Чиклайо основан в XVI веке под названием Санта-Мария-де-лос-Вальес-де-Чиклайо (). Статус города был придан 15 апреля 1835 года президентом Перу Филипе Сантьяго Салаверри, также президентом был придан статус города-героя за храбрость, проявленную горожанами во время войны за независимость Перу.