Fra middelalderen av innvandret enkelte askenaser til Thessaloniki. Det var senere en viss innvandring av jøder fra andre deler av Balkan til Thessaloniki særlig etter at sultanen på 1800-tallet mistet herredømmet over Bulgaria, Serbia og Hellas mens Thessaloniki forble osmansk. Jødene søkte tilflukt i områder under osmansk kontroll. Etter pogromene i Russland i 1881 og 1903 søkte en del jøder fra Russland tilflukt. Thessaloniki kom under gresk herredømme i 1913 etter Balkankrigene. Etter første verdenskrig gjorde tilstrømming av etniske grekere fra det østlige Trakia og fra Anatolia til at jødene ble i mindretall i Thessaloniki. Blant grekerne vokste det i mellomkrigstiden frem nasjonalistiske og tildels antisemittiske bevegelser som angrep jødiske innbyggere.