Tras la conclusión de la Copa América celebrada en Argentina, Gerardo Martino presentó su renuncia como entrenador de Paraguay, dando paso al inmediato nombramiento de Francisco Arce como su sucesor en el cargo. El 11 de junio de 2012 es cesado como entrenador debido al bajo rendimiento en las 6 primeras fechas de las eliminatorias a la copa mundial apenas consiguiendo una 1 victoria, 1 empate y 3 derrotas.