През 42 пр.н.е. води флота на Октавиан срещу Секст Помпей, който е взел контрола над Сицилия и от там тормози бреговете на Италия. Въпреки това, Руф е победен в морска битка при Региум, главно поради липсата на опит на неговия екипаж. Когато Октавиан се връща от Гърция след битката при Филипи, Руф е изпратен в Испания с шест легиона, но бързо е привикан обратно в Италия за да се изправи срещу Луций Антоний и Фулвия Антония (брат и жена на Марк Антоний), които въстават срещу Октавиан, започвайки така наречената Перузинска война. Руф превзема и разрушава град Сентинум, а после заедно с Агрипа обсаждат силите на Луций Антоний в Перузия (днешен Перуджа, Италия). Другите военачалници на Антоний, който нямат ясни заповеди от него, не се намесват в битката и Луций Антоний е принуден да се предаде след няколко месеца на обсада (зимата на 40 пр.н.е.). След края на войната, Октавиан изпраща Руф като губернатор на Галия с голяма армия от единадесет легиона. През 39 пр.н.е. Руф е определен за консул, въпреки че не е достигнал до сенаторски ранг.