16 июня 1941 года капитан Афанасьев прибыл на Ханко. С началом Великой Отечественной войны командир 8-й отдельной стрелковой бригады полковник Н. П. Симоняк назначил капитана Афанасьева на должность командира только что сформированного из личного состава инженерных войск стрелкового батальона 219-го стрелкового полка этой бригады. До 2 декабря батальон участвовал в обороне Ханко. Поскольку вся территория базы полностью простреливалась финской артиллерией, то сапёрам пришлось строить укрытия для всёх объектов начиная от штаба базы и до каждого орудия. Эта гигантская работа под непрерывным артобстрелом была выполнена, благодаря чему потери гарнизона от огня противника были минимальны. В декабре 1941 года с последними частями гарнизона был эвакуирован в Ленинград.