Po založení Německé demokratické republiky v roce 1949 a zavedení sovětského státního modelu se stal Honecker roku 1950 kandidátem politbyra SED. V letech 1955 až 1957 studoval na stranické škole v Moskvě. Zde se zúčastnil 20. sjezdu KSSS. Do Německa se vrátil v roce 1958 a stal se plnohodnotným členem politbyra. V politbyru zodpovídal za bezpečnostní a vojenské záležitosti. Jako stranický bezpečnostní tajemník byl hlavním organizátorem stavby Berlínské zdi v roce 1961.