Styrken, der var direkte underlagt "The Confederate Army's Departement of East Tennessee", opererede mest i det østlige Tennessee og det vestlige North Carolina. Ved en enkelt lejlighed var styrken dog deployeret til Shenandoahdalen i Virginia. Her begyndte Thomas igen at opbygge sin legion og nåede op på 1.200 mand (hvoraf 400 var cherokesere), som nu koncentrerede sig om at beskytte lokalområdet. Thomas førte krig på indianernes måde, som defensiv guerillakrig, hvor man udførte overraskelsesangreb på de fjendtlige styrker og så hurtigt forsvandt tilbage i bjergene. Dette gav ofte anledning til, at legionen blev betragtet som kujoner af fjenden, der var vant til at to hære stillede sig op overfor hinanden og marcherede fremad. Der findes flere rapporter fra nordstatsofficerer, hvor de hævder at have besejret Thomas’ Legion, men som regel var det kun mindre enheder af legionen, der havde sammenstød med nordstatshæren, og Thomas Legion, som var North Carolinas eneste legion, blev aldrig endeligt besejret af nordstaterne, og da Robert E. Lee overgav sin Army of Northern Virginia ved Appomattox Courthouse, den 9. april 1865 (den begivenhed, der traditionelt betragtes som borgerkrigens afslutning), fortsatte legionen kampene. Den 6. maj affyrede legionen, hvad der skulle blive de sidste skud i krigen, øst for Mississippifloden, nær byen White Sulphur Springs ved grænsen til Virginia.