Bei der Londoner Konferenz im Mai 1832 bestimmten die Signatarmächte der Unabhängigkeit Griechenlands, Großbritannien, Frankreich und Russland, Prinz Otto von Bayern zum ersten König von Griechenlands. Die Ankunft von Otto in der griechischen Hauptstadt Nafplio wurde von Makrygiannis enthusiastisch gepriesen. Die Hoffnungen, die er in die neue Regierung setzte, währten allerdings nicht lange. König Otto war minderjährig und bayerische Regenten wurden eingesetzt um an seiner Statt zu regieren. Makrygiannis geriet in Konflikt mit dem Kriegsminister Karl Wilhelm von Heideck für dessen Verhalten gegenüber den Veteranen des Unabhängigkeitskrieges. Die neue griechische Armee hatte keinen Platz für die irregulären Truppen der Kleften. Diese Guerillatruppen bildeten das Rückgrat der griechischen Streitkräfte während des Krieges und Makrygiannis empfand ihren Ausschluss aus der Armee als respektlos. Nicht nur, dass diese Männer vom Dienst in der Armee ausgeschlossen worden waren, man strich ihnen jeglichen Sold und brachte sie damit in finanzielle Schwierigkeiten. Makrygiannis glaubte außerdem, dass der bayrische Premierminister Joseph von Armansperg persönlich für die ernsthaften Probleme des neuen Staats verantwortlich sei. Als Konsequenz daraus zog er sich aus der aktiven Politik zurück.