Jan Żabiński var son till Józef Żabiński och dennes hustru Helena, som lärde honom att tycka om djur. Han var bror till läkaren och motståndshjälten under Warszawaupproret Hanna Petrynowska (1901–1944). Han anslöt sig till den nyinrättade polska armén 1919 och deltog i Polsk-sovjetiska kriget 1919–1921.