Nach der Teilnahme am Unternehmen Zitadelle wurde Haussers Korps im Sommer 1943 – die Alliierten waren inzwischen in Sizilien gelandet – mit der SS-Division „Leibstandarte“ nach Oberitalien verlegt. Hausser hatte den Auftrag, bei Eintreten des „Falls Achse“ in Norditalien die italienischen Streitkräfte zu entwaffnen, deren Angehörige als italienische Militärinternierte zur Zwangsarbeit ins Reich zu deportieren waren, sowie „die Säuberung des Ostraumes“. In der Umsetzung bedeutete das – bis heute unzureichend untersuchte – Verbrechen an der italienischen Zivilbevölkerung im Rahmen der Bekämpfung des italienischen Widerstands gegen die Besetzung. Gesichert ist, dass Einheiten unter Jochen Peiper am 19. September 1943 die piemontesischen Ortschaften Boves und Castellar niederbrannten und dabei Massaker unter den Einwohnern begingen. Hausser hatte zum Zeitpunkt der Massaker das verantwortliche Generalkommando des II. SS-Panzerkorps inne; in einer Meldung des Panzerkorps an die Heeresgruppe B hieß es: "„Die Versorgungsbasen für Banditen Boves und Castellar wurden abgebrannt.“" Eine erklärende Reaktion auf das Massaker hat es von Hausser weder zum damaligen Zeitpunkt noch nach dem Ende des Nationalsozialismus je gegeben. Er hat vielmehr stets geleugnet, dass es diese wie andere Verbrechen seiner SS-Angehörigen überhaupt gegeben habe.