而7月21日元朗襲擊事件中，林卓廷及另外6人被控以「暴動罪」。控方指當時林卓廷指示黑衣人「大家千祈唔好褪，頂住佢（白衣人）」，並呼籲月台上市民「企落嚟幫手頂住佢」等行為，加上語帶侮辱地挑釁白衣人，因而構成暴動。同時指出林卓廷不理會警方的勸告，堅持走入元朗。全部被告表示明白控罪，獲准以3000至1萬現金及人事擔保保釋，不准離開香港，要交出旅遊證件，並要到警署報到。控方表示因為案件仍有20人在逃，要求押後案件以待警方進一步調查。法官押後至10月12日再訊。林卓廷批評今次檢控是林鄭政權失去人類基本良知，是政治迫害，醜陋邪惡；許智峯形容今次檢控是「莫須有罪」，強調保護市民是其天職。