Non convocato da Maradona per il , Zanetti fu inserito da Sergio Batista nella lista dei 23 convocati per la Coppa America 2011, disputata in casa. Per Zanetti fu la quarta partecipazione al torneo. La squadra venne eliminata ai quarti di finale dall'Uruguay, ai rigori. Zanetti in quell'occasione disputò la 22ª presenza in Coppa America, diventando il calciatore argentino con più presenze nella massima competizione continentale, staccando i connazionali José Salomón e Oscar Ruggeri. Fu l'ultima delle 145 partite di Zanetti con l'Argentina (138 da titolare); in totale ha giocato minuti in nazionale, segnando 5 reti.