У 1977 році, як міністр оборони, він розпочав таємну програму ядерної зброї, яка завершилася виробництвом шести ядерних бомб, знищених на початку 1990-х років. Він залишався стійким при управлінні Південної Африки сусідньої території Південно-Західна Африка, особливо в той час, коли на півночі в Анголі знаходилися кубинські війська. Бота був відповідальним за створення елітного підрозділу прикордонної поліції, Koevoet. Він також сприяв зміцненню сили Південноафриканських сил оборони. Додал імпульсу до створення таких підрозділів, як 32 батальйон. Південноафриканське втручання за підтримки повстанського руху УНІТА (д-р Жонас Савімбі, особистий друг) в громадянській війні в Анголі продовжувалося до кінця 1980-х років яка припинилося Тристоронньою угодою. Щоб зберегти військову силу країни, був запроваджений дуже суворий проект для забезпечення обов'язкової військової служби білим південноафриканським чоловікам.