Grup Angkatan Darat E berpartisipasi dalam operasi anti-partisan di Yunani dan Yugoslavia. Selama operasi ini, beberapa kekejaman dilakukan, termasuk pembantaian Kalavryta dan Distomo di Yunani. Selanjutnya, selama pelucutan senjata tentara Italia pada bulan September 1943, pasukan Jerman mengeksekusi lebih dari 5.000 tawanan perang Italia dalam Pembantaian Divisi Acqui. Pada saat yang sama, Grup ini berhasil mengusir upaya Inggris untuk merebut Kepulauan Dodecanese yang diduduki Italia. Pada September 1944, Grup ini juga terlibat dalam pembantaian Chortiatis.