Нецер је дебитовао за репрезентацију Немачке 9. октобра 1965. против Аустрије. Био је један од кључних играча када је Немачка освојила Европско првенство 1972, док је на Светском првенству 1974. када је Немачка освојила титулу углавном био на клупи за резерве и играо је само 21 минут у утакмици против Источне Немачке. За репрезентацију је играо до 1975. године, укупно је одиграо 37 утакмица и постигао 6 голова.