Isiro liegt an der ehemaligen "Kongolesischen Nebenbahn", einer Schmalspurbahn mit 60 cm Spurweite, welche von Bumba (Schiffsanschluss nach Kinshasa) nach Mungbere im Nordosten des Landes führt. Die Bahn gehört heute zur kongolesischen Staatsbahn (SNCC). Vor dem zweiten Kongokrieg verkehrte wegen Dieselmangel ca. zwei- dreimonatlich ein Zug nach Aketi am Itimbiri.