1926年（民国15年）12月，随着北伐取得進展，劉湘转投国民政府，被任命为国民革命軍第21軍軍長，王陵基任该軍第3師師長兼重慶衛戌司令。翌年，四川省内因南京事件而反对列強的民衆在重慶举行示威，王陵基武力镇压，肃清了领导示威的中国共产党，酿成三·三一惨案。此外，重慶的軍官学校創設后，王陵基任副校長（校長劉湘）并实际主持校务。