Putin często jest obiektem krytyki działaczy i organizacji na rzecz praw człowieka, głównie ze względu na jego politykę względem Czeczenii. Zarzucają oni, że ta polityka doprowadziła w tamtym regionie do katastrofy humanitarnej, a prawa człowieka są w tej republice nagminnie łamane za całkowitym przyzwoleniem najwyższych czynników państwowych (obozy filtracyjne w Czeczenii). Krytycy Putina zarzucają mu, że swoimi działaniami doprowadził do eskalacji konfliktu na niespotykaną skalę i wzrostu zagrożenia terrorystycznego w samej Rosji. Putin działania w Czeczenii tłumaczył dążeniem do zachowania integralności terytorialnej Federacji Rosyjskiej oraz walką z międzynarodowym terroryzmem islamskim, zmierzającym jego zdaniem do rozbicia Rosji. Obserwatorzy jednak zwracają uwagę na fakt, iż istotne mogą być dla Rosji znajdujące się w Czeczenii złoża ropy naftowej i gazu ziemnego. Zbiegły do Wielkiej Brytanii podpułkownik FSB Aleksandr Litwinienko (zm. 2006) twierdził, że FSB po objęciu przez Putina funkcji premiera w 1999 na jego rozkaz przeprowadziła serię zamachów bombowych na bloki mieszkalne w Moskwie i Wołgodońsku. Hipotezę tę popierał również nieżyjący już Boris Bieriezowski. Wydaje się ona znajdować również uzasadnienie w przebiegu tzw. incydentu riazańskiego. Obarczanie Czeczenów odpowiedzialnością za zamachy oraz rajd czeczeńskiego oddziału, którego dowódcą był Szamil Basajew, na Dagestan pod hasłami zbudowania na Kaukazie islamskiego kalifatu stanowiły "casus belli" i posłużyły do rozpoczęcia nowej wojny w Czeczenii. Zwolennicy prezydenta chwalą go jednak, że swoimi działaniami doprowadził do stabilizacji sytuacji politycznej w Czeczenii.