Après la suppression de la Compagnie de Jésus en 1773, l'université passe sous le contrôle du gouvernement polonais, précisément de la Commission de l'éducation nationale créée en 1773. Après le troisième partage de la Pologne en 1795 qui la place sous l'autorité de la Russie, l'université devient le ministère de l'Éducation pour les provinces polonaises annexées à l'Empire. Jusqu'en 1823 c'est le prince Adam Czartoryski qui dirige cette institution. Après le soulèvement polonais de novembre 1830, elle est soumise à la russification. Elle redevient brièvement polonaise (1918-1939), puis de passe sous la coupe de l'occupant soviétique (1940-1990).