Cronje nacque nella Colonia del Capo, ma ben presto, ancora in fasce, fu portato dai genitori nel Transvaal, durante il "Great Trek". Convinto anti-britannico, nel novembre 1880 fomentò una ribellione contro il dominio inglese, difendendo un agricoltore dal sequestro dei suoi beni a causa del mancato pagamento delle tasse. Quindi fu uno dei combattenti afrikaner più valorosi nella guerra che ne seguì nel 1881 e che condusse il Transvaal all'indipendenza (Prima guerra boera). In tale occasione si fece un nome, comandando a Potchefstroom una forza militare che costrinse alla resa la guarnigione britannica proprio nel momento in cui veniva disposto un generale armistizio fra le forze in campo (marzo 1881).