Aufgrund der Tatsache, dass sich County Sligo an einem strategisch wichtigen Ort befindet (an der Straße, die zum Norden führt), war die Grafschaft oft Opfer der Angriffe von Clanchefs wie auch der Engländer. Im Jahr 1588 wurden Schiffe der Spanischen Armada von einem Sturm am breiten Strand von Streedagh zerstört. Einigen Spaniern, die von Einwohnern gefunden wurden, gelang es den Engländern zu entkommen und nach Spanien zurückzukehren. 1570 wurde die heutige Grafschaft gegründet. Sie hat im Rebellionskrieg im Jahr 1798 ebenfalls eine Rolle gespielt; der französisch-irischen Armee gelang es, die Engländer zurückzudrängen. Bei Carricknagat wurde für seine Rolle in dieser Schlacht eine Statue zum Gedächtnis an Bartholemew Teeling aufgerichtet. Mitte des 19. Jahrhunderts mussten viele Menschen während einer besonders großen Hungersnot aus dem County auswandern. Die Einwohnerzahl sank von 181.000 (1841) auf 57.000 (1956) und stieg in den letzten Jahren wieder an, sodass sie laut der Volkszählung von 2016 bei 65.000 lag.