Engonga speelde veertien interlands voor het Spaans nationaal elftal. Hij debuteerde op 23 september 1998 in de vriendschappelijke interland tegen Rusland (1-0). Op 5 mei 1999 maakte Engonga tegen Kroatië zijn enige interlanddoelpunt. Hij behoorde tot de Spaanse selectie voor het Europees kampioenschap 2000 in Nederland en België. Engonga speelde op dit toernooi op 18 juni 2000 tegen Slovenië zijn laatste interland.