Za svou politickou činnost byl Soares dvanáctkrát vězněn, např. v roce 1968 byl téměř na rok deportován na ostrov sv. Tomáše v Guinejském zálivu. Od roku 1970 působil v exilu, nejprve v Římě, poté ve Francii, kde vyučoval na univerzitách ve Vincennes, Paříži a Rennes. Do Portugalska se vrátil během takzvané Karafiátové revoluce roku 1974. Vznikla prozatímní demokratická vláda pod vedením Vasco Gonçalvese, v níž se Soares stal ministrem pro kolonie a začal přispívat k rozbití koloniálního panství – zahájil například jednání se Samorou Machelem o nezávislosti Mosambiku. Vláda však byla brzy paralyzována spory mezi socialisty a komunisty, které vzplály zejména kvůli vlivu v levicovém deníku "República".