V roce 1803 vstoupil k britskému královskému námořnictvu a v roce 1810 sloužil na 18dělovém škuneru HMS "Barracouta" při obsazení nizozemského města Banda Neira na Nové Guineji. Následujícího roku vedl výsadek útočící na Fort Marrack, nalézající se západně od Batávie. V roce 1814 velel škuneru HMS "Rinaldo", který byl součástí flotily doprovázející francouzského krále Ludvíka XVIII. na jeho cestě z exilu z Velké Británie do Francie. Po období míru, které následovalo po napoleonských válkách, nemohl Lyons, stejně jako mnoho dalších britských důstojníků, najít zaměstnání, dokud v roce 1828 nebyl učiněn velitelem 46dělové fregaty HMS "Blonde". S ní pak zaútočil na turecké síly v Morejském hradu nedaleko Patry v rámci britského zapojení do řecké osvobozenecké války. V roce 1829 křižoval po Černém moři a roku 1831 se stal velitelem fregaty HMS "Madagascar", jejíž předchozí velitel sir Robert Spencer zemřel v Alexandrii. Lyons dopravil "Madagascar" zpět do Británie, avšak velení si ponechal i poté a v únoru 1832 se s ní plavil opět do Středozemního moře, kde v srpnu téhož roku dopravil nově vybraného řeckého krále Otu z Brindisi do Nafplia.