Bei der WM 1999 konnte Paulo Emilio mit seinem neuen Mitspieler Fred den Erfolg nicht bestätigen und kam auf Platz 41. 2002 und 2003 spielte er wieder mit seinem alten Partner Paulão und erreichte unter anderem noch einen fünften Platz in Fortaleza. Die Weltmeisterschaft in Rio de Janeiro endete für Paulo Emilio und Fábio Luiz Magalhães in der ersten Hauptrunde mit einer Niederlage gegen ihre Landsleute Harley und Franco.