Po smrti opata Martina I. se roku 1278 stavby ujímá opat Kristián a poté opat Pavel II. Bavor z Nečtin, v roce 1294 byla stavba dokončena. Jednalo se o trojlodní baziliku s 2 věžemi při západním průčelí. Podle idealizovaného zobrazení kostela z benediktinského plánu z roku 1674 se kostel vyznačoval tradičním charakterem stavby, ve které se projevují ještě románské stavební techniky. Patrně se však lišil výškovou proporcí hlavní lodi, čímž se přibližuje gotice. Během husitských válek v 15. století kostel zasáhl požár. Následkem tohoto požáru bylo zřícení klenby v hlavní lodi, která byla při rekonstrukci nahrazena stropem z dřevěných prken položených na gotických obloucích.