Don Juan de Austria convocó consejo de guerra en su nave capitana para decidir el curso de la acción. Famagusta había caído a principios de agosto. Una derrota de la Liga significaría dejar absolutamente desprotegidas las costas mediterráneas de España e Italia frente a los turcos. Don Juan defendió la idea de una guerra agresiva: buscar a la flota turca allá donde estuviera y destruirla; este era el plan apoyado por marinos expertos, como Álvaro de Bazán. Don Juan consiguió imponerse frente a las posturas más moderadas, y el 15 de septiembre la flota salió de Mesina en dirección al Mediterráneo oriental.