इसी वर्ष पाकिस्तान ने गुप्त रूप से कारगिल की पहाड़ियों पर अधिकार कर लिया। इसके कारण भारत और पाकिस्तान में कारगिल युद्ध हुआ। इस युद्ध में भारत की विजय हुई। पाकिस्तानी सेना को कारगित की पहाड़ियों से भागना पड़ा। इसके बाद नवाज शरीफ सेना प्रमुख जनरल परवेज मुशर्रफ की जगह ख्वाजा जियाउद्दीन अब्बासी को सेना प्रमुख बनाना चाहते थे। लेकिन जैसे ही इसका पता मुशर्रफ को लगा तो उन्होंने नवाज शरीफ का ही तख्तापलट कर दिया और उन्हें नजरबन्द कर लिया। इस तरह पाकिस्तान की बागडोर चौथी बार एक सैन्य शासक के हाथ में आई।