לאחר הרסטורציה, ספקות הפרוטסטנטים לגבי מידת המחויבות של צ'ארלס השני לדת המתוקנת ולריסון הנטיות הקתוליות בכנסייה, היו נושא פוליטי מרכזי ומעורר מחלוקת בממלכה. כמו אביו הוא נישא לאישה קתולית, קתרינה, נסיכת פורטוגל. כמו כן, הוא שיתף פעולה עם צרפת הקתולית במלחמה מול הרפובליקה ההולנדית הפרוטסטנטית. לפרקים, המלחמה הביאה להצלחות לאומיות ולפרצי פטריוטיות, אך היא נתפסה גם כעדות לחוסר המחויבות של המלך לדת הרשמית. בנוסף היא הביאה להיחלשות הכוחות הפרוטסטנטים באירופה. לאחר השרפה הגדולה של לונדון נפוצו שמועות אודות הצתה מכוונת בידי קתולים. שמועות אלה קיבלו משנה תוקף כששען צרפתי בשם רובר הובר מסר הודאת שווא לפיה הצית את השריפה בשליחות האפיפיור. ב-1672 המלך הוציא צו מלכותי שאמור היה להרחיב את הסובלנות הדתית, כלפי קתולים ופרוטסטנטים לא-אנגליקנים כאחד, ולבטל ענישה כנגדם. הפרלמנט הצליח לבטל למעשה את הצו.