Попри клубні успіхи, у збірній Італії Манчіні так і не став гравцем твердої основи, зігравши за збірну 36 матчів і забивши всього 4 голи, один з них — дуже важливий у ворота збірної ФРН, на Євро-1988. Кар'єра Манчіні у збірній завершилася після конфлікту з головним тренером команди Арріго Саккі, коли той повідомив, що не гарантує Манчіні місця в команді, яка вирушала на чемпіонат світу в США.