Nach ihrer Pause kam Philippot stark zurück wie nie vorher. Häufiger konnte sie sich nun unter den besten platzieren. Auch die Nordischen Skiweltmeisterschaften 2005 in Oberstdorf brachte nun gute Ergebnisse. Über 10 Kilometer wurde sie 15., zusammen mit Aurélie Perrillat-Collomb Sechste im Teamsprint und Neunte mit der Staffel Frankreichs. Nach der WM erreichte sie in Lahti über 10 Kilometer als Drittplatzierte eine erste Podiumsplatzierung. Bei den Olympischen Spielen 2006 von Turin, die in Pragelato Plan ausgetragen wurden, wurde Philippot 20. der Verfolgung, Neunte mit der Staffel und Elfte im 30-Kilometer-Rennen. Nach den Spielen wurde sie in Andermatt erneut Militär-Weltmeisterin über 10 Kilometer. Diesen Wettbewerb gewann sie ein drittes Mal 2007 in Haanja. Wenig zuvor erreichte sie in Lahti bei den Nordischen Skiweltmeisterschaften 2007 keine nennenswerten Resultate. In der Saison &lt;a href="Skilanglauf-Weltcup%202006/07"&gt;2006/07&lt;/a&gt; erreichte sie in Changchun als Zweite hinter Kateřina Neumannová in einem 10-Kilometer-Freistil-Rennen auch ihr bestes Resultat im Weltcup und beendete die &lt;a href="Tour%20de%20Ski%202006/07"&gt;Tour de Ski 2006/07&lt;/a&gt; auf den 12. Platz. Zudem erreichte sie mit Rang 18 in der Gesamtwertung auch ihr bestes Resultat bei dieser Wertung.