Toisen maailmansodan aikana Kotiniemessä oli sotasairaalan osastoja. Jatkosodan alkaessa kesällä 1941 Kotiniemeen perustettiin aluksi 52. Sotasairaalan iho- ja sukupuolitautien osasto, mutta paikallisen vastustuksen vuoksi sen toiminta siirtyi puolisen vuotta myöhemmin Keuruulle. Helsingin toisen pommitusyön jälkeen helmikuussa 1944 Helsingin yleisen sairaalan silmätautien osasto, kirurginen osasto ja patologinen osasto evakuoitiin Vilppulaan, jossa ne toimivat III/52. Sotasairaalana Kotiniemen kasvatuslaitoksen tiloissa lokakuuhun asti. Haavoittuneet tuotiin sairaalajunalla Vilppulan asemalle ja sieltä kuorma-autolla Kotiniemeen. Sadan potilaan silmäosasto toimi Talolan suuressa juhlasalissa, ja sen ruokasalista tehtiin leikkausosasto. Osa potilaista sekä lääkärit ja heitä avustaneet lääketieteen kandidaatit majoitettiin kolmeen oppilaskotiin. Lottien kyläosasto piti Kotiniemessä kanttiinia.