Die Regierung ging stärker gegen die Huthi-Bewegung vor. Es entbrannten schwere Kämpfe, als die Regierung versuchte, den Prediger und ehemaligen Abgeordneten Hussein al-Huthi zu verhaften. Hussein und seine Brüder Abdul-Malik und Yahia Badreddin waren damals die bedeutendsten Vertreter der Zaiditen im Nordjemen. Bei einer großen Demonstration am 18. Juni 2004 vor der Hauptmoschee in Sanaa hatte die Polizei 640 Anhänger al-Huthis verhaftet und am 20. Juni 55.000 Dollar Kopfgeld auf ihn ausgesetzt. Nach zahlreichen Morden und wochenlangen Kämpfen kam al-Huthi am 14. September auf nicht ganz geklärte Weise ums Leben. Die Führung der Huthi übernahmen daraufhin der Vater des Getöteten, Imam Badr Addin Al-Huthi und diesen wiederum ablösend, sein Bruder Abdul-Malik. Sie verfuhren dabei mit einer an die schiitischen Hisbollah im Südlibanon erinnernde Guerilla-Taktik, angeblich unterstützt aus dem Iran. Die Regierung wurde in ihrem Vorgehen gegen die Huthis auch von Saudi-Arabien unterstützt. Allerdings führten al-Huthis Tod und das militärische Vorgehen auch zu weiterer Polarisierung. Die Huthis waren sehr gut organisiert, bewaffnet und zeigten sich in direkter Auseinandersetzung mit Regierungstruppen immer wieder überlegen.