南北戦争勃発時、パットンは連合国陸軍（南軍）に参加していたに所属する大尉の1人だった。1861年7月17日のでは肩を負傷している。1864年9月25日、オペクォンの戦いまたは第三次ウィンチェスターの戦いとして知られる戦闘の最中、ジョージ・スミス・パットンは戦死した。遺体はウィンチェスターのストーンウォール墓地に埋葬された。この直前、連合国議会ではパットン大佐を准将に昇進させる事を決定していたが、彼の戦死により正式な昇進は行われなかった。