Nach der rumänischen Revolution von 1989 wurde Thomas Nägler der erste Direktor des "Institutul de Cercetări Socio-Umane Sibiu" und übte dieses Amt bis zu seinem Renteneintritt 1994 aus. Außerdem ging er 1990 in die Politik und wurde Vorsitzender des Demokratischen Forums der Deutschen in Rumänien, bis er 1992 von Paul Philippi abgelöst wurde. Von 1990 bis 1994 war Nägler Hauptschriftleiter der Zeitschrift „Forschungen zur Volks- und Landeskunde“.