Lee suoritui hyvin Maryland-sotaretkestä 1862, turvaten etelävaltioiden perääntymisen South Mountainista, viivyttämällä Unionin armeijan etenemistä Sharpsburgiin Marylandiin ennen Antietamin taistelua ja turvaamalla armeijansa Potomac-joen ylityksen Virginiaan. Hän johti ratsuväentoimintaa onnistuneesti ja taidokkaasti Kelly's Fordissa (17. maaliskuuta 1863) missä hänen 400 sotilastaan vangitsivat 150 miestä ja hevosta vain 14 miehen menetyksellä. Chancellorsvillen taistelussa toukokuussa 1863, Leen tiedustelujoukko selvitti ettö Unionin armeijan oikea sivusta oli "ilmassa, mikä salli kenraalimajuri Thomas J. "Stonewall" Jacksonin onnistuneen hyökkäyksen, jota Leen ratsuväki johti.