Tras la expulsión de los árabes en el siglo X, en la ubicación de la iglesia actual se erigió un templo bizantino consagrado a san Tito, donde se alojaron sus reliquias procedentes de Gortina, así como la Panagia Mesopanditissa (Virgen Mediadora), un ícono muy venerado. Tras la caída de Heraclión ante los otomanos en 1669, las reliquias fueron trasladadas a Venecia, donde aún permanece la mayoría. La Mesopanditissa, en particular, se encuentra en la basílica de Santa María de la Salud. La antigua iglesia bizantina de San Tito fue transformada en un sitio de culto islámico y fue conocida como mezquita del Vizir. Este edificio fue destruido por el terremoto de 1856.