У лютому 1987 року за 422 тис. фунтів стерлінгів перейшов до лондонського «Челсі», за який відіграв 11 сезонів. Більшість часу, проведеного у складі «Челсі», був основним гравцем захисту команди. За цей час у 1997 році виборов титул володаря Кубка Англії, а 1998 року ставав володарем Кубка англійської ліги та Кубка кубків УЄФА. Саме у матчі фіналу Кубка кубків проти «Штутгарта» Кларк зіграв свою останню гру за «Челсі», а загалом же за весь час він провів 421 матч за клуб в усіх турнірах, зайнявши за цим показником сьоме місце в історії клубу, разом із Керрі Діксоном. У 2005 році Кларк увійшов у символічну збірну XI, в честь сторіччя «Челсі», зайнявши місце правого захисника.