1912年春，哲里木盟科尔沁右翼前旗札萨克郡王乌泰派遣使节前往库伦，表示响应独立，希望获得援助。哲布尊丹巴任命乌泰为进攻中华民国第一路军总司令。1912年8月20日，乌泰发表《东蒙古独立宣言》，出兵进攻洮南、开通、突泉等地。科尔沁右翼后旗拉喜敏珠尔跟随乌泰发兵，也宣布独立。乌泰等人被奉天都督赵尔巽的部队击败，同年9月战事大体结束，乌泰等出逃库伦。10月，扎鲁特旗协理官布扎普响应外蒙独立，短暂攻占开鲁，很快也被击溃。1912年底至1913年初，外蒙军队分兵三路进攻内蒙古，俄罗斯帝国军官协助指挥。北洋政府一面出兵抵御，一面与俄国谈判。1912年11月，中俄两国政府就外蒙问题开始谈判。1913年初，，取得普遍胜利。1913年10月止，蒙古军队基本上控制了内蒙古西部各盟、旗，但同时开始面临后方补给停止的局面。同月下旬，民国军开始反击，蒙古军无法再展开军事行动，年底退回外蒙。1914年9月中俄蒙三方重新谈判，1915年6月签订的《中俄蒙协约》取消外蒙独立，承认中国对外蒙的主权，但沙俄仍实际控制着外蒙。11月6日呼伦贝尔自治政府取消独立，改为特别区域。俄国爆发革命、俄罗斯皇帝尼古拉二世倒台后，外蒙在1919年11月22日取消自治，呼伦贝尔特别区域于1920年1月28日撤销。