Na de Duitse inval op 10 mei 1940 aarzelde Goudstikker even, maar op 14 mei 1940, de dag van het bombardement op Rotterdam, slaagde het gezin erin om in IJmuiden aan boord te komen van het vrachtschip "Bodegraven". De Nederlandse gevolmachtigde van Jacques Goudstikker, de Joodse accountant Mr. Dr. A. Sternheim, die de handelsvoorraad van Goudstikker tijdens zijn afwezigheid zou beheren, was op 10 mei overleden aan een hartaanval, en Goudstikker had nog geen opvolger voor Sternheim aangewezen. Het enige wat hij had was een inventaris genoteerd in een boekje voorzien van een zwart lederen kaft. In de nacht van 15 op 16 mei viel Goudstikker, die aan dek een luchtje was gaan scheppen, vermoedelijk in het vrachtruim. Hij werd daarin gevonden met een schedelfractuur die hem fataal was geworden. Op de overlijdensakte stond vermeld: "Fracture of Skull due to accidentally falling into the Hold of the s/s Bodegraven on the High Seas whilst a Refugee Passenger thereon."&lt;br&gt;