Les guerres de religion ont éclaté dans toute l'Europe, notamment dans le Saint-Empire romain germanique et en France. Charles Quint a réussi à conclure la paix d'Augsbourg entre l'Église catholique et la noblesse protestante. Quant à la France, l'opposition violente entre catholiques et protestants, culminant lors des massacres de la Saint-Barthélemy, s'est calmée après l'arrivée au pouvoir de Henri IV qui, après avoir abjuré son protestantisme pour pouvoir accéder au trône, a rétabli la paix civile grâce à l'Édit de Nantes. À partir de 1618, les protestants et les catholiques de l'empire se sont affrontés au cours de la guerre de Trente Ans qui s’est étendue aux pays voisins sur fond de rivalité entre maisons régnantes, particulièrement Bourbons et Habsbourg. La guerre dévastatrice s’est finalement terminée en 1648. Par les traités de Westphalie qui ont mis fin à la guerre, les luthériens, les catholiques et les calvinistes se sont tous vus accorder la même tolérance dans l'empire tout entier. Après la guerre, le pouvoir dans l’empire s’est réparti entre deux principaux centres, dont l’un était protestant (la Prusse) dans le nord, et l’autre catholique (l’Autriche), dans le sud. Les Néerlandais qui étaient, à l'époque, gouvernés par les Espagnols se sont révoltés et ont obtenu leur indépendance pour fonder un État protestant. En 1588, l’Espagne catholique a tenté de conquérir l'Angleterre protestante avec une grande flotte appelée l’Invincible Armada, mais les Espagnols essuyèrent le feu des Anglais sans pouvoir y répondre correctement. Puis, un vent du sud pousse leurs navires vers le nord, les résignant à retourner en Espagne, sauvant ainsi l'Angleterre.