Po třech dnech výslechů a mučení NKVD se Krylenko „přiznal“, že je „sabotérem“ od roku 1930. 3. dubna doplnil prohlášení, že byl Leninovým nepřítelem před říjnovou revolucí. Během svého posledního výslechu 28. června 1938 Krylenko jmenoval třicet úředníků Komisariátu spravedlnosti, které měl údajně najmout do protisovětského spiknutí.