1996年，阿帕娜·波帕特在丹麥錫爾克堡舉辦的世界青年錦標賽獲得女子單打亞軍，為印度選手在世青賽的第一面獎牌。1997年，阿帕娜獲得生涯第一座印度全国羽毛球锦标赛冠軍，並且在此後八年衛冕成功。1998年，她在法國公開賽女單決賽以11-8、11-4擊敗德國選手，並在同一年於馬來西亞吉隆坡舉辦的大英國協運動會贏得女子單打銀牌。為了加強自己的能力，阿帕娜在2001年前往印度體育局訓練中心接受訓練。隔年的大英國協運動會，阿帕娜在女單項目再次為印度奪下一枚銅牌。