Djorkaeff estreou com a camisa dos "Bleus" em 1993, mas a França não obteve a vaga para a Copa de 1994. Titular a partir deste mesmo ano, foi convocado para sua primeira competição com a camisa azul: a Eurocopa de 1996. Mas seus melhores momentos com a Seleção vieram com os títulos da Copa de 1998, realizada na França, da Eurocopa de 2000 e da Copa das Confederações de 2001.