В течение полутораста лет Хуэйюань был главным центром цинской власти в Синьцзяне. После того, как в результате третьей ойратско-маньчжурской войны было уничтожено Джунгарское ханство, в 1763 году на северном берегу реки Или была возведена крепость, ставшая ставкой "илийского цзянцзюня". В качестве названия для крепости были выбраны иероглифы 惠 («милость») и 远 («даль»), означающие, что милость цинского императора распростирается в дальнюю даль. Именно здесь с ноября 1842 по декабрь 1844 находился сосланный в Синьцзян Линь Цзэсюй.