במלחמת העצמאות היוונית הייתה נאפפליו מבצר מרכזי של העות'מאנים, והיוונים צרו עליה כשנה, וכבשו אותה בנובמבר 1821. יואניס קפודיסטריאס, שהיה למושלה הראשון של יוון המודרנית, הגיע אל נאפפליו ב-7 בינואר 1828, והייתה זו הפעם הראשונה בה דרכה רגלו על אדמת יבשת יוון. בשנת 1829 הכריז קפודיסטריאס על העיר כבירת יוון. ב-9 באוקטובר 1831 נרצח קפודיסטריאס בכנסייה בעיר, ובשנת 1834, לאחר כינונה של ממלכת יוון, העביר המלך אותון את הבירה לאתונה.