Sinds 1990 is het militair district belangrijker geworden voor de grensbewaking. Vanaf 1990 werd het district betrokken bij de gevechtshandelingen in de Noordelijke Kaukasus. Dzjochar Doedajev scheidde zijn Tsjetsjeense Republiek Itsjkerië af. In Noord-Ossetië braken etnische onlusten uit tegen de Ingoesjetische bevolking van het district Prigorodny, waarbij eenheden van het district hielpen bij het evacueren van de bevolking. In 1992 beschermden eenheden van het militair district installaties in Vladikavkaz tegen gewapende opstandelingen. Vanaf 1994 raakten de eenheden actief betrokken bij de Eerste Tsjetsjeense Oorlog, die uitmondde in een nederlaag voor Rusland en de terugtrekking uit het gebied in 1996. In 1999 hielpen eenheden ook bij het terugdringen van gewapende opstandelingen die vanuit Tsjetsjenië Dagestan waren binnengedrongen en een van de aanleidingen vormden voor het uitbreken van de Tweede Tsjetsjeense Oorlog. Hierbij hielpen eenheden met de verovering van Tsjetsjenië op de troepen van Aslan Maschadov en Sjamil Basajev. De gewelddadigheden zijn in de jaren vanaf 2002 afgenomen, maar nog altijd worden regelmatig incidenten gemeld. Bij de eerste oorlog werden 26 militairen van het militair district onderscheiden met de medaille Held van de Russische Federatie en in de tweede 43 militairen. Het huidige hoofd van het militair district Aleksandr Baranov wordt verdacht van opdracht tot moord op de 25-jarige Tsjetsjeen Chadzji-Moerat Jandiev, maar is hier tot op heden niet voor aangeklaagd.