У 1990 році абхазька команда стала учасником першого розіграшу чемпіонату Грузії. Два роки по тому «Мзіурі» досяглв найбільшого успіху в чемпіонаті Грузії, посівши високе 7-ме місце. Проте через початок війни в Абхазії прпинив виступи в грузинських футбольних змаганнях. А з 1993 року через політичні причини команда офіційно відмовилася від подальшої участі в грузинському чемпіонаті. У 2014 році команда відновила вою діяльність, старувавши в третій лізі грузинського чемпіонату. На початку квітня 2015 року припинила своє існування.