În perioada otomană orașul a fost un centru comercial. Đakovica a fost afectat de pe urma Primului Război Balcanic, fiind comise abuzuri și violențe asupra civililor. Mai multe pierderi omenești s-au desfășurat în timpul Războiului din Kosovo, fiind unul din locurile de luptă dintre autoritățile iugoslave și Armata de Eliberare din Kosovo. După sfârșitul conflictului, cei mai mulți dintre refugiați s-au întors iar în alegerile din 2001 Liga Democratică din Kosovo a obținut majoritatea voturilor. În 2004 au avut loc revolte în care ultimele cinci sârboaice învârstă au fost evacuate.