In het laatste jaar van de oorlog was Morgen SS rechter in Breslau. Na de oorlog werd hij door de Amerikanen in Internierungslager Dachau vastgehouden. Hier zat hij gevangen met andere nazi's, waaronder personen die hij zelf vervolgd had. Hij was een belangrijke getuige bij de processen van Neurenberg, waarin hij door de verdedigers van de SS werd opgeroepen. In zijn getuigenis beschreef hij het concentratiekamp Buchenwald schier als idyllische plek. Op de vraag of de SS een criminele organisatie was geweest, beweerde Morgen dat de opdracht om het vernietigingskampen Sobibor, Treblinka en Belzec te bouwen, niet was goedgekeurd door Heinrich Himmler, maar door Hitler zelf. Ook verklaarde Morgen onder meer dat de geruchten dat Ilse Koch in Buchenwald lampenkappen van menselijke huid had laten maken onbewezen. Morgen getuigde ook in het Amerikaanse proces tegen Oswald Pohl in Neurenberg in 1947-1948 en in het West-Duitse Auschwitzproces in de jaren 60 in Frankfurt am Main.