Indiana wurde als einziges Kind von Earl Clark und Carmen Waters in New Castle geboren und nannte sich ab 1959 nach jenem Bundesstaat, in dem er geboren wurde. Zur Besichtigung der Weltausstellung „A Century of Progress“ reiste er mit seinen Eltern 1933 nach Chicago. Im Jahre 1935 wurde Indiana in Mooresville eingeschult und seine Absicht, Künstler zu werden, wurde durch seine Lehrerin Ruth Coffman stark unterstützt. Er lebte nach der Scheidung seiner Eltern bei der Mutter und dem Stiefvater Foster Dickey. 1942 zog er nach Indianapolis, um die „Arsenal Technical School“ zu besuchen. In der schulfreien Zeit arbeitete er bei Western Union und beim „Indianapolis Star“. Seine Bewunderung galt den amerikanischen Künstlern Charles Demuth, Grant Wood, Thomas Hart Benton und Charles Sheeler. Ein Stipendium am „John Herron Institute“ im Jahre 1946 nahm er nicht an und beschloss stattdessen in die Army Air Force einzutreten, wodurch er für fünf Jahre kostenfreie Ausbildung erlangen konnte. 1948, während seiner Stationierung in Rome, New York, besuchte er Kunstseminare am „Manson-Williams-Proctor Institute“ in Utica und belegte einen Anfängerkurs in Russisch an der Syracuse University.