Mit der Operation Regenbogen beteiligte sich der KGB an der Evakuierung von afghanischer Opposition aus Afghanistan. Am 19. September 1989 wurde Sayed Mohammad Gulabzoy über Bulgarien in die Sowjetunion verbracht und diente als Scout bei der Operation Storm-333. Mit der sowjetischen Intervention in Afghanistan wurde ein afghanischer Revolutionsrat als Regierung eingesetzt; hier firmierte er vom 28. Dezember 1979 bis Oktober 1988 als Innenminister und wurde als solcher am 11. Januar 1980 bestätigt. Als Innenminister ließ er eine Spezialpolizei zur Verfolgung der Mudschahedin, die "zarandoi" rekrutierten. 1983 wurde er zum General befördert und 1987 in das Politbüro der Demokratischen Volkspartei Afghanistans aufgenommen.