Po Silverstonu měl na kontě Webber celkem 12 mistrovských bodů, zatímco Pizzonia ani jeden. A tak se vedení Jaguaru rozhodlo nahradit Pizzoniu Justinem Wilsonem, který ze začátku sezóny jezdil za tým Minardi. Německá Grand Prix znamenala pro Australana šestý výpadek v sezóně, nicméně závody v Maďarsku a Itálii dopadly umístěním na bodech a Webber se posunul na 9. místo v poháru jezdců. Svou pozici ale neudržel, protože v USA závod nedokončil a zklamáním bylo i 11. místo z posledního závodu v Japonsku. A i přesto, že Wilson zaznamenal v USA bod, Marka v kvalifikaci ani jednou neporazil. Jaguar byl spokojen a pro rok 2004 zajistil vedle Webbera nováčka, Christiana Kliena. Webberovy výsledky v sezóně 2003 mu také vynesly ocenění „Jezdec roku“ od magazínu Autocar.