Maaliskuun alussa 2015 Cúperista tuli Egyptin jalkapallomaajoukkueen päävalmentaja. Argentiinalaisvalmentaja luotsasi Egyptin Afrikan mestaruuskisoihin 2017. Egypti oli ennen Cúperin pestiä karsiutunut turnauksesta kolme kertaa perättäin. Cúperin johdolla historiassaan seitsemän mestaruutta voittanut Egypti palasi huipulle ja raivasi turnauksessa tiensä loppuotteluun saakka. Finaalissa Egypti joutui taipumaan Kamerunille 2–1.