Po wybuchu II wojny światowej 1939 w czasie kampanii wrześniowej w trakcie ucieczki otrzymał pomoc od ukraińskiego małżeństwa. Po nastaniu okupacji sowieckiej był zatrudniony w Jaworowie. Przebywał we Lwowie, a po ataku Niemiec na ZSRR z 22 czerwca 1941 powrócił do Sanoka, będącego od początku wojny pod okupacją niemiecką. Rano 2 marca 1942 w rodzinnym domu został aresztowany przez gestapo wraz ze swoim bratem Marianem. Tego samego dnia zostali osadzeni w więzieniu w Sanoku – formalnie 3 marca 1942. Początkowo obaj trafili do celi przejściowej (umieszczono także innych sanoczan zatrzymanych w ramach fali aresztowań po „wsypie” w sanockiej konspiracji), a następnie zostali umieszczeni w innych celach. W 13-stym dniu od aresztowania Zygmunt był przesłuchiwany w budynku gestapo m.in. przez Leo Humeniuka i Johanna Lipskiego vel Lindego w sprawie o przynależność do Związku Walki Zbrojnej. W sanockim więzieniu był przetrzymywany przez prawie sześć miesięcy, zaś wobec braku dowodów na działalność w ZWZ został zwolniony 22 sierpnia 1942.