En el Torneo de las Seis Naciones 2012, Warburton mantuvo el puesto de capitán, a pesar de que Matthew Rees regresó al equipo. Arrastró una lesión durante todos los partidos. Comenzó de titular tres de los cinco partidos, pero solo duró la mitad contra Francia en el partido decisivo por el Grand Slam. Destacó en el partido contra Inglaterra, llegando a un sonoro placaje sobre Manu Tuilagi al que impidió el try. Como resultado de ello, fue premiado como hombre del partido.