Die außerordentlichen wissenschaftlichen Leistungen von Geheimrat Professor Emil Heyn wurden sowohl national wie auch international gewürdigt. So erhielt er auf der Weltausstellung im Jahre 1910 in Brüssel in der Sektion Metallographie den Großen Preis für die Förderung der metallographischen Wissenschaft und 1921 erfolgte in Würdigung seiner Verdienste um die neuen, insbesondere durch Emil Heyn sich entwickelnden Wissenschaften Metallkunde und Metallographie durch die Bergakademie Clausthal die Verleihung der Ehrendoktorwürde.