Jones foi nomeado ajudante de campo do General John Brown Gordon e acompanhou o Exército da Virgínia do Norte durante a batalha de Gettysburg, inclusive como mensageiro quando Gordon solicitou permissão para atacar Cemetery Ridge (mas foi negado) durante a Batalha de Gettysburg. Também lutou no Cerco de Petersburg, na Batalha de Wilderness e na Batalha de Spotsylvania Court House. Jones também lutou com o General Gordon durante a campanha do General Jubal Early, que chegou aos arredores de Washington, D.C. e nas derrotas na Terceira Batalha de Winchester e Batalha de Cedar Creek, no final de 1864. Durante a última batalha, ambos os lados respeitaram a coragem de Jones por resgatar uma garota presa no fogo cruzado entre exércitos. Também recebeu elogios por resgatar um soldado ferido de Ohio. Assim, Jones lutou no Exército dos Estados Confederados de 1862 até 1865, subindo para o posto de major antes do dia 9 de Abril de 1865, carregando fisicamente a bandeira da trégua em sua espada enquanto estava sob tiroteio, entregando a rendição do general Lee e testemunhando a cerimônia final na Appomattox Court House.