Pewną stabilizację wewnętrzną zapewniły Mołdawii rządy hospodara Bazylego Lupu (1634−1653), jednak mimo wsparcia Kozaków poniósł porażkę w swoich walkach z Wołoszczyzną. W 1668 r. złożony został z tronu ostatni z przedstawicieli rodu Muszatowiczów. Od czasu jego obalenia sułtani osmańscy nie dowierzając wierności lokalnych bojarów wprowadzili praktykę oddawania (a zwykle sprzedawania) tronu hospodarskiego prawosławnym dostojnikom ze Stambułu, głównie pochodzenia greckiego (na stałe, od 1711 r.). Ci hospodarowie fanarioccy w dużej mierze traktowali piastowanie tego stanowiska jako możliwość do szybkiego wzbogacenia. Bardzo często zmieniani, rzadko dbali o interesy państwa, które popadało w coraz większy kryzys gospodarczy. Jedynie ambitny Jerzy Duca pragnął rozszerzenia granic Mołdawii sięgając na ziemie zadniestrzańskie (wykorzystywał wojnę polsko-turecką), jednak w 1672 r. i on został usunięty z tronu z podejrzeniem zbytniego sprzyjania Polsce. Próby reform wewnętrznych w XVIII w. podejmowali jeszcze Konstantyn Mavrocordat i Grzegorz Aleksander Ghica.