Dopo la Conquista normanna del 1066, York venne sostanzialmente danneggiata durante la devastazione dell'Inghilterra settentrionale del 1069, lanciata da Guglielmo il Conquistatore in risposta alle rivolte regionali. Due castelli vennero eretti in città, ciascuno su una sponda del fiume Ouse. All'epoca York divenne un importante centro urbano ed amministrativo nella contea dello Yorkshire, come sede di un arcivescovo, e successivamente nel XIII-XIV come sede alternativa del governo regio inglese. Essa era un importante centro commerciale. Molte case religiose trovarono qui sede dopo la Conquista, tra cui l'Abbazia di St Mary ed il Priorato della Santa Trinità. La città era possedimento della Corona inglese e divenne sede anche di una grande comunità ebraica sottoposta alla protezione del locale sceriffo.