Положення християн покращився лише в період правління паші Єгипту Мухаммеда Алі (1805-1848). Він взяв курс на самостійність Єгипту, відновив порядок в країні і, будучи людиною прагматичною, віротерпимим, піклуючись про доходи скарбниці і розвитку промисловости, протегував християнським громадам. Так, після початку грецької революції 1821 року, коли по всій Османській імперії йшли християнські погроми, Єгипет був єдиним регіоном, де влада зуміла цього не допустити. Користуючись наданими хедивом пільгами, в Єгипет перебралося багато сімей грецьких купців. Переселялися в Єгипет також православні араби з Сирії та Лібану. У 1830-1840-х років спостерігачі оцінювали чисельність православної громади Єгипту в 2-5 тисяч чоловік, включаючи іноземних підданих. Більшість православних жили в Каїрі, Александрії та Дамієтти, незначні громади існували в Розетті і Суеці.