1994 yılının nisan ayında Ruanda Soykırımı başladığında, ülkede çalışan MSF görevlileri koruma amacıyla Uluslararası Kızıl Haç Komitesi 'ne dahil edildi. İki ekip de, soykırımın en yoğun olduğu dönemde, Ruanda 'nın başkenti Kigali 'deki büyük hastaneleri işler durumda tutmak konusunda başarılı oldular. Gönüllülerin çoğu "Kızıl Haç" bünyesinde çalışmaya devam etmek konusunda ısrarcı olsalar da; tarafsız duruşa sadık kalmak, koşullar dolayısıyla tehlikeye girdiğinden, MSF ve diğer birçok yardım organizasyonu 1995'te ülkeyi terk etmek zorunda kaldı. Bu olay, organizasyon içinde insani yardım çalışanlarının, bir "tanık" olarak rollerinin yanında tarafsızlığını dengelemesi konusunda büyük tartışmalar doğurdu. Ruanda görevi, MSF'in tarafsızlık konusundaki duruşuyla Uluslararası Kızıl Haç Komitesi'ne yakınlaşması ile sonuçlandı. Bu, MSF'in kökeni açısından kayda değer ve önemli bir gelişmeydi.