In het begin van de 20e eeuw was het park de locatie voor een belangrijk deel van de Namibische geschiedenis. De Namibische Genocide nam een belangrijke wending in 1904 aan de voet van het Waterberg Plateau. Op 11 juni 1904 arriveerde de Duitse generaal Lothar von Trotha in Swakopmund en nam het militaire gezag op zich. In tegenstelling tot de gouverneur Theodor Leutwein onderhandelde Von Trotha niet meer met de Herero over het gebied. Hij verklaarde hun de oorlog en de strijd verhevigde zich. De Duitse troepen hadden de beschikking over mitrailleurs en zware artillerie en vele Hererosoldaten sneuvelden in verschillende treffen. Op 11 augustus werden de opgejaagde Herero definitief verslagen bij Ohamakari, een plaatsje bij het plateau. De Herero vluchtten hierop de "Omaheke" (het zandveld) in, in de richting van "Bechuanaland", het huidige Botswana.