Durante la stagione 1978-1979 è l'ungherese Pál Csernai a sedersi sulla panchina del club, ed attua subito dei cambiamenti: introduce un nuovo schieramento della difesa e sposta Rummenigge dalla posizione di trequartista a quella di attaccante. Così, nella stagione 1979-1980 la squadra torna a vincere il campionato dopo sei anni, e arriva inoltre alle semifinali di Coppa UEFA insieme ad altre tre squadre della Germania Ovest. Viene però battuta nettamente dai futuri campioni dell', proprio come nell'edizione 1977-1978 della stessa manifestazione. Anche nella stagione successiva il Bayern conquista il campionato e raggiunge nuovamente le semifinali in una competizione europea, questa volta nella più prestigiosa Coppa dei Campioni. Ad avere la meglio, grazie alla regola dei gol fuori casa, sono però i futuri campioni del , ad ogni modo Rummenigge è il capocannoniere della manifestazione. L'attaccante vince poi il Pallone d'oro per il secondo anno consecutivo, e in questa edizione Breitner si classifica al secondo posto. Nella stagione 1981-1982 viene vinta la sesta coppa di Germania e viene raggiunta la quarta finale della Coppa dei Campioni. Anche se nei primi tre posti della classifica marcatori della manifestazione figurano Hoeneß, Rummenigge e Breitner, a Rotterdam è nuovamente una squadra inglese a vincere, l'.