Nonostante il suo stato di neutralità continuasse, il 9 aprile 1940 la Danimarca fu invasa dalla Germania con l"'Operazione Weserübung". Anche se le fu accordato il diritto di autoregolamentarsi (diritto che fu soppresso il 23 agosto 1943 perché il crescente movimento della resistenza danese stava mettendo in pericolo il comando militare tedesco), la Danimarca restò militarmente occupata per tutto il corso della seconda guerra mondiale. La simpatia del popolo danese andava evidentemente verso gli alleati, ma la cooperazione economica tra Germania e Danimarca continuò nonostante tutto fino al termine della guerra. 1.900 agenti di polizia danesi vennero arrestati dalla Gestapo e mandati nel campo di concentramento di Buchenwald, dal quale molti non riuscirono a tornare vivi.