Banyak bagian dari S-Bahn ditutup selama masa perang karena aktivitas musuh. Terowongan Nord-Süd-Bahn dibanjiri pada 2 Mei 1945 oleh pasukan SS yang ditarik mundur saat Pertempuran Berlin tahap yang terakhir. Jumlah tepat korban jiwa tidak pernah diketahui, tapi diperkirakan 200 orang meniggal dunia, karena terowongan tersebut digunakan sebagai tempat perlindungan dan juga digunakan tempat penampungan tentara yang terluka yang ditampung di dalam kereta. Layanan melalui terowongan dibuka kembali pada tahun 1947.