Şampiyonlar Ligi finalinde Porto ile karşılaşan Monaco, maçın 23. dakikasında Giuly'nin de sakatlanıp oyuna devam edememesinin etkisiyle maçı 3-0 kaybedip turnuvada ikinci oldu. Bu maçta Fenerbahçe'nin teknik direktörü Christoph Daum, Rothen'i bizzat izlemek için final maçının oynanacağı stadda yer aldı ve incelemelerde bulundu. Rothen ise o sezon Deco ile birlikte UEFA Şampiyonlar Ligi'nin en fazla asist yapan futbolcusu oldu. Fransız futbolcu, 2003-04 sezonunda 45 maça çıktı ve bir gol atabildi. Monaco'da ise; 106 maça çıktı ve 6 gol attı.