İmparatoriçe Theodora, M.S. 28 Haziran 548 tarihinde, yaygın kabule göre, kanserden ölmüştür. Naaşı İstanbul'daki Havariyyun Kilisesi'ne gömülüdür. İstanbul'un Fethi'nden sonra kilise yıkılarak yerine Fatih Camii yapılmıştır. Havariyyun Kilisesi'ndeki lahitler bugün İstanbul Arkeoloji Müzesi'nde sergilenmekteyse de Theodora'nın lahti kayıptır.