Вследствие на Реформацията (появата на протестантството) във Франция проникват идеите на женевския радикален реформатор Жан Калвин. Последователите му, наричани хугеноти, населяват главно южните и западните краища на страната: Прованс, Дофине, Лангедок, Аквитания, Поату, както и (в по-малка степен) Бретан и Нормандия в Северна Франция. Сред тях има множество висши аристократи, които се оказват естествени водачи на реформираната вяра – родовете Конде и Колини, наварските крале от династията Бурбон. От 1562 до 1594 г. се водят серия тежки граждански войни, докато старата династия Валоа бавно гасне. Крале като Шарл ІХ и Анри ІІІ се опитват да балансират между католици и хугеноти, но без голям успех. Апогей на насилието е Вартоломеевата нощ на 24 август 1572 г., а ключовата война – т. нар. „Война на тримата Анри“ (1585 – 1589). През 90-те години новият крал Анри ІV, самият той протестант по убеждение, утвърждава властта си, влиза в Париж, като приема (за втори път) католическата религия и увенчава политиката си спрямо религиозното разделение с Едикта от Нант.