Zu seinem Debüt in der nordkoreanischen Nationalmannschaft kam Yun 2007 in den beiden Erstrunden-Partien der WM-Qualifikation gegen die Mongolei. 2008 nahm er als Stammspieler am AFC Challenge Cup teil, verlor mit der „B-Auswahl“ aber im Halbfinale mit 0:1 gegen Tadschikistan und verfehlte damit die mögliche Qualifikation für die Asienmeisterschaft 2011.