Giovanni era ora re di un impero che toccava quattro continenti, ma anche di un regno che era in guerra con Spagna e Francia. Il suo primo atto regale segnato fu quello di rinnovare l'appartenenza del Portogallo alla Lega di Augusta e di continuare quindi la guerra a fianco del Regno Unito e degli Asburgo.. Questo nuovo livello di coinvolgimento delle truppe portoghesi nel conflitto, aveva permesso al generale António Luís de Sousa, marchese di Minas, di catturare Madrid il 28 giugno 1706. Mentre il Portogallo investiva diverse risorse nella guerra, al contrario dei predecessori di Giovanni che avevano cercato in ogni modo di evitare la partecipazione a conflitti in Europa, l'attività guerresca perse ben presto interesse presso il re che era troppo impegnato a occuparsi dell'amministrazione del proprio regno e dei propri domini.