Gedurende die Tweede Vryheidsoorlog was Coetsee landdros van Lydenburg. Met die uitbreek van die oorlog het hy op kommando gegaan en onder meer aan die slae by Berg-en-Dal (Dalmanutha) (27 Augustus 1900) en Helvetia (29 Desember 1900) en van Swartkoppies deelgeneem. Ná die slag van Dalmanutha is hy aangestel as voorsitter van 'n spesiale militêre hof, noord van die spoorlyn Pretoria-Komatipoort. Landdros Du Toit van Middelburg en regter Anotonie Kok was assesore. In die laaste stadium van die oorlog het hy onder genl. C.H. Muller geveg, tot die einde in die veld gebly en op 10 Junie 1902 die wapen saam met ’n deel van die Lydenburgse kommando en ’n deel van die Johannesburgse berede polisie by die monument op Belfast neergelê. Genl. J.D.P. French was aam met ene lt. Patterson om die wapens te ontvang.