Después de que Tayikistán obtuviera su independencia en 1991, la región fue rebautizada "Provincia Autónoma de Alto Badajshán". Cuando en 1992 la guerra civil estalló en Tayikistán, el gobierno local declaró su independencia de Dusambé. Durante dicha guerra civil muchos pamiri fueron objeto de matanzas por grupos rivales y Alto Badajshán se convirtió en un bastión de la oposición. Más tarde el gobierno local se retractó de su declaración de independencia.