Nel 1809, Kollowrat guidò il II corpo d'armata durante la battaglia di Eckmühl nella quale venne coinvolto in quanto le sue operazioni si stavano orientando nell'area a Nord del Danubio. Trasferito al comando del III corpo, le sue truoppe non presenziarono alla vicina Battaglia di Aspern-Essling ma si limitarono a impedire le vie di comunicazioni tra le truppe francesi.