Крупномасштабная гражданская война продлилась почти десятилетие, а отдельные реперкуссии наблюдаются по настоящее время. За прошедшие годы война унесла жизни свыше 100 тыс. человек, в основном ставших жертвами показательных массовых расправ и террористических актов исламистских группировок. Государству был причинён огромный экономический ущерб. Только жёсткая линия военного руководства Алжира в 1992—1999 годах позволила сбить волну террора и принудила экстремистов пойти на переговоры о национальном примирении. К борьбе с экстремистами широко привлекалось местное население в форме отрядов самообороны. Это затрудняло действия экстремистов на многих территориях, обеспечивало их политическую изоляцию от общества и высвобождало значительные силы армии и спецподразделений для активных действий. Большое значение придавалось установлению контроля над исламской инфраструктурой, последовательному удалению из мечетей радикальных имамов, а также пресечению каналов внешнего финансирования как вооружённого крыла экстремистов, так и их политических структур.