Sebbene fosse selezionabile per la Nazionale ucraina, anche dopo l'indipendenza dell'Ucraina Onopko decise di continuare a giocare nella Nazionale russa, con cui collezionò 109 presenze (più 4 con la nazionale della CSI), la prima delle quali nel 1992. Disputò i Mondiali 1994 e 2002 e gli Europei 1996. Inserito nella rosa dei pre-convocati per gli Europei 2004, fu poi costretto a saltare la manifestazione a causa di un infortunio.