তাজিকিস্তানের গৃহযুদ্ধ চলাকালে রাশিয়া তাজিক সরকারকে সক্রিয়ভাবে সমর্থন করে এবং ইসলামপন্থী বিদ্রোহীদের ক্রমাগত সাফল্যের মুখে ২৫,০০০ সৈন্য প্রেরণ করে তাজিক সরকারকে পরাজয়ের হাত থেকে রক্ষা করে। ১৯৯৭ সালে রাশিয়া ও জাতিসংঘের মধ্যস্থতায় যুদ্ধের অবসান ঘটে। ২০০৫ সাল পর্যন্ত রাশিয়া আফগান–তাজিক সীমান্ত প্রহরা দেয়ার জন্য তাজিকিস্তানে ১১,০০০ সীমান্তরক্ষী মোতায়েন রেখেছিল। তাজিকিস্তান রুশ-নেতৃত্বাধীন সিএসটিও-এর সদস্য। তাজিকিস্তানে রুশ সামরিক ঘাঁটি বিদ্যমান। ২০১২ সালের অক্টোবরে রাশিয়া ও তাজিকিস্তানের মধ্যে স্বাক্ষরিত একটি চুক্তি অনুযায়ী রাশিয়া ২০৪২ সাল পর্যন্ত তাজিকিস্তানে অবস্থিত রুশ সামরিক ঘাঁটিগুলো ব্যবহার করতে পারবে।