戦後ザウケルは逮捕され、ニュルンベルク裁判において、本人は強制収容所の存在の不認知や関わりを否定したが、「住民とユダヤ人の強制連行」の罪で有罪が認められ、1946年10月1日に絞首刑の判決を受けた。死刑を予想していなかったザウケルは激しく動揺し、同じく死刑判決を受けたアルトゥル・ザイス＝インクヴァルトが「党同志ザウケル！」と呼んで励まさなければならないほどだった。