Krzyżanowski wziął udział w wojnie secesyjnej. Walczył w bitwach: pod Cross Keys w Dolinie Shenandoah, w II bitwie pod Bull Run, pod Chancellorsville, pod Gettysburgiem i pod Knoxville. Prezydent Lincoln awansował go 2 marca 1865 roku na generała brygady; poprzednie tymczasowe nominacje w 1862 i w 1863, były odrzucone przez senat USA.