24 березня 1999 року НАТО розпочало військову операцію проти Югославії, якій було присвоєно назву «Союзна сила». Причинами для застосування сили стали ситуація в Косові та відхилення натівського ультиматуму югославським керівництвом. В перший день операції 26 F-15E зі складу 492-ї і 494-ї ескадрилей завдали ударів по югославських ЗРК, радарах раннього попередження та інших об'єктах ППО. «Ударні орли» діяли з італійської авіабази Авіано та британської . Бойові вильоти зазвичай тривали по 7,5 годин, включаючи два дозаправлення в повітрі. F-15E могли в одному вильоті нести зброю класу «повітря-повітря» та «повітря-земля», що давало змогу виконувати в одному вильоті повітряне патрулювання та ударні завдання.