Στην Ιωνική Επανάσταση οι Σάρδεις λεηλατήθηκαν από τους Έλληνες (499 π.χ.), η επανάσταση κατεστάλη σε πέντε χρόνια και προς μεγάλη έκπληξη των Ελλήνων ο Αρταφέρνης ήταν πολύ επιεικής στους αντάρτες. Την Περσική περίοδο εισήχθη στην χώρα η λατρεία θεοτήτων της Ανατολής όπως η Αναχίτα, πλούσια κτήματα δόθηκαν σε Πέρσες ευγενείς καθώς και σε Έλληνες πιστούς στους Πέρσες.