Au moment où la guerre contre la France commence en 1807, il est l'un des gouverneurs du Conseil de Régence établi lors du transfert de la cour portugaise au Brésil afin de gouverner le royaume. Il est par la suite l'un des refondateurs en 1808 de l'armée portugaise dissoute et désarmée par Junot lors de la première invasion française. À l'occasion de la réorganisation de l'armée, il crée les bataillons de chasseurs de l'armée portugaise. Il est également membre avec son cousin Freire de Andrade de la "Junte du Gouvernement Suprême du Royaume" établie à Porto en 1808.