Летом 1903 года был в Брюсселе на II съезде РСДРП вместе с делегатом Бакинского комитета Б. М. Кнунянцем. Поддержал на II съезде централистские идеи Ленина, ратовавшего за необходимость строгой партийной дисциплины. года был кооптирован в состав ЦК РСДРП. В конце 1903 года, уязвлённый ленинской критикой в связи с деятельностью бакинской нелегальной типографии, Красин начал активно осуждать Ленина как за стремление поставить под свой контроль центральный печатный орган, так и за желание единолично доминировать в ЦК. В конце 1903 и в 1904 году Ленин обвинял Красина в предательстве. Расхождения между Красиным и Лениным касались прежде всего политики.