Un mouvement encore plus violent de pogroms se développe de 1903 à 1906. Dans ces pogroms, comme dans les précédents la responsabilité des autorités russes est engagée. Certains d’entre eux sont organisés ou au moins appuyés par les services secrets russes, l’Okhrana. Les plus importants se déroulent sur les territoires biélorusses, ukrainiens et russes où vivaient des chrétiens orthodoxes. Sur l'ancien territoire polonais, il y a deux pogroms, en 1906, le pogrom de Białystok organisé par les autorités russes en juin et celui de septembre à Siedlce (environ ) organisé par la police secrète russe, l'Okhrana. Dans les deux cas les pogroms sont attribués par les autorités tsaristes aux partis socialistes.