Durante a Guerra do Iraque em 2003, o deserto serviu como uma linha de abastecimento principal para os revoltosos iraquianos, com a parte do deserto do Iraque se tornando um reduto principal dos rebeldes sunitas que operavam na província de Ambar, particularmente após a captura de Faluja pela Coalizão, durante a Operação Fantasma Fury. Uma série de operações militares da coalizão foram relativamente ineficazes na eliminação da presença de insurgentes no deserto. No entanto, como os rebeldes começaram a ganhar o controle das áreas em torno da importância do deserto da Síria como centro de operações,acreditava-se ter diminuído. Em setembro de 2006 insurgentes tinham ganhado o controle de praticamente toda a província de Anbar e mudou a maioria das forças, equipamento e outros líderes do leste para as cidades rebeldes controlados perto do rio Eufrates. No entanto, o deserto da Síria continua sendo uma das principais rotas de contrabando de equipamentos devido à sua localização, perto da fronteira com a Síria.