Emil Krafth spielte zu Beginn seiner Karriere im Jahr 2010 für den Amateurverein Lagans AIK. Im Anschluss wurde er vom Zweitligisten Östers IF zur Saison 2011 verpflichtet und spielte sich dort unter dem Trainer Roar Hansen trotz seines jungen Alters auf Anhieb in die Startelf. Mit dem vierten Tabellenplatz verpasste die Mannschaft am Ende nur knapp den Aufstieg in Schwedens höchste Spielklasse. Von den souveränen Auftritten des Außenverteidigers war auch der schwedische Meister und Pokalsieger Helsingborgs IF überzeugt und verpflichtete Emil Krafth ab der Saison 2012. Noch vor dem Saisonstart gewann er mit seiner neuen Mannschaft den schwedischen Fußball-Supercup durch einen 2:0-Erfolg über AIK. Krafth saß auf der Ersatzbank, kam jedoch nicht zum Einsatz. In der Liga wurde Helsingborgs nach der überzeugenden Vorsaison nur noch Tabellensechster und setzte den jungen Außenverteidiger neunmal ein. Auf der rechten Abwehrseite war noch der ehemalige Bundesligalegionär Christoffer Andersson gesetzt. Für die Saison 2013 wurde Roar Hansen als neuer Trainer vorgestellt, der Krafth bereits bei Östers betreut hatte. Unter seiner Leitung verdrängte er Andersson als Rechtsverteidiger und wurde Stammspieler in Helsingborg, die am Saisonende Fünfter wurden und sich um einen Platz verbessern konnten. In der Saison 2014 rutschte Krafth mit seiner Mannschaft ins Mittelfeld der Liga ab und wurde nur noch Neunter.