Le modèle d’organisation développé par les FTP est le groupe de combat d’une trentaine d’hommes au maximum. Tillon développe à ce sujet la théorie de la boule de mercure : les groupes de combat doivent être assez mobiles pour devenir insaisissables. Comme pour les autres mouvements de résistance, le refus par les jeunes du travail forcé en Allemagne (STO) est l’occasion de créer des maquis. Les premiers maquis FTP sont attestés dès le début de l’année 1943. Selon l’historien Roger Bourderon, jusqu’en juin 1943, "France d’abord" appelle à la création de vastes maquis, pour se recentrer ensuite sur l’appel à la formation de petits maquis mobiles tournés vers l’action directe, s’opposant ainsi à la formation de gros maquis mobilisateurs, comme celui du Vercors, jugé « attentiste ». Selon l’historien François Marcot, .