In 1440 verenigden de adel en de Hanzesteden Danzig, Thorn en Elbing zich tot de Pruisische Bond, die tegen de Orde in opstand kwam en in 1454 de hulp van Casimir IV van Polen inriep. De hiernavolgende Pools-Pruisische Dertienjarige Oorlog (1454-1466) eindigde met een Poolse overwinning. In de Tweede Vrede van Thorn (1466) verloor de Duitse Orde met Pommerellen, Kulmerland, Ermland en de rebellerende steden Danzig (Gdańsk), Thorn (Toruń), Elbing (Elbląg) en Mariënburg (Malbork) het gehele westen van Pruisen aan Polen. De Duitse Orde behield het oosten, maar moest daar sindsdien Polen als leenheer erkennen. Het afgestane gebied, sindsdien Koninklijk Pruisen genoemd, kwam ongeveer overeen met de latere provincie West-Pruisen. De zetel van de Orde werd na de annexaties verplaatst van Mariënburg naar Koningsbergen, dat tot 1945 de hoofdstad van Oost-Pruisen zou zijn.