Teve grande influência na organização da República, onde foi eleito deputado federal constituinte e nomeado ministro logo após sua proclamação, em 7 de dezembro de 1889. Não ficou muito tempo como ministro, pedindo logo exoneração após ter entrado em divergência com o ministro da fazenda, Rui Barbosa, em 31 de janeiro de 1890, retornando à câmara. Ali, como deputado federal na constituinte de 1891, propôs a separação da Igreja do Estado e o decreto relativo às festas e aos feriados nacionais.