Когда началась война, Хант был направлен в форт Пикенс во Флориде, где пробыл с 19 апреля по 28 июня 1861 года. Оттуда он был переведён в Вирджинию и участвовал в наступлении на Манассас. Во время первого сражения при Булл-Ран он командовал батареей из 4-х орудий, и после отступления прикрывал отвод армии. Когда разбитая армия Макдауэлла отошла к Вашингтону, Хант был назначен шефом артиллерии Вашингтона. Он находился на этой должности с 23 июля по 13 сентября 1861 года.