Agadir bol založený v roku 1505 portugalskými moreplavcami. V roku 1541 dobyli mesto Saádovci. V čase vrcholenia nemecko-francúzkych rozporov o územie Maroka v roku 1911 poslala Nemecká ríša do Agadiru dve delostrelecké lode "Panther" a "Eber" a menší krížnik "Berlin". Táto udalosť, ktorá skoro zapríčinila v Európe veľkú vojnu, sa nazýva "Druhá marocká kríza" alebo "Skok pantera do Agadiru". Francúzsko vtedy vyhlásilo Maroko za ochranné územie Francúzska. Večer 29. februára 1960 bolo mesto spustošené 15 sekundovým zemetrasením (sila 5,7 Richterovej stupnice), pri ktorom prišlo o život 10 000 – 15 000 ľudí. Okrem starej citadely, ktorá sa nachádza , sa v meste po zemetrasení nezachovali žiadne historické stavby. Pri obnovení Agadiru pomáhalo mnoho národov. Napríklad Švajčiarsko v Agadire pomohlo postaviť jednu celú štvrť, ktorú Maročania dodnes nazývajú "Švajčiarska štvrť".