La Spiridonova fu inizialmente incarcerata a Jaroslavl', poi trasferita a Vladimir ed infine, dopo uno sciopero della fame, in un reparto di isolamento della prigione di Orël, quindi non lontano dai confini occidentali dell'URSS. Il 5 settembre 1941, mentre le truppe tedesche in avanzata si avvicinavano a Orël, l'NKVD, su ordine del nuovo ministro degli interni Lavrentij Pavlovič Berija, preparò un elenco di centosettanta prigionieri politici incarcerati nella prigione locale i quali avrebbero dovuto essere soppressi senza indugio per evitare il rischio che cadessero nelle mani degli invasori. L'elenco, che includeva Spiridonova, Izmajlovič e Majorov, fu sottoposto all'attenzione di Stalin in persona, con la raccomandazione di Berija che fossero tutti fucilati «per aver condotto propaganda disfattista tra i carcerati e per aver progettato la fuga dalla prigione allo scopo di rinnovare le loro attività sovversive». Stalin, l'indomani, approvò e emise l'ordine esecutivo. Rabinowitch conclude con queste parole il suo saggio sull'«ultimo testamento»: