1939 wurde das Schiff zum Begleitschiff für Minenräumboote umgebaut und dabei auch mit zwei 2-cm-Flugabwehr-Geschützen und zwei Wasserbombengerüsten bewaffnet. Der Schiffsrumpf wurde dabei auf 54,30 m verlängert. Die "Elbe" diente dann während der gesamten Kriegszeit als Tender der im August 1939 in der Ostsee aufgestellten und bis zum Frühjahr 1940 dort operierenden 5. Räumbootsflottille. Nach der deutschen Besetzung von Norwegen im April 1940 wurde das Schiff mit der Flottille nach Nord-Norwegen verlegt. Beim deutschen Angriff auf die Sowjetunion war die "Elbe" mit der Flottille im Finnischen Meerbusen eingesetzt, verlegte dann aber wieder nach Nord-Norwegen an die sogenannte Eismeerfront, wo die R-Boote Geleitaufgaben im Raum Hammerfest-Kirkenes-Petsamo durchführten. Am Tage der deutschen Kapitulation (8. Mai 1945) war das Schiff mit der 5. Räumbootsflottille in Ålesund, wo es in britische Hände fiel.