У почетку је подржавао инвазију на Ирак из 2003, али је касније постао велики противник тог рата. Своју председничку кампању из 2004. је темељио на противљењу рату у Ираку, међутим Буш је победио освојивши 34 електорска гласа више. Кери је 2009. постао председник "Сенатског одбора за спољне послове", а 2011. је именован у "Заједнички изабрани одбор за смањење дефицита".