Марсело Липатин родился в Монтевидео в 1977 году. В возрасте семи лет переехал в бразильскую Куритибу, где стал играть в мини-футбол. В молодёжных мини-футбольных командах занимался вместе с рядом партнёров, которые впоследствии стали известными профессиональными футболистами, в частности, с чемпионом мира 2002 года Рикардиньо, Чеко и Родриго Бататой. В 1993 году перешёл в «большой» футбол, присоединившись к академии футбольного клуба «Парана».