Nach den Erdbeben in Italien 2009 sagte Boschi, sein Institut habe eine Risikokarte zur Bebengefahr erarbeitet; die Verantwortlichen hätten jedoch nicht gehandelt. Ein Gericht verurteilte ihn und andere Mitglieder einer Expertenkommission 2012 wegen fahrlässiger Tötung zu sechs Jahren Haft. Er musste die Haftstrafe jedoch nicht antreten und wurde 2015 wie auch die anderen Wissenschaftler letztinstanzlich freigesprochen.