Афанасий Лымин родился 18 августа 1904 года в районе реки Колва. Закончил четыре класса церковно-приходской школы. В 1925 году на Колву с агитационной миссией приехал художник Фёдор Модоров. Там он познакомился с молодым ненцем, которого земляки называли Опоня, и пригласил его ехать с собой в Москву. В 1930 году Афанасий Лымин окончил Коммунистический университет трудящихся Востока имени И. В. Сталина. После учебы Лымин был направлен в Казахстан в качестве политрука Красной армии. Участвовал в ликвидации басмачества.