Bauermann aloitti päävalmentajana kotimaansa Bayer Giants Leverkusenissa. Hän voitti joukkueensa kanssa seitsemän Saksan mestaruutta, jonka jälkeen hän siirtyi alankomaalaiseen Base Oostendeen. Bauermannin seuraava seura oli Dafni BC, josta hän lähti seurapresidentin uhattua häntä aseella. Vuonna 2001 hän siirtyi Brose Basketsiin, jossa hän voitti uudestaan Saksan mestaruuden. Vuodesta 2003 lähtien Bauermann on toiminut Saksan koripallomaajoukkueen päävalmentajana. Vuoden 2005 EM-kisoissa hän valmensi joukkueensa hopealle. Kesällä 2010 Bauermann aloitti myös FC Bayern Münchenin päävalmentajana.