2003年4月中旬にニミッツはエイブラハム・リンカーン ("USS Abraham Lincoln, CVN-72") と交代してペルシャ湾入りし、イラクの自由作戦に参加した。その後11月5日にサンディエゴへ帰港し、定期メンテナンスと修理に入る。2005年5月にペルシャ湾に配備され、11月8日には帰港している。