Milanossa vietetyn ajan jälkeen Antonioli vietti vielä yhden kauden Serie B:ssä Pisassa ennen siirtymistään takaisin liigaan, tällä kertaa Bolognaan, jossa hän pelasi kolme kokonaista kautta. Antoniolin uran parhaat vuoden olivat vasta edessä, kun hän siirtyi kesällä 1999 Romaan ja voitti uransa ensimmäisen Scudetton kaudella 2000–01. Samalla hän pääsi Italian maajoukkueen varamaalivahdiksi vuoden 2000 EM-kisoihin, joissa hän ei kuitenkaan pelannut otteluakaan. Viimeisellä Roma-kaudellaan Antonioli oli menettämässä ykkösmaalivahdin rooliaan ja siirtyi kesällä 2003 Sampdoriaan kolmeksi kaudeksi.