Клуб се у сезони &lt;a href="%D0%9F%D1%80%D0%B2%D0%B0%20%D0%BB%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D0%A1%D0%A0%20%D0%88%D1%83%D0%B3%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D1%98%D0%B5%20%D1%83%20%D1%84%D1%83%D0%B4%D0%B1%D0%B0%D0%BB%D1%83%201992/93."&gt;1992/93.&lt;/a&gt; поново враћа у Прву лигу, сада у Прву лигу СР Југославије, када заузима 18. место и испада у нижи ранг. У прву лигу се поново враћа у сезони &lt;a href="%D0%9F%D1%80%D0%B2%D0%B0%20%D0%BB%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D0%A1%D0%A0%20%D0%88%D1%83%D0%B3%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D1%98%D0%B5%20%D1%83%20%D1%84%D1%83%D0%B4%D0%B1%D0%B0%D0%BB%D1%83%201997/98."&gt;1997/98.&lt;/a&gt; (15.), кад је већ почео Рат на Косову и Метохији. Сезона &lt;a href="%D0%9F%D1%80%D0%B2%D0%B0%20%D0%BB%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D0%A1%D0%A0%20%D0%88%D1%83%D0%B3%D0%BE%D1%81%D0%BB%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D1%98%D0%B5%20%D1%83%20%D1%84%D1%83%D0%B4%D0%B1%D0%B0%D0%BB%D1%83%201998/99."&gt;1998/99.&lt;/a&gt; је била прекинута 14. маја 1999. након 24 одиграна кола због НАТО бомбардовања СРЈ, ово је била последња сезона Приштине да игра у фудбалском систему СР Југославије/Србије. Од тада ФК Приштина игра у тзв. Суперлиги Косова.