En la primavera de 1938 al frente de su unidad cubrió la retirada republicana en el Maestrazgo durante la Ofensiva de Aragón. Ascendido al rango de coronel, fue puesto al mando del XX Cuerpo de Ejército, agrupación al frente de la cual participó en la defensa de la Línea XYZ. A pesar de su cercanía a los comunistas, en marzo de 1939 aceptó el golpe de Casado contra el gobierno legítimo republicano. A finales de marzo, cuando las fuerzas de Franco se aproximaban a Valencia, Durán logró salir del puerto de Gandía a bordo de un destructor británico junto a otros refugiados republicanos.