Um die Kriegskosten zu bestreiten, musste er zwar bald die Rechte der aragonischen Stände vermehren, konnte sich jedoch mit kastilischer und griechischer Hilfe gegen Frankreich und Neapel durchsetzen. Da das Papsttum auf Seiten des französischen Herrscherhauses Anjou stand und Peter III. der papstfeindlichen ghibellinischen Stauferpartei angehörte, wurde er am 18. November 1282 von Papst Martin IV. gebannt, was noch rund ein Jahrhundert für Sizilien und seine Herrscher galt. Im Jahr darauf setzte er Peter ab und belehnte Karl von Valois, den Sohn des französischen Königs Philipp III., mit dem Königreich Aragonien. Mit päpstlicher Unterstützung führte Philipp 1284/85 einen Kreuzzug gegen Peter, der jedoch erfolglos endete.