Nanninga pelasi vuoden 1978 MM-kisoissa Hollannin joukkueessa ja teki Hollannin tasoittavan maalin (1–1) loppuottelussa 82 minuutilla. Argentiina voitti kuitenkin jatkoajalla 3–1, ja Nanninga sai MM-hopeaa muun joukkueen ohella. Nanninga pelasi 15 maaottelua, joissa hän teki kuusi maalia. Vuoden 1978 MM-kisojen lisäksi hän pelasi myös vuoden 1980 EM-kisoissa.