В сентябре 1648 года участвовал в битве с казаками под Пилявцами. Летом 1649 года во главе собственной казацкой роты участвовал в обороне Збаражского замка. В 1651 году Кшиштоф Франтишек Сапега участвовал в битвах с украинскими казаками под Берестечком (28 июня — 10 июля) и Белой Церковью (24-25 сентября). В 1652 году лично не участвовал в неудачной для поляков битве под Батогом, но там сражалась его надворная хоругвь.