כאשר פרצה מלחמת צ'צ'ניה הראשונה הוא חזר לצ'צ'ניה. במהלך המלחמה גדלה יחידתו מפלוגה לגדוד והוענק לו העיטור גיבור האומה על ידי הרפובליקה הצ'צ'נית של איצ'קריה. לאחר חתימת הסכם סחב-יורט שסיים את המלחמה ב-1996, והיבחרו של אסלאן מסחאדוב לנשיא צ'צ'ניה בינואר 1997, מונה אומרוב לראש מועצת הביטחון של צ'צ'ניה. ב-1999 הוא הואשם בחטיפתו של גנאדי שפיגון, שליחה של רוסיה לצ'צ'ניה.