Seit 2003 obliegt das Management des Freilichtmuseums de facto der "K.K. Meitetsu Impress", einer Tochtergesellschaft der Meitetsu Group. Eine Weile lang schien die Zukunft von Meiji Mura gefährdet und die Restaurierungsarbeiten mussten aufgrund der wirtschaftlichen Schieflage der Eigentümergesellschaft eingestellt werden. Zudem wurde der Themenpark durch das Erdbeben von Kōbe 1995 in Mitleidenschaft gezogen. Allerdings konnten im Jahr 2005 die "Torwache und Leibgarde am Kaiserhof" sowie 2007 die "Sake-Brauerei Nakai" restauriert und für den Publikumsverkehr freigegeben werden.