Im August 1991 putschten eine Reihe von konservativen Funktionären gegen Gorbatschow. Obwohl der Putsch innerhalb von zwei Tagen zusammenbrach, hatte er schwerwiegende Auswirkungen auf die Afghanistan-Politik der Sowjetunion. Zum einen befanden sich unter den Putschisten einige der überzeugtesten Unterstützer der Nadschibullāh-Regierung, zum anderen verlagerte sich das Machtzentrum nun zunehmend zu Boris Jelzin, der ein offener Kritiker der Afghanistan-Unterstützung war. Zudem verknüpften die USA die Gewährung von Wirtschaftshilfen mit der Einstellung der sowjetischen Unterstützung für Afghanistan und Kuba. Am 13. September 1991 unterzeichneten die Außenminister der USA und der Sowjetunion, James Baker und Boris Pankin, ein Abkommen über die Einstellung der Waffenlieferungen an die Parteien und verabschiedeten eine Erklärung, die das Selbstbestimmungsrecht der Afghanen bestätigte. Die "Operation Cyclone" endete am 1. Januar 1992. Das afghanische Regime brach im April 1992 zusammen, rund vier Monate nachdem die Sowjetunion aufgehört hatte, zu existieren.