Carlos Eduardo Marques swoją karierę reprezentacyjną rozpoczynał od występów w młodzieżowej reprezentacji Brazylii U-20, w której zadebiutował 30 czerwca 2007 w przegranym 0:1 meczu z Polską w ramach Mistrzostw Świata U-20. Eduardo przebywał na boisku przez 24 minuty, a jedyną bramkę tego spotkania zdobył w 23 minucie meczu polski piłkarz Grzegorz Krychowiak, bezpośrednim strzałem z rzutu wolnego. W młodzieżówce rozegrał w sumie 3 spotkania, podczas których spędził na boisku okrągłe 100 minut.