Bei Ausbruch des Bürgerkrieges wurde er, auf Seiten der Konföderierten kämpfend, zum Kommandeur im Range eines Obersten des 1. North Carolina Infanterieregiments ernannt. Mit diesem entschied er am 10. Juni 1861 das Gefecht bei Big Bethel für sich. Kurz darauf wurde er zum Brigadegeneral befördert. Ab März 1862 nahm er am Halbinsel-Feldzug unter General Joseph E. Johnston teil und kämpfte unter anderem bei Yorktown und Williamsburg.