29 мая 1453 Константинополь был взят войсками османского султана Мехмеда II. Геннадий, как и многие жители Константинополя, попал в рабство и был увезён в Адрианополь. Приблизительно в конце 1453 года султан велел христианам избрать патриарха «сообразно своей вере». Вероятно этот поворот политики султана и привёл к освобождению Геннадия из рабства. На Богоявление 1454 года он единодушно был избран Константинопольским патриархом. По желанию султана Геннадий составил для него изложение главных догматов христианской веры.