アポマトックス郡は、南北戦争の最後の主要な戦域として名を残している（アポマトックス方面作戦参照）。西方へ撤退しようとする南軍のロバート・E・リー将軍と、これを追撃する北軍のユリシーズ・グラント将軍の一連の最後の戦いが行われた（アポマトックス駅の戦い、アポマトックス・コートハウスの戦い）。1865年4月9日、リー将軍とグラント将軍は、当時郡庁（コートハウス）が置かれていたアポマトックス・コートハウス集落にあったウィルマー・マクリーンの家で会見し、リーは降伏した。南北戦争の終わりの始まりとなったこの場所は、「アポマトックス・コートハウス国立歴史公園」 として記念されている。