W 1984 roku Baljić był członkiem olimpijskiej reprezentacji Jugosławii, która wywalczyła brązowy medal na Igrzyskach Olimpijskich w Los Angeles. W pierwszej reprezentacji zadebiutował on 31 marca 1984 roku w wygranym 2:1 towarzyskim meczu z Węgrami. W tym samym roku był w kadrze Jugosławii na Euro 84, ale nie rozegrał żadnego spotkania na tym turnieju. W 1990 roku został powołany przez selekcjonera Ivicę Osima do kadry na Mistrzostwa Świata we Włoszech. Tam rozegrał tylko jedno spotkanie, przegrane 1:4 z RFN, które było jednocześnie ostatnim w kadrze Jugosławii. Łącznie rozegrał w niej 29 meczów i zdobył 3 gole.