Скрываясь от преследующего их Инопланетного Охотника, агент Фокс Малдер и Джереми Смит приезжают в пчеловодческое хозяйство в Канаде, где Малдер видит множество девочек-клонов своей сестры Саманты. Смит сообщает агенту, что эти бессловесные клоны — рабы, отвечающие за разведение пчел-разносчиков инопланетного вируса, подавляющего волю зараженных, делая их легкой целью при грядущей колонизации Земли пришельцами. Здесь Охотник настигает беглецов и убивает Смита, лишая Малдера надежды спасти мать. В это время Скалли с агентом Пендреллом выясняют, что Смит и подобные ему клоны работали над каталогизацией населения США по прививкам от оспы. Тем временем Курильщик заключает соглашение с Инопланетным Охотником, чтобы тот спас жизнь Тине Малдер с помощью своей сверхъестественной целительной силы. Синдикат вычисляет, что утечка информации происходит через Икса, и его убивают. Перед смертью Икс успевает оставить для Малдера контакт другого связного — Мариты Коваррубиас, специального представителя генерального секретаря ООН. С ее помощью Малдер узнает, что обнаруженный в международном аэропорте фрагмент метеорита, содержащий в себе «черное масло» происходит из Тунгуски в России. Агент Малдер и Крайчек отправляются в Красноярский край, где их арестовывают местные спецслужбы и привозят в тюремный лагерь, в котором проводятся жестокие эксперименты над людьми с применением «черного масла» для получения вакцины от инопланетного вируса. Малдеру удается сбежать, в то время как Крайчек идет на сотрудничество с начальством лагеря. По его наводке российские спецслужбы посылают в США наемного убийцу Василия Пескова, который избавляется от всех следов причастности русских к зараженным метеоритам.