Valtr Komárek wurde als Sohn jüdischer Eltern geboren, seine Eltern überlebten das KZ nicht. Er selbst überlebte das KZ, weil er flüchten konnte und sich dann bis zur Befreiung der Tschechoslowakei versteckt hielt. Nach dem Krieg trat er der KSČ bei und studierte Wirtschaftswissenschaften, u. a. in Moskau. Anschließend war er bei den staatlichen Plankommission der ČSSR tätig. 1964–1967 weilte er in Kuba, wo er unter anderem den amtierenden Industrieminister Che Guevara beriet. Innerhalb der Wirtschaftspolitiker in der KSČ gehörte er zu den Reformern um Ota Šik, die im Zuge der Reformen des Prager Frühlings eine sozialistische Marktwirtschaft durchsetzen wollten. Im Frühjahr 1968 wurde er Generalsekretär des Wirtschaftsrates der ČSSR, 1971 aber nach Niederschlagung des Prager Frühlings zur Zollverwaltung versetzt. 1978 wurde er wissenschaftlicher Mitarbeiter bei der Akademie der Wissenschaften und 1984 Direktor des Prognostischen Amtes der Akademie der Wissenschaften. Hier arbeitete er u. a. mit dem späteren tschechischen Staatspräsidenten Miloš Zeman zusammen.