Након ослобођења Цариграда 1261. године Влахерна је наставила да има исти значај као и раније, чинивши аристократски центар града. Јован VI Кантакузин се овенчао царским венцем 1347. године у Богородици Влахернској поставивши је изнад свете Софије у којој су до тад цареви овенчавани.