Di GP Bahrain, Vettel start di urutan tiga dan kemudian finis di posisi kedua saat lomba. Di Spanyol ia mampu berada di urutan kedua saat kualifikasi, tetapi saat lomba ia turun ke urutan empat akibat salah strategi. Vettel lantas memenangi GP Inggris setelah merebut "pole" sehari sebelumnya. Di Jerman ia menjadi bagian tim saat mengawal Mark Webber meraih kemenangan pertamanya di ajang F1. Kemudian di Belgia ia berhasil menduduki podium ketiga, setelah sebelumnya di Hungaria ia gagal finis gara-gara disundul Kimi Raikkonen. Namun di Monza Vettel hanya mampu finis di posisi kedelapan, itupun karena terbantu kecelakaan Lewis Hamilton satu putaran sebelum finis. Berlanjut ke Singapura, Vettel berhasil tampil bagus saat kualifikasi dan sempat membayangi Lewis Hamilton. Sayang gara-gara melindas garis putih jalur keluar pitlane, Vettel terkena hukuman, dan akibatnya ia hanya mampu finis di urutan keempat. Kesalahannya ia bayar saat GP Jepang, ketika secara spektakuler ia mampu memenangi lomba dari posisi "pole", sekaligus mengantarkannya menjadi salah satu penantang gelar juara dunia musim 2009. Namun impiannya untuk bisa menjadi juara dunia 2009 pupus setelah di GP Brazil ia terjebak di urutan 16 saat kualifikasi dan hanya mampu finis posisi empat saat balapan, pada saat saingan utamanya, Jenson Button, hanya finis di posisi lima. Pada balapan terakhir F1 musim 2009 di Abu Dhabi, Sebastian Vettel akhirnya memastikan posisi "runner-up" dunia dengan memenangi balapan di negara Uni Emirat Arab tersebut.