In de zomer van 2012 keerde Insigne terug bij Napoli. Op 16 september maakte hij zijn eerste doelpunt in de Serie A bij een 3–1 zege op Parma. Vier dagen later maakte Insigne zijn Europese debuut in het Europa League-duel met AIK Fotboll. Deze wedstrijd werd met 4–0 gewonnen door Napoli, Insigne was goed voor twee assists. Napoli werd tweede in de Serie A. Insigne speelde in deze competitie 37 wedstrijden en scoorde hierin vijf keer. Op 18 september 2013 speelde hij voor het eerst in de Champions League, tegen Borussia Dortmund. Insigne scoorde de 2–0 in de met 2–1 gewonnen wedstrijd. Op 13 april 2014 speelde Insigne in het competitieduel met AS Roma met de aanvoerdersband om. Op 3 mei won Napoli voor de vijfde keer in haar clubhistorie de Coppa Italia. In de finale werd Fiorentina met 1–3 verslagen. Insigne was in de eerste helft verantwoordelijk voor zowel de 0–1 als de 0–2. In een competitiewedstrijd met datzelfde Fiorentina op 9 november 2014 scheurde Insigne zijn kruisband. Vijf maanden later keerde Insigne terug op het voetbalveld tegen AS Roma. Hij miste ook de Supercoppa, die na een strafschoppenreeks tegen Juventus werd gewonnen. Napoli bereikte dat seizoen de halve finale van de Europa League. Daarin werd het uitgeschakeld door FK Dnipro.