W 2003 roku Lee Jong-wook został dyrektorem generalnym WHO, za jego kadencji organizacja prowadziła działanie w reakcji na epidemię ptasiej grypy, skutki zdrowotne tsunami w 2004 roku czy trzęsienia ziemi w Pakistanie w 2005. WHO pod jego przewodnictwem ratyfikowała również Konwencję dla ograniczenia zdrowotnych następstw palenia tytoniu. Wznowiono również program 3 by 5 initiative zajmujący się zwalczaniem AIDS, zwiększono jego finansowanie, a także nakłaniano koncerny farmaceutyczne do obniżenia cen leków.