Hays County wurde 1848 aus Teilen des Travis County gebildet. Benannt wurde es nach John Coffee Hays (1817–1883), einem Offizier bei den Texas Rangers, der im Mexikanisch-Amerikanischen als Oberst unter Zachary Taylor diente und unter anderem in der Schlacht von Monterrey kämpfte. Danach war er Sheriff in San Francisco, Mitgründer von Oakland und 1859 oberster Landvermesser Kaliforniens.