Am 10. März 1798 übergaben die Berner die Festung kampflos den Franzosen. Während der Zeit der Helvetischen Republik war weiterhin eine Garnison stationiert und es wurden weiterhin Staatsgefangene eingekerkert. 1804 übernahm der neu geschaffene Kanton Aargau die Festung. Sie diente bis 1826 als Zeughaus und Kaserne, danach als Gefängnis. Bekanntester Insasse zu jener Zeit war der berühmt-berüchtigte Ein- und Ausbrecherkönig Bernhard Matter. Nachdem 1864 in Lenzburg mit der Strafanstalt Lenzburg eine neue moderne Strafanstalt eröffnet worden war, standen die Räumlichkeiten leer und der Kanton vermietete sie an mittellose Personen. In der Folge verwahrloste die Festung zusehends, da sich der Kanton beim Unterhalt auf das Allernötigste beschränkte.