W połowie grudnia 1942 roku transporty ponownie wstrzymano, tym razem w związku z krytyczną sytuacją wojsk niemieckich na froncie wschodnim. Akcja eksterminacyjna została wznowiona po upływie kilku tygodni. Począwszy od stycznia 1943 roku, w związku z zamknięciem obozu w Bełżcu, zaczęto deportować do Sobiboru mieszkańców gett w dystrykcie Galicja. W obozie sobiborskim nadal eksterminowano również transporty z gett i obozów Lubelszczyzny, aczkolwiek przybywały one o wiele rzadziej oraz znacznie mniejsza była ich liczebność. Począwszy od marca 1943 roku przyjmowano transporty z Francji i Holandii. W sierpniu do Sobiboru dotarł jeden transport z Białegostoku, a we wrześniu – kilka transportów z Komisariatu Rzeszy Wschód (z Mińska, Lidy i Wilna). Transporty wileńskie, które zgładzono po 23 września, były najprawdopodobniej ostatnimi, które przybyły do Sobiboru.