Его участие на важных международных соревнованиях возобновилось с 1999 года. В 2001 году он вошёл в состав испанской сборной, которая выиграла золото на Чемпионате мира в Фукуоке, а сам Эрнандес был признан лучшим игроком чемпионата. В финальном матче против Югославии он забил три из четырёх голов испанской сборной, приведя команду к титулу чемпионов мира.