Da kontrolrådet kun kunne handle efter accept fra alle fire medlemmer, betød dette skridt at rådets arbejde ophørte, mens den kolde krig nåede et tidligt klimaks under blokaden af Berlin (1948-49). Det allierede kontrolråd blev ikke formelt opløst, men alle aktiviteter ophørte, fortset fra de fælles aktiviteter, nemlig styringen af Spandau-fængslet hvor de dømte fra Nürnbergprocessen blev holdt fængslet frem til 1987, og Berlin Air Safety Center.