Tras arduas batallas y diversos conflictos, que impedían la elección popular del presidente, el Congreso realizó votaciones en las cuales resultó elegido Benito Juárez. También se declaró como Presidente de la Suprema Corte de Justicia a Jesús González Ortega. Por las dificultades del contexto histórico, el congreso le concedió facultades extraordinarias a Juárez, para que pudiera gobernar durante más de 4 años. A principios de 1862 se inició la Segunda intervención francesa en México que culminó con el imperio de Maximiliano. En la República Restaurada no hubo modificaciones en torno a la designación del presidente de la Suprema Corte de Justicia como sucesor necesario del presidente. En cambio, para lograr mayor equilibrio entre el Ejecutivo y el Legislativo, el presidente Juárez trató de restaurar la Cámara de Senadores, suprimida por la Constitución, restauración que logró su sucesor, el presidente Sebastián Lerdo de Tejada, en 1874.