Der Kaiser räumte Franz Stephan zwar einen Sitz in der "Geheimen Konferenz" ein, dieser konnte sich dort aber nicht durchsetzen. Auch als Soldat war er nicht erfolgreich. 1738 zog er in den Russisch-Österreichischen Türkenkrieg, kehrte aber schon bald wegen eines Nervenzusammenbruchs zurück.