В 1812 году, когда началась Отечественная война, Сен-При был назначен на должность начальника Главного штаба 2-й Западной армии. Во время Тарутинского сражения находился в летучем отряде Кутузова, позже служил под началом Витгенштейна. Принимал участие в сражениях под Миром и Кореличами на территории нынешней Белоруссии, а также под Салтановкой и Смоленском. Во время Бородинского сражения получил тяжёлую контузию и вернулся на фронт в корпус Витгенштейна только к концу войны. В Вильне по приказу императора занимался делами пленных и учреждением для них госпиталей. 21 октября 1812 года получил звание генерал-лейтенанта.