Muitos historiadores criticam Jefferson Davis por sua fraca liderança em tempos de guerra, selecionando amigos pouco capazes para posições de liderança e sua negligência em questões internas. Até perto do fim do conflito, se recusava a apontar um comandante geral para o exército, preferindo ele mesmo ter este título. Ao fim de janeiro de 1865, finalmente o general Robert E. Lee foi apontado para esta posição mas já era tarde demais. Davis acreditava que era necessário defender cada região do território da Confederação com a mesma obstinação. Isso diluiu e drenou os recursos do Sul e deixou vulnerável a coordenação de esforços para fazer avanços contra a União no Teatro de Operações Ocidental. Há controvérsias a respeito de outras decisões estratégicas, como a autorização dada ao general Lee para invadir o norte em 1862 e em 1863. Quando os Confederados foram derrotados praticamente simultaneamente em Vicksburg e em Gettysburg, as tropas da União assumiram o controle do rio Mississippi, dividindo o sul em dois. A culpa de tais derrotas podem ser colocadas nos ombros de Davis e sua recusa de coordenar os esforços militares e criar um departamento de guerra unificado. Havia falhas na coordenação e harmonização dos esforços dos generais e Davis parecia não se importar com isso.