Ateenan MM-kisat 1997 menivät Masterkovalta pilalle akillesjännevamman takia, mutta Sevillan MM-kisoissa 1999 hän palasi jälleen huipulle ja voitti kultaa 1 500 metrillä ja pronssia 800 metrillä. Masterkova osallistui vielä Sydneyn olympialaisiin 2000, mutta keskeytti 1 500 metrin alkuerässään ja lopetti pian tämän jälkeen uransa.