1960年访问加纳期间，杜波依斯经过与总统讨论，决定编写一部关于海外非裔人的百科全书，也就是《非洲百科》（"Encyclopedia Africana"）。1961年初，加纳方面告知杜波依斯，他们已经找到合适的基金支持这项百科全书计划，并邀请杜波依斯来到加纳负责管理这项工作。1961年10月，93岁的杜波依斯和他的妻子在加纳取得居住权，着手制作这部百科全书。 1963年初，美国拒绝更新他的护照，因此杜波依斯象征性地成为了一名加纳公民。 在加纳的两年间，他的健康状况逐渐恶化，最终于1963年在阿克拉去世，终年95岁。 杜波依斯被葬在他在阿克拉的家附近，现在这里改建为杜波依斯纪念中心。 在他去世后一天，罗伊·威尔金斯（Roy Wilkins）在“向华盛顿进军”集会上请求数百名参加者默哀片刻以怀念杜波依斯。 杜波依斯去世后一年，《1964年民权法案》正式颁布，体现了他毕生为之奋斗的许多改革目标。