Il fu però una stagione difficile sia per Capelli che per il team, in difficoltà economiche; la nuova March CG891, progettata sempre da Newey, si rivelò difficile da guidare e da assettare, a causa di un'aerodinamica troppo complessa; a questo si aggiunsero cronici problemi di affidabilità, tanto che il pilota italiano giunse al traguardo solo due volte, sempre fuori dalla zona punti. Le difficoltà economiche spinsero la March a cedere il team alla Leyton House; lo staff tecnico rimase tuttavia pressoché invariato e la vettura per la stagione 1990, la CG901, fu disegnata ancora da Adrian Newey. Pur essendo più affidabile della monoposto dell'anno precedente, la CG901 si rivelò altrettanto difficile da assettare e soprattutto molto sensibile anche a delle piccole variazioni di altezza; dopo un inizio di stagione molto negativo, con addirittura due mancate qualifiche, nel Gran Premio di Francia, grazie ad alcune modifiche alla monoposto e ad un asfalto appena rifatto, che rendeva quindi la pista molto liscia, la vettura acquistò un'improvvisa competitività, permettendo a Capelli di qualificarsi tra i primi dieci. In gara il pilota italiano rimase addirittura a lungo in prima posizione, non avendo avuto la necessità di effettuare il cambio gomme, al contrario dei propri rivali; nell'ultima parte di gara fu però costretto a rallentare per problemi al motore, venendo superato all'ultimo giro da Alain Prost e chiudendo la corsa al secondo posto, unico arrivo a punti della stagione.