In 1889 werd hij benoemd tot lid van het strafhof en in 1890 nam hij wederom zitting in de Kamer van Afgevaardigden. Van 15 oktober 1890 tot 12 maart 1891 was hij minister van Buitenlandse Zaken, Eredienst en Kolonisatie. Aan het begin van de Burgeroorlog (1891) benoemde president Balmaceda hem tot minister van Binnenlandse Zaken (7 januari 1891). Tijdens zijn ministerschap werd het decreet ondertekend dat alle uitvoerende macht in handen legde van president Balmaceda die sindsdien als dictator regeerde. Op 20 mei 1891 werd Godoy als minister van Binnenlandse Zaken opgevolgd door Julio Bañados Espinosa.