辛亥革命爆發之際，馬福祥基本上採取了旁觀的態度。袁世凱就任中華民国臨時大總統後，馬福祥服属。1912年（民国元年）5月，他被北京政府任命為寧夏鎮總兵，其部隊被稱爲「昭武軍」。1913年，马福祥在黄河上的大船上，设宴诱捕了后套地区国民军无法平定的独贵龙运动领导人旺丹尼玛活佛，得到袁世凯赏识，特改任马为宁夏护军使，节制阿拉善、乌审、鄂托克三旗，授陆军中将衔及二等文虎之章。护军使可以直接向北京政府上书言事，俨跻身地方大员。任内他討伐白朗有功，維持了寧夏的秩序。