Mekonnen deltog vid VM 2007 i Osaka där han slutade på 11:e plats i försöken på 1 500 meter vilket inte räckte för vidare avancemang. Hans stora genombrott kom när han blev världsmästare inomhus vid VM i Valencia 2008 på tiden 3.38,23. Ursprungligen blev Mekonnen diskvalificerad men Etiopiska friidrottsförbundet överklagade beslutet och Mekonnen fick rätt och blev guldmedaljör