2006 NBA Seçmeleri'nde Bulls LaMarcus Aldridge'yi 2. sıradan draft etse de Tyrus Thomas ve Viktor Khryapa karşılığında Portland Trail Blazers'a takas etti. Ayrıca draftta 16. sıradan seçtikleri Rodney Carney'i Thabo Sefolosha karşılığında Philadelphia 76ers'e takas ettiler. Daha sonra free agent'tan 4 kez yılın savunmacısı seçilmiş Ben Wallace ile dört yıllığına 60 milyon dolarlık sözleşme imzaladılar. Daha sonra Tyson Chandler'ı da Oklahoma City Hornets'e takas ettiler. 2006-07 sezonunda Bulls 3-9 ile başladıkları sezonda 49-33'lük sonucu ile konferansı 3. sırada bitirdiler.