De volta a Europa, para deter uma limpeza étnica e genocídio contra os albaneses perpetrado por militares e milicianos sérvios na região do Kosovo, Clinton autorizou uma ação armada pelo mar e pelo ar, com ajuda da OTAN, para bombardear alvos na Iugoslávia em 1999, na chamada Operação Forças Aliadas. O general Wesley Clark, que era o comandante supremo das forças da OTAN no continente europeu, supervisionou a missão. Com a outorga da Resolução 1244 do Conselho de Segurança das Nações Unidas, a campanha de bombardeios terminou em junho de 1999. A resolução colocou o Kosovo sob administração da ONU e autorizou o envio de uma força de paz para a região. Apesar das tropas aliadas não terem sofrido perdas por fogo inimigo, dois militares morreram na queda de um helicóptero AH-64 Apache. Mais tarde foi apontado que os riscos de uma limpeza étnica poderiam ter sido exagerados pelo governo americano. Uma corte da ONU afirmou que realmente não houve um genocídio na região, mas reconheceu que havia uma "sistemática campanha de terror, incluindo assassinatos em massa, estupros, assédio de civis e outros maus tratos contra populações locais". O líder sérvio Slobodan Milošević, presidente da Iugoslávia, foi mais tarde levado a julgamento por "crimes contra a humanidade". A operação da OTAN foi considerada um sucesso tático.