Anche nella stagione 2002-2003 Eberharter s'impose in diverse classiche della Coppa del Mondo, come le discese libere della Birds of Prey di Beaver Creek il 7 dicembre, della Stelvio di Bormio l'11 gennaio e nuovamente della Lauberhorn di Wengen (17 gennaio) e della Kandahar di Garmisch-Partenkirchen (il 22 febbraio); fu anche al cancelletto di partenza dei Mondiali di Sankt Moritz, sua ultima presenza iridata, dove riuscì a salire di nuovo sul gradino più alto del podio nel supergigante, dodici anni dopo la vittoria di Saalbach-Hinterglemm, mentre si piazzò 5º nella discesa libera e 23º nello slalom gigante. A fine stagione vinse nuovamente le Coppe del Mondo generale (con 233 punti di vantaggio sullo statunitense Bode Miller), di discesa libera (battendo lo statunitense Daron Rahlves di 197 punti) e di supergigante (con 76 punti in più del liechtensteinese Marco Büchel), dopo aver totalizzato tredici podi con nove vittorie.