1 августа 2011 года Нойер впервые вышел в составе «Баварии» на матч Кубка Германии. Это произошло в первом раунде данного турнира, мюнхенский клуб в итоге одержал победу над «Айнтрахтом» из Брауншвейга со счётом 3:0. Спустя шесть дней Мануэль дебютировал за «Баварию» и в Бундеслиге. Соперником «баварцев» в том матче стала мёнхенгладбахская «Боруссия». Во втором тайме Нойер совершил ошибку, которая привела к пропущенному мячу, после этого в его сторону обращалось много критики. Первое время в «Баварии» не стало для Нойера позитивным. Сказалось и отношение ультрас, и некоторые ошибки, а также то, что для болельщиков «Баварии» примером хорошего вратаря долгие годы был Оливер Кан. У Нойера и Кана были разные стили игры, что не играло на руку Мануэлю. К различиям в понимании правильной игры голкипера болельщики смогли привыкнуть не сразу. В дальнейшем Нойеру удалось установить новый рекорд по минутам без пропущенных голов в составе «Баварии» — 1147. В своём первом сезоне в составе нового клуба Мануэль вновь стал серебряным призёром Бундеслиги, на первом месте с отрывом расположилась «Боруссия Дортмунд». Нойер провёл 33 игры в этом турнире и пропустил в них лишь 22 мяча. Несмотря на это, результаты Мануэля не были признаны выдающимися, к примеру, журнал "Kicker" назвал лучшим голкипером сезона Бернда Лено, а Нойер не попал даже в первую десятку. Ему удалось проявить себя в Лиге чемпионов: на стадии полуфинала Нойер отразил два удара в серии послематчевых пенальти от Криштиану Роналду и Кака, благодаря чему после решающего гола Бастиана Швайнштайгера «Бавария» выиграла матч и прошла в финал турнира. В самом финале против «Челси» игра вновь дошёл до серии пенальти. Нойер отбил удар Хуана Маты, а затем из-за отсутствия на поле штатных пенальтистов Мюллера и Рибери реализовал удар сам. Однако в итоге «Бавария» потерпела поражение.