Након Револуције ружа, покренуто је низ реформи са циљем јачања војних и привредних потенцијала државе. Напори нове владе, како би у југозападну аутономну републику Аџарију поновно успоставили власт, довели су до велике кризе почетком 2004. године. Успех у Аџарији подстакао је Сакашвилија у напорима да учини то исто са Јужном Осетијом, али безуспешно. Ови догађаји, заједно са оптужбама о уплетености Грузије у Други чеченски рат, резултирао је погоршањем односа са Русијом. Стога је Русија започела и потицала сецесионистичке отпоре у двема одметнутим грузијским покрајинама. Упркос све тежим односима, у мају 2005. године, Грузија и Русија су постигле споразум, што је довело до предаје руских војних база (које датирају још из времена Совјетског Савеза) Батумија и Ахалкалакија, грузијској власти. Повучена су сва лица и опрема до децембра 2007. године. Но, нису се повукли из базе Гаудата у Абхазији, што су били дужни да учине потписивањем уговора на самиту у Истанбулу 1999. године.