Mientras estaba sirviendo con Jervis en la estación de Lisboa en diciembre de 1797, "Emerald", bajo la orden provisional del "Señor William Proby", capturó el corsario de 8 cañones, Chasseur Basque. Waller regresó como capitán en abril de 1798. En mayo, Jervis envió un escuadrón de cinco barcos, incluyendo la "Emerald " y bajo el mando de Nelson en el barco "Vanguard" de 74 cañones, para localizar una flota de invasión grande que había dejado Tolón. Después de recibir información el 22 de mayo, Nelson correctamente predijo el destino de la flota francesa y puso rumbo para Alejandría donde los británicos capturados o destruidos todos pero dos de los barcos franceses en la Batalla del Nilo, el cual ocurrió entre 1-3 de agosto de 1798. La "Emerald" perdió la batalla; siendo anteriormente separada del resto del escuadrón en una tormenta el 21 de mayo, llegó a la bahía de Abu Qir el 12 de agosto.