30 мая 2010 года в товарищеском матче против сборной Северной Ирландии Гутьеррес дебютировал за сборную Чили. В 2011 году в составе национальной сборной страны Фелипе поехал на Кубок Америки в Аргентину. На турнире он был запасным футболистом и не сыграл ни минуты. 17 октября 2012 года в матче отборочного турнира Чемпионата мира 2014 против сборной Аргентины Гутьеррес забил свой первый гол за Чили.