В указанной должности П. А. Козен встретил начало войны с Наполеоном и уже на третий день принял участие в двухдневных боях под Витебском. Затем отходил в составе войск 1-й Западной армии вглубь страны, 5 и 6 августа сражался за Смоленск. Надёжной опорой для него в этих боях стали его молодые коллеги по кадетскому корпусу: в первой батарее Ростислава Захарова они составили 77 процентов от всех офицеров, во второй — Александра Ралля 2-го — 68 %.