Beim Elbhochwasser im August 2002 drang Wasser in die unterirdischen Lagerräume. Zuvor wurden ebenfalls die modernen Sicherheitsdepots unter dem Zwinger und dem Theaterplatz, wo Gemälde alter Meister lagerten, geflutet. Bei der größten Kunstrettungsaktion zu Friedenszeiten schafften es viele Helfer, die dort gelagerten wertvollen Gemälde, Skulpturen und Dokumente zu schützen und zu bergen. „Bellotto kommt nicht mehr ins Aquarium“, konstatierte damals Martin Roth, Generaldirektor der Staatlichen Kunstsammlungen Dresden und brachte damit seine Forderung nach einem hochwassersicheren Depot auf den Punkt: „Wichtig ist, dass die Schätze unserer Depots jetzt nicht mehr unterirdisch gelagert werden und so vor einer neuen Flut geschützt sind.“ National und international anerkannte deutsche Künstler wie Gerhard Richter und Georg Baselitz spendeten 46 Werke, die im Jahr 2002 bei einer Auktion in Berlin versteigert wurden. Dabei kamen rund 3,4 Millionen Euro als Grundstein für den Umbau und die Sanierung des Albertinums zusammen.