W 1944 r. miasteczko ponownie było zajęte przez Sowietów. Krótko było stolicą rejonu. Duża część polskiej ludności wyjechała do Polski, a pozostali poddani zostali represjom, wywózkom, wywłaszczonych zmuszano do wstąpienia do kołchozów. Po powstaniu wileńskim od lipca 1944 r. w okolicy Ejszyszek NKWD prowadziło obławy na żołnierzy i oficerów polskiej konspiracji niepodległościowej.