В связи с аварией на Чернобыльской АЭС по решению ЦК КПБ и АН БССР была создана специальная комиссия для изучения последствий катастрофы. В ее состав вошел также Шушкевич. Согласно планам партийного руководства, комиссия должна была умолчать истинные последствия аварии. Однако как член комиссии Шушкевич настойчиво потребовал обнародовать действительные данные о последствиях Чернобыльской катастрофы. За свою позицию Шушкевич был выведен из состава комиссии. Вопреки желанию Минского горкома КПБ он организовал на кафедре ядерной физики БГУ подготовку специалистов по профилактике радиоактивной опасности, сотрудники кафедры Шушкевича оказывали помощь многочисленным организациям и учреждениям по выпуску соответствующей аппаратуры.