Dopo la buona riuscita dell'attacco a sorpresa su Pearl Harbor, Takahashi supportò le operazioni nelle Filippine, iniziate l'8 dicembre: per questo compito la 3ª Flotta disponeva della 2ª e 4ª Squadriglia cacciatorpediniere, affiancati dalla 5ª e 7ª Divisione incrociatori. Operando sotto la direzione generale del viceammiraglio Nobutake Kondō (che comandava la "Flotta del Sud" - 2ª e 3ª Flotta più altre formazioni minori), Takahashi condusse riusciti sbarchi nel Golfo di Lingayen, Aparri e Vigan su Luzon e di facile esecuzione furono anche gli assalti anfibi a Legaspi e su Mindanao (10-22 dicembre). Una volta che Manila fu presa dalle truppe imperiali il 2 gennaio 1942, Takahashi si portò come da piano a sud, nella porzione orientale delle Indie olandesi, e suddivise la 3ª Flotta in due tronconi: quello più a est fu coinvolto nella cattura di posizioni strategiche a Celebes e delle Molucche (Kendari, Menado, Makassar), mentre l'altro condusse la campagna del Borneo olandese. Entrambe furono concluse entro il 24 febbraio con poche perdite, quindi Takahashi riunì le sue forze e fece rotta su Giava, costituendo il braccio orientale dell'attacco finale all'isola. Le forze di scorta al convoglio di 56 navi trasporto, guidate dai contrammiragli Takeo Takagi e Shōji Nishimura, sconfissero la flotta ABDA del contrammiraglio Karel Doorman nella battaglia del Mare di Giava (27 febbraio 1942) e poi nella seconda battaglia del Mare di Giava (1º marzo), quindi appoggiarono gli sbarchi sull'isola che incontrarono una resistenza modesta.