孫文死後の1926年（民国15年）8月、国民革命軍第33軍軍長に任命され、安徽省各地を転戦した。1927年（民国16年）4月12日の、蔣介石による反共クーデターでは、柏文蔚はこれを非難する声明を発した。9月、寧漢合流後に、第33軍軍長を罷免され、国民政府委員に異動する。