Лидер партии «Ликуд» с сентября 1999 по ноябрь 2005 года. 7 марта 2001 был избран, 28 января 2003 переизбран на пост главы правительства. В качестве премьер-министра Шарон руководил антитеррористической операцией «Защитная стена», после кровавых терактов, устроенных палестинскими террористическими организациями, в особенности после бойни, устроенной в пасхальную ночь в гостинице «Парк» в Нетании. В результате операции «Защитная стена» был восстановлен израильский военный контроль в Иудее и Самарии, переданный до этого в руки военных формирований Палестинской нацадминистрации. Была уничтожена база и опорный пункт террористов в Иудее и Самарии, террористические вылазки с этих территорий были почти полностью прекращены..