Desempenhou um papel-chave na crise dos mísseis, apesar de ser o único republicano no Conselho de Segurança Nacional. Em seu telegrama, conhecido como "lua de mel", McCone argumentou que a CIA deveria estar alerta para a possibilidade de que a União Soviética poderia instalar armas nucleares em Cuba, apesar dos relatórios negarem, o fato acabou sendo concreto.