Tendencje do unifikacji z Rumunią, choć nie odniosły skutku, doprowadziły do secesji terenów położonych na lewym brzegu Dniestru zamieszkanych w dużej mierze przez ludność rosyjską i ukraińską. Efektem secesji była proklamacja Mołdawskiej Republiki Naddniestrza. Kiszyniów podjął w 1992 próbę zbrojnego ustanowienia władzy w Naddniestrzu, jednak bezskutecznie. Kluczową rolę odegrała w tym konflikcie rosyjska 14. armia; rosyjskie siły zbrojne stacjonują w tym regionie do dziś. Od czasu zakończenia walk toczony jest proces zmierzający do pokojowego rozwiązania problemu Mołdawii Naddniestrzańskiej, funkcjonującej jako niezależne państwo, nieuznawanej jednak na arenie międzynarodowej przez żadne państwo na świecie (nawet Rosję).