В мае 1942 года Шапошников был направлен на учёбу на Высшие академические курсы при Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова, после окончания которых в октябре того же года был назначен на должность начальника штаба 14-го стрелкового корпуса. В период с 11 по 18 ноября исполнял должность командира корпуса, который находился на формировании в составе 4-й резервной армии (Резерв Ставки Верховного главнокомандования). В декабре того же года корпус был включён в состав 1-й гвардейской армии (Воронежский фронт), после чего принимал участие в ходе контрнаступлении под Сталинградом, а с января по февраль 1943 года вёл наступательные боевые действия в Донбассе и к 19 февраля вышел на рубеж Синельниково — Красноармейск, но затем был вынужден отойти за реку Северский Донец, где вёл оборонительные боевые действия.