הצפיפות והלכלוך בלונדון, והתנאים התברואתיים הקשים הביאו לפריצתן של מגיפות רבות בעיר במהלך השנים, אולם המגפה הגדולה ביותר אירעה בין השנים 1665–1666, ונפטרו בה למעלה מ-60,000 מתושבי העיר (לפי סברה אחרת, למעלה מ-100,000 תושבים) - אחד מכל חמישה תושבים. סמיואל פיפס מתאר את התקופה במכתב ששלח: