Im Zuge der Schlacht um die Seelower Höhen wurde auch die Kirche in Carzig am 10. März 1945 gesprengt. Der Ort war zu dieser Zeit bereits evakuiert. Ines Rath von der Märkischen Oderzeitung vermutet, dass es deutsche Soldaten gewesen sein könnten. Sie verweist jedoch darauf, dass es keine Augenzeugen gab, am selben Tag jedoch in Mallnow gesprengt wurde (eine andere Quelle gibt als Datum „um den 20. März“ 1945 an). Bei der Sprengung stürzte der Kirchturm auf das Kirchenschiff und zerstörte den östlichen Giebel sowie die Wände des Langhauses bis auf Höhe der Dachtraufe. Die SMAD erlaubte im Einvernehmen mit dem Ortsbürgermeister der Bevölkerung, Mauersteine für den privaten Hausbau aus der Ruine zu entnehmen. Die Kirchengemeinde nutzte fortan die Dorfschule für den Gottesdienst; die Ruine blieb ungesichert. Im Mai 1957 erhielt sie die beschädigte Glocke zurück. Handwerker begradigten daraufhin den Kirchturm, besserten ihn aus und errichteten einen neuen Glockenstuhl. Im Dezember 1958 konnte sie dort aufgehängt und an Heiligabend 1958 in Betrieb genommen werden. 1960 ersetzten Handwerker das bis dahin provisorisch mit einer Plane abgedeckte Turmdach durch einen Dachstuhl und deckten es neu ein.