John Patrick O'Neill, född 6 februari 1952 i Atlantic City, död 11 september 2001 i New York, var en amerikansk FBI-agent. O'Neill är mest känd som utredare av brott mot amerikaner där al-Qaida var inblandat, såsom sprängningen av Khobar Towers i Saudiarabien samt av i Aden, Jemen. Han var även ledande vid gripandet av Ramzi Yousef som var hjärnan bakom bombdådet mot World Trade Center 1993.