Na trůn nastoupil v těžké době, byzantská říše měla velké zahraničně-politické problémy jak na západě (na Balkáně), kde se samostatnosti domohli Srbové a Bulhaři, tak také na východě, kde již zářila hvězda vládce Sýrie a Egypta Saladina. Zbožný Izák však nedokázal složitou situaci vyřešit. Navíc byl po deseti letech vládnutí sesazen, zajat a oslepen svým bratrem Alexiem. Uvěznění Izáka a jeho mladého syna Alexia vedlo k tažení vojsk čtvrté křížové výpravy na Konstantinopol, sídlo císařů. Po úprku bratra Alexia III. se Izák, oslepený a nemocný, opět ujal vlády a za svého spoluvládce si určil syna Alexia. Jeho dny však již byly sečteny – na přelomu ledna a února 1204 byl sesazen a uvržen do vězení, kde zakrátko zemřel.