Berger și-a făcut debutul la națională pe 23 martie 1993 într-un meci de calificare la Campionatul Mondial pentru Cehoslovacia împotriva Ciprului, care s-a încheiat cu scorul de 1-1. În octombrie 1995 a marcat al doilea gol într-un meci de calificare la Euro 1996 împotriva Belarusului, pe care cehii l-au câștigat cu 2-0. În primele 12 meciuri la națională, Berger a marcat opt goluri.