Una de las primeras situaciones que debió enfrentar Pérez fue la Guerra contra España. La guerra comenzó como un conflicto diplomático entre Perú y España, nacido del llamado incidente de Talambo, una pelea entre individuos de las dos naciones que acabó con varios heridos y dos muertos, uno español y el otro peruano. Una escuadra enviada desde España con una misión diplomática y científica protestó por la muerte de su compatriota y exigió un castigo para los culpables. La falta de entendimiento entre el enviado español y el gobierno peruano, unido a la información errónea proporcionada por el primero a la Escuadra, llevó a la ocupación española el 14 de abril de 1864 de las peruanas islas Chincha, fuente de ingresos muy importante para aquel país. La firma el 2 de febrero de 1865 del Tratado Vivanco-Pareja, por el que Perú se comprometía a pagar una indemnización fue rechazada por la opinión pública peruana, dando comienzo a una sublevación militar que llevaría al derrocamiento del presidente constitucional y al ascenso al poder del coronel Mariano Ignacio Prado el 28 de noviembre del mismo año. Un mes antes, Chile había declarado la guerra a España. El 14 de enero de 1866 se firmó el "Tratado de Alianza ofensiva y defensiva, celebrado entre las Repúblicas de Perú y Chile" por el que ambos países unieron sus fuerzas contra España.