中華民国成立後的1913年（民国2年），袁乃寬获授陸軍中将。1915年（民国4年），袁世凱称帝，袁乃寛参与组织籌安会进行支持，任大典籌備处庶務主任。1917年（民国6年）7月，参加張勳復辟，失敗後企图逃亡但被捕。后来，获得段祺瑞特赦。