בשנת 1648, במהלך מרד חמלניצקי נכבשה באר על ידי הקוזקים של מקסים קריבונוס. במהלך הכיבוש נרצחו מרבית יהודי העיר על ידי הקוזקים. חמלניצקי, שהגע לעיר לאחר הכיבוש קבע בה את מקום מושבו. בשנת 1667, בעקבות הסכם אנדרוסובו חזרה באר לשליטת האיחוד הפולני-ליטאי.