Bei der EM 2013 kam man anfangs nur schwer in Tritt, in der Gruppe mit Serbien, Mazedonien, Bosnien-Herzegowina, Lettland und Montenegro war man der Favorit auf dem ersten Platz, man verlor jedoch gegen Serbien (welche eine unerfahrene Mannschaft ins Turnier schickten) und auch gegen Bosnien-Herzegowina, gegen Montenegro gewann man erst nach Verlängerung knapp. In der Zwischenrunde fand die Mannschaft, die neben Leistungsträgern wie Linas Kleiza oder den Lavrinovič-Brüdern auch junge Spieler wie Jonas Valančiūnas oder Donatas Motiejūnas stellte, immer besser ins Turnier. Es folgten klare Siege gegen Belgien, Frankreich und Ukraine. Im Viertelfinale setzte man sich knapp gegen Italien durch. Im Halbfinale besiegte Litauen das überraschend starke Team aus Kroatien mit 77:62 und zog das erste Mal nach 2003 ins EM-Finale ein, das man mit 66:80 gegen Frankreich verlor.