В конце декабря 1903 года Сергей Андреевич был арестован и 4 января 1904 года и по личному распоряжению министра внутренних дел В. К. Плеве отправлен сначала в центральную пересыльную тюрьму Москвы, откуда этапом в Архангельск. Эта ссылка продлилась всего несколько месяцев, в её ходе он также помог с побегом в Швейцарию Е. А. Бибергаль. Согласно манифеста от 11 августа 1904 года, выпущенного по случаю крещения наследника, С. А. Никонов был освобожден от гласного надзора и ограничений в месте жительства. Почти сразу, по призыву князя Г. Е. Львова в составе земского врачебно-продовольственного отряда он отправился на Русско-японскую войну. Сначала Сергей Андреевич лечил раненых в одном из общеземских госпиталей Харбина, а затем был командирован в Мукден, где стал свидетелем кровопролитного Мукденского сражения и занятия города противником. В конце весны 1905 года, после окончания работы на Дальнем Востоке С. А. Никонов проездом оказался в Иркутске, где встречался с проживавшим здесь на поселении одним из идеологов партии эсеров Г. М. Фриденсоном. От него, кстати, в Нижний Новгород для А. Ю. Фейта он перевёз 1,5 пуда динамита.