Obwohl Queally amtierender Olympiasieger war, gelang es ihm nicht, sich für das 1000-Meter-Zeitfahren bei den Olympischen Sommerspielen 2004 in Athen zu qualifizieren; er unterlag in der nationalen Qualifikation dem späteren Olympiasieger Chris Hoy. Im Teamsprint wurde Queally zwar eingesetzt, das Team unterlag jedoch im Lauf um die Bronzemedaille. 2005 wurde Queally mit der britischen Mannschaft Weltmeister im Teamsprint (mit Hoy und Jamie Staff) und nochmal Vizeweltmeister im 1000-Meter-Zeitfahren. 2010 wurde er Europameister in der Mannschaftsverfolgung, gemeinsam mit Steven Burke, Ed Clancy und Andrew Tennant, ein ungewöhnlicher Erfolg für einen Sprinter.