L'église accueille notamment la "Vierge au pilier", chef-d'oeuvre du XIV siècle issu de la cathédrale Notre-Dame, miraculeusement épargnée par la chute de la voûte lors de l'incendie de 2019. Elle est située à la croisée du transept. Par ailleurs, durant les travaux de reconstruction de la cathédrale, l'archevêque de Paris Michel Aupetit assure ses offices en l'église Saint-Germain-l'Auxerrois.