Au début de la guerre de Sécession, le gouverneur de l'Indiana Oliver Morton nomme Morris comme quartier-maître général des troupes de l'État. Le , il est nommé brigadier général de la milice de l'État de l'Indiana. Rapidement, Morris prend le commandement d'une brigade des troupes nouvellement levées de l'État de l'Indiana et les conduit en Virginie occidentale. Ses troupes deviennent connues comme l'« "Indiana Brigade" » et sont rattachées au département de l'Ohio sous le commandement de son pair des chemins de fer George B. McClellan. Morris commande l'ensemble du dispositif de l'Union à la bataille de Philippi qui est considérée comme l'un des premiers (sinon le premier) engagements terrestres organisés de la guerre de Sécession. Il combat lors de plusieurs autres batailles en Virginie occidentale dont les batailles de Rich Mountain et Corrick's Ford. Vers midi le , Morris attaque l'arrière garde des forces confédérées qui retraitent à Corrick's Ford sur la rivière Cheat. Les hommes de Morris poursuivent les rebelles sur plusieurs kilomètres lors d'une escarmouche avant de finalement les mettre en déroute après la mort du général confédéré Robert S. Garnett. La victoire aide à sécuriser la Virginie occidentale pour le compte de l'Union. Il quitte le service des volontaires deux semaines après la bataille.