Heydrich, 27 Mayıs 1942'de Prag'da, Anthropoid Operasyonu sırasında kendisini öldürmek için sürgündeki Çekoslovakya hükûmeti tarafından gönderilmiş İngiliz eğitimli Çek ve Slovak askerlerden oluşan bir takım tarafından saldırıya uğradı. Bir hafta sonra yaralarından öldü. Misilleme olarak; Lidice köyünün (Naziler tarafından Heydrich'in suikastçılarının barındığı düşünülen yer) tüm erkek sakinlerinin arasında bulunduğu 10,000 kadar Çek tutuklandı, bunların 1,300'ü vuruldu ve köy yerle bir edildi. Himmler, 30 Ocak 1943'te Heydrich'in eski rütbeleri ve yetkileri Ernst Kaltenbrunner tarafından devralınana kadar RSHA'yı tek başına yönetti.