Nel tardo 1989 scoppiò una guerra civile e nel settembre 1990 Doe fu ucciso dalle forze dell'INPFL ("Indipendent National Patriotic Front of Liberia", Fronte Indipendente Nazionalpatriottico della Liberia), al comando di Yormie Johnson, e da elementi della tribù Gio. Come condizione per la fine del conflitto il presidente "ad interim" Amos Sawyer si dimise nel 1994, lasciando il potere al Consiglio di Stato.