Maar in 1938, bij het naderen van de Tweede Wereldoorlog, kreeg het fort opnieuw een beperkte militaire betekenis. In 1939 werd er een militaire observatiepost ingericht. Het museum sloot. Er kwam een afdeling van 'Défense Terrestre contre Aeronefs'. Gedurende de Achttiendaagse Veldtocht brachten ingekwartierde Franse soldaten er grote vernielingen aan. Bij een luchtbombardement van de Oostendse haven op 15 mei 1940 werd het fort weliswaar niet geraakt, maar toch werden veel stukken uit het museum beschadigd of vernield door de luchtverplaatsing van bommen die vlakbij gevallen waren.