В 1846 году Ганзен был назначен исполняющим дела начальника инженеров Отдельного Кавказского корпуса и управляющим Грузинским инженерным округом. С этого времени Ганзен постоянно принимал участие в боевых действиях на Кавказе. Так в том же 1846 году он находился в походе в Чечню, в 1848 году состоял в Дагестанском отряде и за отличие при взятии Гергебиля был произведён в генерал-майоры с утверждением в занимаемой должности. 26 ноября 1849 года Ганзен был награждён орденом св. Георгия 4-й степени (№ 8162 по кавалерскому списку Григоровича — Степанова), за кампанию 1850 года он был награждён орденом св. Станислава 1-й степени.