En 2016 Raghunathan hizo su debut en la GP3 Series, donde juega para el equipo Koiranen GP. Tras la inauguración de la temporada en el Circuito de Barcelona-Cataluña, en la que terminó las carreras en las plazas 23 y 24, abandonó el campeonato y entró en el Auto GP. Después de que este campeonato dejó de existir después de un fin de semana de carreras, se cambió a la clase de Fórmula del BOSS GP. En este consiguió dos podios en el Autódromo de Brno y el Autodromo Enzo e Dino Ferrari, finalizando quinto en la clasificación con 118 puntos.