Vuonna 2000 Foé siirtyi Lyoniin. Samana vuonna hän sairastui malariaan, mutta parani nopeasti ja voitti Ranskan liigacupin 2001 ja pääsarjamestaruuden 2002. Hän palasi Valioliigaan Lyonin lainattua hänet Manchester Cityyn 2002. Vuoden 2002 MM-kilpailuissa hän pelasi Kamerunin kaikki kolme ottelua alusta loppuun.