Отец, Иван Осипович Петонди — архитектор, выходец из Тессинского кантона итальянской Швейцарии (род. 13.9.1765 Castel San Pietro, Ticino, Switzerland), урождённый Giovanni Battista Petondi}, в традициях семейных артелей тессинцев с малолетства начал учить сына архитектуре. В 13 лет обучение было переведено на академическую основу — Фома стал учеником Архитекторской школы Экспедиции Кремлёвского строения. Проучился Фома всего два года и 5 июня 1812 года был принят там же на службу в качестве помощника архитектора. Во время наполеоновского нашествия Экспедиция эвакуировалась в Ковров и Владимир. В рапорте от 16 октября 1812 года на имя начальника Экспедиции Кремлёвского строения, действительного тайного советника Петра Степановича Валуева, говорится, что «коллежский советник, архитектор Экспедиции Николай Кузьмин направляется из Коврова во Владимир в сопровождении выбранного им среди прочих архитекторского помощника канцеляриста Петонди». В декабре того же года Фома был «уволен означенной Экспедицией в отпуск на 29 дней в Орёл». Этот отпуск был вынужденным, так как его отец был тяжело болен, по-видимому, неизлечимо.