منتظری که از مدافعان حکومت دینی و از مهم‌ترین شارحان نظریهٔ ولایت فقیه بود در عین حال از جدی‌ترین منتقدان حکومت ایران به‌شمار می‌رفت. مهم‌ترین اعتراضات او شامل وضعیت زندانیان، رابطهٔ پنهانی با آمریکا، ادامهٔ جنگ با عراق پس از آزادی خرمشهر، استقراض خارجی، رعایت حقوق بشر و دخالت حکومت در حوزه‌های علمیه می‌شد.