Η εθνοκάθαρση των Βοσνίων Μουσουλμάνων κατά τη διάρκεια του Βοσνιακού πολέμου προκάλεσε μια βαθιά εσωτερική μετατόπιση του πληθυσμού τους στη Βοσνία-Ερζεγοβίνη, με αποτέλεσμα τον σχεδόν πλήρη διαχωρισμό των θρησκευτικών κοινοτήτων της χώρας σε ξεχωριστές εθνικές-θρησκευτικές περιοχές. Το ποσοστό των προσφύγων, που επέστρεψαν, επιβραδύνθηκε σημαντικά από το 2003–2004, αφήνοντας την πλειονότητα των Σέρβων Ορθόδοξων οπαδών, που ζουν στη Δημοκρατία Σέρπσκα και η πλειονότητα των Μουσουλμάνων και των Καθολικών, που ζουν ακόμη στην Ομοσπονδία της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης. Εντός της Ομοσπονδίας, παραμένουν ξεχωριστές περιοχές με πλειοψηφία μουσουλμάνων και καθολικών. Ωστόσο, η επιστροφή των Σέρβων Ορθόδοξων πιστών και των Μουσουλμάνων στα προπολεμικά τους σπίτια στη Δυτική Βοσνία και των Μουσουλμάνων στα προπολεμικά σπίτια τους στην ανατολική Βοσνία κοντά στη Σρεμπρένιτσα έχουν μετατοπίσει την εθνολογική και θρησκευτική σύνθεση και στις δύο περιοχές. Σε ολόκληρη τη Βοσνία, τα τζαμιά καταστράφηκαν συστηματικά από σερβικές και κροατικές ένοπλες δυνάμεις στον Βοσνιακό πόλεμο κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του '90. Πολλά κτήρια υπέστησαν ζημιές ή καταστράφηκαν, μαζί με το έως και 80% των πάνω από 4000 διαφορετικών προπολεμικών ισλαμικών κτηρίων. Μεταξύ των πιο σημαντικών απωλειών ήταν δύο τζαμιά στη Μπάνια Λούκα, το τζαμί Arnaudija και το Ferhadija, τα οποία περιλαμβάνονται στη λίστα των παγκόσμιων πολιτιστικών μνημείων της UNESCO. Σήμερα αποτελούν, μαζί με πολλές άλλες, προστατευόμενη κληρονομιά της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης .