No início da Guerra da Independência, (Guerra Peninsular; 1808 e 1813), os franceses, que entraram em Espanha pretensamente como aliados do governo espanhol, ocuparam astutamente diversas localidades bascas, mas não Bilbau, onde a população se tornou um foco de resistência. Apesar disso, só a 6 de agosto de 1808 estalou uma sublevação aberta contra Napoleão Bonaparte, menos de um mês depois da Batalha de Bailén. No dia 16 os franceses comandados pelo general Merlin tomaram Bilbau depois de duros combates e saquearam a vila, juntamente com os municípios vizinhos de Deusto e Begoña. A cidade mudou várias vezes de mãos durante 1808, mas a partir de novembro permaneceu ocupada por uma numerosa guarnição comandada pelo general Jean-Jacques Avril. Poucos meses depois este caiu em desgraça perante Napoleão devido a falsas acusações e foi substituído pelo coronel Bord, um oficial eficiente e pouco sanguinário. A partir de fevereiro de 1810, Bord ficou às ordens do general Pierre Thouvenot, barão do Império, que de governador de Guipúscoa ascendeu a governador-geral toda a "Vizcaya" (as três províncias bascas) com a intenção de preparar a anexação total pela França.