Dopo aver perso alcuni mesi a causa del suo infortunio, Fàbregas riguadagnò il suo posto da titolare nella Spagna sotto il nuovo allenatore Vicente del Bosque. A giugno 2009 fu inserito nella rosa per la FIFA Confederations Cup 2009. Qui segnò il suo secondo gol internazionale nel primo turno contro la , partita vinta 5-0. Nella semifinale contro gli però, la Spagna fu sconfitta incredibilmente per 2-0, il che segnò la fine della serie vittoriosa che durava da 15 partite.