Město založil v roce 1541 první místokrál Nového Španělska Antonio de Mendoza. V předkolumbovském období se místo, na kterém vznikla Morelia, nazývalo "Guayangareo". V prvních letech evropské kolonizace dostalo název "Ciudad de Mechuacán", ale již v roce 1545 bylo přejmenováno na "Valladolid" podle stejnojmenného španělského města. Název "Morelia" dostalo město až v roce 1828 po jednom z vůdců mexické války za nezávislost a zdejším rodákovi jménem José María Morelos.