Университет носит название существовавшей в Або с 1640 года Королевской академии, которая после пожара 1827 года была переведена в Гельсингфорс. Современная Академия Або основана после провозглашения независимости Финляндии в 1918 году усилиями частных лиц и стала государственной лишь 1 августа 1981 года.