Κατά τη διάρκεια του Κριμαϊκού Πολέμου (1853–1856) οι οθωμανικές δυνάμεις υπό τον Ομάρ Πασά κατέλαβαν το Ζουγκντίντι το 1855. Στα τέλη του 1855 και τις αρχές του 1856 η πόλη απελευθερώθηκε από την Μινγκρελιανή Πολιτοφυλακή υπό τον Στρατάρχη πρίγκιπα Γκριγκόλ Νταντιάνι. Υπό τις διαταγές του Ισκεντέρ Πασά οι Οθωμανοί λεηλάτησαν, πυρπόλησαν και κατέστρεψαν ολόκληρη τη πόλη, ειδικά τα παλάτια και τον βοτανικό κήπο. Κατά την διάρκεια του Γεωργιανού Εμφυλίου Πολέμου (1992-1993) η πόλη υπέστη ζημιές. Το 2014 η πόλη είχε 42.998 κατοίκους και ήταν η πέμπτη μεγαλύτερη πόλη της Γεωργίας, λόγω της εισροής προσφύγων από την Αμπχαζία μετά τον πόλεμο στην Αμπχαζία το 1992-93.