Der Sohn eines jüdischen Kaufmanns und Grundbesitzers wurde 1889 in Pitești in Rumänien geboren. An der Oberrealschule in Halle 1907 und 1913 zusätzlich am Gymnasium in Magdeburg erwarb er die Hochschulreife. Ab Sommersemester 1908 studierte er Rechtswissenschaft an der Universität Berlin. Das Studium musste er aus familiären und gesundheitlichen Gründen unterbrechen. Im Jahr 1909 konnte er das Studium für drei Semester in Berlin fortführen. In Rumänien musste er 1910/11 Militärdienst leisten. Zum Sommersemester 1912 setzte er das Studium an der Universität Leipzig fort. Im Jahr 1913 nahm er am Zweiten Balkankrieg teil. Nach seiner Rückkehr konvertierte Juncker zur griechisch-orthodoxen Konfession. Die Empfehlung Friedrich Steins verhalf Juncker zum Eintritt in das deutsche Heer. Im April 1915 wurde er deutscher Staatsbürger. Im August 1915 meldete sich Juncker freiwillig beim Leipziger Ulanenregiment. Ebenfalls 1915 konnte er die erste juristische Staatsprüfung in Leipzig ablegen. In der Schlacht an der Somme wurde er 1916 verwundet. Ihm wurde im September 1916 das Eiserne Kreuz II. Klasse verliehen. Juncker wurde 1921 promoviert mit einer Arbeit über die Collectio Berolinensis, eine Glosse aus dem Kirchenrecht. Nach dem Tod Emil Seckels übertrugen die Monumenta Germaniae Historica im März 1925 Juncker die Neuausgabe der Kapitulariensammlung des Benedictus Levita. Mit Hilfe eines Stipendiums der Notgemeinschaft der deutschen Wissenschaft widmete er sich in Paris im Jahr 1928 Handschriftenstudien.