24 kwietnia 1800 roku prezydent John Adams zatwierdził powstanie biblioteki i przeznaczył 5 000 dolarów na zakup książek w Londynie na potrzeby Kongresu. W 1801 do Waszyngtonu statkiem „American” przypłynęło 740 książek i trzy mapy. Biblioteka mieściła się początkowo w budynku Kongresu Stanów Zjednoczonych. Thomas Jefferson w styczniu 1802 roku zatwierdził pierwszą ustawę określającą zadania i zakres działalności biblioteki. Na jej mocy powstało stanowisko bibliotekarza Kongresu zatwierdzanego przez prezydenta oraz stałą Komisję Wspólną Kongresu ds. Biblioteki ("Joint Committee of Congress on the Library"). Jego zadaniem było opracowanie zasad funkcjonowania oraz nadzorowanie działalności i budżetu. W 1814 roku podczas wojny brytyjsko-amerykańskiej budynek Kongresu został podpalony. Pomieszczenie biblioteki i część zbiorów zostało zniszczonych. W latach 1815–1818 bibliotekę przeniesiono do budynku hotelu Blodget. Wtedy też zakupiono kolekcję prezydenta Jeffersona.