Сезон для Ламбьеля начался с этапа Гран-при в Канаде, который он выиграл, занимая после короткой программы лишь седьмое место. Однако, победив в произвольной программе, он сумел обойти всех, в том числе и лидера после короткой программы японца Дайсукэ Такахаси. Это оказался единственный этап Гран-при для швейцарца, после чего он отправился на очередной национальный чемпионат, который снова выиграл. Однако затем Стефан пропустил чемпионат Европы из-за «потери интереса» к фигурному катанию и общей усталости, которая накопилась из-за участия в шоу, но всё же принял участие в чемпионате мира 2007 в Токио, где занял третье место. При этом Ламбьель вновь занял лишь шестое место в короткой программе, упав с тройного акселя, но в произвольной стал вторым с результатом 160,65 балла, исполнив два четверных прыжка и тройной аксель, и за счёт этого поднялся на пьедестал с суммой 233,35 балла.