במהלך 1943 הצליחה הגרילה היוונית לשחרר שטחים נרחבים מהאזורים ההרריים של המדינה והוקם אזור סחר חופשי בשם "יוון החופשית". לאחר כניעת איטליה בספטמבר 1943, הגרמנים השתלטו על האזור האיטלקי, בליווי שפיכות דמים ומעשי זוועה, למשל כאשר האיטלקים ניסו להתנגד בקאפלוניה, או כאשר בעלות הברית ניסו לכבוש שטחים איטלקיים הדודקאנס. כאשר השחרור התקרב, נחלקו הקווים הפוליטיים ונוצרה מלחמת אזרחים בין קבוצות מימין ל-EAM לבין גדודי הביטחון של ממשלות הבובה. במאי 1944 הושג הסכם בכנס לבנון, הסכם שהרגיע מעט את המצב בחודשים האחרונים של הכיבוש הגרמני.