Die Studentin Kaisa Mäkäräinen begann 2003 mit dem Biathlonsport, nachdem sie vorher bereits im Langlauf aktiv war. Sie startete für "Kontiolahden Urheilijat (Kontiolahti Sport Club)" und wurde anfangs von Tomi Kuutti trainiert. Ende Januar 2004 bestritt sie mit den Juniorenweltmeisterschaften in Haute-Maurienne, wo ein 23. Platz im Einzelwettkampf ihr bestes Resultat war, ihre ersten internationalen Rennen und gehört seit 2004 zum finnischen Nationalteam. Im März 2005 nahm Mäkäräinen in Hochfilzen erstmals bei Biathlon-Weltmeisterschaften teil und erreichte dort als bestes Ergebnis Rang 49, wiederum im Einzelwettkampf. Seit der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202005/06"&gt;Saison 2005/06&lt;/a&gt; startet die Finnin im Weltcup. Nachdem sie in Östersund mit der Staffel Rang 14 belegt und im Sprint als 94. die Qualifikation für das Verfolgung deutlich verpasst hatte, errang sie eine Woche später in Hochfilzen als 29. des Sprints ihre ersten Weltcuppunkte. Am Ende der Saison belegte sie im Gesamtweltcup Rang 62. Im folgenden Winter klassierte sich Mäkäräinen im Weltcup regelmäßig unter den besten 30 und kam Ende Januar 2007 als Siebte des Massenstarts von Pokljuka erstmals unter die besten zehn. Dieses Ergebnis konnte sie bei den Weltmeisterschaften in Antholz bestätigen, als sie Achte im Einzel und Siebte im Massenstart wurde. Im Gesamtweltcup konnte sie sich auf den 27. Platz verbessern.