Hösten 1789 la han fram en plan för arméns flottas nästa krigståg och fick själv leda planens utförande. Det var väsentligen Anckarsvärds förtjänst att den flotta, som 1790 segrade vid Svensksund, kunde löpa ut i rätt tid och gott skick. Efter krigets slut utnämndes Anckarsvärd till landshövding i Kalmar län, där han i tjugo år (1790–1810) kom att leda länsstyrelsen.