بعد حرب العراق 2003 وقعت سامراء في جزء شمالي في ما يعرف بالمثلث السني، فكانت في مراكز الصراع خلال الحرب الأهلية العراقية الأولى (2006-2008) والثانية (2014–2017). حدث في أيام 1 - 3 أكتوبر 2004 نزاع عسكري مسلح عرفت بمعركة سامراء، بين القوات الأمريكية والعراقية من جهة وتنظيم القاعدة من جهة أخرى. فبعد سيطرة الجماعات المسلحة على المدينة، تحركت القوات العراقية والأمريكية بعملية عسكرية لتخليص المدينة والعتبة من سيطرة التنظيم القاعدة، وبعد معارك عنيفة فرضت السيطرة عليها وقامت بتشكيل قوات محلية للمحافظة على الأمن والنظام. ولكن بعد إستقرار أمني أستمر لفترة وجيزة لا تتجاوز عامان حدثت تفجير ضريح العسكريين في 22 فبراير 2006، والتي أدت إلى أشعال حرب طائفية بين الشيعة والسنة في العراق بالرغم تحذيرات المرجعية الشيعية العليا في النجف، علي السيستاني، من أن هذه القضية لا علاقة لها بالمسلمين السنة. والسنة في سامراء شاركوا في إعادة إعمار العتبة بعد انتهاء الصراع. استهدفت العتبة للمرة الثانية في 13 يونيو 2007 ادت إلى تدمير مأذنتي المرقد بالكامل. بحلول أبريل 2009، إعمارت المئذنتين.