Mit dem Ende der indonesischen Diktatur wurde 1999 der Weg frei für ein Referendum über die weitere Zukunft Osttimors. Guterres Lopes organisierte dafür Wahlbeobachter. Im Referendum entschieden sich 78 % der Wähler für die Unabhängigkeit von Indonesien. Pro-indonesische Milizen töteten daraufhin nochmals fast 2000 Menschen, zerstörten die Infrastruktur und brannten Häuser nieder, auch das Hauptquartier der Menschenrechtsstiftung und das Heim von Guterres Lopes. Seine Eltern waren bereits vor dem Referendum in ihrem Heimat-Suco Tapo/Memo durch die Milizen terrorisiert worden. Schließlich landete eine internationale Eingreiftruppe in Osttimor und die Vereinten Nationen übernahmen mit der UNTAET die Kontrolle im Lande. Ab Januar 2000 arbeitete Guterres Lopes für die "UNTAET Judicial Transitional Services Commission" und war im April 2000 einer der Gründer der "Juristenvereinigung Osttimors".