Aunque su historia se remonta al confín de los tiempos; Cajatambo pertenece al puñado de pueblos que nacieron con la República. Pues antes, durante el Tahuantinsuyo —con el nombre de "Kasha Tampu"— le había correspondido ser parte de la región imperial Chinchay Suyo; y en la época virreinal formó parte de la intendencia de Tarma. Pero al expedirse el Reglamento Provisional de Huaura (12/2/1821) con el que se inicia la gestión administrativa y política del Gobierno Independiente dirigido por el General José de San Martín nacen también los primeros cuatro departamentos del Perú: Trujillo, Tarma, La Costa y Huaylas. Se crea entonces el departamento de Huaylas conformado por los partidos —se llamarían provincias a partir de la Constitución de 1823— de Huaylas, Huamalies, Conchucos, Huánuco y Cajatambo. Pero no por mucho tiempo, pues ese mismo Congreso Constituyente determina, a partir de 4 de noviembre en 1823, la fusión de Tarma con Huaylas que da origen al departamento de Huánuco, cuya extensión abarca —además de Huánuco— a Tarma, Cajatambo, Huaylas, Conchudos y Huamalíes. En 1825, finalizada la guerra, el departamento de Huánuco recibe —en tributo al triunfo de la pampa de Chacamarca— el nombre de Junín.