Im April 1950 wurde er durch den Ersten Sekretär der MDP Mátyás Rákosi zum Rücktritt aufgefordert. Grund dafür war ein angeblich belastender Brief, der Szakasits der Kooperation mit Reichsverweser Horthy bezichtigte, um die Arbeiterschaft zu unterdrücken. Am 26. April 1950 trat er dann tatsächlich vom Amt des Vorsitzenden des Präsidialrates zurück. Kurze Zeit danach wurde er vom Geheimdienst verhaftet und später zu einer lebenslangen Zuchthausstrafe verurteilt. Nachdem er 1953 aus dem Zuchthaus entlassen wurde, erfolgte nach dem Volksaufstand von 1956 seine Rehabilitation.