Johnston won de Europacup I met Liverpool in 1984 tegen het Italiaanse AS Roma na een strafschoppenserie (5–4) en verloor de finale van 1985 tegen het Italiaanse Juventus; het Heizeldrama. Michel Platini scoorde uit een strafschop. Speler-trainer Kenny Dalglish verkoos anderen boven hem, zoals John Aldridge, die Ian Rush verving toen die naar Juventus vertrok. Toen Rush algauw terugkeerde, bleef voor Johnston opnieuw weinig speelgelegenheid over en de offensieve middenvelder werd vrijwel steeds gebruikt als invaller. Hij scoorde 40 competitiedoelpunten voor Liverpool, de laatste twee tegen Sheffield Wednesday (5–1). Liverpool werd dat jaar, in 1988, voor de 17e keer kampioen. Johnston maakte zijn pensioen bekend vlak voor de FA Cup-finale van 1988. Hij viel nog in voor John Aldridge, maar Liverpool verloor de finale van Wimbledon (0–1).