Cáceres war in den 2000er Jahren fester Bestandteil der paraguayischen Nationalmannschaft und absolvierte insgesamt 66 Länderspiele, in denen er zwei Tore erzielte. Er nahm an drei Weltmeisterschaften 2002, 2006 und 2010 teil. 2002 und 2006 stand er in den insgesamt sieben Spielen von Paraguay stets in der Startelf. Beim mit dem Viertelfinaleinzug besten Abschneidens Paraguays bei einer Weltmeisterschaft im Jahr 2010 kam er nur beim letzten Gruppenspiel gegen Neuseeland zum Einsatz. Dies war gleichzeitig sein letztes Spiel für die Nationalmannschaft.