21 квітня 1942 року авіагрупа прибула до Греції на аеродром Афіни-Каламакі у підпорядкування X повітряного корпусу генерала авіації Г. Гейслера. З цьому моменту He 111 II./KG 100 здійснювали авіаційні нальоти в акваторії Середземного моря та в Північній Африці на підтримку армій країн Осі, що билися на континенті. Німецькі льотчики атакували морські комунікації, транспортні конвої, порти, бази, райони зосередження та рандеву суден противника, важливі об'єкти на Мальті, в Лівії, Єгипті, Сирії, Палестині. Вони забезпечували повітряну підтримку сухопутній компоненті в битвах біля Газали, під Тобруком та в інших місцях. Бомбардувальники залучалися до атак Мальти, їхніми об'єктами були аеродроми та цілі на військово-морській базі обложеного острова. II./KG 100 передислокувалася спочатку до Греції у жовтні, а з початком ворожого вторгнення до Французької Північної Африки — до Сицилії, на підтримку італійсько-німецького угруповання, що протистояло англо-американській армії. Через колосальні навантаження за станом на 31 грудня 1942 року при наявності 22 справних бомбардувальників He 111 з 32, лише 4 екіпажі з 17 доступних були готові продовжували виконувати завдання.