במשך כ-14 שנים הוא ייצג את אירלנד בנבחרת הנוער ובנבחרת אירלנד, רובן בתפקיד הקפטן. הוא השתתף בכל משחקי נבחרתו במונדיאל 1994, אך במונדיאל 2002 עזב את הנבחרת בעקבות מחלוקת עם המאמן מיק מקארתי, שנגעה לטענתו של קין כי שחקני אירלנד לא מקבלים יחס ראוי.