Dopo un periodo di servizio nelle acque di casa, il 25 ottobre 1941 la nave fu inviata a Truk per unirsi alle unità giapponesi dispiegate a protezione del Mandato del Pacifico meridionale, come nave ammiraglia del 6º Squadrone cacciatorpediniere del retroammiraglio Sadamichi Kajioka. L'11 dicembre 1941, dopo l'inizio delle operazioni belliche nel teatro del Pacifico, la nave guidò il primo tentativo giapponese di catturare l'isola di Wake, piccolo possedimento statunitense: le forze giapponesi furono però respinte dalla resistenza della guarnigione di marine ivi dislocata, e lo stesso "Yubari" subì danni leggeri dal fuoco dell'artiglieria costiera statunitense; la nave partecipò poi al secondo tentativo di sbarco del 23 dicembre seguente, conclusosi con la cattura dell'isola.