Alue kuului 700-luvulta lähtien Baijeriin nimellä Innbaiern. Saksan ja erityisesti Baijerin ajauduttua epäjärjestykseen keisari Fredrik I Barbarossa palautti rauhan vuonna 1156. Tuolloin keisarin saadessa Baijerin herttuakunnan läänityksekseen Innviertelistä tuli raja-alue, joka aiheutti sekä poliittisia että sotilaallisia konflikteja vielä vuosisatojen ajan. Vaikeita aikoja ja tuhoa toi mukanaan Espanjan perimyssota, jolloin alue joutui usein tahattomaksi vaihtotavaraksi tai halukohteeksi. Useat Keski-Euroopan valtiot tekivät maanosien perintövaatimuksia, mukaan lukien Itävallalle ja Ala-Baijerin herttuakunnalle.