A "felkelő nap országa" a Cirkumpacifikus-hegységrendszer szeizmikusan aktív területén fekszik, három tektonikus lemez találkozásánál. Emiatt gyakoriak a földrengések, vulkanikus tevékenység észlelhető. A századok folyamán több, kisebb-nagyobb földrengés pusztított az országban, melyek gyakran okoztak gyilkos cunamikat (1995-ben a Nagy Hansin földrengés több mint 6400 embert ölt meg).