Lee ottenne la commissione di capitano del 44th nel 1756. L'anno successivo prese parte ad una spedizione contro i francesi alla Fortezza di Louisbourg, e nel 1758 venne ferito nel fallito assalto a Fort Ticonderoga. Dopo essersi ripreso, egli prese parte alla cattura di Fort Niagara nel 1759 e di Montreal nel 1760, che portò alla guerra che portò alla completa conquista del Canada.