במשחק הראשון של חצי גמר ליגת האלופות נגד ריאל מדריד שנערך ב-27 באפריל הבקיע מסי את שני שערי קבוצתו בניצחונה 2–0. במהלך השער השני חלף מסי על פני מספר שחקנים יריבים בדרכו להבקעת השער, שהוכר על ידי התקשורת כאחד היפים בתולדות הטורניר. משחק הגומלין הסתיים בתיקו 1-1 וברצלונה התקדמה למשחק הגמר כשהתוצאה היא 3–1 לזכות ברצלונה בסיכום שני המשחקים. ב-28 במאי, במשחק הגמר נגד מנצ'סטר יונייטד, הבקיע מסי את השער השני מבין שלושת שערי ברצלונה, שניצחה 3–1 וזכתה בתואר בפעם הרביעית בתולדותיה. בסיכום העונה הבקיע 53 שערים בכל המסגרות – 31 בליגה, 12 בליגת האלופות, 7 בגביע ו-3 בסופר קאפ הספרדי – שהיוו שיא חדש הן ברמה האישית והן ברמת המועדון. בפעם השלישית ברציפות היה מסי מלך השערים בליגת האלופות. לצד השערים גם בישל 24 פעמים בכל המסגרות.