Under den schmalkaldiske krigen og trettiårskrigen var Leipzig flere ganger under beleiring, og endog inntatt og plyndra. Både i 1631, 1632 og 1642 ble store slag utkjempa så å si utenfor Leipzigs porter; det første og siste ved Breitenfeld, det andre ved Lützen. 1600-tallet var til overmål også ei tid da kolera og pest herja i byen.