Seit 1807 herrschte Ali Pascha von Ioannina aus faktisch unabhängig von der Hohen Pforte, obwohl er jährlich einen bestimmten Tribut nach Konstantinopel schickte. Ali Pascha verfügte über eine große Zahl bewaffneter Kämpfer und beherrschte um 1810 Südalbanien, Epirus, Thessalien und das südwestliche Makedonien. Seine Armee umfasste um 1815 ca. 100.000 Mann. Er paktierte mit den Aufständischen der griechischen Unabhängigkeitsbewegung. Für seine Untreue wurde er 1820 von Sultan Mahmud II. geächtet. Im Oktober erschien eine osmanische Armee vor Ioannina. Ali Pascha versuchte im Januar 1821 vergeblich die Belagerung zu durchbrechen und blieb über ein Jahr in seiner Festung eingeschlossen. Am 5. Februar 1822 wurde er bei einem Treffen mit Abgesandten des Kriegsministers Hurschid Pascha auf der Insel im Pamvotida-See ermordet. Seine drei Söhne wurden hingerichtet, seine griechische Frau Vassiliki wurde inhaftiert. Sie starb 1835 in Messolongi. Nach seinem Tod trennte man den Kopf von Ali Paschas Leiche, konservierte diesen mit Salz und sandte ihn nach Istanbul. Dort wurde der Kopf für eine Weile auf den Zinnen des Topkapı-Palast zur Schau gestellt, bevor er in der Nähe des Silivritors außerhalb der Stadt begraben wurde.