El militar y exdiputado Cipriano Castro acusaba a Andrade de violar la constitución de 1893, por lo que organizó desde Táchira un levantamiento militar de carácter restaurador junto con Juan Vicente Gómez para derrocarlo. Castro accedió al poder en octubre. Sin embargo, ratificó a algunos ministros del derrotado gobierno, incluyendo en el gabinete a Andueza Palacio. En 1901, fue elegido Presidente por la Asamblea Nacional Constituyente. Al igual que sus antecesores, por su autoritarismo combatió sediciones. La más sobresaliente de estas fue la Revolución Libertadora, que culminó con el triunfo de Castro en 1903, siendo la última de las grandes rebeliones caudillistas. Su gestión siguió el antiimperialismo, negándose a cancelar la deuda con el Reino Unido y Alemania, lo que causó el bloqueo naval que impusieron estos países.