Został aresztowany po rewolucji 10 sierpnia, lecz udało mu się uciec. Podczas przewrotu 9 Thermidora (27 lipca 1794 roku), który doprowadził do aresztowania i stracenia Robespierra, Michel Regnaud został administratorem szpitala wojskowego w Paryżu. Jego zdolności organizacyjne doprowadziły do zwrócenia na niego uwagi przez Napoleona, co poskutkowała wzięciem przez niego udziału w przewrocie 18 Brumaire’a (9 listopada 1799 roku).