В декабре 1997 года между Россией и Грузией возник очередной конфликт из-за расположения контрольно-пропускного пункта российской погранзаставы «Верхний Ларс». По приказу Николаева контрольно-пропускной пункт этой заставы был передвинут ближе к грузинскому КПП для пресечения контрабанды водки из Грузии (после минования грузинского КПП автомашины с контрабандной водкой сворачивали с трассы и по проселочным дорогам уходили вглубь российской территории). Перенос российского КПП отрезал им этот путь. Немедленно возникло мощное давление на российское руководство с требованием вернуть российский КПП на прежнее место со стороны руководства Грузии и Южной Осетии. Президент РФ Ельцин потребовал вернуть КПП на прежнее место. Директор Федеральной пограничной службы Российской Федерации А. И. Николаев отказался выполнять этот приказ, выехал на место конфликта, где на местности перед журналистами ряда телеканалов доказывал ошибочность такого решения. Был подвергнут критике со стороны Б. Н. Ельцина («Николаев! Как это так, генерал?»). В итоге в том же декабре 1997 года он подал рапорт об отставке с должности директора Федеральной пограничной службы Российской Федерации, который был удовлетворен. В июне следующего 1998 года уволен в запас с военной службы. КПП был возвращен на прежнее место, а с началом боевых действий в Чеченской республике в 1999 году без огласки возвращён туда, где он должен быть по мнению генерала А. И. Николаева.