Pese a este desastre, el barrio se recuperó rápidamente. Paulo III restauró las murallas, haciendo erigir tres nuevos bastiones y la Porta Santo Spirito (obra de Antonio da Sangallo el Joven), nunca completada. Borgo continuó desarrollándose de una manera tal que, en 1565 Pío IV inició la construcción de tres nuevas calles, todas ellas al norte del Passetto, llamadas respectivamente Borgo Pio (por el nombre del pontífice), Borgo Vittorio (por la victoria en Lepanto) y Borgo Angelico (por Angelo, el nombre de bautismo del papa). Para fomentar el nuevo asentamiento, concedió privilegios fiscales a los romanos que se trasladaran a esta zona. Se construyeron nuevas murallas y una puerta monumental (la Porta Angelica) para proteger la nueva zona, la cual fue llamada "Civitas Pia" en honor al papa. Pío IV también hizo demoler varias iglesias y monasterios: entre ellas, en 1564 fue demolida la antigua iglesia de Santa Maria in Transpontina, la cual se encontraba demasiado cerca del castillo. En 1587 se construyó una nueva iglesia con el mismo nombre a mitad del Borgo Nuovo.