Zásadní proměna československého soudního systému ovšem přišla s komunistickým převratem. Především v souvislosti s opuštěním konceptu dělby moci soudní moc pozbyla své samostatnosti, tento přístup se projevoval hlavně v procesech proti tzv. třídním nepřátelům. Soudci z lidu se začali podílet i na fungování obecné justice, nejen soudů mimořádných (obnoven byl Státní soud), a jejich hlas měl stejnou váhu, jako soudců z povolání. Ti začali být voleni na časově omezenou dobu. Struktura československých soudů byla po roce 1949 nicméně přizpůsobena organizaci krajských a okresních národních výborů a byly také zrušeny všechny mimořádné soudy, takže od té doby byla justiční struktura alespoň značně zjednodušena: