Il club torna a sollevare un trofeo nella stagione 1990-1991, la Coppa di Germania: dopo due finali consecutive perse, questa volta ad essere battuto è il . I tedeschi partecipano così alla Coppa delle Coppe, ed arrivano a giocare la finale di Lisbona. Questa si disputa contro il di Arsène Wenger: i francesi, nelle cui fila figura anche il futuro Pallone d'oro George Weah, vengono battuti per 2-0 grazie alle reti di Klaus Allofs e Wynton Rufer. Persa poi la Supercoppa UEFA contro il , i biancoverdi, nei quali militano anche Mario Basler e Andreas Herzog, conquistano però il terzo titolo. Il Werder è successivamente la prima squadra tedesca ad accedere fase a gruppi della nuova Champions League.