Lee Young-jin jest 51-krotnym reprezentantem Korei Południowej. Został powołany na Mistrzostwa Świata 1990 we Włoszech oraz Mistrzostwa Świata 1994 w Stanach Zjednoczonych. Na turnieju w Italii grał w przegranym 0:2 przez Koreę meczu z Belgią. Cztery lata później pojawił się na boisku we wszystkich meczach grupowych: z Hiszpanią (2:2), Boliwią (0:0) i Niemcami (2:3). Zgromadzone przez jego zespół dwa punkty nie wystarczyły jednak do wyjścia z grupy i Korea zakończyła turniej po fazie grupowej. W 1996 roku dostał powołanie na Puchar Azji rozgrywany w Zjednoczonych Emiratach Arabskich, gdzie Korea odpadła w ćwierćfinale.