Durante la Batalla de Yorktown, Magruder burló completamente a McClellan en cuanto a su fuerza al marchar ostensiblemente un pequeño número de tropas más allá de la misma posición varias veces, haciéndolo parecer una fuerza más grande. Él movió su artillería alrededor con frecuencia y abundantemente utilizó municiones cuando las tropas de la Unión fueron avistadas, dando la impresión de una gran fuerza defensiva y agresiva. Este subterfugio causó las semanas de retraso innecesarias del Ejército del Potomac de McClellan y trajo elogios a Magruder de su superior, el Gen. Joseph E. Johnston. Sin embargo, Magruder se desempeñó pobremente y sin agresividad en las siguientes Batallas de los Siete Días. Algunos culpan el consumo pesado por su comportamiento errático, otros señalan el estrés implacable de su defensa de McClellan en Yorktown. En la Batalla de Malvern Hill, el último de los siete días, los guías locales lo llevaron a él y a sus hombres por mal camino, causando un considerable retraso en su llegada a la línea de batalla. Las órdenes del nuevo comandante Robert E. Lee de atacar, expedidas al principio del día, pero sin tiempo marcados en ellas, se recibieron después de que Magruder finalmente entró en la posición correcta algunas horas más tarde. Estaban equivocados como actualmente emitidas, el error se agravó cuando las nuevas órdenes de Lee llegaron el cual basado en errores de inteligencia reafirmó el ataque. La ejecución de Magruder de esas órdenes como si fueran actuales y precisas resultó en un asalto descoordinada que sufrió pérdidas considerables y no avanzó. Lee más tarde, cuando él, personalmente, inspeccionó el campo, pensó que ningún jefe en la escena debería haber ido adelante con un ataque. Cuando le preguntó a Magruder "¿Por qué atacaron?" Magruder respondió: "En obediencia a sus órdenes repetidas dos veces."