Rehmer pelasi Saksan maajoukkueessa 35 ottelua, joissa hän teki neljä maalia. Rehmerin ensimmäinen maajoukkuepeli oli 2. syyskuuta 1998 ystävyysottelu Maltaa vastaan. Rehmer edusti Saksaa EM-kilpailuissa 2000 pelaten kahdessa ottelussa. Rehmer valittiin Saksan joukkueeseen myös jalkapallon MM-kilpailuihin 2002. Hän pelasi turnauksen aikana 45 minuuttia ja sai hopeamitalin.