Auf Grund seiner altersbedingten Unmündigkeit übernahm der Despot Michael Palaiologos die Regentschaft. Dieser ließ sich jedoch 1259 selbst zum Kaiser ausrufen und krönen. Auf seinen Befehl hin wurde Johannes nach der Rückeroberung Konstantinopels geblendet und anschließend auf einer Insel im Marmarameer gefangen gesetzt.