Vuonna 1998 BJP muodosti koalitiohallituksen ja pääministeriksi valittiin Atal Bihari Vajpayee. Samana vuonna Intia teki ydinkokeen, operaatio shaktin, joka ärsytti vihamielisen naapurimaan Pakistanin tekemään oman ydinkokeensa ja maiden välit kiristyivät entisestään. Ulkomaat tuomitsivat maiden tekemät ydinkokeet ja määräsivät molemmille maille taloudellisia pakotteita. Maiden välit kulminoituivat vuonna 1999 lyhyeksi jääneeseen Kargilin konfliktiin Kashmirin alueella.