Na počátku první světové války byl plukovníkem 66. pluku a jako velitel 35. brigády se zúčastnil bitvy u Nancy a později také bitev na Marně a Yser. Během bojů na řece Yser vážně onemocněl. Po zotavení byl povýšen do hodnosti generála a přeložen na pozici zástupce náčelníka nejvyššího štábu. V roce 1915 byl postaven do čela štábu, kde měl na starost oblast francouzského bojiště. Generál Janin se ve své funkci osvědčil natolik, že ho dokonce jeho nadřízený generál Joffre odmítl odvolat a propustil ho až na přímý rozkaz prezidenta.