Am 21. März 1982 gab Borja sein Debüt in der US-amerikanischen Nationalmannschaft. Bei den Olympischen Sommerspielen 1984 in Los Angeles bestritt er alle drei Spiele und gehörte auch zum Kader bei den Panamerikanischen Spielen 1987. Nach seinem Karriereende 1992 im Profifußball gewann er im selben Jahr bei der Futsal-Weltmeisterschaft die Silbermedaille. Borja spielte noch bis 1995 für die Futsal-Nationalmannschaft der Vereinigten Staaten.