Після реставрації Стюартів 1660 року, нова влада позбавила Вілкінса посади в Триніті-коледжі, зробивши його пребендарієм Йорка і у , тодішньому передмісті Лондона. 1661 року його перевели на посаду проповідника до , а в 1662 році — вікарія парафії на . Під час Великої лондонської пожежі 1666 року у вогні загинула бібліотека і наукові прилади Вілкінса.