בעקבות ההפגנות נגד הממשלה באמצע 2013 שהביאו למהפכת 2013 של נשיא מצרים מוחמד מורסי שגובתה בחוזקה על ידי מפלגת הצדק והפיתוח השלטת בטורקיה (AKP), עלו סימני יחסים מתוחים בין ממשלת הביניים החדשה שמונתה במצרים. וממשלתו של רג'פ טאיפ ארדואן בטורקיה, בעיקר בגלל דעותיו הדומות של ארדואן, שהגיעו לשיאם עם הפשיטות ברבאא ונחדה על ידי כוחות הביטחון, שם פוזרו מקומות ישיבה שאורגנו על ידי האחים המוסלמים והובילו לעימותים שהביאו ל-638 מקרי מוות, מתוכם 43 שוטרים. האירוע הביא לכך ששתי המדינות החזירו את שגריריהן בהתאמה ונפגעו עם כמה תקיפות מילוליות על ידי ארדואן, שתיאר את האירוע כ"אנטי-דמוקרטי "והתייחס אליו כ"טבח", תוך שהם מציעים להנהיג את מנהיגי מצרים תחת "משפט הוגן ושקוף." לאחר מכן הושעה התרגיל הצבאי בו השתתפו שתי המדינות. ארדואן האשים גם את הצבא המצרי בקשירת קשר עם ישראל כדי להפיל את ממשלת מורסי בישיבה מורחבת של כיסאות המחוז של ה-AKP השלטונית שלו וטען כי יש לו "הוכחות" לכך: "זה מה שהושם במצרים. מי עומד מאחורי זה? ישראל. יש לנו ראיות". התביעה נדחתה על ידי ממשלת הביניים המצרית, ותיארה אותה "חסרת שחר", ונועדה "לפגוע באחדות המצרים", כאשר דובר הנשיא אחמד מוסלמני אמר כי "סוכני המערב לא צריכים להעביר שיעורים בפטריוטיות".