В 1918 году за отказ расчистить железнодорожные пути для эшелонов белочехов, Евгений Андреевич оказался в «поезде смерти», но ему чудом удалось спастись. Однако уже в следующем 1919 году был арестован ЧК за участие в работе городской думы Самары до революции. Через полгода его освободили, а в 1923 году направили на работу в Среднюю Азию, где он проработал 8 месяцев.