Zum Beginn der Saison 2013/14 kam Khedira zu elf Ligaeinsätzen und vier Einsätzen in der Champions League, bevor er sich einen Kreuzbandriss zuzog, woraufhin er ein knappes halbes Jahr pausieren musste. Er konnte dadurch in 21 Ligaspielen, 8 Champions-League-Spielen und beim kompletten spanischen Pokal, den Real Madrid ohne ihn gewann, nicht spielen. Nach seiner Verletzung stand er am 4. Mai 2014 am 36. Spieltag gegen den FC Valencia erstmals wieder im Kader, am 37. Spieltag gegen Celta de Vigo erstmals wieder in der Startelf. Auch im UEFA-Champions-League-Finale 2014 gegen Atlético Madrid stand Khedira in der Startelf und wurde nach 59 Minuten ausgewechselt.