Собор решили построить 17 октября 1889 года — через год после крушения царского поезда, когда члены августейшей семьи чудом остались живы. Незадолго до крушения император Александр III с супругой и сыновьями посетили Екатеринодар. В честь избавления царской семьи от гибели и было решено построить в Екатеринодаре величественный собор с семью престолами. Предполагалось главный престол посвятить святой великомученице Екатерине, а остальные назвать в честь небесных покровителей членов августейшей семьи: Марии, Николая, Георгия, Михаила, Ксении и Ольги.