El 27 de diciembre de 1936 se creó el nuevo Cuerpo de Seguridad Interior, en el cual deberían integrarse los miembros de la GNR. Sin embargo, el proceso de integración fue lento debido a los avatares de la contienda y tardó algún tiempo. Por ejemplo, durante los sucesos de mayo de 1937 en Barcelona la GNR todavía estaba operativa, llegando a intervenir junto a los Guardias de Asalto en los combates callejeros contra los milicianos de la CNT-FAI y el POUM. A finales de 1937 se completó la reorganización de los últimos restos de la Guardia Republicana, con lo que desapareció definitivamente.