Abitate già dal 1000 a.C. da popolazioni polinesiane, i primi europei a visitarle furono gli spagnoli dell'esploratore Álvaro de Mendaña de Neira e poi spesso visitate dal Capitano James Cook nel suo secondo e terzo viaggio nei tragitti tra le isole Tonga e Tahiti. Il nome Isole Cook deriva da una cartina di navigazione russa dei primi anni del Novecento, in onore al famoso Comandante. Aitutaki fu visitata per la prima volta da William Bligh (alla guida del Bounty). Rarotonga non fu mai visitata da Cook. La prima visita registrata in Rarotonga è dovuta a una nave commerciale in sosta per rifornimenti. Parte dell'equipaggio fu uccisa e la moglie del comandante fu mangiata.