Les invasions hispànica i francesa tornen a posar el país contra les cordes políticament i econòmica, malgrat que això contribuí a estrènyer els llaços força bons amb el Regne d'Anglaterra, que passa a ajudar el Regne de Portugal durant les guerres napoleòniques. L'any 1820 una revolta instaura la primera monarquia constitucional a Portugal mentre una disputa familiar dona la independència al Brasil. Comença llavors la decadència colonial portuguesa. Anglaterra aprofita l'avinentesa per a apoderar-se de part del territori colonial portuguès de l'Àfrica en la Conferència de Berlín. El país s'industrialitza durant el segle XIX a ritme força lent però políticament s'adapta bé als nous corrents, sobretot mercès al paper que hi jugà la maçoneria.