Litvinenko's dood werd al snel in het kader van zijn felle tegenstand tegen de regering-Poetin geplaatst. Zo beweerde hij in 1998 dat er door de Russische overheid een moordcomplot tegen de naar het Verenigd Koninkrijk gevluchte Russische zakenman Boris Berezovski op touw was gezet. Verder zou volgens hem de FSB achter aanslagen in 1999 op appartementen in Moskou hebben gezeten, aanslagen waarvan de Tsjetsjenen de schuld kregen waardoor een nieuwe Tsjetsjeense oorlog begonnen kon worden. Ook beweerde hij dat de FSB Al Qaida-leiders in Dagestan zou hebben getraind. In de periode vóór zijn opname in het ziekenhuis, die zou uitlopen op zijn dood, was Litvinenko op zoek naar de daders van de moord op de Russische journaliste, publiciste en mensenrechtenactiviste Anna Politkovskaja die op 7 oktober 2006 het leven liet. Om deze reden(en) zou Litvinenko volgens zichzelf en anderen zijn vergiftigd door de Russische overheid.