Pada tahun 1895, Duchesne memimpin serangan Prancis ke Madagaskar dalam Perang Prancis-Hova Kedua, menurunkan 15,000 pasukannya di Mahajanga, dan berhasil menangkap Antananarivo setelah tujuh bulan. Dua puluh tentara Prancis tewas dalam pertempuran dan 6.000 meninggal karena malaria dan penyakit lain sebelum Perang Prancis-Hova berakhir. Pemerintah menandatangani perjanjian yang menghasilkan kekuatan signifikan bagi pemerintah Prancis tetapi membiarkan monarki tetap utuh. Madagaskar menjadi Protektorat Prancis.