Naar aanleiding van de Israëlische aanval op de Gazastrook eind 2008-begin 2009, liepen de SP-Tweede Kamerleden Van Bommel en Sadet Karabulut op 3 januari 2009 in Amsterdam mee in een betoging tegen het optreden van Israël, waarbij zij de leus "intifada (opstand), intifada, Palestina vrij" scandeerden. Dit leidde tot kritiek van de VVD, PVV en het CIDI, die stelden dat dit een oproep tot geweld was. Ook SP-fractievoorzitter Agnes Kant verklaarde: "Ik zou het niet zo gedaan hebben, want het leidt tot misverstanden". Van Bommel ontkende dat hij had willen oproepen tot geweld, volgens hem kan intifada ook worden opgevat als "burgerlijke ongehoorzaamheid". Het incident was voor rabbijn Raphael Evers van het NIK aanleiding om te verlangen dat Van Bommel niet aanwezig zou zijn bij de Auschwitzherdenking op 25 januari te Amsterdam. Het Nederlands Auschwitz Comité - de organisator van de bijeenkomst - verklaarde echter dat Van Bommel welkom was en noemde de zaak "een opgeblazen affaire". Maar uiteindelijk liet Van Bommel weten niet aanwezig te zullen zijn omdat hij niet wilde "dat commotie rond zijn aanwezigheid ten koste zou gaan van de eigenlijke herdenking".