Wanneer in 1940 de Tweede Wereldoorlog uitbrak beschikte België nog steeds niet over een marine. Deze werd op dat moment snel opgericht en personeel werd hiervoor aangetrokken. De belangrijkste taak van het nieuw opgerichte marinekorps was het opsporen en vernietigen van mijnen in de Belgische kustwateren. Later verleende ze ook haar medewerking aan de Franse marine en nam ze deel aan de evacuatie van België en Frans Duinkerken. Op 25 juni 1940 werden haar schepen in Spanje echter aan de ketting gelegd. Slechts één schip (de P16) kon ontkomen en bereikte Groot-Brittannië.