В церкви хранились следующие реликвии: Крест царя Константина, Иерихонская труба Иисуса Навина (считалось, что в неё будет трубить ангел при конце света), пастушеский рог праведного Авраама, жезл Моисея, рог царя Самуила, из которого он помазал пророка Давида; в алтарной преграде были помещены часть плаща и пояс пророка Илии и богато украшенный щит Константина. В отдельной часовне находились стол, за которым сидел Авраам с явившимися ему тремя ангелами, а также крест, воздвигнутый Ноем после потопа; в нартексе была помещена мраморная колонна, с которой вышел из моря мученик Исидор Хиосский. Большинство реликвий утрачены после Четвёртого Крестового похода в 1204 году, когда Неа Экклесиа была разграблена крестоносцами.