Les premiers européens à arriver dans la région étaient les portugais en 1515. Des moines dominicains se sont établis sur l'île dès 1556, et le territoire a été déclaré colonie portugaise à partir de 1596. À la suite de la Révolution des Œillets, la Timor portugais déclara son indépendance qui fut acceptée par le Portugal le . Quelques jours plus tard, le l'Indonésie envahit le nouvel état et fait une .