После начала войны в Хорватии Мркшич в составе 1-й гвардейской механизированной бригады ЮНА принял участие в штурме Вуковара, позднее он возглавил Оперативную группу «Юг», наступавшую на город с южного направления. После взятия города сербскими войсками произошёл инцидент массовой казни взятых в плен защитников города и мирных жителей. В начале 1992 года Мркшич руководил Территориальной Обороной Бании и Кордуна в Сербской Краине. После распада Югославии Мркшич служил в Вооруженных силах Союзной Республики Югославии, возглавляя Корпус Специальных Операций Войска Югославии. С августа 1993 года по май 1995 он, в чине генерал-подполковника, занимал должность заместителя начальника Генштаба ВЮ. 17 мая 1995 года был делегирован Белградом в Армию Сербской Краины () с целью реорганизации краинской армии и повышения её боеспособности и стал начальником Главного штаба СВК. После разгрома основной части СВК в августе 1995 Мркшич был отправлен на пенсию.