В 1633 году Роберт вступил в  — воинскую часть, которая воевала под командованием полковника во Франции, в армии Людовика XIII. Молодой военный скоро вошёл в доверие кардинала Ришельё, который использовал его в качестве своего шпиона. Ришельё способствовал присвоению Морэя звания подполковника, а также направил последнего в 1638 году в армию ковенантеров. Роберт Морэй, будучи грамотным специалистом в военной технике, в 1640 году получил чин генерал-квартирмейстера шотландской армии, и в ходе Епископских войн 1639—1640 годов между Шотландией, восставшей против короля Карла I, и Англией участвовал во взятии Ньюкасл-апон-Тайна.