Nel febbraio-marzo 1941 la 5ª divisione leggera, futura 21. Panzer-Division, poteva schierare contro le truppe del Commonwealth 165 carri armati, dei quali 45 Panzer II tutti opportunamente dotati di filtri supplementari e sistemi d'aerazione più potenti per operare nel deserto. Furono di grande utilità durante l'anno ma a partire dal 1942, con l'arrivo di veicoli meglio armati e corazzati (quali l'M4 Sherman) tra le file dell'esercito britannico, il Panzer II cominciò a essere rimpiazzato dai Panzer III di più moderna concezione. Ciononostante, a maggio 1942 ne erano disponibili 50 su un totale di 560, poi calati a solo 14 in data 15 agosto; per la decisiva battaglia a el-Alamein l'Afrikakorps possedeva 31 Panzer II, che sarebbero andati distrutti oppure riportati in seguito in Germania per la riconversione in mezzi più efficaci.