Στη συνέχεια ο Γρηγόριος, αφού σπούδασε θεολογία και φιλοσοφία στην Πατμιάδα Σχολή υπό τους Δανιήλ Κεραμέα και Βασίλειο Κουταληνό, επέστρεψε στη Σμύρνη κατόπιν πρόσκλησης του τότε Μητροπολίτη Προκόπιου, όπου και χειροτονήθηκε διάκονος και αρχιδιάκονος. Γρήγορα χειροτονήθηκε ιερέας και κατόπιν ανέλαβε πρωτοσύγκελος Σμύρνης, θέση που διατήρησε μέχρι το 1785. Κατά την περίοδο της Διακονίας και Αρχιδιακονίας του στη Σμύρνη, ο Γρηγόριος διατηρούσε αλληλογραφία με τον εκ Δημητσάνας επίσκοπο Μεθώνης Άνθιμο Καράκολο, γνωστό υποκινητή της περιοχής στην ανεπιτυχή επανάσταση των Ελλήνων στα Ορλωφικά. Από την αλληλογραφία εκείνη σώθηκε μια πολύτιμη ιστορικά επιστολή του με ημερομηνία 4 Αυγούστου 1778, όπου θλιμμένος από την ατυχή έκβαση εκείνης της εξέγερσης ενημερώνει τον Άνθιμο ότι 60.000 περίπου Έλληνες από την Πελοπόννησο, μετά τις εκτεταμένες καταστροφές που τους προξένησαν Αλβανοί, έχουν καταφύγει πρόσφυγες στη Σμύρνη και στις γύρω περιοχές, όπου έγιναν πρόθυμα δεκτοί από τους Αγάδες ως εργάτες, επιτρέποντάς τους να δημιουργήσουν οικισμούς, εκκλησίες κ.λπ. και χορηγώντας τους απαλλαγή φόρων για μια δεκαετία. Πολλοί δε εξ αυτών άρχισαν να αναπτύσσουν εμπόριο και μέσα στη Σμύρνη .