Toen Lee de beslissing nam om het Noorden binnen te vallen tijdens de Marylandveldtocht, nam Jackson Harpers Ferry in. Daarna haastte hij zich om aansluiting te vinden bij de rest van Lees leger bij Sharpsburg, Maryland. Daar volgde een nieuwe confrontatie tussen Lee en McClellan in de Slag bij Antietam. Antietam was voornamelijk een defensieve veldslag tegenover een numeriek sterkere vijand. McClellan kon zijn overwicht niet in een overwinning vertalen. Jacksons soldaten hadden het initieel het hardst te verduren aan het noordelijke uiteinde van het slagveld. Op het einde van de dag was het Jacksons generaal, generaal-majoor A.P. Hill die in het zuidelijke gedeelte van het slagveld een Noordelijke doorbraak kon keren door net op het goede moment te arriveren. De Zuidelijke linies doorstonden de dag, maar met zware verliezen tot gevolg. Lee trok noodgedwongen zijn Army of Northern Virginia terug over de Potomac. Jackson werd bevorderd tot luitenant-generaal. Op 10 oktober werd zijn vleugel herdoopt tot het Second Corps.