8 лютого 1938 року Мехлісу було присвоєно військово-політичне звання армійський комісар 1-го рангу, що відповідало військовому званню генерала армії. Після початку бойових дій біля озера Хасан у липні 1938 року, 1 серпня 1938 року прибув у район бойових дій. Разом із заступником народного комісара внутрішніх справ СРСР Фріновським організував репресії на Далекому Сході. У 1939—1940 роках — член Військової Ради 7-ї армії РСЧА.