Tycho Brahe se marchó de Leipzig en mayo de 1565 y regresó a Copenhague por indicación de su tío Joergen, que lo consideró conveniente a causa de las complicaciones de la guerra entre Suecia y Dinamarca en algunas de cuyas batallas navales participó él mismo. Casi inmediatamente, el 21 de junio, falleció Joergen a causa de las complicaciones de salud que le provocó auxiliar al rey Federico II cuando este cayó al agua desde un puente del castillo de Copenhague. A pesar de que la familia de Tycho Brahe se oponía a su interés por la astronomía, este había recibido la herencia de su tío y pudo continuar por sí mismo su formación. En 1566 emprendió un viaje, visitando primero la Universidad de Wittenberg y estableciéndose después en Rostock, en cuya universidad se titularía, realizando estudios que incluían astrología, alquimia y medicina.