В январе 2004 года подписал пятилетний контракт с киевским «Динамо», клуб за него заплатил чуть более 3-х миллионов долларов. Также игроком интересовались немецкий «Байер 04», донецкий «Шахтёр» и два испанских клуба. Селекционеры «Динамо» следили за игрой Клебера в 7-и матчах чемпионат Бразилии и на молодёжном чемпионате мира 2003 в ОАЭ где Бразилия стала чемпионом. В «Динамо» в то время играло двое его соотечественников Алессандро и Диого Ринкон. В «Динамо» Клебер взял 99 номер. В Высшей лиге дебютировал 20 марта 2004 года в выездном матче против полтавской «Ворсклы-Нефтегаз» (1:3), Клебер вышел на 81 минуте вместо Сергея Корниленко. Первый гол за «Динамо» в чемпионате Клебер забил 16 апреля 2004 года в домашнем матче против «Оболони» (2:0), на 42 минуте Клебер забил в ворота Всеволода Романенко.