קאראג'יץ' היה לאחד המבוקשים ביותר לצורך משפט בבית הדין הפלילי הבינלאומי ליוגוסלביה לשעבר, על מעשי הזוועה לכאורה שביצע במהלך המלחמה בבוסניה, בין השנים 1992 ל-1995. הוא הואשם שלא בפניו בבית דין זה ברצח עם בשל הטבח שאירע בסרברניצה ב-1995, בו נרצחו 8,000 גברים ונערים מוסלמים, וכן בגין המצור בן 43 הימים שהטילו הסרבים הבוסנים על בירת בוסניה, סרייבו, במהלכו נספו כ-11 אלף מתושבי העיר.