Спиридон Караискакис родился в 1826 году на острове Каламос, бывшем тогда под британским контролем. На этом острове его отец, герой Освободительной войны 1821—1829 годов Караискакис, Георгиос, держал для безопасности свою семью в годы войны. Его мать, Энколпия, также принадлежала к известному роду арматолов Скилодимос.