Strategisen sijaintinsa vuoksi Samtredialla oli huomattava rooli Georgian levottomuuksissa 1990-luvun alussa: laajalti uutisoidussa välikohtauksessa 26.–30. heinäkuuta 1990 neuvostovastaiset oppositioryhmät tukkivat Samtredian risteyksen ja pakottivat siten Georgian neuvostojohdon ottamaan käyttöön vapaamielisen vaalilain. Maalis–huhtikuussa 1991 risteyksen tukki vuorostaan Zviad Gamsakhurdian uusi hallitus yrittäessään painostaa Neuvostoliiton keskushallintoa. Saarto aiheutti kuitenkin vakavia vahinkoja Georgian taloudelle ja naapurimaa Armenialle, joka oli suureksi osaksi riippuvainen Georgian rautateistä. Myöhemmin vuonna 1993 Samtredia joutui yhdeksi Georgian sisällissodan keskeisimmistä taistelukentistä, jossa syrjäytetylle presidentti Gamsakhurdialle uskolliset joukot ottivat yhteen vallankaappauksen jälkeistä hallitusta kannattavien joukkojen kanssa ja pitivät lyhyen aikaa kaupunkia hallussaan 17.–23. lokakuuta 1993 uhaten kaikkia yhteyksiä Tbilisiin. Vaikka Samtredia on ollut siitä lähtien rauhallinen, Neuvostoliiton kaatumisen jälkeinen kriisi johti syvään taloudelliseen taantumaan, jonka vaikutukset jatkuivat yli vuosikymmenen.