Efter attentatet mot Adolf Hitler den 20 juli 1944 blev Huppenkothen medlem av den särskilda kommission ("Sonderkommission 20. Juli"), som hade till uppgift att spåra upp och åtala misstänkta sammansvurna. I andra världskrigets slutskede fick Huppenkothen i uppdrag att tjänstgöra som åklagare vid ståndrättsförfarandet mot Dietrich Bonhoeffer, Hans Oster, Karl Sack, Ludwig Gehre, Wilhelm Canaris och Hans von Dohnanyi.