Наприкінці війни на запит військового губернатора американської зони окупації Німеччини полковник Маркус був викликаний для роботи в європейській штаб-квартирі армії США. Він обійняв посаду заступника начальника і виконавчого офіцера Відділу внутрішніх справ та зв'язку Керівної ради окупаційної групи США. У липні 1945 р. полковник Маркус став заступником військового губернатора Берліна і відповідав за координацію дій з британськими, французькими та радянськими представниками в чотиристоронній раді з військового контролю. Значна частина його діяльності в цей час була присвячена поліпшенню умов для величезної кількості переміщених осіб в Європі. Він повернувся до Вашингтона в лютому 1946 року для організації правової інфраструктури відділу військових злочинів. Впродовж восьми місяців він добирав суддів, прокурорів, судових чиновників та адвокатів для ведення судового процесу з військових злочинів у Нюрнберзі та у Міжнародному військовому трибуналі на Далекому Сході.