В ряды Рабоче-крестьянской Красной Армии Н. А. Пшеничников был призван Ленинским районным военкоматом города Тбилиси в августе 1942 года. Прошёл курс молодого бойца. В действующей армии красноармеец Н. А. Пшеничников с 14 октября 1942 года в должности стрелка 144-го отдельного стрелкового батальона Туапсинской военно-морской базы 83-й отдельной стрелковой бригады морской пехоты. 17 октября 1942 года бригада была включена в состав 56-й армии Черноморской группы войск Закавказского фронта. В боях с немецко-фашистскими захватчиками Николай Андреевич с 18 октября 1942 года. Участник Битвы за Кавказ. Боевое крещение принял во время Туапсинской оборонительной операции в бою за село Фанагорийское Краснодарского края. После того, как немцы были отброшены от Туапсе, бригада была выведена в резерв, где находилась до февраля 1943 года. С 4 февраля 1943 года Николай Андреевич принимал участие в десанте в Мысхако. В составе роты охраны штаба десанта сражался на Малой земле в районе села Федотовка, был награждён медалью «За отвагу». 13 марта 1943 года Николай Андреевич был ранен, но остался в строю. Осенью 1943 года красноармеец Н. А. Пшеничников участвовал в Новороссийско-Таманской операции, в составе своего подразделения освобождал город Новороссийск, штурмовал сильно укреплённую и глубоко эшелонированную линию немецкой обороны Готенкопф, очищал от вражеских войск Таманский полуостров. В заключительных боях на Тамани в октябре 1943 года он вновь был ранен и оказался на больничной койке.