Mit Beginn des Sezessionskrieges brachte Perry Oliver den 12-jährigen wieder zurück nach Georgia. Im Oktober 1862 wurde er wieder zurück zu Colonel Bethune gebracht, der dort nach Erzählungen eines Sohnes des Colonels, der für die Konföderation kämpfte, das Stück "Battle of Manassas" komponierte. Gegen Ende des Sezessionskrieges, als General Bethune erkannte, dass die Südstaaten den Krieg verlieren würden, schloss er einen Vertrag mit Wiggins Eltern ab. Tom Wiggins sollte von Bethune gemanagt werden, freie Kost und Logis sowie eine musikalische Ausbildung erhalten, und einen Lohn von 20 US-Dollar im Monat. Wiggins Eltern sollten laut Vertrag 500 US-Dollar im Jahr sowie ebenfalls freie Kost und Logis erhalten. 1866, nach einem vierwöchigen Aufenthalt in New York City, wo Wiggins in der "Irving Hall" Konzerte gab, wurde Wiggins auf eine Europa-Tournee geschickt, wo er unter anderem vor Ignaz Moscheles und Charles Halle spielte, die ihm begeisterte Empfehlungen ausstellten und von einem „musikalischen Wunder“ sprachen. 1868 tourte Wiggins durch Nordamerika und Kanada. 1870 verdienten die Bethunes als Wiggins Manager bereits 50 000 US-Dollar pro Jahr mit Wiggins' Konzertauftritten. Am 25. Juli 1870 ernannte sich General Bethune selbst zu Wiggins Vormund und hob damit den mit Wiggins Eltern geschlossenen Vertrag auf. Wiggins lebte jetzt mit General Bethune in einer Pension in New York City und verbrachte die Sommer auf der Farm der Bethunes in Virginia. Bethune starb am 16. Februar 1884, als er versuchte, auf einen bereits anfahrenden Zug aufzuspringen und dabei unter die Räder geriet.