Pohjoisen sotaretken alettua hän toimi työläisten agitaattorina. Vuonna 1926 hän järjesti yleislakon Shanghaissa, avaten kaupungin kuomintangille. Kun kuomintang erosi kommunisteista, Zhou onnistui pakenemaan valkoisten terroria ja selvisi lopulta Jiangxiin. Vähitellen hän alkoi etääntyä ortodoksisemmasta kaupunkikeskeisestä kommunistipuolueen siivestä, ja hänen lojaalisuutensa suuntautui Maon uudentyyppiseen maalaisvallankumoukseen. Zhou osallistui myös Pitkään marssiin.