En 1906, Alexandre Alexandrovitch Makarov quitta le ministère de la Justice pour entrer au ministère de l'Intérieur en qualité d'adjoint du ministre de l'Intérieur Piotr Stolypine, il fut chargé de la police. En 1909, il devint secrétaire impérial. Après l'assassinat de Piotr Stolypine, le , sur la recommandation du comte Vladimir Nikolaïevitch Kokovtsov, le Nicolas II de Russie nomma Alexandre Alexandrovitch Makarov Ministre de l'Intérieur, il présenta sa démission au tsar le , cette démission fut provoquée par les exécutions de la Léna le mais également par ses désaccords concernant la règlementation de la presse. Nikolaï Alexeïevitch Maklakov lui succéda à ce poste. Il obtint un siège au Conseil d'État où il prit position pour une politique de droite.