В сезоне 2006/07 года Ангерер достиг пика своей карьеры. Он выиграл впервые организованную престижную многодневку Тур де Ски и во второй раз в карьере завоевал Кубок мира. На чемпионате мира в Саппоро он получил две индивидуальные медали: серебро в скиатлоне и бронзу в разделке на 15 км свободным стилем.