De franske revolutionskrige brød ud igen, mens Hunter var i England, og han meldte sig som frivillig på , Lord Howes 100-kanoners flagskib. Hunter var med i slaget ved Ouessant 1. juni 1794, og han blev på skibet indtil 1795. Efter Arthur Phillips opsagde sin stilling som guvernør i New South Wales i juli 1793, søgte Hunter stillingen i oktober og blev udnævnt i januar 1794. Forskellige forsinkelser gjorde, at han først var i stand til at sejle februar 1795. Hunter ankom til Sydney 7. september 1795 med HMS "Reliance" og startede som guvernør 11. september 1795.