Le Coq wurde im Dezember 1809 nach der Bewertung seines Verhaltens durch die Immediatkommission zur Untersuchung der Kapitulationen der Festungen kassiert, zu lebenslanger Haft verurteilt und in der Festung Spandau inhaftiert. Ab Januar 1810 war es ihm gestattet, seinen Arrest in der Stadt Spandau abzusitzen und ab 1812 sein Gut in Pichelsdorf zu besuchen. Ein Gnadengesuch lehnte der König jedoch ab. Bei Beginn der Erhebung Preußens im April 1813 durfte er seinen Wohnsitz in Oranienburg nehmen. Nach dem Frieden wurde er 1814 begnadigt und ließ sich in Berlin nieder. Vereinsamt und langsam erblindend, arbeitete Le Coq weiter an seinem Kartenwerk und veröffentlichte es weiterhin. Verwitwet und völlig erblindet starb er am 14. Februar 1829 in Berlin und wurde auf dem Französischen Friedhof beigesetzt. Sein Kartenwerk Westfalens wurde von General Karl von Müffling ergänzt und fortgesetzt.