Later was Kitchener commandant in de Tweede Boerenoorlog in Zuid-Afrika, waar hij in mei 1902 de Verdrag van Vereeniging sloot.Kitchener besloot in 1900 tot de beproefde tactiek van de "verschroeide aarde", toen hij tijdens de Tweede Boerenoorlog opperbevelhebber was geworden. Meer dan 30.000 boerderijen en een veertigtal kleine steden gingen in vlammen op. Veestapels werden geplunderd of afgeslacht door de Engelse troepen en talloze families werden vanuit hun hoeve naar Britse concentratiekampen gestuurd. Bijna 120.000 Afrikaners, hoofdzakelijk burgers, en evenveel zwarten werden hierin gedetineerd en nog eens 28.000 krijgsgevangen strijdende boeren werden naar overzeese kampen gestuurd. Er waren 45 concentratiekampen voor Afrikaners en 64 voor zwarten. Hun huisvesting bestond uit op één rij gezette miserabele tentjes. Hygiënische voorzieningen werden niet getroffen of waren sterk onvoldoende, ook naar de toenmalige maatstaven. De voedselrantsoenen van vrouwen en kinderen waren onvoldoende en werden verminderd indien een van hun familieleden deel uitmaakte van het Boerenleger. Buikloop, buiktyfus en mazelen waren algemeen in de kampen. Na de oorlog is gebleken dat 27.927 Afrikaners de kampen niet overleefden: onder hen 22.074 kinderen, jonger dan 16. Onder de zwarten werden 14.154 doden geteld. Het was grotendeels dankzij de Engelse verslaggeefster Emily Hobhouse dat vanaf de tweede helft van 1901 de situatie in de concentratiekampen verbeterde en de sterftecijfers terug begonnen te lopen.