Byggnaden som ambassaden är inhusad i byggdes 1928–29 av jur doktor Josef Ruzicka och hans hustru Anna. Den ritades av arkitekten Tomáš Šašek. Josef Růžička dog i koncentrationslägret Mauthausen 1942. Som honorärkonsul för Panama hade han utfärdat viseringar till judiska familjer som ville lämna Tjeckoslovakien efter att landets ockuperats av det nazistyrda Tyskland. Svenska ambassaden har hyrt in sig i huset sedan 1946. Efter Pragkuppen 1948 konfiskerades huset och erbjöds av kommunistregimen till försäljning åt svenska staten. Sverige avböjde försäljning då huset var konfiskerad egendom. Man hyrde i stället huset som ambassad ända fram till 1989. Doktor Josef Růžičkas änka Anna och dottern Tatjana fick bo kvar och skyddades av att huset var svensk ambassad. Familjen Růžička fick tillbaka egendomen efter kommunistregimens fall. Den ena halvan av fastigheten skänktes av Tatjana till svenska staten och den andra halvan köptes av hennes bror för 15 miljoner kronor.