Доласком Турака на ово подручје (1521. године), манастир је опустео, али само привремено. Већ 1561. године у манастирску цркву долази зворнички епископ Павле, што доказује да манастир живи. По заповести овог митрополита овде је 1576. писан један типик. У овом се манастиру замонашио сегедински митрополит Георгије, који је 1579. и 1581. дао цркви прилоге у књигама. Петковица се спомиње и у 16. и17. веку током којих је постојала и радила преписивачка школа, а када су Аустријанци преузели од Турака ове крајеве 1718. године, у манастиру је била школа за спремање свештеника. Током устанка, после Боја на Мишару, Турци су попалили цркве и манастире по Мачви, а међу њима и манастир Петковицу. Одмах после ослобођења од Турака манастир је обновљен, али поново страда у Првом и Другом светском рату.