Tuvo un papel activo en las Campañas de Azov (1695-1696) contra el Imperio otomano. Durante la primera visita al extranjero del zar, Ménshikov le acompañó en sus estudios navales en Ámsterdam, adquiriendo conocimientos de las lenguas coloquiales holandesa y alemana. En 1700, estalla la Gran Guerra del Norte con Suecia, que se prolongará hasta 1721. En esta guerra Ménshikov demostró grandes aptitudes militares. Como Pedro, no asiste a la batalla de Narva. Sin embargo, se distingue en la ofensiva rusa sobre Ingria en 1702. Es uno de los comandantes de las tropas que asedian la fortaleza de Nöteborg, en el ángulo que forman el lago Ládoga y el Neva. La toma de esta plaza, rebautizada como Shlisselburg fue importante para Rusia, ya que le dio acceso al Báltico. El mismo año, y no lejos de esta fortaleza, Pedro funda San Petersburgo, la futura capital. En 1707, Ménshikov se pone a la cabeza de las tropas cosacas, En 1709, es enviado a Ucrania y actúa como subordinado de Borís Sheremétev, comandante en jefe durante la retirada ante Carlos XII de Suecia en 1708, participando subsiguientemente en la , la victoria sobre Iván Mazepa (tomando Baturin y masacrando a toda su población), y la definitiva victoria de la batalla de Poltava sobre Carlos XII (26 de junio de 1709; él mandaba el ala izquierda del ejército), donde conseguiría su bastón de mariscal de campo.