Julian Weigl nació el 8 de septiembre de 1995 en el municipio de Bad Aibling y se formó en el T. S. V. 1860 Múnich. El 14 de febrero de 2014, realizó su debut con el primer equipo en un partido por la segunda división de Alemania. En su segunda temporada en el club fue nombrado capitán, con solo dieciocho años de edad. No obstante, Weigl y cuatro de sus compañeros fueron obligados a entrenar con el segundo equipo tras ser vistos en una fiesta, lo que causó la renuncia del jugador a la capitanía. En el verano de 2015, se unió al Borussia Dortmund, donde rápidamente se afianzó en el esquema titular y jugó treinta partidos de liga. En diciembre de 2016, extendió su contrato con la institución por dos años. Ganó la Copa de Alemania en 2017 y la Supercopa de Alemania en 2019.