Die meisten Werke Knüpfers sind nie gedruckt worden. Er schrieb Motetten, Geistliche Konzerte, Kantaten und Messen. Er komponierte für die Kaiserkrönung Leopolds I. 1658 und für den Aachener Frieden von 1668. 1663 erschien eine Sammlung von Madrigalen und Kanzonetten im Druck.