Akajev nousi valtaan poliittisen murroskauden aikana ja hänen kautensa alussa nähtiin Neuvostoliiton vallankaappausyritys elokuussa 1991. Akajev tuomitsi vallankaappauksen ja osoitti tukensa Gorbatšoville. Moskovan tapahtumat johtivat Neuvostoliiton hajoamiseen ja Kirgisian itsenäistymiseen muiden neuvostotasavaltojen ohella. 30. elokuuta 1991 Akajev ja Kirgisian korkein neuvosto julistivat maan itsenäiseksi. Itsenäisen Kirgisian ensimmäiset presidentinvaalit järjestettiin lokakuussa 1991. Akajev sai 95 prosenttia äänistä, jolloin hänestä tuli maan ensimmäinen kansan valitsema presidentti. Samana vuonna Kirgisia liittyi Itsenäisten valtioiden yhteisöön.