Tras la caída de la dinastía omeya en 750, la dinastía abasí llegó al poder y trasladaron la capital a Bagdad. Los abasíes no tuvieron ningún interés en Damasco, por lo que la mezquita tuvo una actividad muy pausada entre los siglos VIII y X. Sin embargo, los abasíes sí que consideraban la mezquita como un símbolo del triunfo islámico, por lo que se eliminó la simbología omeya en la ciudad. El gobernador abasí de Damasco, al-Fadl ibn Salih ibn Ali, construyó la llamada Cúpula del Reloj en la parte oriental del edificio en el año 780. Nueve años más tarde, inició la construcción de la Cúpula del Tesoro con el objetivo de albergar los fondos de la mezquita. El geógrafo árabe del siglo IX al-Muqaddasi escribió que los abasíes construyeron el minarete norte ("Madhanat al-'Arous"; "minarete del Puente") en el año 831 durante el gobierno del califa al-Mamún, el mismo que retiró inscripciones omeyas en el templo.