Potom čo Holanďania zlyhali v kvalifikácii na MS 2002, musel Ruud čakať na svoj prvý aj posledný svetový šampionát do roku 2006. V kvalifikácii na MS 2006 vo víťaznom zápase 4:0 proti Andorre dostal žltú kartu potom čo oslavoval strelenie gólu priamo pred hráčom Andorry. Bol súčasťou Van Bastenovho tímu na MS 2006. Nastúpil a bol vystriedaný v každom zápase v základnej skupiny a strelil svoj jediný gól proti Pobrežiu Slonoviny. Posledný zápas Holandska na turnaji presedel na lavičke a sledoval tak vyradenie proti Portugalsku.