Niemieckie jednostki typu "IIA" były używane głównie do szkolenia i testów, chociaż podjęły także kilka patroli bojowych w początkowym okresie drugiej wojny światowej, w tym zwłaszcza w trakcie kampanii norweskiej. W czasie prowadzenia działalności operacyjnej zatopiły sześć jednostek, w tym brytyjski okręt podwodny , same też stały się obiektem kilku nieudanych ataków torpedowych, zaś U-1 zatonął na minie. W kwietniu 1940 roku wszystkie pozostające w służbie jednostki zostały ponownie skierowane do prowadzenia działalności szkoleniowej, którą prowadziły do lata 1944 roku. U-5 oraz U-2 zatonęły w 1943 i 1944 roku w wypadkach morskich na Bałtyku.