הכלא לא נפגע במהלך הפצצת טוקיו במלחמת העולם השנייה, וכוחות הכיבוש של בעלות הברית השתלטו עליו במהלך כיבוש יפן כדי לשכן חשודים בפשעי מלחמה כשהם ממתינים למשפט בפני בית הדין הצבאי הבינלאומי למזרח הרחוק. לאחר סיום המשפטים, שימש כלא סוגאמו בכליאתם של כמה מהמורשעים והיה מקום להוצאתם להורג של שבעה אסירים שנידונו למוות בתלייה ב-23 בדצמבר 1948.