Po raz pierwszy na arenie międzynarodowej Marco Kühne pojawił się 14 grudnia 2002 roku, kiedy wystartował w zawodach FIS Race w Klingenthal. Zajął wtedy 12. miejsce w konkursie rozgrywanym metodą Gundersena. W 2003 roku wystartował na mistrzostwach świata juniorów w Sollefteå, gdzie wspólnie z kolegami z reprezentacji wywalczył złoty medal w zawodach drużynowych. Rok później, podczas mistrzostw świata juniorów w Stryn w 2004 roku zajął 22. miejsce w Gundersenie. Wystąpił także na mistrzostwach świata juniorów w Rovaniemi w 2005 roku, gdzie zajął 31. miejsce w sprincie.