Георгиос Маргаритис родился в 1814 году в Смирне, нынешний Измир. Отец его, Филлипос Маргаритис, был членом тайного греческого революционного общества Филики Этерия. В семье было ещё 5 детей, из которых Филиппос впоследствии также стал известным художником и первым фотографом Греции. С началом Греческой революции 1821 года семья бежала от резни греков учинённой турками в Смирне и нашла убежище на острове Псара. В дальнейшем семья переселилась в Рим.