Op 7 juli 2017 werd bekend gemaakt dat Škriniar de overstap maakte naar Internazionale, waar hij een 5-jarig contract tekende. Inter Milaan betaalde rond 30 miljoen euro aan Sampdoria, waarmee Škriniar de duurste Slowaak aller tijden werd. Op 20 augustus 2017 maakte hij zijn officiële debuut voor Inter Milaan, bij een 3–0 zege op Fiorentina in de Serie A. Op 16 september was hij ook voor het eerst trefzeker voor Inter Milaan. Škriniar zorgde voor het openingsdoelpunt in het competitieduel met FC Crotone, dat in een 0–2 stand eindigde. Hij miste in het gehele seizoen geen enkele minuut voor Inter Milaan. Internazionale kwalificeerde voor het eerst in acht jaar voor de Champions League. In die competitie debuteerde Škriniar op 18 september 2018 tegen Tottenham Hotspur. In het &lt;a href="Serie%20A%202018/19"&gt;seizoen 2018/19&lt;/a&gt; kwalificeerde Inter Milaan zich opnieuw voor de Champions League. Op 2 november 2019 speelde Škriniar zijn honderdste wedstrijd voor "I Nerazzurri" in een uitwedstrijd bij Bologna. In al die honderd wedstrijden startte hij in de basiself.