Nella basilica è posto in cantoria in controfacciata l'organo a canne costruito da Giuseppe Bonatti di Desenzano attorno al 1726 circa. Nel periodo ottocentesco Giuseppe Grigolli, organaro veronese provvede a sostituire alcuni registri e la consolle meccanica originale di Bonatti con una pneumatica "all'avanguardia" dell'epoca. Negli anni '40 del Novecento la ditta Tamburini di Crema provvede a fornire una nuova consolle, alla trazione elettrica e ad un restauro accurato dello strumento, la catalogazione delle canne antiche e la sostituzione dei registri di Grigolli Viola da gamba 8' e Concerto viole 3 file rispettivamente con un Flautino 2' e un Ripienino 3 file. Viene poi aggiunto un fagotto 16' al pedale che si prolunga in fagotto 8' e clarone 4'. Il fagotto 8' si estende anche sul Grand'organo. Nel 2008 un ulteriore restauro e pulizia dell'organo con relativo restauro della cantoria e infine una pulizia generale e intonazione dopo la riapertura della basilica nell'estate 2014 a causa del terremoto.