Nel 1595 i benedettini abbandonarono il monastero. Gravi danni subì poi la chiesa durante il terremoto del 5 giugno 1688, che provocò il crollo delle aggiunte medievali e della cupola primitiva, e poi ancora a causa del sisma del 14 marzo 1702. Già in quest'occasione il cardinale Orsini, futuro papa Benedetto XIII, volle che la chiesa fosse ricostruita secondo il gusto barocco: nei lavori di restauro, affidati dal 1705 all'ingegnere Carlo Buratti, la pianta fu trasformata da stellare a circolare, furono costruite due cappelle laterali, fu cambiato l'aspetto dell'abside, della gacciata, dei pilastri. Furono inoltre distrutti quasi del tutto gli affreschi di artisti legati alla Scuola di miniatura beneventana (fine VIII - inizio IX secolo) che ricoprivano la chiesa, dei quali restano solo alcuni frammenti con "Storie di Cristo e della Vergine".