У гады Вялікай Айчыннай вайны бібліятэка была разбурана і разрабавана. Дзясяткі тысяч каштоўных навучальных і навуковых кніг былі знішчаны. Частка літаратуры была вывезена ў Нацысцкую Германію. У справах Нюрнбергскага працэсу маецца даклад нямецкага яфрэйтара Абеля «Аб бібліятэках Мінска», у якім паведамляецца, што «бібліятэка політэхнічнага інстытута зваленая ў падвальным паверсе левага флігеля, разгромлена і прыведзена ў беспарадак, як і большасць лабараторый інстытута».