Датой основания города принято считать 30 августа 1836 года, когда братья Аллены разместили объявление о появлении города. Город назвали в честь генерала Сэма Хьюстона, возглавлявшего армию техасцев в битве при Сан-Хасинто во время войны против Мексики, позже избранного президентом Техаса. На январь 1837 года в посёлке проживало всего 12 человек, однако через четыре месяца население возросло до 1 500 человек. 5 июня 1837 года город был включён в округ Гаррисберг (ныне Харрис) и стал временной столицей Республики Техас, которой оставался до 1839 года. Первым мэром Хьюстона стал Джеймс Холман.