Estonya'daki günümüz Ruslarının çoğu, 1945 ve 1991 yılları arasında Sovyet işgali sırasında yerleşen yeni göçmenler ve onların torunlarıdır. 1939 Saldırmazlık Paktı'nın şartlarını takiben, Sovyetler Birliği 1940'ta Baltık Devletleri'ni işgal ve ilhak etti. Yetkililer, Estonya'daki birçok önde gelen etnik Rus aktivist ve beyaz göçmene karşı baskı yaptılar. Birçok Rus tutuklanarak 1940-1941 yıllarında değişik Sovyet savaş mahkemelerince infaz edildi. Almanya 1941'de Sovyetler Birliği'ne saldırdıktan sonra Baltıklar hızla Alman kontrolü altına girdi. Birçok Rus, özellikle bölgeye ilk işgal ve ilhakla gelen komünist parti üyeleri geri çekildi; Almanların eline düşenlere sert muamele edildi, birçoğu idam edildi. Savaştan sonra, daha önce Almanlar tarafından tahliye edilen Narva sakinlerinin çoğunlukla geri dönmesine izin verilmedi ve yerini Batı Rusya, Belarus ve Ukrayna'dan gelen mülteciler ve idari olarak harekete geçirilen işçiler aldı. 1989'a gelindiğinde, etnik Ruslar Estonya'daki nüfusun %30,3'ünü oluşturuyordu.