ต่อมาในปี ค.ศ. 1721 พระองค์ได้ทรงเข้าควบคุมศาสนจักรมากยิ่งขึ้น โดยประกาศยุบตำแหน่งอัครบิดรอย่างเป็นทางการ (ไม่มีการตั้งอัครบิดรแห่งกรุงมอสโกอีกเป็นเวลาเกือบ 200 ปี จนถึงเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1917 ซึ่งเป็นช่วงเวลาก่อนเกิดการปฏิวัติเดือนตุลาคมเพียงเล็กน้อย) และจัดตั้ง (Holy Synod) ขึ้นเพื่อทำหน้าที่เป็นองค์กรบริหารสูงสุดแทนตำแหน่งอัครบิดร แต่สมัชชาต้องอยู่ใต้การควบคุมของเจ้าหน้าที่รัฐระดับสูง (Chief Procurator) ที่เป็นฆราวาสซึ่งมีอำนาจในการยับยั้ง (veto) การออกศาสนบัญญัติหรือการดำเนินงานต่าง ๆ ของสภาศาสนาได้ ขณะเดียวกัน คริสตจักรได้ถูกนำมาใช้เป็นเครื่องมือของรัฐในการเพิ่มอำนาจให้แก่จักรพรรดิ โดยสร้างแนวคิดใหม่ว่าจักรพรรดิทรงเป็นผู้ที่พระเจ้าเลือกสรรให้ปกครองจักรวรรดิ (God’s chosen ruler) ดังนั้น การภักดีต่อพระองค์จึงเป็นหน้าที่โดยตรงของคริสต์ศาสนิกชนกรีกออร์ทอดอกซ์และเป็นเงื่อนไขอีกข้อหนึ่งของศาสนา