Jancker nahm an der Junioren-Weltmeisterschaft 1993 in Australien teil und kam in seinen zwei Spielen (am 6. März, 1:0-Sieg gegen Portugal und 9. März, 2:2-Unentschieden gegen Ghana) zu jeweils einem Treffer. Zuvor bestritt er am 13. und 16. Januar 1993 jeweils gegen die Türkei (2:2 und 1:1) sowie am 7. und 9. Februar jeweils gegen Saudi-Arabien (2:1, beide Treffer von ihm, und 0:0) seine Spiele für die U-20-Auswahl. Am 14. Dezember 1993 wurde Jancker erstmals in die U-21-Nationalmannschaft berufen; das Spiel in Córdoba gegen die Auswahl Spaniens ging mit 1:3 verloren. Sein zweites Spiel am 10. Mai 1994 ging in Lamia mit 0:1 gegen die Auswahl Griechenlands ebenfalls verloren. Am 14. Oktober 1998 wurde er beim 3:1-Erfolg über Moldau erstmals für die A-Nationalmannschaft berufen und in der 73. Minute für Ulf Kirsten eingewechselt. Sein erstes Länderspieltor gelang ihm am 3. Juni 2000 in Nürnberg beim 3:2-Sieg über Tschechien mit dem 1:0-Führungstreffer. Jancker war Teilnehmer an der Europameisterschaft 2000 und der Weltmeisterschaft 2002. Sein letztes Spiel im Nationaltrikot bestritt er am 16. Oktober 2002, beim 2:1-Sieg über die Färöer. In seinen 33 Länderspielen erzielte Jancker 10 Tore, davon ein „Doppelpack“ am 7. Juni 2000 beim 8:2-Sieg über Liechtenstein.