Το παράδειγμα των Κυκλάδων ακολούθησαν οι κάτοικοι της Κρήτης οι οποίοι ανέπτυξαν έναν πολιτισμό ακόμα μεγαλύτερης συνθετότητας. Μετά τη δημιουργία πόλεων, την εφαρμογή κατανομής της εργασίας και την ένταση της διά θαλάσσης επικοινωνίας, στις αρχές της 2ης χιλιετίας ιδρύθηκαν στο νησί μεγάλα ανάκτορα, όπως στην Κνωσό, και αλλού, τη Φαιστό, τα Μάλια και τη Ζάκρο, που αποτέλεσαν πολιτικά, οικονομικά και πολιτιστικά κέντρα, ενώ ξεκίνησε η χρήση μίας γραμμικής γραφής, της γραμμικής Α. Ο πολιτισμός αυτός ήρθε στο φως στις αρχές του 20ού αιώνα με τις ανασκαφές του Βρετανού αρχαιολόγου Άρθουρ Έβανς στην Κνωσό και έγινε γνωστός με το όνομα «μινωικός πολιτισμός» από το μυθικό βασιλιά της Κνωσού Μίνωα. Οι Μινωίτες κυριάρχησαν στη θάλασσα και άσκησαν έντονη επίδραση στον υλικό πολιτισμό των νησιών του Αιγαίου και της ηπειρωτικής Ελλάδας. Η έκρηξη του ηφαιστείου της Σαντορίνης περί το 1600 π.Χ. έπληξε την Κρήτη και κατέστρεψε τα ανακτορικά κέντρα.