V 15. století bylo v okolí postaveno na dvacet větrných mlýnů. V roce 1440 se město přidalo k dalším západopruským městům a vytvořili tzv. "Pruskou jednotu", která se postavila se proti Řádu německých rytířů. Nakonec spor přerostl doTřináctileté války (1454–1466). Město bylo obsazeno 1445 řádovým vojskem a následně v roce 1463 lehlo popelem po bojích s vojsky Jednoty. V roce 1510 se konalo v Heiligenbeilu zasedání nejvyšších představitelů řádů a církve, při němž byl zvolen poslední velmistr řádu Albrecht Braniborský. Požár z roku 1519 zničil téměř celé město. Následující rok obsadily Heiligenbeil polské jednotky a vyplenily místní augustiánský klášter. Ten již nikdy nebyl obnoven. Po sekularizaci Řádu v roce 1525 se město stalo součástí Pruského vévodství. Morová epidemie zasáhla město v roce 1629 a další požár, při kterém město opět zcela vyhořelo, v roce 1677. V roce 1736 dostalo město práva na konání trhů, a to třikrát do roka. Během Sedmileté války (1756–1763) okupovaly město ruské jednotky. Kostel se dočkal rekonstrukce 1788. Po požáru v roku 1807 došlo k velké přestavbě města. Město se stalo v roce 1819 centrem přilehlé okresu. V letech 1821-1824 byla postavena nová radnice. V roce 1853 byla do města postavena železnice spojující Berlín a Královec. Místní katoličtí věřící si postavili v roce 1891 svůj vlastní kostel. Rozvoj města pokračoval a dále přibyly ve městě pošta (1885), nemocnice (1887) a nová škola (1910). Roku 1910 měl Heiligenbeil téměř 5 tisíc obyvatel. První světová válka se městu, co se týče materiálních škod, vyhnula.