Nach der Machtübernahme durch die Nationalsozialisten wurde Felix Pinkus aufgrund des Gesetzes zur Wiederherstellung des Berufsbeamtentums als Jude aus dem Amt des Direktors der Frauenklinik entlassen. Seine Frau Elise starb im Januar 1934. Sein Sohn Hermann emigrierte in die USA. Im Verlauf des Jahres 1935 wurde Felix Pinkus gezwungen, seine Wohnung in der Berliner Lützowstrasse zu verlassen. Für kurze Zeit wohnte und arbeitete er bei dem ungarischen Kollegen Ladislau Balog. Im August 1939 folgte er der Einladung der befreundeten Kollegin Inga Saeves und emigrierte nach Oslo. In Oslo wartete er über ein Jahr lang, während sein Sohn Hermann versuchte, für ihn ein Einreisevisum für die USA zu besorgen. Als die deutsche Wehrmacht im April 1940 in Oslo eindrang, war er immer noch dort. Er hatte damit keine Chance mehr, über England in die USA zu gelangen. Im Frühjahr 1940 wurde ihm die Möglichkeit geschaffen, über Kopenhagen nach Moskau zu fliehen, von wo aus er mit der transsibirischen Eisenbahn nach Wladiwostok fuhr. Von Wladiwostok fuhr er per Schiff nach Tokio, ging in Yokohama an Bord eines japanischen Passagierdampfers und kam am 10. Januar 1941 in San Francisco an.