Data la miseria dei due anni di college da senior (42 minuti giocati in totale), Eaton fu del tutto sconosciuto nell'ambiente NBA al Draft del 1982. Fu scelto dagli Utah Jazz al 4º giro di chiamate, che ne intravidero lontanamente un certo talento difensivo. Nei Jazz, privi di un centro autorevole, Eaton trovò subito un certo spazio, e già nella sua terza stagione NBA superò la quota dei 30 minuti di gioco a partita. Ed è proprio alla stagione 1985 che risale la più roboante impresa di Mark Eaton: 456 stoppate nella stessa stagione, 5,6 per partita, entrambi record assoluti tuttora inavvicinati. Incluso il 1985, Eaton si aggiudicò il titolo di miglior stoppatore della lega per 4 stagioni (1984, 1987 e 1988), nello stesso periodo di grandissimi specialisti come Manute Bol e Tree Rollins. Sempre nella stessa stagione vinse il premio di miglior difensore, che ripeté nel 1989.