در طول جنگ شوروی و افغانستان در دهه ۱۹۸۰، دوستم فرمانده منطقه شمال افغانستان در ارتش ملی بود. او فرماندهی حدود ۲۰۰۰۰ سرباز عمدتاً ازبک را برعهده داشت که علیه شورشیان مجاهدین می‌جنگیدند. وی دولت محمد نجیب الله را در سال ۱۹۹۲ کمی قبل از فروپاشی‌اش ترک کرد و به مجاهدین پیوست و حزب جنبش ملی و شبه‌نظامی خود را تشکیل داده و به عنوان یک جنگ سالار مستقل درآمد. وی بعداً رهبر دفاکتو جامعه ازبکستان افغانستان شد و کنترل ولایات شمالی این کشور و مزارشریف را در دست گرفت و با یک ارتش ۴۰٬۰۰۰ نفری با تانکها و جت‌های ازبکستان و روسیه شبه دولت خود را ایجاد کرد. وی در ابتدا از دولت جدید برهان الدین ربانی در کابل حمایت کرد اما در سال ۱۹۹۴ حزب خود را تغییرداده و با گلبدین حکمتیار متحد شد. در سال ۱۹۹۶، او دوباره تغییر حزب داد و از ربانی حمایت کرد. در سال ۱۹۹۷، پس از آنکه عبدالملک پهلوان، دستیار سابقش مزارشریف را تصرف کرد، وادار به فرار شد اما بعدها مبارزه کرده و کنترل دوباره شهر را به دست آورد. در سال ۱۹۹۸، طالبان این شهر را تسخیر کردند و او دوباره فرار کرد. دوستم در سال ۲۰۰۱ به افغانستان بازگشت و پس از حمله آمریکا به اتحاد شمال پیوست و جناح خود را در سقوط مزارشریف رهبری کرد.