После окончания школы, недолго проработав учителем начальных классов, Евгений Ворожейкин был мобилизован на строительство рудников. В 1942 году ушёл добровольцем на фронт Второй мировой войны и прошёл всю войну в составе дивизиона гвардейских миномётов «Андрюша». Был гвардии сержантом, затем старшиной дивизиона. Воевал на Брянском, Воронежском и 1-м Украинском фронтах; участвовал в боях за Прагу и Берлин. В октябре 1942 года во время боёв за Сталинград вступил в ВКП(б) и оставался коммунистом до конца жизни.