Vom 10. Juli 1943 bis zum 31. Dezember 1944 war Thadden Stabschef im Wehrkreiskommando I in Königsberg. In dieser Funktion als Befehlshaber des Königsberger Wehrkreises war er am 20. Juli 1944 beim Attentat auf Hitler durch Claus Schenk Graf von Stauffenberg in unmittelbarer Nähe, nachdem er zusammen mit diesem und General der Infanterie Walter Buhle, Chef des Heeresstabes beim OKW, eine Unterredung gehabt hatte.