1979 ernannte Präsident Ahmed Hassan al-Bakr, inzwischen kränkelnd und mit 65 Jahren pensionsreif, Saddam Hussein zum Vorsitzenden der Partei und zu seinem Nachfolger. Am 11. Juli 1979 wurde dieser Generalsekretär der Baath-Partei und am 16. Juli 1979 übernahm er die Macht auch als Staats- und Regierungschef. Danach leitete Hussein eine blutige Säuberung der Baath-Partei ein, verbot die Kommunistische Partei und stoppte auch den geplanten Zusammenschluss mit Syrien. Ein Jahr später begann er den acht Jahre dauernden Krieg (1980–1988) gegen den Iran.