Чарльтон начал выступать за основной состав «Манчестер Юнайтед» в 1956 году, а в течение следующих двух сезонов прочно завоевал себе место в основе. Он выжил в мюнхенской авиакатастрофе 1958 года, после чего помог «Юнайтед» выиграть Первый дивизион в сезонах &lt;a href="%D0%A4%D0%9A%20%C2%AB%D0%9C%D0%B0%D0%BD%D1%87%D0%B5%D1%81%D1%82%D0%B5%D1%80%20%D0%AE%D0%BD%D0%B0%D0%B9%D1%82%D0%B5%D0%B4%C2%BB%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%201964/1965"&gt;1964/65&lt;/a&gt; и &lt;a href="%D0%A4%D0%9A%20%C2%AB%D0%9C%D0%B0%D0%BD%D1%87%D0%B5%D1%81%D1%82%D0%B5%D1%80%20%D0%AE%D0%BD%D0%B0%D0%B9%D1%82%D0%B5%D0%B4%C2%BB%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%201966/1967"&gt;1966/67&lt;/a&gt;. В 1966 году Чарльтон вместе со сборной Англии стал чемпионом мира. В 1968 году «Юнайтед», в составе которого Чарльтон был капитаном, стал первым английским клубом, выигравшим Кубок европейских чемпионов. Многолетний обладатель рекорда по забитым мячам за «Манчестер Юнайтед» (1973—2017). Ему также долгое время принадлежал рекорд по количеству матчей, проведённых за «Юнайтед» (758), который побил Райан Гиггз в финале Лиги чемпионов УЕФА в Москве 21 мая 2008 года.