W reprezentacji Danii Frederiksen zadebiutował 9 marca 1994 w przegranym 0:1 towarzyskim meczu z Anglią. 10 października 1998 w przegranym 1:2 pojedynku eliminacji Mistrzostw Europy 2000 z Walią strzelił swojego jedynego gola w kadrze. W latach 1994-1999 w drużynie narodowej rozegrał 6 spotkań.