В 1975 году, в связи с началом войны в Ливане, Богословский институт вынужденно эвакуировался в Салоники. В годы войны монастырь стал приютом для многочисленных беженцев. В 1978 году была создана специальная Синодальная комиссия по надзору за институтом. Институт оставался за границей до 1979 года, после чего смог снова возвратиться на свои земли.