Всего в сезоне Тотти забил 31 гол, побив свой собственный голевой рекорд; при этом 6 раз не реализовывал пенальти. Вместе с «Ромой» Тотти дошёл до 1/4 финала Лиги чемпионов, где римляне были разгромлены клубом «Манчестер Юнайтед» со счётом 1:7, несмотря на предматчевые заверения Тотти, что эта игра для него важнее финала чемпионата мира. В том же году команда победила в Кубке Италии, а Тотти за свои голевые успехи получил не только титул лучшего бомбардира чемпионата Италии, но и «Золотую бутсу» лучшего бомбардира европейских первенств. Добиться этого титула ему помог последний тур, в котором он опередил Руда Ван Нистелроя благодаря двум голам в ворота «Мессины». После награждения Тотти сказал: «Год назад многие считали, что моя карьера закончена. Я получил травму, и все думали, что меня пригласили в сборную только за имя. Сейчас я могу сказать, что все эти слухи принесли мне удачу. Я чемпион мира, выиграл с „Ромой“ Кубок Италии и стал обладателем „Золотой бутсы“». Несмотря на этот успех, в опросе на обладателя «Золотого мяча» Тотти занял лишь 10 место, набрав 20 голосов. 19 августа 2007 года Тотти выиграл свой второй в карьере Суперкубок Италии.