Aydoğdu fing früh an, für die türkischen Juniorennationalmannschaften aufzulaufen. Er durchlief über die Jahre sämtliche Nachwuchsnationalmannschaften. 2008 gelang ihm mit der türkischen U-17 der Halbfinaleinzug bei der U-17-Fußball-Europameisterschaft 2008. Hier scheiterte man nach einem Elfmeterschießen gegen die französische U-17.