Von 1998 bis 2002 lebte Pavlátová in Prag und in San Francisco, wo sie unter anderem am Academy of Art College Animation unterrichtete und für die Firma Wildbrain Werbeanimationen schuf. Im Jahr 2002 kehrte sie endgültig nach Prag zurück. Ein Jahr später entstand ihr erster Real-Spielfilm "Treulose Spiele" sowie 2008 ihr zweiter Spielfilm "Kinder der Nacht". Ab 2004 arbeitete sie mit Vratislav Hlavatý am Animationsfilm "Karneval zvířat", der 2006 erschien. Der Film war Pavlátovás erster Animationsfilm mit erotischen und teilweise vulgären Elementen. Sie bezeichnete ihn als „musikalische, erotische, animierte Fantasie“ („musical, erotic, animated fantasy“). Im Jahr 2012 erschien ihr Kurzanimationsfilm "TramM" über eine „liebestolle Straßenbahnfahrerin“. Er ist Teil des französischen Filmprojektes "Sexperiences", das sich erotischen Fantasien von Frauen widmet. "Tram" lief auf den Internationalen Filmfestspielen von Cannes 2012 im Programm und erhielt auf dem Festival d’Animation Annecy 2012 den Cristal d’Annecy. Er wurde 2013 in die Shortlist für einen Oscar in der Kategorie „Bester animierter Kurzfilm“ aufgenommen.