Maajoukkueessa Jancker debytoi lokakuussa 1998 Moldovaa vastaan. Hän edusti maataan vuoden 2000 EM-kilpailuissa sekä vuoden 2002 MM-kilpailuissa. Pian tuon turnauksen jälkeen Jancker kuitenkin putosi maajoukkueringistä. Hän pelasi 33 maaottelua ja teki niissä kymmenen maalia vuosina 1998–2002.