W reprezentacji Szwajcarii Vega zadebiutował 17 marca 1993 roku w towarzyskim spotkaniu z Tunezją, wygranym przez Szwajcarów 1:0. W 1996 roku został powołany przez Artura Jorge do kadry na Euro 96. Tam był podstawowym zawodnikiem Helwetów i wystąpił we wszystkich trzech meczach grupowych: z Anglią (1:1), z Holandią (0:2) i ze Szkocją (0:1). Po tym turnieju zakończył karierę. W kadrze narodowej zagrał 28 razy i zdobył jedną bramkę.