Im Februar 1941 wurde Manstein das Kommando über das ebenfalls neu aufzustellende LVI. Armeekorps (mot.) – so hießen die späteren Panzerkorps bis 1942 – übertragen. In dieser Funktion hatte er keine Kenntnis und keinen Einfluss auf die strategische Planung des Überfalls auf die Sowjetunion. Wenige Tage vor Beginn des Angriffs erhielt auch Manstein den sogenannten Kommissarbefehl, der besagte, dass alle in Gefangenschaft geratenen Politoffiziere der Roten Armee sofort erschossen werden sollten. Entgegen den Behauptungen Mansteins in seinen Memoiren, „daß er den Kommissarbefehl abgelehnt habe und ihn seine Truppen nicht ausführten“, wurden schon in den ersten Wochen nach Beginn des Unternehmens Barbarossa „Erschießungen von Kommissaren sowie antijüdische Aktionen in Mansteins Befehlsbereich“ vollzogen.