Hooker trok Sickles' korps terug naar Chancellorsville in de loop van de nacht. Zo werd het Zuidelijke leger herenigd. Ze hadden ook de controle gekregen over de hoogtes rond het dorp die bekendstonden als de Hazel Grove. Dit was een ideale locatie om de Noordelijken met artillerie te bestoken. Die nacht verkenden Jackson en zijn staf de onmiddellijke omgeving langs de Orange Plank Road om te achterhalen of een nachtelijke aanval bij maanlicht uitvoerbaar was. Toen ze terug naar hun linies reden werden ze aanzien voor Noordelijke cavalerie en beschoten door de wachtposten van zijn eigen korps. De verwondingen zelf waren niet dodelijk. Hij verloor wel een arm. Jackson liep echter een longontsteking op en stierf op 10 mei. Zijn dood was een groot verlies voor de Zuidelijken. Sommige historici stellen dat de Zuidelijke nederlaag bij Gettysburg een rechtstreeks gevolg van zijn dood is.