Am 14. Juli wurde bekannt, dass der ägyptische Generalstaatsanwalt ein Ermittlungsverfahren gegen Mursi und weitere Mitglieder der Muslimbruderschaft eingeleitet hatte. Nach Angaben aus Justizkreisen wurde Mursi bezüglich eines Gefängnisausbruches im Jahr 2011 verhört, zudem wurden verschiedene Anzeigen von Bürgern gegen ihn geprüft, wobei es unter anderem um Spionage, Aufruf zum Mord an Demonstranten und wirtschaftliches Missmanagement gegangen sei. Am 26. Juli 2013 erließ die Staatsanwaltschaft schließlich einen Haftbefehl gegen Mursi wegen Mordes und Verbindungen zur Hamas. Sie warf ihm vor, während des Mubarak-Regimes an Anschlägen der Hamas auf die Polizei beteiligt gewesen zu sein. Zudem behauptete sie, die Hamas habe Mursi geholfen, kurz nach seiner Inhaftierung im Rahmen der Proteste in Ägypten 2011 aus dem Gefängnis zu entkommen.