Juanfran gewann mit der spanischen Auswahl die U-19-Fußball-Europameisterschaft 2004 in der Schweiz. Das Finale wurde in Nyon mit 1:0 gegen die türkische Junioren-Auswahl gewonnen. Er spielte ebenso für die U-20 seines Landes bei der Junioren-Fußballweltmeisterschaft 2003 in den Vereinigten Arabischen Emiraten, als er mit seiner Mannschaft erst im Finale den Brasilianern mit 0:1 unterlag. Im Jahr 2005 schied er mit der Mannschaft bereits im Viertelfinale gegen den späteren Turniersieger aus Argentinien aus.