В эпоху Византийской империи город продолжал расти и процветать. В 985 году город был взят болгарами. В 1001 году император Василий II Болгаробойца вернул Верию под власть Византии. Верия была завоёвана королём Сицилии Вильгельмом II Добрым в 1185 году. После падения Константинополя в 1204 году Верия была включена Бонифацием I Монферратским в состав Фессалоникийского королевства. В 1343/44 году Верия была завоевана сербским королём Стефаном Душаном. Около 1375 года город возвращен в Византию. В 1387 году Верия захвачена султаном Мурадом I. В 1391 году Верия была захвачена султаном Баязидом I. В 1433 году Верия окончательно вошла в Османскую империю. В османский период назывался Караферия ( «Чёрная Верия») и входил в . От власти турок Верия освобождена только в октябре 1912 года в ходе Первой Балканской войны.