В марте 1926 года Ли Цзунжэнь стал командующим 7-й армией НРА, и в этом качестве принял участие в Северном походе. В сентябре 1926 года его войска вторглись в Цзянси и в трёх кровопролитных сражениях разгромили основные силы Сунь Чуаньфана. В апреле 1927 года Ли Цзунжэнь принял участие в организованных Чан Кайши антикоммунистических акциях. Во время раскола в Гоминьдане Ли Цзунжэнь поддержал нанкинское правительство Чан Кайши, и в итоге взял Ухань, в результате чего силы Гоминьдана вновь оказались под единым управлением.