Di awal kemerdekaan Indonesia, kepulauan ini merupakan suatu provinsi tunggal bernama Provinsi Sunda Kecil yang berganti nama menjadi Provinsi Nusa Tenggara pada tahun 1954, yang beribu kota di kota Singaraja. Pada tahun 1975, wilayah ujung timur Kepulauan Nusa Tenggara di bagian timur Pulau Timor diintegrasikan ke dalam negara Indonesia menjadi Provinsi Timor Timur hingga memperoleh kemerdekaannya tahun 2002. Kepulauan ini kini terdiri atas 3 provinsi di Indonesia (berturut-turut dari barat): Bali; Nusa Tenggara Barat; dan Nusa Tenggara Timur, serta 13 distrik milik negara Timor Leste.