O antigo aeroporto que muitas vezes não possuía condições de ser usado, foi substituído por um moderno aeroporto após a utilização deste na Guerra Civil da Nigéria. O aeroporto já recebe uma quantidade confortável de tráfego de estrangeiros, embora as partes da pista estão na necessidade de reparo. Apesar dos progressos recentes, o aeroporto de Malabo é um dos dois únicos aeroportos pavimentados na Guiné Equatorial, de acordo com a entrada do World Factbook da CIA para o país, sendo que o outro aeroporto movimento do país é o Aeroporto de Bata, localizado na cidade de Bata, a segunda maior cidade guinéu-equatoriana. Os hangares podem atender aeronaves de grande porte, como o McDonnell Douglas DC-10 ou C-130 Hercules. Em 2001, o aeroporto registrou 34.500 passageiros, número que desde então tem aumentado progressivamente.