האקדמיה השלישית שנוסדה על ידי קרנאדס ב-155 לפנה"ס עדיין החזיקה בתורת הספקנות והכחישה את האפשרות להגיע לחקר האמת המוחלטת. אחרי מות קרנאדס ב-129, תלמידו קליטומאכוס שימש כראש האקדמיה עד מותו ב-110. תלמידו, פילון מלאריסה ירש את מקומו כראש האקדמיה. אולם ב-88, בתחילת מלחמות מיתרידטס נאלץ לעזוב את אתונה וקבע את מושבו ברומא. ב-86 לוקיוס קורנליוס סולה, שהטיל מצור על אתונה, הרס את מבני האקדמיה וכרת את חורשת עצי הזית שמסביבם. פילון מלאריסה מת ברומא וב- 84 תלמידו אנטיוכוס מאשקלון שהתגורר באלכסנדריה שב לאתונה וחידש את לימודי האקדמיה בגימנסיון תלמי.