En noviembre Bolívar envió al "Vargas" a Bogotá y adiestró a 300 reclutas en Puná. En mayo de 1824 nuevamente fue designado Jefe Civil y militar de Riobamba, luego regresó a Guayaquil como Comandante de Armas y de allí pasó a Quito. En 1827 fue elegido Diputado por el Departamento del Zulia al Congreso de la Gran Colombia. A principios de 1829 es Jefe de Estado Mayor del Ejército de Colombia y el 27 de febrero abrió fuegos la "Campaña de los treinta días" que a las órdenes del mariscal Sucre culminó con la victoria del Portete de Tarqui derrotando al ejército peruano del general La Mar que pretendía ocupar el sur del actual Ecuador. Ascendido a General de División asistió a las negociaciones del Tratado de Girón firmado por el mariscal Sucre y el general La Mar, presidente del Perú. Enseguida viajó a la costa y se instaló en Buijo, formando parte del ejército del Libertador, que lo comisionó para recibir la plaza de Guayaquil. Al ser derrocado el Presidente La Mar en Lima se suspendieron las hostilidades y Bolívar le ordenó participar en las negociaciones del Convenio de Buijo que se firmó el 22 de septiembre, siendo premiado con el cargo de "Prefecto del Departamento de Guayaquil". En enero de 1830 asumió la defensa de la plaza amenazada por la insurrección del batallón "Flores".