陰謀論在歷史上跟偏見、獵巫、战争、种族灭绝存有密切關係。恐怖袭击的肇事者往往对陰謀論深信不疑。提摩太·麥克維、安德斯·布雷维克，乃至納粹德國、苏联、土耳其等地的政府都以陰謀論去合理化自己的行為。南非政府在陰謀論的推動下進行了艾滋病重估运动，導致約330,000人因艾滋病而死。與2020年美國總統選舉結果有關的陰謀論致使人們冲击美国国会大厦。赞比亚政府因相信转基因食品阴谋论，而在饥荒期間拒绝粮食援助——当时赞比亚有300万人在挨饿。陰謀論也是公共卫生的一大障礙。它導致人們反對疫苗接種和饮水加氟等提升公共卫生水平的措施，跟疫苗可預防疾病的流行有一定關係。陰謀論的影響還有使人們對科学证据的信任下降、令极端主义团体更為激进、意识形态固化、損害经济。