Benatia gehörte anschließend beim Afrika-Cup zum marokkanischen Aufgebot; Das Team schied in der Gruppenphase mit zwei Punkten aus und Benatia kam in den beiden Gruppenspielen zum Einsatz. Im darauffolgenden Turnier in Südafrika im Jahre 2013, schied das Team ebenfalls in der Gruppenphase und schon aus. Benatia war bei der Afrikameisterschaft 2017 in Kamerun Marokkos Kapitän und konnte alle Spiele über die gesamte Spielzeit absolvieren, bis zum verlorenen Viertelfinale gegen Ägypten, das mit 0:1 endete. Am 11. November 2017, dem entscheidenden Spiel gegen Elfenbeinküste für die Fußball-Weltmeisterschaft 2018, traf er zum 2:0-Entstand. Somit konnte sich Marokko nach 20 Jahren qualifizieren.