La vie politique du duc d’Aiguillon se termine là. Revenu dans l’armée, il sert comme colonel du de chasseurs à cheval le 23 novembre 1791, puis du Chasseurs à Cheval en garnison à Sélestat le 15 décembre 1791. Il est nommé maréchal de camp employé à l’armée du Rhin le 7 mai 1792, et occupe les gorges de Porrentruy en remplacement de Custine, nommé à la tête de l’armée du Rhin. Employé à l’armée du Haut-Rhin sous le général d’Harambure, il réprouve l’insurrection du 10 août 1792. Le 31 août, il est destitué et décrété d’accusation. Abandonnant sa fonction, il émigre alors le 6 septembre 1792 et gagne en octobre 1792 Hambourg, où il s’installe avec ses amis les frères Alexandre et Charles-Malo de Lameth. Accusé par Achille Viard d’être à Londres le membre d’une coterie d’émigrés complotant contre la France, il le nie dans une lettre parue en 1793 dans "Le Moniteur". Radié de la liste des émigrés en 1800, il s’apprête à rentrer en France, mais meurt fusillé le 4 mai à Hambourg (cité dans les "Reminiscences" de Michael Kelly).