En 1889 el gobierno argentino lo designó, junto con Alejo Peyret, para representar a su país en la Exposición Universal de París. Participó del Congreso Internacional para la Propagación de los Ejercicios Físicos en la Educación, cuyo organizador era el barón Pierre de Coubertin, futuro inspirador de los Juegos Olímpicos modernos. Allí Zubiaur conoció al Barón de Coubertin, quien lo designó para integrar en 1894 el primer Comité Olímpico Internacional, único representante de un país iberoamericano, cargo en el que se desempeñó hasta 1907.