Μετά την απελευθέρωση τα Σκόπια έγιναν η πρωτεύουσα της νεοιδρυθείσας Λαϊκής Δημοκρατίας της Μακεδονίας. Μέχρι το 1991, τα Σκόπια ήταν πρωτεύουσα της Σοσιαλιστικής Δημοκρατίας της Μακεδονίας. Τα Σκόπια ευνοήθηκαν πολύ από τις πολιτικές της Σοσιαλιστικής Γιουγκοσλαβίας, που ενθάρρυναν τη βιομηχανία και τη δημιουργία «Μακεδονικών» πολιτιστικών ιδρυμάτων. Ετσι τα Σκόπια απέκτησαν εθνική βιβλιοθήκη, εθνική φιλαρμονική ορχήστρα, πανεπιστήμιο και Μακεδονική Ακαδημία. Η πόλη επεκτάθηκε και ο πληθυσμός αυξήθηκε αυτή την περίοδο από λίγο πάνω από 150.000 το 1945 σε σχεδόν 600.000 στις αρχές της δεκαετίας του 1990. Ωστόσο η μεταπολεμική ανάπτυξη της ανακόπηκε από τον σεισμό του 1963, που συνέβη στις 26 Ιουλίου. Αν και σχετικά αδύναμος σε μέγεθος προκάλεσε τεράστιες ζημιές στην πόλη και μπορεί να συγκριθεί με το Σεισμό του Αγκαντίρ του 1960. Η θεομηνία σκότωσε 1.070 ανθρώπους και τραυμάτισε 3.300, ενώ το 70% του πληθυσμού έχασαν το σπίτι τους. Πολλές εκπαιδευτικές εγκαταστάσεις, εργοστάσια και ιστορικά κτίρια καταστράφηκαν.