Stoney có tên trong đội hình tham dự Giải vô địch bóng đá nữ châu Âu 2005 được tổ chức tại Anh tuy nhiên cô không được sử dụng điều đó khiến cho cô hết sức thất vọng với mong muốn giã từ sự nghiệp thi đấu Quốc tế của mình. Đến Giải vô địch bóng đá nữ thế giới 2007 được tổ chức ở Trung Quốc, cô được an ủi phần nào khi vị trí không ưa thích của cô được giao cho Rachel Unitt và cô là một trong bốn cầu thủ góp mặt ở hàng thủ thi đấu không thiếu một phút nào tuy nhiên tuyển nữ Anh để thua Đội tuyển bóng đá nữ quốc gia Hoa Kỳ với tỷ số 3-0 trong trận tứ kết. Stoney giành được giải Cầu thủ xuất sắc nhất toàn quốc trong năm 2007–08 trước Anita Asante và Alex Scott. Vào tháng 5 năm 2009, Stoney là một trong 17 cầu thủ nữ đầu tiên được Hiệp hội bóng đá Anh (FA) ký hợp đồng.