Pada tahun 1806, dengan Belanda di bawah dominasi Kekaisaran Prancis, Kaisar Napoleon I menunjuk saudaranya Louis Bonaparte untuk menduduki takhta Belanda, yang menyebabkan penobatan Marsekal Herman Willem Daendels sebagai Gubernur Jenderal Hindia Belanda pada tahun 1808. Pada tahun 1811, Daendels digantikan oleh Gubernur Jenderal Jan Willem Janssens, tetapi tidak lama setelah kedatangannya, pasukan Inggris menduduki beberapa pelabuhan Hindia Belanda termasuk Jawa, dan Thomas Stamford Raffles menjadi Wakil Gubernur. Setelah kekalahan Napoleon pada Pertempuran Waterloo tahun 1815 dan Kongres Wina, kontrol Belanda atas wilayah ini dipulihkan pada tahun 1816. Di bawah Perjanjian Inggris-Belanda 1824, Belanda mengamankan permukiman Inggris seperti Bengkulu di Sumatra, sebagai imbalan untuk menyerahkan kendali atas daerah jajahan mereka di Semenanjung Malaya (Malaya) dan India Belanda. Perbatasan antara bekas daerah jajahan milik Inggris dan Belanda pada hari ini merupakan batas modern antara Malaysia dan Indonesia.