Şubat 1897'de Osmanlı-Yunan Savaşı'nın başlamasıyla "Mahmudiye" 1. Filo'ya seferber edildi. Osmanlıların yaptığı filo teftişinde "Mahmudiye" de dahil olmak üzere hemen hemen tüm gemilerin, üç modern "Hydra" sınıfı zırhlıya sahip olan Yunan Donanması'na karşı savaşmaya uygun olmadığını ortaya çıkardı. "Mahmudiye" ve kardeş gemilerine sadece üç yıl önce takılan Krupp toplardaki pistonların çoğunun büküldüğü ve silahları kullanılamaz hale getirdiği tespit edildi. Osmanlı filosu, Nisan ve Mayıs ayları boyunca gemilerin mürettebatı arasında moral yükseltmek amacıyla Ege Denizi'nde birkaç sorti yaptı ancak Osmanlıların Yunan donanmasına saldırmaya niyeti yoktu. Filoyu aktif bir şekilde kullanma imkânı kalmayan Donanma, "Mahmudiye"yi hizmetten çekti ve Çanakkale'de silahlarını çıkardı.