Vojna sa prakticky skončila 9. apríla 1865, keď generál Konfederácie Robert E. Lee kapituloval pred generálom Únie Ulyssesom S. Grantom v budove súdu v bitke pri Appomattoxe. Konfederovaní generáli v južných štátoch túto kapituláciu postupne nasledovali a posledná kapitulácia na pevnine nastala 23. júna. Veľká časť infraštruktúry na juhu bola zničená, najmä jej železnice. Konfederácia sa zrútila, otroctvo bolo zrušené a štyri milióny zotročených černochov bolo oslobodených. Vojnou zmietaný národ potom vstúpil do éry rekonštrukcie v čiastočne úspešnom pokuse o obnovu krajiny a poskytnutie občianskych práv oslobodeným otrokom.