Στις 6 Απριλίου 1941, παράλληλα με την επίθεση στη Γιουγκοσλαβία, οι Γερμανοί στράφηκαν εναντίον της Ελλάδας. Ως τις 27 Απριλίου οι Γερμανοί είχαν καταλάβει την Αθήνα και οι εναπομείνασες ελληνικές και συμμαχικές (κυρίως βρετανικές και νεοζηλανδικές) δυνάμεις αποσύρθηκαν στην Κρήτη. Την οργάνωση της κατάληψής της ανέλαβε ο Λερ, ο οποίος είχε προαχθεί σε Πτέραρχο στις 3 Μαΐου 1941, με το XI Αεροπορικό Σώμα του Στρατηγού των Ιπταμένων Κουρτ Στούντεντ. Στις 20 Μαΐου 1941 οι Γερμανοί αλεξιπτωτιστές ξεκίνησαν την έφοδό τους στο νησί (Επιχείρηση «Ερμής»). Παρά την αποφασιστική αντίσταση που συνάντησαν ακόμα και από τον ντόπιο πληθυσμό, η οποία τους απέφερε βαριές απώλειες (6.000 νεκροί, τραυματίες και αγνοούμενοι και 325 αεροσκάφη), το νησί κατελήφθη την 1η Ιουνίου. Αναγγέλοντας την επιτυχή παρ' όλα αυτά έκβαση της επιχείρησης, ο Λερ δήλωσε με την ημερήσια διαταγή που εκδόθηκε στα στρατεύματά του στις 2 Ιουνίου 1941, πως "«ακολουθώντας τον όρκο που δώσαμε στον Φύρερ και Ανώτατο Διοικητή του Στρατού, είμαστε έτοιμοι να αναλάβουμε νέα καθήκοντα»".