Robert war der zweite Sohn Peters von Courtenay († 1217), Graf von Auxerre, aus dessen zweiter Ehe mit Jolante von Flandern († 1219). Väterlicherseits war er ein Angehöriger der französischen Königsdynastie der Kapetinger als Urenkel König Ludwigs VI. dem Dicken. Von der Mutterseite her war er an Abkömmling des mächtigen flämischen Grafenhauses; seine Onkel Balduin († 1205) und Heinrich († 1216) waren Anführer des vierten Kreuzzuges (1200–1204) und amtierten nach der Eroberung Konstantinopels nacheinander als erste Kaiser des neu errichteten lateinischen Kaisertums des römischen Ostreichs (Byzanz).