30 мая 1999 года в результате бомбардировок НАТО на Варваринском мосту была убита одна из лучших учениц Математической гимназии, 15-летняя девушка-вундеркинд Саня Миленкович, победительница многочисленных олимпиад по математике, физике и химии. Её смерть вызвала большой общественный резонанс и стала потрясением для других учеников гимназии. Президент страны Слободан Милошевич впоследствии на Гаагском трибунале назвал её математическим гением и привёл в качестве показательного примера, рассказывая о жертвах бомбардировок.