Il rejoint ensuite le Bayer 04 Leverkusen, avec lequel il dispute 38 matchs de championnat et marque 9 buts lors de la première saison avec des équipes de l’Allemagne réunifiée. Après cinq saisons dans ce club, Kree signe en faveur du Borussia Dortmund. Il y remporte deux titres de champions consécutifs. En 1997, il remporte également la Ligue des champions. Lors de la campagne victorieuse de la Ligue des champions, il dispute huit matchs (dont six matchs en intégralité, y compris la finale).