В міру зростання політичної нестабільності УДТ (не без допомоги Індонезії) організував переворот, проте ФРЕТІЛІН вдалося взяти владу в свої руки. Незважаючи на це, незалежність так і не була проголошена — 7 грудня 1975 року війська Індонезії перейшли кордон. У військовому вторгненні в різний час брало участь від 20 до 40 тисяч солдатів. У країні почалася кровопролитна громадянська війна між прихильниками і противниками незалежності. В результаті бойових дій, голоду та епідемій загинуло близько однієї третини населення колишньої колонії (більше 200 тисяч чоловік), а 17 липня 1976 року Східний Тимор був включений до складу Індонезії як 27-ма провінція. ООН не визнала Тимор 27-ою провінцією Індонезії, але окупанти залишили без уваги резолюції, які вимагали виведення військ.