Il est ensuite associé de recherche à l' (SWP) à Berlin jusqu’à 2012. Il travaille principalement sur le projet de recherche « Le Djihadisme sur internet : l’internationalisation des discours de violence sur le World Wide Web » et conseille l’initiative « Clean IT », soutenue par la Commission européenne et destinée à la lutte contre des contenus extrémistes sur internet. Depuis 2012, il est « Senior Fellow » à l' (IfM) de Berlin. Son œuvre "Carnets égyptiens" analyse la crise profonde que l’Égypte traverse depuis la révolution de 2011.