В летнее трансферное окно 1999 года Джоркаефф ушёл в «Кайзерслаутерн» — причиной того стал тот факт, что «Интер» не мог никак выиграть чемпионство. Марчелло Липпи дал Юрию знать, что не рассчитывает на него, после чего Джоркаефф связался с Рехагелем, который с «Вердером» выиграл у «Монако» Джоркаеффа финал Кубка обладателей кубков 1992 года. На стадионе «Фриц Вальтер» нового игрока встречали более 30 тысяч болельщиков. В первом немецком сезоне Юрий забил 13 мячей в чемпионате Германии и Кубке УЕФА, пропустив весной два месяца из-за травмы бедра. После триумфального для французов Евро-2000 он осенью был отправлен в глубокий запас в клубе новым тренером Андресом Бреме — сам Джоркаефф списывал это просто на чёрную зависть Бреме, который всячески издевался над Джоркаеффом.