カトリックのアイルランドやスコットランドは1649年から1651年にかけて反議会派の拠点であった。クロムウェルはアイルランド遠征軍司令官兼アイルランド総督に任ぜられて侵攻を始め、1649年8月にダブリンに上陸、続いてドロヘダ、ウェックスフォードを攻め、ドロヘダ攻城戦・などの戦闘を始め各地で住民の虐殺を行う（クロムウェルのアイルランド侵略）。アイルランドはクロムウェルの征服により、以後はイングランドの植民地的性格が強い土地となる。