Im April 1476 wurde er zum Kommandanten von Murten gewählt, das einer zwölftägigen Belagerung standhielt, bevor die Schlacht bei Murten am 22. Juni die Entlastung brachte. In Bern wurde er erneut Schultheiss. Im August 1479 starb Adrian von Bubenberg an einer pestartigen Krankheit. Vermutlich war es Gasbrand nach einer Verletzung und Infektion mit dem Bakterium "Clostridium perfringens". Seine stets prekäre pekuniäre Situation hielt noch nach seinem Ableben an.