Im Deutschen Krieg nahm Malotki 1866 an den Kämpfen bei Trautenau, Tobitschau und Königgrätz teil. Am 14. Januar 1868 wurde er unter Verleihung des Charakters als Generalleutnant mit Pension zur Disposition gestellt. Für die Dauer des mobilen Verhältnisses anlässlich des Krieges gegen Frankreich wurde Malotki 1870/71 wiederverwendet. Als General-Etappen-Inspekteur der 1. Armee nahm er an der Einnahme von Amiens teil und wurde dafür mit dem Eisernen Kreuz II. Klasse ausgezeichnet. Nachdem er nach dem Friedensschluss wieder inaktiv gestellt worden war, erhielt Malotki am 28. September 1871 den Stern zum Roten Adlerorden II. Klasse mit Eichenlaub und Schwertern.