Willem IV werd een van de hevigste tegenstanders van de Reformatie, die hij in zijn land niet toeliet. Samen met keizer Karel V nam hij in 1546-1547 aan de Schmalkaldische Oorlog deel, maar slaagde er niet in het keurrecht van de Palts naar Beieren te brengen. De universiteit van Ingolstadt had hij, dankzij de jezuïeten tot een speerpunt van het katholicisme ontwikkeld.