Nezdravý a preplnený Londýn trpel častými výskytmi morových nákaz, ale najväčšou pohromou bola udalosť označovaná ako Veľký mor ("Great Plague"). Postihla Londýn v rokoch 1665 a 1666 a počas nej zomrelo asi 60 000 ľudí, čo bola jedna pätina obyvateľov. Za Veľkým morom bezprostredne nasledovala ďalšia pohroma, aj keď jej výsledkom bolo ukončenie výskytu veľkých morových nákaz. V nedeľu 2. septembra 1666 o jednej hodine po polnoci na ulici "Pudding Lane" v južnej časti Londýna sa začal šíriť požiar, ktorý bol začiatkom Veľkého požiaru Londýna ("Great Fire of London"). Podporovaný východným vetrom sa požiar začal šíriť Londýnom a počiatočné snahy zabrániť jeho šíreniu zbúraním pásu domov ako požiarnej zábrany boli neorganizované. V utorok vietor začal poľavovať a v stredu požiar začal slabnúť. Vo štvrtok doobeda už bol skoro pod kontrolou, ale podvečer plamene znova vyšľahli pri "Temple". Niektoré domy boli odstrelené a tým sa oheň dostal pod kontrolu.