Im Jahre 1504, als die Stadt zu Reichtum gekommen war, eroberte Ulick Fionn Burke von Clanricarde die Stadt. Gerald von Kildare, der englische Lord Deputy, trat ihm am Hügel von Knoc-tuadh, etwa sieben Meilen von Galway, entgegen und siegte in der Schlacht von Knockdoe. William und die anderen wurden gefangen genommen und die Stadt weiter befestigt. Etwa 100 Jahre später führte die englische Pression die Bevölkerung anlässlich der irischen Rebellion von 1641 zusammen. Für viele Familien der Stadt war Irisch inzwischen zur zweiten oder gar erste Sprache geworden. Während der Irischen Konföderationskriege (1641–1653) stand Galway unter Verantwortung der Stämme auf der Seite der konföderierten Katholiken. Dafür wurden die Stämme nach der Eroberung Irlands durch Oliver Cromwell abgestraft. Die Stadt wurde belagert und nach der Übergabe Galways im April 1652 mussten die Stämme sich der Konfiskation ihrer Stellung beugen. Die als Vereinbarung von Galway bekannte Regelung wurde zwar im Oktober 1654 vom englischen Parlament übernommen, aber trotz eines gewissen Machtanteils während der Herrschaft Charles II. (1660–1685) und während des als Williamite oder Jacobite War in Irland als „Krieg der beiden Könige“ bekannten Krieges (1689–91) hatten die Stämme in der Stadt ihre Macht verloren.