24 лютого 1918 року Комітет порятунку Естонії сформував Тимчасовий уряд й саморозпустився. До уряду ввійшов перший військовий міністр Андрес Ларка. Однак, на наступний день після цього 25 лютого 1918 року Естонія опинилася під . Тимчасовий уряд Естонії відновив свою діяльність після листопадової революції в Німеччині 11 листопада 1918 року. 19 листопада німецька адміністрація передала владу в країні тимчасовому уряду. 23 квітня 1919 року відбулося засідання естонських установчих зборів, у ході якого прийнято рішення про розпуск тимчасового уряду, проведення виборів і створення першого уряду Республіки Естонія. 8 травня 1919 року новообраним парламентом сформований новий уряд. 26 березня 1920 року Отто Штрандман призначений новим військовим міністром, до цього його функції виконував Костянтин Пятс. У той же день штаб головнокомандувача армією припинив своє існування як незалежний інститут і повноваження головнокомандувача були передані військовому міністру. У 1929 році військове міністерство було перейменоване в Міністерство оборони. А в 1934 році після , вчиненого Костянтином Пятсом, функції інституту головнокомандувача були відновлені, після чого роль міністерства оборони була помітно знижена. У 1937 році Міністерство оборони знову перейменували у військове міністерство. У 1938 році воно складалося з адміністрації військового забезпечення, управління військової охорони здоров'я, вищого військового суду і військової магістратури. Військове міністерство було ліквідоване 1940 року після окупації Естонії Радянським Союзом, а його функції перейшли до наркомату оборони СРСР. Створена маріонеткова структура «Міністерство оборони Естонської РСР», реальні функції якої виконувало Міністерство оборони СРСР.