Il se fait notamment l'avocat, avec le président de la République François Mitterrand, d'une opération militaire au Rwanda, alors en plein génocide. Les minutes du Conseil des ministres, étudiés par Pierre Favier et Michel Martin-Roland, puis par Pierre Péan, indiquent que le président François Mitterrand et Alain Juppé étaient des partisans résolus d'une intervention, afin de sauver les vies qui pouvaient encore l'être. Le Premier ministre, Édouard Balladur, et le ministre de la Défense, François Léotard, craignaient un dérapage vers une opération coloniale, mais se sont ralliés à la position des deux premiers. Alain Juppé défend ainsi auprès d'une communauté internationale réticente le lancement, le , de l'opération Turquoise de l'ONU, décidée par la résolution du Conseil de sécurité et menée par la France en parallèle de la MINUAR, alors limitée en effectifs. Le but annoncé était de protéger, dans une « zone humanitaire sûre », les « populations menacées » aussi bien par le génocide que par le conflit militaire entre le FPR et le gouvernement intérimaire rwandais. La France revendique la protection de du camp de Nyarushishi et le secours porté à 800 Tutsi à Bisesero, près de Kibuye, même si l'action de l'armée française est aujourd'hui sujette à controverse. Le rôle d’Alain Juppé est notamment questionné en 2021, lorsque "Mediapart" révèle un télégramme diplomatique confidentiel daté du 15 juillet 1994 qui indique que le ministère des Affaires étrangères a donné l’ordre de laisser les responsables du génocide quitter la zone contrôlée par l’armée française plutôt que de les arrêter.