С 1959 года в связи с радиационным загрязнением (свыше 4 Ки/км² по стронцию-90) при радиационной аварии 1957 года и при разносе радионуклидов с озера Карачай в 1967 году, хозяйственное пользование озером, в том числе рыбная ловля, запрещено, озеро поныне находится в составе Восточно-Уральского заповедника. Это же касается и озера Урускуль. Ограничение с озера Кожакуль снято в 1980-х годах.