Theóphilos Kaíris fut chargé de déclencher la lutte pour l'indépendance dans son île, importante stratégiquement et militairement. Les grandes familles féodales, les "tzakia", qui s'étaient partagé l'île à l'époque du Duché de Naxos avaient conservé leur puissance lors de la domination ottomane. Leur pouvoir se faisait sentir très durement sur leurs serfs. Au milieu du , une partie de cette population paysanne se tourna vers la mer pour échapper à la domination féodale. L'île devint une île d'armateurs qui profita elle aussi, bien que dans une moindre mesure comparé à Hydra ou Spetses, du traité de Kutchuk-Kaïnardji (1774). Elle constituait aussi un verrou maritime, au centre de l'Égée.