Yakubu, Nijerya formasını şu ana kadar 57 kez giydi ve 21 gol attı. Ayrıca 2000 Yaz Olimpiyatları, 2002 Afrika Uluslar Kupası, 2004 Afrika Uluslar Kupası, 2008 Afrika Uluslar Kupası, 2010 Afrika Uluslar Kupası ve 2010 FIFA Dünya Kupası turnuvalarında da yer aldı.