コモンウェルス成立後の2年間、ランプ議会は不景気とスコットランド・アイルランドの侵略の脅威に晒されることとなった。ところがクロムウェルはニューモデル軍を率いて8月からアイルランド侵略を行い、現地の王党派を撃破していった。翌1650年5月にチャールズ1世の遺児チャールズ2世が大陸からスコットランドへ上陸するとクロムウェルは婿のヘンリー・アイアトンにアイルランドを任せてイングランドへ帰国、7月にスコットランドへ遠征しが勃発、9月3日のダンバーの戦い、翌1651年9月3日のウスターの戦いでスコットランド軍を蹴散らしチャールズ2世を大陸へ亡命させた。1653年までにアイルランドも平定され、クロムウェルと軍は不安の大部分を排除した。