כשפלשו הנאצים לנורווגיה באפריל 1940 האמסון תמך בשלטונו הפרו-נאצי של וידקון קוויזלינג. הוא המשיך להביע את תמיכתו בגרמניה והצהרותיו הציבוריות הובילו למחלוקת, במיוחד מיד לאחר סיום המלחמה. במהלך המלחמה כתב מספר מאמרים בעיתונות, ובכללם גם טענתו מ-1940 כי "הגרמנים נלחמים עבורנו". בין היתר, נפגש האמסון עם שר התעמולה הנאצי יוזף גבלס, שכתב ביומנו קטע ארוך ונלהב על פגישתם האישית, ולפיו "אמונתו (של ) בניצחון גרמני בלתי ניתנת לערעור". בשנת 1943 שלח לגבלס את מדליית פרס נובל שלו כמתנה. מאוחר יותר נפגש עם אדולף היטלר. שבוע לאחר מותו של היטלר, כתב עליו הספד , שאמר: "הוא היה לוחם למען האנושות, ונביא של בשורת הצדק לכל האומות".