Köpke Euro 1996'daki başarılı performansından sonra önce VfB Stuttgart ile anlaştı. Daha sonra FC Barcelona onunla ilgilenince anlaşma sağlanamadı. Ancak Barcelona Köpke yerine Vítor Baía ile anlaştı. Köpke de Olympique de Marseille ile anlaştı. İlk senesinde ilk 11'e girse de takım ligde sadece 10. oldu. İkinci sene takım Ligue 1'de 4. olurken, Köpke sadece 27 gol yiyerek Marsilya ligin en az gol yiyen takımı oldu. 1998/99 sezonunun ilk devresi sonunda Bundesliga'ya geri dönmek için takımdan ayrıldı.