В 1996 году Санчес дебютировал за сборную Мекисик. В том же году он в составе национальной сборной выиграл Золотой кубок КОНКАКАФ. Летом того же в составе олимпийской сборной Мексики Франсиско принял участие в Олимпийских играх в Атланте. На турнире он был запасным и на поле не вышел.