Después de la Revolución egipcia de 1952, los líderes de la revolución consideraron que el Departamento de Registros Históricos del Palacio de Abdín era un almacén de documentos que elogiaban y promovían a la dinastía de Mohamed Alí. Reescribir la historia de ese periodo fue considerada una demanda urgente. Un nuevo Archivo Histórico Nacional fue establecido por la ley n.º 356 de 1954 con el objetivo de reunir y conservar documentos de todos los periodos históricos. En 1969, fue trasladado del Palacio de Abdín, su emplazamiento inicial, a la ciudadela de El Cairo. En 1990, fue trasladado de nuevo a su emplazamiento actual en la Corniche del Nilo. Con la emisión del decreto presidencial n.º 176 de 1993, se creó una nueva autoridad independiente que unió la Organización de Libros y los Archivos Nacionales y los separaron de la Organización General Egipcia de Libros.