La carriera politica di Honecker ha avuto inizio nel 1930 quando è diventato funzionario del Partito Comunista tedesco, una posizione per la quale durante il nazismo è stato imprigionato. Dopo la Seconda guerra mondiale venne liberato e subito rilanciò la sua attività politica, fondando, nel 1946, l'organizzazione giovanile della Libera Gioventù Tedesca e divenendo presidente del gruppo fino al 1955. Come Segretario del Comitato centrale del partito nel nuovo Stato tedesco orientale, era l'organizzatore principale della costruzione del muro di Berlino nel 1961, e, in questa funzione, deteneva la responsabilità sull'"ordine di sparare" lungo il confine interno tedesco.