Между 10 сентября и 8 ноября 1941 года во время осады Одессы Якобич вновь командовал 4-й румынской армией. В сентябре 1941 года, после смерти генерала Александру Иоаницу, Якобич был назначен начальником Генерального штаба. Руководство военного министерства вновь перешло к маршалу Антонеску. В начале октября 1941 года румынские войска возобновили нападение на Одессу и 16 октября вошли в неё. Из немногих оставшихся в живых советских воинов многие укрылись в городе и начали подпольную деятельность, ушли в партизаны. Якобич начал борьбу и ними, участвовал в последующей резне евреев.