Nach der Außerdienststellung erhielt die "Kaiser" in Wilhelmshaven eine neue Kesselanlage und ein 5 cm starkes Panzerdeck und sie wurde umarmiert. Die Segelschiffstakelage wurde einschließlich des hinteren Mastes endgültig entfernt. Die verbliebenen Masten wurden zu Gefechtsmasten umgebaut. Der Umbau zog sich aber länger hin als geplant. Nach Japans siegreichem Krieg gegen China bildete Deutschland mit Frankreich und Russland einen „Ostasiatischen Dreibund“, um Japans Einfluss einzudämmen. Es wurde die Verstärkung der 1894 gebildeten Ostasiatischen Kreuzerdivision zur Durchsetzung der deutschen Interessen befohlen und der Ersatz der alten Korvetten "Marie", "Alexandrine" und "Arcona" durch modernere Schiffe angeordnet. Daher sollten die "Kaiser" und der Kreuzer II. Klasse "Prinzeß Wilhelm" zum 1894 bereits entsandten Kreuzer "Irene" stoßen.