Fidèle à son habitude, il se distingue particulièrement en séries éliminatoires, d'abord avec deux circuits et 6 points produits en 5 matchs dans la Série de division face aux Pirates de Pittsburgh. Il enchaîne avec 6 coups sûrs, dont un triple, et 6 points produits dans les 6 matchs de la Série de championnat de la Ligue nationale remportée sur les Dodgers de Los Angeles. Il frappe pour ,286 de moyenne au bâton dans ce duel, auquel il fait suite avec une moyenne de ,294 dans les 6 matchs de la Série mondiale 2013, que les Cardinals perdent aux mains des Red Sox de Boston. Au total dans les éliminatoires 2013, Beltran frappe pour ,268 avec 15 coups sûrs dont deux circuits, 15 points produits et une moyenne de présence sur les buts de ,388 en 17 matchs.