翌年、ドイツ軍はソ連への侵攻を開始。リトアニアは独ソ戦の末期までドイツ軍の占領下に置かれることとなった。ナチスとリトアニア人協力者は、リトアニアのユダヤ人およそ19万5,000人を殺害した（"詳細はリトアニアにおけるホロコースト参照"）。