Sodan jälkeen Eenpalu toimi Viron sisäministerinä ja osallistui maan poliisivoimien kehittämiseen. Hän vaikutti Põllumeestekogud-nimisessä oikeistopuolueessa, jonka muita toimijoita olivat esimerkiksi Konstantin Päts ja Johan Laidoner. Asemansa johdosta hän joutui myös murhayrityksen kohteeksi kommunistien toteuttaman lopulta epäonnistuneen vallankaappausyrityksen yhteydessä joulukuussa 1924. Vuosien 1926 ja 1934 välillä Eenpalu toimi Viron riigikogun puhemiehenä ja 19. heinäkuuta–1. marraskuuta 1932 Eenpalu oli Viron riigivanem.