פלר ערך את הופעת הבכורה במדי נבחרת גרמניה המערבית בשנת 1982, וכעבור שנתיים השתתף עם הנבחרת ביורו 1984. בשלב הבתים של הטורניר, פלר הבקיע צמד בניצחון 2:1 על נבחרת רומניה, אך נבחרתו נחלה אכזבה כאשר הודחה בתום שלב הבתים לאחר הפסד בדקה ה-90 לנבחרת ספרד, כאשר גרמניה המערבית הייתה זקוקה לתיקו בלבד. על אף ההדחה המוקדמת, פלר נכלל בנבחרת מצטייני הטורניר. בשנת 1986 פלר השתתף עם הנבחרת במונדיאל 1986. במונדיאל זה, פלר הבקיע שלושה שערים, שהחשוב ביותר שבהם היה שער שוויון בדקה ה-81 של משחק הגמר מול נבחרת ארגנטינה שהובילה 2:0. עם זאת, חורחה בורוצ'אגה הארגנטינאי הבקיע לבסוף שער נוסף, וארגנטינה ניצחה 3:2 וזכתה במונדיאל. ביורו 1988 שנערך בגרמניה המערבית, פלר הבקיע צמד בניצחון 2:0 על נבחרת ספרד, אך גרמניה המערבית הודחה בחצי הגמר על ידי נבחרת הולנד.