1 czerwca 1919 r. wstąpił do Policji Państwowej i od 17 czerwca sprawował stanowisko szefa Centralnego Biura Inwigilacyjnego, od września działającego jako Wydział Rejestracyjno-Karny Komendy Głównej Policji, którego był naczelnikiem od 5 listopada 1919 do 21 czerwca 1920 r. (był to późniejszy Wydział IV KGPP). W tym czasie Ludwikowski był organizatorem pierwszej polskiej centrali kryminalistycznej. Wprowadzał stosowanie daktyloskopii w pracy policji. Następnie został skierowany do Naczelnej Inspekcji PP w Warszawie i mianowany inspektorem. Od 21 czerwca 1920 do 1 stycznia 1921 r. pełnił funkcję komendanta Okręgu IX Poznańskiego PP. Jako naczelnik okręgu powoływał w okręgu nowe komendy powiatowe. Został także delegatem rządu ds. powstań śląskich. Wówczas był organizatorem szkoleń komendantów posterunków plebiscytowych oraz wspierał działania powstańców. Od 15 lutego 1923 do 15 stycznia 1924 r. sprawował stanowisko komendanta Okręgu VI miasta stołecznego Warszawa. W 1926 r. był kierownikiem I Grupy Inspekcyjnej KGPP na województwa: warszawskie, lubelskie, stanisławowskie i nowogródzkie. W Pruskim Instytucie Policyjnym w Berlinie-Charlottenburgu współpracował w przygotowaniach do stworzenia Międzynarodowej Komisji Policji Kryminalnych, założonej w 1923 r. jako Interpol. Od 1 lipca 1930 do 15 września 1931 r. był komendantem Okręgu XVI Wileńskiego. Z powodu stanu zdrowia w 1932 r. został przeniesiony w stan spoczynku.