Nachdem die Franzosen im März 1798 die Schweiz erobert und die Helvetische Republik ausgerufen hatten, unterstützte Zschokke die „Patrioten“, die einen Anschluss Graubündens an den neuen Staat forderten. Als bei einer Volksabstimmung am 1. August 1798 die Gegner des Anschlusses gewannen, wurde er von seinen politischen Gegnern bedroht und musste neun Tage später nach Aarau fliehen. Die Regierung Graubündens erkannte ihm sein Bürgerrecht ab und setzte ein Kopfgeld auf ihn aus. 1801 erhielt Zschokke sein Bürgerrecht zurück, als die Gegner des Anschlusses abgesetzt worden waren und Graubünden der Helvetischen Republik beitrat.