In april 1950 stuurde de centrale regering van de Verenigde Staten van Indonesië ("Repubik Indonesia Serikat"; RIS) troepen naar Celebes (Sulawesi). De bedoeling was op termijn een einde te maken aan de deelstaat Oost-Indonesië. In samenwerking met deelstaat-president Sukawati en kapitein Andi Aziz (ex-KNIL) beraamde Soumokil een militaire coup om te voorkomen dat de troepen aan land zouden gaan. Ook was er een plan voor de proclamatie van een onafhankelijke staat Oost-Indonesië. De coup mislukte, Sukawati ging overstag, beloofde mee te werken aan het creëren een 'eenheidsstaat' en Soumokil week uit naar Ambon. Op 17 augustus 1950 zou president Soekarno inderdaad de RIS (en dus de NIT) opheffen en vervangen door de gecentraliseerde Republiek Indonesië ("Republik Indonesia"; RI). Dit vormde een schending van de kort daarvoor ondertekende overeenkomst van de Rondetafelconferentie, waarin de rechten van de verschillende deelstaten gegarandeerd waren, inclusief het recht om uit de federatie te treden. Met deze opheffing door de regering in Jakarta in zicht, nam Soumokil het initiatief om de deelstaat van de Zuid-Molukken uit de federatie te laten treden. Onder zijn directe invloed riep op 25 april 1950 J.H. Manuhutu waarnemend hoofd van de Daerah Zuid-Molukken, samen met anderen, de onafhankelijke Republiek der Zuid-Molukken uit, met hemzelf als president. Chris Soumokil werd minister van Buitenlandse Zaken. Op 3 mei 1950 volgde Soumokil Manuhutu op als president van de Zuid-Molukse Republiek.