У віці 17 років (у 1572) Луїза, за порадою батька, виходить заміж за Шарля де Теліньї (1535—1572), фаворита короля Карла IX. Шлюб цей виявився недовгим, так як граф де Теліньї, як і батько Луїзи Гаспар де Коліньї, були убиті у Варфоломіївську ніч 24 серпня 1572 року, відмовившись перейти у католицтво. Після цих трагічних подій Луїза де Коліньї, разом з своєю свекрухою Жаклін д’Ентремон, вимушена була бігти з Франції — спочатку у Савойю, потім у Швейцарію — у Базель і у Берн. Після едикту у Больє вона повертається у Францію у 1576 році та живе у маєтках її покійного чоловіка у Льєрвіллі. Лише одного разу Луїза з'являється у королівському дворі — з проханням про повернення втраченого титулу та майна вбитого батька.