2002 року Ніко вдруге взяв участь у чемпіонаті світу в Японії і Південній Кореї. На турнірі він вперше вийшов на поле в заключному поєдинку групового етапу проти збірної Росії, а також відіграв всю зустріч 1/8 фіналу проти збірної Бразилії. Матч проти майбутніх чемпіонів світу став для ван Керкговена останнім у футболці національної команди і відразу після завершення мундіалю Ніко завершив кар'єру у збірній.