En 1990, Rogojkine se signala au public étranger avec "Karaul", couronné du Prix Alfred-Bauer au Festival International du Film de Berlin. Le film "Le Tchékiste", d’après le livre panégyrique "Chtchepka" (« Le ruban ») de Vladimir Zazoubrine, paru en 1923 à la gloire du tchekiste Moïsseï Ouritski, a été projeté à la session Un Certain Regard du Festival de Cannes 1992, puis diffusé sur Arte, en heure tardive en raison de la violence du sujet. Mais Rogojkine est surtout connu pour "Le Coucou" (Кукушка, "Koukouchka") (2002), pour lequel il a été récompensé de l’Aigle d'or du meilleur film et les Grand prix et prix François Chalais du Meilleur scénario du Festival du cinéma russe à Honfleur. Il fut l’un des premiers réalisateurs russes à aborder la guerre de Tchétchénie avec "Le Poste" (Блокпост, "Blokpost") (1998).