Mặc dù không phải là quốc kỳ chính thức, cờ tín hiệu Z đóng vai trò chính trong lịch sử hải quân Nhật Bản. Vào ngày 27 tháng 5 năm 1905, Đô đốc Heihachirō Tōgō của tàu chiến Mikasa đang chuẩn bị giao chiến với Hạm đội Baltic của Nga. Trước khi Hải chiến Tsushima bắt đầu, Togo đã giương cờ Z trên Mikasa nhằm giao chiến với hạm đội Nga, kết quả chiến thắng cho Nhật Bản. Ông nói với hải đoàn như sau: "Số phận của Hoàng gia Nhật Bản đặt vào trận chiến này; mọi cánh tay sẽ nỗ lực và làm hết sức mình." Cờ Z cũng được treo trên tàu sân bay Akagi vào đêm trước cuộc tấn công của Nhật Bản tại Trân Châu Cảng, Hawaii, vào tháng 12 năm 1941.