1945年3月19日在吳港靠泊時遭受美军58特遣艦隊（TF 58）所屬艦載機攻擊，飛行甲板被3發炸彈命中，炸出了4個直徑最大达1公尺的破洞，並造成6人死亡。由於舰上缺乏可燃物，因此没有发生火灾，飛行甲板的損害也很快被修好。日軍在4月10日將鳳翔號列入第三預備艦。原计划要將她轉移到其他港口，但是最後因為缺乏燃料等因素並未施行，而是與其它聯合艦隊戰艦一同成為浮動砲台。6月10日，鳳翔號列為第四預備艦，艦上只留半數乘員。7月5日，鳳翔號漆上迷彩偽裝，與龍鳳號航空母艦一同靠泊；7月24日在吳港空襲中艦體又受損，因此将其拖往其它泊地的計畫遭到推延，是次空袭带来的损害在15天內就維修完畢。在8月時，吳港靠泊的航艦中，還可以航行的只剩“葛城”与本舰。