W 1994 w wyniku rozpadu koalicji rządzącej FF przeszła do opozycji. 19 listopada 1994 Berie Ahern został wybrany na nowego lidera partii. Kierowane przez niego ugrupowanie w 1997 wybrało wybory parlamentarne. Dzięki temu 26 czerwca 1997 mógł objąć urząd taoiseacha, stając się najmłodszym dotychczasowym premierem Irlandii. Partia zwyciężała także w kolejnych wyborach w 2002 i 2007, a jej lider tworzył dwa kolejne gabinety. We wszystkich trzech jego koalicjantem byli Progresywni Demokraci, w trzecim również Partia Zielonych. Jako premier brał udział w podpisaniu porozumienia wielkopiątkowego zmierzającego do rozwiązania konfliktu w Irlandii Północnej. W okresie jego urzędowania Irlandia w pierwszej połowie 2004 przewodniczyła Unii Europejskiej, w tym czasie m.in. przyjęto do UE 10 nowych krajów i uzgodniono kandydata Irlandii na stanowisko przewodniczącego Komisji Europejskiej.