Le déclenchement de la guerre accrut la stature internationale de Kruger et il fut célébré dans les pays rivaux du Royaume-Uni ; il annonça avoir bon espoir d'une intervention allemande, française ou russe en sa faveurs malgré les nombreux télégrammes de Leyds l'informant que cela était irréaliste. Kruger ne prit pas part aux combats essentiellement en raison de son âge mais également pour éviter sa capture ou sa mort. Il participa cependant à la conduite de la guerre depuis son bureau de Pretoria d'où il supervisa l'effort de guerre et conseilla ses officiers par télégramme. Les forces boers dans lesquelles combattaient quatre des fils de Kruger, six de ses beaux-fils et 33 de ses petits-enfants progressèrent rapidement dans le Cap et le Natal où elles assiégèrent Kimberley, Ladysmith et Mafeking. Peu après, Kruger nomma Louis Botha comme commandant-général après que Joubert ait été grièvement blessé