Als Montfort 1263 erneut die Regierung übernahm, löste Despenser zwischen dem 15. und 18. Juli seinen Schwiegervater wieder als Justiciar und als Keeper of the Tower ab. Als der König zu Verhandlungen nach Frankreich reiste, diente Despenser während seiner Abwesenheit vom 23. September bis zum 7. Oktober als Regent von England. Nachdem es Ende Oktober 1263 zu Unruhen in England kam, legte Despenser sein Amt als Justiciar nieder, blieb aber vermutlich Verwalter des Tower. Er gehörte zu den Baronen, die am 13. Dezember zustimmten, einen Schiedsspruch des französischen Königs Ludwig IX. über die Gültigkeit der Provisions of Oxford zu akzeptieren. Als dieser jedoch im Mise of Amiens die Gültigkeit der Provisions verneinte, begann Montfort einen offenen Bürgerkrieg, den Zweiten Krieg der Barone. Despenser führte dabei im März 1264 als Keeper of the Tower einen Mob von Londoner Bürgern, die das Gut von Richard von Cornwall in Isleworth bei London plünderten. Als im April Anhänger der Barone unter der Führung seines Schwagers John fitz John die Häuser der Londoner Juden plünderten und dabei zahlreiche Juden ermordeten, gewährte Despenser den Juden im Tower of London Zuflucht. Am 14. Mai 1264 gehörte Despenser zu den Führern der Rebellenarmee, die das königliche Heer in der Schlacht von Lewes entscheidend schlugen. Dabei nahm er seinen verwundeten Schwiegervater Basset gefangen. Basset blieb in Gefangenschaft der Barone, doch seine Schwiegersöhne sorgten zweifellos dafür, dass er Anfang Juni Wildbret und andere Speisen erhielt. Despenser erreichte auch, dass sein Cousin John Despenser freikam, der Anfang April bei der Eroberung von Northampton in die Gefangenschaft des Königs geraten war.