Участвовал в раскрытии заговора Локкарта, руководил ликвидацией левоэсеровского мятежа 1918 года. Так как убийство Мирбаха 6 июля 1918 года было совершено с документами, подписанными Дзержинским, он был временно снят с поста председателя ВЧК, а его место занял Яков Петерс, который сформировал новую коллегию ведомства исключительно из коммунистов. 22 августа (после возвращения Дзержинского) Петерс был утверждён его заместителем.