Lizarazu oli 1990-luvulla Euroopan tunnetuimpia ja arvostetuimpia puolustajia. Pienestä koostaan huolimatta hän kuului Ranskan maajoukkueen vakiokokoonpanoon ja pelasikin maajoukkuessa 97 ottelua, joissa hän teki kaksi maalia, kunnes vetäytyi maajoukkuetehtävistä elokuussa 2004. Maajoukkueurallaan hän voitti maailmanmestaruuden 1998, Euroopan-mestaruuden 2000 ja Maanosaliittojen Cupin kahdesti.