Manistee er en by og administrasjonssentrum i fylket Manistee County, Michigan, USA, vest på den sørlige halvøya ved Michigansjøen. Byen har navn etter elven Manistee. Navnet har ojibwe-indiansk opprinnelse, men betydningen er usikker. Misjonæren John Stronach og 16 andre menn grunnla 16. april 1841 den første permanente, hvite bosetting ved munningen av elven – i første omgang for å reise et sagbruk. Natt til 9. oktober 1871 ble praktisk talt hele byen ødelagt av en voldsom skogbrann – på få timer nær samtidig med Peshtigo-brannen og utbruddet av Chicagos store bybrann, og katastrofale branner ved bl.a. Port Huron. Ved folketellingen i 2010 hadde byen 6226 innbyggere.