François Béroalde de Verville était le fils de Mathieu Brouard, dit Béroalde, théologien et écrivain français, et de Marie Bletz, la nièce du théologien François Vatable. Son père avait embrassé le calvinisme. Son enfance se déroule sans faits notables jusqu'en 1562 où, alors que la famille fuit les massacres religieux de Paris, sa mère meurt de la peste. La famille reste en France jusqu'à la Saint Barthélemy, en 1573, avant de fuir pour Genève. Là, Mathieu Béroalde, devenu ministre de l'Évangile, tient une pension où il dispense une éducation à la fois religieuse et humaniste, avec notamment pour élèves Pierre de L'Estoile et Agrippa d’Aubigné. Ce milieu sera très favorable à l'éveil culturel de François Béroalde, qui part ensuite à Bâle où il apprend l’horlogerie et l’orfèvrerie. Il étudie ensuite la médecine, et on suppose que c'est également à cette période de sa vie qu'il s'initie à l'alchimie.