Efter et par års urolig fred gjorde York-fraktion atter oprør, og John Neville kæmpede sammen med sin far og ældre bror Thomas i Slaget på Blore Heath i september 1459. Selvom det lykkedes jarlen af Salisbury at kæmpe imod Lancaster-styrkerne, blev begge hans sønner taget til fange, og John tilbragte det år sammen med Thomas i fængsel. Efter løsladelsen i 1460 deltog han i den York-styret. Hans far og bror faldt i kamp lige efter jul 1460, og i februar det næste år kæmpede John, nu ophøjet i adelsstanden som Lord Montagu, og Warwick mod Lancaster-hæren igen i St. Albans. John blev igen taget til fange og ikke løsladt, før hans fætter Edvard, Yorks søn, havde vundet en afgørende sejr i Towton i marts 1461 og blev kong Edvard 4. .