Tot 1939 vormden de Slowaakse communisten een eigen vleugel of groepering binnen de Communistische Partij van Tsjecho-Slowakije (KSČ). Met het ontstaan van een autonome, later onafhankelijke Slowaakse Republiek in 1939 ontstond uit de KSČ een zelfstandige Communistische Partij van Slowakije (KSS). Gedurende het klerikaal-fascistische bewind van president Josef Tiso (1939-1945), waarbij Slowakije de kant koos van de As-mogendheden, was KSS verboden en ontplooide de partij ondergrondse activiteiten. In de laatste jaren van de Tweede Wereldoorlog nam de KSS actief deel aan het gewapende verzet tegen de fascistische regering. De KSS vervulde een sleutelrol tijdens de Slowaakse Nationale Opstand (1944). Gedurende deze opstand, gericht tegen de regering, sloot tijdens een geheim congres een meerderheid van de Slowaakse sociaaldemocratische partij zich bij de KSS aan (20.000 van de 37.000 leden).