Nach dem Überfall auf Polen wurde Ostoberschlesien vom Deutschen Reich annektiert und dem Gau Schlesien zugeschlagen. Als dortiger Kommissar für die Festigung deutschen Volkstums, wozu er am 7. November 1939 ernannt worden war, regte er im Frühjahr 1940 die Errichtung eines ersten Konzentrationslagers für 10.000 Häftlinge in Auschwitz an, das Opfer der so genannten AB-Aktion aufnehmen sollte. Die ersten polnischen Gefangenen wurden am 14. Juni 1940 in das Lager deportiert. Infolge der ersten erfolgreichen Flucht eines Häftlings am 6. Juli 1940 besuchte er das KZ Auschwitz. Er ordnete anschließend die Vertreibung der polnischen Bevölkerung in einem Umkreis von fünf Kilometern ums Lager an, was durch die Außenstelle Kattowitz der Umwandererzentralstelle vollzogen wurde. Ende Februar 1941 besichtigte Himmler das KZ auf dem Weg nach Breslau, wo er an der Geburtstagsfeier seines Protegés teilnahm.