Il 13 aprile 2018 il comunica l'ingaggio di Kovač come allenatore a decorrere dalla stagione 2018-2019. Dopo aver vinto la Supercoppa di Germania a inizio stagione (5-0 contro l', ex squadra del tecnico croato), a maggio conduce la squadra bavarese alla vittoria del campionato e della Coppa di Germania (3-0 in finale contro l'): grazie a questi due successi, Kovač diventa il primo nella storia del calcio tedesco a conseguire un "double" sia da giocatore che da allenatore.