Im Bundesratskollegium übte Hoffmann von Anfang an einen dominierenden Einfluss aus. Biograf Paul Widmer schreibt, dass ihm «niemand das Wasser reichen konnte» – nur mit Edmund Schulthess, der selbst einen grossen Geltungsdrang hatte, kam es wiederholt zu Auseinandersetzungen. Am 1. Januar 1912 wechselte Hoffmann zum Militärdepartement. Als Verteidigungsminister erarbeite er Richtlinien für höhere Truppenkommandanten und setzte im Parlament eine Militärversicherung durch, welche die Kosten von Unfällen während der Dienstzeit übernahm. Im September 1912 begleitete er den deutschen Kaiser Wilhelm II. beim Kaisermanöver im Toggenburg. Als sich die internationale Lage durch den ersten Balkankrieg zu verschärfen begann, ordnete er einen Monat später Massnahmen an, um im Kriegsfall die Versorgung von Armee und Bevölkerung mit Brot sicherzustellen. Positiv stand er militärischen Beobachtermissionen gegenüber, weil er sich dadurch Rückschlüsse auf die Richtigkeit der eigenen Massnahmen erhoffte.