Especial repercusión tuvo el citado incidente político de la disolución de Yugoslavia en su vida personal y deportiva siendo uno de los capítulos que más marcaron su devenir. Tras la plata de y el oro como anfitrión en el EuroBasket 1989, las tensiones comenzaron a surgir en el . Aunque los balcánicos se impusieron en la final del torneo a la selección soviética por 92-75, durante la celebración del título un aficionado croata envuelto en una bandera homónima, saltó a la cancha y fue expulsado de la misma por el compañero y mejor amigo de Petrović, Divac, alegando que aquel día "«había ganado Yugoslavia, no Croacia»". Desde aquel día su amistad se corrompió hasta el punto de romperse debido a conflictos externos y al arraigado sentimiento de Petrović por la identificación croata, cuyo sentimiento independentista comenzaba a ser notable entre la sociedad de un fracturado país.