W kwalifikacjach do Grand Prix Japonii na torze Fuji Speedway zajął dziesiąte miejsce, jednak startował z dziewiątego ze względu na karę nałożoną na Rosberga. Pierwsze osiemnaście okrążeń wyścigu odbyło się za samochodem bezpieczeństwa. Po pierwszych okrążeniach Kubica awansował o dwie pozycje, dzięki przymusowym pit-stopom kierowców Ferrari. Po restarcie, na 18. okrążeniu Polak został wyprzedzony przez Kovalainena i Fisichellę. Ominął jednak Heidfelda, który wpadł w poślizg po kolizji, tak więc na tym okrążeniu Kubica stracił tylko jedną pozycję. Po zjazdach Buttona i Alonso był szósty. Na 30. okrążeniu wyprzedził Fisichellę, następnie awansował dzięki pit-stopowi Vettela oraz pokonał Kovalainena. Jechał więc na trzeciej pozycji i próbował zyskać kolejną, wyprzedzając Hamiltona. Anglik w jednym z zakrętów popełnił błąd, który Kubica próbował wykorzystać. Ten jednak powrócił na tor do wewnętrznej i doszło do kolizji. W jej wyniku obaj zawodnicy zatrzymali się na poboczu i zostali minięci przez Kovalainena. Wkrótce Polakowi udało się wyprzedzić kierowcę McLarena. Na 36. okrążeniu odbył pit-stop i spadł na 13. lokatę. Wkrótce został poinformowany o nałożonej na niego karze przejazdu przez aleję serwisową ze względu na kolizję z Hamiltonem. Wykonał ją na 40. okrążeniu. Wkrótce doszło do drugiej neutralizacji podczas tego Grand Prix, a po pit-stopach niektórych konkurentów Kubica awansował na szóste miejsce. Na ostatnim okrążeniu stracił pozycję na rzecz Massy, który wyprzedził go przed szóstym zakrętem. Następnie odzyskał lokatę, po czym wyjechał poza tor w dziesiątym zakręcie i ponownie spadł w klasyfikacji. Finiszował na siódmej pozycji.