Lo stesso anno, si arruolò in Marina durante la seconda guerra mondiale, nonostante la sua iniziale opposizione alla entrata in guerra degli Stati Uniti (la famiglia Shriver è di origine tedesca) e la sua partecipazione alla fondazione del gruppo neutralista "America First Comitee". Combatté come artigliere sulla nave da battaglia "South Dakota" e prese parte alle battaglie navali e delle isole Santa Cruz (ottobre 1942) e di metà novembre 1942. Nel 1945 prestò servizio nel sottomarino "Sand Lance".