V 2. polovici 30. rokov a počas 40. rokov bolo hlavnou aktivitou Agentúry rokovanie s Britmi o rozsahu povolenej židovskej imigrácii a boj proti nariadeniam, ktoré obmedzovali prisťahovalectvo (MacDonaldova biela kniha). V tom čase začala Židovská agentúra rokovať po prvý raz o možnosti rozdelenia Palestíny na židovský a arabský štát. Roku 1931 bola pod právomoc Židovskej agentúry postavená Hagana ako neoficiálna židovská armáda v Palestíne. Jej význam rástol v priebehu arabského povstania v Palestíne v rokoch 1936-1939. V roku 1938 založila Hagana organizáciu na ilegálnu imigráciu Mosad le-alija Bet. Agentúra uzavrela alianciu aj s židovskou odborovou centrálou Histadrut ohľadom verejných prác. V meste Rechovot zriadila Agentúra poľnohospodársku výskumnú stanicu (neskôr začlenenú do Hebrejskej univerzity).