Prayut aloitti 1. lokakuuta 2010 Thaimaan kuninkaallisen armeijan komentajana. Nimityksensä jälkeen hän sai maineen tiukkana rojalistina ja ex-pääministeri Thaksin Shinawatran vastustajana. Hänen katsottiin kuuluvan armeijan piirissä ns. kovan linjan kannattajiin ja hän ajoikin voimakkaasti punapaitojen mielenosoitusten tukahduttamista sotilaallisesti. Myöhemmin Prayut pyrki pehmentämään julkista kuvaansa vierailemalla protesteissa surmansa saaneiden omaisten luona ja tekemällä yhteistyötä heinäkuun 2011 vaalivoiton myötä pääministeriksi nousseen Yingluck Shinawatran hallituksen kanssa..