Războiul dintre Liga Sfântă și Imperiul Otoman care s-a încheiat cu înfrângerea otomană în 1699 a determinat o reducere semnificativă a teritoriului eyaletului, care a pierdut toate sangeacurile slavone („Požeški sandžak” și „Pakrački sandžak”), sangeacul Lika și părți mari de pe coasta dalmatică a sangeacurilor Klisa și Herțegovina. Eyaletul a pierdut trei sangeacuri și a desființat unul (sangeacul Bihać): după Tratatul de la Karlowitz (1699), provincia a fost redusă la patru sangeacuri (trei dintre ele cu o mărime diminuată) și douăsprezece căpitanate. Înaintea semnării Tratatului de la Passarowitz (1718), au fost formate alte 28 de căpitanate militare, dintre care mai mult de jumătate se aflau de-a lungul frontierei. Acest tip de administrație militară intensivă corespundea frontierei militare austriece de pe cealaltă parte a aceleiași frontiere. În 1703 reședința pașei a fost mutată de la Sarajevo la Travnik, deoarece orașul Sarajevo fusese distrus de incendiile din timpul războiului; Sarajevo va redeveni capitală abia în 1851.