Die "John Paul Jones" wurde hauptsächlich im Persischen Golf eingesetzt. Darunter war auch eine Fahrt 2001 mit der "USS Enterprise (CVN-65)", als die Kampfgruppe im Rahmen der Operation Southern Watch eingesetzt wurde. Im Anschluss nahm das Schiff am Afghanistan-Krieg teil und schoss währenddessen BGM-109 Tomahawk auf Ziele in Afghanistan ab.