Sis Ju 90 van volar amb el "KGr. z. b. V. 105" com a transports militars a l' Operació Weserübung. Tres Ju 90, amb les seves tripulacions Luft Hansa, van ser assignats a la Força Aèria el maig de 1941 i van volar com a transports durant el suport alemany a la revolta iraquiana contra els britànics. Dos avions van ser utilitzats com a avions de remolc per a la planador de càrrega Messerschmitt Me 321. Al febrer de 1942, es van contractar tots els Ju 90 disponibles per realitzar vols de subministrament a la secció nord del Front Oriental, inclosa la Bossa de Demjansk. Al novembre de 1942, els Ju 90 van ser utilitzats per a vols de subministrament a la Mediterrània abans de ser transferits al Front Oriental altre cop per a enviar subministraments a Stalingrad el gener de 1943. El Ju 90 es va utilitzar llavors pel "Lufttransportstaffel (LTS) 290" a la Mediterrània. Després de la pèrdua del nord d'Àfrica, el LTS 290 va ser traslladat a Mühldorf am Inn el juliol de 1943. Poc després, el nom es va canviar a "Lufttransportstaffel (LTS") 5. A la primavera de 1944, el LTS 5 va volar les seves missions en l'evacuació de Crimea. Al setembre de 1944 amb el "Transportgeschwader 4 (TG 4)" va ajudar a l'evacuació de Grècia al setembre i octubre de 1944. L'últim Ju 90 va ser destruït al final de la guerra.