Za druhé světové války zřídila německá správa Prahy v zadní části střelnice popraviště, přičemž na tuto práci nasadila mj. židovské pracovníky. Bývalá konírna se proměnila na poslední vězení odsouzených. Po atentátu na Heydricha v roce 1942 tu byly odvetou denně popravovány desítky mužů a žen. Zvuky výstřelů byly záměrně přehlušovány spouštěnými motory autobusů a automobilů. Od 30. května do 3. července 1942 bylo popraveno téměř 540 osob, mj. Alois Eliáš, feministka Františka Plamínková, Vladislav Vančura, Evžen Rošický, Jan Auerhan, zoolog Jaroslav Štorkán či skupina občanů Lidic. Dodatečně 4. a 5. září zde byli také zastřeleni představitelé Československé pravoslavné církve v čele s biskupem Gorazdem.