Bei der Mobilmachung anlässlich des Deutschen Krieges wurde Hoffbauer 1866 zunächst zur Ersatz-Batterie des 1. Reserve-Feldartillerie-Regiments kommandiert und führte im Mainfeldzug die 12-pfündige-Batterie in den Gefechten bei Hammelburg, Helmstadt und Roßbrunn. Ausgezeichnet mit dem Kronen-Orden IV. Klasse mit Schwertern wurde er nach Kriegsende unter Stellung à la suite seines Regiments als Lehrer an die Kriegsschule nach Erfurt versetzt. Als Hauptmann erfolgte Anfang August 1867 seine Kommandierung zum Großen Generalstab. Unter Belassung in diesem Kommando wurde Hoffbauer Mitte des Monats in die 1. Artillerie-Brigade versetzt und am 25. Februar 1868 zum Batteriechef ernannt. Er blieb aber bis zum 17. April 1869 zum Generalstab kommandiert.