Никифор II е родом от Кападокия и произлиза от знатния малоазийски род Фока, свързан с едрата военно-земевладелска аристокрация от Мала Азия. Неговите роднини имат гръцки и арменски корени и са изтъкнати пълководци по времето на Македонската династия. Дядо му е Никифор Фока, стратег на западните теми през управлението на Василий I Македонец. Единият от синовете му е Лъв Фока (чичото на бъдещия император Никифор II), който през 917 г. търпи голямото поражение срещу българският цар Симеон I в Битката при Ахелой. Баща на император Никифор II е друг известен генерал, Варда Фока Стари. Братя на императора са Лъв Фока Млади и Константин Фока.