Tra il 2003 e il 2005 l'irlandese non vince tornei importanti, raggiungendo al massimo le semifinali. Al Campionato mondiale 2004 Doherty perde addirittura al primo turno contro Joe Swail, proveniente dalle qualificazioni. Lo stesso epilogo si ripete al Masters 2005, dove Doherty perde contro la wildcard Ding Junhui con il netto risultato di 6-1. Nel Campionato del mondo 2005 non va oltre il secondo turno perdendo 13-11 contro Alan McManus.