Со своей стороны, Бонапарт, оставив Клебера командовать Александрией и наблюдать за побережьем, форсированным маршем продвинулся к Каиру, бросив учёных в Александрии и Розетте. Переход был трудным, и солдатам часто не хватало воды и еды. Но после нескольких стычек основная часть египетской армии прибыла в Каир, где мамлюки сосредоточились, чтобы остановить французов. 21 июля Бонапарт сокрушил их в битве у пирамид.