Malheureusement pour lui, le général Bonaparte, alors chef de l'armée d'Italie, intercepte entre-temps un agent royaliste, Louis-Alexandre de Launay, comte d'Antraigues, en possession de documents concernant cette conspiration et de la trahison de Pichegru. Il envoie alors le général Augereau et son armée à Paris où celui-ci fait placarder la trahison de Pichegru dans les rues: c'est le coup d'État du 18 fructidor an V (4 septembre 1797). Les principaux conspirateurs sont soit arrêtés et déportés en Guyane comme Pichegru et Barthélémy, soit en fuite tels que Carnot ou Vaublanc. Ce dernier réussit à quitter les limites de Paris, alors en état de siège, en se cachant dans un fiacre avec la complicité de Rochambeau. Il s'exile en Italie, déguisé sous divers accoutrements, en passant par la Suisse avec son ami Pastoret.