El 5 de octubre de 2020 fue nombrado ministro de Reconciliación Nacional de Malí en el gobierno de transición de Moctar Ouane en el que los líderes de la junta militar golpista asumen cuatro ministerios estratégicos. Junto a Wagué, Sadio Camara es nombrado ministro de Defensa, Modibo Koné ministro de Seguridad y Abdoulane Maiga ministro de Administración Territorial.