Налёт англо-американской авиации 13 февраля 1945 года уничтожил неф Драйкёнигскирхе. К радости прихожан колокольня устояла и в её капелле сразу же возобновились богослужения. Руины церкви удалось защитить от проектов по сносу в 1950-е годы. В 1977 году власти ГДР дали разрешение на восстановление Драйкёнигскирхе, однако только после воссоединения Германии средств оказалось достаточно для завершения работ. Внешнее убранство в стиле барокко было восстановлено предельно точно, но проект интерьера было решено пересмотреть, так как этот район Дрездена не нуждался в церкви на три тысячи прихожан. Поэтому Драйкёнигскирхе была поделена надвое: в восточной части, разделённой на несколько этажей, расположился Дом церкви (нем. "Haus der Kirche") с офисами, аудиториями и банкетным залом, а в западной — непосредственно место для богослужений. Две части здания соединены небольшим фойе. Над входом в западную часть здания Драйкёнигскирхе расположена знаменитая «Дрезденская пляска смерти», а в противоположной части — алтарь.