Eind april 1999, een maand na de start van Operatie Allied Force, diende Van Bommel in de Tweede Kamer tijdens het debat over de ontwikkelingen in en rond Kosovo een motie in om een einde te maken aan de NAVO-bombardementen op het toenmalige Joegoslavië. De motie werd door slechts enkele volksvertegenwoordigers ondersteund.