Yukarıda sıralanan gelişmelerin ardından, 11 Eylül 1973 tarihinde hükûmete karşı bir askeri darbe gerçekleşti. Yüzlerce Allende yanlısı bu günlerde öldürüldü, binlercesi tutuklandı. Tüm devlet birimleri askeri birlikler tarafından işgal edildi. Tüm yetkileri, cunta lideri olarak General Augusto Pinochet devraldı. Pinochet aynı zamanda donanma, hava birlikleri ve polis teşkilatının da en üst kademedeki yetkilisiydi.