1849 war er für fünf Monate Amtmann des Amtes Vejle. 1850 wurde er, nachdem er den Gouverneursposten in Dänisch-Westindien abgelehnt hatte, Amtmann des Amtes Haderslev. 1851 wurde er zum Kammerherr und 1852 zum königlichen Kommissär der Güter Gram und Nybøl ernannt. Nach dem Rücktritt der dänischen Regierung unter Ministerpräsident Anders Sandøe Ørsted am 12. Dezember 1854 bot man Stockfleth das Ministeramt für Schleswig an. Auch diesen Posten lehnte er ab, an seiner Stelle wurde Harald Raasløff Minister. Infolge des Zweiten Schleswigschen Krieges musste er 1864 den Amtmannsposten aufgeben und zog nach Kopenhagen.