In die 5de en 6de eeu het Monte Albán die hoogtepunt van sy mag bereik en sowat 30 000 mense het in dié tydperk hier geleef. Vanaf 700 het die stad sy belangrikheid verloor en is in 950 heeltemal verlaat. Aansluitend het die heuwel net as 'n begraafplaas gedien. Die grafgoedere, wat in die grafaanlegte gevind is, verwys na 'n invloed deur die Mixteke vanaf die 14de eeu. Vanaf 1458 het Asteke onder Moctezuma I die vallei van Oaxaca en Monte Albán beset. Met die Spaanse verowering van die Asteekse Ryk in 1521 het die gebied onder Spaanse bewind gekom.