Il dirige la "14. Armee" jusqu'en . En , il est informé par Kurt Mälzer d'une attaque partisane à Rome contre le régiment SS Bozen. Kurt Mälzer, sous les ordres de Adolf Hitler, ordonne le massacre qui est ensuite planifié et exécuté par les SS, commandé par Herbert Kappler qui avait demandé une rafle et l'exécution sommaire de résidents italiens de la Via Rasella, où l'attaque avait eu lieu. Mackensen a déclaré que l'exécution était excessive. Les ordres mentionnaient l'exécution de dix Italiens pour chaque soldat allemand tué, considéré comme le Massacre des Fosses ardéatines.