Po wybuchu I wojny światowej organizacja przeniosła się do Damaszku. Turcy zorientowali się jednak w prowadzonej przez Arabów działalności spiskowej, w tym w planach nakłonienia do buntu oddziałów zdominowanych przez żołnierzy pochodzenia arabskiego. W represjach trwających od 1915 do 1916 kilkuset arabskich działaczy zostało aresztowanych, deportowanych, poddanych torturom, kilkudziesięciu skazano na śmierć. 6 maja 1916 w Damaszku na rozkaz Dżemala Paszy publicznie straconych zostało 21 byłych deputowanych parlamentu tureckiego, uznanych za winnych zdrady, spisku antypaństwowego i dążenia do oderwania od Imperium Osmańskiego prowincji syryjskich. Zarówno większość represjonowanych działaczy, jak i najbardziej znani spośród straconych w tejże egzekucji (Abd al-Hamid az-Zahrawi, Szukri al-Asali, Abd al-Wahad al-Inklizi, Rafik Sallum, Umar Hamad) należeli do "Al-Fatat". Represje pozbawiły ruch arabski kierownictwa. Pozostali na wolności działacze "Al-Fatat" nawiązali kontakty z Fajsalem, synem szarifa Mekki Husajna, i uznali jego przywództwo w ruchu wyzwoleńczym Arabów, którego celem było już nie państwo dwunarodowe, ale niepodległość. W kwietniu 1915 sam Fajsal został zaprzysiężony na członka "Al-Fatat". Działacze organizacji wzięli udział w powstaniu arabskim, które wybuchło w 1916.