Les Almohades, appelés à l'aide en 1207 par Hassan ibn Ali, le dernier des Zirides, nomment Abu Muhammed al-Hafs gouverneur de la province de Tunis. Durant le règle de sa dynastie, de 1236 à 1249, les Juifs de Kairouan connaissent un bref répit. Cependant, en 1270, au cours du règne d'Abu 'Abd-Allah Muhammed al-Mustansir Billah (1249-1277), Louis IX, dit saint Louis, entreprend une croisade contre Tunis. Le fanatisme religieux du prince et du peuple s'enflamme et se retourne particulièrement contre les Juifs de Kairouan et d'Hammamet. Sommés de choisir entre l'exil et la conversion, les Juifs abandonnent pour la plupart Kairouan. Certains se convertissent à l'islam ; leurs descendants vivraient encore à Kairouan et se distingueraient des autres musulmans par certaines coutumes, comme la fermeture des magasins le samedi.