Prespa Nationalpark i Albanien blev en del af en planlagt tre-nationers, grænseoverskridende park ledet af Ramsar-konventionen i samarbejde med de nationale parker i Prespa i Nordmakedonien og Grækenland i 2000. Selvom de tre lande og de involverede internationale parter har aftalt dette fælles projekt siden 2000, er der kun gjort få fremskridt med gennemførelsen, og de tre parker drives i praksis som tre forskellige parker. Siden da er et andet samarbejdsprojekt inden for rammerne af Europarådet begyndt at blive implementeret: "Prespa-Ohrid Ecoregion", der sigter mod at forene alle bevaringsprojekter i vådområderne ved Ohridsøen og Prespasøerne under en administration. Derfor blev "Prespa-Ohrid Nature Trust" grundlagt i 2015.