La ocupación del país y la creación del Estado Independiente de Croacia, sorprendieron a Vladimir Bakarić en Zagreb. Era entonces editor del periódico ilegal "Vjesnik", y se convirtió en uno de los principales organizadores del Movimiento de Liberación Nacional y del levantamiento en Zagreb y en toda Croacia. La rebelión en Croacia estuvo liderada por Ivan Gošnjak, Andrija Hebrang, Vladimir Bakarić y Rade Žigić.