Mugen a alors conçu en interne de nouveaux moteurs, avec, il est vrai, l'assistance technique bienveillante de Honda. Après Arrows, Mugen a ainsi équipé avec succès les écuries Ligier (victoire d'Olivier Panis au Grand Prix de Monaco 1996), puis Prost Grand Prix et enfin Jordan (victoire de Damon Hill en 1998 et deux succès de Heinz-Harald Frentzen en 1999).