1963 hatte die Universität 49 Studenten, 1993 waren es rund 3.000 an Standorten in Butare, Kigali und Ruhengeri. 1994 wurde die Universität auf Grund des Kriegs im Land und dem Völkermord geschlossen, nachdem Studenten und Hochschulmitarbeiter getötet und große Teile der Einrichtung gestohlen oder vernichtet worden waren. Im März 1995 konnte die Universität am Standort Butare mit acht Fakultäten und zwei Schulen wiedereröffnen. Seitdem wuchs die Universität stark; nach dem Höchststand von Studenten im Jahr 2011 (mit etwa 12.000) hatte sie 2012 etwa 11.000 Studenten.