Den 16 augusti 1960 blev Cypern en självständig stat med ärkebiskopen Makarios, med grekcypriotisk förankring, som första president och turkcyprioten Küçük som vicepresident. Parlamentet skulle enligt det ingångna avtalet mellan Storbritannien, Grekland och Turkiet tillsättas genom allmänna val med 70% grekcyprioter och 30% turkcyprioter. Dessutom skulle Grekland stationera 950 soldater och Turkiet 650 på Cypern. Küçük lade in sitt veto mot en etniskt integrerad försvarsmakt, varvid Makarios föreslog ändringar i konstitutionen. Under tiden förberedde politiska aktivister på båda sidor konfrontation och strider utbröt 1963. FN och NATO försökte medla, utan framgång, och FN satte in en fredsbevarande styrka 1964. Turkcyprioterna som tidigare bott utspridda över hela ön samlades i enklaver. Nicosia delades upp längs den så kallade gröna linjen, som patrullerades av britterna. Greklands militärjunta, som kom till makten 1967, ville störta Makarios för att uppnå enosis. Grekcyprioterna demonstrerade då till stöd för Makarios. Makarios återvaldes med en överväldigande majoritet 1968 och vann återigen 1973 men var trots det fortsatt under grekisk press. Han utsattes för mordförsök både 1970 och 1973. När Makarios 1974 bad den grekiska regeringen att kalla hem grekiska officerare från ön så genomförde dessa istället en kupp mot honom 15 juli och tvingade honom att fly utomlands. I det läget invaderade Turkiet norra Cypern 20 juli medan FN-trupperna på ön stod maktlösa. Cypernkrisen var ett faktum. Cirka 180 000 grekcyprioter flydde till den södra delen av ön och 50 000 turkcyprioter flydde till norra Cypern. 23 juli föll Greklands militärjunta.