Poleg rek ima Paragvaj mokrišča in jezera. Niz mokrišč jezera Ypoá, sestavljenega iz štirih jezer in jezero Ypacaraí, je največje jezero v Paragvaju. V Paragvaj sega tudi največje tropsko mokrišče na svetu in največja poplavljena travišča na svetu Pantanal. V Ramsarski konvenciji je registriranih šest mokrišč, katerih površine skupaj znašajo 793.910 ha.