האלר החל את הקריירה שלו בBC אאוגסבורג כנער, ועלה לבוגרים בשנת 1957. בשנת 1962 עבר האלר לשחק בבולוניה האיטלקית ששילמה עבורו 750 אלף מארק גרמני. בבולוניה האלר שיחק שש עונות, בהן הבקיע 48 שערים ב-180 הופעות. בעונת 1963/64 זכה האלר עם בולוניה באליפות הסרייה א', בזכות הפרש שערים טוב יותר משל הסגנית אינטר מילאנו. הצלחתו של האלר בבולוניה גררה התעניינות ממועדונים גדולים יותר, ובשנת 1968 חתם האלר ביובנטוס. במועדון זה האלר העביר את התקופה הטובה ביותר בקריירת המועדונים שלו. בעונת 1970/81 הגיע האלר עם יובנטוס לגמר גביע ערי הירידים, שם הפסידה הקבוצה ללידס יונייטד בצמד מפגשים בגין שערי חוץ. בעונת 1971/72 האלר ויובנטוס זכו באליפות הסרייה א' בפער של נקודה אחת מהסגנית מילאן והשלישית טורינו. בעונת 1972/73 שוב זכה האלר עם יובנטוס באליפות, בפער של נקודה אחת ממילאן, אבל הפסיד עם הקבוצה בגמר הגביע האיטלקי למילאן, ובגמר גביע אירופה לאלופות לאייאקס אמסטרדם בתוצאה 1-0. בגמר זה נכנס האלר כמחליף בדקה ה-49 במקומו של רוברטו בטגה. בתום עונת 1972/73 עזב האלר את יובנטוס לאחר שצבר 116 הופעות והבקיע 21 שערים, וחזר לקבוצת נעוריו אאוגסבורג, שהפכה להיות קבוצה מאוחדת של BC אאוגסבורג ו-TSV שוואבן. בעונה הראשונה של האלר בבכורה המחודשת, זכה האלר באליפות הליגה המחוזית הדרומית, אך הקבוצה לא עלתה מאחר שטניס בורוסיה ברלין ששיחקה בליגה מחוזית אחרת צברה נקודה אחת יותר. בתום עונת 1978/79 פרש האלר ממשחק פעיל, ועסק לתקופות מסוימות באימון קבוצות חובבים, ואף העביר תקופה באימון אאוגסבורג.