Vuonna 1997 Nuder aloitti valtiosihteerinä pääministerin kansliassa. Hän toimi tehtävässä vuoteen 2002 asti, jolloin hänestä tuli Göran Perssonin hallituksen koordinaatioministeri. Kun Marita Ulvskog jätti kulttuuriministerin tehtävän syyskuussa 2004, Nuder otti tehtävän väliaikaisesti hoitaakseen. 21. lokakuuta 2004 Persson ilmoitti hallituksensa uudelleenjärjestelyistä ja Nuderista tuli valtiovarainministeri Bosse Ringholmin jälkeen. Nuder aloitti tehtävässä 1. marraskuuta. Hän hoiti valtiovarainministerin tehtävää vuoden 2006 syksyyn saakka, jolloin sosiaalidemokraatit joutuivat oppositioon hävittyään valtiopäivävaaleissa porvaripuolueiden koalitiolle. Nuder toimi valtiopäivien jäsenenä Tukholman läänin vaalipiiristä vuoteen 2009, jolloin hän jätti valtiopäiväpaikkansa kesken kauden.