Veel schade ondervond het gebied van de Sint-Elisabethsvloed van 1421. Munsterkerk verdween in de golven en ook Muilkerk ondervond veel schade. In 1461 werd de "Kornsedijk" aangelegd en begonnen de inpolderingen. In 1680 kwam de "Zuidhollandse Polder", ten westen van Dussen, gereed. In 1634 werd reeds opgemerkt dat dat "ook buijten dijcks gestaen heefft de parochiekercke van munsterkerk ende dat soo wij altijd gehoort hebben, op seeker stuk lands tegenwoordelijk sijnde wijland genaemt het kerkckhof". Deze plaats, gelegen tussen de Kalversteeg en de Oude Straat in de Zuidhollandse polder, is waarschijnlijk de plaats waar de Munsterkerk heeft gestaan.