W kolejnej dekadzie zaangażował się w Chorwacji w działalność polityczną. W 2003 bez powodzenia kandydował do Zgromadzenia Chorwackiego w Zagrzebiu. W 2005 wystartował w wyborach prezydenckich jako kandydat niezależny. W pierwszej turze głosowania z wynikiem 17,8% głosów zajął 3. miejsce za ubiegającym się o reelekcję Stjepanem Mesiciem i Jadranką Kosor. Boris Mikšić podważał wyniki tych wyborów, badania typu exit poll wskazywały, że zajął 2. miejsce z poparciem około 20% głosujących.