אחרי 1598 הייתה העיירה שייכת למשפחת רדזיוויל, ומ-1828 עד מלחמת העולם הראשונה למשפחת האצולה פמרנקי. בתקופת השלטון הרוסי בליטא, השתייכה אלונטה למחוז וילקומיר. עם עצמאותה של ליטא סופחה העיירה למחוז אוטנה, וחיו בה כ-460 איש. בשל מיקומה על צומת של שתי דרכים חשובות סבלה אלנטה רבות בעתות מלחמה שעברו על ליטא, פלישתו של נפוליאון לאימפריה הרוסית, מלחמת העולם הראשונה ומלחמת העולם השנייה.