Od połowy lat 70. doszło do zbliżenia Numajiriego w stronę politycznego islamizmu. Rząd wprowadził prawo szariatu co doprowadziło do drugiej wojny domowej, południowi Sudańczycy uznali te kroki za naruszenie umowy z Addis Abeby. Do walki z rządem sudańskim stanęła Ludowa Armia Wyzwolenia Sudanu. W 1984 roku prezydent Numajri ogłosił stan wyjątkowy który dał specjalne uprawnienia wojsku. Partyzantów wsparł oraz zezwolił na utworzenie baz na terenie własnego kraju, prezydent Etiopii Mengystu Hajle Marjam co było m.in. odpowiedzią na wsparcie rządu an-Numajriego dla erytrejskich separatystów z Frontu Wyzwolenia Erytrei i Erytrejskiego Ludowego Frontu Wyzwolenia walczących o niepodległość kraju.