Pérez belegte mit der uruguayischen U-20-Nationalmannschaft bei der U-20-Südamerikameisterschaft 1999 in Argentinien den zweiten Rang und wurde Vize-Südamerikameister. Im Verlaufe des Turniers wurde er von Trainer Víctor Púa sechsmal (kein Tor) eingesetzt. Zudem nahm er mit Uruguay an der U-20-Fußball-Weltmeisterschaft 1999 in Nigeria teil, bei der die Celeste den 4. Platz belegte. Zu seinen dortigen Mitspielern zählten unter anderem Diego Forlán und Ernesto Chevantón.