Des plaines d’inondations s’étendent le long du fleuve Niger. le delta intérieur du Niger, situé dans la zone de confluence du Niger et de son affluent le Bani, entre Diafarabé, Djenné et Tombouctou, couvre une surface maximale de , regroupant de nombreux lacs, mares et marécages. En raison de sa richesse écologique, le delta a été classé site Ramsar.