En 2000, le social-démocrate Ivica Račan devient président du gouvernement, tandis que Stjepan Mesić est élu président de la République, ce qui marque la première véritable alternance. Bien que la HDZ revienne au pouvoir dès 2003, le virage proeuropéen pris par son président, Ivo Sanader, marque une nouvelle alternance. Lors de l'élection présidentielle du 16 janvier 2005, Stjepan Mesić a été réélu au second tour pour un second mandat présidentiel face à Jadranka Kosor avec plus de 60 % des suffrages. Celle-ci a succédé à Ivo Sanader à la tête du gouvernement en 2009.