El 5 de noviembre de 1811, iniciaría el primer movimiento independentista, por lo que a las 8 de la mañana se dirigiría (con José Mariano Batres) a la casa del presbítero y vicario José Matías Delgado, para averiguar que es lo que estaba ocurriendo; ahí entraría Manuel Delgado, que les comentaría que el intendente Ulloa se negaba a ir preso al cabildo (y que dicha orden había sido dada por el alcalde primero Manuel Morales); por lo que Bustamante buscaría convencerlos que eso no era conveniente. Posteriormente, Matías Delgado mandaría a llamar a Morales; y al llegar, Bustamante les propondría llevar al intendente (y demás líderes políticos peninsulares) a los conventos; lo que sería aceptado y efectuado en los siguientes días.