Cutremurul din 1838 a vătămat serios biserica. Lăcașul de cult a fost reparat în 1841 de arhitectul Faiser și de antreprenorul Conrad Schwink. În 1871, pictura interioară a fost refăcută de Gheorghe Tattarescu care a alternat diverse motive și decorațiuni din imitație de marmură. În biserică, pe peretele din vest al pronaosului, se află tabloul votiv, unde este înfățișat spătarul Mihai Cantacuzino împreună cu soția sa Maria. Ulterior, în 1895, în timpul reparațiilor supravegheate de arhitectul G. Mandrea, s-a descoperit sub tencuiala exterioară o zugrăveală în frescă, roșu cu negru, care acoperea biserica, și care i-a fost atribuită lui Pârvu Mutu. Bombardamentele din 1944 au afectat din nou biserica, lucrările de refacere și de consolidare având loc în 1949, apoi, între 1950 și 1955 a fost reconstruit turnul – clopotniță de pe pronaos, după proiectul arhitectului Horia Teodoru. Marele cutremur de pământ din 1977 a avariat grav biserica. Restaurarea bisericii Colțea, desfășurată din 2006, a presupus și reconstruirea celei de-a doua turle, cea de deasupra naosului (căzută în urma cutremurului din 1940 și a bombardamentelor din al Doilea Război Mondial). Acum biserica se apropie foarte mult de aspectul pe care l-a avut inițial.