El tercer nivell de divisió política a Bòsnia i Hercegovina són els municipis. La Federació de Bòsnia i Hercegovina està dividida en 74 municipis, i la República Srpska en 63. Els municipis també tenen el seu propi govern local, amb alguns poders independents del govern cantonal, estatal o federal. Com a tal, molts municipis tenen una llarga tradició i història amb les seues fronteres actuals. Alguns altres, però, foren creats després del recent conflicte com escissió dels municipis tradicionals amb terres que eren dins d'una entitat o una altra.