След младотурската революция през 1908 г. Сандански минава на страната на младотурците. Той приема идеите на османизма, който дошлите на власт младотурци провъзгласяват за официална идеология. Те прокламират създаването на единна османска нация, съставена от отделните народности в Империята. Противниците му го обвиняват, че дори вземал месечна заплата от 50 златни турски лири. В изпълнение на решението на Кюстендилския конгрес на ВМОРО на 24 септември 1908 Тане Николов заедно с Димитър Запрянов и Иван Москов извършва неуспешно покушение над Яне Сандански в Бошнак хан в Солун, при което загиват телохранителите на Сандански Мицо Врански и Танчо Атанасов, но самият Сандански се спасява и е само ранен. Конгресът за учредяването на МОРО, насрочен за есента на 1908 година, пропада след атентата. Една година по-късно обаче се създава новата Народна федеративна партия, която фактически замества пропадналия проект за създаване на МОРО. През 1909 година Сандански и привържениците му участват в похода на младотурците към Цариград и в детронирането на султан Абдул Хамид II през март 1909 г. Тогава Сандански се среща с Екзарх Йосиф I, когото смята за противник на освободителното дело. След срещата с българския духовен глава, той става негов приятел. По това време по заповед на Тодор Александров и Тодор Лазаров група от няколко души, между които Кочо Аврамов, Йордан Иванов и Владе Сланков, прави нов неуспешен опит за атентат срещу Сандански в Цариград. На 14 август 1909 година Владе Сланков прави трети, също неуспешен опит за убийството на Сандански пред кафене „Коломбо“ в Солун. Разочарован от младотурците, изплашен от атентатите и изключен след тежки конфликти от НФП, Сандански се оттегля през 1910 г. в Роженския манастир.