Ved VM i nordisk skiløb 2009 i Liberec i Tjekkiet vandt Veerpalu igen 15 kilometer klassisk. I 2011 blev det kendt at Veerpalu blev testet positiv på væksthormoner under løbene i Otepää. På grund af dopingprøven, stoppede Veerpalu lige før VM i nordisk skiløb 2011 i Oslo.