W lutym 2012 roku Almagro skutecznie obronił tytuł w São Paulo. W finale Hiszpan pokonał 6:3, 4:6, 6:4 Filippo Volandriego. Pod koniec tego samego miesiąca awansował do finału w Buenos Aires. Pojedynek o tytuł przegrał z Davidem Ferrerem. W maju zdołał obronić także tytuł w Nicei, gdzie w finale pokonał kwalifikanta Briana Bakera 6:3, 6:2. W lipcu przegrał finał turnieju w Båstad z Davidem Ferrerem. Hiszpan zagrał w sezonie także na igrzyskach olimpijskich w Londynie, dochodząc do ćwierćfinału gry pojedynczej.