"Essex" påbörjade sin första kryssning i oktober 1994. Under den resan utförde hon uppdrag både i Persiska viken och under operation United Shield i Somalia innan hon återvände till San Diego i april 1995. I oktober 1996 påbörjade hon sin andra kryssning, även den här gången till Persiska viken, där hon genomförde övningar tillsammans med styrkor från Oman, Quatar och Kuwait. På hemvägen våren 1997 genomfördes också en större övning med Australiens flotta. I juni 1998 var det återigen dags för en kryssning till Persiska viken, den här gången deltog hon också aktivt i operation Southern Watch. I juli 2000 övertog hon rollen som flaggskepp för Stridsgrupp 76 baserad på Okinawa från . År 2004 blev stridsgruppen bestående av "Essex", och beordrad till Persiska viken där hennes marinsoldater deltog i Slaget om Falluja. Under själva slaget var "Essex" dock inte närvarande i Persiska viken utan genomförde hjälpinsatser i Banda Aceh som drabbats svårt av Tsunamin i december 2004.