Cuando fue juzgado en consejo de guerra diez meses después, Milroy citó en su defensa un telegrama que supuestamente recibió de su superior, el general de división Robert C. Schenck, según el cual debía esperar nuevas órdenes. También reivindicó el honor de haber dado tiempo, gracias a su resistencia en Winchester, al Ejército del Potomac para moverse hacia el norte, permitiendo así la derrota sudista en Gettysburg. A pesar del enorme impacto psicológico y material que tuvo la derrota de Winchester en los soldados y civiles del norte, Milroy fue absuelto.