На заключному етапі Визвольної війни (1824–1827) супроводжував Іоанна Каподистрію до Греції, де отримав пост військового міністра. Був відданим прибічником свого патрона, а після його вбивства 1831 став членом тимчасового уряду, який працював до сходження на престол короля Оттона I 1833 року. За часів неповноліття короля обіймав посаду таємного радника й посланця в Мадриді й Лісабоні. Метаксас був лідером так званої «Російської партії», найбільш консервативної з трьох, що існували тоді в Греції.