Po wyborze Woodrowa Wilsona na prezydenta Henry Morgenthau został w 1913 roku mianowany ambasadorem U.S.A. w Konstantynopolu. W czasie jego misji w Turcji doszło do rzezi Ormian (1915). Ocenia się że zginęło wtedy w Turcji 1,5 miliona osób, bądź to w wyniku masowych morderstw, bądź w wyniku przymusowych przesiedleń i zagłodzenia. W opublikowanej potem książce "Ambassador Morgenthau's Story" Morgenthau zawarł m.in. jedną z pierwszych relacji na ten temat.