Park Narodowy Matsalu został założony w 2004 roku i obejmuje ochroną powierzchnię 486,1 km². Wcześniej na tych terenach znajdował się rezerwat przyrody Matsalu, utworzony w 1957 roku w celu ochrony ptaków i miejsc ich gniazdowania. W 1976 roku rezerwat został wpisany na listę konwencji ramsarskiej. W uznaniu wysiłków na rzecz ochrony różnorodności biologicznej, geologicznej i krajobrazowej park otrzymał Europejski Dyplom dla Obszarów Chronionych.