Es folgte der Einsatz der Trägerflugzeuge gegen Tokio und Okinawa. Am 6. April griffen die Japaner mit 355 Kamikazeflugzeugen die Flotte vor Okinawa an. Die USS San Jacinto war an der Abwehr dieser Angriffe beteiligt. Von einem Kamikazeflugzeug wurde die USS San Jacinto nur knapp verfehlt. Nur im Vorpostenring der alliierten Flotte versenkten die Japaner drei Zerstörer, beschädigten zwölf schwer und vernichteten zwei Munitionsschiffe und zehn kleinere Schiffe, doch die beabsichtigte Vernichtung der Flugzeugträger gelang wegen zu starker Abwehr nicht. Am 7. April 1945 versenkten Grumman-TBF-Torpedobomber des Trägers die japanischen Zerstörer "Hamakaze" und "Asashimo" während der japanischen Operation Ten-gō, als das Schlachtschiff Yamato mit neun Begleitschiffen die Flotte vor Okinawa angriff. In der Folge wurden Flugplätze auf Kyūshū angegriffen, von denen Kamikaze-Angriffe gestartet wurden und Luftunterstützung für Landungstruppen während der Schlacht um Okinawa geflogen. Ab dem 5. Juni waren die Trägerflugzeuge des Trägers an Angriffen auf die Inseln Hokkaidō und Honshū beteiligt. Bis zum Victory over Japan Day am 15. August 1945 war die San Jacinto vor der Küste Japans im Einsatz. Als am 2. September 1945 in der Sagami-Bucht bei Tokio auf der USS Missouri die Urkunden zur bedingungslosen Kapitulation Japans unterzeichnet wurden, war die San Jacinto eines der alliierten Schiffe in der Bucht. Am 14. September 1945 erreichte sie die Naval Air Station Alameda in der San Francisco Bay. Am 1. März 1947 wurde das Schiff außer Dienst gestellt und zur Pacific Reserve Fleet in San Diego gebracht. Aus der Naval Vessel Register wurde es am 1. Juni 1970 gestrichen. Am 15. Dezember 1971 erfolgte der Verkauf zum Abwracken an die "National Metal and Steel Corporation" bei Los Angeles.