Als der Jugoslawische Putsch vom März 1941 den Balkanfeldzug der Wehrmacht nach sich zog, ordnete Hitler die Überlassung der Verwaltung großer Teile Westthrakiens und Makedoniens an Bulgarien an. Ab Ende April 1941 stand der nördliche Teil Makedoniens wieder unter bulgarischer Administration, wie schon im Ersten Weltkrieg; ein kleiner Teil war von deutschen Truppen besetzt. 1944 wurden die Vorkriegsgrenzen wiederhergestellt und die slawischen Makedonier vom sozialistischen Jugoslawien zum Staatsvolk erklärt.