После окончания войны Мюнх был арестован в американском лагере для интернированных, так как не смог скрыть, что был врачом в Освенциме. В качестве пленника был доставлен в 1946 году в Польшу, чтобы предстать перед судом в Кракове. На Первом освенцимском процессе был оправдан и после суда вернулся в Германию, работал как практикующий врач в Росхауптене, Бавария. В 1964 году он был приглашен на Второй освенцимский процесс, проходивший во Франкфурте-на-Майне, в качестве эксперта.