Le vendredi , Guy Roux qui ne sent pas bien, se rend au service cardiologie de l'hôpital d'Auxerre. Le médecin l'ausculte et le fait immédiatement transférer à l'hôpital Cochin à Paris afin d'y subir des examens complémentaires. Le médecin lui signale qu'il a une ou deux artères bouchées et l'envoie alors à l'hôpital Saint-Joseph où il est opéré en urgence d'un double pontage coronarien. Alain Fiard qui est alors l'entraîneur adjoint assure l'intérim pendant la convalescence de Guy Roux. Ce dernier reprend sa place en . S'appuyant sur la génération des Cissé, Mexès, Boumsong, Kapo, l' termine troisième du championnat avec notamment vingt-deux réalisations de Cissé qui termine meilleur buteur du championnat de France à égalité avec le Bordelais Pauleta. Le club se qualifie pour la seconde fois de son histoire pour la Ligue des Champions après avoir écarté le Boavista Porto lors du tour préliminaire. L' est ensuite éliminée lors de la phase de poule mais réussit l'exploit de s'imposer 2 buts à 1 contre Arsenal à Highbury. Auxerre est la seule équipe française à s'être imposée dans ce stade. À l'issue de la saison, Auxerre remporte sa troisième Coupe de France en battant le PSG en finale. Boumsong, Mexès, Kapo et Cissé participent ensuite à la Coupe des confédérations 2003 qu'ils remportent en battant en finale le Cameroun de leur coéquipier Perrier-Doumbé.