Obwohl der Ort zum Siedlungsgebiet der keltiberischen Lusonen gehörte, wurden bislang weder keltiberische noch römische oder westgotische Spuren entdeckt. Im 8. Jahrhundert drangen arabisch-maurische Heere bis ins obere Ebro-Tal vor, doch selbst aus dieser Zeit fehlen für Berdejo archäologisch verwertbare Spuren; im 9. oder 10. Jahrhundert entstand jedoch möglicherweise eine erste Burg "(castillo)". Um das Jahr 1120 wurde die Gegend von Alfons I. von Aragón zurückerobert "(reconquista)". Die Gegend war lange Zeit zwischen den Königreichen Aragón und Kastilien umstritten "(Guerra de los Dos Pedros)"; dieser Streit endete erst mit der Eheschließung der Katholischen Könige Isabella I. von Kastilien und Ferdinand II. von Aragón im Jahr 1469.