Bei der Zerstörung Magdeburgs im Dreißigjährigen Krieg wurde auch die Ulrichskirche beschädigt. Der Wiederaufbau erfolgte von 1648 bis 1656. 1655 wurde der Komponist Malachias Siebenhaar zweiter Prediger an der Kirche. Balthasar Kindermann war ab 1672 als erster Prediger in der Ulrichskirche tätig.