51 команда были разбиты на 12 групп по 4 команды (группы A-H и группы J-M) и группу I из 3-х команд. Победители групп, а также две команды, занявшие второе место в своих группах отбора с наилучшими результатами, получили путевки на Кубок африканских наций 2017 года.