Avec le déclenchement de la Grande Guerre, Dillon accepte la décision de Redmond de suivre le soutien britannique à l'effort de guerre allié, mais il s'abstient de recruter pour les divisions irlandaises. Le soulèvement de 1916 prend le parti irlandais par surprise. Il intervient avec David Lloyd George pour faire cesser les exécutions des 90 condamnations à mort prononcées par la «cour martiale de campagne» (à huis clos sans défense ni jury) sous la loi martiale du général Maxwell après avoir déclaré la rébellion «trahison en temps de guerre». Il dit à Scott que son parti devait soutenir la conscription ou perdre les élections . Mais le 10 janvier, c'est exactement ce qu'ils font "pour protester" avec l'aide des Lib-Lab. Dillon insiste sur le fait que s'ils vont de l'avant, ils «rempliraient tout le pays» du même type de radicaux, par opposition à l'emprisonnement. Cela laisserait aux radicaux autant de partisans que possible «dans une seule cellule de prison». Il attaque le gouvernement à la Chambre des communes et déclare que les rebelles ont «tort», mais ont mené «un combat propre». Les procès secrets et les exécutions ont amené l'opinion publique à de la sympathie pour les rebelles. Il est impliqué en mai 1916 dans la vaine tentative de Lloyd George de mettre en œuvre le Home Rule après le soulèvement, qui échoue en juillet sur la question de l'exclusion ou non de l'Ulster. Il refuse une candidature à la Convention irlandaise sur l'autonomie domestique en 1917.