Το Βουθρωτό είναι ιδιαίτερα γνωστό για την ποικιλομορφία της χλωρίδας και της πανίδας. Το νότιο τμήμα της λίμνης βρίσκεται εντός των ορίων του Εθνικού Πάρκου Βουθρωτού και έχει αναγνωριστεί ως υγρότοπος διεθνούς σημασίας με χαρακτηρισμό βάσει της Σύμβασης Ραμσάρ. Η λίμνη έχει επίσης αναγνωριστεί ως σημαντική ζώνη πτηνών και φυτών, επειδή υποστηρίζει σημαντικό αριθμό ειδών πουλιών και φυτών.