Roztocze jest częścią kredowej antykliny, przykrytej osadami lodowcowymi podczas zlodowaceń plejstoceńskich. Zlodowacenie północnopolskie pozostawiło na nim duże ilości osadów typu lessowego, zasypując strukturę Podlesie, która została odsłonięta wskutek erozji w holocenie. Wyniki uzyskane z wierceń wskazują, że struktura jest głębsza niż widoczne obecnie zagłębienie i w okresie zlodowaceń środkowopolskich znajdowało się tam bezodpływowe jezioro, którego poziom sięgał powyżej obecnie istniejącej bramy – zatem pierwotnie struktura była zamkniętym zagłębieniem terenu. Wał krateru mógł zostać zniszczony przez lodowce.