У време рата у Абхазији је 1993. године духовник о. Рафаила, о. Кирил (Павлов), призивао о. Рафаила из отшелништва, намеравајући да га пошаље у Валаамски манастир. Рафаил се узрујао и није хтео да оде, али је тада сломио руку, те је био принуђен да оде у град и проведе три недеље под гранатирањем у Сухумију, у чему је монах видео дело Божјег промисла. Помирио се са ситуацијом и отишао у Валаам.