Этнонационализм выглядел и в глазах других политиков простым и «удобным» способом политической мобилизации. В 1990—1991 годах стали нарастать противоречия между Сербией и Словенией, Сербией и Хорватией — конфликты экономического, политического, а затем и этнотерриториального характера. В центре борьбы оказались районы Хорватии, населённые сербами, а также Босния и Герцеговина. Сербы и хорваты в Боснии и Герцеговине ставили вопрос о присоединении территорий их компактного проживания, соответственно, к Сербии и Хорватии. Боснийские мусульмане, составлявшие относительное большинство (43,5 %), выступали за сохранение целостности Боснии и Герцеговины, поскольку только это могло обеспечить целостность территорий, на которых они проживали. Однако при этом две другие крупнейшие общины (сербы и хорваты) воспринимались боснийскими властями как «национальные меньшинства», и любые модели государственного устройства БиГ, кроме унитарной, отвергались. «Разделить» Боснию и Герцеговину согласно этноконфессиональной принадлежности населения было практически невозможно — «чистые» этнические территории в ней отсутствовали. Значительную роль в нарастании межнациональных противоречий играли воспоминания о событиях периода Второй мировой войны, в частности о геноциде сербов, организованном режимом усташей в Независимом государстве Хорватия.