Tuż po wybuchu wojny Stryjkowski opuścił Warszawę i udał się do Lwowa, gdzie był świadkiem wejścia wojsk radzieckich (atmosferę tamtych lat oddał w powieści "Wielki strach"). Jako zdeklarowany komunista pracował najpierw w redakcji dziennika „Czerwony Sztandar”, z którego jednak został wyrzucony i znalazł pracę w rozgłośni polskiego radia. Po rozpoczęciu ofensywy III Rzeszy na ZSRR uciekał w głąb Rosji, gdzie nieskutecznie próbował się zaciągnąć do Armii Andersa. Pracował jako robotnik fizyczny, między innymi w Uzbekistanie, został jednak przeniesiony do fabryki broni pod Moskwą. Dzięki pomocy Wandy Wasilewskiej w roku 1943 otrzymał pracę korektora w tygodniku „Wolna Polska” w Moskwie. Awansując, a w końcu obejmując stanowisko redaktora, pozostawał w redakcji czasopisma aż do zakończenia wojny. W 1943 roku dołączył do Związku Patriotów Polskich oraz Polskiej Partii Socjalistycznej. W tym czasie zaczynał był tworzyć powieść "Głosy w ciemności", którą ukończył w 1946 i podpisał używając już pseudonimu Julian Stryjkowski.