Conta 50 presenze e 5 gol in nazionale. Debuttò con la sua selezione nel 1995, per poi prendere parte al . Panchinaro nella felice partecipazione al Mondiale casalingo della Francia nel 1998, giocò la finale vinta per 3-0 contro il al posto dello squalificato Laurent Blanc, espulso in semifinale e squalificato. Fu anche campione d'Europa nel 2000, anche se non scese in campo durante la fase finale del torneo in Belgio e Paesi Bassi. Dopo aver vinto la Confederations Cup 2001, partecipò al .