Auch für die EM 1998 konnten sie sich zwar nicht qualifizieren, jedoch gelang dem Team zwei Jahre später die Qualifikation für die EM 2000. In einer Gruppe mit den Niederlanden, mit Spanien und Tschechien landete Kroatien auf einem enttäuschenden 4. Platz. 2004 gelang dem Team die bislang letzte Qualifikation für eine EM. Auch hier landete man auf dem 4. Platz.