Katarzyna wydała w styczniu 1562 edykt tolerancyjny, który zezwalał na prywatne odprawianie protestanckich obrzędów. Franciszek Gwizjusz odpowiedział egzekucją protestantów w Wassy, którzy wbrew prawu odprawiali nabożeństwo publiczne. Przeciw Gwizjuszom wystąpił Kondeusz. Królowa z Fontainebleau na próżno wzywała go, by udzielił jej oparcia. Pierwsi zjawili się Gwizjusze, którzy wymogli na niej kapitulację. 19 października pod Dreux siły protestanckie, dowodzone przez księcia Kondeusza, poniosły klęskę, a on sam dostał się do niewoli. Antoni Burbon zginął podczas oblężenia Hawru, a Franciszek Gwizjusz z ręki skrytobójcy. Oswobodzona spod wpływu wielkich panów Katarzyna wydała w marcu 1563 roku edykt kończący I wojnę religijną. Królowa zraziła się do protestanckich przyjaciół, którzy opuścili ją w krytycznym momencie. Katolicy okazali się silniejsi i nie można było rządzić bez nich. Karol i Aleksander musieli porzucić zabawy w kardynałów, świecić pobożnością i wysłuchiwać licznych mszy.