Ascendido a general de brigada, fue nombrado prefecto y comandante general del departamento de Lima. Se encargó interinamente del Ministerio de Guerra, entre 1859 y 1860, cuando el presidente Castilla y su ministro de Guerra, general Juan Antonio Pezet, marcharon a la campaña del Ecuador. Pasó luego a ser prefecto del Callao (1860) y, por tercera vez, ministro de Guerra (1861-1862).