Bei Ausbruch des Zweiten Burenkriegs wurde Methuen das Kommando über die 1. Division in Sir Redvers Bullers Armeekorps übertragen. Er erreichte Südafrika Ende 1899 und vertrieb die Buren aus Belmont und Graspan. Am Modder River wurde er leicht verletzt. Während des Krieges erlitt er Niederlagen und erreichte Erfolge. Seine größte Niederlage war die Schlacht von Magersfontein während der „Schwarzen Woche“ im Dezember 1899, mit der für gewöhnlich sein Name verbunden wird. Am 7. März 1902 wurde er von Buren unter Koos de la Rey während der Schlacht von Tweebosch gefangen genommen. Er war der einzige britische General, der während des Krieges in Gefangenschaft geriet. Methuen wurde während der Schlacht verwundet und brach sich noch die Beine, als sein Pferd auf ihn fiel. De la Rey entließ ihn wegen seiner schweren Verletzungen aus der Gefangenschaft und ließ ihn in ein Hospital nach Klerksdorp bringen. Dieser Zwischenfall begründete angeblich eine lebenslange Freundschaft zwischen Methuen und de la Rey.