El municipio fue fundado inicialmente en un vereda de nombre Yavir del municipio de Somondoco el 26 de abril de 1889, con el nombre de "La santísima trinidad" en honor a tres obispos de la región. Posteriormente fue cambiado el nombre por el actual "Almeida", como tributo a los hermanos Almeida patriotas de la independencia que lucharon en la Batalla de Boyacá.