En mayo de 1937, después de los sucesos de Barcelona, el gobierno republicano intervino en Cataluña y recuperó sus competencias en Defensa. La incapacidad de la Generalidad para controlar a las milicias anarquistas llevó a que el gobierno republicano se incautara de las competencias de Orden público. Unos meses después, en noviembre, el nuevo gobierno liderado por el socialista Juan Negrín decidió el traslado de la sede del gobierno desde Valencia a Barcelona para, entre otras razones, "poner en pleno rendimiento la industria de guerra" catalana. A posteriori dicho traslado no estuvo exento de conflictos entre las autoridades centrales y el gobierno autónomo catalán, ya que el traslado de la capital de la República asentó definitivamente la autoridad del gobierno en Cataluña", pero en el contexto bélico, esta decisión relegó al gobierno de la Generalidad a un papel secundario. En agosto de 1938 surgió una nueva crisis entre el gobierno republicano y las autoridades catalanas a cuenta de un decreto del gobierno Negrín que nacionalizaba las industrias de guerra, muchas de las cuales se encontraban en Cataluña y estaban bajo el control de la Generalidad desde 1936.