Furnius schloss sich nach dem Sieg der Triumvirn – zuerst gegen den Senat, dann gegen die Caesarmörder – Marcus Antonius an und unterstützte dessen Bruder Lucius Antonius gegen den vom makedonischen Kriegsschauplatz nach Italien zurückgekehrten Octavian. Im Perusinischen Krieg verteidigte er 41 v. Chr. die umbrische Stadt Sentinum, verlor sie allerdings an Octavians Feldherrn Quintus Salvidienus Rufus Salvius. Im Winter 41/40 v. Chr. gehörte er zu jenen, die zusammen mit Lucius Antonius in Perusia von feindlichen Truppen eingeschlossen waren und schließlich aufgrund einer Hungersnot kapitulieren mussten. Mit zwei weiteren Abgesandten verhandelte er die Übergabe der Stadt und wurde dabei von Octavian äußerst zuvorkommend behandelt; die Antonianer hegten deshalb sogar schon Zweifel an seiner Treue.