1937年12月8日、日中戦争の南京攻略戦により、日本は第三国人に対して南京からの退去を申し入れた。アチソンら大使館員は12月11日に合衆国艦隊の揚子江警備船パナイ号で避難を開始。しかしながら翌12月12日、パナイ号は日本軍から空襲を受け沈没（パナイ号事件）。アチソンらは大使館員は救助され、上海に搬送された。1938年3月11日、アチソンは南京へ戻ったが、その2日後に再び上海へ移動した。