Tercer de quatre fills (Marta, José Agustín, Juan i Luis) d'un matrimoni barceloní de classe mitjana, aviat va conèixer les penúries de la guerra: fam i, molt especialment, la mort de la seva mare, Julia Gay, a mitjans de març de 1938 en un bombardeig a Barcelona per part de l'aviació italiana quan Juan només tenia set anys. Una vegada acabada la Guerra Civil, va estudiar al col·legi dels Jesuïtes de Sarrià i, posteriorment, al col·legi de la Bonanova dels Germans de les Escoles Cristianes. El 1948 va ingressar a la Universitat de Barcelona, on va començar la carrera de Dret amb la intenció d'esdevenir diplomàtic. Durant la seva època universitària va descobrir la literatura contemporània i va manifestar inequívocament el seu ateisme.