Die Macht lag seitdem in den Händen der südlichen Whampoa-Clique, jenes seit 1924 in der Militärakademie Whampoa (Huangpu, bei Kanton) ausgebildeten neuen Offizierskorps der nationalistischen Kuomintang-Armee. Doch schon 1931 besetzte die japanische Armee nach dem Mukden-Zwischenfall und der Mandschurischen Krise Nordostchina (Marschall Zhang Xueliang leistete auf Chiang Kai-sheks Anweisung keinen Widerstand) und errichten dort 1932 den Marionettenstaat Mandschukuo unter Puyi (1935 einen weiteren Staat namens Mengjiang in der Inneren Mongolei). Viele ehemalige Offiziere Zhang Zuolins liefen zu den Japanern und Mandschuren über, nur einige wenige Generale seines Sohnes und Nachfolgers kämpften kurzzeitig als Armeepartisanen gegen die Japaner (Ma Zhanshan, Ding Chao, Wang Delin, Li Hai-Ching). Zusammen mit den Resten der Letzteren und den Kommunisten formte Feng Yuxiang 1933 in der Inneren Mongolei die „Alliierte Antijapanische Armee“, konnte sich ab 1935 jedoch innerhalb derselben nicht mehr gegen die Kommunisten durchsetzen. Als die Japaner 1935 auch in Peking und der Provinz Shandong einen Separatstaat (Ost-Hebei) errichten wollten, zwangen Zhang Xueliang und Yan Xishan 1936 stattdessen Chiang Kai-shek zu einem Bündnis mit den Kommunisten der Sowjetrepublik von Yan’an (Provinz Shaanxi), siehe Zwischenfall von Xi’an. Bald aber schon kam es Japanisch-Chinesischen Krieg und zum Chinesischen Bürgerkrieg zwischen Kuomintang und Kommunisten.