FIFA 06 are 39 de echipe naționale. Cele mai notabile reprezentative care lipsesc sunt cele a Japoniei (deși a ajuns în șaisprezecimile CM 2002, dar drepturile de licențiere aparțin companiei Konami), Coreea de Sud, Olandei și a Ucraina (deși a ajuns în sferturile CM 2006).