Nach dem Rücktritt des Abgeordneten Benjamin Say wurde Seybert bei der fälligen Nachwahl für den ersten Sitz von Pennsylvania als dessen Nachfolger in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, wo er am 10. Oktober 1809 sein neues Mandat antrat. Nach zwei Wiederwahlen konnte er bis zum 3. März 1815 im Kongress verbleiben. In diese Zeit fiel der Britisch-Amerikanische Krieg von 1812. Von 1811 bis 1813 war Seybert Vorsitzender des "Committee on Revisal and Unfinished Business". Im Jahr 1816 wurde er für den zweiten Sitz des ersten Wahlbezirks von Pennsylvania erneut in den Kongress gewählt, wo er am 4. März 1817 die Nachfolge von William Milnor antrat. Bis zum 3. März 1819 konnte er eine weitere Amtszeit im US-Repräsentantenhaus verbringen. 1824 wurde er in die American Academy of Arts and Sciences gewählt.