Poco dopo i Magiari si impossessarono della Moravia e nessuna chiesa ebbe scampo in Pannonia. L'arcivescovo Dietmaro I cadde in battaglia nel 907. I Magiari vennero definitivamente sconfitti solo con la Battaglia di Lechfeld nel 955, e la vita ecclesiastica di Salisburgo poté tornare alla normalità. L'anno successivo, l'arcivescovo Aroldo, inimicatosi il duca Liudolfo di Svevia ed il duca Corrado il Rosso di Lorena, venne deposto, imprigionato, accecato, e scomunicato. L'arcivescovo Bruno I di Colonia, nominò Federico I arcivescovo e dichiarò indipendente l'abbazia di san Pietro. Nel 996 l'arcivescovo Hartwig ricevette il diritto di riscuotere le tasse per conto dell'imperatore.