В 1990 году в Косове было введено чрезвычайное положение. Тем не менее, сепаратистские стремления среди албанцев возрастали. 22 сентября 1991 года было провозглашено создание независимой республики Косово, а затем проведены несанкционированные (среди албанской общины) референдум о независимости и президентские выборы (23 мая 1992 года одновременно с парламентскими выборами), на которых президентом был избран Ибрагим Ругова. 22 октября 1991 года независимость Республики Косово признала Албания. Началось создание вооружённых формирований сепаратистов, которые в 1996 году были объединены в Армию освобождения Косова. В крае развернулась партизанско-террористическая война, жертвами которой стали сотни мирных жителей, чиновников и военных Югославии. Первоначально борьбу с сепаратистами вели лишь милицейские подразделения, но в 1998 году в военные действия вступила югославская армия. Война сопровождалась массовыми репрессиями, убийствами мирных жителей и этническими чистками с обеих сторон конфликта. Членами АОК были разрушены многие памятники православной культуры, изгнано или уничтожено несколько десятков тысяч сербов. В 1999 году в военные действия вмешалось НАТО: массированным бомбардировкам были подвергнуты югославские города и военные объекты. Тысячи жителей Косова были убиты, около полумиллиона, в основном албанцев, осталось без крова. В результате сербское правительство было вынуждено согласиться на ввод в Косово военного контингента НАТО KFOR и переход края под управление ООН, что и было осуществлено на основании резолюции СБ ООН № 1244 от 10 июня 1999 года.