Die erste urkundliche Erwähnung von "Scafusa" erfolgte an Ostern 1261. Der Ortsname stammt vom althochdeutschen "(ze) scafhusun", was «bei den Schafställen» bedeutet. Im Mittelalter lag das Dorf im Herrschaftsbereich der Grafen von Lenzburg und später der Grafen von Kyburg. Nachdem letztere ausgestorben waren, übernahmen die Habsburger 1273 die Landesherrschaft und die Blutgerichtsbarkeit. Die niedere Gerichtsbarkeit war zunächst im Besitz des elsässischen Klosters Murbach und ging Ende des 13. Jahrhunderts an die Herren von Baldegg über. Nachdem die Burg der Baldegger im Sempacherkrieg von 1386 zerstört worden war, liessen sie wenige Jahre später das Schloss Schafisheim errichten.