Организира действията на Твърдица през Априлското въстание (1876). Помага на брат си Симеон Стойков да организира чета. Помага на изпратения в района Стефан Димитров, който след като бива заловен, убива заптие и е прострелян при опит за бягство. Тогава Стефан Димитров поема върху себе си цялата вина за организацията на въстанието в Твърдица, включително и тази на Стефан Стойков, но в посмъртно писмо описва каква е истината.