เมื่อกรุงศรีอยุธยาเสียกรุง วัดกลางถูกทิ้งร้าง พระอาจารย์ชีหายสาบสูญ จนสมัยกรุงธนบุรี พระอาจารย์ดา ฉายา มหาอินทโชติ ซึ่งเป็นน้องพระอาจารย์ชี ได้เป็นผู้นำเข้ามาทำนุบำรุงวัด มีการหล่อพระพุทธรูปใหม่ขึ้นมา ได้ปลูกกุฏิขึ้นใหม่ ส่วนอุโบสถหลังเก่าที่สลักหักพังก็รื้อก่อใหม่ขยายออกเป็นสองเท่า เริ่มก่อราว พ.ศ. 2345 (ร.1) มีภิกษุผู้มีฝีมือทางการช่าง ได้สร้างกุฏิปลูกต้นไม้ดัด ท่านมีนามว่า พระอาจารย์เส็ง ต่อมาเป็นเจ้าอาวาสองค์ที่ 4