На початку серпня 1941 року 44-а гірськострілецька дивізія брала участь в битві під Уманню. 7 серпня під час прориву з оточення в районі с. Підвисоке С. Я. Ткаченко був поранений в голову і праву руку, але продовжував командувати дивізією. Після того, як надійшов наказ виходити з оточення групами і поодинці, виходив з кільця в складі групи офіцерів управління дивізії. Захоплений в полон в районі Голованівська. Перебуваючи в таборі військовополонених в м. Гайсин приховав, що є генералом і командиром дивізії. Як українець був відпущений додому.