В октябре 1944 года В. И. Попов участвовал в первой военной операции на территории Третьего Рейха — Гумбиннен-Гольдапской фронтовой операции. В январе-апреле 1945 года Василий Иванович воевал в Восточной Пруссии, в рамках Восточно-Прусской стратегической наступательной операции приняв участие в Инстербургско-Кёнигсбергской и Кёнигсбергской операциях 3-го Белорусского фронта, штурме городов-крепостей Кёнигсберг и Пиллау, ликвидации Земландской группировки противника. Боевой путь он закончил 9 мая 1945 года на косе Фрише-Нерунг.