Skiáthoksen ensimmäinen tunnettu kristillinen kirkko rakennettiin vuonna 530. Bysanttilaisena aikana saari oli osa Thessaliaan provinssia. 600-luvulla saarta vainosivat alueen muiden saarten tavoin saraseenimerirosvot. Neljännen ristiretken seurauksena vuonna 1204 saari päätyi venetsialaisille. Osmanit valtasivat saaren vuonna 1538.