La Guerra de l'Alt Karabakh (1991-1994) també va deixar profundes cicatrius a l'arquitectura de l'Alt Karabakh. L'exèrcit àzeri va demolir de manera intencionada monuments cristians armenis tant amb artilleria pesant com amb avions militars. Els monestirs d'Amaras i de Ganzasar van patir destrosses. Segons Robert Bevan, la campanya àzeri contra l'enclavament armeni de l'Alt Karabakh fou acompanyat per una voluntat de neteja cultural que va derruir el monestir d'Egheazar i 21 altres esglésies cristianes. Dues de les tres mesquites de la ciutat de Shusha també van patir durant aquesta guerra, quan les forces armènies van capturar la ciutat el 1992. Tot i això, les autoritats de la República d'Artsakh en van restaurar una amb l'ajuda d'arquitectes iranians.