ב-1 במרץ 1941 הצטרפה ממלכת בולגריה להסכם התלת-צדדי והפכה לבעלת בריתה של גרמניה הנאצית במלחמת העולם השנייה. בו ביום נכנס הוורמאכט לשטחי בולגריה ובהמשך השתמש באדמת בולגריה כבסיס יציאה לכיבוש ממלכת יוגוסלביה. לאחר הכיבוש העבירו הגרמנים לחזקת בולגריה את שטחי מקדוניה הווארדארית ובכלל זה העיר גבגליה והבולגרים מנעו מיהודי החבל אזרחות בולגרית באמצעות חקיקה מיוחדת. לפי נתוני משרד הפנים הבולגרי התגוררו בגבגליה במועד זה 30 יהודים, אשר כפי הנראה הגיעו לעיר בראשית המאה ה-20 כפליטי מלחמות הבלקן ומלחמת העולם הראשונה. ב-22 בפברואר 1943 חתם אלכסנדר בלב בשם ממשלת בולגריה הסכם עם תיאודור דנקר בשם גרמניה הנאצית על גירוש 20,000 יהודים משטחי תראקיה ומקדוניה אל מחנות ההשמדה.