En las regiones de Polonia, Eslovenia y Austria, anexionadas por la Alemania nazi, la persecución nazi de la Iglesia era más dura. En Alemania y sus conquistas, las respuestas católicas al nazismo variaron. El nuncio papal en Berlín, Cesare Orsenigo, fue tímido en proteger los crímenes nazis y tuvo simpatías con el fascismo italiano. Los sacerdotes alemanes en general fueron seguidos de cerca y a menudo fueron denunciados, encarcelados o ejecutados, como el sacerdote-filósofo alemán, Alfred Delp. A partir de 1940, los nazis reunieron sacerdotes disidentes en un barracón separado en Dachau, donde el 95 % de los 2720 internos eran católicos (mayoritariamente polacos y 411 alemanes) y 1034 murieron allí. En las zonas polacas anexionadas por la Alemania nazi, los nazis intentaron erradicar la Iglesia y más de 1800 clérigos católicos polacos murieron en campos de concentración; el más famoso de ellos, Maximiliano Kolbe. Muchas monjas sufrieron similar suerte, como la filósofa conversa Edith Stein. Los miembros influyentes de la Resistencia incluían jesuitas del círculo Kreisau y laicos, como los conjurados Claus von Stauffenberg, Jakob Kaiser y Bernhard Letterhaus, cuya fe les inclinó a la resistencia. En otro lugar, la vigorosa resistencia de obispos como Johannes de Jong y Jules Saliège, diplomáticos papales como Angelo Rotta, y monjas como Margit Slachta y Hélène Studler, difiere de la apatía de muchos otros y de la colaboración directa de políticos católicos como Jozef Tiso de Eslovaquia y los nacionalistas fanáticos cruzados. Desde el seno del Vaticano, Hugh O'Flaherty coordinó el rescate de miles de prisioneros de guerra aliados y civiles, incluidos judíos. En contraste, el obispo austríaco Alois Hudal, del Colegio para sacerdotes alemanes en Roma, fue un informante para la inteligencia nazi y, después de la guerra, él y Krunoslav Draganovic del Colegio Croata asistieron a las llamadas "ratlines" facilitando a los nazis fugitivos abandonar Europa.