Ante este cambio, Gates se tornó partidario de Jrushchov y se opuso a la intervención soviética en Hungría en 1956, lo cual le enfrentó a los líderes conservadores del CPUSA; más todavía cuando tras las persecuciones del macarthismo, el CPUSA enfrentaba un descenso de militantes obreros e intelectuales como consecuencia de los sucesos de Hungría. La jefatura del CPUSA, al mando de Eugene Dennis, suspendió la publicación del "Daily Worker" en diciembre de 1957 como medio de silenciar a Gates, y al mes siguiente éste renunció al CPUSA al declarar que el partido "cesó de ser una fuerza por la democracia, la paz y el socialismo". Gates empezó a escribir sus memorias y postulando que los fracasos del CPUSA ocurrieron por su incapacidad para actuar independientemente de la URSS, lo cual influyó en su decisión de dimitir aunque sin renunciar al socialismo.