Poté, co byla v roce 1843 prohlášena plnoletou, hodlala Isabela zaujmout v politice aktivní roli. Nikdy ale nenabyla velkou popularitu, neboť byla příliš spjatá s konzervativními kruhy a projevovala jen malý zájem o problémy svých poddaných. V roce 1856 se pokusila vytvořit celonárodní vládu, avšak toto její úsilí selhalo a připravilo ji o zbývající prestiž. Pokus o znovudobytí Peru a Chile během španělsko-jihoamerické války pak skončil naprostým nezdarem.