Byzantská říše v oblasti postupně ztrácela vliv a o strategicky významné město usilovala Benátská republika. Než dosáhla natrvalo svého cíle, město se osamostatnilo a na začátku 11. století sem pronikli Chorvati, kteří Zadar s přestávkami ovládali. Později, ve 12. století, válčil Zadar častokrát s Benátkami, po několika útocích ale prohrál a byl vypleněn vojsky Benátek a čtvrté křížové výpravy (1202). Následovalo několik povstání, ale stejně došlo k připojení Zadaru pod uherskou vládu. Město bylo obnoveno, na místě trosek mohly vznikat gotické stavby. Ladislav I. Neapolský, neapolský král a titulární uherský král (z rodu Anjouvců) vzdal své pomyslné nároky na Dalmácii i Zadar, který několik let fakticky držel, Benátkám. Město bylo 31. července 1409 prodáno za velmi malou sumu 100 000 dukátů. Benátkám pak Zadar podléhal následující čtyři století. Nová benátská vláda zrušila městu jeho autonomii, což vedlo ke stagnaci.