Das Osmanische Reich versuchte als Staat durch Schaffung entsprechender Rahmenbedingungen ständig die religiösen Interessen auszubalancieren. In diesem Rahmen erkannte es das klerikale Konzept und den damit verbundenen Ausbau der Religion zu einer Institution an. Indem diese religiösen Institutionen zu „rechtsgültigen“ Organisationen wurden, brachten die Osmanen dann feste Regeln in Form von Verordnungen in sie ein. Hiervon profitierte besonders die griechisch-orthodoxe Kirche, zu der friedliche Beziehungen bestanden. So wurde sie bis zum griechischen Unabhängigkeitskrieg (1821–1831) in ihrer Struktur erhalten und weitgehend selbstständig belassen (wenn auch unter strenger Kontrolle und Überwachung). Andere Kirchen profitierten von der Institutionalisierung von Religion weniger, so die bulgarisch-orthodoxe Kirche, die wie andere aufgelöst und unter die Jurisdiktion der griechisch-orthodoxen Kirche gestellt wurde.