Từ năm 1938, Purkayev giữ chức Tham mưu trưởng Quân khu Belorussia, là Tùy viên quân sự Liên Xô tại Berlin khi Thế chiến thứ hai nổ ra năm 1939, và tham gia lên kế hoạch chiếm đóng Ba Lan. Từ tháng 7 năm 1940, Purkayev giữ chức Tham mưu trưởng Quân khu đặc biệt Kiev, và từ khi bắt đầu Chiến tranh Xô-Đức làm Tham mưu trưởng Phương diện quân Tây Nam (tháng 6, tháng 7 năm 1941), và sau đó là tư lệnh tập đoàn quân 60 và sau đó là Tập đoàn quân xung kích 3. Năm 1942 - 1943, ông là Tư lệnh Phương diện quân Kalinin và từ tháng 4 năm 1943, Phương diện quân Viễn Đông (năm 1945 đổi thành Phương diện quân Viễn Đông 2). Từ tháng 9 năm 1945 đến tháng 1 năm 1947, Purkayev giữ chức sĩ quan chỉ huy của Quân khu Viễn Đông trong thời gian đó ông được đề cử vào Xô viết tối cao Liên Xô (1946-1950).