Deu início à carreira política se filiando ao Partido Republicano de Santo Amaro, mas logo migrou para o Partido Social Democrático (PSD), extinto no golpe militar de 1964. Em 1966 apoiou a candidatura do que viria a ser o prefeito de Santo Amaro, Ricardo Leoni. Assim, em 1970, quando Leoni assumiu a prefeitura, Genebaldo ganhou o cargo de Secretário de Administração da cidade; sendo, em 1972, eleito prefeito de Santo Amaro e se tornando presidente da União dos Municípios da Bahia (UPB).