Il Charlotte Independence fu fondato nel 2014. Il club acquisto i diritti per partecipare all'allora terza lega statunitense, la USL Pro, a partire dalla stagione successiva, prendendo così il posto dei Charlotte Eagles, trasferitisi invece tra i dilettanti della United Soccer Leagues Premier Development League. Il club prende il nome dalla dichiarazione d'indipendenza di Mecklenburg, presunto precursore della dichiarazione d'indipendenza americana.