En israelsk undersøkelseskomité, Kahan-kommisjonen, holdt ham «personlig ansvarlig» for å ha ignorert og ikke stoppet massakrene som libanesiske falangister, ledet av Hobeika, gjennomførte på et stort antall palestinere i flyktningleirene Sabra og Shatila i 1982, og anbefalte at han skulle bli fjernet fra posten som forsvarsminister. Sharon trakk seg senere fra denne stillingen.