Nově příchozí Češi a Slováci byli přijímáni ve dvou kategoriích. První podstoupila klasickou proceduru nových vězňů, kteří se přes karanténu dostali do pracovních bloků. Druhá kategorie byla určena k likvidaci. Výjimečně krutému zacházení se jim dostalo po atentátu na Reinharda Heydricha. Do Mauthausenu bylo odvedeno mnoho významných českých osobností. Zemřel zde např. písničkář a herec Karel Hašler nebo profesor Jan Vážný. Po atentátu na Heydricha zde bylo 24. října 1942 popraveno 254 spolupracovníků a příbuzných Josefa Valčíka, Jana Kubiše a ostatních parašutistů. Táborem dále prošli například Adolf Kajpr, Štěpán Trochta a řada českých vědců a pedagogů. V letech 1941–1945 zde byl vězněn také pozdější československý prezident Antonín Novotný (ve funkci 1957–1968).