Trebinje a fost cel mai mare oraș din estul Herțegovinei, deținut de sârbi, în timpul războiului din Bosnia. Acesta a fost controlat de forțele sârbe bosniace începând cu toamna anului 1991 și a fost folosit ca bază principală de comandă și de artilerie de trupele armatei populare iugoslave (JNA) care au asediat orașul croat Dubrovnik. În 1992, Trebinje a fost declarată capitală a autoproclamatei Regiuni Autonome Sârbe din Herțegovina (în ). Locuitorii bosniaci au fost ulterior obligați să lupte de partea armatei populare iugoslave și, cei care au refuzat, au fost executați și astfel mulți bosniaci au fugit din regiune. Zece dintre moscheile orașului au fost distruse complet în timpul războiului.