モルドバ政府による「自治地域」の領域は主にドニエストル川の東岸となっており、事実上独立している沿ドニエストル共和国が実効支配に置いている地域と大部分が一致する。しかし沿ドニエストル共和国はドニエストル川西岸の一部地域（モルドバの実効支配下、アネニイ・ノイ県、カウシェニ県、ドゥベサリ県など）にも領有権を主張している。そのため沿ドニエストル共和国はトランスニストリア戦争時に川を越えて自治地域外の西岸都市ベンデルを制圧。一方同じく領有権を主張していたドゥベサリ県は西岸の一部を沿ドニエストル共和国が占領したものの、逆にモルドバが東岸の一部を取り返している。