2013 wurde Pfaffenbach gemeinsam mit dem russischen Kampfrichter Andrej Schukow mit dem Fair Play Preis des Deutschen Sports in der Kategorie Sport ausgezeichnet, da ein zunächst ungültig gegebener Versuch eines Kugelstoßers bei den Leichtathletik-Weltmeisterschaften 2013 dank der Bilder von Pfaffenbach als gültig gewertet wurde. Pfaffenbach gewann zahlreiche nationale und internationale Auszeichnungen für seine journalistische Fotografie. Für sein Foto des Siegtors von Mario Götze im Fußball-WM Finale 2014 wurde er mit dem Sven-Simon-Preis des Axel Springer Verlags geehrt. Neben zahlreichen Preisen beim Berufsverband der deutschen Sportfotografen (VDS) und dem Deutschen Journalistenverband wurde Pfaffenbach für sein Bild des lächelnden Usain Bolt im Halbfinale der Olympischen Spiele von Rio 2016 mit einem World Press Photo Award ausgezeichnet. 2020 gehört Pfaffenbach zu einem Team von 11 Reuters-Fotografen das für seine Berichterstattung zu den Ereignissen in Hongkong mit dem Pulitzerpreis in der Kategorie „Breaking News Photography“ ausgezeichnet wurde.