Dünya Ticaret Merkezi ikiz kulelerinin 11 Eylül saldırılarının ardından, Usame bin-Laden'in kayınbiraderinden birinin (daha sonra 2007'de Madagaskar'da öldürülen Muhammed Cemal Halife) Filipinler, Endonezya ve başka yerlerde terör örgütleri ile çalışmak için IIRO Filipinler ve Endonezya Şubeleri kullanıldığı iddia edildi Halife 1987 ya da 1988'de Filipinler'e IIRO Filipin şubesinin ilk başkanı olarak geldi. Ayrıca IIRO'nun Güneydoğu Asya bölge müdürüydü. Araştırmacı Zachary Abuza'ya göre Halife, Filipinler'de görünüşte hayırseverlik ve dini çalışmalar için çeşitli yardım kuruluşları ve İslami örgütler kurdu, ancak aşırı gruplara para aktardı. Filipinler Ulusal Güvenlik Danışmanı Roilo Golez'e göre "Halife hayırseverlik yoluyla toplumun iyi niyetini oluşturdu ve daha sonra halk kesimlerini ajanlara çevirdi."