W lecie 2003 roku dwukrotnie znalazł się w czołówce zawodów szóstej edycji LGP, raz zajmując miejsce na podium - 29 sierpnia Klingenthal był trzeci w Gundersenie. W klasyfikacji końcowej dało mu to szóste miejsce. Najlepsze wyniki w Pucharze Świata osiągnął w &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20kombinacji%20norweskiej%202003/2004"&gt;sezonie 2003/2004&lt;/a&gt;. Niemiec aż czternaście razy zajmował miejsca w czołowej dziesiątce, w tym czterokrotnie stawał na podium: 30 listopada w Ruce, 12 grudnia w Predazzo i 23 stycznia w Nayoro zajmował drugie miejsce, a 11 stycznia w Seefeld był trzeci. W klasyfikacji generalnej wystarczyło to do zajęcia szóstego miejsca. Przez dwa kolejne sezony Sebastian ani razu nie wywalczył miejsca na podium zawodów pucharowych. W tym czasie wystąpił na Mistrzostwach Świata w Oberstdorfie w 2005 roku, gdzie wspólnie z Georgiem Hettichem, Björnem Kircheisenem i Ronnym Ackermannem wywalczył srebrny medal w sztafecie. Po skokach Niemcy znajdowali się na piątej pozycji, jednak bardzo dobra postawa w biegu pozwoliła im awansować aż na drugie miejsce. Przegrali tylko z Norwegami, do których na mecie stracili zaledwie 7.1 sekundy, a o 0.3 sekundy wyprzedzili Austriaków. Indywidualnie wystąpił w Gundersenie, w którym był siedemnasty. Rok później, podczas Igrzysk w Turynie był szósty w Gundersenie, a w sprincie zajął dopiero 29. miejsce.