В результате ожесточённых боев в сентябре 1942 года советские войска оставили большую часть Новороссийска. Штаб базы и её основные силы были передислоцированы в г. Геленджик. Оттуда в сентябре 1943 года были осуществлены высадки морских десантов на Малую землю и в Южную Озерейку при освобождении города. Беспримерный героизм проявили морские пехотинцы, занявшие в феврале 1943 года под командованием майора Цезаря Куникова плацдарм в районе Станички, названный впоследствии Малой Землёй. Моряки-новороссийцы во главе с командиром базы капитаном 1 ранга Г. Н. Холостяковым отстояли город и были одними из первых его освободителей.