A csehszlovák labdarúgó-szövetség 1983-ban nevezte ki Brücknert az U21-es válogatott szövetségi edzőjévé, majd 1984-ben távozott onnan. Újabb szövetségi megbízatásra csak 1998-ban került sor, amikor a cseh ifjúsági válogatott edzőjévé nevezték ki. Amikor a cseh labdarúgó-válogatottnak nem sikerült kijutina a 2002-es labdarúgó-világbajnokságra, Brücknert nevezték ki a válogatott új szövetségi kapitányává. Vezetése alatt a válogatott eddig minden világversenyre kijutott. 2008-ban bejelentette, hogy az Európa-bajnokság után visszavonul az cseh válogatottól. 2008 júliusában aláírt az Osztrák Labdarúgó-szövetséghez, 2009 márciusáig volt osztrák szövetségi kapitány.