Le contrôle de l'Union sur le cours du Mississippi commença à se resserrer. Le , tandis que les Confédérés se retiraient du champ de bataille de Shiloh, le major-général John Pope battit l'armée isolée de Beauregard à la Bataille d'Island Number Ten, ouvrant ainsi le cours de la rivière vers le sud, presque jusqu'à Memphis (Tennessee). Le , l'amiral David Farragut captura la Nouvelle-Orléans, le port le plus important de la côte du Golfe du Mexique. Le major-général Benjamin Butler y installa un gouvernement militaire rigoureux qui suscita un vif ressentiment parmi les populations civiles.