L'Inde est restée neutre pendant la première guerre civile soudanaise (1962-72) et la deuxième guerre civile soudanaise (1983-2005). La région autonome du Soudan du Sud a été créée à la fin de la première guerre civile. Le président indien Fakhruddin Ali Ahmed a visité la région en et s'est adressé à l'Assemblée populaire régionale à Djouba. Selon l'ambassade de l'Inde à Khartoum, . L'engagement indien avec le Soudan du Sud s'est accru après la fin de la deuxième guerre civile. Le ministre d'État indien aux affaires extérieures de l'époque, , a assisté à la signature de l'accord de paix global le à Nairobi.