Malabo é servida pelo Aeroporto Internacional de Malabo. Várias companhias aéreas nacionais e internacionais operam em Malabo. Localiza-se a cerca de 9 quilômetros a oeste da cidade. É um dos dois únicos aeroportos do país que possui pavimentação - além do Aeroporto de Bata. Até a década de 1990, o governo era o principal utilizador do aeroporto. Durante a Guerra Civil Nigeriana, o aeroporto foi usado como uma base para voos em Biafra.