Со 2 сентября по 5 ноября 1920 года Я. Ф. Балахонов — командир 5-й Кубанской кавалерийской дивизии (военком — В. Л. Винников-Бессмертный). Командуя дивизией, Балахонов участвовал: в боях под Екатеринодаром с белогвардейцами генерала П. П. Фостикова (сентябрь 1920 года), в рейде по тылам войск Врангеля в ходе Северно-Таврийской операции, затем в освобождении Бердянска, Геническа, Мелитополя (октябрь 1920 года), в Перекопско-Чонгарской операции, в ходе которой освобождал Керчь и Феодосию (ноябрь 1920 года). За рейд в ходе Северо-Таврийской операции дивизия была награждена Почётным революционным знаменем (1921), Я. Ф. Балахонов — вторым орденом Красного Знамени (1921); за освобождение Мелитополя Балахонов был награждён Почётным революционным оружием (1921).