Beim Luftangriff auf Freiburg am 27. November 1944 Operation Tigerfish brachen die Gewölbe ein und die gesamte Innenausstattung inklusive des raumhohen barocken Altarprospekts ging durch Brand verloren. In den Jahren 1956/57 wurde die Kirche unter der Leitung von Horst Linde und Hans Rolli wieder aufgebaut. Die zerstörten Gewölbe wurden mit Stahlbeton neu errichtet, verbliebene Reste der alten Kirche so weit wie möglich restauriert, im Chorraum jedoch nur die Pfeiler und Gebälkstücke, welche der Basilika ihre Struktur geben, wieder aufgebaut. Bei einer Restaurierung im Jahre 1978 war das Universitätsbauamt bestrebt, die Kirche in ihren ursprünglichen Zustand mit weißem Stuck und dunklen Balken zurückzuführen. Der Glockenturm mit Zwiebelhaube oberhalb des Chores ist durch die enge Bebauung in der Umgebung der Kirche nicht zu sehen.