Кавказские автономии пробыли под оккупацией всего несколько месяцев и были вскоре освобождены советскими войсками. Влияние политики оккупантов на возрождение на этих территориях ислама было в значительной мере сведено к нулю тем, что ряд мусульманских народов СССР, оказавшихся в оккупации (карачаевцы, балкарцы и крымские татары и некоторые кабардинцы) был в 1944 году депортирован с мест проживания. На их места проживания были поселены преимущественно немусульмане. Поэтому многие открытые при оккупантах в Крыму и на Северном Кавказе мечети прекратили функционировать уже в 1944 году. Кроме того, часть мусульманского духовенства ушла с оккупированных территорий за границу. Например, в Польшу в 1944—1946 годах эмигрировали многие белорусские татары. В результате, из 16 мечетей Белоруссии в 1946 году 10 были заняты культурно-просветительскими учреждениями, 3 были повреждены в боевых действиях, а ещё 3 пустовали.