هنگام سخنرانی محمد خاتمی در الازهر، طنطاوی در کنار او حضور داشت. وی همچنین دیدارهایی را با مقامات ایران از جمله علی لاریجانی و حداد عادل داشته‌است. او همچنین با ساخت شعبه الازهر در تهران موافقت کرده‌است. از سوی دیگر طنطاوی پس از ساخت مستند اعدام فرعون درایران که به ماجرای ترور انور سادات رئیس‌جمهور سابق مصر می‌پردازد اعلام کرد که این فیلم باید آتش زده شود.