Sırbistan'da doğmasına rağmen küçük yaşta gittiği Fransa'da yetişip Fransa Hentbol millî takımı formasını giydi.Fransa Hentbol millî takımının en değerli oyuncularından biri olan Karabatić, ilk kez 2002 yılında millî takım formasını giydi ve millî takım formasıyla birçok başarı elde etti.2004 Atina Olimpiyatları'nda 5. oldu.2004 Avrupa Erkekler Hentbol Şampiyonası'nda Fransa Millî Hentbol Takımı 6.oldu.Nikola Karabatic All Star takıma seçildi. 2003 ve 2005 Dünya Erkekler Hentbol Şampiyonaları'nda 3. oldu.İsviçre'de düzenlenen 2006 Avrupa Erkekler Hentbol Şampiyonası'da altın madalya kazandı.2007 Dünya Erkekler Hentbol Şampiyonası'nda All Star takıma seçildi ve aynı yıl dünyanın en iyi hentbolcusu ödülünü aldı. 2008 Avrupa Erkekler Hentbol Şampiyonası'nda 44 golle gol kralı olmayı başardı ve turnuvanın MVP'si oldu. Turnuvayı Fransa Millî Hentbol Takımı 3.lükle bitirdi. 2008 Yaz Olimpiyatları'nda Fransa İzlanda'yı 28-23 yenerek şampiyon olurken Nikola Karabatic 8 golle takımını sırtladı.2009 Dünya Erkekler Hentbol Şampiyonası'nda Fransa şampiyon oldu.Nikola Karabatic All Star takıma seçildi.2010 Avrupa Erkekler Hentbol Şampiyonası'da Fransa Avrupa Şampiyonluğuna uzandı.Nikola Karabatic All Star takıma bu turnuvada da seçildi. 2011 Dünya Erkekler Hentbol Şampiyonası'nda da Fransa rüzgarı devam etti.Fransa bu turnuvada da şampiyon oldu ve Karabatic turnuvanın MVP'si seçildi.2012 Yaz Olimpiyatları'nda Fransa Olimpiyat Şampiyonluğuna uzanırken Nikola Karabatic bunda büyük bir rol oynadı ve All Star takıma seçildi. İspanya'da düzenlenen 2013 Dünya Erkekler Hentbol Şampiyonası'nda Fransa 6. oldu.2014 Avrupa Erkekler Hentbol Şampiyonası'nda Fransa Avrupa Şampiyonluğu'nu kazandı.Nikola Karabatic turnuvanın MVP'si seçildi. Son olarak 2015 Katar Dünya Hentbol Şampiyonası'nda Fransa millî takımı formasıyla bir kez daha kupayı kaldıran Karabatic altın madalyalarına bir yenisini daha ekledi ve şampiyonanın All-Star kadrosuna seçildi.