באותה תקופה התגייס ולנשטיין לצבא רודולף השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה בהונגריה, שם, תחת פיקודו של ג'ורג'ו בסטה, ולחם במשך שנתיים (1604–1606) נגד העות'מאנים והמורדים ההונגרים במהלך המלחמה הארוכה (1593–1606).