W 1962, w trakcie kryzysu kubańskiego dowodził zespołem mającym wybrać miejsce pod nową placówkę testującą technologie rakietowe. W efekcie został dowódcą tajnego ośrodka badań rakietowych i kosmicznych, odpowiedzialnym za rozwijanie systemów rakietowych i antyrakietowych. Kierował budową i powiększeniem kosmodromu w Plesiecku – największego radzieckiego poligonu rakietowego i najbardziej aktywnego centrum kosmicznego na świecie. W przypadku ataku jądrowego, Plesieck miał być pierwszą jednostką uderzeniową lub kontratakującą, był przez to w ciągłym stanie podwyższonej gotowości bojowej. Rakiety pod dowództwem generała Alpaidzego celowały w takie miasta jak Waszyngton, Nowy Jork, Los Angeles czy Chicago.