1959年、Tu-16爆撃機の飛行隊長に任命され、数年後、旅団長となった。1962年に北イエメン内戦が勃発すると、ムバーラクも派遣部隊に編入され、戦闘行動に参加した。1964年から1965年にかけて、ソ連のフルンゼ軍事大学で将校教育も受けた。