Τον 16ο αιώνα, τα σαντζάκια της Αυλώνας βρέθηκαν να είναι 1,8% μουσουλμάνοι, ενώ το σαντζάκι της Οχρίδας αποτελείτο από 1,9% μουσουλμάνους. Ήταν κυρίως στα τέλη του 18ου αιώνα, ωστόσο, που οι Ορθόδοξοι Αλβανοί μεταστράφηκαν σε μεγάλο αριθμό στο Ισλάμ στη συντριπτική πλειοψηφία λόγω των ρωσοτουρκικών πολέμων της περιόδου και γεγονότων όπως τα Ορλωφικά (1770), που έγιναν με ρωσική υποκίνηση, και που έκανε τους Οθωμανούς να βλέπουν τον Ορθόδοξο πληθυσμό ως συμμάχους της Ρωσίας. Καθώς ορισμένοι Ορθόδοξοι Αλβανοί επαναστάτησαν εναντίον της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, η Πύλη απάντησε με βία και μερικές φορές εφάρμοσε δύναμη, για να μεταστρέψει τους Ορθόδοξους Αλβανούς στο Ισλάμ, εφαρμόζοντας επίσης οικονομικά μέτρα για την προώθηση της θρησκευτικής μεταστροφής. Μέχρι το 1798, μια σφαγή κατά των παράκτιων Ορθόδοξων Αλβανικών χωριών Σενβασίλ και Νιβίτσε-Μπουμπάρ από τον Αλή Πασά, ημι-ανεξάρτητο κυβερνήτη στο Πασαλίκι των Ιωαννίνων οδήγησε σε ένα άλλο μεγάλο κύμα μεταστροφών των Ορθοδόξων Αλβανών στο Ισλάμ. Τον 19ο αιώνα, η Αλβανία στο σύνολό της, και ιδίως η Νότια Αλβανία, ήταν αξιοσημείωτη ως μια σπάνια περιοχή στα Οθωμανικά Βαλκάνια, όπου ο χριστιανικός πληθυσμός έχασε ακόμα σημαντικό αριθμό οπαδών στον εξισλαμισμό. Η μόνη άλλη περιοχή που έδειξε παρόμοια μείωση του χριστιανικού πληθυσμού ήταν η Δοβρουτσά.