После подписания в Москве 5 апреля 1941 года Договора о дружбе и ненападении между СССР и Югославией и начала нацистской оккупации Югославии 6 апреля 1941 года венский протокол фактически утратил силу. После расчленения Югославии и провозглашения усташами Независимого государства Хорватия, это марионеточное государство самостоятельно присоединилось к Берлинскому пакту 1940 года.