Koskeljärvi liitettiin Koskeljärven Natura 2000 -alueeseen (kohde: FI0200097). Alueeseen kuuluu maita ja vesistöjä Euran, Laitilan ja Mynämäen kunnista. Se sisältää koko Koskeljärven, valtion sen ympäriltä omistamat maat, kaakkoisosan yksityisen maa-alueen, Vaaljärven ja sen lähialueita, Lahdensuon sekä alueen eteläpuolella olevan Kortesuon. Natura-alueen kokonaispinta-ala on 1 821 hehtaaria, joista Koskeljärvi ja sen ranta-alueet muodostavat 1 398 hehtaarin kokoisen alueen. Koskeljärvi on myös ehdolla Ramsarin sopimuksen alueeksi.