Le 29 août 1861, Ebenezer est appréhendé à Georgetown, comté de Pettis, Missouri par le colonel. Henry M. Day de la première cavalerie de l'Illinois, après une fusillade qui a coûté la vie au sergent George W. Glasgow. il est placé en état d'arrestation à Lexington. Après la bataille de Lexington, Magoffin est échangé contre l'ancien gouverneur du Missouri Austin A. King et revient rejoindre l'armée de Price.