Die nächste Saison brachte Prokunins beste Ergebnisse. Mit der Staffel (mit Sergei Roschkow, Michail Kotschkin und Alexei Kobelew) wurde er in Antholz Dritter, in Oberhof kam er in einem Sprint auf den 14. Platz und wurde in Antholz nochmals Staffeldritter (Roschkow, Pawel Rostowzew und Wiktor Maigurow). Höhepunkt der Saison waren Prokunins zweite Weltmeisterschaften in Kontiolahti. Hier belegte er im Sprint den 30. und in der Verfolgung den 39. Platz. Hinzu kam ein vierter Platz mit der russischen Staffel. Im folgenden Jahr trat er bei den Europameisterschaften an, die in Kontiolahti ausgetragen wurden und erreichte als beste Platzierung einen vierten Staffelplatz. Seit 2002/03 trat Prokunin meist im Europacup an, wo er seitdem zwei Rennen, darunter ein Staffelrennen gewann. 2008 wurde er in Uwat russischer Meister in der Super-Verfolgung über 7,5 km und im Massenstart.