Le Conseil peut également être convoqué en situation d’urgence, par exemple le à la veille du déclenchement de la guerre du Golfe, ou le après les attentats contre les États-Unis. Plus récemment, un Conseil des Ministres exceptionnel s'est tenu à l'Élysée lors du septuple attentat terroriste survenu à Paris et à Saint-Denis, dans la nuit du 13 au et qui avait provoqué la mort de 130 personnes. Alors qu'une prise d'otages était encore en cours dans la salle de concert du Bataclan, le Président de la République, François Hollande s'adresse à la Nation peu avant minuit, annonce la tenue de ce conseil. Il prendra un décret permettant l'instauration de l'état d'urgence sur l'ensemble du territoire et le rétablissement immédiat des contrôles aux frontières nationales.