De 2002 a 2005 rigió los destinos de la selección marroquí. En la edición de 2004 en Túnez, nuevamente un equipo tunecizo le apartó del título. En este caso perdió la final con el anfitrión, la selección de fútbol de Túnez por 2-1. En octubre de 2005, tras no conseguir clasificar a su selección para el Mundial 2006, Zaki Badou presentó su dimisión como seleccionador de Marruecos.