W 1939 w składzie Floty Oceanu Spokojnego została utworzona Północna Flotylla Oceanu Spokojnego. W skład Floty wchodziło: dwie Brygady Okrętów Nawodnych, cztery Brygady Okrętów Podwodnych, Brygada Kutrów Torpedowych, kilka dywizjonów okrętów i kutrów, jednostki lotnictwa morskiego, jednostki obrony wybrzeża, jednostki piechoty morskiej. W początkowym okresie Flota była w okresie gotowości bojowej do odparcia ataków floty japońskiej, sprzymierzeńca hitlerowskich Niemiec. Zabezpieczała drogi komunikacji morskiej na Dalekim Wschodzie. Część stanu osobowego marynarzy była przekazana do działających Frontów Ogólnowojskowych wojsk lądowych. 147 tys. marynarzy walczyło pod Moskwą, w obronie Leningradu, Sewastopola, Stalingradu i Rejonów Zapolarnych w składach Morskich Brygad Piechoty. Ze składu Floty było przekazane do Floty Północnej: 1 niszczyciel prowadzący, 2 niszczyciele, 5 okrętów podwodnych.