Die Saison 1999/2000 begann für Pljuschtschenko sehr erfolgreich: Er gewann alle drei Grand-Prix-Wettbewerbe, bei denen er antrat, und erstmals auch das Grand-Prix-Finale. Jagudin hatte allerdings verletzungsbedingt absagen müssen. Als amtierender russischer Meister wurde Pljuschtschenko 2000 in Wien erstmals Europameister (sein Rivale Jagudin wurde Zweiter).