По настоянию жены и, по совместительству, личного менеджера Мартины Штефан Эффенберг вновь решил попробовать свои силы в «Баварии», куда он перешёл в 1998 году. Следующие четыре сезона в мюнхенском клубе оказались самыми успешными в карьере Эффенберга. Он был одним из лучших игроков в команде, стал её капитаном и лидером. В 1999 году играл с «Баварией» в финале Лиги чемпионов, где немцы на последних минутах уступили английскому «Манчестер Юнайтед». В 2001 году Эффенберг стал главным героем финального матча Лиги чемпионов против «Валенсии», в котором он забил два пенальти, один с игры, другой в послематчевой серии, что позволило «Баварии» выиграть турнир. УЕФА признал Эффенберга самым ценным игроком еврокубкового сезона 2000/2001. Также Штефан три года подряд (1999—2001) становился чемпионом Германии, выиграл ещё один Кубок Германии в 2000 году и Межконтинентальный кубок в 2001 году.