Nonostante il grave infortunio, il britannico riuscì lo stesso ad essere al via all'inizio della stagione 1989 a Rio de Janeiro, dove debuttò con un ottimo quarto posto, sfruttando il fatto che il circuito non richiedesse un grande impegno dal punto di vista fisico, e terminò davanti al compagno di squadra Alessandro Nannini. Tuttavia la riabilitazione non era stata ancora completata: il pilota si aggirava per il paddock con le stampelle, aveva forti dolori in gara e le sue difficoltà si fecero più evidenti su circuiti fisicamente più impegnativi; Nelle gare successive, riuscì a ottenere un solo altro risultato utile, terminando quinto a Phoenix. All'interno del team vi furono anche delle discussioni, con Herbert e Collins da una parte e Flavio Briatore dall'altra. Prima di metà stagione Collins lasciò il team ed Herbert venne appiedato dopo che al Gran Premio del Canada aveva fallito la qualificazione. L'inglese prese parte ad altre due gare nella stagione con la Tyrrell, in sostituzione di Jean Alesi, ma a fine anno decise di abbandonare momentaneamente la Formula 1 per ritrovare la forma migliore.