En 1798, il est l'un des principaux adversaires du général français Napoléon Bonaparte qui entreprend la conquête de l'Égypte. Sa cavalerie se heurte à la discipline des troupes françaises et il est vaincu à Chebreiss puis aux Pyramides. Mourad Bey s'enfuit vers la Haute-Égypte, poursuivi par le général Desaix. Après une année de combats dans le désert, il signe finalement la paix avec le général Kléber et reste fidèle à cette alliance avec le général Menou, son successeur. Alors qu'il s'apprête à porter secours à la garnison du Caire menacée par les Anglais, il meurt de la peste bubonique. Homme cultivé et réputé pour sa force physique, sa résistance face aux Français en Haute-Égypte lui vaut l'estime de certains contemporains.