Setelah revolusi tahun 1911 dan runtuhnya Dinasti Qing, departemen tersebut digantikan oleh Badan Urusan Mongolia dan Tibet di bawah Kementerian Dalam Negeri pada April 1912. Pada bulan Juli 1912, badan tersebut berganti nama lagi menjadi Biro Urusan Mongolia dan Tibet dan ditempatkan di bawah Yuan Urusan Negara. Pada tahun 1914, lembaga tersebut direorganisasi dan ditempatkan langsung di bawah pengawasan Presiden. Pada 1 Februari 1929, lembaga ini akhirnya diubah menjadi Komisi Urusan Mongolia dan Tibet (MTAC) sesuai dengan Hukum Organisatoris Pemerintahan Nasionalis.