Wat begon als een schermutseling tussen de beylerbey van de Eyalet van Bosnië en de ban van Kroatië ontaardde in een Lange Oorlog (1593-1606). Rudolf wist van geen ophouden. Familieleden, onder leiding van zijn jongere broer Matthias van Oostenrijk, die enkele jaren ervoor nog tot landvoogd van de opstandige Nederlanden was benoemd, voorop, grepen in (Verdrag van Libeň 1608) en ontnamen Rudolf II steeds meer gebieden en schoven hem ten slotte volledig opzij. Na zijn dood in 1612 volgde Matthias hem op.