Tammikuussa 2002 Maldinista tuli Paraguayn maajoukkuevalmentaja. Paraguay oli jo aiemmin varmistanut paikkansa MM-kisoissa 2002. Maldinista tuli pestinsä myötä 70-vuotiaana vanhin MM-kisoissa valmentanut päävalmentaja. Ennätyksen rikkoi vasta Otto Rehhagel MM-kisoissa 2010. Maldini luotsasi Paraguayn jatkoon alkulohkostaan, mutta turnaus päättyi pudotuspelien avauskierrokselle niukkaan tappioon Saksalle.