1995 wurde die Umgehungsstraße fertiggestellt. 1997 musste die Elbewerft Boizenburg wegen Insolvenz schließen. 2001 erfolgte die Neugestaltung des Hafengeländes. 2002 erreichte die Jahrhundertflut Boizenburg. 2013 wurde die Stadt im Juni erneut vom Hochwasser bedroht, die Hochwasser-Schutzmaßnahmen verhinderten Überflutungen im Innenstadtbereich.