En el siglo XVII, la guerra con Portugal se dejó sentir profundamente en toda la Sierra de Gata. Debido al clima de inseguridad, la iglesia de la Torre se fortificó, como queda reflejado en el pequeño plano de la colección Gaignières, “Fuerte de la torre de Gata”, que se conserva en la Biblioteca Nacional de Francia (L.M.R.C., 2013). En este documento excepcional, se observa que el templo fue protegido con una defensa irregular dotada de tres baluartes. Este fuerte, del que no se conserva ningún elemento en la actualidad (aunque su forma y dimensiones coinciden en el plano con la plaza de la Limera o el atrio), estaba reforzado con un foso por todos sus lados, menos por el sur, ya que por este lateral se unía a la plaza Mayor mediante una empalizada. Finalmente en Torre de Don Miguel no se sufrieron grandes destrucciones, pero el merodeo de cuadrillas durante el conflicto causó la muerte a no pocos lugareños, los campos quedaron arruinados y se padeció falta de mano de obra; tanto, que el procurador general de la villa aseguraba en el año 1644 que la Torre estaba “mui diminuta y corta de vezindad y no tiene mas que ciento y veinte vezinos (…). Y que dicha villa mi parte es mui pobre y los vezinos de ella no tienen mas que alguna hazienda con que alimentar a sus mugeres y hijos sino es con su trabajo, y se pasa mucha necesidad y hambre”. (Torres González, 1994). A finales de este siglo, en 1681, se fundó el cabildo eclesiástico con el nombre de “Hermandad y Cabildo de la Asunción de la Soberana Reina de los Ángeles” que, en principio, estaba reservado a sacerdotes naturales de la villa y residentes en ella.