Cuando estalló la guerra civil de 1876 era prefecto (gobernador) de la provincia del sur y debido a la guerra solicitó el traslado de la capital de esa región de Salamina a Manizales. Fue elegido presidente conservador del Estado Soberano de Antioquia el 24 de diciembre de 1876, sucediendo a Recaredo de Villa. Como presidente del estado firmó el contrato para la continuación del 96 Ferrocarril de Antioquia y para la construcción del telégrafo entre Puerto Berrío y Barbosa, ambos con Francisco Javier Cisneros. Arango estableció su sede de gobierno en Manizales y asumió el control de las tropas que le fueron entregadas por Marceliano Vélez, que abandonó la ciudad. Entre tanto, Joaquín María Cordova que había partido de Manizales a recuperar Cauca, ya había sido derrotado en la Toma del Arenillo y había regresado a la ciudad.