Burgsdorff wurde Mitte Juni 1945 durch den CIC festgenommen. Danach wurde er von den Amerikanern im Internierungslager Moosburg interniert und als Zeuge des Angeklagten Hans Frank im Nürnberger Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher am 18. April 1946 von dessen Verteidiger Alfred Seidl vorgeladen und ebenso für den angeklagten Reichsprotektor für Böhmen und Mähren Konstantin von Neurath von dessen Verteidiger Otto von Lüdinghausen verhört. Absicht beider Befragungen war, die Verantwortung für alle Unterdrückungsmaßnahmen und für die Verbrechen auf die aus Berlin direkt geführten SS-Kräfte im Generalgouvernement beziehungsweise im Reichsprotektorat zu schieben: "Neurath und Frank waren somit die Opfer von Hitler und Himmler, und so war es auch Burgsdorff in seiner Tätigkeit", die sie alle in dem "nun einmal ausgebrochenen" Krieg in "Treue zum Deutschen Volk" ausübten, um dadurch "Schlimmeres zu verhindern", so die Aussage Neuraths.