Na początku drugiej połowy XVII wieku kościół upiększono trzema wielobarwnymi rzeźbionymi ołtarzami (główny poświęcono 5 września 1660). Podczas wojny polsko-rosyjskiej (1654–1667) kościół został uszkodzony. Według podania, właśnie z tamtych czasów na głównej fasadzie pozostało kamienne jądro oraz odłamek drugiego. Świątynię uszkodzono również podczas wojny północnej (1700–1721). W 1718 roku stare obrazy w ołtarzach zamieniono na nowe: pośrodku nawy głównej rozmieszczono obraz św. Michała Archanioła, u góry – Anioła Stróża; obraz przedstawiający Wniebowzięcie NMP dla nawy bocznej ofiarował ówczesny spadkobierca majątku Leon Romer. W 1728 roku właściciel Gniezna Jan Tropiański znacznie zmienił wygląd kościoła: został przebudowany cokół, wykonano hełm nad wieżą oraz sygnaturkę, zamieniono drewnianą podłogę, jak również 12 drewnianych filarów, które podtrzymywały sufit i in. Pod wieżą Tropiański utworzył kryptę. W północnej części cmentarza kościelnego pobudowano nową plebanię, przy czym gdy kopano fundament, znaleziono kryptę dawniejszego kościoła z czternastoma grobami. W 1787 roku do południowej fasady bocznej dobudowano zakrystię (niezwykłość budowy pozwala przypuszczać, że jest to boczna kruchta).