Éloigné de l’armée, Augereau se livre à toutes les intrigues politiques dont Paris est le théâtre. Il participe ainsi au coup d'État du 18 fructidor () qui écarte les conseillers suspectés de sympathies monarchistes. En remerciement, il est nommé commandant de l'armée de Sambre-et-Meuse, puis de l'armée du Rhin. Il se fait élire député de la Haute-Garonne au Conseil des Cinq-Cents où il siège à gauche. Jacobin, il manifeste son hostilité au coup d'État du 18 Brumaire mais finit cependant par se rallier à Bonaparte qui lui confie le commandement de l'armée française en Batavie le , et commandant des troupes gallo-bataves le . L’année suivante, il est remplacé par Victor, et reste sans commandement pendant un certain temps. Il recommence alors ses attaques contre le gouvernement consulaire.