Als 1798 die Franzosen in die Eidgenossenschaft einmarschierten und den Stadtstaat Bern direkt bedrohten, meldete sich Kuhn trotz seiner Gegnerschaft zum aristokratischen Regime des bernischen Patriziats freiwillig als Offizier und nahm an den Kampfhandlungen im Rahmen des Franzoseneinfalls teil. Am 12. April 1798 wurde er zum ersten Präsidenten des Grossen Rats der Helvetischen Republik gewählt. 1799 wurde er als Zivilkommissär der Helvetischen Armee beigestellt, die in der Ostschweiz mit der französischen Armee gemeinsam gegen die Invasion der Truppen der Koalition vorgehen sollte. Obwohl entschiedener Anhänger der neuen einheitsstaatlichen Ordnung der Republik, vertrat er innerhalb der Partei der Unitarier eher gemäßigte Positionen und wird auch der Gruppierung der Republikaner zugeordnet. Am 8. Januar 1800 beteiligte er sich am Staatsstreich der Republikaner gegen das Direktorium der Helvetischen Republik und publizierte noch im gleichen Jahr eine vielbeachtete Abhandlung, in der er eine gemäßigt-unitarische Position in Hinblick auf die Erarbeitung einer neuen Verfassung für die Helvetische Republik darlegte und sich gegen den Föderalismus wandte.