M9 đã được cải tiến thành M9A1 vào năm 2006. Nó đã bổ sung thêm vào những thứ khác, một thanh ray Picatinny 1 khe để gắn đèn pin, laser và các phụ kiện khác. M9A1 có tính năng kiểm tra phía trước và phía sau tích cực hơn và một hộp tiếp đạn tốt hơn để nạp đạn dễ dàng hơn. Súng ngắn M9A1 được bán với các băng đạn phủ hơi vật lý (PVD) được phát triển để chịu đựng tốt hơn các điều kiện trong môi trường cát bụi trong các cuộc chiến ở Iraq và Afghanistan.