בשנת 1989 חזר לפעילות בחפירות ארכאולוגיות שכולן התרכזו בירושלים. תחילה חפר באזור ממילא הסמוך לשער יפו של העיר העתיקה, בו חשף קברים מתקופת ברזל II ומהתקופה הביזנטית, ובהם קבר האחים מימי הטבח שערכו הפרסים הססאנים בנוצרים (שנת 614), רובע שמחוץ לחומות העיר מן התקופה הביזנטית, וקטע מחומת העיר האיובית. בשנים 1994–1996 חשף יחד עם יעקב ביליג קטע מן הרחוב ההרודיאני הסמוך להר הבית ולקשת רובינסון, עם יובל ברוך חפר באזור ליד שער חולדה המזרחי של הר הבית.