Durant le millénaire romano-byzantin, les îles étaient encore suffisamment prospères pour attiser la convoitise des pirates, des Goths, des Slaves et des Arabes, ainsi que celle de la Quatrième croisade, les Occidentaux se partageant l'Empire byzantin. Les Cyclades entrèrent alors dans l'orbite vénitienne et les seigneurs féodaux « latins » et « francs » créèrent un certain nombre de fiefs dont le principal était le Duché de Naxos.