Омалу родился 30 сентября 1968 года в городе Нноква в районе Южная Идемили в штате Анамбра на юго-востоке Нигерии шестым из семи братьев и сестер. Он родился во время нигерийской гражданской войны, что заставило его семью бежать из своего родного дома в посёлок Энугу-Укву на юго-востоке Нигерии. Они вернулись в свою деревню через два года после рождения Омалу. Мать Беннета Омалу была швеёй, а отец — инженером-строителем горной промышленности и руководителем общины в Энугу-Укву. Фамилия Омалу, является сокращенной формой фамилии Онималуквубе (Onyemalukwube), что переводится как «тот, кто знает, что сказать».