John Aloisi was tevens Australisch international. Hij maakte zijn debuut voor zijn land in 1997 tegen Macedonië. Met de "Socceroos" nam Aloisi deel aan drie edities van de FIFA Confederations Cup, in 1997, 2001 en 2005. In 1997, toen Australië verliezend finalist was, scoorde Aloisi tegen Mexico. In 2005 maakte de aanvaller in drie duels vier doelpunten: zowel twee tegen Duitsland als tegen Argentinië. Enkele maanden later, in november 2005, plaatste Aloisi met Australië zich ten koste van Uruguay voor het Wereldkampioenschap voetbal 2006. In de strafschoppenserie, gehouden nadat zowel de heenwedstrijd als de return in 1-0 waren geëindigd, nam Aloisi de laatste en beslissende penalty voor Australië.