En 2004, Shane Rufer dirige Onehunga Sports puis, l'équipe des îles Salomon des moins de 20 ans lors du championnat d'Océanie des moins de 20 ans comptant pour les qualifications pour la Coupe du monde des moins de 20 ans. Sous ses ordres, les îles Salomon atteignent la finale de la compétition où elles sont battues trois buts à zéro par l'Australie. Il devient par la suite entraîneur adjoint des YoungHeart Manawatu puis, en 2006, prend en charge l'équipe première jusqu'en 2008.