Nach 961, dem Jahr der Wiedereingliederung Kretas in das Byzantinische Reich, wurde die vermutlich zerstörte hellenistische Stadtmauer "Kydonias" um den "Kastelli-Hügel" durch eine neue Befestigung ersetzt, um weitere arabische Angriffe abwehren zu können. Viele Soldaten des Nikophoros Phokas ließen sich auf Kreta nieder, und auch aus anderen Teilen des Reiches kamen griechische Siedler, die den Bevölkerungsverlust durch Kriegsfolgen und Abwanderung während der Herrschaft der Araber ausglichen. Ab 1082 siedelte Kaiser Alexios I. Komnenos vermehrt adelige Familien auf der Insel an, denen großer Grundbesitz und Privilegien übertragen wurden. Über den Ort Chania ist aus dieser Zeit nichts weiter überliefert, sieht man von der regelmäßigen Nennung in den Protokollen kirchlicher Synoden ab. Die zweite byzantinische Epoche Kretas endete nach der Einnahme Konstantinopels am 13. April 1204 durch die Kreuzfahrer des venetianisch finanzierten Vierten Kreuzzuges unter der Führung des piemontesischen Markgrafen Bonifatius von Montferrat, der die Insel zur Begleichung der Kriegsschulden im Jahr 1210 für 10.000 Silbermark an die Venezianer verkaufte.