Eén van de meest impopulaire maatregelen was de invoering van de dienstplicht. Voor de veldtocht naar Rusland van Napoleon werd er op grote schaal soldaten gerekruteerd voor het Grande Armée en de noodlottige afloop van deze veldtocht leidde tot een nieuwe conscriptieronde. In de drie jaar dat de Nederlandse departementen onderdeel waren van het keizerrijk werden 31.595 Nederlanders opgenomen in het Franse leger. De dienstplicht leidde tot veel protesten in de departementen en was de belangrijkste bron van protest ten tijde van de Inlijving. Deze onrust was ook over het hele land verspreid.