В ночь вербного воскресенья с 28 на 29 марта 1942 года во время бомбардировки Любека, разрушившей пятую часть исторического центра города, несколько бомб упало в непосредственной близости от собора и вызвали обрушение восточной части сводов хора на главный алтарь 1696 года. Пожар в соседних помещениях собора, занятых музеем, перекинулся на стропила. К середине дня обрушились башни, орган работы Арпа Шнитгера и его помощника "Ганса Гантельмана" стал добычей пожара. Однако большую часть внутреннего убранства (триумфальный крест и практически все средневековые створчатые алтари) удалось спасти. Уже после войны в 1946 году незакреплённый фронтон северного поперечного нефа рухнул на притвор, почти полностью разрушив его.