II. Dünya Savaşı'nın sonunda Prag Taarruzundan sonra Beneš ülkeye döndü ve cumhurbaşkanı olarak eski konumunu yeniden kazandı. 28 Ekim 1945 tarihinde Millet Meclisi tarafından oy birliğiyle cumhurbaşkanı seçildi. 19 Haziran 1946 tarihinde resmen Cumhurbaşkanı olarak ikinci dönem için seçildi. 1947'de başbakan olarak Komünist lider Klement Gottwald başkanlığında bir koalisyon hükümetine başkanlık etti. 7 Haziran 1948 tarihinde Cumhurbaşkanlığı görevinden istifa etti ve Gottwald yerine getirildi.