Etter et nytt statsbudsjett vedtatt med FrPs støtte i 2002 skapte Irak-krigen i 2003 nye problemer i forholdet mellom Hagen og regjeringen. I forbindelse med den amerikanskledede invasjonen var regjeringen splittet i synet på militæroperasjonen, og der den USA-vennlige Petersen lojalt måtte følge regjeringens linje kunne Hagen offentlig støtte amerikanerne. Hagen erklærte at FrP nå hadde overtatt Høyres rolle i utenrikspolitikken, og da ambassadør John Doyle Ong kritiserte regjeringens krigsmotstand kunne Hagen kalle det en «betimelig påminnelse», til Petersens store irritasjon. Året etter gikk regjeringen til Arbeiderpartiet med statsbudsjettet, noe som ble historisk da de tradisjonelle hovedmotstanderne Høyre og Ap nå var blitt budsjettpartnere.