Когда в сентябре 1939 года западные районы Белоруссии были заняты советскими войсками, вернулся в родное село. Стал гражданином СССР, в 1940 году окончил педагогические курсы, работал заведующим начальной школой села Ровковичи Воложинского района. Также был комсомольским активистом. По собственным воспоминаниям А. Н. Ботяна, в 1940 году он был включён в кадровый резерв органов НКВД СССР.