Через несформованість місто не було готовим до національно-визвольної війни, тому самостійної участі в подіях 1648 року не брало. В цей час шляхта Новгород-Сіверського повіту зібрала військо і призначила Єжи Понентовського його полковником. Однак новопризначений полковник не зумів заручитися підтримкою севського воєводи Московського царства, а самотужки не наважився протистояти козакам. Витіснення загонів шляхти з Лівобережжя та наплив біженців із Правобережжя, який збільшив частку козацького елементу в населенні міста, дали змогу вже в 1649 році організувати загін у складі Чернігівського полку, який у травні вирушив на з’єднання з силами Богдана Хмельницького в Київ, так що в місті залишилися тільки «найстаріші та наймолодші». Кролевчани ще не становили окремої військової частини, тому Кролевеччина не входила до складу Козацької держави, визнаної Зборівською угодою. Цього ж року під Збаражем загинув державець Кролевця Єжи Понентовський, розв’язавши руки прокозацьким групам міста, але, напевно, позбавивши місто магдебурзької грамоти, яку тримав у своєму архіві.