Cracovie fut presque entièrement détruite lors de la Première invasion mongole de la Pologne en 1241, après que la tentative polonaise de repousser les envahisseurs eut été écrasée lors de la Bataille de Chmielnik. Cracovie fut reconstruite en 1257, sous une forme pratiquement inchangée, et reçut du roi des droits de ville autonomes basés sur la Loi de Magdebourg. En 1259, la ville fut à nouveau ravagée par l'Empire mongol, 18 ans après le premier raid. Une troisième attaque, bien qu'infructueuse, a suivi en 1287. L'année 1311 vit la Rébellion de wójt Albert contre Haut Duc de Pologne Władysław I. Elle impliquait principalement des citoyens de Cracovie germanophones qui, de ce fait, abandonnèrent leurs ambitions politiques. Cependant, la rébellion a coûté à la Pologne la ville de Gdańsk (Dantzig), qui fut repris par l'Ordre Teutonique en 1309.