Kelly nahm mit der irischen U-20-Nationalmannschaft an der Junioren-Weltmeisterschaft 2003 teil. Er kam in allen drei Vorrundenpartien zum Einsatz, verpasste das Achtelfinale gegen Kolumbien (2:3) aber aufgrund einer Gelbsperre. 2006 debütierte er in der irischen A-Nationalmannschaft in einem Freundschaftsspiel gegen Chile.