Josip Jelačić szeptemberi támadásakor belépett az országgyűlés önkénteseiből alakított egységbe, részt vett a pákozdi csatában, majd a csata után visszatért a fővárosba. Rövidesen Sáros vármegye kormánybiztosává nevezték ki. Jelen volt a december 11-ei budaméri ütközetben, ahol a Pulszky Sándor vezette magyar nemzetőrök és honvédek vereséget szenvedtek Franz von Schlik tábornok erőitől és Miskolcra vonultak vissza. Irányi ekkor lemondott kormánybiztosi megbizatásáról és visszatért Pestre, de Kossuth rábeszélésére visszatért a felső-tiszai sereghez, melynek parancsnokságát Mészáros Lázár hadügyminiszter vette át. A január 4-ei vesztes kassai ütközet után végleg lemondott a kormánybiztosságról és az időközben ide költözött kormányt és országgyűlést követve Debrecenbe ment.