L'année 2016 est marquée par une première finale en tournoi classé à long format, lors du Masters de Riga, en Lettonie. Holt est cependant battu par l'Australien Neil Robertson, sur le score de 5-2, Robertson prenant sa revanche puisque Holt l'avait battu quelques semaines plus tôt au premier tour du championnat du monde. Cette première finale intervient vingt ans après son début de carrière professionnelle. Holt enchaîne la même saison quatre autres quarts de finale ; lors du championnat international, du championnat du monde à six billes rouges, du championnat de Chine, et enfin au Masters de Shanghai, où il élimine notamment Ronnie O'Sullivan. Cependant, Michael ne confirme pas et connait une saison suivante où il baisse considérablement au classement.