Las buenas nuevas de su vida quedarían en ascuas tras la derrota de sus pares en Chacabuco (febrero de 1817), tras lo cual debe replegarse junto a los restos del ejército realista a la vecina plaza de Talcahuano, donde participa activamente en las obras de fortificación y defensa de aquel puerto, bajo las órdenes del intendente José Ordóñez. Mientras permanecía sitiado, es incitado a desertar de las filas realistas por el brigadier argentino Juan Gregorio Las Heras, sin embargo, estos ofrecimientos resultaron inútiles frente al joven oficial realista. Por el contrario, hacia fines de ese año Benavides comanda una violenta campaña de guerrillas, las que se internan en el corazón mismo de La Frontera hostilizando a las fuerzas insurgentes con el apoyo incondicional de los mapuche. A esas alturas es ascendido a capitán.