Auch unter Marcello Lippi, Nachfolger des nach der EM zurückgetretenen Donadonis, gehörte Quagliarella weiterhin zum Kader der Italiener. Neben Freundschaftsspielen und der WM-Qualifikation war Quagliarella auch Teil des Kaders für den Konföderationen-Pokal 2009. Bei diesem kam er in der Partie gegen Ägypten zum Einsatz, Italien jedoch verlor diese und die folgende Partie gegen Brasilien, womit man in der Gruppenphase ausgeschieden war.