Події перевороту та громадянської війни в Росії різко змінили долю майбутнього вченого. Під час відпустки в зайнятій білогвардійцями Одесі 1920 року у зв'язку з наступом «червоних» він вирішує емігрувати в Югославію. У Белграді був організований Російський науковий інститут, який надавав можливість іноземним вченим продовжувати свою дослідницьку діяльність. До того ж ректором Белградського університету був А. Білімович, якого В. Жардецький знав по Одеському університету (не виключено, що вони разом залишили Одесу). 1929 року молодий вчений захистив дисертацію і став доктором філософії.