בפיזיקה יש חשיבות רבה לשימוש באנלוגיות כדי לבנות השערות על אופן פעולתן של מערכות פיזיקליות שונות. דוגמה ידועה היא האנלוגיה שהציע חלוץ האטום ארנסט רתרפורד בין המודל ההליוצנטרי של מערכת השמש לבין המודל הפלנטרי של מבנה האטום, שפותח על ידיו כדי להסביר את תוצאות ניסוי רתרפורד. גרעין האטום במודל היה אנלוגי לשמש, האלקטרונים לכוכבי הלכת, והכוח החשמלי לכוח הכבידה.