Ewell va manar amb habilitat una divisió del petit exèrcit que Jackson dirigia durant la Campanya de la Vall, guanyant bastants enfrontaments contra el gran exèrcit de la Unió dels generals de divisió (general major) John C. Frémont, Nathaniel P. Banks, i James Shields: batalla de Front Royal, primera batalla de Winchester, batalla de Cross Keys i batalla de Port Republic. L'exèrcit de Jackson va ser llavors requerit a Richmond per unir-se a Robert E. Lee en la protecció de la capital confederada davant l'atac de l'Exèrcit del Potomac del general de divisió George B. McClellan durant la Campanya de la Península. Ewell va lluitar de manera destacada a la batalla de Gaines 'Mill i a la batalla de Malvern Hill. Després que la Confederació aconseguís vèncer a la Unió a la batalla de Seven Days, el general de divisió John Pope, davant de l'exèrcit de Virgínia, va intentar atacar des del nord, i van enviar a Jackson amb les seves tropes per interceptar-ho. Ewell va derrotar a Banks de nou a la batalla de Cedar Mountain el 9 d'agost i, al cap d'uns dies, després de participar en la incursió a l'estació de Manassas, va lluitar a la Segona Batalla de Bull Run, on va ser ferit a la cama esquerra; com a conseqüència d'aquesta ferida li van haver d'amputar-la per sota del genoll.