После реставрации Стюартов в 1660 году, новые власти лишили Уилкинса должности в Тринити-колледже, сделав его пребендарием Йорка и в , в то время пригороде Лондона. В 1661 году он был переведён на должность проповедника в Грейс-инн, а в 1662 году — викария прихода на . Во время большого пожара в Лондоне 1666 года в огне погибла библиотека и научные приборы Уилкинса.