В составе сборной Испании Пауло Роберто стал чемпионом мира 2000 года, а в 1996 и 2001 году выигрывал Чемпионат Европы по мини-футболу. На первенстве 1996 года натурализованный бразилец забивал голы в каждом матче, в том числе ему удался и один дубль — в полуфинале. Эти успехи принесли ему звание лучшего игрока турнира. Ещё один важный гол Пауло Роберто забил на Чемпионате мира 2000 года — в ворота сборной России в полуфинале.