Bij het uitbreken van de Cristero-oorlog veroordeelde González Flores het gewapend verzet, en betoogde hij dat de Mexicaanse regering alleen op vreedzame wijze mocht worden bestreden. Op 31 maart werd hij door de autoriteiten gearresteerd en gemarteld in de hoop dat hij informatie zou kunnen geven over Cristero-leiders. Een dag later werd hij geëxecuteerd; de soldaten die moesten fusilleren weigerden hem dood te schieten, wetende dat hij niets met de Cristero's te maken had, zodat de officier hem zelf neer moest steken.