Sau khi Đức tấn công Liên Xô (tháng 6/1941), NKGB Liên Xô bị giải thể và ngày 20 tháng 7 năm 1941 các đơn vị của NKGB trở thành một phần của NKVD Liên Xô. Lực lượng CI cũng được nâng cấp từ vụ thành cục và trực thuộc tổ chức NKVD (Tổng cục Đặc biệt hoặc UOO NKVD Liên Xô). Bộ phận duy nhất không quay trở lại UOO NKVD cho đến ngày 11 tháng 1 năm 1942 là bộ phận chịu trách nhiệm về phản gián trong NKVMF (Hải quân). Bộ phận quay trở lại quyền kiểm soát của NKVD vào ngày 11 tháng 1 năm 1942 với tư cách là Vụ 9 UOO do P. Gladkov lãnh đạo. Vào tháng 4 năm 1943, Tổng cục Đặc biệt được chuyển thành Cục Diệt gián điệp (SMERSH) và chuyển sang Bộ Dân ủy Quốc phòng và các Bộ Dân ủy quản lý. Đồng thời, NKVD giảm quy mô và nhiệm vụ bằng cách thành lập lại NKGB.