I mars 2016 deltog Lahti i inomhus-VM i Portland, Oregon men slogs ut i ena försöksheatet på 1 500 meter, tid 4.11,68. Den 1 maj 2016 satte hon svenskt rekord på 10 000 meter, i sitt första lopp på distansen, med tiden 31.54,87 och slog därmed Midde Hamrins 26-åriga rekord med nästan 2,5 sekunder. Loppet genomfördes i Palo Alto. Loppet kvalificerade henne för årets EM i Amsterdam med god marginal. Innan EM deltog Lahti i ett mixat lopp på 3 000 meter den 24 juni i Utrecht, Nederländerna och sprang då in på nytt personligt rekord och som trea genom tiderna i Sverige med tiden 8.50,97. Vid EM i Amsterdam den 6 juli sprang Lahti i finalen på 10 000 meter in på en nionde plats med tiden 32.14,17, detta efter att ha fallit en bit in i loppet. Vid OS samma år förbättrade hon den 12 augusti sitt svenska rekord på 10 000 meter med tiden 31.28,43. I loppet kom hon på tolfte plats bland 37 startande.