Henrik Johan Nauckhoff, född 13 oktober 1744 i Kila, död 18 februari 1818 i Stockholm, var en svensk sjömilitär. Nauckhoff deltog som frivillig i franska flottan under amerikanska frihetskriget och utmärkte sig i flera strider mot engelska sjöstyrkor. Hemkommen till Sverige 1783 utnämndes han till major i svenska flottan. Fem år senare deltog han i och tjänstgjorde som fartygschef i sjöslagen vid Hogland 1788 och Öland 1789. Kort efter det förstnämnda slaget befordrades Nauckhoff till överstelöjtnant. Under det Viborgska gatloppet 1790 fick kantrade Nauckhoffs fartyg, efter att ha fått tre grundskott och hela besättningen, inklusive Nauckhoff själv, tillfångatogs av ryssarna. Han utväxlades efter freden samma år och befordrades 1793 till överste.