Terug in België dreef de Duitse inval van 10 mei 1940 hem tijdelijk op de vlucht. Op de eerste dag van de invasie kwam zijn geliefde om bij een Duits bombardement. Na een tweetal jaar – hij woonde toen in de Elsense Napelsstraat 24 – bracht een studiegenoot uit zijn Leuvense jaren hem in contact met het Onafhankelijkheidsfront. Martin ging inlichtingen verzamelen voor het verzet. Voor zijn opdrachten liep hij soms vermomd of zelfs gegrimeerd rond en beschikte hij over vervalste papieren (als architect Ernest Lemaire of receptionist Georges De Bauve). Maar hij kon nog niet vermoeden welke historische missie hem wachtte. Sterk verontrust door de Jodenregistratie, verplicht sinds 1 juni, en de mysterieuze deportaties die in oktober begonnen waren vanuit de Dossinkazerne, vroeg het Comité de Défense des Juifs aan het Onafhankelijkheidsfront om iemand op onderzoek te sturen. Met zijn talenkennis en zijn academische contacten had Martin het geschikte profiel. Hij was ook koelbloedig en gewend aan leven onder aliassen, al zou hij deze keer onder eigen naam reizen.