Pepper fundó el "Philadelphia Medical Times" y fue editor de dicha revista entre 1870 y 1871. Fue elegido rector de la Universidad de Pensilvania en 1881 y permaneció en ese cargo hasta 1894. Por sus servicios como director médico Exposición Universal del Centenario de los Estados Unidos en Filadelfia en 1876, fue nombrado caballero de la Orden de San Olaf por el rey Óscar II de Suecia.