Després d'haver estat atacada sense èxit per tropes portugueses el 1496 i 1501, fou conquerida per Ferran el Catòlic el 1505; quatre anys després serviria de base per a la conquesta de la ciutat d'Orà, geogràficament molt propera, i a la qual romandria unida durant els segles següents. Va seguir en mans espanyoles fins al 1708 (en plena Guerra de Successió espanyola), quan ambdues ciutats van caure en mans del bei otomà d'Alger. El 1732, Felip V de Castella va enviar una expedició de 26.000 soldats sota el comandament de José Carrillo de Barnús, comte de Montemar, el qual recuperà ambdues ciutats. el 1790, un terratrèmol causà grans danys a la ciutat, i dos anys després, Carles IV de Castella ven Mers el-Kebir i Orà al bei turc d'Alger. el 1830, França es fa amb ambdues ciutats, les quals queden integrades en la seva colònia d'Algèria. Mers el-Kebir s'incorpora el 1848 al departament francès d'Orà, un dels tres en què es va dividir la colònia algeriana.