Con el estallido de la Segunda Guerra Mundial, siguió trabajando Chipre, Egipto y Palestina y, cuando la guerra llegó al Mediterráneo, decidió volver a Estados Unidos. Se embarcó en el último barco estadounidense permitido, el Excalibur, pero finalmente dejó su asiento a la madre de una menor de edad que no podía viajar sola. Permaneció en Atenas trabajando hasta que la guerra alcanzó Grecia, por lo que se trasladó a Chipre, donde mantuvo a salvo los resultados de sus investigaciones. En los años posteriores trabajó con el Departamento de Estado de los Estados Unidos, aportando sus conocimientos para ganar la guerra en el Departamento de Guerra. Entre 1944 y 1945 formó parte de la Oficina de Servicios Estratégicos (OSS en sus siglas en inglés) para los asuntos de Grecia en Estambul, Esmirna, El Cairo y en el Museo Nacional de Atenas.