Nach der Flucht des Diktators und dem Sieg der Revolution am 1. Januar 1959 übernahm er als General mehrere Funktionen innerhalb der Streitkräfte (Fuerzas Armadas Revolucionarias). Als Einsatzleiter des Generalstabs war er im Dezember 1959 Vorsitzender des Militärtribunals gegen den von Castro des Hochverrats bezichtigten Huber Matos. Während der von den Vereinigten Staaten unterstützten, erfolglosen Invasion in der Schweinebucht durch Exilkubaner Mitte April 1961 war er Chef des Stabes der Armee ebenso wie im folgenden Jahr während der Kubakrise im Oktober 1962, einer äußerst ernsten Konfrontation zwischen den Vereinigten Staaten von Amerika und der Sowjetunion im Kalten Krieg mit Kuba im Zentrum des Geschehens und der hohen Gefahr des Beginns eines Atomkrieges.