Офіційна дата заснування міста — 24 червня 1564 року іспанцем Дієго де Квіяда, на берегах річки Гріхальва, під назвою Вілла Ермоса. У 1826 році статус містечка було піднято до міста під назвою Сан-Хуан Баутіста де ла Вілла Ермоса. 20 листопада 1840 місто було захоплене військовими силами республіки Техас, які вимагали викуп $20000 сріблом. Під час американо-мексиканської війни в битві за Табаско, місто було захоплене і окупований силами США. У 1863 році, під час французької інтервенції в Мексику, місто було окуповане французькими військами. У 1916 році губернатор Табаско, Франциско-Хосе Муджіко, наказав відновити назву міста Вільяермоса.