V dubnu 1939 vojska fašistické Itálie Albánii okupovala a v říjnu následujícího roku Italové přepadli také Řecko. Mussoliniho invazní jednotky byly ale v Epiru poraženy a zatlačeny zpět do Albánie. Špatně vyzbrojení, avšak odhodlaní Řekové poté obsadili velkou část jižní Albánie a severní Epirus. Pouze intervence nacistického Německa v dubnu 1941 ušetřila Italy ponižující porážky. Řecko stejně jako Jugoslávie bylo mocnostmi Osy rychle poraženo a okupováno. Po obsazení fungoval hornatý Epirus jako jedno z center řeckého odporu proti okupantům, v jehož čele stáli komunističtí partyzáni (ELAS) a republikáni (EDES). Po německém ústupu z Řecka v roce 1944 tyto skupiny obrátily zbraně proti sobě. V následné řecké občanské válce se Epirus stal dějištěm mnoha těžkých bojů. Desetitisíce místních etnických Albánců byly v této době vyhnány z řeckého Epiru. Co se týká severního Epiru, řečtí nacionalisté dodnes vznášejí požadavky na toto území, nicméně řecká vláda se v 90. letech od těchto snah distancovala.