Entre el 1966 i el 1967 es van produir una sèrie d'enfrontaments entre els musulmans del nord de Nigèria i els igbos (i altres pobles de la Nigèria Oriental). Aquests foren seguits per l'assassinat del primer cap de l'estat de Nigèria, el General Johnson Thomas Umunanke Aguiyi-Ironsi per membres de l'exèrcit. i pel fracàs de les converses de pau entre el govern militar que havia deposat a Ironsi i el govern regional de la Regió Oriental de Nigèria a Aburi (Ghana el 1967). Això va provocar que un consell regional de pobles de l'Est de Nigèria va decidir que la regió s'havia d'independitzar i va proclamar la constitució de la República de Biafra el 30 de maig del 1967. El general Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu va esdevenir el primer cap d'Estat de la nova República. La Guerra de Biafra (o Guerra Civil Nigeriana o Guerra Nigeriana-Biafrana va durar entre el 6 de juliol del 1967 i el 15 de gener del 1970, quan el govern federal va reabsorbir Biafra dins de l'estat nigerià. Es creu que en aquest conflicte hi van morir milions de nigerians orientals (sobretot igbos). En la seva lluita per l'auto-determinació, el poble de Biafra va guanyar el respecte i fou recolzat per personalitats com Jean Paul Sartre i John Lennon (que va tornar la seva medalla de l'Ordre de l'Imperi Britànic en protesta contra el paper del Regne Unit en la Guerra de Biafra.