W roku 1527 na fali reformacji miejscowy proboszcz parafii katolickiej Krzysztof został usunięty z urzędu i wydalony z miasta (wraz z zakonnikami augustiańskimi usuniętymi wówczas z Bardejowa). Od tego czasu kościół św. Idziego służył duchowym potrzebom głównie niemieckiej ludności miasta, która skłaniała się ku idei reformacji. W tym okresie istniał cmentarz po południowej stronie kościoła, który był otoczony kamiennym ogrodzeniem. W 1557 roku w Bardejowie odbył się kongres kościelny pięciu wschodniosłowackich miast protestanckich, którego celem było „zlikwidowanie tradycyjnych obrzędów kościelnych”, w tym zwłaszcza obrzędu poświęcenia wody. Zwolennicy kalwinizmu podejmowali próby pozbawienia świątyni jej wspaniałego wystroju (usunięto ołtarze, obrazy i rzeźby). Podczas powstania Franciszka Rakoczego Bardejów w 1705 roku został zajęty przez powstańców i ponownie stał się protestancki. Trwało to do 1710 roku, kiedy miasto zostało odbite przez wojska cesarskie, a świątynię rekatolicyzowano. W 1970 roku kościół został wpisany na listę narodowych zabytków kultury Słowacji. Papież Jan Paweł II w swoim brewe z dnia 23 listopada 2000 roku nadał kościołowi św. Idziego w Bardejowie rangę bazyliki mniejszej. Obecnie bazylika św. Idziego, oprócz pełnienia swojej głównej funkcji duchowej, czyli kościoła parafialnego, jest miejscem różnych wydarzeń kulturalnych, takich jak np. festiwale muzyki organowej.