Судьба документов складывалась непросто: по упразднению Разрядного приказа (1711) документы были снесены в «нижние палаты» (архив разряда), в последующем перенесены на Старый казённый двор (1714) и только после большого московского пожара (1737) переданы в архив Московской сенатской конторы. Частые перемещения комплекса, неудовлетворительные условия хранения привели к тому, что уже к 40-м годам XVII века немало документов оказалось в плохом состоянии, а отдельные были утрачены. При занятии французскими солдатами Москвы (1812), и расположении их в здании Сената, где располагался архив, более половины документов комплекса были уничтожены, а уцелевшие сильно пострадали.