Po americké invazi do Afghánistánu se tvrdilo, že v důsledku bombardování jeskynních komplexů byl zabit i se svoji manželkou a dětmi, což se nepotvrdilo. Dne 13. ledna 2006 zahájila CIA za pomoci pákistánské Inter-Services Intelligence nálet na pákistánskou vesnici Damadola poblíž afghánských hranic, kde se podle jejich názoru Zawahiri nacházel. Nálet měl zabít Zawahiriho, což bylo během následujících dnů odvysíláno v televizním zpravodajství celého světa. Mnoho obětí náletu bylo zabito, aniž byly identifikovány. Anonymní vládní úředníci Spojených států amerických tvrdili, že někteří teroristé byli zabiti. Kmenová vláda regionu Bajaur potvrdila, že mezi mrtvými byli nejméně čtyři teroristé. Po tomto náletu vypukly v celé zemi protiamerické protesty, na což reagovala pákistánská vláda tím, že odsoudila americký útok a ztráty nevinných životů. Dne 30. ledna 2006 bylo vydáno nové video, které ukazuje nezraněného Zaváhiriho. Video pojednávalo o náletu, ale neodhalilo, zda byl v té době ve vesnici přítomen či nikoliv. Na začátku září 2008 pákistánská armáda tvrdila, že téměř zajala v regionu Mohmand na severozápadě Pákistánu. Později, ale pákistánské orgány potvrdily, že nebyl nalezen.