El paper de la Cadena SER en les hores següents als atemptats de l'11 de març de 2004 a Madrid va donar lloc també a innombrables polèmiques entre defensors a ultrança de rol de l'emissora com a capdavantera de la veritat que el govern de José María Aznar pretenia ocultar als ciutadans i aquells que opinen que la SER va manipular deliberadament la informació, amb especial referència a l'existència d'un terrorista suïcida propagada des de les ones de la SER com a informació contrastada, i que més tard va resultar no existir. Des del moment després de l'atemptat, la Cadena SER va mantenir oberta la informació de forma permanent per informar de tots els aspectes que van incidir-hi.