לאחר סיום השלטון הבריטי ב-1952, האו"ם החליט לצרף את הקולוניה לשעבר תחת שלטון פדרטיבי לאתיופיה בראשות היילה סלאסי. בפדרציה, אסמרה לא הייתה עוד הבירה אלא אדיס אבבה, במרחק של יותר מ-1000 קילומטר משם, והשפה הלאומית שונתה מתיגרינית לאמהרית. ב-1961 החליט הקיסר סלאסי לסיים את ההסכם ה"פדרטיבי" ולהפוך את אריתריאה למחוז ה-14 של האימפריה האתיופית. בעלת הברית הגדולה ביותר של אתיופיה אז הייתה ארצות הברית. בין 1943 ל-1977 שכן בעיר מתקן של צבא ארצות הברית. מלחמת העצמאות של אריתריאה פרצה ב-1961 ונגמרה ב-1991 ותוצאתה הייתה עצמאות אריתריאה. אסמרה לא סבלה מנזק במהלך המלחמה בהשוואה לרוב האזורים הגבוהים במדינה. העיר הפכה בחזרה להיות בירת המדינה כאשר אריתריאה זכתה בעצמאותה.