В 1999 году в ходе очередных боевых действий университет снова подвергся разрушениям и приостановил работу. В апреле 2000 года, после установления в городе пророссийской администрации, университет возобновил работу. 6 мая 2003 года университет внесён в единый государственный реестр юридических лиц под названием Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Чеченский государственный университет».