En tant que ministre de la Justice, Edmond Michelet signe, le une ordonnance qui modifie profondément le Code pénal et le Code de procédure pénale et qui rétablit la peine de mort pour raison politique qui était abolie depuis 1848. Passée relativement inaperçue, cette ordonnance fut condamnée par des juristes éminents. Lors du procès des généraux Maurice Challe et André Zeller, coauteurs du putsch du 22 avril 1961, Michelet écrit le une lettre personnelle au procureur Besson lui enjoignant de réclamer à l'audience la peine de mort : « il est clair que pour l'un et l'autre le châtiment suprême doit normalement être réclamé. » Besson refuse ses injonctions et requiert une peine de détention criminelle à perpétuité ; le tribunal considère qu'il y a des circonstances atténuantes et la limite à quinze années. Peu de temps après, Edmond Michelet l'oblige à quitter son poste.