Вместе с Наполеоном Буссар отправился в Египет и участвовал в битве у пирамид 21 июля 1798 года и в битве при Абукире 25 июля 1799 года. 23 сентября 1800 года был назначен бригадным генералом, что было подтверждено по его возвращению во Францию. В битве при Александрии 21 марта 1801 года сражался против англичан. Несколько месяцев лечился от полученных в боях ран. В конце осады Александрии 2 сентября 1801 года Буссару было приказано подписать договор о капитуляции. 11 декабря 1803 года стал членом Ордена почётного легиона, после чего служил в военном округе Бордо в качестве командира драгун.