Podczas swojego pontyfikatu Grzegorz podniósł intelektualny poziom kleru, zakładając przy pomocy jezuitów szkoły w Rzymie i innych miastach. Kolegium Rzymskie, później nazwane Uniwersytetem Gregoriańskim, do dziś jest jednym z głównych ośrodków myśli chrześcijańskiej. Dokonał także połączenia Collegium Germanicum z Collegium Hungaricum i dofinansował je na tyle, że mogły one przyjąć do 100 kleryków. Będąc pod wpływem Karola Boromeusza, realizował zalecenia soboru trydenckiego – polecił opublikować zbiór nowego prawa kanonicznego. Założył także liczne nuncjatury, które nadzorowały realizację wprowadzania założeń soborowych. Odprawiał trzy msze święte w tygodniu i w każdą niedzielę, co w okresie renesansu należało do rzadkości. Jednocześnie wzorem innych władców swej epoki uważał, że innowierców trzeba zwalczać mieczem i ogniem. Pochwalił więc w 1572 r. paryską rzeź 10 tysięcy hugenotów, zwaną nocą św. Bartłomieja i w podzięce odprawił uroczyste nabożeństwo dziękczynne oraz Te Deum.