В 1903 году, накануне Кишинёвского погрома, представители еврейского населения города обратились к епископу Иакову с просьбой публично «разъяснить народу всю нелепость кровавого навета» и «проповедовать корректность и гуманность по отношению к евреям», однако владыка никаких мер не принял, поскольку был убеждён, что страхи напрасны, и считал, что нельзя «отрицать употребление евреями христианской крови», оговаривая, что «конечно, в этом грехе повинны не все евреи, а исключительно секта хусидов». Иеромонах Гурий (Гросу) сетовал на чёрствость епископа Иакова: «сколько раз я у него бывал, ни разу не предложил сесть».