Toisessa maailmansodassa Jugoslavia valloitettiin ja Kroatiasta tehtiin fasistinen nukkevaltio nimeltään Itsenäinen Kroatian valtio, jota johti ustaša-puolue. Ustaša vainosi ankarasti varsinkin serbejä. Serbejä arvellaan tapetun 300 000–600 000 ja juutalaisia ja romaneita kymmeniä tuhansia. Toisen maailmansodan päätyttyä akselivaltojen häviöön Jugoslavia koottiin uudelleen ja siitä tuli sosialistinen valtio Josip Broz Titon tiukan kontrollin alla. Sodan jälkeen Jugoslaviaan liitettiin sitä ennen Italialle kuulunut Istrian niemimaa, joka jaettiin Kroatian ja Slovenian tasavaltojen kesken.