Böylece Miguel 22 Şubat 1828'de geri döndü ve taht naibi oldu. Pedro ise 7 Nisan 1831'de oğlu Pedro lehine tahttan çekildi ve Lizbon'a döndü. Kısa bir süre naiplik yapan Miguel 13 Mart 1828'de seçimler yapılmadan Cortes'i feshetti. Anayasaya göre ise seçimler yapılmalıydı. Bazı önemli kişilikler ve bazı belediye meclisleri Miguel'in anayasanın bu şartını kaldırmasını ve kral olmasını talep ettiler. Bunun üzerine Coimbra Üniveristesinin birkaç öğrencisi, Miguel'e iyi dileklerini sunmak için gelen delegeleri, 18 Mart'ta öldürdü. Böylece Portekiz İç Savaşı'nın ilk kanı akmış oldu. Daha sonra II. Maria, 23 Haziran'da tahttan indirildi. Portekiz iç savaşı başladı. Pedro, yanına Büyük Britanya desteğini aldı. Miguel ise İspanya desteğini almıştı. Pedro, daha sonra Fransa ve Belçika desteğini de aldı. Savaş, 1832'ye kadar sürdü. 1832'de Liberaller savaşı kazandı. Miguel Krallıktan indirildi ve sürgüne gönderildi. Fakat kendisine emekli maaaşı bağlandı. Miguel bundan sonra Almanya'da yaşadı. Kendisine Bragança Dükü unvanını verdi. Bu unvanın ise Portekiz'de sahipleri olduğu için Miguel, Miguelci Bragança Dükü olarak geçmiştir. Pedro ise bu kez tedbirli davranmıştır ve kızını "Saxe-Coburg-Saalfeld Prensi" Ferdinand ile evlendirmiştir. Böylece Bragança-Saxe-Coburg-Gotha Hanedanı kurulmuş oldu.