Aimar maakte zijn debuut voor het nationaal A-elftal van Argentinië op woensdag 9 juni 1999 in de vriendschappelijke wedstrijd in Chicago tegen Mexico (2-2). Hij viel in dat duel na 84 minuten in voor Gustavo López. Drie jaar later nam Aimar met de nationale ploeg deel aan het Wereldkampioenschap in Zuid-Korea en Japan. Aimar speelde goed, maar hij kon niet voorkomen dat de Argentijnen al in de poule uitgeschakeld waren, ze eindigden als derde achter Zweden en Engeland. Door zijn goede spel op dit WK deed Diego Maradona de volgende uitspraak: