Im Sommer 1944 wurde Weimer als mutmaßlicher Mitverschwörer des Attentats vom 20. Juli 1944 von der Gestapo verhaftet. Aus gesundheitlichen Gründen wurde er zunächst in das Stuttgarter Robert-Bosch-Krankenhaus eingeliefert, wo ihm Ärzte monatelang Transportunfähigkeit attestierten. Im November 1944, kurz nachdem der Chefarzt des Krankenhauses Weimer schließlich unter wachsendem Druck Transportfähigkeit zugesprochen hatte, starb dieser im Keller des Krankenhauses infolge der brutalen Verhöre durch die Gestapo.