Първоначално неутрална, администрацията почва да взима все по дейно участие в Ирано-иракската война. Често подпомага и двете страни, но все пак заема позицията на Ирак, тъй като счита лидера му Саддам Хюсеин за по-малка заплаха за стабилността на региона от иранския водач аятолах Рухолах Хомейни. Хенри Кисинджър всъщност изразява най-ясно политиката на страната, когато казва „"Твърде жалко, че и двамата не могат за загубят."“. Американските страхове са свързани с това, че една победа на Иран може да окуражи ислямските фундаменталисти в арабските държави и така да се стигне до сваляне на светските правителства и западни съюзници в Саудитска Арабия, Йордания и Кувейт. Въпреки първоначалните иракски победи, иранците скоро взимат връх и тяхната победа става все по-близка, това кара Рейгън да организира операция, която да доведе до спирането на оръжейните доставки за Хомейни (при все, че по-късно става ясно, че САЩ също са доставяли оръжие). Администрацията предоставя оръжейна и финансова помощ на иракския режим, както и разрешава доставките на материали за него с възможна двойна употреба, които да се използват за биологически и химически оръжия.