Charlie McAvoy wurde in Long Beach im Bundesstaat New York geboren und spielte in seiner Jugend unter anderem für die "New Jersey Rockets" in einer regionalen Nachwuchsliga. Mit Beginn der Saison 2013/14 wechselte der Verteidiger ins USA Hockey National Team Development Program (NTDP), die zentrale Talenteschmiede des US-amerikanischen Eishockeyverbands in Ann Arbor, Michigan. Mit den Junioren-Auswahlen des NTDP nahm McAvoy fortan am Spielbetrieb der United States Hockey League (USHL) teil, der höchsten Juniorenliga der Vereinigten Staaten, und vertrat sein Heimatland parallel dazu auf internationalem Niveau. So gewann er mit dem "Team USA" bei der World U-17 Hockey Challenge 2014 im Januar ebenso die Goldmedaille wie im Jahr darauf bei der U18-Weltmeisterschaft 2015. Nach zwei Jahren schied der Abwehrspieler altersbedingt aus dem NTDP aus und schrieb sich in der Folge zum Herbst 2015 an der Boston University ein. Für deren "Terriers" stand er fortan in der Hockey East, einer Liga der National Collegiate Athletic Association (NCAA) auf dem Eis. Als Freshman erzielte er dort 25 Scorerpunkte in 37 Spielen und wurde daraufhin am Ende der Saison ins "All-Rookie Team" der Hockey East berufen. Ferner debütierte er über den Jahreswechsel für die U20-Nationalmannschaft der USA, als er bei der U20-Weltmeisterschaft 2016 die Bronzemedaille errang. Nach dieser Spielzeit wählten ihn die Boston Bruins im NHL Entry Draft 2016 an 14. Position aus. Vorerst kehrte McAvoy jedoch für eine weitere Saison an die Boston University zurück, während der er mit dem "Team USA" U20-Weltmeister 2017 und ins "Hockey East First All-Star Team" gewählt wurde.