В дальнейшем число японских колонистов быстро росло, а айнов — уменьшалось в ходе конфликтов и ассимиляции. С 1871 по 1876, значительную помощь японцам в освоении острова оказали американцы, вместе с японцами опасавшиеся усиления России на Дальнем Востоке. Эта помощь дала определённые результаты: в 1870-е японское население выросло с 58 000 до 240 000. Это позволило Японии закрепить за собой Хоккайдо, но на освоение Сахалина у страны не хватало демографических ресурсов, и в 1875 году Япония полностью отказалась от претензий на Сахалин в обмен на уступку Российской империей Курильских островов. Особенно массовый характер японская колонизация приняла в конце XIX—начале XX веков. К примеру, в 1897 году на остров прибыло 64 350 японских переселенца, в следующем 1898 зарегистрировано 63 630, в 1901 — 50 100 и т. д. В результате, в 1903 году, по данным текущей статистики, японское население Хоккайдо достигло 845 тыс. человек, а аборигенов-айнов было учтено лишь 18 тысяч. В 1905 году, после завоевания южного Сахалина и образования префектуры Карафуто, японские колонисты и уроженцы с Хоккайдо хлынули и на Сахалин, где к 1945 году сформировалась 350-тысячная японская диаспора преимущественно хоккайдского происхождения. К 1925 году население острова Хоккайдо достигло 2,5 млн человек, а к 1960 превысило 5 млн. К этому времени большая часть сахалинских японцев вернулась на Хоккайдо, поскольку южный Сахалин был отвоёван СССР и перешёл под его юрисдикцию.