A seguito della Gloriosa rivoluzione scoppiata in Inghilterra e del successivo rovesciamento di Andros, alla colonia fu concessa una nuova Carta costitutiva. La Carta del 1692 segnò un progresso rispetto alla precedente con l'attribuzione del potere legislativo, l'emancipazione dei liberi proprietari (precedentemente potevano votare solo gli uomini ammessi in una congregazione) e la fusione della Colonia di Massachusetts Bay con la Colonia di Plymouth. Dopo la deposizione e l'arresto di Andros, Mather appoggiò la candidatura di William Phips come Governatore della Colonia e con lui tornò in Massachusetts, dove arrivarono il 14 maggio 1692.