Howard fu un fedele e determinato alleato degli USA, appoggiando il progetto di lotta al terrorismo del presidente Bush e inviando truppe australiane sia in Afghanistan sia in Iraq, nonostante il diffuso dissenso dell'opinione pubblica. Nell'ottobre 2004, Howard riuscì nuovamente a vincere le elezioni, grazie principalmente alle divisioni dell'opposizione che non riuscì ad arrivare ad un accordo fra il Partito Laburista, i Verdi e la formazione pro-aborigeni Australia Unita. Howard recuperò buona parte del suo elettorato, giocando sulla lotta alla crescente immigrazione clandestina e sul pericolo del terrorismo che in un attentato a Bali nel 2002 aveva provocato la morte di 88 turisti australiani.