1944 wurde Lagger im Alter von 62 Jahren Opfer einer NS-Deportationswelle, die nach dem missglückten Attentat vom 20. Juli 1944 auf Hitler einsetzte. Aufgrund von "illegalen politischen Tätigkeiten" wurde er in das Konzentrationslager Dachau deportiert, aus dem er im Juni 1945 schwer erkrankt zurückkehrte.