No final do reinado de D. Manuel II, a maioria das estruturas é demolida e construído o Presídio, que após a implantação da república passa a receber presos civis principalmente acusados de crimes políticos. Durante o Estado Novo e até a Revolução de 25 de Abril de 1974, na Casa de Reclusão da Trafaria, estiveram presos vários opositores ao regime civis e militares, nomeadamente os envolvidos no Golpe das Caldas em Março de 1974. Até 1981 o Presídio manteve a sua função militar e em 2000 é adquirido pela Câmara Municipal de Almada.