Em 32 anos como treinador de futebol, Panagoulias comandou 9 equipes, com destaque para a Seleção Grega, comandada por ele em 3 oportunidades (1973-76, 1977-81 e 1992-94), e é considerado um ídolo nacional ao levar o selecionado para a Eurocopa de 1980 e para a Copa de 1994. Antes, foi auxiliar de Billy Bingham no período em que o norte-irlandês treinou a Seleção Grega, entre 1971 e 1973. Nos 2 torneios, a Grécia foi eliminada ainda na primeira fase.