Las obras comenzaron a finales de 1990, con el derribo de todas las antiguas instalaciones de Cercadilla y la reorganización de la playa de vías, que incluyó el tendido de las vías de la nueva línea alta velocidad Madrid-Sevilla. Como consecuencia de los trabajos en la zona de Cercadilla, fue eliminada la conexión con la línea Córdoba-Almorchón, siendo levantado el trazado de acceso a la ciudad. Otra consecuencia de la llegada del AVE fue el trasladado fuera del casco urbano del comienzo de la línea Córdoba-Málaga, quedando situado cerca de la nueva estación de El Higuerón. También fueron derruidas las antiguas cocheras del Depósito de locomotoras, los talleres y las rotondas giratorias. Para 1992 ya se encontraba en servicio la conexión de alta velocidad, que permitía el enlace con Madrid, Ciudad Real y Sevilla en menor tiempo que el ferrocarril convencional, coincidiendo con la celebración de la Expo'92 de Sevilla.