След смъртта на император Михаил VIII през 1282 и възкачването на сина му Андроник II на престола в политиката на Анна и съпруга ѝ настъпва остър завой, насочен към сближаване с империята. За това съдействат няколко фактора – първо, съюзът с Карл I Анжуйски губи значение, след като последният е изгонен от Сицилия, а общите военни неуспехи донасят на Епир териториални загуби в полза на Византия, второ, Епир губи и ценен съюзник в лицето на България, където политическите вълнения около и след въстанието на Ивайло стават причина сестрата на Анна да бъде низвергната от власт и предадена на византийците, и трето, братовчедът на Анна Андроник II прекратява прокатолическата политика на баща си и реабилитира майката и другата сестра на Анна. Така в началото на 80-те години лично Анна се заема да уреди мирните отношения между Епир и Византия, като през 1282 лично посещава империята, за да сключи мир с братовчед си. Посещението ѝ съвпада и със свикания от Андроник II църковен събор в Адрамитон, който цели да прекрати конфликта между императора и арсенитите – привърженици на низвергнатия от Михаил VIII патриарх Арсений Ауториан, които не признават властта на Палеолозите. Участие в събора вземат лично Анна, сестра ѝ Теодора и майка им Ирина-Евлогия. След събора в Адрамитон Анна и сестра ѝ се завръщат в Константинопол, но майка им остава в Адрамитон, където умира на следващата година.