המתיחות שהייתה בארץ לאחר מלחמת העולם השנייה והדיבורים על רצון להקים מדינה יהודית בארץ ישראל, כמו כן כתב המנדט שקיבלו הבריטים מחבר הלאומים על ארץ ישראל גרם להרעה ביחסים בין היהודים למצרים: המצרים הטילו חוקים המגבילים את היהודים במשלח ידם ובחופש שלהם במדינה, והחוקים החמירו עם פרוץ מלחמת העצמאות וקום המדינה. הממשלה המצרית נקטה באמצעים חמורים בכל אזרח אשר נחשד כפעיל ציוני ואף כלאו אותם במחנות ריכוז. המצרים החרימו רכוש יהודי של יהודים בקהיר ובאלכסנדריה, בתים וחנויות של יהודים עלו באש ונבזזו. מאות יהודים נפגעו, אלפים נכלאו ותנועתם הוגבלה. יהודים אשר השפיעו על הכלכלה המצרית ועסקו במקצועות חופשיים כגון ניהול, שיווק, מכירות, משפטים, רפואה וכיוצא בזה איבדו את מעמדם הגבוה ואת נכסיהם. חשבונות בנק של יהודים הוקפאו ורכוש פרטי וציבורי של יהודים הוחרם. בתחילת מלחמת העצמאות התנפלו קבוצות של מצרים על הרובע היהודי בקהיר והרגו, פצעו ובזזו מאות יהודים. מרבית יהודי מצרים עזבו את מצרים בין השנים 1948–1956 בעיקר לאחר מהפכת הקצינים החופשיים שהתרחשה. רוב רובם של היהודים עלה לארץ ישראל והיתר גלו לתפוצות העולם.