Déchiré par la Réforme, le pays se divise et est le théâtre de plusieurs guerres de religion : les Première et Deuxième guerres de Kappel (1529 et 1531), la Première guerre de Villmergen (1656), la Deuxième guerre de Villmergen (1712) occupent la politique intérieure. La démocratie des premiers temps laisse la place à des gouvernements oligarchiques qui bloquent les réformes proposées par les Lumières.