С конца ноября — в декабре 1942 года дивизия вела тяжёлые наступательные бои, в которых понесла серьёзные потери и практически не продвинулась по фронту. За потерю управления дивизией и невыполнение поставленной боевой задачи в этих боях 31 декабря 1942 года Ян Янович Вейкин был отстранён от должности и был назначен на должность командира 14-го гвардейского стрелкового полка 7-й гвардейской стрелковой дивизии. В этой должности зарекомендовал себя положительно и был представлен к восстановлению в прежней должности. В мае 1943 года Вейкин был отозван в распоряжение Военного совета Северо-Западного фронта и был назначен начальником штаба сборов командиров полков и дивизий войск фронта. С 17 августа по 3 сентября 1943 года командовал 94-м стрелковым корпусом, который формировался в Дмитрове. В ноябре того же года был назначен на должность начальника штаба этого корпуса, который участвовал в Житомирско-Бердичевской, Проскуровско-Черновицкой, Львовско-Сандомирской и Восточно-Карпатской операциях.