Kontiolahden MM-kilpailuissa 2015 Mäkäräinen voitti pronssia normaalimatkalla. Pikakilpailussa hän ampui huonoissa olosuhteissa viisi sakkoa ja oli 35:s. Tulos oli Mäkäräisen heikoin pikakilpailussa viiteen vuoteen. Takaa-ajossa Mäkäräinen oli 12:s ja yhteislähdössä 15:s. Hän hiihti myös Suomen yhdeksänneksi sijoittuneessa sekaviestijoukkueessa. Mäkäräisen nousu MM-pronssille kotikisoissa Kontiolahdella valittiin Suomen Urheilugaalassa Vuoden sykähdyttävimmäksi urheiluhetkeksi. Oslon MM-kilpailuissa 2016 hän sijoittui pikakilpailussa yhdeksänneksi ja takaa-ajossa seitsemänneksi. Yhteislähdössä hän saavutti pronssia.