V roce 1939 bylo Československo obsazeno nacistickým Německem a byl zřízen Protektorát Čechy a Morava. Nová vláda zde pak tolerovala pouze jedinou pravoslavnou hierarchii, a to Německou eparchii Ruské pravoslavné církve v zahraničí v čele s metropolitou Serafimem. S požehnáním metropolity Jevlogije dne 3. listopadu 1939 biskup Sergij s metropolitou Serafimem uzavřeli dohodu, že si pražská obec zachová samosprávu, avšak formálně se podřídí německé eparchii. Také hlava české eparchie v jurisdikci Srbské pravoslavné církve, biskup Gorazd, souhlasil s podřízením metropolitovi Serafimovi, avšak již v roce 1942 zemřel mučednickou smrtí. Události z roku 1942 měly rovněž za následek faktickou likvidaci české pravoslavné církve.