Formal kehrte Hermann Fegelein 1940 nach Berlin zurück, wo er eine Dienststelle im SS-Führungshauptamt übernahm. Dort wurde er als „Inspektor der Kavallerie und des Transportwesens“ eingesetzt. Doch bereits im Frühling 1940 kehrte er offiziell in den Kriegsdienst zurück. Am 21. Mai 1940 wurde die in Warschau aufgestellte "SS-Reiterstandarte „Totenkopf“" in zwei Regimenter geteilt, da sie nun auf 12 Schwadronen angewachsen war. Die "SS-Totenkopf-Reiterstandarte 1" stand unter dem Kommando Hermann Fegeleins, die "SS-Totenkopf-Reiterstandarte 2" unter dem Kommando seines Bruders Waldemar. Doch bereits am 12. November des gleichen Jahres wurden beide Standarten wieder vereinigt und unter der Bezeichnung "SS-Kavallerie-Brigade" geführt. Diese wurde dem Kommandostab RFSS zugeordnet und unmittelbar Heinrich Himmler „zur besonderen Verwendung“ unterstellt. Die von Hermann Fegelein kommandierte SS-Kavalleriebrigade war seit dem deutschen Überfall auf die Sowjetunion (22. Juni 1941) in den von der Sowjetunion besetzten ehemals ostpolnischen Gebieten und in der Sowjetunion selbst an sogenannten „Säuberungsaktionen“ beteiligt und ging hier besonders radikal vor. Diese durchkämmte vor allem die Pripjatsümpfe nach Juden, deren Ermordung als „Partisanenbekämpfung“ getarnt wurde. So meldete Hermann Fegelein eine „Erfolgsquote“ von 13.788 Menschen als getötete „Partisanen“; als eigene Verluste führte er zwei Tote und 15 Verwundete an. Von den Ermordeten waren mehr als 90 Prozent Juden. Bis Ende 1941 fielen Fegeleins Kavalleriebrigade rund 40.000 jüdische Männer, Frauen und Kinder zum Opfer.