L'élément déclencheur de l'opposition entre la FISA et la FOCA avait été l'interdiction des voitures à effet de sol souhaitée par Balestre au nom d'une plus grande sécurité. D'une manière générale, son action à la tête de la FISA restera marquée par de grands progrès en matière de sécurité dans le sport automobile, qu'il s'agisse de la Formule 1 ou des rallyes (interdiction des voitures de groupe B après la mort de l'équipage Henri Toivonen-Sergio Cresto, brûlé vif à la suite d'un accident lors du Tour de Corse 1986). Son intransigeance en la matière lui vaudra un grand respect de la part des pilotes de Formule 1. D'autres décisions seront contestées, comme la disqualification d'Ayrton Senna à l'issue du Grand Prix du Japon 1989 pour avoir été aidé par des commissaires de course à repartir ou encore son refus de changer l'emplacement de la pole position en 1990, toujours au Grand Prix du Japon et toujours à la demande de Senna (en 1991, ce dernier a publiquement admis avoir délibérément provoqué une collision avec Alain Prost dès le premier virage pour cette raison, remportant de fait le championnat). Ces décisions seront perçues par le pilote brésilien et quelques autres comme des abus de pouvoir visant à favoriser Prost.