Nachdem die drei Direktoren Paul de Barras, Jean-François Reubell und La Révellière-Lépeaux mit Hilfe der Generäle Lazare Hoche und Napoleon Bonaparte den erfolgreichen Staatsstreich vom 18. Fructidor V (4. September 1797) ausführten, kehrte das Direktorium zur antikatholischen Politik zurück. La Révellière-Lépeaux unterstützte den unblutigen Staatsstreich vom 22. Floréal VI (11. Mai 1798), der sich vor allem gegen die erstarkten Neojakobiner richtete. Die Direktoren Barras, Reubell, Merlin de Douai und Nicolas-Louis François de Neufchâteau meinten jedoch, dass die Theophilanthropen mit den Neojakobinern sympathisierten und entzogen ihnen ihre Unterstützung. Stattdessen wurde der Dekadenkult namentlich durch Merlin de Douai gefördert. La Révellière-Lépeaux scheiterte aber vor allem mit dem Kult der Theophilanthropie am Unverständnis des Volkes, das ihn als „neuen Papst“ verspottete. Am 18. Juni 1799 musste er sein Amt im Direktorium niederlegen.