Il est adjudant-général chef de bataillon surnuméraire à l'armée des Côtes de Brest le . Dans les départements de l’Ouest, il seconde les efforts des généraux Duhoux et Menou pour repousser les attaques de l’armée vendéenne contre Saumur le . Son jeune frère, Jean-Baptiste Moulin, qui se bat également contre eux, préfère se suicider le plutôt que de tomber entre les mains des troupes vendéennes. Après la prise de Saumur par les troupes royalistes, il assure la retraite des bagages, et à la tête d’une quarantaine d’hommes seulement, arrête pendant près de six heures les Vendéens qui poursuivent l’armée républicaine fuyant dans le plus grand désordre. Le suivant il ne se distingue pas moins à Vihiers, où les Vendéens ont l’avantage mais le , il prend une brillante revanche au combat de Doué livré par Rossignol, et fait éprouver des pertes considérables aux royalistes. Ce succès lui fait obtenir le grade de général de brigade le et le commandement des Ponts-de-Cé, d’où il passe peu après à celui de Saumur que menacent encore les Vendéens. Il fait alors élever à Saint-Florent-sur-Loire des fortifications dont il trace lui-même les plans.