2008 року новий тренер збірної Дієго Марадона зробив Маскерано капітаном команди і в цьому статусі повів команду на чемпіонат світу 2010 року у ПАР, де збірна вилетіла у чвертьфіналі від Німеччини (0:4), а сам Хав'єр пропустив тільки останній матч групового етапу проти Греції. Капітаном Маскерано залишився і при наступному тренері Серхіо Батісті, відправившись на домашній Кубкок Америки 2011 року в Аргентині, де збірна знову виступила вкрай невдало, вилетівши вже у чвертьфіналі. Після цього Батіста був замінений на Алехандро Сабелью, який новим капітаном призначив Ліонеля Мессі.