ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2556 วราภรณ์ได้ทำหน้าที่เป็นผู้รักษาประตูให้แก่ฟุตบอลหญิงทีมชาติไทย ในการแข่งฟุตบอลในซีเกมส์ 2013 ที่มัณฑะเลย์ ประเทศพม่า โดยในรอบรองชนะเลิศ ทีมของเธอได้พบกับทีมชาติพม่า ซึ่งได้มีการยิงจุดโทษเพื่อหาทีมผู้ชนะ โดยทีมของเธอเป็นฝ่ายชนะที่ 11-10 ประตู รวมถึงในรอบชิงชนะเลิศ ที่ทีมของเธอเป็นฝ่ายชนะทีมชาติเวียดนามซึ่งเป็นแชมป์เก่า และสามารถรับรางวัลเหรียญทองได้สำเร็จ