Während der Okkupation von Bosnien und der Herzegowina im Jahr 1878 bekleidete er den Posten des Chefs des Generalstabs der 7. Infanteriedivision unter dem General Herzog Wilhelm von Württemberg und nahm am 5. August 1878 an der Schlacht bei Rogelje und Jaice teil. Im September des Jahres erhielt er die Stellung als Chef des Generalstabs des 13. Korps und nahm an der 3 Tage dauernden Schlacht um Ključ, wie auch an der Einkreisung und Bombardierung von Livno teil. Nach der Kapitulation der Stadt wurde Eugen von Albori am 1. November 1878 zum Oberst im Generalstab befördert. Als sich der Aufruhr in Bosnien dem Ende näherte, wurde er dem Herzog von Württemberg zugeteilt, an dessen Seite er die überaus schwierigen Verhandlungen während der Besetzung des Lim-Gebiets führte. Diese Konferenz wurde zwischen Österreich-Ungarn und dem Osmanischen Reich geführt, die in der Vereinbarung vom 21. April 1879 gipfelte, gefolgt von der Besetzung des Sandschak von Novi Pazar. Während des Okkupationsfeldzuges erhielt er wiederum mehrere Auszeichnungen, sowie die Erhebung in den Freiherrenstand am 29. März 1880. Darüber hinaus machte ihn die Stadt Sarajevo zum Ehrenbürger. Am 18. April 1906 (Diplom Wien 17. Juli 1906) genehmigte Kaiser Franz Joseph zudem die Übertragung des Freiherrenstandes und Wappens des Eugen Freiherrn von Albori auf seinen Bruder, den ebenfalls in Cattaro geborenen Großhändler Johann von Albori.