Primož Peterka tävlade i 5 skidflygnings-VM. Hans första VM, i Oberstdorf 1998. Han blev nummer 12 i skidflygnings-VM 2002 i Čerťák i Harrachov i Tjeckien. I VM 2004 på hemmaplan i Letalnica i Planica arrangerades lagtävling i skidflygning för första gången. Där blev Peterka och lagkamraterna nummer 6. Individuellt blev Peterka nummer 31. I Kulm i Bad Mitterndorf i Österrike 2006 blev slovenerna nummer fem i lagtävlingen och Peterka blev nummer 31 individuellt. I sitt sista skidflygnings-VM, i Heini Klopfer-backen i Oberstdorf 2008, blev Peterka nummer 28 individuellt och nummer 12 i lagtävlingen.