Duque fue contrario a la invasión de los EE.UU. que depuso a Noriega, calificándolo como "el mayor error" e instando a los "partidos nacionalistas" a luchar contra las fuerzas estadounidenses. Meses después de la invasión, los fiscales federales estadounidenses acusaron a la empresa de Duque, Transit S.A., de canalizar millones de dólares en sobornos al ex gobernante de una operación de contrabando de café. .