Wychowany w duchu częściowo katolickim, częściowo protestanckim, jeszcze w 1547 r. Jan Albrecht na życzenie ojca walczył po stronie katolickiej (w wojsku cesarskim) w wojnie szmalkaldzkiej. Po objęciu rządów zaprowadził jednak w swoim księstwie luteranizm (ogłosił to wraz ze stryjem w 1549 r.), sprzymierzył się z północnoniemieckimi książętami protestanckimi, a w 1552 r. uczestniczył już po stronie książąt protestanckich w wyprawie przeciwko cesarzowi. Zreorganizował uniwersytet w Rostocku i organizację kościelną w Meklemburgii. Przełożył fragmenty Biblii. Interweniował w Polsce w obronie swego młodszego brata Krzysztofa, który miał zostać arcybiskupem Rygi jednak wskutek knowań ze Szwedami został uwięziony przez króla polskiego; Jan Albrecht uzyskał jego uwolnienie w zamian za zrzeczenie się pretensji do stanowiska arcybiskupiego. W 1573 r. ustanowił, iż dziedziczenie tronu w Meklemburgii będzie następować na zasadzie primogenitury.