Nového rozkvětu se Vyšehrad dočkal za Karla IV., který dal sídlo opevnit a zařadil zdejší kolegiátní baziliku do svého korunovačního ceremoniálu, pro tento účel ji dal přestavět do monumentálních rozměrů a Vratislavovy ostatky dal vsadit do menzy hlavního oltáře. Středověký hrad byl poničen husitskými bojovníky po bitvě pod Vyšehradem a kolem jeho ruiny pak vyrostlo městečko. Od poloviny 17. století byl Vyšehrad proměněn na pevnost obehnanou mohutnými bastionovými hradbami a bazilika dostala vrcholně barokní podobu. Do dnešní podoby s národním hřbitovem, novogoticky přestavěným chrámem a parkovou úpravou byl proměněn v 2. polovině 19. století péčí proboštů zdejší kapituly.