El cardenal Puljić va dir que abans de la guerra, les relacions amb els musulmans eren molt bones, però que en l'actualitat, la situació s'havia deteriorat. El primer senyal va ser l'arribada d'ajut humanitari dels països àrabs: va ser distribuït només als musulmans, mentre que al mateix temps es prohibia donar-lo als cristians. El 2012 el cardenal advertí sobre la punta de llança del wahhabisme al sud-est d'Europa, especialment a Bòsnia i Hercegovina, senyalant que les autoritats de l'Estat no podien prevenir-ho. Al mateix temps alertà de la discriminació dels catòlics a la societat bosniana, demanant un tracte igual pels catòlics en treball, educació i d'altres àrees. Confirmà que continuaria intentant establir un diàleg i una coexistència pacífica entre cristians i musulmans a Bòsnia i Hercegovina, la qual havia quedat molt malmesa per la guerra.