第二次世界大戦中、スロバキア共和国政府はナチスのホロコーストに加担し、ユダヤ系住民をドイツ領内の強制収容所に移送して約7万人のユダヤ人を死に追いやった。また、1944年にはスロバキア共和国軍およびパルチザンの一部が連携して起こした反乱であるスロバキア民衆蜂起の鎮圧を実行した。