Svůj debut v sezóně 2015/16 provedl v německém Superpoháru 1. srpna, ve kterém Bayern prohrál po penaltovém rozstřelu proti Wolfsburgu. O tři týdny později proti odehrál zápas proti Hoffenheimu, kde jeho špatná přihrávka vyústila v branku Kevina Vollanda v deváté vteřině zápasu, což byla nejrychleji vstřelená branka Bundesligy všech dob. Dne 17. prosince 2015 získal Alaba, již pátým rokem v řadě, ocenění rakouský fotbalista roku. 8. ledna 2016 se Alaba opět dostal do Týmu roku 2015 podle UEFA.com . 18. března 2016 Alaba prodloužil svou smlouvu až do roku 2021.