En 1864, el gobierno federal había llegado a una alianza unificada de gran importancia con Austria, como en la cuestión de Schleswig-Holstein de la guerra germano-danesa, en la que Prusia y Austria, a causa de una cláusula federal, estaban una al lado de otra. Sin embargo, este consenso entre las dos potencias duró poco. En la disputa sobre Schleswig-Holstein en 1866 fueron los alemanes los que iniciaron la Guerra Austro-Prusiana, en la que los austriacos lucharon contra los ejércitos de Prusia y algunos Estados del norte de Alemania, junto a Italia y los Estados del sur, incluyendo Baden, Baviera, Hesse y Wurtemberg. Después de la derrota de Austria, se creó la Confederación Alemana del Norte bajo el liderazgo de Prusia.