I 1992 års regionalval i Irakiska Kurdistan ställde rivalerna Barzani och Talabani båda upp som presidentkandidater men ingen av dem fick den nödvändiga majoriteten av rösterna. Detta ledde till ökade spänningar och ledde till strider när PUK i slutet av 1994 drev ut KDP från provinshuvudstaden Irbil, som dittills administrerats gemensamt av de två partierna. Under perioden 1994-1998 ledde Barzani strider mot PUK:s styrkor från sitt högkvarter i Salah-al-Din utanför Irbil. 1996 bad Barzani den irakiska regeringen under Saddam Hussein om stöd för att erövra Irbil från PUK, samtidigt som Talabani sökte stöd med förnödenheter från Iran, som Irak var i krig med 1980–1988. Detta ledde till att Irakiska Kurdistan delade i två regioner, en KDP-styrd och en PUK-styrd. Efter förhandlingar arrangerade av USA undertecknade Barzani och Talabani ett fredsavtal vid ett möte i Washington i augusti 1998 i närvaro av USA:s utrikesminister Madeleine Albright. 4 oktober 2002 återsamlades det gemensamma kurdiska parlamentet.