Pääsiäiskapinan kukistamisen jälkeen Michael Collins elvytti IRB:n toiminnan vielä kerran uudelleen. Järjestön salaseuramaisuutta alettiin kuitenkin pitää taakkana, ja Irlannin vapaussodan aikana vuodesta 1919 alkaen se menetti pääosan arvovallastaan uudelle Irlannin tasavaltalaisarmeijalle (IRA) sekä Dáil Éireannin hallitukselle. Molemmissa organisaatioissa mukana ollut Collins tosin piti IRB:tä yhä merkittävänä, mutta monet arvostivat nyt IRA:n jäsenyyttä enemmän. Kysymys joulukuussa 1921 solmitusta Ison-Britannian ja Irlannin sopimuksesta jakoi IRB:n, sillä järjestön pääneuvosto puolsi sopimusta mutta pääosa jäsenistä vastusti sitä. Tämän seurauksena järjestö hajosi Irlannin sisällissodan aikana. IRB lakkautettiin vuonna 1924 sen jälkeen, kun siitä irtautunut Irish Republican Army Organisation -niminen ryhmä oli sekaantunut epäonnistuneeseen kapinaan uuden Irlannin vapaavaltion armeijassa.