Für die Fußball-Europameisterschaft 1996 in England war er nominiert. Nachdem die Portugiesen die Gruppenphase als Tabellenerster abgeschlossen hatten, schied das Team bereits im Viertelfinale gegen den späteren Finalteilnehmer Tschechien aus. Pinto absolvierte zwei Spiele. Vier Jahre später stand er im Aufgebot für die EM 2000 in den Niederlanden und Belgien. Dort drang Portugal bis ins Halbfinale vor, musste sich aber dem späteren Europameister Frankreich mit 1:2 nach Golden Goal geschlagen geben. Er bestritt vier Spiele und konnte beim 3:2-Sieg gegen England seinen ersten und einzigen EM-Treffer erzielen.