In der Folge entstanden auf der immer noch geteilten Insel zwei Dörfer: Billdorf im westlichen und Loogdorf im östlichen Teil von Juist. Beide erhielten wegen der Länge der Insel auf fürstlichen Befehl und nach einem Vorschlag des Amtsverwalters in Norden je ein eigenes bescheidenes Kirchengebäude. Diese glichen sich sogar in ihren Dimensionen; ihre Grundfläche betrug etwa 10 × 7 m und sie hatten keinen Turm. Da die kleine Gemeinde nicht imstande war, den Kirchbau selber zu bestreiten, wurde hierfür eine allgemeine Sammlung im Fürstentum Ostfriesland veranstaltet. Die Hauptkirche war diejenige im westlichen Billdorf. 1717, nur zwei Jahre später, zerstörte die Weihnachtsflut neun der 18 Häuser im Billdorf sowie die dortige Kirche. Der Rest der Häuser wurde schwer beschädigt. 28 Menschen ertranken. Die Kirche im Loog blieb unversehrt. Billdorf wurde anschließend nicht wieder aufgebaut. Die Ruine der Kirche stand unbenutzt noch bis 1731. Die Überlebenden zogen in das Loogdorf, wo sie 1742 einen neuen Friedhof errichteten. Bis zu diesem Zeitpunkt waren bereits vier Gotteshäuser errichtet und drei vernichtet worden. Der wirtschaftliche Wohlstand der Insulaner war mehr und mehr gesunken. Die Haupterwerbszweige Land- und Viehwirtschaft wurden dadurch eingeschränkt, dass fruchtbares Acker- und Wiesenland durch Hochwasser und Sandwehen verloren ging. Der Viehbestand musste immer mehr verringert werden. 1749 bewohnten 327 Einwohner, die sich auf 47 Häuser verteilten, die Insel. Die meisten Männer fuhren nun zur See und verdienten auf Handels- oder Walfangschiffen ihren Unterhalt. In den folgenden Jahren wanderte das Dorf weiter nach Osten, dadurch dass die Bewohner nach und nach ihre Häuser abbrachen und weiter östlich wieder aufbauten. Circa 1770 bis 1780 hatten die meisten Insulaner sich in dem neuen Hauptdorf angesiedelt.