Juntament amb el vapor de rodes León, va ser destinat de nou a aigües caribenyes. Va arribar a Sant Joan el 27 d'octubre de 1863, transportant al 2n Batalló d'infanteria de marina fins a Puerto Rico. El Colom va romandre al Carib fins que el 1866 va ser destinat a l'esquadra de l'Atlàntic sud amb base a Montevideo (Uruguai). Aquesta esquadra va ser creada per protegir el tràfic mercant espanyol amb Amèrica del Sud durant la Guerra hispanosudamericana contra Xile i el Perú, i després va tornar a la península. El 1868, i quan viatjava a bord l'almirall Pavia, va ser capturat per la fragata blindada Vitória, que s'havia unit a la causa del general Joan Prim i Prats.