Pentti Pajarin vanhemmat olivat konsuli Toivo Kallio Pajari ja Magda Maria Lovisa Kock. Hän vietti lapsuutensa Helsingissä, jossa hän kirjoitti ylioppilaaksi Helsingin Normaalilyseosta. Hän opiskeli Helsingin kauppakorkeakoulussa ja valmistui ekonomiksi vuonna 1934 ja myöhemmin kauppatieteiden maisteriksi vuonna 1946. Pajari taisteli talvisodan aikana Taipaleella. Sotilasarvoltaan hän oli reservin yliluutnantti.