Capehart reçoit le commandement d'une brigade de cavalerie dans l'armée de l'Union de la Shenandoah et sur la recommandation du général George Armstrong Custer est breveté brigadier général le . La brigade de Capehart est transférée dans la division de Custer, participant avec elle à la campagne d'Appomattox. À la suite de la reddition confédérée à Appomattox, Capehart est breveté major-général en date du . Il quitte le service actif le , à Wheeling, Virginie-Occidentale.