Alain de Boissieu war der Sohn eines Versicherungsfachmannes. Die Eltern stammten aus Forez und Lyon. Alain de Boissieu war zwischen 1936 und 1938 Schüler an der Militärschule École Spéciale Militaire de Saint-Cyr und ab 1938 Schüler an der französischen Artillerieschule in Saumur. Er war Offizier der Kavallerie während des Zweiten Weltkriegs. Frankreich unterlag der Wehrmacht in wenigen Wochen und de Boissieu geriet 1940 in deutsche Kriegsgefangenschaft. Es gelang ihm, im März 1941 in die Sowjetunion zu fliehen. Dort wurde er aufgrund des deutsch-sowjetischen Nichtangriffspaktes interniert. Nach dem deutschen Angriff auf die Sowjetunion wurde er entlassen und gelangte nach London, wo er sich General de Gaulle und den Truppen des freien Frankreichs anschloss. Im Jahr 1942 wurde er zum französischen Hochkommissar im Indischen Ozean ernannt. Von 1944 bis 1945 nahm er an militärischen Aktionen der frei-französischen Truppen teil. Unter anderem war er 1944 an der Landung in der Normandie und der Befreiung von Paris beteiligt.