Ο βομβαρδισμός της Γιουγκοσλαβίας το 1999 από το ΝΑΤΟ δεν εμπόδισε τη διεξαγωγή του μαραθωνίου εκείνο το έτος, που διεξήχθη στις 17 Απριλίου. Περίπου 40 δρομείς από εννέα χώρες διέσχισαν τη γραμμή τερματισμού σε 3 ώρες, 15 λεπτά και 16 δευτερόλεπτα. Δρομείς υπήρξαν και από χώρες του ΝΑΤΟ, όπως ο Αμερικάνος Σέιν Μπρένσον και οι Μιχαήλ Τουρζίνσκι και Χέινζ Λόρμπερ από τη Γερμανία.