No Grande Intercâmbio Americano, a fauna das Américas do Norte e do Sul migrou de um subcontinente para o outro, utilizando a América Central como passagem. As reservas faunisticas da região refletem uma situação transicional entre as faunas sul-americana (neotropical) e norte-americana (neo-ártica), sendo, porém, mais neotropical do que neo-ártica no que diz respeito aos vertebrados (exceto os répteis). As formas de transição entre os anfíbios envolvem numerosas famílias, muitas das quais se estendem para norte e sul da América Central. Ds répteis apresentam uma distribuição complexa, que inclui espécies e gêneros do norte e do sul e alguns endêmicos. Quanto à fauna ornitológica, é representada por grupos neo-árticos e neotropicais. No que se refere aos mamíferos encontram-se na América Central espécies comuns a todo o continente americano.