במרבית שלבי מלחמת העולם השנייה בולגריה הייתה בעלת ברית של גרמניה הנאצית מתוקף חתימתה על ההסכם התלת-צדדי. על יהודי סופיה הוחל החוק להגנת האומה והגברים בגילאי 20 עד 40 נשלחו לעבודות כפייה. במרץ 1943 ניצלו בני הקהילה מגירוש אל מחנות ההשמדה, ובמאי גורשו יהודי העיר לערי השדה בבולגריה. לאחר המלחמה חודשה הפעילות הציונית והחלה עלייה לישראל. עם הקמת מדינת ישראל עלו מרבית בני הקהילה ארצה ובשלהי העשור הראשון של המאה ה-21 התגוררו בסופיה כ-2,500 יהודים.