2002年10月12日のバリ島の爆弾テロ事件、2004年9月9日のジャカルタ・オーストラリア大使館付近での爆弾テロ事件、2005年10月1日のバリ島の爆弾テロ事件などがJIの犯行であるとされている。ハリド・シェイク・モハメド逮捕後はアル・カーイダでナンバー3の地位にあったハンバリは2005年にCIAとタイ警察によって逮捕され、その他のJIの幹部もインドネシア国家警察の対テロ特殊部隊（）などに相次いで逮捕・射殺され組織は一時的に弱体化した。しかし、インドネシア警察当局は2009年7月17日にジャカルタで発生したJWマリオット・ホテルとリッツ・カールトン・ホテル連続爆破事件も、組織のさらなる弱体化を懸念したバシル師の穏健路線に不満を持つ強硬派の犯行とする見解を発表している。