マンデラ政権が最も心を砕いたのは、アパルトヘイト体制下での白人・黒人間、またインカタ派とANC派などといった対立をいかにして収め、全人種を融和させるかということであった。そのため、それまでの国旗に代わり、6つの原色に彩られた新国旗に象徴される「虹の国」を掲げ、新国歌を制定することを手始めに、様々な手を打っていった。1995年には第三回ラグビーワールドカップが南アフリカで開催されるが、アパルトヘイト後初の自国開催の国際大会となるこの大会をマンデラは全力を挙げて支援した。ラグビー南アフリカ共和国代表（スプリングボクス）は当時ほとんどの選手が白人、特にアフリカーナーで占められており、またラグビー自体が白人のスポーツとして黒人など他人種には不人気であったが、マンデラは開幕戦を直接観戦し、またスプリングボクスを国民融和の象徴として支援し続けた。そのこともあってスプリングボクスは快進撃を続け、決勝戦で再びマンデラが観戦する中で初優勝を遂げた。1996年にはデズモンド・ツツを委員長として真実和解委員会が設置され、アパルトヘイト時代の人権侵害について調査し公表した。マンデラ自身も意図的に自らが融和のシンボルとなるよう心がけており、こうした施策により、マンデラ政権は国民統合に関してはかなりの成果を上げることに成功した。