Da eine Annäherung zur evangelischen Seite vollzogen war, traten die Herzöge im April 1536 dem Schmalkaldischen Bund bei. Nach dessen Niederlage im Schmalkaldischen Krieg kamen sie in eine unangenehme Lage, da sie zwar keine Kriegsteilnehmer, aber doch Gegner des Kaisers Karls V. gewesen waren. Gegen Zahlung einer Geldbuße konnten sie Sanktionen verhindern. Nach dem Tod Philipps führte Barnim bis zur Volljährigkeit von dessen Sohn die Amtsgeschäfte in Pommern-Wolgast weiter. Da er ohne männliche Nachkommenschaft war, übertrug er im Erbvertrag von Jasenitz am 3. Februar 1569 Johann Friedrich die Regierung in Stettin und Ernst Ludwig die Regierung in Wolgast, wobei dem minderjährigen Neffen Kasimir eine Anwartschaft auf dem Bischofsstuhl in Cammin eingeräumt wurde, den man bereits an die Herzogsfamilie gebunden hatte.