De regreso a Colombia participó en la guerra civil de 1876, en la que hubo una sublevación en contra del gobierno del liberal Aquileo Parra. A pesar de su experiencia fue apresado por el gobierno y estuvo privado de la libertad, hasta que Parra cayó enfermo y el senador Sergio Camargo fue designado para reemplazarlo por 3 meses. Camargo le concedió la libertad a Sanclemente.