מאז הכרזת העצמאות של שתי המדינות, נותר אזור חבל קשמיר במחלוקת קשה בין הודו לפקיסטן. ימים ספורים לאחר הכרזת העצמאות, החלה המלחמה האינדו-פקיסטנית הראשונה, שנמשכה מ־1947 ועד 1949 ונסבה סביב עתיד החבל. הפסקת האש בסוף הלחימה הותירה בידי הודו שני שלישים מהשטח. גם ב-1965 וב-1971 אירעו מלחמות בין המדינות שמרכזן חבל קשמיר. אף על פי שפקיסטן הפסידה ברוב הקרבות, גורל האזור טרם הוכרע, ועדיין מתרחשים באזור פיגועי טרור וסכסוכי גבול מקומיים בין הצבאות. מצב זה גורם לאי יציבות מתמדת בין הודו לפקיסטן, שאף הוביל החל מסוף שנות ה-90 למרוץ חימוש גרעיני בין שתי המדינות, במקביל לניסיונות שנעשו על ידי האו"ם ליישב את הסכסוך בדרכי שלום.