С 1939 года, после того как Чехословакия была оккупирована Третьим рейхом и был создан протекторат Богемии и Моравии, «Славия» вновь стала сильнейшей командой в регионе. Чешские команды не стали выступать в чемпионате Германии и продолжили разыгрывать отдельный чемпионат Богемии и Моравии, который «Славия» выиграла четыре раза подряд с 1940 по 1943 год. Кроме этого в 1941 и 1942 годах «красно-белые» также становились обладателями Кубка Чехии, ставший разыгрываться с 1940 года. В сезоне 1943/44 «Славия» впервые не стала чемпионом, пропустив вперёд «Спарту», впрочем Йозеф Бицан забил в том розыгрыше 57 голов, установив абсолютный рекорд по количеству голов в истории чемпионатов Чехии и Чехословакии. Следующий сезон 1944/45 не состоялся из-за советское вторжение в Чехословакию.