Dopo l'inizio della guerra d'indipendenza croata, che è datato giugno 1991, Spàlato entrò a far parte della moderna Croazia, che ottenne poi il riconoscimento ufficiale nel 1992, quando fece il suo ingresso nell'ONU. Durante le guerre jugoslave, che scoppiarono nel marzo del 1991 con la guerra d'indipendenza slovena e che portarono infine, con la perdita anche della Bosnia ed Erzegovina, alla formale dissoluzione della Jugoslavia (1992), Spàlato subì ingenti danni, che ebbero i prodromi con la guerra d'indipendenza croata. Quando la Croazia dichiarò l'indipendenza nel 1991, Spàlato ospitava una cospicua guarnigione di truppe dell'esercito jugoslavo, nonché le già citate sedi di istituzioni militari. Ciò portò a uno stallo di mesi tra le forze federali e quelle croate, con frequenti scontri casuali.