Levottomuuksien vuoksi rojalistit voittivat Englannin parlamenttivaalit, ja parlamentti kutsui Kaarle II:n kuninkaakseen, jolloin tästä tuli jälleen myös Skotlannin kuningas (1660–1685). Kaarle II hajotti Skotlannin parlamentin ja nimesi veljensä Jaakon Skotlannin kuvernööriksi. Katolisesta Jaakosta tuli Englannin (Jaakko II) ja Skotlannin (Jaakko VII) kuningas (1685–1688). Koska Jaakkokin suosi katolisia ja pyrki itsevaltaan, anglikaaninen aateli kutsui Jaakon vävyn ja sisarenpojan, Alankomaiden käskynhaltija Vilhelm III Oranialaisen hallitsijaksi vaimonsa, Jaakon vanhimman tyttären Maria II Stuartin kanssa. Vilhelm kukisti Jaakon mainiossa vallankumouksessa (1688–1689), ja pian myös Skotlannin parlamentti hyväksyi avioparin Skotlannin hallitsijoiksi (1689–1702; Maria kuoli 1694). Lapsetonta pariskuntaa seurasi Marian sisar Anna (1702–1707).