2008 machte sie für "Reporte Indigo" eine umfangreiche Recherche über Korruption, Gewalt und organisierte Kriminalität in der mexikanischen Bundespolizei. Nach der Veröffentlichung lancierten Betroffene eine Medienkampagne gegen Hernández, Quellen wurden festgenommen, und sie erhielt ernstzunehmende Drohungen. 2010 veröffentlichte sie das Sachbuch "Los Señores del Narco" (englisch "Narcoland"), das die Verbindungen zwischen den mexikanischen Drogenkartellen und der Politik und den Sicherheitsorganen thematisiert. Anabel Hernández erhielt Bodyguards, wurde in den folgenden Jahren verfolgt und entkam mehreren Mordversuchen. Aufsehen erregte im Mai 2011 ihre öffentliche Beschuldigung des damaligen mexikanischen Sicherheitsministers Genaro García Luna, den sie der Zusammenarbeit mit El Chapo verdächtigt, ihre Ermordung angeordnet zu haben. 2014 verließ sie erstmals Mexiko und ging in die Vereinigten Staaten. 2016 kehrte sie zurück und veröffentlichte ihr Buch über das Massaker an 43 Studenten in Iguala, "La Verdadera Noche de Iguala" (englisch "A Massacre in Mexico"), in dem sie zu dem Schluss gelangt, die Beteiligung staatlicher Behörden und behördlich gedeckter krimineller Akteure an dem Geschehen sei weitaus umfangreicher als in den offiziellen Untersuchungen festgestellt wurde. Bei der Buchvorstellung in Mexiko-Stadt kam es zu Ausschreitungen.