Durante su mandato al frente del Ejército y de la Jefatura del Estado, especialmente durante la guerra civil y los primeros años del régimen, se produjo una fuerte represión, en particular contra los partidarios del bando republicano que fue derrotado en la contienda, a la que se sumó el exilio de centenares de miles de españoles al extranjero. La cifra total de víctimas mortales varía en torno a varios centenares de miles de personas, que perecieron en su mayoría en campos de concentración, ejecuciones extrajudiciales o en prisión.