Існує припущення про те, що будівництво церкви завершилось у 1650-х роках, тому що вже у 1651 році унійний митрополит Атана́сій Селя́ва передав 20 000 злотих у спадщину василіянському монастирю з єдиною умовою — бути похованим у церкві Святого Духа. Пізніше, під час московсько-польської Тринадцятилітньої війни (1654—1667) рр. церква використовувалась у оборонних цілях.