Największy sukces w karierze Stefan Heythausen osiągnął w 2008 roku, kiedy wspólnie z Marco Weberem i Jörgiem Dallmannem zdobył brązowy medal w biegu drużynowym podczas dystansowych mistrzostw świata w Nagano. Był to jedyny medal wywalczony przez niego na międzynarodowej imprezie tej rangi. Indywidualnie najlepszy wynik osiągnął na rozgrywanych rok wcześniej dystansowych mistrzostwach świata w Salt Lake City w 2009 roku, gdzie był trzynasty w biegu na 1500 m. W 2006 roku brał udział w igrzyskach olimpijskich w Turynie, gdzie zajął 26. miejsce na dystansie 1500 m, a w drużynie był siódmy. Nigdy nie stanął na podium indywidualnych zawodów Pucharu Świata, jednak w drużynie dokonał tego dwukrotnie. Najlepsze wyniki osiągnął w sezonach &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20%C5%82y%C5%BCwiarstwie%20szybkim%202006/2007"&gt;2006/2007&lt;/a&gt; i &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20%C5%82y%C5%BCwiarstwie%20szybkim%202007/2008"&gt;2007/2008&lt;/a&gt;, kiedy zajmował 17. miejsce w klasyfikacji końcowej 1500 m. W 2009 roku zakończył karierę.