Berasal dari keluarga kaya, ia tinggal di Miletos, kemudian di bawah pemerintahan Persia di satrap Lydia. Ia aktif di masa Perang Yunani-Persia. Setelah melakukan perjalanan dengan ekstensif, ia menetap di kota asalnya, di mana ia menduduki posisi tinggi, dan mencurahkan waktunya untuk komposisi karya-karya geografis dan sejarah. Ketika Aristagoras, yang bertindak sebagai tiran Miletos, mengadakan sebuah dewan orang-orang Ionia terkemuka di Miletos untuk mengorganisir sebuah pemberontakan melawan pemerintahan Persian, Hekataios sia-sia untuk mencegah pasukan negaranya melakukan usaha tersebut. Pada tahun 494 SM, ketika orang-orang Ionia yang dikalahkan berkewajiban untuk menuntut persyaratan, ia adalah salah satu dari para utusan Satrap Persia, Artaphernes, yang ia yakin mengembalikan konstitusi kota-kota ionik. Hekataios adalah sejarahwan Yunani pertama yang dikenal dan merupakan salah satu penulis klasik pertama yang menyebutkan suku Kelt.