3 października 1991 został aresztowany. W 1994 stanął przed sądem oskarżony w procesie Ramiza Alii (tzw. procesie kawowym) o nadużycie władzy i naruszanie praw obywatelskich. Isai został skazany na 5 lat więzienia. Karę odbywał w więzieniu 313 w Tiranie, w którym przebywał przez rok. Ponownie aresztowany w styczniu 1996, opuścił więzienie w czasie rewolucji piramidowej 1997.