Po německé invazi do Jugoslávie roku 1941 zůstal ve vlasti. I přes opakované nabídky se odmítl kompromitovat spoluprací s fašistickým Nezávislým státem Chorvatsko (NDH), nicméně jeho bratr Osman nové poměry uvítal. Osman dokonce v období od 16. dubna do 7. listopadu 1941 působil jako místopředseda vlády NDH. Džafer nakonec tlaku neodolal a po svém bratrovi převzal místo místopředsedy vlády. Krátký čas na podzim roku 1943 vedle toho vedl ministerstvo spravedlnosti a kultu. Na konci druhé světové války společně s celým vedením NDH uprchl do Rakouska, ale zde byl zadržen. Roku 1945 unikl vydání zpět do Jugoslávie a v září uprchl z vojenského lazaretu ve Villachu a skrýval se v Římě. Následně se přes Turecko roku 1948 dostal do Damašku, kde s rodinou pobýval až do své smrti. V emigraci nadále spolupracoval s ustašovským hnutím, roku 1951 se stal předsedou jejich exilové vlády.