SPY-1D(V) — модифікація, оптимізована для виділення низьколетячих цілей в умовах перешкод, викликаних близькістю берега або дією систем електронної протидії противника. Ця модифікація розроблялася з 1992 року в рамках програми «Відповідь на нові загрози» (), яка передбачала розробку засобів для боротьби зі швидкісними низьколетячими малорозмірними цілями, такими як крилаті ракети. В процесі розробки був врахований досвід бойових дій у Перській затоці. Головні зусилля були спрямовані на вдосконалення сигнального процесора. Були внесені зміни в конструкцію передавача, а також програми, що керує роботою радара. Збільшено кількість променів, що працюють в системі виділення рухомих цілей. Використовується адаптивний режим формування променя з урахуванням рівня шумів у відповідному напрямку. Ця модифікація має можливість захоплювати і супроводжувати балістичні ракети. Встановлюється замість SPY-1D на есмінцях типу «Арлі Берк» починаючи з DDG-91 «Пінкні».