Dal 1815 al 1864 il ducato dell'Holstein fu parte della Confederazione germanica, sebbene ancora in contatto con la Danimarca (il re danese rimase duca della regione). Dopo la morte del re Federico VII di Danimarca nel 1863, la successione allo Schleswig e Holstein fu rivendicata da diverse persone. Il nuovo re, Cristiano IX di Danimarca reclamò i territori, mentre il duca di Augustenborg, appartenente a un altro ramo della famiglia, reclamò anch'egli i ducati, e subito la Confederazione germanica, guidata da Prussia e Austria, dichiarò guerra alla Danimarca, battendola nel 1864 e costringendola a cedere i ducati. Ad ogni modo, i ducati non furono assegnati al Duca di Augustenborg. Nel 1865 fu fatto un accordo tra Prussia e Austria: gli austriaci occuparono e amministrarono l'Holstein, mentre i prussiani fecero altrettanto con lo Schleswig. L'accordo finì con la guerra austro-prussiana del 1866, che causò l'accorpamento di Schleswig e Holstein all'interno della Prussia.