1691. október 2-án a császár Starhemberget a Haditanács elnökévé nevezte ki, e minőségében a Habsburg-haderő újjászervezését kapta feladatul. Starhemberg korszerűsítette az egész haderőt, átszervezte annak vezetési struktúráját. Megnövelte a tüzérségi fegyvernem erejét, és súlyát a többi fegyvernemhez képest. Az augsburgi liga háborúja végén, 1696-ban Starhemberg tábornagy azt javasolta a császárnak, hogy a török elleni újabb hadjárat fővezérévé az itáliai (savoyai) hadszíntérről 1696-ban visszatérő Savoyai Jenő herceget nevezze ki. 1697-ben a herceg megsemmisítő vereséget mért a törökökre a zentai csatában, ennek nyomán a Habsburg Birodalom 1699-ben kikényszeríthette a karlócai békeszerződést, amely az Oszmán Birodalom magyarországi, erdélyi és szlavóniai hatalmának végét jelentette. A békekötés értelmében Starhemberg végleg megszabadult másik régi ellenfelétől, Thököly Imrétől is, aki Kara Musztafa szövetségeseként részt vett Bécs 1683-as ostromában. A birodalom keleti határai biztosítva voltak, az osztrák Habsburgok teljes figyelmüket a spanyol örökségért folyó hatalmi vetélkedésre fordíthatták.