Po druhej svetovej vojne bol Glenn pridelený na základňu na Guamu a zúčastnil sa hliadkových misií nad severnou Čínou a v roku 1948 sa stal leteckým inštruktorom v meste Corpus Christi v Texase. Do Kórejskej vojny bol poslaný ako člen letky VMF-311, kde bol jeho častým spolubojovníkom baseballista Ted Williams z Boston Red Sox, ktorý bol odvedený druhýkrát v priebehu desiatich rokov.