Am 27. Januar 1996 spielte Gravesen auch erstmals im Trikot der Dänischen U-21. Beim 2:3 gegen Chile stand Gravesen in der Anfangself und wurde während des Spiels für Jacob Juhl ausgewechselt. Gravesen kam auch in der Qualifikation zur U-21-Fußball-Europameisterschaft 1998 zum Einsatz. Die Qualifikation wurde jedoch verpasst. Sein letztes Spiel für die U-21 machte Gravesen am 10. Oktober 1997, als er beim 3:2 gegen Griechenland zum Einsatz kam und auch über 90 Minuten lang durchspielte. In jenem Spiel gelang ihm auch sein letztes von insgesamt vier Toren. In der U-21 kam er auf elf Einsätze.