Koncem dubna 1943 se Žarnov musel jako lékař zúčastnit mezinárodního vyšetřování masových vražd v Katyňském lese, shromážděný důkazní materiál široce využívala tehdejší německá propaganda. Protože šlo o brutální stalinskou likvidaci tisíců polských důstojníků, což se po celé následující půlstoletí nejpřísnější tajilo a popíralo, Žarnov musel za svou veřejnou zprávu o válečných zločinech nést represivní důsledky po celý život (vězení, emigrace). Po zjištění otřesných faktů kolem vražd důstojníků, otevřeně varoval před sovětským bolševismem. Od té doby jeho občanské osudy dostávaly nebezpečný spád, od podzimu 1944 přímo hrozivý. Odmítal povstání a neuznával londýnskou vládu a setrval na platformě slovenské státnosti. Slovenská národní rada „doporučila rozsudek smrti pro 38 zločinců“, kterými se mysleli výlučně domácí spisovatelé. Ve jmenném seznamu, zcela na konci podle abecedního pořadí, se nacházelo i jméno Andreje Žarnova.