Concluida la contienda chaqueña se reanudó los campeonatos de la Liga Encarnacena, el club volvió a ser campeón en los años 1937, 1938, 1942 y 1946. En el año 1947 otra guerra civil impidió el desarrollo del campeonato, desde entonces la organización anual de los campeonato de la liga ya no conoció de interrupciones. Tras ello volvió a conquistar los campeonatos de 1949, 1951, 1952, 1957, 1962, 1969, 1970, 1971, 1972, 1973, 1974, 1975, 2000, 2004, 2011, 2012 y 2014. La cantidad de títulos lo posiciona como uno de los clubes más ganadores de la Liga Encarnacena.