El 1984 va ser convocat al Vaticà i sotmès a un judici per la Congregació per a la Doctrina de la Fe, llavors dirigida pel prefecte Joseph Ratzinger (posteriorment escollit papa, Benet XVI), a causa dels arguments exposats en el seu llibre "Església: carisma i poder". Tot i les justificacions presentades, l'any següent va ser condemnat a un «respectuós silenci» ("silentium obsequiosum"). A causa de la pressió internacional, la decisió va ser parcialment revocada el 1986. El 1992, arran d'unes noves amenaces d'acció disciplinària per part del papa Joan Pau II, quan va participar en la Cimera de la Terra, Boff va abandonar l'orde dels franciscans.