ประเทศอินโดนีเซีย ได้เข้าร่วมการแข่งขันซีเกมส์ในกีฬาซีเกมส์ครบทุกครั้ง แต่ไม่ได้เข้าร่วมในกีฬาแหลมทอง โดยอินโดนีเซียเป็นเจ้าภาพกีฬาซีเกมส์ครั้งแรกในซีเกมส์ 1979(ปี 2522) และเป็นเจ้าเหรียญทองซีเกมส์มากที่สุดในกีฬาซีเกมส์ (9 ครั้ง) โดยอินโดนีเซียคว้าเหรียญทองมากที่สุดในประวัติศาสตร์ซีเกมส์ ในการแข่งขันซีเกมส์ 1997 โดยคว้าเหรียญทองมากกว่า 194 เหรียญทอง