Maaloufin perhe on kotoisin Libanonin vuoristoalueelta Ain el Kaboun kylästä. Maaloufin äiti oli harras katolinen ja lähetti poikansa ranskankieliseen jesuiittakouluun. Myöhemmin Maalouf opiskeli sosiologiaa Beirutin ranskalaisessa yliopistossa. Hän työskenteli vuosina 1971–1976 beirutilaisen sanomalehden An-Naharin ulkomaantoimittajana. Libanonin sisällissota syttyi vuonna 1975 ja Maalouf muutti seuraavana vuonna Pariisiin, missä hän asuu edelleen. Hän työskenteli toimittajana "Jeune Afrique" -lehdessä vuosina 1976–1979 ja An-Naharin viikkolehden johtajana 1979–1982. Maalouf oli "Jeune Afriquen" päätoimittaja vuosina 1982–1985. Hän lopetti toimittajan työt vuonna 1985 keskittyäkseen romaanien kirjoittamiseen.