De Frans-Spaanse Oorlogen zorgden voor verder verval. In 1685 werd de Sint-Niklaaskerk gesloopt. De gelovigen kerkten toen in het oude kanunnikenkoor naast de abdij. De abdijbezittingen werden aangeslagen, maar in 1678 kwam Mesen, krachtens de Vrede van Nijmegen, bij Frankrijk en werd de abdij in ere hersteld. In 1698 richtte deze een dakpannenfabriek op en in 1703 kreeg de toren van de abdijkerk een beiaard. Onder het bewind van keizerin Maria Theresia werd de abdij in 1776 opgeheven. Mogelijk lag hier een conflict van de (Fransgezinde) abdis aan ten grondslag. In de abdijgebouwen werd het Koninklijk Gesticht van Mesen, een school voor weeskinderen van militairen, gevestigd. De abdijkerk werd parochiekerk, nu gewijd aan Sint-Niklaas. Het kapittel bleef bestaan.