עם כיבוש אזור לבוב בעת פלישת גרמניה הנאצית לברית המועצות, ביוני 1941, בירך שפטיצקי על הכיבוש הגרמני שכן התנגד לקומוניזם וקיווה שאוקראינה תקבל עצמאות מידי גרמניה. עם זאת, ניסה שפטיצקי לפעול נגד רצח היהודים בידי האוקראינים וזאת על ידי איגרות רועים שהפיץ, ובהן הטיף להפסקת רציחות היהודים. השפעתן של האיגרות אינה ידועה, אך הוא ציווה על קליטת יהודים ומתן חסות ליהודים במוסדות שהיו כפופים לו וכן הורה למספר בכירים בכנסייה, בהם אחיו, קלימנטי שפטיצקי, לעשות כמותו ולהציל יהודים ובייחוד ילדים.