Marie másodfokú unokatestvérének leánya Klevei Anna angol királyné volt, VIII. Henrik negyedik felesége. Marie a nénikéje, III. Johanna navarrai királynő udvarában töltötte gyermekéveit, s végig kálvini hitben nevelkedett. 18 vagy 19 évesen, 1572-ben hozzáadták elsőfokú unokatestvéréhez, a nála egy évvel idősebb Henri de Bourbon-hoz, Condé és d'Enghien 1. hercegéhez. (Az esküvői szertartás kálvinista rítus szerint zajlott le, mivel mindkét fél protestáns hitben nevelkedett.) Egy pár hónappal később, 1572 augusztusában, az ún. Szent Bertalan éji mészárlás folyamán, amikor protestánsokat gyilkoltak le a hitük miatt, Marie és férje jobbnak látták gyorsan áttérni a római katolikus vallásra, hogy mentsék életüket. (Áttérésük után ismét összeházasodtak, de ezúttal már egy katolikus szertartás keretében.)