Fue sucedido por la singular dictadura de José María Guido –un funcionario radical surgido del gobierno depuesto– durante la cual tanto su equipo de gobierno como la orientación política le fueron impuestos por las fuerzas armadas. A su vez, estas dirimieron sus rencillas internas por medio de una breve guerra civil que terminó con la derrota del sector más intransigentemente antiperonista; en 1963 se celebraron las últimas elecciones con el peronismo prohibido, además de encontrarse proscripto también el derrocado presidente Frondizi, que seguía detenido por los militares.