После окончания контракта он был некоторое время тренером юниоров ПСВ, но его просьба о назначении на пост менеджера академии была отклонена. Он решил не продлеватьдвухлетний контракт, хотя ассистент ПСВ Филлип Коку и руководство клуба готовы были предоставить ему должность директора академии Затем Фабер вместе с Коку прошли экзаменацию и получили полноценную лицензию на тренера. В конце сезона Эрнест получил предложение от «МВВ Маастрихт», но он его отклонил, так как клуб имел проблемы с финансами. В 2010 году он принял предложение от «Эйндховена» стать главным тренером, но в следующем сезоне он вдобавок вошел также в штаб Берта ван Марвейка в качестве ассистента в сборной Нидерландов по футболу. Разрываясь между двумя должностями, Фабер все-таки смог занять третье место Эрстедивизи, но проиграл плей-офф.. В 2012 году Фабер работал со сборной Голландии на Чемпионате Европы-2012, но после провала на групповом этапе решил уйти вслед за главным тренером, сосредоточившись на новой работе: после окончания контракта с «Эйндховеном» Фабер вновь вернулся в «ПСВ» — в качестве ассистента. Был подписан 3-летний контракт.