Während der griechischen Freiheitskämpfe war die kleine Insel eines der Hauptzentren der griechischen Revolution und einer der wichtigsten Orte der freien lakonischen Liga. Nach dem Ausbruch der Revolution 1821 hisste die Familie Gregorakis, Mitglieder der Filiki Eteria, am 23. März die Revolutionsfahne auf Marathonisi und machte die Insel damit zum Operationszentrum der griechischen Flotte.