В годы Великой Отечественной войны Хрущёв был членом военных советов Юго-Западного направления, Юго-Западного, Сталинградского, Южного, Воронежского и 1-го Украинского фронтов. В мае 1942 г. Хрущев безуспешно пытался убедить Сталина остановить наступление в районе Харькова, продолжение которого привело к поражению советских войск. Хрущёв вместе с Голиковым воплощали в жизнь решение Ставки о наступлении Юго-Западного фронта. 12 мая 1942 года наступление началось, однако Южный фронт вскоре начал отступать, так как из Краматорск-Славянского района начала наступление танковая группа Клейста. Затем фронт был прорван, началось отступление к Сталинграду, по пути было потеряно больше дивизий, чем во время летнего наступления 1941 года. 28 июля уже на подступах к Сталинграду был подписан Приказ № 227, называемый «Ни шагу назад!». Потеря под Харьковом обернулась большой катастрофой — Донбасс был взят, мечта немцев казалась реальностью. Отрезать Москву в декабре 1941 года немецким войскам не удалось, встала новая задача — отрезать волжскую дорогу нефти.