El 1800 vencé els austríacs a les batalles d'Engen, Stockach, Moëskirch, Hochstadt, amb les que els austríacs van retirar-se fins al riu Inn, i els francesos van assegurar la riba esquerra del Danubi i prendre Munic, i va derrotar de nou l'Arxiduc Carles en la Batalla de Hohenlinden quan es dirigia a Viena, provocant la signatura del Tractat de Lunéville. Malgrat la seva fama, el 1804 la seva esposa va aplegar a casa seva Jaen-Charles Pichegru i Jorg Cadoudal, acusats d'intentar assassinar Napoleó. Fou jutjat i declarat innocent, però Napoleó exigí als jutges una segona deliberació i fou condemnat a dos anys de presó, pena que li fou commutada per l'exili. A través d'Espanya va marxar als Estats Units d'Amèrica. Fou rebut multitudinàriament a Filadèlfia i s'establí un temps a Morrisville, vora Trenton (Nova Jersey).