В запланированной битве при Эль-Аламейне Хорроксу было предложено командовать бронетанковым 10-м армейским корпусом. Он отказался, считая, что офицер-кавалерист генерал-майор Герберт Ламсден справится с этой задачей лучше него. Хоррокс так и остался командиром 13-го армейского корпуса и получил задание выполнить отвлекающий манёвр на юг для введения в заблуждение войск гитлеровской коалиции, в то время как главный удар союзников будет нанесён силами 30-го и 10-го армейских корпусов в северном направлении. Монтгомери запретил Хорроксу терять танки, поэтому наступательные операции 13-го корпуса ограничились мелкими рейдами. После имевшей поворотное значение в североафриканском театре боевых действий победы британских войск корпус Хоррокса был отправлен в резерв, а его численность сокращена, в то время как остальные силы восьмой армии преследовали отступавшие войска гитлеровской коалиции. В какой-то момент времени единственной частью под его командованием осталось одно ремонтное подразделение, которое ежедневно очищало поле боя от разбитой техники. Однако после смещения Ламсдена за неудовлетворительные результаты в ходе преследования гитлеровских войск в декабре 1941 года Хоррокс принял командование 10-м армейским корпусом — ударным корпусом авангарда восьмой армии. 31 декабря 1942 года Брайан Хоррокс он был награждён орденом «За выдающиеся заслуги».