Em irrompeu a guerra civil entre Caio Mário, o líder da facção dos "populares", e Lúcio Cornélio Sula, dos "optimates", que acabou com a vitória deste último e a proscrição do primeiro, que fugiu da Itália. Quando Sula assumiu o posto de Pompeu na Primeira Guerra Mitridática e deixou a Itália a cargo de Quinto Pompeu Rufo, o Senado Romano emitiu uma ordem para que Estrabão lhe entregasse o comando de suas tropas. Ele estava lutando no sul da Itália (principalmente no Sâmnio) contra os italianos que ainda não haviam se pacificado quando soube do que estava acontecendo. Com a chegada de Rufo, Estrabão obedeceu e entregou-lhe o comando, apesar de contrariado. Acredita-se, por conta disto, que tenha sido ele próprio a instigar um motim entre os soldados que levou, pouco depois, à morte de Rufo. Estrabão fingiu horror pelo crime, mas nada fez para levar os culpados à justiça. Sula, lutando no oriente, não pôde fazer nada.