日清战争时期，威仁親王以海軍大佐任横須賀海兵团長，后在大本营任职，负责陸上勤務。明治27年（1894年）12月8日黄海海战结束后，担任联合舰队旗舰「松島号」舰長，翌年明治28年（1895年）1月，異母兄熾仁親王去世，暂时回国参加葬礼，并继承有栖川宫家主，此后发生的威海衛之战，在威仁親王复职后已经结束，因而失去实战经验。