Nach dem Krieg leitete die Justiz insgesamt acht Verfahren gegen Lauterbacher ein, unter anderem wegen Verbrechen gegen die Menschlichkeit. Zur Rechenschaft wurde er jedoch nicht gezogen. Anfang Juli 1946 sprach ihn das Obere Britische Militärgericht in Hannover von der Anklage frei, Anfang April 1945 die Ermordung deutscher und alliierter Häftlinge des Gefängnisses von Hameln angeordnet zu haben. Im August 1947 begann im Internierungslager Dachau ein weiteres Verfahren gegen Lauterbacher. Dieses Mal ging es um einen Befehl aus dem September 1944, wonach Lauterbacher die Erschießung von zwölf amerikanischen Fliegern, die über Goslar abgeschossen worden waren, befohlen haben sollte. Im Oktober 1947 endete auch dieser Prozess mit einem Freispruch. Die deutsche Justiz, die durch die Staatsanwaltschaft Hannover bereits 1947 ein Verfahren eröffnet hatte, dem weitere Ermittlungsverfahren in München und Hannover folgten, begnügte sich damit, die Ermittlungen wegen Verjährung einzustellen; das Verfahren aus dem Jahre 1947 wurde nach „gründlicher Prüfung“ erst zwölf Jahre später eingestellt. In den Nürnberger Prozessen trat der ehemalige stellvertretende Reichsjugendführer als Entlastungszeuge für seinen einstigen Chef Baldur von Schirach auf.