В XIX веке начались отношения между современными государствами, которые в те годы были частью Британской империей. В Уганду прибыли более 30 000 индийцев, которые были доставлены туда британцами для строительства Угандийской железной дороги. Активисты движения за независимость Уганды были вдохновлены успехом Индийского национально-освободительного движения, а также были поддержаны в их борьбе премьер-министром Индии Джавахарлалом Неру. Индийско-угандийские отношения были на высоком уровне с момента обретения Угандой независимости, за исключением периода правления Иди Амина. В 1972 году президент Уганды Иди Амин изгнал более 55 000 человек индийского происхождения и 5 000 индийцев, которые в значительной степени составляли коммерческую и экономическую основу страны, обвинив их в эксплуатации коренных угандийцев. С середины 1980-х годов, когда к власти пришел президент Йовери Мусевени, отношения неуклонно улучшались. В настоящее время около 20 000 индийцев живут или работают в Уганде. Этническая напряженность между индийцами и угандийцами является постоянной проблемой в двусторонних отношениях, учитывая роль индийцев в экономике Уганды.