Bonilla maakte deel uit van de Colombiaanse selectie die in 2011 deelnam aan het WK –20 in eigen land. Daar verloor de ploeg van bondscoach Eduardo Lara in de kwartfinale van de latere nummer drie Mexico (3–1). Twee jaar later maakte hij eveneens deel uit van de selectie van Colombia –20 op het WK –20 in Turkije. Daar verloor de ploeg van bondscoach Carlos Restrepo in de achtste finales na strafschoppen van Zuid-Korea.