En raison de l'importance de l'île et de son éloignement du continent, les insurgés créent un pouvoir distinct du gouvernement grec, fondé sur les principes fondateurs de l'Assemblée nationale d'Épidaure (22 juin 1823). Ce gouvernement est composé de trois ministères : celui de la guerre, de l'économie et des affaires internes. De plus, une commission de seize membres est chargée de rendre la justice.