Die Ermordung der „jüdisch-bolschewistischen Intelligenzschicht“ war der ausdrückliche Auftrag der Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei und des SD, die im Mai 1941 aufgestellt worden waren. Nachdem ihr Auftrag im Spätsommer 1941 auf alle Juden ausgedehnt worden war, ermordeten sie im rückwärtigen Heeresgebiet über 500.000 Männer, Frauen und Kinder. Parallel ermordeten Rumänen in Jassy (Provinz Moldau) und entlang der rumänisch-sowjetischen Front massenhaft Juden als angeblich „Fünfte Kolonne“ der Roten Armee. Baltische und ukrainische Freischärlergruppen ermordeten nach dem Einmarsch der Wehrmacht 1941 in Kaunas, Wilna, Riga und Lemberg die dort festgehaltenen Juden unter den Augen und mit Billigung der Deutschen. Sie wollten sich an den Juden rächen, weil sie sie für die Profiteure und Hauptträger der Sowjetisierung dieser Gebiete hielten, die nach dem deutsch-sowjetischen-Nichtangriffspakt 1939 von der Sowjetunion annektiert worden waren. Tatsächlich hatten viele Juden den Einmarsch der Roten Armee in Ostpolen zunächst begrüßt. Unter dem mit der Sowjetisierung der annektierten Gebiete verbundenen Terror litten sie dann aber genauso wie die Volksgruppen der Polen und Ukrainer: 30 Prozent der 1940 aus Ostpolen deportierten Personen waren Juden. Einige Juden hatten daher sogar versucht, aus dem sowjetischen Herrschaftsbereich in das deutsch besetzte Generalgouvernement zu fliehen.