Nach dem Friedensschluss stieg Müller weiter auf und wurde am 21. Oktober 1868 mit seiner Beförderung zum Oberst zum Kommandeur des 3. Infanterie-Regiments in Rastatt ernannt. Sein Regiment führte er 1870 im Krieg gegen Frankreich in der Schlacht bei Wörth und der Belagerung von Straßburg. Im Gefecht bei Etival wurde Müller Anfang Oktober 1870 schwer verwundet. Daraufhin übernahm Oberstleutnant Eduard Kraus die Führung seines Regiments. Für seine Leistungen wurde Müller mit dem Eisernen Kreuz II. Klasse sowie dem Ritterkreuz des Militär-Karl-Friedrich-Verdienstordens gewürdigt.