Основателем замка считается Сатакэ Ёсинобу — один из шести великих генералов Тоётоми Хидэёси. В битве при Сэкигахаре он выступил против Токугавы Иэясу, за что был наказан после победы Восточной коалиции. Его земли в провинции Хитати были конфискованы, и он был перемещён на север Японии, где стал первым даймё княжества Кубота. Ёсинобу начал строительство замка Кубота в сентябре 1602 года, как только прибыл на новое место. Основные работы были завершены к августу 1604 года. Также были размечена территория для постройки окружающего замок города, который разрастался при запланированных расширениях в 1607, 1619, 1629 и 1631 годах с системой улиц и рвов. Постройки замка сильно пострадали в результате пожара 21 сентября 1633 года, во период владения Сатакэ Ёситака. Замок был восстановлен в 1635 году. Название "«Замок Кубота»" впервые фигурирует в официальных документах от 1647 года.