Ve volební kampani v listopadu 2001 dominovaly otázky bezpečnosti země, ježto bylo krátce po teroristických útocích 11. září. Howard volby opět vyhrál, zasadil se o zpřísnění ochrany hranic a složitější podmínky udělování víz pro utečence. V říjnu 2002 při sérii výbuchů na indonéském ostrově Bali, tradiční destinaci pro dovolené Australanů, zemřelo 202 lidí, z toho 88 byli Australané. Při tomto neštěstí Howard ještě zesílil důraz vlády na národní bezpečnost.