Erste bilaterale Kontakte finden sich in der Kolonialzeit: Bereits im Jahr 1885 stritten sich das Deutsche Kaiserreich und das Königreich Spanien in der Karolinenfrage unter anderem um die Inselgruppe der Karolinen, die einen wesentlichen Teil des heutigen mikronesischen Staatsgebiets ausmachen. Der Streit ging zunächst zugunsten Spaniens aus, das die Kolonialherrschaft über die Karolinen übernahm. 1899 verkaufte Spanien die Inseln schließlich gemäß dem Deutsch-Spanischen Vertrag an das Deutsche Kaiserreich. Sie gehörten somit zu den und wurden zusammen mit anderen südpazifischen Inseln als Deutsch-Neuguinea verwaltet. 1910/11 wurde ein Aufstand der Sokehs niedergeschlagen. Mit der Besetzung durch Japan 1914 endete der koloniale Einfluss Deutschlands auf Mikronesien.