W kwietniu 1991 po raz pierwszy od swojej deportacji przybył do Moskwy. Wobec perspektywy upadku systemu komunistycznego w ZSRR postulował utworzenie międzynarodowej komisji w celu zbadania zbrodni komunistycznych i procesu sądowego w celu rozliczenia komunizmu (na wzór procesów norymberskich, które rozliczyły nazizm). Pomimo wstępnych ustaleń z nowymi władzami rosyjskimi i podjętych prób otwarcia archiwów, do urzeczywistnienia jego planów ostatecznie nie doszło. Borys Jelcyn proponował Władimirowi Bukowskiemu objęcie stanowiska wiceprezydenta Federacji Rosyjskiej. W 1992 został reprezentantem strony prezydenckiej w sporze z reaktywowaną KPZR przed Trybunałem Konstytucyjnym, dotyczącym kwestii niekonstytucyjności partii i tytułów prawnych do jej dawnego majątku. Uzyskał wówczas dostęp do dokumentów Komitetu Centralnego KPZR, których część przy okazji skopiował za pomocą przywiezionego ze sobą skanera oraz laptopa i opublikował później na Zachodzie. Dotyczyły one m.in. wspierania przez radziecki wywiad i partię komunistyczną akcji terrorystycznych za granicą, działalności partii komunistycznych w krajach kapitalistycznych, czy wprowadzenia stanu wojennego w Polsce. Były dysydent poparł jeszcze prezydenta Jelcyna podczas kryzysu konstytucyjnego w 1993, jednak kilka miesięcy później skrytykował przyjętą przez niego konstytucję.