Ο απόηχος της αποτυχίας επίτευξης των αλυτρωτικών ελληνικών στόχων με συμβατικά μέσα κατά τον ελληνοτουρκικό πόλεμο του 1897 και η δυναμικότητα της εξέγερσης του Ίλιντεν ώθησαν Έλληνες στρατιωτικούς και διπλωμάτες να προσπαθήσουν να βρουν διέξοδο μέσω της αναβίωσης του ηρωικού πνεύματος του '21 με τις μεθόδους του ανταρτοπολέμου. Το 1904 ιδρύθηκε στην Αθήνα μια κατ' όνομα ιδιωτική οργάνωση, το Μακεδονικό Κομιτάτο, που λάμβανε ηθική και υλική υποστήριξη από την ελληνική κυβέρνηση. Έλληνες αξιωματικοί απομακρύνθηκαν από τις μονάδες τους για να λάβουν μέρος στον Αγώνα και το ελληνικό προξενείο της Θεσσαλονίκης έγινε το οργανωτικό κέντρο του. Το φθινόπωρο του 1904, ένας αξιωματικός του ελληνικού στρατού, ο Παύλος Μελάς σκοτώθηκε στη Στάτιστα, επικεφαλής ανταρτοομάδας κατά την τρίτη του περιοδεία στην υπό οθωμανική κυριαρχία Μακεδονία. Ο θάνατος του Μελά κατά το πρότυπο του παραδοσιακού «παλληκαριού» τον κατέστησε εθνικό ήρωα, εξώθησε πολλούς εθελοντές να ακολουθήσουν το παράδειγμά του και κατέστησε αδύνατο για τις ελληνικές κυβερνήσεις να παραβλέψουν το ζήτημα. Από το 1904 ως το 1908 σώματα της ΕΜΕΟ συγκρούστηκαν με ελληνικές αντάρτικες ομάδες, ντόπιων σλαβόφωνων συνταγμένων με την ελληνική πλευρά (που αποκαλούνταν υποτιμητικά από τους αντιπάλους τους «γραικομάνοι») και εθελοντών από την ελεύθερη Ελλάδα (κυρίως την Κρήτη), πλαισιωμένων από έμπειρους αξιωματικούς και επιτελικούς του Ελληνικού Στρατού. Τα ελληνικά σώματα κατάφεραν να υπερισχύσουν, αναχαιτίζοντας τη βουλγαρική δραστηριότητα στη νότια και κεντρική Μακεδονία.