Nach dem Kriegsende wurde die "Kronprinz Wilhelm" mit dem Rest der Hochseeflotte in Scapa Flow interniert und dort am 21. Juni 1919 von der eigenen Besatzung versenkt. Das Schiff kenterte und liegt seitdem in etwa 35 Metern Tiefe. Eine Hebung, wie sie bei den meisten der anderen Schiffen erfolgte, gelang bei der "Kronprinz Wilhelm" nicht. Lediglich einige Teile wurden vom Schiff abgesprengt und geborgen. Das Wrack ist ein beliebtes Ziel für Sporttaucher. Das Heckwappen des Schiffes ist im Internationalen Maritimen Museum Hamburg ausgestellt.