Bij de Brits-Amerikaanse luchtaanvallen op de stad brandde het kerkgebouw in februari 1945 uit. Wegens de staalconstructie van het dak viel de schade relatief mee, terwijl de kerktoren vrijwel onbeschadigd bleef. Daarentegen waren er in het grote parochiegebied van de kerk slechts drie huizen blijven staan, waarmee er feitelijk geen Johannesparochie meer bestond. In 1951 werd het kerkschip afgebroken. Het plan was om de toren te behouden, maar de socialistische overheid stoorde zich aan de kerktoren en trof voorbereidingen om hem op te blazen. Veel burgers van de stad protesteerden tegen de voorgenomen vernietiging, maar het haalde niets uit. Op 8 april 1954 werd ten slotte ook de toren van de Johanneskerk opgeblazen. Lange tijd bleef het terrein een groene vlakte, totdat in de jaren 1990 er een katholiek gymnasium werd gebouwd.