Varela spillede gennem sin karriere 24 kampe for det uruguayanske landshold. Han debuterede for holdet 15. november 2000 i en VM-kvalifikationskamp mod Bolivia. Han var en del af den uruguayanske trup til VM 2002 i Sydkorea/Japan, og spillede alle holdets kampe i turneringen, der endte med exit efter det indledende gruppespil.