Az UEFA-szuperkupa 1999-es döntőjében legyőzték a Manchester Unitedet, az olasz bajnokság 1999-2000-es idényében pedig bajnoki címet ünnepelhettek, ráadásul a kupát is elhódították. A következő szezont az olasz szuperkupa megnyerésével kezdték, és Dino Zoff vezetésével bejutottak a Bajnokok Ligája második csoportkörébe. Az ezt követő években a Lazio jelentősen meggyengült, a 2000-2001-es szezonban csak 6. lett a bajnokságban és a Bajnokok Ligája csoportköréből sem jutottak tovább, azonban Nestát 2000 és 2002 között sorozatban háromszor választották a bajnokság legjobb védőjátékosának.