Filiger was de zoon van een fabrikant van behangpapier in Mulhouse en studeerde aanvankelijk decoratieve kunst. Later ging hij naar de Académie Colarossi in Parijs. In 1888 vertrok hij naar Pont-Aven en vestigde zich uiteindelijk in Le Pouldu. Hij ontmoette er Paul Gauguin en sloot zich aan bij diens 'School van Pont-Aven', de kunstenaarskolonie waartoe ook Paul Sérusier, Charles Laval, Meijer de Haan, Jan Verkade, Armand Séguin, Henry Moret en Émile Jourdan behoorden. Ook werkte hij samen met de schilders van Les Nabis. Hij kreeg een maandelijkse toelage van de mecenas graaf Antoine de La Rochefoucauld en exposeerde in Parijs bij de Société des Artistes Indépendants, Le Barc de Boutteville en Salon de la Rose-Croix.