Barak utworzył koalicję rządową wspieraną przez 75 członków parlamentu, razem z "Szasem", "Merecem", Narodową Partię Religijną i Zjednoczonym Judaizemem Tory. Porozumienie zawarte z partiami religijnymi (NPR, "Szas" i Zjednoczony Judaizm Tory) wywołało spory z antyklerykalnym "Merecem", który wkrótce potem opuścił koalicję (w wyniku sporu z "Szasem" o stanowisko wiceministra edukacji). Reszta partii wyszła z rządu tuż przed rozmowami w Camp David w 2000 roku. Po zamieszkach w październiku 2000 roku i wybuchu Drugiej Intifady Barak zrezygnował 10 grudnia 2000 r. ze stanowiska szefa rządu. Później przegrał w lutym 2001 w wyborach na premiera z Arielem Szaronem i zrezygnował z przywództwa w ugrupowaniu. Jednakże Partia Pracy weszła w skład gabinetu Szarona po tym, jak sformował on Rząd Jedności Narodowej ("Likud", Partia Pracy, "Szas", "Jisra’el ba-Alijja" i Zjednoczony Judaizm Tory). Otrzymała nawet jedne z najważniejszych stanowisk rządowych: Peres (nowy tymczasowy lider partii) został ministrem spraw zagranicznych, a Binjamin Ben Eli’ezer – ministrem obrony. Ministrem bez teki został także Salih Tarif – pierwszy w izraelskim rządzie Druz.