Był synem Izabeli z Dobrowolskich i Macieja Józefa Kapuścińskiego (1811–1873), lekarza, działacza wielkopolskiego, uczestnika powstania listopadowego (m.in. pod Grochowem). Uczył się w Gimnazjum św. Marii Magdaleny w Poznaniu, gdzie jego kolegami byli m.in. Witold Skarżyński (zob. Spławie), Władysław Motty, Kazimierz Morawski, Witold Korytowski. Przed wybuchem wojny francusko-pruskiej (1870–1871) rozpoczął studia medyczne na Uniwersytecie Berlińskim, a w czasie wojny pracował w szpitalach wojennych. Po wojnie uzyskał w roku 1873 doktorat na podstawie rozprawy pt. "Ueber Retroperitonacal-Sarcome". W roku 1874 zdał egzamin rządowy, otrzymując uprawnienia do praktyki lekarskiej.