1949年9月26日，時任新疆省政府主席包尔汉·沙希迪正式通电投共，将省政府改组成新疆省临时人民政府，暂时维持全省政务，听候中共中央的命令。10月1日，中华人民共和国成立。10月12日，中共中央决定成立中共中央新疆分局，以王震为书记，由于部队正在进军新疆途中，新疆分局未组建工作机构和开展工作。11月7日，王震、徐立清等人到达迪化后，新疆分局正式组建成立。12月，成立新疆省人民政府和新疆军区。12月29日，驻新疆的中華民國國軍新疆警备司令部及其所属起义部队改编为中国人民解放军第二十二兵团，新疆和平解放。1955年10月1日，新疆维吾尔自治区成立，将整个新疆设立为“维吾尔自治区”，远超出了维吾尔族的传统聚居地区。最初中苏两国关系友善时，苏联限制了它过去开展的维吾尔族研究项目，但1960年代中苏交恶之后，维吾尔族研究项目又成为苏联反华意识形态战争的一部分。“东突厥斯坦”一词开始广泛应用于苏联的学术著作中，但在定义上，它有时仅指天山以南的塔里木盆地，天山以北称准噶尔。例如苏联共产党的维吾尔历史学家图尔逊·拉希莫夫在其1981年出版的《中华人民共和国非汉族人民的命运》一书中就将“东突厥斯坦”和“准噶尔”并列，同时他偶尔也把“东突厥斯坦”和“新疆”等同使用。1960年代和1970年代的文化大革命和反对“地方民族主义”的运动中，中国政府将“东突厥斯坦”一词与维吾尔分离主义及“外国敌对势力”联系在一起并禁止使用。