El Primer Obispo luego de la Independencia del Paraguay fue Don Pedro García de Panés, quien gobernó bajo el estricto "Patronato Regio" que heredó el Dr. José Gaspar Rodríguez de Francia (quien, si bien fue severo en su administración de los bienes de la Iglesia, no rompió con el Papado ni creó una "Iglesia Nacional", contrariamente a lo que se cree). Panés falleció a finales de 1838, siendo un venerable anciano que sufría de los achacos de su edad, poco antes de la muerte del Dr. Francia en 1840.