Da tyske tropper marsjerte inn i Østerrike i mars 1938 ble Jägerstätter avvist til stillingen som Radegunds borgermester. Han var den eneste i landsbyen som stemte mot "Anschluss" i folkeavstemningen den 10. april, men de lokale myndighetene så bort fra hans stemme og innrapporterte 100% ja-stemmer. De offisielle tallene for hele Østerrike viste en valgdeltakelse på 99,7 % og av dem stemte 99,73 % ja. Franz betegnet senere denne dagen som «Østerrikes skjærtorsdag», for «der lot Kirken i Østerrike seg ta til fange».