Байи де Монтион участвует во всех основных сражениях в 1805 году в Австрии и в 1807 году в Восточной Пруссии. В 1807 года он — помощник маршала Бертье. В 1808 году отправился в Испанию, где возглавлял штаб маршала Мюрата, занявшего Мадрид. Произведён в бригадные генералы, сделан бароном Империи.