Bei den U20-Weltmeisterschaften 2001 in Argentinien wurde er Weltmeister und Torschützenkönig des Turniers. Saviola wurde zu Südamerikas Fußballer des Jahres 1999 gewählt, 2004 wurde er in die "FIFA 100"-Liste der 125 besten lebenden Fußballer aufgenommen und in die Olympiamannschaft Argentiniens bei den Olympischen Sommerspielen in Athen berufen. Dort errang er mit seiner Mannschaft die Goldmedaille.