Al ritorno dall'Egitto ricevette il comando della , da 80 cannoni, con l'ordine di controllare la flotta francese al largo di Brest nell'inverno del 1799 e del 1800. Nel 1801 fu promosso retroammiraglio e nominato baronetto, e ricevette il comando di un piccolo squadrone destinato a controllare i movimenti della flotta spagnola di Cadice. Tra il 6 ed il 12 luglio svolse un brillante servizio nel quale, dopo un primo contatto ad Algeciras, sconfisse un nemico più potente formato da francesi e spagnoli nella battaglia dello stretto di Gibilterra. Per quanto fatto Saumarez ricevette l'Ordine del Bagno e la "Freedom of the City of London". Nel 1803 il parlamento britannico gli elargì una rendita annua di 1200 sterline ("Annuity to Admiral Saumarez Act" del 1803).