Maa pysyi rauhallisena Jugoslavian hajoamissotien aikana 1990-luvun alkupuolella, mutta tilanne muuttui epävakaaksi Kosovon sodan myötä vuonna 1999, kun noin 360 000 Kosovon albaania joutui pakenemaan Makedoniaan. Lyhyt konflikti maalis–kesäkuussa 2001 albaanitaistelijoiden ja Makedonian hallituksen välillä maan pohjois- ja länsiosissa päättyi Naton rauhanturvaajien väliintuloon. Makedonia lupasi samalla antaa albaanivähemmistölle enemmän poliittisia ja kulttuurisia oikeuksia.