En el año 2016 logran conseguir la clasificación a la Copa Africana tras 39 años de ausencia al vencer 1:0 a . Ya en el año 2017 vuelven a competir en el grupo D, grupo que comparten junto a , y . En su primer partido ante Ghana cayeron por 1:0 con un tanto de penal de André Ayew. En el partido ante Egipto volvieron a perder por 1:0 y el gol lo marcó Abdalla El Said Bekhit. Ya en el tercer y último partido ante Mali obtuvieron su primer y único punto en el certamen al empatar 1:1 con goles de Bissouma para Mali y Farouk Miya para Uganda. El grupo finalizó con Egipto en el primer lugar con 7 puntos, Ghana segundo con 6 unidades, Mali tercero con 2 puntos y Uganda último con una sola unidad. Los dos primeros lograron acceder a los cuartos de final de la competencia.