La reprise est plus compliquée qu'elle ne le pensait et elle échoue en demi-finale lors des Championnats d'Europe 2006. Lors du relais, les Françaises abandonnent en finale en raison de la blessure d'Adrianna Lamalle.Pour l'année 2007, Muriel Hurtis-Houairi semble retrouver son meilleur niveau. Elle remporte tout d'abord la Coupe d'Europe puis réalise assez tôt dans la saison les minima qualificatifs pour les mondiaux d'Osaka. Enfin, lors des Championnats de France, elle réalise en série un temps de 22 s 38, à seulement 7 centièmes de sa meilleure performance établie en quart de finale des mondiaux 1999.