רדיפת היהודים באירופה הגיעה לשיאה במהלך מסעי הצלב. רטוריקה אנטי-יהודית כמו  "Goad of Love" החלה להופיע ולהשפיע על התודעה הציבורית. בעת מסע הצלב הראשון, שנערך בשנת 1096, עברו הצלבנים בעמק הריין, דרך הערים שקהילות אשכנז  שכנו בהן. תוך כדי המעבר הם פרעו ביהודים שבאותן הקהילות. בקהילות של וורמס ומַיינץ קרעו הצלבנים ספרי תורה, שרפו בתי כנסת והעמידו בפני היהודים את הברירה בין טבילה לבין מוות, כשרבים מהיהודים בוחרים למות על קידוש השם ולא להתנצר. הקהילות בערים וורמס ומיינץ חרבו. במסע הצלב השני ב-1147, היהודים בצרפת היו הקורבנות העיקריים לרצח ומעשי זוועה תכופים. הפרעות החלו בצרפת בערים האם שבמחוז הסום, סולי ורמרו, גם בתקופה ההיא הועמדו היהודים בפני הברירה של להמיר את דתם או למות. היהודים היו נתונים להתקפות גם במהלך מסעי צלב נוספים בשנים 1190, 1248 ועוד. בעקבות מסעי צלב אלה, היהודים היו נתונים לגירושים במקומות רבים, כולל בשנת 1290, אז גורשו כל היהודים מאנגליה. בשנת 1396, 100,000 יהודים גורשו מצרפת ובשנת 1421, אלפים גורשו מאוסטריה. רבים מאלה שגורשו ברחו לפולין.