1941年末から1945年までの太平洋戦争でルソン島は日本軍の侵略と占領を受けたが（フィリピンの戦い (1941-1942年)およびフィリピン第二共和国）、一方でこの時期にマニラ周辺のタガログ語が支配に使用されフィリピンに広がった。イルストラドのうち第二共和国に参加するなど日本軍に協力する者も多かったが、アメリカで亡命政権に参加する者もおり、アメリカ極東陸軍（ユサッフェ）の残党将兵は引き続き「ユサッフェ」を名乗ってゲリラ組織を作り、ゲリラ戦を展開した。また農民・労働者層はフィリピン共産党の指導下でフクバラハップ（抗日人民軍）を結成し日本軍を苦しめた。