Im August leitete das Osmanische Militär unter der Führung der osmanischen „Islamarmee“ eine Gegenoffensive gegen die Frontlinienstellungen ein, welche vor allem von Armeniern besetzt waren. Die Armenier mussten sich nach einigen anfänglichen Siegen zurückziehen. Die britische Expeditionseinheit war zu klein, um bei der Verteidigung von Baku eine große militärische Wirkung zu erzielen. Einige britische Militärs in Baku beobachteten kurz vor dem Pogrom einige Gewaltexzesse gegen die muslimische Bevölkerung der Stadt, was die Stimmung zwischen den verschiedenen Ethnien und Religionen weiter anheizte. So schrieb der Kommandeur des britischen Expeditionskorps in Baku am 12. September 1918 in sein Tagebuch: