С 18 ноября 1940 года Малайское командование подчинялось Британскому Дальневосточному командованию, а с 7 января 1942 года — недолго существовавшему командованию ABDA. 15 февраля 1942 года в связи с падением Сингапура и капитуляцией всех сил Содружества на Малайском полуострове Малайское командование было упразднено.