Генерал-майор Сухарто, ставший исполняющим обязанности командующего армией после смерти Яни, узнал о перевороте «Движения 30 сентября» на следующий день — утром 1 октября. К вечеру он убедил батальоны «Движения», расположившееся в зданиях на площади Мердека, сдаться без кровопролития. Ранним утром следующего дня силы сторонников Сухарто отбили базу Халим. К этому времени руководство «Движения» бежало из столицы, а Сукарно удалился в свой в Богоре. В течение последующих лет военнослужащие и члены проправительственных военизированных организаций осуществили кампанию возмездия, во время которой похищали и убивали действительных и подозреваемых членов КПИ, в том числе физически уничтожив большую часть руководства «Движения 30 сентября». Большинство историков сходятся на оценке числа убитых в 500 тысяч человек, однако окончательные цифры и фактическое общее количество жертв наверное никогда не станут известны.