Nasr jatkoi Sauberilla myös kaudella 2016. Nasr saavutti Sauberin ainoat pisteet kotikilpailustaan Brasiliasta ajaen maaliin yhdeksäntenä. Sillä sijalla Sauber nousi valmistajien MM-sarjassa Manorin edelle kymmenenneksi. Nasr ei saanut jatkosopimusta mistään tallista seuraavalle kaudelle.