Yuan erhielt eine klassische konfuzianische Bildung und begann seine Karriere als Protegé des mächtigen Generalgouverneurs von Zhili, Li Hongzhang in der von diesem aufgestellten Beiyang- oder Nordarmee. Von 1885 bis 1894 übte er in Korea die Rolle eines allmächtigen Hochkommissars Chinas in diesem Vasallenreich aus. Gleichzeitig war er Oberkommandierender der dort stationierten chinesischen Truppen. Als diese 1894 im Zuge des ersten Sino-Japanischen Krieges von den Japanern angegriffen wurden, hatte er das Glück, einige Tage vor den vernichtenden Niederlagen des September 1894 nach Peking zurückgerufen zu werden.