En 1999, Florent Marcie publie une enquête dans le journal Le Monde à propos des exactions des talibans dans la plaine de Shamaly, de théâtre de la Guerre d'Afghanistan (1996-2001). Le journaliste révèle qu'« aux objectifs strictement militaires des talibans s'ajoute désormais une volonté de déplacement à grande échelle des populations, de massacres et de destructions systématiques ». À la suite des Attentats du 11 septembre 2001, Florent Marcie exhume ses "rushes" tournés en Afghanistan depuis 1998 et monte deux reportages pour l'émission Envoyé spécial sur France 2. Le premier, intitulé "Afghanistan, l'internationale islamiste" et diffusé le 13 septembre 2001, révèle les projets d'attentats en Occident des talibans prisonniers dans les geôles de l'armée du Commandant Ahmed Chah Massoud. Il est diffusé mondialement notamment aux États-Unis sur la chaîne NBC ainsi qu'au Japon sur la NHK. Le reportage est sélectionné dans le best-of réalisé pour les vingt-ans d'Envoyé Spécial en 2010. Le second reportage, intitulé "Talibans, la guerre ethnique" diffusé le 4 octobre, met en images son enquête sur le nettoyage ethnique dans la province de Shamaly.