С 1983 года отношения Судана с другими африканскими соседями, Чадом, Центральноафриканской Республикой, Эфиопией, Кенией, Угандой и Заиром были испорчены из-за гражданской войны на юге страны. В эти страны прибыли тысячи суданских беженцев, которые бежали от войны. По состоянию на середину 1991 года большая часть пограничной зоны с Центральноафриканской Республикой, Кенией, Угандой и Заиром находилась под контролем южносуданских повстанцев. Правительства Кении и Уганды открыто поддерживали повстанцев и осуществляли гуманитарные поставки в Южный Судан. Самую существенную помощь Южному Судану оказало правительство Эфиопии во главе с Менгисту Хайле Мариамом. Эфиопия оказывала военную и гуманитарную помощь населению Южного Судана. В ответ Хартум стал оказывать помощь эритрейским повстанцам в их борьбе за независимость Эритреи от Эфиопии. В 2011 году Южный Судан стал независимым государством, что повлекло за собой улучшение отношений Судана с рядом стран Восточной Африки. Однако, отношения между Суданом и Южным Суданом осложнены территориальным спором и спорадическими столкновениями вооружённых сил вдоль границы.