Tại Champions League, Messi ghi hai bàn và kiến tạo một bàn trong chiến thắng 3–0 ở bán kết trước Bayern Munich. Bàn thắng thứ hai của Messi, đến chỉ ba phút sau bàn thắng đầu tiên, anh lốp bóng qua đầu thủ môn Manuel Neuer sau pha lừa bóng qua Jérôme Boateng khiến hậu vệ này ngã sõng soài; nó đã lan truyền, trở thành câu chuyện được tweet nhiều nhất trong năm về khoảnh khắc thể thao và được UEFA bầu chọn là bàn thắng đẹp nhất mùa giải. Bất chấp trận thua lượt về, Barcelona đã tiến đến trận chung kết vào ngày 6 tháng 6 tại Berlin, nơi họ đánh bại Juventus 3-1 để giành cú ăn ba thứ hai, trở thành câu lạc bộ đầu tiên trong lịch sử làm được điều này. Mặc dù Messi không ghi bàn, nhưng anh đã tham gia kiến tạo vào mỗi bàn thắng của Barca, đặc biệt là bàn thắng thứ hai khi anh khiến thủ môn Gianluigi Buffon phải bay người cản phá, từ đó Suárez đã dễ dàng ghi bàn. Ngoài việc là cầu thủ kiến tạo nhiều nhất với sáu pha kiến tạo, Messi còn là vua phá lưới giải đấu với mười bàn thắng, giúp anh trở thành cầu thủ đầu tiên đạt được thành tích ghi bàn nhiều nhất trong năm mùa giải Champions League. Vì những thành công của anh trong mùa giải, anh được nhận giải thưởng Cầu thủ xuất sắc nhất châu Âu của UEFA lần thứ hai.