Після Євро Терім залишив збірну, натомість повернувшись до «Галатасарая», вже в статусі головного тренера. У першому ж сезоні під керівництвом нового тренера «Галатасарай», що роком раніше фінішував у чемпіонаті лише на четвертому місці, здобув чемпіонський титул, який протягом наступних трьох сезонів незмінно захищав. В сезоні 1999/2000 крім перемоги у національному чемпіонаті стамбульська команда також тріумфувала у тогорічному розіграші Кубка УЄФА, здолавши у фіналі лондонський «Арсенал». Таким чином, пропрацювавши на чолі «Галатасарая» лише чотири роки, Терім став найуспішнішим тренером в історії клубу, здобувши перший в його історії єврокубок та повторивши результат Гюндюза Килича з кількості виграних чемпіонатів Туреччини.