Santanderben született, Kantábriában. A Real Madrid utánpótlásában nevelkedett, felnőtt szinten azonban szülővárosa csapatában a Racing Santanderben mutatkozott be 18 évesen. 1979-ben az Atlético Madridhoz igazolt, ahol összesen három évig játszott. 1982-ben a Barcelona szerződtette, ahol első szezonjában 30 mérkőzésen lépett pályára és 6 gólt szerzett, illetve 1983-ban csapatával megnyerte a spanyol kupát, a ligakupát és a szuperkupát. 1985-ben bajnoki címet szerzett és kezdőként lépett pályára 1986-ban a bajnokcsapatok Európa-kupájának döntőjében, melyet büntetőrúgásokkal elveszítettek a Steaua Bucureștivel szemben. Alonso is kihagyta a büntetőt. 1987-ben visszatért az Atlético Madridhoz, ahol két szezont töltött, az 1989–90-es idényben pedig a Logroñés csapatát erősítette. 1991-ben a Racing Santander játékosaként vonult vissza az aktív játéktól.