পাকিস্তানের সামরিক বাহিনীতে বাঙালিরা অবহেলিত ছিল। পাকিস্তানি সশস্ত্রবাহিনীর কর্মকর্তাদের মধ্যে মাত্র ৫ শতাংশ ছিলেন বাঙালি এবং এঁদের মধ্যে অধিকাংশই প্রযুক্তিগত বা ব্যবস্থাপনার পদে ছিলেন। খুব অল্প সংখ্যক বাঙালি অফিসার আদেশদানকারী পদ লাভের সুযোগ পেতেন। পশ্চিম পাকিস্তানিরা বিশ্বাস করত বাঙালিরা পশতুন বা পাঞ্জাবিদের মত "সাহসী" নয়। পাকিস্তানের বাজেটের একটি বিশাল অংশ সামরিক খাতে বরাদ্দ থাকলেও পূর্ব পাকিস্তান এর সুফল সামান্যই পেত। ১৯৬৫ সালে কাশ্মীর নিয়ে ভারত-পাকিস্তান যুদ্ধ পূর্ব পাকিস্তানের বাঙালিদের মধ্যে নিরাপত্তাহীনতার অনুভূতি আরো বাড়িয়ে দেয়।