A „hosszú háború” következtében a Fejedelemség addigi legsúlyosabb válságát élte át. Báthory Zsigmond többszöri lemondása és visszatérése következtében Erdély állandó belháború színtere lett. Rudolf előbb Mihály vajdát nevezte ki Erdély császári helytartójává, majd a hírhedt Giorgio Basta tábornokot állította az elpusztított tartomány élére. Jellemző, hogy a Habsburgok 1602-ben azt a Bocskai Istvánt is perbe fogták és Prágába internálták, aki a Habsburg-párti politika legfőbb erdélyi képviselője volt és törökellenes oldalon léptette be a fejedelemséget a háborúba. Az 1604-ben kezdődött Bocskai-felkelés a királyi Magyarország területének nagyobb részéről kiszorította a német csapatokat és helyreállította az Erdélyi Fejedelemség tizenöt éves háború előtti státuszát. A következő fél évszázadban az erdélyi fejedelmek léptek fel a Habsburgokkal szemben magyar rendi jogok és a vallásszabadság őrzőiként.