Nach seiner Rückkehr aus den USA kommandierte Branciforte zunächst ein Jahr den Flugzeugträger "Giuseppe Garibaldi". Anschließend besuchte er die Führungsakademie der Streitkräfte und übernahm danach wiederum das Kommando über den Träger "Garibaldi". Von 1995 bis 2000 arbeitete Branciforte im Admiralstab in Rom. Als Leiter der nachrichtendienstlichen Abteilung (A2) war er an Reformen beteiligt, die 1997 zur Entstehung des "Centro Intelligence Interforze" (J2) und damit zur Abschaffung der SIOS-Dienste der Teilstreitkräfte führten. Danach leitete er bis 2000 noch die (ebenfalls reformierte) Planungsabteilung des Admiralstabs (A3). Von Oktober 2000 bis November 2001 befehligte er als Konteradmiral die Hochseeflotte (COMFORAL), danach wurde er Chef des Stabes im Flottenkommando (CINCNAV). Aufgrund der Terroranschläge am 11. September 2001 in den USA entsandte ihn die italienische Regierung am Beginn der Operation "Enduring Freedom" als "Senior National Representative" kurzfristig nach Tampa zum "United States Central Command".