Tijdens de Derde Engels-Nederlandse Oorlog vocht Jan van Nes op de "Ridderschap van Holland" in de Slag bij Solebay. In de winter van 1673 deed hij mee aan de organisatie van de landverdediging van Rotterdam tegen de Fransen in de gelijktijdige Hollandse Oorlog. Na het sneuvelen van viceadmiraal Johan de Liefde in de Slag bij Kijkduin nam Jan van Nes op de "Maagd van Dordrecht" — zijn vlaggenschip sinds de Slagen bij Schooneveld — tijdens het gevecht het onderbevel van het eskader van zijn broer, de luitenant-admiraal Van Nes, over; op 24 oktober werd hij als opvolger van De Liefde benoemd tot viceadmiraal. De Staten van Holland gaven hem als beloning voor bewezen diensten een rentebrief. Hij is op 6 juni 1680 begraven in de Grote Kerk te Rotterdam.