В 1910 году собор посетил премьер-министр П. А. Столыпин. а после литургии в соборе в городе состоялась первая антигерманская демонстрация. 14 ноября 1918 года в соборе открылось Сибирское церковное совещание — съезд 39 делегатов от епархий Поволжья, Урала и Сибири, находившихся под властью Колчака. Само же совещание проходило в актовом зале Томского женского епархиального училища.