In de jaren 40 en 50 ging de stad gebukt onder het geweld van diverse bendes die de dienst uitmaakten. De Amerikaanse Burgeroorlog, die het decennium daarop woedde, zorgde voor spanningen tussen voor- en tegenstanders van de zaak van de Geconfedereerden. Tijdens de oorlog bleef Philadelphia zelf gespaard van verwoestingen doordat de Geconfedereerden werden verslagen in de Slag bij Gettysburg, tweehonderd kilometer van de stad verwijderd. In 1876 werd in Philadelphia de Centennial Exposition gehouden, de eerste universele wereldtentoonstelling die in Amerika plaatsvond. De tentoonstelling diende ter viering van de honderdste verjaardag van de ondertekening van de Amerikaanse Onafhankelijkheidsverklaring. In diezelfde tijd werd begonnen met de bouw van een nieuw stadhuis, dat werd opgeleverd in 1884.