בצד ההישגים היו טענות על רמת השחיתות - כולל שלה אישית והרכוש הרב שצברה, הניסיונות לשנות את החוקה כך שתוכל להיבחר בשלישית, והאשמות בשיתוף פעולה עם איראן בטיוח חקירת הפיגוע הפיגוע בבניין הקהילה היהודית בארגנטינה (1994), כולל חיסולו של התובע הכללי אלברטו ניסמן בינואר 2015 שעמד לפרסם את ממצאיו (לגבי הפיגוע ולגבי טיוח החקירה).