Podczas konfliktu zbrojnego z Hiszpanią w 1866 Ernest Malinowski został powołany na stanowisko głównego inżyniera w porcie Callao koło Limy, gdzie wraz z Felipe Arancibą i José Cornelio Bordą przygotował projekt ufortyfikowania portu. Wziął udział w obronie portu, walcząc na wałach fortu Santa Rosa. W obronie portu zastosował wiele nowatorskich rozwiązań inżynieryjnych. M. in. wielkokalibrowe działa, pochodzące z demobilu po amerykańskiej wojnie secesyjnej kazał wyposażyć w pancerze i umieścić na platformach kolejowych, by mogły łatwo zmieniać położenie. Zwiększało to znacząco mobilność artylerii oraz sprawiało na przeciwniku wrażenie, że obrona dysponuje większą liczbą dział niż w rzeczywistości. W uznaniu zasług otrzymał dyplom, medal oraz honorowe obywatelstwo Peru.