Die Überlieferungen widersprechen sich im Gründungsdatum von Bernal: Während eine Überlieferung davon berichtet, dass der Ort im Jahr 1647 durch Leutnant Alonso Cabrera und seiner Begleitung von zehn Soldaten und drei seiner Söhne gegründet wurde, berichten andere Überlieferungen davon, dass der Ort Bernal bereits im Jahr 1642 als Gründung von 26 spanischen Familien existierte. Mit dem Einzug der Spanier wurde zum Schutz vor angreifenden Chichimeken umgehend eine Militärgarnison gegründet. Im 19. Jahrhundert wurde Bernal Zeuge der Französischen Intervention in Mexiko.