南軍のロバート・E・リー将軍がアポマトックス・コートハウスで降伏し、実質的に戦争が終わった後で、アンダーソンは少将（1865年2月3日付け任官）の制服を着てチャールストンに戻り、4年前の降伏時には降ろした33星旗を、再占領し荒れ果てたサムター要塞で行われた祝賀式で意気揚々と掲揚した（同じ1865年4月14日の夜に、エイブラハム・リンカーン大統領が暗殺された。）。