Il existe un mouvement séparatiste ethnique au sein de la minorité ouïghours, qui est un peuple turc ayant sa propre langue. Les séparatistes ouïghours veulent rétablir la République du Turkestan oriental,qui a existé pendant quelques années dans les années 1930 avant de disparaître. Une Seconde République du Turkestan oriental existe entre 1944 et 1950, mais ce n'est qu'un État fantoche communiste au service de l'URSS. Pendant la période de rupture sino-soviétique, l'Union soviétique soutient les séparatistes ouïgours contre la Chine. SI cette aide s’arrête avec l'effondrement de l'Union soviétique, la Chine continue de s'inquiéter des objectifs séparatistes potentiels de la majorité musulmane du Xinjiang. En avril 1996 Un accord conclu entre la Russie, le Kazakhstan, le Tadjikistan, le Kirghizistan et la Chine offre une certaine tranquillité a cette dernière, en éloignant le risque d'une intervention étrangère dans la lutte qu'elle mène contre les séparatistes ouïghours, et donc d'un conflit militaire. Par la suite, d'autres États musulmans affirment a leur tour leur volonté de ne pas s'impliquer dans les affaires intérieures de la Chine.