Пияле-паша и Мустафа-паша вернулись в Константинополь (Стамбул), послав заранее сообщение о поражении, чтобы не попасть под горячую руку султана. Им было велено зайти в порт ночью, чтобы не пугать жителей видом потрёпанных галер. Военачальники обвиняли друг друга в поражении перед султаном; оба они сохранили жизнь. Тверитинова предположила, что Мустафа был казнён, однако это, судя по всему, не так. Мустафа был лишь понижен в должности, через год он занимал пост пятого визиря. Он принимал участие в Венгерском походе Сулеймана в 1566 году, а скончался в 1568/69 году в долине Арафат во время хаджа. Пияле-паша, несмотря на поражение у Мальты, сохранил расположение Сулеймана и звание капудан-паши. Он покорил Хиос, участвовал в покорении Кипра, занимался восстановлением османского флота после Лепанто. Умер он в 1578 году от болезни и похоронен в построенной Мимаром Синаном для него . Улуч-Али остался бейлербеем Алжира, принимал участие в битве при Лепанто, где смог спасти от захвата или уничтожения и увести из боя в целости 87 галер. После Лепанто Улуч-Али стал капудан-пашой. Умер он в 1587 году и похоронен в мечети, построенной для него Синаном.