Auch der Massenmord an den Kommunisten Indonesiens 1965 und 1966 stellt einen Sonderfall dar, bei dem je nach Schätzung zwischen 500.000 und 3 Mio. Menschen ermordet wurden. Zwar wurde hier keine religiöse, ethnische oder nationale Gruppe gezielt ermordet, aber es war dennoch das Ziel, eine klar definierte (nämlich politische) Bevölkerungsgruppe gesamthaft zu ermorden. Deswegen und weil die chinesische Bevölkerungsminderheit Opfer dieser Massenmorde wurde, sprechen sich einigen Autoren, darunter Yves Ternon, dafür aus, ihn als Völkermord zu betrachten. Der Begriff eines Autogenozids ließe sich in diesem Fall auch anwenden.