Vào ngày 1 tháng 7 năm 2016, Zlatan Ibrahimović đã ký hợp đồng với câu lạc bộ bóng đá Manchester United có thời hạn một năm và kèm theo điều khoản gia hạn tùy vào phong độ của cầu thủ này. Mức lương của anh ấy được báo cáo là 200.000 bảng Anh mỗi tuần. Anh được trao chiếc áo số 9 trước mùa giải 2016–17. Vào ngày 7 tháng 8, Ibrahimović ghi bàn thắng quyết định giúp Manchester United đánh bại Leicester City tại Siêu cúp Anh 2016, Anh bật cao hơn Wes Morgan rồi đánh đầu hạ thủ môn Kasper Schmeichel của Leicester City ở phút thứ 83. Trong trận khai màn Premier League sau đó một tuần, anh ghi bàn với một cú sút xa trong chiến thắng 3–1 tại trước Bournemouth vào ngày khai mạc. Vào ngày 20 tháng 8, anh ghi cả hai bàn thắng, một pha đánh đầu trong hiệp một và một quả phạt đền trong hiệp hai, để đánh bại Southampton với tỷ số 2-0 trên sân nhà cho câu lạc bộ. Vào ngày 6 tháng 11, anh ghi 2 bàn thắng trong chiến thắng 3-1 trước Swansea City, bàn thắng đầu tiên của anh trong trận đấu là bàn thắng thứ 25,000 trong lịch sử Premier League. Tuy nhiên, sau đó anh đã bị phạt và nhận thẻ vàng thứ năm trong mùa giải, điều này khiến anh bỏ lỡ trận đấu của Manchester United trên sân nhà trước Arsenal vào ngày 19 tháng 11. Vào ngày 5 tháng 2 năm 2017, Ibrahimović ghi bàn thắng thứ 15 của mình trong mùa giải và 20 ở tất cả mọi đấu trường trong chiến thắng 3-0 trước Leicester City, trở thành cầu thủ lớn tuổi nhất ghi ít nhất 15 bàn thắng trong một mùa giải Premier League ở tuổi 35 và 125 ngày.