Valtaan noustessaan Béla ryhtyi keskittämään valtaa omiin käsiinsä. Hänen isänsä ajan neuvonantajia erotettiin ja maalahjoituksia peruutettiin. Tukea kuningas sai kirkolta ja alemmalta aatelistolta, kun taas ylimystö vastusti kehitystä kiihkeästi. Vallan keskittäminen kuninkaalle loppui kuitenkin pian yllättävän ulkoisen uhan takia. Tšingis-kaanin johtamat mongolit olivat luomassa suurta valtakuntaa ja he olivat nyt saapumassa Unkarin rajoille. Kiova oli valloitettu vuonna 1240. Béla yritti saada liittolaisia mongoleja vastaan kumaaneista, mutta hieman ennen mongolien saapumista he lähtivät Unkarista kiihtyneen väkijoukon surmattua erään heidän ruhtinaistaan. Liittolaisia ewi saatu myöskään lännestä, kun samaan aikaan Saksan keisari Fredrik II ja paavi Gregorius IX kiistelivät toistensa kanssa. Batu-kaanin johtamat mongolit vyöryivät lopulta Karpaattien läpi ja he voittivat unkarilaiset Muhin taistelussa 11. huhtikuuta 1241. Béla IV joutui pakenemaan mongolien tieltä ensin Itävaltaan ja lopulta Dalmatiaan. Batu-kaani ja hänen joukkonsa lähtivät lopulta Unkarista takaisin Mongoliaan kesällä vuonna 1242 suurkaani Ögödein kuoltua. Unkari oli menettänyt arviolta 15–20 % väestöstään mongolien hyökkäystä seuranneissa taisteluissa, taudeissa ja nälänhädässä.