Скончался 2 августа 2016 года в Университетской клинике Кракова. За несколько дней перед смертью его навсетил Римский папа Франциск, который в это время участвовал во Всемирном дне молодёжи 2016, проходящем в Кракове. 5 августа 2016 года кардинал Франтишек Махарский был похоронен в крипте епископов собора святых Станислава и Вацлава на Вавеле.