В начале Великой Отечественной войны Агапкин был назначен старшим капельмейстером Отдельной мотострелковой дивизии имени Дзержинского войск НКВД с присвоением звания военного интенданта 1-го ранга. 7 ноября 1941 года на знаменитом параде на Красной площади в Москве Агапкин дирижировал сводным оркестром. Был мороз, а пока по площади строем шли войска, подошвы сапог Василия Ивановича примёрзли к брусчатке. Получилось так, что оркестр отошёл в сторону, освобождая место механизированной колонне, а Агапкин не мог. Он так и стоял, пока кто-то дюжий уже ввиду подхода техники не подбежал к нему и, оторвав от брусчатки, не унёс в сторону.