W reprezentacji Brazylii Paulista zadebiutował 22 lutego 1995 roku w wygranym 5:0 towarzyskim meczu przeciwko Słowacji. Następnie razem z drużyną narodową prowadzoną przez Mário Zagallo wywalczył brązowy medal Igrzysk Olimpijskich w Atlancie. W późniejszym czasie Juninho razem z reprezentacją zdobył Mistrzostwo Świata 2002, a Luiz Felipe Scolari dał mu wystąpić w pięciu z siedmiu spotkań, jakie Brazylijczycy rozegrali na boiskach Korei Południowej i Japonii. W wygranym 2:0 finałowym pojedynku z Niemcami Juninho w 85 minucie zmienił Ronaldinho. Łącznie dla reprezentacji Brazylii Paulista rozegrał 50 meczów i strzelił pięć bramek.