Johannes Mayerhofer kam 1859 als Sohn des Fuhrwerkunternehmers und Fiakers Ferdinand Mayerhofer in Baden bei Wien zur Welt. Bereits in jungen Jahren machte sich sein Talent zum Zeichnen und Holzschnitzen bemerkbar. 1878 nahm er am Okkupationsfeldzug in Bosnien teil und fertigte Zeichnungen für reichsdeutsche Blätter an. 1881 wurde er an der Akademie der bildenden Künste Wien aufgenommen, wo er unter Josef Mathias Trenkwald studierte. Später besuchte er die Medailleurschule. Nach Studienabschluss war Mayerhofer Supplent an der Zeichen- und Modellierschule in Wien und unterrichtete unter anderem in Essegg und Steyr. Daneben führte er Restaurierungsarbeiten durch und wirkte als Dekorationsmaler sowie Bühnen- und Kostümbildner. Zu seinen namhaftesten Schöpfungen gehörten etwa dekorative Malereien in der ehemaligen Waisenhauskirche und ein Deckengemälde im Schloss Auhof bei Türnitz.