Okupacja niemiecka dawała Litwinom stosunkowo duży zakres wolności i pewne nadzieje na jakąś formę państwowości. Powstały litewskie policje kolaboracyjne Saugumo policija i Ypatingasis būrys, które zwalczały polskie formacje niepodległościowe i dopuściły się zbrodni wobec ludności żydowskiej i polskiej na okupowanej Wileńszczyźnie, w tym zbrodni w Ponarach, gdzie w latach 1941–1944 wymordowano około 60–70 tys. Żydów i 20 tys. Polaków, głównie wileńskiej inteligencji.