মোগল সম্রাট বাহাদুর শাহ জাফরের রাজত্বকালে ভোপালের নবাব শাহ জাহান বেগম (নবাব সৈয়দ সিদ্দিক হাসান খানের স্ত্রী) এই মসজিদটির নির্মাণকাজ শুরু হয়েছিল এবং তার কন্যা সুলতান জাহান বেগম নির্মাণের কাজ অব্যাহত রেখেছিলেন। তাঁর জীবদ্দশায় তহবিলের অভাবে মসজিদটি সম্পন্ন হয়নি এবং ১৮৫৭ সালের যুদ্ধের পরে নির্মাণকাজ দীর্ঘ দিন বন্ধ হওয়ার পরে ১৯৭১ সালে ভোপালের আল্লামা মোহাম্মদ ইমরান খান নদভী আজহারী এবং মাওলানা সায়েদ হাশমত আলী এর নির্মাণকাজ শুরু করেন। ১৯৮৫ সালে এর নির্মাণ কাজ শেষ হয়। কুয়েতের আমির তাঁর প্রয়াত স্ত্রীর স্মরণে প্রায় ১২৫০ সিরিয় মসজিদের মোটিফ ব্যবহার করে এর পূর্ব দিকের ফটকটি সংস্কার করতে অর্থায়ন করেন।