W reprezentacji RPA Mhlongo zadebiutował 14 czerwca 2003 roku w wygranym 2:1 towarzyskim spotkaniu z Trynidadem i Tobago. 20 maja 2006 strzelił pierwszego gola w kadrze narodowej w meczu COSAFA Cup 2006 ze Suazi (1:0). W 2008 roku został powołany przez selekcjonera Carlosa Alberto Parreirę do kadry na Puchar Narodów Afryki 2008. Tam był rozegrał dwa spotkania: z Angolą (1:1) i z Tunezją (1:3). W 2009 roku selekcjoner Joel Santana powołał go na Puchar Konfederacji.