Les Parlements ayant été dissous, Jean Guerre s’installe à Lyon en avril 1792. Il participe aux débats révolutionnaires, mais puisqu’il en dénonce les excès, il devient suspect auprès des Jacobins et doit s’enfuir. Il revient à Lyon, il est secrétaire puis président de sa section. Il est désigné pour porter à Paris le récit de l'insurrection du 29 mai 1793. Chargé officiellement de rédiger le récit avec cinq autres commissaires, dont Lamourette, il reste seul. La publication du "Manifeste des habitants de la ville de Lyon, aux approches du siège de la cité" est rapidement détruite, un libraire est guillotiné. On demande l’arrestation de l’auteur ; alors Jean Guerre prend la fuite.