הגרמנים כבשו את יקבפילס ב-29 ביוני 1941, וריכזו את יהודיה בגטו, תוך העסקתם בעבודות כפייה קשות ומשפילות. בספטמבר 1941 נרצחו יהודי הגטו בארבעה בורות ירי ביער סמוך.