В результаты первой и второй чеченской войн архивы республики были почти полностью уничтожены. Погибло более 90 % документов по истории народов Чечни и Ингушетии, начиная с середины XVIII века до конца XX века. Сохранилась только часть фонда «Коллекция документальных материалов по личному составу бывших спецпереселенцев» числом 122 тысяч единиц из бывших 258 тысяч. Из 12 районных архивов 4 подверглись полному уничтожению, а ещё 4 частичному. Все районные архивы лишились своих источников комплектования, так как перестали существовать районные организации и учреждения.