През октомври 1918 г. Цанко Церковски се включва като представител на БЗНС в коалиционното правителство на Александър Малинов, което си поставя за цел да изведе България от Първата световна война. Участва и в правителствата на Теодор Теодоров (1918 – 1919) и Александър Стамболийски (1919 – 1923). След Деветоюнския преврат през 1923 г. е арестуван и изпратен в затвора, където пише романа „Из гънките на сърцето“. Освободен е на 5 януари 1925 г. и се включва в ръководството на БЗНС, но малко по-късно е отстранен от по-умерените кръгове в съюза. В деня на атентата в „Света Неделя“ на 16 април 1925 г. отново е арестуван, и е освободен на 21 март 1926 г. след оправдателна присъда. Цанко Церковски излиза от затвора с разбито здраве и полусляп и умира на 2 май същата година.