Il 1º luglio 2016, a 34 anni, viene ingaggiato a costo zero dal di Mourinho, firmando un contratto per una singola stagione da 15 milioni di euro. Il 7 agosto gioca la sua prima partita ufficiale con la maglia dei "Red Devils" nella Community Shield, risultando decisivo siglando la rete del definitivo 2-1 ai danni del . L'attaccante svedese va a segno anche all'esordio in campionato del 14 agosto, mettendo a referto la terza rete degli ospiti nella vittoria per 3-1 contro il . Il 29 settembre è sua l'unica rete dell'incontro di Europa League che assegna allo United la vittoria contro lo : questa marcatura porta Ibrahimović ad aver segnato in campo europeo con ben sette maglie diverse, record condiviso con Mutu e Carew. Il 6 novembre successivo sigla una doppietta nell'1-3 esterno sullo : la prima rete risulta essere la numero 25.000 nella storia della Premier League, mentre la seconda la quattrocentesima in carriera con maglie di club.