1671 ließ sich in der Stadt der Franziskaner-Orden nieder, zwei Jahre später auch der Jesuiten-Orden. Die Unterstützung seitens der Stadt für den anti-habsburgischen Aufstand unter Emmerich Thököly hatte 1687 schwerwiegende Konsequenzen. Aufgrund einer Entscheidung von Kaiser Leopold I. wurde in der Stadt das sogenannte "Eperieser Blutgericht" unter der Führung von "Antonio Caraffa" abgehalten, in dessen Verlauf (vom 5. März bis zum 12. September 1687) 24 prominente protestantische Bürger und Adlige zum Tode verurteilt und ihr Vermögen eingezogen wurde. Weitere Schäden verursachten die Pestepidemie von 1696, durch die die Hälfte der Stadtbevölkerung ums Leben kam, und der Aufstand von Franz Rákóczi II. (1703–1711).