Il 28 settembre 2009 diviene l'allenatore in seconda della Nazionale belga, alle spalle di Dick Advocaat. Il 15 maggio 2012 viene promosso a primo allenatore ad interim; il 6 giugno 2012 firma un contratto di due anni. Porta la squadra alla qualificazione al Mondiale 2014, dove viene eliminato ai quarti di finale dall'Argentina (0-1). Il 15 luglio 2016, al termine dell'Europeo 2016 (dove la squadra si era presentata come una delle favorite), in cui il Belgio viene estromesso ai quarti di finale dal Galles (1-3), lascia la panchina della Nazionale.