Během krymské války velel baterii kapitánporučík Nikolaj Fjodorovič Andrejev. Když však město napadly spojenecké lodě (5. října 1854), Michajlovská baterie se jich nezúčastnila, neboť plavidla útočníků byla mimo dostřel. Po zbytek války se v kasematách nacházela vojenská nemocnice.