Magnus war ein Sohn von Jón Magnússon, Earl of Caithness. Wie mehrere Angehörige seiner Familie wurde er nach Magnús Erlendsson († um 1115), seinem heilig gesprochenen Vorfahren benannt. Sein Vater hatte als Jarl von Orkney unter norwegischern Oberherrschaft und als Earl of Caithness unter schottischer Oberherrschaft gestanden. Er starb vor 1303, denn in diesem Jahr vergab der englische König Eduard I., der Schottland weitgehend erobert hatte, die Vormundschaft über Magnus und die Verwaltung von Caithness an "Weland of Stiklaw". Weland of Stiklaw hatte zu Beginn des Krieges gegen England Schottland verlassen und war nach Norwegen geflohen. Der norwegische König Håkon V. hatte wahrscheinlich vor 1303 Weland zum Verwalter von Orkney und zum Vormund für Magnus auf Orkney ernannt. Dies war die erste bekannte Minderjärigkeitsverwaltung der Orkneyinseln. Wenn der Erbe noch minderjährig gewesen war, war bislang die Vormundschaft an andere männliche Familienmitglieder gefallen. Der neue norwegische König war stark durch das deutsche Feudal- und Erbrecht geprägt worden. Weland wird letztmals Anfang 1307 erwähnt. Aufgrund seiner Minderjährigkeit nach Magnus nicht an den Kämpfen des Schottischen Unabhängigkeitskriegs teil. Er war 1309 noch minderjährig, und erst vor 1312 übernahm er als Earl of Caithness und Jarl von Orkney die Verwaltung seines Erbes.