Rüdersdorf entstand als eine Gründung der Zisterzienser 1235–1250 im südöstlichen Barnim, wo das Kloster Zinna als Besitzer eines großen Landgebietes zehn Dörfer gründete. In diesem Zeitraum entdeckten der Sage nach Rüdersdorfer Bauern auf ihrer Feldflur das zutage tretende Kalkgestein. Bereits zum Bau des Dominikanerklosters in Strausberg 1254 wurde Rüdersdorfer Kalkstein verwendet. Um 1250 entstand die spätromanische Feldsteinkirche, die mit ihrem trutzigen Wehrturm der älteste noch erhaltene Bau aus der Gründungszeit Rüdersdorfs ist. Urkundlich wurde Rüdersdorf (Roderstorp) erstmals 1308–1319 erwähnt. Mit der Annahme der Reformation durch Kurfürst Joachim II. und der Säkularisation des Klosters Zinna fiel der gesamte Besitz 1553 an den Landesherrn. In Rüdersdorf entstand in dieser Zeit ein Jagdschloss, als der Kurfürst oft seiner Jagdleidenschaft in den heimischen Wäldern frönte. 1571 wurde der ehemalige Klosterbesitz mit der Gründung des Domänenamtes Rüdersdorf in die kurfürstliche Verwaltung eingeordnet. Während des Dreißigjährigen Krieges brannte das von seinen Bewohnern verlassene Dorf völlig nieder.