Da freden så brat blev brudt 1848, have de unge magthavere næppe tænkt på at gøre Moltke – soldaten fra den gamle skole – til overgeneral, men de ville dog udbytte hans kendskab til personer og forhold i Jylland for at "vække og animere Folkeaanden". Han fik det hverv at rejse en folkevæbning, "Det jyske Reservekorps", men da det straks efter blev betydet ham, at målet kun var det at berolige den stærke spænding i sindene, var folkevæbningen dermed opgivet. Moltke fik så det jyske generalkommando, der blev adskilt fra det fynske, men tjenesten bag fronten tiltalte ikke den gamle troupier. Efter indstændig begæring fik han endelig aktiv kommando, og ærlig og loyalt tjente han under de langt yngre overgeneraler Gerhard von Krogh og Frederik Bülow (denne blev 1809 sekondløjtnant i det regiment, hvor Moltke allerede var kaptajn fra 1804). 23. april 1849 rykkede han i spidsen for sin brigade (4.) frem ad den stærkt beskudte landevej til Kolding; 7. maj samme år deltog han i fægtningen ved Gudsø, og Fredericiaslaget bragte ham Storkorset – med forbigåelse af overgeneralen Bülow! Medens Moltke den følgende vinter var kommanderende general i Nørrejylland, blev han udset til overgeneral i tilfælde af brud på våbenhvilen. 1850 åbnede Moltke med sin 1. division Istedslaget ved dagen forinden at trænge fjenden bort fra forterrænet, og under slaget udførte han ad chausseen den afgørende storm.