Jan Heintze gjorde debut för Danmark 29 april 1987 i en EM-kvalmatch mot Finland. Han deltog även i Danmarks samtliga matcher i EM 1988, vilka alla tre slutade med förlust. I kvalet till EM 1992 blev Heintze avstängd från landslaget i ett år efter att ha lämnat uppladdningen mot Jugoslavien utan att berätta det för förbundskaptenen Richard Møller Nielsen. Avstängningen hann hävas tills EM 1992 startade men då stoppades han av spel på grund av en skada.