Tras la Campaña de Filipinas (1941-1942) se inició la ocupación japonesa de Filipinas, durante la cual Yldefonso fue detenido. Falleció el 19 de julio de 1943 en el campo de concentración de Capas, situado cerca de Bataán, en plena Segunda Guerra Mundial, luchando contra la ocupación japonesa de Filipinas. Sus restos no han sido nunca recuperados.