Voor Hertha BSC speelde Deisler van 1999 tot 2002, hij kwam in deze periode tot 57 optredens in de Bundesliga. Hierin scoorde hij 9 doelpunten. Daarnaast kwam hij tijdens het eerste seizoen tot negen optredens in de UEFA Champions League. In de daarna volgende seizoenen speelde hij nog vijf wedstrijden in het Europese miljoenenbal maar kwam hierbij niet tot scoren. Nadat hij niet heeft mogen meedoen aan het WK voetbal in 2002 vanwege een blessure, verkast hij voor 9 miljoen euro naar Bayern München.