Debuten på Albert Park i Australias Grand Prix ble en stor skuffelse etter en dårlig kvalifisering og mange små førerfeil gjennom hele løpet. Men Kovalianen tok sitt første Verdensmesterskapspoeng i sitt andre Formel 1-løp under Malaysias Grand Prix. Hans første pallplassering kom i slutten sesongen, i et dramatisk og fartsfylt Japan Grand Prix, hvor Heikki var oppe på en andreplass etter mange safetycar-perioder. Rett bak ham lå landsmannen Kimi Räikkönen i Ferrari og presset finnen, men Kovalainen klarte å holde hode kaldt og kunne kjøre inn til en flott andreplass, bare åtte sekunder bak vinneren. Han styrte unna store førerfeil og tekniske problemer gjennom hele sesongen. Bortsett fra i Brasil hvor han spant av banen på runde 35 og kolliderte inn i dekkbarrierne. Han utkonkurrerte sin mer erfarne teamkollega, Giancarlo Fisichella, og endte sesongen på en 8.-plass sammenlagt med 30 poeng.