Latem 1999 do Schalke przybył reprezentant Danii, Ebbe Sand z Brøndby IF, a także Ghańczyk z niemieckim paszportem Gerald Asamoah z Hannoveru 96, Holender Niels Oude Kamphuis z FC Twente czy Polak Tomasz Wałdoch z VfL Bochum, który z czasem stał się kapitanem zespołu. Z kolei w zimowym oknie transferowym w 2000 roku zakupiono Belga Émile’a Lokondę Mpenzę za 17 milionów marek ze Standardu Liège, stając się najdroższym piłkarzem w historii klubu. Transfery nie pomogły jednak zespołowi, który zajął 12. pozycję w &lt;a href="Bundesliga%20niemiecka%20w%20pi%C5%82ce%20no%C5%BCnej%20%281999/2000%29"&gt;sezonie 1999/2000&lt;/a&gt;. Przed kolejnym sezonem ponownie doszło do zmian w składzie. Przybyli: drugi Polak Tomasz Hajto z MSV Duisburg, Jörg Böhme z Arminii Bielefeld oraz mistrz świata z 1990 i Europy z 1996 Andreas Möller z Borussii Dortmund. Z kolei Marc Wilmots został sprzedany do Girondins Bordeaux, a Belg Michaël Goossens powrócił do ojczyzny. Do końca &lt;a href="Bundesliga%20niemiecka%20w%20pi%C5%82ce%20no%C5%BCnej%20%282000/2001%29"&gt;sezonu 2000/2001&lt;/a&gt; Schalke walczyło o tytuł mistrza kraju z Bayernem Monachium. W ostatniej kolejce ligowej zwyciężyło 5:3 ze SpVgg Unterhaching, a Bayern w meczu z Hamburger SV stracił gola w 90. minucie po strzale Sergeja Barbareza, jednak w 94. minucie wyrównał po bramce strzelonej przez Szweda Patrika Anderssona i to klub z Bawarii został mistrzem Niemiec z jednym punktem przewagi nad Schalke. Ebbe Sand z 22 golami został wraz z Barbarezem współkrólem strzelców ligi, drugim w historii w barwach Schalke. 26 maja 2001 Schalke wystąpiło w finale Pucharu Niemiec i po dwóch golach Jörga Böhme pokonało grający w Regionallidze Union Berlin 2:0. Zdobyło tym samym swój trzeci w historii puchar kraju.