Tras la conquista cristiana de la ciudad por Fernando III en 1236, una parte del Alcázar fue donada al , donde se fundó el Palacio Episcopal y otras estructuras religiosas, aprovechando restos de la muralla del alcázar que actualmente pueden verse integrados en la fachada del propio palacio, así como en parte del palacio de Congresos. Igualmente, en un pequeño patio al que se accede desde el patio principal de dicho palacio puede verse uno de los torreones que protegían el lienzo norte del alcázar. Por otro lado, la parte monárquica se convirtió en el Alcázar de los Reyes Cristianos, residencia de los monarcas de la Corona de Castilla, perdiendo la mayor parte de su estructura.