Lorsque commencent les Guerres de Vendée, en mars 1793, la ville, acquise aux idées révolutionnaires, constitue d'abord un refuge pour les républicains des communes insurgées, qui incluent notamment Saint-Sébastien, Basse-Goulaine, Vertou et l'ensemble du vignoble où la commune phare de l'insurrection est Le Loroux-Bottereau ("les gars du Loroux"). Nombre de ces réfugiés vont rester à Nantes jusqu'en 1797, époque où l'ordre sera à peu près rétabli.