ב-11 בספטמבר 1973, צ'ילה חוותה הפיכה כאשר כוחות הנאמנים לגנרל אוגוסטו פינושה השתלטו על הממשלה והדיחו את הנשיא סלבדור אלנדה. אלפי צ'יליאנים ברחו מהארץ מחשש לרדיפה. ב-28 בספטמבר 1973, צרפת החלה לקלוט פליטים מצ'ילה ליישוב מחדש. זמן קצר לאחר ההפיכה ניתקה צרפת את היחסים הדיפלומטיים עם צ'ילה עקב הפרות זכויות האדם על ידי הממשלה. היחסים בין צ'ילה לצרפת כוננו מחדש בשנת 1989 כשחזרה הדמוקרטיה בצ'ילה. בשנת 2003 שידרה העיתונאית הצרפתית מארי-מוניק רובין סרט תיעודי שכותרתו "Escadrons de la mort: l'école française" (חוליות המוות: בית הספר הצרפתי) בערוץ הטלוויזיה הצרפתי Canal +. בסרט התיעודי הצהירה הגב' רובין כי היא גילתה ארכיונים בקה ד'אורסה שהראו כי ממשלתו של נשיא צרפת ואלרי ז'יסקר ד'אסטן שיתפה פעולה עם הגנרל אוגוסטו פינושה וארצות הברית במבצע קונדור, קמפיין של דיכוי פוליטי וטרור ממלכתי הכוללים פעולות מודיעין והתנקשויות בצ'ילה, כדי למגר את ההשפעה והרעיונות הקומוניסטיים או הסובייטים. בפברואר 2004 הצהיר שר החוץ הצרפתי דומיניק דה וילפן בביקור בצ'ילה כי לא היה שום שיתוף פעולה בין צרפת למשטר הצבאי של צ'ילה.