پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ شورای امنیت سازمان ملل در هجدهم ژوئیه ۱۹۸۸ میلادی، توسط ایران، برای آتش‌بس جنگ هشت ساله بین این کشور و عراق، در ۲۴ ژوئیه، سازمان مجاهدین خلق، برای براندازی دولت اقدام به حمله‌ای گسترده به مرزهای غربی و جنوب غربی ایران تحت عنوان «عملیات فروغ جاویدان» نمود و جمهوری اسلامی در پاسخ به این حمله، «عملیات مرصاد» را به اجرا گذاشت. اگرچه عملیات نظامی مجاهدین به راحتی توسط نیروهای ایرانی خنثی شد، امّا دستاویزی برای مقامات حکومتی فراهم کرد تا بسیاری از مخالفان سیاسی از جمله مجاهدین را که چندین سال پیش از آن دستگیر و محکوم شده بودند را به صورت فیزیکی حذف نمایند. حسین‌علی منتظری، که هنگام اعدام‌ها از مقامات بلندپایهٔ جمهوری اسلامی و قائم مقام رهبری بود، بعدها در خاطرات خود مطالبی دربارهٔ آن اعدام‌ها نگاشت که نشان می‌دهد دستور اعدام تمامی زندانیان سیاسی که تا آن زمان بر عقیدهٔ خود پابرجا بودند، توسط خمینی، در اواخر تابستان سال ۱۳۶۷ صادر شده‌است. بنا به گزارش سازمان دیده‌بان حقوق بشر، این اعدام‌ها که در اقصی نقاط ایران به انجام پیوست، اغلب در نقاطی بسیار دور از محل حمله و شامل زندانیان سیاسی از جمله تعداد نامعلومی زندانیان عقیدتی که پیشتر سال‌ها در زندان به سر می‌برده‌اند بوده‌است. بدین دلیل این افراد نمی‌توانستند نقشی در حمله یا جاسوسی ایفا کرده باشند. بسیاری از آنان پیش از اعدام، محاکمه و به مدت‌های مختلفی به حبس در سال‌های آغازین دههٔ هشتاد محکوم شده بودند و در فعّالیت‌های غیرخشونت‌آمیز از جمله پخش روزنامه یا اعلامیه یا تظاهرات شرکت داشتند و بسیاری نیز در زمان دستگیری دانشجو یا دانش‌آموز و کم سن و سال بوده‌اند. سازمان عفو بین‌الملل طی سال ۱۹۸۱ این اعدام‌ها را ثبت کرده‌است. گزارش‌ها حاکی است که محاکمه‌ها در صورتی که اصلاً محاکمه‌ای در کار می‌بود، شتاب‌زده انجام می‌شد و به متهمان امکان تعیین وکیل یا دفاع از خود داده نمی‌شد. در میان قربانیان آن سال تعداد زیادی از نوجوانان و زنان وجود داشتند اکثریت اعدام‌شدگان آن سال از هواداران سازمان مجاهدین خلق بودند، اما صدها عضو و هوادار گروه‌های سیاسی دیگر از جمله سازمان چریک‌های فدایی خلق ایران (جناحهای مختلف)، حزب توده، حزب دموکرات کردستان، راه کارگر و دیگران نیز به‌همراه آنان اعدام گشتند.