Wiosną 1943 roku grzebanie zwłok zastąpiono kremacją. Na tę decyzję wpłynęło kilka czynników. Po pierwsze, masowe groby uległy zapełnieniu, przez co na przestrzeni kilku kilometrów od obozu zaczął rozchodzić się fetor rozkładających się zwłok. Spowodowało to nawet skargi lokalnych władz wojskowych. Drugim celem było zatarcie śladów ludobójstwa. We wspomnieniach więźniów pojawiają się sugestie, że o konieczności kremacji zwłok przekonało Niemców odkrycie grobów katyńskich. Najprawdopodobniej bezpośrednim impulsem do jej rozpoczęcia stała się jednak wizyta, którą Reichsführer-SS Heinrich Himmler złożył w Treblince na przełomie lutego i marca 1943 roku. Opracowując technikę kremacji wykorzystano doświadczenia z działalności Sonderkommando 1005.