Brzy po Žižkově smrti došlo k porušení zdických dohod a táborský svaz, Žižkovi sirotci a pražský svaz proti sobě vystoupily v boji o sféry vlivu. Po Žižkovi se stal nejvyšším táborským hejtmanem Jan Hvězda z Vícemilic zvaný Bzdinka, který dokázal na čas spojit táborský a východočeský svaz, v říjnu 1425 došlo k dohodě i s pražským svazem. V této době se vyprofiloval i poslední velký husitský svaz: žatecko-lounský, v jehož čele stál po celou dobu válek schopný Jakoubek z Vřesovic. Přestože mezi jednotlivými svazy i nadále vládlo napětí, vytáhla jejich spojená vojska na jaře 1426 proti Ústí nad Labem a v bitvě Na Běhání drtivě porazila vojska saského markraběte. Pražským převratem v dubnu 1427 byli vyhnáni či od moci odstaveni konzervativní kněží a univerzitní mistři, Korybut byl uvězněn na hradě Valdštejn a do čela pražského duchovenstva byl zvolen Jan Rokycana. Pražské souměstí se pak dlouhodobě přiklonilo ke spolupráci s radikálními husitskými svazy (odvetný pokus o převrat téhož roku neuspěl).