Verso la metà dicembre del 1919, avvenne un furioso conflitto tra Pepeljaev e Kolčak. In quell'occasione Pepeljaev rese pubblica la necessità di arrestare l'Ammiraglio Bianco. Furono riconciliati da Viktor Pepeljaev, il fratello ministro, ma poi Anatolij fu congedato per tifo e trasferito per la convalescenza a Harbin (Manciuria). Il 4 gennaio 1920 Kolčak si dimise da dittatore dei bianchi, conferendo la carica, oramai simbolica, a Denikin, in esilio in Francia, e consegnando il comando delle rimanenti truppe all'atamano Grigorij Michailovič Semënov. Frattanto l'Armata Rossa premeva su Irkutsk, già consegnata ai bolscevichi locali il 20 gennaio 1920, con Kolčak tratto in arresto e fucilato il 7 febbraio 1920 insieme al fratello di Pepeljaev, Viktor. Nel frattempo, il governo provvisorio siberiano si sfaldò, ponendo termine ad ogni resistenza dei bianchi nella regione a ovest del Bajkal. I resti dell'esercito di Pepalijev si unirono all'esercito di Vladimir Kappel' attraversando il Lago Bajkal ghiacciato. Durante la Grande marcia sul ghiaccio siberiano si unirono a loro volta con l'esercito di Semënov, il quale, nel frattempo, aveva creato nel territorio sotto protezione giapponese, uno stato secessionista, lo Stato cosacco di Transbajkalia. Ma il 21 novembre 1920 anche la Buriazia-Transbajkalia venne conquistata dall'Armata Rossa, dopo che i giapponesi avevano volontariamente lasciato il territorio. Il 27 maggio 1921 nella Repubblica dell'Estremo Oriente le armate bianche rimasero bloccate presso il fiume Amur sul territorio del Governo provvisorio del Priamur'e, adiacente al Kraj di Chabarovsk nella Repubblica Ucraina dell'Estremo Oriente. Solo la Jacuzia restava ancora libera dalla presenza dell'Armata Rossa.