Fernández de Villa-Abrille era jefe de la II División Orgánica del ejército, con sede en Sevilla y mando en Andalucía, al tiempo del golpe de Estado de julio de 1936 que dio lugar a la Guerra Civil. Estaba enterado de la conspiración de los sublevados días antes. Así, cuando el comandante de Estado Mayor, José Cuesta Monereo —siguiendo instrucciones del general sublevado, Gonzalo Queipo de Llano— elaboró un plan con el que se llegó a movilizar a 4.000 hombres para realizar y consolidar el golpe de Estado en la provincia de Sevilla, el general Fernández no se unió a la sublevación; pero ni él ni bastantes de los oficiales a su mando mostraron resistencia alguna al golpe, ni a las acciones de represión que el comandante Antonio Castejón Espinosa inició en distintos barrios de Sevilla.