Ως εκ τούτου, η Ομάδα Στρατιών «Νότος» δεν συμμετείχε στη Μάχη της Γαλλίας, αλλά επανασυστάθηκε στις 22 Ιουνίου 1941, μία μέρα μετά την έναρξη της Επιχείρησης «Μπαρμπαρόσα» για να συμμετάσχει στην εισβολή στη Σοβιετική Ένωση. Η Ομάδα Στρατιών «Νότος» ήταν, μαζί με τις Ομάδες Στρατιών «Κέντρο» και «Βορράς» οι τρεις ισχυρότεροι σχηματισμοί που έλαβαν μέρος στην εισβολή.