Lokakuussa 1790 Munck nimitettiin Uudenmaan ja Hämeen läänin maaherraksi korvaamaan Carl Gustaf Armfelt, joka oli erotettu Anjalan liittoon kuulumisen vuoksi. Maaherrana Munck oli vanhoillinen kurinpitäjä. Hän osallistui sukunsa edustajana vuoden 1792 säätyvaltiopäiville Gävlessä. Suomen sodan aikana Munck ryhtyi yhteistoimintaan venäläisten miehitysjoukkojen kanssa, jotka saapuivat Hämeenlinnaan jo sodan alkuvaiheessa maaliskuussa 1808, ja hän saavutti venäläisten ylipäällikön Friedrich Wilhelm von Buxhoevdenin luottamuksen. Munck osallistui Porvoon valtiopäiville vuonna 1809. Hän anoi kesällä 1809 eroa maaherran virasta ikänsä ja sairaalloisuutensa perusteella, mutta ero myönnettiin vasta keväällä 1810. Hän osti sen jälkeen Janakkalan Hyvikkälän kartanon ja vietti siellä eläkepäivänsä.