Hallitsevan maailmanmestarin, Michael Schumacherin, siirtyessä Ferrarille kaudeksi 1996, sai Berger hänen paikkansa Benettonilta. Berger saavutti kaudella kaksi palkintosijaa ajamalla kolmanneksi Imolassa ja toiseksi Saksan GP:ssa. Kausi 1997 jäi Bergerin uran viimeiseksi. Hän saavutti kauden aikana uransa ja Benettonin viimeisen voiton Saksan GP:ssa palattuaan kolmen kilpailun mittaisen sairausloman jälkeen tositoimiin. Uransa viimeisessä kilpailussa, Jerezissä Berger sijoittui neljänneksi jääden kilpailun voittaneelle Mika Häkkiselle, jolle voitto oli uran ensimmäinen, alle kaksi sekuntia. Bergerin huhuttiin palaavan vielä Ferrarille kaudeksi 1998, mutta sitä ei koskaan tapahtunut.