In dieser Funktion war Maus im Rahmen des Überfalls auf Polen am Beschuss der Westerplatte zugegen sowie im späteren Verlauf an der Anlandung von 225 Marinesoldaten. Im Verlauf des Unternehmens Weserübung schied Maus jedoch als Stammpersonal der "Schleswig-Holstein" aus und wechselte am 29. April 1940 zur U-Boot Waffe über, wo er zugleich einen U.T.O.-Lehrgang sowie einen U-Lehrgang für Wachoffiziere besuchte. Danach erfolgte am 22. Dezember 1940 seine Delegierung zur Baubelehrung von "U 68", dessen I. Wachoffizier er am 11. Februar 1941 unter dem Kommando von Karl-Friedrich Merten wurde. Mit "U 68" war Maus an zwei Feindfahrten beteiligt. Zum 1. November 1941 erfolgte hier seine Beförderung zum Kapitänleutnant. Danach verließ Maus "U 68" und nahm ab dem 30. Dezember 1941 bei der 24. U-Flottille an einem Kommandanten-Schießlehrgang teil. Von 12. März April 1942 wurde er zunächst „zur Verfügung“ gehalten, um ab dem 20. April 1942 den Kommandantenlehrgang zu absolvieren. Nach dessen Beendigung erfolgte am 5. Mai 1942 seine erneute Delegierung zur Bauberatung für "U 185", dessen Kommandant er am 12. Juni 1942 wurde.