Ved Marsrevolusjonen ble det etablert et nytt folkevalgt styre og en ny regjerng, Tscherning satt i det såkalte Marsministeriet og ble 24. mars 1848 landets første krigsminister og organiserte Danmarks innsats i treårskrigen (1848–1851) Ved en energisk innsats lyktes det Tscherning å improvisere dansk motstand mot det slesvig-holstenske opprøret som straks etter fikk tysk assistanse fra Det tyske forbund.