Sau cuộc đảo chính Mali năm 2020, vào ngày 21 tháng 9 năm 2020, Ndaw được một nhóm 17 đại cử tri bầu làm tổng thống, Assimi Goïta được bổ nhiệm làm phó tổng thống. Chính phủ lâm thời của họ dự kiến sẽ cầm quyền trong khoảng thời gian 18 tháng sau cuộc đảo chính Mali năm 2020. Người phát ngôn của nhà lãnh đạo tôn giáo-chính trị Mahmoud Dicko đã ca ngợi việc ông được đề cử làm Tổng thống. Các nhà lãnh đạo của M5-RFP, hoạt động kể từ cuộc biểu tình ở Mali năm 2020, cũng bày tỏ sự ủng hộ. Ndaw chính thức cầm quyền vào ngày 25 tháng 9.