Com o AI 2, em outubro de 1965, que instituiu o fim dos partidos políticos e com a criação do bipartidarismo no país com o AI 4, Alencar filiou-se à Arena (Aliança Renovadora Nacional) - partido favorável à ditadura militar instituida no Golpe de 1964. Em novembro de 1966, se candidatou à deputado federal, porém não se elegeu.