Para mediados del , relatos locales hablan de grupos de familia viviendo en islas El Manzano, Gran Guaiteca y Ascensión, pero no fue hasta el terremoto de Valdivia en 1960 que Melinka y Repollal se consolidan como los principales centros poblados. En 1975, perteneciendo aún a la comuna de Quellón y a la provincia de Chiloé, el archipiélago es traspasado a la nueva XI Región. Y cuatro años después, en 1979, se convierte en la comuna de Guaitecas. La municipalidad se crea en 1980 y un año después entra en funciones su primer alcalde, Jorge E. Moya Delgado, técnico marino de la Pontificia Universidad Católica.