A szövetségesek 1944. június 6-ai partraszállása után Normandiában harcolt, ahol Caen mellett súlyos sebesülést szenvedett, de a decemberi ardenneki offenzívában már ő vezette az 1. SS-páncélosezredet. A támadás során Peiperék egészen Stavelot-ig nyomultak előre, ott azonban az elégtelen üzemanyag-ellátás miatt meg kellett állniuk, majd visszavonulniuk. Hamarosan tölgyfalombos Lovagkeresztjéhez megkapta a kardokat is. Az offenzíva során egysége – máig nem teljesen tisztázott körülmények között – Malmedy közelében máig nem tisztázott számú amerikai hadifoglyot lőtt le, s a háború végén ezért állították bíróság elé.