Ндьефи дебютировал в основной сборной Камеруна в 2000 году. До этого в 1993 году камерунец участвовал в молодёжном чемпионате мира. Футболист принимал участие в двух Кубках африканских наций: 2000 и 2002 (оба раза Камерун становился чемпионом). В 2002 году Пьюс Ндьефи вместе со сборной поехал на чемпионат мира 2002, где один раз выходил на поле в матче против Саудовской Аравии. Также футболист дважды играл за Камерун на Кубке конфедераций: 2001 и 2003. На Кубке конфедераций-2003 Камерун занял 2 место, и Ндьефи сыграл в достижении этого результата важную роль. 26 июня 2003 года на стадионе «Стад Жерлан» в Лионе проходил полуфинальный матч Камерун — Колумбия. На 9-й минуте гол в ворота колумбийской сборной забил Пьюс Ндьефи, и этот мяч оказался единственным. Всего камерунский футболист провёл за сборную 31 матч и забил 1 гол.