Der Name Toltén stammt vom mapudungun „Trol tren“ und bedeutet in etwa so viel wie "lautmalerische Stimme". Bereits im 17. Jahrhundert wurde die Ortschaft Toltén von den spanischen Kolonialisten gegründet, jedoch erst im Zuge der Befestigung der Region Araukanien Ende des 19. Jahrhunderts wurde die Kommune verstärkt besiedelt. 1866 wurde die Stadt Toltén schließlich offiziell gegründet. In den folgenden Jahren erlebte sie einen wirtschaftlichen Aufschwung, der durch die Anbindung an die Eisenbahn 1952 nochmal verstärkt wurde. Die zentralen Wirtschaftsquellen der Stadt waren damals die Landwirtschaft und die Fischerei. Allerdings wurde im Zuge des Erdbeben von Valdivia 1960 die Stadt zunächst evakuiert und später fast vollständig zerstört. Im Nachhinein wurde die neue Hauptgemeinde, Nueva Toltén, am selben Ort aufgebaut.