Chargé de la défense d'Alexandrie, il ne participe pas directement à la bataille d'Aboukir le 25 juillet 1799. Dans les semaines qui suivent, sur demande de Bonaparte, il entre en relation avec l'amiral britannique Sidney Smith. Ce dernier lui remet de nombreuses gazettes qui détermineront Bonaparte à rentrer en France. Le 23 août, Marmont quitte l'Égypte et fait partie des quelques officiers que Napoléon ramène avec lui en France.