ב-3 ביולי 2010 חתם מאוטיניו בפורטו תמורת 11 מיליון אירו, לאחר סכסוך עם הנהלת ספורטינג. בעונתו הראשונה זכה מאוטיניו עם הקבוצה בספורט, כאשר הוא רשם 50 הופעות בכל המסגרות, כולל בגמר הליגה האירופית בו גברה קבוצתו 0–1 על בראגה. ב-19 בפברואר 2013 הבקיע שער בניצחון קבוצתו 0–1 נגד מאלגה במסגרת שמינית גמר ליגת האלופות, למרות זאת במשחק השני ניצחה מאלגה 0–2 והמשיכה לרבע הגמר. בסיום העונה זכה עם הקבוצה באליפות שלישית.