Негова майка е Барбара Бломберг. Императорът го припознава като свой син в завещанието си. Дон Хуан е полубрат на следващия крал, Филип II. Най-известната му победа е тази в морската Битка при Лепанто през 1571 г., когато той е едва на 24 години.