Durante este tiempo, Túnez fue el teatro de importantes operaciones militares conocidas bajo el nombre de Campaña de Túnez: tropas alemanas tomaron posición en el país desde el lanzamiento de la Operación Torch (desembarco de tropas aliadas en África del Norte) el 8 de noviembre de 1942. El "Afrika Korps" de Erwin Rommel se replegó desde Libia detrás de la Línea Mareth. A su regreso a Túnez, el 8 de abril de 1943, Burguiba se aseguró de que su mensaje fuera transmitido a toda la población y a sus militantes. Tras varios meses de combates y una contra-ofensiva blindada alemana en la región de Kasserine y Sbeitla a inicios del año 1943, las tropas del Tercer Reich fueron obligadas a capitular el 11 de mayo en el Cabo Bon, cuatro días después de la llegada de las fuerzas aliadas a Túnez. Burguiba fue puesto en libertad por las fuerzas de Francia Libre el 23 de junio.