Am 6. Juli 1667 ging von Barfus mit Elisabeth von Schlabrendorff, (* 1. März 1647; † 30. September 1691) eine Ehe ein, welche kinderlos blieb. Von Barfus weihte ihr nach ihrem Tod in der Domkirche in Brandenburg ein prachtvolles Denkmal aus Marmor mit einer selbstverfassten Inschrift. 1693 vermählte sich von Barfus in zweiter Ehe mit Eleonore von Barfus geb. Gräfin von Dönhoff (* 23. Mai 1669; † 1726; Tochter des Oberkammerherrn Friedrich von Dönhoff), mit der er drei Söhne hatte. Der Älteste, Friedrich Otto wurde 1694 geboren und wie sein Vater Soldat. 1707 studierte er an der Ritterakademie Brandenburg und widmete sich frühzeitig dem Kriegsdienst. 1715 war er Adjutant des Grafen Christoph von Dohna bei der Belagerung von Stralsund. 1716 wohnte er dem Feldzug gegen die Türken in Ungarn bei, wurde als Major bei einem Kürassier-Regiment in der Schlacht bei Belgrad schwer verwundet und starb am 3. September 1717 an diesen Verletzungen in Wien. Auch der zweite Sohn, Karl Friedrich, war 1707 Zögling der Ritterakademie in Brandenburg, wurde Offizier und starb jung.