Seorang perwira militer, ia berkuasa setelah melakukan kudeta militer pada tahun 1969. Bersama partai politiknya, Uni Sosialis Sudan, dia awalnya mengejar kebijakan sosialis dan Pan-Arabisme. Pada tahun 1972 ia menandatangani Persetujuan Addis Ababa, mengakhiri Perang Saudara Sudan Pertama. Ia kemudian menjadi sekutu Amerika Serikat. Pada akhir 1970-an ia pindah ke arah Islamisme, dan pada tahun 1983 ia memberlakukan hukum syariah di seluruh negeri, mempercepat terjadinya Perang Saudara Sudan Kedua. Dia digulingkan dari kekuasaan pada tahun 1985 dan pergi ke pengasingan di Mesir. Ia kembali pada tahun 1999 dan mencalonkan diri dalam pemilihan Presiden pada tahun 2000, tetapi ia kalah.