Michael Higgins ist der Sohn von John Higgins, eines Leutnants der Irisch-Republikanischen Armee im Irischen Unabhängigkeitskrieg. Im Alter von fünf Jahren gab ihn sein Vater in die Obhut eines Onkels und einer Tante, die in der Grafschaft Clare, in der Nähe von Newmarket-on-Fergus, einen Bauernhof bewirtschafteten. Higgins besuchte das "Saint Flannan’s College" in Ennis. Nach der Schulzeit arbeitete er einige Monate in einer Fabrik im damals neuen, 1959 geschaffenen Zollfreigebiet "Shannon Free Airport Industrial Estate" am Flughafen Shannon. Er bestand die Aufnahmeprüfung für das Lehrerseminar in Drumcondra, konnte die Ausbildung jedoch nicht beginnen, weil er im Wohnheim des Lehrerseminars die Kaution für die Bettwäsche nicht bezahlen konnte. So arbeitete er stattdessen zwei Jahre in Galway als Angestellter im örtlichen Büro des staatlichen Elektrizitätsversorgungsunternehmens "Electricity Supply Board" (ESB).