Mit Beginn des Ersten Weltkriegs wurde Herbert Kitchener als britischer Kriegsminister eingesetzt. Kitchener, selbst einst Mitglied und Ehrenkommandant des 6. Bataillons, begann die Erweiterung seiner Streitkräfte mit dem Ruf nach 100.000 Freiwilligen. McCrae schloss sich wieder dem Militär an und rekrutierte ein Battalion. Hierbei nahm er auch verschiedene professionelle Fußballspieler auf, denen zahlreiche Anhänger der Vereine folgten. Er führte das neugeschaffene 16. Battalion an, das auch als „McCraes Battalion“ bekannt wurde. Dieses zeichnete sich bei verschiedenen Schlachten in Nordfrankreich und Belgien aus, insbesondere in der Somme-Schlacht. In der Ortschaft Contalmaison wurde 2004 das als Cairn gestaltete "McCrae’s Battalion Great War Memorial" errichtet. McCrae wurde nach Kriegsende mit dem Distinguished Service Order ausgezeichnet.