I přes své protikomunistické postoje usiloval Sikorski o znovuobnovení polsko-sovětských diplomatických vztahů, které byly přerušeny po uzavření paktu Ribbentrop–Molotov. V roce 1941 podepsal dohodu se SSSR o obnově diplomatických styků a později se Stalinem polsko-sovětský pakt o neútočetní a přátelství. Část ministrů exilové vlády ho za to obvinila ze zrady a zřeknutí se východní části předválečného území Polska. Zajímal se též o osud polských zajatců, které povraždil Sovětský svaz, mezi kterými byl i jeho bratr, generál Franciszek Sikorski. Po nálezu hrobů v Katyni požádal o vyšetření Červený kříž. Sovětský svaz na to hned reagoval přerušením diplomatických styků.