In dieser Phase der französischen Revolution hatte die junge Republik mit inneren Gegnern und Problemen zu kämpfen: Königstreue und Girondisten hatten kurz zuvor den Kriegshafen Toulon an die Briten ausgeliefert; eine Wirtschaftskrise mit stark gestiegenen Preisen für Lebensmittel und Güter des täglichen Bedarfs hatten zu den Maximumgesetzen geführt; der Aufstand der Vendée war in vollem Gange. Das Jahr der Terrorherrschaft hatte begonnen. Vor diesem Hintergrund wurde Morard de Galles seiner Position enthoben, diejenigen Offiziere und Seeleute inhaftiert, die man für unzuverlässig hielt und für die Ereignisse von Quiberon verantwortlich machte. Einige wurden vor das Revolutionstribunal zitiert und anschließend hingerichtet, andere strafversetzt. Auch Kerguelen saß zeitweise im Gefängnis. Mit dazu bei trug insbesondere der Umstand, dass er sich mit Jeanbon St. André, der mit der Reorganisation der Militärhäfen in Brest und Cherbourg im Allgemeinen und der Untersuchung der Vorkommnisse von Quiberon im Besonderen beauftragt worden war, über den Inhalt des Abschlussberichts sowie die zu treffenden Maßnahmen uneins war. Kerguelen überstand diese Zeit aber unbeschadet und kehrte auf seinen Posten bei der Marine zurück, nun unter Morard de Galles' Nachfolger, Vizeadmiral Villaret-Joyeuse. Dieser hatte seine Stellung im November 1793 unter anderem deswegen erhalten, weil sein Schiff eines der wenigen war, auf dem vor Quiberon keine Ansätze einer Meuterei stattgefunden hatten.