Падчас вайны ён падтрымліваў найбольш агрэсіўны варыянт абарончай стратэгіі. У студзені 1916 года Шэер быў прызначаны камандуючым флотам Адкрытага Мора пасля смерці адмірала фон Поля. Ён камандаваў германскім флотам у Ютландскай марской бітве. У сваім аператыўным загадзе на 31 мая 1916 года Шэер ясна даў зразумець, што мае намер даць бой частцы брытанскага флоту. Нягледзячы на тое, што яму не ўдалося нанесці паражэнне брытанскаму Гранд-Фліту, ён пазбег знішчэння свайго флоту колькасна пераўзыходзячымі сіламі праціўніка, нанёсшы пры гэтым значныя страты англічанам. Пасля заканчэння Ютландскага бою Шэера сустрэлі як героя. 5 чэрвеня яму было нададзена званне поўнага адмірала і ў той жа дзень узнагароджаны ордэнам Pour le Merite — вышэйшай ваеннай узнагародай Прусіі. За ўдзел у Ютландскай бітве кайзер Вільгельм II завітаў яму рыцарскі тытул, аднак Шэер адмовіўся ад тытула (яго падначалены віцэ-адмірал Хіпер, які камандаваў у бітве авангардам, прыняў тытул, і атрымаў дваранскую прыстаўку "«фон»" да прозвішча). Пасля Ютландскага боя Шэер страціў веру ў магчымасць перамогі флоту Адкрытага Мора над брытанскім флотам і стаў перакананым прыхільнікам неабмежаванай падводнай вайны супраць Вялікабрытаніі.