Le 15 mai 1798, il s'embarque à Toulon dans la flottille qui conduit le général Bonaparte et son armée en Égypte. Le 10 juin la flotte française arrive devant Malte et Marmont est chargé de négocier l'entrée de la flottille dans le port pour se ravitailler en eau. Devant le refus de l'ordre de Malte, Marmont débarque à la tête de cinq bataillons et, après un rapide combat, commence l'investissement de la place forte, rejoint par le général Desaix et ses troupes. Le 11, Malte capitule et après s'être ravitaillée, l'armée française en ressort le 19 juin. Marmont est fait général de brigade d'infanterie en raison de son rôle dans la prise de Malte. Sa brigade est rattachée à la division du général Bron.