В 2006 году Фрага был включён в состав сборной Мексики до 23 лет на Турнир в Тулоне. Вратарь вышел на поле в двух матчах из трёх, пропустив два мяча. Его команда заняла третье место в группе и не прошла на стадию плей-офф. В 2017 году Мигель Фрага был вызван в сборную Мексики на Золотой кубок КОНКАКАФ. На этом турнире он был третьим вратарём и ни разу не вышел на поле, а его команда вылетела на стадии полуфинала.