בפרוץ מלחמת העולם השנייה הכריזה יוגוסלביה על נייטרליות ותחת לחץ כבד מגרמניה הנאצית קיים הנסיך פאבלה שליט הממלכה מגעים על הצטרפות יוגוסלביה להסכם התלת-צדדי. תהליך זה לווה בתחיקה אנטישמית. בעת ההיא מנתה הקהילה 9,000 נפשות. באוקטובר 1940 פורסמו שתי תקנות המגבילות את זכויות היהודים. האחת קבעה נומרוס קלאוזוס בקבלה לבתי הספר התיכוניים ולמוסדות להשכלה גבוהה והשנייה הגבילה סחר במוצרי מזון מסוימים. במקביל גברה ההסתה האנטישמית מצד חוגי הכנסייה הקתולית והיא לוותה גם בפרסומים בעיתונות. גם המיעוט המוסלמי נתון היה להסתה נגד היהודים שלובתה על ידי חכמי הדת המקומיים.