Патмос је насељен још током праисторије. Међутим, острво је касније било ненасељено дуже раздобље - од 6. века п. н. е. до 1088. године н. е. Те године је монах Христодул основао чувени манастир Св. Јована Богослова. Масовније досељавање на Патмос започело је после освајања Цариграда од стране Турака, када су бројне грчке избеглице бежале са копна на запад. Патмос је био вековима под Османским царством, али је острво задржало одређене привилегије, и захваљујући развоју трговине доживело процват у 18. веку. Већина традиционалних „господских“ кућа (грч. αρχοντικά "архондика") у Хори потиче из овог периода. И поред тога месни Грци се нису мирили са страном владавином, па се становништво Патмоса укључило у Грчки устанак 20-их година 19. века, али није било прикључено новооснованој Грчкој. 1912. године острво запоседа Италија, која га губи после Другог светског рата у корист Грчке. Пропадање острва било је неминовно у овим турбуленцијама 20. века, али се последњих деценија ово донекле умањило развојем туризма.