Доля храму була важкою. У 1918 році настоятелем храму став священик Олександр Понікаров, який симпатизував обновленцям. Обновленство – це рух у Російській Православній Церкві, що виник після лютневої революції 1917 року. Воно декларувало мету «оновлення церкви»: демократизацію управління і модернізацію богослужіння і виступало проти керівництва Церквою патріархом Тихоном, заявляючи про повну підтримку нового протибожного режиму і перетворень, що проводяться ним. З 1922 по 1927 рік рух був єдиною «православною церковною організацією», що офіційно визнавалася державною владою СРСР. Приміщення Хрестовоздвиженської церкви було відібрано у православної громади в 30-х роках минулого століття.