1704 byl Mnichov za války o dědictví španělské několik let pod mocí Habsburků, protože kurfiřt Maxmilián II. Emanuel se spojil s Francií. Povstání občanů bylo v Sendlingu krvavě potlačeno ve "vražedné vánoční noci". Po císařské korunovaci Karla Albrechta bylo město roku 1742 opět na dva roky obsazeno Habsburky. Maxmilián III. Josef se nevěnoval velké politice tak jako jeho předchůdci ale zaměřil se spíše na vnitřní reformy. Roku 1759 byla v Mnichově založena Bavorská akademie věd. Roku 1789 založil Karel Theodor Anglickou zahradu, zpočátku jen kolem řeky Isar, později i blíž k centru přes středověké opevnění města.