Berchtold kutsuttiin ulkoministeriksi von Aehrenthalin kuoltua 19. helmikuuta 1912, ja hän suostui tehtävään vastahakoisesti. Edeltäjästään poiketen Berchtold joutui ehkäisysotaa Serbiaa ja Italiaa vastaan kannattaneen pääesikunnan päällikkö Franz Conrad von Hötzendorfin vaikutuksen alaiseksi. Berchtold otti päätavoitteekseen Itävalta-Unkarin aseman vahvistamisen Balkanilla ja lopun tekemisen Serbian harjoittamasta suurserbialaisesta proapagandasta, joka uhkasi valtakunnan alueellista yhtenäisyyttä. Ensimmäisen Balkanin sodan alkaessa vuoden 1912 lopulla hän tähtäsi alueen "status quon" säilyttämiseen, mikä osoittautui mahdottomaksi. Sodan jälkeen hän päätti varmistaa, ettei Serbia saisi ainakaan tavoittelemaansa yhteyttä Adrianmerelle. Tämä onnistui tukemalla Albanian itsenäisyyttä, koska se muodosti ”tulpan” Serbian ja meren väliin.