Lúcio đặc biệt thể hiện rõ trong thời gian ở Bayer Leverkusen. Trong mùa giải đầu tiên của mình với câu lạc bộ Đức, anh ấy đã không thể giành được chức vô địch Champions League 2001-2002 và mỗi lần về nhì. Sau khi loại Liverpool FC và Manchester United đáng chú ý trong trận chung kết Cúp C1 châu Âu với Real Madrid CF, hậu vệ người Brazil đã cân bằng tỷ số bằng một cú đánh đầu từ một quả phạt trực tiếp. Sau đó, với Boris Zivkovic, anh ấy làm chủ Raul và Fernando Morientes. Real giành chiến thắng 2-1 nhờ cú vô lê trứ danh của Zinédine Zidane.