Etter Tysklands angrep på Sovjetunionen i 1941 ble Jankuhn forflyttet til de okkuperte områdene i Ukraina og Sør-Russland, der han hadde tilsvarende oppdrag som i Norge. Det videre ansvaret for arkeologi i regi av okkupasjonsmakten ble overlatt til Ernst Sprockhoff, hauptmann i Wehrmacht og arkeolog fra Humboldt-Universität zu Berlin.