Im Herbst 1919 wurde Meinertzhagen zum "Political Officer" für Palästina berufen, ein Amt, in dem er zwischen der britischen Militärregierung unter Allenby und zivilen Stellen vermitteln sollte. Das Zionistische Büro unter Chaim Weizmann hatte seinen Einfluss geltend gemacht, damit Meinertzhagen diesen Posten erhielt. Die Zeit bis 1922 bildet den Höhepunkt in seinem tatsächlichen Einfluss. Im April 1920 kam es während Pessach zu den blutigen Nabi-Musa-Unruhen in Jerusalem. Bei dieser Gelegenheit wurde der Zionistenführer Vladimir Jabotinsky zu einer Gefängnisstrafe von 15 Jahren verurteilt, die auf Intervention von Meinertzhagen aufgehoben wurde. Meinertzhagen beschwerte sich bei Allenby über die antisemitische Haltung zahlreicher britischer Offiziere und beschuldigte sie, den „blutigen Passah“ provoziert zu haben. Im April 1920 umging er den Dienstweg und beschwerte sich direkt bei Außenminister Lord Curzon. Allenby entließ ihn umgehend.