Während des Siebenjährigen Krieges nahm er an den Schlachten von Lobositz, Prag, Breslau, Leuthen, Zorndorf, Kay, Torgau und Freiberg. Für Torgau erhielt Kowalski den Orden Pour le Mérite. Ferner kämpfte er bei der Belagerung von Anklam und bei der Einnahme der Peenemünder Schanzen. In der Zeit wurde er am 19. März 1757 Major, am 16. April 1762 Oberstleutnant und am 19. November 1762 Kommandeur des Infanterieregiments „von Braunschweig-Bevern“. Am 23. Mai 1767 wurde er Oberst und am 2. Februar 1771 Chef des Garnisonsregiments Nr. 7. Bis zum 20. Mai 1787 stieg Kowalski schließlich zum Generalleutnant auf. Am 6. Mai 1788 erhielt er seine Demission, da das Regiment aufgelöst wurde.