州間の戦争が勃発したとき、ギボンはユタ準州のキャンプ・フロイドで第4アメリカ砲兵連隊B大隊の大尉として勤務していた。ギボンの父は奴隷所有者であり、3人の兄弟、2人の義兄弟および双従兄弟のジョンストン・ペティグルーが南軍で務めたという事実にも拘らず、ギボンは合衆国に対する忠誠を守ることに決めた。ギボンはワシントンD.C.に戻った時にまだ第4アメリカ砲兵隊の指揮を執ったままで、アービン・マクドウェル少将の砲兵長になった。1862年に志願兵の准将に指名され、国王のウィスコンシン旅団と呼ばれる西部人の旅団指揮を執った。ギボンは直ぐにその部隊の訓練に取り掛かり、外観を正し、白の脚半と独特の黒の1858年正規軍ハーディハットを着けさせた。この帽子のせいでその部隊はブラックハット旅団という渾名を貰った。第二次ブルランの戦いの前哨戦となるゲインズビル（ブローナー農園）の戦闘では、この旅団を率いて有名な南軍ストーンウォール・ジャクソンのストーンウォール旅団と戦った。9月14日のサウス山の戦いではやはりこの旅団を率いて強力な丘昇りの突撃を掛け、この時ジョセフ・フッカー少将は兵士達が「鉄のように戦った」と叫んだ。この時からその旅団は「鉄の旅団」と呼ばれた。ギボンがその旅団を率いたのはアンティータムの戦いが最後となった。このときはトウモロコシ畑での血塗られた戦闘で自ら砲兵を指揮するために旅団を離れる時間を取らざるを得なかった。