Alex débute en Formule 1 fin 1991 chez Jordan, en remplacement de Roberto Moreno. Sans volant de titulaire en 1992, il est appelé par l'écurie Minardi à la mi-saison en remplacement de Christian Fittipaldi, blessé. En fin d'année, il effectue des essais privés pour le compte de l'écurie Benetton, mais signe finalement chez Lotus pour la saison 1993. Au sein d'une équipe incapable de jouer les premiers rôles, Zanardi marque au Brésil ce qui sera le premier et unique point de sa carrière en Formule 1. Victime d'un grave accident sur le circuit de Spa-Francorchamps, il doit même mettre un terme prématuré à sa saison. Ironie du sort, c'est l'accident de son remplaçant Pedro Lamy qui lui permet de récupérer son volant chez Lotus au printemps 1994. Mais à la fin d'année, alors que l'écurie Lotus doit fermer ses portes, et sans autre proposition en F1, Alex se doit de donner une nouvelle orientation à sa carrière.