30. toukokuuta 1994 Gotovina ylennettiin kenraalimajuriksi ("general-pukovnik") ja hän organisoi tärkeimmät sotilasoperaatiot alueella: Livnon ja Tomislavgradin puolustamiset Bosnian serbiarmeijan komentajan, kenraali Ratko Mladićin joukkojen hyökkäyksiltä. Kymmenen kuukauden näännytyssodan avulla Gotovina onnistui murtamaan serbiarmeijan puolustusasemat Livnon tasangolla, Dinaran harjanteella ja Šatorin vuorella. Hän johti Glamočin ja Bosanska Grahavon valtaukset Operaatio Kesä-95:ssä, mikä mahdollisti Krajinan serbitasavallan pääkaupungin Kninin piirittämisen idästä. Gotovinan voitot mahdollistivat Operaatio Myrskyn nopean toteuttamisen 4.–6. kesäkuuta 1995. Tämän operaation kuluessa Gotovinan joukot valtasivat Kninin, jota kroaatit kutsuvat Kroatian Kuninkaalliseksi kaupungiksi sen oltua aikanaan keskiajalla Kroatian kuningaskunnan pääkaupunki.