Han hade tidigare varit politiskt aktiv för Folkpartiet i Danderyds kommun 1976–1990. Efter den borgerliga valsegern 2006 utsågs Honeth till statssekreterare för forskning och högre utbildning i Utbildningsdepartement, som till en början leddes av Lars Leijonborg, och senare Jan Björklund med Leijonborg som högskole- och forskningsminister (fram till 2010). Efter att Leijonborgs efterträdare på posten som forsknings- och högskoleminister Tobias Krantz lämnade regeringen efter valet 2010, var Jan Björklund som utbildningsminister också ansvarig för forskning och högre utbildning. Honeth ansågs då som statssekreterare haft stort inflytande på Utbildningsdepartementet. Han kvarstod som statssekreterare till hösten 2014.