Pada tahun 2008, "The Jakarta Post" menerbitkan surat dari Wakil Menteri Luar Negeri Israel, Majalli Wahabi, yang meminta Indonesia ikut serta memperjuangkan perdamaian di Timur Tengah. Sejumlah analis menilai penerbitan surat ini sebagai tanda mencairnya hubungan antara kedua negara. Namun, Perang Gaza yang berlangsung sejak akhir 27 Desember 2008 sampai 18 Januari 2009 berdampak terhadap hubungan ini. Indonesia mengutuk keras "agresi" Israel dan mendukung Palestina.