Beim „Anschluss“ Österreichs gehörte Berger zum Vorauskommando unter Himmler, das am 12. März 1938 in Wien eintraf. Während der Sudetenkrise im September und Oktober 1938 wurde Berger der Verbindungsoffizier Himmlers zum Führer der Sudetendeutschen, Konrad Henlein und dem Sudetendeutschen Freikorps. Als Verbindungsoffizier sorgte er für die Bewaffnung des Freikorps und war für die Auswahl von Sudetendeutschen als Mitglieder der SS oder der Verfügungstruppe verantwortlich. Nach dem deutschen Überfall auf Polen beauftragte Himmler Berger am 26. September 1939 mit der Aufstellung des Volksdeutschen Selbstschutzes. Diese aus Angehörigen der Deutschen Minderheit in Polen unter Führung der SS gebildeten Einheiten waren an der Ermordung oder Vertreibung tausender polnischer Bürger beteiligt.