1826. július 4-én érte a halál, a függetlenségi nyilatkozat kiadásának ötvenedik évfordulóján, ugyanazon a napon, amikor John Adams is meghalt. A monticellói birtokán temették el egy koporsóban. Ő volt az első elnök, akit nem kriptában helyeztek nyugalomra, mint George Washingtont és Adamset. A sírfeliratot saját maga írta.