Тогда же Л. Шарашенидзе был назначен главным советником Министерства обороны Грузии. В этом качестве он участвовал в Южноосетинской войне (1991—1992), принимал участие в дипломатических переговорах с Россией во время войны с Абхазией (1992—1993), впоследствии обвинил Шеварднадзе в нежелании встретиться с Владиславом Ардзинба и решить конфликт мирным путем.