Als ein moralischer Sieg für Amerika auf einem Nebenschauplatz im Quasi-Krieg stellte sich die französische Kolonie Saint-Domingue heraus. Dort hatte die Haitianische Revolution unter Führung von Toussaint Louverture zur Befreiung der Sklaven geführt, die Adams, in dieser Frage ähnlich wie später Abraham Lincoln denkend, begrüßte, und bis 1796 spanische und britische Truppen von der ganzen Insel Hispaniola vertreiben können. Pickering und Adams sahen in Toussaint Louverture einen Verbündeten für Amerika und konnten im Kongress im Juni 1799 auf seine Zusage hin, alle Kaperfahrten gegen amerikanische Schiffe von Haiti aus zu unterbinden, eine Aufhebung der gegen Frankreich geltenden Handelsbeschränkungen im Falle Saint-Domingues erreichen. Zusätzlich wurde der Marineoffizier John Barry mit einer Flotte nach Haiti beordert, um dort mit einer Flaggenparade Toussaint Louverture den Respekt des amerikanischen Volkes zu zollen. Jefferson war wie die meisten Pflanzer in den Südstaaten von dieser Solidarisierung mit „rebellischen Negern“ entsetzt und unterstützte später als Präsident Napoleon Bonaparte bei der Wiedereinführung der Sklaverei in Santo Domingo.