Als der Jugoslawische Putsch vom März 1941 den Balkanfeldzug nach sich zog und Makedonien von der Wehrmacht besetzt wurde, ordnete Adolf Hitler die Überlassung der Verwaltung großer Teile Makedoniens an Bulgarien. Die bulgarische Administration während des Zweiten Weltkrieges stütze auf die vorhandenen Strukturen der IMRO und zurückkehrende Emigranten. 1943 erkannten die kommunistischen Partisanen Jugoslawiens (ohne Vertreter aus Mazedonien) die Existenz einer eigenständigen mazedonischen Nation an und planten die Errichtung einer „Republik Makedonien“ in einem zukünftigen föderalen Jugoslawien. Am 2. August 1944 fand die erste Sitzung der mazedonischen Kommunisten (ASNOM) im serbischen Kloster des "Heiligen Prochor Pčinjski" statt. Am selben Tag erfolgte die Gründung der jugoslawischen sozialistischen Teilrepublik Mazedonien. In der realsozialistischen Ära wurde die weitere Nationsbildung der Mazedonier und damit die stärkere Abgrenzung von Serben und vor allem Bulgaren auf sprachlicher, kultureller und politischer Ebene massiv gefördert. Personen und Entwicklungen, die zuvor als bulgarisch gegolten hatten, wurden als Teil der mazedonischen Geschichte umgedeutet.