Nach dem Krieg wurde er am 16. Februar 1867 unter Belassung in seiner Stellung als Vermessungsdirigent à la suite des Generalstabes der Armee gestellt und in eine etasmäßige Hauptammstelle den Nebenetat des Großen Generalstabes versetzt. Bei der Mobilmachung anlässlich des Krieges gegen Frankreich kam Stockmarr am 18. Juli 1870 zum Generalstab der 3. Division und wurde zwei Tage später zum Major befördert. Er nahm an der Gravelotte und der Belagerung von Metz teil. Während der Belagerung von Paris wurde er bei Champigny-Villiers durch einen Granatsplitter am Kopf schwer verwundet, der zum Verlust des halben linken Ohres führte.