Ateenan 2004 olympialaisten finaalissa harjoituskumppani Kelly Holmesille kärsittyä tappiota voidaan pitää Mutolan uran "historiallisena" käännekohtana. Mutola jäi lopulta kisassa neljänneksi. Neljäs hän oli myös Helsingin MM-kisoissa 2005. Monet luulivat Mutolan parhaiden päivien olevan ohi, mutta 2006 Moskovan MM-hallikisoissa hän palasi jälleen voittajaksi ja vei nimiinsä seitsemännen 800 metrin hallimaailmanmestaruutensa. Samana vuonna hän sijoittui Kansainyhteisön kisoissa kolmanneksi ja Afrikan mestaruuskilpailuissa toiseksi.