Am 10. Juli 2001 wurde Sánchez für zwei Jahre Kommandierender General der 1. US-Panzerdivision in Wiesbaden, Deutschland. Während dieser Zeit führte er die Division in der "Operation Iraqi Freedom I" im April 2003. Am 14. Juni 2003 wurde er zum Lieutenant General befördert und übernahm das Kommando des V. US-Korps und der "Combined Joint Task Force 7" im Irak. Nach der Umstrukturierung der Kommandokette war er vom 15. Mai 2004 bis zum 4. Juli 2004 Kommandeur der Multinationalen Streitkräfte im Irak ("Multi-National Force Iraq"). Während seiner Amtszeit gelang den Koalitionstruppen die Festnahme des ehemaligen Diktators Saddam Hussein.