Anche questa volta la permanenza in B durò per un solo campionato, ma con l'arrivo dell'allenatore Delio Rossi i campani tornarono pochi anni dopo in Serie B ottenendo la promozione nel campionato 1993-94 anche grazie ai gol di Giovanni Pisano. Successivamente, durante la presidenza di Aniello Aliberti fu nuovamente Serie A al termine di un campionato che vide di nuovo Delio Rossi in panchina. Grazie alla coppia-gol composta da Marco Di Vaio ed Edoardo Artistico, nonché altri uomini come i difensori Ciro Ferrara e Vittorio Tosto, i fratelli Giacomo e Giovanni Tedesco ed il capitano Roberto Breda a centrocampo, capaci di costituire una rosa competitiva, la squadra concluse al primo posto finale. Nella Serie A 1998-1999 retrocesse per un solo punto, e la stagione si concluse tragicamente per alcuni tifosi: Vincenzo Lioi, Ciro Alfieri, Giuseppe Diodato e Simone Vitale che morirono in treno a causa di un incendio durante il viaggio di ritorno dopo aver assistito all'incontro in trasferta dell'ultima gara di campionato.