Kohoutek a obținut un post permanent la observatorul din Hamburg-Bergedorf. După înăbușirea Primăverii de la Praga de către trupele Tratatului de la Varșovia (cu excepția României), din august 1968, Kohoutek a hotărât să rămână în Republica Federală Germania (1970). Descoperirile sale din anii 1970 l-au făcut foarte cunoscut în Mass Media. Mai târziu, Kohoutek a lucrat în observatoare din Spania și în Chile, studiind nebuloasele planetare. S-a pensionat în 2001. Kohoutek a publicat 162 de articole științifice.