W 1440 Święta Siekierka była jednym z miast założycieli Związku Pruskiego, który na początku 1454 zwrócił się do polskiego króla z prośbą o przyłączenie Prus do Polski. W lutym 1454 król Polski Kazimierz IV Jagiellończyk przychylił się do prośby i inkorporował region wraz ze Świętą Siekierką do Polski. Po wojnie trzynastoletniej w latach 1466–1657 miasto stanowiło część Rzeczypospolitej jako lenno. W trakcie wojny polsko-krzyżackiej miasto zostało w 1520 zdobyte przez Polaków. Święta Siekierka była znaczącym ośrodkiem browarnictwa. Tutejsze piwo sprzedawano m.in. na Pomorze, w tym do Gdańska. W 1677 i 1807 miały miejsce wielkie pożary miasta.