Μετά την δολοφονία του πατέρα του τον διαδέχθηκε στο Δεσποτάτο ο θείος του Θεόδωρος Κομνηνός Δούκας, σύμφωνα με την Αγιογραφία της μετέπειτα συζύγου του Αγίας Θεοδώρας της Άρτας ο Θεόδωρος έστειλε τον μικρό Μιχαήλ και την μητέρα του εξορία στην Πελοπόννησο. Μετά την συντριβή του Θεοδώρου και την σύλληψη του από τον Βούλγαρο Ιβάν Ασέν Β΄ στην Μάχη της Κλοκοτνίτσας στον θρόνο της Θεσσαλονίκης ανέβηκε ο αδελφός του Μανουήλ Κομνηνός Δούκας που δραπέτευσε από την Κλοκοτνίτσα. Η κυριαρχία του περιορίστηκε στα περίχωρα της πόλης, στα οικογενειακά κτήματα στην Θεσσαλία και στην Ήπειρο, στο Δυρράχιο και στην Κέρκυρα, ο άλλος αδελφός τους Κωνσταντίνος Κομνηνός Δούκας ήταν κυρίαρχος στην Αιτωλία και Ακαρνανία. Ο Μανουήλ σαν γαμπρός του Ιβάν Ασέν Β΄ διατήρησε την αυτονομία του αλλά ήταν υποτελής του Βούλγαρου τσάρου. Ο Μιχαήλ Β΄ επέστρεψε στην Ήπειρο και ανέλαβε την διακυβέρνηση με την υποστήριξη του τοπικού πληθυσμού. Ο Μιχαήλ αναγνώρισε την υψηλή επικυριαρχία του Μανουήλ γι'αυτό ο Μανουήλ του απέδωσε τον τίτλο του "Δεσπότη" αλλά σύντομα ο Μιχαήλ Β΄ κυβέρνησε σαν ανεξάρτητος ηγεμόνας, κατέκτησε και την Κέρκυρα (1236). Ο Μιχαήλ Β΄ κέρδισε την υποστήριξη της τοπικής αριστοκρατίας με τον γάμο του με την Θεοδώρα Πετραλίφαινα και δημιούργησε στενές σχέσεις με την Αυτοκρατορία της Νίκαιας. Ο Μιχαήλ Β΄ δέχτηκε την επίσκεψη του πατριάρχη της Νίκαιας Γερμανού Β΄ και δέχτηκε τπν τίτλο του Δεσπότη από τον Αυτοκράτορα Ιωάννη Γ΄ Δούκα Βατάτζη.