Након играчке каријере почео је да ради као тренер. Тренирао је француски Кан и Евијан, турски Истанбулспор и клубове у Саудијској Арабији, да би 2009. преузео репрезентацију Босне и Херцеговине, која се под његовим вођством први пут у историји пласирала на неко велико такмичење, и то Светско првенство у Бразилу 2014. Ипак, у новембру 2014, због лоших резултата репрезентације на почетку квалификација за Европско првенство 2016, смењен је с функције селектора.