Come Segretario alla Guerra, durante la Guerra cristera (1926-1929) coordinò le azioni dell'esercito contro i Cristeros cattolici e, d'accordo con Calles, ordinò e si rese responsabile di feroci repressioni militari. Nonostante questo, negli anni successivi mantenne un'intima amicizia con i padri della Compagnia di Gesù, alla quale lasciò in eredità la sua biblioteca nel suo testamento. Quando Obregón fu assassinato da un cristero sedici giorni dopo la sua rielezione a presidente nel 1928, molti generali e altre figure importanti della politica messicana incitarono Amaro a correre per l'ufficio ma il generale rifiutò sempre educatamente, affermando che "non aveva mai pensato di dedicare le sue attività alla politica".