Non sostenne l'occupazione tedesca della Slovenia e l'annessione della Bassa Stiria al Reich nel 1941. Ritenne che Hitler fu pazzo ad attaccare l'Unione Sovietica. Nello stesso anno furono arrolati anche i suoi due figli nella Wehrmacht. Maklar andò a lavorare per l'Organizzazione Todt. Dopo la morte del figlio più giovane sul fronte russo, decise di passare ai partigiani. Nel 1944 divenne, nel rango di maggiore, responsabile del genio nel VII Corpo partigiano. Durante il servizio progettò alcuni ponti per l'esercito popolare di Liberazione. Dopo la fine della guerra si ritirò definitivamente dalla vita militare. Morì nel 1946 in un ospedale militare a Maribor.