1927年4月12日蒋介石领导的国民党的部分势力在上海开始清党，捕杀中共成员和国民党左倾党员，并成立南京國民政府，与武漢國民政府对立，故又史称“四一二政变”、“寧漢分裂”。彭湃时任武汉國民政府中華全国农民协会执行委员兼秘书长，被南京國民政府通缉(《國民政府通緝共產黨首要令》)。 4月底，中国共产党第五次全国代表大会在武汉召开，彭湃当选中央委员。7月2日，汪精卫武漢政府宣佈解散共產黨機關。