Nakata har gjort två mål för landslaget och de kom med bara fyra dagars mellanrum; det första kom mot Bahrain 3 augusti 2004 och det andra mot Kina under asiatiska mästerskapet i fotboll i Kina. Det första målet hjälpte Japan till sin 4–3-seger som tog dem till finalen. I finalen vann man med 3–1 och tog därmed hem guldet.