Il était le fils de l'éditeur et musicien Antonio Pacini et de Jacqueline Rosier. Sa sœur Eugénie Jeanne Pacini, est la mère d’Antony Choudens, compositeur et éditeur de musique. Émilien Pacini travaillait dans l'administration des théâtres et occupait les fonctions de censeur dramatique au ministère de l'Intérieur. Il était ami avec Rossini, pour qui il a écrit les paroles de la cantate composée à l'occasion de l'Exposition universelle de Paris de 1867.