В 2005 году Койбагар-Тюнтюгурской системы озёр была включена в перечень объектов охраны окружающей среды, имеющих особое экологическое, научное и культурное значение. В 2006 году систему озёр включили в список водных объектов природно-заповедного фонда Республики Казахстан. В 2009 году Койбагар-Тюнтюгурская система озёр была признана Рамсарским угодьем (международно значимым водным угодьем).