W 1991 litewskie władze rozpoczęły ściganie Burokevičiusa za udział w tzw. wypadkach styczniowych pod wileńską wieżą telewizyjną. 15 stycznia 1994 został aresztowany na terenie Białorusi i przekazany stronie litewskiej. Przez pięć lat przebywał w areszcie, a w sierpniu 1999 skazano go na 12 lat więzienia za działalność antypaństwową oraz współudział w zabójstwie litewskich obywateli w wypadkach styczniowych w Wilnie. 13 stycznia 2006 wypuszczono go na wolność.