Nie jest jasne, czy aspirował na stanowisko I sekretarza KC. W lipcu 1968 został pozbawiony stanowiska ministra spraw wewnętrznych, obejmując stanowisko sekretarza KC PZPR. Został również zastępcą członka Biura Politycznego KC PZPR (jak uzasadnił Gomułka, „by był bliżej kierownictwa”). Awans w hierarchii partyjnej przy odsunięciu od kierowania MSW (podstawy jego faktycznych wpływów) faktycznie oznaczał osłabienie jego pozycji przez Władysława Gomułkę. Na V Zjeździe PZPR, który odbył się w listopadzie 1968, „partyzanci” podjęli próbę wprowadzenia Moczara do Biura Politycznego, co miało pokazać, iż jest kandydatem na następcę Gomułki. Gomułka jednak nie dopuścił do awansu Moczara. Wpływy Moczara zaczęły gwałtownie słabnąć na rzecz reprezentanta „technokratów” frakcji śląskiej Edwarda Gierka, zaś w czasie wydarzeń grudniowych frakcja Moczara współdziałała z frakcją Gierka przy odsunięciu od władzy Władysława Gomułki.