Ο Ζουνίνιο πραγματοποίησε το ντεμπούτο του με την εθνική ομάδα το 1999 και αγωνίστηκε 40 φορές με το εθνόσημο σκοράροντας έξι γκολ. Ήταν μέλος της αποστολής της Βραζιλίας στο Κόπα Αμέρικα 2001, στο Κύπελλο Συνομοσπονδιών 2005 και στο Παγκόσμιο Κύπελλο 2006.