В марте 1993 Фёдоров подал в отставку в знак протеста против антиконституционного введения Б. Н. Ельциным особого порядка управления страной. Критически оценил силовые действия федеральных властей по разгону Съезда народных депутатов и Верховного Совета России 3-4 октября 1993, свою позицию изложил в ряде интервью средствам массовой информации. С этого времени приобрёл прочную репутацию политика самостоятельного, неангажированного, независимо мыслящего, часто фрондирующего с властью.