W 1987 "Cortés" objął pieczę nad reprezentacją Gwatemali, biorącej w tym roku udział Igrzyskach Panamerykańskich. Drugi okres pracy z reprezentacją Gwatemali rozpoczął się w czerwcu 2000 roku i trwał on do 2003 roku. Był to jeden z najdłuższych okresów, w których ten sam trener nieprzerwanie prowadził gwatemalską drużynę narodową. W okresie tym "Cortés" przegrał eliminacje do finałów mistrzostw świata w 2002 roku, ale za to wygrał turniej UNCAF Cup 2001, zdobywając mistrzostwo Ameryki Środkowej. Dwa lata później zdobył wicemistrzostwo Ameryki Środkowej (drugie miejsce w turnieju UNCAF Cup 2003).