В марте 1944 года Флеминг курировал распределение разведданных между подразделениями королевского военно-морского флота при подготовке операции «Оверлорд». Ян был отстранён от управления подразделением в июне 1944, хотя и сохранил некоторое участие в его деятельности. Флеминг посетил подразделение во время и после операции «Оверлорд», в частности, в ходе атаки на Шербур. Там он был обеспокоен тем, что коммандос были использованы как обыкновенный спецназ, а не разведывательное подразделение. Флеминг считал такое применение сил подразделения и возможностей опытных оперативников пустой тратой человеческих ресурсов, особенно в ходе операции, которая угрожала сбору жизненно важной информации. Вследствие этого управление подразделением было пересмотрено. Ян также посетил позиции подразделения в в Германии, где с 1870 года располагался архив немецкого военно-морского флота.