Napoleão decidiu, sem ordens de Paris, antecipar-se aos planos de Jezzar (que estava a organizar um exército otomano na Síria) e marchar ao seu encontro. O objectivo de Napoleão era avançar até Acre, derrotar as tropas de Jezzar e, então, com um exército de cerca de 50.000 homens, constituído por Franceses mas também por Árabes e Núbios, forçar o Sultão a aceitar a paz e a apoiá-lo na marcha para a Índia. No dia 19 de Novembro, Napoleão enviou um ultimato a Jezzar, no qual declarava considerar como acto de guerra dar guarida às tropas de Ibrahim Bey. Este chefe mameluco tinha retirado para aquela região após a derrota na Batalha das Pirâmides. Não recebeu nenhuma resposta a este ultimato e, assim, decidiu prosseguir com os seus planos. No dia 25 de Janeiro também enviou uma mensagem ao único príncipe indiano que continuava a lutar com sucesso contra o domínio britânico, Fateh Ali Tipu do Reino de Mysore. Nesta mensagem, Napoleão informava Tippu de que, em breve, chegaria com um exército invencível, ao qual se juntariam os Mamelucos e os Árabes do Egito. Para Napoleão, a Síria podia ser a primeira etapa de uma longa marcha, que o poderia conduzir à Índia, mas também a Constantinopla. De acordo com o seu conceito de acção, algumas vitórias militares seriam um incentivo para as vítimas de Jazzar (Maronitas, Drusos ou Xiitas) se reunirem a ele e, também, para estimular a sublevação de diversos povos (Gregos, Arménios, Persas, Curdos ou Turcomanos), com a finalidade de se libertarem do jugo otomano.