In ihrer Arbeit zum Naturschutz und zur Artenvielfalt konzentriert sich die Deutsche Umwelthilfe auf die vier Bereiche „Biologische Vielfalt“, „Lebendige Wälder“, „Fließgewässerschutz“ und „Meeresschutz“. Gemeinsam mit anderen Verbänden führt die "DUH" im Netzwerk „Lebendige Flüsse“ seit 1997 Maßnahmen zur Rettung bedrohter Arten und zur Wiedervernetzung von Ökosystemen durch. Dabei spielen auch Synergieeffekte eine Rolle: So diente z. B. das Naturschutzgebiet im Wulfener Bruch bei den Elbhochwassern von 2002 und 2013 als natürliches Rückhaltebecken. In einem Pilotprojekt, das 2014 am Stettiner Haff anlief, verband die "DUH" den Artenschutz mit einem Förderprogramm für strukturschwache Regionen.