Setelah pembagian Polandia, sebagian besar wilayah yang dulunya ditempati umat Katolik Yunani terbagi oleh Rusia dan Austria. Di bagian yang masuk wilayah Rusia (Volhynia dan Podolia termasuk di dalamnya), rakyat di kawasan paling timur dari Podolia dengan segera dan sukarela kembali menjadi umat Ortodoks. Mula-mula pemerintah Rusia bersikap sangat toleran terhadap Gereja Katolik Yunani dan mengizinkannya beroperasi (Rusia menjuluki mereka kaum Basilian). Namun tak lama kemudian para rohaniwan terpecah menjadi kubu pro Katolik dan kubu Pro Rusia. Kubu pro Katolik cenderung beralih menjadi Ritus Katolik Latin, sementara tuntutan-tuntutan dari kubu pro Rusia di bawah pimpinan Uskup Joseph Semashko ditolak mentah-mentah oleh sinode Katolik Yunani yang saat itu di bawah kendali para rohaniwan pro Polandia. Pemerintah Rusia sendiri menolak ikut campur. Keadaan ini mendadak berubah setelah Rusia berhasil membasmi pemberontakan rakyat Polandia 1831 yang bertujuan membebaskan wilayah Polandia dari cengkeraman kekuasaan Rusia. Karena Gereja Katolik Yunani secara aktif mendukung pemberontakan itu, maka nasib dari Gereja ini sudah di ujung tanduk. Anggota-anggota sinode yang pro Latin disingkirkan dan Gereja ini diceraikan dari paroki-parokinya di Volhynia yang menjadi Ortodoks, termasuk Pochaiv Lavra yang diserahkan kepada pihak Ortodoks pada 1833. Pada 1839, Sinode Polotsk (sekarang Belarusia), di bawah pimpinan Uskup Semashko, membubarkan Gereja Katolik Yunani dalam Kekaisaran Rusia, dan seluruh hak miliknya diserahkan kepada Gereja negara Ortodoks. Menurut Catholic Encyclopedia 1913, di wilayah yang masa itu dikenal sebagai 'Rusia Kecil' (sekarang Ukraina), Tekanan pemerintah Rusia "menyapu bersih" umat Katolik Yunani, dan "sekitar 7.000.000 umat Uniat di sana digiring, dengan paksaan maupun muslihat, untuk menjadi bagian dari Gereja Ortodoks Rusia".