Endelave og det omkringliggende sjøområde er viktig for mange fugler, både på et innenlandsk og internasjonalt plan og det er derfor et Ramsar-område. Området er en del av ramsar-området i Horsens Fjord og har fått nummer 152 og ble opprettet 2. september 1977. Det totale området dekker et areal på 427,37 km². Revet 'Møllegrunden' nordvest for øyen er et viktig hvile- og hekkeområde for mange seler i Kattegat. Endelave-bukten består av en stor tidevannssone som ligner på Vadehavet. Omkring halvparten av selve øyen er beskyttet under Natura 2000-planen, som består av sårbare og enestående naturtyper som for eksempel lynghei-kratt, en eng ved stranden og skoger av eik.