I 1447 i en alder af otte år blev Anne gift med Henry Holland, 3. hertug af Exeter (1430-1475). Under Rosekrigene stod Exeter på Huset Lancasters side mod sin hustrus familie Huset York. Exeter var hærfører i de store Lancaster-sejre i Slaget ved Wakefield og det Det 2. slag ved St Albans. Han ledte også Lancaster-hæren i nederlag i Slaget ved Towton. Han flygtede til Kongeriget Skotland efter slaget og sluttede sig derefter til Margrete af Anjou, kong Henrik 6. af Huset Lancasters dronning, i hendes eksil i Frankrig. Den 4. marts 1461 i London blev Annes yngre bror Edvard, hertug af York, erklæret udråbt til kong Edvard 4. Exeter blev frataget sin ære, liv og gods, men den nye konge gav sine godser til Anne og resten til deres datter Anne Holland. Anne og Exeter blev separeret i 1464 og skilt i 1472. Da Henrik 6. blev genindsat på tronen i 1470, forblev Anne loyal over for sin bror Edvard, og i det, der synes at have været hendes eneste indblanding i politik, arbejdede hun hårdt for at overtale sin bror Georg, hertug af Clarence, til at opgive Lancaster-sagen. Hvis ikke afgørende, havde hendes argumenter bestemt en vis effekt, og dermed spillede hun en rolle i Edvards restaurering på tronen.