С самого начала Ульрих II стремился освободить свое епископство от влияния сильного соседа — Мекленбурга. Он основал свой собственный двор в замке Бюцова и сформировал правительство епископства независимо от герцогства Мекленбург-Гюстров. Не позднее 1605 года он назначил д-ра Эразма Рёйтце — советника своего деда — канцлером. В 1605 году Ульрих II присоединился к силам императора Рудольфа II для того, чтобы принять участие в Долгой войне против турок. Прежде чем вернуться в Бюцов, Ульрих II оставался некоторое время при дворе сестры Анны, королевы Шотландии и Англии в 1605/1606 годах. В 1612 году Ульрих II выступил вместе с королем Кристианом во время Кальмарской войны.