Хески был в заявлен основном составе сборной Англии по футболу в матче против сборной Чехии 18 ноября 1998 года, но не вышел на поле. Он дебютировал за основную сборную в матче против сборной Венгрии 28 апреля 1999, а первый раз вышел в стартовом составе в матче против Аргентины на «Уэмбли». Первый гол за сборную Эмил забил 3 июня 2000 в ворота сборной Мальты. Он попал в заявку на чемпионат Европы 2000, сыграл там в двух матчах (против Португалии и сборной Румынии).