הרב פרנקל נשא עמו תמיד את תודעת השואה, ובכל נאום שנשא העלה את עניין השואה ואת השמדתם של יהודי פולין. בשנת 1950 קרא לקביעת צום מיוחד לזכר השואה, מבלי להסתפק בקביעת עשרה בטבת כ"יום הקדיש הכללי". בשנת 1963 ביקר בפולין כחבר משלחת ישראל לציון עשרים שנה למרד גטו ורשה. אמירת ה"קדיש", הראשון לאחר החורבן, על יד מצבת הגטו בעת טקס האזכרה, השאירה רושם עז. בביקורו במחנה ההשמדה בטרבלינקה גילה כי עצמות היהודים עדיין פזורות בשטח המחנה ההרוס. הוא אסף את העצמות והביאן לקבורה בבית העלמין נחלת יצחק. על הקבר הקים את האנדרטה הגדולה עליה חרוטה המילה "טרבלינקה". מדי שנה היו מתאספים לידה שרידי הנספים וקרוביהם, ואת טקס האזכרה היה עורך הרב פרנקל. כמו כן יזם את הקמת האנדרטאות לקדושי "באבי יאר" וקהילות אחרות, בבית קברות נחלת יצחק.