2006 kam es zu Unruhen in Osttimor. Isaac stellte sich auf die Seite der meuternden Soldaten, der "Petitioners", die verschiedene politische Forderungen stellten. Am 24. Mai überfielen Meuterer das Privathaus von General Taur Matan Ruak. Es kam zum Schusswechsel. Isaac soll an dem Angriff beteiligt gewesen sein. Nach Eingreifen der International Stabilization Force (ISF) klang die Gewalt ab. Mehrere Petitioners wurden wegen unerlaubten Waffenbesitz verhaftet, konnten aber aus dem Gefängnis fliehen und versteckten sich in der Wildnis. Isaac schloss sich ihnen am 1. März 2007 an, als die Petitioners von australischen Einsatzkräften in Same eingeschlossen wurden. Der Zugriff am 4. März scheiterte aber. Die meisten Petitioners konnten entkommen. Isaac blieb zwei Monate bei ihnen im Dschungel, um die Petitioners politisch zu unterstützen, trennte sich aber von ihnen, als sie begannen eine bewaffnete Revolte gegen die Regierung zu planen. Als ein Attentatsversuch auf die Staatsführung am 11. Februar 2008 scheiterte und der Rebellenführer Alfredo Reinado ums Leben kam, brach die Bewegung zusammen.