Nach der Versorgung durch seinen um ihn besorgten Schwager erholte sich Hayes im nahegelegenen Middletown, wo er bei einer Familie einquartiert wurde, während sein Regiment in der Schlacht am Antietam kämpfte. Hier fand und pflegte ihn Lucy Hayes, die sich nach Gerüchten über seinen Tod auf die Suche nach im begeben hatte. Als Lincoln im September 1862 die Emanzipationsproklamation verkündete, reagierte Hayes darauf mit Genugtuung, an der auch die Verluste der Republikaner bei den Kongresswahlen im November nichts änderten. Er hielt ebenso die Ablösung von George B. McClellan vom Oberkommando über die Potomac-Armee für die richtige Entscheidung Lincolns. Am 24. Oktober 1862 wurde er zum Oberst befördert und zum Kommandeur des 23. Ohio-Infanterieregiments ernannt, zu dem er nach seiner Genesung zurückkehrte. Bald nach seiner Ankunft im Feldlager am Gauley River wurde Hayes der Dienstposten des Brigadekommandeurs der 1. Brigade der 2. Kanawha-Division angeboten. Mitte Dezember trat der spätere Präsident William McKinley seinen Dienst als Oberleutnant im Regiment an, wo Hayes ihn als Quartiermeister einsetzte. Bis März 1863 besuchten ihn Lucy und die Kinder im Feldlager. Hayes wurde am 19. März 1863 zum Brigadekommandeur ernannt. Danach marschierte die 1. Brigade zum Camp White, das gegenüber Charleston lag.