Петер Расмуссен дебютировал в сборной Дании 7 июня 1989 года в товарищеском матче со сборной Англии, который завершился со счётом 1:1. В 1995 году нападающий, вместе со сборной, участвовал в Кубке короля Фахда 1995, на котором его команда стала победителем турнира, сыграв 3 игры с Саудовской Аравией (2:0), Мексикой (1:1, по пен. 4:2) и финал с Аргентиной (2:0). В матчах с Мексикой и Аргентиной Петеру удалось забить по голу.