Nel XVII secolo Stralsunda venne coinvolta nella Guerra dei Trent'anni: il generale Albrecht von Wallenstein la cinse d'assedio nel 1628, fino a che non venne liberata da truppe svedesi. Con la firma del trattato di Stettino, Stralsunda divenne una delle roccaforti svedesi nella Pomerania. Alla fine della guerra, con la Pace di Vestfalia del 1648, la città passò sotto il controllo della Svezia insieme a gran parte della regione circostante. Fu conquistata dai brandeburghesi nel 1678, tuttavia con la firma del trattato di Saint-Germain-en-Laye Stralsunda tornò sotto la sovranità svedese. Durante la grande guerra del nord, nel 1715, Carlo XII di Svezia guidò la difesa di Stralsunda per un anno contro le truppe dell'Europa centrale. La città rimase sotto il controllo svedese fino al 1807, quando fu assediata e conquistata dalle truppe di Napoleone. Due anni più tardi i "freikorps" di Ferdinand von Schill cercarono invano di conquistare la città e lo stesso von Schill morì nello scontro. Con la firma del trattato di Vienna nel 1815 Stralsunda fu annessa alla nuova provincia prussiana della Pomerania.