Bei der Belagerung von Jerusalem (1099) nahmen die Kreuzfahrer den Felsendom in Besitz: er wurde der "Templum Domini" – die Kirche der Kreuzritter. Auf dem Felsen wurde ein Marmoraltar, auf der Spitze der Kuppel ein goldenes Kreuz aufgestellt. Im Jahre 1141, drei Tage nach Ostern, ist der Bau im Beisein von Aimerich von Limoges († 1193), dem Patriarchen von Antiochia, und anderen Bischöfen offiziell eingesegnet worden. Wilhelm von Tyrus († 1186), der Erzbischof von Tyros und bedeutendster Informant über Jerusalem zur Zeit der Kreuzzüge, beschreibt den Felsendom als eine Gründung durch den zweiten Kalifen ʿUmar ibn al-Ḫattāb. Diese irrtümliche Bezeichnung des Baus als die "„Moschee von ʿUmar“" ist bis heute belegbar. Nach der Schilderung des Erzbischofs wollte der Kalif den "Tempel des Herrn" (Jesu), den die Römer zerstört hatten, wiederherstellen; eine Verbindung zur jüdischen Geschichte des Ortes stellt er indes nicht her. Die Kreuzritter machten sich den islamischen Bau zu eigen und verstanden ihn als Teil ihrer christlichen Geschichte.