До 1990. је живео у Москви, а у току распада Совјетског Савеза вратио се у Азербејџан. До 1993. је био гувернер Нахчивана, а након што је дотадашњи председник Абулфаз Елчибеј сишао с власти након референдума, Алијев је изабран за новог председника у октобру 1993. године.