1648年に入るとリヌチーニに反発した最高会議からアルスター司令官を解任され、1649年2月に孤立したリヌチーニがアイルランドを去りオーウェンの立場も悪化、アルスターで独立を維持すべく、かつての敵だったオーモンド侯からの和平を拒否、イングランドから派遣された議会派の司令官ジョージ・マンクと1649年5月8日に中立協定を結び、8月まで中立を保った。同月に議会派司令官オリバー・クロムウェルがニューモデル軍を率いてアイルランド侵略を開始、オーモンド侯ら王党派や同盟がクロムウェルに蹴散らされていく中、11月6日に死去。甥のが軍の指揮を継いだが、1650年4月から5月のでクロムウェルに敗れ、アイルランド全土もクロムウェルに代わりニューモデル軍を率いたヘンリー・アイアトン、チャールズ・フリートウッド、エドマンド・ラドローらに平定された。