Pafos liittyi Joonian kapinan Persian valtaa vastaan vuosina 499–498 eaa., ja persialaiset valtasivat sen takaisin vuonna 498 eaa. Tämän jälkeen Pafos joutui osallistumaan laivoillaan Kserkseen hyökkäykseen Kreikkaan vuonna 480 eaa. Vuonna 332 eaa. Pafos oli liitossa Aleksanteri Suuren kanssa.