Za samostatnou českou reprezentaci poprvé hrál na Mistrovství světa v Itálii 1994, kdy po vyřazení z play off NHL přiletěl se spoluhráčem z Pittsburghu Martinem Strakou. Mužstvu však příliš nepomohli od vyřazení ve čtvrtfinále s Kanadou, po kterém celek obsadil nelichotivé sedmé místo. O dva roky později byl Jágr i u neúspěchu na Světovém poháru 1996.