בתחילה תמך וילהלם ברפורמציה, אולם בהמשך אסר על החזקת כתבי מרטין לותר בבוואריה, ובשנת 1524 אף חתם על הסכם עם האפיפיור קלמנס השביעי שהעמיד אותו בראש הרפורמציה הנגדית. בשנת 1524 השתתף וילהלם בדיכוי מרד האיכרים של אלזס, ובשנת 1525 חתם על הסכם עם ארכיבישוף זלצבורג. בשנת 1534 חתם וילהלם על הסכם עם פרדיננד, מלך הונגריה שסיים את הסכסוך עם בית הבסבורג, ובמהלך המלחמה השמלקלדית אף תמך בקרל החמישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה.