Juan Antonio Pezet Rodriguez był synem peruwiańskiego lekarza, dziennikarza i parlamentarzysty Jose Pezeta Monela. Na krótko uczył się w kolegium jezuickim w San Carlos. Już w młodym wieku w 1821 podjął służbę w wojsku, dołączając do sił generała José de San Martín, z którymi uczestniczył w walkach o niepodległość, zostając szybko podporucznikiem, następnie w 1823 porucznikiem. Pod rozkazami Bolivara i Sucre walczył w bitwach pod Junín i Ayacucho w 1824. W 1828 awansował na kapitana. W 1835 w stopniu pułkownika dowodził batalionem strzelców z Rimac w ruchu byłego prezydenta Agustína Gamarry przeciwko Konfederacji Peruwiańsko-Boliwijskiej, po czym został wygnany. Po rozwiązaniu Konfederacji i powrocie do kraju został prefektem Limy i w 1842 uzyskał stopień generała brygadiera. W 1843 uczestniczył w powstaniu Manuela Ignacio de Vivanco przeciw rządowi de Vidala. Został w nim ranny i w 1844 dostał się do niewoli, lecz został ułaskawiony.