Ряд сербских православных церковных епархий подчинялся Охридской архиескопии, центр которой турки завоевали одним из первых. После взятия Константинополя Мехмед II разрешил дальнейшую деятельность Вселенской патриархии, сделав Константинопольского патриарха главой всех христиан в Османской империи. После гибели государства сербских деспотов не стало политической основы для автокефалии. Около 1525 года охридский архиепископ Прохор, ссылаясь на грамоты и традиции своей церкви, восстановил автокефальную архиепископию, в которую вошла и сербская церковь, однако сербские иерархи воспротивились этому. Смедеревскому митрополиту Павлу, носившему патриаршее звание, удалось на некоторое время воспрепятствовать действиям и планам архиепископа, однако в 1540 году Прохор созвал собор, на котором Павел был осуждён, и ему было предписано подчиниться соборным установлениям. В 1557 году благодаря родственным связям с великим визирем митрополит Герцеговинский Макарий стал патриархом восстановленной Печской патриархии; она стала образовывать новые епархии следуя административному устройству Османской империи.