Nach dem 28. August 1933 zog Johanna Geissmar in den Schwarzwald nach Bärental, ab 1935 lebte sie in Saig, dort schließlich mit ihrem Bruder Friedrich Geissmar, der ebenfalls Arzt war. Nach dem Novemberpogrom 1938 wurde Johanna Geissmar tätlich angegriffen. Sie fand Zuflucht bei ihrer Freundin Erika Schwoerer, deren Familie nicht für den Nationalsozialismus war. Als die Lage immer bedrohlicher wurde, wandte sich ihre Freundin an den evangelischen Pfarrer Martin Huß, der ein Mitglied der Bekennenden Kirche war. Doch war ein Schutz nicht möglich, Johannas Bruder Friedrich nahm sich im Herbst 1940 das Leben. Johanna Geissmar wurde von der Gestapo im Rahmen der Wagner-Bürckel-Aktion am 23. Oktober 1940 zu einer der drei Sammelstellen gebracht und in das Lager von Gurs in Südfrankreich deportiert, wo sie als Ärztin im Rahmen ihrer Möglichkeiten im Frauenlager half. Im August 1942 wurde sie ins KZ Auschwitz-Birkenau transportiert. Obwohl ihr Name nicht auf der Liste stand, meldete sie sich freiwillig für den Transport, einerseits wollte sie ihre Patienten weiterhin medizinisch betreuen, andererseits hoffte sie ihren Bruder Jakob und dessen Frau, die aus München deportiert wurden, in Auschwitz zu finden. Als Todestag wird ihr Ankunftstag in Auschwitz-Birkenau festgehalten: der 14. August 1942.