Arafat continuou as negociações com o sucessor de Netanyahu, Ehud Barak. Em parte devido à sua própria política (Barak pertence ao partido trabalhista, enquanto que Netanyahu ao partido conservador Likud) e parcialmente devido à grande pressão colocada pelo Presidente Americano Bill Clinton, Barak ofereceu a Arafat um Estado palestiniano na Cisjordânia e na Faixa de Gaza, com Jerusalém Leste como capital, um regresso de um número limitado de refugiados e uma compensação para os restantes, mas não estipulando sobre outros assuntos, vistos como vitais no processo. Numa manobra amplamente criticada, Arafat rejeitou a oferta de Barak, e não fez qualquer contra-oferta. Seguindo a uma visita altamente controversa de Ariel Sharon à área delimitada da Mesquita Al-Aqsa e a violência que se seguiu, a chamada Segunda Intifada Palestiniana (ou Intifada Al-Aqsa Intifada) (2000 até hoje) começou.