Le plus de 94 % des Croates se prononcent par référendum en faveur de la transformation de la Yougoslavie en confédération d'États souverains (proposition slovéno-croate), ou, en cas de refus de Belgrade, de l'indépendance pure et simple de la Croatie. Belgrade ayant rapidement rejeté toute proposition visant à démocratiser la fédération yougoslave, le la Croatie est amenée, tout comme la Slovénie, à déclarer son indépendance. Le gouvernement fédéral yougoslave ne reconnut pas cette déclaration et, au nom de la préservation de l'État fédéral et de la minorité serbe de Croatie, mena une guerre avec l'armée yougoslave et des groupes paramilitaires serbes. La Croatie fut reconnue internationalement le . La nouvelle armée croate mena des opérations contre les forces de la République serbe de Krajina soutenues par l'Armée populaire yougoslave (JNA), notamment en 1995, les opérations Éclair ("Operacija Bljesak") en Slavonie occidentale et l'opération Tempête ("Operacija Oluja") pour reconquérir la République serbe de Krajina. Ces opérations militaires se sont accompagnées de l'exode de , principalement vers la Bosnie-Herzégovine et la Serbie, provoqué par l'évacuation forcée de la population civile ordonnée par les responsables séparatistes croates. La Slavonie orientale et la Syrmie occidentale furent rendues pacifiquement à la souveraineté croate, en 1998.