Zola oli todistamassa Italian häpeän hetkiä EM-kisoissa 1996. Zola pelasi kaikissa kolmessa lohkon ottelussa ja epäonnistui kenties ratkaisevassa rangaistuspotkussa päätösottelussa Saksaa vastaan ja näin Italia putosi yllättäen lohkovaiheessa. EM-kisat jäivät Zolan uran viimeisiksi arvokisoiksi. Hän epäonnistui pahasti MM1998-karsinnoissa tehtyään vain yhden maalin. Zola pelasi viimeisen maaottelunsa lokakuussa 1997 Roomassa Englantia vastaan, sillä hän ei enää mahtunut Cesare Maldinin lopulliseen MM-ryhmään.