Ulkoinen uhka oli torjuttu, mutta Liivinmaalla oli von Plettenbergin kaudella myös sisäisiä muutoksia. Uskonpuhdistus levisi 1520-luvulla ja esimerkiksi Saksalaisen ritarikunnan suurmestari Albrekt Brandenburgilainen oli julistanut ritarikuntansa evankeliseksi vuonna 1525. Liivinmaalla evankelistuminen olisi saattanut johtaa eroon Saksan keisarikunnasta ja ritarikunnan sekularisoitumiseen, mikä oli voinut merkitä yhtenäisen ritarikuntavaltion muodostumista. Wolter von Plettenberg liittoutui kuitenkin Wolmarin maapäivillä heinäkuussa 1525 katolilaisen papiston ja vasalliston kanssa. Liivinmaan territoriot pysyivät näin keisarikunnan yhteydessä ja maa säilyi löyhänä säätyvaltais-territoriaalisena konfederaationa. Plettenbergistä tuli Saksan valtakunnanruhtinas ja hän sai äänioikeuden Saksan "Reichstagissa" vuonna 1526. Saksalaisen ritarikunnan luterilaistumisen myötä ritarikunnan omistukset Preussissa muutettiin Preussin herttuakunnaksi, mikä merkitsi myös Liivinmaan ritarikunnan muodollista itsenäistymistä. Albrekt myi oikeutensa Liivinmaahan von Plettenbergille 4 000 guldenin hintaan. Käytännössä ritarikunta oli ollut kuitenkin itsenäinen jo vuodesta 1459 Saksalaisen ritarikunnan alati heikentyessä. Toisaalta myös Liivinmaan ritarikunta oli von Plettenbergin sodan jäljiltä sotilaallisesti heikko. Plettenbergin kaudella ritarikunnalla oli suurimmillaan 450 ritariveljeä ja määrä puolittui vuosisadan puoliväliin mennessä. Monet Liivinmaan linnoista oli rakennettu ennen tuliaseiden aikaa, mikä teki niistä vanhentuneita. Halua maksaa linnojen korjaamista ei kuitenkaan ollut. Talonpojilta vietiin puolestaan aseenkanto-oikeus 1500-luvun alussa. Plettenberg kuoli vuonna 1535 ja hänen seuraajansa kamppailivat Liivinmaan sisäisten ongelmien kanssa. Lopullisesti Liivinmaa romahti Liivinmaan sodan alettua vuonna 1558 ja sen hallitsemat alueet päätyivät Ruotsin, Tanskan, Puola-Liettuan ja Moskovan Venäjän käsiin.