18 декабря 1960 года были установлены дипломатические отношения между Пакистаном и Сомали, вскоре после обретения независимости Сомалийской Республики. В 1969 году страны стали одними из учредителей Организации исламского сотрудничества (ОИК). В 1988 году в Сомали началась гражданская война, но отношения с Пакистаном оставались на высоком уровне, в том числе и по той причине, что пакистанские военные приняли участие в миротворческой миссии ООН. В 2010 году Пакистан предложил предоставить места в Совете Безопасности ООН для стран-членов ОИК и Лиги арабских государств, в которые входит в том числе и Сомали.