Dopo due secondi posti consecutivi in campionato, Ferrara vinse da protagonista un altro scudetto nel 1989-1990, seguìto dalla Supercoppa italiana conquistata contro la Juventus. Nel 1991, dopo la cessione di Diego Armando Maradona, divenne capitano del Napoli, suffragando il suo status di "bandiera" del club, molto apprezzata dalla tifoseria.