Uma expedição combinada de patriotas argentinos e chilenos liderados pelo general José de San Martín conseguiu entrar em terras do sul de Lima em 7 de setembro de 1820, mas não atacaram a cidade. Diante de um bloqueio naval e a ação de guerrilheiros em terra, o vice-rei José de la Serna foi forçado a evacuar a cidade em julho de 1821 para salvar o exército monarquista. Temendo uma revolta popular e sem quaisquer meios para impor a ordem, o conselho da cidade convidou San Martín para entrar em Lima e assinar uma Declaração de Independência, a seu pedido Entretanto, a guerra não tinha acabado; nos próximos dois anos, a cidade mudou de mãos várias vezes e sofreu exações de ambos os lados. No momento em que a guerra foi finalizada na Batalha de Ayacucho em 9 de Dezembro de 1824, Lima foi notavelmente atingida na economia.