La prima metà del XV secolo fu contraddistinta da difficoltà anche per i cristiani d'oriente. Il tentativo di unificazione tra chiesa ortodossa e cattolica intrapreso nel concilio di Firenze del 1439 aveva trovato il supporto del metropolita di Mosca Isidoro di Kiev. Questa posizione incontrò la forte resistenza di gran parte del clero russo e del principe Basilio II di Russia e ciò costò a Isidoro, reo di aver firmato l'atto di Unione, l'esilio in quanto considerato apostata. Nel 1448, la Chiesa ortodossa russa divenne indipendente dal Patriarcato di Costantinopoli, quando i vescovi russi elessero di loro iniziativa il proprio primate nella persona di Giona di Mosca. Da quel momento, la chiesa russa all'interno dei confini del Granducato di Mosca poté considerarsi effettivamente autocefala.