Obrońcy zdołali się przygotować do odparcia napaści, atak się nie powiódł, a sojusz Arystagorasa z Artafernesem uległ rozpadowi. W obawie przed perskim odwetem Arystagoras zaczął planować powstanie wszystkich Jonów. Histiajos, zakładnik w odległej Suzie, któremu marzył się powrót na tron Miletu, również nakłaniał bratanka do rozpoczęcia powstania, sądząc, że Persowie stłumią bunt i mianują go ponownie władcą. W roku 499 p.n.e. Arystagoras uzyskał poparcie większości obywateli miasta, z wyjątkiem niewielkiej partii skupionej wokół logografa Hekatajosa. Przywrócono ustrój demokratyczny i wkrótce inne miasta jońskie przyłączyły się do buntu przeciwko Persom, rozpoczynając tym samym Powstanie jońskie.