Berggrav var en av flere samfunnstopper som gjorde seg bemerket ved krigsutbruddet i 1940. Han spilte en viktig rolle ved opprettelsen av Administrasjonsrådet og var med på Riksrådsforhandlingene frem til 17.6. På grunn av sin rolle i forbindelse med Administrasjonsrådet, et par radiotaler han holdt og en tur til Nordmarka hvor han med ropert oppfordret de norske styrkene til å legge ned våpnene, satt mange nordmenn igjen med et inntrykk av at han samarbeidet med okkupasjonsmakten. Han ble derfor utsatt for kritikk i sin samtid, blant annet fra kirken selv. Etter krigen var det flere som kritiserte hans handlinger i krigens første dager.