Al començament de la Gran Guerra Patriòtica, Agapkin va ser nomenat mestre de capella sènior de la Divisió motoritzada per a propòsits especials Dzerjinski de les tropes de la NKVD, amb el rang d'intendent de primera. Agapkin va dirigir l'orquestra militar combinada durant la famosa Desfilada a la Plaça Roja del 7 de novembre de 1941. El "Comiat a Slavianka" va ser una de les quatre marxes que es van interpretar aquell dia.