Las temporadas &lt;a href="Primera%20Divisi%C3%B3n%20de%20Espa%C3%B1a%202005-06"&gt;2005/06&lt;/a&gt; y &lt;a href="Primera%20Divisi%C3%B3n%20de%20Espa%C3%B1a%202006-07"&gt;2006/07&lt;/a&gt; fueron muy complicadas debido a la mala situación del club, que estuvo a punto de descender. Además, las lesiones volvieron a aparecer, lo que le impidió tener continuidad. Con la llegada de Joaquín Caparrós, el jugador fue perdiendo el puesto en el once titular con el paso de los meses, si bien consiguió jugar la final de la Copa del Rey en 2009, que acabó con derrota (1-4) ante el FC Barcelona. En el último año de su trayectoria deportiva, la &lt;a href="Primera%20divisi%C3%B3n%20espa%C3%B1ola%202009/10"&gt;temporada 2009/10&lt;/a&gt;, decidió no cobrar salario alguno como agradecimiento a sus años en el club. El 15 de mayo jugó su último partido en San Mamés, ante el Deportivo de la Coruña, con victoria del Athletic (2-0).