El extremo izquierdo regresó a la categoría Sub-20 para enfrentar el Campeonato de la Concacaf con miras hacia el Mundial de 2013. El 18 de febrero, comenzó el torneo clasificatorio de territorio mexicano, donde Costa Rica fue ubicado en el grupo A, compartido con Estados Unidos y Haití. El primer partido ante los haitianos tuvo lugar el 20 de febrero, John Jairo fue titular y anotó el gol de la victoria 1-0. Dos días después, los "Ticos" enfrentaron a los estadounidenses en el Estadio Universitario de la BUAP, en Puebla. El resultado final fue 1-0, con derrota. En esta oportunidad, Ruiz fue amonestado al minuto 85'. El equipo nacional avanzó a los cuartos de final del campeonato, y enfrentó a Cuba el 26 de febrero en el mismo escenario deportivo. El jugador salió de cambio al minuto 74' por Rodrigo Garita, y el marcador de 2-1 dejó a su país sin la oportunidad mundialista.