Juan Sebastian Verón karierę rozpoczął w 1993 roku w tym samym klubie w którym grał niegdyś jego ojciec. - Estudiantes de La Plata. Jego dobra gra, połączona z finansowymi problemami klub przyczyniła się do transferu do krajowego giganta Boca Juniors. W stołecznej drużynie nie zagrzał długo miejsca, po rozegraniu zaledwie 17 spotkań, przeniósł się na Półwysep Apeniński do Sampdorii, gdzie po raz pierwszy spotkał się z trenerem Svenem-Göranem Erikssonem. W klubie z Geuni spędził całe dwa lata, a po udanym dla siebie mundialu we Francji został sprzedany do Parmy za 15 milionów funtów. Z "Gialloblu" zdobył Puchar Włoch i Puchar UEFA, mimo że spędził tam tylko sezon. W 1999 został sprowadzony do S.S. Lazio, za kwotę 17,50 mln euro, tam spotkał się ze znanym mu już trenerem Eriksson. W swoim pierwszym sezonie w "Biancocelesti" zdobył z klubem Superpuchar Europy oraz wywalczone w ostatniej kolejce Scudetto.