Het Scheepvaartkwartier is tijdens het bombardement op Rotterdam in mei 1940 vrijwel gespaard gebleven. Alleen het meest oostelijke blok van de wijk, grenzend aan de Leuvehaven bij het Willemsplein, werd getroffen. Mede door de nog beschikbare huisvesting vormde het Scheepvaartkwartier tijdens de Tweede Wereldoorlog het centrum van de Duitse bezettingmacht in Rotterdam. Aan de Parklaan zaten de Ortskommandant en Feldgendarmerie, aan de Veerhaven de Kriegsmarine, Reichsbahn en Hafenkommandant. De Westzeedijk huisvestte de Sicherheitsdienst. Er was een ziekenhuis (Kriegslazaret), een Duitse middelbare school en een officierscasino. Het huidige Natuurhistorisch Museum was de Rotterdamse basis van de NSDAP, inclusief Hitlerjugend. Aan de kruising ’s Gravendijkwal – Rochussenstraat was 'Brauhaus Monopole' gevestigd, een soort Duitse bierhal in een enorme keet. Sociëteit ‘de Maas’ aan de Veerhaven fungeerde als Wehrmachtheim voor de officieren.