Con el inicio de la denominada Guerra de la Independencia, el 8 de junio de 1808 se constituyó por mediación de la subdelegación de Plasencia la "Junta de Gobierno de la Ciudad de Coria" para organizar la resistencia ante las tropas de la Grande Armée que se desplegaban por el norte y que el 30 de diciembre capturaron Galisteo, tras lo cual comenzaron a cruzar el Alagón en dirección a Coria. En junio de 1809 un ejército combinado de 30.000 soldados ingleses y portugueses al mando del general Wellington entró en la ciudad, pero tras la derrota de los ejércitos español y aliado en la batalla de Talavera abandonaron la ciudad para proteger el repliegue de las tropas que se retiraban de Talavera, lo que fue aprovechado por el mariscal Jean de Dieu Soult, acantonado con un ejército de 50.000 soldados en Baños de Montemayor, para ocupar primero Plasencia y luego Coria el 13 de agosto, dando comienzo al saqueo la ciudad y su territorio hasta el 7 de octubre, donde además incendiaron Torrejoncillo. En 1810 un nuevo ejército francés al mando del general Regnier volvió a ocupar Coria, exigiendo dinero y suministros para sus tropas, mientras otro ejército anglo-luso al mando del general Rowland Hill llegaba a acampar brevemente cerca de Coria el mismo año, sustituidos por otro ejército de ocupación francés el 24 de febrero de 1811. En 1812 ya sólo se encontraba acantonado en la ciudad el 2º Batallón del Regimiento Inmemorial del Rey, con gran gasto para el ayuntamiento, que hubo de repartir su abastecimiento con los pueblos vecinos (Morcillo, Guijo de Coria, Calzadilla, Casas de Don Gómez, Casillas de Coria, Portaje, Pescueza y Cachorrilla), hasta que en 1813 las últimas tropas aliadas abandonaron la región.