Iniciada la guerra del Paraguay en 1865 y al mando del 2º batallón del Regimiento N°3, Morales luchó en las batallas de Yatay, Uruguayana, Paso de la Patria, Itapirú y Estero Bellaco. Héroe en Tuyutí, luchó en Boquerón, Curupaytí, Humaitá, Lomas Valentinas y Angostura.