Das Massaker von Novi Sad löste Proteste in Ungarn aus, die unter anderem vom Vorsitzenden der oppositionellen Partei der Kleinlandwirte, Endre Bajcsy-Zsilinszky, geleitet wurden. In der Folge wurde Feketehalmy in den Ruhestand versetzt, blieb jedoch unbestraft. Erst im September 1943, als sich Ungarn bereits in Verhandlungen mit den Westmächten über einen Separatfrieden befand, wurde ein Verfahren gegen die verantwortlichen Offiziere angestrengt. Am 14. Dezember 1943 wurde der Prozess gegen drei Honved- und zwölf Gendarmerieoffiziere eröffnet. Feketehalmy-Czeydner wurde zu 15 Jahren Gefängnis verurteilt, sieben Mitangeklagte erhielten Strafen von jeweils über zehn Jahren. Am 15. Januar floh Feketehalmy-Czeydner zusammen mit drei weiteren Verurteilten nach Wien, wo sie politisches Asyl erbaten. Einem Auslieferungsbegehren der ungarischen Regierung kam Adolf Hitler nicht nach.