Als im Januar 1999 in Folge der jahrzehntelang praktizierten Politik der Transmigrasi auf den Molukken ein Konflikt zwischen Christen und Muslimen ausbrach, gründeten indonesische Salafi-Muslime zur Verteidigung der islamischen Umma verschiedene Dschihad-Milizen, darunter "Laskar Jihad" (LJ) und "Laskar Mujahidin Indonesia" (LMI). In den interreligiösen Konflikten auf den Molukken, an denen diese Milizen beteiligt waren, kamen in den Jahren bis 2002 ca. 10.000 Menschen bei Kämpfen ums Leben. Die meisten Opfer waren ambonesische Christen. Nach dem Anschlag von Bali 2002, für den die transnationale Terrororganisation Jemaah Islamiyah verantwortlich war, wurden die beiden genannten Dschihad-Milizen zwar wieder aufgelöst, der "Majelis Mujahidin Indonesia" (MMI), aus dem heraus LMI gegründet wurde, besteht allerdings als dschihadistische Dachorganisation bis heute weiter.