В июле 1939 года М. А. Кузнецов направлен на Дальний Восток, где был назначен на должность начальника штаба фронтовой группы под командованием командарма 2-го ранга Г. М. Штерна, после чего принимал участие в боевых действиях на реке Халхин-Гол. В июле 1940 года назначен на должность начальника штаба сформированного Дальневосточного фронта и в конце декабря того же года участвовал в ходе Совещания высшего руководящего состава РККА, где выступил с докладом по вопросам планирования современной наступательной операции.