בחודש פברואר 2007 ערך חוסייני את הופעת הבכורה שלו בנבחרת איראן, במסגרת משחק ידידות נגד נבחרת בלארוס. ב-11 ביולי 2007 הבקיע חוסייני את שער הבכורה שלו בנבחרת, שער בניצחון 2-1 על נבחרת אוזבקיסטן במסגרת גביע אסיה 2007. יחד עם נבחרת איראן לקח חוסייני חלק בשלושה גביעי אסיה (2007, 2011 ו-2015) ובמונדיאל 2014.