Trong giai đoạn đầu của Trận chiến biển Philippine, vốn được đặt biệt danh "Cuộc săn vịt trời Marianas vĩ đại", lực lượng không quân của Hải quân Nhật Bản chịu một tổn thất nặng nề đến mức không bao giờ phục hồi lại được, và công cuộc chiếm đóng quần đảo Mariana được đảm bảo. Sau khi các cuộc không kích đã đánh chìm tàu sân bay Nhật Bản "Hijo" và hai tàu sân bay hạm đội khác bị tàu ngầm đánh chìm, trận chiến kết thúc khi lực lượng đặc nhiệm Hoa Kỳ quay trở lại bảo vệ cho các cuộc đổ bộ tại khu vực quần đảo Mariana. "Houston" tiếp tục hộ tống cho các đợt tấn công của tàu sân bay, và vào ngày 26 tháng 6 trực tiếp tham gia bắn phá bờ biển tại Guam và đảo Rota, phá hủy một trạm radar, một đường băng và khoảng 10 máy bay đậu trên mặt đất. Sau đó nó quay về Eniwetok vào ngày 12 tháng 8 để chuẩn bị cho chiến dịch tiếp theo.