Efter jordbävningen och tsunamin i Tohoku samt kärnkraftsolyckan i Fukushima 2011 flyttade Keene, under en tid när många andra flyttade därifrån ,permanent till Japan, där han tillbringat mycket tid och ägt en lägenhet i Kita sedan tidigare. Han erhöll japanskt medborgarskap året efter och accepterades in i det japanska samhället. Samma år adopterade han även shamisen-musikern Seiki Uehara som sin son och arvinge. År 2019 avled han av hjärtstillestånd på ett sjukhus i Tokyo, 96 år gammal.