כתגובה לפעולות המרי, ערכו הבריטים ב"שבת השחורה", ב-29 ביוני 1946, מצוד נרחב שבו נאסרו חברי "הגנה" ופלמ"ח רבים. הצבא הבריטי הטיל עוצר על הדרכים ועל הערים, בעיקר בעשרים ושבעה יישובים שראה בהם כבסיסי "הגנה". כ-2,700 איש נעצרו, ראשי מוסדות היישוב ו"ההגנה" נכלאו, ונשק רב של "ההגנה" התגלה בסליקים, אחד הגדולים שבהם היה בקיבוץ יגור. בעקבות "השבת השחורה" וההרוגים הרבים בפיצוץ מלון המלך דוד שביצע האצ"ל וש"ההגנה" דרשה ממנו לדחותו, פנה חיים ויצמן בבקשה למניעת פעולות רחבות נוספות מצד תנועת המרי, והנהלת הסוכנות נעתרה לכך. ראש המפקדה הארצית, משה סנה, התפטר מתפקידו לאות מחאה, ואת מקומו תפס ישראל גלילי. בכך פורקה למעשה תנועת המרי העברי. מאוגוסט 1946 המשיכה "ההגנה", בנפרד מהאצ"ל והלח"י, במאבק נגד הבריטים, בעיקר נגד מתקנים בריטיים שחיבלו במאמץ ההעפלה, כמו פיצוץ תחנות הרדאר על הר הכרמל.