Τα νησιά Τρέμιτι έχουν συνδεθεί στη μυθολογία με τον ήρωα του Τρωικού πολέμου Διομήδη γι' αυτό και συχνά αναφέρονταν ως Διομήδειες Νήσοι. Σύμφωνα με τον επικρατέστερο μύθο, ο Διομήδης έριξε στη θάλασσα τρεις γιγάντιους βράχους (που αντιστοιχούν στα 3 μεγαλύτερα νησιά), τους οποίους είχε φέρει μαζί του από την Τροία. Στην επιστροφή του από την Τροία, ο Διομήδης διαπίστωσε ότι δεν ήταν επιθυμητός στην πατρίδα του, έφυγε με τους συντρόφους του και πλέοντας στην Αδριατική, έφτασε στην Δαυνία. Σύμφωνα με μία εκδοχή, ο τοπικός βασιλιάς Δαύνος παραχώρησε ένα τμήμα της χώρας του στον Διομήδη και του έδωσε την κόρη του ως σύζυγο, σε ανταμοιβή για τη βοήθεια που έλαβε από αυτόν στον αγώνα του εναντίον των Μεσσαπίων. Μύθοι τοποθετούν και τον θάνατο του ήρωα σε αυτά τα νησιά, μάλιστα στο νησί του Σαν Νικόλα υπάρχει ένας τάφος Ελληνιστικής εποχής, που οι ντόπιοι αποκαλούν «Τάφο του Διομήδη».