Onder leiding van Marcelo Bielsa debuteerde Pochettino op 31 maart 1999 voor het Argentijns nationaal elftal, in een vriendschappelijk duel met Nederland in Amsterdam. De wedstrijd eindigde in een 1–1 gelijkspel. Een paar maanden later behoorde Pochettino tot de Argentijnse selectie die aan de Copa América 1999 in Paraguay deelnam. In de groepsfase speelde hij slechts veertien minuten, door Guillermo Barros Schelotto te vervangen in het laatste groepsduel tegen Uruguay (2–0 winst). In de kwartfinale tegen Brazilië begon hij in de basiself. Argentinië verloor dit duel met 2–1 en werd uitgeschakeld. Tijdens een oefenwedstrijd op 17 november 1999, op bezoek bij Spanje, maakte Pochettino zijn eerste interlanddoelpunt. Hij zette de eindstand op het scorebord bij een 0–2 winst. Op 7 oktober 2001 maakte hij zijn tweede interlandgoal, in de WK-kwalificatiewedstrijd tegen Paraguay (1–1). In de zomer van 2002 reisde Pochettino met de Argentijnse selectie af naar Japan en Zuid-Korea voor het WK van 2002. Hij miste geen enkele speelminuut, maar Argentinië werd in de groepsfase al uitgeschakeld. In de openingswedstrijd werd er met 1–0 van Nigeria gewonnen, maar vervolgens werd er met 0–1 verloren van Engeland. Het enige doelpunt in die wedstrijd kwam van Beckham via een strafschop, die veroorzaakt werd door een overtreding van Pochettino op Owen. De laatste groepswedstrijd, tegen Zweden, eindigde in een 1–1 gelijkspel.