לאחר כמה שנים הורשו הנאוואחו לחזור אל שטחי מחייתם. בימי מלחמת העולם השנייה, ארצות הברית השתמשה בשפת הנאוואחו לצורך העברת מידע מוצפן. לצורך כך גויסו חיילים מבני השבט, שלחמו בעיקר בחיל הנחתים של ארצות הברית והוכשרו כדוברי קוד. הקרב המפורסם ביותר שבו הצופן עזר באופן משמעותי לניצחון בו הוא הקרב על סאיפאן. בשנת 2014, נפטר צ'סטר נז, דובר קוד הנאוואחו האחרון שידע את שפת הצופן.