Sabella valittiin vuonna 2009 Estudiantes de La Platan päävalmentajaksi. Hän onnistui kahden Estudiantes-vuoden aikana voittamaan Copa Libertadoresin vuonna 2009 ja Argentiinan Aperturan vuonna 2010. Hänet valittiin Argentiinan jalkapallomaajoukkueen päävalmentajaksi vuonna 2011 maan menestyttyä huonosti Copa Américassa. Hän nimesi heti Lionel Messin joukkueen uudeksi kapteeniksi. Sabella johti Argentiinan 2014 MM-kisoihin Etelä-Amerikan karsintojen ykkösenä.