El 6 de junio de 1880 el ejército chileno, bombardeó Arica. El "Manco Cápac" respondió los fuegos y uno de sus proyectiles, impactó en el blindado "Almirante Cochrane" provocándole severos daños y algunas bajas. Otra granada del monitor peruano dio de lleno en la "Covadonga" que le produjo averías en su línea de flotación, obligándola a retirarse del combate. Al día siguiente, luego de la Batalla de Arica, la infantería chilena tomó Arica y el comandante de la nave peruana capitán de navío José Sánchez Lagomarsino, para evitar que cayera en manos de chilenos hundió el "Manco Cápac", cuyo casco aún permanece en el fondo del puerto.