חלק מן השיפוץ כלל גם את שיקום הבניין לאחר מתקפת הטרור ב-11 בספטמבר (ראו להלן). פרויקט השיקום כונה "פרויקט פניקס" ובמסגרתו נבנו מחדש טבעות C, D ו-E שנהרסו בהתרסקות טיסה 77 של אמריקן איירליינס אל תוך הבניין. המטוס פגע בין טריזים 1 ו-2, וגרם נזק בעיקר לטריז 1. ליד נקודת ההתרסקות נבנתה אנדרטת זיכרון לחללי הפיגוע.