Як наступник Гітлера Деніц постав перед судом. Союзні експерти визнавали, що німецький флот вів тотальну підводну війну із самого початку і що потоплення нейтральних суден у зоні, оголошеної небезпечною, не є злочином. Після війни був звинувачений та визнаний винним у «злочинах проти миру» і «військовому злочині». Йому інкримінували порушення правил морської війни, коли за його наказом німецькі підводні човни атакували усі типи кораблів і не допомагали жертвам потоплень, що тонули. Суддя визнав невинність Деніца за всіма пунктами звинувачення. Сам грос-адмірал посилався на те, що діяв за наказом. Врешті-решт він отримав 10 років тюремного ув'язнення — найм'якший із винесених у Нюрнберзі вироків. Термін він відбував у Шпандау.