המאמץ המרכזי של חיל האוויר המלכותי במהלך המלחמה היה מבצעי הפצצות אסטרטגיות בגרמניה. ב־30 במאי 1942 יצאו למעלה מ־1,000 מפציצים של החיל להפצצות על קלן שבגרמניה וגרמו לעיר נזק קשה. ב־1 ביוני יצאו כ־1,000 מפציצים להפצצות על אסן, אולם צוותים רבים הפציצו בשגגה גם ערים אחרות. ב־25 ביוני יצאו כ־1,000 מפציצים להפצצת ברמן, הפצצה שהסבה לעיר נזק קשה והצליחה לפגוע במפעל המטוסים פוקה וולף. ב־5 במרץ 1943, כחלק מניסיון להשמיד חלק ניכר מהבסיס התעשייתי הגרמני, החל פיקוד המפציצים בהפצצת חבל הרוהר. ב־16 במאי יצאו מפציצים מסוג לנקסטר מטייסת 617, בפיקודו של מפקד הכנף גאי גיבסון, למבצע להשמדת סכרי הרוהר וגרמו נזק כבד לתעשייה הגרמנית. ליל 18 בנובמבר היה הלילה הראשון של מבצע הפצצות בן ארבעה חודשים על ברלין. קיימת מחלוקת היסטורית על האתיות של המתקפות האוויריות הגדולות נגד הערים הגרמניות במהלך החודשים האחרונים של המלחמה, כדוגמת הפצצת דרזדן.