13 сентября 1847 года Стоун участвовал в штурме Чапультепека, за что получил временное звание капитана. Он участвовал в сражении за Мехико, а затем присоединился к группе, которая поднялась на вулкан Попокатепетль и установила на вершине американский флаг.