Під час британських вторгнень до Ріо-де-ла-Плати 1806 та 1807 років перебував у лавах місцевої міліції. Після того, як Родрігес Пенья підтримав (у тому числі й фінансово) Травневу революцію, він узяв участь у формуванні «Першої хунти». Згодом був секретарем Хуана Хосе Кастеллі, разом з яким вирушив в експедицію до Кордови, де санкціонував страту колишнього віцекороля Сантьяго де Ліньєрса. Після битви під Сипайєю Родрігес Пенья вирушив до Верхнього Перу, де впродовж нетривалого часу був губернатором Ла-Паса.