Espanjalaiset ja myöhemmin kuubalaiset käyttivät linnoitusta vankilana. Kuuban vallankumouksen jälkeen tammikuussa 1959 Che Guevara nimitettiin linnakkeen komentajaksi. Seuraavien viiden kuukauden aikana (2.1.1959–12.6.1959) Guevara valvoi ja toteutti linnakkeessa oikeudenkäyntejä ja teloituksia, joissa syytettiin ja tuomittiin entisiä Batistan hallinnon virkamiehiä ja salaisen poliisin kommunisminvastaisen jaoston (BRAC) jäseniä.