Средний расход воды у Праги около 142 м³/сек. Река подвержена наводнениям, в частности, крупнейшее за последние 500 лет наводнение произошло в 2002 году, когда была затоплена значительная часть Праги и даже пострадал Пражский метрополитен. Между Мельником и Прагой на Влтаве расположено 12 шлюзов.