Sin embargo la unión no benefició a Singapur que se vio envuelta en conflictos raciales entre la población malaya y los inmigrantes chinos, la insurgencia comunista y la tensión militar entre Indonesia y Malasia. El 9 de agosto de 1965 la expulsión de Singapur se somete a votación en el Parlamento de Malasia, finalizando con un aplastante 126-0 a favor. Ese mismo día, Lee Kuan Yew anunció en una conferencia de prensa televisada que Singapur era una nación soberana e independiente.