Nel 62 la città venne colpita da un violento terremoto, il quale provocò notevoli danni alle strutture: non erano ancora finiti i lavori di restauro, ritardati da terremoti minori che si verificarono negli anni successivi, che la mattina del 24 agosto del 79, o presumibilmente nei mesi successivi a questa, un'eruzione del Vesuvio seppellì la zona sotto una coltre di circa due metri e mezzo di ceneri e lapilli. Gli effetti dell'eruzione, durante la quale perse la vita sulla spiaggia stabiana Plinio il Vecchio, che era ospite dell'amico Pomponiano da cui si era rifugiato in cerca di riparo, asifissiato dopo aver respirato gas velenosi per essere rimasto troppo a lungo a osservare il fenomeno, furono comunque di entità minore rispetto alle vicine Ercolano e Pompei: la sommità degli edifici, in parte crollati sotto il peso dei materiali piroclastici o oggetti di incendi, rimase scoperta, coprendosi solo negli anni successivi a seguito dei depositi alluvionali; a sostegno dell'ipotesi che l'eruzione nella zona di Stabia fosse stata meno violenta fu anche per il ritrovamento di pochissimi scheletri e ciò fa supporre che, con una caduta di ceneri abbastanza lenta, la popolazione fosse riuscita a mettersi in salvo, per poi forse ritornare alla fine dell'evento per recuperare gli oggetti di valore, impresa piuttosto ardua.