Ernst von Bernuth malte vorwiegend sonnendurchflutete deutsche Waldlandschaften, die er häufig durch Staffagefiguren ergänzte, und die er anlässlich von Aufenthalten am Rhein und an der Weser, in der Eifel, im Hunsrück und Teutoburger Wald, auf Borkum sowie in Oberbayern und Österreich (u. a. "Hintersee" 1868, "Sodenleitung ob der Ramsau" 1883, "Uralte Edeltannen im bayrischen Hochwald") skizzierte, wobei er viele Motive zu späterer Bearbeitung zeichnerisch, in Ölstudien, aber auch fotografisch festhielt. Die Komposition engerer und weiter Landschaftsausschnitte, oft von erhöhtem Standpunkt aus gesehen, folgte der Tradition der von Johann Wilhelm Schirmer in den 1840er Jahren, in der Nachfolge der "Idealen Landschaft" begründeten Düsseldorfer Landschaftsmalerei und den Tendenzen seines Lehrers Oswald Achenbach zu eigenwilligen Naturausschnitten und lockerer, weicherer Farbigkeit. Mit seinen Arbeiten nahm er u. a. an den Jahresausstellungen des Kunstvereins für die Rheinlande und Westphalen, des Vereins Düsseldorfer Künstler sowie der Akademie der Künste in Berlin (1870: "Waldsee in Oberbayern", 1874: "Deutscher Wald mit mittelalterlicher Staffage", 1875: "Abendruhe", 1876: "Rheinlandschaft, Herbst", "Auf der Suche", 1877: "Ruine Godesberg") teil. An der Weltausstellung in Wien 1873 beteiligte er sich mit "Eichenwald an einem Bach" (1872), in Amsterdam 1886 mit "Herbstmorgen", in Chicago 1893 mit "Hohlweg". Angekauft wurden u. a. von Prinz Georg von Preußen "Aus deutscher Vorzeit" (1878), von Kaiser Wilhelm I. "Waldabhang" (1887), von dem Städtischen Museum in Riga "Mühle im Walde" (1893) sowie weitere vom Kunstverein für die Rheinlande und Westphalen. Sie befinden sich heute fast ausschließlich in privaten Sammlungen. Auch als Zeichner trat von Bernuth in Erscheinung, u. a. mit Illustrationen zum "Album Deutscher Kunst und Dichtung".