Pertenecía este autor al linaje de los Bernaldo de Quirós —de los más ilustres de Asturias—, en cuyas diversas ramas se repetía mucho el nombre de Francisco. Los frecuentes casos de homonimia han inducido a algunos investigadores a errar su filiación o a tenerla por dudosa. Es importante distinguirle del comediógrafo Francisco Bernardo de Quirós (1580-1668), y de otro militar del mismo nombre (1650-1708), así como del diplomático Francisco Bernardo de Quirós y Valdés, señor de la casa de Figaredo (1644-1709), que durante la guerra de sucesión fue enviado extraordinario de S.M.C. ante los Estados Generales de las Provincias Unidas. Y tampoco se le ha de confundir con Francisco Bernaldo de Quirós y Cienfuegos, IV marqués de Campo Sagrado (1733-1790), ni con su hijo el general de igual nombre y título (1760-1835), que fue de la Junta Central y ministro de la Guerra.