Khi quân đội Áo được triển khai tới Bayern, ông ngừng triển khai xâm lược Anh và ra lệnh cho đạo quân đóng ở Boulogne, "Grande Armée" của ông, hành quân bí mật trong một cuộc di chuyển thọc sâu vào hậu phương địch — chiến dịch Ulm. Điều này bao vây lực lượng Áo sắp sửa tấn công Pháp và cắt đứt các đường liên lạc của họ. Ngày 20 tháng 10 năm 1805, quân Pháp bắt được 30 000 tù binh trong trận Ulm, tuy nhiên ngày hôm sau chiến thắng của người Anh ở Trafalgar đồng nghĩa với việc Hải quân Hoàng gia hoàn toàn chiếm lĩnh các vùng biển.