Menurut rencana awal, Masjid Raya Sumatra Barat akan dibangun dengan biaya sedikitnya Rp600 miliar karena rancangannya didesain dengan konstruksi tahan gempa. Kerajaan Arab Saudi pernah mengirim bantuan sekitar Rp500 miliar untuk pembangunan masjid, tetapi karena terjadi gempa bumi pada 2009, peruntukan bantuan dialihkan oleh pemerintah pusat untuk keperluan rehabilitasi dan rekonstruksi pasca-bencana. Pada 2015, Wakil Presiden RI Jusuf Kalla meminta anggaran pembangunan dipangkas. Pemangkasan anggaran membuat desain masjid berubah di tengah jalan, termasuk pengurangan jumlah menara dari awalnya empat menjadi satu.