V roce 2007 se připojil do mládežnického týmu italského velkoklubu AC Milán, který ve stejném roce vyhrál prestižní soutěže Ligu mistrů UEFA, Superpohár UEFA a Mistrovství světa ve fotbale klubů. V srpnu roku 2007 byl součástí sestavy, která skončila na čtvrté pozici v mládežnické soutěži Champions Youth Cup hned za brazilským Flamengem, který skončil v soutěži na třetím místě, Juventusem, který skončil na druhé pozici a Manchesterem United, který získal titul Champions Youth Cup. Právě tato soutěž, která se konala v Malajsii, udělala Aubameyangovi atraktivní jméno, protože se trefil sedmkrát během šesti zápasů a získal ocenění Roberto Bettega Trophy pro nejlepšího střelce turnaje. Za rok se probojoval do A-týmu AC Milán, ale na trávník se při žádným soutěžním zápasu coby hráč A-týmu nepodíval.