Es considerado y reconocido como maestro y se dedicó en esta etapa de su vida (1858) casi únicamente a la investigación y la ciencia. Pero llegó el año de 1870. Alemania, después de las guerras napoleónicas, había sufrido una serie de conflictos bélicos: Guerra de los Ducados, guerra con Austria y, al fin, la franco-prusiana, último paso para su unidad. Estos acontecimientos despertaron en Mommsen el ardor de su juventud; era enemigo furibundo de Francia y quería conservar a todo trance la exaltación antifrancesa en su pueblo. Se opone después a Otto von Bismarck atacando su política en una circular electoral, y por esos motivos es conducido a los tribunales, condenándosele a unos meses de prisión, para apresurarse después a concederle el indulto. ¿Fue esto debido a la generosidad del canciller? No; en ello debe verse únicamente una prueba del puesto eminente que correspondía ya a Mommsen. Consagrado ya, reconocido como maestro en toda Europa, el escándalo de su encarcelamiento hubiera sido demasiado grande por tan pequeño motivo.