Datorită faptului că ideile Revoluției ungară din 1956 au prins rădăcini și în România, puterea a căutat soluții pentru dizolvarea instituțiilor ce aparțineau comunității maghiare. Astfel, în anul școlar 1960/1961, Liceul Bolyai a fost transformat în liceu mixt fiind aduse clase de la Liceul Papiu cu limbă de predare română. Această perioadă a fost caracterizată de decizii precum nterzicerea folosirea culorii verzi în ornamente, a orgii din Sala Festivă, a clopoțelului tradițional, a fost închis muzeul liceului și au fost îndepărtate inscripțiile, respectiv plăcile comemorative din marmură.