Fabien Galthié garde la confiance de Bernard Laporte pour le poste de demi de mêlée et de capitaine pour commencer le Tournoi des Six Nations 2003, Gérald Merceron et François Gelez sont en concurrence pour celui de demi d'ouverture. Gérald Merceron et Fabien Galthié sont en difficulté, l'Angleterre s'impose (). François Gelez remplace Gérald Merceron pour le match contre l'Écosse. La France gagne (). Victime d'une subluxation de l'épaule droite, le Lotois manque la fin du Tournoi. Il est titulaire en club et de retour pour le déplacement victorieux à Perpignan. estime Patrick Tabacco. Le club parisien parvient à battre le Biarritz olympique en demi-finale . Pour son dernier match en club le samedi , au Stade de France, Fabien Galthié est champion de France 2002-2003 avec le Stade français, en battant le Stade toulousain 32-18. Il marque un essai lors de cette rencontre. Le capitaine David Auradou lui laisse l'honneur d'être le premier à soulever le bouclier de Brennus dans la tribune du Stade de France.