De buurtschap wordt voor het eerst vermeld in 1247. Er was destijds een kerk gewijd aan Sint-Nicolaas. Tijdens het Beleg van Middelburg (1572-1574) aan het begin van de Tachtigjarige Oorlog werd de kerk samen met een deel van het dorpje verwoest. De kerkruïne is tot begin 20e eeuw blijven staan, daarna is ze afgebroken. Boudewijnskerke was een zelfstandig ambacht voordat het bij Zoutelande werd gevoegd. Op 1 juli 1966 werd gemeente Zoutelande door een gemeentefusie opgenomen in de nieuwe gemeente Valkenisse, die op zijn beurt op 1 januari 1997 bij de gemeente Veere werd gevoegd.