Європейська релігійна спільнота остаточно розкололася на два табори — католицизм і протестантизм. Успіхи протестантизму були настільки значними, що породили релігійну війну на повне знищення протестантизму з боку католиків, відоме як Реформація та Контрреформація. У країнах, охоплених протестантизмом, покотилася хвиля спалень людей, іконоборства, далі — масових убивств протестантів католиками. Серед найбільш ганебних і гучних — убивство французьких протестантів (гугенотів) Варфоломіївська ніч у Парижі 1572 року та убивство 10 тис. протестантів-мешканців Антверпена вояками-католиками Іспанії. Але войовничий спротив папському Риму не завадив офіційно відійти від католицизму — Британії, Швеції, Голландії, Швейцарії, відійшла від католицизму і низка німецьких князівств.