ในคริสต์ศตวรรษที่ 16 เจ้าแห่งราชวงศ์ตีมูร์ บาบูร์ (Babur) ผู้ครองเฟอร์กานา (Ferghana) ก็เข้ารุกรานอินเดียและทำการก่อตั้งจักรวรรดิโมกุลที่ปกครองดินแดนส่วนใหญ่ของอนุทวีปอินเดียจนกระทั่งมาเสื่อมโทรมลงในสมัยของจักรพรรดิออรังเซพ (Aurangzeb) เมื่อต้นคริสต์ศตวรรษที่ 18 และถูกยุบอย่างเป็นทางการโดยบริติชราชหลังกบฏอินเดีย ค.ศ. 1857