Στα χρόνια της Άλωσης η μονή είχε ήδη εγκαταλειφθεί. Είναι άγνωστο όμως πότε και υπό ποιες συνθήκες έγινε αυτό. Έκτοτε το νησί έμεινε ακατοίκητο, όπως αναφέρεται από Ευρωπαίους, Τούρκους και Έλληνες συγγραφείς ή περιηγητές, οι οποίοι το επισκέπτονταν καμιά φορά για να κυνηγήσουν τα αγριοκούνελα και αναφέρονται στα ερείπια της βυζαντινής μονής. Κάποιοι μάλιστα τα έσκαψαν αναζητώντας θησαυρούς.