De retour à Cuba, Masetti fait part de ses impressions au gouvernement cubain qui décide de soutenir la guérilla du FLN en envoyant à Oujda, à la frontière algéro-marocaine, fusils, une trentaine de mitrailleuses et une grande quantité de mortiers récupérés lors de la victoire de la Baie des Cochons. La livraison des armes est préparée par Masetti qui rapatrie en retour 76 blessés et 20 enfants issus des camps de réfugiés dans les Caraïbes. D'ailleurs, le premier président du Conseil de la République Algérienne Ahmed Ben Bella passe à La Havane remercier le gouvernement de Castro... durant la Crise des missiles de Cuba en . Masetti est alors certainement aux côtés du Che, commandant de la province de Pinar del Río en état d'alerte. Ce soutien au FLN explique le rapprochement des deux jeunes Révolutions cubaine et algérienne de 1962 à 1965 comme en témoigne l'aide cubaine lors de la Guerre des sables ou l'aide algérienne apportée à l'Ejército Guerrillero del Pueblo en 1963.