หลังจากโรมาเนียเป็นพันธมิตรกับนาซีเยอรมนีและฝ่ายอักษะ และอันโตเนสคูได้รับความไว้วางใจจากอดอล์ฟ ฮิตเลอร์ นายกรัฐมนตรีอันโตเนสคูจึงดำเนินการกวาดล้างพันธมิตรของตนอย่างกลุ่มผู้พิทักษ์เหล็กในเหตุการณ์กบฏกองทหาร ในปีค.ศ. 1941 เหล่าข้าราชการเยอรมันมีส่วนช่วยอันโตเนสคูในการกวาดล้างกลุ่มผู้พิทักษ์เหล็กที่มองว่าเริ่มมีอำนาจมากไปจนควบคุมไม่ได้ แต่หลังจากกวาดล้างกลุ่มผู้พิทักษ์เหล็ก ฮิตเลอร์เปิดทางให้ฮอเรีย ซีมาและฝ่ายผู้พิทักษ์เหล็กหลายคนลี้ภัยในเยอรมนี ทั้งที่ศาลของอันโตเนสคูตัดสินให้ประหารชีวิต หลังจากนั้นอันโตเนสคูจึงเข้าเป็นทั้งนายกรัฐมนตรี รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมในเวลาเดียวกัน โรมาเนียเป็นแหล่งน้ำมันชั้นดีของนาซีเยอรมนี ฮิตเลอร์จึงต้องการเอาใจโรมาเนียเป็นพิเศษและให้การสนับสนุนระบอบอันโตเนสคูทุกทาง แต่การที่โรมาเนียเป็นแหล่งน้ำมันที่สำคัญต่อเยอรมนี ส่งผลให้ประเทศเป็นแหล่งเป้าหมายในการทิ้งระเบิดของฝ่ายสัมพันธมิตรหลายครั้ง เขานำโรมาเนียเข้าร่วมปฏิบัติการบาร์บาร็อสซาในแผนการบุกสหภาพโซเวียตของนาซีเยอรมนี เพื่อยึดดินแดนเบสซาราเบียและบูโกวินาเหนือคืนมา และทำการสังหารหมู่ชาวยิวในโรมาเนียตามนโยบายของนาซีเยอรมนี โดยเฉพาะชาวยิวเบสซาราเบีย ชาวยิวบูโกวินาและชาวยิวยูเครน รวมถึงชาวโรมานีหรือยิปซีถูกไล่ล่าสังหารอย่างโหดร้ายทารุณ การโฆษณาชวนเชื่อของอันโตเนสคูเป็นการใส่ความชาวยิวว่าเป็น "สายลับคอมมิวนิสต์" เพื่อกระตุ้นให้กองทัพโรมาเนียทำการจับกุมและสังหาร