Während der Reformation wurde das Kloster aufgehoben und teilweise zerstört. Die Brüder zogen sich in einen Wald der Umgebung zurück und traten 1611 zu den Observanten über. Richard de Burgo, der vierte Earl of Clanricarde, kaufte das Kloster von der Krone zurück und ließ insbesondere das Dormitorium und einige weitere Räume instand setzen, so dass 1615 die Brüder wieder zurückkehren konnten. Der Provinzial Donagh Mooney schrieb um 1615 an die Mutter Richard de Burgos, dass das Kloster kürzlich niedergebrannt worden sei, das Kirchenschiff wieder habe eingedeckt werden können, die anderen Gebäudeteile jedoch noch nicht wiederhergestellt seien. Die Familie der de Burgos schützte weiterhin das Kloster, und 1642 erhielt John de Burgo die Bischofsweihe in Kinalehin. Während der Feldzüge Oliver Cromwells mussten die Mönche wieder fliehen, konnten aber während der Regentschaft von Karl II. zurückkehren, als 1662 der sechste Earl of Clanricarde die Besitztümer wieder zurückgewann. Nach dem 1697 verabschiedeten "Bishop’s Banishment Act", eines der Penal Laws des irischen Parlaments, der alle Bischöfe und Geistlichen zum Verlassen Irlands bis zum 1. Mai 1698 zwang, verließen die Brüder das Kloster, nachdem sie zuvor noch die Wertgegenstände bei befreundeten Familien hinterließen.