בקיץ 2001, לאחר שתי עונות בוולפסבורג, חתם זבסקן בבאייר לברקוזן שהייתה באותן שנים המתחרה העיקרית של באיירן מינכן בצמרת הבונדסליגה, ושיתף פעולה בקישור עם מיכאל באלאק, ברנד שניידר, זה רוברטו, קארסטן ראמלו ויילדיריי בשטורק. עונת הבכורה של זבסקן בבאייר לברקוזן, 2001/02, הייתה מוצלחת מאוד עבורו מבחינה אישית, כאשר הוא ערך 25 הופעות ליגה והבקיע שלושה שערים. עם זאת, עונה זו הסתיימה במפח נפש עבור באייר לברקוזן, שאיבדה את כל התארים על אף שהייתה קרובה אליהם. זבסקן ובאייר לברקוזן איבדו את ההובלה בבונדסליגה במחזור האחרון, והפסידו הן בגמר הגביע הגרמני בתוצאה 4-2 לשאלקה 04, במשחק בו זבסקן לא שיחק, והן בגמר ליגת האלופות 2002 לריאל מדריד. בגמר זה זבסקן פתח בהרכב, והוחלף בדקה ה-65 במצב של 2-1 לריאל מדריד על ידי אולף קירסטן, אך התוצאה נשארה בעינה. בעונת 2002/03 ערך זבסקן שבע הופעות ליגה בלבד במדי לברקוזן, מאחר שסבל מפציעות רבות בברכיו, שנגרמו בין השאר כתוצאה ממחלת ליים. הופעתו האחרונה של זבסקן בבונדסליגה נערכה בפברואר 2003, בהפסד באייר לברקוזן בתוצאה 2-1 לבוכום. באוגוסט 2005 הצהיר זבסקן על פרישתו ממשחק פעיל באופן סופי בגיל 29 בלבד, לאחר שלא שיחק תקופה ארוכה.