Politisch gehörte Aplerbeck seit dem 12. Jahrhundert zur Grafschaft Mark. Den Grafen von der Mark gelang es, die Lehnschaft vom ursprünglichen Lehnsherren, dem Erzbischof von Köln, durch kriegerische Auseinandersetzungen zu übernehmen. Im 14. Jahrhundert fiel die Grafschaft an die Grafen von Kleve. Während der „Großen Fehde“ zwischen Dortmund und den Grafen von der Mark im 14. Jahrhundert blieb Aplerbeck von Plünderung und Brandschatzung verschont, wurde jedoch wie auch andere Gemeinden von den Dortmundern 1422 auf einem Rachefeldzug verwüstet. Im Dreißigjährigen Krieg zogen auch durch Aplerbeck raubende und plündernde Horden. 1630 wurde der Herr des Hauses Rodenberg, Johann von Voß, gefangen genommen und erst nach Zahlung eines Lösegeldes freigelassen. Aus einem Dokument des Jahres 1652 geht hervor, dass die an der Kirche notwendigen Reparaturen, hervorgerufen durch „Kriegsübel“, mit Geldern aus dem Kirchenfonds durchgeführt wurden. Im 17. Jahrhundert wurde Aplerbeck politisch Brandenburg angeschlossen. Nach der Niederlage Preußens gegen Napoleon wurde die Grafschaft Mark (mit weiteren Gebieten) dem Großherzogtum Berg als Ruhrdepartement angegliedert und unterstand damit französischer Kontrolle. Die Mark wurde 1813 nach den Befreiungskriegen wieder Preußen zugeschlagen und gehörte zum Amt Unna. 1818 wurde Aplerbeck als Bürgermeisterei dem Landkreis Dortmund angegliedert, 1887 dem Landkreis Hörde.