Los neerlandeses llegaron a Jayakarta a fines del siglo XVI y en 1619 las fuerzas del la Compañía Neerlandesa de las Indias Orientales, dirigidas por Jan Pieterszoon Coen conquistaron la ciudad. Renombraron la ciudad como Batavia en recuerdo de los bátavos, un pueblo germánico que vivía en la zona que en la actualidad ocupan los Países Bajos. Las oportunidades comerciales atrajeron a Indonesia, sobre todo, a inmigrantes chinos. Las tensiones crecieron cuando el gobierno colonial trató de restringir la migración china a través de las deportaciones. El 9 de octubre de 1740, 5000 chinos fueron masacrados y, al año siguiente, los habitantes chinos fueron trasladados a Glodok fuera de las murallas de la ciudad. En 1818 se completó el "Koningsplein", ahora "Merdeka Square", y "Kebayoran Baru" que fue la última zona residencial neerlandesa construida.