In 1993 vertrok Nielsen naar Turkije om te voetballen voor Fenerbahçe SK. Bij de club uit Istanboel speelde Nielsen vijftig wedstrijden, waarin hij vier maal het doel trof. Na zijn vertrek naar Turkije werd Nielsen vaste waarde in het nationale elftal. In 1995 keerde de voetballer terug naar Odense BK. In de zomer van 1996 deed Nielsen met Denemarken mee aan het EK van 1996. Na de zomerstop tekende de middenvelder een contract bij de Japanse sportclub Urawa Red Diamonds. Hier speelde hij slechts zes wedstrijden alvorens hij weer terugkeerde naar Odense BK.