בתקופה הפרה קולומביאנית מספר עמים ישבו בשטחה של מדינת וראקרוס ובהם האוטומי והאולמקים, שחיו באזור המהווה כיום את דרום וראקרוס. יש מספר שרידים לתרבויות העתיקות, למשל באל טחין. האצטקים שלטו בחלקים נרחבים באזור החל מהמאה ה-15 עד לבואם של הספרדים בתחילת המאה ה-16. עיר הנמל וראקרוס הייתה העיר הראשונה תחת שליטתו הישירה של כתר ספרד וממנה החל כיבוש האימפריה האצטקית. המחלות שהביאו עימם האירופאים גרמו למוות נרחב, והובאו עבדים מאפריקה כדי לעבד את האדמה. במהלך מלחמת העצמאות של מקסיקו הייתה תמיכה רבה במחוז לעצמאות, ולאחריה נמל וראקרוס נחסם, על ידי הצרפתים ב-1838 ועל ידי האמריקאים במלחמת ארצות הברית–מקסיקו. בירת המדינה הועברה מספר פעמים עד שנקבעה בחלפה ב-1885. לאחר פרשת טמפיקו החליט נשיא ארצות הברית וודרו וילסון לשגר כוחות לווראקרוס, אשר נשארו בה במשך חצי שנה. בתגובה לכך ניתקו שלטונות מקסיקו את הקשרים הדיפלומטיים עם ארצות הברית. נמל התעופה הבינלאומי של וראקרוס נפתח בשנות ה-70.