Im Jahr 1997 gelang Doherty schließlich erstmals der Einzug ins Finale der Snookerweltmeisterschaft und traf dort auf Stephen Hendry, der seit 1992 in diesem Turnier ungeschlagen war. Doherty konnte das Endspiel jedoch für sich entscheiden. Der WM-Titel katapultierte ihn auf Rang drei der Weltrangliste, bevor er im nächsten Jahr erneut das WM-Finale erreichte und damit beinahe den sogenannten Fluch des Crucibles brach; er verlor jedoch gegen John Higgins. In den folgenden Jahren konnte Doherty einige weitere Erfolge erzielen; so erreichte er 1999 und 2000 das Finale des Masters, 2001 und 2002 das der UK Championship sowie 2003 erneut das WM-Finale, verlor jedoch jeweils. Während der &lt;a href="Snooker-Saison%202006/07"&gt;Saison 2006/07&lt;/a&gt; platzierte sich Doherty zwar nochmals auf Rang zwei der Weltrangliste, doch in den folgenden Jahren verschlechterte er sukzessive seine Form und seinen Weltranglistenplatz. Nachdem er 2017 eine derart schlechte Weltranglistenposition hatte und damit seinen Profistatus verlor, erhielt er durch den Weltverband eine sogenannte "Invitation-Card" und konnte damit weiterhin auf der Tour aktiv bleiben. Bereits 2013 wurde Doherty in die Snooker Hall of Fame aufgenommen.