Quwatli foi reeleito em 1948, mas foi derrubado por um golpe militar em 1949. Passou então para o exílio no Egipto, só regressando à Síria em 1955 para participar nas eleições presidenciais, as quais ganhou. Com presidência conservadora em simultâneo com um governo de tendência esquerdista, Quwatli adoptou oficialmente uma posição neutra durante a Guerra Fria. Após o seu pedido de ajuda aos Estados Unidos ter sido recusado, aproximou-se do Bloco do Leste. Quwatli também iniciou conversações com o Egipto e a Arábia Saudita com vista ao estabelecimento de um acordo de defesa, para fazer frente ao Pacto de Bagdad. Em 1957, Quwatli, o qual os Estados Unidos e os países do Pacto tentaram derrubar, tentou conter a maré esquerdista na Síria, mas sem sucesso. Por esta altura, a sua autoridade política estava em baixa pois os militares passaram por cima da jurisdição de Quwatli ao, de forma independente, entrarem em diálogo directo com o antigo aliado de Quwatli, o presidente egípcio Gamal Abdel Nasser.