По време на Априлското въстание архимандрит Методий се застъпва пред турските власти в защита на разбунтувалите се села и предотвратява второ клане в Перущица. Заедно с пловдивския митрополит Панарет, епископ Гервасий Левкийски и дякон Максим Пелов събира сведения за издевателствата, извършени над българското християнско население при потушаването на въстанието, и ги пренася тайно в Цариград през май 1876. Начело на създадената от Екзархията „Народна комисия“ (в която влизат още Константин Величков, Георги Тишев, Стефан Панаретов и Иван Славейков), архимандрит Методий обработва събраните свидетелства в изложения до дипломатическите представителства и кореспондентите на европейските вестници в османската столица. Резултат от това е статията на Едвин Пиърс от 23 юни в опозиционния лондонски вестник „Дейли Нюз“ за жестокостите над българите, последвана от Цариградската конференция на Великите сили.