Въпреки решението на ЦК да не се провежда терористичен акт, Янков е основният инициатор и организатор на Атентата в църквата „Света Неделя“ на 16 април 1925 година. Пет дни по-късно, полицията открива следите му и го обгражда в дома на Христо Коджейков на улица „Малгара“ в София. След престрелка двамата се самоубиват в горящата къща.