Dopo il crollo dell'URSS nel 1991, l'Azerbaigian ottenne l'indipendenza e ereditò la sua sezione del confine tra Iran e URSS. L'Iran ha rapidamente riconosciuto il nuovo stato, anche se le relazioni si sono raffreddate a causa di due fattori: i timori iraniani delle potenziali rivendicazioni dell'Azerbaigian a partire dall'idea del "Grande Azerbaigian" e con l'Iran che ha l'Armenia nella guerra del Nagorno-Karabakh. Le relazioni tra Iran e Azerbaigian sono leggermente migliorate dall'ascesa di Hassan Rouhani in Iran.