В Японии Веркмайстер активно занимался композицией, однако почти всё, что было написано им до 1923 года, включая две оперы, поставленные в Токио в 1910 и 1912 гг., погибло во время Великого землетрясения Канто. Уцелела только опубликованная в 1915 году в Берлине сюита для виолончели и фортепиано, выдержанная в позднеромантическом стиле. После землетрясения лишившийся крова и всего имущества музыкант вернулся в Германию, где прожил пять лет в своём родном городе Бармен вместе со своей сестрой, фортепианным педагогом Эльзой Веркмайстер (1880—1943), изредка выступая и давая частные уроки виолончели. В 1928 году Веркмайстер повторно отправился в Японию и продолжил преподавать в Токийской школе музыки, одновременно возглавляя оркестр Осакского отделения радиовещательной корпорации NHK. Он также выступал как ансамблист в составе фортепианного трио Лео Сироты.