Après la mort d'Hortense, qui lui a légué un camée ou une épée en récompense de ses loyaux services, le baron Desportes apporte son aide à la seconde tentative de Bonaparte : dès 1839, il sert d'intermédiaire entre le prétendant bonapartiste, réfugié à Londres, et le maréchal Clauzel, en disgrâce depuis l'échec du siège de Constantine en 1836. Mais Clauzel n'accepte pas d'appuyer le putsch de Boulogne, qui tourne au désastre le 6 août 1840 : après un débarquement à Wimereux, à deux lieues au nord de Boulogne, les conspirateurs échouent à soulever le d'infanterie de ligne ou la population boulonnaise, et finissent par être arrêtés. Desportes aurait fait partie des 57 bonapartistes embarqués la veille à bord du vapeur "La Ville d'Edimbourg". Suspecté à juste titre d'avoir pris une part active au complot, Desportes, visé par une visite domiciliaire, ne fera toutefois pas partie des conspirateurs jugés et condamnés par la Chambre des pairs. Louis-Napoléon ayant été incarcéré au fort de Ham, Desportes rend visite au prisonnier et reste en correspondance épistolaire avec lui pendant plusieurs années.