1990年にエリツィンがロシア最高会議議長に選出されると、コルジャコフは最高会議議長保安課長に就任する。1991年8月のクーデターでは文字通り体を張ってエリツィンを守り通した。こうして、エリツィンから全幅の信頼を得たコルジャコフは、ロシア連邦警護総局（GUO）第一副総局長兼大統領保安局長となり、単なる身辺警護の責任者を超えて、権勢を振るうようになっていった。