Kollektivtrafiken står för en stor del av stadens persontransporter och genomförs via buss. Regelbundna linjer förbinder de olika stadsdelarna. År 2011 ersattes de gamla bussarna med nya, främst av dubbeldäckartyp. Dubbeldäckarna i Skopje har retroutseende, för att likna de klassiska dubbeldäckare som användes före jordbävningen 1963. Förutom dubbeldäckare, finns det också vanliga enplans lokaltrafikbussar. Skopjes stadsfullmäktige planerar att bygga spårvagnssystem i huvudstaden.