Po zakończeniu kariery piłkarskiej Siasia został trenerem. Najpierw pracował w Stanach Zjednoczonych, gdzie szkolił młodzież w Atlancie. Potem objął kadrę Nigerii do lat 20 i wywalczył z nią awans do Młodzieżowych Mistrzostw Świata w 2005 roku w Holandii. Tam osiągnął duży sukces i młodzi podopieczni Siasi dotarli do finału, w którym przegrali z Argentyną 1:2. Po tych mistrzostwach został asystentem selekcjonera pierwszej reprezentacji, Augustine Eguavoena. Jesienią 2006 roku ubiegał się o stanowisko pierwszego trenera w Legii Warszawa. Siasia założył także Akademię Piłkarską w stolicy kraju, Abudży.