В январе 1990 года Гукасян был арестован и в течение месяца находился в заключении в Ростове-на-Дону за опубликование статьи, осуждающей организаторов и исполнителей армянских погромов в Баку. Впоследствии неоднократно подвергался домашнему аресту.