Henslow obtient, en 1822, à la mort de Clarke, la chaire de minéralogie de l’université de Cambridge. Deux ans plus tard, il entre dans les ordres. Il s’intéresse principalement à la botanique et démissionne, en 1825, de la chaire de minéralogie pour celle de botanique. Henslow est un professeur que l’on recherche. Charles Darwin qui est l’un de ses élèves lui doit largement son intérêt pour l’histoire naturelle. C’est d’ailleurs grâce à Henslow que Darwin rencontre le capitaine Robert FitzRoy du "HMS Beagle" auquel il le recommande comme naturaliste pour son expédition autour du monde.