同年6月6日に袁世凱が死去すると、倪嗣沖は、段祺瑞が指導する安徽派の中心的人物となり、7月に安徽省長に就任した。府院の争いでは、段を支持して黎元洪の追い落としを図り、9月には倪が指導的立場となって安徽派督軍による「十三省連合会」（いわゆる「督軍団」）を組織した。1917年（民国6年）の張勲による復辟では、これを密かに支援する。しかし段が張勲の討伐を開始すると、倪は態度を豹変させ、南路討逆軍総司令として張勲討伐に参加した。復辟失敗後、倪は長江巡閲使兼安徽督軍として、依然として安徽派の中心にあった。しかし、1920年（民国9年）7月の安直戦争で段が敗北すると、倪も9月に罷免され失脚した。