2013 wandte sich van Niekerk verstärkt dem 400-Meter-Lauf zu und wurde über diese Distanz Südafrikanischer Meister. Bei der Universiade in Kasan erreichte er die Halbfinalrunde über 400 Meter und gewann in der 4-mal-400-Meter-Staffel die Bronzemedaille. Außerdem startete er bei den Weltmeisterschaften in Moskau ebenfalls über 400 Meter, schied jedoch im Vorlauf aus. 2014 verteidigte er seinen nationalen Meistertitel erfolgreich. Darüber hinaus gelangen ihm auch auf internationaler Ebene Spitzenresultate. So lief er als Zweitplatzierter beim adidas Grand Prix in New York City mit einer Zeit von 44,38 s einen Landesrekord über 400 Meter und gewann sowohl bei den Commonwealth Games in Glasgow als auch bei den Afrikameisterschaften in Marrakesch jeweils die Silbermedaille.