Nel 1842, all'età di 60 anni, Napier fu nominato Maggiore Generale al comando dell'esercito indiano dentro la Presidenza di Bombay. Qui la politica di Lord Ellenborough, Governatore generale dell'India, portò Napier nella Provincia di Sindh (Scinde), allo scopo di domare l'insurrezione dei dominatori musulmani di questa regione. Essi erano rimasti ostili all'Impero britannico anche dopo la fine della Prima guerra anglo-afghana. La campagna di Napier contro questi capi ebbe come risultato le vittorie nella battaglia di Miani (Meanee) contro il Generale Hoshu Sheedi e nella battaglia di Hyderabad, e poi la sottomissione della Provincia di Sindh e la sua annessione da parte dei suoi vicini orientali.