В 1854 году, когда началась осада Севастополя, Истомин был назначен начальником 4-й дистанции оборонительной линии, в которую входил Малахов курган, 20 ноября 1854 года Истомин был награждён орденом Святого Георгия 3-й степени. Он был одним из деятельнейших и храбрейших участников в организации этой изумительной обороны. После смерти Корнилова он буквально ни на один день не покидал своих позиций; он и жил в оборонительной башне Малахова кургана.