En febrero de 1937, dos meses después, Málaga cayó en manos de las Fuerzas Sublevadas y el "C-3" pasó al olvido. Aunque se anunció su desaparición, los sublevados intentaron hacer pasar los submarinos adquiridos a Italia "Archimede" y el "Torricelli" por los desaparecidos "C-3" y "C-5". Esta maniobra no tuvo éxito, debido a las grandes diferencias estructurales entre ambos tipos de submarinos. El hundimiento del "C-3" fue atribuido primeramente a un submarino extranjero, pero la investigación posterior determinó que la causa del hundimiento fue una explosión accidental.