С 1811 года проходил службу при петербургском и кронштадтском портах. В 1812—1814 годах, будучи командиром 32-пушечного фрегата «Полукс», участвовал в Отечественной войне 1812 года и войне с Францией 1813—1814 годов. Осенью 1812 года крейсировал в Балтийском море, в 1813 году перешёл в Англию, где присоединился к русской эскадре, блокирующей (совместно с английским флотом) порты Франции. В 1815 году Бутаков был направлен для прохождения службы в Ригу. С 1816 года командовал гальотом № 5 и «лёгкой» эскадрой, в 1817—1818 годах — гемамом «Торнео», на котором занимал брандвахтенный пост на ревельском рейде. 26 июля 1818 года был произведён в капитаны 2-го ранга.