Nel gennaio del 1919 si verificarono a Berlino le rivolte spartachiste. Entro la fine del mese von Maercker e i suoi Freikorps furono in grado di riprendere il controllo di diverse aree della capitale, stabilizzando la situazione. Agli inizi del febbraio 1919 i Landesjägerkorps vennero dislocati a Weimar, con l'incarico di disarmare le forze armate di ispirazione comunista dei Consigli dei soldati ivi presenti. Dopo alcuni insuccessi iniziali, le tattiche di von Maercker risultarono efficaci. I Consigli infatti abbandonarono la città, che ritornò sotto il pieno controllo governativo. Poterono così svolgersi i lavori dell'Assemblea nazionale di Weimar ("Weimarer Nationalversammlung"), che videro la nomina del socialdemocratico Ebert a Presidente della Germania ("Reichspräsident"). Alla metà di febbraio i Freikorps vennero inviati inizialmente a Gotha, poi a Eisenach in altre città della Turingia per pacificare l'area. Ancora una volta, usando una combinazione di dimostrazioni di forza e negoziati, von Maercker fu in grado di riportare la situazione sotto controllo. Ad Erfurt egli tuttavia subì un attentato, ricevendo una pugnalata.