Le , Himmler lui envoie l'ordre de vider le ghetto de Varsovie et ensuite de le raser. Les évacuations commencent mais le ghetto se soulève le . Krüger dirige alors, depuis Cracovie, la répression du soulèvement par Jürgen Stroop et la SS. La résistance polonaise (Armia Krajowa) ordonne la mort de Krüger, mais le , une tentative d'assassinat à Cracovie échoue lorsque deux bombes lancées sur sa voiture ratent leur cible. Le soulèvement est écrasé le : Stroop envoie alors un rapport à Krüger et Himmler intitulé : « Il n'y a plus de quartier juif à Varsovie ».