Va tornar a Sud-àfrica abans de la segona guerra Bòer i va ser contractat en altres accions militars contra els zulus. En aquest moment, havia estat ascendit i era el coronel més jove de l'exèrcit britànic. Va ser responsable de l'organització de la Legió d'Homes de Fronteres per ajudar l'exèrcit regular. Tot i aquesta organització, el van atrapar en el setge de Mafeking, envoltat per un exèrcit bòer de més de vuit mil homes. Encara que totalment superats en nombre, la guarnició va resistir el setge 217 dies. Aquest fet és atribuïble a l'astúcia i enganys militars que es van dur a terme a instàncies de Baden-Powell com a comandant de la guarnició. Van plantar camps de mines falsos i els soldats van rebre l'ordre de simular que evitaven un filferro de pues inexistent mentre es movien entre trinxeres. Baden-Powell va fer la major part dels treballs de reconeixement.