בצעירותו ניסה להתקבל להגנה, אך סורב, הצטרף ללח"י והשתתף במספר פעולות כנגד השלטון הבריטי בירושלים. קינן תמך בדעותיו האנטי-אימפריאליסטיות של הלח"י, שראו במנדט הבריטי כובש זר, שבו יש ללחום בראש ובראשונה, וזאת בניגוד לאצ"ל ולהגנה שלחמו גם נגד הערבים. קינן נמנה עם קבוצה בלח"י, אותה הנהיג נתן ילין-מור, שהאמינה כי לאחר סיום המנדט הבריטי והסתלקות הבריטים יוכלו היהודים והערבים להתקיים בצוותא בארץ ישראל. עם זאת, כאשר פרצה מלחמת העצמאות, המשיך קינן ללחום במסגרת הלח"י, שעתה פעל אף כנגד הערבים. קינן נפצע במהלך הקרב בדיר יאסין. אחר-כך לחם במסגרת חטיבה 8 בפיקודו של יצחק שדה והשתתף בכיבוש לוד.