Unas semanas después del comienzo de la contienda presidió el tribunal militar que condenó a muerte al general Campins. En diciembre el ya «generalísimo» Francisco Franco lo ascendió al rango de general de división, y fue puesto al frente de la VIDivisión Orgánica, que aumentó en tamaño hasta convertirse en el 6.º Cuerpo de Ejército. Desde este puesto organizó nuevas unidades para el Ejército sublevado, especialmente en la Campaña del Norte. Durante la ofensiva de Vizcaya, en la primavera de 1937, López-Pinto tuvo el mando oficial de las tropas como jefe de la VI División, aunque el mando real de las tropas estaba en manos del general Sochalga. A partir de octubre de 1937 la VI División fue renombrada como VI Región Militar, pasando López-Pinto a estar al frente de la misma durante el resto de la contienda.