I 2005 ble det reist sak mot Pamuk for «fornærmelser mot det tyrkiske folk», etter at han i et intervju med en sveitsisk avis nevnte mordene på over en million armenere i 1915–1917 og undertrykkelsen av den kurdiske befolkningen i perioden fra opprettelsen av staten Tyrkia fram til i dag. Anklagene mot Pamuk ble avvist i et rettsmøte 22. januar 2006.