2009 blieben Trulli und Glock bei Toyota. Am Anfang der Saison verfügte das Toyota-Team über ein konkurrenzfähiges Auto und so erzielte Trulli zwei dritte Plätze in den ersten vier Rennen und holte zudem eine Pole-Position. In Belgien ging Trulli als einer der Favoriten von Platz zwei startend ins Rennen. Allerdings fiel er nach einer Kollision in der ersten Runde ans Ende des Feldes zurück und gab später auf. Beim Großen Preis von Brasilien kam es zu einer Kollision zwischen Trulli und Adrian Sutil. Noch am Unfallort wurde von Trulli lautstark eine Strafe für Sutil gefordert, da dieser ihn absichtlich von der Strecke gedrängt haben soll. Die Rennkommissare sahen dies allerdings anders und Trulli wurde wegen unangebrachten Verhaltens mit einer Geldstrafe von 10.000 Dollar belegt. Am Saisonende belegte Trulli den achten Platz in der Fahrerweltmeisterschaft und lag somit vor Glock, der Zehnter wurde. In den letzten zwei Rennen hatte Trulli mit Kamui Kobayashi, der nach einer Verletzung von Glock als Ersatz eingesprungen war, einen Teamkollegen, der im Toyota mit Überholmanövern und guten Rennen für Aufsehen sorgte. Nach fünf kompletten Saisons bei Toyota wurde Trulli frühzeitig mitgeteilt, dass er sich für die kommende Saison ein neues Cockpit suchen sollte. Nach Saisonende beendete Toyota schließlich sein Formel-1-Engagement.