چندین گروه مقاومت از جمله سازمان نبرد یهود (ŻOB) و اتحادیه نظامی یهود (ŻZW) در گتو ورشو و سازمان پارتیزانی متحد در ویلنا پدید آمدند. بیش از ۱۰۰ خیزش و شورش در کمینه ۱۹ گتو در شرق اروپا شکل گرفتند. بزرگترین آن‌ها خیزش گتوی ورشو در آوریل ۱۹۴۳ بود، هنگامی که آلمانی که برای فرستادن باقی‌مانده ساکنین به اردوگاه‌های مرگ وارد گتو شدند. آن‌ها در ۱۹ آوریل و پس از جنگ با نیروهای ŻOB و ŻZW ناچار به عقب‌نشینی از گتو شدند، اما اندکی بعد تحت فرماندهی ژنرال اس‌اس یورگن اشتروپ بازگشتند. نزدیک به ۱٬۰۰۰ جنگجوی فاقد مهمات توانستند نیروهای اس‌اس را برای چهار هفته در نزدیکی دروازه گتو مشغول نگه دارند. به گفته منابع لهستانی و یهودی، صدها یا هزاران سرباز آلمانی کشته شدند، اما آلمانی‌ها تنها ۱۶ نفر کشه از خود گزارش کردند. به گزارش آلمانی‌ها، ۱۴٬۰۰۰ یهودی کشته شدند که ۷۰۰۰ تن از ایشان در حین جنگ و ۷۰۰۰ تن دیر به تربلینکا فرستاده شدند؛ و میان ۵۳٬۰۰۰ تا ۵۶٬۰۰۰ تن نیز اخراج شدند.