當時拿破崙在圣多明各（現今海地）遭遇軍事挫折。拿破崙的妹夫查理斯·李克勒克（）於1802年初率領了一隻四萬人的遠征軍前往聖多明尼谷鎮壓於1791年就開始的奴隸叛亂（海地革命）。經過幾場激戰之後，法軍開始佔上風，並迫叛軍將領杜桑·卢维图尔於1802年5月求和。其後，法國在聖多明尼各恢復奴隸制度；李克勒克並於在1802年6月奉拿破崙之命誘捕維杜爾並遣送到法國。1802年10月，法軍黑人將軍让-雅克·德萨林和混血軍官亚历山大·佩蒂翁因不滿法國背信忘義而加入叛變。法軍戰力此時因部隊受黃熱病感染而減弱；李克勒克本人並在1802年11月死於黃熱病。