1967년 5월에 동부주 주지사 중령 추쿠에메카 오두메구 오주쿠가 비아프라를 세우고 연방 공화국으로부터 독립을 선언했다. 비아프라가 독립을 선언하고 1967년 7월 6일에 나이지리아군이 비아프라를 공격하면서 비아프라 전쟁이 일어났다. 비아프라 전쟁은 30개월 동안 이어졌고, 비아프라의 교역과 보급을 봉쇄한 끝에 1970년 1월에 끝났다. 30개월 동안 이어진 내전으로 동부주에서 죽은 사람의 수는 백만 명에서 3백만 명에 이른다. 프랑스와 이집트, 소련, 영국, 이스라엘 등이 막후에서 전쟁에 깊게 관여했는데, 영국과 소련은 나이지리아 정부에 군사 지원을 제공했고, 가말 압델 나세르는 나이지리아에 전투기 조종사들을 파병했으며 프랑스와 이스라엘은 비아프라를 지원했다. 콩고 민주 공화국 정부는 나이지리아 정부를 향한 지지를 밝히고 수천 명의 병력을 파병했다.