Ormai escluso da ogni operazione di importanza strategica, Kubo fu posto a disposizione dello stato maggiore generale il 15 giugno 1945, che il 20 luglio lo nominò comandante del Corpo marinai, del distaccamento "rikusentai" e dell'Unità di guardia di stanza a Kure. Fu quindi presente, senza però poter intervenire, al devastante bombardamento statunitense del porto, avvenuto alla fine del mese. Il 20 settembre, dopo la resa formale dell'Impero giapponese, diede le proprie dimissioni e si ritirò a vita privata. Morì il 12 settembre 1958, forse per malattia, all'età di 69 anni.