Monseñor Aguer, especialista en temas de filosofía, teología y catequesis, tuvo a su cargo en determinados momentos pronunciamientos duros sobre la situación moral de la sociedad argentina, como lo hizo en una oportunidad en la celebración del Solemne Tedeum por el 25 de Mayo, durante la gestión del expresidente Carlos Menem y las mantuvo con el gobierno de Néstor Kirchner y su Ministro de Salud (actual embajador en Chile) Ginés González García en materia de Salud Sexual y Reproductiva y su política en favor del aborto.