Historici en archeologen waren over het algemeen minder te spreken. Gibson werd ervan beschuldigd verschillende Meso-Amerikaanse beschavingen, stijlelementen en periodes door elkaar te hebben gehaald; zo was de klassieke Mayacultuur zoals die in de film te zien is al honderden jaren voor de komst van de Spanjaarden in verval geraakt. Ook was er veel kritiek op de weergave van de mensenoffers en andere wreedheden, zowel qua de hoeveelheden als de manier waarop in de film geofferd wordt. In de film worden de slachtoffers, nadat hun kloppend hart eruit gehaald werd, ook nog onthoofd, terwijl er geen aanwijzingen zijn dat de Maya's die methode ook echt gehanteerd hebben. Ook zijn in "Apocalypto" massagraven te zien, die in werkelijkheid niet bij de steden zijn aangetroffen. Door veel Maya-massagraven te associëren met de Guatemalteekse Genocide die hun volk in de jaren '80 trof, wordt Gibson tactloosheid en racisme verweten. Dergelijke beschuldigingen werden ook geuit wegens de weergave van de komst van de Spanjaarden aan het eind van de film, die de indruk zou moeten geven dat de Europese verovering voor de Maya's heilzaam is geweest, zeker daar Gibson bekendstaat als een overtuigd katholiek. Ten slotte werd de scène met de zonsverduistering niet als geloofwaardig geacht, daar de Maya's in staat waren die te voorspellen. De scène doet hiernaast erg denken aan een sleutelscène in "De zonnetempel", een strip uit de "De avonturen van Kuifje".