Retiré de la vie publique, Christophe-Guillaume Koch retrouve son poste de professeur de droit à l'Académie protestante et à l'université de Strasbourg, qu'il conservera jusqu'à son décès. Doyen honoraire de la Faculté de droit et recteur honoraire de l'université en 1810, il est élu cette même année député au consistoire général de l’église de la Confession d'Augsbourg. Il meurt à Strasbourg le , cinq jours après la Bataille des nations à Leipzig, comme s'il n'avait pas voulu survivre à la grande défaite de son ami.