Besonderes Aufsehen erregte Dodik im Zusammenhang mit dem im Jahre 1995 von serbischen Milizen verübten Massaker von Srebrenica, bei dem Tausende erwachsene und jugendliche Muslime ermordet wurden. Im April 2010 leugnete er in einem Gespräch mit der Belgrader Zeitung "Novosti" diesen Völkermord, wie er beispielsweise von der UNO und der EU verurteilt wird. Des Weiteren behauptete er, die Zahl der Opfer habe 3.500 betragen und nicht – wie allgemein anerkannt – etwa 8.000.