עם כל זאת, תפקודה של האבווהר בזמן המלחמה היה כושל. רוב המודיעין שאספה לא התקבל בעין יפה בשל סיבות פוליטיות, הקשורות בהנהגה הגרמנית. התחרות עם שירותי המודיעין שבשליטת ה-SS, הייתה יותר מתחרות בין שירותי מודיעין מתחרים. ככל שהתקדמה המלחמה הפכו פעולותיהם של ראשי הארגון אוסטר וקנריס לפעולות התנגדות למשטר, שהשפיעו על יעילותו של השירות שהפעילו. קנריס ואוסטר היו מבכירי הקושרים בקשר העשרים ביולי. סוכני האבווהר, בידיעתו של קנריס, סייעו לעיתים לכוחות האויב ולסוכניו. קנריס סיפק להיטלר מידע כוזב שהניא אותו מלפלוש לשווייץ, וכן שכנע את פרנקו לא לאפשר מעבר כוחות גרמנים דרך ספרד לכיבוש גיברלטר. גם המודיעין שסופק טרם הפלישה הגרמנית לכרתים היה לא מדויק.