Le , les Phillies transfèrent McDonald aux Red Sox de Boston contre le lanceur des ligues mineures Nefi Ogando. Il joue ses 6 derniers matchs de la saison régulière avec les Sox, sa quatrième équipe en 2013. En 51 matchs, il a compté 8 coups sûrs dont un circuit pour une faible moyenne au bâton de, 111 et une moyenne de présence sur les buts de, 197. Il ne joue pas en séries éliminatoires mais savoure tout de même la conquête de la Série mondiale 2013 par les Red Sox.