В 1995 году кассационная инстанция, учитывая преклонный возраст Алии, сократила срок заключения до символического. 7 июля 1995 он был освобождён. Однако вскоре вновь арестован и в марте 1996 привлечён к суду по обвинению в преступлениях против человечности — речь шла о причастности к репрессиям времён правления Ходжи. Однако из-за беспорядков 1997 года процесс не был доведён до конца. Алия сумел покинуть тюрьму и перебрался в Объединённые Арабские Эмираты.