לי נכנע עם צבא צפון וירג'יניה ב-9 באפריל 1865, בבית מקלין בכפר אפומטוקס קורט האוס. במחווה שאינה מסורתית וכסימן לכבוד אותו רחש גרנט ללי ובציפייה לחזרתן השלווה של מדינות הקונפדרציה אל האיחוד, הורשה לי לשמור על חרבו ועל סוסו טרוולר. תנאי הכניעה שהכתיב גרנט גם כלפי צבאו של לי היו נדיבים, במטרה למנוע לחימת גרילה מצד אנשי הדרום. ב-14 באפריל 1865 נרצח הנשיא לינקולן בידי ג'ון וילקס בות', אוהד הדרום, שתכנן לרצוח שורה של אנשי ממשל בכירים. לינקולן נפטר למחרת בשעות הבוקר המוקדמות, ואנדרו ג'ונסון הפך לנשיא, בינתיים, נכנעו כוחות הקונפדרציה לאורך הדרום עם הגעת החדשות על כניעתו של לי.