בהמשך יזם יוהאן שיחות שלום עם דנמרק ועם העיר ליבק, כדי להביא את מלחמת שבע השנים הצפונית לקיצה, אך דחה את הסכמי רוסקילדה (1568) שבו קיבלו נציגיו דרישות מרחיקות לכת של הדנים. לאחר שנתיים נוספות של לחימה, הסתיימה המלחמה בלי יותר מדי ויתורים של השוודים בהסכם שצ'צ'ין שנחתם ב-1570. בשנים הבאות הוא נלחם בהצלחה נגד רוסיה במלחמת ליבוניה שהסתיימה ב-1583 בחתימתו של הסכם פלוסה ושוודיה קיבלה בחזרה את העיר נרבה. באופן כללי הושפעה מדיניות החוץ של יוהאן מקשריו עם פולין, שבשנת 1587 היה בנו זיגימונד למלך פולין.