Im November 1801 verloren die kaiserlichen Truppen bei Hohenlinden eine entscheidende Schlacht. Wenig später verließ Bayern das Bündnis mit Österreich und handelte mit Frankreich einen Sonderfrieden aus. Unterhalb des "Steinernen Brückl" konzentrierten die Franzosen eine gewaltige Streitmacht, und am 10. Dezember besetzten sie vom Walchensee her Wallgau als ersten Werdenfelser Ort. Kurz vor Jahresende mussten die Österreicher die Grafschaft Werdenfels räumen, die schließlich bis Ende Januar des Jahres 1802 die Franzosen besetzten. Die Französischen Besatzer blieben noch bis April in den Orten. In Geheimverträgen mit Frankreich hatte sich das Kurfürstentum Bayern die Einverleibung von 15 freien Reichsstädten, 13 Reichsabteien und sechs Fürstbistümern gesichert. Unter diesen Kleinstaaten befand sich auch das Fürstbistum Freising mit der Grafschaft Werdenfels. Am 20. August 1802 marschierten kurbayrische Truppen in das Werdenfelser Land ein. Mehr und mehr ging die Verwaltung in kurfürstliche Hände über, und am 26. November verloren die Farchanter endgültig ihre Freisinger Staatsbürgerschaft und wurden Untertane des Kurfürsten in München. Im Verlauf der Säkularisation und den Reichsdeputationshauptschluss 1803 verloren die Klöster die Grundherrschaft über alle Farchanter Anwesen, die der bayerische Staat übernahm.