Van sorgir diverses crítiques a l'autoritarisme imperial, i una revolta important va succeir en el Nord-est: la confederació de l'Equador. Va ser sufocada, però l'emperador va sortir molt desgastat de l'episodi. Un altre gran desgast de l'emperador va ser la guerra de Cisplatina (1825-1828), on el país no va mantenir el control sobre la llavors regió de la Cisplatina (actualment, Uruguai). També van aparèixer els primers focus de descontentament a Rio Grande do Sul, amb els "farroupilhas".