Berlayar pada 24 Desember menuju Filipina, "Enterprise" membawa sebuah kelompok udara yang terlatih khusus dalam operasi-operasi malam; menjadikan "Enterprise" sebagai satu-satunya kapal yang mampu melakukan operasi malam, ia meninggalkan Oahu dengan kode lambungnya berubah dari CV menjadi CV (N), "N" yang mewakili "Night" (malam). Dia bergabung dengan TG 38.5 dan menyisir perairan utara Luzon dan Laut Cina Selatan selama Januari 1945, menyerang target pantai dan pengiriman dari Formosa ke Indo-Cina, termasuk serangan ke Makau. Setelah pemberhentian singkat di Ulithi, "Enterprise" bergabung dengan TG 58.5 pada 10 Februari 1945, dan memberikan patroli udara tempur siang dan malam untuk TF 58 saat menyerang Tokyo pada 16-17 Februari. Dia kemudian mendukung Marinir dalam Pertempuran Iwo Jima dari 19 Februari - 9 Maret, ketika dia kembali berlayar ke Ulithi. Selama periode itu, pesawat dari "Enterprise" selalu terbang diatas Iwo Jima selama 174 jam.