De Tweede Kappeleroorlog (1531), die gewonnen werd door de Rooms-katholieke kantons, verhinderde een complete victorie van de protestanten in Appenzell. Een oplossing voor het geloofsvraagstuk was evenwel nog niet gevonden. Later werd het kanton opgedeeld in diverse protestantse en katholieke gebieden, maar dit bleek op de lange duur geen echte oplossing. De katholieke gebieden waren het machtigst en er werden van hieruit "Rekatholiseringsacties" ondernomen. Deze acties riepen ergernis op bij de protestanten. Nadat bemiddelingspogingen van de zijde van het Eedgenootschap waren mislukt, werd het kanton in 1597 verdeeld in een katholiek deel, het halfkanton Appenzell Innerrhoden en een protestants deel, het halfkanton Appenzell Ausserrhoden.