Anche le divisioni di lunga data tra Oriente e Occidente raggiunsero il loro culmine in questo periodo. Nel 1053, papa Leone IX, desideroso di espandere l'influenza del Papato e di contrastare l'emergente influenza normanna nell'Italia meridionale, iniziò a nominare vescovi nelle diocesi di Calabria e Sicilia, all'epoca sotto la giurisdizione del Patriarcato di Costantinopoli. In risposta, il patriarca Michele Cerulario fece chiudere tutte le chiese di rito latino della capitale bizantina. La tensione tra greci e latini continuò a salire finché, nel 1054, dopo una fallimentare ambasciata papale a Costantinopoli, i rappresentanti della Chiesa greca e della Chiesa latina lanciarono l'anatema gli uni sugli altri, dando inizio al Grande Scisma. Tuttavia, i papi non abbandonarono l'idea di poter governare su una Chiesa unificata. Proprio con questo intento, papa Urbano II, dopo aver ricevuto una lettera di Alessio I Comneno nella quale chiedeva aiuto per respingere i Selgiuchidi, convocò un concilio a Clermont, nel novembre 1096, per discutere il da farsi. Dopo 10 giorni di concilio, Urbano II tenne un accorato discorso davanti a una folla enorme in cui "sottolineò il dovere dell'Occidente cristiano di marciare in soccorso dell'Oriente cristiano". Nove mesi dopo, le parole di Urbano II a Clermont divennero il grido di battaglia della prima crociata. Sebbene la crociata non ottenne il risultato sperato della riunificazione della Chiesa, essa fornì ai papi futuri un importante precedente per richiamare alle armi i signori e i fedeli d'Europa contro i "nemici della Chiesa", fossero essi i musulmani (crociate in Terra Santa), i pagani (crociate del Nord) o gli eretici (crociata albigese).