Effrayé par les implications du Vote of No Addresses, Inchinquin changea de nouveau de parti, en se déclarant pour le roi en . Il appela à une trêve avec les Confédérés, ce qui causa une rupture entre le Conseil Suprême et le nonce apostolique, Giovanni Battista Rinuccini. Il accueillit le marquis d'Ormonde, lorsqu'il revint en Irlande en , et il soutint le second traité de paix d'Ormonde, qui établissait une alliance entre les Royalistes et les Confédérés contre le Parlement anglais. En 1648 et 1649, il passa beaucoup de temps à réprimer la résistance du général catholique dissident d'Ulster, Owen Roe O'Neill, qui refusait l'alliance Royalistes/Confédérés. Ces luttes intestines cessèrent à l'été 1649, mais elles compromirent la capacité des Royalistes à résister à la Conquête cromwellienne de l'Irlande. Inchiquin était présent à la coûteuse défaite royaliste de Rathmines, où l'action de ses troupes à l'arrière-garde permit à beaucoup de survivants de s'échapper. L'année suivante, les choses paraissaient sans espoir pour les Royalistes. Beaucoup de troupes protestantes d'Inchiquin désertèrent pour le camp parlementaire en , et il partit peu après en exil en France avec Ormonde.