Μεταξύ 1835-1838, ο Μπορύ κάθισε στην Επιτροπή του Γενικού Επιτελείου και είχε εκδοθεί την "Αιτιολόγηση" ("Justification") του 1815 με καινούριο τίτλο "Απομνημονεύματα (Mémoires)" το 1838. Στις 24 Αυγούστου 1839, μια ("Commission d'exploration scientifique d'Algérie") με βάση το μοντέλο που τέθηκε σε εφαρμογή στην Αίγυπτο (1798) και στο Μοριά (1829) σχεδιάστηκε για την Αλγερία που πρόσφατα κατακτήθηκε αλλά οπού η ειρήνη δεν είχε ακόμη αποκατασταθεί. Ο Μπορύ ντε Σεν-Βενσάν, ο οποίος ήταν ένας από τους υποστηρικτές του, έγινε πρόεδρος αυτής της επιτροπής ως Συνταγματάρχης του Γενικού Επιτελείου και πήγε εκεί, συνοδευόμενος από τους συνεργάτες του, για να πραγματοποιήσει τις αναγνωρίσεις, έρευνες, δειγματοληψίες και επιστημονικές εξερευνήσεις του. Έφτασε στις πρώτες μέρες του Ιανουαρίου 1840 στο Αλγέρι και επισκέφθηκε άλλες πόλεις της ακτής. Άφησε την Αλγερία στο πρώτο τρίμηνο του 1842.""