Med det osmanske nederlaget ved Wien falt også Thökölys opprør i Ungarn sammen. Hoveddelen av keiserens arme ble da stasjonert i Ungarn og landet ble i praksis styrt av militære kommandanter. Leopold I utnyttet den stadige trusselen fra osmanene til å overbevise de ungarske stendene om å avskaffe valgkongedømmet. Med dette fikk huset Habsburg arverett til den ungarske kronen. Seieren over osmanene og styrket herredømme over Ungarn fikk betydning for habsburgerriket helt til slutten av første verdenskrig. Keiserens harde fremferd førte til ny oppstand i Ungarn under den spanske arvefølgekrigen.