No verão de 1979, retornou à Nicarágua para apoiar a Frente Sandinista de Libertação Nacional, que tomaria o poder em 19 de julho (Revolução Sandinista). Após o tomada do poder pelos sandinistas, criou, juntamente com seu irmão Luís Enrique, entre outros, a Fundação Mejía Godoy, uma organização civil voltada para contribuir para o desenvolvimento cultural e humano do país.