Neljännen ristiretken jälkeen vuonna 1204 Alónnisos tuli frankkien vallan alle ja Bysantin valtakunnan lopullisen kukistumisen vuonna 1453 jälkeen venetsialaisvallan alle. Osmanit valtasivat saaren vuonna 1538. Kreikan kansannousun vuonna 1821 jälkeen saarelle muutti paljon ihmisiä eri puolilta vielä Turkin vallan alla ollutta Kreikkaa.