Nello stesso anno, Casimiro fu contattato dalla Confederazione prussiana per l'aiuto contro l'Ordine Teutonico, che promise, rendendo le regioni separatiste prussiane un protettorato del Regno polacco. Tuttavia, quando le città si ribellarono contro l'Ordine, resistette e ne seguì la Guerra dei tredici anni (1454-1466). Casimiro e la Confederazione prussiana sconfissero l'Ordine Teutonico, entrando nella sua capitale abbandonata a Marienburg. Nella Seconda trattato di Torun (1466) garantì alla Polonia la Prussia occidentale e costrinse i cavalieri a mantenere il resto come feudo della corona polacca.