Sous le Directoire, il fut élu au Conseil des Cinq-Cents par le département de la Dordogne, pendant son mandat de député il soutint les directeurs. Après le Coup d'État du 18 fructidor an V (4 septembre 1797), François Lamarque réclame des mesures strictes contre les royalistes, les prêtres réfractaire et les émigrés. Il fut réélu au Conseil en 1798 mais son élection fut annulée. En échange de cette annulation, on le nomme ambassadeur en Suède, mais le gouvernement suédois refuse ce régicide que fut François Lamarque. Il est à nouveau élu en 1799.