En 1797 la república se disolvió y la ciudad de Génova fue ocupada por un ejército francés. Las tierras que anteriormente habían estado bajo el control de la ciudad de Génova se reconstituyeron en la República Ligur, un estado satélite francés. Sin embargo, la armada genovesa permaneció intacta. En 1798, la flota de Liguria envió algunos de sus barcos para ayudar a la campaña de Napoleón Bonaparte en Egipto y Siria. Esto terminó en desastre cuando la flota francesa fue dispersada o destruida en la Batalla del Nilo.