L'armée est d’abord vouée à la (re)conquête qui conduit à l'annexion de la rive gauche du Rhin (1797) et la création des Républiques Sœurs en Italie. Elle est ensuite utilisée dans le fonctionnement même des institutions par les anciens conventionnels pour se maintenir au pouvoir, notamment lors du Coup d'État du 18 fructidor an V. C'est le général Napoléon Bonaparte qui finit par prendre le pouvoir en 1799 (après le coup d'État du 18 brumaire an VIII). Sous le régime du Consulat, la France demeure officiellement une République. Mais en 1804, la Constitution de l'an XII dispose que .