Kernen est à nouveau à son meilleur niveau pendant la saison 2002-2003. Il est troisième puis premier lors des deux descentes de Wengen les 17 et . Il égale son meilleur résultat avec une douzième place au classement général de la Coupe du monde. Il remporte la médaille de bronze de descente aux Championnats du monde 2003, organisés à Saint-Moritz en Suisse, six ans jour pour jour après sa première place en 1997. Lors de la saison suivante, il ne fait pas mieux que cinquième en Coupe du monde. En 2004-2005, il est une fois quatrième et deux fois cinquième lors des descentes de Coupe du monde. Il est cinquième en descente lors des championnats du monde de Bormio (Italie), il est champion suisse de descente pour la deuxième fois.