FN innførte sanksjoner mot Irak etter at landet invaderte nabolandet Kuwait i 1991. Det førte til at Iraqi Airways ikke kunne fly utenriksruter lenger. Flyflåten på 17 jetfly blei i hemmelighet flytta til utlandet, de fleste til Jordan. Innenriksruter blei trafikkert med Antonov An-24, men også innenriksrutene blei kraftig begrensa på grunn av flyforbudssona som blei innført av USA, Storbritannia og Frankrike etter Golfkrigen. Til tross for dette fløy selskapet pilegrimer til hellige steder utover i 1990-åra.