Le 5 janvier 1797 Joubert, devenu un ami proche, choisit Pannetier pour aide de camp. Ce dernier se distingue particulièrement le 14 janvier à la bataille de Rivoli où il reçoit un nouveau coup de feu à la jambe droite, et est nommé capitaine sur le champ de bataille. Il continue de servir à l'armée d'Italie de 1798 à 1800 et est nommé chef de bataillon le 3 mars 1798. Il se signale une nouvelle fois lors de la bataille de Novi. Joubert ayant été tué au cours de l'affrontement, c'est lui qui ramène sa dépouille en France. Fait adjudant-général chef de brigade le 13 octobre 1799 par le général Championnet, il est affecté à l'armée de réserve formée au cours de l'année 1800.