Tijdens de Koude Oorlog heeft het Westen Carlos steeds beschuldigd KGB-agent te zijn. Dit is hoogst onzeker, mede gezien het feit dat nu vaststaat dat hij niet betrokken is geweest bij de aanslag op de Israëlische atleten in München (1972) of de kaping van het Air France-toestel op de luchthaven van Entebbe (Oeganda) in 1976.