Em 1999, Bouteflika concorreu como candidato único às eleições presidenciais da Argélia, sendo eleito com 74% dos votos, segundo números oficiais. Os outros seis postulantes de oposição haviam denunciaram um esquema de fraude em favor de Bouteflika, candidato apoiado pelo regime militar, e desistiram de suas candidaturas. Como presidente, Bouteflika conduziu o processo para pacificação da Argélia para colocar fim ao longo conflito civil iniciado em 1992, concedendo ampla anistia a grupos militantes islâmicos que atuavam dentro do país. Também concentrou-se em reconstruir e fortalecer a reputação internacional a Argélia, por exemplo, mediando um acordo de paz entre Eritreia e Etiópia. A 14 de janeiro de 2003, foi agraciado com o Grande-Colar da Ordem do Infante D. Henrique de Portugal.