W czasie elekcji 1587 roku był kandydatem do tronu Rzeczypospolitej. W 1593 roku jego starszy brat, cesarz Rudolf II Habsburg mianował go gubernatorem Austrii. Maciej Habsburg przy tej okazji poznał biskupa Wiednia, późniejszego kardynała Melchiora Klesla, który później został jego głównym doradcą. W obliczu postępującej choroby psychicznej Rudolfa II, 25 kwietnia 1606 roku zjazd rodziny Habsburgów zadecydował o przekazaniu Maciejowi władzy na Węgrzech. W czerwcu 1606 zawarł ugodę z opozycją węgierską, na mocy której zgodził się przestrzegać na Węgrzech wolności religijnej i przywilejów szlacheckich, a księciem Siedmiogrodu mianował Stefana Bocskaya. Tym sposobem uspokoił sytuację w kraju i zakończył trwającą od 1604 roku uciążliwą rebelię magnacką. Królem Węgier został oficjalnie 2 lata później. 11 listopada 1606 roku podpisał z Turkami Osmańskimi kompromisowy pokój w Zsitvatörök, który nie dawał Habsburgom nowych nabytków terytorialnych, ale zwalniał ich z trybutu na rzecz sułtana. Tym samym zakończył wieloletnią wojnę z Turkami na Węgrzech. Ponieważ Rudolf II nie chciał zgodzić się na takie warunki traktatu, Maciej porozumiał się ze stanami austriackimi i odsunął brata od władzy. W czerwcu 1608 roku bracia zawarli ugodę w Lieben, na mocy której Maciej otrzymał władzę w Austrii i na Morawach, a ponadto koronował się oficjalnie na króla Węgier.