Após os Atentados terroristas de 11 de setembro de 2001, McCain apoiou as políticas de Bush e a Guerra do Afeganistão. Ele e o senador democrata Joe Lieberman escreveram a legislação que criou a Comissão do 11 de Setembro, e, junto com o senador Fritz Hollings, co-patrocinaram a Lei de Segurança de Aviação e Transporte, que federalizava a segurança nos aeroportos da nação.