Botto stava per essere deportato in Germania essendosi rifiutato di collaborare con i tedeschi, quando il 24 settembre venne designato da Benito Mussolini (liberato dai tedeschi il 12 settembre) quale sottosegretario di Stato dell'Aeronautica Repubblicana, con il compito di ricostituire al più presto una forza aerea efficiente. Il suo nome fu fatto dal generale Rodolfo Graziani, ministro della Difesa nazionale, che lo volle malgrado i soli 36 anni e il grado di tenente colonnello a capo della forza aerea, dove peraltro erano in forza generali e ufficiali più anziani di lui, sia per la considerazione di cui godeva nell'ambiente aviatorio, sia per la decorazione al valor militare. Botto, che aveva appreso della sua nomina dalla radio, designò quale capo di stato maggiore dell'aeronautica Giuseppe Baylon. I bandi radiofonici di Botto furono di fondamentale importanza per richiamare sotto le bandiere della Repubblica Sociale Italiana molti aviatori, disorientati dal caos seguito all'8 settembre.