Neuer Kommandant wurde der Kapitän Ersten Ranges Gennadij Ljatschin. 1998 wurden in Sewerodwinsk die Waffensysteme und Sensoren modernisiert. Danach begann eine Mittelmeerfahrt. 1999 wollte Russland nach den NATO-Luftangriffen auf Jugoslawien wieder Stärke in diesem Gebiet zeigen. Ljatschin gelang es, die "Kursk" unbemerkt durch die Straße von Gibraltar zu bringen. Später wurde das Boot durch Sonarbojen geortet und verfolgt. Am 19. Oktober 1999 lief die "Kursk" nach 78 Tagen auf See wieder in Widjajewo ein. Daraufhin wurde sie das Flaggschiff ihrer Flottille.