Haitin vallankumous alkoi orjakapinana Saint-Dominguen pohjoisosassa. Toussaint ei liittynyt heti kapinoitsijoihin ja hän auttoi myös entistä omistajaansa pakenemaan alueelta plantaaseja polttaneilta ja valkoisia sekä mulatteja tappaneilta orjilta. Muutama viikko kapinan alkamisen jälkeen hän kuitenkin lopulta liittyi kapinoiviin orjiin. Espanjalaisten hyökätessä ranskalaisten Saint-Dominguelle Santo Domingosta vuonna 1793 Toussaint liittyi espanjalaisten puolelle johtaen muutaman tuhannen miehen armeijaa, joka kävi sissisotaa ranskalaisia vastaan. Kuitenkin kun Ranskan kansalliskokous lakkautti orjuuden helmikuussa 1794 Toussaint vaihtoi puolia ja alkoi taistella noin 4 000:n miehensä kanssa espanjalaisia vastaan. Muutaman seuranneen kuukauden aikana hänen joukkonsa olivat vallanneet suurimman osan espanjalaisten hyökätessään valtaamista alueista. Vuonna 1795 Espanja solmi Ranskan kanssa Baselin rauhan, jolla maa luovutti oman osansa Hispaniolaa Ranskalle. Sotatoimet keskittyivät nyt samoin vuonna 1793 alueelle hyökänneitä brittejä vastaan. Pian heiltäkin oli vallattu alueet Saint-Dominguella joitakin rannikkokaupunkeja lukuun ottamatta. Toussaint piti nyt hallussaan Saint-Dominguen suurta pohjoisosaa, kun taas etelässä vaikutti André Rigaudin mulateista ja valkoisista koostunut kapinallisarmeija. Vuonna 1797 hän karkotti Ranskan vallankumoushallituksen Léger-Félicité Sonthonaxin, joka oli ehdottanut esimerkiksi kaikkien saarten valkoisten surmaamista. Uskonnollista Toussaintia loukkasi myös vallankumouksellisten ateismi.