Als am 20. Juli 1944 Claus Schenk Graf von Stauffenberg das Attentat auf Hitler verübte, wurde Wehner mit drei weiteren Berliner Kriminalisten in die Wolfsschanze geflogen. Gemeinsam mit Albert Widmann und Horst Kopkow rekonstruierte er hier den Tatablauf. Später organisierte er die Fahndung nach Arthur Nebe, der als Mitverschwörer gesucht wurde.