Lors de la formation de l'Armée confédérée, tous les corps de l'US Army et de la Navy se repartirent entre les deux camps. Il existait des "Marines of the Confederation" et une "Navy of the Confederation". L'Armée des États confédérés étant à l'origine une armée de défense, de nombreux soldats n'apprécièrent donc pas quand Lee emmena l’armée de Virginie du Nord au Maryland, au cours de la campagne d'Antietam. Près de désertèrent alors, rappelant qu'ils s'étaient engagés pour défendre leur patrie, pas pour une guerre de conquête. Après les batailles de Gettysburg et Vicksburg, le nombre de déserteurs atteignit .