5月初めにMD.4作戦（タイガー作戦）に護衛として参加後、ヌビアンはクレタ島の戦いに加わったが、この戦いでは多くの艦艇が失われた。5月26日にヌビアンはドイツ空軍機の爆撃を受け大破してしまう。ヌビアンは艦尾部の水線から上を全て失い、戦死者7名・負傷者12名を出した。舵も破壊されたが、幸いなことに推進器は無事だったため20ノットで航行が可能だった。ヌビアンはジャッカルの援護を受けながら、なんとかアレキサンドリアへ帰投することができた。しかしながら多大な損害を負ったヌビアンは6月12日にインドのボンベイへ曳航され、以降18か月間の長期修理を受けることになった。この修理に合わせて、3番砲がに換装されたり286M型レーダーが搭載されるなどの改良も行われた。