Komunistyczna Partia Federacji Rosyjskiej została założona 14 lutego 1993 podczas II Nadzwyczajnego Kongresu Rosyjskich Komunistów. Partia powstała poprzez połączenie różnych grup powstałych ze zlikwidowanej Komunistycznej Partii Związku Radzieckiego. Przewodniczącym Komitetu Centralnego KPFR został wybrany Giennadij Ziuganow. Podczas kryzysu konstytucyjnego w 1993 partia wyraziła poparcie dla Rady Najwyższej Federacji Rosyjskiej. W wyborach parlamentarnych w 1993 KPFR uzyskała 12,4% poparcia (6 666 402 głosów w skali kraju), wprowadzając do Dumy Państwowej Federacji Rosyjskiej 42 deputowanych. Partia stała się wówczas trzecią siłą polityczną w kraju. W wyborach parlamentarnych w 1995 KPFR uzyskała już największe poparcie spośród wszystkich partii (22,30% głosów). Tym razem partia wprowadziła do parlamentu aż 157 deputowanych. W wyborach prezydenckich w 1996 kandydatem KPFR został jej lider, Giennadij Ziuganow. W I turze wyborów zajął drugie miejsce zdobywając 32,5% głosów. W II turze Ziuganow otrzymał 40,7% głosów, przegrywając Borysem Jelcynem, który uzyskał prezydencką reelekcję. W wyborach parlamentarnych w 1999 KPFR po raz kolejny uzyskała największy wynik wyborczy (24,29% wszystkich głosów), tym razem wprowadzając 113 deputowanych do Dumy Państwowej FR.