В Великую Отечественную войну капитан Якубовский вступил в должности командира учебного танкового батальона 26-й танковой дивизии 20-го мехкорпуса Западного фронта. Участвовал в оборонительных боях в Белоруссии, обороне Минска. В июле 1941 года — командир 51-го танкового полка 26-й танковой дивизии 20-го мехкорпуса, сражался в осаждённом Могилёве, был представлен к ордену Красного Знамени. В сентябре 1941 года вышел из окружения и был назначен для поручений в штаб Брянского фронта. В декабре 1941 — феврале 1942 года — командир танкового полка 121-й танковой бригады 3-й армии Западного фронта (Орловское направление).