Он је 25. октобра 1349. године стигао на Пелопонез и преузео власт. Успео је да заведе ред међу локалним архонтима (господарима) који су били у сталном сукобу међу собом, али и са врховном влашћу. Након очевог пораза у грађанском рату и одступања са власти 1354. године, победник Јован V је покушао да потисне Манојла из Мореје. Он је послао Михајла и Андрију Асена да преузму власт у Мореји. Међутим, Манојло је успео да се одржи на власти, тако да га је Јован V на крају признао као законитог владара.