À la fin de l’année 1936, la Transcaucasie est dissoute, laissant à nouveau place aux trois républiques soviétiques géorgienne, arménienne et azérie. De juillet 1942 à janvier 1943, au nord du Caucase, les forces allemandes visent le pétrole de Bakou, pour alimenter l’appareil de guerre nazi proche de la pénurie. Cette offensive ne parvient pas à entrer en Transcaucasie (symboliquement, des alpinistes nazis hissent leur drapeau sur le mont Elbrouz) mais Staline et le NKVD pensent que les services secrets de l’amiral Wilhelm Canaris pourraient avoir infiltré certains peuples du Caucase du Nord, prêts à collaborer avec l’Allemagne pour s’émanciper du joug russe. À titre préventif, un million et demi de personnes sont donc déportées en masse vers les steppes de l’Asie centrale. Ces « peuples punis » n’ont été réhabilités qu’en 1956 par Khrouchtchev, qui les autorise à rentrer au pays, dans des régions alors désertifiées ou peuplées par d’autres ethnies qui ont entre-temps repris les terres. Peu avant la disparition de l'URSS, Moscou a reconnu le caractère diffamatoire, illégal, criminel et génocidaire des déportations staliniennes.