En marzo de 2009, Falk declaró que la ofensiva de Israel en Gaza constituía un crimen de guerra de "la mayor magnitud". Pidió que se establezca un grupo independiente para investigar los crímenes de guerra cometidos por ambas partes. El gobierno británico respondió al informe de Falk afirmando que "el informe del Relator Especial del Consejo de Derechos Humanos de la ONU está desequilibrado y contribuye poco". En octubre de 2009, Falk respaldó a la Misión de Investigación de las Naciones Unidas sobre el conflicto de Gaza como "una contribución histórica a la lucha palestina por la justicia, documentación impecable de un capítulo crucial de su victimización bajo ocupación".