Další škody utrpěl za třicetileté války, roku 1648, kdy jej poničila císařská či švédská střelba při švédském obléhání Prahy. Z této doby jsou také dělové koule, které jsou dodnes patrné ve zdi kostela. O dva roky později, roku 1650, kostel opravili michelští jezuité. Roku 1757 byl však opět vypleněn pruskou armádou. Po zrušení jezuitského řádu roku 1773 byl kostel odsvěcen (správnějším vyjádřením by bylo, že jej církev přestala využívat, protože pojem odsvěcení kostela v katolické církvi neexistuje) a do roku 1818 využíván jako sklad střelného prachu. Na přelomu 18. a 19. století byl však kostel opět vysvěcen a přidělen pod správu nuselského kostela svatého Václava.