L'attuale città (Nueva Toltén) ha sostituito la vecchia Toltén, posta alla foce dell'omonimo fiume, fondata nel 1866 e rasa al suolo dallo tsunami causato dal Terremoto di Valdivia del 1960. Era un villaggio di pescatori e avamposto per i contatti della città di Valdivia con i Mapuches sulla riva nord del fiume.