Comenzó la temporada 2013-14 con la victoria por 4-2 en la Supercopa ante el Bayern Múnich. A pesar de conseguir el mejor comienzo de su historia en Bundesliga, las lesiones y derrotas importantes le hicieron descolgarse demasiado pronto de la lucha por una Bundesliga en la que acabaría segundo. En la Liga de Campeones consiguió el primer puesto de su grupo, pero tras eliminar al Zenit en los octavos, no le valió el 2-0 contra el Real Madrid. Cayó en la prórroga de la final de la DFB-Pokal por 2-0 ante el Bayern Múnich. Se repitió el buen inicio de la temporada anterior con el 2-0 de la Supercopa al Bayern Múnich. Pero esta vez acabaría cayendo incluso antes en la clasificación de la Bundesliga, llegando al último puesto de la tabla a mitad de año. Sin embargo, consiguió repetir por tercer año consecutivo el primer puesto en la fase de grupos de la Liga de Campeones.