In 1918 zette hij het panturkistische Leger van de Islam op dat vocht in de Zuidelijke Kaukasus. Na de overwinning van de geallieerden vluchtte hij naar Centraal-Azië. Daar wierp hij zich op als de verdediger van de emir van Boechara en organiseerde er de nationalistisch-islamitische Basmatsjiopstand tegen de Bolsjewieken, uitgaande van zijn panturkistische idee. Hij werd emir van Turkestan, dat tot 1921 zelfstandig bleef.