Etter krigen var det mye interesse og forberedelser innenfor det jødiske samfunnet for den kommende fredskonferansen i Paris av grupper som både støttet og som motsatte seg opplegget med et jødisk hjemland i Palestina. I mars 1919, mens president Woodrow Wilson var i ferd med å forlate konferansen, var Morgenthau blant de 31 framtredende amerikanske jødene som signerte et antisionistisk opprop som ble gitt til kongressmedlem Julius Kahn. Morgenthau og andre framtredende jødiske representanter hadde deltatt i konferansen. Morgenthau fungerte som rådgiver i spørsmål angående Øst-Europa og Midtøsten, og senere arbeidet han med krigsrelaterte veldedighetsarbeid, inkludert Flyktningekomiteen for Midtøsten, Kommisjonen for greske flyktningebosetning, og amerikanske Røde Kors. I 1919 ledet han en amerikansk regjeringsnedsatt kommisjon for å etablere fakta om forfølgelsen av jøder i Polen som resulterte i en rapport som bar hans navn, "Morgenthau-rapporten". I 1933 var han amerikansk representant ved Flåtekonferansen i Genève hvor hensikten var å diskutere begrensninger i flåtebevæpning.