С 1995 год служил начальником ракетных войск и артиллерии Северо-Кавказского военного округа. В этой должности принимал участие в боях первой чеченской войны. Когда он находился в этой должности, началось Вторжение в Дагестан.Боковиков возглавил действия подчинённых ему частей, обеспечив скорейшее прибытие артиллерийских соединений в боевую зону, а также взаимодействие с другими российскими военными формированиями. Артиллерия нанесла серьёзный ущерб противнику, а затем имели важную роль в наступлении в Чечне осенью и зимой 1999 года.