Meskipun demikian, orang Batavi memberontak melawan bangsa Romawi dalam peristiwa Pemberontakan Batavia pada tahun 69 M. Pemimpin pemberontak adalah seorang pribumi Batavi yang bernama Gaius Iulius Civilis. Salah satu penyebab pemberontakan adalah karena pemuda-pemudi Batavia dijadikan budak belian oleh bangsa Romawi. Sejumlah "castella" Romawi diserang dan dibakar. Prajurit-prajurit Romawi di Xanten dan tempat-tempat lain, serta pasukan-pasukan bantu yang beranggotakan orang Batavi dan orang Kananefati dalam legiun-legiun pimpinan Vitellius turut bergabung dengan kubu pemberontak, sehingga memecah kesatuan bala tentara Romawi yang bertugas di kawasan utara wilayah kekaisaran. Pada bulan April 70 M, beberapa legiun yang dikerahkan Vespasianus di bawah pimpinan Quintus Petillius Cerialis pada akhirnya berhasil mengalahkan orang Batavi dan merundingkan penyerahan diri pemberontak dengan Gaius Iulius Civilis di suatu tempat yang terletak di daerah antara Sungai Waal dan Sungai Maas dekat Noviomagus (Nijmegen), yang mungkin sekali disebut "Batavodurum" oleh orang Batavi. Kemudian hari, orang Batavi berbaur dengan suku-suku lain dan menjadi bagian dari orang Franka Sali.