Fouché war am Staatsstreich des 18. Fructidors (4. September 1797) beteiligt, aufgrund dessen der bisherige Meinungsführer des Direktoriums, Carnot, fliehen musste und Paul de Barras die Macht übernehmen konnte. Wohl aus Dankbarkeit verschaffte Barras ihm daraufhin die Ernennung zum Gesandten bei der Cisalpinischen Republik. Da er aber hier in Gemeinschaft mit dem General Brune einen völligen Umsturz der Verfassung versuchte, wurde er schon nach wenigen Tagen wieder abberufen, 1799 nach Den Haag gesandt und im September von Barras und Sieyès zum Polizeiminister ernannt.