Ds. Boshoff en sy gesin het tydelik op Philippolis gaan woon, maar heel gou het hy vyf beroepe ontvang waarvan hy die een na Jacobsdal aangeneem het. Ses maande ná sy aankoms daar in April 1899, het die Tweede Anglo-Boereoorlog (1899-1902) uitgebreek wat sy geestelike werk erg bemoeilik het en as gevolg waarvan hy en sy vrou groot ontberinge moes verduur. Met die aanval van die Jacobsdalse kommando op die Britse besettingsmag in die dorp in Oktober 1900, is ds. Boshoff verdink, gevange geneem en na Ceylon gestuur. 'n Tyd lank het hy met groot seën onder die krygsgevangenes in die Diyatalawa-kamp gearbei en in Desember 1901 die voortou geneem met die uitgee van die blaadjie "De Strever". Enkele maande nadat hy in April 1902 weer in Kaapstad aangekom het, was hy hard besig met die heropbou van sy vroeëre gemeente en het hy self die nodige houtwerk gedoen om in die pastorie die skade te herstel wat in die vyand in die oorlog aangerig het.