Als Filmregisseur trat Manker erstmals 1985 in Erscheinung, sein Film "Schmutz" erlebte auf dem Filmfestival in Cannes 1985 in der „Quinzaine des Realisateurs“ seine Uraufführung. Auf weiteren Festivals erhielt er mehrere Auszeichnungen und wurde von Thorsten Becker zu einem Roman verarbeitet. 1988 folgte "Weiningers Nacht", 1992 "Das Auge des Taifun" mit den Einstürzenden Neubauten, 1995 "Der Kopf des Mohren" nach einem Drehbuch von Michael Haneke mit Gert Voss in seiner ersten Filmrolle, 1996 der Dokumentarfilm "Hans Hollein – alles ist Architektur" und verschiedene Kurzfilme, darunter 2004 das Porträt seiner 80-jährigen Mutter, der Schauspielerin Hilde Sochor.