Anfang 1320 bildete Eduard II. seine Regierung um. Nachdem er Bischof John Salmon zum neuen Kanzler und Robert Baldock zum Keeper of the Privy Seal ernannt hatte, ernannte er Stapeldon am 18. Februar 1320 zum Treasurer. Allerdings stimmte der König entgegen den Bestimmungen der Ordinances von 1311, die er gemäß dem Vertrag von Leake einhalten sollte, die Ernennungen nicht mit dem Parlament ab. Im Juni 1320 begleitete Stapeldon den König wieder nach Frankreich, wo dieser dem französischen König Philipp V. für seine französischen Besitzungen huldigte. Nachdem es im Frühjahr 1321 zu einer Rebellion der Marcher Lords gegen den königlichen Günstling Hugh le Despenser gekommen war, versuchte Stapeldon zusammen mit neun weiteren Bischöfen im Sommer 1321 einen Frieden zwischen dem König und den Rebellen zu vermitteln. Nachdem der König auf Druck der Rebellen der Verbannung von Despenser und seinem gleichnamigen Vater zustimmen musste, legte Stapeldon am 25. August sein Amt als Treasurer nieder und kehrte in seine Diözese zurück. Deshalb nahm er nicht an der von Erzbischof Reynolds kurzfristig einberufenen Versammlung der Bischöfe am 1. Dezember in London teil, die die Rückkehr der Despensers aus Exil billigen sollte. Als der König ihn deshalb schriftlich um seine Zustimmung zur Rückkehr der Despensers bat, riet Stapeldon dem König Anfang 1322, diese Angelegenheit durch ein Parlament beraten und billigen zu lassen. Über diesen Widerspruch von Stapeldon, dessen Unterstützung sich der König bislang sicher war, war der König so verärgert, dass er Stapeldon zu sich an den Hof berief. Der König ging inzwischen militärisch gegen die Rebellen und den mit ihnen verbündeten Lancaster vor. Im März 1322 schlug er sie entscheidend in der Schlacht bei Boroughbridge. Während des folgenden Parlaments in York im Mai 1322 wurde die Rückkehr der Despensers offiziell gebilligt.