Der Beginn der Reformation entzweite die verschiedenen Orte der Eidgenossenschaft noch stärker als bisher und schwächte ihre Position in den italienischen Streitigkeiten zwischen Habsburg, dem Papst und Frankreich. 1515 bezwang der französische König Franz I. ein durch den Abzug zahlreicher Stände dezimiertes eidgenössisches Heer bei Marignano. Im Ewigen Frieden von 1516 gestand Franz I. den Eidgenossen und den Bündnern aber trotzdem ihre Eroberungen südlich der Alpen zu. Damit war auch die Südgrenze der Eidgenossenschaft bis 1798 im Wesentlichen gefestigt. Die Erwerbungen der Eidgenossenschaft im Tessin wurden als ennetbirgische Vogteien von Landvögten als Gemeine Herrschaften verwaltet. 1521 schloss die Eidgenossenschaft ein neues Soldbündnis mit Frankreich, das sie zur Stellung von bis zu 16'000 Mann verpflichtete. (Nach 1600 und 1650 wurden diese Soldbündnisse der einzelnen Orte mit Frankreich verlängert und 1663 gemeinsam mit einem Bundesschwur in Paris vor Ludwig XIV. bestätigt.) Im weiteren Ringen um Mailand zwischen Frankreich und Habsburg spielten die Eidgenossen deshalb immer noch eine wichtige Rolle. Beide Schlachten mit substanzieller Schweizer Beteiligung bei Bicocca 1522 und Pavia 1525 endeten jedoch mit einer Niederlage Frankreichs und der Eidgenossen. Damit kam die eidgenössische Grossmachtpolitik in Europa definitiv zu einem Ende. Der Export von Söldnern durch verschiedene eidgenössische Orte hielt jedoch noch an bis zum endgültigen Verbot 1859. Einzige Ausnahme bildet seither die päpstliche Schweizergarde.