Les brigades van néixer amb l'esclat de la Segona Intifada (que també fou coneguda com la Intifada d'Al-Aqsa) en l'any 2000, després dels enfrontaments del 29 de setembre en el Mont del Temple (Esplanada de les Mesquites) de Jerusalem. El nom d'aquest grup està relacionat amb la Mesquita d'Al-Aqsa (en àrab: المسجد الاقصى) (transliterat: Masjid Al-Aqsa), que està situada a Jerusalem, tot i que Fatah és un moviment laic.