В результате протестов, продолжавшихся с 30 июня 2013 года, 3 июля ему был запрещён выезд из страны, позже армия уведомила, что он больше не является президентом. Временно обязанности главы государства перешли к руководителю Высшего конституционного суда; действие Конституции было приостановлено. 4 июля Мурси был заключен под стражу.