Tại World Cup 2006, trong trận đấu với Croatia ở vòng bảng, Kawaguchi đã xuất sắc cản phá thành công quả phạt đền của Darijo Srna. Trong suốt trận đấu, Kawaguchi cũng đã nhiều lần cứu nguy cho khung thành Nhật Bản sau các cú sút của Srna, Prso, Klasnic và Kranjčar nhưng cũng để bất cẩn để cú chuyền về của hậu vệ Kaji Akira lọt qua chân suýt dẫn đến bàn thua. Sau trận đấu, Kawaguchi đã được FIFA bầu chọn là Cầu thủ xuất sắc nhất trận. Tại Cúp bóng đá châu Á 2007, anh lại trở thành người hùng trong trận tứ kết với Úc khi cản phá thành công 2 quả sút luân lưu của Harry Kewell và Lucas Neill giúp Nhật Bản giành thắng lợi 4-3 và lọt vào bán kết.