Schwarzer behoorde tot de selecties van de "Socceroos" voor de Confederations Cup 2001, de Confederations Cup 2005 en het wereldkampioenschap 2006. Onder leiding van de Nederlandse bondscoach Guus Hiddink speelde Schwarzer drie wedstrijden op het WK. In het duel tegen Kroatië werd hij vervangen door Željko Kalac. Schwarzer behoorde tot de selectie voor het Aziatisch kampioenschap 2007, het eerste Aziatische toernooi waaraan Australië deelnam na de overstap van de OFC naar de AFC in januari 2007.