Nach dem Befreiungskrieg hatte man das einst sächsische Wittenberg durch die Beschlüsse des Wiener Kongresses Preußen unterstellt. In der Folge wurde die Wittenberger Universität mit der Universität in Halle vereinigt. Wittenberg als Ursprungsstadt der kirchenpolitischen Reformation, richtete man dazu ein königlich evangelisches Predigerseminar ein. Hier nahm Heubner als 3. Direktor des Predigerseminars seine Arbeit auf und lehrte ab dem 1. November 1817 den jungen Kandidaten Theologie. Des Weiteren wurde er 1825 Archidiakon an der Stadtkirche und übernahm nach dem Tod von Karl Ludwig Nitzsch 1832 die Stelle des ersten Direktors des Predigerseminars und wurde Superintendent. In dieser Funktion trugen ihm die Mitglieder seiner Gemeinde 1835 nach der Gründung des Missions-Hilfsvereins dessen ersten Vorsitz an. Unter Heubners Führung konnte eine Kleinkinderverwahranstalt gegründet werden. Ein besonders gutes Verhältnis besaß Heubner zu König Friedrich Wilhelm IV. Dieser wohnte mehrfach den Predigen Heubners bei und reiste dafür eigens nach Wittenberg. Das Verhältnis zwischen beiden soll so gut gewesen sein, dass der König ihm das "Du" anbot, welches Heubner jedoch aus Pietätsgründen ablehnte. Als Heubner einmal erkrankte, schickte dieser seinen Leibarzt dem es gelang, den Erkrankten schnell wiederherzustellen. Als äußeres Zeichen der Anerkennung dafür ernannte man Heubner an seinem 25-jährigen Dienstjubiläum 1842 zum Konsistorialrat. In seinen 72 Lebensjahren war seine Gesundheit durch einen Schlaganfall stark in Mitleidenschaft gezogen worden, ein weiterer Schlaganfall am 12. Februar 1853 beendete sein Leben. Nach einer großen Begräbnisprozession wurde er auf dem Wittenberger Friedhof beigesetzt. Sein Nachfolger als 1. Direktor des Predigerseminars wurde Heinrich Eduard Schmieder.