Childers era secretario-general de la delegación irlandesa que negoció el Tratado Anglo-irlandés con el Gobierno británico. Permaneció en la sede de la delegación en Hans Place durante el periodo de negociación, entre el 11 de octubre y el 6 de diciembre de 1921. Aun así, Childers se opuso vehementemente al borrador final del acuerdo, particularmente a las cláusulas que exigían que los gobernantes irlandeses juraran lealtad al monarca británico. El Tratado fue aprobado por un agotado Dáil por 64–57 en enero de 1922. En el curso de los debates algunos consideraron que Childers había sido insultado por Arthur Griffith, y el asunto fue debatido en junio. El tratado continuó dividiendo al Sinn Féin y al IRA, e Irlanda entró en guerra civil el 28 de junio de 1922.