Ivanovin tehtäviin kuului myös Irakin kriisin ja Iranin ydinkriisin selvittely. Yhdysvallat syytti Venäjää maaliskuussa 2006 tiedustelutietojen vuotamisesta Irakiin Yhdysvaltojen hyökkäyssuunnitelmista, minkä Ivanov kiisti. Hän on kannattanut ennalta ehkäiseviä iskuja terroristeja vastaan maan rajojen ulkopuolella. Qatarilaisen sanomalehden mukaan Ivanov antoi käskyn tšetšeenipresidentti Zelimhan Jandarbijevin salamurhasta Qatarissa 2004 kostoksi Moskovan teatterikaappauksesta.