В мае 1943 года Рой Гейгер стал командующим авиацией в штабе Корпуса морской пехоты. В ноябре 1943 года он вновь вернулся к командованию войсками, будучи поставленным во главе 1-го амфибийного корпуса, и в этом качестве участвовал с 9 ноября по 15 декабря 1943 года в Бугенвильской кампании. В апреле 1944 года его силы были переименованы в 3-й амфибийный корпус, в июле-августе приняли участие в высадке на Гуаме, в сентябре-октябре захватили южную часть островов Палау. В качестве составной части 10-й армии летом 1945 года 3-й корпус принял участие в битве за Окинаву. После смерти генерал-лейтенанта Саймона Бакнера Гейгер 19 июня 1945 года возглавил 10-ю армию на завершающих этапах сражения за Окинаву, став таким образом единственным офицером Корпуса морской пехоты США, командовавшим сухопутной полевой армией.