Anlass zur Gründung des Museums war die Weltausstellung 1878 in Paris. Zu den Begleitumständen der Gründung gehörte auch die während der Meiji-Restauration, in den 1890er Jahren, wieder aufflammende Bewegung Haibutsu kishaku, die auf die Abschaffung des Buddhismus abzielte. Dieser bedrohlichen Entwicklung setzte man in Nara eine Ausstellung bedeutender buddhistischer Tempelschätze der halbstaatlichen Organisation „Nara Hakubutsu Kaisha“ entgegen. Dies veranlasste 1888 das Kaiserliche Hofministerium zur Gründung einer „Sonderuntersuchungseinrichtung für nationale Kulturgüter“ () und ein Jahr später zur Gründung des Nationalmuseums Nara.