Po zabrání části polského území došlo k novému administrativním uspořádání v rámci Pruského království. Roku 1772 byla ke Starému Prusku připojena Varmie a celé území se stalo tzv. "provincií Východní Prusko". Jeho hranice, až na pár výjimek, vydržela beze změny až do roku 1945. Během napoleonských válek prchl pruský král Fridrich Vilém III. do Východního Pruska a francouzská vojska ho sem pronásledovala. V únoru 1807 se Francouzi střetli se spojeneckými vojsky Pruska a Ruska v bitvě u Jílového (dnešní ruský Bagrationovsk), která byla nejkrvavější bitvou napoleonských válek, vítěze ale nepřinesla. Napoleon porazil prusko-ruská vojska až v červnu 1807 v bitvě u Friedlandu (dnes Pravdinsk). Triumf byl korunován tzv. Tylžským mírem mezi Francií a Ruskem (7. července 1807) a mezi Francií a Pruskem (9. července 1807). Od roku 1824 byly obě pruské provincie spojeny nejdříve personální unií a od roku 1829 došlo ke sloučení úplnému, kdy Západní a Východní Prusko vytvořila "provincii Prusko". Opětovné rozdělení se odehrálo v roce 1878. Společně se provincie staly v roce 1871 po německém sjednocení součástí Německé říše. Během průmyslové revoluce na konci 19. století došlo k velké emigraci obyvatel z Východního Pruska na západ, hlavně do oblastí Porúří a Berlína. Odcházeli hlavně mladí lidé, kteří hledali na západě práci v rozvíjejícím se průmyslu. Zatímco v letech 1885–1890 vzrostla populace Berlína o 20 % a Vestfálska o 10 %, v převážně zemědělském Východním Prusku klesla o 0,1 %. Oblast se stala nejřidčeji osídlenou provincií celého Německa.