Die Flottille wurde im November 1722 in Astrachan auf Befehl Peters des Großen aufgestellt. Sie nahm an dessen Persischem Feldzug von 1722–1723 sowie am Russisch-Persischen Krieg von 1804–1813 teil und unterstützte die russische Armee bei der Eroberung von Derbent und Baku 1796. Als Ergebnis des Vertrages von Gulistan 1813 verblieb die Kaspische Flottille als einzige Kriegsmarine im Kaspischen Meer. Baku wurde 1867 ihr Hauptstützpunkt. Sitz ist heute Astrachan (demnächst Kaspijsk).