Durante su gestión, Argentina fue blanco de dos ataques terroristas: el 17 de marzo de 1992 se produjo el primer atentado contra la embajada de Israel, donde murieron 22 personas y el 18 de julio de 1994 se produjo el Atentado a la AMIA (Asociación Mutual Israelita Argentina), que causó la muerte de 85 personas. La investigación del primer atentado fue realizada por la Corte Suprema de Justicia, sin que fuera elevada nunca a juicio. Respecto del segundo atentado a la AMIA, cuando se realizó el juicio oral entre 2001 y 2003, quedó al descubierto una gigantesca red de encubrimiento que involucraba al juez de la causa, los fiscales, los servicios de inteligencia, el entonces presidente Menem y altos funcionarios de su gobierno, y hasta el presidente de la Delegación de Asociaciones Israelitas Argentinas (DAIA), que generó un segundo juicio por encubrimiento, iniciado en 2015 y que aún no había finalizado a octubre de 2018.