Zur Napoleonischen Zeit bahnte sich 1806 die entscheidende Schlacht zwischen Franzosen und Preußen in Thüringen an. Am 9. Oktober kam es zum Gefecht bei Schleiz, gefolgt vom Gefecht bei Saalfeld am 10. Oktober und der entscheidenden Schlacht bei Jena und Auerstedt am 14. Oktober, die mit einer preußischen Niederlage endete. Es folgte 1808 der Erfurter Fürstenkongress zwischen Frankreich und Russland, bei dem auch Goethe auf Napoléon traf und schließlich die Bildung erster Widerstandsgruppen gegen die französische Herrschaft. Impulsgeber war auch hier die Universität Jena. Nach dem Ende der napoleonischen Herrschaft und den Ergebnissen des Wiener Kongresses formierte sich 1815 in Jena die Urburschenschaft, die 1817 das Wartburgfest veranstaltete und nationale wie liberale Bewegungen in sich vereinte. Auch erste liberale Verfassungen entstanden in dieser Zeit, so 1816 in Sachsen-Weimar-Eisenach, 1818 in Sachsen-Hildburghausen und 1821 in Sachsen-Coburg-Saalfeld. Mit der Durchsetzung der Karlsbader Beschlüsse von 1819 in Thüringen nahm diese frühe Phase der Liberalität ein Ende.