Byen ses også i den nyere tid at have nydt kongernes gunst, således befalede Frederik II i 1582, at bønderne skulle føre deres varer til Stege, og i 1585 forbød han fremmede købmænd at ligge i Grønsund og handle, Stege by til skade. I 1632 overlod Christian IV byen Rødsten overdrev. Byen havde også bedre vilkår, efter at øens anden købstad Borre, som ovenfor nævnt, var ødelagt af lübeckerne og aldrig fra den tid kom op igen. Men dog gik det tilbage med Stege, vel særlig på grund af fiskeriets aftagen. Dertil kom krigene, hvorved den led meget, både Syvårskrigen og især Karl Gustav-krigene, da fjenden plyndrede den 1658 og udpinte den såvel som hele øen, under okkupationen 1659—60.