De aplicar el edicto con el objetivo de restablecer la «normalidad» (creación de campos de internamiento de prisioneros, recuperación de la propiedad confiscada, localización de «criminales» en busca y captura) se encargó la «Columna de Orden y Policía de Ocupación», bajo el mando del coronel Emilio Mayoral Fernández, que había sido creada en julio de 1938 junto con otras dos (para Barcelona y Valencia). Comenzó a actuar en la capital el 1 de abril. En esas tareas también participó la Falange de Madrid, que había sido la base fundamental de la «quinta columna». Para ello creó su propio Servicio de Información e Investigación, encargado del arresto de «criminales rojos» sospechosos. Así se produjo una oleada de centenares de detenciones, como la del socialista Julián Besteiro o la del republicano Rafael Sánchez Guerra, ambos miembros de la Junta de Casado. En consecuencia los presos se hacinaron en las cárceles ―menos la cárcel Modelo que fue demolida por haber sido allí donde se había producido el asesinato de cientos de derechistas en agosto de 1936―. Pero no todos los detenidos fueron a prisión, sino que algunos fueron asesinados, y sus cadáveres aparecieron por toda la ciudad, o murieron víctimas de las torturas en los centros de detención.