În 1996, guvernul lui Milo Đukanović a rupt relațiile dintre Muntenegru și regimul Sârbesc, care atunci, se afla sub controlul lui Slobodan Milošević. Muntenegru și-a format propria politică monetară și a adoptat Deutsche Mark (Marca Germană) ca monedă oficială, mai apoi adoptând Euro, deși nu a făcut și nici nu face încă parte din Zona Euro. Guvernele ce s-au succedat de-a lungul anilor au promovat politici pro-independente, iar relațiile politice cu Serbia au stagnat, în ciuda schimbărilor politice de la Belgrad. Unele ținte din Muntenegru au fost bombardate de către forțele NATO în timpul Operațiunii Forțelor Aliate în 1999, deși importanța acestor atacuri nu a fost semnificativă.