La echipa națională, Julio Baptista a evoluat în 47 de meciuri, marcând cinci goluri pentru naționala „Cariocas”. A debutat la un meci cu Japonia, de la Cupa Confederațiilor din 2005, iar cea mai importantă realizare a sa cu naționala Braziliei rămâne câștigarea Copei America, după o finală cu Argentina în care Baptista a deschis scorul.