Шмајхел је за репрезентацију дебитовао 1987. против Грчке. Био је учесник Европског првенства 1988. на којем је репрезентација Данске завршила такмичење након групне фазе после сва три пораза. На утакмицама против Шпаније и Западне Немачке је био резерва Троелсу Расмусен, док је прилику да брани добио у последњој утакмици са Италијом (0—2).