על אף שהחוקה הרשמית של הקונפדרציה נחתמה בשנת 1837, היסטוריונים מחשיבים אותה כמדינה עצמאית משנת 1836 - עם תום מלחמת סלאברי וסנטה קרוז כאשר כוחות בוליביאנים נכנסו לפרו - עד 1839 - כשהפדרציה נכנעה לכוחות צ'ילה שכבשה את שטחי הגישה לים של בוליביה (שטחים שלא הוחזרו עד היום). לאחר סיום הלחימה נפרדו בוליביה ופרו, ובבוליביה לא התרחשו מהפכות שלטוניות 60 שנים לאחר מכן. פרו חזרה לשקט יחסי במשך שנים מעטות, ואז נקלעה שוב למצב של לחימה, הפעם כחלק ממלחמת ספרד–אמריקה הדרומית.