Während des kommunistischen Umsturzes im Februar 1948 nahm Masaryk keine eindeutige Haltung ein. Wenig später wurde er, nur in seinen Pyjama gekleidet, im Hof des Palais Czernin, dem Sitz des Außenministeriums, unter dem Badezimmerfenster tot aufgefunden (sogenannter „Dritter Prager Fenstersturz“). Trotz mehrerer gerichtlicher Untersuchungen war lange nicht geklärt, ob er sich das Leben genommen hatte oder ermordet wurde.