2000-ben a portugál FC Porto szerződtette, és mindjárt az első évében jó benyomást tett az ottani szurkolókra és a sajtóra. A CS Marítimo elleni kupadöntőben ő szerezte csapata második gólját, a Porto pedig elhódította a trófeát (2-0). Az újonnan érkező edzővel, Octávio Machadóval több konfliktusa is akadt, ahogy honfitársának, Szergej Ovcsinnyikovnak is, ráadásul a fiatal Deco kiszorította a kezdőcsapatból. Octaviót kirúgták a gyenge teljesítmény miatt, helyére pedig José Mourinho érkezett, aki a 4-3-3-as felállásról átállt a 4-4-2-re és ebben Alenyicsevnek is több szerep jutott. A 2003-as UEFA-kupa-döntőjében kezdőként lépett pályára és az 54. percben ő szerezte csapata második gólját. Az egy évvel későbbi Bajnokok Ligája döntőben a 60. percben csereként állt be és ezúttal is gólt szerzett, a 75. percben a Porto harmadik gólját szerezte. Rajta kívül két játékos van még aki mindkét nagy európai kupafináléban gólt lőtt; Ronald Koeman és Ronaldo.