Eine der grössten Herausforderungen für die Republik stellte von Beginn weg die Finanzierung des für die damalige Schweiz ungewöhnlich grossen Staatsapparates und der französischen Besatzungskosten dar. Nicht nur hatte Frankreich das gesamte Staatsvermögen der Republiken Bern, Freiburg, Solothurn, Luzern und Zürich sowie ihre gesamten Zeughausbestände beschlagnahmt, sondern es waren darüber hinaus auch noch weitere 16 Millionen Francs als förmliche Kriegssteuer zu entrichten, die das Patriziat aufbringen sollte. Mit dem Feldzug in die Schweiz soll – nach französischen Berechnungen – durch den französischen Staat die für damalige Verhältnisse ungeheure Summe von insgesamt 20 Millionen Francs eingenommen worden sein. Dabei sind die Kosten der Einquartierungen, Plünderungen, Unterschlagungen und die Bestechungsgelder nicht eingerechnet. Der grösste Teil der Gelder floss direkt in die Finanzierung des Ägyptenfeldzugs. Wegen der Lasten der Besatzung kam es zwischen dem helvetischen Direktorium und dem französischen Kommissär Jean-Jacques Rapinat zu ständigen Spannungen. Im Juni wurden deshalb auf dessen Druck die Direktoren Bay und Pfyffer abgesetzt und durch die Frankreich ergebenen Laharpe und Ochs ersetzt.