ב-22 בנובמבר 1998 ערך את הופעת הבכורה שלו בנבחרת סין במשחק ידידות נגד . ב-12 בדצמבר 1998 הבקיע את שער הבכורה שלו בנבחרת בניצחון 1-6 נגד . בשנת הפך לקפטן הנבחרת. בספטמבר הורחק מהנבחרת לאחר שספג מספר רב של כרטיסים אדומים בקבוצתו דאז שאנגחאי שנחווה, וכעבור שנה חזר לסגל הנבחרת. לי הוא שיאן ההופעות בנבחרת עם 112 הופעות והשתתף עם הנבחרת בגביע אסיה בכדורגל 2000, מונדיאל 2002, גביע אסיה בכדורגל 2004, גביע אסיה בכדורגל 2007 ואולימפיאדת בייג'ינג (2008).