Na de machtsomwenteling van 1917 verhuisde de regering van Sint-Petersburg naar het Kremlin van Moskou. Reeds in 1918 gelastte de atheïstische overheid de sluiting van het klooster. Op 17 september 1928 nam het presidium van het Centraal Uitvoerend Comité een resolutie aan waarin de afbraak van een aantal kerkelijke gebouwen in het kremlin werd bepaald. Nog in hetzelfde jaar werd de Constantijn en Helenakerk (Russisch: Церковь Константина и Елены) afgebroken. Eén jaar later werd de Alexiskathedraal opgeblazen en nadien werden alle gebouwen van het klooster, evenals de gebouwen van het naburige Hemelvaartklooster, met de grond gelijk gemaakt. Slechts enkele fragmenten van fresco's uit de Aartsengel Michaëlkathedraal werden gered. Op de plek verrees een neoclassicistisch gebouw waarin een opleidingsschool voor officieren van het Rode Leger zou worden gehuisvest. Het gebouw diende echter als presidium van de Opperste Sovjet. De manuscripten vanaf de 11e eeuw werden overgedragen aan het Nationaal Historisch Museum. De relieken van de metropoliet Alexis werden overgebracht naar de Oespenski-kathedraal en later weer naar een andere kerk in Moskou. Wat er van het grote aantal andere relieken is geworden blijft onbekend. Bij opgravingen ontdekte men in 1985 de overblijfselen van grootvorst Sergej Romanov. De grootvorst werd in 1995 herbegraven in het aan het de Russisch-orthodoxe Kerk teruggegeven Novospasskyklooster. Er wordt in Rusland geijverd voor de wederopbouw van het klooster.