Nel 396 a.C., durante la Terza Guerra tra greco-sicelioti e punici, il generale cartaginese Imilcone II, per impedire che arrivassero aiuti a Dionisio I dall'Italia o dalla Grecia, espugnò e distrusse Messene, avanzando verso sud per attaccare Siracusa. Posta sotto assedio la capitale siceliota, l'esercito cartaginese venne però decimato da una pestilenza che consentì a Dionisio I di approfittarne per contrattaccare Imilcone, distruggere il suo esercito e ricacciarlo in Africa. La città venne ricostruita e ripopolata da Dionisio I.