У VIII столітті абатство, у зв'язку зі збереженням там святих мощей Бенедикта в крипті монастирської церкви, змінює святого покровителя зі св. Петра на св. Бенедикта. Протягом десятиліть обидва монастирі — Фльорі й Монтекассіно — вели довготривалу суперечку на тему, кому належать «справжні мощі» Бенедикта. У 1020 році абатом Госленом була побудована монументальна вежа в романському стилі, що стала, за словами цього настоятеля, «зразком для всієї Галлії». У 1067 році в монастирі починається велика реконструкція; споруджуються нова крипта для святих мощей, подвійні хори та ін. Нова монастирська церква була освячена в 1218 році.