В 1998 году Данкан был призван в национальную сборную США для участия на чемпионате мира. Однако, из-за локаута было принято решение о расформировании этой команды и наборе новой из игроков, представляющих КБА и местные колледжи. Первый шанс сыграть за сборную представился в 1999, когда Данкан получил вызов на отборочные матчи к Олимпийским играм. Он набирал 12,7 очков, 9,1 подборов и 2,4 блок-шота в среднем за игру и помог команде одержать в квалификации 10 побед в 10 матчах. Но принять участие на Олимпиаде в Сиднее Данкану было не суждено: травма колена заставила его отказаться.