Morlot ne participe pas à l'expédition infructueuse de Moncey contre Valence en , sa division étant chargée de la protection de Madrid. Lorsque la nouvelle du désastre de Bailén parvient aux autorités françaises, la division Morlot est scindée en deux groupes : la brigade Buget ( hommes) reste à proximité de Madrid tandis que la brigade Lefebvre est temporairement affectée au corps du maréchal Jean-Baptiste Bessières. La capitale espagnole est rapidement abandonnée et les forces napoléoniennes se replient derrière l'Èbre. Avant de repartir en campagne, la division de Morlot, faisant toujours partie du corps de Moncey devenu le de l'armée d'Espagne, est réorganisée. En effet, le régiment provisoire devient le régiment d'infanterie de ligne à deux bataillons alors que les et régiments provisoires sont fusionnés pour donner naissance au de ligne à quatre bataillons ; quant aux bataillons prussiens et irlandais de la division, ils sont employés en tant que garnisons au nord-est de l'Espagne.