&lt;a href="%D0%A4%D0%9A%20%C2%AB%D0%91%D0%B0%D0%B2%D0%B0%D1%80%D0%B8%D1%8F%C2%BB%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202016/2017"&gt;Сезон 2016/17&lt;/a&gt; для Нойера и «Баварии» сложился похожим образом. Несмотря на смену тренеров (ушедшего Гвардиолу сменил Карло Анчелотти), «баварцы» вновь одержали победу в Бундеслиге, а также впервые за три года смогли выиграть Суперкубок Германии. Несмотря на эти победы, в Кубке Германии «Бавария» завершила своё выступление в полуфинале, там мюнхенский клуб обыграла дортмундская «Боруссия», так как Нойер пропустил три мяча, а игроки «Баварии» забили только два. В четвертьфинале &lt;a href="%D0%9B%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D1%87%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BE%D0%B2%20%D0%A3%D0%95%D0%A4%D0%90%202016/2017"&gt;Лиги чемпионов 2016/17&lt;/a&gt; против мадридского «Реала» Мануэль получил серьёзную травму — перелом плюсневой кости, из-за которой в том сезоне больше не сыграл, вернувшись в состав команды лишь в августе. «Бавария» в игре против испанской команды потерпела поражение и завершила своё выступление в том розыгрыше еврокубка.