Dal 22 novembre 1861 Skobelev iniziò a servire nel reggimento di cavalleria della Guardia; nel 1862 fu nominato "junker" e nel 1863 "cornette". Nel febbraio 1864, per ordine del generale Baranov, fu mandato a servire a Varsavia, ma dopo poco chiese di essere trasferito al reggimento degli ussari della Guardia imperiale di Grodno, per combattere così l'insurrezione polacca (1863-1865). Trascorse parte del suo permesso per osservare la guerra prussiano-danese (1864). In agosto Skobelev fu promosso al grado di tenente. Nell'autunno del 1866, entrò nella Scuola di Stato Maggiore intitolata allo zar Nicola I (1825-1855) (in russo Императорская Николаевская военная академия, "Imperatorskaja Nikolaevskaja Voennaja Akademija"), riservata agli ufficiali per completare la loro formazione; dopo la laurea nel 1868, si classificò tredicesimo sui ventisei agenti selezionati per accedere allo Stato Maggiore generale.