Заснаваная ў 1692 годзе Пэтэрам Штрудэлем, акадэмія закрывае свае дзверы пасля яго смерці, у 1714 годзе. У 1725 годзе імператар Карл VI аднавіў яе пад кіраўніцтвам мастака Якаба ван Шупена. У 1772 годзе новыя рэформы рэарганізавалі структуру выкладання мастацтваў. Затым усе мастацкія школы аб’ядноўваюцца пад кіраўніцтвам акадэміі мастацтваў. У 1872 годзе імператар Франц-Іосіф I зацвердзіў закон, які робіць акадэмію вышэйшым органам мастацтваў у Аўстра-Венгрыі. У 1872—1876 гадах быў пабудаваны вялікі ўласны будынак. У 1907 годзе, затым у 1908 годзе малады Адольф Гітлер двойчы спрабаваў паступіць у акадэмію. У перыяд аншлюсу з 1938 па 1945 год акадэмія вымушана рэзка скараціць колькасць сваіх габрэйскіх супрацоўнікаў. Пасля Другой сусветнай вайны яна зноў адкрыта, а ў 1955 годзе стала самастойнай вышэйшай навучальнай установаў. У 1998 годзе яна стала дзяржаўным універсітэтам, захаваўшы сваю першапачатковую назву. У цяперашні час гэта адзіны аўстрыйскі ўніверсітэт, у афіцыйнай назве якога намя ўласна слова «універсітэт».