Während des Livländischen Kriegs griffen russische und tatarische Truppen im Winter 1559 erfolglos Burg Seßwegen an, wandten sich nach Norden und zerstörten die Burgen Smilten, Schujen und Nitau. Im Friedensvertrag von Jam Zapolski wurde Burg Schujen auf Russisch als „Шкуин“ genannt. Als Teil der Woiwodschaft Wenden des Herzogtums Livland wurde sie von Polen-Litauen verwaltet. Burg Schujen wurde nicht mehr wiederhergestellt und verfiel.