18 января 2011 года Маркос дебютировал в составе клуба в товарищеской игре с кишинёвской «Дачией». 18 февраля Рохо дебютировал в официальной игре за «Спартак» в матче Лиги Европы против швейцарского «Базеля»; в этой игре «красно-белые» победили со счётом 3:2. С первых матчей Маркос стал основным игроком центра обороны «красно-белых», выступая попеременно с Мареком Сухи и Александром Шешуковым. 20 апреля Маркос забил первый гол за «Спартак», поразив ворота «Краснодара» в Кубке России. В середине весны — начале лета Рохо не выступал за «Спартак» из-за респираторной вирусной инфекции, а затем из-за травм икроножной мышцы и приводящей мышцы бедра. В июле Маркос был оштрафован клубом на 50 % месячной зарплаты, за то, что вместе с партнёром по команде, Николасом Парехой возвратился в клуб после участия в Кубке Америки позже положенного срока. Сами футболисты сказали, что в аэропорту не было билетов в Россию, однако позже полностью осознали свою вину. 7 августа, впервые за долгое время, Рохо вышел на место центрального защитника в стартовом составе команды в матче с «Тереком» и сыграл неудачно: в частности он позволил обыграть себя Шамилю Асильдарову, после чего был забит первый мяч, а затем на нём был заработан пенальти. На следующую игру Маркос был переведён в дублирующий состав «Спартака». За оставшуюся часть сезона Рохо провёл лишь несколько матчей; в ноябре он получил травму голеностопа и выбыл из строя на месяц.