שול לא זומן לסגל הגרמני למונדיאל 1998 בגין פציעה, אך לקח חלק בגביע הקונפדרציות 1999, ממנו הודחה גרמניה כבר לאחר שלב הבתים. שול זומן לסגל הגרמני ליורו 2000, שגם בו כשלה גרמניה והודחה בשלב הבתים, לאחר הבקיעה שער אחד בלבד, מרגלי שול, בתיקו 1-1 מול נבחרת רומניה. הופעתו האחרונה של מהמט שול במדים הלאומיים נערכה במשחק ידידות בפברואר 2002 מול נבחרת ישראל, בו ניצחה גרמניה בתוצאה 7-1. לאחר מכן, שול החמיץ את מונדיאל 2002 בגין פציעה, ולכן לא לקח חלק בהגעתה של הנבחרת הגרמנית עד הגמר. שול לא חזר לשחק בנבחרת לאחר מכן.