Хассан Мудхафар выступает за сборную Омана по футболу с 2003 года и провёл за неё, по состоянию на 2015 год, более 110 матчей. Он играл на трёх Кубках Азии по футболу: 2004, 2007 и 2015 годов. В отборочном турнире Кубка Азии 2007, 11 октября 2006 года, он открыл счёт в победном (2:1) для Омана матче против сборной ОАЭ, по результату которого сборная Омана досрочно обеспечила себе путёвку на азиатское первенство.