Auf dem Höhepunkt bestand seine Kuruzen-Armee aus über 60.000 Reitern („Husaren“), die 1704 bis vor Wien marodierten. Allerdings waren sie nur mangelhaft bewaffnet und daher in offener Feldschlacht meist unterlegen, somit zur Guerillataktik gezwungen. Der Aufstand wurde von Frankreich mit Geld und Beratern (Oberst de la Motte, der die Artillerie befehligte) unterstützt, von Truppen konnte aber nach Höchstädt nicht mehr die Rede sein. Rákóczi selbst widmete sich nur ein oder zwei Tage die Woche den Staatsgeschäften und verbrachte seine Zeit auf der Jagd, in frommer Andacht, bei seinen Studien oder mit seinen Geliebten. Seine Frau und seine beiden Söhne lebten als Geisel (aufgezogen unter Vormundschaft des Kaisers) in Wien. Juli 1704 wählten ihn die siebenbürgischen und oberungarischen Stände zu ihrem Führer, am 20. September 1705 wurde er auf dem Reichstag von Szecseny zum Fürsten von Ungarn ernannt. Die Königskrone lehnte er ab mit der Begründung, dahinter müsste eine ausländische Macht stehen. Während des Aufstands bot man die Krone vergeblich den Bayern, Sachsen und Schweden an. Nur mit Peter dem Großen schloss er 1707 ein Geheimabkommen, in dem dieser ihm die polnische Krone anbot, was aber wegen des Verlaufs des Nordischen Krieges ohne Folgen blieb. In Ungarn kam es zu Konflikten mit dem Hochadel über die Befreiung der leibeigenen Bauern, die den Großteil der Kuruzenarmee bildeten, und deren Abwesenheit von den Gütern sowie die Aufhebung der Steuerbefreiung des Hochadels. Davor hatte Rakoczsi den Krieg teilweise aus eigener Tasche, das heißt den Einkünften seiner riesigen Güter, bezahlt.