В те же годы выступал за сборную Уругвая. В 1907—1908, а также в 1909—1910 годах Бертоне выводил сборную в качестве капитана команды, а поскольку на тот момент ещё не было должности главного тренера, он фактически выполнял роль играющего тренера в этих поединках. За этот период он пропустил одну игру против Аргентины, состоявшуюся 4 октября 1908 года в Буэнос-Айресе, в которой капитаном был Хуан Пена. Всего за сборную Уругвая с 21 октября 1906 по 15 августа 1910 года Бертоне провёл 11 матчей. Единственный гол за национальную команду Бертоне забил 15 августа 1908 года в ворота аргентинцев в домашнем поединке за Кубок Липтона на Парк Сентрале. Гол на 75-й минуте позволил уругвайцам сравнять счёт — 2:2 — этот результат стал итоговым. В 1910 году в составе сборной принял участие в Кубке Столетия Майской революции, ставшим предшественником современного Кубка Америки, и занял на турнире второе место.