Během druhé světové války prošlo Pobaltí nejprve okupací sovětskou a posléze nacistickou. V paktu mezi Hitlerem a Stalinem o neútočení z roku 1939 bylo Lotyšsko a Estonsko označeno za sovětské zájmové oblasti. K těm následně přibyla na základě smlouvy z 28. září 1939 i Litva. Na podzim 1939 vpochodovala Rudá armáda na území Litvy, Estonska a Lotyšska. V srpnu 1940 Sovětský svaz tyto tři republiky anektoval (Litva 15. června 1940 okupace Rudou armádou a 3. srpna 1940 začleněna do Sovětského svazu, Lotyšsko 17. června 1940 okupace Rudou armádou a 5. srpna 1940 začleněno do Sovětského svazu, Estonsko 17. června 1940 okupace Rudou armádou a poté 6. srpna 1940 začleněno do Sovětského svazu). Téměř celá populace německého obyvatelstva se rozhodla na základě předtím uzavřené smlouvy své domovy opustit.