Stefan Rehn fikk sin landslagsdebut for 1988, og hans første landslagsturnering var Sommer-OL i Seoul i 1988. Han deltok deretter under EM i 1992 arrangert på hjemmebane, da landslaget spilte seg til en plass i semifinalen som de tapte mot . Rehn var også med i troppen under VM i 1994 som ble arrangert i USA, hvor Sverige ende opp på en overraskende bronseplass etter å ha vunnet bronsefinalen mot . Fra 1988 og frem til 1995 fikk han tilsammen 45 landskamper og seks mål for Sverige.