Das zweite Jahr verlief dann unglücklich. Bereits zu Beginn der Saison 2000/01 unterliefen ihm einige Fehler, wozu besonders ein Gegentreffer nach einem eher harmlosen Weitschuss von Marcelo Salas im erneuten Duell mit Lazio Rom gehörte. Des Weiteren kassierte er in der Champions League einen unglücklichen Treffer gegen Paulo Sousa von Panathinaikos Athen und „Juve“ schied als Tabellenletzter mit zwölf Gegentoren bereits in der Gruppenphase aus. Auch in der Meisterschaft hatte man wieder das Nachsehen gegen einen Verein aus Rom, wobei nun Lazios Stadtrivale AS Rom den Titel gewann. Dabei hatte van der Sar im wichtigen Duell gegen Rom erneut Pech, als ein 2:0-Vorsprung noch mit einem 2:2 endete. Dabei konnte er einen Schuss des eingewechselten Hidetoshi Nakata nur abklatschen und ermöglichte so dem bereitstehenden Vincenzo Montella den „Abstauber“ zum Ausgleich.