Когда генерал Лонгстрит был серьёзно ранен в бою, генерал Ли считал Джонсона подходящей кандидатурой на роль заместителя командующего. В сражении при Спотсильвейни 12 мая 1864 он участвовал в бою за «Подкову мула» и попал в плен с большей частью своей дивизии. Генерал Грант, с которым он был знаком ещё до войны, пригласил его на завтрак. Несколько месяцев Джонсон провел в тюрьме на Моррис-Айленд около Чарльстона, и был обменен 13 августа. Он сразу был отправлен на Запад в Теннессийскую Армию Джона Белла Худа, где командовал дивизией в корпусе Стефана Ли.