En août 1878, Saavedra fut nommé ministre de la Guerre et de la Marine au sein du gouvernement du président Aníbal Pinto Garmendia, et occupa ce poste jusqu’en avril 1879, date à laquelle il démissionna pour exercer comme "Inspecteur délégué de l’Armée d’opérations" au Pérou pendant la guerre du Pacifique, qui opposait ce pays au Chili. Il sera le premier haut gradé à occuper Lima, après s’être battu à Chorillos et à Miraflores (janvier 1881). Il assura ensuite l’administration politique et militaire de Lima, et lorsque le général s’en retourna au Chili, il le suppléa à la tête de l’armée d’occupation. Enfin, cette mission accomplie, il prit définitivement congé de l’armée.