Klostrets ägor konfiskerades år 1527, och klosterbyggnaderna brändes av danska trupper år 1566, under det Nordiska sjuårskriget. Kyrkan återställdes under 1600-talet av Magnus Gabriel de la Gardie, som anlade ett familjemausoleum i den, medan övriga klosterbyggnader fick förfalla. Kyrkan restaurerades grundligt 1911-23 och 1921-29 skedde utgrävningar i hela den centrala delen av klostret; vidare utgrävningar skedde 1976 och 1977.