Efter kriget blev Lillja 1809-1810 biträdande kommendant på Kungsholms fort i Karlskrona; därefter blev han kommenderad till sjötjänst igen. Den 27 oktober 1812 befordrades han till löjtnant varefter han blev andre kapten på linjeskeppet Äran. Han deltog återigen i strider under Fälttåget mot Norge 1814, varefter han steg iland för gott 1817.