1939-ben a Molotov–Ribbentrop-paktum alapján Litvánia teljes területe a szovjet érdekszférába került. Litvánia elfoglalását követően 1939. december 19-én újra alapították a Vilniusi Egyetemet. Az oktatási nyelv lengyelről litvánra változott. A Báthory István Egyetem lengyel nyelvű diákjainak december 15-ig adtak lehetőséget vizsgáik letételéhez. A Kaunasi Egyetem hallgatói és oktatói átkerültek a Vilniusi Egyetemre.