Nordiska tjugofemårskriget inleddes med att Magnus av Ösel med ryska medel och trupper angrep det svenska Estland. I augusti 1570 förde han trupper till Reval och Wittensten som båda belägrades. Bland krigsledarna i Reval befann sig Karl Henriksson och redan en vecka efter ryssarnas ankomst ledde han ett framgångsrikt utfall från staden. De ryska trupperna drog sig tillbaka i mars 1571 men lämnade inte Livland. I juli 1571 gjorde han en räd mot ryska styrkor som dröjde sig kvar och alla nedgjordes. Från det året till år 1575 var han ryttmästare för en fana med tyska ryttare. I augusti 1572 förklarade ryssarna Sverige krig och i slutet av året belägrade de Wittensten som föll. Därpå vände de sig mot fästningarna i västra Estland utan att kunna erövra dem. En svensk här besegrade i januari 1573 den överlägsna ryska hären vid Lode. Karl Henriksson deltog i slaget. Ett år senare uppträdde Horn som underbefälhavare till Pontus de la Gardie vid olika försök att återerövra fästningar i Estland. I maj 1574 utsågs Horn till slottsloven på Reval men fortsatte att delta i De la Gardies kampanjer. På hösten representerade Horn Reval i fredsförhandlingar som danskarna hade tagit initiativet till. Han belönades det året med att utses till häradshövding i Borgå. Uppdraget varade bara några år, senare var han kortvarigt häradshövding i Österbotten och i Masku.