Пазнейшая частка жыцця Фердынанда была па большасці занята барацьбой з каралямі Францыі за кантроль над Італіяй пад час, так званых, Італьянскіх войн. У 1494 годзе, Карл VIII, кароль Францыі, ўварваўся ў Італію і выгнаў Альфонса II (які быў стрыечным братам Фердынанда і прыёмным сынам яго сястры) з трона Неапаля. Фердынанд уступіў у саюз з некаторымі італьянскімі кіраўнікамі і з імператарам Максіміліянам I і паспяхова выбіў французаў у 1496 годзе, пасадзіўшы на неапалітанскі трон Фердынанда II, сына караля Альфонса. У 1501 годзе, пасля смерці Фердынанда Неапалітанскага і ўступлення на трон яго дзядзькі Федэрыга, Фердынанд Арагонскі падпісаў пагадненне з пераемнікам Карла VIII, Людовікам XII, які толькі што паспяхова адстаяў свае прэтэнзіі на Міланскае герцагства, аб падзеле Неапалітанскіх уладанняў. Паводле гэтага дакуманта Кампанія і Абруца, якая ўключае ў сябе сам Неапаль, мусілі адысці да французаў, у той час калі Апулія і Калабрыя мусілі застацца за Фердынандам. Неўзабаве дамова развалілася на часткі, і на працягу некалькіх наступных гадоў найлепшы генерал Фердынанда, Гансала Фернандэс дэ Кордава, веў вайну супраць французаў, захапіўшы Неапаль у 1504 годзе. Яшчэ адзін менш знакаміты «захоп» адбыўся ў 1503 годзе, калі Андрэй Палеалог, de jure імператар Усходняй Рымскай імперыі зрабіў сваімі спадчынікамі Фердынанда і Ізабелу. Такім чынам Фердынанд стаў de jure усходнерымскім імператарам.