1957-ben, a magyarországi ’56-os eseményekkel kapcsolatban rendezett kirakatperek egyikével, az úgynevezett Dobai-perrel kapcsolatban fogták le ismét. A Macskási Pál hadbíró ezredes által elnökölt kolozsvári katonai bíróság Dobri Jánost az 1957. november 5-én hozott, 1795/1957. számú ítéletével, szervezkedés és a magyar forradalom napjaiban megjelent sajtótermékek terjesztése vádjával, 6 évi börtönbüntetésre, teljes vagyonelkobzásra, valamint 3 évi jogfosztásra ítélte. Büntetésének nagy részét a Duna-delta kegyetlen munkatáboraiban, kisebb részét pedig a szamosújvári börtönben kellett töltenie, ahol közel ötven különböző vallású lelkésszel volt egy cellába bezárva. A hosszú börtönévek alatt, bár számosan nem mertek érintkezni a Dobri-családdal, mégis sok segítője akadt az apa nélkül maradt népes családnak. Dobri János 1963. február 2-án szabadult Szamosújvárról.