Efter 1999 kom Nilsson till Malmö FF som klubbens lagledare. 2006 återvände Nilsson till Helsingborgs IF där han blev sportchef och ansvarig för rekryteringen av nya spelare. Efter tränaren Stuart Baxters avgång 2007 övertog Nilsson posten som tränare preliminärt i väntan på en mer permanent lösning. Posten förlängdes till säsongen ut vid EM-uppehållet 2008 på grund av goda resultat för klubben under vårsäsongen. Kontraktet förlängdes ytterligare till hela 2009 senare på hösten.