Перед початком Другої світової війни, 26 серпня 1939 року, Фріц Губерт Грезер призначений командиром 29-го піхотного полку, на чолі якого бився у Польській та Французькій кампаніях. Літом 1941 року зі своїм полком вторгається на територію Радянського Союзу, веде бої у Прибалтиці. 11 липня 1941 отримав важке поранення й відправлений на лікування до шпиталю. В госпіталі оберстові ампутували ліву ногу, важку травму отримало праве коліно; після операції тривалий час він перебував на реабілітації та згодом його зарахували до резерву фюрера.