При отступлении белой армии Клерже добрался до города Красноярск с поездом Осведомительного управления, где, по причине антиколчаковского восстания, был вынужден покинуть свой эшелон и пробираться далее уже в одиночку. Сумел добраться до Иркутска, а оттуда — с эшелонами чехословацкого корпуса — и в Забайкалье. В 1920 году Георгий Иосифович стал генералом для поручений при атамане Г. М. Семёнове — главнокомандующем всеми вооруженными силами Российской Восточной окраины. После раскола белых на «семёновцев» и «каппелевцев» он стал начальником штаба у Семёнова (с июля по сентябрь 1921). В этот период был произведён в чин генерал-лейтенанта.