Vuonna 1989 Barr kutsuttiin johtamaan toimistoa, joka neuvoo presidenttiä oikeudellisissa asioissa. Hän kirjoitti perustelumuistiot, jotka oikeuttivast hyökkäyksen Panamaan ja Manuel Noriegan pidätyksen. Noustuaan apulaisoikeusministeriksi toukokuussa 1990 hän kertoi Bushille, että tämä ei periaatteessa tarvitsisi Kongressin hyväksyntää Irakiin hyökkäämiselle.