בשנים שלאחר מכן גיבשה העיר את מעמדה כבירה כלכלית; עם קריסת בורסת המניות בניו יורק ב-1929, אף לא בנק אחד קרס בסן פרנסיסקו. להפך, בשיאו של השפל הגדול החליטה העיר לקחת על עצמה שני פרויקטים הנדסיים גדולים - גשר המפרץ בין אוקלנד לסן פרנסיסקו, וגשר שער הזהב, שהסתיימו ב-1936 וב-1937 בהתאמה. בנוסף לכך, באותה התקופה הוחלט כי הכלא הצבאי הקטן שעל האי אלקטרז יהפוך לכלא פדרלי לעבריינים מסוכנים ביותר, ונכלאו בו אסירים ידועים לשמצה כאל קפונה, ג'ורג' "משינגן" קלי, ורוברט פרנקלין סטראוד, שנודע כאיש הציפורים מאלקטרז. מאוחר יותר חגגה העיר את גדולתה שנרכשה מחדש בתערוכה העולמית של שער הזהב בשנים 1939–1940, וביצירת האי המלאכותי אי המטמון במרכז המפרץ.