Джон Шерлок происходил из ирландской католической семьи, и был сыном полковника испанской службы Питера Шерлока, которого в 1716 году Джеймс Старый Претендент сделал рыцарем и баронетом. Значительные земельные владения семьи Шерлоков в ирландском графстве Уотерфорд были, однако, утрачены ещё во время подавления Ирландского восстания 1641 года. Как и многие ирландцы-католики, утратившие свои земли землевладельцы, Шерлоки эмигрировали в Испанию, надеясь вернуться на родину, когда католик снова станет королём Англии. В Испании, где имя Джона Шерлока произносилось как Хуан Шерлок, он, как и его отец и дед, служил в полку Ультония (то есть Ольстерском) в составе ирландской бригады испанской армии.