In mei 1989 werd hij als kandidaat van de "Alliantie van politieke oppositiepartijen" (ADOC) tot president van Panama verkozen met 62,5% van de stemmen. Zijn tegenkandidaat van de Democratische Revolutionaire Partij (PRD), Carlos Duque, een marionet van generaal Noriega, die al sinds 1982 de werkelijke macht in handen had en een drugskartel had gevormd, haalde slechts 24,9% van de stemmen, maar erkende zijn nederlaag niet. Demonstraties tegen de verkiezingsfraude werden door Noriega's ordetroepen uiteengeslagen, waarbij Endara en zijn vicepresidentskandidaat Guillermo Ford gewond raakten. Mogelijk was dit de aanleiding tot de Amerikaanse invasie (Operatie Just Cause) van Panama in december 1989. Op 20 december 1989 werd Endara onder Amerikaanse bescherming officieel bevestigd als president van Panama. Tijdens zijn regeerperiode herstelde hij de openbare orde en kon hij de economische situatie van Panama beduidend verbeteren.