Durante a invasão israelense do Líbano em 1982, Hobeika era o oficial de ligação do Mossad. Em 15 de setembro, após o assassinato do presidente eleito Bashir Gemayel no dia anterior, o exército israelense tomou o oeste de Beirute. O Ministro da Defesa, Ariel Sharon e o Chefe de Gabinete, General Raful Eitan, decidiram que as IDF não entrariam nos campos de refugiados da Palestina, mas essa tarefa deveria ser realizada pelas milícias cristãs libanesas. Na noite de 16 de setembro de 1982, Hobeika estava no último andar do posto de comando israelense, quando os primeiros 150 milicianos entraram nos campos de Sabra e Shatila, que haviam sido evacuados pela OLP no início de setembro. Duas horas depois que a primeira força falangista entrou no campo de Shatilla, um dos milicianos ligou para Hobeika, perguntando o que fazer com 50 mulheres e crianças que haviam feito prisioneiros. A resposta de Hobeika foi ouvida por um oficial israelense, que testemunhou que Hobeika respondeu: "Esta é a última vez que você vai me fazer uma pergunta como essa; você sabe exatamente o que fazer." Outros falangistas no telhado começaram a rir. O brigadeiro general Yaron perguntou ao tenente Elul, Chefe de Gabinete do Comandante Divisional, sobre o que era o riso e Elul traduziu o que Hobeika havia dito. Yaron então teve uma conversa de cinco minutos, em inglês, com Hobeika. O que foi dito é desconhecido. Nos três dias seguintes, os homens das Forças Libanesas mataram entre 762 e 3.500 moradores do campo. Até 1985, Hobeika ficou do lado de Israel. No entanto, ele começou a apoiar a presença da Síria no Líbano.