Sowohl ihr Gatte als auch ihr Bruder verlangten Margarets Loyalität in der Krisensituation und der Konflikt zwischen ihrer alten und ihrer neuen Heimat lastete schwer auf ihr, insbesondere da Heinrich zwar ihre Loyalität forderte, im Gegenzug aber seit Jahren lediglich leere Versprechungen machte. Zwischen England und Frankreich brach der Krieg aus und zum Entsetzen der schwangeren Königin entschied sich Jakob, erfüllt von ritterlichem Beschützerverhalten gegenüber der französischen Königin, ebenfalls Krieg gegen England zu führen, trotz Margarets verzweifelten, fast hysterischen Bitten und ihrer Alpträume von seinem Tod. Da die Liga von Cambrai zudem mit dem Segen des Papstes agierte, wurde Jakob exkommuniziert. Wie Margaret befürchtet hatte, ließ ihr Mann sein Leben in der Schlacht von Flodden Field gegen die Engländer, geführt von Margarets eigener Schwägerin Katharina von Aragon.