Beim Ausbruch des Deutschen Krieges (14. Juni 1866) zwischen Preußen und Österreich wurde Clason als Kavallerieoffizier aktiviert. Er nahm an den Schlachten von Hühnerwasser, Münchengrätz und Königgrätz teil und stand mit seiner Division kurz vor Wien. Nach Kriegsende (August 1866) kehrte er nach Bonn zurück, setzte sein Studium fort und wurde 1867 zum Dr. phil. promoviert. Seine Doktorarbeit über eine Pariser Handschrift der Briefe des Symmachus "De Symmachi epistularum Codice Parisino specimen prius" widmete er seinem Vater. In seinem Lebenslauf dankte er vor allem den Bonner Professoren Otto Jahn und Clemens Theodor Perthes.