Параньяке был основан монахами из ордена августинцев в ноябре 1572 года. Ввиду близости к морю, Параньяке играл огромную роль в торговых отношения Филиппин с Китаем, Индонезией и другими государствами. Несколько раз Параньяке принимал сторону испанского правительства. Однако, несмотря на это, он стал одним из первых городов, которые поддержали Филиппинскую революцию, направленную против колониальной политики Испании. Во времена властвования на Филиппинах американцев, Параньяке стал одним из первых городов, которые получили городское самоуправление.