Kuningas solmi Itävallan keisari Frans I:n kanssa puolustusliiton ja liittyi siten vallankumoussotaan Ranskaa vastaan. Tämä sota päättyi Preussin osalta erillisrauhaan Baselissa 1795. Kuningas keskittyi sen jälkeen sotaan Puolaa vastaan. Puolan jaoissa 1795 ja 1795 Preussi sai haltuunsa laajoja alueita.. Fredrik Vilhelmin kuollessa 16. marraskuuta vuonna 1797 Preussi oli silti vararikossa ja sekaannuksen tilassa. Maan armeija oli rappeutunut ja kuningashuone epäsuosittu. Muun muassa kuninkaan Puolan sodat olivat saattaneet talouden huonoon kuntoon. Fredrik Vilhelmiä seurasi kuninkaana hänen poikansa, Fredrik Vilhelm III.