Alla fine della stagione 2005-2006 i dissensi con l'allenatore Giovanni Galeone, che aveva escluso Bertotto dalla formazione titolare, lo hanno convinto a lasciare Udine per trasferirsi al , insieme al compagno di squadra Vincent Candela, che aveva dichiarato di volersi avvicinare alla propria famiglia (a Roma). Ha lasciato Udine con un bilancio di 7 reti in 404 presenze.