В 1996 назначен заместителем Министра внутренних дел Республики Дагестан — начальником милиции общественной безопасности. В августе — сентябре 1999, во время вторжения чеченских и международных боевиков в Дагестан, полковник Омаров с первого дня находился в зоне боёв, руководил боевыми действиями дагестанской милиции и координировал их действия с частями российских войск. Проявил героизм и личное мужество в боях, за что был награждён орденом Мужества.