Volvió a Egipto en el año 1950, y no tardó en inscribirse en la organización de los Hermanos Musulmanes, en la que pasaría a ser redactor jefe del diario de la organización "al-Da'wa", y más tarde jefe de la Sección de Propaganda para finalmente formar parte del Consejo de Orientación, uno de los cargos más importantes de la organización, directamente por debajo del guía supremo que en aquel periodo, tras el asesinato de Hassan al-Banna en 1948, era al-Hudaybi. El golpe de estado de los Oficiales Libres contra el Rey Fuad II, dirigido por Mohammed Naguib y Gamal Abdel-Nasser en julio de 1952, fue apoyado por los Hermanos Musulmanes. Durante los primeros años de colaboración entre los Oficiales Libres y la Hermandad, Nasser pedirá a Sayyid Qutb, a finales del 52, redactar los estatutos y el programa de lo que sería el Consejo de la Revolución Egipcio (RCC), a lo que Qutb se negó debido a las primeras divergencias entre el RCC y la Hermandad respecto a la deriva de la revolución.