La 28 decembrie 2007, Hodgson a acceptat oferta venită de la Fulham, echipă aflată în zona fierbinte a clasamentului în Premiership. După un început modest, cu doar nouă puncte în primele 13 meciuri, echipa a evitat retrogradarea în ultima etapă a sezonului 2007-2008. În stagiunea următoare, Hodgson a rescris istoria echipei londoneze pe care a urcat-o pe locul șapte, cea mai bună clasare a lui Fulham în prima ligă engleză. Poziția din clasament a permis echipei să participe în sezonul următor în Liga Europa. În această competiție, Fulham a avut un parcurs remarcabil, în rundele eliminatorii eliminând pe rând pe Șahtior Donețk, deținătoarea trofeului, pe Juventus Torino, vicecampioana Italiei și pe campioana Germaniei VfL Wolfsburg. În semifinale, Fulham a eliminat pe SV Hamburg, ajungând în premieră în istoria de 130 de ani a echipei în ultimul act al unei competiții europene. În finala de la Hamburg, Fulham a fost învinsă de Atletico Madrid. Cu două zile înainte, Hodgson fusese desemnat cel mai bun antrenor al sezonului în Anglia. La data de 30 iunie, presa din insulă a anunțat că Hodgson a ajuns la un acord pentru a prelua conducerea echipei FC Liverpool.