В 1959 году, после подавления Китаем восстания в центральном Тибете, там начались массовые репрессии против религии. Богдо-гэгэн эмигрировал в Индию вместе с Далай-ламой XIV, с которым у него был общий учитель ещё до 1959 года. Жил в районе Дарджилинга, потом переехал на юг Индии. Снял монашеские обеты и женился; у него родились пять сыновей и две дочери.