18 вересня II./KG 51 було перекинуто до Салонік, де на неї поклали завдання авіаційної підтримки вермахту в Додеканеській кампанії. Авіагрупа атакувала кораблі союзників у битвах за острови Кос та Лерос, штурмувала союзницькі сили в Самосі та на Хіосі.