A principios de 2001, Gaitán retornó a Argentina para incorporarse al Boca Juniors, con Carlos Bianchi en la dirección técnica. Entre el campeonato local y la Copa Libertadores, Gaitán estuvo presente en 20 partidos e hizo cinco goles. Por el campeonato local marcó ante River Plate logrando el 1 a 1 definitivo en el Monumental. Newell's Old Boys, logrando el 2-2 en los últimos minutos; contra el Club Atlético Los Andes, en la victoria boquense por 1-0; y dos contra Chacarita Juniors en el empate por 4-4. Todos estos goles los convirtió en el Estadio Alberto J. Armando. En la Copa Libertadores marcó frente a Palmeiras en el partido vuelta, que Boca igualó 2-2 y luego ganó por penales, en calidad de visitante. Fue campeón de la Copa Libertadores, y subcampeón de la Copa Intercontinental 2001 perdiendo ante el equipo alemán Bayern de Múnich.