Mokoena pelasi kansainvälisellä urallaan 107 ottelua Etelä-Afrikan jalkapallomaajoukkueessa ja teki niissä yhden maalin. Hän on kaikkien aikojen eniten otteluita maansa maajoukkueessa pelannut pelaaja. Hän osallistui joukkueen mukana myös vuoden 2002 maailmanmestaruuskilpailuihin, joissa hän pelasi joukkueensa kaikki kolme ottelua alusta loppuun.