Pletikosa teki debyyttinsä Kroatian jalkapallomaajoukkueessa 10. helmikuuta 1999 ottelussa Tanskaa vastaan. Vuonna 2000 hän oli Kroatian maalivahti nuorten EM-kilpailuissa, mutta joukkue jäi alkulohkonsa viimeiseksi. 2002 MM-kilpailuissa Pletikosa torjui kaikki Kroatian ottelut. Hänen odotettiin olevan ykkösmaalivahti myös Portugalin EM-kilpailuissa 2004, mutta hän loukkaantui hieman ennen turnauksen alkua ja Tomislav Butina nousi ykkösmaalivahdiksi. Butina on pelannut ykkösenä myös Saksan MM-kisojen 2006 karsinnat, mutta Butinan loukkaantumisen takia Pletikosa pelasi turnauksessa Kroatian kaikki ottelut, mukaan lukien nollapelin Japania vastaan. Kroatia jäi kuitenkin alkulohkoon, kahdella tasapelipisteellä. Vuoden 2008 EM-kisoissa Pletikosa oli Kroatian ykkösvahti. Hänet valittiin Itävalta-ottelussa ottelun parhaaksi pelaajaksi, 1-0 Kroatialle päättyneen ottelun jälkeen. Kroatia voitti kisoissa kaikki alkulohko-ottelunsa, mutta hävisi rangaistuspotkukilpailussa Turkille, puolivälierissä.