С начала Отечественной войны 1812 года полковник Пышницкий был шефом Кременчугского пехотного полка и командовал 1-й бригадой 4-й пехотной дивизии; был ранен в сражении при Смоленске, за отличие при Бородино получил чин генерал-майора. Далее он сражался в Тарутинском бою, при Малоярославце, после сражения под Красным возглавил 4-ю пехотную дивизию. В Заграничном походе 1813 года отличился при Калише и Рейхенбахе, под Бауценом был ранен, в Битве народов под Лейпцигом получил очередное ранение и завершил своё участие в Наполеоновских войнах при взятии Парижа в 1814 году, за которое был произведён в генерал-лейтенанты.