На південній стороні від хорів розташований двоповерховий клуатр, який лінгвістично розрізняють як «високий» і «низький» клуатр. Низький був завершений близько 1260 р., високий — між 1265 і 1270 роками. У катакомбах нижньої частини можна розпізнати побачити поземний план колишнього романського собору. Довжина сторони майже квадратного і не зовсім прямокутного клуатра становить 40 метрів. З 1323 року у високій частині були дозволені поховання; ці поховання сьогодні є основними цінностями клуатру. Від східної галереї можна потрапити в інші каплиці цього багатогранного соборного комплексу Бургоса, зліва направо: каплицю святого Івана Хрестителя (каплицю Предтечі), каплицю святої Катерини, каплицю Тіла Христового, з якої можна перейти до зали духовенства. Всі чотири каплиці сьогодні є виставковими залами.