Imperium osmańskie wycofało się z Krety w roku 1898, po serii powstań miejscowej ludności i wojnie grecko-tureckiej na kontynencie, zakończonej wysoką kontrybucją na rzecz Turcji, ale i utratą Krety, pod naciskiem państw zachodnioeuropejskich. Miasto stało się najpierw częścią Republiki Krety, a następnie, po roku 1913 zostało włączone do Królestwa Grecji. Po wyzwoleniu zmieniono nazwę miasta na "Iraklion" (Heraklion – „miasto Herkulesa”), w nawiązaniu do portu Heracleum istniejącego w pobliżu w czasach rzymskich.