El Sea Harrier volvió a ver la acción en la guerra cuando se desplegó en el conflicto de 1992-1995 en Bosnia, parte de las Guerras Yugoslavas. Lanzó ataques a las fuerzas serbias y brindó apoyo aéreo a las unidades internacionales de fuerzas de trabajo que realizan Operaciones de Negar el Vuelo y la Fuerza Deliberada contra el Ejército de la República Srpska. El 16 de abril de 1994, un Harrier de la 801 escuadrilla de aire naval, operando desde el portaaviones HMS Ark Royal , fue derribado por un Igla-1 misil tierra-aire disparados por la Ejército de la República Srpska mientras intentaba bombardear dos tanques serbios de Bosnia. El piloto, el teniente Nick Richardson, fue expulsado y aterrizó en un territorio controlado por amigos musulmanes bosnios.