Avant le début de la saison 2013-2014, Westbrook subit une deuxième intervention chirurgicale au genou droit, ce qui a retardé son retour sur les parquets. Westbrook manque le début de la saison 2013-2014 et, alors qu'il devait manquer les deux premières semaines de compétition, il revient le à l'occasion d'un match contre les Suns de Phoenix, il y marque 21 points et distribue 7 passes décisives dans la victoire du Thunder. Il retrouve progressivement son niveau en marquant notamment 34 points, faisant 5 interceptions, distribuant 7 passes décisives et en inscrivant le tir de la victoire contre les Warriors de Golden State le . Le , il réalise son huitième triple-double en carrière avec 14 points, 13 rebonds et 10 passes décisives lors de la victoire 123 à 94 contre les Knicks de New York. C'est aussi la victoire la plus large dans l'histoire de la NBA le jour de Noël. Le lendemain de son match de Noël, il est annoncé que Westbrook doit subir une opération arthroscopique sur son genou droit et s'absenter des parquets durant deux mois, devant faire l'impasse sur le NBA All-Star Game 2014. Durant cette période, le Thunder réussit à rester compétitif en dépit de son absence et grâce aux individualités de Kevin Durant. Le , Westbrook fait son retour dans l'effectif et dans le cinq majeur. Il joue le reste de la saison sur un temps de jeu limité et ne participe pas au second match lors des back-to-back (deux matches en deux jours).