בשנת 1535 מת אביו, ויואכים ירש את כתר הנסיך הבוחר. אך גם לאחר מות אביו, ולמרות שכאמור, בפועל היה כבר פרוטסטנטי ואף נכח (פברואר 1539) בתפילה הלותרנית הראשונה שהתקיימה בברלין, לא הזדהה רשמית עם מרטין לותר, עד למות חותנו מלך פולין, (1548), ועד לחתימת שלום אאוגסבורג ב-1555. במהלך המלחמה השמלקלדית הוא שמר על נייטרליות, למרות שהרגיש קרוב יותר לראשי ברית שמלקלדן, בהיותו פרוטסטנטי, לאחר לחץ פוליטי מצד הקיסר קרל החמישי.