Juan Martínez de Recalde nait à Bilbao, en Biscaye, vers 1540 . Il rejoint la marine espagnole très jeune et rentre dans le Squadron de Biscay. Il commande une escorte de trois flottes aux Indes. Il acquiert une renommée lorsqu'il contribue au sauvetage d'un galion chargé d'or autour de l'Île de Madère, à la suite duquel il reçoit le commandement de la flotte de Laredo. Il se lie à l'influent amiral Álvaro de Bazán. C'est sous le commandement de Bazán que de Recalde participe à deux expéditions sur l'île de Terceras au début des années 1580.