Падчас нямецкай акупацыі будынак вучэльні быў заняты ваенымі і служыў шпіталем. Многіх прафесараў тады пасадзілі ў турму, іншых жа расстралялі. Студэнтаў, наадварот, вывозілі ў канцэнтрацыйныя лагеры або на прымусовыя работы. Супрацоўнікі і студэнты вучэльні таксама апынуліся сярод ахвяраў Катынскага расстрэлу. Выйшаўшы з-пад варты, рэктар універсітэта Антоні Шыманскі арганізаваў таемнае навучанне, дзякуючы чаму універсітэт працягваў працаваць. Афіцыйна ўніверсітэт аднавіў сваю дзейнасць 21 жніўня 1944 года — першым у Польшчы пасля нямецкай акупацыі. Пасля канферэнцый у Ялце і Патсдаме і стратай Польшчай земляў Заходняй Беларусі і Заходняй Украіны многія прафесары Універсітэта Стэфана Баторыя ў Вільні і Універсітэта Яна Казіміра ў Львове перабраліся ў Люблін.