Az 1990-es évektől kezdve Adjani már csak ritkán állt a kamerák elé, mivel egyre több időt akart szentelni magánéletének és gyermekeinek. Patrice Chéreau éveket várt a színésznőre, hogy vele játszassa el a "Margó királyné" (1994) címszerepét, melyet a 40 évvel korábbi filmváltozatban Jeanne Moreau formált meg. Alexandre Dumas regényének meglepően véres filmadaptációjában a Szent Bertalan-éj szörnyűségei és az azzal kapcsolatos szövevényes intrikák állnak a cselekmény középpontjában. Margó hercegnőt könnyűvérű teremtésnek ismerjük meg az első jelenetekben, akit azonban a kegyetlenségek teljesen átformálnak. Chéreau mesterművében olyan színészek játszanak még Adjanin kívül, mint Jean-Hugues Anglade, Daniel Auteuil, Vincent Pérez vagy az 1960-as évek egykori szexis szépsége, Virna Lisi, aki a félig kopasz Medici Katalin szerepében nyújt kiemelkedőt. Remake volt Jeremiah S. Chechik "Az ördög háromszöge" (1996) című krimije is, Henri-Georges Clouzot 40 évvel korábbi klasszikusának, az "Ördöngösök"nek feldolgozása. A bemutató állítólag majdnem elmaradt, mert a korabeli sajtóhírek szerint az amerikai stáb nem egyezett meg Clouzot örököseivel, de aztán az utolsó pillanatban létrejött a megállapodás. A film nem volt igazán nagy siker, Adjani viszont a magánéletben összebarátkozott híres partnernőjével, Sharon Stone-nal. Ígéretesnek tűnt Roman Polański "A hasonmás" című filmterve, amelyben Isabelle oldalán John Travolta játszotta volna a főszerepet. A tinilányok egykori kedvence azonban visszalépett, mert nem volt hajlandó meztelenül mutatkozni az egyik jelenetben. A rendező ekkor Steve Martint kérte fel, mire Adjani is lemondta a szerepét, mert nehezményezte, hogy Polanski vele nem beszélte meg a főszereplőcserét.