도시는 요새화된 항구와 무역 중심으로서 포르투갈에 의해 1687년에 설립되었다. 1942년 비사우는 포르투갈령 기니의 수도가 되었다. 1973년 반 식민지 PAIGC 게릴라들에 의한 독립 선언 후, "사실상" 독립 영토의 수도는 마디나 도 보에로 선언되었지만 비사우는 포르투갈인이 점령한 지역의 수도와 "법률상" 전 포르투갈령 기니의 수도로서 남는다. 포르투갈이 기니비시아우의 독립을 인정하고 1974년 리스본에서 카네이션 혁명에 기인하여 빠졌을 때, 두 영토는 합병되었고 비사우는 새로운 독립 국가의 수도가 되었다.