Vapautumisen aikakaudella vuonna 1963 Husákin tuomio kumottiin ja hänet otettiin uudelleen puolueen jäseneksi. Vapauduttuaan hän arvosteli uus-stalinistista puoluejohtoa ja nousi varapääministeriksi huhtikuussa 1968. Prahan kevään aikana Husák kuitenkin vaihtoi poliittisista linjaa ja vastusti puolueen ensimmäisen sihteerin Alexander Dubčekin ajamaa ihmiskasvoista sosialismia. Kremlin tukemana Husák nousi ensimmäiseksi sihteeriksi (vuodesta 1971 virkaa kutsuttiin pääsihteeriksi) vuoden 1969 huhtikuussa.