Alejo probó la misma clarividencia ante el nuevo peligro que representaban las cruzadas. Para luchar contra sus vecinos turbulentos, había solicitado al papa que animara a los caballeros de Occidente para que fueran a prestarle ayuda. En su mente, se trataba de luchar contra los turcos y los pechenegos, no de liberar a la tumba de Cristo. Además, el carácter que tomó la primera cruzada (1095-1099) lo sorprendió, al igual que el entusiasmo que generó en Europa sorprendió al papa. Si Alejo pudo deshacerse fácilmente de las bandas indisciplinadas de Pedro de Amiens el Ermitaño, aislándolas al otro lado del Bósforo para evitar el saqueo de Constantinopla, pensó que podía utilizar los caballeros cruzados como lo había hecho con otros mercenarios para reconquistar la costa de Asia menor. Para conseguir estos objetivos, creyó conveniente adoptar una costumbre que imperaba en la Europa feudal: la del juramento de fidelidad que hacían los vasallos, para obligarlos a devolver al imperio las tierras que pudieran conquistar y a comportarse con respecto a su nuevo soberano «en sumisión total y solo con intenciones puras». Si bien algunos, como Hugo de Francia, el primer llegado, se prestaron sin dificultad a esta formalidad, otros se negaron, como Tancredo de Galilea, quien llegó a Asia sin pasar por Constantinopla, o Raimundo de Saint-Gilles, conde de Tolosa, para quien las cruzadas eran una cuestión de conquista espiritual y no temporal. Así, y a pesar de su prudencia, Alejo se reveló incapaz de impedir la creación de reinos latinos en Siria y en Palestina; sin embargo, se aprovechó del avance de los cruzados para reconquistar las costa de Asia menor, así como la ciudad de Nicea, aunque Antioquía escapó a su control, pues se convirtió en sede de un principado latino que intentaba preservar su independencia frente a las reivindicaciones bizantinas.