En 2003, en el Campeonato Mundial de Esquí Alpino de 2003 de St. Moritz, Suiza, Kostelić se encumbró como campeona del mundo en eslalon y en la combinada. A comienzos de 2004, una lesión la llevó a quirófano para practicarle una operación en la rodilla que lo que provocó, de nuevo, una interrupción en su carrera deportiva.