Στη συνέχεια πολέμησε στον Πόλεμο της Ανεξαρτησίας της χώρας του ενάντια στους Πορτογάλους αποικιοκράτες και στο απολυταρχικό καθεστώς του Estado Novo. Ο πόλεμος απέκτησε σύντομα πολλά μέτωπα. Τελικά, η Μοζαμβίκη έγινε ανεξάρτητη το 1975, έπειτα από τον απελευθερωτικό αγώνα και την Επανάσταση των Γαριφάλων στην Πορτογαλία. Την εποχή εκείνη ο Τσισάνο είχε φθάσει στο βαθμό του Ταγματάρχη.