Po rozpoczęciu niemieckiej okupacji ks. Witkowski stał się jedną z pierwszych ofiar operacji „etnicznego oczyszczania przedpola”. Został aresztowany 23 września 1939 pod zarzutem rozpowszechniania pogłosek o rzekomym przełamaniu przez aliantów niemieckiego Wału Zachodniego. Był przetrzymywany w więzieniu w Wejherowie. W nocy z 4 na 5 listopada 1939 został wraz z grupą skazańców wywieziony na stracenie do lasów piaśnickich. Świadkiem jego śmierci była Elżbieta Ellwart (mieszkanka jednej z pobliskich wsi, która idąc leśnym skrótem trafiła przypadkiem na miejsce kaźni). Zeznała ona po wojnie, iż widziała na własne oczy zwłoki ks. Witkowskiego powieszone na jednym z drzew. Proboszcz miał być ubrany w długie szaty liturgiczne, które Niemcy kazali mu założyć podczas aresztowania. Jego ciała nigdy nie odnaleziono. Prawdopodobnie zostało spalone podczas akcji zacierania śladów zbrodni, prowadzonej przez Niemców latem 1944 roku.