Am 23. März 1966 kam es während der Bergung einer auf Grund liegenden Bombe zu einem schweren Unfall an Bord, bei dem Brashear unterhalb seines linken Knies von einem Rohr getroffen wurde, welches zur Bergung benötigt wurde. Um Wundbrand zu vermeiden, wurde ihm das Bein unterhalb des Knies entfernt. Nach Ausheilung der Wunde verbrachte er die Rekonvaleszenz-Zeit vom Mai 1966 bis März 1967 im Naval Regional Medical Center, Portsmouth (Virginia). Anschließend trainierte er ein volles Jahr, um wieder in den vollen aktiven Dienst als Taucher zu gelangen und wurde so der erste zertifizierte Taucher mit einem amputierten Körperglied.