Le Commandement Canada a été créé le février 2006 lors d'une transformation des Forces canadiennes. Les FOI régionales placées sous son contrôle existaient déjà. Avant la création du COMCAN, les opérations nationales étaient directement assignées aux trois commandements environnementaux, l'armée, l'aviation et la marine. De par sa nature régionale et sa dispersion sur l'ensemble du territoire canadien, la Force terrestre était devenue le point de contact principal pour les autorités civiles qui nécessitaient le soutien des Forces canadiennes. Elle avait donc créé une cellule afin de coordonner les efforts déployés à cet effet. Ce sont les catastrophes naturelles comme le verglas massif de janvier 1998 et l'ouragan Katrina de 2005 ainsi que les attentats du 11 septembre 2001 qui ont montré le besoin d'avoir une organisation élaborée pour interagir avec les agences civiles pour la sécurité du Canada et pour coordonner les efforts plus efficacement avec les États-Unis pour la sécurité continentale. Le Commandement Canada a fourni le soutien militaire pour la sécurité lors des Jeux olympiques d'hiver en février 2010 à Vancouver et lors des sommets du G8 et du G20 respectivement à Huntsville et à Toronto en juin 2010. Il a également déployé des effectifs pour aider les autorités civiles de Terre-Neuve-et-Labrador dans le cadre de l'opération Lama après le passage de l'ouragan Igor en septembre 2010. En 2011, il a déployé des troupes au Québec dans le cadre de l'opération Lotus et au Manitoba dans le cadre de l'opération Lustre pour aider à lutter contre les inondations et apporter du secours humanitaire aux résidents des régions affectées. Le , le Commandement Canada a fusionné avec le Commandement de la Force expéditionnaire du Canada et le Commandement du soutien opérationnel du Canada pour former le Commandement des opérations interarmées du Canada.