Muskerry luchó los tres últimos años de campaña en sus territorios de Cork occidental y Kerry, donde reclutó tropas entre sus arrendatariosy grupos guerrilleros conocidos como "tories". Fue uno de los últimos comandantes irlandeses en rendirse. Tras ser derrotado por Roger Boyle, más tarde conde de Orerry en la Batalla de Knocknaclashy en 1651 se retiró a las montañas de Kerry. En junio de 1652 se rindió, entregando el castillo de Ross cerca de Killarney el 27 de junio. Después de desmantelar su ejército de 5000 hombres, abandonó Irlanda y viajó a España. Recibiría más adelante el título de conde de Clancarty de manos de Carlos II, recuperando finalmente sus fincas gracias al Acta de asentamiento de 1662 antes de su muerte en Londres en agosto de 1665. Sus hijos Charles y Justin MacCarthy, Vizconde Mountcashel sirvieron en las fuerzas inglesas durante la Segunda guerra anglo holandesa y la Guerra Guillermita de Irlanda respectivamente.