Встревоженная усилением французских позиций в Германии, так и не получив обещанный ей Ганновер, против Наполеона выступила Пруссия. 26 августа она выдвинула ультиматум с требованием отвода Великой армии за Рейн. Наполеон отверг этот ультиматум и напал на прусские войска. В первой же крупной битве при Заальфельде, 10 октября 1806 года пруссаки были разбиты. После этого 14 октября последовало полное поражение их под Йеной и Ауэрштедтом. Через две недели после йенской победы Наполеон вступил в Берлин, вскоре после того сдались Штетин, Пренцлау, Магдебург. На Пруссию была наложена контрибуция в 159 млн франков.