Confronté aux mutineries de Kiel durant la révolution de 1918, il gagne d'abord la confiance des conseils ouvriers et préserve comme il le peut les institutions militaires ; puis, nommé gouverneur de Kiel par le nouveau gouvernement en 1919, il réprime durement l’insurrection et s'impose comme l'un des appuis les plus solides du nouveau régime. Il est nommé ensuite ministre de la Guerre dans le gouvernement du chancelier Scheidemann et réprime l’insurrection spartakiste de Berlin (la « Semaine sanglante » de Berlin, du 6 au 15 ), recrutant aussi des éléments des corps francs. Au cours de cette semaine, les deux meneurs du parti communiste, Karl Liebknecht et Rosa Luxemburg, anciens dirigeants de l’aile gauche du SPD, sont assassinés par les corps francs dépendants de Waldemar Pabst, sur ordre de Noske. Il déclare alors : .