Za druhé světové války žilo v Brčku okolo 8,9 tisíce lidí, město se spolu s celou Bosnou a Hercegovinou stalo v dubnu 1941 po pro Jugoslávii prohrané válce součástí nezávislého státu Chorvatsko. Ustašovská moc byla ustanovena oficiálně příjezdem chorvatských fašistů dne 14. dubna 1941 a složením slibu Ante Pavelićovi. Po několik válečných let docházelo k občasným útokům četniků nebo partyzánů na okupační vojska. Dne 7. dubna 1945 bylo Brčko osvobozeno jednotkami partyzánského vojska.