Después de que Man Mohan Adhikari intentara disolver el parlamento en 1995, lo que fue calificado como inconstitucional por la Corte Suprema, Deuba fue nombrado primer ministro y lideró una coalición con el Partido Nacional Democrático. En 1996 firmó el Tratado de Mahakali con el Gobierno de la India sobre el desarrollo de la cuenca del río Mahakali. Su administración, durante la cual ocurrió el comienzo de la insurgencia maoísta, cayó en marzo de 1997 y fue sucedido por Lokendra Bahadur Chand, quien dirigió un gobierno de coalición minoritario.