Po vypuknutí války v roce 1992 byla železniční doprava ve většině Bosny a Hercegoviny přerušena. Samotná trať procházela jednou z mála oblastí, kde konflikt po velmi dlouhou dobu neprobíhal. Nákladní doprava se odvíjela nicméně v mnohem menším objemu, než tomu bylo v dobách existence Jugoslávie, především kvůli rozpadu celojugoslávského hospodářství a ztrátě odběratelů. Po skončení konfliktu bylo množství zboží přepravované v přístavu Ploče a po trati do Sarajeva značně nižší; roku 2012 dosáhlo hodnoty 1,118 milionů tun. Kvůli technickému stavu trati je maximální povolená rychlost na trati 70 km/h na území Bosny a Hercegoviny, a 100 km/h na území Chorvatska.