1998年から高速軽軌道システム「エアトレイン」の建設が始まった。2001年の9.11テロの影響で当初の計画を大幅に縮小し、予定より1年遅れの2003年12月17日に開業した。ケネディ空港内の各ターミナルや、駐車場、レンタカー会社のオフィスなどを結び、地下鉄A線のハワードビーチ駅発着系統と、地下鉄E,J,Z線のSutphin Boulevard駅／ロングアイランド鉄道のジャマイカ駅発着系統（それぞれ、地下鉄接続駅→ターミナル1→2→4→5→7→8→地下鉄接続駅の運行）、そして空港内環状線（ターミナル１→8→7→5→4→2→1の順の一方循環）の三つの運行系統がある。ターミナルおよび駐車場エリア間の移動は無料、地下鉄接続駅（ジャマイカ駅およびハワードビーチ駅）利用の際は運賃7.50ドル がかかる。マンハッタンへはジャマイカ駅乗り換えで地下鉄E線利用が便利（本数が比較的多く、早朝深夜以外はマンハッタンまで快速運行）。