Η περιοχή έλαβε το όνομά της, σύμφωνα με την τότε διαδεδομένη συνήθεια, από προϋπάρχον μακεδονικό τοπωνύμιο, δηλαδή τη Μυγδονία της Μακεδονίας, κοντά στη σημερινή Χαλκιδική, το μέρος πέρα από τον Αξιό ποταμό όπου κατοικούσε το θρακικό φύλο των Μυγδόνων, όπως ανέφερε ο Πλίνιος. Σύμφωνα με τον ίδιο, η ονοματοδοσία έγινε επειδή οι στρατιώτες του Αλεξάνδρου αναγνώρισαν ομοιότητα στον τόπο με τη μακεδονική Μυγδονία. Ο Πλίνιος τοποθετεί τη Μυγδονία στη βορειοδυτική Μεσοποταμία, ως την ευρύτερη χώρα γύρων από τα Γαυγάμηλα και τα Άρβηλα (Αρμπίλ).