Die politische Karriere Miqatis begann 1998 mit der Wahl zum Abgeordneten der Nationalversammlung für einen Wahlkreis Tripoli. Später wurde er Minister für öffentliche Arbeiten und für Verkehr. Dieses Amt behielt er von 1998 bis 2004. Am 15. April 2005 wurde Miqati von Präsident Émile Lahoud zum Nachfolger des zurückgetretenen Ministerpräsidenten Omar Karami ernannt. Seine Wahl durch die Nationalversammlung galt als schwere Niederlage für die Demokratiebewegung des Landes, die sich konfessionsübergreifend gegen einen fortdauernden syrischen Einfluss im Libanon eingesetzt hatte. Dieses Amt bekleidete Miqati bis zu seiner Ablösung am 30. Juni 2005 durch Fouad Siniora, einem langjährigen Vertrauten von Rafiq al-Hariri, dessen Ermordung im Februar 2005 die so genannte „Zedernrevolution“ ausgelöst hatte.