Во время Французской революции большинство жителей Сен-Себастьяна враждебно отнеслись к Республике и новому режиму, поддержав Вандейский мятеж в 1793 году. 11-12 марта 1793 года в городе началось восстание, и Сен-Себастьян перешел под контроль повстанцев. После провала наступления вандейцев на Нант в июле 1793 года республиканские войска в ноябре восстановили контроль над Сен-Себастьяном. Коммуна пережила нашествие «адских колонн», но после разрыва временного перемирия между республиканцами и вождями повстанцев в 1795 году началось новое восстание. Окончательный мир пришел в Сен-Себастьян только после окончательного подавления восстания и казни его лидера Шаретта в 1796 году.