Almanların Sovyetler Birliği'ni işgalinin başlamasından sonra Emin, ordu için gönüllü oldu ve Odessa'ya konuşlandı ve burada Sivastopol'a tahliye edilene kadar şehrin savunmasında savaştı. Sivastopol kuşatması sırasındaki deneyimi daha sonraki çalışmalarının çoğunu etkiledi. Şehrin savunmasının sonraki günlerinde yaralandı ve hastaneye kaldırıldı ve iyileştikten sonra Tuapse, Adegya'ya gönderildi. Kafkasya Muharebesi'nde defalarca yaralandıktan sonra askerlik hizmetine uygun olmadığı ilan edildi. Ancak, Kırım'a partizan olarak gönderilmesine izin vermeyi başardı; burada, Kırım Tatar liderleri ve Jebbar Akimov, Refat Mustafayev ve Şamil Aladin gibi yazarlarla çalıştı. Alman birlikleri Nisan 1944'te Kırım'dan kovulduktan sonra 18 Mayıs 1944'e kadar Kırım gazetesine yazmaya devam etti ve Kırım Tatar etnik kökeninden dolayı Kırım'dan sınır dışı edildi ve savaştaki birçok askeri ödülüne rağmen "hain" olarak kabul edildi.