Deltagandet i Afrikanska Mästerskapen 2006 i Egypten var ett tröstpris för Nigeria då man med liten marginal och fint spel missat en VM-plats som skulle spelas senare samma år i Tyskland. Men i dessa mästerskap var det inget snack om att Nigeria skulle vara ett lag att räkna med. Trots att Nigeria inte vunnit turneringen sedan 1994 hade man gått långt i turneringarna de senaste åren. Gruppspelet blev inget hinder vilket man enkelt tog sig inom med nio poäng av nio möjliga, med segrar mot storlag så som Ghana och Senegal. Mot Tunisien i kvartsfinalen var det dock inte lika självklart trots tidig nigeriansk ledning med mål av Victor Obinna. Efter tunisisk kvittering väntade, liksom i mästerskapet tidigare, (fast då i semifinal) ett straffavgörande där Nigeria satt med hjärtat i halsgropen. Joseph Yobo missade Nigerias öppningsstraff och även tredje straffen slagen av unge Ayila innebär miss i protokollet. Lyckligtvis skötte sig Vincent Enyeama bra i målet och hindrade två av Tunisiens straffar att gå in, och avgjorde sedan genom att rädda Tunisiens sjunde straff. Elfenbenskusten med superstjärnan Didier Drogba blev dock övermäktigt för Nigeria och det var just Drogba som med semifinalens enda mål skickade Nigeria till bronsmatchen i huvudstaden Kairo. Där slog man återigen Senegal och tog ännu en bronsmedalj.