Основное содержание книги «Россия против Руси» сводится к размышлению о судьбах России и её противопоставлении с Русью. При этом Русь воспринимается как аутентичное национальное государство русских, тогда как Россия — это многонациональная империя, образованная в результате «татарского ига». «Батыево нашествие» при этом рассматривается как элемент междоусобной (гражданской) войны между языческим лесным севером и христианским степным югом, решающую роль в котором сыграла православная церковь. Русь идеализируется как вечевая республика с развитой системой городского самоуправления (Гардарика). Россия победила Русь в XV веке во время Шелонской битвы. Россия же отождествляется с Ордой (московиты-ордынцы). В немалой степени Хомяков полемизирует с неоевразийской книгой Л. Н. Гумилёва «От Руси до России» (1992).