baute ab 1681 an Hamburger Kirchenorgeln und wurde mit dem Ablegen des Bürgereides am 1. September 1682 zum hansestädtischen Vollbürger. Noch im selben Jahr erhielt er seinen ersten großen Auftrag vom Kirchenvorstand der St.-Nikolai-Kirche, für die er eine Orgel mit 67 Registern, vier Manualen, Pedal und mehr als 4000 Pfeifen baute. Damals war diese Orgel vermutlich das größte Instrument der Welt und begründete Schnitgers internationalen Ruhm. Die größte Pfeife, das 32-füßige C, wog 860 Pfund. Diese Orgel wurde 1842 beim Großen Brand von Hamburg zerstört. Noch heute existiert dagegen die 1689–93 von Arp Schnitger in St. Jacobi (Hamburg) um- und teils neu gebaute Orgel mit 60 Registern, vier Manualen und Pedal, eine der größten erhaltenen Barockorgeln. Berühmte Orgelbauer und Komponisten besuchten diese Orgel, darunter die Orgelmeister und Komponisten Dieterich Buxtehude, 1703 vermutlich Georg Friedrich Händel und 1720 Johann Sebastian Bach.