El 1298 Šibenik va aconseguir el títol de ciutat i seu episcopal. Com la resta de Dalmàcia va resistir els venecians fins al 1412. Els turcs otomans van intentar conquerir la ciutat a finals del . Durant el segle següent es va construir la fortalesa de Sant Nicolau i es va anar ampliant durant la següent centúria amb les fortaleses de Sant Joan (Tanaja) i de Šubicevac (Barone). Fins al 1797 Šibenik formà part de la República de Venècia quant en virtut del Tractat de Campo Formio d'aquell any passà a l'Imperi austríac. Fins al 1918 serà, per tant, una ciutat de l'Imperi Habsburg fora d'un breu període d'anys (1805-1813) en què s'integrà a les Províncies Il·líriques de l'imperi napoleònic. El 1918 amb els Tractats de Pau de la Conferència de París del 1919 fou assignada al Regne dels Serbis, Croats i Eslovens fora del període 1941-1943 en què momentàniament va formar part de la italiana Governació de Dàlmacia. Després de la Segona Guerra Mundial es va reincorporar a Iugoslàvia i d'aquí, des del 1991, a Croàcia.