Hänet tuomittiin Tokion kansainvälisessä sotarikostuomioistuimessa elinkautiseen vankeuteen sotarikoksista. Hänet todettiin syylliseksi "tietoisesta velvollisuutensa täyttämättä jättämisestä". Syyte pohjautui siihen, että Koison pääministerikaudella oli tiedossa japanilaisten joukkojen syyllistyminen julmuuksiin rintamilla ja miehitysalueilla. Muun muassa lokakuussa 1944 hänen ulkoministerinsä oli kertonut liittoutuneiden sotavankien kohtelussa olleen "paljon toivomisen varaa". Hän kuoli vankeudessa.