Zu Beginn der 2000er Jahre war Magoni beim italienischen Skiverband als Trainer für das B-Kader angestellt und bereitete unter anderem die Schwestern Elena und Nadia Fanchini auf die Heimweltmeisterschaft 2005 in Bormio vor. Danach arbeitete er für die Nationalmannschaften von Polen und Monaco, ohne jedoch nennenswerte Erfolge zu erzielen. Ab dem &lt;a href="Alpiner%20Skiweltcup%202008/09"&gt;Weltcup-Winter 2008/09&lt;/a&gt; gehörte er als Trainer zum privaten, abseits des slowenischen Verbandes aufgestellten, Team von Tina Maze. Unter seiner Trainerschaft entwickelte sich Maze zu einer vollwertigen Allrounderin und gewann unter anderem zwei Weltmeistertitel (Riesenslalom 2011, Super-G 2013) und den Gesamtweltcup. Nach der &lt;a href="Alpiner%20Skiweltcup%202012/13"&gt;Saison 2012/13&lt;/a&gt;, in der Maze mit 2414 Punkten einen neuen Rekord erzielt hatte, beendete Magoni das Engagement für die Slowenin und wechselte zurück zum italienischen Verband. Angebote anderer Spitzenläuferinnen wie Mikaela Shiffrin soll er abgelehnt haben.