W reprezentacji Egiptu El-Mohamadi zadebiutował w 22 sierpnia 2007 roku w zremisowanym 0:0 towarzyskim spotkaniu z Wybrzeżem Kości Słoniowej. W tym samym roku wystąpił z kadrą U-20 w Mistrzostwach Afryki 2007. Od czasu debiutu w kadrze A wywalczył miejsce w podstawowym składzie Egiptu, a w 2008 roku Hassan Shehata powołał go na PNA 2008.