Після повернення до Іспанії, з 1507 року він брав участь у експедиціях кардинала Франсіско де Сиснероса в Північній Африці. Наварро приймав участь в в битві при Мерс-ель-Кебірі в 1507 році і допомагав у захопленні Пеньона де Велес-де-ла-Гомера в 1508 році, використовуючи під час битви плавучу батарею власної конструкції та в завоюванні Орана в 1509 році.