Крім сербсько-боснійського та сербсько-хорватського конфліктів у Боснії та Герцеговині у 1993—1994 роках розгорівся повномасштабний хорватсько-боснійський конфлікт в Герцеговині у районах з мішаним хорватсько-боснійським населенням. Зокрема, драматичні події відбувались у містах Новий Травнік (хорватів — 43,12 %, боснійців — 35,89 %) та Горний Вакуф ("хорв. назва" — Ускоплє; боснійців — 55,84 %, хорватів — 42,51 %). Кульмінацією конфлікту стала битва за Мостар, західну частину якого населяли хорвати (що становили 39,6 % населення міста), а східну — боснійці (36,6 % населення міста). Прагнучи оволодіти східною частиною Мостару, хорватські військові тримали місто в облозі з травня по вересень 1994 року, коли боснійське командування, прагнучи зняти з нього облогу, розпочало битву за Неретву, яка була припинена, а боснійські війська відкликані після скоєння ними воєнних злочинів проти цивільного хорватського населення у селах Грабовіца та Уздол. Хорватсько-боснійський конфлікт був офіційно припинений після підписання низки угод у лютому-березні 1994 року, внаслідок яких хорватські та боснійські території в Боснії та Герцеговині були об'єднані у федерацію Боснії та Герцеговини і кількість воюючих сторін у Боснійській війні скоротилась до двох.