Reformace zasáhla Geru roku 1533, avšak proti vůli vládnoucích Wettinů. Po šmalkaldské válce se roku 1546 stala Gera součástí zemí Koruny české, která však neměla na rozvoj města žádný vliv. V 16. století přesídlila do Gery řada textilních průmyslníků ze Španělského Nizozemí, což vedlo k dalšímu rozvoji textilního průmyslu. Ti se do Gery nastěhovali především jako uprchlíci na pozvání hraběte Jindřicha II. Reusse z Gery. V 18. století dosáhl zdejší textilní průmysl vrcholu, když zde vznikl nákladnický systém.