A invasão de Portugal foi iniciada ainda nesse ano, pelas tropas do general Junot, reforçadas por três corpos do exército espanhol. Atravessando a Beira Baixa, tomaram Lisboa a 1 de dezembro de 1807. Porém, os planos de Napoleão fracassaram: antes da chegada a Lisboa, toda a corte portuguesa partira para o Brasil, num total de cerca de 15 mil pessoas, ao abrigo de uma convenção secreta com a Inglaterra. Deixaram o território europeu de Portugal nas mãos de uma regência, com instruções para não "resistir" aos invasores. Ficava vazio de conteúdo o decreto de Napoleão banindo a Casa de Bragança do trono de Portugal. A partir do Rio de Janeiro a corte prosseguiu a política internacional portuguesa e D. mandou invadir a Guiana Francesa e a Cisplatina (Uruguai), como retaliação.