En 2009 se convirtió en entrenador del Atlético Gualala de la Liga de Ascenso e incluso lo logró ascender a la primera división. Sin embargo, el club se fusionó con Real Juventud y posteriormente desapareció, lo cual dejó sin empleo a Padilla. En 2010 fue nombrado por la Federación Nacional Autónoma de Fútbol de Honduras como entrenador de la selección sub-20 con el objetivo principal de clasificarla a los mundiales del 2011 y 2013 en Colombia y Turquía, pero para desgracia todo terminó en un rotundo fracaso.