Pottinger exploró las tierras entre el Indo y Persia, viajando disfrazado de comerciante musulmán y estudiando los idiomas locales, bajo las órdenes de Sir John Malcolm. En 1809, luchó en la Tercera Guerra Anglo-Maratha. En 1810, él y Charles Christie emprendieron una expedición desde Nushki (Baluchistán) a Isfahán (Persia central) disfrazados de musulmanes. Christie se dirigió al norte a [[Herat&lt;/a&gt;] y luego al oeste, mientras Pottinger se dirigió al oeste a través del desiertos hasta llegar a [[Kerman]] e Isfahán, donde se reunieron. La expedición fue financiada por la Compañía de las Indias Orientales para investigar las regiones de Baluchistán y Persia. Esto respondía a la preocupación de que la India fuera invadida por fuerzas francesas. Pasarían 100 años antes de que otro europeo tomara esta ruta. Gracias a esta expedición, Pottinger fue ascendido al rango de Coronel.