Mesos després, el juliol de 2018, fou traslladat de la Presó de Soto del Real al Centre Penitenciari de Lledoners. El novembre de 2018 l'Organització Mundial Contra la Tortura va reclamar que fora alliberat. Des de llavors s'ha realitzat diverses concentracions a les portes del centre per donar suport. Entre l'1 i el 20 de desembre de 2018 va realitzar una vaga de fam per denunciar la seva situació de presó preventiva. L'1 de febrer de 2019 fou traslladat a una presó madrilenya en un autocar de la Guàrdia Civil, per fer front al Judici que va començar el 12 de febrer. El dia 21 de febrer Jordi Sánchez va declarar com a investigat, responent a les preguntes del fiscal, de l'advocacia de l'estat i de les defenses, però no a l'acusació popular del partit ultradretà Vox.