Im Zuge der so genannten Konfrontasi überschritten indonesische Truppen am 28. Juni 1965 die Grenze auf Pulau Sebatik und lieferten sich Gefechte mit malaysischen Einheiten. Über die Zugehörigkeit der südlich der Linie 4° 11' N liegenden, nur wenige Quadratkilometer großen Inseln Pulau Ligitan und Pulau Sipadan vor der Ostküste Sebatiks entschied am 17. Dezember 2002 der Internationale Gerichtshof zugunsten Malaysias. Trotzdem kam es im Mai 2005 zu militärischen Drohungen Indonesiens, als ein Gemeinschaftsunternehmen von Shell und der malaysischen Petronas begann, in diesem Gebiet nach Erdölvorkommen zu suchen.