В начале первой японо-китайской войны Фудзи служил в генеральном штабе флота, но потом получил назначение на захваченную у китайцев канонерку «Соко», канонерку «Осима» и корвет «Мусаси», на борту последнего был произведён в лейтенанты-командеры и в феврале 1895 года назначен старшим помощником командира.