Первым флаг-назначением Аллена стал пост директора по ресурсам штаба Береговой охраны. После он занимал пост командующего седьмым округом БО, где он руководил всеми операциями на юго-восточном побережье США и в Карибском море. После этого он служил командующим Атлантической зоны и морской оборонительной зоной «Атлантика». На этом посту он надзирал над всеми операциями БО вдоль восточного побережья США, побережье Залива и на Великих озёрах после серии терактов 11 сентября. С мая 2002 по май 2006 года Аллен возглавлял штаб БО в г. Вашингтон, став третьим в командной цепочке БО.