Ebenezer Assifuah participe avec l'équipe du Ghana des moins de 20 ans à la Coupe d'Afrique des nations junior 2013 qui se déroule en Algérie. Lors de cette compétition, il inscrit trois buts : contre l'Égypte, le Bénin, et enfin l'Algérie. Le Ghana atteint la finale de cette compétition, en étant battu par l'Égypte. Cette performance lui permet de participer à la Coupe du monde des moins de 20 ans 2013 organisée en Turquie.