W reprezentacji Rumunii zadebiutował w 1998 roku w meczu z Liechtensteinem. Wielu komentatorów uważało go za najlepszego następcę doświadczonego Bogdana Stelei. Lobonț znalazł się w kadrze na Euro 2000, lecz na turnieju nie zagrał ani minuty. Przez kolejne trzy lata kolejni trenerzy kadry wciąż ufali Stelei, a Lobonțowi w walce o miejsce w drużynie narodowej przeszkadzały częste kontuzje i problemy w Ajaksie. Dopiero w 2003 roku selekcjoner Anghel Iordănescu zdecydowanie postawił na niego. Lobonț był pierwszym bramkarzem w eliminacjach do Euro 2004 i Mundialu 2006, zaś w czasie wygranych eliminacji do Euro 2008 bronił przemiennie z młodszym o rok Dănuțem Comanem. W czasie mistrzostw, zakończonych dla Rumunów na fazie grupowej, zagrał we wszystkich trzech meczach. W 2013 roku zakończył karierę reprezentacyjną.