Narodila se 26. srpna roku 1910 v albánské rodině jako nejmladší dcera úspěšného obchodníka a farmaceuta Nikola Bojaxhiu a Drane Bojaxhiu (Barnaj rodné příjmení) ve městě Shkupi (dnešní Skopje). Rodiště tehdy náleželo v Osmanské říši, pak Srbsku, Jugoslávii, dnes Severní Makedonii. Pokřtěna byla jménem Agnese, ale doma jí říkali "Gonxha" (poupátko). Otec jí zemřel, když jí bylo osm let. Již ve svých dvanácti letech se rozhodla pro řeholní život. Balkánské války i první světová válka změnily politickou mapu světa a Skopje připadlo Srbsku, po roce 1918 nově vzniklému Království SHS, od r. 1929 Království Jugoslávie (dnes v Severní Makedonii). Tyto události rozptýlily rodinu Bojaxhiuových po světě. Agnese odešla do Irska a v roce 1928 vstoupila do kongregace Loretánských sester. Toto řeholní společenství bylo aktivní hlavně v Indii, což Agnesu přitahovalo.