Desde 1795 hasta 1822 la ciudad cambió de mando varias veces. Fue cedida a Francia en 1795, ocupada por rebeldes haitianos en 1801, recuperada por Francia en 1802, y nuevamente recuperada por España en 1809. En 1821 Santo Domingo se convirtió en la capital del Estado Independiente del Haití Español. Dos meses más tarde el nuevo Estado fue ocupado por Haití. La ciudad y la colonia perdió gran parte de la población española como consecuencia de estos acontecimientos.