Terminati gli studi liceali, nel 1942 Fabio Della Seta si iscrisse alla Facoltà di Giurisprudenza della Pontificia Università Lateranense. Le vicende belliche e l'occupazione tedesca di Roma (1943-44) costrinsero Della Seta e i suoi familiari a rifugiarsi in diversi conventi romani. Peraltro, durante la razzia del 16 ottobre 1943, furono catturati e deportati ad Auschwitz i nonni paterni Samuele e Giulia, dei quali non si ebbe più notizia.