Quand enfin de Werth réapparut sur les champs de bataille, c’était en tant que général de cavalerie dans les rangs impériaux de Bavière et de Cologne. Sa première campagne contre le maréchal français Guebriant était une défaite, mais la seconde, en 1643 sous le commandement de Franz von Mercy, se termina par la victoire de Tüttlingen, une surprise sur une grande échelle, dans laquelle de Werth tint le rôle principal. En 1644 il était dans la région du Bas-Rhin, mais il revint au quartier général de Franz von Mercy juste à temps pour prendre une brillante part dans la bataille de Fribourg. L’année suivante, sa détermination et sa bravoure jouèrent un rôle remarquable à la deuxième bataille de Nordlingen. Von Mercy fut tué dans cette action, et de Werth hérita du commandement de l’armée défaite, mais il fut bientôt remplacé par le maréchal Geleen. Bien que déçu, Jean de Werth restait fidèle au code d’honneur militaire, et passa sa colère dans une frénésie guerrière.