בעונה הבאה שב מרקוס לשחק בתדירות גבוהה במדי ברצלונה. ב-13 באוקטובר 1985 הבקיע שער ניצחון בדקה ה-89 בבעיטת עונשין לרשתה של הרקולס. ב-23 באוקטובר הבקיע שער ראשון בגביע אירופה, בניצחון 2-0 על פורטו. ב-9 בנובמבר הבקיע שער בניצחונה של ברצלונה 2-0 על ריאל מדריד. ב-17 בנובמבר, במשחק מול סלטה ויגו, נפצע ונעדר ממשחק למשך מספר חודשים. הוא שב לשחק במרץ 1986 ועזר לברצלונה להעפיל לגמר גביע אירופה לאלופות 1986. ב-26 באפריל, בגמר הגביע הספרדי מול ריאל סרגוסה, נכנס כמחליף בדקה ה-70, אך לא הצליח למנוע את הפסד קבוצתו. גמר גביע אירופה, שנערך ב-7 במאי מול סטיאווה בוקרשט בסביליה, הגיע לדו-קרב בעיטות עונשין לאחר תיקו 0-0 בתום 120 הדקות. מרקוס, כמו גם יתר שחקני קבוצתו, החטיא את בעיטתו, סטיאווה ניצחה בדו-קרב 2-0 וזכתה באליפות אירופה. לאחר מכן זכתה ברצלונה בגביע הליגה, אך מרקוס לא לקח חלק במשחקיה בטורניר זה. בסך הכול הבקיע אלונסו בעונה זו 5 שערים ב-16 משחקי ליגה ושער אחד בגביע אירופה ב-7 הופעות.