1897年，此时已被重新归类为“三等铁甲舰”（）的奥尔登堡号获得了服役生涯中最显赫的部署。由于帝国海军普遍缺乏军舰，在针对克里特岛的希腊－土耳其冲突期间，它被派往地中海——当时岛上的大多数基督徒居民已起义反抗奥斯曼土耳其的统治，并要求与希腊建立联系。奥尔登堡号在驶至比斯开湾便已耗尽燃煤，因此不得不在西班牙港口费罗尔停靠。受制于舰只的体积和结构，它不适合代表大国在克里特岛执行任务，因为其它海军大国（英国、法国、奥匈帝国、俄国和意大利）都已派出了风帆战列舰。1898年1月7日，奥尔登堡号在其它的陪同下，在卡内港（今哈尼亚）卸下了一支登陆部队，以保护德国所宣称的利益。至同年3月，由于对妥协方案不满，德国宣布退出“希腊争端”，并召回奥尔登堡号。这使得克里特岛处于奥斯曼帝国的控制之下，但由一位希腊王子名义执政。在返航途中，奥尔登堡号出人意料的分离驶向里斯本。这同样是由于帝国海军缺少舰只，需要奥尔登堡号在里斯本出席1498年瓦斯科·达伽马发现印度海上航线400周年的庆典。同年5月，在里斯本集结的国际海军部队举行了，并由奥尔登堡号的两艘舰载短桅帆船获得第一名。为此，该舰获得了葡萄牙国王卡洛斯一世的登舰访问以及德皇威廉二世的贺电。