О раннем периоде жизни Секста почти ничего не известно. Луций Анней Флор, рассказывая о войне с пиратами в 67 году до н. э., пишет, что «сыновья Помпея» командовали эскадрой в Адриатическом море, но это явная ошибка: по-видимому, речь идёт об Авле Помпее и Сексте Помпее, племянниках Квинта Помпея Руфа. В 63 году до н. э., когда Гней Помпей-старший воевал на Востоке, участники заговора Катилины планировали похитить Гнея-младшего и Секста, чтобы использовать их как заложников для заключения соглашения с их отцом. Этот план не был осуществлён: катилинариев разоблачили и казнили. Гней-старший вернулся в Рим в 62 году до н. э. Он сразу развёлся с Муцией Терцией, заподозренной в супружеской неверности. Та вскоре вышла замуж за Марка Эмилия Скавра (брата второй жены Помпея) и родила ему сына, ставшего ещё одним (единоутробным) братом Секста. Гней-старший женился на дочери Гая Юлия Цезаря, а после её смерти в 54 году до н. э. — на Корнелии Метелле, дочери Квинта Цецилия Метелла Сципиона Назики.