A keresztes csapatok ezután szétoszlottak és így indultak tovább útjukon. Le Puy-i Adhemar püspök meghalt Antiochiában. Bohemund északon maradt, hogy megvédje újonnan szerzett fejedelemségét, Balduin, Gottfried öccse pedig elhatározta, hogy a Szentföld északi részén szerez magának területet Edessza központtal. A legtöbb csapat azonban folytatni akarta az utat dél felé, Jeruzsálembe, de Toulouse-i Rajmund több lovagot is a saját szolgálatába állított, például Bohemund unokaöccsét, Tankréd lovagot, és már azon is elgondolkodott, hogy folytassák-e a hadjáratot. Pár hónap veszteglés után a maradék keresztesek rákényszerítették Rajmundot az út folytatására, Gottfried pedig gyorsan csatlakozott hozzá. Ahogy vonultak Jeruzsálem felé, a kereszteseknek egy újabb ellenséggel kellett szembe nézniük. Most már nem szeldzsuk területen jártak. Átlépték a Fátimida Kalifátus határát, melynek központja a messzi Kairóban feküdt, Egyiptom szívében. Ez a hatalmas állam szerezte meg a szent várost 1098 augusztusában. A kereszteseknek velük kellett megküzdeniük, hogy elérjék az első keresztes hadjárat végső célját, és megostromolhassák Jeruzsálemet.