Con la caduta dell'impero Padova riuscì a mantenere un'economia solida, ma nel primo periodo delle invasioni barbariche fu più volte devastata, prima dagli Unni nel 452-453 e poi nel 601 dai Longobardi di Agilulfo. Le invasioni, unite alle periodiche alluvioni, portarono a un crescente spopolamento del comune. Verso la fine dell'VIII secolo, la stabilità portata da Carlo Magno e le opere di bonifica e canalizzazione eseguite dai benedettini fecero ripartire l'economia cittadina e posero fine a due secoli di crisi, dando il via alla riurbanizzazione. I danni delle successive alluvioni, mitigati dalle opere dei monaci, furono aggravati dalle devastazioni operate in città dagli Ungari nell'899, nonché dai terremoti del 1004 e del 1117.