В феврале 1918 года Я. М. Фишман вступил в РККА, стал членом Петроградского Всероссийского чрезвычайного штаба и членом бюро Комитета революционной обороны Петрограда, также избирался членом Всероссийского центрального исполнительного комитета (ВЦИК) 3-го и 4-го созывов, уполномоченным ЦК левых эсеров. После подписания Брестского мира он отправился на Украину в составе южной делегации ЦК ПЛСР(и), имевшей целью агитацию за срыв Брестского мира, укрепление влияния левых эсеров в казачьих областях Дона, Кубани и на Украине. После этой поездки приехал в Москву, ставшую столицей, где был назначен главой боевой дружины ЦК левых эсеров. Один из организаторов убийства немецкого посла В. фон Мирбаха, лично изготовил бомбы для покушения. Участвовал в восстании левых эсеров, после провала восстания сбежал из Москвы на Украину, заочно большевиками был приговорен к трём годам тюрьмы.