Miguel Zepeda zadebiutował w reprezentacji Meksyku w lutym 1999. Z kadrą narodową brał udział w Copa América 1999, Pucharze Konfederacji 1999 (gdzie strzelił 2 gole w finale), Copa América 2001 i Złotym Pucharze CONCACAF 2003. Został królem strzelców w towarzyskim turnieju Carlsberg Cup.