Als Kandidat der KPU nahm Symonenko an den Präsidentschaftswahlen 1999, 2004 und 2010 teil. 1999 erreichte er im ersten Wahlgang 22,24 % der Stimmen. In der zweiten Runde unterlag er mit 37,80 % Amtsinhaber Leonid Kutschma, der 56,25 % bekam. 2004 schied er mit 4,97 % der Stimmen im ersten Wahlgang aus.