אזרבייג'ן הכריזה על עצמאות מברית המועצות ב-30 באוגוסט 1991. בדצמבר 1991 ביקר שר החוץ האיראני עלי אכבר וליאטי בבאקו שם הוא חתם על מספר הסכמים של שיתוף פעולה פוליטי, כלכלי ותרבותי בין המדינות, וכן התחייב לתמוך בחברותה של אזרבייג'ן בארגון לשיתוף פעולה אסלאמי. ב-4 בינואר 1992 הקימה איראן שגרירות בבאקו. איראן מיהרה לקיים הסכמים עם אזרבייג'ן משום שהיא ראתה באזרבייג'ן קרקע פורייה להעצמת המהפכה האיסלאמית. לעומת זאת, אזרבייג'ן הייתה חשדנית כלפי איראן, וראתה במקום זאת את טורקיה כשותפה אסטרטגית. הפחד של אזרבייג'ן היה בעיקר מפני שכוונתה של איראן לאחד את אזרבייג'ן עם מזרח אזרבייג'ן ומערב אזרבייג'ן. בתגובה למעשיה של אזרבייג'ן, תמכה איראן בארמניה במהלך מלחמת נגורנו קרבאך הראשונה שנמשכה בין השנים 1988–1994.