1992 wurde Trofimow Leiter der Behörde gegen Korruption und organisiertes Verbrechen des Innenministeriums. Nach der Auflösung des Obersten Sowjets im Oktober 1993 ließ Trofimow den damaligen Vizepräsidenten Alexander Ruzkoi und Parlamentschef Ruslan Chasbulatow verhaften.