Reprenant son service le printemps suivant, Ames fut chargé de défendre Washington. Il combattit par la suite dans la campagne de la Péninsule et vit le feu lors du siège de Yorktown du au , de la bataille de Gaines's Mill le et de la bataille de Malvern Hill en juillet. Le général Hiram G. Berry mentionne attitude les de la bataille de Malvern Hill dans une lettre du . À Malvern Hill, le colonel Henry Jackson Hunt, alors chef de l'armée du Potomac, fit l'éloge de sa conduite et il fut promu lieutenant colonel à titre honorifique le .