পাকিস্তান সৃষ্টির পরও পূর্ব পাকিস্তানে নৌ-অবকাঠামো নির্মাণের বিষয়টি গুরত্ব পায় নি। ১৯৬৫ সালে ভারতের সাথে যুদ্ধের পর নৌবাহিনীর প্রতিকী উপস্থিতি হিসেবে প্রথমবারের মত চট্টগ্রামে চারটি টহল জাহাজ মোতায়েন করা হয়। ১৯৭০ সালে খুলনায় সীমিত অবকাঠামো নিয়ে "পিএনএস তিতুমীর" প্রতিষ্ঠা করা হয়। একই বছর চট্টগ্রামে নৌ কমান্ডারকে "কমোডোর কমান্ডিং চিটাগাং" এ উন্নীত করা হয়। কিন্তু চট্টগ্রামে কোন অবকাঠামো বা সরঞ্জাম সম্প্রসারণ বা আধুনিকায়ন করা হয় নি। ১৯৭১ সালের শেষ পর্যন্ত পূর্ব পাকিস্তানে নৌশক্তি বৃদ্ধির বিষয়টি আলোচনাতেই সীমাবদ্ধ ছিল।