La ciudad fue ocupada y destruida en 1204 por los ejércitos cruzados del Imperio latino de Constantinopla, que interrumpieron la serie episcopal de prelados ortodoxos para establecer obispos y arzobispos del rito latino, sujetos al patriarcado latino de Constantinopla. Sin embargo, los arzobispos latinos de Calcedonia no se conocen. El 8 de abril de 1225 el papa Honorio III decidió la unión de la sede de Calcedonia con el patriarcado latino de Constantinopla. En 1261 Calcedonia fue recuperada por los bizantinos del Imperio de Nicea, restableciéndose la serie de obispos ortodoxos. Heraclea Póntica en el sector oriental del metropolitanato, fue recuperada por los griegos del Imperio de Trebisonda en 1205 y pasó al Imperio de Nicea en 1214. Fue vendida a la República de Génova en 1360.