שלכטה התנגדה לחקיקה האנטי יהודית בהונגריה, היא העמידה את מסדרה לשירותם של יהודים נרדפים. בשנת 1941 יצאה נגד גירושים של יהודים שהיו אזרחים זרים לפולין, גירוש שהוביל לטבח בקמניץ-פודולסקי. בשנת 1943 הסתיר מסדרה הקתולי בקושיצה את מרים גרוס, יהודייה שברחה מסלובקיה עם בנה. עם פלישת הגרמנים להונגריה במרץ 1944 המשיך המסדר להסתיר יהודים, למרות שנערכו בו חיפושים על ידי הגסטפו. שלושה יהודים שנעצרו במרתף הבניין נורו למוות במקום. גרוס קיבלה מסמכי זהות מזויפים וכן עבודה בבית אחר של המסדר, בבודפשט, ושם שהתה, בחסות זהותה הבדויה. כשגברה הסכנה ליהודי העיר, הוברחה גרוס עם בנה שוב לקושיצה, על ידי נזירות המסדר.