Με τον θάνατο του προκατόχου του Αλβίζε Κονταρίνι (15 Ιανουαρίου 1684) ο Μαρκαντόνιο Τζουστινιάν εξελέγη νέος δόγης της Βενετίας (26 Ιανουαρίου 1684). Η εκλογή του στάθηκε μεγάλη έκπληξη, η συντριπτική πλειοψηφία των Βενετσιάνων περίμενε την εκλογή του Φραντσέσκο Μοροζίνι στην θέση του δόγη. Οι εκλέκτορες ωστόσο προτίμησαν έναν πιο αδύναμο δόγη για να μπορούν να τον ελέγξουν αφού o Μοροζίνι θα μπορούσε να είναι πολύτιμος σε άλλους τομείς όπως οι στρατιωτικές εκστρατείες. Η εκλογή αποδείχτηκε σοφή, η Βενετία γνώρισε εκείνη την εποχή τεράστιες επιτυχίες ύστερα από μια περίοδο μεγάλης παρακμής με αποκορύφωμα την απώλεια της Κρήτης όταν έληξε η Πολιορκία του Χάνδακα. Ο Μοροζίνι μετά από μια μεγάλη σειρά από στρατιωτικές επιτυχίες απέναντι στους Οθωμανούς κατέκτησε τα νησιά στην Λευκάδα, την Πρέβεζα, την Καλαμάτα και το Ναβαρίνο.