1984 begann Leekens als Trainer bei Cercle Brugge, mit dem er noch in derselben Saison den Belgischen Pokal gewann. 1987 wechselte er zum RSC Anderlecht, wurde jedoch im Februar 1988 entlassen. Nach einer Saison bei KV Kortrijk kehrte er zum FC Brügge zurück, mit dem er 1990 den belgischen Meistertitel und 1991 den belgischen Pokal und den Supercup gewann. 1991 ging Leekens zum KV Mechelen, es folgten der türkische Verein Trabzonspor, erneut der FC Brügge und Sporting Charleroi. 1995 kam Leekens zu Excelsior Mouscron, mit dem er aus der Zweiten in die Erste Liga aufstieg. Im Laufe der Saison 1996/97 verließ er Mouscron, um die belgische Fußballnationalmannschaft zu trainieren. Zwar gelang ihm die Qualifikation für die Fußball-Weltmeisterschaft 1998 in Frankreich, doch dort schied Belgien schon in der Vorrunde aus. Auch die Vorbereitung auf die Fußball-Europameisterschaft 2000 verlief nicht glücklich und nach einer Heimniederlage gegen Finnland wurde er im August 1999 entlassen.