Oft wandte Bubis sich gegen antisemitische oder auch philosemitische Ausgrenzungen der jüdischen Deutschen. Er betonte, „nie eine andere Staatsbürgerschaft als die deutsche“ besessen zu haben. Nach dem Pogrom von Rostock-Lichtenhagen besuchte eine Delegation des Zentralrates am 2. November 1992 die Stadt. Der CDU-Bürgerschaftsabgeordnete Karlheinz Schmidt fragte Bubis: „Sie sind deutscher Staatsbürger jüdischen Glaubens, Ihre Heimat ist Israel. Ist das richtig so?“ worauf Bubis entgegnete „Sie wollen mit anderen Worten wissen, was ich hier eigentlich zu suchen habe?“ – Karlheinz Schmidt musste später zurücktreten und kündigte eine schriftliche Entschuldigung an, die jedoch nie erfolgte. Drei Tage später wurde Bubis vom Fernsehsender MDR mit fadenscheiniger Begründung ausgeladen.