Выступал за национальную сборную Узбекистана в 1995—1996 годах. Свой дебютный матч за национальную сборную Атоян сыграл 18 июля 1995 года в малайзийском Кубке Мердека, против сборной Венгрии. Всего за сборную Узбекистана Степан Атоян сыграл девять матчей, три из них он сыграл в Кубке Азии 1996 года который проходил в ОАЭ.