O Território Indígena ocupou a maior parte do atual estado americano de Oklahoma e serviu como uma região não organizada reservada às tribos nativas americanas do Sudeste dos Estados Unidos após terem sido removidas de suas terras mais de 30 anos antes da guerra. A área recebeu numerosas escaramuças e 7 batalhas oficialmente reconhecidas envolvendo unidades indígenas americanas aliadas aos Estados Confederados da América, índios americanos leais ao governo dos Estados Unidos e tropas da União e dos Confederados. Uma campanha liderada pelo general da União James G. Blunt para garantir o Território Indígena culminou com a Batalha de Honey Springs em 17 de julho de 1863. Embora sua força incluísse nativos americanos, a União não incorporou soldados nativos americanos em seu exército regular. Oficiais e soldados fornecidos aos Confederados de terras indígenas americanas contados em 7.860 e vieram em grande parte das nações Cherokee, Chickasaw, Choctaw, Creek e Seminoles. Entre eles estava o general-de-brigada Stand Watie, um Cherokee que invadiu posições da União no Território Indígena com seu 1.° Regimento de Fuzis Montados Cherokee bem depois que a maioria das forças Confederadas abandonou a área. Watie liderou suas tropas na guerra de guerrilha, atacando posições da União, abastecendo vagões e atacando outros americanos Cherokee e nativos que apoiavam a União. Ele se tornou o último general Confederado a se render quando assinou um acordo de cessar-fogo com representantes da União em 23 de junho de 1865.