Va organitzar l'exèrcit que va anar a Àsia amb el càrrec d'hiparc, i va ser el comandant dels έται̂ροι (Hetairoi), la cavalleria macedònia nativa, rang que era probablement el segon després del seu pare. Va conservar aquest comandament fins a la victòria sobre Darios III de Pèrsia, i encara sovint va rebre comandaments complementaris. Es va destacar a la Batalla del Grànic, a la Batalla de Gaugamela, als setges de Milet i Halicarnàs, i al pas de les Portes Perses ("Pylae Persicae"). L'amistat amb Alexandre semblava forta tot i que el rei havia estat informat del llenguatge sediciós utilitzat pel general contra ell. Quan Alexandre va anar cap a Bactriana l'any 330 aC, va deixar a Filotes endarrere per rendir honor fúnebres al seu germà Nicànor, mentre el rei perseguia a Bessos de Bactriana; al cap de poc Filotes es va reunir amb el rei i junts van arribar a Drangiana.