In seiner Amtszeit wurde 1812 der erste Katalog der Bibliothek erstellt, der 3.076 Bände und 53 Landkarten verzeichnete. Während des Krieges von 1812 wurde Washington, D.C. von den Engländern niedergebrannt, so auch die Kongressbibliothek, die sich seinerzeit im Kapitol befand. Nach einer Kongressuntersuchung zur Zerstörung der Bibliothek und der Nutzung der Bibliotheksgelder trat Magruder zurück. Er wurde auf dem Besitz seiner Vorfahren in der Nähe von Petersburg begraben.