Blobel fue condenado a muerte por el Tribunal Militar de Núremberg en el juicio de Einsatzgruppen. Fue ahorcado en la prisión de Landsberg el 8 de junio de 1951. Casi 60,000 muertes son atribuibles a Blobel, aunque durante su testimonio en Núremberg alegó que solo mató a entre 10,000 y 15,000 personas.