14 февраля 1990 года в матче против сборной Египта Нильсен дебютировал за сборную Дании. В 1995 году он в составе национальной команды поехал на Кубок Короля Фахда, где принял участие во всех трёх матчах и став его победителем. В 1996 году Бриан Стеен был включен в заявку на участие в чемпионате Европы в Англии. На турнире он принял участие во всех трех встречах против сборных Португалии, Турции и Хорватии. Он не был включен в заявку сборной на чемпионат мира во Франции. 13 ноября в матче отборочного турнира чемпионата Европы 2000 против сборной Израиля Бриан Стеен забил свой первый гол за национальную команду.