Unionin sotaonni kääntyi, kun Konfederaation joukot kärsivät tappion toukokuussa New Orleansissa ja heinäkuussa Gettysburgissa sekä Vicksburgissa. Neljä ja puoli kuukautta Gettysburgin taistelun jälkeen Lincoln piti kuuluisan Gettysburgin puheen, jossa hän ennusti muun muassa, että Yhdysvaltain demokratia ”syntyy uudelleen” ja että maan edustuksellinen demokratia selviää sisällissodasta. Voitokkaiden taistelujen jälkeen Lincolnin täytyi alkaa pohtia Konfederaation osavaltioiden liittämistä takaisin Unioniin. Lopulta päädyttiin malliin, jonka mukaan Konfederaatiossa olleita osavaltioita ei rangaistaisi erosta. Korkea-arvoisia virkamiehiä ja sotilaita lukuun ottamatta kaikki Konfederaation asukkaat saivat presidentin armahduksen, kunhan kielsivät orjuuden ja lausuivat uskollisuusvalan. Näiden lupausten ansiosta heikoilla olleet Konfederaation osavaltiot liittyivät yksi toisensa jälkeen Unioniin. Sota päättyi virallisesti kenraali Leen antautumiseen 9. huhtikuuta 1865. Lupauksista huolimatta muutokset olivat paikoin vain näennäisiä: esimerkiksi Louisianassa vapautettujen mustien matkustusoikeutta rajoitettiin, heille ei annettu kansalaisoikeuksia ja valtaosa heistä joutui työskentelemään samoilla puuvillapelloilla kuin ennenkin minimaalisilla palkalla. 11. huhtikuuta Lincoln piti puheen, jossa hän lupasi parantaa mustien oikeuksia muun muassa antamalla äänioikeuden osalle mustista, pääasiassa tilanomistajille.