Oddone III fu una figura importante all'inizio della Crociata albigese. Dopo che, Filippo II aveva rifiutato di esservi coinvolto, Oddone, con l'appoggio dei vescovi locali e dei suoi vassalli, organizzò la campagna e nel 1209 guidò le forze francesi nella terra dei Catari, come ci conferma la "Histoire généalogique des ducs de Bourgogne de la maison de France". Passata Montpellier, i crociati, il 21 luglio, arrivarono a Béziers, che fu conquistata il giorno dopo e l'intera popolazione (non solo gli albigesi) venne massacrata. Dopo la resa di Narbona Oddone si premurò che sia la città che i cittadini non avessero a subire ritorsioni da parte dei crociati. Il primo agosto fu posto l'assedio a Carcassonne e fu in questa fase che a Oddone venne offerta la nomina a capitano generale dell'esercito crociato contro gli albigesi, per affiancare Arnaud Amaury, alla guida della crociata (la nomina rifiutata, oltre che da Oddone anche dai conti di Nevers e Saint-Pol, fu accettata da Simone di Montfort; alla conquista di Carcassonne Oddone si batté affinché la popolazione fosse risparmiata. Tre giorni dopo questi avvenimenti Oddone prese la via del ritorno in Borgogna.