Po 11. septembru 2001 je Cheney želel ukrepati in se maščevati za napad. Pomagal je predsedniku Bushu oblikovati strategijo za »vojno proti terorizmu« in takrat izjavil, da ima iraški režim orožje za množično uničevanje. Prav tako je večkrat namigoval na to, da naj bi bil takratni iraški predsednik Sadam Husein povezan s teroristično organizacijo Al Kaida. Za te izjave nikoli niso našli dokazov, nikoli niso odkrili nobene povezave med iraško vlado in Al Kaido. Kot odgovor na teroristični napad 11. septembra in ker naj bi Sadam Husein predstavljal grožnjo, so ameriške sile skupaj z zavezniki v zvezi NATO marca 2003 napadle Irak in začela se je vojna v Iraku.