Zúčastnil se Konfederačního poháru FIFA 2013 v Brazílii. V prvním utkání brazilské reprezentace proti Japonsku vstřelil krásný gól, Brazílie porazila asijského soupeře 3:0. Ve druhém utkání zvítězila Brazílie nad Mexikem 2:0, přičemž Neymar první gól vstřelil a na druhý přihrál, když se nádherně protáhl mezi dvěma bránícími hráči. Trefil se i v posledním utkání brazilského mužstva v základní skupině s Itálií 22. června 2013, zápas skončil vítězstvím jihoamerického celku 4:2. Brazílie měla již před zápasem jisté místo mezi nejlepší čtyřkou turnaje, nakonec jej ovládá po výhře 3:0 ve finále nad Španělskem, v němž dal Neymar jeden gól. Navíc dostal Zlatý míč (Adidas Golden Ball) pro nejlepšího hráče turnaje.