汉西·弗利克于2019年7月1日以助理教练的身份加入拜仁慕尼黑。在科瓦奇治下，拜仁在2019-20赛季中的开局同样缓慢，当以1比5惨败于和睦法兰克福之后，科瓦奇与拜仁于2019年11月3日分道扬镳，弗利克获提拔为代理主教练。在经历了一段令人满意的临时主帅生涯后，拜仁于2019年12月22日宣布弗利克将继续担任主教练直至赛季结束。拜仁在球场上的表现明显好转，至2020年4月，俱乐部与弗利克达成了一份其至2023年的新固定合同。在弗利克的带领下，俱乐部赢得了联赛冠军，踢出了德甲历史上最成功的下半程，并继续摘得杯赛冠军，从而完成了俱乐部的第13次国内双冠王。在欧洲冠军联赛中，拜仁在四分之一决赛以8比2击败巴塞罗那、半决赛以3比0击败里昂后，自2013年以来首次进入决赛。在因新型冠狀病毒疫情肆虐而在里斯本举行的闭门决赛中，他们以1比0击败了巴黎圣日耳曼。前巴黎球员金斯利·科芒打进了比赛的唯一入球。凭借这场胜利，他们成为第二家在两个不同的赛季中完成三冠王的欧洲俱乐部，与2014-15赛季的巴塞罗那持平。