در جریان جنگ داخلی تاجیکستان که از ۱۹۹۲ آغاز شد، حکومت محلی ولایت خودمختار بدخشان کوهستانی در سال ۱۹۹۲ اعلام استقلال کرد. در جریان جنگ داخلی، بسیاری از پامیری‌ها هدف حملات کشندهٔ گروه‌های رقیب قرار گرفتند و بدخشان یکی از دژهای گروه‌های مخالف دولت شد. مدتی پسانتر ولایت خودمختار بدخشان کوهستانی اعلام استقلال خود را ملغی کرد.