Sur le plan administratif, en 1968, une assemblée générale du personnel (alors plus de ) avait proposé de remplacer l'assemblée des professeurs (instituée en 1793 comme unique instance dirigeante, scientifiquement comme administrativement) par un conseil où seraient représentés à parts égales les professeurs, les chercheurs et les techniciens. Cette proposition n'a pas abouti, mais au fil des années l'assemblée des professeurs a perdu de ses prérogatives au profit des secrétaires généraux nommés par les ministères de tutelle. Ainsi, le décret du fait du Muséum national d'histoire naturelle un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel. Ce décret met fin au rôle d'administrateurs des professeurs et substitue l'assemblée des professeurs par deux conseils formés de membres élus (en majorité) ou nommés pour quatre ans, parmi lesquels peuvent aussi se trouver des personnes extérieures à l'établissement : un conseil d'administration de et un conseil scientifique de divisé en trois sections (collections, recherche, diffusion des connaissances), chaque section étant habilitée à se réunir séparément des autres. En 1994, une nouvelle circulaire ajoute un troisième conseil de gestion, le conseil des laboratoires.