Baghirov ebbe il suo battesimo del fuoco, facendo parte del 773º reggimento di artiglieria della 317ª divisione fucilieri nella 57ª armata della oblast' di Charkiv, sul fronte sud-occidentale, diventando comandante di plotone. Baghirov senti’ i primi spari quando il treno militare su cui stava viaggiando, aggirando Voroshilovgrad, fu sottoposto al fuoco nemico nelle vicinanze della stazione di Svyatogorsk. Nel maggio 1942, durante l'operazione Charkov, le truppe del fronte sudoccidentale caddero sotto assedio e subirono pesanti perdite. Anche il reggimento del tenente Baghirov fu circondato e lui stesso, ferito, fu fatto prigioniero. Cosi, nelle vicinanze delle città di Barvinkove e Lozova, Baghirov rimase contuso e fu gravemente ferito alla testa, alla mascella e alla gamba prima di far esplodere le armi perche non rimanessero al nemico. Durante la prigionia, Baghirov si ammalò di tifo. Alla fine di giugno 1942, quando Baghirov, trovandosi in un campo di concentramento nella città di Proskurov, giaceva privo di sensi, affetto da tifo, i nazisti gli applicarono sulla testa con la pratica di marchiatura il numero "27". Baghirov aveva ripreso conoscenza dal dolore. Più tardi egli apprese che la marchiatura fu fatta a seguito dell’arrivo al campo di un medico tedesco che selezionava tra i morenti le vittime per gli esperimenti cerebrali. Così Baghirov ricorda i giorni trascorsi in prigionia