主要陈列主题《人类的浩劫——侵华日军南京大屠杀史实展》，分为“南京沦陷前的中国形势”、“日军从上海攻向南京”、“日军入侵南京与中国守军南京保卫战”、“日军在南京的大屠杀”、“日军在南京的奸淫与掠夺”、“日军在南京的焚烧与破坏”、“国际安全区不安全”、“日军毁尸灭迹与慈善团体掩埋遗体”、“对制造南京大屠杀的日本战犯审判”、“南京大屠杀的历史见证”、“前事不忘后事之师”十一个部分，陈列面积4200平方米。