Tras el Pacto de Zanjón, se unió a uno de los clubes "que propiciaron el esfuerzo patriótico" que originó la Guerra Chiquita (1879 - 1880), campaña que contó también con la participación de Matías. Tras esto se incorporó al Ejército Libertador en Cuba el 15 de marzo de 1895. En el sur de la provincia oriental - que sería después el territorio del Primer Cuerpo del Ejército Libertador -, Vega trabajó en la organización de las tropas, lo que propició su nombramiento como General de Brigada el 22 de julio de 1895, tras haberse construido las estructuras de mando en la nueva campaña.