בשנת 2003, שפיכר ערך את הופעת הבכורה שלו בנבחרת שווייץ. בשנת 2004 נכלל שפיכר בסגל השווייצרי ליורו 2004, ושיחק את מלוא הדקות בשלושת המשחקים של שווייץ, שהודחה מהטורניר עם נקודה אחת. בשנת 2006 נכלל שפיכר בסגל השווייצרי למונדיאל 2006, וערך בו הופעה אחת, בניצחון 2-0 על דרום קוריאה בשלב הבתים, בו שיחק 90 דקות. שווייץ ושפיכר העפילו משלב הבתים, והודחו בשמינית הגמר על ידי נבחרת אוקראינה בפנדלים, במשחק בו שפיכר לא שותף. בשנת 2008 שפיכר זומן לסגל השווייצרי ליורו 2008 שנערך בשווייץ, אך לא ערך ולו הופעה אחת בטורניר זה, ממנו הודחה שווייץ בשלב הבתים. בשנת 2010 היה שפיכר מועמד להיכלל בסגל השווייצרי למונדיאל 2010, אך נפצע בברכו לקראת הטורניר, ונופה מהסגל. באותה שנה פרש שפיכר מנבחרת שווייץ, לאחר שערך בשורותיה 46 הופעות.