La musica di Baccusi, influenzata da Adrian Willaert, Giaches de Wert, Cipriano de Rore e Andrea Gabrieli, risponde allo stile della scuola veneziana. Fu un compositore prolifico il cui lavoro non è stato ancora oggetto di uno studio esaustivo. Per lo più pubblicato a Venezia, il suo lavoro comprende sei libri di messe, sei libri di mottetti e l'adattamento dei salmi, e sette libri di madrigali, tra cui un adattamento completo, in un ciclo di madrigali, di undici strofe della "Vergine" di Petrarca. Compose anche adattamenti a cinque e sei voci di poemi che celebravano la vittoria dei veneziani sui turchi a Lepanto (1571).