Omwille van haar ligging aan de grens met Emsland en de Nederlanden werd de commanderij herhaaldelijk het doelwit van plunderingen. Tijdens militaire expedities in 1492 liet de bisschop van Münster, Hendrik van Schwarzburg, Dünebrok beroven, Wymeer alsook Weener plunderen en afbranden. Tijdens de Saksische Vete beroofden landknechten van de "Schwarzen Garde" de commanderij Dünebroek. In het kader van de Reformatie eigende de Oost-Friese graaf Enno II zich in 1528 Dünebroek net zoals ook de andere stichtingen van de Johannieterorde in Oost-Friesland toe. Tijdens de Schmalkaldische Oorlog plunderden de keizerlijke troepen van Karel V de commanderij.