Ohanjan soll als einer der Befehlshaber der 366. Garde-Schützendivision im Februar 1992 am Massaker von Chodschali, bei dem mehrere Hundert aserbaidschanische Zivilisten von armenischen Einheiten getötet wurden, unmittelbar beteiligt gewesen sein. In einer dem nationalen Zentralbüro vom Interpol vorgelegten Liste von 38 armenischen Politikern und Militärangehörigen, denen die aserbaidschanische Seite das Kriegsverbrechen vorwirft, wird Ohanjan als einer der Hauptverantwortlichen aufgeführt. Die massenhafte Ermordung der Zivilbevölkerung in Chodschali bezeichnete Human Rights Watch als das größte Massaker während des Bergkarabachkrieges.