6 kwietnia 1994 w Kigali doszło do zestrzelenia samolotu z prezydentem Rwandy Juvénalem Habyarimaną i prezydentem Burundi Cyprienem Ntaryamirą na pokładzie. Hutu oskarżyli Tutsi o śmierć prezydenta i rozpoczęli ich eksterminację, co doprowadziło do wybuchu wojny domowej i rozpoczęcia jednego z największych ludobójstw XX wieku. W ciągu 100 dni walk zamordowano od 800 tysięcy do 1 mln Tutsi. W lipcu 1994 roku RPF pod dowództwem Kagame ostatecznie pokonał wojska rządowe Rwandy, bojówki Interahamwe oraz Impuzamugambi i przejął władzę w kraju. W obawie przed zemstą tysiące Hutu opuściło kraj i uciekło do sąsiedniego Zairu.