La seva sortida d'Elmundo.es va estar envoltada de polèmica. Arran dels atemptats de l'11 de març de 2004 es va produir una divergència editorial entre la direcció d"'El Mundo" en la seva versió escrita, dirigit per Pedro J. Ramírez i la versió en línia, dirigida per Gumersindo Lafuente. El primer defensava la teoria de l'atemptat realitzat per ETA, mentre que Elmundo.es va descartar aquesta hipòtesi des del primer moment. Aquest enfrontament editorial entre els dos suports del mateix mitjà va acabar amb la destitució com a director d'elmundo.es de Gumersindo Lafuente el juliol de 2006.