José Mariano permaneceu nas atividades partidárias com a instauração da República, ele era contrário ao regime do segundo presidente republicano, o Marechal Floriano Peixoto. No dia 5 de novembro de 1893 publica na edição do jornal "A Província" um manifesto apoiando a Revolta da Armada, que ocorria no Rio de Janeiro, onde pedia: "É preciso que a nação inteira se levante e faça uma última intimação ao Marechal Floriano Peixoto para que deixe o poder, pelo bem da paz e salvação da República".