زمان فرماندهی او بر نیروی هوایی مصادف با تحکیم ساختار سیاسی جمهوری اسلامی و اوج درگیری‌های داخلی بین گروه‌های مخالف جمهوری اسلامی و هواداران نظام سیاسی جدید بود که تصفیهٔ نیروی هوایی را از عناصر نامطلوب نظام به دنبال داشت. با این حال در دوران فرماندهی سرهنگ معین‌پور، نیروی هوایی در نبردهای مهمی مانند فتح‌المبین و بیت‌المقدس نقش سرنوشت‌سازی بازی کرد که به بازپس‌گیری اراضی اشغالی جنوب و غرب ایران و شهر خرمشهر از نیروهای ارتش عراق منجر شد.