Po komunistickém převratu v roce 1948 šířil mezi věřícími biskupské listy, které vyzývaly k odporu proti totalitě, proti zabírání církevních škol a řádových nemocnic, proti likvidaci církví a omezování kněžské svobody. Tyto Limpouchovy aktivity vedly nakonec 21. listopadu 1951 k jeho zatčení. Rok a půl života strávil ve vyšetřovací vazbě a teprve v létě 1953 došlo k soudnímu líčení. Celý proces vyvrcholil 2. července 1953 vynesením rozsudku, na jehož základě byl Josef Limpouch odsouzen za trestný čin velezrady na 10 let odnětí svobody. V následujících letech prošel několika nápravnými zařízeními (Mladá Boleslav, Valdice, Leopoldov) a na svobodu byl propuštěn na základě prezidentské amnestie až 10. června 1960.