در دورهٔ دوم انتخابات ریاست جمهوری مصر که در تاریخ ۱۷ ژوئن ۲۰۱۲ برگزار گردید، محمد مرسی بر اساس آمار رسمی در رقابت با ژنرال احمد شفیق پیروز انتخابات گردید. وی اولین رئیس‌جمهور پس از انقلاب ۲۰۱۱ مصر و پنجمین رئیس‌جمهور تاریخ این کشور بود. از چالش‌های پیش روی محمد مرسی در دوران ریاست‌جمهوریش، اختلاف با فرماندهان عالی‌رتبه ارتش مصر در زمینهٔ دخالت آنها در سیاست درمصر بود. محمد مرسی همواره در سخنان تأکید داشت ارتش مصر تنها باید در خدمت دفاع از سرزمین مصر به کار گرفته شود.