În timpul celui de-Al Doilea Război Mondial, după pornirea Operațiunii Barbarossa, Vapniarka a căzut sub ocupația României, aliată cu Germania nazistă. Între 22 octombrie 1941 și martie 1944 Vapniarka a făcut parte din Transnistria și a servit Jandarmeriei și Armatei Române drept lagăr de concentrare pentru evrei deportați din România, Basarabia, Bucovina și Herța.