V únoru 2007 byly zahájeny zkoušky s novou střelou vzduch-země MBDA Brimstone, avšak nebyly dokončeny kvůli předčasnému vyřazení letounů. V roce 2007 byl kvůli konfliktu v Afghánistánu nahrazen laserový značkovač s nízkým rozlišením TIALD kontejnerem s laserovým značkovačem Lockheed Martin Sniper XR. V krok E zahrnoval instalaci přídavného komunikačního zařízení pro datovou síť NATO „Link 16“, a systém výměny taktických informací TIEC ("Tactical Information Exchange Capability"), který měl být instalován jak na letouny Harrier II, tak i Tornado GR4. V červenci 2008 získala společnost Qinetiq kontrakt na průběžné vylepšování a údržbu celé flotily letounů Harrier II až do roku 2018, což naznačovalo, do kdy mají stroje sloužit.