總統府內務總長孫洪伊為黎元洪信任，國務院秘書長徐樹錚則為段祺瑞之門人，二人各為其主，遇事衝突，造成府、院之爭。1917年5月11日，段祺瑞派出「請願者」包圍國會。6月，徐州張勳率軍5,000人北上，強迫黎元洪解散國會。同月，孫派胡漢民前往西南，促使各省再次發難。7月1日，張勳在北京重新擁立清廢帝溥儀，歷時12天，史稱張勳復辟。孫立即發表《討逆宣言》：「此次討逆之戰，匪特為民國爭生存，且為全民族反抗武力之奮鬥！」皖系軍閥段祺瑞乘機糾集舊部，組織「討逆軍」攻入北京，張軍敗退，溥儀再度宣佈退位。段祺瑞起兵驅逐張勳後，控制北京政府，拒絕恢復《中華民國臨時約法》和國會。黎元洪去職，由馮國璋繼任總統，段祺瑞復任國務總理，以「再造共和」功臣自命。