В составе своей бригады, уже в чине поручика (с 06.09.1854), он принимал участие в Крымской войне. В Инкерманском сражении он получил тяжёлое ранение: шрапнелевая пуля, пробив щеку ниже правого уха, раздробила правую челюсть, разорвала язык и, повредив нёбо, засела в левой нижней челюсти, надломив кость. Рана была настолько ужасна, что сначала его никто не узнавал, даже его денщик. За храбрость и отличие в сражении под Инкерманом в январе 1855 года Унковский был произведён в штабс-капитаны и в 1856 году переведён в 1-ю лейб-гвардии артиллерийскую бригаду. В этом же году он отравился в Париж для консультации с известным дантистом доктором Эвансом, благодаря искусству которого получил возможность правильно говорить и свободно пережёвывать пищу.