V dubnu 2011 na něj podal bývalý poslanec Bohuslav Hubálek trestní oznámení, později podala trestní oznámení na Jana Šinágla také Helena Vondráčková se svým manželem Martinem Michalem. Vinili ho z trestného činu dle § 405 Popírání, zpochybňování, schvalování a ospravedlňování genocidia. Hubálka k tomu motivoval Šináglův článek , v němž bylo o Reinhardu Heydrichovi uvedeno, že „"Počet obětí jeho vlády je jen zlomkem obětí poválečné genocidy a se způsobem, jak v 50. letech vládli komunisté, se nedá vůbec srovnat."“, ironicky uvedl že „"Protektorát byl zkrátka takovým malým rájem na zemi"“ a poznamenáno, zda Heydrich by neměl být vyznamenán podobně jako Klement Gottwald. Vondráčkovou motivoval článek , ve kterém byl uveden počet Lidických obětí jako 172. Policie se začala trestními oznámeními zabývat až v r. 2012.