Après une course catastrophique à Bahreïn, Webber enchaîne les bons résultats : troisième en Espagne, cinquième à Monaco, deuxième en Turquie, il se rapproche de plus en plus de son premier succès et des premières places du classement général. À nouveau deuxième derrière Vettel à Silverstone, Webber obtient sa première pole position au Grand Prix d'Allemagne, sur le Nürburgring. Le départ de la course se déroule pourtant mal puisqu'il subit deux légers contacts avec Barrichello puis Lewis Hamilton et se retrouve second derrière le Brésilien. La FIA le juge responsable du choc avec Barrichello et le pénalise. Webber reprend néanmoins la tête de la course après le ravitaillement de Barrichello et remporte sa première victoire, à presque 33 ans et après 130 courses. Après une troisième place à Budapest, il est deuxième du classement général, à dix-huit points et demi de Button mais il enchaîne une série de cinq courses consécutives sans point, ce qui annihile ses chances de titre. L'Australien est souvent impliqué dans des incidents de course, comme à Monza où il est expédié dehors à la première chicane par Robert Kubica. Il se rattrape cependant au Brésil avec une seconde victoire, éclipsée par le titre mondial de Button. Lors de la dernière course, à Abou Dabi, il sauve "" sa deuxième place devant Button, très pressant en fin de course. Mark Webber finit quatrième du championnat du monde 2009, son meilleur résultat depuis ses débuts.