Nell'estate del 1998 è Ottmar Hitzfeld a sedersi sulla panchina del club bavarese. Laureatosi campione d'Europa con il poco più di un anno prima, il tecnico svizzero comincia la stagione con la vittoria della Coppa di Lega (4-0 in finale allo Stoccarda) e guida il Bayern verso la sua sesta finale di UEFA Champions League: partendo dai preliminari, i rossi di Baviera vincono il proprio girone precedendo e , poi eliminano i connazionali del ai quarti di finale e gli ucraini della in semifinale, ritrovando così il Manchester United al Camp Nou di Barcellona. La finale pare andare per i verso giusto per i avaresi, che segnano in apertura con Mario Basler e mantengono il vantaggio fino al novantesimo, tuttavia i minuti di recupero sono a loro fatali: lo United segna due gol a tempo scaduto e conquista, così, la coppa. In questa stagione la squadra bavarese ha comunque messo in bacheca il titolo tedesco e lo stesso fa nella successiva: questa volta il campionato è vinto raggiungendo il all'ultima giornata e grazie alla miglior differenza reti. Poco prima la squadra era stata eliminata nella semifinale di UEFA Champions League dai futuri campioni del , che però erano finiti dietro ai tedeschi nella seconda fase a gruppi del torneo.