Во время немецко-фашистской оккупации гитлеровцы выселили немолодого уже учёного из его квартиры, поселив в плохо отапливаемое помещение. В 1943 году он тяжело заболел, а девятого октября 1944 года, уже после освобождения Львова, Садых-бек Агабекзаде скончался. До последних дней за учёным присматривали его ученица Ольга Бак и её муж.