In totaal speelde Krassimir Balakov van 1988 tot 2003 voor zijn land Bulgarije 92 interlands en scoorde hij daarin 16 keer. Hij speelde mee op wereldkampioenschappen van 1994 en 1998 en hij heeft ook nog deelgenomen aan het EK van 1996 in Engeland. Hij geldt als een van de beste Bulgaarse voetbalspelers ooit, samen met onder andere zijn generatiegenoot Christo Stoitsjkov.