Долазак албанских краљева под османску власт за последицу узроковао је исламизацију становништва. Танзиматске реформе из 1839. године, које су наметнуле војну службу немуслиманима, а пре свега хришћанима, убрзале су исламизацију јер су становници масовно прелазили с хришћанства на ислам ради избегавања војне обавезе. Ипак, могли су тајно бити хришћани показујући припадност исламу само у јавности (криптохришћани). Комунистичка власт Енвера Хоџе пропагирала је и наметала атеизам од 1944. до 1991. године. Прогоњени су, мучени и убијани свештеници у монтираним процесима. Група од 38 албанских мученика су после шездесетак година проглашени блаженим у Скадру, 5. новембра 2016. године. Године 1967. затворене су све цркве и џамије. Новембра 1990. Албанија је допустила приватно практиковање вере. Након пада комунизма 1991. године, у држави је повећан број хришћана.