Mehrere schwere Schicksalsschläge musste die Stadt im 14. Jahrhundert verkraften. 1348 starb annähernd die Hälfte der Bevölkerung während einer Pestepidemie, in deren Folge die jüdische Bevölkerung auf einer Rheininsel bei Birsfelden verbrannt wurde, was als Basler Judenpogrom in die Geschichte einging, und nur acht Jahre später (1356) ereignete sich das Basler Erdbeben. Das bis heute schwerste Erdbeben Mitteleuropas forderte zwar nur wenige Opfer, doch der anschliessende Grossbrand legte grosse Teile der Stadt in Schutt und Asche. Dabei wurde auch die Stadtchronik vernichtet, die ab 1357 mit dem Roten Buch – dem heute ältesten Buch der Stadt – wieder neu angelegt wurde. Infolge eines Aufruhrs vom 26. Februar 1376, der als Böse Fasnacht in die Geschichte einging, wurden der Stadt Basel vom habsburgischen Herzog Leopold III. harte Sanktionen auferlegt.