Három Cairóban töltött nap után az embereivel átkelt a Mississippin, és a Missouri állambeli Bentonba vonult, ahonnan Pope tábornokot kísérte New Madridba. Kiváló teljesítményt nyújtott a 10-es számú sziget ostroma alatt, ahol a dandár a parancsnoksága alatt bevette Upper Fortot. A csata során az 5. Iowai Ezred A és B századát, valamint a 39. Indianai Ezred három századát vezette, amelyek végig bátran harcoltak. Miután 1862. április 7-én a 10-es számú szigetet megadásra kényszerítették, Worthington nem volt jelen, mikor az ezred vezető hadműveleteket hajtott végre a térségben. Corinth ostroma előtt egyesítette erőit Pope seregével a Hamburg-partraszállás során a Tennessee folyón.