בעקבות הסכם ריבטרופ-מולוטוב נכנסו יחידות הצבא האדום לחורוסטקוב ב־17.9.1939 תחת השלטון הסובייטי הופסקה תוך זמן קצר כל פעילות יהודית ציבורית, אך לא היו בעיר מאסרים של יהודים. מספר יהודים מאוהדי המשטר החדש מילאו תפקידים בכירים במינהל העירוני. המסחר היהודי הפרטי חוסל באופן הדרגתי ורוב בעלי-המלאכה אורגנו בקואופרטיבים. בחורוסטקוב מצאו מקלט מאות פליטים יהודים ממערב פולין; רבים מהם הוגלו בסוף יוני 1940 לפנים ברית-המועצות. עם פרוץ המלחמה בין גרמניה לברית-המועצות גויסו קבוצות יהודים לצבא האדום, וביניהם רוב הרופאים היהודים בעיר. כ־100 צעירים יהודים נמלטו לברית-המועצות עם הסובייטים הנסוגים.