Em 9 de outubro de 1962, Uganda se tornou a independente da Grã-Bretanha. Um golpe militar realizado em 1971 levou o ditador Idi Amin ao poder, e com ele uma severa repressão da sociedade e da Igreja. Mais de 300.000 pessoas foram mortas sob o regime brutal de Amin, muitos deles católicos. Enquanto Amin era deposto, no início de 1979, as guerrilhas ativas no norte e sudoeste continuaram a perturbar a estabilidade do país, e o número de mortos sob o governo de Milton Obote atingiu 100.000 vidas. Os líderes da Igreja permaneciam alertas em seus esforços para abordar publicamente a desconsideração do governo pelos direitos humanos, e também foram forçados a organizar seus recursos contra uma nova devastação: a disseminação da AIDS, que estava afetando cada vez mais a população de Uganda.