Maria Antonietta tornò a Vienna dal nipote Francesco Giuseppe, che si fece carico dei familiari toscani. Nel 1889 la famiglia imperiale fu sconvolta dalla tragedia di Mayerling, nella quale perse la vita l'arciduca Rodolfo. Giovanni, il figlio minore di Maria Antonietta, rimase particolarmente sconvolto dalla morte del cugino, al quale era legato da una sincera amicizia, decidendo di rinunciare ai suoi titoli, al suo rango e ai suoi privilegi. Da quel momento fu un semplice cittadino austriaco chiamato Giovanni Orth. L'imperatore privò della nazionalità austriaca Giovanni, che si diresse in Inghilterra; il 26 marzo 1890, insieme alla moglie, salpò alla volta dell'Argentina sulla nave Santa Margherita. Dopo una sosta a Buenos Aires, la nave riprese il mare nel luglio del 1890: fu l'ultima volta che furono visti Giovanni, sua moglie e l'equipaggio. L'imperatore fece cercare l'imbarcazione senza risultati e l'arciduca Giovanni fu dichiarato disperso. Maria Antonietta rifiutò sempre di portare il lutto per Giovanni, convinta che il figlio fosse ancora vivo; alcuni truffatori riuscirono anche a estorcerle del denaro fornendole false notizie.