Les relations entre les deux États se détériorent fortement après la prise de pouvoir d'Idi Amin Dada en Ouganda en 1971, qui rompt ses relations avec l'État hébreu l'année suivante, expulse ses ressortissants présent en Ouganda, et tourne vers la Libye de Kadhafi, et l'OLP. En 1976, le détournent d'un avion israélien vers Entebbe par quatre militants pro-palestinien provoque l'intervention d'un commando israélien en Ouganda permettant la libération de 102 otages sur 105, tandis que les quatre ravisseurs et plusieurs soldats ougandais sont tués dans les échanges de tirs. Ce revers humiliant contribue à l'affaiblissement du pouvoir d'Amin Dada, et indirectement à sa chute en avril 1979 après une offensive infructueuse contre la Tanzanie.