Oltre al conflitto tra Carlo I ed i Puritani, il re inglese era in forte attrito con gli Scozzesi, la cui Chiesa era retta da un sistema di assemblee elettive chiamate presbiterii. Il predecessore di Carlo, re Giacomo I d'Inghilterra, in qualità di Re di Scozia, aveva cercato di imporre alcuni elementi del sistema episcopale all'interno della Chiesa scozzese nel 1604, con l'introduzione del Book of Common Prayer. Gli Scozzesi consideravano questa scelta un ritorno al cattolicesimo romano. Carlo I impose le sue scelte agli scozzesi nel 1636 e nel 1637. Questa scelta provocò lo scoppio delle Guerre dei Vescovi tra Carlo I e gli Scozzesi nel 1639.