Xhaka spielte für die Schweizer U-17-Nationalmannschaft bei der U-17-EM 2008. Bei der Schweizer U-20 debütierte er am 6. September 2010 im Stadion Breite, Schaffhausen gegen Deutschland. Sein erstes Spiel für die Schweizer U-21 war am 7. Oktober 2011 beim 1:0-Auswärtssieg gegen Georgien. Zu Beginn der EM-Qualifikation 2016 im September 2014 entschied er sich, künftig für Albanien aufzulaufen. Zum Qualifikationsauftaktsieg (1:0 gegen Portugal) am 7. September 2014 bestritt er sein erstes Länderspiel für Albanien und ist damit nicht mehr für die Schweiz spielberechtigt.