Der auch als der Kuruzenkrieg bekannte letzte antihabsburgische Aufstand, der von Franz II. Rákóczi (1703–1711), begann 1703, als Rákóczi zum Anführer eines (fehlgeschlagenen) Kuruzenaufstands in der traditionell calvinistischen West-Karpatoukraine (Teil des Königreichs Ungarn) wurde. Zur gleichen Zeit (Sommer 1703) entstanden auch die ersten (neuen) Kuruzentruppen in der Ostslowakei. Da die habsburgischen Truppen auch mit dem Spanischen Erbfolgekrieg beschäftigt waren, hatten die Kuruzen Ende Dezember fast die gesamte Slowakei (anfangs außer der Städte Bratislava, Trenčín, Nitra, Košice, Prešov, Bardejov, Leopoldov, Nové Zámky und Komárno) unter Kontrolle und verwüsteten die Umgebung der zwei Hauptstädte Wien und Pressburg (heute Bratislava). Nach weiteren Kämpfen kontrollierten die inzwischen 100.000 Kuruzen im Sommer 1705 auch die Vororte von Pressburg und nördliches heutiges Ungarn. Im Herbst wurde Rákóczi von „seinem“ Landtag in Szécsény zum „Fürsten“ von Ungarn gewählt und es wurde Religionsfreiheit erklärt. In den Jahren 1706 und 1707 wurde in der Slowakei recht wenig gekämpft, dafür hatte Rákóczi aufgrund der schlechten Wirtschaftslage zahlreiche soziale Unruhen von Arbeitern und Adeligen zu bewältigen. So gab es 1706 Unruhen slowakischer Arbeiter und Bergleute und Proteste ethnisch slowakischer Komitate auf dem im Sommer 1707 von Rákóczi abgehaltenen Landtag von Ónod (bei Miskolc). Die entscheidende Wende kam 1708. Nachdem im Juli–August 1708 zwei habsburgische Armeen Rákóczis Truppen in der großen Schlacht bei Trentschin besiegt hatten, begann für Rákóczi eine Serie von Niederlagen. Bis Oktober 1708 sind die Habsburger bis in die mittelslowakischen Bergbaustädte vorgedrungen und im April 1711 fiel auch die letzte größere Siedlung, Košice/Kaschau, in die Hände der Habsburger. 80.000 Menschen starben infolge dieses Aufstands.