Bir ay sonra ülkesini 2001 FIFA Konfederasyonlar Kupası'nda temsil etti. Turnuvadaki iki maçta sonradan oyuna girerken, Avustralya şampiyonayı üçüncü olarak tamamladı. 2001 yılında toplamda 7 millî maça çıkan Thompson, attığı 16 golle oldukça yüksek bir gol ortalamasıyla oynadı. Fakat 2004'e kadar, üç yıl boyunca teknik direktör Farina tarafından millî takıma çağrılmadı.