John Comyn entstammte dem schottischen Clan Comyn. Er war der einzige Sohn von John Comyn, Lord of Badenoch und von dessen Frau Joan de Valence. Seine Mutter war eine Cousine des englischen Königs Eduard I. Während des Ersten Schottischen Unabhängigkeitskriegs geriet sein Vater 1296 in englische Gefangenschaft. Seine Mutter lebte in der Zeit danach auf ihren englischen Besitzungen. Sein Vater wurde 1297 freigelassen, setzte jedoch den Kampf gegen den englischen König fort. Daraufhin befahl der englische König am 26. März 1298 Joan de Valence und ihren Kindern, dass sie sofort zurück nach London kommen sollten. Nachdem Johns Vater sich 1304 dem englischen König unterworfen hatte, durfte die Familie offenbar nach Schottland zurückkehren. Sein Vater wurde jedoch im Februar 1306 von Robert Bruce ermordet, worauf der englische König ihn und seine Mutter befahl, nach England zurückzukehren. Dort wurde er in die Obhut von Sir "John Weston" gegeben, dem Erzieher der Kinder des Königs. Am 22. Mai 1306 gehörte er zu den über 200 jungen Adligen, die zusammen mit dem Thronfolger Eduard in Westminster zum Ritter geschlagen wurden.