Pada tahun 1995, Marotta direkrut oleh Maurizio Zamparini untuk menjadi GM bagi Venezia yang bermain di Serie B. Saat Marotta bekerja di sana, Venezia berhasil meraih promosi bersejarah ke Serie A pada tahun 1998, setelah penantian selama 30 tahun. Lima musim bersama Venezia, Marotta kemudian meninggalkan klub tersebut pada akhir musim 1999–2000 di mana Venezia harus terdegradasi kembali ke Serie B. Setelah itu, Marotta menjadi GM untuk klub Serie A, Atalanta, selama dua musim. Selama kepemimpinannya, Atalanta berhasil meraih posisi ketujuh dan kesembilan di klasemen akhir Serie A.