Сэмюэл Пипс дружил с Исааком Ньютоном и Робертом Бойлем, Джоном Драйденом и Кристофером Реном. Он музицировал, занимался живописью, сочинял стихи. Однако его главной книгой стал «Дневник», который он вёл в 1660—1669 годах и в котором с присущей ему добросовестностью воссоздал как всеобщие катастрофы (Великую лондонскую чуму 1665 и знаменитый Великий лондонский пожар 1666), сражения между народами (Вторая англо-голландская война 1665—1667), политические коллизии и придворные дрязги, так и подробности собственного быта, стола, любовных связей и прочего. Пипс перестал вести записи из-за проблем со зрением, а диктовать их постороннему лицу не хотел. Его дневник был записан по стенографической системе Томаса Шелтона, затруднявшей чтение посторонними лицами, и хранился нетронутым в библиотеке колледжа Магдалины до начала XIX века, когда был расшифрован текстологом Джоном Смитом. Впервые издан в 1825 году.