בנוסף, הקו הירוק יצר מצב בו מרבית מקורות המים של ישראל (חלק ממקורות הירדן, אקוויפר ההר והכנרת) נמצאו בשליטה ערבית. מכיוון שלא הושג סיכום מפורש על כך, החליטו מדינות ערב לבצע הטיה של המים, מה שהביא בסופו למלחמה על המים באמצע שנות השישים.