В ходе войны командование ВВС ВМФ неоднократно предпринимало меры по наращиванию авиационных группировок флотов, исходя из складывающейся оперативной обстановки на ТВД. Так, в июле 1942 г. ВВС СФ были усилены Особой морской авиационной группой (ОМАГ), состоящей из трёх авиационных истребительных полков (95-й, 13-й и 121-й ИАП) на тяжёлых истребителях типа Пе-3 и Пе-3бис. Данное формирование обеспечивало выполнение задачи государственной важности — проводка арктических конвоев союзников в северные порты СССР. В 1943 г. в состав ВВС ЧФ был переброшен с Севера 29-й БАП, а на Балтику — 35-й ШАП. В июне 1944 г. ВВС БФ получили с Чёрного моря 11-ю ШАД. С окончанием боевых действий в Европе, ряд частей ВВС западных флотов был переброшен на Дальний Восток для участия в войне с Японией (в том числе 27-й ИАП, 36-й МТАП ВВС СФ, 43-й ИАП ВВС ЧФ).