Saksa hyökkäsi Neuvostoliittoon 22. kesäkuuta 1941. Osa H'otynin juutalaisista pakeni muualle Neuvostoliittoon ennen akselivaltojen joukkojen etenemistä alueelle. Natsit toteuttivat juutalaisvastaista rotupolitiikkaa. Saksa ei ollut vielä tehnyt lopulliseen ratkaisuun eli kaikkien juutalaisten tuhoamiseen tähtäävää hallinnollista päätöstä, mutta itärintamalla saksalaiset joukot toteuttivat holokaustia SS:n Einsatzgruppen-ryhmien johdolla operaatio Barbarossan alusta alkaen. Juutalaisvastaisuus eli myös Romaniassa toisen maailmansodan aikana, ja lisäksi romanialaiset syyttivät entisten alueidensa juutalaisväestöä yhteistoiminnasta Neuvostoliiton kanssa. Yleensä romanialaiset olivatkin vastuussa Einsatzgruppe D:n alueella suoritetuista juutalaisvainoista ja pogromeista, mutta H'otynissa ja läheisessä Tšernivtsin kaupungissa pogromeja johtivat ja pääosin toteuttivat saksalaissotilaat.