Die Ägyptische Abteilung umfasste im Erdgeschoss mit fünf Räumen den gesamten Nordflügel rund um den Ägyptischen Hof. Für die Gestaltung des Ägyptischen Hofes und der Säle der Ägyptischen Abteilung wurde Richard Lepsius, der führende Ägyptologe seiner Zeit, beigezogen. Lepsius hatte zwischen 1842 und 1845 die von Friedrich Wilhelm IV. ausgesandte Expedition nach Ägypten geleitet, deren reiche Sammlung in den neu erstellten Räumen untergebracht und ausgestellt werden sollte. Stülers Anspruch war groß: „Schon während der Sammlung der von der ägyptischen Expedition zurückgebrachten Denkmäler war hauptsächlich der Gesichtspunkt im Auge behalten worden, ein h i s t o r i s c h e s Museum zu bilden, welches im Gegensatze zu den bisherigen, zufällig und je nach der Gelegenheit angehäuften Sammlungen von Alterthümern, alle wesentlichen Seiten und Kunst-Epochen des ägyptischen Alterthums möglichst gleichmässig durch characteristische Proben vor Augen führen sollte. Derselbe Zweck waltete auch bei der Einrichtung und Ausschmückung der zur Aufstellung bestimmten Räumlichkeiten vor.“ Die ausgeführten Malereien und Dekorationen dokumentierten den damals aktuellen Stand der Ägyptologie und hatten nichts mehr gemein mit der romantischen Ägyptenmode in der Folge von Napoleons Ägyptenexpedition.