Впродовж 1989—1990 років, у зв'язку з безладдямми в місті, тролейбусна система прийшла у глибокий занепад. Рух тролейбусів в Цхінвалі було остаточно паралізовано у грудні 1990 року, з початком грузино-осетинського конфлікту. Після його закінчення, тролейбусний рух так і не було відновлено. Контактна мережа й рухомий склад, що перебував на площі біля залізничного вокзалу, були розкрадені місцевим населенням. Нині про тролейбуси в Цхінвалі нагадують лише остови тролейбусних кузовів, що покинуті на міських задвірках.