Absen pada Paralimpiade perdana pada tahun 1960 di Roma, Jepang membuat debut Paralimpiade dengan menjadi tuan rumah Pesta Olahraga 1964 di Tokyo. Negara ini telah berpartisipasi dalam setiap edisi Paralimpiade Musim Panas berikutnya, dan dalam setiap edisi Paralimpiade Musim Dingin sejak yang pertama pada tahun 1976. Ini telah menjadi tuan rumah Paralimpiade dua kali, dengan Tokyo menjadi tuan rumah Olimpiade Musim Panas 1964, dan Nagano Paralimpiade Musim Dingin 1998. Paralimpiade Musim Panas pada tahun 2020 berikutnya akan diadakan lagi di Tokyo. Jepang diwakili oleh Komite Paralimpiade Jepang.