A partire dal 1463 la lega dei cavalieri e dei cittadini della Vestfalia provocò nuovi problemi all'arcivescovato di Colonia. Durante il regno dell'arcivescovo Herman V von Wied (1515-1546), inoltre, nella regione si diffuse il protestantesimo. Anche se la repressione della riforma fu durissima, durante il regno dell'arcivescovo Gebhard Truchsess von Waldburg (1577-1583) il luteranesimo tornò a farsi sentire al punto tale che lo stesso arcivescovo fu costretto ad ammettere il culto specifico per alcune città che avevano ufficialmente adottato la nuova dottrina religiosa. Il nuovo arcivescovo Ernesto di Baviera (1583-1612) e suo fratello Ferdinando di Baviera tentarono di recuperare le città religiosamente perdute dando inizio alla Guerra di Colonia nel 1583 ove riuscirono a trionfare, limitando il protestantesimo in alcune regioni al confine con il Waldeck e l'Assia. Il ducato di Vestfalia venne dunque reintegrato completamente all'interno dei domini cattolici dell'arcivescovato di Colonia a partire dal 1590.