El Cop d'estat a Xile de l'11 de setembre de 1973 va marcar tràgicament la vida de la família Allende. Durant l'assalt i bombardeig de les Forces Armades al Palau de la Moneda, el president enderrocat, Salvador Allende Gossens, va obligar a la seva filla, confident i consellera política Beatriz Allende, qui es trobava embarassada d'Alejandro, al fet que abandonés el palau en flames. Posteriorment, quan el palau ja estava pres, va optar per suïcidar-se. La seva residència presidencial del carrer Tomás Moro, on es trobava la seva esposa, Hortensia Bussi, va anar també bombardejada, però va aconseguir sobreviure a l'atac.