Результати філогеографічного дослідження вказують на те, що лінія сундського кота розходилася в середньому плейстоцені. Вважається, що населення Борнео поширилося на Суматру та філіппінський острів Палаван після виверження Тоби, коли ці острови були з'єднані під час пізньоплейстоценового заледеніння. Оскільки "P. javanensis" в Палавані й Негросі демонструють низьку генетичну диференціацію, можливо, люди завезли цього кота з Палавана на Негрос та прилеглі острови. На основі наявних даних визнано два підвиди: "P. j. javanensis" і "P. j. sumatranus".