Mit der U-20 Auswahl nahm Júnior Fernández an der U-20-Fußball-Südamerikameisterschaft 2007 teil. Mit der A-Auswahl der Nationalmannschaft bestritt er bislang vier Spiele. Er war auch Teil der Mannschaft, die bei der Copa América 2011 Vizemeister wurde, kam hier aber zu keinem Einsatz. Bei der Austragung der Copa América 2019 fungierte er als Stammtorhüter.