در ۲۵ آوریل ۱۹۴۱، الحسینی طراح اصلی حملهٔ نازی‌ها به بوسنی شد. تحت نظر او صرب‌های مسیحی ارتدوکس برای متمایز شدن، مجبور به استفاده از بازوبند آبی و صرب‌های یهودی مجبور به استفاده از بازوبند زرد شدند. در همین حال، وقتی الحسینی خود را «محافظ اسلام» خواند، حدود صدهزار نفر از بوسنیایی‌های مسلمان به دسته‌های نازی پیوستند. تحت فرمان او، دویست‌هزار مسیحی ارتدوکس صرب، ۲۲٬۰۰۰ نفر از یهودیان بوسنی و بیش از ۴۰٬۰۰۰ کولی به قتل رسیدند که بعدها عامل مهم نفرت بین بوسنیایی‌ها و صرب‌ها در جنگ بوسنی و هرزگووین و صربستان در دههٔ ۱۹۹۰ شناخته شد.