La Guerra Civil Libanesa, que comenzó en 1975, fue mucho peor para la comunidad judía libanesa, y unos 200 fueron muertos en pogromos. La mayoría de los 1800 judíos libaneses que quedaban emigraron en 1976, temiendo que la creciente presencia siria en Líbano restringiría su libertad de emigración. En 1982, durante la Invasión Israelí al Líbano de 1982, 11 líderes de la comunidad judía fueron capturados y asesinados por extremistas islámicos. Los edificios de la comunidad también sufrieron durante esos días. Durante el avance del Ejército Israelí hacia Beirut, Yasser Arafat asignó hombres armados palestinos para hacer guardia en la Sinagoga Maghen Abraham, un símbolo importante de la comunidad, ubicado cerca del Parlamento. La sinagoga fue bombardeada por la Fuerza Aérea Israelí, quizás en la presunción de que estaba siendo usada como depósito de armas por los palestinos. Pero el daño que continuó al bommbardeo fue producto de extremistas antijudíos. Wadi Abu Jamil, el barrio judío de Beirut, está ahora virtualmente abandonado y la sinagoga dilapidada. El recientemente asesinado Primer Ministro Rafik Hariri prometió reconstruir la sinagoga, pero murió sin poder cumplir su promesa. Actualmente quedan alrededor de unos 40 judíos en Beirut, en su mayoría de la tercera edad.