Nach seiner Rückkehr stieg er im Juli 1871 in den Rang eines Generalleutnants auf und kommandierte 1874 die Strafexpedition japanischer Truppen nach Taiwan. Als sein Bruder 1873 nach der Seikanron-Debatte die Regierung unter Protest verließ und einige Jahre später eine Revolte in Satsuma anzettelte, blieb Tsugumichi der Meiji-Regierung gegenüber loyal, obwohl sich viele ehemalige Satsuma-Samurai Takamori anschlossen.