Vers mi-décembre, Sherman a suffisamment récupéré pour reprendre du service sous les ordres de Henry Wager Halleck, commandant du département du Missouri. Les premières affectations de Sherman sont des commandements subalternes : le premier a lieu dans une caserne d'instruction près de Saint-Louis, puis il reçoit le commandement du district militaire de Cairo. Opérant depuis Paducah, il fournit un soutien logistique aux opérations du brigadier-général Ulysses S. Grant afin de prendre Fort Donelson. Grant, qui était le commandant précédent de ce district, vient juste de remporter une victoire majeure à Fort Henry et a reçu le commandement du district du Tennessee-occidental ("District of West Tennessee"). Bien que Sherman soit techniquement l'officier supérieur à cette époque, il écrit à Grant :