国际学联与总部设在斯德哥尔摩的成为冷战初期苏联与美国在国际学生组织领域对抗的对手。被称为“学生冷战”。有研究者认为国际学联虽然受社会主义影响，但并不是苏联控制的国际组织。但学生运动可以冲破民族国家界线，按政治意识形态而非国籍来结成国际统一阵线。在印度，亲西方的加入了国际学生大会，而亲共的全印学生联合会则加入国际学联。在荷兰全国学生会加入国际学生大会，国际学联则接纳了另一个荷兰学生会组织；美国全国学联退出国际学联后，国际学联接纳美国的国际学生合作委员会。美国国际学生合作委员会不仅受到美国政府的“颠覆”“非美”罪名指控，还被科罗拉多大学、旧金山州立学院、天普大学、密歇根大学、皇后学院等高校禁止活动。美国全国学联在中央情报局资助下开展了“外国学生领袖项目”，在目标国家和地区学生中选拔具有潜在领袖能力的青年才俊，资助他们到美国高校参加交流访学，培养为所在国家的社会领袖，1956年至1960年累计培养了约1200名外国学生领袖。法国学联主席雅克·巴兰德指出：“直到1949年，法国大学的学生组织几乎完全控制在共产党手中。此后，在美国全国学联的积极帮助下，我们的学生组织，除了巴黎两所大学的学生组织外，几乎都成功地摆脱了共产党的控制。”由于第三世界学生在国际学生组织中的力量增强，以及学生组织总体上的进步主义诉求，国际学生活动最终成为冷战的解构力量。20世纪50年代后期，随着越来越多第三世界学生力量加入，国际学生运动进一步朝着反新殖民主义、反帝国主义的方向演化。国际学生联盟和国际学生大会关注的议题和做出的决议有时惊人的相似，如南非种族状况、巴拉圭对学生的镇压、阿根廷的高校状况、核试验、美国的种族主义、非洲学生团结、波多黎各独立和越南战争等，均引领着所处年代的进步方向。1967年，中央情报局资助、渗透跨国组织和民众组织的事情曝光，迅速成为国际新闻焦点，美国全国学联和国际学生大会受到的冲击最大，很大程度是因为它们打着“相互信任、坦率和真诚”的旗帜号召本国学生，并与其他国家学生交往。再加上美国大学生与为越南战争强制征兵之间的激烈对抗性冲突，美国全国学联被CIA丑闻彻底摧毁；又受到60年代末期席卷全球的左翼学生运动，从法国的巴黎五月革命，从日本的“全国学生共同斗争会议”（全共斗）的冲击，国际学生大会于1969年解散。