Frank de Boer z powodu kontuzji kolana nie wystąpił na mistrzostwach Europy 1996 w Anglii, a po odejściu po tym turnieju dotychczasowego kapitana reprezentacji Holandii – Danny'ego Blinda został jego następcą. Wystąpił na mistrzostwach świata 1998 we Francji, gdzie ponownie był podstawowym zawodnikiem "Pomarańczowych", na których turniej zakończyli na 4. miejscu po porażce 1:2 w meczu o 3. miejsce z reprezentacją Chorwacji, a Frank de Boer został wybrany do "Drużyny Gwiazd" turnieju.