1968 utnämndes Koivisto till statsminister och han bildade regering med vänsterpartiet DFFF. Koivistos regering ställdes inför viktiga beslut, och förmådde också fatta dem. Snart efter att regeringen bildats ingicks ett inkomstpolitiskt avtal. Ett annat stort samhällspolitiskt beslut var lagen om så kallad åkerpaketering (med syfte att minska den odlade åkerarealen) som ledde till nedläggning av tusentals efter kriget skapade småbruk, främst i norra och östra Finland. Följden blev att ett par hundra tusen människor tvingades söka sin utkomst i södra Finland och i Sverige. Koivisto blev populär för sina liberala åtgärder, bland annat började mellanöl säljas i vanliga butiker och abort tilläts. Koivisto tog endast försiktigt ställning mot Sovjetunionens invasion av Tjeckoslovakien. Han sade senare att han gråtit när han hört om invasionen. Regeringsperioden tog slut 1970 men Koivisto blev 1972 åter finansminister.