В 19 февраля 1949 году арестован по делу ЕАК. Против Гонтаря дал показания еврейский писатель Х. Ш. Вайнерман. Якобы Гонтарь в апреле 1946 года поручил ему, «пользуясь правом корреспондента газеты „Эйникайт“, проникать на предприятия и новостройки, собирать там необходимые шпионские сведения, облекая их в форму литературных очерков и направлять в „Еврейский антифашистский комитет“». В своём заявлении в ноябре 1955 по поводу собственных показаний Гонтарь писал: «…Подписал же я протокол потому, что он &lt;следователь — "ВП"&gt; вынуждал меня силой и угрозами подписывать сфабрикованные им протоколы… Следователь М. бил меня ключами по голове, руками, ногами по животу, заставляя стоять долгими часами у стены, угрожая арестом моей жены и членов моей семьи…». Срок отбывал в 3-м лаготделении Степлага. Участвовал в лагерной самодеятельности, на концерте для заключённых в присутствии лагерного начальства прочитал своё антисталинское стихотворение «Без гнева ворона в снегу // На поле видеть не могу…». Вышел из восставшего лагеря.