Kausilla 2001–2005 Mets ei saavuttanut menestystä ja kausilla 2002–2005 joukkue hävisi enemmän otteluita kuin voitti. Syyskuun 11. päivän terroristi-iskujen jälkeen vuonna 2001 Shea Stadiumia käytettiin hätäapukeskuksena ja siellä järjestettiin ensimmäinen urheilutapahtuma New Yorkin kaupungissa terroristi-iskujen jälkeen. Kyseessä oli 21. syyskuuta 2001 Metsin ja Atlanta Bravesin välinen baseball-peli. Ottelussa molempien joukkueen pelaajat muistivat terroristi-iskujen uhreja, Diana Ross lauloi ennen ottelua laulun "God Bless America" ja Liza Minnelli seitsemän vuoroparin jälkeisellä tauolla laulun "New York, New York". Braves johti ottelua 2-1, mutta Mike Piazza löi kahdeksannessa vuoroparissa kaksi juoksua tuoneen kunnarin, jonka avulla Mets voitti pelin 2-3. Ottelu muistetaan yhtenä Metsin historian ikimuistoisimmista hetkistä.