W reprezentacji Kolumbii Henao zadebiutował w 2000 roku. W 2003 roku został powołany do kadry na Puchar Konfederacji. Nie zagrał jednak na nim w żadnym meczu. Tamten turniej Kolumbia zakończyła na 4. miejscu. W tym samym roku uczestniczył w Złotym Pucharze CONCACAF 2003. Nie wystąpił jednak na nim ani razu. Z tamtego turnieju Kolumbia odpadła w ćwierćfinale.