Během chorvatské války za nezávislost se Vinkovci nacházely v bezprostřední blízkosti frontové linie. Ačkoliv válka město značně ovlivnila, samotné boje se sem nepřenesly s výjimkou východní části města, která byla ostřelována. Přestože se k srbské národnosti hlásila v roce cca 1/6 obyvatel općiny Vinkovci (značně větší, než je tomu dnes), nevypuklo zde povstání a město se nestalo součástí RSK. Během války byly nicméně zničeny některé okolní obce. Vzhledem ke strategické poloze města jako železničního uzlu zde byly dislokovány jednotky americké armády během závěru války v Bosně a Hercegoviny. Ve městě se nacházelo sídlo Vukovarsko-sremské župy do okamžiku reintegrace oblasti Podunají. Poté bylo sídlo administrativní jednotky přesunuto do Vukovaru.