Napoleon Bonaparte beförderte ihn am 23. September 1795 zum lieutenant. Als er dann 1798 dann seine Invasion nach Ägypten plante, übertrug er Marin – nach weiteren Beförderungen – wichtige Aufgaben im Expeditionsheer. Marin nahm an den Belagerungen von Jaffa (März 1799), Akkon (März/Mai 1799) und al-Arisch (Februar 1799) teil. Er kämpfte bei den Pyramiden (21. Juli 1798) und Abukir (25. Juli 1799) und stand mit seinem Kommando im Mai 1800 vor Kairo.