Manuela nació en Sofía y fue la mayor de los cuatro hijos de Yulia Berberyan y Georgi Maleev. Su madre, quien integraba una familia de origen armenio que encontró refugio en Bulgaria tras la Masacre armenia de 1896 en el Imperio otomano, fue la mejor tenista búlgara de la década de 1960. Tras su retirada, Berberyan comenzó a entrenar a sus tres hijas, Manuela, Katerina y Magdalena, llegando las tres a ubicarse entre las 10 mejores del ranking de la WTA.