Jihadistien oman toimintansa oikeuttamisessa tärkeä merkitys on takfirilla. Takfirin käsitteen korostamisen vuoksi muut muslimit kutsuvatkin jihadisteja usein takfireiksi. Islamilaisena käsitteenä takfir tarkoittaa jonkun tuomitsemista vääräuskoiseksi ja siten erotetuksi oikean islamin uskon piiristä. Takfir voidaan julistaa epäislamilaisista ajatuksista tai teoista. Koska sharia-lain mukainen rangaistus uskosta luopuminen on kuolema, muslimit eivät yleensä ryhdy takfirin julistamiseen köykäisin perustein. Takfirin julistamista on perinteisesti käytetty muslimiyhteisön sisäisen puhdasoppisuuden ja siitä seuraavan yhtenäisyyden vaalimiseen; ei-muslimit ovat itsestäänselvästi vääräuskoisia. Jihadistiset ideologit pitävät harhaopin ja epäislamilaisten käytänteiden kitkemistä uskovien yhteisöstä ensisijaisen tärkeänä. Jihadismin kannalta käänteentekevä tapahtuma oli, kun Said Qutb julisti Egyptin presidentti Nasserille tekojen takfirin, kun tämä oli hylännyt entiset Muslimiveljeskuntaan kuuluneet liittolaisensa ja alkanut vainota heitä. Kiihkomielisimmin jihadistit alkoivat käyttää takfiria Yhdysvaltojen hyökättyä Irakiin vuonna 2003. Sunnien ja shiiojen vastakkaiasettelu Irakissa voimistui, ja Irakin al-Qaidan johtaja Abu Mus’ab al-Zarqawi otti tähtäimeensä shiiat. Hän alkoi julistaa harhautuneina pitämilleen shiioille takfir-tuomioita oikeuttaen sillä väkivaltansa. Irakin al-Qaidaa seurannut Isis jatkoi laajasti modernin takfirin käsitteen käyttöä oman väkivaltaisen toimintansa perustelemiseksi ja oikeuttamiseksi, ja käsite on säilyttänyt tärkeän asemansa globaalin jihadistisen liikkeen sirpaloitumisenkin jälkeenkin.