En 1941, debido a la invasión alemana de la Unión Soviética y el Sitio de Leningrado tuvo que interrumpir su educación formal y empezar a trabajar. Durante todo el sitio de Leningrado trabajó en el hospital donde también trabajaba su padre. En 1944, fue galardonado con la Medalla por la defensa de Leningrado. Paralelamente a su trabajo en el hospital, continuó su autoeducación, por lo que en 1944 aprobó los exámenes para todo el curso de la escuela y comenzó a estudiar en la Facultad de Física de la Universidad Estatal de San Petersburgo. Durante el invierno de 1944-1945, con algunos otros estudiantes alternó sus estudios con un trabajo como fogonero en la sala de calderas de la Universidad. Yuri Yappa también empezó a trabajar en el laboratorio de física molecular, pero más tarde, siguiendo el consejo de su director, Viktor Tsvetkov, se incorporó al departamento de física teórica.