Beato se montre très actif pendant son séjour au Japon. En , il est photographe officiel lors de l'expédition militaire de Shimonoseki. L'année suivante, il réalise un certain nombre de photographies datées de Nagasaki et de ses environs. À partir de 1866, il est souvent mis en scène de façon satirique dans le journal "Japan Punch", dont Wirgman est le fondateur et l'éditeur. Lors de l'incendie d' qui détruit une grande partie de Yokohama, Beato perd son studio et ses négatifs ; il passe les deux années suivantes à travailler avec énergie pour remplacer les documents perdus. Le résultat est la réalisation de deux volumes de photographies ; le premier, "Native types" (« Types indigènes »), contient 100 portraits et photographies de la vie quotidienne, le second, "Views of Japan" (« Vues du Japon »), contient 98 paysages montrant des campagnes comme des villes. Beaucoup de ces photographies sont colorées à la main, un procédé par laquelle Beato, dans son studio, applique à la photographie européenne les techniques raffinés des coloristes et des imprimeurs d'estampe japonais.