En 1651, durante el sitio de Limerick de Henry Ireton, Boyle derrotó a los refuerzos confederados comandados por el vizconde de Muskerry en Knocknaclashy, en lo que fue la última batalla campal de la guerra. Tras la pacificación de Irlanda, el gobierno de la Commonwealth recompensó los servicios de Boyle con la concesión de vastas extensiones de tierra confiscada a los católicos.