Београдским миром закљученим 1739. године, Турци су, између осталог, поново добили Београд и „чим уђоше у варош и овом приликом показаше свој бес и према Србима и према српским светињама“. Срушена је велелепна резиденција српске митрополије, а цркву „опленише и сводове јој оборише“. Неколико деценија касније, почетком 1798. године, црква је поново страдала, овог пута у пожару. До почетка 1813. године била је оспособљена за богослужење, када су је, после слома Првог српског устанка, Турци скрнавили и опљачкали. Након Другог српског устанка изведене су неопходне преправке.