Den 5 april påbörjade VRS belägringen av Sarajevo som varade ända tills fredsslutet och krävde cirka 12000 dödsfall, varav de flesta var civila i staden. Även staden Mostar utsattes för en 18 månader lång belägring under 1992 och 1993. I östra Bosnien påbörjade JNA, VRS, serbisk lokalpolis och serbiska paramilitära grupper en etnisk rensning av den ickeserbiska befolkningen. Systematiskt brändes hus och egendom ner och samtidigt då dess invånare, främst bosniaker, utsattes för våld som i en del fall resulterade i dödsfall. Samtidigt inrättades separata läger för att hålla tillfångatagna män och kvinnor. I dessa läger, som sällan var särskilt sanitära, förekom gruppvåldtäkter och mord. I främst västra Bosnien skedde en liknande etnisk rensning men med betydligt mindre dödsfall då den ickeserbiska befolkningen fördrevs ut i stora flyktingvågor. Samtidigt flydde den serbiska befolkningen som bodde i områden som kontrollerades av kroater eller bosniaker till områden som hölls av serberna. Den etniska rensningen nådde sitt klimax i juli 1995 då VRS och serbiska paramilitära grupper deltog i massakern i Srebrenica då cirka 8000 män av bosniakisk härkomst mördades.