El edificio que en la actualidad alberga el museo se construyó en un principio como Convento de la Merced. La Orden de la Merced fue fundada por san Pedro Nolasco en 1218. Tras la Reconquista de Sevilla en 1248, Fernando III cedió a la orden unas casas para la instalación del convento y le otorgó rentas al mismo. Las casas se encontraban en un terreno extramuros, cerca del río Guadalquivir, donde se levantó un convento de nueva planta en 1249. En 1251 se trasladaron a un lugar intramuros, cerca de la puerta Real.