Am 31. Mai 1916 kam es zur Seeschlacht vor dem Skagerrak. Während dieser erhielt die "Helgoland" einen 34,3 cm-Treffer im Vorschiff, der jedoch keine Opfer forderte. Im Nachtgefecht war das Schiff an der Abwehr und der Versenkung britischer Zerstörer beteiligt. Die in der Schlacht erlittenen Schäden wurden vom 3. bis zum 16. Juni durch die Kaiserliche Werft Wilhelmshaven repariert. Anschließend wurde die "Helgoland" im Vorposten- und Sicherungsdienst in der Nordsee eingesetzt. Vom 18. bis 20. August und vom 18. bis 20. Oktober fanden weitere Flottenvorstöße statt, an denen das Schiff beteiligt war.