חומסקי הוא מבקר עקשן ומתמיד של ממשלת ארצות הברית. בספרו "9-11", סדרת ראיונות בנושא פיגועי 11 בספטמבר, הוא טוען, כפי שטען בעבר, שממשלת ארצות הברית היא המובילה במדינות הטרור בזמנים המודרניים. הוא ביקר את ממשלת ארצות הברית על מעורבותה במלחמת וייטנאם, ובמלחמת הודו–סין; התערבותה במדינות דרום ומרכז אמריקה, ותמיכתה הצבאית בישראל, ערב הסעודית וטורקיה. חומסקי ממקד את הביקורת החריפה ביותר שלו על ידידות רשמיות של ארצות הברית, בזמן שאויבות רשמיות שלה, כברית המועצות לשעבר וצבא צפון וייטנאם, הוא מבקר רק בעקיפין. הוא מסביר זאת על ידי העיקרון הבא: אין שום ערך מוסרי בלשפוט את מעשיהם של אחרים. יותר חשוב להעריך את המוסר של הפעולות שיש לך יכולת להשפיע עליהן במסגרת השיטה הדמוקרטית.