В кампании 1807 года он тоже выделялся своей отвагой, участвовал в сражениях: при Прейсиш-Эйлау (где контужен в грудь), при Гейльсберге; под Фридландом он находился на левом фланге русских войск, но сильная контузия принудила его оставить строй до окончания сражения. Во время шведской войны 1808 года, Багговут, назначенный начальником войск, расположенных по берегу Ботнического залива, одержал несколько побед над шведами.