1899年以降はエジプトとイギリスの両国による共同統治下の「英埃領スーダン」となった。南部スーダンを支配していたイギリスは、南部をウガンダと統合させようと望んだが、1947年のジュバ会議での合意により南北スーダンの統合が決められた。1955年ジュバでの南部兵士の反乱が第一次スーダン内戦（1955年 - 1972年）に発展し1972年まで続いた。第二次スーダン内戦（1983年 - 2005年）中もジュバは多くの戦いの焦点となった要衝であり、北部による要塞都市と化していた。2005年にスーダン人民解放軍がジュバを制圧し、包括的和平合意により臨時首都のルンベクに代わり南部スーダンの恒久的首都とされた。和平によりケニアに置かれていた国際連合人道問題調整事務所 (OCHA) などの南部スーダンでの任務のための国連の施設や NGO がジュバに移転し OCHAキャンプと呼ばれており、国連関係者や復興事業の関係者がジュバに集まっている。2011年7月9日に分離独立を果たすとその首都となった。