Дебютировал 27 апреля 1988 в матче против СССР (ничья 1:1), отыграл первый тайм и был заменён Алоисом Груссманном. В сборной Чехословакии провёл 40 игр и забил 5 голов, выступил на чемпионате мира 1990. В сборной независимой Чехии отыграл в два раза меньше матчей и только один раз отличился. Последняя игра была 26 июня 1996 в Манчестере на чемпионате Европы против французов. На том турнире Немечек сыграл 4 матча и стал серебряным призёром чемпионата.