Повернувшись у 3-тю дивізію, Даннатт працював над плануванням двох навчань у тренувальному центрі британської армії Саффілд у Канаді. Перші з них були на той час найбільшими навчаннями британської армії з кінця Холодної війни; другі відбулися вже після того, як Даннатт пішов з посади командира. Даннатт давав свідчення як свідок-експерт у суді над Радиславом Крстічем щодо бійні у Сребрениці, незабаром після чого був відправлений до Боснії, де служив заступником командира Сил стабілізації НАТО у 2000 році. Це відрядження мало тривати цілий рік, але було перервано, коли сер Майкл Вілкокс взяв достроковий вихід на пенсію. У результаті кадрових перестановок Даннатта у квітні 2001 року призначили помічником начальника Генерального штабу "(ACGS)". У вересні 2001-го, коли сталися теракти 11 вересня, він відвідував британські війська на Кіпрі. Як "ACGS" він опосередковано брав участь у плануванні подальших операцій армії в Афганістані і пізніше в Іраку, а також виконував обов'язки начальника Генерального штабу (яким тоді був Майкл Вокер), коли Вокер був недоступний. Даннатт передав посаду "ACGS" Девіду Річардсу, якому він передавав командування 4-ю бронетанковою бригадою в 1996 році і якому ж згодом передав посаду начальника Генерального штабу.