Après le traité de Campo-Formio du 26 vendémiaire an VI, il fut nommé au commandement de la militaire. L’expédition d’Égypte se préparant alors, Bonaparte signalait aux membres du gouvernement les officiers généraux qui devaient en faire partie et il n’oublia pas de comprendre sur sa liste le nom du général Dugua, dont la bravoure, pendant toute la durée de cette expédition, ne se démentit pas. Il se signala à la bataille des Pyramides du 3 Thermidor An VI, où il commandait la division de réserve, et décida, par son audace et son intrépidité, la déroute des Mamelouks (toutefois on lit dans la biographie du général Lannes que la division Dugua n'intervint pas dans la bataille des Pyramides). Déjà, le 26 du mois précédent, il avait pris une part active au combat de Chebreiss.