За сборную Словакии Марек Заграпан выступал на чемпионатах мира среди юниоров 2003 и 2004 годов, на первом из которых он стал обладателем серебряных медалей, молодёжных чемпионатах мира 2005 и 2006 годов, а также чемпионате мира 2010 года.