9 квітня 2014 року Ембіід виставив свою кандидатуру на Драфт НБА 2014 року, відмовившись від останніх трьох років права на участь у студентському баскетболі. 20 червня 2014 року він прооперував зламану човноподібну кістку правої стопи, та був виключений з гри на строк чотирьох-шести місяців. Через шість днів він був обраний під третім загальним номером Філадельфією Севенті Сіксерс. Цей вибір зробив його третім гравцем НБА, який народився в Камеруні після Рубена Бумтьє-Бумтьє та Люка Ба-а-Муте, а також був обраний під найвищим номером на Драфті НБА серед цих трьох гравців.