Κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, εφαρμόζοντας την συμφωνημένη μοιρασιά της Ανατολικής Ευρώπης στο γερμανοσοβιετικό σύμφωνο μη επιθετικότητας, στις 28 Ιουνίου 1940 οι Σοβιετικοί κατέλαβαν τη Βεσσαραβία. Ως αποτέλεσμα ιδρύθηκε η Σοβιετική Σοσιαλιστική Δημοκρατία της Μολδαβίας, μια από τις 16, πλέον, δημοκρατίες της Σοβιετικής Ένωσης (τον Αύγουστο του 1940 προσαρτήθηκαν τα βαλτικά κράτη και η ΕΣΣΔ είχε 16 δημοκρατίες. Τον Ιούνιο του 1941, μετά την έναρξη του πολέμου εναντίον της Σοβιετικής Ένωσης "(Επιχείρηση Μπαρμπαρόσα") το Μπεντέρ επέστρεψε σε ρουμανικά χέρια. Τον Αύγουστο του 1944 με την επιχείριση Ιάσιο-Κισινιόφ, η πόλη ανακατελήφθη από τους Σοβιετικούς. Κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, μεγάλο μέρος του εβραϊκού πληθυσμού δολοφονήθηκε και η πόλη υπέστη μεγάλες καταστροφές.