Em 1800 Auchmuty foi promovido tenente-coronel e recebia temporariamente o soldo de coronel; e no ano seguinte, como ajudante-geral do general David Baird no Egito, teve uma participação de destaque na marcha através do deserto e na Tomada de Alexandria. Em seu retorno à Inglaterra em 1803, foi nomeado cavaleiro, e três anos depois, foi enviado para o rio da Prata como general de brigada. Auchmuty foi um dos poucos oficiais que saíram da desastrosa expedição a Buenos Aires de 1806-07 com melhor reputação. Enquanto que o general John Whitelocke, o comandante, foi licenciado, Auchmuty foi ao mesmo tempo recontratado e promovido a major-general. Em 1810 foi nomeado para comandar o Exército de Madras.