Ved krigsforberedelserne i 1863 – han havde erholdt majors karakter om foråret – blev han bataljonschef ved 6. Regiment, hvilken stilling han beklædte under hele krigen; han deltog først i Dannevirkes, senere i Dybbøls forsvar. I juli blev Falkenberg major og efter krigen chef for 6. Regiment (senere 6. Bataljon) i Viborg, hvilken stilling han beholdt ved gennemførelsen af Hærloven af 1867, da han forfremmedes til oberst. I 1874 blev han chef for 29. Bataljon, og 2 år senere stilledes han til rådighed for 2. Generalkommando, men blev i 1879 atter chef for 6. Bataljon og førte om sommeren brigade i lejren ved Hald, hvorefter han erholdt Kommandørkorset af 2. grad. Han stilledes derpå til rådighed for 1. Generalkommando og afgik i oktober 1880 på grund af alder fra Hæren.