בעונת 1999/2000 המשיך מנדייטה להשתפר, הפעם עם הקטור קופר כמאמן הקבוצה. הוא כבש 13 שערים בליגה, זכה עם הקבוצה בסופרקאפ הספרדי והגיע עם המועדון עד לגמר ליגת האלופות, שם נכנעה ולנסיה 3-0 לריאל מדריד. מנדייטה זכה בסיום העונה בתואר "קשר השנה באירופה". יכולתו העניקה לו גם מקום בסגל נבחרת ספרד לקראת יורו 2000, בו הודחה בשלב רבע הגמר.