این درخواست تغییر مرز، از سوی حکومت مرکزی شوروی رد شد. با افزایش تنش‌های قومی در منطقه، جنگ میان ارمنستان و پارتیزان‌های ارمنی قره‌باغ از یک سو و جمهوری آذربایجان از سوی دیگر اجتناب‌ناپذیر شد. آتش این درگیری‌ها با فروپاشی شوروی شعله‌ورتر شد. در این جنگ‌ها، پاک‌سازی قومی دوسویه‌ای بوقوع پیوست. از یکسو آذری‌های ساکن قره‌باغ، بر اثر خشونت و کشتارها مجبور به فرار و مهاجرت به جمهوری آذربایجان شدند، و از سوی دیگر آذری‌ها با کشتار و آزار ارمنی‌های ساکن در شهرهای جمهوری آذربایجان موجبات فرار حدود ۳۵۰ هزار ارمنی ساکن در باکو و سومقاییت را فراهم کردند. در برخی موارد نیز این خشونت‌ها — مانند رخداد سومقاییت — به کشتار منجر شد. در طرف مقابل نیز، خشونت‌های صورت گرفته از سوی ارامنه باعث فرار و کشته شدن آذری‌های بسیاری در مناطق ارمنی‌نشین شد. یکی از این موارد، کشتار آذری‌های خوجالی پس از سقوط این شهر به دست نیروهای ارمنی‌است که در آن صدها آذری — شامل مردان، زنان و کودکان — کشته شدند.