14. února 2013 v jarní vyřazovací části &lt;a href="Evropsk%C3%A1%20liga%20UEFA%202012/13"&gt;Evropské ligy 2012/13&lt;/a&gt; nastoupil ve druhém poločase v šestnáctifinále proti českému mužstvu FC Viktoria Plzeň, které vyhrávalo po první půli 1:0. Marek Hamšík hru výrazně oživil, měl i několik velmi dobrých střeleckých příležitostí, ale branku nevstřelil ani ji nepřipravil. Plzeň zvítězila v Neapoli 3:0. O týden později k odvetě v Plzni nenastoupil, Neapol prohrála poměrem 0:2 a z pohárové soutěže vypadla. V Serii A se vedlo Markovi mnohem lépe, Neapol dlouhou dobu naháněl vedoucí Juventus FC v boji o titul, nakonec skončil na konečné druhé příčce zajišťující přímý postup do &lt;a href="Liga%20mistr%C5%AF%20UEFA%202013/14"&gt;Ligy mistrů 2013/14&lt;/a&gt;.