ב-21 ביולי 1861, בקרב בול ראן הראשון (מנאסס הראשון), הניע ג'ונסטון במהירות את צבאו הקטן מעמק השננדואה על מנת לתגבר את צבאו של בריגדיר ג'נרל פ.ג.ט. בורגארד. אולם, חסרה לו היכרות עם תנאי השטח, ולכן כמחווה מקצועית, הותיר את התכנון הטקטי של הקרב בידיו של בורגארד. באמצע היום, כאשר בורגארד עדיין לא הבין את מהלכיו של צבא האיחוד יריבו, ג'ונסטון החליט שהמיקום המכריע הוא מצפון למפקדה שלו, בגבעת הנרי האוס. הוא הכריז "הקרב שם. אני הולך." בורגארד והמטות של שני הגנרלים קיבלו את החלטתו ורכבו אחריו. בדרך לחזית הוא פגש יחידה מפוררת – רגימנט אלבמה ה-4 – אשר כל קציני השדה שלו נהרגו בקרב, ובאופן אישי כינס אותה ועודד את אנשיה לתגבר את קו החזית של הקונפדרציה. הוא עודד את בריגדיר ג'נרל ברנרד בי המיואש ודחק בו להוביל את אנשיו חזרה אל הקרב. בהמשך שכנע בורגארד את ג'ונסטון שהוא יביא יותר תועלת בארגון הגעת התגבורות להמשך הקרב מאשר במנהיגות טקטית בחזית. אף על פי שבורגארד הצליח לזקוף לזכותו את ההכרה הציבורית בהצלחה, תפקידו של ג'ונסטון מאחורי הקלעים היה קריטי להשגת הניצחון בקרב.