Brockenhuus var knyttet til Fyn, hvor hans første forleninger også lå. Han var fra 1542 til 1553 forlenet med Nyborg Slot, hvor han stod i spidsen for Christian 3.'s store befæstningsarbejder. Han blev i 1545 gift med Hilleborg Tinhuus. Han påbegyndte i 1554 opførelsen af Egeskov Slot ved Kværndrup og forøgede godset betydeligt, bl.a. gennem opkøb af mange af gårdene i Egeskov by. I 1560 fik han af kong Frederik 2. "jus patronatus" til Kværndrup Kirke. Han blev i 1562 optaget i rigsrådet og i 1567 udnvænt til rigsmarsk. Under Den Nordiske Syvårskrig deltog han både i flåden og landtropperne. Han blev dødeligt såret under belejringen af Varberg. Egeskov blev overtaget af hans søn, Laurids Brockenhuus.