След това Александрос Мазаракис следва във военното училище в Сен Сир, Франция. През Балканските войни (1912-1913) е офицер от щаба на 7-а пехотна дивизия. През 1914 година е повишен в чин мойор и е назначен за щабен командир на 5-а пехотна дивизия, дислоцирана в град Драма. По време на Първата световна война през 1916 година се включва във Венизелисткото движение за национална отбрана на Солун, повишен в полковник и служи в различни отдели на генералния щаб до края на войната. След това придружава Елефтериос Венизелос в качеството си на военен експерт по време на Парижката мирна конференция, подготвя етнографски и военни студии в подкрепа на гръцките претенции след войната.