Перед Косовской войной храм был отремонтирован, постелен мраморный пол и установлена система обогрева пола. Возле храма находился приходской дом и другие церковные помещения. До 2002 года храм был под защитой КФОР. После снятия защиты албанцы начали регулярно разбивать окна храма и приходского дома, в котором проживал протоиерей Мирослав Попадич, окормляющий оставшихся приштинских сербов. Никольская церковь оставалась последним действующим православным храмом в Приштине.