Az 1796-os hadjáratban Joubert lett a Bonaparte Napóleon jobb keze. Egy dandárt vezetett Pierre Augereau parancsnoksága alatt a Millesimói csatában és André Masséna vezetésével a Lodi csatában. Részt vett Castiglione-i csatában augusztusban. Hamarosan felkeltette Bonaparte figyelmét, aki dandártábornokká léptette elő 1796 decemberében és sorozatosan fontos feladatokkal látta el. Így ő vezette a tartalék erőt a Adige folyó völgyében a Rivoli csatában. Az 1797-es tavaszi hadjáratban (Ausztria inváziója) ő vezette Bonaparte hadseregének balszárnyát Tirolban, átverekedve magát a hegyeken, hogy csatlakozzanak a stájerországi vezérkarhoz.