Le , les troupes grecques débarquent à Smyrne et des pogroms anti-turcs s’y produisent. Ces événements placent Venizélos en porte-à-faux vis-à-vis du « Conseil des Quatre ». Il se défend le 20 mai en disant que son haut-commissaire a outrepassé ses instructions. Mais c'est lui qui ordonne expressément de reprendre Aydın début juillet. Cette contre-attaque grecque aboutit à la destruction du quartier turc de la ville. En novembre, la commission d'enquête internationale, envoyée sur place dès le printemps, rend ses conclusions et suggère que les troupes grecques soient remplacées par des troupes alliées. Venizélos se plaint alors que la commission a adopté uniquement le point de vue des nationalistes turcs. Il soutient son haut-commissaire qui a dû, selon lui, assurer toutes les fonctions d'une administration disparue et tenter de maintenir l'ordre. Le 12 novembre, Clemenceau rend les autorités grecques responsables de tous les troubles en Asie mineure. Le lendemain, Venizélos refuse une commission interalliée placée aux côtés de son haut-commissaire pour l'« assister » et obtient gain de cause. Il est alors à l'apogée de son influence diplomatique. En janvier 1920, le nouveau président du Conseil français, Alexandre Millerand, plutôt turcophile, annonce qu'il préférerait une simple sphère d'influence économique grecque sur la région de Smyrne et qu'il n'est pas prêt à recommencer la guerre pour une telle cause. La réponse de Venizélos est directe : la Grèce n'a pas besoin de l'aide alliée pour s'imposer militairement en Asie mineure. Millerand cède alors Smyrne à la Grèce, mais exige qu'elle n'en sorte pas, même pour imposer les traités aux Turcs de Mustafa Kemal. On pense alors pouvoir signer l'accord réglant le sort de la Turquie.