Οι Έλληνες της Κρήτης συνέχισαν να διεξάγουν τακτικές εξεγέρσεις και το 1897 η ελληνική κυβέρνηση υπό τον Θεόδωρο Δεληγιάννη, υποκύπτοντας στη λαϊκή πίεση, κήρυξε πόλεμο στους Οθωμανούς. Στον ελληνοτουρκικό πόλεμο του 1897 ο κακώς εκπαιδευμένος και εξοπλισμένος ελληνικός στρατός ηττήθηκε από τους Οθωμανούς. Με την παρέμβαση των Μεγάλων Δυνάμεων, ωστόσο, η Ελλάδα έχασε κάποια λιγοστά εδάφη κατά μήκος των συνόρων στην Τουρκία, ενώ η Κρήτη έγινε αυτόνομο κράτος με Ύπατο Αρμοστή να είναι ο πρίγκιπας Γεώργιος της Ελλάδας.