A Boszniai háború (1992-1995) alatt Tuzla Bosznia-Hercegovina bosnyákok által ellenőrzött részéhez tartozott. A háború alatt és után számos menekült érkezett a városba. Más városokkal ellentétben azonban Tuzlát sosem irányította a nacionalista pártok egyike sem, így a város etnikai csoportjai között – a szerb támadások ellenére is – a háború idején a máshol tapasztalhatónál kedvezőbb légkör uralkodott. 1993/94 telén a szerb csapatok körülvették a várost. Ezt követően gyakorivá váltak a gránátbecsapódások. Különösen az 1995. május 25-i marad emlékezetes, amely az óváros központjában 71, többségében az iskolaév végét ünneplő fiatalt pusztított el.