Im späten 15. Jahrhundert wurden einige Vorwerke und die Mühle von Krakauer Bürgern (oft mit Namen deutscher Herkunft wie Hanusbork, Hanhess oder Hamerlin) gegründet. Eines der Vorwerke gehörte ab 1479 Jan Długosz, der Prądnik als eine Vorstadt von Krakau bezeichnete. Damals wurde dort auch die Papierfabrik von Fryderyk Schyling aus Wissemberg errichtet, in den Jahren 1510–1525 im Besitz von Johann Haller, der als einer der Begründer des Buchdrucks in Polen gilt. Im Jahr 1547 wurde die bischöfliche Residenz erbaut, später u. a. von Jan Kochanowski, Szymon Szymonowic und Łukasz Górnicki besucht. 1574 wurde dort Heinrich III. feierlich begrüßt. Das Dorf wurde im Jahr 1587 durch die Kämpfe zwischen Maximilian III. aus dem Haus Österreich und Jan Zamoyski zerstört. 1789 wurde das Dorf vom Vierjährigen Sejm dem Schatz der polnischen Armee zugeteilt.