Menurut "Laporan Akhir Dewan Keamanan PBB (1994)", orang-orang Bosniak terlibat dalam "pelanggaran berat terhadap Konvensi Jenewa dan pelanggaran hukum kemanusiaan internasional lainnya" tetapi mereka tidak terlibat dalam "pembersihan etnis yang sistematis". Jaksa Bosnia mendakwa mantan anggota Tentara Bosnia atas kejahatan terhadap kemanusiaan kepada warga Serbia, guna mengusir mereka dari Konjic dan desa sekitarnya pada Mei 1992. Selama Pengepungan Goražde, pasukan Bosniak mengusir beberapa orang Serbia dari kota itu dan menjadikan warga yang lain sebagai tahanan rumah. Insiden serupa terjadi pada Maret 1993 ketika otoritas Bosniak memulai kampanye untuk mengusir orang-orang Kroasia dari Konjic. Selama Pengepungan Sarajevo, pemimpin paramiliter Bosnia Mušan Topalović dan anak buahnya menculik dan membunuh sebagian besar orang Serbia yang tinggal di dalam dan pinggiran kota Sarajevo sebelum polisi Bosnia membunuh Topalović pada bulan Oktober 1993. Setelah perang, orang Kroasia meninggalkan Vareš secara sukarela, karena takut akan balas dendam dari warga Bosniak. Perginya etnis Kroasia dari Sarajevo, Tuzla, dan Zenica memiliki alasan yang berbeda, dan tidak selalu karena dampak langsung dari tekanan etnis Bosniak.