Goegebeur behaalde enkele medailles bij de Belgische kampioenschappen op de 5000 m en de 10.000 m. In 1988 werd hij indoorkampioen op de 3000 m. Geleidelijk aan stapte hij echter over naar de langere afstanden. In 1993 won hij de Westland Marathon en de Guldensporenmarathon en liep daarbij het minimum voor de wereldkampioenschappen, waar hij opgaf na 25 km. Hij behaalde nadien nog verschillende ereplaatsen op halve en hele marathons.