En 1929, Henri Magny entre à Saint-Cyr et devient sous-lieutenant le octobre 1931, puis lieutenant deux ans plus tard. Au début de la Seconde Guerre mondiale, il est fait prisonnier lors de la campagne de France, réussit à s'évader, passe en zone sud et est affecté au Régiment d'infanterie coloniale à Aix-en-Provence. Capitaine en juin 1941, il combat en Syrie du côté vichyste avant de rallier la France Libre le et de rejoindre le Bataillon d'Infanterie de Marine quelques semaines plus tard, comme adjoint au chef de corps.