Endō oli mukana nuorten MM-kisoissa 1999, kun Japani saavutti hopeaa hävittyään loppuottelussa Espanjalle. Aikuisten MM-kisoissa 2006 hän jäi vaihtopelaajaksi. MM-kisoissa 2010 hän teki vapaapotkulla maalin alkulohko-ottelussa Tanskaa vastaan; Japani voitti ottelun 3-1.