Dopo un'ulteriore annata di militanza in Serie C, gli eventi legati alla partecipazione italiana alla seconda guerra mondiale scombinarono le gerarchie calcistiche italiane, portando il Cuneo a concorrere alla Divisione Nazionale 1944 (anche noto come campionato "di guerra" dell'Alta Italia), organizzato dalla sezione settentrionale della FIGC, sottoposte al commissariamento delle autorità della Repubblica Sociale Italiana. Sebbene non pienamente riconosciuto come tale a posteriori, tale raggruppamento risultava essere de facto il massimo livello del calcio italiano. Il club biancorosso, inquadrato nel girone piemontese-ligure (insieme tra le altre a , , , , e ), si rivelò l’anello debole, terminando all’ultimo posto in classifica, con una sola vittoria e diciassette sconfitte. Di lì a poco l’inasprirsi del conflitto mondiale obbligò infine la società a interrompere completamente le attività a decorrere dal 1º giugno 1944.