Il est un des fondateurs du Hezbollah en 1982, il est le cousin et le beau-frère d'Imad Moughniyah. En 1983, lors de la guerre du Liban, il est soupçonné d'être impliqué dans les attentats de Beyrouth qui causent la mort de 299 militaires américains et français. En décembre suivant, il est à nouveau impliqué dans des attentats au Koweït, notamment contre les ambassades de France et des États-Unis. Arrêté en 1984, il est condamné à mort. Pendant sa détention, le Hezbollah réclame à plusieurs reprises sa libération en échange de celles de plusieurs otages. Moustapha Badreddine est finalement libéré lors de l'invasion du Koweït par les troupes irakiennes de Saddam Hussein en 1990, puis il trouve refuge à l'ambassade de l'Iran et peut ensuite regagner le Liban.