با رفتن برانکو ایوانکوویچ کروات در ۱۷ مرداد ۸۵ قلعه‌نویی به عنوان سرمربی تیم‌ملی شد تا تیم را آماده حضور در جام ملت‌های آسیا در سال ۲۰۰۷ کند. وی برای هدایت تیم ملی از همکاری ناصر ابراهیمی، ابراهیم‌زاده، پیروانی، آقاجانیان، کریم بوستانی و مظلومی در کادر فنی تیم ملی استفاده کرد.