Negli anni successivi alla sua morte, la tribolata storia d'Irlanda ricorda anche numerosi danni e distruzioni ai danni delle opere di Gandon, specialmente per quanto riguarda gli interni. La Custom House venne bombardata nel 1921 durante la Guerra d'indipendenza irlandese e parti di essa vennero ricostruite utilizzando una varietà più scura di pietra locale. Le Four Courts vennero incendiate dalle forze repubblicane durante la Guerra civile irlandese l'anno successivo e, sebbene parte dell'edificio venne ricostruita, buona parte dell'opera di Gandon è andata persa. Ciononostante, l'impronta del suo lavoro nella Dublino Georgiana è ancora oggi chiaramente visibile.