Bentancur pelasi Uruguayn joukkueen vakiokokoonpanossa alle 20-vuotiaiden MM-kilpailuissa 2017. Hän pelasi Uruguayn A-maajoukkueessa ensimmäiset ottelunsa lokakuussa 2017. MM-kilpailuissa 2018 hän pelasi viisi ottelua ja vuoden 2019 Copa Américassa täyden ajan joukkueensa kaikissa neljässä ottelussa.