Учёбу Самойлову пришлось оканчивать уже при новой власти — с февраля 1918 года он стал военмором РККФ. В марте того же года он окончил Артиллерийские классы и в том же месяце вместе с «Полтавой» в составе 1-го отряда Балтийского флота под командованием С. В. Зарубаева совершил переход из Гельсингфорса в Кронштадт: это был начальный этап легендарного Ледового похода Балтийского флота.