משנת 1994 המדינה הייתה נתונה בעימותים אתניים ומלחמת אזרחים. זרם הפליטים מרואנדה השכנה ערער עוד יותר את המצב הכלכלי הקשה. בנובמבר 1996 קראו שלטונות המדינה לבני הטוטסי לעזוב. במאי 1997 הצליח להגיע לקינשסה הבירה מנהיג האופוזיציה לורן דזירה קאבילה, יחד עם תומכים מרואנדה, אוגנדה ואף מצבא זאיר המקומי, במה שנודע בשם "מלחמת קונגו הראשונה". מובוטו נמלט מן המדינה וקבילה הפך לנשיא החדש, תוך שהוא מחליף את שם המדינה ל"הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו". ממשלו של קבילה היה נתון ללחץ ממורדים, שהתבססו ברואנדה ואוגנדה. בשנת 1998 היה ניסיון להדיחו, אך בעזרת כוחות ממדינות ידידותיות הוא הצליח להתגבר על המשבר. באוגוסט 1998 הורה קבילה לכוחות הזרים לצאת מן המדינה וסילק את כל בני הטוטסי. היה זה אות הפתיחה של "מלחמת קונגו השנייה".