Με διάταξη της 24ης Ιουλίου 1828, είχε σταλεί στη συνέχεια στην Ελλάδα, ως Αντιστράτηγος να συμμετάσχει στην Εκστρατεία του Μοριά (1828), υπό την αρχηγία του Στρατάρχη Μαιζώνος, κατά τη διάρκεια της Ελληνικής Επανάστασης του 1821. Στη διοίκηση της 2ης Ταξιαρχίας του εκστρατευτικού σώματος, απελευθέρωσε από τις τουρκικές-αιγυπτιακές κατοχικές δυνάμεις του Ιμπραήμ Πασά η Πόλη του Ναβαρίνου (7 Οκτωβρίου 1828), και στη συνέχεια πήρε το «Καστέλι του Μοριά» της Πάτρας (30 Οκτωβρίου 1828). Στην Πάτρα, όπου έμεινε για μερικούς μήνες, ίδρυσε υγειονομικές επιτροπές για τον απελευθερωμένο, αλλά υποσιτισμένο ελληνικό πληθυσμό και ακόμα κατάφερε να περιορίσει μια επιδημία πανώλης που αναπτύχθηκε στα ορεινά χωριά των Καλαβρύτων και του Βραχνίου στην Αχαΐα τον Δεκέμβριο του 1828. Τελικά έφυγε από το ελληνικό έδαφος μετά από τέσσερις μήνες αποστολής στην Πελοπόννησο, στις 9 Ιανουαρίου 1829, μετά την πλήρη απελευθέρωση της Ελλάδας από τον αιγυπτιακό κατακτητή. Κατά τη διάρκεια αυτής της εκστρατείας, στις 22 Φεβρουαρίου 1829, ο Ιγκονέ προήχθη από τον βασιλιά Κάρολος Ι΄ της Γαλλίας Ταξιάρχη του Τάγματος του Αγίου Λουίς, και μετά την επιστροφή του στη Γαλλία, Ταξιάρχη του Tάγματος του Σωτήρα από το νέο ανεξάρτητο Ελληνικό Κράτος το 1830.