סכנה נוספת נשקפת לקרנף הסומטרי מבירוא יערות הגשם באינדונזיה ובמלזיה, שנעשה גם באופן בלתי חוקי בשל העובדה שהעצים ביערות הם עצים קשים ולכן יקרים ומבוקשים. עצים נדירים, כמו עצי איפיל ("Intsia bijuga") ועצי הגוטה פרצ'ה ("Palaquium"), הם יקרי ערך בשווקים בינלאומיים, ומחירם עשוי להאמיר עד 1,800 דולרים למטר מעוקב. רעידת האדמה שהתרחשה באוקיינוס ההודי בשנת 2004 שימשה צידוק להגברת כריתת העצים, אף שהם מיוצאים ברובם לשווקים חיצוניים ואינם נמצאים בשימוש נרחב בבנייה. כך, מספר ההיתרים לכריתת עצים גדל באורח ניכר לאחר רעידת האדמה והצונאמי, ועל כן בתי הגידול של הקרנפים הסומטריים מוסיפים להצטמצם.