Під час Кримської війни архієпископ Інокентій виявив велику мужність, незважаючи на небезпеку, відвідуючи місця боїв (у тому числі в Севастополі, де під обстрілом їздив на буксирі по бухті), часто перебував під вогнем противника, здійснюючи богослужіння в похідних храмах, надихаючи солдатів своїми проповідями та втішаючи вмираючих. Після закінчення війни він здійснив об'їзд єпархії, проводив богослужіння в містах, які зазнали руйнувань, знаходив кошти для відновлення пошкоджених в результаті військових дій храмів. Під час поїздки захворів, був змушений повернутися до Одеси, де і помер.