După atacarea Uniunii Sovietice de către Germania și România în 1941, România a preluat din nou controlul asupra Basarabiei, eliberată în întregime la 23 iulie 1941. În perioada războiului, zeci de mii de evrei au fost împușcați în masă, deportați în ghetouri și lagăre de concentrare organizate pe teritoriile Basarabiei și Ucrainei. Un număr mare de evrei basarabeni au fost deportați în Transnistria sau masacrați de Armata Română, Jandarmeria Română și de subdiviziunile germane și române de „curățare” Einsatzgruppe D și Eșalonul operativ. Comunitatea evreiască din Chișinău a fost exterminată într-o proporție mare, exterminând 53.000 din cei 65.000 de locuitori evrei ai orașului.