Der Aufschwung endete mit dem Ausbruch der zweiten Intifada im Herbst des Jahres 2000. Diese führte zur völligen Grenzabriegelung durch die israelische Armee und häufigen Verkehrsbehinderungen in den palästinensischen Selbstverwaltungsgebieten, wodurch Handel und Arbeitsverkehr stark behindert wurden. Innerer Aufruhr und israelische Militäraktionen in den Palästinensergebieten führten zur Zerstörung wichtiger Fabrikanlagen und Verwaltungsstrukturen, zahlreichen Geschäftsschließungen und einem jähen Abfall des Bruttoinlandsproduktes.