Nell'autunno del 1941, quando fu decisa la deportazione degli ebrei dal Reich verso est, le SS proposero l'istituzione di campi di lavoro, nel tentativo di disporre di nuova manodopera. La creazione di campi di concentramento nel Reichskommissariat durò per tutto il corso dell'occupazione. Nell'autunno del 1943, il ghetto di Kovno fu trasformato in un campo di concentramento, ma nel giugno del 1944 fu evacuato di fronte al successo dell'offensiva estiva sovietica. Gli uomini venivano deportati a Dachau, le donne a Stutthof.