Wilhelm Nindemann wurde in Gingst auf Rügen als Sohn von Ernst und Martha Nindemann geboren. Mütterlicherseits entstammte er einer Familie von Seeleuten. Im Alter von 14 Jahren heuerte er bei seinem Onkel in Wittow an, um auf dessen Schoner Nord- und Ostsee zu befahren. Er wechselte mehrmals das Schiff, bevor er auf einem Passagierschiff Dienst tat und einige Male zwischen Antwerpen und New York pendelte. 1867 gehörte er zur Mannschaft der "Meteor", der Jacht des US-amerikanischen Tabakwarenfabrikanten George L. Lorillard (1843–1892), als diese vor der nordafrikanischen Küste sank. Zwar forderte das Unglück keine Opfer, die Schiffbrüchigen gerieten aber in die Gefangenschaft tunesischer Araber, die Lösegeld für ihre Freilassung forderten. 1868 fuhr Nindemann auf der "Hornet", die Waffen und Munition an die kubanischen Aufständischen im Zehnjährigen Krieg gegen Spanien lieferte.