Au cours des années de guerre qui ont suivi, Balašević a eu de graves problèmes avec le gouvernement de Slobodan Milošević car il s'y était ouvertement opposé. Lors de ses concerts, il critiquait et se moquait souvent de Milošević et d'autres personnalités politiques serbes. En 1996, il est devenu ambassadeur de bonne volonté auprès du Haut Commissariat des Nations unies pour les réfugiés pour ses déclarations anti-guerre pendant les guerres de Yougoslavie et a tenu le premier concert d'après-guerre à Sarajevo en tant que premier artiste serbe à visiter la Bosnie-Herzégovine déchirée par la guerre.