Après un total de 52 parties au niveau majeur de 1996 à 1998, il voit un peu plus de temps de jeu les deux saisons suivantes, disputant 87 et 92 parties, respectivement, au cours des saisons 1999 et 2000. Cette dernière année, Seattle accède aux séries éliminatoires. Ibanez frappe trois coups sûrs et maintient une moyenne au bâton de ,375 en trois matchs en Série de divisions contre les White Sox de Chicago, mais il est blanchi en neuf présences au bâton dans la Série de championnat de la Ligue américaine que les Mariners perdent contre les champions du monde, les Yankees de New York.