Il fait reprendre la mer à plusieurs d'entre eux, les uns pour protéger les convois qui apportaient des blés du Levant, d'autres pour bombarder Oneglia, d'autres enfin pour croiser et entretenir des communications avec l'armée d'Italie. Avant les derniers excès de la Convention, avant surtout la mort du Roi, il semble pas que Trogoff ait vu la Révolution d'un mauvais œil ; mais, lorsque les exécutions se multiplient, le gouvernement passe tout entier dans les clubs, l'amiral Trogoff devient plus critique. À Toulon, tous les efforts qu'il déploie pour sauver de la mort un grand nombre d'habitants notables échouent, parmi lesquels figuraient plusieurs de ses compagnons d'armes, dénoncés par le « club des Adorateurs de la liberté et de l'égalité », auprès duquel il était lui-même suspect. Cependant, pendant trois mois, il continue à informer le ministre de ses démarches, en provoquant toutes les mesures qui pouvaient contribuer à la sûreté de la ville et de la flotte. Mais, à propos de la promulgation de la Constitution de juin 1793, les habitants de Toulon, de nouveau menacés par les clubistes, se décident à en finir avec la tyrannie d'une minorité sanguinaire. Après avoir arrêté les principaux membres du club, ils élisent, le , pour conduire leur procès, un comité général composé de délégués de chaque section, auxquels, pour ne pas se mettre en lutte avec le gouvernement central, on adjoint Trogoff et d'autres chefs militaires, avec voix consultative uniquement. En même temps on rétablit l'exercice public du culte catholique tout en conservant la forme et les couleurs républicaines.