1802 wurde Würzburg zum ersten Mal bayerisch: Im Spätsommer 1802, noch vor Erlass des Reichsdeputationshauptschluss, begannen die weltlichen Fürsten die ihnen zugesprochenen Gebiete zu besetzen. So zog am 3. September 1802 eine kurpfalz-bayrische Division in das Fürstentum Würzburg ein und Würzburg wurde Garnison der pfälzischen Truppen. Mit den Soldaten kam der Feldprediger Karl Heinrich Fuchs, der am 31. Oktober 1802 den wohl ersten öffentlichen evangelischen Gottesdienst Würzburgs seit der Schwedenzeit abgehalten hatte, bevor am 10. Januar 1803 die Religionsfreiheit eingeführt wurde. Am 28. November 1802 dankte der Fürstbischof als weltlicher Fürst ab, blieb weiterhin Bischof der Diözese Würzburg. Einen Tag später schritt Bayern zur offiziellen Besitzergreifung von Stadt und Hochstift. Die bayrische Verwaltung machte sich daraufhin durch die Reformwut, den Verlust ehemaliger Privilegien und die Abschaffung beliebter Feiertage innerhalb kürzester Zeit bei der Bevölkerung unbeliebt. So wurde der bayrische Kurfürst Maximilian I. Joseph, als er im Herbst 1805, bedingt durch den dritten Koalitionskrieg, seinen Hof in München verlassen musste, in Würzburg nur äußerst kühl empfangen.