După proclamarea independentei, Essebsi a făcut parte din elita conducătoare a statului, fiind numit director al securității naționale, apoi secretar de stat adjunct la ministerul de interne (condus, pe atunci, de Taieb Mehiri), iar după decesul ministrului în 1965 - a fost numit în locul acestuia, în fruntea Ministerului de interne. În această calitate a fost confruntat cu tulburările antievreiești legate de Războiul de Șase Zile și afacerea Belkhodja, și a făcut parte și din guvernul Bahi Ladgham ca ministru al apărării. În anul 1969 a fost ales în parlament din partea circumscripției Tunis și în anul 1970 a părăsit guvernul pentru a deveni ambasador al Tunisiei în Franța. A fost nevoit, însă, să demisioneze în urma unui conflict în partidul de guvernământ (Neo-Destour) în legătură cu gestiunea statului. Essebsi a fost atunci exclus din partid și a rămas în afara vieții politice, până ce a fost cooptat în cabinetul Mohammed Mzali care promisese democratizarea. Ca ministru de externe în anii 1981-1986, a fost confruntat cu mai multe crize diplomatice, între care Războiul din Liban din 1982 și operațiunea de represalii „Picior de lemn” în care avioane militare israeliene au bombardat sediile din Tunis ale Organizației de Eliberare a Palestinei. În 1986 Essebsi a fost numit ambasador în Germania de vest.