Van 1460 tot 1687 heersten er de Turken, daarna de Venetianen (1687 tot 1715) en toen weer de Turken (1715 tot 1825). De stad had verschillende belegeringen te doorstaan, maar de fatale klap kwam in 1770. Tijdens de chaos die volgde op de Orlofika stuurden de Turken ongeregelde Albanese horden uit om de Grieken te velde een lesje te leren. Deze plunderende roversbenden trokken ook Mystras binnen en legden de stad in de as. Deze plundering én de verwoestingen tijdens de vrijheidsoorlog betekenden het einde van Mystras. De meeste inwoners zijn hierna naar het nieuwgebouwde Sparta verhuisd, dat op last van eerste Griekse koning Otto I gebouwd was.