A 27 de Fevereiro de 1536 Filipe casou-se com a princesa Maria da Saxónia, meia-irmã do príncipe-eleitor João Frederico I da Saxónia. Em Abril de 1536, em Frankfurt am Main, juntou-se à Liga de Esmalcalda juntamente com o seu tio. Em 1547, depois de os protestantes serem derrotados na Guerra de Esmalcalda, Filip̟e temeu ser perseguido pelo enfurecido sacro-imperador Carlos V, no entanto, conseguiu acalmá-lo através do pagamento de uma multa. As novas circunstâncias tornaram o trabalho do bispo Suawe cada vez mais difícil e, em 1549, ele acabaria por deixar o cargo. Foi sucedido por um bispo católico que tentou reverter o ducado para o seu estatuto religiosa anterior e voltar a torná-lo católico. No entanto, a sua tentativa falhou e, de modo a garantir a independência da sua igreja, Filipe decidiu nomear o seu filho mais velho, João Frederico, bispo de Cammin. Também restaurou a ordem religiosa de Bugenhagen e mediou as disputas religiosas que assolavam o seu ducado.