Da krigen udbrød på ny 1849, blev Stiernholm stabschef ved den aktive hærs artillerikommando og var med ved Kolding og ved Gudsø, hvor han hjalp til at redde to af vore kanoner, som stod i en alt for udsat stilling; ligeledes deltog han i slaget ved Fredericia og var den påfølgende vinter adjudant ved artillerikommandoen i Jylland. I 1850 gjorde han tjeneste ved Batteriet Glahn og deltog i kampen ved Solbro, hvor en hest blev skudt under ham. Den følgende dag forsøgte han forgæves at overtale general C.A. Schepelern til ikke at efterkomme overkommandoens ordre om at opgive den videre fremrykning mod Slesvig, så at han ikke kom til at deltage i slaget ved Isted. 7. august deltog Stiernholm, som havde befaling over seks kanoner, i erobringen af Frederiksstad, og han blev nu højstkommanderende artilleriofficer i denne by, i hvis befæstning og senere forsvar han havde en fremragende andel. Navnlig bidrog hans kanoner under stormen 4. oktober i høj grad til, at den mislykkedes.