I 1847 blev Holger Christian Reedtz medlem af Viborg Stænderforsamling. Umiddelbart efter udbruddet af Den første Slesvigske Krig i foråret 1848 blev han af kong Frederik VII kaldt til København for at tiltræde en stilling som depechesekretær i udenrigsministeriet med særlige opgaver, herunder kontakterne til de fremmede magter. Han var i 1848 på mission til London, deltog i våbenstilstandsforhandlingen i Malmø og var på missioner til Slesvig og Preussen. Han deltog i forhandlingen om våbenstilstanden, der blev indgået den 10. juli 1849 og ved den endelige fredsslutning i 1850. Samme år blev han udnævnt til direktør i udenrigsministeriet.