Türkische Seldschuken besiegten 1071 eine vom Kaiser geführte Armee. In Anatolien entstand um Konya 1081 eine unabhängige seldschukische Herrschaft, die sich bis an die Ägäis erstreckte. Zwar gelang Byzanz die Rückeroberung der Küstensäume, doch nach einer schweren Niederlage im Jahr 1176 begann die Herrschaft Konstantinopels zu bröckeln. Zudem eskalierte der Streit mit der römischen Kirche ab 1054 und 1204 eroberte ein Kreuzfahrerheer auf venezianische Initiative hin die Hauptstadt. Dem Kaiserreich Nikaia, von flüchtigen Angehörigen des Kaiserhauses gegründet, gelang die Stabilisierung seiner westanatolischen Herrschaft, ebenso wie es einem anderen Zweig gelang, das Kaiserreich Trapezunt zu gründen, das bis 1460 bestand. Mit der Rückgewinnung Konstantinopels 1261 vernachlässigte Byzanz Anatolien, das nach und nach von türkischen Gruppen erobert wurde. Unter diesen setzten sich die Osmanen durch, denen 1453 die Eroberung der byzantinischen Hauptstadt gelang, die sie zu ihrer Hauptstadt Istanbul machten. Die griechische Bevölkerung wanderte weiterhin in die küstennahen Städte ab, Zentralanatolien wurde ein Agrarland und büßte viele seiner Städte ein. Im Osten hielt sich bis 1375 Kleinarmenien. Zwar unterlagen die Seldschuken 1243 den Mongolen und die Osmanen 1402 der Armee Timurs, doch auch diese Niederlage konnte die Eroberung der türkischen Emirate durch die Osmanen nur verzögern.