ב-6 בפברואר 2016 פספס קלופ משחק פרמייר ליג עקב אפנדקטומיה, לאחר שסבל מדלקת התוספתן. ב-28 בפברואר הפסידה ליברפול בגמר גביע הליגה, שנערך באצטדיון ומבלי, למנצ'סטר סיטי, לאחר דו-קרב בעיטות עונשין. ב-17 במרץ עלה קלופ עם ליברפול לרבע גמר הליגה האירופית, לאחר שגבר 1–3 על מנצ'סטר יונייטד בסיכום שני המשחקים. ב-14 באפריל עלה קלופ לחצי הגמר, לאחר שניצח 3–4 את קבוצתו הקודמת, בורוסיה דורטמונד. בחצי הגמר ניצחה ליברפול את ויאריאל ועלתה לגמר אירופי ראשון מאז 2007. במשחק הגמר הפסידה ליברפול 1–3 לסביליה, כאשר לזכות ליברפול כבש דניאל סטארידג'.