Ajinça został wybrany w drafcie NBA 2008 z numerem 20 przez Charlotte Bobcats. W drużynie miał duża rywalizację na swojej pozycji, większość minut otrzymywali Emeka Okafor i Nazr Mohammed. 9 marca 2009 Ajinca został odesłany do drużyny filialnej - Sioux Falls Skyforce. W kolejnym sezonie władze klubu powtórzyły ten sam ruch i 30 listopada 2009 Ajinca trafił do Maine Red Claws.