Новият чуждестранен монарх е посрещнат с възмущение. На 2 май 1808 г. в Мадрид избухва народно въстание срещу френските окупатори, което прераства във война за независимост (Полуостровната война). Във всички провинции се създават регионални армии от доброволци и бивши офицери и войници от армията. Те успяват да нанесат няколко поражения на французите, но след личната намеса на Наполеон са победени поради липсата на координация и снаряжение. На Наполеон се противопоставя английски експедиционен корпус под ръководството на херцог Уелингтън, който с помощта на испанците окончателно изтласква французите от полуострова през 1814 г. През 1812 г. на събранието на Кортесите (Парламента) в Кадис е приета една от първите в света либерални конституции.