קפלר הודיע למפקד האס-אס באיטליה, אוברגרופנפירר קרל וולף, שלא שיתף את המשטרה האיטלקית בגלל חוסר אמינותה, וכי האוכלוסייה האיטלקית הפריעה למעצרים ואף עזרה באופן פעיל ליהודים. הימלר ועוזריו לא היו מרוצים מכך שעל כול יהודי שנתפס ברומא נמלטו 11. בינואר 1944 החליף את קפלר שטורמבנפירר פרידריך רוברט בוסהמר, המומחה לענייני איטליה ביחידתו של אייכמן. ב'רציות' שנערכו אחר-כך נתפסו עוד 1,084 יהודים בידי הגרמנים ושותפיהם האיטלקים. הדבר כלל שילוח יהודים למחנות ההשמדה, וכן רצח 75 יהודים בטבח בפוסה ארדיאטינה (Fosse Ardeatine). ב-25 במרץ 1944 נרצחו במחצבות 335 אזרחים, נוצרים ויהודים, כפעולת תגמול על הריגת חיילים גרמניים על ידי הפרטיזנים האיטלקים. במקום בו קבורים הנרצחים נבנה אתר זיכרון בחסות רשת המוזיאונים של הצבא האיטלקי.