С 14 августа 1942 года после 28 января 1943 года учился в Военной академии им. М. В. Фрунзе в городе Ташкент, по окончании ее ускоренного курса 13 марта 1943 года был назначен командиром 6-й запасной стрелковой бригады САВО. В феврале 1944 года освобожден от должности и зачислен в распоряжение ГУК, а 29 марта назначен заместителем командира 157-й стрелковой дивизии Западного фронта. До 29 мая временно командовал дивизией, с возвращением из госпиталя прежнего командира полковника В. А. Катюшина переведен на должность командира 70-й стрелковой дивизии. Ее части в составе 33-й армии 2-го и 3-го (с 6 июля) Белорусских фронтов участвовали в Белорусской, Могилёвской и Минской наступательных операциях. Дивизия под его командованием вела успешные бои по прорыву обороны противника на рубеже населенных пунктов Морозовка, Поляница и преследовании его в направлении Горки, Волосевичи. Полковник Колесников действовал решительно и грамотно при форсировании частями дивизии реки Днепр и овладении городами Горки и Шклов, при уничтожении окруженной группировки немцев в районе населенного пункта Волма (вост. Минска). За образцовое выполнение заданий командования ей было присвоено почетное наименование «Верхнеднепровская» (10.7.1944). 20 июля 1944 года полковник Колесников был освобожден от должности и зачислен в распоряжение Военного совета 3-го Белорусского фронта.