Statní převrat v roce 1948 se sebou přinesl i změnu v realizaci vědecké praxe. V souladu s tím museli i pracovníci Národopisného ústavu studovat sovětskou literaturu a pravidelně o tom informovat Správní výbor prostřednictvím pracovních výkazů. Na začátku 50. let 20. století musela SAVU častěji čelit novým politickým a společenským podmínkám, které se sebou přinesla změna politické situace. I přesto, že se s těmito změnami potkaly některé pracoviště později, Národopisný ústav se s důsledky nové politické situace musel vyrovnávat už v roce 1948. V této době začaly porady se zástupci Matice slovenské. Tyto porady se dotýkaly přeměn v organizaci vědecké činnosti na Slovensku a měly částečně ideologický motiv, který souvisel s politickými změnami. Zástupci Matice slovenské dospěli k závěru, že by měl být ústav přemístěn do Martina a změnit jméno na Národopisný ústav Matice slovenské. Akademie věd však tyto závěry odmítla a Národopisný ústav zůstal v" "Bratislavě pod záštitou SAVU.