Malaysia telah terjejas oleh gempa bumi dan tsunami Lautan Hindi 2004 pada 26 Disember 2004. Walaupun berdekatan dengan pusat gempa bumi, Malaysia terselamat dari kerosakan yang melanda negara-negara beratus kilometer jauhnya. Disebabkan pusat gempa itu berada di pantai barat Sumatera, pulau itu sebahagian besarnya melindungi negara ini daripada kesan buruk paling teruk tsunami tersebut. Kawasan yang paling teruk terjejas di negara ini adalah kawasan pantai utara dan pulau terpencil seperti Pulau Pinang dan Langkawi. Sistem amaran bendera merah yang mudah digunakan oleh anggota penyelamat di pantai di beberapa tempat peranginan di Pulau Pinang telah dikreditkan untuk mengurangkan jumlah kematian.