L'anno successivo torna per fine prestito all'Atalanta; salta le prime partite della stagione a causa di un infortunio. Durante la stagione, è da segnalare l'episodio che lo vide coinvolto col compagno di squadra Marko Livaja: l'8 maggio 2013, durante un allenamento, l'attaccante croato lo colpì con un pugno dopo uno scontro di gioco e per punizione il club decise di sospenderlo. Complessivamente Radovanović disputa 16 partite di campionato con la squadra bergamasca, venendo penalizzato nel corso della stagione da una pubalgia.