Christian Gaudin commence sa carrière à l'USAM Nîmes 30 avec lequel il remporte quatre titres de champion de France en 1988, 1990, 1991, 1993 et une Coupe de France en 1994. Cette même année, il choisit de rejoindre l'US Créteil de Thierry Anti. La saison suivante, auréolé d'un titre de champion du monde 1995, il évolue pour l'Istres Sports. Après deux saisons, en 1997, il rejoint le championnat d'Allemagne et le club du VfL Hameln pour deux saisons. Puis, entre 1999 et 2003, c'est avec le SC Magdebourg et en compagnie de Joël Abati et de Guéric Kervadec qu'il atteint les sommets : en 2001, ils deviennent ainsi champions d'Allemagne et remportent la Coupe de l'EHF, puis, la saison suivante, la consécration arrive avec la Ligue des champions 2001-2002. En 2003, alors qu'il était toujours sous contrat à Magdebourg, il décide pour raisons personnelles de rentrer en France et, à la surprise générale, il rejoint le Saint-Raphaël VHB qui évolue en Division 2 mais qui possède de fortes ambitions. Il y termine sa carrière de joueur après trois saisons.