A 2000-es évek közepén ő irányította Szerbia és Montenegró felnőtt és junior válogatottját is. A juniorokat 2005-ben világbajnoki címig vezette. A felnőttekkel elért legjobb eredménye Európa-bajnokságon 2006-ban egy hatodik hely, világbajnokságon pedig a 2005-ös ötödik helyezés. A 2006-os Európa-bajnokság középdöntőjének utolsó fordulójában a horvát válogatott volt Szerbia és Montenegró ellenfele. Szerbia és Montenegró válogatottja számára tét nélküli volt a mérkőzés, mivel semmiképp nem juthattak tovább, míg a horvát válogatott egy esetleges győzelemmel csoportelső is lehetett. Sterbik Árpád, Szerbia és Montenegró játékosa azt állította, hogy a mérkőzés előtti napon Vujović arra kérte játékosait, hogy veszítsék el a számukra már tét nélküli mérkőzést, mert ezt a szívességet a jövőben a horvátok viszonozhatják majd. Másnap a mérkőzés előtt az öltözőben Zoran Mičović, a Szerbiai Kézilabda-szövetség elnöke is erre kérte a játékosokat. A játékosok ezt visszautasították, de végül mégis vereséget szenvedtek.