Mokoena részt vett a 2002-es és a 2004-es afrikai nemzetek kupáján is. 2008. januárjában Mokoena volt a 2008-as afrikai nemzetek kupája dél-afrikai csapatának Ghánában. Megtartotta a karszalagot az egyaránt hazájában rendezett 2009-es konföderációs kupán és a 2010-es labdarúgó-világbajnokságon is. 2010. május 31-én bekerült Dél-Afrika 23-as világbajnokságra utazó keretébe.