Petra Novotná begann mit dem Volleyball 1998 in ihrer Heimat bei Tatran Prag-Střešovice und wechselte ein Jahr später zum Lokalrivalen PVK Olymp Prag, wo sie bis 2007 spielte und 2005 Tschechischer Meister wurde. 2002 spielte die Außenangreiferin bei der Volleyball-Weltmeisterschaft in Deutschland, wo die tschechische Nationalmannschaft in der Vorrunde unter anderem an der DVV-Auswahl scheiterte. Von 2007 bis 2010 spielte sie in Frankreich bei Vandœuvre Nancy Volley-Ball.