В 2002 году сборная не провела ни одного запланированного матча. В 2003 году сыграла три матча в рамках отборочного турнира к Кубку Азии 2004, который прошёл в июле 2004 года в Китае. В этом отборочном турнире сборная Киргизии заняла второе место в своей группе (со сборными Непала и Афганистана) и не смогла получить путёвку в Кубок Азии, победив Непал и проиграв Афганистану. В том году также принимала участие в первом раунде отборочного турнира к чемпионату мира 2006 в Германии. В обоих матчах победив Пакистан, вышла в следующий второй этап. Итого в 2003 году сборная провела 4 матча, проиграв 1 матч и выиграв оставшиеся 3 матча.