Nehrua seurasi maan pääministerinä Lal Bahadur Shastri vuonna 1964. Hänen aikanaan hindi julistettiin maan kansalliskieleksi, mitä Nehru oli jyrkästi vastustanut. Tämä aiheutti levottomuuksia maan eteläosissa. Shastrin lyhyeksi jääneen pääministerikauden aikana Kashmirin kriisi kärjistyi jälleen sodaksi Intian ja Pakistanin välillä vuonna 1965. Alueelle soluttautui siviileiksi naamioituneita pakistanilaisjoukkoja. Tätä täydensivät Pakistanin panssarivaunut. Pakistanissa Nehrun seuraajaksi noussutta Shastria pidettiin Pakistanissa heikkona johtajana ja Intian häviötä Kiinalle maiden välisessä sodassa pidettiin merkkinä maan armeijan heikkoudesta. Pakistanissa uskottiin, että Intia ei pystyisi reagoimaan nopeasti Kashmirin miehitykseen. Pakistanissa myös uskottiin, että suurin osa kashmirilaisista haluaisi liittyä Pakistaniin. Intia kykeni kuitenkin järjestäytymään nopeasti ja pakistanilaisjoukot onnistuttiin ajamaan pois viidessä viikossa. Shastrin toiminta kriisin hoidossa teki hänestä suositun Intiassa. Intian ja Pakistanin välinen toinen sota päättyi Uzbekistanin neuvostotasavallassa tehtyyn Taškentin julistukseen tammikuussa 1966, muutaman kuukauden kuluttua tulitauon alkamisesta. Sopimusta olivat tekemässä Intian pääministeri Shastri, sekä Pakistanin presidentti Mohammad Ajub Khan. Päivä sopimuksen teon jälkeen Shastri kuoli yllättäen sydänkohtaukseen Taškentissa. Hänen kuolemansa todellinen aiheuttaja on herättänyt epäilyksiä. Shastri ehti olla pääministerinä vain puolentoista vuoden ajan. Hänen yllättävä kuolemansa järkytti koko Intiaa.