א-שאפעי הוא מתנגד גלוי של המשטר במצרים, והוא לקח חלק בהפגנות להפלת שלטון מובראכ, ולאחר מכן גם נגד שלטון מוחמד מורסי. באוגוסט 2013, בזמן מהומות אוגוסט 2013 במצרים נעצר א-שאפעי יחד עם מפגינים נוספים בעוון חשד לרצח של שלושה שוטרים. לאחר שלושה ימים המשטרה מצאה כי האליבי של א-שאפעי מתאים, והוא שוחרר. הוא השתתף במגוון הפגנות ב-2004, 2008, 2012 ו-2013.