Im Februar 2004 forderte Howard Premier Tony Blair zum Rücktritt auf, da dieser das Parlament im Zusammenhang mit den Behauptungen über irakische Massenvernichtungswaffen vor dem Golfkrieg in die Irre geführt habe. Dennoch unterstützte Howard auch im Nachhinein die Invasion, da „der Lohn eines stabilen Irak die Anstrengungen wert war“. Seine scharfe Kritik an Blair führte zur Verweigerung eines Treffens in Washington durch US-Präsident George W. Bush.