Szczur nikobarski jest uznawany za gatunek zagrożony, ze względu na ograniczony zasięg występowania. Szczury te występują w nie więcej niż pięciu miejscach na obszarze mniejszym niż 1500 km². Populacja maleje, zagraża jej utrata siedlisk, szczególnie w związku z rozbudową siedzib ludzkich po zniszczeniach spowodowanych tsunami z 2004 roku. Nie jest chroniony.