Als Leiter des "Ministerio de Negocios y Marina" ließ José Miguel Arroyo den peruanischen Botschafter und Kritiker der französischen Intervention in Mexiko, Manuel Nicolás Corpancho, am 20. August 1863 ausweisen. Dieser kam beim Versuch, vom Schiff, das ihn deportieren sollte, zu fliehen, ums Leben. Zu Beginn der Amtszeit von Kaiser Maximilian von Juni bis Juli 1864 leitete José Miguel Arroyo das mexikanische Außenministerium. Am 15. Juli 1866 wurde José Miguel Arroyo mit einer Reihe weiterer Persönlichkeiten des öffentlichen Lebens, darunter General José Rojo, Agustín Zires, José de la Parra, Padre Ordonez, Mesas, Fellicino Chavarria, Wampher, Pedro Echevaria, Augustin Cruz und Manuel Morales Puente unter dem Vorwurf der Verschwörung mit Antonio López de Santa Anna in Mexiko-Stadt verhaftet.