Den 1.april 1947 døde Georg 2. og Frederikkes mand besteg tronen som Paul 1. med hende som dronning. Kommunistisk politisk ustabilitet i Nordgrækenland førte til Den græske borgerkrig. Kongen og dronningen tog i sommeren 1947 rundt i det nordlige Grækenland for at appellere til loyalitet. Den græske borgerkrig sluttede i august 1949. Kongeparret søgte at styrke monarkiet ved at tage på officielle besøg til marskal Josip Broz Tito i Beograd, præsidenterne Luigi Einaudi i Italien i Rom Theodor Heuss i Vesttyskland, Bechara El Khoury af Libanon, kejser Haile Selassie 1. af Etiopien, Chakravarthi Rajagopalachari af Indien, dronning Elizabeth 2. af Storbritannien og til USA som gæst hos præsident Dwight D. Eisenhower. Både i Grækenland og i udlandet blev dronning Frederikke angrebet af oppositionen, fordi hun som pige havde været medlem af forbundet Bund Deutscher Mädel, svarende til Hitlerjugend. Hendes tilhængere hævdede, at medlemskab var obligatorisk i Nazityskland. Efter Kong Pauls død kom hendes søn Konstantin til magten. Den unge konge viste sig ikke at være særlig demokratisk og var domineret af sin konservative mor, som i realiteten tog magten. Hendes intriger var medvirkende til militærkuppet i 1967. Selv efter Anden Verdenskrig lagde Frederikke ikke skjul på sine ultranationalistiske sympatier ved fx at omgås gamle nazi-kollaboratører.