11 stycznia 1693 Maltę nawiedziło silne trzęsienie ziemi, które spowodowało zawalenie się m.in. kaplicy Zwiastowania. W sierpniu 1694 rozpoczęto jej odbudowę, której inicjatorem był rektor świątyni ks. Francesco Attard. Spore fundusze na ten cel podarowali członkowie załóg galer Zakonu. Poświęcenia odbudowanej kaplicy dokonał 3 czerwca 1749 arcybiskup Malty Paul Alphéran de Bussan. Raport z następnej wizyty arcybiskupa w 1754 potwierdził dobry stan kaplicy.