Сматра се да на овом месту налазио се цркве Рођења Пресвете Богородице подигнута у 9. веку. За време владавине цара Јована Асена II је обновљена и посвећена Светим Четрдесет мученика Севастијских у част велике победе у бици код Клокотнице 9. марта 1230. године (дан Светих Четрдесет мученика Севастијских), над солунским царем Теодором Анђелом. Након што је преминуо у Трнову, у цркви је сахрањен свети Сава, који је касније пренет у манастир Милешеву, а данас се на месту његовог гроба налази спомен-плоча. У 13. веку-14. веку црква Светих Четрдесет мученика је постала једна од најлепших цркава манастира „Велика лавра“.