স্বাধীনতার পরে আবু সাঈদ বাংলাদেশে ফিরে আসেন এবং ১৯৭২ সালের ১২ জানুয়ারী রাষ্ট্রপতি হিসেবে শপথ গ্রহণ করেন। তিনি ১৯৭৩ সালের ১০ এপ্রিল রাষ্ট্রপতি হিসেবে পুনঃনির্বাচিত হন। একই বছর তিনি পদত্যাগ করেন এবং একজন মন্ত্রীর পদমর্যাদায় বৈদেশিক সম্পর্ক বিষয়ক বিশেষ দূত নিযুক্ত হন। ১৯৭৫ সালের ৮ আগস্ট বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের মন্ত্রিসভায় তিনি বন্দর ও নৌপরিবহন মন্ত্রী ছিলেন। ১৫ই আগস্ট, ১৯৭৫ সালে মুজিবুর রহমানের হত্যাকাণ্ডের পরে তিনি মোশতাক আহমেদ মন্ত্রিসভায় পররাষ্ট্র বিষয়ক মন্ত্রী হন এবং একই বছরের ৭ নভেম্বর পর্যন্ত দায়িত্বে ছিলেন।