Po vypuknutí třicetileté války zahájené českým protihabsburským povstáním došlo k přerušení tohoto slibného vývoje. Když roku 1618 vypověděla vláda direktorů jezuity z Čech, zachránil milostnou sošku chomutovský rektor jezuitské koleje a tajně ji odvezl do Duchcova. Byl to první úkryt sošky během třicetileté války. Bohosudovský kostel byl následně zpustošen. Přestože do Bohosudova se jezuité vrátili již v roce 1621, soška zůstala v Duchcově až do roku 1624. Podruhé bylo třeba sošku opět ukrýt a to za vpádu Švédů. Byla tedy v roce 1631 odvezena do Prahy, kde zůstala až do roku 1635. Jednalo se o prozíravý krok, protože švédské vojsko znovu vyplenilo bohosudovský kostel. V mezidobí, kdy byl v období třicetileté války relativní klid, snažili se bohosudovští jezuité vyvíjet velkou misionářskou protireformační činnost. Potřetí bylo nutné sošku před Švédy ukrýt v roce 1639. Byla převezena do Chomutova, kde zůstala až do roku 1640. Když Švédové zvítězili nad císařskou stranou v krvavé bitvě u Breifenfeldu, vpadla švédská vojska pod vedením Lennarta Torstensona roku 1642 opět do Čech a soška byla počtvrté přemístěna a to opět do Chomutova. Po té byla na krátký čas navrácena, aby byla naposledy, a to popáté během třicetileté války ukryta, takže v letech 1643-1651 byla uchovávána v Chomutově. Poté se vrátila již natrvalo do Bohosudova.