Na škole se také seznámil se svojí budoucí ženou, sochařkou Marií Kulhánkovou, s níž měl dva syny Josefa Wagnera ml. a Jana Wagnera, později rovněž výtvarné umělce. Během studia se spolu s bratry podílel na restaurování Braunova Mariánského sloupu v Jaroměři a podnikl studijní cesty s přítelem Vincencem Makovským do Itálie (1924) a Paříže (1926–1927). V letech 1927–1928 byl žákem Otty Gutfreunda na VŠUP. V tomto období Wagner, který dosud dával přednost portrétní tvorbě, získal první veřejné zakázky: výzdobu budovy okresní nemocenské pojišťovny v Jaroměři, památník letce Jendy Hofmana ve Velké Jesenici a pomník Slezského povstání na Ostré hůrce u obce Háj.