Während des Bergkarabachkonfliktes zwischen Armenien und Aserbaidschan wurden im Jahr 1992 die Opfer des Massakers von Chodschali in die Moschee von Ağdam gebracht. Bei der Eroberung Ağdams durch die armenischen Streitkräfte am 23. Juli 1993 wurden Dach und Dachboden der Moschee beschädigt und Fenster, Türen sowie der Marmorfußboden zerstört. Die Moschee mit ihren beiden Minaretten ist eines der wenigen Gebäude der Stadt, die noch erhalten sind.