Enige jaren na 1917 nam een afgesplitste beweging van de Russisch-orthodoxe Kerk de kathedraal over. Deze beweging was ontstaan tijdens de Februarirevolutie (1917) en ondersteunde de nieuwe machtshebbers. In de jaren 1925-1930 vond er onder leiding van de architect Pjotr Baranovski een ingrijpende verbouwing en restauratie plaats, waarbij het de opzet was het gebouw terug te brengen naar de oorspronkelijke vorm. Aan dezelfde architect is het te danken dat plannen om de Kathedraal van de Voorbede van de Moeder Gods, beter bekend als de Basiliuskathedraal, te slopen werden geannuleerd. De werkzaamheden zouden echter vergeefs blijken want enkele jaren later na de restauratie, in 1936, gaf Stalin alsnog opdracht om de kathedraal volledig te vernietigen. De kathedraal moest wijken om plaats te maken voor een openbare toiletgelegenheid en een tijdelijk onderkomen voor de Communistische Internationale. Later werd de plek ingericht voor een drinkgelegenheid. De toiletten verdwenen pas in 1990 met de aanvang van de werkzaamheden ten behoeve van de reconstructie van de kathedraal.