1868 wurde Kees zum Kommandanten der Theresianischen Militärakademie in Wiener Neustadt ernannt. Nach zwei Jahren wurde er „auf eigenen Wunsch“ von dieser Stelle enthoben und übernahm diverse Kommandos in Ungarn. Mittlerweile Feldmarschallleutnant, machte er 1878 als Kommandant einer Division die Besetzung Bosniens und der Herzegowina mit. 1881 wurde er zum Militärkommandanten von Kaschau (Košice), 1882 erhielt er sein eigenes Regiment (k.u.k. Infanterie-Regiment Nr. 85). 1887 trat er im Rang eines Feldzeugmeisters in den Ruhestand.