印度尼西亚－马来西亚关系（）是印度尼西亚与马来西亚的关系。印尼在马来西亚吉隆坡设有，同时在乔治市、新山市、亚庇和古晋都设有领事馆。马来西亚也在印尼雅加达设有大使馆，同时在棉兰和北干巴鲁都设有领事馆。两国关系曾因印尼第一任总统苏卡诺率领进行印马对抗而恶化，但在苏哈托总统任内恢复正常。