Urodził się w Bussy-le-Grand we Francji w rodzinie Michela i Marie Antoinette Junot. Studiował prawo w Paryżu gdy wybuchła rewolucja. Junot wstąpił do batalionu ochotników by walczyć w obronie młodej republiki; został dwukrotnie ranny i dosłużył się stopnia sierżanta. Napoleona Bonaparte poznał podczas oblężenia Tulonu w 1793 i wkrótce został jego sekretarzem.