1966 voit l'arrivée de la nouvelle Formule 1 de Colin Chapman : la 43 qui, sous-motorisée et extrêmement capricieuse, ne permet à Clark de remporter qu'une course en 1966 : le Grand Prix des États-Unis et de ne signer que deux pole positions et autant de podiums, marquant seize points. En fin de saison, il effectue une prestation remarquée au Rallye RAC, au volant d'une Ford Cortina Lotus, se montrant l'égal des meilleurs spécialistes de la discipline avant d'être éliminé sur sortie de route.