אינטרס נוסף של רוסיה ביחסיה עם ישראל הוא הניסיון הרב שצברה ישראל בלחימה מול ארגוני טרור אסלאמיים. לאחר פרוץ מלחמת צ'צ'ניה השנייה פנתה רוסיה לישראל בבקשה לחלוק עמה מידע וניסיון בתחום זה. בשנת 2000 ביקר חבר הכנסת נתן שרנסקי ברוסיה והביע את תמיכתה של ממשלת ישראל בפעילותה של רוסיה נגד הטרור הצ'צ'ני. כך הפכה ישראל לאחת המדינות היחידות במערב אשר הביעו תמיכה ברוסיה בעניין זה.