Bis 2005 war der Bahnhof Pensacola eine Station des "Sunset Limited" der Bahngesellschaft Amtrak von Orlando nach Los Angeles. Nach den Auswirkungen des Hurrikans Katrina wurde die Linie jedoch auf die Strecke New Orleans – Los Angeles verkürzt. Der einzige Schienenverkehr besteht seitdem aus Gütertransporten, die auf dem West-Ost-Korridor von der Bahngesellschaft CSX Transportation und nach Norden von der Alabama and Gulf Coast Railway durchgeführt werden.