Bei der Eroberung des Aargaus durch die Eidgenossen im Jahre 1415 kam Berikon zunächst unter die Landesherrschaft der Stadt Zürich und wurde dann 1471 geteilt. Oberberikon gelangte zum Kelleramt, während Unterberikon dem Amt Rohrdorf der Grafschaft Baden zugeteilt wurde. Im März 1798 marschierten die Franzosen in die Schweiz ein und riefen die Helvetische Republik aus. Beide Gemeinden gelangten zum kurzlebigen Kanton Baden. Bei der Gründung des Kantons Aargau im Jahr 1803 wurden die Einwohnergemeinden wiedervereinigt, die Trennung in zwei Ortsbürgergemeinden hatte jedoch bis 1906 Bestand.