1527 övergick klostret till kronan och klosterbyggnaderna brändes av danskarna 1566, under det Nordiska sjuårskriget. Danskarna brände även Skarke kyrka vilket ledde till att Varnhems kyrka övertog rollen som församlingskyrka i Skarke socken. På 1570-80-talen gjordes renoveringar på Johan III:s initiativ, han lät bl.a. uppföra s.k. kenotafer, gravmonument över Inge den äldre Stenkilsson och medeltida konungar från den erikska ätten som ligger begravda i kyrkan i kapellkransen.