In den folgenden Auseinandersetzungen der Bayrischen Fehde wird Friedrichsburg 1504 durch die Landgrafschaft Hessen zerstört. Zwischen 1544 und 1556 wurde es neu aufgebaut und erweitert. Am 4. April 1553 wurde hier die Absage der Kurpfalz und Bayerns an König Ferdinand I. zur Teilnahme am Memminger oder Egerer Bund verfasst. Beide Länder schlossen sich stattdessen dem Heidelberger Bund an, einem Zusammenschluss von Fürsten infolge des Zweiten Markgrafenkrieges.