Бахонар завършва основно училище в Керман. През 1953 г. заминава за ислямското училище Ком и е в класа на Рухолах Хомейни, лидер на иранската революция. Получава докторска степен по теология от университета в Техеран. Също така е член на академичния състав на университета и преподава религиозни уроци и теология.