Jako trener Fernández poprowadził reprezentację Peru podczas turnieju Copa América 1949. Kierowany przez niego zespół zajął trzecie miejsce (za Brazylią i Paragwajem), odniósł 5 zwycięstw (4:0 z Kolumbią, 4:0 z Ekwadorem, 3:0 z Boliwią, 3:0 z Chile oraz 4:3 z Urugwajem) i przegrał 2 mecze (1:3 z Paragwajem i 1:7 z Brazylią).