2016年4月14日開始，熊本縣发生多宗震度逾6級的地震，其中16日的主震規模達7.3級，造成熊本城多處城牆石垣及屋瓦崩落。熊本市市長大西一史於7月26日表示，熊本城天守閣將於2019年修復，而整座城的修復希望能在20年內完成，總體修復費用逾600億日圓。 截至2016年6月8日，城堡的修復計劃已正式開始。整座城堡的完全修復和復原的完成日期計劃預定在2036年。