Na gestão de Berti Vogts, com a Alemanha já reunificada, Thon jogou pouco: foram apenas 5 partidas entre 1992 e 1993, tendo inclusive perdido a Copa de 1994 e as Eurocopas de 1992 e 1996 por lesão. Só voltaria a defender a "Nationalelf" em 1997, participando de 2 jogos, e foi convocado para a Copa de 1998, sendo titular nos 3 jogos da primeira fase, perdendo a vaga a partir das oitavas-de-final. Deixou a seleção logo após a participação na Copa, encerrando a carreira internacional com 52 partidas e 3 gols marcados.