После возникновения Панамского перешейка в позднем плиоцене, в Южную Америку мигрировало большое количество видов из Северной Америки, в том числе различные представители семейства лошадиных. Гиппидионы появились в Южной Америке около 2,5 миллионов лет назад, некоторое время после объединения двух континентов. Род лошадей ("Equus") достиг Южной Америки около 1,5—1 миллион лет назад. Изначально учёные предполагали, что эти два рода разделились около десяти миллионов лет назад, однако более новые молекулярно-генетические исследования показывают, что обе линии разделились лишь в позднем плиоцене, около трёх миллионов лет назад. Таким образом, гиппидионы оказались намного ближе к современным лошадям, чем считалось ранее.