Efter slaget vid Storkyro tvingades dock svenska armén att retirera och Clercks residens plundrades under inledningen till den så kallade Stora ofreden. Han gjorde försök att få bli förflyttad till Sverige, åberopande sig på sina 44 tjänstgöringsår, men fick inget svar. Han slog sig ned Uleåborg och försökte hjälpa Armfeldt med reorganiseringen av armén. Då Armfeldt i september 1714 utrymde Finland avreste dock Clerck till Stockholm dit han tog med sig länsstyrelsearkivet som räddats vid residensets utrymning.