Quando la Germania invase l'Unione Sovietica nel 1941, Wiesenthal e la sua famiglia furono catturati dai nazisti ed avviati verso i campi di concentramento. La moglie di Wiesenthal riuscì a nascondere la sua identità ebraica grazie a documenti falsi, che le vennero forniti dalla resistenza polacca in cambio degli schemi degli scambi ferroviari disegnati da Wiesenthal. Simon non fu così fortunato, e fu internato in vari campi di concentramento, dove sfuggì all'esecuzione in varie occasioni.