Ihren ersten internationalen Auftritt hatte Michaela Hrubá beim Europäischen Olympischen Jugendfestival 2013, bei dem sie auch die Silbermedaille gewann. 2014 nahm sie an den U20-Weltmeisterschaften in Eugene teil und gewann dort überraschend mit 1,91 m die Silbermedaille. Wenige Wochen später gewann sie die Bronzemedaille bei den Olympischen Jugendspielen in Nanjing. 2015 nahm sie an den Halleneuropameisterschaften in Prag teil und belegte dort im Finale Platz acht. Im Sommer gewann sie die Goldmedaille bei den U18-Weltmeisterschaften im kolumbianischen Cali.