Nach der Plünderung Roms (1527) wandte er sich nach Genua, wo er unter anderem den Palast des Andrea Doria mit Stuckaturen, Vergoldungen, Wandmalereien etc. schmückte. Von Genua ging Vaga über Pisa (hier von ihm das Fresko Kinderengel im Dom) nach Rom, wo er seine Tätigkeit als Stuckateur und Dekorationsmaler wieder aufnahm und auch Vorlagen zu Tapeten, Thronhimmeln, Stickereien etc. zeichnete. Unter den Werken dieser späteren Zeit ist die Decke der Sala Regia des Vatikans das hervorragendste. Bekannt sind auch seine anmutigen Madonnenbilder.