מחוז ימאגוצ'י נוצר מאיחוד הפרובינציות סואו ונאגטו. עם עליית מעמד הסמוראים במהלך תקופת הייאן ותקופת קאמאקורה, צברו שבט אואוצ'י מסואו ושבט קוטו מנאגטו כוח רב. בתקופת אשיקאגה כבש ראש שבט אואוצ'י, אואוצ'י הירויו, את הפרובינציה השכנה ואיחד אותה עם הפרובינציה שלו. השבט המשיך לצבור כוח והון, באמצעות יבוא מוצרי תרבות מקוריאה ומסין של שושלת מינג. לאחר מספר חילופי שלטון בנחלה, השתלט שבט מורי על כל חבל צ'וגוקו, ושלט בו לאורך תקופת סנגוקו. בקרב סקיגהארה, שנערך ב-1600, ניצח טוקוגאווה איאיאסו את שבט מורי, שנאלץ לוותר על צ'וגוקו, אך זכה לשמור על נחלות סואו ונאגטו, והקים טירה בעיר האגי.