Mit dem Waffenstillstand am 11. November 1918 und dem Ende des Ersten Weltkriegs änderte sich die Situation für die Schifffahrtsabteilung grundlegend. Sie wurde dem „Reichsamt für wirtschaftliche Demobilmachung“ zugeordnet und bekam ganz andere Aufgaben: Überführung des Binnen- und Küstenschifffahrtswesens vom Kriegs- zum Friedenszustand, Sicherstellung der Rohstoffversorgung der Industrie, Rückführung deutscher Truppen aus dem Osten ins Reich und Heimbringung der alliierten und deutschen Kriegsgefangenen. Auch die Lebensmittelversorgung der Städte entlang Rhein und Ruhr gehörte zu ihren Aufgaben. Per Kabinettsbeschluss vom 26. September 1919 wurde die Schifffahrtsabteilung mit Wirkung zum 1. Oktober dem Reichsverkehrsministerium als eine selbstständige Abteilung unterstellt. Am 1. April 1921 wurde die Schifffahrtsabteilung aufgelöst.