Abe war an dem Angriff auf Pearl Harbor im Dezember 1941 beteiligt. Hier befehligte er die "8. Kreuzerdivision". Anfang Juni 1942 kommandierte er die japanischen Kreuzer und Schlachtschiffe in der Schlacht um Midway. Oktober 1942 kämpfte seine Flotte, bestehend aus den Schlachtschiffen "Hiei" und "Kirishima", den Kreuzern "Kumano, Suzuya" und "Chikuma" und einigen Zerstörern sieg-, aber auch verlustreich in der Schlacht bei den Santa-Cruz-Inseln. Bei dem Angriff auf Henderson Field im November kam es zu der Schlacht um Guadalcanal, bei dem der gegnerische Kommandant, Konteradmiral Daniel Callaghan, fiel und zwei gegnerische Kreuzer sowie vier Zerstörer versenkt werden konnten. Allerdings wurden auch zwei eigene Zerstörer verloren und das Flaggschiff "Hiei" schwer getroffen. Abe entschloss sich daher zum Abzug seiner Schiffe und der Nichtanlandung der 13.000 japanischen Soldaten, was nicht nur im Bereich der Salomon-Inseln mit kriegsentscheidend war. Abe gab sein Kommando nach dem Misserfolg im Dezember ab und verließ die kaiserliche Marine März 1943.