Se dedicó con prioridad a reorganizar las finanzas de la provincia – desechando el proyecto del papel moneda – y rearmando el ejército provincial. También la administración de justicia fue reorganizada. Durante la Guerra del Brasil, el gobernador tuvo una actitud – como mínimo, ambigua – su primo Tomás García de Zúñiga era un destacado dirigente del partido favorable al Brasil en la Banda Oriental, y él mismo apoyó las actividades de la flota imperial. Se negó por completo a prestar ayuda militar al ejército de Lavalleja o al que más tarde dirigiría Alvear.