En las elecciones de 1990 consiguió ser diputado federal por el mismo partido. Después vendrían otros cuatro mandatos sucesivos. Fue afiliado en el PPR (1993-95), PPB (1995-2003), PTB (2003-2005), PFL (2005), PP (2005-2016), PSC (2006-2017) y desde julio de 2017 integró el PEN. Bolsonaro afirmó que ya pensó en afiliarse al Prona. Se hizo conocido por sus ideas nacionalistas, conservadoras y por sus críticas al comunismo y a la izquierda. Bolsonaro defiende abiertamente la época de la dictadura militar instalada en Brasil en abril de 1964, pero no aboga por su restauración. Para las elecciones presidenciales de Brasil 2018 fue candidato a través del Partido Social Liberal.