Il Santuario è stato lesionato dalla scossa di terremoto che ha colpito la regione il 6 aprile 2009, con l'apertura di vistose crepe lungo le navate e la caduta di alcuni calcinacci dalla cupola (che sarebbe instabile). Proprio per questi motivi, nel 2009 non si sono celebrati i solenni festeggiamenti per la Madonna della Libera. Risultava chiuso a causa delle lesioni dovute alle scosse di terremoto del 24 agosto 2016 e delle successive del 26 e del 30 ottobre 2016 e del 18 gennaio 2017 fino al 13 aprile 2019, data in cui è stato riaperto a seguito dei lavori di ristrutturazione e messa in sicurezza. Tuttavia i lavori non sono ancora del tutto terminati e gli altari laterali rimangono interdetti ai fedeli.