У 1993 році Даллер був призначений главою Місії ООН з надання допомоги Руанді, в функції якої спершу входило забезпечення безпеки у місті Кіґалі на час підписання мирної угоди між президентом Руанди Жювеналем Хабіаріманою та Полем Каґаме — лідером Руандійського патріотичного фронту. Однак після підписання угоди літак президента було збито, що призвело до початку геноциду, який розпочався у квітні 1994 року, в результаті якого загинуло близько 800 000 осіб, переважно етнічних тутсі, а також поміркованих хуту. Недивлячись на заклики Даллера збільшити кількість миротворців, ООН прийняла рішення скоротити їхню кількість. Тоді Даллер зосередився на створенні спеціальних зон безпеки для переслідуваних жителів, завдяки чому йому вдалося врятувати частину населення.