Пардо провёл 148 матчей за сборную Мексики с 1996 по 2009 год, став вторым в списке по количеству проведённых матчей за всю историю сборной. Участвовал в чемпионатах мира 1998 и 2006, стал обладателем Кубка конфедераций 1999.