De Moskouse autoriteiten gebruikten de burgerlijke onrust om, na het verwerpen van het Verdrag van Jazjelbitsy, de oorlog aan te gaan met de FRN. Het leger van Moskou behaalde een overwinning bij de Slag bij de Sjelon in 1471, wat leidde tot de daaropvolgende beëindiging van de politieke isolatie van Novgorod. In 1478 stuurde Ivan III zijn leger om Novgorod te belegeren en annexeerde uiteindelijk de hele FRN, waarmee deze ophield te bestaan. De stad Novgorod bleef haar positie als belangrijk handelscentrum echter behouden tot het begin van de 18e eeuw, toen Sint-Petersburg deze functie overnam.