Pada tanggal 30 September 1965, kelompok yang menamakan dirinya Gerakan 30 September membunuh enam jenderal senior angkatan darat, merebut kendali sementara di beberapa bagian pusat Jakarta dan mengeluarkan sejumlah keputusan atas Radio Republik Indonesia. Soeharto dan pasukannya mengalahkan G-30-S dan dalam proses yang agak berlarut-larut yang berlangsung selama enam bulan atau lebih, posisi formal Sukarno sebagai presiden negara perlahan tapi pasti surut. Angkatan bersenjata menuduh saingan lamanya, Partai Komunis Indonesia (PKI), berada di balik "upaya kudeta" dan pembersihan anti-Komunis pun terjadi. Selama beberapa bulan berikutnya Soeharto dan angkatan bersenjata mengambil inisiatif. Dalam rapat kabinet (yang tidak dihadiri Soeharto), saat demonstrasi mahasiswa yang dilindungi tentara berlangsung di Jakarta, pasukan tanpa lencana mengepung istana presiden tempat rapat itu diadakan. Belakangan diketahui bahwa ini dari Komando Pasukan Khusus Angkatan Darat. Sukarno disarankan untuk meninggalkan pertemuan dan melakukannya, terbang ke Istana Bogor, 60 km selatan Jakarta, dengan helikopter. Sore harinya tiga jenderal TNI, Mayjen TNI Basuki Rahmat, Menteri Urusan Veteran, Brigjen TNI Jenderal M. Jusuf, Menteri Perindustrian Dasar, dan Brigjen TNI Amirmachmud, Panglima Komando Daerah Militer V/Jaya, mengunjungi Sukarno dan pergi dengan Supersemar yang ditandatangani yang kemudian mereka berikan kepada Soeharto. Keesokan harinya Suharto menggunakan kekuasaan yang diberikan kepadanya untuk melarang PKI, dan pada tanggal 18 Maret, lima belas menteri loyalis Sukarno ditangkap.