Stosunki międzynarodowe Iraku w pierwszych latach rządów al-Bakra były trudne. Od początku drugiego okresu rządów partii Baas w Iraku skomplikowane były relacje z Syrią, chociaż tam również, od marca 1963, rządzili politycy utożsamiający się z baasizmem. Według przywódców syryjskiego oddziału partii przywódcy Iraku, którzy już raz zdobyli i stracili władzę, nie zasługiwali na zaufanie. Równocześnie iracki oddział partii był dalece mniej radykalny, niż struktury syryjskie kierowane od zamachu stanu w 1966 przez radykalnego socjalistę Salaha Dżadida. Ostateczną przyczyną zerwania współpracy między organizacjami było przybycie do Bagdadu Michela Aflaka, twórcy baasizmu wyeliminowanego z syryjskiej elity władzy w 1966. Od 1966 obydwie partie funkcjonowały równolegle, każda posiadała własne Przywództwo Narodowe aspirujące do przewodzenia w ruchu baasistowskim w całym świecie arabskim. Obydwie organizacje atakowały się wzajemnie propagandowo i zarzucały sobie zdradę idei baasizmu. Do pewnej poprawy w tej kwestii doszło po 1970, gdy drogą kolejnego zamachu stanu władzę w Syrii przejął bardziej umiarkowany w poglądach Hafiz al-Asad.