I mars 1990 løsrev Namibia seg fra Sør-Afrika. Etter uavhengigheten var Swartbooi glad for å kunne forlate den sørafrikanske hæren, men ikke like fornøyd med å være uten jobb, dette var årsaken til at han begynte med løping. Etter to-tre uker med knallhard trening, fikk han tredjeplass i sitt første maratonløp med tiden 2:32. Han var kjent for sin aggressive løpestil, hvor han tok teten fra start. Som «frontløper» opplevde han ofte at han ikke klarte å stå distansen fullt ut. Da han tok sølvmedalje på maraton under VM i 1993, ledet han hele løpet inntil Mark Plaatjes passerte han en kilometer før mål.