Under kriget var partisanerna de enda som gjorde konsekvent motstånd mot de tyska trupperna och de bestod till stor del av kommunister ur alla folkgrupper. Människor som flydde från den tyskkontrollerade statens förtryck och den nationalistiska aggression som četnikerna utövade, vände sig till partisanerna. De sade sig vilja skapa tolerans mellan folkslagen och parollen var "broderskap och enighet". Den 28 juli 1941 vann partisanerna sin första större framgång då de lyckades befria staden Užice med omnejd från tysk ockupation och utropade en socialistisk stat där kallad Republiken Užice där Tito installerade sig som ledare. Detta var första gången under hela andra världskriget som ett landområde befriades från axelmakternas ockupation. Republiken Užice blev dock kortlivad och i början av december 1941 återerövrade tyskarna området. År 1942 bildades en befrielsearmé som leddes av Tito. När Italien kapitulerade 1943 kunde partisanerna erövra stora områden i Istrien, Kvarner (Rijeka) och vissa delar av Dalmatien (Zadar). Tito utsågs detta år till Marskalk av Jugoslavien. I krigets slutskede tog partisanerna hämnd på kroatiska medlemmar i Ustaša, slovenska vitgardister och deras familjer i vad som kom att kallas Bleiburgmassakern.