После сильнейшего землетрясения и огромного цунами между 1628 и 1500 г. до н. э. вследствие мощного извержения вулкана на острове Тира дворец был разрушен. В 1450 г. до н. э. пожар окончательно уничтожил Кносский дворец. Причём в это же время пожары уничтожили и другие похожие дворцы на Крите (Фест, Закрос и др.). Причина этих пожаров до настоящего времени не ясна. После гибели минойского Крита на остров переселяются греки-ахейцы, которые, в частности, заселяют и Кносс, перестраивая остатки минойского дворца под свои нужды. Так, в Кноссе появляется тронный зал. Ахейский Кносс также погиб от пожара. Причины точно не установлены, но большинство исследователей не склонны объяснять природными катаклизмами. Возможно, речь идет о каком-то внутреннем конфликте между ахейской верхушкой и местным населением. Окончательно ахейская цивилизация Крита прекращает свое существование с дорийским завоеванием.