Als 1938 der Landeshauptmann und andere Regierungsmitglieder im KZ Dachau interniert wurden, wurde Peter Krenn ebenfalls von der Gestapo verhaftet, aber nach einem Monat polizeilicher Schutzhaft in der Paulusgasse wieder entlassen. Berichtet wird, dass Gauleiter Sigfried Uiberreither, der im Krankenkassenverband Untergebener von Peter Krenn gewesen war, seine schützende Hand über seinem ehemaligen Vorgesetzten gehalten habe. 1944 wurde Peter Krenn im Zug des Stauffenberg-Attentates erneut verhaftet; er verbrachte allerdings nur einen Tag in Haft, weil er zum Zeitpunkt des Anschlages den Aufenthalt im Landeskrankenhaus in der Folge eines schweren Unfalls (siehe unter Privates Leben und Späteres Leben) nachweisen konnte.