Am 27. Mai 2006 kam es in der Region von Yogyakarta zu einem Erdbeben der Stärke 6,3, bei dem Tausende Menschen starben und starke Zerstörungen verursacht wurden. Zwar war mit dem Erdbeben kein größerer Ausbruch des Gunung Merapi verbunden, der Vulkan stieß jedoch in der Folge eine drei Kilometer hohe Aschewolke aus und wurde von Wissenschaftlern als noch gefährlicher eingestuft. Es wird vermutet, dass durch das Erdbeben ein Gesteinsbrocken, der den Glutschlot des Vulkans verschließt, gelockert worden sei und sich die Druckverhältnisse des Vulkans verändert haben könnten. Am 6. Juni 2006 lösten sich Teile des Gunung Merapi in flüssiges Gestein auf, wodurch nun die West- und Südwesthänge des Vulkans von Lava und heißen Gaswolken bedroht werden. Zudem spie der Vulkan in den Folgetagen große Mengen an heißen Gas- und Aschewolken aus, die in bis zu fünf Kilometer Entfernung an den Berghängen niedergingen und dort die Vegetation stark beeinträchtigten. Mittlerweile waren Zehntausende Menschen aus dem Gebiet um den Vulkan geflohen.