Vào tháng 7 năm 1941, khi lực lượng biên phòng Liên Xô trên biên giới phía Tây đã bị nghiền nát bởi sự tấn công của Đức, trung tướng Maslennikov được chuyển sang vị trí chỉ huy Tập đoàn quân 29, vốn được tái tổ chức từ bộ khung với các nhân viên NKVD và được chuyển thuộc Phương diện quân Dự bị và sau đó là Phương diện quân Kalinin. Việc điều chuyển ông từ Moskva đến bộ chỉ huy ở Bologoe xảy ra vào ngày 4 tháng 7 (ngày mà Maslennikov phê chuẩn "Nghị định của tù nhân chiến tranh") hoặc ngày 6 tháng 7, khi, theo vị nguyên soái không quân tương lai Sergey Rudenko, khi ông đang kiểm tra các đơn vị. Mặc dù được bổ nhiệm làm chỉ huy quân đội, Maslennikov vẫn giữ vị trí một trong chín Phó ủy viên của NKVD.