Lors de l'élection présidentielle de 1952, il apporta son soutien à Robert Taft, mais la nomination revient au général Dwight D. Eisenhower lors de la Convention nationale républicaine de 1952. Eisenhower remporta l'élection face au gouverneur de l'Illinois, le démocrate Adlai Stevenson. Après son accession à la présidence, Eisenhower nomma Hoover à la tête d'une nouvelle commission. Néanmoins, Hoover ne l'appréciait guère, et critiquait l'incapacité d'Eisenhower à mettre fin à certaines politiques du New Deal.