В 1862 году Рейнолдс получил звание сначала бригадного генерала, затем генерал-майора. Он командовал дивизией в XIV корпусе Камберлендской армии в битвах при Хуверс-Гэп и Чикамоге. Позже служил начальником штаба Камберлендской армии, а затем помогал защищать Новый Орлеан в 1864 году, будучи командиром дивизии в XIX корпусе армии. Когда война подошла к концу, он был повышен до командующего XIX корпусом, а затем командовал VII корпусом в Арканзасе.