В следующем сезоне «Манчестер Сити» стал чемпионом Англии впервые с 1968 года, а Туре, уезжавший по ходу чемпионата на Кубок Африки, повторил свой результат, забив 6 голов в 32 матчах. Сезон 2012/13 года оказался не таким удачным для «горожан». Команда не смогла выйти из группы в Лиге чемпионов, заняла 2-е место в АПЛ и проиграла финал Кубка Англии «Уигану» (0:1). Весной 2013 года Туре продлил контракт до лета 2017 года с зарплатой около £ 10 млн в год. Следующий футбольный год оказался очень удачным как для «Манчестер Сити», так и для Яя Туре. «Сити» под руководством Мануэля Пеллегрини вновь стал чемпионом Англии, а Туре забил 20 голов и отдал 9 результативных передач в 35 играх. Только великолепная игра Луиса Суареса за «Ливерпуль» помешала Яя стать футболистом года в Англии, но он был объявлен лучшим футболистом Африки 4 раз подряд. Также с помощью Туре клуб из Манчестера выиграл Кубок Лиги и впервые вышел из группы в Лиге чемпионов, но в 1/8 уступил «Барселоне» 0:2 и 1:2.