Az 1999-es FIDE-sakkvilágbajnokságot 100 résztvevővel egyenes kieséses rendszerben rendezték, ahol Timman kiemeltként a második fordulóban ült csak asztalhoz, és 1,5–0,5 arányban legyőzte az örmény Levon Aronjánt, a harmadik körben azonban ugyanilyen arányban vereséget szenvedett a fehérorosz Alekszej Fedorovtól.