В ходе битвы на Шелони новгородская армия была наголову разгромлена. Потери новгородцев составили 12 тысяч человек, около двух тысяч человек попало в плен; Дмитрий Борецкий и ещё трое бояр были казнены. Город оказался в осаде, среди самих новгородцев взяла верх промосковская партия, начавшая переговоры с Иваном III. 11 августа 1471 года был заключён мирный договор, согласно которому Новгород обязывался выплатить контрибуцию в 16 000 рублей, сохранял своё государственное устройство, однако не мог «отдаватися» под власть литовского великого князя; великому князю московскому была уступлена значительная часть обширной Двинской земли. Одним из ключевых вопросов отношений Новгорода и Москвы стал вопрос о судебной власти. Осенью 1475 года великий князь прибыл в Новгород, где лично разобрал ряд дел о беспорядках; виновными были объявлены некоторые деятели антимосковской оппозиции. Фактически в этот период в Новгороде складывается судебное двоевластие: ряд жалобщиков направлялись непосредственно в Москву, где и излагали свои претензии. Именно эта ситуация и привела к появлению повода для новой войны, закончившейся падением Новгорода.