ג'ונסון ציפה לאבד מושבים בבחירות אמצע הכהונה של 1966, ובחר לקדם חוק נגד כחוק המשמעותי האחרון במושב הקונגרס. באפריל 1966, הגיש ג'ונסון לקונגרס חוק שמנע מבעלי בתים לסרב להיכנס להסכם על בסיס גזעי. החוק זכה להתנגדות דווקא מהצפון, שתמך בשני חוקי זכויות האזרח. אף על פי שגרסה של החוק עברה בבית הנבחרים, החוק נעצר בסנאט, והייתה זאת התבוסה החקיקתית הראשונה של ג'ונסון. החוק צבר תאוצה לאחר רצח מרטין לותר קינג ב-4 באפריל 1968, ולאחר מצעד האביונים והמהומות שנוצרו בעקבותיו. ב-5 באפריל, כתב ג'ונסון מכתב לבית הנבחרים וביקש להעביר חוק זכויות אזרח נוסף (Civil Rights Act of 1968). המחוקקים הדמוקרטים פעלו בנושא, ולבסוף עבר החוק, שהקנה שוויון הזדמנויות ברכישת בתים ללא קשר לגזע, מוצא ואמונה, ברוב גדול ב-10 באפריל. חוק הדיור ההוגן, שהתווסף לחוק, הוביל למעבר של שחורים רבים לפרוורים.