Il 21º Reggimento genio guastatori ha partecipato all'Operazione Antica Babilonia in Iraq da giugno ad ottobre 2003, operando bella zona di Nasiriyah dal 26 giugno 2003 al 7 ottobre 2003. Per aver contribuito in maniera determinante al successo della missione la bandiera del reggimento è stata decorata di Megaglia d'argento al valor militare con decreto 13 aprile 2006. Dal dicembre 2004 ad aprile 2005, ed una Compagnia genio dal maggio 2006 a novembre 2006 il reggimento è stato nuovamente impiegato in Iraq nell'ambito dell'Operazione Antica Babilonia.