Après la Révolution Islamique, Baghai quitta l'Iran et vécut quelques années aux États-Unis. Au milieu des années 1980, il revint, malgré les avertissements de ses amis, en Iran, où il fut rapidement arrêté. Après qu'un ancien ami, Hassan Ayat, candidat malheureux à l'élection présidentielle de 1980, eut été assassiné en 1981, Baghai avait perdu tout lien dans l'équipe de direction de la République Islamique. On l'accusait d'avoir violé les lois islamiques à multiples reprises, selon des documents trouvés chez lui. Un mois plus tard, il quitta la prison pour cause d'âge avancé.