В ходе начавшегося наступления на Кавказ, 27 июля 1942 года Батайск был взят практически без боя немецко-фашистскими войсками. Данные городского архива свидетельствуют о том, что в период оккупации фашистами было убито 595 жителей города, в том числе дети. Около ста юношей и девушек были угнаны в Германию. В боях за освобождение Батайска погибли Были взорваны и разрушены промышленные предприятия, все строения и пути железнодорожного узла, электросети, телефонные и телеграфные линии. Из имевшихся в городе 6886 частных домов, построенных в довоенный период, было сожжено и жилого коммунального фонда до основания было разрушено уничтожено деревьев . После 196-дневной оккупации был освобождён 7 февраля 1943 года войсками Южного фронта в ходе Ростовской операции.