לאחר נפילת ברית המועצות בשנת 1991, התחילו סכסוכים בין שתי הקבוצות כאשר טג'יקים תקפו סחורות אוזבקיות בטג'יקיסטן ואילו אוזבקים אסרו סחורות טג'יקיות באוזבקיסטן. מלחמת האזרחים בטג'יקיסטן פרצה כאשר קבוצות אתניות בטג'יקיסטן החלו להתנגש, ובהמשך הם נקלעו למלחמה עם נפגעים הרסניים. במהלך מלחמה זו נכנסו כוחות אוזבקיים לטג'יקיסטן למלחמה, אך מאמציהם היו חסרי תועלת עקב חילוקי דעות אישיים בין מנהיגי שתי המדינות. אף על פי כן, אוזבקיסטן קיבלה שטף של פליטים אוזבקים וטג'יקים מטג'יקיסטן עקב המלחמה המתמשכת, שרובם נשארו באוזבקיסטן לאחר המלחמה.