Am 11. Oktober 2007 zog sich die SPLM zeitweise aus der Regierung der Nationalen Einheit ("Government of National Unity" GoNU) zurück, weil die Regierung das Friedensabkommen gebrochen habe. Besonders wurde darauf verwiesen, dass weiterhin 15.000 nordsudanesische Soldaten in den südsudanesischen Ölfeldern standen und die Bestimmungen bezüglich des Abyei-Gebietes nicht umgesetzt worden waren. Beobachter nannten das internationale Augenmerk auf dem Konflikt in Darfur als Grund für die Mängel. Am 13. Dezember 2007 trat die SPLM wieder in die Einheitsregierung ein, wobei nun der Vorsitz alle drei Monate zwischen Juba und Khartum wechseln sollte. Die nordsudanesischen Truppen zogen schließlich bis zum 8. Januar 2008 vollständig aus dem Süden ab.