Мира с Елизаветой он все же не заключил, и до конца его жизни Испания подвергалась нападениям со стороны английского флота: казна Филиппа была до такой степени истощена, что выстроить оборонительный флот, который был бы одинаково силён на всех направлениях, он не мог. Англичанам удавались дерзкие высадки: например в 1587 году они сожгли Кадис. Однако затяжная война оказалась не по карману и для Англии. Английский флот так и не смог захватить ни одного серебряного конвоя, как называли испанские караваны, следующие с серебром и колониальными товарами из Америки. В Ирландии при поддержке испанцев началось очередное (так называемое Тиронское) восстание. Испанцы со временем научились защищать колонии от «морских ястребов» королевы Елизаветы, успешно отбившись от нападений Дрейка и Хокинса в 1595 году. Мир с англичанами в 1604 году заключил только сын короля Филипп III.