Van juni 2003 tot 2006 was Egeland ondersecretaris-generaal van de Verenigde Naties. Zijn taak was die van VN-noodhulpcoördinator. Hij coördineerde de noodhulp in vele oorlogs- en rampgebieden, zoals Zuidoost-Azië na de tsunami van Kerstmis 2004, Congo, Darfur en Zuid-Libanon, waar de strijd tussen Hezbollah en het Israëlisch leger aan de gang is (de Israëlisch-Libanese crisis van 2006).