Quan va esclatar la Guerra de Kosovo a l'estiu de 1998, Arkan va ser avisat perquè ordenés als seus oficials i a soldats que s'unissin a l'exèrcit i a la policia en la lluita contra l'Exèrcit d'Alliberament de Kosovo (ELK), però no va ser personalment allà a supervisar la situació. Abans que el pitjor del conflicte comencés Arkan va visitar Kosovo en diverses ocasions com a oficial del govern, intentant pacificar els albanesos i donar aparença de seguretat i esperança als serbis. Tanmateix, se l'acusa d'exercir un paper militar durant l'Operació Força Aliada.