Después de que Lima fuese ocupada por los chilenos, marchó a la sierra y en 1881 fue elegido diputado por la provincia de Alto Amazonas para la Asamblea Nacional de Ayacucho convocado por Nicolás de Piérola luego de la Ocupación de Lima durante la Guerra del Pacífico. Este congreso aceptó la renuncia de Piérola al cargo de Dictador que había tomado en 1879 y lo nombró presidente provisorio. Sin embargo, el desarrollo de la guerra generó la pérdida de poder de Piérola por lo que este congreso no tuvo mayor relevancia. Astete no se incorporó a esa asamblea y prefirió tomar las armas, incorporándose a la resistencia de la Sierra encabezada por Andrés A. Cáceres. Participó en las batallas de Marcavalle, Pucará, Zapallanga y Concepción. En la batalla de Huamachuco tuvo bajo su mando la 4.ª División del Ejército del Centro y murió a consecuencia de un disparo que le atravesó la frente.