Την 1η Ιουνίου 1794, ο στόλος του Ναυάρχου Βιλαρέτ Ζογιέζ πολέμησε στην Τρίτη Μάχη του Ουσάντ για να αποτρέψει την καταστροφή μιας μεγάλης νηοπομπής που κινούνταν προς τις Ηνωμένες Πολιτείες από το Βασιλικό Ναυτικό. Η νηοπομπή μετέφερε σιτηρά στους πεινασμένους Γάλλους. Η νηοπομπή διέφυγε σώα και οι ναυτικοί παρήλασαν θριαμβευτικά στους δρόμους του Παρισιού, αν και οι απώλειες που υπέστησαν κατά την διάρκεια της μάχης αποδείχθηκαν σημαντικές τα επόμενα χρόνια και είχαν ως αποτέλεσμα την κυριαρχία του Βασιλικού Ναυτικού. Στη Μεσόγειο, το Γαλλικό Ναυτικό διεξήγαγε ναυτική εκστρατεία κατά την διάρκεια της Γαλλικής εισβολής στην Αίγυπτο το 1798. Αποφεύγοντας τον Βρετανικό στόλο υπό το Ναύαρχο Οράτιο Νέλσον που τους καταδίωκε, ο Γαλλικός στόλος, που αποτελούνταν από χιλιάδες πλοία που μετέφεραν 30.000 στρατιώτες, κατέλαβε την Μάλτα προτού συνεχίσει στην Αίγυπτο, όπου οι Γάλλοι κατέλαβαν την Αλεξάνδρεια. Τα Γαλλικά στρατεύματα στη συνέχεια πορεύτηκαν στην στεριά ενώ ο στόλος ήταν αγκυροβολημένος στον Κόλπο του Αμπουκίρ. Όταν ο Νέλσον ανακάλυψε την τοποθεσία του Γαλλικού στόλου, απέπλευσε για τον Κόλπο του Αμπουκίρ και διέταξε άμεση επίθεση. Στην επακόλουθη Ναυμαχία του Νείλου, οι Γάλλοι ηττήθηκαν, τερματίζοντας την Γαλλική ναυτική υπεροχή στη Μεσόγειο και ενθαρρύνοντας και άλλα έθνη να συμμετάσχουν στον Δεύτερο Συνασπισμό για να πολεμήσουν κατά της Γαλλίας.