Методий Шаторов родился 10 января 1898 года в городе Прилеп Османской империи. Окончил болгарскую экзархийскую гимназию в Прилепе, а позднее преподавательские курсы в Скопье. В 1919 году после присоединения Вардарской Македонии к Югославии эмигрировал в Болгарию, в Софию. Спустя год был принят в Болгарскую коммунистическую партию, в 1923 году участвовал в Сентябрьском восстании. С 1925 года являлся членом ВМРО. В 1928 году вошёл в состав ЦК Компартии Болгарии. Был арестован полицией 4 сентября 1928 за поддержку коммунистов и отправлен в тюрьму, однако в июле 1929 года был освобождён и сбежал в СССР.