Nach einem kurzen Aufenthalt in Österreich hielt sich Ohrwalder ab 1892 wieder in Ägypten und im Sudan auf. Zuerst arbeitete er in Suakin. Die Stadt war für rund 10 Jahre, neben dem ägyptischen Grenzgebiet, der einzige Punkt im Sudan, der von den Briten gegen die Mahdisten gehalten wurde. Nach der Niederschlagung des Mahdi-Aufstandes in der Schlacht von Omdurman war er, zusammen mit dem deutschen Mitbruder Pater Wilhelm Banholzer, der erste Missionar, der nach 15 Jahren wieder Khartum betrat. Bis zu seinem Tod war er in Omdurman als Missionar tätig.