V kněžišti kostela je pět vitráži. Na první je kníže Vladislav, Augustyn Kordecki, který se dívá na obraz Černé madony čenstochovské, a obléhání Jasné Hory. Na druhé vitráži je znázorněno Korunování Panny Marie, klanění tří králů a svatou Annu s Marií. Na třetím je vyhnání Adama a Evy, Bůh s anděly a další Boží dílo. Čtvrtá vitráž ukazuje narození Ježíše Krista a jeho smrt a na páté je seslání Ducha svatého, křest Ježíše, Zvěstování Panny Marie a archanděl Michael. V pravé jižní lodi jsou tři vitráže. Na první jsou ukázané evangelické události, totiž povolání učedníků, zázračný rybolov nebo rozmnožení chleba. Na druhé jsou některé příběhy, které se nacházejí ve Skutcích apoštolů, jako události ukázání svatých Jana a Pavla, vystoupení a mučednická smrt svatého Štěpána. Na třetím je obrácení a křest svatého Pavla prostřednictvím svatého Ducha. V severní lodi, na levé straně, kde je kaple svaté Barbory – patronky horníků, se nachází vitráž, na které je vidět zmíněná svatá, její obrácení a mučednická smrt a také znak města Lubín.