Al estallar la guerra de sucesión española, Jennings mandó el "HMS Kent" (de 70 cañones) bajo las órdenes del almirante Rooke en Cádiz y Vigo en 1702, donde ayudó a la destrucción de la flota franco-española. Participó en la captura de Gibraltar, y fue capitán del "HMS St George" (96 cañones) en la batalla de Málaga en 1704. Fue nombrado caballero por sus proezas por la Reina Anne el 9 de septiembre de 1704, y habiendo sido promovido a contralmirante en 1705, se convirtió en Comandante-en-jefe de la Estación de Jamaica en 1706. Fue promovido a vicealmirante en 1708 y almirante en 1709. Su ataque sobre Tenerife en 1706 fracasó y tuvo que huir de las Canarias, ante un ejército defensor mucho menor en número. Comandó la flota con base en Lisboa de 1708 a 1710, convirtiéndose poco después en comandante en jefe de la flota mediterránea.