Il est le fils d'Henry Percy († 1461), un fidèle de la Maison de Lancastre durant la guerre des Deux-Roses et Eleanor, baronne Poynings (1428-1484). Son père est tué en 1461 à la bataille de Towton, qui voit la victoire du parti yorkiste. Le jeune Percy, son héritier, est déchu de son titre de comte, et est emprisonné. Henry Percy est emprisonné à la Prison de la Fleet puis à la Tour de Londres. En 1464, Édouard IV récompense John Neville pour ses récentes victoires à Hedgeley Moor et Hexham, en le créant comte de Northumberland.