Urodził się w dublińskiej dzielnicy Drumcondra. Jego ojciec był uczestnikiem irlandzkiej wojny o niepodległość oraz irlandzkiej wojny domowej, wspierając siły Éamona de Valery. Bertie Ahern ukończył szkołę St. Aidan’s CBS w Whitehall i College of Commerce w Rathmines w ramach Dublin Institute of Technology. W oficjalnej nocie biograficznej podawano, że ukończył również studia na University College Dublin, jednak wskazana uczelnia nie potwierdziła tej informacji. Pracował w branży księgowej.