La stagione successiva l'improvviso crac Parmalat, per il quale viene arrestato il patron Tanzi, segna la storia della squadra parmense. Tuttavia, nonostante il terremoto societario e il passaggio in amministrazione controllata, il club gialloblù riuscirà comunque a concludere il campionato al quinto posto, contendendo fino all'ultima giornata la qualificazione alla Champions League con l'Inter di Zaccheroni. Il 25 giugno 2004, per evitare la ripartenza dai dilettanti, nasce il "Parma Football Club", che assume e mantiene vivi tutti i diritti del "Parma AC", nonostante il fallimento della Parmalat da cui è svincolato. La nuova società, a cui sono stati trasferiti anche i debiti del "Parma AC", temporaneamente proprietaria del nuovo club, viene posta in amministrazione straordinaria da parte di Enrico Bondi e della Parmalat e usufruisce della "Legge Marzano", in attesa di un compratore. Il nuovo tecnico Silvio Baldini viene esonerato e la squadra è di nuovo affidata al "traghettatore" Pietro Carmignani che la condurrà alla salvezza nel doppio spareggio contro il (0-1 e 2-0, reti di Cardone e Gilardino). In quella stessa tormentata annata, i ducali arrivano fino alla semifinale di Coppa UEFA, venendo eliminati dal CSKA Mosca, 0-0 a Parma e 3-0 in Russia per i moscoviti, poi vincitori del trofeo. La guida di Mario Beretta (grazie anche ai verdetti di "Calciopoli") porta nel 2005-06 il Parma alla qualificazione europea dopo una stagione di assenza.