Після розпаду СФРЮ став виступати за збірну Союзної Республіки Югославія, у складі якої взяв участь у чемпіонаті світу 1998 року у Франції та чемпіонаті Європи 2000 року у Бельгії та Нідерландах. Таким чином, Драган Стойкович став першим і єдиним футболістом, якиий брав участь у фінальних частинах чемпіонатів Європи з інтервалом у 16 років.