La loge des Amis philanthropes créée en 1798 est issue d'une loge militaire ambulante, portant le même titre distinctif, attachée à la d'infanterie de ligne de l'armée de la République française. Cette unité installa ses deux premiers bataillons à Bruxelles en juin 1797 puis, au début de 1798, fut rattachée à l'armée de Mayence. En quittant Bruxelles, la loge militaire laissa derrière elle onze officiers ou fonctionnaires français attachés à des établissements militaires. S'étaient joints à eux le commissaire du Directoire exécutif Nicolas Rouppe, futur bourgmestre de Bruxelles, et quatre bourgeois de la ville. Ces seize frères installèrent, le , la « loge militaire des amis philanthropes permanente à l'Orient de Bruxelles » pour continuer les travaux que l'atelier ambulant « laissait en souffrance par son départ ». Le même jour, on élut comme vénérable maître un autre bourgeois de Bruxelles, le frère Pierre-Paul-Serge Passenaud, qui avait dirigé la loge les « Vrais Amis de l'union » à l'époque autrichienne. L'épithète « militaire » disparut peu de temps après et la loge reçut ses lettres de constitution du Grand Orient de France le . Le nouvel atelier prospéra rapidement. Il compta parmi ses membres plusieurs officiers qui s'illustrèrent au cours des guerres de l'Empire (citons Jean-Baptiste Eblé, héros de la Bérézina, Augustin Daniel Belliard, futur ambassadeur de France à Bruxelles) ou à l’occasion de la répression sanglante de la révolte des paysans dans les neuf départements réunis.