À partir de 1959, des criminels de guerre de classes B et C sont divinisés, aboutissant à un total de divinisés en 1967. En 1966, les cas des criminels de guerre A commencent à être examinés. En , à la liste des de guerre déjà « déifiés », sont ajoutés en secret plusieurs criminels de guerre de classe A condamnés lors des procès de Tokyo, en tant que « martyrs de Shōwa », dont le Premier ministre Hideki Tōjō ou le chef d'état-major de l'Armée Yoshijirō Umezu. Parmi ces quatorze condamnés, sept ont d'ailleurs été condamnés à mort et exécutés. Le sanctuaire deviendra controversé à la suite de ces ajouts, qui étaient la décision de Nagayoshi Matsudaira, prêtre responsable du sanctuaire et fils de Yoshitami Matsudaira, ministre de la Maison impériale après la guerre de la Grande Asie orientale.