В сборной Нидерландов Джонни Реп дебютировал 2 мая 1973 года в товарищеском матче со сборной Испании, завершившимся со счётом 3:2, причём Реп забил первый гол своей сборной уже на 13-й минуте матча. В 1974 году Реп в составе сборной принял участие в чемпионате мира 1974 года, на котором сыграл во всех семи матчах своей сборной, забил четыре гола и завоевал серебряные медали. В 1976 году Реп принял участие в чемпионате Европы 1976 года на котором завоевал бронзовые медали. В 1978 году Реп второй раз в составе сборной принял участие в чемпионате мира 1978 года, на котором вновь сыграл во всех семи матчах своей сборной, забил 3 гола и вновь завоевал серебряные медали. В 1980 году Реп принял участие в своём втором чемпионате Европы 1980 года. Своё последнее выступление за сборную Реп провёл в отборочном матче чемпионата мира 1982 года со сборной Франции 18 ноября 1981 года, тот матч завершился поражением голландцев со счётом 0:2. Всего же за сборную Нидерландов Джонни Реп провёл 42 матча, в которых забил 12 голов. Также Джонни Реп с 7-ю голами является обладателем национального рекорда по количеству забитых голов на чемпионатах мира.