Efter Johan III:s död 1592 blev hertig Karl riksföreståndare. I samband med detta bekräftades reformationen samt idén om den nationella enhetskyrkan i Sverige under Uppsala möte 1593. Därmed var den svenska kyrkans definitiva brytning med påven Rom ett faktum. I Sverige under var denna tid politik religion samt religion politik och beslutet ska även ses som en markering av hertig Karl mot Johan III:s son, blivande kung Sigismund och hans anhängare, något som föranledde Avsättningskriget mot Sigismund.