La Confédération est en infériorité numérique ainsi qu'en armement et en ravitaillement. Les navires de l'Union naviguent au sud et bloquent un port après l'autre. Dès novembre, les troupes de l'Union occupent les Sea Islands dans la région de Beaufort, établissant une importante base pour les hommes et les navires qui bloquent les ports de Charleston et de Savannah. Lorsque les propriétaires des plantations, dont beaucoup sont déjà partis avec l'armée confédérée, fuient la région, les esclaves des Sea Islands deviennent les premiers à être émancipés grâce à la guerre, et les Sea Islands deviennent le laboratoire pour l'éducation des afro-américains en vue de leur rôle futur de citoyen américain à part entière. Malgré le rôle important de la Caroline du Sud dans le déclenchement de la guerre, et une longue tentative infructueuse pour prendre Charleston depuis 1863, peu d'engagements militaires ont lieu à l'intérieur des frontières de l'État jusqu'en 1865, lorsque l'armée de Sherman, ayant déjà accomplie sa marche vers la mer à Savannah, se met en marche contre Columbia et rase la majeure partie de la ville, ainsi qu'un certain nombre de villes sur sa route. La Caroline du Sud perd au cours de la guerre, soit de sa population d'hommes blancs en âge de porter les armes. Il s'agit du plus haut pourcentage parmi les autres États de la nation. La marche de Sherman de 1865 à travers les Carolines conduit à l'incendie de Columbia et de nombreuses autres villes. Les destructions que ses troupes font subir à la Caroline du Sud surpassent celles qui ont eu lieu en Géorgie, parce que beaucoup de ses hommes ont des griefs particuliers contre l'État et ses citoyens, qu'ils rendent responsables du déclenchement de la guerre. Un homme de Sherman déclare, La pauvreté marquera l'État pendant des générations.