Pour la Coupe du monde 2002, elle est battue au des éliminatoires par la Chine mais devant le Cambodge et les Maldives. La plus large victoire de l’Indonésie est enregistrée à Djakarta le , contre les Philippines qui se solde par un score sans appel de 13 buts à 1 pour les Indonésiens. À la Coupe d'Asie des nations de football 2004, elle est encore battue au , faisant une victoire contre le Qatar (2-1, buts de Ponaryo Astaman et de Budi Sudarsono) et deux défaites contre la Chine (0-5) et Bahreïn (1-3, but d’Elie Aiboy).