À sa première saison complète dans l'effectif de Cleveland en 2016, Francisco Lindor dispute 158 des 162 matchs de saison régulière de son club. Il maintient une moyenne au bâton de ,301 avec 182 coups sûrs, 15 circuits, 78 points produits, 99 points marqués et 19 buts volés. Ses aptitudes défensives sont récompensées d'un premier Gant doré. Invité à la mi-saison au match des étoiles, il est au cours de l'année l'un des meilleurs joueurs de la ligue et termine du vote annuel désignant le joueur par excellence de la saison.