בשנת 1962 כוננה ארצות הברית את היחסים הדיפלומטיים עם בורונדי, כאשר היא השיגה את עצמאותה מבריטניה. בעקבות קבלת העצמאות, המדינה חוותה התנקשויות פוליטיות, אלימות אתנית, וכמה תקופות של סכסוך מזוין, וכמה ממשלות אף עלו לשלטון בעקבות הפיכות. הסכם השלום של ארושה שנחתם בשנת 2000, בצירוף להסכמי הפסקת האש שנחתמו יותר מאוחר, הובילו לסיום מלחמת האזרחים שנערכה במדינה בין השנים 1993–2006. בשנת 2015 הנשיא נקורונזיזה הודיע על החלטתו לרוץ לבחירות לקדנציה שלישית, ובעקבות כך פרצו הפגנות בבירה בעקבות כישלון ההפיכה. כתוצאה מהאלימות הפוליטית והמשברים הכלכליים נוצרה הגירה מסיבית של פליטים, לעבר המדינות השכנות.