Die gotischen Glasfenster der Maria-Magdalenen-Kirche gehörten schon im Mittelalter zu den bedeutenden Kunstwerken Lübecks. So fanden sie im Zuge des Abrisses der Kirche und nach entsprechender Sicherung ab 1840 ihren Weg in die Lübecker Marienkirche und wurden dort leider beim Luftangriff auf Lübeck 1942 bis auf einige Fragmente zerstört, die sich heute, wie die meisten Nebenaltäre, in der Mittelaltersammlung des St.-Annen-Museums befinden. Fragmente des "Maria-Magdalenen-Fensters" werden im Burgkloster gezeigt.