Als 1860 in der Provinz Taranaki bewaffnete Konflikte zwischen Māori und Siedlern ausbrachen, war Atkinson bei der Organisation einer Freiwilligeneinheit behilflich und kämpfte im Ersten Taranaki-Krieg, der im März 1861 mit einem Waffenstillstand endete. Als der Konflikt 1863 wieder aufflammte, führte er eine illegal aufgestellte Einheit an. Seine Rolle im Konflikt ist umstritten, doch seine Taten brachten ihm den Respekt gleichgesinnter Politiker ein. Sein Mandat im Provinzparlament legte er 1864 nieder.