Federasi Malaysia mengadapi penentangan dari Filipina, Indonesia, Partai Rakyat Brunei, dan Organisasi Komunis Clandestine (OKC). Filipina dan Indonesia mengklaim bahwa Inggris akan "me-neokolonialisme-kan" negara-negara Borneo melalui federasi tersebut. Sementara itu, A. M. Azahari, pemimpin Partai Rakyat Brunei, mengadakan Pemberontakan Brunei pada Desember 1962 dalam rangka menolak federasi Malaysia. Azahari mengambil wilayah Limbang dan Bekenu sebelum dikalahkan oleh pasukan militer Inggris yang dikirim dari Singapura. Mengklaim bahwa pemberontakan Brunei adalah bukti penentangan solid terhadap federasi Malaysia, Presiden Indonesia Sukarno memerintahkan sebuah konfrontasi militer dengan Malaysia, mengirim para sukarelawan bersenjata dan kemudian pasukan militer ke Sarawak. Sarawak menjadi flashpoint pada masa konfrontasi Indonesia–Malaysia antara 1962 dan 1966. Konfrontasi semacam itu meraih dukungan kecil dari orang-orang Sarawak kecuali untuk OKC. Ribuan anggota OKC datang ke Kalimantan dan dilatih oleh Partai Komunis Indonesia. Pada masa konfrontasi tersebut, sekitar 10,000 sampai 150,000 pasukan Inggris ditempatkan di Sarawak, bersama dengan pasukan Australia dan Selandia Baru. Saat Suharto menggantikan Sukarno sebagai presiden Indonesia, negosiasi dimulai kembali antara Malaysia dan Indonesia yang berujung pada akhir konfrontasi pada 11 Agustus 1966. Pada 1967, sebuah perjanjian baru ditandatangani yang meminta siapapun yang berharap untuk melintasi perbatasan SarawakKalimantan untuk melakukan pengecekan di pos kontrol perbatasan.