L'éventail des missions comprend également la lutte contre le grand banditisme et la lutte antiterroriste, de manière autonome ou en appui du GIGN. Le rôle des AGIGN dans la lutte contre le terrorisme est réitéré dans en avril 2016 dans le Schéma national d'intervention des forces de sécurité présenté par le Ministre de l'Intérieur en réponse aux attentats de 2015. Le schéma présente notamment la procédure d’urgence absolue (P.U.A.) qui autorise - en cas de crise majeure ou de crises multiples - l'intervention de toute unité en mesure de la faire en tout point du territoire (donc en s'affranchissant du critère de compétence géographique qui s'impose habituellement).