По време на Корейската война, университетът е преместен далеч от центъра на града. Към края на 1955 г. главната сграда на кампуса вече се ремонтира и университетът е преместен обратно в центъра на Пхенян. След войната, университетът Ким Ир Сен се превръща в разсадник за интелектуални дисиденти. Академиците поддържат повече интелектуалците отколкото лоялните на властта, а фракциите в неизгодна позиция в Корейската работническа партия са главно университетски персонал. След Унгарското въстание и Полският октомври от 1956 г., севернокорейските студенти от тези страни бързо са изпратени обратно у дома. Студентите започват да задават неудобни въпроси в университетския кампус, което предизвиква загриженост у севернокорейските власти. Скоро след това, близо сто студенти и няколко души от университетския персонал са изключени. Университетската чистка впоследствие дава тласък на други чистки във всички области на страната.