Португальцы, которые желали взять под свой контроль торговлю пряностями, в 1498 году совершили плавание в Индию; уже в 1509 году португальская экспедиция Диогу Лопиша де Сикейры достигла Малакки, а в 1511 город был взят штурмом войсками Афонсу д’Албукерки. Султан и его сторонники вынуждены были спасаться бегством. Спустя несколько лет представители правящей династии Малакки избрали своим местом пребывания Джохор на крайнем юге полуострова. Тогда на территории Малаккского полуострова сформировалось несколько султанатов, из которых самым могучим стал Джохор.