Bonifacio liebte Jacinto wie seinen Bruder und als im August 1886 erste Kämpfe aufkamen, war er sehr um Jacintos Sicherheit besorgt. Zu Beginn der Revolution sollte er die Herstellung des Schießpulvers überwachen. Doch danach kämpfte er aktiv unter Bonifacios Führung gegen die Spanier. Später trennten sich die beiden dennoch und Jacinto zog mit seinen Einheiten nach Laguna, um die Revolution in diese Provinz zu tragen, während Bonifacio in den Außenbezirken von Manila verblieb.