W reprezentacji Irlandii Północnej Hughes zadebiutował 13 października 1991 roku w wygranym 2:1 meczu eliminacji Mistrzostw Europy 1992 z Austrią. 2 czerwca 1992 roku w zremisowanym 1:1 towarzyskim pojedynku z Niemcami strzelił pierwszego gola w kadrze. W latach 1991–2005 w drużynie narodowej rozegrał w sumie 72 spotkania i zdobył 5 bramek. Wcześniej grał też w kadrze U-21 oraz U-23.