Sebagai produk Akademi Belia Ajax, Seedorf memulakan kariernya di Ajax di posisi pemain tengah kanan pada awal 1990an. Beliau membuat debut pada 29 November 1992 ketika menentang Groningen pada umur 16 tahun 242 hari seterusnya membuatkan Seedorf sebagai pemain termuda melakukan debut di Ajax. Beliau akhirnya menjadi pilihan pertama di posisinya di bawah pengurus Louis van Gaal. Pada musim 1993–94 iaitu musim kedua Seedorf di Ajax, beliau membantu kelabnya meraih "trebel", dengan menjulang gelaran Eredivisie, Piala KNVB dan Piala Super Belanda pada tahun yang sama. Pada musim berikutnya, Seedorf sekali lagi menyaksikan Ajax meraih Piala Super dan Eredivisie kedua berturut-turut selain membantu pasukannya melangkah ke perlawanan akhir Liga Juara-Juara sebelum menang menewaskan Milan. Beliau bermain dari sepak mula sebelum dikeluarkan pada minit ke-53 untuk digantikan oleh penyerang Nwankwo Kanu. Patrick Kluivert menjaringkan gol lewat Ajax dan membenarkan Ajax membenam gergasi Itali itu 1-0. Di Ajax, beliau membentuk trio yang dikenali "De kabel", terdiri daripada Edgar Davids, Patrick Kluivert dan dirinya sendiri. Kemudian, ditambah lagi Winston Bogarde dan Michael Reiziger, trio ini berubah menjadi "kwintet"; yang dibentuk selepas aksi kejohanan UEFA Euro 1996.