Amb el pas del temps, la presència dels eslaus a l'administració es va convertir en extremadament perillosa per a l'estat otomà, ja que aquests tendien a oferir suport a l'exèrcit dels Habsburg en el context de la guerra entre la Santa Lliga i l'Imperi Otomà. Fins al , el patriarca grec de Constantinoble es va convertir en el líder suprem administratiu i religiós de tots els subdits ortodoxos de l'imperi, independentment de la seva filiació nacional. Tots els patriarques que havien estat independents fins llavors, incloent el patriarcat de Sèrbia, fundat el 1557, passaren a estar sota l'autoritat de l'Església Grega.