Après l'élection générale de 1998, remportée par les socialistes, Göran Persson devient ministre d’État et Mona Sahlin fait son retour en tant que ministre du travail, au sein du ministère de la vie économique, de l'énergie et des communications. Elle est chargée de la législation du travail, des petites entreprises et de la politique économique régionale. Elle a également dû gérer les suspicions sur le naufrage du ferry "Estonia". En 2000, elle devient ministre de l'intégration, s'occupe également des questions de démocratie (2002), et de la politique de l'égalité (2003). En 2004, elle devient ministre de l'environnement et de l'aménagement du territoire. Elle est réélue au parlement en 2002 et 2006.