В 1852 году он получил назначение в отдельный корпус на Кавказ, и там, командуя 20-й пехотной дивизией, а вместе с тем левым флангом кавказской линии, принял участие в операциях по усмирению горцев; за отличия в действиях при Мичике, в Большой Чечне, ему было пожаловано золотое оружие с алмазами и надписью «за храбрость». В 1853 году Багговут командовал уже всей кавалерией корпуса, принимая самое деятельное участие в войне с Турцией. Сражение при Башкадыкларе было выиграно благодаря действиям Багговута; наступавшая пехота отряда князя Бебутова, осыпаемая градом снарядов с турецкой батарею, уже готова была отказаться от своего намерения — выбить неприятеля с занятой им позиции, когда, руководимая Багговутом кавалерия атаковала эту батарею. В бою были захвачены 19 турецких орудий, а Багговут был произведен в чин генерал-лейтенанта и получил 16 января 1854 года орден св. Георгия III класса № 476