После распада Демократической Республики Афганистан в 1992 году этот регион стал частью Исламского Государства Афганистан. К концу 1990-х годов Панджшер и соседняя провинция Бадахшан служили плацдармом Северного Альянса против Талибана. 9 сентября 2001 года министр обороны Масуд был убит двумя боевиками «Аль-Каиды». Двумя днями позже в США произошли теракты в сентябре 2001 года, которые привели к началу крупной войны в Афганистане под руководством США.