Macapagal-Arroyo tuki Yhdysvaltoja Syyskuun 11. päivän terrori-iskuissa ja antoi tukensa George W. Bushin terrorisminvastaiselle taistelulle, ja hän antoi Yhdysvalloille oikeuden käyttää Filippiinien maa-, meri-, ja ilmatilaa taistelutoimenpiteissä. Filippiineille perustettiin terrorisminvastainen rintama ja Filippiinit sai Yhdysvalloilta samalla apua Abu Sayyafin vastaisessa taistelussa.