În timpul Genocidului Armean—asemenea altor sute de intelectuali armeni—Komitas a fost arestat și deportat la un lagăr de prizonieri în aprilie 1915 de guvernul otoman. A fost eliberat în scurt timp în circumstanțe neclare, a suferit o cădere mentală și a dezvoltat un caz sever de sindrom de stres posttraumatic (PTSD). Mediul ostil larg răspândit la Constantinopol și rapoartele despre uciderile și masacrele făcute armenilor i-au înrăutățit starea mentală fragilă. Inițial, a stat într-un spital militar din Turcia până în 1919, iar apoi a fost transferat la niște spitale de psihiatrie din Paris, unde și-a petrecut ultimii ani de viață în agonie. Komitas este văzut pe scară largă drept martir al genocidului și este prezentat drept unul dintre principalele simboluri ale Genocidului Armean în artă.