У грудні 1496 року Мануел I видав наказ про обов'язковість прийняття хрещення португальськими євреями; ті, хто не бажав зректися старої віри мусив полишити країну за 10 місяців. Євреї-конвертити лишилися в країні; вони стали називатися «новими християнами» й отримали обіцянку, що влада не буде перевіряти їх на щирість віри до 1534 року. 1506 року мешканці Лісабона влаштували погром в колишніх єврейських кварталах, винищивши сотні охрищених євреїв. Мануел приборкав погромщиків, а їхніх лідерів стратив на горло.