Когда в 1896 году в Османской империи султаном Абдул-Хамидом II была поднята очередная кровавая волна армянских погромов, произошли массовые убийства армян, - Екарян принял участие в организации обороны Вана. Ему удалось получить груз оружия из соседней Персии. Потом османские власти посадили его в тюрьму, вместе с 40 его товарищами, и затем выпустили в конце конфликта. Он покинул Османскую Империю по требованию Султана. Нашёл прибежище в Урмии, в Персии. После Младотурецкой революции, он вернулся в родной Ван в 1908 году. Многие армянские (а также македонские) революционеры тогда „условно присоединились к младотурецкому движению“.