Auch im Team der US-amerikanischen Nationalmannschaft ist Whalen sehr erfolgreich. Sie gewann die Goldmedaille bei den Olympischen Spielen 2012 in London und bei den Olympischen Spielen 2016 in Rio. Außerdem wurde sie mit dem US-Team 2010 und 2014 die Basketball-Weltmeisterschaft. Zu Beginn ihrer Karriere gewann sie zusätzlich den Titel bei der Juniorenweltmeisterschaft 2003.