29 maja 1940 roku „Le Centaure” w eskorcie awiza „Commandant Bory” opuścił Brest i po pokonaniu Cieśniny Gibraltarskiej 1 czerwca dotarł do Bizerty. W czerwcu 1940 roku okręt był jednostką flagową 4. dywizjonu okrętów podwodnych w Bizercie, a jego dowódcą był nadal kmdr ppor. M.J.B. Ricquebourg. 10 czerwca, po wypowiedzeniu wojny przez Włochy jednostka opuściła bazę, udając się na patrol. 22 czerwca, w dniu zawarcia zawieszenia broni między Francją a Niemcami, „Le Centaure” znajdował się w morzu. W listopadzie 1940 roku „Le Centaure” znajdował się w Tulonie w składzie 2. grupy okrętów podwodnych (wraz z „Argo”, „Achéron” i „Redoutable”), gdzie został rozbrojony.