Становішча імператара Рудольфа II было сур'ёзна падарвана канфліктамі ўнутры Габсбургскага дому, няўдачамі ў аўстра-турэцкай вайне 1593—1606 гадоў і паўстаннем Іштвана Бочкаі, якое ўспыхнула ў Венгрыі. У 1608 годзе Рудольф II быў вымушаны адмовіцца ад Аўстрыі, Венгрыі і Маравіі, пакінуўшы за сабой толькі імператарскі тытул і Чэхію, якой ён падаў шырокую ўнутраную аўтаномію (Грамата Вялікасці, 1609), якая спрыяла развіццю радыкальных пратэстанцкіх плыней і абвастрэнню канфесійнага канфлікту. Аслабленне імператарскай улады і развал урадавых інстытутаў прывёў да фарміравання альтэрнатыўных структур: пратэстанцкія князі ў 1608 годзе арганізавалі Евангелічную унію, а каталікі ў 1609 годзе заснавалі Каталіцкую лігу. Процістаянне паміж канфесіямі няўхільна паглыблялася, пакуль у 1618 годзе ў Празе не ўспыхнула паўстанне супраць новага імператара і караля Чэхіі Фердынанда II. Мяцеж быў падтрыманы Евангелічнай уніяй, у канфлікт уключыліся прадстаўнікі абодвух канфесійных лагераў Германіі, а затым і замежныя дзяржавы, у выніку чаго пачалася Трыццацігадовая вайна.