A trafalgari ütközetben is részt vett, kiváló teljesítménnyel. Annak ellenére, hogy 1805. október 21-én megfosztotta árbócától Nelson admirális tüzérsége, dicsőséget szerzett a csatában az ünnepelt parancsnok, Don Cosme Damián Churucca vezetése alatt. A sebesült Nelson admirális folytatta a csata irányítását, míg a parancsnok, Churruca, akinek a lábát egy tarackágyú leszakította, folytatta a vezénylést, de nem tudta áttörni a 6 ellenséges hajóból álló gyűrűt. A gyűrűbe tartozott többek között a híres Defiance, Tonnant és Dreadnought. A San Juan Nepomuceno 400 halottal és sebesülttel a fedélzetén zárta a csatát.