Louhisaaren omistajat asuivat linnassa 1600-luvun lopulla ja 1700-luvun alussa hyvin vähän. Isonvihan aikana linna vaurioitui venäläisjoukkojen ryöstelyn takia, rappeutui ja oli asumaton. Sitä alettiin kunnostaa vasta vuonna 1738, jolloin sen sai sivuperintönä omistukseensa karoliini, vapaaherra, eversti Klaus Hermaninpoika Fleming (1685–1766). 1700-luvulle tultaessa aatelisten edustustarpeet olivat muuttuneet ja kolmannen kerroksen juhlatilojen merkitys vähentynyt, koska tarvetta muodollisiin seremonioihin ei enää ollut. Louhisaaren kolmas kerros oli muuttunut vanhanaikaiseksi. Tulevat uudistustoimet kohdistuivat linnan toisen kerroksen asuintiloihin ja kolmas kerros säilyi kohtalaisen hyvin 1600-luvun asussa. Karoliini Klaus Flemingin poika ja Louhisaaren rakennuttajan amiraali Herman Flemingin pojanpojan poika, hovijunkkari Herman Klaunpoika Fleming (1734–1789) korjautti linnan toisen kerroksen sellaiseksi, että asuintilat soveltuivat myös edustustiloiksi. Kerroksen ikkunat uusittiin rokokootyylisiksi ja ne varustettiin ikkunaluukuin. Huoneisiin tuli rintapaneelit ja 1600-luvulta peräisin olevat kattopalkit laudoitettiin piiloon. Korjaus- ja uudistyöt valmistuivat vuonna 1761. Louhisaaren linna eli loiston aikaa. Hovijunkkari Fleming oli naimisissa kolmasti ja hänellä oli avioliitoistaan yhteensä 14 lasta. Samoihin aikoihin Herman Flemingillä oli myös toinen rakennushanke: hän rakennutti omistamaansa Lempisaaren kartanoon uuden päärakennuksen, joka valmistui 1767.