Sin embargo, se le pide – como miembro de un segundo nivel- ser miembro de la "Comisión Científica de México" (1864-1867), cuya misión era preparar y supervisar el progreso de la misión científica que acompañaba la expedición militar que comenzó en 1861. Se muestra reservado, desconfiado, desordenado, sin carisma y poco diplomático, entregando informes negativos sobre el trabajo de algunos corresponsales mexicanos como Louis Toussaint Doutrelaine, corresponsal en México, cuando es realidad su obligación es recordar al Ministro de Educación la importancia de los miembros del Comité y no desalentar a los colaboradores mexicanos.