Rakennuksen suunnittelijaksi valittiin alun perin Carl Ludvig Engel vuonna 1829, sillä hän oli suunnitellut kliinisen opetussairaalan myös Turkuun vuonna 1824. Rakennusta ei kuitenkaan koskaan otettu käyttöön ennen Turun paloa 1827. Engelin suunnitelmat Helsingin opetussairaalasta valmistuivat tammikuussa 1829, mutta keisari Nikolai I ei hyväksynyt niitä. Siten suunnittelijaksi määriytyi venäläinen sairaaloihin erikoistunut Aleksandr Staubert, ja rakennustyöt aloitettiin vuonna 1830. Rakennukset sijoitettiin Engelin suunnitelmien mukaisesti, ja ne valmistuivat osissa vuoden 1833 aikana.