Nach der endgültig verpassten Olympia-Qualifikation 2008 hatte Nationaltrainer Aleš Pipan die Geschicke an Jurij Zdovc übergeben. Der frühere Welt- und Europameister hatte bis Ende der 1990er Jahre mit Jagodnik selbst noch in der Nationalmannschaft zusammengespielt und reaktivierte seinen früheren Mitstreiter für die EM-Endrunde 2009 in Polen, wo Jagodnik lange Zeit professionell gespielt hatte. Nach einer guten Vorrunde mit nur einer Niederlage sicherte sich Slowenien diesmal den Gruppensieg in der Zwischenrunde nach klaren Erfolgen über den vermeintlichen Gastgeber Litauen und den tatsächlichen Gastgeber Polen sowie einem knappen Erfolg über die Türkei. Nach dem knappen Viertelfinalerfolg über Kroatien verpasste Slowenien nach knappen Niederlagen gegen Serbien und erneut Griechenland auf dem vierten Platz den ersten Medaillengewinn nach der Unabhängigkeit nur knapp. Memi Bečirovič als neuer Nationaltrainer nominierte Jagodnik auch für die WM-Endrunde 2010, in der Slowenien nach nur einer Vorrundenniederlage gegen den Topfavoriten und späteren Titelgewinner Vereinigte Staaten im Viertelfinale gegen Gastgeber Türkei dann aber auch deutlich verlor. Unter Trainerlegende Božidar Maljković gab Jagodnik bei der EM-Endrunde 2011 seinen vorläufigen Ausstand aus der Nationalmannschaft. Neben der deutlichen Viertelfinalniederlage gegen Titelverteidiger Spanien besiegelte die Niederlage in der Platzierungsrunde gegen Gastgeber Litauen das erneute Verpassen der Olympia-Qualifikation, woran der abschließende Sieg über Serbien und das Erreichen des siebten Platzes nichts mehr änderte.