Ionel Ganea a debutat la prima reprezentativă a României la data de 3 martie 1999, într-un meci împotriva Estoniei, în care a și marcat ambele goluri ale victoriei României cu 2-0. A evoluat pentru România la EURO 2000, marcând golul victoriei împotriva naționalei Angliei, în ultimul meci din grupă, dintr-un penalti venit în minutele de final. A jucat în total 45 de meciuri la națională și a înscris 19 goluri.