Njanka ma za sobą udział na dwóch Mundialach, w 1998 i 2002 roku. Podczas MŚ we Francji rozegrał wszystkie trzy spotkania w pełnym wymiarze czasowym, a w meczu z Austrią wpisał się na listę strzelców, dając Kamerunowi prowadzenie w 77 minucie meczu. W 90 wyrównał Anton Polster i mecz zakończył się remisem. W meczu z Włochami został ukarany żółtą kartką. Natomiast podczas Mistrzostw w Korei i Japonii rozegrał tylko 84 minuty wygranego 1:0 meczu z Arabią Saudyjską. Został zmieniony przez Pierre’a Wome. Ma za sobą również udział w Pucharze Konfederacji 2003. Kamerun wywalczył tam drugie miejsce, w finale przegrywając z Francją. Decydującego (jeszcze wtedy) złotego gola strzelił w 97 minucie Thierry Henry. W 2002 roku Njanka ze swoją reprezentacją zdobył Puchar Narodów Afryki, w meczu o złoto pokonując Senegal 3:2. Łącznie rozegrał w reprezentacji Kamerunu 37 meczów i strzelił 2 bramki.