Après la coupe du monde manquée, la France entame les qualifications pour l'Euro 2004 avec un nouveau sélectionneur, Jacques Santini. Au cours de son mandat, Santini fait jouer Zidane plus sur le côté gauche qu'auparavant avec Robert Pirès à droite et un système à deux attaquants. Cette décision tactique porte ses fruits puisqu'avec huit victoires en huit matches, les Bleus se qualifient facilement pour l'Euro 2004, organisé au Portugal. Zidane inscrit notamment un doublé contre Malte (6-0) puis un autre but contre Israël (2-1). La France se rassure également en remportant la Coupe des confédérations 2003, que Zidane ne dispute pas car il est retenu par le Real, et aussi par d'impressionnantes prestations lors de matchs amicaux et notamment une victoire en Allemagne (3-0) contre la "« Mannschaft »" en novembre 2003 où Zidane brille. Durant la phase de préparation, Zidane inscrit un nouveau but contre l'Ukraine (1-0).