Одразу після революції увійшов до складу щойно сформованої Іранської революційної ради. В кабінеті Мохаммада Алі Раджаї обіймав посаду міністра освіти. На початку серпня 1981 року, коли Раджаї став президентом, Бахонар очолив уряд.