Boban ha giocato con la nazionale jugoslava contribuendo a vincere il campionato Under-20 in Cile (competizione in cui ha segnato tre reti, di cui una in finale) e in seguito, dopo la dissoluzione della Jugoslavia, con quella croata, con la quale ha partecipato in qualità di capitano all'Europeo 1996 e al Mondiale 1998 classificandosi al terzo posto, risultato strepitoso per una nazionale al suo debutto mondiale.