У жовтні 1993 Ндадайє був убитий разом із кількома членами уряду, що поклало початок громадянській війні. Нтар'яміра був обраний на пост президента 5 лютого 1994 як компромісна особа: він був хуту, але діяв за принципами свого попередника, який намагався знівелювати міжетнічну ворожнечу. Окрім того він призначив Анатоля Каньєнкіко, представника партії Союз за національний прогрес, на пост прем'єр-міністра.