1568年，新教徒弗朗索瓦·蓬塔尔（）被任命为拉罗谢尔新市长，他积极推广新教，使得拉罗谢尔成为了胡格诺派（法国新教教派）的活动中心，并得到了英格兰等新教国家的支持，胡安娜三世和亨利四世也于同年11月来到拉罗谢尔。1570年，根据《》，拉罗谢尔被设为新教城塞。此举引发了保守天主教徒的不满，1572年圣巴多罗买大屠杀爆发后，阿尔芒·德·孔陶曾率兵进攻拉罗谢尔，但最终未能成功。，拉罗谢尔再度被围，但仍未被攻破。1598年，随着《南特敕令》的颁布，拉罗谢尔的宗教斗争得到暂停，但新教徒与天主教徒之间的矛盾并未得到根本解决。17世纪初，拉罗谢尔先后遭遇寒潮及黑死病疫情，使得当地人口数量大幅减少。1627年，在黎塞留的带领下，拉罗谢尔再次被皇家军队包围。1628年11月，在经过了近两年的战乱后，拉罗谢尔的新教徒们最终放弃抵抗，而驻扎于拉罗谢尔的英格兰新教徒援军也被迫撤离。根据1629年签订的《》，拉罗谢尔的大部分由新教徒修建的军事设施被拆除。而随着1643年路易十四颁布《枫丹白露敕令》，拉罗谢尔的新教徒遭到了进一步的镇压，促使大批新教商人被迫迁居海外，部分迁居到北美洲的拉罗谢尔移民于1689年在纽约州建立了新罗谢尔。