En 2012, elle prend le poste de conseillère Afrique du président François Hollande. Elle est la seule femme à avoir occupé ce poste. Elle acquiert le surnom de « Madame Afrique ». Elle est aux premières loges du déclenchement de l'opération Serval au Mali. La politique de la France à cette époque en Afrique s'est traduite à la fois par une volonté de normalisation, une attention portée aux questions de lutte contre le terrorisme et des opérations militaires (outre l'opération Serval devenue Barkhane au Mali, la période a été marquée par l'opération Sangaris en RCA) et enfin une politique économique, environnementale et de développement ambitieuse.