在此期间，希佩尔组建了北海防卫司令部（）的办公室，同样驻扎在尼俄伯号上。1917年，舰只被解除武装，使其炮支可以用于加强威廉港的防御。同年10月，时任第一战列分舰队指挥官的海军少将登上尼俄伯号；这是由于公海舰队的大部已进入波罗的海发起阿尔比恩行动，因此由伯迪克暂时接管北海防卫司令部。希佩尔及其随员于1918年8月11日离开尼俄伯号，并升任公海舰队总司令。北海防卫司令部则仍然保留在尼俄伯号舰上直至签署《停战协定》、宣告战争结束两个月后的1919年1月；然后它被转移至另一艘被用作总部舰的老旧前无畏舰——德皇威廉二世皇帝号舰上。尼俄伯号随即于2月3日退役。