Hannah Mather wurde als Tochter von Samuel Mather, einem kongregationalistischen Geistlichen, und Hannah Hutchinson geboren. Sie war ein Nachkomme der Mather-Dynastie, die in Neuengland von Richard Mather (1596–1669) gegründet wurde, durch seinen Sohn Increase Mather (1639–1723) und seinen Enkel Cotton Mather (1663–1728), alles prominente puritanische Geistliche, die in die wichtigen religiösen und politischen Themen ihrer Zeit verwickelt waren, einschließlich der Hexenprozesse von Salem und der Kontroverse über die Impfung gegen Pocken. Der Bruder ihrer Mutter war Thomas Hutchinson, Gouverneur der Province of Massachusetts Bay in den Jahren vor der amerikanischen Revolution. Sie erbte ein Porträt des Gründers der Mather-Dynastie. Sie wuchs in einer religiösen Umgebung auf und hatte ihr Leben lang starke religiöse Überzeugungen. Ihr Vater war ein gebildeter Mann, der an die Wichtigkeit der Bildung von Frauen glaubte, was Grundlage für ihre Gedanken zu den Rechten der Frauen war. Sie erhielt eine umfassende Ausbildung in Sprachen, Geschichte, Theologie und Literatur. Die große Bibliothek im Hause wurde nach dem Tod des Vaters von ihr übernommen und sie setzte sie für ihre Bildungsprojekte für Frauen ein.