Относительно спокойное течение жизни было нарушено в 1900 году восстанием боксёров, которые совершали нападения на членов иностранных посольств. В Пекине были сожжены христианские храмы, массово уничтожались крещёные китайцы (см. Китайские новомученики). Повстанцы осадили посольский квартал. Северное подворье русской миссии было разграблено и разрушено. Начальник миссии архимандрит Иннокентий (Фигуровский) с братией и несколькими прихожанами успел укрыться на территории Российской дипломатической миссии, где провёл два месяца. После подавления мятежа отец Иннокентий нашёл приют в одном из уголков буддийского храма Юнхэгун, открыл в нём временную церковь и своим присутствием предотвратил разграбление Юнхэгуна иностранными солдатами.