Già tester dal 1995, Fontana ebbe occasione di debuttare in Formula 1 nel 1997. Gianni Morbidelli, pilota titolare, si era infatti infortunato rompendosi un braccio e Peter Sauber, seppur dubbioso, decise di sostituirlo con l'argentino. Disputò dunque la sua prima corsa al Gran Premio di Francia, ma le sue prestazioni furono deludenti per tutto il fine settimana di gara. Sauber cercò di trovare un pilota in grado di sostituirlo e chiese a Martin Brundle di prendere il suo posto, ma quest'ultimo rifiutò. Fontana ebbe quindi occasione di disputare anche i due successivi appuntamenti mondiali. Dopo essere giunto nono al traguardo su dieci piloti rimasti in pista al Gran Premio di Gran Bretagna, in Germania fece realizzare ottimi tempi nelle prove libere, ma in gara i suoi risultati non furono analoghi e concluse nuovamente al nono posto. Tornato Morbidelli, Fontana ritornò a svolgere il ruolo di tester fino a quando un nuovo incidente del pilota italiano gli permise di partecipare all'ultimo appuntamento stagionale. In questa gara non andò oltre il quattordicesimo posto finale, ma fu al centro di una polemica dovuta al fatto che rallentò Jacques Villeneuve, che contendeva il titolo a Michael Schumacher, mentre questi era all'inseguimento del tedesco.