Pada era 1980-an, "Glasnost" telah membawa kepada masalah ekonomi di Azerbaijan ekoran keadaan politik dan ekonomi di Soviet yang merosot. Heidar Aliyev seterusnya menentang "Perestroika" atau pembaharuan yang diperkenalkan oleh Soviet tetapi beliau akhirnya dipaksa untuk keluar daripada arena politik oleh pentadbiran Gorbachev. Seiring dengan kemunculan masalah ekonomi, pertikaian etnik yang tegang juga berlaku apabila Armenia menuntut Nagorno-Karabakh, wilayah yang didiami oleh majoriti Armenia di Azerbaijan. Pertikaian ke atas Nagorno-Karabakh yang meningkat menyaksikan pembersihan etnik apabila golongan minoriti di kedua-dua negara itu melarikan diri di kala ketegangan semakin meningkat. Pada 20 Januari 1990, Tentera Merah bertindak keras dengan bercampur tangan di Baku, membunuh ramai penduduk dan menyebabkan ramai orang Azerbaijan mengambil dasar menentang Soviet. Azerbaijan mengisytiharkan kemerdekaannya daripada Kesatuan Soviet pada 1991.