Após o fim do regime talibã no Afeganistão, eles participaram da Copa Ouro da SAFF de 2003, onde perdeu as 3 partidas da fase de grupos para a Índia, Paquistão e Sri Lanka. No mesmo ano, o Afeganistão participou das Eliminatórias para a Copa da Ásia de 2004, onde venceu o Quirguistão, mas perdeu para o Nepal, sendo eliminado da competição. A seleção afegã fez sua primeira partida pelas eliminatórias da Copa do Mundo, em 2003, contra o Turcomenistão pelas Eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2006, perdendo os 2 jogos com um placar agregado de 13-0. Foi a primeira vez que o Afeganistão disputara as Eliminatórias para a Copa do Mundo, mesmo estando a equipe filiada a FIFA desde 1948. O Afeganistão perdeu um amistoso para o Tadjiquistão em novembro de 2005, indo logo depois foi para o Paquistão pela Copa Ouro da Federação de Futebol do Sul da Ásia. A seleção afegã perdeu para Paquistão e Ilhas Maldivas, mas ganhou contra o Sri Lanka. O Afeganistão também participo da primeira edição da AFC Challenge Cup em 2006 empatando 2 jogos contra Taipei e Filipinas. O Afeganistão em sua segunda campanha pelas Eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2010 sendo eliminada pela Síria. Pela Copa da SAFF de 2008 o Afeganistão perdeu apenas para o Butão e empatou com Sri Lanka e Bangladesh. O Afeganistão entrou na segunda edição da AFC Challenge Cup de 2008 ao vencer o grupo C das eliminatórias, empatando com Bangladesh e vencendo o Quirguistão. Na Challenge Cup 2008 o Afeganistão perdeu todos os jogos contra Índia, Tadjiquistão e Turcomenistão.