Második CART-bajnoki címe után visszatért a Formula–1 világbajnokságra. A Williams alakulatához szerződött az 1999-es szezonra, a német Ralf Schumacherrel együtt. Ralf jól szerepelt az egész évben, többször állt dobogón és hatodik lett a pontversenyben. Alex is többször autózott pontot érő helyen, azonban egyszer sem sikerült számára a pontszerzés az év folyamán. Hazai futamán a második pozícióban állt, de fékproblémák miatt csak a hetedik lett. A sikertelen évet követően helyét Jenson Button vette át a 2000-es szezonra.