ב-29 בדצמבר 1995 ערך חסן את הופעת הבכורה שלו בנבחרת מצרים במשחק ידידות נגד נבחרת גאנה. חסן שיחק עם נבחרתו בשמונה טורנירי גביע אפריקה לאומות וזכה אתה בארבעה (1998, 2006, 2008, 2010), שיא עבור כדורגלן. בגביע אפריקה לאומות 2006 הוביל חסן את נבחרתו כקפטן והבקיע ארבעה שערים בשישה משחקים, כשהוא מסיים כסגן מלך השערים של הטורניר וזוכה בתואר השחקן המצטיין, תואר בו זכה גם בגביע אפריקה לאומות 2010.