Der Ort liegt im Gebiet der Wasserscheide zwischen der Wiese und ihrem Nebenfluss, der Kleinen Wiese. Der Untergrund von Gresgen ist mit karbonischen magmatischen Gesteinen aufgebaut, wobei Malsburger Granit dominiert (siehe auch Geologie der Stadt Zell). Die besiedelte Fläche ist geprägt von ausgedehnten, in der Zeit des Paläozoikum entstandenen Rumpfflächen, die die Anlage größerer Äcker erlaubten und damit eine frühe Besiedlung begünstigten. Weiterhin für die Landschaft prägend waren die Gletscher der Riß-Eiszeit: Am Übergang zwischen Kleinem und Oberen Wiesental kam es zu einer Transfluenz der Gletscher, deswegen befinden sich vor allem in Gresgen und dem benachbarten Adelsberg größere Mengen von Geschiebe.