Sin embargo, estos proyectos de mejora nunca se realizaron. El World Trade Center original fue destruido en la mañana del 11 de septiembre de 2001, cuando secuestradores afiliados a Al-Qaeda hicieron impactar dos Boeing 767 contra el complejo en un acto coordinado de terrorismo. A las 8:46 de la mañana (ET), un grupo de cinco secuestradores hizo impactar el vuelo 11 de American Airlines contra la fachada norte de la Torre Norte. A las 9:03 de la mañana, otro grupo de cinco secuestradores hizo que el vuelo 175 de United Airlines chocara contra la fachada sur de la Torre Sur. Tras arder durante 56 minutos, la Torre Sur se derrumbó a las 9:59. A las 10:28 se derrumbó la Torre Norte, tras arder durante 102 minutos. Los atentados del World Trade Center provocaron la muerte de 2753 personas. El posterior derrumbe causó el fallo de la estructura de varios edificios de los alrededores, y todo el complejo se destruyó rápidamente.