У складі збірної був учасником чемпіонату світу 2006 року у Німеччині та чемпіонату Європи 2008 року в Австрії та Швейцарії, здобувши того року титул континентального чемпіона. Завдяки цьому Маркос став першим бразильцем, який завоював титул чемпіона Європи.