1641 wurde der "Bauerngeneral" Georg Kresse in Auma erschossen. 1790 vernichtete der größte bekannte Brand der Stadtgeschichte rund 200 Gebäude. Auf dem Weg nach Jena und Auerstedt im Jahr 1806 übernachtete Napoleon in der Stadt. Zwischen 1816 und 1920 gehörte die Stadt dem Großherzogtum Sachsen-Weimar-Eisenach. 1894 wurde Auma an die Bahnstrecke Triptis–Ziegenrück angeschlossen.