많이 줄어 있었지만 무역은 계속되었다. 1890년대에 프랑스가 사헬에 침략하여 철도를 놓고 나서는 다니기가 더 쉬워졌다. 그러나 1960년대에 아프리카의 나라들이 독립한 뒤에는 무역로가 국경으로 막히게 되었다. 투아레그족의 민족주의를 지지하는 정부는 사하라 종단 무역에 비협조적이었고, 1990년대의 투아렉 반란과 알제리 내전으로 많은 육로가 막혀 버렸다.