Il ritorno in Serie A si aprì con l'improvvisa morte del presidente Giuseppe Moccagatta, cui fu intitolato lo stadio; nelle due stagioni successive l'Alessandria ottenne alcuni successi di prestigio, specialmente quando favorita dal campo di gioco pesante (nel 1947 sconfisse per 2-0 sia il Torino che la Juventus), ma nel complesso i risultati non furono particolarmente entusiasmanti. Il 2 maggio 1948 il club subì quella che rimane ancora oggi la più pesante sconfitta mai patita da una squadra in una partita del massimo campionato a girone unico, in Torino-Alessandria 10-0; l'infierire dei granata sugli ospiti nell'ultimo quarto d'ora fu dovuto a uno screzio tra Valentino Mazzola e un tifoso che lo sbeffeggiava da bordo campo. Al termine di quel campionato, i grigi fecero ritorno in Serie B.