その傍ら、ル・トゥルヌールは将校としてラザール・カルノーとともに働き、1793年から1795年までトゥーロンで軍役に就き、その後フランスの地中海艦隊を再編した。総裁政府が成立したとき、総裁に就任したが、1797年に退任した。後にフリュクティドール18日のクーデターが起こった時、カルノーとの関係が仇となり、ル・トゥルヌールは軍務から手を引くことを余儀なくされた。ブリュメール18日のクーデターを経て成立した統領政府では第一統領のナポレオン・ボナパルトによりロワール＝アトランティック県知事に任命された。フランス第一帝政が成立すると、代わりに院長に任命された。