1099 erreichte Břetislav II. die Anerkennung seines Halbbruders Bořivoj II. (1101–1107 sowie 1117–1120) als Nachfolger, womit er erstmals gegen das Senioratsgesetz verstieß. Versuche, das Seniorat durch die Primogenitur zu ersetzen, verschärften am Anfang und gegen Ende des 12. Jahrhunderts die Thronkämpfe. Die Gegnerschaft der beiden Prager Hauptlinien, die von den Brüdern Vladislav I. (1109–1117 sowie 1120–1125) und Soběslav I. (1125–1140), abstammten, hatte schwerwiegende Folgen. Die Auseinandersetzungen zwischen dem Zweig des Vladislav I. (Vladislav II., Friedrich, Vladislav Heinrich, Ottokar I. Přemysl) und dem Zweig des Soběslav I. (Soběslav II., Wenzel I.) verschärften sich durch Interventionen der mährischen Přemysliden (Ulrich von Brünn, Konrad II. von Znaim, Konrad III. Otto von Znaim) und anderer Thronanwärter (Děpold, Heinrich Břetislav III. und andere). Die nicht aus Prag stammenden Přemysliden wurden auch einige Male Herrscher in Prag (Svatopluk von Olmütz 1107–1109, Konrad III. Otto 1189–1191, Heinrich Břetislav III. 1193–1197), doch ihre Bemühungen trafen auf hartnäckigen Widerstand des Prager Hofs. Zudem mischte sich bei den Thronstreitigkeiten auch das römisch-deutsche Reich ein, wobei insbesondere Lothar von Supplinburg 1126 in der Schlacht bei Chlumec eine vernichtende Niederlage gegen Herzog Soběslav I. erlitt und gefangen genommen wurde. Vladislav II. (1140–1172) erhielt 1158 den Königstitel, der jedoch nicht auf seine Nachfolger überging (vergleiche Vratislav II.). Im 12. Jahrhundert schlossen die Přemysliden Ehen mit den polnischen Piasten, den ungarischen Árpáden, den Wettinern und Babenbergern, aber auch mit den Familien der bayerischen Grafen von Bogen, von Berg und den Wittelsbachern.