Dopo essere balzato al 3º posto nel Ranking, Doherty si riconferma al meglio conquistando svariate semifinali e vincendo altri tre tornei (Malta Grand Prix, Irish Masters e Premier League). Dopo aver perso solo al secondo turno allo UK Championship, l'irlandese si riconferma nei tornei della Tripla Corona, perdendo per il secondo anno consecutivo la semifinale del Masters, al frame decisivo contro Hendry, e tornando a fine stagione in finale al Campionato mondiale, dove Doherty perde 18-12 contro John Higgins, dopo essere stato sotto 1-6 ad un certo punto del match.