1934年1月31日に竣工し、2月10日に処女航海を行った。日中戦争初期の1937年8月から1938年2月には瑞穂丸とともに陸軍使用船として徴用されたが、高千穂丸はのちに航路に復帰。1941年7月26日、日本の仏印進駐に抗議する形で、いわゆるABCD包囲網が形成。アメリカ、イギリス、オランダとその属領で在外資産凍結を行ったため、海外在留の日本人は総引き揚げのやむなきに到った。9月から11月にかけて日本人引き揚げが行われ、高千穂丸は日昌丸（南洋海運、6,526トン）、富士丸（日本郵船、9,138トン）とともにオランダ領東インド在留の日本人引き揚げ船として活動した。