עם פרוץ המלחמה רוב אוכלוסייתה (גרמנים) של העיר ברחה אל מעבר לגבול הגרמני, כדי להימלט מנקמה של פולין שהייתה אמורה להיות מדינה נותנת החסות ועכשיו יראו את האוכלוסייה כמשתפי פעולה עם הגרמנים, כל שאר הפולנים שנשארו בשטח העיר התבצרו בחצי האי ובבית הדואר כניסיון התנגדותו לגרמנים שבסופו הוצאו להורג. לאחר הפלישה הגרמנית, ב־2 בספטמבר 1939 הצביעה ממשלת העיר החופשית על סיפוחה של העיר לגרמניה, וכך תם פרק "העיר החופשית דנציג" בהיסטוריה של העיר.