Ende des 17. Jahrhunderts trafen frühe Forschungsreisende in der Gegend von Lake Mille Lacs und Leech Lake im heutigen Minnesota auf die Yankton und Yanktonai. Auf einer Karte von Guillaume Delisle aus dem Jahr 1708 findet man die Yankton am Ostufer des Missouri bei der heutigen Stadt Sioux City in Iowa. Für etwa ein Jahrhundert wurden die Yankton in den Geschichtsbüchern nicht mehr erwähnt. Aus Berichten von Lewis und Clark geht hervor, dass sich ihr Wohngebiet um 1804 am Big und Little Sioux, Floyd und Des Moines River erstreckte. Am Missouri hatten sie Kontakt zu Händlern, die mit Booten den Fluss heraufkamen. In den 1840er Jahren lebten sie am Vermillion River in South Dakota. Im Vertrag von Washington am 19. April 1858 hatten sie fast ihr gesamtes Land in South Dakota an die Regierung abgetreten und zogen in eine Reservation am Nordufer des Missouri, ohne dass es in der Zukunft zu Konflikten mit den weißen Siedlern kam. Als Gegenleistung erhielten sie Geld, Lebensmittel und Warenlieferungen von der Regierung. Der Amerikanische Bürgerkrieg (1861–1865) führte zu Zahlungsschwierigkeiten und zum Ausbleiben der jährlichen Lieferungen, das eine Hungersnot bei den Yankton auslöste. Es kam zu Unruhen in einigen Gruppen, doch beim Ausbruch des Sioux-Aufstands 1862 in Minnesota hielt sie ihr Oberhäuptling Palaneapape (‘Struck A Pawnee’, auch "Padani Apapi" oder "Pa-Da-Ni-A-Ha-Hi" - ‘Struck by the Ree’) aus dem Konflikt heraus und warnte die weißen Siedler rechtzeitig, den Schutz der Forts aufzusuchen. Er rettete damit vielen Weißen das Leben. Kurz nach der Verabschiedung des Dawes Acts im Jahr 1887 begann die Aufteilung der Reservation in einzelne Parzellen und wurde 1890 beendet.