Pendant la Seconde Guerre mondiale, comme dans les autres Pays baltes, la Shoah en Lituanie occupée aboutit entre 1941 et 1944 à la presque extermination de la communauté juive de ce pays, forte de près de personnes en juin 1941 lors de l'invasion nazie. Alors contrôlé par le "Reichskommissariat Ostland", on estime que 80 % des Juifs de Lituanie ont été tués avant 1942. Les survivants, Juifs, ont été concentrés dans les ghettos de Vilnius, de Kaunas, de Šiauliai et de Švenčionys et forcés de travailler pour l'industrie militaire allemande. Le , Heinrich Himmler ordonne de vider tous les ghettos juifs et de transférer les survivants dans des camps de concentration. Le ghetto de Vilnius est ainsi détruit, alors que ceux de Kaunas et de Šiauliai sont transformés en camps de concentration. Les Juifs survivants sont envoyés dans les camps de Stutthof, Dachau, et Auschwitz. Seulement environ à Juifs lituaniens ont pu être libérés de ces camps. Le taux de génocide des Juifs en Lituanie a atteint 95 à 97 %, soit l'un des plus élevés d'Europe.