Tyynenmeren sodan ensikuukausina Halsey sai johtaa Yhdysvaltain vastahyökkäyksiä Marshallinsaarille ja Gilbertsaarille sekä Wakesaarelle, samalla kun muuta laivastoa jälleenrakennettiin. Huhtikuussa 1942 Halseyn lentotukialukset kuljettivat everstiluutnantti James Doolittlen lentojoukkueen tarpeeksi lähelle Japania, jotta nämä saattoivat tehdä ensimmäisen pommituslennon Tokioon. Pahan ekseeman vuoksi Halsey ei voinut osallistua Midwaysaarten taisteluun ja joutui luovuttamaan komennon tilapäisesti Raymond A. Spruancelle. Lokakuussa 1942 Halsey nimitettiin eteläisen Tyynenmeren alueen komentajaksi. Hän komensi laivastoa Santa Cruz -saarten taistelussa lokakuussa ja Guadalcanalin meritaistelussa marraskuussa 1942. Hänet ylennettiin tämän jälkeen amiraaliksi.