Pedro se formó en Liga de Quito, club con el que debuta profesionalmente a los 17 años, en el 2004 en un partido con el Barcelona en el estadio Monumental de Guayaquil, bajo la conducción del uruguayo Jorge Fossati. Su primer gol lo convierte en 2009, ante el Emelec en el estadio George Capwell, en un partido que terminó empatado a 1-1. Con el equipo "universitario" de Liga de Quito ganó tres títulos de Serie A (Ecuador) a nivel local y tres títulos internacionales, incluyendo la Copa Libertadores 2008, jugando también la Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2008 y quedando subcampeón.