המגעים הראשונים בין מדינת האפיפיור לבין ממלכת פרס החלו כבר בתקופת שלטונו של עבאס שאה הראשון אשר שלח שליחים אל האפיפיור. הוותיקן מקיים יחסים רשמיים עם איראן מאז 1954, ויחסים אלו נשמרו גם לאחר המהפכה האיראנית. ב-1979 שלח האפיפיור פיוס השנים עשר שליח כדי לסייע בפתרון משבר בני הערובה באיראן. כיום מחזיקה איראן שגרירות בוותיקן. היחסים בין שתי המדינות נחשבים לחמים למדי חרף העובדה שאיראן היא רפובליקה אסלאמית-שיעית, מאידך - כיוון שתי הישויות הן ישויות בהן לדת יש מעמד עליון, יש ביניהן שותפות ברמה האידאולוגית. יש אף המוצאים הקבלות בין הפילוג השיעי-סוני באסלאם לפילוג הקתולי-פרוטסטנטי בנצרות.