Op 9 juli 2006 werd Miranda Boonstra voor de derde maal Nederlands kampioene 3000 m steeple in Amsterdam. In dat jaar deed ze op dit nummer ook mee aan de Europese kampioenschappen. In de voorrondes liep ze een Nederlands record van 9.45,87, maar kwam ten val in de finale.Een kleine twee jaar later, op 31 mei 2008, verbeterde Boonstra in het Belgische Neerpelt haar eigen toptijd uit 2006 met precies drie seconden naar 9.42,87. Met deze prestatie bleef ze echter nog altijd vijf seconden verwijderd van de olympische limiet (9.37,66). In de wedstrijd in Neerpelt finishte Boonstra als negende. Winnares van het sterke deelnemersveld werd de Ethiopische Sofia Assefa in 9.33,65.