Остальные 46 команд принимали участие в отборочных матчах. Так как Кубок африканских наций 2013 пройдет уже на следующий год после Кубка африканских наций 2012, что связано с переходом на проведение турниров в нечётные годы, отборочный турнир к нему был проведён в укороченном формате из трёх раундов, представляющими собой плей-офф из двух матчей: