Von 1987 bis 1999 arbeitete Boavida im indonesisch-besetzten Osttimor als Beamter. Ab März 2000 arbeitete er an der Universidade Nasionál Timór Lorosa'e (UNTL) an der "Faculdade de Ciências Sociais e Políticas" und im Zentrum für Geschlechterforschung als Dozent und Forscher. Von 2000 bis 2007 war er zudem in verschiedenen Aufgaben bei den Vereinten Nationen in Osttimor angestellt. Von Januar 2001 bis Mai 2004 war er als Verwaltungsassistent für die Internationalen Streitkräfte Osttimor (INTERFET) tätig und reiste als Wahlbeobachter zur Parlamentswahl in Portugal 2002. Bis Ende 2004 war Boavida dann als Wissenschaftlicher Mitarbeiter beim Programm für Land- und Eigentumsrecht tätig, bevor er im März 2005 an einem Seminar der Australian Association of Postgraduate Council (CAPA) in Neuseeland teilnahm.