1980-luvulla azerit halusivat enemmän itsenäisyyttä ja tiiviimpiä suhteita Iranin Azerbaidžaniin, jossa suurin osa azereiden kansasta asuu. Neuvostohallinto syytti alueen asukkaita islamilaisen fundamentalismin tukemisesta. Tammikuussa 1990 Nahitševanin ASNT:n korkein neuvosto ilmoitti alueen haluavan erota Neuvostoliitosta protestina Mustan tammikuun tapahtumille, eli neuvostoarmeijan koville otteille azerien mielenilmausten kukistamisessa. Nahitševan oli ensimmäinen alue, joka julistautui itsenäiseksi Neuvostoliitosta muutama viikko ennen Liettuaa.