El 21 d'octubre de 1993, el primer president de Burundi hutu elegit democràticament Melchior Ndadaye, va ser assassinat per tutsis extremistes. Com a conseqüència de l'assassinat, va esclatar la violència entre els dos grups, i s'estima que entre 50.000 i 100.000 persones van morir en un any. El 1994 el successor de Ndadaye, Cyprien Ntaryamira era assassinat en el mateix accident aeri amb el president de Ruanda Juvenal Habyarimana. Aquest acte va marcar l'inici del genocidi ruandès, mentre que a Burundi la mort de Ntaryamira va agreujar la violència i els disturbis, tot i que no hi va haver una massacre general. Sylvestre Ntibantunganya va obtenir la presidència el 8 d'abril, però la situació de seguretat va disminuir encara més. L'afluència de centenars de milers de refugiats ruandesos i les activitats dels grups armats hutu i tutsi van desestabilitzar encara més el règim.