Під час Барської конфедерації під Білґораєм відбувалося протистояння польських та російських військ. Після того, як повстання Костюшка було придушене Білгорай опинився під контролем Австрії. В 1790-1793 рр. була зведена нова мурована церква. Після 1809 р. місто на нетривалий час увійшло до складу Варшавського герцогства, після чого в 1815 р. місто було привласнене Росією. Розвиток міста сильно сповільнився, відбувалося збідніння його мешканців.