Uit het fylogenetisch onderzoek kon worden geconcludeerd dat de Tapanuli-orang-oetans ongeveer 3,4 miljoen jaar geleden zich van de Sumatraanse orang-oetans ten noorden van het Tobameer afzonderden. Later, ongeveer 75.000 jaar geleden, na de uitbarsting van de supervulkaan die het Tobameer deed ontstaan (Toba-catastrofe), raakten de Sumatraanse populaties nog meer geïsoleerd van elkaar. Mogelijk was er tot 20.000 à 10.000 jaar geleden nog sporadisch contact. Volgens de onderzoekers was dit waarschijnlijk in de vorm van een "male-mediated geneflow", vrij vertaald: zwervende tapanulimannen die soms paarden met vrouwen uit de populatie ten noorden van het Tobameer, met nakomelingen tot gevolg.