L'any 2003, Joan Pau II va criticar la invasió de l'Iraq de l'any 2003 encapçalada pels Estats Units i va dir que «"no a la guerra, la guerra no sempre és inevitable'. Sempre és una derrota per a la humanitat"». Va enviar el cardenal Pio Laghi, l'antic nunci apostòlic als Estats Units, per parlar amb George W. Bush, el president nord-americà, per expressar la seva oposició a la guerra. Joan Pau II va dir que corresponia a les Nacions Unides resoldre el conflicte internacional a través de la diplomàcia i que una agressió unilateral és un crim contra la pau i una violació del dret internacional. L'oposició del Papa a la guerra de l'Iraq li va permetre ser candidat a guanyar el Premi Nobel de la Pau de 2003, que finalment es va atorgar a l'advocat i jutge iranià i destacat defensor dels drets humans, Shirin Ebadi.