Inscrivant 11 buts lors de sa deuxième saison en Italie, il devient clairement l'une des pièces essentielles avec l'Allemand Miroslav Klose ou Ledesma de l'équipe d'Edoardo Reja puis de Vladimir Petković qui prend les rênes de l'équipe au début de la saison 2012-2013. Les Romains terminent l'exercice à la 7 place et remportent la Coupe d'Italie en battant en finale le grand rival, l'AS Rome le . Hernanes est titulaire durant cette partie cédant sa place à Álvaro González à la 84 minute.