1942年5月萊因哈特·海德里希被暗殺時，法蘭克又再次錯過保護長官的職位，並與新任代理保護長官庫爾特·達呂格策劃了報復海德里希之死的破壞利迪策的行動。在達呂格之下，他仍鞏固自身權力，在1943年威廉·弗利克被任命正式的保護長官時，法蘭克已為成最具影響力的保護國官員。在1942年8月，被任命為德國內閣中的波希米亞和摩拉維亞保護國國務部長。1943年6月，晉升為黨衛隊副总指挥兼警察上將。1945年4月30日至5月1日的布拉格起義，法蘭克在電台宣布，他將消滅反抗勢力於血泊之中。之後隨著盟軍到達布拉格的謠言被散佈，布拉格人民湧上街頭。法蘭克指示德軍與警察清空街頭並對不服者開火。