В августе 2006 года в товарищеском матче против сборной Венесуэлы Чавес дебютировал за сборную Гондураса. В 2009 году Марвин был включен в заявку национальной сборной на участие в Золотом кубке КОНКАКАФ. На турнире он был основным футболистом и сыграл в матчах против сборных Гаити, Канады и дважды против хозяев первенства США. 26 января 2009 года в матче Кубка наций Центральной Америки против сборной Сальвадора Чавес забил свой первый гол за сборную.