No entanto, antes de tal acontecer, em 1809, as tensões entre a Austria e a França intensificaram-se. Guilherme não hesitou e juntou-se ao exército austríaco na posição de major-general em Maio de 1809. Como membro do pessoal do supremo comandante dos austríacos, o arquiduque Carlos, Guilherme participou na Batalha de Wagram, na qual ficou ferido numa perna.