Siden 1979 har Læger uden Grænser ydet sundhedsfaglig, humanitær assistance i Sudan, der er plaget af hungersnød og vedvarende borgerkrig med fejlernæring og en af de højeste spædbarnsdødelighedsrater i verden. Ifølge rapporter havde MSF 4.590 medarbejdere i felten i Sudan i marts 2009, hvor de håndterede udfordringer som væbnede konflikter, epidemiske sygdomme, sundhedsproblemer og social udstødelse. Organisationens vedvarende tilstedeværelse og arbejde i Sudan er en af MSF's største engagementer. De yder en række af lægefaglige tjenester med ernæringslære, undervisning om prævention, Kala Azar-behandlinger, rådgivning og kirurgi til befolkningen i Sudan. Almindelige sygdomme i Sudan er tuberkulose, Kala Azar, meningitis, mæslinger, kolera og malaria.