ניאיגטה שוכנת על מישור פורה לחופו של ים יפן, כאשר ממול לחופי ניאיגטה נמצא האי סאדו. נהרות שינאנו ואגאנו זורמים בתחומי העיר ונשפכים לים יפן. בתחומי העיר נמצאים אזורי ביצה רבים, בהם לגונת סקאטה הרשומה כאזור ביצה בעל חשיבות תחת אמנת רמסר. מיקומה של ניאיגטה בגובה פני הים מחייב נקיטת אמצעים של מניעת שיטפונות וייבוש שטחי מים כפי שניכר לאורך ההיסטוריה של העיר.