Brendekilde yder som håndværker afgørende bidrag til formgivning og dekoration, design. Han blev den første kunstner, der arbejdede med keramik hos Kähler i Næstved fra 1885-1907. Her løftede han værkstedet fra produktion af lertøj og kakler til at skabe kunsthåndværk. Han stod bag en lignende udvikling af Fyns Glasværk 1901-1904. Han er den første danske maler, der selv udskærer rammerne til malerier, så de bliver en del af billedet. Det starter han med som barn, og gør det fra ca. 1884 på større oliemalerier. De første udstilles i 1888 på Den Store Nordiske Kunstudstilling i København, hvor J.F. Willumsen og Harald Slott-Møller bliver inspireret til at lave deres personlige rammer. Han laver former og dekorationer til Ole Rasmussens kobbertøj i Næstved. Det er svært at spore konkret, da Ole Rasmussens (1891-1944) arbejder er stemplet med hans navn. Meget foregik jo uformelt dengang. Og sandsynligvis laver han også forlæg til tekstiler på samme måde som Elise Constantin-Hansen, Suzette Holten (Skovgaard), Constantin Hansen til Thorvald Bindesbøll. De forlæg er lige så svære at spore som kobbertøjet.