Als Vorsitzender des Regiments-Soldatenrats nach der Oktoberrevolution wurde er im Januar 1918 Mitglied des Zentralkomitees der KPdSU und war am Aufbau der Roten Armee beteiligt. Fabriciuss übernahm leitende Funktionen in den Militärbezirken Gdow und Pskow und zeichnete sich in Kämpfen gegen die deutsche Armee und die Guerilla-Truppen unter dem Kommando von Stanislaw Bulak-Balachowitsch aus. Als Kommissar der 2. und 10. Schützendivision kämpfte er sodann 1919 im Lettischen Unabhängigkeitskrieg gegen deutsche und bürgerlich lettische Truppen. Nach dem Rückzug aus Lettland führte er im August 1919 eine Abteilung zur Bekämpfung von Kavallerieeinheiten Konstantin Konstantinowitsch Mamontows, die im sowjetischen Hinterland agierten. Als Kommandeur der 48. Brigade (16. Schützen-Division) war er danach an Kampagnen gegen den General Denikin und am Polnisch-Sowjetischen Krieg beteiligt. 1921 nahm er an der blutigen Niederschlagung des Kronstädter Matrosenaufstands teil.