בשנת 1547 ויתר אביו יוהאן פרידריך מסקסוניה על תואר הנסיך הבוחר לאחיינו מוריץ מסקסוניה, בעקבות המלחמה השמלקלדית, וקיבל את התואר דוכס סקסוניה. לאחר מותו פוצלה הדוכסות בין האחים; יוהאן פרידריך השני, דוכס סקסוניה קיבל את אזור אייזנך וקובורג, יוהאן וילהלם קיבל את אזור ויימאר, ואילו יוהאן פרידריך השלישי קיבל את אזור גותה. מכיוון שהיה קטין שימש אחיו יוהאן פרידריך השני כעוצר בשמו עד לבגרותו בשנת 1557. לאחר מכן הגיעו השניים להסכם שיוהאן פרידריך השני ימשיך לשלוט בדוכסות למשך 4 שנים נוספות, ובשנת 1561 הוארך ההסכם ל-4 שנים נוספות.