Som sjökadett kommenderades Krusenstern 1787 till tjänstgöring i ryska östersjöflottan samt var med i slagen vid Hogland (1788) och Öland (1789), varefter han snart befordrades till löjtnant. Mellan 1793 och 1799 hade han anställning i brittiska krigsflottan och samlade därunder rik erfarenhet vid besök i vitt avlägsna farvatten.