Nach dem Wiederaufleben der Feindseligkeiten zwischen dem revolutionären Frankreich und der Habsburgermonarchie im Zweiten Koalitionskrieg zog der Erste Konsul und spätere französische Kaiser Napoleon über den Grossen St. Bernhard und schlug die österreichische Armee am 14. Juni 1800 in der Schlacht bei Marengo. Gleichzeitig drängte der französische General Jean-Victor-Marie Moreau die Österreicher über den Rhein bis an die Isar zurück. Am 3. Dezember 1800 schloss er die österreichischen und bayerischen Truppen bei Hohenlinden ein und erzwang damit den Kriegsaustritt Österreichs. Im sogenannten Frieden von Lunéville (9. Februar 1801) bestätigte der Kaiser als Oberhaupt des Heiligen Römischen Reiches daraufhin die bereits im Frieden von Basel 1795 mit Preußen und im Frieden von Campo Formio 1797 mit Österreich vereinbarte Abtretung des linken Rheinufers an Frankreich. Bereits in den Geheimklauseln der Verträge von Basel und Campo Formio sowie in den Beschlüssen des Rastatter Kongresses (1797–1799) war festgeschrieben worden, dass die linksrheinischen Verluste der Reichsfürsten durch Säkularisation und teilweise auch durch Mediatisierung im rechtsrheinischen Deutschland ausgeglichen werden sollten. Mit dem Frieden von Lunéville – und nicht erst mit dem Reichsdeputationshauptschluss – war ihre Auflösung bereits beschlossene Sache. Lediglich die konkrete Aufteilung der Territorien und Länder war zu diesem Zeitpunkt noch nicht geregelt.