2001 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Еквадору. Першим великим турніром для Карлоса став Золотий кубок КОНКАКАФ 2002 року у США, куди колумбійці поїхали у статусі запрошених гостей, але програли обидва матчі у групі. Влітку того ж року поїхав з командою на чемпіонат світу 2002 року в Японії і Південній Кореї, де еквадорці також не вийшли з групи.