Hooker var født i Hadley i Massachusetts og var barnebarn av en kaptein i den amerikanske uavhengighetskrigen. Han startet skolegangen ved det lokale Hopkins Academy og ble uteksaminert fra United States Military Academy i 1837, rangert som nr. 29 av 50. Han fikk verv som fenrik i 1st U.S. Artillery. Hans første tjeneste var i Florida i den andre av seminolekrigene. Han deltok i den mexicansk-amerikanske krigen i staben til både Zachary Taylor og Winfield Scott. Hooker ble midlertidig forfremmet på grunn av hans stabslederskap og mot i felttogene i tre slag: Monterrey (til kaptein), National Bridge (major) og Chapultepec (oberstløytnant). Hans fremtidige rykte i hæren som jentefut begynte i Mexico, hvor lokale jenter henviste til ham som den «kjekke kapteinen».