1940年（昭和16年）7月に補充兵として応召を受け、はじめは満州の綏陽に配属され、太平洋戦争の勃発に伴いパレンバンにある南方第九陸軍病院にて経理係として転属した。マレー作戦以来、補充兵でありながら先発隊や後発隊など十数部隊合計三千人の糧秣経理の管理を任されるようになり、第25軍で経理検査が実施された際には、25軍内全部隊で1番の成績を出して衛生兵長まで昇進する。しかし、病院長であった軍医大佐は権力をかさに物資の横領や従軍看護婦の強姦行為を行っており、看護婦から「おとうさん」と呼ばれ慕われていた古屋は見るにしのびず、一兵卒でありながら事件の告発文を東条英機首相と憲兵司令官宛に送付したことで事件が明るみに出た。