Mentre si trovava in Giappone Beato fu molto attivo. Nel settembre 1864 fu un fotografo ufficiale della spedizione militare a Shimonoseki. Negli anni successivi produsse diverse viste di Nagasaki e dei suoi dintorni. Dal 1866 fu spesso caricaturato (gentilmente) sul "Japan Punch", fondato e curato da Wirgman. Quando nell'ottobre 1866 un incendio distrusse la maggior parte di Yokohama, Beato perse il suo studio e i suoi negativi e trascorse i due anni successivi lavorando vigorosamente per rimpiazzare il materiale. Il risultato furono due volumi di fotografie "Native Types", contenenti 100 ritratti e lavori di genere e "Views of Japan", contenenti 98 panorami e viste cittadine. Beato colorò a mano molte fotografie in studio, applicando con successo alla fotografia europea le raffinate tecniche giapponesi dell'acquerello e della xilografia. Dal 1869 al 1877, non più in società con Wirgman, gestì un suo proprio studio a Yokohama, chiamato "F. Beato &amp; Co., Photographers" con un assistente chiamato H. Woolett, quattro fotografi e quattro artisti giapponesi. Probabilmente Kusakabe Kinbei fu tra gli artisti-assistenti prima di diventare fotografo in proprio. Beato collaborò con Ueno Hikoma e altri, forse insegnando la fotografia al barone Raimund von Stillfried.