Arrivés à Nantes, les représentants Philippeaux, Gillet et Ruelle destituent la municipalité en septembre, pour avoir soutenu l'insurrection fédéraliste. Ils instituent alors un nouveau Comité de surveillance, plus tard rebaptisé Comité révolutionnaire de Nantes, recruté parmi les Sans-culottes. Le 19 octobre, le représentant Carrier vient prendre la direction de la ville jusqu'au 4 février 1794. La solidarité née parmi la population de l'union contre la menace royaliste s'effrite devant le chômage qui frappe les classes populaires, également menacées par la disette. Malgré son rôle joué dans la bataille de Nantes, le général Beysser est destitué par les représentants, avant d'être décrété d'accusation par le Comité de salut public, de même que le représentant Coustard de Massi et plusieurs administrateurs nantais. Le maire Baco de La Chapelle accourt à Paris pour prendre leur défense devant la Convention, mais attaqué par Fayau et Legendre, il est à son tour arrêté. Baco est néanmoins relâché à la suite des sollicitations de la municipalité de Nantes, suivies d'une pétition signée notamment par Canclaux et Gillet, sa carrière politique à Nantes est néanmoins finie. Coustard est guillotiné le 6 novembre. Beysser, un temps rétabli dans son grade, est dénoncé par Carrier après sa défaite à la bataille de Montaigu, arrêté et guillotiné à Paris le 13 avril 1794.