L'expansion de l'Empire ottoman se traduisit par la perte progressive du Dodécanèse par les Hospitaliers de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem. Les persécutions latines ayant laissé de mauvais souvenirs aux populations, les Turcs ne furent pas mal accueillis lors de leur invasion. Les Turcs conquirent Rhodes en 1522 et le reste du Dodécanèse en 1537. Ils l'intégrèrent dans la « marche des îles de la mer du sud » ("Cezayir-i bahr-i Sefid adaları Akdeniz"). L'archipel ne se souleva pas pendant la Guerre d'indépendance grecque en 1821, hormis l'île de Kassos dont les navires participèrent aux opérations en Crète et menèrent des opérations de course contre les Turcs ; l'île fut cependant mise à sac par les Égyptiens en 1824 et se soumit. Le Dodécanèse demeura donc sous domination ottomane après l'indépendance de la Grèce. Cependant en 1908 les douze îles décidèrent de s'unir pour lutter contre la domination ottomane, mais, avant que leur action n'aboutisse, l'Italie en profita.