Pada 22 Jun 1966, Sukarno membuat ucapan Nawaksara di hadapan sesi MPRS, percubaan terakhir yang tidak berjaya untuk mempertahankan dirinya dan sistem demokrasi berpandukannya. Pada Ogos 1966, mengenai bantahan Sukarno, Indonesia menamatkan konfrontasi dengan Malaysia dan menyertai semula Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu. Setelah membuat ucapan akauntabiliti yang tidak berjaya (Nawaksara Addendum) pada 10 Januari 1967, Sukarno telah dilucutkan jawatan presiden oleh MPRS pada 12 Mac 1967, dalam sesi yang diketuai oleh bekas rakan sekerjanya, Nasution. Beliaubdimasukkan ke dalam tahanan rumah di Istana Bogor, di mana kesihatannya merosot kerana penafian rawatan perubatan yang mencukupi. Beliau meninggal dunia akibat kegagalan buah pinggang di Hospital Tentera Darat Jakarta pada 21 Jun 1970 pada usia 69 tahun. Beliau dikebumikan di Blitar, Jawa Timur, Indonesia.