Вследствие убийства премьер-министра Израиля Ицхака Рабина, совершённого Игалем Амиром 4 ноября 1995 года, Шамгар возглавил следственную комиссию, назначенную по решению правительства от 8 ноября 1995 года с целью проверки мер, предпринимаемых для обеспечения безопасности высокопоставленных охраняемых лиц. В отчёте, поданном правительству 26 марта 1996 года, комиссия доложила о ряде недостатках в работе подразделения Общей службы безопасности «Шабак» по охране высокопоставленных лиц (). Комиссией была также отвергнута версия сторонников «теории конспирации», в соответствии с которой Рабин был убит не Амиром.