Am 2. Mai 1862 wurde Ord zum Generalmajor der Freiwilligen befördert und kommandierte die 2. Division der Tennessee-Armee in der ersten Schlacht um Corinth. Obwohl er beim Gefecht an Hatchies Bridge in Mississippi schwer verwundet wurde, nahm er den Dienst beim XIII. Korps des US-Heeres wieder auf, in dem er in der Schlacht um Vicksburg diente. Während der Belagerung von Petersburg führte er das XVIII. Korps und wurde beim Angriff auf Fort Harrison in der Schlacht an Chaffins Farm wiederum verwundet. Im Appomattox-Feldzug kommandierte er die James-Armee. Am 26. Juli 1866 wurde er zum Brigadegeneral der regulären Armee befördert.