2008-2009 ISU Grand Prix sezonunda 2008 Skate America'da Kim Yu-Na ve Yukari Nakano'nun ardında bronz madalya aldı. 2008 Cup of China'da Kim'in ardında aldığı gümüş madalya onu 2008-2009 Grand Prix Finaline taşıdı. Burada 2004'ten bu yana ilk kez dörtlü atlayış yaptı ancak bu atlayış eksik tur sebebiyle üçlü atlayış üzerinden değerlendirildi. 2008 Japonya Ulusal Şampiyonasında kısa program sonunda üçüncü sıradaydi. Serbest program öncesi buzdaki ısınma sırasında Fumie Suguri ile çarpıştı ve bacağını incitti. Yarışmada bronz madalyayı alan Ando ülkesini 2009 Dünya şampiyonasında temsil etme hakkı kazandı. Kısa programda dördüncü sırada yer aldı. Serbest programı ise ikinci sırada bitirdi. Takım arkadaşı Asada'nın önünce 190.38 puan ile bronz madalyayı alan Ando, o yıl ülkesinin tek madalyasını kazandı. Nisan ayında Tokyo, Japonya'da yapılan 2009 World Team Trophy'de kısa programda Joannie Rochette ile aynı puanı (62.08) aldı. Eşitlik teknik puana göre bozuldu ve Ando üçüncü sırada yer aldı. Serbest programda altıncı olan Ando yarışmayı genelde beşinci bitirdi. Japonya takımı genel toplamda bronz madalya aldı.