Tijdens de Indonesische Onafhankelijkheidsoorlog was Ali Sastroamidjojo tussen 1947 en 1949 minister van onderwijs in de kabinetten Amir Sjarifoeddin I en II en Hatta I. Tijdens de tweede politionele actie werd hij, net als Soekarno, Hatta en meerdere andere ministers van het kabinet-Hatta I, opgepakt door de Nederlanders. Na zijn vrijlating werd hij lid van de Indonesische delegatie bij de rondetafelconferentie van 1949.