Konfederaatio syntyi vuoden 1641 katolisten kapinan ja samaan aikaan käynnissä olleen Englannin sisällissodan seurauksena. Sen perustivat Irlannin vanhoihin englantilaistaustaisiin katolisiin ylimyssukuihin ("Old English") kuuluneet Irlannin parlamentin edustajat yhdessä katolisten piispojen kanssa, joista kumpikaan ryhmä ei ollut osallistunut itse kapinaan. Heidän alkuperäisenä tarkoituksenaan oli saada järjestystä alueille, jotka kapinalliset olivat vallanneet. Kilkennyn kaupungissa toukokuussa 1642 pidetty kirkolliskokous kutsui katolisia eri puolilta Irlantia kokoontumaan sinne ja kesäkuussa katolisten ”korkein neuvosto” järjestäytyi Kilkennyssä. Konfederaation edustajakokous kokoontui ensimmäisen kerran Kilkennyssä 24. lokakuuta 1642 ja se kutsuttiin koolle kahdeksan kertaa vuoteen 1650 mennessä. Kokous asetti Irlannille hallituksen, ryhtyi keräämään veroja ja kokoamaan armeijaa. Konfederaation hallitsema alue käsitti noin kaksi kolmasosaa Irlannista.