Antes de dirigirse a Grecia, César envió parte de su ejército a luchar contra los partidarios de Pompeyo en Hispania y Galia. Tras conseguir victorias en Ilerda y Massilia, marchó contra Pompeyo. El primer choque, la batalla de Dirraquio del 48 a. C., terminó con una victoria pompeana, pero a esto le siguió una abrumadora victoria por cesariana en la batalla de Farsalia, que obligó a Pompeyo a huir, esta vez a Egipto, donde fue asesinado. A finales del 47 a. C. se libró una nueva batalla en Tapso, donde los partidarios de Pompeyo establecieron su base después de derrotar al lugarteniente de César en el 49 a. C. Fueron derrotados y los supervivientes, incluidos Sexto Pompeyo y Pompeyo el Joven, hijos de Pompeyo, huyeron a Hispania. Allí, en el 46 a. C., se libró una nueva batalla, la de Munda, y volvieron a ganar las tropas cesarianas, lo que puso fin temporal a la guerra.