Il est le disciple d'Ambroise Paré avec qui il travaille comme chirurgien ordinaire du Roi lorsque Paré est lui-même Premier chirurgien de Charles IX et d'Henri III de France. Il participe avec lui à la Bataille de Dreux en 1562 et à celle de Moncontour en 1569. Cependant, malgré ses succès en tant que chirurgien, Pigray n'est pas partisan de la suture des artères qu'a mis au point Paré et qui va devenir répandue notamment en chirurgie de guerre. Pigray va se retrouver ainsi dans une polémique entre Paré et Julien Le Paulmier.