Le sue precarie condizioni di salute, ad ogni modo, lo costrinsero a ritirarsi in Boemia ma solo per breve tempo: erano i suoi stessi soldati ad acclamarlo nuovamente sul campo di battaglia e pertanto egli venne richiamato in servizio per intercettare l'avanzata del generale Moreau su Vienna. Il risultato fu la Battaglia di Hohenlinden che comunque non riuscì a fermare i francesi e costrinse l'arciduca all'armistizio che venne firmato a Steyr. La sua popolarità, ad ogni modo, era al proprio apogeo tanto che la Dieta imperiale, riunitasi a Ratisbona nel 1802, votò per erigergli una statua e concedergli il titolo di "Salvatore della Patria", onori che Carlo rifiutò entrambi.