In 2012 maakte Reyes bekend te stoppen met coachen. Daarop kreeg hij echter van Manny Pangilinan de baan als coach van het Filipijns basketbalelftal aangeboden. Hij accepteerde dat aanbod en leidde de Filipijnen naar een zilveren medaille op het Aziatisch kampioenschap basketbal mannen van 2013. Deze eindklassering betekende tevens dat de Filipijnen zich plaatsten voor het wereldkampioenschap basketbal van 2014, de eerste deelname aan het WK sinds 36 jaar. Op dat WK kreeg het team positieve kritieken, ondanks het feit dat er alleen van Senegal werd gewonnen. In 2014 werd Reyes' contract verlengd tot na de deelname van het team aan de Aziatische Spelen van 2014. De verwachtingen waren door de zilveren medaille op het Aziatisch kampioenschap hooggespannen, maar de Filipijnen eindigden op een teleurstellende zevende plek. In oktober 2014 werd bekend dat het samenwerkingsverband tussen het Filipijns nationaal basketbalteam en Reyes werd beëindigd. Reyes maakte niet lang daarna bekend definitief met coachen te stoppen.