Peloponnesolaissodassa Thespiai taisteli Theban rinnalla ateenalaisia vastaan vuonna 424 eaa., sillä valtaa kaupungissa pitivät Theban tukemat oligarkit. Seuraavana vuonna Theba kuitenkin tuhosi Thespiain muurit syyttäen tätä ateenalaisten puolella olemisesta. Vuonna 414 eaa. kaupungin Ateenan tukemat demokraatit yrittivät kaapata vallan, mutta hävisivät Theban tultua oligarkkien apuun, minkä jälkeen demokraatit karkotettiin Ateenaan. Thespiai vapautui Theban vallasta vuonna 387 eaa. Vuosina 379–372 eaa., Korintin sodan aikaan ja sen jälkeen, kaupunki tarjoutui Spartan tukikohdaksi Thebaa vastaan, ja spartalaiset linnoittivat sen. Theba tuhosi kaupungin muurit vuonna 372 eaa. Leuktran taistelun jälkeen thespiailaiset ajettiin kokonaan pois Boiotiasta. Myöhemmin kaupunki rakennettiin uudelleen, ja se kukoisti vielä vuonna 146 eaa. alkaneella roomalaisella kaudella, jolloin se nautti vapaakaupungin ("civitas libera et immunis") asemasta vuodesta 47 eaa. Kaupungin tiedetään olleen olemassa vielä 500-luvulla jaa.