В 1995 году были образованы Первая лига Республики Сербской по футболу и Кубок Республики Сербской; тогда же появились отдельные чемпионаты хорватской и боснийской частей страны. В 1996 году ФИФА признала Федерацию футбола Босни ии Герцеговины, в 1998 году это сделало УЕФА. Клубы получили право выступать в еврокубках, кроме клубов Республики Сербской. Хотя Дейтонское соглашение, положившее конец войне в Боснии и Герцеговине, позволило организовывать независимые спортивные организации в Республике Сербской, которые могли бы быть признанными на международном уровне, но ФИФА и УЕФА настаивали, что футболисты Республики Сербской не могут представлять свою автономию на международном уровне. Только 23 мая 2002 года после вступления Футбольного союза Республики Сербской в Футбольный союз Боснии и Герцеговины клубы Республики Сербской получили право играть в еврокубках, а уроженцы Республики Сербской — право играть за Боснию и Герцеговину.