Fort d'un titre de champion d’Afrique, l'équipe d'Algérie ne réussit pourtant pas à se qualifier pour la Coupe du monde 1990 en Italie. En 1991, elle remporte la Coupe Afro-asiatique des Nations. Tenante du titre, l'Algérie lors de la CAN 1992 déçoit. Elle repart avec une défaite contre la Côte d’Ivoire (0-3) et un match nul contre le Congo (1-1, but de Nacer Bouiche). En 1994, elle est disqualifiée de la CAN 1994 par la CAF à cause de la participation d'un joueur qui avait obtenu un carton rouge mais qui a quand même joué lors du match suivant. Elle échoue en qualification pour la Coupe du monde 1994 aux États-Unis au profit du Nigeria. Ce passage à vide n'est pas le fruit du hasard, à cause de la Guerre civile algérienne qui a frappé le pays, le football à son tour a été contaminé, comme tous les autres disciplines sportives. Cette période est la période du déclin du sport en Algérie.