На момент нападу на Перл-Гарбор у грудні 1941 року «Яеяма» був виділений для участі у «Операції М» (вторгнення на південь Філіппін ), вирушив із Палау для мінування протоки Сурігао. 3 січня 1942 року корабель став флагманом третього експедиційного флоту адмірала Рокузо Сугіяма і прикривав висадку в Субік-Бей. Під час перебування в лютому в Субіку «Яеяма» невдало атакував торпедний катер «USS PT-32». «Яеяма» базувався в Манілі з липня 1942 року під загальним командуванням Південно-Західного флоту.