پس از فتح ابرشهر فتح خراسان توسط مسلمانان قندهار جزیی از ایران بزرگ محسوب می‌شد. در پی حمله‌ی مغولان به پادشاهی خوارزمشاه این شهر ویران گردید و بار دیگر در پایان سد‌ه‌ی هشتم هجری توسط امیر تیمور گورکانی قندهار ویران شد. در اوایل سده‌ی شانزدهم میلادی گورکانیان قندهار را گرفتند.