In den Napoleonischen Kriege auf der Iberischen Halbinsel wurde Andújar 1808 von französischen Truppen eingenommen. General Pierre Dupont de l’Étang errichtete hier nach der Einnahme von Córdoba sein Hauptquartier, entsandte Truppen nach Bailén und verlor die dortige Schlacht. Während der ersten kantonalen Rebellion im Jahre 1873 wurde in Andújar ein föderaler Kanton ausgerufen.