1941 wurde das Theater mit Beginn des Deutsch-Sowjetischen Krieges nach Taschkent evakuiert und spielte im dortigen jüdischen Theater. 1943 konnte es zurückkehren. Im Januar 1948 starb Michoels bei einem inszenierten Verkehrsunfall. Neuer Direktor wurde Benjamin Suskin. Das Theater wurde in der Folgezeit des Kosmopolitismus bezichtigt, Zuschauer vor den Veranstaltungen kontrolliert. Im Dezember 1948 wurde Suskin verhaftet. Am 16. November 1949 fand die letzte Vorstellung statt. Danach wurde das Theater wegen „mangelnder Publikumsresonanz“ geschlossen. Suskin wurde am 12. August 1952 in der „Nacht der ermordeten Dichter“ gemeinsam mit zwölf anderen jüdischen Intellektuellen und JAFK-Mitgliedern in der Lubjanka exekutiert.