Det siste medlemmet av slekten som bodde på slottet var hertug Christian August av Augustenborg, som tok aktivt del i treårskrigen på slesvig-holsteinernes side mot Danmark. Under krigshandlingene ble slottet beslaglagt av den danske hær, som i årene frem til 1864 benyttet huset som lasarett og kaserne. Etter den andre slesvigske krig 1863–1864, hvor Sønderjylland kom under tysk herredømme, ble Augustenborg lagt under den prøyssiske stat, som innredet slottet til kvinneseminar. I 1885 ble imidlertid slottet gitt tilbake til hertugslekten, men hertug Ernst Günther II foretrakk å bli boende på Gråsten slott og seminariet forble på Augustenborg. Etter gjenforeningen i 1920 overtok den danske stat hertugens sønderjyske besittelser. Etter langvarige diskusjoner om slottets fremtidige bruk ble det vedtatt i Rigsdagen i 1929 at slottet skulle benyttes som psykiatrisk sykehus.