1785 nahm Habersham ebenso wie sein jüngerer Bruder John als Delegierter seines Staates am Kontinentalkongress teil; drei Jahre später gehörte er der Versammlung an, die für Georgia die Verfassung der Vereinigten Staaten ratifizierte. Von 1792 bis 1793 war er Bürgermeister von Savannah. Danach wurde er 1795 Postminister im Kabinett von Präsident George Washington. Er bekleidete dieses Amt bis zum Beginn der Regierungszeit von Thomas Jefferson 1801. Danach fungierte er von 1802 bis zu seinem Tod im November 1815 als Präsident der Filiale der Bank of the United States in Savannah.