第一次分割から1年半あまり、ポーランドの愛国者達は雌伏しながら反乱の好機を待った。1794年3月24日、クラクフにおいて、タデウシュ・コシチュシュコがコシチュシュコ蜂起として知られる反乱を起こした。5月7日、彼は農奴解放と蜂起に参加した全ての人に土地所有を認める「ポワニェツ宣言」を発した。蜂起の当初は、ラツワヴィツェの戦いに圧勝し（4月4日）、ワルシャワ攻略（4月18日）、ヴィリニュス攻略（4月22日）などいくつかの勝利を挙げた。しかしその後、ロシア、オーストリア、プロイセンの連合軍が軍事介入し、圧倒的多数の軍事力によって蜂起を鎮圧した。コシチュシュコ蜂起の失敗は、1795年の第3回目のポーランド分割につながった。コシチュシコをはじめとした多数の改革派のポーランド人が国外亡命を余儀なくされた。