Хабібулін загінуў 8 ліпеня 2016 года падчас ваеннай аперацыі Расіі ў Сірыі разам з лётчыкам-інструктарам Яўгенам Далгінам над горадам Пальміра, калі яны здзяйсняючы аблёт на сірыйскім верталёце Мі-25 (экспартны варыянт верталёта Мі-24), атакавалі атрад баевікоў тэрарыстычнай групоўкі «Ісламская дзяржава», якія прарвалі абарону сірыйскіх войскаў. Дзякуючы пілотам наступленне тэрарыстаў было сарванае. На зваротным курсе агнём з зямлі верталёт быў падбіты тэрарыстамі і зваліўся ў раёне, падкантрольным сірыйскай урадавай арміі.