Rooney evenaarde op zaterdag 7 januari 2017 Bobby Charlton als topscorer aller tijden van Manchester United. Hij scoorde die dag een keer in een met 4–0 gewonnen wedstrijd in het toernooi om de FA Cup, thuis tegen Reading. Dit was zijn tweehonderdnegenenveertigste doelpunt voor United, in vijfhonderdachtenveertig officiële wedstrijden. Rooney werd op 21 januari 2017 alleenrecordhouder. Die dag maakte hij vanuit een vrije trap de 1–1 (tevens de eindstand) in een competitiewedstrijd uit bij Stoke City, zijn tweehonderdvijftigste doelpunt voor de club. Op 24 mei 2017 won Rooney voor het eerst in zijn carrière de UEFA Europa League, waarin de finale met 0–2 werd gewonnen van Ajax.