然而四一二政变后，阎锡山于6月间通电拥护蒋介石南京国民政府，山西境内改悬青天白日旗；阎锡山自任北方国民革命军总司令，宣布取消山西省长，自兼山西省政；还电请国民党山西省党部厉行清党。山西省政府根据国民党山西清党委员会提供的名单，发令通缉包括中共山西省委负责人颜昌杰、崔锄人、王鸿钧等三十余人，期间查封了中共领导的太原总工会及各行业工会，大、中学校的学生会。阎锡山颁布《各军事长官连带办法》以进行反共清共。中共山西省委转移，未遭重大损失。1927年7月，颜昌杰因病离职返回北京，中共北方区委派戎子桐来山西工作，改组了中共山西省委，确定王鸿钧代理省委书记。省委机关也迁往距太原80公里的晋中祁县。