Después de comenzar guerra civil, se mantuvo fiel a la República, aunque su familia fue víctima de la represión franquista. Dentro del Ejército Popular de la República, fue comisario político de un batallón y posteriormente de la 72.ª Brigada Mixta. A partir de enero de 1937 pasó a ocupar el cargo de Consejero de Justicia dentro del Consejo Regional de Defensa de Aragón, organismo creado por los anarcosindicalistas y gobernó el territorio no sublevado de Aragón hasta su disolución por el gobierno republicano, en agosto de 1937. El 10 de agosto Mantecón fue nombrado Gobernador general del territorio, posición que ocuparía hasta marzo de 1938 cuando se produjo la Ofensiva franquista de Aragón. Tras el derrumbe del frente aragonés desempeñó el cargo de comisario general del Ejército del Este y, en los últimos días de la guerra era Comisario inspector del Ejército de Levante en la zona centro sur. Al ser derrotada la República partió rumbo al exilio. Fue evacuado a bordo del HMS Galatea, gracias a la ayuda de Lord Farringdon, y tras una estancia en Londres, viajó a París, nombrado por Juan Negrín como secretario general del Servicio de Evacuación de Refugiados Españoles (SERE). Tuvo a su cargo la organización de diversas expediciones de refugiados hacia tierras americanas. La policía francesa y la Gestapo lo detuvieron e internaron en el campo de concentración de Vernet d'Ariège.