C'est durant cette période que Ouédec fait ses débuts sous le maillot de l'équipe de France. Au printemps 1994, il participe ainsi à la Coupe Kirin au Japon. Pressenti pour jouer l'Euro 1996, il se blesse grièvement, gâchant sa fin de saison 1995-1996 et laissant filer sa place parmi les 22 au profit de Mickaël Madar. Ce qui fait que Nicolas Ouédec ne pourra jamais vraiment s'imposer chez les Bleus et devra se contenter de sept sélections.