In januari 1941 werd Wynter ziek en werd vervangen door Leslie Morshead. Tegen februari 1941 was het hoofdkwartier van de 9e Divisie verplaatst naar het Midden-Oosten . Rond deze tijd werden de 18e en 25e Brigade overgeplaatst naar de Australische 7e Divisie en vervangen door de 20e en 26e Brigade. Na zware trainingen in Australië, Groot-Brittannië en Palestina werden eenheden van de 9e Divisie in maart 1941 naar Cyrenaica in Libië gezonden. In Noord-Afrika was de 9e Divisie betrokken bij de Slag om Tobroek, Eerste Slag bij El Alamein en de Tweede Slag bij El Alamein.