År 1959 listade Yasukuni Jinja 1068 personer som har dömts för krigsförbrytelser (klass B- och C-krigsbrott) av en domstol (Tokyoprocessen) som följde på slutet av andra världskriget. År 1978 listade Yasukuni 14 personer som dömts för klass A-krigsbrott. I samband med denna händelse, från 1978 och framåt, har besök vid helgedomen av medlemmar av det japanska parlamentet orsakat protester utomlands, främst i Kina och Sydkorea. Kejsar Hirohito besökte aldrig Yasukuni från 1978 fram till sin död 1989 i protest mot införandet 1978 av de 14 personer som dömts för klass A-krigsbrott. Opinionen i Japan avseende Yasukuni är delad, bland annat mot bakgrund av den senaste tidens förknippande av Yasukuni med andra världskriget. Den tidigare premiärministern Junichiro Koizumi har gjort årliga besök från 2001–06.