Şuşan aikanaan huomattava armenialainen väestö pakeni yhteenotoissa azerien kanssa vuonna 1920. Sittemmin Şuşasta tuli Vuoristo-Karabahin azeriväestön tärkeä keskus. Itse moskeija muutettiin Neuvostoliiton kaudella museoksi. Rakennus kärsi vaurioita Vuoristo-Karabahin sodan aikana 1990-luvun alussa, jolloin Şuşasta tuli osa kansainvälisesti tunnustamatonta Vuoristo-Karabahin tasavaltaa. Kaupungin azerit pakenivat. Tasavallan viranomaiset kunnostivat moskeijan 2010-luvulla. Kunnostustyöt herättivät kritiikkiä niin armenialaisten, kuin azerienkin keskuudessa. Azerit syyttivät armenialaisia moskeijan persialaistamisesta.