ג'ונסטון היה מהנדס בזמן סקר גבול מקסיקו ארצות הברית בשנת 1841; הוא חזר לאזור כמהנדס הטופוגרפיה הראשי של מחלקת טקסס, ושירת שם בין 1848 ל-1853. במהלך שנות ה-50 ניסה ג'ונסטון לקבל בחזרה את דרגתו הקודמת, ושלח מכתבים למשרד המלחמה בהם הציע שיינתן לו תפקיד ביחידה קרבית תחת דרגת לוטננט קולונל. מזכיר המלחמה ג'פרסון דייוויס, מכר של גיונסטון מווסט פוינט, דחה הצעות אלה, כפי שעשה לאחר מכן במהלך מלחמת האזרחים, למרבה רוגזו של ג'ונסטון. למרות חילוקי דעות אלה, דייוויס העריך את ג'ונסטון במידה מספקת על מנת למנות אותו ב-1 במרץ 1855 ללוטננט קולונל ביחידה חדשה - רגימנט הפרשים ה-1 בפורט לוונוורת', קנזס, תחת קולונל אדווין סאמנר . (באותו זמן מונה רוברט אדוארד לי כלוטננט קולונל ברגימנט הפרשים ה-2 תחת קולונל אלברט סידני ג'ונסטון.) בתפקיד זה השתתף ג'ונסטון במבצעים כנגד שבט הסו בטריטוריית ויומינג (לימימים מדינת ויומינג; שטחים חדשים קיבלו בדרך כלל מעמד של "טריטוריה" ושולבו בהמשך בארצות הברית בבתור מדינות), ובפעולות האיבה סביב עתיד העבדות בטריטוריית קנזס טרם היותה למדינה, פרשה הידועה בשם "קנזס המדממת". הוא פיתח ידידות קרובה ויחסי חונך עם אחד הקצינים הזוטרים שלו, קפטן ג'ורג' מקללן. שנים אחר כך יפגוש ג'ונסטון את מקללן מן העבר השני של המתרס, כגנרל בצבא האיחוד.