1571年8月7日、レパントの海戦において、クルチ・アリ・パシャは艦隊の左翼を率いた。彼は乱戦の最中も自隊をひとかたまりに留め、対峙した敵指揮官ジャナンドレア・ドーリアの裏をかいてマルタ騎士団艦隊の旗艦を拿捕し、その将帥旗を奪取した。オスマン側の敗色濃厚となると、彼は自船を離脱させ、オスマン艦隊の残存船(40隻ほどのガレー船とフスタ船)らを集めてイスタンブールへ向かった。到着時には87隻があったとされる。