6 апреля 1994 года самолёт, на борту которого находились президент Руанды Жювеналь Хабиаримана и президент Бурунди Сиприен Нтарьямира, был сбит, а все его пассажиры погибли. Данное событие послужило толчком к началу геноцида против тутси в Руанде, в результате которого по разным оценкам погибло от 500 тысяч до 1 миллиона человек. Свободное радио и телевидение тысячи холмов, ответственное за разжигание межнациональной розни и подстрекавшее к геноциду тутси, объявило Мужавамарию «"плохим патриотом, заслуживающим смерти"». В связи с угрозой смерти Мужавамария связывалась каждые 30 минут по телефону с Элисон Де Форж из Human Rights Watch. После того, как боевики хуту подступили к её дому, Мужавамария попросила Де Форж позаботиться о её детях и завершила разговор. Потеряв связь с Мужавамарией, Де Форж 8 апреля 1994 года опубликовала письмо в газете The New York Times, где сообщила, что, судя по всему, Моника была убита. Одним из тех, кто заинтересовался судьбой Моники, стал президент США Клинтон, который встречался с ней несколькими месяцами ранее. По словам Пауэра, сотрудника работавшего тогда с президентом США, Клинтон интересовался судьбой Мужавамарии в течение недели. «"Я не могу сказать вам, сколько много времени мы потратили, пытаясь найти Монику. Иногда казалось, будто она была единственной руандийкой, находившейся в опасности"».