Wiele sukcesów osiągnął też podczas mistrzostw Europy. W Budapeszcie 1966 został mistrzem w sztafecie 4 x 400 m (wraz z Stanisławem Grędzińskim, Edmundem Borowskim i Andrzejem Badeńskim), a w biegu na 200 m był czwarty. W Atenach 1969 został mistrzem Europy na 400 m, a sztafeta 4 x 400 m z udziałem Wernera była czwarta. Podczas mistrzostw w Helsinkach 1971 wywalczył brązowy medal na 400 m oraz srebrny w sztafecie 4 x 400 m (z Janem Balachowskim, Waldemarem Koryckim i Andrzejem Badeńskim). Zdobył też cztery złote i srebrny medal podczas halowych mistrzostw Europy w sztafecie 4 x 2 okrążenia oraz srebrny medal indywidualnie (w Belgradzie 1969).