A tre anni dalla sua nascita, in Perù, nel 1945 il padre, il diplomatico cileno Tomás Allende, divorzia e lascia la famiglia; la madre decide di tornare in Cile con i tre figli e andare a vivere nella casa del nonno a Santiago. Grazie all'aiuto del cugino del padre, Salvador Allende, futuro presidente del Cile (poi ucciso durante il colpo di Stato del 1973) a Isabel e ai suoi fratelli non mancherà la possibilità di studiare e di vivere senza problemi economici. La casa del nonno sarà poi evocata nel primo romanzo, "La casa degli spiriti", che nel 1982 le darà la notorietà e che trae spunto dalle vicende della famiglia Allende. Il giorno 8 gennaio 1981 ricevette una telefonata in cui veniva avvisata delle gravi condizioni di salute del nonno: Isabel cominciò così a scrivergli una lettera che sarebbe poi diventata un libro intero: "La casa degli spiriti": da allora ogni nuovo libro viene iniziato dalla Allende lo stesso giorno dell'anno, l'8 gennaio.