I 1995 ble han siktet for krigsforbrytelser, etnisk rensning og forbrytelser mot menneskeheten av Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia, og det ble utstedt en internasjonal arrestordre på ham. Han blir holdt ansvarlig for Srebrenica-massakren og den langvarige beleiringen av Sarajevo (1992–1996) som kostet flere tusen mennesker livet.