Diventò "Megas Ekklesiarches" (cioè capo Sacrestano) del patriarcato di Costantinopoli. Subito dopo l'caduta di Costantinopoli da parte dell'impero ottomano nel 1453, il capo sacrestano ottenne anche le funzioni del "skeuophylax". Poiché questa carica conferiva la cura dei tesori sacri e delle reliquie del patriarcato, Manuele si scontrò spesso con il patriarca Gennadio II su questioni economiche. Con il patrocinio del segretario del sultano ottomano, Demetrio Kyritzes, Manuele, insieme al cartofilace Giorgio Galesiota, poté influenzare la chiesa ortodossa di Costantinopoli per più di venti anni.