Ayres a reçu le prix de l'association pour la promotion de l'art international au Japon en 1963 et a reçu en 1975 une bourse du Conseil des Arts de Grande-Bretagne. En 1982, elle a été nommée finaliste pour le prix de Peinture John Moores et a été finaliste pour le prix Turner en 1989. Elle a été nommée Officier de l'Ordre de l'Empire britannique (OBE) en 1986 et, en 1991, est devenue une académicienne royale. Plus tard, elle a temporairement démissionné de l'Académie, à la suite de la diffusion sur la BBC d'un documentaire sur les préparatifs de l'exposition controversée "Sensation", organisée par l'Académie en 1997, mettant à l'honneur les Young British Artists. Le documentaire, selon Gillian Ayres, a présenté une image inique des membres les plus âgés de l'Académie. Gillian Ayres s'est également opposée à l'inclusion dans l'exposition du portrait de la meurtrière Myra Hindley par Marcus Harvey. Elle a été nommée Commandeur de l'ordre de l'Empire britannique en 2011.