学術誌「バイオロジカル・インベージョンズ」に2014年に投稿した18人の科学者は、地中海の生物多様性と生態系サービスへ影響を与えるこのプロジェクトに懸念を表明している。科学者たちはエジプト政府に対して、運河の拡張が引き起こしうる環境への影響を評価するように求めており、生物の多様性に関する条約の事務局長もこれに賛同した。従来のスエズ運河が19世紀半ばに開通して以来、1,000種を超える侵略的外来生物が地中海に侵入しており、欧州委員会のによれば、人間の活動が地中海の生物多様性の減少の主たる原因となっている、としている。