Незабаром після виборів змінив Аміра Переса на посаді міністра оборони у складі кабінету Ольмерта. Егуд Барак як міністр оборони керував операцією «Литий свинець» з нанесення удару інфраструктур Хамаса в секторі Гази внаслідок ракетного обстрілу Сдерота і Західного Негева. На виборах 10 лютого 2009 р. партії Авода отримала тільки 13 мандатів замість старих 19 і Егуд Барак оголосив про намір залишатися в опозиції і намагатися відновити довіру до партії на наступних виборах, проте в березні прийняв пропозицію Нетаніягу зайняти пост міністра оборони в його уряді.