Im November 1646 wurde er zum Hetman ernannt und nahm in der Folge an dem Sejmy 1646 und 1647 teil. Als 1648 der Chmelnyzkyj-Aufstand ausbrach, nahm er zusammen mit Mikołaj Potocki am Feldzug gegen die Aufständischen teil. In der Schlacht bei Korsun wurde das polnische Heer geschlagen, und Kalinowski wurde gefangen genommen. Das geforderte Lösegeld von 100.000 Złoty konnte er nicht bezahlen und blieb zwei Jahre in Gefangenschaft, bis ein Teil der Summe bezahlt werden konnte. Kalinowski, der seine Beförderung den guten Kontakten zu Jerzy Ossolinski zu verdanken hatte, kehrte im Jahr 1651 mit einem neuen Heer in die von den Kosaken besetzten Gebiete zurück. Er erzielte eine Zahl von Erfolgen und eroberte Murachwa, Szarogród und Jampol. Trotz dieser Anfangserfolge musste er sich zurückziehen und vereinigte seine Truppen mit der königlichen Armee. In der Folge nahm er im Juni 1651 an der Schlacht bei Berestetschko teil. In der Folge wurde ein vorläufiger Frieden geschlossen, der jedoch brüchig war. 1652 übernahm er die Beaufsichtigung der Gebiete in der Ukraine. Diese Rolle übernahm er, da seine Ambitionen die Empörung des ruthenischen Adels ausgelöst hatte und er sich vorläufig aus dem Sejm und dem politischen Tagesgeschäft zurückziehen wollte. 1652 erhielt er die Aufgabe, die Kosakenarmee daran zu hindern, Moldawien zu erreichen. Bei Batoh stellte er mit seinen 10.000 bis 15.000 Mann die Kosaken, die jedoch Verstärkung durch Tataren erhielten und so zahlenmäßig weit überlegen waren. Als im Lager ein Tumult ausbrach und die polnischen Truppen umzingelt wurden, kam es zu einem Massaker. Kalinowski versuchte noch, seinen Sohn Samuel zu retten, starb jedoch während der Schlacht, genau wie sein Sohn.