En el contexto de la Guerra de Restauración, las defensas de Crato se modernizaron, adaptándose a los entonces modernos disparos de artillería. Para ello, a partir de 1642 se promovieron obras de mejora, que implicaron al castillo medieval en una fortificación abaluartada, con planta poligonal irregular estrellada. Sin embargo, con las obras en curso, la ciudad fue rodeada y conquistada por las tropas españolas bajo el mando de D. Juan de Austria (29 de octubre de 1662), que promovió la destrucción de sus defensas. En el incendio posterior, los documentos del Registro y Archivo del Priorato de la Orden fueron consumidos.