Begin 2013 kwam Van Alphen tijdens een polsstoktraining slecht neer en kwetste zich aan de ligamenten. Hij miste daardoor de wereldkampioenschappen. Ook in 2014 slaagde hij door blessures niet in zich te plaatsen voor de Europese kampioenschappen. De Décastar in Talence is eind 2014 zijn eerste tienkamp in meer dan twee jaar. Ook in 2015 diende hij door blessures verschillende tienkampen af te zeggen. Eind 2015 trachtte hij zich op de Décastar te plaatsen voor de Olympische Spelen in Rio. Een valse start op het eerste nummer maakte dat al meteen onmogelijk. Ook in 2016 diende hij wegens een lichte blessure af te zeggen voor de Hypo-Meeting in Götzis. De Europese kampioenschappen in Amsterdam waren zijn laatste kans voor selectie voor de Olympische Spelen in Rio. Hij moest opgeven en kon zich daardoor niet plaatsen. Eind 2016 zette hij een punt achter zijn professionele carrière.