Em 1209, o Papa Inocêncio III ordenou uma cruzada contra os cátaros, para o que procurou o apoio de vários senhores feudais. Seguiram-se vinte anos de guerra contra os cátaros e seus aliados no Languedoc: a Cruzada Albigense. O entusiasmo pela Cruzada, que foi extremamente violenta, foi parcialmente inspirado por um decreto papal que permitia o confisco de terras pertencentes aos cátaros e seus apoiantes. Após a tomada de Béziers, em 22 de Julho de 1209, sob o comando do legatário papal, Arnaud Amalric, toda a população de cerca de 7 a 9 mil almas - homens, mulheres e crianças - foi massacrada e a cidade saqueada e incendiada. Segundo o historiador Cesáreo de Heisterbach, Amalric, quando perguntado como distinguir os cátaros dos católicos, respondeu: "Matem-nos a todos! Deus conhecerá os seus". O movimento cátaro acabou por praticamente desaparecer, sendo os sobreviventes perseguidos depois pela Inquisição até à extinção.