Il obtient ensuite 51 sélections pour l'Égypte A et marque 19 buts. Mido marque lors de ses débuts internationaux contre les Émirats arabes unis, match remporté par l'Égypte 2-1. Lors du dernier match des qualifications pour la Coupe du monde 2002, l'Algérie affronte l'Égypte lors d'un match décisif pour les « Pharaons », qui s'ils l'emportent peuvent se qualifier pour la phase finale en Allemagne. Mido ouvre le score sur penalty mais Yassine Bezzaz égalise en fin de match. L'Algérie étant d'ores et déjà éliminée, Mido tente vainement de faire pression sur le gardien de but adverse Mohamed Hichem Mezair afin qu'il laisse marquer les Égyptiens. En , Mido envoie un fax à l'équipe d'Égypte pour dire qu'il n'est pas disponible pour la sélection, écrivant qu'il n'est pas psychologiquement apte à la rejoindre. Mido fait partie de l'équipe d'Égypte qui dispute la Coupe d'Afrique des nations 2004.