Geferson pályafutását a brazil Internacional akadémiáján kezdte, majd 2015-ben lett az első számú csapat játékosa. Ebben az évben bekerült a brazil válogatott Copa América keretébe is. 2017-ben egy évig kölcsönben a Vitória labdarúgója volt. 2018 óta a bolgár élvonalbeli CSZKA Szofija labdarúgója.