No ano seguinte foi nomeado Governador da Guiné Portuguesa e Comandante-Chefe das Forças Armadas Portuguesas naquele território, em substituição do comandante Vasco Rodrigues e do brigadeiro Fernando Louro de Sousa, foi nomeado para os cargos a 4 de Maio, confirmado pelo Conselho de Ministros a 8 de Maio e chegado a Bissau a 20 de Maio de 1964. Esta solução de acumulação do cargo de governador e comandante-chefe foi única nos três teatros de operações da Guerra Colonial Portuguesa (excepto no período em que o general Costa Almeida desempenhou as mesmas funções em Moçambique), manter-se-ia até ao final da guerra.