Эсминец под командованием Г. Годлевского участвовал в обороне Одессы. В период с 21 по 23 сентября 1941 года «Бойкий» принимал участие в высадке и огневой поддержке десанта 3-го морского полка в районе Григорьевки. Эвакуировал войска Одесского оборонительного района. Участвовал в обороне Севастополя и содействии войскам Крымского фронта. «Бойкий» конвоировал транспорты с войсками и военными грузами для Севастопольского оборонительных районов, Крымского фронта, Черноморской группы войск и Северо-Кавказского фронта, осуществлял артиллерийскую поддержку наших частей и соединений. Обратными рейсами вывозил раненых и эвакуируемых. Во время Керченско-Феодосийской десантной операции «Бойкий» вместе с эсминцем «Шаумян» и тральщиком «Трал» обеспечивал переход из Новороссийска в Феодосию 5 транспортов с войсками и грузами для 44-й армии. 3 и 4 февраля 1943 года эсминец вёл огневую поддержку десанта в районе Южной Озерейки (западнее Новороссийска). Во время битвы за Кавказ корабль участвовал в обороне Новороссийска и Туапсе, в действиях на коммуникациях противника и обстреле румынского побережья. На втором этапе сражения за Кавказ «Бойкий» осуществлял огневую поддержку наших наступающих войск, обстреливал анапский аэродром противника, вёл поиск вражеских судов у Крымского побережья.