St. Peter ist die älteste Pfarrkirche von Neuburg und ist erstmals im Pappenheimer Urbar von 1214/19 genannt. Der Einsturz des baufälligen Turmes mit Beschädigung des Kirchenschiffes am 21. Mai 1641 veranlasste einen Neubau, von der früheren Kirche blieb nichts erhalten. Der Wiederaufbau begann am 10. Juli 1641 unter Leitung des Graubündener Baumeisters Johann Serro. Am 11. November 1646 wurde der Neubau geweiht, der Chor erhielt erst 1671 seine jetzige Gestalt und wurde mit dem gleichzeitig erhöhten Langhaus unter ein Dach gebracht. Größere Instandsetzungen erfolgten nach Beschädigung des Daches am 31. Januar 1703 (Spanischer Erbfolgekrieg), 1772 (Eindeckung der Turmhaube) und 1853/54 (Restaurierung des Inneren). 1765 wurde die Kirche neu geweiht, wohl wegen der teilweisen Neuausstattung einschließlich Hochaltar.