Siegfried Schubert a 75 sélections en équipe d'Allemagne. Il participe aux Jeux olympiques de 1960 et Jeux olympiques de 1964. À Innsbruck, il marque trois buts. En séries éliminatoires pour prendre part à la Coupe du Monde contre la Suisse le , il est le plus jeune capitaine allemand à 25 ans.