La gestión por parte de Jrushchov de la Crisis de los misiles de Cuba, que llevó al mundo a las puertas de una catástrofe nuclear, alienó a Malinovski. Tras la crisis, demandó públicamente en las publicaciones del Ejército que debía darse más voz al estamento militar en la política estratégica de la Unión Soviética. El descontento del Ejército con Jrushchov animó a un golpe interno en el Partido, que lo destituyó en octubre de 1964. La nueva dirección del Partido (con Leonid Brézhnev a la cabeza) aceptó las demandas de Malinovski para una dirección militar autónoma y profesional, así como su concepto de un desarrollo equilibrado de las fuerzas armadas.