Podczas I wojny izraelsko-arabskiej w dniu 15 maja 1948 roku doszło tutaj do bitwy o Nirim, w wyniku której Egipcjanie ponieśli ciężkie straty i musieli odstąpić od dalszego oblężenia osady. W wyniku wrogiego ostrzału zniszczone zostały wszystkie domy. Po wojnie, Siły Obronne Izraela ze względów strategicznych podjęły decyzję o przeniesieniu kibucu w nowe miejsce położone w odległości około 10 kilometrów na północny wschód od swojej pierwotnej lokalizacji (powstała tam wioska Nir Jicchak). Współczesna osada Nirim powstała w sąsiedztwie starożytnej synagogi Horvot Maon. Kolejne lata charakteryzowały się dużymi trudnościami gospodarczymi i bezpieczeństwa, dla którego najważniejszym zagrożeniem były ataki Fedainów. W latach 1955-1956 kibuc stał się celem ostrzału egipskiej artylerii ze Strefy Gazy. Wybudowano wówczas schrony dla mieszkańców. Kolejne wojny nie przyniosły spodziewanego pokoju, i wokół kibucu wybudowano ogrodzenie, a okoliczne drogi regularnie patrolowało wojsko. Pomimo to, co jakiś czas dochodziło do incydentów zbrojnych i niektórzy członkowie kibucu zginęli podczas prac polowych. W latach 70. XX wieku kibuc został zasilony imigrantami z Wenezueli, Argentyny i innych krajów Ameryki Łacińskiej. Było to silnym impulsem do rozwoju ekonomicznego. W kolejnych latach powiększono powierzchnię nawadnianych pól i rozbudowano osadę. Wybuch Intifady Al-Aksa w 2000 roku przyniósł początek ostrzału rakietami Kassam. Po ewakuacji osiedli żydowskich ze Strefy Gazy w 2005 roku, część terenów rolniczych przy kibucu Nirim została przejęta na potrzeby budowy dróg patrolowych dla wojska strzegącego granicy. Podczas operacji "Płynny Ołów" w 2008 roku mieszkańcy zostali ewakuowani do kibucu Miszmar ha-Emek.