24 Nisan 1990'da Nazarbayev, Yüksek Sovyet tarafından Kazakistan'ın ilk cumhurbaşkanı seçildi. Rus Cumhurbaşkanı Boris Yeltsin'i 1991 Sovyetler Birliği darbe girişimine karşı destekledi. SSCB Devlet başkanı Mihail Gorbaçov kendisini Sovyetler Birliği Başkan Yardımcısı görevinde görecek kadar yakındı; ancak Nazarbayev bu teklifi reddetti.