Wobec groźby dekonspiracji, w styczniu 1941 roku, zdecydował się na wyjazd do Wilna ale został zatrzymany przez NKWD na stacji kolejowej w Turmoncie. Po brutalnym śledztwie przyznał się do konspiracyjnej działalności i kierowania tajną polską organizacją wojskowo-powstańczą. 18 czerwca 1941 roku został przedstawiony mu akt oskarżenia. Po ataku III Rzeszy na ZSRS został wywieziony transportem kolejowym z Łukiszek do miasta Gorki.