לאחר משימת הקוטב הועברה הנאוטילוס לביצוע משימות שוטפות וביניהן בעת משבר הטילים בקובה ב-1962 ובים התיכון במסגרת סיפוח לצי השישי. ב-3 במרץ 1980 נגרעה הצוללת ממצבת כלי השיט של הצי האמריקאי.