Druhá fáze povstání začala 17. září, kdy na nezdařený puč navázaly aktivity tzv. Sudetoněmeckého Freikorpsu, polovojenské organizace sudetských Němců, jejímž úkolem bylo neustat v boji a provádět další teroristické akce. Podle prohlášení exilové vlády v Londýně z roku 1944 se Československo nacházelo ve válečném stavu s třetí říší od 17. září 1938, kdy byl Freikorps v Německu založen a následně byl odtud podporován. Po četných přestřelkách 20. a 21. září povstání znovu naplno propuklo 22. září, kdy nepokoje zachvátily další oblasti na Moravě a ve Slezsku. Na německé straně se na bojových, teroristických a sabotážních akcích podílela i zpravodajská služba Abwehr a jednotky SA a SS.