Sezona Formule 1 1999 je bila petdeseta sezona svetovnega prvenstva Formule 1 pod okriljem FIE. Začela se je 7. marca 1999 z dirko za Veliko nagrado Avstralije, končala pa 31. oktobra 1999 s šestnajsto dirko sezone za Veliko nagrado Japonske. Dirkaški naslov je osvojil Finec Mika Häkkinen, moštvenega pa Ferrari.