En 2012, Pinotti remporte la  du Tour d'Italie. Il s'agit d'un contre-la-montre disputé sur 28,2 kilomètres. Il devance Geraint Thomas et Jesse Sergent. En juillet, il s'impose sur le contre-la-montre du Tour d'Autriche. Présent aux Jeux olympiques, il est de la course en ligne puis cinquième du contre-la-montre&lt;ref name="19/09/2012"&gt;&lt;/ref&gt;. En septembre, lors des championnats du monde, il fait tout d'abord partie de l'équipe BMC qui se classe deuxième du contre-la-montre par équipes. Alors qu'il est à la lutte pour le podium sur le contre-la-montre individuel, il chute et se fracture une clavicule. De retour à la compétition en février 2013 lors du Tour méditerranéen, il chute pendant le contre-la-montre, se fracturant deux côtes et se blessant à une épaule. En fin d'année 2013, Pinotti déclare qu'il arrête sa carrière de coureur professionnel et intègre l'encadrement technique de l'équipe BMC Racing.