La première victoire des bhoutanais a lieu au stade Changlimithang de Thimphou le , jour de la finale de la Coupe du monde. Ils prennent part à une rencontre opposant les deux dernières équipes du classement mondial de la FIFA. Le Bhoutan, alors , est opposé à Montserrat, classé et dernier. Les bhoutanais, entraînés par le néerlandais Arie Schans, s'imposent sur le score de quatre buts à zéro, grâce notamment à un hat-trick de leur capitaine Wangyel Dorji. Ce match a fait l'objet d'un documentaire de Johan Kramer, intitulé "L'Autre Finale". La victoire de l'histoire de la sélection est obtenue à domicile le contre Guam, sur le score de 6 à 0, dans le cadre des qualifications pour la Coupe d'Asie 2004, en outre elle constitue à ce jour le plus large succès de l'histoire du pays. L'équipe du Bhoutan dispute la coupe d'Asie du Sud de football depuis 2003 et l'AFC Challenge Cup depuis la première édition, qui s'est tenue en 2006. Trois matchs amicaux contre l'équipe des Îles Marshall et du Tibet a vu le Bhoutan acquérir deux victoires et un match nul.