Антония стала второй женой Рупрехта, наследного принца Баварии. В то время Рупрехт был генералом в Императорской немецкой армии и успешно командовал немецким полком в Лотарингской операции. Из-за этого сестре Антонии, Великой герцогини Люксембурга Марии Аделаиде, пришлось отречься от престола 10 января 1919. Несмотря на отречение её старшей сестры и свержения Королевства Баварии в пользу республики, они поженились 7 апреля 1921 года.