Nei successivi sette anni, Babel' combatté nella guerra civile russa, lavorò per la Čeka come traduttore per il servizio di controspionaggio, nel Gubkom (comitato regionale del partito bolscevico) di Odessa, nell'unità di requisizione viveri, al "Narkompros" (Commissariato per l'Istruzione), in un istituto tipografico e fu corrispondente di giornali da San Pietroburgo e Tbilisi. Si sposò con Evgenija Gronfejn il 9 agosto 1919, a Odessa. Nel 1920, nel corso della sanguinosa guerra civile, Babel' fu assegnato, come giornalista, alla prima armata a cavallo del Feldmaresciallo Semën Michajlovič Budënnyj, essendo così testimone diretto della campagna di Polonia che cercava di portare la rivoluzione comunista fuori dalla Russia. L'Armata Rossa penetrò fin quasi a Varsavia ma fu infine respinta nella battaglia di Varsavia del 1920.