三大寺过去在西藏政教史上，有举足轻重的影响，但随着1959年藏区暴动，三大寺迅速衰败，影响随着减弱，文革期间遭严重破坏，有的几乎被夷为平地。以达赖为代表的藏族流亡人士，在印度建起了与拉萨三大寺同名的三座大寺。