埋立地は1948年に開業したが当時は農村農業地域で塩性湿地であり、下層土は粘土でできており、砂とシルトが表層になっていた。埋立地にはまだ大量の野生生物がおり干潟、森林、淡水の湿地が形成されており、湿地帯から湿地帯へとつらなるこの地域は当時のニューヨーク市の他地域からも遠く離れていたため、埋立地として最適であった（1947年のスタテン島と他の都市との接続はフェリーによっていた） 。 一時的な埋立ての初期計画ではフレッシュキルズを20年間使用し、その後住宅用、レクリエーション用、産業用などの多用途地域として開発することを求めていた。ピーク時には20隻のはしけ-それぞれがゴミの650トンを運ばれる-が毎日敷地にに投入されており世界最大の埋立地であった。2001年には、このままオープンにしておくと最終的に埋め立て地が東海岸で最も標高の高い地点になると推定されていた。その後地元の圧力の下、そして米国環境保護庁 （EPA）の支援を受けて、2001年3月22日に埋立地が閉鎖されたが、 9月11日にマンハッタン世界貿易センター への攻撃事件のために投棄が再開。2001年、現場で検出されなかった死者の残骸を含め、ほぼすべての残骸と破片が、検査のために一時的に再開された埋め立て地に送られることとなった。フレッシュキルズ埋立地で法医学的検証に専門家が170万時間以上にわたって従事して、攻撃で亡くなったとされる2,749人の遺体の身元を判明しようと試み、最終的に4,257人の遺体が回収され、300人ほどが識別された。市のチーフメディカル審査官は、マンハッタンの国立9/11メモリアル内の施設にある未確認の遺体すべての監護権を保持しているが識別できなかった人々の祈念に記念碑が建設されデブリも次いで埋め立て地の一部に埋め込まれた。この破片には未検出の遺体で断片的なものがまだ残っている可能性が高い。