Os mongóis conquistaram Samarcanda em 1220. Apesar de de "não ter perturbado de forma alguma os habitantes [da cidade]", o historiador persa Juveini relatou que os mongóis mataram todos os que se refugiaram na cidadela e na mesquita, saquearam a cidade completamente e recrutaram à força jovens e igual número de artesãos. A cidade sofreu pelo menos mais um saque dos mongóis, por , para obter o financiamento que precisava para pagar um exército. A cidade integrou o Canato de Chagatai, um dos quatro estados sucessores do Império Mongol) até 1370.