Joulukuussa 2009 Sušićista tuli Bosnia ja Hertsegovinan maajoukkueen päävalmentaja. Sušićin johdolla Bosnia ja Hertsegovina jatkoi hyviä esityksiään EM2012-karsinnoissa ja taisteli viimeisellä kierroksella lohkovoitosta Ranskan kanssa. Päätöskierroksella Ranska oli kuitenkin vahvempi 1–0 ja Bosnian oli tyytyminen jatkokarsintaan. Kotonaan Bosnia ja Hertsegovina pelasi maalittoman tasapelin Portugalia vastaan, mutta Lissabonissa se hävisi 6–2 eikä näin ollen selvinnyt lopputurnaukseen.