Im Jahre 1940 wurde ein Teil des Gefängnisses von der Wehrmacht als Militärgefängnis übernommen. Es diente auch als Durchgangsgefängnis für politische Gefangene aus Frankreich, die in Deutschland ihre Strafen verbüßen mussten. Am 27. November 1944 wurde das Freiburger Gefängnis bei alliierten Luftangriffen schwer beschädigt. Drei Personen wurden dabei getötet und über 100 Gefangenen beider Geschlechter, sowohl des zivilen wie auch militärischen Teils, gelang die Flucht. Etliche wurden jedoch wieder gefasst. Sonstige Gefangene und Personal wurden nach Wildflecken evakuiert. Am folgenden Tag wurden die Mitglieder der französischen Widerstandsgruppe Réseau Alliance, Edouard Kauffmann, Jean Lorday und Emile Pradelle aus dem Gefängnis verschleppt und von Beamten der Gestapo ohne ordentliches Verfahren hingerichtet. In Anwesenheit der Geschichtswerkstatt der Lessing-Realschule Freiburg und der französischen Erinnerungsgruppe „Souvenir Francais“ aus Straßburg wurde am 28. November 2016 von Bürgermeister Ulrich von Kirchbach eine Gedenktafel an der Gefängnismauer enthüllt.