Después de la caída de la Unión Soviética, el 366º regimiento fue retirado de Stepanakert en marzo de 1992 y Ohanyan se unió al ejército recién formado de Nagorno-Karabaj, desempeñando un papel importante en la Primera Guerra de Nagorno-Karabaj contra Azerbaiyán. En mayo de 1992, Ohanyan participó en la toma de su ciudad natal, una de las victorias más significativas logradas por el lado armenio; en esta batalla dirigió una fuerza de 400 hombres contra la ciudad fortificada desde la dirección suroeste. En septiembre de 1992 resultó gravemente herido en combate cerca de Çıldıran, en el distrito de Martakert, y como consecuencia le amputaron la pierna. Después del tratamiento, Ohanyan se reincorporó al ejército.