Núñez nahm mit der U-20-Auswahl Honduras an der Junioren-Fußballweltmeisterschaft 2005 in den Niederlanden teil. Im Oktober 2006 wurde er zum ersten Mal in die honduranische A-Nationalmannschaft berufen, gab jedoch sein Länderspieldebüt erst am 9. September 2007, als er in einem Spiel gegen Costa Rica eingewechselt wurde.