Современное название катакомб связано с норманнской церковью в честь Иоанна Богослова, построенной над криптой святого Маркиана (Сан-Марчано). Церковь была изначально возведена в романском стиле, затем была перестроена с элементами готики и окончательно разрушена землетрясением 1693 года.