Le 4 janvier 2017, Pierre Carraz, entraineur de Christophe Lemaitre, annonce que son athlète fera l'impasse sur les Championnats d'Europe en salle de Belgrade. Le lendemain, le Français s'impose au meeting de Tignes en 6 s 58, meilleure performance mondiale de l'année. Il devance Dwain Chambers (6 s 64). Le 8 février à Paris, il termine en 6 s 63, à relative distance du Cubain Yunier Pérez, vainqueur en 6 s 54. Il remporte la finale des championnats de France Elite en salle à Bordeaux sur 60m en 6 s 60, son septième titre sur la distance.