Bei Ausbruch des Sezessionskrieges quittierte er den Dienst bei der US-Armee und trat als Hauptmann in das Heer der Konföderierten ein. Am 13. Dezember 1861 wurde er bei dem Gefecht um Camp Allegheny an beiden Oberschenkeln verwundet. Nach seiner Genesung beförderte man ihn zum Oberst und er wurde dem Kommando von General Theophilus Hunter Holmes unterstellt. Dieser machte ihn zum Kommandeur der Artillerie während der Sieben-Tage-Schlacht vom 25. Juni – 1. Juli 1862 rund um Richmond, Virginia. Anschließend übergab man Deshler das Kommando über eine Brigade der Texas-Infanterie in der Division von General Henry Eustace McCulloch und beförderte ihn am 28. Juli 1863 zum Brigadegeneral. Gleichzeitig wurde er der Tennessee-Armee zugeteilt und General Patrick Ronayne Cleburne unterstellt. Wenige Wochen später, bei der Schlacht am Chickamauga in Georgia, am 19. und 20. September 1863, wurde Deshler während einer Inspektion seiner Truppen von einem Artilleriegeschoss der Unionstruppen getötet.