אליאס לנרוט נולד בשנת 1802 ביישוב סאמאטי במחוז אוסימא שבדרום פינלנד, אז חלק מדוכסות גדולה במסגרת שוודיה, כילד הרביעי מבין שבעה ילדים של החייט פרדריק יוהנא לנרוט ושל אשתו, אולריקה ואלברג. כעבור 7 שנים פינלנד נכבשה במלחמה הפינית וסופחה לרוסיה. הוא גדל בבית עני מאוד. בילדותו נאלץ לעבוד לצד אביו ולפעמים אפילו לקבץ נדבות. אולם מפני שבלט כילד מחונן שלמד, בין היתר, קרוא וכתוב כבר בגיל 5, התאמצו הוריו להבטיח לו השכלה ושלחו אותו לבית ספר. בשנים 1818-1814 המשיך לימודיו בבתי ספר באקנס (טאמיסארי) ובטורקו (אז אובו).