アギナルドはアントニオを1898年9月26日、軍事作戦長として准将に任命した。アントニオは官僚としての地位を得たという気休めよりも、熱気ある不幸な若者の部隊を正規軍として組織することに専念した。1898年10月には軍事学校アカデミア・ミリタールをマロロス市内に創設し、1896年のフィリピン独立革命で活躍した軍隊の訓練を行った。将軍の協力もあり、また兄であるフアンは学校の制服であるをデザインした。アントニオは厳しい規律を重視し、忠誠を重んじた。しかし、この学校は米比戦争の勃発によって活動の中断を余儀なくされた。