Podczas sezonu zimowego &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20skokach%20narciarskich%202012/2013"&gt;2012/2013&lt;/a&gt; tylko 13 razy wystąpił w konkursach Pucharu Świata. W dwóch pierwszych startach w Lillehammer zajmował miejsca na podium. Po nieudanych konkursach w Wiśle i Zakopanem zrezygnował z udziału w zawodach i skupił się na treningu przed mistrzostwami świata. Podczas mistrzostw świata w Val di Fiemme bronił złotego medalu wywalczonego dwa lata wcześniej w Oslo na skoczni normalnej. W konkursach indywidualnych zajął 5. i 16. miejsce. W konkursie drużyn mieszanych zajął drugie miejsce. Podczas zawodów drużynowych zdobył wraz z kolegami złoty medal. W czasie lądowania po drugim skoku Morgenstern nabawił się kontuzji kolana i nie pojawił się na skoczni do końca sezonu.