Es más conocido por ser el autor del Programa de los 500 días, un plan para la transición de la Unión Soviética a una economía de libre mercado, y por ser líder del partido socioliberal Yábloko. Se postuló dos veces para la presidencia de Rusia: en 1996, terminando en cuarto lugar con el 7.3% de los votos; y en 2000, terminando tercero con un 5.8%. No se postuló en 2004 ni en 2008, después de que su partido no lograse superar el umbral del 5% en las elecciones legislativas de 2003. En las elecciones presidenciales de 2012, las autoridades rusas le impidieron presentarse como candidato a la presidencia, a pesar de haber recaudado 2 millones de firmas de ciudadanos rusos para su candidatura, como lo exigía la ley. Yavlinski fue el candidato de Yábloko en las elecciones presidenciales de 2018, en las cuales obtuvo el quinto lugar con un 1,05% de los votos.