Musmanno gjorde militærtjeneste under første verdenskrig uten å bli sendt til slagmarken i Europa. Under andre verdenskrig var han "captain" (tilsvarende oberst i hæren) i den amerikanske marinen, senere forfremmet til "rear admiral" (tilsvarende kontreadmiral eller generalmajor). Han ble såret to ganger og tildelt purple heart. Han deltok ved kampene i Italia i 1943 blant annet i staben til general Mark Clark og var til stede ved Italias offisielle kapitulasjon. Etter at de allierte erobret Sorrento ble Musmanno utnevnt til de alliertes militære administrator for Sorrentinahalvøyen mellom Salernobukten og Napolibukten (hans familie hadde utvandret fra dette området). På grunn av uregelmessigheter i hans administrasjon av Sorrento ble han etter seks måneder overført til general Mark Clarks stab i Østerrike. I Wien arbeidet han som dommer og vurderte sovjetiske krav om tvungen repatriering av enkeltpersoner.