По иронии судьбы, следующей командой, которой руководил Дуйкович, стала именно сборная Ганы. В сентябре 2004 года португалец Марьяну Баретту оставил пост тренера сборной, и в течение трёх месяцев руководство ганского футбола безуспешно искало тренера (в качестве кандидата выступал и Филипп Труссье). В конце ноября Дуйкович получил предложение и согласился, подписав контракт в середине декабря. Поле деятельности Дуйковича расширилось: помимо использования талантов Самуэля Куффура, Стивена Аппиа и Майкла Эссьена, он имел право привлечь все возможные ресурсы для достижения заветной цели ганских любителей футбола — выхода в финальную часть чемпионата мира 2006 года. Он успешно справился со своей задачей и вывел сборную ещё и в финальную часть Кубка африканских наций 2006 года.