Пока Маргарита пыталась повысить дальнейшую поддержку фракции Ланкастеров в Шотландии, её главный командующий, Генри Бофорт, герцог Сомерсет, одержал крупную победу для неё в битве при Уэйкфилде 30 декабря 1460 года, разбив объединенные войска герцога Йоркского и графа Солсбери. Оба они были обезглавлены, а их головы насажены на ворота Йорка. Несмотря на распространённое мнение о том, что именно Маргарита отдала приказ о казни, она этого сделать не могла, поскольку находилась во время битвы в Шотландии. Далее последовала победа 17 февраля 1461 года во второй битве при Сент-Олбансе, в которой Маргарита принимала непосредственное участие. В этой битве она победила силы Йорков во главе с Ричардом Невиллом, графом Уориком, и вернула из плена своего мужа. Именно после этой битвы Маргарита совершила вопиющий акт мести, приказав казнить двух военнопленных йоркистов, Уильяма Бонвилла, барона Бонвилл, и сэра Томаса Кириеля, которые охраняли короля Генриха во время боя. Король пообещал иммунитет этим двум рыцарям, но Маргарита приказала их обезглавить. Утверждается, что она представила мужчин на суде, на котором председательствовал её сын. «Справедливый сын, — якобы спросила она. — Какой смертью должны умереть эти рыцари?». Принц Эдуард ответил, что их головы должны быть отсечены, несмотря на просьбы короля о помиловании.