Overgangen fra udpræget feudalstyre til stadig stigende magt til kongen fortsatte i løbet af det 1500- og 1600-tallet. De franske konger gjorde efterhånden krav på at være "udvalgt af gud" for at legitimere deres status som herskere. Perioderne under de stærke franske konger blev præget af stigende religiøs uro. Den lutherske lære gav startskuddet til en række trosretninger, der udfordrede den enevældiges monarks gudgivne krav på tronen, og Frankrig indledte undertrykkelse af religiøse minoriteter. Under Bartholomæusnatten i 1572 blev flere tusinde huguenotter (protestanter) massakreret. Den efterfølgende udvandring af dygtige protestantiske håndværkere og handelsmænd betød visse økonomiske problemer for landet. Indadtil blev landet stabiliseret, da forskellige religiøse retninger nu ikke længere kunne forstyrre den enevældige orden.