海因里希亲王下令对哥得蘭島发动进攻。1914年12月26日，这些战列舰与波罗的海巡洋舰支队在集结，然后启程。两天后，舰队抵达哥得兰岛展示德国国旗，并于12月30日回到基尔，期间并未发现任何俄国舰船。分舰队返回北海执行警戒勤务，但于1915年2月便撤出前线服务。因公海舰队受训船员的短缺、加上在战争时期运作老旧舰船的风险，致使德皇巴巴罗萨号及其姊妹舰被停用。其船员于3月5日遭裁减，至4月11日完成替换，使舰只得以作为鱼雷使用；这项服务一直持续至11月9日。十天后，德皇巴巴罗萨号最后一次退役，并于1916年被解除武装。之后，它又在威廉港充当收容战俘的监狱船。1918年11月，德国投降并签署了首份《康边停战协定》，该协定结束了交战方的敌对状态，因此可以通过谈判达成和平条约。而根据1919年6月28日签署的《凡尔赛条约》第181条，德国仅允许保留六艘“德国或洛特林根类型”的战列舰。因此在1919年12月6日，德皇巴巴罗萨号从中除籍并被售予拆船商。它于1919－1920年间在拆解报废。