W reprezentacji Ekwadoru Obregón zadebiutował w 1995 roku. W 2002 roku został powołany przez selekcjonera Hernána Darío Gómeza do kadry na Mistrzostwa Świata 2002. Tam był podstawowym bramkarzem drużyny i wystąpił we wszystkich trzech meczach grupowych: przegranych 0:2 z Włochami i 1:2 z Meksykiem oraz wygranym 1:0 z Chorwacją. W swojej karierze zagrał także na Copa América 2001 i Copa América 2004. Ostatni mecz w reprezentacji rozegrał w 2004 roku. Łącznie w drużynie Ekwadoru wystąpił 58 razy.