Von August 1941 bis 1944 diente der Fliegerhorst als Zweigwerk der Dessauer Junkers Flugzeug- und Motorenwerke. Das Unternehmen baute Baracken zwischen dem Fliegerhorst und dem Bahnhof Fritzlar, um seine Zwangsarbeiter unterzubringen. Am 1. Oktober 1943 machte der Prototyp der neuen „Ju 352“ in Fritzlar seinen ersten Flug. Insgesamt wurden 44 dieser Maschinen in Fritzlar gebaut, ehe die Produktion wegen Materialmangels 1944 eingestellt wurde. Die Zerstörung der Edertalsperre am 17. Mai 1943 hatte keinen nachhaltigen Einfluss auf die Flugzeugfertigung; nur einige Baracken wurden beschädigt, und die Arbeiten waren schon nach wenigen Wochen wieder in vollem Gang. Erst im Oktober 1944 verließ Junkers den Fliegerhorst Fritzlar.