I kvalet till VM i Sydkorea och Japan 2002 hamnade man med Lettland, Skottland, Kroatien och Belgien. I andra matchen mot Lettland förlorade man på ett mål gjort i 8:e minuten, och Lettland kom att vinna matchen med 0–1. I returen fick man 1–1 mot Lettland vilket är ett av landets framgångar. Efter matchen fick också letternas förbundskapten Gary Johnson sparken. Resten av matcherna slutade med förluster. I kvalet till VM i Tyskland förlorade man åter alla matcherna (10 förluster) och fick målskillnaden 2–40. De bästa matcherna var 0–1 hemma mot Litauen och 1–2 hemma mot Belgien. I 2010 års kval placerades San Marino med Tjeckien, Polen, Nordirland, Slovakien och Slovenien. San Marino redovisade bara förluster med bland annat 0–10 mot Polen. San Marinos enda mål gjorde Andy Selva mot Slovakien hemma. De bästa matcherna var 0–2 hemma mot Polen och 1–3 hemma mot Slovakien.