Joseph Root studierte am "Berkshire Medical College" in Pittsfield Medizin und war danach in New Hartford (Connecticut) fünf Jahre lang als Arzt tätig. Politisch gehörte er damals der Whig Party an. Im Jahr 1855 wurde er in das Repräsentantenhaus von Connecticut gewählt. Nach dem Ende der Legislaturperiode zog er in das damalige Kansas-Territorium, das zu jener Zeit von blutigen Auseinandersetzungen zwischen Befürwortern und Gegnern der Sklaverei erschüttert wurde. Root war ein entschiedener Gegner dieser Institution. Zwischenzeitlich wurde er von der Gegenpartei gefangen genommen und dann wieder freigelassen. Er ging vorübergehend in den Osten, um Hilfsmaßnahmen für die Sache der Sklavereigegner zu organisieren. Nach seiner Rückkehr wurde er 1857 Mitglied und Präsident des territorialen Senats. Politisch war er inzwischen Mitglied der 1854 gegründeten Republikanischen Partei geworden.