Verheiratet ist McConnell mit Elaine Chao, der ehemaligen Arbeitsministerin in der Bush-Regierung. Das Paar ist kinderlos, McConnell hat jedoch drei Töchter aus erster Ehe (1968–1980). Im Januar 2017 wurde seine Frau unter Präsident Donald Trump Verkehrsministerin und trat am 7. Januar 2021 als erstes Mitglied des Kabinetts von Trump wegen der Erstürmung des Kapitols in Washington zurück.