Während des Lettischen Unabhängigkeitskrieges besetzten Bolschewiki nach ihrem Einzug in Riga am 3. Januar 1919 fast das gesamte heutige Lettland. Auch in dieser Situation blieb Moltrecht bei seiner Gemeinde und nahm auch weiter sein Amt als Propst wahr. Er vertrat die Ansicht, dass die Bolschewiki nur gegen vermögende Personen vorgehen würden, während er vergleichsweise mittellos war. Diese Hoffnung sollte sich nicht bewahrheiten.