En , le Pacte Molotov-Ribbentrop prévoyait pour les trois États baltes la fin de leur indépendance de l'entre-deux-guerres et l'Armée rouge les envahit en 1940. Cependant l'attaque d'Hitler contre l'Union soviétique en 1941 suspendit la « soviétisation » de la région et fut suivie d'une occupation allemande de trois ans. Le retour des Soviétiques en 1944 imposa de nouveau un contrôle totalitaire, une collectivisation agricole brutale, des déportations massives et un afflux de colons russes. Les statistiques officielles chiffrent à plus de 120 000 le nombre de personnes déportées de Lituanie en Sibérie et dans d'autres parties de l'Union soviétique. Certaines sources portent le nombre à 300 000.