Con el estallido de la Guerra Civil irlandesa en junio de 1922, O'Higgins intentó restaurar el orden público utilizando la mano dura. Entre entonces y mediados de 1923, firmó sentencias de muerte para setenta y siete prisioneros republicanos de guerra, incluyendo la de Rory O'Connor, que había sido su padrino de boda. O'Higgins y sus colegas no consideraban a los republicano como prisioneros de guerra, sino como delincuentes. En represalia por su actuación, el IRA anti-Tratado asesinó su padre y quemó su casa familiar en Stradbally, Condado de Laois.