Němeček pelasi Tšekkoslovakian maajoukkueessa 40 maaottelua, joissa hän teki viisi maalia, ja Tšekin maajoukkueessa 20 maaottelua, joissa hän teki yhden maalin. Tšekkoslovakian yltäessä MM-kilpailuissa 1990 puolivälieriin Němeček pelasi avauskokoonpanossa kaksi alkulohko-ottelua ja tuli vaihdosta kentälle puolivälieräottelussa Länsi-Saksaa vastaan. EM-kilpailuissa 1996 Tšekin maajoukkue saavutti hopeaa ja Němeček tuli vaihdosta kentälle kahdessa alkulohko-ottelussa sekä pelasi avauskokoonpanossa puolivälierässä Portugalia vastaan ja välierässä Ranskaa vastaan.