Конфликт из-за спорных территорий, прежде всего пограничного района Бадме (между средними течениями рек Мареб и Тэкэзе) привёл к Эфиопо-эритрейскому конфликту 1998—2000 гг. 6 мая 1998 г. эритрейцы захватили Бадме, затем Алитену и Заламбэссе. Эфиопы не решались перейти в контрнаступление до 6 февраля 1999 г., пока не закупили новые партии вооружения и не провели новую мобилизацию. В феврале 1999 г. эфиопские войска ценой больших потерь отняли Бадме, однако эритрейцы успешно сопротивлялись превосходящим силам на других участках фронта в течение марта — июня 1999 г. Эфиопы снова укрепили свою армию и в мае 2000 г. возобновили наступление, взяли города Тэсэнэй и Барэнту. Асмэра сначала приняла международное посредничество, но 5 июня эритрейцы внезапно атаковали эфиопские войска и захватили Тэсэнэй. Однако превосходящие силы эфиопов нанесли им поражение и снова заняли Тэсэнэй, а на восточном участке фронта эфиопы едва не взяли порт Асэб на Красном море. 20 июня 2000 г. перемирие окончательно вступило в силу, и противоборствующие стороны развели войска. По оценкам международных наблюдателей, в ходе войны эфиопы потеряли до 60 тыс. чел., эритрейцы до 40 тыс. Международная арбитражная комиссия в 2002 г. признала за Эритреей почти весь район Бадме и половину спорных участков на восточном фронте. Эфиопия осталась весьма недовольна этим решением и отказалась выполнить его. Вопрос о границе долгое время оставался нерешённым.