Webber osallistui 1990-luvun lopulla Le Mansin 24 tunnin ajoon. Hän ajoi vuonna 1998 Klaus Ludwigin ja Bernd Schneiderin kanssa Mercedes-Benz CLK-LM:llä Le Mansin 24 tunnin ajossa. He keskeyttivät kilpailun kierroksella 19. Vuonna 1999 hän ei pystynyt osallistumaan itse kilpailuun ennen kisaa sattuneen onnettomuuden takia. Vuonna 2014 Webber teki paluun Le Mansiin mutta heidän autokuntansa joutui keskeyttämään. Vuonna 2015 Webberin autokunta sijoittui toiseksi. Vuoden 2016 kilpailussa Webberin autokunnan suoritukset riittivät lopputuloksissa keskikastiin.