Seit der Kolonialzeit sind die Issa vermehrt auf Kosten der Afar nach Norden und Westen in die Afar-Tiefebene vorgedrungen. Beim Bau der Bahnstrecke von Addis Abeba nach Dschibuti Anfang des 20. Jahrhunderts setzten die französischen Bauherren vorwiegend Issa als Träger, Arbeiter und Wachen ein. Bei der italienischen Invasion Äthiopiens 1935/36 kämpften Issa auf italienischer Seite und profitierten im Gegenzug von Waffen, militärischer Übung und lukrativen Vermarktungsmöglichkeiten für ihr Vieh. In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts lieferte Somalia weitere Waffen an die Issa, die es als Teil der Westsomalischen Befreiungsfront aufrüstete. Dies alles trug dazu bei, dass die Issa die Afar aus dem Gebiet der heutigen Shinile-Zone verdrängten. Die Dürre und Hungerkrise von 1972–1973/74 verschärfte die Konflikte. Die äthiopische Armee intervenierte gegen die Issa und soll 1971/72 Hunderte getötet und fast 200.000 Stück Vieh beschlagnahmt haben.