Mellan 1928 och 1936 bedrev Eerik Kumari studier av områdets fåglar och det var han som 1936 föreslog att ett skyddat område för fågellivet skulle inrättas här. År 1945 bedrevs forskning i området på regelbunden basis. Ett naturreservat för att skydda häckande och rastande fåglar inrättades 1957. År 1976 blev Matsalu upptaget i Ramsarkonventionen och därmed erkänt som ett våtmarksområde av särskild betydelse. 2004 fick området status som nationalpark.