El 27 de juliol de 2013 Lewandowski va guanyar la Supercopa alemanya amb el Dortmund després de derrotar 4-2 al Bayern de Munic. El seu primer gol de la temporada 2013-14 el va aconseguir en la victòria per 4-0 contra l'Augsburg en la primera jornada de lliga, el 10 d'agost. L'1 de novembre, va marcar el seu únic hat-trick de la temporada en una victòria per 6–1 a la Bundesliga contra el VfB Stuttgart. El 25 de febrer Lewandowski va marcar dos gols contra el Zenit de Sant Petersburg en el partit d'anada de vuitens de final de la Lliga de Campions, convertint-se així en el màxim golejador històric del Borussia en competicions europees, superant els 16 gols de Stéphane Chapuisat. Lewandowski va acabar aquella temporada com a màxim golejador de la Bundesliga amb 20 gols. També va aconseguir 6 gols a la Champions League, on el Borussia va caura eliminat als quarts de final.