Μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή και την ανταλλαγή πληθυσμών ανάμεσα στην Ελλάδα και την Τουρκία, εγκαταστάθηκαν οικογένειες Ποντίων προσφύγων από χωριά της περιοχής του Καρς, όπως το Ιβανπόλ ή Μόλα-Μουσταφά, το Ατγκιόζ και το Μέστσιτλι. Κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, το χωριό περιήλθε μαζί με το μεγαλύτερο μέρος της Ανατολικής Μακεδονίας και της Θράκης στη Βουλγαρία. Την 29η Σεπτεμβρίου του 1941, Έλληνες αντάρτες που συμμετείχαν στην εξέγερση της Δράμας εισήλθαν στον οικισμό, σκοτώνοντας τον Βούλγαρο κατοχικό κοινοτάρχη και καταστρέφοντας μερικές οικίες. Την επόμενη ημέρα, τα Κουδούνια αρχικά βομβαρδίστηκαν από την αεροπορία και κατόπιν δέχτηκαν επιδρομή από πεζοπόρα τμήματα πεζικού, συνεπικουρούμενα από δυνάμεις της αστυνομίας και άτακτους ένοπλους. Οι βουλγαρικές δυνάμεις προχώρησαν στην αιχμαλωσία όσων ντόπιων ανδρών δεν είχαν εγκαταλείψει τον οικισμό, τους οποίους έκαψαν ζωντανούς σε αχυρώνα, με τον αριθμό των θυμάτων να κυμαίνεται μεταξύ 19-25 ατόμων.