La Bastilla participó en numerosas guerras de religión peleadas entre facciones protestantes y católicas con apoyo de aliados extranjeros durante la segunda mitad del siglo XVI. Las tensiones religiosas y políticas en París inicialmente explotaron en el Día de la Barricadas el 12 de mayo de 1588, cuando extremistas católicos se levantaron en contra del relativamente mesurado Enrique III. Después de un día de pelea en toda la capital, Enrique III huyó y la Bastilla se rindió ante Enrique, el y líder de la Liga Católica, quien nombró a Bussy-Leclerc como su nuevo capitán. Enrique III respondió asesinando al Duque y a su hermano más tarde ese año, a raíz de lo cual Bussy-Leclerc usó la Bastilla como base para montar una redada sobre el "Parlement de Paris" arrestando al presidente y otros magistrados, quienes él sospechaba tenían simpatía con la realeza, y los detuvo en la Bastilla. No fueron liberados hasta la nueva intervención de Carlos, el , además de un pago sustancial de rescate. Bussy-Leclerc permaneció en control de la Bastilla hasta diciembre de 1592, cuando, después de más inestabilidad política, se vio forzado a entregar el castillo a Carlos y a huir de la ciudad.