נולד בקסטליאונה (בין מנטובה לברשה) לאביו פרנטה מבית גונזגה, מרקיז קסטליאונה ולאמו מרתה, בתו של ברון פיימונטה מבית דלה רוברה. עקב הולדתו בסערת המלחמות האיטלקיות זכה לחינוך צבאי מגיל צעיר. בגיל שמונה נשלח לפירנצה על מנת להתחנך בביתו של פרנצ'סקו הראשון דה מדיצ'י, הדוכס הגדול של טוסקנה. בהיותו בן תשע חלה במחלות כליות. בהיותו חולה הרבה לקרוא עלילות קדושים ולהתפלל. עם החלמתו נדר נדר פרישות. ב-1579 שב אלויסיוס (לואיג'י) לקסטליאונה, שם פגש את הקרדינל קרלו בורומאו ולאחר ששמע על מעשי המיסיונרים בהודו החליט להיות מיסיונר. הוא פעל בשורות המסדר הקפוצ'יני והמסדר הבנדיקטי בקזאלה מונפראטו כמורה לקטכיזם ואימץ מנהגי סיגוף, אך לא הצטרף כאח פעיל לשום מסדר בשל התנגדות הוריו.