東突厥斯坦一直由中華人民共和國所控制。東突流亡政府認為這是非法的軍事佔領。東突流亡政府的立场是「東突厥斯坦與其人民有著漫長的獨立歷史」。東突流亡政府官員並不認為自己是「分離主義者」，他們表示「你不能從不屬於你的東西中分離出來」。而中華人民共和國認為，中國在1949年就已經「和平解放新疆」。該地區「早就是中國的一部分」。