Ele e seu conterrâneo Stan Wawrinka jogaram um contra o outro 26 vezes, com Federer liderando por 23-4. Lidera por 7-1 em campeonatos de "Grand Slam", 17-0 em quadras duras, 1-0 em grama e 5-3 em quadras de saibro. O par tem um retrospecto de 1-1 nas finais. O primeiro encontro deles numa final aconteceu em 2014 no Monte-Carlo Rolex Masters, onde Wawrinka derrotou Federer em três "sets" para ganhar seu primeiro Masters 1000, antes deste vingar sua derrota no Indian Wells de 2017, vencendo-o na final. Wawrinka derrotou seu compatriota durante as quartas de final do Roland Garros de 2015, a caminho de adquirir seu primeiro título nesse torneio, embora Federer tenha conquistado uma vitória nas semifinais do "US Open" de 2015. Outros jogos mais próximos vencidos por Federer incluem o: Shanghai Masters 2012 e o Indian Wells Masters 2013, ambos vencidos em três "sets"; Wimbledon 2014 em quatro; a semifinal do ATP World Tour 2014 vencida em três depois de salvos quatro "match points" e a semifinal do "Australian Open" de 2017 em cinco. Apesar de sua rivalidade na quadra, eles são amigos fora dela, tendo jogado duplas juntos em várias ocasiões, mais notavelmente quando ganharam o ouro nas Olimpíadas de Pequim 2008 e quando ganharam a Copa Davis 2014.