Ha annunciato il proprio ritiro dalle competizioni il 23 febbraio 2011 a Oslo, in occasione dell'apertura dei Campionati mondiali di sci nordico 2011; pochi giorni dopo la Federazione sciistica dell'Estonia ha annunciato la positività dell'atleta riscontrata a un controllo antidoping del 14 febbraio precedente su campioni prelevati il 29 gennaio. I tassi anomali di ormone della crescita sono stati confermati anche dalle controanalisi e il 24 agosto seguente Veerpalu è stato sospeso dalla Federazione Internazionale Sci per tre anni. L'atleta ha proclamato la propria innocenza, ma ha ammesso di esser già stato a conoscenza della positività al momento dell'annuncio del ritiro, allora motivato con problemi di salute.