Die reformierte Stadt Zürich verbot 1688 ihren Bürgern den Dienst unter Ludwig XIV. und bewilligte 1693 dem glaubensverwandten Holland ein Zürcher Defensivbataillon, in welches Werdmüller 1690 als Major eintrat. 1693 wurde er Kommandant eines zweiten Batallions im Rang eines Oberstleutnants. 1701 formierte er als Oberst das Regiment Albemarle zu einem rein schweizerischen. An der Spitze dieses Regiments nahm er an den Belagerungen von Bonn und Trarbach und an der Schlacht bei Höchstädt teil.