1848 schied er aus dem Staatsdienst aus, ließ sich als Rechtsanwalt beim Obertribunal nieder. Als Mitglied der im Entstehen begriffenen Konservativen Partei begründete er im Laufe des Revolutionsjahrs 1848 u. a. zusammen mit Ernst Ludwig von Gerlach und Friedrich Julius Stahl, deren späteres Parteiorgan, die monarchistische "Neue Preußische Zeitung". Bis 1854 leitete er sie als Chefredakteur. Theodor Fontane, der in dieser Zeit unter ihm arbeitete, sagte ihm in seinen Lebenserinnerungen politischen Weitblick nach und nannte ihn „eine Art Nebensonne zu Bismarck“. Mit dieser Tätigkeit entwickelte sich Wagener zu einem der bekanntesten und umstrittensten konservativen Publizisten, sicherlich auch durch die erfolgreiche publizistische Zusammenarbeit mit Otto von Bismarck. 1848 gründete er den "Verein für König und Vaterland".