El març de 1999, l'OTAN va emprendre l'Operació Força Aliada per expulsar de Kosovo l'Exèrcit de la República Federal de Iugoslàvia. Sis "B-52H" amb base a Barksdale (Louisiana) i Minot (Dakota del Nord) van sortir de RAF Fairford (Anglaterra) com a punta de llança de l'atac per llançar míssils de creuer AGM-86C ALCM sobre objectius estratègics. Segons diverses fonts, posteriorment van realitzar bombardejos amb bombes convencionals i de dispersió sobre unitats de l'Exèrcit Iugoslau.