Gamsakhurdian ja opposition välit kiristyivät kuitenkin nopeasti ja Georgia ajautui sisällissotaan. Presidentin eroa vaativiin mielenosoituksiin Gamsakhurdia vastasi pidättämällä oppositiojohtajia ja julistamalla hätätilan. Opposition joukot piirittivät Gamsakhurdiaa ja hänen kannattajiaan parlamenttirakennuksessa ja he joutuivat pakenemaan tammikuussa 1992. Seuraavaksi maan johtoon valittiin Georgiaan palannut Ševardnadze. Gamsakhurdialla oli kuitenkin edelleen merkittävä määrä kannattajia, jotka estivät maan hallitusta saamasta valtaansa osia Länsi-Georgiasta vuosina 1992 ja 1993. Maan tilannetta pahensivat etniset konfliktit Abhasiassa ja Etelä-Ossetiassa, joiden separatistiliikkeet uhkasivat hajottaa valtion useaan osaan. Etelä-Ossetian sota 1991–1992 päättyi pääosin venäläisten rauhanturvaajajoukkojen sijoittamiseen alueelle. Samana vuonna Abhasia julistautui itsenäiseksi, ja Georgian hallitus lähetti joukkoja alueelle. Abhasian sodassa abhaasijoukot olivat vuoden 1993 syksyyn mennessä ottaneet valtaansa Suhumin ja ajaneet yli 200 000 georgialaista alueeltaan.