Im Dezember 1841 musste Wrangel wegen eines Ehrenhandels den Dienst verlassen und wurde – nachdem er von der dabei erhaltenen schweren Wunde geheilt war – auf Verwendung des nachmaligen Kaisers Wilhelm I. im März 1843 wieder eingestellt und im nächsten Jahre zur Trigonometrischen Abteilung des Generalstabes nach Berlin kommandiert. Von hier ging er, 1846 Premierleutnant geworden, mit seinem Onkel, dem Generalleutnant Friedrich von Wrangel, als dieser im April 1848 den Oberbefehl der zum Kriege gegen Dänemark bestimmten deutschen Truppen erhalten hatte, nach den Elbherzogtümern, wurde hier als Hauptmann dem schleswig-holsteinischen Generalstab überwiesen und nahm in diesem an den Feldzügen 1848/49 teil.