Musim 2009-10 awal yang baik untuk Zanetti dan Inter, terutama setelah kemenangan 4-0 dari rival sekota dalam derby Milan. Pada pertandingan 17 Oktober melawan Genoa, ia mulai dari serangan balik yang berujung gol kedua Inter Milan. Pada tanggal 24 Oktober, ia menyamai rekor Giacinto Facchetti dengan 476 penampilan Serie A ketika bermain dalam pertandingan melawan Catania, yang berakhir dalam kemenangan 2-1 untuk Nerazzurri. Dia juga memegang rekor klub dengan 149 penampilan berturut-turut. Saat Inter memenangkan Final Liga Champions 2010 2-0 melawan Bayern Munich pada 22 Mei 2010, ini merupakan penampilan ke-700 Zanetti untuk Inter.