С началом новой гражданской войны между Иоанном Кантакузиным и регентами Иоанна V Палеолога в 1341 году, Михаил Мономах первоначально пытался сохранять нейтралитет. Так, он даже не стал слушать послов Кантакузина. Между тем сторонники Иоанна V конфисковали его владения в деревне Чантакс возле реки Стримонас. А В 1342 году он покинул или был изгнан из Фессалии про-кантакузинской группировкой и отправился в Серре, где присоединился к анти-кантакузенским силам, удерживающим город. Примерно в то же время он получил титул "великого коностаулоса" и умер где-то между 1343 и 1346 годами.