Tras la Guerra Livona Bauska pasó a formar parte del Ducado de Curlandia. El castillo y la ciudad sufrieron intensamente durante los siglos XVII y el XVIII debido a los ataques suecos durante la Guerra de los Treinta Años y rusos en la Gran Guerra del Norte. En 1711 una plaga asoló la ciudad, exterminando a la mitad de la población. En 1812 la guerra regresó de nuevo cuando Bauska se convirtió en lugar de paso del ejército de Napoleón en su ruta hacia Moscú.