Осенью 1941 года Германия предприняла ряд радикальных шагов в протекторате. Заместителем рейхпротектора Богемии и Моравии был назначен начальник Главного управления имперской безопасности Рейнхард Гейдрих. Премьер-министр Алоис Элиаш был арестован, а затем расстрелян, чешское правительство реорганизовано, все чешские культурные учреждения были закрыты. Гестапо начало аресты и смертные казни. Была организована высылка евреев в концлагеря, в городке Терезин было организовано гетто. 4 июня 1942 года Гейдрих умер, будучи раненным во время операции «Антропоид». Его преемник, генерал-полковник Курт Далюге, начал массовые аресты и смертные казни. Были разрушены посёлки Лидице и Лежаки. В 1943 году около 350000 чешских рабочих были депортированы в Германию. В пределах протектората вся невоенная промышленность была запрещена.