W czasie okupacji niemieckiej gmach służył Szpitalowi Przemienienia Pańskiego, przeniesionemu tutaj we wrześniu 1939 ze swojej siedziby przy placu Weteranów. Tutaj m.in. operowano Tadeusza Krzyżewicza „Buzdygana”, śmiertelnie rannego w akcji pod Arsenałem, a także dwóch uczestników zamachu na Franza Kutscherę – jego dowódcę Bronisława Pietraszewicza „Lota” oraz Mariana Sengera „Cichego”.