У реєстрі 1649 року під іменем "«Мартина Пушкаренка»" записаний полковником полтавським і згадується в поході 1649 року до Збаража. Згодом узяв участь у поході 1650 року на Ясси, 1651 року Дем'яна Лисовця до Кам'янця та 1651 року до Берестечка. У березні 1651 року, на чолі козацьких полків прийшов на допомогу Івану Богуну, який обороняв Вінницю. Згодом брав участь у Білоцерківській виправі 1651 року, поході 1652 року до Кам'янця, 1653 року до Бедрихова Городка, 1653 року до Жванця, Брацлавській битві 1654 року та поході 1655 року до Охматова. Учасник Охматівської битви 1655 року, у якій очолював передовий полк, котрий першим зійшовся у бою з наступаючими частинами польського війська. За життя гетьмана Хмельницького Мартин Пушкар взяв також участь у поході 1655 року до Львова та у поході 1657 року Юрія Хмельницького до Наливайкового Броду.