Die Organisation sieht ihre Hauptaufgabe in der Unterstützung hilfsbedürftiger Bevölkerungsgruppen in Krisensituationen, wie zum Beispiel in Kriegsgebieten, nach Naturkatastrophen oder in durch Gewalt, Armut und Krankheit geprägten Regionen. Ein Schwerpunkt dabei ist die Hilfe zur Selbsthilfe als Teil der Prävention neuer Konflikte und Krisen. Die Dokumentation von Verletzungen der Menschenrechte und des humanitären Völkerrechts sowie die Information der Öffentlichkeit über derartige Vorfälle sieht die Organisation dabei ausdrücklich als wichtigen Teil ihrer Arbeit, entsprechend der Auffassung, dass es keinen dauerhaften Frieden ohne Gerechtigkeit geben könne. Insbesondere in diesem Punkt unterscheidet sich die Tätigkeit von MdM von der strikten Neutralität als zentralem Konzept der Arbeit des Internationalen Komitees vom Roten Kreuz (IKRK) ebenso wie von der gegenwärtigen Praxis des Wirkens von Médecins Sans Frontières, die im Vergleich zum früheren Vorgehen durch mehr Zurückhaltung in dieser Frage gekennzeichnet ist. Die Organisation Ärzte ohne Grenzen, die nach der Gründung durch Kouchner anfangs ein ähnliches Konzept wie MdM verfolgte, ist aufgrund von Erfahrungen während der 1990er Jahre, vor allem während des Völkermordes in Ruanda 1994, zum Teil davon abgerückt.