Κατά τον πόλεμο των Μπόερς στη Νότια Αφρική υπηρέτησε ως στρατιωτικός ιατρός. Μετά τον πόλεμο και την καταδίκη από όλο τον κόσμο των ενεργειών του Ηνωμένου Βασιλείου, ο Κόναν Ντόυλ έγραψε ένα μικρό φυλλάδιο με τίτλο «"Ο πόλεμος στη Νότια Αφρική: Η αιτία και η πραγματοποίηση"», το οποίο δικαιολογούσε τον ρόλο του Ηνωμένου Βασιλείου και μεταφράστηκε ευρέως. Για τον λόγο αυτό τιμήθηκε για διακεκριμένες υπηρεσίες προς τη χώρα του και το 1902 παρασημοφορήθηκε από τον βασιλιά της Αγγλίας, χρίσθηκε ιππότης, του απονεμήθηκε ο τίτλος "σερ" και διορίσθηκε υποδιοικητής του Σάρρεϋ. Επίσης το 1900 έγραψε ένα μεγαλύτερο βιβλίο με τίτλο "Ο Μεγάλος Πόλεμος των Μπόερς". Στα πρώτα χρόνια του 20ού αιώνα ο Σερ Άρθουρ ήταν δύο φορές υποψήφιος σε βουλευτικές εκλογές αλλά, αν και έλαβε σεβαστό αριθμό ψήφων, δεν εξελέγη.