Durante l'insurrezione di Palermo fu uno dei punti da cui si bombardò la città e fu parzialmente smantellato dopo la partenza delle truppe regie. Tuttavia proprio durante il Regno delle due Sicilie alcune strutture furono sottoposte a restauri e ammodernamenti fino al regno di Francesco II nel 1860, quando l'intero complesso fu assaltato e in parte demolito dalla popolazione, secondo la richiesta formulata a Giuseppe Garibaldi.