Το 1992, ο Κλεμέντε προσλήφθηκε στην θέση του προπονητή της Ισπανίας. Ο πρώτος του αγώνας στον πάγκο της ήταν μία νίκη με σκορ 1–0 επί της Αγγλίας στις 9 Σεπτεμβρίου 1992. ήταν προπονητής της Ισπανίας στα Παγκόσμια Κύπελλα του 1994 και του 1998 και στη διάρκεια του Euro 1996. Παρά το γεγονός πως οδήγησε την ομάδα του σε ένα σερί 31 αγώνων χωρίς ήττα, δέχτηκε έντονη κριτική για την χρησιμοποίηση πολλών Βάσκων παικτών και για τον παραγκωνισμό του Χοσέπ Γκουαρδιόλα. Η Ισπανία κατέβηκε να αγωνιστεί στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 1998 ως ένα από τα φαβορί της διοργάνωσης, αλλά αποκλείστηκε από τον πρώτο κιόλας γύρο, γνωρίζοντας την ήττα από την Νιγηρία στον πρώτο της αγώνα και φέρνοντας ισοπαλία με σκορ 0-0 με την Παραγουάη. Μετά από 62 αγώνες στην τεχνική της ηγεσία, απολύθηκε μετά από μια ήττα με σκορ 3–2 από την Κύπρο στις 5 Σεπτεμβρίου 1998.