L'après-midi du , Lincoln et Johnson se virent pour la première fois depuis l'investiture. Trefousse et Gordon-Reed avancent que Johnson voulait . Castel indique cependant que le sujet de leur conversation est inconnu. Dans la soirée, le président Lincoln fut mortellement blessé par John Wilkes Booth, un sympathisant confédéré. Le tir contre le président faisait partie d'une conspiration visant à assassiner Lincoln, Johnson et Seward. Ce dernier fut grièvement blessé mais survécut tandis que George Atzerodt échoua dans sa tentative contre Johnson. Leonard J. Farwell réveilla Johnson dans sa chambre de Kirkwood House pour l'informer que Lincoln avait été abattu au théâtre Ford. Il se précipita au chevet du président où il resta un court moment et promit à son retour, . Lincoln mourut à et Johnson prêta serment entre 10 et en présence du juge en chef Salmon P. Chase et de la plupart des membres du Cabinet. Son comportement fut décrit comme par les journaux; certains membres du Cabinet ne l'avaient pas vu depuis son investiture en mars. À midi, Johnson présida la première réunion de son administration dans le bureau du secrétaire du Trésor et il reconduisit la totalité de ses membres.