Neben dem Ausbildungsauftrag nahm die FFS „S“ auch reguläre Transporteinsätze wahr, so etwa bei der Flutkatastrophe in Hamburg 1962. 1963 wurde die Ausbildungsgruppe A aufgelöst, da man sich in der Zwischenzeit entschieden hatte, die Flugzeugführer von Luftwaffe und Marine für Transportflugzeuge und Seefernaufklärer fliegerisch bei der Lufthansa-Verkehrsfliegerschule in Bremen ausbilden zu lassen; erst nach Abschluss dieser Ausbildung erfolgt eine weitere Schulung in den militärischen Verbänden. Diese Form der Ausbildung besteht seit dem 1. August 1960 und wird bis heute fortgeführt.