Patrik I. Kallistos'un VI. İoannis'in oğlu Matthaios Kantakuzinos'u kayser naibi olarak kutsamaması üzerine, Kayser Kantakuzinos 1353 yılında Philotheos Kokkinos'ı patriklik makamı adayı yaptı. Böylece Bizans İç Savaşı'ndan beri naip olan V. İoannis arka plana itilmiş oldu. Patrik I. Kallistos sürgüne gönderildi ve Philotheos Kokkinos Patrik koltuğuna oturdu. Ancak V. İoannis yeniden patlak veren iç savaşta Kantakuzinos'a karşı mücadele etti. VI. İoannis 1354 yılında tahttan çekildi ve keşiş oldu. Bu durum üzerine doğal olarak onun seçtiği patrik olan Filotheos Kokkinos'da patriklik makamından indirilip aforoz edildi. Patrik I. Kallistos patriklik makamına geri döndü.