По време на Обсадата на Сараево сръбските сили целенасочено обстрелват много от паметниците на културата на града, като джамии, музеи и библиотеки. Като най-големият и най-известният мюсюлмански храм в Сараево Гази Хюсрев бей джамия е силно разрушена по време на войната. Възстановена е през 1996 година с външна помощ. По този повод професор Майкъл Селс от Колежа Хейвърфорд обвинява реставраторите (чиито пари в голямата си част са с произход от Саудитска Арабия) в опит за прокарване на течението на уахабизма. Преди реконструкцията, интериорът на джамията е бил много по-сложен и орнаментиран. Днес стените ѝ са просто бели, голяма част от детайлите, артистичността, и цветовете липсват. Пълното възстановяване и пребоядисване на джамията започва през 2000 година. То е дело главно на Хазим Нуманагич, известен босненска калиграф.