Lyhytaikaisen väliaikaishallituksen jälkeen Nawaz Sharif palasi pääministeriksi ylivoimaisen vaalivoiton jälkeen vuonna 1997. Vaaleissa kuitenkaan 70 prosenttia äänioikeutetuista ei äänestänyt. Sharif sai toisella kaudellaan ajettua läpi presidentin valtaa rajoittavan lakiehdotuksen, mikä johti siihen että presidentti Leghari erosi tehtävästään. Sharif onnistui toisella kaudellaan keskittämään itselleen valtaa enemmän kuin mikään muu Pakistanin aiemmista siviilihallituksista. Opposition äänen ei myöskään annettu tulla kuuluviin. Sisäiset väkivaltaisuudet jatkuivat kuitenkin edelleen ja merkittävät uudistukset jäivät tekemättä. Armeijan päälliköksi Nawaz nimitti vuonna 1998 Pervez Musharrafin, ajatellen tämän olevan helpoiten manipuloitavissa. Armeijan johtajat olivat kuitenkin vakuuttuneita siitä että Sharif yritti politisoida armeijan. Sharif yritti parantaa suhteita Intiaan, mutta samanaikaisesti Pakistanin armeijan sissejä ilmaantui Kashmiriin Intian puolelle rajaa, vuonna 1999. Intialaisille Pakistanilaisten tunkeutuminen alueelle tuli yllätyksenä, mutta varsin pian Intian armeija kokosi joukkonsa ja aloitti raskaat ilmapommitukset, mikä pakotti Pakistanin armeijan perääntymään. Sharif väitti niin kutsutun Kargilin konfliktiin johtuneen siitä että maan armeija toimi omin luvin, kun taas Musharraf sanoi että pääministeri oli tietoinen tapahtumista. Kargilin konfliktin jälkeen Sharif huomasi tehneensä väärän valinnan nimittäessään Musharrafin armeijan johtoon ja hän alkoi suunnitella tämän korvaamista toisella henkilöllä.