Bosna-Hersek'te başlayan iç savaş sırasında Mostar Köprüsü'ne ilk saldırıyı 1992'de Bosnalı Sırplar düzenledi. 9 Kasım 1993'te Hırvat tankları köprüye daha büyük bir zarar veren saldırılarını başlattı. Kasım ayının sonunda köprü tamamen yıkıldı. Dev taşları, Neretva Nehri'nin sularına gömüldü. Mostar Köprüsü, yüzyıllar boyunca Bosna'da hoşgörü ve kültürel çeşitliliğin sembolüydü ve 427 yıldır ayaktaydı. Şehrin Müslüman ve Hırvat kesimini birbirine bağlıyordu. Köprünün yıkımı, Mostar'ın çok uluslu mirasının reddedilmesi anlamına geliyordu.