25 августа 1962 года Угу душ Сантуш на шесть месяцев раньше положенного срока был произведён в капитаны в связи с обострением военной ситуации в колониях и направлен в свою первую «комиссию» — командировку в колонии. Первоначально планировалось перебросить его часть в Мозамбик, однако за два дня до намеченного срока Угу душ Сантуша и его роту высадили на острове Сал Островов Зелёного Мыса, где они должны были держать оборону. Однако первая комиссия прошла мирно и с тех пор душ Сантуш предпочитал проводить свои отпуска на островах Кабо-Верде. 21 мая 1964 года он вернулся в Лиссабон, в 1965 году окончил курсы криптографии, в 1968 году — курсы программирования вычислительной техники. В период службы Угу душ Сантуш продолжал как очное обучение на факультете естественных наук, так и заочное, в период службы в Анголе, временами преподавал в академии в Мафре. В 1969 году он в звании майора был направлен во вторую комиссию в колонии, в Анголу, откуда вернулся в 1971 году и в августе 1972 года стал профессором 42-го факультета Пехотной академии.