מבצע של"ג התרחב למלחמה כוללת ולשהיה ממושכת של צה"ל בלבנון. בכל התקופה ועד לנסיגה הסופית של צה"ל מלבנון בשנת 2000 וגם אחריה, השייטת עסקה בלכידת ספינות שנשאו אמצעי חבלה ונשק לארגוני המחבלים ובסיוע למבצעים יזומים של כוחות מיוחדים וחיל האוויר נגד יעדים בלבנון. משנת 2000, עם פרוץ האינתיפאדה השנייה, הורחבה הפעילות גם מול חוף רצועת עזה.