Der Rückzug nach Ägypten nach Rommels Unternehmen Theseus wurde von Coningham mit Geschick und ohne Rücksicht auf persönliche Gefahr geleitet. Die Flugzeuge der Desert Air Force waren ständig im Einsatz und hatten einen großen Anteil daran, die 8. Armee als kampfkräftigen Verband zu erhalten. In diesen Schlachten lernte Coningham die Rolle des Jagdbombers schätzen. Die Desert Air Force erhielt zu dieser Zeit dringend nötige Verstärkung in Form neuer Flugzeuge und von Einheiten der "U.S. Army Middle East Air Force", die Coningham taktisch unterstellt wurden. Mit der Ernennung von Bernard Montgomery zum Oberbefehlshaber der 8. Armee wurde ein Tandem zwischen ihm und Coningham gebildet, das trotz späterer gegenseitiger Abneigung für den Rest des Krieges bestehen sollte.