Forlán nahm mit der uruguayischen U-20-Nationalmannschaft an der U-20-Fußball-Weltmeisterschaft 1999 in Nigeria teil, bei der man den vierten Platz belegte. Zu seinen Mitspielern zählten unter anderem Ernesto Chevantón und Diego Pérez. Auch gehörte er dem von Víctor Púa trainierten Kader bei der U-20-Südamerikameisterschaft desselben Jahres in Mar del Plata an.