Das Kommando der 5. Armee wurde am 10. April 1942 in Florenz wiederaufgestellt und erhielt als Teil der Armeegruppe Süd die Zuständigkeit für Mittelitalien und Sardinien. Ab dem 13. November 1942 führte die 5. Armee mit dem VII. Korps im Zuge der Besetzung der bis dato freien Zone Frankreichs durch die Achsenmächte die Landung auf Korsika durch. Nach dem Waffenstillstand von Cassibile und der Entwaffnung der italienischen Streitkräfte (Fall Achse) wurde die 5. Armee am 11. September 1943 in Florenz offiziell aufgelöst.