Juan Guilloto foi promovido a tenente-coronel do Exército Popular e comandante do 5º Corpo do Exército, participando das batalhas de Belchite, Brunete (Julho) e Teruel (Janeiro de 1937 e Dezembro de 1938). Em 26 de Agosto de 1938, ele foi promovido a coronel e tornou-se chefe do Exército do Ebro.