Like etter den tyske invasjonen 9. april 1940, kom «Troll» i kamp med tyske bombefly i Sognefjorden, men kom fra kampen uten skader. «Troll» fortsatte patruljeringen i Sognefjorden og omegn, og lå den 3. mai i Florø. Planen var å ta fartøyet til England, men dette ble ikke gjennomført. 18. mai ble fartøyet overtatt av tyskerne, etter at to tyske armerte trålere hadde tatt seg inn til Florø. «Troll» ble så slept til Bergen, og ankom der den 20. mai. Fartøyet gjorde kort tjeneste for den tyske marinen, og ble siden ombygget til destillasjonsskip, for produksjon av destillert vann.