El 13 de maig de 1808 va ser incendiada i espoliada per les tropes franceses durant la guerra de la Independència. Llavors van desaparèixer objectes litúrgics molt preuats, especialment peces d'orfebreria, com és el cas de la custòdia Gòtica procedent de la Seu Vella (Guerau Ferrer, 1515).