Das Konservierungsverfahren für flüssige Lebensmittel, das heute als Pasteurisierung bekannt ist, ergab sich aus Pasteurs Forschungsarbeiten zur Gärung. Dabei werden Lebensmittel auf eine Temperatur unterhalb von 100 °C erhitzt. Es handelt sich nicht um eine Sterilisation, da nur die meisten vegetativen Formen von Mikroorganismen, nicht aber ihre Sporen abgetötet werden. Allerdings erfasst die Pasteurisierung nahezu alle pathogenen Keime. 1867 wurde Pasteur für seine Methode, Wein durch Erhitzen zu konservieren, auf der Weltausstellung zu Paris mit dem Großen Preis ausgezeichnet. 1868 prüfte die Französische Marine den Prozess und übernahm ihn für die Flotte und zur Weinversorgung der Kolonien. Auch Essig ließ sich durch Erhitzen auf 55 °C konservieren, wie Pasteur zeigte. In Österreich und Deutschland wurde die Pasteurisierung von Flaschenbier bei 55 °C populär. Dagegen geht die Pasteurisierung von Milch und Milchprodukten nicht auf Pasteur zurück. Dieser hatte 1861 festgestellt, dass selbst Kochen bei 100 °C Milch nicht zuverlässig sterilisiert, was er auf ihre basische Natur zurückführte. Erst Franz von Soxhlet verwirklichte dann auch die Pasteurisierung von Milch.