Рахім Курбанмамедов розпочав тренерську кар'єру відразу ж після завершення виступів на футбольних полях, очоливши в 2001 році свій останній клуб «Ніса», в якому пропрацював до 2004 року. У 2003 році він одночасно очолив національну збірну Туркменістану, яку вивів на Кубок Азії 2004 року. У 2005 році протягом одного сезону він очолював узбецький клуб «Навбахор» з Намангана. У 2006—2008 роках Курбанмамедов очолював футбольний клуб «Ашгабат». Після звільнення зі збірної Рахім Курбанмамедов протягом року працював спортивним директором клубу «Навбахор». У 2011—2012 роках Курбанмамедов очолював туркменський клуб «Мерв». У 2013—2014 роках він очолював інший туркменський клуб «Балкан».