В первые месяцы Великой Отечественной войны продолжал готовить кадры для фронта. В ноябре 1941 года подполковник Бастеев назначен командиром 10-го отдельного дорожно-эксплуатационного полка 56-й отдельной армии. В конце ноября 1941 года армия была передана в действующую армию, участвовала в Ростовской наступательной и Донбасской оборонительной операциях Южного фронта, с июля 1942 года — в обороне Кавказа на Северо-Кавказском и Закавказском фронтах. С августа 1942 года — заместитель командира 76-й морской стрелковой бригады, на этом посту участвовал в дальнейшей обороне Кавказа, в Туапсинской оборонительной, Северо-Кавказской наступательной и Краснодарской наступательной операциях. В мае 1943 года бригада была развёрнута в 23-ю стрелковую дивизию, а полковник И. В. Бастеев назначен в этой дивизии командиром 89-го стрелкового полка. Дивизия вошла в состав 47-й армии Степного военного округа (в июле передана Воронежскому фронту) и участвовала в Курской битве и Белгородско-Харьковской наступательной операции.