En , Vilna comptait entre dont 40 % de Juifs, 30 % de Polonais et 25 % de Lituaniens. Quand, à l'été 1941, la Wehrmacht entra en URSS après l'insurrection de juin, la fin de l'histoire juive à Vilnius était proche. L'occupation allemande de Vilnius commença le . Dans la vieille ville, le ghetto de Vilnius fut séparé en deux. La liquidation du plus petit dura jusqu'en et vit plusieurs dizaines de milliers de Juifs être fusillés dans la forêt de Poneriai (à environ à l'ouest de la vieille ville) par les Einsatzgruppen. Le deuxième ghetto perdura jusqu'en 1943 et vit les combattants juifs de la Fareynikte Partizaner Organizatsye (FPO) prendre les armes contre les nazis qui se livraient à ce massacre de la population juive. Après la liquidation du ghetto, une partie des membres de la FPO parvient à rejoindre les partisans soviétiques. Les Juifs survivants furent exécutés ou déportés dans des camps de concentration.