כבר בתחילתו לא התקבל הארגון החדש ברצון על ידי "ההגנה", והסתדרות העובדים מנעה עבודה מאלו שבחרו להשתייך אליו. בהמשך התגלע קרע בין מחנה האצ"ל לבין הנהגת היישוב ובין הצדדים שררה עוינות תמידית. בשנות ה-30 עיקר פועלו של האצ"ל התרכז בהגנת יישובים וכן בפעולות חמושות נגד ערביי ארץ ישראל, שהיוו "שבירת הבלגה" כלפי קיומן של פרעות ביהודי הארץ. בכך התבדל האצ"ל מן "ההגנה", שנקטה בקו הגנתי. כשפורסם הספר הלבן של 1939, החל האצ"ל לפעול גם נגד הבריטים, אך כשפרצה מלחמת העולם השנייה החליט האצ"ל שלא להילחם כמקודם בבריטים, וחלק מאנשיו אף התגייסו לצבאות בעלות הברית. חילוקי דעות בעניין שביתת הנשק מול הבריטים פיצלו מתוך האצ"ל ארגון חדש - לוחמי חרות ישראל (לח"י). לקראת סוף המלחמה, לנוכח הידיעות על התחוללות השואה ולנוכח המשך מדיניות הספר הלבן, שהגבילה עליית יהודים לארץ ישראל, הצהיר הארגון על חידוש המאבק המזוין נגד השלטון הבריטי במטרה לגרשו מהארץ ולהקים מדינה עברית עצמאית תחתיו. בשנת 1945 הצטרף האצ"ל אל תנועת המרי העברי ללחימה משותפת נגד הבריטים. מסגרת זו פורקה לאחר פיצוץ מלון המלך דוד ופרישת "ההגנה" מהמאבק המזוין, לעומת האצ"ל והלח"י שהמשיכו בו. בין הפעולות הבולטות ביצע הארגון את הפריצה לכלא עכו ותליית הסרג'נטים. לאחר יציאת הבריטים מהארץ ובזמן מלחמת העצמאות לחמו אנשי האצ"ל בחזיתות שונות, פעולה בולטת הייתה כיבוש שכונת מנשייה ביפו. בעקבות הסכם עם הממשלה הצטרפו ב-1 ביוני יחידות אצ"ל לצה"ל. ב-22 ביוני 1948 פרץ עימות בין הממשלה לאצ"ל על רקע סירוב האצ"ל לקבל את מרות הממשלה והגעת ספינת הנשק של הארגון, אלטלנה, במהלכו הפגיז צה"ל את הספינה. בספטמבר 1948 פורק האצ"ל והארגון נטמע באופן סופי בצה"ל.