Ізабелла була четвертою донькою короля Арагона Хайме I Завойовника і його другої дружини Іоланди Угорської. По батьківській лінії була онукою Педро II Католика, першого васала Папи Римського серед арагонських королів і учасника альбігойського хрестового походу, а також Марії де Монпельє. По материнській лінії походила з угорської династії Арпадів і доводилася внучкою королю Угорщини Андрашу II, який організував П'ятий хрестовий похід, а також Іоланді де Куртене, принцесі Латинської імперії.