No clube aurinegro, o volante passou a jogar mais recuado, no esquema do técnico Ottmar Hitzfeld. Consolidando-se como líbero, faturou um bicampeonato na "Bundes" em 1994/95 e 1995/96, sendo ainda eleito o melhor jogador do país nas duas ocasiões. A temporada do bi alemão seria completada com o título na Eurocopa de 1996 e Sammer recebeu a "Bola de Ouro como melhor jogador do mundo."