Ein begonnener Neubau verzögerte sich, da die Phoker die bereitgestellten Gelder im Vorfeld des Dritten Heiligen Kriegs geraubt hatten. Erst nach Ende des Krieges 346 v. Chr. konnten die Arbeiten, nun aus den Strafgeldern der Phoker finanziert, weitergeführt und um 320 v. Chr. abgeschlossen werden. Von diesem Tempel, dem Sitz des Orakels, wurden nach Ende der Ausgrabungen sechs der ursprünglich 38 dorischen Säulen wieder aufgerichtet. Für seine Zeit ist seine Proportion von 6 Säulen auf den Fronten und 15 auf den Langseiten ungewöhnlich langgestreckt, was sich aus der Übernahme des Grundrisses des Vorgängerbaues aus dem 6. Jahrhundert v. Chr. erklärt. Im Adyton, dem Allerheiligsten des Tempels, saß die Pythia auf einem Dreifuß über einer Erdspalte, aus der ethylenhaltige Gase austraten. Die Dämpfe versetzten die Pythia in einen Trancezustand, in dem sie die Orakelsprüche des Gottes verkündete, welche dann von Priestern den ratsuchenden Gläubigen übermittelt wurden.