Botoșani fait alors partie de la Moldavie (1359-1859). Des voïvodes tels Alexandru cel Bun, Étienne le Grand, Alexandru IV Lăpușneanu, Basile le Loup, et bien d'autres, y séjournent entre leurs campagnes et leurs chasses. Malgré leurs travaux de renforcement des protections, Botoșani a connu beaucoup de tragédies : elle a été pillée et incendiée à plusieurs reprises par les Tatars et les Cosaques, mais elle a pu renaître chaque fois. Elle fut aussi un des théâtres des révolutions de 1821, 1848 et a perdu de nombreux édifices pendant la Seconde Guerre mondiale, lorsqu'elle a été violemment bombardée par les soviétiques de mars à , et occupée par eux de 1944 à 1958.