Dois anos depois, Tombalbaye dissolveu os partidos de oposição e estabeleceu o unipartidarismo. O governo autocrático e Tombalbaye e sua má administração geraram tensões entre as distintas etnias do país e em 1965 os muçulmanos iniciaram uma guerra civil. Tombalbaye foi assassinado em 1975, mas o conflito continuou. Em 1979 as facções rebeldes tomaram a capital e todas as autoridades civis sofreram um colapso e o poder do país passou aos rebeldes armados, a maioria provenientes do norte do país. A desintegração do Chade provocou o colapso da presença francesa no país. A Líbia tentou tomar o controle do país e se envolveu na guerra civil. Em 1987, a aventura líbia terminou em desastre, quando o presidente Hissène Habré, apoiado pela França, invocou que os chadianos se unissem em apenas um grupo como nunca havia se visto antes, e assim obrigar o exército líbio a se retirar.