L'un des exemples de coordinations survient lorsque l'armée du Potomac de McClellan est embourbée à l'est de Richmond. Halleck doit rapatrier l'armée de la péninsule pour soutenir l'armée de Pope qui protège Washington. McClellan ne s'unifie pas avec Pope, ce qui aboutit au désastre de la deuxième bataille de Bull Run. Néanmoins, lors de cette occasion, le général Herman Haupt, responsable du transport ferroviaire, gagne la confiance de Halleck en parvenant à évacuer le reste de l'armée de Pope.