Po sovjetski invaziji na Poljsko septembra 1939 so univerzo na kratko upravljale litovske oblasti (od oktobra 1939), nato pa po sovjetski aneksiji Litve (junij 1940), ki jo je po nemški invaziji na Sovjetsko zvezo označilo obdobje nemške okupacije. Zveza (1941–1944), ki jo je Litvanska sovjetska socialistična republika upravljala kot državna univerza v Vilni. Leta 1945 je bila poljska skupnost študentov in učenjakov univerze Štefana Báthorja premeščena na univerzo Nikolaja Kopernika v Torunju. Potem ko je Litva leta 1990 po razpadu Sovjetske zveze ponovno pridobila svojo neodvisnost, je ponovno pridobila status ene najpomembnejših univerz v Litvi.