Durant els vint anys posteriors a la declaració d'independència respecte al domini britànic, el Pakistan Oriental va rebre molt poca atenció del govern central del Pakistan, situat a l'altre extrem del subcontinent indi. Sota el lideratge del Sheikh Mujibur Rahman, també conegut com a Bongobondu (amic de Bengala) i Pare de la Nació, Bangla Desh va començar la seva lluita per la independència, rebent suport al principi discretament pel govern de l'Índia. El Cicló Bhola, la freqüent explotació de la majoria bengalí per la minoria no bengalí (ambdues musulmanes) va fer créixer les tensions a Bengala oriental, que van arribar al seu límit el 1971, seguint-li una desaprovació oberta i no democràtica dels resultats electorals que atorgaven a la Lliga Awami una majoria aclaparadora al parlament per part del militar Yahya Khan, llavors president del Pakistan i un dels més sagnants genocidis dels temps recents dut a terme per l'exèrcit pakistanès sobre civils bengalís innocents el 25 de març de 1971 Gairebé immediatament aquest conflicte va ser l'origen de la Guerra indopakistanesa de 1971, que va culminar el desembre del mateix any amb la victòria de les forces del Mukti Bahini i l'Índia i la independència de Pakistan oriental sota el nom de Bangla Desh.