Het olympisch jaar 2016 verliep echter teleurstellend voor Wojciechowski. Op een goed begin, waarbij hij voor het eerst sinds 2011 weer de Poolse indoortitel veroverde en hij zijn nationale outdoortitel wist te prolongeren, volgde een tegenvallend optreden bij de EK in Amsterdam, waar hij met 5,30 niet verder kwam dan een zevende plaats, die hij bovendien met drie andere deelnemers moest delen. Vervolgens slaagde hij er op de Olympische Spelen van 2016 in Rio de Janeiro, die het hoogtepunt van het jaar hadden moeten worden, andermaal niet in, net als vier jaar eerder in Londen, om een topprestatie te leveren; met 5,45 sneuvelde hij al in de kwalificatieronde.