K 50. výročí Mozartovy smrti, v roce 1841, byly v Salcburku založeny dvě hudební školy – předchůdci dnešní univerzity – "Dommusikverein" (Hudební spolek dómu) a "Mozarteum". Do roku 1880 měla instituce různé formy, než vznikla "Veřejná hudební škola Mozarteum" – předchůdce dnešní univerzity. V roce 1914 získala hudební škola status konzervatoře, která měla tytéž funkce a práva, jako jiné vyšší státní školy. Po anexi Rakouska v roce 1939 byl název konzervatoře změněn na "Vyšší hudební škola Velkoněmecké říše Mozarteum" a od roku 1945 fungovala pod názvem Vyšší hudební škola. Roku 1953 byla přejmenována na Akademii hudby a divadelního umění Mozarteum v Salzburgu. Roku 1970 byl škole navrácen status vyšší školy a název změněn na „Vyšší škola hudby a dramatického umění Mozarteum v Salzburgu. Od roku 1998 zní oficiální název školy "Universität Mozarteum" (Univerzita Mozarteum).