Der Flughafen wurde nach einer benachbarten früheren jüdischen Siedlung benannt, die 1914 errichtet wurde und ihrerseits nach einem biblischen Ort hier in der Gegend benannt wurde (Josua 16,2). Die Siedlung Atarot wurde 1948 im Palästinakrieg durch die Arabische Legion erobert. Vor Errichtung des Flughafens Ben Gurion in Lod war der von den Briten erbaute Flughafen der einzige Palästinas. Unter jordanischer Verwaltung war er von 1948 bis 1967 der internationale Flughafen für Ostjerusalem, mit der Übernahme durch die Israelis wurde er zum reinen Inlandsflughafen. Der Flughafen hat bis zur zweiten Intifada Inlandsflüge nach Eilat und Haifa bedient. Bei Streiks am Flughafen Tel Aviv wurden auch andere Flugzeuge hierher umgeleitet. Mit Beginn der zweiten Intifada musste er geschlossen werden, weil er von palästinensischem Siedlungsgebieten umgeben ist. Es bestand die Gefahr, dass israelische Zivilflugzeuge von diesen Dörfern aus beschossen werden könnten. Zudem ist die Landebahn in Reichweite von Steinwürfen.