Nel tentativo di conservare il trono sposò segretamente in seconde nozze Ladislao Jagellone, re di Boemia, che con il sostegno della nobiltà ungherese, aiutò a salire sul trono d'Ungheria. Il matrimonio venne celebrato il 4 ottobre 1490 in Esztergom dal vescovo Tamás Bakócz. Successivamente Ladislao II, utilizzando come scusa un errore formale commesso (si dice appositamente) dal vescovo nella cerimonia di matrimonio, chiese ed ottenne l'annullamento del matrimonio da parte del Papa Alessandro VI nel 1500, costringendo quindi Beatrice a tornare a Napoli (1501). A causa dell'invasione francese del Regno di Napoli da parte di Luigi XII di Francia dovette rifugiarsi ad Ischia insieme ai suoi parenti, risiedendo nel castello aragonese, dove da suo nipote Ippolito d'Este, che lei così tanto aveva onorato in Ungheria, venne assistita ed onorata, assecondandole la ricca rendita dell'arcivescovado di Capua, che egli godeva nel Regno di Napoli.