Witherspoon lebte als Kleinkind vier Jahre lang in Wiesbaden; ihr Vater John war dort bei der US-Luftwaffe als Militärarzt im Rang eines Lieutenant Colonel stationiert. Nach der Rückkehr in die Vereinigten Staaten wuchs sie in Nashville auf. Ihre Mutter Mary Elisabeth (geborene Reese), genannt Betty, ist Professorin für Krankenpflege an der Vanderbilt University. Reese Witherspoon hat einen drei Jahre jüngeren Bruder namens John Draper. Ihre Eltern leben seit 1996 getrennt. Witherspoon gab an, eine direkte Nachfahrin des in Schottland geborenen und in die USA ausgewanderten John Witherspoon zu sein, der zu den Unterzeichnern der US-amerikanischen Unabhängigkeitserklärung gehörte. Ihre Abstammung wurde nicht von Genealogen bestätigt, die sich ausschließlich auf die Nachfahren der Unterzeichner der amerikanischen Unabhängigkeitserklärung fokussieren.