דאהר אל-עומר הקים את בית הסראייה בעיר בסביבות שנת 1740, ובו שכנו דירתו של אל-עומאר, אורוות ובית מעצר. מאחר שבעת הקמת המבנה טרם היה בעיר מסגד, שימש חלק ממנו כמקום תפילה מוסלמי. בתקופה זו הייתה לעיר עדנה והיא זכתה להגנה מפני מסעות הביזה של הבדואים ואנשי הר שכם. את מקומו של אל-עומר תפס אחמד אל-ג'זאר בשנת 1775. תחילה נותר מצבה של נצרת ללא שינוי, ואל-ג'זאר אף התיר לפרנציסקנים להקים קפלה באתר שבו הוקמה לימים כנסיית מנזה כריסטי, אולם בעקבות סכסוכו עם הסוחרים הצרפתים בעכו ב-1791, הכביד את זרועו על נתיניו האירופים ועל הנוצרים בכלל. תושבי העיר צידדו בנפוליאון כאשר ניסה לכבוש את עכו מידיו של אל-ג'זאר ב-1799, והראשון אף שהה בעיר לאחר קרב תבור. כשנפוליאון נסוג ביקש אל-ג'זאר לטבוח בתושבי העיר, ורק התערבות בריטית מנעה זאת. תחת זאת העלה אל-ג'זאר את המיסים ודילדל את כלכלת העיר. תקופת שלטונו של סולימאן פאשה (1805-1819) שוב עמדה בסימן של שגשוג לעיר, ובניית המסגד הלבן הסתיימה ב-1812. אולם בימיו של השליט הבא עבדאללה פאשא שוב סבלה העיר הנוצרית.