Pierwsza cerkiew na terenie dawnej wsi Chowrino powstała w końcu XVI w. Jej patronem był św. Jerzy Zwycięzca. Budowla sakralna została spalona w okresie wielkiej smuty. W XVII w. w miejscowości powstały dwie nowe świątynie – cerkiew św. Mikołaja z drugim ołtarzem św. Jerzego (wzniesiona w 1646) oraz cerkiew Ikony Matki Bożej „Znak” z ołtarzami św. Sergiusza z Radoneża oraz trzech metropolitów moskiewskich Piotra, Aleksego i Jonasza (z 1682). Murowaną cerkiew Ikony Matki Bożej „Znak” wzniosła w Chowrinie Sofja Gołowina, wdowa po generale-feldmarszałku Fiodorze Gołowinie, w XVIII w. W latach 1749 oraz 1753–1754 cerkiew powiększono o dwa ołtarze boczne – św. Mikołaja oraz św. Sebastiana i Towarzyszy. Kolejną rozbudowę świątyni planował N. Oboleński, który wcześniej nabył majątek Chowrino, jednak plany te uniemożliwiła wojna francusko-rosyjska 1812 r. W czasie konfliktu cała posiadłość została zniszczona, a cerkiew zbezczeszczona. Po zakończeniu walk Oboleński sfinansował przebudowę ołtarza św. Mikołaja, który – podobnie jak ołtarz główny – został następnie powtórnie poświęcony. Z powodu braku funduszy na odbudowę spalonej posiadłości, sprzedał następnie Chowrino Stołypinom, którzy początkowo nie przejawiali większego zainteresowania cerkwią. Dopiero po jakimś czasie postanowili ją odremontować, co pozwoliło przywrócić budynek do użytku liturgicznego.