Klosterets eiendommer ble konfiskert i 1527 og klosterbygningene ble brent av danske tropper i 1566 under Den nordiske syvårskrig. Kirken ble bygget opp igjen i løpet av 1600-tallet av Magnus Gabriel De la Gardie, som anla et familiemausoleum der, men de øvrige klosterbygningene fikk forfalle. Kirken ble restauret grundig mellom 1911 og 1923 og mellom 1921 og 1929 ble det gjort arkeologiske utgravninger i hele den sentrale delen av klosteret. Videre utgravninger ble utført i 1976 og 1977.