Ce n'est que la saison suivante que Michalak retrouve son meilleur niveau. À la suite du forfait de Jean-Baptiste Élissalde, il est rappelé en Équipe de France pour le Tournoi des Six Nations 2010, comme doublure de la charnière Parra / Trinh-Duc. Mais, passé les trois premiers matchs du tournoi, une pause est marquée dans la compétition. Il retrouve alors Toulouse pour le choc face au Stade français et, victime d'un mauvais placage, il se rompt les ligaments croisés (genou), ce qui va l'éloigner des terrains pendant neuf mois.