En su crítica a la participación del Reino Unido en las guerras de Iraq y Afganistán, Choudary alabó a los terroristas que perpetraron los atentados del 11 de septiembre de 2001 (Nueva York) y del 7 de julio de 2005 (Londres). Defiende la implantación de la "sharia" —la ley religiosa islámica— en el Reino Unido y en Polonia. Participó en actos de protesta con motivo de la publicación de caricaturas de Mahoma por parte del Jyllands-Posten, a continuación de los cuales se le enjuició por organizar una manifestación ilegal. Durante un acto de protesta frente a la Catedral de Westminster en 2006, Choudary manifestó frente a los asistentes a la misma que habría que ejecutar al Papa por insultar al islam.