В составе молодёжной сборной Парагвая в 2009 году принимал участие в молодёжном чемпионате Южной Америки по футболу в Венесуэле, где забил пять голов в семи матчах, став лучшим бомбардиром, а его команда дошла до финала, где уступила бразильцам. После этого турнира Перес был назван одним из самых талантливых парагвайских игроков, а уругвайская газета "El Pais" назвала Переса лучшим игроков турнира. В том же году игрок принял участие и в молодёжном чемпионате мира 2009.