Cette année-là, Fox dénonce l'expropriation forcée de terres maori dans la région du Taranaki, qui a déclenché une nouvelle Guerre maori : la première guerre du Taranaki (-). Malgré les railleries de ses détracteurs, Fox n'en est pas devenu pour autant un défenseur des droits des Maori ; il s'oppose simplement à des actes irraisonnés qui ont poussé des Maori à la révolte armée. En , il parvient à fédérer une majorité au Parlement pour contraindre le gouvernement Stafford à démissionner. Il devient ainsi premier ministre pour la deuxième fois - et inclut son ancien adversaire Henry Sewell dans son gouvernement, le nommant membre de la chambre haute, le Conseil législatif. Fox propose un moratoire sur l'achat de terres maori, afin de ne pas enflammer davantage la situation, et l'introduction d'institutions locales pour promouvoir un degré d'autonomie politique maori. Des assemblées maori locales, les "runanga", sont mises en place. Dans le même temps, toutefois, le gouverneur George Grey fait entreprendre la construction d'une route pénétrant la région du Waikato, cœur du mouvement indépendantiste maori du Kingitanga, et envoie des soldats à la frontière des terres de ce mouvement, sans consulter Fox. Une nouvelle guerre maori paraît imminente. Le Parlement se déchire sur les questions de la responsabilité et des coûts de la guerre. Une motion de censure contre le gouvernement Fox en août 1862 divise le Parlement en deux factions de forces strictement égales, avant que le président du Parlement ne débloque cette égalité en votant contre Fox, le contraignant à démissionner. La guerre du Waikato, contre le Kingitanga, éclate en .