Il 14 maggio viene inserito, dal CT Luiz Felipe Scolari, nella lista dei 23 convocati per la FIFA Confederations Cup 2013, che è svolta in Brasile dal 15 al 30 giugno 2013 come preludio del Campionato mondiale di calcio 2014. Il 22 giugno nell'ultima partita del girone contro l' segna due reti, decisive ai fini del risultato (il Brasile vince per 4-2). Nella semifinale contro l' inoltre realizza la sua terza rete nel torneo siglando il gol del momentaneo 1-0 nella partita finita poi 2-1 per i verdeoro, contribuendo così a portare la sua squadra in finale contro la Spagna, dove mette a segno una doppietta che consegna al Brasile la coppa. Al termine del torneo Fred è risultato essere il capocannoniere con 5 gol, insieme a Fernando Torres, e si è aggiudicato la Scarpa d'argento in virtù, a parità di assist (uno per entrambi) del maggior numero di minuti giocati rispetto allo spagnolo (423 minuti contro 273).