בתקופה שלאחר רעידת האדמה בסקופיה, בין 1963 ל-1977, שכן המוזיאון הארכאולוגי היה בצריפי קורשומלי אן. ב-1976, נפתח מתחם המוזיאונים מחדש, בו שכן המוזיאון הארכאולוגי עד ל-2014.