Výše zmíněné důvody z počátku značně oslabovaly opozici luďáckého režimu. Přesto se proti Slovenskému státu postupně profilují jeho domácí odpůrci. Přirozenými nepřáteli zdejšího klerofašistického režimu byli slovenští komunisté, příslušníci evangelických církví, příznivci znovuobnovení jednotného Československa a židé. Část nespokojených Slováků navíc zamířila do exilu, kde po vypuknutí války spolu se slovenskými krajany často vstupovali do československých jednotek budovaných v zahraničí. Odboj na území Slovenského státu zesílil po napadení Sovětského svazu v roce 1941. Teprve tehdy se obyvatel prostřednictvím přídělového systému dotkly válečné útrapy, na východní frontě utrpěly slovenské jednotky nezanedbatelné ztráty a režim instruovaný nacisty zostřil perzekuci svých odpůrců a také přikročil k deportacím Židů. Významně se na aktivizaci odboje na Slovensku podílely velké porážky Osy v roce 1943.