Miután a szultán 1541-ben bevette Budát, János Zsigmondnak adta az ország keleti részét, a mai Partium és Erdély területeit. A gyermekkirály régense édesanyja, Izabella királyné lett. A kormányzást kezdetben Fráter György intézte. Székhelyüket előbb Lippában, majd Gyulafehérvárott rendezték be. A kormányzó tárgyalásainak hatására Izabellának és János Zsigmondnak 1551-ben végül le kellett mondani és átadni a hatalmat a császárnak, kárpótlásul a sziléziai Opole és Racibórz hercegséget kapták meg. Lengyelországba menekültek a királyné családjához, ám édesanyja továbbra is folytatta a tárgyalásokat János Zsigmond hatalmának visszaállításáról.