In questa delicata congiuntura fu captata, il 26 luglio, la dichiarazione di Potsdam: Yonai fu d'accordo con gli altri membri del Consiglio a non autorizzare alcuna risposta, ma nuovamente Suzuki si dimostrò ondivago e annunciò (pare sotto l'influenza di elementi oltranzisti) il rifiuto delle condizioni poste dagli Alleati, il che spianò la strada all'impiego delle armi atomiche su Hiroshima e Nagasaki. Il Consiglio Supremo tenne più di una seduta a partire dall'alba del 9 agosto, in un'atmosfera cupa e tesa: Yonai confluì nella maggioranza ormai rassegnata a richiedere la resa e affermò che la distruzione delle due città, nonché la concomitante apertura delle ostilità con l'Unione Sovietica, erano "doni divini", scusanti più che valide per giustificare la capitolazione. L'ammiraglio presenziò a tutte le ultime, convulse sedute del Consiglio, durante le quali Hirohito si espresse finalmente in modo chiaro per la resa; sfuggì poi alla morte nel corso di un golpe condotto da alcuni reparti nello stesso palazzo imperiale, motivato dall'estremo rifiuto di capitolare. Il 18 agosto fu costituito un nuovo esecutivo capeggiato dal principe Naruhiko Higashikuni e Yonai fu l'unico del precedente governo a mantenervi le proprie funzioni.