Летом 2016 года Шюррле перешёл в дортмундскую «Боруссию», с которой заключил контракт на 5 лет. Сумма трансфера составила 30 млн евро. За новую команду Шюррле дебютировал в Суперкубке Германии против мюнхенской «Баварии», заменив Усмана Дембеле на 68-й минуте матча. За два сезона 2016/17 и 2017/18 Шюррле провёл за «Боруссию» 51 матч, в которых забил 8 мячей.