Сиссе начал привлекаться в юношеские сборные различных возрастов с 15 лет. В 2001 году в составе молодёжной сборной Франции Джибриль поехал на молодёжный чемпионат мира в Аргентину. На турнире Сиссе забил 6 мячей в 5 матчах и помог своей команде выйти в 1/4 финала. Нападающий сделал хет-трик в ворота сборной Ирана, дважды забил сборной Германии и один раз отметился в поединке со сборной Парагвая.