לאור הצלחתו של רוקה ג'וניור בפלמיירס, הוא הוחתם בשנת 2000 על חוזה במילאן. רוקה ג'וניור לא השתלב היטב במילאן ומיעט יחסית להופיע עקב ריבוי פציעות, אך בעונת 2002/03 זכה עם מילאן בליגת האלופות לאחר ניצחון במשחק הגמר על יובנטוס בבעיטות הכרעה. רוקה ג'וניור החליף בגמר זה בדקה ה-66 את אלסנדרו קוסטקורטה, אך נפצע בעצמו במהלך ההארכה, לאחר שמילאן סיימה את מכסת החילופים שלה, ולכן מילאן שיחקה מספר דקות בעשרה שחקנים. באותה עונה, זכה רוקה ג'וניור גם בגביע האיטלקי, לאחר ניצחון במפגש כפול על רומא.