ธงชาติแบบแรกสุดของนิวซีแลนด์นั้น เริ่มมีมาตั้งแต่ก่อนที่ดินแดนนี้จะเป็นอาณานิคมของสหราชอาณาจักร โดยเป็นแบบธงที่บรรดาหัวหน้าเผ่าเมารีเผ่าต่าง ๆ ได้ประชุมกันเลือกขึ้นมาเมื่อปี พ.ศ. 2377 ลักษณะเป็นธงขาวรูปกางเขนแดง (ธงเซนต์จอร์จ) มีรูปกางเขนอีกรูปหนึ่งและดาว 4 ดวงบนพื้นน้ำเงินที่ช่องมุมธงบนด้านคันธง ส่วนธงตามรูปแบบธงเรือของสหราชอาณาจักรเริ่มใช้หลังการจัดตั้งอาณานิคมนิวซีแลนด์ในปี พ.ศ. 2384 โดยธงอาณานิคมแบบแรกนั้นใช้เป็นธงเรือราชการของอาณานิคม เมื่อปีพ.ศ. 2410 ธงเรือพื้นสีน้ำเงิน มีอักษร "NZ" สีแดงขอบขาวที่ด้านปลายธง ธงแบบปัจจุบันเริ่มใช้มาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2412 รวมถึงได้กำหนดธงเรืออาณานิคมประเภทต่าง ๆ ในคราวเดียวกันนั้น ภายหลังจาการเข้าร่วมสงครามบูร์ครั้งที่สอง ในช่วงระหว่างนั้นธงอาณานิคมได้มีการประกาศใช้ธงอีกแบบซึ่งเป็นธงรหัสสัญญาณอาณานิคมของบิลล์เมื่อปี พ.ศ. 2442 รวมถึงธงสหภาพชนเผ่าเมารีแห่งนิวซีแลนด์ ใช้เป็นธงสำหรับชนเผ่าเมารี หลังจากนั้น 3 ปี สมเด็จพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 7 มีพระบรมราชานุญาตให้อาณานิคมแห่งนี้มีธงชาติประจำดินแดนของตน โดยเลือกแบบธงในยุค พ.ศ. 2412 นำกลับมาใช้อีกครั้งหนึ่ง ด้วยเหตุผลที่มีความเกี่ยวข้องกับการรำลึกถึงเหล่าทหารกล้าที่เข้าร่วมสงครามบูร์ครั้งที่สอง เมื่อวันที่ 24 มีนาคม พ.ศ. 2445 ซึ่งได้กำหนดเป็นธงชาติของนิวซีแลนด์อย่างเป็นทางการ ส่วนธงรหัสสัญญาณอาณานิคมของบิลล์ ใช้เป็นธงเรือแห่งชาติอย่างไม่เป็นทางการ