Khởi đầu khá ọp ẹp, trong Chiến dịch Tự do Bền vững do Mỹ và NATO phát động vào cuối năm 2001, khi chính phủ Taliban bị lật đổ và phải rút lui khỏi quyền lực thì tất cả những gì còn lại của Không lực Afghanistan chỉ là một vài máy bay trực thăng. Kể từ năm 2007, khi Lực lượng Chuyển đổi Sức mạnh Không quân Liên hợp NATO ("CAPTF") được đổi tên thành Bộ Tư lệnh Huấn luyện Không quân NATO-Afghanistan ("NATC-A") vào năm 2010 đã hoạt động rất hiệu quả trong việc tái thiết và hiện đại hóa Không quân Afghanistan. Cơ chế CAPTF/NATC-A đóng vai trò là thành phần phụ trách không quân của Bộ chỉ huy chuyển tiếp an ninh hỗn hợp NATO-Afghanistan chịu trách nhiệm tổ chức Các lực lượng vũ trang Afghanistan.