В 2004 году он покинул Аргентину и перешёл в колумбийский «Онсе Кальдас». В составе нового клуба Хонатан дебютировал в Кубке Либертадорес. Он стал обладателем трофея, а финале он помог обыграть свой предыдущий клуб «Бока Хуниорс». В том же году Фаббро не смог забить в серии послематчевых пенальти Межконтинентального кубка против португальского «Порту» и «Онсе Кальдас» уступил. По окончании сезона Хоанатан и без особого успеха выступал за мексиканский «Дорадос де Синалоа», бразильский «Атлетико Минейро» и чилийский «Универсидад Католика».