Motiverne bag er mange og delte. Ofte fremføres at de skulle give en casus belli til invasionen af Afghanistan eller af Irak eller af begge dele. Ofte med det formål at kontrollere olieressourcer. Omend Afghanistan ikke selv har nogle olieforekomster, har der været tale om en rørledningen igennem landet (gasledning dog). Andre påståede motiver spænder fra lukrative kontrakter til det såkaldte "militær-industrielle kompleks" (ofte personaliseret i form af Halliburton) til undertrykkelse af frihedsrettigheder i USA gennem The Patriot Act og indførelse af det nye ministerium Homeland security (DHS), til afskaffelse af demokratiet og indførelse af diktatur i USA (se også konspirationsteorierne omkring Diebold stemmemaskiner) og en evangelistisk kristen dommedagskult præsident Bush angiveligt skulle tilhøre, til nogle lyssky familieforbindelse mellem Bush familien og Bin Laden familien. Terrorister fra Al-Qaida, udlægger det gerne som et slags kristent korstog (alternativt zionistisk korstog – Al-Qaida planlæggere omtalte WTC tårnene som "Jødetårnene") der har til sinde at undertrykke muslimer og Islam.