Заснований у 1989 році, команда стартувала у новоствореній Першій лізі СРСР. У 1990 році клуб посів 8-е місце, наступного сезону виграв свою групу та плей-оф за участю переможців інших груп, завдяки чому здобув путівку до еліти радянського жіночого футболу. Проте після Розпаду СРСР «Енергія» отримала право стартувати в новоствореному чемпіонату Росії.