Anii 1990 au fost afectați și de conflictele armate din Caucazul de Nord, statul rus reprimând armat atât cererile de independență ale unor popoare majoritare în acele zone, cât și insurecțiile islamiste în care au degenerat ele. După ce cecenii și-au declarat independența, la începutul anilor 1990, Rusia a refuzat să le asculte cererile și s-a lansat într-un război intermitent de gherilă cu grupurile de rebeli. efectuate de către separatiști, mai ales și , au provocat sute de decese și au atras atenția la nivel mondial. Pe de altă parte, Rusia a sprijinit mișcarile separatiste din alte foste republici sovietice, cum ar fi conflictele din Abhazia și Osetia în Georgia, conflictul din Nagorno-Karabah din Azerbaidjan și cel din Transnistria din Republica Moldova.