Η αρχαιότερη κατοίκηση στην περιοχή της Κίρρας χρονολογείται στην Πρωτοελλαδική Εποχή (3200-2000 π.Χ). Τότε δημιουργήθηκε ένας εκτεταμένος οικισμός, που εξελίχθηκε σε μεγάλο εμπορικό κέντρο στους Μεσοελλαδικούς Χρόνους (2000-1600 π.Χ) και παρήκμασε στο τέλος της Υστεροελλαδικής Εποχής (1600-1100 π.Χ), όταν οι κάτοικοι εγκατέλειψαν προσωρινά, πιθανόν εξαιτίας ισχυρού σεισμού, την παραλιακή θέση και εγκαταστάθηκαν στις μυκηναϊκές ακροπόλεις της ενδοχώρας. Ο Παυσανίας την ταυτίζει με την Φωκική πόλη Κρίσα. Αναφέρεται πρώτη φορά από τον Όμηρο ως μία από τις εννέα Φωκικές πόλεις που συμμετείχαν στην Τρωική Εκστρατεία. Η Κίρρα, κτισμένη στον Κρισσαίο Κόλπο (σημερινό Κόλπο της Ιτέας), στις εκβολές του ποταμού Πλείστου ήταν το κοντινότερο λιμάνι στους Δελφούς και επίνειό τους και επομένως οι προσκυνητές που κατευθύνονταν σε αυτούς από τη θάλασσα, αποβιβάζονταν στο λιμάνι της πόλης και ανέβαιναν οδικώς προς το ιερό, μέσω του αρχαίου μονοπατιού Κίρρας-Δελφών.