Puka Puka aurait été potentiellement approché par Fernand de Magellan en lors de son tour du monde et correspondrait à l'île San Pablo des « îles Infortunées ». La première mention attestée de l'atoll est faite par les explorateurs hollandais Willem Schouten et Jacob Le Maire qui l'abordent le et le nomme "Hounden Eiland". L'atoll est visité par le navigateur russo-allemand Otto von Kotzebue le qui le signale comme « île Douteuse ». Il est ensuite mentionné par Robert FitzRoy le puis par l'explorateur américain Charles Wilkes le lors de son expédition australe. Elle est appelée lors de ces deux derniers voyages "Dog Island" ou "Hondon Island".