Ojukwu reagierte am 30. Mai 1967 mit der Unabhängigkeitserklärung der Republik Biafra. Für die nächsten 30 Monate war die Eroberung der abtrünnigen Ostregion Gowons vorrangige Aufgabe. Dabei konnte er auf die materielle Hilfe Großbritanniens und der Sowjetunion bauen. Der Krieg, der etwa 100.000 Soldaten und mindestens einer Million Zivilisten das Leben kostete, endete am 12. Januar 1970, als Oberst Olusegun Obasanjo die Kapitulation Biafras annahm.