12 сентября 1990 года Мёркере дебютировал за сборную Фарерских островов в матче против Австрии: игра в Ландскруне завершилась победой фарерцев со счётом 1:0, а сам Алан получил жёлтую карточку на 45-й минуте. На момент дебюта ему было всего 18 лет и 10 дней, что сделало Мёркере самым юным дебютантом сборной Фарерских островов в её истории. Всего он сыграл 54 матча, а свой единственный гол забил 10 октября 1990 года в ворота Дании в Копенгагене: фарерцы уступили 1:4 (как и с Австрией, эта игра была отборочным матчем к чемпионату Европы 1992 года). Последнюю игру провёл 6 июня 2001 года в рамках отбора на чемпионат мира 2002 года против Югославии, уступив на 72-й минуте место Юлиану Йонссону. По числу игр за сборную Мёркере занимает 5-е место.