Nell'inverno 1939-1940, il gruppo di resistenza cecoslovacco noto come i Tre Re tentò di uccidere Moravec con una pacco bomba. Anche il governo cecoslovacco in esilio prese in considerazione l'idea di prendere di mira Moravec per assassinio, ma decise invece di inseguire Heydrich in quella che divenne nota come Operazione Anthropoid. Dopo la morte di Heydrich, Moravec divenne un importante oratore in diverse manifestazioni di massa in ogni parte del Protettorato, che avevano lo scopo di dimostrare l'opposizione dei comuni cittadini cechi all'uccisione di Heydrich.