Будівництво Великого собору почалося в 1684. У 1686 він був зведений до глав, але потім роботи припинилися через Кримський похід і виснаження монастирської скарбниці. Другий етап будівництва почався через два роки і був закінчений до 1698. Храм виконали в наришкінському стилі і поставили на високий підкліт, глави встановили в напрямку сторін світу. Різьблений семиярусний іконостас «фряжського письма», а також ікони створювали різьбярі та іконописці Збройової палати і Посольського наказу — Карп Золотарьов, Григорій Махотня, Родіон Спиридонов, Андрій Михайлов та інші.