Khoyski fu presidente del gabinetto dei ministri e Ministro degli affari interni. Il 17 giugno 1918 il secondo governo formato da Khoyski fu guidato da Nasib Yusifbeyli. Svolse un ruolo significativo nell'allearsi con il governo turco, sconfiggendo e rimuovendo la Dittatura Centrocaspiana dal potere a Baku e stabilendo legami diplomatici con altri paesi. Il 22 dicembre fu nominato Ministro degli esteri del nuovo governo. Khoyski protesse la statualità dell'Azerbaigian e difese l'indipendenza dell'Azerbaigian, ottenendone il riconoscimento alla Conferenza di pace di Parigi. È anche accreditato per aver fondato l'Università statale dell'Azerbaigian. Durante il periodo del terzo governo formato da Khoyski, fu Presidente del Consiglio Nazionale e Ministro degli Affari Esteri dell'Azerbaigian. Durante il suo mandato, riuscì a rimuovere i nomi della città di Elizavetpol', ripristinando il nome storico di Gäncä, e denominò la contea di Karyagino come provincia di Jabrayil, istituendo un sistema multipartitico, stampò francobolli azeri e introdusse la valuta azera Manat, fondando scuole e college in lingua azera. Nel marzo 1919 il terzo governo si sciolse.