Yanagimoto występował w reprezentacji Japonii w latach 1995-1997. W 1995 roku uczestniczył w drugiej edycji Pucharu Konfederacji. Na turnieju w Arabii Saudyjskiej wystąpił w meczu z Argentyną. W 1996 uczestniczył w Pucharze Azji, który Japonia zakończyła w ćwierćfinale. Na turnieju rozgrywanym w Zjednoczonych Emiratach Arabskich wystąpił w czterech meczach z Syrią, Uzbekistanem, Chinami oraz w ćwierćfinale z Kuwejtem. W 1997 uczestniczył w eliminacjach Mistrzostw Świata 1998, które zakończyły się historycznym awansem na Mundial. W sumie w reprezentacji wystąpił w 78 spotkaniach, w których strzelił 2 bramki.