Beim Einmarsch der Franzosen in die Schweiz war Joseph Anton Schumacher Kommandant der Luzerner Grenadiere bei St. Urban, wo der Einfall der Franzosen erwartet wurde, allerdings mit dem Befehl, diese freundlich zu empfangen. Anschliessend nahm er an den Feldzügen von 1799 der französischen Armee in Italien teil, geriet bei Mantua in österreichische Gefangenschaft und wurde nach einem Jahr auf Ehrenwort in die Schweiz entlassen, wo er am 4. Mai 1809 zum Oberstleutnant ernannt wurde. Nach dem Staatsstreich von 1814 und der Wiederherstellung der patrizischen Verfassung unter der Führung von Vinzenz Rüttimann in Luzern gelangte Joseph Anton Schumacher in den Kleinen Rat, und im Juni 1817 erhielt er als ehemaliges Mitglied der Schweizergarde, die am 10. August 1792 die Pariser Tuilerien verteidigt hatte, vom späteren Ludwig XVIII. den St.-Ludwigs-Orden.