Након доласка на власт, Нето је оболео од карцинома. Умро је 10. септембра 1979. године, седам дана пре свог 57. рођендана, током операције у Москви, у Совјетском Савезу, док је трајао Анголски грађански рат између МПЛА владе и Националне уније за потпуну независност Анголе (УНИТА) Жонаса Савимбија. На челу државе га је наследио Жозе Едуардо дос Сантос који је наставио да води МПЛА у грађанском рату.