Bei der Aufstellung der Canadian Expeditionary Force im September 1914 erhielt McNaughton den Posten als Chef seiner mobilgemachten Batterie im Rang eines Majors. Seine Einheit wurde im Herbst 1914 nach England verschifft und stand im Frühjahr 1915 an der Front in Flandern. In der Zweiten Flandernschlacht wurde schwer er am linken Arm verwundet und kehrte erst im Oktober 1915 an die Front zurück. Im Frühjahr 1916 erhielt er in England den Befehl über die 11. Brigade, "Canadian Forces Artillery", mit der er an der Endphase der Schlacht an der Somme teilnahm.