日本では全ての外国人の指紋登録が義務であった。しかし、戦後は9割以上を在日韓国・朝鮮人が占めていたため、日本国内の左派団体と在日民族団体は外国人登録制度を「日本人による在日差別だ」とする主張をした。日弁連は1985年10月19日に指紋押捺制度は廃止するべきであり、外国人登録法の改正措置を要求していく方針の決議をしている。テレビや朝日新聞などマスコミでは大きく肯定的に扱われ、朝鮮学校や朝鮮総連、進歩的文化人や日本社会党、日本共産党など革新政党やその支持者、市民団体や自治労など左派労働組合が賛同、さらに民団などに所属する在日韓国人もこの動きに加わるようになった。1991年（平成3年）、時の首相であった海部俊樹が、大韓民国を訪問した際に調印された『日韓法的地位協定に基づく協議の結果に関する覚書』で、2年以内の指紋押捺廃止が決定し、1993年（平成5年）1月より、外国人指紋押捺制度は廃止された。しかし、911アメリカ同時多発テロを受けた2007年にテロ対策の必要性再燃を受け、外国人指紋押捺制度は復活した。しかし、外国籍指紋登録義務化復活ではあるが、一般の外国人の中で特別永住者のみ対象外とされている。