Samuel Ruiz García var den eldste i en søskenflokk på fem barn, og ble født 3. november 1924 i Guanajuato i Mexico. Foreldrene var Guadalupe García, som jobbet som husholderske for overklassefamilier, og Maclovio Ruiz Mejía, gårdsarbeider. Ruiz vokste opp som katolikk i beskjedne kår under Cristerokrigen, en krig der kirken ble forfulgt og mange ble drept av de anti-katolske styresmaktene.