В 1922 году Иригойена, который не имел права баллотироваться на второй срок, сменил его однопартиец Марсело Торкуато де Альвеар, представлявший, однако, другую, правую партийную фракцию. В 1928 году, после окончания срока де Альвеара, Иригойен вновь был избран президентом. Одним из главных предвыборных лозунгов Иригойена была национализация нефти, которую, однако, провести не удалось. Несмотря на некоторые экономические успехи в ходе первого срока правления, Иригойен не смог справиться с последствиями мирового экономического кризиса, и 6 сентября 1930 года он был отстранён от власти военными под руководством генералов Хосе Феликса Урибуру и Агустина Педро Хусто. Примечательно, что переворот был осуществлен силами всего 1,5 тысяч солдат, которые заняли столицу и добились отставки президента и правительства. Одним из восставших был Хуан Доминго Перон — будущий президент Аргентины. После переворота Иригойен был отправлен в ссылку на остров Мартин-Гарсия. После освобождения в феврале 1932-го остаток своих дней Иригойен провёл под домашним арестом в Буэнос-Айресе.