El 10 de febrero de 1878, se firmó el Pacto del Zanjón que puso fin a la guerra. El Brigadier Rodríguez Aguilera estuvo de acuerdo y se acogió al pacto, ese mismo mes. Tras el fin de la Guerra de los Diez Años, se unió al Partido Liberal Autonomista de Cuba. No participó en la Guerra Chiquita (1879-1880), segunda guerra por la independencia de Cuba.