Djoudj ble først fredet i 1971, og fredningsområdet ble utvidet i 1975. Området er både RAMSAR-område og verdensarvområde. Området var oppført på listen over truede verdensarvsteder fra 2000 til 2006 på grunn av at ugressplanten "Salvinia molesta" truet med å kvele områdets naturlige vegetasjon. Reservatet grenser til "Diawling nasjonalpark" i Mauritania på nordsiden av elven.