מפגעים בראשות עז א-דין אל-קסאם יצאו מן העיר בתקופת המנדט הבריטי ופגעו באוכלוסייה היהודית. בתקופת מאורעות 1936–1939 שימשה העיר בסיס לכנופיות. ב-24 באוגוסט 1938, נרצח בג'נין פקיד בכיר של הממשל הבריטי - סגן מושל אחד המחוזות. כתוצאה מזה, נהג השלטון הבריטי בהענשה קולקטיבית כלפי תושבי ג'נין. כמו כן, נדרש אדריכל הערים של המנדט, הנרי קנדל, לתכנן כביש עוקף לעיר, שימנע חיכוך מיותר בין פקידי הממשל לפורעים.