En 1957, il n'y a plus que 450 Juifs dans toute l'Indonésie, devenue indépendante en 1945. La communauté de Jakarta est principalement composée d'Ashkénazes, celle de Surabaya de Sépharades. En 1963, la communauté ne compte plus que et en 1997, 20, une partie à Jakarta et le reste à Surabaya, où ils entretiennent une synagogue. Des réactions hostiles aux Juifs commencent à poindre dans les années 1980 et 1990 en réaction au conflit israélo-palestinien. En 2009, les islamistes indonésiens font fermer la synagogue centenaire de Surabaya en représailles à la Guerre de Gaza de 2008-2009, opération militaire israélienne menée contre le Hamas palestinien. Cette synagogue ne servait plus pour les offices mais était toujours utilisée lors des enterrements. Sur place, subsiste toujours un cimetière juif en mauvais état.