Am 4. April 1940 wurde Rowell der vorübergehende Dienstgrad als Brigadegeneral verliehen und war als solcher vom 4. April 1940 bis zum 31. August 1941 Brigadegeneral im Generalstab des I. Australischen Korps, das in der Folgezeit im Mittleren Osten, in Griechenland sowie in Nordafrika eingesetzt war. Er nahm unter anderem an der Schlacht um Griechenland, am Syrisch-Libanesischen Feldzug (8. Juni bis 14. Juli 1941) teil. Nach dem ihm am 1. September 1941 der vorübergehende Dienstgrad eines Generalmajors verliehen worden war, fungierte er zwischen dem 1. September 1941 und dem 5. April 1942 als Stellvertretender Chef des Generalstabes des Heeres. Am 6. April 1942 wurde ihm der vorübergehende Dienstgrad eines Generalleutnants verliehen, woraufhin er vom 6. April bis zum 30. September 1942 Kommandierender General "(General Officer Commanding)" des I. Australischen Korps war und zeitweilig an der Schlacht um den Kokoda Track (21. Juli bis 16. November 1942) teilnahm. Dort erfolgte am 1. September 1942 seine Beförderung zum Generalmajor. Er war vom 28. Januar bis zum 27. Dezember 1943 Kommandeur des australischen Truppenkontingents im Mittleren Osten sowie in Personalunion australischer Verbindungsoffizier zum britischen Heereskommando im Mittleren Osten "(Middle East Command)" und im Anschluss zwischen dem 31. Dezember 1944 und dem 7. Januar 1946 Leiter der Abteilung Taktische Aufklärung im britischen Kriegsministerium "(War Office)".