Эйн-Харод был основан в 1921 году членами Гдуд ха-авода на территории, выкупленной Еврейским национальным фондом. Первые поселенцы страдали от малярии. В 1929 году поселение переместилось на северную оконечность долины реки Харод. В ходе арабских беспорядков 1936−1939 годах Эйн-Харод подвергался нападениям арабских отрядов. В кибуце для контратак были организованы «особые ночные роты», проходившие подготовку под руководством Чарлза Орда Уингейта.