1860 begann die Herausgabe der "Geschichte der griechischen Nation", die 1874 mit dem fünften Band endete. 1885–1888 erschien eine überarbeitete Auflage, 1902–1903 folgte die vierte Auflage, ergänzt und überarbeitet von Pavlos Karolidis. Das Werk legte ein Interpretationsmuster für die griechische Geschichte vor, das sich am Gedanken der historischen Kontinuität orientierte. Zunächst übernahm Paparrigopoulos von Droysen den Begriff des Hellenismus, gab ihm aber einen völlig neuen Inhalt: er identifizierte Hellenismus mit der griechischen Nation, dem Griechentum, und verwendete diesen Begriff für die Periodisierung ihrer Geschichte. Die griechische Nation ist nach seiner Auffassung ein transzendentes, überhistorisches Subjekt, das sich zwar im Laufe der Zeit wandelte, aber dank göttlicher Vorsehung stets als Protagonist in der Geschichte agierte. Er gliedert die griechische Geschichte in fünf Perioden, ein Konzept, das mit dem Dreierschema von Zambelios vereinbar ist: Geschichte des alten Hellenismus, des makedonischen Hellenismus (nach der Schlacht von Chaironeia 338 v. Chr.), des christlichen Hellenismus (ab der Geburt Christi), des mittelalterlichen Hellenismus (ab der Gründung Konstantinopels) und schließlich des neuen Hellenismus (seit der türkischen Eroberung von Konstantinopel 1453). In diesem Modell ähnelt die griechische Geschichte einem Staffellauf, bei dem die historische Initiative von einer Generation des Griechentums auf die nächste übergeht. Jede Generation habe eine historische Mission zu erfüllen. Beispielsweise sei es für die Makedonen die Hellenisierung des Orients und die Herstellung der politischen Einheit der Nation und für das mittelalterliche Griechentum der Schutz des Christentums vor inneren und äußeren Bedrohungen gewesen. Dem neuen Griechentum sei erneut die Aufgabe zugefallen, eine zivilisatorische Mission im Orient durchzuführen, was in den Kontext der "Megali Idea" passte.