Die LSSAH trägt die Verantwortung für zahlreiche Kriegsverbrechen an der Ost- und Westfront. Damit fing die Einheit schon wenige Wochen nach dem Überfall auf Polen an. Neben anderen Vorkommnissen gingen in der Nacht vom 18./19. September 1939 westlich von Warschau Hauptsturmführer Hermann Müller-John mit seinen Männern auf „Judenjagd“. Dabei wurden 50 jüdische Zivilgefangene erschossen. Die Mordaktion war nach Angaben des Historikers Westemeier so grausam, dass Müller-John daraufhin von einer Wehrmachteinheit verhaftet und vor ein Kriegsgericht gestellt werden sollte. Der Gefangene sandte an den Kommandeur Sepp Dietrich ein Telegramm, in dem er einerseits seine Aussagen vor den Untersuchungsbehörden mit ihm absprach und andererseits um Hilfe bat. Dietrich bestand auf der Freilassung Müller-Johns. Dieser wurde schließlich auf Befehl Hitlers freigelassen. Weitere bekannte Mordtaten sind die Erschießung von etwa 80 bis 100 britischen Kriegsgefangenen 1940 in Wormhout, die Ermordung von 34 französischen Zivilisten in Tavaux und Plomion (woran auch Soldaten der 12. SS-Panzer-Division „Hitlerjugend“ beteiligt waren) sowie das Malmedy-Massaker (17. Dezember 1944), bei dem 72 amerikanische Soldaten erschossen wurden, obwohl sie sich bereits ergeben hatten. Ebenfalls ermordeten Soldaten der Division beim Wereth-Massaker 11 afroamerikanische US-Soldaten im Dezember 1944. An der Ostfront tötete die Division bei der Rückeroberung Charkows eine große Anzahl Verwundeter und Gefangener.