2008 konkurrierte Folmans Film bei den 61. Filmfestspielen von Cannes um die Goldene Palme, blieb aber unprämiert. Noch im selben Jahr wurde "Waltz with Bashir" als bester Film mit dem israelischen Filmpreis Ophir Award ausgezeichnet, wodurch er offizieller israelischer Beitrag für eine Nominierung zum besten fremdsprachigen Film bei der Oscarverleihung 2009 wurde und von der Academy of Motion Picture Arts and Sciences als einer von fünf Filmen eine Nominierung erhielt. Bei der Verleihung des Europäischen Filmpreises 2008 war "Waltz with Bashir" in vier Kategorien nominiert, aber nur der deutsche Komponist Max Richter wurde mit dem Preis ausgezeichnet. Bei der Golden-Globe-Verleihung 2009 wurde Folmans Regiearbeit als "Bester fremdsprachiger Film" ausgezeichnet. Im Januar 2009 erhielt der Film von der History Makers Conference 2009 in New York den Preis als Beste Produktion, Wochen später den französischen César als bester ausländischer Film. Das Werk gewann zudem den Norwegischen Friedensfilmpreis beim Tromsø Internasjonale Filmfestival 2009 und wurde auf dem Internationalen Filmfestival Warschau 2008 vom Publikum zum beliebtesten Spielfilm gewählt. Die Deutsche Film- und Medienbewertung (FBW) verlieh dem Film das „Prädikat besonders wertvoll“.