Tijdens de Oorlog in Nagorno-Karabach (1990-1994) werd Şuşa het belangrijkste Azerbeidzjaanse bolwerk in Karabach. Vanuit hier werden Stepanakert en andere Armeense woonplaatsen in Nagorno-Karabach constant onder vuur genomen waarbij een groot aantal burgerslachtoffers vielen. De Armeniërs beschoten op hun beurt de stad.