Bei Ausbruch des Deutsch-Dänischen Krieges sollte die "Crocodill" wieder aufgerüstet und in Dienst gestellt werden. Dabei wurde jedoch am Rumpf und den Innenhölzern ein Befall mit Trockenfäule festgestellt, weshalb eine Aktivierung unterblieb. Das Schiff wurde lediglich notdürftig in Stand gesetzt, um bei einer möglichen Landung der Dänen als schwimmende Batterie zu dienen. Zu einem Einsatz in dieser Funktion kam es jedoch nicht.