Després de la Guerra Civil, Grant va supervisar la Reconstrucció dels antics estats confederats des del capdavant de l'exèrcit. Un cop elegit president el 1868 i reelegit el 1872, Grant va estabilitzar el país durant el turbulent període de la Reconstrucció, va perseguir el Ku Klux Klan, i fent servir l'exèrcit i el Departament de Justícia, va fer complir les lleis de drets civils i de sufragi. Va utilitzar l'exèrcit per construir el Partit Republicà al sud, basant el suport d'aquest partit en votants de raça negra, nouvinguts del nord ("carpetbaggers") i seguidors blancs nadius del sud ("scalawags"). Després de permetre de nou el sufragi a alguns antics estats confederats, els republicans van obtenir majories electorals i això va permetre a ciutadans afroamericans ser escollits al Congrés, així com obtenir alts càrrecs d'estat. En el seu segon mandat, les coalicions republicanes del sud van escindir-se i van ser derrotades una per una pels conservadors blancs coneguts com a redemptors ("redeemers"), que van recuperar el control fent servir la coacció i la violència. La política de pau amb els nadius americans va reduir inicialment la violència a les fronteres, però la seva política amb els indis és més coneguda per la Gran Guerra Sioux de 1876, on George Custer i el seu regiment van morir a la Batalla de Little Bighorn. Al llarg de la seva presidència, Grant va haver d'afrontar càrrecs per corrupció en agències governamentals, inclosa una investigació del Congrés sobre dues secretaries del gabinet.