পূর্ব ইউরোপে অবস্থিত, মলদোভার পশ্চিম ও দক্ষিণ-পশ্চিমে রোমানিয়া এবং উত্তর, দক্ষিণ এবং পূর্বে ইউক্রেনের সীমানা বেষ্টিত। এর বেশিরভাগ অঞ্চল এই অঞ্চলের দুটি প্রধান নদী, নিস্ত্রু এবং প্রুতের মধ্যে অবস্থিত। উত্তর-পূর্ব ও দক্ষিণ-পূর্বে ইউক্রেনের সাথে মলদোভার সীমান্তের একটি ছোট্ট অংশ নিস্ত্রু তৈরি করেছে, তবে এটি মূলত দেশটির পূর্ব অংশে প্রবাহিত হয়ে বেসারাবিয়া এবং ট্রান্সনিস্ট্রিয়ার বিচ্ছেদ ঘটিয়েছে। প্রুথ নদী রোমানিয়ার সাথে মলদোভার পুরো পশ্চিম সীমানা গঠন করে। দানিউব তার দক্ষিণ প্রান্তে মলদোভান সীমানা স্পর্শ করে এবং ২০০ মিটার (৬৫৬ ফুট) সীমানা গঠন করে।