Mukwege studierte im Nachbarland Burundi Medizin und arbeitete zunächst in einem Krankenhaus im kleinen Ort Lemera in der ländlichen Region Süd-Kivu. Er war schockiert, wie viele Frauen dort alltäglich starben – etwa bei der Geburt ihrer Kinder. Er beschloss, Gynäkologie und Geburtshilfe an der Universität Angers in Frankreich zu studieren. Zurück im Kongo, damals noch Zaire genannt, ließ er sich 1989 in Lemera nieder, um eine gynäkologische Station zu eröffnen. Lemera lag Mitte der 1990er Jahre mitten im Kampfgebiet der Kongokriege, und Mukwege sah sich ganz neuen Herausforderungen gegenüber: seit dem Genozid in Ruanda 1994 setzten die verschiedenen Rebellengruppen und Soldaten zunehmend Vergewaltigung und Verstümmelung von Frauen systematisch als Kriegswaffe ein. 1996 wurde Lemera und die gynäkologische Station, die über Landesgrenzen bekannt war, komplett zerstört. Als Überlebender von Lemera zog Mukwege in die Provinzhauptstadt Bukavu um.