Im Dreißigjährigen Krieg zogen die Stadt Halle und die Moritzburg immer wieder Truppen an. Im Oktober 1625 besetzte Wallenstein die Stadt und die Festung. Nach der Niederlage von Breitenfeld zog sich Tilly, von den Schweden verfolgt, zunächst in die Moritzburg zurück. Im September 1631 erschien der Schwedische König Gustav Adolf vor Halle und konnte die Stadt und die Moritzburg kampflos für längere Zeit besetzen. Mit dem Frieden von Prag (1635) erkannte der Kaiser den Herzog August von Sachsen-Weißenfels als neuen Erzbischof an. Während einer erneuten Belagerung durch die Schweden brach am 6. Januar 1637 ein Feuer in der Burg aus. Die gesamten oberen Stockwerke der West- und Nordseite sowie die Kapelle wurden zerstört. Die Besatzung kapitulierte daraufhin.