W momencie wybuchu II wojny światowej okręt pełnił służbę na Morzu Śródziemnym w składzie 7. dywizjonu 1. Flotylli okrętów podwodnych w Tulonie. Dowódcą jednostki był w tym okresie kpt. mar. H.J.M. Digard. Po wybuchu wojny „Vengeur” trafił do stoczni na remont, który zakończył się 2 lutego 1940 roku. W czerwcu 1940 roku jednostka nadal należała do 7. dywizjonu okrętów podwodnych, stacjonując w Bizercie. Okręt uczestniczył w tym miesiącu w patrolowaniu środkowej części Morza Śródziemnego. Po zawarciu zawieszenia broni między Francją a Niemcami „Vengeur” znalazł się pod kontrolą rządu Vichy. 11 października 1940 roku okręt opuścił Tulon i pokonując Cieśninę Gibraltarską dopłynął do Casablanki. W styczniu 1942 roku „Vengeur” stacjonował w bazie Diego Suarez na Madagaskarze, którą opuścił 22 marca udając się do Sajgonu. 27 listopada 1942 roku, podczas ataku Niemców na Tulon, jednostka została samozatopiona.