עם תחילת המלחמה שימש עדיין גרציאני כראש המטה הכללי של צבא איטליה. לאחר מותו בתאונת טיסה של מרשל איטלו באלבו קיבל גרציאני את מקומו כמפקד זירת צפון אפריקה ומושל כללי של לוב. כראש המטה הכללי תכנן גרציאני את הפלישה האיטלקית למצרים וקבע לה תאריך יעד ל-15 ביולי 1940. כמפקד בשדה בצפון אפריקה הטיל ספק במוכנות של אנשיו, במיוחד מבחינת הניידות, ודחה את מועד תחילת המתקפה ככל יכולתו. הוא נקרא לרומא, וננזף על ידי בניטו מוסוליני, שרצה לצאת למתקפה מוקדם ככל האפשר, על מנת להשיג הישגים כנגד בריטניה בטרם יכבוש אותה היטלר.