La République d'Estonie déclare sa neutralité dans la guerre mais tombe sous la sphère d'influence soviétique en raison du pacte Molotov-Ribbentrop et est occupée par l'Union soviétique en 1940. Des arrestations politiques de masse, des déportations et des exécutions suivent. Lors de la guerre d'été, lors de l'opération allemande Barbarossa en 1941, les Frères de la forêt, pro-indépendance, prennent le sud de l'Estonie au NKVD et à la armée avant l'arrivée de la armée allemande. Dans le même temps, les bataillons de destruction paramilitaires soviétiques mènent des opérations punitives, y compris des pillages et des meurtres, sur la base de la tactique de la terre brûlée proclamée par Joseph Staline. L'Estonie est ensuite occupée par l'Allemagne et incorporée au Reichskommissariat Ostland.