Erstmals schriftlich erwähnt wurde eine Johannes dem Täufer geweihte Taufkapelle im Jahr 981. Mit dem vom Bischof von Verona Bernardo eingeleiteten Neubau des Bischofssitzes im 12. Jahrhundert wurde das Baptisterium vollständig neu errichtet. Die Grundformen dieses Baus haben sich bis heute fast unverändert erhalten. Umstritten ist, ob die Entscheidung für den Neubau mit den vom Erdbeben von 1117 verursachten Schäden zusammenhängt, da die Auswirkungen von Chronisten eher übertrieben dargestellt werden. Nicht ausgeschlossen werden kann, dass der Neubau im Zusammenhang mit dem von Bernardo in Angriff genommenen Reformprozess der Veroneser Kirche steht.