Los representantes de la orden dominicana llegaron en 1772, y para 1800 habían establecido nueve misiones más en el norte de Baja California, mientras continuaban con la administración de las antiguas misiones jesuíticas. La península se dividió en dos entidades separadas en 1804, y la del sur tenía la sede del gobierno establecida en el puerto de Loreto. En 1810, México comenzó a poner fin al dominio colonial español y obtuvo su independencia en 1821, un año después en julio de 1822 las misiones pasaban a poder del Primer Imperio Mexicano, con el establecimiento de la Primera República Federal el presidente mexicano Guadalupe Victoria nombró al teniente coronel José María Echeandía gobernador de Baja California Sur y la dividió en cuatro municipios. La capital se trasladó a La Paz en 1830, después de que Loreto fuera parcialmente destruida por las fuertes lluvias. En 1833, después de que se designara a Baja California como territorio federal, el gobernador puso fin formalmente al sistema de misiones convirtiendo las misiones en iglesias parroquiales.