המלחמה החלה בשנת 1837, אז נחתמה החוקה של הקונפדרציה, ולאחר שנה נכנעה ארגנטינה והכריזה על הפסקת אש. צ'ילה המשיכה להילחם ובתחילה היה נראה כי הקונפדרציה תנצח, לאחר שורה של ניצחונות בוליביאנים בקרבות קטנים. אך אז, בזכות כוחות המורדים הפרואנים, הצליחה צ'ילה לאגף את צבא הקונפדרציה מצפון וכבשה את לימה. בשנת 1839 נכנעה הקונפדרציה וסנטה קרוז נשלח לגלות באקוודור. צ'ילה שחררה את בוליביה תוך זמן קצר, ואת פרו החזיקה לפרק זמן ממושך יותר, בו נבזז רכוש פרואני רב על ידי הכוחות הכובשים. בסופו של דבר גם פרו שוחררה אך נקלעה במהירות למלחמת ספרד–אמריקה הדרומית.