Första gången Estland ställde upp i kvalet till världsmästerskapet i fotboll för damer var inför VM 1999 då de ställdes mot Skottland, Tjeckien och Litauen i gruppspelet i klass B och slutade på en tredje plats. Att de spelade i klass B innebar att de inte kunde kvalificera sig till VM då endast lagen i klass A hade den möjligheten. Vinnaren av gruppspelet i klass B fick chansen att kvala upp till klass A inför nästa gruppspel. Det systemet behölls av UEFA fram till och med kvalet till VM 2007.