Az 1999–2000-es szezonban a csapat kihívó nélkül menetelt a bajnokságban, és az őszi idény után a klub történetében először vezette a tabellát. A siker kovácsai a "Polonia" menedzserei, Jerzy Engel (aki később a lengyel labdarúgó-válogatott szövetségi kapitánya volt és sikeresen bejutatta a nemzeti tizenegyet a 2002-es világbajnokságra), illetve Dariusz Wdowczyk (korábbi válogatott labdarúgó) voltak. A téli szünet alatt több tehetséges játékos is leszerződött a "Poloniához", mint például például Tomasz Wieszczycki és Tomasz Kielbowicz.