Im Juli 2004 folgte die Beförderung zum Kapitän zur See (Captain) und der Posten des "Chief Staff Officer (Operations)" im australischen Marinehauptquartier (MHQ). In dieser Zeit wurde er an das Hauptquartier der australischen Marineeinsatzkräfte () abgestellt als "Commander Task Group 58.1 – Northern Arabian Gulf Maritime Security Operations Commander". Nach sechs Monaten am Golf kehrte er im Oktober 2005 zum MHQ zurück. Im Januar 2007 hielt Mayer Vorlesungen am "Australian Defence College" für den Lehrgang "Master of Arts in Strategic Studies". Im Dezember 2007 folgte das Kommando über die "HMAS Anzac" bis Mitte 2009, als er zum Kommodore befördert wurde und zum Kommandeur der International Stabilization Force (ISF) in Osttimor wurde. Den Posten hatte er, als erster nicht Angehöriger des Heeres, vom 24. Oktober 2009 bis zum 25. Februar 2010 inne.