Schalburg blev født i Zmeinogorsk i Sibirien i Rusland den 15. april 1906 som den ældste af tre børn af den danske godsejer og direktør August Theodor Schalburg og hustru Helene Schalburg. Hans far var født 1879 i Nyborg, og hans mor var født 1882 i Ukraine (muligvis Poltava) af russisk adel med navnet Elena Vasiljevna Starizki von Siemianowska. Som ung fik han militær uddannelse i zarens kadetkorps i Sankt Petersborg. Oktoberrevolutionen tvang familien på flugt til Danmark i 1918. Schalburg blev døbt den 10. februar 1907 i Den russisk-ortodokse kirke og fik navnet Konstantin Feodorovitch Schalburg. Først den 22. december 1907 blev han døbt i den lutherske tro og fik navnet Christian Frederik Schalburg. Det tyske prædikat "von" () var ikke en del af hans døbenavn.