1894年9月17日12时50分左右，日本联合舰队与中国清朝北洋水师于黄海发生黄海海战，結果与战前预測相反，北洋水师大型主力舰被击毁（日本旗艦「松島」4217吨、北洋水师旗艦「定遠」7220吨、差距不到1倍）。日本取得黄海制海权。这是甲午战争中，对日本有利的重大转折点。此后在海陆战斗中，清军全面失败。1895年2月13日北洋舰队在威海衛之戰被圍投降，北洋艦隊提督丁汝昌在前一天服毒自杀。伊东祐亨将缴获的商船康济号遣送丁汝昌遗体回国，日本认为这种礼仪使世界惊叹。。战后任军令部长。1898年封海军大将。日俄战争中在大本营任军令部长。1905年日俄战争结束后封元帅。但他对政治不感兴趣。