En la temporada 2005–06 Eboué comenzó también como suplente. Marcó su primer gol para el Arsenal en la tercera ronda de la Copa de la Liga, ante el Sunderland (3-0) el 25 de octubre de 2005. En enero de 2006 disputó la Copa Africana de Naciones 2006. Tras su regreso jugó su primer partido en la Premier League ante el Liverpool FC en Anfield, después de que Lauren se lesionase. Con su compañero lesionado por el resto de la temporada, Eboué se hizo con la plaza titular.