Les relations diplomatiques entre les deux États sont rompues en à la suite d'un attentat à la bombe, contre la légation soviétique à Tel-Aviv, avant d'être rétablies le , après la mort de Staline par son successeur Nikita Khrouchtchev. Mais les deux États gardent des positions antagonistes, Moscou se rapprochant désormais des pays arabes partageant l'idéologie socialiste en guerre contre Israël tandis que l'État hébreu se rapproche du bloc de l'Ouest. Leurs relations sont à nouveau rompues en 1967 après la victoire d'Israël contre une coalition arabe pro-russe à la Guerre des Six Jours, et ne sont rétablies qu'en par Mikhaïl Gorbatchev, deux mois avant la dislocation de l'Union soviétique.