Im Vergleich zu Juden waren Muslime im NS-Staat keiner religiös begründeten Verfolgung ausgesetzt. Es gab jedoch in allen Konzentrationslagern auch arabische und muslimische Häftlinge; ihre genaue Anzahl ist aufgrund weniger historischer Untersuchungen zu dem Thema allerdings nicht bekannt. Außenpolitisch suchten die Nazis hingegen aufgrund der gemeinsamen Gegnerschaft zum englischen Kolonialreich Bündnisse mit einigen fundamentalistischen Muslimen. Im Juni 1941 schlugen die Engländer einen Putsch im Irak unter Führung von Ministerpräsident Raschid Ali al-Gailani nieder. Einer der Anwesenden, Mohammed Amin al-Husseini, floh nach Berlin, wo er am 6. November 1941 eintraf. Al-Husseini propagierte in Übereinstimmung mit dem Gastgeber Antisemitismus: die Juden seien die „erbittertsten Feinde“ der Muslime, seit jeher ein „zersetzendes Element“ und „das Weltjudentum“ hätte den Zweiten Weltkrieg entfesselt. Al-Husseini reiste mehrfach nach Bosnien, wo er im Auftrag der SS muslimische Regimenter rekrutierte, u. a. die bosniakische Waffen-Gebirgs-Division-SS Handschar. 1943 meuterten über 800 der bosnischen SS-Leute und wurden daraufhin festgenommen. SS-Führer Heinrich Himmler schwärmte von einer „weltanschaulichen Verbundenheit“ zwischen Nationalsozialismus und Islam. Im Mai 1945 floh al-Husseini illegal in die Schweiz, wurde dort aufgegriffen und sofort in das befreite Frankreich abgeschoben. Er gelangte von da mit offizieller Hilfe nach Kairo und dann in den Libanon. Die Einzelperson al-Husseini wird heute von Rechtsextremisten teils dazu genutzt, um zu propagieren, dass Islam und NS sich nahestanden und heutige, in der Regel muslimfeindliche, Rechtsextreme deswegen nichts mit der Naziideologie zu tun hätten. Insgesamt ist die Geschichte von Muslimen während der NS-Zeit wenig erforscht, nach den bisherigen Erkenntnissen gab es unter den Muslimen zu dieser Zeit sowohl Opfer als auch Kollaborateure.