Il est le sélectionneur de l'équipe olympique du Paraguay, en 1992, qu'il mène en quarts de finale du tournoi olympique de Barcelone. Sept ans plus tard, il est nommé à la tête de l'équipe du Paraguay senior. Malgré une qualification en Coupe du monde 2002, Markarián est limogé après une lourde défaite concédée à domicile, le , contre la Colombie (0-4).