Zadebiutował w towarzyskim meczu przeciwko Norwegii, pół roku później mógł spełnić swoje marzenie grając na Mistrzostwach Świata i to w rodzinnym kraju. Dostał powołanie, lecz nie zagrał nawet minuty ze względu na kontuzję. Na kolejny mundial we Francji pojechał rozgrywając wszystkie możliwe minuty jednak wszystkie mecze były przegrane. Pocieszeniem mogły być mecze towarzyskie, w jednym z nich rok później USA pokonało Niemcy 3-0 co było wielkim zaskoczeniem, Claudio zdobył bramkę i zagrał cały mecz, następnym był mecz z Argentyną także niespodziewanie wygrany 1-0. Podczas towarzyskiego turnieju w roku 2000 „U.S. Cup” zdobył pierwsze miejsce. W roku 2002 wystąpił na mundialu w Korei i Japonii, w pierwszym wygranym meczu z Portugalią 3-2 nie wystąpił, jednak w kolejnych 1-1 z Koreą Południową i przegranym z Polską 1-3 wystąpił. Udało się wyjść z grupy, a w 1/16 finału przeciwnikiem był derbowy rywal Meksyk. Przy zdobyciu pierwszej bramki pokazał się genialną akcją indywidualną podając do Wolffa, który zgrał do McBride’a zdobywając bramkę na 1-0. Poza tym Reyna odegrał kluczową rolę w defensywie i przy rozegraniu piłki. Cały mecz był bardzo zacięty, zakończył się ostatecznie zwycięstwem 2-0. W ćwierćfinale Amerykanie zmierzyli się z Niemcami, podczas tego spotkania doszło do wielkiej kontrowersji. Torsten Frings zablokował piłkę wpadającą do bramki ręką, sędzia jednak nie wskazał jedenastki. Przegrali swój mecz 1-0, był to kolejny świetny występ „Kapitana Ameryki” i został uznany zawodnikiem meczu, a także znalazł się w drużynie turnieju. Ostatnimi mistrzostwami były Mistrzostwa w Niemczech 2006 roku, z których Amerykanie odpadli w fazie grupowej, udało się jednak wywalczyć remis z triumfatorami imprezy – Włochami. Po tych zawodach zakończył karierę reprezentacyjną.