Meurer määrättiin 21. helmikuuta 1918 muodostamaan Itämeren laivastoon erikoisosasto jalkaväkidivisioonan kuljettamiseksi Suomeen. Operaatiota vaikeuttivat lähinnä Suomenlahden jäät ja venäläisten asettamat merimiinat. Valmistellessaan varsinaista maihinnousua eteläiseen Suomeen Meurer suoritti laivasto-osastonsa ja yhden jalkaväkipataljoonan voimin 7. maaliskuuta maihinnousun Ahvenanmaalle, jossa saksalaiset eivät kohdanneet vastarintaa. Meurerin laivaston kuljettamat Itämeren-divisioonan joukot tekivät hänen ehdotuksestaan päämaihinnousun Hangossa 3. huhtikuuta. Meurer neuvotteli siellä Saksan edustajana 5. huhtikuuta Hangon sopimuksen, joka takasi Venäjän Itämeren-laivaston puolueettomuuden saksalaisten hyökäessä Helsinkiin. Jalkaväkijoukkojen edettyä maitse Helsingin porteille Meurerin laivasto-osasto siirtyi tukemaan Helsingin valtausta meren puolelta 12. huhtikuuta. Koska Viaporin suuri venäläinen varuskunta antautui ennaltasovitusti saksalaisille, Meurer saattoi lähettää joukkonsa Katajanokan rantaan, mistä käsin linjalaivat "SMS Posen" ja "SMS Westfalen" pommittivat Kauppatorin ympäristöä kunnes suomalaiset punaiset antautuivat. Meurerin laivasto-osasto ei Helsingin kukistumisen jälkeen osallistunut sisällissodan taisteluihin, mutta se partioi Suomenlahdella estääkseen Etelä-Suomen punaisia pakenemasta meritse. Meurerin komennus Suomessa päättyi 2. toukokuuta, jolloin hän palasi Kieliin ja hänen tilalleen tuli amiraali Ludolf von Uslar.