Dopo che il 27 dicembre 1949 gli olandesi riconobbero l'indipendenza dell'Indonesia, a seguito di diverse conferenze tenutesi a L'Aia, Soegijapranata tornò a Semarang. Il periodo post-rivoluzione fu segnato da una crescita notevole delle iscrizioni al seminario nazionale; il centesimo sacerdote indonesiano nativo fu ordinato nel 1956. Il governo, tuttavia, emanò diverse leggi che limitavano la capacità di espansione della Chiesa. Nel 1953 il Ministero per la religione decretò che a nessun nuovo missionario straniero sarebbe stato permesso l'ingresso nel paese e una legge successiva proibì l'insegnamento a quelli già presenti in Indonesia. In risposta, Soegijapranata incoraggiò i chierici che ne avevano i requisiti a richiedere la cittadinanza indonesiana, aggirando le nuove leggi.