Bergara debütierte am 17. Juni 1999 beim 2:3-Auswärtssieg im Freundschaftsländerspiel gegen die paraguayische Auswahl in der uruguayischen A-Nationalmannschaft, als er von Trainer Víctor Púa in die Startaufstellung beordert wurde. Sodann gehörte er dem uruguayischen Aufgebot bei der Copa América 1999 an und kam im Verlauf des Turniers, das Uruguay nach einer Finalniederlage gegen Brasilien als Vize-Südamerikameister beendete, in sechs Partien zum Einsatz. Sein achter und gleichzeitig letzter Länderspieleinsatz datiert vom 17. November 1999, als er bei der 0:1-Heimniederlage gegen Paraguay vom inzwischen verantwortlichen Nationaltrainer Daniel Passarella noch einmal berücksichtigt wurde. Ein Länderspieltor gelang ihm nicht.