Zum Captain befördert, kommandierte er von September 1942 bis Juni 1943 den schweren Kreuzer "Louisville" während der Schlacht um die Aleuten und im Südpazifik. Nach einer Zeit im Planungsstab in Washington wurde er, zum Konteradmiral befördert, Kommandant einer Zerstörerdivision, die er beinahe ein Jahr befehligte. Zum Zeitpunkt der Japanischen Kapitulation war Turner Joy Befehlshaber einer amphibischen Gruppe und wurde alsbald nach China beordert. Von 1946 bis 1949 unterstand ihm der Naval Proving Ground in Dahlgren, Virginia.