1865 kam Haggenmacher – gegen den Willen der Eltern – als Abenteurer nach Ägypten und ging 1866 weiter nach Khartum. 1869 gelangte er nach Sawakin und Massaua. 1872 schliesslich schloss er sich Werner Munzinger an, dem Gouverneur des Vizekönigs von Ägypten in Massaua, und wurde 1874 zu dessen Stellvertreter in Kassala ernannt. 1872 brachte er als ägyptischer Kommissar eine Sammlung sudanesischer Erzeugnisse nach Wien auf die Weltausstellung (1873).