В 39 г. до н. э. присоединился к мятежу Секста Помпея на Сицилии. Скорее всего, это стало результатом того, что Силан оказался в списках преследуемых после Перузинской войны. Впрочем, в этом же году, по результатам Мизенского соглашения между триумвирами и Секстом Помпеем, Силан был восстановлен в правах и получил возможность вернуться на службу к Антонию.