Sie floh 1546 vor dem Schmalkaldischen Krieg mit ihren Kindern nach Magdeburg und kehrte im Juli 1547 nach Wittenberg zurück. Ihre Gebäude und Ländereien waren zwar verwüstet, aber nicht zerstört. Sie geriet aber durch die finanziellen Belastungen des Wiederaufbaus in wirtschaftliche Not. Dank der Unterstützung der genannten Fürsten konnte sie sich jedoch wirtschaftlich erholen. 1552 musste sie Wittenberg wegen der Pest und Missernten erneut verlassen. Sie flüchtete nach Torgau, vor dessen Toren ihr Fuhrwerk verunglückte. Sie brach sich einen Beckenknochen und starb drei Wochen später, am 20. Dezember 1552, in Torgau an den Folgen.