Припреме су вршене веома брзо и у највећој тајности. Флота је после два месеца кренула из Тулона. Бонапарта је водио и комисију од 187 учењака, писаца и уметника. Египатска експедиција је без већег отпора заузела Малту и, заобилазећи енглеску флоту, допловила до Александрије 2. јула. Армија је марширала равно ка Каиру. Милиција мамелука поражена је у подножју пирамида. Француска пешадија разбила је мамелучку коњицу. Наполеон није прогонио мамелуке због недостатка коњице. Хорације Нелсон је за то време пронашао и разбио француску флоту код Абукира те је Наполеон остао заробљеник у Египту.