W 2004 r. znalazł się w kadrze na Puchar Azji 2004. W ćwierćfinale zagrał z Jordanią, było 1-1 i doszło do rzutów karnych. W konkursie karnych "Tsune" zaprezentował swoje umiejętności przywódcze. Miejsce wykonywania jedenastek było rozkopane przez co jego dwóch kolegów z reprezentacji poślizgnęło się i nie strzeliło bramek. Kapitanowi udało się przekonać sędziego do zmiany miejsca wykonywania na drugą bramkę, ale wcześniejsze pudła nie zostały powtórzone. On sam wykorzystał jedenastkę i udało się awansować dalej. Japonia wygrała ten turniej, mierząc się w finale z gospodarzami, czyli Chinami (3-1). Miyamoto został wybrany do najlepszej jedenastki tej imprezy.