I Peloponneskrigen, utkjempet i tidsrommet 431-404 f.Kr., sto Zakynthos fortsatt på Athens side, og ved sistnevntes nederlag kom øya inn under Spartas kontroll. Da kongeriket Makedonia under Filip II begynte å ekspandere, kom Zakynthos inn under makedonsk kontroll. I den første krigen mellom Makedonia og Romerriket besatte romerne øya i 211 f.Kr.og herjet den, men forlot den deretter.