Rémi Pauriol passe professionnel en 2006 dans l'équipe Crédit agricole, dont il est membre jusqu'en 2008. Pour sa première saison, il obtient comme meilleur résultat individuel la deuxième place de Paris-Corrèze et collectivement une victoire d'étape au Tour méditerranéen en contre-la-montre par équipes. Il dispute également son premier grand tour en Italie. L'année suivante, il remporte sa première victoire professionnelle lors de la Route Adélie de Vitré au sprint devant Alexander Khatuntsev. Il s'impose également lors d'une étape du Tour de la Région wallonne. Il découvre la "Vuelta" qu'il ne termine pas. Il se classe troisième du classement final de la Coupe de France. En 2008, en tête du Tour de Catalogne au départ de la dernière étape, il échoue pour 21 secondes dans la conquête d'une victoire de niveau ProTour. Il découvre ensuite le Tour de France. Cette Grande Boucle se dispute pour l'équipe Crédit Agricole dans un contexte marqué par l'arrêt du sponsor en fin de saison, l'absence d'un repreneur et une sollicitation par d'autres équipes de plusieurs de ses coureurs dont Pauriol. Le août, Roger Legeay, directeur de l'équipe, annonce aux coureurs qu'ils sont libres de s'engager dans d'autres équipes. Huit jours plus tard, sélectionné en équipe nationale pour les Jeux olympiques de Pékin, Pauriol termine la course en ligne à la après avoir été échappé une grande partie de la course.