Varhaisin maininta Milatoksesta on Homeroksen "Iliaan" laivaluettelossa, jossa se esiintyy yhtenä kreetalaisista kaupungeista, joka lähetti laivoja Troijan sotaan. Milatos oli merkittävä siirtokuntien perustaja. Sen perustamaksi esitetetään kreikkalaisessa perinteessä muun muassa Joonian Miletos, joka olisi saanut myös nimensä kaupungista (Milatos on saman nimen doorilainen, Miletos joonialainen muoto). Kreikkalaisessa mytologiassa asuttaminen tapahtui Sarpedonin johdolla. Lyktos tuhosi Milatoksen 200-luvulla eaa.