Er trat in die neugegründete Luftwaffe ein und begann eine Ausbildung zum Transportflugzeugführer. In Memmingen absolvierte er nach 16 Übungsflügen am 6. August 1957 seinen ersten Soloflug, setzte sein Training in Landsberg auf Douglas DC-3/C-47 fort und wechselte zur Nord Noratlas. 1959 wurde er Staffelkapitän der 1. Staffel des Lufttransportgeschwaders 61. Beim ersten Auslandseinsatz der Bundeswehr, nach dem Erdbeben von Agadir 1960, kam Beuther mit seiner Nora zu früh an. Vom Fliegerhorst Neubiberg aus unternahm er Übersee-Flüge nach Frankreich und Spanien dann nach Nordafrika, Italien und England. Später flog er auch die Transall C-160. Sein Flug-Logbuch verzeichnet über 1900 Flüge.