Το 1966, το αρχικό κόμμα Μπάαθ χωρίστηκε στη μέση, η μία παράταξη υπό την ηγεσία του κόμματος Μπάαθ της Δαμασκού που καθιέρωσε το κόμμα στη Συρία, και η άλλη παράταξη υπό την ηγεσία του κόμματος Μπάαθ της Βαγδάτης. Οι δύο παρατάξεις, πρώην μέρη του Μπάαθ, διατήρησαν το ίδιο όνομα και παράλληλες δομές στον αραβικό κόσμο, αλλά έγιναν τόσο ανταγωνιστικές που η Συρία - υπό την ηγεσία του συριακού μέρους του κόμματος Μπάαθ - έγινε το μοναδικό αραβικό κράτος που στήριξε το Ιράν κατά του Ιράκ, κατά τη διάρκεια του αιματηρού πολέμου Ιράν-Ιράκ. Οι Μπααθιστές κατέλαβαν την εξουσία στο Ιράκ για πρώτη φορά το 1963, αλλά καθαιρέθηκαν αρκετούς μήνες αργότερα. Η περιφερειακή οργάνωση του κόμματος στο Ιράκ μεταξύ 1968 και 2003, ήταν για πολλά χρόνια υπό την ηγεσία του Σαντάμ Χουσεΐν. Το ιρακινό κόμμα Μπάαθ απαγορεύτηκε το 2003 από την Προσωρινή Αρχή Συνασπισμού μετά την εισβολή στο Ιράκ.