In Budapest eingetroffen, unterrichtete ihn Horthy, dass er zum Ministerpräsidenten ernannt werden solle. Am 29. August 1944 wurde die Regierung von Döme Sztójay gestürzt und Lakatos mit der Regierungsbildung beauftragt. Ferner erhielt er die Aufgabe, Ungarn im Zuge eines geheimen Waffenstillstandes mit den Westalliierten aus dem Krieg ausscheiden zu lassen. Das Vorhaben scheiterte, da die Westalliierten ihn an die Sowjetunion verwiesen. Lakatos’ Militärregierung stoppte die Deportation der ungarischen Juden. Um Lakatos zu stürzen, entführte das deutsche Kommandounternehmen „Panzerfaust“ unter Führung von Otto Skorzeny am 15. Oktober 1944 Miklós Horthy Jr. (1907–1993), den Sohn des Reichsverwesers. Daraufhin proklamierte Horthy über den Rundfunk, er habe für Ungarn um Waffenstillstand gebeten. Die Pfeilkreuzler setzten Horthy am selben Tag ab und installierten eine faschistische Regierung unter Ferenc Szálasi. Lakatos musste gleichentags zurücktreten und wurde von den Pfeilkreuzlern in Sopron vom 21. Oktober 1944 bis 1. April 1945 unter Hausarrest gestellt.