Sennarin perustaneet fundžit alistivat Kordofanin 1500-luvun alussa. Saman vuosisadan lopussa sen valtasi Darfurin sulttaanikunta, jonka hallintokaupungiksi tuli El Obeid. 1600–1700-luvuilla alue jakautui lukuisiksi itsenäisiksi tai Darfurista riippuvaisiksi valtioksi kuten Tegali ja Dilling. Egypti valtasi Kordofanin vuonna 1821. Vuosina 1882–1899 sitä hallitsivat mahdilaiset. Myöhemmin alueesta tuli yksi Sudanin maakunnista. Etelä-Kordofanin Nubavuorilla asuvat nubat ovat kärsineet Sudanin sisällissodasta.