Toisen maailmansodan alkuvaiheessa 1939–1940 Vincennesin linna oli Ranskan ylipäällikköinä toimineiden Maurice Gamelinin ja Maxime Weygandin päämajana. Perääntyessään elokuussa 1944 Pariisin vapautuksen yhteydessä saksalaiset joukot tuhosivat osan linnasta räjäyttämällä. Pahoja vaurioita kärsinyt linna restauroitiin sodan jälkeen. Nykyisin linnassa toimii Ranskan puolustusvoimien arkisto Service historique de la Défense.