Nel dicembre 1939, su richiesta di Hans Frank a Berlino, la "Ostbahndirektion" ottenne l'indipendenza finanziaria dopo aver restituito 10 milioni di Reichsmark a DRB. La rimozione di tutti i danni delle bombe fu completata nel 1940. La direzione polacca fu vittima delle esecuzioni di massa (Intelligenzaktion del 1939 e AB-Aktion del 1940) o imprigionata nei campi di concentramento nazisti. I posti di lavoro manageriali furono assegnati a funzionari tedeschi con circa 8.000 promozioni istantanee. La nuova divisione orientale di DRB ha acquisito 7.192 km di nuove linee ferroviarie e 1.052 km di scartamento ridotto (linee principalmente industriali) nelle regioni annesse.