El 14 de agosto de 1936, hallándose en su domicilio de la calle del Marqués de Riscal de Madrid, fue detenido por milicianos del Frente Popular y llevado a la Dirección General de Seguridad, siendo ingresado ese mismo día en la Cárcel Modelo. Tenía ya 74 años, estaba retirado desde hacía dos y no había participado en la sublevación de julio, pero sus ideas conservadoras y monárquicas fueron suficientes para purgarle. Durante el asalto de las turbas armadas en el marco de la matanza del 22 de agosto, parapetó a un grupo de jóvenes que se encontraban en el patio cuando las milicias anarquistas abrieron fuego con una ametralladora desde la azotea, alegando que él ya había vivido de sobra. Aprovechando el incendio desatado poco antes pudo escaparse en la confusión, pero al llegar a su casa, antes de continuar la fuga, decidió bañarse. Los milicianos lo encontraron allí y lo recluyeron de nuevo. El 7 de noviembre fue llevado a Paracuellos de Jarama en una de las sacas que salieron ese día de la Modelo, siendo asesinado probablemente por la tarde junto a uno de sus hijos en las Matanzas de Paracuellos. Este hijo, Carlos Navarro Morenés, era teniente de Infantería (capitán a título póstumo), estaba afiliado a Acción Popular (partido integrado en la CEDA) y a Falange Española de las JONS y era socio de la Real Gran Peña. Había sido detenido por la policía en su domicilio de Madrid el 7 de octubre, siguiendo a partir de ese momento las vicisitudes y suerte de su padre y dejando viuda y dos huérfanos. Es probable que el asesinato de ambos tuviera lugar por la tarde, pero no es posible saberlo con certeza pues no hay documentación que precise en cuál de las cuatro expediciones de ese día provenientes de la Modelo llegaron al cementerio.