Die forcierte Rehabilitierungspolitik Chruschtschows und die Untersuchung der „Leningrader Affäre“ verschreckten Malenkow. Er war gegen die berühmte Geheimrede Chruschtschows auf dem XX. Parteitag der KPdSU, in der dieser den Personenkult Stalins und die ungerechtfertigten Repressalien der 1930er-Jahre anprangerte und schloss sich kurz darauf den Altstalinisten im Politbüro an, die versuchten, Chruschtschow zu stürzen. Nach einem misslungenen Putschversuch wurde Malenkow am 29. Juli 1957 zusammen mit Molotow, Kaganowitsch und Schepilow endgültig entmachtet und aus dem Politbüro ausgeschlossen. Er wurde zum Leiter eines Wasserkraftwerkes in Ust-Kamenogorsk in Kasachstan und danach zum Direktor des Kraftwerkes in Ekibastus degradiert.