Im Januar 2010 belegte Eilers den zweiten Platz beim Weltcuprennen in Peking im 1000-m-Zeitfahren und nahm im selben Jahr an den Bahnrad-Weltmeisterschaften in Ballerup teil. Bei den Deutschen Bahn-Meisterschaften 2010 in Cottbus wurde er deutscher Vize-Meister im Teamsprint gemeinsam mit Robert Förstemann und Carsten Bergemann. Bei den Europameisterschaften 2010 in Sankt Petersburg holte Joachim Eilers im Teamsprint (U23) die Goldmedaille gemeinsam mit Tobias Wächter (Schwerin) und Philipp Thiele (Cottbus), wurde Europameister im Keirin und im 1000-Meter-Zeitfahren hinter dem Franzosen Quentin Lafargue Vize-Europameister.