בקיץ 1982 חתם נאכטוואי בבאיירן מינכן, בה שיחק שבע עונות, צבר 220 משחקי בונדסליגה וכבש 20 שערים. נאכטוואי נחשב לאחד השחקנים החשובים בקבוצה בשנות ה-80, וזכה עמה בארבע אליפויות, מתוכן שלוש ברצף, ובשני גביעים מקומיים. נאכטוואי פתח במשחק גמר גביע אירופה לאלופות 1987, בו הפסידה באיירן מינכן 2-1 לפורטו.