초기 청나라의 통치는 "문화 다원주의적 접근"으로 특정된다. 이에 따라 중국인들의 신장 지역으로의 정착은 금지되었고, 지배를 받는 지역의 토착 관리들을 통한 간접 통치가 시행되었다. 중국의 다른 지역에서 반란으로 인해 지방 인구에 부과되는 세금 부담이 증가하면서 후이족이 이끄는 무슬림 반란이 다수 발생했다 . 후이족의 거주 지역은 후에 탈환되었고 1884년에 공식적으로 편입되었다.