Em maio de 1798, partiu de Toulon uma frota com o Exército do Oriente, sob comando de Napoleão Bonaparte. Tinha início a Campanha do Egito. A ilha de Malta foi ocupada a 10 de junho de 1798 e, no dia 1 de julho, o exército francês iniciou o desembarque perto de Alexandria, na costa mediterrânica do Egito. Estas ações tiveram duas consequências. No que respeita a Malta, os Cavaleiros Hospitalários expulsos da ilha pediram auxílio a Paulo I da Rússia e elegeram-no grão-mestre da ordem, sem que disso fosse impedimento o facto de ele pertencer à Igreja Ortodoxa. Sendo a Rússia uma potência com fortes interesses no Império Otomano, via também com grande alarme a presença de forças francesas no Egito. Para a Rússia, era importante travar este expansionismo francês. A outra consequência foi a declaração de guerra do Império Otomano à França, a 2 de setembro de 1798. No início do ano de 1799, Napoleão avançou pela Síria otomana e pôs cerco a Acre. A expedição na Síria terminou em julho desse mesmo ano e, em setembro, Napoleão e alguns dos seus colaboradores abandonaram o Egito e dirigiram-se para França. A justificação para esta atitude que lhe poderia ter custado a carreira foi a situação difícil em que se encontrava a França na guerra que se travava contra as potências da Segunda Coligação.