A partire dal Gran Premio del Canada il francese riuscì a vincere quattro gare consecutive, mentre Senna conquistò appena otto punti e rimase escluso dalla lotta per il titolo. Alla vigilia del Gran Premio del Portogallo annuncia che alla fine della stagione si ritirerà definitivamente dal mondo delle corse. Il francese riuscì quindi a vincere il suo quarto titolo e, all'ultimo appuntamento mondiale in Australia, ebbe anche termine la sua rivalità con Senna, che sul podio lo invitò con lui sul gradino più alto a festeggiare. Un anno dopo, pochi giorni dopo la morte del brasiliano, Prost disse di essere rimasto toccato da quel gesto. Nel corso di quell'ultima stagione Prost stabilì il record, ancora imbattuto, di 7 pole position consecutive partendo dalla prima gara stagionale. Durante la sua carriera in Formula 1 aveva accumulato un totale di 798,5 punti nel campionato mondiale e segnato 41 giri più veloci in gara.