В 2010 году Бонетти стал главным тренером сборной Замбии. Под его руководством сборная заняла первое место в отборочной группе и успешно квалифицировалась в финальный турнир Кубка африканских наций 2012. Несмотря на это, он был уволен из команды через три дня после завершения отборочного турнира. В апреле 2012 года вернулся в «Динамо» Бухарест, но в клубе вновь не задержался и покинул пост главного тренера в ноябре. В 2016 году на протяжении одного месяца возглавлял румынский «Тыргу-Муреш».