Am 18. April 1865 wurde Puttkamer zum Kommandeur des Feldartillerie-Regiment Nr. 2 ernannt und am 18. Juni 1865 zum Oberst befördert. Während des Deutschen Krieges 1866 war er Kommandeur der Reserveartillerie des II. Armee-Korps und kämpfte bei Gitschin und Königgrätz. Mitte Januar 1868 folgte seine Ernennung zum Kommandeur der 9. Artillerie-Brigade sowie am 18. Juni 1869 die Beförderung zum Generalmajor. Seine Brigade führte Puttkamer 1870/71 im Krieg gegen Frankreich in den Schlachten bei Vionville, Gravelotte, Noisseville, Orléans, Le Mans sowie einer Reihe von Gefechten. Neben beiden Klassen des Eisernen Kreuzes erhielt Puttkamer für seine Leistungen den Orden Pour le Mérite, das Kommandeurkreuz I. Klasse des Ludewig-Ordens, sowie das Hessische und das Mecklenburgische Militärverdienstkreuz.