Nell'estate del 2003, Santana viene mandato in prestito per un anno al ChievoVerona nell'ambito della trattativa che ha portato Eugenio Corini al Palermo. Con la squadra veronese allenata da Luigi Delneri realizza il primo gol in Serie A il 28 settembre 2003 in Chievo-Perugia 4-1. Disputa in totale 28 partite segnando 3 reti nel campionato 2003-2004 di Serie A. L'estate successiva, al termine del campionato, ottiene la prima convocazione nella nazionale argentina in cui segna anche un gol in Giappone-Argentina 1-2 il 18 agosto 2004.