Em março de 1440, a Gentry (principalmente da Culmerlândia) e das cidades hanseáticas de Danzig, Elbląg e Toruń e outras cidades prussianas fundaram a Confederação Prussiana, livre do domínio da Ordem Teutónica. Devido às grandes perdas e custos após a guerra contra a Polônia e a Lituânia, a Ordem Teutónica aumentou mais os já altos impostos. Por outro lado, as cidades não podiam se representar na Ordem Teutónica. Em fevereiro de 1454, a Confederação Prussiana interessou ao rei Casimiro IV Jagelão da Polônia sobre um possível apoio a uma rebelião para incorporar a então Prússia na Polónia. O rei Casimiro IV e as cidades concordaram e teve início a Guerra dos Treze Anos. A segunda paz de Thornem, em outubro de 1466, acabou com a guerra e, supostamente, a Ordem Teutónica transferiu os seus direitos sobre a metade leste de seu território para a coroa polonesa, que se tornou a província da Prússia Real e a parte restante das terras da ordem tornou-se um feudo da Polônia.