Con la llegada de Pablo Morillo (1775-1837) a mediados de 1815 comenzaba la segunda etapa de la independencia neogranadina, caracterizada por una rápida Reconquista y la subsistencia de algunas guerrillas en los llanos de Casanare. Esta se prolongaría hasta la famosa campaña de 1819. A diferencia de otros territorios fielmente realistas, Pasto no obtuvo premios por su esfuerzo: el presidente Montes de la Audiencia quiteña, no envió al rey las primeras cartas donde mencionaba la sangría pastusa, había muy pocos peninsulares como para que ejercieran presión, estaba muy lejos y su importancia económica era ínfima.