Makronisos byl tradičně vězeňským ostrovem. Za balkánských válek zde byli internováni váleční zajatci a po řecko-turecké válce uprchlíci z Malé Asie. V době občanské války a vlády plukovníků byl na ostrově zřízen kárný tábor pro lidi obviněné ze spojení s komunisty, kteří zde byli podrobeni brutální převýchově zahrnující mučení a nucené práce. Ostrov proto získal přezdívku „řecké Dachau“. Vězněni zde byli např. Janis Ritsos, Thanasis Vengos, Mikis Theodorakis nebo Apostolos Santas, celkově táborem prošlo okolo šedesáti tisíc osob (z toho polovinu tvořili civilisté).