De Baai van Aboukir (Arabisch: خليج أبو قير ("Khalīj Abū Qīr")) is een uitgestrekte baai in de Middellandse Zee, nabij de havenstad Alexandrië en de Nijldelta, in Egypte. Meer bepaald ligt de baai tussen Rosetta en Aboekir. De antieke steden Canopus, Heracleion en Menouthis liggen verzonken in de baai. In 1798 vond hier de Slag bij de Nijl plaats, een zeeslag tussen de Britse Royal Navy en de Franse marine, ten tijde van de Eerste Franse Republiek. De zeeslag paste binnen het kader van de expeditie van Napoleon naar Egypte. De aanvoerder van de Fransen in de slag, vice-admiraal François Paul de Brueys d'Aigalliers, overleed overigens tijdens de gevechten in de Baai van Aboukir. De Britten zouden uiteindelijk de zeeslag winnen en een klein eiland in de baai vernoemen naar Horatio Nelson, hun bevelhebber: Nelsoneiland.