ในช่วงสงครามเกาหลี พระองค์ประทับอยู่ในพระราชวังชังด็อกที่ถูกกองกำลังของเกาหลีเหนือครอบครอง โดยมีทหารเกาหลีเหนือบุกเข้ามาในพระราชฐานพระองค์จึงบริภาษและทรงขับไล่ทหารเหล่านั้นออกไป หลังจากนั้นพระองค์จึงเสด็จไปประทับในพระราชวังอุนฮย็อน ทว่าเมื่อสถานการณ์เริ่มเลวร้ายลง พระองค์จึงเสด็จพระราชดำเนินไปเมืองปูซานกับพระราชวงศ์พระองค์อื่น ๆ อันรวมไปถึงเจ้าหญิงฮี พระชายาในเจ้าชายวันฮึง ในหนังสือ "The World is One" พระนิพนธ์ของเจ้าหญิงพังจาระบุว่าจักรพรรดินีซุนจ็องพระราชดำเนินด้วยพระบาทไปจนถึงปูซาน