Nach dem „Anschluss“ Österreichs 1938 und dem dramatisch ansteigenden Antisemitismus in Mitteleuropa beschloss die Mutter, dass es für ihre Tochter besser wäre, ihre Ausbildung an einer Schule in Paris fortzusetzen, auf der sie lernte, Kleider zu nähen. Ein Jahr später reiste Lilly nach Paris, um Margit zu besuchen. Als sich die Situation in der Tschechoslowakei verschärfte, kehrte sie nach Prag zurück, verkaufte ihre Habseligkeiten und floh schließlich nach der „Zerschlagung der Rest-Tschechei“ mit Sohn Bruno nach Paris. Auf Grund seines Studiums war es Bruno möglich nach England zu emigrieren. Im Mai 1940 erhielt Margits Mutter eine Aufforderung der französischen Polizei, sich in drei Tagen an einem Sammelpunkt einzufinden. Daraufhin kaufte Margit ein Fahrrad, schloss sich den aus Paris Flüchtenden an und gelangte nach Etampes. In einer Schule versammelten sich Flüchtlinge und Margit erfuhr, dass ihre Mutter im Camp de Gurs nahe der spanischen Grenze interniert worden war. Sie fuhr mit dem Fahrrad los, um sie zu suchen, und besorgte sich dann eine Zugkarte nach Salies-de-Béarn, einer Gemeinde in der Nähe von Gurs, wo sich Freunde befanden. Im Chaos nach dem Waffenstillstand zwischen Deutschland und Frankreich im Juni 1940 konnte Lilly aus Gurs flüchten. Mutter und Tochter gelang es, den deutsch besetzten Teil Frankreichs zu verlassen und Marseille zu erreichen. Von dort flohen sie nach Spanien und Portugal. Während ihrer Flucht bekamen sie finanzielle Hilfe von Varian Fry. Von Portugal aus kontaktierte Lilly ihren Sohn Felix in New York, der ihnen bei der Immigration in die USA half. Er bürgte mit einem Affidavit, Mutter und Tochter erhielten Visa für die Einreise in die USA und zogen schließlich zu Felix nach New York. Margits Bruder Paul war nach Australien und ihr Bruder Bruno nach Kanada ausgewandert.