Nello scontro, la Lega Santa perse 60 navi e 20 000 uomini, Giovanni Andrea Doria poté a malapena fuggire con una piccola imbarcazione mentre gli Ottomani ripresero la Rocca di Gerba. Nel 1565 gli Ottomani inviarono una poderosa spedizione allo scopo di conquistare Malta ma il grande assedio dell'isola fallì anche per i soccorsi inviati da Filippo II agli assediati. Nel 1570 i Turchi attaccarono Cipro ponendo sotto assedio le fortezze veneziane e questo spinse la lega ad agire armando una nuova potente flotta che, affidata al comando del fratellastro di Filippo, Don Giovanni d'Austria al comando della flotta della Lega Santa salpata da Messina, dopo una sosta a Cefalonia, il 7 ottobre 1571 inflisse una sonora sconfitta ai turchi nella Battaglia di Lepanto. Nel 1573 Don Giovanni D'Austria riprese Tunisi ma la rinnovata flotta turca di 250 galee, guidata da Uluç Alì Pascià riconquistò la città dopo un assedio di quaranta giorni. Questo non sminuì l'importanza di Lepanto che segnò la fine della minaccia ottomana e il primo segnale di indebolimento dell'impero turco che nel 1585 firmò un trattato di pace con la Spagna e le altre potenze cristiane.