V některých částech města našli archeologové předměty ze 7. a 8. století. Historicky byl Andižan důležitým městem na Hedvábné stezce. Město je možná nejlépe známé jako rodiště Bábura, kterému se po řadě neúspěchů nakonec podařilo položit základ dynastie Mughalů na indickém subkontinentu a který se stal prvním mughalským císařem. Andižan se proslavil také v roce 2005, kdy vládní síly zahájily palbu na protestující a zabily stovky lidí. Tyto události se staly známými jako Masakr v Andižanu.