Během povodní v srpnu 2002 byla budova silně poškozena a podzemní místnosti plné soch a obrazů byly zaplaveny. Zaměstnanci galerie zachraňovali díla na poslední chvíli. Po těchto špatných zkušenostech s podzemním depozitářem byl přijat návrh umístit depozitář do 17 metrové výšky. Přestavba byla finančně velmi náročná. Nemalou částkou přispěli mnozí umělci (např. Gerhard Richter a Georg Baselitz), kteří vydražili celkem 46 svých děl a přispěli 3,4 miliony Euro na přestavbu. Od ledna 2006 do 18. června 2010 bylo Albertinum kvůli stavebním pracím uzavřeno. Z galerie se stala pomyslná archa současného umění. Díky této rekonstrukci je Albertinum nyní jedno z nejmodernějších muzeí Evropy.