Absente aux premiers Jeux paralympiques à Rome en 1960, l'Afrique du Sud envoie aux Jeux de Tokyo en 1964 une délégation de neuf athlètes, qui concourent aux épreuves d'athlétisme, d'haltérophilie, de natation et de tir à l'arc. Ils remportent dix-neuf médailles, dont six en or, et se classent sixièmes. L'Afrique du Sud venait alors d'être exclue du mouvement olympique, en raison de sa politique d'apartheid mise en place en 1948. Paradoxalement, le pays effectue donc ses débuts aux Jeux paralympiques en 1964 alors qu'il était interdit de participation, pour la première fois, aux Jeux olympiques d'été de 1964 (également organisés à Tokyo). L'Afrique du Sud participe également aux Jeux paralympiques d'été en 1968 (à Tel Aviv), 1972 (à Heidelberg) et 1976 (à Toronto), tout en restant exclue des Jeux olympiques ces mêmes années. Jusqu'en 1972 inclus, le pays envoie exclusivement des athlètes blancs aux Jeux, mais sa délégation en 1976 inclut quelques athlètes noirs. À noter que la participation sud-africaine en 1976 déclenche le seul boycott à avoir affecté les Jeux paralympiques à ce jour : Huit pays (Cuba, Inde, Jamaïque, Hongrie, Kenya, Pologne, Soudan et Yougoslavie) se retirent des Jeux de Toronto pour protester contre la présence des Sud-Africains.