Er konnte sich bald schon auszeichnen und nach einigen Beförderungen kämpfte Deponthon u. a. bei Castiglione (5. August 1796). Napoleon Bonaparte wurde auf ihn aufmerksam und holte ihn in seinen Stab, als er 1798 seine Invasion plante. Deponthon war am 11. Juni 1798 bei der Kapitulation Maltas dabei und begleitete Napoleon weiter nach Ägypten. Bei den Kämpfen vor Alexandria (2. Juli 1798) war ebenso dabei wie vor Kairo und der Schlacht bei den Pyramiden (21. Juli 1798).