У зв'язку з Чорнобильською катастрофою в інституті було розгорнуто дослідження з питань ліквідації її наслідків. У перші місяці після аварії фахівці інституту (академік НАН України В. М. Шестопалов і ін.) підготували пропозиції щодо використання підземних вод для водопостачання населення, захисту р. Прип'ять від радіоактивно забруднених вод, були видані перші прогнози міграції радіонуклідів у підземних водах, дали обґрунтовані і частково реалізовані пропозиції щодо організації моніторингу підземних вод Чорнобильської зони відчуження і Київської міської агломерації.