En 1805, Austria se unió a la alianza que estaba hasta ese momento compuesta por Gran Bretaña, Rusia y Suecia en el contexto de la Guerra de la Tercera Coalición para liberar a la Holanda y a la Suiza napoleónicas. En agosto de 1805, Francia le pidió a Austria retirar sus tropas del Tirol y del Véneto. El emperador Francisco se negó a las exigencias francesas y Napoleón firmó una alianza con el Reino de España y los soberanos de los estados independientes del sur de Alemania. El 22 de septiembre, después de la invasión de Baviera por parte de Austria, Francia le declaró la guerra al Imperio austriaco y, el 25 de septiembre, Napoleón cruzó el Rin. Después de su victoria en la Batalla de Elchingen, las tropas francesas se empezaron a mover hacia Viena. El 2 de diciembre de 1805, la batalla de Austerlitz se peleó entre Brno y Austerlitz. El ejército conjunto austro-ruso fue vencidó y Napoleón se instaló en el castillo de Austerlitz. Concluyó con una tregua con el emperador Francisco I y se decidió la retirada de las tropas rusas. Esta tercera guerra de coalición finalizó el 15 de diciembre de 1805 con la firma del tratado de Schönbrunn que produjo enormes pérdidas territoriales a Austria. Este tratado de paz conllevo la disolución del Sacro Império ya que Napoleón exigió que Francisco II abdicase. Un año después, la Confederación del Rin fue creada a partir de una iniciativa de Napoleón.