Zu Beginn der neuen Saison startete Stenersen wieder im IBU-Cup und erreichte mit einem neunten Platz im Sprint in Ridnaun erneut seine beste Platzierung im IBU-Cup. Nach dem Jahreswechsel startete er 2016 wieder bei Einzelrennen im Weltcup. Zunächst verfehlte er mit einem 42. Platz in der Verfolgung in Ruhpolding erneut knapp einen Platz in den Punkterängen. In der zweiten Wettkampfwoche in Ruhpolding kam Stenersen mit einem Fehler im Einzel und dem daraus resultierend siebten Platz erstmals unter die ersten 10 Athleten im Weltcup und erhielt seine ersten Weltcuppunkte. Aufgrund seiner guten Platzierung qualifizierte er sich auch für den Massenstart, welchen er als 22. beendete. Bei den restlichen Einzelrennen der Saison konnte er nicht an seine Leistung aus dem Einzelrennen anknüpfen. Mit Ingela Andersson wurde er in Canmore neunter im Single-Mixed-Wettbewerb und bei den Biathlon-Weltmeisterschaften 2016 in Oslo siebter mit der schwedischen Herrenstaffel. In der Gesamtwertung der Saison erreichte er den 59. Platz und in der Disziplinenwertung des Einzelrennen den 29. Platz.