En 2016, il figure parmi les trente premiers joueurs en contrat avec les "Jaguares", nouvelle franchise admise au Super rugby, désormais composé de . Lors de cette première saison, il inscrit un essai lors de la rencontre contre les Southern Kings, deuxième victoire des "Jaguares" dans la compétition. Il inscrit un deuxième essai lors de cette saison, lors de la défaite à Bueno Aires contre les Highlanders. La franchise argentine termine avec un bilan de quatre victoires en quinze rencontres. Juan Martín Hernández dispute neuf rencontres, toutes en tant que titulaire, ajoutant deux transformations et trois pénalités à ses deux essais. Avant le ', il joue lors de deux tests contre l'Italie puis contre la France, deux victoires. Les deux premières journée du ' opposent les "Pumas" aux "", victoire de ces derniers à Nelspruit et victoire des "Pumas" à Salta avec pénalité et un drop de Hernandez. Ce dernier joue une troisième rencontre de la compétition, une défaite en Nouvelle-Zélande. Lors des tests d'automne, il participe aux tests contre le pays de Galles, un essai lors de la défaite , contre l'Écosse, défaite et contre l' d'Angleterre, défaite où il transforme les deux essais argentin.