Al desembre de 1986, Gorbatxov va permetre tornar Sàkharov i Bónner a Moscou. Després de la mort de Sàkharov el 14 de desembre 1989, Bónner va establir la Fundació Andrei Sàkharov i l'Arxiu de Sàkharov a Moscou. El 1993, va donar els documents de Sàkharov a la Universitat Brandeis dels Estats Units; el 2004 van ser posats a disposició de la Universitat Harvard. Bónner va romandre oberta a la democràcia i els drets humans a Rússia i a tot el món. Es va unir als defensors del parlament rus durant el cop d'agost i recolzà Borís Ieltsin durant la crisi constitucional a principis de 1993.