Dopo un lungo periodo, durante il quale gli studi superiori venivano impartiti nella locale Accademia Carolina, l'Ateneo fu rifondato nel 1838 dal re Ferdinando II. Nel 1847, in seguito alla Rivoluzione siciliana e al conseguente assedio della città, fu nuovamente chiuso, per essere riaperto due anni più tardi con la limitazione, tuttavia, di non potere immatricolare studenti calabresi o provenienti dalle altre province siciliane.