Sólo tres meses más tarde, junto al teniente general Jorge Rafael Videla por el Ejército y el almirante Emilio Eduardo Massera por la Armada dieron el golpe. Opacado por sus compañeros en la Junta, fue el menos implicado en las acciones de gobierno, y en especial en la represión ilegal. El 25 de enero de 1979, Agosti pasó a retiro. En su lugar nombró al brigadier mayor Omar Domingo Rubens Graffigna, quien fue ascendido inmediatamente a brigadier general y lo reemplazó al frente de la Fuerza Aérea.