Одновременно ван Линген работал главным тренером юношеской сборной в 1979—1983 годах, позже был ассистентом в молодёжной сборной в 1983—1987 годах, затем приступил к работе со основной сборной Нидерландов. Он был ассистентом Ринуса Михелса в тренерском штабе сборной, которая стала чемпионом Европы в 1988 году, где в финале обыграла сборную СССР. Берт ван Линген продолжал работать в KNVB на протяжении многих лет, где помимо работы со сборной Нидерландов его специализацией была работа по подготовке возрастного резерва, развитие детско-юношеского и молодёжного футбола и разработка соответствующих методических пособий.