לינקולן לא דגל באבולישניזם - התנועה לביטול העבדות - אלא קרא להבטחת מעמדה של העבדות בכל מדינות הדרום. לינקולן היה אף מוכן להעביר תיקון לחוקה שמעגן את זכויות בעלי העבדים כדי למנוע את פרישת מדינות הדרום. הצהרת האמנציפציה לא הייתה תקפה לעבדים במדינות הדרום, כיוון שהצבא הפדרלי לא יכול היה לאכוף אותה. בארבע מדינות הגבול שבהן הייתה עבדות אך הן נשארו בברית - דלאוור, מיזורי, קנטקי ומרילנד - העבדות המשיכה להיות חוקית, כיוון שלינקולן חשש שיפרשו מהברית אם תבוטל בהן העבדות. לינקולן השתהה בפרסום ההצהרה עד סוף 1862, כשנתיים לאחר פרישת מדינות הדרום מהברית, וגם כשפרסם אותה עשה זאת רק לאחר הניצחון בקרב אנטיאטם בספטמבר 1862, ניצחון שהעניק לו מרווח נשימה פוליטי וצבאי מיד אחרי התבוסה בקרב השני בבול ראן" בסוף אוגוסט 1862. עקב התנהלותו זו כינו אותו בכירי ההיסטוריונים החוקרים את לינקולן - ג'יימס מ' מקפרסון ודייוויד הרברט דונלד , למשל - "שמרן" בנושא העבדות.