Образование молодого инфанта было прервано Пиренейскими войнами. Изгнание 14-летнего Франсиско спровоцировало Мадридское восстание в мае 1808 года, которое было жестоко подавлено французскими войсками. В течение следующих десяти лет он жил в изгнании вместе с родителями сначала в Марселе, а затем — в Риме.