Nel periodo 1998-2000 l'impegno del team passa alla gestione di un programma nelle gare endurance, in collaborazione con la squadra Williams F1 viene allestita una sport aperta, denominata "BMW V12 LM" per gareggiare nella 24 Ore di Le Mans 1998, corsa nella quale i due prototipi bavaresi sono costretti al ritiro per problemi ai cuscinetti dei mozzi ruota. L'anno seguente viene presentata l'evoluzione della sport, la BMW V12 LMR, con tale vettura la squadra ottiene prestigiosi successi, vincendo la 12 Ore di Sebring e la 24 Ore di Le Mans 1999.