В начале Крымской войны в 1853 году полк участвовал в осаде Силистрии. 4 декабря 1853 года 5-й и 6-й батальоны были укомплектованы бессрочно-отпускными, а 10 марта 1854 года вновь сформированы 7-й и 8-й запасные батальоны. 22 октября 1854 года Охотский полк прибыл в Севастополь и принял участие в Инкерманском сражении. В этот день Охотский полк стремительно атаковал английскую батарею и после рукопашного боя захватил 9 орудий. К англичанам на помощь подошла их гвардия и быстрым натиском выбила Охотский егерский полк с батареи. Во время этой атаки был убит знаменщик и знамя попало в руки англичан. Унтер-офицер Иван Барабашев и рядовой Игнатьев, видя это, бросились на батарею в кучу врагов и вырвали знамя из неприятельских рук. Охотский полк, поддержанный Селенгинским и Якутским пехотными полками, ударил в штыки, и англичане снова уступили русским батарею. Наступление французского корпуса Боске вызвало повторную контратаку, после которой Охотский полк вынужден был отступить с большим уроном. 5 ноября 1854 года Охотский полк вступил в Севастополь и находился при отражении штурмов 26 мая, 6 июня и 27 августа.