Als anys 1990 també s'intensifiquen els conflictes ètnics armats al Nord del Caucas. Aquests conflictes prenien la forma d'insurreccions d'islamistes separatistes en contra el poder federal (més notablement a Txetxènia), o de conflictes ètnics entre clans i grups locals (p. ex. a Ossètia del Nord - Alània entre ossets i ingúixos, o entre diferents clans a Txetènia). des que els independentistes txetxens declaraven la independència a principis dels anys 1990, una guerra de guerrilles intermitent (Primera guerra de Txetxènia, segona guerra de Txetxènia) ha estat enfrontats grups de rebels txetxens dispars i l'exèrcit rus. Atacs terroristes contra civils fets pels separatistes txetxens, més notablement els bombardeigs d'apartaments russos, la crisi dels ostatges del teatre de Moscou i el setge escolar de Beslan, provocava centenars de morts i cridà l'atenció mundial. Els alts dèficits pressupostaris i la crisi financera asiàtica de 1997 provocaven la crisi financera de 1998 i ocasionava "GDP" més declivi llunyà. and resulted in further GDP decline. El 31 de desembre, 1999 Boris Ieltsin renuncià a la presidència, traspassant el càrrec al primer ministre últimament assignat, Vladímir Putin, que fou ratificat mitjançant eleccions del 2000. Putin guanyava popularitat per suprimir la insurgència txetxena, encara que la violència esporàdica encara ocorre per tot el Nord del Caucas. Els preus del petroli alts i una moneda inicialment debilitada seguida per una creixent demanda interior, consum i inversions ha ajudat a créixer l'economia durant nou anys seguits, alleujant el nivell de vida i augmentant el poder de Rússia al món. Mentre moltes reformes fetes sota el mandat de Putin han estat generalment titllades per les nacions occidentals com a antidemocràtiques, el lideratge de Putin per sobre del retorn a l'ordre, l'estabilitat i el progrés li mantingué la seva popularitat a Rússia, així com un ampli reconeixement internacional.