Osmanský sultán Mahmud II. nespokojný s decentralizáciou krajiny sa rozhodol situáciu riešiť a proti Alimu zakročiť. V roku 1819 vydal príkaz na pašovu likvidáciu. Ali sa pokúsil zachrániť svojimi overenými praktikami, no tentokrát ho nezachránili ani vraždy a vydieranie. Nakoniec ho opustili aj vlastné deti a na stranu sultána sa postavil aj albánsky paša Mustafa Bušatli. Ali paša postupne prišiel o väčšinu svojich území, a hoci v roku 1821 proti Osmanom povstalo Grécko, ani táto skutočnosť nezabránila osmanským vojskám na čele s Churšid pašom obľahnúť Janinu. V roku 1822 Churšíd paša Ali pašovi sľúbil milosť doloženú falošným sultánskym fermanom a po tom, čo sa paša vzdal a odišiel do Kláštora svätého Panteleimona bol popravený. Aliho hlava bola poslaná do Konštantínopola, kde bola verejne vystavená.