Zu Beginn des Zweiten Koalitionskrieges kommandierte Sztáray im Feldzug von 1799 das rechte Flügelkorps der k. k. Hauptarmee unter Erzherzog Karl in Schwaben und sicherte das Neckartal gegen das bei Philippsburg stehende französische Heer ab. Im siegreichen Gefecht von Wiesloch am 2. und 3. Dezember vertrieb er die französische Rhein-Armee unter Divisionsgeneral Lecourbe vom rechten Rheinufer, befreite die stark bedrängte Festung Philippsburg von der französischen Blockade und wurde am 1. März 1800 Feldzeugmeister. Nach der Niederlage von Hohenlinden (3. Dezember 1800) übernahm Erzherzog Karl wieder den Oberbefehl über die Hauptarmee in Deutschland und übertrug dem Sztáray die Führung der so genannten böhmisch-mährischen Legion.