После свержения монархии в 1962 году и провозглашения Йеменской Арабской республики Салех перешёл на сторону республиканцев и в 1963 году был возведён в чин лейтенанта 2-го ранга. Свергнутый йеменский король и его сторонники, бежавшие на север страны, развязали гражданскую войну, длившуюся восемь лет. В декабре 1967 года роялисты осадили столицу Йемена Сану. Салех был одним из героев 70-дневной осады города, закончившейся победой республиканцев.