ジェームス・オグルソープ将軍がジョージア植民地を開設してから70年後、さらに13植民地の1つとして独立を宣言してから27年後の1803年にウェイン郡が設立された。1802年1月16日にクリーク族インディアンとウィルキンソン条約を結び、タラシー・カントリーの一部およびオコニー川とオクマルギー川の支流に挟まれた土地の一部がアメリカ合衆国に譲渡されたことに続き、1803年のジョージア州議会の法によりウェイン郡が創設された。ジョージア州28番目の郡であり、長さは約100マイル (160 km) だが、幅は様々に変化する細長い領域だった。アルタマハ川の南6マイル (10 km)、サティラ近くでは幅8マイル (13 km)、アルタマハの南約27マイル (43 km) では幅が5マイル (8 km) だった。1802年以前に組織化された郡は全て思い付きの郡であり、測量が行われたことは無かった。実際にあるよりも多くの土地が与えられており、ウェイン郡の場合もこれが当てはまった。1803年に作られたが、1805年の土地抽選法ができて初めて有効な抽選が行われた。この法では、ウェイン郡の土地50万エーカー (2,000 km²) がタラシー・ストリップとなり、これが抽選にかけられて、より正式な開拓地となった。1805年12月7日を郡の創設の日とすることにした。抽選に使う藁は見えない所で引かれ、勝者は湿地を充てられる可能性があったので、この地域は抽選をやるには不人気だった。ウェイン郡は海岸に近くアルタマハに接していたので、セントオーガスティンが設立された当時はスペインの伝道所が作られ、またフランスが短命に終わった開拓地を作ったときもあった。ウェイン郡にはフランス、スペイン、イングランド、それにアメリカ連合国の旗が翻ったことがあったが、いずれも短命だった。