Словенија се квалификовала и за светско првенство 2002. у Јужној Кореји и Јапану. Заховић се на овом првенству сукобио са тренером словеначке репрезентације Сречком Катанецом, па је послат кући одмах после прве одигране утакмице (против Шпаније). После тог првенства Катанец је поднео оставку и Заховић је био враћен у репрезентацију.