Он нередко конфликтовал с отцом и имел репутацию вождя национальной партии, оппонирующей Наполеону I, послушным орудием которого был Карл (в действительности Фердинанд вёл собственные переговоры с Наполеоном, приведшие к эскориальскому заговору). После вторжения Наполеона в Испанию, народного восстания в поддержку принца и отречения отца в 1808 году провозглашён королём. Вскоре сын и отец были фактически арестованы Наполеоном в Байонне, под давлением отреклись от прав на престол, после чего Бонапарт посадил на испанский престол своего старшего брата Жозефа. Антифранцузское сопротивление в Испании признавало Фердинанда законным королём, в то время как он сам никак не участвовал в этой борьбе.