El 21 de octubre de 1805 participa junto con la escuadra combinada francoespañola en la Batalla de Trafalgar. Su capitán era por entonces José Vargas. Como uno de los navíos más veloces y ágiles de la escuadra, formaba parte del grupo de exploración. Durante la batalla sufrió a bordo 34 muertos y 126 heridos. Fue capturado por los ingleses y reutilizado por la Royal Navy bajo el nombre de HMS "Ildefonso". La bandera española izada por el "San Ildefonso" está actualmente expuesta en un museo de Londres.