Азербайджан принял несколько тысяч турок-месхетинцев, однако, ввиду проблемы с беженцами из Нагорного Карабаха, дальнейшее переселение было приостановлено. По данным общества месхетинских турок Азербайджана «Ватан», на 1989 год в стране находилось более 39 тысяч месхетинских беженцев из Средней Азии, большая часть из которых осела в Саатлинском (5,2 тыс.), Сабирабадском (3,7 тыс.), Шемахинском (3 тыс.), Кубинском (2,2 тыс.), Дивичинском, Варташенском, Самухском, Шамхорском, Ханларском районах и городе Гянджа. В феврале 1992 года во время учинённой армянскими военными формированиями резни вместе с азербайджанцами погибло несколько десятков турок-месхетинцев из числа беженцев, нашедших приют в Ходжалы. Из турков-месхетинцев происходит участник Карабахской войны Национальный герой Азербайджана — Искендер Азнауров.