Vuoden 1943 lopulta lähtien Condoreita käytettiin yksinomaan kuljetuskoneina ja Junkers Ju 290 korvasi ne meritiedustelussa. Condoreitten merkittävin huoltokuljetustehtävä oli piiritetyn Stalingradin huoltaminen vuonna 1943. Koneitten valmistus päättyi 1944 jolloin niitä oli valmistettu 276 kappaletta. Stalingradissa sekä Saksassa 1945 Neuvostoliitto sai saaliikseen useita Fw-200-koneita ja niitä käytettiin useita vuosia muun muassa arktisilla alueilla.