Des accrochages sporadiques se produisent dans plusieurs paroisses rurales, tandis qu'à La Rochelle, l'église Notre-Dame-de-Cougnes et la chapelle des Dominicains sont dévastées par une poignée d'exaltés. Les pulsions iconoclastes ont tôt fait de se répandre. Elles culminent quelques semaines plus tard par le sac de l'abbaye royale de Saint-Jean-d'Angély au mois de juillet 1562. Le maire de la ville Arnauld Rolland dirige en personne les émeutiers, lesquels saccagent l'église, brûlent les reliques, la bibliothèque et les archives du monastère. Plus au nord, les chefs de partis des deux camps finissent par se neutraliser mutuellement — le prince de Condé et le connétable de Montmorency sont faits prisonniers à la bataille de Dreux (), tandis que le duc de Guise est assassiné durant le siège d'Orléans (février 1563). La paix d'Amboise met un terme à cette première guerre de religion.