Після усунення з посад Вагнер вів тихе непомітне приватне життя в Бохумі. З осені 1943 року Вагнер знаходився під наглядом гестапо. Після замаху на Гітлера 20 липня 1944 року він був заарештований гестапо і поміщений в центральну в'язницю гестапо в Берліні. Страчений за наказом Гітлера в останні дні війни імовірно між 22 квітня і 2 травня 1945 року.