Długotrwały pokój przerwany został w 1806 po klęsce Prusaków pod Jeną. Wojska francuskie w pościgu za armią pruską w dniu 1 listopada 1806 r. opanowały Kostrzyn, a następnie całą Nową Marchię. Po klęsce Napoleona pod Moskwą w 1812 r. nastąpił odwrót wojsk francuskich, ale przykładowo garnizon w Kostrzynie opierał się siłom prusko-rosyjskim do marca 1814 r.