Ci fu inoltre un significativo flusso migratorio verso i territori d'oltremare controllati dell'Impero del Giappone durante il periodo coloniale giapponese, nella fattispecie Corea, Taiwan, Manciukuò e Karafuto. Rispetto agli emigrati nelle Americhe, i giapponesi che sceglievano di trasferirsi nelle colonie asiatiche potevano aspettarsi di trovare un livello sociale più alto e un lavoro meglio retribuito al loro arrivo. Nel 1938 vi erano 309.000 giapponesi a Taiwan, e sul finire della seconda guerra mondiale oltre 850.000 giapponesi in Corea e più di 2 milioni in Cina, la maggior parte di loro agricoltori in Manciukuò, dove era previsto un piano per portare a 5 milioni i coloni giapponesi. Prima dell'offensiva sovietica dei primi di agosto del 1945, nel Karafuto (Sud di Sachalin) vivevano circa 400.000 persone, la maggior parte di origine giapponese o coreana. La perdita delle isole Curili, tuttavia, comportò l'espulsione di 17.000 giapponesi, la maggior parte dalle isole meridionali.