Wahrscheinlich am 5. Mai 1945, als der Prager Aufstand begann, setzte sich Günther mit einer schwerbewaffneten Wagenkolonne ab und geriet bei Beroun in eine Straßensperre tschechischer Partisanen. Nach der Festnahme und Entwaffnung Günthers und seiner Begleiter konnte Günther einem Posten die Waffe entwenden und wurde beim anschließenden Handgemenge angeschossen. Günther, der dem flüchtenden Posten noch eine Handgranate hinterherwarf, verstarb aber kurz darauf an seinen Verletzungen. Erst nachdem tschechische Behörden diese Version bestätigt hatten, stellten die deutschen Justizbehörden die Ermittlungen gegen Günther ein.