La région passe à la réforme protestante. Une révolte paysanne en marque le début. En effet en 1524, deux paysans entrent dans la chartreuse d'Ittingen, ouvrant la porte aux autres paysans qui en chassent les moines, pillent le monastère pendant deux jours, détruisent des documents ainsi que des caves à vins et incendient le monastère. Les tensions religieuses en Thurgovie ont fortement compté dans la guerre de Villmergen (1656) au cours de laquelle Zurich occupe brièvement la Thurgovie.