Nel giugno del 1941, pochi giorni prima dell'invasione dell'Unione Sovietica, Martin Bormann diramò ai Gauleiter una direttiva sull'incompatibilità tra cristianesimo e nazismo, con l'ordine di contrastare l'influenza delle chiese cristiane in Germania. Von Galen si consultò con Pio XII e pronunciò tre omelie dichiaratamente antinaziste: il 13 e 20 luglio contro l'occupazione e la confisca di conventi e monasteri, e l'espulsione violenta dei religiosi, che cessarono per ordine di Hitler il 30 luglio; il 3 agosto contro il programma segreto Aktion T4 per l'eliminazione di disabili psichici e fisici, malati lungodegenti e terminali, e pazienti non tedeschi, visto come negazione del quinto comandamento biblico «non uccidere»: