В молодости Франсиско выступал за различные молодёжные испанские сборные и любительскую сборную команду. В составе олимпийской сборной он принимал участие в летних Олимпийских играх 1980. За сборную Испании Буйо провёл семь матчей и в её составе становился серебряным призёром чемпионата Европы 1984. За сборную он дебютировал 21 декабря 1983 года в матче против сборной Мальты (12:1).