В 2009 году Альсидес Пенья играл за молодёжную сборную Боливии на чемпионате Южной Америки. На турнире форвард провёл 4 матча. С 2010 по 2012 год Пенья выступал за первую сборную страны. В 2011 году нападающий попал в заявку сборной на Кубок Америки и дебютировал на турнире в матче группового этапа против Коста-Рики