Звонимир Бобан е основен футболист на югославския национален отбор до 20 г. при спечелването на световната титла през 1987 г. Пропуска СП 1990 в Италия заради гореспоменатия инцидент и последвалото наказание. Преди Хърватия да обяви независимост, Бобан изиграва осем мача за „А“ отбора на Югославия. След това е основната фигура в Хърватия и извежда отбора като капитан на Евро 1996 в Англия и СП 1998. На това световно първенство Хърватия печели третото място, но Бобан няма добри спомени от полуфиналния мач срещу Франция, защото след негова грешка французите успяват да изравнят резултата минута след като хърватите повеждат (впоследствие печелят с 2:1), а освен това Бобан играе с контузия през второто полувреме.