Στον 5ο π.Χ. αιώνα, Ιστιαιείς ίδρυσαν στην Ανατολική Ρωμυλία την αποικία Στενήμαχο, ενώ μετά τη Ναυμαχία του Αρτεμισίου η Ιστιαία υπέστη μεγάλες καταστροφές από τις στρατιές του Ξέρξη, που κατέλαβαν την πόλη και στρατοπέδευσαν εκεί για ένα μικρό διάστημα, όπως μαρτυρεί ο Ηρόδοτος (Η΄ 23). Στα επόμενα χρόνια και μετά το τέλος των Μηδικών πολέμων, η περιοχή της Ιστιαίας πέρασε μία σχετικά ειρηνική περίοδο, κάτω από την επιρροή των Αθηναίων, στην Α΄ Αθηναϊκή Συμμαχία.