Para 1973, el general Bachelet se desempeñaba en la Dirección de Contabilidad de la Fuerza Aérea de Chile (FACh). Como se opuso al golpe de Estado del 11 de septiembre, liderado por el comandante en jefe del Ejército Augusto Pinochet —y apoyado, entre otros, por su amigo Gustavo Leigh—, fue detenido por primera vez el mismo 11 de septiembre de 1973 en su oficina del Ministerio de Defensa. Liberado esa misma noche, su casa fue allanada el 14 de septiembre y él fue arrestado nuevamente.