Tijdens de Opstand van Warschau tijdens de Tweede Wereldoorlog werd door het Derde Rijk, als repressie voor deze opstand tegen de bezetter het Bloedbad van Wola aangericht bij zowel deze kerk als de nabij gelegen Sint-Laurentiuskerk. Bij de Crimacuskerk vonden onder andere de priester van de kerk en zijn gezin de dood en de kinderen in het weeshuis dat door deze kerk werd gerund. De kerk diende tijdens deze opstand ook als schuilplaats voor de burgerbevolking van Warschau. Verder maakte de Wehrmacht zich schuldig aan plundering en vernieling van kerkgoederen, zoals het stelen van de kerkklokken.