Nonostante la città di Rovigo perse nel tempo di funzione strategica, a causa delle paludi che costituivano di per sé una sicura barriera naturale, il castello fu comunque teatro di diversi combattimenti, quali la guerra di Ferrara, la guerra della Lega di Cambrai (1509) e della Lega Santa (1511). A partire dal 1598 la Repubblica di Venezia cedette il castello in mano ai Donà che ne fecero “"ad usum regni"” fino all’intervento da parte del comune nel XIX secolo, che dovette limitare i danni dei nobili Donà, i quali volevano la demolizione della torre maggiore. Nel 1836 ci fu poi un secondo intervento da parte del comune, che sventò la demolizione delle mura progettata dalla dominazione dei Grimani, ereditari della fortezza da parte dei Donà.