Misja została powołana w celu monitorowania przestrzegania zawieszenia broni między oboma krajami. Geneza ich konfliktu sięga już roku 1993, kiedy to Erytrea oddzieliła się od Etiopii, pozbawiając tę ostatnią dostępu do morza. W 1998 wybuchła między nimi otwarta wojna graniczna. Ostatecznie przebieg spornej granicy został wyznaczony przez międzynarodową komisję z siedzibą w Hadze. Etiopia nie uznała jednak tego rozstrzygnięcia i do dziś między oboma państwami zdarzają się incydenty o charakterze zbrojnym. Na spornym odcinku, po stronie erytrejskiej, ustanowiona została strefa demarkacyjna o szerokości 25 km. Jej patrolowaniem zajmują się żołnierze UNMEE. W roku 2005 Erytrea zakazała śmigłowcom UNMEE korzystania z jej przestrzeni powietrznej, co bardzo utrudnia działanie misji. Siły tego kraju starają się także ograniczać prowadzone przez UNMEE patrole w strefie demarkacyjnej. Rada Bezpieczeństwa Organizacji Narodów Zjednoczonych kilkakrotnie już groziła nałożeniem sankcji na obie strony konfliktu w przypadku dalszej obstrukcji prac Misji.