V době válek s revoluční Francií a napoleonských válek postihly pražskou arcidiecézi válečné kontribuce, později i rabování a nouze. 28. prosince 1809 vydal císař František I. nařízení, že veškeré kostelní zlato a stříbro musí být do 1. května 1810 vydáno na krytí válečných výdajů. Náhrobek svatého Jana Nepomuckého, který byl znovu v ohrožení, se opět podařilo zachránit, ovšem množství kostelních pokladů z celé arcidiecéze bylo nenávratně ztraceno, protože vyplatit je, již bylo nad síly stárnoucího a churavějícího arcibiskupa. Ve válečných letech se Salm snažil zmírnit utrpení těm nejpotřebnějším. Chudině nechával rozdávat z arcibiskupských statků chléb a dřevo, nadané mladíky zachraňoval před odvodem zapsáním na studia do kněžských seminářů a obrovskou nezaměstnanost se snažil alespoň trochu zmírnit sociální stavbou: svým osobním empírovým palácem (dnešní Salmovský palác), který Vilém Florentin nachal v letech 1800–1810 postavit na Hradčanském náměstí v Praze, přímo proti dosavadnímu Arcibiskupskému paláci. O jeho kulturních zálibách svědčí to, že na arcibiskupském rožmitálském panství nechal rekonstruovat zbytky hradu na vrchu Třemšín, celý prostor parkově upravit a také na Třemšíně, hoře národních poutí, postavit první rozhlednu. Rekonstrukce zdiva hradu pochopitelně neodpovídala dnešním nárokům památkové péče, ale dobře dokládá arcibiskupovo kulturní a pokrokové myšlení.