Durant molts anys, la part grega de la regió dels llacs de Prespa va ser una zona militar poc poblada que requeria un permís especial per als visitants estrangers. Durant la Guerra Civil grega, es va produir una lluita ferotge i bona part de la població local va emigrar per escapar de la pobresa endèmica i la lluita política. La regió es va mantenir poc desenvolupada fins als anys 70, quan es va començar a promocionar com a destinació turística. Amb una abundància de fauna i flora rares, la zona va ser declarada Parc Transnacional el 2000. El 1999 la Societat per a la Protecció de Prespa va rebre el premi Ramsar Wetland Conservation Award pels seus esforços de conservació pel que fa al jaciment del Llac Prespa Ramsar.