Історію виникнення марсали пов'язують з англійським купцем Джоном Вудхаузом, який у 1773 (за іншими даними - 1772) році потрапив до Марсали та закупив тут партію місцевого вина, щоб перепродати його у Англії. Щоб вино не зіпсувалось під час морської подорожі, він додав до нього спиртовий дистилят. У 1776 році Вудхауз придбав земельну ділянку в Марсалі та обладнав її під виробництво вина, яке отримало свою назву по назві міста, в якому вироблялось. Вино стало до вподоби англійцям, його навіть називали «англійським вином» об'єми виробництва зростали. У 1798 році після Абукірської битви адмірал Нельсон замовив у Вудхауза велику партію вина. У ХІХ сторіччі виробництво постійно розширювалось, марсала постачалась до королів Савойського дому. У 1931 році з'явився закон, який обмежував територію виробництва марсали. У 1969 році Марсала отримала категорію якості DOC.