Tijdens de Tweede Wereldoorlog was de stad vooral bekend van de grote vlucht in 1940 vanuit Duinkerke van het Britse expeditieleger voor de Duitsers (de Evacuatie uit Duinkerke). De stad zelf werd daarbij grotendeels verwoest, en daarna door de Duitsers tot een vesting omgebouwd. Bij de bevrijding van Frankrijk in 1944 bleef de "Festung Dünkirchen", net als sommige andere Franse kuststeden, in Duitse handen, deels beschermd door de overstroomde polders in de omgeving. De Duitse troepen werden vanuit IJmuiden bevoorraad door onderzeeërs van het type Biber. De bevolking was grotendeels geëvacueerd. Pas op 9 mei 1945 (een dag na de officiële capitulatie van Duitsland) gaf het Duitse garnizoen zich over.