Ukončenie tejto dohody však sťažovalo a napokon celkom zmarilo niekoľko činiteľov. Predovšetkým Nemecko po uzavretí Brestlitovského mieru s Ruskom tlačilo na boľševickú vládu aby odzbrojila všetky dohodové jednotky na svojom území v duchu Brestlitovského mieru. Preprava legionárskych transportov sa neprestajne komplikovala. Na presunovej trase sa množili konflikty medzi česko-slovenskými legionármi a nemeckými či rakúsko-uhorskými zajatcami, ktorých presúvali na západ, aby sa mohli opäť zaradiť do armády. Aj tak napätú situáciu ešte komplikovala Stalinova podmienka, že česko-slovenské jednotky nielenže sa nebudú miešať do vnútorných sporov, ale odovzdajú aj všetky zbrane okrem množstva nevyhnutného na obranu a prepustia časť ruských dôstojníkov. Dôstojnícky zbor légii bol presvedčený, že je to v rozpore s Masarykovou zásadou ozbrojenej neutrality. Stanoviská sovietskych orgánov k česko-slovenskému zboru záporne ovplyvňovali nemeckí a maďarskí zajatci, ktorí vstúpili do Červenej armády. Česko-Slovenskí komunisti v Rusku sa usilovali získať legionárov na stranu boľševickej moci, využívajúc atmosféru revolučného obdobia. Poslednou osudovou kvapkou bol Čeľabinský incident a Trockého telegram, ktorý prikazoval všetkým sovietom na magistrále „odzbrojiť Čechoslovákov“. Legionári siahli po zbraniach a v bojoch pri Marianovke, Zlatoroste, Čeľabinsku, Penze, Lipiagoch a inde porazili sovietske jednotky.