En 1796, Hiller commande une brigade dans l'armée du Rhin, mais sa mauvaise santé l'oblige à se démettre de ses fonctions. Il reprend du service en 1798 pour participer à la campagne contre les Français en Suisse. Il participe à la bataille de Zurich, le . Hiller se signale au commandement de la zone militaire (croate) de Zagreb, puis au commandement de la zone du Tyrol. Il occupe ce poste pendant la guerre de la Troisième Coalition. Après la paix, von Hiller est gouverneur de Salzbourg et de la Haute-Autriche.