פונסקה נולד במדינת אלגואס בעיר אשר נושאת בימינו את שמו. הוא פיתח קריירה צבאית, ובמהלכה דיכא את מהומות פריירה בפרנמבוקו ב-1848, שהיו המקבילה הברזילאית למהפכות אביב העמים. הוא נלחם במלחמת ארגנטינה–ברזיל ובמלחמת הברית המשולשת (1864–1870), ובמהלכן הגיע לדרגת סרן. מאוחר יותר, ב-1884, הוא הועלה לדרגה הצבאית הפיקודית הגבוהה ביותר, פלדמרשל. אומץ ליבו, יכולתו הצבאית וסגנון מרשים הפכו אותו לאישיות בקנה מידה לאומי.