Philipps Vater Philibert fiel früh im Oktober 1569 in der Schlacht bei Moncontour. In der Folge wurde der 10-jährige Philipp zusammen mit seiner ein Jahr älteren Schwester Jakobe von Baden von seinem Onkel Albrecht V. von Bayern katholisch erzogen. An der Universität Ingolstadt kam er mit der Gegenreformation in Berührung Sein Vater hatte seinen Untertanen Religionsfreiheit zugesichert, doch nach dem Tode des Markgrafen Philibert wurde diese Freiheit durch die Witwe und seinen Sohn, der sehr stark von seiner katholischen Erziehung geprägt war, immer mehr eingeschränkt. Bereits zu Zeiten der Vormundschaftsregierung durch seinen Onkel und Vormund Herzog Albrecht V. wurde in den Jahren 1570/71 wieder der katholische Ritus in der Markgrafschaft Baden-Baden eingeführt. Nach dem Antritt seiner Regierungsgeschäfte ordnete der neue Markgraf als erstes an, dass alle Baden-Badener Bürger den Gottesdienst zu besuchen hatten, Zuwiderhandlungen standen unter schwerer Strafe.