Nonostante il loro ruolo nella lotta al Daesh, le milizie PMF si sono a loro volta macchiate di crimini di guerra a danno della popolazione dei luoghi liberati, prevalentemente contro i sunniti. Secondo Amnesty International le PMF sono state colpevoli di esecuzioni sommarie di civili sunniti, come pure sono state documentate le uccisioni di 31 civili a Bagdad il 12 luglio 2014, di 68 civili nella moschea di Hamrin il 22 agosto 2014, la fucilazione di un numero da 56 a 77 civili sunniti a Barwana il 26 gennaio 2015, la distruzione di abitazioni civili a seguito della liberazione di Tikrit, e le esecuzioni di decine di sunniti a Muqdadiya. Secondo Human Rights Watch, vi furono analoghi atti di vendetta contro civili sunniti nel corso della battaglia di Mosul tra la fine del 2016 e il 2017, e il massacro di 52 civili sunniti ad al-Baaj il 4 giugno 2017.