Toen Leopold Willem na een tienjarig bewind van strubbelingen tussen Wenen, Madrid en Brussel uiteindelijk aan de kant werd geschoven, is Juan zonder enig Madrileens verzet aanvaard voor de positie. Al snel bleek echter dat Juans leiderschapskwaliteiten enigszins te wensen overlieten. Zijn gezag over de troepen was minimaal, en ook met de tijdelijk overgelopen Franse legerleider Condé kon hij het uiterst slecht vinden. Dat de eerstvolgende slag, de Slag bij Duinkerke (1658), geboekstaafd staat als een van de noodlottigste in de Spaanse militaire geschiedenis, draagt bij tot het beeld van Juan als falend leider, zowel politiek als militair.