2004年に、二つの地域（両方ともサハラ砂漠以南のアフリカ）での主要な大流行がみられた。その一つはチャドで、9月27日までに1,442症例の報告があり46名が死亡した。現在もなお紛争下にあるスーダンでも、人々はE型肝炎の深刻な大流行に苦しんでいる（ダルフール紛争参照）。9月28日までに、主に西ダルフール地方で、6,861症例の報告があり87名が死亡している。ユニセフ、国境なき医師団、赤十字や、その他の国際的保健機関は目下、石鹸の入手機会の増加、新たな井戸掘り、給水･貯水の塩素処理などに取り組んでいる。しかし、現存する資源は未だ充分でなく、この地域の人々の健康と福祉を保証するために、より多くの人材や資金が著しく求められている。