Le , il rencontre à nouveau Bonaparte au château de Malmaison et expose au Premier Consul un plan de traversée de la Manche. Il commande successivement les vaisseaux "Le Mont-Blanc" et "Le Terrible". Par deux fois, les 5 et , il repousse les de l'amiral Nelson qui tente de détruire la flottille. Ce furent probablement les seuls échecs de la carrière de Nelson, ce qui vaudra un prestige considérable à Latouche-Tréville que Bonaparte considère dès lors comme son meilleur amiral.