במהלך קרב אנטיאטם, פיקד הנקוק על מחלקה שלמה. אנשיו ציפו למתקפת נגד כנגד חיילי הקונפדרציה המותשים, אולם הנקוק קיבל פקודות ממקללן לשמור על עמדתו. הוא קודם לדרגת רס"ר ב-29 בנובמבר 1862. הוא הוביל את המחלקה שלו במתקפה קטלנית בקרב פרדריקסברג, שבמהלכה נפצע בבטן.