След смъртта на баща му през 1268 г., Йоан наследява владението на Тесалия и днешна Централна Гърция, резидирайки в Неопатрас. След възстановяването на Византийската империя, Йоан получава титлата севастократор от Михаил VIII Палеолог, за което е сключен династичен брак между племенника му и дъщерята на Йоан Палеолог през 1272 г. по време на Лионската уния. Въпреки това, Йоан остава настроен антивизантийски и е победен от съюзническата армия изпратена да го подчини на Константинопол през 1275 г., в която участва със свой контингент херцога на Атина. По това време той се присъединява към Втората анжуйска коалиция, съставена измежду владетелите на Епир, Рашка, Загора (Търново), в подкрепа на плановете на Карл I Анжуйски, крал на Неапол и Сицилия, за възстановяването на Латинската империя. Михаил VIII Палеолог още преди Сицилианската вечерня се опитва да се противопостави на този антивизантийски алианс, организирайки антиуниатски ортодоксален църковен събор в Тесалия на който присъстват изгонените предходно свещеници от Византия, и на който събор е отлъчен от църквата от византийския император патриарх Йоан XI Век през 1277 г.