Roma İmparatorluğu'nun devlet kilisesinde Konstantinopolis katedrali ve Doğu Ortodoks Kilisesi Patrikhanesinin koltuğuydu. 1453 yılından sonra cami oldu ve 1931 yılından bu yana bir müze olmuştur. 360'ta 1453'e kadar olan adanmışlık tarihinden itibaren, 1204 ve 1261 yılları arasında, Batı Haçlıları tarafından kurulan Latin İmparatorluğu'nun Latin Konstantinopolis Latin Patriği altında Roma Katolik katedrali haline geldiği zaman, imparatorluk başkentinin Ortodoks katedrali olarak hizmet etti. 1453 yılında İstanbul, Sultan II. Mehmed yönetiminde Osmanlı Türkleri tarafından fethedildi ve daha sonra binanın camiye dönüştürülmesini emretti. Çanlar, sunak, ikonostasis, ambon ve kurban kapları çıkarıldı ve mozaiklerin birçoğu sıvalı. Osmanlıların elindeyken mihrap, minber ve dört minare gibi İslami mimari eklendi. Bina, 29 Mayıs 1453'ten 1931'e kadar bir camiydi . 1 Şubat 1935'te müze olarak açıldı.