Il fut néanmoins chargé de défendre la ville de Morat, menacée par les troupes du duc de Bourgogne, Charles le Téméraire, qui voulait se venger de la défaite subie à Grandson. Morat résista douze jours au siège, jusqu'à l'arrivée des troupes de secours. Les troupes suisses ayant balayé l'armée bourguignonne à la Bataille de Morat, la ville fut délivrée du siège.