GPS誘導方式のもう一つの短所として、爆弾投下前にあらかじめ目標の正確な座標を爆弾（正確にはその誘導部）にセットする必要がある、という点が挙げられる。座標の数値を誤って入力したり、あるいは数値の算出そのものを誤ると、爆弾は全く別の場所に「正確に」誘導されてしまう。実例として、2001年12月5日には、アメリカのアフガニスタン侵攻作戦において、特殊部隊が誤って自分の所在地のGPS座標値を上空の近接航空支援機に送信してしまい、自らの頭上にJDAMが投下されるという事故が発生した。コソボ紛争における中国大使館誤爆事件も、この座標算出を誤ったために起きたと言われている。また、移動目標の攻撃にも不適である。