Ustanovljena je bila 21. maja 1731 kot Ohotska vojna flotilja za potrebe transporta državnih dobrin na Kamčatko. Leta 1854 se mornarji flotilje udeležijo Krimske vojne, leta 1856 pa se enota preimenuje v Sibirsko vojno flotiljo. Ob prelomu stoletja je bila številčnost flotilje še vedno skromna, zaradi napetosti v odnosih z Japonsko pa so bile za floto naročene nove ladje. Zaradi počasne izdelave in porazov v spopadih z Japonsko vojno mornarico, se je Ruska vojna mornarica flotiljo odločila okrepiti z ladjami Baltske flote. Plovila so bila nameščena na sedežu Sibirske vojne flotilje v Vladivostoku (sedem bojnih ladij in osem križark) in v najetem oporišču Port Artur (dve križarki in dve minski križarki). Med rusko-japonsko vojno v letih 1904–1905 je bila večina sil Sibirske vojne flotilje uničena, v Bitki pri Cušimi pa je bila poražena še Baltska flota.