その後の数日間、第11任務部隊は南太平洋で行動し、次いで第17任務部隊とともに日本軍に痛打を浴びせるためニューギニア方面に向かった。その途中の3月7日、サンフランシスコの艦載機1機がなくなっていることが分かり、捜索したもののこの時点では発見できなかった。3月9日から10日にかけての夜、第11任務部隊と第17任務部隊はパプア湾に入った。夜明けとともに艦載機を発進させ、パプアニューギニアのオーエンスタンレー山脈を越えてラエとサラモアの日本軍上陸部隊（第六水雷戦隊）に奇襲を仕掛けた（ラエ・サラモアへの空襲）。翌日、ミネアポリス (') が行方不明になっていたサンフランシスコの艦載機を発見し、サンフランシスコのもとに送り届けられた。3月26日、サンフランシスコは真珠湾に帰投し、約1ヵ月後の4月22日には4093船団を護衛してサンフランシスコに向かった。5月末に真珠湾に戻ったサンフランシスコはを輸送するPW2076船団を護衛し、スバを経由してオーストラリアに到着した。サンフランシスコと護衛艦艇はオークランドに寄港した後ハワイに向かい、6月29日の真珠湾に帰投した。しばらくして、サンフランシスコは駆逐艦ラフィー (') および ("") とともに4120船団を護衛してフィジーに向かい、同地でソロモン諸島に進攻する部隊と合流した。