Pe 2 aprilie 2013, Alaba a marcat al șaptelea cel mai rapid gol (25,02 secunde) din istoria UEFA Champions League pentru a o aduce pe Bayern către victoria 2-0 cu Juventus Torino. Pe 25 mai 2013, el a jucat toate cele 90 de minute ca fundaș stânga din Finala Ligii Campionilor 2013, Bayern învingând Borussia Dortmund cu 2–1. Pe 2 decembrie 2013, Alaba a semnat un nou contract cu FC Bayern München, care va ține până în 2018.