In 2003 werd Dennis Wise, ex-Chelsea FC en Engeland-speler, aangesteld als speler-trainer. Hij leidde de club in het &lt;a href="FA%20Cup%202003/04"&gt;seizoen 2003/04&lt;/a&gt; naar de eerste FA Cup-finale uit de clubgeschiedenis. Millwall was nog maar de eerste ploeg, sinds het ontstaan van de Premiership in 1992, die niet in de Premiership speelde toen het de finale bereikte. Millwall miste zestien spelers door schorsingen en blessures. In de finale op 22 mei 2004 verloor de club met 3-0 van Manchester United, door treffers van Cristiano Ronaldo en Ruud van Nistelrooy (2). De club mocht echter, omdat Manchester United zich voor de Champions League had geplaatst, wel in de UEFA Cup uitkomen. Millwall middenvelder Curtis Weston werd de jongste speler ooit van de FA Cup finale met de leeftijd van 17 jaar en 119 dagen. Hij viel in de 89ste minuut in voor speler-coach Dennis Wise.