Karlov največji saški nasprotnik je bil Vidukind, ki je leta 785 sprejel krst kot del mirovnega sporazuma, drugi saški voditelji pa so se še naprej upirali. Po zmagi v Verdenu je Karel ukazal pokol več tisoč poganskih saških vojnih ujetnikov. Po še več uporih so bili Sasi leta 804 dokončno podjarmljeni. Po zmagi nad njimi se je Frankovsko cesarstvo razširilo na vzhod do reke Labe. Podoben prodor je Rimsko cesarstvo poskusilo opraviti samo enkrat, po katastrofalnem porazu v bitki v Tevtoburškem gozdu leta in izgubi treh legij pa tega ni več poskušalo. Za bolj učinkovito širjenje krščanstva med Sasi je Karel ustanovil več škofij, med njimi Bremen, Münster, Paderborn in Osnabrück.