1933 wurde er entlassen, weil er sich für den Verbleib jüdischer Lehrkräfte, wie Marguerite Friedländer-Wildenhain, an der Kunstschule eingesetzt hatte. Er zog nach Niehagen, heute ein Ortsteil von Ahrenshoop in Mecklenburg. 1935 war er als Studiengast fünf Monate in der Villa Massimo in Rom, ab 1936 arbeitete er in Berlin. Das gemeinsam mit Crodel ausgeführte Musikzimmer der Burse zur Tulpe (Studentenhaus der Universität Halle/Saale) wurde 1936 zerstört, Marcks bezog daraufhin für ein Jahr den Atelierraum Nr. 13 in der Ateliergemeinschaft Klosterstraße. 1937 beschlagnahmten die Nationalsozialisten 86 seiner Arbeiten und diffamierten mehrere seiner Werke in der Ausstellung „Entartete Kunst“. Vor einer Hausdurchsuchung wurde er von seinem ehemaligen Meisterschüler Wilhelm Löber gewarnt, der daraufhin 1938 aus der SA ausgeschlossen wurde.