С октября 1942 года до конца войны сражался в составе войск Воронежского и 1-го Украинского фронтов, занимая должности командира стрелкового взвода и роты. Принимал участие в Острогожско-Россошанской наступательной операции, Курской битве, освобождении Левобережной Украины, Польши, Чехословакии, в разгроме врага на его собственной территории, в боях 2 раза тяжело ранен — 15 января 1943 года под Острогожском и 23 октября 1943 года в районе города Канева, при форсировании реки Днепр, где за проявленный героизм 3 июня 1944 года лейтенанту Шелухину Николаю Прокофьевичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 9003).