Ook nadat Litaue sy status as onafhanklike republiek in 1990 herwin het, het Vilnius steeds die setel van die Litause parlement en regering gebly. Russiese troepe het op 13 Januarie 1991, die sogenaamde Bloedige Sondag, 'n vergeefse poging aangewend om die stad te herower waarby veertien mense gesterf het. Binne 'n dekade het die stad tot 'n moderne Westers-kosmopolitiese metropool ontwikkel. Langs die Neris-rivier het 'n nuwe moderne sakesentrum ontstaan.