V českých reprezentačních výběrech se objevila již v roce 2003 (mistrovství Evropy kadetů), 2005 (mistrovství Evropy do 18 let, 4. místo, Pecková byla vybrána do all stars celého turnaje), 2006 a 2007 (oba roky mistrovství světa do 20 let). Jejím prvním velkým seniorským turnajem bylo mistrovství Evropy v roce 2009 v Lotyšsku, kde byla vyhodnocena nejlepší trojkařkou ME. Největším stávajícím úspěchem této hráčky je nominace na mistrovství světa 2010 konané v Brně, Ostravě a v Karlových Varech, kde český tým získal stříbrné medaile. Již v přípravném přátelském zápase proti USA byla autorkou 22 bodů. Podobný výkon se jí podařil zopakovat i ve finále MS, kdy nastřílela Američankám 11 bodů a v tomto zápase byla třetí nejlepší českou střelkyní. V letech 2007 (Bangkok), 2009 (Bělehrad) a 2013 (Šen-čen) se Pecková zúčastnila pod vedením trenéra Beneše světových univerziád. Reprezentovala ČR na Letních olympijských hrách 2012 v Londýně, kde se Češky umístily na sedmé příčce. V srpnu 2014 se umístila na základě svých výkonů v ŽBL, v Eurolize i v reprezentaci ČR v předcházející sezóně za křídelnicí Evou Vítečkovou a pivotkou Alenou Hanušovou na třetím místě v anketě Basketbalistka roku. Na světovém šampionátu 2014 v Turecku byla členkou české reprezentace, která zde obsadila deváté místo; sama však odehrála ve čtyřech zápasech dohromady pouze šest minut. Reprezentovala ČR i na ME 2015, které pořádalo Maďarsko společně s Rumunskem, kde se české družstvo umístilo na 11. místě z dvaceti účastníků. Na ME 2017, hraném v Hradci Králové a v Praze, kde se české družstvo umístilo na 13. místě ze šestnácti účastníků, nebyla nominována.