Κάποια στιγμή κατά τη διάρκεια της χριστιανικής εποχής ο ναός καταστράφηκε από φωτιά. Δεν αποκαταστάθηκε, αλλά αναπτύχθηκε ξανά τον 5ο αιώνα μ.Χ. ως χριστιανική βασιλική, χτισμένη μέσα στο κέλυφος του κατεστραμμένου ναού. Οι στοές χτίστηκαν χωρίζοντας το εσωτερικό σε κεντρικό κλίτος και δύο πλευρικά κλίτη. Το ανατολικό τείχος κατεδαφίστηκε και αντικαταστάθηκε με ιερό. Το επίπεδο του δαπέδου ανυψώθηκε κατά περίπου 2 μέτρα, κρύβοντας το αρχικό ρωμαϊκό δάπεδο, αν και το προηγούμενο επίπεδο του δαπέδου έχει αποκατασταθεί από αρχαιολόγους. Η εκκλησία πιθανότατα καταστράφηκε από τις δυνάμεις του αραβικού στρατηγού Μασλαμά ιμπν Αμπντ αλ-Μαλίκ, ο οποίος πολιόρκησε και λεηλάτησε την πόλη το 716-717 κατά τη διάρκεια της αποτυχημένης προσπάθειάς του να κατακτήσει την Κωνσταντινούπολη. Η Πέργαμος έπεσε στα τουρκικά χέρια το 1336 και το κτίριο μετατράπηκε σε τζαμί.