Kerry vastusti myös presidentti George H. W. Bushin hyökkäystä Irakiin 1991. Sen sijaan hän kannatti Yhdysvaltain hyökkäystä Irakiin 2003, mutta kritisoi myöhemmin presidentti George W. Bushia kansan johtamisesta harhaan, kun väitettyjä Irakin joukkotuhoaseita ei löytynytkään.