El 3 de agosto de 2001, fue nombrado asesor jurídico general del Departamento de Salud y Servicios Humanos de los Estados Unidos, durante la presidencia de George W. Bush. Desempeñó un papel importante en la respuesta a los ataques con carbunco (ántrax) en 2001. El 22 de julio de 2005, fue confirmado como subsecretario de Salud y Servicios Humanos. Trabajando bajo el secretario Mike Leavitt, supervisó todas las operaciones del Departamento de Salud y Servicios Humanos con un presupuesto anual de más de un trillón de dólares. Renunció en enero de 2007.