Unter Hideyoshis Kommando beteiligten sich Motochika und sein Sohn Chōsokabe Nobuchika an der Invasion der benachbarten Insel Kyūshū, wobei Nobuchika starb. 1590 führte Motochika die Flotte, die von Hideyoshi gegen die Hōjō bei der Belagerung von Odawara eingesetzt wurde, nach der Einigung des Landes kämpfte er auch mit Toyotomi Hideyoshi in der Invasion Koreas 1592.