У року од неколико месеци од објављивања филма, Стаљин је склопио пакт са Хитлером, и "Невски" је одмах повучен из дистрибуције. Ајзенштајн се вратио предавању и био је задужен за режирање Рихард Вагнерове "Валкире" у Бољшој театру. После избијања рата са Немачком 1941. године, "Невски" је био поново пуштен у широку дистрибуцију и стекао је међународни успех. Са ратом који се приближавао Москви, Ајзенштајн је био један од многих филмских стваралаца који су евакуисани у Алмате, где је по први пут разматрао идеју о прављењу филма о Ивану -{IV}- Грозном. Ајзенштајн је имао кореспонденцију са Прокофјевом из Алмате, који му се тамо придружио 1942. Прокофјев је компоновао музику за Ајзенштајнов филм, а Ајзенштајн се реципроцирао дизајнирајући сетове за оперско извођење "Рата и мира" које је Прокофјев развијао.