Luego de la independencia total sudamericana del dominio español, Urdaneta obtuvo el grado de general. Todavía bajo las órdenes de Sucre, participó en la batalla del Portete de Tarqui, en medio de la Guerra grancolombo-peruana, en la cual el Mariscal Sucre le encomienda la misión de hostigar los puntos más avanzados de los peruanos llegados a los campos de Tarqui. La misión fue exitosa, en la cual arremetió ferozmente contra los peruanos obligándolos a retirarse hasta la población de Saraguro, a la que incendió por ayudar a la invasión.