Председник Борачке организације Републике Српске Пантелија Ћургуз је поводом случаја „Маркале“ оптужио Берка Зечевића за директну умјешаност у постављање минско-експолозивних направа на пијаци Маркале током масакра 5. фебруара 1994. године. Муслиманско политичко вођство је 17. јула 1992. године формирало Центар намјенске производње при Главном штабу оружаних снага Армије РБиХ на челу кога су били Берко Зечевић и Фаик Куловић. Овај центар је руководио организацијом повезивања малих радионица за ручну израду минско-експлозивних средстава. Тим који је поставио експлозивне направе на пијаци Маркале је био под надзором Берка Зечевића. Берко Зечевић је 5. фебруара 1994. био на пијаци Маркале када је UNPROFOR радио увиђај, а Радио Сарајево је забиљежио да се Берко тог дана свађао са припадницима УН-а и на лицу мјеста без претходне истраге оптужио Србе за страдање цивила.