В апреле 1942 года Николай Бурденко прибыл в Москву, где продолжал исследовательскую работу, писал научные труды. В ноябре того же года был назначен членом Чрезвычайной государственной комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков; на работу этой ответственной комиссии по поручению правительства у него ушло много времени и сил.