Es kam zum sogenannten Straßburger Kapitelstreit mit bewaffneten Auseinandersetzungen zwischen beiden Parteien, welche 1593 durch einen vorläufigen Kompromiss endeten, der Karl von Lothringen im linksrheinischen und Johann Georg im rechtsrheinischen Teil des Bistums die Vorherrschaft überließ. Letzterer führte in seinem Gebiet die Reformation ein, hob unter anderem die Klöster Allerheiligen und Ettenheimmünster auf und verpfändete sie an den Herzog Friedrich I. von Württemberg.