In 2013 werd Badie samen met de Egyptische president Morsi gearresteerd nadat er een militaire coup werd gepleegd tegen hen. In augustus 2013 begon het proces tegen hem waarbij hij beschuldigd werd van doodslag bij de protesten tegen het moslimbroederschap in 2013. In 2014 werd hij veroordeeld tot de doodstraf en in 2015 werd deze straf nogmaals herhaald.