Поскольку принц Педру, который был наследником престола, провозгласил независимость Бразилии, принц Мигель находился в Вене, королева Карлота Жоакина де Бурбон была сослана в Келуш, а старшие сёстры Изабеллы (Мария Тереза и Мария Франциска) были замужем за испанскими инфантами, Изабелла Мария была 6 марта 1826 года формально назначена регентом королевства — пока недавно (на тот момент) коронованный императором Бразилии (Педру I Бразильский и будущий Педру IV Португальский) не вернётся на престол. Педру IV, однако, сразу же отрёкся от престола в пользу своей дочери Марии де Глории (которая стала Марией II Португальской), жившей в Лондоне, с условием, что она должна выйти замуж за дядю Мигеля. Изабелла Мария оставалась регентом королевства до 1828 года, когда началась гражданская война между сторонниками абсолютизма, поддерживавшими Мигеля, и либералами, поддерживавшими Марию II (так называемые Мигелистские войны), которая завершилась победой либералов и поражением и, как следствие, изгнанием Мигеля.