Under Marylandkampagnen i september 1862 var Archer syg, hvilket tvang ham til at lede sin brigade fra en ambulance, da han var for syg til at ride. Hans mænd gennemførte en forceret march fra Harpers Ferry og ankom i Sharpsburg på venstre flanke af Unionens 11. Korps. I et indædt angreb drev Archer fjenden tilbage og generobrede et konfødereret artilleribatteri. Tre dage senere i Slaget ved Shepherdstown anførte Archer og brigadegeneral William Dorsey Pender et angreb som drev en forfølgelsesstyrke fra Unionen tilbage over Potomac-floden, hvilket gav Lees hær mulighed for at slippe bort ind i Virginia. Trods hans fortsat dårlige helbred bidrog Archers lederskab til sejrene i slagene ved Fredericksburg og Chancellorsville.