Bragg odbywał służbę na Florydzie podczas kolejnych konfliktów, w których brały udział Stany Zjednoczone. W uznaniu zasług i odwagi zyskiwał kolejne awanse – brevet kapitana za oblężenie Fortu Teksas (maj 1846), brevet majora za Monterrey (wrzesień 1846), brevet podpułkownika za Buena Vistę. Jego postawa podczas wojny z Meksykiem zaskarbiła mu szacunek przełożonego gen. Zacharego Taylora oraz przychylność pułkownika Jeffersona Davisa (Bragg ocalił jego oddział). W czerwcu 1846 został awansowany na kapitana w ramach armii regularnej.