1938. márciusában a náci Németország annektálta Ausztriát. Welsben a helyi hatalomátvételt a Café Markutban szervezték meg a nemzetiszocialista párt tagjai. A helyi fegyveres erőket náci vezetés alá vették, a rendőrséget az SS és az SA felügyelte. Az Anschlusst követően Wels az Oberdonau reichsgauba került és a közigazgatási reform során a városhoz kapcsolták a szomszédos Lichtenegg, Pernau és Puchberg községeket. Ekkor jött létre a Vogelweide városrész is. A várostól nyugatra fekvő Gunskirchenbe telepítették a mauthauseni koncentrációs tábor egyik altáborát. 1938-ban az egyik helyi traktorgyárat a Welf-család vásárolta meg és repülőgépalkatrészeket gyártottak benne a Luftwaffe számára; az üzemben 45%-ban kényszermunkások dolgoztak. A háború során több tábort létesítettek, külön a francia és szovjet hadifoglyoknak, a külföldi toborzott és a keleti kényszermunkásoknak, valamint az olasz internáltaknak. Több ezer kényszermunkás és munkaszolgálatos dolgozott a wellsi gyárakban.