La Juve l'échange alors à l'AS Bari contre Gianluca Zambrotta, ce qui lui permet de faire ses preuves en Serie A. En 2001, Perrotta est recruté par un club nouvellement promu en série A : le Chievo Vérone. Entre 2001 et 2004, il prend son véritable essor dans le club véronais en jouant une centaine de matches et en marquant sept buts. Il est notamment l'un des acteurs majeurs du très bon classement du Chievo qui atteint la lors de la saison 2001-2002.