Nel conflitto tra Ciad e Libia fu uno dei comandanti dell'esercito del regime di Muʿammar Gheddafi. Nel 1987, durante la guerra contro il Ciad, fu preso prigioniero nel corso della battaglia di Wadi al-Dum. In prigionia formò un contingente di circa prigionieri libici, la "Forza Haftar", equipaggiata dagli Stati Uniti, col compito di rovesciare il regime libico. Fu rilasciato nel 1990 grazie ai buoni uffici statunitensi e trascorse quasi 20 anni negli USA, ottenendo anche la cittadinanza di quel Paese. Nel 1993, mentre si trovava nella sua residenza di Vienna, in Virginia, fu condannato in patria, in contumacia, alla pena capitale per "crimini contro la Jamāhīriyya libica". Alcune fonti parlano anche di suoi legami con la Central Intelligence Agency, comunque smentite dallo stesso generale.