12 февраля 1799 года Корнуоллис был произведен в чин адмирала синей эскадры (синего флага). Командовал флотом Канала в феврале 1801 года и в 1803−1806 годах. В 1805 году, во время Трафальгара, командовал защитой Англии с моря от ожидаемого наполеоновского вторжения. В ходе Революционных и Наполеоновских войн осуществлял морскую блокаду французского Бреста. В 1806 году по состоянию здоровья ушел в отставку.