Во время войны неоднократно повышался-понижался в звании. В исторической битве при Геттисберге 1-3 июля 1863 года его батальон потерял 257 чел., а сам он получил за храбрость чин майора. В 1865 году преследовал генерала Ли, принудив того к капитуляции. С окончанием войны и демобилизацией перешёл в регулярную армию в постоянном чине подполковника, после чего воевал на Западе против индейцев. В 1867 году принял участие в кампании Хэнкока против шайеннов и сиу. В том же году попал под трибунал и был отстранён от службы за самовольную отлучку из форта Уоллес в форт Райли, где хотел повидаться с супругой.