Alliés au début de la campagne du Roussillon et de Catalogne, l'Espagne rompt son alliance avec le Portugal, faisant cause commune avec l'ennemi d'hier - la France de Napoléon. Encouragée par ce dernier, elle décide l'invasion du Portugal en 1801: ce sera la guerre des Oranges durant laquelle l'Angleterre refusera d'intervenir pour secourir son allié. Avant même que le Corps d'Observation de Gironde pénètre au Portugal, le traité de Fontainebleau, signé entre la France et l'Espagne, prévoit la division du pays en trois principautés. Mais l'intention de Napoléon à plus long terme est de remplacer les dynasties régnantes de Portugal et d'Espagne par des membres de sa propre famille. Le Portugal était de toute façon perdant: il aurait un Bonaparte sur son trône et par représailles l'Angleterre se serait emparé des colonies portugaises, Brésil inclus.