Nasser Mohammadkhani spielte 25-mal für die Iranische Fußballnationalmannschaft und erzielte dabei 18 Tore. Er wurde Torschützenkönig der Fußball-Asienmeisterschaft 1984 in Singapur, wo der Iran den vierten Platz erreichte. Bei den Asienspielen 1990 in Peking gewann er mit seiner Mannschaft die Goldmedaille.