1758 року — призначений губернатором Нью-Джерсі. Змушений керувати провінцією під час франко-індіанської війни, в цілому зберігаючи позитивні відносини із законодавчою асамблеєю. 1760 року — Бернарду довірили пост губернатора провінції Массачусетс-Бей. У цій колонії відносини із законодавчою владою у Френсіса були натягнутими. Вже найперші дії нового губернатора повернули частину колоністів проти нього, а його негативна реакція на протести проти спроб парламенту обкладати колонії податками ще більше погіршили становище. Після чергових виступів в 1768 році Бернард почав просити в метрополії додаткові війська. 1769 року — губернатора зняли з поста після публікації кількох заміток в пресі, які негативно характеризували діяльність Бернарда.