Mihelyt az itáliai háború véget ért, Rüdiger von Starhemberg tábornagy javaslatára I. Lipót császár őt nevezte ki a törökök ellen indított haderő fővezérévé. Savoyai Jenő először Péterváradot védte meg, majd a visszavonuló törököket üldözve Zentánál akkor csapott le a nagyvezír hadára, amikor az éppen átkelt a Tiszán (1697. szeptember 11.) A kettészakadt török sereg két órai harc alatt döntő vereséget szenvedett. A zentai diadal, amely életébe került, véglegesen megtörte a törökök magyarországi hatalmát, és egyúttal megvetette Savoyai Jenő európai hírnevének alapját.