За національну команду Вегерле виступав на Кубку конфедерацій 1992 і Золотому кубку КОНКАКАФ 1993 років. 8 січня 1994 року Рой отримав травму коліна, але встиг відновитися до домашнього чемпіонату світу, і став одним із ключових футболістів турніру. Він взяв участь у всіх матчах змагання проти збірних Швейцарії, Румунії, Колумбії і Бразилії.