ピローは中央ケンタッキー軍の第3師団指揮官に就いたが、4月16日にジェファーソン・デイヴィスが「（ドネルソンで）軍隊の降伏に繋がった軍事行動の重大な判断ミス」と言って、その指揮官職を取り上げる命令を出した。ストーンズリバーの戦いの2日目にはジョン・ブレッキンリッジ少将師団の1個旅団を指揮し、ブレッキンリッジの攻撃の丁度1時間前に戦場に到着した。ブレッキンリッジは、ピローが木の陰に縮こまっているのを見て怒り、前進を命じた。この戦闘の後、ピローはブラクストン・ブラッグ将軍がブレッキンリッジの不運な結果に終わった攻撃を実行したことを中傷した時、これを声に出して支持した。ピローはその後戦闘の任務に就くことはなかった。テネシー軍の志願兵および徴兵局を指揮し、1865年には捕虜の兵站総監になった。1865年4月20日にアラバマ州ユニオンスプリングスで北軍に捕まり、5月にモンゴメリーで釈放された。8月28日には大統領特赦を受けた。