รัฐสภาภายใต้การนำของพระเจ้าชาลส์ที่ 2 ออกพระราชบัญญัติต่อต้านพิวริตันที่รู้จักกันในชื่อ “ประมวลกฎหมายแคลเรนดัน” (Clarendon code) โดยมีจุดมุ่งหมายเพื่อหนุนสถานะของคริสตจักรแห่งอังกฤษ แม้ว่าในทางส่วนพระองค์แล้วพระเจ้าชาลส์ที่ 2 จะทรงสนับสนุนนโยบายความมีเสรีภาพในการนับถือศาสนาก็ตาม ส่วนปัญหาใหญ่ในด้านการต่างประเทศในต้นรัชสมัยก็คือการสงครามอังกฤษ-เนเธอร์แลนด์ครั้งที่สอง ในปี ค.ศ. 1670 พระเจ้าชาลส์ทรงไปทำสัญญาลับกับพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 แห่งฝรั่งเศสที่ระบุว่าฝรั่งเศสจะช่วยอังกฤษในสงครามอังกฤษ-เนเธอร์แลนด์ครั้งที่สาม และจะถวายเงินบำนาญแก่พระองค์โดยมีข้อแม้ว่าสมเด็จพระเจ้าชาลส์ต้องสัญญาว่าจะเปลื่ยนจากการนับถือนิกายแองกลิคันไปเป็นการนับถือนิกายโรมันคาทอลิก แต่พระเจ้าชาลส์มิได้ทรงระบุเวลาที่แน่นอนในเรื่องการเปลี่ยนนิกาย แต่ในขณะเดียวกันก็ทรงพยายามเพิ่มสิทธิและเสรีภาพให้แก่ผู้นับถือนิกายโรมันคาทอลิกและนิกายโปรเตสแตนต์ต่าง ๆ มากขึ้นโดยการออกพระราชปฏิญญาพระคุณการุญในปี ค.ศ. 1672 แต่รัฐสภาบังคับให้ทรงถอนในปี ค.ศ. 1679