Каплан е родена в еврейско семейство, едно от общо седем деца. Тя става развива политически революционни възгледи в много ранна възраст и се присъединява към социалистическата групировка Партия на социалистите-революционери. През 1906 г., на 16-годишна възраст, Каплан е арестувана в Киев за участие в терористичен заговор и е осъдена на каторга до живот. Служи в каторгите на Нерчинск в Сибир. Там тя губи зрението си, което по-късно се възстановява. Събличана е гола и е подлагана на бой със сопи. Напълно съблеченото телесно наказание не е обичайно за политическите затворници по това време. Освободена е на 3 март 1917 г., след като имперското правителство пада в резултат на Февруарската революция. Вследствие на затвора Каплан страда от продължителни главоболия и епизоди на слепота.