Da das Baltikum mittlerweile von deutschen Truppen besetzt war und zum Gebiet des Oberbefehlshabers Ost gehörte, konnte Hoerner 1918 mit seiner Frau nach Gut Ihlen zurückkehren. In den Bürgerkriegsjahren 1919 und 1920 nahm er als Offizier in der 3. Kompanie der Baltischen Landeswehr am Lettischen Unabhängigkeitskrieg teil. Von November 1919 bis April 1920 gab er neun Ausgaben der Kompaniezeitschrift "Die Leuchtpistole" heraus. Er trug kolorierte Zeichnungen und umfangreiche Analysen der militärisch-politischen Situation im Baltikum bei. Seine Kriegserlebnisse stellte er 1922 in seiner ersten Einzelpublikation "Villa Gudrun" dar.