Cooke wurde am 21. November 1862 zum Brigadegeneral der Army befördert. Präsident Abraham Lincoln nominierte ihn für diese Beförderung, die vom US-Senat am 7. März 1862 bestätigt wurde. Er befehligte eine Brigade Kavallerie und übernahm die Verteidigung von Washington, D.C. Im Halbinsel-Feldzug übernahm er auf Befehl von George B. McClellan die Kavalleriereserve in der Größe einer Division der Army of the Potomac. Als die Konföderierten die Stadt Yorktown aufgaben, wurde Cooke mit Generalmajor George Stoneman auf die Verfolgung geschickt. Ihre Truppen wurden bei der Belagerung von Fort Magruder aufgerieben. Er nahm an der Schlacht von Williamsburg, der Schlacht bei Gaines Mill, der Schlacht von White Oak Swamp und an der Sieben-Tage-Schlacht teil, der fast ein gesamtes Regiment zum Opfer fiel.