Aparte de la recolección de caucho, la violencia en el Estado Libre ocurrió principalmente en conexión con guerras y rebeliones. Los estados nativos, especialmente el Reino de Yeke del rey Msiri, la Federación Zande y el territorio suajili en el este del Congo bajo el control de Tippu Tip, se negaron a reconocer la autoridad colonial y fueron derrotados por la "Force Publique" con gran brutalidad durante la Guerra árabe del Congo. En 1895, un motín militar estalló entre los Batetela en Kasai, lo que llevó a una insurgencia de 4 años. El conflicto fue particularmente brutal y causó un gran número de bajas.