Bei der Verteidigung der Stadt Durrës, die damals Regierungssitz war, gegen aufständische muslimische Bauern wurde Thomson um 5:50 Uhr morgens von einer Gewehrkugel getroffen. Dies führte zu einer arteriellen Blutung, an der er innerhalb einer halben Stunde verstarb. In der Presse zirkulierten verschiedene Versionen, wo er getroffen worden sei. Die italienische „Corriere della Sera“ schrieb, er sei in die Brust getroffen worden. In „The Times“ war vom Hals und im „De Telegraaf“ von der Schulter die Rede. Darüber hinaus soll der Schuss nicht aus der Richtung der Rebellen, sondern aus der Stadt selbst gekommen sein, was zu Spekulationen über eine mögliche italienische Beteiligung führte.