6 июля 1943 года 18-й танковый корпус под командованием Бахарова был включен в состав 5-й гвардейской танковой армии, в которой 12 июля вступил в бой в ходе Прохоровского сражения Курской битвы. однако 25 июля того же года приказом НКО СССР снят с должности командира корпуса и назначен с понижением на должность заместителя командира 9-го танкового корпуса Центрального фронта. По мнению историка Л. Н. Лопуховского это было вызвано, возможно, из-за прекращения безрезультатных атак на оборону противника 12 июля без санкции вышестоящего начальства). Историк В. Н. Замулин прямо указывает на то, что генерал Бахаров был «назначен стрелочником», несмотря на то, что корпус Бахарова в этом неудачном контрударе действовал лучше всех: его потери оказались в ходе боя и в танках и в личном составе намного меньше, чем у атаковавшего рядом 29-го танкового корпуса, противостоял корпус большему числу войск противника, а продвинулся на значительно большее расстояние; одной из возможных причин такого решения Замулин указывает на конфликт Б. С. Бахарова с командующим фронтом Н. Ф. Ватутиным ещё в конце 1942 года, когда последний безуспешно требовал от И. В. Сталина даже санкции на арест Бахарова.