25 декабря 1991 года Алиев был назначен начальником Управления МВД Азербайджана по Карабахской области. Впоследствии он был повышен в звании до генерал-майора и занял должность министра обороны Азербайджана 24 февраля 1992 года, в период эскалации Карабахской войны и за два дня до Ходжалинской резни. Алиев сменил на этом посту временного министра Шахина Мусаева, который в то время был ещё и начальником Генерального штаба Вооружённых сил Азербайджана. Мусаев временно возглавил министерство после того, как предыдущий министр обороны Таджеддин Мехтиев был уволен 17 февраля 1992 года из-за неспособности удерживать фронт и потери стратегических для Азербайджана деревень Киркиджан, Малыбейли, Ашагы Кушчулар, Юхары Кушчулар и Карадаглы, перешедших под контроль армянских войск.