После этого Михаил Иосифович несколько лет работал в тренерском штабе сборной СССР, а в 1962 году вновь возглавил тбилисское «Динамо». Здесь прославленный тренер вновь выиграл бронзовые медали чемпионата и заложил базу для победы в чемпионате СССР (к которой тбилисцев в 1964 году привёл Гавриил Качалин). Далее в тренерской карьере Якушина был «Пахтакор», после чего в 1967 году он возглавил сборную СССР. В том же году сборная под его руководством блестяще провела сезон и была поставлена еженедельником «France Football» на первое место среди европейских национальных сборных. На Евро-1968 сборная СССР в полуфинале сыграла вничью 0:0 со сборной Италии и лишь брошенный жребий отправил в финал итальянцев, а советская сборная в матче за 3-е место уступила англичанам, и вскоре после этого Якушин был освобожден от должности.