Gegen Ende des Jahres 1943 hingegen verschlechterten sich zusehends nun auch für alle Mitarbeiter von OKW/Chi die Arbeits- und Lebensbedingungen in Berlin als sich der Bombenkrieg immer stärker auch der deutschen Hauptstadt näherte. Die Arbeitsräume wurden zum großen Teil zerstört und auch viele Mitarbeiter verloren ihre Wohnungen durch Bomben. Sie mussten nun provisorisch nächtigen und tagsüber ungeschützt im Freien arbeiten, wodurch natürlich die Leistungsfähigkeit von OKW/Chi extrem litt. Fenner beschreibt, dass sie kaum ein Drittel, zuweilen nur ein Viertel ihres gewohnten Pensums leisten konnten. Gegen Ende des Krieges musste sich Fenner sogar persönlicher Angriffe erwehren, als ihm Beteiligung am Attentat vom 20. Juli 1944 vorgeworfen wurde. Im Februar 1945 waren die Arbeitsbedingungen in Berlin so katastrophal geworden, dass OKW/Chi ins sächsische Halle an der Saale verlegt wurde. Nur zwei Monate später, Mitte April, war es auch hier nicht mehr sicher und es begann die allgemeine Auflösung.