Матијин старији брат, цар Рудолф II, поставио га је 1593. за намесника Аустрије. У овом периоду Матија је склопио пријатељство са бечким бискупом Мелхијором Клезлом који му је доцније постао главни савезник. У периоду Дугог рата (1593—1606) хабзбуршке војске су се сукобиле са Османлијама око превласти над северном Угарском и Ердељом. Угарско протестантско племство је 1605. искористило прилику да покуша да збаци власт католичких Хабзбурга. Рудолф је овластио Матију да угуши побуну што је овај и учинио, мада је Бечки мир из 1606. потврдио начело верских слобода у Угарској.