1938'de gerçekleşen Avusturya'nın ilhakı sonrasında KJÖ için baskı dönemi başladı. Pek çok üye toplama kamplarında tutuklandı, işkence edildi veya idam edildi. Bu dönemde örgüt Avusturya kapsamında savaşa ve nazizme karşı el ilanları yayınladı ve bazı üyeleri gerilla gruplarına katıldı ve Nazi Almanyası'na karşı savaştı.