W sierpniu 2002 metro znacznie ucierpiało w wyniku powodzi, która nawiedziła Europę Środkową. 19 stacji zostało zatopionych (patrz ), powodując częściowe zatrzymanie ruchu metra. Straty oszacowano na 7 miliardów koron czeskich (ponad 200 milionów dolarów wg ówczesnego kursu). Zalane przez powódź stacje wyłączono z ruchu na kilka miesięcy, a ostatnia z nich (Křižíkova) została ponownie otwarta w marcu 2003. Na niektórych stacjach umieszczono w ścianach srebrne linie wskazujące poziom wody podczas powodzi.