W 1999 roku Zubeldía w barwach reprezentacji Argentyny U-20, również prowadzonej przez José Pekermana, wziął udział w Młodzieżowych Mistrzostwach Świata w Nigerii. Tam u boku graczy takich jak Gabriel Milito czy Esteban Cambiasso rozegrał dwa z czterech spotkań, zaś jego kadra zakończyła swój udział w turnieju na przegranej w 1/8 finału z Meksykiem (1:4). Dwa lata później został powołany na Mistrzostwa Ameryki Południowej U-20, podczas których był jednym z podstawowych zawodników środka pola, zajmując ze swoją drużyną drugie miejsce. W tym samym roku znalazł się na liście powołanych przez Pekermana na Młodzieżowe Mistrzostwa Świata w Argentynie, jednak kilka dni przed turniejem doznał kontuzji, która wykluczyła go z udziału w turnieju, podczas którego gospodarze zdobyli tytuł mistrzowski.