Esordisce con i biancocelesti il 29 agosto 1993 contro il Foggia. Durante la prima stagione, in cui la Lazio è allenata da Dino Zoff, disputa tutti gli incontri ufficiali sia in campionato che nelle coppe. La stagione 1994-1995 vede l’arrivo sulla panchina della Lazio di Zdeněk Zeman, allenatore che predilige una difesa più distante dalla porta. La Lazio conclude la stagione al secondo posto insieme al , mentre nelle coppe raggiunge le semifinali di Coppa Italia e i quarti di Coppa UEFA. La stagione successiva vede la squadra finire al terzo posto insieme alla . Il 29 ottobre 1995, durante Lazio- 4-0, Marchegiani sul finire del primo tempo subisce un infortunio al ginocchio sinistro che lo terrà fuori fino a metà gennaio.