En 2001, John Kibowen monte sur la troisième marche du podium du 5 000 mètres lors des Championnats du monde d'Edmonton, s'inclinant face à son compatriote Richard Limo et à l'Éthiopien Million Wolde. Il établit le meilleur temps de sa carrière en 12 min 54 s 07 deux ans plus tard à Paris en finale des Championnats du monde 2003 mais termine néanmoins au pied du podium. Il se classe sixième des Jeux olympiques de 2004 et des Championnats du monde de 2005.