Třicetiletá válka byla pro Hanspaulské vinařství katastrofou – upadla hospodářská a politická moc Prahy a po roce 1627 také velká část majitelů odešla do zahraničí a vinice zůstaly neobdělávané. Odešli i kvalifikovaní dělníci a díky druhému nevolnictví bylo i nedostatek pracovní síly. Navíc v letech 1647–1648, během švédského obléhání Prahy, obsadila švédská vojska břevnovské, šárecké a hanspaulské návrší a hanspaulské vinice byly silně poničeny. Od poloviny 17. století se vinice opět vzmáhaly, ale stále častěji se místo vína pěstovaly i jiné plodiny. Obhospodařovány byly znovu především církví. Koncem 16. století začali vinice skupovat bohatí Pražané a slučovat je do větších vinic, takže v roce 1673 již bylo v oblasti jen 50 vinic.