Quand la guerre avec la France éclate en 1809, il commande le , couvrant la gauche de l'armée autrichienne. Engagé et défait le 20 avril, il retraite en bon ordre vers Linz. Le 3 mai, Masséna le force encore à se traverser la Danube. À la bataille d'Aspern-Essling, von Hiller commande le flanc droit de la ligne autrichienne. Ses troupes combattent désespérément pendant les deux jours dans Aspern et contribuent grandement à la victoire autrichienne. Après la paix avec la France, von Hiller est gouverneur général de Croatie et en 1811, de Slavonie et de Styrie. En 1813 il s'oppose à l'armée d'Eugène de Beauharnais. Alors que von Hiller n'est jamais défait, ses manœuvres prudentes ne seront pas considérées comme des victoires, et lui seront même reprochées.