In 1806 werd Augusta’s man, de hertog van Brunswijk (toen 71 jaar oud), aangewezen tot hoofd van het Pruisische leger. Frankrijk had namelijk in 1806 de oorlog aan Pruisen verklaard. Op 14 oktober van datzelfde jaar, tijdens de Veldslag bij Jena, versloeg keizer Napoleon I van Frankrijk het Pruisische leger. Op dezelfde dag tijdens de slag van Auerstadt werd de hertog van Brunswijk ernstig verwond en stierf enkele maanden later. De hertogin van Brunswijk, vluchtte vanuit haar geruïneerde paleis te Altona met haar twee zoons en haar schoondochter naar Augustenborg, een kleine stad ten oosten van Jutland.