Debido al referéndum crimeo de 2014, que consultó sobre la anexión de Crimea a Rusia, Chubárov expresó su preocupación de que los tártaros de Crimea se verían amenazada como consecuencia de la toma del poder por parte de los rusos. Dijo que Crimea es parte de Ucrania y advirtió sobre un «colapso en el orden mundial» si Rusia tenía éxito en la separación de Crimea de Ucrania. El 6 de marzo el presidente del congreso tártaro crimeo anunció que los tártaros de Crimea boicotearán el referéndum, ya que lo consideran ilegítimo. Sin embargo, un líder de la comunidad tártara, Lenur Usmánov, declaró que más de la mitad de los aproximadamente 5.000 tártaros que viven en la ciudad de Sebastopol participaron en el referéndum y las autoridades de Crimea informaron que aproximadamente el 40 % de los tártaros crimeos votaron en el referéndum. El 18 de marzo se firmó en Moscú el Tratado de Anexión de Crimea y Sebastopol a Rusia.