Das zweite Yaoundé-Abkommen verlängerte die im ersten Abkommen getroffenen bilateralen Vereinbarungen. Nach Ablauf des ersten Abkommens wurde am 29. Juli ein zweites Abkommen getroffen, welches am 1. Januar 1971 in Kraft trat und bis zum 31. Januar 1975 Gültigkeit besitzen sollte. Die assoziierten afrikanischen Staaten setzten sich weiterhin aus den mehrheitlich frankophonen 18 AASM-Staaten zusammen. 1972 trat Mauritius dem Abkommen bei, bereits vor- und verstärkt nach dem EG-Beitritt Großbritanniens 1973 kooperierten auch andere anglophone Staaten in separaten Abkommen mit der EG. Die Aufnahme Nigerias im Anschluss an das "Lagos-Abkommen für Zusammenarbeit" (16. Juli 1966) und der Staaten der Ostafrikanischen Gemeinschaft (EAC) im Anschluss an das "Arusha-Abkommen" (26. Juli 1968) war eigentlich bereits für Yaoundé II geplant, beide Abkommen liefen zeitgleich mit Yaoundé I am 31. Mai 1969 aus, durch den Biafra-Krieg in Nigeria und die Nichtratifizierung des Arusha-Abkommens durch die EAC-Staaten kam dieses nicht Zustande. Die separaten Abkommen wurden später verlängert und bereiteten den Weg für das erste Lomé-Abkommen, welches 46 Staaten einbezog.