Le , la ville est occupée par les troupes nazies, mais une semaine plus tard, en vertu du Pacte germano-soviétique, elles sont remplacées par l'Armée rouge. Le 27 septembre, la ville est intégrée à la République socialiste soviétique de Biélorussie dans le cadre de l'URSS. Les entreprises juives sont fermées, et les institutions politiques, sociales et éducatives juives sont déclarées illégales. Beaucoup de "capitalistes" juifs ainsi que Polonais sont arrêtés et exilés en Sibérie. Dans le même temps affluent à Białystok des milliers de réfugiés juifs en provenance de territoires occupés par l'armée allemande. On estime que pendant l'hiver 1939-1940, la ville compte entre 50 et Juifs.