В ходе Войны за португальское наследство в XVI веке, когда Португалия была временно завоёвана Испанией, обязанности апостольского нунция в Португалии исполнял апостольский нунций в Испании. Позднее, с момента восстановления независимости Португалии в XVII веке, должность апостольского нунция в Португалии была восстановлена.