Nakamura bermain dalam 98 kali kesempatan dan mencetak 24 gol untuk tim nasional sepak bola Jepang, termasuk penampilan di putaran final Piala Dunia FIFA pada 2006 dan 2010 dan memenangkan Piala Asia AFC pada 2000 dan 2004; ia dinobatkan sebagai Pemain Terbaik dalam kompetisi tahun 2004. Dia juga muncul di Kejuaraan Dunia Pemuda FIFA 1997 sebagai anggota dan Olimpiade Musim Panas 2000 sebagai anggota .