У 1798 відправлений султаном на чолі загону македонських албанців до Єгипту — воювати проти французів. Брав участь проти армії Бонапарта у бою біля Абукіра. Після того як французи, а згодом і союзники османів британці залишили Єгипет, Мухаммед Алі зосередив під своїм командуванням усі албанські частини і разом з мамлюками вигнав з країни османську армію. У 1804 році повалив Ібрагім-бея, каймакама (фактично правителя) Єгипту. В результаті було ослаблено вплив могутнього клану мамлюків аль-Мухаммадія.