Để đáp trả cuộc tấn công khủng bố ngày 11 tháng 9, Bush đã phát động cuộc "Chiến tranh chống khủng bố" và mở màng chiến dịch này với chiến tranh Afghanistan năm 2001. Vào năm 2003, ông cũng cho tiến hành Chiến tranh Iraq. Trong thời gian làm Tổng thống, Bush đã ký ban hành nhiều điều luật bao gồm các cắt giảm thuế, Đạo luật Yêu nước (Patriot Act), Đạo luật Giáo dục cho Mọi Trẻ em (No Child Left Behind Act), Đạo luật Cấm Phá Thai (Partial-Birth Abortion Act), Đạo luật Hiện đại Hóa Chương trình Bảo hiểm Sức khỏe (Medicare Modernization Act) và tài trợ cho chương trình cứu trợ AIDS mang tên là PEPFAR. Trong kỳ bầu cử Tổng thống năm 2004, Bush đã giành được một chiến thắng sát sao sau khi vượt qua Thượng nghị sĩ của Đảng Dân chủ John Kerry. Sau khi tái đắc cử, Bush đã phải nhận nhiều lời chỉ trích từ nhiều phía trên phổ chính trị (từ các chính trị gia thuộc cả Đảng Dân chủ và Đảng Cộng hòa) vì cách xử lý các vấn đề trong Chiến tranh Iraq, Bão Katrina, cũng như các thách thức khác.