1994年以降の相次ぐ危機遺産リスト入りは隣国ルワンダの紛争が影響しており、近隣諸国の武装勢力の流入などによって第一次コンゴ戦争（1996年）、第二次コンゴ戦争（1998年）が勃発すると、大量の難民の発生と相俟って保護環境はさらに悪化した。これらの紛争の主戦場はウガンダやルワンダの国境に近いコンゴ北東部であり、後述するようにサロンガ国立公園以外の世界遺産はすべてその地域に存在している。世界遺産基金の助成を受けて推薦にこぎつけ、1996年に登録されたオカピ野生生物保護区もコンゴ北東部に存在しており、登録の翌年には危機遺産リスト入りした。