С началом Второй интифады, под управлением Баргути, «Танзим» увеличил своё влияние и вместе с такими террористическими организациями, как «Бригады мучеников Аль-Аксы», «Хамас», «Исламский Джихад» и другие, стал одним из основных исполнителей терактов против граждан Израиля. В ряде случаев, «Танзим» проводил теракты совместно с другими организациями (см. «Танзим#Террористическая деятельность»).