Le premier des royaumes des Stuart à sombrer dans la guerre civile fut l'Irlande, où, les Irlandais catholiques, poussés en partie par la rhétorique anticatholique des covenantaires, déclenchèrent une rébellion en octobre 1641. En réaction à la proposition de Charles et de Thomas Wentworth (1593-1641) de lever une armée d'Irlandais catholiques pour réprimer le mouvement covenantaire en Écosse, le Parlement écossais aurait menacé, d'après Richard Bellings, secrétaire de la Confédération irlandaise, d'envahir l'Irlande pour réaliser « l'extirpation du papisme d'Irlande ». La peur que cela causa en Irlande déclencha une vague de massacres de colons protestants, anglais et écossais, au moment où la rébellion éclatait. Au début de 1642, les covenantaires envoyèrent une armée en Ulster, afin de protéger les colons écossais des Irlandais catholiques. L'intention première de l'armée écossaise était de reconquérir l'Irlande, mais à cause de problèmes de logistique et d'approvisionnement, elle ne fut jamais en mesure de progresser au-delà de sa base, dans l'est de l'Ulster. Les forces covenantaires restèrent en Irlande jusqu'à la fin des guerres civiles, confinées dans leur garnison autour de Carrickfergus après leur défaite à la bataille de Benburb par l'armée irlandaise d'Ulster en 1646.