Il remporte quatre médailles lors des Championnats d'Afrique d'athlétisme : l'or en 1985 sur 1 500 m, l'argent en 1979 () et 1984 () et le bronze en 1984 (). Il atteint par ailleurs, sur la distance du la finale des Jeux olympiques de 1984 () et des Championnats du monde de 1987 (). Sélectionné dans l'équipe d'Afrique lors de la Coupe du monde des nations 1985, à Canberra, Omer Khalifa remporte l'épreuve du en 3 min 41 s 16, devant l'Est-Allemand Olaf Beyer et le Soviétique Igor Lotarev.