Luostarin ensimmäiset pyhäinjäännökset tuotiin Vadstenasta, josta saapui myös ruotsalaisen luostarin nais- ja miesjäseniä opettamaan virolaisille konventeille birgittalaisia luostarisääntöjä. Tallinnan raati ehdotti luostarin sulkemista vuonna 1560, jotta vihollinen ei voisi käyttää sitä tukikohtanaan Liivinmaan sodan aikana. Vuonna 1564 luostaria hävitti tulipalo ja vuonna 1575 venäläiset joukot veivät osan sen nunnista Venäjälle ryöstäen samalla luostarin asuinrakennukset. Vuonna 1577 Iivana Julman joukot hävittivät luostarin kokonaan. Luostarin rauniot olivat sittemmin tyhjillään, vaikkakin niitä käytettiin ilmeisesti jonkin aikaa suuren Pohjan sodan aikana. 1600-luvulla luostarin mailla toimi hautausmaa, jota käytettiin aina 1900-luvun alkuun saakka. Paikan nykyinen birgittalaisluostari aloitti toimintansa vanhan kirkon raunioiden vieressä syyskuussa 2001.