Floriano Peixoto est venu à bout d'une révolte d'officiers de la Marine (la "Revolta da Armada" en portugais) qui a duré de septembre 1893 à mars 1894 ainsi que d'un mouvement de sédition militaire à Rio Grande do Sul. Sa politique est marquée par une centralisation accrue des pouvoirs et le nationalisme. Il supprime les journaux d’opposition et persécute les opposants..