Der Lange Türkenkrieg (1593–1609) entvölkerte und ruinierte Siebenbürgen; nach dem Frieden von Zsitvatorok 1609 konnte sich das Land unter einer Reihe reformierter Fürsten erholen. Gabriel Bethlen (reg. 1613–1629) gewährte Juden und den oberungarischen Hutterern das Ansiedlungsrecht in Siebenbürgen. 1660 fiel in Zusammenhang mit den Streitigkeiten um Fürst Georg II. Rákóczi letztmals ein osmanisches Heer in das Land ein. Nach verheerenden Auseinandersetzungen geriet Siebenbürgen wieder unter osmanische Herrschaft, behielt jedoch seine innere Autonomie und – aufgrund der religiösen Toleranz oder Gleichgültigkeit der Osmanen – auch seine Religionsfreiheit. Im Frieden von Karlowitz (1699) musste das Osmanische Reich offiziell auf seine Ansprüche in Siebenbürgen verzichten. Mit dem Frieden von Sathmar wurde 1711 die österreichische Kontrolle endgültig etabliert. Siebenbürgen wurde von Gubernatoren verwaltet. 1765 wurde das Großfürstentum Siebenbürgen proklamiert und in ein österreichisches Kronland umgewandelt. Durch eine Urkunde Kaiserin Maria Theresias vom 2. November 1775 wurde Siebenbürgen weitgehend autonom und von eigenen Fürsten nach eigenen Gesetzen regiert.