Novak je bil zelo pomemben član tako imenovane »zlate generacije« slovenskega nogometa. Za reprezentanco je sicer dosegel le 3 zadetke, vendar pa je bil pomemben igralec sredine igrišča. Leta 2000 se je udeležil Evropskega prvenstva v Belgiji in na Nizozemskem, na katerega se je Slovenija uvrstila prek Ukrajine 2:1 (Zahovič,Ačimovič) in 1:1 (Pavlin). Na prvenstvu je Slovenija izgubila s Španijo 2:1(Zahovič), ter remizirala z ZR Jugoslavijo 3:3(Zahovič 2, Pavlin) in Norveško 0:0.