La stagione 2001-2002 incominciò con il clamoroso ingaggio di Josep Guardiola e con lo strepitoso inizio di Baggio, capocannoniere con 8 gol dopo nove giornate. Nella partita con il Baggio ebbe un primo infortunio al ginocchio sinistro. Il 23 gennaio, mentre la squadra era a Parma per una partita di Coppa Italia, Vittorio Mero che non prendeva parte alla trasferta in quanto squalificato, morì, vittima di un incidente stradale. La partita non venne disputata e, nel recupero della stessa, Roberto Baggio fu vittima della rottura del legamento crociato anteriore con lesione del menisco interno del ginocchio sinistro. Il giocatore venne operato in Francia e, con grande determinazione, riuscì a rientrare in campo a 77 giorni dall'infortunio (un record per il tipo d'infortunio subito), quando mancavano tre giornate alla fine del campionato. Anche stavolta il rientro avvenne contro la , e ancora una volta Baggio realizzò una doppietta: segnò un gol dopo appena due minuti dal suo ingresso in campo e raddoppiò poco dopo, tra gli applausi anche dei tifosi viola. La carica di Baggio consentì al Brescia di raggiungere la salvezza con la vittoria per 3-0 contro il nell'ultima giornata. Il prodigioso recupero non convinse tuttavia il commissario tecnico della nazionale Giovanni Trapattoni a portare Roberto Baggio ai mondiali del 2002, nonostante i tifosi di tutta Italia chiedessero a gran voce la sua convocazione.