Bazując na Malcie, Zakon i jego flota brały udział w wielu bitwach morskich przeciwko lub piratom berberyjskim. Zakon wysłał karakę oraz cztery galery, wspomagając Hiszpanów i ich sprzymierzeńców w zdobyciu Tunisu w roku 1535. Okręty Zakonu brały również udział w bitwie pod Prevezą (1538), (1541) oraz bitwie o Dżerbę (1560), w których Turcy triumfowali nad siłami chrześcijańskimi.