Im 17. Jahrhundert besaß Elizabeth Preston, die Frau des James Butler, 12. Earls of Ormonde, der zu diesem Zeitpunkt Lord Lieutenant of Ireland war, die Burg. Butler, der unbeliebt in der Familie war, war Protestant und während der Irischen Konföderationskriege in den 1640er Jahren der Repräsentant von Charles I. in Irland. Butler ging ins Exil nach Dublin, und Kilkenny Castle wurde Hauptquartier der katholischen Rebellen. Das Parlament oder „Supreme Council“ traf sich von 1642 bis 1648 auf Kilkenny Castle. Im Jahr 1650 wurde die Burg von einer Armee unter der Führung von Oliver Cromwell belagert, wobei die östliche Mauer und der nordöstliche Turm beschädigt wurden. Später wurden die verbliebenen Reste der Mauer und des Turmes abgerissen. Nachdem Butler aus dem Exil zurückgekehrt war, baute er die Burg 1661 als ein „modernes Schloss“ wieder auf. Etwa um diese Zeit wurde ein neues Eingangstor an der Südmauer gebaut. Als Vorbild dienten Schlösser aus der Normandie, weshalb Stein aus Caen importiert wurde. Seitdem wird Kilkenny Castle als Schloss bezeichnet.