С началом войны в той же должности. С сентября 1941 года полковник Фокин и. д. пом. начальника штаба 3-й дивизии войск НКВД по охране ж.-д. сооружений, переформированной затем в 24-ю дивизию войск НКВД по охране железных дорог. В ноябре того же года допущен к врид командира 79-го полка войск НКВД по охране тыла Брянского фронта. Полк выполнял задачи прикрытия войск тыла 13-й армии (вплоть до смены его пограничниками), действовал в направлении Могилев, Рославль, Липецк, Елец. В ходе Орловско-Брянской оборонительной операции Фокин выполнял специальное задание Военного совета фронта с батальоном из состава дивизии в районе Верховье — был придан оперативной группе Военного совета фронта, имея задачу обозначить рубеж обороны и обеспечить выход из окружения в своем секторе частей. Одновременно занимался борьбой с дезертирством и наведением порядка. С задачами справился успешно. С выходом из состава Брянского фронта с февраля 1942 года полк выполнял задачу по охране объектов Московско-Киевской ж. д. и перевозимых грузов. Приказом НКВД от 14 марта 1942 года утвержден в должности командира 79-го полка войск НКВД в составе 24-й дивизии войск НКВД по охране железных дорог.