Semasa Perang Dunia Kedua berikutan Pertempuran Singapura pada bulan Februari 1942, pihak Jepun menahan sekitar 3000 orang awam dalam penjara ini yang dibina untuk menampung hanya 600 tahanan. Pihak Jepun menggunakan berek Selarang milik Tentera British sebagai tempat penahanan tawanan perang yang termasuk kira-kira 50,000 askar Berikat, kebanyakannya dari Britain dan Australia serta askar Belanda yang dibawa dari pulau-pulau Hindia Timur Belanda (kini Indonesia). Tawanan perang jarang ditahan di dalam penjara orang awam, namun nama Changi menjadi begitu disinonimkan dengan kem tahanan tersebut dalam kalangan warga UK, Australia, Belanda dan negara-negara lain.