С 25 марта 1799 года воспитывался в Морском кадетском корпусе. В 1804 году, будучи ещё кадетом, он был отправлен на фрегате «Венус» в Средиземное море, где 22 декабря произведён в гардемарины. В 1806 году служил на шебеке «Забияка» в Адриатическом море. В 1807 году участвовал при взятии острова Тенедос и в сражениях с турецким флотом при Дарданеллах и у Афонской горы. После того Чистяков ходил с флотом до Лиссабона, откуда на фрегате «Венус» возвратился в Средиземное море в Палермо; 12 января 1807 года произведён в чин мичмана.