Nach Kriegsausbruch konzentrierte sich Haubrich auf seine Anwaltstätigkeit und zog sich ansonsten ins Privatleben zurück. Der zunehmende Gestapo-Druck vor allem auf seine Frau trieb diese Anfang 1944 in den Suizid. Haubrich heiratete im November 1944 die verwitwete Paula Anna Berta Wegelin, geborene Sieb. Im Januar 1945 wurde er noch zum Landsturm eingezogen, aber aus gesundheitlichen Gründen nicht in Dienst gestellt. Bald darauf erfuhr er, dass sein Sohn Karl-Klaus im Kessel von Königsberg umgekommen war. Als bei den Kämpfen im Hürtgenwald die Burg Untermaubach unter Beschuss der US-Armee geriet, schaffte er in einer nächtlichen Aktion dort gelagerte Stücke des Kölnischen Kunstvereins und eigene Kunstwerke zurück nach Köln, das immer noch Luftangriffen ausgesetzt war.