Stockhausen kam 1757 als Gefreitenkorporal in das Infanterieregiment „von Blankensee“ Nr. 30. Mit dem Regiment nahm er am Siebenjährigen Krieg teil und kämpfte in den Schlachten bei Reichenbach, Prag, Kolin, Breslau, Leuthen, Zorndorf, Torgau, Hochkirch und Freiberg. Zudem war er bei den Gefechten von Döbeln und den Belagerungen von Breslau, Prag sowie Olmütz dabei. Zwischenzeitlich wurde Stockhausen am 19. Januar 1759 Fähnrich und am 13. November 1760 Sekondeleutnant. Nach dem Krieg erhielt er am 26. April 1764 seine Beförderung zum Premierleutnant.