Der deutsch-sowjetische Nichtangriffspakt brachte neue Schwierigkeiten für den Transit von Juden nach Japan. In dem seit Sommer 1940 von der Sowjetunion besetzt gehaltenen Litauen stellte der japanische Konsul Chiune Sugihara ohne offizielle Erlaubnis der japanischen Regierung Transit-Visa an jüdische Flüchtlinge aus. Diese Leute konnten anschließend nach Wladiwostok reisen und sich nach Tsuruga einschiffen, sofern sie ein Ausreisevisum von der Sowjetunion erhalten hatten. Offiziell hätten diese Flüchtlinge von Japan aus weiterreisen müssen, aber Tausende Juden konnten sich in Kōbe niederlassen. Als Deutschland 1941 den Überfall auf die Sowjetunion begann, gab es zwischen Japan und der Sowjetunion keinen Schiffsverkehr mehr, so dass der Flüchtlingsstrom vom sibirischen Festland zum Erliegen kam. Dies war auch der letzte inoffizielle Höhepunkt des Fugu-Planes. Ab 1942 wurden per Regierungsbeschluss jegliche Bemühungen in dieser Richtung untersagt, um die Allianz mit den anderen Achsenmächten nicht zu gefährden.