Im September 1939 begann mit dem deutschen Überfall auf Polen der Zweite Weltkrieg. Im Verlauf des Konflikts wurde die Stadt Warschau Zentrum erbitterter Kämpfe. Die Reste der in der Schlacht an der Bzura geschlagenen polnischen Armee verschanzten sich im Stadtgebiet und verteidigten dieses zäh. Kurz darauf wurde Warschau von deutschen Truppen vollständig eingeschlossen, nachdem diese die Front am Narew durchbrochen hatten und nun auch im Osten vor Warschau standen. Während dieser schweren Kämpfe wurde das Stadtgebiet von Warschau, insbesondere die Außenbezirke, sowohl von deutscher Artillerie beschossen als auch aus der Luft bombardiert. Hierbei fanden weit mehr als zehntausend Zivilisten den Tod. Bei der deutschen Belagerung von Warschau verlor die Stadt rund 10 % ihrer Bebauung, das zerbombte Warschauer Königsschloss brannte aus. Am 28. September 1939 musste Warschau kapitulieren und wurde von deutschen Truppen besetzt. Der Stadtpräsident Stefan Starzyński wurde von der Gestapo verhaftet und 1943 im KZ Dachau ermordet.