Im folgenden Winter blieb Küttel hinter seinen Erwartungen zurück. So gewann er erneut keine Weltcup-Punkte, weshalb er nach mehreren erfolglosen Versuchen in den zweitklassigen Continental Cup zurück versetzt wurde. Doch auch dort konnte er bei seinen Auftritten nicht überzeugen und reihte sich letztlich auf Rang 177 der Gesamtwertung ein. Erst am 23. Januar 1999 gelang ihm im Rahmen des Weltcup-Springens im japanischen Sapporo wieder der Sprung in die Punkteränge. Auch wenn er in den folgenden Wochen meist knapp an weiteren Punktgewinnen scheiterte, stand Küttel im Schweizer Kader für die Nordischen Skiweltmeisterschaften 1999 in der Ramsau. Mit den Einzelplatzierungen 51 und 39 sowie acht mit dem Team konnte er jedoch kaum zufrieden sein. Im restlichen Saisonverlauf stellte er sich daher wieder vorrangig im Continental Cup der Konkurrenz. Auch in der Saison 1999/00 trat Küttel zunächst im Sommer wie im Winter im Continental Cup an, wo er sich mit mehreren guten Ergebnissen wieder für das Weltcup-Team empfahl. Anfang Februar 2000 war Küttel erstmals wieder Teil des Schweizer Kaders in Willingen, wo er von der Mühlenkopfschanze an beiden Wettkampftagen jeweils drei Punkte gewinnen konnte. Bei der Skiflug-Weltmeisterschaft 2000 in Vikersund belegte er den 27. Platz. Die größte Weite erzielte er dabei mit seinem dritten Sprung auf 152 Meter. Die Saison schloss er auf Rang 57 der Weltcup-Gesamtwertung ab.