Nachdem Vizeadmiral Reinhard Scheer, bis dahin Befehlshaber des III. Geschwaders, im Januar 1916 das Kommando über die Hochseeflotte übernommen hatte, nahm deren Aktivität zu. Sowohl im März als auch im April unternahm die Flotte mehrere Vorstöße in die Nordsee. Ein erneuter Vorstoß am 31. Mai führte schließlich zur Seeschlacht vor dem Skagerrak. Während dieser blieb die "Kaiserin" unbeschädigt, obwohl das III. Geschwader während des Hauptgefechtes an der Spitze des deutschen Gros fuhr. Sie konnte ihrerseits aber mehrere schwere Treffer auf der HMS "Warspite" erzielen.