1158 wurde das ursprüngliche Straßendorf gegründet und war bis 1240 ein fürstliches Lehen, ein von Auen und Wasserarmen umgebenes Bauerndorf. Der damalige Name "Herstetten" leitete sich ab von „"Stätten herent der Donau"“ ("Ort diesseits der Donau"). In seiner Geschichte wurde der Ort oft überschwemmt und in Kriegen zerstört. Von 1713 bis 1724 wurde das barocke Schloss Hirschstetten errichtet. Am 21. und 22. Mai 1809 wurde bei der Schlacht um Aspern und Essling Hirschstetten teilweise zerstört. Das Schloss blieb jedoch unversehrt. Die Franzosenkugel, eingemauert an der Außenmauer der ehemaligen Schlosskapelle, erinnert heute noch an das Geschehen.