V roce 1999 sílící proud uprchlíků vyvolaný boji a nyní již i cíleným terorem jugoslávské armády, která zahájila cílené etnické čištění některých částí Kosova, vyústil v tzv. operaci Spojenecká síla – útok leteckých sil NATO na Jugoslávii. Během bojů mezi jugoslávskou armádou a Kosovskou osvobozeneckou armádou uprchlo ze země 150 tisíc Albánců, během vrcholného vyhrocení agrese Srbských jednotek a následné intervence NATO dalších 863 tisíc Albánců. Tito se po ukončení bojů a obsazení země vojsky NATO do země vrátili. Počet nealbánských uprchlíků, jejichž masový exodus začal s ústupem jugoslávské armády a byl podpořen i „excesy“ ze strany UÇK, je těžké odhadnout, k současnému datu se udává v rozmezí 65–250 tisíc. Další Srbové, zejména majitelé domů a pozemků, mají své domy buď vypálené, nebo zabrané Albánci a nemohou se domoci práva, aby jim nemovitosti byly vráceny.