El punto crucial de la conquista isabelina de Irlanda llegó cuando las autoridades inglesas intentaron extender su autoridad sobre el Ulster y sobre Hugo O'Neill, el más poderoso "Lord" irlandés de su época. Inicialmente parecía que O'Neill apoyó la acción inglesa contra el clan Maguire que había gobernado el Condado de Fermanagh. Sin embargo, en 1595, O'Neill se unió a los rebeldes durante la guerra de los nueve años, que se desarrolló principalmente en el Ulster; O'Neill no quería llegar a acuerdos con la autoridad inglesa, sino eliminarla. En términos más amplios, fue parte de la Guerra anglo-española que tuvo lugar entre 1585 y 1604. O'Neill consiguió la ayuda de varios jefes gaélicos a lo largo de Irlanda, aunque el respaldo más significativo fue el brindado por el gobierno español, cuyo rey, Felipe III de España envió un ejército de 4.000 hombres que fue derrotado en la Batalla de Kinsale en 1601, que marcó el principio del fin. Después de esta derrota, las tropas O'Neill fueron de derrota en derrota hasta que, a principios de 1603 la guerra finalizó, y la autoridad de la corona fue gradualmente establecida en Irlanda. O'Neill y sus aliados fueron tratados con generosidad, considerando el alcance de la rebelión, pudiendo recuperar sus títulos y propiedades. Años más tarde, O'Neill y algunos de sus partidarios abandonaron Irlanda en la «Fuga de los Condes»; el gobierno inglés, temiendo que estuviesen planeando un nuevo levantamiento, proclamó traidor a O'Neill y ordenó la confiscación de sus territorios en el Ulster e iniciando la conocida como Colonización del Ulster.