Le Japon et Israël s'opposent cependant sur un certain nombre de questions historiques controversées relatives à l'Holocauste et à la Deuxième Guerre mondiale. En 1939, l'Union soviétique a signé un pacte de non-agression avec l'Allemagne Nazie, rendant le voyage des juifs d'Europe vers le Japon bien plus difficile. Le gouvernement japonais signa le pacte tripartite avec l'Allemagne et l'Italie, éliminant la possibilité d’une quelconque aide officielle pour le plan de Tokyo.