L'année suivante, elle se fixe un nouveau défi, condition nécessaire pour la motiver après les sollicitations post-olympiques. Son objectif est le des championnats du monde 1993 à Stuttgart. Malheureusement, une blessure, lésion aux muscles ischio-jambiers, lors d'une victoire sur au meeting Nikaïa de Nice ralentit sa préparation. Elle parvient toutefois à se soigner suffisamment pour se rendre à Stuttgart où elle se qualifie pour la finale. Dans la ligne droite, voyant Merlene Ottey se détacher insensiblement, Marie-José Pérec décélère et échoue à la quatrième place. Elle reconnaîtra en fin d'année qu'elle aurait dû sprinter jusqu'au bout. Ottey obtient son premier titre devant Gwen Torrence et Irina Privalova. Avec le relais , elle termine à la quatrième place, derrière la Russie, les États-Unis et la Jamaïque. Le relais tricolore est alors composé de Patricia Girard, Odiah Sidibé, Valérie Jean-Charles, Marie-José Pérec assumant le dernier relais.