На рівні збірної він грав за Колумбію в переможному для неї Кубку Америки 2001 року. Всього за три роки зіграв у 13 матчах. Єдиний гол Моліна забив у ворота Гватемали в Маямі на Золотому кубку КОНКАКАФ 2003.