La saison 2001 s'avère plus compliquée pour le club qui se voit cette fois lutter pour son maintien et est notamment amputé de son entraîneur Gadji Gadjiev durant l'été en raison d'un conflit avec la direction du club. L'Anji parvient finalement à terminer treizième du championnat avec quatre points d'avance sur la relégation. Dans le même temps, l'équipe effectue un parcours remarquable en Coupe de Russie dont il atteint la finale face au Lokomotiv Moscou. Durant celle-ci, les Daguestanais parviennent à ouvrir le score à par l'intermédiaire de Narvik Sirkhayev avant d'être rejoints dans le temps additionnel quelques minutes plus tard. Après la prolongation, l'Anji est vaincu à l'issue des tirs au but. Le club coule finalement à l'issue de la saison suivante, où malgré le retour de Gadjiev, les Makhatchkaliens ne parviennent pas à se maintenir et terminent avant-dernier à trois points du maintien.