Viele Soldaten, Polizisten und Politiker waren zugleich Klanmitglieder und deckten rassistische Verbrechen oder beteiligten sich daran. Die Mississippi-Bürgerrechtsaktivisten-Morde am 21. Juni 1964 durch Klanmitglieder in der Polizei bewirkten einen Kurswechsel: Die US-Regierung beschloss den Civil Rights Act von 1964 und Voting Rights Act von 1965. Das FBI ließ den Klan nun wie die Bürgerrechtler durch das COINTELPRO-Programm überwachen. Nach dem Mord an der Bürgerrechtlerin Viola Gregg Liuzzo am 25. März 1965 ließ Präsident Lyndon B. Johnson den KKK vom Komitee für unamerikanische Umtriebe untersuchen. Dieses verurteilte den KKK als Terrorgruppe. Durch diesen Kurswechsel verlor der Klan bis 1974 zehntausende Mitglieder. Daraufhin spaltete er sich in einen legalistischen Flügel um David Duke, der politische Ämter anstrebte, und einen terroristischen Flügel um Louis Beam, der zur bewaffneten Abspaltung (Sezession) einer weißen autonomen Zone innerhalb der USA aufrief. In der Folge bildeten ehemalige Klangruppen, die Christian-Identity-Bewegung und neue Neonazigruppen wie die White Aryan Resistance zahlreiche paramilitärische Milizen.