Het brute regime van Pavelić genoot weinig populariteit onder de bevolking. Veel Kroaten steunden daarom de Joegoslavische Partizanen onder Josip Broz Tito, die Joegoslavië uiteindelijk bevrijdden van de Asmogendheden. Na de bevrijding werd er massaal afgerekend met de Ustaša's. Het bekendste voorbeeld hiervan is het Bloedbad van Bleiburg, waarbij duizenden Kroaten, onder wie ook duizenden moslims, werden vermoord.