Durante los últimos años de la universidad, la facultad "Albertina" y la Unión de Estudiantes Alemanes, luego de la separación territorial de la provincia de Prusia Oriental por el Tratado de Versalles, destacaron su afiliación con el Reich, impulsando la vida intelectual hacia el nacionalismo alemán. El 10 de julio de 1944, la universidad celebró su 400 aniversario en presencia del Ministro del Reich Walther Funk. Unas semanas más tarde, durante las noches del 26/27 y del 29/30 de agosto, la Real Fuerza Aérea británica bombardeó exhaustivamente Königsberg. De enero a abril de 1945, la ciudad fue devastada por la ofensiva de Prusia Oriental del Ejército Rojo y la batalla final de Königsberg. Cuando el general Otto Lasch firmó la capitulación el 9 de abril, el centro histórico de la ciudad había sido destruido por los ataques, y el 80% del campus universitario había quedado en ruinas. La facultad había huido, siendo muchos de sus miembros recibidos en la Universidad de Gotinga.