Na enkele jaren verloor Atherton echter zijn basisplaats. Bradford City leende hem uit aan Birmingham City, dat in 2001 de finale van de League Cup bereikte, maar daarin verloor de club tegen Liverpool na strafschoppen (5–4). Atherton was niet speelgerechtigd omdat hij dat seizoen al met Bradford City in actie was gekomen in het bekervoetbal (Engels: "cup-tied"). Hij speelde meer dan 300 wedstrijden in de Premier League en scoorde 13 doelpunten gedurende zijn carrière.