Prima della Coppa America 2001, in programma in Colombia, la squadra ritrovò la vena realizzativa, realizzando otto gol in due partite: allo spettacolare pareggio per 3-3 contro l'Argentina all'Estadio Hernando Siles di La Paz contro l'Argentina fece seguito la vittoria per 5-0 contro il . Nella quarantesima edizione Coppa America, caratterizzata da numerose rinunce, la Bolivia fu sorteggiata nel girone con Uruguay, e . Il rendimento della compagine di Aragonés fu pessimo: tre sconfitte in altrettante partite, senza segnare un gol. A peggiorare il quadro arrivò anche il settimo posto nel girone sudamericano di qualificazione a , malgrado una vittoria di prestigio, il 7 novembre 2001 a La Paz, contro i futuri campioni del mondo del (3-1) sotto la guida di un nuovo CT, l'ex portiere della nazionale Carlos Trucco. Nel 2002 la Bolivia giocò cinque incontri, tutti amichevoli, tra cui la prima partita della sua storia in Africa, contro il , di lì a poco rivelazione del mondiale nippo-coreano.