Несмотря на это, есть основания полагать, что академик-слобожанин поддерживал связи с казачьим подпольем. В списке профессорских знакомых — кубанский сотник Антон Башта, герой Ледяного похода. Знакомство Яворницкого и Башты состоялось в 1926 году.