Para este momento, Ali había actuado como una influencia restrictiva sobre Uthmán sin oponerse directamente a él. En varias ocasiones Ali estuvo en desacuerdo con Uthmán en la aplicación de los "Hudud", y había mostrado públicamente simpatía por Abu Dharr al-Ghifari y hablado enérgicamente en defensa de Ammar ibn Yasir. Ali transmitía a Uthmán las críticas de otros Compañeros y actuó en nombre de Uthmán como negociador con la oposición provincial que había llegado a Medina. Debido a esto parece haber surgido cierta desconfianza entre Ali y la familia de Uthmán. Ali trató de mitigar la severidad del asedio que se alzó contra Uthmán con su insistencia en que se le permitiera agua, y envió a sus hijos Hasán y Husáin a vigilar su casa.