7 декабря 1975 началось вторжение индонезийских войск в Восточный Тимор. Был установлен режим индонезийской оккупации. Франсишку Шавьер Лопеш да Круш участвовал в создании местных вооружённых формирований, поддержавших индонезийское вторжение, командовал боевыми операциями.