В 1241 году крепость была разрушена монголо-татарской ордой хана Батыя. Несмотря на разорения, жители Иван-города эти места не покинули и восстановили поселение. С середины XIV века оно входило в состав Великого Княжества Литовского. В 1506 году польский король Сигизмунд I наделил вновь разросшийся к тому времени город Магдебургским правом. Ржищев играл важную роль в днепровской линии обороны, крепость на Иван-горе была возрождена в период правления Яна Казимира. В годы освободительных войн под предводительством Богдана Хмельницкого город находился в центре происходивших событий. В конце декабря 1653 года в Ржищевском Преображенском монастыре состоялись первые переговоры мятежного гетмана с русским послом  о заключении военного союза Московского царства и запорожского войска и совместной защите контролируемых ими земель.