Bereits während seiner eigenen Sportlerkarriere war Stéphane Franke als Trainer tätig, unter anderem für Damian Kallabis, den er 1998 zum Europameistertitel im 3000-Meter-Hindernislauf führte. Beide gerieten 1998 unter Dopingverdacht, ohne dass ihnen die Einnahme verbotener Mittel nachgewiesen wurde. Franke betreute auch Jirka Arndt, der bei den Olympischen Spielen 2000 in Sydney über 5000 Meter den achten Platz belegte.