1996年、大阪写真専門学校を退職し、奈良に個人事務所兼制作プロダクション「有限会社組画」を設立。1997年、初の35mm作品であると同時に最初の商業作品として制作された『萌の朱雀』にて、第50回カンヌ国際映画祭カメラ・ドール（新人監督賞）を史上最年少（27歳）で受賞。また芸術選奨新人賞受賞。その直後に同作品のプロデューサーを務めた仙頭武則と結婚し、活動も「仙頭直美」名義となったが、のちに離婚したことにより姓を河瀨に戻した。再婚後の2004年に第1子（長男）を出産。