Zu Beginn des Krieges stellte Henry Washburn in Terre Haute eine Kompanie Freiwilliger zusammen, die als 18. Indiana-Kompanie in die Unionsarmee eintrat. Washburn wurde zum Oberstleutnant (lieutenant Colonel) ernannt. Im Juli 1862 wurde er zum Oberst (Colonel) befördert. Am 26. Juli 1865 schied er gesundheitlich angeschlagen im Range eines Generalmajors (Major General) aus der Armee aus. Während des Krieges hatte er unter anderem in Missouri und Arkansas gedient und an der Schlacht um Vicksburg teilgenommen.