На расстоянии нескольких километров от современного города лежат руины древнеримской Сегонтии ("Segontia"). C 1123 года — кафедральный город епископии с огромным готическим собором. На месте арабской крепости епископы Сегонтии выстроили свою укреплённую резиденцию. Сегонтия часто упоминается в летописях кастильских гражданских войн. В 1297 г. замком овладели сторонники инфантов де ла Серда, а в 1355 г. Педро Жестокий заточил в замке брошенную супругу, Бланку Бурбонскую. С 1489 по 1837 гг. в Сигуэнце действовал университет.