Pod koniec lat 90 XX w. wszedł w ostry konflikt z tzw. wahhabitami, których w 1998 roku zbrojnie wyparł z miasta Gudermes i północnej Czeczenii. Usiłował doprowadzić do wypędzenia wahhabitów z całego kraju. W lipcu 1998 i maju 1999 na zwołanych przez niego zjazdach czeczeńskich przywódców religijnych, politycznych i dowódców wojskowych przyjęto uchwały o usunięciu wahhabitów z życia politycznego i administracji zaprzysięgając to na Koran, ich realizację jednak zablokował Asłan Maschadow. Gdy rozpoczynała się II wojna czeczeńska, ogłosił w sierpniu 1999 północ republiki strefą wolną od wahhabizmu, co ułatwiło, po rozpoczęciu wojny, praktycznie bezkrwawe przejęcie kontroli przez Rosjan nad północną częścią kraju – w tym Gudermesem, drugim co do wielkości miastem Czeczenii. Potępił Szamila Basajewa oraz jego wyprawę na Dagestan i wezwał Czeczenów do niestawiania oporu armii rosyjskiej. Odmówił ponownego ogłoszenia świętej wojny – dżihadu przeciwko Rosji (poprzednio akt ten ogłosił w 1995 roku). 10 października 1999 Maschadow odwołał Kadyrowa z funkcji muftiego, uznając go za zdrajcę, „wroga numer jeden”, którego należy zlikwidować.