La religión fue el factor principal que influyó en el apoyo de los clanes al levantamiento jacobita de 1689. Con la restauración de Carlos II, el episcopalianismo se extendió entre los clanes dado que se adaptaba a su estructura jerárquica y fomentaba la obediencia a la autoridad real, mientras que misiones católicas convirtieron a otros clanes. En 1682 Jacobo, Duque de York y hermano de Carlos, instituyó la "Commission for Pacifying the Highlands" —"Comisión para pacificar las Tierras Altas" en español—, que trabajó junto a los jefes de clan para mantener el orden así como para calmar las ambiciones de los Campbell, y cuando se convirtió en el rey Jacobo VI de Escocia mantuvo su popularidad entre los habitantes de las Tierras Altas. Todos estos factores contribuyeron al apoyo a los Estuardo cuando Guillermo de Orange depuso a Jacobo en la Revolución Gloriosa.