Werner je bil med zmagovalci tudi na naslednjem Evropskem dvoranskem prvenstvu, leta 1969 v Beogradu. Po srebru na 400 m, ko je s časom 47.4 zaostal le za rojakom Balachowskim, je poljska štafeta v postavi Werner-Jan Radomski-Badeński-Balachowski prigrebla do zlata. Drugo mesto je po fotofinišu (z istim izidom kot Poljska - 3:01.9) zasedla Sovjetska unija. Istega leta je v Atenah potekalo še Evropsko prvenstvo na prostem. Werner je uspešno leto tako zaokrožil še z naslovom evropskega prvaka na 400 m na prostem, potem ko je v samem zaključku dirke strl odpor Francoza Jean-Clauda Nalleta in branilca naslova, rojaka Grędzińskega. V štafeti 4x400 m so slavili Francozi, drugo in tretje mesto sta pripadli Sovjetski zvezi in Zahodni Nemčiji. Vnovič je bil četrti tekač zahodnonemške štafete Martin Jellinghaus, ki je Wernerju in Poljski bron odščipnil praktično na ciljni liniji. Poljska četverica se je tako morala s časom 3:03.1 zadovoljiti s četrtim mestom.