Fransk innblanding på Den iberiske halvøy forårsaket en seks år lang krig som svekket keiserdømmet. I 1809 kjempet Frankrike og keiserdømmet Østerrike mot hverandre i den femte koalisjonskrigen; Frankrike gikk seirende ut av krigen og Habsburgerne ble stilt overfor strenge krav. Det mislykkede felttoget i Russland 1812 var katastrofalt for keiserdømmet. Den sjette koalisjonskrigen førte blant annet til at de franske styrkene i Tyskland ble trukket ut i 1813. Napoleon abdiserte den 6. april 1814. Han reiste til Elba i eksil, men kom tilbake for å gjenopprette keiserdømmet i 1815. Napoleons endelige nederlag, og dermed også det første keiserdømmets, kom i slaget ved Waterloo.