Die jong Botha het op die plaas Goede Hoep naby Lusaka grootgeword, waar sy ouers na die Tweede Boereoorlog in 1902 uit die Transvaal geëmigreer het. Nadat hy plaaslike skole bygewoon het, het hy sy skoolopleiding aan die Paarl Boys High School in die Kaapprovinsie voltooi. Daarna het hy in 1940 aan die Universiteit van Stellenbosch regte begin studeer, maar dit na drie jaar gestaak. Daarna begin hy daar ekonomie studeer en studeer in 1945 aan 'n B.Comm-graad.