De største baggarastammer ble tildelt «hawakir» (forleninger) av Darfurs sultaner av fur-avstamning i 1750-årene; denne forbindelse kan være grunn til at de fire største baggarastammer i Darfur—rizeigat, habbaniya, beni halba og ta'isha – bare har vært meget lite involvert i Darfur-konflikten. Derimot har mange baggara vært sterkt involvert i andre konflikter i både Sudan og Tsjad. I 1985 begynte Sudans regjering å bevepe rizeigat-folk fra det sørlige Darfur Missiriya og hawazma fra naboregionen Kordofan, som dannet militsgrupper som skulle bekjempe Sudan People's Liberation Army i forbindelse med den andre sudanske borgerkrig. I Darfur ble en ny benni halba militsgruppe dannet på regjeringens initiativ i 1990-91, som ledd i kampen mot SPLA. I midten av 1990-årene har de fleste baggaragrupper imidlertid inngått forskellige fredsaftaler med SPLA, og baggaralederne uttalte etterpå at de ikke hafde noen interesse i å delta i denne konflikt.