Un an plus tard, les Tonga disputent la seconde édition la Coupe de Polynésie, tournoi se déroulant aux Îles Cook, cette compétition fait de nouveau office de Premier tour de qualification pour la Coupe d'Océanie. Les Tongiens débutent par un succès contre les Samoa américaines, ils s’inclinent ensuite largement (5-0) Tahiti avant d'obtenir un match nul contre les îles Cook (2-2), le dernier match disputé contre les Samoa est perdu sur le score de deux buts à zéro, les Tonga terminent à la quatrième place. Après un an sans matchs disputés, les Tonga font leur retour en disputent la troisième édition la Coupe de Polynésie qui se déroule à Tahiti au cours du mois de juin 2000. Les Tonga terminent une nouvelle fois à la quatrième place, avec un bilan de trois défaites notamment un huit buts à un encaissé face aux Tahitiens et seulement un succès, une nouvelle fois face aux Samoa américaines.