In die tagtiger- en negentigerjare was die agentskap nie in staat om terrorisme aan te pak nie. Hulle nie die aanvalle in Jemen en Tanzanië en ook nie die bomaanval op die New York World Trade Center in 1993, voorsien nie. Leidrade het gelei tot die Saoedi-terroris Osama bin Laden. Die CIA kon hom egter nie vind nie. So kon hy opnuut toeslaan op 11 September 2001 met die grootskaalse aanvalle in Washington DC en New York. Aanvalle wat die CIA weer eens nie kon voorkom nie, ondanks enkele sterk aanduidings. Oorloë in Afghanistan en Irak het die CIA weer nuwe geleenthede gebied om klandestiene operasies uit te voer en intelligensie te versamel.