Con la speranza di ottenere sostegno dalla Francia rivoluzionaria negli affari polacchi, molti polacchi si arruolarono nelle armate rivoluzionarie francesi, ciò che infine si tradusse nella fondazione di una Legione Polacca in Italia, il cui comando fu affidato al generale Dąbrowski. L'8 marzo 1797 Zajączek fu nominato brigadiere generale dell'armata francese. Prese parte alla Campagna d'Egitto di Napoleone Bonaparte dal 1798 e il 25 gennaio 1800 sconfisse i Mamelucchi di Murad Bey nella battaglia di Sédiman. Combatté poi sotto il generale Menou nella battaglia di Kanopus (21 marzo) e nel maggio 1801 fu nominato generale di divisione e rientrò in Francia.