In de zesde eeuw na Christus bereikten knaagdieren, dragers van de "Yersinia pestis"-bacterie, Egypte langs de zijderoutes. Vanuit Egypte werd de bacterie langs de graanroutes naar de rest van het Middellandse zeegebied verspreid. Volgens Harper dreigde dit al veel eerder te gebeuren maar vond het pas plaats na 536 n.C., het jaar zonder zomer, omdat de temperaturen toen extreem laag waren. (Soms wordt die periode de laatantieke kleine ijstijd genoemd.) Daardoor konden de knaagdieren zich massaal voortplanten en naar gebieden verplaatsen waar ze eerder niet voorkwamen. Een negatieve NAO in de zesde eeuw n.C. veroorzaakte daarenboven veel neerslag op plaatsen waar knaagdieren voorkwamen, waardoor er voedsel in overvloed was. De temperaturen waren ook geschikt voor de vlooien die de bacterie van knaagdier naar knaagdier droegen. Wanneer de ziekte de knaagdieren had gedecimeerd gingen de vlooien bij de mens langs. De pest van Justinianus ontvolkte de steden en decimeerde de legers en poelen landbouwarbeiders. De banken gingen ten onder aan niet terugbetaalde leningen, het graan stond op de velden te rotten, de graanprijzen storten in, de prijs voor arbeid schoot de hoogte in en er werd niet meer gebouwd. Twee eeuwen lang zou de pest naargelang de klimatologische omstandigheden uitbreken en uitdoven.