Fue arrestado después de los acontecimientos del 10 de agosto de 1792 y encarcelado en Madelonnettes, de donde fue liberado dos días antes del inicio de las masacres de septiembre. A partir de entonces, mediante diversas acciones y escritos, Rougeville trató de liberar primero al rey Luis XVI y luego a la reina hasta que se produjo el fallido intento de fuga organizado en la Conciergerie en septiembre de 1793, conocido como el complot del clavel. En busca y captura, permaneció escondido en las canteras de Montmartre, logrando cruzar las barreras de París para ir a Viena y solicitar ayuda al emperador, siendo ésta la última oportunidad de salvar a María Antonieta. No obstante, tras ser acusado por los emigrados de ser un revolucionario y, oficialmente y entre otros cargos, por deudas, fue encerrado en cárceles austriacas.