27. 5. 1967 byl vydán vládní dekret, který Nigérii nově rozdělil na dvanáct federálních států. Většina ropných ložisek by se tím dostala pod správu malého kmene Ibibio. S tím Ojukwu (jako Igbo) nemohl souhlasit a 30. 5. téhož roku prohlásil Východní oblast za samostatnou republiku Biafra. Začala Nigerijská občanská válka, a Biafra padla po „vyhladovění“ 14. ledna 1970. Generál Ojukwu (povýšen 1969) předal 9. ledna 1970 všechny pravomoci svému zástupci generálmajorovi Philipu Effiongovi, a uprchl letecky do exilu v Pobřeží slonoviny, kde mu její prezident Félix Houphouët-Boigny udělil politický azyl. Majetek v Nigérii (především v Lagosu) mu byl zabaven.