A próxima década foi marcada por várias rebeliões contra a nova ordem política, incluindo revoltas navais (1891, 1893–94), a Revolução Federalista (1893–95), a Guerra dos Canudos (1896–97), e a Revolta da Vacina (1904), durante o qual a qualidade da Marinha do Brasil sofreu uma forte queda em relação aos seus vizinhos graças a uma corrida armamentista argentino-chilena. Na virada do século XX, uma frota naval brasileira antiquada, com apenas quarenta e cinco por cento de seu pessoal autorizado (em 1896) e apenas dois navios blindados modernos poderia ser enfrentada pelas marinhas argentinas e chilenas, cheias de navios encomendados na última década.