Генерал Бенингсен се завръща на служба в руската армия на 27 април 1812 г. и заема няколко важни служби в командването. По време на Отечествената война от 1812 г. Бенингсен участва в битката при Бородино, заради което е награден с орден „Св. Владимир“. След битката при Бородино Бенингсен отстоява необходимостта от ново генерално сражение срещу французите пред стените на Москва, за което не получава подкрепа. На 18 октомври 1812 г. частите на Бенингсен разбиват тези на Мюра в битката при Туратино, в която самият Бенингсен е ранен в крака. Различията, възникнали между него и Кутузов, стават причина Бенингсен да се оттегли от активна военна служба.