Това статукво се променя през 2004 година, когато оперният и балетен ансамбъл са отделени и заедно формиран Македонска опера и балет. След разрушителното скопско земетресение от 1963 МНТ е преместен заедно с операта и балета в състава си в Театър Център, от там през 80-те се премества в новопостроена сграда. След отделянето на балета и операта те остават в тази сграда от 80-те, а за театъра е построена нова сграда на мястото на старата, която е съборена след земетресението.