Araujo maakte zijn debuut in het Mexicaans voetbalelftal op 5 juli 2011, toen hij onder bondscoach Luís Fernando Tena mocht meespelen in een wedstrijd tegen Chili op de Copa América. Hij begon in de basis, waar hij een centrumverdediging vormde met Héctor Reynoso en Hiram Mier. Vijf minuten voor de rust kopte Araujo de bal achter de Chileense doelman Claudio Bravo, waarmee hij de score opende. Na rust zou Mexico de voorsprong toch weggeven en door treffers van Esteban Paredes en Arturo Vidal verloor Mexico met 2–1. In 2012 won Araujo met Mexico het voetbaltoernooi op de Olympische Zomerspelen. Na de Copa América in 2011 werd de centrumverdediger jarenlang niet meer opgeroepen door diverse bondscoaches. Vanaf 2016 maakte hij weer vaak deel uit van de nationale selectie. Hij werd meegenomen naar de Copa América Centenario in 2016 en de Confederations Cup in 2017.