Религиозните войни започват през 1562 г. като съперничество между хугенотите (протестантите) и католиците. Католиците имат военно превъдходство (битките при Дрьо и Жарнак), докато короната се стреми да балансира и да играе ролята на арбитър. Крале в този период са синовете на Анри ІІ – Шарл ІХ и Анри III, които остават бездетни. Те често правят отстъпки на хугенотите (едиктите от Амбоаз и Сен Жермен), с които им гарантират свобода на изповеданието и различен брой „сигурни места“ – тоест крепости на тяхно разположение. Водораздел се оказва масовото клане на хугеноти на 24 август 1572 г., известно с името Вартоломеева нощ. С този акт, одобрен от краля и кралицата майка, короната застава на страната на католиците, докато хугенотите виждат в нея свой враг. Ситуацията отново се променя със създаването на Католическата лига от Анри дьо Гиз през 1584 г. Лигата става толкова влиятелна в Париж, че Анри ІІІ се принуждава да го напусне, както и да организира убийството на ръководителя ѝ (виж Война на тримата Анри).