Efter at have afsluttet sine studier slog Franz Josef Strauß ind på en embedsmandskarriere. Således blev han den 8. april 1942 med virkning fra 1. maj udnævnt til "außerplanmäßigen Beamten". Han blev igen sendt til Østfronten hvor han fik forfrysninger i Slaget om Stalingrad og blev evakueret med fly. Den 20. april 1943 blev han udnævnt til adjunkt ved Oberschule für Jungen på Damenstiftstraße i München.