Cañizares nằm trong đội Tây Ban Nha 46 lần kể từ năm 1993. Tuy nhiên, anh luôn là thủ môn lựa chọn số 2 và chỉ chơi 5 trận quốc tế quan trọng: một trong World Cup 1994, 3 trong Euro 2000 (là đợt duy nhất anh là thủ môn lựa chọn thứ nhất) và một ở trong World Cup 2006. Anh là một thành viên tại Euro 96, World Cup 1998, Euro 2004, và World Cup 2006 nhưng đã không chơi phía sau Andoni Zubizarreta trong thập niên 1990 và Iker Casillas trong năm 2004. Cañizares là lựa chọn đầu tiên trong đội tuyển giành huy chương vàng tại giải Thế vận hội 1992 ở Barcelona.