Сразу после войны произошли убийство президента Линкольна и покушение на военного секретаря Сьюарда. Это случилось в Вашингтоне, который находился на подведомственной Хэнкоку территории, поэтому новый президент Эндрю Джонсон сразу же вызвал Хэнкока в столицу. При его участии в Вашингтоне был наведён порядок, а заговорщики арестованы. Ему же было поручено организовать казнь четырёх приговорённых к смерти утром 7 июля. Одной из приговорённых была . Хэнкок, вероятно, стремясь избежать казни женщины, некоторое время ждал президентской амнистии. Его жена впоследствии утверждала, что он сам несколько раз запрашивал у президента амнистии. Но этого так и не произошло. По словам адвоката Джона Клэмпитта, Хэнкок сказал ему: «Я бывал в аду из огня, снарядов и шрапнели, но я бы лучше снова оказался там десять тысяч раз, чем отдал сегодня приказ казнить эту несчастную женщину. Но я военный, призван повиноваться, и я повинуюсь». В тот же день приговорённые были казнены. Причастность к казни Мэри Суратт потом часто припоминали Хэнкоку во время президентских кампаний.