16 октября 1859 года аболиционист Джон Браун и его отряд мятежников атаковали арсенал в Харперс-Ферри для захвата оружия и вооружения рабов. Они заняли арсенал и захватили заложников, однако после вмешательства властей, были все захвачены, Браун был повешен 2 декабря 1859 года. Суд над аболиционистом привлёк внимание к проблеме рабства. Во время Гражданской войны город, из-за своего стратегического местоположения захватывался восемь раз. Когда в апреле 1861 года отделялась Западная Виргиния, гарнизон Союза попытался сжечь арсенал и уничтожить оборудование. В сентябре 1862 года во время сражения при Харперс-Ферри в плен было захвачено историческое количество северян (около 12 500 человек).