ליגה ג' הוקמה לראשונה בשנת 1951 כשלישית בחשיבותה בכדורגל הישראלי, מתחת לליגה א' וליגה ב'. בשנת 1955, לאחר שנוספה ליגה ושם הליגה הבכירה שונה לליגה הלאומית, ליגה ג' הפכה לרביעית בחשיבותה. בשנת 1976, כשנוספה הליגה הארצית כליגה השנייה בחשיבותה, ליגה ג' הפכה לחמישית בחשיבותה. בשנת 1999, לאחר הקמת ליגת העל, הפכה לשישית בחשיבותה. בסוף עונת 2008/2009, ועקב הרפורמה לצמצום הליגה הארצית בכדורגל, חזרה ליגה ג' להיות החמישית בחשיבותה. בעונת 2019/2020 החליטה ההתאחדות לכדורגל על עצירת עונת המשחקים לאחר עשרים וחמישה מחזורים בעקבות משבר נגיף הקורונה.