Después del terremoto del 22 de mayo de 1960, la estación —al igual que la vía hacia el puerto— fue demolida debido a daños estructurales, aunque se levantó en su lugar una instalación provisoria mientras se optaba por una solución final. Una de las alternativas durante ese tiempo fue un anteproyecto de traslado de la estación al sector La Paloma, en lo alto de la ciudad. La línea, desde este punto, se daba una vuelta por el sector Pelluco para poder descender hasta la costanera, por lo que el traslado ahorraría 11,5 km de vía y aproximadamente 30 minutos de tiempo. El proyecto finalmente no se realizó porque se optó por reconstruir la estación en su sitio original. El nuevo edificio fue inaugurado años después por el presidente Eduardo Frei Montalva, mientras que la línea estación-puerto volvió a funcionar recién en 1971.