Gené imponerte i testene for Minardi, og fikk et sete i teamet etter at Esteban Tuero måtte trekke seg etter en nakkeskade. Etter flere niendeplasser og en åttende klarte han å score sitt første F1-poeng da han kom på 6.-plass i Europas Grand Prix på Nürburgring, og dette var også Minardis første poeng siden 1995. Gené fortsatte i Minardi i 2000, men klarte ikke å oppnå et eneste poeng, med åttendeplasser i Australia og Østerrike som beste resultat.