Trencavel tolerierte wie nahezu alle Fürsten des Languedoc die christliche Sekte der Katharer und andere Religionen in seinem Herrschaftsbereich. Die römisch-katholische Kirche hatte diese Sekte als häretisch eingestuft und versuchte deren Einfluss zurückzudrängen. Trencavel wie auch sein Onkel, Graf Raimund VI. von Toulouse, verweigerten dem päpstlichen Legaten Pierre de Castelnau ihre Unterstützung zur Bekämpfung der Katharer, wofür sie exkommuniziert wurden. Die Ermordung des Legaten im Jahre 1208 nahm Papst Innozenz III. zum Anlass, den Kreuzzug gegen die Albigenser (anderer Begriff für Katharer) auszurufen.