La saison 2002-2003 est complètement ruinée par les blessures. Les Raptors établissent même deux records en devenant la première équipe à ne jamais pouvoir présenter douze joueurs en tenue durant un seul match de la saison régulière, et en totalisant 519 matchs manqués par les joueurs sur toute la saison, battant les Celtics de Boston et leurs 480 matchs en 1996-1997. Vince Carter manque 39 matchs, Lindsey Hunter 53, Antonio Davis 29. Les Raptors finissent avec 24 victoires, leur plus faible total depuis la saison 1997-1998. Ils obtiennent en revanche le quatrième choix de la Draft (repêchage) 2003 et sélectionnent Chris Bosh.