É controverso considerar o Massacre de Lisboa de 1506 como uma das consequências directas da política de Manuel I, dada a situação de seca, fome, epidemia e intolerância que aprofundaram as tensões sociais e que decorrem a nível mundial na época. Será consensual afirmar que foi algo que o horrorizou e enraiveceu, o que se prova na sua reacção de castigo aos culpados pelo massacre (mesmo àqueles instigadores por cuja condição social era normal poupar, como os padres) e de humilhação à cidade de Lisboa, da qual estava ausente, assim como na linguagem dos relatos oficiais.