28 лютого 1996 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Швеції в товариській грі проти збірної Австралії. Став основним центральним захисником збірної перед чемпіонатом світу 2002 року в Японії і Південній Кореї, коли Якобссону довелося замінювати травмованого Патріка Андерссона. На тому чемпіонаті Якобссон провів усі 4 гри збірної Швеції без замін..