Там його з самих перших днів застала й Німецько-радянська війна. За його спогадами, його батальйон обороняв кордон більше десяти днів, несучи великі втрати, потім поступово відступав на схід. Борис Якимович брав участь у обороні Києва, отримав медаль «За оборону Києва». Пізніше були запеклі бої на Дніпрі, під Сумами, на Донбасі та Сталінградська битва. Всю війну був рядовим стрільцем, пізніше — радистом у піхоті, у складі військ Південно-Західного, Сталінградського, Донського, 1-го та 2-го Прибалтійського та Ленінградського фронтів. Закінчив війну у Прибалтиці, був тричі поранений, контужений, інвалід війни II групи. Нагороджений орденами Червоної Зірки (1944) та Вітчизняної війни I-го ступеня (1985), медалями.