Город Вахигуя был основан в 1757 году как столица королевства Моси Ятенга. В 1825 году город был разрушен; в период с 1870 по 1890 год вновь подвергался нападениям. Во время Агашерской войны (1985 год) между Буркина-Фасо и Мали Вахигуя подвергся бомбардировкам малийских ВВС, в результате которых погибло около 100 жителей города.