Im Jahr 411 v. Chr. wurde er an den Hellespont gesandt, um in Zusammenarbeit mit dem persischen Satrapen Pharnabazos den Athenern die Kontrolle der Meerengen streitig zu machen. 410 nahm er als Truppenführer an der Schlacht von Kyzikos teil. Als Harmost von Byzantion leitete er 408 v. Chr. die Verteidigung der Stadt gegen die Athener Alkibiades und Theramenes. Noch während der Belagerung verließ Klearchos die Stadt auf einem Schiff, mit dem er die Seeblockade durchbrach, und ermutigte so die Athenerfreunde in Byzanz, die die Stadt bald darauf Alkibiades in die Hände spielten. 406 v. Chr. war er als Stellvertreter des Seeherrn Kallikratidas an der Schlacht bei den Arginusen beteiligt.