После такого успеха выступление в отборочном турнире чемпионата Европы 2000 года оказалось для хорватской сборной разочаровывающим. В отборочной группе команда заняла лишь третье место, уступив сборным Ирландии и Югославии. Пришедший в 2000 году на смену Мирославу Блажевичу на посту главного тренера сборной Мирко Йозич сумел справиться с наступившей в команде сменой поколений. Отборочный турнир к чемпионату мира 2002 года был выигран с первого места в группе, в ней хорваты опередили сборные Бельгии и Шотландии. Однако в финальном турнире, проходившем в Японии и Корее, хорватская команда не смогла даже выйти из группы. В этом ей не помогла даже одержанная победа над Италией (2:1) — в заключительном матче в группе хорваты проиграли сборной Эквадора (0:1) и остались лишь третьими, пропустив вперёд итальянцев и сборную Мексики. В промежуток между 17 октября 1990 года и 7 июня 2006 года сборная Хорватии сыграла 145 международных матчей со следующими результатами: 72 победы, 43 ничьи и 30 поражений. Сборная команда признавалась ФИФА «Прорывом года» в 1994 и 1998 годах.