Als Chruschtschow zum Abschluss des XX. Parteitages der KPdSU in einer Geheimrede mit dem Stalinismus und dessen Verbrechen abrechnete, stieß dieses Vorgehen auf erhebliche Kritik hoher Funktionäre der KPdSU, die im Jahr darauf unter Führung von Molotow für die Absetzung von Chruschtschow plädierten. Letzterer wandte sich um Hilfe an Schukow, der bei einer entscheidenden Sitzung im Zentralkomitee der Partei im Juni 1957 das Blatt wendete, indem er mit dem Eingreifen der Armee zugunsten Chruschtschows drohte. Von Juni bis Oktober 1957 war Schukow Mitglied des Präsidiums des ZK der KPdSU. Als Chruschtschow etwas später begann, Armee und Flotte aus Kostengründen zu verkleinern und dafür die strategischen Nuklearstreitkräfte als eigentliches Abschreckungsmittel zu etablieren, leistete Schukow Widerstand und brüskierte mehrmals den Parteichef. Als sich Chruschtschow in seiner Autorität ernsthaft bedroht sah, nutzte er eine Jugoslawien-Reise Schukows und entfernte ihn am 26. Oktober 1957 aus seinem Ministeramt und dem Präsidium des ZK der KPdSU und versetzte ihn ein Jahr später in den Ruhestand.