У лютому 2016 року після статті «Бомба, готовая взорваться» отримав звинувачення в екстримізмі, чисельні залякувань з боку режиму Путіна, обшуків житла, погроз арешту, суду та ув'язнення, а також натяків, що після убивства Бориса Нємцова він буде наступною «ритуальною жертвою» Путіна, Піонтковський заявив, що змушений на деякий час покинути Росію.