После событий весны 1968 года В. Войта вместе со своей семьёй эмигрировал в ФРГ. С осени 1968 года начал работать научным сотрудником в Ортопедической клинике Кёльнского университета (), где получил возможность продолжить свои кинесиологические клинические исследования и разработки, а также организовать диагностические курсы для врачей и курсы терапии для физиотерапевтов. С 1975 года В. Войта работал в Мюнхенском детском центре, где возглавлял отделение реабилитации, был заместителем директора центра доктора Теодора Хелльбрюгге ().