Командуя последовательно 32-пушечным "HMS Pallas" и 38-пушечным "HMS Imperieuse" он провёл серию выдающихся по своей дерзости и успеху операций: захват «купцов», высадки на побережье, атаки военных кораблей в устьях рек, атаки береговых фортов и сигнальных станций. Французы оценили его деятельность по достоинству, присвоив прозвище «волка морей» (); в английском же флоте за ним укрепилась репутация решительного и удачливого капитана (кроме того за это время он получил 75 тыс. фунтов призовых). 11 апреля 1809 года отряд брандеров под командой Кокрейна ночью атаковал французскую эскадру на Баскском рейде, близ Рошфора. Атака увенчалась успехом, но если бы не нежелание командующего флотом адмирала Гамбье оказать помощь, последствия могли бы быть для французов и вовсе катастрофическими. За этот успех Кокрейн был награждён орденом Бани. Однако Кокрейн потребовал военно-полевого суда над Гамбье за неоказание поддержки. Суд хотя и признал недостаточность поддержки, но в целом действия адмирала оправдал, в результате строптивый капитан приобрёл этим множество недоброжелателей, что отразилось на его продвижении по службе.