Gli anni ottanta iniziano con la quinta finale di DFB-Pokal persa nel 1980, e in estate Schumacher, Cullmann, Schuster e Herbert Zimmermann diventano campioni d'Europa. Durante la stagione 1980-1981 la dirigenza assume come allenatore Rinus Michels, che nel decennio precedente aveva ottenuto molti successi alla guida di Ajax, Barcellona e della Nazionale olandese. Il Colonia partecipa alla Coppa UEFA 1980-1981 dove elimina anche i "Blaugrana", che vengono sconfitti per 4-0 sul proprio terreno dopo aver vinto la gara di andata per 1-0, e i connazionali dello Stoccarda, ma viene fermato dall'Ipswich Town in semifinale. Successivamente Müller lascia, venendo sostituito da Klaus Allofs: la squadra ottiene un secondo posto nella Bundesliga 1981-1982 e conquista poi la DFB-Pokal 1982-1983, ma nella stessa stagione ha però la peggio con la Roma negli ottavi della Coppa UEFA. I tedeschi, con Hannes Löhr in panchina, incontrano l'Inter nella Coppa UEFA 1984-1985 che li elimina, ma riescono finalmente a raggiungere una finale europea nell'edizione successiva della manifestazione: a prevalere è il Real Madrid, tuttavia Allofs è il miglior marcatore.