Az 1998-as világbajnokságtól kezdődően megváltozott a Dél-amerikai zóna selejtezőinek a lebonyolítása. A korábbi csoportok helyet minden válogatott oda-vissza megmérkőzött egymással. Ecuador több hazai győzelmet is elért, végül a hatodik helyen végzett. A későbbi vb-résztvevők közül hazai környezetben Argentínát 2–0-ra, Paraguayt 2–1-re verték, Chilével pedig 1–1-s döntetlent játszottak. Egyedül Kolumbia tudta megverni 1–0-ra otthonában. A selejtezők során masszív együttessé formálódtak olyan ismert játékosok jóvoltából, mint: Agustín Delgado, Álex Aguinaga, Iván Hurtado, Ulises de la Cruz és Iván Kaviedes. Nekik négy évvel később komoly szerepük volt abban, hogy Ecuador kijutott a 2002-es világbajnokságra.