1843 verfasste er sein erstes Traktat mit dem Titel "Peace with God" (Friede mit Gott). Im Alter von 24 Jahren eröffnete er eine Privatschule in Westport. Dort entwickelte er eine spezielle Methode, um die klassischen Sprachen zu unterrichten. Zu dieser Zeit grassierte in Irland die Große Hungersnot, und obwohl die britische Regierung wiederholt versuchte, die verzweifelte Armut der Iren zu lindern, verschlechterte sich die Lage nur noch mehr. In den Schulferien wanderte Mackintosh durch die Grafschaft Mayo und predigte den Armen. In dieser schweren Zeit war es kaum möglich, ein teures Internat zu unterhalten, weshalb Mackintosh dieses Unternehmen aufgeben musste. Im Februar 1853 erklärte er John Nelson Darby, nichts könne ihn dazu bringen, weiter ein Internat zu führen.