In 1694 keerde hij terug naar Hongarije waar hij rond 1698 in contact kwam met de Franse maarschalk de Villars, die verwikkeld was in de Spaanse Successieoorlog tegen de Habsburgers. Dit werd echter bekend bij de Habsburgers, waarop Rákóczi in 1700 werd opgepakt en gevangengezet in het fort van Wiener Neustadt. Hij werd ter dood veroordeeld, maar wist met behulp van de gevangeniscommandant en zijn zwangere vrouw Amalia tijdig te ontsnappen naar Polen, van waaruit hij in 1703 de opstand tegen de Habsburgers begon.