Onder leiding van de Franse generaal Guillaume Brune kreeg hij de opdracht de dreigende Russisch-Engelse landing bij Zijpe in de kop van Noord-Holland te voorkomen. Daendels werd gelegerd in het noordelijke deel van Noord-Holland, met zijn hoofdkwartier in Schagen, terwijl Dumonceau posities had ingenomen in Friesland en Groningen om een landing op de Noord-Nederlandse kust of een invasie vanuit Duitsland te kunnen onderscheppen. Na zijn nederlaag in de Slag bij Callantsoog gaf hij bevel aan de garnizoenen van de kustforten van Den Helder om de forten te verlaten. Deze manoeuvre werd hem ernstig kwalijk genomen. Vanwege de beschuldiging van verraad schreef hij een verweerschrift en kreeg twee jaar verlof. In augustus 1802 had hij een gesprek met Rutger Jan Schimmelpenninck en generaal Dumonceau op het Loo; over de inhoud is niet veel bekend, maar had te maken met een regeringswisseling. Daendels verspreidde geruchten over een samenzwering. Hij nam twee dagen na de instelling van het Staatsbewind ontslag toen hij niets kon bewijzen. De "derde staatsgreep" van Daendels is mislukt door ingrijpen van de Franse generaal Pierre François Charles Augereau, waarschijnlijk in opdracht van Napoleon.