Po nominacji stał się jednym z najbliższych współpracowników Adolfa Hitlera. W latach 1934–1942 wziął udział w 120 odprawach oraz naradach w głównej kwaterze Führera w Wilczym Szańcu. Wcześniej, w latach 1934–1942 Dönitz miał dziewięciokrotny kontakt z Hitlerem; najczęściej składał on raporty wojskowe bądź meldunki. Jako dowódca Kriegsmarine po raz pierwszy spotkał się z Führerem 30 stycznia 1943 roku. Adolf Hitler poinformował admirała o jego nowych obowiązkach oraz zadaniach. 8 lutego 1943 roku dowódca Kriegsmarine złożył raport, który dotyczył planu wycofania ze służby dużych okrętów. 26 lutego poinformował Hitlera, że nie akceptuje planu wycofania tych jednostek i poprosił o odwołanie tego rozkazu&lt;ref name="10/20-1"&gt;Karl Dönitz: "10 lat i 20 dni", s. 347–348.&lt;/ref&gt;. Führer był wyraźnie wzburzony, ale przystał na warunki admirała. Od tej pory Karl Dönitz stał się jednym z najbardziej zaufanych współpracowników Hitlera. Jednakże pomimo tego, Führer nie przykładał tak dużej uwagi do raportów o stanie Kriegsmarine. Zdecydowanie większy wpływ na jego osobę miał Hermann Göring, za którym Dönitz nie przepadał, bowiem nie zgadzał się m.in. z jego koncepcją prowadzenia wojny. Po zamachu na Adolfa Hitlera z 20 lipca 1944 roku wygłosił radiowe przemówienie, w którym poinformował naród niemiecki o zaistniałych wydarzeniach.