同年4月四一二事件爆发，杨树莊应令主持海军的清党工作，解散了共产党组织的“新海军社”，但同时又将新海军社名单付诸一炬。4月18日，蒋介石另立南京国民政府，杨通电拥护，并出任国民政府委员、海军总司令兼福建省政府主席、军事委员会常务委员、海军特别党部主任委员等职；同时尽力与奉系控制的东北舰队周旋。7月，任福建省政府主席，在此期间积极扩充海军陆战队实力。