После того, как 17 августа 1945 года была обнародована Декларация независимости Индонезии, Хаменгкубувоно IX вместе с Паку Аламом VIII, принцем Пакуаламана, поддержал создание нового государства. Руководство Республики Индонезия высоко оценило их поддержку, назначив Хаменгкубувоно губернатором Джокьякарты, а Паку Алама VIII — вице-губернатором. Джокьякарте был присвоен статут Специального региона в составе Индонезии. Кроме того, Хаменгкубувоно IX во время войны за независимость Индонезии занимал пост военного губернатора Джокьякарты и министра обороны Индонезии.