Бернье принимал участие в молодёжной Суперсерии-2007 против сборной России.Также был одним из двух вратарей сборной Канады на молодёжном чемпионате мира в Чехии в 2008 году, на котором канадцы заняли первое место.Бернье был в заявке сборной Канады на Чемпионате мира 2011. На нём канадцы заняли пятое место, уступив в четвертьфинале сборной России. Джонатан сыграл три матча и пропустил 6 голов.