Dall’aprile al novembre 1861 fu tenente e aiutante di campo del generale Winfield Scott prima di diventare capo ingegnere del Dipartimento del Missouri. Nominato brigadier general dei Volontari degli Stati Uniti nel 1863, sovrintese lavori di ingegneria sulla costa ovest e fu ingegnere capo per il ripristino dello strategico snodo ferroviario di Corinth (Mississippi), ove si incrociavano le due linee tra Mobile (Alabama) e l’Ohio e Memphis, (Tennessee) e Charleston, (Mississippi), dopo la battaglia detta “Siege of Corinth”.