1986 publizierte Hersh einen Artikel in der "New York Times" über Manuel Noriega, den Machthaber Panamas, der auch in die Iran-Contra-Affäre verwickelt war. Laut Hersh habe Noriega Mitte der 1970er Jahre geheime Dokumente erhalten und diese an Kuba weitergereicht; er habe auch für drei Millionen Dollar amerikanische Technologie an osteuropäische Länder, welche zu diesem Zeitpunkt dem Militärbündnis Warschauer Pakt angehörten, verkauft. Drei Jahre später wurde Noriega, der seit 1967 mit der CIA kooperiert hatte, während der US-Invasion in Panama vom US-Militär gestürzt und in Gewahrsam genommen und anschließend vor Gericht gestellt und verurteilt. Hersh verfolgte dies und publizierte Artikel über ihn im "Life"-Magazin.