בכל השטח נחשפו קברי שוחה אחדים מן התקופה הביזנטית. במרחק מה משער יפו (במקום שמצוי כיום שער הכניסה המערבי לאוטובוסים לחניון) נחשפה קפלת תפילה נוצרית קטנה, עם אפסיס קטנה הפונה למזרח, ובו עקבות פרסקו המתאר את סצנת הבשורה. בקיר הצדדי נפער פתח אל מערה ובה נמצאו מושלכות כמויות ניכרות של עצמות אדם. לפני הפתח נמצאו שרידים של כתובת יוונית עשויה ברצפת הפסיפס ובה נאמר: לישועה ולהצלה של מי שהאל יודע את שמותיהם – נוסח הידוע מכנסיות נוצריות אחרות בנות התקופה. צלבים תוארו גם ברצפה וגם על משקוף הפתח למערה. ניפוי ממצא העצמות העלה תליונים אחדים דמויי צלב ומטבעות שהמאוחרת ביותר מביניהן היא מימיו של הקיסר הביזנטי פוקאס (602–610). נתונים אלה ושיקולים נוספים הביאו את החופרים למסקנה שמדובר באחד ממקומות הקבורה אליו נאספו קרבנות הטבח שערכו הפרסים הסאסאנים, במסע האלים שלהם לארץ הקודש בשנת 614. על כשלושים מקומות קבורה שכאלה אליהם אסף תומאס הקברן את קרבנות הטבח ידוע מן המקורות ההיסטוריים (רשימה שנשתמרה בשש גרסאות בערבית ובגאורגית), ומהן עולה שבאזור ברכת ממילא (הוא האזור שמדובר בו כאן) נאספו למעלה מ-20,000 גופות. המערה הזו ודאי היא אחד ממקומות הקבורה, והמקום הראשון בסדרה זו שהתגלה בחפירות.