Dopo una serie di esercizi di intercettazione che si estesero lungo la costa della California e al largo delle Hawaii, la "Kitty Hawk" salpò nuovamente per l'Estremo Oriente. Mentre si avvicinava al Giappone, il capitano apprese che un assassino aveva sparato al presidente Kennedy. Le bandiere erano a mezz'asta quando la nave entrò nel porto di Sasebo il 25 novembre 1963, il giorno del funerale del Presidente. Dopo aver navigato nel Mar Cinese Meridionale e aver raggiunto le Filippine, la nave è tornata a San Diego il 20 luglio 1964.