Eguren spelar för det uruguayanska landslaget där han har gjort 28 landskamper (per den 12 juli 2010). Han debuterade mot Bolivia den 13 juli under Copa América 2001. Eguren deltog i ett antal matcher inför VM 2002 i Korea/Japan. Mellan åren 2003 till 2008 spelade inte Eguren i landslaget. Den 28 maj 2008 spelade Eguren åter i landslaget, nu i en träningslandskamp mot Norge i Oslo. Eguren deltog i Uruguays trupp i VM 2010.