Несмотря на подтверждённый канонами запрет Феодосия I, погребения в церквях всё-таки осуществлялись. Исключение делалось, в первую очередь, для ктиторов и членов их семей, то есть представителей высших слоёв общества. Относительно хорошо сохранились захоронения внутри церквей позднего периода. В условиях постоянного падения доходов церкви и монастыри охотно соглашались брать на себя заботу о могилах состоятельных благотворителей. Аркосолий, языческая погребальная форма, адаптированная христианами в ранневизантийский период, сохранял популярность и в последующие столетия благодаря возможности организовать внутри церкви богато декорированное пространство. В поздний период погребальные ниши устраивали как в новых пристройках, так и в перестроенных существующих. Ниши часто украшались фресками с изображением усопшего и его семьи, общающимися с Христом, святыми и Богородицей. В ранний период использовались преимущественно монолитные саркофаги со сдвигаемой крышкой, начиная с XIII века — сборные, составленные из частей старых изделий, с обновлённой резьбой. Переход к составным саркофагам сделал их использование в качестве контейнера для тела затруднительным, и потому захоронение осуществлялось в запечатанную камеру под полом церкви, а панели саркофага оставались на виду и несли символическую функцию. Помимо посвятительных надписей, традиционными декоративными элементами саркофагов были растительные орнаменты, мифологические животные и птицы; в поздний период чаще стали появляться портреты умершего и святых. Возможным объяснением изменению отношения к человеческим изображениям может служить возросший интерес к античным скульптурным портретам, проявившийся в ходе масштабной программы реконструкции Константинополя после отвоевания его у латинян в 1261 году, хотя нельзя исключать и влияния занесённого крестоносцами романского и готического искусства.