כזה היה מצבה הכלכלי של קהילת יהודי וילנה בשנים שלפני פרוץ מלחמת רוסיה-פולין, המלחמה פרצה בעקבות הצלחותיו של ההטמאן בוגדן חמלניצקי ופנייתם של המורדים הרותנים שלו בבקשה לחסות תחת צאר מוסקובי. בראשית יולי 1655 נודע על התקדמות הצבא המוסקובי (רוסי) לעבר העיר, ורוב ככל יהודי העיר נטשו אותה ונמלטו. הבריחה החפוזה הצילה את היהודים מהטבח שערכו הרוסים באנשי העיר בטרם הציתו אותה, בתי העיר בערו במשך 17 ימים רצופים והרובע היהודי חרב ונשרף. תושבי העיר הנוצרים מיהרו להתעשת ושיגרו משלחת אל הצאר אלכסיי הראשון בבקשה לאסור את ישיבת היהודים בעיר, הוא נענה להם והתיר ליהודים לשבת בשטח מחוץ לעיר מעבר לנהר הוויליה שבו היה בית הקברות היהודי. רבני העיר נפוצו לכל עבר: הרב רבקש נטש העיר את ספרייתו הגדולה ובה גם חיבורים בכתב ידו שאבדו, השתקע באמסטרדם ועסק בהדפסת ספרו; רבי משה לימא עבר לכהן כרבה של בריסק ונפטר כעבור שנתיים, ודייני בית הדין נמלטו למוראביה וקבלו בה משרות רבנות - הרב אפרים הכהן בטריביטש, הש"ך בהאלישוי, ורש"ק שנעשה נכה בשתי רגליו ושיכל את שתי בנותיו נעשה רב בניקלשבורג ובגלוגאו וערים נוספות. המלחמה חיסלה למעשה את היישוב היהודי בווילנה ושמה קץ לכאורה לשאיפות הקהילה להיות למרכז תורני.