Aufgrund der drohenden Einnahme der Stadt Wien 1594 durch die Türken zog er mit seinem Vater und Bruder nach Steyr, wo er drei Jahre lang das dortige Gymnasium besuchte. Sein Vater, der wieder nach Wien zurückgekehrt war, holte ihn anschließend zu sich und ermöglichte ihm eine Aufnahme an die Universität Wien, wo er sich zuerst einem philosophischen Studium widmete. Auf Empfehlung eines sächsischen Gesandten begab er sich am 16. Juni 1597 zu weiteren Studien an die Universität Wittenberg, studierte weiter die philosophischen Fächer, liebäugelte mit der Rechtswissenschaft und entschied sich für ein Studium der Theologie.