ב-1 ביולי 1999 באלאק סיכם את תנאיו במועדון השלישי בקריירה שלו, באייר לברקוזן, שרכשה אותו מקייזרסלאוטרן תמורת 4.1 מיליון אירו. מאמני הקבוצה כריסטוף דאום וקלאוס טופמולר הורו לבאלאק לשחק בעמדה ההתקפית של הקישור, לפני החלוצים. שינוי זה תרם רבות להצלחתה של לברקוזן, כאשר באלאק הבקיע 27 שערי ליגה ועוד תשעה במסגרות האירופיות בשלוש עונותיו בלברקוזן. בשתי עונותיו הראשונות בקבוצה באלאק היה חלק מקבוצה שהתמקמה היטב בצמרת הבונדסליגה. בעונתו השלישית בקבוצה, 2001/02, באלאק ולברקוזן היו קרובים מאוד לזכייה באליפות ונדרשו לתוצאת תיקו מול אונטרהאכינג, אך שער עצמי של באלאק פגע בסיכויי הקבוצה, שהפסידה לבסוף 2-0 ואיבדה את האליפות. לברקוזן הפסידה באותה עונה גם בגמר ליגת האלופות 2002 בתוצאה 2-1 לריאל מדריד, ובגמר הגביע הגרמני בתוצאה 4-2 לשאלקה 04. על אף העונה המאכזבת שהייתה ללברקוזן ב-2002, בה איבדה שלושה תארים, באלאק הוכרז ככדורגלן השנה בגרמניה, לאחר שהיה השחקן המוביל של הקבוצה, שכללה גם את אוליבר נויביל, זה רוברטו, ילדיריי בשטורק, ואולף קירסטן, והבקיע 17 שערי ליגה. ראוי לציין שלאחר שבאלאק איבד שלושה תארים באופן אכזרי, הוא הפסיד גם בגמר מונדיאל 2002 עם נבחרת גרמניה בתוצאה 2-0 לנבחרת ברזיל, ובעצם הפסיד ארבעה תארים בטווח זמן קצר, שבהם היה גם יכול לזכות. עובדה זו יצרה לבאלאק תדמית של לוזר.