Упраўленне ўзнікла шляхам злучэння чацвёртага аддзялення Міністэрства ўнутраных спраў і выведнага аддзялення паліцыйнага ўпраўлення ў Браціславе як Прэзідыума МУС Славакіі. Прычынай заснавання паслужыла адсутнасць адзінай арганізаванай спецслужбы. Першым кіраўніком Цэнтральнага ўпраўлення дзяржаўнай бяспекі стаў Ёзеф Мішык. Увесь дзяржаўна-рэпрэсіўны апарат дзяржавы быў падпарадкаваны выведнай службе: паліцыя, жандармерыя, жупныя і акруговыя ўпраўленні і натарыусы. Цэнтральнае ўпраўленне дзяржаўнай бяспекі супрацоўнічала з нямецкім Гестапа. Пасля Славацкага нацыянальнага паўстання Цэнтральнае ўпраўленне дзяржаўнай бяспекі ўдзельнічала ў дэпартацыі каля 3595 асоб у нацысцкія канцэнтрацыйныя лагеры.