W latach 60. XIX wieku do Tokio przybyli pierwsi misjonarze katoliccy z Francji, ale oficjalną działalność misyjną mogli prowadzić dopiero od maja 1873, kiedy władze japońskie zalegalizowały chrześcijaństwo. Dzięki ofiarności wiernych, misjonarze zakupili parcelę w pobliżu miejsca egzekucji beatyfikowanych męczenników w dzielnicy Asakusa. Wznieśli tam szkołę języków obcych Maikai Gakkō wraz z kaplicą pw. św. Pawła. Rosnąca liczba konwertytów spowodowała konieczność budowy nowego kościoła w pobliżu, który konsekrowano 25 grudnia 1877. Ten kościół spłonął i został odbudowany w 1899. Trzęsienie ziemi w Kantō (1923) spowodowało zawalenie tego kościoła, który jednak został szybko odbudowany w 1925. Z powodu złego stanu technicznego konieczna była budowa nowego, obecnego budynku kościoła, który konsekrowano w grudniu 1987. Wewnątrz znajduje się witraż z 1929 przedstawiający narodzenie, śmierć i zmartwychwstanie Chrystusa.