En 1990 el "Front Patriotique Rwandais" (FPR), un grup rebel format principalment per refugiats tutsis, va envair el nord de Ruanda; així va començar la Guerra Civil ruandesa. Encara que cap dels bàndols va obtenir un avantatge decisiu en la guerra,} el 1992 l'autoritat de Habyarimana s'havia debilitat; les manifestacions massives el van obligar a formar un govern de coalició amb l'oposició interna i signar en 1993 els Acords d'Arusha amb el FPR. L'alto el foc va acabar el 6 d'abril de 1994, quan fou enderrocat l'avió de Habyarimana a prop de l'aeroport de Kigali i va morir. La mort de Habyarimana va ser el catalitzador del genocidi ruandès, que va començar unes hores després. En uns 100 dies, de 500.000 a 1.000.000 de tutsis i hutus políticament moderats van morir en atacs ben planificats ordenats pel govern interí. El FPR tutsi sota Paul Kagame va reiniciar la seva ofensiva i metòdicament va recuperar Ruanda, controlant tot el país cap a la meitat de juliol. En 2015, Kagame i el FPR continuen tenint el control, recuperant el creixement de l'economia de Ruanda, el nombre de turistes i el Índex de desenvolupament humà del país.