Scheel blev i maj 1940 befälhavare för Sicherheitspolizei (Sipo) och Sicherheitsdienst (SD) i Elsass, därefter i Bayern. I detta ämbete organiserade han i oktober 1940 deportationen av judarna i Karlsruhe med destination Gurs, Izbica, Theresienstadt och Auschwitz. Året därpå, 1941, utsågs han till högre SS- och polischef i Salzburg ("Höhere SS- und Polizeiführer Alpenland") och senare samma år till Gauleiter och riksståthållare i Salzburg.