בחודשים הראשונים לשלטונו התמודד סאקשווילי עם משבר פוליטי קשה ברפובליקה האוטונומית של אג'ריה אשר נשלטה על ידי אסלן אבשידזה ואשר התעלם מן השלטון המרכזי הגאורגי. המשבר איים להתפתח למאבק מזוין, אולם ב-6 במאי 2004 אולץ אבאשידזה להתפטר בלחץ השלטון המרכזי והמשבר נפתר בדרכי שלום. הצלחתו בפתרון המשבר באג'ריה עודד את סאקשווילי להגביר את מאמציו להביא את חבל דרום אוסטיה תחת שליטת ממשלת גאורגיה. שליטי המחוז הבדלני הגיבו בהגברת החימוש בחבל, דבר שהוביל להתנגשויות מזוינות באוגוסט 2004. לאחר התנגשויות אלה החלה הפסקת אש מתוחה ולמרות יוזמת שלום של ממשלת גאורגיה בשנת 2005, המשבר נותר ללא פתרון. ביולי 2006 הצליחה ממשלת סאקשווילי להתמודד עם משבר חריף נוסף, הפעם בעמק קודורי, בחבל אבחזיה שם כוחות משטרה גאורגים פרקו מנשקה מיליציה חמושה.