Ne pouvant être promu au grade de Ministerialdirigent sans être membre du NSDAP, il en fait la demande à multiples reprises, avant d'être accepté par le parti en . En juin de la même année, il est nommé à la tête du département de la culture au ministère des affaires étrangères. Il assure cette fonction jusqu'en . Fritz von Twardowski est ensuite nommé consul général à Istanbul. Après l'attentat du 20 juillet 1944, il est jugé suspect par le SS-Obersturmbannführer Bruno Wolff, chargé d'évaluer sa loyauté politique. Ses relations, avec l'entourage de Dietrich Bonhoeffer notamment, lui valent un rappel à Berlin et un interrogatoire par la Gestapo. Il conserve finalement ses fonctions jusqu'à la fin de la guerre.