Le 30 septembre, au Grand Prix du Japon au Mont-Fuji, il réalise la pole position sous la pluie. Dans les mêmes conditions, il remporte la course alors que son coéquipier abandonne, et prend une sérieuse option dans l'optique du titre : il mène de douze points alors qu'il ne reste que deux Grand Prix. Après avoir réalisé la pole position au Grand Prix de Chine et avoir mené la première partie de la course, Hamilton reste trop longtemps en piste avec des pneus usés : perdant plusieurs secondes pleines à chaque tour, il est dépassé par Kimi Räikkönen avant de rentrer enfin aux stands. En sur-vitesse dans l'allée des stands, il perd le contrôle de sa monoplace et échoue dans un bac à graviers. Après ce premier abandon de sa carrière, il n'a plus que quatre points d'avance sur Fernando Alonso et sept sur Kimi Räikkönen, deuxième et vainqueur de la course.