Im Krieg gegen Preußen von 1806 war er an den Schlachten bei Jena und Auerstedt (1806) sowie Preußisch-Eylau (1807) als Befehlshaber des Kavalleriekorps beteiligt. Nach dem Frieden von Tilsit wurde Murat nach Spanien gesandt. Er überredete den König Karl IV. zu der Reise nach Bayonne, die zur Absetzung des Hauses der Bourbonen führte. Er selbst marschierte mit französischen Truppen am 23. April 1808 in Madrid ein und schlug den Dos-de-Mayo-Aufstand blutig nieder. Bei der Niederschlagung am 2. und 3. Mai 1808 starben insgesamt 400 Spanier. Murat hoffte vergeblich, zum spanischen König erhoben zu werden. Statt seiner machte Napoleon Joseph Bonaparte zum neuen König von Spanien.