Em 1993, por meio de acusações de corrupção dentro do partido liberal democrata, uma coligação liderada por Morihiro Hosokawa tomou o poder momentaneamente. Enquanto isso a sua falta de unidade era evidente, agravada pelo Sismo de Kobe, que destruiu Kobe, matando mais de 6 400 pessoas e causou prejuízos de 102,5 mil milhões de dólares em 1995 e, posteriormente, pelo ataque com gás sarin ao Metro de Tóquio por um culto apocalíptico nesse mesmo ano. Em 1996, o governo de coligação sofreu uma derrota frente ao Partido Liberal Democrático, que elegeu Ryūtarō Hashimoto como primeiro-ministro. No entanto, devido à instabilidade económica, o primeiro-ministro foi substituído por Keizō Obuchi em 1998. Este propiciou a estabilização da economia, porém morreu em 2000, como resultado de um acidente vascular cerebral. Yoshiro Mori sucedeu Obuchi, no entanto, considerado impopular pelos vários erros no governo, foi substituído por Junichiro Koizumi em 2001.