30 сентября 1965 года прокоммунистическая группировка Унтунга совершила попытку государственного переворота. Путч был подавлен войсками под командованием Сухарто, Насутиона и Сарво Эдди. С 1 октября 1965 Али Муртопо состоял в личном штабе Сухарто и принимал активное участие в разгроме и уничтожении КПИ.