25. června 1947 byl jmenován v pořadí devátým biskupem českobudějovickým. (konsekrace 15. srpna v Olomouci, intronizace 7. září, obé téhož roku). Po komunistickém puči v únoru 1948 byla novým režimem zahájená proticírkevní kampaň s cílem oddělit Katolickou církev v Československu od Svatého stolce. Biskup Hlouch proti této politice veřejně vystoupil. Dne 19. června 1949 o Slavnosti Božího Těla u katedrály sv. Mikuláše v Českých Budějovicích před shromážděnými v eucharistickém průvodu (davem věřících) odsoudil postup státu. Od toho okamžiku Státní bezpečnost monitorovala každý jeho krok. Na biskupskou konzistoř byl dosazen vládní zmocněnec, čímž byl de facto biskupovi znemožněn výkon jeho úřadu.