В декабре 2015 года Марко Мадригаль был впервые вызван в сборную Коста-Рики на товарищеские матчи против Никарагуа и Венесуэлы. Тогдашний наставник «тикос» Оскар Рамирес доверил ему место в воротах в двух играх. С тех пор Мадригаль стал периодически вызываться в национальную команду. Летом 2019 года он входил в её заявку на Золотом кубке КОНКАКАФ.