Isaac va ser deposat i cegat el 1195 pel seu germà Aleix III Àngel que aleshores va assumir el tron. Isaac va ser empresonat, però encara no està clar si Margarida també ho fou. El seu fillastre Aleix IV Àngel s'havia escapat i va anar a unir-se a les discussions militars que aviat havien de llançar la Quarta Croada. Allà, ell i altres van convèncer els croats perquè ataquessin Constantinoble per tal de deposar el seu oncle i restaurar el seu pare i ell mateix al tron. Això es va fer, però el seu regnat restaurat va tenir una vida curta, ja que els croats van prendre per a ells mateixos l'imperi.