Dne 5. května 1945 hodlal pronést v pražském rozhlase prohlášení o zániku Protektorátu, ale to už nestihl, protože byl zatčen revolučními gardami. Albert Pražák potvrdil, že Česká národní rada sice nepočítala s jeho zapojením do povstání, ale že již v roce 1944 byl informován o možnosti Bienerta při povstání využít, především vzhledem k oblibě, jaké se stále těšil u policie a četnictva. Dne 31. července 1946 Národní soud po tříměsíčním, často dramatickém jednání vynesl rozsudky nad některými členy protektorátní vlády, mimo jiné i nad Richardem Bienertem. Prokurátor František Tržický pro něj požadoval doživotí, nicméně pro polehčující okolnosti (intervence ve prospěch zatčených a pronásledovaných a podporu rodin pozůstalých) mu nakonec soud vyměřil 3 roky vězení za kolaboraci s nacisty. Vláda se k rozsudkům vyjádřila 6. srpna 1946, netajila se zklamáním nad nízkými tresty, respektovala však nezávislost Národního soudu a právoplatnost jeho výroku. Na tom se shodl i nekomunistický tisk. KSČ se několik týdnů domáhala revize rozsudku a požadovala tvrdší tresty. Dne 12. května 1947 byl – těžce nemocný – podmínečně propuštěn a dožil v ústraní bez nároku na jakoukoliv státní penzi, podporován pouze svým synem a dcerou.