Một số biến cố xảy ra với chính quyền Đệ Nhất Cộng Hòa Việt Nam cũng được xem là sự thất bại của hệ thống tình báo khi đã không dự báo cũng như chặn đứng được vụ đảo chính năm 1960, vụ ném bom dinh độc lập của hai phi công Phạm Phú Quốc và Nguyễn Văn Cử (27/2/1962), và đỉnh điểm là vụ đảo chính ngày 1 tháng 11 năm 1963 làm sụp đổ cả chế độ Đệ Nhất Cộng Hòa.