Philibert du Croc fut décoré de l'ordre de Saint-Michel par le roi en 1572 et envoyé de nouveau comme ambassadeur en Écosse cette même année. Le roi de France lui donna pour instruction d’œuvrer à l’arrêt des combats et la réconciliation entre les deux partis opposés dans la guerre civile d’Écosse. Il avait aussi pour mission de rendre visite à Marie Stuart, qui était alors gardée prisonnière au château de Sheffield en Angleterre et de requérir auprès d'Élisabeth sa libération et son départ vers la France. Du Croc, quitta la France fin pour l’Écosse via l’Angleterre. Il plaida auprès de la reine Élisabeth et en compagnie de l’ambassadeur de France en Angleterre, Bertrand de Salignac de Lamothe Fénelon, la libération de Marie Stuart. La reine d’Angleterre n’était pas disposée à autoriser du Croc à voir Marie Stuart, ni à la renvoyer en France, d’autant moins qu’une lettre chiffrée avait été interceptée peu de temps auparavant par les agents d’Élisabeth. Dans cette lettre adressée au duc D’Albe, Marie Stuart demandait l’appui du roi d’Espagne.