Tra il 1990 e il 1992 militò nella nazionale Under-18, totalizzando 3 presenze. Nel biennio 1994-1996 fu il portiere titolare della selezione Under-21 allenata da Cesare Maldini, con cui vinse il titolo europeo di categoria nel 1996, il terzo consecutivo per gli "azzurrini", battendo i padroni di casa della . Nell'epilogo ai tiri di rigore, Pagotto parò i tentativi di Raúl e Iván de la Peña.