З приходом до клубу Луї ван Галя, Швайнштайгер перекваліфікувався з вінгера в непоганого центрального півзахисника і з сезону 2009/2010, який стає найуспішнішим в його кар'єрі (чемпіонський дубль, перший вихід у фінал Ліги чемпіонів), виступає саме на цій позиції. Він і його одноклубник Марк ван Боммель склали потужний дует центрхавів, який багато хто з футбольних фахівців називає найсильнішим у Німеччині. Своєю відмінною грою, а також лідерським якостям, Бастіан забезпечив собі не тільки залізне місце в основі клубу, але і звання другого віце-капітана. Але наступника ван Галя Хосепа Гвардіолу не задовольнила фізична форма Швайнштайгера і тому іспанець прийняв рішення не вносити Бастіана у свої плани. Через це німець покинув клуб.