İsyanın planlanması ve isyan sonrasında aktif görevlerde bulunan Patrona, İstanbul'daki asayişin iyice bozulması, zulmün artması sonucu, yeni padişah I. Mahmud'un gönderdiği Şeyhülislam tarafından diğer asi liderler ile beraber " Dağılmaları yoksa akıbetlerinin kötü olacağı" konusunda uyarıldı. Toplanan liderler kendilerine bir Hüccet (senet/af senedi; yaptıklarından dolayı sorumlu tutulmayacaklarına dair devlet garantisi) istediler. Bunun üzerine İstanbul uleması, Sadrazam ve ilgili devlet ricalinin hazırladığı hüccet, I. Mahmut'a götürüldü ve o da "Ellerine verilen hüccet-i şer'iye gereği amel oluna" şeklinde bir Hatt-ı hümâyun yazdı. Ancak buna rağmen isyancılar devlet işlerine karışmaya, kargaşayı sürdürmeye devam edince devlet, Patrona Halil ve elebaşlarının ortadan kaldırılmasına karar verdi. Bunun için Pehlivan Halil Ağa yönetiminde özel bir ekip kuruldu. Yapılan ilk plana göre 25 Kasım 1730 da Patrona Halil ve elebaşları devam eden 1730-1732 Osmanlı-İran Savaşı'nı görüşmek üzere Sadrazamın konağına çağrıldı. Ancak kalabalık bir grup ile gelince kendisine dokunulamadı ve Hilat giydirilmek üzere Topkapı Sarayı na gitmeye ikna edildi. Topkapı Sarayında Pehlivan Halil Ağa ve 30 adamı pusu kurmuş patrona ve diğer elebaşlarını bekliyorlardı. Asiler Soğukçeşme'den Topkapı Sarayına girince, bir işaret üzerine ortaya çıkan bu ekip, saray efradı pencerelerden seyrederken asilerin üzerine saldırdılar ve Patrona Halil dahil 18 elebaşını öldürdüler. (Başta Patrona Halil ve Muslu Beşe olmak üzere) İçerideki silah seslerini duyan dışarıdaki yandaşları kaçtı. (Emir Ali vb.) (Bu ekip daha sonra 27 Mart 1731'de I. Mahmut'a karşı bir isyan hareketine kalkıştıysa da bu isyan büyümeden engellenmiştir.) İstanbul sokaklarına çıkartılan tellallarla durumun normale döndüğü halka duyuruldu.