В 1426 году Мартин V назначил Чезарини кардиналом и направил его в Германию для борьбы с гуситами. После крупного поражения антигуситских сил при Домажлице Чезарини председательствовал на Базельском соборе и успешно противостоял попыткам папы Евгения IV его распустить, однако в 1437 году Чезарини покинул ряды оппозиции, осознав, что вся её деятельность сводится к борьбе с папой вместо попыток провести реформы. После переезда собора в Феррару Чезарини был назначен главой комиссии по переговорам с гуситами. В 1439 году из-за разгоревшейся чумы собор переехал во Флоренцию, где Чезарини играл важную роль в переговорах с представителями восточных церквей.