V říjnu 1918 Josef Novák nastoupil službu u nově vzniklého československého letectva. Na konci listopadu 1918 se podílel na vzniku 1. polní letecké setniny v Mařaticích u Uherského Hradiště. S touto jednotkou se zapojil do války s Maďarskem. Setnina tehdy podnikala průzkumné lety nad jižním Slovenskem s letouny Brandenburg C.I. V lednu 1919 se setnina účastnila sedmidenní války s Polskem. Během služby u 1. polní letecké setniny Josef Novák pilotoval také první jednomístný letoun československého letectva Aviatik D.I (138.14).