A fenti előzmények ellenére a polgárháború során meglepően jól teljesítette szolgálatát. Az északi uniós erők oldalán harcolt a déli konföderációs erők ellen. Washingtonba érkezve első megbízatását személyesen Winfield Scott főparancsnoktól kapta. A parancs alapján lovat szerzett és futárszolgálatot látott el. A sürgönyökkel Irvin McDowellnél jelentkezett Centerville-ben. Új szolgálati helye a 2. lovasezred "G" százada lett és így Custer részt vett a Bull Run-i csatában. 1861 végén megbetegedett és csak 1862 februárjában tért vissza a szolgálati kötelékbe.