В отличие от многих приближённых императрицы, Кутузов сумел удержаться при новом императоре Павле I и оставался при нём до последнего дня его жизни (в том числе ужинал вместе с ним накануне убийства). В 1798 году произведён в генералы от инфантерии. Успешно выполнил дипломатическую миссию в Пруссии: за два месяца пребывания в Берлине сумел привлечь её на сторону России в борьбе против Франции. 27 сентября 1799 года Павлом I назначен командующим экспедиционным корпусом в Голландии вместо генерала от инфантерии И. И. Германа, который был разбит французами при Бергене и взят в плен. Награждён орденом Святого Иоанна Иерусалимского. По пути в Голландию был отозван в Россию. В 1799—1801 годах был Литовским генерал-губернатором. 8 сентября 1800 года, в день окончания военных манёвров в окрестностях Гатчины, император Павел I лично вручил Кутузову Орден Святого Андрея Первозванного. По воцарении Александра I был назначен Санкт-Петербургским и Выборгским военным губернатором, а также управляющим гражданской частью в указанных губерниях и инспектором Финляндской инспекции.