על אף שחווה סדרת פציעות שמנעו ממנו לשחק באופן סדיר, ולא רשם הופעה בינלאומית במשך כשנה, זומן מולר על ידי קון לסגל השווייצרי לטורניר יורו 2008, אותו אירחה שווייץ יחד עם אוסטריה. מולר ציין את חזרתו לנבחרת בצמד משחקי ידידות מוצלחים טרם הטורניר, בהם פתח בהרכב. בטורניר עצמו פתח מולר ושיחק לאורך כל שלושת משחקיה של שווייץ, שעל אף היותה המארחת, סיימה את שלב הבתים במקום האחרון. ההפסדים 1-0 ל ו-2-1 ל חרצו את גורל הנבחרת, שסיימה את הטורניר בניצחון 2-0 על .