В 1894 году, к началу японско-китайской войны, в состав флотилии вошли: минный крейсер «Гайдамак», миноносцы «Сунгари», «Уссури», «Янчихе» и «Сучена». Теперь задачи флотилии распределялись следующим образом: канонерские лодки демонстрировали российское военное присутствие в Китае и Корее, миноносцы и минный транспорт готовились к обороне Владивостока, а транспорта и посыльные суда осуществляли связь и воинские перевозки.