Los territorios que hoy conforman las comunidades autónomas del País Vasco y Navarra tuvieron una historia institucional común durante el siglo XII, cuando pertenecieron al reino de Navarra. Álava y Vizcaya tenían estatus jurídicos variados (parte de la primera como condado de Álava y, en el caso de Vizcaya, como el señorío de Vizcaya propiamente dicho, las Encartaciones y el Duranguesado), que pertenecieron (el Señorío de Vizcaya durante el reinado de Sancho III de Navarra y en sus alianzas cambiantes, de nuevo con Alfonso el Batallador hasta 1135), junto con otros territorios, al reino de Navarra medieval (en todas ellas hay ciudades que fueron fundadas por monarcas de este reino), pasando en diversas épocas del siglo XII y mediante procesos diferentes, a la Corona de Castilla (véase Conquista de Navarra). El reino de Navarra pervivió hasta el siglo XVI como ente independiente hasta que se produjo la invasión del reino por Fernando el Católico, el cual se hizo coronar como rey de Navarra, incorporándose así la Navarra peninsular (la Alta Navarra) a la monarquía hispánica.