Zamach terrorystyczny z 11 września 2001 wywarł duży wpływ na Battery Park City. Mieszkańcy Lower Manhattanu, a zwłaszcza Battery Park City, zostali przesiedleni z tych obszarów na dziesięć dni. Część obiektów była oficjalnymi „miejscami zbrodni”, dlatego rezydenci nie mogli wrócić do swoich domów przez dłuższy czas. Uzyskawszy w końcu pozwolenie na powrót do Battery Park City, niektórzy mieszkańcy Gateway Plaza zgłaszali, że ich domy zostały splądrowane. Powietrze nad Battery Park City, a także pobliskimi obszarami, wypełnione było toksycznymi dymami z pożarów World Trade Center aż do stycznia 2002 roku.