1655 wurde Litauen von den mit Chmielnicki verbündeten russischen Truppen angegriffen. Wilna wurde weitgehend zerstört, zahlreiche Bewohner fielen Massakern zum Opfer. Der Mehrheit der etwa 3000 Juden der Stadt gelang jedoch die Flucht. Viele von ihnen wanderten nach Westen und ließen sich in "Samet" nieder oder wanderten weiter nach Kurland und Preußen. In Samet wurden die Juden im Jahr darauf von der von Westen her erfolgten schwedischen Invasion Litauens eingeholt und durch den Ausbruch der Schwarzen Pest dezimiert. Erst nach dem Rückzug der russischen und schwedischen Truppen und dem Frieden mit Russland von 1667 konnte sich die jüdische Bevölkerung des Großfürstentums Litauen erholen. Ihre Zahl stieg bis zum Jahr 1676 auf 32.000 an.