Desde meados do até à anexação pelo recém-criado reino de Espanha, Pamplona viu-se envolvida numa série de conflitos pela posse do trono de Navarra, sucessivamente disputado por vários pretendentes, com a intervenção das potências vizinhas de Castela e França. Esse período, que ficou conhecido como Guerra civil de Navarra ou Guerra de sucessão de Navarra, acabaria por ser o prólogo da mais breve "Conquista de Navarra", ou seja, a anexação de Navarra na união dos reinos de Castela e Aragão, a qual se concretizaria a 25 de julho de 1512, quando Pamplona se rendeu a um exército invasor castelhano apoiado por alguns navarros. Os reis navarros depostos ainda tentaram retomar o poder e a cidade por três vezes, apoiados por tropas francesas, a última delas em 1521, quando uma revolta popular em Pamplona contra os invasores castelhanos chegou a dominar a cidade, mas no mesmo ano as forças dos pretendentes ao trono de Navarra foram definitivamente derrotadas na Batalha de Esquiroz.