Am 31. Mai 2013 gab Knudsen sein Debüt für die dänische U-21-Nationalmannschaft beim 0:0 gegen Irland stand er in der Anfangsformation und wurde nach 70 Minuten durch Fredrik Møller ersetzt. Mit der U-21 qualifizierte er sich für die U-21-Fußball-Europameisterschaft 2015 in Tschechien. Dort spielte er in zwei Gruppenspielen und erreichte an der Seite von Jannik Vestergaard, Pierre Emile Højbjerg, Yussuf Poulsen und Viktor Fischer mit der Mannschaft als Gruppensieger das Halbfinale gegen Schweden. Das Team mit Knudsen verlor mit 1:4. Insgesamt spielte er 17-mal für die dänische U-21-Nationalmannschaft.