Drnovšek ile hükümet arasındaki ilişki hızla gerginleşti. Drnovšek'in Darfur ve Kosova'dakiler de dahil olmak üzere büyük dış çatışmaları çözmeyi amaçlayan dış politikadaki girişimleriyle anlaşmazlıklar başladı. Başlangıçta bu girişimlere Başbakan Janez Janša tarafından açıkça karşı çıkılmadı, ancak Drnovšek'in eski işbirlikçisi ve 2004 yılına kadar yakın siyasi müttefiki olan Dışişleri Bakanı Dimitrij Rupel tarafından eleştirildi. İkisi arasındaki büyük bir çatışma, Drnovšek'in Darfur ihtilafına müdahale etme girişimi üzerine 2006 yazında anlaşmazlık çıktığında meydana geldi.