Cook został usunięty z Foreign Office po wyborach w 2001 r. Otrzymał wówczas stanowiska przewodniczącego Izby Gmin i Lorda Przewodniczącego Rady. Od maja 2001 do kwietnia 2004 był przewodniczącym Partii Europejskich Socjalistów. 17 marca 2003 zrezygnował z funkcji rządowych w proteście przeciwko inwazji na Irak, nie chcąc "przyjmować zbiorowej odpowiedzialności za decyzję o włączeniu Wielkiej Brytanii w działania wojskowe w Iraku, bez międzynarodowej zgody i poparcia narodu". Robin Cook oświadczył: "Al Kaida to propagandowy twór CIA".