Efter kejserkroningen drog Henriks hær til Apulien, hvor den Staufertro grev Roger af Andria var blevet besejret og henrettet året forinden. I maj påbegyndte hæren en belejring af Napoli, men i højsommeren udbrød der en epidemi iblandt de belejrende styrker, og mens Henrik selv overlevede smitten døde flere højtstående personligheder i hans hær. Da den sicilianske admiral Margaritus efterfølgende drev den pisanske, og kort efter den genoanske, flåde på flugt, måtte Henrik endegyldigt opgive belejringen i slutningen af august. Henrik oplevede yderligere modgang, da Constance, som under kampene ved Napoli havde opholdt sig i Salerno, blev kidnappet og overdraget til Tancred i Palermo - hun blev frigivet i foråret 1192 efter mægling fra paven. Frem til årets udgang opholdt Henrik sig i Norditalien, og indgik i den forbindelse en alliance med Filip 2. af Frankrig imod Richard Løvehjerte. Tancred udnyttede samtidig Henriks militære tilbagetrækning til at indtage normannerrigets fastlandsområder.