Nach seinem Regierungsantritt setzte Wilhelm V. die gegenreformatorische Politik seines Vaters fort. 1583 besiegelte er in München ein Konkordat, das die erweiterten Kompetenzen des Landesherrn in kirchlichen Fragen regelte. Im selben Jahr schaltete er sich in den Kurkölnischen Krieg ein, nachdem der Kölner Erzbischof Gebhard Truchsess von Waldburg zum Protestantismus übergetreten war. Die Eroberung des Erzbistums durch seinen Bruder Ernst unterstützte er finanziell und mit eigenen Truppen, was den Bayerischen Schuldenberg um weitere 700.000 Gulden anwachsen ließ. Als Ergebnis stellten die Wittelsbacher bis 1761 den Kölner Kurfürsten und Erzbischof. Den ursprünglich überkonfessionellen Landsberger Bund wollte Wilhelm nach dem Konflikt um Köln durch ein rein katholisches Bündnis ersetzen, dies scheiterte damals aber noch an Österreich und Tirol.