L'année suivante, il s'oppose à l'admission d'un vétéran noir de l'US Air force du nom de James Meredith à l'Université du Mississippi au mépris d'une ordonnance de la Cour fédérale. Des troubles graves se produisent sur le campus et font deux morts et plusieurs blessés. Il cède à la suite d'un entretien téléphonique avec John Kennedy et James Meredith put s'inscrire aux cours. Ross Barnett est ensuite cité à comparaitre devant la Cour d'appel des États-Unis pour le cinquième circuit pour désobéissance ; il est condamné à une amende de 10 000 dollars et à une peine de prison. Il ne purgera pas sa peine de prison et ne paiera jamais l'amende. Les charges contre lui seront définitivement levées en 1965.