В 1601 год Гильберт был назначен лейб-медиком королевы Елизаветы, а после её смерти в 1603 году получил ту же должность при новом короле Якове I. Однако менее через год он и сам скончался, вероятно, во время эпидемии чумы. Будучи холостяком, завещал Королевскому колледжу врачей свои книги, инструменты и коллекцию минералов, погибшие затем в Великом лондонском пожаре 1666 года.