Τον 14ο και 15ο αιώνα την πόλη εποφθαλμιούσαν οι Σέρβοι και αρκετές φορές κατάφεραν να την καταλάβουν από τους Βυζαντινούς. Το 1434 περιήλθε οριστικά στην Κατοχή των Οθωμανών. Στη διάρκεια της Τουρκοκρατίας εγκαταστάθηκαν Μουσουλμάνοι και Εβραίοι. Το 1530 είχε 657 χριστιανικά και 234 μουσουλμανικά νοικοκυριά. Ταυτόχρονα, ειδικά το 17ο και 18ο αιώνα δημιουργήθηκε ελληνική αστική τάξη, εξαιτίας της ύπαρξης εμπόρων. Το 1822 συντελέστηκε η εξέγερση της πόλης εναντίον του τουρκικού ζυγού, με επικεφαλής τον Τάσο Καρατάσο. Από τη Βέροια ήταν οι οπλαρχηγοί της επανάστασης του '21 Γεώργιος Συρόπουλος, Αθανάσιος Συρόπουλος και οι άλλοι Συροπουλαίοι ή «"Σύροι»", καθώς και οι αδερφοί Γεώργιος και Δημήτριος Κολέμης. Απελευθερώθηκε από τον ελληνικό στρατό στις 16 Οκτωβρίου του 1912. Το 1946 κηρύχθηκε πρωτεύουσα του νομού Ημαθίας.