आग्राचा उल्लेख महाभारतामध्ये देखील केला गेला आहे. इ.स. १५०६ साली लोधी सुलतान सिकंदर लोधीने आपली राजधानी दिल्लीहून आग्र्याला हलवली. सिकंदर लोधीचा पुत्र इब्राहिम लोधी १५२६ साली पानिपतच्या पहिल्या लढाईमध्ये ठार झाला व मुघल सम्राट बाबरची आग्र्यावर सत्ता आली. मुघल साम्राज्यकाळ आग्र्यासाठी दैदिप्यमान ठरला व येथे अनेक मुघल इमारती व वास्तू उभारल्या गेल्या. बाबरनंतर हुमायून, अकबर, जहांगीर, शाह जहान ह्या मुघल सम्राटांच्या कारकिर्दीत आग्रा हे साम्राज्याचे राजधानीचे शहर राहिले.