Thott blev, da hans moder, Jytte Gyldenstjerne, døde 1640, opdraget hos sin farfader, Tage Thott, indtil han 1654 blev sendt til Sorø Skole. Der fra gik han over til Akademiet, som krigen med svenskerne snart nødte ham til at forlade, og for at fortsætte sine afbrudte studier begav han sig 1658 udenlands med den senere københavnske borgmester Jørgen Fogh til hovmester. Rejsen gik til Tyskland med et ophold på over 2 år i Heidelberg, hvorfra han efter fredsslutningen vendte tilbage 1661.