Do Československa se Josef Hamšík vrátil 8. listopadu 1918 a již po dvou dnech se hlásil u vojenského letectva. Umístěn byl nakrátko v Brně a poté u 1. letecké setniny v Uherském Hradišti. I když měla jednotka pouze dva letuschopné stroje podporovala zajišťování hranic na jižním Slovensku a poté se na začátku roku 1919 zúčastnila v prostoru Opavy konfliktu s Polskem. V roce 1919 se jako člen jednotky Bre 590 účastnil bojů s Maďary a v jejím rámci několika bombardovacích akcí mmj. s pilotem Josephem Pouliquenem budoucím velitelem eskadry Normandie. V roce 1920 prodělal pilotní výcvik a v roce 1923 kurzy stíhacího pilota a létání v noci. Od dubna 1924 velel Letce 32 ve Kbelích, od listopadu téhož roku již v hodnosti kapitána náhradní letce Leteckého pluku 1 tamtéž. 20. září 1925 se stal vítězem závodu o cenu prezidenta republiky v kategorii lehkých letadel a poté prováděl dálkové propagační lety po Evropě a ustanovil několik leteckých rekordů. V roce 1927 se stal velitelem Pilotní školy stíhací v Chebu, kde se o rok později stal i předsedou pobočky Masarykovy letecké ligy a v roce 1932 velitelem stíhací perutě. V této funkci již v hodnosti podplukovníka pokračoval od roku 1934 v Praze a to až do rozpuštění armády po německé okupaci.