2003 bereitete sich das 9. Pionierbataillon auf die Invasion des Irak vor, nahm aber wegen der türkischen Ablehnung Truppen zu stationieren nicht an ihr teil. Stattdessen wurde es im August und September nach Bosnien zur Unterstützung der Task Force 1-18's verlegt. Im Februar 2004 wurde das Bataillon zunächst nach Kuwait verlegt und nahm dann an der Operation Iraqi Freedom II teil. Dabei agierte es in Tikrit, Salah, Balad und Bayji. Im März 2006 wurde das 9. Pionierbataillon dem 2nd Brigade Combat Team, 1. Infanteriedivision, zugewiesen. Im September 2006 wurde das Bataillon zum zweiten Mal zur Unterstützung der Operation Iraqi Freedom verlegt. Die C-Kompanie operierte um Ramadi, während die übrigen Teile des Bataillons nach Bagdad kamen. Das 9. Pionierbataillon kehrte Mitte November 2007 zurück nach Schweinfurt. Das Motto der Einheit ist Asisteremos (spanisch: Wir unterstützen).