Nachdem Imre Nagy im Juni 1958 hingerichtet worden war, kehrte Hegedüs im September 1958 aus dem Exil in Moskau, wo er Soziologie studiert hatte, nach Ungarn zurück. 1962 wurde er Mitarbeiter für Volkswirtschaft an der Ungarischen Akademie der Wissenschaften und Präsident des Zentralamts für Statistik. 1968 wandte er sich gegen den Einmarsch der Truppen des Warschauer Paktes in die Tschechoslowakei. 1973 wurde gegen ihn Anklage wegen „Revisionismus“ – der Rücknahme von Nagys Reformen – erhoben, und er wurde aus der KP ausgeschlossen. Seit 1975 hielt er international Vorträge über Osteuropa.