In seguito alla retrocessione del Cesena in Serie C1, nel 1997 passa al Brescia, con cui esordisce in Serie A già trentenne. Va a segno già alla prima giornata, a San Siro contro l', e alla seconda realizza una tripletta contro la . Nonostante le 16 reti messe a segno il Brescia retrocede in Serie B, e Hübner contribuisce con 21 reti alla nuova promozione delle "Rondinelle" nel 2000. Nella stagione 2000-2001 al Brescia è in coppia con Roberto Baggio, anche se più volte l'allenatore Carlo Mazzone gli preferisce il centravanti albanese Igli Tare, giunto a Brescia nel mercato di gennaio. A fine stagione totalizza 17 reti, che portano il Brescia a qualificarsi per la Coppa Intertoto.