Samuel Huntington war der Neffe und Adoptivsohn des gleichnamigen Gouverneurs von Connecticut und Unterzeichners der Unabhängigkeitserklärung der Vereinigten Staaten, Samuel Huntington. Er besuchte das Dartmouth College und bis 1785 die Yale University. Nach einem anschließenden Jurastudium und seiner Zulassung als Rechtsanwalt begann er zunächst in Connecticut und später in Ohio in diesem Beruf zu praktizieren. Seit dem Jahr 1801 war er im damals noch kleinen Cleveland ansässig.