Von 1915 bis 1916 diente Mutō in der Abteilung Manöver des Ersten Büros des Generalstabs. 1917 wechselte er zum Militärgeheimdienst und war dort unter anderem für Aktionen in Harbin, Irkutsk und Omsk zuständig. Zwischen 1919 und 1921 diente er erneut auf administrativen Posten im Generalstab, bevor er das Kommando über die 3. Division übernahm und mit dieser an der Sibirischen Intervention teilnahm.