W seniorskiej reprezentacji Meksyku Flores zadebiutował za kadencji selekcjonera José Manuela de la Torre, 17 kwietnia 2013 w zremisowanym 0:0 meczu towarzyskim z Peru. Kilka tygodni później w miejsce kontuzjowanego Oribe Peralty znalazł się w składzie na Puchar Konfederacji, gdzie był podstawowym graczem swojej drużyny, rozgrywając dwa z trzech możliwych spotkań, zaś Meksykanie odpadli z rozgrywanego na brazylijskich boiskach turnieju już w fazie grupowej. Dwa lata później został powołany przez Miguela Herrerę do rezerwowego składu reprezentacji na rozgrywany w Chile turniej Copa América. Tam miał niepodważalną pozycję w składzie i rozegrał wszystkie trzy mecze w pełnym wymiarze czasowym, natomiast jego drużyna odpadła z rozgrywek już w fazie grupowej.