Caesar versloeg de twee laatstgenoemden echter in 46 v.Chr. in de Slag bij Thapsus, in het huidige Tunesië. Metellus Scipio en Cato de Jongere zagen geen uitweg meer en pleegden zelfmoord. De Pompeii wisten te ontkomen naar Hispania, waar ze samen met Titus Labienus een nieuw leger formeerden. Dit leger werd echter ook door de troepen van Caesar verslagen in de Slag bij Munda (45 v.Chr.). Gnaeus werd kort na de slag gevangengenomen en wegens verraad ter dood gebracht. Sextus wist echter wederom te ontkomen en bleef een achterhoedegevecht leveren tot Caesars dood.