Jeho reprezentační kariéra začala 2. listopadu 1989 v Praze v přátelském utkání proti SSSR (1:2). Hráč jako junior získal stříbro na Mistrovství Evropy do 18 let 1989 v SSSR a bronz na juniorském světovém šampionátu 1990 ve Finsku. Na velké mezinárodní akci se v mužské kategorii Jágr poprvé objevil při Mistrovství světa ve Švýcarsku 1990, kde zaujal v útoku s dalšími mladíky – Robertem Reichelem a Robertem Holíkem. Československý výběr zde vybojoval bronzové medaile. Za Československo se představil ještě při Kanadském poháru 1991, kde však národní tým obsadil poslední šesté místo.