בשנת 2000 החליט שירות הביטחון הכללי שאי אפשר להחזיקו לנצח בכלא ולא ביקש להאריך את מעצרו. הוא שוחרר מהכלא הישראלי במאי 2000. בתחילה לא רצה לחזור לפעילות טרור, אך עם פרוץ האינתיפאדה השנייה שוכנע בידי יאסין ובכירים אחרים בחמאס לחזור לפעילות. הוא חזר לעסוק בפעילות טרוריסטית בקנה מידה רחב, ובגלל גל פיגועי ההתאבדות של החמאס, ניסתה ישראל להורגו במשך תקופה ארוכה. ישראל ייחסה לו תכנון או אישור של פיגועים רבים, ובהם רצח חמישה תלמידי המכינה בעצמונה והריגת ארבעה חיילי צה"ל בתקיפת מוצב "אפריקה" בסמוך לרצועת עזה. ראש אגף המבצעים, האלוף דן הראל, אמר לאחר הריגתו כי "דם מאות ישראלים על ידיו של שחאדה".