Im Großen Nordischen Krieg hat sich Kanitz vom 28. Juli bis 21. Dezember 1701 als Oberst bei der Verteidigung der nahe Riga gelegenen Dünamünder Schanze sowie 1703 als Generalmajor gemeinsam mit dem Generalleutnant Röbel bei der Stadt Thorn gegen die überlegenen und letztlich siegreichen Kräfte des Schwedenkönigs Karl XII. hervor. Kanitz geriet in schwedische Kriegsgefangenschaft und wurde erst nach dem Altranstädter Frieden von 1706 aus Stockholm entlassen.