Морганатическая линия включает всех потомков Франца Фердинанда. Франц Фердинанд женился на Софии Хотек, чешской графине. Так как по австрийским законам наследовать детям, родившимся в морганатическом браке, было запрещено, Гогенберги не претендуют на главенство в Доме. Франц Фердинанд и София Хотек были убиты в 1914 году, что послужило поводом к началу Первой мировой войны. Ныне Гогенберги — старший нисходящий род от Габсург-Лотарингских.