Houve frequentes episódios de confronto aberto, que resultaram afinal no rompimento de relações diplomáticas, em 3 de janeiro de 1961. O rompimento se deveu a incidentes que incluíram desde os bombardeios da ilha por aviões piratas norte-americanos decolando da Flórida para incendiar canaviais cubanos, até uma desastrada tentativa de invasão da ilha, autorizada por John Kennedy e organizada pela CIA, sob o codinome de "operação Magusto", com a colaboração da Máfia, no episódio que ficou mais conhecido como a "invasão da Baía dos Porcos" (denominada Operação Mongoose, nos planos quasi-terroristas dos militares norte-americanos) ou a Operação Northwoods, de 1962. (Ver também Crise dos mísseis de Cuba).