В конце 1942 года Котанов назначен начальником штаба легендарного отряда Цезаря Куникова. Уже отличившийся в обороне Темрюка и Керчи, отряд Куникова был переукомплектован для выполнения операции «Море». Отряд формировался из добровольцев — солдат и офицеров, проявивших себя на фронте. В ночь с 3 на 4 февраля 1943 года, в ходе Южно-Озерейской десантной операции, Котанов в числе первых вместе с отрядом произвёл высадку с моря на занятом врагом и сильно укрепленном побережье в районе Новороссийска у села Мысхако. Стремительными действиями морские пехотинцы выбили врага из опорных пунктов и сумели закрепиться на захваченном плацдарме, получившем в дальнейшем известность как «Малая земля». В течение нескольких дней десантники отбивали яростные атаки противника. После ранения Куникова Котанов принял командование на себя. За выполнение боевых задач во время операции Котанов был награждён орденом Красного Знамени.