El 26 de enero de 2008, Boumsong fichó por el Olympique Lyonnais francés por 3 millones de € y por un periodo de tres años y medio de contrato. Boumsong declaró que fue al Lyon con el fin de tener más posibilidades de estar en el equipo de Raymond Domenech en la EURO 2008. Llegaba para sustituir al defensa Cleber Anderson que se había lesionado 6 meses.