Belhadj y otros líderes del GLIL viajaron a Afganistán y se juntaron con el Talibán. En 2002, tras los atentados terroristas del 11 de septiembre de 2001 en Estados Unidos y la reconciliación de Gadafi con Occidente, una orden de arresto fue emitida para Belhadj por las autoridades libias. El gobierno de Gadafi alegó que él fomentó “cerrar relaciones” con líderes de Al-Qaeda y específicamente el jefe del Talibán Mullah Omar. Estando en Jalalabad, Afganistán, él alegó promover y financiar campos de entrenamiento para combatientes muyahidines árabes. Después que los Estados Unidos entraron a Afganistán bajo el comando de las Naciones Unidas para confrontar al Talibán -en la nueva Guerra de Afganistán- los miembros remanentes del GLIL dejaron el país y se fueron a Europa y el Sureste de Asia.