囚犯起初计划在1943年6月15日起义，但后来不得不推迟。1943年4月19日，华沙隔都爆发起义。在一列运送起义军俘虏的列车中，有一名战士将一颗手榴彈偷偷带到了特雷布林卡。这枚手榴彈在更衣区引爆，使得党卫队和卫兵陷入恐慌。爆炸事件后，特雷布林卡担心类似情况再次发生，只接收了约7千名华沙犹太人。其余4.2万名华沙犹太人被转而送往马伊达内克集中营。灭绝营继续全速发掘和焚烧以前掩埋的尸体，这一工作直到七月底才完成。随着工作量开始减少，二号营的密谋者们愈发担心自己的前景。随着来到集中营的列车越来越少，他们意识到自己“是下一个被送进毒气室的人”。