בחורף 1999, התרחשה מלחמת קרגיל, במסגרתה פלשו חיילים פקיסטניים לעיר קרגיל שבקשמיר, בתקופה שבה עמדות הצבא בהרים אינן מאוישות. הודו כבשה בחזרה את כל השטח שתפסה פקיסטן. במקביל פתחו הודו ופקיסטן במרוץ חימוש שבסופו פיתחו שתי המדינות נשק גרעיני. שרידי העימות ניכרים גם בימים אלה, בפיגועי טרור תכופים המתרחשים במדינה, וכן בעימותי גבול מוגבלים בין צבאות הודו ופקיסטן.