Després de la batalla va fugir a Còrcira i després a Àfrica. Per influència de Cató va obtenir el comandament suprem per ser de rang consular, per damunt de Publi Atti Var. Pius Escipió volia destruir Útica per acontentar al rei Juba I de Numídia, però Cató va aconseguir impedir-ho. La seva conducta a Àfrica va ser opressiva, d'una manera similar a com ho havia fet a Síria, i va saquejar i deixar assolat el país. El desembre del 47 aC Cèsar va desembarcar i l'abril del 46 aC va derrotar a Juba i Pius Escipió a la decisiva Batalla de Thapsus.