Du fait de sa désobéissance aux ordres du tsar, Seniavine se voit retirer tout commandement sur mer. Lors de l'invasion de la Russie par les troupes napoléoniennes (1812), il administre le port de Reval et ne prend aucune part au conflit russo-français. En 1813, le vice-amiral présente sa démission qui est refusée. Lorsque commence la guerre d'Indépendance grecque en 1821, les insurgés demandent au tsar l'envoi du célèbre Seniavine "pour leur aide", mais la requête est rejetée.