Em resposta aos atentados terroristas às embaixadas dos Estados Unidos na África de 1998, perpetrados pela Al-Qaeda, que mataram dúzias de americanos e centenas de africanos, Clinton ordenou uma série de ataques com mísseis de cruzeiro no Afeganistão e no Sudão, atingindo bases terroristas nestes países, como campos de treinamento e postos de comando. O presidente foi criticado posteriormente quando uma suposta base da al-Qaeda no Sudão foi destruída, quando na verdade era uma fábrica de remédios.