1578 ernannte ihn der Fürstbischof von Lüttich, Gerard van Groesbeeck, zum Gouverneur der Markgrafschaft Franchimont. Gerards Nachfolger, der Kölner Kurfürst und Erzbischof Ernst von Bayern, holte Lynden als seinen Oberhofmeister und als General seiner Artillerie an den Rhein. In diesen Funktionen nahm Lynden am Truchsessischen Krieg teil, durch den das Kurfürstentum Köln katholisch blieb.