Γεννήθηκε στη Μασσαλία το 1870, αλλά η οικογένειά του εγκαταστάθηκε στην Αθήνα τέσσερα χρόνια αργότερα. Ήταν γιος του μεγαλέμπορου Μιχαήλ Μελά, που του εμφύσησε το όραμα της Μεγάλης Ιδέας. Φοίτησε στη Σχολή Ευελπίδων και παντρεύτηκε τη Ναταλία Δραγούμη, κόρη του πολιτικού Στέφανου Δραγούμη. Ήταν ένας από τους αξιωματικούς που το 1894, λίγο καιρό αφότου επέδραμαν στα γραφεία της εφημερίδας "Ακρόπολις", συνέστησαν την Εθνική Εταιρεία, μια αλυτρωτική οργάνωση, της οποίας ήταν δραστήριο μέλος. Ως μέλος της Εθνικής Εταιρείας συμμετείχε στη διοργάνωση της εισβολής στην Οθωμανική Αυτοκρατορία Ελλήνων ατάκτων που προκάλεσε τον ελληνοτουρκικό πόλεμο του 1897, ο οποίος έληξε με συντριπτική ήττα της Ελλάδας και βύθισε το Μιχαήλ Μελά σε θανάσιμη θλίψη.