Tokom Građanskog rata, guverner Severne Karoline Dejvid Svejn ubedio je konfederatnog predsednika Džefersona Dejvisa da izuzme deo studenata od mobilizacije, tako da je ovaj univerzitet bio jedan od retkih u Konfederaciji koji je uspeo da ostane otvoren. Međutim, naselje Čapel Hil je pretrpelo veći gubitak stanovnika tokom rata nego bilo koje drugo naselje na jugu, a kada se broj studenata nije oporavio, univerzitet je bio primoran da se zatvori tokom rekonstrukcije od 1. decembra 1870. do 6. septembra 1875. godine.