מנהיג הארגון עד לשנת 2019 היה אבו בכר אל-בגדאדי. הארגון תחתיו השתתף בלחימה בסוריה, בעיראק, בלוב, בתימן, באפגניסטן ובפקיסטן. בסוף יוני 2014 הכריז הארגון על הקמת ח'ליפות אסלאמית עצמאית בשטחים שבשליטתו וקיצר את שמו ל"המדינה האסלאמית", שינוי המלמד על השאיפות שגדלו ואינן מוגבלות עוד מבחינה גאוגרפית. בנוסף, הוא הכריז שכל המוסלמים בכל העולם חייבים לציית לאל-בגדאדי, שהוכרז כח'ליפה. הארגון נודע לשמצה בעולם לאחר שפרסם ברשת האינטרנט סרטונים בהם הציג את אנשיו עורפים את ראשיהם של קורבנות שנחטפו על ידי הארגון ורוצחים אזרחים וחיילים בעיראק ובסוריה באמצעות רובים.