In 1561 veranderde hij van strategie en keerde zich af van het protestantisme. Deze omslag kwam voort uit zijn ambitie om in hoger aanzien te komen, wat al snel zijn vruchten afwierp; hij werd aangesteld als gouverneur van Touraine en Anjou. De volgende jaren streed hij fel tegen hugenoten, waarbij hij Angoulême en Cognac op hen veroverde. Na de Slag bij Jarnac in 1569 werd hij gouverneur van Bretagne. Lodewijk steunde de moordpartij die plaatsvond tijdens de Bartholomeusnacht.