O tumor maligno na língua e garganta que o levaria ao túmulo, nessa época, fazia-o sofrer dolorosamente. Todavia, as desilusões, as decepções, a ingratidão de seus compatriotas e as dores físicas ainda não lhe haviam quebrado a resistência. Ainda estava à espera de sua nomeação para o cargo de diretor do Conservatório de Música, no Brasil. Nesse tempo foi proclamada a República, e seu grande amigo e protetor, Dom Pedro II, foi exilado, com grande mágoa de Carlos Gomes. O governo da recém-instalada república lhe ofereceu a quantia de 20.000$000 (vinte contos de réis) para que compusesse um novo hino nacional, mas o maestro se recusou em respeito ao imperador deposto. Compôs, ainda, "Colombo" em 1892, poema coral sinfônico que, incompreendido pelo grande público, não obteve êxito.