В 1942 году Крупенникова назначили начальником штаба 5-й резервной армии, впоследствии преобразованной в 3-ю гвардейскую армию. 4 августа 1942 года ему было присвоено звание генерал-майора. В этой должности он принимал участие в Сталинградском сражении, Среднедонской операции. В декабре 1942 года 3-я ГА в ходе операции Малый Сатурн нанесла удар в тыл немецких войск в районе Миллерово.