Od września 1939 pełnił służbę wojskową (w Polsce i we Francji); w tym okresie wykonywał rysunki i drzeworyty, zwłaszcza z bitew pod Saint-Quentin i Rouen, miał też w 1942 wystawę "„Die Burg von Krakau”" („Zamek w Krakowie”). Później wykonywał drzeworyty w Grecji, Rosji i Finlandii. W roku 1945 znalazł się we Wrocławiu, gdzie zgłosił się na ochotnika do obrony miasta przed oblężeniem przez Armię Czerwoną. 20 stycznia 1945 jego żona i syn ewakuowani zostali z Wrocławia wraz z większością cywilnych mieszkańców miasta, a Bodo Zimmermann 7 maja 1945 dostał się do niewoli radzieckiej. Został wywieziony do Stalingradu, a następnie z powodu złego stanu zdrowia został repatriowany do obozu przejściowego we Frankfurcie nad Odrą. Chory na czerwonkę zmarł około 25 (26, 27 albo 28) sierpnia 1945 roku w obozie lub podczas transportu, dzień przed uwolnieniem i został pochowany we Frankfurcie w masowym grobie.