Масарик был озабочен политикой коммунистов, установивших тесные связи с СССР и отказавшихся от участия Чехословакии в осуществлении плана Маршалла. В феврале 1948 года большинство некоммунистических членов кабинета министров подали в отставку, рассчитывая на роспуск правительства и новые выборы, но вместо этого коммунистами было сформировано новое, прокоммунистическое, правительство. Случившееся вошло в историю как Февральские события в Чехословакии. Масарик, в свою очередь, не принял участия в выступлениях и остался министром иностранных дел. Он был единственным беспартийным министром в кабинете Готвальда.