Хьюджер проявил себя во время мексиканской войны, где служил начальником артиллерии при штабе генерал-майора Уинфилда Скотта. В марте 1847 года он участвовал в осаде Веракруса, за что 29 марта 1847 года получил временное звание майора. 8 сентября получил временное звание подполковника за участие в сражении при Молино-дель-Рей. Хьюджер участвовал в штурме Чапультепека и за храбрость получил временное звание полковника.