Torquemada va participar en el Concili de Basilea, Ferrara i Florència (1431-1449) com a representant de la seva Orde i del Rei de Castella. Va ser un dels més brillants partidaris de la Cúria Romana, per la qual cosa va ser recompensat amb el lloc de Mestre del Sant Palau i posteriorment va ser nomenat Cardenal, el 1439. Va ser nomenat pel Papa Eugeni com a encarregat de diverses missions a Alemanya i França, abans d'establir-se a la cúria romana. Va donar suport a la política de les Croades, defensada pel Papa, així com a la reforma de les cases religioses i del primat del Papa.