З 1990 по 2002 роки Бергнер був депутатом парламенту федеральної землі Саксонія-Ангальт, де в періоди 1991—1993 рр. і 1994—2001 рр. він очолював фракцію ХДС. З 2002 року Христоф Бергнер є депутатом Німецького Бундестагу. До 2013 року він обирався депутатом за партійними списками федеральної землі Саксонія-Ангальт, а у 2013 році отримав прямий мандат у виборчому окрузі Галле. Бергнер є членом комітету з питань Європейського Союзу, а також підкомітету з питань зовнішньої культурної та освітньої політики.