Michaelsen disputou a Copa de 2002, seu único torneio internacional com a Seleção Dinamarquesa - não fora convocado para a Eurocopa de 2000. Ele não entrou em campo nos 4 jogos da "Dinamáquina", que caiu nas oitavas-de-final contra a Inglaterra. A última partida internacional do meio-campista foi em 2003. Até lá, foram 20 jogos e um gol marcado.