Ab dem 30. Mai 1942 begannen im Zweiten Weltkrieg mit der Operation Millennium die Bombenangriffe auf Köln, die sich bis 1945 fortsetzten. Der Dom wurde durch etwa 70 Bombentreffer, darunter 14 schwere Fliegerbomben, schwer beschädigt. Von den 22 Gewölben wurden im Langhaus und im Querhaus neun zerstört und sechs stark beschädigt. Der Giebel des nördlichen Querhauses brach herunter; alle Fenstermaßwerke wurden beschädigt und das große Westfenster vernichtet.