1946 wurde die katholische Pfarrvikarie Niedersachswerfen gegründet, weil der zum Bistum Hildesheim gehörende Ort durch die Errichtung der Zonengrenze vom Bistum Hildesheim abgeschnitten wurde. 1952 wurde das Grundstück eines Sägewerks erworben und zunächst im Wohnhaus eine Kapelle eingerichtet. In der Baracke des Sägewerkes wurde die Kirche "St. Johannes Nepomuk" eingerichtet und am 29. Mai 1975 eingeweiht, die Kapelle im Wohnhaus wurde zu einem Gruppenraum umfunktioniert. Während der DDR war die Kirche dem Apostolischen Administrator von Erfurt und Meiningen unterstellt, heute gehört sie zur Pfarrgemeinde Nordhausen und zum Bistum Erfurt.