Sobór został zniszczony podczas wojny rosyjsko-francuskiej w 1812. W tej części obiektu, która nie uległa spaleniu, wojska francuskie urządziły magazyn. W latach 1813–1815 świątynia została odbudowana z funduszy wydzielonych przez Świątobliwy Synod Rządzący. W 1836 dzwonnica soboru zawaliła się i nie została odbudowana; z pozostałych po niej cegieł wzniesiono kaplicę przy Moście Smoleńskim. W latach 1847–1849 z funduszy ofiarowanych przez kupca Piotra Sabielnikowa do świątyni dostawiono boczny ołtarz Świętych Borysa i Gleba, zaś rok później w miejsce zniszczonej dzwonnicy wzniesiono nową.