Większość dóbr, które kawalerowie maltańscy zmuszeni byli pozostawić na Malcie, została zajęta przez wojska francuskie. Nie cofnęły się one nawet przed splądrowaniem kościołów, co wywołało bunt miejscowej ludności, początkowo przychylnej Francuzom. Kosztowności należące do zakonu wywieziono z wyspy na statku „L’Orient”, który w czasie bitwy pod Abukirem został zatopiony wraz z całym ładunkiem.