Al cap d'uns mesos ingressà en el sanatori madrileny d'Humera per recuperar-se de la tuberculosi. Alla el sorprengué l'alçament militar i sense cap dilació se n'anà a Barcelona, on va passar per mallorquí (Quiñones era un poliglot que parlava correctament el mallorquí), Va participar en el desembarcament de Bayo i tot seguit visqué a Menorca, on dirigí la nova època, bilingüe, de Nostra Paraula fins que fou traslladat al front de Llevant l'any 1937. Aqueix any fou ascendit al Comité Central del PCE, tot i que fou recriminat per la seva benevolència envers els cenetistes balears. Sembla que la major part de la contesa la va passar a València integrat en un servei d'informació (el SIEPP) i que més tard treballà com a traductor a l'ambaixada de l'URSS. Unes altres informacions diuen que arribà a ser nomenat comandant del XIV Cos de Guerrillers. Quan la guerra prengué un caire irreversible, els soviètics li varen oferir la possibilitat de sortir de l'Estat, però ell la va refusar.