Faderen, Ernst L. Kaper, sluttede sig under de slesvigske krige til de tysksindede slesvig-holstenere, hvorimod Johannes Kaper gennem sin skolegang i Flensborg var blevet dansk præget, og ved udbruddet af krigen 1864 måtte han på grund af sit danske sindelag med kort varsel forlade sin stilling som adjunkt i Flensborg og sin dødssyge kone for over hals og hoved at rejse nordpå.