בשנת 1965 חתם שנלינגר במילאן, במדיה שיחק תשע עונות, זכה בתארים רבים, והפך לאחד הכדורגלנים הגרמניים המצליחים ביותר מחוץ לגרמניה באותה תקופה. בזירה המקומית זכה שנלינגר עם מילאן באליפות אחת, שלושה גביעים מקומיים. בזירה הבינלאומית זכה שנלינגר עם מילאן בגביע אירופה לאלופות בעונת 1969, לאחר ניצחון 4-1 על אייאקס אמסטרדם במשחק הגמר, בו פתח. באותה עונה זכה שנלינגר גם בטורניר הגביע הביניבשתי, לאחר ניצחון במפגש כפול על אסטודיאנטס לה פלאטה מארגנטינה. בנוסף, זכה שנלינגר פעמיים עם מילאן בגביע אירופה למחזיקות גביע. הפעם הראשונה בשנת 1968, לאחר ניצחון 2-0 במשחק הגמר מול המבורג, והפעם השנייה בשנת 1973, לאחר ניצחון 1-0 במשחק הגמר מול לידס יונייטד. סך הכל צבר שנלינגר 222 הופעות בליגה במדי מילאן, ועזב את המועדון בשנת 1974.