海軍情報部創設のきっかけとなったのは、合衆国を二分した南北戦争（1861年 - 1865年）である。合衆国海軍は南北戦争において、連合国海軍（南軍）とともに装甲艦（甲鉄艦）を建造・実戦投入したり、海上封鎖により南部経済に大きな打撃を与えるなど、大きな進歩・戦果をあげた。しかし南北戦争の終結後、合衆国海軍の戦力は大きく削減され、その結果保有艦艇は装備が旧式化したものが少数という欧州諸国、ロシアなどの列強諸国や日本など当時海軍力の強化・近代化を推進していた「海軍大国」の国々に比して、戦力的に大きく水をあけられた極めて脆弱な状況に陥った。