Nel 1993 viene ufficialmente indagato come mandante della Strage di Capaci insieme a Giovanni Brusca, Domenico Ganci e Antonino Gioè. Nel marzo 1995 uccide Domenico Buscetta, nipote del collaboratore Tommaso Buscetta ed è il mandante di altri omicidi tra cui quello del giovane fioraio Gaetano Buscema e del dottor Antonio Di Caro, strangolato e sciolto nell'acido.