Après la mort prématurée de son époux Edmond en 1304, Marguerite se retire dans les possessions qui lui ont été promises en douaire et ne s'est jamais remariée. Pendant ce temps, leur fils aîné Roger Mortimer hérite des biens paternels en 1306. Toutefois, Marguerite de Fiennes détient le contrôle d'au moins la moitié du patrimoine de son défunt mari (notamment Radnor et Bridgnorth, ainsi que d'autres terres dans le Somerset et le Buckinghamshire), et comme elle survivra à son fils Roger, ce dernier n'aura jamais la complète jouissance des possessions de son père. On ignore ses activités au cours de son veuvage, mais il est fort possible qu'elle prenne en charge l'éducation des sept autres enfants qu'elle a eus de son mariage. Elle assiste impuissante à la révolte infructueuse de son fils aîné et d'autres barons anglais contre le roi Édouard II d'Angleterre, qui s'achève par la reddition et l'emprisonnement de Roger Mortimer à la Tour de Londres en 1322. En revanche, Marguerite n'est pas arrêtée par le roi, contrairement aux enfants de Roger. Bien que Radnor et quelques autres de ses possessions soient saisies, elle fait part de son mécontentement auprès du roi et les retrouve rapidement.