По состоявшемуся 9—12 декабря соглашению между большевиками и левыми эсерами получил в коалиционном Совнаркоме должность наркома без портфеля, но с решающим голосом. Обеспечивал связь СНК и ВЦИК с регионами, выезжая на места. Вошёл в коллегию НКВД (возглавил коммунальный отдел) и в коллегию Наркомюста, а также в следственную комиссию при Петросовете. 22 февраля 1918 возглавил Чрезвычайную комиссию по разгрузке Петрограда. Подчиняясь решению ЦК ПЛСР, вышел из Совнаркома в марте 1918, однако расценил неприятие Брестского мира и разрыв коалиции с большевиками как грубую ошибку левых эсеров. На 2-м съезде ПЛСР (17-25 апреля 1918, Москва) забаллотирован на выборах в президиум съезда, исключен из списка кандидатов в члены ЦК. Осудил политику ЦК ПЛСР, приведшую к левоэсеровскому мятежу 6-7 июля 1918, после чего вышел из ПЛСР и в сентябре 1918 вступил в РКП(б).