Alfred Scales effectue tout son service lors de la guerre de Sécession dans l'armée de Virginie du Nord de Robert E. Lee. Peu après l'appel pour des troupes de Washington, il se porte volontaire comme soldat au service de la Caroline du Nord, mais il est élu capitaine de la compagnie H du North Carolina, et est élu pour succéder au général William Dorsey Pender, comme colonel le . Il est engagé à Yorktown et à la bataille de Williamsburg, lors de la campagne de la Péninsule, et lors de la bataille des sept jours près de Richmond. Après Malvern Hill, il s'effondre d'épuisement et frôle la mort. Son supérieur, le brigadier général Samuel Garland, Jr, déclare dans son rapport que Scales est . Il lui faut attendre jusqu'en novembre pour récupérer, donc il manque la seconde bataille de Bull Run et celle d'Antietam, mais il revient à temps pour les batailles de Fredericksburg et de Chancellorsville.