По неизвестной причине Барнс отсутствовал во время второго сражения при Булл-Ран, и его бригадой командовали другие офицеры. Он вернулся в бригаду во время Мэрилендской кампании и присутствовал на поле боя во время сражения при Энтитеме, хотя его бригада в бой введена не была. И только 20 сентября Барнс впервые принял участие в сражении: V корпусу было приказано перейти Потомак и атаковать отступающую армию генерала Ли. Это привело к сражению при Шепардстауне, где бригада Барнса потеряла 200 человек убитыми и 100 человек пленными.