Comenzó de buena manera la temporada 2013-2014 tras proclamarse como campeón de la Supercopa de Alemania el 27 de julio de 2013 en el Signal Iduna Park contra el Bayern de Múnich por 4-2, partido en el que originó el autogol de Daniel van Buyten y anotó el tercer gol del Dortmund. El 10 de agosto fue titular en el debut por la Bundesliga 2013-14 en la goleada por 0-4 sobre el Ausgburgo, siendo reemplazado a los 57 minutos por Jakub Błaszczykowski. Tras disputar el 14 de agosto un amistoso por la selección contra Paraguay, sufrió una grave lesión en la espalda que requirió cirugía, lo cual trajo como consecuencia que se perdiera prácticamente toda la temporada 2013-14. Debido a esto, solo tuvo tres apariciones en la temporada (1 en Bundesliga, 1 en la Supercopa de Alemania y 1 en la Copa de Alemania). A pesar de su prolongada inactividad, en abril de 2014 se anunció su renovación con el club, ampliándose el contrato hasta junio de 2016. En la Bundesliga, el Dortmund nuevamente culminó en el segundo lugar, a 19 puntos de su rival, el Bayern de Múnich.