ממצאים מעידים על קיומו של יישוב בשם קוקופיץ (Kukufic) באזור בו שוכנת כיום קוקס בשנת 1571. באותה העת היו בו 12 בתים, וב-1610 עלה מספרם לכ-50. הוא ננטש לקראת סוף המאה ה-17, וב-1869 הוקמה העיר מחדש, בשם קוקוסה (Kukusa). במהלך מלחמת הבלקן הראשונה, השנייה ומלחמת העולם הראשונה החליף האזור ידיים, והיה לסירוגין בשליטתן של בולגריה, סרביה והאימפריה האוסטרו-הונגרית. לאחר הקמתה של אלבניה, נכללה בריבונותה.