Sau đó nó gia nhập cùng "Wasp" và hoạt động cùng với lực lượng tàu sân bay này trong nhiều tuần lễ tại khu vực giữa quần đảo New Hebride và Solomon, đề phòng một cuộc tấn công của các tàu sân bay Nhật. Tuy nhiên, khi cuộc tấn công thực sự diễn ra vào ngày 24 tháng 8, "San Juan" đang rút lui về phía sau để tiếp nhiên liệu, nên đã lỡ mất Trận chiến Đông Solomons. Tàu sân bay "Enterprise" bị đánh trúng trong trận này, và "San Juan", vốn đã bị hư hại một tháp pháo lúc ngoài khơi Guadalcanal, đã hộ tống chiếc tàu sân bay quay về Trân Châu Cảng, đến nơi vào ngày 10 tháng 9 năm 1942.