V okupovaném, či nově obsazených územích, která SSSR hodlal připojit ke svému území, území prováděla NKVD masové zatýkání, deportace, popravy; vraždila nepohodlné lidi. Cíle zahrnovaly kolaboranty s Německem a členy antikomunistického odboje jako Ukrajinská povstalecká armáda (která se mj. podílela na masakru 50 000 Poláků a Čechů ve Volyni během tzv. Volyňského masakru). Mezi další hnutí, které Sověti pronásledovali, patřili Lesní bratři v Estonsku, Lotyšsku a Litvě. Pod záminkou likvidace pronacistických band likvidovali i teoreticky spojeneckou polskou Zemskou armádu.