Hunfried, Domherr zu Strassburg, überschrieb 1044 Embrach dem Bischof Wilhelm von Strassburg. Das bestehende Chorherrenstift wurde der Kirche Strassburg geschenkt (Hunfried Urkunde). Die weltliche Macht ging in der Folge an die Toggenburger. Von Heidegg (sie hatten ein Tavernenrecht) und Bochsler waren in Embrach wohnhafte Adlige des 14. Jh. Im Sempacherkrieg 1386 plünderten und brandschatzten Eidgenossen Kirche und Stift. Der Wiederaufbau begann 1392. Erbstreitigkeiten um die Ländereien der Toggenburger führten 1444 zum Alten Zürichkrieg. In diesen Wirren wurden grosse Teile des Dorfs Embrach samt Chorherrenstift wiederum von den Eidgenossen vollständig zerstört. Dorf, Stift und Kirche wurden ab 1446 neu aufgebaut.