W reprezentacji Jugosławii Šabanadžović zadebiutował 29 października 1986 roku w wygranym 4:0 meczu eliminacji do Euro 88 z Turcją. W 1990 roku został powołany przez selekcjonera Ivicę Osima do kadry na Mistrzostwa Świata we Włoszech. Tam był podstawowym zawodnikiem i zagrał w czterech spotkaniach Jugosłowian: z Kolumbią (1:0), ze Zjednoczonymi Emiratami Arabskimi (4:1), w 1/8 finału z Hiszpanią (2:1) oraz ćwierćfinale z Argentyną (0:0, karne 2:3). W kadrze Jugosławii rozegrał łącznie 8 meczów.