Im Vertrag von Stuhmsdorf vom 12. September 1635 kam Danzig wieder in Besitz der Festung und ließ diese von eignen Truppen besetzen. Mit Beginn des Zweiten Nordischen Kriegs (1655–1660) wurde die Garnison auf 200 Mann verstärkt. Nach dem Königsberger Vertrag 1656 wurde das Danziger Haupt wieder schwedisch besetzt. Bis 1657 wurde das Haupt unter Karl X. Gustav erneut erweitert und nach niederländischer Manier ausgebaut. Zwei Schiffbrücken erlaubten die Querung der beiden Weichselarme im Schutz der Festung. Eine Besatzung von 600 bis 800 Mann stand unter dem Befehl des Obersten Niclas Danckwardt-Lillieström (1613–1681). Sein Halbbruder Johann Ahus(en) hatte 1635 als schwedischer Kommissar an den Verhandlungen teilgenommen, die in Stuhmsdorf abgeschlossen wurden.