Rachůnek pelasi alle 20-vuotiaiden MM-kilpailuissa vuonna 2011 sekä alle 18-vuotiaiden MM-kilpailuissa vuonna 2009. Tšekin A-maajoukkueessa hän on pelannut yhteensä 11 ottelua tehden neljä syöttöpistettä. Rachůnek teki A-maajoukkuedebyyttinsä 7. helmikuuta 2013 Oddset Hockey Gamesin avausottelussa Malmössä Ruotsia vastaan.