Nel luglio del 1943 fu inviato da Himmler in Italia in qualità di Governatore Militare e di Comandante supremo delle SS e della Polizia nel nord d'Italia, con il compito di liberare Benito Mussolini, arrestato il 25 luglio 1943, e assumere il comando del territorio italiano, per cui l'8 settembre 1943 l'OKW tedesco diede corso all'Operazione Achse, l'invasione dell'Italia centro-settentrionale e dei Balcani. Tra i suoi compiti principali rientrava la repressione della Resistenza italiana, i sospetti venivano internati nei campi di concentramento di Fossoli e di Bolzano per il successivo invio in Germania. Il 10 maggio 1944 ebbe un incontro segreto in Vaticano con papa Pio XII, organizzato dal colonnello Eugen Dollmann e dalla nobildonna Virginia Bourbon del Monte allo scopo di evitare spargimenti di sangue al momento del ritiro delle truppe tedesche incalzate dagli alleati ormai sbarcati fin da gennaio ad Anzio.