Ankrah menjadi kepala Bank Penanaman Modal Nasional setelah meninggalkan karier militer. Namun ia menjadi Kepala negara dan Ketua Dewan Pembebasan Nasional setelah kudeta 24 Februari 1966. Pada bulan Januari 1967, ia menjadi penengah antara kelompok yang bertikai dalam Perang Saudara Nigeria di Biafra. Ia terpaksa mengundurkan diri sebagai Ketua Dewan Pembebasan Nasional dan Kepala Negara atas skandal suap yang melibatkan seorang pengusaha Nigeria.