Et endelig dødsstød mod unionen kom med Kosovokrigen fra 24. marts 1999. Đukanović erklærede, at Montenegro ikke var en del af konflikten i Kosovo, men enkelte strategiske mål blev alligevel bombet af NATO. På dette tidspunkt var økonomiske reformer allerede godt i gang, teleselskabet Promonte blev yderligere delprivatiseret fra 1996, da norske Telenor gik ind på ejersiden i tiden mellem Bosnienkrigen og Kosovokrigen.