Την ιδέα να κληθεί ο Καποδίστριας ως κυβερνήτης της Ελλάδας την είχε διατυπώσει πρώτος ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος στην από 27-10-1821 επιστολή του προς τον Δημήτριο Υψηλάντη. Ο Υψηλάντης επίσης υπέγραψε πρόσκληση του Καποδίστρια το 1822 και ο Πετρόμπεης το 1824. Τελικά, στις 30 Μαρτίου 1827, στη Γ΄ Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας, εκλέχθηκε Κυβερνήτης της Ελλάδας με θητεία επτά ετών. Σύμφωνα με τις αποφάσεις της συνέλευσης, ο Κυβερνήτης θα δεσμευόταν από το Σύνταγμα της Επιδαύρου, έτσι όπως θα αναθεωρείτο από τη Συνέλευση. Σημαντικό ρόλο στην κλήση του Καποδίστρια στην Ελλάδα διαδραμάτισε και ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, αρχηγός του Αγγλικού κόμματος τότε, αν και αρχικά ήταν κατά της εκλογής του. Άλλαξε όμως γνώμη στη συνέχεια και ήταν αυτός που υφήρπασε την έγκριση του Άγγλου μοιράρχου Χάμιλτον, που είχε και τη σύμφωνη γνώμη του Στράτφορντ Κάνινγκ. Παρά ταύτα η εκλογή του θεωρήθηκε ως ήττα της αγγλικής εξωτερικής πολιτικής και νίκη της Ρωσίας. Και είναι γεγονός ότι μεταξύ Καποδίστρια και Αγγλίας υπήρχε αμοιβαία δυσπιστία.