Током Бечког рата (1683-1699) читаво подручје Поморишја је постало поприште сукоба између хабзбуршких и турских снага. Након Велике сеобе Срба (1690) српски патријарх Арсеније III је успео да издејствује званичну потврду надлежности српског епископа Исаије Ђаковића над ширим подручјем Поморишја. Његово положај је потврђен повељом цара Леополда I од 4. марта 1695. године, чиме је озваничено постојање тамошње српске епархије под хабзбуршком влашћу. Пошто хабзбуршка војска до краја рата није успела да преотме читав Банат од Турака, све области јужно од реке Мориша су по слову Карловачког мира (1699) морале да буде враћене под турску власт. Услед тога, епископу Исаији Ђаковићу је преостало само северно Поморишје и он је за главно место своје епархије убрзо одабрао град Арад. Од тог времена, ова епархија се и званично прозвала "Арадском епархијом". У проширеном наслову арадских епископа помињана су и друга места са подручја ове епархије, а најчешће Јенопоље и Велики Варадин.