Під час Російсько-пруссько-французької війни 1806–1807 років генерал Багратіон знову командував ар'єргардом союзної армії, яка відзначилась у великих боях на території Східної Прусії — під Пройсіш-Ейлау й під Фрідландом. У першому з них, що відбувся 7–8 лютого 1807 року, генерал Багратіон командував ар'єргардом російської армії, прикриваючи її відхід до Пройсіш-Ейлау. В нагороду за успішне виконання поставленого завдання генерал-лейтенант Багратіон одержав почесну золоту Георгіївську зброю — шпагу, прикрашену діамантами, з надписом «За бій під Пройсіш-Ейлау». На той час він уже мав за Шенграбен полководницьку нагороду — орден Святого Георгія 2-й ступеня.