Beim deutschen Überfall auf Norwegen am 9. April 1940 war die "Fridtjof Nansen" als Patrouillenboot der Finnmark-Abteilung im 3. Seeverteidigungsbezirk (Konteradmiral Leif Hagerup) zugeordnet und in Honningsvåg beim Nordkap stationiert. Nachdem das Schiff mehrere deutsche Luftangriffe schadlos überstanden hatte, gelang ihm im Juni 1940 die Flucht nach Schottland. Einen Tag, nachdem bereits König Håkon VII. auf dem britischen Schweren Kreuzer "Devonshire" von Tromsø aus ins Exil nach Großbritannien abgereist war, nahm die "Fridtjof Nansen" am 8. Juni in Tromsø Konteradmiral Henry Diesen, den Oberbefehlshaber der norwegischen Marine, und den Außenminister Halvdan Koht und weitere Flüchtlinge, darunter auch etwa zwei Dutzend deutsche Nazigegner, an Bord und lief am Morgen des 10. Juni nach Westen aus. Sie erreichte Tórshavn auf den Färöern am 13. Juni und fuhr am 16. Juni mit sechs weiteren kleinen norwegischen Kriegsschiffen und einer Eskorte der Royal Navy weiter nach Rosyth in Schottland, wo sie am 18. Juni eintraf. Dort wurde sie dann kriegsfertig gemacht.