Jefferson war Juniorennationalspieler Brasiliens. 2003 gewann er mit der U-20 des Landes die Junioren-Fußballweltmeisterschaft. Dort kam er, nachdem Fernando Henrique als Stammkeeper in das Turnier ging, ab dem Viertelfinale zum Einsatz und bestritt insgesamt vier Partien, u. a. die Finalbegegnung gegen Spanien, bei der Brasilien mit 1:0 gewann. Bald darauf rückte er auch erstmals in das Blickfeld der A-Nationalmannschaft. Aber erst 2011 wurde der Torhüter von Neu-Trainer Mano Menezes in den Kader für die Copa América in Argentinien berufen.