Julio Caro Baroja divide su abundante obra bajo los epígrafes de filología clásica, escriturística, hagiografía, historia, derecho y, en capítulo autónomo, la más famosa de sus obras, "Disquisitionum magicarum libri sex", un trabajo sobre magia, brujería y ocultismo publicado el año de su muerte. Esta obra, publicada por primera vez en tres partes entre 1599 y 1600, fue reimpresa al menos 20 veces, convirtiéndose en uno de los libros más conocidos sobre la brujería. Fue editada por última vez en 1755 en Colonia, cuando la caza de brujas había cesado por completo. En las "Disquisitionum", Del Río traza una conexión entre brujas y herejes. El libro fue popular tanto entre católicos como entre protestantes, y fue uno de los libros usados en la famosa caza de brujas de Salem, en 1692.