Nel 1646, durante le Guerre confederate irlandesi cercò di negoziare senza successo con il comandante realista James Butler, I duca di Ormonde per la resa di Dublino alle forze parlamentari. Nel 1647, nel corso della Guerra civile inglese, venne accusato di aver tradito la causa dei parlamentaristi, e di appropriazione indebita, e per questo motivo fuggì nel continente europeo, facendo ritorno in parlamento nel giugno del 1648. Il 12 dicembre di quello stesso anno venne arrestato e tenuto in prigione per tre anni (trascorse parte della prigionia nel Castello di Wallingford). Avendo preso parte attivamente alla restaurazione di Carlo II venne ricompensato con alcuni incarichi di inviato in Irlanda per conto della corona inglese.