באוגוסט 1944, מונה למנהל אזור השליטה של הוואפן אס אס בהונגריה. בדצמבר של אותה שנה, החליף את קרל-גוסטב זאוברצווייג בפיקוד על קורפוס אס אס הררי התשיעי שכותר בידי הצבא האדום באזור בודפשט (המצור על בודפשט). לפיקודו של פפר-וילדנברוך הוכפפו גם כל שאר היחידות הגרמניות בבודפשט ובסביבותיה. החלטה שנחשבה לגרועה בהתחשב בכך שפפר-וילדנברוך התנסה עד לאותה עת בעיקר בפיקוד על יחידות משטרה, והיה פחות מנוסה בפיקוד על כוחות קרביים. ב-1 בינואר 1945, הארמייה השישית תחת פיקודו של הרמן באלק פתחה במבצע קונרד במטרה לשחרר את הקורפוס, כשהיא זוכה להצלחות ומתקדמת באופן מוצלח לשבירת האויב. התקדמות הכוח נבלמה לבסוף רק 28 ק"מ מהעיר. ב-11 בינואר 1945 הוענק לו צלב האבירים של צלב הברזל. בהמשך החודש נעשו עוד שני ניסיונות לשבירת הצבא האדום וכיבוש בודפשט, אך למרות הצלחות נקודתיות נכשלו הכוחות הגרמנים. לקראת סוף ינואר כבר נלכדו הגרמנים וההונגרים בתוך כיס בגודל של קילומטר אחד. ב-1 בפברואר הוספו עלי אלון לצלב האבירים שלו, וב-11 בפברואר קיבל הקורפוס שלו פקודה לנסות לפרוץ החוצה. אולם רק 170 מאנשי האס אס הצליחו להגיע אל הקווים הגרמניים. ב-12 בפברואר נפצע קשה, ונלקח בשבי הכוחות הסובייטיים.