Il Messina si presentò ai nastri di partenza della Serie A 2004-2005 con una squadra composta da molti degli artefici della promozione, tra cui Parisi, Di Napoli, Storari e il capitano Sullo. Il campionato si chiuse con un inaspettato 7º posto, con la squadra che sfiorò anche la qualificazione in Coppa Uefa e che avrebbe avuto la possibilità di disputare la Coppa Intertoto, ma il club non ottenne la licenza per parteciparvi.