Nel 2004 vi furono cambiamenti ai vertici della federcalcio pakistana e si tenne la prima edizione del ristrutturato campionato nazionale di massima divisione. Quell'anno la nazionale pachistana vinse una partite delle tre disputate contro l'India e l'anno successivo perse la semifinale di SAFF Cup per 1-0 contro il Bangladesh. Il 7 dicembre 2005 il difensore del Zeshan Rehman debuttò con il Pakistan a Karachi contro lo Sri Lanka, diventando il primo calciatore di un campionato professionistico inglese a giocare per la nazionale del Pakistan. Nel 2006 la nazionale pakistana perse tutte le partite di qualificazione alla Coppa d'Asia 2007 e, nella prima edizione della AFC Challenge Cup, nel 2006, fu eliminata malgrado la vittoria per 1-0 sul Kirghizistan. Nelle qualificazioni al il Pakistan perse 7-0 fuori casa il primo incontro contro i campioni d'Asia dell'Iraq, ma riuscì a chiudere sullo 0-0 la partita di ritorno. Nella AFC Challenge Cup 2008 la squadra fu eliminata malgrado le vittorie per 2-1 su Taiwan e quella record per 9-2 su Guam, perdendo per 7-1 contro Sri Lanka.