1945'in başlarında "Saratoga", gece avcı uçağı taşımak suretiyle Iwo Jima Muharebesi'ne katıldı. Savaşa birkaç gün kala kamikaze saldırılarından çok zarar gördü ve onarım için ABD'ye geri dönmek zorunda kaldı. Tamirdeyken, artık gitgide eskiyen gemi hangar güvertesinin bir kısmının sınıflara dönüştürülmesiyle kalıcı olarak bir eğitim gemisi olarak değiştirildi. "Saratoga", hizmetinin geri kalanında bu vazifeyi üstlendi ve daha sonra Japonların Ağustos ayında teslim olmasından sonra bölgedeki ABD birliklerini ABD'ye geri götürmek için kullanıldı. 1946 ortalarında gemi Crossroads Harekâtı sırasında nükleer silah testleri için bir hedef oldu. İlk testten çok az hasarla kurtuldu, ancak ikinci testle battı.