Von 1995 bis 1997 absolvierte Hain den Generalstabslehrgang an der Führungsakademie der Bundeswehr in Hamburg. Dieser wurde von einer zweijährigen Verwendung als Abteilungsleiter im Lufttransportkommando der Luftwaffe in Münster gefolgt. Von 1999 bis 2001 diente Hain im Luftwaffenführungskommando in Köln-Wahn. Hier war er für Weiterentwicklung im Bereich "Luft-Bodenangriff, Luftaufklärung und Zielerfassung" zuständig. Weitere Aufgaben war die Auswertung der "Balkan Air Operations" (Deny Flight, Deliberate Force und Allied Force), sowie Mitarbeit bei der Neugliederung der Luftwaffe. 2001 folgte eine Stabsverwendung im Bundesministerium der Verteidigung in Bonn, wo er für die Harmonisierung der ISR-Anforderungen der Teilstreitkräfte und der Entwicklung einer teilstreitkräfteübergreifenden Doktrin sowie der Verbesserung der internationalen Zusammenarbeit im Bereich Aufklärung zuständig war. Es folgte 2004 bis 2006 eine Verwendung beim Alliance Ground Surveillance-Support Staff (AGS3) der NATO. Hier war Hain für die Einsatzgrundsätze und technischen Aspekte von AGS zuständig. Mit der Entscheidung ein "AGS-Implementation-Office" bei SHAPE einzurichten wurde Hain der erste Abteilungsleiter. Es folgte wiederum eine Verwendung als Referatsleiter im Bundesverteidigungsministerium (Referat V5 Abteilung Ausrüstung), wo er für die Beschaffung und die Bewirtschaftung aller Boden-Luft-Verteidigungssysteme und Fliegender Waffensysteme zuständig war. Dies umfasste große multinationale Systeme wie Eurofighter, Airbus A400M, MEADS, NH 90, UAVs und Satelliten. Zusätzlich war diese Abteilung zuständig für das Management von NATO-Programmen wie AGS, NATO Missile Defence and NATO Airborne Early Warning and Control.