Det 19. århundrede var vendepunktet i den spanske flådes historie. Armadaen led under to hårde slag. Den 21. oktober 1805 blev den spanske flåde presset i kamp af Napoleon I, og den fransk-spanske flåde blev slået ved Slaget ved Trafalgar. Af 15 skibe lykkedes det kun 6 skibe at komme tilbage til Cadiz. En endnu vigtigere pointe kan ses på det ensidede resultat, hvor Frankrig-Spanien gik ind i kampen med 33 skibe mod Storbritanniens 27. Storbritannien mistede ikke et eneste skib imod de Fransk-Spanske tab på 22 skibe. Dette kan tilskrives de uerfarne besætningers kamp mod de krigsvante britiske veteraner. Mange af de spanske besætninger var landsoldater, shanghajede tiggere og bønder hvor flere aldrig havde så meget som affyret en kanon på et vippende skib i modsætning til de højt trænede britiske besætninger der på dette tidspunkt havde været i kamp adskillige gange. Spanien var tvunget til at udskrive et stort antal uerfarne besætninger, da en epidemi af gul feber i 1802-04 havde gjort stort indhug i de erfarne besætninger såvel som en måde at måde at holde udgifterne nede da erfarne matroser skulle have en højere løn end uerfarne folk. Den franske admiral ignorerede de spanske kaptajner, som havde stor erfaring i at bryde blokader (og ikke nærede sig nogle illusioner om Armadaens tilstand), og deres bønner om at vente på gunstigere forhold til at forlade havnen. Den britiske admiral benyttede sig af en taktik der gjorde det svært for de uerfarne spanske kaptajner. Omkring 45 linjeskibe (ud af omkring 150 skibe i alt) forblev i havn indtil de indgik aktivt i Napoleonskrigene i 1808.