На заключным этапе сезона — чэмпіянаце свету — Мёрфі здолеў паказаць вельмі добры снукер. Пасля перамогі ў першым крузе над Эндру Хігінсанам — 10:8, Шон разграміў Марка Фу з лікам 13:3 у другім раўндзе. У чвэрцьфінале ён патрапіў на сяміразовага чэмпіёна — саракагадовага Стывена Хендры. У напружанай барацьбе Мёрфі здолеў здабыць перамогу з лікам 13:11, нягледзячы на дзявяты максімальны брэйк у кар’еры шатландца, зроблены ў тым матчы. У паўфінале Мёрфі перайграў Ніла Робертсана — 17:14 — і, такім чынам, дасягнуў другога фіналу чэмпіянату свету, дзе супернікам яму быў двухразовы пераможца — Джон Хігінс. Пасля першага дня фінальнага матчу Мёрфі саступаў з лікам 5:11 і быў разбіты ў выніку — 9:18. У першы дзень фінальнага матчу адна з брытанскіх газет апублікавала артыкул «kiss and tell» — гісторыю з удзелам Шона Мёрфі. За турнір Шон зрабіў 10 соценных серый, вышэйшая з якіх складала 137 ачкоў. Праз тыдзень, у фінале сусветнай серыі, Мёрфі узяў своеасаблівы рэванш у Хігінса, выйграўшы яго ў фінале — 6:2.