Piłsudskin tehtyä vallankaappauksen 1926 kansalliskokous valitsi Mościckin Puolan presidentiksi ja uudelleen 1933. Hän pysyi Piłsudskille uskollisena. Piłsudskin kuoleman jälkeen Mościckin politiikka liberalisoitui. Piłsudskin kuoleman jälkeen tapahtui myös vallanjako, jolloin Mościcki oli presidentti, marsalkaksi ylennetty Edward Rydz-Śmigły asevoimien komentaja ja Walery Sławek pääministerinä. Pian sen jälkeen Rydz-Śmigły nousi Puolassa maan tärkeimmäksi mieheksi presidentti Mościckin ollessa enemmän seremoniallinen johtaja. Lisäksi pääministeri Sławek syrjäytettiin pääministeriydestä.