Con la guerra de la Independencia, el complejo franciscano fue ocupado como cuartel tanto de patriotas (1812-1814, ocupado por José Miguel Carrera) como de realistas (1814-1817). Posteriormente volvió a ser colegio franciscano (1817-1822) y más tarde fue utilizado como casa de huérfanos (1824-1840) y cárcel de mujeres y niños, Cuartel N°1 y Cuartel N°3 (1841).