Подальша його робота в хорватській збірній не була такою успішною. Команда провалила відбірковий турнір європейського чемпіонату 2000 року, фінішувавши на невтішному третьому місці в групі, позаду збірних Югославії та Ірландії. Блажевич зберіг свою посаду і почав будувати нову команду, залучаючи до ігор молодих футболістів. Однак, відбірковий турнір до чемпіонату світу 2002 року збірна розпочала з двох нічиїх, після чого восени 2000 року тренер був змушений подати у відставку.