Следеће године Лемер постаје асистент француском селектору Еме Жакеу а Триколори те године освајају Светско првенство на домаћем терену. Након Жакеове оставке по завршетку турнира, Лемер преузима кормило репрезентације са којом наставља одличан низ, додавши светском и европску титулу на ЕУРО 2000.