På det danske landshold spillede han 120 landskampe og scorede 231 mål, og han fik sit gennembrud under EM i 2006, hvortil han egentlig kun kom med på afbud fra Lasse Boesen, og præstationen blev godt fulgt op med spil på et stabilt højt niveau under VM i 2007. På landsholdet stod han lidt i skyggen af Joachim Boldsen, men i modsætning til Boldsen spillede Jesper Jensen på landsholdet så vidt muligt ikke i forsvaret, idet han fysisk ikke var helt stærk nok til at matche mange af modstandernes – ofte meget store – bagspillere.