El 23 de junio de 2016, Nicola se incorporó al Crotone, equipo debutante en la Serie A. Aunque el modesto elenco calabrés terminó la primera vuelta de la Serie A como 19º clasificado con sólo 9 puntos en su casillero, sumó 20 puntos de los últimos 27 posibles y logró la permanencia en la última jornada. El 6 de diciembre de 2017, Nicola presentó la dimisión como técnico del Crotone, 16º en la Serie A en aquel momento.