Der gewaltige Vulkanausbruch der sogenannten Minoischen Eruption auf der Kykladeninsel Santorin, der nach naturwissenschaftlichen Datierungen womöglich schon im Jahre 1628 v. Chr. stattfand, fällt in Knossos ans Ende der frühen Phase der sogenannten Neupalastzeit (nach bisheriger traditioneller Chronologie wird die Neupalastzeit auf etwa 1700 bis 1430 v. Chr. datiert). Der Santorin-Katastrophe entsprechen in Knossos jedoch keine bisher archäologisch nachweisbare Zerstörungen. Je nach verwendetem Datum der Eruption müssen auch die Funde in Knossos rund 100 Jahr früher oder bzw. später datiert werden. Daher spielt es für die Suche nach sichtbaren Folgen für Knossos keine Rolle, ob man das naturwissenschaftliche oder traditionelle Datum der Eruption annimmt. Um 1400 v. Chr. (nach traditioneller Chronologie) überstand die Stadt ein schweres Erdbeben dank der vertikal und horizontal in die Mauern eingebauten Zedernhölzer nahezu unbeschädigt. Der Palast wurde bis 1370 v. Chr. genutzt.