W reprezentacji Portugalii João Pinto zadebiutował 16 lutego 1983 roku w przegranym 0:3 towarzyskim meczu z Francją. W 1984 roku selekcjoner reprezentacji Fernando Cabrita powołał go do kadry na Mistrzostwa Europy 1984. Tam João był podstawowym zawodnikiem i zaliczył cztery spotkania: grupowe z RFN (0:0), z Hiszpanią (1:1) i z Rumunią (1:0) oraz w półfinale z Francją (2:3 po dogrywce). W 1986 roku Pinto znalazł się w drużynie Mistrzostwa Świata w Meksyku. Był jednak tylko rezerwowym i nie zaliczył żadnego spotkania. W 1996 roku zakończył reprezentacyjną karierę. W drużynie narodowej wystąpił łącznie 70 razy i strzelił jedną bramkę.