Кофи Аннан признается одним из лучших Генеральных секретарей за всю историю организации. Благодаря его усилиям повысилась роль ООН на международной арене и были проведены успешные миссии и операции по всему миру. Тем не менее, шквал жесткой критики в адрес генсека вызвало раскрытие данных в 1998 году, что в 1994 году Аннан, отвечавший за проведение миротворческих операции, резко сократил число миротворцев в Руанде в период, предшествующий геноциду. Негативную оценки деятельности Аннана в тот период дал и командующий миротворческим контингентом в ООН в Руанде Ромео Даллер. С призывами об отставке Кофи Аннан столкнулся и во время программы «Нефть в обмен на продовольствие», когда его обвинили в коррупции.