Bei der Bombardierung Dresdens am 13./14. Februar 1945 wurden sein Atelier am Antonsplatz 1 und über tausend seiner Werke, Plastiken, Gemälde, Zeichnungen, Druckstöcke und Radierplatten vernichtet. Böckstiegel selbst entging dem Bombardement nur knapp, nachdem er zuvor versucht hatte, Teile seines Werkes auszulagern. Er kehrte mit seiner Familie zurück in sein Elternhaus nach Werther, das den Krieg unbeschadet überstanden hatte. Dort ging er an den Ausbau des Hauses, um sich ein neues Atelier und eine dauerhafte Bleibe zu schaffen.