Yule stand zwar in engem, ja freundschaftlichem Kontakt mit Generalgouverneur Lord Dalhousie (1812–1860) und Generalgouverneur (später Vizekönig) Lord Canning (1812–1862), die Ereignisse um den Indischen Aufstand von 1857–58 und der damit verbundene Zustrom zahlreicher, mit den indischen Verhältnissen nicht vertrauter Soldaten, die er als dafür Verantwortlicher, dazu noch unter großem Zeitdruck, unterbringen musste (so z. B. in Allahabad) sowie die Spannungen zwischen den Offizieren der Queen und dem Offizierskorps der Kompanie ("Company Army"), entfremdeten ihn mehr und mehr seiner Arbeit, so dass er den Dienst 1862 im Rang eines Colonel quittierte. Nach dem frühen Tod seiner beiden Gönner und Fürsprecher, Lord Dalhousie und Lord Canning, ohne Perspektive auf eine Karriere in England, zog sich Yule ins Privatleben zurück. Für seine Verdienste erhielt er jedoch 1863 den Rang eines Companion des Bathordens ("CB").