Le , à Rabat, le Français se classe de la course en , se qualifiant ainsi pour les Championnats d'Europe d'Amsterdam et les Jeux olympiques de Rio. Lors de ces championnats, Kowal remporte la médaille de bronze derrière Mahiedine Mekhissi-Benabbad et le Turc Aras Kaya. Le août, Kowal participe à la finale du steeple aux Jeux olympiques 2016 à Rio où il se classe dans un premier temps à la . Cependant, grâce à la réclamation portée par Mahiedine Mekhissi-Benabbad (disqualification du Kényan Ezekiel Kemboi), Yoann Kowal termine finalement à la tandis que Mekhissi décroche le bronze.