Soprattutto nei primi anni della costruzione, l'Albergo fu utilizzato per altri scopi specie dopo il bombardamento navale della flotta francese nel 1684. Qui si rifugiarono i rappresentanti della repubblica genovese trasferendo provvisoriamente all'interno dell'edificio gli antichi e pregiati beni pubblici genovesi quali il tesoro di San Lorenzo e le ceneri di san Giovanni Battista.