Die Familie Pistohlkors wurde im Jahre 1939 wie die meisten Deutsch-Balten in Folge des Hitler-Stalin-Pakts in den Machtbereich des Deutschen Reiches umgesiedelt. Gert von Pistohlkors besuchte von 1946 bis 1951 das Carl-Hunnius-Internat in Wyk auf Föhr und machte 1954 das Abitur in Starnberg. Er studierte an den Universitäten München und Göttingen die Fächer Anglistik, Germanistik und Geschichtswissenschaft.