Dopo l'invasione dell'Asse della Jugoslavia e la persecuzione degli ebrei nel 1941, Alkalaj visse sotto copertura a Belgrado con una falsa identità, Sofija Aleksić, lavorando come domestica. Ha anche continuato a lavorare per il partito e ha partecipato ai preparativi dell'insurrezione. Ha partecipato all'organizzazione del salvataggio di Aleksandar Ranković, membro del Comitato Centrale del Partito Comunista di Jugoslavia, dall'ospedale della prigione in via Vidinska a Belgrado nel luglio 1941.