В 1768 году религиозным центром и столицей стал Анкуд. Местные индейские группы охотников, рыболовов и собирателей, населявшие остров, в начале XIX века были ассимилированы испанскими поселенцами-иезуитами, в результате их смешения образовались современные островитяне - чилоты, отличающиеся по своей культуре, быту и (с большим количеством заимствований из языка мапуче) от остальных чилийцев. Чарльз Дарвин, посетивший остров Чилоэ в 1834 году, в своем «Путешествии натуралиста вокруг света на корабле Бигль» описывает необычную природу и непритязательный быт жителей острова, 3/4 которых тогда составляли индейцы, принявшие христианство и в основном перешедшие на испанский язык. Основу питания островитян тогда составляли рыба, местный вид картофеля, а также завезённые испанцами овцы, куры и утки. В 1832 году число жителей Чилоэ и соседних островков составляло 42 тыс. человек, почти все они проживали на менее сыром и более освоенном восточном побережье Чилоэ, внутренние районы и западное побережье острова были тогда покрыты почти непроходимыми влажными лесами.