В 1782 году коммодор Хотэм был с лордом Ричардом Хоу при снятии осады с Гибралтара Во время так называемого «испанского вооружения» 1790 года он поднял свой флаг уже как контр-адмирал красной эскадры. К 1791 году стал вице-адмиралом, держал флаг на "HMS Britannia". В качестве заместителя лорда Худа в Средиземном море, с августа 1793 года, воевал против флота революционной Франции, а когда командующий в декабре вернулся в Англию, командование Средиземноморским флотом перешло к нему. 12 марта 1795 года провел нерешительный бой при Генуе, основная тяжесть которого легла на капитана Нельсона. Несколько месяцев спустя, 13 июля 1795 года, теперь уже полным адмиралом, вновь встретился в бою с французским флотом при Йерских островах на этот раз в условиях, обещавших решительную победу; об этом бое Нельсон написал домой: «несчастное дело».