Han begyndte hans karriere hos Atletico Olympic i 1992, efter at han havde spillet i Tanzania for Young Africans og i Sydafrika for Vaal Professionals, hvor han blev opdaget af FIFA-agenten Marcelo Houseman, som i 1996 sørgede for, at Nonda spillede i Schweiz for FC Zürich, efter at de havde betalt et beløb på US$150,000. Efter at have været topscorer i Schweiz to år i træk, blev han overført til den franske klub Stade Rennais i 1998 for et beløb på US$9 millioner dollars, og flyttede senere til AS Monaco i 2000, som igen tilbød ham US$25 millioner dollars for at bryde hans kontrakt. Han deltog i UEFA Champions League finalen 2004, hvorefter han skiftede til den italienske klub AS Roma på en tre-årig kontrakt i 2005. Men han levede aldrig op til sit potentiale – dels på grund af en knæskade han fik mens han spillede for Monaco – og i sæsonen 2006–07 blev han lånt til den engelske klub Blackburn Rovers. Mens han var hos Blackburn, meddelte Nonda, at han havde til hensigt at underskrive en permanent aftale. Blackburn valgte dog ikke at underskrive en permanent aftale med Nonda, og han underskrev senere kontrakt med den tyrkiske klub Galatasaray i august 2007 på en to-årig kontrakt.