Leta 1569/70, v času tretje hugentoske vojne, je bil zaprt v pariškem zaporu. Težave so mu delali katoliški zeloti, ki so mu očitali prikrito hugenotstvo. Viri ne omenjajo, kje se je nahajal na Šentjernejsko noč, ko je bilo poklanih več tisoč hugenotov. Osebna varnost se mu je izboljšala, ko ga je v svoj krožek intelektualcev vključil anžujski vojvoda in princ François d'Alençon, najmlajši sin Henrika II. in Katerine Medičejske. Princ François d'Alençon je bil znan po svojih pragmatičnih političnih prepričanjih in nekaj časa je celo kazalo, da bo nasledil francosko krono, ki pa jo je prepustil starejšemu bratu in nesojenemu poljskemu kralju Henriku III.. Bodin je, razumljivo, prestopil v politični tabor novega kralja, vendar nanj ni napravil pretiranega vtisa.