Dans le même temps, il se rend à Malte, alors assiégée par les Anglais, pour offrir son assistance, les deux pays étant alliés contre les forces napoléoniennes. Toutefois, l'Amiral Nelson n'apprécie guère Ouchakov. De plus, les Anglais s'inquiètent de la concurrence grandissante des forces navales russes en Méditerranée. L'offre d'assistance est donc refusée, et Nelson tente d'écarter Ouchakov en lui proposant d'aller prendre part à la Campagne d'Égypte. Ouchakov reçevra finalement l'ordre de se retirer.