Friedrich Wilhelm entstammte dem preußischen Zweig des Adelsgeschlechts von Kanitz. Er war der einzige Sohn des kurbrandenburgischen Obristen und Kommandeurs eines Dragonerregiments im Zweiten Nordischen Krieg, Elias von Kanitz (* 1622; † 1674), der 1663 Podangen bei Wormditt erworben hatte, und der Anna Margarethe, geborene Finck von Finckenstein.