Johnson førte en brigade i Army of Mississippi i slaget ved Shiloh, og på 2. dagen blev han leder af en division, men blev alvorligt såret da en artillerigranat sprang. Efter at være blevet rask første han sin brigade i Braxton Bragg's invasion af Kentucky og slaget ved Perryville efterfulgt af Slaget ved Stones River, Slaget ved Chickamauga, samt under James Longstreet i Slaget ved Fort Sanders.