Para la siguiente campaña 2010-11, las buenas actuaciones de Sebastián provocaron el interés de clubes extranjeros, como el San Pablo, Botafogo y Benfica. Pese a ello, Coates seguiría en el club, y tendría su mejor temporada con Nacional. En 2011, Nacional consiguió el Torneo Clausura y a continuación el título del Campeonato Uruguayo tras derrotar en un partido decisivo al ganador del Torneo Apertura Defensor Sporting. Tras realizar una gran temporada, Óscar Tábarez lo citó para integrar el plantel de la para disputar la Copa América 2011. En dicha competición, la "celeste" terminó coronándose con el título, y Coates tuvo una destacada actuación, lo que le valió el premio al "mejor jugador joven".