Nawaz Sharif wurde des Verrats beschuldigt und im April 2000 zu lebenslanger Freiheitsstrafe verurteilt. Diese Strafe wurde im Dezember gemildert und Sharif nach Saudi-Arabien verbannt. Musharraf ernannte sich im Juni 2001 zum Präsidenten. Nach den Terroranschlägen am 11. September in den USA durch die islamistische Terrorbewegung Al-Qaida hoben die USA die Sanktionen gegen Pakistan auf und forderten die Regierung zum Kampf gegen Osama bin Laden und das afghanische Taliban-Regime auf. Die Einwilligung Pakistans führte zu Aufständen, die unerbittlich bekämpft wurden, insbesondere entlang der afghanischen Grenze, wo eine große Zahl von Flüchtlingen lebt. Im Januar 2002 kritisierte Musharraf den religiösen Extremismus und seine Auswirkungen auf die pakistanische Gesellschaft; er beschloss, terroristische Gruppierungen nicht länger zu dulden. Ein Plebiszit vom April 2002 bestätigte seine fünfjährige Amtszeit, obwohl der rechtmäßige Ablauf der Wahl angezweifelt wurde. Im August 2002 setzte Musharraf ungefähr 30 Verfassungszusätze durch, die seine Machtstellung stärkten und die Opposition schwächten. Die Wahlen vom Oktober 2002 waren ein Erfolg für Benazir Bhutto; der PMLQ ("Pakistan Muslim League-Qaid"), der Musharraf unterstützte, kam nur an zweiter Stelle, während knapp danach eine islamistische, anti-amerikanische Koalition folgte. Im Dezember wurden mehrere Anschläge auf Musharraf verübt. Die Wirtschaft Pakistans, insbesondere im Bereich der Textilindustrie, leidet weiterhin unter den belasteten internationalen Beziehungen und der andauernden politischen Instabilität.