A livello internazionale, Jantjies partecipò al Campionato mondiale giovanile di rugby 2010 con la nazionale under-20 sudafricana. Nello stesso anno, il commissario tecnico del Peter de Villiers lo convocò per il tour di novembre, nel quale scese in campo contro il club ad inviti dei Barbarians in un incontro non valido come presenza internazionale. Al termine della stagione fu nominato sia miglior giocatore giovane sudafricano sia miglior giocatore della selezione under-20. Nonostante altre convocazioni negli "Springboks", Jantjies dovette attendere due anni per il debutto ufficiale che avvenne contro l' nella penultima partita del The Rugby Championship 2012. Una settimana dopo subentrò dalla panchina anche contro la . Successivamente non giocò più in nazionale fino al 2016 quando il selezionatore Allister Coetzee lo fece entrare dalla panchina contro l', nella prima sfida del tour estivo dei britannici. Nella partita successiva, Jantjies partì per la prima volta da titolare e tale rimase per tutta l'annata 2016. Anche nella stagione seguente fu molto utilizzato, mancò, infatti, un solo incontro tra quelli giocati dalla sua nazionale. La nomina, nel 2018, di Rassie Erasmus come nuovo commissario tecnico portò alla perdita della sua titolarità e a una diminuzione del suo impiego. Nonostante ciò prese parte al successo nel The Rugby Championship 2019 e fu convocato per la . Nella vittoriosa campagna mondiale disputò solamente le partite contro e durante la fase a gironi.