Po 2. světové válce se politicky angažoval ve prospěch KSČ a zřekl se svých dřívějších strukturalistických „pochybení“, což mu umožnilo, aby se v roce 1948 stal rektorem Univerzity Karlovy a zůstal jím až do roku 1954. Toto období je spojeno s vypovězením řady kvalitních pedagogů, na němž měl Mukařovský také svůj podíl. Dne 25. února 1948 podepsal výzvu prokomunistické inteligence "Kupředu, zpátky ni krok" podporující komunistický převrat.