La frontière entre le Kirghizistan et l'Ouzbékistan, en tant que frontière internationale, résulte de l'indépendance des deux pays en 1991, lors de l'éclatement de l'URSS. Cette délimitation séparait auparavant la République socialiste soviétique kirghize et la République socialiste soviétique d'Ouzbékistan, deux républiques constitutives de l'URSS.