За регентства Макріянніс вступив у конфлікт з військовим міністром баварцем Гейдеком через принизливе ставлення баварця до ветеранів Грецької визвольної війни. У новій регулярній грецькій армії не було місця воєначальникам іррегулярних клефтів, які були хребтом грецьких сил в роки Визвольної війни. Макріянніс вважав їх виключення з армії ознакою неповаги. Більше того, більшість з ветеранів після звільнення з армії залишилися без засобів до існування. Макріянніс також вважав що прем'єр-міністр Йозеф Людвиг фон Армансперг ніс відповідальність за серйозні проблеми, які виникли в новій державі. У результаті цього Макріянніс самоусунувся від активного політичного життя.