Ensimmäisen kerran joukkue pääsi MM-lopputurnaukseen vuoden 2002 MM-kisoihin, jotka pelattiin Japanissa ja Etelä-Koreassa. Kisoissa se saavutti voiton Kroatiasta, mikä ei kuitenkaan riittänyt jatkopaikkaan alkulohkosta. Toistamiseen Ecuador selviytyi MM-karsinnoista neljä vuotta myöhemmin Saksan kisoihin, joissa se putosi neljännesvälierissä Englantille. Kolmannen kerran Ecuador pelasi MM-lopputurnauksessa vuonna 2014, jolloin se hävittyään Sveitsille, voitettuaan Hondurasin ja pelattuaan maalittoman tasapelin Ranskan kanssa putosi alkulohkon jälkeen jatkosta.