當911恐怖攻擊事件發生時，林肯號正待在港口裡。在2002年7月20日林肯號前往支援持久自由军事行动，並再一次支援了南方守望任務，之後林肯號前往拜訪了澳大利亞的珀斯。在那裡林肯號接獲命令前往波斯灣參加美伊戰爭。