Nathaniel Boyden besuchte die öffentlichen Schulen seiner Heimat und nahm trotz seiner Jugend am Britisch-Amerikanischen Krieg von 1812 teil. Danach studierte er bis 1821 am Union College in Schenectady (New York). Im Jahr 1822 zog er in das Stokes County in North Carolina, wo er für einige Jahre als Lehrer tätig war. Nach einem Jurastudium und seiner Zulassung als Rechtsanwalt begann er in diesem Beruf zu arbeiten. Gleichzeitig schlug er als Mitglied der Whig Party eine politische Laufbahn ein.