În zilele primului guvern condus de Binyamin Netanyahu deschiderea de către Israel a unui acces la tunelul Zidului de apus dinspre cartierul musulman a dus la „Tulburările Tunelului Zidului”. La sfârșitul verii anului 2000 vizita liderului opoziției israeliene, Ariel Sharon și a suitei sale pe esplanada Templului a fost semnalul declanșării celei de-a Doua Intifade sau „Intifadat Al-Aqsa”. S-a afirmat de atunci că tulburările au fost preparate dinainte de către conducerea palestineană în frunte cu Yasser Arafat. După vizita lui Sharon au izbucnit pe munte tulburări, în care au fost uciși 7 palestinieni. Răzmerița din estul Ierusalimului s-a extins sub forma unor demonstrații violente pe tot cuprinsul Cisiordaniei și a antrenat și un număr mare de arabi de pe cuprinsul Statului Israel - așa numitele Evenimentele din octombrie 2000. Manifestațiile au degenerat apoi în anii 2000-2004 într-un lung val de atentate, unele dintre ele atentate sinucigașe cu sprijinul Autorității Naționale Palestiniene, răzmeriță violentă fără precedent, cunoscută sub numele de Intifada Al-Aqsa, după numele Moscheii Al Aqsa. În cursul ei și-au pierdut viețile circa o mie de evrei, mulți dintre ei civili.