Han vant 60 meter i USA-mesterskapet innendørs i 2001 og tangerte sin egen verdensrekord på 6,39 i semifinalen. Han vant også 100 meter i USA-mesterskapet utendørs. Han vant VM-gull på 100 meter for tredje gang på rad i VM i friidrett 2001, med tiden 9,82, til tross for at han skadet lårmuskelen noen meter før mål. Dette løpet var tidenes tredje raskeste. Skaden avsluttet 2001-sesongen for Greenes del, og han hadde også slitt med en kneskade denne sesongen. I Golden League 2001 vant han 100 meter i to av stevnene; Golden Gala og Meeting Gaz de France.