Inicialmente, el pueblo dependió del Departamento de Arequipa, para luego formar parte del Departamento de Moquegua en 1857. Durante la primera mitad del siglo XIX, sus pobladores fueron atraídos por sus depósitos de guano, los que eran explotados con mano de obra china, también llamados culíes. Para entonces, Pisagua se había transformado en una importante localidad del sur de Perú. La nueva ubicación, sin embargo, no evitó que la localidad fuera destruida por el fuerte terremoto y tsunami del 13 de agosto de 1868, que arrasó con la población, del mismo modo que afectó al puerto de Arica.