Kaudeksi 2001 Marques palasi F1-sarjaan. Hän ajoi Minardilla Fernando Alonson tallikaverina. Kausi loppui Marquesin osalta jo Belgian GP:n jälkeen, kun malesialainen Alex Yoong korvasi hänet. Kyseisellä kaudella Marques oli kahdesti yhdeksäs, jotka jäivät hänen parhaaksi sijoikseen. Kausi jäi Marquesin viimeiseksi F1:ssä, eikä hän näin ollen ajanut yhtään kokonaista kautta sarjassa.