Вооружённые столкновения в Боснии и Герцеговине начались после расстрела сербской свадьбы в Сараеве 1 марта 1992 года. 5 апреля того же года Югославская Народная Армия произвела блокаду Сараева. Вскоре разгорелась межэтническая война, охватившая всю страну. Мусульмане воевали против сербов или хорватов в зависимости от региона, иногда они воевали вместе с хорватами против сербов. 22 мая 1992 года Босния и Герцеговина стала членом ООН. Участие миротворческих сил ООН в поддержании мира на территории Боснии и Герцеговины было не эффективным. После военного вмешательства сил НАТО сербы в военном отношении потерпели поражение. 14 декабря 1995 года конфликт был урегулирован Дейтонскими соглашениями при посредничестве США, которое предусматривало сохранение единого государства, состоящего из двух частей: Мусульмано-хорватской федерации и Республики Сербской. За годы войны погибли, по сербским данным, 200 тысяч человек, 90 % которых пришлось на мирных жителей. До трёх миллионов человек были вынуждены покинуть свои дома, в том числе 800 тысяч мусульман в Средней и Восточной Боснии и Восточной Герцеговине, 800 тысяч сербов в Средней и Западной Боснии и Западной Герцеговине, около 500 тысяч хорватов в Средней Боснии, а также национальные меньшинства (албанцы, цыгане и другие). Война повлекла катастрофические последствия для экономики страны: было разрушено 3000 населённых пунктов, повреждены все железные дороги, разрушено 2000 км автодорог, 70 мостов. В денежном выражении ущерб оценивается до 80 млрд долларов США.