La chiesa fu gravemente danneggiata dal Terremoto di Loma Prieta del 1989. Ad un certo punto, l'arcidiocesi prese seriamente in considerazione la chiusura della chiesa di San Paolo, a causa degli ingenti costi potenziali per la ristrutturazione della chiesa e degli edifici adiacenti, ma in seguito non fu più chiusa. La parrocchia ha venduto alcuni degli edifici adiacenti e rafforzato quelli rimasti, che costarono circa 8,5 milioni di dollari.