Osmannerne droppede deres støtte til Ligaen, da den, under påvirkning af Abdyl bey Frashëri, begyndte at arbejde hen mod albansk autonomi, og anmodede om at sammensmeltning af fire osmanniske vilayetter (Kosovo, Scutari, Monastir og Ioannina) til en ny Albansk Vilayet). Ligaen anvendte militær magt til at forhindre annektering af dele af Plav og Gusinje, som ellers var blevet tildelt Montenegro af Berlinerkongressen. Efter flere kampe med montenegrinske tropper, såsom i Slaget om Novšiće, og under pres fra stormagterne, blev Prizrenligaen nødt til at trække sig tilbage fra de omstridte regioner Plav og Gusinje, og blev senere besejret af en osmannisk hær sendt af sultanen.