Po velkém požáru v Římě roku 64 oblast získala první křesťanské stopy. Stala se místem mučednictví mnoha křesťanů, kteří byli v Neronově cirku trýzněni a zabíjeni kvůli podezření, že požár způsobili. Podle starověké tradice byl právě zde ukřižován i svatý Petr, hlavou dolů. Císař Konstantin, který přestoupil na křesťanství, nechal na tomto místě postavit roku 326 baziliku sv. Petra, která byla považována za Petrovu hrobku (tato tzv. stará svatopetrská bazilika existovala do 16. století, poté byla stržena a nahrazena dnešním chrámem). Petrův hrob by se však měl nacházet v tzv. Vatikánské nekropoli, pod kryptami chrámu, tedy v místech starověkého pohřebiště, které u Vatikánského pahorku vzniklo za časů Caliguly. Pozůstatky této starověké nekropole byly sporadicky vynášeny na světlo různými papeži v průběhu staletí, systematické vykopávky nechal však nařídit až papež Pius XII. v letech 1939 až 1941. Prvním papežem, který nechal veřejně vystavit domnělé ostatky sv. Petra, se stal František roku 2013.