La Conferenza di Wannsee del gennaio 1942 è stata considerata il momento decisivo in cui, sotto la presidenza di Heydrich, vennero stabilite le procedure, le competenze, le autorità e i meccanismi dello sterminio degli ebrei d'Europa, ma in realtà i primi programmi di annientamento con tecniche studiate razionalmente per ottenere risultati rapidi e raggiungere la massima efficienza, erano iniziati già nell'autunno 1941 con l'attivazione dei gaswagen nel Campo di sterminio di Chełmno e con i primi esperimenti con i gas nel campo di Auschwitz. Il programma sistematico tuttavia ebbe inizio nel 1942 nei campi di sterminio dell'operazione Reinhard e nel campo di sterminio di Auschwitz che venne enormemente potenziato per mettere in pratica le tecniche con lo Zyklon B. I tre campi di sterminio della "Aktion Reinahrd", a Treblinka, Bełżec e Sobibór, in Polonia, attivati sotto la direzione del capo delle SS del distretto di Lublino, Odilo Globočnik, con la collaborazione di Christian Wirth e altri veterani dell"Aktion T4", il programma di eutanasia del Terzo Reich sospeso nel 1941, erano strutture adibite esclusivamente all'annientamento nelle camere a gas degli ebrei provenienti principalmente dai ghetti polacchi che vennero progressivamente svuotati spesso con la collaborazione dei comitati di autogoverno. I grandi campi di sterminio di Majdanek e Auschwitz invece erano molto più articolati e mantenevano anche strutture per permettere la temporanea sopravvivenza degli ebrei ritenuti idonei al lavoro; la maggior parte dei deportati tuttavia venivano trasferiti direttamente nelle camere a gas. Nel campo di Auschwitz, diretto da Rudolf Höß, furono deportati e sterminati con il gas Zyklon B la maggior parte degli ebrei dell'Europa occidentale e meridionale. Ogni tentativo di resistenza venne brutalmente stroncato; a Varsavia la rivolta del ghetto nella primavera del 1943 terminò con l'annientamento degli ebrei combattenti.