同年の関ケ原戦役では西軍に与し、7月の伏見城の戦いに加わった後、9月には大津城の戦いに従軍。城主の京極高次退去した後も大津城に駐屯した。しかし同日に西軍が本戦で敗れていたのを知ると逃亡し、脇坂安治を通じて井伊直政に降参したが、許されず、10月7日に切腹となり首は京の三条河原に晒された。この理由を『武家盛衰記』は、何年か前に石田三成の命で徳川家康が滞在している伏見の屋敷に火を付けて暗殺しようとしたが家康の家来に捕まって失敗し、拷問の末に白状して大坂城に幽閉されたことがあるためとし、「前代未聞の奸人」として三成と同罪に処されたとするが、この話の真偽は不明。