Durante los primeros meses de la guerra Galíndez fue testigo de la represión en la retaguardia republicana. El PNV formó en septiembre de 1936 un Comité-Delegación en el Hogar Vasco de Madrid, que se ocupó de proteger a los vascos residentes en la capital de los posibles desmanes que pudieran realizar los milicianos republicanos. Esta organización en la que se integró Galíndez se ocupó preferentemente de dar cobertura y protección a religiosos vascos que vivían en Madrid. Cuando el PNV toma partido decidido por la causa republicana a partir de la concesión de la autonomía al País Vasco en octubre de 1936 Galíndez se presenta como voluntario para luchar en el Frente Norte, pero el PNV había decidido que sus militantes de Madrid formasen una Guardia dedicada a la protección de su sede, de los políticos nacionalistas que estaban en la capital y de dar cobertura a las actividades humanitarias del Comité-Delegación del PNV. Galíndez fue nombrado jefe de esta guardia.