Suomen sisällissodan aikana keväällä 1918 Ahava ajoi aktiivisesti Itä-Karjalan liittämistä Suomeen ja kiersi ahkerasti propagoimassa asian puolesta. Myös hänen toiseksi vanhin poikansa Paavo Ahava nuorempi kannatti ajatusta ja osallistui kaikkiin heimosotien Itä-Karjalan retkiin vuosina 1918–1922. Paavo Ahavan vanhin poika Iivo Ahava sen sijaan halusi itsenäisen Itä-Karjalan ja vastusti sen liittämistä Suomeen. Sisällissodan aikana Iivo johti punakaartin pohjoista retkikuntaa ja oli näin ollen eri puolella kuin isänsä ja veljensä, jonka hän myös tiettävästi kohtasi taistelussa Vienan retkien alkuvaiheessa maaliskuussa 1918. Paavo Ahavan tytär Veera puolestaan toimi valkoisten esikunnassa lääkintätehtävissä. Ahava joutui sisällissodan aikana myös punaisten vangiksi, mutta pääsi palaamaan nopeasti Kuusamoon, ilmeisesti juuri Iivon ansiosta.