Emerton startet hjemme i Australia i moderklubben Sydney Olympic, hvor han raskt spilte seg inn på . Han var kaptein på laget som spilte i Sommer-OL 2000 i Sydney, og med dette gjorde han seg bemerket blant europeiske klubber. Han forlot hjemlandet til fordel for den nederlandske klubben Feyenoord og ble her i 3 år. I 2002 mislyktes Australia i å kvalifisere seg for Fotball-VM i Japan og Sør-Korea, men Emerton fikk en mager trøst da han ble kåret til årets beste oseanske spiller. I 2003 reiste han dermed videre til England og Blackburn Rovers. Han takket nei til flere storklubber av den enkle grunn at han i Rovers kunne spille på favorittposisjonen sin på vingen.