לאחר ההתנקשות ברוברט קנדי ביוני, נבחר האמפרי בוועידה הדמוקרטית של 1968. גם בחירתו של האמפרי, שלא אסף צירים בפריימריז כלל, בכנס הדמוקרטי בשיקגו באותה שנה גררה אלימות ומחאות עזות שפיצלו את המפלגה והקשו עליה להתאחד בבחירות הכלליות. ג'ונסון רצה שנלסון רוקפלר יהיה המועמד בבחירות מטעם הרפובליקנים, אולם ריצ'רד ניקסון היה מי שנבחר. לאחר הוועידה, חשפו סקרים שהאמפרי מפגר אחרי ניקסון בעשרים אחוזים. ג'ונסון האמין שיוכל לסיים את המלחמה לפני הבחירות, וכך האמפרי יוכל לנצח. לאחר נאומו של האמפרי ב-30 בספטמבר, בו קרא להפסקת ההפצצות בצפון וייטנאם, הוא החל לצבור תמיכה. במה שתואר כהפתעה, הורה הנשיא ג'ונסון ב-31 באוקטובר להשלים נסיגה מלאה של כל הכוחות האמריקאים מצפון וייטנאם, עד לא יאחר מ-1 בנובמבר, כאשר הממשלה בהאנוי תהיה מוכנה להיכנס למשא ומתן בשיחות השלום בפריז. הודעתו עזרה להאמפרי בסקרים, אך בסופו של דבר גבר עליו סגן הנשיא לשעבר, ריצ'רד ניקסון, במרוץ צמוד. ניקסון זכה לתמיכת הלבנים מהדרום והצפוניים ממעמד הפועלים. וולאס, בתורו, רץ במסגרת המפלגה העצמאית, והשיג 13.5% מהקולות וארבעים ושישה אלקטורים. הדמוקרטים שמרו על שליטה בקונגרס, ובעוד שניקסון ביקש לבצע מדיניות חדשה בווייטנאם, הוא נמנע מלהתבטא נגד תוכניות הפנים של ג'ונסון.