Oorspronkelijk werd hier al in de 14e eeuw een kleine houten kerk gebouwd. De kerk werd voor het eerst in 1412 in een document van de tegenpaus Johannes XXIII. Tijdens de Zweedse Zondvloed werd de houten kerk vernietigd door de Zweedse troepen. Tot de 17e eeuw was de kerk slechts een deelparochie van de Sint-Johanneskathedraal en werd was pas in 1611 een aparte parochie, in het toen nog bestaande dorp Wielka Wola (Nederlands: Groot Wola). Tegenwoordig is Wola een wijk in Warschau. Na de Zweedse zondvloed werd de kerk in 1695 herbouwd door deken Mikołaj Popławski. De kerk werd deels bekostigd door de Koningin Marie Casimire Louise de la Grange d’Arquien. Maar doordat haar man koning Jan III Sobieski in 1696 stierf werden de fondsen bevroren. Hierdoor kon de herbouwde kerk pas in 1755 worden opgeleverd.