La temporada &lt;a href="Primera%20Divisi%C3%B3n%20de%20Espa%C3%B1a%202006/07"&gt;2006/07&lt;/a&gt;, comienza con la disputa el 25 de agosto de 2006, de la Supercopa de Europa 2006 ante el Barcelona. Kanouté marcó el segundo gol del equipo, en una final que acabó con la victoria del Sevilla por 3–0, proclamándose supercampeón de Europa. En esta temporada, también es clave para la consecución de la segunda Copa UEFA consecutiva, al anotar en la prórroga de la final ante el RCD Espanyol, el gol que adelantaba 2–1 al Sevilla, resuelta finalmente en una tanda de penaltis, en la que Kanouté transformó el primer lanzamiento. El tercer título de la temporada, llegó en Copa del Rey, en cuya final disputada en el Bernabéu, Kanouté fue el autor del gol de la victoria por 1–0 ante el Getafe.