Cesarze zdawali sobie sprawę że na tolerowanie odstępców jest na dłuższą metę szkodliwe i dlatego dążyli do ich nawrócenia. Celował w tym zwłaszcza Aleksy Komnen (1081-1118) który w czasie walk z Normanami został opuszczony przez oddziały złożone z paulicjan. Po zapewnieniu sobie spokoju ze strony Normanów, zebrał on oficerów paulicjańskich wojsk w Mosynopolis pod pretekstem urzędowej rejestracji. Tam, podstępem odebrano im broń i uwięziono. Następnie zorganizowano dysputy z udziałem ortodoksyjnych mnichów którzy tłumaczyli paulicjanom ich błędy w rozumieniu wiary chrześcijańskiej. Jakaś część oficerów zdecydowała się przyjąć ortodoksję ale wielu innych upierało się przy swoich poglądach. Z uwagi na inne sprawy Aleksy odłożył na razie plan nawrócenia paulicjan i oficerów uwolniono, represje zastosowano tylko wobec nielicznych prowodyrów, zsyłając ich na Wyspy Książęce.