Nach dem Ausbruch des slowakischen Nationalaufstandes begab sich Šverma im Sommer 1944 in die slowakischen Berge. Es wird spekuliert, ob dies aus eigener Intention oder auf Druck Klement Gottwalds, der selber in der Sowjetunion verblieb, erfolgte. Der tuberkulosekranke Jan Šverma schloss sich den Partisanen an. Am 10. November 1944 starb Šverma an Entkräftung während eines 15-stündigen Aufstieges auf den Berg Chabenec (1955 m Seehöhe) zusammen mit 84 weiteren Partisanen während eines Schneesturmes.