The Guerra del Biafra ( luglio 1967 - gennaio 1970) è stato innescato dalla secessione di una regione nella Nigeria sud-orientale, popolata dall'etnia Igbo, prevalentemente cristiana, in risposta a disordini e pogrom anti-Igbo nel nord del paese, prevalentemente musulmano. Nonostante l'avvento al potere del generale cristiano Yakubu Gowon, governatore militare della provincia orientale, che è ricca di minerali e petrolio, il colonnello Ojukwu proclamò l'indipendenza della Repubblica di Biafra e invase le province vicine. Durante il conflitto furono compiuti molti sforzi per il mantenimento della pace, compresi l'OUA e l'Organizzazione del Commonwealth, ma tutti fallirono. Durante tutta la durata della guerra, i quaccheri furono accettati come i soli privi di ulteriori motivi politici o religiosi (la maggior parte delle chiese cristiane erano sospettate di simpatia per il Biafra dalla direzione federale della Nigeria). Se le pericolose navette effettuate dai Quaccheri durante il conflitto non hanno permesso di farlo finire, hanno però permesso di mantenere la comunicazione aperta tra i belligeranti, per evitare alcuni massacri (in particolare i bombardamenti di ospedali o scuole da parte dell'aviazione Nigeriana) e creare abbastanza comprensione reciproca per evitare uno spargimento di sangue alla fine del conflitto. Infatti, nonostante la tragica carestia che segnò la fine del conflitto, non vi furono massicce rappresaglie o massacri contro gli Igbo dopo la capitolazione del Biafra, né alcuna manifestazione di vittoria trionfale. Il capo dello Stato federale, il generale Gowon, chiese tre giorni di lutto e preghiera e di praticare la politica delle 3 R: ricostruzione, reintegrazione, riconciliazione. I combattenti del Biafra si unirono immediatamente all'esercito regolare e non si tenne alcun processo. Il leader biafrano, il colonnello Ojukwu, poté addirittura tornare in Nigeria nel 1982, dopo dodici anni di esilio e riprendere lì l'attività politica.