ב-28 באוגוסט 1572, תחת מלכותו של שארל התשיעי, התחולל טבח ליל ברתולומאוס הקדוש. מספר הקורבנות נאמד בין אלפיים לעשרת אלפים. הליגה הקתולית, שעוצמתה בבירה הייתה רבה ביותר, התקוממה נגד אנרי השלישי ב"יום המתרסים" (Journée des Barricades) בשנת 1588. המלך נמלט לפני כיתור העיר. לאחר הירצחו של אנרי השלישי הפך אנרי דה נווארה, יורש העצר החוקי, למלך אנרי הרביעי. למרות ההתרוששות והרעב, פתחה לו העיר את דלתותיה רק בשנת 1594, לאחר שהמיר את דתו.