SNCC perustettiin vuoden 1960 alussa Raleighissa Pohjois-Carolinassa. Järjestön alkuperäisenä tarkoituksena oli tuoda yhteen mustien kansalaisoikeuksia väkivallattomin keinoin ajaneet mustat ja valkoiset. Rotuerottelun vastustamiseen tarkoitetut mustilta kiellettyjen julkisten tilojen kuten ravintoloiden valtaukset olivat tuolloin etenemässä monissa Etelävaltioiden kaupungeissa. Nämä rauhanomaiset protestit toivat SNCC:lle alkuvaiheessa paljon julkisuutta. Se tuki myös vuoden 1961 vapausmatkustus ("freedom ride") -liikettä, vuoden 1963 marssia Washingtoniin ja vuoden 1964 kansalaisoikeuslakia. Se antoi vuonna 1966 tukensa myös Vietnamin sodan vastaiselle liikkeelle.