Después de la Copa América Paraguay 1999, con 20 años, y siendo un jugador destacado en México, Márquez fue fichado por el AS Mónaco por 6 millones de dólares. Debutó con su nuevo club en la Ligue 1 el 14 de agosto de 1999 en el partido AS Mónaco 4-0 Bastia. En su primera temporada conquistó la Liga francesa. Además, fue distinguido como el defensa central ideal de la liga en la temporada 1999-2000. En el 2003 consiguió la Copa de la Liga de Francia. Se consolidó como uno de los mejores defensas centrales de Europa y su nombre empezó a sonar para varios equipos grandes del viejo continente.