Рост национально-освободительных настроений достиг своего апогея к началу XIX века. После начала в Греции восстания 1821 года киприоты с оружием в руках вступили в борьбу за освобождение от османского ига. В ответ на это наместник острова Мехмед Кучу обрушил на православных жителей Кипра жесточайшие гонения: все три митрополита (Пафский Хрисанф, Киттийский Мелетий и Киринийский Лаврентий) были казнены, а архиепископ Кипрский Киприан был повешен на центральной площади Никосии. Всего за пять дней с 9 по 14 июля 1821 года было убито 486 игуменов монастырей, священников и старейшин. Почти все православные монастыри и храмы были отобраны и обращены в мечети или хозяйственные помещения. В том же 1821 году Патриарх Антиохийский Серафим послал на Кипр епископов, рукоположивших трёх митрополитов и нового предстоятеля Кипрской Церкви.