После начала Второй мировой войны Джон Скэнлэн был призван из офицерского резерва и поставлен во главе 6-го гарнизонного батальона. В марте 1941 года он был поставлен во главе сил, предназначенных для обороны островов Новая Британия и Новая Ирландия в случае японского вторжения. Однако в ходе битвы за Рабаул в начале 1942 года эти войска были смяты японцами, а сам Джон Скэнлэн попал в плен, где и провёл всю войну.