Tuvieron que pasar casi tres años más para que Perea levantara otro título. El 12 de mayo de 2010 Perea disputó la final de la Europa League, competición a la que había accedido el club tras su eliminación de la Liga de Campeones, ganando por 2 goles a 1 al Fulham. Unos meses después, al comienzo de la temporada siguiente, volvió a ganar y ser titular en otra final. El Atlético de Madrid se proclamó campeón de la Supercopa de Europa al imponerse en la final al Inter de Milán, campeón de la Champions League, por dos goles a cero.