Великим лихом для середньовічного Львова були епідемії чуми, холери та тифу, що забирали тисячі життів. Перша із зафіксованих в письмових джерелах епідемій вразила Львів взимку 1288 року (ймовірно, її могли принести монгольські війська). До найбільших відноситься епідемія чуми 1362 року, потім епідемії повторювалися в 1480 і 1484 роках. Восени 1497 року залишки польського війська, розбитого на Буковині, знову принесли в місто чуму. Наступні масштабні епідемії вражали Львів у 1547, 1572—1573, 1588, 1594 і 1599 роках. Під час епідемії 1547 року закрили катедральну школу, і магістрат компенсував ректору його фінансові збитки. У 1587—1589 роках у Львові вперше було засновано посаду «морового бургомістра», який під час епідемії або напередодні її наділявся спеціальними повноваженнями. Епідемія 1599 року забрала життя близько 2 тисяч львів'ян (в пам'ять про них був зведений костел святого Войцеха). Померлих під час епідемій ховали не на міських кладовищах, а за межами Львова. Одне з таких морових кладовищ з XVI століття було розташоване на місці нинішнього Личаківського цвинтаря.