Il faut attendre la "perestroïka", à la fin des années 1980, pour que les Pamiris soient autorisés à retourner dans leur région, puissent rebâtir leurs villages en ruines et remettent en culture les de terres laissées en friche sur les de terres arables. La guerre d'Afghanistan de 1979 à 1989, durant laquelle le massif sert de base arrière secondaire aux combattants, mais surtout la guerre civile tadjike de 1992 à 1996, qui voit les Pamiris réclamer une part d'autonomie vis-à-vis du pouvoir central communiste, plongent à nouveau le Pamir dans une zone de tension. Les rares accès routiers sont détruits. Entre-temps, toutefois, des projets d'études sont lancés, notamment par l'Université des Nations unies en accord avec les Académies des sciences, pour soutenir le développement du massif. Des propositions sont émises visant à protéger le patrimoine naturel et à promouvoir l'écotourisme.