De bouw van de kerk begon in 1343 en werd voltooid in 1502. Na de Reformatie werd de kerk aanvankelijk door zowel katholieken als protestanten gebruikt, maar werd later enkel een lutherse kerk. Tot 1945 was de kerk de grootste evangelisch-lutherse kerk ter wereld. Omdat de Poolse koningen na de val van de Duitse Orde de macht hadden in de stad en zij altijd katholiek gebleven waren werd langs de kerk de "Koninklijke Kapel" gebouwd, zodat de koning naar een katholieke mis kon gaan als hij de stad bezocht. Na de verdrijving van de Duitsers werd de kerk door de katholieken ingenomen. Tijdens het Pommerenoffensief werd de kerk wel zwaar beschadigd en 40% van de schatten werd vernield. In 1946 werd begonnen met de wederopbouw en op 17 november 1955 ging de kerk terugopen. In 1965 werd de kerk tot basiliek verheven. De kerk is de cokathedraal voor het aartsbisdom Gdańsk.