Após a independência da Croácia, Rađa tornou-se um importante jogador da Seleção Croata, principalmente nos Jogos Olímpicos de 1992 em Barcelona, onde a Croácia conquistou a medalha de prata. Rađa também participou das equipes croatas que conquistaram o bronze no EuroBasket de 1993 na Alemanha, no Campeonato Mundial de Basquetebol Masculino de 1994 em Toronto e no EuroBasket de 1995 em Atenas. Com 1.764 pontos marcados, ele é o artilheiro de todos os tempos da seleção croata até 2018, quando foi superado por Bojan Bogdanović.