Nel 1912 si schiera contro la spedizione italiana a Tripoli e per il tono disfattista dei suoi comizi viene processato a Milano assieme a Filippo Corridoni e ai giornalisti Paolo Valera e Livio Ciardi. L'accusa è quella di istigazione alla disubbidienza alle leggi ed alla diserzione in quanto, sostengono gli imputati, si tratta di una guerra di conquista e si è deciso di parteciparvi scavalcando il Parlamento. Saitta respinge l'accusa sostenendo che o soldati italiani non avrebbero dovuto imbracciare le armi senza una chiara decisione dei due rami del Parlamento ma non attende la sentenza. Allo scopo di evitare il carcere ripara in Svizzera, dalla quale rientra alla fine del 1913 essendo nel frattempo intervenuta una piena assoluzione. Viene quindi eletto Deputato provinciale per il mandamento di Catania.