Setelah pembubaran Yugoslavia, Haradinaj bertugas sebagai komandan "KLA" untuk wilayah Kosovo Barat. Setelah konflik tersebut usai, Haradinaj terjun ke dunia politik namun hal itu tidak lama. Dia mengundurkan diri setelah salah satu komandan "KLA" oleh Pengadilan Pidana Internasional untuk bekas Yugoslavia ICTY), mendakwanya dengan tuduhan telah melakukan kejahatan perang dan kejahatan kemanusiaan terhadap orang Serbia, orang Romania dan orang Albania, antara bulan Maret dan September 1998 selama Perang Kosovo berlangsung.