פרארה היה לעוגן בחוליית ההגנה של יובנטוס במשך כעשור, ונחשב לאחד משחקני ההגנה האיטלקים הטובים בדורו. בתקופתו נחשבה הגנת יובנטוס לאחת הטובות ביבשת, ובנוסף לזכייה בליגת האלופות ב-1996, גם העפילה לגמר ליגת האלופות 1997, 1998 ו-2003. פרארה פתח בהרכב בשניים ממשחקי הגמר.