În 1992, la începerea Războiului din Bosnia, orașul a căzut sub controlul Armatei Republicii Srpska. Din 7 aprilie 1992 până în ianuarie 1994 forțele militare, polițienești și paramilitare sârbe au desfășurat o campanie de purificare etnică în zona Foča împotriva civililor bosniaci. După o estimare, aproximativ 21.000 de localnici care nu erau de etnie sârbă au părăsit comuna Foča începând din iulie 1992. Majoritatea s-au stabilit în orașul Rožaje din Muntenegru până la încheierea războiului. Numai aproximativ 10 musulmani se mai aflau în comună la sfârșitul conflictului. Treisprezece moschei, inclusiv Moscheea Aladža, au fost distruse, iar cei 22.500 de musulmani care formau majoritatea locuitorilor comunei au fugit. Judecătorii Tribunalului Penal Internațional au stabilit, dincolo de orice îndoială, că scopul campaniei sârbe de la Foča a fost, printre altele, „purificarea de musulmani a zonei Foča” și au ajuns la concluzia că „în final campania a avut succes”.