Avec la fin de cette guerre sans vainqueurs ni vaincus, à cause du trop grand nombre de changement de gouvernements plus ou moins légitimes auxquels il participa comme Ministre de la Guerre et surtout à cause de l'arrivée en 1852 du Blanco Juan Francisco Giró qui ne réussissait pas à maintenir l'ordre civil, Flores fut dans un premier temps nommé en 1852 chef politique de Montevideo (un rôle de préfet) et prit le pouvoir l'année suivante en formant un triumvirat avec Fructuoso Rivera et Juan Antonio Lavalleja, deux héros de la Guerre de Cisplatine (les chefs des Trente-trois Orientaux).