Posterior a la final de la Liga de Campeones de la UEFA fue sometido a una cirugía de cadera debido a una dolencia que le venia afectando hace un tiempo, la cual lo tendría por 5 meses fuera de las canchas. Durante su ausencia, el 27 de julio el Dortmund se proclamó campeón de la Supercopa de Alemania venciendo al Bayern de Múnich por 4-2. Realizó su regreso a las canchas el 23 de noviembre en la derrota por 0-3 frente al Bayern de Múnich, ingresando a los 79 minutos por Sven Bender. Tras su retorno logra recuperar la titularidad, anotando el 14 de diciembre en el empate a 2 con el Hoffenheim. El 19 de abril de 2014 marca su segundo gol en la temporada 2013-14 en la victoria por 4-2 sobre el Maguncia 05. Dos semanas después vuelve a anotar en la victoria por 3-2 sobre el Hoffenheim. Al igual que la temporada anterior, el Dortmund terminó en la segunda posición de la Bundesliga 2013-14, a 19 puntos del Bayern de Múnich que se consagró campeón nuevamente. En la Copa de Alemania lograron avanzar hasta la final, donde fueron derrotados por 0-2 por el Bayern en tiempo extra, con Piszczek disputando todo el encuentro. En Bundesliga disputó 19 encuentros anotando 3 goles, una cantidad de partidos bastante inferior a sus anteriores temporadas, debido a la operación a la que fue sometido antes de iniciar el campeonato.