După Revoluția din 1989, începând din 1991, a condus biroul din România al postului. În 1994, Radio Europa Liberă/Radio Liberty a decis mutarea sediului de la München la Praga, iar Tofan s-a decis să trăiască în România. Din 2008 este director al Institutului Român de Istorie Recentă (IRIR).