Il fait partie de la liste des joueurs retenus par Warren Gatland, désigné entraîneur des "Lions" et également sélectionneur du pays de Galles, pour la tournée 2013 des Lions en Australie. Après face la Western Force puis 11 face à la NSW Queensland Country, un essai, et face aux Waratahs, dont deux essais, plus grosse performance pour un joueur des "Lions" sur le sol australien, il s'affirme comme le titulaire indiscutable pour le poste d'arrière pour le premier test. Lors de celui-ci, il transforme les deux essais des "Lions" et inscrit trois de ses quatre tentatives lors de la victoire à Brisbane. Lors du deuxième test, disputé à Melbourne, il inscrit les de son équipe avant que les Australiens ne parviennent à prendre l'avantage en fin de rencontre grâce à un essai transformé. Halfpenny a toutefois la possibilité de retourner la situation, mais sa tentative sur une pénalité du centre du terrain s'avère trop courte. Les "Lions" remportent finalement la série en s'imposant à Sydney lors du dernier test sur le score de . Lors de ce troisième test, il établit deux records pour les "Lions" ; avec 21 points, il dépasse le précédent record de détenu par Jonny Wilkinson contre l'Argentine en 2005, et Stephen Jones en 2009 contre les "". Il dépasse également Neil Jenkins pour le nombre de points inscrit dans une série avec 49 contre 41 réalisés par son compatriote en 1997