Entstanden ist die Counter Terrorism Group im Herbst 2001 als unmittelbare Reaktion aus den Terroranschlägen am 11. September 2001. Vorangegangen war eine Sitzung des Rates für Justiz und Inneres am 20. September 2001, in der die Mitgliedstaaten eine erste Sitzung der Leiter der Inlandsnachrichtendienste verabredeten.