След Деветоюнския преврат през 1923 година Борис Бумбаров е арестуван за няколко месеца, а след освобождаването си емигрира в Югославия. Оттам продължава да поддържа редовни контакти с България и през 1926 година е осъден задочно на смърт, както и на 15 години затвор за пренасяне на оръжия и преминаване на границата нелегално. По-късно се установява във Виена.