Efter 1906 drog Poincaré sig från bort de aktiva politiska striderna, och kunde inte fås att ta en ny ministerpost. Han ville inte göra sig till förespråkare för någon särskild klick bland republikanerna men rådfrågades dock alltid som en av de mest insatta i politiska förhållanden. Vid Caillaux’ fall förmåddes han dock att i januari 1912, stödd på en stark republikansk majoritet i parlamentet, åtaga sig posten som konseljpresident. Med Millerand som krigs-, Delcassé som marin- och Briand som justitieminister övertog han själv ledningen av utrikespolitiken i det ömtåliga läget efter Agadirkrisen. Han lyckades genom sin personliga auktoritet åstadkomma ett välbehövligt lugn i politiska kretsar och hos allmänna opinionen. Hans uppträdande mot Italien under det tripolitanska kriget (september 1911-oktober 1912), och hans framgångsrika bemödanden att begränsa balkankriget 1912 ökade hans popularitet i Frankrike.