Parafia ma początek w czasach bizantyńskich, w IV wieku, kiedy cesarzem był Teodozjusz I. Budynek pierwszego kościoła był pierwotnie główną rzymską świątynią Gozo, przekształconą przez greckich misjonarzy w chrześcijański kościół pod wezwaniem św. Jerzego. Rzymska świątynia stała dokładnie w miejscu dzisiejszego kościoła. Kościół jest również udokumentowany w źródłach rękopiśmiennych z około roku 1250, kiedy zanotowano jego funkcjonowanie jako kościoła parafialnego. Był również wymieniony jako jedna z parafii na Gozo, gdzie można uzyskać odpusty na mocy bulli papieża Mikołaj V na Rok Święty 1450. Należy zwrócić uwagę na fakt, że aż do roku 1575 liturgia w kościele parafialnym św. Jerzego odprawiana była w rycie gallikańskim. Był to ostatni kościół celebrujący ten typ liturgii na wyspie przed przejściem na liturgię w wersji trydenckiej. W czasach średniowiecznych kościół był kilkakrotnie przebudowywany, głównie z powodu wzrostu populacji na wyspie. W roku 1511 "scriptura apostolica" ogłosiła, że kościół św. Jerzego jest kościołem parafialnym Gozo, obejmującym całą populację Gozo. W roku 1551, podczas najazdu na Gozo, większość mieszkańców wyspy, wraz z proboszczem Lorenzo De Apapisem (1501-1586), została wzięta do niewoli i wywieziona do Konstantynopola przez Turków osmańskich. Ksiądz De Apapis zdołał wykupić się z niewoli po kilku latach, powrócił na Gozo i odbudował kościół św. Jerzego, który był mocno uszkodzony. Budowla była ponownie odbudowywana w latach 1583 oraz 1598.