W czasie prezydentury Kagame doszło do szczególnego pogorszenia stosunków rwandyjsko-francuskich. W marcu 2004 roku Kagame publicznie skrytykował Francję za brak zaangażowania w przeciwdziałanie ludobójstwu w Rwandzie, co wywołało pierwszy poważny kryzys dyplomatyczny. W listopadzie 2006 roku Rwanda zerwała stosunki dyplomatyczne z Francją i nakazała opuszczenie kraju w ciągu 24 godzin przez dyplomatów francuskich po tym, jak francuski sąd oskarżył 9 wysokich rangą urzędników rwandyjskich o dokonanie zamachu na samolot prezydenta Habyarimany w kwietniu 1994 roku z rozkazu Kagame.