Nel maggio del 1999 Ceku venne nominato direttore generale dell'UCK sostituendo Selimi. Egli ha immediatamente riorganizzato l'UCK fornendola di un'adeguata struttura militare. Negli ultimi giorni della Guerra del Kosovo, l'UCK iniziò a fornirsi di sistemi di intelligence dalla NATO per attirare le forze serbe all'aperto consentendo alla NATO di colpirli. Secondo i resoconti dell'epoca, Çeku era il principale collegamento tra la NATO e l'UCK.