След поредица неуспешни опити да бъде въздигнат висш йерарх, с избора, и сетне с ръкополагането за епископ на 1 ноември 1865 г. на Рафаил Попов, кризата е преодоляна. За епископски център се определя Одрин, началото на управлението на монсеньор Попов може да бъде прието за втори период от историята на Католическата църква от източен обред, който продължава до войните – Балканските (1912 – 1913) и Първата световна война (1915 – 1918). В това време е постигнат разрив с мирските, политическите подбуди за присъединението на българите към Рим и се полагат същинските основи на Католическа църква от източен обред в България.