Destiné à poursuivre une carrière militaire, il est promu major général de et chef d'un régiment des dragons le . En 1800, il reprend au général Kray le commandement l'Armée impériale lors des dernières batailles de la Deuxième Coalition, mais est à son tour défait en Bavière à Hohenlinden par les troupes du général Jean Victor Marie Moreau. Après la signature du traité de Lunéville le , il est nommé directeur général de bâtiments fortifiés par son frère aîné l'archiduc Charles-Louis d'Autriche-Teschen. Le , il est élevé au rang de "Feldmarschall-Leutnant" et nommé directeur de l'Académie militaire thérésienne au château de Wiener Neustadt.