אחלגורי נוסדה בתקופת שלטונו של סאורמג הראשון, המלך השני של ממלכת איבריה (234 לפנה"ס לערך - 159 לפנה"ס לערך). ההיסטוריון הגאורגי, וחושטי מציין אותה בכתוביו כעיר קטנה בה שכנו גאורגים וארמנים. בתקופה פיאודלית מאוחרת יותר, במאה ה-15, נכללה אחלגורי בתחום דוכסות כסאני (ქსნის საერისთავო). בתקופת גאורגיה הסובייטית, בין השנים 1935-1991, נקראה העיירה של שמו של לנין, לנינגורי (ლენინგორი) ונכללה בתחום האובלסט האוטונומי של דרום אוסטיה. עם הכרזת העצמאות של גאורגיה הכריזה דרום אוסטיה על ניתוקה מגאורגיה, ולאחר המלחמה האוסטית הראשונה ומלחמת האזרחים שבאה בעקבותיה, 1991-1992, נותרה אחלגורי תחת השליטה הגאורגית בקרבת הגבול עם הרפובליקה הבדלנית, והיותה אחת מסלעי המחלוקת בסכסוך הגאורגי-אוסטי.