ב-12 בינואר 1694 התחתנה תרזה עם מקסימיליאן השני עמנואל, הנסיך הבוחר מבוואריה, ממנו היו לה עשרה ילדים. לאחר תבוסת בעלה בקרב בלנהיים שימשה תרזה כעוצרת הנסיכות, אולם לאחר שמצאה מכתבי אהבה של הרוזנת מארקו, פילגשו של מקס עמנואל, עזבה את מינכן ונסעה לראות את אמה בוונציה. הצבא לא הרשה לה לחזור, ובעקבות כך בילתה עשר שנים בגלות, וחזרה רק בשנת 1715.