Au début de la guerre de Sécession, Kershaw commande le 2nd South Carolina Volunteer Infantry Regiment et prend part à la première bataille de Bull Run. Le 2nd South Carolina est présent à Morris Island lors de l'incident du fort Sumter. Il est nommé brigadier général le , et commande une brigade dans l'armée de Virginie du Nord de Robert E. Lee pendant la campagne de la Péninsule, à la fin de laquelle il continue avec Lee et prend part à la campagne de Virginie septentrionale et à la campagne du Maryland. Vers la fin de la bataille de Fredericksburg, il succède au brigadier général , après sa mort, et repousse les deux dernières attaques menées par les fédéraux sur Marye's Heights.