Cherry Jones wurde für ihre Arbeit am Theater bereits mit zwei Tony Awards ausgezeichnet. Ihren ersten Tony erhielt sie 1995 für ihre Rolle in "The Heiress", den zweiten im Jahr 2005 für "Doubt". 2004 wurde Jones bei den GLAAD Media Awards mit dem "Vito Russo Award" ausgezeichnet. 2009 erhielt sie für ihre Rolle der Präsidentin "Allison Taylor" in der siebten Staffel der Fernsehserie "24" einen Emmy in der Kategorie Beste Nebendarstellerin in einer Dramaserie; dieselbe Rolle spielte sie auch in der achten Staffel der Serie. Einen weiteren Emmy gewann sie 2019 für die Gastrolle der Holly in der Serie "The Handmaid’s Tale – Der Report der Magd".