Yepes, Kolombiya millî futbol takımının formasını 1999'dan beri giymektedir. Kolombiya millî futbol takımının 1999 Copa América, Copa América 2001, 2003 FIFA Konfederasyonlar Kupası ve Copa América 2007 kadrolarında yer aldı. Copa América 2001'de millî formayla şampiyonluk yaşarken, 2003 FIFA Konfederasyonlar Kupası'nda ise millî formayla dördüncülük yaşadı. Millî forma altında toplam 82 kez forma giydi ve 4 gol attı. Kolombiya millî futbol takımının kaptanlığını da yapmıştır.