Outros eventos em que o castelo esteve envolvido foram a Guerra dos Camponeses,em 1525, a Disputa de Landenberg, em 1540, a Guerra de Esmalcalda, em 1546/1547, e a Guerra dos Príncipes, em 1552. Especialmente nos dois últimos conflitos, não só os Zimmern, mas também os seus vizinhos nobres – católicos – procuraram aqui refúgio, o castelo mais forte e mais moderno da região depois do protestante Festung Hohentwiel. Deve ser referido que chegaram ao castelo, com bagagens e objectos de valor transportáveis, além dos Zimmern, também os Condes de Helfenstein, os Regentes de Waldburg, o "Landkomtur" de Altshausen e membros da Congressão de Beuron com apêndices. Também teve que chegar uma não pequena guarnição militar. Uma escolta que acompanhou de volta o filho Froben Christophs, deixado em Meßkirch por motivo de doença, consistia em 20 arcabuzeiros; a ocupação total do castelo podia conter, provavelmente, várias vezes essa quantia.