L'agost de 1939, l'Alemanya Nazi i la Unió Soviètica signaven el Pacte Mólotov-Ribbentrop, amb clàusules secretes que assignaven esferes d'influència en l'àrea de la Mar Bàltica. Lituània, inicialment assignada a l'esfera alemanya d'influència, fou transferida als soviètics en protocols addicionals secrets del Tractat germano-soviètic d'amistat, cooperació i demarcació de 28 de setembre de 1939. La ciutat de Vílnius, vista pels lituans com la seva capital, però sota control polonès abans de la guerra, fou ocupada per l'Exèrcit Roig el 19 de setembre de 1939 durant la Invasió de Polònia. Lituània va demanar a l'URSS que li retornés la ciutat. Ióssif Stalin, aparentment no es plegà als cercles governamentals soviètics, inclinats a garantir Vílnius a la República Socialista Soviètica de Bielorússia i el Pacte d'assistència mútua lituano-soviètic del 10 d'octubre de 1939 transferí part de la Regió de Vílnius, abans en mans de Polònia, inclosa Vílnius, a control lituà, a canvi de l'estacionament de 20.000 soldats soviètics a Lituània. Lituània establí la seva autoritat estatal a Vílnius i sota el lideratge del primer ministre Antanas Merkys procedí a lituanitzar la ciutat.