ב-12 במרץ 1938 סופחה אוסטריה לגרמניה הנאצית. כל יהודי קוברסדורף קיבלו צווי גירוש. בליל הבדולח נבזז בית הכנסת. רוב יהודי קוברסדורף ניסו להמלט לווינה מתוך תקווה שדרך וינה יוכלו להמלט מאוסטריה. רובם נתפסו שם ונשלחו למחנות הריכוז וההשמדה. כ-160 מתוך 200 יהודי קוברסדורף נספו בשואה.