Установяването на династията Романови през 1613 година довежда до относителна стабилизация, но и през следващите десетилетия Москва е център на значителни безредици – Солния бунт през 1648 година, Медния бунт през 1662 г., Стрелецкия бунт от 1682 г. През 1570 – 1571, 1592 и 1654 – 1656 година градът е силно засегнат от чумни епидемии.