Ông sinh ra ở Nicaea rồi được phong làm đồng hoàng đế vào năm 1261, sau khi phụ hoàng Mikhael VIII tái chiếm Constantinopolis từ Đế quốc Latin, nhưng ông chỉ lên ngôi vào năm 1272. Sau là hoàng đế duy nhất từ năm 1282, Andronikos II ngay lập tức đã bác bỏ sự hợp nhất giữa Giáo hội đầy tai tiếng của cha mình với Giáo hoàng (mà ông buộc lòng phải ủng hộ trong khi phụ hoàng còn sống), nhưng đã không thể giải quyết cuộc ly giáo liên quan trong giới tu sĩ Chính Thống giáo cho đến năm 1310. Andronikos II còn phải đối mặt với những khó khăn kinh tế và dưới thời ông trị vì giá trị của đồng "hyperpyron" mất giá chóng mặt trong khi quốc khố chỉ còn chưa đầy một phần bảy doanh thu (trên danh nghĩa đồng tiền) mà nó đã làm trước đó. Để tìm cách tăng doanh thu và giảm thiểu chi tiêu, Andronikos II đã cho tăng thuế và miễn giảm thuế má, rồi kế đến cho tháo dỡ hạm đội Đông La Mã gồm 80 chiến thuyền vào năm 1285, do đó làm cho đế quốc ngày càng phụ thuộc vào các nước cộng hòa đối địch là Venezia và Genova. Đến năm 1291, ông thuê thêm 50-60 chiến thuyền Genova. Sau đó vào năm 1320, ông đã cố gắng để khôi phục lại lực lượng hải quân bằng cách cho đóng 20 tàu galley nhưng không thành công.