ヒルは戦争中の論争を免れなかった。脆弱な体質でありしばしば病気に苦しめられて、ゲティスバーグ、荒野およびスポットシルバニア・コートハウスの各戦いではその有効性を減じた（歴史家の中には、ヒルが性病、恐らくは淋病の合併症を患っており、ウェストポイントの士官候補生時代に罹患したと信じる者が居る。士官学校病院の記録では、1844年9月9日に一時帰休した際に罹患した淋病の治療を受けたことを示している）。