Die erste schriftliche Erwähnung von Lipany erfolgte im Jahre 1360 als Sitz des Vladikengeschlechts der Lipanský von Lipany. Am 30. Mai 1434 fand an der Lipská hora die entscheidende Schlacht der Hussitenkriege zwischen den radikalen Hussiten unter Andreas Prokop und Jan Čapek ze Sán sowie der Allianz aus Kaiserlichen und Utraquisten statt, die als Schlacht bei Lipan in die Geschichte eingegangen ist.