Les Spinoza décident de s’installer au Portugal, moyennant paiement exigé à l'arrivée par les autorités portugaises mais ils sont rapidement obligés de se convertir au catholicisme pour pouvoir rester dans le pays. En effet, après le mariage de Manuel du Portugal avec Isabelle d’Aragon en 1497, le monarque ordonne lui aussi l’expulsion des juifs de son pays (« le baptême ou l'exil »). Néanmoins, afin de ne pas priver le Portugal de l'apport des Juifs qui occupaient des positions importantes dans la société (médecins, banquiers, commerçants, etc.), il se ravise et ordonne un vendredi des baptêmes forcés pour le dimanche suivant : à peu près cent vingt mille Juifs sont alors convertis au catholicisme en quelques jours, avec, à présent, interdiction d'émigrer. Ce décret ne sera assoupli qu'en 1507, après le massacre de Lisbonne. Les Spinoza et leurs coreligionnaires ont pu vivre à peu près en paix dans le pays jusqu’à ce que l’Inquisition s'y implante véritablement sur ordre papal, environ quarante ans plus tard.