Новые указы привели вскоре к так называемому мятежу «конфедератов» — сторонников сохранения привилегий для католического большинства и политической независимости Польши, для чего предполагалось свергнуть Понятовского и начать войну с Россией. После начала мятежа Репнин потребовал от Понятовского его подавления, однако в итоге для этого пришлось использовать в очередной раз введённые в Польшу русские войска. Разбитые конфедераты частью начали партизанскую борьбу против русских, частью отступили в соседние страны.