Pepe, Euro 2008'e katılan Portekiz'in kadrosuna teknik direktör Luiz Felipe Scolari tarafından dahil edildi. Futbolcu ilk turnuvasında bütün maçlarda forma şansı buldu. 7 Haziran 2008'de Türkiye ile oynanan ilk grup maçında da millî takım kariyerinin ilk golünü kaydetti. Turnuvanın çeyrek finalinde Almanya'ya elendiler. Pepe, 23 kişiden oluşan turnuvanın en iyi kadrosuna dahil edildi.