Am 30. September/1. Oktober 1965 kam es zu einem Putschversuch von Teilen des Militärs. Der rechtsgerichtete General Suharto schlug den Aufstand nieder und erklärte die am Putschversuch unbeteiligte kommunistische Partei PKI zum Schuldigen. Er verbot sie und veranlasste in der Folge ein Massaker des Militärs unter tatsächlichen und angeblichen Kommunisten, bei dem nach Schätzungen von Amnesty International in den folgenden Monaten fast eine Million Menschen getötet wurden. Zu den Opfern gehörte auch die chinesische Bevölkerungsminderheit. Unterstützung erhielt Suharto von den USA (1963–1969 regiert von US-Präsident Lyndon B. Johnson).