Le connessioni del "Bowdoin" alla Guerra di secessione americana sono tali da far nascere la battuta che la "guerra iniziò e finì" a Brunswick. Harriet Beecher Stowe "la piccola signora che iniziò questa grande guerra", cominciò a scrivere il suo importante romanzo antischiavista La capanna dello zio Tom nella "Bowdoin Appleton's Hall", mentre il marito insegnava nel "College" e il generale Joshua Chamberlain, alunno e poi professore al "Bowdoin", fu incaricato di ricevere in consegna l'Armata Confederata della Virginia Settentrionale (arresasi alle truppe dell'Unione) nel villaggio di Appomattox Court House nel 1865. Chamberlain, decorato con la Medal of Honor, governatore del Maine, Tenente generale del Maine e presidente del "Bowdoin", si distinse nella Battaglia di Gettysburg, dove ha condotto il "20th Maine Volunteer Infantry Regiment", nella sua coraggiosa difesa della "Little Round Top".