Після розпаду Радянського Союзу «Зоря» опинилася в елітному дивізіоні українського футболу, проте через фінансові труднощі вибула спочатку в , а потім і в чемпіонату України. В сезоні 2006–2007 команда повернулася до вищої ліги (з 2008 — Прем'єр-ліга), де виступає й нині. Найвищим здобутком клубу в Прем'єр-лізі є 3 місце в сезоні 2016–2017.