Den 18 oktober 2011 gjorde Eriksen sitt första mål i UEFA Champions League när Ajax slog Dinamo Zagreb med 2-0 i gruppspelet, vilket gjorde honom till den näst yngsta målskytten säsongen 2011–2012. I den andra matchen mot Dinamo Zagreb den 2 november assisterade Eriksen till Gregory van der Wiel och Siem de Jongs mål och var involverad i det tredje målet i en match som Ajax vann med 4-0. Han utsågs till Årets fotbollsspelare i Danmark den 7 november 2011 efter att ha hjälpt Ajax vinna Eredivisie föregående år och väglett landslaget till ett framgångsrikt EM-kval. Efter att ha fått utmärkelsen sade Eriksen,"Jag är oerhört hedrad över att stå här i kväll. Jag förväntade mig inte det, det verkligen betyder mycket för mig. Jag vill tacka mina lagkamrater i landslaget samt mina lagkamrater i Ajax." Efter framgångarna med Eriksens tredje raka Eredivisie-titel säsongen 2012–2013 valde han att inte förnya sitt kontrakt med Ajax, och med ett år kvar på sitt kontrakt tilläts han att söka efter en ny klubb. Efter att ha kommit överens med Premier League-klubben Tottenham Hotspur lämnade Eriksen Ajax efter att ha medverkat i 113 ligamatcher och på dessa gjort 25 mål och 41 målgivande passningar. Han spelade 16 matcher i KNVB Cup, gjorde fyra mål och fyra assist. Han gjorde 30 framträdanden i Champions/Europa League för Ajax, gjorde tre mål och nio assist. Eriksen deltog även i Johan Cruijff Shield tre år i rad.