Em 1997, Scolari levou Arce junto consigo para o Palmeiras, onde também foi multicampeão: venceram a Copa do Brasil de 1998, Copa Mercosul de 1998 e a Taça Libertadores da América de 1999, sendo de novo vice-campeão intercontinental de 1999. Em 2000, Arce ainda ganhou pelo Palmeiras o Torneio Rio-São Paulo de 2000 e a Copa dos Campeões de 2000, torneio de abrangência nacional, que levou novamente o Palmeiras à Libertadores.