Selçuk Şahin begon zijn carrière bij Silifkespor. Hatayspor, uitkomend in tweede voetbaldivisie van Turkije, nam hem in 1999 over. Twee seizoenen later maakte Selçuk de overstap naar Istanbulspor. Twee seizoenen lang was hij daar een vaste kracht. De toenmalige bondscoach van het Turks voetbalelftal merkte hem ook op en nam Selçuk mee naar de FIFA Confederations Cup 2003.