Na seleção principal, o goleiro fez sua estreia em 1995, contra a Suécia, pela Copa do Rei. Participou de 4 Copas: 1998 (titular), 2002 (como reserva de Seigo Narazaki), 2006 (novamente foi o titular) e 2010 (foi novamente o reserva, desta vez de Eiji Kawashima). Disputou, ainda, 3 Copas da Ásia (foi bicampeão em 2000 e 2004) e 3 Copas das Confederações (vice-campeão em 2001). Sua última partida como titular dos "Samurais" foi em 2008, contra o Qatar. Com 116 jogos disputados, Kawaguchi foi, juntamente com Narazaki, o primeiro japonês a disputar 4 Copas na história.