En las movilizaciones y en las medidas precautorias que señalaron los años de 1804 y 1805, así como en la guerra de 1806 que le siguió, Scharnhorst actuó como Jefe del Estado Mayor General (Teniente-Comisario) del Duque de Brunswick, recibiendo una herida superficial en la Batalla de Auerstädt (), y se distinguió por su inflexible decisión durante la retirada del ejército prusiano. Se unió a Gebhard Leberecht von Blücher en las últimas fases de la desastrosa campaña, sufrió con él la prisión después de capitular en la batalla de Lübeck () y, luego de ser intercambiado por otro prisionero, tomó parte relevante y decisiva en la guía de los cuerpos prisioneros de L'Estocq que servían al Imperio ruso. Por sus servicios en la Batalla de Eylau (febrero de 1807), recibió la más importante decoración militar prusiana, la "Pour le Mérite".