Guggenberg wurde als Sohn des Arztes und Gutsbesitzers Franz von Guggenberg zu Riedhofen geboren. Er besuchte zwischen 1861 und 1865 die Genieakademie und die Kriegsschule in Klosterbruck (heute Teil der Stadt Znojmo, Mähren) und schlug die Offizierslaufbahn ein. Er diente zumeist im Generalstab und war Kommandant des 32. Infanterie-Regiments. 1866 nahm er im Rahmen des Deutschen Kriegs an der Schlacht bei Königgrätz sowie an der Gefechten bei Hühnerwasser, Münchengrätz, Gitschin und Dluhowitz teil. Guggenberg wurde 1865 zum Leutnant, 1870 zum Oberleutnant, 1880 zum Major, 1884 zum Oberstleutnant, 1887 zum Oberst und 1893 zum Generalmajor ernannt. Er schied 1897 als Kommandant der 20. Infanterie-Brigade aus dem aktiven Dienst aus. In der Folge unterhielt er ein kleines Gut bei Brixen. Er war Gemeinderat in Brixen sowie Obmann des Kurvereins von Brixen, Zentralausschussmitglied des Landesverbandes für Fremdenverkehr in Tirol und Obmann des Fischereivereins des Eisack- und Rienzgebietes in Brixen.