Ямамото завершил сезон решительно и три раза подряд финишировал, улучшив свою форму после схода в четырёх первых Гран-при. Также он установил седьмой по скорости быстрый круг и второе быстрейшее время на втором секторе на Гран-при Бразилии 2006 года. Однако этого было недостаточно и его место досталось Энтони Дэвидсону на сезон года. Впрочем, он стал тест-пилотом Super Aguri. Он совмещал это с выступлением в сезоне 2007 GP2 за команду BCN Competicion.