Daniel Prodan bestritt 54 Spiele für die rumänische Fußballnationalmannschaft und erzielte dabei ein Tor. Er debütierte am 2. Juni 1993 gegen die Auswahl der Tschechen und Slowaken im Rahmen der Qualifikation zur Weltmeisterschaft 1994. Ein Jahr später stand er bei der Endrunde in den USA selbst im Kader und kam in allen fünf Spielen der Rumänen zum Einsatz. Auch zwei Jahre später bei der Europameisterschaft in England gehörte Prodan zum rumänischen Aufgebot und wurde in zwei Spielen eingesetzt.