Entre los hechos más notorios de su pontificado destacó el intento de asesinato que sufrió el 13 de mayo de 1981, mientras saludaba a los fieles en la plaza de San Pedro, a manos de Mehmet Ali Ağca, quien le disparó a escasa distancia entre la multitud. Tiempo después el terrorista fue perdonado públicamente por el pontífice en persona. A este se sumó otro atentado ocurrido en Fátima en la noche del 12 al 13 de mayo de 1982 a manos del sacerdote ultraconservador Juan María Fernández Krohn, hecho que no trascendió hasta después de la muerte del pontífice.