Fred on pelannut Brasilian maajoukkueessa vuodesta 2005. Hän kuului joukkueen kokoonpanoon vuoden 2006 MM-kilpailuissa, vuosien 2007 ja 2011 Copa Américassa sekä vuoden 2013 Maanosaliittojen cupissa, jossa hän oli yhdessä Fernando Torresin kanssa kisojen paras maalintekijä viidellä osumallaan.