1812年、バグラチオンは西部第2軍を指揮したが、モギリョフ（1812年7月23日）で敗北したため、バルクライ・ド・トーリ指揮下の主力部隊に編入された。そしてボロジノの戦い（1812年9月7日）においては軍左翼を指揮したが、そこで彼は致命傷を負った。彼は9月12日、叔母の所領であるジーミ村で死んだ。