Il 30 giugno 2008 Zico lascia la panchina a Luis Aragonés, commissario tecnico della Campione d'Europa 2008, e il 26 settembre dello stesso anno approda sulla panchina del Bunyodkor, squadra del campionato uzbeko dove milita il suo connazionale ed ex Pallone d'oro Rivaldo. Alla guida della compagine Zico conquista il campionato dopo soli due mesi dall'assunzione dell'incarico, con due giornate di anticipo rispetto alla fine del torneo, e raggiunge nella Champions League asiatica le semifinali, il miglior risultato nella storia del club, lascia la squadra l'8 gennaio 2009.