Andreas Ritter von Seisser heiratete in erster Ehe Else Leiblein, Tochter von Valentin Leiblein und Katharina Leiblein geb. Herz. Aus der Ehe gingen drei Kinder hervor. Andreas von Seisser verstarb am 15. September 1911 in Fürstenfeldbruck bei München. Andreas von Seisser war der Onkel des Chefs der bayerischen Landespolizei, Oberst Hans von Seisser, der an der Niederschlagung des Hitlerputsches beteiligt war.