ביוני 1941 החלה הפלישה הנאצית לברית המועצות. יהודים רבים הצליחו להימלט מזרחה עם הקומוניסטים, אך רבים יותר נותרו בווילנה בגטו. קצ'רגינסקי לא הצליח להימלט מזרחה, ונמלט כשנה מהגרמנים כשהתחזה למשוגע חרש אילם. באביב של שנת 1942 חזר לווילנה והשתקע בגטו. נטל חלק פעיל בחיי התרבות הענפים והאינטנסיביים שהיו בגטו. פעל בגטו יחד עם המשורר אברהם סוצקבר ואחרים, והיה בין השאר בין מצילי אוצרות היהדות העצומים שהיו בווילנה: באפריל 1943 החלו הנאצים לבזוז את ספריית "ייווא", כחלק מ"מבצע רוזנברג", וכפו על קצ'רגינסקי לסייע להם באיסוף מסמכים מייווא על מנת להעבירם לברלין. היות ש-"ייווא" שכן מחוץ לגטו, עלה בידו של קצ'רגינסקי, בסיוע סוצקבר ואחרים, להציל ספרים, כתבי-יד ומסמכים מארכיון גטו וילנה. קבוצה זו בהנהגתם כונתה "בריגדת הנייר".