Mit dem Beginn des Zweiten Weltkrieges wurde Erich Koch zum Reichsverteidigungskommissar für Ostpreußen (Wehrkreis I) ernannt. Nach dem Ende des Überfalls auf Polen musste er den Regierungsbezirk Westpreußen am 26. Oktober 1939 an den neuen Reichsgau Westpreußen (später Danzig-Westpreußen) abtreten, bekam dafür aber den neuen Regierungsbezirk Zichenau (in Polen Ciechanów) hinzu. Dieser umfasste nur altpolnisches Gebiet und reichte bis über die Ufer von Weichsel und Narew. Nach dem Angriff gegen die Sowjetunion wurde Koch mit dem 1. August 1941 zum „Zivilkommissar“ ernannt. Als Chef der Zivilverwaltung im Bezirk Białystok war er bis 1945 für die Festlegung und Umsetzung der Besatzungspolitik verantwortlich.