Sin una estructura suficiente para afrontar la represión posterior al golpe militar del 24 de marzo de 1976,(ya siendo especialmente golpeada la escisión FAP-17, optando estas por unirse a las PRT-ERP) las FAP vieron menguadas sus filas y Villaflor instaló junto con Enrique Ardeti un local de reparación de artículos eléctricos cerca de la estación de ferrocarril de Florencio Varela y a mediados de 1978 decide junto con otros compañeros suspender la actividad política hasta que cambie la situación. En agosto de 1979, luego de varias detenciones que incluyeron a su hermana menor, por entonces asesora gremial de la Federación Gráfica Bonaerense, Villaflor fue secuestrado junto con su segunda esposa Elsa Martínez cuando estaba de visita en casa de sus padres y murió cuatro días después mientras lo torturaban.