A degradação do sítio de Babilónia acentuou-se na sequência da invasão do Iraque por tropas americanas em 2003. No local foi estabelecido o "Campo Alfa", uma base militar americano-polaca com 150 hectares e mais de soldados, que incluía um heliporto militar. As atividades militares danificaram alguns edifícios devido à passagem de veículos militares como helicópteros e blindados com lagartas e principalmente a grandes trabalhos de Terraplenagem realizados no meio do setor monumental, entre o Kasr, o tel Homera e o tel Sahn. Foram escavadas trincheiras em sítios arqueológicos e o pavimento da Via Processional foi danificado pelos veículos. As críticas aos estragos levaram finalmente as autoridades militares a restituir o sítio às autoridades iraquianas em dezembro de 2004. No entanto, a degradação prosseguiu devido à falta de manutenção e à inexistência de qualquer projeto de preservação.