Jens Jensen nació cerca de Dybbøl, Dinamarca, el 13 de septiembre de 1860, en una rica familia de agricultores. Durante los primeros diecinueve años de su vida vivió en la granja de su familia, que cultivó su amor por el medio ambiente natural. Cuando tenía cuatro años, durante la Segunda Guerra de Schleswig en 1864, Jensen vio a los prusianos invadir su ciudad y quemar los edificios agrícolas de su familia. Esta invasión, que anexó la tierra a Prusia, dejó una profunda influencia en cómo Jensen veía el mundo del hombre. Asistió a la Escuela Agrícola Tune en las afueras de Copenhague, luego realizó un servicio obligatorio en el ejército prusiano. Durante esos tres años, dibujó parques de carácter inglés y francés en Berlín y otras ciudades alemanas. En 1884, cuando terminó su servicio militar, Jensen estaba comprometido con Anne Marie Hansen. Junto con su deseo de escapar de la granja familiar, esto llevó a su decisión de emigrar a los Estados Unidos ese año.