Si bien el grupo no realizaba ataques, aún llamaba por la lucha armada contra Israel. En la Segunda Intifada el FLA distribuía a familias de "chehadat" (mártires) dinero en el nombre del presidente Saddam Hussein de Iraq. En 2003, cuando Estados Unidos atacó Irak y depuso a Hussein, el FLA perdió su fuente de financiación; desde ese año se debilitó mucho y casi desapareció. El jefe del FLA, Rakad Salem, fue encarcelado en 2001 por Israel por sus actividades de distribución de dinero iraquí a familias de "chehadat".