Fue convocado por José Manuel de la Torre a la Copa Confederaciones 2013, pero Molina permaneció en las reservas del equipo y no logró tener actividad en ninguno de los partidos disputados. Con la llegada de Miguel Herrera logró participar uno de los partidos de repesca mundialista ante el 13 de noviembre de 2013, en el cual entró de cambio en el segundo tiempo en lugar de Oribe Peralta. Al final del año registró tres participaciones con la selección.