Le premier tournoi a eu lieu en 2006 au Bangladesh. Les éditions 2008 et 2010 de l'AFC Challenge Cup servent de qualification pour la Coupe d'Asie des nations de football 2011. De même, pour la Coupe d'Asie des nations de football 2015, les éditions 2012 et 2014 de l'AFC Challenge Cup servent de qualification. Mais l'édition 2014 constitue la dernière édition de ce tournoi, du fait que la Coupe d'Asie des nations passe de 16 à 24 équipes pour l'édition 2019.