Năm 2002, Tống Phổ Tuyển được thăng quân hàm Thiếu tướng. Năm 2006, ông được bổ nhiệm làm Tư lệnh Tập đoàn quân 54, Quân khu Bắc Kinh, kế nhiệm Hoàng Hán Tiêu. Năm 2008, Tập đoàn quân 54 đã tham gia vào những nỗ lực cứu trợ của trận động đất lớn Tứ Xuyên dưới sự lãnh đạo của ông.