1512 erhielt Wilhelm II. von Pernstein die Königsstadt „Borlitz“ als erblichen Besitz. Ab 1590 gilt die Stadt als lutherisch und zwei Jahre später wird erstmals eine Schule beurkundet. Auch verschiedene nichtlutherische Gruppierungen wie die Täufer hatten sich in Pohořelice niedergelassen. In dieser Zeit entstand eine bedeutende jüdische Gemeinde. Beide Gemeindeteile wurden separat verwaltet, doch wurde in vielen Bereichen zusammengearbeitet. Ein Beispiel hierfür waren die beiden Nachtwächter, von denen einer ein Jude und der andere ein Christ war. Zu den nachfolgenden Besitzern gehörte Friedrich von Zierotin. Nach dem Sieg der kaiserlichen Truppen in der Schlacht am Weißen Berg am Anfang des Dreißigjährigen Krieges beginnt die Gegenreformation in Mähren. Im Jahre 1620 wurde der Ort zweimal geplündert und gebrandschatzt. Die Täufer wurden des Landes verwiesen und ziehen großteils nach Siebenbürgen weiter. Im Jahre 1645 eroberten schwedische Truppen unter General Lennart Torstensson die Stadt. Neben den Plünderungen wurde auch noch die Pest von den Schweden eingeschleppt. An dieser Seuche starben 456 von 500 Einwohnern. Aufgrund der guten Infrastruktur wird 1663 ein Postamt in der Stadt eröffnet. 1667 bricht ein Großbrand in der Stadt aus, welcher auch die Kirche zerstört. Matriken werden seit 1669 geführt. Um die Kirche vor möglichen Bränden zu schützen, wurden im Jahre 1714 alle Gebäude um die Kirche abgetragen. 1727 wurde die Kaiserstraße von Brünn nach Wien gebaut. Zu dieser Zeit war Pohrlitz Teil der Herrschaft Nikolsburg und im Besitz der Herren von Dietrichstein. Während des Ersten Schlesischen Krieges wohnte der preußische König Friedrich II. ab dem 12. März 1742 für längere Zeit in Pohrlitz. Im Jahre 1784 wurde ein neues Schulgebäude gebaut.