В 1986 году главным тренером сборной Ирландии был назначен Джек Чарльтон. Несмотря на сложные отношения Фрэнка с новым главным тренером сборной, последний сохранил за Стэплтоном капитанскую повязку. Уже в сентябре 1986 года Стэплтон забил потрясающий мяч головой в падении в первом отборочном матче на Евро-1988 против Бельгии на стадионе «Эйзель» (встреча завершилась ничьей 2:2). Он забивал в ворота сборной Болгарии в Софии 1 апреля 1987 года (Ирландия уступила со счётом 2:1), а также ворота сборной Люксембурга на «Лонсдаун Роуд» в сентябре этого же года (Ирландия победила со счётом 2:1).