Ha sido internacional con la selección de fútbol de Turquía en 20 ocasiones. Su debut se produjo en 16 de agosto de 2006 en un partido amistoso contra Luxemburgo. Marcó su primer gol con su selección el 12 de septiembre de 2007 en un partido contra Hungría. Fue convocado para participar en la Eurocopa de Austria y Suiza de 2008. Turquía llegó a semifinales y Mehmet Aurélio disputó todos los encuentros de su equipo, a excepción del encuentro contra Croacia debido a una sanción por acumulación de tarjetas amarillas.