אולם, בפרויקט סינון העפר מהר הבית בהנהלת גבי ברקאי, התגלו ממצאים עשירים מהתקופה הביזנטית, כולל חלקי פסיפס, קרמיקה, מטבעות ושרידי מבנים גדולים, שיכולים לרמז על קיומה של כנסייה על הר הבית או לפחות על מרכז של פעילות בו וודאי שלא על שיממון. לממצאים אלה מתלווה גילויה של רצפת פסיפס מתחת למסגד אל-אקצא שתוארכה למאה ה-5, והתגלתה בעבודות השיפוץ שנערכו במקום על ידי מינהל העתיקות של המנדט הבריטי לאחר רעידת האדמה בארץ ישראל בשנת 1927. חוקרים אחרים, כמאיר בן דב, ממשיכים לדבוק בגרסה הקודמת, תוך דחייה של ממצאי הסינון, שאינה מתבצעת על פי כללים ארכאולוגיים קפדניים, לטענתם. גם כך נותרת חידה מדוע התעלמה ספרות הנוסעים מכנסייה על הר הבית, אם זו אכן הייתה בו. תשובה לחידה זו יכולה להיות שבמקום שכנה רק אכסניה, או שהייתה כנסייה במקום במשך זמן קצר בלבד, או שהנוסעים כתבו על פי תבנית שנמנעה במכוון מלסתור את נבואת ישו.