We wrześniu 2006 Marek został powołany do reprezentacji Czech na spotkania eliminacji do Euro 2008 ze Słowacją i Walią, jednak swój debiut w drużynie narodowej zaliczył 7 lutego 2007 w towarzyskim meczu z Belgią, wygranym 2:0. 28 maja 2008 został powołany przez Karela Brücknera do 23-osobowej kadry na EURO 2008.