Am „Roten Sonntag“, dem 24. April 1915, dem Beginn des Völkermords, wurde Andonian zusammen mit über 200 weiteren armenischen Intellektuellen verhaftet und nach Çankırı deportiert. Er kehrte nach Ankara zurück und wurde erneut in das Konzentrationslager Raʾs al-ʿAin deportiert. Von dort entkam er nach Aleppo und überlebte.