Le déclin de l'Église confessante est accompagné d'une répression qui s'abat sur ses membres : Martin Niemöller est arrêté le et passe la durée de la Seconde Guerre mondiale dans des camps de concentration, Sachsenhausen puis Dachau, mais en quartier spécial, ce qui le met à l'abri des mesures arbitraires de la SS. Pour avoir pris part à la conspiration de Stauffenberg, Dietrich Bonhoeffer est arrêté en 1943 et envoyé d'abord à la prison de Tegel, puis à Buchenwald et Flossenbürg, où il sera exécuté.