Když se pruská a rakouská vojska střetla znovu, psal se rok 1866. Tehdy už sice Josefov za vývojem vojenské taktiky a techniky zaostával, i tak však byl připraven k obraně. Zátopové kotliny na severovýchodě města byly zatopeny. Předpolí bylo vyklizeno a tamní aleje a parky vykáceny, aby neposkytovaly nepříteli ochranu. Pruská vojska se však tehdy nezdržovala s dobýváním Josefova. Obešla jej a s rakouskou armádou se střetla v bitvě u Hradce Králové. Josefov tedy plnil spíše druhořadou úlohu obří zbrojnice, muničního a výstrojního skladu a špitálu.