En 1864, sin embargo, tras la Intervención Francesa, se restableció el sistema monárquico y centralista, el Segundo Imperio Mexicano dirigido por el emperador Maximiliano de Habsburgo. La Asamblea de Notables que ejerció el poder legislativo de manera provisional, promulgó el "Estatuto Provisional del Imperio Mexicano", ordenamiento legal que delineaba la organización política del Imperio, el estatuto también establecía, entre otras cosas, las normas para la administración territorial. Entre los preceptos estaba la división en cincuenta departamentos gobernados por Prefectos políticos, directamente nombrados por el monarca; entre ellos y el emperador se crearon las figuras de Comisarios y Visitadores, autoridades intermedias con facultades de auditoría y procuración de justicia; los Departamentos fueron divididos en distritos gobernados por subjefes y municipios con la tradicional organización de ayuntamientos y alcaldes; cada departamento contaba con Consejos Departamentales con facultades legislativas; entre Prefectos y Alcaldes habría Comisarios imperiales como autoridad intermedia. El Imperio fue depuesto en 1867 y el federalismo republicano sería restaurado nuevamente bajo la Constitución Federal de 1857.