Stojković v mládežnických reprezentacích reprezentoval Srbsko. V jeho dresu se zúčastnil ME do 19 let 2012 a ME do 21 let 2015. V květnu 2016 byla trenérem Ljubišou Tumbakovićem povolán do reprezentace Černé Hory. Reprezentační kariéru ukončil v červnu 2019 když odmítl hrát proti Kosovu. Spolu s ním odmítl nastoupit i trenér Tumbaković, který byl z toho důvodu propuštěn.