Während des Dreißigjährigen Krieges litt auch das Kloster Berge schwer. 1623 wurde der Schulbetrieb eingestellt. Wenig später besetzte der kaiserliche Feldherr Wallenstein das Kloster und vertrieb 1628 den protestantischen Abt Crusius, um wieder einen katholischen Abt mit Benediktinern einzusetzen. Nach dem vorübergehenden Abzug der kaiserlichen Truppen ließ Christian Wilhelm von Brandenburg, der lutherische Administrator des Erzbistums Magdeburg die meisten Klostergebäude abdecken und unbewohnbar machen. Kurz darauf wurde bei der Eroberung und Zerstörung Magdeburgs durch die kaiserlichen Truppen unter Tilly auch das Kloster so weit zerstört, dass nur noch Außenmauern standen.