Utworzony w 1807 urząd francuskiego gubernatora sprawował, z krótką przerwą podczas inwazji na Rosję, aż do upadku Wolnego Miasta Gdańska generał Jean Rapp. Gubernator był bezpośrednio podległy cesarzowi i choć formalnie jego kompetencje ograniczały się tylko do spraw wojskowych, w rzeczywistości ingerował w niemal wszystkie sprawy wewnętrzne miasta.