Tuy vậy, Đoàn lại là người phản đối ý định của Viên khi ông ta nuôi mộng khôi phục chế độ quân chủ để làm hoàng đế bởi vì Đoàn muốn kế nhiệm Viên để làm Đại Tổng thống. Đoàn tính sử dụng chiêu thức mà Viên đã từng làm trong Khởi nghĩa Vũ Xương khi đứng ra làm trung gian giữa Viên và các thế lực chống đối khác. Mối quan hệ giữa Đoàn và Viên đã xoay chuyển vĩnh viễn khi Đoàn được đề cử vào chức vụ Thủ tướng – chức vụ mà Viên đã phế bỏ quyền lực. Đoàn làm Thủ tướng trong nhiều chính phủ được lập nên và bị giải thể trong suốt từ năm 1913 – 1918. Tham vọng của Viên là làm Hoàng đế đã phá vỡ sự thống nhất của Trung Quốc, nhiều tỉnh đã tuyên bố độc lập, tách rời ra khỏi sự quản lý của Chính phủ Bắc Kinh do Viên kiểm soát.