Sous le gouverneur Johnson, l'agence fut impliquée dans l'affaire des meurtres de la "Freedom Summer" d'abord par l'envoi à la police de Meridian du numéro de la plaque minéralogique de James Chaney puis par l'un de ses agents, Andy L. Hopkins, qui menait son enquête sur les meurtres tout en se plaignant d’être laissé dans le noir par le FBI. La Commission avait préalablement envoyé un agent infiltré, l'"Agent Y", au sein du et récupéré des dossiers de volontaires pour le Freedom Summer, et un autre agent avait espionné Michael Schwerner et son épouse Rita.