Шамс эд-Дин Бадран провёл два года в стенах академии в Кобри эль-Куббе, обучаясь на одном курсе с будущими министром внутренних дел Шаарауи Гомаа и государственным министром Сами Шарафом. Он окончил Академию в августе 1948 года, в разгар Первой арабо-израильской войны. Получив звание младшего лейтенанта и звание бакалавра военных наук , Шамс Бадран был направлен в действующую армию, на Синайский фронт. Он оказался в составе войск, наступавших в Палестине, в районе Аль-Фалуджи, где в октябре 1948 года попала в окружение треть египетской армии. Там молодой офицер попал в поле зрения майора Генерального штаба Гамаля Абдель Насера, командовавшего одним из оборонявшихся батальонов, а затем служившего в штабе окружённой группировки. Это знакомство во многом определило будущую карьеру Бадрана. Египетские войска так и не смогли прорвать блокаду, снятую только после Родосского перемирия 24 февраля 1949 года, война закончилась, и Шамс Бадран вернулся в Египет, где продолжил службу в своей воинской части. Должность в резервной бригаде под Каиром, где он занимался обучением новобранцев, не сулила быстрой карьеры, но в начале 1950 годов Бадран примкнул к возглавлявшейся Гамалем Абдель Насером подпольной организации «Свободные офицеры» и принял участие в Июльской революции 1952 года.