Po agresji ZSRR na Polskę i okupacji Lwowa przez Armię Czerwoną uczelnia została jeszcze w 1939 roku zlikwidowana. Wznowiła działalność po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej i okupacji miasta przez Wehrmacht. W latach 1941–1944, podczas okupacji niemieckiej, studiowało na niej 80 studentów. Po ponownym zajęciu Lwowa przez Armię Czerwoną, ostatecznie zlikwidowana przez władze radzieckie w 1944 roku. Jej zadania przejął utworzony w 1963 roku Ukraiński Uniwersytet Katolicki im. św. Klemensa w Rzymie.