Hijo de Juan Francisco Nepomuceno Botero Trujillo (Primer Juez y Cofundador del municipio de Amalfi Antioquia) y de Matilde Uribe Velásquez (Hija del también cofundador de Amalfi Juan Nepomuceno Uribe Mejía), hermano de Gonzalo Botero Uribe (Nacido en Amalfi en enero de 1852) y de Alejandro Botero Uribe (Nacido en Amalfi el 30 de diciembre de 1839), primero realizó sus estudios en el municipio de Amalfi, en donde residió desde recién nacido, inclusive, en el censo poblacional de Amalfi aparece como residente en el año 1.851 ( A la edad de 13 años); para después terminarlos en Medellín, sitio en donde se graduó de Derecho en la Universidad de Antioquia. Participó en la guerra civil de 1860 defendiendo al gobierno de Mariano Ospina Rodríguez.