El 22 de junio de 1941, la Alemania nazi invadió la Unión Soviética y en una semana tomó el control de toda Lituania. Al principio, los alemanes fueron recibidos como libertadores del opresivo régimen soviético. Esperaban que los germanos restablecieran su independencia o, al menos, permitieran algún grado de autonomía (similar al dado a la República de Eslovaquia). Organizados en el Frente Activista Lituano, los lituanos se sublevaron en el antisoviético y pronazi levantamiento de junio, establecieron el Gobierno Provisional de Lituania y declararon la independencia. Sin embargo, los alemanes no reconocieron el gobierno y establecieron su propia administración civil, el Reichskommissariat Ostland. Cuando el Ejército Rojo retomó el control de Lituania entre el verano de 1944 y enero de 1945, los partisanos lituanos comenzaron una lucha armada contra la segunda ocupación soviética. Aproximadamente 30 000 partisanos y simpatizantes murieron durante la guerra de guerrillas entre 1944 y 1953.