Установление персидского контроля над проливами прервало долгую связь Мегар с Византием и Халкидоном, подорвало морскую торговлю греческой метрополии и постепенно привело к упадку экономики Мегар, сильно зависевших от контактов со своими колониями. Однако и персидское владычество над покорёнными землями не было столь уж безоблачным. Многие греческие города восстали против Ахеменидов; войскам полководца Мегабаза, оставленного Дарием в Европе, даже пришлось штурмом брать Перинф (бывшая Мигдония) и силой усмирять остальные полисы. Вскоре другой персидский полководец, Отана, вновь столкнулся со стремлением греческих колоний во Фракии и на берегах черноморских проливов к независимости. И вновь персы силой подавили восстание, захватив на этот раз Византий и Халкидон (значительная часть покорённого населения была обращена в рабство). Когда в 499 году до н. э. вспыхнуло Ионийское восстание, одной из главных целей греков было освобождение Геллеспонта и Босфора от персидского контроля, ведь торговля ионийских городов и Афин с Понтом практически прекратилась, оказавшись в руках их извечных соперников — ставших союзниками персов финикийцев.