Cuando Jonás llegó por fin a Constantinopla en 1436, el Patriarca Ecuménico ya había elegido al obispo griego Isidoro y designado a éste como nuevo metropolitano de Kiev y toda la Rus'. Isidoro llegó a Moscú en 1437 y causó una buena impresión allí con sus habilidades diplomáticas y su conocimiento de la lengua eslava eclesiástica. Sin embargo, sólo 5 meses después, en septiembre de 1437, abandonó Moscú para participar en el Concilio de Florencia, donde se debía adoptar la unificación de las Iglesias de Roma y Constantinopla.