Родился 20 мая 1796 года в Матзале (Эстляндская губерния) в семье Стена Гёрана (Георга) Мандерштерна. Неполных 16-ти лет Евгений Егорович был произведён в прапорщики в 18-й егерский полк (Мандерштерн 2-й), в котором в чине поручика служил его старший брат Алексей (Мандерштерн 1-й). В том же году полк принял участие в Отечественной войне и отличился в Бородинской битве, в которой Евгений Мандерштерн был тяжело ранен, а его брат Алексей — контужен. Мандерштерн принял участие и в заграничных походах русской армии и за оказанные отличия в 1814 году был награждён орденом Святого Владимира 4-й степени с бантом.