Как бы то ни было, приняв советское гражданство и окончив в конце 1920-х годов курсы так называемых двадцатипятитысячников, он уже в начале 1930-х годов был направлен на организационные работы на Украину, а позднее — на Северный Кавказ. Однако страдания соотечественников, в том числе и некоторых его родственников, ставших жертвами политических репрессий, и начавшийся в этот период массовый голод, в результате которого в возрасте семи лет погиб один из его сыновей, явились причиной неоднократного нарушения им законов. За раздачу колхозного зерна голодающим и сопротивление идеям коллективизации и раскрестьянивания ему грозило 10 лет исправительно-трудовых лагерей (ИТЛ). Но по счастливой случайности сурового наказания удалось избежать. По его словам, он был отпущен после написания И. В. Сталину письма с просьбой об освобождении, которое удалось передать через конвоира. Дошло ли на самом деле обращение Бухтиярова до лидера Советского государства или нет, неизвестно, но за несколько дней до отправки в лагерь, он был освобождён. Впрочем, эта история могла печально закончится в 1937 году, однако и тогда ему удалось уйти от наказания и скрыться от дальнейших преследований. Иных же не обошли стороной тяжёлые испытания. В результате политики, которая проводилась Советской «верхушкой» в 1930-е годы, многие были арестованы, отправлены в исправительные лагеря и расстреляны. Репрессивные меры были применены к И. С. Бухтиярову, М. А. Бухтиярову, А. М. Бухтиярову, Е. М. Бухтияровой, Д. Г. Бухтиярову, В. Я. Бухтияровой и другим. Однако, вероятно, были среди Бухтияровых и те, кто прямо или косвенно поддерживал подобную политику власти.