W latach 60. Indonezja popadła w konflikt z Malezją, wspartą przez Wielką Brytanię, względem której Indonezja zgłaszała pretensje terytorialne. Pogorszeniu uległy także relacje z Brunei po tym, gdy Indonezja wsparła tam nieudaną rewolucję. Indonezja w latach 60. wspierała antymalezyjskich, antykolonialnych i lewicowych partyzantów z Narodowej Armii Północnego Borneo (powstanie w Sarawaku), a około 700-800 młodych Chińczyków, których dotknęły represje ze strony malezyjskiego rządu, uciekło do indonezyjskiego Kalimantanu, gdzie przeszli szkolenie militarne. Indonezja, dzięki poparciu doradców prezydenta Johna F. Kennedy’ego – McGeorge Bundy’ego i Roberta Komera, zyskała wpływy handlowe w Nowej Gwinei (Zachodnia Papua) oraz wprowadziła swój korpus wojskowy na wyspę. W 1962 roku z inicjatywy senatora Roberta F. Kennedy’ego, Indonezja, Holandia i przedstawiciele ONZ podpisali umowę dotyczącą przyszłości regionu, lecz w tym samym roku grono papuaskich działaczy ogłosiło niepodległość Zachodniej Nowej Gwinei, jednak rzeczywistą kontrolę nad wyspą sprawowała Indonezja, co zostało też poparte przez opinię międzynarodową.