Fakat, 2003'te, Adalet ve Kalkınma Partisi lideri Recep Tayyip Erdoğan Türkiye'nin başbakanı olunca İsrail'in devlet politikaları sık sık eleştirilmiş ve siyasi ilişkiler istikrarsızlaşmıştır. İsrail'in Gazze'deki Dökme Kurşun Harekatıyla ve 2009'da Dışişleri Bakanlığı'na Ahmet Davutoğlu'nun getirilmesiyle Türkiye'nin bu eleştirel tavrı devam etmiştir.