La nazionale femminile croata scese in campo dopo l'indipendenza della Croazia nel 1992 in occasione delle qualificazioni alla prima edizione del campionato europeo e dei XII Giochi del Mediterraneo. La nazionale croata vinse il torneo di pallamano dei Giochi del Mediterraneo del 1993, edizione nella quale anche la selezione maschile vinse la medaglia d'oro. Sempre nello stesso anno la nazionale croata vinse le qualificazioni e ottenne l'accesso al campionato europeo 1994, che concluse al quinto posto dopo aver vinto la finale per la quinta posizione contro la . Grazie alla partecipazione al campionato europeo, la Croazia guadagnò anche l'accesso all'edizione 1995 del campionato mondiale: dopo aver superato la fase a gironi, la nazionale è stata subito eliminata agli ottavi di finale dalla , concludendo così al decimo posto. Nel biennio successivo la Croazia conquistò un sesto posto sia al campionato europeo 1996 sia al campionato mondiale 1997, dove perse la finale per il quinto posto dalla per un solo punto dopo i tempi supplementari. Sempre nel 1997 arrivò la medaglia d'argento ai XIII Giochi del Mediterraneo, disputatisi a Bari.