Após o fim do mandato de Rao em maio de 1996, a nação viu quatro primeiros-ministros em um período de três anos, sendo dois mandatos de Atal Bihari Vajpayee ; um mandato de H. D. Deve Gowda de 1 de junho de 1996 a 21 de abril de 1997; e um mandato de I.K. Gujral de 21 de abril de 1997 a 19 de março de 1998. O governo do primeiro-ministro Vajpayee - eleito em 1998 - deu alguns passos concretos. Em maio de 1998 - após um mês no poder - o governo anunciou a realização de cinco explosões nucleares subterrâneas em Pokhran. Em resposta a esses testes, muitos países ocidentais, incluindo os Estados Unidos, impuseram sanções econômicas à Índia, mas, devido ao apoio recebido da Rússia, França, países do Golfo e algumas outras nações, as sanções foram em grande parte— não consideradas bem-sucedidas. Poucos meses depois, em resposta aos testes nucleares indianos, o Paquistão também conduziu testes nucleares. Dada a deterioração da situação entre os dois países, os governos tentaram melhorar as relações bilaterais. Em fevereiro de 1999, a Índia e o Paquistão assinaram a Declaração de Lahore, na qual os dois países anunciaram sua intenção de anular a inimizade mútua, aumentar o comércio e usar suas capacidades nucleares para fins pacíficos. Em maio de 1999, a "All India Anna Dravida Munnetra Kazhagam" retirou-se da coalizão governista da "National Democratic Alliance" (NDA); O governo de Vajpayee, portanto, tornou-se um governo provisório depois de perder uma moção de censura por 269–270, o que coincidiu com a Guerra de Cargil com o Paquistão. Na subsequente eleição geral de outubro de 1999, o NDA liderado pelo BJP e seus partidos afiliados garantiram uma confortável maioria no Lok Sabha, ganhando 299 dos 543 assentos na câmara baixa.