Vuonna 1204 Kreeta myytiin tuhannella hopeamarkalla Venetsialle neljännen ristiretken seurauksena. Genovalaiset kuitenkin ehtivät asettua Kreetalle ensin, ja vasta viiden vuoden kuluttua venetsialaiset saivat vallan ja Kreetasta tuli Venetsian ensimmäinen siirtokunta, joka sijaitsi meren takana. Ajan kuluessa Kreetasta muodostui myös Venetsian kauppaimperiumin tärkeimpiin kuuluva osa. Kreetalaiset kapinoivat venetsialaisia vastaan, minkä vuoksi kaupungit jouduttiin linnoittamaan. Ajan kuluessa kreetalaiset osallistuivat jo yhdessä venetsialaisten kanssa saaren hallintaan. Venetsialaiset lisäksi viljelivät maata ja hakkasivat saaren metsiä. Välimeren yli kuljetettiin viiniä, suolaa ja puuta, mutta tuotto näistä päätyi rikkaille venetsialaisille. Venetsialaiskaudella roomalaiskatolisuudesta tehtiin virallinen uskonto, mutta jälleen kreetalaiset säilyttivät ortodoksisuutensa. Venetsialaiset rakensivat saarelle palatseja ja suihkukaivoja. Myös Iraklionin (venetsialaiskaudella nimellä "Candia"), Réthymnon ja Chanián linnoitukset ja satamat ovat venetsialaisten rakentamia. Konstantinopolin älymystö pakeni Kreetalle vuonna 1453 osmanien vallattua kaupungin.