Во время войны Второй коалиции Иоганн командовал австрийским резервом в битве при Треббии. В августе 1799 года он был повышен в звании до генерал-лейтенанта. В ноябре-декабре Иоганн командовал отрядом в 8.000 человек во время успешной осады Кунео. 3 декабря 1800 года он командовал кавалерийской дивизией численностью 5.109 человек во время битвы при Гогенлиндене. В 1801 году награждён большим крестом Военного ордена Марии Терезии.