העיר המשיכה לפרוח תחת שלטונה של מוקדון. אלכסנדר הגדול יצא ממנה למסעו לכיבוש האימפריה הפרסית בשנת 334 לפנה"ס. בעיר זו נכלאו גם אשתו של אלכסנדר, רוקסנה, ובנו אלכסנדר הרביעי לפני שהוצאו להורג בידי קסנדרוס. בשנת 179 לפנה"ס מת בעיר זו פיליפוס החמישי, מלך מוקדון. במהלך המלחמה המוקדונית השלישית, נמלט אל אמפיפוליס פרסאוס, מלך מוקדון, לאחר שנאלץ לנטוש את עיר הבירה פלה מאימת הרומאים. כך הפכה אמפיפוליס למשך זמן לעיר הבירה של מוקדון, לפני שפרסאוס נאלץ להיכנע לרומאים.