Полковник Щепихин вскоре уехал за пределы Войска и поступил на службу в Народную армию Самарского КОМУЧа начальником полевого штаба Поволжского фронта (с 15.08.1918), затем с октября по декабрь 1918 года — начальник штаба Самарской группы войск. 24 декабря 1918 года произведён в чин генерал-майора. С января 1919 года назначен начальником штаба Западной армии войск адмирала А. В. Колчака. Под его непосредственным руководством была разработана наступательная операция Западной армии на г. Уфу и далее на р. Волгу. Приказом Верховного правителя и Верховного главнокомандующего от 14.01.1919 ему была объявлена благодарность. С 16.06.1919 года начальник снабжения Южной (впоследствии Оренбургской) армии. 07.10.1919 года зачислен в распоряжение генерал-квартирмейстера штаба главнокомандующего армиями Восточного фронта. Участник Великого Сибирского Ледяного похода. С 12.11.1919 года — начальник штаба 2-й армии. С 27.01.1920 года — начальник штаба Главнокомандующего Восточного фронта, затем начальник штаба войск Российской восточной окраины.