W reprezentacji Burkiny Faso Ouattara zadebiutował w 2001 roku. W 2002 roku był powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki 2002. Na nim rozegrał 2 mecze: z Republiką Południowej Afryki (0:0) i z Marokiem (1:2). W kadrze narodowej grał do 2005 roku.