Ένας εκπρόσωπος του Διεθνούς Δικαστηρίου για τα Εγκλήματα Πολέμου στην πρώην Γιουγκοσλαβία (ICTY) του διάβασε επίσημα το κατηγορητήριο ενώ ήταν ακόμα στην Μπάνια Λούκα, και κατόπιν η δυνάμεις του ΝΑΤΟ τον έθεσαν επίσημα υπό κράτηση και τον μετέφεραν στη βάση του ΝΑΤΟ στο Σεράγεβο. Οι δυνάμεις του ΝΑΤΟ τον μετέφεραν στο Ρότερνταμ την 1η Ιουνίου 2007, και τον παρέδωσαν στο Δικαστήριο, το οποίο τον έφερε στη Χάγη την ίδια μέρα. Του απαγγέλθηκαν κατηγορίες για εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας, γενοκτονία, και εγκλήματα πολέμου για την εμπλοκή του στην Σφαγή της Σρεμπρένιτσα και τη δολοφονία Βοσνίων Μουσουλμάνων αιχμαλώτων που κρατούνταν προσωρινά στις περιοχές του Μπράτουνατς και του Σβόρνικ μετά τη νίκη των Σέρβικών δυνάμεων στη Σρεμπρένιτσα. Το κατηγορητήριο θεωρούσε ότι ο Τόλιμιρ επέβλεπε το απόσπασμα του Σερβικού Στρατού που εκτέλεσε πάνω από 1.700 άντρες και παιδιά στην Στρατιωτική Φάρμα του Branjevo Military και του Πολιτιστικό Κέντρο του Pilica.