Невдовзі після початку громадянської війни Кенго очолив антикризовий центр, який був покликаний придушити виступи Лорана Кабіли. Позиції прем'єра похитнулись через його походження з народу тутсі, оскільки повстанці мали зв'язки з тутсі в урядах Руанди й Бурунді. Коли військо Кабіли перетнуло країну, Кенго був розкритикований за кволе ведення боротьби. У березні 1997 року він подав у відставку, прохання було задоволено у квітні того ж року. Режим Мобуту було повалено за місяць. 2003 року Кенго звинуватили у відмиванні коштів у Бельгії.