Im Laufe des Jahres 1843 kehrte Dieffenbach nach Deutschland zurück und sah sich Anfangs auf Grund seiner früheren politischen Aktivitäten erneuten Schwierigkeiten ausgesetzt. Doch Unterstützung kam von Liebig und Humboldt. Auf einer kurzen Reise nach England im Auftrage von Liebig hoffte Dieffenbach in einem Gespräch mit ' einen weiteren Auftrag für eine Expedition nach Neuseeland zu bekommen. Das Angebot, eine wissenschaftliche Reise nach Südamerika machen zu können, lehnte er aber ab. Zurück, übersetzte Dieffenbach ' ins Deutsche, beteiligte sich mit Arbeiten an wissenschaftlichen Zeitschriften und konnte erst nach der deutschen Revolution 1848 freier arbeiten. Er übernahm die Redaktion der liberalen Freie Hessische Zeitung und wurde 1849 Privatdozent an der Universität in Gießen. Ob er ein Angebot, einen Sitz in dem ersten deutschen Parlament, der Frankfurter Nationalversammlung zu bekommen, ablehnte, ist nicht belegt. 1850 bekam er eine außerordentliche Professur für Geologie angetragen und veröffentlichte 1852 seine Übersetzung des Werkes "" von .