La începutul celui de-al Doilea Război Mondial, Ahlfen a desfășurat inițial o activitate similară, activând, printre altele, în perioada 15 iunie - 1 iulie 1940, ca ofițer de stat major pentru trupele de pionieri în cadrul Oberkommando des Heeres (Înaltul Comandament al Armatei de Uscat). La 1 iulie 1940 a preluat comanda Batalionului 40 Pionieri (motorizat) și la 5 ianuarie 1942 a la personalul Regimentului 617 Pionieri (motorizat). La puțin timp după aceea, la 1 februarie 1942, Ahlfen a fost avansat la gradul de colonel. Din 30 iulie 1942 până la 1 iulie 1943 a fost ofițer în Statul Major al Grupului de Armate Don, apoi a devenit comandant al trupelor de pionieri din cadrul Înaltului Comandament Militar din Norvegia (1 iulie 1943 - 5 octombrie 1944). În timpul operațiunii Bagration colonelul Ahlfen a fost detașat temporar (27 iulie - 16 septembrie 1944) pe post de comandant al pionierilor din Armata a 9-a, aflată sub comanda General der Panzertruppe Nikolaus von Vormann. În 5 octombrie 1944 Ahlfen a fost trecut în rezerva de comandanți a Wehrmacht-ului (Führerreserve), dar a urmat în același timp un curs pentru comandanții de diviziii (19 octombrie - 10 noiembrie 1944). La 10 noiembrie 1944 a fost numit comandant al Formațiunii de Blocare von Ahlfen în cadrul Grupului de Armate Don și în același timp comandant al Brigăzii 70 Pionieri.