Nachfolger von Jonker wurde zur &lt;a href="Fu%C3%9Fball-Bundesliga%202011/12"&gt;Saison 2011/12&lt;/a&gt; Jupp Heynckes, der einen Zweijahresvertrag erhielt. Die Verpflichtung des Nationaltorhüters Manuel Neuer vom FC Schalke 04 hatte vor allem in Fanteilen, die den Ultras zuzurechnen sind, zu Ablehnungsbekundungen geführt, aufgrund Neuers Jugend in der Schalker Fanszene. In dieser Bundesliga-Saison wurde erneut Borussia Dortmund Meister, die Bayern Vizemeister. Zudem wurde das Pokalfinale in Berlin erreicht, welches mit 2:5 gegen Dortmund verloren wurde. In der Champions-League-Qualifikation besiegten die Bayern den FC Zürich und erreichte somit die Gruppenphase. Über den FC Basel, Olympique Marseille und Real Madrid zogen sie in das Finale der Champions League ein, welches in der heimischen Allianz Arena stattfand. Trotz einer starken Leistung verloren die Bayern am 19. Mai 2012 im sogenannten "Finale dahoam" (bairisch für "Finale daheim") mit 3:4 im Elfmeterschießen gegen den FC Chelsea. Mit den drei zweiten Plätzen ging die Saison als ein Jahr verpasster Chancen in die Vereinsgeschichte ein.