С началом Крымской войны, в феврале 1854 года произведён в вице-адмиралы и назначен командующим английской эскадрой в Балтийском море. Эта эскадра была крупнейшей флотилией, отплывавшей из Великобритании с 1815 года. Тем не менее флотилия была скудно укомплектована экипажем, экипаж был неопытным, а состав эскадры не подходил для осадных действий, которые были ожидаемы британской общественностью. Все, что Нейпиру оставалось делать — это осуществлять блокаду российских торговых и военных судов, не давая им выйти за пределы Балтийского моря. Содействовал капитуляции Бомарсунда. Но затем боевая удача покинула Нейпира: не имея достаточно средств для решительных действий, Нейпир отказался атаковать Свеаборг и Выборг, за что подвергся порицанию Адмиралтейства. В сентябре был снят с должности командира эскадры, отозван в Англию и отправлен в отставку. В 1855—1860 годах — депутат парламента от округа Саутварк ("Southwark (UK Parliament constituency)").