Monaster przy cerkwi Zaśnięcia Matki Bożej został zlikwidowany przez cara Piotra I, gdy ten rozpoczął budowę w Woroneżu rosyjskiej floty wojennej. Klasztor znalazł się bowiem w samym centrum nowo powstałej nadbrzeżnej dzielnicy wojskowej z pałacami cara i jego współpracowników. Cerkiew Zaśnięcia Matki Bożej pozostała jednak czynna i odtąd była świątynią wojskową, w której odbywały się nabożeństwa z okazji ukończenia budowy kolejnych okrętów. Również przed wypłynięciem floty na drugi pochód azowski uroczyste nabożeństwo w intencji rosyjskiego zwycięstwa odbyło się w tej świątyni, pod przewodnictwem biskupa woroneskiego Mitrofana. W cerkwi Zaśnięcia Matki Bożej wielokrotnie modlił się car Piotr I, który według miejscowej tradycji niekiedy dołączał do cerkiewnego chóru. Budowa okrętów w Woroneżu zakończyła się w 1711, po tej dacie świątynia stała się zwykłą cerkwią parafialną.