Morgen stellte sich beim CIC und wurde für knapp drei Jahre im Internierungslager Dachau inhaftiert. Er wurde im Nürnberger Hauptkriegsverbrecherprozess als Entlastungszeuge der Verteidigung vernommen, die die angeklagte SS-Organisation vertrat. In seiner Vernehmung schilderte er das Konzentrationslager Buchenwald nachgerade als idyllischen Ort. Bei der Frage, ob es sich bei der SS um eine verbrecherische Organisation gehandelt habe, behauptete er, der Befehl für den Aufbau der Vernichtungslager Sobibor, Treblinka und Belzec sei nicht von Heinrich Himmler, sondern von Hitler selbst ergangen. Für den Nürnberger Ärzteprozess verfasste Morgen eidesstattliche Erklärungen für die Verteidigung von Joachim Mrugowsky und Karl Brandt. Morgen war im August 1947 auch Zeuge der Verteidigung im Prozess Wirtschafts- und Verwaltungshauptamt der SS "(USA vs. Oswald Pohl et al.)". Kurz zuvor hatte er bereits im Juni 1947 als Zeuge der Verteidigung im Buchenwald-Hauptprozess ausgesagt, der im Rahmen der Dachauer Prozesse stattfand.