Возглавив в 1886 году провинцию Риу-Гранди-ду-Сул, Фонсека сблизился с республиканцами и возглавил аболиционистское движение в армии и в 1889 году встал во главе военного переворота, свергнувшего монархию. Так Фонсека стал главой временного правительства Бразилии.