קאקה הפך לשחקן המרכזי בחוליית ההתקפה של מילאן לאחר עזיבתו של שבצ'נקו לצ'לסי לפני עונת , ולעיתים אף שיחק כחלוץ מרכזי. באותה עונה סיים כמלך השערים של ליגת האלופות עם 10 שערים, ובהם שער הניצחון מול סלטיק במשחק הגומלין של שמינית הגמר, ושלושה נוספים בניצחון בחצי הגמר על מנצ'סטר יונייטד. לקאקה היה חלק מכריע בניצחון מילאן 2 - 1 על ליברפול במשחק הגמר שנערך ב-23 במאי 2007. עבירה שנעשתה עליו זיכתה את מילאן בבעיטה החופשית שממנה הבקיע פירלו את השער הראשון, וקאקה בישל לאינזאגי את השער השני. הייתה זו הפעם הראשונה שבה זכה קאקה בליגת האלופות. בזכות הישגיו ואיכות המשחק שלו באותה עונה הוענקו לו על ידי אופ"א פרסי חלוץ העונה בליגת האלופות וכדורגלן השנה במועדונים. ב-5 באוקטובר 2007 הפך קאקה לשחקן השמיני בתולדות מילאן שזוכה בפרס כדור הזהב של המגזין "פראנס פוטבול", לאחר שסיים במקום הראשון בהצבעה עם 444 קולות, במרחק של 167 נקודות מכריסטיאנו רונאלדו ממנצ'סטר יונייטד שדורג במקום השני. הוא זכה גם בתואר כדורגלן השנה בעולם של פיפ"א.