Mit seiner Beförderung zum Hauptmann am 30. Oktober 1866 wurde Seebeck als Chef der 9. Kompanie in das Infanterie-Regiment Nr. 80 nach Weilburg versetzt. Nach einem Jahr kam er als Adjutant zum Generalkommando des X. Armee-Korps nach Hannover und wurde ab 1. Juli 1869 zu einer Erkundungsreise nach Frankreich abkommandiert. Am 10. März 1870 folgte seine Versetzung in den Generalstab des Korps. In dieser Stellung nahm er 1870/71 während des Krieges gegen Frankreich an den Schlachten bei Vionville, Gravelotte, Noisseville, Beaune-la-Rolande, Orléans, Beaugency-Cravant und Le Mans sowie an den Gefechten bei Bellevue, Ladonchamps, Joigny, Ladon, Maizières, Serqueux, Vendôme, Monnaie, Tours, Montoire, Villechauve und Chahaignes teil. Zwischenzeitlich am 22. Dezember 1870 zum Major und für seine Leistungen mit beiden Klassen des Eisernen Kreuzes ausgezeichnet, wurde Seebeck in Anerkennung seiner im Krieg geleisteten Verdienste am 16. Juni 1871 durch Wilhelm I. in den erblichen Adelsstand erhoben.