バイエルンでの1シーズン目は、主にルジェーロ・リッツィテッリ () とユルゲン・クリンスマンの控えを務めつつ、ジョーカーとして起用され、TSV1860ミュンヘンとのミュンヘン・ダービーで1点を追いかける中で同点弾にして移籍後初得点を挙げてチームの救世主となった。翌1996-97シーズンからは、新加入のエウベルと共にバイエルン史上最も成功したコンビの1つに数えられるほどの強力な前線を形成し、数々のタイトル獲得に貢献。そんな中、「カンプ・ノウの奇跡」で知られるUEFAチャンピオンズリーグ 1998-99 決勝では、普段コンビを組むエウベルを負傷で欠いたことでマリオ・バスラー、アレクサンダー・ツィックラーとの3トップで臨むことになったヤンカーは、カウンターからペナルティエリア付近にまで迫るとロニー・ヨンセンに倒されたことでフリーキックの権利を呼び込み、バスラーによる先制点を演出。その後、再三に渡りマンチェスター・ユナイテッドFCのゴールを脅かし、後半には惜しくもボール半個分クロスバーに弾かれたものの、ペナルティーエリア内からオーバーヘッドキックによるボレーシュートを試みた。しかし、多くのチャンスを逃したことが敗戦に繋がり、ロスタイムの間に2得点を許したことで自身のキャリアで最も記憶に残る敗戦となった。