Генетичні дослідження показали, що дивергенція "Pongo tapanuliensis" та "Pongo abelii" розпочалась близько 3 мільйонів років тому, подальше відокремлення відбулося після виверження вулкана Тоба, яке сталося близько 75 000 років тому. Вони продовжували спорадичний контакт, який зупинився щонайменше 10 — 20 Кілороків тому. Проте, дивергенція "Pongo tapanuliensis" та "Pongo pygmaeus" відбулася 670 Кілороків тому. Орангутани заселяли суходіл (Сундаленд) від Суматри до Борнео. Справжнею прабатьківщиною "Pongo tapanuliensis" вважається та точка, де перші орагунтани вперше увійшли до Індонезії з материкової Азії