फेडरर जगातील अनेक परोपकारी संस्थांना मदत करतो. त्याने आजवर हरिकेन कत्रिना, इ.स. २००४ हिंदी महासागर भूकंप व त्सुनामी, २०१० हैती भूकंप इत्यादी नैसर्गिक संकटपीडित लोकांना मदत करण्यासाठी प्रदर्शनीय टेनिस स्पर्धा आयोजित केल्या आहेत. २००३ साली त्याने खेळाची लोकप्रियता वाढवण्यासाठी व गरीबांना मदत करण्यासाठी रॉजर फेडरर फाउंडेशनची स्थापना केली.