Com as mudanças de liderança no início de 1990, provocadas pela eclosão da Guerra Civil Somali e da Guerra Civil Etíope, respectivamente, as relações entre as autoridades somalis e etíopes entraram numa nova fase. Em 2006, a União das Cortes Islâmicas (UCI) assumiu o controle de grande parte do sul da Somália e rapidamente impôs a lei da "sharia". O recém-criado Governo Transicional Federal procurou reafirmar a sua autoridade, e, com a ajuda de tropas etíopes, das forças de paz da União Africana e o apoio aéreo dos Estados Unidos, conseguiram expulsar a rival UCI. Na sequência dessa derrota, a União das Cortes Islâmicas dividiu-se em várias facções diferentes. Alguns dos elementos mais radicais, incluindo a Al-Shabaab, reorganizou-se para continuar a sua insurgência contra o Governo Transicional Federal e opor-se a presença dos militares etíopes na Somália. Em janeiro de 2009, as milícias conseguiram forçar as tropas etíopes a recuar. Entre 31 de maio e 9 de junho de 2008, os representantes dos Governo Transicional Federal da Somália e o grupo de rebeldes islâmicos Aliança para a Relibertação da Somália (ARS) participaram de negociações de paz intermediadas pela ONU em Djibouti. A conferência terminou com um acordo assinado pedindo a retirada das tropas etíopes em troca da cessação do confronto armado. O Parlamento foi posteriormente expandido para 550 lugares para acomodar os membros da ARS, que, em seguida, elegeu o seu líder ao gabinete.