Vào mùa hè năm 1941, vài ngày sau khi Đức xâm chiếm Liên Xô, ông được gọi tái ngũ với tư cách một sĩ quan NKVD và được gửi đến vùng Bryansk quê hương mình để tổ chức cuộc kháng chiến ngầm sau chiến tuyến của kẻ thù. Từ tháng 9 năm 1941 đến tháng 1 năm 1942, Medvedev đã tổ chức thành công các đơn vị du kích ở các vùng Bryansk, Smolensk, Oryol và Mogilev.