Il campionato successivo fu invece caratterizzato dalla crisi finanziaria che travolse la società, circostanza poi sfociata nel fallimento. A metà stagione, il portoghese (insieme ad altri compagni di squadra) chiese formalmente la rescissione del contratto al club. Nuno Gomes fece quindi ritorno al Benfica, spendendovi il decennio a venire. Nel 2011, ormai trentacinquenne, passò al Braga; conclusa l'esperienza nel campionato lusitano, giocò per un anno al Blackburn Rovers prima di ritirarsi.