Nachdem Manasija 1444 an Đurađ Branković zurückgefallen war, eroberte Sultan Mehmed II. Fatih die Stadt im Gefolge der Belgrader Kampagne 1456. Nachdem die Osmanen vor Belgrad zurückgeschlagen worden waren, verließen sie auch das strategisch wichtige Manasija. Am 10. Mai 1458 wurde Manasija schließlich an Mehmed-Pascha Anđelković übergeben. Während der osmanischen Herrschaft war im Kloster eine kleinere türkische Militäreinheit stationiert. 1689 eroberten die Österreicher die Klosteranlage. Zu dieser Zeit hatte Manasija jedoch schon jede strategische Bedeutung verloren. Von 1718 bis 1739 unterhielten die Österreicher eine Militäreinheit in der Festung. Außerhalb der eigentlichen Klosteranlage errichteten sie dafür eine Kaserne.