После восстания в Варшавском гетто в апреле 1943 года и роста активности советских партизан глава СС Генрих Гиммлер решил ликвидировать все гетто, не считаясь с потерями рабского труда, который они выполняли для материального обеспечения вермахта. В частности, Вильнюсское гетто было расценено как угроза из-за его обширного подпольного движения и близости партизан в лесах вокруг города. Плагге, получивший звание майора, получил разрешение СС на создание "Juden-KZ" для HKP 562 на улице Субоч в пригороде Вильнюса. HKP 562 остался единственным подразделением вермахта, которому было разрешено сохранять еврейских рабочих. 1 сентября около 300 рабочих Плагге были схвачены СС для перевозки в концлагерь Клоога. Плагге отправился на вокзал, где поспорил с унтер-офицером СС Бруно Киттелем, который отвечал за ликвидацию. Сперва добившись их освобождения, Плагге оставил евреев со своими подчинёнными, но командир Киттеля, Рольф Нойгебауэр, приказал депортировать их в любом случае. Плагге попытался связаться с Нойгебауэром, но не смог, и все евреи были депортированы в Клоогу. Тогда он приказал своим подчинённым принять на работу других еврейских рабочих, чтобы заменить депортированных.