בשנת 2004 כשטייל עם בנו מתיאס בתאילנד נקלעו שניהם בקאו לאק בעת הצונאמי .ניניסטה הצליח להציל את עצמו ואת בנו תוך כדי טיפוס על עמוד טלגרף. בשנת 2009 התחתן ניניסטה פעם שנייה עם המשוררת ייני אלינה האוקיו. הוא מגדל כלב מגזע בוסטון טרייר.