Vaughan ryhtyi pian kirjoittamaan myös itse luomistaan hahmoista, joiden oikeudet säilyivät hänellä. Esimerkiksi "" (2002–2008) on post-apokalyptinen tarina miehestä, joka ainoana selviää kaikkien nisäkäslajien urosyksilöiden yhtäkkisestä kuolemasta, "Ex Machina" (2004–2010) kertoo entisestä supersankarista, joka nousee New Yorkin pormestariksi syyskuun 11. päivän terroritekojen jälkimainingeissa, ja "Pride of Baghdad" (2006) kertoo leijonalaumasta, joka pakenee irakilaisesta eläintarhasta Irakin sodan alettua.