Μετά την αποφασιστική νίκη των χριστιανικών δυνάμεων εναντίον του Οθωμανικού στόλου στη ναυμαχία της Ναυπάκτου το 1571, στην οποία το Τάγμα έλαβε μέρος με τρία πλοία, οι Ιππότες ανέλαβαν την προστασία των χριστιανικών πλοίων από τους Βερβερίνους πειρατές και την απελευθέρωση των Χριστιανών σκλάβων που οι τελευταίοι είχαν συλλάβει.