Jako neformální sbor bez striktně vymezených pravomocí se scházela až do roku 1950, kdy byla její činnost ochromena zejména internací většiny biskupů. Státní úřad pro věci církevní proto začal organizovat konference kapitulních a generálních vikářů, z nichž první byla svolána na 15. února 1951. Ačkoliv po politickém uvolnění byly v březnu 1968 podniknuty snahy o obnovení činnosti biskupské konference, do invaze vojsk Varšavské smlouvy do Československa se její činnost obnovit nepodařilo. Jelikož návratem internovaných ordinářů do svých diecézí v tomto období došlo ke zvýšení role biskupů, za normalizace směřovaly kroky komunistického režimu v první řadě k tomu, aby nebyla vytvořena biskupská konference.