בעקבות פציעה בברך בשנת 1963 פרש סאנצ'ס ממשחק פעיל ועבר לאימון אינדפנדיינטה מדיין עד לסוף השנה. בינואר 1964 מונה למאמן הנבחרת עד גיל 20 בצוותא עם אנטוניו חוליו דה לה הוז, שם השיגו את המקום השני בסודאמריקנו. מיד אחר כך, מונה כמאמן-שחקן של קבוצת מיונאריוס והוליך אותה לזכייה באליפות קולומביה ב-1964, שהייתה גם האליפות הרביעית ברציפות של המועדון. באותה שנה פרש סופית ממשחק פעיל. סאנצ'ס מונה שוב למאמן הנבחרת הצעירה ב-1974 ושנה אחר כך קיבל לידיו את אימון הנבחרת הבוגרת, שסיימה כסגנית בטורניר קופה אמריקה 1975.