בין השנים 1972 ל-1983 עבר א-נימירי תהליך התאסלמות שהשפיעה על מדיניותו, ובשנת 1983 הכריז על חוקי ספטמבר, שמשמעם החלת חוקי השריעה במדינה, הכרזה שהובילה באופן ישיר לפרוץ מלחמת האזרחים הסודאנית השנייה. בעת שהותו של נימיירי בארצות הברית למען מתן סיוע כלכלי לסודאן, הדיח הגנרל עבד א-רחמן סוואר א-דהב את נימיירי והכריז על הקמת מועצת מעבר צבאית עד להכרעה בבחירות דמוקרטיות. בשנת 1986 התקיימו בחירות דמוקרטיות בסודאן, ומפלגת האומה ובראשה א-צאדק אל-מהדי עלו לשלטון.