Dürich se nicméně v dubnu 1916 stal předsedou "Svazu československých spolků na Rusi" a hlavní aktivity spolku se přesunuly do Kyjeva. Po komplikovaných okolnostech přerušení spolupráce Masarykovy skupiny s Dürichem se Girsa stal důležitou postavou československých osamostatňovacích snah v Rusku. Úzce spolupracoval s Masarykem, který se po únorové revoluci 1917 přesunul do Petrohradu a zůstal zde až do podzimu téhož roku. Roku 1917 byl Girsa zvolen předsedou "Svazu československých spolků na Rusi" předsedou Odbočky Národní rady československé v Rusku. V listopadu 1917 proběhl v Ruském impériu socialistický převrat a vládu nad zemí přebrala komunistická vláda v Moskvě. V březnu 1918 se do Moskvy Girsa spolu s členy ONRČ přesunul, aby po uzavření separátního míru v Brestu-Litevském jednal se sovětskou vládou o odchodu bojujících Čechů a Slováků z Ruska do Francie. Po selhání těchto jednání pak na základě osobního pověření od Masaryka odcestoval s jednotkami pod velením generála M. K. Diterichse do Vladivostoku, aby zde ve spolupráci s V. Houskou a Vladimírem Hurbanem připravil půdu pro evakuační plán jednotek do vlasti námořní cestou. Vojska československých legií pak byla pro návrat do vlasti podstoupit tzv. Sibiřskou anabázi a vrátit se do posléze vzniknuvšího Československa přes Vladivostok a následně mořskou cestou kolem Asie do Evropy. Girsa byl ve Vladivostoku klíčovou postavou pro organizaci a řízení ústupu. V listopadu 1919 byl po odvolání Bohdana Pavlů na Sibiř pověřen zastupováním československé vlády v Rusku.