Dass sich das moderne Nilkheim heute überwiegend auf Leiderer Gemarkung und nur zu einem geringen Teil auf der früheren Nilkheimer Gemarkung befindet, kommt daher, dass 1933 in der Nähe des Bahnhaltepunktes Schönbusch, zugleich auch in der Nähe einer Hauptwasserleitung und einer Mittelspannungs-Freileitung auf städtischem Gelände in der Nähe dreier Kiesgruben am Rande der Gemarkung Leider die sogenannte Großostheimer Siedlung – ursprünglich eine Barackensiedlung – von der Stadt Aschaffenburg errichtet worden ist. Diese Obdachlosensiedlung wurde bereits in der Vorkriegszeit von der Stadt Aschaffenburg mit Einzel-, Doppel- und Reihenhäusern sowie einer Schule zu einem eigenen kleinen Stadtteil ergänzt. In die Zeit nach dem Zweiten Weltkrieg fallen eine Reihe zusätzlicher Siedlungserweiterungen (vor allem durch die Tätigkeit gemeinnütziger Wohnungsbaugesellschaften), der Bau der Katholischen Pfarrkirche St. Kilian und schließlich auch die Namensänderung von "Großostheimer Siedlung" oder auch "Siedlung im Blauen" in Nilkheimer Siedlung und 1950 schließlich in Nilkheim. Der Name Nilkheim wurde dabei in Anlehnung an die Bezeichnungen "Hofgut Nilkheim" und "Nilkheimer Kapelle" gewählt, die wiederum auf den im Markgräflerkrieg und im Dreißigjährigen Krieg untergegangenen Ort Nilkheim zurückgeführt werden kann.