Зисис има изузетно успешну каријеру са репрезентацијом Грчке. У млађим категоријама је дошао до три медаље на Европским првенствима - сребра са кадетима 1999, бронзе са јуниорима 2000. и злата са селекцијом до 20 година 2002, а поред тога освојио је сребрну медаљу на Медитеранским играма 2001. године. Са сениорима је постигао највећи могући успех у континенталној конкуренцији освајањем Европског првенства 2005. у Србији, а те године ФИБА га је прогласила и најбољим младим играчем Европе. И на Евробаскету 2009. је узео медаљу - овога пута бронзану. На Светском првенству 2006. био је део тима који је стигао до сребра, што је и највећи успех грчког националног тима у историји овог такмичења.