Door de veranderde oorlogsvoering en de als gevolg daarvan gestaag uitdijende buitenwerken, raakten de stadspoorten vanaf eind 15e eeuw steeds meer ingekapseld. De Tongersepoort werd omstreeks 1544 gemoderniseerd. Rond deze tijd werd tevens een kazemat onder de zuidelijke poorttoren aangelegd. Aan het begin van de Tachtigjarige Oorlog werd aan de veldzijde een ravelijn aangelegd, dat bij het Beleg van Maastricht (1579) geheel werd verwoest en pas na 1619 werd hersteld. Bij het Beleg van Maastricht van 1673 raakte de poort zwaar beschadigd. Op advies van vestingingenieur Vauban investeerde Lodewijk XIV van Frankrijk fors in het herstel van onder andere de Tongersepoort, de bijbehorende valbrug en de nabijgelegen kazernes. In de 18e eeuw werden de vestingwerken verder uitgebreid en werden buiten de Tongersepoort diverse bastions en lunetten bijgebouwd, onder andere het bastion Waldeck. Op de Franse maquette van Maastricht uit het midden van de 18e eeuw is de inkapseling van de Tongersepoort goed te zien.