Sytuacja w Afganistanie diametralnie zmieniła się po ataku na World Trade Center. Dwa dni wcześniej, 9 września 2001, w zamachu zginął Masud. Stany Zjednoczone prawie natychmiast po 11 września zażądały od talibów wydania Osamy bin Ladena. Ci odrzucili amerykańskie żądanie, więc w październiku wojska USA rozpoczęły ataki (głównie lotnicze) na ich oddziały. W myśl planów wojennych Pentagonu Sojusz stał się cennym sprzymierzeńcem. Jego wojska, korzystając z zagranicznej pomocy – teraz także amerykańskiej, zaatakowały talibów. Do stycznia 2002 siły talibów i Al Kaidy bin Ladena zostały pobite, a ich opór sprowadzony został do walki partyzanckiej.