По мере того, как её политическая деятельность становилась всё более радикальной, Кармен Лира была отстранена от преподавания. А в 1948 году, после завершения Гражданской войны в Коста-Рике, когда Хосе Фигерес Феррер запретил компартию, Кармен Лира была отправлена в изгнание в Мексику. Несмотря на неоднократные просьбы вернуться домой по причине тяжёлой болезни, возвратиться в Коста-Рику власти ей так и не разрешили; она умерла в Мехико 14 мая 1949 года..