El complejo franciscano en la ciudad de Santiago de los Caballeros se convirtió en un importante centro cultural y religioso para todo el Reino de Guatemala: teólogos, juristas, filósofos, físicos y matemáticos estudiaron en su colegio de San Buenaventura, que estaba ubicado en donde actualmente están las ruinas del monasterio. En el colegio también estudiaron Cristóbal de Villalpando, Tomás de Merlo y Alonso de Paz. Tanto las capillas como el convento fueron expandidos durante el siglo . En 1684 la estructura fue reforzada y logró resistir el terremoto de 1691. La nueva iglesia fue construida por Diego de Porres e inaugurada en 1702. Los terremotos de San Miguel de 1717 dañaron la estructura severamente, al igual que el terremoto de 1751.