На окупираним територијама НКВД је извршио масовна хапшења, депортације и егзекуције. Циљеви су били и сарадници са Немачком и чланови антикомунистичких покрета отпора попут Украјинске устаничке армије у Украјини, Шумске браће у Естонији, Летонији и Литванији, и пољске Армије Крајове. НКВД је такође спровео Катињски масакр, погубивши по кратком поступку преко 20 000 пољских војних затвореника у априлу и мају 1940. године.