Pierwszy sukces w karierze Wiktor Manakow osiągnął w 20090 roku, kiedy zdobył złoty medal w drużynowym wyścigu na dochodzenie podczas torowych mistrzostw świata juniorów. Rok później zdobył brązowy medal indywidualnie na MŚJ oraz złoty indywidualnie i w omnium na mistrzostwach Europy juniorów. W 2012 roku zwyciężył w omnium i drużynowym wyścigu na dochodzenie podczas mistrzostw świata U-23. Pierwszy medal wśród seniorów zdobył na mistrzostwach Europy w Apeldoorn w 2011 roku, gdzie razem z kolegami z reprezentacji był trzeci. Na rozgrywanych mistrzostwach Europy w Apeldoorn Manakow zwyciężył w omnium. W tej samej konkurencji zdobył również brązowy medal podczas mistrzostw świata w Cali w 2014 roku. W zawodach tych wyprzedzili go jedynie Francuz Thomas Boudat oraz Tim Veldt z Holandii.