Il centro abitato sarebbe tornato in mano alla Lituania solo nel 1939 dopo l'Invasione sovietica della Polonia. L'annessione di Vilnius venne percepita con gioia dai lituani, considerando che un'intera generazione stava coltivando l'idea che la Lituania non sarebbe stata la stessa senza la storica capitale: per tale motivo, l'opinione comune riteneva il reinsediamento come un atto di giustizia storica. Le élite erano molto più preoccupate, poiché per molti il prezzo pagato dalla Lituania all'Unione Sovietica per Vilnius era troppo alto. Per ottenere di nuovo il controllo di parte della regione rivendicata, i lituani dovettero infatti accettare la proposta del Ministro degli esteri sovietico Vjačeslav Molotov (forte dell'approvazione di Iosif Stalin di insediare truppe dell'Armata Rossa sul suolo lituano subito dopo lo scoppio della seconda guerra mondiale. Un totale di 18.786 truppe dell'Armata Rossa fu inviato in posizioni strategicamente importanti della nazione: Alytus, Prienai, Gaižiūnai e Naujoji Vilnia.