Lene R. Jensen fik sin debut på landsholdet i september 1996, da hun blev skiftet ind i en 7–1 EM-kvalifikations play–off sejr over Portugal. Hun fortsatte med at blive udtaget til landsholdet det næste årti, hvor hun deltog i VM i fodbold for kvinder 1999 og i EM i fodbold for kvinder i 2001 og 2005.