Na svém území Ferdinand I. založil instituce, jež měly centralizovat politickou správu (tajná rada, dvorská rada), diplomacii (dvorská kancelář) a finance (dvorská komora), přičemž zcela se tyto instituce Ferdinandovi podařilo prosadit jen v rakouských zemích. Války s osmanskou říší přinesly velké finanční zatížení, a když Ferdinand požádal české stavy o pomoc proti protestantským říšským knížatům ve šmalkaldské válce (1546–1547), vypuklo proti němu české stavovské povstání. Habsburské vítězství nad říšskými protestanty a porážka českých stavů, stejně jako mírová smlouva se sultánem roku 1547 znamenala posílení Ferdinandovy pozice. Protestantismus ve vlastní zemi sice Ferdinand I. mocenskými prostředky potlačit nemohl, podporoval však například jezuitskou protireformaci.