Frankl suoritti kotikaupunkinsa yliopistossa lääketieteen tohtorin tutkinnon vuonna 1930 väitteli vuonna 1949 myös filosofiasta. Hän jatkoi opiskeluaan neurologiassa vuoden 1930 jälkeen ja vuonna 1933 hänet hoiti psykiatrisessa sairaalassa vuosittain tuhansia itsemurhaa hautoneita naispotilaita. Vuonna 1937 Frankl avasi oman neurologisen ja psykiatrisen vastaanoton. Hänestä tuli Wienin Rothschildin sairaalan neurologian ylilääkäri. Saksan liittäessä Itävallan itseensä vuonna 1938 antisemitismi kuitenkin lisääntyi ja Nürnbergin rotulait astuivat alueella voimaan. Hän sai viisumin Yhdysvaltoihin vuonna 1939, mutta koska oli huolissaan vanhemmistaan hän päästi sen vanhenemaan. Vuonna 1942 Frankl avioitui, mutta joutui saman vuoden syyskuussa juutalaisena keskitysleirille. Häntä pidettiin usealla keskitysleirillä, muun muassa Theresienstadtissa, Auschwitzissa ja Dachaussa, mutta hän selvisi hengissä kolmen vuoden leiriajan läpi.