1865年4月内战结束后，格里利与《纽约论坛报》呼吁宽容对待战败的南方邦联，声称让邦联领导人成为烈士只会促成叛乱。约翰·威尔克斯·布斯刺杀林肯令宽大处理的呼声戛然而止，许多人认为林肯之死是叛变阴谋的最高潮，新总统安德鲁·约翰逊悬赏十万美元抓捕在逃邦联总统傑佛遜·戴維斯。叛军领袖被捕后，格里利主张“按公正判决处罚”。