Flores debütierte am 13. Dezember 1997 beim 2:0-Sieg im Rahmen des FIFA-Konföderationen-Pokals 1997 gegen Saudi-Arabiens Auswahl unter dem ebenfalls debütierenden Nationaltrainer Víctor Púa mit einem Startelfeinsatz in der uruguayischen A-Nationalmannschaft. Auch in den Turnierbegegnungen mit Tschechien und Australien stand er auf dem Platz. Sein letztes von somit insgesamt vier Länderspielen absolvierte er am 21. Dezember 1997 beim erneuten Aufeinandertreffen mit Tschechien im Rahmen des Konföderationen-Pokals, als Uruguay mit 0:1 im Spiel um Platz 3 unterlag.