Joe Doherty wurde als ältester Sohn eines katholischen Paares im vorwiegend von Katholiken bewohnten Stadtteil "New Lodge" im Norden von Belfast geboren. Er lebte im Bereich der New Lodge Road, welche zu dieser Zeit mehrheitlich von Protestanten bewohnt wurde. Sein Großvater mütterlicherseits, Alexander Darragh, war Freiwilliger der IRA, kämpfte im irischen Unabhängigkeitskrieg und wurde mit der "Irish War Of Independence Medal" ausgezeichnet. Sein Großvater väterlicherseits, James Doherty, war führender Offizier der Irish Citizen Army (ICA) in Belfast.