Taylorin ensimmäinen merkittävä ongelma presidenttinä oli orjuus sekä erityisesti sen leviäminen uusiin läntisiin territorioihin. Uusi orjuutta vastustava Free Soil -puolue lisäsi etelävaltioiden pelkoa siitä, että orjuutta vastustaneiden määrä lisääntyisi kongressissa ja orjuus kiellettäisiin. Samoihin aikoihin alkanut kultaryntäys toi Kaliforniaan nopeasti uusia asukkaita ja lisäsi painetta luoda alueesta virallinen osavaltio. Vaikka Taylor omisti itsekin useita orjia, hän alkoi vastustaa uusien orjuuden sallivien osavaltioiden perustamista. Tämän takia hän halusi luoda Kaliforniasta ja New Mexicosta välittömästi Yhdysvaltain osavaltiot. Useat orjuutta kannattaneet kongressiedustajat vastustivat Taylorin ehdotusta rajusti, sillä kumpikaan tulevista osavaltioista ei olisi todennäköisesti hyväksynyt orjuutta.