ב-3 בינואר 2009 הודיע שר הביטחון של ישראל על הטלת סגר על עזה עד למרחק 20 מייל מהחוף (סגר שהיה תקף למעשה עוד קודם לכן) ובהתאם להוראות סעיפים 93 ו-94, פורסמה על ידי רשות הספנות הודעה לימאים (Notice to Mariners), בדבר הטלת הסגר. בהודעה זו נמסר מועד תחילת הסגר וגבולותיו הגאוגרפיים (תוך ציון הקואורדינטות התוחמות את האזור הסגור) אך ללא ציון משכו. הוויכוח על חוקיות הסגר מתייחס להתאמה או לאי ההתאמה של פעולות ישראל למגבלות של אמנת סן רמו. ועדת טירקל לבדיקת אירועי המשט לעזה ייחסה משקל רב להוראות האמנה (המדריך): הוועדה הצדיקה את עצירת המשט לעזה ב-2010 בהיתר שנותנת אמנת סן רמו לכפיית מצור צבאי. ועדת הבדיקה של מועצת האומות המאוחדות לזכויות אדם קבעה לעומת זאת כי עצם המצור הימי על עזה אינו חוקי משום שהוא עונש קולקטיבי על האוכלוסייה ומפר את הוראות סעיפים 102 ו-103 לאמנה. לפי דו"ח עמותת גישה הסגר מפר את הסעיפים ההומניטרים שבאמנת סן רמו משום שההגבלות הנוקשות על היבוא גרמו, בתקופות שונות, למחסור חמור במוצרי יסוד ובמוצרים חיוניים אחרים בעזה, שאיים על בריאותם של תושבי הרצועה. בנוסף, ספינות סיוע לעזה נעצרו והורחקו כבר בדצמבר 2008 לפני ההכרזה על המצור בינואר 2009, בסתירה לדרישה שבסעיף 93. בניגוד לאמור בסעיף 94 לאמנה, ישראל לא הגבילה את משכו של הסגר; הפרקליטות הצבאית מסבירה זאת בכך שהסגר לא הפסיק סחר ימי קודם ולכן אין צורך ב"תיאום ציפיות" עם צדדים נייטרלים: