В сезоне 2013/14 Эрнандес начал играть за команду «Веракрус». Удачное выступление клуба в Клаусуре 2015 привлекло внимание к его голкиперу, Эрнандес был вызван в национальную сборную. Дебют в её составе произошёл 1 апреля 2015 года в товарищеском матче против сборной Парагвая. Мелитон отстоял в воротах все 90 минут, а его команда победила 1:0. 11 апреля он был включён в предварительный список мексиканских футболистов на Кубок Америки 2015.