In einem Ukas erinnerte Putin seine Soldaten eindringlich an das international geltende Völkerrecht, wonach die Zivilbevölkerung in den Kampfgebieten stets zu schonen sei. Doch schon bald drangen in den Westen zahlreiche Berichte über ein gegenteiliges Vorgehen einzelner Armee- und Polizeiangehöriger. Die unabhängigen Berichterstatter durften seitdem das Kampfgebiet nur in Begleitung eines Vertreters der russischen Streitkräfte aufsuchen. Westliche Menschenrechtsgruppen sprachen von Vergewaltigungen und sexuellen Missbrauchshandlungen der „Soldateska“. Man gab den russischen Truppen die Mitschuld am Verschwinden von Menschen und willkürlichen Hinrichtungen. In vielen gemeldeten Fällen blieben die Ermittlungen gegen die Verantwortlichen aus. Die wenigen aufgenommenen Ermittlungen wurden nur halbherzig verfolgt oder umgehend eingestellt. Andererseits begingen auch die tschetschenischen Rebellen brutale Grausamkeiten und Terroranschläge. Neben den Sprengstoffanschlägen mit vielen Opfern unter der Zivilbevölkerung sind hier insbesondere die Geiselnahme von Budjonnowsk, die Geiselnahme von Beslan sowie die Geiselnahme im Moskauer Dubrowka-Theater hervorzuheben. Wegen der Opfer in ihrer Armee tendierten im Sommer 2002 61 Prozent der Russen zu Verhandlungen mit den Tschetschenen.