Karadžić byl obžalován z genocidy, válečných zločinů a zločinů proti lidskosti. Šlo zejména o jeho odpovědnost za masakr ve Srebrenici, při němž Srbové povraždili přes 8000 muslimských mužů a chlapců. Karadžić však tvrdil, že o masakru vůbec nevěděl, neboť před ním byl zatajen. Obviněn byl také z iniciování etnických čistek nebo z událostí při obléhání Sarajeva, kde zahynulo asi 10 000 lidí.