В 1514 году у окрестностей города Хой произошла знаменитая Чалдыранская битва между османской и сефевидской армиями, увенчавшаяся победой османского султана Селима I. В XVIII веке город был столицей Хойского ханства — феодального государства в Южном Азербайджане. В начале XIX века неоднократно занимался русской армией в ходе многочисленных русско-персидских, а также русско-турецких войн. С 1941 по 1946 был занят Красной Армией.