2000. február 28-án megszerezte első bajnoki gólját a Barcelona elleni 3–0-s győzelem során, márciusban azonban Lorenzo Sanz klubelnök eltiltotta a kerettől, miután távozott az egyik edzésről Vicente del Bosque vezetőedzővel történő nézeteltérése miatt. Miután visszatért a csapathoz, a Bajnokok Ligája elődöntőjének mindkét mérkőzésén a hálóba talált a Bayern München ellen, így a Királyi Gárda 3–2-es összesítéssel bejutott a fináléba. Párizsban, a Stade de France-ban megrendezett döntőn a Real Madrid a nyolcadik európai trófeáját gyűjtötte be, miután 3–0-ra győzött a Valencia ellen. Anelka a kezdő tizenegyben kapott lehetőséget.