5 июня 1991 года был назначен на должность премьер-министра Алжира. На этом посту ему пришлось пойти на серьёзный шаг: отменить парламентские выборы в стране так как был шанс победы радикального Исламского фронта спасения. Это решение повлекло за собой начало Гражданской войны в Алжире. В январе 1992 года президент Алжира Шадли Бенджедид уходит в отставку из-за давления со стороны армии. В июле 1992 года Ахмед Гозали был снят с должности. В 1999 и в 2004 годах Сид Ахмед Гозали выставлял свою кандидатуру на президентских выборах, но оба раза потерпел поражение.