У 1964 годзе, пасля правага ваеннага перавароту, дыктатура забараняе іх дзейнасць. Фрейрэ, будучы хрысціянскім сацыялістам, сімпатызаваў Кубінскай рэвалюцыі і левым рухам у краіне, быў арыштаваны і заключаны ў турму як «здраднік», дзе знаходзіўся 70 дзён. Пасля выгнання і кароткачасовага знаходжання ў Балівіі, Фрейрэ 5 гадоў працуе ў Чылі на мясцовф хрысціянска-дэмакратычны ўрад і ФАО пры ААН, у тым ліку ў чылійскага інстытуце аграрных рэформаў над праграмай адукацыі дарослых.