В первые годы после учреждения СЕПГ Пауль Меркер входил в её руководящий состав. В апреле 1946 года он был избран одним из семи представителей от КПГ в ЦК СЕПГ, в 1949 году после реорганизации руководства партии вошёл в состав Политбюро ЦК СЕПГ. По его собственным воспоминаниям, начиная с 1948 года он ощущал отсутствие каких либо перспектив для дальнейшей работы в руководстве СЕПГ. Советские оккупационные власти и группа Ульбрихта отказывали ему в доверии: после того, как стало известно о заключении пакта Молотова—Риббентропа, Меркер на совещании в секретариате КПГ в Париже в 1939 году разразился резкой антисоветской речью, о чём стало известно среди немецких эмигрантов в Москве. В СВАГ Меркера считали поборником радикального курса в СЕПГ, симпатизировавшим «сектантским» тенденциям среди бывших членов КПГ в СЕПГ.