Lors de la saison 2005-2006, Thuram connaît plusieurs blessures légères qui l'éloignent du terrain. En 2006, à la suite de l'affaire Calciopoli, la Juventus Turin se voit retirer ses titres de 2005 et 2006 pour avoir influencé les arbitres. Le club est rétrogradé en Serie B. Après avoir cumulé près de quatre cents matchs en Italie, il quitte le club.