Émilie Desjeux expose ses toiles "Mère Thérèse" et "Travaux forcés", et deux peintures sur porcelaine, "Les Chrysanthèmes" et "Charité", au Salon tunisien de 1896. En 1899, elle envoie son tableau "Le Médecin des pauvres" à l’exposition de cette association et, l’année suivante, expose son "Autoportrait" à l’Exposition universelle de 1900 où elle obtient une mention honorable. Émilie Desjeux expose des aquarelles à la Galerie Georges Petit à Paris en 1907. Elle passe régulièrement ses étés à Bussy où elle a une importante bibliothèque et où elle est inhumée après sa mort, le . Deux de ses tableaux, "Le Rémouleur" et "Le Banquet d'inauguration du marché couvert à Auxerre", sont conservés à Auxerre au musée Saint-Germain.