En la dècada de 1980, un grup de 500 banyarwanda refugiats a Uganda, dirigits per Fred Rwigyema va lluitar amb el rebel Exèrcit de Resistència Nacional (NRA) a la Guerra Civil ugandesa, qui va veure Yoweri Museveni enderrocant Milton Obote. Aquests soldats van romandre en l'exèrcit d'Uganda Després de la inauguració de Museveni com a president d'Uganda, però simultàniament va començar la planificació d'una invasió de Ruanda a través d'una xarxa encoberta en els comandaments de l'exèrcit. En 1990 els soldats van trencar files i va començar la invasió del nord de Ruanda com a Front Patriòtic Ruandès (FPR), iniciant la Guerra Civil ruandesa; Cap de les parts fou capaç d'obtenir un avantatge decisiu, i en 1993 el govern ruandès i el FPR van signar un alto el foc. Aquest va acabar el 6 d'abril de 1994 quan l'avió del president Habyarimana fou derrocat vora l'aerport de Kigali, i ell va morir. L'enderroc de l'avió va servir com el catalitzador per al genocidi de Ruanda, que va començar a les poques hores. Al llarg d'aproximadament 100 dies, entre 500.000 i 1.000.000 tutsis i hutus políticament moderats foren assassinat en atacs ben planejats ordenats pel govern interí. També foren assassinats molts, encara que no foren amenaçats directament. El FPR va reiniciar la seva ofensiva i va prendre el control del país metòdicament, i a mitjans de juliol havia assolit el control de tot el país.