A 2. fordulóból továbbjutó 20 nemzeti válogatottat öt, egyenként 4 csapatos csoportba sorsolták. A csoportok győztesei jutottak ki a 2010-es labdarúgó-világbajnokságra, míg a csoportok első három helyen végzett nemzeti válogatottjai szereztek jogot a 2010-es afrikai nemzetek kupáján való részvételre, amelyet Angolában rendeznek.