Après la défaite à la Bataille de Rancagua, Prieto a fui à Mendoza, en Argentine pour construire l'Armée de libération des Andes. Après la victoire des Chiliens dans la Bataille de Chacabuco en 1817, il a été nommé commandant général de Santiago, où il s’est occupé des stratégies de défense et des questions militaires. Puis, il dirigea son attention vers le Pérou, afin de soutenir sa lutte pour l'indépendance.