Il d'Avalos non venne giustiziato in ragione della sua condizione sociale in quanto il viceré non volle assumersi la responsabilità di un provvedimento capitale comminato nei confronti di un aristocratico di tale livello. La corte di Madrid si pronunciò nel 1649 in favore del trasferimento del d'Avalos come di altri congiurati di maggior prestigio (quale Gregorio Carafa) in Spagna per esservi giudicati. Tale trasferimento si concretizzò tuttavia solo nel 1651 giacché il viceré trattenne i congiurati in prigionia a Napoli al fine di intimidire i baroni del regno. Giunto in Spagna il d'Avalos rimase in carcere fino all'ottobre del 1652, venendo liberato su decisione di una giunta consultiva controllata da Filippo IV. Il d'Avalos si attrasse i favori del monarca che lo destinò al seguito di don Giovanni d'Austria. Andrea d'Avalos partecipò a diversi eventi bellici negli anni successivi, tra questi la soppressione della rivolta separatista in Catalogna nel 1653 la guerra contro il Portogallo nel 1660. Distintosi sul campo ottenne da Filippo IV una pensione di 1500 scudi e la carica di ammiraglio delle galere napoletane. In tale veste prese parte a numerose operazioni volte a proteggere i traffici marittimi spagnoli nel Mediterraneo dagli attacchi inglesi, olandesi e barbareschi.