Mit dem Amt übernahm er auch die Aufgabe, die Vorgänge um den Luftangriff bei Kundus vom 3. und 4. September 2009 aufzuklären, der zur Amtszeit seines Vorgängers Franz Josef Jung erfolgt war. Guttenberg nahm die Bundeswehr zunächst, wie zuvor Jung, gegen Vorwürfe in Schutz, der Angriff sei ungerechtfertigt gewesen, räumte im Gegensatz zu seinem Vorgänger jedoch zugleich den Tod von Zivilisten ein. Dennoch bezeichnete er den Einsatz am 6. November 2009 als „militärisch angemessen“. Am 3. Dezember 2009 revidierte Guttenberg jedoch seine Aussage, nachdem er zuvor Generalinspekteur Wolfgang Schneiderhan und Staatssekretär Peter Wichert aufgrund zurückgehaltener Informationen entlassen hatte.