Avec la professionnalisation du rugby, fut créé le Super 12 opposant les meilleurs provinces originaires d'Afrique du Sud, de Nouvelle-Zélande et d'Australie. Les Reds finirent en tête de la phase championnat en 1996, s'inclinant en demi-finale à domicile face aux Natal Sharks le . Ils terminèrent ensuite en neuvième position en 1997 puis en cinquième en 1998. En 1999 le Queensland ne perdra que trois rencontres pendant la saison régulière, lui permettant d'atteindre une seconde fois le dernier carré. Malheureusement ils s'inclinèrent encore une fois à domicile en demi-finale face aux Crusaders. Malgré une décevante septième place en l'an 2000, les Reds atteignent une troisième fois les demi-finales en 2001 après avoir terminé en quatrième position de la phase de poule. Cette fois-ci la défaite en demi-finale fut enregistrée face à leurs compatriotes des Brumbies à Canberra. Avec les départs de la génération des Tim Horan, John Eales, Jason Little voire Daniel Herbert, les Reds commencèrent à enchaîner les mauvaises performances, terminant cinquième en 2002, huitième en 2003 et dixième lors des éditions 2004 et 2005.