Durant la Première Guerre mondiale, André soutient la politique neutraliste de son frère, au moment où le Premier ministre Elefthérios Venizélos pousse à une intervention militaire en faveur des Alliés. Envoyé en mission diplomatique à Paris et à Londres en 1916, le prince échoue à convaincre les gouvernements de l'Entente que la Grèce n'est pas en train de basculer dans le camp des empires centraux. Considéré comme un ennemi au même titre que Constantin , André est finalement poussé à l'exil par les vénizélistes en 1917. Réfugié en Suisse jusqu'en 1919, il revient dans son pays après le rappel de son frère au pouvoir. André s'engage alors dans la guerre qui oppose la Grèce à la Turquie à propos de la domination de l'Ionie. Engagé dans la bataille de la Sakarya (1921), durant laquelle l'armée hellène est écrasée par celle de Mustafa Kemal, le prince est ensuite considéré comme l'un des responsables de la défaite. Jugé pour désertion en 1922, il est condamné à la dégradation, au bannissement et à la déchéance de nationalité mais échappe à la peine de mort, contrairement aux personnalités victimes du « Procès des Six ».