1840년대에 코칸트 칸국과 히바 칸국은 러시아 제국이 식민지 확보를 위하여 중앙아시아로 진출하는 것에 반대하여 카자흐 칸국(오늘날의 카자흐스탄)을 공격했지만, 이내 러시아 제국의 반격을 받았고 되려 러시아 제국의 대대적 공세로 인해 코칸트 칸국의 메치트 요새가 함락되었다. 이후, 시르다리야 강 어귀의 아랄스크 요새의 구축과 함께 1848년부터 러시아인들은 화레즘 지방에 영구적으로 정착하기 시작했다. 러시아 제국의 군사적 우위는 히바 칸국뿐만 아니라, 중앙아시아의 다른 국가들인 부하라 칸국과 코칸트 칸국이 수년 동안 싸워도 도저히 막을 수 없을 정도였다. 곧 러시아가 투르키스탄 쪽으로 확장하면서 히바 칸국의 영토는 서서히 줄어들었고 1873년에 러시아 제국이 히바 주변의 타슈켄트와 사마르칸트를 점령하였다. 그리고 러시아 제국 육군의 장군인 콘스탄틴 폰 카우프만 장군은 13,000명의 보병과 기병을 이끌고 히바를 침공했다. 히바는 1873년 5월 28일에 함락되었고, 1873년 8월 12일에 겐데미안스키 평화 조약을 맺으면서 히바는 사실상 러시아 제국의 보호국이 되었다. 이 평화 조약에서는 히바 칸국의 외교권 포기와 러시아 제국 국적의 선박의 아무다리야 강 우선 통행권 보장 등의 내용이 있었다. 또한, 이 조약으로 인해 노예제가 폐지되고 노예 시장이 문을 닫게 되면서 약 4만명에 달하는 노예가 해방되었다. 노예제의 폐지와 함께 오랫 동안 유지되었던 가혹한 형벌도 폐지되었다. 이후, 히바 칸국의 행정권은 러시아 총독령 하에 두어졌으며, 외교권은 투르키스탄 총독령과 상트페테르부르크의 외무부 장관이 맡게 되었다. 히바 칸국이 러시아 제국에게 점령당한 이후, 1870년에는 무함마드 라힘 2세가 투르키스탄 총독령의 지원 하에 메르브를 히바 칸국의 지배 하에 두려고 했으나 실패로 끝났다. 1880년대부터 러시아 제국 내 자디드(Jadid)들이 벌이던 자디드 운동을 히바 칸국은 탐탁치 않게 보며 탄압했는데 이에 대해선 자디드 운동에 대한 탄압을 하고 있었던 무함마드 라힘 2세 칸이 그의 관할 영토 내에서 학교나 전기 및 전화 시설 등이 도입되는 것을 방해한 사실 등이 이를 반증해준다.