ביולי 1941, בעת פלישת הגרמנים לברית המועצות, נכבשה לאניבצי ועשרות יהודים נרצחו בידי אוקראינים. באוגוסט רצחו הגרמנים מנהיגים בקהילה היהודית, לפי הכוונתם של אוקראינים מקומיים. במרס 1942 הוקם גטו ובו רוכזו עוד כ-1,500 יהודים מעיירות סמוכות. ב-13 עד 14 באוגוסט 1942 נרצחו כמעט כל יהודי הגטו בירי בבורות ליד העיירה ובסמוך להם.