Anche con l'arrivo del nuovo allenatore del Bosque, che prende il posto di Aragonés, Reina continua a essere regolarmente convocato. Prende parte alla prima FIFA Confederations Cup nella storia della Spagna, l'edizione del 2009 che si svolge in Sudafrica. Gioca nel girone, la gara che la selezione spagnola vince per 2-0 contro i padroni di casa del a Bloemfontein. La Spagna, conclude la manifestazione al terzo posto.