该地区在11世纪末期的中损失严重，阿尔塔遭到围攻，约阿尼纳甚至被攻陷。军区则幸存至了1204年的第四次十字军东征时期。1198年的一份金玺诏书提及尼科波利斯、都拉齐翁以及约阿尼纳军区，并记载道其被进一步划分为属于教会、修道院以及个人的税区。当时的首府似乎为阿尔塔。