Nonostante queste vittorie e queste morti eccellenti la guerra continuò. I figli di Pompeo, Gneo il Giovane e Sesto, insieme a Tito Labieno, precedentemente legato di Cesare durante la guerra in Gallia, fuggirono in Spagna. Cesare li inseguì e sconfisse gli ultimi epigoni dell'opposizione nella battaglia di Munda nel marzo del 45 a.C. Durante quel periodo, Cesare fu eletto per il terzo e quarto mandato a console; nel 46 a.C. con Marco Emilio Lepido e nel 45 a.C. (senza collega).