玛格瑙拉宫学院建立于9世纪，但没有持续很久。1046年君士坦丁九世重建了大学并开设了法学系（Διδασκαλεῖον τῶν Νόμων）和哲学系（Γυμνάσιον）。君士坦丁堡大学的消亡始于1204年第四次十字军东征中拉丁人攻占君士坦丁堡，大学在教会管理下作为非世俗机构幸存下来，一直到1453年君士坦丁堡陷落。穆罕默德二世征服该城后，将其重建为一座伊斯兰学校。