1996 löste der Kreuzer die "USS Mississippi (CGN-40)" im Mittelmeer ab. Im Januar fuhr die "Monterey" mit der russischen "Admiral Kusnezow" eine Übung, im Sommer folgte eine einjährige Überholung. 1998 wurde die "Monterey" an der Seite der "USS John C. Stennis (CVN-74)" eingesetzt, 1999 dann neben "USS John F. Kennedy (CV-67)". 2001 nahm sie an der Übung UNITAS teil, nach den Terroranschlägen am 11. September fuhr sie mit "USS George Washington (CVN-73)" vor New York City. 2002 verlegte sie mit dem Träger im Rahmen der Operation Enduring Freedom.