Στα αμέσως επόμενα χρόνια, 1797-1781, έγινε η εκστρατεία του Ναπολέοντα Βοναπάρτη στην Αίγυπτο. Η αναγνώριση της Ρωσίας ως προστάτριας των χριστιανών και η εισβολή του Ναπολέοντα στην Παλαιστίνη εξόργισαν τους μουσουλμάνους και επιδείνωσαν απότοματην θέση των Παλαιστινίων Χριστιανών. Ξέσπασαν επιδρομές εναντίον των χριστιανών σε διάφορες πόλεις και κυρίως στη Ρέμλη με σφαγές, λητείες και αιχμαλωσίες χριστιανών. Οι Οθωμανικές αρχές της Ιερουσαλήμ συγκέντρωσαν στον Ναό της Αναστάσεως μια ομάδα επισκόπων όλων των χριστιανικών ομολογιών, συμπεριλαμβανομένων 30 Ορθόδοξων, με επικεφαλής τον Πατριαρχικό επίτροπο, Μητροπολίτη Αρσένιο. Οι όμηροι πέρασαν εκεί 108 ημέρες περιμένοντας να εκτελεστούν, έως ότου απελευθερώθηκαν με εντολή του σουλτάνου. Το 1799, ο Ναπολέων κατέλαβε τις πόλεις της Παλαιστίνης, Γάζα, Ιόππη και Ρέμλη, χωρίς να προχωρήσει μέχρι τα Ιεροσόλυμα. Οι Τούρκοι έκλεισαν ξανά χίλιους χριστιανούς στο ναό (αρκετές εκατοντάδες από κάθε ομολογία) και τους απελευθέρωσαν μόνο αφού οι Γάλλοι υποχώρησαν.