Päts muodosti uuden väliaikaisen hallituksen 27. marraskuuta 1918 ja hänestä tuli sen pää- ja puolustusministeri. Samaan aikaan venäläiset ryhtyivät hyökkäykseen Viroa vastaan ja Viron vapaussota alkoi. Virolaiset torjuivat Neuvosto-Venäjän hyökkäyksen keväällä 1919 ja rauhanneuvottelut käynnistyivät loppuvuodesta 1919. Maat solmivat Virolle edullisen Tarton rauhansopimuksen 2. helmikuuta 1920. Vuonna 1919 tapahtui hallituksen vaihdos ja Pätsin edustama Maaliit-puolue joutui pois hallituksesta. Reformihengessä Viron itsenäisyyden alkuvuosien politiikka oli vasemmistohenkistä, mikä päättyi 1. joulukuuta 1924 kommunistien epäonnistuneeseen vallankaappausyritykseen, jota Neuvostoliitto tuki. Kaappauksen jälkeen kaappaajia rankaistiin ankarasti ja kommunistinen puolue kiellettiin ja äärivasemmisto poistettiin parlamentaarisen päätöksenteon piiristä. Päts toimi Viron valtionpäämiehenä, "riigivanemana", viisi kertaa vuosina 1920–1934.