Im Dezember 1804 erklärte Godoy dem Vereinigten Königreich den Krieg. Die französisch-spanische Flotte erlitt am 21. Oktober 1805 in der Schlacht bei Trafalgar eine vernichtende Niederlage. Godoys Gegner rechneten ihm persönlich die hohen Verluste an Menschen und Material an und forderten die Beendigung der Allianz mit Frankreich. Deswegen rief Godoy im Oktober 1806 zum Krieg gegen Frankreich auf. Doch schon Anfang 1807 musste Godoy seine antifranzösische Politik beenden. Napoleon I. forderte die Bereitstellung von 15.000 spanischen Soldaten. Diese Soldaten mussten in der Napoleonischen Armee in Norddeutschland und Ostpreußen gegen Preußen und Russland kämpfen. Im Oktober 1807 wurde im Frieden von Fontainebleau die französisch-spanische Allianz vertraglich neu geregelt. Spanien musste Portugals Besetzung durch französische Truppen unter dem Kommando des Generals Andoche Junot zustimmen.