Boilesen hrál za dánské reprezentační výběry od kategorie do 16 let. S reprezentací do 21 let se v roce 2011 zúčastnil Mistrovství Evropy hráčů do 21 let, které se konalo právě v Dánsku (to mělo jistou účast jako pořadatelská země). Dánům se postup do vyřazovací fáze nezdařil (i když o něj bojovali v závěrečném utkání základní skupiny), se třemi body skončili po prohrách se Švýcarskem (0:1) a Islandem (1:3) a výhře nad Běloruskem (2:1) na poslední čtvrté příčce základní skupiny A. Boilesen nastoupil ve všech třech zápasech.