У сезоні 2001-2002 взяв участь у матчі всіх зірок, але згодом травмувався, провівши на той момент 55 матчів. Команда провела поганий сезон, що дозволило їй взяти участь у лотереї драфту НБА, де вона вибрала Яо Міна під першим номером. Наступного року «Рокетс» на чолі з Френсісом та Міном покращили свою статистику, але все одно не пробились до плей-оф. Обидва баскетболісти були запрошені для участі в матчі всіх зірок. 17 січня 2003 року Френсіс провів свій найрезультативніший матч у кар'єрі, набравши 44 очки проти «Лос-Анджелес Лейкерс».