A szabadságharc idején Rákóczi fejedelem rövid időre Miskolcon rendezte be főhadiszállását (1704. január 18-ától március 15-éig). 1706. szeptember 25-én az osztrákok kirabolták és felégették a várost, 1711-ben pedig kolerajárvány pusztított, melynek a népesség fele áldozatul esett. Miskolc ezután újra virágzásnak indult. 1724-ben Borsod vármegye mint központi helyen fekvő, nagy lakosságú mezővárost, Miskolcot választotta a megyeháza felépítésének helyszínéül. Az első népszámlálás 1786-ban 2414 házat és lakost jegyzett föl a városban.