Am 3. September 1943 wurde der Waffenstillstand von Cassibile unterzeichnet und am 8. September 1943 der Öffentlichkeit bekannt gegeben, wodurch viele Menschen überrascht wurden. Nach dem 8. September 1943 wurden die wenigen auf der Insel anwesenden Deutschen ohne Verluste von italienischen Militärangehörigen entwaffnet. Die Wehrmacht besetzte nicht nur Nord- und Mittelitalien. Sie nahm hunderttausende italienische Soldaten gefangen und tötete tausende (Fall Achse). Am 10. und 14. September landeten britische Truppen auf Kos (etwa 1500 Mann). Ab dem 18. September wurde dann die Insel von der deutschen Luftwaffe mehrfach bombardiert. Am Morgen des 3. Oktober fand ein schwerer Luftangriff statt, bei dem auch deutsche Fallschirmtruppen landeten. Die Briten und Italiener auf der Insel waren ohne Unterstützung von außen. Sie gaben überwiegend am Morgen des 4. Oktober 1943 ihre Waffen ab. Die deutschen Truppen der 22. Infanteriedivision der Wehrmacht unter dem Kommando von Generalleutnant Friedrich-Wilhelm Müller (Dodekanes-Feldzug (1943)) nahmen über 3000 italienische und rund 1400 britische Armeeangehörige gefangen. Die Gefangenen wurden zu einem wesentlichen Teil auf der Festung Neratzia in der Stadt Kos gesammelt. In den folgenden Tagen kam es zu noch mehreren kleinen Scharmützeln und auch Hinrichtungen. Zwischen dem 5. zum 7. Oktober 1943 wurden mehrere dutzend kriegsgefangene italienische Offiziere in Gruppen von der deutschen Wehrmacht in die Nähe von Linopotis gebracht, heimlich erschossen und in Massengräbern verscharrt.