Saksan miehitettyä Norjan keväällä 1940 Günther kannatti suostumista Saksan vaatimukseen sallia Norjassa olleiden saksalaisjoukkojen ase- ja miehistökuljetukset Ruotsin rautateiden kautta, sillä kieltävän vastauksen saadessaan Saksa voisi hyökätä myös Ruotsiin. Syksyllä 1940 Günther neuvotteli Suomen Tukholman-lähettilään Jarl Wasastjernan kanssa mahdollisesta Suomen ja Ruotsin puolustus- tai jopa valtioliitosta, mutta hanke kaatui Neuvostoliiton vastustukseen. Vieraillessaan Helsingissä toukokuussa 1941 Günther oli vakuuttunut, että Suomi ei aloittaisi uutta sotaa Neuvostoliittoa vastaan. Hyökättyään Neuvostoliittoon kesäkuussa 1941 Saksa vaati Ruotsia sallimaan yhden jalkaväkidivisioonan kuljettamisen Ruotsin kautta Suomeen, mikä loukkasi entistä selvemmin Ruotsin puolueettomuutta. Erimielisyys Saksan vaatimukseen vastaamisesta synnytti Hanssonin hallituksessa niin sanotun juhannuskriisin, mutta Güntherin tahdon mukaisesti Ruotsi taipui. Günther torjui kuitenkin myöhemmin Saksan pyynnöt lisäjoukkojen kauttakuljetuksesta, poikkeuksena haavoittuneiden kuljetukset.