Lefkantín asutuksen tunnetuin vaihe rakennettiin noin 1100–1000 eaa. Aikakausi oli protogeometriseksi kaudeksi kutsuttua Kreikan varhaista rautakautta, ja se luetaan perinteisesti osaksi niin kutsuttuja Kreikan pimeitä vuosisatoja. Lefkantín löydöt ovat kuitenkin haastaneet perinteisen käsityksen ”pimeistä vuosisadoista” ja kulttuurin romahduksesta kyseisenä aikana, sillä se ei osoita erityisiä merkkejä taantumisesta. Paikka on ollut asuttuna myöhäiselle geometriselle kaudelle noin ajalle 750–700 eaa. saakka. Alue hylättiin mahdollisesti Lelantoksen sodan vuoksi.