Quando nel 1416 divenne patriarca Giuseppe II l'impero versava in una situazione disperata, ormai stretto in una morsa dai confinanti ottomani. Nel 1437 il patriarca partì dunque con l'imperatore Giovanni VIII Paleologo, ed altri ventitré vescovi, tra cui l'arcivescovo di Nicea Basilio Bessarione, e con uno stuolo di studiosi e teologi alla volta dell'Italia, per prendere parte al Concilio di Ferrara-Firenze. La necessità di aiuto contro il nemico turco imponeva infatti il superamento dello scisma del 1054 accettando le posizioni latine. Tra i maggiori oppositori figurava il Bessarione, ma quando nel 1439 i padri conciliari si trasferirono da Ferrara a Firenze, l'arcivescovo niceno si spostò su posizioni unioniste. Il patriarca, benché concorde, morì prima della conclusione dei lavori, che vennero dunque proseguiti dal Bessarione. Il 6 luglio, infine, come sostenuto dall'Imperatore Giovanni VIII e da papa Eugenio IV, venne solennemente proclamato il decreto d'Unione tra le due Chiese, la Chiesa greca e la Chiesa latina.