Kun Kaarle-herttuasta tuli Ruotsin kuningas vuonna 1600, hän aloitti oikeudenkäynnit vastustajiensa, Sigismundin ja Flemingin, kannattajia kohtaan. Hannu Laurinpoika vangittiin nopeasti ja saatettiin oikeuden eteen. Hän yritti vedota aatelisjuuriinsa tuomion lieventämiseksi, mutta tarvittavat todisteet puuttuivat, koska venäläiset olivat polttaneet asiakirjat Pitkän Vihan aikana. Hannu Laurinpoika tuomittiin kuolemaan vuonna 1601. Hänen teloituksensa tarkka päivämäärä on tuntematon, mutta hänet todettiin kuolleeksi 14. lokakuuta 1601 Hämeenkyrön käräjillä ja vaimonsa Kirstin mainitaan leskeksi. Tuomionsa vuoksi hän menetti tilansa Osaralla ja Inkulassa.