В 2009 году в составе молодёжной сборной Парагвая Бенитес принял участие в молодёжном чемпионате Южной Америки в Венесуэле. В том же году Сесар принял участие в молодёжном чемпионате мира в Египте. На турнире он сыграл в матчах против сборных Италии, Египта, Тринидада и Тобаго и Южной Кореи.