1812, zu Beginn des Feldzuges gegen Russland, diente Hohenhausen als Ordonnanzoffizier bei General Clemens von Raglovich und erlebte als solcher im August 1812 die Schlacht bei Polozk. Während des Rückzuges der Großen Armee wurde er bei Kaunas mit 14 weiteren Offizieren und 30 Mann gefangen genommen. Auf dem Rücktransport in die Gefangenschaft wurde er in einem Lazarett bei Mohilew wegen Erschöpfung zurück gelassen. Dort mussten ihm alle fünf erfrorenen Zehen des rechten Fußes amputiert werden. Er wurde in Orel interniert und nach 15 Monaten in die Heimat entlassen. Bei seiner Rückkehr zunächst für felddienstuntauglich erklärt, nahm Hohenhausen, zum Hauptmann befördert, an den Feldzügen ab Herbst 1813 gegen Napoleon teil. Im Vertrag von Ried hatte das Königreich Bayern den Rheinbund und damit die Allianz mit Napoleon verlassen und sich der Sechsten Koalition angeschlossen. Hohenhausen zog im März 1814 als Adjutant von General Anton von Rechberg mit den siegreichen Truppen in Paris ein.