Im Jahr 1941 begannen Hausdurchsuchungen durch Hitlers Truppen, deren Grund jedoch unklar blieb. In Piešťany war Ľudovíts Bruder Imrich als einer der Ersten betroffen sowie die Familie Leonhard und andere jüdische Familien. Bald begannen Deportationen, und zahlreiche Juden mussten sich verstecken oder flüchten. Schon 1942 kam der Befehl, dass arische Familien keine Juden verstecken durften. Für Ľudovít Winter und seinen Bruder Imrich galt hier jedoch auf Grund Winters guter Bekanntschaft zu Tiso eine Ausnahme. Doch diese half ihm nicht lange, denn bereits im Jahr 1944, nach einem Widerstandsversuch der Slowakei gegen Hitlers Regime, übernahm das deutsche Militär die Macht über das Land, und die Ausnahmeregelung für Ľudovít galt nicht länger. Sein Bruder Imrich war inzwischen, nach einer Prostataoperation an einer Blutvergiftung gestorben. Dieser hatte sich in Piešťany um den Ausbau der Parks gekümmert, um die kleinen, mit Thermalwasser gefüllten Teiche, die noch heute die Kurinsel zieren, und auch er war es, der Spuren von Ludwig van Beethoven in der Villa Bacchus gefunden hatte, die einige Kilometer von Piešťany entfernt liegt (heute noch kann man dort das Gedenkzimmer besuchen). Winter musste sich ein Versteck suchen und fand es in der Lazarettgasse (Lazaretska Ulica) 18, wo eine Witwe ihm einen Schlafplatz bot.