A finales de julio fue enviado de nuevo a Francia. Se encontraba en este país cuando se produjo la firma del pacto entre la Alemania nazi y los soviéticos en agosto de 1939, que produjo la ilegalización de los partidos comunista francés y español. A finales del año, pudo salir del país, rumbo a América, por orden de Victorio Codovilla. Primero se instaló en Cuba, que mantenía comunicaciones marítimas con la España franquista, lo que favorecía el contacto con el interior. Poco después se desplazó a México. Allí vivió bajo una identidad falsa (Pedro Fernández Izquierdo), que había obtenido en la isla antillana. Aunque no formó parte del secretariado americano del PCE, asistió a sus reuniones, dedicándose a la organización del partido y a las misiones que le hubiera encargado la Komintern en América Latina. Sus actividades en México son poco conocidas, pero existen informaciones que le involucran en el asesinato de Trotski (según un informe confidencial enviado por una militante comunista a la dirección del PCE en Moscú, en relación a Checa y al asesinato del dirigente comunista: "El partido [en México] ha sido informado de que la policía [mexicana] tiene un archivo en el que se registra detalladamente la actividad de los camaradas españoles. Sobre Checa está registrado que trabaja por encargo de la GPU, que tiene en sus manos todos los hilos de la conspiración y que vive con otro nombre"). No obstante, la salud de Checa era delicada desde que durante la Guerra Civil había contraído la tuberculosis. A partir de marzo de 1941 no abandonó la cama debido a su precario estado de salud. Murió el 6 de agosto de 1942 a consecuencia de las complicaciones de una apendicectomía. La primera guardia de honor a su cadáver la hicieron Joan Comorera, Antonio Mije, Ángel Álvarez y Federico Melchor.