クリミアの離宮に滞在中、マリヤはニコライ2世一家銃殺の報を聞いた。皇太后は表向き、この報告を不確かな噂に過ぎないとして認めようとしなかった。皇帝一家の処刑から間もなく、マリヤはニコライ2世からの使者に会い、一家がエカテリンブルクで困難な生活を強いられていることを伝えてきた。皇太后の日記には、「誰も彼らを救出できない…神を除いては！おお主よ、どうか私の可哀そうな、不運なニッキーをお守りください、彼が大いなる試練に立ち向かうことができるよう、お助けください！」とある。日記の別の箇所で、彼女は自分をこう慰めてもいる、「一家はロシアをすでに出国していると確信している、ボリシェヴィキが真実を隠そうと躍起になっている」。マリヤは死ぬまで頑なにこの確信を守り続けた。長男一家が惨殺されたという真実は到底耐え難く、マリヤはこれを公に認めることは出来なかった。彼女がニコライ2世とその家族に送った手紙はほぼすべてが散逸した。しかし現存する一通で、マリヤはニコライに宛てて次のように書き送っている、「私の思考や祈りが貴方から離れたことがないのは分かっていますね。昼も夜も貴方の事を考えていますし、時折心配事があるとそれが耐え難いほどになります。でも神は慈悲深い。主はこの残酷な試練に立ち向かうだけの力を私たちにお与えくださいました」。次女オリガは母親の心情について次のように解説している、「母は晩年の数年間、精神の奥深くでは［皇帝一家が命を落としたという］真実を鋼の心で受け入れていたと確信しています」。