Ernest Shackleton was de tweede van tien kinderen en oudste zoon van Henry en Henrietta. Op zijn zesde verhuisde het gezin naar Dublin waar zijn vader geneeskunde ging studeren. Eenmaal afgestudeerd verhuisden ze naar Sydenham bij Londen en volgde Ernest van 1887 to 1890 les aan het Dulwich College in de gelijknamige plaats Dulwich. Shackleton verliet de school, die hem al snel verveelde, op zijn zestiende om te gaan varen in de koopvaardij. In acht jaar tijd klom hij op van leerling tot tweede en eerste stuurman om in 1898 zijn kapiteinsbrevet te halen. In 1900 maakte hij kennis met de zoon van een van de belangrijkste sponsors van de Discovery-expeditie. Shackleton slaagde erin zich door diens vader te laten voordragen als lid van de expeditie, en hij werd aangeworven als derde officier. In 1904 trouwde hij met Emily Dorman, tezamen kregen ze drie kinderen - Raymond, Cecily and Edward.