Francisco Pizarro landete 1531 an Küste des heutigen Ecuador erreichte im April 1532 das heutige Peru. Im Land ging zu dieser Zeit ein jahrelanger Bürgerkrieg zu Ende, bei dem Atahualpa seinen Halbbruder Huáscar besiegte. Pizarro nahm Atahualpa im Handstreich gefangen (Schlacht von Cajamarca) und ließ ihn am 26. Juli 1533 hinrichten. Ein Teil des Inka-Adels und einige unterworfene Stämme verbündeten sich mit den Spaniern. Mit ihrer Hilfe gelang es Pizarro, am 15. November 1533 die Hauptstadt Cusco einzunehmen und in den folgenden Jahren das ganze Inkareich für Spanien zu erobern. Am 18. Januar 1535 gründete Pizarro die heutige Hauptstadt Lima. Es folgten unruhige Jahre mit einem knapp gescheiterten Aufstand des von Pizarro eingesetzten Inkaherrschers Manco Cápac II., gefolgt von Zwistigkeiten zwischen den Konquistadoren, bei denen 1541 Pizarro den Tod fand.