Im Februar 1917 wurde der erste echte österreichisch-ungarische Jagdfliegerverband FliK 41J gebildet und Brumowski erhielt das Kommando der Einheit. Bevor er sie übernehmen sollte, wies man ihn für kurze Zeit der deutschen Jagdstaffel "Jasta 24" zu. Dort sollte er die Taktiken an der Westfront studieren und sein Wissen in die "Flik 41J" einbringen. Bei dieser Gelegenheit machte er die Bekanntschaft Manfred von Richthofens, nach dessen Vorbild er später sein Flugzeug rot lackieren ließ. Von seiner Rückkehr im April 1917 an behielt er das Kommando der "Flik 41J" bis kurz vor Kriegsende. Die "Flik 41J" hatte den Ruf, die beste Einheit der Luftfahrtruppen zu sein. In der Einheit flogen viele der besten österreichisch-ungarischen Jagdflieger wie Frank Linke-Crawford, Kurt Gruber, Karl Kaszala, Friedrich Navratil, Josef Novak und vorübergehend auch Julius Arigi und Benno Fiala von Fernbrugg. Brumowski führte während der letzten Kriegswochen das Kommando über alle österreichisch-ungarischen Jagdfliegerkompanien an der Isonzofront.