В 1994 году генерал-майор авиации Шагалеев Ф. С. назначен на должность командующего авиацией Пограничных войск России в Республике Таджикистан. Три года возглавлял боевые действия вертолётчиков, защищавших таджико-афганскую границу во время гражданской войны в Таджикистане. Общий налёт — свыше 9200 часов на вертолётах Ми-8, Ми-24, Ми-26, в том числе около 1500 вылетов — боевые. Также совершил свыше 400 прыжков с парашютом.