Bei den Afrikameisterschaften 2008 in Addis Abeba siegte Rudisha in 1:44,20 min erneut und stellte dabei einen neuen Meisterschaftsrekord auf. Dagegen verpasste er bei den Weltmeisterschaften 2009 in Berlin den Finaleinzug knapp. Kurze Zeit später, am 6. September 2009, lief er beim Leichtathletik-Meeting in Rieti die 800 m in 1:42,01 min. Damit brach er den 25 Jahre alten Afrikarekord seines Landsmanns Sammy Koskei und setzte sich an den vierten Platz der ewigen Weltbestenliste. In der darauffolgenden Woche gewann er den 800-Meter-Lauf beim Weltfinale in Thessaloniki.