Mendel kannte das Werk Darwins. Er beschaffte sich die deutsche Ausgabe des Hauptwerks "Ursprung der Arten" in der 2. Auflage 1863, kannte Darwins Thesen aber wahrscheinlich schon viel früher. Später besaß und studierte er die meisten von Darwins Werken und hinterließ Randnotizen in seinen Exemplaren. Er korrespondierte aber nicht mit Darwin und traf ihn nie, obwohl er 1862 London besuchte als Mitglied der Brünner Delegation zur Weltausstellung. Mendel war kein Gegner der Darwinschen Evolutionstheorie, lehnte die Darwinsche Theorie der Vererbung – die 1868 veröffentlichte umstrittene Pangenesistheorie und allgemein die von Darwin vertretene Annahme der Blending inheritance – aber ab, da sie seiner eigenen Theorie der Bildung von Hybriden zuwiderlief. Er wusste aus seinen Experimenten, dass Eigenschaften, die bei Kreuzung verschwinden, nicht ganz verloren waren, sondern in späteren Generationen wieder auftauchen konnten. Mendel lehnte auch Darwins Ansicht ab, alle Veränderungen wären direkt oder indirekt auf Umwelteinflüsse zurückzuführen, da er selbst, wie schon sein Lehrer Franz Unger, Experimente über permanente Auswirkungen von Umwelteinflüssen bei der Vererbung durchgeführt und keine gefunden hatte. In seinen wissenschaftlichen Arbeiten und Vorlesungen erwähnte er Darwin nicht und auch selten in seiner Korrespondenz, er hatte aber die Darwinsche Evolutionstheorie im Hinterkopf bei der Ausarbeitung seiner Vererbungslehre. Die Planung und der Beginn seiner Kreuzungsexperimente begann allerdings zwei bis drei Jahre vor dem Erscheinen von Darwins Hauptwerk Ursprung der Arten von 1859. Mendel glaubte wie Darwin an eine Veränderbarkeit und Evolution der Arten. Ideen dazu waren auch schon vor Darwin im deutschsprachigen Raum verbreitet, zum Beispiel bei seinem Freund Nägeli.