Her var dengang ikke megen efterspørgsel efter læger; men forholdene stillede sig så heldig for Benzon, at en læge, der havde praktiseret i Aalborg, 1639 kaldtes til Viborg; Benzon nedsatte sig da i Aalborg som praktiserende læge og virkede her til sin død, 12. august 1674, dog med en længere afbrydelse, idet han ved svenskernes indfald 1657 flygtede med sin familie til Kalundborg, hvorfra han vendte tilbage efter fredsslutningen. Under hans fraværelse havde en slægtning af Benzon måttet udrede en ikke ubetydelig sum til fjenden i brandskat af hans gård; tilbagebetalingen søgte Benzon siden at unddrage sig, men blev ved dom tilpligtet at udrede beløbet. Ved denne lejlighed skød Benzon sig ind under Konsistoriums ret, idet han anførte, at han var «Collega facultatis medicæ Hafniensis», og virkelig blev han 1658 optaget som medlem af det medicinske fakultet, hvilket ikke alene var en stor ære for ham, men også, som Thomas Bartholin siger i sin lovtale over Benzon, spredte en utrolig glans over den medicinske stat; han roses i denne tale i høje toner for sin videnskabelige indsigt og store erfaring.