2 августа адмирал Нельсон уничтожил французский флот в битве при Абукире и установил блокаду, которая отрезала Бонапарта и его людей от Франции до капитуляции генерала Мену в 1801 году. Однако организационная работа, военное завоевание Египта и работа Комиссии по науке и искусству продолжалась.