McCook había recibido el comando del primer cuerpo de ejército de Ohio, cuando poco después tuvo que ver acción contra los confederados en la Batalla de Perryville sufriendo fuertes bajas y siendo obligado a retroceder una milla en octubre de 1862. Luego de esto, el comando del ejército de Ohio fue reorganizado y a McCook se le designó comandante del ala derecha del XIV cuerpo del nuevo ejército de Cumberland. En este comando, nuevamente sufrió fuertes pérdidas en la Batalla de Stones River, siendo otra vez reorganizada la estructura de comando y su tropa renombrada como el XX Cuerpo. Luego, por tercera y última vez, en la Batalla de Chickamauga, las tropas de McCook sufrieron grandes pérdidas siendo rechazadas del campo de batalla. McCook fue sometido a corte marcial y culpado parcialmente por el desastre de la Unión en esta batalla. Si bien no fue declarado culpable fue relevado de su puesto en el ejército de Cumberland.