Nella stagione 1963-1964 la squadra chiude il campionato al terzo posto dietro il campione e la Grande Inter (battuta 2-0 nel derby di andata), eguagliando il record della Juventus: quello del maggior numero di vittorie in trasferta (11) nei campionati a 18 squadre. In Coppa dei Campioni, dopo aver superato agli ottavi il Norrköping, i rossoneri vengono estromessi ai quarti dal : non basta la vittoria di San Siro per 2-0 per ribaltare il 4-1 subito in Spagna. Anche in Coppa Italia esce ai quarti, questa volta per mano della Fiorentina. In questa stagione i "Diavoli" perdono, al Maracanã contro il di Pelé (1-0), la Coppa Intercontinentale al termine della terza partita (lo spareggio), necessario dopo che andata e ritorno si erano concluse con il punteggio di 4-2 per i rossoneri e per i brasiliani. L'argentino Juan Regis Brozzi, autore di due arbitraggi molto contestati nelle due partite giocate in Brasile, verrà sospettato di essere stato corrotto per favorire la squadra sudamericana e successivamente radiato. Nel 1963 nasce inoltre il primo magazine ufficiale mensile interamente dedicato al club rossonero, dal nome Forza Milan!.