Bestandsverluste entstanden aufgrund des Großen Brandes von 1842. Während des Zweiten Weltkrieges und der Sturmflut von 1962 kam es zu Verlusten im Registraturgut der Ämter, das Archiv an sich blieb aber unversehrt. Planmäßige Aktenvernichtung der NS-Dienststellen vor der Kapitulation hat zudem Überlieferungslücken entstehen lassen.