Em Março de 1985, o anúncio do aumento dos preços dos bens de primeira necessidade, a pedido do FMI com o qual o regime negociava, desencadeou as primeiras manifestações. No dia 2 de abril, oito sindicatos convocaram a mobilização e uma "greve política geral até a abolição do atual regime". No dia 3, manifestações massivas abalaram Cartum, mas também as principais cidades do país; a greve paralisou as instituições e a economia. Numeiry foi expulso do poder em 1985 por um golpe de estado e foi para o exílio no Egito. Formou-se um breve governo de coalizão civil, sob a liderança de Sadique Almadi. A guerra civil, no entanto, continuou; o Exército de Libertação do Povo Sudanês (ELPS) militarizou grande parte do sul do país, enquanto a Frente Islâmica Nacional (FIN) fortalecia sua presença no norte. Em abril de 1986, realizaram-se as primeiras eleições parlamentares democráticas em 18 anos, as quais colocaram no poder uma coligação de partidos do Norte que tentou negociar com o Sul, mas viu-se confrontada com gravíssimos problemas políticos e econômicos.