Oppermann war mit Caroline von Kelchen († Mai 1841), einer Tochter des Chirurgen Johann Heinrich von Kelchen (1723–1810) vermählt. Sein ältester Sohn Alexander wurde Offizier wie sein Vater und machte Karriere im Kaukasuskrieg (1817–1864). Der jüngste Sohn Leonti wurde ebenfalls Offizier und zeichnete sich im Krimkrieg aus. Ihr Halbbruder Justin Karlowitsch Oppermann war Professor an der Universität Göttingen.