L'ESI a été fondée en juin 1999 à Sarajevo. Ses fondateurs, des analystes et professionnels de différents pays, étaient membres d'organisations internationales comme l'OSCE, les Nations Unies ou la Banque mondiale. Elle a été fondée en tant que réseau de recherche pour faire avancer l'intégration des Balkans dans l'Union européenne, après la fin de la guerre du Kosovo. Le président fondateur d'ESI est Gerald Knaus.