In der folgenden Saison fungierte Desjardins als Co-Trainer der Kanadischen Eishockeynationalmannschaft, bevor er ab 2002 erneut in der WHL aktiv wurde und dort den Cheftrainerposten bei den Medicine Hat Tigers übernahm. Ab der &lt;a href="WHL%202005/06"&gt;Saison 2005/06&lt;/a&gt; wurde Desjardins darüber hinaus als General Manager des Vereins tätig und konnte in seiner Amtszeit zweimal die Meisterschaft gewinnen sowie die Teilnahme am Memorial Cup erreichen. Zusätzlich war er in den Spielzeiten 2008/09 und 2009/10 zunächst als Co- und später als Cheftrainer der Kanadischen U20-Eishockeynationalmannschaft angestellt, mit der er bei der WM 2009 die U20-Juniorenweltmeisterschaft gewann.