В 204 году до н. э. (по другой версии, в 205 году до н. э.) Марк стал квестором у полководца Публия Корнелия Сципиона, который готовился к вторжению в Африку. В Сицилии во время подготовки к переправе Катон поссорился со своим командующим. По версии Плутарха, Марк обвинил Сципиона в недостаточно серьёзном отношении к подготовке десанта и в чрезмерных тратах: по его словам, полководец много времени проводил в театрах, а солдат баловал щедрыми денежными раздачами. С этими обвинениями Катон якобы даже прибыл в Рим, хотя последнее утверждение явно вымышленное. По другому мнению, Плутарх не совсем точно передал содержание ссоры, причины которой, к тому же, лежали в разногласиях на внешнюю политику Рима между одним из покровителей Катона Фабием Максимом (другом Валериев Флакков) и Сципионом. Достоверно неизвестно, переправился ли Катон в Африку и участвовал ли он в битве при Заме: в историографии встречается весь спектр мнений по этому вопросу. В последние годы Второй Пунической войны Катон находился в Сардинии и вернулся в Рим не позднее 202 года до н. э., привезя с собой поэта Энния. В этом же году Катон выступил с речью по вопросу о нарушениях в процедуре избрания плебейских эдилов, что стало одним из его первых засвидетельствованных публичных выступлений.