Durant ces années, Hoy disputait principalement le kilomètre et la vitesse par équipes. C'est dans la vitesse par équipes qu'il remporte sa première médaille, une médaille d'argent lors des championnats du monde 1999. Cette épreuve implique pour les trois coureurs, qui partent simultanément, à remplir les trois tours de piste (1 tour : ) le plus rapidement possible. Chaque coureur court un tour en tête, puis il se décale. Hoy est généralement le troisième homme dans l'équipe britannique, il s'occupe donc de conclure le troisième tour. Il est régulièrement aligné lors des championnats du monde et au fil des années, il eut comme coéquipier Craig MacLean, Ross Edgar, Jamie Staff, Jason Queally, Matthew Crampton et Jason Kenny. L'équipe remporte son premier titre mondial en 2002 et Hoy s'adjuge également le titre du kilomètre. Depuis les championnats du monde 1999, l'équipe de la vitesse britannique a remporté une médaille chaque année, y compris un autre titre en 2005. L'équipe est opposée le plus souvent à l'équipe de France. Cette dernière est d'ailleurs invaincue face au Britannique (6 victoires à 0 en finale).