После распада СССР отмечается активное проникновение «Серых волков» в Азербайджан, где было создано отделение структуры под руководством министра внутренних дел в 1992—1993 Искандера Гамидова.. Около 200 турецких активистов участвовали на азербайджанской стороне в войне с Арменией. В 1995 «Серые волки» были запрещены в Азербайджане за причастность к мятежу против Гейдара Алиева.