Nach seiner Beförderung zum Generalmajor am 30. Januar 1945 wurde Ahlfen von Generalfeldmarschall Ferdinand Schörner zum Kommandeur der Festung Breslau (2. Februar 1945) anstelle des ursprünglich vorgesehenen Generalmajors Johannes Krause ernannt, der krankgeschrieben war. Die Stadt wurde am 15. Februar 1945 von der Roten Armee eingeschlossen. Während der Verteidigung eignete sich Gauleiter Karl Hanke jedoch weitreichende Kompetenzen an und überwarf sich schließlich mit Ahlfen. Hanke intervenierte direkt bei Hitler und erreichte Ahlfens Ablösung. Am 8. März 1945 übernahm der eingeflogene General der Infanterie Hermann Niehoff das Kommando. Nach einigen Wochen ohne Verwendung erhielt Ahlfen am 25. März 1945 den Posten als "General der Pioniere" in der Heeresgruppe B. Am 17. April 1945 geriet er in westalliierte Gefangenschaft, aus der er am 30. Juni 1947 entlassen wurde.