A partire dall'annata 2001-2002, ormai trentaduenne e alle prese con un fisico falcidiato da vari acciacchi, Conte entra nella fase calante della carriera agonistica. Il ritorno sulla panchina juventina di Lippi lo priva definitivamente dei gradi di capitano a vantaggio di Del Piero e, conseguentemente, di un posto tra i titolari. Pur scivolato tra le seconde linee, in questa stagione riuscirà comunque a dare ancora un importante contributo alla causa bianconera: ricucito man mano il rapporto col tecnico viareggino e, anche senza fascia, rimasto tra le voci più autorevoli dello spogliatoio, il centrocampista colleziona 28 presenze e 1 gol in un campionato che si conclude con la vittoria dello scudetto, quello del «5 maggio», passato agli annali per l'impronosticabile sorpasso all'ultima giornata sui rivali dell'.