Pada 8 April 2007, pada perlumbaan keduanya untuk pasukan, Alonso memenangi perlumbaan pertamanya untuk McLaren, dan pasukan memenangi perlumbaan pertama mereka sejak tahun 2005, dengan mendahului majoriti pusingan di Grand Prix Malaysia. Seminggu kemudian di Sakhir, beliau mendapat tempat kelima, di belakang rakan sepasukan rookie beliau yang mendapat podium. Pada perlumbaan keempat musim ini di Sepanyol, iaitu perlumbaan tanah airnya, Alonso bermula di tempat kedua, tetapi berlanggar dengan Felipe Massa pada pusingan pertama, dan menyebabkan sedikit kerosakan kepada kereta dan menjatuhkannya ke tempat keempat, sebelum menamatkan perlumbaan di tempat ketiga. Pada 27 Mei, Alonso memenangi perlumbaan keduanya untuk McLaren di Grand Prix Monaco, dengan mendapat petak pertama, pusingan terpantas. Di Nürburgring, beliau memenangi perlumbaan ketiganya pada musim ini dalam perlumbaan dramatik yang terjejas oleh hujan, dengan memintas Massa untuk mendahului perlumbaan dengan baki empat pusingan. Selepas kontroversi di Grand Prix Hungary, hubungan antara Alonso dan pasukannya merosot. Ia telah dilaporkan dalam media bahawa beliau tidak lagi bercakap dengan Hamilton, dan ia telah menimbulkan spekulasi bahawa beliau mungkin akan meninggalkan McLaren pada akhir musim ini. Pada 7 Ogos 2007, "The Times" melaporkan bahawa McLaren akan membenarkan Alonso meninggalkan pasukan itu pada akhir musim ini jika beliau mahu, dua tahun lebih awal daripada tarikh asal kontraknya. Alonso kemudiannya mendapat tempat ketiga dalam kejuaraan pemandu, berkongsi mata dengan rakan sepasukan, Hamilton, dan hanya satu mata di belakang Juara Dunia, Kimi Räikkönen (1-2-3 yang terdekat dalam sejarah Kejuaraan Pemandu Dunia).