Ved det tyske angrepet på Norge 9. april 1940 lå DS «Lofoten» ved Bergens mekaniske verksted for sitt årlige ettersyn. Hun slapp derfor uskadd fra krigshandlingene, og i juli 1940 fortsatte skipet i fast rotasjon i hurtigruten. I februar 1941 ble skipet rekvirert av den tyske okkupasjonsmakten for å frakte Reichsführer-SS Heinrich Himmler og Reichskommissar Josef Terboven til Kirkenes og tilbake flere ganger. 12. september 1941 på sørgående ble DS «Lofoten» angrepet av en uidentifisert ubåt utenfor Syltefjorden i Finnmark. Ubåten beskjøt skipet med kanon, men DS «Lofoten» ga full fart forover og greide å unnslippe uskadd. Etter dette ble Finnmarkskysten ansett som altfor utrygg for større skip, og hurtigrutens nordligste anløp ble Tromsø. Strekningen Tromsø – Kirkenes ble de neste fem årene betjent av mindre fartøyer i den såkalte «erstatningsruten». I oktober 1941 ble DS «Lofoten» utsatt for et torpedoangrep fra en uidentifisert ubåt i Saltenfjorden sør for Bodø. 1 torpedo traff, men til alt hell var det en blindgjenger som ikke eksploderte. I slutten av oktober 1944 ble skipet atter en gang rekvirert av den tyske okkupasjonsmakten. DS «Lofoten» ble denne gangen satt inn under tvangsevakueringen av sårede og sivile fra Finnmark.