23 июня 2016 года Брогдон был выбран на драфте НБА под 36-м номером командой «Милуоки Бакс». 30 июля игрок официально подписал контракт с командой. Первую игру за «Бакс» Брогдон провёл 26 октября 2016 года, записав на свой счёт в матче против «Шарлотт Хорнетс» 8 очков и совершив 5 подборов и 5 передач за 21 минуту. 1 ноября он заработал 14 очков и сделал 4 перехвата в победной игре против «Нью-Орлеан Пеликанс». 23 декабря, играя с «Вашингтоном», Брогдон за 29 минут на паркете реализовал все 7 бросков, заработав 17 очков, а также сделал 7 результативных передач. 31 декабря Малкольм Брогдон сделал свой первый трипл-дабл в карьере, состоявший из 15 очков, 12 передач и 11 подборов, в матче против «Чикаго Буллс». 8 января 2017 года в игре против «Уизардс» Брогдон достиг своего лучшего показателя по очкам за игру — 22. 25 января был вызван на матч новичков НБА в качестве игрока команды США. 29 марта Брогдон помог своей команде победить игроков «Бостона», заработав 16 очков и совершив 9 передач. За 2 минуты и 46 секунд до конца матча его 6 решающих очков и 2 передачи отразили рывок «Селтикс». По окончании своего первого сезона на профессиональном уровне был включён в 1-ю сборную новичков НБА 2017. 26 июня 2017 года на церемонии вручения наград «» был объявлен новичком года НБА, став таким образом первым игроком с 1966 года, удостоенным этой награды, будучи выбранным во втором раунде драфта.