Fort Sumterin rakentamisesta päätettiin Vuoden 1812 sodan (1812-1815) jälkimainingeissa. Se oli osa yhdysvaltojen rannikoille ja lähisaarille rakennettua lähes 50 linnoituksen järjestelmää, jota kutsuttiin nimellä Kolmas järjestelmä (). Yhdysvaltain kongressi päätti rannikkopuolustuksen rakentamisesta vuonna 1817, ja Fort Sumterin rakentaminen alkoi vuonna 1829. Charlestonin tärkeää satamaa suojaamaan tehtiin 2,4 hehtaarin kokoinen tekosaari, jolle linnoitus rakennettiin. Se on kolmitasoinen ja viisisivuinen linnoitus, jossa oli 650 sotilasta ja 135 tykkiä. Rakentaminen kuitenkin tyssäsi 1830-luvulla kiistaan sataman käyttäjien kanssa. Rakentamista päästiin jatkamaan vasta vuonna 1841. Fort Sumter osoittautui kuitenkin kalliiksi hankkeeksi, kuten monet muutkin Kolmannen järjestelmän linnoitukset, ja rakentaminen hidastui vuonna 1859 rahanpuutteeseen. Vuonna 1860 saari ja linnoituksen ulko-osat olivat valmiita, mutta sisätyöt ja aseistus jäivät kesken.