Sejak konflik antara GAM dan pemerintah RI kembali meruncing di awal 1999, banyak transmigran asal Jawa memilih keluar dari Aceh. Dari data yang ada, sedikitnya 19.905 Kepala Keluarga atau sekitar 79.902 jiwa telah mengungsi. Sedangkan yang memilih untuk tetap bertahan berkisar 19.503 Kepala Keluarga yang tersebar di 40-an Unit Penempatan Transmigrasi (UPT).Para transmigran yang ada di Aceh umumnya berasal dari Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Yogyakarta, DKI Jakarta, sebagian dari Sumatera Utara dan juga dari Aceh. "Penempatan transmigrasi pertama sekali di Aceh ini pada tahun 1975.