V roce 1928 byl s několika dalšími odhalen a zatčen za činnost pro komunistickou stranu. Nelegálně se tehdy pokoušel přejít jugoslávsko-rakouskou hranici ve snaze odcestovat na jednání do Moskvy. Následně byl převezen do Bělehradu, kde s ním byl uskutečněn soudní proces. V něm Hebrang přiznal, že je komunista, nicméně zatajil členství v komunistické straně. Nakonec byl odsouzen na trest odnětí svobody na 12 let, které si měl odpykat ve věznici v Lepoglavě a ve Sremské Mitrovici. Propuštěn na svobodu byl v roce 1941, kdy se stal členem Ústředního výboru Komunistické strany Chorvatska. V roce 1944 byl z funkce po osvobození Bělehradu odvolán a převelen do jugoslávské metropole.