En 1987, Moggi est nommé directeur sportif du Napoli, le club de Diego Maradona, succédant à une vieille connaissance, Italo Allodi. Il réussit notamment à faire signer au club napolitain Giovanni Francini et Careca, Naples remportant durant la période de Moggi la Coupe UEFA en 1988-89, ainsi qu'un "scudetto" et une supercoupe d'Italie en 1989-90 et 1991.