Antes de partir para a Península, McClellan transferiu o Exército do Potomac para Centerville em uma marcha. Ele descobriu que a força e posição de Johnston era fraca, e ele enfrentou críticas crescentes. Em 11 de março, Lincoln aliviou McClellan de sua posição como general-em-chefe dos exércitos da União, para que ele pudesse dedicar toda a sua atenção à difícil campanha pela frente. O próprio Lincoln, com a ajuda do Secretário de Guerra Stanton e de uma Junta de Guerra, assumiu o comando dos exércitos da União pelos próximos quatro meses. O Exército do Potomac começou a embarcar para Fort Monroe em 17 de março. A partida foi acompanhada por um novo sentimento de preocupação. O primeiro combate de navios couraçados ocorreu em 8 de março e 9 de março, quando o CSS "Virginia" e o USS "Monitor" combateram na inconclusiva Batalha de Hampton Roads. A preocupação do Exército era que seus navios de transporte fossem atacados por essa nova arma diretamente em seu caminho. E a Marinha dos Estados Unidos não conseguiu garantir a McClellan que eles poderiam proteger as operações tanto no rio James quanto no rio York, então sua ideia de anfíbios envolvendo Yorktown foi abandonada, e ele ordenou um avanço até a Península para começar em 4 de abril. Em 5 de abril, McClellan foi informado de que Lincoln havia cancelado o movimento do major-general Irvin McDowell para Fort Monroe, porque McClellan não conseguiu deixar o número de soldados previamente acordados em Washington, D.C., e porque a Campanha do Vale Jackson foi causando preocupação. McClellan protestou veementemente dizendo que estava sendo forçado a liderar uma grande campanha sem os recursos prometidos, mas seguiu em frente de qualquer maneira.