Le , Nelson surprend la flotte que Brueys avait aligné à l'ancre, derrière la flèche d'Aboukir, à quelques miles d'Alexandrie. Malgré l'heure avancée l'amiral anglais attaque aussitôt: c'est la bataille d'Aboukir. Les vaisseaux français sont attaqués un par un, des deux bords, de façon croisée, comme au casse-pipe, par les navires anglais dont la moitié s'est glissée entre la côte et la ligne d'ancrage, et l'autre remonte la ligne côté large. Emeriau sur "Le Spartiate", troisième de la ligne de bataille, est au cœur de l'action où il s'illustre remarquablement. Après avoir été encore blessé deux fois, résisté plusieurs heures à des vaisseaux ennemis qui faisaient croiser leurs feux sur le "Spartiate", touché sous la ligne de flottaison par 49 impacts côté bâbord et 27 côté tribord, Emeriau est contraint d'amener son drapeau, le nouveau pavillon tricolore de la République. Il aura auparavant rendu coup pour coup au "Vanguard" sur lequel se trouvait l'amiral Nelson. Celui-ci ordonna qu'on rende son épée « à un homme si digne de la porter. »