Lors de la crise de la sécession dans le Missouri, Parsons est nommé au brigadier général au commandement de la sixième division de la garde de l'État du Missour. Il arrive trop tard pour participer à l'accrochage à Boonville, mais il va diriger sa division à Carthage et à la bataille de Wilson's Creek, dans le Missouri. Bien que les gardes de l'État du Missouri participent à la bataille de Pea Ridge, dans l'Arkansas, Parsons est absent de cette bataille pour obtenir une nomination dans l'armée confédérée à Richmond, en Virginie.