Para 1930 había una crisis interna en el gabinete respecto a la conspiración que buscaba el fin del gobierno de Yrigoyen. Algunos ministros estaban a favor de tomar acciones para desbaratarla, mientras que otros no. El día del golpe de Estado encontró al ministro Ábalos en la Casa Rosada, siendo uno de los que estaban dispuestos a defender al gobierno ante los rebeldes. Pero en otra posición estaban el vicepresidente Enrique Martínez y el ministro del Interior Elpidio González, que para Ábalos no quisieron tomar las medidas necesarias para contener a los rebeldes, a pesar de las precisas instrucciones del enfermo Yrigoyen, que por intermedio de su doctor Osvaldo Meabe hizo llegar a la sede del gobierno, ordenando organizar la defensa y que el partido ocupara la calle. Tras el triunfo del golpe sin resistencia, Ábalos fue despojado no solamente de su cargo ministerial, sino también de sus cargos docentes en la Universidad. Se exilió en Uruguay hasta marzo de 1932.