W reprezentacji Nowej Zelandii Atkinson zadebiutował 31 maja 1997 w przegranym 0-1 meczu z Papuą-Nową Gwineą w eliminacjach Mistrzostw Świata 1998. W 1998 roku wystąpił w Pucharze Narodów Oceanii, który Nowa Zelandia wygrała. Atkinson wystąpił w trzech meczach z Tahiti, Fidżi i Australią. W 1999 roku wystąpił w Pucharze Konfederacji, na którym Nowa Zelandia odpadła w fazie grupowej. Na turnieju w Meksyku wystąpił we wszystkich trzech meczach z USA, Niemcami i Brazylią.