את עונת &lt;a href="%D7%A2%D7%95%D7%A0%D7%AA%202012/2013%20%D7%91%D7%91%D7%95%D7%A0%D7%93%D7%A1%D7%9C%D7%99%D7%92%D7%94"&gt;2012/13&lt;/a&gt; פתח רובן על הספסל, בשל העדפתו של המאמן יופ היינקס לפתוח בהרכב עם תומאס מולר בכנף ימין ועם טוני קרוס כקשר התקפי. רובן שיחק באותה עונה בעיקר כמחליף, אך זכה בהזדמנות כאשר נפצע טוני קרוס במשחק הראשון מול יובנטוס ברבע גמר ליגת האלופות. רובן החליף את קרוס והצטיין בהמשך המשחק, בו ניצחה באיירן בתוצאה 0–2, וגם במשחק הגומלין בטורינו, בו ניצחה באיירן מינכן באותה תוצאה. רובן המשיך לתפוס את מקומו של קרוס שנעדר עד לסוף העונה, ובחצי הגמר הראשון מול ברצלונה הבקיע את השער השלישי בניצחון 0–4 באליאנץ ארנה, ואת השער הראשון במשחק הגומלין בקמפ נואו, בו ניצחה באיירן את ברצלונה בתוצאה 0–3 ועלתה לגמר. ב-25 במאי 2013 בישל רובן את השער הראשון למריו מנדזוקיץ' וכבש את שער הניצחון בדקה ה-89 של גמר ליגת האלופות מול בורוסיה דורטמונד, לאחר בעיטה חלשה ומדויקת שהכניעה את רומן וידנפלר ואת שאר שחקני ההגנה של בורוסיה דורטמונד. רובן נבחר לשחקן המצטיין של המשחק. בעונה זו זכה רובן עם באיירן מינכן בטרבל, כאשר נוסף על הזכייה בליגת האלופות, זכה רובן עם באיירן גם באליפות הבונדסליגה בפער של 25 נקודות מהסגנית בורוסיה דורטמונד, על אף שערך 16 הופעות בלבד והבקיע חמישה שערים, ובגביע הגרמני, לאחר ניצחון 2–3 בגמר על שטוטגרט, כאשר בדרך לגמר, הבקיע רובן שער ניצחון מול בורוסיה דורטמונד ברבע גמר הגביע הגרמני, במשחק שהסתיים בתוצאה 0–1 לבאיירן. בזכות שער הניצחון שלו בשלהי גמר ליגת האלופות והזכייה בטרבל, עונה אחת לאחר שבאיירן איבדה את כל התארים, נטען כי רובן שיקם את התדמית שלו ונפטר מתדמית הלוזר שדבקה בו.