Fagernäs saapui Suomeen (Vaasaan) jääkäreiden pääjoukon mukana kapteeniksi ylennettynä 25. helmikuuta 1918. Hänet komennettiin Suomen sisällissotaan komppanianpäälliköksi 1. jääkärirykmentin 2. jääkäripataljoonan 2. komppaniaan, josta hänet komennettiin 2. jääkäripataljoonan komentajaksi 20. huhtikuuta 1918 ja toimi tehtävässä hän toimi 27. huhtikuuta 1918 saakka. Hän osallistui taisteluihin Lempäälässä, Kämärällä ja Viipurissa.