Otra vez en la Liga de Campeones, el 3 de noviembre, disputó el partido ante el Girondins de Burdeos que perdieron por 0 a 2, aunque se clasificaron tras derrotar al Juventus en el partido decisivo. En los octavos de final disputó ambos partidos ante la ACF Fiorentina y anotó en los dos encuentros, clasificando a su equipo para la siguiente ronda. El 10 de febrero anotó un gol en la victoria por 6 a 2 en la Copa de Alemania ante el SpVgg Greuther Fürth y otro en las semifinales ante el Schalke 04. El 13 de marzo dos goles suyos supusieron la remontada por 2-1 frente al Friburgo en la Bundesliga. En la vuelta de los cuartos de final de la Liga de Campeones ante el Manchester United, el 7 de abril, anotó con la pierna izquierda el 3 a 2 que clasificaba a su equipo para las semifinales tras un global de 4 a 4. El 21 de abril en la ida de la semifinal, ante el Olympique Lyonnais, marcó el único gol del partido, desde 25 metros y en la vuelta ganaron 3-0 para pasar a la final. El 1 de mayo se consagró campeón de la Bundesliga, a falta de un partido, tras ganar en la jornada 33 al VfL Bochum por 3-1, y 15 días más tarde ganó la Copa de Alemania ante el Werder Bremen por 4-0, el primero suyo, de penalti, en el minuto 35. La final de la Liga de Campeones les enfrentó ante el Inter de Milán, que también había ganado en Italia la liga y la copa. El partido se disputó el 22 de mayo en Madrid y dos goles de Diego Milito dieron el título a los italianos que se adjudicaron su tercer título.