Verdenscupen i skiskyting 2006/07 ble arrangert i perioden 29. november 2006 – 18. mars 2007. Skiskyttere fra 36 land konkurrerte i ti stevner med totalt 27 individuelle øvelser og fem stafetter. Verdensmesterskapet i Antholz inngikk også i verdenscupen. Andrea Henkel og Michael Greis (begge Tyskland) vant verdenscupen sammenlagt.