На припремној утакмици за Европско првенство 2000. против Белгије, постигао је свој једини гол у дресу репрезентације и то са беле тачке. На Европском првенству 2000. Данска је заузела последње место у групи. На три утакмице Шмајхел је осам пута био савладан, док његови саиграчи нису успели да постигну гол. Од њих су били бољи Французи и Холанђани, који су их савладали са по 3-0. Данска је тада претрпела пораз и од Чешке (0—2). Од дреса са државним грбом Шмајхел се опростио 2001. у утакмици са Словенијом.