Mit der Eroberung durch Chaireddin Barbarossa begann die osmanische Herrschaft auf der Insel (1537–1830). Während des russisch-türkischen Kriegs war Amorgos von der russischen Flotte besetzt. In den griechischen Befreiungskriegen fanden Flüchtlinge von der Insel Kassos Aufnahme in Amorgos.