В 1856 году Вудрафф стал церковным историком и проработал на этой должности в течение тридцати трех лет. Будучи президентом храма с городе Сент-Джордж он под руководством Бригама Янга стандартизировал храмовые церемонии. Он был крещён за умерших подписантов Декларации независимости США и других американских отцов-основателей, так как утверждал, что они посетили его в видении.