Von 2005 bis 2008 absolvierte Weissinger ein Diplomtrainer-Studium an der Trainerakademie Köln. Seit 2005 arbeitete er als Trainer am Bundesstützpunkt in Stuttgart. Gleichzeitig war er von 2006 bis 2010 Trainer beim SSV Esslingen, mit dem er zwei dritte Plätze in der Deutschen Meisterschaft erreichte und einmal Vizepokalsieger wurde. Anschließend betreute er Jugendmannschaften des Vereins – mit der U19 und der U13 wurde er Deutscher Meister – und war Jugend-Nationaltrainer. Im Juni 2015 wurde er Bundestrainer. Das erste Spiel unter seiner Regie verlor die Mannschaft am 3. Juli 2015 beim Vier-Nationen-Turnier in Portugalete (Spanien) gegen Russland mit 7:12. Bei der Europameisterschaft 2016 belegte das Team den elften Rang, im April 2016 verpasste es mit einer 7:8-Niederlage im entscheidenden Spiel gegen Ungarn knapp die Olympiaqualifikation.