Ενώ για πολιτικούς λόγους είχε προηγουμένως χαρακτηριστεί από διπλωμάτες «κύριος παράγοντας σταθερότητας στα Βαλκάνια» και συνυπέγραψε τη Συμφωνία Ειρήνης του Ντέητον το 1995, εν μέσω των Νατοϊκών βομβαρδισμών της Γιουγκοσλαβίας] το 1999 ο Μιλόσεβιτς κατηγορήθηκε από το Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία (ICTY) για εγκλήματα πολέμου σε σχέση με τους πολέμους στη Βοσνία, την Κροατία και το Κοσσυφοπέδιο. Ο Μιλόσεβιτς παραιτήθηκε από τη Γιουγκοσλαβική προεδρία εν μέσω διαδηλώσεων, μετά τις αμφισβητούμενες προεδρικές εκλογές της 24ης Σεπτεμβρίου 2000. Συνελήφθη στις 31 Μαρτίου 2001 από τις ομοσπονδιακές αρχές της Γιουγκοσλαβίας ως ύποπτος διαφθοράς, κατάχρησης εξουσίας και υπεξαίρεσης .Η αρχική έρευνα για το Μιλόσεβιτς δεν τελεσφόρησε από έλλειψη αποδεικτικών στοιχείων, κάνοντας τον πρωθυπουργό της Σερβίας Ζόραν Τζίντζιτς να τον εκδώσει στο Διεθνές Ποινικό Δικαστήριο για την πρώην Γιουγκοσλαβία (ICTY) για να δικαστεί, αντί των προηγουμένων, για κατηγορίες για εγκλήματα πολέμου. Στην αρχή της δίκης ο Μιλόσεβιτς κατήγγειλε το Δικαστήριο ως παράνομο διότι δεν είχε συσταθεί με τη συναίνεση της Γενικής Συνέλευσης των Ηνωμένων Εθνών, επομένως αρνήθηκε να ορίσει δικηγόρο για την υπεράσπισή του. Ο Μιλόσεβιτς υπερασπίστηκε ο ίδιος τον εαυτό του στην πενταετή δίκη, που έληξε χωρίς ετυμηγορία όταν πέθανε στο κελί του της φυλακής στη Χάγη στις 11 Μαρτίου 2006.Ο Μιλόσεβιτς, που υπέφερε από καρδιακές παθήσεις και υπέρταση, πέθανε από καρδιακή προσβολή. Το δικαστήριο αρνήθηκε κάθε ευθύνη για το θάνατο του Μιλόσεβιτς και δήλωσε ότι είχε αρνηθεί να πάρει τα συνταγογραφούμενα φάρμακα και αντί αυτών έπαιρνε άλλα μόνος του.