Pada tahun 1418, Raja Taejong memulai tradisi agar para putera diraja memasuki Sungkyunkwan. Semasa pemerintahan Raja Yeongsangun yang zalim pula, Sungkyunkwan diubah menjadi tempat hiburan peribadi. Ketika baginda digulingkan, ia dikembalikan ke statusnya yang sebelumnya. Sungkyunkwan dibina semula pada tahun 1601 setelah banyak bangunan terbakar termasuk kawasan Munmyo semasa pencerobohan Jepun (1592 - 1598). Pada tahun 1784, Byeokipjae (벽입재, 闢入齋) dimusnahkan oleh api. Ia tidak lagi ada di kawasan kampus sekarang.