לאחר קבלת הפרס המשיכה מגוואייר להיות פעילה ציבורית, היא חברה בארגון המתנגד להפלות, המתות חסד ועונש מוות, ופועלת לעידוד בתי ספר אינטגרטיביים בין קתולים לפרוטסטנטיים. ב-2003, ימים ספורים לפני פלישת חילות הקואליציה לעיראק נעצרה מגוואייר בעת שהפגינה מול הבית הלבן בניסיון למנוע את המלחמה. ב-2006 חברה לחמש זוכות פרס נובל לשלום נוספות: בטי ויליאמס, ג'ודי ויליאמס, שירין עבאדי, ואנגרי מאטאיי וריגוברטה מנצ'ו, להקמת "יוזמת זוכות פרס נובל" למען מאמץ משותף להשגת צדק, שלום וזכויות לנשים ברחבי העולם.