Военные действия русской армии, начатые в 1805 году против Наполеона, побудили Скалона вернуться на военную службу — 26 апреля 1806 года принят на службу прежним чином. Но принять участие в войне ему не довелось, ибо император Александр I вторично назначил его шефом Иркутского драгунского полка. Таким образом, он должен был вернуться к своему прежнему полку в Сибирь для «"приведения снова в отличное устройство, в каком он оставил полк сей"».