Abrindo o calendário competitivo de 2009, a ginasta participou do Campeonato Nacional Japonês, sendo medalhista de bronze no individual geral. No evento seguinte, a Copa Japão, foi medalhista de bronze coletivamente, atrás da equipe russa e chinesa, prata e ouro, respectivamente. Em meados de outubro, disputou o Mundial de Londres. Nele, apresentou-se apenas na trave; somando 13.625 pontos, terminou na 22ª colocação no aparelho. No compromisso seguinte, o desafio Japão vs Austrália, Shintake conquistou a medalha de bronze no concurso geral, e com o ouro na disputa das barras assimétricas. Em dezembro, na disputa da Copa Toyota, conquistou a medalha de ouro na disputa da trave, somando 14,125 pontos; a chinesa Deng Linlin, foi prata e a russa Ekaterina Kurbatova terminou com o bronze.