В 1983 году в военных казармах в Бору вспыхнул ряд мятежей. Восставшие сформировали ядро НОАС. Правительство Эфиопии решило поддержать НОАС, в отместку за помощь правительства Судана эритрейским повстанцам. НОАС, под командованием Джона Гаранга, начала вооружённую борьбу за независимость Южного Судана. Политические структуры НОАС блокировали все предложения правительства — введение шариата, строительство канала в штате Джонглий, а в 1986 году НОАС бойкотировала выборы.