Il a été l'un des premiers partisans de Boris Johnson lors des élections à la direction du Parti conservateur en 2019. Il a dit qu'il pensait que "Boris est l'homme du moment" et qu'il était capable d'obtenir un meilleur accord sur le Brexit pour le Royaume-Uni . Le , Il a été nommé ministre de la Défense et des Anciens combattants au sein du gouvernement de Johnson. Il est responsable du personnel des forces armées et du bien-être des vétérans. Mercer a également été chargé par le Premier ministre de se concentrer sur la fin de la poursuite légale des anciens militaires, en particulier ceux qui avaient servi pendant le Conflit nord-irlandais .