Tijdens de Spaanse Onafhankelijkheidsoorlog leidde Masséna de invasie van Portugal in 1810 en dwong de geallieerden terug achter de Linies van Torres Vedras, die Lissabon beschermden. Na de komst van verse Britse troepen werd hij verslagen door Arthur Wellesley (Hertog van Wellington), onder andere in de Slag bij Fuentes de Oñoro in mei 1811. Masséna moest zijn troepen uit Portugal terugtrekken en werd vervangen door Auguste de Marmont.