Um dos seus melhores desempenhos, após ter deixado a F-1, foi nas 24 Horas de Le Mans de 1999, quando durante a última hora da corrida, em seu Toyota GT-One (nome alternativo do TS020) compartilhado com seus compatriotas, o "Dori king" Keiichi Tsuchiya e o competente Toshio Suzuki (também ex-piloto de Fórmula 1), no momento em que ele se distanciava do segundo colocado, uma BMW, seu carro teve um pneu furado e ele teve que retornar para a troca de pneus. Nesse processo, o GT-One perdeu a liderança e também a corrida. O GT-One terminaria na vice-liderança, uma volta atrás da vencedora BMW. Como prêmio de consolação, o trio venceria a classe LMGTP, na qual Katayama corria, embora ele tenha sido o único carro da classe a terminar a corrida.