Fonseca è anche un membro della squadra Nazionale della Costa Rica con la quale ha segnato 47 gol e si consolida come l'attaccante attivo del paese con più gol. Il suo gol al Cile è entrato nella storia del calcio della Costa Rica per essere il 1000º gol nella storia della Tricolor. Ha disputato la Coppa del Mondo FIFA del 2002 in Corea e Giappone.