Тъй като в Съветския съюз нараства тревогата от реформите на Дубчек през 1968 г., Хусак започва да призовава за внимание. След като червеноармейци нахлуват в Чехословакия през август Густав Хусак е призован да участва в Чехословако-съветските преговори между отвлечения Александър Дубчек и Леонид Брежнев в Москва. Това бързо прави Хусак лидер на онези партийни членове, които призовават за отмяна на реформите на Дубчек. Показателна за неговия политически прагматизъм е една от официалните му речи след събитията от 1968 г., в която той поставя риторичен въпрос, питайки къде са опонентите му (т.е. поддръжници на опозицията срещу Съветския съюз), като иска да открие тези „приятели“ на Чехословакия (т.е. страни в Европа), които ще отидат да подкрепят страната (т.е. отново срещу Съветските войски). Получил подкрепата на Москва Густав Хусак е назначен за ръководител на Комунистическата партия на Словакия в началото на август 1968 г. и заема мястото на Дубчек като първи секретар на Комунистическата партия на Чехословакия през април 1969 г. Той отменя реформите на Дубчек и прочиства партията от либералните членове през 1969 – 1971 г. и през 1975 г. Хусак е избран за президент на Чехословакия. През 2-те десетилетия, в които Хусак е лидер, Чехословакия се превръща в един от най-верните съюзници на Москва. Густав Хусак е удостоен със званието Герой на Съветския съюз на 9 януари 1983 г.