Eto’o egy nappal 16. születésnapja előtt, 1997. március 9-én lépett először pályára Costa Rica ellen egy 5–0-ra elvesztett barátságos mérkőzésen. 17 évesen az 1998-as világbajnokság legfiatalabb játékosa volt, amikor Kamerun Olaszország ellen játszott. Játszott később a 2002-es világbajnokságon is. Három fontosabb tornát is nyert a válogatottal: 2000-ben és 2002-ben Afrikai Nemzetek Kupáját, illetve 2000-ben a kameruni csapattal megszerezte a Nyári Olimpiai Játékok aranyérmét.