În ianuarie 1918, în timp ce autoritățile de la Iași se gândeau la o ieșire din război, Tzigara-Samurcaș și-a înmânat demisia germanilor. În martie-aprilie, noul guvern de unitate națională al lui Marghiloman l-a reînnoit pe Tzigara în funcția de prefect al Poliției. Funcția a fost păstrată până la 14 noiembrie 1918 - adică la trei zile după ce a fost semnat armistițiul cu Germania. În timpul acestui interval, având doar 220 de forțe sub comanda sa, a fost neputincios în fața mișcării de protest a lucrătorilor Căilor Ferate Române.