W 2008 roku Meza po raz drugi z rzędu wygrał z Pachucą rozgrywki Pucharu Mistrzów CONCACAF, tym razem po pokonaniu w dwumeczu finałowym kostarykańskiego Deportivo Saprissa (1:1, 2:1). Kilka miesięcy później jego zespół wystąpił w kolejnych Klubowych Mistrzostwach Świata, gdzie tym razem spisał się lepiej niż przed rokiem – uległ dopiero w półfinale ekwadorskiemu LDU Quito (0:2) i zajął czwarte miejsce. W styczniu 2009 zajął drugie miejsce w rozgrywkach kwalifikacyjnych do Copa Libertadores – InterLidze, jednak z samego Pucharu Wyzwolicieli jego podopieczni odpadli już w rundzie wstępnej, co zostało powszechnie przyjęte za rozczarowanie. W sezonie Clausura 2009 wywalczył jeszcze wicemistrzostwo Meksyku, ulegając w finale ekipie Pumas UNAM (0:1, 2:2 po dogrywce), po czym zdecydował się odejść z zespołu. Ogółem Pachucę prowadził przez trzy lata, będąc trenerem najwybitniejszej drużyny w historii klubu, której przedstawicielami byli gracze tacy jak Miguel Calero, Christian Giménez czy Damián Álvarez. Zdobył z zespołem pięć trofeów i jest uznawany za najlepszego trenera w dziejach Pachuki.