Der Name Traiguén stammt aus dem Mapudungun und bedeutet so viel wie „Wasserfall“. Ursprünglich wurde das Gebiet von chilenischen Ureinwohnern, vornehmlich Mapuche, bewohnt. Im Zuge der Okkupation von Araukarien wurde 1878 am Ort der heutigen Gemeinde Traiguén ein gleichnamiges Fort errichtet. Im Zuge dessen kamen vermehrt Siedler in die Region. 1879 wurde die Gemeinde offiziell gegründet. Ab den 1880er Jahren kamen auch vermehrt Siedler aus Europa, vor allem aus Deutschland, Frankreich und der Schweiz nach Traiguén. Zwischenzeitlich befanden sich in Traiguén sowohl eine Deutsche Schule als auch eine Französische Schule. 1881 kam es in Traiguén zu einem blutigen Zwischenfall, als die von der chilenischen Regierung und Regionalverwaltung unterdrückten Mapuche einen Aufstand starteten. Bei dem Aufstand, der letzten Endes von den Truppen der chilenischen Regierung niedergeschlagen wurde, kamen auf beiden Seiten einige Soldaten ums Leben. 1889 wurde Traiguén an die Eisenbahn angeschlossen. In den folgenden Jahren entwickelte sich Traiguén zu einem landwirtschaftlichen Zentrum der Region, besonders wichtig war der Anbau von Weizen. Allerdings wurde die Region mehrfach von Erdbeben erschüttert, so etwa die Erdbeben von 1939 und 1949, die beide in der Gemeinde Gebäude zerstörten und mehreren Menschen das Leben kosteten.