Первый похожий флаг появился ещё в 1820-х годах в Кильском университете, в корпусе Шлезвиг-Гольштейна (). В 1830-х годах под подобными флагами началось движение за выход герцогства Шлезвиг-Гольштейн из состава Дании. Официально флаг отсчитывает свою историю от 24 июля 1844 года, когда впервые он был поднят под гимн провинции. В 1845 году после разразившейся датско-прусской войны флаг был запрещён как символ сепаратизма, хотя на волне революций 1848 года снова обрёл популярность.