Menestyskausi päättyi äkillisesti mongolien hyökkäyksiin 1200-luvun alkupuolella. Georgia taantui mongolien vasallivaltioksi, mutta 1300-luvulla kuningas Giorgi V lopetti veron maksamisen mongoleille ja palautti Georgian aiemmat rajat. Kuitenkin vuosisadan lopussa Georgia tuhoutui pahoin Timur Lenkin hyökkäyksissä eikä toipunut koskaan ennalleen. Kun turkkilaiset valtasivat Konstantinopolin vuonna 1453, maa joutui yhä pahemmin eristyksiin.