Paweł Smolikowski był synem Seweryna Karola herbu Prus i Melanii z domu Komajewskiej herbu Trąby. Ojciec jego był magistrem nauk matematycznych, który to tytuł uzyskał na Uniwersytecie Warszawskim, następnie w Petersburgu został inżynierem, a potem został wcielony do Armii Rosyjskiej do Korpusu Inżynierów. Podczas Powstania listopadowego zasłużył się przy obronie fortecy Modlin, za co spędził 30 lat na zesłaniu w Rosji. Dosłużył się stopnia pułkownika, po czym w stanie spoczynku został generałem. Jego matka natomiast była córką generała żandarmerii i baronówny z domu Stahel. Dwie jej siostry, a jego ciotki wybrały również drogę życia konsekrowanego, służąc Bogu w lwowskim klasztorze Sióstr Sacré-Cœur.