En el campeonato de Primera División de 1906, Thunder alcanzó el primer lugar, pero al no darse por finalizado el torneo debido al terremoto de Valparaíso de ese año, el título de campeón quedó desierto. Al año siguiente, disputó el campeonato con Loma Blanca, equipo que finalmente se tituló campeón. A fines de esa misma temporada el club se disolvió, y muchos de sus socios ingresaron a las filas del Santiago National.