За сборную Уругвая Кристиан Родригес дебютировал в возрасте 18 лет в матче против сборной Мексики. Родригес — участник трёх Кубков Америки. На его счету гол в 1/4 финала розыгрыша 2007 года в ворота хозяев, Венесуэлы. В 2011 году на Кубке Америки вместе со своей сборной стал чемпионом Южной Америки. Занимает четвёртое место в истории по количеству сыгранных матчей за сборную Уругвая, он же является четвёртым футболистом, преодолевшим отметку в 100 игр за «селесте».