Дана 17. априла 1941. Југославија се безусловно предала силама осовине. 29. јуна, Бенито Мусолини је прогласио већу Албанију, са већином Космета под италијанском окупацијом уједињеном са Албанијом. Уследило је масовно убијање Срба, посебно колониста, као и одлазак десетина хиљада Срба. Након капитулације Италије, Нацистичка Немачка је преузела контролу над градом. У мају 1944, 281 локалних Јевреја било је ухапшено у јединицама 21. СС брдске дивизије Скендербег (1. албанске), која је састављена углавном од муслиманских Албанаца. Јевреји су касније депортовани у Немачку, где су многи убијени. Неколико преживелих јеврејских породица у Приштини коначно је отишло у Израел 1949. године. Као резултат Другог светског рата и присилних миграција, број становника у Приштини пао је на 9.631 становника.