A 2001-es terrorcselekmények nem csak a nagyobb légitársaságokat hozta nehéz helyzetbe anyagilag, hanem a kisebb chartereket is, köztük a Pannon Airlinest. A 2002 májusában kiadott közlemény szerint az Izraelben kialakult belpolitikai helyzet miatt visszamondott járatok is komoly veszteséget okoztak a vállalatnak, valamint a HTC Utazásszervező Kft. is, amely ellen csődeljárást kezdeményezett még 2001 szeptemberében a mintegy 100 millió forintos tartozást behajtása érdekében.