Wilhelm meninggal karena "pulmonary embolus" di Doorn, Belanda, pada tanggal 4 Juni 1941, pada usia 82 tahun, hanya beberapa minggu sebelum invasi Axis ke Uni Soviet. Tentara Jerman telah menjaga rumahnya. Meskipun permusuhan pribadinya terhadap Wilhelm, Hitler ingin membawa tubuhnya kembali ke Berlin untuk pemakaman kenegaraan, karena Wilhelm adalah simbol Jerman dan orang Jerman selama Perang Dunia sebelumnya. Hitler merasa bahwa pemakaman seperti itu akan menunjukkan kepada Jerman bahwa keturunan langsung dari Reich Ketiga adalah dari Kekaisaran Jerman yang lama.  Namun, keinginan Wilhelm untuk tidak pernah kembali ke Jerman sampai pemulihan monarki dihormati, dan otoritas pendudukan Nazi memberinya pemakaman militer kecil, dengan beberapa ratus orang hadir. Para pelayat termasuk August von Mackensen , berpakaian lengkap dengan seragam "Life Hussars" lamanya, Laksamana Wilhelm Canaris, Jenderal Curt Haase dan "Reichskommissar" untuk Belanda Arthur Seyss-Inquart, bersama dengan beberapa penasihat militer lainnya. Namun, permintaan Wilhelm agar swastika dan regalia Nazi lainnya tidak ditampilkan pada pemakamannya diabaikan, dan mereka ditampilkan dalam foto-foto acara yang diambil oleh fotografer Belanda.