ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1996 ถึง ค.ศ. 2001 ตอลิบานได้เข้ายึดอำนาจเหนือพื้นที่ประมาณสามในสี่ของอัฟกานิสถาน และบังคับใช้กฏหมายชารีอะฮ์หรือกฏหมายอิสลามอย่างเคร่งครัด ตอลิบานเกิดขึ้นในปี ค.ศ. 1994 ซึ่งเป็นหนึ่งในกลุ่มที่โดดเด่นในสงครามกลางเมืองอัฟกานิสถาน และส่วนใหญ่ประกอบไปด้วยพวกนักเรียน(ตาลิบ) จากพื้นที่ปัชตุน (Pashtun) ทางตะวันออกและทางใต้ของอัฟกานิสถานที่ได้เข้าศึกษาในโรงเรียนอิสลามแบบดั้งเดิม และต่อสู้รบในช่วงสงครามโซเวียต–อัฟกานิสถาน ภายใต้การนำของมุฮัมมัด อุมัร ขบวนการนี้ได้แผ่ขยายไปทั่วอัฟกานิสถาน ทำให้อำนาจของกลุ่มขุนศึกมูจาฮีดีนต้องจบลง เอมิเรตส์อิสลามแห่งอัฟกานิสถานซึ่งใช้ระบบรวบอำนาจเบ็ดเสร็จ ถูกก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1996 และได้ย้ายเมืองหลวงอัฟกานิสถานไปยังกันดะฮาร์ มันถูกควบคุมพื้นที่ส่วนใหญ่ของประเทศจนกระทั่งถูกโค่นล้มอำนาจภายหลังจากการบุกครองอัฟกานิสถานที่นำโดยอเมริกาในเดือนธันวาคม ค.ศ. 2001 หลังเหตุการณ์วินาศกรรม 11 กันยายน ในช่วงการปกครองส่วนของภาคตะวันออกเฉียงเหนือของกลุ่มก่อนหน้านี้ได้ถูกจัดตั้งขึ้นโดยกลุ่มพันธมิตรฝ่ายเหนือ ซึ่งส่วนใหญ่ยังคงเป็นที่ยอมรับในระดับนานาชาติว่าเป็นความต่อเนื่องของรัฐอิสลามอัฟกานิสถานแบบชั่วคราว ณ จุดสูงสุด การยอมรับทางการทูตอย่างเป็นทางการของรัฐบาลตอลิบานซึ่งเป็นที่ยอมรับจากสามประเทศเท่านั้น: ปากีสถาน ซาอุดีอาระเบีย และสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ ภายหลังต่อมากลุ่มได้ถูกจัดตั้งใหม่เป็นขบวนการก่อกบฏเพื่อต่อสู้รบกับการบริหารปกครองของนายการ์ไซซึ่งได้รับหนุนหลังจากสหรัฐและกองกำลังสนับสนุนด้านความมั่นคงนานาชาติ (International Security Assistance Force, ISAF) ที่นำโดยเนโท ในสงครามในอัฟกานิสถาน