Im 12. Jahrhundert sind es vor allem durchziehende Kreuzfahrer, die auf Thasos einfallen: Zwischen 1122 und 1125 unter päpstlicher Flagge der venezianische Doge Domenico Michiel und 1204 im Zuge des Vierten Kreuzzuges gegen Byzanz der Doge Enrico Dandolo mit seinem venezianisch-fränkischen Heer auf dem Weg nach Konstantinopel. Er errichtet auf der Akropolis eine Burganlage und befestigt die Stadtmauern. Sein Mitstreiter und spätere König von Thessaloniki, Bonifatius I. von Montferrat, hält die Insel drei Jahre in Besitz. Thasos gehört 1204 zum Lateinischen Königreich Thessalonike. Es erfolgen weitere Überfalle durch die Johanniter und Katalanen. 1261 bis 1264 stationieren die Byzantiner zur Unterdrückung der Piraterie und Rivalitäten zwischen Griechen, Genuesern und Venezianern einige Flotteneinheiten auf den ägäischen Inseln, unter anderem im Hafen der untergegangenen antiken Stadt Thasos.