In der omanischen Nationalmannschaft spielt al-Habsi seit 2001, er hat auch an der Fußball-Asienmeisterschaft 2004 in China teilgenommen. al-Habsi wurde beim Golfpokal 2007, bei dem er mit der Nationalelf des Oman das Finale erreichte, zum besten Torhüter des Turnieres gewählt. Bei der Asienmeisterschaft im selben Jahr schied er mit der omanischen Mannschaft in der Vorrunde aus. Im Jahr 2009 gewann er den Golfpokal und blieb im gesamten Turnierverlauf ohne Gegentreffer. Bis zum Ende seiner Laufbahn war er Kapitän der Nationalmannschaft.