Dopo essere rimasto fuori dal "giro azzurro" per quasi due anni, a fine aprile 1997 viene riconvocato dal nuovo CT Cesare Maldini per la partita casalinga contro la , valida per le qualificazioni al campionato del mondo 1998; entrato dalla panchina, mette a segno il terzo gol nella vittoria italiana per 3-0. Al termine dell'ottima stagione 1997-1998, Baggio — che fino a un anno prima era considerato da Maldini la riserva di Gianfranco Zola — viene convocato per , battendo la concorrenza di Pierluigi Casiraghi nonché dei succitati Chiesa e Zola, tutti in lizza per l'ultimo posto disponibile nel settore offensivo.