Zaradi križanja interesov na Balkanu pa prijateljstvo z Rusijo ni moglo dolgo trajati. V srbsko-osmansko vojno (1876-78) in rusko-osmansko vojno (1877-78) se Avstro-Ogrska ni vmešala. Skupaj z ostalimi evropskimi velesilami pa je nastopila proti Rusiji na berlinskem kongresu (junij-julij 1878), ki je pod Bismarckovo taktirko ozemeljsko na novo razdelil Balkan in močno spremenil delitev ozemelj, ki si jo je zamislila Rusija v sanstefanskem miru. Berlinski kongres je povečani Srbiji in Črni gori še formalno potrdil samostojnost, Avstro-Ogrska pa je dobila pravico okupirati Bosno in Hercegovino, v kateri se je od leta 1852 zvrstilo zaporedje uporov krščanske raje proti osmanskemu gospostvu. Deželi so naseljevali pravoslavci (preko 40 %), ki so vsaj deloma želeli priti pod Srbijo, muslimani (manj kot 40 %), ki so imeli v svojih rokah dejansko gospodarsko moč in so želeli ostati pod oblastjo osmanske države, in katoličani (manj kot 20 %), ki so želeli vključitev v Avstro-Ogrsko. Ta je morala vložiti veliko vojaških naporov (boji pri Maglaju, Jajcu in Banjaluki, v katerih je na avstro-ogrski strani sodelovalo veliko Slovencev), da je deželi dejansko okupirala (garnizije je do leta 1908 imela tudi v osmanskem Sandžaku, strateško pomembni povezavi med Srbijo in Črno goro) in potem še veliko sredstev v gospodarstvo, šolstvo in zdravstveno oskrbo, da je pridobila del prebivalstva na svojo stran.