Clark diede l'ordine per l'inizio dei bombardamenti nell'Operazione Allied Force il 24 marzo 1999 per cercare di far rispettare la risoluzione ONU 1199 in seguito al rifiuto della Jugoslavia degli accordi di Rambouillet. Tuttavia, i critici fanno notare che la risoluzione 1199 fu un appello per la cessazione delle ostilità e non autorizzava nessuna delle parti ad intraprendere azioni militari. Il Segretario della Difesa, William Cohen, ritenne che Clark avesse potenti alleati alla Casa Bianca, come il Presidente Bill Clinton e il Segretario di Stato Madeleine Albright, che gli permisero di eludere il controllo del Pentagono e promuovere le sue idee strategiche, mentre Clark sentì di non essere abbastanza considerato nelle discussioni con il Comando dell'Autorità nazionale, portando Clark a descrivere se stesso come "un semplice ufficiale della NATO che riferiva agli Stati Uniti".