После начала вторжения Наполеона в Россию император Александр I объявил манифест о созыве внутреннего ополчения. Лебедев из своих крепостных крестьян сформировал егерскую роту и затем выбран предводителем ополчения Смоленской губернии. 5 и 6 августа он участвовал в отражении французов от Смоленска и за отличие был награждён орденом св. Анны 1-й степени с алмазными знаками. Вслед за тем он со вверенными ему ополченческими подразделениями участвовал в Бородинском бою. После сражения под Малоярославцем Лебедев тяжело заболел и оставил действующую армию.