Compresa nel territorio di Squillace, verso la fine del XV secolo fu infeudata ai Borgia, da cui prese il nome, che è l’italianizzazione dello spagnolo Borja. Devastata nuovamente durante un’invasione turca, nella prima metà del '500, venne riedificata poco dopo in una zona più sicura e salubre per concessione del Principe di Squillace Giovan Battista Borgia nel 1547. Nel XVIII secolo fu ceduta alla nobile famiglia De Gregorio e in seguito venne completamente distrutta dal terremoto del 1783 che decimò fortemente la popolazione e distrusse gran parte del paese ricostruito a seguito tramite la cassa sacra, istituita per la ricostruzione dei centri distrutti dal terremoto, non lontano dal precedente sito. Borgia venne ricostruita e progettata dall'architetto Vincenzo Ferraresi che scelse un territorio pianeggiante con un’impostazione che seguiva le nuove idee illuministe conferendo alla cittadina l’attuale assetto di moderno centro urbano.