V roce 1799 se již jako generálmajor oženil s Marií Annou z Hohenfeldu (20. května 1767 / 20. dubna 1768 Linec – 2. dubna 1848 Vídeň), kněžnou Esterházy, ale již o několik měsíců později bojoval proti Francouzům na Rýně. V roce 1800 byl povýšen na polního podmaršálka. Po bitvě u Hohenlindenu, v níž byla rakouská armáda poražena generálem Moreauem, se Karlu Filipovi podařilo vyvést armádu z obklíčení, čímž ji uchránil před zkázou.