V drugem delu vojne je dobil čin kapitana 2. stopnje in postal pribočnik kneza Grigorija Potemkina. Nato je poveljeval ladji "Polock" in uničil 13 turških transportnih ladij. 11. avgusta 1791 se je kot poveljnik linijske ladje "Navarhija" odlikoval v spopadu s turško vojno mornarico pri rtu Kaliakrija (današnja Bolgarija). Ruska flota pod poveljstvom kontraadmirala Ušakova je štela 15 bojnih ladij, dve fregati in 19 manjših ladij (990 topov), skupna turško-alžirska flota pa 18 bojnih ladij, 17 fregat (1500–1600 topov) in večje število manjših ladij. Ušakov je v bitki uporabil inovativen manever, v katerem ladij ni razvrstil v eno, ampak v tri vrste, ki so bile obrnjene od turških ladij proti vetru. To taktiko je pozneje uporabil tudi admiral Horatio Nelson v bitkama pri Nilu (1798) in Trafalgarju (1805).