Koruna poté přešla prostřednictvím druhého manželství Leonovy dcery Isabely na jeho rivaly z rodu Hethumidů. V té době původní vlast za Kavkazem dobyli další uchvatitelé, Mongolové. Tento osud se ale Kilíkii vyhnul, protože se Mongolové nikdy nepokusili si ji podrobit. Ba naopak, hethumidští králové navázali s mongolským Ílchanátem přátelské vztahy. Hethumidé vládli až do zavraždění krále Lva V. roku 1341. Poté byl králem zvolen Leonův bratranec Guy de Lusignan, který vládl jako Konstantin IV. Arménský. Dynastie Lusignan byla francouzského původu, se silnou oporou v Kyperském království. Když se Lusignanové chopili moci, pokusili se v Arménii prosadit katolictví. Místní arménští šlechtici tomu byli nakloněni, avšak rolnictvo se postavilo ostře proti. Výsledkem bylo povstání. Neuspělo a království přestalo být arménským. Brzy přestalo existovat úplně, když ho rozvrátili muslimští Mamlúkové (1375). Poslední král Lev VI. zemřel roku 1393 v exilu v Paříži. Poslední nezávislá arménská entita tak byla zničena.Třicet tisíc Arménů pak opustilo kilíckou pevninu a usadilo se na Kypru, kde žili pod francouzskou a poté benátskou vládou až do roku 1489. Arméni, kteří zůstali v Kilíkii, zde zachovávali arménskou populaci až do Arménské genocidy roku 1915. Někteří jejich potomci žijí dodnes v Libanonu a vůbec rozptýleni v celé Arménské diaspoře.