Akhir Ming dan awal dinasti Qing melambangkan era masuknya besar pengungsi dan 20 tahun larangan perdagangan laut di bawah Kaisar Kangxi, langkah yang dimaksudkan untuk melawan perlindungan pemerintah Ming Koxinga di Taiwan. Namun, para pengungsi yang masuk tidak diterjemahkan menjadi angkatan kerja utama karena migrasi ulang mereka ke daerah-daerah yang makmur di Guangdong. Pada 1683, dinasti Qing menaklukkan Taiwan dan mencaploknya menjadi provinsi Fujian, sebagai Prefektur Taiwan. Pemukiman Taiwan oleh Han Cina diikuti, dan mayoritas orang di Taiwan adalah keturunan orang Hoklo dari Fujian Selatan. Fujian tiba pada tingkat saat ini setelah Taiwan terpecah sebagai provinsi sendiri pada tahun 1885. Hanya sepuluh tahun kemudian, Provinsi Taiwan akan hilang ke Jepang karena Qing kehilangan Perang Sino-Jepang Pertama yang berakhir pada tahun 1895.