Nella sessione estiva del calciomercato del 2006 la Lazio decide di acquistare a titolo definitivo l'intero cartellino del giocatore, trovando però l'opposizione dell', che vorrebbe portarlo in Friuli-Venezia Giulia. L'acquisto si perfeziona a seguito dell'apertura delle buste con un'offerta di circa 4 milioni di euro. Inizia bene la stagione 2006-2007 segnando il gol decisivo nel primo turno di Coppa Italia contro il Rende. Il suo primo gol in campionato arriva il 5 novembre 2006, nella gara pareggiata 1-1 contro l'. A fine stagione, Pandev segna 11 gol in 33 partite di campionato contribuendo a portare la Lazio alla qualificazione in Champions League.