Pauly nacque a Wesselburen e, durante il Processo di Norimberga, fu processato per crimini di guerra nella "Curio Haus" di Amburgo, dichiarato colpevole e condannato a morte con altri 11 imputati. Tuttavia, non fu mai processato per i crimini commessi nel campo di concentramento di Stutthof. Fu giustiziato da Albert Pierrepoint nel carcere di Hamelin l'8 ottobre 1946, tramite impiccagione.