Rafael Montoro y Valdés war der Sohn des Cayetano Montoro, der sich an den separatistischen Aktivitäten des zehnjährigen Krieges in Kuba beteiligte und nach Spanien deportiert wurde, sowie Enkel von Clara und José Montoro (getauft am 14. Juni 1814 in der Kathedrale von Port-au-Prince; † 1. Februar 1875 in der Gemeinde Espíritu Santo in Havanna).