В последующие годы между Вальдемаром и его матерью неоднократно вспыхивали ссоры по финансовым вопросам, что привело к разрыву между ними. Принц уезжает из Дании и поступает на военную службу в Польше, сперва примкнув к австрийскому императору, а с 1655 года вступает в армию шведского короля Карла Х. Будучи на шведской службе, принц Вальдемар Кристиан принимает участие в так называемой Второй Северной войне (польско-шведская война), и погибает в сражении при Люблине, в возрасте 33 лет.