På trods af sin stærke modstand mod protestantisme i Frankrig, blev hun forfærdet, da hun modtog nyhederne om massakren påBartholomæusnatten, der begyndte den 24. august 1572, og som fortsatte i flere dage derefter, da tusindvis af franske protestanter blev slagtet i Paris. Ifølge historikeren Brantôme spurgte hun den følgende morgen, chokeret over at have hørt om massakren fra en person i hendes følge, om hendes mand havde kendskab til det. Efter at hun var blevet fortalt, at han ikke kun havde kendskab til den, men sågar var dets initiativtager, udbrød hun: "Åh, min Gud! Hvad er dette? Hvem er disse rådgivere, der gav ham sådan et råd? Min Gud, jeg beder dig om at tilgive ham..." Så bad hun om sin tidebog og begyndte at bede. I løbet af disse dage fik Elisabet begæringer om at tale for de uskyldige, og hun formåede at sikre et løfte om at skåne de udenlandske (især mange tyske) protestanters liv. Ganske langt henne i graviditeten på det tidspunkt (hun var syv måneder henne) glædede hun sig ikke offentligt over så mange dødsfald, som andre fremtrædende katolikker ellers gjorde.