В 1998 году Судан поддержал Эфиопию во время ее пограничной войны с Эритреей. После этого отношения между странами начали неуклонно улучшаться. В 2002 году Судан присоединился к Йемену и Эфиопии в их борьбе с экстремистами на полуострове Сомали. В апреле 2004 года был создан Судано-эфиопский министерский комитет для развития отношений между странами. В декабре 2005 года премьер-министр Мелес Зенауи осуществил государственный визит в Хартум. Главным дестабилизирующим фактором в отношениях Судана и Эфиопии остается принадлежность спорного округа Фашага в восточной части Судана, совместная демаркационная комиссия работает над решением данной проблемы, но граждане Эфиопии продолжают незаконно селиться на данной территории.