Beim Ausbruch des Bürgerkriegs 49 v. Chr. war er dennoch einer der ersten, die Caesar auf Einladung der Republikaner verließen, anscheinend nachtragend wegen mangelnder Anerkennung, auch wenn er unter Caesar die Kavallerie befehligt hatte. Mangels aussagekräftiger Quellen kann hierüber jedoch nur spekuliert werden. Er wurde von der Gegenseite willkommen geheißen, brachte aber keine große Armee mit. Sein Misserfolg unter Pompeius war so auffällig wie sein Erfolg zuvor unter Caesar. Von der Niederlage in der Schlacht von Pharsalos, zu der er durch die Verachtung beisteuerte, die er seinen ehemaligen Kameraden entgegenbrachte, floh er nach Kerkyra, anschließend nach Africa. Dort war er durch rein zahlenmäßige Überlegenheit in der Lage, Caesar einer leichten Prüfung in der Schlacht von Ruspina im Jahr 46 v. Chr. zu unterziehen. Als maßgeblicher Kommandeur der Pompeianer wurde er zu Caesars gefährlichstem Feind. Nach der Niederlage in der Schlacht bei Thapsus schloss er sich dem jüngeren Gnaeus Pompeius in Hispanien an und wurde in der Schlacht von Munda getötet. Sein abgeschlagener Kopf wurde Caesar überbracht.