Am «Weltklasse Zürich»-Meeting vom 29. August 2008 beendete Maria Mutola ihre internationale Karriere. Anschließend kehrte sie zum Fußballsport zurück, den sie bereits als 14-Jährige und noch vor Beginn ihrer erfolgreichen Laufbahn als Leichtathletin betrieben hatte. In der Saison 2009/10 spielte sie beim Johannesburger Verein Luso Africa in Südafrikas erster Frauenliga, in der folgenden Saison bei den Mamelodi Sundowns in Pretoria. Im September 2011 gab sie mit 39 Jahren als Spielführerin ihr Debüt in der mosambikanischen Nationalmannschaft beim Fußballturnier der in Mosambik ausgetragenen Panafrikanischen Spiele. Dabei erzielte sie das einzige Tor für ihr Team, das nach zwei Niederlagen bereits in der Vorrunde ausschied.