Durante los años 1990 se expandieron las hiperactivas barras bravas —como la Garra Blanca y Los de Abajo— y la selección contó con la dupla "Za-Sa" —una de las principales en el siglo XX—, conformada por los delanteros Iván Zamorano —un gran «cabeceador» en el siglo XX— y Marcelo Salas. En 1991 Colo-Colo ganó la Copa Libertadores y fue subcampeón mundial tras jugar la Copa Intercontinental, año en que la selección participó en el estreno de la Copa América Femenina. En 1995 fue creado el Instituto de Historia y Estadística del Fútbol Chileno y en 1997, el Instituto Nacional del Fútbol. Durante los años 2000 se instalaron las sociedades anónimas deportivas ante la quiebra de varios clubes. Militando en Colo-Colo, Francisco Huaiquipán creó el regate «falsa rabona» en 2002 y Jorge Valdivia, el «tiro al vacío» en 2006, cuando Humberto Suazo fue el «». Fue estrenado el Canal del Fútbol (2003-2021) en la televisión chilena.