Il Bayern inizia vincendo la Coppa di Lega, mentre poco dopo sconfigge l'Obilić e si guadagna l'accesso al gruppo della Champions League. Qui viene perde la partita d'esordio contro il Brøndby, ma in seguito vince il girone totalizzando undici punti, frutto della doppia vittoria contro il Barcellona, della vittoria nel ritorno contro i danesi, e del doppio pareggio con il Manchester United, anch'esso qualificato. Intanto la squadra mantiene costantemente la testa della classifica in Bundesliga, venendo brevemente raggiunta dal alla diciassettesima giornata, mentre alla ripresa della Champions elimina i connazionali del Kaiserslautern con un 6-0 complessivo nei quarti. Sconfitta anche la Dynamo Kiev in semifinale, i bavaresi accedono alla loro sesta finale nella manifestazione, che si gioca il 26 maggio 1999 a Barcellona. Qui il Bayern ritrova il Manchester United, e dopo cinque minuti si porta sull'1-0 grazie al gol di Mario Basler. Questo risultato si mantiene immutato fino al novantesimo minuto, tuttavia i minuti di recupero sono fatali ai "Rossi": gli inglesi segnano due gol nel recupero, e conquistano così la coppa.