V této pozici se zúčastnil i balkánských válek. Po bitvě u Kumanova v první balkánské válce byl povýšen na generála. Během kritických momentů bulharské překvapivé ofenzívy v bitvě u Bregalnice během druhé balkánské války, kdy většina štábu navrhla, aby se srbská armáda stáhla do druhé linie obrany, Mišić přesvědčil Putnika, aby nařídil armádě odrazit útok, čímž významně přispěl k srbskému vítězství v bitvě.