Em 1641, após a restauração da Independência Portuguesa, aclamou o rei dom João IV de Portugal, o que lhe custou muitos bens que possuía em Espanha e na sua colónia do Peru. De regresso a Portugal, em 1643 foi nomeado almirante das frotas do Brasil e membro do Conselho Ultramarino. Em 1647, comandou a frota que reconquistou Angola e São Tomé e Príncipe para Portugal, para resolver a questão da ocupação holandesa em África, sendo nomeado governador de Angola. Em 1662, superou a chamada Revolta da Cachaça, no Rio de Janeiro.