Três anos após os Ataques de 11 de setembro de 2001, Awlaki decidiu voltar ao Iêmen e começou a lecionar na Universidade al-Iman, mantida por sunitas em Sanaa. Considerado um talentoso orador, começou a recrutar milhares de terroristas nessa instituição. Fluentemente inglês e árabe, costumava também se utilizar as redes sociais da internet para angariar seguidores em favor das causas jihadistas.