En 1899, Plumer regresó a Rodesia del Sur donde levantó un ejército de infantería montada y, habiendo sido promovido al rango sustantivo de Teniente coronel el 17 de octubre de 1900, liderando el Asedio de Mafeking durante la Segunda Guerra Bóer. Fue promovido a coronel el 29 de noviembre de 1900 y luego se le dio el mando de una fuerza mixta que capturó el vagón de tren del General Christiaan de Wet en Hamelfontein en febrero de 1901.