Abubaker Kaki se révèle durant l'année 2005 en remportant la médaille de bronze des Championnats du monde jeunesse, compétition mettant aux prises les meilleurs athlètes internationaux de moins de dix-huit ans. Sixième des Championnats du monde juniors 2006, il dispute l'année suivante sa première compétition internationale en catégorie sénior à l'occasion des Championnats du monde d'Osaka. Le Soudanais est éliminé en séries du 800 mètres en 1 min 46 s 38.