1940 folgte die Ausrüstung weiterer Staffeln. Bis zum Ende des Jahres waren 32 "Ar 196" durch Feindeinwirkung verloren gegangen. Angeblich wurde am 26. Mai 1941 im Verlauf des Unternehmens Rheinübung vergeblich versucht, ein Flugboot des Typs Consolidated PBY der Royal Air Force vom Schlachtschiff Bismarck aus durch eine Ar 196 A-4 abzufangen. Nach dem Beginn des Deutsch-Sowjetischen Krieges flogen mehrere Seeaufklärergruppen mit diesem Flugzeug von der Nordatlantikküste über das Schwarze Meer bis zur Ägäis. Dort wurden sie ab 1944 auch gegen Widerstandskämpfer eingesetzt. Im Februar 1943 wurde eine einzelne Arado A-3 (SNCASO Werknummer 1006) in Schweden nach einer Notlandung beschlagnahmt. Das Flugzeug erhielt das schwedische Kennzeichen codice_8 und wurde im Mai 1945 den Briten übergeben. Dort flog die Maschine bei der Royal Air Force zu Erprobungen und wurde 1946 an Schweden zurückgegeben. Auch in Fernost war die "Ar 196" zu finden. So flogen zwei dieser Maschinen beim Fliegerkommando in Penang im japanisch besetzten Malaysia zum Schutz der dort stationierten deutschen U-Boote und weitere Maschinen an Bord der in diesem Gebiet operierenden deutschen Hilfskreuzer.