Nach dem Umsturz vom 9. Thermidor II (27. Juli 1794) stellte sich Prieur de la Marne den neuen Machthabern entgegen. Er beteiligte sich vom 20. bis 23. Mai 1795 am Prairialaufstand. Der drohenden Verhaftung entkam er nur, in dem er sich an einem nicht bekannt gewordenen Ort versteckte. Aufgrund der im Oktober 1795 erlassenen Amnestie des Direktoriums konnte er nach Paris zurückkehren, wo er wieder als Anwalt arbeitete. Erst im Sommer 1799 trat Prieur als eines der aktivsten Mitglieder des patriotisch gesinnten Manegeklubs erneut in die politische Öffentlichkeit. Der Manegeklub betrachtete sich als Nachfolger des Jakobinerklubs und tagte für kurze Zeit in einer ehemaligen Reiterhalle. Er konnte jedoch nicht an die politische Rolle des Jakobinerklubs anknüpfen.