Waters vokste opp i Cambridge. Hans mor (lærer) og far var begge kommunister, og hans far var med og kjempet i andre verdenskrig selv om han var pasifist. Eric Fletcher Waters døde senere i Operasjon Shingle, den allierte landgangen ved Anzio, Italia. Roger kom til å referere til tapet av faren veldig ofte, spesielt på albumene "The Wall" og "The Final Cut". Moren, som dukket opp i filmatiseringen av "The Wall," er forøvrig ikke basert på hans egen mor.