Am 31. August 1920 wurde er reaktiviert und bis zum 14. September 1920, als Nachfolger Adolf von Trothas bzw. William Michaelis', zum Chef der Admiralität ernannt. Seine Ernennung zum Chef der Marineleitung erhielt er am 15. September 1920 und kurz darauf am 20. Dezember 1920 seine Beförderung zum Admiral. Behncke war für die Konsolidierung und den Wiederaufbau der Marine verantwortlich, die durch die Bedingungen des Versailler Vertrags und durch die Revolutionswirren 1918/1919 stark demoralisiert war. In seine Amtszeit fallen erste Neubauprogramme nach dem Ersten Weltkrieg. Behncke trat am 25. September 1924 von seinem Posten zurück und wurde am 30. September 1924 endgültig verabschiedet.