Isaksen durchlief diverse Nachwuchsnationalmannschaften des norwegischen Verbandes. Im Jahr 2009 debütierte sie in der A-Nationalmannschaft Norwegens, mit der sie an den Europameisterschaften 2009 und 2013 teilnahm und 2013 Vizeeuropameister wurde. Bei diesem Turnier erzielte Isaksen im Gruppenspiel gegen Deutschland am 17. Juli 2013 ihr erstes Länderspieltor.