Όταν ο Μακάριος αναγκάστηκε να φύγει από το νησί μετά το στρατιωτικό πραξικόπημα της 15ης Ιουλίου 1974, οι τρεις επίσκοποι που είχαν καθαιρεθεί, από τη Μεγάλη Σύνοδο, επανήλθαν και πάλι τα φώτα της δημοσιότητας. Οι πραξικοπηματίες, αφού διόρισαν τον Νίκο Σαμψών ως Πρόεδρο της Κυπριακής Δημοκρατίας, εγκατέστησαν επίσης τον Γεννάδιο ως νέο Αρχιεπίσκοπο Κύπρου (δεν αναγνωρίζεται ως αρχιεπίσκοπος στον επίσημο κατάλογο Αρχιεπισκόπων Κύπρου). Ο Σαμψών ορκίστηκε πρόεδρος στην τελετή που πραγματοποιήθηκε από τον Γεννάδιο παρουσία του Κυπριανού Κερύνειας και του Άνθιμου Κιτίου.