El padre de Cody creía que Kansas debía ser un estado libre, pero muchos de los otros colonos en el área estaban a favor de la esclavitud (ver Bleeding Kansas). Cuando una vez Isaac Cody daba un discurso en contra de la esclavitud en el almacén local, soliviantó los ánimos de los esclavistas en la audiencia y uno de ellos lo apuñaló. William Cody ayudó a llevar a su padre a un sitio seguro, aunque este nunca se recuperó completamente de sus lesiones. Los partidarios de la esclavitud persiguieron a su familia constantemente, forzando a Isaac Cody a pasar mucho tiempo lejos del hogar. El padre de Cody murió en 1857 de complicaciones producto de la puñalada.