En tant que milieu défensif, Tomokazu Myojin fut international nippon à 26 reprises (2000-2003) pour trois buts inscrits. Il participa aux JO 2000, où le Japon fut quart-de-finaliste. Il participa à la Coupe d'Asie des nations de football 2000, où il inscrivit deux buts (un en quart contre l'Irak et un en demi contre la Chine). Il remporta ce tournoi. Fort de ce titre, il participa à la Coupe des confédérations 2001, où il fut finaliste, battu en finale par la France. Il participa à la Coupe du monde de football de 2002. Il ne joua pas le premier match, mais il fut titulaire dans les trois matchs suivants, n'inscrivant pas de but, ni ne prit de carton. Le Japon est éliminé en huitièmes. Il participa à la Coupe des confédérations 2003, mais le Japon fut éliminé au premier tour.