Budowę kościoła rozpoczęto w 1571 roku, z niewielkimi przerwami trwała do 1596. Obiekt został poważnie uszkodzony czasie dużego trzęsienia ziemi, które nawiedziło Maltę w 1693. Obecny kościół został zbudowany w latach 1765-1785. Zaprojektował go i nadzorował prace nad nim, aż do swojej śmierci w 1779 roku, architekt zakonu Giuseppe Bonnici. Po śmierci Bonniciego jego obowiązki przejął Antonio Cachia, który dokonał wielu zmian i przebudów względem pierwotnego planu. Początkowo kościół nie posiadał dzwonnic. Zostały dobudowane odpowiednio w 1844 oraz 1912 roku. W czasie nalotu niemieckiego 20 maja 1942 roku południowy narożnik kościoła został uszkodzony, prace renowacyjne zostały przeprowadzone przez Josepha Sammuta po zakończeniu wojny.