O Sultanato de Brunei inicialmente recebeu bem a proposta de uma federação com Malásia. Enquanto isso, o Partido Popular de Brunei, liderado por A. M. Azahari, desejava reunificar Brunei, Sarawak e Bornéu Setentrional em uma apenas federação chamada Federação do Bornéu do Norte (em Malaio: "Kesatuan Negara Kalimantan Utara)", onde o Sultão de Brunei seria o Chefe de Estado da federação - embora Azahari tinha suas próprias intenções de abolir a monarquia em Brunei, para fazer do país mais democrático e integrar o território, juntamente com as colônias britânicas, à Indonésia, com o apoio deste governo. Isso diretamente levou a uma revolta em Brunei, a qual dificultou a tentativa de Azahari e o forçou a escapar para a Indonésia. Brunei então desistiu de ser parte da nova federação com a Malásia devido a alguns desacordos em questões diversas enquanto os líderes em Sarawak e Bornéu Setentrional continuaram a ser a favor da inclusão na federação.