Το 1571 μπήκε στην υπηρεσία του αδελφού του βασιλιά Καρόλου Θ΄, του Φραγκίσκου του Ανζού, ως επικεφαλής της υπηρεσίας αιτημάτων και σύμβουλος. Ο νεαρός δούκας ήταν τότε αρχηγός του κόμματος των "Δυσαρεστημένων", το οποίο συγκέντρωνε τους αντιπάλους της βασιλικής πολιτικής και υποστήριζε τη θρησκευτική ανοχή. Αν και υπήρχαν υποψίες διασυνδέσεών του με τους Ουγενότους, ο Μποντέν επέζησε της σφαγής της νύχτας του Αγίου Βαρθολομαίου (1572). Το 1581, συνόδευσε τον Φραγκίσκο του Ανζού στην Αγγλία για να διαπραγματευτεί το γάμο του με τη βασίλισσα Ελισάβετ. Εκεί, συναντήθηκε με τον διάσημο Τζων Ντη, μαθηματικό, αστρονόμο, αστρολόγο, γεωγράφο και αποκρυφιστή. Εξεπλάγη ευχάριστα μαθαίνοντας ότι το Πανεπιστήμιο του Κέιμπριτζ χρησιμοποιούσε το έργο του "Έξι βιβλία περί Δημοκρατίας", το οποίο τον ώθησε να κάνει μια λατινική μετάφραση για να το καταστήσει πιο προσιτό στους ξένους αναγνώστες. Μετά το θάνατο του δούκα Φραγκίσκου του Ανζού το 1584, ο Μποντέν εγκαταστάθηκε στο Λαν, εργαζόμενος ως επίτροπος στο επαρχιακό δικαστήριο και σύμβουλος του βασιλιά της Ναβάρρας (μελλοντικού Ερρίκου Δ΄), όπου το 1596 πέθανε από επιδημία πανώλης.