Niekoľkomesačné špekulácie sa v lete 1939 stali skutočnosťou. Kluby ŠK Trnava a Rapid Trnava sa spojili s cieľom vytvoriť ešte kvalitnejší tím. Tak vznikol klub TŠS Trnava. V roku 1939 sa začala hrať slovenská liga systémom jeseň/jar. Za účasti 12 mužstiev sa Trnava, v premiérovom ročníku, umiestnila na 4. mieste. V nasledujúcich rokoch sa Trnava umiestnila na 6., 7., 5. a 3. mieste. Slovenskej lige vtedy dominovali Bratislavské kluby ŠK a OAP. Na jeseň 1944 sa odohrali len dve kolá ligy, po vypuknutí SNP bola súťaž prerušená. Hrali sa len turnaje Oblastného majstrovstva Slovenska a to iba na jeseň. Vyhral TŠS Trnava pred ŠK Bratislava. V tomto čase bol za najlepšieho hráča považovaný útočník Fero Bolček, ktorý hrával pravidelne aj za Slovensko. V lete 1945 postúpila Trnava do B skupiny celoštátnej česko-slovenskej ligy po kvalifikačných zápasoch proti ŠK Šimonovany (dnes Partizánske). Prvý zápas ligy hrala 16. septembra doma s Pardubicami 1–1. Jarná časť ale pre Trnavu nedopadla najlepšie a vypadla z ligy. O rok neskôr sa ale opäť suverénnym spôsobom vrátila, aby v sezóne 1947/48 mohla opäť v najvyššej súťaži obsadiť 5. miesto. Stabilné miesto v reprezentácií v tom čase mali Malatinský, Bolček a Marko. V roku 1950 požiadala dvojica Malatinský, Benedikovič o uvoľnenie do Bratislavy. V Trnave z toho boli rozbroje a nakoniec toho roku z ligy aj vypadla.