Hubo controversia sobre qué provocó la erupción y si el evento fue un desastre natural o no. Según PT Lapindo Brantas, fue el terremoto de Yogyakarta de 2006 lo que provocó la erupción del flujo de lodo, y no sus actividades de perforación. Dos días antes de la erupción de lodo, un terremoto de magnitud 6.3 sacudió la costa sur de las provincias de Java Central y Yogyakarta, matando a 6234 personas y dejando a 1.5 millones sin hogar. En una audiencia ante los parlamentarios, altos ejecutivos de PT Lapindo Brantas argumentaron que el terremoto fue tan poderoso que reactivó fallas previamente inactivas y también generó profundas fracturas subterráneas, permitiendo que el lodo saliera a la superficie, y que la presencia de su empresa fue coincidente, lo que debería eximirlos del pago de indemnización por daños a las víctimas. Si se determina que la causa del incidente es natural, entonces el gobierno de Indonesia tiene la responsabilidad de cubrir el daño. Aburizal Bakrie, el entonces Ministro de Bienestar Social de Indonesia en ese momento, y cuya empresa familiar controla la empresa operadora PT Lapindo Brantas, también se hizo eco de este argumento.