Pendant la Seconde Guerre mondiale, le Transsibérien contribue, de façon marginale, aux échanges entre les États-Unis et l'URSS. Il sert surtout au déploiement de l'Armée rouge pendant la première guerre soviéto-japonaise en 1939 puis pendant l'offensive soviétique en Mandchourie en 1945. prisonniers de guerre japonais sont envoyés travailler en Sibérie : beaucoup périssent de froid et d'épuisement dans la construction de la Magistrale Baïkal-Amour.