Em 1645, eclode a Insurreição Pernambucana de luso-brasileiros descontentes com a administração da WIC. Nesse ano o Brasil foi elevado a Principado. Entre 1648-1649 são travadas as Batalhas dos Guararapes, vencidas pelos luso-brasileiros no Estado de Pernambuco. A primeira batalha ocorreu em 19 de Abril de 1648, e a segunda em 19 de Fevereiro de 1649. As forças lideradas pelos senhores de engenho André Vidal de Negreiros e João Fernandes Vieira, pelo africano Henrique Dias e pelo indígena Felipe Camarão, terminam as invasões holandesas do Brasil, embora a guerra continuasse noutras partes do império. Entre 1645 e 1654, os colonos luso-brasileiros da Capitania de Pernambuco expulsaram-nos do Brasil e recuperaram Recife.