Dentro de la Hermandad, cumplió primero funciones de escribano y en 1499 de teniente del Diputado General, Lope López de Ayala, que había delegado las funciones del oficio a causa de su avanzada edad. El 5 de noviembre de 1501 Ayala dimitió en el cargo nombrando a Diego Martínez como su sucesor. Dos años después, el procurador de Vitoria en la Junta Particular lo nombró capitán general de las milicias provinciales. El resto de los diputados cuestionaron la potestad del procurador vitoriano para designar a quien desempeñase el oficio susodicho, pero refrendaron el nombramiento. En 1509 Diego Martínez aseguró que no había razones para zanjar un problema que de momento no afectaba a nadie. Pero en 1512, con motivo de la conquista del reino de Navarra, el conflicto y la división de la Hermandad volvió a hacerse notorio por las mismas razones.