Następnie uczestniczył w eliminacjach do Mistrzostw Świata w Piłce Nożnej 2002, strzelając dwie bramki w pierwszej połowie ostatniego meczu przeciwko reprezentacji Ghany. To zwycięstwo zapewniło Nigerii udział w Mistrzostwach świata. Babangida zagrał we wszystkich meczach swojej drużyny w Pucharze Narodów Afryki 2002, ale przegrał rywalizację o miejsce w składzie na Mistrzostwach świata, z bardziej doświadczonymi zawodnikami Sunday Olisehem i Finidi Georgem. Piłkarz został ponownie powołany na zgrupowanie w Faro w Portugalii w 2004 roku, ale nie znalazł się w ostatecznym składzie, czyniąc Puchar Narodów Afryki 2002 jego ostatnim poważnym międzynarodowym turniejem.