Jan Mazoch startade i skiflygnings-VM 2002 på hemmaplan i Čerťák i Harrachov och blev nummer 26. I VM 2004 i Letalnica i Planica i Slovenien arrangerades lagtävling i skidflygning för första gången. Mazoch blev nummer 9 i lagtävling tillsammans med lagkamraterna. I den individuella tävlingen slutade han på en 36:e plats.