Jako wiceprezydent i minister obrony, Kagame był szczególnie aktywny podczas I wojny domowej w sąsiedniej Demokratycznej Republice Konga w latach 1996–1997, a następnie w czasie II wojny domowej w tym kraju w latach 1998–2003, w której Rwanda wspierała w walkach bojowników z plemienia Tutsi w walkach z organizacjami partyzanckimi Hutu – uchodźcami z Rwandy.