פאיתון היה בנו של אציל מוקדוני בשם קרטרוס מאזור אאורדיה במערב מוקדון. הוא נזכר לראשונה בשנת 326 לפנה"ס כטריארארך, היינו מפקד צי, אשר סייע לאלכסנדר הגדול לחצות את האינדוס במהלך פלישת אלכסנדר הגדול להודו. בשנה הבאה הוא נזכר כאחד משמונת הסומאטופילקס ("שומרי ראש") של המלך. אריאנוס מספר שבשנת 323 לפנה"ס הוא ושישה קצינים נוספים ישנו לילה במקדש סראפיס כדי לבקש רחמים מהאל עבור אלכסנדר החולה. הסיפור הוא ככל הנראה המצאה, שכן סראפיס הוא עיבוד יווני של אל בבלי אשר פולחנו החל רק במאה ה-3 לפנה"ס.