În 1990, după agresiunea împotriva poporului azer și invazia trupelor sovietice în noaptea din 19/20 ianuarie 1990 (Ianuarie negru), Aliyev a luat atitudine față de această acțiune și a cerut pedepsirea celor responsabili. În ianuarie 1990, imediat după tragedie, Ayaz Mutallibov, președintele Consiliului de Miniștri, a devenit primul secretar al Partidului Comunist din Azerbaidjan, iar Heydar Aliyev, adversarul său politic, s-a întors la Baku, la 20 iulie, pentru ca peste numai două zile să se întoarcă în Republica Autonomă Naxcivan, locul său natal, unde a fost ales președintele Sovietului Suprem local (1991–1993). În 1990, Heidar Aliev a fost ales deputat al Republicii Azerbaidjan. În 1992, a fondat Partidul Noul Azerbaidjan (YAP), cu care a câștigat alegerile.