В мае 1654 года князь Александр-Гилярий Полубинский был назначен подстолием Великого княжества Литовского. Летом того же 1654 года принял участие в русско-польской войне 1654—1667 годов. В августе участвовал в битвах под Шкловом и Шепелевичами, где небольшое литовское войско Януша Радзивилла было дважды разгромлено превосходящими силами русской армии. После поражения по распоряжению Януша Радзивилла Александр Полубинский находился под Смяловичами, где собирал рассеянные литовские отряды. В августе-сентябре 1654 года Александр Полубинский был назначен польным писарем литовским. В начале 1655 года участвовал в зимней кампании великого гетмана литовского Януша Радзивилла против Москвы, принимал участие в осаде литовским войском городов Новый Быхов и Могилёв.