Манчестер јунајтед је освојио првенство у сезони 1999/00. и 2000/01. Сезону 2001/02. су завршили на трећем месту, да би већ наредне сезоне повратили титулу. Фа Куп су освојили у сезони 2003/04. победом над Милволом (3:0) на Миленијуском стадиону у Кардифу. Јунајтед је у сезони 2005/06. такмичење у Лиги шампиона завршио у групној фази, први пут после више од десет година. У првенству су били други а освојили су и Лига куп победом над Виганом. Титулу су повратили у сезони 2006/07. а у сезони 2007/08. су успели да је одбране. Те сезоне су освојили дуплу круну, јер су поред првенства освојили и Лигу шамиона победом над Челсијем од 6:5 након пенала, на Стадиону Лужники у Москви. Рајан Гигс је у овој утакмици забележио 759 наступ у дресу Манчестер јунајтеда, чиме је оборио рекорд по броју наступа који је до тада држао Боби Чарлтон. Децембра 2008. су освојили Светско клупско првенство, а затим су до краја сезоне освојили и Лига куп и првенство, по трећи пут узастопно. Тог лета је Кристијано Роналдо продат Реал Мадриду за рекордних 80 милиона фунти. Победом над Астон Вилом (2:1) у финалу Лига купа 2010. по први пут су одбранили титулу у такмичењу које се игра по куп систему.