Il fait avec Dubois des progrès rapides et, lorsque Bonaparte monte l’expédition d’Égypte, Pouqueville est désigné pour en faire partie. Il figure en qualité d'officier de santé chirurgien de l'armée d'Orient et membre de la Commission des sciences et des arts sur la liste des participants établie par Louis Antoine Fauvelet de Bourrienne, ministre d'État.