На внутренних выборах Республиканской партии 2016 года Бейкер поддержал губернатора штата Нью-Джерси Криса Кристи; позднее он заявил, что не будет голосовать за своего однопартийца Дональда Трампа на всеобщих выборах, и оставил избирательный бюллетень незаполненным. Губернатор Бейкер неоднократно критиковал президента Дональда Трампа, в том числе за политику в сфере климата и миграции, реакцию на протесты после убийства Джорджа Флойда и предвыборную номинацию Эми Кони Баретт в Верховный суд США. В октябре 2018 года после сексуального скандала с выдвиженцем Трампа в Верховный суд Бреттом Кавано, а также из-за позиций последнего по вопросам права на аборт и оружейной политики, Бейкер заявил, что Кавано не Должен быть судьёй Верховного суда. В сентябре 2019 года Бейкер поддержал расследование, приведшее к первому импичменту Трампа. В 2020 году Бейкер заявил об отказе поддержать президента Трампа на выборах и снова оставил бюллетень пустым. После захвата Капитолия США в январе 2021 года губернатор Бейкер заявил, что Трамп должен покинуть президентский пост.