Nach dem Einmarsch der Wehrmacht in Wilna bei der Operation Barbarossa im Juni 1941 wurden sämtliche Juden der Stadt 1941 im Ghetto Wilna zusammengetrieben. Sonia Madejsker ging mit ihren Genossen aus der Kommunistischen Partei in den Untergrund und spielte als Kundschafterin und Kurierin eine wichtige Rolle. Im Januar 1942 beteiligte sie sich ebenso wie ihre Genossin Chiena Borowska an der Gründung der jüdischen Vereinigten Partisanenorganisation ("Fareinikte Partisaner Organisatzije", FPO), die vom langjährigen Wilnaer Mitglied der Kommunistischen Partei Polens Jitzchak Wittenberg und nach dessen Tod von Abba Kovner geleitet wurde.