W roku 1538 i 1554 doszło do ponownej eskalacji konfliktu z Trzebiatowem. Został on spowodowany niedostarczaniem przez gryficzan podwód do renowacji falochronów oraz budowy statków, które były zbyt wielkie w porównaniu do przepustowości śluz. Konflikt zakończył się w 1589 r. Przemarsz wojsk brunszwickich w latach 60. XVI w. przez Gryfice (I wojna północna) spowodował wiele zniszczeń i strat w gospodarce miejskiej. Następstwem tego był regres gospodarczy trwający do 2. połowy XVII wieku. W roku 1595 i 1620 miały miejsce rebelie niezadowolonych rzemieślników, którzy domagali się współudziału w rządzeniu miastem. Ich dążenia nie zostały zrealizowane. W XVI i XVII w. na Pomorzu, także w Gryficach, miało miejsce wiele procesów czarownic. Oskarżonym kobietom zarzucano paranie się czarną magią i szerzenie zabobonów. Od 1603 r. rozpoczęło swą działalność bractwo kurkowe.