Угода не змогла розвіяти напруженість в країні, за 10 років мирного життя сторонам так і не вдалося навчитися мирно співіснувати в одній державі. У 1983 році президент Судану Джафар Мухаммед Німейрі оголосив про створення ісламської держави, який живе за законами шаріату, в тому числі і для християн на півдні країни. Автономна область Південний Судан була скасована 5 червня 1983 року, поклавши початок Другій громадянській війні..