Koncem října 1918 se zúčastnil jednání zástupců domácího i zahraničního odboje v Ženevě o budoucí podobě státu. Po vyhlášení svrchovanosti Československé republiky 28. října roku 1918 byl jmenován ministrem zahraničí ve vládě Karla Kramáře. Z Francie domů se však vrátil až 24. září 1919 po svých úspěšných jednáních na Pařížské mírové konferenci, kde zajistil nové hranice státu vůči Německu, Rakousku a Polsku. Během sedmidenní války s Polskem o Těšínsko v lednu 1919 nastal jeden z řídkých sporů mezi Benešem a Masarykem. Zatímco Masaryk podporoval ozbrojený vstup na Těšínsko, Beneš naopak v Paříži vnímal nevoli vedoucích států Dohody k tomuto vstupu a byl proto proti němu.