W 2002 roku Agencja Mienia Wojskowego przekazała stadion magistratowi Bydgoszczy, który odtąd stał się jego właścicielem. 25 czerwca 2003 Rada Miasta Bydgoszczy ustanowiła Zdzisława Krzyszkowiaka patronem stadionu oraz przekazała pieniądze na zadaszenie trybuny A. Generalnej przebudowy stadionu dokonano w latach 2007–2008 przed Mistrzostwami Świata Juniorów w Lekkoatletyce 2008. Wzniesiono wówczas żelbetowe wysokie trybuny, zadaszono trybunę B, zmodernizowano wyposażenie obiektu, zbudowano 4-kondygnacyjny budynek mieszczący centrum konferencyjne, centrum odnowy biologicznej, restaurację i Muzeum Sportu Bydgoskiego. Pojemność stadionu zmniejszyła się wówczas do 20,5 tys. widzów, w zamian znacznie polepszyła się widoczność z trybun. W 2008 z inicjatywy ówczesnego prezydenta miasta Bydgoszczy Konstantego Dombrowicza zmieniono nazwę stadionu na "Bydgoski Stadion Miejski". Do starej nazwy powrócono w 2010 roku, po objęciu stanowiska prezydenta miasta przez Rafała Bruskiego. Przed Mistrzostwami Świata Juniorów w Lekkoatletyce 2016 wyremontowano stadion rozgrzewkowy oraz wymieniono tablicę świetlną na stadionie.