Ještě týž den, kdy Rakousko-Uhersko vyhlásilo válku Srbsku, 28. července 1914, byl Janowitz mobilizován a 17. srpna spolu s ostatními odvelen na východní frontu. V listopadu tu onemocněl uplavicí a střídavě pobýval v pražském špitále a v Poděbradech. Potom byl opět povolán jako velitel čety na tyrolskou alpskou frontu, kde se v letech 1915–1917 zúčastnil rakouské ofenzívy v Jižním Tyrolsku. Osudnou se mu stala tzv. 12. bitva na Soči, během níž byl 24. října 1917 při zteči na hoře Rombon zasažen dvěma kulkami do prsou. Franz Janowitz zemřel v polní nemocnici poblíž slovinské vesnice Mittel-Breth (dnešní Log pod Mangartom) 4. listopadu 1917. Když Karl Kraus obdržel zprávu o jeho smrti, napsal Sidonii Nádherné: „Franz Janowitz, jeden ze světlých bodů mého života, vyhasl.“