Nel 1687 fu sul fronte della guerra austro-turca durante la battaglia di Mohács, senza parteciparvi però direttamente. Rientrò a Mantova il 6 ottobre del medesimo anno. Nel 1688, tenendo fede alla sua indole, organizzò a Mantova grandi feste in occasione del carnevale, partecipando poi anche a quello di Venezia. Ferdinando iniziò a fortificare Guastalla con l'aiuto segreto di militari francesi, al fine di poterla più facilmente cedere alla Francia, ma nel 1689 il governatore di Milano Antonio Lopez giunse a Guastalla e ordinò lo smantellamento delle fortificazioni, smantellamento completato dal duca Vincenzo Gonzaga. Nel 1691 Ferdinando Gonzaga, all'arrivo delle truppe spagnole nello stato gonzaghesco, lasciò il governo del ducato nelle mani della consorte Anna Isabella e si ritirò a Venezia. La duchessa, nonostante l'assenza del marito, seppe reggere egregiamente le sorte del ducato e ottenne dal nuovo governatore di Milano, Diego Dávila, il ritiro delle truppe spagnole dal mantovano. L'adesione del duca di Mantova alla causa francese provocò lo sdegno dell'imperatore Leopoldo I che, nel 1692, concesse il possesso del ducato di Guastalla al duca Vincenzo, al quale concesse l'investitura nel 1693.