In april 2016 verscheen zijn essay "De vrijheid van de grens", naar aanleiding van de Europese vluchtelingencrisis. Na de publicatie van dit essay stelde hij in een interview met het Nederlands Dagblad dat Nederland de vraag onder ogen moest zien of het nog lid van de Europese Unie wil blijven en wat voor Unie dat dan moet zijn. Dit moet, net als in Groot-Brittannië, leiden tot een referendum. De Nederlandse regering kan volgens hem niet doorgaan met het crisismanagement ten aanzien van de onvrede over Europa. Anders ‘zullen de voorstanders van ontmanteling van de EU eens de meerderheid krijgen. En dan niet alleen bij referenda maar ook bij gewone verkiezingen.’ Zelf verklaarde Scheffer zich geen voorstander te zijn van terugkeer naar de nationale staten, maar hij begrijpt de roep om afscheid van de EU, die hij ook achter het Oekraïne-referendum bespeurde.