במאי 2013 הכריזה ממשלת ניגריה על מצב חירום במדינה, ויצאה למבצע צבאי ממושך נגד הארגון. למרות הלחימה העזה בארגון שכללה חיסול ומעצר של מאות מחבריו, הממשל הניגרי לא הצליח לייצב את המצב במדינה. בנוסף, בעקבות מבצע סרוואל של צבא צרפת בצפון מאלי נדחקו לניגריה פעילי טרור בעלי אידאולוגיה דומה לזו של בוקו חראם, בהם כאלה שהגיעו מאל-קאעידה במגרב האסלאמי וארגון אנצאר א-דין.