Po zajęciu miasta przez wojska rosyjskie w 1939 r. parafia formalnie przestała istnieć. Po ataku Niemiec na Rosję w 1941 r. w kościele tylko okazjonalnie odprawiano nabożeństwa dla oddziałów armii niemieckiej zdążających na front wschodni. Dnia 19 sierpnia 1944 r., pełnomocnik PKWN major Leonard Borkowicz i wojewoda białostocki dr Jerzy Sztachelski, przekazali Dekanatowi Białostockiemu posesje wraz z kościołem na ręce ks. dziekana Aleksandra Chodyki