W wojnie 1812 wyróżnił się 25 października zdobyciem HMS „Macedonian”. Wiosną 1814 jako komodor dowodził i eskadrą trzech okrętów w Indiach Zachodnich. 15 stycznia 1815 USS „President” poddał się po starciu z trzema fregatami brytyjskimi i stracie 25% załogi. Decatur został uwięziony przez Brytyjczyków. Za udział w tej wojnie otrzymał Złoty Medal Kongresu.