Antes de finalizar la cesión, el F. C. Oporto entrenado por José Mourinho hizo una oferta de compra por 3 millones de euros, logrando sus servicios por tres temporadas. El ariete vivió allí los años más exitosos de su carrera profesional, en los que los "Dragoes "ganaron dos campeonatos de Liga (2002-03 y 2003-04), una Copa de Portugal (2002-03), dos Supercopas(2003 y 2004) y el éxito a nivel europeo: primero con la Copa de la UEFA (2002-03) y después en la Liga de Campeones (2003-04). Jankauskas era utilizado para los torneos nacionales y no disputó un solo minuto de las finales continentales. No obstante, formó parte de un equipo histórico junto con Vítor Baía, Ricardo Carvalho, Jorge Costa, Deco, Maniche y Derlei. Además, fue nombrado "Futbolista lituano del año" por quinta vez en 2004.