Inicialmente a FEAF também incluía aeronaves e pessoas da Força Aérea do Exército filipino. Foi destruída em grande parte durante a Batalha das Filipinas (1941-1942). Quando os restos das força de bombardeios, foram retirados de Mindanau no final de dezembro de 1941, e enviadas para bases na Austrália, sede da FEAF.Quase todos as unidades de terra e de vôo, isso quase 7.000 homens, foram então usados para as unidades de infantaria em Bataan, onde a maioria foi entregue em 9 de abril de 1942. As unidades aereas sobreviveram e foram re-organizados na Austrália, em 5 de fevereiro de 1942 como a Quinta Força Aérea dos EUA.