Die folgende Saison 2000/01 sollte eine schwierige Saison für Jagudin werden. Er konzentrierte sich mehr auf den künstlerischen Programmteil und erdachte noch schwierigere Choreografien mit neuen, innovativen Schrittsequenzen. Darunter litt allerdings die Beständigkeit in den Sprüngen. Außerdem wurde er immer wieder von Verletzungen geplagt. Er unterlag Pljuschtschenko beim Grand-Prix-Finale, den nationalen Meisterschaften und erneut bei der Europameisterschaft. Kurz vor der Weltmeisterschaft in Vancouver war sein rechter Fuß wieder einmal verletzt, was zu einer für seine Verhältnisse desaströsen Leistung in der Qualifikation führte. In seiner Qualifikationsgruppe wurde er nur Fünfter. Im Kurzprogramm zeigte er jedoch eine herausragende Leistung, die ihm stehende Ovationen und große Komplimente einbrachte, vor allem hinsichtlich seiner kämpferischen Leistung, nach all den Problemen. Am Ende reichte es noch zum Vize-Weltmeisterschaftstitel hinter Pljuschtschenko.