وبعد عزل بالرئيس محمد مرسي، أصدرت النيابة العامة المصرية في 11 يوليو 2013 أمرا بضبط وإحضار د. محمد بديع للتحقيق معه في تهمة التحريض على الإشتباكات التي وقعت حول دار الحرس الجمهوري.