Im Nürnberger Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher wurde Fritzsche auf Betreiben der Sowjetunion mit angeklagt, denn diese war bestrebt, auch von ihr festgenommene Kriegsverbrecher in Nürnberg abzuurteilen. Von ihren ursprünglich sechs Kandidaten waren nach Beratung mit den anderen Anklagemächten Erich Raeder und Fritzsche übriggeblieben. Fritzsche wurde als „Ersatz für Joseph Goebbels“, der sich bei Kriegsende selbst getötet hatte, angeklagt. Fritzsche wurde in dreien der vier Anklagepunkte von Nürnberg vor Gericht angeklagt. „Vor dem Internationalen Militärgerichtshof schien er seine ehemalige Rolle zu bereuen und bezeichnete sich als stets über die wahre Lage getäuschtes Opfer.“ Das Gegenteil war ihm in Nürnberg nicht nachzuweisen. So konnte er beispielsweise unwiderlegt behaupten, er habe vom Massaker von Lidice und vom Massaker in Ležáky erst im Nürnberger Prozess Kenntnis erlangt. Dass es über diese Massaker eine Meldung im deutschen Radiosender Prag und mindestens zwei Meldungen in den deutschen Besatzungszeitungen im Reichsprotektorat Böhmen und Mähren gegeben hatte, konnte im Prozess des Jahres 1945/1946 nicht nachgewiesen werden. Am 30. September 1946 wurde Fritzsche freigesprochen, womit er nicht gerechnet hatte.