Tijdens de Terreur kwam het tot een vervolging van de refractaire clerus, die niet zelden meedeed aan contrarevolutionaire opstanden, zoals in de Vendée en Bretagne. Later werd zelfs elke christelijke eredienst verboden. Meteen na het einde van de Terreur (1794) werd de godsdienstvrijheid hersteld maar tegelijk een scheiding van kerk en staat doorgevoerd. In feite bestonden er een "constitutionele" en een "refractaire" kerk naast elkaar, waarbij de tweede zeker op het platteland verreweg de grootste was, terwijl grote delen van de bevolking, vooral in de steden, ontkerstend waren.