Durant son mandat de député, il a notamment milité pour le changement du nom de sa province, finalement approuvé en 2010, et a soutenu le lancement des opérations militaires en 2009 dans la vallée de Swat. Bien qu'ayant longtemps été un partisan de la solution politique et des négociations avec les insurgés, il a soutenu le tournant dans la politique militaire estimant que toutes les autres voies avaient été épuisées. S'opposant aux pratiques commises par les talibans, il a été visé par une attaque terroriste le 3 octobre 2008 qui a tué cinq personnes, dont un policier, un garde du corps et un élu local. Wali Khan défend par ailleurs la paix avec le gouvernement afghan et critique la politique du Pakistan envers les talibans afghans. Il dénonce également les lynchages de personnes accusées de blasphème.