Avec le traité de Campo-Formio (vendémiaire an , ), la France a réglé le problème autrichien. Cependant, la Grande-Bretagne continue à se dresser contre elle, et la handicape, notamment sur mer (la flotte française étant réduite) et dans ses colonies des Antilles. Le Directoire envisage dans un premier temps de confier à Bonaparte une invasion des îles Britanniques, mais celui-ci rend son rapport le , déclarant le projet irréalisable. Il est alors décidé de se tourner vers les positions anglaises en Orient. La campagne d'Égypte qui s'ensuit continue d'accroître la gloire du général Bonaparte. Parti de Toulon en (floréal an ), il débarque à Alexandrie le et remporte le 21 la bataille des Pyramides (3 thermidor an ), qui contribue à la symbolique de la légende napoléonienne. Cependant, au moment où la France assoit sa domination en Égypte, ses armées s'y retrouvent prisonnières, leur flotte ayant été détruite lors de la bataille d'Aboukir. Dans la foulée, Bonaparte tente de détruire le blocus en lançant une expédition en Syrie, mais l'échec du siège de Saint-Jean-d'Acre, en , vient mettre un terme à cette tentative. Le Directoire l'ayant laissé libre de céder le commandement quand il le jugerait utile, Bonaparte se fait remplacer par Kléber et repart pour la France le suivant, et évite ainsi d'être lié à l'échec final de la campagne.