Po pádu Robespierrova režimu (9. thermidor 1794) byl aktivován a zařazen v hodnosti brigádního generála do Moselské armády. Roku 1795 bojoval pod Pichegruem v Rýnské armádě, ale u Mannheimu padl do zajetí, ze kterého byl po několika měsících výměnou zajatců propuštěn. Poté se vyznamenal pod Moreauem při přechodu Rýna (20. dubna 1797). Účastnil se prvního italského tažení Napoleona Bonaparte, ale poté se dostal do sporu s generálem Moreauem a jeho kariéra byla ohrožena. Naštěstí jeho osobní přítel generál Desaix jej prosadil jako člena expedice do Egypta, kde se stal velitelem jezdecké brigády, se kterou se vyznamenal v pozemní bitvě u Abukiru (25. července 1799). Bonaparte jej před svým návratem do Francie ponechal pod velením generála Klébera v Egyptě, ale pro chronické průjmovité onemocnění (úplavice?, amébiosa?) dostal spolu s přítelem Desaixem povolení k odjezdu do Francie. Po strastiplné cestě (zajetí Brity, zajetí piráty) dorazili oba generálové do Toulonu v dubnu 1800, tedy 6 měsíců po převratu 18. brumaire. V červenci 1800 byl Davout povýšen na divizního generála a jmenován velitelem jezdectva Italské armády pod velením generála Bruneho. Po Lunevillském míru se stal velitelem granátníků konzulární gardy.