Enam kilometer dari kota ini terletak Bandara Cakung (kode IATA: NCH). Bandara ini mempunyai landasan yang terpanjang di negara ini, sementara bandara di Dili Bandar Udara Internasional Presidente Nicolau Lobato hanya dapat didarati oleh pesawat-pesawat yang lebih kecil seperti Boeing 737 (namun sekarang sudah ada rencana untuk mengembangkanya). Bandara Baucau berfungsi sebagai bandara utama negara ini sebelum invasi Indonesia pada 1975, ketika militer Indonesia mengambil alih penguasaannya.