Был назначен особоуполномоченным ВЦИК по формированию частей Красной армии в Сибири. В мае — июне 1918 года председатель, в июле военный комиссар Военно-оперативного штаба Западной Сибири, один из руководителей обороны Омска и Тюмени от белочехов. В октябре — декабре 1918 г. член РВС Южного фронта, одновременно член РВС 10-й армии. Вступил в конфликт с И. В. Сталиным и К. Е. Ворошиловым по поводу их деятельности в Царицыне, называя её партизанщиной. В результате был отозван в Москву. В январе — июле 1919 года член РВСР и в январе — мае член Революционного военного трибунала Республики, в мае — июне член РВС Западного фронта, в июне — августе Южного фронта и чрезвычайный уполномоченный Совета рабоче-крестьянской обороны по инспектированию воинских частей на Украине. Делегат VIII-го съезда РКП(б), выступил на нём с критикой «военной оппозиции». В сентябре 1919 — феврале 1920 года начальник 43-й стрелковой дивизии Южного фронта. В мае — октябре 1920 военный комиссар Восточно-Сибирского военного округа, затем командующий войсками этого округа. Член ВЦИК 3-го и 4-го созыва.