В 1919 году сменил (был избран) Петра Меликишвили на посту ректора ТГУ и находился в этой должности до 1926 года, когда был уволен как немарксист в ходе «чисток», последовавших за грузинскими волнениями в августе 1924 г. 23 марта 1936 года, на Научном совете по истории Тбилисского государственного университета тогдашний ректор университета Карло Орагвелидзе выступил с докладом, основной целью которого было опровергнуть заслуги Джавахишвили как основателя университета. Джавахишвили был обвинён в том, что он «не хочет или не может трактовать историю грузинской нации в соответствии с принципами исторического материализма» и отстранён от преподавания в университете.