Sin embargo, rápidamente se vio envuelto en las guerras civiles que sacudieron al país en el siglo XIX: Primero luchó en la Guerra de las Soberanías defendiendo al gobierno de Mariano Ospina Rodríguez, llegando a combatir contras los insurrectos liderados por Juan José Nieto en Bolívar y contra los rebeldes liderados por Tomás Cipriano de Mosquera en Manizales, además de en la batalla de Santo Domingo. En 1864 defendió al gobierno de Pedro Justo Berrío, amenazado por una rebelión liberal ese año. En la Guerra de las Escuelas, por llamado por el Presidente de Antioquia, Recaredo de Villa, se enlistó entre los 14.000 hombres que el gobierno de Antioquia envió a apoyar a los conservadores rebeldes en el Cauca, que combatían a las tropas del gobernador César Conto. En esta contienda fue nombrado prefecto y comandante general de las fuerzas armadas rebeldes al occidente del país.