Lillja föddes på Öland som son i en båtsmansfamilj. När han var 15 år, den 1 mars 1782, antogs han volontär vid överste Stares kompani. 1786 räknades han som kofferdikarl för att 1788 kommenderas som förman i förmasten på fregatten Gripen. I denna position deltog han i och sommaren 1788 var han med om Sjöslaget vid Hogland. Senare samma år kommenderades han som extra arklimästare till fregatten Hector som hade tagits av ryssarna. Han deltog under totalt åtta sjöslag och blev efter Räden mot Baltischport 1790 belönad med silvermedaljen För tapperhet till sjöss.