Κατά τη διάρκεια των Θρησκευτικών πολέμων που σημάδεψαν το τελευταίο τρίτο του 16ου αιώνα, το παλάτι του Λούβρου χρησίμευε ως τόπος διαμονής της βασιλικής οικογένειας, κυρίως κατά τον γάμο της Μαργαρίτας της Γαλλίας, τον οποίο ακολούθησε η σφαγή του Αγίου Βαρθολομαίου το 1572. Από την εποχή του Ερρίκου Γ', που ξεκίνησε το 1574, το παλάτι του Λούβρου έγινε η κύρια κατοικία του βασιλιά της Γαλλίας και παρέμεινε μέχρι την εγκατάσταση του Λουδοβίκου ΙΔ' στις Βερσαλλίες το 1682.