Da den store pest i London spredte sig til Cambridge i 1665, blev universitetet lukket og Newton tog tilbage til gården i Lincolnshire, hvor han udførte eksperimenter i optik og kemi og fortsatte sine matematiske grublerier. Det er denne periode Newton tilskriver sin opdagelse af gravitationskraften (1666). Omkring samme tidspunkt ledte hans studier i optik til forklaringen af det hvide lys' sammensætning, men han tøvede med at offentliggøre sine resultater.