В составе молодёжной сборной Греции Перпероглу выигрывал бронзу на молодёжном чемпионате Европы 2002 года, а также завоевывал в её составе бронзу на молодёжном чемпионате мира 2003. В 2004 году выступал на чемпионате Европы среди игроков не старше 20 лет. В настоящее время - игрок первой сборной Греции. В составе национальной команды завоевал бронзу на Евробаскете 2009. Также выступал на мировом первенстве 2010 года в Турции.