V roce 1941, deset hodin po útoku na americkou pacifickou základnu Pearl Harbor, Japonci napadli i Filipíny. Americko-filipínské jednotky pod velením Douglase MacArthura se ihned musely stáhnout na poloostrov Bataan a ostrov Corregidor. V lednu 1942 ztratily Manilu, v dubnu kapitulovaly na Bataanu, v květnu i na Corregidoru. 80 000 vojáků padlo do zajetí, načež je čekal neblaze proslulý bataanský pochod smrti, během nějž 11 500 z nich zahynulo. Quezon odletěl do Spojených států, kde ustavil exilovou vládu. McArthur přesunul svůj štáb do Austrálie.