太平洋戦争開戦時は引き続き第二艦隊に所属していた。四水戦司令官は西村祥治少将であった。緒戦では南方作戦に参加、比島部隊/蘭印部隊として戦果をあげるが、1942年（昭和17年）3月末のクリスマス島の戦いで旗艦の軽巡那珂が大破し、旗艦は軽巡由良となった。