Джон Николсон родился в семье доктора Александра Джеффри Николсона () и Клары Хогг (). Благодаря помощи дяди Джеймса Хогга он стал офицером и принял участие в первой англо-сикхской войне (1838—1842). Позднее он поступил на службу в Британскую Ост-Индскую компанию, где он отличился на Пенджаба и сыграл выдающуюся роль в подавлении восстания сипаев.