Днешната катедрала е строена в продължение на триста години, като е започната през 1209 година, а шпиловете са завършени едва през 1520 година. Тъй като готическата архитектура се появява през 12 век във Франция, в Германия няма други примери и в началото на строителството германските строители не са запознати със стила. Така те се учат в процеса на работата и напредъкът им може да бъде видян като малки промени в хода на строителството, което започва от олтара в източния край, близо до река Елба, и завършва с върха на кулите. В първите етапи се забелязва силно романско влияние. За разлика от френските готически катедрали, Магдебургската няма типичните летящи контрафорси, поддържащи сетните отвън.