In der Nacht zum Palmsonntag vom 28. zum 29. März 1942 brannte die Marienkirche (wie auch der Dom und die Petrikirche) bei dem Luftangriff auf Lübeck, bei dem ein Fünftel der Lübecker Innenstadt zerstört wurde, fast völlig aus. Dabei wurde auch die berühmte "Totentanzorgel" vernichtet, auf der unter anderem Dietrich Buxtehude und mit großer Wahrscheinlichkeit Johann Sebastian Bach gespielt hatten.