Con la Selección de fútbol de Irlanda, disputó 52 partidos internacionales y anotó solo 2 goles. Incluso participó con la selección irlandesa, en 2 ediciones de la Copa Mundial. La primera participación de Kelly en un mundial, fue en la edición de Estados Unidos 1994. donde su selección quedó eliminado, en los octavos de final de la cita de Estados Unidos, tras perder categóricamente por 2-0, ante su similar de Holanda en Orlando y la segunda fue en la edición de Corea del Sur y Japón 2002, donde su selección nuevamente quedó eliminado en los octavos de final, esta vez a menos de España, por la lotería de los lanzamientos penales.