Bis zu den Massakern von 1895 unter Abdülhamid II. diente die Kirche als Patriarchalkathedrale für das regional bedeutende Katholikat von Akdamar. Nach dem Tod des letzten Katholikos von Akdamar, Chatschatur III. (1864–1895), blieb der Sitz vakant. 1910 umfasste die Diözese von Akdamar 130 Gemeinden, 203 Kirchen und 70.000 Gläubige. Das Kloster wurde beim Völkermord an den Armeniern 1915 zerstört, die Kirche geplündert und die Mönche wurden getötet. Per Beschluss des osmanischen Justiz- und Kultusministeriums vom 10. August 1916 wurde das Katholikat von Aghtamar aufgehoben.