Im Juni 2007 entschied sich Rakitić, für die kroatische Fußballnationalmannschaft zu spielen, was ihm und seiner Familie Beschimpfungen und vereinzelte Morddrohungen aus der Schweiz einbrachte. In Kroatien rief dies ebenfalls ein mediales Echo hervor. Sein Debüt gab er schließlich im EM-Qualifikationsspiel am 8. September 2007 gegen Estland. Vier Tage später, am 12. September 2007, erzielte er beim 6:0 gegen Andorra sein erstes Länderspieltor. Er stand im kroatischen Kader für die EM 2008 in Österreich und der Schweiz, für die EM 2012 in Polen und der Ukraine.