В августе 1854 года Жером Наполеон Бонапарт оставил военную службу и по приглашению императора Наполеона III переехал из США во Францию, где поступил на военную службу вторым лейтенантом в Седьмой драгунский полк. Он участвовал в Крымской войне с Россией, а также воевал в Алжире в 1856 и 1857 годах. В 1857 году его перевели (в чине капитана) в Первый африканский стрелковый полк, и он принимал участие в сражениях при Монтебелло и Сольферино. Он состоял в штабе французского императора и получал награды: Крымскую медаль, медаль ордена Почетного легиона, Орден Меджидие (османский орден), медаль за участие в Итальянской кампании и др.