במהלך מלחמת העולם השנייה הדף הצבא היווני בהצלחה את הפלישה האיטלקית ב-1940, אך לאחר מכן, באפריל 1941, הושמד החיל כולו על ידי הלופטוואפה הגרמני. חיל האוויר נבנה מחדש במזרח התיכון כחלק מחיל האוויר המלכותי של בריטניה וכלל מטוסים מסוג ספיטפייר, הוריקן ובולטימור. לאחר שיוון שוחררה, ב-1944, היא חזרה להיות ביתו של חיל האוויר היווני, ששיחק תפקיד מרכזי במלחמת האזרחים ביוון שנמשכה עד לשנת 1949.