Po návratu do Československa na přelomu zimy a jara 1919 se Miroslav Pour stal velitelem roty v Michalovcích a velmi brzo potom velitelem praporu v Trebišově. Zúčastnil se bojů s Maďary u Sabinova a Orlova. V září 1919 se vrátil do Čech, kdy byl jmenován velitelem praporu ve Vysokém Mýtě a poté střídal posádky ve východních Čechách. V lednu 1929 byl opět odvelen na Slovensko konkrétně do Bardejova, v červenci téhož roku byl povýšen již na podplukovníka. V září 1933 se stal velitelem praporu horského pěšího pluku v Liptovském Mikuláši. 1. prosince 1936 byl v témže městě jmenován velitelem praporu Stráže obrany státu a zároveň vojensko-technickým referentem u hlavního politického úřadu. V březnu 1939 před rozpadem republiky úspěšně řídil bojové akce proti Hlinkově gardě.