Die habsburgische Herrschaft über das Großherzogtum Toskana war Mitte des 19. Jahrhunderts durch die italienische Nationalbewegung des Risorgimento unter Druck geraten und musste in den italienischen Unabhängigkeitskriegen Position beziehen. Als sich Sardinien und Frankreich auf der Seite der Nationalbewegung für einen Waffengang gegen das Königreich beider Sizilien vorbereiteten, der zum zweiten Unabhängigkeitskrieg (Sardinischer Krieg) werden sollte, erklärte Ferdinands Vater, Leopold II., die Neutralität des Großherzogtums. Trotz des Drängens nationaler mittelitalienischer Kräfte zog Leopold II. nicht gegen Österreich in den Krieg, auch aus Verbundenheit mit der Wiener Linie seines Hauses Habsburg, und „hatte sich … zwischen die beiden einzig möglichen Stühle gesetzt“. Daraufhin brach eine Revolution aus, in deren Folge die großherzogliche Familie nach Bologna floh und sich von da aus ins Exil nach Wien begab. Ferdinands Vater versuchte den Thron zu retten und dankte am 21. Juli 1859 zu Gunsten seines Sohnes ab, konnte jedoch nicht verhindern, dass die Toskana im Zuge der Einigung Italiens nach dem eindeutigen Ergebnis einer Volksabstimmung 1860 an das Königreich Sardinien angeschlossen wurde. Damit endete die Herrschaft des Hauses Habsburg-Lothringen-Toskana.