Sanguinetti debütierte am 5. Mai 1991 bei der 0:1-Niederlage im Freundschaftsspiel gegen USA unter Trainer Pedro Ramón Cubilla mit einem Startelfeinsatz in der uruguayischen A-Nationalmannschaft. Sein letzter Länderspieleinsatz datiert vom 16. November 1997 beim 5:3-Heimsieg im WM-Qualifikationsspiel gegen Ecuador. Er nahm mit der „Celeste“ an der Copa América 1991 und 1993 teil. Insgesamt bestritt er 20 A-Länderspiele und schoss ein Tor.