Warren Gatland lo recuperó para el Torneo de las Seis Naciones 2008. Un renovado Gales logró su segundo Grand Slam. El Seis Naciones de 2009 fue decepcionante, pero para el del año 2010 conservó la capitanía. Debido a una lesión tuvo que pasar el liderazgo a Matthew Rees para el primer partido internacional de otoño ese año. Jones siguió siendo capitán en el choque con Fiyi pero un empate 16-16 y un error crucial por parte de Jones hizo que Gatland le quitara la capitanía para el enfrentamiento con los All Blacks.