Afranio combatió, en 46 a. C. a las órdenes de Escipión en Tapso, donde los pompeyanos caerían derrotados. Tras ello él y Fausto Sila intentaron escapar a Mauritania para continuar la resistencia junto con unos 1.500 jinetes, pero acabaron capturados por "Publius Sittius", un aventurero aliado de César y asesinados un par de días después.