En 2007, Mark quitte Williams, en pleine restructuration avec l'arrivée de Toyota comme motoriste, pour la jeune équipe Red Bull motorisée par Renault ; une équipe qu'il connaît déjà puisque issue du rachat de Jaguar. Si la RB3, qui ressemble aux précédentes McLaren à cause de l'arrivée d'Adrian Newey présente un bon potentiel, le début de saison est difficile pour Webber et son équipier David Coulthard. Il ne marque aucun point lors des six premières courses de l'année puis se classe septième aux États-Unis. Il marque ensuite au Grand Prix d'Europe, sur le Nürburgring. Le Grand Prix, neutralisé au bout de quatre tours à cause de la pluie, est relancé et Webber, profitant des déboires de ses concurrents, remonte à la troisième place qu'il conserve malgré la pression d'Alexander Wurz, montant sur le deuxième podium de sa carrière.