大学末期間、ヴェルサイユ条約によって東プロイセン州の領域分離後、アルベルトゥスの教員やドイツ学生連合は知的生活をドイツナショナリズムの方向へと押しあげ、帝国との連携を強調した。 1944年7月10日、大学は帝国大臣ヴァルター・フンク参列下でその400周年を迎えた。数週間後、8月26日/27日および29日/30日の夜の間に、ケーニヒスベルクは、広範囲に英国空軍によって爆撃された。さらに1945年1月から4月にかけて市は赤軍の東プロイセン攻勢、そして最後にケーニヒスベルクの戦いによって荒廃した。大将は4月9日に降伏文書へ調印、歴史的中心街は攻撃によって破壊され、大学キャンパスの約80%は廃墟と化した。教授陣は避難し、その多くはゲッティンゲン大学に受け入れられた。