M’Boma teki Kamerunin maajoukkueessa 33 maalia 55 ottelussa. Hän oli mukana vuosien 1998 ja 2002 MM-kilpailuissa. Ensin mainitussa hän teki maalin Chileä vastaan ja jälkimmäisessä Irlantia vastaan. Hän oli voittamassa olympiakultaa Sydneyssä 2000. Samaten hän pelasi joukkueessa Kamerunin voittaessa Afrikan-mestaruuden 2000 ja 2002. Vuonna 2000 hänet valittiin Afrikan parhaaksi jalkapalloilijaksi.