С 1989 по 1997, во время президентства А. Хашеми Рафсанджани, возглавлял министерство разведки Ирана. За время руководства министерством Фаллахиану удалось превратить его в одну из мощнейших мировых спецслужб. Под его руководством Фаллахиана иранская разведка приобрела рычаги воздействия на арабо-израильский и боснийский конфликты, большое влияние на исламское движение Алжира, расширила своё присутствие в Ливане и Пакистане, а также закрепилась в Германии, Таджикистане, Армении и странах Латинской Америки. Фаллахиян также установил контроль не только над международными исламистскими организациями, но и многими леворадикальными группировками типа «Народного фронта освобождения Палестины — Главное командование» и греческой «17 ноября».