הרברט אנדורפר נולד בלינץ. ב-1931 הצטרף למפלגה הנאצית וב-20 בספטמבר 1933 לאס אס. ב-6 באפריל 1941, במהלך מלחמת העולם השנייה, פלשה גרמניה הנאצית ליוגוסלביה והכניעה את צבאה תוך ימים אחדים. אנדורפר נלווה לכוחות שכבשו את זאגרב במסגרת יחידה מיוחדת שעסקה בביטחון פנים. בדצמבר 1941 מונה לקצין גסטפו באגף לענייני יהודים במשטרת הביטחון בבלגרד, ובמקביל פיקד על מחנה הריכוז בשאבאץ. בינואר 1942 נקרא לאוסטריה לבירור בשל עבירת משמעת שביצע. בשלהי ינואר שב לבלגרד ומונה למפקד מחנה הריכוז וההשמדה סיימישטה, שבו נרצחו כ-8,000 נשים, ילדים וגברים יהודים, רובם הומתו באמצעות משאית גז.