W reprezentacji Urugwaju Eguren zadebiutował 13 lipca 2001 roku w wygranym 1:0 meczu Copa América 2001 z Boliwią. Z Urugwajem zajął 3. miejsce na tym turnieju. W 2010 roku zajął z Urugwajem 4. miejsce w Mistrzostwach Świata w RPA.