Under krigen mod Danmark 1864 var Vogel von Falckenstein fra december 1863 kommanderende general og stabschef hos general Friedrich von Wrangel og chef for den forenede generalstab for de preussiske og østrig-ungarske tropper. 30. april blev han udnævnt til guvernør i Nørrejylland, hvor han førte en meget hård kommando. Den 22. april havde han modtaget ordenen Pour le Mérite.