Ewers’ Tätigkeit im Untergrund blieb dem amerikanischen Geheimdienst nicht verborgen, und 1918 wurde er unter dem Verdacht, an der Black-Tom-Explosion beteiligt gewesen zu sein, verhaftet. Zunächst saß er in verschiedenen New Yorker Gefängnissen, im Juli 1918 wurde er nach Fort Oglethorpe im US-Bundesstaat Georgia transferiert. Dort verbrachte er ein Jahr im sogenannten "Millionärs Camp" für Gefangene mit Beziehungen. Trotz der bevorzugten Behandlung war Ewers bei seiner Entlassung krank und geschwächt. Zunächst stand er unter Meldepflicht und hatte Publikationsverbot. Beides wurde 1920 aufgehoben und er erhielt auch die Erlaubnis zur Ausreise. Am 3. Juli 1920 trat Ewers die Heimreise an. Anfang August kam er nach sechs Jahren wieder zurück nach Deutschland.