След неуспеха на заговора от 20 юли 1944 г. Мунцингер е арестуван от членове на СС в Залцбург и изпратен в затвора Лертерщрасе в Берлин. По време на битката в Берлин, Мунцингер е разстрелян заедно с 14 други борци от съпротивата през нощта на 23 април 1945 г. от Гестапо. Тялото му е погребано в масов гроб в Алт Моабит, но по-късно е преместено в гробището „Св. Пол“ в Берлин.