Po atakach z 11 września 2001 roku „The Sullivans” jako część grupy uderzeniowej lotniskowca „Kennedy” wziął udział w operacji Noble Eagle. Niszczyciel zapewnił ochronę powietrzną w rejonie wybrzeża USA przyległego do środkowego Atlantyku wliczając w to osłonę stolicy i służył jako tymczasowy szpital przy nabrzeżu w Nowym Jorku. W lutym 2002 roku okręt został wyznaczony razem z grupą uderzeniową do służby na Morzu Arabskim jako wsparcie operacji Enduring Freedom.