El decano debió esperar para alcanzar la posición número en la Primera División hasta el torneo de 1947, el cual fue interrumpido por algún tiempo debido a la Guerra Civil Paraguaya; luego, Olimpia volvió a ganar el campeonato en 1948. Demostrando su dominio futbolístico en esos mismos dos años el club también conquistó el bicampeonato de la Plaqueta Millington Drake 1947 y 1948.