Už v době vlády Karla IV. lze spatřovat počátky českého reformního hnutí, které usilovalo o prohloubení osobní zbožnosti a o nápravu zesvětštělé církve, a tím i o obrodu celé společnosti. Náboženské spory vygradovaly za vlády Karlova syna Václava IV. Po upálení Mistra Jana Husa v roce 1415 v německé Kostnici napětí mezi Husovými příznivci a jeho odpůrci přešlo v otevřené nepřátelství a události vyústily v husitské války. Radikální husité založili město Tábor, které se stalo centrem husitské revoluce. Jan Žižka z Trocnova a Prokop Holý poté porazili všechny čtyři křížové výpravy do Čech. Války byly ukončeny dohodou mezi Basilejským koncilem a umírněnými husity tzv. Basilejskými kompaktáty v roce 1436. V osobě Jiřího z Poděbrad si země dokonce zvolila umírněného husitu jako krále. Avšak vnější tlak krále Jiřího přiměl přepustit z taktických důvodů český trůn rodu Jagellonců. Když však v bitvě u Moháče (1526) padl druhý Jagellonec na českém trůnu, Ludvík, získali ho Habsburkové, kteří, společně s následující dynastií habsbursko-lotrinskou, vládli zemi dalších téměř 400 let.