И. Головацкий среди ближайшего окружения «Русской троицы» был известен под именем "«Богдан»". В 1835—1836 годах учился во Львовской духовной семинарии, затем, в 1836—1839 годах на медицинском факультете Пештского (ныне Будапешт, Венгрия) и Венского (1839—1841) университетов.