Macaosta tuli tärkeä portugalilaisten kauppiaiden tukikohta Itä-Aasiassa. Kauppiaiden ohella sitä pitivät tukikohtanaan jesuiitat. Siirtokunta toimi Portugalin Intiassa sijainneen Goan siirtokunnan viranomaisten alaisuudessa. Muut eurooppalaiset siirtomaavallat kilpailivat alueella kaupasta Portugalin kanssa. Hollannin Itä-Intian kauppakomppania hyökkäsikin useasti Macaoon, mutta Portugali säilytti asemansa alueella. Macaon arvoa kaupan keskuksena nostatti entisestään ulkomaalaisten karkottaminen Japanista vuonna 1635. Se alkoi menettää asemaansa, kun Kiina avasi omia satamiaan ulkomaankaupalle ensimmäisen oopiumisodan seurauksena vuonna 1842. Suuri osa kaupasta siirtyi tällöin muihin kaupunkeihin, kuten Hongkongiin ja Shanghaihin. Vuonna 1845 Macaon silloinen kuvernööri João Ferreira do Amaral lakkautti Portugalin pitkään Kiinalle vuokrana Macaosta maksaman 500 hopeataelin maksamisen ja karkotti kiinalaiset tullivirkailijat siirtokunnasta. Vuonna 1887 Kiinan ja Portugalin välillä solmittiin sopimus, jolla Kiina tunnusti Portugalin suvereniteetin Macaolla. Ennen sopimusta alue oli virallisesti Kiinan ja Portugalin yhteishallintoalue ja sen jälkeen siitä tuli Portugalin siirtomaa.