Velkým problémem nové éry se však ukázali komunisté. Ač maoismus byl v Číně, kde se zrodil, v zásadě opuštěn, u nepálských komunistů byla tato ideologie do značné míry konzervována. V roce 1996 zahájila Komunistická strana Nepálu (maoisté) v jeho jménu ozbrojené povstání. Následující občanská válka si vyžádala 12 000 mrtvých.