Im Jahr 1813 wurde angeordnet, er müsse zu seinem Regiment nach Indien zurückkehren. Zusammen mit Colonel Neil Campbell (1776–1827) machte er sich deshalb nach Stockholm auf, um von dort durch Russland und Persien nach Indien zu gelangen. Inzwischen war aber (nach dem gescheiterten Russlandfeldzug Napoleons) die Lage im südlichen Russland wieder befriedet, und so nahm man stattdessen die Route durch Polen und Ungarn und über den Balkan nach Konstantinopel. Kinneir besuchte dann Kleinasien und Zypern, bevor er sich anschließend nach Armenien und von dort weiter nach Bagdad begab. Im Mittelpunkt seiner Bemühungen stand dabei die Erkundung der Wege, die eine mögliche russische (oder andere europäische) Armee auf dem Landweg nach Indien einschlagen könnte; aus diesem Grund interessierte er sich auch sehr für die Geschichte der Asienfeldzüge Alexanders des Großen, die er in seinem zweiten Reisebericht (1818) ausführlich behandelt. Vom Iraq aus reiste Kinneir schließlich auf dem Seeweg nach Indien. Ab 1814 war er für einige Jahre Stadtkommandant in Fort St. George, Madras (h. Chennai) sowie Agent bei den Nawabs von Karnatik (bzw. Arcot).