Poté se stal velitelem 1. československé armády na Slovensku po Jánu Golianovi a taktéž předsedou Rady na obranu Slovenska. Jeho prostřednictvím se československá exilová vláda pokoušela získat větší vliv ve vedení SNP a v armádě. V tomto období se však vojenská situace povstalecké armády začala zhoršovat. V noci z 27. na 28. října 1944 vydal v Donovalech poslední rozkaz: "„Boj za slobodu Československa sa nekončí, bude pokračovať v horách“". Ve složitých podmínkách však nebyl schopen zabezpečit, aby se rozkaz dostal do všech povstaleckých vojenských jednotek, čímž přispěl k rozkladu povstalecké armády.