Po wybuchu wojny Bytnarowie część mieszkania przeznaczyli na potrzeby wojska. W czerwcu 1940 Zdzisława Bytnarowa została zwolniona przez okupanta ze stanowiska kierowniczki szkoły; natychmiast zaangażowała się w tajne nauczanie i konspiracyjne służby łączności. W Warszawie mieszkała wraz z rodziną przy al. Niepodległości 159. W marcu 1943 po aresztowaniach straciła najbliższych – do obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau wywieziony został mąż, który zginął w styczniu 1945 roku w czasie ewakuacji obozu; syn, Jan Bytnar ps. „Rudy”, aresztowany 23 marca i odbity trzy dni później w słynnej akcji pod Arsenałem, zmarł w wyniku obrażeń odniesionych podczas tortur.