Nach seinem Studienabschluss zog Thoenes endgültig nach Moskau und arbeitete für die englischsprachige Zeitung "Moscow Times". Für die wöchentliche niederländische "Vrij Nederland" berichtete er 1993 von den Kämpfen um das Moskauer Weiße Haus und die chaotische Zeit im postsowjetischen Russland. 1995 berichtete er aus Tschetschenien, im selben Jahr war er auch als Korrespondent für den "U.S. News &amp; World Report" tätig. Ende 1995 ging Thoenes nach Kasachstan, um dort für ein Jahr als Korrespondent der "Financial Times" zu arbeiten. In der Zeit war er auch für Usbekistan, Turkmenistan und Afghanistan zuständig.