Учась в Тринити-колледже, в Кембридже, Даниель становится товарищем Ньютона и заботится, чтобы тот не навредил своему здоровью во время экспериментов. Однако чума 1665 года заставляет их разделиться: Ньютон возвращается в семейное поместье, а Даниель в Лондон. Быстро устав от пуританских речей своего отца Дрейка Уотерхауза, он решает посетить преподобного Джона Уилкинса и Роберта Гука в поместье Джона Комстока. Там Даниель участвует во многих экспериментах, включая изучение уменьшения силы тяжести с изменением высоты, переливание крови между собаками и попытки Уилкинса создать философский язык. Однако в какой-то момент Даниель начинает чувствовать отвращение к этим опытам и посещает Ньютона во время его экспериментов с цветами и белым светом. Они пытаются вернуться в Кембридж, но из-за чумы опять вынуждены его покинуть. Даниель возвращается к отцу, но его приход на окраины Лондона совпадает со вторым днём Великого лондонского пожара. Дрейк, охваченный религиозным пылом, умирает на крыше своего дома, когда король взрывает его, чтобы предотвратить дальнейшее распространение огня. Вскоре после смерти Дрейка Ньютон и Даниель возвращаются в Кембридж, где начинают читать лекции.