Wyróżnił się w wojnie z Francją w latach 1806–1807. W grudniu 1806 r. Tolly walczył z wojskami Napoleona w bitwie pod Pułtuskiem. Dowódca dywizji od 1807. 7 lutego 1807 r. został ranny w bitwie pod Pruską Iławą, wtedy też otrzymał awans do stopnia generała porucznika.