En 1803, Federico Francisco recuperó Wismar, la isla de Poel y Neukloster, en poder de Suecia desde 1631. En octubre de 1806, Napoléon triunfó en las batallas de Jena y Auerstaedt, quedando Prusia impotente. Tras su victoria, los franceses ocupan gran parte de Alemania del norte. Caen ciudades entre las que destaca Schwerin. Federico Francisco decide entonces huir a Dinamarca, refugiándose en Altona. En julio de 1807, una vez firmados los Tratados de Tilsit, es autorizado por Napoleón para recuperar su trono, aunque tras haberse comprometido a que su reino, Mecklemburgo-Schwerin, entrara en la Confederación del Rin.