Az agrárkérdésekkel foglalkozó Fehér 1942-ben lépett be az illegális kommunista pártba (KMP, 1943-tól Békepárt), ahol a vidéki szervezésben vett részt: a gyakorlatban ez leginkább röplapok sokszorosítását és terjesztését jelentette. 1943-ban illegalitásba vonult, 1944 júliusától pedig, miután több munkatársát elfogták, és ő maga is veszélybe került, a fegyveres ellenállás szervezésében kapott szerepet. Ekkoriban ismerte meg a már Márciusi Frontban is tevékenykedő Donáth Ferencen keresztül a párt több vezető személyiségét, köztük Péter Gábort és Horváth Mártont. 1944 hátralévő részében az MKP Katonai Bizottságát vezető, német- és nyilasellenes akciókat kitervelő Pálffy György és Sólyom László kapcsolattartója volt, illetve partizánakciókat hajtott végre – az ő csoportja robbantotta fel Gömbös Gyula szobrát is Budapesten. A főváros ostromát Óbudán rejtőzködve vészelte át, Kovács Gyula álnéven.