Francis Walsingham studoval právo na Cambridgeské univerzitě. V době vlády katolické královny Marie Tudorovny pobýval na evropském kontinentě a cestoval, aby se vyhnul protireformačnímu teroru. Po smrti královny Marie a nástupu její nevlastní sestry, protestantské panovnice Alžběty I. na anglický trůn, se vrátil do vlasti. V roce 1559 byl za volební okres v hrabství Cornwall zvolen do tzv. prvního Alžbětina parlamentu. Postupně se stával důležitým služebníkem královny. V 70. letech 16. století byl anglickým velvyslancem na francouzském královském dvoře. V této funkci zažil masakry protestantů zvané Bartolomějská noc.