Noch vor dem Zusammenbruch der Sowjetunion kehrte Ter-Tadewosjan nach Armenien zurück und widmete sich ab 1990 der Ausbildung und Aufstellung armenischer Militäreinheiten für den bevorstehenden Krieg gegen Aserbaidschan in Berg-Karabach. Er spielte eine entscheidende Rolle bei der Eroberung der aserbaidschanischen Enklave Şuşa im Mai 1992, wofür er kurze Zeit später zum Generalmajor befördert wurde.