Pada tanggal 9 April 1990 secara resmi Rumah Sakit Lanud Adisujtipto menjadi Rumah Sakit TNI AU Dr. Suhardi Hardjolukito Yogyakarta. pada tahun 2004 tepatnya tanggal 1 Maret 2004 status Rumah Sakit TNI AU Dr. Suhardi Hardjolukito telah dinaikkan menjadi Rumah Sakit Tingkat III dengan Skep KASAU nomor: Kep/5/III/2004 tanggal 1 Maret 2004. Akibat Gempa bumi Yogyakarta 2006 yang terjadi di Yogyakarta pada tanggal 27 Mei 2006 bangunan lama Rumah Sakit TNI AU Lanud Adisutjipto mengalami rusak berat. Oleh karena itu mulai tanggal 29 Mei 2006 secara bertahap kegiatan pelayanan kesehatan Rumah Sakit TNI AU Dr. Suhardi Hardjolukito Yogyakarta dipindahkan ke bangunan Rumah Sakit baru yang berlokasi di Jalan Raya Janti, Yogyakarta.