Als Militärarzt im Rang eines Captains lehnte Lown vor einem geplanten Koreaeinsatz die damals gesetzlich vorgeschriebene Beantwortung der Frage ab, ob er einer von damals 400 als subversiv eingestuften Organisationen angehört habe. Stattdessen plädierte er für die Abschaffung dieser diskriminierenden Gesetze, was in der von Antikommunismus geprägten McCarthy-Ära zur Degradierung und Strafversetzung an ein Militärhospital in Tacoma (Washington) führte. Dort verbrachte er das Jahr 1954 damit, vormittags die Klinikflure zu fegen und nachmittags Sprechstunden abzuhalten. Über diese Zeit sagte er später: „Sie ruinierte mein Leben ein Jahr lang und verzögerte meine Karriere um ein Jahrzehnt, aber sie machte mich zu einem besseren Arzt.“ Es folgten Assistentenstellen am "Peter Bent Brigham Hospital" (1955 bis 1956) und an der "Harvard Medical School" (1955 bis 1958).