Пока Бандера находился в заключении, с марта 1943 года УПА, возглавляемая ОУН(б), начала этнические чистки польского населения Волыни и Галичины. В результате на Волыни погибло 40-60 тысяч человек, в Галичине от 20-25 до 40 тысяч, а на землях современной Польши от 6 до 8 тысяч поляков. Хотя, по словам Гжегожа Россолинского-Либе, Бандера во время пребывания в Заксенхаузене не был полностью отрезан от политики и деятельности ОУН(б), никаких документов, подтверждающих одобрение или неодобрение Бандеры в отношении этнических чисток или убийств евреев и представителей других национальных меньшинств за этот период не было обнаружено.