Pogróżkami przymusił innego posła, Bolleta, by głosował tak samo. Duquesnoy brał udział w licznych misjach w departamencie Nord w charakterze komisarza Konwentu ("Représentant en mission") i dlatego nie uczestniczył w walce pomiędzy Górą a żyrondystami. Wraz z Carnotem został wysłany do Dunkierki. Odznaczył się odwagą w bitwie pod Wattignies, gdzie poprowadził szarżę przeciwko oddziałom austriackim. Bez skrupułów rozprawiał się z niekompetentnymi generałami, dymisjonując m.in. Chancela i Gratiena. Jacques-René Hébert oskarżał Duquesnoya o sabotowanie działań wojennych generała Jourdana i nadużywanie własnego stanowiska w celu umieszczenia własnego brata na czele armii (nepotyzm). Duquesnoy został wzięty w obronę przez Robespierre'a i nie miał problemów z udowodnieniem swojej niewinności.