Ab 1925 war im Peterhof das Badische Weinbauinstitut untergebracht. In den Stallungen wurde 1920 eine Jugendherberge eingerichtet. Der Luftangriff auf Freiburg am 27. November 1944 beschädigte die Gebäude schwer. Nur die Grundmauern, der Keller, das Archiv und die Kapelle blieben erhalten, also alle Räume, die als Gewölbe gebaut waren. Im Jahre 1957 erwarb die Universität Freiburg das Gelände. Der Wiederaufbau in den Jahren 1957 bis 61 orientierte sich im Äußeren an den historischen Formen, während die Innenräume vollständig umgestaltet wurden. Das Kellergewölbe des historischen Weinkellers, den bis 1994 die Weinkellerei Oberkirch nutzte, wurde 2003/2004 renoviert und steht jetzt für Veranstaltungen zur Verfügung.