Popitz ble av 20. juli-konspiratorene rundt Claus von Stauffenberg tiltenkt rollen som finans- og kulturminister. Etter at attentatet 20. juli mislyktes ble Popitz dagen etter arrestert og 3. oktober 1944 dømt til døden av Folkedomstolen under ledelse av Roland Freisler. Dommen ble fullbyrdet 2. februar 1945.