По возвращении на родину Бородин продолжал атаманствовать до 1823 года, за это время участвовал в походе (1809 г.) в казахскую степь, участвовал в формировании уральских казачьих полков, отправляемых на русско-турецкую и наполеоновские войны. При нём в Уральске было открыто первое Войсковое училище для мальчиков. Для восстановления Уральска после грандиозного пожара 1821 года атаман пригласил в Уральск итальянского архитектора Дельмедино. В перестроенном им доме Бородина в Уральске впоследствии была размещена постоянная резиденция войсковых атаманов Уральского войска.