Cissey palveli nuorempana Algeriassa ja osallistui everstinä Krimin sotaan. Inkermanin taistelun jälkeen hänet ylennettiin prikaatinkenraaliksi ja vuonna 1863 divisioonankenraaliksi. Ranskan–Saksan sodassa hän toimi divisioonankomentajana ja osallistui Metzin luona elokuussa 1870 käytyihin taisteluihin, kunnes jäi marsalkka F. A. Bazainen joukkojen mukana saarroksiin. Bazainen antauduttua Cissey joutui sotavangiksi Saksaan, mistä hän palasi vuoden 1871 alussa ja osallistui Pariisin kommuunin kukistamiseen. Cissey valittiin Ranskan kansalliskokouksen jäseneksi ja Adolphe Thiers nimitti hänet sotaministeriksi, missä asemassa hän rupesi tarmokkaasti kehittämään armeijaa. Thiersin erottua Cissey jätti hallituksen ja siirtyi armeijakunnan komentajaksi Toursiin.