La història recent de Manhattan ha estat marcada per l'atac terrorista de l'11 de setembre de 2001 sobre el World Trade Center, del qual les conseqüències han estat importants per al borough i els seus habitants. Amb la caiguda de les torres bessones, el panorama urbà de Manhattan ha estat modificada substancialment, i la denominada Zona cero, situada al cor del centre financer històric de Wall Street, acollirà diversos memorials commemorant l'esdeveniment. El 30 d'abril de 2012, el One World Trade Center, encara incomplet, esdevingué l'edifici més alt de l'illa, sobrepassant l'Empire State Building que havia recobrat aquest rècord amb els fets del 2001.