בעת הפעולה לעצירת המשט לעזה במאי 2010 היה יעלון ממלא מקום ראש הממשלה, עקב היעדרותו מהארץ של נתניהו. הוא הגן על ההחלטה לעצור את המשט ועל החלטת הלוחמים לפתוח באש, אך הוסיף: "במקום שבו צריך לתת צל"שים, צריך לבדוק גם את נוהל הקרב". באוקטובר 2011, משהובא לאישור הממשלה מתווה ההסכם לשחרור גלעד שליט, הצביע השר יעלון כנגד מתווה העסקה בטענה כי הדבר יהווה ניצחון לארגון החמאס ולארגוני הטרור ויסכן את ביטחונם של אזרחי ישראל.