Fallesen var søn af præsten Lorentz Nikolai Fallesen. Han blev i 1834 privat dimitteret til Universitetet af senere overlærer Krebs, tog 1835 Anden Eksamen, gik på Den Kongelige Militære Højskole og udnævntes 1846 til premierløjtnant i artilleriet. Han deltog med hæder i begge de slesvigske felttog, var med i mange træfninger, fx ved Dybbøl, Isted og Bustrup, og gjorde sig stedse bemærket ved sin koldblodighed og sit mod. Han blev kaptajn 1853 og var ved krigens udbrud 1864 batterichef i Rendsborg. Ved hærreduktionen i foråret 1865 trådte Fallesen, hvis helbred var blevet stærkt nedbrudt under det sidste felttog, ud af aktiv tjeneste, blev medlem af den internationale kommission i anledning af Wienerfredens § 19 (værnepligtsforholdene i Hertugdømmerne) og udnævntes 1866 til oberst og chef for Bornholms Væbning samt udskrivningschef for 6. kreds.