Während der Zeit des Nationalsozialismus beteiligte er sich nicht aktiv am Widerstand, gab vielen seiner Schüler aber durch seine humanistische Orientierung auch einen politischen Halt. So nutzte er im Unterricht die Schriften der Weimarer Klassik und das Beispiel der Hugenottenverfolgung in Frankreich immer wieder, um seine Schüler zu eigenständigem Denken anzuregen und sie in einer kritischen Einstellung zum Nationalsozialismus zu bestärken. Beispielsweise erläuterte Lindenborn Ende 1942 im Erdkundeunterricht einmal die strategische und symbolische Bedeutung von Stalingrad und vermittelte seinen Schülern im Gespräch seine Zweifel an einem Sieg in der laufenden Schlacht und einem baldigen Ende des Krieges. Diese Äußerungen verbreiteten sich schnell unter den Schülern und Kollegen. Lindenborn erhielt zwar am gleichen Tag für 14 Tage Unterrichts- und Hausverbot, konnte aber danach seine Lehrtätigkeit ohne Einschränkungen fortsetzen.