Gegen Ende des 11. Jahrhunderts wurde mit dem Wiederaufbau der Kirche begonnen und nach dem Erdbeben von 1117 setzte man ihn ohne Zögern fort. 1135 war die Kirche in ihrer heutigen Form im Wesentlichen fertig. 1178 wurde der freistehende Campanile vollendet. Wenig später wurde die dekorative Gestaltung der Fassade mit der Fensterrose und der Portalanlage fortgesetzt. Der Wehrturm (Torre di San Zeno) links stammt aus dem 13. Jahrhundert. Er ist der einzige erhaltene Rest der Benediktinerabtei, die weitgehend zerstört wurde, vor allem durch den Vandalismus der französischen Besatzungstruppen. In ihm befindet sich ein gut erhaltenes wandfüllendes Fresko eines thronenden Herrschers, in welchem Kaiser Friedrich II. gesehen wird und welches von Fragmenten zweier zeitgenössischer Fresken auf der Seitenwand ergänzt wird. Diese zeigen das Rad der Fortuna und einen Reichsadler.