Es ist nicht bekannt, ob die 1940 fertiggestellte Gesandtschaft noch vor der Besetzung Dänemarks durch die Wehrmacht (9. April 1940) an den dänischen Gesandten übergeben wurde. Die diplomatischen Liegenschaften der von Deutschland annektierten oder zerschlagenen Länder wurden gemeinhin als „Beute“ behandelt: so fielen Sowjetische Botschaft und Jugoslawische Gesandtschaft an das Reichsministerium für die besetzten Ostgebiete. Die dänische Gesandtschaft blieb hingegen in dänischer Hand. Noch 1943 vermerkt das Berliner Adressbuch unter der damaligen Adresse Tiergartenstraße 48 die Gesandtschaftskanzlei Dänemarks. Der dänische Gesandte in Berlin war ab 1941 bis zum Ende des Zweiten Weltkriegs Otto Carl Mohr, Generalsekretär im dänischen Außenministerium. Mohr galt deshalb nach Kriegsende keinesfalls als Kollaborateur, im Gegenteil: Er war an der Rettungsaktion der Weißen Busse beteiligt und wurde nach 1945 mit dem Dannebrog-Orden ausgezeichnet.