2016年8月2日，萨内加盟英超俱乐部曼彻斯特城，并签订一份为期五年的合同，至2021年6月30日届满。尽管两家俱乐部都未公布转会费，德国媒体仍估计约为5000万欧元（约合3700万英镑），与绩效相关的附加费则可能使这笔金额达到4650万英镑，从而成为有史以来最昂贵的德国球员交易。9月10日，在以2比1战胜曼联的曼徹斯特德比中，萨内完成英超首秀。他的首个英超入球则是在12月8日主场以2比1击败阿森纳的比赛中取得。在效力曼城的首个赛季，萨内在主教练瓜迪奥拉的指导下共参加了26场联赛并射入5球。然而至赛季末，萨内透露他相信自己在曼城处子赛季受到了自身无法通过鼻子呼吸的限制。他表示自己在比赛中特别痛苦，不断的鼻塞阻碍了他的表现并给他带来极大的挫败感。他选择在赛季休假期间进行矫正手术。尽管这使他错过了当年的联合会杯，但慢性鼻充血使得他越来越难以忍受，他希望在来季感到健康和快乐。