Когда в 1664 году ввиду угрозы новой, Второй англо-голландской войны, пять нидерландских Адмиралтейств назначили много новых флаг-капитанов. Банкерт был произведён в контр-адмиралы Адмиралтейства Зеландии 16 декабря 1664 года, а вскоре после этого как временный вице-адмирал. После Лоустофтского сражения, в котором был убит его младший брат Йохан, он был назначен вице-адмиралом 15 июля 1665 года. В 1666 году он участвовал в Четырёхдневном сражении; в сражении в день Святого Иакова его корабль "Толен" затонул, и он был вынужден перенести свой флаг на "Тер Вере". Ему удалось прикрыть отступление голландского флота на второй день битвы. В той битве зеландский лейтенант-адмирал Йохан Эвертсен был убит, и Банкерт был назначен лейтенант-адмиралом Зеландии 5 сентября 1666 года, и, таким образом, он занимал высший ранг военного флота этой провинции. В 1667 году из-за проблем рекрутинга Банкерт опоздал со своей эскадрой, чтобы принять деятельное участие в рейде на Медуей.