Auch in Schlesien sollte die Rekatholisierung umgesetzt werden. Dies geschah zunächst in den direkt der Krone unterstehenden Gebieten. Im Frieden von Prag wurde die protestantische Religionsausübung nur noch in der Stadt Breslau und in den Herzogtümern der protestantischen Piasten erlaubt. Diese Bestimmungen wurden im Westfälischen Frieden von 1648 bestätigt. Allerdings wurden vor den Toren von Schweidnitz, Jauer und Glogau sogenannte evangelische Friedenskirchen erlaubt. Nach dem Tod des letzten protestantischen Herzogs 1675 begannen die Habsburger mit der Rekatholisierung der letzten Herzogtümer. Es gelang in der Folge, etwa ein Drittel der Kirchen dem Katholizismus zuzuführen. Allerdings musste Leopold I. unter Druck von Karl XII. von Schweden 1707 die Rückkehr zu den konfessionellen Verhältnissen von 1648 versprechen. Durch das Bemühen auswärtiger Mächte bestanden in Schlesien zwei etwa gleich starke Konfessionsgruppen nebeneinander, auch wenn die Rekatholisierungsversuche bis zur preußischen Eroberung 1740 weitergingen.