Lars Müller bestritt neun Länderspiele für die U-21-Nationalmannschaft. Sein Debüt am 23. April 1996 in Sittard, beim 2:0-Sieg gegen den niederländischen Gastgeber krönte er – nach seiner Einwechslung für Thomas Brdarić – sogleich mit seinem ersten Länderspieltor. Sein letztes Länderspiel bestritt er am 29. Mai 1998 in Bukarest, beim 2:0-Sieg gegen die Auswahl Rumäniens im Spiel um Platz 5 der Europameisterschaft in Rumänien.