Metaxas var uddannet ved det preussiske militærakademi i Berlin og begyndte sin militære karriere som officer i den græsk-tyrkiske krig i 1897. Han deltog derefter i arbejdet med at modernisere Grækenlands militær forud for Balkankrigen 1912-1913, hvorunder han udmærkede sig og i 1916 derfor blev udnævnt til general.