1 czerwca 2009 Vicente del Bosque powołał zawodnika na Puchar Konfederacji. W poprzedzającym turniej spotkaniu towarzyskim z Azerbejdżanem strzelił swojego drugiego hat-tricka w reprezentacji. W pierwszym meczu przeciwko Nowej Zelandii, strzelił gola pieczętującego zwycięstwo Hiszpanii 5:0, zaś w następnej potyczce z Irakiem zdobył zwycięską bramkę. W spotkaniu z gospodarzami turnieju, Republiką Południowej Afryki Villa nie wykorzystał rzutu karnego, jednak i tak miał duży wkład w pobicie przez Hiszpanię rekordu największej ilości meczów wygranych oraz nieprzegranych z rzędu, a w drugiej połowie meczu zastąpił go Pablo Hernández. Turniej zakończył z trzema zdobytymi bramkami, wspólnie z Fernando Torresem i Clintem Dempseyem zajął drugie miejsce w klasyfikacji najlepszych strzelców oraz znalazł się w Drużynie Turnieju.