В 1738 году, после смерти от моровой язвы (чумы) вице-адмирала Сенявина Н. А. (1680—1738), принял начальство над всеми морскими силами, участвовавшими в войне против турок, Василий Афанасьевич принимает командование флотилией, которая воевала тогда против турок.