En octobre 1998, Khan a été transférée aux quartiers généraux de l'armée et a été nommé Chef d'état-major général. Lui-même un Cachemiri, le général Khan a été entièrement engagé dans le conflit du Cachemire, il a mis en œuvre le plan d'infiltration dans le Cachemire Indien, avec l'approbation du Chief of Army Staff.