В 1651 году Ян Потоцкий участвовал в битве с восставшими казаками под Берестечком, на Волыни. С января 1652 года до конца жизни командовал коронной хоругвью, во главе которой осенью 1653 года участвовал в боях под Жванцем, находясь в полку под командованием Станислава «Реверы» Потоцкого. 24 ноября 1654 года в лагере под Жванцем получил во владение от польского короля Яна II Казимира Вазы королевские имения Братковцы, Гриновцы, Королевское Поле, Назавизов в Тлумацком старостве. Ему принадлежали также имения Гадинковцы м Оришковцы в Теребовольском старостве.