A principios de su reinado, el país fue visitado nuevamente por la muerte Negra que cobró en 1366 la vida de Helena, la primera esposa de Bagrat. Después fue un aliado del kan de la Horda de Oro, Toqtamish en su guerra con Timur (también conocido como Tamerlán). A finales de otoño de 1386, un enorme ejército de Timur atacó Georgia. Tiflis fue sitiada y tomada el 22 de noviembre de 1386 después de un feroz combate. La ciudad fue saqueada y Bagrat V y su familia fueron encarcelados. Tomando ventaja de este desastre, el duque vasallo Alejandro I de Imericia se proclamó soberano independiente y fue coronado rey de Imericia en el monasterio de Gelati en 1387.