בשנת 1955 פרצה בסודאן מלחמת אזרחים בין הדרום הנוצרי לצפון המוסלמי. המלחמה נמשכה 17 שנים והסתיימה עם חתימת הסכם אדיס אבבה . בהסכם נקבע כי ח'רטום מבטיחה ליצור אוטונומיה באזור דרום המדינה, כמו גם הקמת צבא בו יהיו מספר שווה של קצינים בצפון ובדרום. ערבית הוכרה כשפה הרשמית היחידה בסודאן, ואנגלית קיבלה מעמד של שפה רשמית בדרום המדינה. בשנת 1983 פרצה מלחמת האזרחים הסודאנית השנייה, העמים הלא-ערבים בדרום המדינה התקוממו בגלל אי הסכמה עם מדיניות האסלאמיזציה אותה נקט נשיא סודאן, ג'עפר נומיירי. האוטונומיה של דרום סודאן חוסלה וזה היה כרוך במחאה על האוכלוסייה המקומית ועל הקמת הצבא העממי לשחרור סודאן שהחל להילחם למען עצמאות האזור. על פי הערכות שונות, בין 1.5 ל-2 מיליון תושבים בדרום סודאן מתו במלחמת האזרחים, כ-4 מיליון תושבים הפכו לפליטים. בינואר 2005 חתמו צדדי הסכסוך על הסכם נאיבאשה בקניה, לסיום הסכסוך. על פי ההסכם, סודאן התחייבה לערוך משאל עם לעצמאות בדרום סודאן, ואם תצליח, להכיר בעצמאות שטח זה. משאל העם נערך בינואר 2011, כמעט 99% מתושבי דרום סודאן הצביעו בעצמאות מח'רטום.