Na het Verraad van Maastricht in 1638 moesten de franciscanen na bijna vier eeuwen hun Oude Minderbroedersklooster aan de Sint Pieterstraat verlaten en namen hun intrek in wat overgebleven was van het Observantenklooster op Slavante. Het klooster en de kerk werden heropgebouwd en op 8 december 1640 werd in de kerk de eerste heilige mis opgedragen. In 1643 ging het kapittel van de Franciscaner Orde te Leuven akkoord met de heroprichting van het klooster. Na het Beleg van Maastricht (1673) mochten de franciscanen van de Franse bezetters terugkeren in de stad, maar het klooster op Slavante bleef eveneens in gebruik. De paters verbouwden druiven op de terrasvormig aangelegde wijngaard en brouwden hun eigen bier, dat ze in een nabije herberg schonken. Het klooster en de tuinen vormden een populair uitstapje voor de burgers van Maastricht. Bij de opheffing van de kloosters in de Franse tijd in 1796 woonden er achttien paters, tien broeders en twee knechten.