Um das Jahr 1532 verkaufte er seine Güter in Nicaragua, rüstete zwei Schiffe und schloss sich der Konquista des Inkareiches an. Nachdem sie den Inkaherrscher Atahualpa in der Schlacht von Cajamarca gefangen genommen hatten, sandte ihn Pizarro als Statthalter in seinen Stützpunkt "San Miguel" (möglicherweise das heutige Piura in Nordperu).