Nel 1057 quando era ancora una bambina Margherita tornò in Inghilterra insieme alla famiglia, il suo prozio Edoardo il Confessore era infatti senza figli e pareva voler nominare quale erede suo padre Edoardo. Purtroppo egli morì poco dopo il ritorno in patria, ma sia lei che i fratelli rimasero alla corte inglese tanto più che suo fratello Edgardo era considerato un erede papabile. Il Confessore morì nel gennaio del 1066 e il Witan elesse quale suo successore Harold Godwinson ritenendo, forse, che Edgardo, con i suoi quindici anni circa, fosse troppo giovane per garantire un regno stabile. Il regno di Harold durò pochi mesi, nell'ottobre dello stesso anno egli venne ucciso alla Battaglia di Hastings che si consumò contro i normanni di Guglielmo il Conquistatore, Edgardo venne nominato re, ma in dicembre Guglielmo salì al trono come Guglielmo I d'Inghilterra ed Edgardo dovette riparare in Normandia. Nel 1068 quando tornò portò la madre e le due sorelle in Northumbria.