In die jare 1980 begin hy en sy regering in die geheim met die ontwikkeling van kernwapens in samewerking met Israel. Hy was op militêre gebied verantwoordelik vir die stigting van Koevoet, ’n elite-eenheid in die Suidwes-grenspolisie. Onder leiding van Botha tree Suid-Afrika tot die Angolese Burgeroorlog toe, met steun vir die beweging UNITA. Die stryd in Angola/Namibië duur tot aan die begin van die negentigerjare toe Kubaanse troepe en raadgewers gedwing is om uit die gebied te onttrek.