Enquanto o campus se expandia com a construção de prédios como a Reitoria e a Escola de Engenharia, a política no país trazia mudanças. Em 1964, o Golpe Militar inicia a Ditadura no Brasil, e já acontecem prisões de estudantes no mesmo ano. A UFSC passou a ter uma filial do Serviço Nacional de Informações (SNI) na Reitoria, coletando informações sobre pessoas e possíveis mobilizações de estudantes e professores. Os Centros Acadêmicos existentes até então desaparecem e novas representações, chamadas Diretórios Acadêmicos, passam a existir, subordinados as autoridades universitárias.