La seva formació artística va sofrir nombrosos entrebancs. El 8 de març de 1866, la mort del pare deixa la família gairebé en la misèria però, així i tot, el jove Janáček va poder continuar els estudis i el seu oncle Jan Janáček es va fer responsable de la seva tutela. Uns mesos més tard, l'angoixa es va apoderar dels habitants de Brno i per tant els ocupants del monestir. A les terres txeques, els soldats de l'Imperi austrohongarès lluitaven contra els soldats prussians. El 13 de juliol, dies després de la Batalla de Sadowa, les tropes prussianes van entrar a la ciutat de Brno i van prendre el control dels llocs clau i edificis governamentals. L'ocupació estrangera es va perllongar fins a mitjans de setembre, quan les tropes van sortir de la ciutat, fins llavors els nens es van haver de mobilitzar per cantar en nombrosos funerals.