Ungefähr um dieselbe Zeit entstand als erste Erweiterung des Ursprungsbaus der Kirchturm, der im Norden an den Rechteckchor des ersten Kirchenbaues anschloss. Sein Erdgeschoss mit spätromanischen, noch rundbogigen Fenstern, sowie die beiden darüber anschließenden, bereits in frühgotischen Formen gestalteten Geschosse stellen heute den ältesten Teil der Kirche dar. Ferner erhielt der Rechteckchor nun im Osten eine halbrunde Apsis und das Langhaus wurde nach Westen verlängert. Die Errichtung des Turms kann durchaus in Zusammenhang mit einem Wunsch der aufstrebenden Bürgerschaft gesehen werden, weniger einen Kirchturm denn eine Überwachungsplattform für das Markt- und Messgeschehen am Römerberg wie am Mainufer zu schaffen, wofür der Turm der Nikolaikirche ideal geeignet war. Dies erscheint auch vor dem Hintergrund des Privilegs von 1240 logisch, das der Frankfurter Messe zu der enormen Bedeutung verhalf, die sie geradezu sprichwörtlich die folgenden Jahrhunderte prägte.