В январе 1918 года А. И. Шебунин был избран заместителем председателя Афанасьевского волисполкома. В феврале вступил в РКП(б) — в партию принимала Р. С. Землячка, приехавшая в волисполком на инспекцию, она же сагитировала А. И. Шебунина и других вступить во вновь формируемую Красную Армию. Вскоре после этого А. И. Шебунин в Архангельске вступил в РККА. В августе 1918 года Архангельск был захвачен английскими интервентами, А. И. Шебунин был назначен командиром батареи вооружённого буксира «Могучий» который, вместе с вооружённым буксиром «Богатырь» эвакуировал из Архангельска речные суда вверх по Северной Двине, затем их группа соединилась с отрядом Павлина Виноградова. Объединённый отряд решил отбить захваченное англичанами село Двинский Березняк, ему удалось это сделать с малыми потерями, но П. Ф. Виноградов был убит. Вскоре после этого отряд влился в 1-й Вологодский полк, в составе которого А. И. Шебунин участвовал в боях с англичанами, был ранен в ногу. Во время выздоровления вновь встретился с Р. С. Землячкой, которая предложила ему вступить в Архангельскую ГубЧК, в то время располагавшуюся на теплоходе «Светлана». В ЧК А. И. Шебунин занимался контрразведкой, участвовал в продразверстке.