메이지 유신 때, 미토 번에서 개혁주의자(덴구 당)와 보수주의자(쇼세 당)이 심하게 다투었고, 고도칸이 그 무대가 되었다. 1868년 게이오 4년 4월, 근신 중인 도쿠가와 요시노부는 에도 개성의 합의 사항에 따라 미토 번으로 옮겨 고도칸의 지선당(至善堂)에 들어갔다. 그러나 당시 미토 번에서 번주 도쿠가와 요시앗이 병으로 죽어 번주가 없는 혼란한 상태였으며, 도쿠가와 요시노부가 분쟁으로 추대받는 것이 예측되었기 때문에 7월 요시노부는 시즈오카로 옮겼다. 개원하고 메이지 원년 1868년 11월 14일, 15일에는 아이즈 전쟁에서 패주한 쇼세 당이 미토에 돌아와 고도칸에 농성을 했다. 미토 성에 들어간 본국사당, 덴구 당의 잔당들과 성문을 사이에 두고 전투를 벌이는 상황이 되어 문관, 무관, 의학관 등 많은 건물이 총 포격에 의해 소실되었다. (고도칸 전쟁 ). 1872년(메이지 5년) 12월 8일에 폐쇄되었고, 이후에는 태정관 포고에 의해 공원이 되었다.