Setelah proklamasi kemerdekaan Republik Indonesia pada 17 Agustus 1945, Bonar bergabung dengan TKR (Tentara Keamanan Rakyat), dan kemudian turut bergerilya bersama Panglima Besar TNI Jenderal Soedirman melawan pasukan Belanda yang berniat menguasai kembali bekas koloninya tersebut. Selama perang kemerdekaan Indonesia tersebut, ia pun diangkat menjadi Wakil Kepala Staf Angkatan Perang (WAKASAP) RI pada tahun 1948 hingga 1949. Dalam kedudukannya tersebut, Bonar ikut mewakili TNI dalam delegasi Republik Indonesia menghadiri Konferensi Meja Bundar (KMB) di Den Haag, Negeri Belanda. Misi utama mereka adalah mendesak Belanda menghapus KNIL dan menjadikan TNI sebagai inti kekuatan tentara Indonesia. Ketika Jenderal Soedirman wafat pada tahun 1950, Bonar dalam usia yang sangat muda (29 tahun) diangkat sebagai Kepala Staf Angkatan Perang RI (KSAP) dengan pangkat Jenderal Mayor hingga tahun 1953.