ニューヨークはアメリカ独立戦争の北部戦線に位置した。バンカーヒルの戦いの後で、1776年3月17日にイギリス軍がボストンから撤退し、ジョージ・ワシントン将軍は大陸軍をボストンからニューヨークに移動させたが、これはイギリス軍がそこに戻ってくると正しく予測した結果だった。ニューヨークは、独立戦争では最大の会戦であり、独立宣言が発せられた後では最初の戦いとなったロングアイランドの戦いの戦場となった。イギリス軍はニューヨーク・ニュージャージー方面作戦の1776年9月にニューヨーク市を再占領し、ジェイムズ・ロバートソン指揮下で戒厳令を布いた。ただし、その実質的な権限はマンハッタンの最南端以遠には及ばなかった（当時のニューヨーク市域）。トライアンが知事職に復帰したがほとんど実権は無かった。ニューヨークは再占領後、アメリカのイギリス軍本部となり、北アメリカにおけるイギリス活動の政治的中心となった。イギリス軍は広場にあった自由の柱を切り倒した。ロイヤリストの避難民が市内に流入し、市の人口は33,000人にもなった。ウォーラバウト湾の監獄船はイギリス軍に捕まえられたアメリカ兵や水夫の大部分を収容し、戦争中に戦闘で死んだ者を全て合わせたよりも多くのアメリカ人がここで死んだ。イギリス軍は1783年11月の解放の日までニューヨーク市を支配し続けた。解放の日はその後長く祝われることになった。