Op het Smeekschrift volgde onderdrukking, in de persoon van Alva, die in 1567 in de Nederlanden aankwam en de Raad van Beroerten oprichtte, welke meer dan 12.500 mensen veroordeelde. Vele calvinisten vluchtten naar Engeland en een aantal van hen zouden de gelederen gaan versterken van de Watergeuzen en de Bosgeuzen. Het jaar 1568 markeert het begin van de Tachtigjarige Oorlog, waarmee een internationaal militair conflict was geboren. In 1572 werd Den Briel ingenomen door de Watergeuzen, en enkele dagen later sloot Vlissingen zich bij de opstand aan. In 1572 namen de Bosgeuzen voor korte tijd de stad Oudenaarde in. In 1573 diende Alva zijn ontslag in en reisde terug naar Spanje. De spanningen bleven echter en toen in 1576, na de Spaanse Furie, de Pacificatie van Gent werd uitgeroepen, maakten de calvinisten daarvan gebruik door in vele belangrijke steden een calvinistische republiek in te richten. Tot deze steden behoorden Brussel, Gent, Antwerpen, Brugge, Kortrijk, Ieper en Dendermonde. Aangezien het bewind in deze republieken soms zeer intolerant was ten aanzien van de katholieken, ontstond ook een tegenbeweging van ontevreden katholieke edelen, die de Spaanse zijde kozen. In 1579 begon Parma aan de herovering van de Nederlanden. In 1585 was dit proces vrijwel afgerond: de calvinistische republieken in de Zuidelijke Nederlanden waren verdwenen. Oostende echter, was nog in calvinistische handen en zou pas in 1604 weer heroverd worden, waarbij het geheel verwoest werd.