All'età di 14 anni, Montagne si arruolò nella Marine impériale, e partecipò all'invasione napoleonica d'Egitto. Nel 1802 tornò in Francia per studiare medicina, e due anni dopo diventò chirurgo militare. Nel 1832, all'età di 48 anni, si ritirò dal servizio militare per concentrarsi sullo studio di crittogame (muschi, alghe, licheni e funghi). Nel 1853 fu eletto membro all'Accademia delle scienze francese.