В 1955 Шарль Малик занял пост министра образования, в 1956 — министра иностранных дел Ливана. Возглавлял МИД во время Ливанского кризиса 1958 года. Решительно поддерживал правого президента Камиля Шамуна против насеристского мятежа. Сыграл важную роль в призыве американских войск в Ливан.