El 8 de enero de 1799, ya con el grado de capitán de Blandengues de Montevideo, inició tres campañas contra los charrúas. El 4 de octubre de 1800 el virrey Gabriel de Aviles y del Fierro lo envió a expedicionar contra los charrúas ubicados en el noroeste del actual Uruguay. Pacheco realizó 3 expediciones y fundó Belén el 16 de junio de 1801. Fue un entusiasta adepto a la causa independentista de 1810, sirviendo como capitán de milicias, por lo que fue arrestado en Casa Blanca, cerca de Paysandú, el 11 de febrero de 1811 por Juan Ángel de Michelena.