В 1954 году аспирант пехоты Карлуш Фабиан был распределён в 14-й пехотный полк (), где 1 ноября того же года ему было присвоено звание алферса. С 1955 по 1959 год он проходил службу (т. н. «комиссию») в Португальской Гвинее, где 1 декабря 1956 года получил звание лейтенанта пехоты. По возвращении в Португалию, 1 декабря 1959 года Фабиану было присвоено звание капитана пехоты. В 1960 — 1961 годах он проходил службу при Отдельном территориальном командовании в Гвинее () и в 3-м военном округе. После начала колониальной войны в 1961 году был направлен в Анголу, где прослужил два года. По возвращении в Португалию непродолжительное время служил в 1-м пехотном полку () (1963) и в 5-м батальоне егерей () (1964). В 1965 году вновь был направлен на службу в Португальскую Гвинею, где командовал 797-й егерской командой «Os Camelos» («Верблюды», ) с 23 апреля 1965 по 19 января 1967 года. 25 июля 1967 года Карлушу Фабиану было присвоено звание майора пехоты (с отличием). Во время губернаторства в Гвинее генерала Антониу де Спинолы выдвинулся и стал одним из его ближайших помощников. Не раз поощрялся по службе, имел награды. В 1967 году Фабиан проходил обучение в Военном центре психотехнических исследований (), после чего был вновь отправлен в Гвинею, где в апреле 1971 года — апреле 1973 года командовал Специальным корпусом гвинейской милиции (). В августе 1972 года он сотрудничал в журнале «ZOE», органе организации «Agrupamento de Transmissões da Guiné».