Durante la Guerra de los Treinta años (1618-1648), la ciudad fue asaltada y tan solo 4000 ciudadanos lograron sobrevivir a la serie de asesinatos, violaciones y saqueos a los que fue sometida la ciudad (Saqueo de Magdeburgo) gracias a que solicitaron refugio en el interior del templo. El pastor principal, Reinhard Bakes, suplicó por la vida de sus fieles a Johann Tserclaes, conde de Tilly. La catedral sobrevivió a los incendios que sufrió la ciudad y fue dedicada nuevamente al culto católico. Sin embargo, tras la salida de Magdeburgo de las tropas católicas del conde de Tilly, la catedral fue saqueada y las coloridas vidrieras destruidas. La ciudad de Magdeburgo perdió 20 000 ciudadanos durante la guerra, que acabó con tan solo 400 habitantes. La ciudad pasó a formar parte de Brandeburgo y fue transformada en una fortaleza.