Soutenant la prise du pouvoir par Rachid Ali al-Gillani en Irak, il prononce à la radio irakienne une fatwa appelant les musulmans au djihad contre le Royaume-Uni. La victoire britannique dans la guerre anglo-irakienne le force à fuir sur le territoire de l'État impérial d'Iran. Après l'invasion anglo-soviétique de l'Iran, il se réfugie en Italie. Le , il est reçu par Benito Mussolini, qui accepte le principe d'un soutien de l'Axe à sa cause. Selon le récit d'Al-Husseini, ce fut une réunion à l'amiable dans laquelle Mussolini exprima son hostilité envers les juifs et le sionisme. Benito Mussolini et l'Italie fasciste avaient soutenu financièrement les rebelles arabes lors de la Grande révolte arabe de 1936-1939 en Palestine mandataire.