Ab der &lt;a href="Alpiner%20Skiweltcup%202000/01"&gt;Saison 2000/01&lt;/a&gt; war Gruber nur noch im Weltcup am Start. Sein erstes Top-10-Resultat war der sechste Platz im Super-G von Lake Louise am 26. November 2000. Eine Woche später schaffte er im Super-G von Beaver Creek seinen ersten Podestplatz, wobei er nur dem Schweden Fredrik Nyberg um knappe drei Hundertstelsekunden unterlegen war. Am 21. Dezember 2000 stand der Tiroler mit seinem Sieg im Riesenslalom von Bormio erstmals ganz oben auf dem Podest. Der zweite Sieg folgte Ende Jänner 2001 im Super-G von Garmisch-Partenkirchen, den er mit einem Hundertstel Vorsprung auf Landsmann Hermann Maier gewann. Damit belegte er hinter Maier den zweiten Rang im Super-G-Weltcup und den elften Platz in der Gesamtwertung. Die Ergebnisse der Weltmeisterschaft 2001 in St. Anton am Arlberg waren jedoch eher enttäuschend für den Tiroler. Im Riesenslalom lag er nach dem ersten Durchgang auf Rang zwei, im zweiten Lauf fiel er jedoch auf Position zwölf zurück. Den Super-G beendete er auf Rang 19.