Siden uafhængigheden har forbindelsen med Sudan været under forandring. Sudans præsident Omar al-Bashir annoncerede først i januar 2011, at dobbelt statsborgerskab i Nord og Syd ville være tilladt, men ved Sydsudans uafhængighed har han trukket tilbuddet tilbage. Han har også foreslået et konføderation i EU-stil. Essam Sharaf, premierminister i Egypten efter den egyptiske revolution i 2011, gjorde sit første udenlandske besøg i Khartoum og Juba i op til Sydsudans løsrivelse. Israel har hurtigt anerkendt Sydsudan som et uafhængigt land, og er vært for tusindvis af flygtninge fra Sydsudan, der nu står over for udvisning til deres hjemland. Egypten, Sudan, Tyskland og Kenya anerkende landets uafhængighed den 8. juli 2011.