Zu Beginn des Zweiten Weltkrieges erfüllte Ahlfen zunächst eine ähnliche Tätigkeit, unter anderem im "Stab des Generals der Pioniere und Festungen" beim Oberbefehlshaber des Heeres. Ab dem 1. Juli 1940 übernahm er dann das Kommando über das Pionier-Bataillon 40 (mot.) und ab dem 5. Januar 1942 über den Pionier-Regimentsstab 617 (mot.), und wurde am 1. Februar zum Oberst ernannt. Vom 30. Juli 1942 bis zum 1. Juli 1943 fand er Verwendung im Generalstab der Heeresgruppe Don und war anschließend bis zum 5. Oktober 1944 "Pionierführer im Armeeoberkommando Norwegen". Während der sowjetischen Operation Bagration befehligte Ahlfen nur kurz vom 27. Juli bis 16. September 1944 die Pioniere der 9. Armee unter dem General der Panzertruppe Nikolaus von Vormann. Im Oktober 1944 wurde Ahlfen in die Führerreserve versetzt, nahm aber gleichzeitig an einem Lehrgang zum Divisionskommandeur teil und kommandierte ab dem 16. November den "Sperrverband von Ahlfen" bei der Heeresgruppe Don sowie die Pionier-Brigade 70.