2005년 7월 22일에 트란스니스트리아에 특별 지위를 부여하는 행정 구역으로 신설되었다. 몰도바가 설정한 트란스니스트리아 자치 영토 단위는 트란스니스트리아의 대부분을 포함하지만 미승인 국가인 트란스니스트리아가 설정한 경계 및 원래의 트란스니스트리아 지역과는 지리적으로 차이가 있다. 드니스테르 강 서안에 위치한 벤데르는 별개의 구역으로 설정되어 있고 1992년에 일어난 트란스니스트리아 전쟁을 통해 몰도바가 지배하게 된 트란스니스트리아의 일부 지역은 자치 영토 단위에 포함되지 않는다.