Ως μέλος της ισπανικής εθνικής ομάδας μπάσκετ, ο Fernández αγωνίστηκε στο τουρνουά καλαθοσφαίρισης των Ολυμπιακών Αγώνων του 2004, με 5,1 πόντους ανά παιχνίδι, σε 10,6 λεπτά ανά παιχνίδι. Την επόμενη χρονιά, έπαιξε στο EuroBasket 2005, αλλά οι στατιστικές του ήταν χειρότερες: 2.7 πόντοι ανά παιχνίδι, σε 16.3 λεπτά, με 31.6% FG%. Η τρίτη εμφάνισή του με την εθνική ομάδα της Ισπανίας ήταν στο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα FIBA ​​του 2006 , όπου έγινε σημαντικός παίκτης για την ισπανική ομάδα και συνέβαλε με 9.1 πόντους, 2.3 ριμπάουντ και 1.4 κλεψίματα ανά παιχνίδι, για να βοηθήσει την ομάδα του να κερδίσει ένα χρυσό μετάλλιο.