Sans jouer en sélection depuis la Coupe des confédérations 2003, Eto'o est retenu pour la CAN 2004 dont le Cameroun tenant du titre et favori. Le Cameroun se qualifie pour les quarts-de-finale avec deux nuls et une victoire contre le Zimbabwe. Contre le Nigeria, Eto'o ouvre le score à la mais son équipe perd 1-2. Avec ce but, Samuel met fin à six matchs internationaux sans marquer, la plus longue série de sa carrière.