После Београдске операције, октобра 1944. године, Раја Недељковић је учествовао у борбама на Сремском фронту, све до почетка 1945. године, када је одлуком ЦК КПЈ повучен у Београд и упућен на политички рад у АСНО Србије. Био је министар пољопривреде у Првој влади Народне Републике Србије, а потом председник Контролне комисије НР Србије и генерални секретар Владе НР Србије. Године 1949. упућен је на политички рад у Крагујевац, где је обављао дужности — секретара Обласног комитета и председника Обласног народног одбора. Године 1952, поново је враћен у Београд, где је обављао дужности — државног секретара Савезне владе за буџет и администрацију. Биран је за народног посланика Скупштине СР Србије и Савезне скупштине СФРЈ, до 1969. године. Од 1974. године био је члан Савета федерације.