Andra hälften av 1800-talet såg den första större konflikten mellan albaner och serber då de muslimska albanerna tog ställning för den osmanska regimen i kriget 1876–1877. Vid fredslutet var Serbien tvunget att återlämna Kosovo till osmanerna som sedan påbörjade en utrensning av de ortodoxa serberna från det nyskapade vilâyetet Kosovo. Många uppgifter talar om att totalt mellan 200 000 och 400 000 serber blev tvångsdeporterade från vilâyetet Kosovo i samband med förföljelser från den muslimska befolkningen. I sin tur var cirka 30 000 albaner tvungna att fly från de områden som Serbien behöll vid krigsslutet. Den etniska rensningen av serber i Kosovo nådde sin höjdpunkt i samband med kriget mellan Grekland och Osmanska riket 1897.