Nach dem deutschen Überfall auf die Sowjetunion wurde auch in Druja ein Getto für die jüdische Bevölkerung eingerichtet. Dieses befand sich im Umkreis der Synagoge. Als Bewohner im Sommer 1942 zur Ermordung abgeholt werden sollten, kam es zu Bränden im Getto. Dabei wurde auch die Synagoge schwer beschädigt.