Malhuret war ein Vertreter der 1968er-Studentenbewegung, distanzierte sich aber angesichts des Genozids der Roten Khmer in Kambodscha und den Massakern des Derg in Äthiopien von linken Ideologien. Im Jahr 1984 gründete Malhuret die Organisation "Liberté sans Frontières" („Freiheit ohne Grenzen“), die sich gegen linke Entwicklungstheorien und totalitäre Regimes in der Dritten Welt stellt. Dieser schlossen sich auch François Fejtő, Jean-François Revel, Emmanuel Le Roy Ladurie und Alain Besançon an. Auf Vorschlag von Alain Madelin von der Parti républicain (PR) war Malhuret von 1986 bis 1988 Staatssekretär für Menschenrechte im Cohabitations-Kabinett Chirac II.