Under den tyske okkupationen (1940–1945) blev Trondheim indtaget ved den tyske invasion af Norge, og der blev hurtigt anlagt en ubådsbase på Munkholmen, hvor den naturlige beskyttelse fra fjorden blev benyttet. Tyskerne ombyggede dele af fæstningen og havde overvågningsanlæg og seks antiluftskytsstillinger på øen. I den perioden blev kegletaget på tårnet fjernet og et nyt fladt tag blev støbt som fundament for antiluftskyts. Her blev der også opsat en observatørstilling i beton. Skytset blev ledet af to optiske afstandsmålere: en Dreiwalzenkommandogerät "Dreiwag" 6m Zeiss REM (Räum-EnfernungsMesser) og en Kleinkommandogerät "Kleinkog" 6m REM.