Data urodzenia Aleksego Dukasa nie jest również znana. Wiadomo, że za udział w buncie Jana Komnena został uwięziony przez cesarza Aleksego III w 1201 roku. Odzyskał wolność w dwa lata później, latem 1203 roku, po ucieczce Aleksego III i objęciu władzy przez Izaaka II i jego syna Aleksego IV. W krótkim czasie stanął na czele stronnictwa wojennego, wrogiego wszelkim kontaktom młodego cesarza Aleksego IV ze stacjonującymi pod Konstantynopolem wojskami krzyżowców. Rosnące niezadowolenie ludności i nacisk ze strony duchowieństwa prawosławnego skłoniły Aleksego IV do