L'arrivo nel 1999 del presidente Aldo Spinelli costituì la svolta della storia recente della società, che in pochi anni passò dalle polveri della Serie C1 alle platee nazionali della Serie A ed europee della Coppa UEFA. Il primo e fondamentale colpo di mercato del nuovo presidente fu quello di riportare in amaranto Igor Protti, già capocannoniere della massima serie col Bari (1995-1996) ma da molti considerato ormai in parabola discendente (a torto, come i fatti dimostrarono). La prima stagione fu di assestamento: gli amaranto dopo 21 anni tornarono ad espugnare (2-1) l'Arena Garibaldi dei cugini pisani, ma rimasero lontani dal vertice.