W 1969 miał premierę jeden z najważniejszych filmów reżysera, "Ptaszki, sieroty i głupcy", który swoją międzynarodową premierę miał podczas MFF w Sorrento, gdzie został wtedy wyróżniony Złotą Syreną. Główne role zagrali Jiří Sýkora, Magda Vášáryová i Philippe Avron. Jakubisko nawiązał w filmie zarówno do literatury światowej (Shakespeare, Rabelais, Cervantes), jak i do historii Słowacji (w pokoju jednego z bohaterów znajduje się popiersie Milana Rastislava Štefánika, trójka bohaterów bawi się wokół pomnika poległych w słowackim powstaniu narodowym, pojawiają się także odwołania do historii lat 60.). Zakończenie filmu było przez wielu interpretowane jako nawiązanie do najnowszych wydarzeń w komunistycznej Czechosłowacji, takich jak śmierć Jana Palacha. Z tego względu zakazano pokazów, a Jakubisko był inwigilowany. Gdy, po przełomie w 1989 roku, "Ptaszki, sieroty i głupcy" znów pojawiły się w kinach, zostały okrzyknięte jednym z najbardziej postępowych filmów słowackich.