Under den russiske borgerkrig, der brød ud efter Oktoberrevolutionen, blev Irkutsk skueplads for mange blodige træfninger mellem de hvide og Den Røde Garde. Den 7. februar 1920 henrettedes de hvides leder, rigsforstander og selvudnævnt admiral Aleksandr Koltjak og hans viceindenrigsminister Viktor Pepeljaev, leder af de hvides politistyrker, leder af sabotagehandlinger og den væbnede opstand mod sovjetregeringen i Omsk, på stranden af Usjakovka. Efterfølgende faldt de hvides styrker fra hinanden, og sovjetmagten blev genoprettet.