В самому Азербайджані проти скинутого президента порушили кримінальну справу. У лютому 1994 року Прокуратура Азербайджану видала ордер на його арешт у зв'язку з розслідуванням трагічних подій у січні 1990 року. 12 квітня 1996 року Аяз Муталібов був повторно заарештований у Москві, цього разу на запит Азербайджану, де проти нього було висунуто звинувачення у спробі організації державного перевороту. Однак Генеральна прокуратура Росії відмовила Баку у видачі колишнього президента на підставі недостатності матеріалів звинувачення у злочинах, що йому інкримінувались, після чого Аяза Муталібова в травні того ж року було звільнено.