Tidigt under 2000 publicerades en annan bok av Marrs, "Rule by Secrecy". I den undersöker Marrs olika hemliga sekter och deras spår bakåt till den antika tiden. I hans andra konspirationsbok, "The War on Freedom", undersöker Marrs attackerna på World Trade Center och Pentagon den 11 september 2001 och vad som hände därefter.