En el año 2001 ganó nuevamente la Copa Libertadores, en la que convirtió un gol a Cruz Azul en la primera final en el Estadio Azteca. Por otra parte, Boca perdió la Copa Intercontinental en Tokio frente a Bayern Múnich de Alemania en un partido en el que Delgado erró dos situaciones claras de gol y fue expulsado por doble amarilla por el árbitro Kim Nielsen tras simular una falta en el área.