הנשיא ג'ונסון הבטיח לחברי הקבינט שלו בישיבתם הראשונה ב-15 באפריל שהוא יבצע את תוכניותיו של קודמו לשיקום, תוכניות שהנשיא לינקולן המנוח דן בהם עם סטנטון באריכות. ב-29 במאי 1865 אישר ג'ונסון שני מנשרים: באחד הוא מינה את ויליאם וודס הולדן כמושל הזמני של קרוליינה הצפונית ובשני הוא העניק חנינה לכל אלו שהיו מעורבים במרד מדינות הדרום, עם כמה יוצאים מן הכלל, וזאת בתנאי שהם יסכימו להביע נאמנות ולקבל את החוקים והצווים שנגעו לעבדות. ג'ונסון גם הכיר בממשלתו של פרנסיס האריסון פיירפונט בווירג'יניה, וכן בממשלות של ארקנסו, לואיזיאנה וטנסי, שהוקמו על פי "תוכנית עשרת האחוזים" של לינקולן. בהמשך הציע ג'ונסון את יישומה של תוכנית זו בכמה מדינות דרומיות נוספות.