I giallorossi partono bene, esprimendo un calcio offensivo e spettacolare e raggiungendo addirittura il 3º posto nell'ottobre 2004. Nella seconda metà del girone di andata e buona parte di quello del ritorno, le aspettative non si concretizzano. Pur allontanandosi dalle posizioni di vertice della graduatoria, il Lecce chiude all'11º posto e raggiunge un'agevole salvezza, la seconda consecutiva in Serie A, ossia il diritto a disputare il terzo campionato consecutivo nella massima divisione (come avvenne al termine della stagione 1989-1990, quando le annate consecutive del Lecce in A diventarono tre: 1988-1989, 1989-1990 e 1990-1991). Inoltre il club salentino, grazie al suo piazzamento, ottenne la possibilità, poi rifiutata dalla società, di partecipare alla Coppa Intertoto. Alla fine a beneficiarne sarà, a sorpresa, la Lazio, la quale si gioverà delle mancate iscrizioni di e , nonché del rifiuto di squadre che l'avevano preceduta in classifica (tra cui il Lecce). Il 2004-2005 del Lecce è comunque una stagione memorabile, che vede la rivelazione di giovani talenti come Božinov (ceduto a gennaio alla ), Mirko Vučinić (che eguaglia il record di Chevantón, miglior goleador del Lecce in una stagione di Serie A con 19 reti), Cristian Daniel Ledesma, Marco Cassetti (primo calciatore italiano del Lecce convocato nella nazionale italiana), Samuele Dalla Bona ed Erminio Rullo. Il calcio offensivo dell'allenatore boemo produce alcuni paradossi: la difesa giallorossa risulta la più battuta del torneo (73 reti al passivo), ma il Lecce si rivela molto prolifico dal punto di vista offensivo, con il secondo miglior attacco del campionato (66 gol fatti, solo uno in meno rispetto alla Juventus vincitrice del torneo). Si tratta di un record, dato che per la prima volta la squadra con la peggior difesa della Serie A non retrocede.