Sau đảo chính 1963, cả Việt Quốc và Đại Việt bắt đầu phục hồi lại. Đặc biệt, trong giai đoạn 1964–1965, liên minh 2 đảng tham gia trong chính quyền Việt Nam Cộng hòa với Phó thủ tướng Nguyễn Tôn Hoàn và Thủ tướng Phan Huy Quát. Vũ Hồng Khanh sau khi được thả cố khôi phục lại địa vị lãnh đạo nhưng Đảng bị phân hóa, chia thành 3 nhóm chính: