לאחר תבוסתם, צבאות השליטים התרכזו בהגנה על נאנגינג ושאנגחאי, תוך שהם חוצים את היאנגה צה. צ'יאנג קאי-שק הורה על פתיחת מתקפה על שתי הערים באמצע חודש מרץ. לאחר כיבוש שאנגחאי, הפנה הצבא את כוחותיו לנאנג'ינג. הוא התקדם מדרום-מזרח, בעוד צ'נג צ'יאן הגיע מדרום-מערב. לאחר נסיגת הכוחות של השליטים מהעיר, היא נכבשה ללא התנגדת. אבל מיד עם הגיעו של הצבא פרצו בעיר מהומות המוניות נגד זרים, באירוע שנודע כ"תקרית נאנקינג". כוחות חיל הים הבריטי והאמריקני נשלחו לפנות את אזרחיהם, וכתוצאה מכך הייתה הפגזה ימית שהשאירה את העיר בוערת ולפחות ארבעים בני אדם נהרגו. לבסוף הצליחו לשים קץ לאלימות.