Im Frühling 1848 ließ er sich mit Ausbruch des Schleswig-Holsteinischen Kriegs bleibend in Kopenhagen nieder, erhielt hier eine Anstellung als Organist nebst dem Titel eines Professors und übernahm zugleich – bis zu seinem Tod 40 Jahre später – die Leitung des Kopenhagener Musikvereins, der in den Wintermonaten regelmäßig Konzerte veranstaltete. 1861 wurde er zum Hofkapellmeister ernannt. 1867 begründete er gemeinsam mit seinem Schwiegervater, dem Komponisten Johann Peter Emilius Hartmann, das Kopenhagener Konservatorium (Det Kongelige Danske Musikkonservatorium).