Ján sa narodil nevedno kedy do rodiny Kamatérovcov. Jeho príbuznou bola Eufrozýna Dukaina Kamatéra, manželka Alexia III. Bol vzdelávaný v literatúre a klasickej filozofie. Po tom, čo vystriedal viacero cirkevných funkcií, sa stal chartofylaxom a po smrti Juraja II. Xifilina sa v roku 1198 stal konštantínopolským patriarchom. Zúčastnil sa diskusie so Západom a už počas prvých dvoch rokov v úrade si vymenil viacero listov s pápežom Inocenta III. Odmietol pápežský primát i Filioque. Pápež mal podľa neho prvenstvo vrámci patriarchátov iba preto, že Rím bol raným cisárskym sídlom. Podľa latinských zdrojov sa však po príchode Alexia IV. do Konštantínopola v roku 1203 pápežovi podriadil. Po páde Konštantínopola do rúk križiakov v roku 1204 Kamatéros odišiel do Didymoteichonu. Theodoros I. Laskaris ho síce pozval do Nikáje, avšak Ján odmietol. Dôvodom mohol byť jeho vysoký vek. V roku 1206 v exile zomrel.