Als Fußballspieler war Hannes Winklbauer beim Kapfenberger SV, SC Schwarz-Weiß Bregenz und von 1973 bis 1984 bei SV Austria Salzburg aktiv. Am 8. Juni 1974 feierte der damalige Kapitän der Salzburger im Spiel gegen Italien (0:0) sein Debüt in der österreichischen Nationalmannschaft, für die er in den Jahren 1974 und 1975 insgesamt 7 Auswahlspiele absolvierte. Sein letztes Spiel bestritt er in der Qualifikation zur Fußball-Europameisterschaft 1976 am 19. November 1975 bei der 0:1-Niederlage Österreichs auswärts gegen Wales.