Από τα ευρήματα των ανασκαφών είναι πλέον γνωστό ότι η περιοχή του Ακρωτηρίου κατοικήθηκε για πρώτη φορά κατά την Ύστερη Νεολιθική περίοδο (γύρω στο 4500 π.Χ.) και κατά τον 18ο αιώνα π.Χ. είχε εξελιχθεί σε πόλη. Στις αρχές του 17ου αιώνα π.Χ. υπέστη μεγάλες καταστροφές από σειρά σεισμών, αλλά στην συνέχεια πολλά από τα κτίρια επισκευάστηκαν και άλλα έμειναν όπως ήταν, ενώ νέα κτίρια κτίστηκαν κοντά στα παλαιότερα και η πόλη επεκτάθηκε προς τα βόρεια. Η πόλη άκμαζε κατά την "Υστεροκυκλαδική Ι" περίοδο, μέχρι τον ενταφιασμό της από την λεγόμενη «Μινωική έκρηξη». Η Υστεροκυκλαδική Ι Περίοδος είναι σύγχρονη με την Υστερομινωική ΙΑ Περίοδο στην Κρήτη, περίοδος κατά την οποία άκμαζαν τα νέα ανάκτορα (Νεοανακτορική Περίοδος) εκεί.