В период Епископских войн шотландских ковенантеров против короля Карла I Хендерсон входил в состав шотландских делегаций на мирных переговорах сначала в Берике, а позднее в Рипоне и Лондоне, завершившихся подписанием Лондонского договора, установившим мир между королём и его шотландскими подданными и зафиксировавшим завоевания ковенантского движения. Во время нахождения в Англии, Хендерсон сблизился с лидерами английских пуритан, и в дальнейшем неоднократно выступал с идеей выработки единых обрядов и принципов церковной организации для обоих британских государств. В 1641 году, во время своего визита в Шотландию, Карл I назначил Хендерсона королевским капелланом и установил ему содержание в размере 4 000 шотландских марок. После начала гражданской войны в Англии Хендерсон пытался способствовать достижению компромисса между королём и парламентом, но без какого-либо успеха.