Weitere Grundbesitzer im Mittelalter waren das Kloster Gnadenthal und das Kloster Hermetschwil. Die Blutgerichtsbarkeit und die niedere Gerichtsbarkeit lagen in den Händen der Habsburger. 1415 eroberten die Eidgenossen. Fischbach und Göslikon lagen nun im Amt Hermetschwil (auch Krummamt genannt) in den Freien Ämtern, einer gemeinen Herrschaft. Im Jahr 1529 traten die Einwohner beider Dörfer zur Reformation über, mussten aber nach dem Zweiten Kappelerkrieg von 1531 zur alten Konfession zurückkehren.