בשנת 1990, בעקבות המלחמה בדרום, חברו גורמים מורדים בצפון ובדרום להפלת משטרו של בשיר, גם בקרב כוחות הצבא גילו התנגדות לשלטונו. עקב כך הוקמו יחידות צבאיות בעלות אופי של מיליציות, בהן תומכי החזית הנקראים "צבא ההגנה של העם", כוחות אלה שולבו בצבא ובמשטר. חוגים של אנשי צבא בדימוס שנפגעו מפעילותו של אל בשיר ואף אנשי צבא פעילים שחוו זאת, היו בעלי מוטיבציה גבוהה לשינוי המפה הפוליטית. בגלל יכולתם הגבוהה להשגת כלי נשק וציוד לוגיסטי נעשה ניסיון להפלת השלטון בביצוע הפיכה. ניסיון זה כשל, ועשרות קצינים הוצאו להורג או נאסרו.