Vaughan komt uit de jeugdopleiding van Everton. Op 10 april 2005 debuteerde hij in de Premier League tegen Crystal Palace. Hij was toen 16 jaar en 271 dagen oud. Daardoor nam hij James Milner's record af als jongste debutant in de Premier League. Enkele maanden later tekende hij zijn eerste profcontract. Everton leende hem driemaal uit. Tussen 2009 en 2011 speelde hij op uitleenbasis voor Derby County, Leicester City en Crystal Palace. Met Everton stond hij op 30 mei 2009 (als invaller) in de finale van de strijd om de FA Cup. Daarin verloor de ploeg van trainer-coach David Moyes met 2-1 van Chelsea door goals van Didier Drogba en Frank Lampard.