У Трынаццацігадовую вайну (1654—1667) пасля захопу Полацка маскоўскім войскам у 1656 годзе па загаду цара Аляксея Міхайлавіча Спаса–Праабражэнская царкву паўторна асвяцілі як праваслаўную. Пасля вызваленне горада яна зноў знаходзілася ва ўладанні езуітаў, якія выкарыстоўвалі будынак як касцёл. Паміж 1728 і 1734 гадамі, а таксама ў 1786 годзе ордэн праводзіў аднаўленчыя работы. У 1800—1803 гадах будынак грунтоўна рэканструяваў прафесар архітэктуры езуіт Войцех Абрампольскі. У вайну 1812 года царква пацярпела, але неўзабаве яе аднавілі. Паводле тагачаснага інвентара збудаванне мела наступны выгляд: