I etterkant av uavhengigheten opplevde landet indre uro og etniske stridigheter mellom slavisktalende makedonere og landets albansktalende minoritet, som særlig er konsentrert i områdene nord og vest i landet. Konflikten ble forsterket av at 360 000 albanske flyktninger tok tilhold i landet i forbindelse med Kosovokrigen. Selv om disse raskt forlot Republikken Makedonia, kom det i januar 2001 til væpnet konflikt mellom Republikken Makedonias militære styrker og den albanske nasjonale opprørsgruppen UCK. Konflikten endte i mars 2001 med at NATO gikk inn med en styrke for å overvåke våpenhvilen. Forhandlinger mellom partene fulgte og 13. august 2001 inngikk Republikken Makedonias regjering og representanter for den albanske folkegruppen, ved partiene Albanernes Demokratiske Allianse og Partiet for Demokratisk Velstand, Ohridavtalen om fredelig løsning på konflikten. Avtalen innebærer kulturell og politisk anerkjennelse av den albanske folkegruppen og overføring av større fullmakter til lokalforvaltningen i albanskdominerte områder, samtidig som den albanske siden overga alle krav om løsrivelse og i stedet aksepterte Republikken Makedonias territorielle integritet og landets politiske institusjoner.