Als Piłsudski im Jahre 1926 durch einen Staatsstreich die Macht ergriff, war die alte Freundschaft bereits zerbrochen. Ledóchowski verweigerte ihm die Unterstützung und wurde am 1. Februar 1927 entlassen. Bis zum Ausbruch des Zweiten Weltkrieges bewirtschaftete er das Gut seiner Frau in Wólka Rosnowska bei Lemberg. Nach der Teilung Polens entlang der Ribbentrop-Molotow-Linie floh die Familie vor den sowjetischen Besatzern auf ihr im deutschen Teil gelegenes Gut Lipnica Murowana. Nachdem Ledóchowski erkannt hatte, dass auch hier das Kriegsvölkerrecht missachtet wurde, nahm er Kontakte zur Armia Krajowa auf. Er unterstützte die Untergrundarmee in verschiedener Form, unter anderem durch Verwaltung von Geldern und wurde als "Krak" zum Berater bei der Aufstellung und Ausbildung von Partisaneneinheiten.