W styczniu 1942 roku został dowódcą 2 Armii Uderzeniowej, która wzięła udział w ofensywie lubańskiej. Armia po przełamaniu linii frontu, weszła na tyłu wojsk niemieckich, gdzie jednak została otoczona. W związku z tym w kwietniu 1942 roku został on odwołany ze stanowiska, a jego miejsce zajął gen. A. Własow, który jednak nie zdołał wyprowadzić armii z okrążenia i sam dostał się do niewoli. W związku z tym w czerwcu 1942 roku odtworzono 2 Armię Uderzeniową, a jej dowódca ponownie został N. Kłykow. Ta odtworzona armia wzięła udział w kolejnej próbie odblokowania Leningradu w operacji siniawińskiej, która i tym razem zakończyła się klęską. W związku z tym w grudniu 1942 roku został on odwołany ze stanowiska dowódcy armii i został pomocnikiem dowódcy Frontu Wołochowskiego do spraw formowania i mobilizacji i funkcję tę pełnił do marca 1943 roku.