一方、北カフカースでは山岳諸民族がロシアの支配に対する抵抗を続けており、1820年代末から1830年代にダゲスタン、チェチェンの地にを建設していた。第3代イマーム・シャミールの指導のもとで山岳諸民族は頑強に抵抗しており、ロシア軍との戦争は泥沼化して半世紀近く続くことになる（カフカース戦争：1817年-1864年）。1856年にクリミア戦争が終わるとロシア軍は討伐を本格化させ、1859年にシャミールは投降し、1861年にカフカース全土が平定された。農奴解放が行われた1860年代以降、ロシア人とウクライナ人の北カフカース入植が増え、先住の諸民族に対して数的に圧倒するようになっている。