Бакайоко представлял сборную Кот-д’Ивуара на международном уровне. Он дебютировал за команду в 1995 году. Первым международным турниром для Бакайоко стал Кубок африканских наций 1996. Кот-д’Ивуар не вышел с группы, уступив одно очко Тунису. На турнире 1998 года Кот-д’Ивуар выиграл группу, Бакайоко забил два гола в ворота Намибии и Анголы. В четвертьфинале «слоны» встретились с Египтом. После безголевой ничьи состоялась серия пенальти, всё решил единственный промах Ибраимы Дьоманде, Египет выиграл со счётом 5:4. На КАН 2000 все команды в группе Кот-д’Ивуара набрали по четыре очка, всё решила разница мячей, которая у команды Бакайоко была хуже, чем у Камеруна и Ганы. Турнир 2002 года стал самым худшим в карьере Бакайоко. Кот-д’Ивуар не выиграл ни одного матча и занял последнее место в группе.