7 Ocak 1940 günü, 1939 Aralık'ında gerçekleşen Erzincan depreminden etkilenenlere yardım amacıyla düzenlenen özel bir maçta Fenerbahçe ile karşılaşan Galatasaray, rakibini 2-0 yendi. 1939-40 sezonunda İstanbul Futbol Ligi'nin ardından Millî Lig'de de karşılaşan iki ekibin 31 Mart 1940'ta oynadığı ilk maç 1-1, 9 Haziran'da oynadığı ikinci maç ise 3-2'lik Fenerbahçe galibiyetiyle sonuçlanırken; sezon sonunda Fenerbahçe ikinci Millî Küme şampiyonluğunu elde etti. İstanbul Futbol Ligi'nin 1940-41 sezonunda 29 Eylül 1940 günü oynanan maç 1-1'lik beraberlikle sonuçlandı. "Vatan" gazetesi tarafından düzenlenen özel bir turnuva kapsamında 30 Ekim günü karşı karşıya gelen iki takım 3-3 berabere kaldı. 22 Aralık'taki ikinci lig maçından Fenerbahçe 2-0'lık galibiyetle ayrıldı. Millî Küme'ye katılma hakkı elde eden dört İstanbul kulübü olan Beşiktaş, Fenerbahçe, Galatasaray ve İstanbulspor'un Millî Küme'ye hazırlık amacıyla mücadele ettiği özel bir organizasyonda 9 Mart 1941 tarihinde oynanan Fenerbahçe-Galatasaray maçını sarı-lacivertli ekip 2-0 kazandı. 30 Mart günü gerçekleştirilen Millî Küme maçında da Fenerbahçe tek golle galibiyete uzandı. 1 Haziran günü oynanan Millî Küme'deki ikinci maç ise Galatasaray'ın 1-0'lık galibiyetiyle sona erdi. Bir hafta sonra, 8 Haziran günü özel bir müsabakada karşılaşan ekipler, sahadan Galatasaray'ın tek gollük galibiyetiyle ayrıldı.