2016 ഫെബ്രുവരി 12 -ന് രാജ്യദ്രോഹക്കുറ്റം ചുമത്തി ഡൽഹി പോലീസ് കനയ്യ കുമാറിനെ അറസ്റ്റ് ചെയ്തു. ഇന്ത്യൽ പീനൽ കോഡ് സെക്ഷൻ 124-എ (രാജ്യദ്രോഹം), 120-ബി (ക്രിമിനൽ ഗൂഢാലോചന), 34 എന്നീ വകുപ്പുകൾ ചുമത്തിയായിരുനു അറസ്റ്റ്. JNU -വിലെ ഡെമോക്രാറ്റിക് സ്റ്റുഡന്റ്സ് യൂണിയനിലെ ((DSU) കുറച്ച് മുൻ അംഗങ്ങൾ 2001-ലെ ഇന്ത്യൻ പാർലമെന്റ് ആക്രമണത്തിലെ പ്രതിയായ അഫ്സൽ ഗുരുവിനെ തൂക്കിക്കൊന്നതിനെതിരെ നടന്ന ഒരു ചടങ്ങിൽ പ്രസംഗിക്കവെ രാജ്യദ്രോഹപ്രസംഗം നടത്തിയെന്നായിരുന്നു ആരോപണം. ABVP -യും BJP യുടെ എം പി മഹേഷ് ഗിരിയുമായിരുന്നു പരാതിക്കാർ. പ്രസ്തുത ചടങ്ങിൽ താൻ പങ്കെടുത്തതായി കനയ്യകുമാർ സമ്മതിച്ചിട്ടുണ്ട്. എന്നാൽ രാജ്യവിരുദ്ധ മുദ്രാവാക്യങ്ങൾ ഒന്നും വിളിച്ചിട്ടില്ലെന്നും രാജ്യത്തിന്റെ അഖണ്ഡതയ്ക്കെതിരെ ഒന്നും പറഞ്ഞിട്ടില്ലെന്നും പറഞ്ഞു. "ആ പരിപാടിയിൽ നടന്ന ഒരു മുദ്രാവാക്യത്തിലും എനിക്ക് ഒരു പങ്കുമില്ല. ഇന്ത്യൻ ഭരണഘടനയിൽ എനിക്ക് പൂർണ്ണ വിശ്വാസമുണ്ട്, കൂടാതെ കാശ്മീർ ഇന്ത്യയുടെ ഒരു അവിഭാജ്യഘടകമാണെന്ന് ഞാൻ എന്നും പറഞ്ഞിട്ടുമുണ്ട്." എന്ന് ഒരു അഭിമുഖത്തിൽ കനയ്യ പറയുകയുണ്ടായി. ചോദ്യം ചെയ്യലിൽ രാജ്യദ്രോഹപരമായി താൻ ഒന്നും പറഞ്ഞിട്ടില്ലെന്ന് കനയ്യ ആവർത്തിക്കുകയുണ്ടായി.