Молодой царь сильно подчинился влиянию Бориса Морозова. Задумав жениться, он в 1647 году выбрал на смотре невест себе в жёны Евфимию, дочь Рафа Всеволожского, но отказался от своего выбора благодаря интригам, в которые, вероятно, замешан был сам Б. И. Морозов. В 1648 году, 16 (26 по новому стилю) января, царь заключил брак с Марьей Ильиничной Милославской; вскоре затем Б. И. Морозов женился на её сестре Анне. Таким образом Б. И. Морозов и его тесть И. Д. Милославский приобрели первенствующее значение при дворе. К этому времени, однако, уже ясно обнаружились результаты плохого внутреннего управления Б. И. Морозова. Царским указом и боярским приговором ( года установлена была новая пошлина на соль. Эта пошлина заменила не только прежнюю соляную пошлину, но и ямские и стрелецкие деньги; она превосходила рыночную цену соли — главнейшего предмета потребления — приблизительно в 1⅓ раза и вызвала сильное недовольство со стороны населения. К этому присоединились злоупотребления И. Д. Милославского и молва о пристрастии царя и правителя к иностранным обычаям. Все эти причины вызвали народный бунт (Соляной бунт) в Москве и беспорядки в других городах; ( года народ стал требовать у царя выдачи Б. Морозова, затем разграбил его дом и убил окольничего Л. Плещеева и думного дьяка Н. Чистого. Царь поспешил тайно отправить любимого им Б. И. Морозова в Кирилло-Белозерский монастырь, а народу выдал окольничего Траханиотова. Новая пошлина на соль отменена была в том же году. После того, как народное волнение стихло, Морозов вернулся ко двору, пользовался царским расположением, но не имел первенствующего значения в управлении.