少将となり3月15日付で第13空母任務群司令官となったクラークは、同期のブローニングが艦長の空母「ホーネット」 (') を旗艦としたが、初めは前線司令官の枠が埋まっていて前線への出動がかなわなかった。しかし、任務群の一つを指揮していたサミュエル・P・ギンダー少将がミッチャーに気に入られず更迭され、クラークはギンダーのポジションを継承する形で前線に出動することとなった。司令官としてのクラークの初陣はホーランジアの戦い支援であり、次いでマリアナ・パラオ諸島の戦いに加わる。第58.1任務群を率いたクラークは第58.4任務群を率いるW・K・ハリル少将とともに、サイパンの戦いに先んじて小笠原諸島を爆撃したが、小沢治三郎中将率いる第一機動艦隊のマリアナ諸島への接近により引き返し、6月19日から20日にかけてのマリアナ沖海戦に参加した。海戦後は6月下旬から8月にかけてスカベンジャー作戦を含む再度の小笠原攻撃を行う。一連の小笠原攻撃でクラークが良い評価を得たのとは対照的に煮え切らない戦いを行ったハリルは解任され、海戦後の小笠原攻撃での第58.4任務群司令官はラバウル空襲の経験者であるアルフレッド・E・モントゴメリー少将（アナポリス1912年組）に差し替えられた。また、小笠原諸島に対する頻繁な攻撃は、クラークの下で戦った乗組員やパイロットから「ジョッコー島開発公社」 (') と命名された。