Міста жупанії сильно постраждали впродовж війни за незалежність Хорватії 1991-1995 рр.. Під час агресії проти Вуковару в 1991 році з боку ЮНА та сербських воєнізованих формувань загинуло щонайменше 1793 людини. У процесі ексгумації в Вуковарсько-Сремській жупанії знайдено 52 масові поховання і понад сотню одиничних гробів, з яких ексгумовано останки 1970 жертв (з них ідентифіковано 1693 особи). При "Управлінні у справах ув'язнених і зниклих безвісти" все ще триває процес пошуку 500 осіб з Вуковарсько-Сремського округу, з яких 354 людини пропали безвісти внаслідок насильного вивезення з Вуковара. Крім того, принаймні 2796 людей , захоплених у полон в 1991 р. в районі Вуковара, ЮНА спровадила в сербські табори і тюрми в Неґославцях і Старих Янковцях та в Воєводині і Сербії (в Шіді, у Сремській Митровиці, Румі, Новому Саді, Стаїчевому, Беґейцях ...).