La sort del partit va canviar dramàticament després de la invasió de l'Eix de Iugoslàvia de 1941 i la creació de l'Estat Independent de Croàcia. Encara que el KPH va tenir líders detinguts i empresonats pel nou règim, va romandre prou fort per formar el que esdevindria l'únic moviment de resistència realment efectiu a Croàcia - els partisans. El KPH estava basat en la ideologia més que en ètnia i, per tant, tenia suport tant en zones ètnies croates com en zones ètnies sèrbies. Això va permetre als partisans de Josip Broz Tito organitzar una campanya de guerrilles d'èxit. El programa del KPH de la reorganització postguerra de Iugoslàvia en termes federals van atraure molts no-comunistes croats a la causa, en especial al final de la guerra.