이 승리 이후, 5월 29일 인테르는 챔피언스리그에서 리버풀에게 패배한 것을 이유로 만치니를 해고 시킨다. 그리고 6월 2일, 인테르는 그들의 공식 홈페이지에 FC 포르투와 첼시 FC의 감독이었던 조제 모리뉴를 새 감독으로, 주세페 바레시를 수석 코치로 임명하였다. 이 때 당시 모리뉴는 세리에 A 2008-09의 유일한 외국인 코치였다. 모리뉴는 이 시즌의 여름 이적기간 동안 세 명의 선수를 영입하는 만시니와 설리 알리 문타리, 히카르도 콰레스마이다. 모리뉴의 부임 첫 기간 동안 네라주리는 수페르코파 이탈리아나에서 우승을 하고 세리에 A 2008-09에서 우승을 하면서 리그 4연패를 하였다. 그러나 챔피언스리그에서는 맨체스터 유나이티드 FC에게 패배하면서 3년 연속 16강에서 탈락하게 되었다. 리그에서 4연패를 차지한 것은 유벤투스 FC와 토리노 FC 이후 60년 만의 일이다.