Заниматься хоккеем на траве Мартин Хенер начал в Берлине. Здесь же начал выступать за местные хоккейные клубы. Вскоре переехал в Англию, где выступал за клуб East Grinstead, но спустя некоторое время принял решение вернуться в Германию, где стал выступать за столичный клуб Берлинер. В 2005 году Хенер дебютировал в составе сборной Германии. В 2009 году Мартин выиграл первую международную награду, став серебряным призёром кубка чемпионов. В 2010 году Хенер был близок к победе на чемпионате мира, но в финале немецкая сборная уступила австралийцам 1:2.