Lepère hielt sich 1787 bis 1790 in Saint-Domingue und 1796 bis 1798 in Konstantinopel auf. Von 1798 bis 1801 war er eines der Mitglieder der Commission des sciences et des arts, die von Napoleon Bonaparte auf seine Ägyptische Expedition mitgenommen wurden. Als solches künstlerisches Mitglied trug er einen Großteil der Entwürfe zum wenig später entstandenen, berühmten Monumentalwerk der Description de l’Égypte bei. Zurück in Frankreich wurde er 1802 vom Ersten Konsul, zum Architekten des Schlosses Malmaison ernannt. 1805 bis 1810 errichtete Lepère mit Jacques Gondouin die Colonne Vendôme in Paris, wobei er insbesondere für die Durchführung der Maßnahmen und die Verlegung des Metallteils des Denkmals verantwortlich war. 1811 wurde er beauftragt einen Obelisken aus Granit als die Erinnerung an den ägyptischen Feldzug auf dem Pont Neuf zu errichten. Diese Arbeit wurde verworfen und an derselben Stelle wurde stattdessen 1818 der Sockel für die Reiterstatue Heinrich IV. aufgestellt.