שליטי סודאן היו ערבים מוסלמים אשר בקשו להביא במידה זו או אחרת להשפעה אסלאמית גם על תושבי הדרום שברובם היו נוצרים לא ערבים. דבר זה הביא למתיחות רבה בין הצפון לדרום ובמהרה נפתחה מלחמת אזרחים שנמשכה כ־16 שנים (1955–1972). גורם נוסף שהביא להעמקת האיבה בין הצפון לדרום היה מדיניות "האדמה החרוכה" שהנהיגה הממשלה, על פיה נמנעה המדינה מלספק בדרום סודאן משאבים כגון מקורות חינוך תשתיות בריאות ורווחה ומים וחשמל, כך שהאזרחים נותרו ללא אפשרות לגדל את גידוליהם. על ידי מדיניות זו יצרה הממשלה המרכזית פער סוציו-אקונומי עמוק בין הצפון המוסלמי לבין הדרום הנוצרי שהעמיק את המתיחות האתנית בין הצדדים.