W 1941 w Związku Wojujących Bezbożników było 3,5 mln członków, pozyskanych w większości metodami przymusu administracyjnego. Organizacja nieoficjalnie została rozwiązana w 1941, po napaści Niemiec na ZSRR – ówczesne działania WKP(b) zmierzały do wyciszenia ateistycznej propagandy i wykorzystania religii prawosławnej jako czynnika jednoczącego społeczeństwo radzieckie w obliczu agresji. Ostatni numer pisma „Bezbożnik” ukazał się w lipcu 1941, a oficjalnie Związek Wojujących Bezbożników został rozwiązany w 1947. W jego miejsce powołano nową strukturę mającą się zajmować propagandą ateistyczną – Wszechzwiązkowe Towarzystwo „Wiedza”. W PRL jego odpowiednikiem było „Towarzystwo Krzewienia Kultury Świeckiej” powstałe w 1969 z połączenia „Towarzystwa Szkoły Świeckiej” i „Stowarzyszenia Ateistów i Wolnomyślicieli”.