Am 28. November 1975 rief die FRETILIN einseitig die Unabhängigkeit Osttimors aus, da Indonesien inzwischen damit begonnen hatte die Grenzgebiete zu besetzen. Die FRETILIN erhoffte sich durch diesen Schritt internationale Hilfe. Stattdessen begann Indonesien neun Tage später mit der Invasion in das Kernland Osttimors. Tags darauf verließ Pires mit dem Rest der portugiesischen Administration die Kolonie von Atauro aus mit Hilfe der Korvetten "Afonso Cerqueira" und "João Roby". Osttimor blieb 24 Jahre von Indonesien lang besetzt. Weder die Unabhängigkeitserklärung noch die Annexion wurden international anerkannt. Das Land blieb bis zu seiner endgültigen Unabhängigkeit 2002 offiziell weiterhin portugiesisches Territorium.