オスマン帝国領のキレナイカ（リビア東部）で長年サヌーシー教団を率いてきたサヌーシー家に生まれる。サヌーシー国家の将来の国王となるべく育てられたものの、1911年の伊土戦争でリビアはイタリアにより植民地化された。サヌーシー教団はイタリア支配に抵抗し、第二次世界大戦では、枢軸国の一員として参戦したイタリアに対して連合国側について戦ったが、1943年にイタリアが敗戦した後のリビアはイギリスとフランスの共同統治領とされた。このため、ムハンマド・イドリースは長年、宗主国の下でキレナイカ地方でのある程度の自治権を認められていただけであり、元首の地位に就くことはなかった。