Frey a Cannes csapatában kezdte meg profi pályafutását 1997-ben. Két sikeres szezon után az olasz A ligás Internazionale csapatához szerződött, de 2 év után ismét továbbállt, a Parma FC-hez, mely csapattal a 2001–2002-es szezon végén Olasz Kupát nyert. Jelenlegi csapatához a 2005–2006-os szezon kezdetén csatlakozott, először csak kölcsönbe, majd 2006-ban szerződést írt alá. 2011 és 2013 között a Genoa játékosa. 2013 és 2015 között Bursaspor játékosa.