Po roce 1955 zastával Štefánik trvale post vedoucího (generálního) tajemníka Strany slobody a fakticky šlo o nejvlivnější post, silnější než formální předseda strany, jímž byl v letech 1956-1986 Michal Žákovič. Právě se Žákovičem se Štefánik utkal v roce 1957 v dalším mocenském duelu, tentokrát se spor vedl o ovládnutí stranického týdeníku "Sloboda". V tomto soupeření využíval Štefánik své kontakty a podporu od Komunistické strany Slovenska. Během pražského jara roku 1968 jeho vliv na Stranu slobody poklesl. 3. května 1968 otiskl list Sloboda kritiku stávajícího vedení a specificky kritizoval Františka Štefánika. 16. května 1968 přijalo vedení strany jeho rezignaci na post vedoucího tajemníka.