Ydinsulkusopimusta ei kuitenkaan ole täysin poikkeuksetta noudatettu, sillä Irakin väitettiin havittelevan ydinasetta sopimuksen vastaisesti, ja IAEA:n tarkastukset eivät voineet Irakin toimien takia varmistaa väitteitä ennen Persianlahden sotaa. Sodan jälkeiset tarkistukset osoittivat, että Irakilla oli sotilaallinen ydinohjelma, joka purettiin IAEA:n valvonnassa 1990-luvulla. Ennen Irakin sotaa Yhdysvallat ja Iso-Britannia väittivät Irakin käynnistäneen ohjelman uudelleen, mutta tästä ei ole sodan jälkeen esitetty mitään todisteita. Nykyään Yhdysvaltain hallitus ei aja aktiivisesti väitettä, jonka mukaan Irakilla olisi ennen vuoden 2003 sotaa ollut ydinohjelma.