Tallinn, Tartu et Narva sont placés directement sous l'administration militaire allemande (Ober Ost), mais le reste du pays est divisé et administré en Amtsbezirks et plus petits Ortsbezirks. Généralement, des représentants de la noblesse balte (propriétaires terriens féodaux allemands baltes) sont nommés chefs d'administration locaux. Tous les journaux de langue estonienne, à l'exception de l'allemand Rewaler Tagesblatt/Tallinna Päevaleht sont interdits. Cette situation dure jusqu'au 10 novembre 1918. L'Allemagne dénonce le traité de Brest-Litovsk avec tous ses protocoles additionnels (alors secrets) le 5 novembre 1918. August Winnig, le dernier représentant allemand en Estonie signe le traité avec le gouvernement provisoire estonien le 19 novembre 1918, donnant tout le pouvoir d'administration au gouvernement provisoire estonien. La Russie soviétique envahit l'Estonie le 28 novembre 1918, déclenchant la guerre d'indépendance estonienne.