Nach dem Frieden von Tilsit kam er zur leichten schlesischen Infanterie, wo er am 6. Oktober 1807 Stabskapitän wurde. Am 15. Dezember 1807 erhielt er für Kanth den Orden Pour le Mérite. Am 27. Juli 1808 wurde er zum Kapitän und am 17. Februar 1809 zum Major im schlesischen Schützen-Bataillon befördert. Am 16. Januar 1810 beauftragte man Clausewitz mit der Führung des Ostpreußischen Jäger-Bataillons und ernannte ihn am 25. Juli 1810 zum Kommandeur dieses Verbandes. Im Feldzug von 1812 nahm er an der Blockade von Riga teil, kämpfte in den Gefechten bei Eckau, Dahlenkrichen, Olai und Schlockhof. Für das Gefecht von Olai bekam er am 20. März 1813 den Roten Adlerorden III. Klasse, zudem wurde er am 26. März 1813 Kommandeur des 4. Ostpreußischen Infanterie-Regiments. Während der Befreiungskriege kämpfte Clausewitz in den Schlachten bei Großbeeren, Dennewitz, Kulm und Laon. Ferner nahm er am Sturm auf Arnheim teil. Weiter kämpfte Clausewitz bei den Belagerungen von Spandau, Wittenberg und Soissons sowie den Gefechten bei Luckau, Trebbin, Wittstock, Unna, Koswig, Antwerpen und Düren. In der Zeit wurde er bei Kulm und Düren verwundet, des Weiteren erhielt er für Dennewitz am 15. September 1813 das Eiserne Kreuz II. Klasse und am 2. Januar 1814 für den Sturm auf Arnheim das Kreuz I. Klasse. Ferner wurde er am 8. Dezember 1813 zum Oberstleutnant und am 31. Mai 1814 zum Oberst befördert, gleichzeitig erhielt er das Eichenlaub zum Pour le Mérite.