Ruppert samlet en stor ansamling av påstander og en omfattende historikkoversikt som han hevdet dokumenterte at Bushadministrasjonen hadde forhåndskjennskap til terrorangrepene 11. september 2001. I boken "Crossing the Rubicon" navnga han visepresident Dick Cheney som den hovedmistenkte bak "9/11", og med overveldende referanser framsatte han beskyldningen om at Cheney ikke bare var med og planla angrepene, men dagen angrepene fant sted var han i realiteten sjef for et komplett separat kommando-, kontroll- og kommunikasjonssystem som overkjørte alle ordrer som ble utstedt av luftfartstilsynet FAA, Pentagon eller kommandorommet i Det hvite hus.