6 квітня 1999 року Chancellorsville розмістився в Перській затоці разом з авіаносцем «USS Kitty Hawk» та есмінцем «USS Curtis Wilbur» для підтримки операції «Південна вахта». 5 січня 2000 року крейсер повернувся в Йокосуку. У вересні 2001 року Chancellorsville знову розгорнувся в Перській затоці з бойовою групою Kitty Hawk для підтримки операції «Нескорена свобода».