Ia tidak menyetujui kebijakan luar negeri Soekarno dalam Kabinet Dwikora, terutama di bawah Menlu Soebandrio. Pada 1966, Anwar berpidato dan mengkritik posisi Indonesia yang menjadi terisolasi karena Konfrontasi Indonesia–Malaysia, ditambah defisit dan inflasi yang semakin parah. Ia juga mengkritik kabinet yang bersifat sementara dan meminta pemerintah untuk menyelenggarakan pemilu sehingga kabinet tetap dapat ditunjuk.