Als 1798 Napoleon seinen Feldzug nach Ägypten plante, wurde Belgrand de Vaubois wiederum Mitglied des Generalstabs. Auf dem Weg nach Ägypten überfielen Napoleonische Truppen am 9. Juni 1798 den Malteserorden auf Malta. Bereits am darauffolgenden Tag war Valletta eingenommen und nachdem Malta nach französischer Weise neu strukturiert worden war, berief Napoleon Belgrand de Vaubois zum "Commandant en chef des isles de Malte et du Goze".