Al-Baghdadi nació en Samarra en 1971. Obtuvo un doctorado en estudios islámicos por la Universidad de Bagdad. Empezó a interesarse por la yihad tras la ocupación estadounidense de Irak en el año 2003 año en el que se sumó a la insurgencia contra la invasión estadounidense en la que se derrocó a Saddam Hussein.