Al llegar a Asunción, se alojó en la casa del empresario argentino Ricardo Gayol, radicado hacía muchos años en el Paraguay. Al día siguiente ofreció la primera entrevista periodística en el exilio, a un enviado de United Press International, en las que afirmaba haber sido derrocado por una «reacción oligarco-clerical» y su confianza en la fuerza del peronismo. El mismo día en que se publicaron esas declaraciones en la prensa, el depuesto vicepresidente Alberto Teisaire lanzaba una serie de acusaciones contra Perón, haciéndolo responsable de su propio derrocamiento, y al mismo tiempo lo acusaba de «cobarde y vergonzosa deserción frente al adversario». El 12 de octubre se formó un Tribunal de Honor del Ejército Argentino para juzgar la conducta de Perón, presidido por el general Carlos von der Becke, e integrado además por los generales Juan Carlos Bassi, Víctor Jaime Majó, Juan Carlos Sanguinetti y Basilio Pertiné; enjuiciado en ausencia y condenado por supuestos delitos que habrían sido cometidos durante su presidencia por un tribunal especial,dispuesto por las autoridades de la dictadura que lo había depuesto. La elección de acudir a dicha nación no fue casual: el 16 de agosto de 1954 Perón le había devuelto al pueblo paraguayo los trofeos de guerra capturados durante la contienda de la Triple Alianza, en que juntamente con Uruguay y el Imperio del Brasil se derrotó militarmente a la nación guaraní gobernada por el Mariscal Francisco Solano López. Tras este gesto histórico, el gobierno paraguayo le otorgó a Perón el grado honorario de general de división del Ejército del Paraguay. La demora del gobierno de facto encabezado inicialmente por Eduardo Lonardi en nombrar Canciller ante quien tramitar el asilo, así como también la presión del ala más reaccionaria de la dictadura que pretendía asesinar a Perón hundiendo la cañonera fueron algunos de los factores que postergaron la partida.