1482年から1484年まで、彼は宿敵デッラ・ローヴェレ家のローマ教皇シクストゥス4世と同盟したヴェネツィア共和国と戦った。これは（1482年 - 1484年）と呼ばれた。エルコレはバニョロの和議で戦いを終わらせ、フェラーラは教皇軍の情け容赦ない破壊の運命から逃れた。このため、1494年から1498年のイタリア戦争において、エルコレは中立を決め込み、教皇国との友好関係に努めた。彼は嫡子アルフォンソの妻にルクレツィア・ボルジア（教皇アレクサンデル6世の娘）を迎えることに成功し、この結婚はおびただしい領土の寄進をもたらした。