В январе 1660 года Михаил Ежи Станиславский принял под своё командование панцирную хоругвь покойного князя Николая Святополк-Четвертинского. 31 августа 1660 года он получил от польского короля Яна Казимира Вазы охранную грамоту, которая должна была его оберегать от судебного приговора за нападение на имение Уланов Станислава Нищицкого. В 1660 году коронный трибунал приговорил его к инфамии. Его имения, в том числе Ключ Дунаевцы, конфискованные ранее, король Ян Казимир передал его шурину, воеводе белзскому Кшиштофу Конецпольскому (ум. 1659/1660), а после смерти последнего их унаследовала его вдова Констанция, сестра Михаила Станиславского. В 1660 году он с собственной хоругвью участвовал в битве под Чудновом. Сеймик Галицкой земли в инструкции для послов на сейм поручил попытаться добиться амнистии для Михаила Ежи Станиславского. 9 мая 1663 года он получил должность каштеляна сондецкого. В 1665 году Михаил Ежи Станиславский стал воеводой киевским и сенатором Речи Посполитой.