İdeolojik bakımdan yakın olduğu Müslüman Kardeşler hareketi içerisinde siyasete atıldı. Mursi 2000 ve 2005 yılları arasında milletvekili oldu. Müslüman Kardeşler'in yasal olarak seçime katılmaları mümkün olmadığından parlamentoya bağımsız siyasetçi olarak girdi. Tam 5 yıl Mısır Halk Meclisi üyeliği yaptı. 2011 Mısır Devrimi'ne muhalif bir lider olarak destek verdi ve 30 Nisan 2011 tarihinde Müslüman Kardeşler'in kurduğu, Özgürlük ve Adalet Partisi'nin başkanı seçildi.