En este periodo se produjo la violenta erupción del volcán de Santorini, erupción conocida como "Erupción minoica", en el período entre el 1639 y el 1616 a. C., fechada por medio de la datación por radiocarbono; en 1628 a. C. dendrocronológicamente; y en 1530-1500 a. C. arqueológicamente. Este evento ha sido considerado como una de la mayores erupciones del planeta, pero se discute cuál fue el impacto que tuvo a corto plazo en Creta. Algunos autores han estimado que no tuvo un efecto importante, pero otros han señalado que, además de la inevitable destrucción de buena parte de la flota, habría ocasionado una crisis de grandes dimensiones que habría desembocado, a largo plazo, en la desaparición de los palacios.