Der Markgräflerkrieg (1552 bis 1554) schädigte auch das Kloster Bronnbach, das Kriegssteuern und Naturallieferungen an die kriegführenden Parteien aufbringen musste. 1554 musste der Konvent die Klostergebäude vorübergehend verlassen. Der Abt zog mit dem Archiv und einem wesentlichen Teil des Klosterschatzes in den Klosterhof, den die Zisterzienser in der Stadt Wertheim besaßen. Von hier aus versuchte er, das Kloster weiterhin zu leiten. Der Prior und drei weitere Konventualen traten Stellen als lutherische Pfarrer an und heirateten; Leusser gab ihnen hierzu die Erlaubnis.