Aviones F-16 de la OTAN también participaron en ataques aéreos contra las fuerzas serbias en Bosnia y Herzegovina durante la Operación Fuerza Deliberada entre agosto y septiembre de 1995, y de nuevo en la Operación Fuerza Aliada sobre la República Federal de Yugoslavia, entre marzo y junio de 1999. Durante la "Allied Force", los F-16 lograron una o dos victorias aéreas: una por parte de un F-16AM de la Real Fuerza Aérea de los Países Bajos, que derribó un MiG-29 yugoslavo con un misil AMRAAM, y posiblemente otra de un F-16C de la USAF, que disparó dos AMRAAM contra otro MiG-29 yugoslavo. Sin embargo, en el último caso, los serbios afirmaron haber encontrado posteriormente fragmentos de un misil antiaéreo portátil 9K32M "Strela-2M" (designación OTAN: SA-7b ‘Grail’ Mod 1) entre los restos de ese MiG-29, sugiriendo que fue equivocadamente derribado por la infantería serbia.