Nachdem am 30. August 1999 sich die Osttimoresen in einem Referendum für die Unabhängigkeit von Indonesien ausgesprochen hatten, brach nochmals eine letzte Gewaltwelle durch indonesische Sicherheitskräfte aus. Im Laufe dieser wurde Mau Hodu festgenommen und ermordet. Sein Leichnam war zunächst verschwunden. Als man Knochen fand, die man Mau Hodu zuordnete, verweigerte seine Familie einen DNA-Test.