Daha sonra, Savaş Kaynakları Kurulu başkanı (1939) ve Lend-Lease Programının yöneticisi (1941) olarak Ulusal Savunma Danışma Komisyonu'nda görev yapmak üzere kamu hizmetine döndü. 1943'te Müsteşar olana kadar bu görevi sürdürdü. Dışişleri Bakanı Cordell Hull'ın sağlık durumu kötü olduğu için 1944'te Dumbarton Oaks Konferansı'na başkanlık etti ve Aralık 1944'te Dışişleri Bakanı olarak Hull'un yerini aldı. Stettinius, 1945 Yalta Konferansı'nın ABD delegasyonunun bir üyesiydi.