L'Église cubaine est fondée en 1901, à l'origine une église de mission américaine, fruit de l'évangélisation. Elle a pris son indépendance à l'égard de l'Église épiscopalienne des États-Unis en 1967, au moment de la révolution. Ses préoccupations se portent particulièrement vers l'évangélisation et le travail social et humanitaire. Elle est devenue une institution autonome et appartient à la Conférence des Églises de la Caraïbe et du Conseil latino-américain des Églises, deux organisations d'Églises en lien avec le Conseil œcuménique des Églises. Du fait de la situation politique particulière de l'île et de ses relations compliquées avec les États-Unis, c'est principalement avec l'Église anglicane canadienne que cette église a établi des liens.