Rizal va ser executat i la La Lliga Filipina dissolta. La Revolució filipina de 1896 es va desencadenar quan els espanyols van descobrir l'organització secreta anticolonial Katipunan, i va acabar la dominació espanyola. Els Estats Units van prendre les Filipines d'Espanya a la guerra Hispano-estatunidenca de 1898; que es va convertir en enfrontaments entre els revolucionaris filipins i els Estats Units en la guerra filipino-estatunidenca de 1899-1902, seguit de la victòria pels Estats Units i la separació de l'Església Catòlica Romana com l'església de l'estat a les Filipines. Alguns membres del Katipunan després van tornar a l'Església Catòlica, especialment a l'ordre dels jesuïtes que havien fomentat el nacionalisme filipí entre els estudiants. En el període posterior a la guerra les esglésies filipines van ser restaurades amb motius arquitectònics "Art-Deco".