Später war Percy in die Rosenkriege involviert, welche ihn in eine schwierige Situation brachten. Er schuldete seine Loyalität dem Hause Lancaster, war jedoch der Cousin ersten Grades von Anne Mortimer und ein Verwandter ihres Sohnes Richard Plantagenet, 3. Duke of York und Oberhaupt des Hauses York. Am 22. Mai 1455 kämpfte er auf der Seite von Lancaster in der ersten Schlacht von St. Albans, welche die erste Schlacht der Rosenkriege war und in welcher er fiel.