Durante il dispiegamento 2002-2003, fu l'ultima operazione con il Tomcat, il VF-2 partecipò all'Operazione Iraqi Freedom volando in una vasta gamma di missioni tra cui ricognizione, supporto aereo ravvicinato, CAP e missioni d'attacco. Il 28 febbraio 2003, durante l'Operazione Southern Watch. Durante questo dispiegamento, il VF-2 ha effettuato 483 sortite e ha sganciato 294 bombe a guida laser/JDAM/MK-82.