Frühestens am 1. Oktober 1938 entstand die so bezeichnete „Zweite Republik“. Die ersten deutschen Truppen der Wehrmacht begannen mit dem Einmarsch ins Sudetenland. Dabei begann man auch die tschechische und jüdische Bevölkerung aus den Grenzregionen zu vertreiben. Ein Teil der Bevölkerung (Regierungsbeamte, Bauern, Soldaten) floh wegen des Verlustes des Arbeitsplatzes aus dem Sudetenland. Viele Flüchtlinge wurden auf der Flucht von sudetendeutschen "Freikorps" angehalten und mussten ihren Besitz abgeben. Gleichzeitig begann am 1. Oktober der heimliche Abtransport der sterblichen Überreste von Karel Hynek Mácha von Litoměřice nach Prag. Am 2. Oktober 1938 stellte der ungarische Botschafter die Frage, wann die Tschechoslowakei für Verhandlungen um die ungarisch besiedelten Gebiete bereit wäre. Einen Tag später wurde das Sudetenland offiziell an das Deutsche Reich angeschlossen und Hitler reiste ins Sudetenland. Er und sein Führungsstab wurden von begeisterten sudetendeutschen Menschenmassen begrüßt. Am 5. Oktober dankte Präsident Edvard Beneš ab und überließ die Regierungsgeschäfte General Jan Syrový. Am selben Tag überquerten ungarische Grenzschutzeinheiten die südliche slowakische Grenze und provozierten so ein Ausrücken der tschechoslowakischen Streitkräfte.