Nella stagione seguente, con l'arrivo in panchina di Mourinho, Young perde posizioni nelle gerarchie della squadra. Tuttavia, a partire da metà febbraio, inizia a giocare con sempre maggiore frequenza. Il 16 aprile 2017 indossa per la prima volta la fascia di capitano del Manchester United nella vittoria per 2-0 contro il . In questa stagione, oltre al Community Shield vinto ad agosto 2016, conquista la Coppa di Lega e la UEFA Europa League, senza però scendere in campo in entrambe le finali.