Talon ullakko ja kolmas kerros vaurioutuivat pahasti Helsingin suurpommituksissa vuonna 1944, kun taloon osui kaksi palopommia ja yksi miinapommi. Vuonna 1955 osa basaarisiivestä ja talon piharakennus purettiin viereen valmistuneen Rautatalon tieltä. Vuonna 1957 toiselle puolelle rakennusta osoitteeseen Aleksanterinkatu 48 rakennettiin Jusélius-säätiön yhdeksänkerroksinen liiketalo, ja Domus Litonii jäi siten ainoaksi ydinkeskustan rakennukseksi muistuttamaan 1800-luvun kaupunkirakentamisesta.