ליפן היה מגוון הצוללות הגדול ביותר במלחמת העולם השנייה, לרבות צוללות טורפדו מאויש (קַאיטֶן), צוללות ננסיות (קוֹ-הִיאוֹטֶקִי, קַאירִיוּ), צוללות לטווחים בינוניים, צוללות אספקה ייעודיות (רבות מהן בשימוש הצבא), צי צוללות ארוכות-טווח (רבות מהן נשאו כלי טיס), צוללות שמהירותן מתחת למים הייתה הגבוהה ביותר בכל המלחמה (סֶנְקוּ I-200), וצוללות שיכלו לשאת כמה מפציצים (הצוללת הגדולה ביותר במלחמת העולם השנייה, "סֶנְטוֹקוּ I-400"). כלי שיט אלה חומשו גם בטורפדות המתקדמים ביותר, המונעים בחמצן ("רומח ארוך"). מטוס ששוגר מאחת מהצוללות ארוכות-הטווח, I-25, ביצע את מה שנחשב להפצצה האווירית היחידה של אדמת ארצות הברית, כאשר קצין הטיס נוֹבוּאוֹ פוּגִּ'יטַה ניסה להצית דליקת יער ענקית בדרום-מערב הפסיפיק בשולי העיר ברוקינגז, שבמדינת אורגון (Brookings, Oregon) ב-9 בספטמבר 1942. צוללות אחרות יצאו למשימות טרנס-אטלנטיות אל אירופה הכבושה בידי הנאצים, כמו הצוללות Ι-30, I-8, I-34, I-29 ו-I-52, ואחת מהן שיגרה מטוס ים אל שמי צרפת להטלת עלוני תעמולה. במאי 1942 השתתפו צוללות ננסיות מדגם "קו-היאוטקי" בהתקפה על נמל סידני ובקרב על מדגסקר.