Když Napoleon 1. března 1815 přistál u Fréjusu, označil jej Soult za uzurpátora a dobrodruha, ale přesto mu král nedůvěřoval a nahradil jej v ministerské funkci generálem Clarkem. Soult se stáhl na svůj statek v Saint-Cloud a reagoval až na druhou císařovu výzvu ke spolupráci. Převzal velení generálního štábu (11. května 1815) a v této funkci působil v bitvách u Ligny a Waterloo. Jeho štábní práce v bitvě u Waterloo byla nedostatečná a je považována za jednu z příčin Napoleonovy porážky. Když Napoleon u Laonu armádu opustil, převzal Soult vrchní velení a úspěšně ustoupil s armádou do Soissons. Velení pak předal Davoutovi.