Etter den tyske invasjonen i april 1940 deltok han som telefonvakt og engelsktolk ved Otto Ruges hovedkvarter. Kapelrud forlot Oslo 9. april og meldte seg til tjeneste på Jørstadmoen. Han reiste 30. april gjennom Romsdalen og Åndalsnes mot Molde sammen med generalstaben. Kapelrud publiserte i 1945 sine erindringer fra aprildagene. Broren Ingolf S. Kapelrud falt ved Rena 19. april. Kapelrud medvirket sammen med Leif C. Rolstad til utgivelsen av Margaret Reids dagbok fra aprildagene.