Tras el golpe de Estado de 1926 y la instauración del régimen Sanacja, Wojciechowski se negó a continuar en la vida política dominada por su antiguo colega Józef Piłsudski, quien gobernaría casi una década basado en su popularidad y en el apoyo de las fuerzas armadas, y se retiró para dedicarse las matemáticas y la física en su casa de la localidad de Golobki, cerca de Varsovia. Allí murió Wojciechowski en 1953, a la edad de 84 años.