Em Novembro de 1807, quando ocorre a Primeira invasão francesa de Portugal, Domingos Sequeira está na cidade do Porto porque, após a morte de Vieira Portuense, em 1805, tinha assumido a direcção da Aula de Desenho e Pintura da Academia Real de Marinha e Comércio naquela cidade, responsabilidade que manteve entre 1806 e 1821.