Das Nikolaifleet ist dem Tidenhub der Elbe ausgesetzt und fällt bei Ebbe teilweise trocken. Nach der Sturmflut von 1962 wurde südlich der Hohen Brücke ein kleines Sperrwerk errichtet, das im Falle von Sturmfluten geschlossen werden kann. Ein Wehr zwischen dem Nikolaifleet und dem Mönkedammfleet riegelt den Tidenhub zu den übrigen Fleeten der Innenstadt ab.