Nel frattempo l'equilibrio politico della zona mutò radicalmente in seguito agli esiti della guerra del sale (o di Ferrara), protrattasi dal 1482 al 1484 e che vide Rovigo e il territorio indicato come Transpadana Ferrarese, fino ad allora sotto il dominio del Ducato di Ferrara, passare sotto il controllo della Repubblica di Venezia. Tuttavia il monastero di san Bortolo rimase ancora alle dipendenze di quello di san Giorgio di Ferrara fino alla conclusione del Concilio di Trento, aggregato dai vertici politici della Repubblica alla provincia olivetana veneta formalmente nella seconda metà del XVI secolo; anche in seguito i monaci dimostrarono di mantenere per oltre un secolo contatti con il mondo culturale di area emiliana, preferendola a quella veneta nell'opera di impreziosimento artistico della chiesa ad opera di artisti locali o attivi in Emilia.