El 2 de septiembre de 1792, durante las ejecuciones en masa conocidas como Masacres de septiembre, Jean-Marie du Lau fue asesinado en su prisión, junto con dos sacerdotes de la arquidiócesis de Arlés: su primo materno y vicario general Armand de Foucauld de Pontbriand, y Pierre François Pazery de Thorame. En las masacres que tuvieron lugar entre el 2 y el 5 de septiembre de 1792 fueron muertas entre 1100 y 1400 personas, incluyendo los 3 obispos (además de du Lou, fueron asesinados los dos La Rochefoucauld) y unos 220 sacerdotes y religiosos.