Nel 1204, la biblioteca divenne centro di attenzione dei cavalieri della Quarta Crociata, che la distrussero con tutti i suoi contenuti (alcuni libri vennero anche venduti). La parte della biblioteca che fu risparmiata, in seguito venne assorbita dalla biblioteca del Sultano ottomano, dopo che le forze musulmane di Maometto II, Sultano dei turchi ottomani, catturarono Costantinopoli alla fine dell'assedio del 1453.