Il primo grande impegno della Marina Egiziana fu la guerra d'indipendenza greca, quando, su richiesta del Sultano ottomano Mahmud II venne inviato Mehmet Ali inviò Peloponneso nel 1824 in soccorso delle forze ottomane una squadra navale e un esercito di 17.000 uomini al comando del figlio Ibrāhīm Pascià, il quale, dopo avere sconfitto i greci nella battaglia di Sfacteria, combattuta tra il 29 aprile e l'8 maggio 1825, pose fine nell'aprile del 1826 all'assedio di Missolungi. L'intervento delle potenze europee Francia, Regno Unito e Russia in favore dei ribelli greci cambiò gli esiti del conflitto e nella battaglia di Navarino dell 20 ottobre 1827 la flotta ottomana-egiziana venne sconfitta e la successiva Spedizione di Morea, condotta dalla Francia, costrinse Ibrāhīm a capitolare e lasciare la Grecia il 1º ottobre 1828.