Der Annexion folgten Widerstände der Abchasen gegen die russische Regierung. Große bewaffnete Aufstände gab es in den Jahren 1821–1827, 1840–1842, 1866/67 und 1877/78. Alle diese Aufstände wurden von der russischen Regierung unterdrückt. Darauf folgten erzwungene Umsiedlungen einiger Abchasen in das Osmanische Reich. Nach der Eroberung des gesamten Kaukasus 1864 verbannte Russland einen Teil der kaukasischen Bergbewohner. In dieser Zeit verließen rund 700.000 Tscherkessen, Ubychen, Abchasen, Tschetschenen und Dagestaner ihre Heimat. Diese kaukasische Auswanderer werden als „Muhadschir“ bezeichnet, was Arabisch „Flüchtling“ bedeutet. Die Anzahl der im Jahre 1864 ausgewanderten Abchasen liegt bei mehr als 20.000 Menschen; etwa ebenso viele Abchasen wanderten auch 1866 nach der Unterdrückung des Aufstands in die Türkei aus. Nach dem letzten misslungenen Aufstands im Jahre 1877 verließen 30–40.000 Flüchtlinge den Kaukasus. Insgesamt beträgt die gemeinsame Anzahl der abchasischen und abasinischen Muhadschirun (Flüchtlinge) 135.000 Menschen.