Dort wartete Friedrich über ein Jahr. Papst Clemens V. war gestorben, und 1316 erfolgte die Neuwahl von Johannes XXII. Erst am 25. November wurde Friedrich zum Bischof geweiht und konsekriert. Die lange Wartezeit in Avignon war mit hohen Kosten und Zahlungsverpflichtungen verbunden, die samt den Schulden des Vorgängers erst allmählich beglichen werden konnten. Zudem erwies sich die lange Abwesenheit des Erzbischofs von Salzburg als gefährlich. Nur mit Mühe konnte in dieser Zeit ein Krieg gegen Bayern verhindert werden. Friedrich erneuerte aber nach seiner Heimkehr aus Avignon sofort das Bündnis mit Österreich gegen Ober- und Niederbayern. So war eine Auseinandersetzung zwischen Österreich samt seinem Verbündeten Salzburg gegen Niederbayern unausweichlich. König Ludwig von Bayern bot im Kampf um die deutsche Königskrone die entscheidende Schlacht für den 28. Oktober (1322) an, worauf Friedrich von Österreich einging, wohl in der Erwartung, dass das Heer seines Bruders aus Schwaben rechtzeitig vor Ort sein würde. Der Ausgang der "Schlacht bei Mühldorf" war dann wider alle Erwartungen für Österreich katastrophal, Friedrich und Heinrich von Österreich wurden gefangen genommen, zahllose österreichische Ritter ebenso. Auch der Großteil der Salzburger Ritter geriet in Gefangenschaft. Hohe Reparationen auch der Salzburger waren die Folge, die in Raten bis 1331 abgezahlt wurden. 1324 besetzten die Bayern die wichtige Salzburger Stadt Tittmoning, die verräterisch den Bayern offengestanden war. Salzburg musste diese Burg mit weiteren hohen Geldmitteln auslösen.