Für die A-Nationalmannschaft seines Landes spielte er zwischen 1993 und 2006 149 Mal und erzielte 109 Länderspieltore. Er ist damit neben Cristiano Ronaldo der erfolgreichste Länderspiel-Torschütze der Welt. Er ist der erste männliche Fußballspieler, der mehr als 100 Länderspieltore erzielte, davon aber nur ein Tor gegen eine Mannschaft aus den Top-10 der FIFA-Weltrangliste und 55 Tore gegen Mannschaften, die auf Platz 100 bis 208 der FIFA-Weltrangliste standen. Sein Debüt gab er am 6. Juni 1993 in Teheran beim 5:0-Sieg über die Auswahlmannschaft Pakistans; sein erstes Tor im Nationaltrikot erzielte er am 25. Juni 1993, ebenfalls in Teheran, beim 6:0-Sieg über die Auswahl Taiwans. Daei nahm sowohl an der Asienmeisterschaft 1996 in den Vereinigten Arabischen Emiraten als auch an der Weltmeisterschaft 1998 und 2006 teil. Sein letztes Länderspiel bestritt er am 21. Juni 2006 im letzten , das gegen die Mannschaft Angolas mit einem 1:1-Unentschieden endete.