בעקבות המרד שפרץ בסלובקיה כנגד שלטונו של יוזף טיסו, גורשו גם תלמידי ישיבתו יחד עם אחרוני יהודי נייטרה לאושוויץ. גם בנו, בן ציון אונגר, נלקח למחנה סרד ושם נרצח. הרב אונגר ששהה באותו זמן בהרי זובור (Zobor) הסמוכים לנייטרה. בעקבות מחלתו הוא נאלץ להישאר בהרים ולהסתתר שם עם בנו, הרב שלום משה אונגר. בימים הנוראים של אותה שנה שהה בעיר באנסקה ביסטריצה. כמה שבועות אחר כך, בעקבות כיבוש העיר על ידי הגרמנים וחיסול המרד הסלובקי, ברח ליער קאלישטי. באותה תקופה הוא המשיך ללמוד תורה ברבים. כאשר הרגיש שסופו קרב אמר לבנו שיאמר לתלמידיו ללמוד בהתמדה, להתפלל בכוונה, ולהימנע מדיבור בשעת התפילה.