Τον Ιούνιο του 2012 και μέσω της μη κυβερνητικής οργάνωσης (ΜΚΟ) Greece Debt Free, ο Μαρινάκης εξαγόρασε 1.364.000 € του ελληνικού χρέους, προσφέροντας το συμβολικό ποσό των 168,590 € εκ μέρους των 55 παικτών και υπαλλήλων της ΠΑΕ Ολυμπιακός, καθώς το διάστημα της δωρεάς αντιστοιχούσαν 24.800 € του εθνικού χρέους σε κάθε Έλληνα εργαζόμενο. Το 2016, χρηματοδότησε σχεδόν χίλιες μερίδες φαγητού και ειδών ρουχισμού που διανεμονταν καθημερινά στους πρόσφυγες στο λιμάνι του Πειραιά. Το 2018 προχώρησε σε δωρεά ύψους 1 εκ. Ευρώ με την ΠΑΕ Ολυμπιακός για τους πληγέντες των πυρκαγιών της Αττικής.