La période trouble précédent la Guerre franco-allemande de 1870 et la Commune de Paris rendront le projet peu opportun. Il rejoindra – pour un temps seulement – les cartons. Désœuvré, il s'investit dans un projet de création d'un canal au Nicaragua, il y alla même de ses propres deniers. Mais un journaliste, Félix Belly, fit échouer l'entreprise qui sera mise en faillite et vaudra à Thomé de Gamond d'être emprisonné, un temps seulement à la suite de l'action diligente de son épouse, à la prison de Clichy. Sa réputation en sera néanmoins entachée alors que les premiers investisseurs pour le tunnel sous la Manche commençaient à se presser à son portillon. En 1867, il obtient à nouveau la possibilité d'exposer son projet lors de l'Exposition universelle de Paris. En 1869, il rassemble trente années de recherche dans un ouvrage intitulé "Mémoire sur les plans du projet nouveau d'un tunnel sous-marin entre l'Angleterre et la France". Il y imagine le projet fou de créer une île artificielle au milieu du détroit, sur un haut-fond : l’«  ». Il sera, par la suite, contraint d'y renoncer.