Nel 1798 venne nominato maggiore generale e fu destinato alla repressione della Rivolta irlandese del 1798. Il suo intervento personale nella battaglia di Foulksmills (20 giugno) consentì di riguadagnare il controllo della città di Wexford, prevenendone il saccheggio. Anche se la ribellione venne schiacciata con la massima severità, Moore dimostrò la sua grande umanità rifiutandosi di perpetrare atrocità.