Unter dem Einfluss des Generals gab Seemann seine Tätigkeit als Pädagoge auf und trat in den Militärdienst ein. Er wurde in Bartenstein Regimentsquartiermeister des neu gebildeten Infanterie-Regiments v. Courbiere. Von dort wurde er nach Goldap versetzt. Hier heiratete er 1801 eine Dorothea Wilhelmina Caroline v. Gufer. Nach Ausbruch des Dritten Koalitionskriegs ging das Regiment 1806 nach Königsberg, dann nach Danzig, wo es der französischen Belagerung standhielt, und nach Beendigung des Krieges nach Graudenz. Dort nahm er seinen Abschied und kehrte zu seiner Familie nach Goldap zurück.