Il a commencé le biathlon en 1983. Aydatov fait son apparition en Coupe du monde lors de la saison 1994-1995 à Bad Gastein, où il est douzième de l'individuel. Aux Championnats du monde 1996, avec sa médaille de bronze en relais avec Oleg Ryzhenkov, Vadim Sachourine et Aleksandr Popov, il obtient son premier podium. En 1996-1997, il commence à obtenir des résultats dans le top dix puis lors de la manche d'ouverture de la saison suivante à Lillehammer, il s'impose sur la poursuite avec un sans faute au tir. Il prend part ensuite aux Jeux olympiques de Nagano, gagnant la médaille de bronze de l'individuel remporté par Halvard Hanevold. En 1999, il obtient de bons résultats aussi, gagnant sa deuxième et dernière course en Coupe du monde sur le sprint de Ruhpolding et son unique titre de champion du monde de relais à Kontiolahti.