Tendo iniciado a carreira nas categorias de base do São Paulo, Wagner Lopes naturalizou-se japonês após alguns anos jogando no futebol do Japão, como Kashiwa Reysol, , Bellmare Hiratsuka, Nagoya Grampus Eight, FC Tokyo e Avispa Fukuoka, onde se aposentou em 2002. Defendeu também a Seleção Japonesa na Copa de 1998 e na Copa América de 1999, na qual o país participou na condição de convidado. Pelos "Samurais Azuis", foram 20 jogos e 5 gols marcados.