В обвинувальному висновку йому ставляться у провину злочини в Хорватії (різанина у Вочині, у Вуковарській лікарні), у Боснії і Герцеговині та переслідування і ліквідації хорватів Воєводини (особливо зі Срема, відомий випадок із селом Хртковці, яке Шешель у своєму прагненні до знищення всього хорватського перейменував на «Сербиславці»), а також воєнні злочини та етнічні чистки.