En juillet 1527, il entre à Rome un mois après le sac et aide les citadins dépouillés par les lansquenets ; il rassemble dans un palais au moins 500 moines et intervient auprès des forces d'occupation pour qu'elles cessent de torturer les habitants et négocie une baisse des rançons demandées. Il fait brûler les vignes du Monte Mario face au pont Milvio, qui appartenaient au pape Clément VII. Il va trouver le pape, qui s'est retranché dans le château Saint-Ange, se réconcilie avec lui et lui propose un accord avec l'empereur. On lui donne en otage le cardinal Franciotto Orsini. Le pape lui confie le commandement de 500 fantassins pour attaquer les Siennois. Il prend par surprise Chiusi et met la ville à sac. Les Siennois envoient leurs propres troupes. Colonna, qui n'a pas eu le temps de s'approvisionner et de réparer les remparts, passe un accord avec les capitaines siennois, notamment Agostino Bardi et convient de leur restituer Chiusi contre 2000 ducats. Il parvient ainsi à quitter le territoire sans combattre. En fin d'année, il envahit Viterbe avec Camillo Colonna et Ottaviano Spiriti, et massacre les partisans guelfes. Il s'empare ensuite du château de Piero (San Michele in Teverina) et en chasse la veuve d'Antonio Baglioni.