San Isidro war von 1850 bis 1917 Sitz der Provinzregierung der Provinz Nueva Ecija. 1896 fand ein „geheimer Marsch“ der Revolutionäre von Cabiao nach San Isidro statt, um die spanische Provinzregierung anzugreifen. Die philippinische Revolutionäre gingen Siegreich aus diesem Angriff hervor. Dieses Ereignis ist heute als "Unang Sigaw ng Nueva Ecija" („Erster Ruf von Nueva Ecija“) bekannt.