یکی از اولین ملی‌گرایان پشتون رهبر انقلابی قرن شانزدهم بایزید پیر روشن از وزیرستان است. یکی دیگر از ملی گرایان پشتون اولیه «شاعر جنگجو» قرن ۱۷ هجری خان خطاک بود که به دلیل تلاش برای تحریک پشتون‌ها برای شورش علیه حکومت گورکانی، توسط اورنگ‌زیب امپراتور مغول زندانی شد. با این وجود، پشتون‌ها علی‌رغم اشتراک یک زبان مشترک و اعتقاد به یک نژاد مشترک، پس از قرنها تحت سلطه بیگانگان، برای اولین بار در قرن هجدهم به وحدت دست یافتند. بخشهای شرقی پشتونستان تحت سلطه امپراتوری مغول قرار داشت، در حالی که قسمتهای غربی تحت سلطه صفویان فارس به عنوان شرقی‌ترین استانهای آنها اداره می‌شد. در اوایل قرن هجدهم، قبایل پشتون به رهبری میرویس هوتک با موفقیت علیه صفویان در شهر قندهار قیام کردند. وی در زنجیره ای از رویدادها، لوی قندهار و سایر قسمت‌های جنوب افغانستان فعلی را مستقل اعلام کرد. تا سال ۱۷۳۸ امپراتوری مغول به طرز فجیعی شکست خورده و پایتخت آنها توسط نیروهای یک حاکم جدید ایران از بین رفته و غارت شد. نبوغ نظامی و فرمانده نادرشاه افشار. نادر علاوه بر نیروهای فارس، ترکمن و قفقازی، احمد شاه درانی جوان و ۴۰۰۰ نیروی پشتون آموزش دیده را نیز همراهی می‌کرد.