Im Laufe der Jahrhunderte erfuhr die Kirche etliche Verwüstungen: 1655 durch die Besetzung der Stadt durch russische Truppen, 1706 durch einen Brand im Zusammenhang mit der Belagerung durch die Schweden, 1749 erneut durch Brand. 1750–1755 wurde die Kirche im hochbarocken Stil neu eingerichtet, u. a. mit einem prächtigen Hochaltar und die markante vergoldete Krone über der Vierung. Nachdem das Großfürstentum 1795 endete, wurde 1796 auch die Krone auf der Kirchenkuppel zerstört. Die Inneneinrichtung verwüsteten Napoleons Truppen, die hier 1812 einen Lagerraum einrichteten. Nach dem Verbot des Jesuiten-Ordens 1773 übernahmen die Augustiner die Kirche, später ein Missionsorden und nach dem Aufstand 1831 wurde die Kirche im Rahmen der Russifizierungsbemühungen der zaristischen Verwaltung 1839 in die orthodoxe Nikolaus-Kirche umgewandelt. In dieser Zeit wurde sie nach einem Entwurf des russischen Architekten Nikolai Tschagin stark umgebaut (1864–1868): die Türme wurden zurückgebaut und erhielten Zwiebelturmhelme, zudem wurde die Frontfassade stark verändert und eine Ikonostase eingebaut.