Его вклад ощутим в развитии системы образования и народного здравоохранения. Он был инициатором открытия первого на Южном Урале среднего учебного заведения: после поездки Василия Пупышева в Санкт-Петербург и личной встречи с министром народного просвещения графом Д. А. Толстым в Троицке было разрешено учредить мужскую классическую гимназию, торжественное открытие которой состоялось 23 сентября 1873 года. В июле 1867 года состоялось торжественное открытие Троицкой городской больницы, обустройство и содержание которой осуществлялось на средства купца, завещавшего 80 тысяч рублей на создание в городе больницы с отделениями для призрения калек и душевнобольных. К 1893 году больница имела терапевтическое, хирургическое и родильное отделения. Осенью 1894 года состоялось торжественное освящение больницы, получившей наименование «Пупышевской». После Октябрьской революции 1917 года в корпусах больницы была размещена Центральная районная больница.