Varela kwam uit voor diverse Portugese nationale jeugdelftallen. Hij nam deel aan het Europees kampioenschap voetbal mannen onder 19 - 2013, het Wereldkampioenschap voetbal onder 20 - 2013, het Toulon Espoirs-toernooi 2014, het Europees kampioenschap voetbal mannen onder 21 - 2015 (tweede plaats) en de Olympische Zomerspelen 2016. In maart 2017 werd hij voor het eerst als reservedoelman opgeroepen voor het Portugees voetbalelftal.