Campania de calificare la UEFA Euro 2008 a început în toamna anului 2006, cu Slišković încă selecționerul echipei și cu Misimovic la 24 de ani, devenind titular și golgheter. Meciul de deschidere a grupei cu Malta a fost urmat de o înfrângere șocantă cu 1-3 în Ungaria, care a dus la demisia lui Slišković, pe care și-a retras-o câteva săptămâni mai târziu rămânând în continuare. Forma dezamăgitoare urma să fie confirmată de egalul scor 2-2 cu Moldova, cu Misimovic reușind să marcheze un gol la scorul de 2-0. Patru zile mai târziu, Bosnia a fost învinsă crunt de către Grecia acasă, cu 0-4, forțându-l pe Slišković să demisioneze pentru a doua oară în trei luni - de această dată demisia a fost definitivă.