15 августа 2006 года Исакссон за 2 миллиона фунтов перешёл в «Манчестер Сити». Со своим ростом 199 см он стал самым высоким футболистом английской Премьер-Лиги. Из-за травм он сыграл свой первый матч за горожан только 9 декабря 2006 года, второй матч — 14 марта 2007 года, но после этого выходил на поле во всех оставшихся матчах сезона. Начало сезона 2007/08 Исакссон тоже пропустил из-за травм, а потом провёл несколько неуверенных матчей (в том числе поражение от «Мидлсбро» 1-8) и потерял место в составе, уступив его молодому Джо Харту. Несмотря на отсутствие постоянной игровой практики в клубе, по-прежнему оставался основным вратарём сборной Швеции и провёл 3 игры на Чемпионате Европы 2008.