Masinissa palasi kuitenkin jälleen kotiseuduilleen, tällä kertaa Scipion johtamien roomalaisjoukkojen tukemana vuonna 203 eaa. Syfax kukistettiin ja otettiin vangiksi samana vuonna. Masinissa sai takaisin hänen isänsä hallitsemat alueet. Hän myös avioitui Syfaxin lesken Sophoniban kanssa, mutta myrkytti tämän myöhemmin roomalaisten painostuksesta, jotka epäilivät tämän karthagolaissympatioita. Masinissa jatkoi sotaa Karthagoa vastaan tukien roomalaisia. Zaman taistelussa Massinissan joukot osoittautuivat roomalaisten voitolle tärkeiksi. Vuonna 201 eaa. solmittu rauhansopimus toi hänelle myös ennen Karthagolle kuuluneita alueita. Hän sai komentoonsa myös joitakin Karthagolta vallattuja sotanorsuja. Vielä tärkeämmäksi osoittautui hänen saavuttamansa roomalaisten kiitollisuus, jonka avulla hän valtasi vielä Karthagolle jäljelle jääneitäkin alueita. Tämä johti lopulta kolmanteen puunilaissotaan ja Karthagon lopulliseen tappioon. Masinissa valloitti myös muiden numidialaishallitsijoiden alueet yhdistäen Numidian valtansa alle. Nämä tapahtumat tunnetaan kuitenkin aikalaislähteistä paljon huonommin.