Quando os embates começaram em 14 de outubro, Bernadotte e Davout receberam ordens de apoiar as forças de Napoleão em Jena. Na Batalha de Jena–Auerstedt, o III Corpo de Davout acabou bloqueado pela principal força prussiana; apesar de poder ver o exército do outro marechal enfrentando forças muito superiores, Bernadotte não foi ao seu auxílio e também não marchou em direção a Napoleão. No final os franceses surpreendentemente conseguiram sair vitoriosos e o imperador ficou furioso pelas ações de Bernadotte, preparando-se para levá-lo a uma corte marcial, porém deixou o pensamento de lado ao pensar nas reações de José, Júlia e Desidéria. Os esforços do marechal nos dias seguintes atenuaram sua posição, também havendo certos indícios de que a culpa era do próprio Napoleão, cujo planejamento era altamente centralizado e seus marechais jamais tinham uma visão geral de sua estratégia.