През 1950 г. по нареждане на Ли войски под егидата на ООН се намесват във войната в Корея, което среща острия отпор на СССР. Две години по-късно САЩ обвиняват Трюгве Ли, че е допуснал в апарата на ООН да бъдат назначавани комунисти. Това принуждава Ли да подаде оставка през ноември 1952 г., макар че от 1 февруари 1951 г. получава нов мандат.