Aymans bror, Mohammed al-Zawahiri, blev af sin storebror sendt til Balkan i 1993. Ayman al-Zawahiri sendte Mohammed op for at mødes med Alija Izetbegović, der var fører for én af enhederne, der kæmpede på den bosniske side i krigen, for at følge statussen på islamiseringen af den bosniske hær samt for at se, hvordan midlerne sendt til de kæmpende mujahideen i Bosnien blev brugt. Mohammed var kendt for at være ekspert i logistik og menes at være Islamisk Jihad's militære leder. Han arbejdede i Bosnien, Kroatien og Albanien under dække af at være tilknyttet den saudiske velgørenhedsorganisation "International Islamic Relief Organization". Han blev i 2000, mens han skjulte sig i De Forenede Arabiske Emirater, anholdt og udleveret til Egypten, hvor han blev idømt dødsstraf. Han sad fængslet i Tora-fængslet i Cairo som politisk fange. Han blev af myndighederne anklaget for at være formand for en aktivistkomité i Islamisk Jihad, der organiserede terroraktioner. Efter den Egyptiske revolution 2011 blev han 17. marts 2011 løsladt af Det øverste råd for de militære styrker, der fungerede som Egyptens overgangsregering. Hans advokat udtalte, at han var blevet presset for oplysninger om sin bror, Ayman.