1943年发生的事件大大削弱了波兰流亡政府。苏联与西方的同盟关系愈发重要，但波兰和苏联的关系产生了裂痕。1943年4月13日，卡廷大屠杀被揭露，苏联与波兰在4月21日断绝外交关系。7月4日，西科尔斯基将军去世，总理一职由缺乏影响力的斯坦尼斯瓦夫·米科瓦伊奇克接任，而总司令由索斯科夫斯基将军继任。西科尔斯基的去世进一步加剧了流亡政府的衰落。波兰政府的代表没有受邀参加1943年11月28日至12月1日的德黑兰会议，也未能得到1945年2月4日至11日雅尔塔会议的邀请。在这两次重大会议上，西方盟国和苏联讨论了战后世界格局，包括波兰的命运；波兰被划入苏联的势力范围。在德黑兰，斯大林提出伦敦的波兰流亡政府不代表波兰利益，对此丘吉尔和罗斯福都没有反对；历史学家指出，“这标志着该政府的影响力和存在理由的结束。”在德黑兰会议之后，斯大林决定自行建立波兰傀儡政權，并于1944年宣布民族解放委员会成立。苏联政府认定波兰民族解放委员为波兰唯一的合法政权，而米科瓦伊齐克在伦敦的政府被苏联称为“非法和自封的政权”。米科瓦伊齐克意识到流亡政府对事态发展日益无能为力，于1944年11月24日辞去总理职位，由继任。历史学家评述道，“他[亚尔齐舍夫斯基]的鲜为人知标志着流亡政府来到了无足轻重的境地”。