Pocházel z anglické šlechtické rodiny usazené od 17. století v Irsku, narodil se jako druhorozený syn statkáře Sira Christophera Aylmera (1620–1671). Původně sloužil v armádě, v roce 1677 přešel do služeb Royal Navy, v počátcích své kariéry profitoval na přízni vévody z Buckinghamu. V roce 1688 byl povýšen na kapitána, vzápětí podpořil Slavnou revoluci a zúčastnil se nástupnických bojů ve službách Viléma Oranžského, souběžně sloužil i v armádě a v roce 1690 se stal podplukovníkem jezdectva. Poté vynikl v devítileté válce, bojoval v bitvě u Bantry Bay, v níž padl jeho bratr George. V rychlém sledu dosáhl hodností kontradmirála (1693) a viceadmirála (1694), pod Edwardem Russellem byl zástupcem velitele ve Středomoří. Kromě toho byl aktivním politikem, v letech 1695–1710 byl poslancem Dolní sněmovny za stranu whigů (nejprve za přístav Portsmouth, od roku 1697 za Dover), angažoval se také ve správě námořnictva ve funkci mimořádného komisaře Royal Navy (1694–1702). V době míru koupil venkovské sídlo v Kentu, vlastnil též dům v Londýně.