Tras los sucesos del 2 de mayo, la primera mitad se rebela contra los aliados franceses y se traslada a Galicia, mientras la segunda participa en la Batalla de Bailén y luego entra en Madrid. El ahora llamado primer batallón participa en las operaciones militares en el norte, incluyendo Rioseco y Bilbao. En Barbastro la ciudad decide crear los Tercios de Barbastro, 30 compañías integradas por vecinos del partido, mandando 20 compañías a proteger los puertos del Pirineo y 10 compañías a Zaragoza, escoltando un convoy de suministros de 100 carros y 600 caballerías. Las compañías destacadas en Zaragoza participan en la defensa de la ciudad en el primer sitio, y se les unen la mayoría de las otras compañías en preparación del segundo sitio. El resto de las compañías bajan a Barbastro para integrarse en un nuevo regimiento, el de los Pardos de Aragón, que es sorprendido y dispersado por los franceses cerca del Santuario de Leciñena cuando intenta unirse a los defensores de Zaragoza durante el segundo sitio.