Na campanha de 1806, Ney lutou em Jena onde levou suas divisões ao assalto das linhas prussianas, porém, levado pelo seu ímpeto, acabou cercado; sendo salvo graças a intervenção das forças do general Lannes. Ocupou Erfurt, sitiando mais tarde, com sucesso, a cidade de Magdeburg. Na campanha de 1807, Ney chegou com reforços a tempo de salvar Napoleão de uma derrota certa em Eylau; ainda que a batalha tenha terminado de maneira indecisa. Posteriormente, Ney lutou em Güttstadt e comandou com distinção a ala direita dos franceses na Batalha de Friedland.