Az ország 1991. szeptember 8-án kiáltotta ki függetlenségét, igaz sok macedónt mindezt nem töltött el túlzott lelkesedéssel: sokan gazdasági okok miatt megmaradtak volna Jugoszlávia tagállamaként. Igen sok macedón, illetve macedóniai szerb szerb kettős állampolgárságért is folyamodott, sokan így törekedtek Nyugatra kijutni. A délszláv háborúban macedóniai szerbek, sőt macedónok is küzdöttek tekintélyes számmal a jugoszláv néphadseregben a boszniai és horvátországi frontokon. Görögország azonban kezdettől fogva azt kifogásolta, hogy az új állam egy görög tartomány nevét vette fel, illetve kifogást emelt Macedónia zászlajával és címerével szemben is. A görögök ugyanis történeti–etnikai alapokra helyezik a kérdést: a mai Észak-Macedónia területén egy bolgárral azonos nyelvet beszélő, bár kulturálisan különálló szláv népcsoport él, illetve nagy számmal albánok is, nem pedig valódi makedónok, akiknek saját, a görög nyelvvel rokonságban álló, önálló nyelvük volt, akik már eltűntek a térségből, mikor a szlávok betelepültek ide. A makedónok leszármazottjai álláspontjuk szerint az észak-görögországi tartomány görög lakói, bár abban a térségben is élnek különböző szláv csoportok, melyek nyelvjárása nagyobb különbséget mutat, mint a macedón a bolgártól. A macedónok szerint ők az ókori makedónok igazi leszármazottjai, csupán nyelvváltozások történtek a térségben. Ideiglenes megoldásként az ENSZ 1993-as határozata "Macedónia Volt Jugoszláv Köztársaság" (angolul: "Former Yugoslav Republic of Macedonia," röviden: FYROM) néven vette fel a világszervezet tagságába. Az ország 1995-ben megváltoztatta zászlaját és címerét.