הספרטנים יצאו כשידם על העליונה בקרב היבשה הגדול הראשון במלחמה - קרב נמאה, אך הובסו בקרב ימי - קרב קנידוס (שניהם בשנת 394 לפנה"ס). התבוסה הימית שברה את כוחו של הצי הספרטני שהושמד למעשה. כתוצאה מתבוסת הצי הסתלקה ספרטה מרוב החזקותיה בחלקו המזרחי של הים האגאי ובמיוחד לאורך חופי איוניה. הדבר לא הטריד את ספרטה יתר על המידה, שכן כוחה תמיד היה בצבא היבשה ולא בצי. אתונה ניצלה את התבוסה הספרטנית כדי לחזור ולבנות את החומות הארוכות שחיברו את העיר עם נמל פיראוס. חומות אלה נהרסו בסוף המלחמה הפלופונסית וכעת חשו האתונאים בטוחים בעצמם די הצורך כדי לשקמם. המלחמה נמשכה עם ניצחונות ספרטניים נוספים, מלבד תבוסתם בקרב לכאיון (391 לפנה"ס) שבמהלכו איבדו כ-250 הופליטים מידיו של איפיקרטס.