В 1891 году Гомбэй был назначен секретарём Сайго Цугумити, министра Императорского флота Японии. На этом посту он завоевал доверие своего начальника и сумел добиться независимости Генерального штаба флота от Генерального штаба армии. С 1893 года Гомбэй исполнял обязанности заведующего хозяйством министерства флота, а с 1895 года — возглавлял военный отдел этого министерства. Во время первой японско-китайской войны он успешно руководил административными делами Шанхайской армии, за что был удостоен должности министра флота Японии.