Mantuvo el puesto de gobernador militar con los sublevados, aunque no participó en operaciones militares fuera de la ciudad. Durante los tres años de guerra fue la máxima autoridad militar y bajo su mando fueron fusiladas miles de personas de tendencia republicana. En el mes de agosto, cuando el General Miaja intentó conquistar la ciudad, amenazó con fusilar a la familia del militar republicano, que se hallaba presa allí. El hijo del general sublevado Cabanellas, Guillermo Cabanellas, llegó a decir de él: