Sau khi xảy ra vụ tấn công khủng bố ngày 11 tháng 9, 2001 tại thành phố New York và thủ đô Washington, "John F. Kennedy" cùng với đội tác chiến của nọ được lệnh hỗ trợ cho Chiến dịch Noble Eagle (Đại bàng Cao quý), thiết lập một vùng an ninh không phận dọc theo bờ biển Đại Tây Dương, bao gồm cả Washington, D.C. Con tàu được tách khỏi hoạt động Noble Eagle vào ngày 14 tháng 9, 2001. Trong sáu tháng đầu năm 2002, máy bay xuất phát từ "Kennedy" đã ném 31.000 tấn bom và rocket xuống các mục tiêu của phe Taliban và al Qaeda nhằm hỗ trợ cho Chiến dịch Tự do Bền vững.