На протяжении следующих полутора лет Аренс занимал пост министра обороны. Его работе по-прежнему препятствуют проблемы, связанные с израильской оккупацией южного Ливана. Он также встретился с сопротивлением своей работе в модернизации израильских военно-воздушных сил, введением новых реактивных истребителей «Лави», проект которого он лично возглавлял с 1980 года. Тогдашний заместитель начальника генерального штаба Эхуд Барак выступает против этого проекта. К этому времени для финансирования развития проекта «Лави» Министерством обороны было уже израсходовано 6,4 млрд долларов США, которые ещё не начали приносить результатов. В конце концов и другие в политическом истеблишменте перестали поддерживать этот проект, в том числе начальник Генерального штаба Дан Шомрон. В итоге в октябре 1987 года ушёл в отставку из-за несогласия с решением правительства о закрытии проекта самолёта «Лави», но в апреле 1988 года вернулся в правительство.