独立運動の主体及び自治政府が北部のイスラム教徒中心だったため、1955年に第一次スーダン内戦（南北内戦）が勃発し北部の「アラブ系」イスラム教徒と南部の主に黒人の「非アラブ系 - 」（主にアニミズム、一部キリスト教徒）が戦った。