Upadek Imperium Rosyjskiego i przewrót bolszewicki w 1917, a następnie rosyjska wojna domowa całkowicie zmieniły sytuację wspólnoty parafialnej skupionej wokół jekaterynburskiej cerkwi Przemienienia Pańskiego. Władze bolszewickie rozpoczęły prześladowanie prawosławia, co dotknęło także miejscowe duchowieństwo. Cerkiew dotknęły m.in. akcje otwierania relikwii i konfiskaty majątku. W 1926 władze miejskie przekazały budynek cerkwi odłamowi grigoriewców, którzy użytkować go mieli aż do zamknięcia świątyni. Prześladowania dotknęły także duchowieństwo, w 1937 aresztowano byłego kapłana parafii, Iasona Frołowa (ur. 1873, święcenia w 1898), który został następnie skazany na dziesięć lat w łagrach. 25 marca 1930 zburzono część kopuły cerkwi, a wkrótce rozebrano także jej dzwonnicę. W 1937 cerkiew ogołocono z resztek dekoracji i sprzętów liturgicznych, a następnie zamknięto.