Am 30. Oktober 1866 wurde Barnekow Kommandant der 16. Division in Trier und als solcher am 31. Dezember 1866 zum Generalleutnant befördert. Diesen Großverband führte er auch 1870/71 im Krieg gegen Frankreich. Der erste Einsatz erfolgte in der Schlacht bei Spichern, als er auf eigenen Antrieb hin mit seiner Division in das Gefecht eingriff. Seine Truppe und zwei weitere Divisionen (5. und 13. Division) waren durch den Gefechtslärm alarmiert worden. Durch diese zusätzlichen Einheiten wurden die Franzosen zum Rückzug gezwungen. In der Schlacht von Mars-la-Tour erreichte die 16. Division das Schlachtfeld zusammen mit den restlichen Einheiten des VIII. und X. Armee-Korps am späten Nachmittag und griff dann unverzüglich in die Kämpfe ein. Auch hier war Barnekow, ohne auf einen Befehl zu warten, in Richtung auf den Kanonendonner aufgebrochen.