Lors de la Seconde Guerre mondiale, l'Allemagne envahit et prend le contrôle des Pays-Bas le . Face à la politique de persécution et d'extermination du peuple juif menée par le régime allemand, certains citoyens d'Amsterdam tentent de résister en cachant certains d'entre eux, en dépit des risques que cela comporte. Au cours du conflit, plus de d'Amsterdam sont néanmoins déportés, réduisant presque à néant la communauté juive de la ville. Ces rafles font l'objet de protestations de la part de la population, notamment la grève de février 1941, qui conduit à la paralysie de la ville. Parmi les plus célèbres Juifs déportés, on peut notamment citer la jeune Anne Frank cloîtrée pendant avec sa famille et des amis au-dessus d'un magasin du centre d'Amsterdam, avant d'être déportée au camp de concentration de Bergen-Belsen. À la fin de la Seconde Guerre mondiale, toutes les communications avec le reste du pays sont coupées et la nourriture et le carburant s'épuisent dangereusement. De nombreux citoyens partent alors dans les campagnes à la recherche de nourriture. Pour rester en vie, certains habitants sont forcés de manger des chiens, des chats, des betteraves sucrières, ainsi que des bulbes de tulipes réduits en pâte. La plupart des arbres de la ville sont également coupés pour servir de combustible, de même que la plupart des meubles et des boiseries provenant des appartements des Juifs morts en déportation.