Makélélé kuului pitkään myös Ranskan maajoukkueen miehistöön. Hän pelasi maajoukkueessa Atlantan olympialaisissa 1996, MM-turnauksessa 2002 ja EM-turnauksessa 2004. Hän ehti jo lopettaa maajoukkueuransa syksyllä 2004, mutta teki paluun vuoden kuluttua. Hän lopetti maajoukkueessa lopullisesti vasta sen jälkeen, kun se jäi alkulohkoon EM-kisoissa 2008. Kaikkiaan hän pelasi 71 maaottelua eikä tehnyt niissä yhtään maalia.