חלק מקרקעותיה של האגודה, שסופחו לאחר מלחמת ששת הימים לתחום שיפוט העיר ירושלים, הופקעו והיוו הבסיס להקמת שכונות רמות אלון ורמות פולין. חלקם האחר, שנותר מחוץ לירושלים המאוחדת, הפך בהגדרה זמנית לרכוש ממשלתי, עד לחתימת הסכם שלום שיגדיר את מעמדם הסופי של הקרקעות. האגודה וחברי האגודה שקרקעותיה היו רשומים על שמם ניסו לבטל הכרזה זו, ואף זכו בתביעות שנוהלו בעניין המקרקעין בבתי דין במינהל האזרחי, אולם פסקי הדין נפסלו על ידי בג"ץ שקבע כי על-מנת לשמור על הסדר הציבורי ביהודה ושומרון, אין בשלב זה, להחזיר הקרקעות לאגודה וחבריה.