V letech 1894 až 1895 došlo k čínsko-japonské válce a Tchaj-wan byl na základě Šimonosecké mírové smlouvy postoupen Japonskému císařství. Až do počátku 20. století byl běžnou součástí života některých domorodých etnik lov lebek, který byl společně s tetováním zakázán japonskými koloniálními úřady. Japonsko do 30. let postupně ovládlo horské oblasti ostrova, které obývaly domorodé kmeny, a potlačilo několik domorodých povstání.