Blagòev va néixer el 14 de juny de 1856 al poble de ZagoritxaniNota 1 a la regió de Macedònia, llavors part de l'Imperi Otomà. Durant la seva joventut va ser influenciat per l'atmosfera del Renaixement nacional búlgar. En les seves memòries, escrites l'any 1922, esmenta que va néixer en un poble búlgar pur, rebent una concepció nacional de mans d'agitadors búlgars i, com a resultat, rebent una educació forjada per l'esperit nacionalista. Estudià en escoles de l'Exarcat búlgar d'Istanbul (1873-1874), Adrianòpolis (1874-1875), Gàbrovo (1875 -1876) i Stara Zagora (1876-1877). Com a estudiant a Gàbrovo va donar suport a la causa de la Revolta d'abril i va participar en la seva organització. Durant la Guerra russoturca donà suport a l'Opaltxentsi i a l'exèrcit rus.