Nach dem Terroranschlag in Wien am 2. November 2020 musste sich Nehammer als Innenminister dem Vorwurf stellen, das Attentat nicht verhindert zu haben, da sich herausstellte, dass das ihm unterstellte Bundesamt für Verfassungsschutz und Terrorismusbekämpfung (BVT) nach Hinweisen auf einen versuchten Munitionskauf durch den damals bereits polizeibekannten Attentäter es durch einen Kommunikationsfehler verabsäumt hatte, entsprechend zu handeln. Er war in Folge auch dafür zuständig, dass mehrere Razzien im islamistischen Milieu stattfanden. Aufgrund der darauf folgenden Bedrohungen gegen seine Familie wurde diese unter Polizeischutz gestellt.