סן חוסה זכה עם נבחרת הנוער באליפות אירופה בכדורגל עד גיל 19 - 2007 ועם הנבחרת הצעירה באליפות אירופה בכדורגל עד גיל 21 - 2011. ב-4 בספטמבר 2014 ערך את הופעת הבכורה שלו בנבחרת ספרד בהפסד 1-0 ל. סן חוסה נכלל בסגל הנבחרת לקראת יורו 2016.