Bayard hatte wie seine föderalistischen Parteifreunde gegen die Kriegserklärung an Großbritannien gestimmt, die zum Britisch-Amerikanischen Krieg führte. Nach Kriegsausbruch unterstützte er jedoch die Maßnahmen, den Krieg erfolgreich zu führen. 1813 wurde er als einziger Föderalist von Präsident James Madison um Mitglied der Verhandlungsdelegation ernannt, die unter russischer Vermittlung im damals niederländischen Gent einen Friedensvertrag aushandeln sollte. Dieser wurde am 24. Dezember 1814 unterzeichnet und im Februar 1815 ratifiziert. Die Ernennung zum Botschafter der USA in Russland lehnte er ab.