Пасля распаду СССР і абвяшчэння незалежнасці Літоўскай рэспублікі, у 1993 г. ініцыятыўная група ўзняла пытанне аб наданні школе статусу гімназіі. У 1994—1995 гг. у школе вылучаюцца класы гуманітарнага і практычнага профіляў. У 1997 г. школа была рэарганізавана ў гімназію імя Юозаса Паўкштэліса.