Em 1546, quando Lutero tinha treze anos, seu pai morreu, deixando a família em circunstâncias financeiras difíceis. Com a eclosão da Guerra de Esmalcalda, eles fugiram para Magdeburg e em 1547 para Brunswick. Em julho, ao final da guerra, foi possível voltar a Wittenberg, embora em relativa pobreza. Aconselhado por Melâncton, Lutero frequentou a Universidade de Wittenberg para estudar medicina.