В ходе межэтнического конфликта в Палестине Мишмар-ха-Эмек неоднократно подвергался нападениям, как во время арабского восстания 1936—1939 годов, так и позже. Евреи, со своей стороны, организовали в кибуце учебный лагерь «Пальмаха». 4 апреля 1948 года Мишмар-ха-Эмек был атакован большими силами Арабской освободительной армии при поддержке артиллерии. Командующий АОА Фавзи аль-Кавукджи бросил на захват маленького кибуца более тысячи солдат. Была организована эвакуация детей и женщин, а защитники кибуца, которых было впятеро меньше, чем нападающих, получили подкрепление. К 12 апреля еврейские части под командованием Ицхака Саде заставили арабскую армию отступить, что привело к бегству жителей окрестных арабских деревень. Последняя атака Кавукджи на Мишмар-ха-Эмек привела его части в котёл, из которого им с трудом удалось вырваться; после этого АОА фактически ушла из Галилеи. Ещё раз военные действия коснулись Мишмар-ха-Эмека в декабре, когда часть жителей погибла в результате бомбёжки иракскими ВВС.