Rimasto in Svizzera anche durante la prima guerra mondiale, Bauknecht cominciò ad esporre le proprie opere a partire dagli anni venti, sia in Germania che in Svizzera. Nel 1925 sposò la ricca olandese Ada van Blommerstein e si trasferì nei Paesi Bassi con la moglie, da cui ebbe anche un figlio. Il declinare della sua salute lo spinse però a tornare a Davos nel 1933, dove morì sotto i ferri durante un'operazione per rimuovere il suo cancro gastrico. La moglie portò le sue opere a Baarn e le nascose dai nazisti, che nel 1937 avrebbero bollato Bauknecht come artista degenerato e avrebbero esposto i suoi quadri nella famigerata mostra di Monaco. La gran parte delle sue opere furono confiscate e distrutte. Una riscoperta e rivalutazione critica dell'artista è iniziata negli anni sessanta.