Tornò dunque al Liguria, con cui ottenne una promozione in massima serie e una salvezza, l'anno successivo. Nel 1942 Baloncieri fu ricondotto ad Alessandria dal nuovo presidente Pietro Mignone. Allenò i grigi nel campionato di Serie B 1942-1943 e nel Campionato Alta Italia 1944, due tornei resi difficili dagli avvenimenti legati all'evento bellico, che ridussero la rosa e complicarono notevolmente lo svolgimento delle partite. Il 23 aprile 1944, per evitare ai suoi uomini ridotti in dieci la sconfitta a tavolino, scese in campo, a 46 anni, da titolare a Torino, contro i granata, in una gara persa 0-7.