Un an mai târziu, se declanșează Războiul celei de-a Șasea Coaliții și, în timpul campaniei din Saxonia, MacDonald comandă Corpul XI al Marii Armate, câștigând o victorie la Merseburg și apoi aducându-și aportul la Lützen, înainte de a-și conduce din nou trupele către victorie la Bischofswerda. În mai, comandă aripa dreaptă la Bautzen dar este învins la Katzbach, remarcându-se însă ulterior la Wachau și Leipzig. În urma înfrângerii în această din urmă bătălie, se salvează traversând râul Elster înot și astfel poate participa la înfrângerea armatei bavareze la Hanau. Participă și la Campania din Franța, întârziind înaintarea Aliaților către Paris. Alături de Ney și Caulaincourt, face parte din delegația trimisă de Împăratul Napoleon I să negocieze cu inamicul iar după abdicarea Împăratului se raliază Bourbonilor, fiind numit "pair" al Franței.