Malgré une faible expérience d'entraineur, le technicien du Sparta Prague Jozef Chovanec est nommé pour succéder à Dušan Uhrin, il fait ses débuts à la tête de la sélection en mars 1998, il réalise un sans faute, dix succès en dix match, lors des éliminatoires pour qualifier son équipe pour le Championnat d'Europe 2000, terminant de son groupe, il ne réussit pas à atteindre les quarts de finale, il reste néanmoins sélectionneur pour les éliminatoires de la Coupe du monde 2002, terminant deuxième de son groupe, la Tchéquie est contrainte de passer par les barrages, éliminé par la Belgique avant d'atteindre la phase finale Chovanec est remplacé par son adjoint Karel Brückner après 45 rencontres passées sur le banc tchèque.