Na początku XXI w. przez Indonezję przechodzi fala islamistycznych ataków terrorystycznych, w tym zamach na giełdę w Dżakarcie w 2000 r. i na Bali w 2002 r. W 2004 r. dzięki nowelizacji konstytucji odbyły się pierwsze wybory prezydenckie, w wyborach bezpośrednich Susilo Bambang Yudhoyono zostaje wybrany na prezydenta.