Pohjois-Makedonian maajoukkue on pelannut neljä kertaa EM-kilpailujen lopputurnauksessa. Ranskan kisoissa 1999 se hävisi alkulohkonsa otteluissa Ranskalle, Jugoslavialle ja Israelille sijoittuen lopullisessa rankingissa kolmanneksitoista. Puolan EM-kilpailuissa 2009 Pohjois-Makedonia voitti alkulohkossa Israelin sekä hävisi Kreikalle ja Kroatialle. Jatkolohkossa se voitti Saksan 86–75, mutta hävisi Ranskalle ja Venäjälle. Joukkueen lopullinen sijoitus oli yhdeksäs. Liettuan EM-kilpailuissa 2011 Pohjois-Makedonia sijoittui neljänneksi. Se voitti alkulohkonsa kukistettuaan Kroatian, Kreikan, Suomen ja Bosnia ja Hertsegovinan sekä hävittyään Montenegrolle. Jatkolohkossa se voitti Georgian ja Slovenian sekä hävisi Venäjälle sijoittuen toiseksi. Puolivälieräottelussa Pohjois-Makedonia voitti isäntämaa Liettuan pistein 67–65. Välieräottelussa se hävisi Espanjalle 80–92 ja pronssiottelussa Venäjälle 68–72. Slovenian EM-kisoissa 2013 Pohjois-Makedonia voitti alkulohkossa Serbian mutta hävisi Liettualle, Latvialle, Bosnia ja Hertsegovinalle sekä Montenegrolle ja sijoittui lohkossaan viimeiseksi sekä koko kisojen lopputaulukossa 21:nneksi.