В 1988 году Донахи за 650 000 £ переходит в клуб, за который он болеет с детства, «Манчестер Юнайтед». Это был большой риск для Алекса Фергюсона, выплатить такую сумму за 31-летнего игрока. Вначале Донахи играл левого защитника, пропустив за сезон всего одну игру Кубка Лиги. Но следующий сезон 1989-90 Донахи часто даже не попадал на скамейку запасных, пропустив даже Финал Кубка Англии, однако находился в запасе в финале Кубка Кубков, выигранного МЮ, а в середине сезона играл за «Лутон» на правах аренды. В сезоне 1991-92 «Юнайтед» выиграл ещё один кубок Лиги, но в августе 1992 Донахи переезжает в Лондон, выступать за «Челси», который заплатил 100 000 £ за 35-летнего игрока. Донахи помог дойти «Челси» до финала Кубка Англии 1993-94, но в самом финале участия не принимал.