アメリカ独立戦争が勃発し、ハンターはハウが指揮官の間はハウのもとで任務について、事実上の艦隊旗艦航海長として働いた。の防御はもちろん、チェサピーク湾の海戦と、デラウェア遠征にもハンターは意欲的だった。ハウが召喚され,ジョン・モンタギューが指揮官になってからはハンターは疎んじられた。海尉に任命されると言う願いは聞き届けられなかったが、代わりに、1779年に74門艦のベリックにとして配属されて、艦長のもとで任務についた。1780年、館長のユニオンにボランティアとして転属されることになったものの、海軍本部がこの転属の確認を拒み、ハンターはバーウィックにボランティアとして乗艦して、西インド諸島へ向かった。ここでハンターは最高指揮官ジョージ・ブリッジズ・ロドニーからの委託を受け、1781年にバーウィックでイギリスに戻り、その年の8月5日にドッガーバンクの海戦に参戦した1782年、ハウはハンターを旗艦ヴィクトリーの三等海尉に任命し、後にジブラルタル包囲戦との時に、一等海尉に昇進した。この一連の交戦の後、1782年11月12日に、ハンターは14門スループ艦で初めて指揮を執った。