В сборной он дебютировал 8 сентября 2004 года в отборочном матче на чемпионат мира против Тринидад и Тобаго. 17 июля 2005 года в четвертьфинале Золотого кубка КОНКАКАФ 2005 со сборной Колумбии Пинеда забил свой первый и последний гол за сборную. В 2005 году на Кубке конфедераций Пинеда провёл 5 матчей. Мексиканцы заняли четвёртое место. Через год на чемпионате мира в Германии Гонсало сыграл 4 матча. Последним турниром где он сыграл был Кубок Америки 2007.