Syn pisarza Ksawerego Pruszyńskiego (1907–1950) i Marii z Meysztowiczów, bratanek Mieczysława Pruszyńskiego, brat Aleksandra Pruszyńskiego. Uczył się w jezuickiej szkole św. Alojzjusza w Hadze (1948–1950) i szkole Towarzystwa Przyjaciół Dzieci I w Warszawie (1950–1951). Od 1951 do 1954 r. uczęszczał do liceum ogólnokształcącego w Rabce, gdzie zdał maturę. Podjął w 1954 r. studia w Wyższej Szkole Wychowania Fizycznego w Krakowie, ale po niespełna roku przerwał naukę, korzystając z pomocy grupy młodych ludzi z zagranicy, poznanej podczas V Światowego Festiwalu Młodzieży i Studentów potajemnie wyjechał z Polski i zamieszkał w Niemczech.