การแข่งขัน รอบแพ้คัดออก ของ ฟุตบอลชาย ในมหกรรมกีฬาโอลิมปิกฤดูร้อน 2016 จะลงเล่นตั่งแต่วันที่ 13 ถึง 20 สิงหาคม พ.ศ. 2559 โดยสองทีมที่ดีที่สุดของแต่ละกลุ่มในรอบแบ่งกลุ่มจะได้ผ่านเข้าสู่รอบแพ้คัดออก.