In sostituzione del tecnico olandese, per la 2016-2017 il club sceglie come nuovo allenatore José Mourinho, ex tecnico del Chelsea, ufficializzato il 27 maggio. Durante l'estate il Manchester United acquista dalla Juventus il francese Paul Pogba per 105 milioni di euro, siglando il trasferimento più oneroso nella storia del calcio. Il 7 agosto il Manchester United vince il suo ventunesimo Community Shield, battendo 2-1 il Leicester City campione d'Inghilterra. Il 26 febbraio 2017 lo United vince la sua quinta coppa di lega, battendo in finale il per 3-2. I "Red Devils" raggiungono soltanto il sesto posto in campionato, nonostante una striscia record di 24 risultati utili consecutivi, ma il 24 maggio 2017, battendo in finale l'Ajax 2-0, vincono la prima Europa League della loro storia, ottenendo così un posto nella Champions League 2017-2018.