У 2006 Кек був призначений тренером збірної Словенії до 16 років. 3 січня 2007 Кек був призначений тренером головної збірної Словенії. Він дебютував на лаві національної команди в лютому 2007 року в матчі з Естонією, в якому словенці перемогли 1:0. Однак потім результати були невдалими, і команда з 11-ма очками посіла передостаннє місце у відбірковій групі до чемпіонату Європи 2008, випередивши лише Люксембург. Незважаючи на невдачу, Кек продовжив працювати з національною командою, і у відбірковій групі до чемпіонату світу 2010 Словенія посіла 2 місце, лише на 2 очка відставши від переможця, збірної Словаччини. У стикових матчах Словенія переграла за сумою двох матчів за рахунок гостьового голи (1:2; 1:0) Росію, яку Кек вважав фаворитом пари , і вийшла на ЧС-2010. На світовій першості словенці, попри вдалий старт — перемогу над алжирцями і нічию у грі проти збірної США, посіли лише третє місце у своїй групі і до плей-оф не вийшли.