Alla caduta dell'URSS nel 1991, Limonov torna in Russia, dove si è soprattutto dedicato alla politica. Ha fondato un giornale chiamato "Limonka" e un partito politico, il Partito Nazional Bolscevico insieme al politologo Aleksandr Gel'evič Dugin, il quale però ne è successivamente uscito. Tra il 2001 e il 2003 sconta due anni di prigione con l'accusa di cospirazione.