2009-2010 sezonunda Hanyu, katıldığı iki 2009-2010 Junior Grand Prix yarışmasını da kazandı ve 2009-2010 ISU Junior Grand Prix Finaline birinci sıradan katılma hakkı kazandı. 2010 Japonya Gençler Şampiyonasında kısa programda ilk serbest programda ikinci sırada yer alarak genel toplamda altın madalya kazandı. Bu şampiyonluk ile 2009-2010 Japonya Artistik Patinaj Şampiyonasına katılması için davet edildi. Hanyu bu arada Japonya'nın ev sahipliği yaptığı 2009-2010 ISU Junior Grand Prix Finaline katıldı ve ISU yarışmalarında kendi en iyi puanlarını elde ederekşampiyon oldu. Büyüklerde Japonya Ulusal Şampiyonasında altıncı sırada yer aldı. 2010 Dünya Gençler Artistik Patinaj Şampiyonasında kısa programı üçüncü (3), serbest programı ilk sırada tamamlayarak şampiyon oldu.