В 2002 году Баллак перешёл в мюнхенскую «Баварию» за 12,9 млн евро, выиграв с клубом «золотой дубль» в 2003, 2005 и 2006 годах. В середине 2006 года Баллак присоединился к клубу Английской Премьер-лиги — лондонскому «Челси». В составе «синих» Баллак дошёл до первого в истории клуба финала Лиги чемпионов, три раза выиграл кубок Англии, выиграл Суперкубок Англии, стал чемпионом Англии, а также обладателем кубка Футбольной лиги Англии.