Konfederacja powstała jako rezultat akcji samoobronnej przeciw wewnętrznemu kryzysowi na łonie I Rzeczypospolitej w pierwszej połowie XVII wieku. Kryzys ten przejawił się głównie w Rokoszu Zebrzydowskiego i wywołanej nim anarchii, w tym rozprzężeniu w szeregach wojskowych. Klęski w Rosji po 1612 zeszły się w czasie z powstawaniem różnych konfederacji wojskowych, które wróciły do Polski i rozpoczęły szeroko zakrojoną grabież miast i wsi. Władza centralna była praktycznie bezsilna wobec tych wydarzeń. Patrycjat Gdańska już w 1612 szukał szans na zawarcie korzystnych sojuszy obronnych, m.in. myślał o przystąpieniu do sojuszu hanzeatycko-niderlandzkiego, czy pragnął przejąć rolę przewodnią w pruskiej konfederacji szlachecko-mieszczańskiej z 1613. Żaden z tych projektów nie został zrealizowany. W takiej sytuacji postanowiono zawrzeć skromniejszy sojusz, ograniczony do trzech największych metropolii tego rejonu. Napotkało to pewne problemy, zwłaszcza ze strony tzw. Trzeciego Ordynku – reprezentacji średniego mieszczaństwa gdańskiego, który nie zgodził się na odsunięcie swoich przedstawicieli od dyskusji nad tą sprawą, a także nie chciał zepchnięcia kosztów związanych z utrzymaniem sojuszu na barki szerokich mas ludności. Poważnym problemem był też opór Elbląga, który od dawna był poróżniony z Gdańskiem na tle ekonomicznym. Trudność tę przezwyciężono, obiecując Elblągowi czynne poparcie w sporze miasta z biskupem warmińskim o oddanie katolikom jednego z kościołów.