フィリップ・トルシエ監督による新体制移行後も代表招集され、1999年に行われたコパ・アメリカ1999ではペルー戦・ボリビア戦でそれぞれ1得点を挙げた。しかし日本代表はこの大会で良いところなく敗退し、トルシエは「呂比須以外の選手はこの大会の価値を理解していない」と発言した。余談であるが呂比須が代表で挙げた5得点のうち3得点がW杯予選、2得点がコパ・アメリカであり、すべて最重要な大会のビッグマッチである。(1998年3月4日のダイナスティカップで1得点したが、対戦相手が香港リーグ選抜であっため国際Aマッチ扱いではない。)