Na de Japanse overgave in augustus 1945 werd Damsté in november 1945 in Jakarta herenigd met zijn gezin. Tot mei 1946 werd hij beheerder van het Cikini-ziekenhuis in Jakarta. Het Nederlands-Indische Gouvernement selecteerde hem in maart 1946 voor de functie van assistent-officier van justitie bij het InternationaalMilitair Tribunaal voor het Verre Oosten in Tokio, dat Japanse oorlogsmisdadigers vervolgde. Daartoe werd Damsté benoemd tot luitenant-kolonel in het KNIL. Zijn taak was het samen met advocaat Klaas Abel de Weerd (1904-1987) onderzoeken en coördineren van de Nederlandse aanklachten tegen Japanse oorlogsmisdaden in Nederlands-Indië. Het tribunaal duurde tot november 1948, maar de ambtstermijn van Damsté eindigde nadat in februari 1947 de Nederlandse aanklachten waren ingediend.