L'Afrique subsaharienne est également concernée par les divisions : l'Afrique-Occidentale française, dont Darlan a obtenu le ralliement, est dans le camp giraudiste, tandis que l'Afrique-Équatoriale française est passée depuis 1940 dans le camp de la France libre du général de Gaulle. Le camp gaulliste prend également le contrôle, fin 1942, de La Réunion et de la Côte française des Somalis. Madagascar, où les Britanniques ont débarqué sans prévenir les gaullistes, représente un cas à part : après la capitulation des vichystes en , les Britanniques administrent l'île durant plusieurs mois et n'en cèdent le contrôle à la France libre qu'en . La situation des possessions africaines de la France, qui se joue politiquement en AFN, se stabilise progressivement avec la fusion des autorités de Londres et d'Alger au sein du Comité français de la Libération nationale en .