1990年10月2日、ドイツ再統一に伴い人民海軍は国家人民軍の全組織と共に解体された。活動を許された艦艇は、連邦海軍が旧人民海軍司令部に設置したロストック海軍司令部(Marinekommando Rostock)の元で小艦隊に統合された。将校を除く一部の兵士は連邦海軍に残留することを許され、また第6国境沿岸旅団の兵士も連邦国境警備隊に残留する事を許された。装備・機材の多くは売却あるいは廃棄され、わずか数隻の支援艦艇が現在まで運用されている。主力だったパルヒム型コルベット16隻や14隻、9隻、合計39隻の小型艦艇はインドネシア海軍に売却された。1990年11月14日にはドイツ連邦共和国が批准したドイツ・ポーランド国境条約によってドイツ・ポーランド間の国境は再画定された。