Meskipun bukan bendera nasional resmi, bendera sinyal Z memainkan peran utama dalam sejarah angkatan laut Jepang. Pada tanggal 27 Mei 1905, Laksamana Heihachirō Tōgō dari "Mikasa" mempersiapkan diri untuk menjalin hubungan dengan Armada Baltik Rusia. Sebelum Pertempuran Tsushima dimulai, Togo mengibarkan bendera Z diatas "Mikasa" dan menjalin hubungan dengan armada Rusia demi memenangkan Jepang dalam pertempuran tersebut. Pengibaran bendera dikatakan kepada kru-nya sebagai berikut: "Nasib Kekaisaran Jepang tergantung pada satu pertempuran ini; seluruh pihak akan mengerahkan diri mereka dan untuk kebaikan mereka." Bendera Z juga dikibarkan pada kapal induk "Akagi" pada saat penyerangan Jepang di Pearl Harbor, Hawaii, pada bulan Desember 1941.