Sus sucesivos fracasos electorales en las filas del republicanismo federal lo empujan a convertirse en un acérrimo contestatario de la política nacional, especialmente de la conjunción liderada por Manuel Azaña. En el verano de 1932 participa en la sublevación de Sanjurjo, aunque no es castigado por el régimen. Pese a que intenta recuperar su antiguo protagonismo político, su paso por la política republicana no tiene éxito. Burgos pierde buena parte de su crédito político entre los partidos de izquierdas, de centro e incluso de derechas. A partir de entonces queda recluido en su pueblo natal, Moguer, donde escribe unas memorias que intentan justificar su vida y sus actuaciones públicas.