Im Sommer 1644 eroberte eine kaiserlich-bayrischen Armee unter den Generälen Franz von Mercy und Jan van Werth die Stadt zurück. Anschließend kam es zur Schlacht bei Freiburg zwischen den kaiserlich-bayrischen und den französisch-weimarischen Truppen, geführt von den Marschällen Turenne und Enghien. Am Ende der mehrtägigen Auseinandersetzung gab es keinen Gewinner, sondern nur Verluste, die Jan van Werth kommentierte: "Seit zweiundzwanzig Jahren mit dem Bluthandwerk vertraut, habe [ich] niemalen so blutigem Treffen beigewohnt".