Juan José Torres entre en 1941 à l'âge de 21 ans à l'école militaire d'artillerie d'Argentine. De retour en Bolivie, il devient attaché militaire au Brésil puis ambassadeur en Uruguay, avant d'être nommé chef d'état-major des armées boliviennes : c'est dans ce cadre qu'il dirige la lutte contre la guérilla d'Ernesto Guevara, en 1967.