Das heutige Rathaus ist vermutlich das sechste Rathaus der Stadtgeschichte. Die beiden ersten standen wahrscheinlich in der Neustadt am Hopfenmarkt und in der erzbischöflichen Altstadt am "Alten Fischmarkt". Nach der Vereinigung beider Städte im Jahr 1216 entstand ein gemeinsames Rathaus an der "Kleinen Johannisstraße", Ecke "Dornbusch". Durch einen Brand 1284 wurden alle Häuser und vermutlich auch das Rathaus zerstört. Einzig das Kellergewölbe blieb erhalten und diente als Ratsweinkeller und Weinlager. Das darauf errichtete Gebäude erhielt später den Namen Eimbeck’sches Haus, da es als einziges eine Ausschank-Konzession für Einbecker Bier besaß. Der Ratsweinkeller stürzte 1842 beim Großen Brand zur Hälfte ein. Eine geborgene Bacchus-Figur steht noch heute im Rathaus am Treppenabgang zum Ratsweinkeller des Eingangs Große Johannisstraße.