Entretanto, ele não toma posse. O gabinete liberal não dura muito e um novo gabinete de tendências conservadoras é formado, levando as revoltas liberais em São Paulo e Minas Gerais em 1842 - devido a revolta, o parlamento foi dissolvido. Nessa ocasião Torres Homem acabou preso por participar da "Sociedade dos Patriarcas Invisíveis", ligada as revoltas. Ficou na Fortaleza de Santa Cruz e depois na Ilha de Villegaignon, até ser deportado para Portugal, retornando em 1844 com o perdão real dado durante as festividades do Casamento Real de Dom Pedro II e Tereza Cristina, e participando de um novo jornal, o "Minerva Brasiliense."