In de campagne vóór het referendum over het Britse lidmaatschap van de EU was Hunt voor voortzetting van het EU-lidmaatschap. Toen duidelijk werd dat het Verenigd Koninkrijk de EU zou verlaten, suggereerde Hunt een tweede referendum over de exacte voorwaarden van het vertrek uit de EU. Tijdens het onderhandelingsproces tussen het Verenigd Koninkrijk en de EU veranderde hij van positie en zei nu Brexit te steunen 'vanwege de arrogantie van de Europese Commissie tijdens de onderhandelingen.'