פליוקה גדל במחלקות הנוער של קבוצת עיר מולדתו, בולוניה, אך את קריירת הבוגרים שלו החל בשנת 1987 בסמפדוריה. בסמפדוריה שיחק עד שנת 1994, והיה שותף לתור הזהב של הקבוצה, כאשר זכה עימה בזכייה היסטורית בסרייה א' בעונת 1990/1991, בשלושה גביעי איטליה, פעם אחת בסופרקאפ האיטלקי ובגביע אירופה למחזיקות גביע ב-1990. בנוסף לכך, העפיל עם סמפדוריה לגמר גביע אירופה לאלופות 1992, אך שם הפסידו בגמר 1-0 לברצלונה הספרדית.