Erstmals traten die FW bei der Landtagswahl in Bayern 1998 an und erreichten dort 3,7 %. Bei der Wahl 2003 konnte der Stimmanteil leicht auf 4,0 % erhöht werden, der Einzug in den Landtag wurde auf Grund der Fünf-Prozent-Hürde jedoch erneut verpasst. Bei der Landtagswahl 2008 zogen die Freien Wähler schließlich mit 10,2 % der Wählerstimmen und 21 Mandaten in den Landtag ein und bilden dort nach CSU und SPD die drittstärkste Kraft. Bei den Landtagswahlen 2013 und 2018 konnten die Freien Wähler mit 9,0 % der Wählerstimmen und 19 Mandaten bzw. 11,6 % der Wählerstimmen und 27 Mandaten jeweils den dritten Platz behaupten. Die FW-Wählergruppe beteiligte sich seit 1998 auch bei den gleichzeitig mit den Landtagswahlen stattfindenden Wahlen zu den Bezirkstagen. Da hier keine Fünf-Prozent-Hürde gilt, zogen die Freien Wähler jeweils in mehrere Bezirkstage ein. Bei den Wahlen 2008 wurden insgesamt 24, 2013 noch 21 Mandate errungen.