В марте 1941 года Макаров был назначен заместителем командира 11-го механизированного корпуса. Участвовал в Великой Отечественной войне с первых её часов, вступил в жестокие боевые действия в Белостокско-Минском сражении. 23 июня 1941 года корпус совместно с ещё двумя корпусами принимал участие в контрударе по немецким войскам на Гродненском направлении. Контрудар не привёл к остановке продвижения войск противника, и корпусам пришлось начать отход к Минску. Вскоре 11-й механизированный попал в окружение восточнее Минска. 8 июля 1941 года Макаров при попытке выйти из окружения попал в немецкий плен.