У липні 1941 року при проведенні операції «Мюнхен» на південному фланзі німецько-радянської війни дивізія входила до XI армійського корпусу генерала від інфантерії Йоахима фон Корцфляйша. Бої в Молдові, у південній Україні. У грудні 1941 року 239-ту піхотну дивізію розформували, її підрозділи передали до сусідніх дивізії 6-ї армії, через високі втрати в живій силі у цих формуваннях у ході операції «Барбаросса».