Saat Pertempuran Malaya, KMM adalah salah satu organisasi yang membantu Jepang karena mereka yakin Jepang akan memerdekakan Malaya. KMM juga aktif membantu Jepang melalui aktivitas kolom kelima. Sikap pro-Jepang anti-Britania ini membuat KMM sangat dekat dengan pasukan Jepang. Semua anggota KMM yang dipenjara oleh Britania dibebaskan oleh Jepang selama masa pendudukan. Pada Januari 1942, KMM meminta Jepang memberikan kemerdekaan kepada Malaya seperti yang dijanjikan sebelumnya. Ini adalah permintaan kemerdekaan pertama yang diajukan oleh lembaga politik Melayu. Sayangnya permintaan tersebut ditolak. Pemerintah pendudukan Jepang membubarkan KMM dan membentuk milisi Pembela Tanah Ayer (PETA; disebut juga "Malai Giyu Gun").