Die Universität wurde 1898 während der Hundert-Tage-Reform als Kaiserliche Universität von Peking () gegründet und ersetzte das bis dahin bestehende Guozijian (), das seit mehreren Jahrhunderten die höchste Bildungseinrichtung gewesen war. Bereits 1902 wurde die Fakultät für Bildungswissenschaften ausgelagert und bildete den Grundstein der bis heute bestehenden Pädagogischen Universität Peking. 1912 wurde die Universität infolge der Xinhai-Revolution in Nationale Universität Peking () umbenannt. Der berühmte Gelehrte Cai Yuanpei wurde 1917 zu ihrem Rektor ernannt und hatte großen Anteil daran, dass die Universität Peking zur größten Hochschule Chinas wurde. 1919 bildeten ihre Intellektuellen den Kern der Bewegung des vierten Mai, und ein Jahr später wurde sie die zweite chinesische Hochschule, die Studentinnen aufnahm.