Στις 22 Ιουνίου 1941, ημερομηνία έναρξης της Επιχείρησης Μπαρμπαρόσα, οι σοβιετικές αεροπορικές δυνάμεις διέθεταν περίπου χίλια αεροσκάφη συνολικά. Τα MiG-3 ήταν αναχαιτιστικά μεγάλου ύψους πτήσης, με συνέπεια να υστερούν σε επιδόσεις έναντι των γερμανικών μαχητικών (στα πρώτα στάδια της σύρραξης το Messerschmitt Bf 109) σε μεσαία και μικρά ύψη, όπου και διεξάγονταν κατά κύριο λόγο οι επιχειρήσεις. Άλλοι σύγχρονοι τύποι σοβιετικών μαχητικών επίσης είχαν ανώτερα πτητικά χαρακτηριστικά σε χαμηλά-μεσαία ύψη. Τον χειμώνα 1941-42 πολλά MiG-3 μετατράπηκαν σε μαχητικά-βομβαρδιστικά, χωρίς ικανοποιητικά αποτελέσματα. Σταδιακά τα εναπομείναντα μαχητικά πέρασαν στις Δυνάμεις Αναχαίτισης, με την όλη δύναμη να καθηλώνεται πριν το τέλος του πολέμου.