Když 5. května 1945 vypuklo Pražské povstání, nasedl Moravec před Kolovratským palácem, kde mělo sídlo jeho ministerstvo, do policejního nákladního vozu a odjel na schůzku s K. H. Frankem. Na Malostranském náměstí se ale německá auta dostala do palby povstalců, a tak se kolona vydala na Pražský hrad přes Klárov. Automobilu, v němž seděl Moravec, během cesty v Chotkově ulici došel benzin, a tak řidič vystoupil. V tom okamžiku Moravec vytáhl z kapsy revolver a v kabině auta se zastřelil. Řidič pak mrtvolu zavezl do budovy biskupského gymnázia ve Winterově ulici, kde sídlilo velitelství pražské pořádkové policie. Na dvoře gymnázia bylo tělo pohřbeno a 7. června 1945 exhumováno.