Den skjøre freden mellom katolikker og protestanter varte ikke. Den neste perioden ble preget først av Motreformasjonen, der katolikkene samlet seg om en nytolkning av religionen der en rekke trekk ble silt ut, mens andre ble forsterket. De fikk støtte blant anent av Filip II av Spania, som var langt mer dogmatisk enn sin far, Karl V av Det tysk-romerske rike. I Frankrike ble religionskrigene spesielt blodige, med kulminasjonen ved Bartolomeusnatten i 1572. I Storbritannia var det imidlertid noe fredeligere under Elizabeth I enn under faren Henrik VIII. Det ble til og med begynnelsen på storhetstiden for dem.