Etter å ha blitt uteksaminert fra "College of the Pacific" i 1942 ble Brubeck innkalt til militærtjeneste, og deltok blant annet i den allierte motstanden mot den tyske Ardenneroffensiven vinteren 1944/45. I det militære traff han tidlig i 1944 Paul Desmond og de utviklet etter hvert et samarbeid. Brubeck spilte i et band under avtjeningen av militærtjenesten, og ved at dette var et rasemessig integrert band utviklet Brubeck i denne tiden sin kjennskap til den afro-amerikanske musikktradisjonen. Etter nærmere fire år i det militære, vendte Brubeck etter krigen tilbake til studier, denne gangen ved "Mills College" hvor han i stedet for klassiske musikk særlig fokuserte på fuge og orkestrering.