Ronaldo'nun tekrarlayan sakatlık sorunları onu 2000-01 sezonunun tamamını ve iki sezonun çoğunu her iki tarafında da kaçırmaya zorladı. Ronaldo'nun takım arkadaşı Javier Zanetti, yokluğunda takım kaptanı olduğundan, 2001'in sonunda kaptanlık bandını devraldı. İki ameliyattan ve aylarca süren rehabilitasyondan sonra Ronaldo 2002 Dünya Kupası'na geri döndü ve Brezilya'nın beşinci Dünya Kupası şampiyonluğunu kazanmasına yardımcı oldu. Daha sonra 2002'de üçüncü kez FIFA Dünyada Yılın Futbolcusu ödülünü kazandı ve Inter'den Real Madrid'e transfer oldu. Ronaldo, orada oynarken İtalyan basını tarafından en tanınmış "Il Fenomeno" takma adı verildi. Inter takım arkadaşı Djorkaeff, "Biz antrenman yaparken, onu izlemek için neredeyse dururduk. Olağanüstü bir şeydi" dedi. Kasım 1999'daki sakatlığından önce Ronaldo, 58 Serie A oyununda 42 gol kaydetti. En gelişmiş savunma stratejileri ve dünyanın en iyi savunucuları ile en zor ligdi. Beş yıl sonra 99 maç oynadı ve "Nerazzurri" için 59 gol attı. Ronaldo'nun kulüpteki performansları - özellikle de yaralanmadan önceki ilk iki sezon - onu 2018'de Inter Milan Onur Listesi'nde dört açılış oyuncusu arasında seçilmesini sağladı.