Gnaeus Pompeius (myös Pompeius nuorempi, 75 eaa. – 12. huhtikuuta 45 eaa.) oli Rooman tasavallan myöhäiskauden poliitikko ja kenraali. Hän oli Gnaeus Pompeius Magnuksen ja hänen kolmannen vaimonsa Mucia Tertian lapsi. Gnaeus syntyi vuonna 75 eaa. ja kasvoi yhdessä nuoremman veljensä Sextus Pompeiuksen kanssa isänsä varjossa. Caesarin aloitettua kansalaissodan vuonna 49 eaa. hän seurasi isänsä mukana itään kokoamaan legioonia. Gnaeus Pompeuis vanhemman hävittyä Farsaloksessa ja kuoltua Egyptissä vuonna 48 eaa., Gnaeus ja Sextus liittyivät Afrikan provinssissa toimiviin konservatiivisiin senaattoreihin. Caesarin lyötyä hajalle heidän joukkonsa, Gnaeus pakeni jälleen. Tällä kertaa hän pakeni Baleaarien kautta Espanjaan, jossa hän yhdessä veljensä ja Titus Labienuksen kanssa kokosi jälleen armeijan. Heidät lyötiin äärimmäisen verisessä Mundan taistelussa. Hän pakeni jälleen ja jäi kiinni, jolloin hänet teloitettiin. Sextus pääsi karkuun ja jatkoi toimintaansa Caesarin kuoltua.