После подавления восстания в августе 1924 года большевистский власти разрешили части ссыльных вернуться на родину. Лиза Болквадзе-Накашидзе вернулась в Грузию в 1925 году. Сначала она жила в Гурии, потом переехала в Тбилиси, где начала работать в Коммунистической партии Грузинской ССР. При этом она продолжала нелегальную работу в качестве секретаря запрещённой Социал-демократической партии Грузии. 22 февраля 1926 года, после того как была арестована секретарь неофициального ЦК Элеонора Махвиладзе, Лиза Болквадзе стала главой Центрального и Тбилисского комитетов, она предприняла ряд энергичных мер по активизации работы, а также нашла способы помощи семьям арестованных партийцев и политическим заключённым.