Кабинет Джефферсона также отличался относительной стабильностью. После дуэли Гамильтона и Бёрра, на которой был убит Гамильтон, на политической карьере Бёрра был поставлен жирный крест. Поэтому во второй администрации Джефферсона вице-президентом, с 4 марта 1805 года, был Джордж Клинтон. 2 марта 1805 года в отставку подает генеральный прокурор Леви Линкольн, за два дня до второй инаугурации Джфферсона, но только 7 августа 1805 года был назначен его преемник Джон Брекинридж, который скончался на этом посту 14 декабря 1806 года. Его преемником, через месяц, 20 января 1807 года стал Сизар Август Родни, который сохранил свой пост и в администрации Мэдисона.