Kegiatan belajar di SR. VI Muhammadiyah Jalan Bhayangkara tersebut hanya berjalan beberapa bulan. Hal itu disebabkan pada tanggal 19 Desember 1948 Belanda melakukan Agresi Militer II kepada Ibu Kota Republik Indonesia kala itu, Yogyakarta. Seperti halnya yang dilakukan anak muda maupun rakyat Indonesia yang lain, guru dan murid SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta ikut perang gerilya melawan agresi militer Belanda tersebut.