Pada tanggal 27 Mei 2006, gempa bumi mengguncang Yogyakarta dan sejumlah kota lain di Jawa Tengah. Akibat bencana tersebut, kota Yogyakarta porak-poranda. Dua tim Divisi Utama asal Yogyakarta, PSIM Yogyakarta dan PSS Sleman serta satu tim Divisi I, Persiba Bantul pun terkena dampaknya. Ketiga tim tersebut akhirnya menyatakan mundur dari kompetisi sebagai bentuk solidaritas terhadap warga Yogyakarta yang dilanda bencana. Sebagai bentuk keprihatinan dan rasa solidaritas, setelah melalui perdebatan sengit, PSSI dan Badan Liga Indonesia (BLI) akhirnya mengambil sebuah keputusan kontroversial dengan menghapuskan sistem degradasi pada LI XII/2006. Meski dengan malu-malu, keputusan PSSI dan BLI itu disambut senyum tipis kubu Persib. “Inilah yang namanya bencana membawa berkah,” kata Manajer Persib, Yossi Irianto.