Omdömena om Mousavis insatser som premiärminister varierar. En del politiska analytiker har berömt hans sätt att sköta den iranska ekonomin och hans försök att skydda landet under det långa kriget mot Irak som pågick under nästan hela hans ämbetsperiod. De menar också att han gjorde stora ansträngningar för att bryta landets internationella isolering. Kritiker framhåller dock att Mousavi bär sin del av ansvaret för de allvarliga brott mot mänskliga rättigheter som begicks under perioden. Inför presidentvalet 2009 menade hans motståndare i det sekulära partiet Marze Por Gohar att han var en av dem som administrerade de omfattande avrättningarna av politiska fångar 1988, och att han saknar trovärdighet när han nu säger sig verka för mänskliga rättigheter. Även bland exiliranier och bland anhöriga till de avrättade anser många att han saknar demokratisk och moralisk trovärdighet.