A pesar de sus años de burócrata en el FMI, Fernando Vera siempre siguió siendo un socialista convencido. El 31 de agosto de 1985, fue elegido presidente del Partido Revolucionario Febrerista, partido en el cual estaba afiliado desde joven. Durante su mandato, atacó fuertemente (como siempre caracterizó al PRF) al régimen de Stroessner a través del Semanario El Pueblo.