17世紀土耳其人統治期間，拆毀了部分的鉛製屋頂以製作彈藥。大土耳其战争（1683－1699）後，斯圖代尼察修道院遭受洗劫，遺失許多珍貴文物。19世紀初時修道院遭受嚴重破壞，部分建築損毀。