Впоследствии Владимир Григорьевич работал в новоуренгойском «Факеле», который вывел в Суперлигу чемпионата России, и с юношеской сборной страны, победившей на чемпионате мира-2005 в Алжире. В конце 2005-го Кондра подписал трёхлетний контракт со сборной Казахстана, но после неудачного выступления на чемпионате мира в Японии он был расторгнут. В мае 2008 года Владимир Кондра был назначен главным тренером молодёжной сборной России, в 2009 году вновь принял юношескую сборную России. С декабря 2009 года работал главным тренером команды высшей лиги «А» «Динамо»-2 (Москва).