W czerwcu 1940 roku okręt znajdował się w Bejrucie w składzie 3. dywizjonu okrętów podwodnych, a jego dowódcą był nadal kmdr ppor. J.J.M. Alliou. 10 czerwca, po wypowiedzeniu wojny przez Włochy jednostka opuściła bazę, udając się na patrol w rejon archipelagu Dodekanez. W wyniku postanowień zawieszenia broni „Achéron” znalazł się pod kontrolą rządu Vichy w składzie 2. grupy okrętów podwodnych w Tulonie, gdzie został rozbrojony. 27 listopada 1942 roku, podczas ataku Niemców na Tulon, jednostka została samozatopiona. 26 czerwca 1943 roku okręt został podniesiony przez Włochów, lecz 24 listopada 1943 roku został ponownie zatopiony przez amerykańskie samoloty.