Pendant l'invasion britannique du Tibet par Sir Francis Younghusband au début de l'année 1904, Dorjiev réussit à convaincre le dalaï-lama de fuir à Oulan-Bator, en Mongolie, à environ au nord de Lhassa. Il y passa environ un an à enseigner aux Mongols. Le , la convention entre la Grande-Bretagne et le Tibet fut signée au palais du Potala. Alors que le dalaï-lama visitait le monastère de Kumbum et voyageait à travers le Xining vers Pékin, il fut convié à une audience avec le jeune empereur de Chine, en face duquel il refusa de se soumettre au rituel du kowtow. Il resta à Pékin jusqu'en 1908. Quand il retourna au Tibet, il commença à réorganiser le gouvernement, mais la Chine envahit le Tibet moins de deux mois plus tard, ce qui le força à la fuite vers l'Inde. Au cours de l’été 1912, le dalaï-lama rencontra Agvan Dorjiev à Phari-Dzong, et ce dernier l’accompagna ensuite au monastère de Samding, avant son retour à Lhassa. Il ne put retourner à Lhassa avant que les Tibétains ne chassent les Chinois deux ans plus tard. Le Tibet expérimenta une période de relative stabilité jusqu'à sa mort en 1933 et profita de bonnes relations avec les Britanniques