Cuando tenía tres años, su padre viajó a Irán desde Berlín Occidental, desconociéndose ningún dato sobre su vida posterior. Su madre trabajó para una agencia estatal de distribución de objetos de arte. Wagenknecht se crio con sus abuelos en Jena, trasladándose a Berlín Oriental con su madre al empezar su escolaridad. En sus años escolares fue miembro de la Freie Deutsche Jugend y finalizó en 1988 su educación secundaria con el bachillerato Abitur en Berlin-Marzahn. En tiempos de la RDA, Wagenknecht se negó a comer durante la clase obligatoria de formación militar, lo que fue interpretado por los funcionarios como una huelga de hambre. Como consecuencia le fue prohibido estudiar en la RDA. Le fue asignado un puesto como secretaria del que dimitió a los tres meses. En 1989, seis meses antes de la Caída del Muro de Berlín entró en el SED.