En octubre de 1641 se produjo una nueva rebelión en Irlanda, con numerosos asesinatos de protestantes. Los católicos ingleses apoyaron a los irlandeses. La Confederación Católica, con su propio Parlamento, estuvo liderada por Owen Roe O'Neill. El Parlamento temió que Carlos utilizase el ejército formado para sofocar la rebelión contra sus propios súbditos. La Gran Protesta exigió el nombramiento de ministros con la confianza del Parlamento, el permiso a las prácticas calvinistas y la supervisión por parte del Parlamento del ejército destinado a Irlanda. Carlos rechazó la solicitud, animado por el escaso margen de votos con el que había sido aprobada.