Ján sa narodil v meste Didymoteichon v európskej časti Byzantskej ríše. Jeho otcom mohol byť vojenský generál Bazil Vatatzes. V roku 1204 bola Byzantská ríša rozvrátená štvrtou križiackou výpravou a grécke rody si moc udržali len v Nicejskom cisárstve, Trapezunte a v Epirskom despotáte. V Nicejskom cisárstve sa moci ujala dynastia Laskarovcov, do ktorej sa Ján v roku 1216 priženil. Na nicejský (nikajský) cisársky trón sa dostal v roku 1221 po smrti svojho zaťa, cisára Theodora I. Laskarida. Keďže Theodoros nezanechal syna, z pozície manžela princeznej Ireny moc prevzal Ján. V opozícii mu stáli cisárovi bratia Alexios a Izák, ktorí boli podporovaní Latinským cisárstvom. V roku 1224 ich však porazil v bitke pri Poimanenone a ovládol územie severozápadnej Anatólie dovtedy ovládané Latiníkmi. Podobne postupne dobyl aj grécke ostrovy Chios, Kos, Lesbos, Rodos a Samos.