Позднее Рори О’Мур командовал отрядами конфедератов в графствах Кок и Оффали, в которых сохранялся мир. Он также помог организовать альянсы с Мурроу О’Брайеном, 1-м графом Инчикином, в 1647 году, и Джеймсом Батлером, 1-м герцогом Ормондом, в 1648 году. Несмотря на альянс с ирландских конфедератов с большей часть роялистов, в 1649—1653 годах Ирландия была завоёвана английской армией Оливера Кромвеля и примерно третья населения Ирландии погибла.