Com o início da Guerra Colonial Portuguesa nas, à altura, colónias portuguesas da Guiné, Angola e Moçambique, a PIDE expandiu as suas actividades para os territórios das colónias. A PIDE confiscou o edifício e usou-o como sua sede. Durante a Guerra Colonial muitos combatentes da resistência foram aqui torturados. O poeta moçambicano José Craveirinha descreve experiências suas nesta casa em três das suas obras Houve outros presos famosos, entre outros, Rui Knopfli e Malangatana Ngwenya.