Am 14. März 2007 wurde Naldo erstmals für die "Seleção" nominiert. Gemeinsam mit seinem Vereinsmitspieler Diego wurde Naldo für die Test-Länderspiele der Nationalmannschaft gegen die Auswahl der Türkei und die von England sowie für die Südamerikameisterschaft berufen, die vom 26. Juni bis 15. Juli 2007 in Venezuela stattfand. Er debütierte am 1. Juni 2007 im neuen Wembley-Stadion beim 1:1 gegen England in der Startelf. Im folgenden Monat gewann er mit der Mannschaft die Südamerikameisterschaft, konnte sich jedoch trotz seiner guten Leistungen in der Bundesliga nicht in der Nationalmannschaft etablieren. Sein viertes und bislang letztes Länderspiel bestritt Naldo noch im August desselben Jahres. 2009 wurde er von Dunga zwar wieder für die Nationalmannschaft nominiert, kam jedoch nicht zum Einsatz.