Poco antes de su asesinato en 1584, Guillermo nombró a María como cuidadora de los bienes de su hermano encarcelado. Ella defendió vigorosamente sus derechos al título de príncipe de Orange y a la baronía de la ciudad de Breda, contra las pretensiones del hermanastro de ambos, Mauricio de Nassau. Asimismo, reclamó la custodia de las posesiones de Felipe Guillermo, lo que provocó una disputa legal con Mauricio. Ella finalmente le dejó la herencia paterna, pero seguía siendo responsable de la herencia de su madre, los condados de Buren y Leerdam. Tras el asedio de Breda, aparentemente María había logrado reunir suficiente dinero para continuar con el matrimonio.