В 1604 году во время австро-турецкой войны Ян Зебжидовский во главе собственной хоругви, названной милицией св. Михаила, прибыл под Эстергом в Венгрии. После его прибытия турки-османы сняли осаду с крепости и отступили. В 1605 году Николай Зебжидовский, готовивши своего сына к духовной карьере, отправил его в паломничество в костёл св. Михаила в Монте-Гаргано (Италия). По дороге Ян Зебжидовский посетил Испанию, Францию и Германию, а в 1608 году вернулся на родину.