År 2010 besökte Khamenei Qom för tredje gången och stannade där i tio dagar innan han återvände till Teheran. I Qom mötte han högre tjänstemän, studenter, lärda och familjer till iranska martyrer. En framstående iransk lagstiftare sa att det stora mottagandet som välkomnade ledaren för den islamiska revolutionen i den heliga staden Qom var en väckarklocka för västerländska medier. Den andra gången som Khamenei besökte Qom var år 2000. Då åkte han på Qoms gator i en bil och möttes av stora folkmassor som trängdes på den flera kilometer långa rutten. Efter att Khamenei kom till staden besökte han Fatima Masumas helgedom och höll ett tal där för Qoms invånare.