במקביל להתרחשויות אלה ייסדה בראשות מוסטפא כמאל את האספה הלאומית הגדולה של טורקיה באנקרה ב-23 באפריל 1920, וזו דחתה את הסכם סוור וסירבה לקבל את תנאיו. בין מהמט השישי לבין האספה הלאומית התפתחה מחלוקת גלויה, אשר הובילה, עם סיום המאבק המזוין האחרון במלחמת העצמאות של טורקיה באוקטובר 1922, לביטול מוסד הסולטנות ולעזיבתו של מהמט השישי את טורקיה ב-17 בנובמבר 1922. מהמט השישי יצא לגלות, תחילה במלטה ולאחר מכן באיטליה. הוא נפטר ב-16 במאי 1926 בסן רמו ונקבר בדמשק.