В январе 2003 года выиграл золото в супергиганте на зимней Универсиаде в Италии, опередив всех соперников более чем на секунду. В 2003 году на чемпионате мира среди юниоров во французском Бриансонне завоевал две серебряные медали: в супергиганте и в скоростном спуске. В 2005 году на чемпионате мира в Бормио получил травму ноги. Через год он восстановился и должен был принимать участие в зимних Олимпийских играх в Турине, но из-за плохо сделанной операции вновь получил травму. В 2012 году Сергей Комаров завершил спортивную карьеру и стал старшим тренером женской сборной России по горнолыжному спорту.