У ході війни за незалежність Янко Бобетко відмовляється від запропонованого місця міністра оборони Республіки Хорватія, але включається у війну за незалежність у регіоні Бановіна, а 10 квітня 1992 року Президент Франьо Туджман присвоїв йому звання генерал-полковника хорватської армії. У тому самому році він прийняв на себе командування Південним фронтом, успішно керуючи на цій посаді операцією зняття блокади з Дубровника та операціями вглиб території від Дубровника: "Тигр" — захоплення ключових висот, з яких війська Республіки Сербської обстрілювали підступи до міста, "Конавле" — визволення чималої території цієї адміністративної одиниці і витіснення ворога за межі Республіки Хорватія та "Влаштіца" — зайняття однойменної гірської вершини на прилеглій боснійській території, з якої бійці частин Республіки Сербської вели мінометний і артилерійський вогонь по Дубровнику і околицях.