Unter der Komtur von Wolf von Sansheim wurde sie jedoch bald wieder aufgebaut. 1440 trat Hohenstein dem Preußischen Bund bei, kehrte aber im Dreizehnjährigen Krieg wieder zum Orden zurück. Im Reiterkrieg von 1519–1526 wurde Hohenstein von polnischen Truppen besetzt. Im Herzogtum Preußen wurde die Burg Sitz eines Amthauptmannes.