בקיץ 1991 חזר סוזה למרסיי, והמשיך בקו העלייה של הקריירה שלו. המועדון זכה באליפות של עונת , ובזכות כך העפיל לגביע אירופה, טורניר שבו לא זכה אף מועדון צרפתי. סוזה הבקיע את השער היחיד של קבוצתו בתיקו 1 - 1 מול גלאזגו ריינג'רס בשלב הבתים, בזכותו סיימה הקבוצה במקום הראשון בבית והעפילה למשחק הגמר. במשחק הגמר גברה מרסיי על מילאן בתוצאה 1 - 0. בתקופה זו נודע סוזה בעוצמת הבעיטות שלו ממרכז המגרש. אולם, הישגה של מרסיי הועב על ידי שערוריית הטיית משחקים. הקבוצה זכתה באליפות נוספת, אך זו נשללה ממנה לאחר שהתברר כי נשיא הקבוצה, ברנאר טאפי, שיחד את יריבותיה. משמעות הדבר הייתה שמרסיי לא יכלה להגן על תוארה האירופי בעונה שלאחר מכן, והקבוצה אף הורדה לליגת המשנה.