Após a eclosão da II Guerra Mundial, todos os pilotos foram recrutados para o serviço militar e houve uma proibição da aviação civil. Em 1940, a empresa iniciou voos aéreos de ambulância para os militares. Após a invasão alemã da Noruega, muitos dos pilotos e aeronaves da Widerøe foram levados para Mjøsa, onde serviram como parte da defesa norueguesa. Todas as aeronaves civis ficaram em terra durante a Ocupação Nazi na Noruega e as autoridades alemãs exigiram a entrega de magnetos e hélices. A oficina em Bogstad foi mantida ocupada com a produção de trenós de ambulância para os militares alemães. Em segredo, a empresa também começou a construir o avião-ambulância Hønningstad C-5 Polar em Bogstad.