Ihr Mann war ein Neffe und wichtiger Unterstützer des schottischen Königs John Balliol, der in der Frage der englischen Oberherrschaft über Schottland zunehmend in Konflikt mit dem englischen König Eduard I. geriet. Als es Anfang 1296 zum offenen Krieg zwischen England und Schottland kam, war Joan in England und erhielt von ihrem Cousin Eduard I. sicheres Geleit nach London. Ihr Mann geriet 1296 in englische Gefangenschaft, worauf ihr der englische König zu ihrer Versorgung Besitzungen im englischen Tynedale übergab, aus denen sie jährliche Einkünfte von 200 Mark hatte. Ihr Mann wurde unter der Bedingung freigelassen, dass er auf englischer Seite im Krieg gegen Frankreich kämpfte, doch vor 1298 kehrte er nach Schottland zurück und setzte den Kampf gegen England fort. Am 26. März 1298 befahl der König daraufhin Joan, mit ihren Kindern sofort zurück nach London zu kommen. Nachdem Comyn sich 1304 dem englischen König unterworfen hatte, durften seine Kinder offenbar nach Schottland zurückkehren. Nachdem Comyn jedoch im Februar 1306 von Robert Bruce ermordet worden war, befahl der englische König Joan und ihren Sohn wieder zurück nach England. Ihr Sohn John wurde in die Obhut von Sir John Weston gegeben, dem Erzieher der Kinder des Königs.