Иосиф Брегадзе родился в 1885 году в городе Кутаиси (ныне — Грузия). Ещё до Октябрьской революции участвовал в революционном движении, руководил Батумской боевой дружиной, за свою деятельность был сослан в Сибирь. Активный участник октябрьских событий 1917 года, руководил боевой дружиной в Самаре. В 1918 году пошёл на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. Участвовал в боях Гражданской войны, будучи начальником разведывательного отряда 4-й армии. Участвовал в подавлении восстания Чехословацкого корпуса, боях с войсками генералов Дутова и Белова, с басмаческими формированиями. Избирался членом Реввоенсовета Туркестанской республики, председателем Реввоенсовета Северо-Восточного фронта.