В 1812 году Малиновский был во многих сражениях с французами и получил штыковое ранение в грудь, награждён орденом св. Анны 4-й степени. В Заграничной кампании 1813 года он находился при блокаде Торнау и был ранен в голову с повреждением черепа, однако быстро оправился и был в сражении при Бауцене. За отличие в Битве народов под Лейпцигом Малиновский 6 октября 1813 года был награждён золотой шпагой с надписью «За храбрость». В кампании 1814 года Малиновский принимал участие в делах под Майнцем, Реймсом и завершил свою боевую деятельность в Наполеоновских войнах участием во взятии Парижа, за что был награждён орденом св. Анны 2-й степени с алмазами и произведён в подполковники.