У току рата Змај је наставио са радом. Углавном су вршене поправке Немачких и авиона НДХ. Последњих 10 авиона Физир ФН рађено је од 1943. у Змају за потребе ваздухопловства НДХ, али су завршени тек по ослобођењу Југославије. Након ослобођења Земуна 22. октобра 1944. године Змај је радио на одржавању авиона и осталих борбених средстава за потребе Југословенске армије. Сремски фронт је био на 100 -{km}- од Земуна, а рат је трајао још 7 месеци. Током 1945. и 1946. године извршена је експропријација, којом је Змај одузет власницима Петровићу и Штерићу и постао је државно предузеће. Део производне опреме и радника Змаја, заједно са фабриком Рогожарски припојени су 1946. године земунском Икарусу као потпуно национализованој ваздухопловној индустрији (Државна Фабрика Авиона). Од тада је Змај престао да ради као Фабрика аероплана и хидроавиона и постаје фабрика пољопривредних машина, чије је искуство у високој технологији, стечено производњом авиона, омогућило динамичан развој пољопривредних машина. За 19 година свога постојања у погонима ове фабрике произведено је 359 авиона. Развијено је и израђено 4 прототипова авиона домаће конструкције а 8 типова авиона је произвођено на основу купљених лиценци