Efter makens död 1898 tog Sigrid Björkegren, i folkmun kallad ”Frun” eller ”Konsulinnan”, själv över rodret i företaget. Hon tog också över ordförandeposten i försäkringsbolaget Njord. Vid Johan Daniel Björkegrens död var rederiet huvudredare för 20 segelfartyg. Åtskilliga av fartygen var nämligen inte helägda av det Björkegrenska rederiet. I en tid då ångfartyg fick alltmer betydelse inom handelssjöfarten var Sigrid Björkegren ägare av Sveriges största segelfartygsflotta och ensam kvinnlig skeppsredare i landet. Särskilt barkskeppen hävdade sig länge väl i konkurrensen med ångfartygen och rederiet upplevde under Boerkriget 1899–1902 en blomstringstid, i likhet med den svenska handelssjöfarten i stort. Antalet fartyg måste ändå minskas med åren, vilket skedde genom försäljningar. Vid tiden för första världskrigets utbrott ägde rederiet bara sex fartyg, alla barkskepp.