Nel 1998 l'Inter migliorò i risultati ottenuti l'anno precedente, chiudendo il campionato al secondo posto e vincendo la Coppa UEFA sconfiggendo per 3-0 la al Parco dei Principi. Tuttavia, le prestazioni di Djorkaeff risultarono meno brillanti, anche in virtù di una difficile coesistenza in campo col nuovo acquisto Ronaldo. Gli equivoci tattici si acuirono l'anno seguente, allorché il reparto offensivo dell'Inter venne ulteriormente arricchito dall'arrivo di Roberto Baggio. Al termine di una stagione negativa, conclusa in ottava posizione, Djorkaeff lasciò il club, disputando l'ultima partita in nerazzurro il 16 maggio 1999 nell'incontro perso a .