Некоторые послевоенные историки утверждают, что Гаха не несёт ответственности за свои действия, учитывая преклонный возраст и снижающиеся умственные способности. В любом случае его влияние на немецкую политику практически отсутствовало как после 1941 года, так и несколькими годами ранее. 9 мая 1945 года в Прагу вошла Красная армия. Гаха был арестован 13 мая и сразу же переведён в тюрьму Панкрац. Эмиль Гаха умер в тюрьме 27 июня при загадочных обстоятельствах, многими историками рассматривалась возможность политического убийства, данную версию также разделяют члены семьи Гахи. После его смерти он был похоронен сначала в безымянной могиле на кладбище Винограды, но теперь на его могиле есть мемориальная доска.