Iónske povstanie začalo v roku 499 pred Kr. po prvom obliehaní Naxosu. Vtedy boli Peržania porazení a rebéliu sa im podarilo potlačiť až o 5 rokov neskôr. Perzský kráľ Dareios I. žiadal pomstu a vydal príkaz svojmu loďstvu a armáde pod vedením Datisa a Artaferna k invázii do Grécka. Druhýkrát Peržania obyvateľov Naxosu prekvapili, a tí boli nútení opustiť svoje mesto a utiecť do hôr. Opustené mesto Peržania vyplienili a vypálili.