Am 10. April 1809 verzichtete Lizius auf sein Bürgerrecht in Mainz und zog nach Frankfurt am Main. Ab 1810 wurde er dort, durch Dekret des Ministers von Eberstein, Organist am Dom St. Bartholomäus und ab 1816 Gesangslehrer an der katholischen Mädchenschule. Das französisch gewordenen Mainz wurde ihm immer fremder und so bewarb er sich mit seiner Frau Anna Maria Budi und den drei noch bei ihnen verbliebenen Kindern (sein Sohn Christoph hatte bereits 1812 geheiratet und war ausgezogen) um das Frankfurter Bürgerrecht, das ihm am 15. Dezember 1820 gewährt wurde. Insgesamt hatte das Paar acht Kinder, von denen eines direkt nach der Geburt und drei zwischen den Jahren 1792 und 1795 während der Belagerung von Mainz in Rauenthal starben. Sie wurden auf dem Domfriedhof in Mainz begraben.