Quelques semaines après la fin de la coupe du monde 2007-2008, il participe à ses premiers championnats du monde à Manchester. Avec sa sélection, championne panaméricaine de poursuite en 2007, il prend part aux qualifications de cette discipline, qu'il achève à la . Tandis que Juan Pablo Forero est aligné dans la course scratch des Mondiaux (malgré le podium réalisé par Arango à Copenhague, six semaines auparavant), Juan Esteban, lui est au départ de la course aux points, discipline disputée par Forero pendant toute la coupe du monde. Juan Esteban Arango termine , non sans avoir remporté le quatrième sprint, ce qui le plaçait à cet instant sur le podium provisoire de la course.