2009年，巴薩以4,600萬歐元加伊度奧與意甲班霸國際米蘭交換伊布拉希莫维奇。7月27日，伊度奧通過體檢正式加盟國際米蘭，簽約5年，年薪高达1050万欧元。8月8日，埃托奥在北京国家体育场进行中首次代表国际米兰在正式比赛出场并打进一球，但国际米兰仍以1比2输给拉齐奥。伊度奧加盟後迅速融入球隊，在意甲聯賽共射入12球，協助球隊羸得聯賽冠軍。2010年5月5日，伊度奧協助球隊以1-0擊敗羅馬羸得意大利盃冠軍。5月22日，伊度奧參與職業生涯內第三個歐冠決賽，他助攻隊友迪亞高·米列圖入球，協助球隊以2-0擊敗拜仁慕尼黑。最終為國際米蘭重奪闊別45年後第3度捧起歐冠獎盃，並成為首支加冕「三冠王」的意大利球隊。伊度奧個人也是UEFA史上第一位也是唯一一位雙三冠王（2009、2010年連續兩年）。在2010-2011赛季中，埃托奥在代表国际米兰参加的各项赛事中总共打入37球（联赛21球，欧冠8球，意大利杯5球，意大利超级杯2球，世俱杯1球），刷新了个人职业生涯单赛季的进球纪录。他最后一次代表国际米兰参加正式比赛恰恰是在其蓝黑生涯的起点，同样是在中国北京的国家体育场举办的意大利超级杯，不过球队不幸被同城死敌AC米兰以2-1逆转。