Лос-Альтос образовался в результате политических разногласий между либералами и консерваторами и напряжённых отношений между городом Гватемалой с одной стороны, и Кесальтенанго с прилегающими областями, с другой. Споры о разделении Гватемалы начались сразу после обретения независимости Мексики от Испании в 1821 году. Позднее, в ноябре 1824 года этот вопрос поднимался парламентом Федеративной Республики, но значительная оппозиция со стороны Гватемалы воспрепятствовала этому решению.