Независност је брзо пратио грађански рат у Придњестровљу, где се централна влада у Кишињеву борила са сепаратистима, које су подржавале просовјетске снаге, а касније и различите снаге из Русије. Сукоб је новом режиму (Придњестровска Молдавска Република) препустио контролу над Придњестровљем - ситуација која траје и данас. Совјетски Савез је престао да постоји 26. децембра 1991. године и Молдавија је званично призната као независна држава.