La question du génocide apparaît ailleurs. Le gouvernement de chaque nouvel État membre des États-Unis peut contester les vues du gouvernement fédéral, parfois jusqu'à nier les droits des Indiens, par racisme ou parce qu'il les croit destinés à une extinction naturelle : sans solution face aux tensions extrêmes engendrées par les politiques coloniales et, souvent, par l'afflux imprévu de chercheurs d'or, certains États oppriment plus ou moins sévèrement la population autochtone, organisent le nettoyage ethnique ou déclenchent des guerres déséquilibrées. Le Texas s'est construit entre 1821 et 1845, date de sa première intégration dans l'Union, en alternant, avec les tribus locales, les bons rapports et les pires (expulsions, exterminations) ; ses autorités ont longtemps récompensé les scalps d'Indiens, plusieurs années après la réintégration dans l'Union en 1870. Dans le Territoire du Dakota, les Sioux qui résistaient à l'internement dans des réserves pouvaient être tués par des chasseurs de primes. Plusieurs massacres imputables cette fois-ci à des militaires ou à des miliciens, comme à Sand Creek (Territoire du Colorado, 1864) et à Wounded Knee (Dakota du Sud, 1890), sont perçus par certains historiens comme des actes génocidaires isolés.