En 1982, il s’est engagé dans la milice Bassidj et a gravi les échelons dans la guerre contre l'Irak. Vers la fin du conflit, Jafari s’est retrouvé adjoint du commandement des forces terrestres et de toutes les forces engagées. Ensuite, il a été nommé commandant des forces terrestres des Pasdaran de 1991 à 2004. En , Jafari a été chargé de former le Centre stratégique du corps des gardiens de la révolution.