El 2009, Baerbock va perdre les primàries del seu partit per ser candidata a les eleccions federals. El 2013 va guanyar les primàries a candidata del Partit Aliança 90/Els Verds a la circumscripció electoral de Potsdam-Potsdam-Mittelmark II-Teltow-Fläming II i a més es va assegurar el seu lideratge a la llista electoral de l'estat de Brandenburg. Va sortir escollida com a membre al Bundestag en aqueslles eleccions.