Louis Begley, geboren als Ludwik Begleiter, ist das einzige Kind des Arztes Dawid Begleiter (1899–1964) und seiner Frau Franciszka, geborene Hauser (1910–2004). Die jüdische Familie lebte in Stryj in Galizien, das 1939 infolge des Hitler-Stalin-Paktes von sowjetischen Truppen besetzt wurde. Im Vorfeld des deutschen Angriffskrieges wurde der Vater 1941 als Lazarettarzt in die Sowjetunion deportiert und verbrachte den Großteil des Krieges in Samarkand. Die Großeltern väterlicherseits wurden im September 1941 verschleppt und ermordet, den Großeltern mütterlicherseits gelang es, mithilfe falscher Papiere unterzutauchen. Die Mutter blieb allein mit dem Jungen zurück und erlebte ab Juni die Judenverfolgung der deutschen Besatzer. So durfte Ludwik nach dem ersten Schuljahr keine Schule mehr besuchen. Vor der geplanten Einrichtung eines Ghettos floh Franciszka Begleiter im Winter 1941/42 mit ihrem Kind nach Lemberg, wo sie sich mit gefälschten Papieren als polnische Katholiken auswiesen. Im März 1943 flüchteten Mutter und Sohn weiter nach Warschau. Während des Warschauer Aufstands lebten sie im August und September 1944 in Kellern. Nach der Niederschlagung des Aufstands konnte Franciszka Begleiter sich und ihren Sohn durch eine List vor der drohenden Deportation nach Auschwitz retten. Sie versteckten sich in einem Dorf in Masowien und später in der südpolnischen Stadt Kielce, bis der Einmarsch sowjetischer Truppen im Januar 1945 für sie den Krieg beendete.