När den dåvarande premiärministern Nawaz Sharif den 12 oktober 1999 försökte avsätta Pervez Musharraf från posten som arméchef, på grund av Musharrafs ansvar för det misslyckade Kargilkriget, genomförde Musharraf med stöd av armén en oblodig statskupp och tog över styret av landet från den demokratiskt valde Sharif. 2001 utnämnde han sig själv till president, varmed Rafiq Tarar avsattes, och Zafarullah Khan Jamali efterträdde Musharraf som premiärminister. Musharraf lät sig sedan godkännas som president på ytterligare fem år i en mycket omstridd folkomröstning 2002. De flesta oppositionspartierna bojkottade valet som fick mindre än 30 % valdeltagande.