Boban mengetuai pasukan Croatia yang menjadi tempat ketiga dalam kejohanan Piala Dunia 1998. Kesilapan Boban pada perlawanan separuh akhir membenarkan tuan rumah, Perancis untuk merapatkan kedudukan selepas Croatia ketinggalan satu gol. Lebih teruk lagi, Boban mengalami kecederaan dan mahu dikeluarkan pada separuh masa tetapi beliau tetap bermain sehingga minit ke-65 sebelum digantikan oleh Silvio Maric. Perancis menang 2-1 pada perlawanan itu lalu menjadi juara kejohanan itu. Croatia seterusnya menewaskan Belanda bagi merebut tempat ketiga. Boban melakukan hantaran kepada Davor Šuker untuk menjaringkan gol kemenangan. Selain itu, Boban turut menjadi kapten pasukannya dalam kejohanan Euro 1996 dan laluan mereka terhenti di peringkat suku akhir.