Under Belejringen af Corinth blev hæren formeret som to fløje med to divisioner i hver. Generalmajor William S. Rosecrans kommanderede den venstre (1. og 2. Division) og brigadegeneral Schuyler Hamilton kommanderede højre fløj. Efter belejringne blev Pope sendt østpå for at lede Army of Virginia og generalmajor William S. Rosecrans overtog ledelsen. Hæren blev forstærket med to divisioner fra Army of West Tennessee og udkæmpede slagene ved Iuka og Corinth. Rosecrans blev overført til at lede Army of the Ohio og hæren blev nedlagt i oktober 1862 og regimenterne blev organiseret i XIII Corps.