John Le Marchant sposò il on 29 ottobre 1789, Mary, figlia di John Carey di Guernsey. Tutte le testimonianze suggeriscono che Le Marchant fosse stato un marito e un padre affezionati. Mary Le Marchant premorì al marito, morendo di parto nel 1811. Le Marchant ebbe Quattro figli e sei figlie. Due dei figli, Sir Denis Le Marchant, 1° Baronetto e John Le Marchant ottennero pubblici riconoscimenti. Il suo figlio maggiore, Carey, che si distinse nell'Assedio di San Sebastián, morì a Saint-Jean-de-Luz per le ferite riportate nell'ultima parte della guerra d'indipendenza spagnola. I figli rimasero orfani alla morte del padre e fu loro accordata una pensione di 1200 sterline. Il figlio più piccolo fu affidato a una zia.