Nel 2000 la BAR cambiò motorizzazione, passando alla casa giapponese Honda; il nuovo propulsore e una migliorata affidabilità risollevarono le prestazioni del team. La stagione risultò subito migliore della precedente, infatti, dopo un anno di attesa, nella prima gara del campionato Villeneuve rivide la zona punti giungendo al quarto posto. Emulò tale risultato in altre tre occasioni (Francia, Austria e Stati Uniti) e sfiorò il podio a Monza dove fu costretto al ritiro per problemi al propulsore e in occasione del Gran Premio degli Stati Uniti, dove intraprese una lunga lotta con Frentzen, che riuscì infine a precederlo. In totale raccolse punti in sette differenti occasioni, che gli permisero di classificarsi a fine stagione al settimo posto in classifica mondiale con 17 punti totali. Il bilancio complessivo fu quasi sorprendente se comparato con quello dell'anno precedente e il team registrò un deciso balzo in avanti giungendo quinto nel mondiale costruttori.