Gwałtowne ulewy na terenie Polski w czerwcu 2010 spowodowały podmycie torów i osunięcie skarp w wielu miejscach na trasie. Uniemożliwiło to prowadzenie ruchu pociągów na całej linii kolejowej. Według zapewnień zarządcy torów – PKP Polskie Linie Kolejowe – wznowienie ruchu kolejowego na odcinku Tarnów – Stróże planowane było na drugą połowę czerwca, a udrożnienie odcinka Stary Sącz – Krynica-Zdrój na przełom czerwca i lipca.