Первые действия Василия в области церковной политики были посвящены отмене начинаний своего предшественника. Какова точно была последовательность событий, приведших к низложению Фотия, неизвестно. Считается, что это произошло или в первый же день после убийства Михаила, или вскоре после этого. Существует две версии о том, каковы были непосредственные причины низложения Фотия. Согласно продолжателю Георгия Амартола, патриарх выступил резко против действий Василия, назвав его разбойником и отцеубийцей и отказал ему в причастии. Другая версия приводится Анастасием Библиотекарем, и согласно ей Фотий мирно покинул патриарший престол по просьбе Василия. По мнению А. Каждана, Василий руководствовался внешнеполитическими соображениями, рассчитывая на поддержку из Западной Европы в борьбе с арабами.