Мария Качиньская родилась 21 августа 1942 года в местечке Кобыльник в оккупированной нацистской Германией Вилейской области (современный Мядельский район Минской области, Белоруссия). Отец Марии, Чеслав Мацкевич (1910—1976) — этнический поляк, проживавший в Виленском крае, лесник по профессии. Мать Лидия Мацкевич, в девичестве Пищако (1916—2004) — учительница, родившаяся в Петрограде. Отец участвовал в партизанской войне с немцами в составе Армии Крайовой, один из его братьев воевал в польском 2-м корпусе генерала Владислава Андерса в битве под Монте-Кассино, другой брат был расстрелян в Катынском лесу.