Inzaghi pertama kali membela Italia pada tanggal 8 Juni 1997 menghadapi Brazil. Dia masuk dalam skuat Italia pada Piala Dunia 1998, EURO 2000, Piala Dunia 2002, dan Piala Dunia 2006. Inzaghi adalah top skorer Italia pada kualifikasi Piala Dunia 2002 dan EURO 2004, tetapi pada EURO 2004 ia mengalami cedera sehingga tidak dipanggil.