Dne 4. listopadu 1946 jej papež Pius XII. jmenoval arcibiskupem pražským (vysvěcen 8. prosince téhož roku). Po komunistickém převratu v roce 1948 odmítl podřídit církev komunistické moci, vystoupil proti komunisty zřízené podvratné „Katolické akci“ a exkomunikoval a suspendoval kněze Josefa Plojhara (a s ním i několik dalších), který přes jeho přísný zákaz přijal místo v komunistické vládě. Přes enormní nátlak státu exkomunikaci nikdy neodvolal. V roce 1951 ji z Plojhara na nátlak komunistické vlády sňal pražský kapitulní vikář, na což ovšem neměl patřičné pravomoci (kromě toho Plojhar obdržel další exkomunikace). Plojhar Beranovi zákrok proti své osobě nikdy nezapomněl a systematicky využíval svého vlivu na komunistickou proticírkevní politiku k prosazení maximálních restrikcí vůči arcibiskupovi. Například když vláda v roce 1956 jednala o Beranově propuštění z internace, Plojhar byl striktně proti.