Le esecuzioni di Palmiry sono state attentamente pianificate dalla Gestapo dispiegata a Varsavia. Pochi giorni prima del trasporto, un dipartimento del Reichsarbeitsdienst, situato nella vicina Łomna, a volte anche unità della Gioventù Hitleriana accampate vicino a Palmiry, scavarono fosse adattate come fosse comuni nella radura. Queste fosse erano profonde circa 2,5 m e lunghe 30 m. Le vittime da fucilare venivano solitamente prelevate dalla prigione di Varsavia Pawiak, e raramente dalla prigione di Mokotów in via Rakowiecka su camion diretti a Palmiry. La maggior parte dei polacchi assassinati qui apparteneva alla "Inteligencja polacca". Il culmine delle uccisioni è stato raggiunto nel quadro delle AB-Aktion in tutta la Polonia.