Si ritiene che Santo Jr., Carlos Marcello di New Orleans, Sam Giancana di Chicago e Jimmy Hoffa dei Teamsters, furono coinvolti nell'omicidio di John F. Kennedy, avvenuto nel 1963 a Dallas. Si ritiene anche fosse coinvolto nella distruzione del night club "King's Court" a Miami, che era controllato da alcuni membri della famiglia Bonanno, tra cui Joseph D. Pistone, agente infiltrato dell'FBI noto come "Donnie Brasco". La distruzione del King's Court sarebbe stato un favore fatto all'amico ed alleato Alphonse "Sonny Red" Indelicato. Per questo atto, però, anche questa volta non fu condannato. La salute di Trafficante declinò dagli anni '80. Morì il 17 marzo 1987, a 72 anni.