Nach dem Ersten Weltkrieg wurde Protogerow zum Mitglied der IMRO – Bulgarische Nationale Bewegung gewählt, welche von Todor Alexandrow geführt wurde. 1924 nahm die IMRO Organisation Verhandlungen mit der Komintern über die Zusammenarbeit zwischen den Kommunisten und der mazedonischen Bewegung und die Schaffung einer vereinten mazedonischen Bewegung auf. Protogerow und sein Mitstreiter Petar Chaulew haben dabei am 6. Mai wahrscheinlich das sogenannte Mai-Manifest über die Bildung einer kommunistischen Föderation auf dem Balkan und die Zusammenarbeit mit der Sowjetunion in Wien unterzeichnet. Später bestritt Protogerow durch die bulgarische Presse, jemals irgendwelche Vereinbarungen unterzeichnet zu haben und behauptete das Mai-Manifest sei eine kommunistische Fälschung. Kurz darauf wurde Todor Alexandrow unter unklaren Umständen ermordet und die IMRO-Bewegung kam unter die Führung von Iwan Michajlow, der auch die führende Figur in der bulgarischen Politik wurde. Im April 1925 war Protogerow unter den Verwundeten des Bombenanschlags auf die Kathedrale Sweta Nedelja. Die Folge des Mordes an Alexandrow war ein lange andauernder Bruderkampf innerhalb der Organisation, wobei 1928 auch Protogerow ermordet wurde.