Em 1992, desencadeou uma guerra civil que envolveu diversas fações lutando entre si, essas fações eram distinguidas frequentemente pela sua lealdade aos clãs. Os não-muçulmanos (não-árabes, não-persas, e não-tajiques), particularmente os russos étnicos e judeus deixaram o país durante esse período por causa da perseguição, aumento da pobreza e melhores oportunidades econômicas no Ocidente.