Jugoslavian sodassa serbit pyrkivät Bosniassa bosniakkien kansanmurhaan ja tekivät monia sotarikoksia Kroatiassakin. Serbien rikokset Kroatiassa olivat kostoa toisen maailmansodan kroaattijärjestö Ustašan toimia vastaan. Bosnia ja Hertsegovinaa kutsuttiin "pieneksi Jugoslaviaksi", koska alueen väestö oli siellä erityisen sekoittunutta. Tämä aiheutti siellä serbinationalismin paineen takia laajan, pitkäkestoisen ja vaikeasti ratkaistavan sodan. Serbien piirittämä Sarajevo oli puolestaan Bosnia ja Hertsegovina pienoiskoossa. Bosnian sota oli Jugoslavian sodista kaikkien verisin. Miljoonia ihmisiä karkotettiin tai pakeni tappamisen pelossa. Miehiä, lapsia, vanhuksia ja naisia tapettiin mielivaltaisesti. Tappajina olivat yleensä serbien puolisotilaalliset tšetnikit ja muut vastaavat joukot. Kaupunkeja tulitettiin tykeillä ja kranaatinheittimillä. Sala-ampujat surmasivat ihmisiä kaduilta. 95 % Kroatiassa ammutuista kranaateista osui siviilikohteisiin. Eräässä vaiheessa serbit perustivat kroaateille ja bosniakeille keskitysleirejä, joista osa saatiin kansainvälisellä painostuksella lakkautettua.