В 2005 году Бенитес дебютировал за сборную Колумбии. В том же году Яир попал в заявку национальной команды на Золотой кубок КОНКАКАФ. На турнире он сыграл в матчах против сборных Панамы и Гондураса. В 2007 году Бенитес принял участие в Кубке Америки. На турнире он был запасным и не сыграл ни минуты.