У владу је ушао децембра 1854. као министар правде и просвете. Према тврдњама аустријскога амбасадора ушао је у владу као аустрофил по претходном споразуму кнеза и Беча. После се вратио на положај директора кнежеве канцеларије. Пред Кримски рат српска влада га је послала у Беч да би се договорио са руским амбасадором око територија које би Србија могла да добије у случају руске победе. Тражио је Босну, Херцеговину и Стару Србију. Током 1855. Алекса Јанковић покушава да у владу убаци Тому Вучића, па је због тога краткотрајно помирио Тому Вучића са кнезом. Алекса Јанковић је децембра 1855. постао кнежев представник тј. председник Владе и министар спољњих послова. Јанковић се као аустрофил удружио са Вучићевима русофилима. Та влада је наишла на отпор. Француском конзулу се Јанковићева влада чинила превише аустрофилска, а кнезу се није свиђало присуство Вучићеваца, тако да је влада трајала само око шест месеци.