Dopo la presa di Costantinopoli del 29 maggio 1453 da parte dell'esercito ottomano del sultano Maometto II, Gennadio fu fatto prigioniero insieme al nipote Teodoro Sophianos e condotto ad Edirne, capitale del sultano. Questi, volendo che il trono patriarcale ortodosso fosse occupato da un uomo di sua fiducia, scelse il teologo bizantino. Fu così che formalmente il clero ortodosso elesse Gennadio, il quale accettò la carica il 6 gennaio 1454 con il nome di Gennadio II: era la prima volta che un patriarca cristiano veniva insignito dell'alto ufficio da un sovrano di religione diversa (fu infatti Maometto II a dargli le insegne del suo magistero, ovvero la stola bianca, il bastone e la croce pettorale). Subito dopo la cerimonia, Gennadio si recò nella basilica dei Santi Apostoli, la seconda della città, destinata al culto ortodosso (quella di Santa Sofia fu trasformata in moschea), dove venne incoronato patriarca dal metropolita di Eraclea.