В то же время очередная атеистическая кампания привела к закрытию ряда храмов, которые возобновили свою деятельность во время войны, сносу некоторых культовых сооружений, осквернению исторических захоронений (разгромлено Лукьяновское еврейское и караимское кладбище площадью свыше 25 га.). Халатное отношение к технологическим требованиям привело к масштабной Куренёвской трагедии, которая длительное время замалчивалась властью. При невыясненных до конца обстоятельствах 24 мая 1964 года были уничтожены пожаром уникальные материалы из фондов Государственной публичной библиотеки АН УССР.