הנרי נולד ברומא היכן שאביו ג'יימס פרנסיס אדוארד סטיוארט חי בגלות. ג'יימס היה בנו של ג'יימס השני, מלך אנגליה שהודח במהלך המהפכה המהוללת. ג'יימס ותומכיו לא קיבלו את הדחתו של אביו או העובדה שג'יימס נושל מסדר הירושה לכתר, לאחר מותו של ג'יימס השני בנו הוכר על ידי צרפת, מדינת האפיפיור ועוד מספר מדינות קתוליות כמלך החוקי של אנגליה, סקוטלנד ואירלנד. כבנו הצעיר של המונרך האנגלי הנרי קיבל את התואר דוכס יורק.