Врачешкият манастир е основан през XIII век След битката при Клокотница, когато цар Иван Асен II побеждава епирският деспот Теодор Комнин. Битката става в деня, когато се празнува паметта на Свети четиридесет мъченици и благодарният цар победител в тяхна чест построява множество църкви и манастири носещи тяхното име. При създаването си манастирът е мъжки, а братята монаси усърдно преписват и разпространяват богослужебни книги. През XVII век има действащо килийно училище. През XV и XVIII век е опожаряван. Манастирът потъва в забрава до 1890 г. През 1891 г. върху старите основи най-известният майстор в Ботевградския край Вуно Марков построява скромна църква. Възстановява се монашеският живот в манастира. Отначало се подвизават мъже монаси, а от 1937 г. обителта става девическо общежитие, като първата игумения е майка Касиана. Понастоящем е постоянно действащ.