W 1631 podczas wojny trzydziestoletniej Szwedzi rozbudowali twierdzę o nowe szańce i raweliny. Od 1646 przez miasto przebiegała ważna linia pocztowa z Berlina do Prus Książęcych. W 1730–1732 w więzieniu przebywał późniejszy następca tronu Prus Fryderyk II. W roku 1768 tanią siłą roboczą byli konfederaci barscy. Częste i dotkliwe powodzie nawiedzające miasto spowodowały, że w 1785 rozpoczęto prace regulacyjne biegu Warty i Odry. Wykopano kanał Fryderyka Wilhelma, odtąd Warta uchodzi do Odry na północ od twierdzy. W latach 1806–1814 miasto znajdowało się pod okupacją francuską. 2 listopada 1806 – 26 stycznia 1807 komendantem Kostrzyna był gen. Ménard.