Durante o conflito, por razões de segurança a Biblioteca teve seu acervo distribuído em diferentes localidades da cidade, ação que garantiu a sua salvaguarda: os livros impressos foram enviados à Mesquita do Imperador e os manuscritos foram transferidos oito vezes por diversos locais da capital bósnia, sendo que os quinhentos manuscritos mais valiosos foram depositados no caixa-forte do Banco Privredna, onde permaneceram até o fim do Cerco de Sarajevo. Após o término do conflito, foi estabelecida em um edifício próximo à Sinagoga de Sarajevo, onde permaneceu até 2013. Em 15 de janeiro de 2014, a Biblioteca foi reinaugurada em uma nova e moderna construção de três andares especialmente desenhada para abrigá-la e localizada nas imediações da madraça em que se originou, com capacidade de acomodar meio milhão de itens e financiada em grande parte pela doação de 8,8 milhões de dólares (6,5 milhões de euros) do governo do Catar. Além de diferentes equipamentos e instalações voltadas ao estudo, pesquisa e gerenciamento de suas coleções, a Biblioteca abriga também um museu dedicado a artefatos da vida cotidiana e religiosa bósnia de tradição islâmica.