En 1917 y 1918 dos fuertes terremotos azotaron la ciudad de Guatemala y destruyeron casi por completo el templo recoleto, imposibilitando la celebración de los cultos sagrados. Los terremotos detruyeron la cúpula, bóveda y las torres de los campanarios. El gobierno del presidente Manuel Estrada Cabrera fue incapaz de reconstruir la ciudad y el templo quedó destruido por varios años. Los religiosos obtuvieron una licencia para colocar una capilla provisional ante la puerta principal del templo para poder realizar los actos litúrgicos.