Sistani, Irak'ta Baas partisi yönetimi altında birçok Şii din adamının ölümüyle sonuçlanan işkencelerden sağ kurtulmayı başarmıştır. Camii 1994 yılında kapatılmış ve Baas Yönetiminin yıkılmasına neden olan Amerikan işgaline kadar bir daha açılmamıştır. Bu süre zarfında genellikle Necef'teki evinde kalmayı tercih etmiştir. Onun bu davranışı, birçok kişi tarafından işkenceye karşı bir protesto hareketi olarak kabul ederken, başkaları onun Baas partisinin ev hapsi düzenlemelerinden kaynaklandığını ileriye sürmektedir.[""]