En la siguiente fase se enfrentaron nuevamente ante la Roma a la que derrotaron 2:0 en el encuentro de ida con un gol anotado por Rooney y 1:0 en el encuentro de vuelta, luego superaron por 1:0 al F. C. Barcelona de España, y finalmente obtuvieron su tercera Liga de Campeones en la historia al derrotar en la final al Chelsea por 6:5 en tanda de penales. El Manchester United inició la temporada 2008-09 logrando el título de la Community Shield luego de vencer 3:1 al Portsmouth, aunque sin Rooney en el campo de juego. El 4 de octubre de 2008 durante la victoria del Manchester 2:0 sobre el Blackburn Rovers, Rooney se convirtió en el futbolista más joven en disputar 200 encuentros en la Premier League. En diciembre de ese mismo año el Manchester participó en la Copa Mundial de Clubes de la FIFA en que a la postre resultó campeón al derrotar 5:3 al Gamba Osaka de Japón y 1:0 a la Liga Deportiva Universitaria de Ecuador, Rooney finalizó como el goleador del torneo al anotar tres goles, además fue nombrado como el mejor futbolista del campeonato.