Ved begyndelsen af felttoget 1864 blev han ansat som chef for 1. Kavaleribrigade, der var underlagt 4. Division. Da dennes kommandør, general Cai Hegermann-Lindencrone, i maj blev kommandør for det nørrejyske armékorps, overdroges kommandoen over divisionen til Honnens, som med kort tids afbrydelse i juli og august, da general Hegermann atter vendte tilbage, beholdt denne stilling til slutningen af november. I 1865 udnævntes han til generalinspektør for kavaleriet. Efter en kort tid at have stået til rådighed for 2. Generalkommando søgte Honnens i 1866 sin afsked fra tjenesten, hvilken tilstodes ham, i det der samtidig tillagdes ham generalløjtnants karakter. Kommandør af Dannebrog var han blevet 12. september 1859 (28. oktober 1836 Ridder af Dannebrog; 6. oktober 1851 Dannebrogsmand), medens han i 1861 var udnævnt til kammerherre. Den 15. august 1858 var han blevet dekoreret med Sankt Helena-medaljen. Honnens henlevede nu den sidste tid af sit liv i København, hvor han døde 14. januar 1876.