Slovenian ja Kroatian erottua Jugoslaviasta vuonna 1991 myös Bosnia-Hertsegovinassa alkoivat kypsyä itsenäistymispyrkimykset. Samalla etnisten ryhmien väliset jännitteet kiristyivät. Kansanäänestyksen jälkeen parlamentti julisti Bosnia-Hertsegovinan itsenäiseksi 5. huhtikuuta 1992. Serbian tukemat bosnian serbit olivat julistaneet oman serbitasavaltansa perustetuksi jo aiemmin 9. tammikuuta, ja alkoi verinen Bosnian sota. Sodan sekavuutta ja väkivaltaisuutta lisäsi kroaattien kääntyminen bosniakkeja vastaan vuonna 1993. Etenkin serbi- ja kroaattijoukot syyllistyivät sotarikoksiin ja etnisin puhdistuksiin, joista suurin oli serbiarmeijan toimeenpanema noin 9 000 srebrenicalaisen miehen ja pojan joukkoteloitus heinäkuussa 1995. Yhdistyneet kansakunnat on tuominnut Srebrenican joukkoteloituksen kansanmurhana. Sota loppui 21. marraskuuta 1995 allekirjoitettuun Daytonin rauhansopimukseen. Vuonna 2007 arvioitiin, että kaikkiaan sodassa kuoli lähes 100 000 ihmistä (vuonna 1994 uhreja oli arvioitu olleen jopa 200 000, mutta tähän arvioon oli laskettu mukaan myös kateissa olleet), ja maasta joutui pakenemaan yli 1,5 miljoonaa, pääosin bosniakkeja.