חיל ההנדסה הקרבית של צה"ל מפעיל מחפרים ממוגנים כחלק ממערך הצמ"ה שלו, בהם מחפרים גדולים מהדגם המתקדם באגר E-349. מחפרים אלה משמשים הן לעבודות עפר והן להריסת בתי קומות, בשיתוף פעולה עם דחפורי ה-D9. המחפרים השתתפו בהריסת המוקטעה של יאסר ערפאת ברמאללה, במבצע הבאת ביכורים בו קילפו את קירות החדר בו התבצרו בכירי המבוקשים ורוצחי רחבעם זאבי ובהריגת חוטפי ורוצחי שלושת הנערים ב-2014. ברצועת עזה משמשים המחפרים גם לחשיפת מנהרות הלחימה של רצועת עזה ופעלו באופן נרחב במבצע צוק איתן. מאז 2015 משמשים המחפרים הממוגנים ככלי העיקרי להריסת בתי מחבלים שביצעו פיגועים נגד ישראלים.