Po Paktu Ribbentrop–Molotov anektoval Sovětský svaz Besarábii a vyhlásil Moldavskou sovětskou socialistickou republiku. Metropole Besarábie byla nucena přerušit svou činnost. Ve stejném časovém období Moskevský patriarchát Ruské pravoslavné církve zřídil na území nové republiky novou eparchii Kišiněv. Roku 1990 byla eparchie povýšena na archieparchii.