Die evangelische Mission begann mit der Öffnung Japans zur Zeit der Meiji-Restauration in den 1850er Jahren. Der Harris-Vertrag (1858) gestattete Ausländern (nur ihnen), in Japan ihren christlichen Glauben zu leben. Dazu entstanden nahe den von Japan geöffneten Häfen eigene Ausländerviertel mit Kirchen. 1859 gingen in Nagasaki und Yokohama (damals Kanagawa) die ersten protestantischen Missionare an Land. Einige brachten Erfahrungen aus der Chinamission mit und stellten fest, dass gebildete Japaner die chinesische Bibel lesen konnten, wodurch sich erste Kontakte zur Bevölkerung ergaben. Die meisten Japaner, die in dieser Frühphase am Christentum interessiert waren, waren junge Intellektuelle aus Shōgun-Familien oder aus Familien der früheren Lehnsherren. Die Meiji-Restauration veränderte ihr Leben grundlegend, so dass das Christentum wie eine Alternative zu den bisherigen feudalen Werten erscheinen konnte.