Pada saat terjadi Pertempuran Sekigahara, Ishida Shigeie sedang berada di Istana Sasayama. Setelah mendengar berita kekalahan di Sekigahara, Shigeie yang menerima perintah dari kakeknya langsung melarikan diri bersembunyi di kuil Myōshinji dan menjadi biksu. Permohonan ampun atas nyawa Ishida Shigeie yang diajukan pendeta kuil Myōshinji ternyata dikabulkan Tokugawa Ieyasu. Selanjutnya, Ishida Shigeie menjadi biksu kepala generasi ke-3 di kuil Jushōin yang berada di dalam lingkungan kuil Myōshinji. Ishida Shigeie wafat di usia 104 tahun pada tahun 1686.