Nach dem Überfall auf die Sowjetunion im Juni 1941 löste Weinmann im Januar 1942 Paul Blobel als Chef des Sonderkommandos 4a der Einsatzgruppe C bei seinen Mordaktionen in der Ukraine ab. Im Sommer 1942 wurde er Befehlshaber der Sicherheitspolizei und des SD (BdS) in Prag. Dort soll er angeblich im Mai 1945 in den Kämpfen um Prag gefallen sein.