Vuonna 1994 kaupungin hallinta luovutettiin tuolloiselle palestiinalaishallinnolle. Siirtokunnat kuitenkin säilyivät ja yhteenottoja käytiin esimerkiksi toisen intifadan aikana. Israelin puolustusvoimat purki joitakin Khan Younisin taloja estääkseen tulituksen siirtokuntiin. Lopulta siirtokunnat tyhjennettiin ja Israelin asevoimien joukot poistuivat Gazan kaistalla vuonna 2005.