Den 1 mars 1939 förflyttades Busse till Oberkommando des Heeres (OKH). Han befordrades till överstelöjtnant den 1 april 1939, blev den 25 oktober 1940 operationschef vid generalstaben vid 11. armén och kom som sådan att vara involverad i det tyska anfallet mot Sovjetunionen 1941. Han befordrades till överste den 1 augusti 1941 och deltog 1942 vid fronten på Krim. Den 24 maj 1942 förlänades Busse med tyska korset i guld. 1943 förflyttades han till armégrupp Süd, vid vilken han befordrades till generalmajor den 1 mars 1943 och blev armégruppens generalstabschef. Den 1 september 1943 befordrades han till generallöjtnant, blev i mars 1944 generalstabschef vid armégrupp Nordukraina och upptogs i juli 1944 i Führerreserven. Samma månad blev Busse befälhavare för 121. infanteridivisionen och innehöll tjänsten fram till den 1 september. Den 9 november 1944 utnämndes han till general av infanteriet samt till befälhavare för I. armékåren. I mitten av januari 1945 utsågs Busse till befälhavare för 9. armén.