Після нападу Японії на Перл-Гарбор Маркус в березні 1942 року разом з 27-ою піхотною дивізією був передислокований на Гаваї, де виконував обов'язок виконавчого офіцера при командувачі дивізії. Навесні 1943 року він отримав призначення до Вашингтону, до новоствореного Відділу цивільних справ, на посаду начальника планування військової політики США щодо адміністрацій та урядів захоплених або звільнених країн. Полковник Маркус брав участь у формулюванні політики та процедур і супроводжував американські делегації на міжнародних конференціях в Каїрі, Квебеку, Тегерані й Думбартон-Оксі. У зв'язку з нагородженням медаллю «За видатні заслуги» відзначався суттєвий внесок Маркуса в розробку документації, пов'язаної з вторгнення та окупації Сицилії й Італії. В травні 1944 року полковник Маркус працював в Лондоні, у складі Верховного командування Союзних експедиційних сил. Задля докладнішого вивчення Відділом цивільних справ європейського театру військових дій, 8 червня 1944 року він прибув у Нормандію, в місце дислокації 101-ї повітряно-десантної дивізії. Впродовж кількох тижнів він був свідком звільнення нормандського містечка Карантана, мав можливість спостерігати за початковими діями військово-цивільної адміністрації і реалізацією планів щодо звільненої території. Після повернення до Вашингтону, Маркус працював над документами для Організації Об'єднаних Націй, актами про капітуляцію Німеччини та Японії, а також післявоєнною політикою військових адміністрацій.