Лисабон постаје једна од најзначајнијих трговачких лука за трговину са Истоком. Наступио је нагли економски процват који, међутим, не траје дуго. Због застоја у развоју португалских производних снага и таласа верских прогона Јевреја (који држе готово све банкарске установе) почиње опадање Португалије. Томе доприносе и неуспели ратови краља Себастијана (1554—1578) у Мароку 1578. године. Приликом слабљења Португалије користи се Шпанија која, под Филипом II 1581. године, припаја Португалију у виду персоналне уније. Португалија током "шездесетогодишњег ропства" губи већину поседа у Азији и Бразилу, а велики број португалских војника гине у сукобу Шпанске армаде и Енглеске у Англо-шпанском рату (1585—1604). Јапан 1638. године затвара луке за трговачке бродове. Устанак против шпанске власти подигнут је 1637. године током Тридесетогодишњег рата. Први устанак је угушен, али је после устанка из 1640. године проглашена независност. Нови краљ, Жоао IV, поново организује војску. Држава је подељена на 22 војне области — комарке. Сво мушко становништво између 22 и 70 година регрутовано је у стајаћу војску. У Холандско-португалском рату (1656—1661) Португалија је успела да сачува Бразил и колоније у Африци. Од 1659. године поново је у рату са Шпанијом. Лисабонским миром из 1668. године Шпанија јој коначно признаје независност. У Рату за шпанско наслеђе Шпанија учествује на страни Енглеске. Са Енглеском је 1702. године потписала Метјуинове уговоре којима јој се потпуно економски и политички потчинила. Помаже јој у Седмогодишњем рату против Француске. Средином 18. века у време владе министра Себастијана Пумбала се у Португалији јавља први покушај реформи у духу просвећеног апсолутизма.