עם ההכרזה על עצמאות ישראל במאי 1948 הצטרפו לוחמי לח"י אל כוחות צה"ל. חלקם התרכזו בחטיבה 8 שבפיקוד יצחק שדה. רק בירושלים הם הוסיפו לפעול כארגון נפרד ושיתפו פעולה עם האצ"ל, בין היתר במתקפה על הכפר דיר יאסין. בספטמבר 1948 נרצח בירושלים מתווך האו"ם הרוזן ברנאדוט על ידי מתנקשים שלפי המשוער היו חברי לח"י. בעקבות ההתנקשות הכריזה הממשלה הזמנית על לח"י ארגון טרור, הארגון פוזר, חברים רבים נאסרו וראשי לח"י נידונו למאסר (אך שוחררו מאוחר יותר בחנינה כללית).