Gounaris va ser condemnat per traïció y executat el 15 de novembre de 1922, amb altres quatre membres del Govern i un general, a causa de les serie d'errades que van portar a l'anomenada «catàstrofe de l'Àsia Menor» durant la guerra entre Grècia i Turquia, que va culminar amb la destrucció d'Esmirna. Al , la sentència va ser recorreguda per Michalis Protopapadakis, net d'un dels executats, i 2l 20 d'octubre de 2010 el tribunal suprem grec va anul·lar la sentència.