Bald nach der Genehmigung der Verlegung des Bischofssitzes von Zeitz nach Naumburg, wohl im Frühjahr 1029, wurde unmittelbar östlich der Stiftskirche mit dem Bau der ersten frühromanischen Naumburger Kathedrale begonnen. Sie wurde in der Amtszeit des Merseburger Bischofs Hunold, der zwischen 1036 und 1050 regierte, vor dem Jahr 1044 geweiht. Das Patrozinium Peter und Paul wurde von der Zeitzer Kirche übernommen.