İskender Paşa Osmanlı Devleti'nin kuruluş yıllarında Müslüman olarak akıncılığı seçen Bizans kökenli Köse Mihal'in soyundan gelir. II. Mehmet'in en güvendiği komutanlardan biriydi. Bosna'nın yeni Osmanlı Devleti'ne katılmış olduğu yıllarda 1475 yılında Bosna Sancağı'nın beyi oldu. Bu sırada Bosna 1463-1479 Osmanlı-Venedik Savaşı'nın ön cephelerinden biriydi. 1477 yılında İskender Paşa Venedik Cumhuriyeti topraklarına bir sefer düzenledi. Isonzo ve Tegliamento nehirlerini aşarak Venedik kentini tehdit etti. İskender Paşa 1480 yılında Rumeli Beylerbeyliği'ne getirildi. 1483 yılında vezir rütbesini kazandı. 1485 yılında ikinci, 1498 yılında ise üçüncü defa Bosna beyi oldu.