В 2010 году Сантос стал кандидатом в президенты. Первый раунд выборов был проведён 30 мая 2010 года. За Сантоса проголосовали 46,5 % избирателей, а за его основного соперника Антанаса Мокуса — 21,5 %. Так как никто из кандидатов не набрал более 50 процентов, 20 июня 2010 года был проведён второй раунд выборов, в котором участвовали лишь два основных кандидата. На нём Сантос получил 69,06 % голосов и стал новым президентом.