En noviembre de 2006 el juez argentino Rodolfo Canicoba Corral emitió una orden de arresto internacional contra Rezaee, 6 iraníes y 1 libanés en conexión con el atentado del 18 de julio de 1994 contra el centro cultural judío AMIA en Buenos Aires, Argentina, que causó 85 muertos y 151 heridos. Esto ocurrió 2 años después del bombazo terrorista contra la Embajada de Israel en Buenos Aires. En 1998, el hijo de Rezaee, Ahmad Rezaee, desertó hacia Estados Unidos, donde contó a los oficiales que el ataque a la embajada israelí en Buenos Aires fue planeado en Teherán. Le contó a las autoridades estadounidenses que él acompañó a su padre al Líbano para ser testigos del entrenamiento; Ahmad Rezaee retornó a Irán después de un corto tiempo y declaró que sus afirmaciones sobre el involucramiento de su padre en el atentado fueron infundas. Mohsen Rezaee es recurrente en la lista de los más buscados de la Interpol por cargos de “crímenes contra la vida y la salud, vandalismo y daños” por el caso del atentado contra a AMIA, por lo que rechazó esas alegaciones diciendo: “Esos cargos son mentiras” según Los Angeles Times de junio de 2009.