Présent à Paris pour les noces de la Marguerite de Valois et du roi Henri de Navarre, le baron de Quellenec meurt, assassiné dans la cour du Louvre, la nuit de la Saint-Barthélemy. Selon un écrit protestant, après s'être défendu vaillamment, son corps fut traîné nu, puis exposé sous les fenêtres du Louvre, les dames de la cour voulant vérifier de visu les causes de l'acharnement de la douairière de Soubise contre le baron du Pont. « Pour veoir à quoy il pouvoit tenir, estant si beau et puissant gentilhomme, qu'il fust impuissant d'habiter avec les femmes." ».