W listopadzie 1939 rozpoczęły się masowe represje wobec polskiej inteligencji, nazwane później "Sonderaktion Lublin". Aresztowano kilkuset prawników, inżynierów, profesorów KUL, nauczycieli i duchownych, między innymi biskupów Mariana Fulmana i bł. Władysława Gorala. Niemcy zamknęli KUL, szkoły i teatry, a także wstrzymali wydawanie polskiej prasy. Między czerwcem a sierpniem 1940 w ramach Akcji AB aresztowano kilkuset przedstawicieli inteligencji. Około 500 z nich rozstrzelano w pobliskich Rurach Jezuickich. Hitlerowcy utworzyli więzienie gestapo na Zamku w Lublinie oraz katownię „Pod Zegarem”. Represje wymierzone wobec polskich Żydów miały miejsce od końca 1939. Utworzono obóz koncentracyjny na Majdanku oraz getto dla ludności żydowskiej. Podczas Zagłady w ramach Akcji Reinhard zginęło około 40 tys. lubelskich Żydów, którzy przed 1939 stanowili ponad 1/3 ludności miasta. Zniknęło całe tzw. miasto żydowskie i niemal cała Wieniawa, zamieszkana głównie przez Żydów. Zlikwidowano cmentarze żydowskie.