Po skončení druhé světové války působil Ferdinand Otto Miksche v československé vojenské misi u Vrchního velitelství spojeneckých expedičních sil. V létě 1947 byl ale odvolán a zařazen k řadovému dělostřeleckému pluku. Důvody kariérního pádu nejsou zcela jasné, ale dá se předpokládat, že jdou na vrub postupným politickým změnám v zemi. Ferdinand Miksche ještě před únorem 1948 opustil československou armádu a opět odešel ze země. Vrátil se do Francie, kde byl vítán a působil v tajných službách. Mezi lety 1950 a 1955 přednášel ve službách NATO na vojenské akademii v Portugalsku, po návratu zpět do Francie pracoval jako důstojník zbrojního úřadu v Paříži a v roce 1969 odešel do penze. Publikoval až do své smrti 23. prosince v Le Chesnay nedaleko Paříže.