После афинской Олимпиады Геннадий Ковалёв поднялся в первый полусредний вес и продолжил побеждать на различных турнирах, в частности в период 2005—2007 годов неизменно выигрывал российское национальное первенство. Представлял страну на чемпионате мира в Чикаго, где вновь взял серебро — на этот раз в финале потерпел поражение от казаха Серика Сапиева. Находясь в числе лидеров российской национальной сборной, благополучно прошёл отбор на Олимпийские игры 2008 года в Пекине — здесь снова потерпел неудачу, уже на стадии четвертьфиналов был выбит из турнирной сетки кубинцем Роньелем Иглесиасом. Вскоре по окончании этих соревнований принял решение завершить спортивную карьеру, уступив место в сборной молодым российским боксёрам.