Paco speelde 21 interlands voor het Spaans nationaal elftal. Hij debuteerde op 23 september 1998 tegen Rusland. De verdediger behoorde in 2000 tot de Spaanse selectie voor het Europees kampioenschap in Nederland en België. Paco speelde in drie van de vier wedstrijden van Spanje op het toernooi als basisspeler: tegen Noorwegen en Joegoslavië in de groep en in de verloren kwartfinale tegen latere kampioen Frankrijk. Hij kwam alleen in de tweede groepswedstrijd tegen Slovenië niet in actie. Paco speelde op 25 april 2001 tegen Japan zijn laatste interland.