スーダンが独立する1年前の1955年に第一次スーダン内戦が勃発した。これは自治権を目的とするものであり、スーダン政府との間で17年間戦われた。1971年、元スーダン軍中尉のが数多のゲリラ組織を自らのの元で集結させたが、これは南部スーダンの分離主義運動がはじめて統一された指揮組織を持ったものであった。また、南スーダン解放運動がはじめて南部スーダン全体を代表し得た組織であったため、世界教会協議会やの調停もあり交渉が一気に進み、1972年のアディス・アベバ合意の締結との設立にこぎつけた。