Cherson venne fondata nel 1778 dal maresciallo Grigorij Aleksandrovič Potëmkin su ordine della zarina Caterina la Grande. L'insediamento venne edificato sul sito dove sorgeva precedentemente una piccola fortezza chiamata "Alexanderschantz", costruita durante la guerra russo-turca del 1735-1739. Il toponimo richiama l'antica colonia greca di Cherson, in Crimea. Grazie alla sua posizione strategica alla foce del Dnipro Cherson riuscì ad affermarsi rapidamente sia come scalo portuale che come centro commerciale. La fortuna della città iniziò ad arrestarsi verso la fine del XVIII secolo con l'istituzione dell'arsenale di Nikolaev e la fondazione del porto di Odessa. Nei decenni successivi, grazie all'escavazione di nuovi canali per le navi di grosso tonnellaggio nella foce del Dnipro, le attività portuali di Cherson registrarono una notevole ripresa.