Seit Oktober 2001 beteiligt sich die kanadische Armee an dem von den USA geführten Krieg in Afghanistan, einem Land mit fast genau der gleichen Einwohnerzahl wie Kanada. Von Februar bis Juli 2002 nahmen 850 Soldaten an der Operation Enduring Freedom teil. Im September 2003 eröffnete die kanadische Botschaft in Kabul, wo die Armee versuchte, Aufbauarbeit zu leisten (Operation Athena). 2005 wurde die Armee für den Raum Kandahar zuständig, wo 2.250 Mann stationiert wurden. Nach Angaben der ISAF befanden sich Anfang Dezember 2009 2.830 kanadische Soldaten in Afghanistan. 2006 kamen 36 kanadische Soldaten ums Leben, im folgenden Jahr 30, 2008 waren es 32. Zu den 108 Toten bis Februar 2009 kamen 360 Verletzte. Die Zahl der Toten stieg bis Ende November 2009 auf 133. Bis Kriegsende zählte man 153 Tote. Das bei Kandahar gelegene Tal von Arghandāb konnten die kanadischen Kräfte Ende 2009 nur mit Unterstützung amerikanischer Kräfte von den Taliban zurückerobern. Das kanadische Parlament beschloss 2009, die Armee mindestens bis 2011 im Lande zu lassen.