Durant les Guerres d'Itàlia Alfons va conservar la seva posició precària entre les potències gràcies a la vigilància i les grans fortificacions del Ducat de Ferrara. Va entrar a la Lliga de Cambrai contra Venècia i va romandre aliat de Lluís XII de França fins i tot després que el papa Juli II firmés la pau amb Venècia. Quan els bolonyesos es van rebel·lar contra Juli II i van fer caure l'estàtua de bronze de Michelangelo del papa, Alfons la va refondre com un canó anomenat "La Giulia", el qual fou col·locat a les muralles del castell. El 1510 Juli II l'excomunicà i confiscà els seus béns, incorporant el Ducat de Ferrara als Estats Pontificis. Alfons va iniciar en aquell moment una lluita reeixida contra dels exèrcits venecians i Papals, guanyant la Batalla de Polesella, capturant la ciutat de Bolonya i jugant una part essencial en la victòria francesa a la Batalla de Ràvena l'any 1512. Aquests èxits es basaren en l'artilleria de Ferrara, produïda a les seves pròpies foneries, que eren les millors del seu temps.