לינדנר ערך את הופעת הבכורה שלו באוסטריה ב-1 ביוני 2012, במשחק הניצחון 3-2 מול אוקראינה במסגרת משחק ידידות. הוא נכלל בסגל הנבחרת האוסטרית לקראת טורניר הגמר של יורו 2016 בצרפת.