3 марта 1847 года Стоун получил постоянное звание второго лейтенанта и принял участие в Мексиканской кампании Скотта. Его первым сражением стала осада Веракруса (9 — 29 марта), затем он участвовал в перестрелке у Амозока 14 мая, в сражении при Контрерас, а затем отличился при Молино-дель-Рей, за что получил временное звание первого лейтенанта (датировано 8 сентября).