Der gesamte Oberlauf und Teile des Mittellaufs der Jagst flossen ursprünglich von Norden nach Süden, also entgegengesetzt zur heutigen Flussrichtung. Im frühen Miozän, vor dem Meteoriteneinschlag im Nördlinger Ries, entsprang die Jagst im Norden des heutigen Hohenlohekreises, floss in südlicher Richtung durch das Gebiet der heutigen Städte Crailsheim und Nördlingen und mündete in die Wörnitz, einen Nebenfluss der Donau. Im späten Miozän, nach dem Impaktereignis entwässerten Jagst, Kocher, Lein und Rems bei Aalen in die Brenz, die weiter südwärts über Heidenheim an der Brenz Richtung Donau floss. Diese Richtung des Laufs bestand bis zum späten Unter- und frühen Mittelpleistozän. Im späten Mittelpleistozän, in der Riß-Kaltzeit, also erst vor ca. 300.000 bis 150.000 Jahren drehte die Jagst ihre Flussrichtung im Oberlauf von Süden nach Norden und entwässert seither über Neckar und Rhein in die Nordsee.