Nach seinem Ausscheiden aus dem US-Repräsentantenhaus arbeitete John Daniel wieder als Anwalt. Im Jahr 1860 zog er nach Louisiana, wo er sich nahe Shreveport niederließ. Dort praktizierte er ebenfalls als Jurist. Außerdem war er als Pflanzer tätig. Er starb am 22. Juni 1868 in Shreveport. Sein 1828 geborener Sohn Junius fiel als Brigadegeneral der Armee der Konföderation im Bürgerkrieg während der Schlacht bei Spotsylvania Court House.