Liberata nel 1944 Skopje fu capitale della Repubblica Socialista di Macedonia e fece parte della Jugoslavia. Il terremoto del 1963 rase al suolo buona parte della città, composta per lo più da edifici risalenti al periodo ottomano; vennero così innalzati edifici di stampo socialista e aperti i larghi viali che oggigiorno attraversano la città. Nel 1991, la Macedonia jugoslava diventò stato indipendente e Skopje ne divenne la capitale. Nel 2001 vi furono gravi scontri tra l'esercito macedone e i miliziani albanesi.