Grazie ai contatti di suo padre in seno alle amministrazioni Ford, Reagan e Bush sr., Daniel Pipes ha modo di specializzarsi sul Vicino Oriente, ricoprendo anche dei posti di responsabilità sotto la prima amministrazione (2001-2005) del Presidente George W. Bush. Questo gli ha fatto conquistare rapidamente una certa notorietà dopo gli attentati al World Trade Centre.