În timpul Primului Război Mondial a fost din nou chemat la datorie de către armata țaristă. A servit în calitate de șef al unei divizii medicale de pe front, în principal în Ucraina. În anul 1917 a fost solicitat să practice medicina în adăposturile pentru copiii ucrainieni din Kiev. Cu doi ani în urmă, în timpul unei scurte vacanțe petrecute la Kiev, o cunoscuse pe Maria Rogowska Falska, activistă a independenței comunității poloneze, care administra un cămin pentru băieți polonezi. După ce și-a terminat serviciul în cadrul Armatei Ruse cu rang de căpitan, s-a întors la Varșovia în iunie 1918. Imediat după declararea independenței Poloniei (11 noiembrie 1918), Korczak s-a întors în armată. De data aceasta, a fost repartizat în proaspăt restaurata Armată Poloneză. În timpul războiului sovieto-polonez (1919-1921), a servit ca medic în spitalele militare din Łódź și Varșovia. A suferit și de tifos. Pentru munca depusă, a fost promovat la rangul de maior în cadrul Armatei Poloneze.