Après son énorme parcours avec le Portugal, il prend en main la sélection du Maroc, où il connaît des débuts difficiles avec une défaite (0-2) contre le Gabon, le . Humberto Coelho réalisera un parcours mitigée avec le Maroc. Il parvient néanmoins à qualifier le Maroc pour la CAN 2002. Les "Lions de l'Atlas" ne parviennent cependant pas à sortir de la phase de groupe. Ceci est un échec, loin des espérances initialement prévues par les dirigeants marocains.