Beim Großen Kantō-Erdbeben am 1. September 1923 wurde der Bahnhof zerstört, an seine Stelle trat ein bedeutend schlichterer Neubau. Aufgrund der Inbetriebnahme der direkten Bahnstrecke zwischen Ueno und Tokio im Jahr 1925 sanken die Fahrgastzahlen in Manseibashi deutlich, zumal die Bahnhöfe Akihabara und Kanda nur wenige Minuten zu Fuß entfernt waren. Das Eisenbahnministerium, das seit 1921 neben dem Bahnhof Tokio das erste Eisenbahnmuseum Japans betrieb, verlegte die Sammlung am 25. April 1936 nach Manseibashi. Im November 1936 riss es das Empfangsgebäude ab und ersetzte es durch eine einfache Hütte, die als Büro für das Museum diente. Der Bahnhof wurde am 1. November 1943 stillgelegt und mit Ausnahme der für den Museumsbetrieb notwendigen Anlagen abgerissen.