Первая Императорская миссия Ирана в Токио была открыта в июле 1930 года. Дипломатические отношения между Ираном и Японией и обмен чрезвычайными посланниками и полномочными министрами были приостановлены во время Второй мировой войны. После войны дипотношения были возобновлены, а в феврале 1955 года высшая миссия Ирана в Токио была переведена из дипломатической миссии в посольство. В феврале 1979 года иранская монархия прекратила своё существование в результате исламской революции, однако, тем не менее, дипломатические отношения с Японией были унаследованы и посольство Ирана в Токио продолжало работать без каких-либо приостановок.