En 1797 una escuadra inglesa ataca Cádiz, obligando a la población a huir a Puerto Real. El hacinamiento al que se ve obligado a vivir a la población hace que sufran epidemias graves. La situación no mejorará con la invasión de los franceses en la Guerra de la Independencia Española, que arrasan la villa y la convertirán en el cuartel de operaciones durante el asedio de Cádiz. El 31 de agosto de 1823 las tierras de Puerto Real fueron escenario de la Batalla de Trocadero que enfrentaría a constitucionalistas contra los Cien Mil Hijos de San Luis, una armada organizada por Francia para devolver la corona al secuestrado Fernando VII. Aún quedan restos de esa batalla como el Castillo de San Luis, emplazados justo al sur del Puente Carranza, o el Caño de la Cortadura, que fue una zanja preparada para evitar que la artillería accediera a Cádiz.