בינואר 1992, עקב אילוצי תקציב למעשה הופסקה הזמנת אוניות צי חדשות, התקציב נוצל לסיום בניית אוניות שהוזמנו עוד בתקופת ברית המועצות ושיפוץ ושדרוג אוניות קיימות. נושאת מטוסים שהייתה בתהליך בנייה נמכרה לסין. בשנת 2003 דווח שאחת הצוללות נמצאת בבנייה כבר כ-15 שנים. במקביל צומצם היקף התרגולים, הנוכחות באוקיינוס ובים התיכון וננטש בסיס ימי בווייטנאם. אחד משיאי המשבר בצי הייתה טביעת הצוללת הרוסית קורסק בשנת 2000.