Hostile aux méthodes brutales des régimes totalitaires, Boris essaie vainement de se rapprocher des démocraties occidentales qui, indifférentes, le poussent à poursuivre ses relations commerciales avec l'Allemagne nazie et rendent son pays dépendant de cette dernière. Toutefois, en tant que pacifiste convaincu, Boris tente de garder tout au long des événements de la Seconde Guerre mondiale une position neutre ; mais en 1941 l’armée allemande, stationnée à la frontière bulgare, contraint Boris à adhérer au Pacte tripartite. Malgré cette alliance officielle, il refuse toujours de participer militairement au conflit et, partageant le sentiment populaire, refuse de déporter les juifs bulgares. Deux semaines après une entrevue avec Adolf Hitler, il décède de façon inopinée et mystérieuse en 1943. Son fils lui succède.