Han debuterte i en vennskapskamp mot Forente arabiske emirater 9. februar 2005 og har pr 20. mai 2008 spilt 29 A-landskamper for Sveits og 14 ganger på U21-landslaget før det. Degen spilte for i VM i fotball 2006, fram til de ble slått ut av i straffespark-konkurranse i åttendedelsfinalene. Degen var også med i troppen da arrangerte EM i fotball 2008 sammen med Østerrike, men fikk ikke spille noen av de tre gruppekampene før Sveits ble slått ut.