Pedro Cubilla trabajó muchos años también como asistente técnico de su hermano menor Luis en los clubes uruguayos Nacional y Peñarol. Estuvo en el Olimpia de Paraguay, donde logró el título de campeón de la Copa Interamericana frente al Club Deportivo FAS de El Salvador y campeón Intercontinental frente al Malmö de Suecia en 1979. También fue asistente técnico de su hermano en la Selección uruguaya de fútbol, la cual tuvo oportunidad de comandar durante la gira previa a la Copa América de Chile en 1991.