Il RUF divenne noto per l'utilizzo di pratiche brutali quali stupri di massa ed amputazioni durante la guerra civile. Sankoh ordinò personalmente numerose operazioni, compresa una chiamata “Operation Pay Yourself” (Operazione Paga Te Stesso) che incoraggiava le truppe a razziare tutto quello che potevano trovare. Dopo essersi lamentati per l'utilizzo di tali tattiche, Kanu e Mansaray furono sommariamente condannati ed uccisi. Nel marzo del 1997, Sankoh volò in Nigeria dove fu posto agli arresti domiciliari ed in seguito imprigionato. Da questo momento fino al rilascio di Sankoh nel 1999, Sam Bockarie assunse il ruolo di direttore delle operazioni militari del RUF. Durante la guerra, durata dieci anni, Sankoh non mantenne numerose promesse di mettere fine ai combattimenti, compresi l'Accordo di Pace di Abidjan e l'Accordo di Pace di Lomè, firmati nel 1999. Finalmente il Regno Unito e l'ECOMOG (Economic Community of West African States Monitoring Group) intervennero con i loro piccoli ma professionali contingenti militari ed il RUF fu distrutto. Sankoh fu successivamente arrestato dopo che i suoi soldati spararono a numerosi manifestanti che protestavano fuori dalla sua casa di Freetown nel 2000. Il suo arresto portò a numerose celebrazioni in tutta la Sierra Leone. Sankoh fu preso in consegna dal Regno Unito e fu accusato dalla Corte Speciale per la Sierra Leone delle Nazioni Unite di 17 capi d'accusa per vari crimini di guerra, inclusi l'utilizzo di bambini soldato, crimini contro l'umanità, incluso lo sterminio, la riduzione in schiavitù, stupro e schiavitù sessuale.