У вријеме аустријско-турских ратова, Бања Лука је била више пута пустошена, а њено становништво побијено или растјерано. Нарочито је значајна битка која се водила око бањолучке тврђаве 1737. године, у којој су обје стране претрпјеле велике губитке. Бању Луку су поред војничких похода пустошиле и велике епидемије куге, од којих је највећа била она између 1813. и 1816, као и чести разорни земљотреси. Крајем турске владавине град је имао 1.126, кућа од којих су 103 биле у српској вароши. Овај период бањолучке прошлости обиљежио је и Васо Пелагић, први управник православне богословије, основане 1866. године. Пелагић је за школске потребе и ради ширења просвјете у народу штампао 1867. године у Београду „Руковођу за српско-босанске, херцеговачке, старосрбијанске и македонске учитеље”. Примио је чин архимандрита да би заштитио Богословију у Бањој Луци од противника из редова све три вјере, којима се није допадао његов слободоуман школски програм. Муслиманска средња школа првог степена, руждија, почела је са радом 1862. године.