Previo a los acontecimientos del 5 de noviembre de 1811, Manuel Aguilar era uno de los sacerdotes que apoyaba la lucha por la autonomía de la Intendencia de San Salvador. Precisamente, fue acusado por las autoridades de la Capitanía General de Guatemala de mantener correspondencia, junto a sus hermanos, con «un emisario de Nueva España, que estaba dividido en facción, o con uno de los cabecillas del mismo Reino». Esto provocó su confinamiento en la ciudad de Guatemala, y el día cuatro de noviembre se supo del arresto en San Salvador, lo que precipitó el alzamiento.