Aralık ayında Milito, 2010 FIFA Kulüpler Dünya Kupası yarı finalinde Seongnam Ilhwa Chunma'ya bir gol atarken; Inter, daha sonra turnuvayı kazandı. 24 Ocak 2011 tarihinde Milito, 2009-10 sezonu için Oscar del Calcio ödüllerinden "En İyi Yabancı Futbolcu" ve "Yılın En İyi Futbolcusu" ödüllerini kazandı. Inter, bu sezon iligi ikinci sırada bitirirken; Milito, sakatlık geçirdiği bu sezonda 34 lig maçında sekiz gol atabildi.