Výborný aloitti maajoukkueuransa nuorisomaaotteluissa. Vuonna 1992 hän pelasi Tšekkoslovakian kultaa voittaneessa 18-vuotiaiden EM-joukkueessa. Výborný oli 18-vuotiaiden EM-kilpailuissa myös vuonna 1993, jolloin hän edusti jo Tšekkiä. Maa voitti vuonna 1993 EM-pronssia 18-vuotiaissa. Výborný valittiin sekä vuonna 1992 että 1993 EM-turnauksen parhaaksi hyökkääjäksi ja vuonna 1992 hän voitti myös turnauksen pistepörssin 14 pisteellään. Nuorten MM-kilpailuissa Výborný pelasi vuosina 1993 ja 1994. Vuonna 1993 Výborný voitti MM-pronssia ja seuraavana vuonna hänet valittiin turnauksen tähdistökentälliseen.