Na universidade, logo se interessou pelo movimento estudantil, que era ativo nos anos 1960, principalmente no ensino superior. Tímido, o teatro lhe ajudou a se superar, fazendo o papel principal da peça "Vento forte para papagaio subir", de José Celso Martinez, no grupo teatral da faculdade. Serra tentou fazer parte da diretoria do grêmio da Escola Politécnica, e, para ser admitido na chapa, declarou ser contra as multinacionais e a favor da Revolução Cubana. Derrotado em sua primeira eleição, acabou ingressando na diretoria dos eleitos, em meados de 1962, quando houve uma greve dos alunos que reivindicavam maior representatividade. Nessa época, aproximou-se de José Carlos Seixas, presidente do Centro Acadêmico da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (USP), que era um dos líderes nacionais da Juventude Universitária Católica e viria a ser seu padrinho no movimento estudantil.