2001. június 11-én fejezték be a felújítás utáni alapkiképzést, majd egy öthetes gyakorlást követően elkezdte felkészülését a partraszálló készenléti csoportban való részvételre. 2001. szeptember 19-én, nyolc nappal a World Trade Center elleni merényletek után a "Whidbey Island" megkezdte hetedik földközi-tengeri bevetését - a különleges hadműveletekre felkészített "26. Tengerészgyalogos Expedíciós Egység (26th MEU/SOC)" katonáival vett részt az Egyiptom partjainál végrehajtott "Exercise Bright Star" gyakorlaton. Ezt követően a török Marmaris kikötőjében töltött el pár napot, majd a Szuezi-csatornán keresztül a Perzsa-öböl térségébe hajózott. Az "Enduring Freedom hadművelet" keretén belül a "Whidbey Island" 123 napot töltött egyhuzamban a tengeren a "26. MEU" hadműveleteinek támogatására, amely a partvonaltól 1300 kilométerre, Afganisztánban hajtott végre sikeres partraszállást.