Nikolaidis feierte seine ersten Erfolge im Juniorenbereich, er wurde im Jahr 1996 in Zagreb Junioreneuropameister und wenig später in Barcelona Juniorenweltmeister. In den folgenden Jahren gelang ihm auch im Erwachsenenbereich der Durchbruch. Nikolaidis konnte sich für die Olympischen Spiele 2000 in Sydney qualifizieren, wo er das Viertelfinale erreichte und am Ende Rang neun belegte. Seine erste WM-Teilnahme bestritt er bei der Weltmeisterschaft 2003 in Garmisch-Partenkirchen, wo er das Achtelfinale erreichen konnte. Seinen sportlich bis dahin größten Erfolg errang Nikolaidis bei seinen zweiten Olympischen Spielen in Athen. Er wurde erst im Finale von Moon Dae-sung bezwungen und gewann die Silbermedaille.