Для обеспечения работы ТЭЧ бензохранилища и бензопроводы, бензоколонки и пункты подвески вооружения расположены в верхнем ангаре ударной авиации с принудительной вентиляцией, но несмотря на меры безопасности, угроза объемного взрыва в замкнутом помещении была значительна. С 1943 г. заправка авиасредств и подвеска вооружения частично производились на палубе, откуда в случае пожара аварийные ЛА могли быть сброшены за борт. Верхние ангары ударной авиации имеют пенную автосистему пожаротушения (100 л/мин.), ангар ИАЭ в крейсерском корпусе — углекислотную с заполнением газом на 18 % объёма. Все ангары имеют металлические автожалюзи на 7 отсеков на высоту ангара, бронепосты пожаротушения с пультом внутрикорабельной связи, управления жалюзи и системой пенотушения. После гибели первого корпуса Сёкаку в филиппинской оборонительной операции от объемного взрыва авиабензина, на корпусе Дзуйкаку уменьшили емкость авиационного бензозапаса, заключив цистерны в бетонный блистер. Летом 1944 г. перед потоплением корабль выдержал большое число попаданий без сильного пожара.