Aufgrund fortwährender Knieprobleme erklärte Florian Eckert am 14. September 2005 seinen Rücktritt als Skirennläufer. Im März 2010 hat er an der Fachhochschule München das Studium der Feinwerktechnik abgeschlossen. Im Organisationskomitee der Alpinen Skiweltmeisterschaft 2011 in Garmisch-Partenkirchen war er Rennleiter für die Herrenwettbewerbe.