Polko schloss sein Studium an der Tadeusz Kościuszko Militärakademie des Heeres in Wrocław ab. Anschließend diente er in einer Aufklärungseinheit in Dziwnów, später auch im „1. Kommando Spezial Regiment“ in Lubliniec als Zugführer. Zwischen 1992 und 1994 nahm er an der UNPROFOR Friedensmission im ehemaligen Jugoslawien teil. 1994, nach seinem Dienst als Führungsoffizier der „Czerwone Berety“ (rote Baretts) in Kraków, nahm Polko ein erneutes Studium an der „Akademie für Nationale Sicherheit“ in Warschau auf. Außerdem absolvierte er einen Ranger und Pathfinder Kurs bei der US Army. 1998 wurde Polko Kommandieur des „6. Luftlandebataillons“ in Bielsko-Biała, das Bestandteil des polnischen Militärkontingents der KFOR im Kosovo war. Zwischen dem 26. Mai 2000 und dem 11. Februar 2004 war er Kommandeur der polnischen Spezialeinheit „GROM“. Diese führte Polko während der Operation Iraqi Freedom. 2006 wurde Polko, inzwischen zum Oberst befördert, erneut Kommandeur der GROM, allerdings nur für kurze Zeit. Im März 2006 folgte eine Beförderung zum Brigadegeneral sowie eine Versetzung ins „Biuro Bezpieczeństwa Narodowego“, wo Polko den Posten des Vizechefs antrat. Dort wurde er im August 2007 zum Chef ernannt, nachdem sein ehemaliger Vorgesetzter den Posten des polnischen Innenministers antrat. Am 15. August 2007 wurde Polko zum Divisionsgeneral befördert.