La posterior Guerra de los Trece Años (1454-1466) vio como los confederados y sus aliados polacos tardaron varios años antes de que pudieran preocupar seriamente a los caballeros teutónicos. Pero el tiempo iba contra estos últimos, que debieron acceder a firmar el Segunda Paz de Thorn en 1466. La Orden perdió el control de Prusia Occidental y las ciudades prusianas, libres de la autoridad de los teutónicos, formaron como Prusia Real, una unión personal con el rey de Polonia, con derechos locales de autonomía. Stibor de Poniec, del clan de Ostoja, fue nombrado señor de Malbork. Los caballeros teutónicos retuvieron Prusia oriental, pero solo bajo la autoridad del rey polaco. La Confederación, con sus miembros ahora prácticamente divididos, dejó de existir como tal.