Im ersten Turnier, an dem Querrey 2013 teilnahm, in Auckland erreichte er direkt das Halbfinale, bei dem ihn Philipp Kohlschreiber besiegte. In der nachfolgenden Woche musste er sich bei den Australian Open in der dritten Runde Stan Wawrinka geschlagen geben. Beim nächsten Turnier in San José unterlag er im Halbfinale den späteren Turniersieger Milos Raonic. In der Folge schied er bei vielen Turnieren im Achterfinale aus. Bei den French Open verlor er seine Drittrundenbegegnung gegen Gilles Simon, in Wimbledon unterlag er als an Position 21 gesetzter Spieler sein Auftaktmatch gegen Bernard Tomic. Beim Vorbereitungsturnier zu den US Open in Winston-Salem musste Querrey sich in der Vorschlussrunde Jürgen Melzer geschlagen geben. Bei den US Open verlor er in der zweiten Runde gegen Adrian Mannarino.