Vào đầu tháng 4 năm 1940, "Königsberg" tham gia Chiến dịch Weserübung, cuộc tấn công chiếm đóng Na Uy. Nó nằm trong thành phần Đội đặc nhiệm 3 trong việc vận chuyển binh lính từ Wilhelmshaven đến Bergen, Na Uy cùng với chiếc tàu tuần dương chị em "Köln", tàu huấn luyện pháo binh "Bremse" và các tàu phóng lôi "Wolf" và "Leopard". "Königsberg" và "Bremse" bị hư hại bởi hỏa lực của các khẩu đội pháo phòng thủ duyên hải Na Uy bố trí tại pháo đài Kvarven vào ngày 9 tháng 4 năm 1940, khiến chúng phải ở lại cảng trong khi những con tàu khác quay trở về Đức. Ngày hôm sau, 16 máy bay ném bom bổ nhào Blackburn Skua của Không lực Hải quân Hoàng gia Anh (gồm 7 chiếc của Phi đội 800 và 9 chiếc của Phi đội 803) xuất phát từ Căn cứ Không lực Hải quân Hoàng gia Hatston, Orkney đã đánh trúng ba phát trực tiếp lên "Königsberg". Con tàu lật nghiêng và chìm trong cảng Bergen.