Ernst hatte elsässische Freiwilligen-Meldungen zur Wehrmacht befürwortet, die Zwangsrekrutierung von Elsässern dagegen abgelehnt. Nach der Einführung der Wehrpflicht ließ er Wagner ein Gesuch auf Fronteinsatz stellen, wofür Wagner Ernst beurlaubte, da Ernst sich um der Glaubwürdigkeit willen verpflichtet fühlte, wie die zur Wehrmacht eingezogenen Elsässer durch Fronteinsatz sein Leben zu riskieren. Ernst wurde ab Mai bis Anfang September 1943 im Russland-Feldzug weitgehend als funktionsloses Bomber-Besatzungsmitglied eingesetzt. Eine Verlängerung der Beurlaubung für den Fronteinsatz lehnte Wagner jedoch ab, zumal Straßburg dann Ende September Ziel des ersten alliierten Luftangriffes geworden war. Ernst übernahm nach Rückkehr im September 1943 wieder seine alten Aufgaben in Straßburg. Anfang 1945 versucht er noch eine „Elsässische Freiheitsfront“ als „Volkssturm-Elsaß“ aufzubauen.