Lees største sejre var i Syv dages slaget, Andet slag ved Bull Run, Slaget ved Fredericksburg og Slaget ved Chancellorsville. Begge hans invasioner af Nordstaterne endte til gengæld med nederlag. Første gang var i efteråret 1862, hvor Lee måtte trække sig tilbage efter Slaget ved Antietam. Anden gang var i starten af juli 1863, hvor Lee blev afgørende slået i Slaget ved Gettysburg i Pennsylvania. På grund af ineffektiv forfølgelse fra Unionens side lykkedes det imidlertid Lee at undslippe til Virginia.