하지만 고리원전의 계속운전은 여러가지 논란을 불러 일으켰다. 주민들과 합의 후 상업운전 연장을 했다고 하지만 정작 지역사회에서는 상업운전 연장에 대해 반발하는 목소리가 높았다. 2011년 3월 후쿠시마 원전 사고가 일어난 이후, MBC 《PD수첩》이 고리원전의 안전 실태에 대해서 취재한 결과, 계속운전의 가장 큰 근거가 됐던 안전검사 결과 보고서에서 수학적인 수치를 드러낸 정확한 데이터가 없었으며, 추상적인 표현들밖에 없어 이를 검토한 원자력 전문가가 "이 보고서로는 안전한지 알 수 없다"고 지적했다. 안전성에 대한 주요한 지적들은 지진 발생시 7미터 이상의 지진해일에 원전이 손상될 수 있다는 점이며, 노후화된 문제로 인해 지진에도 취약하다는 것이다. 고리원전이 건설되던 1970년대 당시 원전부근에 지진단층이 발견되기 전이었기 때문에 지진 문제를 심각하게 고려하지 않았다는 것이다.