В мае 1919 года был призван в РККА Даниловским уездным военкоматом и направлен на Костромские командные пехотные курсы. По их окончании в октябре того же года убыл в штаб Западного фронта в город Смоленск, где назначен в запасной полк. В ноябре 1919 года убыл в 469-й пограничный полк 53-й стрелковой дивизии, в его составе исполнял должности командира взвода, помощника командира и командира роты. С этим полком участвовал в боях с белополяками. 30 мая 1920 года в районе м. Козяны Виленской губернии полк был окружен, а батальон почти весь уничтожен. В этом бою Смирнов был тяжело ранен. Лишь вечером его подобрали польские санитары, после чего он находился в госпиталях сначала в Вильно, затем в Гродно. В июле он был освобожден из плена частями 3-го конного корпуса Красной армии под командованием Г. Д. Гая. После освобождения Смирнов был эвакуирован в военный госпиталь в Москву, по излечении в августе назначен командиром взвода в 1-й запасной полк МВО. В начале октября 1920 года переведен командиром взвода в Московский флотский полуэкипаж, откуда в конце месяца убыл в Нижегородский флотский экипаж. В конце ноября направлен с отрядом моряков на Южный фронт — в Севастопольский флотский экипаж. В конце января 1921 года был назначен в Севастопольский караульный батальон, где исполнял должности помощника командира и командира роты.