La desconfiança interétnica va suposar un gran problema per a l'AFŽ de Croàcia durant la «guerra fratricida». Les forces d'ocupació van perseguir la població jueva i ortodoxa sèrbia amb la col·laboració de la milícia croata Ustaša. Igual que el propi moviment partisà, l'AFŽ va atreure a la majoria dels serbis de les parts de Croàcia nominalment sota la NDH, mentre que les dones croates formaven la majoria de membres a Dalmàcia i Gorski kotar, parts del país annexades directament per Itàlia. Augmentar el nombre de croats a les zones del NHD controlades per l'AFŽ requeria molt de temps i esforços, sobretot perquè el nombre desproporcionat de membres serbis semblava ser un moviment principalment serbi. En canvi, les dones sèrbies sovint eren hostils als seus compatriotes croats que volien unir-se a organitzacions patrocinades per partisans com l'AFŽ.