Novemberben megjelent a "Last Tour On Earth" című koncert-DVD, majd az együttes 2000-ben elkezdte készíteni új albumát, amely 2001-ben "Holy Wood" néven jött ki. A Billboard 13. helyén debütált. Ez lett az együttes legnagyobb példányszámban fogyó albuma. Több mint 9 millió példányt adtak el belőle. Az új LP ismét változást hozott, részben visszatértek a régi, sötét, hangosabb zenéjükhöz, mellyel élesen bírálják az egyházat, a médiát és az amerikai társadalmat. A "Nobodies" című számot kifejezetten a Columbine középiskolában történtek ihlették. Ezúttal a lemez borítója váltott ki nemtetszést a keresztény érzelmű emberekből, mivel az illusztráción Manson látható, amint Jézushoz hasonlóan egy feszületen lóg, és állkapcsa is hiányzik. Ezt a borítót több országban be is tiltották, és arra kötelezték a kiadót, hogy takarja le Manson arcát.