Вернувшись во Францию, с 1969 по 1972 Кретьен работал в в Лилле. С 1986 по 2001 год он руководил подразделением Парижского университета «Пантеон-Соброна» "Mutations africaines dans la longue durée", однако во время кровавого геноцида 1994 года, Жан-Пьер находился в Руанде. В дальнейшем он как эксперт и свидетель расправ входил в состав Международного трибунала. Помимо этого Кретьен выступал перед тремя организациями, занимавшимися расследованием обстоятельств трагедии: