Al principi, Pompeu li va assegurar a Roma i al Senat que podria derrotar a Cèsar en batalla si aquest marxava sobre Roma. Tanmateix, a la primavera del 49 aC, quan Cèsar va travessar el riu Rubicó amb les seves forces invasores i va escombrar la península italiana cap a Roma, Pompeu va ordenar l'evacuació de Roma. L'exèrcit de Cèsar no estava en la seva màxima esplendor, ja que certes unitats romanien en la Gal·lia, però per l'altra banda Pompeu només tenia una petita força sota el seu comandament, en la qual alguns soldats de lleialtat dubtosa havien servit al comandament de Cèsar. Tom Holland atribueix el desig de Pompeu d'abandonar Roma a les ones de refugiats aterrits que van despertar les pors ancestrals de les invasions del norte. Les forces de Pompeu es van retirar al sud, cap a Brindisi, i després van embarcar cap a Grècia. Cèsar va dirigir la seva atenció primer al baluard de Pompeu a Hispània però després de la campanya de Cèsar al Setge de Massilia i la Batalla d'Ilerda, va decidir enfrontar-se al mateix Pompeu a Grècia. Pompeu va vèncer Cèsar al principi en la Batalla de Dirraquium el 48 aC però va ser derrotat contundentment en la Batalla de Farsàlia el 48 aC malgrat superar a les forces de Cèsar en dos a uno. Pompeu va embarcar de nou, aquesta vegada a Egipte, on va ser assassinat en un intent de congraciar-se al país Egipci amb el Cèsar i evitar una guerra amb Roma.