Não foi até 1809 que ele estava em serviço ativo, desta vez contra as forças da Quinta Coalizão. No início da campanha, Masséna liderou o IV Corpo de exército nas batalhas de Eckmühl e Ebersberg. Mais tarde na guerra, quando Napoleão tentou cruzar para a margem norte do Danúbio na Batalha de Aspern-Essling, as tropas de Masséna se mantiveram no vilarejo de Aspern durante dois dias de combates violentos. Ele foi recompensado em 31 de janeiro de 1810 com um segundo título de vitória, agora principesco, Príncipe de Essling, por seus esforços lá e na Batalha de Wagram.