Le 24 février 2003, le élément de commandement de la MEU a été déployé au Koweït à l'appui de l'opération Enduring Freedom, puis de l'opération Iraqi Freedom. Le 5 mars 2003, le commandant général, I Marine Expeditionary Force (I MEF), a désigné la MEU comme Task Force Yankee (TFY), nommée à la mémoire des victimes des attaques terroristes du 11 septembre. Les unités suivantes furent bientôt rattachées à la nouvelle force opérationnelle: bataillon, Marines, équipe de site sensible , 75th Exploitation Task Force (US Army) et Company C, 478th Engineer Battalion (US Army). Les responsabilités de TFY étaient variées et difficiles. Elles comprenaient: la planification et l'exploitation du centre de détention temporaire des prisonniers de guerre de la MEF, la protection des forces pour le camp Commando (le plus important de la MEF en Irak), la protection des navires transitant par des eaux incertaines dans la région et le principal point d'approvisionnement en munitions de la MEF, les enquêtes initiales sur les sites soupçonnés d'abriter des armes de destruction massive (ADM), la coordination des plans de sécurité pour les bases aériennes désignées, les zones d'appui logistique et les lignes de communication en Iraq et la planification de la phase IV. Le MEU est retourné aux États-Unis le 20 mai.