Tijdens de Franse tijd (1795-1813) was er een verdere achteruitgang van de marine. Oranjegezinde officieren werden geweerd. Wel werden de vijf admiraliteiten vervangen door een centrale organisatie, later ministerie, zetelend in Den Haag. Uiteindelijk resteerde een bescheiden en neutrale rol, die zich voor de marine in de negentiende en het begin van de twintigste eeuw vooral beperkte tot patrouilletaken in de Indische wateren, buiten de Bombardementen op Algiers.