No obstant això, a finals del , les penúries militars de l'imperi afectaren directament l'aristocràcia bosniana. Les pèrdues militars desembocaren en pèrdues econòmiques per al govern d'Istanbul i provocaren un augment dels impostos als burgesos, i hi crearen un descontent creixent. És el moment de la Gran Guerra turca, que finalitzà amb el tractat de Karlowitz el 1699, i el segle següent fou marcat per més fracassos militars, nombroses revoltes a Bòsnia i diversos esclats de pesta.