新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の被害拡大を防ぐため、クロアチア国家公安保護当局は2020年3月21日にタクシーを除いた国内の公共交通機関を翌3月22日から30日間全面的に運行を停止する事を決定し、ザグレブ市電もその対象となり全系統の運行を停止した。その後4月30日に3つの系統（3・5・14号線）で運行が再開し、以降は順次各系統の営業運転再開が行われている。ただし3月22日に発生したマグニチュード5.5の地震により路面電車網にも被害が生じており、全面復旧には多くの時間を費やす状況となっている。