I nionde klass flyttade Magdalena Wallin till Nordingrå. Hon bestämde sig för att göra en satsning på längdskidåkningen och sökte till skidgymnasiet i Lycksele. Där tillbringade hon tre gymnasieår, innan det avslutande fjärde gymnasieåret på skidgymnasiet i Sollefteå. Under tiden kom hon även med i det svenska juniorlandslaget, och vid den här tiden räknades Wallin som en av Sveriges mest lovande juniorer vid sidan av Marie-Helene Westin. Som sistaårsjunior fick Magdalena Wallin sitt internationella genombrott 1987, då hon vid VM i Oberstdorf var med i bronslaget i stafett.