Durante el gobierno turco Gračanica se convirtió en un importante centro cultural. En tiempos del metropolita Nikanor (1528–1555) se pintaron varios iconos sobre el altar. También, gracias a la imprenta, Nikanor obtuvo muchos libros de servicio y objetos para el uso monástico. Las puertas reales fueron encargo del metropolita Dionisie en 1564, cuya muerte está representada en un fresco en el nártex. Una gran restauración tuvo lugar a través de los esfuerzos del patriarca Makárie Sokolovich. Todas las aberturas en el nártex externo fueron tapiadas y se completaron nuevos frescos en 1570. Gracias al patriarca Paisie, la iglesia tuvo su tejado de plomo, y en 1620 la gran cruz con el Crucifijo fue hecho en el iconostasio. El monasterio fue expuesto a nuevos daños hacia el fin del siglo XVII, en la guerra entre la Santa Liga y los turcos, tras el segundo sitio de Viena - en que los serbios intervinieron por parte cristiana. Los turcos quitaron la cruz de plomo y arrancaron las baldosas del suelo, junto con el tesoro escondido en la iglesia por el patriarca Arséniye III.