Además de las guerras contra potencias extranjeras, el sultán hubo de afrontar el surgimiento de caudillos y movimientos rebeldes que dominaban distintas regiones del imperio: Alí Pachá en el sur de Albania y el Epiro; Pazvantoğlu de Vidin en la Bulgaria occidental, parte de Valaquia y Serbia; Ismail Aga y luego Alemdar Mustafa Bajá en Ruse, que señoreaban el centro y este de Bulgaria y parte de Tracia oriental; la familia Karaosmanoglu que dominaba el suroeste de Anatolia; los Chapanoglu de la meseta anatolia; los rebeldes janikli Tayyar Pachá y Battal Pachá en el noreste del imperio; Cezzar Ahmed Bajá en el Levante; Suleyman Bajá el Grande de Irak; el movimiento wahabí-saudí, que se había adueñado de gran parte de Arabia, incluidas las dos ciudades sagradas del islam; y Murad Bey e Ibrahim Bey en Egipto. En 1802, Serbia también se alzó, estallando una gran insurrección en 1804.