Після аншлюсу Австрії Клара Поллачек була піддана антисемітським переслідуванням. Можливо, їй допоміг вижити чехословацький паспорт, отриманий в результаті шлюбу з Отто Поллачеком. Через два дні після окупації Австрії вона переїхала до Праги, де жила поки Німеччина не зайняла і цю країну. Поллачек переїхала до друзів у Швейцарію, де, маючи фінансову підтримку від родичів, залишалася до кінця Другої світової війни. В 1945 році вона приєдналася до свого сина Карла, який з сім'єю жив в Англії. Її брат Отто Леб організував повернення Клари до Відня в 1948 році.