На Регенсбургском съезде 1630 года он всеми силами старался предотвратить отставку Валленштейна. Мрачные предчувствия Эггенберга по поводу этой отставки скоро оправдались, и уже после поражения Тилли при Лейпциге он стал говорить о необходимости вернуть командование армией Валленштейну. Эггенберг вел от имени императора переговоры в Знайме с Валленштейном и заключил с ним договор, фактически передававший в руки Валленштейна всю верховную власть в Германии.