Em 28 de junho de 2012, Harkless foi selecionado como a 15ª escolha geral no Draft da NBA de 2012 pelo Philadelphia 76ers. Em 10 de agosto de 2012, ele foi negociado para o Orlando Magic em uma troca que envolveu 4 equipes e 12 jogadores, incluindo o envio de Dwight Howard ao Los Angeles Lakers e a vinda de Andrew Bynum para o 76ers. Harkless impressionou na sua primeira temporada da NBA, com uma média de 8,2 pontos por jogo e proporcionando uma boa defesa. Ele pontuou em dois dígitos 29 vezes, e teve uma pontuação maior que 20 quatro vezes, incluindo um recorde em sua carreira, com 28 pontos no dia 1 de abril, contra o Houston Rockets. Ele marcou um duplo-duplo durante a temporada, marcando 19 pontos e outro recorde em sua carreira, com 14 rebotes no dia 2 de fevereiro, contra o Milwaukee Bucks. Ele teve pelo menos um roubo de bola em 50 jogos, e dois ou mais roubos 22 vezes, incluindo 6, recorde em sua carreira, contra o Oklahoma City Thunder, no dia 15 de março. Ao final da temporada, Harkless ficou no top 11 entre todos os novatos da NBA em pontuação (11º), rebotes (9º), porcentagem de acertos (8º, com .461), roubos (2º), tocos (8º) e minutos jogados (T-7). Em 76 jogos (59 partidas), ele também teve uma média de 4,4 rebotes e 1,2 roubos de bola em 26,0 minutos por jogo.