Как коронный гетман, принимал участие в войне с Хмельницким, участвовал в нескольких крупных сражениях. Успешно оборонял от казаков Каменец-Подольский. На сейме в 1649 г. был избран одним из трех короннымх региментариев и каштеляном каменецким. В том же 1649 году Станислав Лянцкоронский принимал участие в обороне Збаража, осажденного казацко-татарскими войсками. В 1649 г. был назначен воеводой брацлавским и старотой стопницким. В 1651 г. участвовал в Берестецкой битве.