Il 5 agosto 2016 viene acquistato dal a titolo definitivo per la cifra di 8 milioni di euro, diventando così il primo giocatore paraguaiano della storia del club. Con i rossoneri firma un contratto quinquennale fino al 30 giugno 2021 e sceglie di indossare la maglia numero 15. L'esordio arriva il 27 agosto successivo in occasione della trasferta persa, per 4-2, contro il . Il 23 dicembre 2016, seppur non scendendo in campo, conquista il suo primo trofeo in maglia "rossonera", battendo la nella finale di Supercoppa italiana ai calci di rigore. Conclude la sua prima stagione in Italia con un totale di 19 presenze.