Nach dem Tod Eyadémas kehrte Kodjo am 8. April 2005 nach Togo zurück, wo er zunächst wegen Veruntreuung während seiner Zeit als Hafendirektor verhaftet wurde. Im September 2005 gründete er eine neue Partei, die "Alliance Démocratique pour la Patrie". 2007 scheiterte seine Kandidatur als Präsident des togoischen Fußballverbandes. Im August 2008 gab Kodjo bekannt, für die "Organisation pour bâtir dans l'union un Togo solidaire" (OBUTS) bei der Präsidentschaftswahl 2010 antreten zu wollen, zog aber vor der Wahl seine Kandidatur zurück. Sein Name stand jedoch noch auf den Wahlzetteln, und er erhielt knapp ein Prozent der Stimmen.