Con la conquista otomana, el castillo perdió gran parte de su importancia estratégica, a pesar de que fue ocupada por los venecianos durante la guerra turco-veneciana de 1463 a 1479 y, atacado por los caballeros de Malta en 1620. Durante el período de dominio veneciano en el Peloponeso (1687-1715) después de la guerra de Morea, sirvió como sede de un distrito fiscal. Los informes de los gobernadores venecianos en ese momento, sin embargo, descartan a Clemutsi como pequeño en tamaño y apenas habitado. En 1701 el "provveditore generale" Francesco Grimani propuso que se destruyera, ya que estaba demasiado lejos del mar —una preocupación vital para la república de mentalidad marítima— y difícil de defender y, recomendó que Glarentza, para entonces abandonada y en ruinas, fuera reconstruida en su lugar. En 1715, Morea volvió al control otomano y, a principios del , la fortaleza estaba completamente desierta. En 1825, durante la guerra de independencia de Grecia, las fuerzas de Ibrahim bajá de Egipto tomaron el castillo y desmantelaron una parte de sus muros, para que no pudiera ser utilizado por los rebeldes griegos.