Yamamoto menamatkan musim ini dengan kukuh selepas menamatkan tiga perlumbaan terakhir musim ini berturut-turut, selepas bersara daripada empat perlumbaan pertamanya. Beliau juga menetapkan masa pusingan ketujuh terpantas dan kedua terpantas pada sektor tengah di Grand Prix Brazil. Walau bagaimanapun, beliau tidak dikekalkan oleh pasukan dan digantikan oleh Anthony Davidson pada tahun 2007. Namun begitu, Yamamoto kekal sebagai pemandu ujian di Super Aguri.