29 марта 2011 года в товарищеском матче против сборной Катара вышел на поле во втором тайме капитаном, заменив Сергея Рыжикова во втором тайме, и отыграл на ноль, неоднократно спасая свои ворота. 7 июня в матче против Камеруна вывел команду с капитанской повязкой и отстоял на ноль. В связи с очередной травмой основного вратаря сборной Игоря Акинфеева, полученной в матче чемпионата России против «Спартака», стал в ворота на заключительные матчи отборочного этапа чемпионата Европы 2012, где все четыре оставшихся матча отыграл «на ноль». На Евро-2012 был основным вратарём сборной, однако сборная России не смогла выйти из группы, а сам Малафеев пропустил три гола (по одному в каждом матче).