После смерти Владислава (Уласло) II стал регентом при малолетнем короле Людовике (Лайоше) II. Пытался добиться своего назначения палатином, но вместо него был назначен Иштван (Стефан) IV Баторий, отец Стефана, будущего короля Польши. Клановое соперничество между Запольяи и Батори во многом помогло туркам взять крепость Белград в 1521 году.