L’année suivante, en 1867, Lanctôt s’implique dans la mise sur pied d’un regroupement d’ouvriers, la Grande Association de protection des ouvriers du Canada. Il en est élu président. Au mois de juin il s'implique dans la tenue d'une grande manifestation de 8000 ouvriers sur le Champ-de-Mars, où est brandi le drapeau des patriotes de 1837-38. Puis, en septembre se tient une élection dans la nouvelle circonscription fédérale de Montréal-Est, où Lanctôt fait face à Cartier. Après une difficile campagne, Lanctôt doit s’avouer vaincu. Acceptant mal sa défaite, convaincu que Cartier a triché, il décide d’organiser une campagne d’agitation pour faire contester le résultat. Une pétition de Lanctôt contre l'élection de son adversaire Cartier est d'ailleurs déposée en à la Chambre des communes par Moé Fortier, représentant du comté de Yamasaka. Cette approche se retourne contre lui : peu à peu délaissé par ses alliés, il se trouve rapidement isolé. Il cesse la publication de "L’Union nationale".