Poljske fakultete za pravne in družbene vede, humanistične, medicinske, teološke in matematične vede so še naprej delovale podtalno s predavanji in izpiti v zasebnih stanovanjih do leta 1944. Poljski profesorji, ki so se udeležili podtalnih tečajev, so bili Iwo Jaworski, Kazimierz Petrusewicz in Bronisław Wróblewski. Diplome teh univerz so po vojni sprejele številne poljske univerze. Kmalu po aneksiji Litve s strani Sovjetske zveze, medtem ko je nekaterim poljskim profesorjem dovoljeno nadaljevanje poučevanja, so bili mnogi drugi (skupaj z nekaterimi litovskimi profesorji), ki so veljali za 'reakcionarne', aretirani in poslani v zapore in gulage v Rusiji in Kazahstanu. Med septembrom 1939 in julijem 1941 so Sovjeti aretirali in deportirali devetnajst poljskih profesorjev iz nekdanje fakultete Univerze Štefana Batorija, od katerih jih je devet umrlo: profesorji Stanisław Cywinski, Władysław Marian Jakowicki, Jan Kempisty, Józef Marcinkiewicz, Tadeusz Kolaczyński, Piotr Oficjalski , Włodzimierz Godłowski, Konstanty Pietkiewicz in Konstanty Sokol-Sokolowski, zadnjih pet žrtev poboja v Katynu.