Emmanuel Mouret wuchs am Boulevard de la Libération im Stadtzentrum von Marseille auf. Sein Großvater betrieb dort ein Geschäft für religiöse Goldschmiedekunst, sein Vater betätigte sich als Kunst- und Antiquitätenhändler. Nach seinem Baccalauréat in Naturwissenschaften am Lycée Thiers zog Mouret nach Paris. Dort erhielt er Schauspielunterricht, übernahm Gelegenheitsjobs beim Film und begann schließlich ein Studium an der Filmhochschule La fémis, wo er erste Kurzfilme realisierte und 1998 mit dem Mittellangfilm "Promène-toi donc tout nu!" seinen Abschluss machte. Wie bei vielen seiner Filme übernahm er in seinem ersten Langfilm, der Filmkomödie "Laissons Lucie faire!" (2000), neben Regie und Drehbuch auch die männliche Hauptrolle. An der Seite von Marie Gillain spielte er dabei einen jungen ungeschickten Mann, der sich zum Geheimagenten ausbilden lässt. Sein nächstes Projekt "Vénus et Fleur" über zwei junge Frauen auf der Suche nach dem idealen Mann, das er erst vier Jahre später realisieren konnte, wurde 2004 bei den 57. Internationalen Filmfestspielen von Cannes im Rahmen der „Quinzaine des Réalisateurs“ gezeigt. In dieser Nebenreihe der Filmfestspiele von Cannes wurde 2006 auch seine Filmkomödie "Tapetenwechsel" vorgestellt.