В августе 1947 года были установлены дипломатические отношения между странами, Иран стал первой страной в мире, признавшей суверенный статус Пакистана. В 1955 году Пакистан вместе с Ираном, Ираком и Турцией вступили в Багдадский пакт, который в 1959 году после вывода Ирака был переименован в Организацию центрального договора. Пакистан и Иран наладили тесное экономическое сотрудничество, которое вышло на первый план, хотя изначально целью Организации центрального договора являлось создание оборонительного союза. В 1979 году в Иране произошла Исламская революция, правительство шахиншаха Мохаммеда Резы Пехлеви было свергнуто и новые иранские власти приняли решение выйти из Организации центрального договора.