Nach Beginn des Zweiten Weltkriegs wurde das Schiff vom 4. September bis zum 8. Oktober 1939 zum Begleitschiff für Minenräumboote umgebaut. Dabei wurde es auch mit zwei Wasserbombengerüsten bewaffnet. Die "Weser" diente dann bis zum 15. Oktober 1940 als Tender der im September 1939 aus Finkenwerder Fischkuttern zusammengestellten 11. Räumbootsflottille in der Ostsee, in Dänemark, in den Niederlanden und in Belgien. Mit der Auflösung dieser Flottille am 15. Oktober 1940 und dem Umstieg ihrer Besatzungen auf große Minenräumboote ("R 151" – "R 162") der am gleichen Tage in Holland neu aufgestellten 7. Räumbootsflottille kam auch die "Weser" zur 7. Flottille, bei der sie bis Kriegsende verblieb. Die Flottille ging im Dezember 1940 nach Trondheim in Norwegen, danach im Juni 1941, mit dem Beginn des deutschen Angriffs auf die Sowjetunion, nach Kirkenes an der sogenannten Eismeerfront, von wo aus die R-Boote Geleitaufgaben im Raum Hammerfest-Kirkenes-Petsamo durchführten. Am Tage der deutschen Kapitulation (8. Mai 1945) war das Schiff mit der 7. Räumbootsflottille in Tromsø, wo es in britische Hände fiel.