Während der landesweiten pogromartigen Ausschreitungen vom März 2004, die in erster Linie gegen die serbische Minderheit im Kosovo gerichtet waren, sich aber auch gegen andere Minderheiten richteten, kam es in Prizren zu besonders gravierenden Verlusten an kulturellen Monumenten. Am 17. März 2004 griffen Albaner unter anderem das ehemalige serbische Viertel "Podkalaja" (unter der Stadtburg) an und zerstörten es völlig. Zerstört oder beschädigt wurden außerdem zwei serbisch-orthodoxe Klöster, darunter das Erzengelkloster, das orthodoxe Priesterseminar und fünf andere Stätten.