W czasie powstania Pugaczowa w 1774 r. Jekaterynburg był oblegany, ale nie został zdobyty. Po stłumieniu powstania Katarzyna II przeprowadziła reformę administracyjną. Jekaterynburg znalazł się w jej wyniku w granicach guberni permskiej, której stolicą zostało miasto Perm. Ta sytuacja utrzymać się miała do roku 1918. W Jekaterynburgu zlokalizowano siedzibę ujezdu. Reforma administracyjna imperatora Pawła I z 1796 r. nie zmieniła wiele, ale Jekaterynburg miał się odtąd cieszyć bardzo dużą niezależnością od zarówno cywilnych, jak i wojskowych władz guberni permskiej. Na początku XIX wieku w rejonie miasta odkryto złoża złota. Rozwijał się też przemysł wydobywania i obróbki szafirów, szmaragdów, akwamarynów i diamentów. Kupcy z Jekaterynburga mieli wkrótce kontrolować większość rosyjskiego rynku metali i kamieni szlachetnych.