Nella stagione 2008-2009 il Werder Brema, allenato da Thomas Schaaf, concluse la Bundesliga al 10º posto. In Coppa di Germania il Werder Brema vinse la finale con il . In Champions League il Werder Brema venne sorteggiato insieme a , e e si classificò terzo davanti ai ciprioti. In Coppa UEFA il Werder Brema, dopo aver eliminato anche , e , arrivò alla finale di Istanbul con lo , che perse.