W 1961 armia indonezyjska zdobyła od Holandii zachodnią część wyspy Nowa Gwinea, która weszła w skład Indonezji jako prowincja Irian Zachodni. Prezydentem nowego państwa został Sukarno, przywódca walk o niepodległość. Zanim nowa władza się ukształtowała początkowo doszło do walk wewnętrznych – w 1948 roku odbyła się nieudana rebelia komunistyczna, a w 1949 roku kampanię rebeliancką rozpoczęła skrajnie islamistyczna Durul Islam (opór islamistów złamano ostatecznie w 1962 roku). W 1955 roku odbyły się wybory, w których zwycięstwo odniosła Nacjonalistyczna Partia Indonezji, bardzo wysokie poparcie otrzymała też Komunistyczna Partia Indonezji. Ze względu na kruchość rządów koalicyjnych, Sukarno w trakcie swoich rządów starał się równoważyć wpływy wojska, islamistów i komunistów. Nacjonalistyczne poglądy członków rządu doprowadziły do radykalizacji polityki zagranicznej kraju, który szybko wpadł w konflikt z Malezją, względem której Indonezja zgłaszała pretensje terytorialne o wyspę Borneo. Indonezja rozpoczęła wspieranie lewicowej partyzantki walczącej na Borneo z rządem malezyjskim (powstanie w Sarawaku). Pogorszeniu uległy także relacje z Brunei, po tym gdy Indonezja wsparła tam nieudaną rewolucję (rebelia w Brunei). Obawiając się zagrożenia ze strony Holandii, Wielkiej Brytanii lub Stanów Zjednoczonych, Indonezja rozpoczęła proces zakupu broni z ZSRR. Zagrożenie ze strony Zachodu było na tyle prawdopodobne, że CIA wsparło rebelię, która wybuchła w 1958 roku i choć została stłumiona do końca tego samego roku, to nieliczne oddziały partyzanckie funkcjonowały do 1961 roku. KPI zaczęła zdobywać coraz większe poparcie, aż w końcu zagroziła rządowi nacjonalistów, wtedy też USA wycofało swoją pomoc względem Indonezji.