Batı Almanya millî takımındaki ilk maçına 29 Mart 1972'de, Macaristan karşısında çıktı. 1972 Avrupa Futbol Şampiyonası ve 1974 FIFA Dünya Kupası şampiyonlukları ile 1976 Avrupa Futbol Şampiyonası ikinciliği yaşayan kadrolarda yer aldı. Toplamda 35 kez millî formayı giyen Hoeneß, 5 gol kaydetti.