לאחר הדחתו של מוסוליני על ידי המועצה הפאשיסטית העליונה בשנת 1943 סטראצ'ה נעצר על ידי ממשלתו של פייטרו באדוליו. על אף העובדה שמזה כשנתיים לא החזיק בכל עמדת כוח, היה עדיין מזוהה עם הפאשיזם, ועם פולחן האישיות של מוסוליני. לאחר שובו של מוסוליני משביו, כאשר הקים את ממשלת הבובות בצפון איטליה המכונה הרפובליקה של סאלו ניסה סטראצ'ה לשוב ולקבל את חסדו של הדוצ'ה. אך מוסוליני אסר אותו, והעמיד אותו למשפט בוורונה, על שכהונתו כמזכיר החלישה את המפלגה. לבסוף שוחרר ועבר למילאנו. עם התמוטטות המשטר הפאשיסטי של סאלו, באפריל 1945 נעצר על ידי פרטיזנים אנטי פאשיסטים. ב-29 באפריל 1945 הובא אל המקום בו הוחזקה גווייתו של מוסוליני, לאחר שנורה על ידי הפרטיזנים יום קודם לכן. הוא הספיק להצדיע לגופה, בטרם נורה אף הוא. גוויותיהם של מוסוליני, פילגשו קלרה פטאצ'י, סטראצ'ה ומנהיגים פאשיסטים אחרים נלקחו אל תחנת דלק ליד מילאנו, וההמון התעלל בהן.