Kanté tekende in juli 2016 een contract tot medio 2021 bij Chelsea. Dat betaalde circa €36.000.000,- voor hem aan Leicester City. Op 15 augustus kwam Kanté voor het eerst in actie voor Chelsea tegen West Ham United. Op 15 oktober kwam Kanté zijn oude ploeg Leicester City tegen en werd hij uitgeroepen tot Man of the Match. Een week later scoorde hij zijn eerste doelpunt voor Chelsea, in een 4-0 overwinning tegen Manchester United. Op 12 mei 2017 werd Kante voor de tweede keer in twee jaar kampioen van de Premier League. Hij werd gekozen tot beste voetballer van het &lt;a href="Premier%20League%202016/17"&gt;seizoen 2016/17&lt;/a&gt; in Engeland door de pers en door zijn collega-voetballers. Ook de Premier League zelf riep de Franse middenvelder van Chelsea uit tot speler van het jaar. Chelsea verloor de Finale van de FA Cup van rivaal Arsenal.