Im Montrealer Stadtrat führte Mills die Fraktion der Reformer an und übernahm im Dezember 1846 das Amt des Bürgermeisters. Im Sommer 1847 trafen tausende irische Einwanderer, die vor der Großen Hungersnot in Irland geflohen waren, in Montreal ein. Diese lebten unter erbärmlichen Umständen im Hafenviertel, wo nach kurzer Zeit eine Typhus-Epidemie ausbrach. Mills organisierte den Bau von Hütten und stellte die notwendigen Ressourcen für die Erkrankten bereit. Er stellte sich sogar als Krankenpfleger zur Verfügung. Dabei steckte er sich selbst an und starb nach kurzer Zeit an der Krankheit.