1881 wurde durch Muhammad Ahmad der Mahdi-Aufstand ausgelöst. Die Wirren in Ägypten im Zuge der Besetzung des Landes durch Großbritannien begünstigten die Ausbreitung seiner Idee. Nach der Niederschlagung der Urabi-Bewegung strömten ihm immer neue Anhänger zu und er konnte die Provinzhauptstadt El Obeid nach viermonatiger Belagerung am 19. Januar 1883 einnehmen. Im Frühjahr 1883 wurden alle verfügbaren ägyptischen Truppen entsandt, um die Stadt zurückzuerobern. Das gesamte Heer wurde am 5. November in der Schlacht von Scheikan ausgelöscht. Von März 1884 an belagerten die Mahdisten Khartum. Mit der Eroberung der Stadt am 26. Januar 1885 endete die ägyptische Herrschaft. Nach der Niederschlagung des Mahdi-Aufstandes durch eine anglo-ägyptische Armee wurde der Sudan nicht an Ägypten zurückgegeben, sondern als anglo-ägyptisches Kondominium konstituiert. Da auch Ägypten unter britischer Kontrolle stand, war der Sudan "de facto" eine britische Kolonie.