Von 1992 bis 1993 war Morillon Kommandant der Streitkräfte der Vereinten Nationen in Bosnien, der UNPROFOR. Er reiste im März 1993 in die mehrheitlich von muslimischen Bosniaken bewohnte, von Serben belagerte ostbosnische Enklave Srebrenica, hisste dort die blaue UN-Flagge und erklärte die Stadt symbolisch zur UN-Schutzzone (siehe auch: Massaker von Srebrenica). Morillon hat sich trotz dieser Ereignisse auch sehr negativ zu den Verletzungen der Genfer Konventionen durch die bosnische Armee unter der Führung von Naser Orić geäußert.