Mas, nessa época, o meia começou a ser questionado por não conseguir se firmar na equipe titular, desempenhando um fraco futebol, assim como todo o time. Foi criticado, vaiado e, para piorar a situação, perdeu uma cobrança na derrota para o Corinthians, nos pênaltis, pelas semifinais do Campeonato Paulista. Menos de duas semanas após a derrota para o Corinthians, o São Paulo, depois de uma campanha cambaleante na fase de grupos, foi eliminado nas oitavas de final da libertadores pelo Atlético Mineiro, com duas derrotas. Pouco mais de dois meses após a eliminação, Ney Franco (com quem Ganso teve um atrito, por considerar que tivera poucas oportunidades para entrar em campo) foi demitido, sendo contratado Paulo Autuori para o seu lugar. No entanto, a má fase do time continuou, ainda mais acentuada, e o São Paulo chegou a ficar catorze partidas sem vencer. Ganso, que no promissor início de 2013 tinha planos de disputar a Copa das Confederações pela Seleção, não teve sequer uma oportunidade para mostrar serviço a Felipão, o então técnico da seleção.