После прихода к власти в Чехословакии коммунистов Седлачек был арестован в 1951 году и подвергнут пыткам в Домечеке в Праге. Он был осуждён за антикоммунистическую деятельность и приговорён к пожизненному заключению. Он содержался в тюрьмах Вальдице, Мирова, Леополдова и Бытиза. Седлачек был освобождён в 1960 году и реабилитирован после Бархатной революции 1989 года.