La fortaleza volvió a dominio español tras la Sublevación del Callao realizada por el sargento Dámaso Moyano en 1824, tomando el mando de esta el brigadier español José Ramón Rodil y Campillo, quien, negándose a reconocer la capitulación de Ayacucho, resistió el asedio de las fuerzas patriotas al mando del general Bartolomé Salom hasta el 22 de enero de 1826, en que entregó la plaza al ver que la ayuda de España no llegaba. Esta acción fue el fin del Imperio español en América del Sur, pues el mismo día se juraba la independencia de Chiloé, que fue anexionado a Chile con la firma del Tratado de Tantauco una semana antes.