Στη διάρκεια του Α΄ Βαλκανικού Πολέμου το Οικονομείο καταλήφθηκε από τους Βουλγάρους από τους οποίους αναφέρεται ότι πολλές οικογένειες ατιμώθηκαν και δολοφονήθηκαν. Κατά την ανακατάληψη της Ανατολικής Θράκης από τους Τούρκους, συγκεκριμένα στις 25 Ιανουαρίου 1913, ομάδα Τούρκων ατάκτων αποβιβάστηκε από θαλάσσης στο Οικονομείο και, αφού συγκέντρωσε στο σχολείο όλους τους άρρενες κατοίκους άνω των δεκαπέντε ετών, στο σχολείο του χωριού, τους οδήγησε κατά ομάδες στην παραλία όπου τους έσφαζε. Ο αριθμός των θυμάτων ανήλθε στα 96 άτομα. Στη συνέχεια ο οικισμός πυρπολήθηκε και καταστράφηκε ολοσχερώς. Μετά τη σφαγή οι περισσότεροι κάτοικοι διασκορπίστηκαν στα γύρω χωριά, κυρίως στους Επιβάτες και τη Σηλυβρία. Η καταστροφή ήταν τέτοιου βαθμού, που το Οικονομείο δεν μπόρεσε να ανακάμψει στα επόμενα χρόνια.