В течение нескольких лет, до конца 1889 года в чине капитан-лейтенанта Вильгельм Фёдорович исполнял обязанности флаг-офицера штаба командующего учебным отрядом Черноморского флота. Новым назначением для В. Ф. Шульца стала должность старшего офицера клипера «Забияка», на котором в марте 1890 года он отправился в заграничное плавание на Дальний Восток. 1 апреля 1890 года В. Ф. Шульцу был присвоен очередной чин капитана 2-го ранга, а спустя несколько недель он был переведён старшим офицером на бронепалубный крейсер «Адмирал Корнилов». В это время крейсер готовился к переходу из Владивостока на Балтику. После торжеств, посвященных юбилею героической обороны Петропавловска-на-Камчатке, под командованием будущего генерал-адмирала Е. И. Алексеева корабль вышел в дальнее плавание, оказавшееся для В. Шульца последним.