Де Тунан вернулся в Арауканию, где племена мапуче вновь готовились к войне с чилийской армией в связи с начинавшимся завоеванием Араукании. В 1862 году он посетил также племена других индейских народов региона. Тем не менее, его слуга, Хуан Батиста Росалес, связался с чилийскими властями, которые нашли и арестовали де Тунана. Они отдали его под суд и собирались отправить в сумасшедший дом, однако вмешалось французское правительство, после чего де Тунан был депортирован во Францию.