Po rusko-turecké válce přibyli do města a okolí muslimští uprchlíci z Bulharska a převážili tak stávající poměr mezi jednotlivými náboženstvími. Během první balkánské války obsadila město bulharská armáda, která v bezprostředně následující druhé balkánské válce ustoupila před tureckými vojsky. Po Bukurešťském míru ustanovili zdejší muslimové provizorní vládu Západní Thrákie ve snaze zabránit Bulharsku, aby území znovu zabralo, a Komotiní se stalo hlavním městem tohoto útvaru. Po Cařihradském míru se město stalo, stejně jako západní Thrákie, součástí Bulharska až do roku 1919, kdy připadlo podle smlouvy z Neuilly Řecku. Muslimské obyvatelstvo západní Thrákie bylo smlouvou z Lausanne vyňato z výměny obyvatelstva mezi Řeckem a Tureckem, ta ovšem změnila zdejší demografické složení, protože se do města přistěhovali řečtí utečenci především z Malé Asie a východní Thrákie. Za druhé světové války Bulharsko město znovu obsadilo a transportem do Treblinky dalo vyhubit místní židovskou minoritu. Od roku 1944 je město trvale součástí Řecka.