Відповідно до непевної традиції, коло 1462 р., султан Мехмед II передав церкву архітектору Христодулу, як нагороду за зведення мечеті Фатіха на місці церкви Святих Апостолів. Копія фірмана Мехмета II, яка підтверджує особливий статус церкви, зараз знаходиться на одній із стін в інтер'єрі. Його турецька назва Kanlı Kilise («Кривава церква») походить від, ймовірно, останньої битви між візантійськими та османськими силами, що відбулась саме тут 29 травня 1453 року, коли Мехмед II завоював місто. В османську епоху церква служила парафіяльною, а не монастирською. Вона була серйозно пошкоджена пожежами у 1633, 1640 та 1729 рр. У XIX столітті, за храмом була закріплена невелика жіноча школа, яку обслуговувало п'ятеро священиків. У цей період вона знаходилась у залежності від монастиря Мегалон Спелайон на Пелопоннесі. Зазнала актів вандалізму під час антигрецьких заворушень у 1955 році, але пізніше, того ж року, була відновлена.