ג'ונסטון נסע לקולומביה בקרוליינה הדרומית, והתכונן לצאת לגמלאות. אולם, בעוד שהקונפדרציה הפכה מודאגת מן הצעדה אל הים של שרמן, ולאחר מכן מסעו צפונה דרך הקרוליינות, עלו קריאות מן הציבור להחזרת ג'ונסטון אל תפקידו. פ.ג.ט. בורגארד, הגנרל האחראי על זירת המערב, הראה התקדמות מועטה מאוד בבלימת כוחות האיחוד. יריבים פוליטיים של ג'פרסון דייוויס, כגון הסנטור לואיס ויגפול, הוסיפו ללחץ בתוך הקונגרס. מרי צ'סנאט, אשר תיעדה ביומנה את מאורעות המלחמה, כתבה "חשבנו כי זה מאבק לעצמאות. כעת נדמה כי זה רק קרב בין ג'ו ג'ונסטון וג'ף דייוויס." בינואר 1865 העביר הקונגרס חוק המעניק לרוברט אדוארד לי את סמכויות הגנרל המפקד, והמליץ להחזיר את ג'ונסטון לפיקוד על ארמיית טנסי. דייוויס מינה מיד את לי לתפקיד, אולם סירב להחזיר את ג'ונסטון לתפקידו. בתזכיר ארוך שלא פורסם כתב דייוויס "דעתי על חוסר התאמתו של ג'ונסטון לפיקוד הבשילה לאט, בניגוד לנטייתי, אל אמונה כה מוצקה עד שיהיה זה בילתי אפשרי מבחינתי לבטוח בו שוב כמפקד צבא כלשהו בשדה." סגן הנשיא אלכסנדר סטפנס ביחד עם 17 סנטורים עתרו לרוברט אדוארד לי על מנת שינצל את סמכותו החדשה על מנת למנות את ג'ונסטון תוך עקיפת הנשיא, אולם הוא סירב. במקום זאת, הוא המליץ לדייוויס למנותו.