Народився 12 січня 1916 році в сім'ї фермера-африканера в Оранжевій провінції (зараз провінція Вільна держава). Його батько, Пітер Віллем Бота-старший, воював в загоні командос проти англійців у Другій бурській війні. Його мати, Хендріна Христина Бота (уроджена де Вет), була інтернована в британському концентраційному таборі під час війни. 1934—1939 навчався в університетському коледжі в Блумфонтейн. У 1943 році Бота одружився з Анною Елізабет Россоу (Еліз). Пара мала двох синів і трьох дочок. У 1946 році вступив до Національної партії. У 1948 році вперше став депутатом парламенту країни. У 1961—1966 роках — міністр з питань «кольорового» населення. 1966—1980 роках — міністр оборони ПАР. З 1978 року — прем'єр-міністр ПАР і лідер НП. У 1984—1989 роках — президент ПАР. Як прем'єр-міністр, а пізніше і державний президент, його найбільшими парламентськими опонентами були Гаррі Шварц і Гелен Сузман з прогресивної федеральної партії до 1987 року, коли його колишній колега по кабінеті Андріс Трерніхт став офіційною опозицією у строго антиконцесійній програмі.