À la suite de l'extinction de la ligne ducale, le duché de Mazovie fut intégré à la couronne polonaise en 1526. Trois ans plus tard, la Diète générale fut réunie pour la première fois à Varsovie, qui devint son siège permanent à partir de 1569, après avoir été brièvement occupée par les troupes alliées de la Suède et du Brandebourg durant la Première guerre du Nord.En 1573, la ville donna son nom à la Confédération de Varsovie, établissant officiellement la liberté de religion dans la République des Deux Nations. Grâce à sa situation médiane entre les capitales de ces deux nations (Cracovie pour la Pologne et Vilnius pour la Lituanie), Varsovie devint la capitale de la République unifiée. La couronne polonaise y fut transférée en 1596, quand le roi Sigismond Vasa déplaça la cour de Cracovie à Varsovie.