Ya en 1991, el conflicto que se inicia en las dos primeras repúblicas llegó también a la región de Bosnia-Herzegovina, en donde se lucharían dos conflictos, uno inmerso en el otro, y por parte de tres facciones: los serbios de Bosnia-Herzegovina, los croatas de Bosnia-Herzegovina y los bosnios musulmanes de Bosnia-Herzegovina, que diferían principalmente por su confesión, estando divididos entre tres religiones tradicionalmente dominantes en la región: ortodoxa, católica y musulmana respectivamente. Fue por mucho el conflicto más sangriento de las Guerras de Yugoslavia, con episodios de limpieza étnica como fueron la masacre de Srebrenica y de Ahmići, además de violaciones masivas de mujeres bosnias. Importantes ciudades fueron asediadas y devastadas durante años, como fueron los asedios de Sarajevo, de Mostar y de otras localidades. Se estima que alrededor de cien mil personas murieron de forma violenta.