Im Schmalkaldischen Krieg wurden Buckau und auch die Kirche völlig zerstört. Nachdem zunächst von einer Wiedererrichtung der Kirche abgesehen wurde, erfolgte dann 1592 ein Neubau. Hiergegen protestierte der Abt Ulner des Klosters Berge. Erzbischof Sigismund hatte am 30. November 1562 verfügt, dass die Einkünfte der zerstörten Kirchen des Gebiets der Klosterkirche als neuer Mutterkirche zukommen. Die Klosterkirche erhielt die Parochialrechte. Trotz des fortschreitenden Wiederaufbaus weigerte sich das Kloster, die ursprünglichen Kirchengüter herauszugeben, die die neue Kirche für den Unterhalt von Pfarrer und Gebäude benötigte. Erst nach einem langwierigen Prozess wurden die unmittelbar zur Pfarre gehörenden Güter zurück übertragen. Die übrigen Güter verblieben beim Kloster Berge.