Після розпаду СРСР і здобуття незалежності Таджикистаном, була організована збірна Таджикистану нового скликання. Свої перші матчі збірна провела в 1992 році. Першою грою збірної Таджикистану став матч проти збірної Узбекистану (2:2), в рамках Кубку Центральної Азії 1992 ініційований ФІФА. Ці матчі офіційно зареєстровані ФІФА на основі того, що збірній Таджикистану було дозволено з 1992 року брати участь в турнірах, що проводяться під егідою ФІФА. На розіграші цього турніру в форматі ліги, збірна Таджикистану після другого туру відмовилася від участі в турнірі, через фінансові труднощі. У 1993 році збірна не проводила жодного матчу через розпал в Таджикистані громадянської війни і фінансових труднощів. У 1994 році Таджикистан був офіційно прийнятий до АФК і ФІФА. У 1995 році збірна також не проводила жодного матчу. Протягом 1990-х років збірна виступала нерегулярно через громадянську війну і брак фінансів. Зокрема, повністю пропущені сезони 1995, 2001 і 2002 років.