Le FCL entame ses matchs retour en devant se passer de deux de ses joueurs cadres, Traoré et Romao, sélectionnés par leurs équipes nationales pour aller jouer la coupe d'Afrique des nations. Il commence par une défaite à Montpellier. Sur un terrain en mauvais état, et malgré un match équilibré, Fabien Audard qui enregistre alors son en ligue 1 encaisse un doublé de Charbonnier dans les 10 dernières minutes. Le match suivant contre l'ESTAC voit Lorient prendre l'avantage dès la première période après un but de Monnet-Paquet à la puis de Reale à la , mais manque de se faire rejoindre en seconde période à la suite de deux buts troyens. Un troisième but de Bourillon à la permet au merlus de rester victorieux au Moustoir. le dernier match du mois de janvier sur le terrain de la lanterne rouge Nancy voit le retour du capitaine lorientais Ecuele Manga après six mois de blessure. Les locaux prennent par deux fois l'avantage sur le score à la suite de deux buts d'Efoulou à la et de Puygrenier à la , et malgré une égalisation d'Aliadière à la . L'équipe recommence à montrer les mêmes faiblesses que lors de sa crise d'automne, ce qui fait dire à l'entraineur Christian Gourcuff "« C'est clair que l'on ne peut pas continuer à enchaîner des prestations de ce type »", alors que l'équipe est tombé de la à la en un mois.