1991 empfand er über den "Augustputsch" Perestroika-feindlicher Kommunisten gegen den Staatspräsidenten und Parteichef Michail Gorbatschow „Freude und Stolz“ und stand an der Spitze des "Notstandskomitees" in Lettland. Nach dem Scheitern des Putschs und Verbot seiner Partei wurde Rubiks 1991 verhaftet und des „Hochverrats“ angeklagt. 1993 zog er für die Kandidatenliste "Līdztiesība" (dt.: Gleichheit) in die Saeima, das Parlament der nunmehr wieder unabhängigen Republik Lettland ein. 1995 wurde eine gerichtliche Verurteilung zu 8 Jahren Gefängnis wegen „Aktivitäten die auf einen Staatsstreich zielten“ rechtskräftig. Rubiks wurde im November 1997 vorzeitig entlassen und war 1998 an der Entstehung des Parteienbündnisses Für Menschenrechte in einem vereinten Lettland beteiligt. 1999 wurde Rubiks Vorsitzender der Sozialistischen Partei Lettlands und blieb es bis 2015. Außerdem war er zeitweise Redakteur der Zeitschriften "Latvijas Sociālists" und "Марксизм и современность".