Jelačić y los supervivientes de su mando se unieron a la retirada del Archiduque Juan en Hungría. En la batalla de Raab, comandó a 7.500 hombres de la división del flanco derecho. Con la ayuda de la reserva del ejército, sus soldados rechazaron el primer ataque franco-italiano, pero la acción terminó en una derrota austriaca. Él comandó su división en la Batalla de Wagram, pero el ejército de Juan llegó demasiado tarde al campo para tener algún efecto en el resultado. Murió el 4 de febrero de 1810 en Zalaapáti en la actual Hungría.