Som USAs allierte og medlem av NATO har Estland deltatt militært i en rekke internasjonale operasjoner. Estland har bidratt til NATO-styrken KFOR i Kosovo. Fra 2002 bidro Estland med mineryddere og bombehunder i Operasjon Enduring Freedom i Afghanistan. Engasjementet ble avsluttet i 2005. Estland har siden 2003 deltatt med styrker til ISAF-operasjonene i Afghanistan. Størstedelen av det estiske bidraget har siden 2006 tjenestegjort sammen med britiske styrker i Helmand-provinsen. Det militære styrkebidraget er primo 2009 på 150 personer. Estland sivile engasjement i Afghanistan omfatter blant annet bidrag til EUs politimisjon EUPOL. Landet har fra 2008 prioritert å konsentrere sin innsats om utviklingen av helsevesenet i Helmand-provinsen.