Scanlan, im Februar 1915 zum Lieutenant (Oberleutnant) befördert, war unter den ersten Australiern, die am 25. April 1915 auf Gallipoli landeten. Am 8. Mai wurde Scanlan an der Brust verwundet und nach Ägypten evakuiert. Die Rekonvaleszenz dauerte über ein Jahr, so dass er von Ägypten aus sogar nach Australien zurückgebracht wurde. Wieder gesundet wurde Scanlan dem 59. Bataillon zugeteilt, dass in England nach der Schlacht von Fromelles zur Erholung war. Am 1. November 1916 wurde er zum Captain (Hauptmann) befördert und am 20. Februar 1917 zum Major. Er bekleidete einige Posten auf Brigaden- bzw. Divisionsebene bevor er Ende Januar kurz das 57. Bataillon kommandierte. Am 6. Februar wurde Scanlan zum Lieutenant Colonel (Oberstleutnant) befördert und übernahm im Alter von 27 Jahren das 59. Bataillon der Australischen Armee.