Under andre verdenskrig ble Norge invadert av Tyskland den 9. april 1940. Helge Skappels bror, Harald Skappel, døde i Slaget ved Stryken allerede 12. april. Skappel sluttet seg til motstandsbevegelsen og hjalp nordmenn med å flykte fra landet. Han sendte også informasjon om tyske troppeforflytninger via en ulovlig radio. Han ble arrestert for å drive «motstandsarbeid og etterretning» i juni 1941 og satt fengslet i Møllergata 19 i en måned. Han ble dømt til seks års fengsel og overført til Grini fangeleir i juli 1941, som nr. 353 av nesten tjue tusen fanger. Viggo Widerøe satt fengslet i Åkebergveien fra oktober til november 1941. Deretter ble de begge sendt til Tyskland og ble fengslet i Hamburg-Fuhlsbüttel og forble der til han ble reddet av De hvite bussene før krigens slutt.