Paris, Exposition universelle de 1889. Jean, un inventeur surdoué, croise Nadia, une jeune acrobate poursuivie par des brigands désirant s'emparer de la mystérieuse pierre bleue qu'elle porte en pendentif. Tous deux tentent alors de s'enfuir vers l'Afrique à bord du prototype d'avion de Jean, où Nadia pense récolter des informations sur ses origines, mais ils s'échouent dans l'Atlantique. Récupérés après quelques péripéties par le sous-marin "Nautilus", ils sont déposés sur une île qui se révèle être sous le joug d'envahisseurs ayant asservi la population. Nadia et plusieurs de ses compagnons sont emprisonnés par le chef des tyrans, Argon, qui semble en avoir après la pierre bleue que Nadia a confiée à Jean et attire ce dernier dans un piège par un odieux chantage. La situation semble désespérée mais tous sont finalement secourus par Nemo, commandant du Nautilus.