I lavori di costruzione dell'Euganeo iniziarono il 2 dicembre 1989 con la posa della prima pietra in via Due Palazzi. Nel 1992, con i lavori che procedevano a rilento, l'assessore allo sport del comune di Padova Sergio Verrecchia, sostenitore del progetto, venne coinvolto nell'inchiesta "Mani Pulite" per aver ricevuto tangenti legate alla costruzione dello stadio, reato per il quale fu successivamente condannato. Lo stadio non era ancora stato ultimato quando nel 1994 il Padova vi disputò la sua prima partita in Serie A: erano ancora assenti le coperture delle gradinate e la curva Sud. Nel 1998 i lavori ripresero con alcune modifiche dal progetto originale, per concludersi nella stagione 1999-2000, con il Padova in Serie C2, quando venne inaugurata la curva Sud destinata ai tifosi del Padova.