В апреле 1994 года, получив разрешение властей Израиля, вернулся в ПА — возглавил ЦК ФАТХ на Западном берегу реки Иордан. Целесообразность этой должности неоднократно обсуждалась на заседаниях руководства ФАТХ, затем последовал скандал в мае 1997 года, когда были выявлены серьёзные финансовые нарушения в деятельности М.Баргути. В 1996 году он был избран в Палестинский законодательный совет, где нередко конфликтовал с Ясиром Арафаром. В 2000 году (накануне «интифады Аль-Аксы») Баргути лишился поста «генерального секретаря» «ФАТХа» на Западном берегу, однако по-прежнему продолжал именовать себя «генсеком ФАТХа». В 2000 году отношения между Арафатом и Баргути были окончательно испорчены в результате непрекращающихся обвинений Баргути в адрес палестинской администрации в коррупции и нарушении прав человека палестинскими службами безопасности; в результате этого Арафат планировал уволить Баргути.