В &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%90%D0%BD%D0%B3%D0%BB%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%202009/2010"&gt;сезоне 2009/10&lt;/a&gt; Уилсон стал игроком основного состава «Портсмута». В этом сезоне «помпи» выбыли из Премьер-лиги, однако добрались до финала Кубка Англии, в котором проиграли «Челси» (Уилсон пропустил финал из-за травмы). Большую часть сезона Марк провёл на позиции центрального защитника, но ближе к концу сезона начал играть на позиции центрального полузащитника. В феврале 2010 года Уилсон подписал новый контракт с клубом до 2013 года. После выбывания «Портсмута» в Чемпионшип Уилсон получил от клуба футболку с номером «6» (ранее он выступал под номером «35») и капитанскую повязку. В возрасте 22 лет он стал одним из самых юных капитанов в истории «Портсмута». Однако 25 августа 2010 года главный тренер «помпи» объявил, что Уилсон может покинуть команду, так как им интересуются клубы Премьер-лиги.