שורשי הפיקוד נעוצים בפיקוד המעבורות שהוקם ב-29 במאי 1941 במסגרת הגיס האווירי של צבא ארצות הברית ומשימתו הייתה העברת כלי טיס שנבנו בארצות הברית לבריטניה. לאחר כניסת ארצות הברית למלחמת העולם השנייה שונה שם הפיקוד לפיקוד התובלה האווירית, ומשימתו העברת ציוד מטען ונוסעים בעדיפות גבוהה, וכן כלי טיס. בשיאו הפעיל הפיקוד למעלה מ-3,000 מטוסי מטען והעביר מדי חודש כ-80,000 נוסעים ו-200,000 טון מטען. לאחר המלחמה נטל הפיקוד חלק מרכזי ברכבת האווירית לברלין. הפיקוד נטל חלק בהובלת כוחות וציוד במלחמת קוריאה ובמלחמת וייטנאם. ב-1966 הוקם פיקוד התובלה האווירית הצבאית (MAC) ומרבית תחומי ההובלה האסטרטגית והטקטית הועברו לאחריותו במהלך שנות השבעים. ב-1988 עבר הפיקוד לאחריות פיקוד התובלה של ארצות הברית. הפיקוד השתתף במבצעי סיוע הומניטריים ברחבי העולם וכן בפלישה האמריקאית לפנמה, הפלישה האמריקאית לגרנדה ובמלחמת המפרץ.