Réélu sans difficulté, et sans rival, à la tête du parti le (tandis que Naoto Kan devient secrétaire général et du parti en remplacement de Tsutomu Hata qui obtient la position purement honorifique de « Président d'honneur »), Yukio Hatoyama ne fait toutefois bientôt plus l'unanimité dans son parti, d'autant plus lorsqu'il est question de faire face au populaire et très médiatisé Koizumi. S'il multiplie les attaques à son égard dès que sa popularité commence à chuter en 2002, déposant la première motion de censure contre lui le , il ne réussit pas à assurer une attitude cohérente pour le PDJ sur certains points, notamment dans le domaine de la politique étrangère. Ainsi, en , le parti se divise au sujet de l'envoi de navires de la Force maritime d'autodéfense dans la mer d'Arabie comme soutien logistique à la coalition internationale menée par les États-Unis en guerre contre les terroristes en Afghanistan : Yukio Hatoyama apporte son soutien, mais il n'est pas suivi par 28 représentants de la gauche du mouvement emmenés par Takahiro Yokomichi qui décident de voter contre ou de s'abstenir.