En perte de forme lors des saisons suivantes, il gravite autour du top 32 sans plus progresser, étant au mieux quart de finaliste au Masters d'Irlande 2005. Greene réalise de solides performances fin 2007 ; il atteint sa première demi-finale d'un tournoi de classement au Grand Prix à Aberdeen, en sortant d'un groupe composé de Ronnie O'Sullivan, Steve Davis, Dominic Dale, Tom Ford et Mark Joyce. Il enchaîne en battant Ricky Walden en huitièmes de finale, puis Joe Perry en quarts de finale, mais perd de justesse contre le futur vainqueur, Marco Fu en demi-finales (6-5). Quelques semaines plus tard il atteint les quarts de finale du trophée d'Irlande du Nord en battant les ex-champions du monde Ken Doherty et Mark J. Williams, puis s'incline contre son compatriote Mark Allen (5-3). En 2010, Greene réussit à se qualifier au championnat du monde pour la cinquième fois de sa carrière mais il est encore éliminé au premier tour.