El 220 aC, la Lliga va entrar en conflicte amb el jove Filip V de Macedònia, qui els va derrotar, de manera que la Lliga va aliar-se amb la república romana que també lluitava contra Filip. El rei macedoni va ser vençut finalment en la segona guerra macedònica a la Batalla de Cinoscèfales l'any 197 aC. Els etolis no van poder recuperar les seves possessions que estaven en mans del seu victoriós aliat, i es van unir a Antíoc III el gran de Síria per lluitar contra Roma en el conflicte conegut com la Guerra Romano-Síria. Quan Antíoc va ser derrotat per Roma al 190 aC, els etolis també es van rendir a l'any següent. La Lliga es va dissoldre formalment l'any 167 aC.