Также между СССР и гитлеровской Германией осуществлялось тайное военно-морское сотрудничество. В порту Мурманска осенью 1939 года от британского флота укрывались германские торговые суда, а также включённый в состав Кригсмарине лайнер "«Бремен»", на трубах которого были нанесены опознавательные знаки советского торгового флота. В губе Западная Лица была создана секретная база германского флота «Базис Норд». Из неё в апреле 1940 года вышел германский танкер «Ян Веллем», который прибыл в Нарвик, чтобы снабдить топливом германские корабли, участвовавшие в операции по оккупации Норвегии. После захвата Норвегии германский адмирал Эрих Редер направил благодарственную телеграмму командующему флотом СССР. Летом 1940 года германский вспомогательный крейсер «"Комет"» под разными названиями при содействии СССР прошёл Северным морским путём из Северного моря в Берингов пролив и далее в Тихий океан.