Diego Benaglio tagja a svájci labdarúgó-válogatottnak, melybe a 2006-os világbajnokságra is meghívták. A tornán harmadik számú kapus volt Pascal Zuberbühler és Fabio Coltorti mögött. 2008-ban jó teljesítménye miatt a 2008-as EB-re első számú kapussá léptették elő.