El 31 de mayo de 1863, durante la Intervención francesa, Benito Juárez se vio obligado a dejar la capital y por tanto al Palacio Nacional, que simbólicamente, cierra la puerta central. En junio de 1863 el ejército francés ocupó el Palacio Nacional y por breve tiempo de 1863 a 1867, nuevamente se le llamará "Palacio Imperial", durante el Segundo Imperio Mexicano de Maximiliano de Habsburgo, aunque no lo usó como residencia, ya que en 1863 el emperador cambió su residencia al Castillo de Chapultepec, dejando al Palacio como un edificio puramente administrativo y de protocolo. No obstante lo anterior, ordenó diversas obras en su interior para que adquiriera un toque majestuoso y dejar atrás algo del estilo sobrio que le caracterizaba, convirtiéndolo en un lugar ideal para bailes y recepciones oficiales, y sede de lujosas oficinas públicas.