On retrouve également Boyer-Fonfrède à Paris, où il multiplie les opérations financières et fréquente les milieux de la banque parisiens. Il établit un comptoir où il se livre à des opérations de recouvrement et d'escompte, rue Sainte-Croix-d'Antin. En 1799, il fournit des fusils au ministère de la Guerre. Il spécule sur les biens des émigrés et d'Église, qu'il achète et revend successivement, comme l'ancienne propriété du marquis de Beuvron, François-Henri d'Harcourt, en Normandie. Au début du mois de , il obtient un permis de blé. Le salon qu'il tient à Paris devient l'un des plus brillants de la capitale et, dans le projet d'établir une galerie de peinture, il encourage le peintre François-André Vincent, qui réalise deux portraits de famille – dont "Madame Boyer-Fonfrède et son fils" – et "la Leçon de labourage". Il se lie avec le général Jean-Pierre Ramel et use de son influence pour le faire libérer après son arrestation lors du coup d'État du 18 fructidor. Durant l'été 1799, il fréquente le club du Manège. Mais dans le même temps, Boyer-Fonfrède subit plusieurs revers de fortune. Il est d'abord condamné, en , à payer à l'État les bâtiments qu'il occupe à Toulouse pour sa manufacture. Il doit également verser d'importants dommages et intérêts au profit de son ancien ouvrier, Albert. Le , Boyer-Fonfrède, alors qu'il a contracté de lourdes dettes auprès de banquiers parisiens, Jordan, Regnaud de Saint-Jean d'Angély, Charles Geyler et Charles-Frédéric Hupais, il est poussé à déposer le bilan au greffe du tribunal de commerce de Paris.