Војска Пруског краљевства јача током владавине Фридриховог претходника. Прва брига Фридриха Вилхелма II била је да врши стални надзор над пруском војском. Фридрих је себе прогласио "господарем рата" (нем. Kriegherr) и ставио се на чело колегијума рата (Oberkriegs-Collegium). Војне реформе Фридриха показале су се неуспешним. Пруска војска катастрофално је поражена код Јене 1806. године од Наполеона Бонапарте. У мирнодопским условима, пруска војска бројала је 189.000 војника пешадије и 48.000 коњаника. Пруски краљ покушава да интервенише у Руско-аустријско-турском рату, али није успео да оствари свој циљ. Пруска није добила никакве уступке. Фридрих напушта анти-аустријску политику.