Nach der Zerschlagung der Tschechoslowakei durch das nationalsozialistische Deutschland im März 1939 gab er seine Stelle auf und ging zunächst nach Polen, um sich dort den Tschechoslowaken im Exil anzuschließen. 1940 kämpfte er als Angehöriger der Fremdenlegion in Frankreich gegen die deutschen Invasoren und trat nach der Evakuierung aus Dünkirchen den freien tschechoslowakischen Streitkräften bei, die Exilpräsident Edvard Beneš in Großbritannien organisierte. In Cholmondeley Castle, einem Trainingscamp der britischen Armee in Cheshire, wurde er zum Fallschirmspringer ausgebildet. Zusammen mit Jan Kubiš, den er bereits in Polen kennengelernt hatte, bewarb sich Gabčík beim britischen Special Operations Executive (SOE) darum, geheime Kommandoaufträge in dem von Deutschland besetzten Teil der Tschechoslowakei, dem so genannten Protektorat Böhmen und Mähren auszuführen.