В финале Лиги чемпионов того сезона хорват забил единственный гол туринцев, отправив мяч в ворота с угла штрафной ударом через себя. Позже этот момент был признан лучшим голом сезона 2016/17 по версии УЕФА. 31 октября 2017 года в матче Лиги чемпионов против лиссабонского «Спортинга» Манджукич сыграл в своём сотом матче за «Ювентус».