Vid revolutionsutbrottet 1830 blev Czartoryski president i den provisoriska regeringen och senare i januari 1831 i nationalregeringen. Sedan denna i augusti störtats av ett ytterlighetsparti och Jan Krukowiecki blivit diktator, inträdde Czartoryski som menig soldat i frihetshären. Efter resningens kuvande måste han, undantagen från "generalamnestin", fly till utlandet. En del av sin förmögenhet hade han offrat på upproret, medan hans polska egendom konfiskerades.