Die Kartause Mauerbach wurde im Jahr 1314 durch Friedrich den Schönen gestiftet. 1342 wurde höchstwahrscheinlich die Kartause Prag mit Mönchen aus Mauerbach besiedelt. Im Spätmittelalter erlitt das Kloster wiederholte Plünderungen, etwa in der Zeit 1483 bis 1486 und dann 1529 beim Türkeneinfall eine regelrechte Verwüstung mit sieben Toten. Um 1550 lebten nur vier Mönche im Kloster. Unter Prior Georg Fasel (1616–1631), den Kardinal Melchior Khlesl aus der Kartause Prüll bei Regensburg berufen hatte, begann eine Erneuerungsphase für das Kloster. Die intensive Bautätigkeit brachte unter anderem den Kaisertrakt. Im 18. Jahrhundert war das Kloster in disziplinärer und finanzieller Hinsicht gesund.