特別機動部隊的部分成員與德意志國防軍一同參與了佔領蘇台德地區、奧地利與捷克斯洛伐克的行動。在這些行動中，特別機動部隊均由國防軍指揮領導。此外，特別機動部隊還為了這些行動特別組成了數個炮兵團，藉以充實部份陸軍單位的戰鬥力。特別機動部隊所屬的「德意志」、「日耳曼尼亞」兩個團與希特勒警衛旗隊均參與了波蘭戰役；而「元首」團（德奧合併後在奧地利徵募而成立）則被劃為後備單位，駐紮於布拉格。1939年9月，特別機動部隊與納粹德國陸軍部份單位共同組成了肯夫裝甲師，並於入侵波蘭期間實施了多次聯合行動。該單位於1939年10月7日在波蘭城鎮尼濟察被解編。