Sau khi chiến tranh chấm dứt, quyền cai trị của Bồ Đào Nha được tái lập. Trong khi đó phần Tây Timor trở thành một phần của Indonesia với sự kết thúc của Cách mạng Dân tộc Indonesia vào năm 1949. Để xây dựng lại nền kinh tế, chính quyền thực dân buộc chính quyền địa phương cung ứng lao động để cải thiện các hư hại ở ngành nông nghiệp. Vai trò của Giáo hội Công giáo ở Đông Timor đã tăng sau khi chính phủ Bồ Đào Nha bàn giao lĩnh vực giáo dục của Timor để Giáo hội quản lý trong năm 1941. Trong thời hậu chiến Timor thuộc Bồ Đào Nha, trình độ giáo dục tiểu học và trung học tăng đáng kể, mặc dù trên một nền tảng rất thấp. Dù mù chữ năm 1973 được ước tính khoảng 93 phần trăm dân số, các tầng lớp có học nhỏ của Đông Timor sản sinh ra từ Giáo hội trong những năm 1960 và 1970, đã trở thành những nhà lãnh đạo độc lập trong giai đoạn Indonesia chiếm đóng Đông Timor.