През 1619 г., в хода на Тридесетгодишната война, Йохан Георг I отказва да кандидатства за короната на Кралство Чехия. Той обаче става лидер на протестантите с тяхната съпротива срещу стремежа на Фердинанд ІІ да наложи абсолютизъм и контрареформация. Активно съдейства на шведския крал Густав ІІ Адолф в битката при Брайтенфелд. През 1635 г. обаче променя курса, става съюзник на императора чрез Пражкия договор и му остава верен почти до края на войната. Шведите нееднократно атакуват и опустошават страната му и той се вижда принуден да подпише мир още през 1646 г.