Du Pakistan à l'Afghanistan, les problèmes sont d'abord logistiques (acheminement et conditionnement des vaccins) et administratifs (corruptions et fraudes jetant le doute sur la validité des rapports). Les vaccinateurs doivent opérer dans des régions difficiles, des bidonvilles de Karachi jusqu'à la passe de Khyber où ils négocient des « jours de tranquillité » avec des talibans et chefs de guerre locaux. La rumeur selon laquelle la vaccination serait un prétexte pour rechercher l'ADN des enfants de Ben Laden a apparemment été confirmée lors de sa mort en 2011. Il s'est ensuivi des représailles contre des équipes de vaccination en 2012 et 2013 en Afghanistan et au Nigeria et pour la première fois des vaccinateurs sont tués en étant pris pour cibles spécifiques.