Pod koniec lat 90. XX w. prezydent podjął próbę poprawy stosunków z UE. W styczniu 1998 UE ogłosiła jednakże, że nie podejmie współpracy z Gwineą Równikową do chwili znaczącego postępu kraju w przestrzeganiu praw człowieka. Relacje z UE zostały zamrożone, a w obliczu złych stosunków ze Stanami Zjednoczonymi, Gwinea Równikowa zmuszona została do szukania sojuszników spoza kręgu Zachodu a szczególnie z ChRL i Koreą Północną, Kubą i Meksykiem. Sytuacja zmieniła się po zamachach z 11 września 2001. W 2001 roku UE uruchomiła 5-letni program rozwojowy dla Gwinei Równikowej w wysokości 11 mln USD a USA stopniowo stały się największym inwestorem w Gwinei Równikowej, dokonując inwestycji głównie w sektorze naftowym. USA zapewniły oprócz tego pomoc w zakresie szkolenia i zaopatrzenia gwinejskiego wojska w celu podejmowania przez nie skutecznych operacji antyterrorystycznych i współuczestniczenia w operacjach stabilizacyjnych razem z wojskiem amerykańskim. W marcu 2002 ponad 140 członków grup opozycyjnych zostało aresztowanych pod zarzutem planowania zamachu stanu przeciw władzy prezydenta. W marcu 2003 na nowo odżył spór z Gabonem po tym jak prezydent Gabonu Omar Bongo wysłał na wyspę oddziały paramilitarne.