Principiando el siglo XIX, debido a la construcción del convento de Capuchinas, la Colegiata sufría de graves daños en paredes y bóvedas, por lo cual fue necesario restaurar los daños y con este motivo redecorar el santuario en estilo neoclásico, desapareciendo el barroco. En el santuario, la reforma comenzó hacia el año de 1804, concluyendo hasta 1836. Entre 1810 y 1822 la obra se suspendió debido a la guerra de independencia. El diseño fue hecho por Agustín Paz y ejecutado por el arquitecto neoclasicista Manuel Tolsá.