Karierę trenerską Aguado rozpoczynał w zespole Tiburones Rojos de Veracruz; jego debiut w roli szkoleniowca nastąpił 25 lipca 1997 w zremisowanej 1:1 konfrontacji z Tecos UAG. Ze stanowiska odszedł po serii słabych wyników w lutym 1998 – ogółem z klubem z portowego miasta zanotował osiem zwycięstw, osiem remisów i dwanaście porażek, przyczyniając się do spadku Veracruz do drugiej ligi po sezonie 1997/1998. Później pracował jeszcze w drugoligowym Cruz Azul Hidalgo, natomiast w 2003 roku został selekcjonerem reprezentacji Gwatemali. Poprowadził ją w rozgrywkach Złotego Pucharu CONCACAF, gdzie Gwatemalczycy przegrali obydwa mecze i nie wyszli z grupy. Po kilku miesiącach pracy z kadrą został zastąpiony przez Ramóna Maradiagę i powrócił do ojczyzny, obejmując funkcję asystenta trenera Mario Carrillo w stołecznym Club América. W tej roli wywalczył mistrzostwo Meksyku z Américą w sezonie Clausura 2005. Po odejściu Carrillo został samodzielnym szkoleniowcem tego klubu, prowadząc go ze zmiennym szczęściem w siedmiu ligowych pojedynkach, po czym ustąpił miejsca Manuelowi Lapuente. W późniejszym czasie pracował jako członek zarządu swojej byłej drużyny, drugoligowego Club León.