Depois da invasão do RPF em 1990, membros do MRND criaram a revista "Kangura". A ala jovem do partido, o "Interahamwe", posteriormente se tornou um grupo miliciano que teve um papel central no genocídio de 1994. Após a morte de Habyarimana em Abril de 1994, membros extremistas do partido estavam entre os principais idealizadores do Genocídio em Ruanda. Após a conquista de Ruanda pela rival Frente Patriótica Ruandesa de maioria Tutsi e liderada por Paul Kagame, o MRND perdeu o poder e foi banido.