Le château de Smiltene est mentionné pour la première fois dans les documents historiques en 1359. En 1427, près de la ville se trouvait le campement de marchands qui, en 1523, a formé une bourgade. En 1556, le maître de l'Ordre de Livonie Heinrich von Galen emprisonna l'archevêque de Riga Guillaume de Brandebourg-Ansbach dans la forteresse de Smiltene pendant un an. Pendant la Guerre de Livonie, en 1559-1560, la forteresse de Smiltene et la majeure partie de la ville ont été détruits. Du temps de la Livonie suédoise, il s'y trouvait une école paroissiale ainsi qu'une entreprise de traitement des roches calcaires. Pendant la Grande guerre du Nord le 9 aout 1702, l'armée russe a fait bruler l'église et le domaine de Smiltene. L'église a été reconstruite en 1708. La population a été réduite de moitié par la grande épidémie de peste de 1709-1711.