In der Zwischenzeit fanden mit den Verhandlungen und dem Abschluss des Friedensvertrags von Brest-Litowsk und der vom Heer des deutschen Kaiserreiches unter dem Namen Operation Faustschlag durchgeführten Besetzung der Ukraine überregionale Vorgänge statt, die zusammen mit spontanen Aufständen der Donkosaken im April und Mai 1918 in einem erneuten Machtverlust der Bolschewiki in der Donregion resultierten. Die Roten Garden waren nicht in der Lage, den vorrückenden deutschen Truppen sinnvoll militärischen Widerstand zu leisten. Vom 7. bis zum 8. Mai 1918 wurde Rostow am Don von der deutschen 20. Landwehr-Division gewaltsam besetzt. Die deutschen Truppen nahmen Verbindung zu den weißen Kosaken auf, die am 18. Mai mit deutscher Unterstützung eine unabhängige Republik der Donkosaken ausriefen. Der Präsident der Don Sowjetrepublik Podtjolkow versuchte ab dem 1. Mai 1918 erfolglos mit einer kleinen Abteilung erneut Freiwillige für den Kampf gegen die weißen Kosaken und die deutschen Truppen zu werben. Podtjolkow wurde jedoch von weißen Kosaken gefangengenommen und am 10. Mai 1918 hingerichtet. Die weitere Führung der Don Sowjetrepublik wurde aus Rostow nach Zarizyn evakuiert und setzte ihre Arbeit dann bis Juni 1918 in der Staniza Welikoknjascheskaja fort. Bis Mitte August 1918 eroberte die weiße Donarmee das gesamte Territorium des Don-Kosakenheers und die in die Oblast Woronesch geflohene Regierung der Don Sowjetrepublik löste sich auf. Obwohl die Don Sowjetrepublik bereits ab Mai 1918 de facto nicht mehr existierte, nahm Syrzow bis zum August 1918 weiterhin formal die Position des stellvertretenden Vorsitzenden dieser Republik ein.