Маријамполе је један од најмлађих градова у региону. Ред Маријанаца основао је ту цркву и манастир, на којој се град развијао. Пољски краљ Станислав II Август Поњатовски додијелио је градска права 1792. године. Маријамполе се налазила унутар граница Тракаи војводства до треће подјеле Пољске, када ју је Прусија запленила на период од 12 година. Касније је поново у пољској власти, а затим у Русији, у почетку са пољском аутономијом. У априлу 1831. године вођена је једна од битака пољског новембарског устанка против Русије. Од 1918. је у границама Литваније.