במשחקי מוקדמות יורו 2004 כבש אואן חמישה שערים, ובטורניר עצמו כבש שער יתרון מוקדם מול ברבע הגמר, והפך לשחקן הראשון בתולדות הנבחרת שכובש בארבעה טורנירים ברציפות, אך לבסוף אנגליה הפסידה במשחק בבעיטות הכרעה. גם במשחקי מוקדמות מונדיאל 2006 כבש אואן חמישה שערים, ובמהלך המשחק השלישי במונדיאל, מול , נפצע אואן כבר בדקה הראשונה, ונעדר מהמגרשים למשך כמעט שנה. לאחר שהחמיץ את רוב משחקי מוקדמות יורו 2008, חזר אואן להרכב הנבחרת במשחק נגד , בו כבש שער ושבר את שיאו של גארי ליניקר כשחקן שהבקיע הכי הרבה שערים במשחקים תחרותיים עבור אנגליה. ב-12 בדצמבר 2007 כבש צמד בניצחון 0-3 על , שעריו האחרונים במדי הנבחרת.