Kun Miletos nousi niin kutsuttuun Joonian kapinaan persialaisia vastaan vuonna 499 eaa., ehdotti historioitsija Hekataios, että miletoslaiset ottaisivat käyttöönsä Didyman temppelin aarteet, koska muuten persialaiset tulisivat ryöstämään ne itselleen. Persialaiset kukistivat Miletoksen vuonna 494 eaa., ja Didyman temppeli poltettiin ja sen aarteet vietiin Susaan. Miletoslaisia otettiin vangiksi ja vietiin Persianlahden rannalla sijainneeseen Ampeen. Brankhidien pappissuvun jäseniä saattoi olla muiden vangiksi otettujen mukana, tai heidät saatettiin teloittaa. Didyman oraakkeli ei ollut toiminnassa seuraavan 160 vuoden aikana, eikä temppeliä jälleenrakennettu tuona aikana.