Пет година је водио непрекидне ратове са Бугарском, а неколико пута је и сам предводио походе. Иако је на почетку изгледало да ће рат против Бугарске бити успешан, показало се да су резултати готово никакви, тако да је једном приликом 1190. Исак II Анђел једва сачувао живу главу. Док је припремао један поход против Бугарске царев старији брат Алексије III Анђел искористио је прилику да себе прогласи царем. У то доба цар је био напустио војни логор и отишао у лов. Војници су признали новог цара Алексија III Анђела. Исака су ослепели и 1195. затворили у Цариграду. Затворили су му и сина Алексија, али је он успео да побегне из затвора. Исаков син, Алексије IV Анђел је живео код своје сестре, која је била удана за краља Немачке Филипа Швапског. У току спремања крсташа на Четврти крсташки рат Алексије је замолио крсташе да му врате престо. Понудио им је 200.000 сребрених марака.