Toinen maailmansota alkoi natsi-Saksan hyökätessä Puolaan syyskuussa 1939. Haller yritti saada asemaa armeijassa sodan sytyttyä ja tätä varten hän matkusti kohti itää. Myös neuvostoliitto oli hyökännyrt Puolaan ja Haller jäi neuvostojoukkojen vangiksi. Häntä pidettiin vankileirillä Starobilskissä ja huhtikuussa 1940 NKVD teloitutti hänet Harkovassa.