Ακολούθως οι Ενετοί ανήγειραν σπουδαία κτίρια με τα οποία λάμπρυναν την πόλη όπως το Δουκικό Ανάκτορο, το Μέγαρο του Αρχιστράτηγου, το Μέγαρο του Αρχιναύαρχου, το Μέγαρο του Λατίνου Αρχιεπισκόπου, το ναό του Αγίου Μάρκου, καθώς και άλλους ναούς, όπως του Αγίου Φραγκίσκου, της Παναγίας των Σταυροφόρων κ.α. (συνολικά περισσότεροι από 120), την Ενετική Λέσχη (που κατεδαφίστηκε το 1904 και στη συνέχεια αναστηλώθηκε), την λεγόμενη κρήνη του Μοροζίνι (υδραγωγείο), τον ορθόδοξο ναό της Αγίας Αικατερίνης με συνεχιζόμενη τη Σιναϊτική Σχολή λογίων και ζωγράφων κ.ά. Το σημαντικότερο όμως ενετικό έργο ήταν το περίφημο "μέγα τείχος του Ηρακλείου", ή Ενετικά τείχη Ηρακλείου που περιέλαβε όλη την πόλη, όπως στο μεταξύ είχε αυτή αναπτυχθεί, καθιστώντας την το ισχυρότερο φρούριο της Ανατολικής Μεσογείου. Αρχικά οι Ενετοί βελτίωσαν τις υπάρχουσες Αραβικές και Βυζαντινές οχυρώσεις, όμως ο μεγάλος σεισμός που σημειώθηκε το 1303 αλλά και η ανακάλυψη της πυρίτιδας, τους ανάγκασε να κτίσουν το νέο αυτό τείχος, πάχους μέχρι 40 μ. σε ορισμένα σημεία, "επταπρόμαχο" και "επτάπυλο", αποτελώντας τέλειο έργο οχυρωτικής. Τούτο άρχισε να κτίζεται μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης (1453), το έτος 1462. Κατά τη διάρκεια της ανέγερσής του, το 1508 σημειώθηκε νέος μεγάλος σεισμός. Τελικά το έργο ολοκληρώθηκε μετά από 108 χρόνια, το 1570 από Ενετό μηχανικό. Το μεγαλύτερο μέρος του διατηρείται μέχρι και σήμερα.