2003 wurde er dann zu den Profis von Jokerit in die SM-liiga geholt. Ende Dezember 2003 bis Anfang Januar 2004 fand die Eishockey-Weltmeisterschaft der Junioren (U20) statt. Finnland gewann die Bronzemedaille und Filppula wurde in das Allstar-Team des Turniers gewählt. In der Saison 2004/05 wurde die Liga durch einige NHL-Stars aufgewertet, die wegen des Lockout in der NHL nach Europa gewechselt waren. In den Playoffs scheiterte Jokerit erst im Finale. Filppula erzielte 11 Punkte in den 12 Playoff-Spielen und war somit in der Endrunde zweitbester Scorer seiner Mannschaft.