ในช่วงระหว่างปี ค.ศ. 1975 ช่วงสงครามกลางเมืองเลบานอน พิพิธภัณฑ์แห่งนี้ได้เป็นจุดศูนย์กลางในการก่อเหตุขึ้น อาคารฟื้นฟูศิลปะอียิปต์ของพิพิธภัณฑ์ ได้เสียหายอย่างหนักมากในช่วงระหว่างการเกิดสงคราม แต่บางโบราณวัตถุก็ถูกรักษาโดยมาตรการป้องกันในนาทีสุดท้าย