Heldigvis for Sovjetunionen var Sjaposjnikov en dygtig militær begavelse og en dygtig administrator. Han kombinerede disse talenter med sin stilling som Stalins fortrolige til at genopbygge den Røde Hærs ledelse efter udrensningerne. "Mozg Armii" var i årtier pligtlæsning for enhver sovjetisk officer. I 1939 tiltrådte Stalin hans plan for en hurtig opbygning af den Røde Hærs styrke. Selv om planen ikke var fuldt implementeret inden den tyske invasion i juni 1941, var man nået så langt, at Sovjetunionen kunne reddes fra en fuldstændig katastrofe.