Po skončení íránsko-irácké války dokončil Džafarí nejprve studium architektury, které musel na dlouhé roky přerušit, své funkce v gardách však vykonával i během působení na univerzitě. V roce 2005 založil „strategické centrum“ pozemních jednotek gardistů, jimž od počátku devadesátých let i velel (centrum se nazývá Saralláh). Muhammad Alí Džafarí je považován za zastánce tvrdé linie uvnitř revolučních gard.