Proyek ini diusulkan akan selesai pada tahun 2004, namun dibatalkan setelah kejadian 11 September akibat penurunan drastis pengunjung yang takut akan pengeboman daerah ramai, proyek Big Dig menutup stasiun MBTA Aquarium, dan meningkatnya biaya proyek hingga $ 125 juta. Dalam rangka untuk membayar kembali uang yang telah mereka keluarkan, akuarium membuat anggaran besar dan pemotongan staf (hutang sebesar $ 1,4 juta), menyebabkan akuarium kehilangan akreditasinya pada tahun 2003. Namun, akuarium kembali ke jalur finansial mulai dari tahun 2014, dan telah kembali terakreditasi pada tahun 2006. Fasilitas baru tersebut, jika dibangun pada tahun 2012, akan menelan biaya sekitar $ 400 juta.