1896 kehrte er in die Niederlande zurück und wurde in die "le-Reconvalescenten-Compagnie" des "Korps Koloniale Reserve" in Zutphen abgeordnet. Im Jahr 1900 verbrachte Thomson während des Burenkrieges einige Zeit in Südafrika als Beobachter und Militärattaché der niederländischen Regierung. Sein erfolgreicher Einsatz zur Bewachung von Eisenbahnstrecken während des Eisenbahnstreiks von 1903 verhalf ihm vermutlich zur Beförderung zum Kapitein.