後に、教皇領は十字軍期に多くの船舶造船を援助した。また自らもいくつかの艦隊を設立した。コンスタンティノープルの陥落後、ヴェネツィアなどに助力し、オスマン帝国相手に戦った。トスカーナと聖ヨハネ騎士団からの傭兵や義援兵の艦隊と共に、教皇領海軍の１つの艦隊はレパントの海戦に参加した。また、教皇領海軍はヴェネツィアの対オスマン帝国戦争を援助した。