I sesongen 2016/17 oppnådde Malsiner sine første plasseringer blant de ti beste i verdenscupen. Med sin andreplass bak Yūki Itō i hopprennet i Zaō 20. januar 2017, oppnådde hun også sin første pallplass. 1. februar 2017 ble hun juniorverdensmester i Park City foran Ema Klinec og Nika Križnar i den individuelle konkurransen i normalbakken. I lagkonkurransen endte hun på femteplass sammen med sine italienske lagvenninner. Samme måned deltok hun i Ski-VM i Lahtis hvor hun endte på 15.-plass individuelt og 7.-plass i blandet lagkonkurranse. Hun endte verdenscupsesongen på 15. plass med 298 poeng og oppnådde dermed det beste sammenlagtresultatet i sin karriere så langt.