В 1987 году поступил на арабское отделение факультета востоковедения Таджикского государственного университета имени В. И. Ленина (сейчас Таджикский национальный университет) в Душанбе. Окончил данный ВУЗ в 1992 году. В том году по рекомендации почти год проходил стажировку в в Республике Йемен. В 1993 году поступил в Дипломатическую академию МИД Российской Федерации в Москве. Окончил Дипакадемию МИД РФ в 1995 году по специальности «международное право». Так как в это время в уже независимом Таджикистане была в разгаре гражданская война, начавшаяся в начале 1992 года, Мухиддин Кабиров остался в Москве, но поддерживал связь с Таджикистаном. До 1997 года вёл предпринимательскую деятельность в Москве, являлся заместителем генерального директора АОЗТ «Халиф» Зайда Саидова (основан в 1993, ликвидирован в 2007 году), а также руководителем московского таджикского культурного центра «Сино».