Zwischen 1956 und 1961 wurde Juan Héctor Guidi zudem in insgesamt 37 Länderspielen für die argentinische Fußballnationalmannschaft eingesetzt. Ein Treffer gelang ihm hierbei nicht. Beim Campeonato Sudamericano 1957 in Peru stand er im Aufgebot der argentinischen Auswahl, die die Südamerikameisterschaft mit 10:2 Punkten vor Brasilien für sich entscheiden konnte. Für die Fußball-Weltmeisterschaft im darauffolgenden Jahr wurde er von Nationaltrainer Guillermo Stábile allerdings nicht berücksichtigt.