En 1809, lors de la guerre de la Cinquième Coalition, l'Autriche sort de sa neutralité et attaque en Bavière et en Pologne. Józef Poniatowski remporte la bataille de Raszyn (avril 1809) mais préfère ensuite évacuer Varsovie, occupée le 21 avril. Les Autrichiens attaquent ensuite vers l'ouest (Torun). Violemment critiqué, Poniatowski se rachète en réussissant à prendre Lwow ; Varsovie est libérée en juin, Cracovie est prise le 15 juillet. La politique incertaine de la Russie, en principe alliée de la France mais qui hésite à attaquer les Autrichiens, permet aux Polonais d'étendre leur territoire national. Le traité de Schönbrunn, signé le 14 octobre 1809, attribue au duché la partie de la Galicie située à l’ouest du San, ainsi que Cracovie, Sandomierz et Lublin, tandis que Lwow reste à l'Autriche et que la Russie obtient Tarnopol.