Несмотря на заключение долгожданного мира, между Францией и большей частью союзников первой коалиции союзников росли напряжения. Фердинанд IV, король Неаполя, отказался выплачивать оговоренную контрибуцию Франции, а его подданные подняли мятеж против королевской власти. В ответ на это французы вторглись в Неаполь и провозгласили Партенопейскую республику. Восстание республиканцев в швейцарских кантонах при поддержке Франции привело к падению Швейцарской конфедерации и провозглашению Гельветической республики. На пути в Египет весной 1798 года, Наполеон высадился на острове Мальта и изгнал госпитальеров из их владений. Это разозлило Павла I, который был почётным главой Ордена. Французской оккупацией Мальты были возмущены и англичане, которые начали готовить операцию против французского гарнизона острова. Директория, в свою очередь, была убеждена, что австрийцы тайно готовились к новой войне. Действительно: чем слабее казалась Франция, тем серьёзнее австрийцы, неаполитанцы, русские и англичане на самом деле рассматривали такую возможность.