Israele ha sostenuto l'Azerbaigian con armi e munizioni durante la prima guerra del Nagorno-Karabakh contro l'Armenia all'inizio degli anni '90 per ragioni geopolitiche; e per la minaccia percepita della Repubblica islamica dell'Iran. Secondo il "Journal of Turkish Weekly", le relazioni tra Israele e Armenia si sono deteriorate a causa del conflitto; la colpa è anche in parte attribuita agli ebrei dell'Azerbaigian, che hanno fatto circolare teorie del complotto nella società armena.