קפאן אן נבנה במחצית השנייה של המאה ה-15, בהוראת הגנרל הבוסני-עות'מאני, איסאה-באג אישאקוביץ' . המבנה מוזכר לראשונה בשם הוקף של מסגד יאיה-פאשינה ב-1506. לאורך ההיסטוריה, המבנה מילא תפקיד מרכזי בהתפתחות הכלכלה באזור, שכן המבנה היה מקום בו בילו מטיילים מסחריים ממקומות רחוקים רבים. הפונדק נהרס על ידי רעידת האדמה ב-1555, ולאחר מכן בשרפה הגדולה של 1689, שלאחריה המבנה שוחזר בצורה הרבה יותר פשוטה, עם מבנה עץ, וממראהו המקורי נשמרו רק חלקיו התחתונים. הפונדק עבד עד לתחילת מלחמת העולם השנייה. הבניין כמעט נהרס לחלוטין ברעידת האדמה ב-1963 ושוחזר בין השנים 1971–1973, ולאחר מכן נפתח מחדש ב-1974. כיום יש בו חנויות, טברנות ומשרדים.