Urodził się w Strasburgu w czasie pobytu rodziców na emigracji spowodowanej konfederacją barską. Ojcem jego był książę Józef Sapieha – pułkownik husarski i krajczy litewski, a matką była ks. Teofila Strzeżysława z Jabłonowskich. Wczesne dzieciństwo spędził we Francji, gdzie przenieśli się jego rodzice po upadku konfederacji barskiej. Od 1777 mieszkał u ciotki, Anny z Sapiehów Jabłonowskiej, głównie w Siemiatyczach i Kocku, gdzie ujawniły się jego zainteresowania naukowe.