Vieira va destituir el cap d'estat major militar Ansumane Mané el 6 de juny de 1998. Mané i els seus partidaris en l'exèrcit aviat es va rebel·lar, i el país es va sumir en una guerra civil entre les forces lleials a Vieira i els rebels lleials a Mané. Es va signar un acord de pau al novembre de 1998, i es va formar un govern de transició per a preparar les eleccions presidencials de Guinea Bissau de 1999. El 27 de novembre de 1998 l'Assemblea Nacional Popular va aprovar una moció exigint la renúncia de Vieira, amb 69 diputats a favor de la moció i cap en contra.