Il participe ensuite à la belle épopée islandaise lors du championnat d'Europe 2016. Lors de cette compétition organisée en France, il est titulaire indiscutable et joue cinq matchs. L'Islande créé la surprise en s'extirpant de la phase de groupe, puis en battant l'Angleterre en huitièmes de finale. Skúlason se met en évidence lors du quart de finale disputé face au pays organisateur, en délivrant une passe décisive. Toutefois, l'Islande est éliminée à ce stade de la compétition sur le score sans appel de 5-2.