Vinkovci ympäristöineen oli lähellä taistelevien kroaatti- ja serbijoukkojen etulinjoja Kroatian sodassa, mutta kaupunki onnistui kuitenkin välttämään Vukovarin kohtalon. Kaupungin itäosat kokivat kuitenkin vaurioita ja läheinen Cerićin kylä tuhottiin lähes täydellisesti. Lisäksi Vinkovcin kirjasto poltettiin maan tasalle.