Штаб об'єднаних операцій здійснював загальне та оперативне керівництво цими загонами. Першим командиром або директором штабу був легендарний військово-морський діяч за часів Першої світової війни, адмірал флоту, ветеран Галліполійської кампанії та рейду на Зебрюгге та особистий товариш В.Черчилля 68-річний Роджер Кіз. Він брав участь у створенні цього унікального роду військ, заклав основи та сприяв їхньому всілякому розвитку та успіху. У жовтні 1941 його змінив на посаді віце-адмірал Луїс Маунтбеттен. Генерал-майор Роберт Лейкок був останнім командиром командос, він очолював штаб з жовтня 1943 до кінця війни.