Im anschließenden wieder ausgebrochenen Krieg gegen die Römer diente Bomilkar als Feldherr und kommandierte 108 v. Chr. in der Schlacht am Muthul die Kriegselefanten und einen Teil der Fußtruppen. Der in dieser Schlacht siegreiche römische Feldherr Quintus Caecilius Metellus Numidicus versuchte, Bomilkar zum Verrat zu bewegen. Jugurtha ließ sich von Bomilkar zu Friedensverhandlungen überreden, nahm den Krieg aber bald wieder auf. Bomilkar plante einen Anschlag auf Jugurtha, der aber entdeckt wurde; er und seine Mitverschwörer wurden hingerichtet.