Inzaghi esordisce nella nazionale italiana Under-21 il 22 dicembre 1993 nell'amichevole -, conclusasi 0-0. L'anno seguente prende parte alla fase finale dell'europeo Under-21, vinto dagli azzurrini, giocando il ritorno dei quarti di finale contro la e la finale contro il . Nel biennio successivo disputa le qualificazioni per l'europeo Under-21 del 1996 (7 partite e 2 gol) ed è convocato per la fase finale in Spagna, ma viene poi sostituito da Francesco Totti per un infortunio alla caviglia. In totale con la Nazionale Under-21 ha giocato 14 partite e ha realizzato 3 gol.