Etter reformasjonen var Varteig anneks til Sarpsborg og så til Fredrikstad etter at Sarpsborg brant i 1567 under Den nordiske syvårskrig. Etter ønske fra menigheten ble kirken lagt under Tune 1686. En stavkirke ble avløst av en tømmerkirke i 1703, mens dagens kirke er fra 1859.