Beckenbauer tampil dalam 103 perlawanan antarabangsa dan menjaringkan 14 gol untuk pasukan Jerman Barat. Beliau merupakan sebahagian daripada skuad Piala Dunia yang menamatkan kejohanan di tempat naib juara pada tahun 1966, tempat ketiga pada 1970 dan juara pada Piala Dunia FIFA 1974. Beliau turut diumumkan ke dalam anugerah Bintang Pasukan Pilihan buat ketiga-tiga edisi tersebut. Selain itu, beliau juga mengambil bahagian dalam Euro 1972 dan menjadi naib juara dalam edisi 1976. Perlawanan sulung Beckenbauer untuk pasukan kebangsaan Jerman Barat pada 26 September 1965.