В первом туре Премьер-лиги Руни сделал «дубль» в ворота «Фулхэма», который был разгромлен на «Олд Траффорд» со счётом 5:1. Однако после этого он не мог забить в десяти играх подряд (включая матчи клуба и сборной Англии), и лишь 28 октября ему удалось отличиться в матче против «Болтона», в котором он сделал хет-трик. 18 ноября в выездном матче против «Шеффилд Юнайтед» «красные дьяволы» проигрывали со счётом 1:0, но благодаря двум голам Уэйна Руни одержали волевую победу со счётом 2:1. В матче Кубка Англии против «Портсмута» Руни, выйдя на замену, забил два гола в ворота Дэвида Джеймса, причём один из них — с расстояния 23 метров. 17 марта 2007 года Уэйн вновь отличился в матче против «Болтона», сделав «дубль», а «Юнайтед» одержал победу со счётом 4:0. 4 апреля 2007 года Руни забил важный гол в выездном матче 1/4 финала Лиги чемпионов против «Ромы» («Юнайтед» проиграл эту встречу со счётом 2:1); он также отличился в ответном матче с «Ромой» на «Олд Траффорд», когда «Манчестер Юнайтед» выиграл со счётом 7:1. В первом полуфинальном матче Лиги чемпионов против «Милана» на «Олд Траффорд» Руни забил два мяча, а «Юнайтед» выиграл со счётом 3:2. Однако в ответном матче на «Сан-Сиро» «Милан» выиграл со счётом 3:0, выбив «Манчестер Юнайтед» из Лиги чемпионов. В финале Кубка Англии «Юнайтед» уступил «Челси» со счётом 0:1, однако в чемпионате занял первое место, опередив «Челси» на 6 очков. Всего по итогам &lt;a href="%D0%A4%D0%9A%20%C2%AB%D0%9C%D0%B0%D0%BD%D1%87%D0%B5%D1%81%D1%82%D0%B5%D1%80%20%D0%AE%D0%BD%D0%B0%D0%B9%D1%82%D0%B5%D0%B4%C2%BB%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202006/2007"&gt;сезона 2006/07&lt;/a&gt; Руни забил 23 гола во всех турнирах — ровно столько же, сколько и его одноклубник Криштиану Роналду.