Exeter 1455-ben szabadult, éppen a rózsák háborújának kitörésekor. A Lancaster-párthoz csatlakozott, és számos csatában vett részt, így a wakefieldiben és a towtoniban. 1461-ben, amikor VI. Henriket megfosztották hatalmától, és IV. Eduárd, az akkor már halott apósának fia ült a trónra, Exeternek és más Lancastereknek menekülniük kellett Angliából. 1470-ig Burgundiában élt, majd amikor Richard Neville, Warwick grófja ismét VI. Henriket juttatta hatalomhoz, visszatért Angliába.