Im Verlauf der 1848er Revolution schloss sich Heine der sogenannte "Akademische Legion" an, die sich durch die Akademie-Professoren gebildet und als eine freiwillige Abteilung der Kommunalgarde unterstellt hatte. Er wurde dort als Hauptmann des Korps eingesetzt und beteiligte sich an der Seite zahlreicher Akademie-Kollegen an den Häuser- und Straßenkämpfen während des Dresdner Maienaufstandes. Semper war innerhalb des Freikorps der Scharfschützen einer der einflussreichsten Aktivisten und zudem im Führungsausschuss dieser Akademischen Legion gewesen. Nach den gescheiterten Aufständen vom 9. Mai 1849, die Semper zur Flucht aus Dresden zwangen, konnte Heine wieder als Professor an die Akademie zurückkehren, nachdem er sich der neuen provisorischen Regierung verpflichtet hatte. Seither stand Heine an der Seite von Sempers Nachfolger Hermann Nicolai (1811–1881), der als neuer Leiter des akademischen Bauateliers die sogenannte Semper-Nicolai-Schule etablierte.