В январе 2013 года Эммануэль попал в заявку сборной на Кубок Африканских наций. 12 января в рамках подготовки к турниру в товарищеском матче против роттердамской «Спарты» Эменике забил победный мяч. 21 января в первом матче группового этапа Кубка африканских наций против сборной Буркина-Фасо Эммануэль забил гол. Во втором матче группового этапа против сборной Замбии Эммануэль забил свой второй мяч на турнире. 3 февраля во встрече 1/4 финала против сборной Кот-д’Ивуара нападающий забил победный мяч и помог Нигерии выйти в полуфинал. В полуфинале против сборной Мали Эменике поучаствовал в разгроме соперника, отдав голевой пас и забив один из мячей, помог национальной команде выйти в финал. В решающем матче Эменике так и не сыграл. Сборная Нигерии обыграла команду Буркина-Фасо со счётом 1:0. В результате форвард стал лучшим бомбардиром турнира (вместе с ганцем Мубараком Вакасо).