Als sich zwischen Großbritannien (einschließlich Kanada) und den Vereinigten Staaten ein neuer Krieg anbahnte, bot Macdonell der Kolonialregierung die Aushebung eines Regiments ähnlich den Glengarry Fencibles an. Das Angebot wurde nach einigem Zögern angenommen, und kurz vor Ausbruch des Britisch-Amerikanischen Kriegs 1812 stand das "Glengarry Regiment"; Macdonell wurde ihm wieder als "Chaplain" zugeordnet.