2004年，马良行进入男足，执教珠海中邦，并一举带队冲入了中国足球超级联赛。2005年中邦迁移到上海，马良行率队获得了中超联赛第11名的成绩。2005年11月，马良行再次执教中国女足，但是在2007年初与中国足协发生矛盾，最终被解除职务。中国队之后在外籍教练多曼斯基的带领下参加了2007年女足世界杯，不过仍然在八强中失利，马良行在电视赛事转播中担任了一些场次的评论，不过明确表示不会评论中国队和中国队的比赛。