ハンターがイギリスに戻っていたその当時に、フランス革命戦争が起きた。ハンターは再びボランティアとして100門艦のクイーン・シャーロットに乗った、これは彼の昔からの保護者であるハウの旗艦だった。1794年6月1日、ハウは栄光の6月1日に参戦し、1795年までこの艦を旗艦とした。1793年7月にアーサー・フィリップがニューサウスウェールズ総督を辞任し、ハンターはその年の10月に総督に志願して、1794年1月に総督に任命された。さまざまな遅れが生じて、1795年2月にハンターはやっと出航することができた。ハンターを乗せたは1795年9月7日にシドニーに着き、9月11日に総督に就任した。