Jernej Damjan startade i sitt första skidflygnings-VM i Kulm i Bad Mitterndorf i Österrike 2006. Där blev han nummer 25 i den individuella tävlingen. I lagtävlingen blev han nummer 5 med slovenska laget. Norge vann före Finland och Tyskland. Under skidflygnings-VM 2008 i Heini Klopfer-backen i Oberstdorf, blev det slovenska laget nummer 12. Österrike vann före Finland och Norge. Slovenien hamnade på platsen efter Sverige. Även i den individuella tävlingen blev Damjan nummer 12.