第二次世界大戦勃発時、本艦はスウェーデンが保有していた唯一の巡洋艦であった。ヴェーザー演習作戦によりノルウェーやデンマークにナチス・ドイツが侵攻した1940年4月9日には、ゴトランドはストックホルム海軍基地で整備中であった。ゴトランドは、大戦中スウェーデン海軍の最大戦力である沿岸艦隊に所属し続けた。この間、1940年1月にS9を1機事故により喪失している。