После битвы при Сэкигахаре 1600 года и основания сёгуната Токугава территория современной Мацуямы досталась герою Корейской войны, полководцу Като Ёсиаки. Он заложил горный замок Мацуяма и одноимённое призамковое поселение, став главой автономного образования Мацуяма-хан. Впоследствии оно перешло в руки рода Мацудайра, родственников сёгунов. При новых хозяевах Мацуяма пережила преследования христиан в 1691 году, крупные пожары 1701, 1708, 1770 гг., голод 1732 года и сильный тайфун 1729 и 1744 гг.. В поселении существовали хлопчатобумажный и табачный цеха, действовали рынок и дом развлечений.