Wciąż jako gracz klubu Universitario wziął udział w turnieju Copa América 1939, gdzie Peru zdobyło mistrzostwo Ameryki Południowej. Fernández zagrał we wszystkich czterech meczach - z Ekwadorem, Chile, Paragwajem i Urugwajem. Po mistrzostwach kontynentalnych zakończył karierę piłkarską i został trenerem.