Lewandowski inizia la stagione 2013-2014 vincendo la Supercoppa di Germania ai danni del Bayern Monaco, battuto per 4-2. Il 4 gennaio 2014 il direttore sportivo dello stesso Bayern Monaco, Karl-Heinz Rummenigge, annuncia di aver trovato con il giocatore l'accordo per il trasferimento dell'attaccante in Baviera a parametro zero, a partire dalla stagione successiva.