Am 30. Mai 1945 wurde er von der US-Besatzungsmacht in Hinterstoder festgenommen. Bei den Verhören gelang es ihm, die nicht kundigen Verhörer über die Kommandostränge innerhalb der Gestapo zu täuschen. Da er sich andererseits aber kooperativ zeigte, konnte er als Zeuge gegen den Chef des RSHA, Ernst Kaltenbrunner, im Nürnberger Hauptkriegsverbrecherprozess aussagen. Mildner wurde 1949 aus der Internierung entlassen und tauchte unter.