В качестве офицера Хукер участвовал в войне с семинолами и в американо-мексиканской войне, где служил в основном на штабных должностях при Закари Тейлоре и Уинфилде Скотте. За штабную работу он получил временные повышения: капитана после сражения при Монтеррей, майора за сражение при Нешенел-Бридж и подполковника за Чапультепек. С 1853 по 1859 гг. из-за ссоры с генералом Уинфилдом Скоттом не состоял на службе. В 1859 г. Хукер стал служить в калифорнийской милиции в звании полковника.