Divenne vescovo di Arles nel 502 su designazione di Eonio. La sua azione nella chiesa ad Arles trovò presto dei contrasti e fu accusato di collaborare coi Burgundi. Fu quindi esiliato da Alarico II a Bordeaux, dove rimase fino al 506. In quello stesso anno presiedette il Concilio di Agde. Nel 507 Alarico affrontò i Franchi e i Burgundi a Vouillé, dove rimase ucciso e Arles venne messa sotto assedio. Nel 508 la spartizione assegnò Arles agli Ostrogoti di Teodorico e ciò consentì all'episcopato di Cesario di avere un lungo periodo di serenità, permettendo al vescovo di dedicarsi all'attività conciliare e all'organizzazione della vita religiosa nella sua diocesi. Nel 512 consacrò il monastero femminile di San Giovanni alla cui guida mise come badessa la sorella Cesaria. La regola che Cesario diede al monastero diventò la regola standard per i monasteri femminili nei secoli successivi; inoltre diede anche una nuova regola al monastero maschile di Arles, ma questa non fu seguita da altri centri religiosi.