בעקבות כישלון מאמציו, פרש גרטן מהפרלמנט ויצא כנגד הממשלה הבריטית. חברת האירים המאוחדים החלה בפעילות ברחבי האי כשמטרותיהם הראשוניות היו ביצוע רפורמה בפרלמנט שנשלט בעיקר על ידי מאמיני הכנסייה האנגליקנית, השגת אמנציפציה לקתולים וניתוק הדת מהפוליטיקה. כשרצונותיהם הפכו למרוחקים יותר ויותר הם החליטו להשתמש בכוח על מנת לבצע הפיכה, לגרש את הבריטים מהאי ולהקים רפובליקה אירית לא סקטוריאלית. בעת ההיא, בשנת 1798 רוב תושבי האי היו מוכנים להתאחד למען מטרה משותפת. כך, הפרסבטריאנים מן הצפון, חברת האירים המאוחדים, הפרוטסטנטיים העמידים והקתולים, התאחדו לצורך המרד האירי של 1798. מרידה זו דוכאה ללא רחמים. האירים ציפו לסיוע צרפתי, אך זה הגיע מעט מדי ומאוחר מדי. גורל מנהיגי המרד היה מוות והוא דוכא בכוח עד להפסקתו.