De John F. Kennedy nam in 1990 deel aan de 4 juli-vieringen in Boston. In augustus werd het onverwacht gemobiliseerd voor deelname aan Operation Desert Shield. Het schip opereerde tijdens de Eerste Golfoorlog in de Rode Zee. In 1991 werden vanaf de Kennedy 114 luchtaanvallen gelanceerd tegen Irak waarbij 2900 vliegtuigen opstegen vanaf het schip. Na die oorlog keerde het schip weer naar de VS voor reparaties en onderhoud. Ook werden aanpassingen gedaan voor het nieuwe &lt;a href="F/A-18E/F%20Super%20Hornet"&gt;F/A-18E/F Super Hornet&lt;/a&gt;-gevechtsvliegtuig.