Tras los Juegos Olímpicos, Manaudou compitió en el Campeonato Europeo de Natación en Piscina Corta de 2012 y en el Campeonato Mundial de Natación en Piscina Corta de 2012 celebrados al final de 2012. En el Campeonato Europeo de Chartres, Manaudou ganó cinco medallas de oro, incluyendo un título individual en los 50 metros libre con un tiempo de 20.70. En el Campeonato Mundial de Estambul, Manaudou ganó una medalla de plata y otra de bronce. En su especialidad, los 50 metros libre, Manaudou finalizó segundo tras el nadador ruso Vladímir Morózov por 33 centésimas de segundo con un tiempo de 20.88.