Traoré pidätettiin vuoden 1968 sotilasvallankaappauksen yhteydessä ja hänet lähetettiin kymmeneksi vuodeksi vankilaan Kidaliin. Hän kuului viimeisten vapautettujen poliittisten vankien ryhmään vuonna 1978. Sékou Touré kutsui Traorén Guineaan ja pyysi häntä jäämään poliittiseksi pakolaiseksi, mutta Traoré palasi Maliin, jossa hänet nimitettiin perusopetuksen tarkastusviraston neuvonantajaksi Nioroon. Opettajien ja kulttuurityöntekijöiden ammattiliiton jäsenenä Traoré osallistui Sudanin liiton salaiseen toimintaan työpaikoillaan eri puolilla maata. Vuonna 1984 hänet nimitettiin Bamakon pedagogisen insituutin osastopäälliköksi. Hän erosi virastaan vuonna 1986 välttyäkseen osallistumasta Malin kansan demokraattisen liiton toimintaan.