31 августа 1944 года после начала Словацкого национального восстания был назначен высшим руководителем СС и полиции в Словакии. Ему было поручено руководить подавлением восстания. Прибыв в Братиславу, Бергер заявил, что «необходимо наводить кладбищенский покой после любого восстания». На посту высшего руководителя СС и полиции в Словакии Бергер находился до 20 сентября 1944 года, когда был заменён Германом Хёфле.