Djibuti manteve-se neutro no conflito entre a Etiópia e a Eritreia, entre 1998 e 2000. A Eritreia rompeu as relações diplomáticas com Djibuti em 1998, no início da guerra, mas restabeleceu-as após a guerra. O Djibuti também apóia a integração total da Somália, onde não reconhece a Somalilândia como um Estado independente.