Pitkän vihan aikana alkoivat luostarin vaikeudet. 1570-luvun lopulla ruotsalaiset aloittivat hyökkäykset Valamon omistuksille ja vuonna 1581 he hyökkäsivät luostariin ja surmasivat 37 munkkia. Jäljelle jääneet veljet pakenivat Tihvinään.