In der Saison 2005/06 führte er den iranischen Verein Esteghlal Teheran, für den er einst gespielt hatte, zur Meisterschaft in der Iranian Pro League. Am 17. Juli 2007 wurde er als Nachfolger des Kroaten Branko Ivanković Nationaltrainer der iranischen Nationalmannschaft. Nach dem Viertelfinale im Asiencup 2007 schied Ghalenoei als Trainer aus.