Al snel kreeg Kennedy te maken met een erfenis van zijn voorganger, president Eisenhower: een plan om een invasie te laten plegen op Cuba door anti-Castro-Cubanen onder leiding van onder andere de CIA. Kennedy was door zijn staf op de hoogte en besloot dit plan door te zetten. Kennedy verzekerde de Amerikaanse bevolking dat het land hierbij niet zelf betrokken zouden raken. Op het laatste moment wilde de CIA toestemming om Amerikaanse strijdkrachten in te zetten, omdat de invasie met de anti-Castro-Cubanen mislukte. Kennedy weigerde en de invasie liep uit op een groot fiasco. Honderden mannen sneuvelden of werden gevangengenomen. Voor een hoge losprijs kon Kennedy ze later "kopen" van Castro. Dit incident werd bekend onder de naam Invasie in de Varkensbaai en het Varkensbaai-Fiasco. Kennedy hield een speech op televisie waarin hij de volledige verantwoordelijkheid van de blunder op zich nam.