Mais, l'année suivante, les tentatives de la Confédération pour chasser les armées anglaises (principalement parlementaires) hors du pays se soldèrent par les désastreuses batailles de Dungans Hill et de . Cela calma l'ardeur des Confédérés, qui se hâtèrent, en 1648, de conclure un nouveau traité avec les Anglais royalistes, afin d'essayer d'empêcher la conquête de l'Irlande par les Parlementaires. Bien que les termes de ce second accord fussent meilleurs que ceux du premier, Rinuccini tenta encore de le faire avorter. Mais cette fois-là, le clergé catholique était partagé entre l'acceptation et le refus de ce traité, tout comme les chefs militaires de la Confédération et l'Assemblée générale. Finalement le traité fut accepté par la Confédération, qui prononça sa propre dissolution et se joignit à la coalition royaliste. Rinuccini soutint alors Owen Roe O'Neill qui, à la tête de son armée d'Ulster, se battit contre ses anciens camarades qui avaient accepté le traité. Le nonce tenta en vain de renouveler son succès de 1646, en excommuniant ceux qui approuvaient la paix. Cette fois les évêques irlandais eux-mêmes étaient divisés sur cette question, et l'autorité de Rinuccini s'en trouva affaiblie. Owen Roe O'Neill se montra incapable de renverser militairement l'équilibre politique, et, lorsque Ormonde livra Dublin aux Parlementaires, déclarant qu'il préférait les rebelles anglais aux rebelles irlandais, Rinuccini désespéra de la cause catholique en Irlande, et il quitta le pays en 1649. La même année, Cromwell conduisit la reconquête cromwellienne de l'Irlande, à la suite de laquelle le catholicisme fut totalement réprimé. Sa pratique fut interdite, les terres des irlandais catholiques furent confisquées en masse, et tout le clergé catholique qui put être capturé fut exécuté.