Das Colégio wurde vom Bistum Dili 1983 vom Priesterseminar Nossa Senhora da Fatima abgetrennt. 1993 wurde die Schule an die Jesuiten übergeben. 1999 hatte die Schule 350 Schüler und 42 Lehrer. Während der Unruhen während des Unabhängigkeitsreferendums im August 1999 wurde die Schule zu einem Flüchtlingslager in dem 5.000 Menschen Zuflucht suchten. Nach der Krise waren nur noch 252 Schüler und vier Lehrer übrig geblieben. 2003 hatte die Schule wieder 280 Schüler, zehn Vollzeit- und 16 Teilzeitlehrer.