Simultáneamente a los hechos en Viena, el 10 de junio las fuerzas bohemias sufren una derrota cerca de Záblatí, cuando Bucquoy logra arrinconar a Mansfeld junto con tres mil hombres en una pequeña villa; aunque el conde logra escapar para reunirse con los comandantes Thurn y Hohenlohe, el sur de Bohemia ahora está en manos de las fuerzas imperiales. Estos revéses bohemios llegan en buen momento para el archiduque Fernando, ya que el 10 de julio seis de los siete príncipes electores se reúnen para escoger al nuevo emperador; el único ausente fue el rey de Bohemia, ya que ante la revuelta, los demás electores no permiten que Fernando ocupase este lugar. No obstante, ante la falta de un oponente serio, Fernando es electo Emperador del Sacro Imperio Romano el 28 de agosto, sucediendo a su hermano Matías.