Allerede efter slaget ved Bov i april 1848 blev voldene igen anvendt til militære formål. Men danskerne tabte det efterfølgende slag ved Slesvig, som fandt sted tæt nord for Dannevirke og måtte trække sig tilbage. Først efter slaget ved Isted i 1850 befæstede danskerne igen Dannevirke med skanser, kanoner og brystværn til infanteriet. I 1861-64 blev voldene moderniseret.