C 3 января 1944 по 8 июня 1951 года — начальник Управления конвойных войск НКВД (с 1946 — МВД) СССР. В начале 1944 года участвовал в операциях по выселению карачаевцев, калмыков, чеченцев и ингушей. 8 марта 1944 года за участие в этих операциях награждён орденом Красной Звезды (награждение отменено Указом Президиума ВС СССР от 4 апреля 1962). За участие в операции по выселению из Крыма крымских татар, болгар, греков, армян награждён орденом Отечественной войны 1-й степени (награждение отменено Указом Президиума ВС от 3 февраля 1964). С 8 июня 1951 по 3 мая 1955 года — начальник управления охраны — заместитель начальника ГУЛАГ МВД СССР. В январе — феврале 1954 года В. М. Бочков был допрошен на основании показаний Влодзимирского и других о его участии в бессудных расстрелах. 25 января 1954 года Прокурор Р. А. Руденко направил Г. М. Маленкову письмо, в нём сказано: «сам факт подписания т. Бочковым задним числом сфальсифицированных заключений о расстреле 25 арестованных является должностным преступлением. По действующему законодательству т. Бочков в настоящее время не может быть привлечён к уголовной ответственности и предан суду ввиду истечения 10-летней давности с момента совершения преступления». В. М. Бочков не только не был осуждён, но и сохранил свою должность зам. начальника ГУЛАГа на протяжении ещё более года. В мае — июне 1954 года сначала руководит, а после приезда Долгих участвует в комиссии, занятой переговорами и позднее организацией подавления Кенгирского восстания.