In Champions League il Milan elimina nei sedicesimi di finale gli svizzeri dell'Aarau e negli ottavi i danesi del Copenaghen, qualificandosi così per la fase a gironi dove trova i belgi dell'Anderlecht, i portoghesi del Porto e i tedeschi del . I rossoneri si classificano al primo posto nel loro girone con 8 punti grazie a 2 vittorie e 4 pareggi. Nella semifinale in gara unica il Milan batte per 3-0 il Monaco e il 18 maggio 1994 riscatta la sconfitta contro l'Olympique de Marseille patita nella finale dell'anno precedente vincendo la competizione avendo la meglio nella finale di Atene sul Barcellona per 4-0 con reti di Massaro (doppietta), Savićević e Desailly. Questo risultato rappresenta la vittoria con maggiore scarto in una finale di UEFA Champions League. Con la vittoria in champions League, il Milan del 1993-1994 e l'Inter del 1964-1965 e del 2009-2010 sono le uniche squadre italiane ad aver vinto il titolo nazionale e la Coppa dei Campioni/Champions League nella stessa annata.