Η Ιερουσαλήμ έπεσε το 1099 και οι Σταυροφόροι σταθεροποίησαν τις κατακτήσεις τους ιδρύοντας στην περιοχή τα Σταυροφορικά Κράτη. Στη διάρκεια του 12ου και 13ου αιώνα, έλαβαν χώρα μια σειρά από ένοπλες συγκρούσεις μεταξύ των κρατών αυτών και των ισλαμικών που τα περιτριγύριζαν. Τα αιτήματα για υποστήριξη που έστειλαν τα κράτη αυτά προς τον Πάπα, οδήγησαν σε περαιτέρω Σταυροφορίες, με χαρακτηριστικό παράδειγμα την Τρίτη, η οποία διεξήχθη με σκοπό την ανακατάληψη της Ιερουσαλήμ που είχε καταλάβει το 1187 ο Σαλαντίν (πεθ. 1193). Η Τέταρτη Σταυροφορία παρεξετράπη του αρχικού της στόχου και μείωσε το κύρος του παπισμού. Τα ενετικά πλοία που μετέφεραν τους Σταυροφόρους στους Αγίους Τόπους, άλλαξαν πορεία αποβιβάζοντας τα στρατεύματα στην Κωνσταντινούπολη. Η Πόλη κατελήφθη το 1204, οπότε και ιδρύθηκε η Λατινική Αυτοκρατορία της Κωνσταντινούπολης. Οι Βυζαντινοί ανέκτησαν τον έλεγχο της πρωτεύουσάς τους το 1261, ωστόσο το πλήγμα αποδείχθηκε τόσο μεγάλο που δεν ανέκτησαν ποτέ την παλαιά τους δύναμη. Οι επόμενες Σταυροφορίες ήταν ολοένα και μικρότερης έκτασης και σημασίας και ήταν αποτελέσματα της πρωτοβουλίας συγκεκριμένων βασιλέων όπως ο Λουδοβίκος ο Θ΄ της Γαλλίας σε ό,τι αφορά την Έβδομη και την Όγδοη Σταυροφορία. Αυτές απέτυχαν στο να αποτρέψουν την απομόνωση των Σταυροφορικών Κρατών, τα οποία είχαν πέσει όλα σε μουσουλμανικά χέρια μέχρι το 1291. Το κατ' όνομα μόνον Βασίλειο της Ιερουσαλήμ επιβίωσε με έδρα το νησί της Κύπρου για αρκετά χρόνια ακόμη.