Zum 50. Jahrestag des Kennedy-Attentats legte Stone 2013 sein Buch "The Man Who Killed Kennedy" vor, das er zusammen mit dem Journalisten Mike Colapietro verfasst hatte. Die Autoren stellen darin die Behauptung auf, dass der Kennedy-Mord vom damaligen Vizepräsidenten Lyndon B. Johnson veranlasst und von Malcolm Wallace ausgeführt worden sei. Von Wallace, einem Auftragskiller, seien Fingerabdrücke im Texas School Book Depository am Tatort sichergestellt worden. Bereits 1984 hatte Billie Sol Estes Wallace als Schützen bezeichnet, später auch Barr McClellan, in dessen Büchern auch angebliche Belege abgebildet sind. Nach einer Fernsehsendung, die sich auf McClellans Behauptungen stützte, entschuldigte sich der Sender für die Ausstrahlung: Die Vorwürfe gegen Johnson seien substanzlos.