Hrabstwo McDonough powstało 25 stycznia 1826 roku. Swoją nazwę obrało na cześć Thomasa Macdonough, bohatera wojny brytyjsko-amerykańskiej w 1812 roku, który zwyciężył w decydującej bitwie morskiej na jeziorze Champlain wojska brytyjskie. Hrabstwo McDonough było częścią Traktatu wojskowego z 1812 roku i przyznane przez kongres weteranom wojny.