Méndez spillede mellem 1993 og 2002 46 kampe for Uruguays landshold, og var med i truppen til VM i 2002 i Sydkorea og Japan. Han spillede én af uruguayanernes tre kampe i turneringen, hvor holdet blev slået ud efter det indledende gruppespil. Han var med landsholdet også med til at vinde guld ved Copa América i 1995, hvor han spillede hele kampen i finalesejren mod Brasilien. Han var også med på holdet, der blev nummer fire ved Confederations Cup 1997.