Das Shōgunat ignorierte diesen kaiserlichen Befehl, nicht jedoch die rebellierenden Han. In Chōshū wurden ausländische Schiffe bei Shimonoseki beschossen. Samurai ermordeten immer häufiger Shōgunatsbeamte und weitere Ausländer, worauf das Shōgunat mit der Gründung der Samurai-Miliz Shinsengumi reagierte. Die westlichen Staaten antworteten mit horrenden Reparationsforderungen, dem Beschuss von Kagoshima und dem Bombardement von Shimonoseki. Im Mai 1864 brach in dem Han Mito ein offener Aufstand gegen das Bakufu aus, der bis zum Januar 1865 durch Truppen des Shōgunats niedergeschlagen wurde. Die von Samurai aus Chōshu am 20. August 1864 verursachte Rebellion am Hamaguri-Tor in Kyōto blieb nur eine Episode, die jedoch vom Bakufu mit einer Strafexpedition in den Han beantwortet wurde. Die Expedition endete kampflos mit der formalen Unterwerfung von Chōshu.