לאחר שהצליח לעצור את התקדמות צבא נפוליאון, מונה מוחמד עלי, קצין בצבא העות'מאני, למושל העות'מאני של מצרים בשנת 1805. הוא צבר כוח רב והיה לסולטאן. למרות שהיה וסל של האימפריה העות'מאנית, למעשה הוא פעל באופן עצמאי, והסולטאן העות'מאני נסמך על כוחו הצבאי. הוא נשלח על ידי השער הנשגב לדכא את המרד הווהאבי בחצי האי ערב, ולאחר מכן נענה לבקשת הסולטאן וב-1821 שלח את בנו, אבראהים פאשא, בראש שייטת וצבא בן 17,000 חיילים לפלופונסוס, כדי לסייע בדיכוי מלחמת העצמאות היוונית. בתמורה ניתנה למצרים השליטה בכרתים. אולם בשנת 1827 הובס הצי העות'מאני-מצרי המשותף בקרב נוורינו, ורובו של הצי המצרי אבד. בהיעדר יכולת ימית, נאלץ מוחמד עלי להסיג את צבאותיו מיוון ב-1828.