У 1899 році Бургер брав активну участь в Другій англо-бурської війни, маючи звання генерала, звитяживши у битвах під Сайн-Коп і на річці Моддер. Після від'їзду президента Поля Крюгера з Африки 10 вересня 1900 року, обирається тимчасовий президентом Південно-Африканської республіки. Водночас продовжував активну участь в бойових діях.