Важное значение парка подтверждается большим количеством охраняемых природных территорий, которые были сформированы в регионе до его создания. Ядро резервата дельта Сенегала включает в себя орнитологический резерват Джудж в Сенегале, национальный парк Диавалинг и заповедник Чат-Т-Бул в Мавритании. Все части ядра являются водно-болотными угодьями, охраняемыми рамсарской конвенцией, орнитологический резерват Джудж входит в список объектов всемирного наследия ЮНЕСКО. Буферная зона управляется также как и ядро. Исключение составляет Gandon Forest в Сенегале, который является природным заповедником. Зона сотрудничества включает в себя общественную и частную собственность. Парк управляется межведомственными национальными комитетами каждой из стран участниц, которые принимают участие в планировании мероприятий и мониторинге резервата. Трансграничный координационный комитет выполняет необходимые надзорные функции и распределение бюджета.