Năm 2001, Thích Kiến Quốc được bổ nhiệm làm Tham mưu trưởng Tập đoàn quân 1, Quân khu Nam Kinh. Tháng 11 năm 2002, ông được bổ nhiệm giữ chức Tư lệnh Tập đoàn quân 12, Quân khu Nam Kinh. Tháng 7 năm 2005, ông được điều chuyển làm Cục trưởng Cục Tác chiến, Bộ Tổng Tham mưu. Ông từng chỉ huy hoạt động cứu hộ thiên tai trong trận động đất tại Tứ Xuyên vào tháng 5 năm 2008.