Mit Erreichen der Unabhängigkeit Griechenlands wurde der Tempelberg zur archäologischen Stätte erklärt und alle Bauten, die nicht aus der Antike stammten, entfernt. Davon betroffen waren byzantinische, fränkische und osmanische Bauten sowie die durch Gemälde bekannte Moschee im Parthenon (gebaut 1687). Heutzutage wird diese Maßnahme oft als Geschichtsbereinigung kritisiert. Allerdings wäre es anders wohl kaum möglich gewesen, viele in spätere Bauten integrierte Architektur- und Skulpturenteile zu bergen (darunter den gesamten Niketempel, der zur Verstärkung der Festungsmauern benutzt wurde) oder Ausgrabungen durchzuführen (zum Beispiel die archaischen Skulpturen aus dem „Perserschutt“, heute im Akropolis-Museum). Außerdem darf die ideologische Lage jener Zeit nicht unterschätzt werden (Begeisterung für die Antike, Gründung des Staates Griechenland).