1900 nahm Lequis als Kompaniechef im Ostasiatischen Pionier-Bataillon an der China-Expedition teil. 1904 war er im Generalstab des Etappen-Kommandos in der Kolonie Deutsch-Südwestafrika während des Aufstandes der Herero. Als im Dezember 1904 die Baltische Flotte auf ihrem Weg nach Japan vor Lüderitzbucht ankerte, sorgte Lequis trotz angespannter Lage nach dem Doggerbank-Zwischenfall für Einvernehmen mit dem russischen Admiral Roschestwenski. Nach vorübergehender Tätigkeit im Generalstab des Gouvernements Metz schied er aus der Preußischen Armee aus und wurde mit dem 11. Januar 1908 im Kommando der Schutztruppen im Reichskolonialamt angestellt. 1909 wurde er mit der Vertretung des Kommandeurs der Kaiserlichen Schutztruppe für Kamerun, Major Puder, beauftragt. Seine Aufgabe bestand auch darin, sich über die zerrütteten Verhältnisse des Offizierkorps der Schutztruppe zu orientieren. Er unternahm eine ausgedehnte Inspektionsreise in den Westen Kameruns und in das Waldland im Hinterland der Kribiküste. Im Mai 1909 zum Oberstleutnant befördert, sorgte er für einen Eklat, als er ohne Absprache von seinem Kommando zurücktrat und sich weigerte, unter dem rangniedrigeren stellvertretenden Gouverneur Regierungsrat Hansen zu dienen. Lequis trat wieder in die Preußische Armee zurück, ohne dass die Affäre nachteilige Folgen für ihn hatte.