Da Første slesvigske krig tok til i 1848, meldte han seg frivillig til hæren. Omstendighetene tyder på at han ikke planla å vende hjem igjen. Han ble funnet skutt ved Bedsted i Tønder, og det er et åpent spørsmål om han ble drept av et vådeskudd eller om han tok sitt eget liv. Lundbye var 29 år gammel da han døde.