Vele eeuwen lang bleef deze situatie ongewijzigd, totdat de toenemende wateroverlast van de 'Nieuwe' Maas niet langer tolerabel was. Het probleem was namelijk dat de Merwede nu het water van twee grote rivieren (Rijn en Maas) moest herbergen. Daarnaast stond het water in de Waal meestal hoger dan in de Maas, waardoor het water in de Maas werd opgestuwd en het Maaswater slechts moeizaam in de Merwede geperst kon worden. De situatie verslechterde als gevolg van de Sint-Elizabethsvloed (1421), waardoor een groot deel van het Merwedewater tussen Dordrecht en Werkendam werd afgestaan aan een fijnmazig netwerk van rivierarmen, kreken en killen (de huidige Biesbosch), die gemakkelijk konden 'verstoppen' in tijden van hoge rivierafvoeren.