Begiristain va jugar 22 partits i va marcar sis gols amb la Selecció d'Espanya, debutant en una derrota per 1-2 amb Txecoslovàquia el 24 de febrer de 1988, en un partit amistós jugat a Màlaga. Va representar Espanya a Eurocopa de 1988 i a la Copa del Món de 1994, jugant el seu últim partit en aquesta última competició, un 3-0 de setzens de final en que va guanyar a Suïssa on va marcar des del punt de penal.