در سال ۱۳۶۳ پس از شروع جنگ و به منظور امنیت، اشیای موزه جمع‌آوری گردید و پس از جنگ با مرمت بخشی از بنا نمایشگاه عکس و سنگ و سفال افتتاح گردید، در سال ۱۳۷۶ موزه باستانشناسی افتتاح گردید ولی به علت ضعف در شرایط و امکانات مورد نیاز تا سال ۱۳۷۸ راه‌اندازی نشد. در همین سال بخش شمالی حیاط اول به چایخانه سنتی تبدیل گردید و در سال ۱۳۷۹ آزمایشگاه مرمت آن تجهیز و به بخش جنوبی حیاط اول به برج نوساز منتقل گردید، هم‌اکنون موزه مردم‌شناسی آن در بخش جنوبی حیاط دوم راه‌اندازی شده‌است.