1966年文化大革命爆发，在京西文化工作会议的《简报》上出现：“魏巍鼓吹资产阶级人性论”，魏巍受到冲击，成为北京军区第一个挨整的重点人物。他被扣上“文革黑线人物”、“周扬的人”、“三反分子”等罪名，被群众组织批判二十三次，已写了四十万字的《东方》手稿也被没收。1967年10月，经魏巍要求，获当时掌权的造反派同意，他来到京西门头沟煤矿工人中劳动锻炼。1968年，他被召回北京城参加“学习班”。时任北京军区司令员郑维山明确表示以下三条：“一、魏巍的问题是人民内部矛盾；二、他的作品基本上是好的；三、他和邓拓是一般关系，没有什么问题。”魏巍的压力减小，他要求继续赴山西太原钢铁公司下属的某轧钢厂劳动锻炼。刚去不久，便被造反派召回，称还有些问题仍需查清。魏巍不愿再受这种折腾，便偷偷“溜”出北京。由于连受打击，魏巍的身心受摧残，只得住进医院治病，直到1971年夏季才出院。出院不久，老友郭小川来见他，他受到郭小川鼓舞。文化大革命后期，他将《东方》手稿要回，继续写作。1976年1月8日，周恩来逝世，魏巍极为悲痛，不顾当时的禁令，毅然和女儿到天安门参加悼念活动，将自己悼念周恩来的诗贴在人民英雄纪念碑的诗文中间。