Va obtenir l'Stapelrecht o el dret d'emmagatzematge el 1260. A una època on no hi havia gaire carreteres practicables tot l'any, el transport fluvial era el més sovint l'únic possible. Itzehoe va esdevenir un port fluvial important especialitzat en el negoci de sal, tèxtil i cereals. Durant la Guerra dels Trenta Anys la ciutat va ser ocupada diverses vegades però com el consell de la ciutat va rendir-se incondicionalment al mercenari Albert de Wallenstein va quedar-se estalviada de destruccions massives. Malauradament, a la Segona Guerra del Nord (1657-1658) va ser quasi totalment destrossada per les tropes de Suècia.