Όταν μετά την άλωση της Πόλης από τους Φράγκους (1204) η περιοχή τέθηκε υπό τον έλεγχό τους. Η μονή κατελήφθη από Βενεδικτίνους καλόγεροι. Έμειναν σ' αυτήν έως το 1669. Τότε περιήλθε και πάλι στον έλεγχο των Ορθοδόξων και λειτούργησε ως ανδρική μονή. Όταν οι Ενετοί του Μοροζίνη πολιορκούσαν την Αθήνα, το 1687, ο ναός έπαθε ζημιές από κανονιοβολισμούς. Ένας σεισμός γκρέμισε τα κελιά το 1701, αλλά ανοικοδομήθηκαν εκ νέου. Όμως η μονή (εκτός από το καθολικό) κατεδαφίστηκε από τον Χατζή Χασεκή το 1778, προκειμένου τα υλικά να χρησιμοποιηθούν για την κατασκευή τείχους που θα προστάτευε την πόλη.