Denna händelse gav sultanen i Osmanska riket mod att förklara Frankrike krig och sände en armé mot Egypten. Napoleon inväntade dock inte den nye fiendens ankomst, utan gick med större delen av sin armé mot Syrien för att möta denne. Efter ett tre månaders fälttåg mellan februari och maj 1799, varunder han förgäves belägrade staden , återvände han till Egypten där under tiden osmanska trupper hade landstigit och erövrat Abukir. Vid slaget vid Abukir 25 juli tillintetgjorde fransmännen dessa.