Le nageur participe aux Mondiaux 2003 de Montréal au sein du relais 4 × 100 m nage libre sud-africain. En progression constante grâce aux performances des leaders que sont Roland Schoeman et Ryk Neethling, le quatuor termine à la huitième place de la finale. Abaissant régulièrement leur meilleurs temps personnels, les relayeurs sud-africains font figures d'outsiders pour le rendez-vous olympique qui se profile. Ainsi, sélectionné pour les Jeux olympiques de 2004 organisés à Athènes, Lyndon Ferns participe à la victoire du relais sud-africain lors de l'épreuve du 4 × 100 m nage libre. Avec ses compatriotes, il établit même un nouveau record du monde en tant que premier relayeur. C'est la première fois qu'un relais africain s'imposait aux Jeux olympiques. Ferns participe par ailleurs à l'épreuve du 50 m nage libre mais est éliminé lors des demi-finales.