Попри це, відразу після нападу Німеччини на СРСР члени ЛФА розгорнули активні бойові дії проти радянських військ, взяли під свій контроль великі міста Литви й оголосили про перехід влади до влади тимчасового уряду на чолі з Юозасом Амбразявічюсом. Після заняття Литви німецькими військами окупаційна адміністрація відмовилася визнавати його, і замість нього сформували колабораціоністську установу на чолі з Пятрасом Кубілюнасом.