ヤン2世の治世は最初から共和国に近隣諸国が攻め込んでくる時期（大洪水時代）に当たっており、コサックの反乱（フメリニツキーの乱）は一時的に収束したものの、1654年からはロシアに（ロシア・ポーランド戦争）、翌1655年からはスウェーデンに（北方戦争）それぞれ攻め込まれたが、この2国との対立は父と兄の野心的な対外政策への報復として起こったものだった。ポーランド領の大半をスウェーデン軍に占領されたヤン2世はシロンスクに亡命して共和国内の貴族達に抗戦を呼びかけていたが、1660年のスウェーデンとの講和であるオリヴァ条約では、スウェーデン王位に対する要求を放棄することとなり、リヴォニアと都市リガがスウェーデンの主権下に入ることも認めた。また、ブランデンブルク選帝侯が領する共和国の封土、プロイセン公国が独立することも認めさせられている。