Malgré plusieurs siècles de domination portugaise, l’implantation du catholicisme a été très lente sur l’île, et les religions traditionnelles sont restées très présentes. En 1940, seuls 8 % des habitants de la colonie portugaise étaient catholiques, et en 1975, lors de la déclaration d'indépendance du Timor oriental, ils n’étaient que 20 %. Lors de l'invasion indonésienne, de 1975 à 1999, l'église catholique se positionne pour la résistance civile à l'occupation indonésienne. De nombreux prêtres et religieuses ont perdu la vie pendant le conflit, et la religion majoritaire faisait l’objet d’une répression. L'évêque Carlos Filipe Ximenes Belo devient un des principaux défenseurs de la cause des droits de l'homme auprès de la communauté internationale, et reçoit le prix Nobel de la paix en 1996 pour son action. En 1989, le pape Jean-Paul II effectue une visite officielle au Timor oriental, mais évite de remettre publiquement en cause l'occupation indonésienne du territoire pendant son séjour.