Μετά την έναρξη του πολέμου, ο Φίσερ διορίστηκε ιατρικός αξιωματικός. Συμμετείχε στην εισβολή στη Σοβιετική Ένωση, αλλά μετατέθηκε μακριά από τις πρώτες γραμμές επειδή είχε αναπτύξει φυματίωση. Σε ένα σπίτι ανάρρωσης των SS, ο Φίσερ ανέπτυξε φιλίες με τον Enno Lolling, επικεφαλής του τμήματος D III του Οικονομικού και Διοικητικού Κεντρικού Γραφείου SS, ή του WVHA (Οργανισμός Ιατρικού Σώματος και Υγιεινής του Στρατού), στο οποίο στρατοπέδευαν όλοι οι γιατροί. Ο Lolling πρόσφερε στο νεαρό γιατρό των SS μετάθεση σε στρατόπεδο συγκέντρωσης. Ο Λόλινγκ τού είπε πως εκεί θα μπορούσε να αποκτήσει χειρουργικές δεξιότητες. Ο Φίσερ συμφώνησε και μετατέθηκε στο Άουσβιτς λίγο αργότερα.