In 1553 streed Johan Günther als bevelhebber van een Schwarzburgs regiment mee met keurvorst Maurits van Saksen in de Slag bij Sieverhausen de troepen van markgraaf Albrecht Alcibiades van Brandenburg-Kulmbach. Daarna verbleef Johan Günther nog een jaar aan het Saksische hof in Dresden. In 1555 keerde hij terug naar Sondershausen, maar twee jaar later vertrok hij met samen met Günther XLI naar de Nederlanden waar hij in dienst trad van de Spaanse koning Filips II. Johan Günther vocht mee in de Slag bij Saint-Quentin, waar de Spaanse troepen een grote overwinning behaalden. Johan Günther volgde zijn zijn oudste broer ook toen hij tijdens de Zevenjarige Oorlog (1563-1570) tussen Denemarken en Zweden in Deense dienst trad.