Embora a liberdade religiosa fosse garantida pela Constituição promulgada em 1º de outubro de 1991, ocorreu uma reviravolta após um golpe militar, que tomou o controle do governo, levando o país a uma longa guerra civil, e os missionários católicos se tornaram alvo de sequestradores e outros tipos de violências. Em janeiro de 1999, cinco meses antes de um acordo de paz ser alcançado entre o governo e os líderes rebeldes, o arcebispo de Freetown, Joseph Ganda, foi alvo de um ataque rebelde, embora tenha conseguido escapar. Os líderes católicos continuaram ativos nos esforços para libertar reféns e orquestrar uma paz duradoura na região, e juntaram-se à Caritas Internacional nos esforços dessa organização para trazer de volta às suas casas os 330.000 refugiados que fugiram do país. Três mil rebeldes entregaram suas armas ao governo em junho de 2001, sinalizando o potencial para uma paz duradoura em Serra Leoa.