Dans les années suivant la formation du championnat russe en 1992, l'Alania s'y démarque comme l'une de ses meilleures équipes, terminant vice-champion cette année-là avant de l'emporter à l'issue de la saison 1995. Après avoir échoué de peu à conserver son titre l'année suivante, le club entame par la suite un long déclin qui aboutit à sa relégation en 2005. Des problèmes d'ordre financiers l'amènent alors à repartir du troisième échelon avant de retrouver l'élite en 2010, dont il est descend cependant à nouveau en fin de saison. Finaliste malheureux de la Coupe de Russie l'année suivante, l'Alania parvient à remonter une nouvelle fois au terme de l'exercice 2011-2012 mais retombe aussitôt avant de faire à nouveau faillite au début de l'année 2014.