Nach der Vereinigung der beiden Königreiche von England und Schottland im Jahr 1603 kam es zur Auflösung des bis dahin eigenständigen schottischen Hofes, die nunmehr in London ansässigen Könige des jetzt Vereinigten Königreichs zeigten kein Interesse mehr an Dunfermline Palace. Der letzte König, der noch den Palast gelegentlich zu Wohnzwecken nutzte, war Charles II. Im Jahr 1651 – während der schottisch-englischen Bürgerkriege unter der Führung Oliver Cromwells – kam es zur Zerstörung der Anlage.