במהלך שנים אלו התאוששה לבנון לאיטה, בהובלת רפיק אל-חרירי, שמונה בהמשך לראש ממשלת לבנון. הגורם העיקרי שהפריע במהלך תקופה זו להתאוששות הכלכלית היה העימותים בין ישראל לחזבאללה, שהתפרצו באופן חמור ב־1993 (מבצע דין וחשבון) וב־1996 (מבצע ענבי זעם). בעוד שבשנים הראשונות הייתה הסכמה כלל לבנונית על החיוניות של נוכחות הכוחות הסוריים, הרי מצב זה הלך והשתנה. תהליך זה הואץ משמעותית לאחר נסיגת צה"ל מדרום לבנון ב־2000, שלאחריה אנשי כוח האו"ם הזמני בלבנון (יוניפי"ל) שבו לאזור. הלחצים לעזיבת הסורים גרמו לבסוף לקבלת החלטה 1559 של מועצת הביטחון ב־2 בספטמבר 2004 שקראה לנסיגת כל הכוחות הזרים מלבנון. מצב זה הגיע לכדי משבר לאחר רצח רפיק אל-חרירי שיוחס לסוריה. ההפגנות ההמוניות שפרצו בלבנון, שכונו "מהפכת הארזים", והפגיעות הרבות בפועלים סורים הכריחו את סוריה לפנות את כל כוחותיה הרשמיים עד ל־24 באפריל 2005. למרות נסיגתה של סוריה, המשיך ארגון חזבאללה להיות השליט בדרום המדינה, דבר שעורר התנגשויות חוזרות ונשנות עם ישראל ולבסוף הביא לפרוץ מלחמת לבנון השנייה ביולי 2006. לאחר המלחמה גבר הלחץ הלבנוני הפנימי על חזבאללה, שהואשם על ידי הכוחות האנטי-סוריים באחריות להרס שגרמה הלחימה, ובמעורבות ברצח חרירי.