Trotz der Missionsbemühungen zahlreicher Reformatoren und des reformstionfreundlich eingestellten Hochadels hatte der Protestantismus in Polen stets einen schweren Stand. Er blieb vorwIegend auf einen Teil der Eliten, Deutschstämmige und politische wie religiöse Migranten beschränkt. Aber die Diskussionskultur und die unter den polnischen Eliten vorherrschende religiöse Toleranz beflügelten die Kultur des Landes enorm. Denn der religiöse Disput wurde in Polen nicht mit Schwertern und Musketen, sondern mit Federkiel und Druckerpresse ausgefochten, wofür Vengerscius ein gutes Beispiel ist. Doch bereits im 17. Jh. sahen sich die polnischen Protestanten großen Problemen ausgesetzt, und das waren die Probleme des ganzen Landes und weniger die Kontrreformation. Es waren die Kriege, welche viele Protestanten das Leben kosteten, Kirchen und Bibliotheken vernichteten. So endete auch das Leben dieses polnischen Reformators: 1648 brach im Südosten Polens ein großer Kosakenaufstand aus, der sogar das zentral gelegene Wlodawa erreichen sollte, wo Wengierski seinen Amtssitz hatte. In weiser Voraussicht packte er seine Frau, seine drei Söhne und seine wertvollsten Bücher auf die Pferdewagen und begab sich auf die Flucht nach Großpolen, wo sie Verwandtschaft hatten. Die Flucht gelang, aber seine Kirche, das Pfarrhaus und die meisten zurückgelassenen Bücher fielen während eines Kosakenüberfalls den Flammen zum Opfer. Am Ziel angekommen betätigte er sich wieder als Seelsorger in Schokken (poln.: Skoki). Bei einer Trauerfeier zog er sich eine Lungenentzündung zu, von der er sich nicht mehr erholte und am 11. Januar 1649 verstarb. Am 7. Februar 1649 in wurde er in Schokken bestattet.