Joaquim Santana dispute également avec Benfica la Coupe intercontinentale 1962. Au match aller, il s'incline 3-2 face au club brésilien de Santos. Au match retour, il se fait battre une nouvelle fois (2-5) par le club de l'État de São Paulo. Il inscrit deux buts lors du match aller et un but au match retour, ce qui est malheureusement insuffisant pour donner la victoire à son équipe.