Da Helene von Taussig 1923 vom jüdischen zum katholischen Glauben konvertiert war, blieb sie nach der Annexion Österreichs im Jahr 1938 vorerst verschont. Am 28. Februar 1940 wurde sie von der Gestapo nach Wien abgeschoben, kam von dort wieder zurück nach Salzburg, wurde am 29. April 1940 erneut verhaftet und nach Wien abgeschoben. Sie musste ein Zimmer im Karmelitinnenkloster in der Töllergasse in 15 Wien-Floridsdorf beziehen. Dort fanden über siebzig katholisch konvertierte Juden Zuflucht, darunter auch Franziska van Alderwerelt und Rudolf Erich Müller, beide ebenfalls aus Salzburg vertrieben. 1941 wurde Helene von Taussig enteignet, am 9. April 1942 in das Lager Izbica deportiert, von wo aus sie am 21. April 1942 als verstorben gemeldet wurde. Laut der Website Stolpersteine Salzburg wurde sie entweder im Ghetto Izbica, im Vernichtungslager Belzec, im Vernichtungslager Sobibor oder im Vernichtungslager Majdanek ermordet.