Terwijl Soekarno weigerde partij te kiezen, werd door het leger — onder leiding van generaal Soeharto — de schuld aan de communisten van de Communistische Partij van Indonesië ("PKI") gegeven. Dit leidde de Indonesische massamoord van 1965-66 in. Ook verschillende communistische politici werden gedood, waaronder de kabinetsleden D.N. Aidit, M.H. Lukman en Njoto. Tegen het einde van de massamoord, in februari 1966, probeerde Soekarno zijn eigen positie weer te verstevigen door het "Verbeterde Dwikora-kabinet" ("Kabinet Dwikora Yang Disempurnakan" oftewel Dwikorakabinet II) te installeren, wat maar van korte duur zou zijn.