Después del divorcio de sus padres, cuando Andy tenía nueve años, él y su hermano Jamie vivieron con su padre. Asistió al Dunblane Primary School, y estuvo presente durante la masacre que ocurrió en ese centro de estudios en 1996. En aquel episodio trágico, Tomás Hamilton asesinó 17 personas antes de suicidarse. Murray menciona que era demasiado joven para entender qué ocurría y prefiere no hablar de ese tema durante las entrevistas, pero en su autobiografía "Hitting Back" menciona que asistió a un grupo juvenil dirigido por Hamilton, y que incluso su madre lo llevó en su coche, en alguna ocasión.