Kyle Bekker maakte op 26 januari 2013 zijn debuut in het Canadees voetbalelftal in een vriendschappelijke interland tegen Denemarken (0–4 nederlaag). Bekker begon in het basiselftal en zag de Denen binnen vijfendertig minuten driemaal scoren; één minuut voordat hij werd vervangen maakte Andreas Cornelius de 0–4. Zijn eerste interlandtoernooi speelde Bekker in juli 2013, de CONCACAF Gold Cup. Hij speelde mee in de groepswedstrijden tegen Mexico (2–0 verlies) en Panama (0–0 gelijkspel). Bondscoach Benito Floro nam Bekker in juni 2015 op in de selectie voor de CONCACAF Gold Cup 2015, gehouden in de Verenigde Staten en Canada.