Στην β' κατηγορία του πρωταθλήματος Ρωσίας 1995 συμμετείχαν 22 ομάδες και οι πρώτες τρεις λάμβαναν το εισιτήριο για την α' κατηγορία. Μετά από 42 αγωνιστικές, η Ζενίτ Αγίας Πετρούπολης κατέλαβε την τρίτη θέση με 77 βαθμούς και επέστρεψε στην α' κατηγορία του πρωταθλήματος Ρωσίας. Στο Κύπελλο Ρωσίας 1995-96, η Ζενίτ ξεκίνησε με νίκη επί της Τριόν-Βόλγκα Τβερ με σκορ 1-7 στη φάση των 128, ενώ στην επόμενη φάση επικράτησε με σκορ 6-0 εις βάρος της Ντιναμό Βόλογκντα. Ωστόσο, στη φάση των 32, η Ζενίτ ηττήθηκε με σκορ 0-4 από τη μέλλουσα κυπελλούχο Λοκομοτίβ Μόσχας. Στο πρωτάθλημα Ρωσίας 1996 συμμετείχαν 18 ομάδες. Μετά από 34 αγωνιστικές, η Ζενίτ κατέλαβε την 10η θέση με 43 βαθμούς. Στο Κύπελλο Ρωσίας 1996-97, η Ζενίτ ξεκίνησε με νίκη επί της Λοκομοτίβ-Σατούρν Αγίας Πετρούπολης με σκορ 0-1 (παράταση). Στην επόμενη φάση, η Ζενίτ νίκησε με σκορ 5-0 την Ενέργκια-Τεκστίλσικ Κάμισιν, ενώ στη φάση των 16 επικράτησε της Λοκομοτίβ Τσιτά - ο αγώνας έληξε με σκορ 0-0, ωστόσο η Ζενίτ νίκησε στα πέναλτι με σκορ 4-3. Στα προημιτελικά, η Ζενίτ νίκησε τη Σπαρτάκ Μόσχας με σκορ 0-1, ωστόσο, στα ημιτελικά, η Ζενίτ ηττήθηκε από τη Ντιναμό Μόσχας με σκορ 1-0. Στο πρωτάθλημα Ρωσίας 1997, μετά από 34 αγωνιστικές, η Ζενίτ Αγίας Πετρούπολης κατέλαβε την 8η θέση με 49 βαθμούς. Στο Κύπελλο Ρωσίας 1997-98, η Ζενίτ ξεκίνησε με νίκη επί της Σίννικ Γιαροσλάβλ με σκορ 2-3, ωστόσο, στην επόμενη φάση, η Ζενίτ ηττήθηκε με σκορ 3-2 από την ΤΣΣΚΑ Μόσχας.