Lors de l'occupation de la Lituanie par l'Union soviétique le , le ministère lituanien de l'Intérieur fut liquidé et remplacé par le NKVD soviétique. De nombreux anciens employés du ministère ont été arrêtés et emprisonnés en tant que prétendus ennemis du peuple. Lorsque l'Allemagne nazie envahit l'Union soviétique le , les Lituaniens organisèrent un soulèvement anti-soviétique en juin dans l'espoir de restaurer l'indépendance de la Lituanie. Un gouvernement fantoche pro-nazi est formé avec pour Premier ministre Juozas Ambrazevičius. Le , le gouvernement reconstitue le ministère de l'Intérieur d'avant-guerre comprenant trois départements : la sécurité de l'État, la police et les prisons. Le Département de la sécurité de l’État est dirigé par Vytautas Reivytis.