W roku 2007 zaczął prowadzić reprezentację Japonii, podczas występu w Pucharze Świata 2007 udało mu się zremisować z reprezentacją Kanady, co zakończyło serię trzynastu kolejnych porażek w meczach pucharowych reprezentacji Japonii. Przed Pucharem Świata w 2011 roku zapowiadał zakończenie współpracy z reprezentacją Japonii. Japonia poniosła cztery porażki i zgodnie z zapowiedziami John postanowił nie przedłużać kontraktu.