Грецька міфологія виводила походження Алкмеонідів від Алкмеона — правнука героя Троянської війни, нащадка бога Посейдона Нестора. Сином Нестора був Трасімед, сином того — Сілл, батько Алкмеона. Павсаній в своєму «Описі Еллади» пише, що Алкмеон жив у Мессенії, але втік до Афін, рятуючись від дорійського вторгнення в XII столітті до н. е. Утім, існують версії про те, що Алкмеоніди були автохтонними жителями Афін; зокрема, Піндар в сьомій Піфійській оді зазначає, що Алкмеоніди є нащадками міфічного аттичного героя, афінського царя Ерехтея.