En 1966, per desacords en matèria dels drets civils, va trencar amb la CDU i, després d'uns anys en l'oposició, es va aliar amb els socialdemòcrates en 1969 sota els governs de Willy Brandt i Helmut Schmidt. En 1982, el FDP va tornar a canviar de soci de govern, oferint un pacte a la CDU de Helmut Kohl i donant suport una moció de censura contra Helmut Schmidt. A partir d'aquest viratge el FDP va actuar cada vegada més com un partit liberal de dretes, subratllant l'economia lliure i descurant la seva faceta de defensor de drets civils. Així, va permetre l'establiment d'Els Verds com un partit d'ideologia liberal d'esquerres. En les eleccions federals de 1998 van assolir treure més vots que el FDP, que va quedar relegat a la quarta posició i va passar a l'oposició per segona vegada en la seva història. Després d'una campanya erràtica, en la qual algun membre de la cúpula del partit fins i tot va recórrer a al·lusions antisemites, el FDP tot just va assolir millorar el seu resultat a les eleccions de 2002, traient el 7,4% dels vots. Després de participar com a soci minoritari en el segon govern de Merkel entre 2009 i 2013, en les eleccions federals de 2013 el partit sofrí una desfeta, la qual es consolidà després de les nombroses desfetes en les eleccions als "länder", quedant-se sense cap escó a Bundestag al no arribar al 5% necessari (va obtenir un 4,8%) i per tant obtenint el seu pitjor resultat des de la fundació del partit el 1948.