Ab etwa 1560 wurden die Befestigungen schrittweise wieder aufgebaut, unter anderem wurden Bastionen und die Kasematten in italienischer Bauweise errichtet. 1596 wurde die Burg erneut von den Osmanen belagert und nach wenigen Tagen eingenommen. Nach der 91 Jahre andauernden osmanischen Herrschaft über Eger eroberten die österreichisch-ungarischen Truppen die Stadt und die Burg 1687 zurück. Angeblich aus Angst, die Ungarn könnten die Burg für einen Aufstand gegen die Habsburgermonarchie nutzen, wurden ab 1702 auf kaiserlichen Befehl große Teile der Befestigungsanlagen – darunter die gesamte äußere Burg – abgetragen. Tatsächlich fiel die Burg während des Freiheitskampfs von Franz II. Rákóczi 1710 kurzzeitig in die Hände der Aufständischen.