Летом 1888 года написала в Жуковке, где жили Поленовы, этюд «Лодка на Клязьме». В начальный период творчества Якунчикову больше привлекали пейзажи с широким охватом натуры, затем появились картины-панно, выполненные маслом с выжиганием рисунка иглой по дереву (эту технику показал ей Сергей Глаголь, разговоры с которым о живописи заложили основы её художественного образования). Осенью 1888 года вместе с семьёй поехала в путешествие по Европе, которой прервала смерть младшей сестры Елены в Италии. В начале зимы 1888 года врачи обнаружили у Марии Якунчиковой туберкулёз и порекомендовали сменить климат. Мария оставила занятия в училище уехала на лечение в Европу — через Вену в Италию (Биарриц). Летом 1889 года вернулась в Россию, а осенью вместе с семьёй приехала во Францию, на Всемирную выставку в Париже. Осенью 1889 года Якунчикова поступила в парижскую академию Жюлиана, где обучалась на протяжении четырёх лет. В последующие годы она жила в Париже, приезжая на лето в Россию. В России Мария Васильевна работала в имениях отца, у Мамонтовых в Абрамцево и вблизи Звенигорода. В Абрамцево Якунчикова принимала участие в работе керамической мастерской; её панно «Молчание» находилось на въездных воротах завода «Абрамцево» в Бутырках.