Boutros turut dilaporkan meluluskan penjualan rahsia senjata rahsia bernilai $ 26.000.000 kepada kerajaan Rwanda pada tahun 1990 ketika memegang jawatan Menteri Luar Negeri Mesir, di mana simpanan senjata yang dibeli dipergunakan oleh rejim Hutu sebagai sebahagian daripada rancangan genosid yang berlaku di negara tersebut. Beliau berkhidmat sebagai Setiausaha Agung PBB ketika pembunuhan beramai-ramai itu berlaku 4 tahun kemudian.