Třicetiletá válka, která po stavovském povstání následovala, zpustošila a zbídačila zemi natolik, že z 2,6 milionu obyvatel v Čechách a na Moravě zbylo v polovině 17. století zhruba 950 000 obyvatel v Čechách a 600 000 na Moravě. Na našem území se odehrálo i několik známých střetnutí: bitva u Záblatí, bitva u Jankova, obléhání Plzně, Švédské obléhání Prahy, obléhání Brna aj. V bojích třicetileté války se proslavil i český vojevůdce Albrecht z Valdštejna.