15 lipca wkroczył zwycięsko do Krakowa (wchodząc do miasta skoczył z brawurą na koniu na blokujący ulicę i most szwadron huzarów rosyjskich), gdzie celebrowany jako bohater przez mieszkańców dawnej królewskiej stolicy pozostał do końca roku, nadzorując tymczasowy rząd galicyjski funkcjonujący na wyzwolonych ziemiach. Był to kulminacyjny punkt kariery księcia, który też czuł, że jego obecność była najlepszą gwarancją, że Kraków, którego Austriacy nie przestawali się domagać, pozostanie w polskich rękach. Podpisał ustawę autorstwa Kołłątaja dotyczącą reformy Uniwersytetu Jagiellońskiego i systemu szkolnictwa, ale pomny jego roli w radykalnych ekscesach insurekcji, na osobiste spotkanie się nie zgodził. Wojna austriacko-polska uwieńczona została traktatem pokojowym z 14 października, powiększającym obszar Księstwa Warszawskiego o tereny Nowej Galicji i cyrkułu zamojskiego. Dzięki sukcesom w samodzielnym prowadzeniu działań wojennych Poniatowski zdobył bezwzględne zaufanie i szacunek Napoleona i Francuzów, a jego imię odbiło się echem w Europie. W Polsce miał, mimo zarzucanych mu – często niesłusznie – błędów i niedociągnięć w dziedzinie administracyjnej, ogromny autorytet; szczególnie uwielbiany był przez wojsko, gdyż potrafił dbać o warunki bytowe żołnierzy, jak też nawiązywać doskonały kontakt z szeregowymi.