Hij ging echter door met zijn werk. In het pestjaar 1665 bleef hij in Londen, net als zijn puriteinse college Thomas Vincent, en deed daar trouw zijn taak, terwijl veel predikers uit de staatskerk op de vlucht sloegen. Daardoor werd hij populair onder het volk, maar het leverde hem ook veel vijandschap op. In de loop van de tijd werden er verschillende aanslagen op zijn leven gepleegd. In 1666 was Janeway getuige van de grote brand van Londen. Daarna diende hij de gemeente in Rotherhithe.