Ο Μπανί-Σαντρ δεν ήταν κληρικός, καθώς ο Χομεϊνί είχε επιμείνει ότι οι κληρικοί δεν έπρεπε να κατεβαίνουν σε εκλογές για ανώτατες θέσεις. Τον Αύγουστο και τον Σεπτέμβριο του 1980, ο Μπανί-Σαντρ επέζησε από δύο συντριβές ελικοπτέρων που τον μετέφεραν κοντά στα σύνορα Ιράν-Ιράκ. Κατά τον Πόλεμο Ιράν-Ιράκ διορίσθηκε από τον Χομεϊνί αρχιστράτηγος των Ενόπλων Δυνάμεων (10 Ιουνίου 1981).