Римско-католическая церковь обвиняется многими в сотрудничестве с хорватским радикальным националистическим движением усташей, управлявших в годы Второй мировой войны марионеточным Независимым государством Хорватии и развязавших холокост и геноцид сербов. Несмотря на то, что Ватикан де-юре не заявлял о своей поддержке усташей, а ряд деятелей католической церкви занимался спасением евреев и сербов от массовых убийств и экстрадиций, Святой Престол обвинялся и продолжает обвиняться не только в бездействии и нежелании спасти гражданское население от геноцида, но и в негласной поддержке усташей. По подсчётам, за годы войны от рук усташей по разным оценкам погибло от 197 до 800 тысяч человек.