שנה לאחר מכן, בינואר 1916, הוא מונה למפקד חיל המשלוח המצרי אשר פעל במצרים. משימתו הראשונה הייתה למנוע ניסיון כיבוש נוסף של תעלת סואץ על ידי כוחות האימפריה העות'מאנית ששהו בארץ ישראל. מארי עמד בפני בעיה קשה שכן, חמש מתוך 14 הדיוויזיות שעמדו לרשותו בעת הגעתו למצרים, נלקחו במחצית הראשונה של 1916 לאירופה לצורך תגבור המערך הבריטי במתקפה על הסום. הוא ארגן מחדש את חילותיו והחל במסע של התקפת נגד לכיבוש חצי האי סיני. מולו עמד הצבא הטורקי בפיקודו של הקצין הגרמני קרס פון קרסנשטיין. מארי נחל הצלחה לאחר שניצח במספר קרבות בסיני: קרב רומני, קרב מגדבה, כיבוש אל עריש וקרב רפיח. בתחילת מרץ 1917 עמדו כוחותיו מדרום לוואדי עזה. כאן התהפך מזלו והוא ספג שני כישלונות צורבים בניסיונו לכבוש את העיר עזה.