Градът се радва кратко на свободата си. През Междусюзническата война две гръцки дивизии настъпват пред Дойранските възвишения към позициите на трета бригада от Трета пехотна балканска дивизия, командвана от полковник Константин Каварналиев. Планът на гръцкото командване е чрез пробив край Дойран да си осигури бърз и безпрепятствен преход към Струмица, а оттам през Дупница към София. С цената на живота на полковник Каварналиев и половината от личния състав на двата полка от балканската дивизия в Битката за Дойран, гърците са спрени, но българските части са принудени да се изтеглят. По време на Междусъюзническата война в Дойран са погребани 279 български военнослужещи. На 5 юли гръцките войски влизат в Дойран и извършват страшно клане.