1900年为迎接巴黎世博会，巴黎里昂車站又进行了一次重建，工程由图卢兹工程师负责，新车站的轨道新增到13条，并且车站门面上建成了一个64米高的钟塔，同时车站也建成了地下通道通往新落成的巴黎地铁。