Im Zweiten Weltkrieg blieb Portugal neutral und die Flotte untätig. Die Marine blieb lange eine feste Stütze des Regimes, von 1958 bis 1974 fungierte Admiral Américo Tomás als Staatspräsident von Salazars Gnaden. Die veraltete Flotte konnte aber 1961 die indische Annexion Goas nicht verhindern (wobei die indische Marine schließlich die "Afonso de Albuquerque" versenkte). Sie diente in Portugals Kolonialkrieg (1961–1974) zur Verschiffung zusätzlicher Kolonialtruppen.