1941 wurde im Kloster die Conchyliensammlung von Gottfried Nägele wiederentdeckt und gerettet. Unrettbar hingegen schien der Konvent, als die nationalsozialistischen Behörden alle seine Schulen schlossen und dann enteigneten und der Bombenangriff am 27. November 1944 das Gebäude an der Eisenbahnstraße weitgehend zerstörte. Jedoch wurde nach dem Krieg der Besitz restituiert und das Gebäude an der Eisenbahnstraße bis 1968 neu errichtet. „Aber mit dem steigenden Wohlstand schrumpfte der klösterliche Nachwuchs.“ Die Schulen wurden von der "Schulstiftung der Erzdiözese Freiburg" übernommen. Das St.-Ursula-Gymnasium an der Eisenbahnstraße, mit sprachlichen, naturwissenschaftlichen und Musik-Profilen, erreichte 1972 mit 1596 seine größte Schülerinnenzahl und ist bis heute mit über 1100 Mädchen das größte Freiburger Gymnasium. Die "St. Ursula-Schulen" mit einem Ernährungswissenschaftlichen Gymnasium, einem Sozialwissenschaftlichen Gymnasium und einer Mädchenrealschule betreuen 450 Schülerinnen. Alle nehmen Mädchen unabhängig von ihrer Religion auf. Das „Schwarze Kloster“ dient heute, von der Kirche und Sakristei abgesehen, der Volkshochschule Freiburg. Mindestens seit 2003 gibt es in den Sommermonaten im Innenhof ein Open-Air-Kino.