En junio de 1825, Joaquín Ignacio viajó hacia el extremo sur de Brasil para sofocar una rebelión separatista en la provincia de la Cisplatina. Los rebeldes fueron ayudados por las Provincias Unidas del Río de la Plata (hasta el día de hoy uno de los nombres oficiales de la Argentina), que llevó a la Guerra de la Cisplatina. Joaquín Ignacio sirvió como primer oficial a bordo del patacho "Pará", que estaba estacionado en la Colonia del Sacramento, la segunda ciudad más importante de Brasil. Al final de febrero de 1826, el Sacramento fue sitiada por fuerzas enemigas. Joaquín Ignacio fue enviado a la tierra y puesto al mando de la batería de "Santa Rita", compuesta de marineros y cañones de los buques brasileños. Tomó parte activa en repeler los ataques enemigos con éxito en Sacramento el 7 de febrero, 26 de febrero y 14 de marzo.