После аннексии Литвы СССР в июне 1940 года граф Тышкевич был арестован и доставлен в Москву. Он отверг предложение сотрудничать с НКВД в обмен на выезд в Италию. Был освобождён из тюрьмы в октябре 1941 года. Был начальником автомобильной службы в Польских Вооружённых сил на территории СССР (Армия генерала Андерса). В 1944 году он был офицером объединённого II Польского Корпуса в чине ротмистра кречовецких уланов, в том числе офицером для поручений командира PSZ (Польские Вооружённые Силы на Ближнем Востоке, и при отделениях итальянцев, воюющих на стороне Антигитлеровской коалиции. Организовал Польский Красный Крест в Италии. В мае 1944 года, в период битвы за Монте-Кассино, изобрёл и сконструировал устройство, позволяющее обнаруживать и уничтожать немагнитные противопехотные мины.