Na de dood van Tito viel het land toch uit elkaar. In de jaren tachtig wonnen de verschillende nationalistische bewegingen weer sterk aan kracht en dit mondde uiteindelijk uit in de Joegoslavische oorlogen in de jaren negentig. Slovenië verklaarde zich als eerste onafhankelijk, daarna volgde Kroatië en een jaar later was het de beurt aan Bosnië en Herzegovina. De etnische Serviërs in Kroatië reageerden door het uitroepen van een eigen republiek in Krajina en Slavonië. Het Kroatische leger won uiteindelijk deze oorlog en de gebieden bleven deel uitmaken van Kroatië. In Bosnië en Herzegovina riepen de Servische Bosniërs in 1992 ook een eigen staat uit, gesteund door de republiek Servië onder leiding van Slobodan Milošević. Tussen 1992 en 1995 vonden er op grote schaal etnische zuiveringen plaats in het gebied, waaronder het Bloedbad van Srebrenica. In het Verdrag van Dayton werd in 1995 afgesproken dat de entiteit Servische Republiek, dat zijn de gebieden binnen Bosnië en Herzegovina met een Servische meerderheid, samen met de Federatie van Bosnië en Herzegovina  het land Bosnië en Herzegovina zouden vormen.