Ante el avance moscovita la mayoría de los boyardos propugnaban la unificación con el Gran Ducado de Lituania. Este grupo era llamado el “partido lituano”, y era liderado por Marfa Borétskaya, viuda del "posádnik" (alcalde) Isaac Boretsky. A iniciativa de este partido las autoridades de la ciudad invitaron al príncipe Mijaíl Olékovich y le propusieron desposar a Marfa Borétskaya y conducir la República. El gobierno de Nóvgorod también realizó una alianza con Casimiro IV Jagellón, Gran Duque de Lituania. La perspectiva de una nueva alianza, con el Reino Unido de Polonia y el Gran Ducado de Lituania, causó gran conmoción entre el pueblo de la república. Las autoridades moscovitas trataron de sacar partido de las discordias dentro de la República y le declararon la guerra. El ejército moscovita consiguió una victoria decisiva en la Batalla de Shelón (1471), aunque Nóvgorod pudo mantener una limitada independencia formal por 7 años más. En 1478, Iván III envió su ejército a sitiar Nóvgorod: el sitio terminó con una masacre de la población y la destrucción del "veche" (asamblea popular) incluyendo su biblioteca y sus archivos. La campana con la que se convocaba el veche, el símbolo de la independencia de Nóvgorod, fue llevada a Moscú. Este hecho se considera el acto final de la República de Nóvgorod.