Su infancia fue difícil debido a la muerte de su padre (del mismo nombre, que murió en Surinam cuando Hawthorne tenía cuatro años). A partir de entonces, la vida de Hawthorne se volvió compleja y al mismo tiempo fascinante, particularmente debido a su pasión por la literatura y su cercanía con el puritanismo. Dicha cercanía con el puritanismo surge a partir de sus antepasados. Su tatarabuelo, William Hathorne fue uno de los primeros colonos en establecerse en Salem. Sus antepasados incluyen a John Hathorne, el único juez involucrado en los juicios de brujas de Salem que nunca se arrepintió de sus acciones. Nathaniel más tarde agregó una "W" para cambiar su apellido por "Hawthorne", con el fin de ocultar esta relación. Ingresó a la Bowdoin College en 1821, donde fue elegido miembro del Phi Beta Kappa en 1824, y se graduó en 1825.