Magruder sert durant la seconde guerre séminole, en Floride, puis dans l'armée d'occupation au Mexique sous les ordres de Winfield Scott. Il est breveté major pour sa conduite lors de la bataille de Cerro Gordo, et lieutenant-colonel pour sa bravoure dans la prise de Chapultepec. Il sert à la frontière, en Californie et à Fort Leavenworth, dans le Territoire du Kansas.