In het tweede seizoen plukte FC Twente de eerste vruchten van de opgezette jeugdopleiding. Zo werden Tiffany Loeven, Marloes Hulshof, Maayke Heuver, Carmen Bleuming, Larissa Wigger en Siri Worm aan de selectie toegevoegd. Verder kwamen Lenie Onzia en Félicienne Minnaar over van Arsenal. Laura Geurts en Nora Häuptle waren de andere versterkingen. Daartegenover stond een vertrek van enkele belangrijke spelers. Zo zag de ploeg topscorer Sylvia Smit vertrekken naar sc Heerenveen en ook international Marije Brummel volgde die weg. Jessica Torny vertrok naar Willem II en Aniek Schepens naar Roda JC. Marieke van Ottele, Anne Garretsen, Floranne van den Broek, Malenthe Lugtmeier en Rebecca Tousalwa vertrokken allen naar amateurverenigingen. Met een zeer jonge ploeg begon FC Twente aan het seizoen en moest lijdzaam toezien hoe de ervaren Marloes de Boer nauwelijks in actie kon komen vanwege een blessure. Gaandeweg het seizoen werd met Ellen Jansen nog een jeugdspeler aan de selectie toegevoegd en zag de ploeg Nora Häuptle alweer vertrekken. Rond de winterstop besloten daarnaast Sanne Pluim en Janneke Bijl te stoppen met voetbal. In de competitie eindigde de ploeg als vijfde. In het bekertoernooi werd na winst in de eerste wedstrijd FC Twente, alsmede de andere BVO's, teruggetrokken uit het bekertoernooi door de KNVB. De bond dacht dat dit de voorbereiding van de nationale ploeg ten goede zou komen voor het Europees kampioenschap voetbal vrouwen 2009.