Eugeniu P. Botez s-a născut la Burdujeni, în județul interbelic Botoșani și a fost fiul lui Panait Botez, căpitan de grăniceri, și al Smarandei Botez. În perioada 1877-1878, tatăl este mobilizat în Războiul de Independență, unde este înaintat la gradul de maior. În 1878 familia se stabilește la Iași, în Fundacul 40 de Sfinți nr. 40 din Dealul Copoului. La școala primară, „Școala de băieți nr. 2” (azi, Școala Gimnazială „Ion Creangă”) din Păcurari, Iași, l-a avut ca dascăl pe Ion Creangă. Între 1889-1894, urmează Liceul Militar din Iași. A absolvit în 1896 Școala de ofițeri din București, cu gradul de sublocotenent, fiind instruit și la bordul bricului „Mircea” (călătorie descrisă în "Jurnal de bord") și a îndeplinit diferite funcții în administrația navală și portuară din epocă, fiind membru fondator al "Revistei Maritime" și întemeind "Liga Navală Română".