Jednostronna deklaracja niepodległości doprowadziła do wybuchu wojny w Saharze Zachodniej, w której Polisario starł się z wojskami marokańskimi i mauretańskimi. Liczne zwycięstwa Polisario doprowadziły w latach 1976–1977 do interwencji wojsk francuskich, które poparły stronę marokańską. W tym czasie Marokańczycy rozpoczęli bombardowania obiektów cywilnych za pomocą napalmu. W trakcie prób pacyfikacji Sahary Zachodniej zginęło tysiące jej cywilnych mieszkańców. Oddziały Polisario były zaopatrywane przez skonfliktowany z Marokiem rząd Algierii.