Er wechselte in preußische Dienste und wurde am 9. März 1867 Hauptmann mit Patent zum 17. Juni 1859 in den Generalstab aggregiert und in das Generalkommando des X. Armeekorps versetzt. Am 18. Mai 1867 zum Major befördert, wurde er am 2. August 1867 in den Generalstab einrangiert. Während der Mobilmachung zum Deutsch-Französischen Krieg wurde er am 18. Juli 1870 in den Generalstab des Großen Hauptquartiers versetzt. Er kämpfte bei Gravelotte, Beaumont, Sedan und am Mont Valerian sowie bei der Belagerung von Paris und den Gefechten bei Nouart und Malmaison. Dafür erhielt er am 8. September 1870 das Eiserne Kreuz II. Klasse und am 13. April 1871 auch das Eiserne Kreuz I. Klasse. Krause war für die Analyse der französischen Truppenbewegungen zuständig und war dabei sehr erfolgreich.