En marzo de 1856, da por inicio la Campaña Nacional, desarrollada entre el ejército filibustero estadounidense al mando de William Walker y las tropas costarricenses. Debido a ello se debieron realizar cambios internos en el Ministerio. En este mismo año el Ministerio se separa de la cartera de Caminos, más la vuelve a incorporar una vez más en 1860, junto con la cartera de Marina.