У сезоні 1941 року захисник, який роком раніше став майстром спорту СРСР, встиг узяти участь в 9 поєдинках. З початком радянсько-німецької війни, Микола Махиня брав участь в обороні Києва. Пізніше, за проявлену відвагу і мужність був нагороджений орденом Вітчизняної війни II ступеня. Після відступу радянських військ, в червні 1942 року направлений в Казань, де до квітня 1943 року був гравцем місцевої динамівської команди.