"Lion" оставался в Западном Средиземноморье в течение следующих двух месяцев, пока не присоединился к эскадре из четырёх португальских линейных кораблей под командованием Томаса Ксавье да Гама, маркиз де Низа. В сентябре эскадре де Низа было приказано присоединиться к Нельсону в поисках французов и она отплыла на восток. Но проходя севернее Мальты они столкнулись с большим конвоем потрепанных судов под командованием капитана сэра Джеймса Сумареза. Это были семь британских линейных кораблей и шесть захваченных французских кораблей, все уцелевшие в битве при Абукире 1 августа. Англо-Португальская эскадра продолжила путь в Александрию, куда прибыла в октябре, где некоторое время участвовала в блокаде вместе с находящейся там эскадрой под командованием капитана сэра Самуэля Худа, прежде чем вернуться на Мальту в декабре в составе вновь сформированной эскадры. Испанцы не предпринимали никаких активных действий в Средиземном море до конца 1798 года.