Ainda no Venezia, ficaria mais conhecido também na Itália dois anos depois por um momento ruim: em um jogo contra o Brescia, provocou a lesão no joelho de Roberto Baggio que impediu a estrela, que tinha chances reais de ir à Copa do Mundo FIFA de 2002, figurar no torneio. Naquele verão europeu, Bilica trocaria o Venezia pelo Palermo e, em 2003, passaria pelo próprio Brescia, onde tornou-se colega de clube de Baggio, já tendo feito as pazes com o astro. Ainda em 2003, iria para o Ancona.