Nell'estate 2004 Baldini è chiamato a sedere sulla panchina del . A dicembre, però, la squadra gialloblù è al penultimo posto in classifica con soli 12 punti. Questa situazione spinge la dirigenza emiliana ad esonerare Baldini, che ancora una volta non riesce a terminare la stagione sulla panchina. A settembre 2005 Baldini è chiamato ad allenare il Lecce dopo l'esonero di Angelo Gregucci. La squadra giallorossa, tuttavia, non riesce ad invertire la rotta e rimane in zona retrocessione. Baldini è nuovamente esonerato nel gennaio 2006. A giugno 2007 Baldini è chiamato ad allenare il Catania per la stagione sportiva 2007-2008 succedendo al tecnico Pasquale Marino.