Son classement continue de s'améliorer et atteint au début de la saison 2006-2007 la place mondiale, sa première apparition dans le top 16. Après une défaite en quart de finale du Masters face à Stephen Hendry, Murphy remporte le deuxième titre classé de sa carrière lors de la Coupe de Malte, battant le Gallois Ryan Day en finale 9-4. Au championnat du monde, il bat Matthew Stevens 13-12 en quarts de finale alors qu'il était mené 11-5, contribuant à la sortie du top 16 de ce dernier, avant de céder au tour suivant au terme d'une manche décisive, opposé à Mark Selby.