Les relations se dégradèrent lors de l'invasion japonaise de l'Indochine française en 1940, puis de la guerre franco-thaïlandaise après que le Japon eut conclu une alliance avec la Thaïlande qui à son tour, envahit l'Indochine française en 1941. Là aussi les choses se normalisèrent à la suite de la signature des actes de capitulation du Japon le .