במישור הביטחוני נקט תחילה שרון מדיניות של איפוק יחסי ולא החמיר במידה ניכרת את הצעדים הצבאיים בהם נקטה ישראל כנגד האינתיפאדה. ואולם בעקבות הפיגוע במלון פארק ב-27 במרץ 2002 (ליל הסדר ה'תשס"ב) שהיווה את שיאו חודש מרץ השחור בו נרצחו 105 ישראלים בפיגועים, יזמה הממשלה את מבצע חומת מגן ולאחריו מבצע דרך נחושה, שהובילו להשתלטות מלאה של ישראל על ערי הגדה, ולשיפור ניכר במצב הביטחוני. באפריל 2002 החליטה הממשלה על הקמת גדר ההפרדה כדי למנוע כניסת מחבלים לשטח ישראל.