W styczniu 1940 r. wraz z innymi miłośnikami szachów (ok. 30 osób) został aresztowany przez gestapo w kawiarni szachowej mieszczącej się w prywatnym mieszkaniu Franciszka Kwiecińskiego przy ulicy Marszałkowskiej 76 (róg Hożej). Cała grupa przebywała w areszcie śledczym przy ul. Daniłowiczowskiej. Tam Przepiórka wygłosił swój ostatni wykład poświęcony końcówkom: król i pion przeciwko królowi. Aresztowany wraz z Przepiórką Zygmunt Szulce kilka lat po wojnie opublikował wspomnienie o tych wydarzeniach. Podsumowując wywody Przepiórki, Szulce stworzył termin "linia Przepiórki". Część szachistów aresztowanych na Daniłowiczowskiej została po kilku dniach wypuszczona. Osoby pochodzenia żydowskiego zostały przewiezione do więzienia Pawiak i w okresie styczeń–kwiecień 1940 rozstrzelane przez Niemców podczas masowych egzekucji w Palmirach. Najbardziej prawdopodobna data śmierci Dawida Przepiórki to 22 stycznia 1940.