Die ersten Rennen der Saison 2009 wurden vom neuen Rennstall Brawn GP dominiert, Red Bull etablierte sich aber als Verfolger. Beim Großen Preis von China gelang ein Doppelsieg, bei dem Webber hinter Vettel Zweiter wurde; gleiches gelang beim Großen Preis von Großbritannien in Silverstone. Zuvor war Webber auch schon beim Großen Preis der Türkei Zweiter geworden. Beim Großen Preis von Deutschland am Nürburgring qualifizierte sich Webber schließlich erstmals für die Pole-Position und gewann das anschließende Rennen trotz einer Durchfahrtsstrafe. Mit seinem ersten Sieg im 130. Grand Prix löste Webber damit Rubens Barrichello als Rekordhalter für die meisten Grand-Prix-Starts bis zum ersten Triumph ab; Barrichello hatte 124 Anläufe benötigt. Nach einigen Rennen, in denen Webber keine Punkte einfuhr, gelang ihm ein weiterer Sieg beim Großen Preis von Brasilien. Am Saisonende belegte Webber den vierten Platz in der Meisterschaft.