Los destinos fueron inicialmente tranquilos para el teniente coronel Kilpatrick, sirviendo en trabajos de estado mayor y en escaramuzas menores de caballería. Eso cambió en la Segunda Batalla de Bull Run en agosto de 1862. Asaltó el Ferrocarril Central de Virginia al principio de la campaña y luego ordenó una insensata carga de caballería en el crepúsculo la primera noche de la batalla, perdiendo un escuadrón completo de tropas. No obstante, fue ascendido a coronel el 6 de diciembre.