С началом войны Бабенко продолжал командовать эскадрильей 42-го тяжелобомбардировочного авиационного полка 26-й бомбардировочной авиадивизии ВВС Закавказского военного округа. С 25 августа по 17 сентября 1941 года полк участвовал в Иранской операции (Англо-советское вторжение в Иран), где за три первых дня выполнил 48 боевых вылетов с налетом 197 часов. Полк наносил удары по аэродромам Тевриз, Миане и Тегеран.