1939 р. після договору Молотова-Рібентропа між Фашистською Німеччиною та владою СРСР про приєднання західних регіонів України до СРСР, лавра увійшла в молитовне спілкування з Російською церквою. В Лаврі звершувалися єпископські хіротонії, в тому числі лаврських насельників Веніаміна (Новицького), Димитрія (Магана), для різних міст України. Влада "забрала в лаври типографію, іконописну майстерню, іночеську лікарню, монастирський млин, архиєрейський дім, свічний завод разом з полями, лісами, садами та господарським інвентарем". Та монастир жив.