W 2005 roku Ruttensteiner został tymczasowym selekcjonerem reprezentacji Austrii. Poprowadził ją w meczach eliminacji do mistrzostw świata w 2006 z Anglią (0:1) i Irlandią Północną (2:0). Następnie ustąpił ze stanowiska, ale w 2011 roku ponownie został tymczasowym trenerem kadry Austrii. Tym razem pod jego wodzą reprezentacja również rozegrała dwa spotkania, oba w ramach eliminacji do mistrzostw Europy w 2012: z Azerbejdżanem (4:1) i Kazachstanem (0:0).