Μετά την αποστολή του Απόλων 10, το LC-39B παρέμεινε ως εφεδρικό για την περίπτωση καταστροφής της LC-39A, και χρησιμοποιείται τακτικά, όπως στις τρεις αποστολές του Skylab , την πτήση ASTP, και άλλες. Μετά από την πτήση ASTP, η LC-39B τροποποιήθηκε όπως και η LC-39A, καθυστέρησε όμως για διάφορους τεχνικούς μα και οικονομικούς λόγους έως το 1986, και ατυχώς η πρώτη χρήση της ήταν στην μοιραία αποστολή STS 51-L του Τσάλεντζερ που καταστράφηκε και το πλήρωμα βρήκε μοιραίο θάνατο.