Le débarquement de matériel militaire américain dans le port de Théodosie, en Crimée, en 2006 en prévision de l'exercice "Sea Breeze 2006" a détérioré davantage les relations bilatérales. Il en est résulté un clivage à l'intérieur-même de l'Ukraine entre les pro-Russes, les pro-Occidentaux et les « neutralistes ». Les tensions autour du statut de la ville de Sébastopol et les questions relatives au retrait de la flotte russe de la mer Noire y stationnant ravivent de nombreuses inquiétudes quant aux relations entre la Russie et l'Ukraine dont la possibilité de la réalisation d'un scénario abkhaze concernant la Crimée (les citoyens russophones reçurent des passeports russes dans les années 2000).