1940年の結成当時、コマンドス隊員の訓練は各コマンド部隊の指揮官に一任されていた。ダンケルク撤退による装備の不足は英軍全体の訓練に支障を来していた。1940年12月、中東戦線における訓練および兵站の責任を担う中東コマンド部隊が編成される。1942年2月、ハイランド地方にて、チャールズ・ヘイドン准将（Charles Haydon）の指示に基づきコマンド訓練本部（Commando training depot）が設置された。指揮官チャールズ・ヴォーン中佐（Charles Vaughan）の元、コマンド訓練本部ではコマンドス隊員および交代要員の訓練が行われた。訓練内容は英陸軍の基礎訓練を発展させたものだったが、当時としては非常に革新的かつ厳しい訓練と見なされていた。訓練本部要員は志願兵の中から、コマンドス隊員に相応しい能力を備える者を注意深く選別した。訓練および評価は訓練本部到着後直ちに開始される。志願兵は、まずスピアン・ブリッジ鉄道駅からコマンド訓練本部までのを完全軍装で行軍しなければならなかった。行軍の前、ヴォーンは志願兵に対して、コマンドス隊員は当然ながら屈強でなければならず、仮に行軍に失敗したならば十分に原隊へ送り返す理由になるだろうと強調した。