Tijdens de Duitse aanval op Nederland in 1940, lag de "Johan Maurits" op de rede van Vlissingen. Tijdens de eerste dag van de Duitse aanval, op 10 mei, wist het schip een van de Duitse vliegtuigen die mijnen legde bij Vlissingen neer te schieten. In de namiddag van 10 mei kreeg het schip orders om op te stomen naar Hoek van Holland. Kort na de aankomst in Hoek van Holland werd deze order herroepen en moest het schip terug naar Vlissingen, maar omdat de schroef van het schip bij het uitvaren van de haven verstrikt raakte in het anker van een boei werd de nacht doorgebracht in de haven van Hoek van Holland. De dag erna kreeg het schip de opdracht op te stomen naar Den Helder. Op 13 mei werd het schip door een Duits Heinkel-vliegtuig aangevallen, waarbij het geen schade opliep.