Пришлось вывести революционные части из Грозного. Вместе с ними уехал в Ставрополь и Анисимов. В декабре 1917 Анисимов стал председателем Военно-революционного комитета Ставропольского гарнизона, а в 1918 году — военным комиссаром Ставропольской губернии. Впоследствии назначался военно-политическим комиссаром Брянского района, комиссаром Северо-Кавказского военного округа, уполномоченным военного совета этого округа в Астрахани, член РВС Каспийско-Кавказского фронта, 11-й, 12-й и 9-й армий. Был делегатом VI съезда РСДРП(б) и II Всероссийского съезда Советов.