จนสมัยการปฏิวัติซินไฮ่ล้มล้างจักรพรรดิจีน ราชวงศ์ชิงหรือแมนจู หนานจิงจึงเป็นเมืองหลวงของรัฐบาลแห่งสาธารณรัฐจีน เป็นเมืองหลวงครั้งสุดท้ายระหว่างปี ค.ศ. 1927 ถึง ค.ศ. 1949 ภายใต้การบริหารของพรรคก๊กมินตั๋งมีรัฐบาลคือรัฐบาลชาตินิยมแห่งสาธารณรัฐจีน (จีนคณะชาติ) ซึ่งมีผู้นำขณะนั้น คือ จอมทัพเจียงไคเช็ค ในช่วงสงครามจีน-ญี่ปุ่นครั้งที่สองที่เกิดในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง นครหนานจิงได้รับความโหดร้ายอย่างรุนแรงในความขัดแย้งของสงครามและเป็นที่รู้จักไปทั่วโลกคือ การสังหารหมู่นานกิง