Після закінчення Галльської війни, римський сенат прийняв рішення про відкликання Цезаря з завойованих земель ,і зажадали його повернення до Риму. Змушений вибирати або кінець його політичної кар'єри, або початок громадянської війни. Цезар разом з Legio XIII перейшов через річку Рубікон в Італію,цим почавши громадянську війну. Легіон залишався вірним Цезарю під час громадянської війни між Цезарем і консервативною фракцією оптиматів сенату, чиї легіони були під командуванням Помпея. Legio XIII був активним протягом усієї війни,у Дірахіумській(48 до н.е.) і Фарсальських (48 р. до н.е.) битвах. Після вирішальної перемоги над Помпеєм у Фарсалі, легіон повинен був розформований, а легіонери відіслані "на пенсію" , однак, легіон ще був залучений для Тапської битви (46 до н.е.) та Битви при Мунді (45 до н.е.). Після Битви при Мунді, Цезар розпустив легіон,відправив на пенсію своїх ветеранів, і дав їм сільгоспугіддя в Італії.