Bei der NBA-Draft 2016 wurde Sabonis an 11. Stelle von den Orlando Magic ausgewählt und im Anschluss darauf mit Victor Oladipo und Ersan Ilyasova für Serge Ibaka zu den Oklahoma City Thunder transferiert. Sein Debüt in der NBA gab Sabonis am 26. Oktober 2016 im Spiel gegen die Philadelphia 76ers, wo er 5 Punkte in 16 Minuten zum Sieg beisteuerte. Am Ende der Saison kam Sabonis auf 5,9 Punkte und 3,6 Rebounds im Schnitt. Er wurde nach nur einem Jahr zusammen mit Oladipo für Paul George von den Thunder zu den Indiana Pacers transferiert. Bei den Pacers entwickelte sich Sabonis zu einer wichtigen Stütze im jungen Pacersteam. 2020 wurde Sabonis als zweiter Litauer nach Žydrūnas Ilgauskas (2003 &amp; 2005) zum NBA All-Star Game eingeladen.