Miguel era um filho ilegítimo de Miguel I Comneno Ducas de Epiro e tinha se exilado depois do assassinato de seu pai em 1215. Depois da derrota e captura de seu tio Teodoro Comneno Ducas por João Asen II da Bulgária na Batalha de Klokotnitsa, retornou para o Epiro e assumiu o trono. Não é totalmente claro se ele reconheceu a autoridade de seu tio Manuel Comneno Ducas de Salonica ou de João Asen II. Miguel assegurou o apoio da nobreza local casando-se com Teodora Petralifena e estabelecendo uma relação muito próxima com o Império de Niceia. Em 1241, Miguel sucedeu ao tio Manuel como monarca da Tessália. Em 1238, Miguel recebeu uma visita do patriarca exilado Germano II de Constantinopla e, em 1249, recebeu o título de déspota do imperador João III Ducas Vatatzes.