Bereits im Herbst desselben Jahres brach der Dritte Hugenottenkrieg (1568–1570) aus. Beide Seiten waren unzufrieden, es kam zu vielen blutigen Gewalttaten. Die Führer der Hugenotten begaben sich nach La Rochelle, das wegen seiner günstigen Überseeverbindung zu ihrem Hauptquartier wurde. Auch Königin Johanna von Navarra mit ihrem Sohn Heinrich – ein Bourbone – traf dort ein. Wieder kam Hilfe aus dem protestantischen Deutschland (Zweibrücken sowie Oranien) und aus England. Doch in der Schlacht bei Jarnac (März 1569) unterlagen die Hugenotten; Fürst von Condé kam ums Leben. Im Oktober 1569 folgte in der Schlacht bei Moncontour eine weitere Niederlage, doch konnten die Hugenotten mit ausländischer Unterstützung La Rochelle entlasten und im Juni 1570 bei Luçon die königlichen Truppen schlagen (die ihrerseits Hilfe aus Spanien, dem Kirchenstaat und vom Herzogtum Toskana erhalten hatten).