El se inicia con un nuevo conflicto bélico, la Guerra de Independencia. En ella San Felices volvió a tener un papel destacado, siendo una de las plazas fuertes en la línea defensiva de la frontera portuguesa contra las tropas francesas. En 1809, el Abadengo, junto a la comarca de Ciudad Rodrigo, cae definitivamente del lado francés, librándose combates en las villas de Lumbrales e Hinojosa.Dentro del territorio de San Felices, en las eras del "«Pendón»" y «La Pelea» se libraron encarnizadas batallas, que ocasionaron pérdidas de vidas humanas y cuantiosos daños materiales, como el derribo del convento de San Juan de Letrán, parte de la ermita de Jesús Nazareno y el tejado de la ermita de Nuestra Señora de la Luz, si bien la batalla definitiva se libró en el puente sobre el río Águeda, conocido como «de los Franceses» por dicho motivo. Así desde el 15 de marzo de 1809 la villa quedó en manos francesas, sirviendo San Felices de los Gallegos como cuartel general de los franceses en la zona. En 1811, a consecuencia de la Batalla de Fuentes de Oñoro regresa Massena a Ciudad Rodrigo y hace que el frente de la guerra vuelva a San Felices, a donde son evacuadas las tropas francesas de Almeida. En 1812, Wellington toma Ciudad Rodrigo, y con ella San Felices, que tras tres años se libera del dominio francés y de la guerra.