Nomeado em 1664 Governador-Geral dos Países Baixos Espanhóis, partiu para a Flandres com ordens de reforçar o exército, muito minguado após a Paz dos Pirenéus, mas quase sem meios para o conseguir, devido à falta de ajuda financeira e à dificuldade em recrutar soldados na Península Ibérica. Sem a ajuda de Espanha, Francisco de Moura Castelo Rodrigo reforçou o seu exército com tropas imperiais licenciadas após a paz estabelecida entre o Sacro Império Romano-Germânico e os turcos do Império Otomano, embora as tropas disponibilizadas não fossem suficientes para proteger as províncias face à temida invasão francesa. Apesar de seus repetidos pedidos à corte de Madrid, esta, envolvida na luta para reconquistar Portugal, não enviou qualquer soldado entre 1663 e 1665. Privado de soldados espanhóis e italianos, o marquês teve que recorrer a tropas alemãs e valãs e em 1666 foi mesmo forçado a contratou mercenários ao vizinho Bispado de Münster, inimigo da França. Apesar de seus esforços para melhorar a defesa do território flamengo, durante o seu governo, os Países Baixos Espanhóis sofreram uma invasão francesa no contexto da Guerra de Devolução. Como ao tempo a Espanha estava tão fraca que pouca resistência poderia oferecer ao ataque francês, estes consideravam o ataque "«une promenade militaire"», e na verdade a invasão de 1667-1668 foi realmente quase um «passeio militar» para o exército para o francês.