همانا که نزدیک به پایان دوران ادو بود و با آمدن متیو سی. پری و بسته شدن عهدنامه کاناگاوا و سیاست انزوای ژاپن به پایان رسید، خانواده‌های یهودی باری دیگر به ژاپن مهاجرت کردند. اولین مهاجرت ثبت شده یهودیان پس از پایان دوران ادو در یوکوهاما در سال ۱۸۶۱ بود. در سال ۱۸۹۵ این جامعه که شامل ۵۰ خانواده بود یک کنیسه ساختند. بخشی از این جامعه پس از زمین‌لرزه بزرگ کانتو در سال ۱۹۲۳ به کوبه مهاجرت کردند.