1943年（昭和18年）1月、大阪商船は日本陸軍の命により、フィリピン方面の沿岸航路を運営する「比島運航部」を設立し、4月から業務を開始する。「くれなゐ丸」は比島運航部の管轄下で運航することとなり、音戸丸級貨客船の一隻である「三原丸」（697トン）とともに大阪商船に用船の形で復帰したあと、フィリピンに回航される。日本からの機帆船や現地で接収した汽船などとともにフィリピン沿岸航路に就航し、昭和18年10月からは「三原丸」とともにマニラとセブ間の定期航路に就航した。運航から1年近く経った1944年（昭和19年）9月9日、ペリリューの戦いの支援を行っていたアメリカ第38任務部隊（マーク・ミッチャー中将）の艦載機はフィリピン各地を空襲。「くれなゐ丸」と「三原丸」もこの網にかかり、の地点で沈没した。