Em outubro de 1942, a 9.ª Divisão e os esquadrões da Real Força Aérea Australiana na área participaram da Segunda Batalha de El Alamein. Após um longo período de preparação, o 8.º Exército Britânico lançou sua grande ofensiva em 23 de outubro. A 9.ª Divisão estava envolvida em alguns dos combates mais pesados da batalha, e seu avanço na área da costa conseguiu afastar forças alemãs suficientes para a 2.ª Divisão da Nova Zelândia, fortemente reforçada, quebrar decisivamente as linhas do Eixo na noite de 1/2 de novembro. A 9.ª Divisão sofreu um grande número de baixas durante esta batalha e não participou da perseguição das forças do Eixo em retirada. Durante a batalha, o governo australiano solicitou que a divisão fosse devolvida à Austrália, uma vez que não era possível fornecer reforços suficientes para sustentá-la, e isso foi acordado pelos governos britânico e norte-americano no final de novembro. A 9.ª Divisão deixou o Egito para a Austrália em janeiro de 1943, acabando com o envolvimento da Força Imperial Australiana na guerra do norte da África.