Namens de staat Pennsylvania werd Morris in 1787 afgevaardigd naar de Constitutional Convention. Hij zei weinig tijdens de Conventie. Zijn belangrijkste bijdrage was de nominatie van zijn vriend George Washington voor het presidentschap. Deze wilde hem als minister van Financiën, maar Morris bedankte daarvoor. De Wetgevende Vergadering van Pensylvania koos hem als senator. Hij was daarin een fervent aanhanger van de Federalistische Partij en steunde veel van de wetgeving en maatregels die werden voorgesteld door Alexander Hamilton, de minister van Financiën, zoals de aanleg van kanalen en de bouw van vuurtorens. Bij zijn eigen activiteiten zette Morris ook fors in op innovatie. Zo lanceerde hij vanuit zijn achtertuin een heteluchtballon en bezat hij de eerste mijn waar gebruik werd gemaakt van een railsysteem.