Déby asettui tukemaan Hissène Habréa, joka oli yksi kapinallisjohtajista. Déby nousi Habrén joukkojen keskushahmoiksi, ja Habré onnistui nousemaan valtaan vuonna 1982. Déby tunnustettiin erinomaiseiksi sotastrategiksi, ja hänet valittiin asevoimien komentajaksi. Déby lähti vuonna 1985 jälleen Ranskaan lisäkoutulukseen. Hän osallistui École supérieure de guerren upseerikoulutukseen. Palattuaan hän toimi presidentin sotilasneuvonantajana. Déby johdatti Tšadin–Libyan konfliktissa Tšadin joukkoja voittoon vuonna 1987 niin sanotussa Toyota-sodassa. Déby käytti taisteluissa nopeita asein varustettuja lava-autoja, mistä muodostui sittemmin alueella usein käytetty sotataktiikka.