Рождение Джеймса Фрэнсиса Эдуарда сопровождалось скандалом и обвинением королевской четы со стороны протестантов в подмене умершего принца другим ребёнком. Это, а также непопулярная религиозная политика Якова II, привело к свержению короля и бегству королевской четы во Францию. Здесь Мария, прозванная якобитами (сторонниками Якова II) «королевой за морем», вместе с супругом поселилась в Сен-Жерменском дворце под покровительством французского короля Людовика XIV. Во Франции в 1692 году «королева за морем» родила своего последнего ребёнка — дочь Луизу Марию — и овдовела девять лет спустя. После смерти супруга Мария была названа регентом при сыне, ставшим претендентом на трон под именем Якова III. Она много времени проводила в монастыре Шайо и помогала сторонникам сына и покойного мужа. В 1712 году в результате болезни скончалась дочь Марии, а ещё через год Джеймс Фрэнсис Эдуард лишился поддержки Людовика XIV и был выслан из Франции. Бывшая королева умерла после длительной болезни в 1718 году.