1789年，法國大革命爆發，隨後拿破崙崛起、向外擴張，奧地利也參與了反法戰爭，在1805年的第三次反法同盟戰爭中被法國打敗，被迫割讓部份伊斯特里亞、達爾馬提亞予法，拿破崙再將這些併入其從屬國意大利王國，引入法國法律進行改革，取消了貴族特權、納稅平等、促進教育，這段期間裡，克羅地亞經濟高度繁榮。1809年，第五次反法同盟戰爭爆發，奧軍再度戰敗，拿破崙取得整個伊斯特拉、薩瓦河右岸到烏納河之間的克羅地亞地區，設置了伊利里亞省控制其領土，用於封鎖中歐透過亞得里亞海和英國之間的聯繫。1813年，法軍已江河日下，奧軍重新佔領了伊利里亞省，在维也纳会议後再併回奧地利，後者便建立了達爾馬提亞王國，並將沿海地區重新劃給克羅地亞王國統治，而兩者皆臣服於哈布斯堡的統治之下。