Merkel bakkede loyalt op omkring Stoibers kanslerkandidatur ved valget 22. september 2002. De konservative havde i starten ligget godt til i meningsmålingerne, men valget endte alligevel med en smal sejr for den siddende rødgrønne regering under Gerhard Schröder. De rødgrønnes, især Gerhard Schröders, effektive håndtering af Elb-oversvømmelsen og regeringens klare nej til en krig mod Irak, såvel som mindre heldige udtalelser fra Stoiber, bl.a. udtalte han sig negativt om østtyskere, bidrog til deres valgsejr.