Stoughton, 17 Temmuz 1862'de Yarbay rütbesine terfi etti ve alayın 121 kişiyi ve 15. Virginia Piyadesinin renklerini yakaladığı Crampton's Gap'te eylem gördü. Daha sonra Eylül 1862'de Antietam'da görev yaptı. Kardeşi, Kasım 1862'de Tuğgeneralliğe terfi ettiğinde ve bir tugay komutanı olduğunda, Charles Stoughton alayın komutasını aldı ve Albaylığa terfi etti.