Nach dem Angriff auf Pearl Harbor und dem Eintritt Japans in den Zweiten Weltkrieg wurde die "Nagara" zur Unterstützung von Landungen bei Legazpi auf den Philippinen. Sie führte noch weitere Einsätze als Teil der Schlacht um die Philippinen durch, sicherte im Dezember 1941 und Januar 1942 Landungen auf Luzon, Mindanao, Kema und Celebes ab. Bei einer Kollision mit der "Hatusharu" wurde der Kreuzer am 25. Januar leicht beschädigt.