Heindahl bestritt am 24. September 2010 ihr Länderspieldebüt für die dänische Nationalmannschaft gegen die Türkei. Nachdem Heindahl am 22. April 2011 ihr fünftes Länderspiel bestritt, wurde sie nicht mehr für die Nationalmannschaft berücksichtigt. Erst am 15. Juni 2014 lief sie zum sechsten Mal im dänischen Nationaldress auf. Ihr erstes Großturnier mit der dänischen Nationalmannschaft war die Europameisterschaft 2016, das Dänemark mit dem vierten Platz abschloss. Im Turnierverlauf erzielte die Heindahl sechs Treffer in acht Spielen. Ein Jahr später nahm sie die Weltmeisterschaft in Deutschland teil. Bei der Europameisterschaft 2020 belegte sie mit Dänemark den vierten Platz. Im Turnierverlauf erzielte sie sechs Treffer.