С 6 октября 1942 года — командующий Невской оперативной группой, затем с 10 октября 1942 года — командующий созданной на её базе 67-й армией этого же фронта. Армия удерживала часть правого берега реки Нева и плацдарм в районе Московской Дубровки, а также охраняла «Дорогу жизни» через Ладожское озеро. В январе 1943 года войска армии участвовали в операции «Искра». За умелое руководство войсками армии М. П. Духанов был награждён орденом Кутузова 1-й степени. В конце декабря 1943 года управление армии было объединено с 55-й армией, и М. П. Духанов остался без должности.