En , il devint gouverneur général de la colonie par intérim, remplaçant Miguel Lino de Ezpeleta et dans l’attente de l’arrivée du nouveau gouverneur en poste, Francisco Javier de la Torre. Ce fut sous sa gouvernance que Manille et Cavite furent occupées par les Britanniques dans le contexte de la guerre de Sept Ans. Les Espagnols souffrirent d’une défaite humiliante à Manille qui tomba le . Les historiens estiment de nos jours que la défaite incombe en partie à Manuel Rojo, qui était un religieux et n’avait aucune connaissance du domaine militaire. Madrid ne renouvela d’ailleurs plus jamais l’expérience, Rojo étant le dernier religieux à gouverner l’archipel.