Vuonna 1808, Bernadotten ollessa hansakaupunkien kuvernööri, hänen johdollaan suunniteltiin sotaretkeä Ruotsia vastaan Tanskan saarien kautta, mutta suunnitelma hylättiin Espanjan ongelmien vuoksi ja kuljetuskaluston puutteessa. Itävallan sodassa Bernadotte johti saksijoukkoja Wagramin taistelussa 6. heinäkuuta 1809.