Beliau dituduh terbabit dengan rangkaian pengganas Jemaah Islamiyah (JI) dan serangan bersiri di Asia Tenggara . Siri serangan ini memuncak selepas tragegi 911 dan apabila Amerika Syarikat melakukan serangan balas terhadap kerajaan Taliban di Afghanistan yang 'menyimpan' Osama bin Laden. Dua juga dikaitkan dengan Pengeboman Bali 2002 . Mohammed Nazir disyakki memindahkan dana Al-Qaeda untuk digunakan dalam Pengeboman JW Marriott 2003 di Jakarta sehingga 12 orang terbunuh. Sehingga kini tiada perbicaraan di mahkamah Amerika Syarikat dan tidak ada bukti dan saksi menunjukkan mereka berhubungan dengan Hambali di Thailand mahupun di Filipina.