Quando ebbero inizio le Guerre napoleoniche, Colloredo era ancora a capo del suo principato ecclesiastico come sovrano temporale e spirituale. Dopo la disfatta della Battaglia di Hohenlinden, a cui l'arcivescovo aveva contribuito in supporto agli imperiali con proprie truppe, il 12 dicembre 1801, mentre le truppe francesi al comando dei generali Moreau e Saint-Cyr, riuscirono ad avanzare con l'intento di occupare la città, Colloredo abbandonò Salisburgo destinato a non farvi più ritorno.