В годы Первой мировой войны Армянская церковь в Турции понесла потери вместе со всем армянским населением страны. Массовые избиения армян происходили с конца XIX века, а 24 апреля 1915 года начался Геноцид. Духовенство полностью разделило судьбу народа. Преобладающее большинство епархий Константинопольского патриархата и Ахтамарский католикосат прекратили существование. Киликийский престол, находившийся до 1922 года в Сисе, ценой больших усилий был возрождён в 1930-х годах католикосом Сааком II с центром в монастыре Антилиасе близ Бейрута. Для обеспечения существования Киликийского католикосата под его юрисдикцию при поддержке Католикоса всех армян был передан ряд епархий, относившихся к армянскому Иерусалимскому и Константинопольскому патриархатам.