Ιδρύθηκε επί βασιλείας Γεωργίου του Α' το 1897, πριν από την έναρξη του Ελληνοτουρκικού πολέμου του 1897, ως αναγκαιότητα πληρέστερης οργάνωσης των τότε ελληνικών αθλητικών σωματείων, μετά τους Α΄ Ολυμπιακούς Αγώνες που τελέστηκαν στην Αθήνα το προηγούμενο έτος. Ως αθλητικός ηγετικός φορέας 28 αρχικά σωματείων ο ΣΕΓΑΣ συνέδεσε την ιστορία του με την ιστορία του ελληνικού αθλητισμού της νεώτερης εποχής. Σήμερα αριθμεί 500 αθλητικά σωματεία και περίπου 30.000 αθλητές και αθλήτριες.