Během pražského jara roku 1968 byl terčem kritiky jako představitel dogmatického novotnovského establishmentu. Po invazi vojsk Varšavské smlouvy do Československa ale odsoudil vpád sovětských jednotek do ČSSR. Proto byl s nástupem normalizace zařazen na seznam "exponentů pravice", postupně politicky i profesně odstaven a roku 1973 penzionován (roku 1970 ještě získal titul Dr. h. c. z univerzity v Toulouse). Jeho bratr Prokop Málek zůstal i za normalizace předním odborníkem na chirurgii.