W reprezentacji Francji zadebiutował 22 lipca 1995 w towarzyskim meczu z Norwegią, w którym w drugiej połowie zmienił Paula Le Guena. Swoje pierwsze gole strzelił 6 września w spotkaniu z Azerbejdżanem – zdobył dwie bramki, przyczyniając się do zwycięstwa 2:0. W 1996 roku został powołany na mistrzostwa Europy w Anglii. Francuzi dotarli w nich do półfinału, a Lebœuf był rezerwowym – nie zagrał w żadnym pojedynku.