Au début de la campagne de 1806, Beyme, quoiqu'il n'en fût pas investi officiellement, exerçait "de facto" les fonctions de chef de cabinet, ce qui fit mettre les défaites d'Iéna et d'Auerstaedt au comte de son inexpérience : ces reproches n'étaient que le contrecoup des règlements de compte entre les ministres vom Stein et Hardenberg. En 1807, il exerça de façon éphémère les fonctions de Président de la Cour d'appel. Après la démission de Stein, il atteint en 1808 l'apogée de sa carrière avec sa nomination au poste de « Chef de Justice », c'est-à-dire de Garde des Sceaux. Deux ans et demi plus tard (le ), il est démis de ce poste à la demande du chancelier Karl August von Hardenberg et mis en disponibilité ; mais au cours de la Campagne d'Allemagne, il est gouverneur de Poméranie. Anobli au début de l'année 1816 (titré baron von Beyme), le chancelier Hardenberg le place en juin à la tête du tribunal d'exception de province de Rhénanie ; il est rappelé en au Conseil d’État et au mois de , devient Ministre de la Réforme judiciaire. Le roi lui décerne en 1819 l'Ordre de l'Aigle rouge de Ire classe à feuilles de chêne (mais selon Sarig, il s'agirait de l'ordre de IIe classe), peu après avoir été décoré de la Croix de fer à liseré blanc. Cela ne l'empêche pas, au mois de , de défiler aux côtés de von Boyen en signe de protestation contre les décrets de Karlsbad et la démission de Wilhelm von Humboldt.