烏干達獨立数十年来，政府管理不善，叛乱和内战频仍。穆塞韦尼上任后，使乌干达的局势稳定下来，经济得以发展（除北部地区）。穆塞韦尼政府也使乌干达成为非洲防治艾滋病成效最大的国家之一，受到西方世界赞誉；但他在任期内，介入刚果民主共和国内战以及其他非洲大湖地区的冲突，損及他的名譽。圣灵抵抗军在乌干达北部的叛乱使局势不稳，并继续成为世界上其中一个最严重的人道危机。穆塞韦尼政府最近的一些做法，例如在2006年选举前，取消总统任期限制，以及对政敌的骚扰，引起了当地政治评论人士乃至国际社会的关注。