1955 uppstod en väpnad motståndsrörelse mot Batistas styre, i landets bergstrakter och skogsområden, vilken leddes av Fidel Castro som anlände till ön från Mexiko detta år sedan han frigivits efter en allmän amnesti. Samtidigt, 1957-1958, bröt USA sina vänskapsband med Batista samt slutade sistnämnda år exportera vapen till denne, för att sedan samma år igen stödja sittande regering. Kubanska revolutionen tog makten efter att Batista flytt landet i januari 1959, varmed Castro bildade regering med sina gerillasoldater. Omkring 700 Batista-trogna personer dömdes till döden och avrättades, och 110 präster från Romersk-katolska kyrkan utvisades.