Во время войны в Абхазии в 1992—1993 армяне, жившие в Абхазии первоначально сохраняли нейтралитет, но затем большинство поддержало абхазов, в результате жестокого обращения (грабежи и мародёрство) со стороны грузинских солдат. Всего 1500 армян воевало на стороне Абхазии, составляя четверть абхазской армии, 242 из них были убиты. После войны число армян в Абхазии сократилось, многие уехали в Россию и Армению. Впрочем, отток армян был небольшим относительно бегства грузин, а потому их доля в населении Абхазии продолжала расти, достигнув в постсоветское время 20 % населения. К примеру, в примыкающем к Сочи Гагрском районе доля армян выросла с 29,7% по переписи 1989 года до 44,1% по переписи 2003.