W Interze zadebiutował 26 września 1997 wygranym 2-0 meczu z Neuchatel Xamax w Pucharze UEFA 1998. Był to udany debiut, gdyż Zé Elias strzelił w nim bramkę. W pierwszym sezon we Włoszech Zé Elias zakończył z Pucharem UEFA 1998 oraz wicemistrzostwem Włoch 1998. Drugi sezon w Interze był zupełnie nieudany. Inter zajął 8 miejsce w Serie A, odpadł w półfinale Pucharu Włoch oraz ćwierćfinału Ligi Mistrzów. 27 maja 1999 w przegranym 1-2 meczu z Bologną Zé Elias wystąpił po raz ostatni w barwach Interu. Ogółem przez dwa sezony Zé Elias wystąpił w Interze w 53 meczach (33 w lidze, 11 w europejskich pucharach oraz 9 w Pucharze Włoch) i strzelił 4 bramki (2 w europejskich pucharach oraz 2 w Pucharze Włoch). W sezonie 1999–2000 występował w FC Bologna, w której rozegrał 19 meczów ligowych. W 2000 roku przeszedł do Olympiakosu Pireus. W Pireusie występował przez 3 lata i zdobył trzy tytuły mistrza Grecji w 2001, 2002 i 2003 roku.