Intanto Isidoro aveva portato a compimento la missione affidatagli da papa Niccolò V e il 12 dicembre del 1452 (un venerdì), nella basilica di Santa Sofia, proclamò solennemente l'unione della Chiesa d'Oriente con la Chiesa d'Occidente alla presenza di Costantino. Fu così decretata l'unione delle Chiese, già decisa al Concilio di Ferrara dal fratello Giovanni VIII. Ma la festa dell'unione rimase sostanzialmente limitata ai circoli di Corte: non ci furono festeggiamenti, le chiese di rito latino restarono deserte, compresa la stessa Santa Sofia. Anche coloro che erano più strettamente legati al "basileus" preferirono assistere a funzioni religiose svolte secondo la liturgia ortodossa.