Версія про те, що у візантійську добу церква носила назву святої Феодосії частково підтверджується близькістю до воріт (), яку, згідно з традицією, у візантійську добу називали брамою Святої Феодосії. З храмом та його назвою пов'язано багато легенд. Згідно з однією з них, в день 29 травня 1453 року, коли місто було взято османами, церква була наповнена трояндами на честь святої Феодосії. Також є мусульманська легенда, пов'язана з ісламським святим («Батьком троянд»), могила якого нібито знаходиться всередині церкви. До пізньої османської ери існувала навіть традиція розташовувати тут могилу Костянтина XI Палеолога. Певний час будівля використовувалась як склад для османського флоту. Немає точних даних про час, коли вона була перетворена на мечеть. Відповідно до одних відомостей це сталось наприкінці XV століття, відповідно до інших — у XVI ст. Новостворена мечеть була реконструйована в час правління Мурата IV (1622—1640) після пошкодження землетрусом. Знову відновлена під час правління Махмута II (1808—1839).