Akibat dari pengunduran dirinya sebagai Wagub Timtim, dia kehilangan jabatan. Namun situasi itu tidak mengurangi semangat pengabdian dan kecintaannya sebagai Prajurit TNI, dan satu tahun kemudian secara ‘sukarela’ Suryo Prabowo ditugaskan kembali ke Timor Timur bersama Yonif Linud 700 mendampingi Brigjen Pol J.D. Sitorus dalam organisasi ITFET menggantikan Penguasa Darurat Militer Timor Timur Mayjen TNI Kiki Syahnakri. Saat itu ITFET bertugas bersama Satgas Pasca Pelaksanaan Penentuan Pendapat di Timor Timur (P4TT) mengawal transisi penyerahan Timor Timur kepada UNTAET (United Nations Transitional Administration in East Timor). Posisi di ITFET inilah yang menempatkan Suryo Prabowo menjadi Prajurit TNI terakhir yang meninggalkan Timor Timur. Dalam beberapa kesempatan disampaikan, bahwa sebagai pelaku sejarah dia, tidak mengetahui persis harus bangga atau sedih, ketika harus meninggalkan Timor Timur, sambil membawa Bendera Merah Putih terakhir yang diturunkan dalam upacara militer sederhana, yang dihadiri oleh perwakilan dari UNTAET dan INTERFET (International Force for East Timor) tanggal 30 Oktober 1999 pukul 09.00. Upacara penurunan bendera ini mengakhiri kedaulatan Indonesia atas Timor Timur. Tetapi yang disadari benar olehnya adalah, politik memang kejam, dan keputusan politik sering berakibat pada terjadinya korban jiwa yang begitu besar pada penduduk sipil yang tidak berdosa, dan mengakibatkan begitu banyak Prajurit TNI yang gugur tanpa penghormatan semestinya yang seharusnya diberikan oleh pimpinan negara. Sejak itu pula di Indonesia konflik kepentingan yang diwarnai dengan kekerasan dan ide separatisme menjadi tontonan dan bacaan sehari-hari di media massa, dan ini pula yang menjadikan salah satu alasan mengapa setelah menyelesaikan pengabdiannya sebagai Prajurit TNI dia enggan berpolitik seperti yang lazim dilakukan oleh para purnawirawan TNI.