W reprezentacji Hiszpanii Juanfran zadebiutował 29 marca 2000 w wygranym 2:0 meczu przeciwko Włochom. W 2002 znalazł się w kadrze José Antonio Camacho na Mistrzostwa Świata w Korei Południowej i Japonii. Na turnieju tym Hiszpanie dotarli do ćwierćfinału, a sam García wystąpił w 3 spotkaniach. Łącznie dla drużyny narodowej zanotował 11 występów.