Na de overgave van Italië aan de geallieerden en de daaropvolgende Duitse overname van Noord- en Midden-Italië in september 1943, werd Globocnik overgeplaatst naar Triëst. Onder bevel van Karl Wolff, de hoogste SS- und Polizeiführer van Italië begon hij een grootschalige anti-partizanenoperatie. Naast veel partizanen werden ook andere tegenstanders van het regime, voornamelijk Joden en politieke tegenstanders, gedeporteerd en gemarteld. Vrijwel alle opgepakte personen - circa 25.000 in totaal - belandden in het kamp Risiera di San Sabba. In dat kamp kwamen onder het gezag van Globocnik tussen de 3.000 en 5.000 personen om het leven. Het merendeel van de overige gevangenen werd nadien gedeporteerd naar concentratie- of vernietigingskampen in Duitsland en Polen. Zo werd onder meer een kwart van de vooroorlogse Joodse populatie van Triëst naar Auschwitz gedeporteerd.