Tato neschopnost spolu s tíživou sociální situací většiny Nepálců v zemi připravila živnou půdu pro vznik partyzánských maoisticky orientovaných skupin. Ty v roce 1996 přešly v otevřený ozbrojený boj a v Nepálu tak začala občanská válka, která trvala deset let. Roku 2002 došlo v Nepálském kongresu k rozkolu a část členů NK v čele s Šérem Bahádurem Deubou založila novou stranu s názvem Nepálský kongres-demokratický (anglicky "Nepali Congress-Democratic"). V roce 2006 maoisté složili zbraně a podepsali s nepálskou vládou příměří. Na rok 2008 byly vyhlášeny volby, před kterými se strany Nepálský kongres a Nepálský kongres-demokratický opět spojily v jednu. V následných volbách v roce 2008 maoisté vyhráli (získali 220 z 575 možných), Nepálský kongres skončil na druhém místě s celkovým počtem 110 křesel. Stal se tak pod vedením Giridži Prasáda Koirály nejsilnější opoziční stranou.