Bei Beginn des deutschen Überfalls auf die Sowjetunion erhielt die Nationalstaffel den Befehl, in rückwärtige sowjetische Gebiete zu verlegen und sich so dem Zugriff der schnell vorrückenden deutschen Truppen zu entziehen. Viele Piloten der Staffel nahmen die Rote Armee jedoch als Besatzungsmacht wahr und nutzten die Gelegenheit, um mit ihren Flugzeugen zu desertieren. Der Kommandeur Kovacs zum Beispiel wurde mit seiner ANBO-41 abgeschossen, als er bei diesem Anlass sowjetische Bodentruppen angriff. So kam auch die Luftwaffe in den Besitz einiger ANBO-Flugzeuge.