Los acontecimientos se precipitaron abruptamente con el estallido de la Segunda Guerra Mundial y la invasión alemana de abril de 1941. Hitler ofreció gobernar Croacia a Maček, pero ante la renuncia de éste, otorgó el poder a Ante Pavelić, que apoyado en sus milicias Ustasha implantó un régimen genocida de corte fascista en el nuevo estado autónomo croata, el Estado Independiente de Croacia. Los miembros del partido se dividieron entre aquellos que simpatizaban con el movimiento fascista croata y aquellos cuyas creencias de izquierda les llevaron a unirse a los partisanos. Pero la mayoría de los partidarios de HSS se mantuvo pasiva y neutral durante la guerra. Oficialmente, la formación fue disuelta por las autoridades, que solo permitieron la pervivencia de su partido, el , pocos meses después de la independencia.