Die letzten Jahre seines Lebens wurden zu einem grossen Teil durch die politischen Ereignisse bestimmt. Da Lavater sich kritisch über die Auswirkungen der Französischen Revolution äusserte und auch den Einmarsch der französischen Truppen in die Schweiz stark kritisierte, kam er bei der helvetischen Regierung in den Verdacht eines Einverständnisses mit Russland und Österreich. Am 16. Mai 1799 wurde er verhaftet und nach Basel verschleppt.