После Аншлуса нацисти су послали Фигла у концентрациони логор Дахау 1938. из којег је пуштен у мају 1943. Онда је радио као нафтни инжењер, а помогао је и аустријском покрету отпора. Био је њихов представник у контактима са много снажнијим пољским покретом отпора. Поново је ухапшен у октобру 1944. и смештен је у концентрациони логор Маутхаузен-Гусен. У фебруару 1945. је био осуђен на смрт због високе издаје, али смртна казна није стигла да буде извршена пре краја рата, jer je црвена армија почетком априла ушла у Беч.