Après l’invasion de la Yougoslavie par les nazis en 1941, la Bosnie-Herzégovine est rattachée à l’État indépendant de Croatie d’Ante Pavelić, satellite de l’Allemagne. Deux mouvements de résistance se forment en Yougoslavie, les Tchetniks majoritairement serbes, dirigés par le monarchiste serbe Draža Mihailović, et les Partisans, mouvement multi-ethnique communiste dirigé par le croate Josip Broz Tito. La Bosnie connaît des combats extrêmement violents et de nombreux massacres de populations durant la guerre de résistance en Yougoslavie. Les Serbes de Bosnie sont massacrés par les Oustachis, les Bosniaques musulmans et les Croates le sont par les Tchetniks et ceux-ci, ainsi que les Oustachis, par les Partisans communistes. Vers la fin de la Seconde Guerre mondiale, les alliés préfèrent Tito à Mihajlović : en conséquence, Tito est seul vainqueur et crée la Yougoslavie, en tant que régime communiste et fédération de six Républiques, dont la République socialiste de Bosnie-Herzégovine. Les Bosniaques ne sont cependant pas reconnus dans l’immédiat comme une nationalité. Au bout de quelques années, en 1973 les « Musulmans » y sont reconnus comme « nationalité », au même titre que les Croates et les Serbes.