之後米洛塞維奇被海牙國際戰爭罪行法庭列為戰犯，被控在克罗地亚、波斯尼亚及科索沃三场战争中犯下66项罪行，南斯拉夫宪法法院当时宣布，因南斯拉夫法律禁止引渡本国公民到国外受审而冻结任何引渡米洛舍维奇的事项，时任南斯拉夫聯盟共和国总统的科斯圖尼察也拒绝批准引渡米洛舍维奇。2001年4月1日南斯拉夫聯盟共和国内的塞爾維亞总理佐蘭·金吉奇指挥警察，在一场短暂的对峙之后逮捕米洛舍维奇，以国内法对其控罪。2001年6月，南斯拉夫宣布可以把本国公民送交国际战争罪法庭送交海牙国际法庭，一周内，米洛舍维奇被送交海牙，成了历史上第一个被送上国际战争罪法庭的前国家元首。