Do tính chất này, khi cuộc đảo chính ngày 11 tháng 11 năm 1960 nổ ra, mặc dù Chỉ huy trưởng Biệt động quân là Thiếu tá Lữ Đình Sơn bị 2 cấp phó là Thiếu tá Phan Trọng Chinh và Đại úy Phan Lạc Tuyên tước quyền chỉ huy và nắm lấy quyền điều động một số Đại đội Biệt động quân gần Đô thành Sài Gòn tham gia đảo chính, hầu hết các đơn vị Biệt động quân khác vẫn thuộc quyền của các đơn vị Sư đoàn và Tiểu khu, vẫn trung thành với Tổng thống Diệm và tham gia hành quân phản đảo chính. Nhờ vào hành động này mà Thiếu tá Lữ Đình Sơn không bị truy cứu trách nhiệm và vẫn được giữ chức Chỉ huy trưởng cho đến năm 1962.