Clyne edusti Englantia sekä alle 19- että alle 21-vuotiaissa. Englannin jalkapallomaajoukkueessa hän debytoi marraskuussa 2014 EM-karsintaottelussa Sloveniaa vastaan. Ensimmäisen, ja toistaiseksi ainoan, arvokilpailujen lopputurnauksen ottelunsa hän pelasi Slovakiaa vastaan EM-kilpailuissa 2016.