Tutti i neo-cristiani trovati nelle strade vennero uccisi, e ne seguì un terribile massacro. Più di 500 marrani vennero uccisi e bruciati il primo giorno; e le scene di uccisione furono ancor più atroci il giorno seguente. Le vittime innocenti della furia popolare, giovani e vecchi, vivi e morti, vennero trascinate fuori dalle loro case e gettate sulle pire. Anche cristiani che in qualche modo somigliavano ai marrani vennero uccisi. Tra le ultime vittime, e più odiata di tutte, ci fu l'esattore delle tasse João Rodrigo Mascarenhas, uno dei marrani più facoltosi e distinti di Lisbona; la sua casa venne completamente demolita. In questo modo, almeno 2.000 marrani perirono nel giro di 48 ore. Re Manuele punì severamente gli abitanti della città. I capipopolo vennero impiccati o squartati, e i domenicani che avevano dato il via alla rivolta vennero garrotati e arsi. Tutte le persone condannate per omicidio o saccheggio vennero punite corporalmente, e le loro proprietà confiscate, mentre la libertà di religione venne garantita ai marrani per vent'anni.