За вријеме распада Југославије и рата у Босни и Херцеговини, у Братунцу је побијено много Срба од стране муслимана. Међу бројним злочинима истиче се онај извршен у братуначкој основној школи. Такође је извршен велики злочин на верски празник Божић 1993. године у српском селу Кравица. Том приликом је убијено преко 50 цивила, жена, деце и стараца за један дан. Муслиманским снагама је командовао Насер Орић, касније осуђен па ослобођен пред Међународним кривичним трибуналом. Већи део муслиманскиг становништва је током 1992. напустио општину Братунац и прешао на територије под контролом Армије РБиХ, највише у Сребреницу и Тузлу.