Friedrichswerder grundades som en självständig förstad till Berlin 1662, och var den första delen av staden som anlades väster om Spreeinsel och den gamla staden Cölln. Under 1660-talet införlivades stadsdelen i Berlins fästningsverk, och "-werder" syftar på att stadsdelen då låg omedelbart innanför fästningsvallen mellan murarna och Kupfergraben. Förstaden fick 1678 ett eget rådhus. 1709 slogs Friedrichswerder tillsammans med de medeltida städerna Berlin och Cölln samt de nyanlagda förstäderna Friedrichstadt och Dorotheenstadt ihop till den nya kungliga huvudstaden Berlin. Sedan bildandet av Stor-Berlin 1920 saknar området administrativ funktion och är idag helt sammanslaget med stadsdelen Mitte.