С началом Балканских войн (сыграл решающую роль в решении греческого правительства вступить в войну), Кунтуриотис был повышен в звании и стал контр-адмиралом, а в апреле 1912 года — назначен начальником Генерального штаба ВМФ. На этом посту он пребывал до сентября 1912 года, после чего принял командование Эгейским флотом. Командуя флотом и крейсером «Авероф», добился последовательного освобождения от турок островов: Лемнос, Тасос, Имброс, Тенедос, Псара, Айос-Эфстратиос, Лесбос и Самотраки. К 21 декабря ему удалось освободить почти все острова Эгейского моря, включая остров Хиос. Командуя флотом и крейсером «Авероф», он одержал две решающие победы над турецким флотом: у Элли и при Лемносе.