Επίσης χρησιμοποιήθηκαν για την επιχείρηση Noble Eagle (ΗΠΑ, 2001-σήμερα), Enduring Freedom (Αφγανιστάν, 2001) και Iraqi Freedom (2003-σήμερα) για βομβαρδισμούς και αεροπορική υπεροχή από τις ΗΠΑ. Το Ισραήλ χρησιμοποίησε τα F-16 και για τις εξοντώσεις ατόμων που χαρακτήριζε ως τρομοκράτες στα μέσα της δεκαετίας του 2000, αλλά και βομβαρδισμούς στον Λίβανο κατά την διάρκεια του Λιβανεζο-Ισραηλινού πολέμου του 2006. Η Ισραηλινή Αεροπορία χρησιμοποιεί επίσης εκτενώς το αεροσκάφος και στις επιχειρήσεις της στη Γάζα.