1787年5月21日，萨缪尔·约翰逊之子威廉·萨缪尔·约翰逊被一致推选为哥伦比亚学院的校长。在供职于学院之前，约翰逊曾经参加过第一次大陆会议并且被选为美利坚合众国制宪会议代表。十八世纪九十年代的一段时间里，因为纽约国家首都和纽约州府的双重身份，以及连续几届联邦党政府的执政，复兴的哥伦比亚学院在诸如汉密尔顿和杰伊等联邦党人的资助下茁壮成长。1789年5月6日，乔治·华盛顿总统与约翰·亚当斯副总统参加了哥伦比亚学院的毕业典礼，以表彰那些参与了美国革命的校友们。