De Boer won met Ajax onder meer de UEFA Champions League, de UEFA Cup, de wereldbeker en de UEFA Super Cup. Het sportieve hoogtepunt van zijn loopbaan was de winst van de UEFA Champions League in 1995, drie jaar na het winnen van de UEFA Cup. De Boer werd met Ajax vijf keer kampioen van Nederland, won twee keer de KNVB beker en drie keer de Nederlandse Supercup.