Während der Wiener Oktoberrevolution wurde Generalmajor Zeisberg zum Chef des Generalstabes des I. Korps unter dem Ban von Kroatien ernannt. Am 28. Oktober hatte er von Fürst Windischgrätz den Auftrag, die kaiserlichen Angriffe gegen die St. Marxer – Linie zu koordinieren. Mit Freiwilligen des 5. Jäger-Bataillons und einigen Kompagnien des Oguliner Grenz-Regimentes stürmte er trotz heftigsten Abwehrfeuers diese Linie und drang längs des Wiener Neustädter Kanal in die Vorstädte Erdberg, Rennweg und Landstraße vor. Als am 30. Oktober während der Schlacht bei Schwechat die kaiserlichen Truppen am linken Flügel bei Mannswörth zurückweichen mussten, führte Zeisberg gegen 14.00 den entscheidenden Gegenangriff, welcher das ungarische Zentrum zersprengte. Er blieb als Generalstabschefs des I. Corps und war am 29. Dezember am Gefecht bei Mor beteiligt. Im darauffolgenden Feldzug von 1849 hatte er die Führung einer Brigade des II. Reserve-Korps unter Graf Nugent und wurde am 22. Juli 1849 zum Feldmarschallleutnant befördert. Für seine Leistungen gegen den ungarischen Aufstand wurde er schon früher mit dem Kommandeurkreuz des Leopoldsordens und am 29. Juli 1849 mit dem Ritterkreuz des Maria Theresien-Ordens, sowie kurz darauf mit dem St. Anna-Orden 1. Klasse ausgezeichnet. Am 1. November 1849 erhielt Zeisberg den Befehl über eine Division beim Kommandierenden General in Siebenbürgen (XII. Korps) und wurde schließlich am 13. Jänner 1852 pensioniert. Zeisberg starb 74-jährig im Jahre 1863 im steirischen Fichtennadelkurbad Steinerhof bei Kapfenberg.