Lizarazu mất gần 4 năm mới có được vị trí ổn định trong tuyển Pháp. Trong thời gian đó, ông đôi khi được sử dụng như một cầu thủ thay thế ở vị trí tiền vệ trái và bị Éric Di Meco chiếm mất vị trí hậu vệ trái sở trường. Phải đến Euro 1996, Lizarazu mới trở thành cầu thủ chính thức, thi đấu ở hàng hậu vệ với Laurent Blanc, Marcel Desailly và Lilian Thuram. Trong giải đấu quốc tế lớn đầu tiên, ông đã cùng Pháp lọt vào bán kết, thua trên chấm phạt đền trước Cộng hòa Séc.