Bei den 66. Filmfestspielen von Venedig 2009 wurde der Film mit dem FIPRESCI-Preis der internationalen Filmkritik, dem "Signis"-Preis der ökumenischen Jury sowie mit dem "La Navicella"- und dem "Brian"-Preis ausgezeichnet. Bei der Viennale 2009 gewann Lourdes den Wiener Filmpreis. Außerdem wurde der Film mit dem "Warsaw Grand Prix" beim Internationalen Filmfestival Warschau und mit dem "Gold Giradillo" beim Sevilla Festival de Cine ausgezeichnet. Bei der Verleihung des Europäischen Filmpreises 2010 folgte die Auszeichnung für Sylvie Testud als "Beste Darstellerin". Bei der erstmaligen Verleihung des Österreichischen Filmpreises 2011 erhielt "Lourdes" Nominierungen in den Kategorien "Bester Spielfilm", "Beste Regie", "Bestes Drehbuch" und "Bester Schnitt".