1996 року роботи Янніса Зуганеліса були представлені на церемонії нагородження лауреатів Нобелівської премії, альбом «Soul Strings» був створений на замовлення Шведської академії наук. Альбом «The Light Of Flame» написаний 2004 року з нагоди Паралімпійських ігор. Він написав музику до кількох кінофільмів (більше 20), до більш ніж ста спектаклів, стародавніх і сучасних. Серед них твори Есхіла, Софокла, Еврипіда, Аристофана, Менандра, Теренція, Шекспіра, Мольєра, Лопе де Вега, Лорка, Брехта. Його пісні виконують Васіліс Папаконстантіну, Айседора Сідеріс, Сакіс Булас, Йоргос Даларас, Елеонора Зуганелі.