民族イスラム戦線の圧力も受け、1983年にモハメド・アン＝ヌメイリ政権は南部の自治権や将来の分離独立の住民投票を取り止め、イスラム法シャリーアを導入してイスラム勢力の取り込みを図り、また石油資源の独占を図り、南部の3つの州をそれぞれ分割した。そのためキリスト教徒も多い南部などで反乱が起こり、南部最大の民族であるディンカ人の出身のジョン・ガラン大佐を中心としたスーダン人民解放軍/運動（SPLA/M）が北部の政権に対して反乱を起こし、第二次スーダン内戦（1983年 - 2005年）が起きた。政権が交替しても内戦が収まることはなく、1989年にオマル・アル＝バシールが政権を握ると、イスラムを支持母体とする政権に反対する政治勢力を抑圧し、SPLAをはじめとする南部の反政府組織に対する戦争を拡大していった。