Максимилијанов први син Јозеф Фердинанд од Баварске је умро 1699. године. Био је већ именован за наследника шпанске круне по вољи шпанског краља Филипа IV од Шпаније. Рат за шпанско наслеђе је избио 1701. године. До тога времена Максимилијан је створио план да истисне Хабзбурге и да династија Вителсбах постане главна у Светом римском царству. Да би то остварио ушао је у савез са Француском против Хабзбурга. Међутим његови планови су осујећени 1704. године након катастрофалног пораза у бици код Блиндхајма. Тада је морао да евакуише свој двор и побегне у Холандију. Фамилија му се раздвојила, а синови су били заробљени неколико година у Аустрији. Баварску су поделиле Аустрија и изборник Палатината. Баварци су подигли устанак против аустријске царске војске, али устанак је угушен у крви. Поново је Максимилијан бежао у Холандију након битке код Рамилијеа 23. маја 1706. године. Нашао је уточиште на француском двору у Версају. Французи су му 1712. године дали Луксембург и Намир због његових заслуга за Француску. Рат се коначно завршио 1713. године споразумом у Утрехту. По том споразуму Максимилијану Емануелу је враћена Баварска. Тек 1715. године поново се ујединио са целом породицом.