В основной сборной дебютировал в апреле 1992 года в товарищеском матче СНГ — Англия (вышел вместо Сергея Юрана на 53-й минуте). Уже в своём третьем матче за сборную (и первом — в основном составе) в рамках финального турнира чемпионата Европы 1992 года противостоял в центре поля капитану сборной Нидерландов Рууду Гуллиту и сумел выключить того из игры (матч закончился нулевой ничьей). После матча тренер сборной СНГ Анатолий Бышовец отметил «прекрасный футбол» в исполнении Онопко и голкипера Дмитрия Харина.