Beim kurz darauf folgenden Konföderationen-Pokal 2013 erreichte Pirlo mit Italien den dritten Platz, nachdem sich die Mannschaft aufgrund zahlreicher Verletzungen von Spiel zu Spiel immer wieder anpassen musste. Er absolvierte im ersten Gruppenspiel gegen Mexiko am 16. Juni sein 100. Länderspiel, in dem er per Freistoß das 1:0 erzielte und zum Spieler des Spiels ernannt wurde.