Bij het WK 2002 in Zuid-Korea behoorde Zahovič tot de Sloveense selectie, maar na een conflict met bondscoach Srečko Katanec werd hij vlak voor de eerste WK-wedstrijd van Slovenië tegen Spanje uit de selectie gezet. Nadat Katanec ontslag had genomen als bondscoach, maakte Zahovič zijn rentree. Hij speelde op 28 april 2004 tegen Zwitserland zijn laatste wedstrijd voor Slovenië. Hij nam in die wedstrijd de enige Sloveense treffer voor zijn rekening op slag van rust. Zahovič kwam tot een totaal van tachtig interlands en 35 doelpunten.