Tras este periodo de gloria, los "Dragones" debieron esperar 16 años en las medianías de las competiciones europeas (en los que su resultado más rutilante fueron las semifinales de la Liga de Campeones en 1994, fase en la que cayeron ante el FC Barcelona de Johann Cruyff) antes de volver a ser protagonistas de una extraordinaria cabalgata en la Copa de la UEFA en el 2003 de la mano de José Mourinho, culminando con un triunfo en la final contra el Celtic de Glasgow, pero en ese mismo verano perdería contra el AC Milan en la contienda por la Supercopa europea. A pesar de lo anterior, el Porto se convertía en el equipo portugués con más títulos europeos, con una Copa de Campeones, una Supercopa europea y una Copa UEFA, contra las dos Copas de Europa del Bénfica y la Recopa Europea del Sporting, todo ello sin contar la Copa Intercontinental del 87. Por no mencionar las 10 Ligas, 7 Copas y 9 Supercopas locales obtenidas durante ese mismo transcurso de tiempo.