Aguerre debütierte am 13. Juni 2013 unter Trainer Juan Verzeri im Freundschaftsländerspiel gegen El Salvador in der uruguayischen U-20-Nationalmannschaft. Er gehörte dem Aufgebot der uruguayischen U-20-Auswahl bei der U-20-Südamerikameisterschaft 2013 in Peru an. Im Juli 2013 wurde er sodann bei der U-20-Weltmeisterschaft 2013 in der Türkei Vize-Weltmeister mit Uruguay. Bislang (Stand: 5. Juli 2013) bestritt er ein Länderspiele in dieser Altersklasse.