En inskription från påve Honorius IV:s (1285–1287) pontifikat minner om en restaurering av kyrkan. Under Roms skövling i maj 1527 fann en grupp försvarare skydd i ett medeltida torn bredvid kyrkan. Gruppen hade med sig ett stort lager ammunition och krut, som dock exploderade och även skadade kyrkan. År 1578 förlänade påve Gregorius XIII (1572–1585) kyrkan åt den polske kardinalen Stanislaus Hosius, som lät bygga om kyrkan från grunden ("a fundamentis"). Den nya kyrkan helgades åt den helige martyrbiskopen Stanislaus av Kraków. Från kyrkan San Salvatore in Pensili de Sorraca återstår altarmålningen "Jesus Kristus med de heliga Stanislaus, Adalbert och Hyacint", utförd av Antiveduto Grammatica.