A második világháború előestéjén a Német Birodalom és a Szovjetunió megkötötte a német–szovjet megnemtámadási szerződést, amelyben ismét felosztották egymás között Lengyelország területét. 1939 őszén a Szovjetunió elfoglalta és bekebelezte a szerződésben neki jutó keleti lengyel területeket. 1941 a németek foglalták el, majd miután a német–szovjet háborúban a Vörös Hadsereg kiszorította őket a keleti frontról, a Szovjetunió ismét elfoglalta Kelet-Lengyelországot, és 1944-ben betagolta az Ukrán SzSzK-ba, a Belorusz SzSzK-ba és a Litván SzSzKba. Az Intermarium terve csaknem öt évtizedre „befagyott”, megvalósításának minden reális lehetősége megszűnt, a terv a közép-európai nosztalgikus emlékek közé süllyedt.