A Taira–Minamoto-háború (1180–1185) idején Tottori a Taira-ellenes erők bázisává vált; ezek közül is mindinkább a prefektúra két temploma, a Daiszen-dzsi és a Szanbucu-dzsi. Később, a Kamakura-kor (1185–1333) elején kialakultak a sóen birtokok, hogy közvetlenül támogathassák a császári udvart és a különböző templomokat, majd ezután a Hadakozó fejedelemségek korában az egymást követő családok irányították a régiót; közülük is leghíresebb a Jamana család volt. Azonban az 1600-ban kitört Szekigaharai csata után a régióban elcsendesedtek a viszályok. A Tokugava-sógunátus a Tottori kastélyban helyezte el az Ikeda családot. A család meg is tartotta fennhatóságát az adott terület felett egészen az Edo-korig (1603–1868) és forrásai mind pénzügyileg, mind nyersanyag tekintetében támogatták a sógunátust.