2002년 FIFA 월드컵 아시아 지역 예선 14경기에서 7승 4무 3패를 기록하며 처음으로 승점 20점 고지를 밟았고 2006년 FIFA 월드컵 아시아 지역 예선에서는 16경기 5승 6무 5패를 기록하며 사상 처음으로 플레이오프에 진출하여 트리니다드 토바고를 상대로 원정 1차전에서는 1-1로 비겼으나 홈 2차전에서는 0-1로 석패했고 2010년 FIFA 월드컵 아시아 지역 예선에서는 20경기 7승 7무 6패로 바레인 축구 역사상 월드컵 지역 예선 최다 승점 기록을 경신하며 2회 연속 플레이오프에 진출했으나 오세아니아 지역 예선 1위팀이자 오세아니아의 강호 뉴질랜드와의 플레이오프에서 1·2차전 합계 0-1(1차전 0-0 무, 2차전 0-1 패)로 패하며 또 다시 월드컵 본선 문턱에서 좌절을 맛보았다.