Le 1er juin, à 740 km au large d’Ouessant, la bataille générale s’engage. Placé sous les ordres du capitaine Huguet, le "Scipion" est le dernier vaisseau sur la ligne française. Il commence à tirer peu avant 10 h 00 du matin. Il essuie la bordée en enfilade du HMS "Glory" qui coupe la ligne devant lui, mais d’autres réussissent aussi à passer sur son arrière. Le vaisseau, très sévèrement touché, perd son grand mât, puis, un quart d’heure après son mât d’artimon et finalement son mât de misaine. Le pont se retrouve couvert de débris de mâture, de voiles et de cordages, masquant les canons sous ces décombres. Cependant, la fumée qui enveloppe les deux armées lui laisse un temps de répit. Son capitaine en profite pour mâter un bout-dehors sur l’avant, et au moyen d’un foc et de deux bonnettes, il parvient à faire arriver le vaisseau par vent arrière pour rallier l’escadre qu’il aperçoit au vent. Cette route le fait passer près du "Vengeur du Peuple". Ce vaisseau, accablé sous les coups, est en train de couler. Il demande au "Scipion" de le prendre en remorque, mais vu son état, c’est chose impossible et il est obligé de s’éloigner. Le "Scipion" essuie encore la bordée de trois vaisseaux anglais. Cependant, vers 19h00, il est pris en remorque par la frégate la "Prospérine", ce qui lui évite très certainement la capture, contrairement à six autres vaisseaux dans le même état que lui. Une demi-heure après, il rallie l’armée navale qui rentre sur Brest après avoir sauvé le convoi.