Il intègre toutes les sélections de jeunes de l'équipe de France et compte aujourd'hui 13 sélections en Espoirs (8 amicaux, 5 matchs de qualifications), équipe dont il est le capitaine à quatre reprises en 2009. Il n'est cependant plus sélectionné à compter du (France-Ukraine 2-2) et l'échec des hommes d'Erik Mombaerts pour se qualifier à l'Euro espoirs 2011. Beaucoup estiment qu’Étienne Capoue est un des plus grands espoirs français au poste de milieu défensif, mais il doit faire face à la concurrence de Yann M'Vila et de Blaise Matuidi dans la jeune équipe A de Laurent Blanc.