Pada musim semi tahun 40 SM, Markus Antonius bertolak meninggalkan Mesir guna menanggulangi kemelut di Suriah. Wali Negeri Suriah, Lucius Decidius Saksa tewas dibunuh, dan bala tentaranya diambil alih oleh Kuintus Labienus, mantan perwira bawahan Gayus Kasius Lonjinus yang kala itu telah mengabdi pada Kekaisaran Partia. Kleopatra menyiapkan 200 kapal untuk digunakan Markus Antonius dalam rangka pemulihan keamanan di Suriah, sekaligus untuk membayar wilayah-wilayah yang baru diserahkan kepadanya. Keduanya baru bertemu kembali pada tahun 37 SM, tetapi Kleopatra senantiasa bersurat-suratan dengan Markus Antonius, bahkan ada bukti yang menyiratkan bahwa Kleopatra menyusupkan seorang mata-mata ke dalam rombongannya. Pada penghujung tahun 40 SM, Kleopatra melahirkan sepasang anak kembar yang diakui Markus Antonius sebagai anak kandungnya, yakni seorang putra yang diberi nama Aleksandros Helios dan seorang putri yang diberi nama Kleopatra Selene. Helios (Matahari) dan Selene (Bulan) melambangkan bermulanya zaman baru penyegaran kembali masyarakat, serta menyiratkan harapan Kleopatra bahwa Markus Atonius akan mengulangi tindakan kepahlawanan Aleksander Agung dengan menaklukkan bangsa Partia.