За свою долгую историю, гробница Иосифа стала свидетельницей интенсивного религиозного конфликта. В начале византийского периода самаритяне и христиане спорили между собой о доступе и праве собственности на место захоронения, что приводило к ожесточённым столкновениям. После того как в 1967 году Израиль захватил Западный берег реки Иордан, мусульманам был запрещён вход в гробницу, и гробница стала доступна только лицам иудейского вероисповедания. После этого, межрелигиозные трения и конфликты с выражением конкурирующих еврейских и мусульманских претензий на гробницу только участились. После подписания соглашений в Осло место расположения захоронения подпало под юрисдикцию Палестинской национальной администрации (ПНА), однако гробница осталась под охраной Армии обороны Израиля (АОИ), а запрет на отправление религиозных обрядов мусульманами остался в силе. В самом начале интифады Аль-Аксы в 2000 году, сразу после передачи гробницы ПНА, она была разграблена и разрушена палестинской толпой. После повторной оккупации Наблуса в 2002 году во время операции АОИ под названием «Защитная стена» группы еврейских паломников начали совершать периодические визиты в гробницу. С 2009 по 2010 год сооружение было отремонтировано, установлен новый купол, а визиты еврейских верующих были возобновлены. В 2015 году, на фоне новой волны насилия, толпа палестинцев забросала гробницу зажигательными бомбами, однако огонь был оперативно потушен силами ПНА до прихода подразделений АОИ и не причинил особого вреда могиле.