В колониальную эпоху, Монгалла был столицей провинции Монгалла, который граничил на юге с Угандой и на востоке с Эфиопией. 7 декабря 1917 года последние из северных суданских войск были выведены из Монгалла, заменённые Экваториальными войсками. Эти южные и, по крайней мере номинально, христианские войска оставались единственным постоянным гарнизоном города и провинции, до их мятежа в августе 1955 года. Монгалла и окружающая провинция затем вошли в Экваториальную провинцию в 1956 году. Город был несколько раз взят во время Второй Суданской гражданской войны (1983—2005).