Po inwazji sowieckiej na Polskę Niemcy wycofali się z Siedlec, a na ich miejsce wkroczyły wojska sowieckie. Sowieci w początkach października 1939 wycofali się z miasta, zabierając jednak ze sobą kierowniczych pracowników magistratu, jak również inne osoby przebywające w tym czasie na konferencji w urzędzie.