Nell'ottobre 1909 si stabilisce con la famiglia a Firenze, dove dirige la Biblioteca filosofica. Tenta di fondare una rivista di studi religiosi d'ispirazione modernista finanziata da Alessandro Casati (che Amendola aveva conosciuto ai tempi della collaborazione a «Rinnovamento»), ma il progetto non vede la luce. Collabora con «La Voce», fondata nel 1908 da Prezzolini. Nel 1911 fonda e dirige una sua rivista assieme a Papini, «L'Anima» (1911). In quell'anno si laurea in filosofia con una tesi su Immanuel Kant ("La Categoria. Appunti critici sullo svolgimento della critica delle Categorie da Kant a noi"). La questione più scottante del dibattito politico italiano è l'utilità di un intervento militare in Libia. Amendola, critico in un primo tempo verso la campagna coloniale in Africa, dopo l'inizio del conflitto appoggia lo sforzo bellico dalle colonne della «Voce», contribuendo a far aderire all'impresa libica la rivista stessa.