Nach dem Ende seiner Zeit im US-Repräsentantenhaus war Joseph Nicholson in Maryland als Richter am Maryland Court of Appeals tätig. Im Jahr 1812 war er während des Britisch-Amerikanischen Kriegs an der Verteidigung von Fort McHenry beteiligt. Er starb am 4. März 1817 und wurde auf seinem Anwesen "Wye House" nahe Easton beigesetzt.