Zur Aufbesserung seines schmalen Gehalts als Kommis unterrichtete Merkens Ende der 1790er Jahre als Hilfslehrer am Töchterinstitut von M. A. Aubry. Dort lernte er die 16-jährige Elisabeth „Lisette“ von Coels kennen, Tochter einer katholischen Familie der Kölner Oberschicht und Stieftochter von Bürgermeister Johann Jakob von Wittgenstein. 1799 reisten der 22-jährige Merkens und die junge Frau aus dem inzwischen französisch besetzten Köln ins preußische Altena, wo die beiden gegen den Willen der Brauteltern getraut wurden, und zwar katholisch. Die katholische Kirche erkannte diese "Mischehe" nicht an. Die Versöhnung mit den Eltern erfolgte erst 1814, nachdem Merkens ein wohlhabender und wichtiger Mann geworden war. Das Ehepaar bekam zwei Söhne und eine Tochter. In den 1820er Jahren engagierte sich Lisette Merkens (1783–1842) in der Bewegung des Philhellenismus, die damals europaweit Anhänger hatte. Hilfsvereine wurden gegründet, um den Aufstand der Griechen gegen das Osmanische Reich zu unterstützen, und Lisette Merkens gehörte zu einem Komitee von Damen aus namhaften Kölner Familien, die dafür Geld sammelten. Diese Frauen hätten sich nicht gescheut, für die „heilige Sache“ von Tür zu Tür gehen und sogar Kneipen zu betreten, was auf öffentliche Empörung gestoßen sei. Nach dem Tod seiner ersten Frau heiratete Merkens 1843 Ottilie DuMont. Durch diese Ehe wurde er ein Schwager von Johann Maria Farina, der mit Josephine, einer Schwester seiner Frau, verheiratet war. Vater der beiden Schwestern war der Tabakfabrikant Johann Michael DuMont.