10 czerwca 1940 roku, w momencie ataku Włoch na Francję, okręt nadal znajdował się w składzie 31 eskadry okrętów podwodnych 3. Flotylli w Mesynie (wraz z siostrzanymi „Vettor Pisani”, „Marcantonio Colonna” i „Des Geneys”). Dowództwo jednostki sprawował kmdr ppor. (wł. "capitano di corvetta") Francesco Murzi. Od 12 czerwca „Giovanni Bausan” został wysłany na wody Cieśniny Sycylijskiej nieopodal Malty, dołączając do „Benedetto Brina”. 13 czerwca 1940 roku, podczas powrotu do Augusty, „Giovanni Bausan” wymanewrował wystrzeloną przez wrogi okręt podwodny torpedę. Między 20 a 24 czerwca został wysłany z rejonu Dodekanezu w celu sprawdzenia wód wokół Andikitiry, jednak z powodu poważnego uszkodzenia przednich sterów głębokości został zmuszony do przerwania misji i powrotu do bazy. Od 14 do 21 lipca 1940 roku okręt udał się na wody między wyspą Pantelleria a Capo Bon, lecz znów został zmuszony do przerwania zadania z powodu poważnego uszkodzenia silników elektrycznych.