Μετά το στρατιωτικό πραξικόπημα του 1926 και την εγκαθίδρυση του αυταρχικού καθεστώτος Σμετόνα, ο Μέρκις κατέλαβε διάφορα δημόσια αξιώματα διατελώντας υπουργός Άμυνας (1927), κυβερνήτης της αυτόνομης περιοχής Κλάιπεντα (1927 - 1932) και δήμαρχος του Κάουνας από το 1933 μέχρι το 1939. Στα τέλη του 1939, μετά τις εισβολές της ναζιστικής Γερμανίας και της Σοβιετικής Ένωσης στην Πολωνία που οδήγησαν στην κατάλυση του πολωνικού κράτους και τον διαμελισμό των εδαφών του, ο Μέρκις ανέλαβε τη διοίκηση της περιοχής του Βίλνιους, το οποίο ως πρώην πολωνικό έδαφος παραχωρήθηκε από τη Σοβιετική Ένωση στη Λιθουανία. Από τη νέα του θέση, ο Μέρκις έθεσε ως πρωταρχικό στόχο την λιθουανοποίηση του Βίλνιους, το οποίο είχε ευρεία πολωνική και εβραϊκή πλειοψηφία, όμως η θητεία του ήταν βραχύβια καθώς στις 21 Νοεμβρίου του ίδιου έτους διορίστηκε πρωθυπουργός της χώρας.