Podczas przepustki w czerwcu 1899 przypadkowo spotkał w Londynie Clementsa Markhama (było to już trzecie ich spotkanie), dowiedział się o planach zorganizowania Brytyjskiej Ekspedycji Antarktycznej i w efekcie złożył podanie na stanowisko dowódcy wyprawy. Mimo sporów w komitecie organizacyjnym wyprawy i dzięki poparciu Markhama został mianowany dowódcą ekspedycji.