L'anomenada Gran Guerra turca (1683-1699) deixà molt debilitada l'economia de Bòsnia, que rebé un gran nombre de refugiats provinents de les zones que ocupaven els Habsburg. Guerres posteriors, les plagues de començaments de 1730s empobriren més el país, que havia esdevingut la província més occidental de l'imperi otomà. El creixement del comerç exterior al llarg del suposà un trasbals en l'equilibri sobre el que se sustentava la societat otomana, notables i terratinents locals augmentaren la seva influència i debilitaren el poder central otomà. El creixement de les exportacions agrícoles però no derivà en una transformació a l'agricultura intensiva massiva, per les característiques de la petita propietat de la terra, les dificultats del terreny i el sistema feudal otomà que permetia als senyors locals apropiar-se de part de les collites dels pagesos dedicats bàsicament a la subsistència, però sense generar prou excedents per a una transformació agrícola. El país visqué diverses revoltes fins que el 1878 el Tractat de Berlín va fer que Bòsnia i Hercegovina quedés nominalment sota la sobirania de l'Imperi Otomà, però va ser cedida de facto a Àustria-Hongria, que se l'annexaria el 1908.