Henrik Falkenberg var son till lantrådet och marskalken i Baltzar von Falkenberg, som överflyttat till Livland från Brandenburg. Som ung utbildades han hos friherre Otto von Ungern och senare hos ryttmästaren Wilhelm Plaetter. Förutom Salisburg med underlydande gods var han även ägare till Kirrumpä. Henrik Falkenberg deltog 1572–1575 i Nordiska tjugofemårskriget på svensk sida mot Ryssland, men orienterade sig senare i stället mot Polen. Han företog resor i Brandenburg 1576 och 1584.