Harispe servit à l'armée d'Aragon jusqu'en 1813 et en 1814 il fut envoyé de Barcelone à l'armée de Soult. En 1814, il était sous les ordres de Soult, et quand l'armée commença sa marche rétrograde, il défendit le terrain pied à pied. Pendant la retraite de la Bidassoa, Harispe, avec sa division affaiblie par des pertes nombreuses, résista à toute l'armée anglaise, et la chassa de Saint-Jean-Pied-de-Port. Dans son village natal de Baïgorry il n'hésita pas à détruire sa propre habitation, le château d'Etchaux, pour en chasser les Espagnols qui l'occupaient. Il battit en brèche la maison d'origine de sa première épouse (Jeanne Marie Marguerite d'Echaux) occupée par Francisco Espoz y Mina avec , força le chef espagnol à l'évacuer en n'y laissant que les quatre murs, puis se jeta dans les Pyrénées, souleva les habitants au nom de la patrie en danger et repoussa plusieurs fois avec succès les tentatives d'invasion. Il protégea ensuite la retraite de l'armée française à Orthez le 1814, à Cadillon le 18 mars, où il surprit les troupes de Wellington, et à Tarbes où il contint une division portugaise le . Le , à Toulouse, où Soult l'avait chargé de défendre les hauteurs du Calvinet dont les redoutes étaient à peine achevées, il se battit jusqu'à la dernière extrémité et eut le pied fracassé par un boulet. Il dut souffrir l'amputation et resta blessé et prisonnier à Toulouse ; il reçut de Wellington et d'autres chefs ennemis des témoignages de la plus haute considération. Ce dernier vint en personne lui rendre visite et le fit soigner par son médecin personnel. En 1815, l'Empereur lui confia de nouveau la défense des Pyrénées.