W przewrocie majowym Włodzimierz Zagórski opowiedział się po stronie legalnego rządu Wincentego Witosa. 12 maja z rozkazu gen. T. Rozwadowskiego objął dowództwo grupy lotniczej w Warszawie, w miejsce płk. Ludomiła Rayskiego z zadaniem rozproszenia zdążających na Warszawę sił podporządkowanych Piłsudskiemu. Jako dowódca lotnictwa, bardzo szybko opanował sytuację na warszawskim lotnisku wojskowym. W dodatku dokonał zarekwirowania kilku samolotów cywilnych i wykonując rozkazy zwierzchników kierował lekkimi, wręcz symbolicznymi bombardowaniami wojsk Piłsudskiego.