Für zwei Jahre wurde er 1889 Direktor am Städelschen Kunstinstitut in Frankfurt am Main. Dort lernte er auch den Maler Hans Thoma kennen, mit dem ihn eine langjährige Freundschaft verband. Von 1893 bis zu seiner Emeritierung 1911 lehrte er als Professor an der Universität Heidelberg. Angestachelt durch die nationalistische Erregung während der ersten Marokko-Krise entfesselte er 1905, sich für Arnold Böcklin und Hans Thoma einsetzend, einen Zeitungskrieg gegen die Förderer der modernen Kunst in Berlin.