В связи с острой ситуацией в Закавказье, где набирала обороты Карабахская война между Арменией и Азербайджаном, а в Грузии происходили столкновения противоборствующих сторон, Российская Федерация, не дожидаясь решений об образовании общих пограничных войск СНГ, 2 февраля 1992 года взяла под свою юрисдикцию войска Закавказского пограничного округа. По требованию азербайджанской стороны к лету 1993 года все российские пограничные отряды были выведены с территории Азербайджана на территорию Дагестана. В Грузии российские пограничные войска охраняли границу с Турцией до 1999 года.