In die neue &lt;a href="Skisprung-Weltcup%201996/97"&gt;Saison 1996/97&lt;/a&gt; startete Peterka mit einem vierten Platz in Lillehammer. In Kuusamo feierte er nur wenige Tage später einen erneuten Weltcupsieg. Auch in Harrachov war er erfolgreich. Die &lt;a href="Vierschanzentournee%201996/97"&gt;Vierschanzentournee 1996/97&lt;/a&gt; begann Peterka mit Rang sieben auf der Schattenbergschanze in Oberstdorf. In Garmisch-Partenkirchen sprang er der Konkurrenz davon und gewann. Nachdem er in Innsbruck und Bischofshofen zwei weitere Podestplätze errang, konnte er schließlich auch die Tournee für sich entscheiden. Mit diesem Sieg im Rücken reiste er Tage später nach Engelberg in die Schweiz und siegte auch dort in beiden Springen von der Gross-Titlis-Schanze. Nach seinem ersten Sieg im Skifliegen am Kulm gehörte er bei der im März stattfindenden Nordischen Skiweltmeisterschaft 1997 in Trondheim zu den engeren Medaillenfavoriten. Im Einzel von der Normalschanze verpasste er aber den Sprung in die Weltspitze und erreichte nur einen schwachen 31. Platz. Auch mit seinen Teamkollegen konnte er nicht überzeugen und landete nur auf Rang sechs im Teamspringen von der Großschanze. Im Einzel auf der Großschanze konnte sich Peterka zwar deutlich steigern, verpasste aber als 13. auch dort einen Top-10-Platz. Obwohl er in der Folge in Lahti nur schwer zu alter Form zurückfand und als 44. ohne einen Weltcuppunkt blieb, feierte er in Falun noch einmal einen deutlichen Weltcup-Sieg. Kurze Zeit gelang ihm nach weiteren Punktgewinnen auch der Gesamtweltcupsieg. Diesen Erfolg wiederholte er in der folgenden Saison. Dabei sicherte er sich im &lt;a href="Skisprung-Weltcup%201997/98"&gt;Winter 1997/98&lt;/a&gt; vier weitere Weltcupsiege.