Manon Flier spielte 430 Mal in der niederländischen A-Nationalmannschaft. Sie nahm an fünf Europameisterschaften und an drei Weltmeisterschaften teil. Mit den Niederlanden gewann Flier den Grand Prix 2007 und wurde hier als „wertvollste Spielerin“ ausgezeichnet. Bei der EM 2009 stand sie im Finale und wurde erneut „wertvollste Spielerin“. Zum Abschluss ihrer Hallenkarriere gewann Flier mit der Nationalmannschaft bei der EM 2015 im eigenen Land erneut die Silbermedaille.