14 октября 2014 года Леонель Моралес дебютировал за сборную. В товарищеском матче против Чили он вышел в стартовом составе и отыграл все 90 минут. Матч закончился со счётом 2:2. 2 июня 2015 Маурисио Сория включил защитника в заявку на Кубок Америки 2015. Моралес сыграл во всех четырёх матчах турнира: против Мексики, Эквадора, Чили и Перу.