לאחר שלא נכלל בסגל בקופה אמריקה 1997, חזר הורטאדו לשחק בטורניר כשזומן על ידי המאמן קרלוס סביליה לסגל הנבחרת לקראת קופה אמריקה 1999. הורטאדו פתח ושיחק לאורך כל משחקיה של אקוודור בשלב הבתים, שהסתיימו כולם בהפסדים - 3-1 לארגנטינה, 2-1 ל ו-2-1 לקולומביה. כחצי שנה לאחר טורניר הקופה, במוקדמות מונדיאל 2002 עם הרנן דריו גומס על הקווים, רשמה אקוודור טורניר היסטורי שהסתיים עם המקום השני בבית, מתחת לארגנטינה ומעל ברזיל. הורטאדו היה מהבולטים בנבחרתו במשחקי המוקדמות, בהם שותף ב-17 מתוך 18 משחקים. הייתה זו ההעפלה הראשונה בתולדותיה של אקוודור לטורניר המונדיאל. במהלך טורניר המוקדמות, זומן הורטאדו לסגל הנבחרת של גומס לקראת קופה אמריקה 2001. הורטאדו שוב היה לשחקן הרכב קבוע ושיחק לאורך כל שלושת משחקיה של אקוודור, שהסתיימו עם הפסדים של 4-1 לצ'ילה ו-1-0 לקולומביה, ועם ניצחון 4-0 על שלא הספיק לה כדי לעלות שלב. הטורניר האחרון של אקוודור לפני המונדיאל היה גביע הזהב 2002, ממנו הודחה כבר בשלב הבתים עם ניצחון והפסד. בשני המשחקים שותף הורטאדו בהרכב נבחרתו.