После распада СССР и начала первой Карабахской войны сообщение на этом участке прекратилось. Под контроль непризнанной НКР перешли азербайджанские районы между НКАО и иранской границей — Кубатлинский, Зангеланский, Джебраильский и треть Физулинского района. Железные дороги в этих районах и в Сюникской области Армении были разобраны, а сухопутная связь Нахичевани с Азербайджаном прервалась. Добираться до автономной республики жители Азербайджана могли либо по воздуху, либо через Иран. Тем не менее вопрос разблокировки транспортного сообщения обсуждался на мирных переговорах.