Margus Ader gab sein internationales Debüt bei den Biathlon-Juniorenweltmeisterschaften 1997 in Forni Avoltri, wo er Siebter des Einzels wurde. In der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%201997/1998"&gt;Saison 1997/98&lt;/a&gt; bestritt er in Östersund sein erstes Rennen im Biathlon-Weltcup und wurde 103. in einem Einzel. Im weiteren Saisonverlauf erreichte er bei einem Sprint in Pokljuka als 69. erstmals eine Platzierung unter den besten 100. 1999 nahm Ader in Oslo erstmals an den Biathlon-Weltmeisterschaften teil und wurde 54. des Einzels. Bei den Sommerbiathlon-Weltmeisterschaften 1999 in Minsk gewann er mit Dimitri Borovik, Roland Lessing und Indrek Tobreluts hinter den Teams aus Russland und Lettland im Staffelrennen die Bronzemedaille. Auch ein Jahr später kam er, erneut in Oslo, bei der WM im Einzel zum Einsatz und wurde 60. 2001 beendete er das Einzel in Pokljuka als überrundeter Läufer nicht, mit Janno Prants, Indrek Tobreluts und Dimitri Borovik kam er als Schlussläufer der Staffel auf Rang 15. Saisonabschluss wurde die Militär-Skiweltmeisterschaft 2001 in Jericho, wo er 51. des Sprints wurde. Saisonhöhepunkt des folgenden Jahres wurden die Biathlon-Europameisterschaften 2002 in Kontiolahti. Ader wurde 17. des Einzels, 24. des Sprints und 29. der Verfolgung. 2003 wurde er in Forni Avoltri 43. des Einzels, 42. des Sprints sowie 34. des Verfolgungsrennens der Europameisterschaften.