Il 15 settembre 1795 venne comandato in Vandea: lì, a Fontenay assunse, il 1º ottobre, il comando della 3ª Divisione dell'Armata dell'Ovest, incaricata della repressione contro i realisti Vandeani. Eppoi, il 9 dicembre (o il 18), addirittura il comando dell'intera armata. Lì venne accusato di mene ed intrighi con i realisti ribelli, detti "chouan", ebbe un contrasto con l'Hoche, che lo accusò di aver trattato, pur privo di ordini, con alcuni capi ribelli. Questi aveva condotto le operazioni sin dalla ripresa dei combattimenti, su iniziativa realista, il 24 giugno: questa seconda guerra vandeana ebbe una storia assai inferiore alla precedente: gli insorti, al comando del Sombreuil, figlio e fratello di ghigliottinati furono assediati sulla penisola di Quiberon. Qui capitolarono il 21 luglio nelle mani di Hoche, sotto condizione che i suoi uomini avessero salva la vita. Contrariamente a tali condizioni, egli venne giudicato insieme ad altri 16 prigionieri, tutti condannati a morte e giustiziati, il 28 luglio, a Vannes. Dei 952 prigionieri oltre 750 verranno fucilati.