Сградата е значително повредена от пожар при навлизанието на австрийските войски по време на Голямата турска война. Поради тогавашния си вид църквата получава названието „черна“. След пожара, през 1689 г. църквата е възстановена с помощта на каменоделци от Данциг (дн. Гданск), които я превръщат в барокова постройка. Тогава оригиналната архитектура е силно изменена според модата от 18 век.