Juanfran ha collezionato 11 presenze con la Nazionale di calcio della Spagna, facendo il suo debutto internazionale in un'amichevole contro l'Italia il 29 marzo 2000, dopo una serie di ottime apparizioni con la maglietta del Celta Vigo. Successivamente, viene incluso nella lista dei partecipanti ai Mondiali 2002 per la Spagna, e gioca 3 delle 5 partite disputate dalle furie rosse.