Wüstungen sind Ortschaften, die heute nicht mehr existieren. Insgesamt lassen sich im heutigen Stadtgebiet von Jena 26 Wüstungen nachweisen. Ursachen für diese hohe Dichte sind unter anderem kriegerische Auseinandersetzungen, wie die Einnahme der Burgen auf dem Hausberg durch die Erfurter 1304, der Thüringer Grafenkrieg von 1342 bis 1346 oder der Sächsische Bruderkrieg von 1446 bis 1451, aber auch natürliche Faktoren wie Wasserknappheit und Umweltkatastrophen. Für das Verschwinden einiger Ortsnamen ist auch die Verschmelzung mit dem nächstgrößeren Ort verantwortlich, wie bei den alten Jenaer Vorstädten.