Aumeier był jednym z oskarżonych w pierwszym procesie oświęcimskim, który odbył się przed Najwyższym Trybunałem Narodowym w Krakowie. W czasie procesu stwierdził, że „(...) postępowanie dowodowe opiera się na świadkach, którzy dzisiaj prześladują mnie swoją nienawiścią”. Twierdził również, że wielokrotnie domagał się u przełożonych skierowania na front, ale jego prośby nie zostały spełnione. Wobec udowodnienia oskarżonemu całego rejestru zbrodni, został 22 grudnia 1947 skazany na karę śmierci przez powieszenie. Stracono go w krakowskim więzieniu Montelupich 24 stycznia 1948.