Bokšić oli mukana Jugoslavian joukkueessa 1990 MM-kilpailuissa. Hän ei kuitenkaan pelannut Jugoslavian paidassa koskaan minuuttiakaan. Kroatian maajoukkueessa Bokšić pelasi vuosina 1993–2002 40 ottelua ja teki niissä 10 maalia. Hän muodosti Kroatian paidassa pitkään pelätyn kärkiparin yhdessä Davor Šukerin kanssa. Bokšić edusti Kroatiaa vuoden 1996 EM-kilpailuissa ja vuoden 2002 MM-kilpailuissa. Kroatian pronssijuhliin päättyneet vuoden 1998 MM-kilpailut jäivät häneltä väliin loukkaantumisen vuoksi.