Während der Jelzin-Ära (1992 bis 1999) erlebten die russischen Streitkräfte ihre bislang schwierigste Phase. Im Oktober 1993 wurden im Zuge der Verfassungskrise Teile der Streitkräfte in den Konflikt zwischen Präsident Jelzin und dem Obersten Sowjet hineingezogen. Russland befand sich am Rande eines Bürgerkrieges. Die höheren Kommandoebenen der Sicherheitsdienste und des Militärs unterstützten Jelzin. Soldaten beendeten die Krise gewaltsam, indem sie das Parlamentsgebäude belagerten und beschossen. Um den Preis von fast 200 Toten und mehreren hundert Verletzten brach der bewaffnete Widerstand gegen Jelzin zusammen. Es handelte sich um die schwersten Unruhen in Moskau seit dem Revolutionsjahr 1917.