Весной 1999 года переговорный процесс с кредиторами осложнился из-за Балканского кризиса и внутриполитического кризиса: 12 мая в отставку было отправлено правительство Евгения Примакова. 25 мая 1999 года при формировании правительства Сергея Степашина президент Борис Ельцин назначил Касьянова министром финансов РФ. В июне он стал членом Совета Безопасности Российской Федерации. С первых же дней работы Касьянов сосредоточился на проблеме внешнего долга и на формировании бездефицитного бюджета на 2000 год. Когда не без участия России был урегулирован Балканский кризис и начали вновь налаживаться отношения с Западом, Касьянов сразу этим воспользовался для завершения переговоров с МВФ. В июле от МВФ пришёл первый после кризиса транш. Открывалась возможность договориться с другими кредиторами.