Nach dem frühen Tod der Mutter lebte Carl von Mannlich ab 1800 beim Vater in München. Hier besuchte er bis 1804 das Kadettenkorps, was jedoch seinem Vater missfiel. So schickte er ihn auf die Forstschule Freising. 1805 meldete sich Mannlich freiwillig zum Kampf gegen Österreich. Nach dem Feldzug bestand sein Vater auf Fortsetzung der Forstausbildung. 1809, im erneuten Kampf gegen Österreich, meldete sich Carl von Mannlich wieder freiwillig zur Armee und avancierte zum Leutnant im 1. Dragoner-Regiment. Nach Ende des Krieges lebte er am Hof in München, wo sein Vater beim König sehr angesehen war. Eine besondere Freundschaft verband den jungen Mann mit dem französischen Botschafter Louis Marie de Narbonne-Lara (1755–1813).