Del 2004 al 2010 va ser directora general del Museu Egipci del Caire. Va ser la primera dona directora del museu. Com a directora, Wafaa al-Saddik va assegurar que havia rebut nombroses ofertes amb motius polítics per finançar el museu. Al-Saddik va afirmar que el museu va generar uns ingressos diaris d'un milió de lliures egípcies, però la major part d'aquests diners es van transferir al govern central en lloc de gastar-los en la institució. Al seu llibre "Protecting Pharaoh's Treasures" ("Protegint els tresors del faraó"), al-Saddik va dir que havia predit la revolució egípcia del 2011, dient que havia cregut que seria similar a la revolució tunisiana. L'octubre del 2010, va ser escollida pel llavors president egipci Hosni Mubarak per a seleccionar artefactes per a una exposició a Roma, tot i que les seves decisions van ser rebutjades més tard. Va ser obligada a deixar el seu càrrec al museu el desembre del 2010, perquè havia arribat a l'edat de jubilació.