Després de l'esclat de la Revolució d'Octubre, el 1918, Frunze va ser comissari militar a la província d'Ivànovo-Voznesensk. Durant els primers dies de la Guerra Civil Russa va ser nomenat comandant del Grup d'Exèrcits Sud. Després que Frunze derrotés l'almirall Aleksandr Koltxak i a l'Exèrcit Blanc a Omsk, Lev Trotsky, comandant de l'Exèrcit Roig, li donà el comandament absolut del Front Oriental. Frunze va anar a esclafar els insurgents basmatxis i a les tropes Blanques al seu Turquestan nadiu. Al febrer va conquerir la ciutat de Khivà, i Bukharà al setembre.