Während des Griechischen Bürgerkrieges von März 1946 bis September 1949 befehligte Pattakos griechische Armeeeinheiten gegen die kommunistische Demokratische Armee Griechenlands (DSE). Nach dem Bürgerkrieg wurde er zunächst zum Oberst, im Januar 1963 zum Brigadegeneral befördert. In dieser Eigenschaft kommandierte er die gepanzerte Division in Attika, welche in Goudi stationiert war. Im März 1967 geriet Pattakos wegen des laufenden Prozesses gegen die Offiziere der sogenannten "Aspida-Verschwörung" in die Schlagzeilen. Er ließ am 22. März den Angeklagten Papageorgopoulos entgegen seinen Vollmachten für fünf Stunden festsetzen.