第二座教堂建于十字军时期，在拜占庭时期教堂的废墟上，在1102年Tancred征服拿撒勒之后。十字军时期教堂始终未能完全建成。五个罗曼式柱子由法国北部艺术家雕刻，直到1187年萨拉丁在哈丁战役获胜时尚未安装。萨拉丁允许方济各会神父留在拿撒勒负责该堂。1260年，拜巴尔一世和他的马木留克军队在攻打拿撒勒期间，摧毁了这座教堂。 一小批方济各会修士设法留在拿撒勒，直到1291年阿卡陷落。此后三个世纪，方济各会因当地政治局势，被迫退出拿撒勒。