En este colegio cursaron estudios tanto José Gabriel Condorcanqui - Túpac Amaru II - como su rival y futuro prócer de la independencia peruana durante la rebelión de 1814, Mateo Pumacahua. El Colegio sobrevivió a la expulsión de los jesuitas hasta 1825, en que Simón Bolívar dispuso su fusión con el Colegio de San Bernardo, colegio jesuita creado para la educación de los hijos de españoles en el Cusco, para crear el Colegio Nacional de Ciencias y Artes del Cusco.