Durant l'été 1961, il rejoint l'Italie et la Sicile en signant à Palerme. Durant le vol Lisbonne-Palerme, il fait la connaissance d'Helenio Herrera, alors l'entraîneur de l'Inter, qui lui propose un essai au club lombard, ce que refuse Fernando, ayant déjà donné sa parole aux palermitains. Il reste en "rosanero" pour deux saisons (avec une parenthèse en 1962 à la Juventus où il ne joue qu'un match de Coppa Italia le 25 avril 1962 contre Brescia, victoire 1-0). Lors de la saison 1961-1962, il joue 33 matchs et inscrit 10 buts, dont un contre l'Inter le 4 mars 1962 lors d'un match décisif pour le "scudetto nerazzurro". Herrera, alors en froid avec Fernando, se vit sur le banc se faire apporter le ballon dans les mains par Fernando juste après son but, l'ayant cherché au fond des filets, le tout sous les applaudissements du public sicilien. Lors de sa seconde et dernière saison en Sicile, il inscrit en tout 3 buts en 29 matchs.