Boudet prend garnison dans les villes hanséatiques. Il est aux premières loges pendant la campagne d'Autriche de 1809, à la tête de la du corps d'armée du maréchal Masséna. Le général Boudet assiste à la prise de Vienne, puis s'illustre lors de sa défense acharnée du village d'Essling les 21 et , en transformant en bunker inexpugnable le grenier à grain de la ville. De l'aveu de l'Empereur lui-même, c'est à la conduite du général Boudet que les Français eurent la victoire d'Aspern. Il perd toutefois son artillerie lors de la bataille de Wagram le et s’attire de vifs reproches publics de Napoléon. Selon les versions, il meurt de désespoir ou se suicide peu après cette humiliante entrevue le .