Hamilton est un botaniste actif, et son domaine et ses serres s'accroissent pour contenir plus de de plantes, y compris les premiers spécimens introduits en Amérique de ginkgo biloba, de mûrier à papier, d'érable sycomore, d'ailanthus, du zelkove du Caucase, et du peuplier noir ainsi que les plantes cultivées à partir de graines récoltées au cours des expéditions de Lewis et Clark, en particulier l'orange des Osages ("Maclura pomifera"). Hamilton rassemble et échange aussi de nombreuses plantes indigènes avec ses amis et voisins, la famille de botanistes Bartram, du jardin Bartram à proximité.