吴廷琰在1957年的外交访问获得了热烈的回应，但是，澳大利亚对南越却日益感到不满。随着时间的推移，澳大利亚和美国的媒体开始更多地关注他独断专行的统治和宗教偏见，特别是在1963年佛教徒危机爆发、以及释广德标志性的自焚之后。经过6个月的内乱，吴廷琰于1963年在政变中被杀，并且这时仍然支持他的外国盟友已是寥寥无几。西贡确认新的领导班子后，对抗共产党的战争升级，澳大利亚派出地面部队——其中还有应征入伍的军人——支持南越，但20世纪50年代一度形成的两党合作也瓦解冰消。中间偏左的澳大利亚工党开始同情共产党，党魁亚瑟·卡尔韦尔在1967年南越总理阮高祺来访前强烈谴责对方是“法西斯独裁者”和“屠夫”，阮高祺当时还是越南共和国空军司令和军政府首脑。这次访问引起了许多争议，但还是取得了成功。虽然部分媒体和公众对阮高祺有敌对情绪，但他的应对仍然卓有成效。然而，随着战争的破坏性变得越来越强，死亡人数日积月累，澳大利亚国内的反战情绪也相应增长。彼得·爱德华兹和副手吉姆·凯恩斯（）曾引领多场大规模反战抗议活动。1972年，以反战为纲领的工党赢得联邦大选，爱德华·高夫·惠特兰将澳大利亚國防軍撤出战场并承认越南民主共和国，这反过来又让他赢得选举。1975年4月西贡陷落后，惠特兰开始拒绝南越难民前来避难。由马尔科姆·弗雷泽领导的澳大利亚自由党谴责惠特兰的做法，并在上台后重新允许大批南越难民定居澳大利亚。