Am 9. August 1840 trat Werder aus dem Kadettenkorps kommend als Sekondeleutnant in das 1. Garde-Regiment zu Fuß der Preußischen Armee ein. Als Premierleutnant und Hauptmann war er längere Zeit Adjutant, erst beim Lehr-Infanterie-Bataillons, dann bei der 1. Garde-Infanterie-Brigade. Am 3. Oktober 1857 zur Dienstleistung bei König Friedrich Wilhelm IV. kommandiert, wurde er Neujahr 1858 zum Flügeladjutant ernannt. 1859 wurde er Major und mit der Führung des Garde-Jäger-Bataillon beauftragt. 1864 erhielt er kurz vor Ausbruch des Krieges mit Dänemark für die Dauer des mobilen Verhältnisses den Befehl über das Garde-Füsilier-Regiment und seine Beförderung zum Oberst.