Ellison-Macartney wurde bei den Unterhauswahlen 1885 vom Wahlbezirk "Antrim South" gewählt und zog als konservatives Mitglied in das House of Commons ein. 1886 war er an der Gründung der Irish Unionist Party beteiligt, für die er sich in der Folgezeit als Whip betätigte. 1890 wurde er zum Sekretär der Admiralität, einem damals wichtigen Posten in der britischen Regierung, ernannt. Den Posten musste er 1900 nach einer Regierungsumbildung wieder abgeben, wurde aber mit einer Mitgliedschaft im Privy Council entschädigt. 1897 heiratete er Ettie Myers Scott, eine Schwester des Polarforschers Robert Falcon Scott, den Ellison-Macartney später immer wieder unterstützte; noch auf seiner Expedition zum Südpol bezeichnete Scott ihn in Briefen als „brick“ (Pfundskerl).