L'abbaye subit encore de nombreux pillages et destructions durant les guerres qui touchent la Pologne au , notamment la Guerre de Trente Ans et la Première guerre du Nord (qualifiée de en Pologne). Notamment, les Suédois pillent le trésor de l'abbaye ainsi que des reliquaires. Par souci de sécurité, la bibliothèque est déplacée en 1642 à Szczecin, où la foudre la fait entièrement brûler.