Ve šmalkaldské válce v letech 1546-1547 stáli Šlikové na straně protestantů proti habsburským panovníkům. Ti, aby omezili moc a vliv Šliků, byl Jáchymov a jeho doly podřízeny nucené královské správě. Vavřincův bratranec Albín Šlik, který byl jako člen Šmalkaldského spolku nucen opustit zemi, převedl v roce 1547 své zkonfiskované panství Nejdek na Vavřince, který od té doby často pobýval na nejdeckém zámku.