Dans le sillage du coup d’État militaire de septembre 1945, prélude à l’instauration de l’autodénommée Révolution libératrice, Cafiero fut retenu prisonnier pour raisons politiques pendant un an, et s’exila brièvement au terme de son emprisonnement. À partir de ce moment et jusqu’en 1972, il sera un militant actif dans la "résistance péroniste". Dans ce cadre, il visitera à plusieurs reprises Perón dans son lieu d’exil, jusqu’au retour définitif de celui-ci en Argentine en 1973.