Вместе с «Ювентусом» Колер выиграл Кубок УЕФА сезона &lt;a href="%D0%9A%D1%83%D0%B1%D0%BE%D0%BA%20%D0%A3%D0%95%D0%A4%D0%90%201992/1993"&gt;1992/1993&lt;/a&gt; и скудетто 1995. Будучи игроком «Баварии», он также завоевывал титул чемпиона своей страны (1990), однако подлинный успех и признание пришли к Юргену Колеру во время его игры за дортмундскую «Боруссию». В промежутке между вторым (1996) и третьим (2002) званием чемпиона Германии Колер становится обладателем высшего трофея клубного футбола — Лиги Чемпионов, причем в финале был повержен бывший клуб игрока «Ювентус».