La deportazione decretò la definitiva scomparsa della presenza ebraica e a Catania, testimoniata a circa 2000 unità, come per tutto il cosiddetto "Mezzogiorno d'Italia", non rimase alcun Giudeo. Con la confisca dei beni ad essi appartenuti si ottenne un notevole incremento immediato per le ricchezze della Corona, ma ciò causò anche l'ammanco dei ruoli fino a quel tempo assunti dagli Ebrei, tra cui i banchieri e i gabellieri - che altrove avrebbero provveduto a rafforzare l'economia statale, mentre per i dominii spagnoli fu una delle cause di impoverimento e crisi nei secoli XVI e XVII - ovvero gli operatori sanitari e i medici che dovettero essere rimpiazzati da figure provenienti dall'estero. Pure vennero a mancare gli introiti tributi da parte di chi voleva abitare in una città demaniale come lo fu Catania.