1 вересня 839 року амальфійці обрали власного префекта, що стало кроком до набуття фактичної незалежності, хоча формально Амальфі продовжувало знаходитись під владою Візантії. В 849 р. флот Амальфі прийшов на допомогу папі Леву IV під час нападу сарацинів на Рим і грав важливу роль в переможній битві при Остії. У 897 р. самоврядна республіка, все ще номінально підвладна Візантійській імперії, зазнала поразки у війні із Сорренто, яке підтримував Неаполь, в результаті якої її префекта було захоплено в полон і пізніше викуплено городянами.У 903 році амальфійці об'єднали зусилля з Неаполем для спільної атаки на арабів, що утвердились на березі річки Гарільяно. Однак об'єднані сили Амальфі та Неаполя були відкинуті арабами та їх союзником, морським торговим містом Гаета. В той же час, у 915 році Амальфі не приєднався до об'єднаної християнської армії на чолі з папою Іваном Х, яка у вирішальній битві перемогла арабські війська при Гарільяно, не дивлячись на те, що в ній приймали участь майже усі християнські державні утворення півдня Італії - як візантійські, так і лангобардські, зокрема Гаета і Неаполь. Це, швидше за все, було пов’язано з тим, що з 909 року Амальфі активно торгував з Фатимідським халіфатом і не хотів ризикувати відносинами з цим потужним торговим партнером.