Amnon Lipkin-Schahak trat 1962 der Fallschirmjäger-Brigade der israelischen Verteidigungskräfte bei. Er hatte verschiedene Führungspositionen vom Gruppenkommandeur bis zum Brigadekommandeur inne. Er absolvierte einen Reorientierungskurs für das Panzerkorps und diente als Kommandeur für Berufs- und Reserveeinheiten. Während des Sechstagekrieges diente er als Fallschirmjäger-Kommandeur und während des Yom-Kippur-Krieges als stellvertretender Fallschirmjäger-Brigadekommandeur unter dem Kommando von Oberst Uzi Yairi († 1975). Nach dem Libanonkrieg 1982 kommandierte Lipkin-Schahak die Sektoren für Beirut und Schuf.