เมื่อเขาได้รับบาดเจ็บจากการปฏิบัติหน้าที่ใน ค.ศ. 1943 เขาก็ได้รับคำสั่งจากไฮน์ริช ฮิมเลอร์ ให้ไปเป็นผู้แทนของเอ็สเอ็สประจำสำนักงานใหญ่ของฮิตเลอร์ เฟเกอไลน์เป็นหนึ่งในผู้รอดชีวิตจากแผนลอบสังการฮิตเลอร์เมื่อ 20 กรกฎาคม ค.ศ. 1944 เขาเป็นหนึ่งในเจ้าหน้าที่ที่ประจำอยู่ใน "ฟือเรอร์บุงเคอร์" ในกรุงเบอร์ลินช่วงปลายสงคราม เมื่อเรื่องที่ฮิมเลอร์กำลังเจรจากับฝ่ายสัมพันธมิตรถูกบีบีซีแฉในวันที่ 28 เมษายน ค.ศ. 1945 เฟเกอไลน์ได้พยายามหลบหนีและถูกยิงเสียชีวิตในวันนั้น เป็นเวลาสองวันก่อนที่ฮิตเลอร์จะยิงตัวตาย