I det Andet slag ved Bull Run iværksatte Anderson et angreb som gennembrød Unionens linjer og sendte hæren på tilbagetog til Washington, D.C. I Slaget ved Antietam havde han den overordnede kommando ved hulvejen "Bloody Lane" i centrum af Sydstaternes forsvarslinie. Han blev såret i låret og forlod slaget, hvilket fik hans division til at gå i stå og senere sendt på flugt af et angreb i flanken. I Slaget ved Fredericksburg var hans division ikke kraftigt engageret i kampen. I slaget ved Chancellorsville var han ikke under Longstreets kommando (Longstreet var sendt på en opgave nær Suffolk i Virginia), men lagde pres på Unionens venstre fløj, mens Thomas J. "Stonewall" Jackson angreb den højre. Han og Lafayette McLaws forlod hovedkamplinien den 3. maj 1863 og rykkede mod øst for at opfange Unionens VI Korps, som under Johns Sedgwick var på vej bagom Army og Northern Virginia. Efter Jacksons død reorganiserede Lee sin hær i tre korps. Andersen var tilstrækkelig anerkendt af Lee til at blive overvejet til en af posterne, men det endte med, at hans division i stedet blev tildelt det nye korps under A.P. Hill.