В декабре 1942 года был назначен на должность начальника отдела боевой подготовки штаба Ленинградского фронта, в июле 1943 года — вновь на должность заместителя командующего 42-й армией, с ноября 1943 года по январь 1944 года - командир 109-го стрелкового корпуса, в феврале 1944 года — на должность командира 124-го стрелкового корпуса, который принимал участие в боевых действиях в ходе Красносельско-Ропшинской и Нарвской наступательных операций, а также в освобождении городов Кингисепп и Нарва. В августе Никитин был отстранён от должности и зачислен в распоряжение Военного совета Ленинградского фронта, и в том же месяце был назначен на должность командира 45-й учебной стрелковой дивизии (Белорусский военный округ).