Trong những năm gần đây, Bayern München có một sự cạnh tranh quyết liệt với Borussia Dortmund. Bayern và Dortmund đã gặp nhau nhiều lần tại giải Bundesliga. Còn tại đấu cúp, đã đối đầu nhau trong trận chung kết DFB-Pokal vào các năm 2008, 2012, và 2014. Việc để thua 2-5 trước Dortmund tại trận chung kết Cúp quốc gia vào năm 2012, đó là trận thua tồi tệ nhất của Bayern trong các trận chung kết. Bayern và Dortmund cũng đã gặp nhau trong DFL-siêu cúp trong năm 1989, 2008, 2012, 2013 và 2014. Đỉnh cao trong các trận đối đầu là khi Bayern đánh bại Dortmund 2-1 trong trận Chung kết UEFA Champions League 2013.