In der australischen Nationalmannschaft gab er 1995 sein Debüt bei einem Spiel in Ghana. Bis zu seinem Karriereende 2010 absolvierte er 52 Länderspiele, in denen er drei Tore erzielte. 2001 und 2005 nahm er jeweils am Konföderationspokal teil. Bei ersterem Turnier kassierte er im verlorenen Halbfinale gegen Japan kurz vor Ende des Spiels die Gelb-Rote-Karte und fehlte in der Folge beim Spiel um Platz Drei, das Australien gegen Brasilien gewann. Moore stand zudem im Kader Australiens bei den zwei Fußball-Weltmeisterschaften 2006 in Deutschland und 2010 in Südafrika, bei denen er jeweils Stammspieler in der Innenverteidigung war. 2006 erreichte er mit seiner Mannschaft das Achtelfinale, wobei Moore beim 2:2 im das Elfmetertor Australiens zum 1:1-Ausgleich erzielte. 2010 endete das Turnier für die Australier nach der Vorrunde.