En mayo de 1945 fue arrestado por las tropas británicas en Lübeck e internado en un campo de prisioneros de Luxemburgo, y posteriormente trasladado a Núremberg, donde fue acusado como uno de los principales criminales de guerra. En septiembre de 1946, después de haber sido extraditado a Checoslovaquia, fue juzgado por los numerosos crímenes de guerra que perpetró en el Protectorado. Durante su juicio, Daluege se mostró arrepentido, declarando que él era querido por «tres millones de policías», que solo seguía las órdenes de Hitler y señalando que tenía la conciencia tranquila. Fue hallado culpable de todos los cargos y sentenciado a muerte el 23 de octubre de 1946. La sentencia no tardó en ser llevada a cabo: Daluege fue ahorcado al día siguiente —24 de octubre— en la Prisión de Pankrác de Praga.