O Konym po raz pierwszy stało się głośno w styczniu 1987 roku. Jego grupa premillenarystyczna była jedną z wielu, które ruszyły w ślad za popularnym Ruchem Ducha Świętego Alice Aumy. Jednak sam konflikt w północnej Ugandzie rozpoczął się od obalenia prezydenta Tito Okello z plemienia Acholi, w czasie wojny domowej. Dojście do władzy Narodowej Armii Oporu (NRA) wraz z nowym prezydentem Yoweri Museveni, pochodzącym z południowego plemienia Nkole należącego do rodziny ludów Bantu wywołało zaniepokojenie Acholi, którzy korzystając z uprzywilejowanej pozycji podczas rządów Okello dokonywali licznych pogromów na południu. Część wojskowych i dygnitarzy, którzy uciekali z kraju w obawie przed nowymi władzami, zasiliła szeregi opozycji.