Након избора 1972. године које је провео ПАИГЦ на подручју под својом контролом, Вијеира је био постављен за председника Националне народне скупштине. Наредне године, у атентату је погинуо вођа ПАИГЦ-а, Амилкар Кабрал. Лево оријентисани официри извршили су 25. априла 1974. године државни удар и срушили режим који је до тада водио рат против ослободилачких покрета у колонијама. Гвинеја Бисао је добила независност 10. септембра 1974. године, а Луис Кабрал је постао први председник земље. Вијеира је 28. септембра 1978. године преузео функцију првог премијера државе.