Mãi đến khi Nhật đảo chính Pháp ngày 9 tháng 3 năm 1945, Đại Việt Phục hưng Hội mới phục hồi hoạt động trở lại. Hội cũng tích cực cổ vũ cho sự ra đời của Đế quốc Việt Nam dưới sự lãnh đạo của Hoàng thân Cường Để và lãnh tụ Ngô Đình Diệm của Đại Việt Phục hưng Hội làm Thủ tướng. Tuy nhiên, người Nhật đã chọn giải pháp tiếp tục duy trì Hoàng đế Bảo Đại, và dưới áp lực của người Nhật, Hoàng đế Bảo Đại đã chỉ định Trần Trọng Kim làm Thủ tướng của Đế quốc Việt Nam. Sự kiện này một lần nữa làm phân hóa trầm trọng sự ủng hộ của Đại Việt Phục hưng Hội đối với Đế quốc Việt Nam.