Генрік Ларсен був також частиною національної команди Данії під керівництвом Ріхарда Меллер-Нільсена на Євро-96. По вибуттю Данії з турніру Генрік повідомив про завершення кар'єри в збірній. Загалом він провів за збірну 39 матчів, в яких відзначився п'ятьма забитими м'ячами.