Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd door het Duitse leger het halve bos gekapt, ten behoeve van militaire werken die een vrij schootsveld vereisten. Sommige van de toen gesneuvelde bomen waren eeuwen oud. Het gekapte deel lag aan de zijde grenzend aan de Bezuidenhoutseweg. Er verrezen in en nabij het Haagse Bos vele betonnen bunkers, waarvan er in de 21e eeuw nog steeds een aantal onder het glooiend landschap zijn te vinden. Langs het bos lieten de Duitsers tankgrachten graven, die na het einde van de bezetting merendeels werden omgevormd tot sloten, in de hoop dat hun militaire oorsprong niet langer zou opvallen. In de laatste oorlogsjaren werden vanuit het Haagse Bos vele V2 raketten gelanceerd, die met hun vernietigende lading op met name Londen neerstortten. Deze lanceringen waren de aanleiding voor een bombardement in 1945, dat bekend is komen te staan als het Bombardement op het Bezuidenhout. Na de bevrijding werd al snel begonnen met de aanplant van nieuwe bomen. Er staan nu 34 boomsoorten in het bos.