Die FRETILIN richtete einen Appell an den Weltsicherheitsrat, aber die internationale Staatengemeinschaft griff nicht ein. Am 28. November erklärte die FRETILIN Osttimor von Portugal für unabhängig, doch bereits am 7. Dezember begann Indonesien offen mit der Invasion Osttimors, wobei das restliche Gebiet Bobonaros zunächst verschont blieb. In Cailaco und in den Nachbarregionen entstanden "bases de apoio", in denen die geflohene Zivilbevölkerung von der Widerstandsbewegung FALINTIL angesiedelt wurde. Zwischen September 1977 und Februar 1978 drang die indonesische Armee auch in das Hinterland von Bobonaro vor. Die Widerstandsbasen wurden zerstört, die Bewohner wurden auseinandergetrieben oder gefangen genommen. Während der Besatzung und dem damit verbundenen Guerillakrieg der Timoresen kam es zu massiven Menschenrechtsverletzungen. In Lolotoe befand sich eines der sogenannten „Rape Houses“, in denen von den Indonesiern Massenvergewaltigungen an Osttimoresinnen begangen wurden.