ഇന്നത്തെ ക്ഷേത്രം അതിന്റെ യഥാർത്ഥ കേരള ശൈലിയിൽ നിന്ന് ചോള ശൈലിയിലുള്ള വാസ്തുവിദ്യയിൽ രൂപകൽപ്പന ചെയ്ത് നിർമ്മിച്ച വാസ്തുശില്പിയായിരുന്നു സ്താപതി കെ. ദക്ഷിണമൂർത്തി. 60 അടി ഉയരവും വളരെ മനോഹരവുമാണ് പുതിയ ഗോപുരം. തെരഞ്ഞെടുപ്പ് റാലിയിൽ കൊല്ലപ്പെടുന്നതിന് തൊട്ടുമുമ്പ് 1991-ൽ മുൻ പ്രധാനമന്ത്രി രാജീവ് ഗാന്ധി നവീകരിച്ച ഗോകർണനാഥ ക്ഷേത്ര ഉദ്ഘാടനം ചെയ്തു. ക്ഷേത്രത്തിന്റെ കവാടത്തിൽ 1966-ൽ നാരായണ ഗുരുവിന്റെ മാർബിൾ പ്രതിമ സ്ഥാപിക്കുകയും വിലയേറിയ രത്നങ്ങൾ പതിച്ച കിരീടം ഭക്തർ പിന്നീട് നൽകുകയും ചെയ്തു. നവീകരണച്ചെലവ് Rs. ഒരു കോടി ഉള്ള ക്ഷേത്രം ഇപ്പോൾ മംഗലാപുരത്തിലെ ഏറ്റവും വലിയ ക്ഷേത്രങ്ങളിലൊന്നായി മാറിയിരിക്കുന്നു.