Baldomore Aguinaldo wurde geboren als Sohn von Cipriano Aguinaldo und Silveria Baloy. Seine Schulausbildung begann er an einer privaten Schule in San Rogue. Nach dem Abschluss seiner Grundschulausbildung schrieb er sich an der Ateneo Municipal, heute Ateneo de Manila University, brach jedoch ab und schrieb sich an der Päpstlichen und Königlichen Universität des heiligen Thomas von Aquin in Manila ein, um Rechtswissenschaften zu studieren. Er fiel 1896 jedoch bei der Prüfung durch. Durch den Ausbruch der philippinischen Revolution im August 1896 konnte er sie auch nicht mehr wiederholen, da er sich entschloss dem Katipunan anzuschließen und seinem Cousin Emilio Aguinaldo zu folgen.