Dès le début du développement de "Kingdom Hearts: Birth by Sleep", l'équipe avait déjà décidé que le jeu présenterait trois histoires différentes, centrées autour de trois personnages, et que l'histoire d'Aqua serait la dernière à être écrite. La fin originale du scénario d'Aqua, la montrant piégée dans le royaume des ténèbres, a été déplacée dans "l'épisode final" du jeu afin d'éviter un ton trop négatif. En termes de gameplay, Aqua a été conçue pour être un personnage auquel les joueurs devraient s’habituer. Le jeu recommande de jouer son scénario en dernier afin de mieux comprendre l’histoire globale, en présentant Aqua comme le dernier personnage à quitter la Contrée du Départ. Ses mouvements ont été conçus pour refléter sa personnalité de jeune femme sérieuse et digne. Lors du développement de "Kingdom Hearts HD II.8 Final Chapter Prologue", le co-réalisateur Tai Yasue a expliqué que l'équipe souhaitait explorer les tourments d'Aqua, s'étant retrouvée piégée dans le Monde obscur, au point de montrer à quel point le personnage, rongé par la solitude, voulait s'en échapper. Nomura a été surpris par la réaction du public face à la précipitation d'Aqua dans les ténèbres, montrée dans la bande-annonce de "Kingdom Hearts III" présentée lors de l'E3 2018, et s'attend à ce que son rôle dans le jeu à venir surprenne le public encore davantage.