FIFA 프로게이머 생활을 은퇴한 후 이지훈 단장은 KT 롤스터의 수습코치로 활동 중 김철 감독의 경질로 2008년 KT의 감독으로 선임되었다. 이후 감독으로 승격한 이지훈 단장은 이영호를 슈퍼스타 게이머로 육성하는 데 성공하고 MSL 우승자 출신인 박지수를 영입하는 한편 타 팀 출신이 아닌 순수 KT 소속 선수인 우정호와 김대엽의 성장을 지켜보았다. 그리고 김대엽 우정호 고강민 등 튼튼한 라인업으로 팀의 리빌딩에 성공하게 된다. 그러던 중 소속팀 선수인 박찬수가 승부조작사건에 연루되며 팀에서 방출되면서 팀에 위기가 찾아오지만 팀을 재정비하여 09-10 위너스 리그 우승과 팀의 숙원인 09-10 프로리그에서 라이벌인 T1을 잡아내며 통합 우승이자 팀 창단 첫 프로리그 우승을 차지하면서 명장 반열에 올라섰다. 10-11 프로리그가 한창이던 2011년 1월 26일 팀 내 프로토스 에이스 중 하나였던 우정호가 급성 백혈병 판정을 받으면서 다시 위기가 찾아오는 듯하였으나 정규시즌 3위를 거둬 준플레이오프 진출권을 따낸 뒤 결승까지 팀을 진출시켰고 마침내 결승에서 또다시 T1을 제압하고 2회 연속 우승을 차지하게 된다. 2011년 8월 20일 오랜 연인이었던 김나영씨와 결혼식을 올렸다. 2010년과 2011년 2연속으로 올해의 감독상을 수상하였고 이후 2012년 10월 리그 오브 레전드 팀을 창단하였으며 이 중 과거의 행실이 좋지 않은 원준호를 영입했으나 현재는 철저한 관리를 통해 좋은 성적을 내는 리그 오브 레전드 게이머로 육성하고 있다. 그러나 2013년 2월 팀에서 방출되었다. 2014년 2월 18일 KT 롤스터의 리그 오브 레전드 종목 전담 감독으로 보직이 변경되며 리그 오브 레전드 월드 챔피언십 2014 우승을 거머쥔 뒤 KT 롤스터 전체 총괄 감독으로도 배정되었다. 그러나 2017년 10월 24일 이지훈 단장은 최근 2년 연속 롤드컵 진출 진출에 실패하며 부진을 책임지고 감독직에서 자진사퇴하게 되었다. 이에 KT 롤스터는 이지훈 단장의 그 동안의 노고를 기리고 감사의 마음을 전하고자 선수단과 단장이 참석한 가운데 퇴임식을 갖고 감사패와 행운의 황금열쇠를 전달하였다.