Начиная с школьных лет, Станислав Яниковский участвовал в борьбе за независимость Польши. При участии в подпольных операциях носил кодовое имя "Wampir" (Вампир). После начала Революции 1905—1907 годов принимал участие в студенческой стачке, направленной против политики русификации. Был членом организации" «Polskie Drużyny Strzeleckie»" ("«Польские стрелецкие дружины»", полувоенная организация, выступавшая за независимость и имевшая штаб в Кракове; находилась под покровительством австрийского правительства) и организации" «Сокол»". Из-за слабого здоровья и начала Первой мировой войны Яниковский не смог завершить учебу в Ягеллонском университете. Поскольку он также не мог быть принят в регулярную армию, во время войны Яниковский принимал активное участие в тайном обществе под названием "Wolnej Szkole Wojskowej" (Свободная кадетская школа) в Варшаве. С 1914 года он также был членом секретного Центрального Комитета "«ZET»" Ассоциации польской молодежи (польский: Związek Młodzieży Polskiej), а с 1915 года ― в Польской военной организации" "("POW, Polska Organizacja Wojskowa"). В 1918 году, совместно с бывшими членами "ZET", которые уже не могли считаться «молодежью», он стал членом комитета "Związku Patriotycznym" ("Патриотическая лига"), затем ― "Związek Naprawy Rzeczpospolitej" "(Союз по благоустройству республики)".