Eind juni 1808 keerde Murat terug naar Spanje. Samen met Savary waakte Murat over de komst van de nieuwe Spaanse koning Jozef Bonaparte. De militaire situatie verslechterde echter met de dag. Savary uitte vooral zijn bezorgdheden over generaal Dupont, die militair actief was in Andalusië. Ondanks Savary's advies om Dupont te ondersteunen kende Napoleon de resterende troepenversterkingen toe aan maarschalk Bessières. De maarschalk boekte op 14 juli een overwinning op de Spaanse troepen in de slag om Medina de Rioseco, wat de reis van Jozef Bonaparte naar Madrid aanzienlijk vergemakkelijkte. Een paar dagen later vernamen de Franse autoriteiten in Madrid het nieuws van de nederlaag van generaal Dupont te Bailén. Dit was de eerste grote nederlaag van het napoleontische leger tot dan toe. Het had een grote invloed op de Spaanse bevolking (om hun strijd verder te zetten) en op Napoleons internationale betrekkingen. Savary adviseerde Jozef de Spaanse hoofdstad te ontvluchten. Kort daarna vertrok hij zelf richting Frankrijk om Napoleon te informeren over de gebeurtenissen. De keizer was mateloos geïrriteerd door de nederlaag van Dupont en de te snelle vlucht uit de hoofdstad.