В эпоху немецкого управления поселение было известно в том числе под названием Кигари. Время его возникновения однозначно не установлено. Алексис Кагаме выдвигал теорию о том, что город был основан в промежутке между 1300 и 1500 годами. По его мнению, это был скорее не небольшой город, а село, поскольку он располагается на гораздо более удобном месте, в связи с чем странно, что король не перенёс столицу из Ньясы сюда. По итогам конференции 1884 года, закрепляющей раздел Африки, территория Руанды, наряду с Бурунди должна была достаться Германской империи, которая осуществила её завоевание. В 1897 году сюда прибыл германский путешественник , который искал приток Нила. Он закрепил протекторат над королём Руанды и в 1907 году, став первым основал в Кигали резиденцию германского колониального правительства, превратив город в столицу страны, от чего официально ведётся история города; при этом в некоторых источниках иногда ошибочно указывается 1908 год. До 1916 года город находился под контролем Германской империи, затем был оккупирован Бельгией до 1919 года, в котором официально перешёл под её управление по Версальскому договору. С 1922 года по решению Лиги Наций контролировался Бельгией в составе резидентства Руанда (части мандатной территории Руанда-Урунди), в качестве административного центра которой в итоге сменил Астриду. С 1962 года — столица независимой Руанды.