Po raz pierwszy Tu-22M zostały użyte w warunkach bojowych w końcowej fazie wojny w Afganistanie. Wykonywały one konwencjonalne rajdy bombowe chroniąc w ten sposób wycofujące się wojska radzieckie. W późniejszym okresie (na początku lat 90 XX w.) z powodu braku części zamiennych gotowość bojowa wielu pułków Tu-22M spadła jednak do poziomu 30%-40%. Pomimo tego Backfire'y wzięły udział w pierwszej wojnie czeczeńskiej dokonując ataków na cele w pobliżu Groznego w 1995 roku.