יחד עם יאיר מיכאלי, ניר ייצג את ישראל באולימפיאדת מינכן בתחרות המפרשיות מדגם ההולנדי המעופף . השיוטים התקיימו בחופי העיר קיל, 900 קילומטרים ממינכן. מיכאלי וניר השתתפו בשישה שיוטים אך לא לקחו חלק בשיוט השביעי והאחרון עקב טבח הספורטאים במינכן. הם סיימו במקום ה-26. לאחר הטבח ממשלת ישראל החליטה לפרוש מהמשחקים ולהחזיר לארץ את הספורטאים הנותרים. ניר, מיכאלי וההלך הישראלי שאול לדני רצו להישאר עד טקס הנעילה של המשחקים, כדי להראות שהם לא עוזבים "עם הזנב בין הרגליים", אך בסופו של דבר נאלצו להסכים לדרישת הממשלה.