Au début de la guerre d'Espagne, le rôle des sœurs est très important. En 1808 et 1809, l'hôpital de la capitale aragonaise subit les conséquences du premier siège de Saragosse par les Français, le bâtiment est bombardé. Marie prend soin de placer les malades, qui sont bientôt , dans divers bâtiments officiels et privés en particulier dans la . Elle sauve aussi des objets artistiques et religieux et obtient des subventions auprès du général José de Palafox y Melzi.