Después de los atentados del 11 de septiembre de 2001, el "Vinson" y el "Roosevelt" estuvieron entre los primeros buques de guerra en participar en la Operación Libertad Duradera en Afganistán. En julio del año 2001 el "Vinson" zarpó hacia el Golfo Pérsico con el propósito de apoyar la Operación Southern Watch. Esto cambió en respuesta a los atentados, y la nave cambió de curso para dirigirse hacia el norte del Mar Arábigo, donde lanzó los primeros ataques aéreos en apoyo de la operación del 7 de octubre de 2001. Después de los atentados, el "Stennis" y el "Washington" participaron en la Operación Noble Eagle, llevando a cabo operaciones de seguridad nacional a lo largo de la Costa Oeste de los Estados Unidos. Desde esas fechas todos los buques en servicio activo se vieron involucrados de alguna forma en las operaciones realizadas en Iraq y Afganistán. Esto incluye la invasión de Irak de 2003 por parte de Estados Unidos, así como el proveer el apoyo subsecuente desde entonces para la Operación Iraqi Freedom.