En 1937, justo antes del inicio de la Segunda Guerra Mundial, volvió a Ámsterdam. Durante la ocupación alemana, Wertheim ofreció conciertos secretos en una bodega donde tocó música para compositores judíos prohibidos. Después de septiembre de 1942, se escondió para escapar de las deportaciones judías. Después de la guerra, Rosy Wertheim enseñó en la Escuela de Música de Laren, pero contrajo una grave enfermedad y murió el 27 de mayo de 1949 en Laren, Holanda.