Em 2012, foi convocado diversas vezes, mas só atuou em duas partidas: contra a Dinamarca e diante da Argentina, no primeiro jogo do Superclássico das Américas, quando foi capitão da equipe. Em 2013, foi reserva na Copa das Confederações, no Brasil. Em 2014, participou da Copa do Mundo, novamente como goleiro suplente. No dia 11 de outubro, Jefferson conquistou pela terceira vez o Superclássico das Américas, em jogo que defendeu pênalti cobrado por Lionel Messi.