またこの頃にはポーランド王国が勢力を伸ばし、リトアニア大公国とポーランド・リトアニア連合を組んだ上に、ドイツ騎士団国と激しく対立するようになった。1410年、タンネンベルクの戦いによってポーランド・リトアニア連合は大勝し、ドイツ騎士団国はこの後衰退を続けて、1525年には世俗化したプロイセン公国としてポーランドに編入された。ポーランドとリトアニアは1569年にルブリン合同を結び、16世紀ヨーロッパに巨大な国家が出現した。この国家は貴族共和政（共和国）であり、バルト海沿岸から黒海沿岸まで影響力を誇ったが、バルト海南岸においては、共和国の庇護によるバルト・ドイツ人の自治によって発展・繁栄していった。しかし共和国は、海洋国家ではなく、バルト海に勢力を伸長させるまでには到らなかった。世紀をまたぐ強大国ではあったが、度重なる戦争によって、全般的経済危機を生じつつあり、表面的な黄金時代とは裏腹に、交易等を除いて積極的にバルト海の政治経済に関与することは無かった。なお、共和国の黄金時代は、1648年のコサックの反乱と1655年に始まる大洪水時代によって終わりを告げた。この戦争にロシア（ロシア・ポーランド戦争）やスウェーデン（北方戦争）といった周辺大国が介入し、共和国の国土は著しく荒廃した。20年にも渡る戦争によって政治的・経済的大打撃を受けた共和国は、内政改革にも失敗し、その後の一時的な中興も空しく、18世紀末の滅亡へ向かって本格的な衰退の時代に入った。16世紀には、ニシンの群れも海流の変化により完全に北海方面へと移った。