Sea Harrier FA.2 został wyposażony w nowy radar Blue Vixen należący do najnowocześniejszych impulsowych radarów dopplerowskich na świecie. Blue Vixen stał się podstawą do opracowania radaru "CAPTOR" dla samolotu Eurofighter Typhoon. Ponadto dodano możliwość przenoszenia pocisków AIM-120 AMRAAM. Pierwsze FA.2 dostarczono do jednostek 2 kwietnia 1993 roku, a pierwsze misje bojowe nowych maszyn miały miejsce w kwietniu 1994 roku w ramach misji stabilizacyjnej ONZ podczas wojny w Bośni. Ostatni samolot wersji FA.2 zbudowano 18 stycznia 1999 roku. Ze służby brytyjskiej wycofano tę wersję w kwietniu 2006.