На следующий день «Байкал» отправился в Аян за продовольствием для Петропавловского порта. Загрузившись и пройдя 4-м Курильским проливом, на меридиане мыса Лопатка встретилась шхуна «Восток», с которой предупредили о начале войны, и о том, что в Авачинской губе находятся шесть англо-французских кораблей с целью захвата русских судов и уничтожения Петропавловского порта. Со шхуны на транспорт перенесли почту, и «Байкал» взял курс на Большерецк. 12 сентября там почта была отправлена в Петропавловский порт по суше, а транспорт остался до 22 сентября, пока не пришли новости о победе защитников Петропавловской крепости. В октябре, к окончанию навигации, «Байкал» пришёл в Петропавловский порт, где и остался на зимовку. С этого времени транспорт «Байкал» вошёл в состав эскадры губернатора Камчатской области контр-адмирала В. С. Завойко