Filip Novotný začínal s hokejem v Jihlavě, kde postupně procházel věkovými kategoriemi. V dorostu nastupoval také za tým SK Horácká Slavia Třebíč. V 17 letech hrál poprvé mezi dospělými v 1. české hokejové lize za Jihlavu a následně odešel hrát za juniorský tým Sparty Praha. V sezóně 2008–09 byl na hostování v Jihlavě a chytal ve 3 zápasech 1. české hokejové ligy a na konci sezóny chytal na mistrovství světa do 18 let (2009).