鄭芝龍對歷史的影響，主要是作為先於荷蘭人的先驅漢人，繼承李旦和顏思齊等人及部眾開發臺灣，他在臺灣西南海岸魍港建立基礎，為漢人移台的主要據點。明朝繼元朝之後在澎湖設立巡檢司，對往來船隻課稅、捕盜。荷蘭人曾攻打澎湖，受海禁政策影響，荷蘭轉而在當時未受大明管轄的臺灣建立據點，後來鄭芝龍的兒子南明延平王鄭成功於攻臺之役驅逐荷蘭人，以南明延平王身份正式領有台灣，並引渡大量漢人開發臺灣。