Bereits seit 2002 arbeitete Eyjólfsson als technischer Direktor für den isländischen Fußballverband. Im Januar 2007 übernahm er die isländische Frauennationalmannschaft und führte sie zur Europameisterschaft 2009 in Finnland. Nach der EM 2013, bei der Island das Viertelfinale erreichte, gab er seinen Posten auf um eine neue Herausforderung anzunehmen.