Os protestantes foram outro grupo que começou a estabelecer-se no Brasil no início do século XIX. Os primeiros protestantes eram ingleses e uma igreja anglicana foi inaugurada no Rio de Janeiro em 1820. Outros foram se estabelecendo posteriormente nas províncias de São Paulo, Pernambuco e Bahia. Estes foram seguidos por luteranos alemães e suíços que se estabeleceram nas regiões sul e sudoeste e construíram seus próprios centros de culto. Após a Guerra de Secessão nos Estados Unidos em 1860, imigrantes do sul dos Estados Unidos que tentavam escapar da "Reconstrução", estabeleceram-se em São Paulo. Várias igrejas norte-americanas patrocinaram atividades missionárias, incluindo batistas, luteranos, congregacionais e metodistas.