Goudimel flyttet til Metz i 1557, og konverterte til protestantismen. På grunn av bymyndighetenes økende fiendtlighet mot hugenottene under de franske religionskrigene, forlot han byen og flyttet til Besançon. Senere reiste han til Lyon, men ble i likhet med store deler av byens hugenotter myrdet i etterdønningene av Bartolomeusnatten.