Године 2003, УНМИК је захтевао од Епархије Рашко-призренске да се евакуише покретни инвентар цркве, јер је нови напад албанских екстремиста изгледао неизбежан. Напад се заиста десио 18. марта 2004. године, током немира на Косову и Метохији 2004. Чешки војници који су обезбеђивали цркву морали су да напусте комплекс која је уништена заједно са гробљем. Албанци су изазвали велики пожар у средини цркве који је уништио њену унутрашњост. Чешка официр, Јиндрих Плехер, потврдио је у вестима, да су војници били дубоко шокирани, да су албански нападачи ископали сандуке из оближњег српског гробља, и разбацивали кости мртвих. У извештају КФОР-а и УНМИК-а за 18. март 2004. стоји: „православна црква у Подујеву је спаљена. Црква Светог Андреја је гранатирана, звоник потпуно уништен експлозивом, као и зид који окружује цркву“. Према писању „Прашких новости“ Албанци су на гробљу ископавали посмртне остатке Срба и разбацивали кости свуда унаоколо, а цркву запалили. Према фотографијама, источни део цркве је миниран, а звоник потпуно уништен експлозивним средствима, као и зид који је окруживао цркву.