Le gouvernement ayant été dissout au début de l'assemblée d'Épidaure en avril 1826, il entra dans l'opposition contre le nouveau gouvernement d'Andréas Zaïmis, notamment grâce à son journal installé à Hydra. Cette période fut marquée par des rivalités et des troubles entre les primats d'Hydra, le clan Koundouriotis s'opposant aux familles Tombazis, Miaoulis, Tsamados, Boudouris. Son navire fut saisi pour piraterie en décembre par le commandant de la flotte anglaise au Levant, qui s'interposa entre les adversaires. Koundouriotis rejoignit alors à la fin du mois le camp de son ancien adversaire Kolokotrónis, l'autre principal opposant au gouvernement, installé à Kastri, ce qui permit à ce dernier d'entamer l' « Assemblée d'Hermione », rivale de celle organisée par le gouvernement à Égine.