Bauduin vertrok in augustus 1862 voor een drie en een halfjarig verlof naar Japan, waar hij in Japanse militaire dienst trad (vanaf 1 september 1862). Bij het Nederlandse leger zou hij gedurende deze tijd voor memorie gevoerd worden. In Japan werd hij aangesteld als hoofd van een geneeskundige school te Nagasaki, als opvolger van jhr. J. L. C. Pompe van Meerdervoort (1829-1908), die stichter was van deze school en eerder daaraan verbonden was geweest. Op 11 januari 1864 schreef Bauduin in een brief: "Toen tijdens de onrust of liever de oorlogspaniek alhier "(zie Bombardement van Shimonoseki)", het Japanse gouvernement mij, in het belang van mijn persoonlijke veiligheid aanraadde en zelfs schriftelijk verlof gaf, om naar Holland terug te keren, heb ik dadelijk verklaard, zo lang op Decima te blijven, als er zich nog Hollanders bevonden. In mijn dienst is slechts een interruptie van 14 dagen geweest, waarna ik weer mijn betrekking in het hospitaal aanvaardde en de lessen met de overgebleven leerlingen voortzette. Thans is hun aantal weer tot dertig aangegroeid en neemt dit nog steeds toe. De keizerlijke leerlingen van Jedo zullen, als alles wel blijft, in het voorjaar ook terugkeren." In 1865 verlengde Z.M. het tijdvak gedurende welke Bauduin het vergund was zich tijdelijk in Japanse militaire dienst te begeven onder dezelfde voorwaarden met twee jaar. Bauduins verdere activiteiten in Japan behelsden onder meer de bouw van enige hospitalen en de organisatie van de militaire geneeskundige dienst.