Через кілька місяців, 19 лютого, земського лікаря було звільнено з військової служби через хворобу, і 1 березня Михайло повернувся до Києва, у батьківський дім на Андріївському узвозі, де за допомогою свого вітчима, Івана Павловича Воскресенського, позбувся згубної залежності від морфіну та розпочав практику лікаря-венеролога. Українську столицю на той час займали німецькі війська. Під час наступних Громадянської війни та Радянсько-української війни у місті раз-по-раз змінювалася влада, а що Булгаков був лікарем, то його послуги використовували різні війська. 14 грудня у Київ увійшли війська Директорії Української Народної Республіки. У той день лікар, у складі офіцерської дружини, намагався захистити уряд гетьмана Павла Скоропадського. За спогадами Михайла Опанасовича, записаними професором :