Deux ans plus tard, il devient membre communiste du parlement. En 1938, avant le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale, Clementis, suivant la directive du parti, émigre à Paris en passant par la Pologne et l'URSS. De là, il devait se rendre en Amérique du Nord pour développer des activités pour le Parti communiste dans les cercles de ses compatriotes émigrés aux États-Unis ou au Canada. Mais sa critique concernant le pacte Molotov-Ribbentrop déclenche une enquête interne menée par Viliam Široký et il expulsé du Parti communiste tchécoslovaque, en tant qu'opposant à la politique de Moscou.