Когда началась Гражданская война, записался в армию рядовым и уже в июне 1862 года получил звание бригадного генерала. Участвовал в отражении рейда Стрейта; его кавалерия первой вступила в бой в сражении при Чикамоге, а в феврале 1864 года он разбил федеральную кавалерию в сражении при Околоне. В апреле 1864 года его отряд штурмом взял форт Пиллоу, в ходе которого погибло много чернокожих военнослужащих, а Форрест получил на севере прозвище «мясник из форта Пиллоу». Он участвовал во Франклин-нэшвиллской кампании, а затем остатки его кавалерии были разбиты генералом Уилсоном в ходе рейда Уилсона в Миссисипи и Алабаму. В мае 1865 года Форрест сдался федеральной армии.