Ακόμη και ο γιος του Περικλή Ξάνθιππος, ο οποίος είχε πολιτικές φιλοδοξίες, δε δίστασε να καταδικάσει αυτή τη σχέση του πατέρα του. Αυτές οι κατηγορίες δεν έριξαν το ηθικό του, παρόλο που ξέσπασε σε κλάματα όταν τον κατηγόρησαν ότι διέφθειρε την ηθική της πόλης του, με αυτήν του την σχέση. Η μεγαλύτερη προσωπική του τραγωδία ήταν ο θάνατος των δύο παιδιών του, του Ξάνθιππου και του Πάραλου, από τον πρώτο του γάμο, καθώς και ο θάνατος της αδελφής του. Όλοι αυτοί πέθαναν από τον φοβερό λοιμό που χτύπησε την Αθήνα τα πρώτα χρόνια του Πελοποννησιακού Πολέμου. Ο θάνατος τόσων συγγενικών προσώπων ήταν κάτι το οποίο ποτέ δεν κατάφερε ψυχολογικά να ξεπεράσει. Λίγο πριν από τον θάνατό του, οι Αθηναίοι άλλαξαν τον νόμο του 451 π.Χ. για το δικαίωμα στην αθηναϊκή υπηκοότητα, που έκανε τον μισό-Αθηναίο γιο του που είχε αποκτήσει με την Ασπασία, Περικλή τον νεώτερο, Αθηναίο πολίτη και νόμιμο κληρονόμο του. Από ειρωνεία της τύχης, ο ίδιος ο Περικλής είχε προτείνει να ψηφιστεί νόμος που έλεγε ότι μόνο όσοι έχουν και τους δύο γονείς Αθηναίους έχουν το δικαίωμα στην υπηκοότητα της πόλης.