הצי המלכותי השתתף באופן פעיל גם במלחמת המפרץ, במשבר קוסובו ובמלחמת אפגניסטן. במהלך מלחמת עיראק ב-2003, סייעו אניות המלחמה של הצי לחיל הנחתים בהפגזת עמדות אויב מן הים, והצוללות "ספלנדיד" ו"טיורבולנט" שיגרו מספר טילי שיוט מדגם "טומהוק" לעבר מטרות שונות בעיראק.