Na de dood van Reinier de Klerk woonde zijn weduwe er nog vijf jaar. Daarna is het meerdere malen verkocht totdat het in 1844 in handen kwam van de diaconie van de Hervormde Gemeente en het pand als weeshuis gebruikte. Voor die functie werd het pand verbouwd. Eind negentiende eeuw was het pand bouwvallig geworden en gingen er stemmen op om het te slopen. Het Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen wilde de sloop voorkomen en luidde de noodklok. Het Indische bestuur besloot vervolgens het gebouw aan te kopen in 1899 waarna een verbouwing volgde. Vervolgens nam het Mijn- en Grondpeilwezen het gebouw in gebruik als kantoor. Vanaf 1925 was het gebouw in gebruik als Landsarchief waarvoor het grondig werd gerestaureerd. Na de Indonesische onafhankelijkheid heette het archief Kantor Arsip Negara en vanaf 1961 heette het Arsip Nasional, het national archief van Indonesië. In 1956 vond een verbouwing plaats die het archief beter moest beschermen. Begin jaren negentig van de twintigste eeuw werd het gebouw door het nationaal archief verlaten.