Stuyvesant est à approximativement 400m ou 5 minutes de marche du site où s'élevaient les tours du World Trade Center détruites le 11 septembre 2001. L'école a été évacuée pendant l'attaque. Bien que le nuage de fumée venant du World Trade Center ait totalement envahi le bâtiment, le bâtiment en lui-même n'a subi aucun dommage collatéral. Lorsque les cours reprirent le 21 septembre, les étudiants furent transférés dans les locaux du Brooklyn Technical High School afin que les locaux du lycée continue à servir de base d'opération et de sauvetage des victimes de l'attentat. Cette situation a engendré, au sein du lycée de Brooklyn, de sérieux problèmes de surcapacité des salles de cours, si bien que certains enseignements furent divisés en deux sessions d'élèves afin de faire face à l'afflux d'étudiants. C'est le 9 octobre que la situation redevient normale et que les cours reprennent au sein du lycée Stuyvesant.