En 1800, se convirtió en de la Monarquía Habsburgo. Como tal, firmó el Tratado de Lunéville en 1801, y reconoció el título imperial de Napoleón. En 1805, el Imperio austriaco tomó parte en la Guerra de la Tercera Coalición, y fue derrotado en la batalla de Austerlitz, lo que llevó a la dimisión de Cobenzl.