12 июня 1956 года Эдсон дебютировал в составе сборной Бразилии в матче Кубка Освалдо Круза с Парагваем, в двух матчевом турнире, где его команда одержала победу. В том же году он помог команде победить в Кубке Атлантики. В 1957 году он поехал на чемпионат Южной Америки, где сыграл все 6 матчей, а его команда заняла второе место. После этого он два года не выходил на поле в футболке сборной страны. В декабре 1959 года он поехал на свой второй чемпионат Южной Америки. Там он провёл все 4 матча, в которых был капитаном сборной. Бразилия заняла на турнире третье место. 27 декабря 1959 года Эдсон провёл свой последний матч за национальную команду, в котором Бразилия победила Эквадор мо счётом 2:1. А сам защитник был в этом матче капитаном сборной страны. Всего за сборную Бразилии Эдсон сыграл 18 матчей.