Myöhemmin hänet siirrettiin komppanioineen Pohjois-Pohjanmaan rykmentin 3. pataljoonan 9. komppaniaksi, jonka päällikkönä hän jatkoi. Ahtiainen otti sisällissodassa osaa Vaskiveden, Kurun, Muroleen, Viljakkalan, Ylöjärven ja Epilän taisteluihin, Tampereen valloitukseen sekä rykmentin etenemiseen Savon rintamalta Haminaan.