Η πλήρους απασχόλησης σταδιοδρομία του Τζόουνς τελείωσε ουσιαστικά με το ξεκίνημα του Αγγλικού Εμφύλιου Πολέμου το 1642 και την κατάσχεση των σπιτιών τού βασιλιά το 1643. Ο Τζόουνς συνελήφθη στην τρίτη πολιορκία του Μπέιζινκ Χάουζ τον Οκτώβριο του 1645. Δυστυχώς, ως ένα από τα τελευταία μεγάλα προπύργια των Cavaliers, το μεγάλο αρχοντικό μέσα, καταστράφηκε από τον στρατό του Κρόμγουελ και ακόμη και τα τείχη είχαν σπάσει σε πολλά κομμάτια. Η περιουσία του επέστρεψε αργότερα σε αυτόν (περί το 1646), αλλά ο Τζόουνς τελείωσε τις ημέρες του, άγαμος, ζώντας στο Σόμερσετ Χάουζ. Ωστόσο συμμετείχε στενά στο σχεδιασμό του Κόουλσιλ Χάουζ στο Μπέρκσαϊρ, για την οικογένεια Πρατ, το οποίο επισκέφτηκε με τον νεαρό μαθητευόμενο αρχιτέκτονα Ρότζερ Πρατ, για να βρει μία νέα τοποθεσία για το προτεινόμενο αρχοντικό. Απεβίωσε στις 21 Ιουνίου 1652 και στη συνέχεια τάφηκε με τους γονείς του στο Σαιντ Μπένετ Πωλς Γουάρφ, την Ουαλική εκκλησία της πόλης του Λονδίνου. Ο Τζον Ντένχαϊμ και ο Κρίστοφερ Ρεν τον διαδέχθηκαν ως Επιθεωρητές των Έργων του βασιλιά. Ένα μνημείο αφιερωμένο σε αυτόν στην εκκλησία, που απεικόνιζε τον καθεδρικό ναό του Αγίου Παύλου και άλλα κτήρια, καταστράφηκε στη Μεγάλη Φωτιά το 1666.