A finales de julio bombardeó varias columnas sublevadas en Somosierra y el Alto del León, apoyando también la ofensiva que emprendió la Columna Mangada. Pero, dada su alta capacidad militar, fue destinado a Los Alcázares, donde organizó una nueva Escuela de pilotos. A mediados de octubre reorganizó el Aeródromo de Los Llanos de Albacete, coincidiendo con la llegada de las nuevas escuadrillas de aviones soviéticos (a los que preparó antes de que fueran enviados a la Defensa de Madrid). A principios de 1937 fue nombrado comandante de la 2.ª Región Aérea, que abarcaba las provincias de Málaga, Almería, Murcia, Jaén y Albacete, donde poco pudo hacer para evitar el Desastre de Málaga dada la escasez de aviones que sufría la región bajo su mando. En julio de ese año fue nombrado jefe del Estado Mayor de las recién creadas Fuerzas Aéreas de la República Española (FARE). En calidad de tal, dirigió las operaciones de la Aviación republicana durante la Ofensiva de Zaragoza, aunque sin demasiado éxito. En octubre de 1937, sin embargo, sí obtendría un rotundo éxito durante el Bombardeo del Aeródromo de Zaragoza, que se saldó con la destrucción y avería de un gran número de aviones franquistas. En diciembre se trasladó a Algeciras, desde coordinó la actuación de las FARE durante la Batalla de Teruel, aunque las derrotas militares de los republicanos comenzaron a minar su moral.