I 1856 afgik han efter ønske fra korpset og kom på ny til sit regiment, forfremmedes i 1860 til ritmester og blev ved mobiliseringen 1863 kommandør for regimentets 5. eskadron. Fra 8. februar 1864 var han forpostkommandør ved 4. armédivision og kom derefter i slutningen af måneden til divisionsstaben, deltog i fægtningen ved Vejle og afsendtes 11. marts som parlamentær til general Ludwig Karl Wilhelm von Gablenz. Ved oprettelsen af det nørrejyske armékorps blev han souschef ved dette og efter dets opløsning souschef ved 4. armédivison. Efter fredsslutningen blev han kommandør for sit gamle regiments 2. eskadron. I 1867 blev Freiesleben forsat til Generalstaben som souschef ved 2. generalkommandostab, hvorfra han i 1872 afgik til Gardehusarregimentet som chef for dets 3. eskadron, medens han i 1873 i samme egenskab kom til 5. dragonregiment. Udnævnt til oberst i 1876 blev han chef for 4. dragonregiment, men stilledes dernæst i 1885 i spidsen for det nyoprettede militære gendarmerikorps, hvis ordning han forberedte og gennemførte. I 1887 blev han generalmajor og generalinspektør for rytteriet. Som ansvarlig for det forhadte gendarmkorps, der hørte til provisorietiden, blev Freiesleben lagt for had af oppositionen til Estrup-regeringen, og da korpset blev nedlagt 1894 gik han af året efter.