Leclerc powrócił do służby wojskowej w Armii Renu. Wysłano go za Ren, do południowo-zachodnich Niemiec z misją szpiegowską, która zakończyła się niepowodzeniem. Prawdopodobnie został zdradzony przez Dietricha, mera Strasburga. W listopadzie 1792 walczył w bitwie pod Jemappes. W lutym 1793 przeniesiono go do Lyonu, do sztabu generalnego świeżo zreorganizowanej Armii Alp. Tam wstąpił do Klubu Centrum. Przybył do Paryża w charakterze specjalnego wysłannika z Lyonu.