В период гражданской войны в Шотландии 1644—1646 гг. Линдси входил в специальный парламентский комитет в армии ковенантеров, стоявших над военным командованием. Во многом из-за непрофессиональных приказов комитета войска ковенантеров неоднократно терпели поражения от армии роялистов Монтроза. В конце 1647 г. Линдси поддержал заключения «Ингейджмента» с королём Карлом II, а после провала экспедиции «ингейджеров» и прихода к власти радикальных пресвитериан, был смещён в 1649 г. с поста лорда-казначея и лишён права занимать государственные должности.