Rushworth survit à la Grande peste qui ravage Londres en 1665 et dont le "Great Fire", l'incendie de 1666, prend en quelque sorte le relai, détruisant la plupart des foyers infestés de rats. Ces deux événements sont rapportés avec force détails dans célèbre "Diary" (1660-1669) de son ami Samuel Pepys. Quelque temps encore, Rushworth conservera son siège au Parlement : il est régulièrement réélu de 1659 à 1681.