L'aviazione militare del Burkina Faso viene fondata nel 1964 come Force Aérienne de Haute-Volta dal nome precedentemente assunto dalla nazione dopo l'indipendenza dalla Francia, Alto Volta. Nella sua recente storia ha dovuto impegnarsi in una serie di eventi bellici sfociati, nel 1985, nella Guerra della striscia di Agacher. sulla disputa di un territorio al confine con il Mali.