1994 року Бейкер переїхав до Нью-Йорка, де залишився до кінця життя. Тут він продовжував свою творчу діяльність і громадянську активність. Того року він створив найбільший у світі прапор (на той час) для святкування 25-ї річниці повстання у Стоунволлі 1969 року.