לאחר שלבנון קיבלה עצמאות מצרפת ב-1943; היחסים הדיפלומטיים הרשמיים בין מקסיקו ללבנון נוסדו לראשונה ב-12 ביוני 1945. ב-1947, נציגויות דיפלומטיות ושגרירויות מונו לבירת כל מדינה בהתאמה. ב-1975, לבנון חוותה מלחמת אזרחים ומסיבות ביטחוניות, נסגרה שגרירות מקסיקו בביירות נסגרה ביוני 1982 ונפתחה מחדש ב-1996. מאז, מקסיקו שמרה על שגרירות בלבנון במהלך מספר התפרצויות אלימות בלבנון ובזמן המלחמות בין ישראל ולבנון.