En 1920, le mouvement des Jeune Boukhariotes demande l'intervention moscovite pour la libération du Khanat de Boukhara, inspiré par ses voisins de Khiva. Le , la république soviétique populaire de Boukhara est établie lorsqu'Alim Khan quitte la région. Le parti communiste boukhariote dut faire face à deux crises concernant son personnel. Premièrement, les combats face à la Révolte basmatchi dirigée par le fonctionnaire ottoman Enver Pacha puis la purge de 1923 démet le dirigeant boukhariote Sultan Galiev puis de toute l'administration de la république à la demande de Ian Roudzoutak. Ceci malgré l'indépendance officielle de celle-ci face au pouvoir soviétique. Suite à celle-ci, des réformes économiques similaires à celles mises en place en Khorezm sont entreprises. Celle-ci mènent à l'établissement d'une république soviétique en septembre 1924. Celle-ci est de courte durée puisque le mois suivant, le comité central soviétique vote l'abolition des entités soviétiques d'Asie centrale. Tout comme la RSP de Khozerm, Boukhara est divisé entre les nouvelles RRS ouzbèke et turkmène.