W tym okresie mąż Małgorzaty – kontynuując swój związek z kochanką, Eugenią – nawiązał romans z hrabiną Vincenzą Publicola-Santacroce, a jedyny syn kobiety – przyszły król Wiktor Emanuel III – ożenił się z Heleną Petrowić-Niegosz. Królowa natomiast zwróciła większą uwagę na politykę – w przeciwieństwie do męża, zdecydowanie poparła wybuch wojny włosko-abisyńskiej (1894–1896). Oprócz tego, będąc zarazem konserwatystką i monarchistką popierała działania ówczesnego premiera Włoch, Francesca Crispi, który w trakcie swoich rządów zdelegalizował partię socjalistyczną i spacyfikował wystąpienia robotników oraz zubożałych chłopów sycylijskich ("fasci rivoluzionari", 1893-1894). Królowa poparła również represje zastosowane wobec uczestników zamieszek w Mediolanie w 1898 roku.