El 20 de octubre, Yudhoyono y Kalla fueron juramentados en sus cargos. Fue la primera toma de posesión presidencial en Indonesia a la cual asistieron líderes extranjeros. El gabinete presidencial fue anunciado el 15 de octubre. Dicho gabinete, de 36 miembros, fue juramentado en el Palacio de Estado el 21 de octubre. El proceso de selección de candidatos para el gabinete de Yudhoyono, se consideró "decente, inteligente, e indeciso", pero al intentar satisfacer al mayor número posible de los miembros de su coalición de pequeños partidos, Yudhoyono había creado un gabinete que no era ni tan coherente ni eficaz. Sin embargo, Kalla pronto se convirtió en el presidente del partido Golkar a finales de 2004 e invirtió los votos del partido en el Consejo Representativo del Pueblo (DPR) para los partidarios del gobierno. creando un bloque efectivo y dejando al PDI-P como el partido fuera del gobierno más grande del país. Los primeros cien días de Yudhoyono como presidente se verían empañados por el Terremoto del océano Índico de 2004, que mató a cerca de 200.000 indonesios.