En 2009, elle est promue au rang d'officier de la légion d'honneur et le festival de Cannes annonce qu'elle succède à Sean Penn à la présidence du jury. Après avoir été membre du jury en 1984 sous la présidence de Dirk Bogarde, puis maîtresse de cérémonie en 1998, elle est présidente du jury de la  qui s'est déroulé du 12 au . Elle y était entourée de 8 personnalités du cinéma et du monde des arts à savoir Asia Argento, Nuri Bilge Ceylan, Robin Wright, Hanif Kureishi, Shu Qi, Lee Chang-dong, James Gray et Sharmila Tagore. Son jury a attribué la Palme d'or au "Ruban blanc" de Michael Haneke, l'un de ses réalisateurs favoris. Au Festival de Cannes, Isabelle Huppert a présenté 20 films en sélection officielle (record absolu).