1894年至1895年甲午战争期间，他出任陆军大将大山岩伯爵的国际法顾问；其间发表《日清战争国际法论》，为日本辩护。1897年，他获得法学博士学位。1897年起，任东京帝国大学等学校的教授。在中国清末留学日本热潮中，他是很多中国青年的老师。据其本人估计，中国留日的法政人才中，约五分之二听过其授课。1904年至1905年日俄战争期间，他作为乃木希典的国际法顾问，两次到过中国。战后他发表《满洲委任统治论》、《日俄战争国际法论》，主张中国保有满洲主权、但由日本委任统治，遭到梁启超等人的激烈批判。1905年，中国出洋考察政治五大臣回国后提交的《欧美政治要义》，即出自有贺长雄之手。1907年至1908年，中国“出使日本考察宪政大臣”达寿提交的报告，其中也有相当部分由有贺长雄操刀。1908年至1909年，中国驻日本公使李家驹接任考察宪政大臣，也多次听有贺长雄授课，而李家驹回国后任资政院副总裁、总裁，并与汪荣宝起草《十九信条》，有贺长雄学说对中国的影响，在所难免。1911年，他获得文学博士学位。