במהלך המצור על ירושלים במלחמת העצמאות מונתה כגן לאחראית של המחלקה הרפואית בקהילה היהודית בירושלים, ודאגה לכל המרפאות והמערכות התברואתיות בעיר. עבודתה כללה גם טיפול בפליטים מהשכונות הערביות. היא לקחה תינוקות רבים מאזורי סיכון ושיכנה אותם בבית התינוקות של ויצו, שנוסד ביוזמתה.