Tras el fracaso de los diálogos de paz del Caguán, el Gobierno de Colombia y los Estados Unidos implementaron el Plan Colombia en el gobierno de Andrés Pastrana (1998-2002).Se establecen los dos periodos presidenciales de Álvaro Uribe (2002-2010) como los años con mayor cantidad de víctimas: 3.633.840 de víctimas según el Registro Único de víctimas. Con la desmovilización de las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC) entre 2003 y 2006, las denominadas Bandas Criminales (Bacrim) o Grupos Armados Organizados (GAO) retomaron las actividades ilícitas realizadas por los paramilitares, sobre todo, las relacionadas con el narcotráfico y la minería ilegal. Desde 2012 hasta 2016, el gobierno de Juan Manuel Santos desarrolló un proceso de paz con la guerrilla de las FARC-EP en La Habana, Cuba, con el objetivo de encontrar una salida política al conflicto. El 2 de octubre de 2016, luego de firmar entre las partes un primer acuerdo de paz el 26 de septiembre de ese año, el gobierno convocó a un plebiscito para refrendar los acuerdos alcanzados con los insurgentes, resultando ganador el NO por estrecho margen.Tras un periodo de negociación con los promotores del NO, el gobierno y las FARC-EP acordaron los definitivos acuerdos de paz entre el gobierno de Juan Manuel Santos y las FARC-EP, el cual se firmó el 24 de noviembre de 2016. Se presentó un descenso en la intensidad de la guerra.