Després de la Batalla de Manazkert, la major part de la regió va caure en mans dels seljúcides. Les campanyes de Joan II Comnè a la dècada del 1130 van permetre als bizantins ocupar la costa, però l'interior va seguir controlat pels turcs. Després de la Quarta Croada, Paflagònia va quedar sota el control de David Comnè de l'Imperi de Trebisonda, però, el 1214, l'emperador de Nicea Teodor I Làscaris va conquerir la part occidental de la regió fins a Amastris. Va seguir en mans dels bizantins fins a finals del quan va caure sota el control dels turcs o dels genovesos.