Im Rang eines Capitaine wechselte Joffre 1885 in den Kolonialdienst und diente unter Admiral Amédée-Anatole Courbet zunächst auf Formosa, anschließend in der neu erworbenen Kolonie Indochina. Während des Chinesisch-Französischen Krieges kämpfte Joffre in Tonkin und wurde mit dem Offizierskreuz der Ehrenlegion ausgezeichnet. 1888 kehrte er nach Frankreich zurück und übernahm als Commandant den Befehl über das 5. Genie-Regiment in Versailles, 1891 erhielt er einen Posten als Instrukteur an der "École d’application de l’artillerie et du génie." Im Folgejahr versetzte man Joffre nach Afrika in die Kolonie Französisch-Sudan. Dort leitete er den Bau einer Eisenbahnverbindung von Bamako nach Kayes, 1894 nahm Joffre an der Eroberung Timbuktus teil und wurde zum Lieutenant-Colonel befördert. Zwischen 1897 und 1902 wirkte Joffre an der Festigung der französischen Kolonialherrschaft auf Madagaskar mit. Aufgrund seiner Verdienste wurde er von Generalgouverneur Joseph Gallieni zum Général de brigade ernannt.