La compagnia venne soppressa nel 1798 in periodo napoleonico. L’ospitale fu unito a quello principale di Santa Maria e nel 1810 la chiesa e l’oratorio furono dichiarati proprietà dell’ospedale. Oggi tale edificio è parte del patrimonio dell’Azienda USL di Bologna, in comodato al Comune di Pieve di Cento. In seguito al terremoto del 2012, la chiesa e l'oratorio sono stati danneggiati e, dopo una ristrutturazione, riaperti il 7 Aprile del 2017.