Datzelfde jaar verliet hij de marine en ging werken bij de West-Indische Compagnie tot 1636. Hij deed mee met de expeditievloot die Piet Hein bij Bahia te hulp moest komen (1624). Hij onderscheidde zich toen hij als commandeur van drie schepen bij Hispaniola door vier Spaanse galjoenen werd aangevallen en twee schepen tot zinken bracht en een derde prijsnam. Hij was als viceadmiraal op de "Neptunus" aanwezig bij de verovering van de Zilvervloot tijdens de Slag in de Baai van Matanzas in 1628. Banckert kreeg als beloning zeventien maal zijn maandgage van negentig gulden extra. Tussen 1630 en 1635 was hij actief in tochten tegen de Portugezen in Brazilië. Hij kreeg de bijnamen "Gesel der Maranen" (toen een antisemitisch scheldwoord voor Spanjaarden in het algemeen) en "Schrik der Portugezen". Banckert had de reputatie een echte ijzervreter te zijn en was van een indrukwekkend postuur.