Neljännen ristiretken (1201–1204) päätteeksi Venetsian tasavalta liitti Elafónisoksen lähialueineen valtakuntaansa. Venetsia antoi saaren Marco Venierin perheen hallittavaksi vuonna 1207, ja Elafónisos, Kythera sekä Länsi-Kreeta olivat perheen hallussa useiden vuosien ajan. Suuri osa saaresta päätyi Léon Kasimátiksen alaisuuteen vuonna 1316 ja vuonna 1364 saari päätyi jälleen venetsialaisvallan alle. Takaisin Venierin perheelle Elafónisos tuli vuonna 1385, ja jälleen 1500-luvun alussa Venetsian tasavalta otti saaren hallintaansa.