Nel 2002 Webber, rimpiazzato da Fernando Alonso nel ruolo di collaudatore alla Renault (che nel frattempo aveva acquistato la Benetton), fu ingaggiato come pilota titolare dalla Minardi, passata sotto la proprietà di Stoddart. Al debutto, nel Gran Premio d'Australia, colse un inaspettato quinto posto: in una gara caratterizzata da molti ritiri, riuscì a precedere Mika Salo alla guida di una Toyota e a difendersi dai suoi attacchi, conquistando i primi punti per la Minardi dal Gran Premio d'Europa 1999. Nel prosieguo della stagione la scarsa competitività della monoposto italiana impedì a Webber di ripetere il risultato, ma l'australiano si mise in luce con certe prestazioni in qualifica ed alcune buone gare.