Po tzv. Květnovému převratu Józefa Piłsudského v květnu 1926, který zapříčinil odchod tehdejšího prezidenta Stanisłava Wojciechowského, byl Mościcki navržen maršálem Piłsudskim (sám Piłsudski nabídku na post prezidenta odmítl) do funkce prezidenta. Tím byl také 1. června 1926 sejmem zvolen. Do roku 1935 zůstal Mościcki v politickém stínu maršála Piłsudského, bez toho, že by měl výrazný politický vliv.