Intégrant le nouveau championnat russe au troisième échelon l'année suivante, le club est immédiatement promu en deuxième division en 1993 après avoir remporté la zone 4. Terminant troisième à l'issue de la première saison, et n'échouant à la promotion face au Rostselmach Rostov qu'au nombre de victoires, le Baltika domine par la suite largement le championnat 1995, inscrivant 92 points en quarante-deux et marquant une avance de treize points sur son dauphin le Lada Togliatti, et accède pour la première fois de son histoire à une division d'élite en 1996.