"הסיפור של זהרה" נחלק לשני חלקים: החלק הראשון עוסק בתקופה שלפני מלחמת האזרחים ומתרחש ברובו באפריקה; החלק השני מתרחש בזמן מלחמת האזרחים בביירות (1975). הדמות המרכזית ברומן היא זהרה, נערה צעירה בשנות העשרה לחייה, וזיכרונות ילדותה הם המרכיבים העיקריים של העלילה ברומן. התנהגותה של זהרה בילדותה ובבגרותה נתפסת כחריגה בעיני הסובבים אותה. זהרה, בילדותה ובצעירותה חוותה מעשי אונס מצד גברים שונים ואלימות מצד אביה. היא גורמת לעצמה להראות עוד יותר מכוערת על ידי כך שהיא מחטטת בפניה ופוצעת עצמה. אף בזמן שהותה של זהרה באפריקה התנהגותה נתפסת כחריגה בעיני החברה ובעיני עצמה, זהרה מתוארת באופן דיכאוני כאשר התקפי חרדה מלווים בצרחות אימה חוזרים על עצמם מספר פעמים. עם חזרתה לביירות בה מתרחשת מלחמה מקומה בחברה הסוערת והבלתי יציבה, הופך ליציב יותר, דווקא בשל חריגותה. זהרה רואה עצמה כנורמלית ביחס לסובבים אותה.