Kubo divenne assistente allo stato maggiore della 2ª Flotta il 10 ottobre 1940, ma appena un mese più tardi fu nominato contrammiraglio e spostato alla testa della 1ª Forza ausiliaria per la protezione di base, un reparto dotato di naviglio leggero e logistico; questa posizione lo mise dunque alle dipendenze della 3ª Flotta diretta dal viceammiraglio Ibō Takahashi, che fu destinata a supportare l'invasione delle Filippine nel corso della pianificazione portata avanti nel corso del 1941. Kubo giunse a fine novembre nelle isole Palau con le sue navi, potenziate nel numero e nella qualità: disponeva della 24ª Divisione cacciatorpediniere ("Yamakaze", "Umikaze", "Kawakaze", "Suzukaze"), di una sezione della 16ª Divisione cacciatorpediniere ("Tokitsukaze", "Yukikaze"), di una parte dell'11ª Divisione portaidrovolanti ( e con quaranta idrovolanti), di due dragamine, sette unità minori e sette trasporti con a bordo uomini, un reggimento d'artiglieria e la 1ª Forza speciale da sbarco "Kure"; scelse infine l'incrociatore leggero , distaccato dalla 4ª Squadriglia cacciatorpediniere, come propria nave ammiraglia. Kubo condusse facilmente a termine gli sbarchi a Legaspi l'11 dicembre e poi nella baia di Lamon (24 dicembre), nella porzione centrale della grande isola di Luzon. Poste in sicurezza le acque delle Filippine, la 3ª Flotta si riunì e fece rotta per le Indie orientali olandesi come da piano: essa avrebbe formato il braccio orientale della tenaglia che doveva accerchiare l'isola di Giava.