Tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog (1861 - 1865) koos de staat de kant van de Geconfedereerde Staten. De staat was hier wel verdeeld over en Tennessee was de laatste staat die naar de Confederatie overstapte. Het oosten trachtte nog een aparte staat te vormen en zich aan te sluiten bij de Unie. Tennessee leverde zowel voor de Confederatie als voor de Unie de meeste soldaten. Omdat de staat op de grens lag en vanuit Tennessee een aantal aanvoerroutes naar Mississippi en Alabama liepen werd in deze staat een aantal belangrijke slagen geleverd. Waaronder de Tullahomaveldtocht, de Slag bij Stones River, de Chattanoogaveldtocht en de Tweede slag bij Franklin. Na de burgeroorlog werd Tennessee als eerste Geconfedereerde staat weer toegelaten tot de Verenigde Staten. Dit gebeurde in 1866.