Nach der sogenannten Zerschlagung der Rest-Tschechei und der Besetzung des Landes durch Nazideutschland wurde der tschechoslowakische Sokol 1939 in den Sudetengebieten verboten. Im Reichsprotektorat Böhmen und Mähren blieben die einzelnen Einheiten zunächst weiter bestehen. Am 12. April 1941 wurde dem Sokol auch im Protektorat jegliche Aktivität verboten. Seine Mitglieder wurden verfolgt und fast die gesamte Führung ermordet. An einige der ermordeten Mitglieder erinnern Stolpersteine, so zum Beispiel in Brünn an František Skorkovský und Jan Jebavý. Nach 1945 konnte der Turnerbund wieder aktiv werden, allerdings wurde er nach der kommunistischen Machtübernahme 1948 aufgelöst und bis 1989 nicht mehr zugelassen.