בעקבות פיגועי 11 בספטמבר, רשות התעופה הפדרלית סגרה את המרחב האווירי של ארצות הברית וטיסות רבות הופנו מארצות הברית לקנדה במבצע שכונה "סרט צהוב" , מתוכן נחתו 19 טיסות בנמל התעופה הבינלאומי טורונטו-פירסון. קלרקסון שיבחה את המבצע ואמרה כי "קהילות ברחבי המדינה פתחו את בתיהן ואת לבם לנוסעי מטוסים שהופנו לקנדה", וב -14 בספטמבר 2001 ניהלה את טקס ההנצחה בגבעת הפרלמנט לקורבנות הפיגועים, בו השתתפו למעלה מ-100 אלף איש - המשמר הגדול ביותר שנראה אי פעם בבירת קנדה. בעצת הקבינט של קנדה שלחה אז קלרקסון חיילים קנדים לסיוע במלחמת אפגניסטן (2001–2014), ובמסגרת תפקידה כמייצגת המלכה כמפקדת העליונה של צבא קנדה, ביקרה ב-2002 את הכוחות הקנדיים המשרתים בזירה באפגניסטן. המסע הזה לאפגניסטן, ושאר מסעות צבאיים שערכה מחוץ לקנדה במהלך כהונתה (ביקור חיילים קנדים בקוסובו, בילוי חג המולד עם אנשי הכוחות הקנדיים על משחתת קנדית, ושוב לאפגניסטן כדי לבלות את יום השנה החדשה עם חיילים קנדים) זכו לשבחים על היותה המושל הראשון מאז 1945 (בערך) שלקח ברצינות את חובותיו הקשורות בתוארו כמפקד העליון של הכוחות הקנדיים שזכה בהגברת הגאווה של הכוחות הקנדיים.