Début 2005, il est envoyé en Afghanistan pour prêter main forte à l'unité SEAL Team 10 en tant qu'agent adjoint chargé du peloton ALFA, dans le cadre de l'opération "Enduring Freedom". Le , durant l'opération "Red Wings", Murphy commande une équipe de quatre hommes avec pour mission de localiser un haut dirigeant taliban, . Le groupe est déposé par hélicoptère dans une région éloignée et montagneuse de l'est d'Asadabad, dans la province de Kunar, près de la frontière pakistanaise. Leur présence est découverte par des habitants locaux hostiles qui alertent 80 à 200 insurgés. Ceux-ci se mirent alors à encercler et attaquer le petit groupe.