Након избијања Првог балканског рата придружује се Српској војсци у коме током борбе у селу Стревица бива рањен. Током Другог балканског рата налазио се у саставу српског добровољачког одреда са којим се бори у Бици на Брегалници. Током Првог светског рата, Бабунски и његов четнички одред се бори против аустроугарских снага 1914, а касније и на Солунском фронту где је Бабунски одликован од француског генерала Луја Франша д' Епереја након заробљавања два немачка торпедна чамца са посадама. После рата, Бабунски са својим јаким снагама од 250 бораца помаже нове српске власти у гушењу бугарашког отпора у околини македонских места, Битоља и Тиквеша. Сматра се за једног од најславнијих четничких војвода из тог доба, Бабунски је умро у Велесу 1920.