Pendant le règne de Guillaume et de Marie, il sert comme Lord High Admiral (1689) puis comme "First Lord of the Admiralty" (1689-1690). Torrington joue un rôle important pendant la guerre de la Ligue d'Augsbourg, commandant les flottes anglaises et hollandaise contre la marine royale française lors de la bataille de "Beachy Head" (), une sérieuse défaite pour la flotte alliée. Accusé de traîtrise et d'incompétence, il est emprisonné dans la Tour de Londres en attendant de passer devant le conseil de guerre de Chatham, pour avoir échoué à soutenir l'escadre hollandaise de l'amiral Evertsen.