În anul următor, el a comandat o armată austriacă într-o campanie militară desfășurată pe cursul superior al Rinului împotriva unei armate franceze comandate de generalul de divizie Jean Moreau. Ca urmare a înfrângerilor suferite în bătăliile de la Stockach, Messkirch, Biberach, râul Iller și Höchstädt, armata lui Kray a fost împinsă către Ulm. Cu toate acestea, printr-un marș iscusit în jurul flancului lui Moreau, ea a reușit să se îndrepte spre Boemia. După semnarea armistițiului franco-austriac la 15 iulie 1800, generalul Kray a fost eliberat de la comandă de împăratul Francisc al II-lea și a fost trecut în rezervă la 28 august. Succesorul lui Kray, arhiducele Ioan de Austria a suferit o înfrângere dezastruoasă în Bătălia de la Hohenlinden din decembrie 1800.