Stephan Kronthaler wurde bereits mehrmals in das Aufgebot der deutschen Nationalmannschaft im Nachwuchsbereich (U17 bis U20) berufen. In seinem ersten Auftritt im Deutschland-Trikot bei der World U-17 Hockey Challenge 2009 gelang ihm in fünf Spielen noch kein Scorerpunkt, bei der Eishockey-Weltmeisterschaft der U18-Junioren der Division I 2010 zeichnete er in fünf Spielen für vier Assists und ein Tor verantwortlich und schaffte mit der Mannschaft den Aufstieg in die Top-Division. Bei der U18-Junioren-Weltmeisterschaft 2011 - es konnte der Klassenerhalt gesichert werden - war der Landshuter Kapitän der Nationalmannschaft. Im Zuge der U20-Junioren-Weltmeisterschaft der Division IA 2012, an der Kronthaler ebenfalls teilnahm, glückte der Mannschaft der Aufstieg in die oberste Division. Beim Turnier der Top-Division ein Jahr später belegte Kronthaler mit der U20-Nationalmannschaft den neunten Platz.