Durant la Segona Guerra mundial, el manuscrit va ser amagat dels nazis i dels ústaixes pel bibliotecari en cap del museu, Derviš Korkut, que va arriscar la seva vida, traient il·legalment l'Hagadà fora de Sarajevo. Korkut la va donar a un clergue musulmà a Zenica, on va ser amagada sota el terra de fusta de la mesquita i de cases musulmanes. El 1957, va ser publicat un facsímil de l'Hagadà per Sándor Scheiber, director del Seminari Rabí de Budapest. El 1992, durant la Guerra de Bòsnia, el manuscrit va sobreviure a un robatori en el museu i va ser descobert a terra durant la investigació policial per l'inspector local Fahrudin Čebo, amb molts altres objectes que els lladres van creure que no eren valuosos. Durant el setge de Sarajevo per les forces serbobosnianes (el setge més llarg de la història moderna), va sobreviure en una cambra cuirassada subterrània d'un banc. Va haver-hi rumors que el govern l'havia venut per tal de comprar armes; el president de Bòsnia va mostrar el manuscrit a la comunitat Seder el 1995 per a desmentir-ho.