בנאום שנשא באוניברסיטת וירג'יניה ביוני 1866, קונן סטיוארט על סופה של וירג'יניה הישנה. הוא גם התנגד למדינות השיקום של הקונגרס. באותה שנה היה סטיוארט נציג לוועידה הלאומית של השמרנים בפילדלפיה. ב-1867 הוא מתח ביקורת על ועידת החוקה של וירג'יניה, שנבחרה בבחירות כלליות וכללה נציגים אפרו-אמריקאים. זמן קצה לאחר שהתכנסה, היה סטיוארט ליושב ראש "ועדת התשעה" , שתמכה בנשיא החדש יוליסס סימפסון גרנט, והצליחה להבטיח את קבלתה בהצבעה של חוקת וירג'יניה החדשה, שהתקבלה ברוב גורף, וצעדים נגד הקונפדרציה, שכשלו. כך, ב-1870 התקבלה וירג'יניה מחדש כמדינה באיחוד. ב-1873 נבחר סטיוארט שוב על ידי מצביעי מחוז אוגוסטה כחבר בית הנבחרים של המדינה, שם הוא שימש כחבר בוועדת הכספים של הבית. הבחירה לא הייתה קלה, אך בהצבעה השנייה הוא נבחר וכיהן בשנים 1874–1877.