Po okupaci se zapojil do vojenské odbojové organizace Obrana národa. Dařilo se mu unikat zatčení a po druhém německém úderu a pozatýkání většiny druhého velení této organizace se stal počátkem roku 1942 jejím velitelem sám. Úspěšně se mu podařilo obnovit její strukturu, ale nakonec i on byl 22. června 1944 zatčen Gestapem, které jej uvěznilo na Pankráci a opakovaně vyslýchalo v Petschkově paláci. Přes dlouhodobé mučení neprozradil své spolupracovníky a 5. května 1945 byl z věznice osvobozen pražskými povstalci. Navzdory zdravotnímu stavu podlomenému následky týrání se zapojil do řízení operací povstaleckého velitelství „Alex“, jemuž do té doby velel generál František Slunečko.