Zapata reprezentował Kolumbię w różnych szczeblach wiekowych. W czerwcu 2005 był podstawowym zawodnikiem kadry U-20 na Młodzieżowych Mistrzostwach Świata w Holandii. Zagrał we wszystkich meczach, a Kolumbia odpadła w 1/8 finału po porażce 1:2 z Argentyną. W seniorskiej reprezentacji Zapata zadebiutował w 2007 roku.