En 1941, tras la nacionalización de los ferrocarriles de ancho ibérico, las instalaciones pasaron a manos de RENFE. Con posterioridad, a partir de la modernización del parque motor de RENFE, el depósito también acogió una reserva compuesta por máquinas diésel. El 31 de julio de 1989 se clausuraron tanto el depósito de San Jerónimo como los talleres, siendo concentrados los servicios en Santa Justa. A comienzos de la década de 1990, con motivo de las obras para la Expo'92, la mayor parte de las instalaciones fueron derruidas.