Sein Debüt in der A-Nationalmannschaft Bosnien-Herzegowinas gab Ibišević am 24. März 2007 beim 2:1-Sieg gegen Norwegen. In den Qualifikationen zur WM 2010 und EM 2012 scheiterte er mit der Nationalmannschaft jeweils in der letzten Play-off-Runde an Portugal. In der Qualifikation zur Weltmeisterschaft 2014 erzielte Ibišević am 15. Oktober 2013 im abschließenden Spiel der Gruppe G den Treffer zum 1:0-Auswärtssieg in Litauen; damit qualifizierte sich die bosnische Auswahl erstmals für eine Fußball-Weltmeisterschaft. Mit acht Treffern war er einer der erfolgreichsten Torschützen der WM-Qualifikation. Am 7. Mai 2014 wurde er von Trainer Safet Susic in den Kader für die Weltmeisterschaft 2014 berufen. Im ersten Gruppenspiel sorgte er bei der 1:2-Niederlage gegen die Auswahl Argentiniens mit seinem Anschlusstreffer in der 84. Minute für das erste Länderspieltor der A-Nationalmannschaft bei ihrer Premieren-Weltmeisterschaft.