Dopo l'evacuazione di Tolone nel dicembre 1793, fu nominato ufficiale facente funzione del HMS Berwick, nave da 74 cannoni, comandata dal capitano Andrew Sutherland, poi prestò servizio per un breve periodo come guardiamarina sulla HMS Princess Royal, e sulla HMS Britannia da 100 cannoni, nave ammiraglia dell'ammiraglio William Hotham. Fu ufficialmente promosso tenente il 12 novembre 1794 per servire a bordo dello sloop HMS Fleche, sotto i capitani dell'onorevole Henry Hotham, Shuldham Peard ed Edwards. Le sue successive nomine furono al HMS Gladiator, del capitano John Pakenham; la fregata HMS Surprise, sotto i capitani Ralph Willett Miller e Edward Hamilton; il HMS Monarch da 74 cannoni, nave ammiraglia del Vice Ammiraglio Sir Richard Onslow; e l'HMS Eolus del capitano John William Spranger. In quelle navi servì nelle stazioni del Mediterraneo, Terranova, del Mare del Nord, del Baltico e della Giamaica. Promosso comandante il 29 aprile 1802, Pigot comandò il Sloop-of-war HMS Speedy al largo di Seaford dal 24 agosto 1803, fino a quando fu promosso a post-capitano l'8 maggio 1804.