2006 kam es zum Ausbruch von Unruhen in Osttimor. Am 25. Mai kam es zu einem Gefecht zwischen rebellierenden Soldaten und der PNTL, bei dem acht Polizisten getötet wurden. Schließlich musste eine Internationale Eingreiftruppe die Ordnung wiederherstellen, später folgte eine neue UN-Mission, die UNMIT, die aus internationalen Polizeikräften bestand. Eine gemeinsame Kommission der Regierung und der UN bewertete das Verhalten der Polizisten während der Unruhen und kam am 1. Dezember 2007 zu dem Schluss, dass von den 3110 Beamten 186 Polizisten endgültig und weitere 1274 als vorläufig verlässlich einzustufen sind. Den anderen 1650 Mann droht die Entlassung. Seit 2008 übernahm die PNTL wieder nach und nach die Verantwortung für die Sicherheit in den einzelnen Distrikten des Landes. 2009 wurden die "Police Special Reserve Unit (URP)" in die "Companhia de Operações Especiais (COE)" umgewandelt und die "Rapid Intervention Police Unit (UIR)" in die "Public Order Battalion" (BOP). Zum elften Geburtstag der PNTL übernahm die Nationalpolizei am 27. März 2011 endgültig wieder die volle Verantwortung für die innere Sicherheit im Land von den UN. Die alleinige Verantwortung hat die PNTL wieder seit dem 31. Oktober 2012.