W reprezentacji Chorwacji Vranješ debiutował 13 czerwca 1999 roku w zremisowanym 2:2 meczu z reprezentacją Egiptu. Vranješ był członkiem kadry na finały Mistrzostwa Świata w 2002, na których zagrał 2 mecze. Został także powołany do kadry na Euro 2004 oraz Mistrzostwa Świata w 2006, ale na obu tych imprezach nie zagrał ani minuty. Jest brązowym medalistą Mistrzostw Europy U-18 z roku 1998.