Панучи је најпре наступао за младу репрезентацију са којом је 1994. и 1996. био европски јуниорски првак. За сениорску репрезентацију је дебитовао у септембру 1994. у квалификационој утакмици против Словеније за ЕУРО 1996.. Док је био на врхунцу каријере , Панучи је неправедно изостављан из репрезентације (Светска првенства 1994. и 1998.).