Dne 22. června 1941, v den útoku Němců na Sovětský svaz, byl Pečerskij odveden do Rudé armády. Dostal hodnost podporučík. V září byl povýšen na technika-intendanta 2. stupně (hodnost na úrovni poručíka). Během bojů zachránil svého raněného velitele před smrtí tím, že ho vynesl z obklíčení. V říjnu 1941, během počáteční fáze bitvy o Moskvu, byl zajat německými vojáky u Vjazmy.