Бокаса је рођен 22. фебруара 1921. као једно од дванаесторо деце поглавице села Бобанги, на ивици тропске шуме око 80 километара од Бангија. Отац му је убијен 1927, а мајка је извршила самоубиство. Одрастао је у хришћанском мисионарском интернату. Учитељи у школи су му дали име Жан-Бедел. Придружио се војсци 1939. Борио се у Другом светском рату у Конгу и Европи на страни Слободних француских снага. После се борио у Индокини и Алжиру. Војним снагама Централноафричке Републике придружио се 1. јануара 1962. где је брзо напредовао. Председник државе и Бокасин рођак Давид Дако га је 1964. поставио на положај шефа генералштаба.