מקיין התנגד בתקיפות להיבטים רבים במדיניות החוץ של אובמה, וביוני 2014, בעקבות הישגיה של המדינה האסלאמית במתקפתה על צפון עיראק, הוא גינה את מה שראה ככישלון אמריקאי בהגנה על עברה המוצלח של ארצות הברית בעיראק וקרא לכלל חברי המועצה לביטחון לאומי של ארצות הברית להתפטר מתפקידם. מקיין אמר לעיתונות האמריקאית ב-12 ביוני: "האם על צוות הביטחון הלאומי של הנשיא להתפטר? התשובה היא בהחלט כן. אם אני נשמע כועס זה מפני שאני כועס". מקיין המשיך להיות פעיל בסוגיות מדיניות חוץ. ביולי אותה השנה נסע להודו, בשעה שפרשת הציתותים בארצות הברית העיבה על היחסים הדיפלומטיים בין וושינגטון לניו דלהי. ​​