Fouché diende in 1809 als minister van Binnenlandse Zaken. Terwijl Napoleon op veldtocht in Duitsland was, vielen Britse troepen Zeeland binnen en bedreigden Antwerpen (zie verder Walcherenexpeditie). Fouché besloot op eigen houtje 60.000 soldaten van de Nationale Garde te mobiliseren in de noordelijke departementen van het keizerrijk en zo de Britse inval een halt toe te roepen. "Laat ons bewijzen dat Napoleon niet nodig is om de vijand te weerstaan!" schreef hij in zijn mobilisatiebevel, iets dat de keizer enorm irriteerde. Het conflict tussen Fouché en Napoleon escaleerde verder toen de keizer in het geheim de Britten benaderde om te onderhandelen over vrede en tot zijn verrassing ontdekte dat Fouché hem al was voorgegaan. Woedend ontsloeg Napoleon hem op 3 juni 1810. Wel gunde hij hem de functie van gouverneur van het departement Rome. Toen Napoleon echter ontdekte dat Fouché belangrijke documenten van het ministerie voor zichzelf had gehouden (en tegen de keizer had beweerd dat ze vernietigd waren), ontstak Napoleon nogmaals in woede. Fouché, inmiddels in Florence, bereidde zich voor om naar Verenigde Staten te vluchten, maar na bemiddeling door Elisa Bonaparte mocht hij toch terugkeren naar zijn landgoed in Frankrijk.