У Другом светском рату учествовао је искључиво као транспортни авион за превоз падобранаца и ратног материјала. Употребљаван је за десант трупа или као тегљач једрилица у Данској, Норвешкој, Холандији и Белгији. Губици су били огромни, али је производња била у пуном замаху и сви губици су надокнађени до краја 1940. године. Још један задатак -{Ju 52/3m}- је био чишћење минских поља. У ту сврху авион је био опремљен великим обручем од дурала испод трупа и крила који је добијао електричну струју од помоћног мотора у трупу и активирао магнетске мине. Најмасовније ангажовање у десантним операцијама, али и највеће губитке до тада -{Ju}- 52 претрпео је у току битке за Крит (Операција Меркур) која је почела 20. маја 1941. године. Од 493 авиона -{Ju}- 52/3-{ms}- колико је било ангажовано у овој операцији оборено је и уништено 174. Још веће губитке авион је претрпео током неуспелог покушаја снабдевања немачке 6. армије у обручу код Стаљинграда. Последње масовно борбено ангажовање -{Ju}- 52 догодило се 1943. приликом пребацивања и снабдевања, а затим и неуспешног покушаја евакуације немачких трупа у Тунису. У току ових операција за само три недење изгубљено је 432 авиона. Од 1943. године па до краја рата мали број -{Ju}- 52 је углавном био ангажован на задацима евакуације и превоза рањеника.