Anfang 2006 wurde er Trainer der chinesischen Nationalmannschaft, im Oktober 2006 beendete er seine Laufbahn. 2012 wurde er Nachfolger von Shi Zhihao als Cheftrainer der chinesischen Damen-Nationalmannschaft. 2017 wurde Kong Linghui während der laufenden WM als Trainer suspendiert. Man unterstellte ihm Wettschulden, zudem hatte er 2006 angetrunken einen Autounfall verursacht.