コーコランは第69ニューヨーク民兵隊に兵卒として入隊した。1859年までにその連隊の大佐に指名された。この連隊は当時は軍人ではなく市民で構成される州の民兵隊であり、公的秩序の維持に関わっていた。1860年10月11日、コーコラン大佐はアイルランド飢饉にイギリスが無益な反応をしたことに対する抗議として、この時ニューヨーク市を訪問していた19歳のイギリス皇太子アルバート・エドワード（のちのエドワード7世）を迎えるパレードへの連隊の参加を拒否した。コーコランは連隊長を外され軍法会議にかけられるところだったが、南北戦争が始まったために中断された。