Helmikuussa 2010 Žutautas nimettiin Liettuan maajoukkueen uudeksi päävalmentajaksi. 37-vuotiaana hänestä tuli Liettuan nuorin maajoukkueen päävalmentaja. Hänen johdollaan maa lähtee EM2012-karsintoihin, joissa se pelaa samassa lohkossa Espanjan, Tšekin, Skotlannin ja Liechtensteinin kanssa. Liettuan karsinnat eivät kuitenkaan sujuneet järin hyvin ja se voitti vain yhden karsintaottelun. Žutautas erosi tehtävästään karsintojen päätyttyä lokakuussa 2011.