Die &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202012/13"&gt;Saison 2012/13&lt;/a&gt; brachte Soukalovás internationalen Durchbruch in die Weltspitze. Bereits am Anfang der Saison zeigte sich die gesamte tschechische Mannschaft in guter Form und sicherte sich im ersten Rennen der Saison, der Mixed-Staffel im schwedischen Östersund, den dritten Platz. Nach mehreren Platzierungen unter den besten 20 gewann Soukalová beim Sprint auf der Pokljuka nach einem fehlerfreien Schießen ihr erstes Weltcuprennen. In der anschließenden Verfolgung blieb sie ebenfalls fehlerfrei, musste sich jedoch der überaus laufstarken Miriam Gössner geschlagen geben, die trotz zwei Sekunden Rückstand aus dem Sprint und fünf Schießfehlern Soukalová knapp auf den zweiten Platz verwies. Am Folgetag erreichte Soukalová mit zwei Schießfehlern hinter Tora Berger und Miriam Gössner den dritten Platz im Massenstart. Bei den Wettkämpfen in Oberhof hinderte sie eine Grippe an der Teilnahme. Bei den Wettkämpfen in Ruhpolding erreichte sie ohne Schießfehler einen elften Platz im Sprint, während sie mit insgesamt sechs Schießfehlern im Massenstart nur als letzte Läuferin ins Ziel kam. Bei ihrer Heim-Weltmeisterschaft in Nové Město na Moravě erreichte sie gemeinsam mit Veronika Vítková, Jaroslav Soukup und Ondřej Moravec hinter den Staffeln von Norwegen und Frankreich den dritten Platz. Auch in den Einzelrennen erreichte sie durchweg gute Resultate und platzierte sich immer unter den besten 20. Im Einzel belegte sie den 12. Platz, wurde 14. des Sprints, 20. der Verfolgung, 18. des Massenstartrennens und Staffel-Zehnte. Zum Saisonfinale in Chanty-Mansijsk konnte sie alle drei Weltcuprennen für sich entscheiden. Zuerst gewann sie den Sprint und später auch die Verfolgung und den Massenstart.