לפני שהשתלב בפוליטיקה הוא היה מורה לחינוך גופני. הוא הצטרף לפוליטיקה במהלך מלחמת האזרחים בבורונדי, כחלק מהמועצה הלאומית למורדים להגנת הדמוקרטיה (CNDD – FDD), והפך למנהיג בשנת 2000. ה-CNDD – FDD הפכה למפלגה פוליטית בסוף מלחמת האזרחים, ונקורונזיזה נבחר לנשיא. הוא מילא את התפקיד במשך שלוש קדנציות.