Быстрые успехи вскружили молодому полководцу голову, развили в нём страшное самомнение, сделали его надменным и безмерно честолюбивым: он хотел быть победителем всегда и везде, даже в обыкновенных играх. Когда турки напали на Кипр, принадлежавший венецианцам, для защиты христиан на Востоке составилась «Священная лига» из Венеции, Святого Престола, Испании и Генуи. Тем временем турки успели взять Кипр (1571 год). Дон Хуан одержал победу в битве при Лепанто (1571), предводительствуя флотом из 300 галер, нашёл турецкий флот в гавани Лепанто, напал на него и после ожесточённого и упорного боя разбил наголову. 130 турецких галер попало в руки христиан; 12 000 христианских рабов было освобождено из неволи. Данное событие описано в эпической поэме Жерониму Корте Реала «Аустри́ада» или «Победа Хуана Австрийского в заливе Лепанту» ("Austríada" ou "Victoria de D. Juan de Austria en el golfo de Lepanto", 1578).