Im 1899 ausgebrochenen Zweiten Burenkrieg erhielt Wauchope das Kommando über die dritte ("Highland") Brigade (9. Oktober 1899), die für den Einsatz in Transvaal vorgesehen war. Sie war Teil der Truppen, die unter Lord Methuens Führung den belagerten Städten Kimberley und Mafeking Entsatz bringen sollten. Nach den Gefechten bei Belmont und Modder River (siehe Schlacht von Modder River) führte er sein Regiment in einem Nachtmarsch nach Magersfontein (siehe Schlacht von Magersfontein). Beim Angriff gegen die Stellungen der Buren wurde Wauchope im Morgengrauen des 11. Dezember 1899 von einer der ersten Salven aus den Gräben der Buren getötet. Sein Nachfolger wurde Hector Archibald MacDonald.