Na de metingen rond de Himalaya werden onder Waugh met name gebiedsdelen in het oosten en westen van de Britse kolonie opgemeten, met een korte onderbreking ten gevolge van de Indiase opstand van 1857. In 1861 nam hij afscheid van de cartografische projecten in India. Als hoofd van de "Great Trigonometric Survey" werd hij opgevolgd door James Thomas Walker. Waugh vestigde zich in Londen, waar hij geridderd werd voor zijn inspanningen. In hetzelfde jaar werd hij toegelaten tot de prestigieuze Royal Geographical Society.