Maaliskuun 2008 lopussa Azerbaidžanin jalkapalloliitto palkkasi Vogtsin maajoukkueensa uudeksi päävalmentajaksi. Vogtsin lisäksi tehtävään olivat ehdolla muun muassa Philippe Troussier, Hans-Peter Briegel ja Horst Köppel. Azerbaidžan pelaa samassa MM2010-karsintalohkossa Suomen kanssa. Vogtsin johdolla Azerbaidžan jäi MM-karsintalohkossa toiseksi viimeiseksi keräten viisi pistettä, taakse jäi ainoastaan Liechtenstein. Tästä huolimatta liitto antoi tukensa Vogtsille ja teki marraskuussa 2009 tämän kanssa jatkosopimuksen EM2012-karsintoihin. Lokakuun lopussa 2011 Vogts ilmoitti jättävänsä maajoukkuevalmentajan tehtävät sopimuksen päätyttyä karsintoihin. EM2012-karsinnoissa Azerbaidžan jäi karsintalohkossaan toiseksi viimeiseksi voitettuaan vain kaksi ottelua. Kaikkiaan Vogts luotsasi joukkueen kahdeksaan voittoon ja kymmeneen tasapeliin kaikkiaan 40 maaottelussa. Marraskuun lopussa hän kuitenkin ilmoitti käyvänsä neuvotteluja jatkostaan Azerbaidžanin liiton tarjottua vuoteen 2014 ulottuvaa sopimusta. Elokuussa 2013 uutisoitiin, että Vogts lopettaa maajoukkueen päävalmentajana vuoden 2014 lopussa.