В основной состав «Зенита» пробился почти сразу же, уже в 2001 году попав в список 33-х лучших футболистов России. Это ему удавалось 5 лет подряд. Кроме того, в дебютный сезон Кержаков стал бронзовым призёром чемпионата России. В 2002 году был признан лучшим молодым игроком премьер-лиги и принял участие в чемпионате мира в Японии и Корее. В 2003 году Кержаков стал серебряным призёром чемпионата России. В 2004 году забил 18 голов в премьер-лиге, став лучшим бомбардиром турнира. Был одним из лучших игроков клуба в еврокубках. Забил несколько важных мячей, в том числе и испанской «Севилье», которая захотела его приобрести.