Durante la llamada Segunda intervención francesa en México, Tlalpan continuo siendo un sitio de esparcimiento, a donde en varias ocasiones pernoctaron los llamados Emperadores Mexicanos, eso a pesar de que como en las guerras anteriores fuera foco de constantes combates entre las fuerzas, al final de la intervención Tlalpan fue asediada por fuerzas Republicanas quienes la terminaron tomando por la fuerza para así poner sitio a la ciudad de México (1867). Un poco antes en 1861 el presidente Benito Juárez había dado la concesión para una línea cuya traza sería "México – Tacubaya – Mixcoac – San Ángel – Tlalpan – Coyoacán – Xochimilco - Chalco", esa línea debía ser completada en ocho meses y debía costar cerca de dos millones de pesos de entonces, pero en 1868 aún no se concluía a pesar de que los trabajos no se habían interrumpido durante la Intervención, la vía y el servicio hasta Mixcoac fue inaugurada por Maximiliano en 1865, esta obra llegó a la ciudad en 1872 dos años después de que llegara el tren que corría por la Calzada de Tlalpan y cuyos patios de depósito y maniobra se pusieron al oriente de la población, hoy en día solo queda el edificio de la estación, esta última línea fue convertida a Tracción de Sangre (Tranvía de Mulitas) en 1880 ya que el costo de mantenimiento de los trenes era muy alto, en cuanto a lo político en 1861, Tlalpan fue convertida en cabecera de una Prefectura por lo que perdió a su presidente municipal. En el plano económico se da el asiento de diferentes industrias que gracias a los afluentes que caen de la sierra o a máquinas de vapor ven en el sitio un lugar propicio para sus actividades, muchas de ellas se instalan al poniente de la ciudad.