Haxthausen wurde von 1799 bis 1801 in der Familie des Dichters Friedrich Leopold zu Stolberg-Stolberg in Münster erzogen, mit der seine Halbschwester Therese, verheiratete Droste zu Hülshoff Kontakt im Rahmen des Kreises von Münster hatte. Er studierte Rechtswissenschaften und Medizin an der Universität Münster und ab 1801 in Prag; er lebte seit 1803/1804 in Böhmen. Nach vorübergehender Übernahme der Dompräbende in Osnabrück wandte er sich dem Studium der Orientalistik in Paris, Göttingen und Halle zu. Als Angehöriger des „Tugendbundes“ um Wilhelm von Dörnberg, an dessen Verschwörung gegen die Franzosenherrschaft im Königreich Westphalen er 1810 beteiligt war, musste er nach England flüchten, wo er unter dem Decknamen „Dr. Albrock“ als Arzt wirkte, und nahm als Adjutant des Generals Ludwig von Wallmoden-Gimborn am Befreiungskrieg teil. In Paris und beim Wiener Kongress kam er unter anderem in Kontakt zu Ernst Moritz Arndt, Sulpiz Boisserée, Joseph von Laßberg und Joseph Görres. Beim Wiener Kongress gehörte er mit Laßberg zu den Gründern der geheimen Adelskette. 1825 verheiratete er sich mit Elisabeth (Betty) von Harff-Dreiborn (Schleiden), mit der er zunächst in Köln lebte. Ihr Erbe ermöglichte ihm die finanzielle Sanierung der Familiengüter, deren Verwaltung er anschließend übernahm.