Das Kloster wurde 1559 aufgehoben und erheblich beschädigt. Im Jahr 1595 wurde das Kloster wieder renoviert und danach zwei Mal geplündert und erneut beschädigt. Während der Inspektionen des Provinzials Donagh Mooney um 1616 wurden keine Brüder vor Ort angetroffen und dem Bericht zufolge waren die Gebäude weitgehend zerstört. Um 1630 kehrten die Franziskaner wieder zurück. In dieser Zeit war der bedeutende Historiker John Colgan Guardian der Gemeinschaft. Aus dem Jahr 1645 ist eine große Prozession überliefert, an der die Brüder in ihrem Habit teilnahmen. Während der Feldzüge Oliver Cromwells mussten die Brüder erneut fliehen, wonach sie erst 1686 zurückkehrten, um 1690 nach der Niederlage des katholischen Irlands ein weiteres Mal zu fliehen. Als die Wirkung der gegen die Katholiken erlassenen Strafgesetze etwas nachließ, kamen die Franziskaner abermals zurück und bemühten sich, unauffällig zu bleiben.