Trong thập niên 1990, Gilberto vướng vào những tranh chấp tác quyền đối với nhạc phẩm cũng như album. Sau khi các vấn đề pháp lý được giải quyết ổn thỏa, các sản phẩm của ông được chỉnh âm và số hóa CD do Universal Records và EMI phát hành trên toàn thế giới. Tại Giải Grammy lần thứ 42 năm 2000, album "João Voz E Violão" của ông được trao giải "Album world music của năm". Ngày 17 tháng 5 năm 2017, ông được Đại học Columbia trao bằng Tiến sĩ danh dự về âm nhạc.