Το 1959 ο πυγμάχος Δημήτρης Μιχαήλ κατακτά το το χάλκινο μετάλλιο στα 63,5 κιλά στους Μεσογειακούς Αγώνες του Λιβάνου. Νέα τμήματα ιδρύονται στον Παναθηναϊκό το 1959 τμήμα άρσης βαρών, τμήμα σκάκι, ενώ επανιδρύεται το τμήμα ξιφασκίας το 1960 από τον Ξενοφώντα Χατζησαράντο, ο οποίος το οδήγησε σε σημαντικές επιτυχίες.