Dalla fine degli anni 1990 ai primi anni 2000, gli interventi internazionali autorizzati dalle Nazioni Unite assunsero una più ampia varietà di forme. La missione delle Nazioni Unite nella guerra civile in Sierra Leone del 1991-2002 venne integrata dai Royal Marines britannici mentre l'invasione dell'Afghanistan nel 2001 venne supervisionata dalla NATO. Nel 2003, gli Stati Uniti invasero l'Iraq nonostante il Consiglio di sicurezza non avesse approvato l'azione, tornando a far crescere i dubbi sull'efficacia dell'organizzazione. Con l'ottavo segretario generale, Ban Ki-moon, le Nazioni Unite intervennero con forze di pace in situazioni di crisi come la nel conflitto del Darfur in Sudan, il conflitto del Kivu nella Repubblica Democratica del Congo e inviarono osservatori e ispettori per appurare la presenza di armi chimiche nella guerra civile siriana. Nel 2013, una revisione interna delle azioni delle Nazioni Unite intraprese nelle battaglie finali della guerra civile dello Sri Lanka del 2009 concluse che l'organizzazione aveva ottenuto un "fallimento sistemico". Nel 2010, l'organizzazione subì la peggiore perdita di vite umane della sua storia, quando 101 persone morirono nel terremoto di Haiti.