16 января 1994 года Правительство Израиля приняло решение о строительстве нового терминала, открытие которого планировалось на 2000 год. По разным оценкам, в связи с приближением Миллениума ожидалось большое количество паломников, которые посетят святые места в Израиле. Прогноз оправдался, и количество пассажиров, прошедших через аэропорт, действительно стало рекордным, но после начала интифады Аль-Акса количество пассажиров снизилось до , и пассажиропоток смог превысить отметку 2000 года только в 2007 году.