Štátny prevrat v roku 1948 so sebou priniesol aj zmenu v realizácii vedeckej praxe. V súlade s tým museli aj pracovníci Národopisného ústavu študovať sovietsku literatúru a pravidelne o tom informovať Správny výbor prostredníctvom pracovných výkazov. Na začiatku 50. rokov musela SAVU výraznejšie čeliť novým politickým a spoločenským podmienkam, ktoré so sebou priniesla zmena politickej situácie. No kým iné pracoviská sa s týmito zmenami stretli neskôr, Národopisný ústav sa s dôsledkami novej politickej situácie musel pasovať už v roku 1948. V tom čase začali porady so zástupcami Matice slovenskej. Tieto porady sa dotýkali premien v organizácií vedeckej činnosti na Slovensku a mali čiastočne ideologický motív, ktorý súvisel s politickými zmenami. Zástupcovia Matice Slovenskej dospeli k záveru, že Národopisný ústav by mal byť premiestnený do Martina a zmeniť sa na Národopisný ústav Matice slovenskej. Akadémia vied však tieto závery odmietla a Národopisný ústav ostal v Bratislave pod záštitou SAVU.