Иоанн III был коронован 15 декабря 1222 года. Его приход к власти вызвал внутриполитические осложнения, так как братья покойного императора, севастократоры Алексей и Исаак Ласкарисы, надеявшиеся занять трон после смерти Феодора, не захотели смириться. Они решили уйти в Константинополь вместе с племянницей Евдокией, обещанной в жены императору Роберту. Иоанн, опасаясь, что в Константинополе они затеют против него интригу, не разрешил им отъезд. Тогда они бежали тайком, взяли у Роберта войско и высадились в Лампсаке, откуда двинулись к Пиманиону. Весной 1224 года в сражении при Пиманионе их войско было разбито. После этого Иоанн одну за другой осадил и взял крепости латинян в Мисии и Троаде: Пиманион, Лентианы, Хариор и Бербениак (1224—1225).