1945年4月25日，苏军與德国空軍部隊進行慘烈的爭奪戰。機場德軍指揮官魯道夫·伯特格爾(Rudolph Böttger)上校拒絕服從希特勒炸毀整個基地的命令，選擇自殺殉職。1945年4月29日，蘇軍在柏林戰役中攻占滕珀爾霍夫機場。蘇軍仔細搜索了新舊客運大樓，卻炸毁了存放漢莎航空飛行照片的三層防空洞，裏面的賽璐珞照片令火勢迅速蔓延，新客運大樓因此關閉了數天。蘇軍指揮官最後下令用水淹沒地下層。較低的三層至今仍淹沒在水中，由於仍潛藏未爆裝置的風險，一直未開放。