En juin 2010, il s'est retrouvé au centre d'une polémique après avoir ignoré les conseils d'un comité qui a recommandé l'annulation du mandat de la députée arabe Haneen Zoabi pour avoir participé à la flottille de Gaza quelques semaines plus tôt. Cette ignorance est fermement condamnée par de nombreux députés de droite et d'extrême droite, mais les libéraux israéliens et étrangers louent alors l'impartialité de Rivlin ainsi que son courage à défendre la démocratie israélienne.