Ao voltar à Inglaterra, onde a Guerras dos Bispos pressagiava novos conflitos armados, Milton começou a escrever tratos em prosa contra o episcopado, a serviço da causa puritana e parlamentar. Sua primeira incursão em polêmicas foi "Of Reformation touching Church Discipline in England" (1641), seguida por "Of Prelatical Episcopacy", as duas defesas de "Smectymnuus" (um grupo de teólogos presbiterianos nomeados a partir de suas iniciais: a "TY" pertencia ao seu antigo tutor, Thomas Young), e "The Reason of Church-Government Urged against Prelaty". Atacou vigorosamente o partido da Alta Igreja anglicana e seu líder, William Laud, arcebispo da Cantuária.