Pe 1 septembrie 1939 când Germania a invadat Polonia, Śmigły-Rydz a fost numit Comandantul Suprem al armatei poloneze. Pe 7 septembrie, împreună cu cea mai mare parte a guvernului, a părăsit Varșovia care era în pericol de a fi atacată. La scurt timp după aceasta, coordonarea operațiunilor armatei poloneze a început să sufere din cauza problemelor legate de comunicații, fapt care a afactat posibilitatea lui Rydz de a comanda forțele poloneze. Din Brest (Brześć), pe 11 septembrie el a dat ordin ca Varșovia să fie apărată până la ultimul om. În concepția sa de luptă, Varșovia și Fortăreața Modlin din apropierea capitalei poloneze ar fi trebuit să devină două centre puternice de rezistență în partea centrală a Poloniei, care să susțină lupta câteva luni, timp în care, majoritatea forțelor poloneze să se retragă în apropierea graniței cu România (Capul de pod românesc, în limba poloneză: Przedmoście rumuńskie) unde să aștepte promisul contraatac al aliaților săi occidentali, Franța și Marea Britanie. Śmigły-Rydz nu cunoștea că Aliații Occidentali nu aveau niciun plan de intervenție, așteptând căderea Poloniei. Planul său a devenit și mai greu de realizat când forțele sovietice au atacat dinspre est Polonia pe 17 septembrie. Realizând că lupta împotriva celor doi agresori este imposibilă, Śmigły-Rydz a ordonat trupelor poloneze să se retragă către România, evitând lupta cu Armata Roșie.