W 2005 roku wraz z reprezentacją Argentyny pojechał do Niemiec, gdzie odbywały się rozgrywki o Puchar Konfederacji 2005. Javier nie zagrał jednak w finale, ponieważ otrzymał czerwoną kartkę w meczu półfinałowym z Meksykiem. Ostatecznie Argentyna przegrała w finale z Brazylią 4:1.