Marguerite d'York naît le au château de Fotheringhay dans le Northamptonshire, en Angleterre. Elle est la troisième fille du d'York Richard Plantagenêt et de son épouse Cécile Neville. Lors des révoltes successives organisées par son père au cours des années 1450, Marguerite grandit avec ses deux plus jeunes frères, Georges et Richard, éloignée de la cour et des agitations politiques, à l'inverse de leurs aînés Édouard et Edmond. En 1460, le duc d'York entre triomphalement à Londres, à la suite de sa victoire de Northampton. Mais après une cinglante défaite à Wakefield quelques mois plus tard au cours de laquelle le duc est lui-même tué, la duchesse d'York décide d'envoyer ses deux plus jeunes fils en sécurité à la cour du duché de Bourgogne de Philippe le Bon, où ils sont accueillis par son fils bâtard, David, évêque d'Utrecht. Ils ne sont en réalité accueillis à la cour même du duc qu'après la victoire de Towton en 1461 qui assure la couronne à leur frère aîné Édouard. À leur retour en Angleterre, ses deux jeunes frères peuvent ainsi raconter à Marguerite les splendeurs de la cour bourguignonne, l'une des plus brillantes de l'époque.