За национальную команду Немец выступал с 1990 по 2001, приняв участие в Чемпионате мира 1990 (не выходил на поле), Чемпионате Европы 1996 и Чемпионате Европы 2000. Свой единственный гол за сборную он забил в матче против Южной Кореи 27 мая 1998 года. 36 раз Иржи Немец выводил на поле сборную Чехии в качестве капитана. Наивысшим его достижением в сборной является 2 место на Евро-96.