Im März 1945 – schon nach dem Einmarsch der Roten Armee in diesen Landesteil – wurde er mit weiteren wichtigen Führern wie dem Oberbefehlshaber der Heimatarmee, General Leopold Okulicki, und dem Bevollmächtigten der Londoner Exilregierung Jan Stanisław Jankowski vom sowjetischen Geheimdienst NKWD bei Pruszków in eine Falle gelockt und anschließend nach Moskau verschleppt. In dem dortigen stalinistischen Schauprozess gegen sechzehn Politiker des antikommunistischen Widerstandes (Prozess der Sechzehn) verurteilte man ihn zu eineinhalb Jahren Haft. Nach vier Monaten begnadigt, kehrte er nach Polen zurück. Da er sich weiterhin weigerte, sowohl die kommunistische Herrschaft zu akzeptieren als auch Polen nach Westen zu verlassen, wurde er 1947 erneut verhaftet und im Prozess gegen die Anführer der nicht-kommunistischen Faktion der PPS im darauf folgenden Jahr zu zehn Jahren Gefängnis verurteilt. Pużak starb im Gefängnis und wurde heimlich auf dem Warschauer Powązki-Friedhof bestattet. 1996 wurde er von Staatspräsident Aleksander Kwaśniewski postum mit dem Weißer-Adler-Orden ausgezeichnet.