Em 1997 teve início o auge de sua carreira. Comandando o Vasco, venceu o Campeonato Brasileiro num time de craques e futuras promessas. Com o título brasileiro, credenciou-se a disputar a Copa Libertadores da América no ano seguinte e acabou sendo campeão, num título inédito também para o Vasco da Gama, sendo também campeão estadual naquele mesmo ano. Em dezembro de 1998, disputou a final do Mundial Interclubes contra o campeão europeu , mas a equipe acabou derrotada por 2 a 1. No início de 1999, mais um triunfo: o campeonato do Torneio Rio São Paulo diante da equipe do Santos. Em 2003, foi campeão carioca. No segundo jogo da final do Estadual de 2003, tomou uma atitude incorreta ao atirar a bola em Alex Oliveira, do Fluminense, que estava caído, em jogo parado, o que gerou tumulto. Lopes foi expulso, mas isso não prejudicou sua equipe. Depois de vices consecutivos, o Vasco finalmente conseguiu ser campeão estadual, vencendo o Fluminense por 2 a 1, assim como no primeiro jogo da decisão.