גייגר חזר לארצות הברית במאי 1943, ובנובמבר של אותה שנה מונה למפקד קורפוס הנחתים ה-1. הוא הוביל את הקורפוס במהלך המערכה בבוגנוויל, עד 15 בדצמבר עת הוחלף בזירה בידי הקורפוס ה-14. על חלקו בקרב קיבל את מדליית השירות המצוין. באפריל 1944 הוא קיבל פיקוד על קורפוס הנחתים ה-3, והוביל עמו את כיבושה מחדש של גואם מידי היפנים בין יולי לאוגוסט ואת שחרור פלאו בין ספטמבר לאוקטובר 1944. על פעולותיו אלו הוספו שני כוכבי זהב למדליית השירות המצוין שלו. הקורפוס שלו נכלל בהמשך כחלק מהארמייה העשירית בפיקודו של סיימון בוליבר באקנר הבן. באפריל 1945 לחמה הארמייה בקרב אוקינאווה. קרב זה היה הגדול ביותר, הממושך ביותר, והעקוב מדם בכל ההיסטוריה הצבאית האמריקנית. ב-18 ביוני נהרג באקנר מפגיעת פגז, וגייגר תפס את הפיקוד על הארמייה. גייגר פיקד על הארמייה בימים האחרונים של הקרב, וב-23 ביוני העביר את הפיקוד לג'וזף סטילוול. גייגר היה הגנרל האמריקאי היחיד מחיל הנחתים, שאי פעם פיקד על ארמייה. ביולי 1945 הוא הועלה לדרגת לוטננט גנרל (שלושה כוכבים), ומונה למפקד כוחות הנחתים בזירה הפסיפית. הוא ייצג את חיל הנחתים בטקס כניעת האימפריה היפנית על סיפון אוניית המלחמה USS מיזורי ב-2 בספטמבר של אותה שנה.