A Bohdan Hmelnickij vezette 1648-as zaporizzsjai felkelés és az ennek nyomán kirobbant kozák-lengyel háború súlyosan érintette a közép- és kelet-ukrajnai zsidóságot. Hmelnickij a zsidókat a lengyelek szövetségesének tekintette, és célul tűzte ki az ukrajnai zsidók likvidálását. A korabeli zsidó feljegyzések szerint a felkelés során mintegy százezer zsidó lelte halálát, és 300 izraelita közösség semmisült meg. A pogromokat túlélő zsidók nyugat felé menekültek. Ekkor jelentek meg Munkácson az első zsidó családok.