Az észak-itáliai forradalom kezdetén március 18-án Bresciában felkelés tört ki az osztrák uralom ellen. Schwarzenberg március 24-én eljutott Cremába, ahol csapataival egyesült a császári főhadsereggel, és visszatért Veronába. Május 6-án megsebesült a Santa Lucia-i csatában. 1849-ben a novarai csatában kitüntette magát. 1849. október 16-án katonai és polgári kormányzó lett Milánóban. A következő évben, 1850-ben, december 18-án kapta meg a IV. Hadtest parancsnokságát, majd 1851. április 29-én Erdély katonai és polgári kormányzójává nevezték ki. Szolgálatának elismeréseként 1852. december 16-án elnyerte az Aranygyapjas rendet, majd 1854. április 24-én előléptették táborszernaggyá. A herceg 1858-ig Erdélyben tartózkodott, amelyet súlyos betegsége miatt április 6-án el kellett hagynia, és Karlsbadba ment gyógyulni. 1858 június végén súlyos betegen érkezett Bécsbe, és rövidesen meghalt.