Em 1974, a hierarquia católica foi estabelecida e formou-se a Conferência dos Bispos Católicos do Sudão, a qual se tornou a primeira conferência episcopal nacional na história moderna da igreja a ser composta unicamente por bispos nascidos na África, após a aposentadoria do arcebispo de Cartum, Agostino Baroni, em 1981. Embora o Tratado de Adis Abeba do presidente Nimeiry tenha criado uma frágil paz entre o norte e o sul entre 1972 e 1983, suas políticas econômicas falharam, resultando em crescente inquietação. Em 1983, a guerra civil recomeçou sob a liderança do Exército Popular de Libertação do Sudão (SPLA), um grupo não-muçulmano sediado no sul. Os missionários que haviam retornado após o Tratado de Adis Abeba agora estavam sob o ataque do SPLA e do governo. Missões foram abandonadas e padres e irmãs foram mantidos reféns por meses pelo SPLA. Mais tarde, o grupo abandonou sua ideologia e permitiu que as igrejas trabalhassem.