Po prevzatí moci komunistami vo februári 1948 sa stal členom Akčného výboru Slovenského národného frontu v Ivanke pri Dunaji a neskôr predsedom Diecézneho mierového výboru katolíckeho duchovenstva. V roku 1949 spoluzakladal tzv. Katolícku akciu, ktorú vtedajší biskupi tvrdo odsúdili pastierskym listom ako rozkolnícku. Keď sa po smrti biskupa Andreja Škrábika uvoľnil biskupský stolec v Banskej Bystrici, štát neuznal právoplatne zvoleného kapitulného vikára Daniela Briedoňa, donútila ho k abdikácii a 13. februára 1950 ho Slovenský úrad pre veci cirkevné vymenoval za administrátora diecézy. Diecézu spravoval z hospodárstej stránky, duchovnú stránku riadil nitriansky biskup Eduard Nécsey. Vzhľadom k tomu, že neboli dodržané predpisy kánonického práva, 18. februára 1950 Svätá Stolica Jána Decheta exkomunikovala, "„pretože sa opovážil prijať od laickej vrchnosti úrad správcu uprázdnennej banskobystrickej diecézy“". Exkomunikáciu sňal trnavský apoštolský administrátor Ambróz Lazík na základe mimoriadnych fakúlt, ktoré dostal od Svätej stolice začiatkom roka 1950. Podmienkou sňatia exkomunikácie, bolo Dechetovo odstúpenie z funkcie administrátora. To sa však nikdy neuskutočnilo.