De nouveau blessé en 1996, Sotomayor ne dispute que quinze concours dans la saison. Il s'impose à Liévin avec , comme l'année précédente, mais reste bloqué à en mai à Atlanta. Vainqueur des Championnats ibero-américains à Medellin (), ses meilleures performances de l'année se situent cependant bien au-dessous de ses deux principaux rivaux, Charles Austin () et Artur Partyka (). Diminué lors des Jeux olympiques d'Atlanta, le Cubain ne parvient à pas à conserver son titre et ne se classe que onzième de la finale avec un saut à , loin derrière les de Charles Austin. Mais Javier Sotomayor se relance dès l'année suivante en montant sur la plus haute marche du podium des Championnats du monde de 1997 à Athènes avec un bond à (meilleure performance mondiale de l'année), devançant de deux centimètres Artur Partyka et Tim Forsyth. Disputant son sixième concours de la saison seulement, le Cubain devient le premier athlète à remporter deux fois le titre mondial de la hauteur en plein air. Il conclut sa saison par quatre victoires consécutives en meetings, signant à Eberstadt et à Kingston. En 1998 à La Havane, Javier Sotomayor remporte avec son dixième titre national, son premier depuis 1995. Le 20 août, il gagne une nouvelle médaille d'or aux Championnats d'Amérique centrale et des Caraïbes se déroulant à Maracaibo, au Venezuela. Il franchit une barre à , signant pour la dernière fois de sa carrière la meilleure performance de l'année. Toujours embarrassé par des blessures récurrentes au genou et à la cheville, il est contraint d'écourter une nouvelle fois sa saison. Il dispute néanmoins deux compétitions majeures au mois de septembre, la Finale du Grand Prix à Bruxelles, qu'il remporte devant le Suédois Staffan Strand avec , et la Coupe du monde des nations à Johannesbourg, où le Cubain se classe deuxième derrière Charles Austin avec .