Wahrscheinlich infolge des Markgrafenkrieges, wurden im 15. und 16. Jahrhundert umfangreiche Umgestaltungen an der Pfarrkirche vorgenommen: Das Gotteshaus wurde erhöht und vergrößert. Im Jahre 1704 drangen die Engländer und Holländer nach Bayern ein, durch diese wurden größere Teile von Ottmaring niedergebrannt. Der Pfarrhof wurde dabei komplett zerstört, die Kirche blieb unbeschädigt. Etwa zehn Jahre später wurde das Ottmaringer Pfarrhaus neben der Kirche im Barockstil erbaut.