Pada musim dan Prost bergabung bersama tim Italia Scuderia Ferrari dan nyaris meraih gelar juara dunia sebelum akhirnya terlibat insiden kontroversial lainnya dengan mantan rekan setimnya Ayrton Senna di GP Jepang 1990. Mendekati akhir musim 1991, Prost dipecat usai kecewa dan berkata lantang kepada tim Ferrari dengan mengatakan bahwa mobil balapnya tidak lebih baik daripada truk. Prost kemudian mengambil cuti selama satu musim karena gagal mendapat tim untuk musim 1992. Pada 1993 ia kembali membalap di F1 kali ini dengan bergabung bersama Williams. Di akhir musim Prost berhasil meraih gelar juara dunia keempatnya dan kemudian memutuskan pensiun penuh dari ajang F1.