Com a independência da Bósnia, uma violenta e prolongada guerra civil, provocada pelos sérvios locais (31% da população), que não aceitavam a criação de um país dominado por bósnios muçulmanos (44% da população) e bósnios croatas (17%). Tal situação acabou gerando uma série de combates entre bósnios muçulmanos e bósnios ”sérvios”, estes apoiados pela Sérvia. A Europa, horrorizada, viu-se às voltas com as imagens de campos de concentração, de sítios às cidades, de bombardeios de artilharia, de tiros precisos dos francos atiradores, da morte a sangue frio da população civil. Tudo isso a fez lembrar a Segunda Guerra Mundial. A situação se agrava com a entrada da Croácia no conflito. No primeiro momento reivindica parte do território bósnio e, em uma segunda etapa, volta-se contra a Sérvia. Em 1993, o governo muçulmano da Bósnia foi sitiado na capital Sarajevo, cercada pelas forças sérvias da Bósnia, que controlavam cerca de 70% da Bósnia e recebiam um forte apoio de grupos extremistas em Belgrado. A presença de forças de paz da ONU para conter a situação se mostrou ineficaz. Seria na Bósnia, em 1995, que se deram os primeiros bombardeios da OTAN (em geral aviões norte-americanos) contra os sérvios-bósnios para evitar que eles vencessem a coligação de croatas e muçulmanos apoiados pela Europa Ocidental. Em novembro de 1995, frente às pressões da OTAN e à ofensiva militar da Croácia para recuperar os territórios perdidos à Sérvia, firmava-se o Acordo de Dayton que poria fim ao conflito bósnio.