A carreia militar e o legado de Mölders são um bom exemplo das dificuldades em relacionar o exemplar cumprimento da missão e o heroísmo de um militar da Alemanha Nazi após a desnazificação da Alemanha. Em 1998, em ocasião do 61º aniversário do bombardeamento da cidade espanhola de Guernica durante a Guerra Civil Espanhola, o Parlamento Alemão decidiu que os membros da Legião Condor, sendo Mölders um deles, não deveriam receber qualquer tipo de honra. Em 2005, o Ministro da Defesa da Alemanha decidiu remover o nome "Mölders" da JG 74. A decisão foi confirmada no dia 11 de Março de 2005 e, às 10:00 do mesmo dia, todos os objectos e símbolos com o nome foram removidos.