Quando a partire dal 987 fu costruita la nuova cattedrale, le due chiese, entrambe a tre navate, furono unite e formarono così un'unica chiesa in stile romanico a sei navate (già dal 1176 l'attuale basilica del Crocifisso è menzionata come semplice navata della cattedrale). A partire dal 1266 le navate si ridussero a cinque a seguito dell'abbattimento della navata sinistra della chiesa più antica per consentire la costruzione del chiostro del Paradiso.