אנה נולדה ב-7 ביולי 1528 בפראג, לפרדיננד הראשון, מלך בוהמיה והונגריה, ולאנה, נסיכת בוהמיה והונגריה בתו של אולסלו השני, מלך בוהמיה והונגריה ואן דה פואה. בצעירותה התארסה אנה עם תאודור מבוואריה, בנו של וילהלם הרביעי, דוכס בוואריה, ולאחריו עם שארל השני, דוכס אורליאן, בנו של פרנסואה הראשון, מלך צרפת, אולם שניהם מתו צעירים. לבסוף, ב-4 ביולי 1546 התחתנה עם אלברכט מבוואריה, כחלק מברית שכרת דודה קרל החמישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה לפני שיצא למלחמה השמלקלדית. נישואי השניים היו מאושרים, ונולדו להם 7 ילדים.