En 1912, il établit plusieurs records, de distance de vol, ou d'endurance, et expérimente la détection de sous-marins dans la Baie de Chesapeake . Au début de 1913, au cours de manœuvres au large de Cuba, des avions que commande Towers opèrent avec la flotte, effectuant des reconnaissances, repérant des sous-marins, etc. Promu "lieutenant", il est le troisième pilote à recevoir la qualification d'aviateur naval de l"U.S. Navy", le Le , alors que l'avion dont il est passager est déséquilibré par une rafale, que le pilote est éjecté et meurt, il se cramponne et survit au crash dans la Chesapeake. Glenn Curtiss va alors dessiner la ceinture de sécurité, équipement standard de tous les avions depuis lors. En , le "lieutenant" Towers est nommé commandant-en-second de la première base aéronavale, la Naval Air Station Pensacola. Glen Curtiss s'ouvre alors à John Towers de son projet de construire un avion capable d'un vol transatlantique, et la construction d'un hydravion bimoteur est commencée, mais le déclenchement de la Première guerre mondiale fait ajourner ce projet. Lors de l'occupation de Vera Cruz, à l'été 1914, le "lieutenant" Towers commande les quatre avions qui font partie des forces américaines, à raison de deux sur le cuirassé et deux sur le croiseur éclaireur . En , le "lieutenant" Towers est envoyé à Londres, comme assistant de l'attaché naval à l'ambassade des États-Unis. En , il rejoint les services du Chef des opérations navales à Washington et va occuper les fonctions d'adjoint au directeur de la Division de l'Aéronautique navale, lorsque celle-ci est mise en place.