חילוקי הדעות בין המרקסיסטים למתנגדיהם בתוך החונטה השלטת גרמו להפיכה קומוניסטית ביולי 1971, אך הממשלה הקומוניסטית הופלה כעבור כמה ימים ונומיירי חזר לתפקידו. בשנת 1972 הסכם אדיס אבבה הוביל להפסקת אש בת עשר שנים במלחמת האזרחים שהחלה בשנות ה-50, והמורדים קיבלו אוטונומיה חלקית. בספטמבר 1983 נומיירי הודיע על כוונתו להרחיב את החוק המוסלמי (השריעה) לתוך קוד החוקים של סודאן, מה שהוביל לפרוץ מלחמת האזרחים הסודאנית השנייה, אשר הסתיימה רק בשנת 2005.