太平洋戦争開戦時の第五水雷戦隊司令官は、引き続き原顕三郎少将（旗艦「名取」）。緒戦期の第五水雷戦隊は比島攻略部隊に所属し、開戦劈頭のフィリピンの戦いのうちの攻略戦、リンガエン湾上陸、次いでマレー作戦のシンゴラ上陸作戦支援に参加した。馬公および高雄で整備の後、蘭印作戦に参加。