Nguyễn Công Phượng maakte op 8 oktober 2015 zijn debuut in het Vietnamees voetbalelftal tijdens een kwalificatiewedstrijd voor de wereldkampioenschap voetbal 2018 tegen Irak. In 2019 nam hij met Vietnam deel aan de Asian Cup 2019, waar hij zowel tegen Irak in de groepsfase als tegen Jordanië in de achtste finale scoorde.