Pada pecahnya Perang Saudara Liberia Pertama pada tahun 1989, awalnya didukung Sirleaf Charles Taylor pemberontakan melawan Doe, membantu untuk mengumpulkan dana bagi perjuangannya. Namun, ia kemudian melanjutkan untuk melawan dia. Pada tahun 1996, kehadiran ECOWAS penjaga perdamaian diizinkan untuk penghentian permusuhan, sehingga pemilu umum 1997, yang Sirleaf dikembalikan padanya Liberia pribumi untuk kontes. Sebagai calon presiden untuk Partai Persatuan, dia ditempatkan kedua dalam pemilihan yang kontroversial, kehilangan dengan 10% suara untuk 75% Charles Taylor. Sirleaf meninggalkan negara segera setelah dan lagi pergi ke pengasingan di Abidjan.