Tras los trasvases de agua realizados por la Unión Soviética en los años 1960, de los ríos Amu Daria y Sir Daria que en él confluyen, el lago se redujo de manera drástica. Se pretendía desviar agua para regar cultivos, principalmente de algodón, en Uzbekistán y Kazajistán. Tras la caída de la URSS, la falta de entendimiento debida al enfrentamiento entre los países que antes formaban parte de la desaparecida Unión Soviética, ha impedido que se detuviese esta reducción constante; pues Kazajistán y Uzbekistán, que se reparten lo que queda del mar de Aral, están enfrentadas con Kirguistán y Tayikistán, repúblicas por donde fluyen los ríos que alimentaban el otrora gran mar interior. Además, como resultado de pruebas armamentísticas, proyectos industriales y vertidos de residuos de fertilizantes durante todo el siglo XX, el mar tiene un alto índice de contaminación.