En 1889, il est confronté au Drame de Mayerling. L'empereur d'Autriche devra envoyer deux télégrammes pour obtenir la dispense permettant à son fils et héritier, mort dans des conditions scandaleuses, d'être inhumé chrétiennement. Le cardinal Mariano Rampolla del Tindaro sera soupçonné par le souverain autrichien de s'être opposé à cet acte de miséricorde du pape. L'empereur s'en souviendra. Lors du Conclave de 1903, il usera de son droit d'exclusive afin d'empêcher le prélat, pourtant favori, de ceindre la tiare pontificale.