À la suite de la défaite de Saddam Hussein lors de la première guerre du Golfe, le PDK prend part au soulèvement kurde contre l'armée irakienne. La situation tourne rapidement en défaveur des Kurdes qui sont violemment réprimés. Le Conseil de sécurité de l'ONU vote alors la résolution 688 interdisant à l'aviation irakienne de survoler la et exigeant la fin de la répression contre les Kurdes. S'ouvre alors une période permettant aux Kurdes de former une entité autonome dont l'autorité est partagée entre le PDK de Massoud Barzani et l'Union patriotique du Kurdistan (UPK) de Jalal Talabani. Toutefois, Barzani s'allie ensuite à Saddam Hussein pour neutraliser son rival Talabani.