עם פרוץ מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939, מונה הארדינג למפקד הגדוד ה-1 שברגימנט סאמרסט. הגדוד שלו השתתף בדיכוי מרידות מקומיות בווזיריסטן, והוענקה לו דרגה זמנית של בריגדיר. בספטמבר 1940 הוא הוצב במטה פיקוד המזרח התיכון, ובדצמבר של אותה שנה מונה לראש מטה חיל המדבר המערבי, והשתתף בקרבות הפלישה האיטלקית למצרים. במקביל הוענקה לו דרגת מפקד במסדר האימפריה הבריטית. ב-6 באפריל 1941, נפלו ריצ'רד אוקונור מפקד חיל המדבר המערבי ופיליפ נים בשבי קורפוס אפריקה הגרמני, והועברו לשבי באיטליה. בשל כך, תפס הארדינג את הפיקוד באופן זמני על חיל המדבר המערבי. ב-9 באוגוסט של אותה שנה הוענקה לו דרגת קבע של קולונל, וכן אות השירות המצוין. בספטמבר 1941, אורגן חיל המדבר המערבי מחדש, והפך להיות הקורפוס ה-13. הארדינג מונה לראש מטה הקורפוס. ב-14 בספטמבר 1942 הוענקה לו דרגה זמנית של מייג'ור גנרל, והוא מונה למפקד דיוויזיית השריון ה-7 ("עכברי המדבר"), אשר הייתה חלק מהקורפוס ה-13 שהיה חלק מהארמייה השמינית. במהלך קרב אל-עלמיין השלישי, הוא הוביל בעצמו את כוחות הדיוויזיה לקרב, ונפצע מפגיעת רסיס פגז.