İşgal sonrasında yoğunlaşan Irak direnişi ile ilgili olarak sorumlu tutuldu. 11 Eylül Saldırılarından sonra hem Afganistan'ın işgali hem de Irak'ın işgalinde komutanlık yapmış olmasının ona verdiği yıpranma ve yorgunluk yüzünden emekli olmaya karar verdiği ve muharebelerin bitiminden sonraki durumla ilgilenmediği iddia edilmektedir. Irak'taki muharebelerin sona ermesinden sonra komuta kademesinde onun hemen altında olan iki yardımcısı olan Generaller Michael Delong ve John Abizaid arasında rekabet yaşandı, komutayı Abizaid'in almasının ardından Delong emekliye ayrılarak tasfiye edildi. Ayrıca Irak'taki boşalan 5. Kolordu komutanlığına getirilen General Ricardo Sanchez'in yeterli deneyime sahip olmadığı öne sürüldü.