Fouquier-Tinville nie został aresztowany natychmiast w czasie przewrotu 9 thermidora, wręcz przeciwnie, był jednym z członków Trybunału Rewolucyjnego, którzy potwierdzili możliwość zgilotynowania aresztowanych jakobinów bez wcześniejszego osądzenia. Chociaż jego rewolucyjna wierność została potwierdzona m.in. przez Barère'a, 1 sierpnia został uwięziony i postawiony przed Konwentem (na podobnych zasadach jak niegdyś Ludwik XVI w swoim procesie). Były prokurator bronił się przedstawiając siebie jako ślepe narzędzie w rękach władzy. Twierdził, że wykonywał tylko cudze polecenia, gdyż odmowa ich dokonania oznaczałaby dlań wyrok śmierci. Oskarżył również termidoriański Konwent o niesprawiedliwe zrzucanie na obalony rząd całej winy za terror, argumentując to faktem, że zarządzenia jakobińskiego KOP były zawsze zatwierdzane przez parlament. Mimo tego, po 41 dniach procesu, Fouquier-Tinville został skazany na śmierć i zgilotynowany 7 maja 1795 roku, razem z 15 współpracownikami. Jego nazwisko stało się symbolem morderstw sądowych.