Il Bayern si adatta presto alla nuova realtà, consolidandosi in campionato e vincendo nel 1965-1966 la coppa nazionale per la seconda volta. Grazie a questo successo partecipa alla Coppa delle Coppe 1966-1967, dove giunge a disputare la finale di Norimberga, vinta contro i Rangers. Nella stessa stagione la squadra conquista coppa nazionale per la terza volta, mentre nel 1967-1968 è protagonista di un'altra buona prova nella Coppa delle Coppe, arrivando fino alle semifinali, dove esce per mano dei futuri vincitori del Milan.