В 2000 году «Фенербахче» предложил ему место у руля команды, и в конце сезона 2000/01 под его руководством «Фенербахче» выиграл лигу впервые за пять лет. Денизли стал первым турецким тренером «Фенербахче», который выиграл турецкую Суперлигу. Но его команда плохо выступила в Лиге чемпионов, проиграв «Барселоне», «Лиону» и «Байер». В 2002 году сборная Нигерии хотела пригласить Денизли для подготовки команды к чемпионату мира 2002, но из-за ряда проблем предложение было отменено. Денизли присоединился к «Манисаспор».