Orașul a fost fondat în 1444 de către sultanul Murat al II-lea cu numele de „Ergene”. Populația orașului a fost formată inițial din locuitori veniți din Malkara sau localitățile rurale din apropiere. În 1873 a fost contruită calea ferată care traversează orașul. Deși orașul purta în continuare numele Ergene, stația de cale ferată a orașului era cunoscută ca „Uzunköprü”. În 1917, orașul a adoptat numele stației de cale ferată care îl deservea și acest nume a rămas neschimbat până în zilele noastre. Pe 14 noiembrie 1918, orașul a fost ocupat de trupele franco-elene, iar în 1920, în timpul războiului greco-turc, orașul a fost anexat de greci, care i-au schimbat numele în Makrifere. După eliberarea orașului pe 22 noiembrie 1922, orașul și-a recăpătat numele turcesc.