אחיו של אל-בנשירי היה שותף לקשר שהוביל להתנקשות בחיי נשיא מצרים אנואר סאדאת. איימן א-זוואהירי שעמד אז בראש הג'יהאד האסלאמי המצרי והכיר את האחים, הציג את אבו עוביידה לפני אוסאמה בן לאדן, שהתרשם ממנו לטובה והפקיד אותו על הכוחות הערבים-אפגנים (השם הקיבוצי לכוחות המוסלמים ממדינות ערב שפעלו כמתנדבים במלחמת אפגניסטן). בעודו באפגניסטן, ב-1988 השתתף אבו עוביידה בישיבה המכוננת של אל-קאעדה, עם בן לאדן ואחרים.