Powojenne życie polityczne na Słowacji było zdominowane przez walkę ludaków o autonomię. Od wiosny 1938 dyplomacja polska starała się nakłonić Hlinkę i jego współpracowników do proklamowania niepodległości Słowacji. Jednak ani Hlinka, ani rządzący od sierpnia 1938 jego następca Jozef Tiso nie zgodzili się na to. Wkrótce po układzie monachijskim 1938 ludacy i inne partie słowackie uchwaliły w Żylinie autonomię Słowacji i 6 października 1938 powołały rząd z premierem Jozefem Tisą. Słowacy zostali zmuszeni do dokonania cesji terytorialnych na rzecz Polski ok. 226 km kwadratowych, oddając Polsce m.in. Świerczynowiec, Suchą Górę, Jaworzynę, oraz Węgier (ok. 10 tys. km kwadratowych na południu kraju), które Słowacja musiała zaakceptować, przyczyniły się do zacieśnienia związków z Niemcami. Wezwany do Berlina Tiso, postawiony wobec alternatywy: ogłoszenie niepodległości lub okupacja, zwołał na 14 marca 1939 sejm słowacki, który tego dnia proklamował niepodległą Republikę Słowacką. Na czele władz jako prezydent stanął Tiso. Kilka dni później Słowacja przyjęła „opiekę” III Rzeszy, uzależniając się od niej politycznie i gospodarczo. We wrześniu 1939 oddziały słowackie wzięły udział w napaści Niemiec na Polskę. Do Słowacji przyłączono polskie części Spiszu i Orawy. W kwietniu 1942 władze słowackie rozpoczęły deportację Żydów, których kierowano do Terezina, bądź do obozów zagłady, co spotkało się z protestami w kraju (János Esterházy) oraz interwencją Watykanu. Deportacje wstrzymano w październiku 1942. W 1943, pod wpływem wiadomości o klęskach Wehrmachtu na froncie wschodnim (walczyły tam także formacje słowackie), na Słowacji powstały organizacje konspiracyjne złożone z przeciwników ludaków. 29 sierpnia wybuchło powstanie słowackie, które objęło środkową część kraju. Kierownictwo polityczne nad powstaniem (stłumionym przez Niemców w październiku) sprawowała Słowacka Rada Narodowa, opowiadająca się za wspólnym państwem z Czechami przy zachowaniu autonomii Słowacji.