Em 1994, o governo e os rebeldes ugandeses envolveram-se cada vez mais em conflitos no Zaire, no Sudão e no Ruanda. À medida que a guerra se propagava pelas fronteiras da África central, grupos rebeldes exploravam o caos para ganhar apoiadores internacionais e espalhar sua influência. Os rebeldes do oeste de Uganda cresceram consideravelmente em força a partir de 1994, quando o Sudão começou a apoiá-los. Mais importante ainda, a rebelião do LRA se intensificou e expandiu em escopo mais uma vez. Com o apoio sudanês, o LRA cresceu para mais de dois mil combatentes bem armados em março de 1994, permitindo-lhe invadir todo o norte de Uganda, deslocando centenas de milhares. O governo sudanês também criou novos grupos rebeldes e organizou a fusão de facções insurgentes; mais notavelmente, os remanescentes do NALU, do UMFF, do Exército Muçulmano de Libertação de Uganda ("Uganda Muslim Liberation Army", UMLA) e outros formaram as Forças Democráticas Aliadas ("Allied Democratic Forces", ADF) que, consequentemente, travaram uma insurgência de décadas. Com o auxílio sudanês, novas rebeliões eclodiram na região do Nilo Ocidental que persistiram até o início da década de 2000. Por sua vez, Uganda invadiu o Zaire e o Sudão como parte da Primeira Guerra do Congo e da Segunda Guerra Civil Sudanesa, parcialmente em uma tentativa de destruir as bases da retaguarda dos rebeldes ugandeses.