W 1391 Mrukowa otrzymała przypuszczalnie prawo lokacyjne. Od 1581 wraz z Samoklęskami była własnością Jana Mniszcha, a następnie jego potomków (do 1779). Później należała do Ossolińskich, Stadnickich, Steinklerów, Wilczków, Kalischera. W latach 1880–1885 we wsi działała niewielka kopalnia ropy naftowej. Podczas I wojny światowej wiele ucierpiała w czasie operacji gorlickiej.