Im Rang eines Colonel ging er in den Jahren 1862 und 1863 gegen die aufständischen Sioux in Dakota vor (siehe Sioux-Aufstand). In den Folgejahren beschäftigte er sich mit der Grenzsicherung durch Forts und Garnisonen, bis er 1866 im Rang eines Generalmajors aus der Armee ausschied. Anschließend war er unter anderem an führender Stelle für die University of Minnesota tätig und gehörte zu den Mitbegründern der Minnesota Historical Society, deren Präsident er ab 1879 war.