Aunque su gobierno reclamaba jurisdicción sobre todo el territorio del virreinato, las Provincias Unidas del Río de la Plata nunca llegaron a controlar la totalidad del antiguo virreinato, que acabó por subdividirse en países: nunca pudo controlar la intendencia del Paraguay, pese a una campaña militar enviada en su contra. Perdió el control del Alto Perú durante la guerra de la independencia, luego de las batallas de Huaqui (1811) y Sipe Sipe (1815). La guerra contra los luso-brasileños y los conflictos con José Artigas dieron lugar a la pérdida del control sobre la Provincia Oriental, que finalizó con la creación del estado tapón llamado Estado Oriental del Uruguay en 1828. Estos tres territorios se transformaron en sendos estados independientes: en 1811 se independizó la actual República del Paraguay, en 1825 el Alto Perú formó la actual Bolivia y, en 1828, la Provincia Oriental obtuvo su independencia como la actual República Oriental del Uruguay.