Однако когда 9 декабря 536 года византийцы подошли к Риму, Сильверий уговорил римлян впустить в Рим армию Велизария. Однако вскоре он был низложен через инсценированный по указанию императрицы Феодоры судебный процесс по обвинению его в политической измене: ему вменяли в вину попытку сдать город Витигесу во время осады 537—538 годов. После смещения Сильверия во время осады Рима Феодора возвела на престол римского понтифика угодного ей Вигилия. Вигилий был привезен в Рим, чтобы заменить Сильверия. Трактат "Breviarium" Либерата Карфагенского изображает Вигилия "как жадного и коварного сторонника монофизитов, который сверг и практически убил своего предшественника". При этом Либерат утверждает, что Вигилий обещал императрице Феодоре восстановить на престоле Патриарха Константинопольского Анфима.