След Деветоюнския преврат от 1923 г. занемареният островен манастир се превръща в удобно място за изолация на политически опоненти на правителството на Александър Цанков. Така през втората половина на 1923 г. на острова са затворени 132 комунисти и земеделци. Трудната поддръжка на островния затвор принуждава правителството да прехвърли затворниците в бургаския полицейски участък, а една част от тях са освободени. След атентата в софийската църква Света Неделя през април 1925 г., островът отново е превърнат в затвор, като само в четири от килиите са затворени 90 арестанта.