Das vorläufige Ende des Katholizismus in Estland begann mit dem Russisch-Livländischen Krieg im Jahr 1558. Am 18. Juli 1558 kapitulierte Tartu (Dorpat) vor den Russen, die Bischof Hermann II. Wesel nach Moskau schickten. Im September 1559 verkaufte Johannes von Münchhausen sein Bistum Ösel-Wiek an König Friedrich II. von Dänemark. Nachdem Mitte April 1560 der erste lutherische Bischof Estlands, Herzog Magnus von Holstein, in Estland eintraf, erwarb er am 29. Juni 1560 auch das Bistum Tallinn (Reval) von Bischof Moritz von Wrangel.