Pada minggu pertama Perang Bosnia, bandara ini diambil alih oleh tentara Serbia yang kemudian merusak dan menjarahnya. Mulai Juni 1992 hingga berakhirnya perang, bandara ini dikendalikan oleh PBB yang menggunakannya untuk mendaratkan bantuan kemanusiaan ke dalam kota saat diijinkan oleh tentara Serbia yang mengepung kota. Bandara ini menjadi tempat bagi banyak tragedi selama pengepungan karena satu-satunya jalan untuk melarikan diri adalah menyeberangi landasan pacu bandara menuju daerah yang dikuasai pemerintah di sisi yang lain. Sekitar 800 orang terbunuh dalam usaha tersebut oleh penembak Serbia di ketiga sisi bandara, hingga akhirnya sebuah terowongan dibangun di bawah landasan pacu.