С 27 июня 1941 года по 2 июля 1944 года район был оккупирован немецко-фашистскими захватчиками&lt;ref name="7 дней 38/2006"&gt;&lt;/ref&gt;. Оккупанты уничтожили в районе 4 892 мирных жителя, сожгли 28 деревень и хуторов (15 из них не восстановились), вывезены на принудительные работы в Германию были 666 человек, уничтожены 6 колхозов, была уничтожена машинно-тракторная станция. На современной территории района действовали Ивенецкий межрайонный партийный центр (14 апреля — 19 декабря 1943 года), Столбцовский районный подпольный комитет КП(б)Б (15 октября 1943 — 6 июля 1944 года) и ЛКСМБ (20 октября 1943 — 5 июля 1944 года), Столбцовское и Ивенецкое партизанские объединения (партизанские бригады: 18-я им. Фрунзе, им. Жукова, им. Пономаренко, им. Сталина, им. Чкалова, им. Щорса, «Комсомолец», Н.М. Никитина, партизанские отряды: П.А. Альбина, им. Жданова, им. Кутузова, «Местные» и др.). Издавалась подпольная газета «Голос селянина». Район был освобождён в начале июля 1944 года войсками 1-го и 2-го Белорусского фронтов в ходе Минской наступательной операции 1944 года. Город Столбцы был освобождён 2 июля 1944 года частями 30-й кавалерийской дивизии. На территории района погребены 552 советских воина и партизана, погибшие во время войны.