Na przełomie lat 80. i 90. przez pewien czas pracował w Zjednoczonych Emiratach Arabskich i Iraku, po czym wrócił do Związku Radzieckiego, gdzie objął funkcję selekcjonera reprezentacji olimpijskiej. Po rozpadzie ZSRR w 1991 rozpoczął pracę z rosyjską drużyną narodową. Początkowo prowadził ekipę młodzieżową, a następnie został członkiem sztabu szkoleniowego pierwszej reprezentacji. Współpracował z kolejnymi selekcjonerami, Pawłem Sadyrinem i Olegiem Romancewem. Tego ostatniego zastąpił w 1996 na stanowisku selekcjonera reprezentacji po nieudanych Mistrzostwach Europy 1996. W grupie eliminacyjnej do Mundialu 1998 prowadzona przez niego drużyna Rosji zajęła drugie miejsce, przegrywając zmagania o bezpośredni awans z Bułgarią. W barażu lepsi od Rosjan okazali się Włosi (remis 1:1 w Moskwie i wygrana Włoch 1:0 w Neapolu). Mimo porażki w eliminacjach Ignatiew pozostał na stanowisku selekcjonera do lipca 1998, kiedy to został zastąpiony przez Anatolija Byszowca.