Wybrany na prezydenta w październiku 2000 roku. W 2002 roku doszło do I wojny domowej między prezydentem Gbagbo a rebeliantami z Nowych Sił. Na czele trwającej do 2007 roku rebelii stanął Guillaume Soro. Wojna zakończyła się zwycięstwem rządu, a na skutek ugody Guillaume Soro został premierem. Powodem wybuchu wojny domowej była polityka Gbagbo, która opierała się na nacjonalizmie. Prezydent dyskryminował mieszkających na północy muzułmanów o zagranicznym pochodzeniu (napłynęli głównie z Burkina Faso), którzy stanowili 1/4 społeczeństwa. W kolejnych wyborach prezydenckich w listopadzie 2010, według oficjalnych wyników ogłoszonych przez komisję wyborczą przegrał z Alassane Ouattarą, jednak nie zaakceptował przegranej i nie zrezygnował z urzędu, co zapoczątkowało kryzys polityczny i okres dwuwładzy w kraju, który w lutym 2011 przerodził się w wojnę domową. 11 kwietnia 2011 Gbagbo został pojmany w Abidżanie przez siły wierne Ouattarze i zabrany do hotelu Golf, gdzie mieści się siedziba władz.