W czerwcu 1913, w przededniu wybuchu II wojny bałkańskiej Kowaczew objął stanowisko ministra wojny w gabinecie Stojana Danewa. Z uwagi na sytuację na froncie podał się do dymisji i wziął udział w bitwie nad Bregałnicą. W czasie bitwy wydał rozkaz odwrotu, bez zgody naczelnego dowództwa, za co został odsunięty od dowodzenia armią.