Σε εθνικό επίπεδο,βοήθησε την ομάδα του να κερδίσει το Γιούρο του 2008, παίζοντας σε κάθε παιχνίδι. Ο Ινιέστα ήταν επίσης βασικό μέλος της εθνικής στο Μουντιάλ του 2010, σημειώνοντας το νικηφόρο γκολ στην παράταση εναντίον της Ολλανδίας και ονομάστηκε παράλληλα παίκτης του αγώνα. Στο Γιούρο του 2012, οδήγησε ξανά την ομάδα του στην κατάκτηση του δεύτερου συνεχόμενου Ευρωπαϊκού τίτλου.