Na začátku devadesátých lech po válce v Zálivu a souběžně s reorganizací SAC na nově vytvořené "Air Combat Command" byla úloha B-1B změněna na konvenční bombardování. Bojově byl poprvé nasazen během operace Desert Fox v roce 1998 a poté během operací NATO v Kosovu následujícího roku. Dále B-1B podporoval vojenské síly USA a NATO v Afghánistánu a Iráku. Letectvo mělo od září 2012 v provozu 66 strojů B-1B. Očekává se, že B-1B bude nadále sloužit do 30. let 21. století s tím, že výměna za letouny Northrop Grumman B-21 Raider začne po roce 2025. V inventáři je s B-1 počítáno do roku 2036.