בשנת 1962 הוענקה לאוגנדה עצמאות במסגרת חבר העמים הבריטי. בשנת 1966 הודח ראש הממשלה הראשון של אוגנדה, מילטון אובוטה, ובתגובה להדחה הוא ביצע הפיכה, תפס את מושכות השלטון והכריז על עצמו כנשיא. המתח שנוצר הביא להתערבות של הצבא, כאשר בשנת 1971 ביצע מפקד הצבא אידי אמין הפיכה צבאית, פיזר את הפרלמנט, העמיד את עצמו בראשות המדינה והנהיג דיקטטורה רצחנית. שלטונו של אידי אמין עלה בחייהם של כ־300,000 מבני אוגנדה, והוא הסתיים בשנת 1979 בעקבות מלחמתה עם טנזניה ופעילות כוחות גרילה אוגנדיים. אידי אמין, שהמיר את דתו לאסלאם, נמלט ללוב ולאחר מכן לעיראק, ולבסוף השתקע בערב הסעודית, שם מת בשנת 2003. שנת 1976 אוגנדה עלתה לכותרות בעקבות מבצע אנטבה, שבמהלכו השתלט כוח ישראלי מוטס על שדה התעופה באנטבה ושחרר עשרות ישראלים ממטוס חטוף.