5 lipca 1937 roku całe muzeum w Kronprinzenpalais zostało zamknięte, z kolei dwa dni później pałac odwiedziła, zajmująca się „oczyszczaniem” niemieckich muzeów i galerii ze sztuki zdegenerowanej, komisja Adolfa Zieglera, która dokonała konfiskaty 435 prac należących do Berlińskiej Galerii Narodowej i wystawianych w Kronprinzenpalais. Konfiskacie sprzeciwił się Eberhartd Hanfstaengl, za co został 27 lipca tego roku zwolniony ze stanowiska. Zarekwirowane prace zostały później pokazane na zorganizowanej 19 lipca tego roku w Monachium wystawie sztuki zdegenerowanej, gdzie stanowiły większość z wystawionych dzieł. Niektórzy członkowie komisji wizytującej Kronprinzenpalais mieli wątpliwości co do słuszności konfiskaty obrazów Augusta Mackego i Franza Marca. Pojawiły się z ich strony sugestie, że byli oni „aryjskimi” artystami, którzy zginęli walcząc za Niemcy w I wojnie światowej i przez to nie zasługują na takie potraktowanie. Później, w nie do końca wyjaśnionych okolicznościach, prace Franza Marca (w tym słynna "Wieża niebieskich koni") zostały wyciągnięte z monachijskiej wystawy sztuki zdegenerowanej przed jej zakończeniem. Poniesione przez Berlińską Galerię Narodową straty z tytułu konfiskat zostały częściowo pokryte przez dowódcę Luftwaffe i ministra gospodarki Hermanna Göringa, który wypłacił instytucji odszkodowanie w wysokości 150 000 RM za obraz "Ogród Daubigny'ego" Vincenta van Gogha oraz 15 000 RM za cztery obrazy Paula Signaca i Edvarda Muncha, a także dzięki odbywającej się w czerwcu 1939 roku aukcji skonfiskowanych dzieł w Lucernie, która przyniosła Galerii 1 milion RM, co stanowiło około szóstą część całkowitej straty.