Setelah kekalahan Napoleon dalam Pertempuran Leipzig, Ferdinand membatalkan persekutuannya dengan Kekaisaran Prancis Pertama pada 26 Oktober 1813. Berdasarkan perjanjian Austria-Bayern pada 3 Juni 1814, wilayah Ferdinand diserahkan kepada Kerajaan Bayern dan keharyapatihan ini dibubarkan. Kongres Wina kemudian mengembalikan status Ferdinand sebagai penguasa Keharyapatihan Toscana. Keuskupan Katolik Roma Würzburg didirikan kembali pada tahun 1821 tanpa wewenang temporal.