La création de la Coupe UNCAF des nations, en 1991, permet au Nicaragua de disputer quelques matchs de compétition officielle face à ses voisins d'Amérique centrale. Ce n'est qu'en 2003 qu'il y obtient sa première victoire, le , face au Panama (1-0, but d'Emilio Palacios). Quatre ans plus tard, il atteint pour la première fois le barrage pour la de la Coupe UNCAF des nations 2007, qualificatif à la Gold Cup 2007, mais est balayé par le Honduras qui s'impose dans les grandes largeurs (9-1).