L'Aconcagua n'est pas un volcan, contrairement aux conclusions tirées par Charles Darwin lors d'une expédition à terre en 1834 durant le second voyage du HMS "Beagle". Son altitude élevée est due à un soulèvement tectonique lié à la subduction de la plaque de Nazca sous la plaque sud-américaine selon un plan presque horizontal. Cette subduction, en provoquant des phénomènes de compressions, a induit le soulèvement de plusieurs zones le long de failles normales, ainsi que de nombreux plissements des terrains sédimentaires. Cette orogenèse andine est relativement récente puisqu'elle est située de la fin du Mésozoïque au début du Cénozoïque.