La rivalità fra questi due gruppi ha avuto la sua espressione più evidente nel genocidio ruandese del 1994, che ebbe in parte le caratteristiche di un'operazione di pulizia etnica perpetrata dagli Hutu ai danni dei Tutsi. Nonostante la diffusione dell'idea di Hutu e Tutsi come etnie distinte con origini diverse, non vi sono prove conclusive a conferma di questa tesi.