Mit der Gleichschaltung der Kirchen in der NS-Zeit wurden auch die LKG-Gremien gleichgeschaltet. Der Bankbetrieb der LKG konnte sich trotz politischen und kirchlichen Auseinandersetzungen bis 1937 jedoch gut weiterentwickeln. Während der Bombardierung Dresdens am 13. Februar 1945 wurde das Bankgebäude allerdings vollkommen zerstört. Nur durch Zufall wurden die wichtigsten Dokumente vorher aus dem Gebäude genommen, sodass anschließend der Betrieb provisorisch wieder aufgenommen werden konnte.