Во время Отечественной войны 1812 года Бенкендорф был полковником лейб-гвардии Семёновского полка и флигель-адъютантом, командовал авангардом и арьергардом в летучем отряде Ф. Ф. Винцингероде, за боевые отличия произведён в генерал-майоры. В Заграничном походе также командовал различными летучими отрядами, отличился во многих сражениях.