"Mary" wziął udział w drugiej wojnie angielsko-holenderskiej, która wybuchła w 1665 roku. Pod dowództwem Jeremiaha (Jeremy'ego) Smitha walczył w bitwie pod Lowestoft, gdzie wspólnie z "Royal Oak" oraz "Royal Katherine" stoczył zwycięską walkę z holenderskim statkiem "Oranje". W następnym roku "Mary" należał do eskadry "niebieskiej" stanowiącej awangardę floty w zwycięskiej bitwie pod North Foreland.