Mặc dù tạm thời dẹp yên được phong trào Phật giáo, nhưng mâu thuẫn chính trị, xã hội của Việt Nam Cộng hòa vẫn tiếp tục tăng cao dẫn đến cuộc đảo chính của các tướng lĩnh quân đội do tướng Dương Văn Minh cầm đầu tiến hành. Tuy nhiên, chỉ 2 tháng sau, Tư lệnh Quân đoàn I và Vùng 1 chiến thuật là tướng Nguyễn Khánh đã bất ngờ đưa một số đơn vị dưới quyền vào Sài Gòn, thực hiện cuộc "Chỉnh lý", tước quyền các tướng lĩnh cầm đầu Hội đồng Quân nhân Cách mạng, trở thành lãnh đạo tối cao trên thực tế của Việt Nam Cộng hòa. Tuy vậy, tướng Khánh cũng chứng tỏ ông không đủ năng lực để ổn định tình hình, dù ông đã cố gắng tìm kiếm sự ủng hộ của người Mỹ khi tuyên bố hoan nghênh quân Mỹ tham chiến tại miền Nam. Cuối cùng, nhóm tướng trẻ đã hợp tác, truất quyền và đẩy tướng Khánh đi lưu vong.