Selvom de palaiologiske kejsere generobrede Konstantinopel fra vesteuropæerne i 1261 blev de aldrig i stand til at få kontrol over hele det tidligere imperium. De kontrollerede kun en lille del af Balkanhalvøen nær Konstantinopel, byen selv og nogle kystområder langs Sortehavet og omkring Det Ægæiske Hav. De tidligere byzantinske områder i Balkan blev opdelt mellem Kongeriget Serbien, Andet Bulgarske rige og bystaten Venedig. De byzantinske kejseres magt blev truet af en ny tyrkisk stamme kaldet ottomanerne, der etablerede sig i Anatolien i 1200-tallet og støt udvidede området op igennem 1300-tallet. Ottomanerne udvidede deres rige ind i Europa, hvilket reducerede Bulgarien til en vasalstat i 1366 og de erobrede Serbien efter Slaget ved Kosovo i 1389. Vesteuropæerne mobiliserede de kristne i Balkanområdet og startede et nyt korstog i 1396, hvor der blev sendt en stor hær til Balkan, hvor den blev besejret under slaget ved Nicopolis. Konstantinopel faldt endeligt til ottomanerne i 1453.