Die Yellowstonerivier is in 1806 deur William Clark tydens sy terugkeer van die Lewis-en-Clark-ekspedisie verken. Reeds voorheen was die Yellowstonerivier 'n belangrike vervoerpad vir die Indiane. Gedurende die 19de eeu het die rivier ook vir die blanke setlaars belangrik geword. In Montana is die rivier op 'n groot skaal vir besproeiing gebruik.