В 1890-х годах по проекту зодчего Петра Зыкова была выполнена реконструкция верхней части здания трапезной: выложены аттики вдоль северного и южного фасадов с трёхарочным портиком в центре, на кровли барабана установили широкий фигурный купол. В 1895-м вызолотили иконостас, стены алтарной части храма украсили лепниной и живописью. Росписи выполнила артель художников из мастерской иконописца Василия Гурьянова, руководил работами живописец Афанасий Куликов. В память о коронации Николая II, состоявшейся в 1896 году, прихожане собора заказали драгоценные вызолоченные хоругви с эмалевыми украшениями и государственными гербами. В 1900-м погост обнесли новой оградой на каменных столбах, к которой примыкала выстроенная на углу Елоховской и Красносельской улиц часовня. В подвале собора устроили камеру для духового отопления.