Йохана Катарина се омъжва на 22 ноември 1700 г. за княз Карл Майнрад II Антон фон Хоенцолерн-Зигмаринген (* 1 ноември 1673; † 20 октомври 1715). Когато нейният съпруг е стациониран във Виена на австрийска служба, тя се грижи за възпитанието на децата. През 1707 г. тя бяга от испанската наследствена война с децата при нейния съпруг във Виена. След седем години те заедно се връщат обратно. След смъртта на нейния съпруг Йохана Катарина фон Монфорт поема регентството за нейния малолетен син до 1720 г. в Хоенцолерн-Зигмаринген.