В 1998 году международные силы SFOR сняли ранее наложенный на ВВС и ПВО Республики Сербской запрет на участие в совместных с сухопутными войсками учениях. В 1999 году, во время бомбардировок силами НАТО Союзной Республики Югославии, часть офицеров из подразделений ПВО РС принимали участие в боевых действиях в составе югославской противовоздушной обороны. После окончания войны они вернулись в Республику Сербскую. В то же время ущерб, нанесенный Югославии и, в частности, её военно-промышленному комплексу, серьезно осложнил поддержание боеспособности авиации боснийских сербов и подготовку пилотов.