Os governos do Sudão também se envolveram em ofensivas militares limitadas (análogas às "ofensivas anuais da estação seca" de Myanmar) contra vários movimentos armados de oposição e independência, que muitas vezes se transformaram em guerras em grande escala, particularmente no sul e em Darfur, mas também até recentemente no leste. Essas ações militares (Primeira Guerra Civil Sudanesa e Segunda Guerra Civil Sudanesa) continuaram, ao longo do tempo, a devastar as áreas em litígio e a contribuir enormemente para as más condições nessas regiões, bem como as várias violações de direitos humanos ocorridas (que em alguns casos ainda estão ocorrendo).