Жозеф Фурие взема участие в кампанията в Египет на Наполеон Бонапарт през 1798 г. В продължение на три години до 1801 г. той взема активно участие в изследването на египетските археологически находки, дава съвети по технически и дипломатически въпроси и служи като губернатор на Долен Египет и секретар на основания от французите Египетски институт в Кайро. След като французите са откъснати от Франция поради рейдовете на британския флот в Средиземно море, Фурие организира в Египет работилници, които снабдяват френската армия с муниции. Той публикува и няколко работи в областта на математиката, издадени от Египетския институт. През 1799 година оглавява една от научните експедиции по долината на Нил.