В 1265 году монастырь Марткопи стал резиденцией епископа Рустави, после того как этот город был разрушен во время вторжения Берке, правителя монгольской Золотой Орды. Монастырь был разграблен во время грузинских походов тюрко-монгольского эмира Тимура в 1395 году. В конце XVII века он был существенно реконструирован. Монастырь был укреплён «как крепость», как сообщал грузинский учёный XVIII века князь Вахушти. Его стена имела общую длину 1400 м и была оборудована бойницами.