Die größte militärische Auseinandersetzung im 17. Jahrhundert war der sogenannte Zweite Nordische Krieg (1654–1667), abermals zwischen Schweden, Polen-Litauen und Russland. Der Krieg dauerte 14 Jahre und bestätigte im Baltikum im Wesentlichen nur den status quo. Für Estland und mehr noch für Livland waren die zahlreichen Auseinandersetzungen jedoch verheerend. Das Land wurde erneut verwüstet und die Bevölkerung erlitt enorme Verluste. Vor allem Tartu hatte sehr gelitten.