Latem 1991 pomiędzy Serbami i Chorwatami wybuchła wojna. W dniach 29 lutego i 1 marca 1992 roku w Bośni i Hercegowinie odbyło się referendum niepodległościowe, zbojkotowane przez Serbów bośniackich. Po ogłoszeniu niepodległości, Izetbegović został pierwszym prezydentem Bośni i Hercegowiny. Wojna w Bośni i Hercegowinie wybuchła 3 marca. W październiku 1992 roku wybuchła wojna chorwacko-bośniacka. Jako prezydent Bośni i Hercegowiny Izetbegović opowiadał się za utrzymaniem niepodległości państwa, nawet kosztem wojny. 14 grudnia 1995 roku Alija Izetbegović podpisał ze Slobodanem Miloševićem i Franjo Tuđmanem porozumienie w Dayton, kończące wojnę. W latach 1996–2000 był członkiem trzyosobowego Prezydium Bośni i Hercegowiny i jej przewodniczącym w latach 1996–1998 i 2000.