Danach erhielt Panggabean erstmals einen Posten außerhalb Sumatras. Er wurde Militärrichter in Makassar auf Sulawesi. Als sich die Konfrontation zwischen Indonesien und Malaysia verschärfte, wurde Panggabean zum Kommandeur des zweiten Kriegsgebiets "(2nd War Theater)" ernannt, mit dem Oberbefehl über die Truppen auf Borneo. Dort freundete er sich mit Suharto an [1], als der damalige Kommandant von Kostrad Truppen in Borneo stationiert hatte. Hier freundete er sich mit Suharto an, dem späteren Präsidenten Indonesiens, der damals Kommandant der Kostrad war.