Pendant la guerre d'indépendance turque, il rejoint le mouvement nationaliste et prend le commandement de l'Armée centrale ("Merkez Ordusu") en Anatolie en . Il fait expulser des missionnaires américains, emprisonner pour trahison des membres des minorités chrétiennes notamment grecque et arménienne, laisse incendier les quartiers chrétiens de Smyrne et lyncher le métropolite grec de la ville, et réprime aussi des musulmans alévis : le , avec et des irréguliers, il étouffe l'insurrection des tribus de Koçgiri.