Fu solo con la "perestrojka", alla fine degli anni '80, che gli abitanti del Pamir poterono tornare nella loro regione, ricostruendo i loro villaggi in rovina e rimettendo a coltura i 4000 ettari di terre lasciate incolte su un totale di 16.000 ettari di terre arabili. La guerra in Afghanistan (1979-1989), durante la quale il massiccio funse da retroguardia secondaria ai combattenti, ma soprattutto la guerra civile tagica (1992-1996), che vide gli abitanti del Pamir rivendicare una parte di autonomia rispetto al potere centrale comunista, trasformarono nuovamente il Pamir in una zona di tensione e i pochi accessi stradali furono distrutti. Nel frattempo, tuttavia, furono avviati dei progetti di studio, in particolare dall'Università delle Nazioni Unite in accordo con le Accademie delle scienze, per sostenere lo sviluppo dell'area, e vennero fatte proposte per proteggere il patrimonio naturale e promuovere l'ecoturismo.