Zu Beginn der Herrschaft von Johann Ohneland unterstützte Aubigné die Steuererhebung in Gloucester und Bristol. Als erfahrener und loyaler Beamter und Vasall stand er hoch in der Gunst des Königs. 1201 gehörte er jedoch zu einer Gruppe von Baronen, die gegen Johanns Forderungen nach Kriegsdienst in der Normandie einwandten, dass dieser Dienst im Ausland nicht zu ihren Vasallenpflichten gehöre. Der König verlangte darauf von ihm, dass einer seiner Söhne als Geisel am Königshof leben müsse, und William blieb in den nächsten Jahren ein loyaler Unterstützer des Königs. Trotz seiner Einwände entsandte er Ritter, die an den Kämpfen um Normandie teilnahmen. 1208 diente er erneut als Richter, und von 1211 bis 1212 war er königlicher Verwalter der Häfen in Lincolnshire und Yorkshire. Im Gegensatz zu vielen anderen Baronen war er beim König nicht verschuldet und hatte bis 1210 alle Gebühren, die er dem König zahlen sollte, entrichtet. Im Februar 1213 gehörte er einer Kommission an, welche die Unterschlagung von Steuergeldern in Nordengland untersuchen sollte.