В апреле 1940 года «Эмиль Бертен» действовал как флагман двух флотилий лидеров и эсминцев в ходе Норвежской кампании. На крейсере держал свой флаг адмирал Дерьен. Вместе с лёгкими кораблями «Эмиль Бертэн» прикрывал конвой с десантом французских альпийских стрелков. 19 апреля 1940 года, находясь в Намсусе, он был повреждён немецкими бомбардировщиками Ju-88. После этого крейсер ремонтировался в Бресте до 21 мая 1940 года. Затем, в мае — июне 1940 года он совершил два рейса через Атлантический океан, вывозя золотой запас Франции в Галифакс. Третий рейс не состоялся из-за капитуляции Франции и «Эмиль Бертен» перешёл в Фор-де-Франс с грузом 254 тонны золота.