Набор книги был уничтожен в 1948 году, в январе того же года был убит Михоэлс. В книге «Люди, годы, жизнь» Эренбург пишет: "«20 ноября 1948 года, когда закрыли Еврейский антифашистский комитет, рассыпали набор „Черной книги“, забрали гранки и рукопись»". В конце 1948 г. начались аресты активных членов ЕАК. При подготовке к судебному процессу 1952 года, где обвинения были предъявлены руководству ЕАК, по свидетельству Эренбурга, участие в создании «Черной книги» занимало весьма важное место.