En 1796, Coste fut nommé par le Directoire médecin en chef de l'hôtel des Invalides, et il vécut tranquille dans cet asile de vétérans jusqu'en 1803, époque où il fut encore arraché au repos pour aller remplir les fonctions de médecin en chef de l'armée des côtes, puis de la Grande Armée, avec laquelle il fit les campagnes d'Austerlitz, d'Iéna et d'Eylau. Les fatigues et les privations qu'il éprouva en Pologne, jointes à l'accumulation des années, portèrent le trouble dans sa santé, et déterminèrent une affection nostalgique, qui lui fit solliciter l'autorisation de rentrer en France. Après l'avoir obtenue, il revint au milieu de sa famille et des invalides reprendre ses anciennes habitudes, sa tranquillité morale et sa santé première.