Dwa lata później Joffé wyreżyserował "Misję", również wyprodukowaną przez Puttnama; dramat historyczny rozgrywający się na terenach dzisiejszego Paragwaju, oparty na autentycznych wydarzeniach z XVIII wieku. Osady Indian Guarani, w których siedzibę mają jezuickie misje (tzw. redukcje paragwajskie), mają zostać przekazane Hiszpanom i Portugalczykom, co spotyka się z oporem części duchowieństwa. W głównych rolach wystąpili Jeremy Irons i Robert De Niro. Film zdobył szereg nagród, w tym Złotą Palmę na 39. MFF w Cannes, a także przyniósł Joffemu kolejne nominacje do Oscara i BAFTA.