28 апреля 1920 года в Азербайджане установилась Советская власть, а уже 10 мая Крымское областное бюро ЦК РКП(б) отправила С. М. Эфендиева на родину. После своего прибытия, он первые недели заменял Д. Буниатзаде в должности наркома просвещения. 8 июня вышел приказ за подписью С. М. Эфендиева о переходе всех частных учебных заведений в руки рабоче-крестьянской власти. Будучи депутатом от Балахано-Сабунчинского района, Эфендиев принимал участие в работе Бакинского Совета рабочих, красноармейских и матросских депутатов.