В сезоне-1998/99 Роман Яковлев стал самым результативным игроком российского чемпионата. Очередной розыгрыш Мировой лиги он провёл неубедительно и в июле 1999 года был отчислен из сборной. Спортсмен не был вызван на сбор перед чемпионатом Европы, не ездил на серию товарищеских матчей в Финляндию, тренировался в клубе. Через пару месяцев тренеры всё-таки сменили гнев на милость, вернув Яковлева в сборную.