In de koloniën werd de segregatie niet zo ver doorgevoerd, met uitzondering van de Duitse. De Duitsers voegden zich pas laat bij de andere Europese kolonisatoren. In Duits-Zuidwest-Afrika vond tussen 1904 en 1908 de Namibische Genocide plaats waarbij zo'n 80.000 Herero en Nama omkwamen in gevechten en concentratiekampen. Generaal Lothar von Trotha beoogde de volledige uitroeiing van de Herero en ook al herriep Berlijn dit "Vernichtungsbefehl" na veel interne strijd, wist Trotha daar bijna in te slagen met zo'n 80%. In 1905 werden gemengde huwelijken verboden en in 1907 verloren beide partners met terugwerkende kracht alle rechten. In 1912 leidde dit tot het "Mischehendebatte".