Nach weiteren Jahren fruchtbarer Arbeit in Estland kam es ab September 1939 in der Folge des Hitler-Stalin-Paktes zu einer massiven Einengung der Arbeit der Katholischen Kirche, wobei mit der gewaltsamen Annexion Estlands durch die Sowjetunion am 17. Juni 1940 schließlich auch die sowjetischen Religionsgesetze geltend gemacht und mit administrativen Zwangsmaßnahmen durchgesetzt wurden. Der Heilige Stuhl schätzte die Gefahr für den inzwischen zum Erzbischof geweihten Apostolischen Administrator Eduard Profittlich so hoch ein, dass er am 14. Januar 1941 Henri Werling zum Apostolischen Administrator für Estland "ad interim" für den Fall ernannte, dass der rechtmäßige Oberhirte sein Amt nicht mehr ausüben kann. Als dieser Fall schließlich mit der Verhaftung des Erzbischofes am 27. Juni 1941 eintrat, übernahm Henri Werling die Jurisdiktion über die Apostolische Administratur.