Aamer Anwar es un defensor de las causas independentistas catalanas y ha participado en la difusión del relato independentista en el referéndum de independencia. En agosto de 2017, fue testigo del atropello masivo en la Rambla de Barcelona mientras visitaba la ciudad para reunirse con dirigentes independentistas. Entre 2017 y 2019 actuó como abogado defensor de la consejera independentista catalana Clara Ponsatí, ante la demanda de extradición a raíz de una orden de detención europea del Tribunal Supremo de España. Durante el proceso, Aamer recaudó 215.000 libras en una campaña de micromecenazgo para sufragar los gastos de defensa de Ponsatí, pero tras la cancelación del proceso el destino del dinero no se ha aclarado.