Nach dem Erdbeben von L’Aquila 2009 beschloss die italienische Regierung die Einrichtung einer höheren Bildungs- und Forschungseinrichtung, die das Potenzial der unterirdischen Versuchslabore im Gran Sasso d’Italia besser nutzen soll. Das GSSI wurde 2012 mit einem Gesetz gegründet und nahm seinen Betrieb im akademischen Jahr 2013–2014 auf. Auf dem Weg von einem Forschungszentrum des INFN zu einer selbständigen Graduiertenschule mit internationaler Ausrichtung wurde das GSSI von der Universität L’Aquila und drei italienischen Elitehochschulen unterstützt, darunter die Scuola Superiore Sant’Anna. Nach einer Prüfung durch staatliche Stellen erhielt das GSSI 2016 den Status einer selbständigen staatlichen Graduiertenschule. Derzeit gibt es in Italien nur drei Schulen dieser Art.