Manninen gjorde sin olympiska debut som femtonåring i Lillehammer 1994 och slutade på en 34:e plats i den individuella tävlingen i nordisk kombination. 1998 i Nagano vann han en silvermedalj i stafetten och 2002 i Salt Lake City en guldmedalj. Vid vinterspelen 2006 tog Manninen en bronsmedalj i stafett och 2007 vann han sitt första individuella mästerskapsguld vid VM i Sapporo i sprint. Han vann världscupen i nordisk kombination fyra år i rad mellan 2003 och 2007.