La Guerra de Independencia de Portugal, estallada en 1640, tuvo importantes consecuencias para la zona, con casi tres décadas de saqueos y escaramuzas. En este sentido, San Felices fue un punto clave en los enfrentamientos del duque de Alba con las tropas portuguesas. De San Felices partieron varias expediciones hacia Portugal provocando continuos ataques, contraataques, saqueos a ambos lados de la frontera, robos de ganado, explotación del territorio para el sostenimiento del Ejército... que terminaron por arrasar la economía comarcal, así como los repetidios ataques a la ciudad de San Felices, como el de 1646, que destruyó el puente sobre el río Águeda. Esta situación conflictiva acabó finalmente en 1668, una vez que es reconocida la independencia de Portugal y finaliza con ello dicha guerra.