Ongeveer 70 kilometer ten noordwesten van het plaatsje Vanavara, aan de noordrand van het reservaat, vond op 30 juni 1908 de Toengoeska-explosie plaats. De breedst geaccepteerde verklaring voor deze explosie is de inslag van een meteoriet, die circa 2.250 km² aan bomen ontwortelde en 200 km² aan vegetatie verbrandde. Hoewel de explosie al gebeurde in 1908, vond de eerste expeditie naar het gebied pas plaats in 1927. Er werd een wetenschappelijke basis opgezet ter bestudering van de Toengoeska-explosie, dat in 1980 tot monument werd verklaard. Omdat het gebied sinds het begin van de jaren 70 werd bedreigd door exploratie naar onder meer olie en aardgas, werd besloten het gebied te beschermen. De oprichting van het reservaat hangt dan ook nauw samen met het onderzoek naar de Toengoeska-explosie.