Arrestado por las autoridades estadounidenses de ocupación al final de la Segunda Guerra Mundial, Ishii y otros líderes del Escuadrón 731 iban a ser interrogados por las autoridades soviéticas. En cambio, Ishii y su equipo lograron negociar, obteniendo en 1946 inmunidad sobre los crímenes de guerra ante el Tribunal de Tokio a cambio de todos los datos sobre guerra biológica basados en experimentos sobre seres humanos. A pesar de que las autoridades soviéticas deseaban que el proceso tuviese lugar, los Estados Unidos objetaron tras revisar los reportes de los microbiólogos estadounidenses que estaban investigando. Entre ellos estaba el Dr. Edwin Hill (Jefe de Fort Detrick), cuyo reporte indicaba que la información era "absolutamente inestimable", "que jamás podría haberse obtenido en los Estados Unidos debido a los escrúpulos respecto a experimentar con humanos" y "fue obtenida a muy bajo costo". El 6 de mayo de 1947, Douglas MacArthur escribió a Washington D.C. que "datos adicionales, tal vez pueden obtenerse algunos testimonios de Ishii informando a los japoneses involucrados que la información será retenida en canales de inteligencia y no será empleada como evidencia de 'Crímenes de Guerra' ". El trato fue cerrado en 1948. De esta forma, Ishii nunca fue procesado por crimen de guerra alguno.