Museveni denunciou os rebeldes como fundamentalistas islâmicos, cujo único objetivo era desestabilizar a Região dos Grandes Lagos Africanos como "agentes do governo da Frente Islâmica Nacional [do Sudão]". O propósito autoproclamado do Exército Muçulmano de Libertação de Uganda era depor o governo de Museveni e cessar os supostos abusos contra aos muçulmanos em Buganda. O Exército Muçulmano de Libertação de Uganda alegou que o Exército de Resistência Nacional de Museveni havia cometido crimes de guerra e massacres contra os muçulmanos durante a Guerra Civil de Uganda, uma alegação que Museveni negou.