25 октября 2000 года в матче товарищеском матче против сборной США Родригес дебютировал за сборную Мексики. В 2001 году Хоан принял участие в Кубке Америки. На турнире он сыграл в поединках против сборных Бразилии, Чили, Уругвая и Колумбии. 21 августа в поединке против сборной Либерии Родригес забил свой первый гол за сборную. В 2002 году он был включен в заявку национальной команды на участие в чемпионате мира в Японии и Южной Кореи. На турнире он сыграл в матчах против Эквадора, США и Хорватии. После окончания первенства Родригес больше в сборную не привлекался.