दिल्ली सल्तनत के उदय से पहले आगरा का इतिहास स्पष्ट नहीं है। १७ वीं शताब्दी के एक वृत्तांत में सिकंदर लोदी (१४८८-१५१७) के समय से पहले आगरा को एक पुरानी बस्ती के रूप में बुलाया था, जो महमूद गजनवी द्वारा इसके विनाश के कारण महज एक गाँव था। ११ वीं सदी के फ़ारसी कवि मासूद सलमान ने आगरा के किले पर गजनवी के आक्रमण का उल्लेख किया है, जो तब राजा जयपाल के शासनाधीन था। जयपाल के आत्मसमर्पण के बावजूद, महमूद ने किले को लूट लिया था। १५०४ में सिकंदर लोदी ने अपनी राजधानी को दिल्ली से आगरा स्थानांतरित किया था। उनके काल में किले में कई महल, कुएँ और एक मस्जिद का निर्माण किया गया। १५२६ में पानीपत के प्रथम युद्ध में हार के बाद यह मुगल शासन के अंतर्गत आया। १५४० और १५५६ के बीच, शेरशाह सूरी ने इस क्षेत्र पर शासन किया। यह १५५६ से १६४८ तक मुगल साम्राज्य की राजधानी रहा। आगरा पर बाद में मराठों का अधिपत्य रहा, जिनके बाद यह ब्रिटिश राज के अंतर्गत आ गया।