26. tammikuuta 1863 Hookerista tuli Potomacin armeijan komentaja. Hän kuitenkin kärsi Leelle nöyryyttävän tappion Chancellorsvillen taistelussa, ja 28. kesäkuuta juuri ennen Gettysburgin taistelua Lincoln siirsi hänet pois armeijan komennosta ja nimitti kenraalimajuri George B. Meaden hänen tilalleen. Hooker siirrettiin vahvistamaan Cumberlandin armeijaa Chattanoogan lähelle Tennesseehen. Hän taisteli Lookout Mountainissa ja Chattanoogassa, mutta hänen suuresta roolistaan huolimatta William Tecumseh Sherman sai kunnian jälkimmäisen voitosta itselleen.