במהלך מלחמת בוסניה גרמניה טיפלה במרבית הפליטים הבוסנים, וניסתה באמצעות קבוצת התיאום הבינלאומי להביא לסיום המלחמה, והייתה מעורבת בהשגת הסכם דייטון. מאז המלחמה, גרמניה מסייעת בדרכים רבות ושונות עבור בוסניה והרצגובינה, ואף מסייעת לה בהצטרפות לאיחוד האירופי.