En 2004, il revient en tant qu'entraîneur à l'Osasuna Pampelune. Après avoir coaché les jeunes de 2004 à 2005 et la réserve jusqu'en 2007, il revient dans son pays natal, pour diriger l'équipe première du Legia Varsovie. Dès sa première année dans le haut niveau en tant qu'entraîneur, Urban accroche la deuxième place du championnat, et remporte la Coupe de Pologne. Fort de cette belle saison, le Polonais est appelé par Leo Beenhakker pour devenir son adjoint le temps d'une compétition, le premier Championnat d'Europe auquel participe la Pologne. En 2010, il est démis de ses fonctions au Legia pour mauvais résultats, et retrouve pour quelque temps un poste au Polonia Bytom. Le , il signe un contrat avec le Zagłębie Lubin.