13世紀中葉以降、バルト海沿岸のハンザ同盟都市との交易で、成長。カルマル同盟下で、デンマーク王家にとって重要な都市となっていく。スウェーデンの都市は、他のヨーロッパの都市と比べると小規模で、ストックホルム以外の都市化は遅々として進んでいなかった。1520年、クリスチャン2世がストックホルムの血浴と呼ばれる独立派の処刑を行う。結果として、独立運動が高揚、1523年にスウェーデンは、グスタフ1世の下でスウェーデン王国として独立、その首都として人口が増加、1600年には1万人に達する。17世紀は、スウェーデンが列強の一つに成長した時期であり、ストックホルムの人口も1610年から1680年の間に6倍に膨れ上がった。しかし、他国のような人口爆発は、スウェーデンにおいては小規模にしか発生せず、都市と言えるような街は、他には海港イェーテボリ位しか無かった。スカンジナビアの諸都市と国内の諸都市を結ぶ交易を、ストックホルムが独占していく。1710年、この地でもペストが猛威を振るう。さらに大北方戦争の敗北で、都市の発展に翳りが見えたが、「自由の時代」を経てグスタフ3世の治世で文化面で「ロココの時代」を迎える。19世紀後半には、再び産業の中心都市として復興し、人口も移民の流入で増加する。ストックホルム生まれは市の人口の4割にも達せず、商業などを通じドイツ人やオランダ人などが大量に入植、ストックホルムの都市化が進んだ。この時期、カロリンスカ研究所など多くの研究機関・大学が創設された。