Il 15 novembre 1939 Jōjima fu spostato all'Unità aerea di base a Kure: questo incarico gli permise di mettersi positivamente in luce per le ottime qualità di comando e organizzazione dei reparti. Perciò il 15 novembre 1940 fu nominato ufficiale capo degli addetti alla cura/manutenzione dell'armamento della "Shokaku", ruolo che un mese dopo affiancò al comando della nave appoggio sommergibili "Tsurugisaki". Il 17 aprile 1941 ricevette il comando della "Shokaku" e fino all'8 agosto mantenne entrambi i posti: alla data fu confermato a capo della portaerei e lasciò il comando della "Tsurugisaki". In questi ultimi anni l'Impero giapponese si era avvicinato al Terzo Reich e all'Italia fascista, siglando un'alleanza il 27 settembre 1940 (Patto tripartito); rinunciato a espandersi in Siberia e con la guerra in Cina che stagnava, la dirigenza politico-militare nipponica decise di espandersi verso sud e garantire così il grande fabbisogno energetico delle forze armate.