Le 3e Marines s'est déployé en Irak et en Afghanistan dans le cadre de la guerre mondiale contre le terrorisme. L'un de leurs officiers, Stephen J. Boada, a reçu le Silver Star pour ses actions là-bas. Il est devenu le premier Marine du régiment et d'Hawaï à recevoir l'un des principaux prix de bravoure depuis la guerre du Vietnam. Un sous-officier du 1er Bataillon, 3e Marines, le Cpl Kristopher Kane, a par la suite reçu une Silver Star pour des actions lors de la deuxième bataille de Fallujah. Le régiment a été déployé en Afghanistan à la fin de 2008 en tant que force opérationnelle maritime au sol à usage spécial - Afghanistan (SPMAGTF-A) et est devenu l'équipe de combat régimentaire 3 lors de l'opération Khanjar dans la province de Helmand, et est retourné au Helmand de fin 2009 à mai 2010, date à laquelle il a participé à l'opération Moshtarak.