Napriek tomu, že Benátky pôvodne vystupovali ako byzantskí spojenci proti Normanom, neskôr sa ich vzťahy zhoršili. Mohla za to skutočnosť, že po tom, čo Benátky získavali v Konštantínopole stále väčší vplyv, snažil sa Manuel zlepšovať vzťahy a postavenie Janova a Pisy. V apríli 1170 konštantínopolský prefekt Basileios Kamatéros stanovil limity novej janovskej štvrte v Konštantínopole, čo Benátčania okamžite namietali v novej zmluve s Byzanciou. Manuel, aby Benátkam ukázal, že nad jeho ríšou nemajú moc, zhabal benátske peniaze v hlavnom meste a neskôr nariadi všetkým Benátčanom Byzanciu bojkotovať. Vážna hrozba straty obchodného partnera benátskeho dóžu prinútila začať s cisárom vyjednávať. Rokovania medzi krajinami nikam neviedli. V júli bola následne Byzanciou dojednaná nová dohoda s Pisou. Rastúce napätie medzi krajinami vyvrcholilo, keď 12. marca 1171, keď cisár prikázal zatknúť všetkých Benátčanov v ríši a skonfiškovať ich majetky. Niektorým Benátčanom sa podarilo uniknúť a začali plánovať pomstu. Tá na seba nenechala dlho čakať a už v septembri toho istého roku benátska flotila obsadila Ragusu a vyplienila ostrovy Eubója a Chios. Po tom, čo benátsky tábor na ostrove Chios zasiahol mor, Benátčania odišli na Skyros a odtiaľ do Benátok. Zároveň začali nové rozhovory s cisárom. Situácia sa síce čiastočne stabilizovala, no Benátky sa s potupou nikdy nezmierili, čo nakoniec viedlo k udalostiam štvrtej križiackej výpravy.