Pada 1 Oktober 2005, bom bunuh diri terjadi di pulau Bali. Kelompok Islam militan Jemaah Islamiyah diduga berada di balik serangan tersebut, meskipun penyelidikan polisi masih dilakukan. Kelompok tersebut juga bertanggung jawab atas bom Bali 2002. SBY mengutuk serangan itu serta berjanji untuk "memburu para pelakunya dan membawa mereka ke pengadilan".