Pada musim panas tahun 1813 Muhammad Ali harus meninggalkan Mesir untuk menyelesaikan suatu masalah, sehingga putranya Ibrahim Pasha yang bertanggung jawab sementara atas negara tersebut. Muhammad Ali menghadapi tantangan yang serius di Arab, namun secara keseluruhan pasukan yang ia pimpin dapat lebih unggul dibandingkan pasukan musuh. Dia berhasil menggulingkan dan mengasingkan Syarif Mekkah, dan setelah kematian Abdullah bin Saud yang merupakan pemimpin Negara Saudi Pertama, Muhammad Ali membuat perjanjian dengan putra dan penerus Abdullah bin Saud pada tahun 1815.Muhammad Ali menerima laporan bahwa orang-orang Turki dengan licik merencanakan invasi ke Mesir, serta mendengar kabar mengenai pelarian yang dilakukan oleh Napoleon dari Elba, dan takut akan bahaya ke Mesir dari Prancis atau Inggris. Muhammad Ali akhirnya kembali ke Kairo melalui Quseer dan Qena, hingga akhirnya sampai di ibu kota ketika Pertempuran Waterloo.