Nella stagione 1991 Morbidelli partecipò all'intero campionato con la scuderia faentina e, contemporaneamente, venne confermato collaudatore Ferrari. Proprio con il team di Maranello disputò, al seguito del licenziamento di Alain Prost, l'ultima gara del campionato, ad Adelaide, concludendo al sesto posto, primo risultato utile della sua carriera, che però gli valse solo mezzo punto.