1963年にアブドッサラーム・アーリフ将軍が率いたクーデター（ラマダーン革命）によりカースィム政権が崩壊してバアス党政権が発足すると、サッダームは帰国してバアス党の農民局長のポストに就いた。また、このころ党情報委員会のメンバーとして、イラク共産党に対する逮捕、投獄、拷問などを行なったと言われているが真偽は不明。1963年には党地域指導部（RC）メンバーに選出され、バアス党の民兵組織「国民防衛隊」の構築にも関与した。この年サージダと正式に結婚する。