Hans far var loyal over for Huset Lancaster. Hans hustru, Maud Herbert, havde faktisk været forlovet med Henrik af Richmond, som kom til at bestige tronen i 1485 som Henrik 7. Hans far blev dræbt i Slaget ved Towton den 29. marts 1461. Jarldømmet af Northumberland blev overtaget af den sejrende York-fraktion. Den unge Percy blev fængslet i Fleet Prison, London. Han blev senere overført til Tower of London i 1464.