Cinque anni dopo Yorck iniziò a farsi un nome come comandante di un reggimento di fanteria leggera, essendo uno dei primi a dare importanza all'allenamento degli schermagliatori. Nel 1805 fu nominato al comando di una brigata di fanteria, e nella disastrosa campagna di Jena giocò un ruolo fondamentale come comandante della retroguardia, soprattutto ad Altenzaun. Fu fatto prigioniero, e ferito gravemente, nell'ultimo scontro dei corpi di Blücher a Lubecca.