Aunque la autoridad de Salamanca era generalmente aceptada, sobre todo después de la unificación, el general Queipo de Llano, al mando del Ejército del Sur, siguió actuando con una gran autonomía en Andalucía y sin hacer mucho caso de las instrucciones de las autoridades centrales. Por ejemplo, su comité de importación y exportación con sede en Sevilla actuaba con enorme autonomía respecto del comité nacional existente en Burgos. Tras la conquista de Málaga y otras zonas de Andalucía en la primavera de 1937, el general había ido edificando su propia base autónoma de poder. Franco envió a Sevilla a su hermano Nicolás para intentar controlar la situación, pero Queipo siguió actuando de forma casi independiente con el apoyo de los sectores dominantes locales.