エジプト・シリア戦役でフランスは作戦の比重を東に移動させた。特にアッコ包囲戦 (1799年)では、ナイルの海戦から辛うじて逃げ延びた3隻のフリゲートと2隻のブリッグの指揮を執り、オスマン帝国とイギリスが海上封鎖をしているにもかかわらず、物資と兵器を陸軍に輸送していた。この戦隊はが指揮を執る、艦長の、艦長の、そして海尉のブリッグ、とデメのブリッグ、アレルトだった。ヤッファに到着後、3隻のフリゲートは貨物をおろした。さらに陸軍と弾薬を分担し、フリゲートの大砲におのおの15発の弾丸を残した。ジュノンはさらに18ポンド砲のうち4門を下ろした。その後このフリゲート分隊は、アッコ攻囲戦完了のための封鎖を築いた。