У 1517 році Дамаск був захоплений Османською імперією, і Антіохійський Патріарх виявився під адміністративним контролем Вселенського патріарха. У Сирії церква була обкладена спеціальним податком для немусульмана, для швидкої оплати якого туркине раз застосовували тюремну варту навіть для митрополітів або патріархів. У той час православна громада не підпорядковувалась цілеспрямованому релігійному гніту, в арабських провінціях Османської імперії не визначено випадків масової чи насильницької ісламізації. Единственный период исследования православных на Ближнем Востоке связан с греческим восстанием 1820-х годов, когда Антиохийскому Патриарху Серафиму не вдалось уникнути казни. Єдиний період переслідування православних на Близькому Сході пов'язаний з Грецьким повстанням 1820-х років, коли Антіохійському Патріарху Серафиму ледве вдалося уникнути страти.