Entstanden ist der Kessel des Tobasees durch die Eruption des Supervulkans Toba vor 73.880 ± 320 cal BP Jahren. Gemäß der Toba-Katastrophentheorie soll dies zu einer weltweiten Abkühlung geführt haben, was die Ausbreitung des Menschen im Sinne eines genetischen Flaschenhalses möglicherweise entscheidend beeinträchtigt hat.