Po traktacie brzeskim Państw Centralnych z Rosją Sowiecką, kończącym działania wojenne na froncie wschodnim, dowodził od 5 marca 1918 niemiecką , zajmującą pozycje na białoruskim odcinku frontu wschodniego, z kwaterą dowódcy i sztabu w Grodnie. Oddziały Falkenhayna posuwały się z dotychczasowej linii frontu w kierunku Mińska, rozszerzając teren okupacyjny Ober-Ostu. Do 2 kwietnia wzięły do niewoli ok. 82 tys. żołnierzy rozsypującej się armii rosyjskiej, zdobyły ok. 800 tys. karabinów, ok. 10 tys. karabinów maszynowych, 3 mln pocisków i ok. 100 mln amunicji. Falkenhayn został wyznaczony na administratora wojennego białoruskiego obszaru Ober-Ostu. Odtworzył system administracji rosyjskiej na administrowanym terenie, walczył z partyzantką bolszewicką. Podpisany 11 listopada 1918 rozejm w Compiègne, kończący działania wojenne między Cesarstwem Niemieckim a Ententą unieważnił traktat brzeski, a Niemców zobowiązał do wycofania wojsk z okupowanych terenów Ober-Ostu. W związku z tymi postanowieniami, w listopadzie 1918 Falkenhayn rozpoczął ewakuację wojsk niemieckich z Białorusi (21.11 opuścił Połock, 22.11 – Rohaczów, 3.12 – Borysów, 10.12 – Mińsk). Do końca lutego 1919 wycofał wojska z całej Białorusi. Wojska niemieckie przekazywały opuszczane miejscowości Armii Czerwonej, pozostawiając znaczne ilości zapasów broni i materiału wojskowego. 28 lutego 1919 Falkenhayn zdał dowodzenie armią.