Kun Suomen sota alkoi, Ehrenstolpe meni suomalaisen lähetyskunnan kanssa Pietariin päästäkseen hyviin väleihin venäläisten kanssa. Georg Magnus Sprengtporten nimitettiin sodan päätyttyä Suomen ensimmäiseksi kenraalikuvernööriksi ja tämän avulla Ehrenstolpe sai nimityksen Oulun läänin maaherraksi tammikuussa 1809.