W czerwcu 1940 roku „Sidi Ferruch” nadal wchodził w skład 8. dywizjonu 4. eskadry okrętów podwodnych, a jego dowódcą był kpt. mar. Y.M.E. Lostie de Kerhor de Saint-Hippolyte. Po zawarciu zawieszenia broni między Francją a Niemcami okręt znalazł się pod kontrolą rządu Vichy. Od 10 do 25 sierpnia okręt stacjonował w Duali, a w związku z zagrożeniem Gabonu przed zajęciem przez Brytyjczyków i Wolnych Francuzów został 30 sierpnia przesunięty do Libreville. Podczas operacji Menace 25 września „Sidi Ferruch” wypłynął z Konakry w celu zaatakowania alianckiej floty inwazyjnej, jednak został zmuszony do zanurzenia w odległości 10 Mm od brytyjskich jednostek przez samoloty z lotniskowca HMS „Ark Royal”.