1808 erfolgte sein Kriegseinsatz in Portugal, nach dem Einmarsch der Napoleonischen Armee in Portugal 1807. Baron d’Eben erhielt als Oberst das Kommando über die britisch-portugiesische Legion in Porto. Als Kommandant von Porto trug er aus eigenen Vermögen zur Bewaffnung gegen die Franzosen bei und zeichnete sich in dem Kriege gegen diese Nation sehr aus. Bei der Bevölkerung war er nach kurzer Zeit hochgeachtet und sehr beliebt. 1809 wurde er zum Gouverneur von Setúbal ernannt. 1810 war er Befehlshaber der Loyal Lusitanian Legion in der Schlacht von Buçaco, Torres Vedras und bei der Verfolgung des französischen Generals Masséna. 1811 erfolgte die Ernennung zum britischen Lieutenant-Colonel und portugiesischen Brigadegeneral. Er kommandierte eine Brigade in den Schlachten bei Fuentes de Oñoro, Almeida, Rodrigo und Badajoz. In der Schlacht an der Esla und bei der Blockade von Zamora 1812 befehligte er ein Corps in Spanien. 1813 wurde er zum Gouverneur der Provinz Alto Trás-os-Montes ernannt.