В 1993 году назначен прокурором Московской области, а в октябре 1993 года — начальником следственного управления Генеральной прокуратуры РФ и на этой должности, в частности, руководил расследованием уголовных дел, связанных с «золотом КПСС», роспуском Съезда народных депутатов и Верховного Совета, расстрелом царской семьи, делом «Властилины», захватом заложников в Будённовске.