נסטרוביץ' היה חבר בנבחרת הלאומית של סלובניה יותר מעשור (1997–2008) ואף היה הקפטן של הנבחרת למספר שנים עד לפרישתו ב-2008 אליה הגיע בגלל עומס משחקים וגילו המבוגר יחסית. נסטרוביץ' הוביל את הנבחרת למספר הישגים שבהם המקום ה-6 המכובד באליפות אירופה 2005 ואף גם להעפלה ראשונה של הנבחרת לאליפות העולם 2006.