În toamna anului 1937, Arhiducelui Felix i s-a permis întoarcerea în Austria unde a urmat Academia Militară Tereziană din Wiener Neustadt. A devenit primul habsburg de la abolirea monarhiei care a urmat o carieră ca ofițer în armata austriacă.&lt;br&gt;Cum "Anschluss" se apropia, Arhiducele Felix, sora sa Arhiducesa Adelheid și fratele său Arhiducele Eugen au părăsit Austria și au trecut granița în Cehoslovacia.