Die nächste Saison begann für Wilkinson mit einer Finalteilnahme beim Scottish Masters, wo er mit Terry Griffiths, Stephen Hendry und Steve Davis gleich drei Weltmeister aus dem Turnier geschmissen hatte. Im Finale unterlag er Neal Foulds mit 8:10. Beim ersten Ranglistenturnier der Saison, dem Dubai Classic, erreichte er das Achtelfinale, wo er gegen Mick Price ausschied. Beim Grand Prix konnte er den damaligen Tourneuling Ronnie O’Sullivan besiegen, verlor anschließend aber gegen John Higgins. Beim UK Championship und den Welsh Open erreichte er weitere zwei Mal das Achtelfinale, schied aber gegen Alan McManus und Ken Doherty aus. Beim Masters gelang ihm im Achtelfinale ein 5:0-Sieg über Alain Robidoux, anschließend unterlag er Stephen Hendry. Nach drei Erstrundenniederlagen bei Ranglistenturnieren schaffte er bei der Snookerweltmeisterschaft den Sieg in der Auftaktpartie gegen Dean Reynolds, doch im Achtelfinale verlor er gegen Nigel Bond. Auf der Weltrangliste fiel er aus den Top 16 auf Platz 17, erstere sollte er in seiner Karriere nicht mehr erreichen.