Im Jahre 1648, als während der ukrainischen Erhebung gegen die polnische Aristokratie unter Führung des Kosaken Bogdan Chmelnizki in Pogromen über 100.000 Juden in Osteuropa umgebracht wurden, erlebte Schabbtai eine Berufungsvision. Einigen Berichten zufolge erklärte er Freunden, er sei ein Prophet. Zwischen 1651 und 1654 wurde er aus der jüdischen Gemeinde ausgeschlossen und musste Smyrna verlassen. Danach zog er nach Saloniki, wo er ebenfalls ausgewiesen wurde, nachdem er die Gemeinde mit einer Vorführung irritiert hatte, bei der er eine Torarolle unter einem Hochzeitsbaldachin „ehelichte“. Danach lebte er zwischenzeitlich in verschiedenen griechischen Städten. 1658 war Schabbtai in Konstantinopel, wo er weiter die Kabbala studierte und 1659 auch hier ausgewiesen wurde. Er kehrte mit Rabbi David Chabillo, einem Kabbalisten und Gesandten der Jerusalemer Juden, den er in Istanbul kennengelernt hatte, nach Smyrna zurück.