Эндриартоно получил известность после того, как 9 октября 2000 года президент Абдуррахман Вахид назначил его начальником штаба Сухопутных войск вместо отправленного в отставку . 2 июня 2002 года президент Мегавати Сукарнопутри назначила его Главнокомандующим Национальной армией Индонезии. Находясь на высшем командном посту в индонезийской армии, Эндриартоно последовательно проводил политику невмешательства военных в политику, способствовал тому, что на президентских выборах 2004 года армия сохранила нейтралитет. Также он сыграл важную роль в урегулировании Ачехского конфликта, поспособствовав заключению перемирия между правительством и повстанцами.