Переломным годом в карьере Штефана Хорнгахера стал сезон 1990/91. На втором этапе в Лейк-Плесиде набрал первые кубковые очки, став восьмым. На Турне четырёх трамплинов во всех стартах попадал в десятку сильнейших (в том числе добыв первый подиум в Гармиш-Партенкирхене) и стал пятым в генеральной классификации. В том же году выступил на чемпионате мира в Валь-ди-Фьемме, где был пятым на большом трамплине, 22-м на нормальном, а в командном турнире вместе с Хайнцом Куттином, Эрнстом Феттори и Андреасом Фельдером завоевал золотую медаль, став впервые в карьере чемпионом мира. 21 февраля 1991 года одержал свою первую победу на этапе в Тауплице. По итогам сезона стал четвёртым в Кубке мира и вторым в зачёте полётного первенства.