В 1808 году Курье просил отпуск для устройства своих личных дел, но, не получив его, подал в отставку. Тем не менее в ходе подготовки и ведения Австро-Французской войны 1809 года он, без какого-либо официального назначения, примкнул к штабу артиллерийского генерала в качестве его друга, однако ужасы войны и огромные человеческие потери во время Ваграмской битвы окончательно отвратили его от военной службы. Курье бесповоротно оставил военную службу 1810 году и целиком посвятил себя филологическим исследованиям и изысканиям. В целом Курье отрицательно относился к военной службе, и позже в его отношении проводилась проверка по факту дезертирства во время «отлучки» во Флоренцию. Уже в «Советах полковнику» (, 1803), фактически первом своём политическом памфлете, опубликованном только после его смерти, он издевался над «героями» 18 брюмера, над Бонапартом и его приближёнными, которые «только и умеют что грабить, пьянствовать и развратничать». Сравнивая Наполеона с римским императором Нероном, Курье провозглашает, что в своём стремлении к неограниченной власти оба они не гнушались любыми средствами: «Согласуются ли слова „владыка“ и „добрый“, „владыка“ и „праведный“? — риторически спрашивает Курье. — Да, грамматически они согласуются, как честный вор и справедливый разбойник».