Maajoukkueuransa Mäkinen aloitti jo 15-vuotiaana 8. kesäkuuta 1991 Neuvostoliittoa vastaan pelatussa ottelussa. Mäkinen oli keskeisessä roolissa Suomen yltäessä välieriin EM-kisoissa 2005, ja hänet valittiin koko kisojen parhaaksi pelaajaksi. Hän saavutti ensimmäisenä suomalaisena naisjalkapalloilijana sadan maaottelun rajapyykin 9. maaliskuuta 2006 Algarve Cupissa pelatussa ottelussa Saksaa vastaan. Mäkinen ilmoitti lopettavansa maajoukkueuransa vuodenvaihteessa 2007 perhesyiden takia. Hän oli silloin pelannut 108 maaottelua ja tehnyt niissä 15 maalia. Toukokuussa 2008 Mäkinen kuitenkin palasi maajoukkueeseen harjoitusmaaottelussa Islantia vastaan.