במלחמת האזרחים של ארצות הברית היה לכוח הימי תפקיד חשוב. צי האיחוד הטיל הסגר ימי על נמלי מדינות הדרום, שהלך והתהדק לאורך המלחמה וגרם למעשה לקריסת כלכלת מדינות הקונפדרציה. ספינות מהירות של הדרום הצליחו לחדור מדי פעם דרך ההסגר, בתדירות יורדת והולכת, והיוו קשר חיים דק עם העולם. יחידות מים חומים (יחידות צי הפועלות בנהרות) השתלטו לאורך שנות המלחמה על נתיבי המים העיקריים של הקונפדרציה (בעיקר נהר המיסיסיפי, מנעו תנועה של הדרומיים והקלו על תנועת כוחות צפוניים. ההשתלטות על נהר המיסיסיפי נעשתה בשורת מבצעים משולבים של הצי וצבא הצפון, וחצו את הקונפדרציה לשתיים. במהלך המלחמה התנהל הקרב הימי הראשון בהיסטוריה, קרב המפטון רודס, בין אוניות מחופות שריון מונעות בקיטור. הקרב התנהל בין אוניית צי ארצות הברית "מוניטור" ואוניית הקונפדרציה "וירג'יניה", והסתיים ללא הכרעה.