V roce 1860 byl její nevlastní bratr král František II. Neapolsko-Sicilský poražen Expedicí tisíce a rodina musela prchnout do Říma, kde na pozvání papeže Pia IX. krátce pobývala v Kvirinálském paláci. Matka si pronajala Palazzo Nipoti v Římě a tam Marie Luisa žila následujících sedm let.