ב-23 באוגוסט 1939 נחתם הסכם ריבנטרופ–מולוטוב בין גרמניה הנאצית לברית המועצות, ובו הוסכם על חלוקת פולין ביניהן. ב-1 בספטמבר פלשה גרמניה לפולין, ובכך פרצה מלחמת העולם השנייה. עד מהרה הובסו הכוחות הפולנים, ופולין חולקה בין הגרמנים לסובייטים כפי ההסכם ביניהן. בשטח שנשלט על ידי הגרמנים החל עד מהרה מסע טרור וגל רציחות כנגד היהודים, במה שהיווה את תחילת השואה, אולם גם האוכלוסייה הפולנית סבלה רבות מידי הגרמנים. בקיץ 1941 החל מבצע ברברוסה, ובמהלכו כבשו הגרמנים גם את חלקה המזרחי של פולין. באביב 1943 פרץ מרד גטו ורשה, שהביא לחיסול הגטו, ולגירוש כמעט כל יהודי ורשה להשמדה בטרבלינקה. בקיץ 1944 פרץ מרד ורשה, אך על אף גילויי גבורה רבים מצד הפולנים ולחימתם הנואשת, הביאו הגרמנים לבסוף לחורבן העיר. בינואר 1945 נערך מבצע ויסלה-אודר, שבו שוחררה רוב פולין בידי כוחות הצבא האדום. במהלך המלחמה נהרגו כ-6 מיליון פולנים, מתוכם כ-3 מיליון יהודים.