במלחמת ששת הימים היה גורדון מפקד כוח בקרב אום-כתף. משנת 1968 שימש כסגן מפקד חטיבה 11 (חטיבת חי"ר), ולאחר מכן הועלה לדרגת אל"ם ועבר לפקד על החטיבה. תחת פיקודו הוסבה החטיבה לחטיבה ממוכנת.