Von 1762 bis 1764 besetzten die Briten im Rahmen des Siebenjährigen Krieges vorübergehend Teile des philippinischen Archipels und die Hauptstadt Manila. Die Kathedrale wurde bei der Britischen Invasion der Philippinen 1762 schwer beschädigt, viele kostbare Reliquien und Kunstschätze wurden durch die Briten zerstört oder geraubt. Der erst kürzlich eingesetzte Erzbischof Rosa musste sich mit 31.309 Peso freikaufen. Nach Abzug der Briten wurde das Gebäude wieder instand gesetzt und mit einer neuen Innenausstattung versehen, was jedoch mehrere Jahre in Anspruch nahm. Bis 1852 wurde die Kathedrale mehrfach renoviert. In der Nacht zum 16. September 1852 erschütterte Manila ein schweres Erdbeben, das große Teile der Stadt zerstörte. Bei einer Inspektion durch die Architekten de Hacienda, Juan Mendoza y Grajales wurde das Gebäude als total zerstört und nicht wiederaufbaubar eingestuft.