Daraufhin brach der Dreizehnjährige Krieg aus, der durch Belagerungen und Raubzüge gekennzeichnet war, kaum jedoch durch offene Feldschlachten. Bereits im September 1454 unterlagen die polnischen Truppen in der Schlacht von Konitz und unterstützten den preußischen Aufstand in der Folge nur noch marginal. Schließlich kam es aufgrund allgemeiner Erschöpfung zu einer Pattsituation. Der Orden konnte seine Söldner nicht mehr entlohnen und musste aus diesem Grunde sogar sein "Haupthaus", die Marienburg, aufgeben. Die Burg wurde den unbezahlten Söldnern verpfändet, die sie umgehend an den König von Polen verkauften. Letztlich gab so die höhere Finanzkraft der aufständischen Städte, welche alle Kriegskosten selber bezahlten, darunter insbesondere Danzigs, den Ausschlag.