Fernández debuteerde in het Uruguayaans voetbalelftal op 1 april 2009. Op die dag werd een WK-kwalificatieduel tegen Chili met 0–0 gelijkgespeeld. De middenvelder begon op de bank en mocht in de veertigste minuut invallen voor Diego Pérez. Fernández was namens Uurguay actief op het WK 2010, waar hij tijdens de duels tegen Zuid-Afrika, Mexico, Zuid-Korea en Ghana in actie kwam.