2004 erschien das Album "A Crow Left of the Murder…", dem jedoch im Gegensatz zu den beiden Vorgängern eine Hitsingle fehlt. Vor allem in Hinblick auf die Songtexte hat sich die Band stark weiterentwickelt. So wird so stark wie auf keinem Incubus-Album zuvor auch politisch Stellung bezogen, das entsprechende Stück "Megalomaniac" erhält eine Grammy-Nominierung als beste „Hard Rock Performance“. Im selben Jahr erschien auch die Live-DVD "Incubus – Alive at Red Rocks".