Suomen sodan alussa Malm kuului Savosta perääntyviin joukkoihin, mutta pääsi sitten osallistumaan eversti Johan August Sandelsin johtamaan vastahyökkäykseen. Pulkkilan taistelun jälkeen toukokuussa 1808 Malm johti 150 miehen erikoisosastoa, jonka tehtävänä oli hävittää venäläisten varastot Iisalmessa ja Kuopiossa. Hän vangitsi 9. toukokuuta ilman taistelua satamiehisen venäläisosaston Taipaleessa, minkä jälkeen tie oli auki Kuopioon. Malm valloitti Kuopion 12. toukokuuta 1808 ja sai palkkiona ylennyksen majuriksi. Hän jatkoi etenemistään Juvalle saakka, josta siirtyi heinäkuussa Joensuuhun ja karkotti siellä olleet venäläiset käyttäen apunaan talonpoikia. Hän voitti 10. elokuuta Pälkjärven taistelussa 600 miehen kokoisella joukolla 2 000 miehen vahvuisen venäläisosaston ja eteni jopa Venäjän puolelle rajaa, mutta joutui lopulta perääntymään ylivoiman edessä Sandelsin muun armeijan luo. Everstiluutnantiksi ylennetty Malm osallistui lokakuun 1808 lopussa Koljonvirran taisteluun. Sandels lähetti hänet 11. marraskuuta takaisin Koljonvirralle johtamaan vastaiskua, mutta tuolloin Malm haavoittui päähän ja jäi venäläisten vangiksi.