In settembre, gli unionisti furono nuovamente attaccati dalle truppe di Jackson, ora circa 26.000 uomini, e, circondati ad Harper's Ferry, si arresero, distruggendo le proprie armi. Buona parte del 39th New York volunteer infantry regiment fu fatto prigioniero in quella circostanza, insieme a quasi tutta la guarnigione unionista di 12.000 uomini e inviato nel campo di prigionia di Camp Douglas, nei pressi di Chicago, nel settembre 1862. Ottennero la libertà tre mesi dopo, grazie a uno scambio di prigionieri. Dopo il rilascio il 39th New York volunteer infantry regiment venne costituito in brigata con altri reggimenti di New York, il 111th, il 125th e il 126th, che si erano tutti arresi ed erano stati fatti prigionieri ad Harper's Ferry. L'intera brigata ricevette quindi il, secondo alcuni ingiusto, soprannome di "Vigliacchi di Harpers Ferry". Il 39th New York volunteer infantry regiment prestò successivamente servizio con onore in numerose battaglie, comprese Gettysburg e Wilderness, subendo perdite.