La conquista del Regno da parte delle truppe napoleoniche nell'ambito della Guerra austro-napoletana, causò la perdita del grado e dell'impiego da parte di Poli, che però fu reintegrato a fine 1810 con il grado di tenente e l'incarico di custode della biblioteca. I capitani addetti all'inquadramento degli allievi interni (Giuseppe Galileo Pasquali, Gaetano Ruiz, Andrea Colnago e Pasquale Galluzzo) mantennero invece grado e funzioni fino al 1812, quando furono allontanati.