Возглавлял группу литовских магнатов, которая враждовала с князем Михаилом Львовичем Глинским, фаворитом великого князя литовского Александра Казимировича. В 1505 году по жалобе последнего был лишён должности воеводы трокского. В начале 1508 года попавший в опалу князь Михаил Глинский с братьями поднял мятеж с целью расправиться со своими недругами и вернуть утраченное по их вине положение в государстве. 2 февраля под приказу Михаила Глинского Ян Юрьевич Заберезинский был убит в своём имении около Гродно.