Az 1916 májusának végén végrehajtott, a brit flotta egy részének előcsalogatását célzó hadművelet a skagerraki csatához vezetett. A "Deutschland"-osztályt is a soraiban tudó II. csatahajóraj Franz Mauve ellentengernagy parancsnoksága alá tartozott. Mivel jelentősen lassabbak voltak a német csatavonal többi egységénél, a csata első fázisában nem jutottak szerephez. A csataflották között május 31-ike estéjén való érintkezéskor az öt "Deutschland"-osztályú egység a megviselt csatacirkálók segítségére sietett mikor Mauve a raját közéjük és a velük harcban álló brit csatacirkálók közé manőverezte. A sötétedésben a németek nehezen vették ki az ellenfeleik körvonalait a keleti láthatáron és ezért nem tudtak találatokat elérni. A britek viszont három találatot értek el rajtuk és a "Pommern"nek rövid ideig el ki kellett válnia a csatasorból. Mauve ezután elszakadt az ellenségtől. Ezt követően a II. raj a német csatasor végére helyezkedett. Ez volt az egyetlen összecsapásuk az ellenség kapitális hajóival a csata során. A német flotta éjszaka az ellenség útóvédjeként elhelyezett könnyű erők vonalain áttörve igyekezett hazajutni és eközben több összecsapásra került sor. Az egyik során a "Pommern"t eltalálta legalább egy torpedó, amit vélhetőleg az "Onslaught" romboló lőtt ki és ez az egyik lőszerraktárában robbanást idézve elő levegőbe repítette az egész hajót.