Magalhães wuchs in Maliana, der Hauptstadt der Gemeinde Bobonaro im Westen des Landes auf. Er ist das zweite Kind von Manuel Magalhães und Regina Cardoso Gouveia Leita, die noch drei weitere Söhne und fünf Töchter haben. Manuel Magalhães kam in der Krise in Osttimor 1999 ums Leben. Ein Bruder von Fidelis ist der PD-Politiker Nívio Leite Magalhães, seit 2017 Staatssekretär für Jugend und Arbeit.