Tuan Čchi-žuej se narodil do vojenské rodiny v provincii An-chuej v roce 1865. V roce 1895 zahájil svou vojenskou kariéru jako kadet na Tchienťinské vojenské akademii (znaky zjednodušené: 天津武备学堂, pchin-jin: Tiānjīn wǔbèi xuétáng). V Port Artuhuru studoval dělestřelectvo, a později odjel studovat do Německa, kde studoval dva roky. Během Boxerského povstání sloužil v provincii Šan-tung. Poté zastával zastával důležité funkce v mandžuské armádě, mj. i funkci náčelníka vojenské akademie Pej-jang. Jeho kariéra byla úzce spjata s kariérou Jüan Š'-kchaje, kterému byl velmi loajální. V roce 1911 došlo k Sinchajské revoluci mířenou proti dynastii Čching. Po této revoluci Tuan Čchi-žuej podpořil abdikaci císaře Pchu Iho, kterou požadoval Jüan Š'-kchaj. Spolu s Feng Kuo-čangem (znaky zjednodušené: 冯国璋, pchin-jin: "Féng Guózhāng," "Feng Guozhang") a Wang Š'-čenem (znaky zjednodušené: 王士珍, pchin-jin: "Wáng Shìzhēn," "Wang Shizhen") byl vůdčí osobností Pej-jangské armády (znaky zjednodušené: 北洋軍, pchin-jin: "Běiyángjūn"), kterou vedl Jüan Š'-kchaj. Jüan jmenoval Tuan Čchi-žueje premiérem oficiální vlády v Pekingu a zároveň byl také ministrem války. Ačkoli byl Tuan vůči Jüan Š'-kchajovi loajální, nepodpořil v roce 1915 jeho snahy o prohlášení se císařem. Kvůli tomuto pokusu došlo k porušení celistvosti Číny, jelikož několik provincií vyhlásilo samostatnost.