באוקטובר 2010 הודיע הנשיא ברק אובמה כי מקדאנה יחליף את טום דונילון כסגן היועץ לביטחון לאומי, מפאת קידומו של האחרון לתפקיד היועץ לביטחון לאומי לאחר עזיבתו של הגנרל ג'יימס ג'ונס את התפקיד. במאי 2011 נצפה מקדאנה בתמונות שצולמו בחדר המצב של הבית הלבן, בזמן מבצע חנית נפטון שבו חוסל אוסמה בן-לאדן.