Futbolcu, değişen Çek Cumhuriyeti millî takımıyla ilk maçına Haziran 1994'te 3-1 yendikleri İrlanda karşısında çıktı. A millî takımdaki ilk golünü, ilk büyük turnuvası olan Euro 1996'da attı. Ayrıca 1997 FIFA Konfederasyonlar Kupası'nda Uruguay'ı üçüncülük maçında yenerek üçüncü olan takımda yer aldı. Turnuvada iki golü olan Nedvěd, gollerinin ikisini de gruplarda 6-1 kazandıkları Birleşik Arap Emirlikleri'ne attı. Yarı finale yükselen takım, yarı finalde kupayı kazanan Brezilya'ya yenildi.