Tentera Jerman sekali lagi menyerang Belgium pada Mei 1940. Seramai 40,690 populasi Belgium, di mana sebahagian daripadanya ialah orang Yahudi telah dibunuh ketika pendudukan Jerman dan Holokus. Dari September 1944 sehingga Februari 1945, Tentera Bersekutu berjaya membebaskan Belgium. Selepas Perang Dunia Kedua, mogok umum yang dilancarkan memaksa Raja Leopold III untuk turun takhta pada tahun 1951 oleh sebab ramai orang Belgium merasakan beliau bekerjasama dengan pihak Jerman ketika peperangan. Congo Belge memperoleh kemerdekaan pada tahun 1960 semasa Krisis Congo; disusuli Ruanda-Urundi yang merdeka pada dua tahun berikutnya. Belgium menyertai NATO sebagai anggota pengasas dan membentuk Benelux yang menggabungkan negara Belanda dan Luxembourg.