Dopo la sua costituzione la Marina peruviana si è ritrovata coinvolta nella lotta contro la Grande Colombia nella guerra del 1828-29, Cile (1836-39), Ecuador (1857-60), Spagna (1864-66), Cile (1879-83). Quest'ultima guerra, nota come Guerra del Pacifico, fu un disastro con la Marina Peruviana pressoché distrutta. Riorganizzata all'inizio del XX secolo, ebbe due nuovi incrociatori leggeri inglesi, un cacciatorpediniere con motore a turbina e due sottomarini che erano i primi del Sudamerica.