В 1831 году, получив звание врача, поступил военным врачом в соединения восставших против российской оккупации поляков. С 1835 года практиковал и преподавал в Париже, уже в 1838 году, где опубликовал на основе своих лекций «Курс хирургической анатомии и экспериментальной хирургии» (), переведённый затем на ряд европейских языков. Среди других важных трудов Мальгэня — «Руководство по переломам и вывихам» (; 1842, ряд переизданий). Помимо собственных трудов, подготовил комментированное издание полного собрания работ Амбруаза Паре.