Su primer hijo José Fernando de Baviera, designado por Carlos II para sucederle en el trono de España, murió en 1699. Con la Guerra de Sucesión Española, Maximiliano desarrolló un plan para que los Wittelsbach suplantasen a los Habsburgo como emperadores, aliándose con Luis XIV de Francia contra estos, pero sus planes quedaron frustrados en la batalla de Friedlingen (1702), en la que los imperiales impidieron la llegada de tropas francesas de refuerzo a Baviera, y por la desastrosa derrota en la Batalla de Blenheim en 1704. Este hecho provocó la separación de su familia, porque sus hijos fueron hechos prisioneros y estuvieron recluidos en Austria durante varios años, siendo Clemente Augusto mantenido y educado por los jesuitas. Baviera fue repartida entre Austria y el Elector del Palatinado, lo que provocó sangrientos levantamientos de la población contra las tropas imperiales. Tras la Batalla de Ramillies, que supuso la pérdida de los Países Bajos (excepto el Ducado de Luxemburgo, Mons y Namur) para las tropas hispano-francesas de Felipe de Anjou, Maximiliano se refugió en la Corte de Versalles.