Na de Reformatie bleef de Servaas-verering doorgaan, hoewel het aantal pelgrims na 1550 sterk afnam. In de 16e eeuw vonden wel nog talrijke "noodprocessies" plaats. Nadat de stad in handen van de Republiek der Verenigde Nederlanden was gekomen (Beleg van Maastricht, 1632), was het tonen van de Noodkist en andere relieken buiten de kerk niet langer toegestaan. Meestal stond de kist op een sokkel van mergelsteen achter het hoofdaltaar op het hoogkoor, zoals op een tekening van Martinus van Heylerhoff is te zien. Volgens diverse beschrijvingen was de kist afgedekt door een "capsa", een houten omhulsel met een boogvormige afdekking dat beschilderd en verguld was. Dit omhulsel werd op gezette tijden geopend door de "custodes" (schatbewaarder). In 1634 moest men vanwege oorlogsdreiging een groot deel van de kerkschat in veiligheid brengen in Luik, maar de Noodkist behoorde daar niet bij. In 1676, tijdens de Hollandse Oorlog, besloot het kapittel, op aandringen van de magistraat van de stad, de Noodkist over te brengen naar de crypte. Ook later werd het schrijn bij oorlogsdreiging in veiligheid gebracht. Mogelijk is bij een van die gelegenheden de "capsa" verwijderd, want deze wordt na 1627 niet meer genoemd.