В 1836 году Томас Гор Браун был переведён в , которым он командовал в 1839—1842 годах во время Первой англо-афганской войны. Со своим полком он участвовал в битвах у Кандагара, Газни, Кабула, а также в боях у Хайберского прохода и других сражениях. За свою службу он был представлен к званию подполковника ("lieutenant colonel"), а само звание было присвоено в 1845 году. В 1843 году Браун стал кавалером (компаньоном) Ордена Бани ("C.B.").