Nachdem er im Januar 1872 infolge des Cavite-Aufstandes verhaftet worden war, klagte man ihn der Subversion an. Am 6. Februar wurde er schuldig gesprochen und zum Tode durch die Garotte verurteilt. Die Hinrichtung fand am 17. Februar 1872 auf dem Gelände des heutigen Rizal-Parks statt. Über seine Hinrichtung ist bekannt, dass er, ohne zu zögern, den Weg zur Garotte beschritt. Seine letzten Worte waren: Der Tod des Gomburza-Trios empörte die philippinische Öffentlichkeit und inspirierte später die Bewegung der "Illostrados" und die "Propagandabewegung" philippinischer Studenten in Europa, die 1892 zur Gründung der Liga Filipina, des Katipunan und 1896 der philippinischen Revolution führte. José Rizal setzte Jacinto Zamora ein literarisches Denkmal in seinem Werk "El Filibusterismo" („Der Aufruhr“).