De irske katolikker dannede deres egen regering, det Irske Forbund, der skulle udkæmpe den kommende krig, og som blandt mange andre ting forhandlede med Charles I om at indstille bosættelserne på øen og delvist at begynde en ophævelse af de eksisterende bosættelser. De følgende 10 år blev præget af morderiske kampe mellem forskellige etniske og religiøse fraktioner, indtil de irske katolikker blev knækket, og Irland besat af den nyskabte hær under Cromwells erobring af Irland i årene 1649-53.