Puis en , il est nommé lieutenant au premier bataillon franc de la République. En , il participe au siège de Lyon qui s'est soulevée contre la Convention. Il y sera gravement blessé. Durant l'année 1796, il combat en Italie où il reste jusqu'en 1798 sous les ordres de Bonaparte qui le remarque. Il est à nouveau grièvement blessé en prenant la tête du siège de Mantoue. Le Directoire, pour qui la popularité de Bonaparte devient gênante, l'éloigne de France, le nomme général en chef de l'expédition d'Égypte (1798-1801).