לאחר שדחה הצעה למינוי בצבא הסדיר, התמנה בלקנאפ לגובה המיסים של איווה על ידי הנשיא אנדרו ג'ונסון. בתפקיד זה הוא שימש ארבע שנים. ב-1869 הוא מונה על ידי הנשיא יוליסס סימפסון גרנט למזכיר המלחמה. במהלך כהונתו בתפקיד זה הוא הזמין ציורי דיוקן של כל מזכיר המלחמה לדורותיהם מתוך כוונה ליצור אוסף שלם לקראת יום העצמאות המאה של ארצות הברית. ב-1871 נחקר בלקנאפ על ידי הקונגרס, לאחר שהיה מעורב ישירות במכירת כלי נשק ותחמושת לצרפת, בשעה שארצות הברית הייתה לכאורה נייטרלית במלחמת צרפת–פרוסיה. באותה שנה ארגן בלקנאפ סיוע לקורבנות השרפה הגדולה של שיקגו. במהלך תקופת השיקום פעלה מחלקת המלחמה וצבא ארצות הברית בניהולו של בלקנאפ ובפיקוחם של הנשיא גרנט ושל משרד התובע הכללי לניהול מדינות הקונפדרציה לשעבר ולנסות ליישם שינויים בממשל ובכלכלה, במקביל להגנת העבדים המשוחררים מאלימות שהלכה וגברה. בלקנאפ תמך במדיניות השיקום של גרנט, שרוב חברי המפלגה הדמוקרטית התנגדו לה.