Во время своей карьеры как игрок Брюкнер играл за «Сигму» Оломоуц и «Баник» Острава. Затем он тренировал «Баник» и юношескую команду Чехии. Став главным тренером основной чешской сборной после её провала в квалификации к ЧМ 2002 под руководством Йозефа Хованца, Брюкнер не пропустил со своей сборной ни одного крупного международного турнира и вывел её на второе место в рейтинге ФИФА. Впервые за шестнадцать лет Чехия в 2006 приняла участие в Чемпионате мира. Несмотря на неожиданный невыход из группы, договор Брюкнера был продлён на два года.