1571 Theo lệnh của công tước Albrecht V tật cả những người theo đạo Luther bị đuổi khỏi lãnh thổ Bayern. Ngay từ 1542 Dòng Chúa Giêsu đã cải tổ đại học công quốc Ingolstadt, được thành lập 1472, bên cạnh Dillingen thành một trung tâm Phản Cải cách. Các giám mục của Würzburg và Bamberg đã thực hiện phong trào Phản Cải cách với những biện pháp nghiêm ngặt. Wilhelm V đã tham dự thành công trong Chiến tranh Köln chống lại tổng giám mục Köln, mà đã bỏ theo đạo Tin lành. Từ đó cho tới gần 200 năm sau các công tước Bayern đã chỉ định vị tuyển hầu của Köln. Từ 1577 đại diện các tầng lớp xã hội, mà chịu trách nhiệm cho việc đồng ý trả thuế cho công tước Bayern, đã không còn được kêu họp thường nữa. Điều này đã dẫn công quốc Bayern tới tình trạng kinh tế nguy ngập và đưa tới việc công tước Wilhelm V phải từ bỏ chức vị.