Rui Barros joue d'abord pour le Covilha de 1985 à 1986, mais il est transféré au Varzim SC, un club mineur de la banlieue de Porto, la saison suivante. Il est tout de même remarqué par le sélectionneur portugais, et il rejoint la sélection le , pour un match à domicile contre Malte, comptant pour les éliminatoires de l'Euro 1988. Il connaît donc sa première sélection en rentrant en jeu lors de la deuxième mi-temps, mais l'équipe portugaise ne s'impose pas et réalise un pathétique match nul face à son modeste adversaire maltais (2-2). Le Portugal termine troisième de son groupe et ne se qualifie pas pour l'Euro 88, Rui Barros aura 35 autres sélections, mais ne jouera pas de phase finale d'une grande compétition (Coupe du Monde ou Championnat d'Europe des Nations).