Los cruzados denominaron a Barfiliya por el nombre de "Porfylia" o "Porphiria". En la época en la que estuvo bajo control de los cruzados, Barfiliya fue una de las cinco localidades que constituían la diócesis de Lydda. En noviembre de 1136 pasó a pertenecer al prior y a los canónigos de la basílica del Santo Sepulcro. Entre los años 1170 y 1171, el obispo local concedió permiso para construir una iglesia en la localidad, aunque se desconoce si finalmente se llevó a cabo dicha obra. El dominio cruzado sobre la mayor parte de Palestina tocó a su fin tras la victoria de Saladino en la Batalla de los Cuernos de Hattin, en 1187.