I kirkens organisation rådede før revolutionen Cæsareopapismen. Alle Den hellige Synodes bestemmelser skulde stadfæstes af zaren. Endog helgenkanonisationer skete ifølge kejserlig bestemmelse. Synoden bestod af 8—12 medlemmer, og dens ledende formand kaldtes generalprokurør. Riget var delt i bispedømmer (i det europæiske Rusland, mellem 50 og 60), og bispedømmerne faldt gennemgående sammen med guvernementerne. Biskoppen beherskedes fuldstændig af Den hellige Synode, men beherskede atter igen fuldstændig sine underordnede, præster og munke, havde ordinationsret og også strafferet. Præsterne (poperne) deltes i forskellige klasser, og under præsterne stod atter diakonerne. Munkevæsenet i den russiske kirke lignede ganske munkevæsenet i Østens øvrige kirkeafdelinger. Første verdenskrig, Februarrevolutionen og Oktoberrevolutionen forandrede imidlertid den russiske kirkes ydre og indre forhold.