Aber dieser Machtwechsel sollte den Kongo nicht stabilisieren. Ruanda und Uganda waren nicht an einer stabilen Regierung interessiert, versuchten durch die Unterstützung verschiedener Rebellionen auch Kabilas Herrschaft zu beschädigen und setzten so den Kongokrieg in Gang. Im August 1998 führte dies zum Bruch Kabilas mit seinen Nachbarn und ehemaligen Unterstützern, dabei erhielt er Unterstützung von Simbabwe, Angola, Namibia, Tschad und Sudan, deren Regierungen er Zugang zu den Rohstoffvorkommen des Landes zusicherte. Simbabwe erhielt zum Beispiel im Austausch für die Militärhilfe Anteile an der Produktion der kongolesischen Diamantenminen. Ein Putschversuch gegen Kabila in Kinshasa scheiterte, weil Angola, Simbabwe und Namibia auf Seiten Kabilas militärisch intervenierten. Am 10. Juli 1999 unterzeichneten die Regierung Kabila und die Rebellen ein Waffenstillstandsabkommen in Lusaka, das aber immer wieder durch Kämpfe gebrochen wurde. In der Folge zerfiel das Land in mehrere Herrschaftsgebiete. Die Kämpfe dauerten bis in den Juni des Jahres 2000 an.