A Suzuka, teatro della penultima prova del mondiale, non si presentarono EuroBrun e Life, che si ritirarono dal campionato. Senna conquistò la pole position, davanti al rivale Prost; alla partenza il francese scattò meglio del rivale, sopravanzandolo, ma Senna lo tamponò alla prima curva ed entrambi furono costretti al ritiro. La manovra di Senna causò enormi polemiche, con Prost che lo accusava di aver causato l'incidente apposta; la rivalità tra i due si riaccese bruscamente. La FIA decise di non penalizzare Senna, consegnandogli di fatto la certezza matematica del secondo titolo iridato. Il Gran Premio vide la vittoria di Piquet, che tornava così al successo dopo il Gran Premio d'Italia 1987; il pilota brasiliano approfittò dei ritiri di Berger e Mansell per conquistare la prima posizione, non cedendola più fino al termine. Secondo giunse Roberto Moreno, arrivato alla Benetton in sostituzione di Alessandro Nannini, ferito gravemente in un incidente di elicottero; il terzo posto fu invece conquistato dall'idolo locale Aguri Suzuki, che diventò il primo pilota giapponese a salire sul podio in una gara di Formula 1. Chiusero in zona punti anche Patrese, Boutsen e Nakajima.