Санациони радови на Муслук џамији вршени су 1973. године. Као посљедица ратних дејстава у Босни и Херцеговини у периоду 1992-1995. године објекат Атик Али-пашине џамије у Фочи је у потпуности уништен. У новембру 2003. године, извршена је обнова објекта, која је завршена у јулу 2007. године.