28 Nisan 1920'de Kızıl Ordu'nun Azerbaycan'a müdahalesinden sonra Azerbaycan Demokratik Cumhuriyeti'nin varlığı sona erdi. Kaplanov daha sonra Haziran 1920'de birçok Azerbaycanlı devlet adamıyla birlikte tutuklandı ve Moskova hapishanesine gönderildi. Daha sonra serbest bırakıldı ve Moskova Doğu Araştırmaları Enstitüsü'nde Türk Tarihi üzerine bir ders verdi. Kaplanov, 8 Ekim 1937'de Büyük Temizlik'in bir parçası olarak tutuklandı ve Butyrskaya ve ardından Lefortovo hapishanelerinde hapsedildi. 10 Aralık 1937'de idam edildi.