Jinou, ale obdobnou, historii má Záporožské vojsko, které se formovalo v oblasti dnešní Východní Ukrajiny dříve známé jako Divoká pole, ovládané polsko-litevským státem. Záporožci, žijící v oblasti dolního toku Dněpru, od 15. stol. bránili expanzi polských králů, litevských knížat a německých rytířů do ukrajinských stepí. V 16. stol. se stali součástí polsko-litevského státu (Rzeczi Pospolité), kde získali postavení ochránců hranic před Tatary, spojené s rozsáhlými svobodami. Zároveň vznikly oddíly registrovaných kozáků, které od roku 1533 sloužily v armádě polskolitevského státu, o jejich vznik se nejvíce zasadil plukovník Ostap Daszkewicz. Vměšování polské šlechty do pohraničního oblastí Ukrajiny a oklešťování kozáckých privilegií vyvolaly několik povstání, např. povstání Severyna Nalywajka a Hryhorije Lobody z let 1593–1597, které se polským silám ještě podařilo potlačit. nejrozsáhlejší bylo Chmelnického povstání z let 1648–1657, které doprovázely masakry civilistů a skončilo rozdělením Ukrajiny mezi Rusko a polsko-litevský stát. Později proběhla ještě další povstání, např. Petra Dorošenka na konci 17. století nebo Ivana Honty v roce 1768. Kozáci v nich projevili velkou statečnost, ale také nesmírnou brutalitu a krutost, spojenou zejména s masakrováním Židů.