Australien erkannte Estland als Staat am 22. September 1921 an, nachdem es in den Völkerbund aufgenommen worden war. Vertreten wurde Estland in Australien in den Jahren von 1919 bis 1935 durch das finnische Honorarkonsulat in Sydney. 1935 errichtete Estland ein eigenes Honorarkonsulat in Australien. Dieses Konsulat endete im Jahr 1940 durch die Besetzung entsprechend dem Deutsch-sowjetischen Nichtangriffspakt, durch die Sowjetunion. Es wird berichtet, dass die Aufgaben, die estnische Konsulat wahrgenommen hatte, an das schwedische Konsulat übergeben wurden. Derartige Beziehungen waren nach der Besetzung durch die Sowjetunion als eigenstaatliche diplomatische Beziehungen Estlands nicht mehr möglich. Im Juni 1941 besetzten Truppen der Wehrmacht das Baltikum, darunter auch Estland. In den Jahren 1944/45 drängte die Rote Armee die deutschen Truppen zurück und die Sowjetunion besetzte Estland. Erst nach dem Ende der Sowjetunion konnte sich Estland wieder als Staat konstituieren und diplomatische Beziehungen zwischen Estland und Australien wurden erstmals ab dem 21. November 1991 wieder aufgenommen.