Nel 1996 tornò a disputare la fase finale della competizione dopo 18 anni. Dopo l'edizione del 1998 disputata in casa, a cui fu ammessa di diritto come paese ospitante, si qualificò per le successive quattro edizioni del torneo, sino al 2004. Sotto la guida del commissario tecnico Philippe Troussier il Burkina Faso raggiunse la semifinale di Coppa d'Africa nel 1998.