В 2012 году возглавил сборную Азербайджана, побыв на этом посту до 2014 года. Под его руководством сборная успешно выступила на чемпионате мира в Бразилии, где Эльхан Мамедов стал первым азербайджанским дзюдоистом, которому удалось выиграть первенство мира, а Орхан Сафаров завоевал «бронзу». В сентябре 2015 года Зайзенбахер вновь стал тренером сборной.