Dopo il successo americano, partecipa al torneo ATP 250 di San Pietroburgo, dove verrà sconfitto in finale da Alexander Zverev, che vince così il primo titolo in carriera e mette fine alla serie di 11 finali consecutive vinte dallo svizzero. L'ultima apparizione stagionale sono le prestigiose ATP Finals, dove viene eliminato nel round-robin con la vittoria su Čilić e le sconfitte contro Nishikori e Murray. Alla fine del 2016 è 4º nel ranking ATP per il terzo anno consecutivo con un bilancio di 46 vittorie e 18 sconfitte.