1963年に外相となり、それまでの西側寄り政策を転換し、アメリカ合衆国と一線を画して中華人民共和国やサウジアラビアとの軍事・経済協力関係を結ぶとともに領土問題を決着させ、東南アジア条約機構からは離脱した。また他のイスラム諸国との関係を緊密にし、非同盟路線を進めた。1965年、カシミール領有権をめぐりインドとの軍事衝突が起きた（第二次印パ戦争）。ブットーはインドを非難したが、両国はアメリカ、イギリス、ソ連などの圧力により、国連の仲介する停戦に同意した。ブットーはアイユーブ・ハーンとともに和平交渉に赴き、両国の捕虜交換と撤兵に合意したが、国内世論はこれに反発し、ブットーもアイユーブ・ハーンに対して批判的になり、1967年には辞任して公然と政権を批判し、ラホールでパキスタン人民党を結成した。