Уэсли Джонсон учился в «Сиракьюсском университете» и выступал за команду «Сиракьюс Орандж» (), в которой провёл один сезон. Форвард потерял год по причине трансфера из «Айова Стэйт Сайклонс». Средняя статистика в сезоне NCAA 2009/2010 в составе «Сиракьюз»: 26,7 минуты, 15,6 очка, 8,6 подбора, 2,5 передачи, 1,7 перехвата, 1,9 блок-шота. По результатам прошедшего студенческого сезона Джонсона включили в символическую пятёрку США по версии AP, в которую также вошли Джон Уолл, Скотти Рейнольдс, Демаркус Казинс и Эван Тёрнер. Уэсли Джонсон был признан лучшим игроком конференции Big East в сезоне 2009/2010. 12 апреля 2010 года Уэсли Джонсон заявил, что пропустит последний год обучения в колледже ради участия в драфте НБА 2010 года.