در سال ۱۳۷۶ و با ایجاد فضای باز سیاسی پس از انتخابات دوم خرداد ریاست جمهوری ،میلانی فیلم دو زن را ساخت. به خاطر ساخت این فیلم، میلانی جایزه بهترین فیلمنامه جشنواره فیلم فجر را برد و نامزد جایزه بهترین کارگردانی از همین جشنواره شد. میلانی پس از موفقیت فیلم «دو زن» فیلم‌های نیمه پنهان و واکنش پنجم را هر سه با بازی نیکی کریمی ساخت. میلانی به خاطر ساخت این سه فیلم با واکنش‌های شدیداللحنی روبرو شد. در سال ۱۳۷۹ پس از به نمایش درآمدن فیلم نیمه پنهان دستگیر شد. روزنامه‌ها ۴ جرم «اقدام علیه امنیت ملی، محاربه با خدا، همکاری با گروه‌های معاند و تشویش اذهان عمومی از طریق آثار هنری» را اتهامات وی اعلام کرده بودند اما خود او می‌گوید که هیچگاه تفهیم اتهام نشد. وی ۴ روز در انفرادی و ۴ روز در بند عمومی زندان اوین به سر برد و با دخترانی آشنا شد که بعدها زندگی آن‌ها را در فیلمی به نام «تسویه حساب» به تصویر کشید. میلانی پس از ۸ روز به دستور رهبر جمهوری اسلامی علی خامنه‌ای و رئیس‌جمهور محمد خاتمی از زندان آزاد شد و ۵ سال بعد تبرئه شد.