Il 12 agosto 2009 ha segnato una doppietta nel primo tempo dell'amichevole contro i campioni d'Europa in carica della , doppietta che ha portato la Macedonia in vantaggio di due gol, risultato poi ribaltato nel secondo tempo dagli spagnoli, vincenti per 3-2. Grazie a questi due gol, Pandev ha superato Gjorgji Hristov e si è issato al primo posto della classifica di marcature per la squadra macedone.