Teknik direktörlük kariyerine 2006 Mart'ında, görevinden ayrılan Milivoj Bračun'un yerine Prva HNL ekiplerinden Istra 1961'nin teknik direktörlüğüne getirilmesiyle başladı. 2007-08 sezonunu Slaven Belupo'da geçirdi. 2008-09 sezonu sürerken, Mart 2009'da Dinamo Zagreb'in teknik direktörlüğüne geldi ve takım, sezonu hem Prva HNL hem de Hrvatski nogometni kup şampiyonluğuyla tamamladı. Ertesi sezonu da burada geçiren Jurčić, bir lig şampiyonluğu daha elde etti. 2011'in Mart ile Mayıs ayları arasında Lokomotiva Zagreb'i, Mayıs ile Aralık ayları arasında ise Dinamo Zagreb'i çalıştırdı. 2012 Avrupa Futbol Şampiyonası sonrasında Hırvatistan millî takımı teknik direktörlüğüne getirilen Igor Štimac'ın yardımcılığını yaptı. Kasım 2012'de, görevinden ayrılan Ante Čačić'in yerine bir kez daha Dinamo Zagreb'in başına geçti ve 2013 Ağustos'una kadar görevde kaldı. 2012-13 sezonunda takım, önce lig şampiyonluğu ardından ise Hrvatski superkup şampiyonluğu elde etti. 2015-16 sezonuna PrvaLiga'da mücadele eden Sloven ekibi Maribor'da başladı; ancak 29 Şubat 2016'da iç sahada Celje karşısında aldıkları 1-0'lık mağlubiyet sonrasında görevine son verildi. Ağustos 2016'da, Süper Lig'e yeni yükselmiş olan Türk takımı Adanaspor'un teknik direktörlüğüne getirildi. 5 Aralık 2016 tarihinde görevine son verilmiştir.