1775 wurde Jaffa von Mamluken unter Muhammad Bey Abu Dahab belagert und eingenommen, an der ganzen Bevölkerung ließ er ein Massaker verrichten. Von Gaza kommend, das seine Truppen am 25. Februar 1799 eingenommen hatten, belagerte Napoleon Bonaparte Jaffa während seiner Ägyptischen Expedition vom 4. bis zum 7. März 1799. Dem französischen Offizier, der die Verhandlungen über eine kampflose Übergabe der Stadt führen sollte, wurde von osmanischen Kämpfern der Kopf abgeschnitten und von der Stadtmauer herab den Franzosen, auf einen Pfahl gespießt, gezeigt. Es folgte ein sechsstündiger Artilleriebeschuss der Stadt und, nach der Eroberung, die Plünderung und Exekution des Kommandanten Abu-Saab und von fast 3000 Gefangenen. Gerechtfertigt wurde das Blutbad mit fehlendem Wasser und mangelnden Lebensmitteln zur Versorgung von Kriegsgefangenen. Gleichzeitig war in Jaffa die Pest ausgebrochen und es kam in zahlreichen Fällen zu sexueller Gewalt gegen Frauen. Napoleon gab darauf seinem Militärarzt René-Nicolas Dufriche Desgenettes den Auftrag, die erkrankten französischen Soldaten zu vergiften. Begünstigt durch schlechte hygienische Bedingungen, kehrten Pest und Cholera in den folgenden Jahrzehnten wiederholt zurück. 1806 beklagte der Reisende François-René de Chateaubriand in "Itinéraire de Paris à Jérusalem" den elenden Zustand der Stadt. Zucker und Baumwolle verschifften seit langem vor allem Häfen in der Neuen Welt.