בשנת 1941 גרמניה הנאצית כבשה את יוגוסלביה. והקימה את ממשלת הבובות המדינה העצמאית של קרואטיה (NDH), שכללה אף את בוסניה והרצגובינה. הרבה חיילים גרמנים מהוורמאכט נפרסו בכל רחבי בוסניה, ובמהלך 1942 ו-1943 הגיעו כוחות נוספים מגרמניה, בגלל עלייה במספר ההתקפות על הנאצים על ידי הפרטיזנים היוגוסלבים שהיו בהנהגת יוסיפ ברוז טיטו. לאחר המלחמה הפכה בוסניה והרצגובינה לחלק מיוגוסלביה הסוציאליסטית, והייתה חלק ממנה עד לשנת 1991. במסגרת נפילת הקומוניזם במזרח אירופה החלה יוגוסלביה להתפורר. גרמניה הכירה בעצמאותה של בוסניה והרצגובינה ב-6 באפריל 1992, וכוננה עמה יחסים דיפלומטיים בנובמבר אותה שנה.