Con la Reforma protestante, los electores palatinos (Luis V, Federico II y Otón Enrique) se posicionaron contra el emperador Carlos V y el bando católico (Guerra de Esmalcalda), apoyando el luteranismo en los años 1530 y 1540 y el calvinismo en los años 1550. Con la extinción de la rama principal de la familia en 1559, el Electorado pasó a Federico III "el Piadoso" (de la rama Palatinado-Simmern), un calvinista radical que convirtió el Palatinado en uno de los principales centros calvinistas de Europa, y apoyo esencial para los hugonotes franceses (guerras de religión de Francia) y los rebeldes de los Países Bajos (Guerra de los Ochenta Años).