בעונת 1993/1994 דעך מעמדו של חואן קרלוס בברצלונה וקרויף מיעט לשתפו במשחקיה. הוא הופיע ב-9 משחקי ליגה וב-3 נוספים בליגת האלופות. ברצלונה זכתה באליפות רביעית ברציפות והעפילה לגמר ליגת האלופות. חואן קרלוס נכלל בסגל הקבוצה למשחק אך לא שותף בו, וברצלונה הפסידה למילאן 4-0. בסוף העונה עזב חואן קרלוס את ברצלונה ועבר לוולנסיה. שם שימש לרוב גיבוי למגן השמאלי אנריקה רומרו, ולכן השתתף ב-13 משחקי ליגה בלבד. למרות זאת, בגמר הגביע הספרדי פתח חואן קרלוס בהרכב ולנסיה, אך היא הפסידה 2-1 לדפורטיבו לה קורוניה.