Konstantinos Charisis erlernte das Basketballspiel in den Jugendabteilungen des ortsansässigen Basketballklubs in Psychiko. Im Alter von 19 Jahren, zur bereits laufenden Saison 1998/99, unterschrieb Charisis seinen ersten Profivertrag beim Klub Papagou, der damals in der ersten griechischen Basketballliga spielte. In den noch ausstehenden Spielen kam der Neuling nur sporadisch zum Einsatz und beendete seine Rookiesaison mit durchschnittlich 3,0 Punkten, sowie 3,0 Rebounds je Spiel. Zum Ende jener Saison stieg der Klub Papagou in die A2 Ethniki ab. Charisis beschloss damals, den Abstieg nicht mit zu gehen und bewarb sich stattdessen um einen Studienplatz an der Universität von Südkalifornien. Dort studierte er in den folgenden vier Jahren Wirtschaftswissenschaften und spielte für das Basketballteam der Universität, die USC Trojans, im Wettbewerb um die NCAA Division I Basketball Championship mit. Nach Beendigung seines Senior-Jahres wurde er als Absolvent einer Hochschule, automatisch für die NBA-Draft gemeldet. Im Gegensatz zu seinen Landsleuten Sofoklis Schortsanitis und Andreas Glyniadakis, blieb Charisis allerdings ungedraftet. Die damalige 2003er Draft gehört, mit Spieler wie LeBron James, Dwyane Wade, Chris Bosh, Carmelo Anthony, Kirk Hinrich und vielen weiteren, zu den talentreichsten und stärksten Drafts in der Geschichte der NBA.