Kmalu po okupaciji Ljubljane s strani fašistične Italije je začel Peršuh uporabljati svoja poznanstva in organizacijske sposobnosti v začetkih ilegalnega demokratičnega protiokupatorskega gibanja. Maja 1941 je začel izdajati prvi slovenski ilegalni list "Prebujena Slovenija", krog ljudi okoli njega pa je kmalu prišel v stik in se združil s Slovensko legijo, po TIGR prvo ilegalno odporniško skupino v okupirani Sloveniji, ki je v Ljubljani nastala na pobudo mlajših članov Slovenske ljudske stranke že konec aprila 1941. Peršuh je v prvem letu italijanske okupacije, ki je vsaj v Ljubljanski pokrajini potekala dokaj mirno, še naprej normalno deloval kot uradnik Vzajemne, hkrati pa ilegalno organiziral odporniško gibanje v skladu s smernicami vlade Kraljevine Jugoslavije in predstavnikov predvojnih političnih strank. S pomočjo Fanouša Emmerja je navezal stike s častniki kraljeve vojske in sodeloval v organizaciji odporniške Jugoslovanske vojske v domovini, ter bil tudi imenovan za njenega poveljnika za mesto Ljubljana. Po napadu sil Osi na Sovjetsko zvezo 22. junija 1941 so začeli odločneje pozivati k odporu tudi komunisti in v ta namen ustanovili Osvobodilno fronto kot krovno organizacijo njim podrejenih političnih skupin. Ob koncu leta 1941 je začelo prihajati do prvih nasprotij in prask med obema frakcijama odpora – katoliško odporniško gibanje je bilo zavezano usmeritvam begunske kraljeve vlade Petra II.. Nasprotja so kulminirala z umorom Fanouša Emmerja decembra 1941.