В 1918 году, с 19 марта до июля, Магеровский являлся членом Всероссийской чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией и саботажем (ВЧК). В июле 1918 года он был комиссаром штаба ПЛСРОР — принимал активное участие в восстании левых эсеров в Москве и был осужден за на три года исправительно-трудовых работ (был амнистирован решением ВЦИК).