Setelah kemerdekaan Chad, Zouar memainkan peran penting selama Perang Saudara Chad dan Konflik Chad-Libya. Kota ini dikepung tahun 1968 oleh pemberontak FROLINAT dipimpin oleh Mahamat Ali Taher, dan dapat diselamatkan setelah tibanya pasukan ekspedisi Prancis pada bulan Agustus. One of the last strongholds held by the government in the north, it was attacked in June 1977 by the People's Armed Forces (FAP), forcing the garrison to evacuate.