1949 wurde Gilles den Fallschirmjägern zugeteilt. Während des Indochinakriegs kommandierte Jean Gilles die erfolgreiche Verteidigung von Na San. Infolgedessen wurde er zum General befördert. Er befehligte ebenso die ersten Fallschirmjäger die über Dien Bien Phu absprangen. Er gab dieses Kommando jedoch an Christian Marie de Castries ab. Gilles nahm an der Besetzung des Suezkanals im Rahmen der Suezkrise teil. Gilles kommandierte die französischen Einheiten um Constantine im Algerienkrieg. Einer von Gilles Söhnen wurde 1961 in diesem Krieg getötet. Gilles starb im selben Jahr an einem Herzanfall.