2006 nyarán Javier Clemente lett a frissen megalakult szerb válogatott szövetségi kapitánya, ő pedig Stojkovićot tette meg első számú kapusnak. 2006. augusztus 16-án, Csehország ellen mutatkozhatott be a nemzeti csapatban. Miután a csapat nem jutott ki a 2008-as Eb-re, Clemente helyett Miroslav Đukić ült a válogatott kispadjára, de Stojković helye biztos maradt a válogatottban annak ellenére, hogy klubcsapatában nem jutott rendszeresen lehetőséghez.