Pendant le terrible tremblement de terre de 1693, qui réduisit en ruines plusieurs villes de la Sicile orientale, dont une grande partie de Syracuse, la cathédrale resta sur pied ; sa façade normande fut néanmoins détruite, mais sa structure interne, y compris les colonnes du temple grec, fut préservée. Avant la fin de l'époque espagnole (1713), la cathédrale fut reconstruite en style baroque, mais elle conserve encore de nombreux éléments témoignant des différentes périodes qu'elle a traversées.