Влада Јужног Судана врши извршну власт на територији Јужног Судана у складу са Уставом и постојећим законима. Сачињавају је председник Салва Кир Мајардит, потпредсденик Рик Мачар и министри. Влада је конституисана 2005. године на основу Свеобухватног мировног споразума, којим је окончан Други судански грађански рат. Већину министара чине чланови Народног покрета за ослобођење Судана. Седиште владе је у главном граду Џуби.