По-голямата част от управлението на Фредерик IV преминало в противоборство с Швеция за контрола над проливите в Балтийско море. Той се надявал да се анулират договорите от 1658 и от 1660 г. (от времето на Малката северна война), когато Дания загубва Сконеланд. Затова той решава да се присъедини към Северния съюз и предявява претенции за епископствата Бремен-Ферден и остров Рюген, но истинското му намерение е да си върне всичко загубено. Така Дания взима участие във Великата северна война срещу Карл XII. Младият шведски крал обаче се оказва добър пълководец и стратег и още в началото на датското включване във войната Дания е принудена да капитулира след едно изненадващо шведско настъпление. Фредерик IV подписва мирния договор от Травентал през 1700 г., според който по настояване на Карл XII трябва да напусне Северния съюз и да освободи от властта си херцогство Холщайн. Девет години по-късно, когато Карл XII е победен при Полтава, Фредерик IV отново се включва във войната и с новия мирен договор от Фредериксбург (1720 г.) си осигурява някои териториални придобивки за сметка на Швеция.