Die Mart-Meskinta-Kirche wird erstmals in einem Evangeliar aus dem Jahre 1199 oder 1212 erwähnt und danach nochmals in Schriften der Jahre 1667, 1681, 1708, 1766 und 1827 genannt. Bis Mitte des 19. Jahrhunderts war sie eine kleine Kirche, doch 1830 wurde das chaldäische Patriarchat von Amid nach Mossul verlegt, wo zunächst die der Mart-Meskinta-Kirche benachbarte Sham’ûn-al-Safâ-Kirche Patriarchalkathedrale wurde. Auf Veranlassung des chaldäischen Patriarchen Joseph Audo wurde die Mart-Meskinta-Kirche 1851 durch einen großen Neubau ergänzt und wurde nunmehr auch chaldäische Patriarchalkathedrale. In den Jahren von 1904 bis 1907 wurde die Mart-Meskinta-Patriarchalkathedrale unter dem chaldäischen Patriarchen Joseph Emmanuel II. Toma nochmals erweitert. Ihren besonderen Status verlor sie, als 1950 das chaldäische Patriarchat nach Bagdad verlegt wurde. Immerhin blieb Mart Meskinta die Kathedrale der chaldäischen Eparchie Mossul, die am 14. Februar 1967 zur Erzeparchie erhoben wurde. In den 1980er Jahren verlegte jedoch der chaldäische Erzbischof Georges Garmou den Sitz seiner Erzeparchie von Mart Meskinta in die chaldäische al-Tahira-Kirche, die somit Kathedrale wurde. In den Jahren nach der Invasion der USA im Irak ab 2003 führten die Christenverfolgungen islamistischer Terroristen zu einem Massenexodus. Nach der Eroberung der Stadt durch den Daesch (IS) im Juni 2014 verließen die letzten Christen die Stadt. Die nunmehr verwaiste Mart-Meskinta-Kirche, in der durch den Krieg auch zahlreiche historische kirchliche Dokumente verloren gingen, erlitt schwere Beschädigungen. Neuere Bilder zeigen ein Kirchengebäude mit umherliegenden Trümmern, dessen Grundmauern, Gewölbe, Dach und Kirchturm (ohne Kreuz) aber noch stehen.