Al finalizar la guerra, y después de un intento fallido por suicidarse, fue arrestado por las nuevas autoridades estadounidenses. Fue juzgado en el Tribunal Penal Militar Internacional para el Lejano Oriente, quien le sentenció a muerte por los crímenes de guerra japoneses, siendo ahorcado el 23 de diciembre de 1948. Posteriormente, algunos historiadores han denunciado que durante los juicios de Tokio, por parte de los estadounidenses, muchas responsabilidades políticas del emperador Hirohito fueron descargadas en el propio Tōjō, haciéndole responsable a él y exonerando prácticamente al emperador.