לאחר שחרורו מהכלא ב־1999, היה א-זרקאווי, לפי מקורות רשמיים בירדן, מעורב בניסיון לפוצץ את מלון ראדיסון בעמאן, שלקוחותיו היו לעיתים קרובות תיירים אמריקאים או ישראלים. הוא נמלט מירדן לפשאוור, עיר בפקיסטן הסמוכה לגבול עם אפגניסטן. א-זרקאווי, בתמיכת ראשי אל-קאעידה, ייסד מחנה אימונים לקבוצת הג'יהאדיסטים שלו ליד הראת. לטענת ממשל בוש, מחנה האימונים התמחה ברעלים וחומרי חבלה. בשנת 2001, קצת אחרי פרוץ מלחמת אפגניסטן, ברח א-זרקאווי לעיראק. בד בבד, הוא נשפט שלא בפניו בירדן ונגזר עליו גזר דין מוות על תכנון הפעולה נגד מלון ראדיסון.