אמו הגיעה ממשפחה אשכנזית יהודית ממעמד הביניים שחיה בפולין. אביו בא ממשפחה ענייה מהאימפריה האוסטרו-הונגרית, שהיגרה במלחמת העולם הראשונה לווינה, שם הוריו הכירו והתחתנו ב-1923. אריק קנדל נולד בווינה ב-1929, כבן שני. זמן קצר לאחר מכן, אביו ייסד חנות צעצועים, אולם במרץ 1938 הם נאלצו לעזוב את אוסטריה לאחר הסיפוח של אוסטריה על ידי גרמניה. כתוצאה מאריזציה, התגברו ההתקפות נגד היהודים ועיקלו את הרכוש של היהודים. קנדל חווה באוסטריה, כילד יהודי, את ליל הבדולח. ב-11 במאי 1939 אריק ואחיו נסעו לברוקלין, ובהמשך הוריהם הצטרפו אליהם.