En 1996, Argelia volvió a la Copa de África, pero fue eliminada frente a la anfitriona del torneo en los cuartos de final. Los argelinos no lograron clasificarse para la Copa del Mundo de 1998, 2002 y 2006. Durante la Copa Africana de Naciones 1998, Argelia acabó última en su grupo tras perder los 3 partidos, quedando eliminada en la fase de grupos.En la Copa de África 2000, los "Zorros del Sáhara" consiguieron pasar de 1.ª ronda, pero perdieron frente a en cuartos de final. Argelia volvió a caer eliminada en la primera fase en la Copa de África 2002, llegando hasta cuartos de final en la Copa Africana de Naciones 2004 donde sería eliminada frente a por 3-1 en la prórroga. Argelia no logró clasificarse para la Copa de África de 2006 ni 2008. Sin embargo, lograron clasificarse para la Copa Mundial de Fútbol 2010 de Sudáfrica.