De retour au Pérou, Almagro appris le soulèvement de Manco Capac II et la mort du plus jeune des frères Pizarro. Déçu par les résultats de son voyage au Chili et convaincu de l'appartenance à son gouvernorat, il s'empara de la ville de Cuzco le , quelques jours seulement après la fin du siège mené par frères Gonzalo et Hernando Pizarro, qui avait duré plus de dix mois. Almagro captura Gonzalo et Hernando et se proclame gouverneur de Cuzco. Par la suite, Alonso de Alvarado partit de Lima à la tête d'une armée. Les deux conquistadors s'affrontèrent lors de la bataille d'Abancay, le . Alvarado fut fait prisonnier, et ses troupes furent forcées de rejoindre l'armée almagriste.