Im Dezember 1529 startete der Konquistador Nuño Beltrán de Guzmán seinen Eroberungsfeldzug gegen die Völker im westlichen Neuspanien. Dabei unterwarf er Jalisco, Zacatecas, Nayarit und Sinaloa. Die rücksichtslose Suche nach Gold und die schlechte Behandlung der einheimischen Indios löste im Frühjahr des Jahres 1540 den Mixtón-Krieg aus. Dieser entwickelte sich zu einem Aufstand gegen die spanische Kolonialmacht und verbreitete sich auch in anderen Regionen Mexikos. Jalisco war in der spanischen Kolononialzeit Teil des Vizekönigreichs Neuspanien. Der Bundesstaat Jalisco entstand nach dem Mexikanischen Unabhängigkeitskrieg 1824. Zu ihm gehörten zu dieser Zeit auch noch die Provinzen Colima, Aguascalientes und Nayarit.