V roce 1938 byl Baum (tak jako všichni Židé) z "Prager Presse" propuštěn a nadále byl odkázán už jen na finanční podporu nadace „American Guild for German Cultural Freedom“. 16. března 1939, po zřízení Protektorátu Čechy a Morava, se všechny jeho spisy dostaly na index. Jeho úsilí vycestovat do Palestiny, která v té době byla ještě pod britskou mandátní správou, bylo neúspěšné. Přesto byl ochoten dalším pronásledovaným v Praze pomáhat a „v řadě případů přispěl dokonce k jejich záchraně“. V roce 1941 Oskar Baum onemocněl a po jedné z operací v pražské židovské nemocnici (dnešní budova Židovského muzea v sousedství Španělské synagogy) 1. března 1941 zemřel. O tři dny později byl pohřben na Novém židovském hřbitově na Olšanech. Jeho manželka Margarete byla následně deportována do tzv. ghetta Terezín, tam 27. srpna 1943 přišla o život. Jejich jedinému synovi Leopoldovi (Leo) Baumovi se podařilo utéct do Palestiny, kde krátce působil jako úředník britské mandátní správy, než se stal obětí bombového atentátu na hotel Krále Davida v Jeruzalémě, který provedla odbojová skupina Irgun.