El gener de 1999 Rajoy va deixar el càrrec a Ángel Acebes i va substituir Esperanza Aguirre al capdavant del Portaveu del Govern i, novament, la del Ministeri de la Presidència. Com a portaveu va haver d'enfrontar-se als desastres del Prestige i al suport incondicional d'Aznar a George W. Bush durant la Invasió de l'Iraq de 2003.