A századot 1916 elején, már az első világháború alatt alapították és február 8-án Fischamendből az olasz frontra, Gardolo repülőbázisára irányították. 1916 májusától Jenő főherceg hadseregcsoportjának alárendeltségébe került. 1917 júliusában átszervezték a légierőt és az egység hadosztály-felderítői feladatokat ("Divisions-Kompanie", Flik 21D) kapott. 1917 október-novemberében a Conrad-hadseregcsoport részeként részt vett a sikeres 12. isonzói csatában, majd 1918 júniusában a 11. hadseregcsoportban a Piave-offenzívában. 1918 szeptemberében az újabb átszervezéskor hadtesthez rendelt repülőszázad ("Korps-Kompanie", Flik 21K) lett és Pergine repülőterére vezényelték át.