Kvůli rozvráceným ekonomikám odstřiženým od evropských trhů, odlivu kvalifikovaných pracovníků, svárům mezi různorodými etniky uzavřenými v koloniálních hranicích a dalším problémům se dekolonizované země často propadaly do ozbrojených konfliktů a občanských válek, mimo jiné šlo o následující konflikty, které nezřídka vypukly ihned po ukončení válek za nezávislost: občanská válka v Rhodesii (1964–1979), nigerijská občanská válka (1967–1970), občanská válka v Angole (1975–2002), občanská válka v Čadu, (1979–1982) občanská válka v Mosambiku (1976–1992), občanská válka ve Rwandě (1990–1993), jež vyústila v genocidu etnika Tutsiů, první (1955–1972) a druhá súdánská občanská válka (1983–2005), občanská válka v Somálsku (1991–...), první (1996–1997) a druhá válka v Kongu (1998–2003), první (2002–2007) a druhá občanská válka v Pobřeží slonoviny (2010–2011), konflikt v Dárfúru (2003–...), válka v deltě Nigeru (2004–...) a další. Od roku 2010 se Nigérie a okolní státy potýkají s vlnou teroristických útoků islamistické skupiny Boko Haram vyznávající wahhábismus a salafíju.