Wilson cercava relazioni più strette con l'America Latina e sperava di creare un'organizzazione panamericana per arbitrare le controversie internazionali. Negoziò anche un trattato con la Colombia per risarcirla del ruolo degli Stati Uniti nella secessione di Panama, ma il Senato rigettò questo trattato. Wilson intervenne spesso negli affari latinoamericani, dicendo nel 1913: "Insegnerò alle repubbliche sudamericane ad eleggere bravi uomini". La Repubblica Dominicana era di fatto un protettorato statunitense sin dalla presidenza di Roosevelt, ma soffriva di instabilità. Nel 1916 Wilson inviò truppe per occupare l'isola, e i soldati rimasero fino al 1924. Nel 1915 gli Stati Uniti intervennero ad Haiti in seguito a una rivolta che rovesciò il governo. L'occupazione durò fino al 1919. Wilson autorizzò anche interventi militari a Cuba, Panama e Honduras. Il Trattato Bryan-Chamorro del 1914 trasformò il Nicaragua in un altro protettorato di fatto, e gli Stati Uniti lo occuparono militarmente durante la presidenza di Wilson.