Agazzi mantiene il posto da titolare della squadra sarda fino al mese di novembre 2013, quando gli viene preferito Vlada Avramov, complice un infortunio muscolare alla coscia destra. In precedenza, nelle prime giornate della stagione 2013-2014, aveva fornito prestazioni altalenanti caratterizzate da qualche incertezza. Per il resto del girone d'andata viene relegato in tribuna a causa di divergenze sorte con la dirigenza del Cagliari riguardo ai termini del rinnovo del contratto. Lascia la squadra a gennaio, dopo 125 presenze complessive tra campionato e coppa nazionale.