9 марта 1918 года, когда советские корабли были вынуждены в тяжёлых ледовых условиях переходить в Гельсингфорс, чтобы не достаться наступающим немцам, «Единорог» всё ещё не был отремонтирован, а двигатели с него были сняты, поэтому лодку для перехода взял на буксир использовавшийся в качестве плавбазы броненосец «Пётр Великий». Сжатый льдами корпус «Единорога» начал пропускать воду, которую в условиях обесточенного корабля было нечем откачивать. Постепенно корма лодки заполнилась водой, экипаж перешёл на броненосец, и «Единорог», встав почти вертикально на дыбы, затонул в Финском заливе, к северу от маяка Кокшер.