На летних Олимпийских играх 2000 года на стадии 1/8 финала сумел победить сильного немца Тимо Болля, но в 1/4 финала в упорной борьбе уступил будущему чемпиону китайцу Кун Линхуэю (14:21, 21:13, 22:20, 10:21, 14:21). В парном разряде Шлагер также дошёл до четвертьфинала, где в паре Йиндраком уступили французской паре. В 2003 году Вернер Шлагер стал автором самой главной сенсации года в настольном теннисе. На чемпионате мира в Париже австриец сумел выиграть одиночный разряд и стать первым австрийцем, начиная с 1937 года, который выиграл мировое первенство по настольному теннису.