İlk yönetmenlik deneyimini yine 1985 yılında, "Tintarella di luna" filmi ile kazandı. 18 dakikalık bu kısa filmde Noé, bir kasabada yaşayan, kocasını terk edip nehrin öbür yakasındaki sevgilisine giden bir kadının hikâyesini anlatmıştı. Bu çalışmasını 1987'de, yine bir başka kısa film olan "Pulpe amère" takip etti. 1988 yılında Noé, yeniden Arjantinli yönetmen Fernando Solanas'ın "Sur" adlı filminde yardımcı yönetmenlik yaptı. 1991 yılında üçüncü kısa film çalışması "Carne" ile ilk defa uluslararası arenada kendisinden söz ettirmeye başladı. 40 dakikalık bu çalışma, 1991 Cannes Film Festivali'nde ödül kazandı.