לאחר שעבד זמן מה בכתיבה על חייו של מולייר החליט פרסקוט להמשיך בכיוון שהתוותה עבודתו הראשונה ולחקור את תולדות כיבוש מקסיקו. לאחר חמש שנות עבודה, באוגוסט 1843, הסתיים הפרויקט וביום ה-6 בדצמבר אותה השנה פרסם פרסקוט את "ההיסטוריה של כיבוש מקסיקו" (History of the Conquest of Mexico). גם חיבור זה זכה לשבחים וסגנונו הפך לחופשי יותר ולנראטיב ציורי במיטבו. לאחר כשלושה חודשים החל פרסקוט בפרויקט הבא - כיבושה של פרו.