Daru keerde nu voor een tijd terug naar het burgerlijk leven en trad toe tot het tribunaat van het Franse Consulaat, waar hij de principes van de democratie steunde. Toen Frankrijk in mei 1803 in oorlog kwam met Groot-Brittannië, keerde Daru terug naar het leger en werd chef-commissaris van de troepen aan de noordkusten. Er werd ook beweerd dat Daru alle details van de campagne bij de Slag bij Ulm aan Napoleon dicteerde. Het is onbekend of dit verhaal waar is, maar Napoleon had zeer zeker een groot vertrouwen in Daru, die als chef-commissaris in "La Grande Armée" in de herfst van 1805 mee de legers van Rusland en het Oostenrijkse Rijk versloeg. Na de Slag bij Austerlitz nam hij deel aan het opstellen van de Vrede van Presburg.