Im Jahre 1865 besuchte er Paris, wo ihn die moderne französische Malerei faszinierte. Von März 1867 bis Juli 1868 hielt sich Werner erneut in Paris auf, zunächst als "Beauftragter der Süddeutschen Staaten" für die Weltausstellung 1867, dann als freischaffender Maler. Werner studierte intensiv das Schaffen Jean-Auguste-Dominique Ingres’ und Eugène Delacroixs, besonders aber Ernest Meissoniers und Léon Cogniets, dessen nähere Bekanntschaft er machte. Neben kleineren Werken entstand 1868 das großformatige Historienbild "Die Entführung Heinrich IV. durch Erzbischof Anno von Köln in Kaiserswerth 1062". Auf der Weltausstellung hatte Werner die Gemälde "Konradin von Staufen und Friedrich von Baden" und "Luther vor Cajetan" gezeigt, für die er den Preis der "Michael-Beer-Stiftung" der Berliner Akademie der Künste für Historienmalerei erhalten hatte. Der Preis ermöglichte Werner eine Studienreise nach Italien von November 1868 bis Ende November 1869. In Rom fand er Anschluss an die deutsche Künstlerkolonie, zu der der prominente Anselm Feuerbach gehörte, der Werners Figurenmalerei der folgenden Jahre deutlich beeinflusste.