Vain muutaman kuukauden kuluttua kotiinpaluusta amiraali Nelson sai jälleen komennuksen Välimerelle, nyt ajamaan takaa Ranskan laivastoa. Operaation huipentaneessa Niilin taistelussa Britannian Välimeren-laivasto (13 alusta) löi Abukirin lahdella 17 aluksen suuruisen Ranskan Välimeren-laivaston, jonka aluksista 13 tuhoutui tai vallattiin. Britit estivät täten ranskalaisia ottamasta haltuunsa Intian kauppareittiä.