Nel campionato 2006-07 un'Inter profondamente rinnovata bissò il trionfo sul campo, aggiudicandosi il tricolore con 5 giornate di anticipo e 97 punti in classifica. I nerazzurri precedettero di 22 lunghezze la Roma, che fu la principale antagonista anche nel torneo successivo: a rappresentare un importante viatico fu lo scontro diretto del 27 febbraio 2008, in cui proprio il capitano realizzò il definitivo 1-1. Nonostante la vittoria del terzo titolo consecutivo, giunto all'ultima giornata ancora davanti ai capitolini, Mancini non venne confermato in panchina: a pesare sull'esperienza del tecnico jesino furono infatti i modesti risultati europei, culminati nell'annuncio di un possibile addio dopo la sconfitta in Champions League col Liverpool nel marzo 2008.