En 1571, il fut rappelé à Orléans, et assura des services religieux dans le Château de l'Île, à quelques kilomètres, mais aux nouvelles du massacre de la Saint-Barthélemy, il s'enfuit juste à temps pour échapper au massacre total et au pillage de l'île qui eut lieu le jour suivant ; il fut caché à Montargis par un noble catholique et plus tard par la duchesse dans une tour de son château. En , il réussit à retourner chez son père à Montbéliard, mais l'intolérance luthérienne l'en chassa de nouveau, si bien qu'il accepta un appel des réfugiés français de Bâle.