В июле 1941 года был назначен на должность командира 409-й стрелковой дивизии, а в ноябре 1942 года — на должность командира 197-й стрелковой дивизии, которая оборонялась на левом берегу Дона. В декабре 1942 года дивизия в ходе контрнаступления под Сталинградом прорвала сильно укреплённую оборону противника и, развивая наступление, освободила до 170 населённых пунктов. За отвагу, проявленную в боях с противником, дивизия была преобразована во 59-ю гвардейскую. С продолжением преследования противника дивизия в январе 1943 года форсировала Северский Донец и овладела плацдармом на её правом берегу, за что командир дивизии Михаил Иванович Запорожченко был награждён орденом Суворова 2 степени.