En 1926 se conformaron dos federaciones anarquistas de alcance nacional. Durante los años siguientes el movimiento anarquista japonés se caracterizó por el intenso debate entre los anarcocomunistas y los anarcosindicalistas. Durante la invasión de Japón a Manchuria, el estado comenzó a silenciar a la oposición interna; se desató una nueva ola represiva. Aunque el movimiento anarquista adoptó diversas estrategias para sobrevivir, el gobierno terminó por imponerse. Con el inicio de la Segunda Guerra Mundial, todas las organizaciones anarquistas del país fueron prohibidas y clausuradas. Los anarquistas mantuvieron un bajo perfil, durante ese período.