Sør-Sudans uavhengighet kom i etterkant av to borgerkriger, den første i perioden 1955–1972, og den andre fra 1983–2005. I løpet av den lange konflikten ble så mye som 2,5 millioner mennesker drept, og mer enn 5 millioner ble flyktninger. Forholdene mellom de to landene har vært preget av konflikten over oljerørledningen ved staten "Den større Nilen" og den omstridte regionen Abyei, selv om Sudan var det første landet som anerkjente Sør-Sudan. I januar 2012 stengte Sør-Sudan alle sine oljebrønner grunnet uenigheter rundt delingen av ressursene og gebyrene Sudan krevde.