В 1966 году, после переворота в Сирии, в ходе которого от власти было отстранено Национальное руководство Баас, партия фактически раскололось на две самостоятельные организации — так называемую просирийскую и фракции, каждая из которых позиционирует себя в качестве законного преемника оригинальной партии и имеет отделения в различных странах. Первая партия правит Сирией и в настоящее время, тогда как иракское крыло было отстранено от власти в 2003 году, но сохраняет влияние в рядах иракской оппозиции.