Le 18 janvier 2013, il est nommé directeur de la rédaction des "Inrockuptibles" en remplacement d'Audrey Pulvar. En novembre 2013, il consacre une couverture du magazine à Roman Polanski qui fait polémique auprès d'associations féministes. Pour Bonnaud, le cinéaste a payé d'une « certaine manière son après-midi d'égarement alcoolisé » avec sa victime Samantha Geimer. Après les attentats de novembre 2015, Frédéric Bonnaud fait le choix de mettre en une un dessin représentant le prophète Mahomet, ainsi qu'un texte de l'écrivain Michel Houellebecq sur la liberté d'expression dans ses pages intérieures. En 2005, peu avant la condamnation du réalisateur Jean-Claude Brisseau pour harcèlement sexuel, il avait fait partie des signataires d’une pétition de soutien à ce dernier lancée par "Les Inrockuptibles". En novembre 2019, l'actrice Noémie Kocher qui fait partie des comédiennes à avoir poursuivi le réalisateur est revenue sur cette pétition dans un entretien à "Mediapart" en expliquant qu'elle avait été d’une « violence inouïe » pour elle.