Manninen gjorde återigen comeback våren 2016 då han ställde upp i finska mästerskapen och i januari 2017 återvände han även till världscupen. Vid världsmästerskapen 2017 i Lahtis kom han på en 24:e plats i individuell stor backe och en fjärdeplats i stafetten. Vid olympiska vinterspelen 2018 kom han på en 23:e plats i normalbacke + 10 kilometer.