Après l'invasion du Royaume de Yougoslavie par l'Allemagne nazie et ses alliés, l’Observatoire, ainsi que toutes autres institutions en Serbie tombent dans une situation difficile. Wehrmacht envoie ses enseignants dans l'observatoire qui font l'inventaire des instruments comme des biens allemands, en outre, ils emportent le chercheur de la comète et le spectro-héliographie au Troisième Reich. L’armée allemande s’installe alors dans le cercle de l’observatoire laquelle ils transforment en un point d’appui de l'artillerie de défense aérienne, et transforment la bibliothèque en une cantine d'officier. Au cours de la lutte pour la libération de Belgrade en octobre 1944, on a gravement endommagés le bâtiment d'administration, le pavillon géodésique, le château d'eau, le pavillon Grand réfracteur et le point trigonométrique.