I marts 1862 blev A. P. Hill udnævnt til brigadegeneral og Walker overtog kommandoen over hans regiment, som indgik i Ewells division. Senere blev regimentet overført til Jacksons kommando og kæmpede med i Jacksons Shenandoah kampagne. Her fik Walker kommandoen over en brigade, men var forsat kun oberst. I Slaget ved Antietam havde han kommandoen over Trimbles Brigade og senere i slaget ved Fredericksburg i december 1862 havde han kommandoen over Earlys Brigade. I foråret 1863 indstillede Jackson ham igen til forfremmelse og han blev udnævnt til brigadegeneral. Samtidigt anbefalede Jackson at Walker fik kommandoen over hans egen "gamle" Stonewall Brigade. Denne kommando bevarede han frem til maj 1864, hvor han blev såret i Slaget ved Spotsylvania Court House, og måtte trække sig midlertidigt tilbage fra tjenesten. På det tidspunkt havde han ført brigaden med succes i flere slag, blandt andre Slaget ved Gettysburg og Slaget ved the Wilderness.