קשריו של ברוטוס עם קיסר המשיכו להתהדק. כשנפגש איתו בהיספניה בשנת 45 לפנה"ס לאחר הניצחון בקרב מונדה. הרושם שברוטוס קיבל, היה שקיסר מתכוון להחיות את המערכת הרפובליקאית הישנה. ברוטוס מונה למשרת הפראיטור אורבנוס בשנת 44 לפנה"ס יחד עם גאיוס קסיוס לונגינוס שמונה להיות הפראיטור פרגריני. העובדה שקיסר העדיף את ברוטוס על גבי קסיוס, שהיה מנוסה ממנו, מלמדת אף היא על האמון והביטחון הרב שרחש לו קיסר, שבאותה העת אף היה מאורס לאמו של ברוטוס . כמו כן קיסר הועיד את ברוטוס לשמש בתפקיד מושל מוקדון בתום כהונתו כפראיטור ולאחר מכן כקונסול של שנת 41 לפנה"ס