Агани был избран членом-корреспондентом Академии наук и искусств Косово в 1994 году и стал её действительным членом два года спустя. Он участвовал в политических дискуссиях о будущем Косово, работая под началом Ибрагима Руговы в качестве соучредителя и заместителя главы Демократической лиги Косово, в которой заслужил репутацию выдающегося мыслителя и политического стратега. Агани возглавлял албанские делегации на переговорах, предшествовавших Косовской войне 1998—1999 годов, в том числе будучи одним из главных косовских переговорщиков на конференции в Рамбуйе. В качестве одного из главных сторонников идеи ненасилия и примирения, он основал Форум по этническим отношениям с целью содействия диалогу между албанцами и сербами. Косоварский философ Шкельзен Малики впоследствии следующим образом описал роль Агани: