После окончания Второй мировой войны и освобождения Южного Сахалина и Курильских островов начался новый этап в развитии музейного дела. Японский музей в г. Тоёхара был национализирован. Приказом начальника Южно-Сахалинского областного управления по гражданским делам Д. Н. Крюкова от 11 мая 1946 года в здании японского музея был открыт для обозрения Областной краеведческий музей. Таким образом, музей был открыт повторно. Однако некоторое время до репатриации японских граждан, советские и японские сотрудники работали в нем вместе.