A 2008–09-es szezonban egyéni rekordnak számító 25 hivatalos találkozón vett részt, beleértve 5 UEFA-kupa-összecsapást is, a Werder eljutott a döntőjéig, az FK Sahtar Doneck ellen hosszabbításban elvesztett találkozón Niemeyer kezdőként lépett pályára.