ז'מילה קולונומוס נולדה בביטולה. אביה יצחק-איסאק היה מנהל הבנק הצרפתי-סרבי שבעיר. איסאק היה בן למשפחת קָלונימוס אשר היגרה למונסטיר מיאנינה והייתה רומניוטית במקורה. השם קולונומוס היא שיבוש של השם קלונימוס. אימה של ז'מילה הייתה אסתרינה לבית פרנסז. ז'מילה רכשה השכלה אקדמית בפילוסופיה ובהמשך בפילולוגיה בסקופיה. ב-1941 לאחר כיבוש יוגוסלביה בידי גרמניה הנאצית ומסירת מקדוניה לחזקת בולגריה בשל הצטרפותה להסכם התלת-צדדי, הצטרפה ז'מילה למפלגה הקומוניסטית של יוגוסלביה. ב-1942 חברה קולונומוס לכוחות הפרטיזנים של טיטו. היא לחמה בגדוד הפרטיזנים על שם "גוצה דלצ'ב" מביטולה ובהמשך קודמה לדרגת סגן קומיסר של אוגדת הפרטיזנים ה-42 בדרגת מאיור.