En 2001 disputó todos los encuentros que su seleccionado jugó en la clasificación para la Copa Mundial de 2002, en el que eliminó al seleccionado tras vencerlo 6-1 en el resultado global de la última fase oceánica. Al año siguiente formó parte del plantel que obtuvo el título de la Copa de las Naciones de la OFC 2002. Marcó dos goles en la fase de grupos ante y respectivamente, pero su gol más decisivo fue en la final ante el combinado australiano, no solo por la victoria, sino también, porque valió un nuevo título, el tercero en la historia de la competición para Nueva Zelanda. Este logro clasificó a los "kiwis" a la Confederaciones 2003, en donde Nelsen jugó los tres partidos que la selección afrontó, todos con derrotas: 3-0 ante , 3-1 con y 5-0 frente a .