После объявления независимости Эстонии 24 февраля 1918 года и окончания в ноябре того же года германской оккупации 18 декабря 1918 года Э. К. Шульц стал одним из организаторов Ревельского отряда Русской самообороны Эстляндского края. Отряд, в составе которого Эвальд Карлович командовал строевой ротой, нёс патрульную службу в Ревеле до своего роспуска летом 1919 года. Вслед за этим, в июне-июле Э. К. Шульц командовал Офицерским партизанским отрядом, действовавшим в тылу Красной армии в Ингрии. С образованием на территории Псковской губернии Северо-Западной армии генерала Н. Н. Юденича был назначен начальником речных и озерных флотилий белых.