Während des Zweiten Kappelerkriegs von 1531 besetzten Truppen aus dem reformierten Bern das Kloster und richteten grosse Schäden an. Heidegg war vorübergehend nach Luzern ins Exil geflohen. In den folgenden Jahren leistete er einen wichtigen Beitrag zur Rekatholisierung der Freien Ämter. Die Instandsetzung und Erweiterung der Klosteranlage finanzierte er zum Teil aus seinem Privatvermögen. Unter anderem veranlasste er die Vollendung des heute noch bestehenden Kreuzgangs.