בעונת 1999/00 אפנברג ובאיירן מינכן זכו בדאבל, לאחר שניצחו בגמר הגביע הגרמני את ורדר ברמן בתוצאה 0–3, וזכו באליפות הבונדסליגה בזכות הפרש שערים טוב יותר משל הסגנית באייר לברקוזן, כשבאיירן תפסה את המקום הראשון רק בתום המחזור האחרון של העונה. אפנברג הבקיע שני שערים בעונה זו. בעונת 2000/01 זכו באיירן ואפנברג באליפות שלישית ברצף, שוב בצורה דרמטית בדקת הסיום של המחזור האחרון, כשאפנברג הבקיע ארבעה שערי ליגה, על אף שהחמיץ חלק גדול מהעונה בגין פציעות. באיירן ואפנברג זכו לחוויה מתקנת על ההפסד בגמר ליגת האלופות 1999, כאשר ניצחו את ולנסיה בגמר ליגת האלופות 2001 בבעיטות הכרעה, לאחר 1-1 בתום 120 דקות. אפנברג הבקיע את שער השוויון לבאיירן מינכן בפנדל בדקה ה-50, לאחר שמהמט שול החמיץ פנדל משלו קודם לכן. בבעיטות ההכרעה, אפנברג הבקיע את הפנדל שלו שהיה החמישי, אך הבעיטות נמשכו והגמר הסתיים רק לאחר שכל קבוצה בעטה שבע בעיטות, בתוצאה 4–5 לבאיירן מינכן. עונת 2001/02 הייתה האחרונה של אפנברג בבאיירן מינכן. בעונה זו מיעט לשחק בגין פציעות, והבקיע שני שערים. באיירן לא זכתה בתארים בעונה זו. בתום העונה, עזב אפנברג את באיירן מינכן, וחתם בשורותיה של וולפסבורג.