Dějiny města začínají ve 2. polovině 14. století založením zemědělských dvorů. V roce 1830 se zde konalo první úplné liturgické provedení Beethovenovy slavnostní mše "Missa solemnis". Varnsdorf byl povýšen na město v roce 1868, do té doby byl největší vesnicí Rakouska-Uherska. Ve stejném roce přijel do Varnsdorfu první vlak z Děčína a díky železnici nastal rozvoj průmyslu, především strojírenského a textilního. Ve druhé polovině 19. století měl Varnsdorf přezdívku „"Malý Manchester v českém Nizozemí"“ nebo také „"Severočeský Manchester"“. V roce 1872 zde vzniklo společenství starokatolické církve. Po druhé světové válce došlo k vysídlení drtivé většiny původního obyvatelstva. V roce 1947 zde proběhla stávka, která měla podstatný vliv na únorové události roku 1948. Po druhé světové válce se Varnsdorfu říkalo „"město mládí, zahrad a komínů"“.