Castillo kwam zowel voor het Mexicaans nationaal elftal als het Uruguayaans nationaal elftal in aanmerking. Hij werd voor beide elftallen opgeroepen, maar hij weigerde destijds een keuze te maken. In 2006 probeerde de Griekse bondscoach Otto Rehhagel Castillo over te halen zich te laten naturaliseren tot Griek om zo voor Griekenland interlands te kunnen spelen. Dit was mogelijk omdat Castillo zes jaar in Griekenland woonde. In december 2006 koos hij voor het nationale team van zijn geboorteland Mexico na een gesprek met bondscoach Hugo Sánchez. De Copa América 2007 werd zijn eerste grote toernooi. Zowel in de eerste als in de tweede groepswedstrijd tegen Brazilië (2-0) en Ecuador (2-1) maakte Castillo het openingsdoelpunt. In de kwartfinale tegen Paraguay (6-0) maakte hij twee doelpunten. Mexico werd dat toernooi derde.