I december 2013 skrev han på ett treårskontrakt med AIK. Markkanen debuterade för klubben i premiären av Allsvenskan 2014 som spelades den 31 mars mot IFK Göteborg. Matchen slutade med en 2–0-förlust för AIK och Markkanen byttes in i den 52:a minuten mot Ibrahim Moro. Han gjorde sitt första tävlingsmål för AIK den 13 april 2014 i 1–1-matchen mot Örebro SK, då han lyckades göra mål redan i den 6:e minuten efter att ha blivit framspelad av Nabil Bahoui. I nästkommande match, den mot Djurgårdens IF den 16 april 2014 närmare bestämt, lyckades Markkanen göra att mål från distans, och hans andra mål i den svartgula tröjan var ett faktum.