Napoleon ernannte Abadie am 17. Mai 1810 zum Baron des Kaiserreichs ("Baron d’Empire") und schickte ihn 1812 zur Leitung der Verteidigungsarbeiten der nordspanischen Küstenstadt Santoña, wo General Charles de Lameth den Oberbefehl führte. Dank Abadies Geschick konnten die Franzosen Santoña zwei Jahre lang gegenüber der feindlichen Übermacht behaupten. Zwischenzeitlich wurde er im April 1813 zur Übernahme des Amts des Generalinspekteurs der Genietruppen nach Paris zurückberufen, begab sich dann aber wieder nach Spanien. Er war im März 1814 an der Verteidigung von Paris beteiligt und wurde nach der Restauration von Ludwig XVIII. am 23. August 1814 zum Kommandeur der Ehrenlegion ernannt. Während Napoleons Herrschaft der Hundert Tage (März bis Juni 1815) befehligte er das Geniekorps unter Jean Maximilien Lamarque. Nach der zweiten Restauration durfte er am 6. Oktober 1815 in den Ruhestand treten. Er starb 1820 im Alter von 72 Jahren in Paris und wurde auf dem Friedhof Père Lachaise beigesetzt.