Durante o início da temporada 2008–09, Pep Guardiola, novo técnico da equipe, optou por Sergio Busquets como primeiro volante titular no meio-campo. Na final da Liga dos Campeões de 2008–2009, ele jogou como zagueiro devido a lesões e suspensões dos defensores titulares. Já sem chances na equipe titular, no final de junho de 2010 o Barcelona confirmou que Touré seria autorizado a deixar o clube no verão.