Nachdem Prohaska der Auswahl des Landesausbildungszentrum Wien angehörte und auch für die U-16-/U-18-Bundesländerauswahl Wien zum Einsatz gekommen war, gelang ihr der Sprung sowohl in die U-19- als auch in die A-Nationalmannschaft. In letztgenannter debütierte sie am 25. Juni 2008 im Qualifikationsspiel für die Europameisterschaft 2009 beim 2:0-Sieg über die Auswahl Israels in Bet Sche’an mit Einwechslung für Irene Fuhrmann zur zweiten Halbzeit. Ihr erstes Länderspieltor erzielte sie am 27. April 2011 in Stojnci beim 5:0-Sieg über die Auswahl Sloweniens mit dem Treffer zum 3:0 in der 62. Minute.