У 90-я гг. крызіс, які ахапіў народную гаспадарку Беларусі пасля распаду СССР, парушэнне гаспадарчых сувязяў паміж суб'ектамі гаспадарання былых саюзных рэспублік, а таксама распад некалі адзінай навуковай і інфармацыйнай прасторы негатыўна адбіліся на дзейнасці беларускіх вучоных. Навукоўцы Інстытута эканомікі пачалі даследаванні па стварэнню тэарэтычных асноў развіцця беларускай эканомікі ва ўмовах развіцця рыначных адносін, у тым ліку даследаванні праблем рэфармавання адносін уласнасці, гаспадарчага механізму кіравання рэгіянальнай эканомікай, фінансава-крэдытных адносін, эканамічнай ацэнкі і механізму выкарыстання рэсурснага патэнцыялу рэспублікі, сацыяльна-эканамічнай рэабілітацыі забруджаных у выніку катастрофы на Чарнобыльскай АЭС тэрыторый і інш. У гэты перыяд удалося апублікаваць шэраг калектыўных і індывідуальных прац, у тым ліку: