Durante la Gran Guerra Patria, Gelendzhik hacía la función de hospital de la retaguardia. El grupo de Tsézar Kúnikov se embarcó aquí en 1943 en su operación para liberar la región de Málaya Zemlia. La ciudad sufrió fuertes ataques de la aviación enemiga. Tras la guerra la localidad fue reconstruida y se amplió el centro balneario, que en 1970 fue declarado balneario de nivel estatal de la Unión Soviética.