ความพยายามของฮิเดโยชิในการยึดครองเกาหลีนั้นล้มเหลว แต่ไม่กระเทือนถึงขุมกำลังของอิเอยาซุ หลังจากฮิเดโยชิถึงแก่กรรมใน ค.ศ. 1598 และเกิดเหตุการณ์แย่งชิงกันเป็นผู้สืบอำนาจต่อในยุทธการที่เซกิงาฮาระซึ่งอิเอยาซุมีชัยชนะแล้ว อิเอยาซุก็ได้เถลิงอำนาจใน ค.ศ. 1600 ต่อมาใน ค.ศ. 1603 จักรพรรดิโกะ-โยเซพระราชทานบรรดาศักดิ์โชกุนให้แก่เขา เวลานั้นเขาอายุ 60 ปีแล้ว จน ค.ศ. 1605 เขายอมสละบรรดาศักดิ์นี้ให้โทกูงาวะ ฮิเดตาดะ ผู้เป็นบุตร สืบแทน แต่ที่จริงเขายังถืออำนาจไว้จนตัวตายใน ค.ศ. 1616 ในช่วงที่เขาเป็นโชกุนนั้น เขาริเริ่มใช้ระบบที่เรียกว่า บากูฮัง เพื่อคุมไดเมียวและซามูไรไว้ใต้ระบอบโชกุน