L'autentico restauratore della città è però da considerarsi il re di Leon Ferdinando II che la fortificò e la cinse di mura a difesa del suo regno da suo suocero Alfonso I del Portogallo e allo stesso tempo nominò cavalieri, concesse privilegi ai vari borghi e decise di ricostituire la sede episcopale. Nel XIII secolo il re Sancho IV concesse a Ciudad Rodrigo un privilegio e la legò per sempre alla sua Corona, determinando la nascita e lo stabilirsi in città di una nobiltà spesso in lotte intestine per il potere. L'epoca di maggior splendore fu quella dei secoli XV e XVI in cui la città si arricchì di nuove costruzioni civili e religiose, nei secoli XVII e XVIII a causa della guerra di successione portoghese e di quella spagnola la città fu al centro di frequenti scontri, lo stesso accadde agli inizi del XIX secolo con la guerra napoleonica.