Urodzony w ubogiej rodzinie, praktykował w ogrodzie botanicznym w Edynburgu, a następnie w ogrodach w Chiswick, należących do Royal Horticultural Society. Po I wojnie opiumowej Towarzystwo wysłało go do Chin z misją zbierania roślin. Misja ta zakończyła się tak dużym sukcesem, że Fortune został mianowany dyrektorem ogrodów w Chiswick.