De tre store muslimske riger sakkede dog efterhånden alle bagud teknologisk og militært i forhold til de vestlige stormagter, og gradvis blev de underlagt europæisk indflydelse. Denne udvikling blev første gang mærkbar for mange af de osmanniske undersåtter under Napoleons felttog til Egypten og det kortvarige franske styre der i 1798-1801. Bevidstheden om de muslimske landes sociale og teknologiske efterslæb gav stødet til en række reformbestræbelser i forskellige dele af det osmanniske rige - i Egypten og de andre arabiske lande kendt som Al-Nahda og i de tyrkisktalende områder som tanzimat. Der voksede også en islamisk reformisme frem, der via ijtihad ønskede at nyfortolke islam for at tilpasse religionen til en mere moderne verden. Blandt hovedpersonerne var egypterne Rifa'a al-Tahtawi og Muhammad Abduh samt den formodentlig iransk-fødte Djamal ad-Din al-Afghani (1838-1897). I 1900-tallet udviklede de reformistiske ideer sig til en mere sekulariseret islamisk modernisme eller liberalisme, der blev talsmand for, at islam skulle have samme status i samfundet, som kristendommen havde i vestlige samfund. Samtidig voksede efter kalifatets afskaffelse også en mere konservativ islamisk fundamentalisme frem, der bl.a. resulterede i oprettelsen af det muslimske broderskab i 1928. Især efter 1970'erne fik den islamiske fundamentalisme mere indflydelse, dels som følge af den iranske revolution i 1979 og dels som følge af støtte fra det wahhabitiske Saudi-Arabien.