Fu molto attivo anche politicamente, finanziando in parte la candidatura a presidente degli Stati Uniti d'America di John Fitzgerald Kennedy. Nell'agosto 1963 partecipò alla famosa Marcia su Washington per il lavoro e la libertà insieme con i colleghi e amici Burt Lancaster, Sidney Poitier, James Garner, Charlton Heston e Harry Belafonte. Assieme a Paul Newman fu inoltre attivista del movimento Freedom Riders. Il giorno dopo l'assassinio di Martin Luther King, nel 1968, Brando dichiarò di volersi impegnare attivamente nel movimento afro-statunitense. Partecipò all'Assemblea della California, sostenendo una legge sull'alloggiamento equo delle persone di colore e fu anche un attivista contro l'apartheid. Prese parte a una manifestazione di protesta nel 1975 contro gli investimenti americani in Sud Africa e per la liberazione di Nelson Mandela. Nel 1989 tornò sulle scene per interpretare il film "Un'arida stagione bianca", incentrato sul problema dell'apartheid.