Al producirse la invasión inglesa de 1806, apoyó con los bienes de la Iglesia la expedición reconquistadora de Santiago de Liniers a Buenos Aires. Empobrecida, su parroquia aún debió contribuir con grandes sumas a la defensa de Montevideo contra el sitio a que la sometió al año siguiente el general Samuel Auchmuty durante la segunda invasión inglesa. Cuando los invasores ocuparon la ciudad, se opuso tenazmente a la ocupación, atacando en privado, en público y diariamente desde el púlpito de su iglesia la presencia de los británicos. Rechazó airado el juramento de fidelidad al rey inglés e incitó a los montevideanos a hacer lo mismo. Se enfrentó a los invasores que ocuparon una capilla para que sus soldados católicos –en general irlandeses– realizaran sus actos de culto en idioma inglés y con curas británicos; les negó toda autoridad para realizar todo acto católico fuera de la Iglesia Matriz. La orden impartida a los comandantes británicos, de tratar con especial deferencia a los religiosos católicos lo salvó de ser arrestado y deportado. Cuando, a fines de ese año de 1807, los invasores finalmente se retiraron, celebró un impresionante Tedeum para festejarlo.