По некоторым сведениям, Дидима была основана в самом начале I тысячелетия до н. э. Уже к VII веку до н. э. храмовый оракул приобретает международную известность. Как сообщает Геродот, подарки храму присылали египетский фараон Нехо II и лидийский царь Крёз. При археологических раскопках на территории храма были обнаружены многочисленные священные дары, переданные храму паломниками. Геродот также сообщает, что царь Персии Дарий I после подавления греческого восстания в Ионии и падения Милета в 494 году до н. э. осквернил и разграбил храм и оракул в Дидиме. По сообщениям Страбона и Павсания, персидский царь Ксеркс I после поражения своих войск в битве при Платее в 479 году до н. э. приказал разрушить оракул. Жрецы-бранхиды добровольно выдали персам накопленные в храме сокровища, после чего уехали в Персию. Археологические изыскания не обнаружили на территории храма следов пожаров, относящихся к периоду 494—479 годов до н. э., однако установлено, что в последующие 150 лет здесь велось обширное (по-видимому, восстановительное) строительство.