У 1939 році після приєднання Австрії до Німеччини він став членом Націонал-соціалістичного альпійського клубу, який очолив Артур Зейсс-Інкварт, який також служив під час першої світової війни в тірольських єгерських частинах. У 1940 році К. Прусик очолив курси тренерів альпінізму і скелелазіння в цьому клубі. У 1941 році у віці 45 років був призваний на службу у Вермахт в званні лейтенанта. У 1942 році отримав звання гауптштурмфюрера військ СС і нагороджений хрестом за військові заслуги II ступеня. У 1945—1947 роках перебував у полоні. У 1947 році знову очолив австрійський альпіністський клуб (ÖAK).