Au cours de son année Junior (), Chalmers tourne à et décisives par match. Lors du championnat NCAA de basket-ball 2008, les Jayhawks (Chalmers, Darrell Arthur, Brandon Rush, Darnell Jackson, Cole Aldrich, Sasha Kaun) atteignent le Final Four. Chalmers aide son équipe à remporter la finale contre les Memphis Tigers en rentrant un panier à trois points face à Derrick Rose, le futur premier choix de la draft 2008, qui permet aux Jayhawks d'aller en prolongation et de remporter le match. Il est ensuite élu Most Oustanding Player (MOP) du Final Four NCAA 2008.