1998-99 UEFA Şampiyonlar Ligi, Avrupa'nın en üst futbol turnuvasının UEFA Şampiyonlar Ligi adını aldıktan sonraki yedinci sezonu. Final maçında, Manchester United normal süre uzatmalarının son iki dakikasında iki gol bularak, Bayern Münih'i 2-1 mağlup etti ve şampiyonluğa ulaştı.