Na de terugtocht van McClellan versloeg Lee nog een Noordelijk leger tijdens de Tweede Slag bij Bull Run. Daarna viel hij Maryland binnen, in de hoop zijn voorraden te kunnen aanvullen en om de Noordelijke verkiezingen te beïnvloeden ten gunste van een einde aan de oorlog. McClellan kreeg orders van Lee in handen, die door een koerier waren verloren, en kon zo een superieure troepenmacht samentrekken bij Antietam. In de bloedigste dag van de oorlog weerstond Lee de Noordelijke aanvallen, maar hij moest zijn zwaar gehavende leger terugtrekken naar Virginia. McClellan durfde hem niet te achtervolgen.