Il participe à la conquête de la Série mondiale 2013 par les Red Sox et dispute 12 matchs éliminatoires, dont les 6 de la grande finale. En deux passages au bâton contre les Rays de Tampa Bay dans la Série de division, Bogaerts récolte deux buts-sur-balles et marque 3 points (il a aussi fait une présence comme coureur suppléant).