La iglesia de San Salvador de Leyre constituye el elemento arquitectónico principal del monasterio. Mantiene partes de la construcción románica del al , como la cripta, los ábsides, la torre, la nave principal y el pórtico, conocido como "Porta Speciosa", sobre las que se superponen elementos posteriores, como la bóveda gótica, el panteón de los reyes de Pamplona y una pequeña capilla, también gótica, que data de los siglos y . Entre la imaginería destacan la imagen de santa María de Leyre, una talla de un Cristo muerto en la cruz del y el retablo de santa Nunilo y santa Alodia, del .