Ungefär två veckor innan VM i Ruhpolding bekräftades det att Ekholm hade en infektion i kroppen som gjorde hennes åkstyrka svag. Men lagom när infektionen bekräftades höll den på att försvinna. Efter att ha inlett VM i Ruhpolding 2012 med fjärdeplatser i mixstafetten och sprinten och en femteplats på jaktstarten tog Helena en bronsmedalj i distansloppet. Ekholm vann distanscupen denna säsong.