בתחילת 2001, תוך כדי האינתיפאדה, התקיים משא ומתן בועידת טאבה, שהופסק משום שנערכו הבחירות המיוחדות לראשות הממשלה, שבהן ניצח מועמד הליכוד, אריאל שרון. שרון הקים ממשלת אחדות עם מפלגת העבודה ובמשך זמן מה ניסה לקיים מדיניות הבלגה מול הטרור הפלסטיני. בסופו של דבר, אחרי פיגוע קשה במיוחד במלון פארק בנתניה בפסח 2002, הורה שרון על מבצע חומת מגן שבמסגרתו כבש צה"ל את הערים הפלסטיניות. מבצע זה והמבצעים הצבאיים שבאו אחריו, וחיסול מנהיגי הטרור אחמד יאסין, עבד אל-עזיז א-רנתיסי ואחרים בסיכולים ממוקדים, תרמו להפחתת הפיגועים ולדעיכת האינתיפאדה בסוף 2004. במסגרת מאמצי ההתגוננות מפני הטרור גם הלכה ונבנתה גדר ההפרדה לאורכה של מדינת ישראל בסמוך לקו הירוק. מפרוץ האינתיפאדה ועד 2005 נהרגו למעלה מאלף ישראלים בפיגועי טרור.