Aanvankelijk had Powell niet veel geluk in het leger. Hij kreeg de mazelen en lag daardoor in het militair hospitaal in Jacksonville. Hierdoor miste hij in juli 1861 het vertrek van zijn regiment naar Richmond. Het jaar daarop werd hij weer in een ziekenhuis opgenomen, ditmaal in Richmond. Op 23 juni 1862 werd hij uiteindelijk actief in het leger. Powell nam deel aan verschillende veldslagen, zoals de Tweede Slag bij Bull Run, de Slag bij Antietam, de Slag bij Chancellorsville en de Tweede Slag bij Fredericksburg. Begin januari 1863 bereikte hem het nieuws dat zijn oudere broer Oliver was overleden aan de verwondingen die hij had opgelopen in de Slag bij Stones River en dat zijn andere broer, George, ernstig gewond was geraakt.