כך גם לאחר כיבוש יוגוסלביה ויוון לא שקטה חזית הבלקן. פעילות פרטיזנית ענפה ריתקה לאזור הבלקן מאות אלפי חיילים גרמנים, שלחמו עד לסוף המלחמה כנגד כוחות הפרטיזנים, שלקראת סוף המלחמה מנו כ-800,000 חיילים המאורגנים בארבע ארמיות. נפילתו של מוסוליני ב-1943 הביאה להשתלטות הגרמנים על חלקי יוון היבשתית שהוחזקו על ידי איטליה, השתלטות שלוותה לעיתים בהתנגדות איטלקית, ולרוב במעשי זוועה ופשעי מלחמה של הגרמנים כנגד האיטלקים לצדם לחמו בעבר, ולהתפרצות של לוחמה באיי הדודקאנס, שלוותה בתבוסת בעלות הברית במערכת הדודקאנס, שיש הרואים בה את הניצחון הגרמני האחרון במלחמה. הגרמנים הנאצים פעלו להשמיד את יהדות יוון באזורים שנוספו.