Năm 1805, Ney được phong làm tư lệnh Quân đoàn VI của Đại quân ("La Grande Armée") và được khen ngợi vì chiến thắng tại Trận Elchingen. Tháng 11 năm 1805, lực lượng của Ney tràn vào Tyrol và chiếm thành phố Innsbruck từ tay Đại Công tước Áo John. Năm 1806, Ney chỉ huy Quân đoàn VI tham chiến tại Trận Jena và đánh chiếm Erfurt. Thống chế Ney tiếp tục chỉ huy quân Pháp bao vây và buộc người Áo tại Magdeburg phải đầu hàng.