Nachdem im April 1905 das Verbot des Baus von Kirchen für die Altgläubigen aufgehoben worden war, baute Bondarenko 1907 für die Zweite Moskauer Gemeinde der Altorthodoxen Pomorischen Kirche seine erste Altgläubigenkirche am Moskauer Tokmakow Pereulok, wobei ihm die Gestaltung völlig freigestellt war. So verwendete er Eisenbeton und verzichtete auf traditionelle Stilelemente. Darauf folgten die Kirchenbauaufträge weiterer Altgläubigengemeinden. In Schuja beute er eine Kathedrale für die russisch-orthodoxe Kirche, und in Iwanowo-Wosnessensk baute er eine russisch-orthodoxe Kirche um. 1912 organisierte Bondarenko mit anderen die Ausstellung zum Gedenken an den Krieg 1812 im Historischen Museum. 1913 beauftragte ihn Iwan Maschkow mit der Gestaltung einer der drei Teilausstellungen der Historischen Ausstellung für Architektur und Kunstgewerbe für den V. Allrussischen Kongress der Baumeister.