В отличие от Генриха Шлимана, чья биография документирована подробнейшим образом, жизнеописание Эрнста Бёттихера фрагментарно. Вдобавок, множество архивов, в которых возможно было отыскать некоторые сведения, погибли во время Второй мировой войны. Эрнст Карл Август Кристиан Рихард Бёттихер родился 30 июля 1842 года в Дюссельдорфе, в семье Иоганна Августа Вильгельма Бёттихера и Вильгельмины Йоханны Элизабет, урождённой Шульц. У Эрнста был брат Герман, о котором больше ничего не известно. Отец был владельцем типографии и издателем, в 1853 году он сделался бургомистром Отвайлера, а в 1860 году был назначен в Зигмарингене и в том же году скончался. В 1860 году Эрнст Бёттихер окончил Дюссельдорфскую гимназию и вступил в армию в чине аспиранта в Восьмую Рейнскую артиллерийскую бригаду. В 1861—1864 годах он обучался в Берлинской Объединённой артиллерийско-инженерной школе, в 1862 году был повышен до младшего лейтенанта и после выпуска назначен в гаубичную батарею Восьмой артиллерийской бригады, расквартированной в Юлихе. После её расформирования, Бёттихер был переведён в Кёльн в батарею Второй пехотной бригады. Эта батарея участвовала в Австро-прусской войне, в частности, Бёттихер сражался в битве при Кёнингреце 3 июля 1866 года. 12 сентября его подразделение было возвращено в Кёльн. Зимой 1867—1868 годов его переместили адъютантом командира Третьего пехотного полка в Кобленц. В 1869 году переведён в Кёльн, повышен до премьер-лейтенанта и назначен в пехотное отделение Рейнского артиллерийского полка.