Pienaar hraje v jihoafrickém národním týmu. Debutoval 23. května 2002 v zápase proti Turecku. Krátce poté hrál na mistrovství světa v Japonsku a Jižní Koreji. V roce 2010 hrál na mistrovství světa hraném v jeho zemi. V říjnu 2012 ukončil reprezentační kariéru.