Если не говорить о некотором относительно небольшом культурном влиянии, наиболее существенными длительными последствиями португальского присутствия стали разрушение и реорганизация торговли в Юго-восточной Азии и появление христианства в восточной Индонезии, в том числе на Молуккских островах. Португальцы захватили город Малакка в начале XVI века и их влияние на Молуккских островах и во всей восточной Индонезии значительно возросло. Португальцы взяли Малакку в августе 1511 года, и как писал один из участников события в дневнике, «через тридцать лет после того, как она стала мавританской», указывая на противостояние между исламским и европейским влиянием в регионе. Афонсу де Албукерки изучавший маршрут к островам Банда и другим «Островам пряностей», отправил исследовательскую экспедицию из трёх судов под командованием Антониу ди Абреу, Симана Афонсо Бизагудо и Франсишку Серрана. На обратном пути Франсишку Серран потерпел крушение у Хиту (к северу от острова Амбон) в 1512 году. Здесь он познакомился с местным правителем, которого впечатлили его военные возможности. Правители соперничавших султанатов Тернате и Тидоре также хотели получить помощь от португальцев и привлечь их в качестве покупателей пряностей во время затишья в местной торговле, которое наступило в связи с временным прекращением плаваний яванских и малайских торговцев, наступившего после событий 1511 года в Малакке. Торговля пряностями вскоре возобновилась, но португальцы так никогда не смогли монополизировать или прекратить эту торговлю.