Etter andre verdenskrigs utbrudd ble Welhaven gjort til formann i Evakueringsrådet, en kommisjon som skulle planlegge evakuering av sivile fra Oslo i tilfelle krigen kom til Norge. Da Tyskland invaderte Norge den 9. april 1940 ble det gjort forsøk på evakuering, men i kaoset som fulgte ble forsøkene avblåst. Welhaven var blitt kontaktet av justisminister Terje Wold om morgenen den 9. april og hadde fått fullmakt til å bruke alle kommunens funksjonærer om byen skulle bombes. Ble det nødvendig å overgi Oslo skulle Welhaven ivareta sivilbefolkningens interesser som best han kunne. Welhaven hadde også lovet Wold å arrestere kuppmakeren Vidkun Quisling dersom anledningen bød seg. Ved middagstider hadde Wold gitt Welhaven i oppdrag å overgi byen til tyskerne.