Décoré de la Légion d'honneur, Gisquet est nommé préfet de police de Paris par Casimir Perier le en remplacement de Sébastien Louis Saulnier. Il restera à ce poste pendant cinq ans, cette longévité contrastant avec l'instabilité qui a prévalu depuis la Révolution de Juillet. Il est vivement attaqué par l'opposition démocratique en raison des mesures politiques exceptionnelles prises par lui ou en son nom et par le zèle répressif dont il fait preuve, notamment à l'occasion des obsèques du général Lamarque et des événements du cloître Saint-Merri.