Als sich General Pervez Musharraf am 12. Oktober 1999 an die Macht putschte, endete auch die Teilhabe der JWP an der Zentralmacht. Die Provinzregierungen und -parlamente wurden aufgelöst. Die Wahlen vom Oktober 2002 brachten in Belutschistan eine Regierung aus islamistischen Parteien und einer Musharraf unterstützenden Fraktion der "PMLQ (Pakistan Muslim League-Qaid)" an die Macht.