Quand commence la Coupe du monde 1998, Djorkaeff est alors le meilleur buteur des "Bleus" avec seize buts. Toutefois, la question de sa complémentarité avec Zinédine Zidane se pose dans les médias, ce que les deux joueurs réfutent. Devant faire face aux nombreuses critiques émises à son encontre, mais aussi à l'attente énorme de tout un pays, l'équipe de France commence son Mondial le à Marseille face à l'Afrique du Sud. Youri Djorkaeff est titulaire. Elle gagne 3-0. Pour le match suivant contre l'Arabie saoudite, Aimé Jacquet décide de faire souffler Djorkaeff et le laisse sur le banc au coup d'envoi. Il rentre tout de même en fin de partie, le temps de délivrer une talonnade à Bixente Lizarazu, qui marque de près. La troisième rencontre, sans enjeu, a lieu chez lui à Lyon au stade de Gerland, contre le Danemark de Michael Laudrup. Il y inscrit le premier et seul but de sa carrière en Coupe du monde, sur un pénalty tiré sur la droite du gardien Peter Schmeichel. Face au Paraguay en huitième de finale, une de ses frappes passe de peu à côté, mais l'équipe se qualifie tout de même sur un but en or de Laurent Blanc, et affronte l'Italie en quart de finale. Les deux nations ont recours à la séance des tirs au but pour se départager ; Djorkaeff ne tire pas de penalty en estimant que le fait qu'il connaisse le gardien adverse, Gianluca Pagliuca (son coéquipier à l'Inter Milan) ne l'avantagerait pas pour marquer. En demi-finale contre les Croates, il offre le but égalisateur à Lilian Thuram. Il est de nouveau passeur lors de la finale jouée contre le Brésil, puisque c'est lui qui tire le corner sur lequel Zinédine Zidane inscrit le deuxième but du match peu avant la mi-temps. La France l'emporte 3-0 et Youri Djorkaeff soulève la Coupe du monde.