Gbagbos Amtszeit wurde überschattet durch einen Bürgerkrieg, der im September 2002 ausbrach und zu einer Spaltung des Landes führte. Während der Norden der Elfenbeinküste von Rebellen kontrolliert wurde, wurde der Süden von Gbagbo nahestehenden Soldaten beherrscht. Der Bürgerkrieg endete 2007 mit einem Waffenstillstand, der ehemalige Rebellenführer Guillaume Soro wurde zum Premierminister ernannt.