Les forces aliades sota el comandament de MacArthur, coberts per l'aviació dels portaavions de Halsey, van desembarcar a l'illa de Leyte el 20 d'octubre de 1944, complint així el seu jurament de què tornaria a les Filipines. Els portaavions van estar donant-li suport fins que l'acabà la temporada de pluges. Només va ser llavors quan els seus enginyers van poder construir pistes d'aterratge a la costa. Va consolidar la seva posició a l'illa després de les batalles de Luzon i de Manila. Tot i el desesperat contraatac naval japonès a la Batalla del Golf de Leyte, les forces japoneses ja eren incapaces d'aturar la invasió o de fer quelcom més que alentir la reconquesta de les illes. MacArthur va fer un ús total de les operacions amfíbies i combinades, mentre que usava paracaigudistes, infanteria motoritzada, i fins i tot forces indígenes de guerrilla per a les operacions especials i així multiplicar l'avantatge de la seva força. Amb la reconquesta de les illes, MacArthur instal·là el seu quarter general a Manila, on va anunciar el seu pla per a la invasió del Japó (Operació Caiguda), que hauria de començar l'1 de novembre de 1945. La invasió va abandonar-se perquè abans va arribar la capitulació del Japó.