Am 7. Dezember 1797 wurde das Fort in "Fort Independence" umbenannt. Während der dazugehörigen Feierlichkeiten war auch der amtierende US-Präsident John Adams anwesend. Im darauf folgenden Jahr ging das Eigentum am Gebäude und der Insel an die Regierung der Vereinigten Staaten über. Während des Britisch-Amerikanischen Kriegs 1812 kaperten Einheiten der britischen Marine häufig Handels- und Fischerboote in der Massachusetts Bay, wagten jedoch nie einen Angriff auf den Hafen selbst, da sie aus eigener Erfahrung um die Stärke des "Fort Independence" wussten.