Più tardi, la raccolta fu dispersa tra diverse biblioteche russe. Alcune parti della collezione Załuski tornarono in Polonia in due date distinte nel XIX secolo: 1842 e 1863. Negli anni 1920, dopo la guerra polacco-sovietica e il trattato di Riga il governo RSFSR restituì circa 50.000 oggetti alla Polonia, ma i soldati tedeschi hanno deliberatamente distrutto questi oggetti durante la distruzione programmata di Varsavia nell'ottobre del 1944, dopo il crollo della Rivolta di Varsavia. Solo 1800 manoscritti e 30.000 materiali stampati della biblioteca originale sopravvissero alla guerra.