W 1993 roku zagrał w dwóch meczach reprezentacji Hiszpanii do lat 20. Ponadto wystąpił w 13 spotkaniach reprezentacji U-21. Zagrał z tym zespołem na Mistrzostwach Europy do lat 21 w 1996 roku, które odbyły się w Hiszpanii. Ze swoją reprezentacją zaszedł aż do finału, w którym grali z Włochami. Gaizka Mendieta rozegrał cały mecz, w którym po regulaminowym czasie gry widniał remis 1–1. Hiszpanie przegrali konkurs rzutów karnych 3–4, jednak Mendieta nie wykonywał „jedenastki”. Z reprezentacją Hiszpanii do lat 23 wziął udział w Letnich Igrzyskach Olimpijskich 1996 w Atlancie. Zagrał z dwóch grupowych meczach – rozegrał całe spotkanie z Arabią Saudyjską wygrane 1–0 oraz 32 minuty w wygranym 3–2 meczu z Australią. Jednak jego ekipa przegrała w ćwierćfinale 0–4 z Argentyną i odpadła z turnieju (Gaizka Mendieta nie zagrał w tym meczu).