1648 wurde die Union von mehreren Konflikten verwüstet. Beim Chmelnyzkyj-Aufstand, der als „Geziroth Tach veTat“ in die jüdische Geschichte einging, wurden unzählige Juden und Polen in den östlichen und südlichen Gebieten der heutigen Ukraine von den Register-, den Saporoger Kosaken, der russisch-orthodoxen Landbevölkerung und Tataren ermordet, vertrieben, in die Sklaverei verkauft oder zwangsgetauft. Chmelnyzkyj behauptete, dass die Polen sich als Sklaven „in die Hände der verfluchten Juden“ verkauft hätten. Die genaue Anzahl der ermordeten Juden ist nicht bekannt, lag aber im fünfstelligen Bereich. Zeitgenössische jüdische Berichte nennen unterschiedliche Zahlen bei vernichteten jüdischen Gemeinden und ermordeten Gemeindemitgliedern (Zoq haIttim, Rabbi Meir meSzczebrzeszyn, Jewen Mezulah, Rabbi Nathan Neta Hannover, unter anderem). Eine Rekonstruktion war für die damaligen Schreiber auch kaum möglich. Sie waren auf Berichte von Betroffenen angewiesen, die selber auf der Flucht waren. Ein zeitgenössischer jüdischer Chronist und selbst Opfer der Pogrome war Nathan Hannover mit seinem Buch "Jawen Mezulah". Was bleibt, ist die Tatsache, dass die Ereignisse in der Folge des Pogroms den größten Umbruch in der jüdischen Geschichte des Abendlandes brachten, die man bis zu diesem Zeitpunkt erlebt hatte. Die jüdischen Gemeinden des Heiligen Römischen Reichs mussten Zehntausende von Flüchtlingen aufnehmen und versorgen. Eine Leistung, die umso bemerkenswerter ist, als der Dreißigjährige Krieg kaum beendet war. Aber auch die jüdischen Gemeinden der Niederlande und Italiens nahmen Flüchtlinge auf. Italienische und osmanische Gemeinden brachten riesige Summen Geldes auf, um von den Tataren in die "Jasyr" (die Gefangenschaft im Osmanischen Reich) verbrachte Glaubensbrüder auszulösen.