Den bosnienserbiska separatiströrelsen under ledning av Radovan Karadžićs SDS-parti hade redan under hösten 1991 utropat autonoma serbiska områden i Bosnien. I och med Bosniens självständighet utropades nu en ”serbisk republik” (Republika Srpska) i likhet med den som tidigare utropats i Kroatien. Med hjälp från den Jugoslaviska folkarmén och trupper från Serbien och Montenegro expanderades den självutnämnda ”serbiska republiken” genom att man ockuperade omkring 70 procent av Bosniens territorium. Detta var början på Bosnienkriget där 110.000 människor fick sätta livet till varav var hälften civila varav 83 procent var bosniaker. Kroater och bosniaker var allierade när kriget bröt ut, men 1993 utbröt dock inbördes strider då kroater ville tilldela västra delar av landet till Kroatien. I takt med att den bosniska armén skaffade sig fler vapen och blev mer organiserad, befriade man också mer territorium främst i centrala Bosnien där kroaterna omringades, vilket 1994 resulterade i den bosnisk-kroatiska federationen. Under 1995 fick de bosniska och kroatiska styrkorna övertaget. Kriget tog slut 1995 efter Natos och andra internationella organs påtryckningar med bland annat Natos bombkampanj mot serbiska militären, Operation Deliberate Force.