Em 1996, o general al-Bachir foi confirmado na chefia do Estado por eleição (reeleito em 2000). Desde 2003, em Darfur a violenta repressão de movimentos de insurreição por milícias locais, apoiadas pelo Exército, provocou uma catástrofe humanitária (Conflito de Darfur). Em 2005, o governo sudanês e a rebelião sulista assinaram um acordo de paz, pondo fim ao conflito travado desde 1983. O general Salva Kiir (sucessor de J. Garang, morto acidentalmente em julho) tornou-se primeiro vice-presidente da República. Foi instituído um governo de união nacional.