1941年夏，納粹德國佔領立陶宛，「立陶宛臨時政府」成立。臨時政府上台後，復將考納斯大學改回原名「維陶塔斯馬格努斯大學」。後來因為有些立陶宛人拒絕成立黨衛隊，因此納粹政府於1943年3月強制關閉該大學。二次世界大戰結束後，蘇聯又於1944年秋重啟該大學，設立歷史暨哲學院、醫學院、建築學院，及科技學院。1949年，哲學院遷往維爾紐斯大學。該校於1950年10月31日被拆分為考纳斯理工大学和。