ביזימונגו הוא בן לקבוצה האתנית הוטו, קבוצת הרוב ששלטה ברואנדה מאז קבלת עצמאותה. הוא מילא תפקידים בממשל הרואנדי הנשלט בידי ההוטו, עד 1990, עת הצטרף לחזית הפטריוטית הרואנדית, ארגון שהתבסס על בני המיעוט הטוטסי. כאשר השתלטה החזית הפטריוטית על המדינה ב-1994 ועצרה את רצח העם שביצעו ההוטו בטוטסי, מונה ביזימונגו לנשיא, מתוך כוונה לתת ייצוג בהנהגה הבכירה לבני הוטו, המהווים רוב במדינה. בתקופת כהונתו נטען לעיתים כי בעל הכוח האמיתי הוא סגנו, פול קגאמה, מנהיג החזית הפטריוטית, ששימש גם כשר ההגנה.