1959年藏区骚乱后，随达赖喇嘛离开西藏，并于同年被撤销西藏自治区筹备委员会委员职务。1960年5月17日，达赖喇嘛的母亲和次仁卓玛共同创办了“西藏难民儿童育幼院”（西藏儿童村（Tibetan Children's Villages）的前身），次仁卓玛任负责人。当时，达赖喇嘛率西藏流亡政府成员及家人抵达达兰萨拉仅一个月。当时，几万西藏难民已被安置到各地筑路营，但难民营内的51名失去父母的孤儿因无人照料，被送到达兰萨拉，交给达赖喇嘛及西藏流亡政府。于是，达赖喇嘛的母亲和次仁卓玛共同创办这所育幼院，并亲自照顾这些孤儿。随后，陆续有其他孤儿被送来。