Kubu ini mula dibina Kerajaan Sweden pada 1748 sebagai benteng pertahanan hasil tindak balas cubaan peluasan kuasa Empayar Rusia. Tanggungjawab umum bagi kerja perkubuan diberi kepada Augustin Ehrensvärd. Rancangan asal kubu katlum dipengaruhi kuat oleh idea Vauban, jurutera tentera terpenting pada masa itu, dan prinsip gaya kubu bintang perkubuan, walaupun disesuaikan dengan sekumpulan pulau berbatuan. Semasa Perang Finland, Sweden menyerahkan kubu ke Russia pada 3 Mei 1808, membuka jalan untuk penjajahan Finland oleh angkatan bersenjata Rusia pada 1809, dan akhirnya penyerahan Finland ke Russia berakhir perang tersebut. Rusia memegang kubu hingga kemerdekaan Finland pada 1918. Finland kemudian mengurus Suomenlinna melalui Jabatan Pertahanan hingga mengubah kebanyakannya kepada kawalan awam pada 1973.