Senare Jindynastin grundades 1616 av Nurhaci, en manchu av klanen Aisin-gioro. År 1625 påbörjade Nurhaci Mukdenpalatset i Shenyang som då hette Mukden. Palatset färdigställdes 1636 av Nurhacis son Hung Taiji, och då bytte även dynastin namn till Qingdynastin. År 1644 erövrade Qingdynastin den kinesiska Mingdynastin och regerade därefter Kina fram till Xinhairevolutionen 1911. I samband med erövringen av Mingdynastin flyttade Qingdynastin sitt säte från Mukdenpalatset i Shenyang ner till Förbjudna staden i Peking varefter Shanyang blev sekundär huvudstad och Mukdenpalatset blev i bland använd som temporär bostad för Qingdynastins kejsare. 1783 expanderades Mukdenpalatset med den västra sektionen av Qianlong-kejsaren.