Nach vier weiteren erfolgreichen Starts fand am 25. Juli 1964 eine Besprechung unter dem Vorsitz von Präsident Ayub Khan statt, in deren Ergebnis die Abteilung für weltraumwissenschaftliche Forschung aus der Atomenergiekommission herausgelöst und als „Kommission für die Erforschung des Weltalls und der Hochatmosphäre“ (SUPARCO) mit Wirkung vom 16. September 1964 direkt dem Präsidenten unterstellt wurde. Abdus Salam blieb Direktor der neuen Behörde, sein Stellvertreter war weiterhin Ishrat Hussain Usmani. Nach dem Zweiten Indisch-Pakistanischen Krieg 1965 geriet Ayub Khan zunehmend unter innenpolitischen Druck. Am 8. März 1966 wurde die SUPARCO der Zuständigkeit des Präsidenten entzogen und der Scientific and Technological Research Division, der Vorgängerorganisation des Ministry of Science and Technology, unterstellt, weiterhin unter der Leitung von Abdus Salam. Gleichzeitig wurde Władysław Turowicz von der Luftwaffe als Chefwissenschaftler zur SUPARCO versetzt. Am 19. April 1967 übernahm Turowicz die Leitung der Behörde.