Im Dezember 1940 wurde die Flottille nach Trondheim in Norwegen verlegt, wo die Boote Einfahr- und Übungsfahrten im Trondheimfjord durchführten, aber auch bereits zu Geleit- und Sicherungsaufgaben herangezogen wurden. Im Juni 1941, mit dem Beginn des deutschen Angriffs auf die Sowjetunion, wurde die Flottille nach Kirkenes am Polarmeer verlegt, von wo aus die Boote im Wechsel mit denen der 5. Räumbootsflottille Geleitaufgaben im Raum Hammerfest-Kirkenes-Petsamo durchführten. Im November 1942 wurde Korvettenkapitän Hans von Quednow neuer Flottillenchef. Auf ihn folgte im Mai 1944 Kapitänleutnant Rolf Heuser, der die Flottille bis zu ihrer Auflösung am 28. November 1946 führte.