El comienzo de su reinado estuvo marcado por la derrota danesa en la Segunda Guerra de Schleswig y la posterior pérdida de los ducados de Schleswig, Holstein y Lauenburgo, que hicieron al rey inmensamente impopular. Los siguientes años de su reinado estuvieron dominados por disputas políticas, ya que Dinamarca solo se había convertido en una monarquía constitucional en 1849 y el equilibrio de poder entre el soberano y el parlamento todavía estaba en disputa. Cristián IX persistió en el derecho del monarca a elegir a sus propios ministros sin tener en cuenta a la mayoría del Folketing. El sistema solo cambió en 1901 cuando el rey finalmente fue persuadido a reconocer el parlamentarismo popular como una forma de gobierno en la que el Primer Ministro no tendría en su contra a la mayoría en el Folketing. A pesar de su impopularidad inicial y los muchos años de lucha política, donde el rey entró en conflicto con grandes sectores de la población, su popularidad se fue recuperando, y se convirtió en un icono nacional debido a la duración de su reinado y los altos estándares de moralidad personal con los que fue identificado.