Membre du parti Hentchak n'ayant jamais abandonné le rêve d'une Arménie unie et indépendante, Hampartsoum Boyadjian est, comme des milliers d'autres, désigné comme indésirable par le gouvernement des Jeunes-Turcs. Il est parmi les premiers à être arrêtés en avril 1915 lors de la rafle des intellectuels arméniens qui déclenche le génocide des Arméniens, et est envoyé à Kayseri, où il est sévèrement torturé en prison. Après un procès en juillet, il est pendu le , avec douze de ses camarades.