В 1798 году церковь Святого Марка сильно пострадала во время французского вторжения в Египет, в 1819 году была отреставрирована и открыта патриархом Петром VIII, а в 1870 году реконструирована патриархом Деметрием II. В 1950—1952 годах при патриархе Юсабе II здание церкви полностью снесли и построили на его месте более крупное, сохранив при этом некоторые древние элементы (колокольни, мраморные колонны и иконы). В 1985—1990 годах при патриархе Шенуде III собор был значительно расширен с западной стороны.