A Guerra Civil Burundinesa, que durou de 1993 a 2006, deixou mais de 300.000 mortos. "A Igreja já faz muito pela paz e reconciliação em Burundi e pretende continuar com mais decisão ainda nesta estrada", dizem fontes locais de Bujumbura. Durante o conflito, muitos religiosos foram atacados e/ou perderam a vida. Após a assinatura do acordo de paz, não houve relatos de incidentes contra a liberdade religiosa ou de agressão contra religiosos. Mas, em 7 de setembro de 2014, o país se viu chocado com a ocorrência do assassinato brutal de três irmãs missionárias italianas da ordem xaveriana de Maria: Lucia Pulici (75 anos), Olga Raschietti (82 anos) e Bernadetta Boggian. Em dois ataques separados, as irmãs foram violentadas, espancadas e esfaqueadas até à morte, na capital Bujumbura. A polícia disse que Christian Butoyi Claude, de 33 anos, confessou o crime, dizendo que o convento havia sido construído num terreno da sua família. Num encontro entre os bispos do Burundi e o presidente Pierre Nkurunziza, foi declarado que "em todas as dioceses burundinesas haveria um sínodo sobre a paz e a reconciliação na Igreja e em todo o Burundi". A Igreja, além do trabalho pastoral, também desenvolve um papel social importante no país. Há o "apoio que a Igreja oferece e pode ainda oferecer para o sistema educativo do País" relatam as fontes. "O Presidente Nkurunziza, de fato, tinha feito um apelo aos Chefes religiosos para que ponham a disposição instalações de suas comunidades para as aulas. O Burundi tem uma grave carência de escolas. A Igreja católica deu uma enorme contribuição ao construir escolas em diversas partes do País. Certamente o apelo do Presidente não será ignorado mesmo que não haja alguns problemas práticos para fazer com que as atividades escolares sejam compatíveis com as atividades pastorais".