Время возникновения латинского селения Ajax, стоявшего в нескольких километрах к северу от современного города, точно неизвестно. Впервые упоминается в письмах папы Григория Великого. В Средние века в городе был свой епископ. На своём нынешнем месте Аяччо основан в 1492 г. негоциантами генуэзского банка Святого Георгия. В течение первых десятилетий это была укреплённая колония Генуэзской республики, корсиканцам здесь селиться запрещали. В 1553—59 гг. — под французской оккупацией. Аяччо вошёл в состав Франции только в 1768 году.