En 2017, Wagner est appelé par Joachim Löw à participer à la Coupe des Confédérations en Russie. C'est lors des matchs de préparation que Wagner dispute son premier match avec l'Allemagne le face au Danemark. L'attaquant bavarois joue un seul match lors du tournoi, face à l'Australie (victoire 3-2), et remporte la coupe avec l'Allemagne.