В сентябре 1811 года Роберт Стоктон поступил на службу в ВМФ США. В 16 лет стал мичманом, участвовал в войне 1812 года. Был произведен в лейтенанты и переведен на другой корабль, на котором проходил службу в Средиземном и Карибском морях, у побережья Западной Африки.