En 1453, à la suite de la Chute de Constantinople, le pape Nicolas V prêche la croisade contre les Turcs. Les Bourguignons sont bien en peine d'y participer: Ils doivent d'abord affronter la Révolte de Gand. L'amiral de Thoisy met en place quelques bâtiments de la flotte pour mettre en œuvre le blocus fluvial et maritime de la ville rebelle. Le duc de Bourgogne obtient la victoire à la bataille de Gravère. Il prévoit la constitution d'une armada bourguignonne pour répondre à l'appel du pape. Les avis de ses conseillers sont partagés et aucune intervention armée n'est enregistrée jusqu'en 1463. Puis, depuis Bruges, le duc envoie une délégation à Rome, auprès du pape Pie II. Le , Geoffroy de Thoisy fait partie de la mission dirigée par Guillaume Fillastre, évêque de Tournai et chef du Conseil, en compagnie de Simon de Lalaing et de Jean de Wavrin. Le traité du , signé au Vatican, est passé entre le pape, la République de Venise et le duc de Bourgogne : Il confirme la participation bourguignonne à la quatrième croisade contre les Turcs. L'amiral retourne à Bruges auprès du duc de Bourgogne le et il rencontre quelques difficultés à obtenir son consentement sur le plan d'action qu'il vient de mettre au point, face aux avis contradictoires des autres conseillers.