W Pucharze Świata Thomas Dufter zadebiutował 29 grudnia 1988 roku w Oberwiesenthal, gdzie zajął 24. miejsce w zawodach metodą Gundersena. Pierwsze punkty (do sezonu 1992/1993 obowiązywała inna punktacja Pucharu Świata) zdobył 21 stycznia 1989 roku w Breitenwang, gdzie był trzynasty. W &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20kombinacji%20norweskiej%201988/1989"&gt;sezonie 1988/1989&lt;/a&gt; punktował jeszcze raz - 18 marca 1989 roku w Lake Placid był szósty. W klasyfikacji generalnej zajął 23. miejsce. W lutym 1989 roku wystąpił na mistrzostwach świata w Lathi, gdzie wraz z kolegami zajął siódme miejsce w zawodach drużynowych, a indywidualnie zajął 21. miejsce.