W reprezentacji Estonii Stepanov zadebiutował 30 października 1999 roku w zremisowanym 1:1 towarzyskim spotkaniu z Irakiem. W swojej karierze grał także w eliminacjach do Euro 2000, Mistrzostw Świata 2002, Euro 2004, Mistrzostw Świata 2006, Euro 2008 i Mistrzostw Świata 2010.