Nach der Besetzung Dänemarks im April 1940 wurde die "Phoeniz" zur SNB III verlegt und in Aalborg stationiert, und im Oktober 1940 wurde sie mit einem MES gegen Seeminen ausgestattet. Im März/April 1941 wurde sie in Kiel mit zwei 2-cm-Flak bewaffnet. Ab Mai 1941 unterstand sie dem Seenotdienstführer (SNDF) Mitte, und ab Juli 1942 diente sie dann am Torpedowaffenplatz Hexengrund in der Danziger Bucht.