Aho valittiin keskustan puheenjohtajaksi vuoden 1990 puoluekokouksessa, jossa Paavo Väyrysen seuraajaksi pyrki myös Eeva Kuuskoski. Puoluesihteeriksi Seppo Kääriäisen seuraajaksi valittiin Erja Tikka. Keskusta saavutti Ahon puheenjohdolla ”veret seisauttavan vaalivoiton” kevään 1991 eduskuntavaaleissa. Voiton taustalla oli syksyllä 1990 alkanut lama. Vaalivoiton jälkeen keskusta pyrki muodostamaan vähintään kolmen suuren puolueen sateenkaarihallituksen, mutta SDP kieltäytyi vaalitappionsa vuoksi. 36-vuotiaana Ahosta tuli tuohon mennessä Suomen nuorin pääministeri. Hallituksen lamavuosina toteuttamaa tiukkaa talouspolitiikkaa ja suuria menojen leikkauksia on pidetty keskustan vaalitappion syynä vuoden 1995 vaaleissa. Ahosta käytettiin tällöin kansan keskuudessa nimeä "Pula-Aho". Hiipuvana idänkaupan näkyvänä hallitusten välisenä yhteistyöelimenä oli talouskomissio, jonka johtajana pääministeri Aho toimi Holkerin jälkeen aina Neuvostoliiton hajoamiseen eli vuoden 1991 loppuun asti.