Gerst rief wiederholt zu mehr Umweltschutz und Klimaschutz sowie zum Erhalt der Lebensgrundlagen auf. Im Jahr 2015 kritisierte er das fortgesetzte Abholzen des tropischen Regenwaldes, das er aus dem Weltall beobachten konnte. Während der Hitze- und Dürrewelle 2018 teilte er von der Internationalen Raumstation aus aufgenommene Fotos, in denen Mitteleuropa aufgrund vieler vertrockneter Pflanzen von Brauntönen dominiert war, und twitterte dazu: „Schockierender Anblick. Alles vertrocknet und braun, was eigentlich grün sein sollte.“