La Agencia de Investigación Criminal fue creada por decreto en el Diario Oficial de la Federación mexicana el 25 de septiembre de 2013 e inició operaciones el 26 de septiembre del mismo año, ante los cambios organizacionales dentro de la Procuraduría General de la República y los nuevos retos que se presentó en el país en materia de seguridad y procuración de justicia que requería la creación de un órgano especializado que ayudase en una mayor efectividad en el combate a la criminalidad durante la administración de Enrique Peña Nieto. En septiembre de 2016, el entonces titular Tomás Zerón de Lucio renunció a su cargo tras haber sido señalado de presuntamente alterar evidencias halladas del caso de Ayotzinapa, envolviendo en polémica a la agencia.