ביולי 2014 הפסיקה הרכבת לפעול באופן זמני בשכונות פסגת זאב, בית חנינא ושועפאט, בשל נזקים שנגרמו לתשתית הרכבת במהלך הפגנות אלימות שנערכו בירושלים בעקבות רצח מוחמד אבו ח'דיר. הנזקים שנגרמו לתשתיות הוערכו בעשרות מיליוני שקלים. בשל כך תנועת הרכבות הסתיימה זמנית בתחנת גבעת המבתר.