Tijdens de regeringsverklaring aan het Franse parlement zei Rouvier te streven naar de invoering van een ouderdomspensioen en een inkomstenbelasting. Zijn tweede premierschap werd echter geheel in beslag genomen door de Eerste Marokkaanse Crisis. Tijdens het kabinet-Combes had Théophile Delcassé, de toenmalige minister van Buitenlandse Zaken geheime besprekingen gevoerd met zijn Spaanse collega over de verdeling van Marokko in twee protectoraten. Het uitsterste noorden zou aan Spanje toekomen, terwijl het overige landsdeel Franse gebied zou worden. Delcassé had ook het Verenigd Koninkrijk geïnformeerd over de Spaans-Franse plannen betreffende Marokko en dit land had geen bezwaren tegen de plannen. Toen de Duitse regering hiervan hoorde, ontstak zij in woede. Duitsland, een relatief kleine koloniale mogendheid bleek ook interesse te hebben in het Noord-Afrikaanse land. De Duitse keizer Wilhelm II wierp zich op als beschermer van het onafhankelijke Marokko. In maart 1905 bezocht de keizer Tanger en voerde besprekingen met de sultan. Rouvier die een ernstig conflict met Duitsland vreesde, ontsloeg Delcassé in juni 1905 en nam zelf de ministerspost van Buitenlandse Zaken op zich. Onderhandelingen met Duitsland in juli en september 1905 leidden uiteindelijk tot de Conferentie van Algericas, die in april 1906 plaatsvond en die de crisis beëindigde.