Селима је наследио Мурат III (1574-1595), а њега Мехмед III (1595-1603). Током њихових слабих владавина није било већих освајања. Мехмед-пашу Соколовића убио је неки фанатик 1579. године, а током владавине ове двојице султана везирску титулу носило је чак 23 личности. Нови султан Мурат био је играчка у рукама своје мајке и миљеника. Појавили су се први знаци опадања моћи Царства. Побуна војника, незадовољних својим положајем, избила је последње године Мехмедове владавине (1603). Уз султана су стали јаничари те се њихови противници повлаче у Анадолију одакле повремено, у наредних десет година, дижу жестоке побуне. У спољној политици, овај период обележио је дуготрајан рат са Ираном (1576-1590). Турци најпре односе успехе; заузимају Грузију и Азербејџан и стварају флоту на Каспијском мору, али су Иранци под вођством великог шаха Абаса повратили ове територије. Иран је постао једна од највећих сила у региону, а Турци губе територије освојене после 1576. године. У Европи, цар Рудолф II одбија да обнови мировни уговор. Турци су поражени 1592. године код Сиска чиме је започео тринаестогодишњи рат. Против Турака устају Молдавија, Влашка, а устанак избија и у Банату (1594). Турци контролишу ситуацију након заузећа Егера 1596. године. Мир је склопљен 1606. године у Житватороку. По први пут султан је склопио мир под једнаким условима, не тражећи од друге стране признавање своје врховне власти нити било какав трибут.