Jacksonin kuoleman jälkeen Hill ylennettiin kenraaliluutnantiksi ja hänestä tuli Leen kolmannen armeijakunnan komentaja, jota hän johti Gettysburgin kampanjassa 1863. Hän johti myös saman vuoden syyskampanjaa ja Overlandin kampanjaa sekä Petersburgin piiritystä 1864–1865. Hill kaatui Petersburgin taistelussa 2. huhtikuuta 1865. Unionin sotilas, korpraali John W. Mauck 138. Pennsylvanian rykmentistä onnistui ampumaan hänet hengiltä.