Am 15. Mai 2007 wurde Lute von US-Präsident George W. Bush für das neugeschaffene Amt des "Assistant to the President and Deputy National Security Advisor for Iraq and Afghanistan" nominiert. In den US-Medien wurde er daher in der Folge als „Kriegszar“ bezeichnet. Seine Aufgabe soll dabei die Koordination der Einsätze bzw. der Strategien des US-Militärs im Irakkrieg und im Krieg in Afghanistan sein. Lute unterstand in dieser Funktion Stephen Hadley, dem Nationalen Sicherheitsberater. Im Gegensatz zu Hadley sollte Lute direkte Weisungsbefugnis an alle Teilstreitkräfte und das US-Verteidigungsministerium haben, obwohl die neue Stelle nur die eines "Lieutenant Generals" war und die regionalen Kommandeure damit ranghöher als er waren. Seiner Nominierung ging eine längere Kandidatensuche voraus. Präsident Bush hatte vor der Nominierung von Lute mindestens drei bereits pensionierte Generäle gebeten, diese Position zu übernehmen, die jedoch alle ablehnten. Der Nominierung stimmte der US-Senat am 28. Juni zu. Mit der Vereidigung von Donald Trump und der damit einhergehenden neuen Regierung gab er das Amt des Botschafters bei der NATO am 20. Januar 2017 ab.