Bixente Lizarazu dispute son premier match professionnel en Division 1 le lors d'un match opposant le SM Caen aux Girondins de Bordeaux. En 1992, il est sacré Champion de France D2 avec Bordeaux. Trois ans plus tard, il remporte la Coupe Intertoto en 1995. Cette victoire leur permet de se qualifier en coupe UEFA, compétition dans laquelle ils seront finalistes en 1996. Avec le Bayern Munich, il est sacré six fois champion d'Allemagne en 1999, 2000, 2001, 2003, 2005 et 2006. Avec ce même club, il réalise notamment le doublé à quatre reprises en remportant la Coupe d'Allemagne en 1998, 2000, 2003, 2005 et 2006. Il accroche aussi à son palmarès cinq coupes de la Ligue allemande en 1997, 1998, 1999, 2000 et 2004. Sur le plan international, Bixente Lizarazu remporte la Ligue des champions en 2001 ainsi que la Coupe intercontinentale la même année. Enfin, il est finaliste de la Supercoupe de l'UEFA également en 2001.