После начала Гражданской войны записался в армию юнионистов (северян), служил в Девятом полку Добровольцев Индианы. В 1862 году был прикомандирован к штабу генерала Уильяма Хейзена, исполнял обязанности топографа и картографа. В июне 1864 года был тяжело ранен в голову в Сражении за гору Каннесо. В начале 1865 года был комиссован, но в следующем году вернулся в армию под начало Хейзена. Участвовал в конной экспедиции на Западные равнины с целью инспекции. В конце 1866 года прибыл в Сан-Франциско.