Cependant, après le premier rattachement de l'Anjou, du Maine, du Poitou et de la Normandie à la Couronne vers 1204-1205 (dans le cadre des conflits entre Capétiens et Plantagenêts), Philippe-Auguste donne Loudun en garde à Guillaume des Roches, sénéchal d'Anjou et du Maine, car le roi de France considère Loudun comme une place stratégique et décide de compléter l'ancien castrum des puissants Plantagenêts par une nouvelle forteresse ; à partir de 1206, il renforce les fortifications, c'est-à-dire la forteresse plus l'enceinte fortifiée autour de la ville, percée de quatre portes et protégée par de larges fossés ; il fait construire la Tour Maîtresse, énorme donjon circulaire plus élevé que l'ancienne Tour Carrée : le château et la ville deviennent quasi imprenables ; le roi fait également reconstruire l'église Saint-Pierre du Martray et bâtir l'église Saint-Pierre du Marché.