Успешное наступление австрийцев в 1590-х годах было сведено на нет католическими фанатиками, которые в короткий срок вызвали возмущение населения на землях, отвоёванных у турок. В 1604 году император Рудольф II восстановил здесь прежние законы против еретиков; ответом стало мощное восстание в Трансильвании, его возглавил магнат-кальвинист Иштван Бочкаи, его сторону приняли гайдуки, боровшиеся ранее против Османов. В 1605 году Бочкаи вторгся в Венгерское королевство, его отряды дошли до Штирии. Брат Рудольфа II — Маттиас, наместник императора в Венгрии, — фактически выступил против императора, овладел властью в Венгрии и поспешил примириться с венгерскими протестантами. 23 июня 1606 года по договору в Вене Маттиас признал за венгерскими дворянами и городами свободу вероисповедания и уступил Бочкаи семь горных комитатов Венгрии.