Το 1998, ο Ντεσάν υπήρξε αρχηγός της ομάδας της Γαλλίας που κατέκτησε το Παγκόσμιο Κύπελλο του 1998 στα πάτρια εδάφη και πιο συγκεκριμένα στο Παρίσι, έχοντας βασικό ρόλο στην ομάδα. Συνεχίζοντας με την αύρα αυτού του θριάμβου, ο Ντεσάν υπήρξε επίσης αρχηγός της Γαλλίας που κατέκτησε το Euro 2000, χαρίζοντάς της την διάκριση να αποτελεί την πρώτη εθνική ομάδα που να έχει κατακτήσει τόσο το Παγκόσμιο Κύπελλο όσο και το Euro από την εποχή που η Δυτική Γερμανία κατάφερνε αυτό το επίτευγμα το 1974. Η Γαλλία κατείχε την κορυφαία θέση στη Παγκόσμια Κατάταξη της FIFA από τη σεζόν 2001–02.