Im Februar 2010 geriet von Werlhof in die Kritik, als sie in einem Interview mit "Der Standard" eine Verschwörungstheorie ins Gespräch gebracht hatte. Demnach verfügten die Vereinigten Staaten über eine Technik, mittels HAARP künstlich Erdbeben auszulösen, und das Erdbeben in Haiti 2010 könnte dadurch verursacht worden sein. Der Vorstand des Instituts für Politikwissenschaft Ferdinand Karlhofer distanzierte sich von der Verschwörungstheorie, die jeder wissenschaftlichen Grundlage entbehre, und sprach von einem „Schaden“ für den Ruf des Instituts. Werlhof antwortete in einem offenen Brief, dass sie „persönlich und keineswegs im Namen des Instituts ein Interview“ gegeben habe: Daher könne sie dem Institut auch keinen Schaden zugefügt haben. Und sie stellte die Frage in den Raum, ob das „Wissenschaftsverständnis des Instituts“ von „politischen Interessen geleitet“ sei.