Nằm trên vành đai núi lửa Thái Bình Dương, Honshu có địa hình nhiều đồi núi. Ngoài ra cũng có một số núi lửa vẫn âm ỉ. Động đất xảy ra thường xuyên trên Honshu. Thiên tai đáng ghi nhớ nhất là trận động đất tháng 09 năm 1923 đã tàn phá gần như toàn phần thành phố Tokyo.