Uumaja on saanut nimensä Uumajanjoen mukaan, jossa sana "uuma" tarkoittaa jylisevää jokea. Uumaja sai kaupunginoikeudet vuonna 1622. Venäläiset polttivat kaupungin vuonna 1714 isonvihan aikana. Uudelleen se paloi 1888.