Unos días más tarde se presentó el nuevo coronel Joaquín Guerra Zagala, que sustituyó al anterior por su jubilación, Federico Fernández Sánchez-Caro, que había estado en la guerra de Cuba, donde fue herido y se le concedió la Medalla de Sufrimientos por la Patria. El nuevo coronel era un veterano de la campaña del 98 y de la guerra de Marruecos. Estuvo al mando del regimiento por Orden del 26 de mayo de 1931, pero durante poco tiempo, debido a la reestructuración del Ejército que llevó a cabo en esas fechas el Gobierno de la Segunda República Española. En 1931, el regimiento Castilla n.º 16 continuó con los servicios del destacamento en el penal de Ocaña, en el polvorín de San Gabriel y en el Fuerte de San Cristóbal, estos dos últimos en Badajoz.