ראש המדינה היפני בתקופת קיום ההסכם התלת-צדדי היה הקיסר הירוהיטו. החוקה היפנית קבעה כי: "הקיסר הוא ראש האימפריה, משלב באישיותו את זכויותיה הריבוניות, ומוציא אותן לפועל על פי החוקה" (סעיף 4). סעיף 11 קבע כי "לקיסר הפיקוד העליון על הצבא ועל הצי". לקיסר הייתה כפופה ממשלה ומטה כללי ולו שני ראשים. מיום חתימת ההסכם התלת-צדדי ועד כניעתה של יפן היו ראשי הממשלה היפנים פומימרו קונואה, הידקי טוג'ו, קוניאקי קויסו, קנטרו סוזוקי ונרוהיקו היגשיקוני.