UNEP je sídlem sekretariátů několika mnohostranných environmentálních dohod a výzkumných orgánů, včetně Úmluvy o biologické rozmanitosti (CBD), Minamatské úmluvy o rtuti, Úmluvy o stěhovavých druzích a Úmluvy o mezinárodním obchodu ohroženými druhy volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin (CITES).