Ces cours martiales furent de nouveau organisées pendant la Première Guerre mondiale, instituées par deux décrets du et du , avant d'être supprimées en 1917. Elles fonctionnaient alors sous l'appellation de « Conseils de guerre spéciaux », venant s'ajouter aux conseils de guerre ordinaires. En quatre ans, auront été condamnés à mort et 600 exécutés, les autres voyant leur peine commuée en travaux forcés. Très peu, environ une quarantaine sur les 600 fusillés pour l'exemple, dont Félix Baudy et ses compagnons de malheur ont été rétablis dans leur honneur dans les années 1920 et 1930. En 1919, la justice militaire condamne une centaine de marins mutinés dans l'escadre de la mer Noire, mais il n'y a aucune exécution et le dernier condamné, André Marty, est libéré en 1923.