Hellenistisellä kaudella Fokaiaa hallitsivat ensin Seleukidit ja sitten Attalidit. Roomalaiset piirittivät kaupungin laivastollaan Syyrian sodassa Antiokhos III:tta vastaan. Roomalaiset valtasivat kaupungin lopulta preettori Aemiliuksen johdolla ja ryöstelivät sitä, vaikka kaupunkilaiset olivat lopulta avanneet porttinsa vapaaehtoisesti. Myöhemmin Aemilius antoi kaupungin ja sen maat takaisin fokaialaisille.