Na początku wojny secesyjnej znajdował się w Kalifornii. Na własną prośbę został przeniesiony na wschód; 23 września 1861 roku otrzymał awans na generała brygady ochotników i dowództwo jednej z brygad Armii Potomaku. Wziął udział w kampanii półwyspowej. Podczas bitwy o Williamsburg 5 maja 1862 roku wykazał się zdolnościami przywódczymi i otrzymał pochwałę od zwierzchnika, gen. George’a McClellana – McClellan miał się o nim wyrazić „Hancock był znakomity”; ta opinia dała zaczynek do utrwalenia się przydomka „Hancock Znakomity”. Nad Antietam dowodził 1 Dywizją II Korpusu, zaś w listopadzie awansował na generał majora ochotników, jednocześnie otrzymując stopień majora armii regularnej. Pod Fredericksburgiem dywizja Hancocka znajdowała się na prawym skrzydle, wśród oddziałów którym zlecono szturm na Marye's Heights. Z 5006 ludzi należących 2013 zostało rannych i zabitych. W trakcie tej potyczki Hancock został raniony w podbrzusze. 2 i 3 maja pod Chancellorsville jego dywizja przyjęła cały ciężar ataku armii Roberta Lee. Niedługo potem został mianowany dowódcą II Korpusu.