1988 gründete Helmut Zimmermann die erste Arbeitsgruppe der Deutschen Gesellschaft für Herpetologie und Terrarienkunde (DGHT) zusammen mit Elke Zimmermann und Karl-Heinz Jungfer (DGHT-AG-ANUREN) mit Schwerpunkt Biotopschutz (ca. 120 nationale und internationale Fachleute). 1997 erfolgte die Gründung der eigenen Stiftung „Natur- und Artenschutz in den Tropen“ (NAT) zusammen mit Peter Wüst. 1994–2002 erarbeitete Zimmermann Studien zur Aufnahme des Goldfröschchens "Mantella aurantiaca" in den Anhang II des Washingtoner Artenschutzabkommens (mit Unterstützung des Bundesamtes für Naturschutz, Bonn) und stellte einen weiteren Antrag mit der madagassischen Regierung auf Unterschutzstellung des 8400 Hektar großen Moor-Regenwaldgebietes "Torotorofotsy" bei Andasibe, um es als 4. Feuchtgebiet Madagaskars auszuweisen. Es wurde im Februar 2005 in die Internationale Liste RAMSAR der UNESCO aufgenommen. 2000 erhielt er die Einladung des madagassischen Umweltministeriums zur Gestaltung des Ausstellungsstands "Madagaskar" für die Weltausstellung „EXPO 2000“ in Hannover mit Vorstellung seines NAT-Projekts. 2001 erfolgten von ihm Untersuchungen mit Antrag (aufgrund der Kooperationsverträge der Stiftung NAT mit der Universität Antananarivo und der Direction Générale des Eaux et Forets, Madagascar) zum Schutz des „Drachenbaum-Regenwaldgebiets Maromiza“. Der Antrag wurde 2001 als Naturschutzgebiet genehmigt; daraufhin erfolgte die Einweihung durch den deutschen Botschafter in Madagaskar, Behr (Pilotprojekt zur Umsetzung der Konvention von RIO 1992). In der Stuttgarter Wilhelma stellte Zimmermann die Projekte der Stiftung NAT vom 19. Juni bis 22. September 2002 als Ausstellung „Madagaskar – Insel der tropischen Kostbarkeiten“ vor, in Madagaskar 2003 in einer Ausstellung in der Nationalbibliothek der Hauptstadt Antananarivo. Fernsehfilme über die Arbeit der NAT von ZDF, Arte und 3SAT in Deutschland und TV-Madagasikara entstanden 2003.