然巴·土登贡钦是西藏贵族然巴家族的成员。早年主持类乌齐寺达3年，并且在波窝和康区担任检察官。1933年，成为仲译钦莫。1939年，获赐大喇嘛称号。1944年9月，被任命为噶倫赤巴，接替卸任的噶倫赤巴丹巴绛央。当时，然巴·土登贡钦是噶厦中最有影响的人物，也是西藏摄政达扎·阿旺松绕的重要支持者。1951年西藏和平解放后，中国人民解放军来到拉萨后不久，他便辞职。1959年拉萨骚乱发生，他企图躲避，但因为年岁太大，无力跑出彭域地区，而遭到中国政府逮捕。不久便逝世。