I 1996 blev Mladić anklaget for krigsforbrydelser sammen med andre ledere af det Det internationale tribunal til pådømmelse af krigsforbrydelser i det tidligere Jugoslavien i Haag. Han blev anklaget for at have ansvaret for Srebrenica-massakren på 8.100 mænd og drenge den 11. juli 1995. Begivenheden omtales ofte som "Europas værste folkedrab siden 2. verdenskrig"