מלחמת העולם השנייה החלה בספטמבר 1939. הולנד נכבשה על ידי גרמניה במאי 1940. הוועדה המשיכה בעבודתה עד שגרמניה הנאצית סגרה אותה במרץ 1941. אחת המטרות העיקריות של הוועדה הייתה לעזור לפליטים יהודים להגר. כ־22,000 פליטים עזבו את יבשת אירופה בעזרת הוועדה. כך נמלטו פליטים אלה נמלטו מרצח בשואה. כ-100,000 יהודים מהולנד גורשו ונספו במהלך הכיבוש הגרמני שהתקיים עד 1945.