Рад Егзархата био је најпре усмерен на преотимање патријаршијских цркава и протеривање њихових свештеника, а затим и на све оне који су се опирали бугаризацији. На удару су се убрзо нашли и српски свештеници, учитељи и народни прваци. Српски учитељи у Македонији морали су се повући у Србију и затворити српске школе. Раније везе српских присталица у Македонији са Србијом биле су прекинуте, а већина црквено-школских општина, које су до 1876. године примале помоћ од српске владе преко „Одбора за школе и учитеље у Старој Србији и Македонији“ постепено је преузео Егзархат. Само је неколико учитеља из северне и северозападне Македоније, чије су општине и даље признавале Цариградску патријаршију, почетком 80-их година успоставило везу са српском владом у нади да ће од ње добити помоћ. Но, српско становништво у овој области није клонуло духом, већ наставља са својим организовањем, отпором, бунама и устанцима и припрема терен за поновни долазак Србије на ове просторе и своје економско, територијално, војно и државно интегрисање са целокупним српским народом. Ово ће се остварити у току Балканских ратова 1912—1913. године.