بعدها پیروان او به شاخه‌ای از شیعه بدل شدند که با نام کیسانیه شناخته شدند. آن‌ها اصولی همانند غیبت و بازگشت (رجعت) مهدی را معرفی کردند. پس از مرگ ابن حنفیه برخی از کیسانی‌ها اعتقاد یافتند که او نمرده‌است؛ بلکه در کوه رضوی پنهان شده و روزی بازخواهد گشت تا جهان را پر از عدل و داد کند. گرچه، بیشتر کیسانی‌ها، پسر او ابوهاشم را به امامت برگزیدند. او سپس پیش از مرگش امامت را به محمد بن علی بن عبدالله بن عباس واگذار کرد. عباسیان از این رویداد به عنوان وسیله‌ای برای تبلیغات و کسب مشروعیت بیشتر و تقویت محبوبیتشان در میان حامیان خاندان علی، در طول انقلاب عباسی استفاده کردند. دو پسر محمد بن علی، سفاح و منصور، در نهایت خلافت عباسیان را بنیان نهادند. از شباهت‌های موجود میان مختار و فرماندهٔ قیام عباسیان، ابومسلم خراسانی می‌توان به استفادهٔ هر دو از موالی و رفتار مساوی بین اعراب و آنان اشاره کرد. ولهاوزن می‌نویسد: «اگر اصل رجعت صحیح باشد، پس عربی از کوفه [مختار] دوباره به زندگی بازگشت؛ به‌عنوان مولایی از کوفه [ابومسلم].»