Als Duitsland in juni 1941 de Sovjet-Unie binnenvalt, vormt De Coninck zich, met zijn militaire achtergrond, om tot verzetsman, eerst actief rondom Mechelen. In september 1942 gaat hij in West-Vlaanderen vanuit Kortrijk, Diksmuide en Moorslede de clandestiene KPB leiden. De leden van de KPB die in het verzet zitten, noemen zich dan partizanen. Wanneer de Gestapo in 1942 de rangen drastisch uitdunt door vele arrestaties neemt De Coninck het commando op zich en hervormt de West-Vlaamse Partizanen tot het vrijkorps met de codenaam B-3. Vanwege zijn durf en vernuft leidt hij in de loop van 1943 vanuit Heusden ook de Oost-Vlaamse en begin 1944 vanuit Brussel alle Vlaamse partizanen. Bij de intocht van de geallieerden op 3 september 1944 wordt hij in Sint-Gillis abusievelijk gearresteerd door het Geheim Leger, dat hem echter snel laat gaan. In Leuven trommelt hij de plaatselijke partizanen bij elkaar en trekt als colonne met het Canadese regiment "Duke of York" naar de Scheldemonding om deze met hulp van het Oost-Vlaamse vrijkorps van Duitsers te zuiveren. Na de bevrijding wordt hij op grond van zijn verdiensten in het verzet benoemd tot luitenant-kolonel in het Belgische leger, ontvangt de Orde van Leopold II en de Kroonorde (naast vele andere civiele en militaire onderscheidingen), en in 1953 uit handen van Winston Churchill de Royal Victorian Order, een zeer hoge Britse onderscheiding.