Жозеф първоначално е приветстван от испанските франкофили, които вярват, че сътрудничеството с Франция ще доведе до модернизиране на страната и повече свободи. Пример за положителна промяна е премахването на испанската инквизиция. Но френските войски конфискуват и голяма част от обширните имоти на католическата църква. Църкви и метоси са осквернявани, като ги използват за конюшни и казарми, произведения на изкуството се изпращат във Франция. Духовенството и патриотите започват сред населението агитация срещу французите, и след първите репресии по време на Мадридското въстание се разгръща всенародна борба за независимост. Тя се счита от някои историци за една от първите национални войни и в нея за първи път се наблюдава мащабна партизанска война (на испански "guerrilla", което означава „малка война“). Кървавите репресии са изобразени в серия графики от Франсиско Гоя, озаглавена "„Бедствията на войната“"; те не сломяват съпротивата, а напротив. Вместо разпуснатите местни власти населението спонтанно образува хунти – комитети, обединяващи хора от различни социални слоеве. Латиноамериканските колонии отказват да признаят Жозеф и властта в тях е поета от местни правителства, като това дава тласък на борбата им за независимост.