Ayant ainsi soumis la Gaule, César marcha sur Rome alors que commençait la guerre civile entre lui et Pompée en 49 av. J.-C. La "Legio XI" l’accompagna dans cette marche après quoi elle fut stationnée en Apulie. L’année suivante, elle prit part à la bataille de Dyrrachium (victoire de Pompée) et à la bataille de Pharsale (avantage décisif de César). Après la victoire de Munda en 45 av. J.-C. qui marqua la victoire finale de César, la légion fut dissoute et les vétérans installés à "Bovianum Undecumanorum" (aujourd’hui Bojano, province de Campobasso en Italie).