Ukrainan itsenäistyttyä Šah’tar on Kiovan Dynamon ohella ollut maan vahvimpia joukkueita. Vuodesta 1996 seuran on omistanut Ukrainan rikkain mies, tataarioligarkki Rinat Ah’metov, joka oli Viktor Janukovytšin merkittävimpiä tukijoita vuoden 2004 Ukrainan presidentinvaalissa. Ah’metov lupasi Šah’tarin kannattajille seuran saavuttavan menestystä eurocupeissa. Vuonna 1999 perustettiin seuran junioriakatemia noin 3 000 nuorelle pelaajalle. Samana vuonna avattiin harjoituskeskus Kirša. Uusi stadion Donbass Arena valmistui vuonna 2009, jota ennen seuran kotina toimivat Šah’tar- ja Olimpijskyi-stadionit.