Le Musée d'Anthropologie et d'Histoire est divisé en plusieurs salles. L'une est consacrée à l'écologie, exposant la flore et la faune de l'État de Mexico. D'autres salles sont consacrées à la période préhispanique, à la période coloniale et au Mexique depuis l'indépendance. Il y a des tombes préhispaniques et des céramiques de différentes cultures qui ont habité l'État de Mexico. Il y a aussi une sculpture d'un serpent avec une image de Mictlantecuhtli à sa base. De l'époque coloniale, il y a des moulins à sucre, des armures en acier, des objets religieux et des accessoires d'églises. Parmi les objets les plus modernes, on peut citer une presse à imprimer exploitée par José Guadalupe Posada, des illustrations et des gravures de José Zubieta et de la fin du et du début du , et de la révolution mexicaine et et Abundio Gómez de ce dernier siècle. En 2004, le musée a été rénové.