Marques da Silva regressou a Portugal em 1896 para iniciar uma intensa actividade profissional que rapidamente lhe granjeou o reconhecimento público. Na Exposição Universal de Paris de 1900 obtém a medalha de prata e na Exposição do Rio de Janeiro de 1908 foi premiado com a medalha de ouro. Em 1908 é agraciado com o Grau Oficial da Ordem de S. Tiago de Mérito Científico, Literário e Artístico. Com projectos como a Estação de S. Bento (1896), o Teatro Nacional de S. João (1910), o Edifício das Quatro Estações (1905), os Liceus Alexandre Herculano (1914), a "Casa da Irmandade da Lapa", edifício geminado à Igreja (c. 1910-1915), Liceu Rodrigues de Freitas(1919), os Armazéns Nascimento (1914), a Casa de Serralves (1925-1943) ou o Monumento aos Heróis da Guerra Peninsular (1909), moldou a fisionomia da cidade do Porto, mas a sua actuação também se estendeu a outra regiões do norte do país, em particular a Guimarães, cidade para a qual viria a projectar vários edifícios emblemáticos tais como a sede da Sociedade Martins Sarmento, o Mercado Municipal ou o Santuário da Penha. A sua obra, num momento de mudança das práticas construtivas, aliou aos valores da tradição beauxartiana as componentes da razão, traduzindo-se em projectos funcionais e adaptados às mecânicas da vida moderna e na defesa de um modo muito próprio de entender a construção da cidade.