В августе 1918 года Паничкин вступил в повстанческий отряд Н. И. Махно и был в нём рядовым бойцом и младшим командиром. С января 1919 года служил младшим командиром и командиром взвода в 1-м Новоспасовском полку 3-й Заднепровской бригады Н. И. Махно (в это время махновцы перешли на сторону Красной армии). Участвовал в боях против австро-германских оккупантов, белогвардейских войск генералов А. И. Деникина и А. Г. Шкуро под Таганрогом и Мариуполем. Дважды был ранен. Лечился в госпиталях в городах Никополь, Черкассы, Киев. После выздоровления зачислен на курсы младших командиров при штабе 12-й армии (с октября 1919 г. — школа красных командиров). Член ВКП(б) с 1919 года. В апреле 1920 года назначен начальником пешей разведки в 3-й интернациональный полк 58-й стрелковой дивизии. В мае — июне с этой дивизией участвовал в боях с белополяками на Юго-Западном фронте. Под Киевом был ранен и эвакуирован в госпиталь, после выздоровления с августа исполнял должность помощником командира и командира роты в 11-м запасном батальоне в городе Полтава. В сентябре с маршевой ротой убыл на Южный фронт против войск генерала П. Н. Врангеля. В составе 78-го стрелкового полка 9-й стрелковой дивизии командиром роты принимал участие в боях с врангелевскими войсками в Крыму. В феврале 1921 года с этой же дивизией участвовал в Тифлисской операции по свержению правительства Грузинской демократической республики и установлению советской власти.