Im Laufe des 19. Jahrhunderts kam es zunächst 1806 auf Geheiß von Murat zur Unterdrückung des Dominikanerordens, und ab 1815 wurde ein Großteil des Klosters auf Befehl des neuen Königs von Neapel, Ferdinands I., in eine militärische Wollfabrik umgewandelt. 1901 wurden die Reliquien der Märtyrer von Otranto nochmals verlegt und fanden ihren endgültigen Platz nun in der vierten Kapelle links. Die Kirche erlitt schließlich während des Erdbebens von Irpinia 1980 gravierende Schäden in ihrer Statik, was zu einer langen und wichtigen Phase von Restaurierungen führte.