Al comienzo de la Guerra civil se encontraba destinado en Castellón de la Plana, en el Batallón de Ametralladoras n.º 3. Algunos autores han considerado que García Vallejo fue en realidad un «leal geográfico», es decir, que se mantuvo leal a la República por haber quedado en zona republicana. No obstante, durante la contienda mandó importantes unidades militares y se mantuvo fiel a la República. Poco después del comienzo de la contienda fue enviado con su unidad hacia Andalucía. A finales de agosto, durante la Ofensiva de Córdoba su columna permaneció en reserva en la retaguardia, con la misión de apoyar el avance de la Columna Balibrea en Puente Mocho.