2000 yılında Manchester United Brezilya'da ilk sezonu gerçekleştirilen FIFA Dünya Kulüpler Şampiyonası'nda yer almıştır. United, 1999-2000 ve 2000-01 sezonlarında Premier League'de tekrar şampiyonluğa ulaşmıştır. 2001-02 sezonunu lig üçüncüsü bitiren takım, ertesi yıl şampiyonluk unvanını geri almıştır. Federasyon Kupası'nın 2003-04 sezonunda ise final maçında Millwall'u 3-0 mağlup ederek tekrar kupa şampiyonluğu yaşamıştır. 2005-06 sezonunda on yıl sonra ilk kez UEFA Şampiyonlar Ligi gruplarında yer alamayan United, aynı yıl Lig Kupası'nı kazanarak sezonu kupasız kapatma tehlikesini atlatmıştır. 2006-07 ve 2007-08 sezonlarında ligde üst üste şampiyonluk yaşayan takım 2008 UEFA Şampiyonlar Ligi Finali'nde Chelsea'yi penaltılarla geçerek tekrar "Duble" yapmıştır. Ryan Giggs ise bu maçla birlikte 759. kez United adına forma giyerek Bobby Charlton'ın rekorunu eline geçirmiştir. Aralık 2008'de FIFA Kulüpler Dünya Kupası'nı kazan kulüp aynı sezon içerisinde Premier League ve Lig Kupası'nı da kazanarak tekrar "Treble" yapmıştır. Başarılı geçen sezonunun sonunda ise Cristiano Ronaldo'yu 80.000.000£ bonservis bedeliyle Real Madrid'e satan kulüp dünyanın en pahalı futbolcu satışını gerçekleştirmiştir. 2010 yılında Lig Kupası'nı Aston Villa karşısında 2-1'lik skorla kazanan Manchester United sezonun ilk kupasını kazanmıştır.