Durante a Segunda Guerra Mundial, a Igreja Ortodoxa Sérvia sofreu severamente com as perseguições pelas potências ocupantes e pelo regime Ustaše raivosamente anti-sérvio do Estado Independente da Croácia (NDH), que buscava criar uma "Igreja Ortodoxa Croata" que os Sérvios Ortodoxos foram forçados a Junte-se. Muitos sérvios foram mortos, expulsos ou forçados a se converter ao catolicismo durante o genocídio sérvio; bispos e padres da Igreja Ortodoxa Sérvia foram escolhidos para a perseguição, e muitas igrejas ortodoxas foram danificadas ou destruídas. Dos 577 padres ortodoxos sérvios, monges e outros dignitários religiosos no NDH, entre 214 e 217 foram mortos e 334 foram exilados na Sérvia ocupada pelos alemães. No território da Bósnia e Herzegovina, 71 padres ortodoxos foram mortos pelo Ustaše, 10 pelos Partidários, 5 pelos Alemães e 45 morreram na primeira década após o fim da Segunda Guerra Mundial.