1 января 1798 года Мур получил звание генерал-майора и почётного полковника 9-го Вест-Индского полка. В том же году участвовал в подавлении республиканского восстания, разгоревшегося в Ирландии. Его личному вмешательству приписывается перелом, наступивший в ходе восстания после сражения при Фолксмиллсе 20 июня и восстановления контроля над городом Уэксфордом, что было сделано до подхода к нему сил под командованием генерала Джерарда Лейка, известного своей жестокостью, и, возможно, предотвратило разорение города. Хотя восстание и было подавлено с большой жестокостью, Мур отличался от большинства других участвовавших в его разгроме военачальников своей человечностью и отказом от суровых наказаний восставших.