Seu contrato era válido por apenas 2 meses, porém as vitórias contra Líbia e Senegal, ambas pela Copa Africana de Nações, realizada em 2012 e sediada por Gabão e Guiné Equatorial, fizeram com que ele permanecesse por mais um ano no cargo. Após o torneio, Gilson deixou o comando da Seleção Guinéu-Equatoriana para assumir a direção das categorias de base do Vasco, entretanto voltaria a ser técnico do selecionado africano em fevereiro. Durante a passagem do brasileiro, a Guiné Equatorial subiu 44 posições no Ranking Mundial da FIFA.