1868年に日西修好通商航海条約が結ばれ、日本とスペインの国交が樹立される。1895年に「国境確定ニ関スル日西両国宣言」が東京で調印された。この宣言は両国の所領権を明確にするため、台湾（日本領）とフィリピン（スペイン領）の間のバシー海峡を両国の境界線と定めた。1899年に米比戦争が起こると、日本の明治政府は戦争遂行のための武器弾薬を運搬する布引丸の購入を支援するなどフィリピン独立革命の支援を行っており、1913年フィリピン第一共和国が崩壊すると、アルテミオ・リカルテ将軍らの政治亡命を受け入れたりしていた。