1611 benannte Samuel de Champlain die Insel nach seiner Ehefrau Hélène Bouillé. Von 1665 bis 1818 war die Île Sainte-Hélène im Besitz der Familie Le Moyne und wurde als Teil der Seigneurie von Longueuil landwirtschaftlich genutzt. 1818, vier Jahre nach Ende des Britisch-Amerikanischen Kriegs, erwarb die britische Regierung die Insel und ließ darauf eine Zitadelle, ein Pulverlager und ein Blockhaus errichten, um die Stadt im Falle eines amerikanischen Angriffs besser verteidigen zu können. 1870 übernahm die kanadische Bundesregierung die Insel und wandelte sie 1874 in eine öffentliche Parkanlage um, 1908 wurde sie von der Stadt erworben.