Molto più combattuta fu la battaglia per la Prussia Orientale, attaccata dal 13 gennaio. I tedeschi si batterono con abilità ed efficacia sfruttando il terreno boscoso e le solide fortificazioni, tuttavia le colonne corazzate sovietiche raggiunsero la costa baltica presso Marienburg il 27 gennaio. Le superstiti navi da guerra della Kriegsmarine intervennero con le loro artiglierie in aiuto delle truppe di terra ed eseguirono numerose evacuazioni di reparti militari e soprattutto di civili in fuga davanti alla devastazione sovietica; i sommergibili sovietici colarono a picco diverse navi cariche di civili: il siluramento del transatlantico "Wilhelm Gustloff" il 30 gennaio causò morti (il più grande disastro navale della storia). La poderosa fortezza di Königsberg fu attaccata a partire dal 1º aprile dalle forze sovietiche, guidate personalmente dal maresciallo Vasilevskij, e conquistata il 9 aprile grazie all'impiego in massa dell'artiglieria pesante e di grandi rinforzi di aviazione, causando perdite tra i tedeschi. Piccoli nuclei di resistenza tedeschi rimasero attivi nella regione del Frisches Haff fino alla capitolazione del Terzo Reich.