Det antas at Trafficante var involvert i mordet på president John F. Kennedy. Warren-kommisjonen som ble oppnevnt for å etterforske mordet på Kennedy, kunne imidlertid ikke finne noen direkte kontakt mellom Trafficante og Jack Ruby, og konkluderte derfor med at Lee Harvey Oswald stod alene bak mordet på Kennedy. Trafficante fortsatte å arbeide for CIA mens han samtidig ivaretok Tampa-mafiaens «forretninger». Trafficante jr. var også involvert i Iran-Contras-skandalen under USAs president Ronald Reagan.