Завдяки досягненням у Південній Америці Маркарян підписав контракт з грецькою командою «Іракліс», яку він тренував у сезоні 1998/99, посівши п'яте місце в Суперлізі, кваліфікувавшись до ігор Кубка УЄФА, але у другому за престижністю європейському турнірі не попрацював, оскільки прийняв пропозицію очолити збірну Парагваю. Маркарян керував збірною на Кубку Америки 2001 року, де його гравці зайняли останнє місце в групі. Втім збірній вдалося кваліфікуватись на чемпіонат світу 2002 року у Кореї і Японії, але незабаром після того, як цей успіх був досягнутий, Маркарян був звільнений з посади через незадовільні результати в останніх двох відбіркових матчах (поразки 1:3 від Венесуели і 0:4 від Колумбії). Його замінив італійський фахівець Чезаре Мальдіні, який і повіз Парагвай на чемпіонаті світу, досягнувши 1/8 фіналу. Протягом терміну повноважень Маркаряна парагвайська команда регулярно перебувала у першій десятці рейтингу ФІФА, а найвищим результатом була восьма позиція.