Ab dem Jahr 49 v. Chr. nahm die XII auf Caesars Seite am Bürgerkrieg gegen Pompeius teil und wurde 48 v. Chr. auch in der Schlacht von Pharsalus eingesetzt. Nach Caesars Sieg wurde die Legion im Jahr 45 v. Chr. aufgelöst und die Veteranen in Parma angesiedelt. Im Jahr 44 v. Chr. wurde sie von Lepidus und Marcus Antonius wieder aufgestellt und möglicherweise in der Schlacht von Mutina im April 43 v. Chr. gegen Octavian, den späteren Kaiser Augustus, eingesetzt. Während des Triumvirats kämpfte die "Legio XII Victrix" (die Siegreiche) 41/40 v. Chr. auf der Seite Octavians im perusinischen Krieg. Unter Marcus Antonius trug die Legion den Namen "Legio XII Antiqua" (die Alte). Nach der Schlacht bei Actium im Jahr 31 v. Chr. blieb die XII im Osten.