Göran Lennmarker blev invald i Sveriges riksdag 1991, och har varit ledamot och suppleant i flera utskott, i Utrikesnämnden, OSSE-delegationen, Krigsdelegationen och EU-nämnden. Han var framför allt aktiv i utrikesutskottet där han var ordförande 2006–2010, vice ordförande 1995–2003 och ledamot 1993–1995 och 2002. Tillsammans med Sören Lekberg representerade Lennmarker Sveriges riksdag i utformandet av Europeiska konventet. Under 2004–2006 var han Konstitutionsutskottets ordförande och ledde de tv-sända utfrågningarna om regeringens agerande efter tsunamikatastrofen. En kort tid efter riksdagsvalet 2006 var han ordförande i EU-nämnden, men när Sten Tolgfors blev utsedd till handelsminister tog Lennmarker över hans post som ordförande i utrikesutskottet. Lennmarker var också ordförande i Försvarsberedningen.