Петра се 1381. године налазила на трећем месту међу цариградским манастирима. У XV веку је у склопу Краљеве болнице отворена школа ("католикон музеион"), у којој су средином века предавали Јован Аргиропулос и Михајло Апостолес. Након отоманског заузећа града и погибије последњег византијског цара Констанина Драгаша (1449—1453), у рану зору 29.05. 1453. године, Петру су опљачкали јањичари. Већ у XVI веку, манастирска црква је била у рушевинама, а у монашким ћелијама је живело само неколико калуђерица.