Она была сформирована 12 августа 1943 года в 13-м военном округе под управлением штаба особого назначения оберквартимейстера. Во время Второй мировой войны группа армий «Ф» действовала на Балканах. С 25 августа 1943 года одновременно именовалась Главнокомандованием Юго-Востока (). В подчинении группы армий находились все немецкие войска на оккупированных территориях Югославии, Греции и Албании, а также на прилегающих островах Средиземного моря. Также командование группы фактически осуществляло руководство войсками усташской Хорватии и сербских коллаборационистов. До второй половины 1944 года, главной задачей подразделений группы армий было осуществление оккупационных функций и борьба с партизанским движением на территориях Греции и Югославии. В результате Болгарской операции советские войска заняли Болгарию и вышли на болгарско-югославскую границу, войдя в боевое соприкосновение с войсками группы армий «Ф». В ходе Белградской операции Красной Армии немецкие войска были разбиты и отступили в Южную Венгрию и Хорватию. Часть сил группы армий «Ф» участвовала в Батинской битве. 25 марта 1945 группа армий «Ф» была расформирована.