В 1937 году, когда Германия поддержала агрессию Японии против Китая, Фалькенхаузен (в то время возглавлявший военную миссию при Чан Кайши) не поддержал агрессию и был отозван под угрозой ареста его семьи, вскоре уволен в отставку. В 1938 году Фалькенхаузен возвращён на военную службу, воевал на Западном фронте, с 1940 года — генерал-губернатор оккупированной Бельгии. Дружил с участниками антигитлеровского заговора Гёрделером и Вицлебеном, после провала их заговора был арестован. Находился в различных концлагерях, освобождён американцами в 1945 году.