Опасаясь растущего влияния коммунистического Союза Спартака, возглавляемого Розой Люксембург и Карлом Либкнехтом, а также занимавшей центристскую позицию Независимой социал-демократической партии, Эберт в конце 1918 года заключил секретную договорённость с руководством армии, представленным Вильгельмом Грёнером. Армия участвовала в повсеместных стычках со спартакистами и подавила поднятое ими восстание. В то же время после правого Капповского путча, отражённого силами немецких рабочих, объявивших общегосударственную забастовку, к большинству его руководителей, многие из которых позже присоединились к НСДАП, правительство Эберта отнеслось снисходительно — как к силе, противостоящей «красной чуме». После неудачных переговоров и предотвращения распространения всеобщей забастовки 8 января 1919 года он отдал военный приказ положить конец восстанию.