Po sekularyzacji zakonu krzyżackiego i hołdzie pruskim złożonym w 1525 przez wielkiego mistrza królowi Zygmuntowi Staremu miasto zostało stolicą Prus Książęcych, zależnych od króla polskiego jako lenno. Na znak zależności czarny pruski orzeł otrzymał koronę królewską na szyi i literę „S” od łacińskiego imienia króla "Sigismundus" (Zygmunt). Wkrótce rozpoczęła się w Prusach wojna religijna, w wyniku której religią panującą w państwie został luteranizm.