W 1547 król Czech i Węgier Ferdynand I nałożył na miasta Związku olbrzymią karę za rzekomą zdradę podczas religijnej wojny szmalkaldzkiej w bitwie pod Mühlbergiem, 24 kwietnia 1547. Pomimo żądań króla, na dzień przed bitwą miasta rozpuściły swe wojska, bowiem upłynął dwumiesięczny termin, na jaki Związek udzielił mu swych sił. Sojusz został rozbrojony, ukarany kontrybucją w astronomicznej – jak na ówczesne czasy – wysokości 100 tys. guldenów, a ponadto podatkiem od piwa, przepadkiem dóbr ziemskich na rzecz korony oraz utratą przywilejów. Pomimo podźwignięcia się gospodarczego miast federacji już w ciągu następnej dekady, potęga polityczna związku nie została nigdy odbudowana.