W reprezentacji Wybrzeża Kości Słoniowej Zokora zadebiutował 28 stycznia 2001 w wygranym 3:1 meczu z Madagaskarem. W 2002 wystąpił na nieudanym dla swojej drużyny turnieju Pucharu Narodów Afryki. Do tej pory wystąpił w drużynie narodowej 40 razy, nie zdobył jeszcze bramki. W 2006 wywalczył drugie miejsce na Pucharze Narodów Afryki w Egipcie i wystąpił na Mistrzostwach Świata, z których reprezentacja Wybrzeża Kości Słoniowej odpadła po fazie grupowej, mimo tego, że zaprezentowała się bardzo dobrze.