Creció en el lado noroeste de Manhattan (Nueva York), donde continuó siendo reconocido y fotografiado por la gente, que afectuosamente le apodó "John-John" —mote que nunca utilizó ningún familiar—. Su figura paterna fue su tío Robert, que cuidó de Jackie, Caroline y de él, aunque su madre se casó en segundas nupcias con el magnate griego Aristóteles Onassis en 1968 (mismo año en que Robert fue asesinado).