Après la Coupe du monde et du fait que des joueurs comme Frank Lebœuf, Vincent Candela ou Philippe Christanval ne réapparaissent plus sous le maillot bleu, il gagne du temps de jeu et gagne à nouveau la Coupe des confédérations en 2003 (il joue les matchs contre le Japon, 2-1 et contre la Nouvelle-Zélande, 5-0). Il devient naturellement titulaire avant de disputer l'Euro 2004. Mais ses prestations ne sont pas à la hauteur de son talent : il est fautif lors du premier match contre l'Angleterre dépassé par Frank Lampard puis provoque un penalty, (stoppé par Fabien Barthez), puis un autre contre la Croatie entraînant l'égalisation croate et lors du dernier match du premier tour contre la Suisse sur une erreur de passe. La défense française encaisse cinq buts en quatre matches puis éliminée face à la Grèce, futur vainqueur de la compétition. Après cet Euro 2004, il ne regagnera jamais une place de titulaire, mais fera partie tout de même de la liste des 23 pour la Coupe du monde en 2006.