La ciudad es conocida porque durante la Guerra de los Treinta Años las fuerzas imperiales, junto a la Liga Católica, irrumpieron en la urbe en 1631 y cometieron una masacre denominada el "Saqueo de Magdeburgo'" en la cual mataron a unos habitantes y luego incendiaron la ciudad. También es famosa porque en ella se realizó públicamente el experimento científico de los hemisferios de Magdeburgo realizado por Otto von Guericke.