Il Giappone ha nove eco-regioni forestali che riflettono il clima e la geografia delle isole. In queste regioni si possono annoverare sia le foreste umide subtropicali di latifoglie delle Ryūkyū e Ogasawara, sia le foreste temperate di latifoglie nelle regioni a clima mite delle isole principali, sia le foreste boreali di conifere delle isole del nord. Il Giappone inoltre ha oltre 90 000 specie di fauna selvatica, tra cui l'orso bruno, il macaco giapponese, il cane procione giapponese, la vipera giapponese, il gatto di iriomote, la salamandra gigante giapponese, e varie specie autoctone tra cui diverse specie di mammiferi (ad esempio il roditore "Apodemus speciosus"), molte specie di uccelli e una nutrita varietà di rettili, anfibi, pesci, e insetti, come le cicale e la Vespa mandarinia. Oltre alla grande rete di parchi nazionali sono state create 37 zone umide Ramsar.