I den første sommer af den amerikanske borgerkrig blev Cutler som 54-årig udnævnt til oberst for Wisconsins 6. frivillige infanteriregiment den 16. juli 1861. Med tiden blev regimentet en af enhederne i den berømte "Iron Brigade". I løbet af efteråret og vinteren havde han en dårlig start som regimentschef, da han gjorde sig uvenner med sine underordnede officerer ved at insistere på, at de skulle bestå eksaminer om militære emner og fjernede dem, hvis han ikke var tilfreds med deres resultater. Mange af mændene i regimentet var indvandret kort tid forinden, og nogle gange gjorde han de menige rasende, når han udskiftede deres officerer med nogen af en anden nationalitet (som af og til talte et andet sprog). Trods disse problemer blev Cutler midlertidigt forfremmet til at lede brigaden i "I Corps" af Army of the Potomac den 13. marts 1862. Hans mænd jublede, da denne midlertidige position blev udfyldt af brigadegeneral John Gibbon i løbet af sommeren. Første gang, hans regiment for alvor kom i kamp, var ved det Andet slag ved Bull Run, hvor han viste sig at være en hårdnakket fighter. En soldat i hans regiment sagde, at han var ”hårdfør som en ulv”. Under kampen mod Stonewall Jackson ved Brawner's Farm, blev Cutler alvorligt såret i det højre lår, hvilket betød, at han ikke deltog i Marylandkampagnen og slaget ved Antietam.