După declanșarea revoluțiilor europene din 1848, Kogălniceanu a fost prezent în prima linie a politicii naționaliste. Deși, din mai multe motive, el nu a semnat „Petițiunea-proclamațiune” din martie 1848, care a dus la declanșarea revoluției în Moldova, el a fost considerat a fi unul din instigatori, iar domnitorul Sturdza a ordonat să fie arestat. Kogălniceanu a scăpat de arestare, a lansat mai unele dintre cele mai dure atacuri împotriva lui Sturdza și, astfel, în iulie, se oferise o recompensă pentru prinderea sa „viu sau mort”. Spre sfârșitul verii, a trecut granița cu Austria în Bucovina, unde s-a refugiat pe proprietatea fraților Hurmuzachi (în paralel, revoluția munteană reușise să preia puterea la București).