В 2011 году Перес перебрался в Европу, став футболистом португальского клуба «Бенфика». Аргентинец достаточно быстро закрепился в стартовом составе «орлов» и вместе с командой завоевал несколько национальных титулов. Также «Бенфика» дважды подряд доходила до финала Лиги Европы (В 2013 и 2014 годах), но оба раза терпела поражение.