Beauregardin viimeinen komennus etelävaltioiden hallitukselta oli Charlestonin satamakaupungin puolustus. Pitkän ajan kuluttua ja konfederaation vaadittua monta kertaa Lincolnia poistamaan unionin joukot etelän maaperältä hän avasi tulen unionin hallussaan pitämään Fort Sumterin linnoitukseen. Tästä alkoi Yhdysvaltain sisällissota, mutta ensimmäisessä laukaustenvaihdossa ei kaatunut kukaan. Beauregard ja kenraali Joseph E. Johnston Virginiasta johtivat konfederaation joukot voittoon ensimmäisessä Bull Runin taistelussa (ensimmäinen Manassas), missä he voittivat Unionin kenraalimajurin Irvin McDowellin, yhden Beauregardin West Pointin luokkatovereista.