En tant qu'entraîneur, il dirigea des sélections nationales. Il commença avec le Maroc, participant à la Coupe du monde de football de 1970, où il fut éliminé au premier tour. Il entraîna le Zaïre de 1972 à 1976, terminant quatrième de la CAN 1972, remporta la CAN 1974, participa à la Coupe du monde de football de 1974, permettant pour la première fois dans l'histoire de la Coupe du monde de Football à un pays d'Afrique noire de participer. Il fut éliminé au premier tour. Blagoje Vidinic finit sa carrière d'entraineur avec la Colombie de 1976 à 1979, participant à la Copa América 1979, où la Colombie fut éliminée au premier tour. Il rejoint ensuite Horst Dassler à la tête de ADIDAS.