Les affrontements avec les Amérindiens ont lieu jusque vers le milieu du pour la possession des terres les plus australes. Durant une longue période, le fleuve Biobío marque la frontière entre l'empire espagnol "territoire conquis" et le wallmapu "territoire Mapuche". Le , un groupe de Créoles profite des invasions napoléoniennes en Espagne pour initier un processus d’autodétermination et constituer une junte. Commence ainsi une période connue sous le nom de Patrie ancienne, qui va durer jusqu’au désastre de Rancagua en 1814. L’armée des Andes libère le Chili le . L’année suivante, l’indépendance du Chili est déclarée et le pays est placé sous l’autorité de Bernardo O'Higgins. Le pays s'organise et commence à étendre son influence sur le continent tant au nord qu’au sud. En 1839, le Chili tente de prendre le contrôle des régions australes. Il étend son territoire en Araucanie et colonise Llanquihue, Osorno et Valdivia en faisant venir des colons allemands. La région de Magellan est incorporée avec la prise de possession du détroit de Magellan le et poursuit sa colonisation au sud de la Patagonie avec la création de la première colonie en ces lieux, Fort Bulnes puis Punta Arenas et l'investiture de l'île Navarino. Enfin, la colonisation du territoire austral se termine avec la « pacification » de l’Araucanie en 1881, qui n'était en rien une pacification, elle avait pour but de prendre le territoire du peuple Mapuche, par la suite les Mapuches perdirent leur autonomie, leur souveraineté.