El proceso de censura y desaparición de las culturas mesoamericanas se prolongó hasta la Independencia de México donde en las décadas que siguieron a la Conquista de México comenzaron procesos inquisitoriales intensivos. Generalmente los procesos eran realizados en contra de autoridades mesoamericanas iniciadas por el gobierno colonial, teniendo por resultado la ejecución del acusado y la expropiación de sus bienes, donde generalmente se daba como prueba de "cultos paganos" la posesión de figuras, artículos y documentos escritos.