Weiß hatte bereits im April 1943 bei einer Führung über das Gräberfeld von Ponary die Stellen genau bezeichnet, an denen sich die Massengräber der „Kinderaktion“, des „Yom-Kippur-Massakers“ oder auch die Gräber hingerichteter Polen befanden. Im September 1943 wurde er ausgewählt, um den Arbeitseinsatz des Sonderkommandos 1005 zur Enterdung und Verbrennung der Leichen zu koordinieren. Die Arbeiten begannen Ende November/Anfang Dezember 1943. Etwa 80 Häftlinge, die streng bewacht und zusätzlich mit Fußketten an einer Flucht gehindert wurden, mussten die Gräber öffnen, die Leichen herauszerren, sie auf Scheiterhaufen legen und die Asche nach Zahngold durchsieben. Bei einen Ausbruchsversuch überlebten elf Häftlinge, die zu den Partisanen stießen. Ein neues Häftlingskommando setzte die Beseitigung von insgesamt 80.000 bis 90.000 Leichen fort; als „Geheimnisträger“ wurden sie zum Schluss erschossen. Weiß hielt sich noch bis zum 11. Juli 1944 in Wilna auf.