在2003年的入侵伊拉克期间造成了两国之间的额外摩擦，马哈迪高调批评总统布什没有经过联合国授权的情况下采取行动。尽管如此，马来西亚与美国关系更加深入了。在2003年众议院小组委员会听证会（序列号108–21）中的美国对东南亚政策里，做出了结论：“尽管首相马哈迪公开发表的言论有时坦率和荒唐，美马关系在各方面如教育，贸易，军事和反恐方面仍然紧密。”