אסטוניה השתתפה לראשונה במשחקים הפאראלימפיים באולימפיאדת הנכים ברצלונה (1992). עד משחקים אלו, התחרו הספורטאים האוקראינים במסגרת המשלחת הסובייטית, ובמשחקים שנערכו ב-1992 השתתפו, לצד ספורטאים ממדינות נוספות שהרכיבו בעבר את ברית המועצות, במשלחת מאוחדת (Unified Team). גם במשחקי החורף הפאראלימפיים לקחה אסטוניה חלק מאז אולימפיאדת הנכים אלברוויל (1992) ושלחה משלחות גם למשחקים אלו עד לאולימפיאדת הנכים סולט לייק סיטי (2002).