Bei der Europameisterschaft 1979 in Köln kam er im Halbmittelgewicht zu Punktsiegen über Heinrich Hug aus der Schweiz und Jerzy Rybicki. Zu seinem Halbfinalkampf gegen Wiktor Sawtschenko konnte er aber wegen einer Handverletzung nicht antreten. Er gewann damit eine EM-Bronzemedaille. 1980 gelang ihm im Finale des Intercups in Duisburg ein Punkterfolg über Detlef Kästner aus der DDR. Ein Start bei den Olympischen Spielen 1980 in Moskau war für Markus Intlekofer nicht möglich, das diese Spiele vom deutschen NOK boykottiert wurden.