він запропонував мусульманам-боснійцям почати розслідування військових злочинів югославського керівництва і потім був активним прихильником завдання повітряних ударів по Сербії. Байден очолював зовнішньополітичний комітет уперше з середини 2001 до початку 2003 року. На цій посаді, після терактів 11 вересня 2001 року, підтримав військове втручання до Афганістану. Байден вважав допустимим вторгнення до Іраку за умови, що всі дипломатичні шляхи зі зміщення Саддама Хусейна були вичерпані, проте 2002 року він підтримав резолюцію Сенату про військову інтервенцію. Крім того, він виступав проти створення національної протиракетної оборони США (НПРО). У червні 2007 року, після того, як демократи повернули собі більшість у Сенаті, Байден знову став головою зовнішньополітичного комітету. На цій посаді Байден оголосив про те, що підтримує іракський федералізм і хоче розділення Іраку між курдами, шиїтами та сунітами.