В июне 1799 года Мур командовал бригадой во время экспедиции к Эгмонт-оп-Зее в Нидерландах, где британские силы 2 октября потерпели чувствительное поражение, а сам он был тяжело ранен. После выздоровления 22 июня 1800 года был переведён на Менорку. Затем некоторое время он возглавлял приданную в качестве подкрепления австрийским войскам дивизию и участвовал в осаде Генуи. В октябре 1800 года участвовал в успешной демонстрации силы у Кадиса, после чего оказался в Египте, вновь начав службу под началом Эберкромби. Возглавил 52-й полк во время британской кампании в Египте против французов, став почётным полковником этого полка с 8 мая 1801 года после смерти генерала Кира Трапода. Под его командованием в ходе этой кампании находился весь резерв британских экспедиционных сил, то есть 23-й фузилёрный, 40-й и 28-й пехотные, 42-й хайлендерский и 11-й драгунский полки. Возглавлял взятие силами 11-го драгунского полка взятие Абукира, Каира и Александрии, командовал преследованием до побережья изгнанных из Каира французов. В Египте находился до взятия британцами 2 сентября 1801 года Александрии.