İşgal, Türk ordusunun 9 Eylül 1922 tarihinde İzmir'e girmesiyle ile sona erdi. 9 Eylül 1922'de şehrin geri alınmasının ardından Ortodoks Metropoliti Hrisostomos Kalafatis 'in linç edilmesi ve daha sonra sözde çalışma taburlarına gönderilen Ermeni ve Rum erkeklerin katledilmesi gibi hadiseleri şehrin tarihinin belki de en büyük felaketi takip etti. 13 Eylül 1922 sabahı Basmane semtinde başlayan yangın 2.600.000 metrekarelik bir alanda 20.000'den fazla ev ve iş yerini tahrip etti ve ve 22 Eylül'e kadar sürdü. Bu yangın ne yazık ki kentin geleneksel alanının dörtte üçünü tahrip etmiştir. Bu gün yangın alanının bir bölümünde Kültürpark bulunmaktadır. Yangın Rum ve Ermeni mahallelerini tamamen yok etti, Müslüman ve Yahudi mahalleleri ise hasardan kurtuldu. Yangından kaynaklanan tahmini Rum ve Ermeni ölümleri 10.000 ila 100.000 aralığında idi. Yaklaşık 50.000 ila 400.000 Rum ve Ermeni mülteci, yangından kaçmak için sahili tıkadı ve yaklaşık iki hafta boyunca ağır koşullar altında orada kalmaya zorlandı. Rumların rıhtımdaki sistematik tahliyesi, ilk Yunan gemilerinin müttefiklerin gözetimi altında limana girmesiyle 24 Eylül'de başladı. Toplamda 150.000 ila 200.000 Rum tahliye edildi. Kalan Rumlar ise, Yunan-Türk Savaşı'nı resmen sona erdiren Lozan Antlaşması'nın bir şartı olan Yunanistan ile Türkiye arasındaki nüfus mübadelesinin bir parçası olarak 1923'te Yunanistan'a gitti. Böylece İzmir, Rum nüfustan tamamen arındırılmış oldu.