Surgieron diversas críticas al autoritarismo imperial, y una revuelta importante sucedió en el Nordeste: la confederación del Ecuador. Fue sofocada, pero el emperador salió muy desgastado del episodio. Otro gran desgaste del emperador fue la guerra de la Cisplatina (1825-1828), donde el país no mantuvo el control sobre la entonces región de la Cisplatina (hoy, Uruguay). También aparecieron los primeros focos de descontento en Rio Grande do Sul, con los farroupilhas.