В 2006 году тренер мужской национальной сборной США по баскетболу Майк Кшижевский пригласил Боуэна в команду для участия в чемпионате мира по баскетболу 2006 года в Японии. В возрасте 35 лет он был самым возрастным игроком, приглашённым в команду. Своё решение Кшижевски объяснил тем, что ему нужен был хороший защитник, такой как Боуэн. Однако Брюс практически не получал игрового времени в команде, даже несмотря на травмы других свингменов команды — Антуана Джеймисона, Кармело Энтони и Дуэйна Уэйда. Боуэн принял участие в нескольких тренировочных сессиях и сборах, но в окончательный состав сборной так и не попал. Боуэн выражал разочарование по этому поводу но надеялся, что сможет попасть в сборную для участия в летних Олимпийских играх 2008 года, но так и не попал в её состав.