В 1955 году лейтенант флота Хорхе Анайя участвовал в «Освободительной революции» против правления президента Хуана Доминго Перона. Хорхе Анайя отличился тем, что пытал диссидентов и новых призывников, а в 1962 году был завербован ЦРУ для участия в тайной антикоммунистической программе. В 1964 году командует корветом «Кинг», в 1969 году командовал эсминцем «Росалес». С 1964 по 1967 год служил военным атташе Аргентины в Лондоне, Великобритания. С 1967 по 1970 год командовал фрегатом в период с 1967 по 1970 год, эскадрой эскортных миноносцев с 1970 по 1972 год и эскадрой фрегатов с 1972 по 1974 год. С 1974 по 1976 год был начальником военно-морской полиции и .