Da Den tyske ordens høymester gikk over til protestantismen og opphevet ordensstaten i 1525, ble dette en alvorlig krise for Estlands bispedømmer. De eksisterte offisielt videre som fyrstbispedømmer under overhøyhet av Det hellige romerske rike av den tyske nasjon, men dette kunne ikke forhindre utbruddet av Livlandskrigen. I løpet av denne krigen ble bispedømmene Tartu (1558), Saare-Lääne (1559) og Tallinn (1560) opphevet og/eller protestantiske. Territoriene tilfalt i 1561 henholdsvis Polen, Danmark og Sverige. Dette betød slutten for den statlige katolisismen i Estland.