W 1997–2001 Ko Jong-soo grał w reprezentacji Korei Południowej. W 1998 pojechał z reprezentacją na mundial do Francji i wystąpił we wszystkich trzech meczach grupowych. W 2000 uczestniczył z Koreą w Igrzyskach Olimpijskich w Sydney. W 2001 uczestniczył w Pucharze Konfederacji na których zagrał w dwóch meczach. Łącznie w reprezentacji Korei Południowej zaliczył 38 spotkań i strzelił 6 bramek.