Samarbetet mellan Königsmarck och Carl Gustaf Wrangel var däremot betydligt sämre. Königsmarck underordnade sig ogärna den betydligt yngre Wrangel, och efter dennes övertagande av befälet opererade Königsmarck nästan hela tiden självständigt. Hans kanske mest berömda bragd är stormningen av Lilla sidan i Prag 1648, där han även förvärvade ett ofantligt byte. I Karl X Gustavs polska krig kom Königsmarck aldrig att delta. Han led skeppsbrott på vägen dit utanför Danzig. De rika byten han samlat på sig från trettioåriga kriget och drottning Kristinas frikostighet gjorde Königsmarck till en av Sveriges rikaste män, med furstliga gods både i Sverige och sitt guvernement Bremen.