У 1955 році з повстання південносуданських солдатів у місті Торіт почалася Перша громадянська війна в Судані, яка тривала до 1972 року. Під час Другої громадянської війни (1983–2005) Джуба мала стратегічне розташування і була місцем великих бойових дій.