Em 21 de maio de 1787, William Samuel Johnson, filho de Samuel Johnson, foi eleito por unanimidade para a presidência do Columbia College. Antes de presidir a universidade, Johnson havia sido membro do Primeiro Congresso Continental e delegado na Convenção de Filadélfia. Durante certo período na década de 1790, em que Nova Iorque foi capital federal e estadual, a universidade voltou ao seu auge. George Washington e John Adams, os primeiros presidente e vice-presidente, respectivamente, estiveram presentes na cerimônia de inauguração da universidade em 6 de maio de 1789.