En su regreso al mundo académico, Du Bois pudo reanudar su estudio de la Reconstrucción, el tema del artículo que había presentado ante la AHA en 1910. En 1935, publicó su obra magna, "Black Reconstruction in America". El libro presentó la tesis, en palabras de David Lewis, que "las personas de raza negra, de repente admitieron la ciudadanía en un ambiente de hostilidad salvaje, demostraron una admirable voluntad e inteligencia así como la indolencia e ignorancia inherente a tres siglos de esclavitud." Du Bois documentó cómo los negros fueron figuras centrales en la Guerra Civil estadounidense y en la Reconstrucción y también mostró cómo hicieron alianzas con los políticos blancos. Dio pruebas de que los gobiernos de coalición establecieron la educación pública en el sur, así como muchos programas de servicios sociales necesarios. Demostró la manera en que emancipación negra – el quid de la Reconstrucción – promovió una reestructuración radical de la sociedad de los Estados Unidos, así como el por qué y cómo el país no pudo continuar con el apoyo a los derechos civiles de los negros en las secuelas de la Reconstrucción. La tesis del libro fue contraria a la interpretación ortodoxa de la Reconstrucción mantenida por los historiadores blancos, y el libro fue prácticamente ignorado por los historiadores hasta la década de 1960.