In den Hussitenkriegen wurde das Kloster drei Mal zerstört. Der im Sommer 1421 von Jan Želivský geführte Feldzug nach Nordböhmen wurde zwar am 5. August bei Brüx geschlagen, jedoch wurden zuvor die Klöster in Doxan und in Ossegg niedergebrannt und die Städte Bilin und Dux von den Truppen Želivskýs besetzt. Beim großen Feldzug der Hussiten im Jahr 1426 unter Andreas Prokop gegen Aussig und Brüx wurde das Kloster erneut geplündert. Den dritten, von radikalen Taboriten geführten Angriff im Jahr 1429 überlebten nur wenige Mönche des Klosters. Das Kloster wurde in dieser Zeit jedoch auch vom an sich befreundeten, katholischen Kaiser Sigismund strapaziert, der Güter des Klosters verkaufte, um Geld für weitere Feldzüge zu gewinnen. Der Wiederaufbau nach den Hussitenkriegen dauerte lange.