Bel 1673, alla rinuncia di Giacomo, duca di York come conseguenza dell'approvazione del Test Act, venne nominato Lord Commissario dell'Ammiragliato. Nell'ottobre di quello stesso anno visitò la Scozia per sopprimere i dissidenti e ottenere denaro per la Terza guerra anglo-olandese. Gli intrighi tramati da Anthony Ashley-Cooper, I conte di Shaftesbury, contro il suo potere durante la sua assenza, e gli attacchi rivoltigli dalla Camera dei Comuni nel gennaio del 1674 e nell'aprile de l1675, risultarono comunque futili agli occhi di Carlo e di Giacomo.