S převzetím politické moci ve státě Komunistickou stranou Československa v únoru 1948 se domácí církve dostaly pod silný politický tlak, Olga Pešková-Kounovská však svým radikálně levicovým zaměřením s vládními tendencemi souzněla. Význam husitského hnutí vnímala v pojetí konceptu třídního boje, myšlenky reprezentované především tehdejším ministrem školství Zdeňkem Nejedlým. Roku 1950 se jako členka KSČ podílela na vzniku Husovy československé bohoslovecké fakulty. Pro ideologické neshody ukončila roku 1953 své členství v ČCS, ve stejném roce opustila také bohosloveckou fakultu.