Zúčastnil se Mistrovství Evropy 2000 v Belgii a Nizozemsku, kde Španělsko podlehlo ve čtvrtfinále Francii 1:2. Mendieta skóroval v základní skupině C proti Jugoslávii (výhra 4:3) a ve zmiňovaném čtvrtfinále proti Francii. Obě branky vstřelil z pokutových kopů. Byl i v kádru pro Mistrovství světa 2002 v Japonsku a Jižní Koreji, kde Španělé vypadli ve čtvrtfinále s Jižní Koreou na penalty. Gaizka na turnaji skóroval jednou, v základní skupině B proti Jihoafrické republice (výhra 3:2).