Die heutige offizielle Eigenbezeichnung ist Nimi'ipuu. Der Name Nez Percé sei eine Fremdbezeichnung, die von einem Übersetzer der Lewis-und-Clark-Expedition von 1805 stammt. Französische Kanadier interpretierten – so die offizielle Darstellung des Nez Perce Tribe – die Bedeutung dieser Bezeichnung als „durchstochene Nase“. Cecil Carter, ein Elder der Nez Percé, habe daran erinnert, dass die Nez Percé die Eigenbezeichnung Cuupn'itpel'uu hatten, bevor sie Pferde nutzten.