Nielsen karierę trenera rozpoczął w Skovshoved IF. Następnie prowadził zespoły B 1901, Frederikshavn fI oraz ponownie B 1901, a w 1976 roku został selekcjonerem reprezentacji Danii. W roli tej zadebiutował 4 lutego 1976 w wygranym 1:0 towarzyskim meczu z Izraelem. Kadrę Danię prowadził w eliminacjach do Mistrzostw Świata 1978 oraz Mistrzostw Europy 1980, jednak na żaden z tych turniejów nie awansowała. Trenerem reprezentacji Danii Nielsen był do 1979 roku. Łącznie poprowadził ją w 31 spotkaniach, z czego 13 było wygranych, 6 zremisowanych, a 12 przegranych.