En 1886, il participe aux opérations navales de Preveza en tant que lieutenant. Pendant la guerre gréco-turque de 1897, il commande le navire "Alfeios" en tant que capitaine de corvette. Son navire prend part à deux débarquements de troupes grecques sur l'île de Crète. En 1901, il effectue un voyage transatlantique jusqu'à Boston comme commandant du navire-école le "Miaoulis". Il devient aide-de-camp du roi George Ier à partir de 1908 jusqu'en 1911. En , Koundouriótis est envoyé en Grande-Bretagne pour prendre le contrôle de l"'Averof" à la suite de la "mutinerie au fromage bleu". Il y rétablit très vite la discipline et assure le retour en Grèce du cuirassé.