2006年9月1日のアストロズ戦で1回無失点に抑え、8-7で勝利投手となった。9月12日のマーリンズ戦でも1回無失点に抑え、6-4で勝利投手となった。メッツでは、18登板で防御率1.00で19奪三振を記録し3勝・0敗でシーズンでは52登板で防御率4.53で4勝・3敗だった。またナショナルリーグ中地区をメッツが地区優勝したためプレーオフにも初出場を果たした。2006年のナショナルリーグディビジョンシリーズの1試合目ではドジャースとの対戦となり、2回を投げ4-1でリードしてる状況だったが3失点してしまい同点としてしまうが直後に味方の援護もあり勝ち投手となった。3試合目では2回無失点に抑え、9-5とチームの勝利を助けた。2006年のナショナルリーグチャンピオンシップシリーズでは、7試合中5試合に登板した。2試合目では2失点してしまい、チームの負けにつながってしまったが、他の試合では無失点に抑えた。10月30日にFAとなった。11月1日に禁止薬物に陽性反応を示し、の最初の50試合の出場停止処分となった。しかしながら、11月7日にメッツと2年500万ドルで再契約した。マイナーで2週間を過ごした後、5月30日にメジャーに昇格した。最初16登板は防御率7.71と調子が悪かった。その後15登板では防御率1.89と好投した。15登板中となる8月3日のシカゴ・カブス戦で1回無失点で、6-2で勝利投手となった。終盤21試合では防御率7.48と再び不振に陥った。8月28日のフィリーズ戦では10回にライアン・ハワードにサヨナラホームランを打たれて敗戦投手となった。9月12日のアトランタ・ブレーブス戦では8回に2失点をしてしまうものの、ショーン・グリーンの勝ち越しタイムリーもあり4-3で勝利投手となった。9月16日のフィリーズ戦では3失点を喫し6-10で敗戦投手となり、メッツの地区優勝が絶たれてしまった。シーズンでは52登板で防御率5.76で2勝・2敗だった。11月20日にジョニー・エストラーダとのトレードでミルウォーキー・ブルワーズに移籍した。