Après le Mondial, il est transféré à la Lazio Rome pour 155 MF (soit 23,6 M€) où il marque 12 buts en championnat et remporte son second trophée, la Coupe d'Europe des vainqueurs de coupes. En 1999, sa carrière prend une tout autre tournure lorsqu'il signe à l'Inter Milan du millionnaire Massimo Moratti qui a déjà enrôlé Ronaldo, un transfert record à l'époque. Vieri devient alors l'un des footballeurs les plus riches du monde, il marque ainsi près d'un but par match chaque saison et termine meilleur buteur de Serie A en 2003 avec 24 buts en 23 matchs. L'équipe d'Italie en profite également lors de la Coupe du monde 2002 puisqu'il inscrit quatre buts qui font de lui le meilleur buteur italien en phase finale des coupes du monde avec 9 buts à égalité avec Paolo Rossi et Roberto Baggio. Vieri compte au total 23 buts en 49 matchs internationaux.