ژاوی در رده ملی همراه با تیم ملی المپیک اسپانیا به نائب قهرمانی در المپیک ۲۰۰۰ سیدنی رسید و به تیم ملی بزرگسالان اسپانیا فرا خوانده شد. او پس از آن ۱۳۳ بار برای اسپانیا به میدان رفت و تأثیر زیادی در موفقیت‌های بزرگ تیم ملی کشورش (قهرمانی در جام جهانی ۲۰۱۰ آفریقای جنوبی و قهرمانی جام ملت‌های اروپا ۲۰۰۸ و ۲۰۱۲) داشت. ۹۲ درصد پاس‌های او در جام جهانی ۲۰۱۰ درست بود و در لیست بازیکنان منتخب جام جهانی جای گرفت. ژاوی همچنین با درخشش خود بهترین بازیکن یورو ۲۰۰۸ و تنها بازیکنی شد که در فینال دو جام ملت‌های اروپا (۲۰۰۸ و ۲۰۱۲) دو بار پاسِ گل داده‌است. او با قهرمانی در یورو ۲۰۱۲ جایزه شاهدخت آستوریاس در ورزش را دریافت کرد و پس از ناکامی در جام جهانی ۲۰۱۴ از تیم ملی کناره‌گیری کرد.