Grâce à ses excellentes performances sous le maillot saint-gallois, Fabian Frei est sélectionné pour participer à l'Euro espoirs 2011 se déroulant au Danemark. Il est un titulaire indiscutable dans l'équipe de Pierluigi Tami et dispute les 5 matchs qui amèneront l'équipe en finale face à l'Espagne espoir. La Suisse décroche ainsi une place pour les Jeux olympiques de football en 2012.