In juli 1942 werd Alexander teruggeroepen vanuit Birma en moest terugkeren naar Groot-Brittannië. Hij moest het Eerste Leger gaan leiden waardoor Alexander deel ging uitmaken van Operatie Toorts, de invasie van Noord-Afrika. Door een bezoek van premier Winston Churchill en de "Chief of the Imperial General Staff" generaal Alan Brooke aan Egypte in augustus 1942 vloog Alexander op 8 augustus 1942 naar Caïro om Claude Auchinleck te vervangen als opperbevelhebber van de Middle East Command, een post waardoor hij verantwoordelijk werd voor de woestijnoorlog in Noord-Afrika. Gelijktijdig verving Bernard Montgomery Auchinleck als general commanding officer over het Britse Achtste Leger (Eighth Army). Alexander zette de overwinning van Montgomery in Tweede Slag bij El Alamein voort en rukte samen met het Achtste Leger op richting Tripoli waarvoor hij werd onderscheiden met de benoeming tot Ridder Grootkruis in de Britse Orde van het Bad. Nadat de Brits-Amerikaanse troepen van Operatie Toorts en het Britse Achtste Leger in Tunesië in februari 1943 samenkwamen, werden ze onder een verenigd bevel van de nieuw gevormde 18e Legergroep onder leiding van Alexander gebracht, die weer onder generaal Dwight D. Eisenhower stond.