Lepidus war ein Sohn des Manius Aemilius Lepidus, der 66 v. Chr. Konsul war, und stand, wenn man eine bei Appian überlieferte Episode auf ihn bezieht, im Bürgerkrieg nach Caesars Tod zunächst auf der Seite der Triumvirn. Etwa 40–38 v. Chr. ist Aemilius Lepidus durch die Legende von ihm geprägter Münzen (Kistophoren) als Proprätor im Osten des Reiches bezeugt, also im Herrschaftsbereich des Marcus Antonius. Dies passt zur Angabe bei Appian, dass ein „Barbula“ auf der Seite des Antonius bei Actium kämpfte und nach der Schlacht zeitweilig in die Sklaverei geriet, bis er von Octavian, dem späteren Augustus, begnadigt wurde.