Tussen 1999 en 2005 was Haavisto werkzaam voor de Verenigde Naties. Hij gaf leiding aan het VN-Milieuprogramma in Kosovo, Afghanistan, Irak, Liberia, Palestina en Soedan. Haavisto coördineerde eveneens het VN-onderzoek naar de effecten van verarmd uranium in Kosovo, Montenegro, Servië en Bosnië en Herzegovina en het VN-onderzoek naar de dambreuk bij Baia Mare in Roemenië. Na zijn vertrek bij de Verenigde Naties was hij werkzaam als speciale vertegenwoordiger van de Europese Unie in Soedan. In deze functie was Haavisto betrokken bij de vredesbesprekingen in Darfur.