שמונה שנים לאחר מכן, מק'קווארי כתב והפיק את "מבצע וואלקירי", שיצא לאקרנים ב-25 בדצמבר 2008. הסיפור מבוסס על המזימה האמיתית של 20 ביולי 1944 להתנקש בחייו של אדולף היטלר. התסריט נכתב יחד עם ניית'ן אלכסנדר. לשניים הייתה גישה לבני משפחת שטאופנברג, כמו גם לספר שכתב פביאן פון שלאברנדורף - "קנוניה ששרדה". בסרט מככב טום קרוז ובוים על ידי בריאן זינגר. בשנת 2009, מק'קווארי נשכר כדי לשכתב את התסריט עבור הסרט "וולברין".