По време на Втората световна война Султанската джамия претърпява известни поражения. През 80-те години на миналия век джамията е консервирана и частично реставрирана. По време на обсадата на Сараево (1992-1996) много от облицовъчните камъни по фасадата на Султанската джамия са повредени, както и всички други сгради около нея, и особено на старите гробища в непосредствена близост до джамията, които са запалени.