Dal 2002 in poi diventa titolare nei piani tattici del nuovo CT Carlos Alberto Parreira che lo convoca con continuità. Prende parte alla Confederations Cup 2003, dove il Brasile viene eliminato al primo turno, e l'anno successivo per la Copa América 2004 in Perù. L'11 luglio, nella seconda gara della fase a gironi contro la Costa Rica, realizza il gol del momentaneo 2-0 in favore della "Seleção" (la partita finirà 4-1). Il 25 giugno, nella finale di Lima contro l'Argentina risoltasi ai tiri di rigore dopo il 2-2 dei tempi regolamentari, Juan entra nella storia del calcio brasiliano realizzando il quinto ed ultimo tiro della sua squadra, chiudendo la partita sul punteggio di 6-4 d.c.r. con cui il Brasile conquista il suo settimo successo nella competizione.