Le , alors qu'il sert dans les Balkans, Siegfried Freytag est abattu par la DCA alliée en Grèce. Transporté dans un hôpital d'Athènes, il s'en évade et regagne son unité. De retour à son escadrille, il participe à l'Opération Barbarossa à l'été 1941. Freytag remporte victoire sur victoire contre l’aviation soviétique aux commandes de son Messerschmitt Bf 109 E. En août, il affiche sa et en octobre, la , en novembre, il totalise 26 avions abattus. Freytag est alors décoré de l'Eisernes Kreuz de .