Mitte des 19. Jahrhunderts siedelten sich einige Industriebetriebe in der Stadt an. Zu einem großen Problem wurde in dieser Zeit der aufkommende Nationalismus, der Dänen und Deutsche in Schleswig zusehends voneinander trennte. Als und damit auch Sønderborg wurden im Schleswig-Holsteinischen Krieg 1848–1850 von dänischen Truppen gehalten und kamen daher glimpflicher durch die Wirren der Zeit als der Rest des Herzogtums. Der Deutsch-Dänische Krieg 1864 führte jedoch durch ein preußisches Dauerbombardement zu einer erheblichen Zerstörung der Stadt, bei der unter anderem auch das Stadtpalais des Herzogs Ernst Günther vernichtet wurde.