La Conferència de Berlín de 1884 va assignar el territori a Alemanya com a part de l'Àfrica Oriental Alemanya, marcant l'inici de l'era colonial. L'explorador Gustav Adolf von Götzen va ser el primer europeu a explorar significativament el país el 1894; va creuar des del sud-est fins al llac Kivu i va conèixer el rei. El 1899 el "Mwami" (rei) tutsi es va sotmetre al protectorat alemany. Els alemanys no van modificar significativament l'estructura social del país, però van exercir influència donant suport al rei i a la jerarquia existent i delegant el poder als caps locals. Les forces belgues van prendre el control de Ruanda i Burundi el 1916, durant la Primera Guerra Mundial, iniciant un període de domini colonial més directe. Bèlgica va governar Ruanda i Burundi com a mandat de la Societat de Nacions anomenat Ruanda-Urundi. Els belgues també van simplificar i centralitzar l'estructura del poder, i van introduir projectes a gran escala en educació, salut, obres públiques i supervisió agrícola, incloent nous cultius i tècniques agrícoles millorades per intentar reduir la incidència de la fam. Tant els alemanys com els belgues van promoure la supremacia tutsi, considerant les races hutu i tutsi diferents. El 1935, Bèlgica va introduir les cartes d'identitat que etiquetaven a cada individu com a tutsi, hutu, twa o naturalitzat. Tot i que anteriorment havia estat possible que els hutus particularment rics es convertissin en tutsis honoraris, les cartes d'identitat van impedir qualsevol altre moviment entre les classes.