Budan był powoływany przez Zlatko Kranjčara do szerokiej kadry reprezentacji Chorwacji m.in. na turniej w Hongkongu w zimie 2006, ale ostatecznie do Azji nie pojechał. W drużynie narodowej zadebiutował 7 lutego 2007 roku w wygranym 2:1 spotkaniu przeciwko Norwegii, kiedy to w 62 minucie zmienił Boško Balabana. W 2008 roku znalazł się w kadrze Slavena Bilica na mistrzostwa Europy.