Il ne fut donc pas donné à Salvany de mettre le pied dans la capitainerie générale du Chili. Ce sont l’assistant Manuel Julián Grajales et l’infirmier Basilio Bolaños qui le firent au nom de l’expédition, et ce au départ de Lima et par voie maritime, en . L’expédition arriva ainsi à Valparaíso, où fut instaurée une "Junta de Vacuna", et plus tard à Santiago du Chili, où les expéditionnaires démeurèrent huit mois, avant de poursuivre leur route vers la province de Concepción. Ils poussèrent plus avant vers le sud, non loin du détroit de Magellan, et l’un de leurs points de référence fut San Carlos (depuis lors rebaptisé Ancud), chef-lieu des îles Chiloé. De là cependant, force leur fut bientôt de fuir promptement à cause de l’insurrection en cours contre la métropole espagnole, les obligeant à remettre le cap sur le port de Callao en pour ensuite se rendre à Lima. En l’absence de leur impulseur Salvany, cette équipe de vaccinateurs acheva sa mission sans avoir pu desservir, comme cela avait été prévu, la vice-royauté du Río de la Plata, où toutefois la vaccination était connue et pratiquée dès avant l’arrivée de Balmis en terre américaine.