Во время восстания (рокоша) под предводительством Николая Зебжидовского Анджей Потоцкий сохранил верность польскому королю Сигизмунду III Вазе. 5 июля 1607 года вместе с братьями участвовал в разгроме армии рокошан в битве под Гузовом. В сражении Анджей Потоцкий был тяжело ранен, его едва нашли живым среди многочисленных тел убитых.