Der erste verwirklichte Kirchenentwurf von Pierre Cuypers war die Kirche in Oeffelt, Provinz Noord-Brabant (1853). Einer seiner ersten größeren Aufträge war die Restaurierung der Münsterkirche in seiner Heimatstadt (1859). Ferner entwarf er zum Beispiel die neugotische Kirche St. Catharina in Eindhoven (1859). Bei der Restaurierung der Ostgruppe des Mainzer Doms in den 1870er Jahren ließ er diese nach eigenen Plänen in hauptsächlich romanisierenden Formen ausführen. Dabei schuf er als Gegenpol zum vorhandenen Westturm den hohen, eher gotisch wirkenden Ostturmhelm, der ein gotisches Glockengeschoss und die Eisenkuppel von Georg Moller ersetzte. Zu seinen wichtigsten Kirchen zählt auch St. Bonifatius in Leeuwarden (1882–1884).