Area abitata già in epoca nuragica e romana, per la presenza nel territorio di un piccolo villaggio nuragico e di tombe romane, le prime testimonianze sul paese risalgono al Medioevo, indicandoci che esso apparteneva al Giudicato di Cagliari e faceva parte della curatoria di Siurgus, come testimonia anche il non lontano castello di Las Plassas, e che aveva un'economia locale stabile. Alla caduta del giudicato (1258) il paese entrò a far parte delle terre gestite direttamente da Pisa e, dopo la conquista della Sardegna da parte degli Aragonesi, Gergei fu trasformato in un feudo, concesso alla famiglia Carroz.