ポーランド侵攻後、アインザッツグルッペンIVの司令官代理となり、ワルシャワで「政治的に信用のならない者」、すなわちポーランドの知識人、聖職者、ユダヤ人などの銃殺活動に従事した。この活動と並行して1939年10月から1941年3月にかけてワルシャワの保安警察及びSD指揮官に任じられた。1940年1月に親衛隊大佐に昇進している。ワルシャワに在任中、マイジンガーは大量のポーランド人やユダヤ人の虐殺を指揮した。この中には悪名高いAB行動や、1,700人が虐殺されたの森の虐殺も含まれている。