W reprezentacji Belgii Vanderhaeghe zadebiutował 30 maja 1999 roku w towarzyskim meczu przeciwko Peru. W 2000 roku wraz z drużyną narodową pojechał na mistrzostwa Europy, na których "Czerwone Diabły" zostały wyeliminowane już w pierwszej fazie turnieju. W 2002 roku Yves zagrał natomiast na mistrzostwach świata. Na tej imprezie Belgowie zajęli drugie miejsce w swojej grupie i awansowali do 1/8 finału. W tej fazie turnieju zespół Roberta Waseige przegrał 2:0 z późniejszymi zwycięzcami mundialu – Brazylijczykami. Vanderhaeghe na boiskach Korei Południowej i Japonii zagrał we wszystkich czterech spotkaniach w pełnym wymiarze czasowym.