Als 1798 von Napoleon die Invasion nach Ägypten geplant wurde, holte er Dufriche Desgenettes und machte ihn zum obersten Militärarzt dieses Expeditionsheeres und als solcher war Dufriche Desgenettes Mitglied im Generalstab von André Masséna. Als Arzt war er auch Mitglied der Commission des sciences et des arts und schrieb an der "Description de l’Égypte" mit.