Cada misión debía ser entregada a un clérigo secular y todas las tierras comunes de la misión distribuidas entre la población nativa dentro de los diez años siguientes a su fundación, una política que se basaba en la experiencia de España con las tribus más avanzadas de México, América Central y Perú. Con el tiempo, se hizo evidente para el reverendo Serra y sus colaboradores que los nativos de la frontera norte de la Alta California requerían un período de aclimatación mucho más largo. Ninguna de las misiones de California llegó a ser completamente autosuficiente y requirió un apoyo financiero continuo (aunque modesto) de la madre España. Por consiguiente, el desarrollo de las misiones se financió con cargo al Fondo Piadoso de las Californias, que se originó en 1697 y consistía en donaciones voluntarias de particulares y entidades religiosas de México a miembros de la Compañía de Jesús, para que los misioneros pudieran propagar la fe católica en la zona que entonces se conocía como California. A partir del comienzo de la guerra de independencia mexicana en 1810, este apoyo desapareció en gran medida, y las misiones y los conversos fueron dejados a su suerte. A partir de 1800, la mano de obra nativa había constituido la columna vertebral de la economía colonial.