Poco amato da Joseph Goebbels, alla fine degli anni trenta si recò a Vienna per dirigere alla Staatsoper, ignorando il divieto imposto dai nazisti agli artisti tedeschi di lavorare in Austria. Nel frattempo, iniziò a farsi apprezzare al Festival di Salisburgo. Knappertsbusch continuò a lavorare a Vienna e Salisburgo anche durante l'occupazione tedesca dell'Austria.