Kurz darauf überfiel Zar Iwan IV. das äußerlich und innerlich geschwächte Livland und eröffnete damit den Livländischen Krieg. Er eroberte das Stift Dorpat, worauf Polen, Schweden und Dänemark in den Krieg eingriffen. 1561 wurde Riga Freie Reichsstadt. Wilhelm dankte ab, und ihm wurden der fürstliche Rang und zwei Schlösser gelassen. Er starb 1563 auf dem Rigaer Bischofshof und wurde im Dom zu Riga bestattet.