Rentré en France au cours de l'année 1810, Souham reprend le chemin de la péninsule deux ans plus tard avec le titre de commandant en chef de l'armée du Portugal : à l'issue d'une brève campagne, il réussit à battre les troupes anglo-portugaises du futur duc de Wellington mais est rappelé d'urgence pour prendre le commandement d'une division en Allemagne. Il mène ses troupes avec talent lors des principales rencontres de la campagne, mais sa défection en 1814, alors qu'il dirige le , ruine les espoirs de reconquête de Napoléon. Il mène ensuite une carrière discrète jusqu'à sa mort en 1837, à l'âge de 76 ans. Habile tacticien et bon stratège, Souham s'est mesuré lors de sa carrière à des personnalités militaires aussi illustres que l'archiduc Charles, le maréchal Blücher ou le duc de Wellington.