Ο Δαρείος ονόμασε τον Μαρδόνιο στρατηγό και μετά την Ιωνική Επανάσταση, τον έστειλε το 492 π.Χ. να τιμωρήσει τους Έλληνες που υποστήριξαν τους Ίωνες. Στην πορεία του προς την Αθήνα, χρησιμοποίησε το στρατό του για να καθαιρέσει τους Πέρσες Σατράπες που κυβερνούσαν τις Ιωνικές πόλεις και να τους αντικαταστήσει με δημοκρατικά πολιτεύματα. Ήταν μια διπλωματική κίνηση ώστε να μην προκληθεί ξανά εξέγερση κατά την εκστρατεία του στην Ελλάδα. Ο στόλος και ο στρατός του πέρασαν τον Ελλήσποντο, ακολούθησε η κατάληψη της Θάσου, νησιού με πλούσια μεταλλεύματα. Στη συνέχεια υποτάχθηκε η Μακεδονία.