Im Jahr 1357 nahm er im Ersten Kastilischen Bürgerkrieg an der Schlacht von Trigueros gegen Juan de la Cerda, ein Parteigänger Heinrichs II, auf der Seite Peters I. von Kastilien teil. Während des Krieges der beiden Peter, das parallel zu dem Bürgerkrieg stattfand, führte er die kastilische Flotte auf Befehl Peters I erfolglos gegen Barcelona. Trotzdem konnte man sie als Erfolg betrachten, weil zum ersten Mal die kastilische Marine eine solche Operation so weit entfernt von Kastilien durchführen konnte. Später wechselte er 1366 die Seiten im Ersten Kastilischen Bürgerkrieg und wurde Parteigänger Heinrichs II. von Trastámara. Als solcher kaperte er das Schiff mit dem königlichen Schatz für Heinrich, den Peter I auf See nach Portugal transportieren wollte, als Heinrich die Kontrolle über Kastilien in diesem Jahr übernahm. Für seine Beteiligung an der Rebellion wurde Egidio Boccanegra deshalb 1367 in Sevilla hingerichtet, als Peter I in diesem Jahr wieder die Kontrolle über das Königreich Kastilien übernahm.