З 1966 года, пасля звяржэння манархіі і ўсталявання ў краіне аднапартыйнай і аўтарытарнай рэспубліканскай формы кіравання, адзначаецца вельмі нестабільнае палітычнае становішча, якое з цягам часу пагаршалася шэрагам узброеных канфліктаў на этнічнай глебе. У 1970-я і 1990-я Бурундзі перажыла дзве грамадзянскія вайны і два генацыды. Узброеная барацьба за ўладу ў Бурундзі этнічных груп хуту і тутсі (адпаведна 85 % і 14 % насельніцтва) максімальна абвастрылася ў 1993 годзе і выклікала шматгадовы палітычны і эканамічны крызіс у краіне, абрынуўшы яе да ліку найбяднейшых у свеце. 6 красавіка 1994 года прэзідэнт Бурундзі Сіпрыен Нтар’яміра разам з руандыйскім калегам загінуў у авіякатастрофе, што стала падставай для генацыду тутсі ў Руандзе і далейшай эскалацыі канфлікту ў Бурундзі.