Efter at have offentliggjort flere indlæg om hygiejne i "Bibliotek for Læger" og "Fædrelandet" fik Hornemann i 1847 sæde i det hygiejniske udvalg, der kort forinden var oprettet i det medicinske selskab, og han afløste snart stadslæge Børge Anton Hoppe som formand. Samme år offentliggjorde han en større hygiejnisk afhandling som udvalgsbetænkning til det medicinske selskab, og heri påviste han, blandt andet under hensyn til den truende kolera, nødvendigheden af indgribende reformer i Københavns offentlige sundhedsvæsen. I "Fædrelandet" gentog han det følgende år opfordringen. Reformarbejde blev imidlertid bremset ved den udbrudte krig. Hornemann blev også grebet af patriotismen og opgav sin virksomhed i København for at gøre tjeneste ved Hæren; i 1849 blev han overlæge ved lazarettet på Augustenborg Slot (i 1850 ved et lazaret i København), og her arbejdede han for at forbedre hygiejnen, så man kunne modvirke de ofte forekommende feberepidemierne på lazaretterne. Samtidig tog han initiativ til en kommission til revision af hele Hærens sundhedsvæsen.