到了4月，顯孝率軍凱旋歸回三田尻。在那段時間裡，江戶開城，江戶被成功移交到新政府軍手中。而後在上野戰爭中大破彰義隊的新政府軍，與以會津藩為中心的奥羽越列藩同盟諸藩展開了戊辰戰爭的第二階段－會津戰爭。隨後在東北方向的新潟也爆發了北越戰爭。而剛剛成為北陸道鎮撫總督參謀的黑田清隆和山縣有朋率領奇兵隊，在5月成功攻佔了長岡城。但在之後的戰爭裡，在裝備了阿姆斯壯大砲、格林機槍、1853年式恩菲爾德線膛步槍、史奈德步槍、夏普斯步槍的長岡軍為主力的長岡藩精銳部隊的攻勢下，加上使用阿姆斯壯大砲發射榴散彈，讓砲彈在奇兵隊在內的新政府軍的頭上爆炸的戰術，這對於佔領長岡城的新政府軍造成了重大的傷亡。新政府軍在這種強大攻勢下被迫採取防禦性的守勢。而為了克服這個問題，山田顯孝奉命搭上長州藩在前一年在英國訂購完工的軍艦「第一丁卯」號，在5月和薩摩軍艦「乾行丸」、筑前軍艦「大鵬丸」一同從馬關（今下關市）出發，向越後的海域前進。（顯義支援山縣有朋，提供海上支援）