Présentant le pays comme une nation une et indivisible et pluricontinentale, le régime dictatorial refuse d'enclencher une décolonisation ; les colonies n'existeraient pas. En 1951, il renomme celles-ci en , calmant ainsi les critiques de la communauté internationale. Il abandonne également la dénomination d'. Ces décisions entraînent une série de conflits coloniaux. La première colonie à se révolter est l'Angola en 1961, suivie par la Guinée-Bissau en 1963 et enfin par le Mozambique en 1964. L'Inde profite de cette situation pour annexer Goa, Damao et Diu, les îles Anjidiv, lors de l'opération Vijay en décembre 1961. Entre 1974 et 1975, le Portugal doit donner l'indépendance à toutes ses colonies, seules deux régions n'ont pas pris l'indépendance : Madère et les Açores. Le , les deux premières colonies qui ont pris leur indépendance vis-à-vis du Portugal sont le Cap-Vert et Guinée-Bissau. Sao Tomé-et-Principe suivra ensuite le . Le Timor oriental fut aussi une colonie portugaise jusqu'au 28 novembre de la même année, où il acquiert son indépendance. Mais neuf jours plus tard, l'Indonésie l'annexe militairement, mais perd la bataille grâce à la résistance populaire, aux efforts du Portugal et la pression de l'ONU.