ספרד בוששה להגיב על כך, ותגובתה באה רק שנים לאחר מכן. הסיבות לכך היו המלחמה בה הייתה שקועה ספרד בחזית הגרמנית (מלחמת שלושים השנים, ובה בעת מלחמתה עם צרפת, ובנוסף גם ההתקוממויות בקטלוניה, בנאפולי ובסיציליה, וגם הקנוניה באנדלוסיה, מרידות בהם התגלו צבאות ספרד כבלתי כשירים. הייתה זו תקופה קריטית ומורכבת, המוכרת כתקופת "משבר שנת 1640". ב-1644 נערך קרב בעצימות נמוכה במונטיחו. פורטוגל חידשה את בריתה עם אנגליה, ודמויות המפתח שבלטו כשנערך ההסכם החדש היו מלך אנגליה צ'ארלס הראשון, אוליבר קרומוול וצ'ארלס השני, בעלה של בתו קתרינה מברגנסה. פורטוגל מסרה לאנגליה בתמורה את טנג'יר שבמרוקו ואת בומביי שבהודו. בהמשך התלקחה במלוא עוזה מלחמת השבת הכתר הפורטוגזי, שהייתה ניסיון של ספרד להשיב את כתר פורטוגל לחיקה. ז'ואאו הרביעי התכוון לכבוש מחדש טריטוריות שהשתייכו בעבר לאימפריה הפורטוגזית. ארצות השפלה הצליחו לכבוש ולהחזיק בציילון ובמלאקה, אך עם זאת הצליחו הפורטוגזים לכבוש מחדש את לואנדה ואת סאו טומה ופרינסיפה, וגם הצליחו לגרש את ההולנדים מברזיל. בגלל אובדן מושבותיה במזרח, הפכו הזהב, הסוכר והיהלומים של ברזיל למקורות ההכנסה העיקריים של פורטוגל. עקב העימות עם ספרד, פעל ז'ואאו לחיזוק מוסדות השלטון והמנהל במדינה. לאור גישה חדשה זו, הוקמה ועדת קבע לענייני מלחמה, וכמו כן גם ועדה לענייני משמר הגבולות, תוך סיועה של החברה הכללית למסחר של ברזיל, וכך גם הובטח הנתיב הימי בין המטרופולין בפורטוגל לבין מושבתה החשובה ביותר באותה עת - ברזיל. תחת מלכותו של ז'ואאו, שבה פורטוגל להיות מעצמה עולמית ובעלת מעמד רם באירופה.