Akcja "Just Cause" toczy się na fikcyjnej południowoamerykańskiej wyspie nazwanej San Esperito, gdzie gracz działa jako tajny agent CIA Rico Rodriguez, uczestnicząc w wojnie partyzanckiej mającej na celu obalenie dyktatora San Esperito, mogącego posiadać broń masowego rażenia. Fabuła (i nazwa) gry została zainspirowana przeprowadzoną na przełomie lat 1989 – 1990 przez Stany Zjednoczone inwazją na Panamę o kryptonimie „Operacja Just Cause”, która miała na celu obalenie przywódcy junty wojskowej Manuela Noriegi.