Ещё будучи футболистом, он работал тренером молодёжного состава в клубе НЕК. Будучи большим поклонником тренерских методов Вила Курвера, 29-летний Рене поехал в Катар, где работал с Курвером и с молодёжной сборной Катара. Он входил в тренерский штаб сборной Катара для футболистов до 16 и до 17 лет. В 1999 году Мёленстен стал главным тренером катарского клуба «Аль-Этехад» (сейчас клуб называется «Аль-Гаррафа»). В 1999 году, когда «Манчестер Юнайтед» выиграл Лигу чемпионов, Мёленстен выиграл её ближневосточный эквивалент, Кубок арабских наций. В 2000 году он стал главным тренером другого катарского клуба, «Аль-Садд», с которым выиграл Кубок эмира.