Baynes jogou pela Seleção Australiana no Campeonato Mundial e 2010 na Turquia, nos Jogos Olímpicos de 2012 em Londres, na Campeonato Mundial de 2014 na Espanha e nas Jogos Olímpicos de 2016 no Rio de Janeiro. A Austrália chegou a disputa da medalha bronze nas Olimpiadas de 2016 e perderam para a Espanha.