В свой дебютный сезон за Пердью Мур набирал 12,9 очка в среднем за игру. Он также побил рекорд по количеству трёхочковых сделанных первокурсником — 66. Итуан закончил сезон 2008—2009 годов в качестве лидера команды по набранным очкам, его результативность была 13,8 очка в среднем за игру. В полуфинале основного турнира Мур привёл свою команду к победе над Бостонским колледжем, набрав 19 очков. Следующий сезон начался с того, что Мур был назван одним из возможных соискателей награды имени Джона Р. Вудена. Итуан провёл ещё один уверенный чемпионат, получив несколько локальных наград, а также помог команде пробиться в основной турнир, где она уступила сильным «Синим Дьяволам» из Дьюка. Вместе с партнёром по команде Джахуаном Джонсоном Мур решил выставить свою кандидатуру на драфт 2010 года, но в последний момент передумал и решил продолжить выступления за университет. 20 февраля 2010 года Итан набрал 38 очков, забросив 7 трёхочковых бросков, что стало лучшим результатом в его карьере. В свой последний сезон в университете Мур набирал по 18 очков, делал 5,1 подбора в среднем за игру.