Während der letzten Gewaltwelle in Osttimor 1999 durch pro-indonesische Milizen waren Isaac und David Ximenes die einzigen CNRT-Vertreter, die in der Landeshauptstadt Dili blieben. Isaacs Haus wurde verwüstet. Er selbst suchte, wie über 140 andere Flüchtlinge, Schutz im Haus von Manuel Carrascalão, das aber am 17. April ebenfalls gestürmt wurde ("Siehe:" Massaker im Haus von Manuel Carrascalão). 14 Menschen wurden getötet, darunter der Sohn von Carrascalão. Isaac wurde zusammen mit 50 anderen Flüchtlingen in das Polizeihauptquartier gebracht, wo er unter Schutz gestellt wurde. Fälschlicherweise wurde vereinzelt Isaacs Tod gemeldet.