Le bâtiment est initialement destiné comme résidence fortifiée pour le conquérant Hernán Cortés et sa seconde épouse aristocratique, Doña Juana Zúñiga. Il a été construit au-dessus d'un centre de collecte d'hommage aztèque Tlahuica, qui a été détruit par les Espagnols lors de la conquête. Cortés l'a remplacé par une résidence personnelle pour affirmer l'autorité sur les peuples nouvellement conquis. En tant que résidence de Cortés, elle a atteint son apogée dans les années 1530, mais la famille l'a finalement abandonnée en raison de problèmes juridiques persistants. Au , les autorités coloniales ont fait rénover la structure et l'ont utilisée comme caserne et comme prison. Pendant la guerre d'indépendance du Mexique, il a détenu des prisonniers tels que José María Morelos y Pavón. Après la guerre, il est devenu le siège du gouvernement de l'État de Morelos jusqu'à la fin du , lorsque le gouvernement de l'État a déménagé et que la structure a été rénovée et transformée en l'actuel Museo Regional Cuauhnahuac, ou musée régional, proposant des expositions sur l'histoire de Morelos.