1797 wurde Donzelot verwundet und kehrte nach Frankreich zurück. Dort lernte er Napoleon persönlich kennen und meldete sich freiwillig, als dieser seine Invasion nach Ägypten plante. Donzelot kämpfte bei den Pyramiden (21. Juli 1798), bei Sédiman (7. Oktober 1798) und bei Heliopolis (20. März 1800). Er wurde mehrfach ausgezeichnet und im März 1801 zum Général de brigade befördert. Als solcher führte Donzelot nach der Übergabe von Alexandria (31. August 1801) die Delegation, welche den Abzug der französischen Truppen mit den Briten aushandelte.