La chiesa nelle forme attuali risale però al XII secolo: i lavori iniziarono probabilmente nel 1110 ma si fermarono ben presto, a causa di difficoltà economiche o forse del terribile terremoto del 1117. Alla ripresa dei lavori si decise di adottare una variante nelle tecniche costruttive, che videro la sostituzione dei corsi in ciottoli con quelli in conci di tufo, oltre che l'ideazione dei matronei e, forse, l'accostamento delle torri scalari alla facciata. Durante i restauri avvenuti sul finire dell'Ottocento, inoltre, fu ritrova una lamina di piombo che testimonia come nel 1110, all'inizio dei lavori, furono deposte da parte del vescovo di Verona Zufeto le reliquie del beato Ippolito, carceriere di San Lorenzo e da questo convertito al cristianesimo.