В августе 1918 года отряд перешёл через линию фронта, был включен в состав Красной Армии и на его основе был создан 4-й Нежинский стрелковый полк. Андрусенко был зачислен в этот полк красноармейцем, принимал участие в Гражданской войне против петлюровской армии. С марта 1919 года — красноармеец 1-го Киевского коммунистического полка, в декабре 1919 года тяжело заболел тифом. После выписки из госпиталя служил в караульном батальона при Борзнянском уездном военкомате, участвовал в боевых действиях против банды Орлова. С августа 1920 года воевал в 73-и м 6-м стрелковых полках Юго-Западного фронта, участвовал в боях против польской армии и отрядов Нестора Махно.