Les impôts (aides, vingtième du vin, deniers mis sus...) sont octroyés annuellement par l'archevêque, et surtout par le roi de France, et deviennent progressivement permanents. Ils permettent à la ville d'assoir ses finances, et, les périodes de conflits passées, de procéder à de multiples dépenses civiles. Car le gros de la dépense consiste en la résolution des questions militaires ; qu'il s'agisse de payer des capitaines, de verser des rançons pour éloigner des bandes de pillards ou de rénover des fortifications. Les consuls doivent agir régulièrement en ce domaine. Comme pour d'autres villes, c'est lors des périodes de crise que le consulat se forge une histoire commune et se soude. À partir des années 1360, la région commence à subir les répercussions des guerres franco-anglaises. Les bandes de soldats en maraude (les « tard-venus », notamment) circulent et pillent le Lyonnais. Ils triomphent en 1362 à Brignais d'une armée levée en toute hâte. Les passages de convois militaires sont moins féroces qu'en d'autres endroits, mais ils sont réguliers jusque dans les années 1390. La deuxième période d'insécurité persistante se situe entre 1417 et 1445. Les troupes démobilisées par le Traité d'Arras (1435) circulent dans la région, sans jamais attaquer la ville même. Le sénéchal et capitaine de Lyon Théodore de Valpergue entreprend de les contenir ou les éloigner, notamment lors d'une négociation menée en 1438 à Beaune. Ils ne restent toutefois jamais bien loin, et ils sont jusqu'à 8000 à rôder, leur fait d'armes principal est le massacre des habitants de Vimy. À partir de 1444, les troupes royales et savoyardes les soumettent. À ces malheurs, il faut ajouter des épidémies de peste et de variole entre 1437 et 1439.