En el seu debut va tenir per company d'equip al campió de la Formula 3000 de 1999, Nick Heidfeld. Tot i demostrar tenir un alt ritme Felipe va cometre bastantes errades al perdre diverses vegades el control del cotxe. Va sumar 4 punts incloent un 5è lloc al Gran Premi de Catalunya del 2002. Més tard va ser sancionat al GP dels Estats Units del 2002 i això va permetre entrar a l'equip a Heinz-Harald Frentzen. Massa va tornar al circuit de Suzuka però Frentzen ja va ser confirmat com a company de Heidfeld per al 2003. Després que Jordan li negues un sseient Massa va passar a ser el pílot de proves de Ferrari.