По време на последвалите Нюрнбергски процеси, Гебхард е съден в докторски процес (9 декември 1946 - 20 август 1947 г.), заедно с 22 други лекари. Той е признат за виновен за военни престъпления и престъпления срещу човечеството и осъден на смърт на 20 август 1947 г. Обесен е на 2 юни 1948 г. в затвора Ландсберг в Бавария.