Ještě před koncem května 1945 opět vstoupil do činné vojenské služby. Velel praporu středoškoláků, posléze byl odeslán na Slovensko, kde se v roce 1946 účastnil zajišťování východních hranic proti pronikání Banderovců. Poté sloužil v Brně jako zpravodajský důstojník a zatímní velitel pěšího praporu v Uherském Hradišti. Po Únoru 1948 vstoupil do KSČ a byl povýšen na plukovníka. Jeho syn Lubor Fanta se v roce 1950 neúspěšně pokusil opustit republiku což pro Josefa Fantu znamenalo přeložení do výslužby. V roce 1953 mu byl z politických důvodů razantně snížen důchod, po odvolání mu byl vrácen a v roce 1990 byl Josef Fanta rehabilitován. V roce 1994 byl jako jeden z posledních žijících legionářů zachycen v dokumentu "Zač jsme bojovali". Zemřel v Brně v roce 1995.