В 1996 году Шебрле впервые в карьере достиг 8 000 очков, набрав 8 210 на соревнованиях в Праге. Первой большой победой для него стало золото Универсиады в 1997 году на Сицилии. Уже через два года, на мировом первенстве в закрытом помещении 1999 года, проходившем в японском Маэбаси, Роман взял бронзовую медаль. Годом позже он стал серебряным призёром чемпионата Европы в залах.