Gnabry kuului hopeaa voittaneeseen Saksan joukkueeseen kesäolympialaisten 2016 jalkapalloturnauksessa. Hän teki turnauksessa kuusi maalia ja sijoittui näin sen maalipörssin jaetulle kärkipaikalle. Hän pelasi kaikki ottelut Saksan voittaessa alle 21-vuotiaiden Euroopan-mestaruuden 2017.