Spinalonga, junto con Gramvousa hasta 1691 y Souda, permanecieron en poder de los venecianos aun luego que el resto de Creta cayó ante los otomanos durante la guerra de Creta (1645–1669) y hasta 1715, cuando fue doblegada por los otomanos durante la última guerra otomana-veneciana. Estos tres fuertes defendían las rutas comerciales venecianas y eran bases disponibles en el caso de una nueva guerra veneciana-turca por Creta. Muchos cristianos se refugiaron en estas fortalezas para escapar de las persecuciones de los turcos otomanos.