Israelin itsenäisyyssodan johdosta vuonna 1948 Betlehemiin saapui suuri joukko pakolaisia Palestiinan muilta alueilta, mikä johti lopulta kristittyjen jäämiseen perinteisesti kristityn enemmistön omanneen kaupungin vähemmistöksi. Kaupunkia hallittiin vuosien 1948 ja 1967 välillä osana Jordanian hallitsemaa Länsirantaa ja kaupunki kuului Jerusalemin kuvernoraattiin. Kuuden päivän sodan aikana vuonna 1967 Israelin armeija valtasi Betlehemin ilman vastarintaa. Kupunki luovutettiin lopulta Palestiinalaishallinnolle vuoden 1993 Oslon sopimuksen perusteella. Toisen intifadan aikana vuonna 2002 Israel teki joukon ratsioita Länsirannan kaupunkeihin ja 2. huhtikuuta sen joukot etenivät Betlehemiin. Siviilit ja paikallisten asejoukkojen jäsenet pakenivat Jeesuksen syntymäkirkkoon, jota Israelin joukot piirittivät 38 päivää kirkossa olleiden asemiesten lopulta antautuessa 10. toukokuuta.