Першы драўляны касцёл у Ваверцы быў пабудаваны ў 1413 годзе па фундацыі пана Міхала Галгіновіча і першапачаткова асвечаны пад тытулам Найсвяцейшай Тройцы (гэта першае гістарычнае ўзгадванне вёскі ў пісьмовых крыніцах). У 1500 годзе тут вядомыя ўжо дзве парафіі — у Вялікай (Старой) і Малой Вавёрках. Пасля Галгіновічаў вёскай уладарыў Мікалай Юндзіловіч, з 1522 г. — Косцевічы, потым Галеўскія. У 1570 Вавёрка атрымала статус мястэчка Лідскага павета. У сярэдзіне XVІ ст. пры касцёле ў Вялікай Вавёрцы дзейнічалі тры альтарыі. Пры гэтым парафія ў Вялікай Вавёрцы лічылася адной з самых багатых у Віленскай дыяцэзіі, а парафія ў Малой — «убогай». У 1568 г. парафія была пераведзена ў кальвінізм, але з 1648 года, дзякуючы езуітам, якія заснавалі тут сваю місію, зноў стала каталіцкай. Адроджаная святыня была пераасвечана пад тытулам Св. Фрашцішкі. З гэтага часу ў гістарычных дакументах знікаюць звесткі аб парафіі ў Малой Вавёрцы. І мястэчка, і касцёл былі знішчаны падчас вайны 1654-67 гадоў з Масковіяй.