Entre el año 1628 y el 1627 a. C., la erupción del volcán terminó con una gigantesca explosión de caldera, del mismo tipo que la mucho más estudiada de Krakatoa (Indonesia) de 1883. Como efecto de la explosión la isla perdió buena parte de su superficie, y se puso en marcha un maremoto que asoló el Mediterráneo Oriental, provocando, entre otros efectos, una grave crisis de la civilización minoica de Creta. Parece que la población encontró tiempo suficiente para evacuar la isla, llevándose muchos de sus bienes muebles. Marinatos popularizó la idea de que la explosión prehistórica de Tera-Santorini está en el origen del mito de la Atlántida y del mito del Éxodo.