Huolimatta Mihail Gorbatšovin luomasta poliittisesti avoimemmasta ilmapiiristä, Uzbekistanissa kommunistinen johto jatkoi tiukkaa hallintoa. Elokuussa 1991 Islom Karimovin johdolla Uzbekistanin hallinto tuki Gorbatšovia vastaan suunnattua vallankaappausyritystä. Vallankaappauksen epäonnistuttua Uzbekistan julisti itsensä nopeasti itsenäiseksi Neuvostoliitosta. Kommunistit olivat Uzbekistanin ainoita kokeneita poliitikkoja ja he säilyttivät hallinnan maassa. Karimov voitti helposti maassa pidetyt presidentinvaalit vuonna 1991 ja hänet valittiin maan ensimmäiseksi presidentiksi.