След Втората световна война училището първоначално се използва като поделение на Военноморската болница, след това като Педагогически Колеж (PH) и като Митническо Училище. Педагогическият Колеж по-късно се премества на територията на Народен Парк Фленсбург. През 90-те години на миналия век от Педагогическия Колеж се създава Университетът Фленсбург, който днес се намира в район Сандберг. От 1950 до 1956 г. голяма част от военноморското училище се използва от Митническото Училище „Фленсбург“, създадено във Фленсбург през 1938 г. През 1956 г. флотът отново се нуждае от сградата и митническото училище напуска Фленсбург. Вътрешната германска граница придобива все по-голямо значение и Студената война е в ход.