Στις 23 Σεπτεμβρίου 1987, ο Ίλγκνερ έκανε το ντεμπούτο του για την Εθνική Δυτικής Γερμανίας στην εντός έδρας φιλική νίκη με 1-0 επί της Δανίας και στη συνέχεια ήταν ο αναπληρωματικός τερματοφύλακας, πίσω από τον Άικε Ίμελ, κατά τη διάρκεια του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος 1988. Στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 1990, ήταν η πρώτη επιλογή της χώρας, όπου ήταν σε εξαιρετική φόρμα και κατεύθυνε την αμυντική γραμμή που αποτελούταν από τους έμπειρους Κλάους Άουγκενταλερ, Αντρέας Μπρέιμε, Τόμας Μπέρτχολντ, Γκίντο Μπούχβαλντ και Γιούργκεν Κόλερ (με τον Ματίας Ζάμμερ να παίρνει τη θέση του Άουγκενταλερ στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 1992). Στον ημιτελικό, απέκρουσε το πέναλτι του Στούαρτ Πιρς στη διαδικασία των πέναλτι εναντίον της Αγγλίας και στη συνέχεια η ομάδα του θα ξεπερνούσε το εμπόδιο της Αργεντινής στον Τελικό, όπου θα διατηρούσε καθαρή εστία στη νίκη με 1-0.