En enero de 1644, acompañó el ejército escocés a Inglaterra como miembro del Comité de Ambos Reinos y a la cabeza de una tropa de caballería, pero tuvo que regresar a Escocia en marzo para enfrentarse a los Realistas en la Guerra Civil escocesa y para defender sus propios territorios. Forzó a Huntly a retroceder en abril y en julio avanzó para hostigar a las tropas irlandesas desembarcadas en Argyll, que luchaban conjuntamente con Montrose, que lideraba las fuerzas Realistas en Escocia. Ningún general logró una ventaja decisiva sobre el otro, ni siquiera en trabar batalla. Argyll regresó a Edimburgo, abandonó su comisión, y se retiró a Inveraray . Montrose le siguió inesperadamente en diciembre, obligándole a huir a Roseneath, y devastando sus territorios. El 2 de febrero de 1645, mientras perseguía a Montrose hacia el norte, Argyll fue sorprendido por él en Inverlochy. Desde una barcaza en el lago tuvo que presenciar la masacre de sus hombres, 1.500 de los cuales eran Campbell. Llegó a Edimburgo el 12 de febrero y presenció la gran victoria de Montrose el 15 de agosto en Kilsyth, desde donde huyó a Newcastle.