As terras que formam o atual território municipal foram concedidas por Duarte Coelho, em 1566, a Gaspar Alves Purga e Dona Isabel Ferreira, com o objetivo de desenvolver a produtividade das terras. Numa extensão de uma légua, foi instalado o engenho São João Batista, o qual foi vendido em 1573 a Fernão Soares, cuja herdeira, Maria Feijó, foi casada com o português Antônio Bulhões, havendo a mudança do nome do engenho para Bulhões. O município foi fundado sob o nome de Jaboatão em 4 de maio de 1593 por Bento Luiz de Figueirôa, o terceiro proprietário do antigo Engenho São João Batista. A cidade é conhecida como "Berço da Pátria", por ter sido palco da Batalha dos Guararapes, travada em dois confrontos, em 1648 e 1649. Nesta batalha, pernambucanos e portugueses expulsaram os invasores holandeses do seu território. Em 1989, o município passou a chamar-se "Jaboatão dos Guararapes", parte em homenagem ao Monte dos Guararapes, local onde ocorreu a batalha, que foi parte da Insurreição Pernambucana e parte para barrar diversas tentativas de emancipação do Distrito de Prazeres, por este motivo a sede da prefeitura foi transferida do centro do município para o distrito de prazeres, porém ao mudar o local da sede do município o nome deste deve ser mudado, por este motivo acrescentou-se o "dos Guararapes" ao antigo nome do município passando assim a Jaboatão dos Guararapes o mesmo ocorreu com a bandeira, foi acrescida do texto "dos Guararapes".