Na przełomie lat 80. i 90. przywrócono demokrację. Przez pewien czas premierem była córka Bhutto – Benazir Bhutto, ale także ona została oskarżona o nadużycia i odsunięta od władzy przez swojego następcę. W 1998 roku opuściła Pakistan i udała się na emigrację do Dubaju. Rząd Pakistanu poparł inwazję Stanów Zjednoczonych na Irak w 2003 roku. W 2004 doszło do wybuchu konfliktu w północnych regionach kraju, gdzie armia zmagała się z talibami. Prezydent Pervez Musharraf objął władzę po bezkrwawym zamachu stanu w grudniu 1999. Benazir Bhutto do kraju powróciła po 9 latach, w październiku 2007, w związku z przygotowywaniem Pakistańskiej Partii Ludowej do wyborów parlamentarnych. 27 grudnia 2007 w Rawalpindi podczas wiecu kończącego kampanię wyborczą została zastrzelona przez zamachowca samobójcę, który następnie wysadził się w powietrze zabijając kilkanaście osób. Wybory parlamentarne odbyły się 18 lutego 2008 w trakcie kryzysu politycznego, wywołanego śmiercią Benazir Bhutto. Najwięcej głosów zdobyły Pakistańska Partia Ludowa i Pakistańska Liga Muzułmańska Nawaz (PML- N), której liderem jest Nawaz Sharif, wyraźnie wyprzedzając dotychczas rządzącą Pakistańską Ligą Muzułmańską (PML-Q) wspierającą Perveza Musharrafa. 18 sierpnia 2008 Pervez Musharraf zrezygnował z pełnienia funkcji prezydenta Pakistanu. 6 września 2008 Asif Ali Zardari, wdowiec po Benazir Bhutto, został wybrany trzynastym prezydentem głosami większości pakistańskiego Kolegium Elekcyjnego.