Nakayama (que já defendia a Seleção Japonesa de Futebol desde 1990) vestiu a camisa 10 da seleção nipônica em sua primeira participação numa Copa do Mundo, na França. Tendo em Hidetoshi Nakata sua principal estrela, os "Samurais Azuis" não conseguiu ao menos um tento nos duas primeiras partidas, e acabaram eliminados na fase de grupos da competição. Porém, no terceiro jogo, "Gon" fez, de cabeça, o primeiro gol japonês na história das Copas, contra a também estreante Jamaica. Em fevereiro de 2000, marcou o hat-trick mais rápido na história do futebol de seleções, contra Brunei, com apenas 3 minutos e 3 segundos de jogo. O feito aconteceu pelas Eliminatórias da Copa da Ásia de 2000.