Clunet fût ensuite enrôlé dans le Corps expéditionnaire français et participa à la Bataille des Dardanelles. Il participa à l'organisation du laboratoire de bactériologie des troupes françaises dans le village de Sedd-ul-Bahr. Dans ce laboratoire, dirigé par le médecin militaire Sarrailhé et où il eut comme camarade le docteur Richet, fils de Charles Richet, ils luttèrent contre les maladies contagieuses qui faisaient des ravages dans les troupes: fièvre typhoïde, fièvre paratyphoïde, dysenterie.