Mas tudo isto, tal como a sua planeada coligação com os suíços, não se concretizou devido à rivalidade entre o duque Maurício da Saxónia e o príncipe-eleitor João Frederico I da Saxónia. Temendo o sucesso destes planos, o imperador convidou Filipe para uma audiência em Speyer. Filipe criticou abertamente as políticas do imperador e pouco depois tornou-se evidente que a paz não seria preservada. Quatro meses depois, a 20 de Julho de 1546, foi declarado o banimento de João Frederico e de Filipe do Sacro Império por estes serem rebeldes e traidores. O resultado foi a Guerra da Esmalcalda que foi pouco favorável para os interesses dos protestantes. A derrota na Batalha de Mühlberg em 1547 e a prisão do príncipe-eleitor João Frederico marcaram a queda da Liga da Esmalcalda.