После возвращения в родную Альтону Кристиан Август (1798—1869), герцог Шлезвиг-Гольштейн-Зондербург-Августенбургский, приглашает Корнелиуса на место учителя для своих двоих дочерей. Во время Шлезвиг-Гольштейнской войны (1848—1851) Гурлитт служит офицером в музыкальной части датской армии. После окончания боевых действий он становится королевским музыкальным директором Альтоны. В 1864 Гурлитт служит органистом в Альтоне, с 1879 года он — профессор композиции в Гамбурге.