Beberapa bulan kemudian, pada bulan September 1975, terjadi perubahan rencana dan operasi rahasia tersebut berubah menjadi invasi besar-besaran. Operasi Komodo berubah menjadi Operasi Seroja dan Rudini kembali mengenakan seragam militernya. Rudini memimpin pasukan yang terdiri dari lulusan AMN tahun 1965 yang belum pernah bertempur. Akibatnya, sekitar 247 anggota Kostrad gugur dan 35 di antaranya tewas pada hari pertama pertempuran.