Także stosunki polsko-niemieckie uległy w tym czasie ochłodzeniu, co było związane ze zmianą polityki wschodniej przez nowy rząd Gerharda Schrödera. Na mocy porozumienia z 29 sierpnia 2006 r. rosyjska firma Gazprom oraz niemieckie firmy E.ON Ruhrgas i BASF rozpoczęły budowę Gazociągu Północnego, co zostało określone przez Radosława Sikorskiego jako nowy pakt Ribbentrop-Mołotow. Różnice pogłębiło także polskie poparcie dla amerykańskiego ataku na Irak, któremu sprzeciwiały się Niemcy i Rosja.