Fischerin reaalipoliittinen ote on herättänyt puolueen sisällä ankaraakin kritiikkiä. Tähän on antanut aihetta myös hänen suhtautumisensa Tšetšenian sotaan. Vuonna 1995 Fischer tuomitsi silloisen hallituksen toimimattomuuden asiassa kutsuen Tšetšenian tapahtumia ydinvallan suorittamaksi julmaksi pienen kansan murhaksi". Vuonna 2000 ulkoministeri Fischer puolestaan esitti, että Venäjää ei tule eristää ja sota terrorismia vastaan on oikeutettua.