В 1966 году Гаррисон начал расследование убийства Джона Кеннеди. Несколько свидетелей дали показания о том, что существовал заговор с участием бывшего частного детектива и пилота гражданской авиации Дэвида Ферри и бизнесмена Клея Шоу, которые планировали убийство президента и с которыми был знаком Ли Харви Освальд. Ферри умер до суда, как было установлено, от естественных причин (хотя смерть вскоре после утечки в прессу информации о расследовании и обнаруженные предсмертные записки породили почву для слухов о самоубийстве или убийстве), поэтому обвинение было предъявлено только Шоу. По версии Гаррисона убийство было организовано группировкой, объединявшей ультраправых активистов, подготовленных ЦРУ диверсантов из числа кубинских эмигрантов — противников режима Кастро и бывших и действующих сотрудников ЦРУ. Целью убийства были дестабилизация обстановки внутри страны и изменение курса внешней политики в отношении социалистического лагеря на более жёсткий. Гаррисон отвергал выводы комиссии Уоррена о том, что смертельный выстрел был сделан Освальдом, и считал, что убийство было совершено несколькими профессионалами, стрелявшими с разных точек, и доказательства против Освальда были сфальсифицированы, после чего от него избавились.