Під час президенства Білла Клінтона, Леон Панетта очолював його адміністрацію у Білому домі з 1994 по 1997 роки. У 2006 році під час президентства Джорджа Буша Панетта був одним з чотирьох демократів, які входили до Цільовий двопартійної експертної групи по Іраку (комісії Бейкера-Гамільтона), яка складалася з десяти осіб, призначених Конгресом США і відповідала за формулювання незалежної оцінки ситуації в Іраку і війни США в цій країні.