По свидетельству современников Джонстон отличался буйным нравом и бескомпромиссностью в отстаивании идеалов ковенантского движения. Будучи назначенным одним из представителей Шотландии на переговорах с Карлом I о заключении Берикского перемирия, он вызвал такое раздражение Карла I своими требованиями, что король потребовал замены Джонстона на более спокойного переговорщика. Тем не менее позднее Джонстон опять вошёл в шотландскую делегацию на мирных переговорах, завершивших Епископские войны 1639—1640 годов. В 1641 году во время визита короля в Шотландию, Арчибальд Джонстон был посвящён в рыцари и получил титул лорда Уорристона. Позднее он стал одним из представителей Шотландии на переговорах с английским парламентом в Вестминстере о введении пресвитерианской религии в Англии. После утверждения в 1643 году «Торжественной лиги и Ковенанта», оформившего англо-шотландский союз в войне против короля Карла I, Джонстон вошёл в состав Комитета Обоих королевств и занимался координацией действий парламентских войск против роялистов.