El paupérrimo inicio del conjunto lombardo en la temporada 2012-13 de la Serie A suscitó un mar de críticas en contra de Allegri, ya que se encontraba en tierra de nadie en la clasificación, produciéndose incluso duras críticas contra el equipo por parte del propietario Silvio Berlusconi. A pesar de las dudas del entorno, poco a poco el Milan fue remontando en el campeonato local y llegó hasta los puestos que dan acceso a competiciones europeas, aunque fue eliminado en cuartos de final de la Coppa por la Juventus y en octavos de final de la Champions, nuevamente a manos del FC Barcelona. Finalmente, el conjunto milanista terminó la Serie A como tercer clasificado.