Na počátku dubnové války byl Rupnik náčelníkem štábu I. armádní skupiny Vojsk Království Jugoslávie. Po porážce Jugoslávie byl Rupnik zajat a chvíli držen v německé vojenské věznici. Po propuštění se 17. dubna 1941 přestěhoval do Italy okupovaného jižního Slovinska. Tato oblast byla počátkem května 1941 označena za Nezávislou provincii Lublaň. 7. června 1941 přijal funkci starosty Lublaně. V září 1943 byla po italském příměří oblast obsazena říšskoněmeckou brannou mocí a korutanský gauleiter Friedrich Rainer poté Rupnika navrhl do funkce vedoucího administrativy v lublaňské provincii. Rupnik měl funkci přijmout po konzultaci s biskupem Gregorijem Rožmanem, který měl Rupnika také na funkci doporučit. Rupnik byl do funkce jmenován 22. září 1943.