Jauffret wurde 1759 als Sohn des Notars André Jauffret und dessen Ehefrau Catherine Grisolle geboren. Sein Bruder war der Historiker, Anthropologe und Dichter Louis-François Jauffret. 1769 begann Jauffret eine Ausbildung bei den Oratorianer in Toulouse und wechselte zum großen Seminar nach Aix-en-Provence. Es folgte die Promotion zum Lizentiat beider Rechte und zum Doktor der Theologie. Anschließend war er Stiftsherr an der Stiftskirche Saint-Pancrace in Aups bis er zum Propst von Barjols ernannt wurde. Dann wechselte er nach Paris. 1790 wehrte er sich während der Französischen Revolution gegen die Zivilverfassung des Klerus mit der die Kirche in das neue politische System in Frankreich integriert werden sollte. 1791 publizierte er "De la religion à l’Assemblée Nationale : discours philosophiques et politiques" und die Zeitschrift „"Annales religieuses, politiques et littéraires"“ mit der er gegen die politischen Veränderungen der Französischen Revolution protestierte und sich für die Freiheit der Religionsausübung aussprach. Nach dem Tuileriensturm floh Jauffret erst nach Orléans, dann in die Provence. Erst 1795 kehrte er nach Paris zurück.