Für die australische A-Nationalmannschaft lief Emerton von 1998 bis 2012 95-mal auf und erzielte dabei 20 Tore. 2000 und 2004 wurde er mit Australien Ozeanienmeister. 2005 gehörte er zu der Mannschaft, die Australien durch den Sieg in den Playoffs gegen Uruguay die erste Teilnahme an einer Fußball-Weltmeisterschaft seit 1974 sicherte. Beim Turnier in Deutschland 2006 erreichten die "Socceroos" erstmals das Achtelfinale einer Weltmeisterschaft. Emerton fehlte jedoch beim Ausscheiden im Achtelfinale gegen die italienische Mannschaft, nachdem er im letzten Gruppenspiel gegen Kroatien kurz vor Spielschluss mit einer gelb-roten Karte vom Platz verwiesen wurde. Vier Jahre später bei der Weltmeisterschaft 2010 in Südafrika stand er erneut in allen drei Gruppenspielen in der Startelf. Australien scheiterte diesmal trotz einer einzigen Niederlage gegen das deutsche Team bereits in der Gruppenphase.