Экзарх ликовал от успехов победного марша болгарского воинства во время Балканской войны (1912—1913) и очень тяжело переживал решения Бухарестского мирного договора после провальной для Болгарии месоюзнической войны. Дело, построенное с таким трудом и любовью, было раздавлено. 27 ноября 1913 года, после 36-летнего пребывания в Константинополе, вместе с изгнанными болгарскими иерархами из Македонии и Одринской Фракии экзарх Иосиф вынужден был покинуть Константинополь и вернуться в Софию, сокрушённый душевно и физически.