Nel 1943 Kfar Etzion fu ripopolato per la terza volta come parte del Gush Etzion (Blocco di Etzion). Soggetto ad attacchi e ad assedi, esso fu teatro di un importante fatto d'armi fra ebrei e Arabi nel 1948. Poco dopo che donne e bambini del kibbutz erano stati evacuati, si ebbe colà il Massacro di Kfar Etzion e infine esso dovette essere abbandonato.