После возвращения в 1807 году Кларк был назначен президентом Джефферсоном бригадным генералом милиции Территории Луизиана. Кларк выполнял функцию представителя правительства Территории по отношениям с индейцами. Его бюро находилось в столице территории, Сент-Луисе. Кларк активно участвовал в Англо-американской войне 1812 года, действие которой разворачивалось в верхнем течении Миссисипи.