Alisson bắt đầu trận Siêu cúp Anh 2019 với Manchester City vào ngày 4 tháng 8; sau trận hòa 1-1, Manchester City cuối cùng đã giành được danh hiệu với chiến thắng 5-4 trên chấm phạt đền. Vào ngày 9 tháng 8 năm 2019, trong trận mở màn mùa giải Premier League 2019-20 với đội bóng mới được thăng hạng tại sân Anfield, Alisson đã dính chấn thương bắp chân trong hiệp một và phải thay thế bằng bản hợp đồng mới Adrián sau 38 phút. Anh ấy được cho là sẽ phải điều trị trong "vài tuần". Kết quả là, anh ta đã bị loại ra khỏi Siêu cúp châu Âu 2019, khi Liverpool đã thắng 5-4 trên chấm phạt đền vào ngày 14 tháng 8, sau trận hòa 2-2 với Chelsea sau 2 hiệp phụ. Alisson trở lại đội hình chính vào ngày 20 tháng 10 năm 2019 trước trận đấu với Manchester United.