Les qualifications pour la Coupe d'Afrique des nations de football 2000 disputée au Ghana et au Nigeria se sont déroulées en deux tours. Le tour préliminaire dont étaient exemptés un certain nombre d'équipes, s'est disputé par matchs aller-retour à élimination directe. Le tour principal était sous la forme d'une phase de poules (sept groupes de quatre équipes, les deux premiers qualifiés).