26 ноября 1957 года Аднан Мендерес назначил Кырдара министром здравоохранения. После государственного переворота, совершённого в 1960 году, Лютфи Кырдар был снят с поста и отдан под суд. Умер во время суда от инфаркта миокарда. Похоронен на кладбище Зинджирликую. У него осталось двое сыновей, Эрдем и Унер.