Помимо клубов выступал за сборные Чехословакии и Чехии. Становился чемпионом мира 1985 года и дважды выигрывал бронзовые медали мирового первенства. Самым ярким матчем в карьере Иржи Шейбы стала игра чемпионата мира 1985 года против сборной Канады. Чехословацкая сборная выиграла 5:3, завоевала золото, а Шейба в том матче сделал хет-трик, забросив одну из шайб в численном меньшинстве после сольного прохода.