Während des libanesischen Bürgerkriegs wurde die Handelstätigkeit 1983 eingestellt. Nach 11 Jahren hat ein neues Verwaltungskomitee (in Zusammenarbeit mit der Bourse de Paris) die BSE mit einem neuen internen Statut neu strukturiert und die Mechanismen und Handelssysteme gestrafft. Es wurde ein neues automatisiertes Maklersystem eingeführt, das auf dem Festpreis anstelle der herkömmlichen OTC-Sprachmakler basiert. Am 22. November 1996 hat die BSE die Handelsaktivität in ihrer Halle offiziell wieder aufgenommen. BSE und Bourse de Paris haben im Juni 1999 ein Kooperationsabkommen unterzeichnet, und das neue europäische System NSC-UNIX-Euronext wurde eingeführt. Im Jahr 2000 wurden neue Arten von Wertpapieren wie DDR (Global Depository Receipt), Investmentfondsanteile, Vorzugsaktien und sonstige handelbare Derivate notiert. Ende 2006 führte die BSE ein neues Fernhandelssystem ein, mit dem die Broker von ihren eigenen Geschäftsstellen aus mit den an der BSE notierten Wertpapieren "aus der Ferne" handeln können.