23 апреля 1945 г. Каммлер переезжает в Эбензее. Именно здесь в горах на берегу озера Траунзее, ещё в 1943 году под его командованием была начата работа по созданию гигантского подземного комплекса для строительства МБР «А-9»/«А-10», получившего кодовое наименование «Zement». 4 мая он отправляется в Прагу, откуда бежит 9 мая после победы Пражского восстания. У Каммлера была единственная веская причина для того, чтобы проделать этот путь — документация группы по специальным проектам, находящаяся на «Шкоде» и в её административных офисах в Праге. По другим данным, последний раз Каммлера видят в Обераммергау в гостинице «Ланг». Нечаянным свидетелем разговора Каммлера с начальником его штаба, оберштурмбанфюрером СС Штарком стал Вернер фон Браун. По его словам они собирались сжечь свои мундиры и ненадолго затаиться в монастыре XIV века в Эттале, расположенном в нескольких километрах от Обераммергау.