באפריל 1941 נכבשה יוגוסלביה על ידי גרמניה הנאצית וסרייבו נשלטה על ידי ממשלת הבובות של האוסטאשה. במהלך שואת יהודי יוגוסלביה נרצחו כ-6,500 מיהודי סרייבו. לאחר השואה שבה לעיר שארית הפליטה וחידשה את הפעילות הקהילתית. במהלך מלחמת בוסניה התחולל גל הגירה נוסף של יהודים מסרייבו וב-2007 התגוררו בה כ-700 יהודים.