Después de la conquista árabe, durante la primera mitad del siglo VIII el ábside sur fue convertido en una mezquita y se agregó un mihrab, mientras que el resto de la estructura siguió utilizándose como iglesia. La iglesia y el monasterio fueron destruidos durante la invasión persa en 614, probablemente después de la derrota de los cruzados. Desde entonces se olvidó su ubicación exacta. Durante siglos, la existencia de esta iglesia se conocía únicamente a través de la literatura bizantina, pues yacía enterrada totalmente en el terreno de un olivar.