I Canada Masters förlorade Federer i andra omgången mot Gilles Simon, medan Nadal vann turneringen. Då stod det klart att Nadal skulle passera Federer som världsetta. Federer hade då varit världsetta i 237 veckor i sträck, sedan februari 2004, och ingen hade varit världsetta så länge i sträck tidigare. Han spelade sedan sitt tredje OS i Peking men förlorade i kvartsfinalen mot James Blake. Federer och Stanislas Wawrinka hade stor succé i dubbeln, de besegrade världsettorna Bob och Mike Bryan från USA i semifinalen och Sveriges Simon Aspelin och Thomas Johansson i finalen. Guldet var Federers första i OS.