Элиа Бенедеттини выступал за юношеские и молодёжную сборную страны. За главную национальную команду он дебютировал 27 июня 2015 года в матче отборочного этапа Чемпионата Европы 2016 года против сборной Словении в Любляне. Поединок завершился поражением санмаринцев со счетом 0:6. С тех пор вратарь регулярно стал проводить игры в футболке сборной.