En julio de 1936, al estallar la Guerra Civil no solo se negó a unirse a los sublevados —a pesar su condición de católico y estar conceptuado como persona de filiación derechista—, sino que, por el contrario, se puso, con las fuerzas a su mando, a disposición del Gobierno republicano, lo que contribuyó decisivamente a que Barcelona no cayese en poder de los rebeldes. El general Manuel Goded le llamó para intentar que se sumase al golpe, pero Aranguren se negó rotundamente. Su subordinado, el coronel Antonio Escobar, también se mantuvo fiel a la República y cumpliendo las órdenes de Aranguren, mandó las tropas de la Guardia Civil que acabaron con la sublevación. A mitad de agosto de 1936 fue uno de los testigos de cargo en el proceso a que fueron sometidos los generales sublevados Goded y Fernández Burriel como consecuencia de la sublevación militar, llegando a declarar contra los generales rebeldes.