С юношеской сборной Словакии (до 19 лет) стал бронзовым призером юношеского чемпионата Европы 2002 года в Норвегии, забив по голу в матчах групповой этапа против норвежцев (5:1) и чехов (5:2). Этот результат позволил Филипу в составе молодежной сборной Словакии (до 20 лет) поехать на молодежный чемпионат мира 2003 года в ОАЭ, где словаки вылетели на стадии 1/8 финала от будущих триумфаторов соревнования бразильцев (1:2). Именно Шебо забил в этой игре единственный гол своей команды.