Poprawiła się natomiast jego sytuacja w reprezentacji. Po nieudanych Mistrzostwach Świata w Korei i Japonii z selekcjonerskiej posady zrezygnował Camacho, a jego miejsce zajął Iñaki Sáez. W jego reprezentacji dość ważne miejsce zajął właśnie Guti. 12 października 2002 r. w meczu z Irlandią (3:0) strzelił głową swoją pierwszą bramkę w reprezentacji, po dokładnym dośrodkowaniu pomocnika Barcelony – Xaviego.