Aucune épreuve de grand-prix pour Vanessa lors de cette nouvelle saison. Elle choisit de patiner sur la musique du film "Légendes d'automne" de James Horner. Elle se présente en décembre aux championnats de France à Courchevel, et malgré des ennuis de santé, elle conquiert son premier titre de championne de France. Parallèlement, elle décide de quitter son entraîneur de toujours, Didier Lucine, et sa ville d'Annecy, pour partir s'entraîner à Paris avec le russe Stanislas Leonovitch qui s'occupe déjà du couple artistique français Sarah Abitbol et Stéphane Bernadis. Ce départ doit lui permettre de préparer les jeux olympiques de Salt Lake City qui doivent avoir lieu dans deux saisons. En , Vanessa se présente confiante aux championnats d'Europe à Vienne. Elle va y obtenir son meilleur résultat européen en se classant . Lors des championnats du monde de mars 2000 organisée en France à Nice, elle manque de peu de retrouver sa médaille de bronze mondiale et termine à la . Vanessa ne monte pas sur les podiums des grands championnats mais conserve son meilleur niveau mondial.