Po roku 2000 Air France prešli množstvom krízových udalostí, ktoré postihli sektor leteckej dopravy, ako napr. teroristické útoky 11. septembra 2001 a epidémia SARS v Ázii. Dňa 22. júna 2000 sa Air France stali zakladajúcim členom aliancie leteckých spoločností SkyTeam. V roku 2004 došlo k zlúčeniu Air France a KLM, čím vznikli Air France-KLM, najväčšia letecká spoločnosť na svete z hľadiska tržieb.