Mit Ausbruch des Ersten Weltkriegs machte sein Regiment mobil und kam im Verband mit der 22. Division bei der Eroberung von Lüttich zum Einsatz. Hier hatte das Regiment hohe Verluste zu verzeichnen und so wurde Clausius zum Kommandeur des III. Bataillons ernannt, das er dann die kommenden Jahre zunächst an der West-, dann an der Ostfront befehligte. Nach Abschluss der Brussilow-Offensive wurde Clausius unter Beibehaltung als Bataillonskommandeur im Winter 1916/17 zum Leiter der deutsch-österreichischen Feldkriegsschule an der Ostfront ernannt. Anschließend verlegte er mit seinem Regiment wieder an die Westfront. Hier wurde er am 21. April 1918 zum Regimentskommandeur ernannt. Während der Abwehrkämpfe zwischen Cambrai und St. Quentin im Spätsommer und Herbst 1918 konnte sich Clausius mit seinem Regiment besonders bewähren, wofür er in Würdigung seiner Leistungen am 15. Oktober 1918 mit der höchsten preußischen Tapferkeitsauszeichnung, dem Pour le Mérite ausgezeichnet wurde.