Dato certo è che causa della definitiva rovina di Rodolfo II fu il conflitto da lui avviato contro i turchi. Sordo all'ipotesi di qualsiasi compromesso con il sultano e convinto di poter riunire la Cristianità in una nuova crociata, Rodolfo aprì nel 1593 un conflitto che si protrasse fino al 1606 e fu noto come la Lunga Guerra.