W reprezentacji Kuby Molina zadebiutował w 1996. W latach 1996-2008 uczestniczył w eliminacjach do czterech kolejnych Mistrzostw Świata, rozgrywając w nich 23 spotkania. W 2002 po raz pierwszy uczestniczył w Złotym Pucharze CONCACAF. Na turnieju był podstawowym bramkarzem swojego zespołu i wystąpił w obu meczach z USA i Koreą Południową.