לאחר הרסטורציה שהשיבה לשלטון את צ'ארלס השני, הושב הרוזן ממאר לתפקידו כמושל, ולעיתים קרובות נעשה בטירה שימוש כבית כלא עבור קובננטרים (תנועה פרסביטריאנית סקוטית). ג'יימס, דוכס אולבני (ולימים ג'יימס השני מלך אנגליה וג'יימס השביעי מלך סקוטלנד) ביקר בטירה ב-1681. בתקופה זו עלתה חשיבותה של סטירלינג כמעוז צבאי, בגני הטירה נבנה מחסן לאבק שרפה והוצב בה חיל מצב קבוע החל מ-1685. עם עלייתו לכס המלוכה של ג'ורג' הראשון ב-1714, הודח ג'ון אירסקין, רוזן מאר השישי מתפקידו כמושל, כמו גם ממינויו למזכיר לענייני סקוטלנד. בתגובה, הניף מאר את דגלו של ג'יימס סטיוארט במהלך המרד היעקוביטי של 1715. כוחות הממשלה, בפיקודו של דוכס ארגייל, נעו במהירות כדי לתפוס את הטירה ולאחר מכן התקדמו לעבר שריפמור (Sheriffmuir) כדי לחסום את נתיב נסיגתו של מאר. קרב שריפמויר הסתיים ללא הכרעה, אך למעשה הגיעה ההתקוממות לסיומה. במהלך המרד היעקוביטי של 1745 הוביל צ'ארלס אדוארד סטיוארט את צבא אנשי ההיילנדס שלו דרך סטירלינג לעבר אדינבורו. בעקבות הנסיגה מאנגליה, שבו היעקוביטים לסטירלינג בינואר 1746. העיירה נכנעה במהירות אך מושל הטירה סירב להיכנע והיעקוביטים הקימו עמדות לכלי ארטילריה בגבעת גוואן הסמוכה, אך אלה הושמדו במהירות על ידי התותחים שהוצבו בטירה. על אף ניצחונם בפאלקירק נסוגו היעקוביטים ב-1 בפברואר.