W czasie blokady Francuzów w latach 1798–1800 Żabbar był w rękach powstańców maltańskich, i był wielokrotnie ostrzeliwany przez siły francuskie z pobliskich Cottonera Lines. Podczas jednego z ostrzałów, w listopadzie 1799 roku, kula armatnia trafiła w kopułę kościoła; zginęła wtedy kobieta przygnieciona spadającym gruzem. W międzyczasie maltańscy powstańcy zbudowali w pobliżu kościoła baterię artyleryjską, mającą na celu ostrzeliwanie francuskich pozycji. Po zakończeniu blokady kopuła kościoła, z powodu uszkodzenia, została kompletnie przebudowana, zaś prawa dzwonnica, która również poniosła szkody, została naprawiona w roku 1801.