1884年，新疆建省，政治中心由伊犁转移到迪化（今乌鲁木齐）。1888年，设立伊犁府制，属伊塔道。1912年，伊犁将军改为镇边使，后镇边使改为镇守使、屯垦使，1916年，伊塔分道，设立伊犁道。1933年，伊犁道改为伊犁行政区。1936年，伊犁行政区改为伊犁专区。1949年9月，新疆和平解放。1950年5月，成立中国共产党伊犁地区委员会和伊犁专区行政督察专员公署。1954年，在伊犁专区、塔城专区、阿勒泰专区为基础成立伊犁哈萨克自治州，伊犁地区建制撤销，所属九县一市（伊宁市、伊宁县、霍城县、巩留县、新源县、昭苏县、特克斯县、尼勒克县、绥定县和察布查尔锡伯自治县）改为伊犁哈萨克自治州直辖。1975年，从伊犁哈萨克自治州直辖区域重新设立，下辖八县一市，行政公署驻伊宁市。1979年撤销建制，辖区划归伊犁哈萨克自治州直辖。1985年1月恢复建制。2001年10月再次撤销，辖区划归伊犁哈萨克自治州直辖。