Una segunda acción militar neerlandesa, la Operación Kraai, destinada a destruir la República, se lanzó el 18 de diciembre de 1948. A pesar de recuperar las principales ciudades de Java, incluida la capital republicana de Yogyakarta, y toda Sumatra, excepto Aceh en el extremo norte, desencadenó la protesta por la renuncia de los gabinetes del Estado de Indonesia Oriental y Pasundan (Java Occidental) y del Sultán de Yogyakarta de su cargo de jefe regional. También hubo presión de los Estados Unidos y las Naciones Unidas, en particular en forma de una resolución del Consejo de Seguridad. Los neerlandeses acordaron negociar con Indonesia para organizar una transferencia de soberanía. La Conferencia de la Mesa Redonda neerlandesa-indonesia tuvo lugar en La Haya de agosto a noviembre de 1949 y resultó en que los neerlandeses acordaran entregar la soberanía a las Indias Orientales Neerlandesas, a excepción de Nueva Guinea Occidental. Sin embargo, muchos nacionalistas indonesios creían que los holandeses habían insistido en un estado federal en un intento de debilitar o incluso romper la nueva nación, una manifestación de una estrategia de "divide y vencerás". Sin embargo, el 17 de diciembre de 1949, la soberanía fue transferida a los Estados Unidos de Indonesia.