Pompey kazandığı savaşlardan sonra Roma'da önemli bir statü kazanmıştır. Caesar ile büyük dostlukları bulunmasına rağmen Caesar'ın Galya Savaşlarını kazanmasının ardından orduyu dağıtmadan MÖ 49 yılında Roma'ya doğru harekete geçmesi sonucunda Pompey ve Caesar 'ın araları açılmıştır.Başlayan iç savaş sonucunda Caesar, Cumhuriyet'in başkenti Roma'ya yaklaşınca Pompey ve onun tarafındaki senatörler önce İtalya' nın güneyine ardından da gemilerle Yunanistan'a geçmişler ve orada büyük bir ordu kurmuşlardır. Caesar'ın ordusu, Pompey ve diğer senatörlerin oluşturduğu orduyu MÖ 48 yılında yapılan Pharsalus Muharebesi'nde bozguna uğratmıştır. Bu yenilgi üzerine Pompey hala kendi taraftarlarının yoğunlukta olduğunu düşündüğü Mısır'a doğru yola çıkmıştır.