Jean-François Champollion urodził się 23 grudnia 1790 o godzinie drugiej w nocy, w miasteczku Figeac, w Delfinacie (franc. Dauphiné) w południowo-wschodniej Francji. Był najmłodszym synem Jacques’a Champolliona, właściciela księgarni i jego żony Jeanne François z domu Gualieu. W wieku pięciu lat samodzielnie nauczył się czytać. Nauczycielami młodego Champolliona były jego siostry: Térèsa, Pétronilla i Marie Jeanne oraz starszy brat Jacques Joseph, ponieważ rewolucja doprowadziła do zamknięcia szkół kościelnych. Nie mając jeszcze siedmiu lat pierwszy raz usłyszał słowo Egipt przy okazji planowanego przez brata udziału w wyprawie napoleońskiej, który jednak nie doszedł do skutku. Kiedy było to już możliwe, Jean François został wysłany do szkoły podstawowej, gdzie obowiązkowa matematyka i ortografia (za którymi Champollion nie przepadał) spowodowały wynajęcie przez rodziców prywatnego nauczyciela.