Стефано Фаріна народився в Генуї, хоча переважну більшість життя провів у Оваді. Суддівську кар'єру на професійному рівні розпочав у 1992 році, обслуговуючи матчі Серії C. Дебют у Серії А відбувся 22 січня 1995 року в поєдинку між «Фоджою» та «Реджаною». Був головним арбітром двох Суперкубків Італії — 2000 та 2002 року. Загалом провів 236 матчів в Серії А та 117 матчів в Серії B.