Inštitut je bil leta 1810 ustanovljen po dekretu kralja Karla XIII. Pobudo za ustanovitev sta dala reformatorja švedskega zdravstvenega sistema Karl Trafvenfeld in David von Schulzenheim, po tistem, ko je po porazu Švedske v vojni z Rusijo veliko število ranjenih vojakov razkrilo, v kakšnem razsulu je zdravstvo v državi. Leta 1811 je bil poimenovan "medico-kirurgiska institutet" in leta 1817 v kraljevo čast preimenovan v "Carolinska medico-kirurgiska institutet", kar se je z leti okrajšalo v sedanji naziv. Svoje prostore je imel v nekdanji steklarni v središču Stockholma, blizu mestne hiše.