Највећи проблем је изазван наглим растом нацистичке идеологије у суседној Немачкој и постављањем Адолфа Хитлера за канцелара. Велика немачка мањина у Чехословачкој је почела са све чешћим захтевима за аутономију, тврдећи да су потлачени под чехословачком влашћу. Основана је Партија судетских Немаца ("Sudetendeutsche Partei" - SdP) која је била под директним утицајем Нацистичке Немачке,и који су доживели огроман успех на парламентарним изборима 1935. године, када је за њих гласало преко 2/3 судетских Немаца. Након Аншлуса Аустрије 1938. године, Адолф Хитлер се окренуо ка анексији Судета, и у септембру је основан "Sudetendeutsches Freikorps", парамилитарна организација која је заменила дотадашње структуре власти у Судетској области и која је тренирана у Нацистичкој Немачкој. Упадима у Судетску област, изазвали су реакцију председника Бенеша и покушајем успостављања војне управе у Судетској области. Бенеш је био спреман и за оружани сукоб, али је под притиском западних сила, пре свега Велике Британије и Француске, које нису биле спремне за рат, Чехословачка била принуђена да прихвати одредбе Минхенског споразума, којим су Судетске области анексиране од стране Нацистичке Немачке. Истим споразумом, Мађарска је анектирала јужне делове Словачке са већински мађарским становништвом, као и пограничнеи делове Поткарпатске Русије, са градовима Ужгород и Мукачево. Пољској је припала једна покрајина Шлезије која је имала половично пољско и чешко становништво.