Après la disparition de l'Union soviétique en 1991, le Tom est assigné au sein du groupe Est de la nouvelle deuxième division russe l'année suivante. Se classant septième pour sa première année, il est cependant relégué en 1993 du fait de la réduction du nombre d'équipes dans la division. Le club passe par la suite quatre années au sein du troisième échelon, se classant régulièrement dans les premières places avant de finalement remporter le groupe Est à l'issue de la saison 1997.