Mit einem vierten Platz beim ersten Rennen der Saison, dem Einzelwettkampf im schwedischen Östersund, startete sie erfolgreich in den &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202016/17"&gt;Biathlon-Weltcup 2016/17&lt;/a&gt; und sicherte sich mit diesem Ergebnis auch die Nominierung für die Weltmeisterschaften in Hochfilzen. Aufgrund mehrerer Erkrankungen versäumte sie die Wettkämpfe in Pokljuka, Oberhof und Antholz. Trotzdem erreichte sie, insbesondere mit drei Top-10-Platzierungen in Nové Město na Moravě, gute Ergebnisse und gewann gemeinsam mit Vanessa Hinz, Maren Hammerschmidt und Laura Dahlmeier das Staffelrennen beim Heimweltcup in Ruhpolding. Anfang Februar sagte Franziska Preuß die Teilnahme an den Weltmeisterschaften ab, weil sie – insbesondere nach der erneuten Grippeerkrankung kurz nach dem Weltcup in Ruhpolding – körperlich noch nicht wieder in der Lage war, an den Wettkämpfen teilzunehmen. Noch während der Weltmeisterschaften gab Franziska Preuß bekannt, dass sie die Saison aus gesundheitlichen Gründen vorzeitig beendet. Kurz darauf unterzog sie sich einem operativen Eingriff, der nach einer Nebenhöhlenentzündung nötig geworden war.