Наваро је био члан јуниорске репрезентације Шпаније са којом је освојио 1998. и 1999. европско и светско првенство, то је била златна генерација у којој су још играли Пау Гасол и Раул Лопез. Његово прво такмиченје у сениорском тиму биле су Олимпијске игре 2000. у Сиднеју. Од тада је редован члан репрезентације са којом је освојио злато на Светском првенству 2006 у Јапану и два Еуробаскета 2009. и 2011. Има сребро са европског првенства 2003. и 2007. и са Олимпијских игара 2004 у Атини. Бронзу је освојио 2001 На Европском првенству у Турској.