Na območju Kosova so bili aktivni od leta 1993 naprej. Organizacija je ponujala zdravstveno nego in zaklonišča za prebivalstvo med Natovim bombardiranjem. Organizirali so tudi psihološke svetovalnice za žrtve posttravmatskega sindroma. V tem času je prišlo do razkola znotraj MSF in izključitve grške podružnice, pri čemer si izjave nasprotujejo: vodstvo MSF je kot vzrok navedlo dejstvo, da so si grški prostovoljci zagotovili vstop v državo tako, da so sprejeli pogoje srbske vojske glede svojega delovanja, kar krši načelo nepristranskosti. Srbski mediji pa so trdili, da se je organizacija odkrito postavila na stran Albancev, ko je pomagala Natu z obveščevalnimi podatki in izključila grške prostovoljce zato, ker so med bombardiranjem Prištine nudili oskrbo tudi Srbom.