Az érdeklődés ellenére Kubala a Barcelonában maradt 1963-ig. Ez idő alatt 19 alkalommal játszott a spanyol válogatottban. A Barcelona elhagyása után játékosmenedzser lett az Espanyolnál, az FC Zürichnél, majd a Toronto Falconsnál. 1968-ban vonult vissza. Edzőséget vállalt több spanyol klubnál, Szaúd-Arábiában, és a paraguayi válogatottnál. 11 éven keresztül irányította a spanyol labdarúgó-válogatottat, 68 mérkőzésen 31 győzelem, 21 döntetlen, 16 vereség és 98–59-es gólkülönbség a mérlege. Kijuttatta a spanyol válogatottat az 1978-as argentínai világbajnokságra és az 1980-as olaszországi Európa-bajnokságra. Az 1992-es barcelonai olimpián aranyérmet nyert