El seu quart llibre de ficció és "The Unknown" "Terrorist (2007)." Aquí l'escriptor ens explica la història de la Nina (the Doll), una ballarina que, després d'una aventura d'una nit amb el Tariq, veu com la policia la persegueix i com, de sobte, apareix a la televisió com a part d'un equip terrorista decidit a posar una bomba a Sydney. La novel·la s'inspira en "The Lost Honour of Katharina Blum," que Heinrich Böll va escriure en resposta a l'amenaça terrorista a Alemanya durant les dècades dels 60 i 70. Basant-se doncs en aquesta idea, Flanagan converteix la seva novel·la en una meditació brillant sobre el món post 11-S.