與此同時中國國內反抗清朝的鬥爭再度興起。1851年，受到基督教影響的秀才洪秀全建立拜上帝會，發動金田起義並創建太平天國。太平天国使中国历史上规模最大的一次农民起义。太平天國曾經一度佔領南方部分省份，並定都南京（改名“天京”），建立政教合一的中央政權。到了1864年7月，曾国藩弟曾国荃率湘军攻陷天京，对无辜百姓展开屠杀与抢掠，太平天国才正式结束。南京城被烧毁，百姓死伤无数，南京人痛恨湘军，称曾国藩和曾国荃为曾剃头、曾屠户