I 1944 medvirket Jeckeln ved tilbaketrekningen av den tyske hærgruppe A gjennom det nordlige Sovjetunionen. Sivilbefolkningen ble tvunget til å bygge befestninger og byer ble brent for å hindre sovjetisk fremrykning. Fra 1. mars 1945 hadde han kommandoen over V. SS-Freiwilligen-Gebirgskorps som forsøkte å komme seg vestover for ikke å bli omringet av sovjetisk styrker. I midten av april ble disse SS-styrkene sammen med Wehrmachts 9. arme innringet ved slaget om Seelowhøydene som innledet Slaget om Berlin. Sovjetiske soldater tok Jeckeln til fange i nærheten av Halbe.