En mayo de 2011 el secretario general de Naciones Unidas, Ban Ki-moon, lo nombró representante especial para Haití. Fernández asumió en Puerto Príncipe el 27 de junio, como jefe de la Misión de Estabilización de las Naciones Unidas en Haití (Minustah), en reemplazo del guatemalteco Edmond Mulet, quien después del terremoto de 2010 pasó a desempeñar temporalmente el cargo.