Lo scontro, sempre latente, si mantenne comunque entro i limiti delle tradizionali forme di governo romane, fino al 49 a.C., quando il senato intimò a Cesare di rimettere il suo comando delle legioni che aveva condotto alla conquista delle Gallie, e di tornare a Roma da privato cittadino. Il 10 gennaio, abbandonando gli ultimi dubbi ("Alea iacta est"), Cesare attraversò con le sue truppe il Rubicone dando inizio alla guerra civile contro la fazione opposta. La guerra civile fu combattuta vittoriosamente da Cesare su tre fronti: il fronte greco, dove Cesare sconfisse Pompeo nella battaglia di Farsalo, il fronte africano, dove Cesare riuscì ad avere la meglio sugli "Optimates" guidati da Catone Uticense con la decisiva battaglia di Utica (49 a.C.), e il fronte iberico, dove la battaglia decisiva avvenne a Munda, sull'esercito nemico guidato dai figli di Pompeo, Gneo il Giovane e Sesto. Cesare, avuta la meglio sulla fazione avversa, assunse il titolo di "dictator", assommando a sé molti poteri e prerogative, quasi un preludio della figura dell'imperatore, che però non assunse mai, ucciso alle idi di marzo nel 44 a.C.