La Gran Guerra Turca, que terminó con derrota otomana en 1699, dio lugar a una disminución significativa del territorio del eyalato. Después del Tratado de Karlowitz la provincia se redujo a cuatro sanjacados (tres de ellos con su tamaño también disminuido) y doce capitanías. Antes del Tratado de Passarowitz se formaron otras 28 capitanías militares, la mayoría a lo largo de la frontera con Austria-Hungría, en la llamada Frontera Militar. En 1703 la sede del pachá se trasladó desde Sarajevo a Travnik, al haber resultado muy dañada por la guerra; no se trasladó de nuevo hasta 1850.