7 listopada 1992 roku rozegrał pierwszy mecz w reprezentacji Słowenii, w meczu z Cyprem. Wystąpił w Mistrzostwach Europy w Belgii i Holandii w 2000 roku i zaprezentował się bardzo dobrze, zdobywając trzy gole dla swojej reprezentacji. Zahovič strzelił 35 bramek dla reprezentacji Słowenii, co wciąż jest wynikiem rekordowym.