Pendikspor erreichte in der &lt;a href="T%C3%BCrkiye%203.%20Futbol%20Ligi%201997/98"&gt;Drittligasaison 1997/98&lt;/a&gt; die Meisterschaft und damit den ersten Aufstieg der Vereinsgeschichte in die zweithöchste Spielklasse in die 2. Lig. Am 17. August 1999 ereignete sich in der Türkei das Erdbeben von Gölcük. Das Erdbeben hatte neben einer großen Todesopferanzahl auch zur Folge, dass in den betroffenen Provinzen nahezu die gesamte Infrastruktur beschädigt wurde. Durch diese Umstände konnten die Mannschaften Sakaryaspor, Düzcespor ve Darıca Gençlerbirliği, die aus den betroffenen Provinzen kamen, nicht weiter am Spielgeschehen der 2. Lig teilnehmen. Der türkische Fußballverband befreite diese drei Vereine vom weiteren Spielgeschehen und wertete alle restlichen Spiele mit einer 0:3-Niederlage. Die Klubs wurden aber für die kommende Saison in der 2. Lig behalten, sodass statt der betroffenen Mannschaften andere Teams absteigen mussten. Da Pendikspor mit Darıca Gençlerbirliği in einer Gruppe war und sich auf dem drittletzten Tabellenplatz befand musste Pendikspor in die 3. Lig absteigen.