В октябре 1920 года стал председателем революционного комитета каршинского вилаята (области) БНСР. 12 августа 1921 года комиссия во главе с Атауллой Ходжаевым подписала историческое соглашение о перемирии с некоторыми видными руководителями «басмаческого движения» (Национально-всвободительное движение народов Туркестана). В 1921 году был назначен нази́ром (министром) внутренних дел БНСР, но в конце 1921 года перешёл на работу в Совет назиров (министров) БНСР, став заместителем председателя этого органа. С января по май 1922 года являлся представителем (послом) БНСР в Москве. С августа по ноябрь 1922 года являлся исполняющим обязанности председателя Совета назиров БНСР. Покинул работу в Совете министров БНСР в первой половине 1923 года.