Nakonec byl Bernardin zatčen a obžalován z kacířství, protože šíření takovéto úcty se nelíbilo některým teologům a humanistům. Jeho obviněním se třikrát zabýval církevní soud, naposled na Basilejském sněmu v r. 1438. Mezi Bernardinovy účinné obhájce prý patřil Jan Kapistránský (jeden z jeho žáků). Bernardin nevyužíval ani náklonnosti císaře a nakonec vždy byla uznána jeho pravověrnost, čistý úmysl i svatost života. Na druhou stranu mu byl papeži třikrát nabízen biskupský úřad v Sieně, ve Ferraře a v Urbinu, ale Bernardin vždy odmítl, dával přednost kazatelské dráze.