13 апреля 2003 года библиотека была повреждена пожаром, возникшим в результате военных действий. В огне сгорели столетние рукописи и другие исторические документы времён Османской империи. Пожар возник в результате поджога. Какие военные отряды несут ответственность за поджог выяснить достоверно не удалось. Новый директор библиотеки Саад Эскандер заявил, что библиотека потеряла 60 % архивных материалов, 25 % общих книжных фондов и 95 % редких книг.