Kuil Seoul Munmyo mengalami beberapa kali musibah kebakaran, yang pertama terjadi tak lama setelah selesai pembangunannya, yakni pada tahun ke-2 masa pemerintahan Raja Jeongjong (tahun 1402). Setelah itu diperbaiki lagi pada tahun 1407, tahun ke-7 Raja Taejong bertahta. Tempat ini mengalami penistaan saat Raja Yeonsangun yang lalim berkuasa. Ia menjadikan kuil ini sebagai kandang hewan dan tempat hiburan. Pada pemerintahan yang berikutnya, saat baru saja Raja Jungjong mengembalikan fungsi kuil ini seperti sediakala, namun kembali mengalami kehancuran parah dikarenakan peristiwa Perang Imjin pada tahun 1592. Pada saat itu, tidak hanya Munmyo yang mengalami kerusakan berat, namun hampir semua bangunan utama seisi ibu kota seperti Istana Gyeongbok dan Kuil Jongmyo musnah dilalap api. Barulah pada tahun 1606, pada tahun ke-39 masa pemerintahan Raja Seonjo, Munmyo dan berbagai bangunan utama lain direstorasi kembali seperti sediakala. Restorasi besar-besaran terhadap arsitektur Kuil Seoul Munmyo dilakukan pada tahun 1869 pada tahun ke-6 pemerintahan Raja Gojong.