Carlo non era in Francia ai tempi della Notte di san Bartolomeo, ma partecipò all'assedio di La Rochelle l'anno dopo, quando fu creato duca e pari di Francia. Seguì Enrico di Valois, duca d'Anjou (futuro Enrico III di Francia), in Polonia dopo la sua elezione a re, ma presto tornò in patria per divenire uno tra i più energici sostenitori e colonnelli di suo fratello Enrico Duca di Guisa.