Bei den Kongresswahlen des Jahres 1994 wurde Lee im 18. Wahlbezirk von Texas in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, in dem sie am 3. Januar 1995 die Nachfolge von Craig Anthony Washington antrat und stets wiedergewählt wurde. Ihre Legislaturperiode läuft bis zum 3. Januar 2021. Sie war und ist Mitglied im Justizausschuss und im Ausschuss für innere Sicherheit sowie in fünf Unterausschüssen. Außerdem gehört sie einigen "Congressional Caucuses" an. In ihre Zeit als Kongressabgeordnete fallen die Terroranschläge am 11. September 2001, der Irakkrieg und der Militäreinsatz in Afghanistan.