Während des Bürgerkrieges zwischen Caesar und Pompeius war die Ferrata eine der wichtigsten Stützen Caesars im Kampf um die Macht; sie war extrem mobil und bei fast allen wichtigen Schlachten präsent: Im Sommer 49 v. Chr. schlug sie in Spanien Anhänger des Pompeius in der Schlacht bei Ilerda. Im Frühjahr 48 v. Chr. war sie in Nordgriechenland stationiert und kämpfte in der Schlacht von Dyrrhachium. Im August desselben Jahres kämpfte sie bei der wichtigen Schlacht von Pharsalus, zog mit Caesar nach Alexandria und entschied die Schlacht um Zela in Pontos (47 v. Chr.). Dann verlegte Caesar die Legion nach Italien und siedelte die Veteranen in "Colonia Iulia Paterna Arelatensium Sextanorum" („die ehrwürdige julische Kolonie von Arles der Soldaten der Sechsten Legion“, heute Arles) an. Die Legion diente jedoch weiter und war u. a. bei der Schlacht von Munda im Jahre 45 v. Chr. präsent. Die Legion erhielt den Namen "Ferrata" im Bürgerkrieg, möglicherweise bereits unter Caesar. Der Name deutet auf eine besondere eiserne Schutzkleidung hin.