Un acuerdo transitorio, firmado en octubre de 1968, implementó una decisión antes de la Independencia de España para ayudar a Guinea Ecuatorial y para el mantenimiento temporal de las fuerzas españolas allí. Una disputa con el presidente Francisco Macías Nguema en 1969 dio lugar a la petición de que todas las tropas españolas salieran de ahí de forma inmediata, junto con un gran número de civiles de la izquierda al mismo tiempo. Las relaciones diplomáticas entre los dos países nunca se rompieron, pero fueron suspendidas por España en marzo de 1977, a raíz de las constantes controversias. Después de la caída de Macías en 1979, el presidente Teodoro Obiang pidió ayuda española, y desde entonces, España ha recuperado influencia en las relaciones diplomáticas de Guinea Ecuatorial. Los dos países firmaron acuerdos permanentes para la cooperación económica y técnica, las concesiones privadas, y las relaciones comerciales. El Presidente Obiang hizo una visita oficial a Madrid en marzo de 2001, y altos funcionarios del Ministerio de Asuntos Exteriores español visitaron Malabo en 2001 también. España mantiene un programa de asistencia bilateral con Guinea Ecuatorial. Algunos elementos de la oposición ecuatoguineana se exiliaron en España causando la molestia del gobierno de Malabo, formando el autodenominado Gobierno de Guinea Ecuatorial en el Exilio.