Przed II wojną światową na miejscu funkcjonowało wiele polskich organizacji, kiedy jednak w 1947 zakładano PZKO, powstanie innych było niemożliwe. Była to więc w okresie komunizmu jedyna organizacja reprezentująca mniejszość polską, do tego pod silnym wpływem Komunistycznej Partii Czechosłowacji. PZKO zyskało pozycję monopolistyczną i stało się odpowiedzialne za wszelką działalność Polaków, którzy nie mogli zrzeszać się w innych zakazanych organizacjach. W miarę upływu czasu PZKO jeszcze silniej ulegało wpływom Partii, będąc przez władze w latach 50. XX wieku wcielonym do Frontu Narodowego Czechów i Słowaków. W latach 60. do głosu dochodzili reformiści, ale po Praskiej Wiośnie w 1968 przeprowadzono czystki i pozwalniano ich ze stanowisk. Ówczesny prezes PZKO, Ernest Sembol również został zwolniony. Zaczęła się tak zwana era normalizacji, a PZKO pogrążyła się w sidłach komunistów. Po aksamitnej rewolucji w 1990, PZKO oczyściła osoby dyskryminowane po 1968, włącznie z najbardziej znaczącymi postaciami jak: Jan Rusnok, Henryk Jasiczek, Wiesław Adam Berger, Tadeusz Siwek i Ernest Sembol.