Magyar nemesi család gyermeke, apja Nemegyei Pál császári-királyi hadmérnöki őrnagy, anyja Sedlmayer Katalin. Nemegyei Bódog a katonai pályát választotta, a Bécsi Hadmérnöki Akadémián tanult, 1845-ben mérnökkari hadnaggyá avatták, és a komáromi várerődítési igazgatósághoz nyert beosztást. 1848 júliusában főhadnaggyá nevezték ki és gróf Teleki Ádám tábornok mellé osztották be. Móga Jánosnak, a magyar hadsereg fővezérének vezetése alatt részt vett a szeptember 29-i győztes pákozdi csatában. Október 6-tól vezérkari százados a észak-dunai hadtestben. Kossuth Lajos azzal bízta meg, hogy toborozzon ezredet a Dél-Dunántúlon, ez sikerült is, mintegy 2800 főnyi sereg parancsnoka Dél-Dunántúlon, majd a Bácskában, 1849-től a szegedi hadosztályban. Közben április 17-től május elejéig hadbírósági vizsgálat alatt alatt állt, mivel nem mentette fel Eszék várát. A hadbíróság felmentette Nemegyeit. Nemegyei 1849 április közepétől a 9. hadtest vezérkari főnöke, április 19-én Henryk Dembiński alezredessé léptette elő, de a honvédelmi minisztérium nem hagyta jóvá, (a kinevezést már a sumlai száműzetésből hagyta jóvá Kossuth Lajos.) 1849. július 4-től a közép-tiszai hadsereg karsegéde. 1949 augusztus 9-én a temesvári csatában elszenvedett döntő vereség véget vetett a szabadságharcnak, Nemegyeinek is menekülnie kellett.