У Великій Вітчизняній війні з 22 червня 1941 року на посаді командира ескадрильї 126-го винищувального авіаційного полку, в серпні 1941 року (за іншими даними, 4 жовтня 1941 року) призначений командиром цього полку. Першу перемогу здобув в районі Орші 29 червня 1941 року. Брав участь у Білостоцько-Мінській битві, в Смоленській битві, в обороні Москви і в обороні Сталінграда. Полк під його командуванням став одним з кращих полків в РККА, його льотчики збили 75 німецьких літаків. Полк воював у складі 9-ї змішаної авіаційної дивізії ВПС Західного фронту, з жовтня 1941 — 6-го винищувального авіаційного корпусу ППО Московської зони ППО, з серпня 1942 — 268-ї винищувальної авіаційної дивізії 8-ї повітряної армії Сталінградського фронту. Сам командир полку В. М. Найденко виконав 186 бойових вильотів, брав участь у 120 повітряних боях, збив 5 німецьких літаків особисто і 13 в групі. Воював на винищувачах І-16, Міг-1, Міг-3, Р-40 «Томагаук» (з жовтня 1941 року).