Auch für die ecuadorianische Nationalmannschaft wurde Christian Benítez 2005 entdeckt, wo er am 17. August sein Debüt gab, nachdem er schon erfolgreich durch die Jugendauswahlmannschaften gegangen war. Dass auf ihn für die Zukunft gesetzt wurde, zeigte auch seine überraschende Nominierung für das Aufgebot Ecuadors bei der Weltmeisterschaft 2006 in Deutschland. Mit 20 Jahren war er der jüngste WM-Spieler seines Landes und absolvierte ein WM-Spiel (die zweite Halbzeit im dritten Gruppenspiel gegen Deutschland). Im ersten Länderspiel Ecuadors nach der Weltmeisterschaft, einem Freundschaftsspiel am 7. September 2006 im Giants Stadium gegen Peru, erzielte er sein erstes Länderspieltor zum zwischenzeitlichen 1:0 (Endstand 1:1). 2007 nahm er am Turnier um die Copa América teil und erzielte ein Tor bei der 2:3-Niederlage im ersten Vorrundenspiel gegen Chile.