Squillaci, futbol kariyerinde La Seyne-sur-Mer'deki FC Seynois takımında başladı. 1996 yılında Sporting Toulon takımına transfer oldu ve 1997-98 sezonunda profesyonelliğe ilk adımını attı. 1998 yılında Ligue 1 takımlarından Monaco'ya transfer oldu ve iki sezon boyunca Ajaccio'da kiralık olarak oynadı. 2002 yılında Monaco'ya geri dönen Squillaci, orada sürekli ilk 11'de kendine yer bulmaya başladı. 2003 yılında Coupe de la Ligue'i kazandı. Sonraki sezon Şampiyonlar Ligi turnuvasında mücadele etmeye başladı ve Monaco, turnuvada finale kadar gelmeyi başardı. Squillaci, 2006 yılında Olympique Lyonnais'e transfer oldu ve iki yıl üst üste Ligue 1 şampiyonluğu yaşadı. 2008 yılında ise Coupe de France şampiyonluğunu yaşadı. 2008 yılında İspanya La Liga takımlarından Sevilla'ya transfer oldu ve 2010 yılında, Copa del Rey'de şampiyonluk yaşadı. 2010 yılında ise İngiltere Premier League takımlarından Arsenal'e transfer oldu. Fakat, orada fazla forma giyme şansı bulamadı ve 2013 yılında Korsika takımlarından Bastia'ya transfer oldu.