הכוחות האוסטרלים בים התיכון השתתפו בכמה מערכות במהלך 1941. באפריל, הדיוויזיה השישית, חלק מהקורפוס האוסטרלי הראשון וכמה ספינות מלחמה היוו חלק מכוח בעלות הברית שהגן ללא הצלחה על יוון מפני הפלישה הגרמנית לשם. בסופה של מערכה זו, הדיוויזיה השישית פונתה למצרים ולכרתים. הכוח בכרתים נלחם לאחר מכן בקרב שהתרחש שם במאי וגם הוא הסתיים בתבוסת בעלות הברית. מעל 5000 אוסטרלים נפלו בשבי במערכות אלו והדיוויזיה השישית נזקקה לתקופה ארוכה של התארגנות מחודשת לפני שחזרה להשתתף בקרבות. הגרמנים והאיטלקים גם פתחו במתקפה בצפון אפריקה בסוף מרץ וגרמו לכוחות חבר העמים לסגת עד כמעט לגבול מצרים. הדיוויזיה התשיעית ובריגדה מהדיוויזיה השביעית נקלעו למצור בטוברוק, הגנו בהצלחה על עיר נמל חשובה זו עד שהוחלפו על ידי כוחות בריטים באוקטובר. במהלך יוני הגוף העיקרי של הדיוויזיה השביעית, בריגדה של הדיוויזיה השישית ומפקדת הקורפוס האוסטרלי הראשון, לקחו חלק בפלישה לסוריה וללבנון כנגד צרפת של וישי. ההתנגדות שם הייתה חזקה משהיה צפוי. חיילים אוסטרלים היו מעורבים ברוב שלבי הלחימה וספגו את רוב הנפגעים עד לכניעתם של הצרפתים בתחילת יולי.