알바시르는 수단의 대통령을 역임하던 동안에 수년간 종교 분쟁과 종족 분쟁을 지속해 왔다. 특히 다르푸르 사태와 제2차 수단 내전과 같은 무력 분쟁에 개입하여 수많은 수단 국민들을 죽게 만들었다. 또한 알바시르는 수단 하르툼에 오사마 빈라덴, 일리치 라미레스 산체스를 비롯한 테러리스트들의 은신처를 제공했다. 이를 계기로 미국 국무부는 1993년에 수단을 테러 지원국으로 지정하게 된다.