1996年の大統領選挙では、ロシア連邦共産党のゲンナジー・ジュガーノフ候補は、エリツィンに一時僅差まで追い込んだ。同年のスイスのダボス会議でジュガーノフは経済政策でソ連時代に戻ることはないと表明して欧米の政治家や財界人からも支持された。しかし、このジュガーノフの歓迎ムードに危機感を覚えたジョージ・ソロスはベレゾフスキーに行動を促したことで、ベレゾフスキーはエリツィン再選に貢献することとなった。この選挙を機にベレゾフスキーを始めとする新興財閥（オリガルヒ）が政権内で影響力を増し、「ファミリー」と呼ばれる側近グループを構成していく。ベレゾフスキー自身も1996年10月いわば論功行賞で、ロシア安全保障会議副書記に就任し、チェチェン問題を担当する。1997年同職を解任されるが、1998年4月CIS（独立国家共同体）執行書記に就任する。また、自分の影響力のある人物を政権に送り込み、政権運営に関与しエリツィン政権の「黒幕」とか「政商」の名をほしいままにした。