1987年（昭和62年）の国鉄分割民営化により青函連絡船はJR北海道に継承され、船籍港は国鉄本社のあった東京から青函連絡船母港の函館に変更され、ファンネルマークもJR北海道のマーク「JR」 (コーポレートカラーはライトグリーン)に変更されたが、JNRほど横長ではないJRマークを、変形することなくJNRが収まっていた太さの異なる鉢巻に合わせた大きさで作成されたため、大小2種類のJRマークが出現した。なお、ジェノヴァ国際博覧会の展示船への改造時に、ファンネルマークは｢JNR｣に戻され、船籍港も東京に戻された。