W styczniu 1999 Vuk Drašković przyjął propozycję Slobodana Miloševicia wejścia do rządu Jugosławii, obejmując tekę wicepremiera. Odwołany został w kwietniu tegoż roku w trakcie trwania operacji Allied Force. W październiku 1999 i w sierpniu 2000 dwukrotnie organizowano zamachy na życie lidera SPO. Ruch w tym czasie podjął współpracę z Demokratyczną Opozycję Serbii, jednak ostatecznie wystartował samodzielnie w wyborach w 2000. Ugrupowanie dostało 3,3% głosów i nie przekroczyło wyborczego progu. Partia przetrwała poza parlamentem, w 2003 do Zgromadzenia Narodowego wystawiła wspólną listę z Nową Serbią, wprowadzając 13 swoich przedstawicieli. Vuk Drašković w 2004 uzyskał nominację na federalnego ministra spraw zagranicznych. W trakcie kadencji doszło do kolejnego rozłamu – w 2007 część działaczy założyła Serbski Demokratyczny Ruch Odnowy.