כאשר פרצה מלחמת העולם השנייה, בעוד ההסכם בתוקף, לא פעלה ממשלת עיראק על פי הוראות ההסכם. היא ניתקה את היחסים עם גרמניה הנאצית, אך לא הכריזה עליה מלחמה. משנכנסה איטליה הפשיסטית למלחמה, לא טרחה ממשלת עיראק אף לנתק איתה את היחסים. באפריל 1941 עלתה לשלטון בהפיכה צבאית ממשלה פרו נאצית בראשות רשיד עאלי אל-כילאני. הממשלה גירשה את העוצר הפרו בריטי עבד אל-אילה, ששלט בשמו של המלך פייסל השני שהיה פעוט. לאחר מכן דרשה את ביטול ההסכם, ואת סילוק הצבא הבריטי משטחי עיראק. במאי 1941 פרצה המלחמה האנגלו-עיראקית בה פלשו צבאות בריטניה ובעלות בריתה לשטחי עיראק, הביאו לסילוק אל-כילאני והחזירו את השושלת ההאשמית לשלטון. הבריטים שלטו בעיראק שלטון צבאי, למעשה, במשך יתר ימי המלחמה.