Ved to anledninger har fjorden spilt en viktig rolle i irsk historie. Det var fra Lough Swilly den såkalte jarlenes flukt fant sted, da Hugh O'Neill, 2. jarl av Tyrone og Rory O'Donnell, 1. jarl av Tyrconnel flyktet fra Irland i september 1607 etter et mislykket opprør. I oktober 1798 ble en fransk flåtestyrke som forsøkte å sette i land Wolfe Tone og tropper som skulle støtte det irske opprøret, men ble avskåret ved fjordmunningen.