1861. július 21-én az első Bull Runi ütközetben (Konföderációs megjelölés szerint első Manassas-i ütközet) Johnston kis hadseregével gyorsan nyomult előre a Shenandoah-völgyből P. G. T. Beauregard dandártábornok támogatása céljából. A taktikai irányítást és haditervkészítést szakmai udvariasságból átengedte a rangban alatta álló, de kontingensénél jóval nagyobb erők felett parancsnokló Beauregard-nak. Déltájban, mikor Beauregard még mindig nem volt tisztában uniós ellenfeleinek mozgási irányáról Johnston úgy érezte, hogy a döntő pont szállásától, a Lewis háztól északra levő Henry House dombon lesz. Hirtelen bejelentett döntése szerint: "„Ott van az ütközet. Indulok.”" Beauregard és mindkét tábornok stábja követte útmutatását és ellovagolt. Johnston találkozott a szétszóródott 4. alabamai ezred katonáival, akik összes csapatparancsnokukat elvesztették, és személyesen sorakoztatta fel őket a konföderációs vonal helyreállítására. Lelket öntött a csüggedt Barnard Bee dandártábornokba és újra harcba küldte katonáival. Bee tábornok embereihez intézett buzdító szavai nyomán nyerte Stonewall Jackson a kőfal nevet. Beauregard ezután meggyőzte Johnstont, hogy hasznosabb lenne, ha a beérkező erősítéseket szervezné az ütközet további részében, mintha az első sorokból taktikailag irányítva vezetné az ütközetet. Noha Beauregard ezzel learatta a népszerűség gyümölcseit, Johnston vonalak mögötti szervező szerepe döntő volt a déli győzelemben. A Bull Run-i ütközetet követően Johnston, Beauregard és William Porcher Miles megtervezte a konföderációs hadi lobogót. A lobogó négyzetes alakja Johnston ötlete volt.