Během první světové války publikoval práci "Bericht über die Lage des armenischen Volkes in der Türkei" (Zprávy o situaci arménského lidu v Turecku), v níž pečlivě zdokumentoval a odsoudil arménskou genocidu. Její druhé vydání nazvané "Der Todesgang des armenischen Volkes" (Ulička smrti arménského lidu) obsahovala také rozhovor s tureckým ministrem Enverem Pašou, který byl jedním z hlavních strůjců genocidy. Lepsius publikoval zprávu tajně, protože Turecko bylo německým spojencem. Cenzura také její publikaci brzy zakázala z obav, jakou reakci by mohla vyvolat u strategicky významného spojence. Lepsius však dokázal včas rozšířit více než 20 tisíc výtisků.