Tras la conquista cristiana en 1236, Fernando III donó el edificio a Lope de Fitero, nuevo . Desde entonces ha sido sede del Obispado de Córdoba y el palacio se conoció durante toda la época medieval como "casa del obispo". La primera gran reforma cristiana se dio durante el siglo XV con la construcción de un palacete de estilo gótico, del que únicamente se mantienen dos ventanas de arcos ojivales en el Campo Santo de los Mártires con el escudo del obispo Juan Rodríguez Fonseca y unos restos arqueológicos conocidos como "baños del obispo". Tras la cesión del Alcázar de los Reyes Cristianos por Isabel I a la Santa Inquisición, la mayoría de monarcas castellanos que visitaron Córdoba se hospedaron en el Palacio episcopal.