Los sentimientos de Ewell antes de estallar la guerra estaban a favor de la Unión, pero la secesión de su estado, Virginia, hizo que abandonara al ejército de los Estados Unidos el 7 de mayo de 1861 para unirse al Ejército Provisional de Virginia de la confederación. Fue nombrado coronel de caballería el 9 de mayo, y fue uno de los primeros oficiales superiores heridos en la guerra el 31 de mayo en una escaramuza previa a la Batalla de Fairfax Court House. Fue ascendido a general de brigada el 17 de junio y puesto al frente de una brigada del Ejército del Potomac en la Primera batalla de Bull Run, aunque no llegó a participar en ella.