Después de la ocupación neerlandesa de Valdivia, realizada por la expedición de Hendrick Brouwer en 1643, el virrey del Perú Pedro de Toledo y Leiva ordenó la edificación de fortificaciones. Se fijó como eje principal y centro político y militar a la isla Mancera. En 1645 se construyó el Castillo de San Pedro de Alcántara y su Plaza de Armas. Desde aquel punto se definió la construcción de los fuertes de Corral, Niebla y Amargos, y la habilitación de la plaza real de Valdivia, a partir de 1647. El Castillo de San Sebastián de la Cruz también fue iniciado en 1645. La última de las fortificaciones en ser construida fue el Castillo de la Pura y Limpia Concepción de Monfort de Lemus, el cual se ubica en Niebla y fue bautizado en honor al virrey del Perú Pedro Antonio Fernández de Castro, conde de Lemos. La última acción de este sistema defensivo fue en 1820 cuando fue asaltado por las fuerzas independentistas de Chile en la célebre Toma de Valdivia. Hasta ese entonces el sistema pertenecía administrativamente al virreinato del Perú y no a la Gobernación de Chile, dado su carácter estratégico y ser parte de las tres mega construcciones ordenadas por el rey de España en América.