Po raz pierwszy na arenie międzynarodowej Marco Pichlmayer pojawił się 18 stycznia 2003 roku, kiedy wystartował w zawodach FIS Race w Villach. Zajął wtedy 15. miejsce w konkursie rozgrywanym metodą Gundersena. W 2006 roku wystartował na mistrzostwach świata juniorów w Kranju, gdzie wraz z kolegami z reprezentacji zdobył srebrny medal w konkursie drużynowym. Indywidualnie był piąty w sprincie oraz dziesiąty w Gundersenie. Jeszcze lepiej wypadł rok później, podczas mistrzostw świata juniorów w Tarvisio, gdzie wywalczył złoty medal w sztafecie oraz srebrny w konkursie metodą Gundersena.