Bourbaki blev officer vid infanteriet 1836, brigadgeneral 1854, divisionsgeneral 1857 och tog avsked 1881. Han deltog med utmärkelse i 1854 och 1859 års fälttåg och fick vid krigsutbrottet 1870 befälet över gardeskåren, med vilken han i augusti 1870 inneslöts i Metz. Under belägringen lyckades Bourbaki lämna fästningen och sändes i särskilt medlingsuppdrag till kejsarinnan Eugénie, som dock misslyckades. I december samma år fick han befälet över 1:a Loirearmén med uppdrag att undsätta Belfort. Genom nederlaget vid Lisaine 15–17 januari hindrades dock detta, och Bourbaki försökte i förtvivlan begå självmord. Efter fredsslutet blev han chef för 6:e och senare för 14:e armékåren.