Vuoden 2009 MM-kisat Miskolcissa, Unkarissa olivat Hubmannin osalta menestyksekkäät: hän otti mitalin joka matkalta. Kilpailut aloittaneella keskimatkalla sveitsiläinen otti hopeaa häviten Thierry Gueorgioulle 28 sekuntia. Sprintissä hän saavutti pronssia häviten 27 sekuntia maailmanmestaruuden voittaneelle Venäjän Andrei Hramoville. Viestissä Sveitsin joukkue karkasi ankkuriosuusella selvään 2,5 minuutin voittoon tiukasti voitosta taistelleiden Ranskan, Tšekin ja Norjan ankkureiden jäädessä auttamaan vakavasti loukkaantunutta Ruotsin ankkuria Martin Johanssonia. Sveitsin joukkue juoksi järjestyksessä Baptiste Rollier, Hubmann ja Matthias Merz. Pitkän matkan kilpailun Hubmann voitti selvästi ennen himmeimmille mitaleille sijoittuneita Gueorgiouta (ero +1.55) ja Mikhail Mamleevia (+4.09).