Sob seu governo, o Sudão se desenvolveu mas a economia teve altos e baixos (puxado para cima pelo petróleo e abalado por sanções e má gestão). Corrupção foi uma marca do seu regime, com ele sendo taxado como um pária internacional, governando uma cleptocracia. Em outubro de 2005, o governo de al-Bashir negociou um fim para a Segunda Guerra Civil Sudanesa, levando a um referendo no sul do país que resultou na secessão do Sudão do Sul. Porém, na região de Darfur, ele supervisionou uma grande campanha militar contra os rebeldes na região, resultando na morte de milhares de pessoas, com algumas fontes estipulando o total de fatalidades entre 200 000 e 400 000 pessoas. Durante sua presidência, ocorreu vários conflitos étnicos entre as milícias Janjawid e grupos rebeldes como o Exército de Libertação do Sudão (ELS) e o Movimento pela Justiça e Igualdade (MJI), que engajavam um conflito de guerrilha entre si e contra as autoridades na região de Darfur. Essa guerra civil causou o deslocamento de mais de 2,5 milhões de pessoas de suas casas, de uma população total de 6,2 milhões em Darfur, criando, além da crise humanitária, uma crise diplomática entre Sudão e Chade. Os rebeldes em Darfur perderam o apoio da Líbia após a morte de Muammar Gaddafi e o colapso do seu regime em 2011.