Muscat ilk olarak Avustralya 20 yaş altı takımında forma giydi; 1991'de Portekiz'de ve 1993'te Avustralya'da yapılan Dünya Gençler Kupası finallerinde yer aldı., Daha sonra ise 23 yaş altı takımla 1996 Atlanta Olimpiyat Oyunları'na katıldı. A millî takımla ilk maçına ise 1994'ün Eylül ayında Kuveyt karşısında çıktı. Kariyeri boyunca toplam 51 kez Avustralya forması altında mücadele etti; 1997, 2001 ve 2005 Konfederasyonlar Kupaları'na katıldı. 2001 Nisan'ından sonraki beş maçta takımın kaptanlığını yaptı. Avustralya'nın Amerikan Samoası'nı 31-0 yenerek, bir uluslararası karşılaşmadaki en farklı galibiyete imza attığı maçta da takım kaptanıydı. Muscat 2002 FIFA Dünya Kupası elemelerinde Avustralya'nın Uruguay ile karşılaştığı playoff maçlarında penaltıdan kritik bir gole imza attı.