Nelsonin haave toteutui vuonna 1803, kun hänet nimitettiin Britannian Välimeren-laivaston komentajaksi. Laivaston tehtävänä oli Ranskan laivaston tuhoaminen. Nelson kiinnitti valmisteluissa erityistä huomiota esimieskoulutukseen. Hän komensi 1805 brittiläistä laivasto-osastoa Trafalgarin taistelussa. Laivasto tuhosi ranskalais-espanjalaisen laivaston, mutta hän itse haavoittui kuolettavasti vihollisen tarkka-ampujan kuulasta, ja hän kuoli pian taistelun päättymisen jälkeen. Trafalgarin voitto oli sekä strategisesti ja taktisesti ratkaiseva, ja Nelsonin suurin saavutus. Hänen ruumiinsa säilöttiin suureen, täyteen brandytynnyriin ja kuljetettiin haudattavaksi Lontooseen St Paulin katedraaliin. Kuolemansa jälkeen hänestä tuli Britannian kansallissankari.