По времето на Византия, подземният град е съществено разширен и вкопан по-надълбоко, тъй като е използван за защита от мюсюлманските арабски нападения през четирите столетия на Арабско-византийски войни (780-1180 година). Подземният град Каймаклъ е свързан с подземния град подземния град Деринкую с километрични тунели. Някои от находките, открити в двете подземни селища, са отнесени към средновизантийския период, между V и X век. Двата града продължили да се ползват от християнското население за закрила и от монголските нашествия през XIV век.