Avec la parenthèse de l'équipe d'Angleterre et du Tournoi 2010, l'ouvreur anglais ne dispute que trois matchs de championnat de première phase entre le et le . Son club termine deuxième de cette phase et se qualifie pour les demi-finales du championnat et la Coupe d'Europe 2010-2011. Après avoir été battus en demi-finale du championnat, les Toulonnais s'inclinent en finale du Challenge européen, Jonny Wilkinson quitte ses coéquipiers sur blessure. Il retrouve le groupe anglais pour la tournée de juin mais il ne commence pas le premier test-match contre les Australiens, laissant le poste de demi d'ouverture à Toby Flood. De nouveau remplaçant, il entre à trente minutes de la fin du deuxième match pour remplacer Toby Flood blessé au pied et inscrit les trois points de la première victoire significative de l'ère Martin Johnson (victoire dans l'hémisphère sud).