W 1834 ziemia ałtajska została włączona w jurysdykcję eparchii tomskiej, zaś w latach 1924–1929 stanowiła część eparchii nowosybirskiej. W 1930 powstała samodzielna eparchia barnaułska i bijska, która została zlikwidowana w 1938, w okresie prześladowań Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego przez władze stalinowskie. Do 1994 ziemia ałtajska ponownie należała do eparchii nowosybirskiej. Na skutek prześladowań prawosławnych w Związku Radzieckim, z ponad 600 świątyń działających na ziemi ałtajskiej przed rewolucją październikową w 1945 istniały tylko trzy: sobór Opieki Matki Bożej w Barnaule, sobór Zaśnięcia Matki Bożej w Bijsku oraz cerkiew św. Michała Archanioła w Rubcowsku. Władze zamknęły również wszystkie monastery i organizacje misyjne. Zwroty świątyń oraz budowa nowych obiektów kultu były możliwe dopiero od końca lat 80. XX wieku. W 1994 na nowo została powołana do życia eparchia barnaułska, której pierwszym ordynariuszem został biskup Antoni (Masendicz).