Клеверли дебютировал за «Юнайтед» в официальном матче 7 августа на «Уэмбли» в рамках розыгрыша Суперкубка Англии. Во втором тайме он вышел на замену Майклу Каррику. К тому моменту «Юнайтед» проигрывал со счётом 0:2. Однако затем «Юнайтед» смог переломить ход поединка и вырвать победу со счётом 3:2, а Клеверли стал автором голевой передачи для первого гола Нани. 13 августа дебютировал за «Манчестер Юнайтед» в Премьер-лиге, проведя полный матч против «Вест Бромвича» в первом туре чемпионата. 10 сентября в матче против «Болтона» после грубого подката со стороны Кевина Дэвиса получил травму голеностопа, из-за которой, как ожидалось, пропустит месяц. 25 октября он впервые после травмы вышел на поле в матче против «Олдершот Таун» в Кубке Футбольной лиги. 29 октября Том вновь получил травму в матче Премьер-лиги против «Эвертона». Из-за травмы лодыжки, как ожидалось, он не сможет выйти на поле до Рождества, однако травма оказалась серьёзнее, и вывела игрока из строя до середины февраля 2012 года. Клеверли вернулся на поле 16 февраля, выйдя в стартовом составе на матч Лиги Европы против «Аякса». 11 марта сыграл в Премьер-лиге после более чем четырёхмесячного перерыва в матче против «Вест Бромвич Альбион». Всего в сезоне 2011/12 из-за травм Том провёл лишь 15 матчей.