Filips was een van de eerste vorsten die de Reformatie besloot te volgen. Hij was in 1521 aanwezig bij de Rijksdag van Worms en in 1526 trad hij toe tot de Liga van Torgau. In 1531 vormde hij samen met andere vorsten het Schmalkaldisch Verbond. Ook hervormde hij de kloosters op zijn grondgebied en voerde hij in 1538 een nieuwe kerkorde in, waarbij hij de pauselijke leer afschafte. In 1546 namen Filips en zijn zoons tijdens de Schmalkaldische Oorlog deel aan de militaire campagne in Zuid-Duitsland, die in Ingolstadt onsuccesvol ten einde kwam. Deze campagne maakte keizer Karel V woedend en Filips werd tijdelijk afgezet als hertog van Brunswijk-Grubenhagen. Nadat de protestanten nog meer nederlagen leden, werd Filips in 1548 opnieuw geïnstalleerd als hertog.