Участник Великой Отечественной войны с июня 1941 года, командуя 111-м отдельном разведывательным батальоном 74-й стрелковой дивизии в составе 48-го стрелкового корпуса 9-й армии Южного фронта (в сентябре 1941 года батальон был переформирован в 111-ю отдельную мотострелковую разведроту). В конце сентября с дивизией передан в 12-ю армию Южного фронта (затем передана на Юго-Западный фронт). Участвовал в приграничных оборонительных сражениях в Молдавии, в Тираспольско-Мелитопольской и Донбасско-Ростовской оборонительных операциях. Уже в ноябре 1941 года майор Новиков был награждён своим первым орденом.