Hideyoshin noustua valtaan Mitsunari alkoi hoitaa lähinnä talousasioita laajan tietämyksensä ja hyvän laskutaitonsa ansiosta. Hänet nimitettiin yhdeksi viidestä bugyōsta, jotka olivat Hideyoshin hallinnon korkeimpia virkamiehiä. Mitsunarille myös annettiin 200 000 kokun lääni, ja hänet nimitettiin Sawayaman daimioksi. Siviiliasioiden lisäksi Mitsunari toimi ajoittain myös sotatilanteissa, ja oli osallisena Hideyoshin toisessa Korean kampanjassa 1597.