Günter Blobel 1936. május 21-én született a kis sziléziai faluban, Waltersdorfban (ma Niegosławice, Lengyelország). Apja állatorvos volt. Günternek öt testvére volt, három fiú és két lány. 1945 januárjában a család az előrenyomuló szovjet hadsereg elől drezdai rokonaikhoz menekült. Néhány nappal megérkezésük után, mintegy 30 km-ről tanúja volt a város lebombázásának. 1945 szeptemberében idősebbik nővére egy bombatámadásban meghalt. A háború után apja az NDK-ban lévő Freibergben folytatta állatorvosi praxisát. Günter 1954-ben érettségizett, de az egyetemre származása („kapitalista családja”) miatt nem vették fel, azért átszökött Nyugat-Németországba. Frankfurt, Kiel, München és végül Tübingen egyetemein tanult orvostudományt, diplomáját az utóbbi intézményben kapta meg, 1960-ban.