С 2008 года Хусто Вильяр выступал за испанский «Вальядолид». После успешного Кубка Америки 2011 года, на котором Вильяр был признан лучшим вратарём, а сборная Парагвая дошла до финала, перешёл в аргентинский «Эстудиантес». Выступал в Аргентине два года, после чего вернулся на родину, где играл в Апертуре за «Насьональ».