Nachdem Toyotomi Hideyoshi wieder das Reich einigte, begann er von Kyushu aus die Invasion Koreas (1592–1598). Ein Nebeneffekt war, dass Töpfer aus Korea mitgebracht wurden, die Kyushu zu einem Zentrum der Porzellanherstellung machten (Imari-Porzellan und Kakiemon-Porzellan). 1637/8 fand der Shimabara-Aufstand christlicher Bauern statt. Das 1603 gegründete Tokugawa-Shogunats forcierte 1639 die Abschließung Japans und wies alle Ausländer aus, ausgenommen die Holländer, die einen Handelsposten auf Dejima in der Bucht von Nagasaki im Osten Kyushus betrieben.