Los dos despliegues más significativos en que la clase "Nimitz" se vio involucrada durante la década de 1990 fueron la Guerra del Golfo y sus consecuencias, y la Operación Southern Watch en el sur de Iraq. Todos los buques en servicio activo se vieron involucrados en algún grado en ambas operaciones, considerando que la "Operación Southern Watch" continuó hasta el año 2003. Sin embargo, la mayor parte de los portaaviones que participaron en las operaciones de la Operación Escudo del Desierto y la Operación Tormenta del Desierto lo hicieron en un rol de apoyo, con solo el "Roosevelt" tomó parte en forma activa en las operaciones de combate. Durante la década de 1990 y más recientemente, los portaaviones de la clase "Nimitz" han sido desplegados como parte de misiones humanitarias. Mientras se encontraba desplegado en la Guerra del Golfo, el "Lincoln" fue desviado al Océano Índico para participar junto con otros 22 buques en la Operación Fiery Vigil, la evacuación de civiles después de la erupción del Volcán Pinatubo en la isla de Luzón en Filipinas. En octubre de 1993 el "Lincoln" fue desplegado a Somalia para asistir a las operaciones humanitarias realizadas por las Naciones Unidas en ese país, donde pasó cuatro semanas llevando a cabo patrullajes aéreos en el área alrededor de Mogadiscio para apoyar a las tropas estadounidenses durante la Operación Restaurar la Esperanza. También la misma nave participó en la Operación Vigilant Sentinel en el Golfo Pérsico en el año 1995. El "Roosevelt" voló patrullas en apoyo de los kurdos en el norte de Iraq como parte de la Operación Provide Comfort en el año 1991. En el año 1996, el "George Washington" participó en la Operación Decisive Endeavor en Bosnia y Herzegovina. En el año 1999, el "Roosevelt" fue enviado al Mar Jónico para apoyar el desarrollo de la Operación Allied Force junto con otras fuerzas armadas de la OTAN.