Проте спільна військова акція не перетворила Іонійський союз на політичне об'єднання на зразок сіммахії, вже у Лелантський війні (720 — 660 рр. до н. е.) його члени приєдналися до різних коаліцій. Цілком безсилим виявилося об'єднання і проти лідійської та перської загроз. Пропозиція Фалеса (швидше за все інспірована Фрасибулом) перетворити союз на єдину федеративну державу з административним центром у Теосі не була підтримана членами об'єднання. Ініціативу Біанта заснувати єдине місто зустріли відверто вороже. Врешті решт усі міста, що входили до Іонійського союзу опинилися під владою Персії. Під час повстання 500 — 494 рр. до н. е. союз себе ніяк не виявив, окремі поліси приєднувалися до нього і діяли цілком самостійно. Згодом усі учасники союзу увійшли до іншої сіммахії — під егідою Афін.