Nell'annata 2000-2001 il ceco realizza 13 gol, tra cui uno nella rimonta nei minuti finali della stracittadina in cui i biancocelesti, sotto 0-2, trovano prima il suo gol che accorcia le distanze, e poi al 5' di recupero quello del compagno di squadra Lucas Castromán. Da ricordare anche la doppietta contro la Juventus (4-1). Tuttavia dopo cinque anni molto positivi a Roma, sul piano sportivo (207 partite e 51 gol) e ancor più personale, Nedvěd decide di lasciare la Lazio a causa di sopravvenuti dissidi con la dirigenza e con la stessa società capitolina peraltro costretta a cederlo per far cassa.