Sinop pysyi Bysantin valtakunnan hallussa aina vuoteen 1204. Neljännen ristiretken jälkeen Paflagoniaan syntyi Trebizondin keisarikunta, jonka hallinto alueella kesti vain kymmenen vuotta, kun vuonna 1214 Rūmin seldžukit valloittivat Paflagonian. Sinopesta tuli itsenäinen emiraatti seldžukkien romahduttua 1301 (kts. Candaroglu). Osmanien hallintaan kaupunki siirtyi vuonna 1458.