Nach der Machtergreifung kam er am 13. März 1933 kurzzeitig in Haft. Nach 1934 wurde er aufgrund des Gesetzes zu Wiederherstellung des Berufsbeamtentums aus dem städtischen Dienst entlassen. Nach dem Attentat vom 20. Juli 1944 gegen Hitler tauchte er unter. Karl Kirchner starb 1945 kurz nach Kriegsende an Lungen- und Kehlkopftuberkulose.