Após seu fracasso em Naxos, a posição política de Aristágoras ficou abalada. Em uma tentativa para se livrar da represália da Pérsia, começou a planejar uma revolta com a população de Mileto e de outras localidades da Jônia. Enquanto isso, Histeu, ainda retido em Sárdis, tatuou uma mensagem na cabeça raspada de um escravo. Quando o seu cabelo cresceu novamente, ele o enviou para Aristágoras. A mensagem incentivava Aristágoras a iniciar a revolta. Histeu, ansioso para ver Mileto novamente, esperava que Dario o enviasse para lidar com uma revolta em Mileto. Aristágoras, que já havia proposto a revolta, conversou com um conselho de seus partidários, que concordaram com uma rebelião em Mileto em 499 a.C. Aristágoras tinha o apoio da maioria dos cidadãos, com exceção do historiador Hecateu. Enviou homens para Miunte, por mar, para tentar aprisionar os comandantes da frota persa, que se achava naquele porto desde seu regresso de Naxos. Uma vez que sua rebelião teve início, Aristágoras "revoltou-se abertamente contra Dario, causando-lhe os maiores danos e trazendo-lhe grandes dificuldades". Para ganhar apoio, depôs os déspotas das outras cidades-Estados jônicas, e alegou que iria também acabar com sua tirania, para permitir a criação de um governo popular. Aristágoras ordenou que todas as cidades-Estados criassem um conselho de generais para governar, dando início assim à Revolta Jônica. Depois, partiu para Lacedemônia em busca de um aliado.