Während des Franzosen- und Indianerkriegs diente er erst als Lieutenant und später als Captain für die Armee aus New Jersey. Während des Pontiac-Aufstands 1760 war er Kommandant in der Region um Detroit. Nach den Kriegen ging er zurück nach Elizabethtown, New Jersey und wurde Kolonialbeamter und Händler. 1774 ersuchte der Erste Kontinentalkongress die Kolonien, sich gegen die neue Steuerpolitik des Parlaments zu wehren, indem eine einjährige Export- und Importsperre gegenüber Großbritannien erhoben wurde. Dayton diente dem Ausschuss Elizabethtowns und schloss sich der lokalen revolutionären Bewegung an. Als sich das Blatt 1775 gegen den königlichen Gouverneur William Franklin wendete, beschloss New Jerseys provinzieller Kongress Elias Dayton als Führer des dritten New Jersey Regiment einzusetzen. Im Frühling 1776 wurden er und seine Truppen (einschließlich seines Sohnes Jonathan) entsendet, um eine Invasion Kanadas zu unterstützen, wurden aber letztlich doch nach New York geschickt, um das dortige Mohawk Valley vor Indianischen Eindringlingen zu schützen. Dayton war für das Konstruieren der Verstärkungen verantwortlich. Diese Verstärkungen schlossen Fort Dayton ein, was heute Herkimer, New York ist. Im Dezember 1778 wurde er in den Kontinentalkongress gewählt, verzichtete aber im Mai 1779 auf sein Mandat.