Maajoukkuedebyyttinsa hyökkääjä teki vuonna 2002, josta lähtien hän on pelannut maajoukkueessa epäsäännöllisesti ennen vuoden 2008 EM-karsintaa. Esimerkiksi vuonna 2004 Amanatídis ei osallistunut EM-kisoihin, joissa Kreikka voitti kultaa. Viimeisissä karsinnoissa Amanatídis pelasi 18 ottelua ja viimeisteli maalin kahdesti. Ottelussa, jossa Kreikka voitti vieraskentällä Turkin 1-0 Amanatídis oli ainoa maalintekijä. Amanatídis kuului Kreikan joukkueeseen myös vuoden 2008 EM-kisoihissa, joissa Kreikka jäi alkulohkonsa viimeiseksi ja hävisi kaikki ottelunsa. Amanatídis pelasi turnauksessa 196 minuuttia, tekemättä kuitenkaan yhtään maalia.