Po útoku na budovy Světového obchodního centra a na Pentagon 11. září 2001 označila americká vláda bin Ládina za organizátora celé akce. Spojení bin Ládina s útoky z 11. září proběhlo velice rychle: ještě ten samý den hlavní americká média spekulovala o možnosti jeho zapletení; a podle výpovědi předsedy zpravodajského výboru Senátu Davida Borena, tehdejší šéf CIA, George Tenet, v okamžiku, kdy se (v jeho přítomnosti) dověděl, že Světové obchodní středisko bylo „napadeno“, zareagoval slovy: „Víte, toto má všude na sobě otisky bin Ládina“. Colin Powell den po útocích zahájil rozhovory s Pákistánem s perspektivou jej USA předat.