Первый матч за ЦСКА Алдонин провёл 7 марта 2004 года в розыгрыше суперкубка России, где соперником «армейцев» выступил обладатель Кубка России 2003 московский «Спартак». Игра закончилась победой ЦСКА со счётом 3:1. Через 5 дней дебютировал в составе «красно-синих» в чемпионате России в противостоянии с «Торпедо-Металлург», которое завершилось нулевой ничьей. Футбольная общественность подвергла сомнению квалификацию Алдонина из-за плохой игры в атаке, но несмотря на это Алдонин сыграл всех 30 матчах чемпионата. Следующий 2005 год стал самым успешным в истории ЦСКА: клуб выиграл в нём чемпионат, Кубок России и Кубок УЕФА. Алдонин был ключевым игроком команды в сезоне, постоянно появляясь в основном составе. 10 марта 2005 года в игре с «Партизаном» в Кубке УЕФА Алдонин забил свой первый гол за «армейский» клуб и помог команде избежать поражения. В финале этого турнира «красно-синим» противостоял «Спортинг». Полузащитник вышел в основном составе и провёл хороший по качеству игры матч, а ЦСКА победил соперника со счётом 3:1. Следующим после финала матчем было Главное московское дерби. Алдонин сыграл в матче важную роль, забив гол и отдав голевую передачу. Игорь Рабинер в отчёте об игре написал: «Алдонин растет как на дрожжах, причем, кажется, в каждом матче». 22 июня в матче против «Шинника» он получил две жёлтые карточки уже в первом тайме и впервые в карьере был удалён. Всего за сезон Алдонин провёл 58 матчей и забил 4 гола во всех турнирах и достаточно сильно прибавил в атакующих действиях, часто отдавая обостряющие передачи своим партнёрам. Уже в первом матче 2006 года, который был проведён в рамках Кубка России, против костромского «Спартака» полузащитник оформил дубль, причём один из этих голов был забит в верхний угол ворот с расстояния тридцати метров. В этом сезоне «красно-синие» взяли чемпионат и кубок, а Алдонин вошёл в список 33 лучших игроков РФПЛ под номером 2, как центральный полузащитник.