Като анархокомунист, Тодор Чопов се сближава в началото на 20-те години с групата на Алеко Василев, която претендира да наследи Сярската група на Яне Сандански. Така той става през 1922 година член на градското ръководство на ВМРО в Горна Джумая. Преди началото на Септемврийско въстание межд БКП и ВМРО се сключва споразумение, според което БКП няма да вдига въстание в Пиринско, а ВМРО няма да пречи на подготовката му в другите части на страната. Впоследствие БКП не спазва споразумението. Тодор Чопов, който симпатизира на левите идеи е сред водачите на въстанието и организира въоръжена група в Горна Джумая. При тези обстоятелства ВМРО се намесва в конфликта на страната на правителството. След кратки въоръжени действия, въстаниците се оттеглят в планините. На 25 септември Тодор Чопов, като член на ВМРО е изпратен на преговори с околийския войвода Ангел Коларов. На преговорите той е арестуван и на 27 септември е убит с други леви дейци в Пирин. Чопов е убит понеже е предал организационно оръжие на ВМРО на Горноджумайския въстанически отряд и не е спазил заповедта за ненамеса във въстанието. Част от костите му са прибрани от сестра му Лика и повторно е погребан през 1945 година.