Дебют Жозе Видигала за сборную Португалии состоялся в товарищеском матче против сборной Бельгии 23 февраля 2000 года (1:1). Видигал был участником Олимпийских игр 1996 года, где сборная Португалии заняла 4-е место, а Жозе участвовал во всех 6-и матчах. В 2000 году Жозе Видигал участвовал в чемпионате Европы, где сборная Португалии проиграла в полуфинале сборной Франции. Последний матч за сборную Видигал сыграл 12 октября 2002 года против сборной Туниса (1:1).