Οι βλέψεις του Χίτλερ για την Αυστρία δίνουν την ευκαιρία δράσης στον Χάιντριχ: Ενθαρρύνει τους εγχώριους Ναζιστές στη διασπορά ανασφάλειας και την εκτέλεση δολιοφθορών. Όταν, τελικά, η Αυστρία προσαρτάται στο Γ΄ Ράιχ, ο Χάιντριχ αναλαμβάνει την εξόντωση των αντιναζιστών και την απέλαση των Εβραίων από τη χώρα. Ιδρύει Γραφείο της Γκεστάπο και αναθέτει τη διεύθυνσή του στον Αυστριακό, γεννημένο στην Γερμανία, Ναζιστή Άντολφ Άιχμαν (Adolf Eichmann). Το Γραφείο αυτό αναλαμβάνει την ασφαλή έξοδο των Εβραίων από τη χώρα με αντάλλαγμα ολόκληρη την περιουσία τους. Περίπου 100.000 Εβραίοι εγκαταλείπουν τη χώρα και τα υπάρχοντά τους στη διάθεση των SS.