Tokom NATO bombarovanja 1999. godine, u noći između 25. i 26. maja, u crkvi je izbio požar koji je u velikoj meri uništio oltarski prostor. Izgorele su odežde, Jevanđelje, krstovi, darohranilnica, kadionice, nagoreo je ikonostas koji datira iz 1938. godine, koji je saniran, dok su Carske Dveri potpuno izgorele. Nove Carske Dveri oslikala je Tatjana Jovanović, akademski slikar. Pošto su vlaga i požar potpuno uništili freskopis, rad jeromonaha Nauma Andrića iz Bačke, Njegova Svetost Patrijarh Pavle je za freskopisanje oltarskog dela preporučio Milovana Beloševića iz Beograda. Što se tiče misionarske delatnosti Rakovičkog hrama, treba pomenuti da je sveštenstvo, na čelu sa starešinom o. Slobodanom Godićem, od 1998. godine organizovalo versku nastavu za odrasle, na kojoj su se kao predavači, osim sveštenika, javljali i ljudi iz različitih oblasti. Primetno je i angažovanje na publikaciji „Reč hrama Svetih apostola Vartolomeja i Varnave u Rakovici“, koja izlazi o većim praznicima.