ハンターはフィッツ・ジョン・ポーター少将の軍法会議の議長を務め（第二次ブルランの戦いでのポーターの行動を有罪としたが、1878年の特別委員会で無罪とされた）、メリーランド方面作戦中のハーパーズ・フェリーの戦い（1862年9月）の損失を調査する委員会の委員長も務めた。またメキシコ湾方面軍の監察長官補も短期間務めた。