Την ίδια περίοδο το Σπίλμπερκ χρησιμοποιήθηκε και ως φυλακή. Οι Προτεστάντες ήταν οι πρώτοι που φυλακίστηκαν εκεί και ακολούθησαν συμμετέχοντες στις επαναστάσεις του 1848-1849, καθώς και εγκληματίες, όπως κλέφτες. Ο Φραντς φον ντερ Τρενκ, αυστριακός στρατιώτης και ένα από τα πιο αμφιλεγόμενα πρόσωπα της περιόδου, φυλακίστηκε και πέθανε εκεί στις 4 Οκτωβρίου 1749. Αργότερα, διάφοροι εξέχοντες Γάλλοι επαναστάτες συνελήφθησαν εκεί, κατά τη διάρκεια των Πολέμων εναντίον της Γαλλίας, όπως ο Ζαν-Μπατίστ Ντρουέ, διάσημος για το ρόλο που είχε στη σύλληψη του βασιλιά Λουδοβίκου ΙΣΤ΄ της Γαλλίας. Μια ομάδα δεκαπέντε Ούγγρων Ιακωβίνων, υπό την αρχηγία του συγγραφέα Φραγκίσκου Καζίνσκι ήταν, επίσης, φυλακισμένοι εκεί.