Am 1. Oktober 1905 rückte Perignon als Einjährig-Freiwilliger beim 2. Pionier-Bataillon der Bayerischen Armee in Speyer ein. Wegen seiner Architektenausbildung berief man ihn 1907 ins Bayerische Militärbauresort nach Nürnberg, 1908 avancierte er zum Militärbauinspektor in Würzburg und erhielt am 25. Januar 1910 den Rang eines Leutnants der Reserve. Mit Ausbruch des Ersten Weltkrieges zu den Pionieren reaktiviert, nahm er zunächst an den Grenzgefechten und der Schlacht in Lothringen teil. Nach den Schlachten vor Nancy-Épinal und an der Somme wurde Perignon zum 1. November 1914 Führer des Pionier-Begleitkommandos und drei Wochen später zur 1. Feld-Pionier-Kompanie versetzt.