Bereits 1993 kam es im Ostkongo zu ersten tödlichen Übergriffen auf Mitglieder der Volksgruppe der Tutsi. Nkunda schloss sich aus diesem Grunde in jenem Jahr der ruandischen Tutsi-Bewegung Ruandische Patriotische Front (RPF) an und erhielt eine Kampfausbildung im militärischen Trainingslager Gabiro. Die RPF stürzte 1994 im Zuge des Völkermordes in Ruanda die dortige Hutu-Regierung und dominiert das Land seither politisch. Nach diesem Sieg kehrte Nkunda in seine Heimat zurück und kämpfte an der Seite von Laurent-Désiré Kabila und dessen Sohn Joseph Kabila, die 1997 in einem vom Osten der DR Kongo ausgehenden erfolgreichen Bürgerkrieg den langjährigen hutufreundlichen Diktator Joseph-Désiré Mobutu entmachteten.