ב-27 במאי, מינה את פרופ' חזי לוי לתפקיד מנכ"ל משרד הבריאות, במקומו של משה בר סימן טוב שהודיע על פרישתו מהתפקיד. בהמשך מונה פרופ' רוני גמזו לממונה על המאבק בנגיף הקורונה בישראל. עלייה מחודשת בתחלואה הובילה בספטמבר 2020 להחלטת ממשלה על סגר בתקופת חגי תשרי. בדצמבר 2020 הוטל סגר נוסף.