En 2005, les coupes illégales ont été signalées plus d'une vingtaine de fois et les autorités ont saisi des milliers de troncs valant plusieurs millions de dollars (US$) dans les ports d'Antalaha, Vohémar et Toamasina. La plupart de ces bois provenaient des zones est et nord-est du parc. Au début de la crise politique à Madagascar, en , des milliers de coupeurs ont envahi les forêts primaires de la région Sava et se sont mis à couper frénétiquement les bois précieux pendant six à huit semaines. Les coupeurs étaient généralement couverts par des milices armées. De plus, lors de cette ruée, de nombreux lémuriens ont été tués pour être consommés par les coupeurs. Il a été estimé que de bois de rose correspondant à environ abattus dont un tiers provenait du parc national de Marojejy et du parc national de Masoala. En conséquence, le parc fut fermé jusqu'au mois de . En 2010, la situation s'est améliorée au Marojejy contrairement au parc national de Masoala et à l'aire protégée de Makira. En 2019, plusieurs arrestations en lien avec ce trafic illégal de bois ont eu lieu sur l'île.