Po skončení vojny sa v roku 1946 stal čestným predsedom Strany práce, ktorú spoluzakladal s cieľom vytvorenia nekomunistickej sociálnodemokratickej strany. V období 19461948 bol predsedom Najvyššieho súdu až do komunistického puču. Podieľal sa na formovaní nového zákonodarstva a vypracoval aj skicu novej ústavy. Po roku 1948 Dérer pochopil, že nemôže obrániť nezávislosť najvyššieho súdu a odišiel na vlastnú žiadosť do dôchodku. V roku 1953 mu znížili penziu tak, že bol pod životným minimom a zamestnal sa v ČSAV v Prahe. V rokoch 19541955 väznený komunistickým režimom. Bol obvinený z účasti na podzemnom hnutí, ktoré malo zvrhnúť ľudovodemokratické zriadenie a z neoznámenia trestného činu. Po prepustení sa opäť zamestnal v Ústave jazykov a literatúry ČSAV. V roku 1968 bol rehabilitovaný. V tomto roku začal opäť vystupovať na verejnosti. V tom istom roku skritizoval Husákovu politiku federalizácie.