D'un point de vue religieux, le Directoire fait figure de période d’apaisement. Les mesures contre les prêtres réfractaires sont appliquées avec de moins en moins de rigueur, et finissent par être annulées en 1797, marquant le retour des dans les campagnes, notamment à l'Ouest. À l'inverse, les jureurs se retrouvent marginalisés et certains reviennent sur leur serment. De même, les croix qui avaient été interdites sur les clochers et dans les cimetières reviennent dans le paysage malgré la loi. Par ailleurs, la République renonce à l'enseignement gratuit, faute de moyens, et accepte la réouverture d'écoles religieuses. Après le Coup d'État du 18 fructidor an V, cependant, la législation se renforce contre les réfractaires, demandant aux prêtres de prêter un serment de . Une grande partie des réfractaires sont arrêtés ou déportés, parfois même exécutés. Si, malgré cela, l'assistance aux offices s'accroit, le respect des sacrements et de préceptes religieux diminue, comme en témoignent notamment la multiplication des divorces et suicides. Une partie de la France rompt progressivement avec ces valeurs.