Lors de la conférence E3 2010, il dévoile la Nintendo 3DS. Cependant, les ventes de cette nouvelle console sont dans un premier temps moroses. En 2011, Satoru Iwata décide ainsi de diminuer de moitié le montant de la part fixe de son salaire, lequel se montait au total en 2009 à 187 millions de yens, soit 1,7 million d'euros. Ce salaire est alors composé d'une base fixe de 68 millions de yens, portée à 187 millions avec les bonus de performances. Il reste un président modeste, puisqu'en comparaison, Shigeru Miyamoto a un salaire de 100 millions de yens, soit environ euros. En 2014, malgré le succès de la Nintendo 3DS, il divise à nouveau par deux son salaire à la suite d'une baisse des résultats en partie expliquée par un manque d’engouement pour la Wii U. Toujours proche de ses développeurs, il estime que si ceux-ci vivent dans la peur d'être licenciés, ils ne peuvent .