למרות עושרה של העיר, המעמדות הנמוכים נותרו עניים והעושר מהמכרות הגיע רק למעמדות הגבוהים. בסוף המאה ה-18 התושבים תקפו את הבניין בו הוחזק הונו של הכתר הספרדי מהכרייה כמחאה על המיסים הגבוהים, אחד האירועים המבשרים של מלחמת העצמאות של מקסיקו. המלחמה פרצה ב-1810 בעיירה דולורס (כיום דולורס אידלגו) בהנהגתו של מיגל אידלגו, בקרבת גואנחואטו. כעבור זמן קצר כוחותיו של אידלגו הגיעו אל גואנחואטו והצליחו לכבוש אותה לאחר הקרב הראשון במלחמה מול כוחות צבאיים של ספרד.