Die Liste der portugiesischen Botschafter in Indonesien listet die Botschafter der Republik Portugal in Indonesien auf. Die beiden Staaten unterhalten seit 1949 diplomatische Beziehungen, die auf die Ankunft der Portugiesischen Seefahrer als erste Europäer im heutigen Indonesien Anfang des 16. Jahrhunderts zurückgehen. Zwischen 1965 und Januar 1975 (Portugiesische Kolonialkriege), und erneut zwischen Dezember 1975 und 1999 (Indonesische Besetzung der ehemaligen portugiesischen Besitzung Osttimor) waren die Beziehungen unterbrochen.