Al llegar el Imperio, Bernadotte fue nombrado uno de los dieciocho mariscales de Francia, y desde junio de 1804 hasta septiembre de 1805 fue gobernador de la recientemente ocupada Hanóver. Durante la campaña de 1805, Bernadotte cooperó, con un cuerpo de ejército desde Hanóver en el gran movimiento que tuvo como resultado la victoria sobre Mack en la batalla de Ulm. Como recompensa por sus servicios en Austerlitz (2 de diciembre de 1805) fue nombrado príncipe de Pontecorvo (5 de junio de 1806), pero durante la campaña contra Prusia, el mismo año, fue severamente reprendido por Napoleón por no participar con su cuerpo de ejército en las batallas de Jena y Auerstädt a pesar de encontrarse cerca. En 1808, como gobernador de los pueblos hanseáticos, dirigió directamente la expedición contra Suecia, a través de las islas danesas, aunque el plan no tuvo éxito debido a la necesidad de transportes y a la deserción del contingente español (ya se había desencadenado la guerra en España contra Francia).