Après l'écrasement de la Gironde du , Brunel et Rouyer sont missionnés durant le soulèvement de Lyon. En juillet, les deux représentants de la Convention nationale, incapables de mesures violentes, ont déploré le sort réservé à la ville. Durant cette période de terreur, François Chabot, présent à la Convention, accuse Brunel d'être en correspondance avec les fédéralistes de Bordeaux et décrète son arrestation. Restés dans la ville et démis de leurs pouvoirs, Brunel et Rouyer sont arrêtés et remis en liberté quelques jours après. Brunel retrouve son siège à la Convention après le 9 thermidor () et demande la réhabilitation en droits pour les personnes incarcérées depuis le .