しかしイラン・イラク戦争や湾岸戦争でスカッドが大量に使用されたほか、ソビエト連邦の崩壊によって弾道ミサイルと関連技術・技術者が第三世界に拡散したことで、これらの戦術弾道ミサイルへの対策が求められるようになった。まず応急的な施策が行われたのち、1993年に成立したクリントン政権において、本土防衛のための国家ミサイル防衛（NMD）と、同盟国および海外展開米軍部隊の防衛のための戦域ミサイル防衛（TMD）の二本柱として再編成された。これらの新しいBMD体制では宇宙配備システムは棄却され、地上配備システムと海上配備システムに注力することとされた。そしてこの海上配備システムのプラットフォームとして、イージス艦が期待されるようになった。