Paparrigopoulos beschränkte sich nicht auf die wissenschaftliche und publizistische Beschäftigung mit nationalen Themen, sondern engagierte sich auch politisch. 1877 wurde er Vorsitzender der „Nationalen Verteidigung“ („Εθνική Άμυνα“), einer nationalistischen Organisation, die das Ziel hatte, die noch unter Türkenherrschaft befindlichen Griechen in Epirus, Makedonien, Thessalien und Kreta finanziell und mit Waffen zu unterstützen. Dazu unternahm er zahlreiche Reisen nach Westeuropa, um Geldspenden zu sammeln und Munition und Waffen zu kaufen. Außerdem war er während der Orientalischen Krise im Kontakt mit Diplomaten und dem Premierminister Charilaos Trikoupis und versuchte die territorialen Ansprüche des Königreichs Griechenland wissenschaftlich zu begründen. Im Vorfeld des Berliner Kongresses 1878 beauftragte er den Kartographen Heinrich Kiepert mit der Anfertigung von Landkarten Südosteuropas, die er selbst wissenschaftlich betreute. Die Karten sollten dem Kongress zur Unterstützung der griechischen Gebietsforderungen vorgelegt werden. 1884 beschrieb er auf Wunsch des Außenministeriums in einem geheimen Memorandum an Minister Alexandros Kontostavlos den Umfang des Territoriums der Region Makedonien, die Griechenland für sich beanspruchte.