Podczas wojny rosyjsko-japońskiej w latach 1904–1905, „Naniwa” stacjonowała na Cuszimie; wzięła udział w bitwie pod Czemulpo jako okręt flagowy dowódcy japońskiego zespołu kontradmirała Sotokichi Uryū. W starciu pod Ulsan wraz z bliźniaczym „Takachiho” dobiła uszkodzony rosyjski krążownik pancerny „Ruryk”. Przydzielona następnie do Czwartej Flotylli Połączonej Floty, służyła jako flagowiec kontradmirała Uryū i wzięła udział w większości ważnych operacji wojennych, w tym w decydującej bitwie pod Cuszimą, gdzie została ponownie uszkodzona, podczas pierwszego i drugiego dnia bitwy.