Manuel José de Yrigoyen est le fils de Martín de Yrigoyen (serviteur de Miguel de Mendiburru, ayant migré de Cadix vers le Mexique avec lui en 1768 puis étant devenu commerçant) qui a rencontré et épousé Ysabel-Josepha de Ubarcalde (fille de Bartolomé de Ubarcalde) en 1788 au Mexique. La famille ayant aussi précédemment migré à Bordeaux à la suite de la Guerre d'indépendance du Mexique.