En el seu paper com a Comandant en Cap de la Mediterrània, Cunningham hagué de negociar amb l'Almirall francès René-Emile Godfroy per a la desmilitarització i l'internament d'un esquadró francès a Alexandria al juny de 1940, tot just després de la Caiguda de França. Churchill havia ordenat a Cunningham que evités que els vaixells francesos abandonessin el port, i que s'assegurés que la flota de guerra no passés a mans enemigues. Estacionada en aquells moments a Alexandria, Cunningham inicià unes delicades negociacions amb Godfroy per assegurar que la seva flota, consistent en el cuirassat "Lorraine", 4 creuers, 3 destructors i 1 submarí no fossin cap amenaça. L'Almirallat ordenà a Cunningham que completés les negociacions el 3 de juliol. Tot just quan l'acord semblava imminent, Godfroy s'assabentà de l'acció britànica a Mers el-Kebir i, per un instant, Cunningham temé una batalla al port d'Alexandria entre la flota francesa i la britànica. L'ombra del fracàs era allargada, però les negociacions van acabar bé després que Cunningham s'implicà més personalment. Les negociacions arribaren a bon port i els francesos van buidar els seus tancs de combustible i van retirar els mecanismes de foc dels seus canons. Cunningham prometé repatriar les tripulacions dels vaixells.