На Кубку африканських націй 2017 року у Габоні Абдель-Шафі відіграв лише два матчі групового етапу, а його команда зуміла дійти до фіналу. Наступного року у складі збірної був учасником чемпіонату світу 2018 року у Росії, де був основним гравцем, зігравши у всіх трьох матчах, але його команда програла усі матчі і не вийшла в плей-оф.