L'assassinat du président Kennedy ralentit les opérations pour trois jours, mais fin novembre, le programme révisé était toujours d'actualité. Le , un test des réservoirs cryogéniques se déroula sans problème majeur jusqu'au soir, lorsque l'hydrogène liquide commença à remplir le réservoir de l'étage . Les trois phases habituelles de remplissage se déroulaient bien, mais Albert Zeiler, arrivant au pas de tir pour observer la fin de la procédure, entendit une explosion, sans pouvoir immédiatement avertir Andrew Pickett, chef de la Division Mécanique et Propulsion. Des techniciens virent des flammes depuis des points d'observation et des postes de télévision, mais le remplissage du réservoir fut tout-de-même achevé. Une inspection menée ultérieurement révéla que de l'eau avait pénétré par l'un des évents du circuit d'hydrogène et qu'elle l'avait fissuré en gelant dans les conduits, ce qui avait laisser fuir de l'hydrogène liquide à l'intérieur de la structure de la fusée et causé l'explosion pendant le remplissage. Le départ d'incendie fut rapidement « soufflé » par une injection d'hélium à haute pression dans le circuit défaillant. Cet incident poussa de nouveau Robert Moser à décaler une partie des opérations de lancement pour plus d'une semaine, avec des tests cryogéniques devant être reproduits le et un potentiel autre report d'une semaine des opérations de lancement...