Plus tard, Plummer commande la 5th Division de l'armée de Pope à New Madrid et lors de la campagne de l'Île Numéro 10. Par la suite, il commande une brigade de la division de Stanley à Corinth, et meurt au camp de Corinth, le (exactement un an après Wilson Creek) de séquelles de ses blessures et d'une exposition prolongée au froid sur le terrain.