Шишковци е старо средновековно селище. На 28 юли 1330 г., в битката при Велбъжд, която се развила в близост до село Шишковци, между българската войска, водена от цар Михаил III Шишман Асен (1323 – 1330) и войската на Сръбското кралство, предвождана от крал Стефан Урош III Дечански (1321 – 1331), войската на Търновското царство претърпява тежко поражение, а цар Михаил Шишман е тежко ранен и три дни по-късно умира. Спомен от тази битка е името на местността „Шишманица“ в селското землище.