Sanders votò contro l'invasione irachena del 2003, schierandosi però a favore dell'Authorization for Use of Military Force Against Terrorists, successiva agli attentati dell'11 settembre 2001. In seguito non lesinò attacchi alle politiche dell'amministrazione guidata da George W. Bush, contestando soprattutto i tagli ai servizi sociali e le limitazioni alla "privacy" dei cittadini; a questo proposito, Sanders fu uno dei più strenui oppositori del Patriot Act, proponendo svariati emendamenti per circoscriverne gli effetti oppure abolirlo del tutto.