Наприкінці 1929 р. Державне видавництво України запропонувало Яворницькому підготувати до видання його «Историю запорожских козаков». Але, вже почалися сталінські репресії, проводилися масові чистки від «неблагонадійної» інтелігенції, фабрикувалися справи і проводилися гучні процеси. Яворницький не брав активної участі у політичному житті, він перебував на обліку в ДПУ як соціально небезпечний елемент. Вже у середині 1920-х рр. на нього був донос і встановлено таємний нагляд. Сам знаходячись під «прискіпливим оком системи», Яворницький не боявся підтримувати, заступатися, надавати роботу в музеї, залучати в Дніпробудівську експедицію тих, хто зазнав утисків. Серед епістолярної спадщини Яворницького є один лист, який містить інформацію про Голодомор-геноцид. Це лист священника Василя Котляревського, який під впливом академіка Яворницького збирав народні пісні, пам'ятки історії та культури для Дніпропетровського історичного музею (в роки Голодомору проживав в селі Пескошино Мелітопольського округу). В листі Котляревський благає Дмитра Яворницького надіслати йому продукти, або гроші.