Tornou-se o vice capitão da equipe na temporada 2004–05, já que a braçadeira pertencia a Carles Puyol. Na temporada seguinte, 2005–06, Xavi rompeu os ligamentos do joelho esquerdo em um treinamento, e ficou fora de ação durante cinco meses, perdendo a maior parte daquela temporada e retornando às vésperas da final da Liga dos Campeões, partida em que foi reserva por não estar em totais condições de jogo.