Im Jahr 1999 nahm er mit Kolumbien an der Copa América in Paraguay teil. Im zweiten Spiel des Turniers erzielte er gegen Argentinien (3:0) sein erstes Länderspieltor. 2001 gewann Córdoba mit der kolumbianischen Nationalmannschaft die Copa América in seinem Heimatland. Im Finale am 29. Juli 2001 wurde Mexiko mit 1:0 besiegt, wobei Córdoba den Siegtreffer erzielte.