Хюнтелар сыграл на чемпионате мира среди молодёжных команд 2001 года и забил 2 гола на турнире. После того, как он забил 44 гола в 47 матчах за «Херенвен» и «Аякс» в течение сезона 2005/06, Хюнтелар был включён в предварительную заявку на Чемпионат мира 2006 года, но в окончательный список не попал, однако, его фамилия была в заявке на чемпионат Европы среди юношеских команд в Португалии. Хюнтелар стал лучшим бомбардиром турнира с четырьмя голами, в том числе два гола в финале 4 июня 2006. Это был первый подобный трофей для Нидерландов. Хюнтелар был включён в символическую команду того турнира. Хюнтелар остаётся лучшим бомбардиром молодёжной сборной Нидерландов с 18 голами в 22 матчах.