Прави дебют с Мексиканския Национален отбор на 5 февруари 1997 срещу Еквадор и се превръща в един от най-важните му играчи. През 1999 г. печели с Мексико Купа на конфедерациите и Златна купа на КОНКАКАФ. На Световното първенство през 2002 г. в Япония и Ю Корея, Маркес взима участие във всичките 4 мача на Националния отбор. Старши треньора Хавиер Агире му предоставя и капитанската лента въпреки 23-годишната му възраст. След силно представяне в груповата фаза на турнира, Маркес получава червен картон при загубата от САЩ с 2 – 0, за умишлен удар срещу Коби Джоунс в последната минута на срещата. Маркес е неразделна част от Националния отбор в квалификациите и последвалото Световно първенство в Германия 2006