Il anime le GUNT, gouvernement de l'opposition à la dictature d'Hissène Habré, tout au long des années 1980. En 1983, les progrès du GUNT conduisent à l'opération Manta de l'armée française, en soutien à Habré. Trois ans plus tard, une nouvelle offensive conjointe de la Libye et du GUNT suscite une nouvelle réaction de Paris, avec l'opération Épervier. En 1987, Oueddei s'exile à Alger. Le , après 22 ans d'exil, il annonce son retour au Tchad.