Holy Wood (In The Shadow of The Valley of Dead) var Marilyn Mansons første album efter Massakren på Columbine High School (20. april 1999), som en stor del af den amerikanske befolkning mente han var skyld i. En del medier og politikere mente at han var direkte ansvarlig for de unge gerningsmænds (Eric Harris og Dylan Klebold) handlinger, da han blandt andet synger om mord og om at være antikristen i sine sange. Marilyn Manson har senere fortalt, at han dengang stærkt overvejede at begå selvmord, fordi han mente at hele landet hadede ham, og at det var hårdt for ham at udgive et album igen. Marilyn Manson siger, at han skrev "over 200 sange" under arbejdet på "Holy Wood," - og at han aldrig har brugt de sange, der ikke kom med på albummet.