По нападу Јапана на Перл Харбор, Глен прекида студије и ступа у Америчке војне ваздухопловне снаге, али никада није позван на дужност, па одлази у Ратну морнарицу САД, при којој успешно окончава пилотску обуку и користи могућност која му се указала, да буде прекомандован у чину потпоручника у Марински корпус САД. Као транспортни, патролни, али превасходно борбени пилот, учествовао је у 63 борбене мисије и стекао значајно ратно искуство, које му је у великој мери користило и касније, током учешћа у грађанском рату у Кини, као и током Корејског рата, када је летео и као маринац (27 борбених мисија) и био на размени у Ратном ваздухопловству САД, учествујући у 63 борбене мисије летећи на F-86 сејбровима, оборивши и три МиГ-15 на самом крају рата. Одликовани је ветеран ових конфликата.