Місцевими установами Башкирського уряду були кантонні (районні) і юртові (волосні) управи, формування яких почалося восени 1917 року. Стосовно радянської влади Башкирський уряд спочатку займав вичікувальну позицію. На підставі постанови Оренбурзького Мусульманського військово-революційного комітету (МВРК), в ніч з 3 на 4 лютого (за новим стилем — з 15 по 16 лютого) 1918 року 7 членів Башкирського уряду і Башкирського центрального шуро (, А. Н. Ягафаров, , А. Валіді, , , І. Саліхов) було заарештовано. Постанову МВРК про арешт тільки заднім числом затвердив Оренбурзький губернський ревком, який повірив наклепу працівників МВРК про спільні нібито діях проти Радянської влади членів Башкирського уряду з отаманом Оренбурзького козачого круга А. В. Дутовим. Після арешту членів Башкирського уряду група башкирської молоді, серед яких окремі активісти молодіжної організації «», утворили новий керівний орган — . В березні 1918 року в Баймаці більшовики  — і . 4 квітня заарештованих членів уряду звільнено під час спільного нальоту башкирів і козаків.