Født som en prinsesse i det nordvestlige italienske Hertugdømme Modena, huskes Maria først og fremmest kend for den kontroversielle fødsel af Jakob Franc Edvard, hendes eneste overlevende søn. Der spredtes et rygte om, at han var en "skiftning", der var blevet bragt ind i fødekammeret i en varmepande for at sikre hendes mands katolske Stuart-dynastis for alle tider. Selv om beskyldningerne næsten helt sikkert var falske, og Gehejmerådets efterfølgende undersøgelse bekræftede dette, var Jakob Frans Edvards fødsel en medvirkende årsag til "Den gloværdige revolution", der afsatte Jakob 2. og 7. og erstattede ham med hans protestantiske ældste datter fra hans første ægteskab med Anne Hyde (1637–1671) Maria 2. Hun og hendes ægtemand Vilhelm 3. af Oranien regerede i fællesskab som "Vilhelm og Maria".