Op 25 november 2006 werd Biltine tijdens de Tsjadische Burgeroorlog (2005-2010) door twee rebellengroepen bezet. Deze groepen hadden kort daarvoor het verder naar het zuiden gelegen Abéché verlaten na een aanval van het Tsjadische leger. Een dag later werd de stad weer door het regeringsleger ingenomen, wat met zware gevechten gepaard ging. Op 16 juni 2008 was Biltine toneel van de "Slag om Biltine", waarbij de rebellen weer een zege op de regeringstroepen behaalden.