バージニア軍は1862年6月26日に、一般命令103号に基づき、バージニア州付近で活動していた4つの軍管区（Department）をまとめて編成された。即ち、ジョン・C・フレモント少将の山岳軍管区（Mountain Department）、アービン・マクドウェル少将のラッパハノック軍管区（Department of the Rappahannock）、ナサニエル・バンクス少将のシェナンドー軍管区（Department of the Shenandoah）及びワシントン軍管区（Military District of Washington）のサミュエル・スタージス（）准将の旅団である。ジョン・ポープ少将が、5万人を超える将兵を有する新しく組織されたバージニア軍の司令官となった。また、北バージニア方面作戦中には、ジョージ・マクレラン少将のポトマック軍から3個軍団が派遣され、ポープの指揮下にあった。