Vorrangig wurden zunächst biographische Nachschlagewerke sowie das "Schlesische Urkundenbuch" bearbeitet. Im Herbst 1933 musste der damalige Vorsitzende Franz Xaver Seppelt aus politischen Gründen von seinem Amt zurücktreten. Durch Vorstandsbeschluss vom 15. Januar 1934 folgte ihm Hermann Aubin, der sich schon bald mit den Zielen und Methoden des NS-Regimes identifizierte und die staatlich verhängten Beschränkungen der Herausgebertätigkeit nicht verhinderte. Neben Druckverboten waren z. B. die Untersuchungen zum "Schlesischen Klosterbuch" oder zur "Säkularisation der Klöster" nicht erwünscht. Während des Zweiten Weltkriegs wurde die Anzahl der Mitarbeiter durch Einberufungen zur Wehrmacht deutlich reduziert. Bei Kriegsende 1945 gingen zahlreiche Manuskripte in der Schlacht um Breslau verloren. Durch Flucht und Vertreibung kam die Arbeit der Kommission 1945 zum Stillstand.