В первой же битве (при Зальфельде, 10 октября 1806 г.) пруссаки потерпели поражение, за которым через несколько дней (14 октября) последовал полный разгром сразу в двух битвах — при Йене и Ауэрштедте. Во время сражения при Ауэрштедте погиб герцог брауншвейгский, главнокомандующий Прусской армии. Прусский король не решился взять командование на себя в этот критический момент. Эти победы отдали во власть Наполеона всю Германию вплоть до Эльбы. Прусский король бежал к восточным границам, и фактически после этого великая прусская армия перестала существовать. Через две недели после йенской победы Наполеон вступил в Берлин (27 октября),где он издал знаменитый берлинский декрет о континентальной блокаде. Вскоре после этого сдались Штетин, Кюстрин, Магдебург. Курфюрст гессенский, бывший в союзе с Пруссией и думавший спасти себя нейтралитетом, вынужден был бежать из своих владений. Мекленбург и Ольденбург также были заняты французами. Саксонский курфюрст Фридрих-Август получил королевский титул и присоединился к Рейнскому союзу (в первой половине декабря), вместе с другими саксонскими герцогами. Из Кёнигсберга, куда удалился прусский двор, Фридрих-Вильгельм III умолял Александра прийти на помощь и поскорее вступить в войну. В помощь Россия отправила две армии, чтобы помешать переправиться французам через Вислу. Наполеон обратился к полякам с воззванием, приглашавшим их к борьбе за независимость. 2 января 1807 г. он беспрепятственно вступил в Варшаву. Целый ряд упорных битв на Висле ознаменовал зиму 1806—1807 гг.; из них сражение при Прейсиш-Эйлау не доставило Наполеону того блестящего успеха, который до тех пор сопутствовал его оружию. После занятия французами Данцига (24 мая 1807) и ещё одного разгромного поражения русских под Фридландом (14 июня), французы занимают Кёнигсберг и даже угрожают русской границе; 7—9 июля состоялся Тильзитский мир, сопровождавшийся встречей французского и русского императоров в павильоне посреди реки Неман.