La maggior divisione e contrapposizione politica ed ideologica di questo periodo fu perciò quella tra i lealisti dell'Imperatore e nazionalisti "shishi", riuniti dietro il motto neoconfuciano del "sonnō jōi" (尊皇攘夷, "riverire il "tennō", espellere i barbari"), e le forze dello shogunato, che includevano l'unità di polizia chiamata "shinsengumi". Nel caos del "Bakumatsu" molte altre fazioni tentarono di guadagnare rilevanza. Tra i fattori che sicuramente aggravarono lo scontro e portarono alla caduta dei Tokugawa vanno annoverati i risentimenti dei "tozama daimyō", feudatari che avevano combattuto contro le forze dei Tokugawa nella Battaglia di Sekigahara del 1600 e che, con la vittoria dei Tokugawa, erano stati poi esclusi permanentemente da tutte le posizioni di potere in seno allo shogunato per oltre 250 anni.