Il 25 maggio 2013 raggiunge la finale di Champions League, poi persa per 1-2 contro il Bayern Monaco. Il 27 luglio 2013 conquista la Supercoppa di Germania, battendo il Bayern Monaco per 4-2. Il 13 agosto 2014 vince il suo sesto titolo da allenatore, battendo nuovamente il Bayern Monaco (2-0) in Supercoppa di Germania al Signal Iduna Park. Il 15 aprile 2015 annuncia la decisione di lasciare il al termine della stagione 2014-2015. La sua ultima partita con il Dortmund è la finale di Coppa di Germania, che vede il Borussia uscire sconfitto per mano del (1-3).