В июле 1648 года великий хорунжий коронный Александр Конецпольский, воевода сандомирский князь Владислав Доминик Заславский и великий подчаший коронный Николай Остророг были избраны на сейме коронными региментариями (временными главнокомандующими) польско-шляхетского ополчения в войне против Богдана Хмельницкого. В июле и сентябре 1648 года участвовал в битвах с казацко-крестьянскими войсками под Староконстантиновом и Пилявцами. В январе 1649 года присутствовал при коронации нового польского короля Яна Казимира Вазы. В том же 1649 году Александр Конецпольский, воевода сандомирский Анджей Фирлей и каштелян каменецкий Станислав Лянцкоронский были избраны на новом сейме коронными региментариями. Летом 1649 года Александр Конецпольский был одним из руководителей польского гарнизона в крепости Збаража, осажденной казацко-татарскими войсками Богдана Хмельницкого и крымского хана Ислам-Гирея. В июне-июле 1651 г. в битве по Берестечком командовал полком, затем участвовал в военном походе польской армии под командованием гетманов Николая Потоцкого и Мартына Калиновского вглубь Украины. В 1652 г. за свои военные заслуги получил от сейма во владение каменевское и струмиловское староства. В 1653—1654 гг. Александр Конецпольский участвовал в военных действиях польской армии на Украине.