Nato a Vienna da una famiglia ebraica ma convertito al cattolicesimo, Eisler studiò all'Università di Vienna, dove si laureò nel 1904 e perfezionò i suoi studi all'Università di Roma "La Sapienza" e all'Università Nazionale Capodistriana di Atene. Servì nella prima guerra mondiale come ufficiale dell'Esercito austro-ungarico. In seguito divenne collaboratore dell'Istituto Austriaco di studi storici presso l'Università di Vienna. Fra il 1925 e il 1931 lavorò a Parigi come vice-segretario del Comitato per la cooperazione intellettuale della Società delle Nazioni e nel biennio 1927-1928 ebbe un incarico di insegnamento all'Università La Sorbona. Tornato in patria, dopo l'annessione dell'Austria alla Germania nel 1938 fu internato nei campi di concentramento di Dachau e Buchenwald. Prima dello scoppio della seconda guerra mondiale riuscì ad emigrare nel Regno Unito, dove lavorò come lettore all'Università di Oxford. Morì a Oxted.