Six B-2 ont également participé à l'opération "Liberté irakienne", durant près de trois semaines en 2003. Pour la première fois, les B‑2 étaient employés en « split operations » – un escadron effectuant les missions depuis Whiteman sur le territoire des États-Unis tandis que l’autre opérait depuis le lieu de détachement a Diego Garcia -. Le premier jour, dans la nuit du 19 au , six B‑2 survolèrent Bagdad, emportant 96 armes pour 96 cibles. Au total, ils ont largué .