Po wybuchu I wojny brytyjsko-afgańskiej został oficerem politycznym w Kohistanie. Po wybuchu rebelii w 1841 r. wycofał się do Czarikaru. Na czele oddziału Gurkhów wytrzymał tam 14-dniowe oblężenie, po czym przebił się do głównych sił w Kabulu. Pottinger został wówczas ranny w nogę. Tam wobec śmierci Williama Macnaghtena, został wysłannkiem brytyjskim na dwór afgański i prowadził z Akbarem Chanem negocjacje na temat ewakuacji Armii Indusu.