Mit der ägyptischen Nationalmannschaft nahm Ahmed El-Ahmar an den Olympischen Spielen 2004, 2008, 2016 und 2020 sowie den Weltmeisterschaften 2007, 2009, 2011, 2013 und 2015 teil. 2016 gewann er mit Ägypten die Afrikameisterschaft im eigenen Land. Insgesamt bestritt er 322 Länderspiele, in denen er 1425 Tore erzielte.