Nella successiva stagione collezionerà solo altre 4 presenze in Serie A. Dopo un breve ritorno in patria all'Universidad de Chile, sarà la stagione 2001-02 a consacrare Pizarro, che alla fine dell'annata conterà ben 31 presenze corredate da 2 gol, il primo dei quali, sua prima marcatura in Serie A, risale al 23 settembre 2001 contro il Perugia al Renato Curi, dove il cileno mette a segno la rete della vittoria per 2-1. Nelle successive stagioni avrà modo, con la maglia dei friulani, di mettersi in mostra anche sotto la guida di Luciano Spalletti.