Eine Folge des Reichstags war die Ausbreitung einer neuen Krankheit, die 1493 Kolumbus' Seeleute aus der neuen Welt nach Neapel eingeschleppt hatten und die die Söldner Karls VIII. bei ihrem Rückmarsch von ihrem Italienfeldzug entlang ihrer Route verbreiteten. Erste Fälle der Franzosenkrankheit waren bereits 1496 in Freiburg aufgetreten, doch breiteten sich die "bösen Blattern" (Syphilis) ab 1498 in Freiburg und Umgebung rasend aus. Gegen Ende des Reichstags erkrankte auch Berthold von Henneberg an der "neuen Pest".