Au début de la Seconde intifada, la synagogue devient un lieu de conflit. Dans la nuit du , des vandales pénètrent, profanent et incendient l'édifice, endommageant aussi la maison privée construite sur le sol en mosaïque. Les dégâts sont réparés plus tard par l'Autorité palestinienne. Les rouleaux de la Torah sont sauvés de l'incendie et sont transférés à .