En 1807, il se rend au corps d'observation de la Gironde que commande Jean-Andoche Junot. Margaron et le général Antoine Maurin mènent respectivement une brigade de la division de cavalerie de Kellermann, forte de hommes. Les troupes à cheval comprennent les , , , , et régiments de dragons ainsi que le régiment de chasseurs à cheval, tous à un escadron. Chaque escadron compte entre 236 et 262 cavaliers. Avec la permission de l'Espagne, les troupes de Junot franchissent la Bidassoa le 18 octobre 1807 et atteignent Salamanque le 12 novembre, prêtes à envahir le Portugal. Les Espagnols ne se doutent pas à ce moment que Napoléon se prépare à renverser leur royaume. Dès le début de l'invasion du Portugal par le corps de Junot, les arrangements logistiques se révèlent défaillants et la moitié des chevaux de l'armée meurent en cours de route. En dépit de cette situation préoccupante, le 30 novembre 1807, une avant-garde de cavalerie française de hommes occupe Lisbonne sans rencontrer de résistance. Les cavaliers sont alors remontés avec des chevaux portugais confisqués.