בבחירות לפרלמנט האירופי בשנת 2009 ברנייה הוביל את הרשימה של מפלגת העם האירופית בצרפת. לאחר הבחירות הוא כיהן כחבר בפרלמנט האירופי עד שמונה להציב לענייני השוק הפנימי והשירותים, תפקיד בו החזיק עד 2014. הרפורמות שקידם בעקבות משבר החוב האירופי כללו יותר מ-40 חוקי רגולציה על מוסדות פיננסיים אירופאיים וכינון "איחוד הבנקים" במדינות האירו, שהעביר אל הבנק המרכזי האירופי חלק מסמכויות הבנקים המרכזיים הלאומיים. הרפורמות עוררו ביקורת בסיטי של לונדון ובגרמניה. בדיילי טלגרף הבריטי פורסם ב-2010 מאמר שתהה אם ברנייה הוא "האיש המסוכן ביותר באירופה". עם זאת, הוא הצליח לשכנע את הממשלה הבריטית לקבל את רוב חוקי הרגולציה החדשים, כולל החלטה על קביעת תקרה לבונוסים של בנקאים, שעוררה ביקורת במוסדות פיננסיים בלונדון.