Среди населения преобладало традиционное коми-пермяцкое язычество. Неукрепленными святилищами были Чердынь и Искор. В конце XIV века на территорию Прикамья проникает православие. В 1383 году епископ Стефан Пермский был поставлен первым пермским епископом. В летописи это событие описано так: «приде Стефан до митрополита до Москвы для новокрещении пермяки епискупа просити. Пимен митрополит с князем с Дмитрием сразсудив, поставил его Стефана епискупом пермскую землю». Так как в церковном отношении Пермь Великая относилась к Новгородской епархии, то это привело к конфликту. Новгород дважды посылал в Пермскую землю вооружённые отряды. Вскоре конфликт был улажен — Новгород признал пермского епископа, назначенного Москвой. Хотя никаких документальных свидетельств о пребывании Стефана Пермского на территории Перми Великой нет, он почитался там как основатель пермской епархии. В XV веке пермские епископы были сторонниками Москвы. Пермский епископ Питирим в условиях феодальной войны в Московском княжестве поддержал Василия II, издав в 1447 году вместе с другими церковными иерархами Руси анафему на его противника князя Дмитрия Шемяку. Помощь выразилась также в том, что Питирим в 1450 году послал на защиту от Шемяки Великого Устюга свою паству, а двое пермских сотников были казнены Шемякой.