Como enviado especial de Darío, Mardonio se dirigió a Lidia después de la Revuelta jónica (499 a. C.-494 a. C.). Tenía la misión de reorganizar la región, cosa que hizo de forma muy moderada. Tal y como nos cuenta Heródoto, navegó a lo largo de la costa deponiendo a todos los tiranos y sustituyéndolos por democracias. La jugada era en el fondo muy astuta, ya que de esa forma era más difícil que las ciudades volvieran a rebelarse.