此後馬來亞戰役九七艦攻負擔部分對地支援任務，珊瑚海海戰時，日軍三艘航艦上（翔鶴、瑞鶴與祥鳳）共搭載76架九七艦攻，扣除開戰即被擊沉的祥鳳號搭載的12架，剩餘的64架對美軍艦隊發動攻擊，並成功的對列克星敦号航空母舰 (CV-2)擊中了2枚魚雷迫使其重創自沉，但此場作戰戰鬥損失了10架九七艦攻，而3艘航母皆受重創或擊沉，其艦載機大多損失殆盡。