Avec un dossier victoires-défaites de 92-70 en 1987, les Mets terminent deuxième de la division Est et concèdent le championnat aux Cardinals de Saint-Louis. En 1988, avec 100 victoires et 60 défaites, ils remportent avec Johnson un autre titre de section, pour cependant s'avouer vaincu devant les Dodgers de Los Angeles en Série de championnat de la Ligue nationale. New York prend le deuxième rang de sa division avec une saison de 87-75 en 1989. Davey Johnson est congédié après 22 défaites des Mets en 42 parties en 1990 et remplacé par Bud Harrelson le 29 mai.