Родился с. Кольцово Калачинского уезда Омской области в семье зажиточных крестьян Сергея Ивановича (1891–1930) и Варвары Макаровны (1893–1964) Кузнецовых; в 1929 году родители были раскулачены. В 1938 году после окончания Инкинской неполной средней школы (Колпашевского района) поступил в Томскую фельдшерско-акушерскую школу, которую окончил с отличием в 1941 г. В июле 1941 года добровольцем ушел на фронт. Лейтенант медицинской службы М. С. Кузнецов воевал на Резервном, Западном и Калининском фронтах. В октябре 1941 г. получил тяжелое ранение, после которого 4 месяца провел в госпиталях, получил инвалидность и был комиссован.