Дворяне угнетали народ, что вызвало в северо-западной Финляндии (Эстерботнии) восстание крестьян. Возмущенные притеснениями и, главным образом, воинским постоем, особенно обременительным во время шведско-русской войны (окончившейся миром в Тейсине в 1595 году), эстерботнийцы взялись за оружие. Существует мнение, что они обращались с жалобой к герцогу Карлу, но получили от него совет расправиться с притеснителями собственными силами. Этот эпизод из истории финского крестьянства известен под названием «дубинной войны» (klubbe-kriget, 1596—1597). Флеминг потушил восстание в потоках крови и сделался могущественнее чем когда-либо, но скоро умер. Его дело в Финляндии продолжил Арвид Стольарм, два года боровшийся с Карлом. В 1599 году герцогу удалось, наконец, смирить непокорных. Могущество финляндского дворянства было сокрушено; оно постепенно слилось со шведским дворянством.