L'effectif du club est par ailleurs perturbé par les effets du mercato hivernal et des conséquences de la CAN. Romao, après avoir été approché par le Beşiktaş lors du mercato d'été, signe à l'olympique de Marseille pour deux millions d'euros, privant ainsi Lorient d'un de ses joueurs les plus réguliers. Traoré se blesse lui à la cuisse et est privé de compétition jusqu'à début avril. Les merlus enregistrent le retour de Tony Koutouan qui signe au club pour quatre mois après y avoir disputé la saison 2003-2004. Deux autres jeunes joueurs en prêt sans option d'achat sont aussi accueillis par le club, Ryan Mason de Tottenham, et Mohammed Abu de Manchester City.