Gandzasar diserang beberapa kali selama Perang Nagorno-Karabakh. Pada 6 Juli 1991 tentara Soviet dan petugas OMON (polisi khusus) menggerebek Gandzasar guna mencari senjata. Mereka memeriksa dokumen dan melakukan penggeledahan menyeluruh, termasuk di pemakaman.