Od 888 terytorium Burgundii. Od X wieku do 1678 terytorium tworzyło oddzielne hrabstwo Burgundii w ramach Świętego Cesarstwa Rzymskiego. W latach 1384–1477 połączone unią z Księstwem Burgundii. W 1477 r., po śmierci księcia-hrabiego Karola Zuchwałego w bitwie pod Nancy, przejęte przez Habsburgów dzięki małżeństwu Maksymiliana Habsburga z córką Karola, Marią Burgundzką. W wyniku wojny włączone do Francji przez króla Ludwika XI. W 1493 r. król Francji Karol VIII, planując wyprawę wojenną do Włoch i chcąc zabezpieczyć się na ten czas przed atakiem Maksymiliana I, zwrócił Franche-Comté Habsburgom. Od XVI wieku w rękach hiszpańskiej linii Habsburgów; przez jego terytorium prowadził szlak komunikacyjny, którym przerzucano hiszpańskie wojska z Włoch do Niderlandów (szlak ten przeciął dopiero król Francji Henryk IV, zagarniając sąsiadującą z Franche-Comté część sprzymierzonej z Habsburgami Sabaudii). Okupowane przez wojska francuskie w czasie wojny dewolucyjnej i wojny francusko-holenderskiej z lat 1672–1678, od 1678 roku w granicach Francji.