Klasztor i kościół przy ul. Karolkowej zostały zdobyte 6 sierpnia 1944, tj. w drugim dniu rzezi Woli. Ponad dwudziestu zakonników Niemcy zaprowadzili wówczas do składu narzędzi i maszyn rolniczych fabryki Kirchmajera i Marczewskiego przy ul. Wolskiej 79/81 i tam rozstrzelali. Tego dnia oraz w dniach następnych zginęli lub zaginęli bez śladu także pozostali mieszkańcy klasztoru. W czasie rzezi Woli poniosło śmierć łącznie trzydziestu redemptorystów – w tym piętnastu ojców, dziewięciu braci koadiutorów, pięciu kleryków i jeden kleryk nowicjusz.