Va ser elegit futbolista de l'any sub-19 de Dinamarca de l'any 2007 i futbolista de l'any de Dinamarca l'any 2009. Kjær ha jugat més de 70 partits amb Dinamarca, incloent-hi la Copa del Món de futbol de 2010 i 2018 i la Copa Europa de la UEFA de 2012.