Bei dem großen Luftangriff auf Kassel am 22. Oktober 1943, der einen großen Teil der Kasseler Innenstadt komplett zerstörte, wurde auch die Kreuzkirche sehr stark beschädigt. Die stählerne Dachkonstruktion stürzte in den Innenraum, die Mauern und die Gewölbe der Kreuzarme blieben aber erhalten.