Durante la Guerra Civil luchó con las fuerzas republicanas, integrándose en el Ejército Popular de la República. En abril de 1938 fue nombrado comandante de la 208.ª Brigada mixta, combatiendo en el frente de Levante. Con posterioridad recibió el mando de la 206.ª Brigada Mixta, unidad de choque. El 3 de marzo de 1939 estalló en la base naval de Cartagena una rebelión armada, en principio de carácter anticomunista pero que rápidamente se convirtió en profranquista. Precioso Ugarte fue enviado con la 206.ª BM a la base naval, donde logró acabar rápidamente con la sublevación aunque no pudo evitar la fuga de la flota de guerra republicana.