1453'te Konstantinopolis'in Osmanlılara düşmesinden sonra, 15. yüzyıl sonu ile 16. yüzyıl başı arasında kilise, Fatih Sultan Mehmed'in eski bir askeri olan Toklu İbrahim Dede tarafından mescide dönüştürüldü. Yakındaki Ebû Șeybet ül Hudrî "türbe"si, Peygamberimizin arkadaşı olan daha ünlü Ebû Eyyûb el-Ensari (Muhammed'in sancağı) gibi. Her ikisi de Konstantinopolis'in ilk Arap kuşatması sırasında öldü ve Herakleios duvarının dışına gömüldü. Ebû Șeybet ül Hudrî türbesi şimdi Herakleios Duvarı ile V.Leon'nun Duvarı arasındaki surlarda yer almaktadır.