במדי נבחרת קרואטיה עד גיל 18 סיים את אליפות העולם במקום השלישי. הופיע לראשונה במדי הנבחרת הבוגרת בגיל 20 במשחק מול דנמרק ב-1999. סטיפה שיחק בכל 6 המשחקים של הנבחרת במונדיאל 2002 ובמונדיאל 2006. שיחק גם ב-3 מ-4 המשחקים של נבחרתו ביורו 2008 בהם ספג רק 2 שערים. בתום מונדיאל 2014, שבו הופיע בכל 3 המשחקים של קרואטיה וספג 6 שערים, החליט סטיפה לפרוש מהנבחרת אחרי 114 הופעות.