Com l'ermita de Sant Ferriol, el Convent dels Caputxins va haver de suportar la fúria de les tropes revolucionàries durant la derrota de Ceret i a la Batalla del Voló, l'1 de maig del 1794, tot i l'afecció del General Luis Fermín de Carvajal, Conde de La Unión i jesuïta, per aquests ordes religiosos i els seus intents per protegir els monestirs al llarg de l'any de l'ocupació espanyola de Ceret.