В 1937 году назначен председателем Военного трибунала Балтийского флота. Занимал эту должность на протяжении всей Великой Отечественной войны, в годы блокады Ленинграда безотлучно находился в осаждённом городе, обеспечивая бесперебойную работу вверенного ему подразделения и нижестоящих трибуналов. Внёс значительный вклад в дело укрепления воинской дисциплины на флоте, активно боролся с расхитителями имущества, паникёрами, дезертирами. Не раз сотрудники трибуналов лично участвовали в боевых действиях — обороняли полуостров Ханко, острова Эзель и Даго, а также подступы к Ленинграду. Сам Колпаков не раз выезжал на передовую, при этом попадая под бомбардировки и артиллерийские обстрелы. Большое внимание он также уделял общественно-политической работе, разъяснению личному составу советских законов, что позволило значительно снизить преступность в войсковых частях и подразделениях.