Al declararse la Independencia del Perú en 1821, el virrey José de La Serna huyó de Lima llevándose parte de la maquinaria de la Casa de Moneda. El Libertador José de San Martín incorpora la ceca al gobierno independiente nombrando como primer "Director General" al italiano don José de Boqui y Giboli, un agente y espía al servicio de la causa patriota. Las guerras de independencia causan serios daños a la Casa de Moneda en dos ocasiones cuando en 1823 y 1824 las tropas realistas llegadas de los Andes retoman Lima y despojan a la ceca de sus herramientas transportables. En 1825 la ceca limeña pudo reanudar sus actividades normales de acuñación.