Sin embargo, una minoría liderada por Éamon de Valera se oponía al tratado alegando que este no creaba una verdadera república independiente, que imponía un "Juramento de Obediencia y Fidelidad a la Corona" por parte de los parlamentarios y que contemplaba la partición del país. De Valera y sus partidarios se retiraron del Parlamento y una parte del IRA ocupó algunos edificios públicos en Dublín para denunciar la firma del tratado. Finalmente, después de unas elecciones en las que ganó el "Partido pro-tratado", el nuevo Ejército de Irlanda atacó a los republicanos amotinados en Four Courts, en Dublín, el 22 de junio de 1922, lo que dio inicio a la Guerra Civil Irlandesa entre los partidarios del "Tratado" y los que estaban en contra. Los republicanos (contrarios al tratado), que mantuvieron el nombre de IRA, continuaron luchando en forma de guerrilla durante nueve meses más, hasta mayo de 1923, cuando Frank Aiken, su líder, ordenó entregar las armas declarando una tregua. Esta guerra civil provocó más bajas que la Guerra anglo-irlandesa, incluidos importantes líderes políticos como Michael Collins, Liam Lynch, Cathal Brugha. Además, dividió profundamente al país, al punto de que dicha división todavía persiste.