La sua costruzione fu ultimata nel 1440, e con essa anche il monastero. Per diversi anni fu scelta dalla casata estense per dare sepoltura ai suoi membri, e qui infatti vi furono le tombe di numerosi di loro. Durante la guerra contro la Serenissima in varie occasioni la chiesa ed il monastero, assieme al palazzo di Belfiore ed alla Certosa, venne occupata dalle truppe nemiche, e in seguito liberata. In una di queste occupazioni gli invasori si fecero servire il pasto che era stato preparato per i frati e portarono via una statua di Niccolò III che stava sul portale della facciata. Attorno al 1500 Ercole I d'Este decise di far ricostruire ed ampliare tutto il complesso ma la sua morte, avvenuta nel 1505, interruppe in modo definitivo tale progetto.