עם פרוץ המלחמה היו באוסטריה כ-58,000 יהודים. המדיניות ברייך עצמו (בניגוד לשטחים הכבושים האחרים) הייתה עדיין של עידוד הגירה, הגטאות ומחנות ריכוז לא היו תופעה נרחבת כמו בשאר אירופה והיא תאמה את המדיניות שנהגה כלפי יהודי גרמניה. בתחילת המלחמה המשיכו ההכנות להגירה וניתנה הכשרה מקצועית לצורך בניית חיים חדשים במקומות אחרים. למרות המאמצים, עד ל-10 בנובמבר 1941, מועד בו נאסרה ההגירה סופית, הצליחו לברוח רק כ-2,000 יהודים. ההגירה בזמן מלחמה הייתה קשה עד בלתי אפשרית ואייכמן בעיקר נקט שילוח למחנות ריכוז ולגירוש אל האזור הסובייטי של פולין. הקהילה בווינה נערכה להחזקתם של 24,000 זקנים וחולים שלא יכלו להגר וכ-32,000 איש מעוטי יכולת שנזקקו לעזרה. הקהילה השתדלה לדאוג לצרכיהם והקימה מוסדות חינוך וסעד.