Lane est nommé commandant dans l'armée confédérée et affecté au 1st North Carolina Infantry Regiment le . Les promotions arrivent rapidement, et il est colonel et commandant du 28th North Carolina le . Lors de la bataille des sept jours de 1862, il est blessé deux fois la tête de son régiment. Il sert dans la division du major général A. P. Hill du deuxième corps de Thomas J. « Stonewall » Jackson lors de la deuxième bataille de Bull Run et reçoit sa brigade à la suite de la mort du brigadier général Laurent O'Bryan Branch lors de la bataille d'Antietam. Il est promu brigadier général le , et assume le commandement de la deuxième brigade de la division de William Dorsey Pender du troisième corps d'A.P. Hill de l'armée de Virginie du Nord le mois de mai suivant, au cours de la début de la campagne de Gettysburg.