In den Nachwirren des schmalkaldischen Krieges wurde Königsbronn im Zweiten Markgrafenkrieg durch die Truppen des Markgrafen von Brandenburg-Kulmbach, Albrecht Alcibiades, 1552 völlig zerstört. Das Kloster wurde 1553 evangelisch und von den katholischen Mönchen verlassen. Im Jahr 1556 richtete Herzog Christoph von Württemberg im Kloster, wie in den 12 anderen großen Männerklöstern in Württemberg, eine evangelische Klosterschule ein. Berühmte Schüler waren z. B. Nicodemus Frischlin und der akademische Lehrer Johannes Keplers Michael Mästlin. Durch das Restitutionsedikt von 1629 sollte Königsbronn wieder katholisch werden, was aber auf den Widerstand der Bevölkerung stieß. Nach dem Dreißigjährigen Krieg 1648 wurde Königsbronn endgültig württembergisch und evangelisch.