В начале Великой Отечественной войны полковник Шепетов во главе 96-й горнострелковой дивизии в составе 18-й армии Южного фронта принимал участие в приграничных сражениях в Молдавии. В конце июля — начале августа 1941 года дивизия попала в окружение, но внезапным ударом с тыла овладела станцией Грейгово, пробив тем самым кольцо окружения, и сумела не только сама вырваться из него, но и обеспечила выход других частей 18-й армии. Постановлением СНК СССР от 12 октября 1941 года полковнику Шепетову было присвоено воинское звание генерал-майора.