Nik Zupančič po zakończeniu kariery sportowej rozpoczął karierę trenerską. W latach 2011–2015 był asystentem Matjaža Kopitara w reprezentacji Słowenii, a w latach 2014–2015 prowadził HDD Jesenice. Po dymisji Kopitara z funkcji selekcjonera, został mianowany nowym selekcjonerem reprezentacji Słowenii, z którą podczas mistrzostw świata I Dywizji Grupy A 2016 rozgrywanych w katowickim Spodku wywalczył awans mistrzostw świata Elity oraz wywalczył w tym samym roku w Mińsku awans do turnieju olimpijskiego 2018 w Pjongczangu, na których był jednak asystentem selekcjonera Kariego Savolainena, gdyż po spadku z Elity na mistrzostwach świata 2017 rozgrywanych we Francji i w Niemczech podał się do dymisji.