Maailmansodan päätyttyä keisarillisen Saksan antautumiseen marraskuussa 1918 Rouppert nimitettiin uuden itsenäistyneen Puolan tasavallan Lublinin alueen armeijan terveydenhuollon apulaisjohtajaksi ja maaliskuusta 1919 alkaen Varsovan alueen armeijan terveydenhuollon johtajaksi vuoteen 1921. Tällöin hänet ylennettiin Puolan armeijan everstiksi. Sen jälkeen hän toimi vuodesta 1926 marsalkka Józef Piłsudskin ja kannattajiensa tekemän vallankaappauksen jälkeen sotaministeriön terveydenhuolto-osaston johtaja aina vuoteen 1939. Pian tämän nimityksen jälkeen hänet ylennettiin vuonna 1927 prikaatinkenraaliksi. Rouppert toimi myös marsalkka Piłsudski henkilääkärinä aina marsalkan kuolemaan eli vuoteen 1935 asti.