В 1998 году Н’Готти перешёл в итальянский клуб «Милан». 24 июля он дебютировал в составе клуба в товарищеской игре с «Беллинцоной» (2:1). 8 сентября впервые провёл официальную игру за клуб: в рамках Кубка Италии «россонери» проиграли «Торино» со счётом 0:2. А 12 сентября Н’Готти дебютировал в Серии А во встрече с «Болоньей» (3:0). В клубе сложилась очень серьёзная конкуренция в обороне, где помимо француза играл Алессандро Костакурта, Роберто Айяла, Паоло Мальдини, Андре Крус и Луиджи Сала. Несмотря на борьбу за место в основе, Брюно провёл в первом сезоне 29 матчей и забил 1 гол, а также 15 марта 1999 года забил мяч в свои ворота в дерби с «Интером». При этом, «россонери» отказались продавать защитника в «Ньюкасл», предлагавшего за него 5 млн фунтов стерлингов. По итогам сезона «Милан» стал чемпионом страны. Тогда же он в последний раз был вызван в стан национальной команды: 12 февраля игрок провёл матч за вторую сборную против второй сборной Бельгии (2:1). В следующем сезоне игрок потерял место в стартовом составе команды. 23 января он провёл последний матч за «Милан» во встрече с «Лечче» (2:2). После этого Брюно был арендован клубом «Венеция», за который он дебютировал 30 января в матче с «Торино» (2:2), а в следующей игре, 2 февраля с «Ромой», француз забил мяч в свои ворота. Всего за «Венецию» Н’Готти сыграл 16 матчей; последний — 14 мая против «Фиорентины» (0:3).