A Chicago nel 1942 Farmer fondò l'importante Comitato di uguaglianza razziale (in lingua inglese "Congress of Racial Equality" o CORE), insieme ad altri esponenti di rilievo quali George Houser, James R. Robinson e Bernice Fisher. Lavorò alla National Association for the Advancement of Colored People e fu lui ad organizzare la Freedom Ride. Nel 1963 fu uno dei Big Six che parteciparono alla Marcia su Washington per il lavoro e la libertà. Sposò Lula Peterson (1945 - 1977) da cui ebbe due figli.