Der Chef des Reichssicherheitshauptamtes Reinhard Heydrich wurde am 27. September 1941 zum "Stellvertretenden Reichsprotektor in Böhmen und Mähren" ernannt. Von Neurath blieb formell Reichsprotektor, wurde aber beurlaubt. Heydrich erwarb sich durch die brutale Verfolgung des Widerstandes seinen Ruf als „Schlächter von Prag“. Nachdem er am 27. Mai 1942 durch ein Attentat in der sogenannten Operation Anthropoid schwer verwundet worden und am 4. Juni 1942 an den Folgen des Attentates gestorben war, erlebte das Reichsprotektorat eine erneute Terrorwelle durch die Nationalsozialisten, gedacht als Vergeltung für den Mord an Heydrich. 10.000 Tschechen wurden festgenommen, über 1300 getötet. Diese Zeit wird von den Tschechen die "Heydrichiáda" (dt. „Heydrichiade“) genannt. Besonders bekannt wurden die Massaker von Lidice "(Liditz)" am 10. Juni 1942 und von Ležáky am 24. Juni 1942. Die SS und Polizei zerstörten dabei ganze Ortschaften und ermordeten nahezu alle männlichen Einwohner. Die Frauen und Kinder wurden in Konzentrationslager eingeliefert. Am 3. Juli 1942 wurde der Ausnahmezustand aufgehoben, die Standgerichte zur Aburteilung verdächtiger Personen blieben jedoch auf unbestimmte Zeit weiter im Amt.