In Ungarn wurden seit 1938 vom autoritären Horthy-Regime verschärfte antisemitische Gesetze erlassen, um die Juden gesellschaftlich zu isolieren. Nach dem deutschen Überfall auf Polen 1939 gelang es einigen wenigen Juden, nach Ungarn zu fliehen. Freudiger und andere schufen Unterstützungsorganisationen für die Versorgung und Weiterfahrt dieser Menschen, derweil die Juden ungarischer Nationalität sich trotz des Antisemitismus im Land sicher glaubten. 1941 kam es zu einer massenhaften Vertreibung staatenloser Juden aus Ungarn und den hinzugewonnenen Territorien in die eroberte Ukraine und in der Folge zu deren Ermordung im Massaker von Kamenez-Podolsk. Im Krieg gegen die Sowjetunion 1941 wurden die jüdischen Männer nicht für die ungarische Armee rekrutiert, sondern in Arbeitsbataillonen eingesetzt, die hinter der Front stationiert wurden. Die gesetzliche Grundlage dafür war mit antisemitischen Gesetzen 1939 geschaffen worden. 1942 unterstützte Freudigers Gemeinde die verfolgten Juden in der Slowakei, deren Gros zu diesem Zeitpunkt bereits in das KZ-Auschwitz deportiert worden war, mit 50.000 Pengő (40.000 SFR), die das Geld als Bestechungsgeld nutzen wollten.