אונו ערך את הופעת הבכורה בנבחרת יפן ב-1 באפריל 1998 במשחק ידידות מול נבחרת קוריאה הדרומית. הוא היה חלק מהנבחרת במונדיאל 1998, במונדיאל 2002 ואולימפיאדת אתונה. הוא היה חלק מסגל הנבחרת לקראת מונדיאל 2006, אך בשל פציעה הספיק לשחק רק במשחק אחד במסגרת המוקדמות. פציעות מנעו ממנו לקחת חלק גם במשחקי גביע הקונפדרציות בשנת 2003 ו2005. בין השנים 1998 ו-2008 השתתף ב-56 משחקים והבקיע שישה שערים.