ב-21–22 ינואר 1941 פרץ בבירה מרד הלגיונרים שלא רצו לחלק שוב את השלטון עם אנטונסקו ועם הצבא. הם ניסו להדיח את הגנרל אנטונסקו ומרידתם התלוותה בפרעות נגד היהודים . 120 מבני מיעוט זה נרצחים בבוקרשט אחרי השפלות ועינויים. בתי כנסת וחנויות רבים עולים באש. הגנרל אנטונסקו, שנהנה הפעם מתמיכתו של היטלר ושל השגרירות הגרמנית, דיכא את המרד וגירש את הלגיונרים. שלטונו הצבאי הרודני המשיך לנהל את רומניה ללא מפלגה שלטת כלשהי עד אוגוסט 1944. ביוני 1941 הוא צירף את רומניה למבצע ברברוסה של כיבוש ברית המועצות על ידי גרמניה, זאת בשם "המלחמה הקדושה" לשחרור השטחים בבסרביה ובצפון בוקובינה שסופחו על ידי הרוסים. בעקבות הכיבושים במזרח, לרבות כיבוש אודסה, אנטונסקו הכריז עצמו מרשל.