Ostatnie jednostki KOP uległy rozproszeniu 1 października 1939 właśnie w bitwie pod Wytycznem. Wobec przewagi wroga, po całodziennych walkach, dowódca grupy KOP rozkazał odwrót i rozwiązał grupę. Oddziały drobnymi grupami przedostały się do lasów i rozpoczęły walkę konspiracyjną. Przegrana wojna obronna 1939 roku stała się kresem istnienia Korpusu Ochrony Pogranicza. Wielu żołnierzy KOP zostało zamordowanych w Katyniu oraz w Charkowie w 1940. We wrześniu i październiku 1941 roku 65 oficerów KOP zostało zwolnionych z obozów NKWD i przekazanych do ośrodków formowania Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR w Buzułuku, Tatiszczewie i Tockim. Wśród uwolnionych znajdowało się 2 podpułkowników (Stanisław Krajewski, Józef Kramczyński), 2 majorów (Franciszek Benrot, Edward Niedzielski), 24 kapitanów (Franciszek Osmakiewicz), 10 poruczników i 27 podporuczników.