Életének utolsó évtizedét meghatározta egyetlen fiának, Rudolf trónörökösnek és annak szeretőjének, Maria von Vetsera bárónőnek, Mayerlingben elkövetett öngyilkosságuk, és az abból fakadó gyász. Ezt követőn szinte teljesen visszavonult a nyilvánosság elől, ideje nagy részét utazással töltötte, és néhány kivételtől eltekintve csak feketében járt. Gyakran kereste fel a Korfu szigetén épült Akhilleion palotáját. Megszállottan foglalkozott fiatalos megjelenésével, vékony alakjával, és szépségének folyamatos ápolásával, amely gyakorlatok már életében legendássá voltak. 1898-ban Genfben egy olasz anarchista, Luigi Lucheni halálosan megsebesítette, majd nem sokkal a merényletet követően elhunyt. Nyughelye ma is Bécsben, a kapucinusok császári kriptájában található.