W reprezentacji Danii Pedersen zadebiutował 14 października 1970 w przegranym 0:1 meczu eliminacji Mistrzostw Europy 1972 z Portugalią. W 1972 roku został powołany do kadry na Letnie Igrzyska Olimpijskie, zakończone przez Danię na drugiej rundzie. W latach 1970–1972 w drużynie narodowej rozegrał 7 spotkań.