Keeganin maajoukkuevalmentajuus ei ollut järin menestyksekäs. EM-kisoissa 2000 Englanti jäi alkulohkoonsa voitettuaan vain yhden ottelun. Englannin hävittyä Saksalle MM-karsintojen avausottelussa lokakuussa 2000 Keegan jätti tehtävänsä.