Τον Νοέμβριο του 1688 ο Γουλιέλμος της Οράγγης, σύζυγος της κόρης του Ιακώβου Β΄ Μαρίας, εισέβαλε στην Αγγλία ύστερα από πρόσκληση Προτεσταντών ευγενών. Πρόκειται για την Ένδοξη Επανάσταση, η οποία ανέτρεψε τον Ιάκωβο Β΄. Στην Άννα είχε απαγορευτεί από τον Ιάκωβο να πραγματοποιήσει μία προγραμματισμένη επίσκεψη στη Μαρία την άνοιξη του 1688, αλλά οι δύο αδελφές επικοινώνησαν και η Άννα ήταν πληροφορημένη για την επικείμενη εισβολή. Με την συμβουλή των Τσώρτσιλ —η διαγωγή τής Άννας αυτή την περίοδο πιθανώς επηρεάσθηκε πολύ από αυτούς — αρνήθηκε να συνταχθεί με τον πατέρα της μετά την απόβαση του Γουλιέλμου· αντίθετα, έγραψε στον τελευταίο, διακηρύσσοντας την έγκρισή της για την πράξη του. Οι Τσώρτσιλ εγκατέλειψαν τον βασιλιά στις 24 αυτού του μήνα, ο πρίγκιπας Γεώργιος στις 25, και το απόγευμα της επομένης ο Ιάκωβος διέταξε τον περιορισμό της Σάρας Τσώρτσιλ στο ανάκτορο του Αγίου Ιακώβου. Οι Άννα και Σάρα δραπέτευσαν από το Ουάϊτχωλλ από μία πίσω σκάλα και κατέφυγαν στο σπίτι και στην φροντίδα τού επισκόπου Κόμπτον· πέρασαν μία νύχτα εκεί και έφθασαν την 1η Δεκεμβρίου στο Νόττιγχαμ. Δύο εβδομάδες αργότερα η Άννα έφτασε με μεγάλη συνοδεία στην Οξφόρδη, όπου συναντήθηκε θριαμβευτικά με τον σύζυγό της πρίγκιπα Γεώργιο. "Ας με βοηθήσει ο Θεός!" ανέκραξε ο Ιάκωβος, όταν έμαθε τη φυγή της Άννας στις 26 Νοεμβρίου. "Ακόμη και τα παιδιά μου με εγκατέλειψαν". Στις 19 Δεκεμβρίου ή Άννα επέστρεψε στο Λονδίνο, όπου δέχθηκε αμέσως την επίσκεψη του γαμπρού της Γουλιέλμου. Ο Ιάκωβος έφυγε στην Γαλλία στις 23 Δεκεμβρίου. Η Άννα δεν έδειξε ενδιαφέρον για την φυγή τού πατέρα της, ζήτησε μάλιστα να παίξει χαρτιά, όπως κάθε βράδυ. Δικαιολογήθηκε λέγοντας ότι συνήθιζε να παίζει και δεν της άρεσε ποτέ να κάνει κάτι αναγκαστικά.