De stad werd getroffen door twee aardbevingen in 1542 en 1693 die veel schade aanrichtten. In de zeventiende eeuw veranderde het aanzien van Syracuse en de gehele Val di Noto voorgoed. De steden werd herbouwd na de aardbevingen van 1693 in de stijl van de typische Siciliaanse barok. De verspreiding van cholera in 1837 leidde tot een opstand tegen het Huis Bourbon. De straf voor deze ongehoorzaamheid was de verhuizing van de zetel van het provinciale bestuur naar Noto. De onrust was echter niet geheel verdwenen en in 1848 namen de inwoners van Syracuse deel aan de mislukte Siciliaanse Revolutie.