Zu Beginn des Zweiten Weltkrieges wurde er zum Generalleutnant befördert und übernahm das "Southern Command". 1940 sollte er Kommandeur der 6. Division werden, was ihm aber vom Kommandeur des I. Korps, seinem alten Rivalen Thomas Blamey, aufgrund von „Charakterschwäche“ verwehrt wurde. Stattdessen wurde er Kommandeur der neuaufgestellten 7. Division, musste dafür aber die Degradierung zum Generalmajor hinnehmen. Anfang April 1941 wurde er zum Kommandanten der Festung Tobruk ernannt, die damals vom Deutschen Afrikakorps unter Erwin Rommel belagert wurde. Nach dem Willen des britischen OB Nahost Archibald Wavell sollte er auch das XIII. Korps der Commonwealth-Streitkräfte übernehmen, was aber von Blamey verhindert wurde, der sich dadurch zurückgesetzt gefühlt hätte. Mitte des Monats kehrte er zu seiner Division nach Ägypten zurück. Nach Erfolgen im Syrisch-Libanesischen Feldzug wurde er wieder zum Generalleutnant befördert und wurde Nachfolger Blameys als Kommandierender General des I. australischen Korps, nachdem dieser zum Stellvertreter Wavells ernannt worden war. Nach dem Ausbruch des Krieges gegen Japan wurde seine Einheit im Januar 1942 in den Pazifik abkommandiert. Er wurde Oberbefehlshaber der 1. australischen Armee und mit der Verteidigung von Queensland und New South Wales betraut. Dies bedeutete einen zweijährigen Dienst fern von der Front. Im Februar 1944 gelangte er in die USA und wurde Chef der dortigen australischen Militärmission. 1945 war er oberster militärischer Berater der australischen Delegation bei der Gründungskonferenz der Vereinten Nationen in San Francisco. Im August 1946 kehrte er nach Australien zurück und trat aus der Verärgerung über den Mangel an einer aktiven Kommandeurstelle, welcher vor allem seinem Widersacher Blamey geschuldet war, einen Monat später aus der Armee aus.