Sehr erfolgreich verlief der FIFA-Konföderationen-Pokal 2013 in Brasilien für Fred. Er traf fünfmal (1× gegen Uruguay, je 2× gegen Italien und Spanien) und war gemeinsam mit dem Spanier Fernando Torres erfolgreichster Schütze des Turniers (Torres, der in der Vorrunde 1× gegen Nigeria und 4× gegen Tahiti traf, gewann allerdings den Titel "Torschützenkönig", weil er für seine Treffer weniger Spielminuten benötigte). Trainer Luiz Felipe Scolari vertraute Fred weiterhin und nahm ihn in den Kader für die Fußball-WM 2014 auf. Im Eröffnungsspiel der Weltmeisterschaft gegen Kroatien spielte er im Sturm und kam durch eine Schwalbe in die weltweiten Schlagzeilen: Er ließ sich in der 70. Spielminute beim Spielstand von 1:1 nach einer Berührung durch Verteidiger Dejan Lovren im Strafraum fallen und reklamierte dafür einen Elfmeter, den der WM-Gastgeber tatsächlich zugesprochen bekam. Neymar verwandelte den Elfmeter und Brasilien siegte schließlich mit 3:1 gegen die Kroaten. Im 3. Spiel gegen Kamerun gelang Fred sein einziger Treffer bei dieser WM. Als das Halbfinalspiel gegen Deutschland mit 1:7 verloren ging, pfiffen ihn die brasilianischen Zuschauer, bei denen er wegen seiner schwachen Torausbeute sowie seiner technischen Schwächen am Ball bereits die gesamte WM über unbeliebt war, in der zweiten Halbzeit bei jedem Ballkontakt aus und bedachten ihn zudem mit Schmährufen. Nach dem verlorenen Spiel um Platz drei gegen die Niederlande, bei dem er nicht berücksichtigt wurde, erklärte Fred seinen Rücktritt aus der Nationalelf. Er äußerte zudem seine Befürchtung, in Anlehnung an die öffentliche Stigmatisierung des brasilianischen Torhüters nach dem Maracanaço, „der neue Barbosa Brasiliens“ zu werden.