Posteriormente, durante a guerra civil, a Boali também apoiaria as operações do exército regular centro-africano sob o regime de François Bozizé, no contexto mais amplo da MINURCAT, contra os rebeldes da União das Forças Democráticas pela Reunificação (UFDR). Foi o caso, por exemplo, em dezembro de 2006 das cidades de Birao, Ouanda Djallé e Sam Ouandja após serem ocupadas durante um mês pelos rebeldes da UFDR.