Fue derrocado por la dictadura autodenominada golpe de estado del 21 de septiembre del mismo año en que asumió. El dictador Pedro Eugenio Aramburu anuló vía decreto de 1956 la ley de provincialización de Misiones, la Constitución de 1954 y todos los actos del gobierno de Arrechea.Pasó muchos meses preso.