Nel 1376 Callipoli fu definitivamente conquistata dagli Ottomani; a causa della diminuzione della popolazione cristiana la sede venne retrocessa a semplice diocesi suffraganea di Eraclea. Un documento patriarcale del 1715 attesta l'unione di Callipoli con la sede di Madito. La diocesi di Callipoli e Madito fu elevata a sede metropolitana nel dicembre 1901. Sul finire della guerra greco-turca, nell'ottobre del 1922 i greco-ortodossi che abitavano la regione furono fatti evacuare verso la Grecia, prima dell'occupazione definitiva dell'esercito turco. Oggi non esistono più cristiani nell'area dell'antica sede metropolitana di Callipoli e Madito.