Formado como médico, Brooks era oficial da milícia de Reading, Massachusetts, quando a Guerra de Independência dos Estados Unidos começou, e liderou suas tropas nas Batalhas de Lexington e Concord. Serviu sob a Presidência de George Washington na Campanha de Nova Iorque e Nova Jérsei de 1776, embora tenha perdido a Batalha de Trenton devido a uma doença. Em 1777, fazia parte dos reforços do Cerco do Forte Stanwix e liderou um ataque bem-sucedido contra posições britânicas na Segunda Batalha de Saratoga. Desempenhou um papel significativo na Conspiração de Newburgh, em 1783, na qual ajudou a anular as idéias de rebelião no Exército Continental.