En el siglo XXI la principal crisis que sufrió las fuerzas armadas sudanesas fue durante la escisión de Sudán del Sur en 2011 en donde buena cantidad de su armamento y hombres pasaron a formar parte de las nuevas Fuerzas Armadas de Sudán del Sur. Las fuerzas armadas sudanesas también participan desde 2015 en la intervención militar liderada por Arabia Saudita en la guerra civil yemení. En 2019 un Consejo Militar Transitorio de las fuerzas armadas lideraron un golpe de Estado contra el presidente Omar Hasán Ahmad al Bashir, quién gobernaba el país desde 1993.