В различные периоды своей истории Индонезия сталкивалась с разными проявлениями межэтнических и межконфессиональных противоречий, которые периодически принимали форму острых конфликтов. Самой старой, но до сих пор существующей проблемой является враждебное отношение значительной части индонезийцев к местным китайцам. Уже в 1740 году в Батавии произошла массовая резня недовольных политикой властей китайцев. С обретением Индонезией независимости массовые антикитайские выступления, нередко перераставшие в погромы с человеческими жертвами, происходили в 1956—1957, 1959—1960, 1963, 1965—1967, 1980, 1981 и 1982 годах (особенно массовый характер приобрели убийства китайцев во время кампании террора в 1965—1966 годах). Последние крупные погромы китайцев происходили в октябре 1996 года в Ситубондо (Восточная Ява), в декабре 1996 года в Тасикмалае (Западная Ява), в и в . Майские беспорядки 1998 года стали следствием тяжёлого экономического кризиса, который вызвал отставку президента Сухарто и способствовал резкому обострению этноконфессиональных противоречий во многих регионах страны, прежде всего на Сулавеси и Молукках.