Dopo le folgoranti vittorie in Italia Napoleone decise di invadere l'Egitto, all'epoca alleato della Gran Bretagna, e il Direttorio acconsentì all'impresa. Sulla via dell'Egitto, Napoleone conquistò Malta a scapito dei Cavalieri di San Giovanni. In seguito l'esercito francese sconfisse gli Ottomani nella Battaglia delle piramidi. Nel frattempo la flotta britannica, comandata dall'ammiraglio Nelson, distrusse quella francese nella battaglia del Nilo. Venuti a conoscenza della disfatta francese, gli ottomani misero in piede un esercito per attaccare Napoleone in Egitto, ma Napoleone ancora una volta preferì contrattaccare. Venne anche pianificata l'invasione della Siria, ma l'assedio di Acri fallì, così Napoleone dovette far ritorno in Europa, lasciando una significativa parte dell'esercito in Egitto. Gli uomini rimasti in Egitto subirono un attacco congiunto dalle forze britanniche e mamelucche, ma vennero respinte nell'assedio del Cairo nel marzo 1800. Nonostante le vittorie sui campi di battaglia, l'esercito francese dovette arrendersi lo stesso, poiché scoppiò un'epidemia.