Durch die Koalitionskriege wurden auch die jahrhundertealten, politischen Strukturen nachhaltig verändert. Die Niederlagen Österreichs gegen Napoléon Bonaparte in den Schlachten bei Austerlitz (1805) und Wagram (1809) führten zur Abtretung Tirols an Bayern. Die Schützen des Defereggentals beteiligten sich 1809 an den Kämpfen um die Lienzer Klause und Ainet, im Dezember erfolgte jedoch die endgültige Besetzung Osttirols durch französische Truppen. Zahlreiche Osttiroler, darunter der aus St. Jakob stammende Virgener Kooperator Martin Unterkircher, wurden hingerichtet. Das Defereggental wurde 1810 zu einer Gemeinde (Maierie) zusammengefasst, die 1811 den neu geschaffenen illyrischen Provinzen angeschlossen wurde. Bereits 1813 endete die Herrschaft der Franzosen, und Kaiser Franz I. ordnete die Vereinigung des ehemaligen Salzburger Territoriums mit Tirol an. Dadurch wurde die Teilung Tirols zwischen zwei Ländern endgültig aufgehoben. 1817 folgte die Untergliederung des Defereggentals in Anlehnung an die Vikariatsbereiche in drei Gemeinden, wobei die Großrotte 1818 an die Gemeinde St. Jakob fiel. Diese Bevölkerungszunahme macht einen Neubau der Jakobskirche in den Jahren 1827/30 notwendig.