После свержения Муталибов перебрался в Россию, жил в Москве. В самом Азербайджане против свергнутого президента возбудили уголовное дело. В феврале 1994 года Прокуратура Азербайджана выдала ордер на его арест в связи с расследованием трагических событий января 1990 года.