Селище в близост до съвременното е имало още по римско време, тъй като са намерени гробове от това време. Сведения за селище в този район се срещат и в турски регистър от 1488 г. Селото е основано от неизвестен турски бей в средата на 17 век и е наречено "Шамлии" по името на местността "Шамлъ". През 1837 г. се срещат сведения за друго село в близост "Кючук Дуванлии", населено само с българи. Дуванлии е наречено така, тъй като там е било развито отглеждането на соколи за лов (, "сокол"). След Освобождението Кючук Дуванлии се преименува на "Малък Соколец" (среща се и като "Соколец"), а Шамлии през 1906 г. става "Горно Ботьово". На 3 km северно от селата по времето на Руско-Турската освободителна война се е провел Джуранлийския бой (19-31 юли 1877). На мястото на битката днес има издигнат паметник. Селото е водоснабдено през 1908 г. и са построени 4 чешми. След Първата световна война около 50 семейства бежанци от село Балъкьой в Беломорска Тракия се заселват в Горно Ботево. През 1940 г. селата са обединени административно в сегашното село "Горно Ботево". По време на Балканските и Първата световна война селото е дало 45 жертви на фронта. Първото училище в селото е открито пред 1879 г., а сегашната сграда на училището е построена през 1930 г.