V roce 1860 byl Werneru Siemensovi propůjčen čestný doktorát berlínské univerzity. Na Světové výstavě 1867 v Paříži, kde Siemens prezentoval svůj generátor pracující na dynamoelektrickém principu, byl vyznamenán Řádem čestné legie. V roce 1874 byl Werner Siemens přijat za člena Pruské akademie věd, kde pravidelně přednášel a publikoval. 18. ledna 1886 byl vyznamenán řádem Pour le Mérite „za vědu a umění“. Byl členem „Berlínské společnosti pro antropologii, etnologii a prehistorii“. V roce 1887 byl zvolen členem Německé akademie věd Leopoldina.