Während des Schmalkaldischen Kriegs war Westerhüsen zweimal Verhandlungsort der gegnerischen Parteien. Am 15. Dezember 1548 fanden in "Westerhausen", vermutlich im Gemeindekrug, Verhandlungen zwischen Magdeburger und erzbischöflichen Deputierten geführt. Die Abgesandten des Erzbischofs Johann Albrecht forderten die Herausgabe der erzbischöflichen Güter und Ämter. Die evangelischen Magdeburger forderten Religionsfreiheit und Sicherstellung ihrer städtischen Privilegien. Die Verhandlungen wurden als Westerhausischer Abschied bekannt. Diese Verhandlung und ein späteres Treffen in Neugattersleben blieben jedoch erfolglos. Die in der Region Magdeburg weiterhin andauernden militärischen Auseinandersetzungen führten dann dazu, dass die erzbischöfliche Seite für den 9. April 1550 erneut nach Westerhüsen einlud. Die Positionen waren ähnlich wie beim ersten Treffen. Zu einem geplanten weiteren Treffen in Magdeburg kam es nicht mehr, da der Erzbischof am 17. Mai 1550 verstarb. Es folgte 1550/51 die Belagerung der Stadt, wobei die Umgebung, so auch Westerhüsen besonders zu leiden hatten. Unter anderem wurden die vier Glocken der Westerhüser Kirche gestohlen. Eine, die noch heute vorhandene Christkönigsglocke aus dem Jahr 1523, konnte später von den Westerhüsern zurückgekauft werden. Diese Belagerung endete mit einer Kapitulation der Stadt zu jedoch sehr günstigen Bedingungen.