Op de wereldkampioenschappen kortebaanzwemmen 2006 in Shanghai eindigde Dekker als vierde op de 50 meter vlinderslag en als zevende op de 100 meter vlinderslag, samen met Hinkelien Schreuder, Chantal Groot en Marleen Veldhuis veroverde ze de gouden medaille op de 4x100 meter vrije slag. Tijdens de Europese kampioenschappen zwemmen 2006 in Boedapest veroverde Dekker de Europese titel op de 100 meter vlinderslag. Daarnaast eindigde ze als vierde op de 50 meter vlinderslag, als zevende op de 50 meter vrije slag en als achtste op de 100 meter vrije slag. Op de 4x100 meter vrije slag sleepte ze samen met Ranomi Kromowidjojo, Chantal Groot en Marleen Veldhuis de zilveren medaille in de wacht, samen met Hinkelien Schreuder, Moniek Nijhuis en Marleen Veldhuis eindigde ze als vijfde op de 4x100 meter wisselslag. In Helsinki nam de Nederlandse deel aan de Europese kampioenschappen kortebaanzwemmen 2006, op dit toernooi legde ze beslag op de zilveren medaille op zowel de 50 als de 100 meter vlinderslag en eindigde ze als achtste op de 200 meter vlinderslag. Op de 4x50 meter vrije slag veroverde ze samen met Saskia de Jonge, Chantal Groot en Marleen Veldhuis de zilveren medaille.