Bei der Weltmeisterschaft 1998 erreichte er mit Italien das Viertelfinale. Inzaghi kam zweimal zum Einsatz und schoss dabei kein Tor. 2000 wurde Inzaghi Vize-Europameister, er bestritt dabei vier Partien und erzielte zwei Treffer. Bei der WM 2002 scheiterte er mit seiner Mannschaft schon im Achtelfinale gegen den Gastgeber Südkorea und kam nur zweimal zum Einsatz.