Botia w 2009 roku otrzymał po raz pierwszy powołanie do reprezentacji Hiszpanii do lat 21. W tym samym roku pojechał na Mistrzostwa Świata U-20 w Piłce Nożnej 2009 podczas których wystąpił we wszystkich czterech meczach Hiszpanów. Dwa lata później był podstawowym zawodnikiem drużyny, która zdobyła Mistrzostwo Europy do lat 21. W tym samym roku w sierpniu otrzymał po raz pierwszy powołanie do seniorskiej kadry od Vicente del Bosque. Ostatnią dużą imprezą dla Alberto były Letnie Igrzyska Olimpijskie 2012 podczas których wystąpił w dwóch ostatnich meczach reprezentacji Hiszpanii, która odpadła z turnieju nie zdobywając nawet bramki.