Sisällissodan syttyessä Sykes nimitettiin majuriksi 14. USA:n jalkaväkeen. Ensimmäisessä Bull Runin taistelussa hän komensi vakinaista jalkaväenpataljoonaa, kokoelmaa kahdeksaa vakinaista komppaniaa eri rykmenteistä, ainoina vakinaisen väen miehinä. Hän jatkoi palvelustaan vakinaisen väen kanssa varhaisissa puolustusasemissa Washingtonin ympärillä ja sitten vakinaisen väen divisioonankomentajana Virginian niemimaan sotaretkellä 2. divisioonassa V armeijakunnassa. Hänen miehensä, jotka usein nimittivät itseään ”Sykesin vakinaisiksi”, saavuttivat menestystä puolustamalla asemiaan Gaines' Millissä Seven Daysin taistelujen aikana, ennen kuin unionin linja murtui toisaalla.