Duncker komensi armeijan jälkijoukkoa Suomen sodan aikana 1808–1809 Johan Adam Cronstedtin armeijan perääntyessä Mikkelistä Leppävirran kautta Iisalmeen ja Ouluun maaliskuussa 1808. Pulkkilan taistelun aikana 2. toukokuuta Duncker osoitti sellaista urheutta, että Johan August Sandels antoi hänelle kunniatehtäväksi viedä uutisen voitosta Ruotsin kuninkaalle. Pian tämän jälkeen hänen ylennettiin majuriksi. Kesäkuussa 1808 Dunckerin joukko kaappasi venäläisten suuren huoltokuljetuksen. Koljonvirran taistelussa 27. lokakuuta Dunckerin joukot auttoivat eversti Fahlanderin ja majuri Carl Wilhelm Malmin kanssa Sandelsin alaisuudessa torjumaan ylivoimaisen vihollisen.