Son roman "Soumission", paru le aux éditions Flammarion, met en scène une France islamisée après une victoire politique de l'islam en France en 2022. Le roman suscite une vive polémique et, 14 ans après "Plateforme", coïncide à nouveau de façon troublante avec un attentat islamiste, perpétré en France cette fois, contre le journal satirique "Charlie Hebdo", le jour même de sa publication (de plus le numéro de l'hebdomadaire paru ce jour-là montrait en couverture un dessin représentant Michel Houellebecq, avec en légende : « Les prédictions du mage Houellebecq »).