Honduras on osallistunut kerran Copa América -turnaukseen. Se sai viime hetken kutsun vuoden 2001 kisoihin poisjääneen Argentiinan korvaajaksi. Sijoituttuaan alkulohkossaan toiseksi Honduras voitti puolivälieräottelussa Brasilian maalein 2–0. Välierässä joukkue hävisi Kolumbialle, mutta voitti pronssiottelussa Uruguayn rangaistuspotkukilpailun jälkeen.