Прошёл всю войну. 3 июля 1941 года, как сообщал Филин в автобиографии, он «вступил в ряды народного ополчения. Сначала был отв. секретарем партбюро артполка, затем старшим инструктором и лектором политотдела 42-й армии, а в 1943 г. был назначен старшим инструктором 7-го отдела Политуправления Ленфронта. Участвовал в боях на Ленинградском фронте, 900 дней был в кольце блокады». Ф. П. Филин награждён орденами Красной Звезды (30 июля 1944), Отечественной войны II степени (22 июля 1945), медалями «За оборону Ленинграда» (вручена 2 июня 1943), «За победу над Германией» (1945) и др. Вёл пропаганду, в том числе среди военнопленных, готовил материалы для заседаний военного совета, имел воинское звание майор. В наградном листе на орден Отечественной войны указано: «"Майор Филин Ф. П. участвовал в боях под Гатчиной, Красным Селом и Петергофом (в 1941 г.), под Ленинградом (в 1941—1944 гг.), под Псковом, на Карельском перешейке и в Эстонии (1944 г.). По заданиям Начальника Политуправления фронта систематически выезжал на передний край, организовывал звукопередачи, засылку военнопленных и оказывал помощь политорганам армий и дивизий. Показал себя, как авторитетный и дисциплинированный офицер. Проводил широкую информационную и пропагандистскую работу (обзоры, лекции, выступления в печати). На Курляндском участке Ленинградского фронта в апреле — мае 1945 г. находился в командировке в армиях и дивизиях, проводил засылку парламентёров в расположение противника, опрос пленных и составление информационных материалов. Проявил инициативу в работе, в боевой обстановке показал себя, как смелый офицер. Предан партии Ленина—Сталина и Социалистической Родине"».