ממשלתו לא הצליחה לגבש חוקה ולא מנגנון משטר יציב, עקב רצונה של שותפתו-יריבתו לשלטון, מפלגת הלאום, במשטר נשיאותי ותמיכתו של אל-אזהרי במשטר פרלמנטרי. לפיכך הוחלט שלא להחליט, ולהמשיך לבסס את מוסדות המדינה על בסיס של הסכמות מקומיות. בעיה נוספת נבעה מהכללת דרום סודאן בגבולות המדינה. אוכלוסיית החבל לא ראתה עצמה חלק מהאומה הסודאנית הערבית-מוסלמית והשליטה עליה החלה להתבסס על כפיה בכוח דבר שהוביל למלחמת האזרחים הסודאנית הראשונה. ביוני 1956 נכשל אל-אזהרי בהצבעת אי-אמון וממשלתו הראשונה נפלה.