С 1994 года Конюхов проходил службу в составе 468-го штурмового авиаполка на аэродроме Степь в Читинской области сначала в должности лётчика, позднее — старшего лётчика. В 1999 году был переведён в Краснодар в 461-й авиационный полк 4-й воздушной армии. С 2000 года — командир звена, в том же году присвоено воинское звание майора. Участвовал во второй чеченской войне, выполнив примерно 200 боевых вылетов.