Ayrıca her ikisi de Sudan Halk Kurtuluş Ordusu ve müttefikleri ile merkezi otorite arasında gerçekleşen, 18 Ağustos 1955 – 27 Mart 1972 tarihleri arasında süren ve Haziran 1983-Ocak 2005 arasındaki İkinci Sudan İç Savaşı, ülkeyi maddi ve manevi olarak harap etmiştir. Hatta İkinci Sudan İç Savaşı -tek başına- II. Dünya Savaşı sonrası en çok sivil kaybın gerçekleştiği savaşlardan biri olmuştur. Her iki tarafa da uluslararası devlet ve devlet dışı olmak üzere geniş destek sağlanmış, bu da savaşın uzama nedenlerinden biri olmuştur. Çatışmalar resmî olarak 9 Ocak 2005 tarihinde bir barış anlaşmasının Nairobi'de imzalanmasıyla sona erdi.