Negli anni novanta, l'impegno di don Ciotti si allargò al contrasto alla criminalità organizzata. Dopo le stragi di Capaci e via d’Amelio dell'estate del 1992, fondò il mensile "Narcomafie" – di cui sarà a lungo direttore e, nel 1995, il coordinamento di "Libera. Associazioni, nomi e numeri contro le mafie", oggi punto di riferimento per oltre organizzazioni nazionali e internazionali (fra cui diverse sigle del mondo dell'associazionismo, della scuola, della cooperazione e del sindacato). Nel 1996 Libera promosse la raccolta di oltre un milione di firme per l'approvazione della legge sull'uso sociale dei beni confiscati, e nel 2010 una seconda grande campagna nazionale contro la corruzione. Nel 2020 il mensile Narcomafie è stato rifondato nel bimestrale lavialibera.