In 1990 bezette zijn vroegere medewerker Charles Taylor het noorden van Liberia, waarop de Eerste Liberiaanse Burgeroorlog uitbrak. Doe weigerde in ballingschap te gaan en werd in september 1990 in zijn landhuis in Monrovia vermoord en, volgens berichten van ooggetuigen, gedeeltelijk opgegeten door de rebellen die in de waan verkeerden dat Samuel Kanyon Doe een machtige tovenaar was. Om de "tovenaar" zijn macht te ontnemen sneden zij direct na Doe's gevangenname zijn beide oren af. Video-opnamen hiervan hebben wereldwijd gecirculeerd.