1972 wurde Michael Marcussen dänischer Jugendmeister im Mannschaftszeitfahren, im Jahr darauf dänischer Juniorenmeister in der Mannschaftsverfolgung auf der Bahn sowie Zweiter in der Einerverfolgung. Nachdem er 1980 bei den dänischen Meisterschaften mehrere Podiumsplätze belegt hatte, wurde er bei den UCI-Bahn-Weltmeisterschaften 1981 in Brünn Dritter im Punktefahren und im Jahr darauf, bei der Bahn-WM in Leicester, Vize-Weltmeister in dieser Disziplin. Insgesamt wurde er zudem im Laufe seiner Karriere sechsmal dänischer Meister der Amateure in verschiedenen Disziplinen des Bahnradsports.