Osa maan sotilasjohdosta yritti vallankaappausta 15. heinäkuuta 2016 alkaneessa kaappausyrityksessä, jossa sai surmansa ainakin 160 siviiliä ja poliisia, sekä yli 100 vallankaappaukseen osallistunutta henkilöä. Ainakin 6000 on pidätetty, mukana kymmeniä upseereita ja ainakin 34 kenraalia . Turkin hallitukselle uskolliset joukot kukistivat vallankaappausyrityksen nopeasti, ja sen jälkeen maassa alkoivat laajat puhdistukset,joissa kymmeniät uhansia ihmisiä erotettiin viroistaan tai pidätettiin. Kaappausyritys heikensi armeijan vaikutusvaltaa. Armeija on perinteisesti ollut Kemal Atatürkin johdolla luodun Turkin maallisen hallintomallin puolustaja. Turkin hallituksen mukaan kaappauksen takana oli Yhdysvalloissa asuva turkkilainen muslimijohtaja Fethullah Gülen tukijoineen. Gülen kiisti tämän ja sanoi Erdoğanin lavastaneen koko kaappausyrityksen.