1776年1月10日、フィラデルフィアでペインが執筆した政治パンフレット『コモン・センス』（"Common Sense"、「常識」の意）の初版が1部2シリングで販売され、1000部印刷された初版はたちまち売り切れた。その後3ヶ月で12万部を売り切り、その年の末までに56版を数え15万部が売れたという。民主的平和論を説き植民地の権利を守らないイギリスの支配から脱し、アメリカが独立するという考えは「Common sense」（常識）であると説いた。独立宣言発布直後にペンシルベニア連隊に入隊し、将軍付の秘書・副官となる。ワシントンに紹介されて2年間その下で働き、『危機』（"Crisis"）と呼ばれる一連の小冊子や論文記事を出版し続けた。1777年4月から1779年1月まで連邦議会外務委員会の書記をつとめ、1779年11月、ペンシルベニア州議会の書記に任命された。このとき滞納されていた賃金1690ドルを支払われると、ペインはそのうちの500ドルをワシントン軍に寄付したため、この例にならう者が続出し、議会が銀行を設立することを可能にしたという。1780年3月にペンシルベニア州議会が可決した奴隷廃止法案の前文を書き、7月4日にペンシルベニア大学から名誉博士号を贈られている。1784年には、独立に対する貢献により、ニューヨーク州よりニューロッシェルの農園を贈られている。