Sukarno chuyển từ dân chủ sang chủ nghĩa độc đoán, và duy trì cơ sở quyền lực bằng cách cân bằng các lực lượng đối lập trong quân đội, và Đảng Cộng sản Indonesia (PKI). Quân đội âm mưu đảo chính ngày 30 tháng 9 năm 1965, dẫn tới Các vụ giết người tại Indonesia 1965-1966, một phong trào thanh trừng chống cộng trong đó Đảng Cộng sản Indonesia bị cáo buộc âm mưu đảo chính, các đảng viên Cộng sản bị săn lùng và tiêu diệt. Khoảng 500 nghìn tới 1 triệu người bị cho là có liên hệ với Đảng Cộng sản Indonesia đã bị giết hại. Lãnh đạo quân đội, Tướng Suharto, công khai làm suy yếu vị trí chính trị của Sukarno, và được chính thức chỉ định làm tổng thống vào tháng 3 năm 1968. Chính sách Trật tự Mới của ông được chính phủ Mỹ ủng hộ, và khuyến khích đầu tư nước ngoài trực tiếp vào Indonesia, đây là một yếu tố chính dẫn tới ba thập kỷ tăng trưởng kinh tế ổn định sau đó. Tuy nhiên, sự độc đoán của chính sách "Trật tự Mới" bị chỉ trích rộng rãi vì tình trạng tham nhũng và đàn áp chính trị đối lập.