В годы немецко-фашистской оккупации Энвер чудом избежал отправки на принудительные работы в Германию. В мае 1944 года семью Алиевых депортировали в Узбекистан: сначала в подсобное хозяйство военного завода, затем в совхоз им. Пятилетия Узбекистана Нижнечирчикского района Ташкентской области. До 1955 года Энвер Алиев работал в совхозе простым трактористом, затем, в составе пятерых лучших трактористов, был послан учиться в Ташкент, в техникум «Трудовые резервы» по специальности «механизатор широкого профиля».