Die Flottille unterstand zunächst unmittelbar dem Befehlshaber der Sicherung der Ostsee, danach ab Mitte September 1939 dem Führer der Minensuchboote Ost (FdMO), und operierte bis zum Frühjahr 1940 in der Ostsee. Nach der deutschen Besetzung von Norwegen im April 1940 wurde die Flottille nach Nord-Norwegen verlegt, wo sie dem Führer der Minensuchboote Nord (FdMN) unterstand und Geleit- und Sicherungsaufgaben erfüllte. Im Juni 1940 wurde Kapitänleutnant Werner Dobberstein neuer Flottillenchef.