El 28 de novembre de 1999, després d'una guerra civil devastadora i amb la deposició de Vieira, es van realitzar noves eleccions presidencials. Kumba Ialá va acabar amb el primer lloc amb el 38,81% dels vots seguit pel president interí i candidat del PAIGC, Malam Bacai Sanhá, que va aconseguir 23,37% dels vots. Es va realitzar, conforme al sistema electoral bisauguineà, el 16 de gener de 2000 una segona volta en la qual va vèncer fàcilment Ialá amb els 72% dels vots sobre el seu adversari.