Тотти начал международную карьеру с самого молодого возраста, в котором соревнуются национальные команды. Со сборной до 18 лет он в 1995 году стал вице-чемпионом Европы. В финале этого турнира, в котором итальянцы проиграли Испании со счётом 1:4, Тотти забил единственный мяч своей команды. В следующем году стал чемпионом Европы со сборной Италии до 21 года. В полуфинале он забил гол в игре против Франции, реализовав первый и последний в матче голевой момент. В финале турнира Италия вновь играла со сборной Испании; матч завершился со счётом 1:1, а в серии пенальти «Скуадра Адзурра» оказалась сильнее (Тотти свой пенальти реализовал). В 1997 году Тотти выиграл в составе сборной до 23 лет Средиземноморские игры. В турнире Италия обыграла Турцию со счётом 5:1, а Тотти забил 2 гола, всего же в турнире он 5 раз поражал ворота соперников.