W reprezentacji Urugwaju Romero zadebiutował 20 września 1995 roku w przegranym 1:3 meczu przeciwko Izraelowi. W 2002 roku Marcelo został powołany przez Víctora Púę na Mistrzostwa Świata w Korei Południowej i Japonii. Na mundialu tym "Charrúas" zajęli 3. miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju. Sam Romero na mistrzostwach rozegrał 2 spotkania. W pojedynku z Francją w 71. minucie został zmieniony przez Gonzalo de los Santosa, a w meczu przeciwko Senegalowi w 46. minucie zastąpił go Richard Morales. Łącznie dla drużyny narodowej Romero rozegrał 25 spotkań.