Im 13. Jahrhundert begannen Fischer sich hier anzusiedeln. Auf den fruchtbaren Böden begannen sie, Landwirtschaft zu betreiben. Dazu begannen sie, in den nahen Salinen, die dem Kloster "Vila Cova das Donas" gehörten, Salz zu gewinnen. In einer Schenkungsurkunde an das Kloster von Tarouca wurde 1242 erstmals ein Salinenort mit Namen "Morrecosa" oder "Mortecosa" genannt. Der nahe Ort Pardelhas gehörte zur Gemeinde Sandim und war dem Kloster "Vila Cova" abgabepflichtig, während Murtosa dem Kloster Arouca verpflichtet war. Beide Orte wurden zivilrechtlich jedoch bald gemeinsam verwaltet. 1689 gehörte Pardelhas dann zu Bemposta, während Murtosa Estarreja zugeordnet war. Seit den Verwaltungsreformen nach der Liberalen Revolution in Portugal 1822 wurde Pardelhas mit der Gemeinde Murtosa vereint, das seit 1855 zum Kreis Estarreja gehörte. 1926 wurde Murtosa ein eigenständiger Kreis und zur Vila (Kleinstadt) erhoben.