L'utilisation la plus notable du G4M comme bombardier torpille fut le naufrage du "Prince of Wales" et du "Repulse" le sur la côte est de la Malaisie. Les G4M attaquèrent avec des bombardiers Mitsubishi G3M "Nell" plus anciens, qui effectuèrent des bombardements de haut niveau. Le "Prince of Wales" et le "Repulse" ont été les deux premiers navires capitaux à être coulés exclusivement par des attaques aériennes pendant une guerre, alors qu'ils naviguaient dans les eaux libres. Les équipages de bombardiers appartenaient au Kanoya Air Group de Kanoya Kōkūtai (751 Ku), au Genzan Air Group de Genzan Kōkūtai (753 Ku) et au Mihoro Air Group de Mihoro Kōkūtai (701 Ku), entraînés aux attaques de torpilles à basse altitude - à moins de () - et à la navigation longue distance au dessus de l'océan, afin qu'ils puissent attaquer des cibles navales se déplaçant rapidement en mer. Neuf G4M ont participé au bombardement à longue distance de Katherine, Territoire du Nord, le (l'attaque intérieure la plus profonde sur le territoire australien pendant la guerre, à plus de - environ - de la côte). Les G4M ont par la suite fait de nombreuses attaques contre des navires alliés et ont également attaqué des cibles terrestres pendant la campagne de Guadalcanal, longue de six mois (dans les îles Salomon), à la fin de 1942.