Lors de la Libération de Paris, ce bâtiment est tenu par des FTP, souvent des résistants de la dernière heure (baptisé ironiquement FFS pour « Forces françaises de septembre ») avec à leur tête le capitaine Bernard (René Sentuc) nommé par le colonel Fabien. Le bâtiment sert officiellement, lors de l'Épuration, de centre de répression contre les collaborateurs, mais devient officieusement un centre clandestin de séquestration et d'exécution, où plus de deux cents personnes (comme Jean-Pierre Abel et Madeleine Goa) sont incarcérées et torturées, souvent sur simple dénonciation, entre le et le . Arrêtée par erreur, Madeleine Goa est fusillée dans l'enceinte de l'institut et son corps criblé de balles sera retrouvé abandonné dans la rue par la police ; son mari fut jeté sous un char de la colonne Leclerc. Après enquête, il s'avère qu'ils avaient protégé des résistants et caché des Juifs. Trente-huit personnes détenues dans l'institut sont exécutées sur les bords de la Seine et leurs cadavres sont par la suite repêchés.