Em 1889, a vida de Isabel foi destruída pela morte de seu único filho Rodolfo, que foi encontrado morto junto com sua jovem amante, a Baronesa Mary Vetsera, no que se suspeitou ser um assassinato-suicídio da parte de Rodolfo. O escândalo ficou conhecido como Incidente de Mayerling, devido à localização do pavilhão de caça de Rodolfo na Baixa Áustria, onde foram encontrados .