Cort Heyligers was de zoon van Roelof Heyligers, chirurgijnmajoor bij het Staatse leger en later lector in de ontleedkunde te Deventer, en Anna Euphemia Cort. Toen hij vijftien jaar oud was nam hij als cadet dienst bij het regiment "Mariniers van den Rhijngraaf van Salm nr. 21". Tijdens de Bataafse Republiek was Cort Heyligers van 1795 tot 1803 in de rang van kapitein werkzaam bij het vierde bataljon Jagers in Groningen. Later maakte hij deel uit van het leger van het Koninkrijk Holland. In 1809 commandeerde hij als brigadegeneraal de Hollandse troepen, die op 4 september het fort bij Bath bezetten, nadat de Engelse troepen zich daar hadden teruggetrokken. In Franse dienst commandeerde hij troepen in Zuid-Italië en raakte in Rusland gewond en krijgsgevangen. Tot 1814 maakte hij als generaal-majoor nog deel uit van de Franse troepen en ging vervolgens over naar Nederlandse dienst. Tijdens de Slag bij Quatre-Bras en de Slag bij Waterloo was Cort Heijligers niet betrokken, maar wel commandeerde hij de 2e Divisie van het Reserveleger dat op dat moment opgericht werd.