В 2007 году Мехия в составе юношеской сборной Гондураса принял участие в Чемпионате мира среди юношеских команд в Южной Корее. В 2009 году в составе молодёжной сборной Гондураса Альфредо принял участие в мировом первенстве среди молодёжных команд в Египте. На турнире он сыграл в матчах против команд Венгрии и ЮАР.