İlk eşi Marja Leena Niinistö 1995 yılında bir araba kazasında öldü. 2009 yılı Ocak ayında ikinci eşi Jenni Haukio (1977 doğumlu) ile evlendi. Oğlu Matias, 2004 Hint Okyanusu depremi ve tsunamisinden kurtulan biri olarak bilinir. Khao Lak'da oğlu Matias tsunamiden kaçarak kurtulmuştur. Nuutti ve Matias adında iki çocuk babasıdır.