בעונת 2000/01 שול זכה עם באיירן מינכן באליפות שלישית ברצף, כשהוא מבקיע תשעה שערי ליגה. אליפות זו הייתה דרמטית במיוחד, והגיעה בזכות שער בדקה ה-94 של פטריק אנדרסון במחזור הסיום מול המבורג, שהעניק את האליפות לבאיירן מינכן על חשבון שאלקה 04. שול ובאיירן מינכן זכו בתום עונה זו לחוויה מתקנת אחרי הטראומה של גמר ליגת האלופות 1999, כאשר ניצחו בבעיטות הכרעה את ולנסיה בגמר ליגת האלופות 2001, לאחר 1-1 בתום 120 דקות. שול החטיא פנדל במהלך המשחק במצב של 1-0 לוולנסיה, והוחלף בדקה ה-108 על ידי פאולו סרג'יו. שול באותה תקופה היה חלק מחוליית קישור אפקטיבית שכללה גם את חסן סליהמיצ'יץ', שטפן אפנברג, מיכאל טרנאט וינס ירמיס.