En 1935, el Panteón de San Fernando fue declarado monumento histórico por el Instituto Nacional de Antropología e Historia, y en 1968 recibió una magna restauración en ocasión de los Juegos Olímpicos celebrados en México. Durante los años setenta y ochenta, el panteón sufrió diversas modificaciones ligeras, por la celebración de los centenarios luctuosos de Juárez y de Francisco Zarco, así como por el terremoto de 1985. Para 1997, con el cambio de régimen político en el Distrito Federal, se puso bajo la administración Del Gobierno Del Distrito Federal, que el 31 de mayo de 2006 lo transformó en un museo de sitio, bajo la tutela de La Secretaría De Cultura Del Distrito Federal.