El 20 de julio de 1944, tras el fallido golpe de Estado emprendido por Claus von Stauffenberg, Querner se reunió con el Jefe de Estado Mayor Heinrich Kodré, partidario de la Operación Valkiria. La entrevista fue tensa, porque Querner pedía, en particular, que se le explicase el papel del general Hans-Karl Freiherr von Esebeck en el asunto. Kodré, que ignoró voluntariamente las órdenes de Berlín durante el intento de golpe, sospechó de su interlocutor (que también es su superior jerárquico) y, en última instancia, lo instó a seguir sus directivas. Por lo tanto, Querner no pudo confirmar la participación del mariscal Erwin von Witzleben en el complot, pues no tenía derecho a inspeccionar las comunicaciones transmitidas por Télex. Posteriormente, la investigación realizada por la Gestapo lo dejó fuera, pero reconoció los importantes errores que cometió el 20 de julio.