25 сентября 1942 года С. М. Рогачевский был назначен начальником штаба 28-й армии, на этом посту до конца войны. Участвовал в Сталинградской битве, Донбасской, Мелитопольской, Никопольско-Криворожской, Березнеговато-Снигиревской, Белорусской, Восточно-Прусской, Берлинской и Пражской операциях.