En 1798 participa en la Campaña napoleónica en Egipto y Siria, en la que se intensifica su relación personal con Napoleón, quien le concede el mando de la caballería del ejército de Oriente. Así, es uno de los primeros en entrar en Alejandría y uno de los generales que dirige la represión de la revuelta de El Cairo del 21-22 de octubre de 1798. Pero entonces su relación con Bonaparte ya se había deteriorado debido a que había criticado la marcha forzada de Alejandría a El Cairo ordenada por Napoleón en julio, durante la que muchos hombres murieron de agotamiento y de hambre. Bonaparte accede entonces a que vuelva a Francia. Zarpa de Alejandría el 7 de marzo de 1799. Se dice que cayó en desgracia cuando le dijo al futuro emperador Bonaparte: «"Por la gloria y el honor de la patria, yo daría la vuelta al mundo, pero si solo se tratara de un capricho suyo, no daría un solo paso"».