In der Reichswehr war er ab 1919 Kommandeur einer Brigade. 1921 wurde er zum Generalleutnant und Kommandeur der 4. Division ernannt und fungierte zugleich als Befehlshaber im Wehrkreis IV (Dresden). Als solcher gewann er im Deutschen Oktober politische Bedeutung. Als das II. Bataillon des 12. Infanterie-Regiments von den Aufständen in Oberschlesien nach Quedlinburg zurückkehrte, wurde es auf Müllers Befehl kurzzeitig zur Unruhebekämpfung und Verstärkung der Truppenteile in Sachsen eingesetzt. Als Inhaber der vollziehenden Gewalt ließ er am 13. Oktober 1923 die Proletarischen Hundertschaften verbieten. Drei Tage später wurde die sächsische Polizei der Reichswehr unterstellt. Durch einen Unfall kam Müller beim Gefechtsschießen auf dem Truppenübungsplatz in Jüterbog mit 59 Jahren ums Leben. Beigesetzt wurde er auf dem Dresdner Nordfriedhof.