Il velivolo entrò in linea nell'ottobre 1943 e il primo impiego bellico avvenne sulle Marianne, nell'estate 1944. Ma il più importante impiego del J2M era la difesa metropolitana, e nei cieli sopra il Giappone esso si batté fino alla fine. I Raiden in verità erano stati già condannati all'oblio dalla decisione dei vertici della Marina giapponese di procedere con altri modelli, quali il Kawanishi N1K e il Mitsubishi A7M, ma i problemi di sviluppo di questi ultimi e soprattutto la comparsa dei B-29 resero immediatamente evidente la necessità di intercettori d'alta quota per assicurare la difesa contro tali avversari.