Redan 1998 bröt krig återigen ut i Kongo: Andra Kongokriget kom att vara i fem år och resulterade i hundratusentals döda. Det började efter att Laurent Kabilas forna allierade, regeringarna i Rwanda och Uganda, vände sig emot honom och stödde den tutsidominerade rebellrörelsen RCD:s försök till uppror. Militär skickades till Kabilas försvar från Angola, Zimbabwe, Namibia, Tchad och Sudan och försöket att avsätta regeringen misslyckades. Tillströmningen av utländska styrkor och delningen av landet i rivaliserande maktzoner gav konflikten namnet ”Afrikas första världskrig”. Trots flera försök att få till stånd fred upphörde inte stridigheterna. Den 10 juli 1999 undertecknades ett vapenstillestånd i Lusaka och alla de utländska truppinsatserna ersattes av FN:s fredsbevarande styrka MONUC. Mindre strider pågick även efter detta. Kabila mördades den 16 januari 2001 och hans son Joseph Kabila utnämndes till statschef tio dagar senare. I oktober 2002 fick Kabila de rwandiska styrkorna att dra sig tillbaka från östra delen av landet och två månader senare skrev samtliga stridande parter under ett fredsavtal. Genom en provisorisk författning som antogs 4 april 2003 sattes formellt punkt för det krig som pågått sedan 1998. Författningen stadgade att landet under högst två och ett halvt år skulle styras av en samlingsregering med i princip alla betydande politiska krafter representerade.