1897 ging Marais nach London. Er studierte Jura, ließ sich als Anwalt nieder und beschäftigte sich daneben mit Medizin und Psychologie. Während des Burenkriegs wurde er in England als feindlicher Ausländer angesehen und kehrte 1910 nach Südafrika zurück, wo er in Johannesburg als Rechtsanwalt praktizierte. Aus Abneigung gegen diese Tätigkeit und bei beginnender Depression zog er sich in die Region Waterberg zurück, wo er Tierstudien betrieb und dabei Fragen der Verhaltensforschung nachging. Er führte Tierversuche durch – vor den Experimenten von Konrad Lorenz – und zeigte u. a. den Unterschied zwischen dem instinktiven Artgedächtnis und dem auf Intelligenz beruhenden Individualgedächtnis. Unter anderem beobachtete er drei Jahre lang eine Herde wilder Chacma-Paviane und beschäftigte sich intensiv mit dem Leben der Termiten. Seine Beobachtungen und Experimente an diesen Tieren führten ihn zu dem Schluss, dass eine Termitenkolonie als geschlossener Organismus betrachtet werden kann. Er erkannte die emergenten Eigenschaften der Termitengemeinschaft als Superorganismus und nannte sie „Gruppenseele“.