Po teroristických útocích z 11. září 2001 měla letadlová loď "John F. Kennedy" za úkol hlídkovat ve středním Atlantiku a zajišťovat ochranu východního pobřeží USA. V roce 2002 se podílela na útocích v Afghánistánu, cílem byl Tálibán a al-Káida.