Після поділу Чехословаччини нацистською Німеччиною у 1939 році Словаччину залишили з невеликою авіацією, що складалася в основному з чехословацьких бойових літаків. Ця сила обороняла Словаччину проти Угорщини в 1939 році і брала участь у вторгненні до Польщі на підтримку Німеччини. Під час Другої світової війни ВПС Словаччини було доручено оборона словацького повітряного простору і після вторгнення в СРСР забезпечило повітряне покриття для словацьких військ, які воювали проти Радянського Союзу на Східному фронті. Зайняті на Східному фронті застарілі біплани Словаччини були замінені німецькими бойовими літаками, включаючи Messerschmitt Bf 109. Повітряні сили були відправлені назад до Словаччини після того, як бойова втома і дезертирство зменшили ефективність пілотів. Словацькі авіапідрозділи взяли участь у Словацькому національному повстанні проти Німеччини з кінця серпня 1944 року.