Huger combat remarquablement en 1846-48 pendant la guerre américano-mexicaine, servant en tant que chef de l'ordonnance de l'état-major du major général Winfield Scott pendant le conflit. Huger dirige le train de siège pendant le siège de Veracruz, du au . Il est breveté commandant pour ses performances à Veracruz le , et lieutenant colonel lors de la bataille de Molino del Rey le . Huger est breveté colonel cinq jours plus tard pour « bravoure et conduite méritoire » pendant la prise de Chapultepec.