Ils étaient l'un et l'autre à Paris, dans les orages qui préparaient le 13 vendémiaire, lorsque la Convention nationale mit dans les mains de Bonaparte les armes qui la firent triompher. Bourdois demeurait alors dans la rue Saint-Honoré. Le lendemain de la triste victoire dont cette rue fut le théâtre, le vainqueur, inquiet sur le sort de Bourdois, envoya savoir de ses nouvelles. Cette marque d'intérêt rendit leur liaison encore plus intime. Général de l'armée de l'Intérieur, et bientôt après de l'armée d'Italie, Bonaparte propose à Bourdois de le suivre, avec le titre de médecin en chef.