Ричард III необоснованно продолжал доверять Томасу даже после того, как на некоторое время заключил его в тюрьму по подозрению в заговоре 1483 года. Был ранен во время ареста, но вскоре его освободили. Этому не мешало даже то обстоятельство, что главный противник Ричарда, Генрих Тюдор, граф Ричмонд, был пасынком Стэнли. Нес церемониальный жезл на коронации Ричарда III. Сохранил за собой пост лорда-верховного камергера Англии. Посвящён в рыцари ордена Подвязки. В 1484 году он был отправлен посланником в Шотландию, оставив, однако, в заложники своего сына Джорджа, лорда Стрейнджа Нирикского.