Il fiume più lungo del Giura è il Doubs, che scorre nell'altopiano del Giura dando vita a una valle. Altri corsi d'acqua precipui sono l'Ain, il Loue, l'Orbe, l'Areuse, lo Schüss e il Birs. Presso i laghi naturali, figura un substrato composto da morene datanti dalle grandi glaciazioni del Quaternario (Günz, Mindel, Riss, Würm) garantisce l'impermeabilità del suolo. Essi si trovano quasi tutti nelle alte valli nella parte sud-occidentale del Giura, compreso il lago di Joux insieme al lago di Brenet, al des Taillères, al Saint-Point e al Chalain. Ci sono diversi bacini artificiali lungo i fiumi Doubs e Ain e delle risorgive.