آقابابایی در سال ۱۳۶۲ در «سِمت فرماندهی عملیات ناحیه شمال غرب و کردستان» منصوب شد و سپس به فرماندهی تیپ ۱۸ الغدیر انتخاب گردید. وی در زمان جنگ ایران و عراق، در عملیات‌های مختلفی از جمله کربلای-۵ حضور داشت و در چند عملیات مجروح گردید. وی در بمباران شیمیایی بعثی عراق در این عملیات (کربلای-۵)، به شدت مجروح شد. در نهایت، آقابابایی در ۵ شهریور سال ۱۳۷۵ بسبب آثار باقیمانده از مجروحیت خود ناشی از حملات شیمیایی عراق، درگذشت. "در قلب کردستان" نام کتابی است که به زندگی اکبر آقابابایی پرداخته است.