No curso da Guerra Civil de Uganda, Masaka novamente sofreu com os combates. A cidade foi guarnecida pelo Exército de Libertação Nacional de Uganda, que na época era o exército nacional de Uganda. No final de 1985, os rebeldes do Exército de Resistência Nacional cercaram a cidade. Após um combate pesado, a guarnição de Masaka se rendeu em 10 de dezembro de 1985.