L'hôpital accueille en 1765 des Acadiens réfugiés. Le bagne de Rochefort est créé l'année suivante. Il est doté de son propre hôpital, que dirige un médecin en chef. Les élèves de l'école d'anatomie et de chirurgie y effectuent des stages. Des forçats sont affectés au service de l'hôpital-Charente comme infirmiers. Le taux de mortalité des bagnards est plus élevé à Rochefort qu'à Brest ou qu'à Toulon. Ainsi, en 1780, sur , il en . Cette situation désastreuse, dit Yannick Romieux, fait bénéficier l'école d'un et d'une pour les cours d'anatomie et les travaux pratiques de chirurgie.