In 1989 richtte hij de onafhankelijkheidsbeweging Azerbeidzjaans Volksfront op en werd gekozen als voorzitter. Na het Uiteenvallen van de Sovjet-Unie in 1991, werd Azerbeidzjan onafhankelijk verklaard. Elchibey werd door een overweldigende meerderheid gekozen als president van Azerbeidzjan bij de eerste vrije verkiezingen in 1992.