O Território do Noroeste novamente entrou em revolta em 1885. Muitos métis de Manitoba haviam mudado-se para o território, com as negociações entre grupo e governo a fim de resolverem suas diferenças mostrando-se muito difíceis. Riel estava vivendo em exílio nos Estados Unidos desde 1870, porém retornou para o Canadá com a conivência de Macdonald, que acreditava que ele mostraria-se um líder com quem poderiam negociar. Em vez disso, os métis se rebelaram sob a liderança de Riel na Rebelião de Saskatchewan. O primeiro-ministro suprimiu a revolta com tropas milicianas transportadas por trem, com Riel sendo preso, julgado por traição, condenado e enforcado. Macdonald recusou-se a considerar comutar a sentença de Riel, cuja saúde mental era incerta. O enforcamento foi muito controverso e alienou Quebec dos Conservadores, que logo começaram a se alinhar com os Liberais.