С 2000 по 2003 год — Первый заместитель руководителя 2 Департамента ФСБ (Защиты конституционного строя и борьбы с терроризмом), Начальник управления по борьбе с терроризмом и политическим экстремизмом. В 2000 году после передачи ФСБ руководства контртеррористической операцией на Кавказе- первый заместитель Германа Угрюмова. В эти годы большую часть службы находился в Ханкале в Оперативном Штабе по проведению контртеррористической операции на Северном Кавказе. По линии ФСБ руководил оперативной работой по поиску и ликвидации ряда крупных полевых