Juan Pizarro was de onwettige zoon van kapitein Gonzalo Pizarro y Rodríguez de Aguilar (1446–1522). Pizarro senior had onder generaal Gonzalo Fernández de Córdoba gediend tijdens de Italiaanse Oorlogen. Juan was een volle broer van Gonzalo Pizarro en een halfbroer van Francisco en Hernando Pizarro.