Após a guerra civil, Custer continuou no exército, mantendo a patente de capitão e depois foi apontado como tenente-coronel no 7º Regimento de Cavalaria americana, em julho de 1866. Ele foi despachado para o oeste, em 1867, para lutar contra os índios. Em 25 de junho de 1876, enquanto liderava seus homens na Batalha de Little Bighorn, no Território de Montana, contra uma coalizão de tribos indígenas, Custer e todo o seu destacamento — que incluía seus dois irmãos — foram mortos. Sua derrota fatídica acabou obscurecendo seus feitos anteriores em guerra. Muitos o saudaram como um herói trágico, que lutou até a morte junto com seus soldados. Outros o culpam pelo massacre, afirmando que ele recusou ofertas de reforços, querendo receber toda a glória de uma eventual vitória. Sua reputação militar nos Estados Unidos segue controversa.