Кан је први пут позван у репрезентацију Немачке као резерва на светском првенству 1994. године, међутим дебитовао је тек 23. јуна 1995. у победи Немачке против Швајцарске 2-1, само два месеца након што се опоравио од повреде укршентих лигамената. Заједно са Оливером Реком, Кан је био резервни голман тима који је освојио Европско првенсто 1996. године у Енглеској. Светско првенсто 1998. године одржано у Француској провео је седећи на клупи за резерве, и тако је било све док Андреас Кепке није објавио да се повлачи из репрезентације на крају турнира. Његовим одласком Кан је постао први голман репрезентације. Две године касније на европском првенству 2000. године на коме су Немци бранили титулу првака, испали су у групној фази, Кан је постао капитен тима, преузевши капитенску траку од нападача Оливера Бирхофа.