En septembre 1939, après l'invasion allemande d'une partie de la Pologne, suivie par l'invasion du reste de la Pologne par les Soviétiques, Alter se retrouve en zone d'occupation soviétique. Le , il est arrêté par le NKVD. En , il est condamné à mort par les autorités soviétiques, mais sa sentence est commuée en dix ans de travaux forcés au Goulag. Après l'invasion de l'Union soviétique par l'Allemagne nazie et la signature des accords Sikorski-Maïski entre le Gouvernement polonais en exil et l'Union soviétique, Alter est relâché du Goulag.