Als die Ostpreußische Operation (1945) begann, floh seine Frau mit den vier Söhnen am 17. Januar über Bromberg, Preußisch Stargard, Bütow, Schlawe, Stettin und Eberswalde nach Isenhagen. Über die abenteuerliche Flucht hat der Sohn Hans-Dietrich Lemmel (Wien) 1995 berichtet. Mit einem Sondereinsatzbefehl musste Gerhard Lemmel bis zum 22. Januar 1945 in seinem Thorner Krankenhaus bleiben. Als der Räumungsbefehl für Thorn gegeben worden war, floh er nach Danzig, wo er noch auf ein Schiff kam. In Schwerin betrieb er bis zum 30. Juni 1945 eine internistische Arztpraxis. Am nächsten Tag sollte die Rote Armee die Besatzungsmacht von den Briten und Amerikanern übernehmen. Lemmel floh deshalb weiter nach Westen, nach Isenhagen bei Celle. In Glüsingen (Wittingen) war er gut drei Wochen Lagerarzt im Flüchtlingslager. Wegen seiner Mitgliedschaft in der SS war er vom 6. November 1945 bis zum 23. Dezember 1947 interniert, erst in Munsterlager, dann im Lager Sandbostel bei Bremervörde. Dort war er seit März 1946 Lagerarzt. Aufgrund von Zeugnissen seiner polnischen Assistenzärzte in Thorn wurde er in der Entnazifizierung freigesprochen.