Po krymské válce nastala hospodářská krize a úpadek pěstování růží. V roce 1876 se obyvatelé přidali k Dubnovému povstání a po bitce v nedalekém Zlém dolu byla Klisura vypálena tureckou armádou, která při tom zabila 400 obyvatel. Ti, kteří se stačili zachránit v horách, nalezli útočiště v nedalekém městě Koprivštica. Po rusko-turecké válce se Klisura stala součástí Východní Rumélie, která byla sjednocena s Bulharskem v roce 1908.