Ranskan tuore tasavalta julisti vuonna 1793 sodan Britannialle ja Hollannille osana Ranskan vallankumoussotia. Nelson lähetettiin viiden vuoden tauon jälkeen Välimerelle turvaamaan Ranskan kaupankäyntiä. Nelson palveli "HMS Agamemnonilla" osallistuessaan 4. heinäkuuta 1794 Korsikan valtaukseen. Hän sai sirpaleita rintaan ja oikeaan silmään, joka sokeutui.