Foi construída no século XIII, por ordem do rei D. Sancho II tendo a sua primeira pedra sido lançada em 1241. Desde então foi alvo de inúmeras campanhas de obras que lhe alteraram a sua traça medieval por completo. O convento foi acrescentado depois por D. Afonso III e novamente aumentado por D. Manuel I. Foi aqui que começou o Massacre de Lisboa de 1506. O terramoto de 1531 arruinou-o muito, o que obrigou a nova reedificação em 1536.