После грузино-абхазской войны с 1993 по 1996 годы занимал должность министра внутренних дел; с 1996 по 2002 годы был первым заместителем министра обороны республики и начальником генерального штаба Абхазии. В 1996 году Агрбе присвоено звание генерала-майора, а в 1998 году — генерала-лейтенанта. До назначения председателем Службы госбезопасности был советником президента Абхазии по военным вопросам.