Syyskuun 11. päivän iskujen jälkeen vuonna 2001 Chomskya haastateltiin laajasti ja nämä haastattelut koottiin ja Seven Stories Press -kirjapaino julkaisi ne lokakuussa. Chomsky väitti, että iskuista seurannut terrorisminvastainen sota ei ollut uusi kehityssuunta, vaan jatkoa samalle Yhdysvaltojen ulkopolitiikalle ja siihen liittyvälle retoriikalle, jota on harjoitettu ainakin Reaganin aikakaudesta 1980-luvulta lähtien. Vuonna 2003 hän julkaisi "Hegemony or Survival" -kirjan, jossa hän kuvaili Yhdysvaltojen ”imperialistista suurta strategiaa” ja kritisoi Irakin sotaa ja muita näkökantoja liittyen ”terrorisminvastaiseen sotaan”.