Efter den tyske invasion af Sovjetunionen i juni 1941 og USAs indtræden i 2. verdenskrig i december 1941, blev Sovjetunionen mindre attraktiv og Kuomintang langt mer attraktiv som støtte. Mod slutningen af 1942 krævede Sheng, at Sovjetunionen skulle trække alle statens militære styrker og politiske udsendinger ud af Xinjiang. I 1943 blev Sheng udnævnt til leder for Kuomintangs afdeling i Xinjiang, og han lod KMT-kadre strømme ind i provinsen. Sommeren 1944, efter at tyskerne havde lidt nederlag på Østfronten, forsøgte han på ny at genvinde kontrol over hele Xinjiang og vendte sig igen til Sovjetunionen for hjælp. Men denne gang nægtede Stalin at have noget med ham at gøre. Kuomintang fjernede ham fra Xinjiang i august 1944 ved at udnævne ham til en lavere stilling i skovbrugsministeriet i Chongqing.