Pour la saison 2009-2010, Zauner se consacre aux compétitions de saut à ski, commençant sa saison en janvier après une blessure. Il se classe dans le top dix de la plupart des concours, dont deux quatrièmes places à Lillehammer et Holmenkollen et prend place au treizième rang de la Coupe du monde, même rang qu'aux Championnats du monde de vol à ski. En novembre 2010, il est victime d'une chute à l'entraînement qui lui cause une rupture des ligaments croisés.