Die Schärenflotte war stark im Russisch-Schwedischen Krieg (1808–1809) vertreten, allerdings weniger erfolgreich. Russland griff die schwedischen Streitkräfte in Finnland im Winter war, sodass Eis den Einsatz von Marinekräften auf beiden Seiten verhinderte. Früh ging Sveaborg, ein Eckpfeiler der finnischen Verteidigung, samt dem Großteil des "Finnischen Geschwaders" verloren. Weitere Schiffe der Schärenflotte wurden in den Docks von Åbo von den Schweden wegen der drohenden Eroberung selbst angezündet. Der Verlust des größten Teils des Schärenflotte verhinderte die Wiedererlangung des schwedischen Vorteils in den finnischen Schären. Der Krieg endete mit einem Friedensvertrag zu Ungunsten Schwedens, das ganz Finnland an Russland verlor.