29 мая 1986 года после аварии на Чернобыльской атомной электростанции, Ю. Н. Самойленко был назначен заместителем главного инженера Чернобыльской АЭС по дезактивации, занимался работами по дезактивации кровли машинного зала третьего энергоблока, являющейся зоной особой радиационной опасности, также был руководителем всех работ по удалению радиоактивных элементов из особо опасных зон Чернобыльской атомной электростанции.