Einige Äußerungen, die Jaalon während der Al-Aqsa-Intifada in der Öffentlichkeit tätigte, wurden vielfach und kontrovers rezipiert. So sprach er beispielsweise am 29. August 2002 in der israelischen Zeitung "Haaretz" von einer „palästinensischen Bedrohung“, deren „Charakteristika unsichtbar seien, wie Krebs“. Zur Frage nach seinem entsprechenden Vorgehen im Gaza-Streifen und der Westbank antwortete er: