לאחר היעדרות של מספר חודשים בגלל פציעה זומן פברגאס לסגל של המאמן ויסנטה דל בוסקה. ביוני הוא זומן לסגל הסופי לקראת גביע הקונפדרציות 2009. פברגאס הבקיע את שערו השני בנבחרת בניצחון 0–5 על נבחרת ניו זילנד בשלב הבתים, ופתח בהרכב בהפסד 0–2 לנבחרת ארצות הברית בחצי הגמר, שסיים רצף של 15 משחקים ללא הפסד.