Франсиско Флорес получал вызовы в сборную Коста-Рики, но за неё сыграл только в одном товарищеском матче против Никарагуа, который завершился в пользу «тикос» со счётом 1:0. По иронии судьбы, через три года не игравший за сборную в официальных встречах футболист принял решение выступать за никарагуанцев. Туда его позвал коста-риканский главный тренер национальной команды Хенри Дуарте. 2019 году защитник попал в состав сборной на Золотой кубок КОНКАКАФ.