Verso la fine del XVI secolo, il clan Ōtomo combatté contro i clan Shimazu e Mōri, di cui questi ultimi erano esperti marinai. Ōtomo Yoshimune si schierò con Ishida Mitsunari durante la campagna di Sekigahara e perse le sue terre dopo la loro sconfitta. Gli Ōtomo persero poi lo stato di daimyō durante il periodo Edo, venendo nominati "kōke" nel 1689 con Ōtomo Yoshitaka.