Aufgrund des sehr kleinen Verbreitungsgebiets von ungefähr 25 km² wird "Acacia anegadensis" von der IUCN in die Kategorie „vom Aussterben bedroht“ klassifiziert. Durch die Errichtung von Wohn- und Tourismusanlagen sowie den Straßenbau wird der Lebensraum stark beeinträchtigt. Frei laufendes Vieh (Hausrinder, Hausziegen und Hausesel) zerstört die Vegetation durch Überweidung und Zertrampeln. Die Konkurrenz mit invasiven Pflanzenarten wie der Schachtelhalmblättrigen Kasuarine ("Casuarina equisetifolia"), "Cryptostegia madagascariensis" und "Kalanchoe pinnata" stellt eine weitere Gefährdung dar. Auch Brände, Erdbeben, Hurrikane und die Überflutung der Küsten bedrohen die Art. In den letzten Jahren haben Mitarbeiter der Royal Botanic Gardens (Kew) in Zusammenarbeit mit dem "British Virgin Islands National Parks Trust" und der Darwin Initiative Maßnahmen zum Schutz von "Acacia anegadensis" angestrengt. Ein Fundort wurde 1999 zum Ramsargebiet erklärt. Ein reproduzierendes Exemplar und 22 Setzlinge befinden sich im JR O’Neal Botanic Garden auf Tortola in den Britischen Jungferninseln.