Yhdysvaltain ja Ison-Britannian välillä vuosina 1812–1814 käyty sota tarjosi Wilkinsonille viimeisen mahdollisuuden pelastaa maineensa. Hänet nimettiin vanhimpana amerikkalaisena kenraalina St. Lawrence -joelle Kanadaan hyökänneiden joukkojen komentajaksi. Tämä oli suuri kunnia Wilkinsonille, sillä englantilaisten ajaminen pois Pohjois-Amerikasta oli Yhdysvaltain tulevaisuudelle tärkeää.