Waage har på bakgrunn av sitt virke som Midtøsten-forsker mottatt flere trusler fra Israel-vennlig hold. Spesielt mottok hun mange trusler i perioden da den andre intifada pågikk; da var hun svært synlig i offentligheten fordi hun ofte ble invitert til debatter og nyhetssendinger på TV og radio. Senere har den israelvennlige organisasjonen MIFF rettet en del kritikk mot henne. Blant annet arrangerte de i 2019 en kåring over det de så på som Norges største anti-israelere. MIFF nominerte syv kandidater som leserne kunne stemme på. Foruten Waage var de andre nominerte Nils Butenschøn, Lars Gule, Sidsel Wold, Odd Karsten Tveit, Kåre Willoch og Mads Gilbert.