Après l'invasion soviétique de la Pologne le 17 septembre 1939, conformément au pacte Molotov-Ribbentrop, les forces soviétiques obtiennent la liberté de circulation en Lettonie, Lituanie et Estonie, un aspect important de l'accord pour le gouvernement soviétique, ce dernier craignant que l'Allemagne utilise les trois États comme couloir pour se rapprocher de Leningrad. Les soviétiques font pression sur la Finlande et les États baltes pour qu'ils concluent des traités d'assistance mutuelle. Les soviétiques remettent en question la neutralité de l'Estonie après la fuite d'un sous-marin polonais de Tallinn le 18 septembre. Une semaine plus tard, le 24 septembre 1939, le ministre estonien des Affaires étrangères reçoit un ultimatum de Moscou, les soviétiques exigent la conclusion d'un traité d'assistance mutuelle pour établir des bases militaires en Estonie. Les Estoniens n'ont d'autre choix que d'autoriser l'établissement de bases navales, aériennes et militaires soviétiques sur deux îles estoniennes et au port de Paldiski. L'accord correspondant est signé le 28 septembre 1939. La Lettonie suit le 5 octobre 1939 et la Lituanie peu après, le 10 octobre 1939. Les accords permettent à l'Union soviétique d'établir des bases militaires sur le territoire des États baltes pendant la durée de la guerre européenne et de stationner 25 000 soldats soviétiques en Estonie, 30 000 en Lettonie et 20 000 en Lituanie à partir d'octobre 1939.