En el Judici contra Mas, Ortega i Rigau pel 9-N va rebutjar les al·legacions a la sentència argumentant que "no hi va haver cap vulneració de la llibertat ideològica" dels encausats i que el dret fonamental a votar al referèndum "no existia perquè no existia el dret a votar en una consulta proclamada inconstitucional pel TC". Va ser un dels fiscals del Tribunal Suprem durant el Judici al procés independentista català.