Regeringen upphävde livegenskapen (1807) och skråväsendet (1809). Napoleon ogillade detta och tvingade Stein att lämna Preussen (1808). [Stein var för övrigt tvingad till exil på grund av att fransmän(oklart just vilka fransmän - klart är dock att det snabbt skickades vidare till Napoleon) uppsnappade ett brev undertecknat Stein där han nedtecknat en patriotisk vädjan till det Preussiska folket att vända sig mot sina påtvingade franska herrar. Men dennes verk fortsattes av Hardenberg och inte minst Theodor von Schön. Samtidigt spirade nationalitetskänslan i Tyskland. Man ville slippa det franska förtrycket. Så när Napoleon lidit sitt stora nederlag mot Ryssland (1812) var Preussen det första område som övergick från honom till ryssarna. Under frihetskriget 1813 kämpade den reorganiserade preussiska armén under von Blücher mot fransmännen och bidrog kraftigt till krigets slut. Då Napoleon 1815 försökte återta sin ställning, besegrades han av engelsmän och preussare vid Waterloo. Trots att Preussen mer än någon annan stat utmärkt sig i kriget, vann det inte så särskilt stor landutvidgning på Wienkongressen. Det återställdes till samma folkmängd (10 miljoner invånare), som det haft 1806. Dess areal blev mindre till följd av åtskilliga landbyten. Landbytena ledde till att Preussen fick flera tyska invånare och färre polska än förr. Det avstod nämligen från allt vad det fått vid Polens delningar, utom Thorn, Danzig, Westpreussen och Posen, samt fick i stället halva Sachsen, stora områden vid Rhen (en stor del av Westfalen och Rhenprovinsen) samt genom fördrag med Sverige 7 juni 1815 Svenska Pommern och Rügen. Genom kriget hade statsskulden vuxit till 200 miljoner thaler, men genom sparsamhet förbättrades riksfinanserna sedermera. Kungen gav två tredjedelar av de kungliga domänerna åt staten.