監督の下で参加した母国ベルギーとオランダで共同開催されたUEFA EURO 2000では、主にとエミール・ムペンザの控えを務めることとなり、グループステージ最初の2試合のスウェーデン戦 (2-0) , イタリア戦 (0-2) では、両試合ストルパールに代わり途中出場した。グループステージ突破を懸けた3試合目のトルコ戦で先発の座を掴む出場を果たすも、得点を挙げることは出来ずにと交代させられ退き、最終的にチームは0-2で敗れてグループステージ敗退に終わった。なお、同試合がニリスの代表で最後の試合となり、通算56試合10得点を記録した。