1865年4月14日晚，林肯遇刺，于第二天清晨逝世。安德鲁·约翰逊副总统立即接任总统。与此同时，战场中的上各个联盟军部队在听到李将军投降的消息后，接连投降。1865年4月26日，约瑟夫·E·约翰斯顿将军率领9万人的田纳西军向舍曼将军投降。这被认为是联盟军最大规模的一次投降。5月4日，所有在阿拉巴马和密西西比的联盟军投降。5月9日，约翰逊总统正式宣布叛乱结束。次日，联盟国总统杰斐逊·戴维斯被捕。6月2日，科尔比·史密斯率领联盟军泛密西西比战区部队正式投降。6月23日，切诺基部落领袖斯坦得·瓦提成为了最后一位投降的联盟军将军。最后一场投降发生于1865年11月6日，联盟军战舰线仙纳度号（CSS Shenandoah）投降。至此，为期4年的战争结束。