El seu primer partit amb la selecció de futbol de Mèxic va ser el 7 de març de 2001 davant Brasil, en el qual també es va estrenar golejador. De Nigris va participar amb la selecció en la Copa Amèrica 2001 i en la Copa Confederacions 2001, encara que no va assolir marcar en cap de les dues competicions. També va disputar partits classificatoris a la Copa Mundial de Futbol de 2002, on va marcar un doblet davant Jamaica el 15 de març de 2001. No obstant això, de Nigris no va ser convocat durant 7 anys, fins que el 6 de febrer de 2008 Hugo Sánchez el torna a convocar per a un partit amistós contra Estats Units, on la selecció va empatar a 2-2.