Свою карьеру в сборной Перу Фернандес начал 13 января 1935 года в матче чемпионата Южной Америки против команды Уругвая. А через год в составе команды на Олимпиаде 1936 в Берлине достиг стадии полуфинала турнира, в котором Перу победила в дополнительное время Австрию, но австрийцы подали в ФИФА протест на результат встречи, мотивируя тем, что зрители мешали им играть в футбол, перуанские игроки вели себя на поле чрезвычайно жестоко, и футбольная федерация распорядилась переиграть матч, да ещё и без зрителей, конечно олимпийская делегация возмутилась и покинула турнир.