В 1994 году в соседней Руанде начался геноцид народа тутси народом хуту. Более миллиона хуту бежали в Заир. Мобуту поддержал стремления радикалов в лагере хуту вернуться на родину, и те начали вооружённые столкновения на границе двух стран. В ответ Уганда, Руанда и Ангола оказали помощь альянсу оппозиционных ему группировок во главе с Лораном-Дезире Кабилой, и в октябре 1996 года тот вторгся в восточные районы страны. 17 мая 1997 года повстанцы вошли в столицу. Мобуту Сесе Секо бежал сначала в Того, затем в Марокко, где и умер от рака простаты 7 сентября того же года.