У 80-я Хафтар прыняў удзел у Лівійска-чадскай вайне, падчас якой Кадафі прызначыў яго галоўнакамандуючым. У 1987 годзе ён дапусціў шэраг памылак, што прывяло да разгрому лівійскай арміі і палону Хафтара. Лівійскі лідар публічна адмовіўся ад вызвалення свайго генерала. Пасля гэтага ўзлаваны Хафтар пачаў будаваць змову супраць Кадафі, плануючы разам з іншымі праціўнікамі ўлады ўварвацца ў Лівію з Чада. Аднак з-за дзяржперавароту ў апошнім ён вымушаны быў бегчы ў Кенію, а пасля ў ЗША.