Unter dem Einfluss der Terroranschläge am 11. September 2001 entstand ihr Album "Scarlet’s Walk." Thematisiert wird die fiktive Person „Scarlet“ und ihre Reise durch die Vereinigten Staaten. "Scarlet’s Walk" konnte mit "A Sorta Fairytale" wieder einen Radio-Hit in den Vereinigten Staaten vorweisen. Die Veränderung in Amos' Leben durch die Geburt ihrer Tochter am 5. September 2000 spiegelt sich auch in ihrer Musik wider. Im Februar 2005 veröffentlichte sie sowohl ihr Album "The Beekeeper" wie auch ihr erstes Buch "Piece by Piece." Am 27. April 2007 erschien mit "American Doll Posse" ein neues Studioalbum. Auf diesem Album schlüpft Amos in fünf verschiedene Frauenfiguren: Sie singt als „Tori“, als „Isabel“, als „Clyde“, als „Pip“ und als „Santa“. 2008 erschien ein von Tori Amos initiierter Comic-Band, "Comic Book Tattoo, Vol. 1." In diesem Buch beschäftigen sich verschiedene Comic-Autoren mit Amos' Songs. Das Buch besteht aus zahlreichen illustrierten Kurzgeschichten. Tori Amos steuerte ein Vorwort bei.