케르자코프는 2001년에 러시아 U-21 팀 에서 국가대표를 시작했다. 그는 2002년 3월 27일에 에스토니아를 상대로, 러시아 소속으로 첫 A매치 경기를 가졌으며, 2달후, 올레크 로만체프 감독에 의해 2002 한일월드컵의 최종명단에 들게 되었다. 그는 튀니지전과 일본전에서는 후보명단에 있었지만, 벨기에 전에서, 후반 37분, 발레리 카르핀 과의 교체 출장으로, 첫 월드컵 경기를 가지게 되었다.