Em fevereiro de 2017, um novo escândalo marcou a organização: o uso de jogadores brasileiros com documentos de naturalização irregulares nas partidas oficiais da seleção nacional. Foram vinte e nove jogos sob a jurisdição da AFC - nomeadamente na qualificação para a Taça da Ásia de 2019 (na qual Timor-Leste foi afastado) e sete jogos sob a jurisdição da FIFA, nomeadamente nas Eliminatórias do Campeonato Mundial de Futebol FIFA de 2018, nas quais a seleção foi eliminada. Como punição, todas as partidas foram invalidadas.