Sevillassa 1999 Marokosta muuttanut Mohammed Mourhit saavutti Belgian toisen MM-mitalin sijoittumalla 5 000 metrin juoksussa pronssille. Jonathan Nsenga sijoittui 110 metrin aitajuoksussa kahdeksanneksi ja parhaana belgialaisnaisena Marleen Renders 10 000 metrin juoksussa yhdeksänneksi. Edmontonissa 2001 Belgia jäi jälleen vaille pistesijoja, ja Pariisissa 2003 ainoa kahdeksan parhaan joukossa oli kuudenneksi sijoittunut naisten 4 × 100 metrin viestijuoksujoukkue. Helsingissä 2005 Tia Hellebaut sijoittui korkeushypyssä kuudenneksi ja Kim Gevaert 200 metrin juoksussa seitsemänneksi. Osakassa 2007 Gevaertin ankkuroima pikaviestijoukkue toi Belgialle sen historian kolmannen MM-mitalin. Lisäksi Gevaert sijoittui 100 metrin juoksussa viidenneksi. Berliinissä 2009 Belgian joukkue sijoittui miesten 4 × 400 metrin viestijuoksussa neljänneksi. Joukkueessa juoksivat Antoine Gillet, Kevin Borlée, Nils Duerinck ja Cedric van Branteghem.