אזור אזרבייג'ן הפך לחלק מהאימפריה הרוסית לאחר שהשושלת הקאג'ארית נאלצה לוותר על חלק משטחיה בעקבות מלחמת רוסיה–פרס (1804–1813) והסכם גוליסטן, וכן בעקבות מלחמת רוסיה-פרס (1826–1828) והסכם טורקמנצ'אי. לאחר כמה עשרות שנים שהאזור היה חלק מהאימפריה הרוסית, זכתה אזרבייג'ן לעצמאות לאחר מלחמת העולם הראשונה, אולם בשנת 1922 סופחה  לברית המועצות. לאחר קריסת ברית המועצות בשנת 1991, היחסים בין שתי המדינות החלו להתקרב בשל מדיניות החוץ של אייאז מוטאליבוב. עם זאת, לאחר טבח חוג'אלי, מוטאליבוב נאלץ להתפטר ואלבופאז פלצ'יביי עלה במקומו לשלטון. במהלך שלטון אלצ'יביי, הדרדרו היחסים בין המדינות, ורק כאשר היידר אלייב עלה לשלטון בשנת 1993, הוא חידש את היחסים החמים עם רוסיה.