Perang Turki Agung yang berakhir dengan kekalahan Uthmaniyah pada tahun 1699 membawa kemorosotan besar di wilayah Eyalet ini. Selepas Perjanjian Karlowitz, wilayah ini dipecahkan menjadi empat buah sanjak (tiga daripadanya juga berkurang dari segi saiz) dan dua belas kekaptenan. Sebelum Perjanjian Passarowitz, 28 buah kekaptenan ketenteraan diasaskan, lebih separuh daripadanya berada di sepanjang perbatasan. Pentadbiran ketenteraan seperti ini berdasarkan Perbatasan Ketenteraan Austria di sebelah sempadan yang bertentangan. Pada tahun 1703, kedudukan pasha dipindahkan daripada Sarajevo ke Travnik, di sebabkan Sarajevo telah musnah dalam kebakaran semasa perang; dan tidak dipindahkan semula sehingga tahun 1850.