Beliau dilantik menjadi Menteri Negara bagi Pembangunan Tempatan dalam rombakan kabinet yang diketuai Perdana Menteri Hesham Qandil pada 5 Januari 2013. Beliau menggantikan tempat Ahmed Abdeen yang sebelum ini menjadi menteri. Mohammed Ali merupakan salah seorang daripada lapan anggota FJP yang berkhidmat dalam kabinet selepas rombakan tersebut. Beliau dan menteri FJP yang lain meletak jawatan pada 4 Julai 2013 berikutan rampasan kuasa yang berlaku di Mesir ketika itu. Tempohnya secara rasmi berkahir pada 17 Julai 2013 apabila pemerintahan sementara telah dibentuk.