Die Balair konzentrierte sich in den ersten Jahren auf die Flugschulung und den Flugzeugunterhalt sowie die Abfertigung der Swissair-Maschinen auf dem Flugplatz Basel-Mulhouse. 1957 fand der Einstieg ins Chartergeschäft mit zwei Vickers 610 Viking statt. 1959 erwarb die Swissair eine 40-prozentige Beteiligung an der Balair. Die Flotte wurde um zwei DC-4 der Swissair aufgestockt. Für die Biafra-Hilfe der Organisation "Joint Church Aid" setzte Balair auch Boeing C-97 Stratofreighter ein.