Vuoden 1884 Berlinin konferenssin jälkeen de Brazza nimettiin Ranskan Kongon kenraalikomissaariksi. Hän jatkoi Ranskan vaikutusvallan kasvattamista alueella, josta tuli lopulta kolme kertaa itse Manner-Ranskan kokoinen. De Brazza tuki reiluja palkkoja afrikkalaisille työläisille ja rakennutti kouluja ja sairaaloita. Hän oli saavuttanut sankarin maineen Ranskassa, mutta hänen nimeään alettiin mustamaalata, koska hän ei ollut valmis luovuttamaan maata yksityisille intresseille. Hän menetti lopulta virkansa vuonna 1898. Virkansa menetyksen jälkeen olot Ranskan kongossa alkoivat nopeasti muistuttaa oloja Belgian kuninkaan Kongon vapaavaltiossa, joka tuli tunnetuksi paikallista väestöä vastaan tehdyistä hirmutöistä. De Brazza suostui vastenhakoisesti lähtemään tutkimaan Ranskan Kongon olosuhteita. Sairas ja heikkokuntoinen de Brazza kuoli vuonna 1905 ollessaan palaamassa Ranskaan Dakarissa, nykyisessä Senegalissa vuonna 1905.