Dal VI al XIII secolo la popolazione si espanse e divenne più popolosa anche della moderna Samarcanda. In quegli anni la città conobbe l'invasione araba (che portò il suo alfabeto e convertì all'Islam la sua popolazione), quella dei Persiani e di diverse successive dinastie turche, che ne fecero una delle città più ricche di tutto il mondo islamico. Fu saccheggiata nell'anno 1220 dai Mongoli e sopravvisse solo una minima parte della popolazione, che dovette affrontare anche un sacco successivo, condotto da un altro condottiero mongolo: Barak Khan. La città impiegò decenni per ristabilirsi da quei disastri.