Whipple foi eleito para o Congresso Continental em 1776, servindo até 1779. Whipple assinou a Declaração de Independência, enquanto representava o estado de New Hampshire no Congresso Continental. Whipple foi o primo de segundo grau do companheiro signatário, Stephen Hopkins. Whipple tomou o seu dever patriótico a sério, e era conhecido em torno de New Hampshire pela sua confiabilidade e justiça. Em janeiro de 1776, Whipple escreveu para outros signatários, como Josiah Bartlett tratando do aproximar da convenção: "Este ano, meu Amigo, é grande, com poderosos eventos. Nada menos que o destino da América depende da virtude dos seus filhos, e se eles não têm a virtude suficiente para suportar a mais Gloriosa Causa, eles não merecem as bênçãos da liberdade." Depois de voltar da assinatura da Declaração da Independência, Whipple plantou a semente da castanha da índia próxima da sua casa, que cresceu em uma árvore, que ainda pode ser vista hoje, próximo a Casa Moffatt-Ladd.