Recuperado de su herida y ya con el grado de teniente, pasó a ser ayudante del torreón Manco Cápac, en el Callao, colaborando en la defensa de dicho puerto frente el bloqueo de las naves chilenas. Le acompañaba su hermano Manuel. Ante el avance del ejército chileno hacia Lima, pasó a servir como ayudante de Cáceres, que por entonces ejercía la comandancia del IV Cuerpo del Ejército que defendía la capital. Luchó en las batallas de San Juan y Miraflores; en esta última resultó otra vez herido. Superada su convalecencia, fue ascendido a capitán y se puso a las órdenes de su padre, que era el jefe político y militar de Lima. Luego se sumó a la resistencia de la Sierra dirigida por Cáceres, asistiendo a lo largo de dicha campaña, hasta la batalla de Huamachuco, del 10 de julio de 1883.