1848-ban, amikor a magyar alkotmány életbelépett, mint századost a honvéd táborkarhoz nevezték ki. Jelen volt a bányavárosok téli hadjáratában, úgyszintén a kápolnai, mezőkövesdi csatában. A tavaszi hadjárat alkalmával részt vett a hatvani ütközetben, ahol csaknem életét vesztette. A csata után őrnaggyá nevezték ki. Azt követőleg is számos ütközetben harcolt. Győr bevétele után Komáromba rendelték a fővezérséghez, hogy Nagysándor tábornok mellett, mint táborkari főnök működjék. A Vág melletti csaták után a sereggel levonult és 1849. augusztus 2-án Debrecennél az orosz csapatok ellen harcolt. Görgey Nagysándor hadtestét Temes megyébe küldte, ahol Pongrácz, mint alezredes a Vinga előtti utolsó csatában is részt vett. A világosi fegyverletétel után Pongrácz Istvánt is az aradi várba hurcolták, halálra s kegyelem után tíz évi várfogságra ítélték. Három évi fogsága után kapott kegyelmet, majd hazatért szülőföldjére, ahol 1869-ig katonai tudományokkal és kertészettel foglalkozott. Pákozdy Rózát 1857-ben vette el feleségül. A megyében alakult 1848-49. honvédegylet elnökének választotta.