Fu convocato per la prima volta nel 1987, e fece il suo debutto il 23 giugno 1987 in una amichevole contro la a Montevideo. Fu poi incluso nella lista dei convocati per la Copa América 1987 dal CT Fleitas; dato che l' era già qualificato alle semifinali in virtù del titolo vinto nel 1983, si trovò a dover disputare solamente due incontri. Vinto il primo contro l' per 1-0, con il medesimo esito la Nazionale uruguaiana sconfisse il e si aggiudicò il trofeo; in entrambe le occasioni, Pereira fu il portiere titolare e terminò dunque la competizione senza subire reti. Convocato per , Pereira, che aveva presenziato alle qualificazioni, fu rimpiazzato da Alvez come titolare, e la sua ultima presenza con la selezione divenne dunque quella del 22 maggio 1990 a Londra contro l'.