Лицей был основан по указу императора Александра I, подписанному . Он предназначался для обучения дворянских детей. По первоначальному плану в Лицее должны были воспитываться также и младшие братья Александра I — Николай и Михаил. Общее наступление реакции перед войной 1812 года, выразившееся, в частности, в падении М. М. Сперанского, привело к тому, что первоначальные планы были отброшены. Программа была разработана Сперанским и ориентирована в первую очередь на подготовку государственных просвещённых чиновников высших рангов. В лицей принимали детей 10—14 лет; приём осуществлялся каждые три года. Лицей был открыт . Этот день впоследствии отмечался выпускниками как «День лицея» — выпускники собирались в этот день на «лицейский обед». Первоначально лицей находился в ведении Министерства народного просвещения, в 1822 году подчинён военному ведомству.