שול החמיץ בגין פציעה את כל החצי הראשון של עונת 1998/99, וחזר לשירות הקבוצה רק במחזור ה-20 בבונדסליגה. שול ערך 13 הופעות עד לתום העונה, בהן הבקיע ארבעה שערים, וסייע לבאיירן מינכן לזכות באליפות מרשימה, כאשר באיירן מינכן סיימה עם 15 נקודות יותר מסגניתה באייר לברקוזן, אך איבדה את הגביע הגרמני לאחר הפסד בבעיטות הכרעה על ורדר ברמן. באיירן מינכן הפסידה בצורה כואבת בגמר נוסף באותה עונה, גמר ליגת האלופות 1999, בתוצאה 2-1 מול מנצ'סטר יונייטד משני שערים בתוספת הזמן, לאחר שהובילה כמעט לאורך כל המשחק. שול נכנס כמחליף בדקה ה-71 במקום אלכסנדר ציקלר, והיה על המגרש בעת המהפך של מנצ'סטר יונייטד. בעונת 1999/00 זכה שול עם באיירן מינכן בדאבל נוסף, כאשר הקבוצה ניצחה בגמר הגביע הגרמני שוב את ורדר ברמן בתוצאה 3-0 כששול הבקיע את השער השלישי, וזכתה באליפות הבונדסליגה, הפעם עם מספר נקודות זהה לסגנית באייר לברקוזן, אך עם הפרש שערים עדיף. שול הבקיע בעונה זו שישה שערי ליגה.