Marek Malík nahm 1993 mit der tschechischen U18-Auswahl an der U18-Junioren-Europameisterschaft teil, wo diese die Bronzemedaille gewann. In den folgenden zwei Jahren spielte er für die U20-Auswahlmannschaft und nahm mit dieser an der Junioren-Weltmeisterschaft 1994 und 1995 teil.