しかしながら、この統一は反対する勢力の拡大を恐れて急ピッチで進められたため、イエメン共和国は様々な不安定要素を抱えることになった。例としては、軍隊の再編成がなされず南北両軍が並存したことや、政府機関の人事が決まらず南北の行政が別々に機能していたことなどが挙げられる。また、1993年に行われた第一回国会選挙の結果により国民全体会議（GPC）とイエメン社会党（YSP）、イエメン改革党（イスラーハ）の三党からなる連立政権が誕生したが、YSPとイスラーハの政権内における対立が絶えなかった。対立の主な原因は、世俗・革新を掲げていたYSPがハーシド・バキール両部族連合への優遇政策に反発して急進的な改革を求めたところ、旧北イエメンの部族勢力とウラマー層からなる保守的なイスラーム政党であるイスラーハがそれに反発したからである。この対立関係の中、イスラーハの支持者によるYSP幹部への襲撃事件が続発したこと、YSPが保守的な政策を続けるサーレハ政権への不信感を募らせたことなどから、ビード副大統領をはじめとするYSP幹部の一部は1993年の夏以降アデンに引きこもり、連立政権は事実上崩壊した。この危機に対して国内外で様々な勢力が仲介を試みたものの失敗に終わり、1994年5月4日にイエメン内戦が勃発した。