Amnesty käynnisti 1994 maailmanlaajuisen kampanjan naisten oikeuksien puolesta ja poliittisia murhia ja katoamisia vastaan. Seuraavana vuonna Amnesty aloitti "Stopping the Torture Trade" -nimisen kidutuksenvastaisen kampanjan. Myöhemmin samana vuonna Ruandassa toteutettiin äärimmäisen väkivaltainen kansanmurha. Kansanmurha tuli yleiseen tietoisuuteen uutiskanavien kautta, mikä lamautti Amnestyn. Sitä vaadittiin tuomitsemaan kansanmurha, mutta koska Amnesty ei ollut vielä tutkinut tapahtumia, se ei voinut tuomita tapahtumia ohjesääntöjensä takia. Samalla YK veti joukkonsa Ruandasta, ja väkivallan käyttäminen ihmisoikeustaistelussa tuli Amnestylle jälleen ajankohtaiseksi. Ruandan kansanmurhan jälkeen Amnesty on pyrkinyt vahvistamaan asemaansa Afrikassa vastatakseen tulevaisuudessa ihmisoikeusrikkomuksiin entistä nopeammin. Vahvan aseman luominen länsimaiden ulkopuolella on kuitenkin osoittautunut hankalaksi: esimerkiksi Ugandassa homofobia on yleinen ilmiö kristillisen lähetyssaarnauksen takia.