In seinem Sophomore-Jahr stand Merrill nur in 19 Spielen der Wolverines auf dem Eis, da er einen Großteil der Saison von Cheftrainer Red Berenson suspendiert wurde. Nachdem er bereits im Oktober 2011 wegen Verstoßes gegen die Mannschaftsregeln für zwölf Spiele von der Mannschaft ausgeschlossen wurde („breaking unspecified team rules“ – der genaue Vorfall wurde nicht bekannt), verlängerte Berenson die Suspendierung im November auf unbestimmte Zeit. Merrill erwog während dieser Periode, die Universität zu verlassen und sich, um seine Eishockeykarriere nicht zu gefährden, den Plymouth Whalers aus der kanadischen Ontario Hockey League anzuschließen – diese nämlich hielten durch die Priority Selection aus dem Jahre 2008 die OHL-Rechte an ihm. Allerdings entschied sich Merrill in der Folge dagegen und wurde nach insgesamt 22 Spielen Suspendierung wieder in den Kader der Wolverines aufgenommen. Bis zum Ende der Spielzeit 2011/12 kam er so noch auf 11 Punkte aus 19 Spielen. Zudem nahm er erneut an der U20-WM teil, erreichte dort mit der Mannschaft allerdings nur den siebten Platz.