In Tennessee unterlag er dem Unionsgeneral William Starke Rosecrans bei Murfreesboro (31. Dezember 1862–2. Januar 1863), besiegte ihn aber am Chickamauga (18.–20. September 1863). Bragg belagerte die geschlagene Cumberland-Armee in Chattanooga, Tennessee ohne sie anzugreifen und wurde in der Schlacht von Chattanooga (23.–25. November 1863) geschlagen und unter anderem deshalb abgelöst. Sein Nachfolger wurde Joseph E. Johnston. Bragg, der ein enger Freund von Jefferson Davis war und ständig im Streit mit seinen Untergebenen lebte, wurde im Februar 1864 nach Richmond, Virginia versetzt. Er folgte Robert E. Lee auf dem vakanten Posten als militärischer Berater des Präsidenten. Seine Einflussmöglichkeiten waren hier jedoch eingeschränkt, da die beiden wichtigsten Armeen der Konföderation direkt die Entscheidungen des Präsidenten forderten. Im November des gleichen Jahres bekam Bragg das Kommando in Wilmington, North Carolina und war an der Schlacht von Bentonville, North Carolina, im März 1865 beteiligt. Er diente Präsident Davis während dessen Flucht nach Georgia und wurde dort zusammen mit dem Präsidenten am 10. Mai 1865 gefangen genommen.