Μετά το 1992 το Νόβι Σαντ έγινε τμήμα της Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γιουγκοσλαβίας. Καταστράφηκε από τους Νατοϊκούς βομβαρδισμούς κατά τον Πόλεμο του Κοσσυφοπεδίου το 1999 και απέμεινε χωρίς καμία από τις τρεις γέφυρές του του Δούναβη (Ζέζελι, Βάραντιν και Ελευθερίας), επικοινωνίες, ύδρευση και ηλεκτρισμό. Οι οικιστικές περιοχές βομβαρδίστηκε αρκετές φορές, ενώ το διυλιστήριο πετρελαίου βομβαρδιζόταν καθημερινά, προκαλώντας σοβαρή ρύπανση και μεγάλη οικολογική καταστροφή. Το 2003 η Ο. Δ. Γιουγκοσλαβίας μετατράπηκε στην κρατική ένωση Σερβίας και Μαυροβουνίου και στη συνέχεια τα δύο αυτά κράτη διαχωρίστηκαν τον Ιούνιο του 2006 (μετά το δημοψήφισμα ανεξαρτησίας του Μαυροβουνίου το Μάιο του 2006), κάνοντας το Νόβι Σαντ σήμερα τμήμα της Δημοκρατίας της Σερβίας.