Един Цоцалић је наступао за репрезентацију Босне и Херцеговине у неколико узраста. Најпре је од 2003. године наступао као капитен репрезентацију Босне и Херцеговине до 17 година, а онда су уследила учешћа од 2005. године за репрезентацију Босне и Херцеговине до 19 година и репрезентацију Босне и Херцеговине 21 године од 2007. до 2008. године. За сениорску репрезентацију Босне и Херцеговине дебитовао је 28. марта 2015. године у квалификацијама за Европско првенство 2016. године против фудбалске селекције Андоре. Цоцалић је повремени репрезентативац Босне и Херцеговине.