En on le nomme commandant en chef de l'Armée des côtes qui n'existait pas encore et qui devait agir contre les Bretons et les Vendéens révoltés contre la Convention. Il est à Rouen quand il reçoit le suivant l'ordre de se rendre à Rennes pour réprimer les troubles qui s'y développent. Nantes était alors quasi assiégée par les Vendéens. La Bourdonnaye, arrivé sur place et constatant la situation, informa la convention qu'il n'avait trouvé sur place aucune force disponible à leur opposer. Mais quelques jours plus tard, il annonça un avantage remporté par Beysser, commandant de Nantes.