Эмануэль — младший сын князя Августа Ангальт-Плёцкауского и его супруги Сибиллы, дочери графа Иоганна Георга Сольмс-Лаубахского. Его образование завершила образовательная поездка по Европе, а в 1657 году Эмануэль поступил на службу к королю Швеции Карлу X Густаву и воевал на его стороне против Дании. Получил ранение при штурме Копенгагена и попал в плен. После освобождения поступил на службу в Венецианскую республику и сражался против турок в осаде Кандии.