Через війну в Боснії та Герцеговині також були дислоковані єпархії Біхач та Петровац, Дабар-Боснія та Зворнік та Тузла. Престол єпархії Дабар-Боснія був тимчасово перенесений до Сокольця, а престол Зворнік-Тузла — до Бієліни. Під час війни було знищено або пошкоджено понад сотню об'єктів, що належать Церкві в Зворницько-Тузлівській єпархії. Також було знищено багато монастирів та церков у Загумльській єпархії. Численні вірні з цих єпархій також стали біженцями.