Im Mai 2016 wurde Manangoi Zweiter im 1500-Meter-Lauf beim Qatar Athletic Super Grand Prix in Doha und Dritter über eine Meile beim Prefontaine Classic in Eugene. Im Juni feierte er über 1500 Meter bei der Golden Gala in Rom seinen ersten Sieg in einem Diamond-League-Rennen. Bei den Olympischen Spielen in Rio de Janeiro wurde er in seinem Vorlauf Zweiter, trat aber wegen einer Oberschenkelverletzung nicht mehr zum Halbfinale an.