สีน้ำเงินและสีแดงในธงชาติเฮติมีที่มาจากธงชาติฝรั่งเศสผู้เป็นเจ้าอาณานิคมเดิม ในการปฏิวัติเฮติเมื่อ ค.ศ. 1803 นั้น ธงไตรรงค์ของฝรั่งเศสได้ถูกฉีกออกโดยฌอง ฌาคส์ เดสซาลีนส์ (Jean-Jacques Dessalines) ผู้นำในการปฏิวัติครั้งนั้น (ต่อมาได้ตั้งตนเองเป็นผู้ปกครองเฮติในฐานะปฐมจักรพรรดิแห่งจักรวรรดิเฮติ) จากนั้นเขาได้ให้หญิงคนหนึ่งนำเอาเฉพาะสีน้ำเงินและสีแดงของธงเดิมมาเย็บต่อกันเพื่อสร้างขึ้นเป็นธงชาติใหม่ของเฮติ โดยสีน้ำเงินหมายถึงประชากรชาวเฮติที่เคยตกเป็นทาสของฝรั่งเศส สีแดงหมายถึงประชาชนที่เป็นเชื้อชาติลูกผสมระหว่างคนผิวดำและคนพื้นเมือง ซึ่งเรียกรวมกันว่า พวกมูแลตโต (mulatto) ส่วนตราแผ่นดินในธงนั้นได้เพิ่มลงในธงเมื่อปี ค.ศ. 1806 โดยตราดังกล่าวออกแบบครั้งแรกโดย อาแล็กซองดร์ เปซียง ผู้เป็นประธานาธิบดีหลังจากที่จักรพรรดิเดสซาลีนส์ถูกลอบปลงพระชนม์ในปีนั้น