ใน พ.ศ. 2556 ธนีกาญจน์ได้เข้าร่วมแข่งขันในระดับอาชีพให้แก่สโมสรกรุงเทพมหานคร ในไทยวีเมน พรีเมียร์ลีก ฤดูกาล 2013 โดยในวันที่ 10 กุมภาพันธ์ ธนีกาญจน์เป็นหนึ่งในผู้ทำประตูให้แก่สโมสรดังกล่าวเมื่อครั้งที่พบกับสโมสรฟุตบอลหญิงวิทยาลัยนอร์ทกรุงเทพ ต่อมา ในวันที่ 17 กุมภาพันธ์ เธอได้ลงแข่งขันเมื่อพบกับทีมโรงเรียนกีฬาจังหวัดขอนแก่น รวมถึงในวันที่ 24 กุมภาพันธ์ เธอเป็นหนึ่งในผู้ทำประตูเมื่อครั้งที่พบกับสโมสรฟุตบอลหญิงทหารอากาศ และภายในปีเดียวกันนี้ ในการแข่งขันฟุตบอลหญิงเอเชียนคัพ 2014 รอบคัดเลือก ธนีกาญจน์เป็นหนึ่งในผู้ทำหน้าที่นักฟุตบอลทีมชาติตัวหลัก ซึ่งแม้จะมีอาการบาดเจ็บแต่เธอก็อาการดีขึ้นในภายหลัง และเธอเป็นหนึ่งในผู้มีส่วนช่วยให้ทีมชาติไทยเป็นฝ่ายชนะฟุตบอลหญิงทีมชาติอิหร่าน ส่งผลให้ทีมชาติไทยผ่านเข้าสู่การแข่งขันฟุตบอลหญิงเอเชียนคัพ 2014 รอบสุดท้ายได้สำเร็จ