Am 25. März 1941 fand in Wien die Unterzeichnungszeremonie des erzwungenen Beitritts Jugoslawiens zum Dreimächtepakt der Achse Deutschland-Italien-Japan statt. Zwei Tage später führten jugoslawische Kräfte, die dem deutschen Kriegsgegner Großbritannien nahestanden, einen Staatsstreich durch. Daraufhin änderte die deutsche Führung kurzfristig ihre Pläne für den Kriegseintritt gegen Griechenland an der Seite Italiens (Unternehmen „Marita“ ), und kombinierte die Operation mit einem Angriff auf Jugoslawien. Am 2. April 1941 warnte Vauhnik seine Vorgesetzten in Belgrad mit genauer Nennung von Datum und Uhrzeit des geplanten Angriff der Wehrmacht auf Jugoslawien (6. April 1941) und der beteiligten 32 Divisionen. Angeblich soll er diese Information von Oberst Hans Oster aus der Abwehr erhalten haben, der für den Abwehrchef Canaris Verbindung zum nationalkonservativen Widerstand hielt. Nach dem Angriff auf Belgrad am 6. April 1941 wurde Vauhnik unter Missachtung seiner diplomatischen Immunität von der Gestapo für vier Monate inhaftiert.