La Guarda Nacional fue perdiendo espacio con la llegada de la República, cuya instalación se dio por cuenta del Ejército, históricamente opuesto a la Guarda Nacional. Fue transferida en 1892 al Ministerio de Justicia y Negocios Interiores. En 1918, pasó la Guarda Nacional a ser subordinada al Ministerio de Guerra, a través de la organización del Ejército Nacional de 2ª Línea, que constituyó en cierto modo su absorción por el Ejército. Su última aparición pública fue el día 7 de septiembre de 1922, con motivo del desfile por la Independencia de Brasil en Río de Janeiro, marcando aquel, también, el año de su desmovilización oficial.