1864年7月，京都朝廷下詔討伐長州藩，德川慶喜命令西日本21藩共同出兵討伐長州，史稱第一次長州征伐。8月，英國、法國、荷蘭、美國等四國艦隊為報復長州藩1863年的攘夷行動，炮轟下關(下關戰爭)，逼迫長州簽訂城下之盟。9月中旬，西鄉在大阪與勝海舟會面，并接受勝的意見，決定對長州實施緩和策略；10月初，藩命西鄉改名為“西鄉吉之助”；10月12日，西鄉被任命為征長軍參謀，之後受命全權處理長州事務；11月4日，與吉井友實、税所篤一同前往長州支藩岩國藩，同長州方面展開談判。此前長州方面由於繼禁門之變後再次敗戰，在内外壓力之下，主張對幕府恭順的保守派（即所謂“俗論派”）於9月取得了藩政的主導權；保守派主導下的長州藩與前來談判的西鄉等人達成妥協，於是幕府於12月撤回征長大軍。但長州内部又發生政變，以高杉晉作為首的改革派（即所謂“正義派”）發動功山寺起義，重新主導了藩政，並將藩論統一為“武備恭順”（表面與幕府妥協，實則積極備戰）。