Jusqu'à l'intervention russe de 2015 inversant le rapport de force, les bâtiments officiels et militaires abandonnés lors de défaites sont entre autres systématiquement fouillés. Il en est de même des prisons. Les preuves étant accessibles, par définition, pour un court laps de temps, afin de pénétrer dans les lieux, des accords sont passés avec certains groupes armés dont l'Armée syrienne libre, à l'exclusion de l'Etat islamique et du Front al-Nosra. La question de la collaboration avec des acteurs susceptibles de commettre, eux aussi, des violations du droit international est épineuse. Néanmoins, Mark Kersten, chercheur spécialisé sur la justice pénale internationale et les mécanismes de résolution des conflits, relève que dans un contexte de conflit en cours, il semble s'agir de la seule solution « pragmatique » lorsque l'on souhaite rendre la justice, rappelant la nécessaire coopération de la Cour pénale internationale avec des belligérants afin de mener à bien ses enquêtes. La consigne pour les membres de l'ONG demeure d'évaluer des documents mais de ne pas les sélectionner, c'est-à-dire exclure des éléments potentiellement à décharge, ceci afin d'anticiper les futurs procès et contestations de la part de la défense.