Tijdens de opstand tegen Balmaceda en de daaropvolgende burgeroorlog (1891) werd hij opgenomen in de tegenregering die gevormd was in Iquique die bestond uit zowel leden van de conservatieve als de liberale en nationale partijen. Yrarrázaval was minister van Binnenlandse Zaken, Industrie en Openbare Werken en later ook van Financiën. Op 10 augustus 1891 werd hij secretaris van de tegenregering. Na de val van Balmaceda en het einde van de burgeroorlog was hij opnieuw minister van Binnenlandse Zaken (december 1891 - maart 1892). Als minister zette hij zich in voor de invoering van de gemeentelijke autonomie.