Po rozpoczęciu niemieckiej inwazji na ZSRR funkcjonariusze NKWD zamordowali w więzieniu przy ul. Stryjskiej co najmniej kilkaset osób (od 200 do 500–600). Pod zwałami trupów odnaleziono później jedynie kilku żywych więźniów. Po rozpoczęciu niemieckiej okupacji w Drohobyczu i w pobliżu miasta odnajdywano kolejne, masowe groby ofiar NKWD. Nie sposób jednak ustalić, czy spoczywały w nich ofiary masakry więziennej, czy też osoby zamordowane w latach 1939–1941. Odkrycie ofiar NKWD wywołało trwający 4 dni pogrom Żydów, których oskarżono o sympatyzowanie z komunizmem. W trakcie pogromu zabito 47 osób. W czasie II wojny światowej Niemcy utworzyli w Drohobyczu getto i wymordowali większość żydowskich mieszkańców miasta. Jedną z ofiar był Bruno Schulz.