2000 yılında Alvin Gentry'nin koçluğunu yaptığı Los Angeles Clippers'a asistan koç olarak Amerikalı olmayan ilk tam zamanlı asistan koç oldu. 2003 yılında Larry Brown'in yönettiği Detroit Pistons'a katıldı. 2004 yılında ise Detroit Pistons'un şampiyonluğunda koç kadrosundaydı. 2006 NBA All-Star Maçında koç kadrosunda görev aldı. Kokoškov, 20 Haziran 2008 tarihinde Phoenix Suns'a, 29 Mayıs 2013 tarihinde ise Cleveland Cavaliers'a geçti. Şubat 2015'te, yıl sonuna kadar Orlando Magic ile anlaştı.