Sergej Fjodorov debuterade som 18-åring i JVM 1988 på hemmaplan i Moskva och gjorde 12 poäng på sju matcher, fördelat på fem mål och sju assists. I finalen förlorade Sovjetunionen dock mot Kanada. 1989 spelade han sitt andra JVM, denna gång i Anchorage, Alaska. Poängmässigt blev det en repris med 12 poäng på sju matcher och Fjodorov spelade som center i en framgångsrik kedja med yttrarna Aleksandr Mogilnyj och Pavel Bure, hans lagkamrater från CSKA Moskva. Fjodorov och Sovjetunionen blev juniorvärldsmästare 1989 efter seger mot Sverige i finalen.