Udziałowi milicji w walkach z Państwem Islamskim sprzeciwiali się niektórzy przywódcy irackich sunnitów (m.in. Usama an-Nudżajfi), twierdzili oni że nie jest on konieczny. W styczniu 2015 premier Iraku Hajdar al-Abadi nakazał, by do Sił Mobilizacji Ludowej dołączyło 40 tys. ochotników sunnickich, którzy mają działać głównie w zdominowanych przez sunnitów prowincjach Salah ad-Din, Anbar i Niniwa. Mimo to w kwietniu 2016 politycy sunniccy ponownie sprzeciwili się udziałowi milicji w planowanej operacji, której celem ma być odzyskanie Mosulu z rąk Państwa Islamskiego. Z kolei dowódcy milicji oraz prezydent Iraku Fu’ad Masum podnosili, że operacja powiedzie się tylko wtedy, gdy wezmą w niej udział oddziały wojska irackiego, peszmergów i Sił Mobilizacji Ludowej. W maju 2016 Siły Mobilizacji Ludowej razem z armią iracką brały udział w odbiciu Al-Falludży z rąk IS. Ostatecznie, mimo kontrowersji, w październiku 2016 Siły Mobilizacji Ludowej wzięły udział w operacji mającej na celu odbicie Mosulu z rąk Państwa Islamskiego. W październiku roku następnego odegrały znaczącą rolę w odzyskaniu przez Irak kontroli nad Kirkukiem, który od 2014 r. był faktycznie kontrolowany przez Kurdów; władze irackie obawiały się proklamowania przez iracki Kurdystan niepodległości w związku z wynikami referendum w tej sprawie 25 września 2017.