Im Verlauf des lettischen Unabhängigkeitskriegs trat er im Dezember 1818 der neu aufgebauten lettischen Armee bei und wurde Kommandeur des Militärdistrikts Kurland. Im Juni 1919 wurde er Kommandeur aller lettischer Einheiten bei Liepāja. Im September wurde der Leiter der Militärschulen, aber als die Angriffe der von Pawel Michailowitsch Bermondt-Awaloff geführten westrussischen Befreiungsarmee begannen, kehrte er in den aktiven Dienst zurück. Er wurde Kommandeur der zweiten livländischen Infanteriedivision und löste Jorģis Zemitāns als Kommandeur der südlichen Front ab. Am 10. November begann seine Division eine massive Gegenattacke und befreite Torņakalns und andere Stadtteile Rigas am linken Ufer der Daugava. Später nahm er an der Befreiung von Lettgallen teil. Im August 1920 erreichte Peniķis die Beförderung zum General und er wurde Stabschef der lettischen Armee.