Flores inició su participación en la selección peruana con la categoría sub-17, con la cual disputó el torneo de fútbol de los Juegos Suramericanos de 2010 y el Campeonato Sudamericano de Fútbol Sub-17 de 2011 donde marcó tres goles en los cuatro partidos de la primera fase. Fue convocado para el Campeonato Sudamericano de Fútbol Sub-20 de 2013, el 10 de enero hizo su debut ante la selección de Uruguay, encuentro que culminó 3-3. El 18 de enero marcó su primer gol ante Brasil en el triunfo por 2-0 que significó la clasificación al hexagonal final como primeros del grupo B. Marcó su segundo gol en la última fecha del hexagonal final ante Chile, el partido terminó en empate a uno, resultado que no alcanzó para que Perú logre la clasificación a laCopa Mundial de Turquía.