A subsequente guerra foi principalmente um conflito territorial, inicialmente entre o Exército da República da Bósnia e Herzegovina e forças bósnios croatas, de um lado, e as forças bósnias sérvias, por outro. No entanto, os croatas também visam garantir partes da Bósnia e Herzegovina para a Croácia. Com o Acordo de Karađorđevo em 1991 entre o presidente croata Franjo Tuđman e o presidente sérvio Slobodan Milošević, e com o Acordo de Graz em 1992, as lideranças políticas sérvias e croatas concordaram em uma partição da Bósnia, resultando na virada das forças croatas para o Exército da República da Bósnia e Herzegovina, que levou à guerra croata-bosníaca.