En 1989, elle commence à travailler pour le journal "Lidové noviny". En 1992, elle devient correspondante de "Lidové noviny" à Moscou. De là, elle commence à couvrir les zones de conflit russe, d'abord l’Abkhazie. Pendant la crise constitutionnelle russe de 1993, elle était la seule journaliste à la Maison blanche assiégée. L'année suivante, Procházková a fondé, en collaboration avec son collègue Jaromír Štětina, l'agence de presse indépendante "Epicentrum", dédiée au reportage de guerre. Au cours des années suivantes, ils ont couvert des événements en Tchétchénie, en Abkhazie, en Ossétie, en Géorgie, au Tadjikistan, en Afghanistan, dans le Haut-Karabakh, au Kurdistan, au Cachemire et au Timor oriental.