В 2001 году приезжает в Нью-Йорк и первоначально ставит в театрах экспериментальные пьесы, а также работает дизайнером на сценических постановках. В 2007 году снимает свой первый короткометражный фильм. В 2015 году выпускает свой первый полнометражный кинофильм «Ведьма», снятый в жанре фильмов ужасов. Творческий дебют, выполненный на историческом материале ведовских процессов в Новой Англии в XVII столетии, принёс Роберту Эггерсу успех и признание. В 2016 году «Ведьма» была удостоена приза за режиссёрскую работу на кинофестивале «Сандэнс». В прокат в кинотеатрах США эта картина была выпущена компанией A24. В 2019 году снял фильм «Маяк». Это работа, выполненная в том же ключе, что и «Ведьма». В кинокартине в главных ролях снялись актёры Уиллем Дефо и Роберт Паттинсон. Представленный на кинофестивале в Каннах в мае 2019 года, данный фильм Эггерса был награждён премией ФИПРЕССИ.