Ещё с конца XVII века в Бисетре содержались психические больные, смертность которых была чрезвычайно высока из-за плохих условий содержания и отсутствия надлежащего лечения. Законом 1790 года предусматривалось устройство крупных госпиталей, предназначенных специально для содержания умалишённых, но к 1793 году ни один из них так и не был основан (в основном по экономическим причинам). Бисетр считался «Домом для бедняков»; здесь по-прежнему, как и до революции, содержали вместе неимущих, стариков, уголовных преступников и сумасшедших, а также политических заключённых. По слухам, в Бисетре, как и в некоторых других лечебных учреждениях и тюрьмах, укрывались противники революционного режима (дворяне, эмигранты, роялисты, не присягнувшие священнослужители, агенты иностранных государств, фальшивомонетчики и т. д.). В ходе так называемых сентябрьских расправ (массовые убийства заключённых, произведённые революционной толпой), которые произошли 2—5 сентября 1792 года в Париже, также пострадал Бисетр. Толпа из 200 человек во главе с Франсуа Анрио (ранее он находился в заключении в Бисетре, а впоследствии станет командующим Национальной гвардии Парижа) 4 сентября перебила обитателей Бисетра, используя пушки. Ламартин писал в своей «Истории жирондистов» (1847) о произведённых толпой расправах в Бисетре: