En ce qui concerne les esclaves, la loi autorisait la justice à priver leurs propriétaires de toute revendication sur eux, mais ne précisait pas si les esclaves étaient libres. En raison de cette ambiguïté, ces esclaves ont été placés sous l'autorité de l'Union comme une propriété confiée au gouvernement des États-Unis. En réponse à cette situation, le général David Hunter, commandant militaire de l'armée de l'Union en Géorgie, en Caroline du Sud et en Floride, émit l'ordre général n ° 11 le , libérant tous les esclaves dans les zones placées sous son commandement. Après avoir appris une semaine plus tard les agissements de Hunter, Lincoln annula immédiatement l'ordre, ramenant ainsi les esclaves à leur ancien statut de biens confiés au gouvernement fédéral.