Les mouvements indépendantistes se propagent dans les colonies portugaises : le 19 décembre 1961, les troupes indiennes envahissent les territoires portugais de Goa, Daman et Diu (Opération Vijay). L'affaire est vécue comme une tragédie nationale : l'empire et la grandeur du pays sont menacés. La métropole réagit en portant à deux ans la durée du service militaire dans les territoires ultramarins. Salazar tente de faire taire les critiques internationales en autorisant les investissements étrangers dans le pays et les colonies et en développant l'enseignement dans les colonies. En même temps, il encourage l'émigration vers les colonies afin d'augmenter la présence portugaise. Les colonies assurent des débouchés à l'industrie portugaise mais accentuent d'autant la dépendance de la métropole. En 1962, un mouvement étudiant parti de Lisbonne secoue fortement le pays. Le recteur de l'université de Coimbra, Marcelo Caetano, acquiert une certaine popularité en dénonçant l'atteinte à l'autonomie des universités. La répression est forte mais les facultés deviennent des foyers d'opposition. Cette fin de règne marquée par la contestation interne et internationale coïncide avec les problèmes de sénilité de Salazar. La division règne dans le parti, la censure et la PIDE contrôlent tout. La répression est très forte. En 1965, Humberto Delgado est assassiné. La responsabilité du régime ne fait aucun doute. En 1968, c'est Mário Soares qui est déporté à São Tomé.