לאחר פרישתו, פוגטס החל בקריירה עשירה במיוחד כמאמן כדורגל, ועבד במשך 19 שנים באימון נבחרות גרמניה השונות, מתוכן שמונה שנים כמאמן נבחרת גרמניה הבכירה, עמה זכה כמאמן ביורו 1996. לאחר מכן אימן שנה אחת בבאייר לברקוזן, וגם בנבחרות נוספות ככווית, סקוטלנד, ניגריה ואזרבייג'ן. כיום פוגטס הוא היועץ הטכני של נבחרת ארצות הברית.