Uno de los hechos más relevantes de la historia de la ciudad se produjo en las llamadas Alteraciones de Teruel y Albarracín. Durante el reinado de Felipe II, el Tribunal de la Inquisición cometía constantes contrafueros, por lo que no fue aceptado por estas poblaciones, provocando frecuentes algaradas populares, a veces con violencia hacia los inquisidores. En el año 1572 se produjeron tales altercados que el rey, ejerciendo su autoridad, mandó un ejército castellano al mando del duque de Segorbe a invadir Teruel. Hubo combates durante varios días al estar la ciudad fortificada, pero finalmente la plaza se rindió el Jueves Santo de aquel año. Durante una semana se ajustició a los cabecillas en los jardines del Barón de Escriche, actual plaza de San Juan. Este hecho desacreditó enormemente la foralidad aragonesa. A comienzos del , durante la Guerra de Sucesión, la ciudad se alineó con Felipe V.