Miután a Molotov-Ribbentrop paktummal biztosította magát a kétfrontos háború ellen, Hitler már elfogadhatónak ítélte meg Lengyelország megtámadásának kockázatát. 1939. szeptember 1-án Németország megindította a támadást a lengyelek ellen és megkezdődött a második világháború. A németek új villámháborús ("Blitzkrieg") taktikája meglepte a brit-francia szövetségeseket. Franciaország rövid időn belül részleges megszállás alá került, a déli felén bábkormány alakult. Anglia még tartotta magát és Hitler nem merte megkockáztatni a La Manche csatornán való átkelést. 1941. június 22-én megnyitották a keleti frontot, megtámadták a Szovjetuniót. A Wehrmacht rendkívüli sebességgel nyomult előre, de a tél beköszöntével Moszkva alatt a Vörös Hadsereg megállította. A németek helyzetét tovább bonyolította, hogy a japánok Pearl Harbor-i támadása után kénytelenek voltak hadat üzenni az Egyesült Államoknak. A megszállt területek polgári lakossága nem sok jóra számíthatott. A nemzetiszocialista ideológia szerint az "élettér" alacsonyabbrendű szláv lakosságát kényszermunkával és éheztetéssel meg kellett tizedelni, hogy helyükre majd "árja" németeket telepítsenek. A Generalplan Ost alapján 31 millió szláv és 11 millió zsidó kiirtásával számoltak. Tömegesen hurcolták el a lakosságot németországi kényszermunkára, számuk 1944-re elérte a 8 milliót. Hitler már 1939-ben kihirdette az európai zsidók kiirtását. 1941 szeptemberétől elrendelte, hogy kötelező ruhájukon sárga csillagot hordaniuk. Az 1942-es wanseei konferencián döntés született a "zsidókérdés" végleges megoldásáról. A megszállt területeken gettókba zárták a zsidókat és tömegesen végezték ki őket, majd felállították a "megsemmisítőtáborokat" (Auschwitzban, Belzecben, Sobiborban és Treblinkában) amelyek elődleges célja a népirtás volt. A háború végéig mintegy 6 millió zsidót gyilkoltak meg, közülük 3 millió lengyelországi illetőségűt.