Luego de su retiro jugando para Huracán en 1975, pasó a desempeñarse como entrenador, dirigiendo a varios clubes de Argentina y Uruguay. Durante los 90 dirigió a la Selección Argentina que ganó las Copa América 1991 y 1993. Tras la eliminación en el Mundial de Estados Unidos 1994, Basile pasó a entrenar varios clubes argentinos hasta su llegada a Boca Juniors en 2005, donde ganó cinco títulos consecutivos en apenas una temporada. Retornaría a entrenar a Argentina en 2008 hasta su dimisión en 2009, y durante sus últimos años entrenando volvería a Boca y a Racing hasta su retiro definitivo en 2012.