В начале сезона 1995/96 Хованец был назначен тренером «Спарты». Под его руководством «Спарта» дважды (в 1996 и 1997 году) становилась чемпионом Чехии. В 1998 году он был назначен главным тренером чешской национальной сборной. Сборная великолепно провела квалификационный раунд чемпионата Европы 2000 года, выиграв все матчи и первой среди всех сборных заняв место в финальной части соревнований. В финальном турнире сборная попала в очень тяжелую группу вместе с Нидерландами и недавним чемпионом мира Францией. Выиграв лишь один матч против Дании, чешская сборная заняла в группе третье место и не смогла выйти из группы и принять участие в четвертьфинале.