Al estallar la Guerra Civil, se interrumpieron las clases cuando todos los estudiantes y profesores se alistaron en el ejército Confederado. Su compañía, la compañía A, 11ª de la infantería de Misisipi, fue conocida como “University Grays”, y sufrió de un alto número de bajas durante el conflicto. Un gran número de esas bajas ocurrió durante la carga de Pickett en la Batalla de Gettysburg, el 3 de julio de 1863, cuando la compañía se internó en el territorio de la Unión. Algunos de los soldados llegaron a cruzar las defensas de la Unión, sólo para ser asesinados, heridos o capturados. Al día siguiente las fuerzas Confederadas se rendían en Vicksburg, Misisipi. Las dos batallas son consideradas como el punto de inflexión de la guerra. Cuando la universidad reabrió, tan sólo un miembro de la compañía de los University Grays pudo visitar el centro para dirigirse a los estudiantes. Durante la posguerra, la universidad fue dirigida por el exgeneral confederado A.P. Stewart, nativo de Rogersville, Tennessee, que fue rector en el período 1874-1886.