Depois de atuar em quase toda a campanha das eliminatórias para a Copa do Mundo 2006, Malouda foi convocado em maio. O meia continuou a jogar com regularidade no torneio, onde a França acabou chegando na final, mas foi derrotada nos pênaltis pela Itália. Ele sofreu um pênalti no jogo, que foi convertido pelo capitão Zinédine Zidane.