Участник Великой Отечественной войны. На фронте — с июня 1941 года. Встретил войну офицером-артиллеристом эскадренного миноносца «Гневный» Краснознамённого Балтийского флота. На боевых кораблях и в составе морской пехоты принимал участие в 1941 году обороне Таллина и полуострова Ханко (Гангут). Участвовал в битве за Ленинград. В одном из боёв получил ранение. После выздоровления лейтенант Логвиненко был назначен командиром батареи 134-го артиллерийского полка РГК (Ленинградский фронт). Участник прорыва и снятия блокады Ленинграда. В 1944 году при форсировании реки Великой (под Псковом) получил тяжелое пулевое ранение в грудь.