1866, während des Deutschen Krieges, musste Gablenz Holstein räumen und wurde Kommandant des X. österreichischen Armee-Korps, mit welchem er am 27. Juni 1866 bei der Schlacht bei Trautenau das I. preußische Armee-Korps unter Bonin, welches als Vorhut der Armee des preußischen Kronprinzen durch den Pass von Trautenau in Böhmen eindrang, in einer zehnstündigen Schlacht am 28./29. Juni schlug und über die Landesgrenze zurückwarf. Er kämpfte am 3. Juli bei Königgrätz und besetzte später mit seinem Korps die Festungswerke nördlich von Wien. Im September 1866 trat Gablenz für kurze Zeit aus dem aktiven Dienst.