Το 2004 ο Στάνκοβιτς μεταγράφηκε στην Ίντερ και μέχρι στιγμής έχει πετύχει 29 γκολ. Έχει κατακτήσει με την Ίντερ 5 πρωταθλήματα Ιταλίας το 2006, το 2007, το 2008 το 2009 και το 2010, ενώ έχει πάρει 4 κύπελλα Ιταλίας το 2005, το 2006, το 2010 και το 2011, 4 Σούπερ Καπ Ιταλίας το 2005, το 2006 το 2008 και το 2010 καθώς έχει κατακτήσει και ένα Τσάμπιονς Λιγκ και ένα Παγκόσμιο κύπελλο συλλόγων, και τα δύο το 2010.