Al-Aksan marttyyrien prikaatit perustettiin marraskuussa 2000 Fatah-puolueen itsemurhaiskujoukoiksi. Toisen intifadan aikana vuosien 2000 ja 2002 välillä se oli Hamasin ohella toinen pääasiallinen Israelia vastaan iskuja tehnyt järjestö. Vuonna 2002 tehdyistä 59:tä iskusta al-Aksan marttyyrien prikaatit syylistyivät lähes kahteen kolmasosaan. Järjestö toimi sekä Palestiinalaishallinnon alueilla että varsinaisen Israelin alueella. Vuonna 2002 järjestö otti vastuun ensimmäisestä palestiinalaisen naisen tekemästä itsemurhaiskusta Jerusalemissa, jonka seurauksena kuoli yksi ja haavoittui 114. Israelilaisten sotilaslähteiden mukaan järjestö rekrytoi naisia erityisesti siksi, että Hamas ja Islamilainen jihad eivät halunneet toteuttaa iskuja tähän tapaan. Al-Aksan marttyyrien prikaatien iskujen määrä väheni turvallisuustilanteen paranemisen myötä vuoden 2002 jälkeen. Järjestö ilmaantui uudelleen Gazan alueella vuonna 2006, jolloin se oli yksi pääasiallisista Hamasia vastaan taistelleista järjestöistä.