Sanders stemte imod beslutningen om at tillade brugen af militær magt mod Irak i både 1991 og 2002. Han modsatte sig USA's invasion af Irak i 2003. Han stemte for "Authorization for Use of Military Force of 2001" i 2001, som siden er blevet set som den lovlige begrundelse for kontroversielle militæraktioner siden den 11. september 2001. Sanders har senere indrømmet, at han begik en fejltagelse ved at stemme for dette lovforslag.