През септември 1939 г. линкорът се присъединява към Нейтралния патрул за охрана на морските пътища в Северния Атлантик, по-късно корабът е даден в разпореждане на Командването на силите на флота на САЩ за следващите 27 месеца. През юли 1941 г. „Ню Йорк“ съпровожда американския конвой, който доставя исландския гарнизон. В периода 1940 – 1941 г. корабът преминава модернизация: основната батарея получава увеличен ъгъл на насочване от 15 до 30 градуса. На 7 декември 1941 корабът е в модернизация, когато Япония напада Пърл Харбър, и много от линкорите на САЩ са преведени на тихоокеанския театър.