V roku 1995 sa raketoplán pripojil k ruskej orbitálnej stanici Mir. Od roku 1998 sa na obežnej dráhe Zeme začala výstavba medzinárodnej stanice ISS, ku ktorej americké raketoplány uskutočnili mnoho letov. Pri jednom z nich 1. februára 2003 sa najstarší z flotily raketoplánov, Columbia, rozpadol nad Texasom vinou poškodenej tepelnej izolácie na krídle. Od tej doby až do roku (2005) boli lety raketoplánov zastavené. Ich opätovné uvedenie do prevádzky nastalo v júli 2005 misiou STS-114. Program raketoplánov bol ukončený v roku 2011.