Нико Ковач продолжал оставаться капитаном хорватской сборной вплоть до завершения карьеры (29 мая 2009). Он входит в тройку лучших её игроков за всю историю по количеству проведённых матчей. Во многом благодаря ему сборная успешно преодолела отборочный турнир чемпионата Европы 2008 года.