Учился в Ягеллонском университете в Кракове. При Станиславе Августе Понятовском находился на дипломатической службе. В 1790-1791 годах входил в состав польского посольства под руководством Петра Франтишека Потоцкого в Стамбуле. В 1792 году принял участие в русско-польской войне. В 1807 году после создания Наполеоном Герцогства Варшавского Станислав Малаховский за собственные средства собрал кирасирский полк и стал его командиром в чине полковника. Был награждён польским орденом воинской доблести. В 1809 году участвовал в польско-австрийской войне, в 1812 году принимал участие в московской кампании Наполеона Бонапарта. Попал в русский плен.