Toutefois, lors du référendum organisé le , les Colombiens rejettent l'accord de paix avec 50,23 % des voix, pour une participation de 37,28 % de la population. Malgré cette défaite, le président Juan Manuel Santos a assuré que le cessez-le-feu resterait en vigueur, et le chef des rebelles Rodrigo Londoño a annoncé qu’il reste en faveur de la paix. À la suite de la victoire de « Non » au référendum, et après une nouvelle phase de négociations, le gouvernement et les FARC trouvent un nouvel accord modifiant largement le premier, ratifié le par le Sénat et le 30 par la Chambre des représentants.