Mit der Niederlage Frankreichs 1940 im Zweiten Weltkrieg kam Syrien unter die Kontrolle des Vichy-Regimes, bis die britischen und die Truppen von France libre das Land im Juli 1941 im Syrisch-Libanesischen Feldzug besetzten. Das freie Frankreich erkannte die syrische Unabhängigkeit formell im November 1941 an und machte politische Zugeständnisse gegenüber den einheimischen Nationalisten. So wurde 1943 in der ersten Präsidentenwahl Schukri al-Quwatli zum Staatsoberhaupt der Republik gewählt. Frankreich behielt die Kontrolle über die "Troupes spéciales" sowie im Sozial, Kultur- und Bildungswesen. Die militärische Kontrolle des Mandatsgebiets durch Frankreich sollte mit dem Krieg enden. Die Übereinkunft wurde jedoch ab 1944 von französischer Seite in Frage gestellt und gegenüber der syrischen Regierung weitere Reservatrechte vor Übergabe der militärischen Befehlsgewalt verlangt. Dies führte zu einer Pattsituation bis die syrische Regierung 1945 den Aufbau eines eigenen Militärs verkündete. Es folgten Kämpfe zwischen syrischen Gendarmen und französischen Soldaten und die zweimaligen Bombardierung von Damaskus, wo im Mai 1945 mehrere hundert Menschen ums Leben kamen. Frankreich stellte auf britischen Druck die Kampfhandlungen dann ein. Die letzten französischen Truppen zogen am 17. April 1946 ab. Syrien und Libanon gehörten 1945 zu den Gründungsmitgliedern der Vereinten Nationen.