Неговата политическа кариера започва през 1960 г., когато е назначен за началник на Главното политическо управление на Полската армия, а през 1965 г. става началник на Генералния щаб. От 1968 до 1983 г. Войчех Ярузелски е министър на народната отбрана на Полша. През времето, когато е начело на армията, нейни подразделения взимат участие е потушаването на Пражката пролет (1968) и на работническите бунтове в самата Полша през 1970 г.