L'anno seguente, alla guida di una formazione modificata negli uomini e negli equilibri tattici dalla campagna acquisti-cessioni, non va oltre il decimo posto in campionato e l'eliminazione in Coppa dei Campioni dopo il doppio confronto con la Juventus. Bagnoli rimane al Verona fino alla stagione 1989-1990, conclusa con la retrocessione in Serie B causata anche dal dissesto economico della società; il suo ciclo sulla panchina gialloblù comprende uno scudetto, due finali di Coppa Italia e due quarti posti, oltre a tre partecipazioni alle coppe europee, nelle quali il miglior risultato è costituito dai quarti di finale della Coppa UEFA 1987-1988. Nei nove anni di permanenza a Verona stabilisce anche il "record" di presenze di un allenatore sulla panchina gialloblù.