Революцию в России Эшон Бабахан принял настороженно, но будучи сторонником джадидизма, он разделял взгляды тех муфтиев, которые призывали свои уммы воздерживаться от нешариатских дел и приспосабливаться к новым условиям. Лояльность к новой власти не спасла семью Бабахановых от репрессий. Начавшаяся в 1924 году политика воинствующего атеизма сопровождалась закрытием почти всех действующих мечетей и медресе. Многие видные религиозные деятели были брошены в тюрьмы или отправлены в ссылку. Другие были вынуждены эмигрировать. Преступлением считалось не только чтение Корана, но даже хранение священной для мусульман книги. В это тревожное время мечеть Тилля-шейха, где имамом служил Эшон Бабахан, стала центром духовной жизни Ташкента. Это не могло не вызвать раздражения властей. В 1928 году всё имущество семьи Бабахановых было конфисковано. Эшон Бабахан со старшими сыновьями некоторое время вынужден был скрываться, а его младшие дети были исключены из школы. В 1937 году по стране прокатилась новая волна репрессий. Эшон Бабахан и его сын Зайнуддинхан были арестованы по обвинению в религиозном наставничестве. Его через некоторое время отпустили, а Зайнуддинхан погиб в лагере НКВД СССР в Бурятии в 1938 году. В 1941 году Эшон Бабахан был арестован во второй раз, но в октябре дело было закрыто из-за отсутствия состава преступления.