Morrisin aloitteesta siirtokuntien kongressi perusti vuonna 1781 Yhdysvaltain ensimmäisen keskuspankin, Bank of North American. Hän toimi 1781–1784 valtionvarojen ylivalvojana eli valtiovarainministerinä ja saattoi siten ohjailla uuden keskuspankin varhaisia toimia. Sen jälkeen Morris oli jälleen Pennsylvanian lainsäädäntökokouksen jäsenenä ja osallistui myös vuoden 1787 perustuslailliseen konventtiin. Vuosina 1789–1795 hän oli senaattorina. Hän kieltäytyi presidentiksi valitun Washingtonin tarjotessa hänelle valtiovarainministerin paikkaa, ja asettui sen sijaan tukemaan kyseiseen virkaan nimitetyn Alexander Hamiltonin politiikkaa. Morris meni myöhemmin henkilökohtaiseen vararikkoon keinoteltuaan suurilla maakaupoilla ja joutui olemaan vuodet 1798–1801 velkavankeudessa.