Den grössten Erfolg seiner Karriere feierte er 2002 beim Indian Wells Masters, als er in der ersten Runde den damaligen Weltranglistenfünften Andre Agassi mit 7:65, 7:66 bezwang. Michel Kratochvil war zwischen 2000 und 2004 Mitglied des Schweizer Davis-Cup Team. 2003 gewann er in der ersten Runde des Davis Cup das Entscheidungsspiel gegen Martin Verkerk mit 1:6, 7:65, 7:66, 6:1. Seine höchste Platzierung in der Weltrangliste erreichte er am 8. Juli 2002, als er den 35. Platz belegte.