I grandi progetti minerari dei Fugger, in particolare in Alta Ungheria, richiedevano un enorme capitale da investire che spesso lo stesso Jacob faticava a racimolare. Dal 1496, egli si propose per questo scopo di legarsi al cardinale Melchior von Meckau il quale, segretamente ed all'oscuro del capitolo della sua chiesa, investì 150.000 gulden nella compagnia dei Fugger in cambio di ricavi personali, pratica che era categoricamente vietata agli uomini di chiesa. Quando questi morì a Roma nel 1509 i suoi investimenti segreti vennero alla luce. Il papa, il principato vescovile di Bressanone e la famiglia di Meckau accusarono Jacob Fugger di aver indotto il defunto cardinale ad investire nelle sue operazioni per questioni di profitto e soprattutto di non averlo denunciato alle autorità della chiesa come sarebbe stato loro preciso dovere di cristiani, ma soprattutto tutti questi enti si dichiaravano eredi degli interessi che il von Meckau vantava nei confronti della compagnia dei Fugger. In questa situazione decise di intervenire personalmente l'imperatore Massimiliano I il quale, a condizione di assistere papa Giulio II nella Guerra della Lega di Cambrai contro la Repubblica di Venezia, ottenne la dichiarazione delle parti come erede del cardinale Melchior von Meckau ed egli poté sfruttare questa entrata per ammortizzare i propri debiti. Il Fugger inviò anche dei gioielli al papa per scusarsi dell'accaduto. Massimiliano I, dal canto suo, in cambio del supporto ottenuto nella faccenda, chiese al Fugger di continuare a sostenere economicamente le sue campagne politiche e militari.