Au début de l'invasion allemande de l'Union Soviétique, entre juin et , il est chef d'une unité d'environ 40 hommes, l"'Einsatzkommando" 2 de "Einsatzgruppe" A, supervisant l'extermination de tous les "ennemis du Reich" et les Juifs des États baltes. En 1943, Batz devient commandant de la "Sicherheitspolizei" à Cracovie et peu de temps après, chef de la Gestapo à Hanovre.