Humboldt was van plan halverwege 1798 op weg te gaan, maar de politieke ontwikkelingen in Europa dwarsboomden zijn plannen. De napoleontische oorlogen maakten het onmogelijk naar Engeland te reizen om van daaruit een schip over de oceaan te nemen. Daarop hoopte Humboldt met de Franse ontdekkingsreiziger kapitein Nicolas Baudin mee te kunnen varen, die een reis om de wereld wilde maken en Humboldt had uitgenodigd mee te varen. De reis werd echter uitgesteld. Daarop probeerden Humboldt en Bonpland tevergeefs vanaf het zuiden van Frankrijk per schip richting Egypte te varen, om zich bij Napoleons Egyptische expeditie aan te sluiten. Toen dat niet lukte, besloten ze naar Madrid verder te reizen om de toestemming van de Spaanse troon te verkrijgen voor een Zuid-Amerikaanse onderzoeksreis. De tocht dwars door het zuiden van Frankrijk en de Spaanse hooglanden werd grotendeels naast de kar met instrumenten lopend afgelegd. De enorme hoeveelheid metingen die Humboldt onderweg deed, maakten voor het eerst de hoogte en fysiografie van het Spaanse hoogland duidelijk.