Eboue ilk millî maçına 5 Ekim 2004'te Fildişi Sahili millî futbol takımının Sudan'ı 5-0 yendiği maçta çıktı. Eboue bu maçla birlikte Kolo Touré, Didier Zokora, Didier Drogba ve Yaya Touré gibi oyunclar ile birlikte ilk 11'in vazgeçilmez isimlerinden oldu. Eboue, 2006 yılında Fildişi Sahili millî futbol takımı teknik direktörü Henri Michel tarafından aday kadro'ya çağrıldı ve 2006 Afrika Uluslar Kupası'nda neredeyse her maçta ilk 11'e çıktı. 2006 Afrika Uluslar Kupası Fildişi Sahili millî futbol takımı ile finale kadar çıktı. Finalde Mısır ile eşleşen Fildişi normal süreyi 0-0 tamamlarken maçta Penaltı atışlarına geçildi. Penaltı atışlarında Eboue bir penaltı golü attı fakat takımının yenilmesine engel olamadı ve takımı 4-2' lik sonuçla 2006 Afrika Uluslar Kupası'nın 2.si oldu. Eboue turnuva sonrasında Ahmed Hassan, Rigobert Song, Didier Drogba ve Samuel Eto'o ile birlikte turnuva'nın en iyi oyuncuları arasında gösterildi.