Do pierwszej reprezentacji Benedict Akwuegbu został po raz pierwszy powołany w 1999 roku na mecz kwalifikacyjny do Pucharu Narodów Afryki 2000 z Senegalem, jednak nie zagrał w nim ani minuty. W kadrze zadebiutował w następnym roku podczas Pucharu Narodów Afryki. Miało to miejsce 23 stycznia 2000 w wygranym 4:2 meczu z Tunezją. Zagrał jeszcze jako rezerwowy w meczach z Marokiem (2:0) i Senegalem (2:1), ale nie błysnął w nich i do końca turnieju już więcej nie zagrał. Zdobył za to ze swoim zespołem srebrny medal. W 2000 roku zdobył swoją pierwszą bramkę w kadrze – 17 czerwca w wygranym 2:0 meczu ze Sierra Leone.