Książę Fryderyk Leopold był ponadto ostatnim protektorem pruskiej masonerii rodu Hohenzollernów. Przyjęty w 1889 roku do loży Janugus "Friedrich Wilhelm Morgenröte", w 1894 roku został protektorem wszystkich trzech głównych pruskich loży. Od 1895 był również Wielkim Mistrzem Zakonu Wolnomularskiego (Wielka Loża Narodowa Masonerii Niemieckiej). W rewolucji listopadowej w 1918 roku wzbudził powszechne oburzenie wśród wolnomularzy, wywieszając na swojej siedzibie, pałacyku Glienicke czerwoną flagę. Z końcem panowania Hohenzollernów w Prusach, skończyło się także przewodnictwo księcia Fryderyka Leopolda nad wielkimi lożami pruskimi.