Malli spielte für mehrere deutsche Juniorennationalmannschaften. Mit der U17-Nationalmannschaft wurde er 2009 Europameister und nahm an der Weltmeisterschaft teil, die im selben Jahr stattfand und bei der er zweimal zum Einsatz kam. 2015 nahm er mit der U21-Nationalmannschaft an der Europameisterschaft teil und erreichte dort das Halbfinale, das mit 0:5 gegen Portugal verloren wurde.