Сезон 2005/06 также оказался переходным. 18 ноября 2005 года многолетний капитан «Манчестер Юнайтед» Рой Кин покинул клуб. «Юнайтед» не смог выйти из группы в Лиге чемпионов. В январское трансферное окно 2006 года Фергюсон приобрёл двух защитников: серба Неманью Видича и француза Патриса Эвра. Команда заняла в чемпионате второе место, уступив титул лондонскому «Челси». Единственным трофеем клуба в сезоне стал Кубок Лиги. По окончании сезона команду покинул ван Нистелрой, перешедший в «Реал».