Em 1861 Scofield morou na casa de parentes em Lebanon, Tennessee. No início da Guerra Civil Americana, aos 17 anos de idade Scofield serviu como soldado raso na 7ª Infantaria do Tennessee, e seu regimento lutou na Cheat Mountain, Sete Pinheiros, e a Antietam. Em 1862, depois de passar um mês no Hospital Chimborazo em Richmond, Scofield teve sua petição de liberação aceita. Ele, então, retornou para Lebanon e foi, novamente, recrutado para os Serviços Confederados. Encaminhado para McMinnville (Tennessee), Scofield desertou e fugiu para trás das linhas da União em Bowling Green (Kentucky). Após realizar o juramento de obediência à União, foi permitido a Scofield translado seguro para St. Louis (Missouri), local onde se estabeleceu.