Ondanks de verkregen informatie reageerde McClellan te traag. Nadat hij rond de middag van de dertiende september een telegram had gestuurd naar Washington met zijn intenties om de passen bij South Mountain te blokkeren (een van de wegen waarlangs een deel van Lees leger zou komen), vertrokken zijn eenheden pas de dag erna. Hiermee won Lee kostbare tijd. Ondertussen was Lee op de hoogte gesteld dat McClellan zijn plannen in handen had gekregen. (Deze Noordelijke vertraging was ook nefast voor het garnizoen in Harpers Ferry. De Noordelijke versterkingen vertrokken te laat om te voorkomen dat Stonewall Jackson het stadje in handen kreeg.) Tijdens de Slag bij South Mountain kon McClellan zich een weg door de passen vechten. Maar het gaf Lee genoeg tijd om zijn leger bij Sharpsburg, Maryland te concentreren. Het Noordelijke leger bereikte Antietam Creek, ten oosten van Sharpsburg, tegen de avond van 15 september. De geplande aanval op 16 september werd uitgesteld door de zware ochtendmist. Hierdoor kreeg Lee meer tijd om zijn defensieve stellingen te versterken met een leger die de helft kleiner was dan die van McClellan.