Маркос дебютира за Бразилия на 13 ноември 1999. Той остава трети вратар на Копа Америка, като пред него са предпочетени Дида и Рожерио Сени. През 2001 печели титулярното място, избутваки Дида на пейката. Той е първи избор за Мондиал 2002, като става и световен шампион. Маркос играе във всички срещи, като записва четири „сухи“ мача. Последните си изяви с екипа на националния тим прави на Купата на конфедерациите през 2005 година.