En 1776 Heath participó en la defensa de la ciudad de Nueva York, y fue uno de los que instó al general Washington a no abandonar la ciudad. Vio acción en Long Island, Harlem Heights y White Plains. En agosto de 1776 fue ascendido a general de división en el Ejército Continental, pero Washington tenía dudas sobre las habilidades de Heath y lo envió allí donde no se esperaba ninguna acción. En noviembre fue puesto al mando de las fuerzas en Hudson River Highlands. En enero de 1777, Washington instruyó a Heath para atacar Fort Independence en Nueva York en apoyo de las acciones de Washington en Trenton y Princeton, pero el ataque de Heath fue fallido y sus tropas fueron derrotadas. Fue censurado por Washington y, a partir de entonces, nunca recibió el mando de las tropas en combate.