Bis 1990 war Andrija Hebrang in keiner politischen Organisation tätig. Seit 1990 ist er Mitglied der konservativen HDZ. Während des Kroatienkriegs war er Gesundheitsminister und gehörte dem staatlichen Krisenstab an. Er war in dieser Zeit verantwortlich für alle humanitären und gesundheitlichen Fragen, einschließlich der Organisation der Versorgung für die zahlreichen Flüchtlinge. Einen Konvoi zur Evakuierung von 104 Verwundeten aus dem Krankenhaus in Vukovar während der Belagerung organisierte er persönlich.