Sie ging mit ihrem Bruder nach Italien und war in Rom in einer Anwaltskanzlei tätig, kehrte jedoch wieder nach Deutschland zurück. Sie heiratete den Philologen Ernst Paepcke; 1935 wurde beider Sohn Peter geboren. In den späteren Jahren des Dritten Reichs blieb sie wegen des Status ihrer Ehe, die nach den Nürnberger Gesetzen als "Privilegierte Mischehe" galt, von der Deportation verschont. Sie folgte ihrem Mann nach Bielefeld, Köln und Leipzig, wo sie zuletzt Zwangsarbeit in einer Fabrik leisten musste. 1942 kehrte sie mit Hilfe einer Ärztin illegal nach Freiburg im Breisgau zurück, wo sie untertauchte und bis 1944 in verschiedenen Verstecken, zuletzt in einem Krankenhaus, lebte. Nach dem schweren Bombenangriff auf Freiburg am 27. November 1944 fand sie mit ihrem Sohn Zuflucht im Kloster Stegen. Nach dem Zweiten Weltkrieg brachte sie noch zwei weitere Kinder zur Welt. Sie schrieb Beiträge für Zeitschriften und den Rundfunk. Lotte Paepcke lebte zuletzt in Karlsruhe.