Conny Pohlers ha esordito nella nazionale della Germania il 10 maggio 2011 contro l'Italia. Con la maglia della nazionale tedesca ha disputato 67 partite e ha realizzato 28 reti. Ha vinto un campionato mondiale nel 2003, segnando una rete nella fase a gironi, e un campionato europeo nel 2005, segnando tre reti. Con la nazionale tedesca ha anche vinto la medaglia di bronzo in due diverse edizioni dei giochi olimpici estivi (Atene 2004 e Pechino 2008).