Helsingistä tuli itsenäisen Suomen pääkaupunki heti itsenäisyysjulistuksen myötä 6. joulukuuta 1917. Suomen sisällissota kuitenkin alkoi jo seuraavassa kuussa, 27. tammikuuta 1918, kun Hakaniemessä Helsingin työväentalon torniin sytytettiin punainen lyhty vallankumouksen alkamisen merkiksi. Punakaarti otti pian Helsingin haltuunsa, ja senaatti joutui lähtemään evakkoon Vaasaan. Korkeinta kunnallista valtaa kaupungissa käytti sodan aikana Helsingin työväenjärjestöjen eduskunta. Suomen kansanvaltuuskunta ja muu punaisten johto pakeni 8. huhtikuuta Viipuriin, jonka jälkeen saksalaiset joukot kenraali Rüdiger von der Goltzin johdolla valtasivat kaupungin 12.–13. huhtikuuta, ja Mannerheimin johtama valkoinen armeija saapui Helsinkiin 16. toukokuuta. Sisällissodan jälkeen Viaporin linnoituksessa toimi Suomenlinnan vankileiri. Vuonna 1918 Viaporin linnoituksen nimeksi vaihdettiin Suomenlinna.