No começo de 2015, quando houve o Massacre do Charlie Hebdo, Magnoli criticou duramente os intelectuais acadêmicos que, em sua visão, compactuavam com a teoria do choque de civilizações ao "tentar entender" o significado do ataque. Para ele, professores como Arlene Clemesha e Williams Gonçalves aderiram à lógica do terror jihadista quando se manifestaram publicamente buscando motivações para os ataques da Al Qaeda.