La stagione seguente vince il suo primo trofeo come professionista, la Supercoppa italiana 2016, nella partita vinta ai rigori contro la Juventus il 23 dicembre 2016 a Doha. In questa occasione indossa anche la fascia di capitano dopo l'uscita dal campo di Abate. La stagione termina con il 6º posto, che dopo 3 anni permette al Milan di qualificarsi per le coppe europee.