1724 wurde sie nach den Unruhen in der Stadt als Akt der Strafe enteignet und an den katholischen Orden der Bernhardiner, der eigens dafür in Thorn angesiedelt wurde, übergeben. Dieser entfernte die 160 Jahre zuvor für den evangelischen Gottesdienst entworfene Ausstattung und gestaltete die Kirche im Sinne der Gegenreformation um. Der Bernhardinerorden nutzte die Kirche bis 1821.