В тази кампания са задействани разрушителите от I и II./ZG 26. В небето над Югославия те се сблъскват с югославските Bf 109, при което на 6 април 1941 г. са загубени пет машини; още две са загубени в битка с няколко остарели биплана Hawker Fury След сломяването на югославската съпротива, разрушителите се сражават над Гърция отново с британските Hurricane и отново с променлив успех. При завземането на остров Крит Bf 110 са привличани основно за нанасянето на удари по земни и морски цели, като при тази операция са загубени 12 машини.