Tijdens de Afghaanse oorlog werkte Gul nauw samen met de CIA. Na afloop van de oorlog raakte hij teleurgesteld in de Amrikanen omdat zij hun beloftes niet nakwamen om Afghanistan te helpen opbouwen. Wat verder bijdroeg aan zijn verwijdering was het Amerikaanse besluit om Pakistan militaire en economische sancties op te leggen vanwege hun kernprogramma. Gul kon zich vinden in de acties van groepen die aanslagen uitvoerden tegen Amerikaanse doelen. Zo weigerde hij zich te distantiëren van Osama bin Laden, met wie hij in 1993 een ontmoeting had. Over de aanslagen van 11 september 2001 zei hij paar dagen daarna dat zij duidelijk gepleegd waren "van binnenuit". Later verklaarde hij dat de aanslagen het werk waren van de Israëlische geheime dienst Mossad om de Verenigde Staten een excuus te geven de Arabische wereld binnen te vallen.