Днес солеността на водата е около 4 – 11% и е със значителни сезонни и годишни колебания. Езерото е свързано с морето чрез канал с шлюз. Подхранва се предимно от речните води, като се прехвърлят и пресни води и от Мандренското езеро. В западната част се вливат Айтоска река, Съндердере и Чукарска река. В тази част през 1973 г. пъвроначално е изградена защитената местност „Вая“ с площ от 75 ха, която днес е увеличена и обхваща 12% от езерото. През 1989 година езерото е обявено от BirdLife International за Орнитологично важно място. През 2003 година Бургаското езеро е обявено за Влажна зона с международно значение съгласно Рамсарската Конвенция. През 1998 година езерото е определено за КОРИНЕ-място, поради европейското му значение за опазването на редки и застрашени видове птици.