Im November 1993 feierte er sein Debüt in der spanischen A-Nationalmannschaft, als er nach zehn Minuten gegen Dänemark eingewechselt wurde. Er blieb ohne Gegentor und löste so für Spanien das Ticket für die Weltmeisterschaft 1994, wo er wie zwei Jahre später bei der EURO 1996 einmal zum Einsatz kam. Den Durchbruch schaffte Cañizares im Jahr 2000 bei der Endrunde in Belgien und den Niederlanden, wo er dreimal spielte.