С 31.01.1942 по 12.09.1942 и с 21.10.1942 по 25.04.1943 — командир 4-го гвардейского стрелкового корпуса на Ленинградском фронте. Войска корпуса под руководством Н. А. Гагена участвовали в Любанской и Синявинской операциях (причем в последней из них генералу второй раз удалось пробиться из окружения с оружием в руках).