À la fin de l'ère Comnène, le poste voit son importance grimper fortement. Dans l'armée des Comnènes, le détenteur du poste est le second personnage le plus important de l'armée après le grand domestique et est l'équivalent du maréchal occidental selon Nicétas Choniatès. Sous Manuel Ier Comnène, le protostrator Alexis est l'un des personnages majeurs du règne, il est marié à une fille du frère de l'empereur, participe à de nombreuses campagnes et à la mort de Manuel, il devient l'amant de la régente Marie d'Antioche. Le poste de protostrator continue d'exister sous les Paléologues jusqu'à la chute de Constantinople en 1453. Il reste l'une des dignités les plus importantes de l'empire, classé à la huitième place, bien qu'à partir de la fin du , de multiples personnes peuvent le détenir. Sur le plan cérémoniel, il continue d'être un proche de l'empereur, l'assistant quand il monte à cheval et tenant la bride de sa monture quand il se déplace dans le palais. De plus en plus couramment, le protostrator se retrouve à la tête d'une armée, à l'image d'Alexis Philanthropénos. Il semble que le dernier grand personnage à s'être vu conférer ce titre est le Génois Giovanni Giustiniani qui vient en aide à Constantinople lorsqu'elle est assiégée en 1453.