1038年，克拉科夫成为了波兰首都。至10世纪末，该城已转变为一重要的贸易中心。如瓦维尔城堡这样的砖块建筑，圣亚德伯堂、圣母圣殿等罗曼式教堂都一一兴建了起来。1241年，蒙古人洗劫并焚烧了克拉科夫。1257年，波列斯瓦夫五世按原样重建了该城，他模仿弗罗茨瓦夫建立了以马格德堡法律为蓝本的市政法治，这包括了对市民而言的税收优惠及贸易特权等。1259年，蒙古人再次侵犯了该城，1287年，新建的防御工事起到了局部的作用，蒙古人被击退。1335年，卡齐米日三世以自己的名字命名了城西两片郊区。1362年，卡齐米日中心地带建立了防御性城墙，圣弥额尔圣达尼老圣殿边上一块地产被赐给奥斯定会。