V roce 1956 byl funkcionářem Československého svazu mládeže a patřil mezi skupinu vedoucích představitelů ČSM, která prosazovala razantní reakci na odhalení kultu osobnosti, provedené na XX. sjezdu KSSS. Antonín Novotný takový krok označil za nevhodný a jeho inciciátory čekalo potrestání. Jaroslav Hejna byl pak poslán na studium na stranickou školu do SSSR, kde mimo jiné studoval Miloš Jakeš. Po absolvování této školy byl jmenován zástupcem náčelníka Hlavní politické správy Československé armády. Během Pražského jara pak patřil k reformně orientovaným funkcionářům KSČ, ale po invazi vojsk Varšavské smlouvy do Československa se přidal k normalizačnímu vedení.