Lorsque Hitler prend le pouvoir à partir de 1933, ses collègues médecins juifs sont peu à peu démis de leurs fonctions, Groscurth devient un farouche opposant au nazisme. Il tente de communiquer aux groupes de résistance tout ce que Hess lui avait dit lors des consultations médicales, notamment des projets de nouveaux camps de concentration et les préparatifs de l'attaque contre l'Union soviétique. En collaboration avec le chimiste Robert Havemann, l'architecte Herbert Richter-Lukian et le dentiste , Groscurth fonde le groupe de résistance "Europäische Union" (« Union européenne »), cachant notamment des juifs et des fugitifs.