Cu timpul, prezența slavilor în administrație a devenit extrem de periculoasă pentru statul otoman, de vreme ce acești supuși au tins să-și ofere sprijinul armatelor Habsburgilor în contextul Războiului dintre Liga Sfântă și Imperiul Otoman. Până în secolul al XVII-lea, Patriarhul Grec al Constantinopolului a devenit conducătorul administrativ și religios suprem al tuturor supușilor ortodocși din imperiu, indiferent de apartenența lor națională. Toate patriarhiile care fuseseră independente până la acea vreme, inclusiv Patriarhia Serbiei, fondată încă din 1557, au fost trecute sub autoritatea Bisericii Grecești.