Über das Ausmaß der Kooperation mit den Deutschen herrschte innerhalb des Führungstrios zunehmend Uneinigkeit, insbesondere Einthoven empfand den eingeschlagenen Kurs immer mehr als zu „Pro-Deutsch“. Wurde die Nederlandsche Unie in den ersten Monaten ihres Bestehens von der deutschen Administration noch geduldet, kam es 1941 nach Beginn des deutschen Angriffs auf die Sowjetunion verstärkt zu Spannungen, da sich das Führungstrio der Unie weigerte, die Niederländer zur Unterstützung für den „Kampf gegen den Bolschewismus“ aufzurufen. Das Ende der Bewegung läutete schließlich ein Artikel im durch diese herausgegebenen Wochenblatt "De Unie" ein, in dem Einthoven, de Quay und Linthorst Homan sich vom Nationalsozialismus distanzierten und die Souveränität der Niederlande zur Bedingung einer Beteiligung des Landes an besagtem Kampf gegen den Bolschewismus machten. Dies führte zum Verbot der Unie zum 31. Dezember 1941.