През 2005 година, едва на 19 години, Диего Годин дебютира за Уругвай в контрола срещу Мексико, играна в Гуадалахара. През май 2006 отбелязва първия си гол за Уругвай в контролна среща срещу Сърбия и Черна гора. Играе за Уругвай на Копа Америка 2007, а страната му завършва на четвърто място в турнира.