Die Geschichte der Schule endet mit dem Niedergang der UdSSR. Anlässlich der Pogrome gegen Nichtmuslime in Sumgait, Baku und anderen Städten und Dörfern Aserbaidschans ab Februar 1988 unterstützte das Personal der Bildungseinrichtung unter Führung von Konteradmiral Leonid Schdanow die sowjetische Administration bei der Aufrechterhaltung der inneren Ordnung, dem Schutz der öffentlichen Einrichtungen und der Evakuierung von Flüchtlingen. Die letzten Absolventen beendeten 1992 die Offiziersschule. Ausländische Studierende waren zu dem Zeitpunkt bereits evakuiert worden, aber es existierte noch eine verbliebene Fakultät zur Seeoffiziersausbildung.