Depois de se recuperar, Anderson juntou-se ao Exército Confederado do Potomac em fevereiro de 1862 (que mais tarde, na primavera, foi absorvido pelo Exército da Virgínia do Norte) como comandante de brigada. Durante a Campanha da Península, distinguiu-se na Batalha de Williamsburg em maio, durante a Batalha de Seven Pines, e nas Batalhas dos Sete Dias em junho e julho. Em Glendale, assumiu o comando temporário da divisão do major-general James Longstreet. Devido ao sua excelente desempenho na Península, foi promovido a major-general em 14 de julho de 1862, e recebeu o comando da ex-divisão do general Benjamin Huger. Como parte do corpo de exército de Longstreet, Anderson lutou na Segunda Batalha de Bull Run. Sua divisão envolveu a última linha defensiva da União próximo a Henry House Hill, mas o sol estava começando a se por e ele não insistiu no ataque.