Selama Konflik Gaza 2008-2009, Presiden Indonesia Susilo Bambang Yudhoyono mengatakan bahwa pemerintah Indonesia tetap konsisten dalam mendukung perjuangan rakyat Palestina untuk mempertahankan hak dan kedaulatannya. Dia mengatakan bahwa "Perang habis-habisan Israel terhadap Hamas yang tak seimbang dengan sejumlah besar korban jiwa adalah tragedi kemanusiaan yang tak terlupakan. Kami mengundang semua pihak untuk membantu menghentikan serangan Israel dan kami akan terus mendukung perjuangan Palestina. Indonesia merasa perlu untuk Dewan Keamanan PBB untuk membuat pertemuan formal dan mengeluarkan resolusi untuk memaksa Israel menghentikan agresinya." Setelah bentrokan armada Gaza pada 31 Mei 2010, Presiden Indonesia Susilo Bambang Yudhoyono mengutuk tindakan Israel. Menteri Luar Negeri Marty Natalegawa juga mengutuk tindakan tersebut dan mengatakan bahwa blokade Israel di Gaza merupakan pelanggaran hukum internasional. Selama konflik Israel-Gaza 2014, Pemerintah Indonesia mengutuk agresi militer Israel yang sedang berlangsung di daerah Gaza Palestina, dengan mengatakan bahwa serangan semacam itu dapat merusak kondisi menuju terciptanya perdamaian antara Palestina dan Israel. "Langkah Israel harus ditentang. Sebuah agresi militer yang memperburuk penderitaan yang diderita warga Palestina di Gaza dan Tepi Barat hingga saat ini karena pengepungan yang sebenarnya adalah sebuah 'hukuman kolektif' terhadap rakyat Palestina," kata Menteri Luar Negeri Indonesia Marty Natalegawa. Joko Widodo mengutuk serangan Israel di Gaza pada tahun 2014.