1805年に始まった第三次対仏大同盟戦争の際、フェルディナント・カールは自分を補佐するカール・マック・フォン・ライベリッヒ将軍とともに、オーストリア軍の総司令官を務めた。フェルディナント・カールの軍隊は1805年10月にはウルムにおいて敵軍に包囲され、マック将軍は投降したが、フェルディナント・カールは2000人の騎兵を引き連れてボヘミアに退却した。フェルディナント・カールは避難先のボヘミアでオーストリア軍を立て直した。敵軍の注意を逸らすため、フェルディナント・カールは9000人の兵力をイルガウ（現在のチェコ領イフラヴァ）に移した。この作戦により、フェルディナント・カールはバイエルン王国の将軍カール・フィリップ・フォン・ヴレーデの軍団がアウステルリッツの戦いに合流するのを防ぐことに成功した。