Во время Палермской революции был избран в парламент, где занял должность вице-президента. Участвовал в разработке новой сицилийской конституции, был послан революционным правительством в качестве посла вместе с патриотами Джузеппе Ла Фарина и Франческо Феррара в Турин, чтобы предложить корону Сицилии герцогу Генуи. Когда в 1849 году войска Бурбонов вновь оккупировали Палермо и восстановили монархию, Эмерико Амари бежал сначала на Мальту, а затем в Геную (Сардинское королевство), где прожил 12 лет.