Assad phản đối Cuộc tấn công Iraq 2003 mặc dù chính phủ Syria và Iraq ở trong trạng thải thù địch từ lâu. Assad đã sử dụng lá phiếu khi được làm một ủy viên không thường trực tại Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc để cố gắng ngăn chặn cuộc xâm lược Iraq. Sau khi Hoa Kỳ cùng đồng minh xâm lược Iraq, Assad bị cáo buộc đã hỗ trợ lực lượng nổi dậy Iraq. Một tướng Hoa Kỳ đã cáo buộc ông cung cấp tài chính, hậu cần và đào tạo người cho các tổ chức người Iraq và Hồi giáo nước ngoài để tiến hành các cuộc tấn công chống lại Hoa Kỳ và liên quân.