Fransa'nın 1812'de Rusya'yı işgali sırasında, iki büyük Rus ordusundan birine Bagration, diğerine Barclay de Tolly komuta ediyordu. Rus ordusu Smolensk Muharebesi'nde Fransız ilerlemesini durduramadı. Barclay'ın, Çar I. Alexander tarafından onaylanan yakıp yıkarak geri çekilme taktiğine karşı Bagration Fransızları büyük bir meydan muharebesi ile durdurma önerisinde bulundu. Başkomutan olarak atanan Mikhail Kutuzov, Barclay'dan görevi devraldı fakat Moskova yakınlarındaki Borodino Muharebesi'ne kadar onun politikasını sürdürdü. Bagration Borodino'da daha sonradan olarak adlandırılacak olan Rus ordusu sol kanadına komuta etti, burada ölümcül bir şekilde yaralandı ve birkaç hafta sonra öldü. Başlangıçta yerel bir kiliseye gömüldü, ancak mezarı 1839'da Borodino savaş alanına nakledildi.