In 1886 werd José Manuel Balmaceda namens de PL gekozen tot president van Chili. Hij was voorstander van enige vorm van overheidsbemoeienis, een goede verhouding tussen kerk en staat en de vereniging van de liberale met de radicale partij. Onder zijn bewind verslechterden de verhoudingen tussen de PL en de PR echter juist aanzienlijk en Balmaceda verloor zijn parlementaire meerderheid. Balmaceda besloot om buiten het parlement om te gaan regeren, maar dit leidde tot een burgeroorlog tussen de regeringstroepen onder Balmaceda en de troepen van het parlement. De regeringstroepen leden een nederlaag en president Balmaceda pleegde zelfmoord. Nadien besloten liberalen en conservatieven tot nauwe samenwerking om te voorkomen dat er weer een autoritaire president aan de macht zou komen. Deze periode die van 1891 tot 1925 zou duren zou de geschiedenis in gaan als de "República Parlamentaria" (Parlementaire Republiek). Bijna alle presidenten in deze periode behoorden tot de PL, maar veel van hen werden gesteund door de conservatieven.