Le , l'Atlético de Madrid remporte la Supercoupe de l'UEFA en battant l'Inter de Milan 2-0. Agüero a assisté José Antonio Reyes sur le premier but avant de sécuriser la victoire en marquant le deuxième. Le , Agüero signe un nouveau contrat l'engageant pour le club jusqu'en 2014. Le jour suivant, il est nommé vice-capitaine de l'Atlético derrière Diego Forlán.