Ο Νακάτα ξεκίνησε την επαγγελματική σταδιοδρομία του το 1995 και κέρδισε το βραβείο του Παίκτη της Χρονιάς της Ασιατικής Συνομοσπονδίας Ποδοσφαίρου το 1997 και το 1998, το Σκουντέτο με τη Ρόμα το 2001, έπαιξε για την Ιαπωνία σε τρεις διοργανώσεις του Παγκοσμίου Κυπέλλου (1998, 2002 και 2006) και αγωνίστηκε δύο φορές στους Ολυμπιακούς Αγώνες (1996 και 2000). Το 2005, έγινε Ιππότης του Τάγματος του Αστέρα της Ιταλικής Αλληλεγγύης, μια από τις υψηλότερες τιμές της Ιταλίας, για τη βελτίωση της εικόνας της χώρας στο εξωτερικό. Ο Νακάτα ασχολήθηκε επίσης με τη μόδα, παρακολουθώντας τακτικά πασαρέλες και φορώντας ρούχα σχεδιαστών.