1547 wurde Ruf von Heinrich Bullinger verdächtigt, bei den konfessionellen Spannungen (Schmalkaldischer Krieg) in Süddeutschland den Reformierten zu helfen. Zürich konnte seinen reformierten Glaubensbrüdern nicht beistehen, weil es nach der Niederlage bei Kappel keine weitere Auseinandersetzung mit der katholischen Innerschweiz riskieren wollte. Nach der Niederlage gegen Habsburg wurde Konstanz wieder katholisch. Ruf schrieb sein Konstanzerlied.