Nel 1802, appena un anno dopo avere ricevuto questa delicata mansione, il nuovo zar Alessandro I lo privò, per ragioni ancora oggi sconosciute, del suo incarico. Kutuzov, non potendosi opporre alla sua decisione, decise di ritirarsi nella sua casa in Volinia, nell'odierna Polonia. Tuttavia questo "esilio forzato" terminò nel 1805, quando lo zar Alessandro formò una coalizione con Austria ed Inghilterra per respingere le mire espansionistiche di Napoleone Bonaparte: Kutuzov ottenne il delicatissimo incarico di guidare, insieme al generale asburgico Franz von Weyrother, le truppe austro-russe nell'Europa centrale. Fu quindi nominato dallo zar comandante in capo dell'armata russa, anche se il ruolo di vera guida spettava ad Alessandro, con il quale, prima di ogni decisione e di qualunque attacco, si riunivano tutti i vertici dell'apparato militare russo.