Devenu agent libre après sa année dans les majeures, Joyner rejoint les Royals de Kansas City, pour qui il évolue de 1992 à 1995. Le , les Royals l'échangent aux Padres de San Diego en retour de Bip Roberts. Il fait partie de l'équipe des Padres championne de la Ligue nationale en 1998 et, après avoir maintenu une moyenne au bâton de ,313 en 6 matchs de Série de championnat contre Atlanta, il est blanchi en 11 passages au bâton en trois parties de Série mondiale 1998, que San Diego perd face aux Yankees de New York.