Po převzetí moci v Československu komunistickou stranou v únoru 1948 a nástupu komunistické totality byl pracovní provoz přesunut do vězeňského zařízení v Pardubicích a ruzyňský areál měl sloužit čistě k internačním účelům, včetně zadržování politicky nepohodlných osob. V roce 1950 byla ve věznici dostavěna hlavní šestipodlažní budova (budova A), jíž byl dokončen komplex objektů kolem vězeňského dvora. Obsahovala 400 cel přizpůsobených požadavků zvláštního oddělení pražské Státní bezpečnosti se speciálním režimem utajení. Stejně tak personální režim podléhal přísnému bezpečnostnímu řádu.