Para la temporada 2002-03, los Warriors ya no contaban en sus filas con Larry Hughes, pero habían seleccionado en el draft a Mike Dunleavy, en lugar de Jay Williams, lo cual podía suponer una muestra de confianza en Gilbert. Arenas tomó un curso rápido de base viendo cintas de Mike Bibby y Damon Stoudamire. Eric Musselman era el nuevo entrenador del equipo, y Arenas, que tenía intención de liderar a los Warriors a la victoria cada noche, vio pronto que las cosas no fucionaban así en Golden State. Aun así, el equipo experimentó un notable progreso, pasando de las 21 victorias a las 38. Gilbert había logrado consolidarse en la liga con 18.3 puntos, 4.7 rebotes y 6.3 asistencias. Arenas fue nombrado MVP del Rookie Challenge del All-Star Weekend tras anotar 30 puntos, con 23 en la segunda mitad. A final de temporada, fue galardonado con el premio al Jugador con mayor Progresión, por delante de Chauncey Billups y Tony Parker.