En 1204, le sac de Constantinople par les croisés va consommer la rupture. Mais ce sont les innovations doctrinales et canoniques de Rome qui la rendent irréversible (Filioque, Purgatoire, autorité temporelle des papes, célibat des prêtres, inquisition...). À deux occasions, au deuxième concile de Lyon en 1276 et au concile de Florence en 1439, pour obtenir le soutien des armées occidentales contre la conquête musulmane, des empereurs byzantins reconnaissent la primauté du pape de Rome, et tentent de reconstituer la « Pentarchie », mais sont désavoués par la hiérarchie de ce que l’on peut maintenant appeler l’Église orthodoxe. Après la chute de l'empire d'Orient, du au, l'Église occidentale n'aura de cesse que de reconquérir les petites églises en sorte d'isoler les églises orthodoxes.