В 1863 году Руэ был назначен президентом Государственного совета, а вскоре после того — государственным министром (). В этой должности Руэ являлся главным правительственным оратором в Законодательном корпусе; обладая довольно значительным полемическим даром, он не без искусства отстаивал правительственную политику против нападок оппозиции, в рядах которой находились такие люди, как Адольф Тьер и Жюль Фавр. Положение его было не из лёгких. В области иностранной политики ему приходилось поддерживать «наиболее великую идею царствования», то есть экспедицию в Мексику, потом прославлять мексиканскую империю, «созданную французскими руками»; после печального фиаско экспедиции он сумел избежать ответственности за неё. Ему приходилось оправдывать бездействие французского правительства в 1864 и 1866 годах и доказывать, что объединившаяся Германия менее опасна для наполеоновской Франции, чем прежняя слабая Германская конфедерация. В 1867 году, в ответ на требование объединившейся Италии очистить папский Рим от французского гарнизона, Руэ произнёс в Законодательном корпусе своё знаменитое «» («Никогда!»).