У време распада Југославије, 1990-их година, Хрватска и Босна и Херцеговина су прогласиле независност. У овим земљама су до 1995. године трајали грађански ратови, у којима су учествовали Хрвати. Срби у Хрватској су, супротстављајући се новом хрватском режиму под вођством Фрање Туђмана, формирали Републику Српску Крајину, коју је поразила хрватска војска 1995. године, након чега је велики део Срба избегао из Хрватске. На подручја у Хрватској која су напустили Срби настанили су се Хрвати из Босне и Херцеговине. Током рата у Босни и Херцеговини, Хрвати са тих простора су формирали Хрватску Републику Херцег-Босну. Она је касније укинута и укључена у новоформирану Муслиманско-хрватску федерацију (данашњу Федерацију Босне и Херцеговине). Након Дејтонског споразума из 1995. године, којим је окончан рат у Босни и Херцеговини, Хрвати имају статус једног од три конститутивна народа Босне и Херцеговине, као и извесни степен територијалне аутономије на нивоу кантона.