Signé comme agent libre par les Red Sox de Boston en avril 1995, il y amorce la saison avant d'être congédié en juin. Il rejoint les Marlins de la Floride qui le cèdent le 31 août suivant à son ancienne équipe, les Braves. Ceux-ci remportent à nouveau le championnat de leur division, ce qui donne à Peña une nouvelle chance de jouer en matchs éliminatoires, pour la première fois depuis le jeu qui brisa en 1991 les espoirs des Braves de remporter le titre mondial. Durant la courte Série de divisions qui oppose Atlanta à Colorado, Peña n'accorde aucun point aux Rockies en trois manches lancées et est le lanceur gagnant pour deux des trois gains des Braves, qui passent en Série de championnat. Le dominicain effectue trois courtes sorties, totalisant trois manches sans accorder de point aux Reds de Cincinnati durant cet affrontement. Son passage en Série mondiale 1995 contre les Indians de Cleveland est difficile et il encaisse une défaite, mais Atlanta remporte cette fois-ci le titre et Peña reçoit sa troisième et dernière bague de champion du monde.