Intégré au sein du groupe Centre de la deuxième division russe en 1992 après la disparition des compétitions soviétiques, le Rubin termine dans un premier temps cinquième pour sa première saison puis huitième l'année suivante, ce qui ne lui permet pas d'éviter la relégation à la suite du passage de la compétition à une poule unique. Abandonnés par ses sponsors et souffrant du départ d'une grande partie de son effectif, les deux saisons suivants cette relégation voient le club connaître des résultats décevants avec une quinzième place en 1994 suivi d'une dix-septième position l'année suivante, devant abandonner plusieurs matchs en raison du manque de fonds et passant ainsi très près de la dissolution au cours de cette période.