Im Verlauf des Völkermordes an den Armeniern hatte der türkische Gouverneur das "Bethesda" zwischenzeitlich beschlagnahmt und in ein Kriegslazarett verwandelt. Christoffel gelang es, einen Teil des Gebäudes zurückzuerhalten. Er betreute dort nun armenische Waisenkinder, die den Völkermord von 1915/16 überlebt hatten. Mit der Ausweisung aller Deutschen im Jahr 1919 durch die Alliierten fand Christoffels Arbeit in Malatya ein Ende.