We wrześniu 1939 mianowany podporucznikiem, walczył w kampanii wrześniowej jako żołnierz 33 dywizjonu pancernego. 20 września 1939 wzięty do niewoli niemieckiej po bitwie pod Tomaszowem Lubelskim, zbiegł i wrócił do Wilna. Od października w konspiracji – Wileńskim Okręgu SZP, ZWZ i AK. Podczas okupacji ukończył konspiracyjnie dwa semestry wydziału medycznego USB.