Ved utbruddet av andre verdenskrig var Shute allerede en kjent forfatter. Han ble tildelt Royal Naval Volunteer Reserve som "sub-lieutenant" og havnet raskt i Directorate of Miscellaneous Weapons Development. Der arbeidet han blant annet på hemmelige våpen som Panjandrum. Hans ry som skribent fikk Ministry of Information til å sende ham med i invasjonen av Normandie den 6. juni 1944 og senere til Burma som korrespondent. Ved krigsslutt var han "lieutenant commander" i RNVR.