Munk scrisse anche numerosi articoli sui principali giornali danesi nei quali affrontò vari argomenti, dalla Chiesa alla cultura fino alla politica. Fu in alcuni di questi articoli che agli inizi degli anni '30 criticò il sistema parlamentare ed espresse la sua ammirazione per Hitler e Mussolini, visti come figure forti in grado di unificare un popolo. Ben presto però il suo atteggiamento nei confronti dei due dittatori mutò radicalmente diventando dapprima critica e poi aperto disgusto, come testimonia la presa di posizione contro la Guerra d'Etiopia e le persecuzioni agli ebrei in una lettera aperta a Mussolini pubblicata sul Jyllands-Posten nel 1938. Dopo l'occupazione tedesca della Danimarca nel 1940 Munk nei suoi sermoni tentò più volte di sensibilizzare i connazionali sugli orrori del nazismo e di incitarli alla rivolta. La sua opposizione non era però di matrice democratica ma si basava sulla figura di un "Dittatore nordico" che riunisse le nazioni scandinave per tenerle neutrali durante la guerra. Con le sue opere "Niels Ebbesen" (1942) e "Før Cannae" (1943), presto confiscate, continuò ad incitare il popolo danese alla rivolta. Pur sapendo di essere in pericolo decise di non fuggire in Svezia e continuò a girare il paese a tenere i suoi sermoni. Particolarmente significativo fu quello tenuto nella Cattedrale di Copenaghen il 5 dicembre 1943, nonostante i nazisti gli avessero vietato di parlare in pubblico. Circa un mese più tardi venne arrestato dalla Gestapo e giustiziato. Il suo corpo fu trovato a Hørbylunde, nei pressi di Silkeborg.