Nach der Entlassung in die Unabhängigkeit kam es bereits Ende 2002 erstmals zu Unruhen in Dili. Schließlich kam es 2006 nach der Fahnenflucht eines Großteils der Soldaten des Landes zu massiven Unruhen. 155.000 Menschen mussten aus ihren Häusern fliehen, mindestens 37 Menschen sterben. Erneut muss eine internationale Eingreiftruppe (ISF) unter australischer Führung entsandt werden. Für Ruhe und Ordnung sorgen auch internationale Polizisten einer neuen UN-Mission, die UNMIT. Premierminister Alkatiri von der FRETILIN muss zurücktreten. Ihm folgt der parteilose, bisherige Außenminister Ramos-Horta.