Το στρατιωτικό σώμα των Ταλιμπάν σχηματίστηκε το 1994 στις νότιες περιοχές της χώρας με αιτιολογικό την ένωση του Αφγανιστάν. Οι αντίπαλες ομάδες Μουτζαχεντίν μάχονταν ήδη από το 1989, οπότε απέσυραν οι Σοβιετικοί τις δυνάμεις κατοχής τους. Λίγο μετά τις αρχικές αψιμαχίες, οι Ταλιμπάν κατέλαβαν την πόλη Χεράτ το 1995 και έφθασαν ως την Καμπούλ τον Αύγουστο του 1996. Στα τέλη της δεκαετίας του 1990 οι Ταλιμπάν κατείχαν το μεγαλύτερο τμήμα της χώρας με μοναδικούς αντιπάλους συμμαχίες δυνάμεων, συγκεντρωμένες βορειοανατολικά του Αφγανιστάν. Το καθεστώς απομονώθηκε διεθνώς με την κατηγορία ότι ευνοούσε τη διεθνή τρομοκρατία. Μετά τα γεγονότα της 11ης Σεπτεμβρίου 2001, το στρατιωτικό υπόβαθρο των Ταλιμπάν δοκιμάστηκε από τις εναέριες επιθέσεις των ΗΠΑ στα διοικητικά τους κέντρα στην Καμπούλ και σε άλλες πόλεις. Το καθεστώς κατέρρευσε μέσα σε εβδομάδες, αλλά δεν καταστράφηκε ολοσχερώς. Αν και έχουν εκδιωχθεί από τις πόλεις, οι Ταλιμπάν διεξάγουν σήμερα ανταρτοπόλεμο στο νότιο Αφγανιστάν.