1 września 1939 r., po napaści Niemiec na Polskę, ogłoszono w kraju stan wojenny i wyjątkowy. Najważniejszym zadaniem MPiT w tym czasie było zapewnienie komunikacji rządu i innych władz, oraz Sztabu Głównego Wojska Polskiego z resztą kraju. Już w pierwszych dniach, wskutek bombardowań niemieckich, znaczną część władz centralnych ewakuowano do Lublina, a następnie w rejon Łucka, Dubna i Równego. 15 września MPiT umieszczono w pobliskim Rożnowie. Po agresji ZSRR na wschodnie tereny Polski, 17 września minister Kaliński i towarzyszący mu łącznościowcy przekroczyli w Kutach granicę polsko-rumuńską kończąc działalność MPiT w II Rzeczypospolitej.