Nijazov liittyi vuonna 1962 kommunistipuolueeseen ja nousi ministerineuvoston johtoon vuonna 1985 ja Turkmenistanin SNT:n kommunistisen puolueen ensimmäiseksi sihteeriksi, kun Gorbatšov erotti entisen johtaja Muhammad Gapurovin puuvillakauppaan liittyneen korruption vuoksi. Nijazov tuki vuoden 1991 kaappausyritystä Gorbatšovia vastaan ja pysyi maan johdossa Neuvostoliiton hajoamisen jälkeen. Hänestä tuli korkeimman neuvoston puhemies, maan valtiopäämies 13. tammikuuta 1990. Hänet valittiin ilman vastaehdokkaita 27. lokakuuta 1990 maan ensimmäiseksi presidentiksi. Hänen johdollaan Turkmenistan julistautui itsenäiseksi 21. kesäkuuta 1991. Uuden perustuslain jälkeisissä presidentinvaaleissa kesäkuussa 1992 hän sai ilman vastaehdokkaita 99,95 % äänistä. Hänen kauttaan jatkettiin tammikuussa 1994 kansanäänestyksellä vuoteen 2002. Hän oli myös pääministeri ja ainoan sallitun puolueen, entisen kommunistipuolueen, nykyisen demokraattisen puolueen johtaja. Vuoden 1992 presidentinvaalit olivat viimeiset järjestetyt ja 1999 maan parlamentti poisti kausirajoitukset ja elokuussa 2002 julisti hänet elinikäiseksi presidentiksi. Hänelle tehtiin laaja sydänleikkaus Saksassa 1997, mutta hänen terveydentilaansa kuvattiin erinomaiseksi. 25. marraskuuta 2002 häntä vastaan tehtiin murhayritys, joka johti näytösoikeudenkäynteihin ja puhdistuksiin. Vuoden 2004 vaaleissa kaikki ehdokkaat olivat Nijazovin kannattajia.