Muscat speelde met de "Olyroos", het Australisch Olympisch elftal, op de Olympische Spelen van 1996 in Atlanta. Hij speelde in 1994 zijn eerste interland voor het Australisch nationaal elftal. Muscat speelde met de "Socceroos" op de FIFA Confederations Cups van 1997, 2001 en 2005, maar hij werd niet geselecteerd voor het WK 2006. De verdediger maakte zijn rentree in de nationale ploeg voorafgaand aan de Asian Cup 2007.