I denne perioden drev både tyskerne og sovjetere forfølgelse av lokalbefolkningen, med særlig fokus på å ramme den polske eliten. Rundt ble henrettet eller døde i fangenskap, med de to regimene ansvarlig for omtrent halvparten hver. Disse tallene inkluderer ca. mennesker som ble henrettet av tyskerne høsten 1939, massemordet på den polske offiserseliten i Katyn våren 1940 og nesten som ble skutt i en hasteaksjon av NKVD etter at Tyskland invaderte Sovjetunionen i juni 1941, samt personer som døde som følge av sovjeternes deportasjon av ca. mennesker til arbeidsleirer Sibir og Kasakhstan.