До часу Кубку Америки 2007 у Венесуелі Мессі вже став одним із найкращих гравців у світі, тож забезпечив собі місце у стартовому складі національної збірної, а команду Альфіо Басіле вважали фаворитом цього турніру. Мессі провів усі 6 ігор та забив 2 голи. Він діяв у атакувальному ключі, ближче до вістря атаки, де грав Карлос Тевес. У першому матчі його команда перемогла збірну США з рахунком 4-1. Четвертий з цих голів забив Мессі. Потім з пенальті зрівняв рахунок у матчі проти Колумбії, який завершився перемогою Аргентини 4-2. Оскільки команда вже забезпечила була собі своє місце у фазі плей-оф, Мессі розпочав наступну гру проти Парагваю на лавці запасних, вийшовши на останні 25 хвилин за рахунку 0-0, допомігши своїй команді забити єдиний гол. Чвертьфінальний гол команді Перу, коли півзахисник, побачивши необачний ривок голкіпера вперед, технічно та делікатно перекинув перуанського воротаря з кута штрафного майданчика, визнали найгарнішим голом турніру. Його команда перемогла 4:0. У півфіналі він перекинув м'яч через воротаря збірної Мексики, забезпечивши ще одну перемогу 3-0. Зважаючи на часами невпевнене просування бразильців по турнірній драбині, а також відсутність кількох найкращих гравців, «альбіселестес» котувалися у фіналі як фаворити. Але Бразилія зіграла грамотно і дисципліновано, здобувши перемогу — 3:0. Ця несподівана поразка викликала значну критику в Аргентині, хоча Мессі здебільшого пробачили через його молодий вік та вторинний статус щодо зіркового гравця Хуана Романа Рікельме. КОНМЕБОЛ його визнав найкращим молодим гравцем турніру