1989 mussten beide Reaktoren nach dem Erdbeben von Spitak vorläufig abgeschaltet werden. Dies geschah auf politischen Druck der Vereinigten Staaten, denn die Reaktoren haben in 90 km Entfernung vom Epizentrum das Erdbeben relativ unbeschadet überstanden. Sie waren seinerzeit aufgrund des Erdbebenrisikos der Region mit verbesserter technischer Robustheit dagegen gebaut worden. Mezamor-2 wurde 1996 nach einigen Verbesserungsmaßnahmen, durchgeführt mit russischer Hilfe, wieder in Betrieb genommen, Mezamor-1 wurde dagegen endgültig stillgelegt.