Klid na jihu země vydržel do roku 1983. Tehdy došlo k zavedení islámského práva (šarí'a) i do křesťansko-animistických provincií, což vyvolalo novou občanskou válku. Proti vládě stálo Súdánské lidové osvobozenecké hnutí (SPLM), v jehož čele stál John Garang. Z důvodu možného vměšování Libye do konfliktu, vyslalo USA speciální letadla se systémem AWACS. An-Nimajrí z obavy z možného útoku od Egypta vyhlásil všeobecnou mobilizaci. Také došlo k postupnému rozdělení povstalců. Část jich podporovala konfederaci se severem a vytvořili Súdánskou lidově osvobozeneckou armádu (SPLA). Zbytek se sloučil okolo Jihosúdánské armády nezávislosti (SSIA). Na klidu nepřidalo ani sucho, které zemi postihlo v roce 1984. Při nepokojích v roce 1985 byl an-Nimajrí důstojníky svržen a k moci se dostala Prozatímní vojenská rada (Transitional Military Council).