Van 22 augustus 1994 tot 3 augustus 1998 was hij minister van Defensie. Voorhoeve kreeg als verantwoordelijk minister voor Dutchbat met de massamoord van Srebrenica te maken, maar stapte ondanks zware kritiek niet op. Van mei 1998 tot december 1999 was hij weer lid van de VVD-fractie in de Tweede Kamer.