Après la finale européenne, il rejoint le club basque de l'Athletic Bilbao où, souffrant d'une blessure, il joue peu et décide de ne rester qu'une saison. Il rejoint le Bayern Munich où il dispute le titre de champion d'Allemagne ainsi que la Ligue des champions chaque année. Après un triplé en Bundesliga entre 1999 et 2001, il remporte aussi la C1 cette dernière année. Finaliste de la Supercoupe de l'UEFA, il remporte la Coupe intercontinentale à la fin de l'année. En 2004, il souhaite revenir en France, mais ses six mois à l'Olympique de Marseille sont un échec et il décide de revenir à Munich. Pour ses deux dernières saisons, il réalise deux doublés coupe-championnat d'Allemagne. Au total, il remporte six Bundesliga, cinq coupes d'Allemagne et autant de coupes de la Ligue. Pendant ses années au Bayern, il est élu plusieurs fois meilleur arrière gauche de Bundesliga. Durant sa carrière, Lizarazu est considéré comme un des meilleurs joueurs à son poste.