Gleno litt stark während der Unruhen vor und nach dem Unabhängigkeitsreferendum 1999. Es kam zu schweren Zerstörungen. Hier kam es auch zum landesweit schwersten Zwischenfall während der Stimmabgabe. Deutsche Wahlbeobachter berichteten, dass pro-indonesische Milizionäre in die Luft schossen und die Wähler mit Steinen bewarfen. Zwei Personen wurden dadurch verletzt.