Nell'ottobre 1948, Toyoda fu tradotto dinanzi al Tribunale militare internazionale per l'Estremo Oriente poiché ritenuto colpevole di aver violato le leggi e gli usi in tempo di guerra. Più precisamente, l'accusa riconosceva che egli aveva "volontariamente e illegalmente trascurato e fallito nell'adempire ai doveri di ufficiale ordinando, dirigendo, incitando, causando, permettendo, ratificando e mancando di impedire al personale giapponese delle unità militari e delle organizzazioni sotto suo comando, controllo e supervisione di commettere abusi, maltrattamenti, torture, stupri, omicidi e atrocità e offese del genere contro un elevato numero di persone provenienti dagli Stati Uniti, dai loro Alleati, dipendenze amministrative e altri civili non combattenti": Toyoda si dichiarò innocente dei crimini elencati. Nel corso del procedimento fu via via scagionato dai vari capi d'accusa e, al momento del verdetto il novembre seguente, fu l'unico dei ventotto imputati a essere assolto, non ricevendo alcun tipo di pena.