Ma crebbe anche il malcontento nei confronti dei Borbone di Napoli. Non essendosi mai sopito l'indomito e anti-borbonico indipendentismo siciliano, dopo una partecipazione attiva alla sollevazione popolare del 1820, Trapani partecipò attivamente alla Rivoluzione siciliana del 1848, sanguinosamente repressa dall'esercito di Ferdinando II di Borbone che annientò l'esperienza dello Stato indipendente di Sicilia nato dalla Rivoluzione del 1848 e durato solo 15 mesi.