Une alerte grave est constituée par la guerre civile de 1876-1877, les États dirigés par des conservateurs refusant de reconnaître la nomination d'Aquileo Parra par le Congrès et entrant en rébellion contre le pouvoir central. À la suite de la victoire du général Julián Trujillo Largacha, qui commande les troupes des libéraux au pouvoir, sur les rebelles conservateurs, les libéraux se divisent en deux courants : les radicaux, ou "gólgotas", et les modérés, ou "draconianos", aussi appelés indépendants. C'est de cette deuxième faction que Núñez prend la tête tandis qu'il commence à proposer des réformes de l'appareil d'Etat dans un mouvement appelé Regeneración.