После большевистского переворота в декабря 1917 покидает ряды Русской армии в звании капитана и вступает в ряды 1-го Польского корпуса в составе которого проходит весь тернистый путь вплоть до капитуляции корпуса в мае 1918 года. По приезде в отчий дом узнаёт от матери трагическую новость, что его любимая сестра вместе мужем были зверски убиты большевиками. После нескольких дней прибывания дома в Житомире отправляется в Киев, где узнает о формировании войск в Мурманске и решает отправиться туда. По дороге в Мурманск посещает Москву где узнает о готовящихся репрессиях по отношению к польским военным, а так же закрытии дороги ведущей в Мурманск. Эмиль Вернер принимает решение отправиться в Сибирь, где в конце 1918 года вступает в ряды 1-го полка польских стрелков им. Тадеуша Костюшко и становится командиром роты. В октябре 1918 отправляется на уфимский фронт и в одном из сражений получает тяжелое ранение. После нескольких месяцев пребывания в госпитале он возвращается в полк и принимает командование батальоном.