Long sert sur le théâtre occidentale de la guerre de Sécession. Au début de la guerre, le , Long est promu capitaine dans le "1st U.S. Cavalry". Le , il est transféré dans le "4th U.S. Cavalry". Au 31 décembre 1862, Long est blessé à l'épaule gauche lors de la bataille de Stones River, alors qu'il commande la compagnie K du régiment.