ในฤดูกาล 2016–17 ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นกัปตันทีมแทนที่อาร์เตตาที่ยุติการเล่นไป แต่ทว่าตัวของแมร์เทิสอัคเคอร์เองได้รับบาดเจ็บที่หัวเข่าไม่อาจลงเล่นได้ในช่วงต้นฤดูกาล และปรากฏว่าตลอดทั้งฤดูกาล แมร์เตซัคเกอร์ลงเล่นได้เพียงแค่ 31 นาทีเท่านั้น จนกระทั่งจบฤดูกาล ในนัดชิงชนะเลิศเอฟเอคัพ 2017 กับเชลซี ซึ่งได้แชมป์พรีเมียร์ลีกมาก่อนหน้านั้นไม่นาน เนื่องจากกองหลังตัวจริงทั้งหมดบาดเจ็บหรือติดโทษแบน แมร์เตซัคเกอร์จึงต้องลงเล่นแทน และปรากฏว่าเล่นได้ดี สามารถสกัดลูกในจังหวะอันตราย ๆ ได้หลายครั้งจนได้รับคำชม ส่งให้อาร์เซนอลเอาชนะไปได้ในที่สุด และเป็นแชมป์เอฟเอคัพสมัยที่ 13 นับว่าเป็นสโมสรที่ได้แชมป์รายการนี้มากที่สุด จากนั้นเพียงหนึ่งสัปดาห์แมร์เตซัคเกอร์ประกาศเลิกเล่นและขอผันตัวเองไปทำหน้าที่อย่างอื่น โดยเล่นให้กับอาร์เซนอลทุกรายการทั้งหมด 210 นัด ได้แชมป์เอฟเอคัพทั้งหมด 3 สมัย ต่อมา อาร์เซนอลได้ประกาศให้แมร์เทิสอัคเคอร์เป็นผู้จัดการทีมเยาวชนของอาร์เซนอลตั้งแต่ฤดูกาล 2017–18 และตั้งใจจะเลิกเล่นหลังจบฤดูกาลนี้