1 апреля 1861 года в соответствии с Конституцией 1858 года президентом Гранадской конфедерации стал генеральный инспектор страны Бартоломе Кальво, который назначил Мальярино министром внешних сношений. Однако в стране шла гражданская война, которую правительство проиграло, поэтому Мальярино пробыл в новой должности лишь до 10 июля.