Dopo essersi schierato con Toyotomi Hideyoshi nel 1587 durante la campagna di Kyūshū, Muneshige si separò dagli Ōtomo per diventare un "daimyō" indipendente. Gli fu assegnato il castello di Yanagawa nella provincia di Chikugo e il suo territorio circostante (del valore di circa 130.000 "koku") come suo feudo, e guidò 2.500 uomini sotto il comando di Kobayakawa Takakage nella prima invasione della Corea di Hideyoshi. Nella seconda invasione della Corea, fu coinvolto nell'assedio di Ulsan, dove si distinse con coraggio.