В 1967 году попытка ибо самоопределиться с созданием собственного государства — Республики Биафра — привела к столкновению с федеральным центром и началу боевых действий против повстанцев. В официальной историографии эта война известна как «гражданская война в Нигерии». К началу боевых действий нигерийские ВВС, существовавшие всего третий год, не успели до конца окрепнуть. Первоначально перед ними была поставлена задача по обеспечению воздушного сообщения. Однако, появление у повстанцев бомбардировщиков B-26 и вертолётов, вынудило ВВС Нигерии пересмотреть свою тактику. В СССР в спешном порядке были закуплены истребители МиГ-15 и МиГ-17 и через Египет доставлены в Нигерию. Также было приобретено несколько военно-транспортных самолётов. Нигерийские самолёты стали использоваться для воздушной штурмовки и нанесению ударов по позициям повстанцев и гражданским целям. Период войны с Биафрой 1967—1970 характеризуется быстрыми темпами роста и увеличения численности нигерийских ВВС.