Con la riapertura delle ostilità tra Regno Unito e Francia, nella primavera del 1805 Codrington ottenne il comando della nave di linea HMS Orion e venne affiliato alla flotta dell'ammiraglio Nelson a Cadice. Codrington a bordo della "Orion" venne coinvolto nella Battaglia di Trafalgar il 21 ottobre 1805. Malgrado le difficoltà a raggiungere il punto dello scontro, una volta sul posto Codrington ignorò tutte le altre navi e si focalizzò esclusivamente sullo scontro con la nave francese "Swiftsure" forzandola ad arrendersi. Egli successivamente tentò senza successo di attaccare la nave spagnola "Principe de Asturias" e poi la nave francese "Intrepide", l'unica nave che poi riuscirà a fare ritorno ai porti francesi.