Pada 1996, ketegangan dari Perang Saudara Rwanda sekaligus genosidanya menerobos perbatasan Zaire (lihat Sejarah Rwanda). Pasukan milisi Hutu Rwanda (Interahamwe), yang mengungsi dari Rwanda setelah naiknya pemerintahan RPF, telah memanfaatkan kamp-kamp pengungsi Hutu di timur Zaire sebagai basis pergerakan masuk Rwanda. Pasukan milisi Hutu ini kemudian bersekutu dengan the Angkatan Bersenjata Zaire (FAZ) untuk melancarkan kampanye terhadap etnis Tutsi Kongo di Zaire timur yang dikenal sebagai Banyamulenge. Sebaliknya, Tutsi Zaire membentuk milisi untuk melindungi diri mereka. Ketika pemerintah Zaire mulai meningkatkan pembantaian massalnya pada November 1996, milisi Tutsi melakukan pemberontakan melawan Mobutu dan memulai Perang Kongo Pertama.