Fred debytoi vuonna 2014 Brasilian alle 21-vuotiaiden maajoukkueessa. Debyytti Brasilian jalkapallomaajoukkueessa tapahtui saman vuoden marraskuussa ystävyysottelussa Turkkia vastaan. Kesäkuussa 2015 maajoukkueen päävalmentaja Dunga nimesi Fredin mukaan saman kesän Copa Américaan loukkaantuneen Luiz Gustavon tilalle. Fred pelasi turnauksessa kaksi alkulohko-ottelua. Hän kuului Brasilian joukkueeseen MM-kilpailuissa 2018, muttei päässyt pelaamaan.