Vuonna 1936 Qawuqji komensi pientä aseellista vapaaehtoisten ryhmää, jotka lähtivät Palestiinaan taistelemaan siellä syttyneessä brittien ja sionismin vastaisessa kapinassa. Monet hänen alaisensa olivat aikaisemien sotien veteraaneja ja heidän vaikutuksensa kapinallisten taistelukyvyn tehokkuuteen oli huomattava. Palestiinassa hän ajautui kuitenkin kiistoihin Jerusalemin mufti Amin al-Husseinin kanssa. Husseinin ja Qawuqjin välinen kilpailu johti huomattaviin ongelmiin myöhemmin. Kapinan kannalta Qawuqji joutui brittien ylivoiman edessä vetäytymään lokakuussa 1936 Jordanin toiselle puolelle. Itse kapina päättyi tappioon vuonna 1939. Vuonna 1941 Qawuqji otti puolestaan osaa anglo-irakilaiseen sotaan irakilaisten puolella. Irakilaisten hävittyä hän lähti pakolaisena natsi-Saksaan.