В сентябре 1561 года после торжественного въезда в Эдинбург, Мария Стюарт отправилась во дворец Линлитгоу, а четыре Марии, в сопровождении дяди королевы, великого приора Мальты, Франсуа Лотарингского, отправились на запад в Данбар, по пути остановившись в доме брата Марии Сетон, Джорджа. Здесь Франсуа де Гиз расстался с Мариями и вернулся домой через Берик-апон-Туид и Ньюкасл-апон-Тайн. Мария Сетон сопровождала пленённую королеву Марию в Эдинбург после поражения той в битве при Карберри Хилл. Именно Сетон помогла королеве бежать в Англию после её поражения в битве при Лангсайде: Сетон, переодевшись в одежду королевы Марии, стояла у окна в замке Лохлевен, в то время как сама Мария уплывала с острова, на котором стоял замок, на маленькой лодке.