En 1896, Stéphanos Dragoúmis ne parvint pas à prendre la succession de Trikoupis à la tête du parti qu'il quitta donc. Il fut élu député d'Attique-Béotie sous l'étiquette « indépendant » de 1899 à 1909. Il forma un groupe parlementaire d'indépendants très opposés à Georgios Theotokis (qui avait pris lui la succession de Trikoupis à la tête du parti). Le groupe était uni contre Theotokis, mais par pour les mêmes raisons. Certains trouvaient que sa réforme militaire l'empêchait de s'occuper des problèmes économiques et sociaux du pays. D'autres, comme Stéphanos Dragoúmis la trouvait insuffisante face aux dangers turc et bulgare. De plus, ses mesures militaires semblaient trop inspirées par le palais royal, surtout par le Diadoque (prince-héritier) Constantin discrédité par sa défaite lors de la guerre gréco-turque de 1897. Au tournant du siècle, sous le pseudonyme l'« Authentique Macédonien » (), il écrivit de très nombreuses lettres aux journaux pour alerter la Grèce et les Grecs de ce qui se passait alors en Macédoine.