Kvalifikace na Africký pohár národů 2013 určila zbylých 15 účastníků závěrečného turnaje. Pořádající Jihoafrická republika měla účast jistou bez nutnosti hrát kvalifikaci. Vzhledem k tomu, že se měl tento šampionát konat rok po předchozím (kvůli přechodu na pořádání mistrovství v liché roky), byla kvalifikace hrána vyřazovacím systémem doma a venku se třemi fázemi (předkolo, první a druhé kolo).