O carro de 1999 é desenhado por Mike Gascoyne, que substitui Gary Anderson e Eddie Jordan vende 40% das ações ao consórcio Warburg, Pincus &amp; Co. As alterações não se ficam por aqui e Ralf se muda para a Williams, sendo contratado, para o seu lugar, o compatriota Heinz-Harald Frentzen. Hill é mantido, porém seu desempenho é bem inferior ao de Frentzen, que o superou com facilidade. O alemão venceu duas provas (França e Itália) e chega a fazer uma pole (última do piloto e da equipe) na Europa, em Nürburgring, porém um problema elétrico enterra as chances de título. Ele finaliza o campeonato de pilotos em 3º, o mesmo lugar com que a Jordan acabaria o campeonato de construtores com 61 pontos, a melhor classificação na história do time irlandês. Já Hill, em sua despedida, ficou apenas em 12º, 47 pontos atrás de seu companheiro de escuderia.