במהלך מלחמת האזרחים האלג'יראית, אלג'יריה האשימה את מרוקו באירוח ותמיכה בקבוצה האסלאמית המזוינת, קבוצת טרור אסלאמיסטית אלג'יראית. ההאשמה נדחתה במהירות על ידי הרשויות המרוקאיות, אך המריבה הובילה לסגירת הגבול בשנת 1994, לאחר שמרוקו האשימה את ה-GIA האלג'ירית יחד עם שירותי הביטחון האלג'יריים במתקפה על מרקש בשנת 1994, בה נהרגו שני ספרדים. הגבולות עדיין סגורים, ועלותם כ-2 מיליארד דולר בשנה למשק המרוקאי. בשנת 1999, נשיא אלג'יריה עבד אל-עזיז בותפליקה, השתתף בהלווייתו של חסן השני, מלך מרוקו והכריז על 3 ימי אבל רשמיים באלג'יריה על "מות אחיו". באותה שנה נשיא אלג'יריה האשים את מרוקו באירוח בסיסי GIA, מהם תוכננו והוכוונו כמה פיגועים על אלג'יראים. כעבור כמה ימים האשים שוב את מרוקו בייצוא סמים לאלג'יריה. ביולי 2004 ביטל המלך את דרישות הוויזה בגין כניסת אלג'יראים למרוקו; באפריל 2006 נשיא אלג'יריה חזר והדגיש את המחווה. בשנת 2012 ראש ממשלת אלג'ירה, אחמד אויחיא, אמר כי פתיחת גבולות אינה בראש סדר העדיפויות עבור ממשלתו. מהצהרות רשמיות אחרות עולה כי סוגיה זו לא תיפתר בקרוב.