در جنگ خلیج فارس از سال ۱۹۹۰ تا ۱۹۹۱ بحرین جزء نیروهای ائتلافی بود که برای آزادسازی کویت جنگید. نیروی هوایی پادشاهی بحرین و نیروی هوایی پادشاهی انگلیس و نیروهای هوایی آمریکا برای تهاجمات هوایی در عراق از پایگاه هوایی شیخ عیسی پرواز می‌کردند. کما اینکه نیروهای دریایی ائتلاف درخارج از پایتخت (منامه) فعال بود. بحرین مورد اصابت موشکهای اسکادی قرار گرفت که از بغداد شلیک شدند. تعدادی از دانشجویان بحرینی که در عراق و کویت درس می‌خواندند ضمن اقدامات خصمانه توسط پلیس نظامی صدام حسین مفقود یا کشته شدند.