Am 6. Juni 1681 heiratete er die wohlhabende Apothekertochter Johanna vanden Driesche. Von ihren fünf Kindern erreichten nur eine Tochter und ein Sohn das Erwachsenenalter. In den Jahren 1682–1670 lieferte Jan van Cleef mehrere Gemälde für das Genter Rathaus. Darüber hinaus bekam er Aufträge aus anderen Städten (u. a.: Rijssel, Ath, Aalst, Brüssel, Brügge), auch aus der Heimatstadt Venlo. Das Gemälde St. Georg und der Drache (1693) befindet sich heute in Limburgs Museum in Venlo. Am Anfang des 18. Jahrhunderts nahm die Popularität des Malers ab, was sich in der zurückgehenden Anzahl der Aufträge niederschlug, die die französischen Militäreinsätze in den Niederlanden und auch die neuen Strömungen in der Kunst verursachten. Aus der Periode nach 1708 sind keine bedeutenden Werke van Cleef’s bekannt. Die Malerei gab er nach 1713 völlig auf. Mit seinem Tod ging die Ära der historischen flämischen Malerei des 17. Jahrhunderts zu Ende.