Η πόλη ονομάσθηκε έτσι από το όνομα του μυθολογικού βασιλιά της Αίγωνα, ο οποίος φέρεται και ως ο "πιθανός" ιδρυτής της. Αναφέρεται ακόμη ότι οι Μαλιείς της Αιγωνείας έλαβαν μέρος στον Τρωικό Πόλεμο. Μετά το τέλος του πολέμου αυτού, επιστρέφοντας στην πατρίδα τους με τα πλοία τους, παρασύρθηκαν προς τα νότια, ναυάγησαν και έφθασαν στη Λιβύη.