In der Folge nahm Naumann in kaiserlichen und sächsischen Diensten an allen bedeutenden Kriegen seiner Zeit teil, am Großen Türkenkrieg, am Pfälzischen und Spanischen Erbfolgekrieg sowie am Großen Nordischen Krieg. Er focht hierbei in verschiedenen bekannten Schlachten und zeichnete sich wiederholt durch seine Tapferkeit aus. So kämpfte er 1686 als Volontär im Range eines Capitaines unter Herzog Karl von Lothringen bei dem Sturm auf die Türkenfestung Ofen und gehörte zu den ersten, die in der Festung Fuß fassen konnten. 1688 war er an der Erstürmung Belgrads beteiligt, in der Folge an den Belagerungen von Mainz und Namur. 1699 war er Mitglied der kaiserlichen Gesandtschaft bei dem Friedensschluss mit den Türken in Karlowitz. Er zeichnete die ausgehandelten Grenzfestlegungen kartographisch auf und war anschließend als kaiserlicher Grenzingenieur mit dem Auftrag tätig, die von den Türken befestigten Plätze an der Maros zu schleifen und neue Festungswerke anzulegen.