En 49 av. J.-C., Jules César avait franchi le Rubicon, s'engageant ainsi dans une guerre civile avec Pompée. En 48, Pompée, Caton le jeune et la partie conservatrice du Sénat s'étaient enfuis en Grèce. César se prépara à les suivre. C'est à ce moment qu'il a pu constituer la Legio IV. L'emblème du Capricorne montre toutefois que la légion avait des liens forts avec Auguste et qu'il joua un rôle déterminant dans les premiers temps de l'unité. Si elle a été créée en -48 comme peut le laisser penser son numéro la légion a pu combattre à Dyrracchium et à Pharsale. Pompée vaincu, elle a pu être cantonnée en Macédoine, où elle reçut son surnom. Toutefois le surnom de Macedonica n'apparaît dans nos sources qu'à partir de sa présence en Espagne. On peut penser qu'en -44 la légion se trouvait en Macédoine, en prévision des projets militaires de César en direction de l'Orient et sans doute des Parthes. C'est à ce moment que la légion a pu nouer des liens avec Octave, le fils adoptif de César. Elle le soutint en tout cas dans les guerres civiles qui suivirent la mort de César. Elle fut à ses côtés lors de la campagne de la Bataille de Modène où elle essuya de graves pertes. Puis elle retourna en Macédoine se battre contre les meurtriers de César à la bataille de Philippes en -42. Elle participe ensuite à la Guerre de Pérouse comme en témoigne la présence de balle de fronde portant son numéro. Dix ans plus tard, elle combat contre Marc-Antoine à la bataille d'Actium en -31. Octave installa des vétérans de la légion à Firmum Picenum.