W reprezentacji Szwajcarii Comisetti zadebiutował w 13 marca 1996 roku w zremisowanym 1:1 meczu z Luksemburgiem. W tym samym roku został członkiem kadry na Euro 96. Zagrał tam w dwóch grupowych meczach jako rezerwowy: przegranym 0:2 z Holandią i zremisowanym 1:1 z Anglią. W reprezentacji występował w eliminacjach do MŚ 1998 oraz Euro 2000. Karierę reprezentacyjną zakończył w 2000 roku. W kadrze wystąpił łącznie w 30 meczach i strzelił 4 gole.