Naturligt strontium består af fire stabile isotoper; 0,56% strontium-84, 9,86% strontium-86, 7,0% strontium-87 og 82,58% strontium-88. Der ud over kendes 16 ustabile strontium-isotoper, hvoraf den vigtigste, strontium-90, findes i affaldet fra atomkraftværker og i det radioaktive nedfald fra atomvåben. Ved Tjernobylulykken blev omgivelserne forurenet med store mængder strontium-90.