Csakhogy Tirol szabadsága, Napóleon győzelmei és gyors előrenyomulása folytán ismét elveszett és az ország ismét Lefebvre marsall és Wrede altábornagy hatalmába került. Hofer azonban újra összegyűjtötte honfitársait és a Bergisel dombon egymás után két csatában verte meg a bajorokat (május 25-én és 29-én). Május 30-án másodszor vonult be a felszabadított tiroli fővárosba. A tiroliak határtalan lelkesedéssel kísérték hős honfitársukat, akit megválasztottak fővezérnek, illetve helytartónak. A wagrami csata után azonban Ausztria, a Znaimban létrejött fegyverszünet értelmében ismét lemondott Tirolról és Vorarlbergről, mire a franciák, bajorok és szászok három irányból nyomultak be az országrészbe. Hofer azonban ekkor sem esett kétségbe: újra fegyverbe szólította honfitársait. Néhány ezer emberével és a hős Speckbacher csapatjával sietett egyesülni. Augusztus 13-án pedig Speckbacher által támogatva, a Bergisel dombon Lefebvre csapatait ismét megverte és az ország elhagyására kényszerítette. Augusztus 15-én harmadszor vonult be Innsbruckba, ahol az ország főparancsnokává választották, a császár pedig a nagy aranylánccal és érdeméremmel tüntette ki.