В связи с началом Великой Отечественной войны и оккупацией Крыма нацистами в 1941 году вуз был эвакуирован в Кировабад на базу Азербайджанского сельскохозяйственного института. Участниками войны являлись около 600 студентов и преподавателей учебного заведения. После освобождения Крыма в 1944 году вуз вернулся в обратно. К началу 1946 году вуз обучал 570 студентов. По состоянию на 1953 год работало три факультета: агрономический, виноградарства и плодоовощеводства, а также факультет механизации сельского хозяйства.