Sélectionné pour la première fois sur le tard (à 29 ans), Nanninga ne connaîtra que 15 capes (6 buts) entre 1978 et 1981. Il disputera trois rencontres lors de la phase finale du Championnat d'Europe des nations 1980. Il connaîtra sa dernière sélection et son dernier but le 22 février 1981 contre Chypre lors d'un match des Éliminatoires de la Coupe du monde 1982.