27 февраля 1933 года, в ночь поджога Рейхстага, Шнеллер был арестован. В апреле того же года отправлен в концентрационный лагерь Зонненбург. С 8 июля 1933 года находился в предварительным заключении в Лейпциге. 9 ноября 1933 года за подстрекательство к государственной измене осужден на шесть лет лишения свободы и на пять лет лишения гражданских прав.