In 1961 werd de federatie door keizer Haile Selassie van Ethiopië ontbonden en mocht ook de Eritrese vlag niet meer gebruikt worden. Alleen de vlag van Ethiopië was toegestaan. Korte tijd later brak de Eritrese Onafhankelijkheidsoorlog uit, die pas in 1991 zou eindigen. De burgeroorlog zou gestart worden door het Eritrean Liberation Front (ELF), dat de Eritrese vlag bleef gebruiken.