Il occupe ensuite le poste de manager chez les Red Sox de Boston de 2002 à 2003. Largement critiqué pour avoir laissé trop longtemps son lanceur étoile Pedro Martínez dans le de la Série de championnat 2003 de la Ligue américaine, que les Red Sox perdent contre leurs ennemis jurés, les Yankees de New York, dans ce qui s'avéra la dernière « manifestation » de la malédiction du Bambino, Little écope après l'élimination du club et est congédié, pour être remplacé par Terry Francona dès 2004.