Johannes wurde in den byzantinischen Bürgerkrieg hineingeboren, den sein Großvater Johannes VI. seit 1341 gegen den legitimen minderjährigen Thronfolger Johannes V. und dessen Regentschaftsrat führte. Er wuchs in Gratini ("Gratianopolis", bei Komotini) im südlichen Thrakien auf, das sein Vater seit 1344 als Apanage innehatte.