Podczas stopniowej odbudowy kościoła, niektóre kaplice otrzymały nowoczesny wystrój, m.in. ołtarze dedykowane Matce Boskiej Częstochowskiej i Matce Boskiej Ostrobramskiej. Na ścianach wmurowano wiele tablic upamiętniających m.in. ofiary i bohaterów II wojny światowej (m.in. mjr. Henryka Sucharskiego i obrońców Westerplatte, Armii Krajowej), działaczy „Solidarności” i innych bohaterów związanych z historią Gdańska. Wiele elementów współczesnego wystroju i budzi wciąż zastrzeżenia wśród krytyków sztuki i konserwatorów. Z dużą krytyką spotkała się inicjatywa i realizacja pomnika ofiar katastrofy smoleńskiej, szczególnie za wielkość i rażące różnice formalne w stosunku do otoczenia. Ponadto w kilku miejscach naruszono pierwotny układ przestrzenny (m.in. znaczne podwyższenie posadzki prezbiterium, niektórych kaplic, mijające się z gotycką przestrzennością wnętrza).