Vanaf het begin van de Tweede Wereldoorlog in de Filipijnen hielpen Llanes-Escoda en haar man de slachtoffers van de bezettende Japanse troepen. Ze brachten onder meer voedsel naar Filipijnse en Amerikaanse soldaten die slachtoffer waren van de Dodenmars van Bataan. Ook voorzag ze gedurende de oorlog Amerikaanse soldaten die gevangen zaten in de gebouwen van de University of Santo Tomas in Manilla en in plaatsen als Cabanatuan, Bongabon in Nueva Ecija en Los Baños in laguna van voedsel, medicijnen en kleding. Door deze activiteiten vielen zij en haar man op bij de Japanners. In juni 1944 werd haar echtgenoot door de Japanners gearresteerd terwijl hij samen met onder meer generaal Vicente Lim de Filipijnen probeerde te ontvluchten. Twee maanden later werd ook Llanes-Escoda gearresteerd. Hoewel ze in december 1944 de mogelijkheid kreeg om de gevangenis te verlaten, koos ze ervoor het lot van haar man te delen. Antonio Escoda werd eind 1944 door de Japanners geëxecuteerd.