Своим появлением в 1871 году кладбище обязано эпидемии жёлтой лихорадки, когда существующие кладбища не могли справиться с притоком умерших (престижное кладбище Реколета отказалось разрешить захоронение жертв эпидемии). Студенты колледжа Сан-Карлос захватили для этих целей 5 гектаров (12 акров) в соседней области, но в 1886 году городские власти закрыли кладбище. Новое кладбище Ла-Чакарита начало функционировать в 1887 году и получило официальный статус в 1896 году.