1356 zerstörte das Basler Erdbeben grosse Teile der Kirche. Bei Renovationen in den folgenden Jahrzehnten entstanden Fresken, die Maria, Johannes den Täufer und den Dominikaner Vinzenz Ferrer darstellen. Das Gotteshaus wurde während des Konzils von Basel 1431 bis 1449 von den Teilnehmern rege genutzt.