Tras la caída de Berlín en abril de 1945, Stuckart fue convocado por el almirante Karl Dönitz para formar parte del efímero Gobierno de Flensburgo como "Ministro del Interior". Tras disolverse este nunca reconocido "gobierno", Stuckart fue arrestado por los británicos y sometido a proceso por promover el Holocausto desde su cargo ministerial, siendo sentenciado a prisión, fue liberado en abril de 1949. En 1951 una corte alemana de desnazificación lo tachó de compañero de ruta del nazismo, pero no como líder ni ideólogo del Tercer Reich.