Ved branden i 1795 nedbrændte det meste af bygningen, og fra 1805 har den ikke officielt været kirke. Da pladsen var nedlagt som begravelsessted, kørte man i året 1798 omtrent 500 læs jord og grus bort, og 165 kister blev flyttet til Assistens Kirkegård. I 1848 blev kirkegården nedlagt, og man "optog de endnu da bevarede Egetræskister, sønderhuggede dem og bortkørte Masser af Skeletter og Ben til en udenbys Kirkegaard."