1828年、ドン・ミゲルが王位を僭称した際（ポルトガル内戦）はポルトで反対勢力の側に立ち、仲間とともにイギリスへ亡命した。ドン・ミゲルはペドロに有罪判決を下してその財産を没収した。しかしブラジル皇帝ペドロ1世はペドロを娘マリア2世の後見人に任命し、ペドロはマリア2世の大使としてイギリス政府に働きかけた。1830年、アゾレス諸島のテルセイラ島で女王の摂政に任命された。またこの頃、イギリス海軍のチャールズ・ネイピア船長と知り合い、ネイピアはマリア2世の自由主義勢力の指揮官になる。1832年、ペドロ1世自らがマリア2世の摂政となると、ペドロは外務大臣となってロンドンからドン・ミゲルに対抗した。1833年、傭兵の一団を引き連れたネイピア船長とともにポルトへ渡り、ネイピアとテルセイラ公アントニオ・セヴェリム・デ・ノローニャともにアルガルヴェへの遠征に参加した。ネイピアがサン・ヴィセンテ岬での海戦で勝利した後、リスボンを占領し、内戦に勝利した。