Ở cấp độ đội tuyển quốc gia, Inzaghi có 57 lần ra sân trong khoảng thời gian 1997-2007 với 27 bàn thắng. Anh đại diện cho nước Ý tham gia 3 Giải vô địch bóng đá thế giới, trong đó có chức vô địch năm 2006, ngoài ra còn có chức Á quân Giải vô địch bóng đá châu Âu 2000.