Durante la guerra civile in Italia e la divisione del territorio tra la Repubblica sociale italiana ed il Regno del Sud, a seguito dell'armistizio dell'8 settembre 1943, mentre nel Regno vigeva il preesistente ordinamento, con il comando generale a Taranto, nel nord Italia vennero istituiti presso il trasferito Ministero delle Comunicazioni, la Direzione generale della marina mercantile e il Comando generale delle capitanerie di porto, con sede a Verona e successivamente a Milano.