Orașul a fost aproape în întregime distrus în timpul invaziei mongole a Poloniei. În 1241, după încercarea polonezilor de a respinge invadatorii, aceștia au fost zdrobiți în bătălia de la Chmielnik. Cracovia a fost reconstruită în 1257, într-o formă care a fost practic nemodificată, și a primit drepturile de oraș de auto-guvernare de la rege, în baza Legii Magdeburg.