Ambos Romário Leitão e Celma Bonfim da Graça competiram nos Jogos via decisões ao abrigo da Universalidade, enquanto Buly da Conceição Triste foi qualificado através do evento "African Sprint Qualifier" de 2016 na cidade de Pretória, África do Sul. Triste foi escolhido para transportar a bandeira de São Tomé e Príncipe durante a Parada das Nações da cerimónia de abertura dos Jogos enquanto um voluntário não-identificado segurou a bandeira na cerimónia de encerramento.