บอร์มันได้กลับมาพร้อมกับฮิตเลอร์ที่ฟือเรอร์บุงเคอร์ในกรุงเบอร์ลิน เมื่อวันที่ 16 มกราคม ค.ศ. 1945 ในขณะที่กองทัพแดงของโซเวียตได้รุกเข้าสู่เมือง หลังจากฮิตเลอร์ได้กระทำอัตวินิบาตกรรม บอร์มันและคนอื่นๆได้พยายามที่จะหลบหนีออกจากกรุงเบอร์ลิน เมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม เพื่อหลีกเลี่ยงการถูกจับกุมโดยโซเวียต ซึ่งบอร์มันอาจจะฆ่าตัวตายไปแล้วบนสะพานที่อยู่ใกล้กับสถานี Lehrter ศพถูกฝังอยู่ใกล้ๆ เมื่อวันที่ 8 พฤษภาคม ค.ศ. 1945 แต่หาไม่พบและไม่มีการยืนยันว่าเป็นศพของบอร์มันจนกระทั่งปี ค.ศ. 1972 การชันสูตรศพได้รับการยืนยันแล้วในปี ค.ศ. 1998 โดยการตรวจดีเอ็นเอ บอร์มันได้ถูกนำมาพิจารณาคดีลับหลัง(in absentia)โดยศาลทหารระหว่างประเทศในการพิจารณาคดีเนือร์นแบร์คในปี ค.ศ. 1945 และ 1946 เขาได้ถูกตัดสินว่ามีความผิดในข้อหาอาชญากรรมสงครามและอาชญากรรมต่อมนุษยชาติและได้รับตัดสินโทษประหารชีวิตโดยการแขวนคอ