Šógunát Kamakura byl poměrně stabilní, nicméně Japonsko poměrně záhy upadlo do sporů mezi jednotlivými frakcemi a následné období je známo jako období Sengoku neboli „období válčících států“. Vojevůdce Hidejoši Tojotomi vedl roku 1592 neúspěšnou japonskou invazi do Koreje. V roce 1600 v bitvě u Sekigahary šógun Tokugawa Iejasu buď porazil nebo přijal za spojence všechny své nepřátele a zformoval šógunát Tokugawa v malé rybářské vesničce Edo (původně přepisováno též jako „Jeddo“), která je dnes známá jako Tokio (východní hlavní město).