בשנת 2002 אירחה יפן את מונדיאל 2002 במשותף עם קוריאה הדרומית. לראשונה בתולדות הגביע העולמי נערך הטורניר באסיה, ולראשונה נחלק האירוח בין שתי מדינות שונות. יפן שובצה בבית ח' יחד עם נבחרות , ו. אף על פי שסיימה בתיקו 2-2 מול בלגיה במשחקה הראשון בטורניר, העפילה הנבחרת לשלב שמינית הגמר, לאחר שגברה בתוצאה 1-0 על ובתוצאה 2-0 על . בשלב שמינית הגמר הפסידה יפן ל בתוצאה 1-0 והודחה מהטורניר. בשנת 2004 זכתה יפן גביע אסיה לאחר ניצחון בתוצאה 3-1 על . הייתה זו זכייתה השלישית של יפן בתואר והשנייה ברציפות.