Будівля школи розташовувалася на місці сучасного ринку Варвакіос Агора по вулиці Афінас. Школа діяла в ній до 1944 року, коли будівлі було завдано значної шкоди в ході Громадянської війни в Греції. З тих пір школа розташовувалася послідовно в інших будівлях в Афінах по вулиці Колеттіс, вулиці Акадіміас, вулиці Трикупі та Арахова. Будівлю Варвакіса знесли 1955 року. З 1982 року і дотепер Вища експериментальна школа Варвакіос розміщується у Палео-Психіко.