Lahoud bertugas di bawah Jenderal Michel Aoun pada tahun-tahun akhir dari Perang Saudara Lebanon (1975-1990). Setelah diberlakukannya gencatan senjata yang ditengahi oleh Liga Arab, Lahoud menyebrang ke Beirut barat yang dikuasai oleh Suriah. Seorang perwira militer Maronit dibutuhkan untuk mengambil alih posisi komandan AD untuk Beirut Barat. Lahoud ditawari posisi tersebut berdasarkan pemerintahan Lebanon yang disetujui oleh Perjanjian Taif 1989. Menurut satu sumber, Lahoud memiliki hubungan dengan pejabat AD Suriah yang sangat berpengaruh, Ali Hammoud, yang merekomendasikan dirinya untuk tugas tersebut yang diterimanya dengan cepat. Dia bertugas dalam banyak pos di militer, termasuk panglima AD dari 1989 sampai 1998, dan kemudian mencalonkan diri sebagai presiden pada 1998, setelah konstitusi diubah untuk memungkinkan panglima AD mencalonkan diri hanya setelah tiga tahun menjabat posisi tersebut.