La partie texane de l'État mexicain de Coahuila y Tejas entre en rébellion en mars 1836 (voir Révolution texane). Santa Anna, profite de la situation pour débarquer clandestinement avant de marcher à la tête de inexpérimentées vers le nord pour remettre la province rebelle sous contrôle, mais il est capturé par les forces séparatistes après la bataille de San Jacinto le . Menacé dans son intégrité physique, il ordonne le retrait des troupes du Texas. Ordre qui n'aurait pas dû être suivi, aucune armée ne devant obéir à un chef prisonnier. À Mexico, le gouvernement du président José Justo Corro, après avoir appris la nouvelle, ordonna son arrestation. Après quelque temps de captivité et d'éloignement aux États-Unis, il est autorisé à retourner au Mexique. Il se retire alors dans l'État de Veracruz dans une de ses propriétés. En 1837, le général Anastasio Bustamante renverse la république et reprend les pleins pouvoirs. En 1838, Santa Anna voit une chance de reprendre le pouvoir quand la marine de Louis-Philippe débarque à Veracruz sous prétexte de faire indemniser des commerçants français victimes de troubles à Mexico. Intervention appelée guerre des Pâtisseries. On dit qu'il était dans son hamac en son hacienda et qu'entendant la canonnade, il bondit sur son cheval en direction du port.