Il retourne à Guayaquil pour s'y installer définitivement. En août 1829, il est élevé au grade de général de division et est nommé commandant de la région de Samborondón durant la guerre Grande Colombie-Pérou jusqu'à ce qu'une colonne péruvienne arrive dans la région, fusille Mires et massacre tous les civils qu'elle peut trouver.