W reprezentacji Serbii i Czarnogóry Siniša Mihajlović zagrał 63 razy i zdobył 10 bramek. 62 z tych występów zaliczył w barwach drużyny o nazwie Jugosławia, z którą wystąpił na Mistrzostwach Świata 1998 oraz Mistrzostwach Europy 2000.