В 1808 році ван дер Капеллен був призначений префектом Фрисландії, а 27 травня 1809 року Людовик I Бонапарт призначив його міністром внутрішніх справ і релігій. В своїх біографічних мемуарах Годерт згадував, що був одним з небагатьох міністрів. хто не боявся проводити відсіч все більш зростаючим вимогам Наполеона. Після захоплення Нідерландів французами він відмовився займати державну посаду і звільнився. Він навіть у вересні 1813 року на деякий час покидає країну і їде до Мангайму, однак повертається, почувши про революцію в Голландії.