Dem bereits gegen Ende seiner Karriere einsetzenden Abstieg in ein zwielichtiges Milieu folgte mit Beginn des Zweiten Weltkriegs ein noch dunkleres Kapitel in Villaplanes Biographie. Ab 1940 führte er eine Brigade von Nordafrikanern an, die im von Deutschland besetzten ebenso wie im „freien“ Teil Frankreichs mit den Besatzern kollaborierte, gegen französische Widerstandskämpfer "(maquisards)" vorging, sich dabei auch persönlich materiell bereicherte und einen grausamen Ruf erwarb, der ihr die Bezeichnung „SS Mohamed“ eintrug (benannt nach Mohamed el-Maadi; "zu dem Themenkomplex siehe auch" Milice française). Die Gruppe wurde zusammen mit anderen Einheiten der Nordafrikanischen Legion "(Légion nord-africaine)" Teil der "Gestapo française (Carlingue)"; Alexandre Villaplane erhielt den Rang eines SS-Untersturmführers. Am 11. Juni 1944, einen Tag nach dem Massaker von Oradour, erteilte er im Rahmen einer Vergeltungsaktion in Mussidan den Befehl zur Erschießung von elf gefangengenommenen jungen Widerständlern und beteiligte sich auch eigenhändig an ihrer Ermordung. Nach Frankreichs Befreiung wurde er deswegen am 1. Dezember 1944 zum Tod durch Erschießen verurteilt und die Strafe am 26. Dezember 1944 im Fort de Montrouge von Arcueil vollstreckt.