2016 wechselte Haryanto zu Manor Racing in die Formel 1 und entschied sich für die Startnummer 88. Er hatte bereits 2010, als der Rennstall noch Virgin hieß, Testfahrten für das Team absolviert. Bei seinem Debütrennen in Australien schied er aus. Sein bestes Resultat erzielte er mit Platz 15 beim Großen Preis von Monaco. Haryanto verlor sein Cockpit nach dem zwölften Rennen, dem Großen Preis von Deutschland, an Esteban Ocon, nachdem seine Sponsoren den finanziellen Zahlungen an den Rennstall nicht mehr nachkommen konnten. Während Haryanto seinem Teamkollegen Pascal Wehrlein mit 5:7 im Qualifying-Duell nur knapp unterlag, beendete Haryanto jedes Rennen, bei dem beide Manor-Fahrer gewertet wurden, hinter Wehrlein.