В заключительный период правления Бен-Гуриона наступает тяжелый период в отношениях между США и Израилем. Президент Кеннеди предложил план урегулирования проблемы арабских беженцев путём расселения их в Израиле и в других странах Ближнего Востока. Данный план был неприемлем для Израиля, так как еврейское государство не получало никаких гарантий о выполнении арабскими странами взятых ими на себя обязательств. Бен-Гурион всячески противился этому плану, который был окончательно похоронен после убийства Кеннеди в 1963 году.