ב-16 ביוני 2009 התבטא מונתזרי פעם נוספת כנגד אחמדינז'אד, בעת המהומות שפרצו לאחר בחירתו מחדש לנשיא. לאחר שנשמעו טענות רבות כנגד טוהר הבחירות, פרסמה ממשלת איראן הודעה כי אחמדינז'אד זכה ב-62% מן הקולות. מונתזרי בתגובה הודיע כי "אין אדם שפוי היכול להאמין" לכך שהקולות נספרו באופן הוגן. מונתזרי קרא לשלושה ימים של אבל ציבורי על מותה של נדה אגא-סולטאן ואחרים שנהרגו במהומות ב-22 ביוני 2009. הוא אף הכריז כי השלטון איננו מוסלמי או שלטון רפובליקה. בחודש נובמבר 2009, יום בטרם צוינו חגיגות 30 שנה למשבר בני הערובה באיראן, אמר מונתזרי כי תפיסת שגרירות ארצות הברית בטהראן בשנת 1979 הייתה שגיאה.