В 1990-е годы был сенатором в парламенте Пакистана. С 1997 по 1999 год занимал должность председателя Пакистанских международных авиалиний. В октябре 1999 года в Пакистане произошёл военный переворот. Шахид Хакан Аббаси был снят с должности, осуждён и отбывал наказание в пенитенциарном заведении. В 2001 году вышел на свободу. В 2003 году основал частную авиакомпанию Air Blue. С 7 июня 2013 года по 28 июля 2017 года занимал должность министра нефти и природных ресурсов Пакистана. 29 июля 2017 года был назначен на 45 дней исполняющим обязанности премьер-министра страны после отставки Наваза Шарифа.