У 1600 році, у битві при Секіґахарі, Юкімура став на сторону Західної армії. Він боровся проти Токуґава Хідетада в замку Уеда, успішно затримуючи його просування до Секігахара з підкріпленням у вигляді 38 000 воїнів. Він також виступив проти Токугави в битві при Осаці, де й загинув.