19 июня 1941 года призван в ряды Красной армии, в боях Великой Отечественной войны начал участвовать с 22 июня 1941 года (первого дня войны). Фисенко воевал в составе войск Южного, Закавказского, Северо-Кавказского фронтов, Отдельной Приморской армии и 1-го Белорусского фронта. Принимал участие в Пограничном сражении в Молдавии и приграничных сражениях в Южной Украине, битве за Кавказ, Керченско-Эльтигенской десантной операции, Крымской и Варшавско-Познанской наступательных операциях. За время войны получил четыре ранения.