13. april 1904 ble kirka påtent av en gjerningsmann som i politirapporten blir omtalt som «sinnsforvirret». Ifølge jubileumsboken for Borgund kommune ble ikke brannen oppklart. Selve Ålesund (by) litt lenger vest brant ned 23. januar samme år. Brannen ødela det rike inventaret og murene ble så skadet at de måtte gjenoppbygges. Den gjenoppbygde kirken er i hovedtrekk lik den som brant, med hovedaksen sør-nord og alteret mot nord. Korsarmene øst-vest markerer den gamle Peterskirkens plassering. Den nye kirken ble bygget opp i gammel stil, med rike treutskjæringer. Kun en mindre del av altertavlen ble reddet. Ved siden av denne er det kun bevart et epitaf, ved Bergen museum. Motivet er et skjelett som river en rik mann bort fra sin familie.