Bashir wurde verdächtigt, an der Planung sowohl der Anschläge auf Bali im Jahr 2002 als auch des Anschlags auf das Marriott Hotel in Jakarta 2003 beteiligt gewesen zu sein. Das Gericht befand am 3. März 2005, dass er an der Verschwörung zur Planung der Bali-Anschläge beteiligt war, nicht jedoch bei dem Marriott-Anschlag, und verurteilte ihn zu lediglich 30 Monaten Haft. Wegen guter Führung wurde er im Juni 2006 entlassen.