Türkiye'de mevcut olan hukuk sisteminde bulunan yargı kolları arasında, aynı dava ile ilgili çıkan görev ve hüküm uyuşmazlıklarının bağımsız bir yüksek mahkeme tarafından kesin olarak çözümlenmesi amacıyla 9 Temmuz 1945 tarihli ' ile kuruldu. 1961 Anayasası ile yapısında bazı değişiklikler yapıldı. Bu dönemde kanunda bir değişiklik yapılmasa da, 12 Haziran 1979'da kabul edilen ' ile mahkemenin yapısı yeniden düzenlendi. 15 Temmuz Darbe Girişimi'nin ardından ülkedeki askerî yargının ilga edilmesi sonrasında yapılan değişikliklerle ise günümüzdeki yapısına ulaştı. Önceleri Anayasa Mahkemesi'nin binasını kullanan mahkeme, günümüzde Çankaya'daki Ahlatlıbel Mahallesi'nde bulunan binasında görev yapmaktadır.