בסוף 1944 הוצע לו לחזור לשוודיה, אך הוא סירב והעדיף להמשיך את עבודת ההצלה, למרות הסכנות הנשקפות לו. במרץ 1945 הצליח לשלוח קבוצה של יהודים עם מסמכים מזויפים דרך נמל התעופה טמפלהוף לשוודיה. במאי 1945 נכבשה ברלין על ידי הצבא האדום, והכנסייה השוודית הועלתה באש על ידי חיילים רוסים. מירגרן מצא מקלט בבניין המשלחת הדיפלומטית, ובהמשך חזר לשוודיה דרך ברית המועצות.