V roce 1948 za dramatických okolností dvakrát emigroval (poprvé byli zatčeni) s Milošem Havlem do Rakouska a poté do Západního Německa, kde se nadále příležitostně věnoval filmové tvorbě, která již ale nebyla příliš četná ani významná. Např. roku 1957 natočil romantickou komedii s hudbou "Zwei Herzen voller Seligkeit" (Dvě srdce plná blaženosti), roku 1960 dokumentární film nazvaný "Bilderbuch Gottes" (Obrázková knížka Boží). V roce 1965 převzal režii jednoho dílu dokumentární televizní série "Survival" (Přežít). To byla pravděpodobně poslední režisérská práce J. A. Holmana. Od roku 1950 až do své smrti byl také režisérem v rozhlasové stanici Svobodná Evropa v Mnichově.