Pour le début de la saison de terre battue, Nadal commence comme toujours à Monte-Carlo. Pour son entrée dans le tournoi, il affronte le jeune Français Lucas Pouille qu'il bat facilement (6-2, 6-1), puis sort gagnant dans un match à suspense face à John Isner (7-6, 4-6, 6-3). En quart de finale, il prend sa revanche de l'année précédente sur son compatriote David Ferrer (6-4, 5-7, 6-2) dans un match dense de . En demi, il affronte son meilleur ennemi Novak Djokovic mais perd (3-6, 3-6) en une heure et trente-huit minutes dans un match plutôt accroché. Cependant, ce match reste positif pour le reste de la saison de Nadal et lui montre les choses à améliorer dans son jeu. À Barcelone, il bat au deuxième tour son compatriote Nicolás Almagro (6-3, 6-1) qui l'avait battu l'année précédente, puis en huitième il affronte Fabio Fognini qui le bat (4-6, 6-7) en un peu plus de deux heures, ce qui fait la deuxième victoire de l'Italien cette saison contre Nadal après celle à Rio. C'est seulement la deuxième fois que Rafael Nadal s'incline avant les quarts de finale à Barcelone, la première depuis sa première participation en 2003, montrant une fois de plus son jeu en dents de scie depuis le début de saison et inquiétant à un mois de Roland-Garros. Début mai, il s'en tire mieux au Masters 1000 de Madrid où il accède à la finale en battant Tomáš Berdych en demi. Mais il s'incline sèchement face à Andy Murray (3-6, 2-6) qui ne l'avait jamais battu sur terre battue, ce qui le fait reculer à la mondiale, le sortant du top 5 pour la première fois depuis 10 ans (il y était rentré le 9 mai 2005). Au Masters 1000 de Rome, après une victoire encourageante face à John Isner (6-4, 6-4), il s'incline en quart contre le premier top 10 rencontré, Stanislas Wawrinka, (6-7, 2-6) qui le bat pour la première fois en Masters 1000 et sur terre battue. Nadal continue d'inquiéter les observateurs à l'approche de Roland-Garros qu'il aborde pour la première fois sans titre en Masters 1000.