ב-28 במאי 1948 התקיים מסדר לוחמי לח"י בשיח' מואניס (בשטח קמפוס אוניברסיטת תל אביב של ימינו), במסגרתו התגייסו כ-700 לוחמי לח"י לצה"ל, רובם לחטיבה 8. במלחמת העצמאות נלחמו רוב לוחמי לח"י לשעבר במסגרת חטיבה 8, אך כ-100 לוחמי לח"י פעלו כמסגרת עצמאית באזור ירושלים, שנותרה מחוץ לתחומי מפת החלוקה ויועדה למעמד בינלאומי. על הפעילות בירושלים פיקד יהושע זטלר ("מאיר"). במסגרת פעילות לח"י בירושלים נכבשו הכפרים ליפתא, שייח' באדר ודיר יאסין והוקם מחנה "דרור" בטלביה. חלק מפעולות לח"י בירושלים נתפסו כשנויות במחלוקת, בהן פרשת דיר יאסין, רצח הקונסול הפולני ויטולד הולאניצקי ובפרט, רצח מתווך האו"ם, פולקה ברנדוט. לאחר רצח ברנדוט הורתה ממשלת ישראל על פירוק הארגון.