Mit der Deutschen Revolution 1848 fing Niebour an, sich politisch zu betätigen und veröffentlichte eine Schrift über die Einführung von Geschworenengerichten, einer der populären Forderungen der Volksbewegung. Zusammen mit seinem Bruder Wilhelm wurde er 1849 Mitglied des Oldenburgischen Landtags, beide vertraten linksliberale Positionen. Gemeinsam mit dem mit ihm verschwägerten Dagobert Böckel trat Niebour dem Bündnisvertrag mit dem reaktionären Preußen entgegen. 1852 war er für zwei Jahre nicht im Parlament vertreten. Nach seiner Rückkehr war Niebour von 1858 bis 1861 dessen Präsident. Im Konflikt mit der Landesregierung legte er am 17. April 1861 das Amt des Landtagspräsidenten und wenig später auch sein Landtagsmandat nieder.