В этих условиях никаких мер по запуску консультационного процесса о механизме создания Мафилиндо предпринято не было. Напротив, Куала-Лумпур без соблюдения согласованных в Маниле условий форсировал переговоры с Великобританией о формировании Федерации Малайзии, которые завершились провозглашением Федерации 16 сентября 1963 года. Ни Филиппины, ни Индонезия не признали нового государства — более того, последняя официально объявила о планах вооруженной борьбы с ним. Манильские договоренности не денонсировалось официально, однако все три стороны де-факто отказались от прописанных в них обязательств — в том числе по созданию Мафилиндо.