Als im Zug der Reformation das Kloster 1531 aufgelöst und als Armenhaus genutzt wurde, blieb die Burgkirche als evangelische Kirche bestehen, wurde aber nicht Pfarrkirche. Die Seitenkapellen gehörten einzelnen Ämtern oder wurden als Grabkapellen genutzt, unter anderem für den Subrektor und Bibliothekar Karl Heinrich Lange, den Superintendenten Johann Gottlob Carpzov, den Hauptpastor Jakob von Melle und den Ratssyndikus und Dompropst Johann Scheven. Um 1600 erhielt die Ostfassade einen Treppengiebel. Bereits zu Beginn des 17. Jahrhunderts gelangten Kunstgegenstände der Ausstattung an Kirchen im Umland, beispielsweise der Marienaltar in die Dorfkirche Herrnburg. Der letzte Prediger, Gottlieb Nikolaus Stolterfoht, wurde am 6. November 1806 bei der Erstürmung Lübecks durch die Franzosen erschossen. Seither wurde in der Kirche kein Gottesdienst mehr gehalten.