Лучшим достижением Я. Ю. Толкачёвой в составе национальной сборной России стала серебряная медаль проходившего в 2003 году в Дублине (Ирландия) чемпионата Европы на короткой воде (25 м) на дистанции 400 м в комплексном плавании с национальным рекордом 4.35,28 (и участие в финальном заплыве на 200 м в комплексном плавании — 7 место). Годом ранее на проходившем в Москве чемпионате мира на короткой воде Яна стала четвёртой на дистанции 400 м в комплексном плавании. В 2007 году представляла Россию на XXIV летней Универсиаде, проходившей в Бангкоке (Таиланд).