Perrotta participe à l'Euro 2004, mais lui et son équipe sont éliminés dès le premier tour. Néanmoins, deux années plus tard, il participe à la Coupe du monde 2006, et devient champion du monde, après avoir participé à tous les matchs de la Coupe du monde. Il fait partie de l'équipe victorieuse de la Coupe du monde 2006 en compagnie de ses coéquipiers romains Francesco Totti et Daniele De Rossi. Titulaire lors de tous les matches et donc de la finale, il est remplacé par Vincenzo Iaquinta à la . Sa ville de naissance, Ashton-under-Lyne, en Angleterre, lui consacre une statue à ce titre.