En 1641 aclama Joan IV de Portugal al començament de la Guerra de Restauració portuguesa, la qual cosa li costa moltes de les possessions que tenia a Perú i Espanya. De retorn a Portugal, en 1643 va ser designat general de les flotes de Brasil i membre del Consell d'Ultramar. Per resoldre el problema de l'ocupació holandesa a Àfrica, en 1647 comanda una flota que recupera Angola i São Tomé per a després ser designat governador d'Angola.