Werner plante längere Zeit den Rückzug aus dem Herrscheramt. Er trat dann möglicherweise schon 1221, spätestens jedoch 1230/31 in das entweder bereits von seinem Vater nach dessen Teilnahme am Kreuzzug Heinrichs VI. (1197/98) oder von ihm selbst gestiftete Johanniterhaus Wiesenfeld südwestlich von Frankenberg ein und nannte sich danach in Urkunden „Bruder Werner, Johannisspitaler, vordem Graf von Battenberg“. So ist er z. B. in der Abmachung vom 15. Dezember 1237 des Erzbischofs Siegfried III. von Mainz mit den Brüdern Konrad II. und Wittekind von Merenberg als Zeuge beurkundet, in der der Erzbischof die Grafschaft Ruchesloh von den Merenbergern kaufte. Die Grafschaft Battenberg fiel an seinen Bruder Widekind I. Werner selbst wurde spätestens 1238 Komtur im Johanniterhaus Wiesenfeld.