La fondation est présidée par Victor-André Masséna, prince d'Essling, descendant du maréchal Masséna. Il a succédé en 2005, au baron Napoléon Gourgaud (1922-2010), qui dirigeait l'institution depuis sa création. La fondation est administrée par un conseil de douze membres, dont un représentant du ministre de l'Intérieur et deux représentants du ministre de la Culture. Son directeur est, depuis juillet 2000, l'historien Thierry Lentz, assisté de Pierre Branda (chef du service patrimoine) et d'Irène Delage (chef du service documentation, nouvelles technologies et relations avec les publics).