Kilka miesięcy po rozpoczęciu francuskiej okupacji, Maltańczycy zbuntowali się przeciwko Francuzom i zablokowali ich na terenie Wielkiego Portu, z brytyjską, neapolitańską i portugalską pomocą. Francuzi zdołali wytrzymać w Valletcie do września 1800 roku, kiedy to generał Vaubois skapitulował przed Brytyjczykami, którzy przejęli władzę nad wyspą.