Após 1789 os apoiadores das reformas no "Sejm" da Polônia foram aos poucos perdendo suas influências. Da mesma maneira, a KEN foi sendo privada de muitos dos seus antigos privilégios. Durante a Grande Sejm os "Reformadores" tiveram que sacrificar muitos desses privilégios para obterem o apoio na aprovação da Constituição de 3 de maio. Finalmente, depois da vitória da Confederação Targowica em 1794 a KEN perdeu o controle sobre a maioria das escolas na Polônia e muitos de seus membros foram banidos ou fugiram para o exterior do país. Inclusive até mesmo Hugo Kołłątaj, que fugiu para Dresden.