Surclassé en équipe juniors, où il est appelé, dès 1983, par Abdellah Blinda, pour participer à la Coupe de Palestine des nations, Mustapha Kiddi passe ensuite par les espoirs, entraînés par Abdallah Malaga, avec lesquels il dispute le Festival International Espoirs de Toulon et du Var, avant d’atterrir, en 1987, chez les A. Sous la houlette de Mehdi Faria, il dispute la Coupe d'Afrique des nations 1988, où les Lions de l'Atlas se classent quatrièmes. Kiddi ne prend part qu'à la rencontre pour la troisième place, face à l'Algérie, qu'il joue entièrement. La même année, il participe au tournoi international de France, où le Maroc perd la finale par deux buts à un face aux Bleus, au Stade Louis-II, à Monaco. Après les éliminatoires de la Coupe du monde de 1990, son dernier match en sélection a lieu en 1991.