Trước vụ tấn công ngày 11 tháng 9, al-Qaeda đã hiện diện ở Bosnia và Herzegovina, và các thành viên của nó hầu hết là các cựu binh của biệt đội El Mudžahid thuộc Quân đội Hồi giáo Bosnia của Cộng hòa Bosnia và Herzegovina. Ba đặc vụ al-Qaeda đã thực hiện vụ đánh bom xe Mostar vào năm 1997. Các hoạt động này được liên kết chặt chẽ với và được tài trợ bởi Ủy ban cứu trợ cấp cao của Ả Rập Xê-út của Bosnia và Herzegovina do Hoàng tử lúc bấy giờ là Vua Salman của Ả Rập Xê-út thành lập.