Le 21 juillet 2015, il s'engage au Paris Saint-Germain pour cinq ans en provenance de Tottenham pour 9 millions d'euros. Il récupère le 4 laissé vacant par Yohan Cabaye. Il dispute son premier match officiel sous le maillot parisien en remplaçant à la Marco Verratti lors du Trophée des champions (victoire 2-0) et remporte à cette occasion son premier trophée avec le club de la capitale. Lors de son entrée en jeu pour son premier match à domicile au Parc des princes, il se fait siffler par une partie du public. Avec le temps et au fur et à mesure des matchs, il monte en puissance et s'intègre de mieux en mieux au collectif. Le 13 janvier, il est titulaire contre l'Olympique lyonnais en quart de finale de la Coupe de la Ligue (victoire 2-1), auteur d'une bonne prestation il sort cette fois-ci sous les applaudissements. Il est sacré champion de France de Ligue 1 après la victoire 9-0 contre l'ESTAC, confrontation durant laquelle il était titulaire. En fin de saison, alors que le titre de Champion de France est assuré et que le PSG doit composer avec de nombreux blessés, Benjamin Stambouli est régulièrement titulaire comme contre Guingamp (victoire 2-0), où il est titulaire au poste de sentinelle. Pour la saison 2016-2017, la nomination de l'entraineur Unai Emery compromet son avenir dans le club de la capitale, alors que Grzegorz Krychowiak signe en concurrent direct.