Cele nouă melodii incluse pe "The Phantom Agony" au diverse teme sau au fost scrise pentru a comemora un eveniment. Pisa "Cry for the Moon" este bazată pe poveștile despre abuzurile pe care le comit preoții catolici asupra copiilor iar "Feint" a fost scrisă după uciderea politicianului de origine olandeză Pim Fortuyn. "Façade of Reality" comemorează Atentatele din 11 septembrie 2001, iar de-a lungul melodiei apar două fragmente dintr-unul dintre discursurile lui Tony Blair. Prin intermediul melodiei "Run for a Fall", chitaristul fondator al formației Epica, Mark Jansen își exprimă sentimentele de frustrare față de fosta sa trupă, After Forever. Textul piesei "Seif Al Din" vorbește despre funadamentalismul islamic.