W 2007 roku Thompson znalazł się w składzie na trzeci w swojej karierze Puchar Narodów UNCAF, podczas którego czterokrotnie pojawiał się na boisku, a Gwatemala ukończyła turniej na trzecim miejscu. Pięć spotkań zanotował w eliminacjach do Mistrzostw Świata 2010, ponownie nie zwieńczonych awansem swojej ekipy na światowy czempionat. Premierowego gola w kadrze narodowej strzelił w 83. występie, 4 września 2010 w wygranej 5:0 towarzyskiej konfrontacji z Nikaraguą. Brał udział w eliminacjach do Mistrzostw Świata 2014, wpisując się podczas nich na listę strzelców w spotkaniu z Grenadą (4:1). Pełnił funkcję wicekapitana reprezentacji, za to opaskę kapitańską nosił w razie nieobecności lidera kadry, Carlosa Ruiza.