ปัญหาสองจักรพรรดิปรากฏขึ้นอีกครั้งหลังการเสียกรุงคอนสแตนติโนเปิลในปี ค.ศ. 1453 สุลต่านเมห์เหม็ดผู้พิชิตอ้างสิทธิ์ในตำแหน่ง "Kayser-i Rûm" (ซีซาร์แห่งจักรวรรดิโรมัน) ด้วยมองว่าจักรวรรดิออตโตมันของพระองค์เป็น "ผู้สืบทอด" จักรวรรดิไบแซนไทน์ จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ยอมรับสุลต่านออตโตมันเป็นจักรพรรดิตามสนธิสัญญาคอนสแตนติโนเปิลในปี ค.ศ. 1533 แต่ในทางกลับกันออตโตมันไม่ยอมรับตำแหน่งจักรพรรดิของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ โดยใช้พระอิสริยยศเพียง "กษัตริย์" กระทั่งในปี ค.ศ. 1606 สุลต่านอาห์เหม็ดที่ 1 ยอมรับจักรพรรดิรูด็อล์ฟที่ 2 เป็นจักรพรรดิตามสนธิสัญญาสันติภาพซิตวาตอร็อก เป็นการยอมรับแนวคิดการแยกจักรวรรดิและยุติข้อพิพาทอันยาวนานระหว่างคอนสแตนติโนเปิลกับยุโรปตะวันตก นอกจากออตโตมัน อาณาจักรซาร์รัสเซียและต่อมาจักรวรรดิรัสเซียอ้างตนเป็นผู้สืบสิทธิ์ของจักรวรรดิไบแซนไทน์และเรียกผู้ปกครองว่า "ซาร์" ด้านจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ปฏิเสธการอ้างสิทธิ์นี้จนถึงปี ค.ศ. 1726 เมื่อจักรพรรดิคาร์ลที่ 6 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ยอมรับการอ้างสิทธิ์ เนื่องจากเป็นส่วนหนึ่งในการสร้างพันธมิตรกับรัสเซีย แต่พระองค์ยังยืนกรานไม่ยอมรับว่าจักรพรรดิทั้งสององค์มีสถานะเท่าเทียมกัน