Na de uitschakeling op het WK bleef de Spaanse voetbalbond vertrouwen houden in Muñoz. Al in maart 1986 was het aflopende contract van de 63-jarige bondscoach wederom met twee jaren verlengd. In 1988 nam Spanje onder leiding van Muñoz voor de derde maal op rij deel aan een groot toernooi, het EK voetbal in West-Duitsland. Muñoz had het volledige basiselftal van Real Madrid in zijn selectie opgenomen (behalve Tendillo en de Mexicaan Sánchez) maar Spanje kon niet aan de verwachtingen voldoen. Het openingsduel tegen Denemarken werd gewonnen maar in het tweede groepsduel tegen de Italianen ging het mis. Spanje verloor door de treffer van Vialli met 0-1. Om toch nog de halve finale te kunnen bereiken, moest Spanje in zijn laatste duel winnen van West-Duitsland. De tot dan toe bekritiseerde Völler scoorde echter de enige twee doelpunten van de wedstrijd, waardoor niet Spanje maar West-Duitsland zich plaatste voor de halve finale.