На 20 януари 1996 Арафат е избран за президент на Палестинската автономия с подкрепата на 88,2% от избирателите (другият кандидат-президент е Самиха Халил). Според независими международни наблюдатели изборите са честни и справедливи. Но тъй като Хамас и други опозиционни движения решават да не участват в президентските избори, възможностите за държавен глава са ограничени. Следващите избори, насрочени за януари 2002, са по-късно отложени; причината е, че е невъзможно да се направи предизборна кампания поради извънредните обстоятелства, обусловени от интифадата Ал-Акса и от набезите и ограниченията върху свободата на движенията в Западния бряг и ивицата Газа, наложени от израелските отбранителни сили.