En 2006-2007, Kaká inscrit son premier but de la saison contre Parme sur penalty puis un autre dans le derby milanais (défaite 3-4). Quatrième seulement en championnat, les Milanais connaissent plus de succès en Ligue des Champions. Kaká marque son premier triplé face au club belge d'Anderlecht en poules pour une victoire 4-1. Milan termine premier de son groupe avec un point d'avance sur Lille, qui est parvenu à l'emporter à San Siro lors de la dernière journée. En huitième de finale disputé face au Celtic Glasgow, Kaká délivre son équipe en prolongations. Sur une passe d'Ambrosini depuis le milieu du terrain, il effectue une course prenant de vitesse l'arrière garde écossaise et bat Artur Boruc. Il est ensuite buteur et passeur contre le Bayern Munich en quart de finale. En demi-finale, disputée face à l'équipe de Manchester United, il marque trois des cinq buts milanais lors de la double confrontation, dont un but mémorable au match aller à Old Trafford où il élimine successivement les Mancuniens Darren Fletcher, Gabriel Heinze et Patrice Évra en faisant passer le ballon entre ces deux derniers de la tête puis bat Edwin van der Sar de près. Kaká déclare ensuite qu'il s'agit du plus beau but inscrit dans sa carrière.