Ещё будучи замужем за королём Кристианом, Доротея увлеклась его сводным братом, Гансом, герцогом Шлезвиг-Гольштейн-Хадерслевским, и после смерти супруга в 1559 году хотела выйти за него замуж. Фредерик II выразил протест, и его поддержало духовенство, однако, королева не оставляла попыток добиться своего. Это стало причиной её разлада с сыном, хотя они и ранее не были особенно близки. Отношения ещё больше ухудшились во время войны с Швецией в 1563-70 годах, вступление в которую королева не одобряла. Когда в 1567 году Фредерик обнаружил, что она вела переговоры с целью устроить брак младшего сына Магнуса с шведской принцессой Софией, он счёл её действия равносильными государственной измене. Доротея была сослана в замок Сённерборг, где оставалась до конца своих дней.