John Pope parancsnoksága alatt az újonnan szervezett virginiai hadsereg harmadik hadtestének vezérőrnagyaként vett részt McDowell a a második Bull Run-i csatában 1862 augusztus 28-30 közt. A déliek parancsnoka ekkor itt már a zseniális hadvezér Robert E. Lee volt. John Pope csúfos vereséget szenvedett, felelősöket kerestek az északiak, McDowell és Fitz John Porter vezérőrnagyokat állították bíróság elé kötelességmulasztás miatt, az ügy sokáig húzódott, végül felmentéssel végződött, de ezzel McDowell önkénteseket vezénylő amerikai polgárháborús karrierje véget ért.