Второй этап относят к 1054 году (взаимное предание анафеме римского легата Гумберта и Патриарха Константинопольского Михаила Кирулария). Ухудшение отношений между Папой и Патриархом в это время некоторые историки связывают со стремлением папства подчинить своей власти церкви Южной Италии, традиционно входившей в состав сначала Великой Греции, а затем и Византии. Некоторые историки считают главной причиной разрыва претензии Константинопольского Патриарха на главенство во всей христианской Церкви, а другие — желанием Папы Римского подчинить своей светской власти юг Италии. Также причиной стоит считать то, что Папа открыто заявил о том, что всякая Церковь, не согласная в чём-либо с Католической, перестаёт быть Церковью и становится ничем. Окончательно разрыв был закреплён в 1204 году взятием крестоносцами Константинополя в результате Четвёртого крестового похода (1202—1204 гг.).