Der Form nach gehörte Merker in den Anfangsjahren der SED zum engsten Führungskreis der Partei. Im April 1946 zählte er zu den sieben KPD-Vertretern, die in das vierzehnköpfige Zentralsekretariat der SED gewählt wurden, 1949 zog er nach der organisatorischen Umbildung der Parteispitze in das Politbüro ein. In Gesprächen, die er in seinen letzten Lebensjahren mit dem Historiker Wolfgang Kießling führte, betonte Merker allerdings, dass er von Anfang an nicht an Grundsatzentscheidungen beteiligt worden sei; seit 1948 habe er gespürt, dass er in der Parteiführung keine Zukunft habe. Eine wesentliche Ursache für das Misstrauen, das Merker von sowjetischen Stellen und der Gruppe um Ulbricht entgegengebracht wurde, war nach heutigem Kenntnisstand eine zuerst 1940 gegenüber Komintern- und KPD-Vertretern in Moskau gemachte und später mehrfach bekräftigte Aussage Anton Ackermanns, der angegeben hatte, dass es 1939 bei einer Beratung des Pariser KPD-Sekretariats unmittelbar nach Bekanntwerden des deutsch-sowjetischen Nichtangriffsvertrages zu einem „wüsten, unvorstellbar krassen antisowjetischen Ausfall“ Merkers gekommen sei, bei dem dieser „einige Minuten lang (…) sein wirkliches Gesicht gezeigt“ habe. Nach Norman Naimark galt Merker bei der SMAD außerdem als Fürsprecher einer radikaleren Linie der SED und Sympathisant „sektiererischer“ ehemaliger KPD-Mitglieder, die die Zwangsvereinigung von SPD und KPD zur SED nur widerwillig mitgemacht hatten und zumindest auf lokaler und regionaler Ebene zunächst noch über einigen Einfluss verfügten.