L'unione con Federico fu armoniosa, anche se caratterizzata da difficoltà finanziarie. Il conflitto con Ludovico generò infatti notevoli costi a Federico, al punto che Isabella dovette più volte sacrificare i propri gioielli. Durante i due anni e mezzo di prigionia trascosi dal marito dopo la sconfitta subita nella Battaglia di Mühldorf, Isabella dovette subire austerità così severe da incidere sulla sua salute. Il 5 settembre 1325 Federico e Ludovico arrivarono ad un compromesso accettando di divenire co-regnanti. Presto però Federico si ritirò in Austria dove morì il 13 gennaio 1330. Isabella lo seguì nella tomba dopo sei mesi e venne sepolta nella Chiesa dei Minoriti di Vienna.