Finalmente, em 1840, ele foi nomeado governador geral da Argélia, e no início de 1841 ele colocou em vigor o seu sistema de colunas voadoras, uma tática controversa, mas bem-sucedida, conhecida como "Razzia" na época. A sua rapidez e energia empurraram as forças de Abd el-Kader de um lugar para outro, enquanto a devoção da base a "Père Bugeaud" permitiu que ele levasse tudo diante dele para a ação. Em 1842, ele garantiu as posições Francesas ao empreender a construção de estradas. Em 1843, Bugeaud foi nomeado marechal da França, e neste e no ano seguinte ele continuou as suas operações com sucesso invariável. A sua grande vitória de Isly em 14 de Agosto de 1844, permitiu-lhe ganhar o título de duque.