Bis zu den Massakern 1895 unter Abdülhamid II. diente die Kirche als Patriarchalkathedrale für das regional bedeutende Katholikat von Aghtamar der Armenischen Apostolischen Kirche. Nach dem Tod des letzten Katholikos von Aghtamar, Khatschatur III. (1864–1895), blieb der Sitz vakant. 1910 umfasste die Diözese von Aghtamar 130 Gemeinden, 203 Kirchen und 70.000 Gläubige. Im Zuge des Völkermordes an den Armeniern wurde das Kloster 1915 zerstört, die Kirche geplündert und die Mönche getötet.