В 1861 году Захаров консультировал генерал-губернатора Западной Сибири А. И. Дюгамеля по вопросам разграничения российских и китайских владений в Восточном Туркестане на основании Пекинского договора 1860 года. В 1862 году по ходатайству И. Ф. Бабкова Захаров назначен вместе с ним комиссаром от России для ведения в Чугучаке переговоров о делимитации границы. Переговоры проходили тяжело. Камнем преткновения стал вопрос, линия каких китайских пограничных пикетов имелась в виду сторонами Пекинского договора как ориентир границы — постоянных, созданных ещё в XVIII веке при завоевании Джунгарии, или, как утверждали маньчжурские представители, — внешних передвижных, выдвигавшихся для надзора за кочевыми племенами, имевшими китайское подданство. И. И. Захаровым было отмечено, что в китайском тексте договора использован именно термин «чан-чжу карунь», обозначавший постоянные пикеты, тогда как в русском тексте сло́ва «постоянные» не было. Российские комиссары не преминули воспользоваться незнанием русского языка их китайскими коллегами.