Invaincu en 1998, il commence la saison 1999 par une victoire obtenue à Milan, sur , en . Le 7 juillet, sur la piste du Golden Gala de Rome qui l'avait vu battre le record mondial du l'année précédente, Hicham El Guerrouj s'empare du record du monde du mile en , abaissant de plus d'une seconde la marque de Noureddine Morceli datant de la saison 1993. Bien emmené par Robert Kibet et William Tanui, le Marocain passe en aux trois-quarts de mile et ne l'emporte qu'au terme d'un sprint final en résistant au retour de Noah Ngeny et qui réalise à seulement vingt ans, en , la deuxième meilleure performance mondiale de tous les temps. Auteur de à Zurich sur peu avant les Championnats du monde de Séville qui constituent l'objectif majeur de sa saison, El Guerrouj conserve son titre planétaire acquis deux ans auparavant en remportant la finale du en , temps constituant alors un nouveau record des championnats ainsi que la meilleure performance mondiale de l'année 1999. Il devance finalement Noah Ngeny, deuxième en , et Reyes Estévez, troisième en . Crédité de sur la distance du , à Bruxelles, peu après les mondiaux, le Marocain établit un nouveau record du monde du  en à Berlin, en marge des finales du Grand Prix.