対アフガニスタンだけでなく、対インドの作戦行動・諜報活動も多い。インドで活動するインディアン・ムジャヒディーンそしてカシュミールを拠点とするラシュカレ・タイバなどのテロ組織の背景にISIの存在があるとの指摘は根強い。その他の（イスラム系でない）インドの反政府武装組織を支援しているとの噂も絶えない。いっぽう国内のワジリスタン紛争には関与が消極的とも伝えられる。