Mark Kerr war ein jüngerer Sohn des schottischen Adligen Robert Kerr, 1. Marquess of Lothian und seiner Frau "Jane Campbell". Sein Vater war ein loyaler Unterstützer des schottisch-englischen Königs Wilhelm III. und Mark Kerr wurde wie sein älterer Bruder William Kerr, der 1703 ihren Vater beerbte, Soldat. Am 8. Juni 1693 wurde er zum Hauptmann ernannt. Während des Spanischen Erbfolgekriegs diente er in Spanien und wurde 1707 in der Schlacht bei Almansa, die eine entscheidende Niederlage der Alliierten in Spanien war, verwundet. Als Brigadegeneral gehörte Kerr zu den Truppen, die während des Kriegs der Quadrupelallianz 1719 das spanische Vigo besetzten. 1740 wurde er zum Gouverneur von Guernsey ernannt, ehe er 1743 zum General befördert wurde. Während des Jakobitenaufstands von 1745 bis 1746 war Kerr 1745 Gouverneur von Berwick upon Tweed. Als General Sir John Cope nach der Schlacht bei Prestonpans an der Spitze seiner geschlagenen Truppen nach Berwick flüchtete, verspottete ihn Kerr, dass er der erste General sei, der selbst die Nachricht seiner eigenen Niederlage überbrachte, was auch in der zeitgenössischen schottischen Ballade "Hey, Johnnie Cope, Are Ye Waking Yet?" erwähnt wird. Im selben Jahr wurde Kerr Gouverneur von Edinburgh Castle, das der Belagerung durch die Jakobiten standhielt.