Fernando Palatín nació en una familia de enorme tradición musical, en la que su padre era el profesor de música y director de orquesta D. Fernando Palatín Moreno, y su abuelo D. Andrés Palatín Palma fue músico mayor de la ciudad de Sevilla y fundador de la Banda Municipal de Sevilla y compositor. Además, su bisabuelo fue D. Fernando Palatín y Césari, descendiente de una familia de músicos militares y autor del primer diccionario de música en lengua castellana. El historiógrafo musical Baltasar Saldoni considera a la familia Palatín como “tal vez la más antigua de Europa en el arte filarmónico”, una estirpe en la que “pasa de tres siglos que siempre hay algún individuo de ella que es músico notable”..Fue padre del también músico Andrés Palatín Ustriz que fue fusilado durante el Golpe de Estado de 1936 en Sevilla.