Baresi tidak termasuk dalam skuat Italia untuk Piala Dunia 1986 oleh pelatih Enzo Bearzot namun kembali ke tim untuk bermain di Kejuaraan Eropa 1988, di mana Italia mencapai semifinal di bawah pelatih Azeglio Vicini. Dia membuat penampilan pertamanya di putaran final Piala Dunia di turnamen tahun 1990 yang diselenggarakan di kandang sendiri, bermain di setiap pertandingan membawa Italia finis di tempat ketiga.