После заключения Договорa о ненападении между Германией и Советским Союзом в августе 1939 г. Хоутерманс был передан Советским Союзом гестапо в мае 1940 г. и помещён в тюрьму в Берлине. Благодаря усилиям М. фон Лауэ, Хоутерманса освободили в августе 1940 г., после чего он поступил на работу в исследовательскую лабораторию электронной физики, — частную лабораторию Манфреда фон Арденне в Лихтерфельде, пригороде Берлина.