Zur Zeit des Genozids in Ruanda war Rutaganda Agraringenieur, Geschäftsmann und Vizepräsident der Jugendorganisation der damaligen ruandischen Regierungspartei Mouvement républicain national pour la démocratie et le développement (MRND), der Interahamwe. Die Interahamwe war maßgeblicher Beteiligter am Völkermord 1994 an den Tutsi, den sie jahrelang vorbereitet hatte. Georges Rutaganda war selbst unmittelbar an der Tötung von Tutsi beteiligt. Durch seine aktive Mitarbeit wurde das furchtbare Massaker durchgeführt. Rutaganda gehörte auch zu den Gründern des im Juli 1993 auf Sendung gegangenen Hass-Senders Radio-Télévision Libre des Mille Collines.