A partir de marzo de 1944, los croatas de la división fueron transferidos a Herzegovina, donde permanecerían durante el resto de la guerra luchando una guerra de guerrillas amarga y brutal con los partisanos yugoslavos. En mayo, el batallón de reconocimiento de la división también se utilizó en la Operación Rösselsprung contra la sede de Tito en Drvar, mientras que en julio y agosto la mayor parte de la 369° Division participó en la Operación Sonnestich en el este de Herzegovina y en la Operación Rübezahl en Montenegro, que terminó en fracaso. En octubre, los partidarios obtuvieron posiciones y liberaron a Trebinje, mientras que la guarnición croata alemana se retiró a la fortaleza de Mostar. A pesar del fuerte empeoramiento de la situación de los alemanes en el teatro yugoslavo después de la llegada del Ejército Rojo, el Alto Mando de la Wehrmacht continuó defendiendo las posiciones y logró estabilizar el frente mientras mantenía la ocupación de Bosnia y Herzegovina.