W reprezentacji Portugalii Hélder zadebiutował 12 lutego 1992 roku w wygranym 2:0 towarzyskim spotkaniu z Holandią. Pierwszego gola w kadrze narodowej zdobył 2 września tego samego roku w meczu z Austrią (1:1). W 1996 roku został powołany przez selekcjonera António Oliveirę do kadry na Mistrzostwa Europy 1996. Tam wystąpił we wszystkich spotkaniach swojej drużyny: z Danią (1:1), z Turcją (1:0), z Chorwacją (3:0) oraz ćwierćfinale z Czechami (0:1). Ostatni mecz w kadrze narodowej rozegrał w 2001 roku, a łącznie wystąpił w niej 35 razy i strzelił 3 gole.