Grant átmenetileg kegyvesztetté vált a váratlan támadás és a kis híján elszenvedett vereség következtében, ami miatt Henry W. Halleck vezérőrnagy átvette mindkét hadsereg fölött a parancsnokságot és egyesítette őket. Halleck óvatosan és lassan közelítette meg Beauregard corinthi erődítményeit; hadműveletét gúnyosan Corinth ostromának nevezték. Beauregard május 29-én visszavonult Corinthból Tupelo felé. Sikeresen megtévesztette Hallecket, aki azt gondolta, hogy a konföderációsok támadni fognak, mert üres vasúti vagonokat járatott ide-oda, nagy füttyögések és zajongás közepette, mintha erősítések érkeztek volna. Beauregard visszavonulásának oka nem csak a nyomasztó uniós túlerő volt, hanem a városbeli víz megfertőződése is. Április és május folyamán a konföderációs hadsereg majdnem annyi veszteséget szenvedett a fertőzött víz miatt bekövetkező halálozás következtében, mint a rendkívül véres shiloh-i csatatéren. Másrészt azonban az igen fontos vasúti csomópont harc nélküli feladása újabb vitatott döntéssé vált. Mikor pedig Beauregard Tupelóból engedély kérése nélkül egészségügyi szabadságra ment, Davis elnök felmentette a parancsnokság alól és Braxton Bragget nevezte ki helyére.