Влітку 2006 року Джордано був призначений новим головним тренером «Мессіни», яка за підсумками попереднього сезону вилетіла в Серію Б. Однак, після чергового корупційного скандалу «Мессіна» зберегла прописку в Серії А і Джордано вперше отримав шанс тренувати команду в елітному дивізіоні. Проте вже 30 січня 2007 року після серії невдалих результатів Джордано був звільнений, але 2 квітня знову відновлений на посаді. У своєму другому перебуванні в «Мессіні» Джордано програв всі свої чотири матчі перед тим, як знову був звільнений 23 квітня, через 21 день після свого повторного призначення.