A metà aprile, dopo che i leader ottomani avevano deciso di commettere un genocidio, tre armeni si asserragliarono nella città orientale di Van. La difesa di Van servì all'epoca da pretesto per azioni anti-armene e rimane un elemento cruciale nelle opere che cercano di negare o giustificare il genocidio. Il 24 aprile, centinaia di intellettuali armeni furono arrestati a Costantinopoli. Venne avviata la sistematica deportazione degli armeni, data da una copertura di legittimità della legge di espulsione del 27 maggio. L'Organizzazione Speciale custodiva i convogli di deportazione comprendenti principalmente donne, bambini e anziani che furono soggetti a stupri e massacri sistematici. La loro destinazione era il deserto siriano, dove i sopravvissuti alle marce della morte venivano lasciati morire di fame o di malattie in campi di fortuna. La deportazione fu effettuata solo nelle aree lontane dai combattimenti attivi; vicino alle linee del fronte, gli armeni furono massacrati a titolo definitivo. I vertici del CUP ordinarono le deportazioni, con il ministro dell'Interno Talat Pasha consapevole di mandare a morte gli armeni e assumendo un ruolo di primo piano. In un cablogramma del 13 luglio 1915, Talat affermò che lo scopo delle deportazioni armene era la soluzione finale della questione armena.