南部に残った艦隊は、ジャクソン砦・セントフィリップ砦の戦いに参加した。また、北部に派遣された艦隊は、およびメンフィスの戦いに参加した。河川防衛艦隊が北軍船舶に対抗できたのは非常に限られた状況下においてのみで、大抵の場合は圧倒されていた。1862年半ばまでに、北軍による撃沈、あるいは乗組員による放棄によって、船舶は数を減らし続け、河川防衛艦隊は壊滅した。