International nahm Zaglmair an der U-19 EM 2006 teil, wo er mit Österreich im Halbfinale ausschied. Ein Jahr später spielte er bei der U-20-Fußball-Weltmeisterschaft 2007, wo er mit Österreich als Stammkeeper überraschend auf Platz Vier landete. Er spielte bei vier der sieben Spiele. Zaglmairs Cousin ist der Schweizer Nationalspieler Bernt Haas.