Politisch hatte Müller während der Weimarer Republik konservativ-revolutionären Kräften aus dem Umfeld von Oswald Spengler, Otto Strasser, Ernst Niekisch und Ernst Jünger nahegestanden und sich antikapitalistisch, antiegalitär und antibürgerlich verstanden. Sein Verhältnis zum Nationalsozialismus, dessen Parteigängern in der Wehrmacht er „Bonzentum“ unterstellte, war vor diesem Hintergrund gespannt. Als Bataillons- und Regimentskommandeur im Zweiten Weltkrieg lehnte er den Vernichtungskrieg gegen die Sowjetunion aber nicht ab. Seine Sympathien mit dem militärischen Widerstand gegen den Nationalsozialismus wuchsen mit der sich verschlechternden militärischen Lage. Den Umsturzversuch am 20. Juli 1944 sollte Müller mit Truppen der Infanterieschule Döberitz unterstützen. Er wurde am 13. August 1944 von der Gestapo verhaftet und verbrachte fünf Wochen in Einzelhaft. Nach eigenen Angaben konnte er den Ausstoß aus der Wehrmacht nur durch Fürsprache General Heinz Guderians vermeiden. Hitler verfügte seine Degradierung zum Schützen, der Müller sich mit Glück entziehen konnte, indem er sich in den letzten Kriegsmonaten in mehreren Lazaretten aufhielt. Bei Kriegsende geriet er in britische Gefangenschaft, aus der er im März 1946 entlassen wurde.