У вересні 1641 року Вільям Ліллі повертається у Лондон, де продовжує вивчати астрологію. З 1644 року починає видавати щорічний альманах з астрологічними пророцтвами «Мерлінус Англікус Юніор» («Merlinus Anglicus Junior»), що набуває незвичайної популярності і приносить Ліллі статус ведучого астролога Англії. Окрім свого щорічного альманаху, він створив серію астрологічних і провидецьких памфлетів. Ліллі передбачив смуту в державі та поділення двору на партії, що стало загрозою для королівської влади. Також він писав про епідемію чуми 1665 року, пожежу у Лондоні 1666 року і заворушення в Ірландії. Роль Ліллі як пропагандиста була надзвичайно важливою в часи Громадянської війни: казали, що сприятливий прогноз Ліллі був вартий цілого десятка полків. Він стверджував, що сам Бог сприяє справі англійського Парламенту, хоча астрологи-роялісти, такі як Джордж Вортон, стверджували подібне стосовно королівської влади. Розпочинається війна астрологічних памфлетів і альманахів.