Начиная с 1992 года израильские команды регулярно играют в европейских турнирах, однако не добиваются в них успехов, сравнимых с достигнутыми в Азии. Лучшими результатами за этот период стали второе место сборной Израиля в отборочной группе чемпионата Европы 2000 года (в стыковых матчах сборная уступила команде Дании 0:5, 0:3) и попадание хайфского «Маккаби» (1999) и тель-авивского «Хапоэля» (2002) в четвертьфинал европейских кубковых турниров. Достижению успехов на европейской арене не способствовало и то, что в первые годы интифады Аль-Аксы израильские команды по решению УЕФА были вынуждены проводить домашние матчи на нейтральных полях. В отличие от основной сборной страны, молодёжная сборная Израиля (до 21 года) сумела достичь финальной стадии чемпионата Европы по футболу 2006 года, обыграв в стыковом матче сборную Франции; в финальной стадии турнира сборная уступила во всех трёх матчах в группе. Израильская юношеская сборная (до 16 лет) завоевала бронзовые медали на чемпионате Европы 1996 года.