В начале сезона 2008/09 Фердинанд сыграл в Суперкубке Англии с «Портсмутом» (победа «"красных дьяволов"» в серии пенальти) и Суперкубке УЕФА против петербургского «Зенита» (здесь сильнее были питерцы, 2:1). 21 декабря 2008 года Рио вновь в качестве капитана «Манчестер Юнайтед» принял участие в финале Клубного чемпионата мира; манкунианцы почти тайм играли в меньшинстве, но смогли победить благодаря голу Уэйна Руни. 26 декабря на разминке перед матчем Премьер-лиги со «Сток Сити» Фердинанд получил травму спины и вынужден был провести вне игры чуть больше месяца. Он вернулся на поле 27 января 2009 года в победном поединке с «Вест Бромвич Альбион» (0:5). В этом матче «Манчестер Юнайтед» установил рекорд английской Премьер-лиги, проведя 11 «сухих» матчей подряд. Впоследствии «Юнайтед» довёл свою серию до 14 матчей, из которых Рио провёл 8, пропустив остальные из-за травмы.