Als Flaggoffizier diente Gortney bereits in mehreren Funktionen im Zuständigkeitsbereich des USFLTFORCOM. Zwischen 2004 und 2006 war er im Range eines Flottillenadmirals als stellvertretender Stabschef für "Global Force Management and Fleet Operations" eingesetzt, anschließend von 2007 bis 2008 unter Beförderung zum Konteradmiral ebenda als Kommandeur des Flugzeugträgers USS Harry S. Truman und der dazugehörigen 10. Flugzeugträgerkampfgruppe (CSG-10), mit der er auch am 2. Irakkrieg teilnahm.