La guerre civile colombienne de 1860-1862 est la conséquence directe de cette opposition idéologique entre les conservateurs et les libéraux. En 1861, le général Tomás Cipriano de Mosquera (ancien président conservateur de la République de Nouvelle-Grenade entre 1845 et 1849 et devenu chef de file des libéraux) déclare la sécession de l'État du Cauca, le plus vaste des États fédérés, et la guerre au gouvernement de la Confédération grenadine afin d'augmenter le pouvoir du Cauca au sein de la confédération. Le , Mosquera prend Bogota et se déclare président provisoire.