С началом Второй мировой войны и активными военными действиями в Северной Африки, «Ghibli» стали активно применяться итальянцами как машины для снабжения войск, здесь же начались их потери. Для их восполнения в 1941 году было заказано ещё полсотни 309-х. В 1942 году ещё 30 самолётов и наконец ещё 20 единиц. Однако, в ходе краха итальянских войск в Африке командование приказало перевести части самолётов в Италию, где они стали использоваться в качестве учебных машин в авиашколе воздушных наблюдателей в Черветере. Несмотря на то, что самолёт к 1943 году окончательно устарел, итальянские военные потребовали продолжить его производство. После капитуляции Италии в сентябре 1943 года и оккупации севера страны, только что построенные самолёты попали в руки немцев, часть из самолётов немцы передали в только что созданную профашистскую республиканскую армию Республики Сало.