Die Ordensherrschaft endete 1587 und Sant Mateu war fortan direkt der Spanischen Krone in Person von König Philipp II unterstellt. Unter den Habsburgern erhielt die Region, wie allgemein üblich, eine gewisse Autonomie, die Herrscher ernannten hierzu bis 1784 Generalbevollmächtigte für den Maestrazgo/Maestrat. Die auf die Habsburger folgende Dynastie der Bourbonen, in der Zeit des Erbfolgekrieges gab es auch in Sant Mateu Gefechte, setzte jedoch im Laufe des 18. Jahrhunderts mehr und mehr auf die ihnen aus Frankreich bekannte Zentralisierung des Staates, was auch zur Abschaffung dieses Amtes führte. Zwischen 1810 und 1813 war der Ort von französischen Truppen besetzt und im Ersten Karlistenkrieg kam es größeren Zerstörungen.