I VM i skidflygning 2006 i Kulm i Bad Mitterndorf i Österrike vann Herr en bronsmedalj tillsammans med lagkamraterna Michael Neumayer, Georg Späth och Michael Uhrmann i lagtävlingen. Tyskland var 123,2 poäng efter norska laget och 103,2 poäng efter Finland. I den individuella tävlingen blev Alexander Herr nummer 21.