En febrero de 2009 se incorpora a la Universidad de Chile, firmando un contrato por seis meses. En la "U" coincide con el entrenador Sergio Markarián, quien lo dirigió en la selección paraguaya en el proceso de clasificación a la Copa del Mundo de 2002. Se coronó campeón del Apertura con la Universidad de Chile en julio de 2009. Cuevas dejó el club en julio, tras un paso marcado por la irregularidad y sin cumplir con las expectativas de hinchas y dirigentes. y en 2016 se fue al Barcelona de ecuador.