Po návratu do Československa zůstal Karel Sergej Dubovský v armádě a v roce 1919 se zúčastnil na postu zástupce velitele praporu bojů s Maďary. Následně působil jako posádkový velitel v Ústí nad Labem, v roce 1920 studoval na škole generálního štábu, poté sloužil ve štábních funkcích na divizních velitelstvích. V letech 1922 a 1923 absolvoval studium na válečné škole a poté zastával velitelské funkce ve štábech divizí a brigád. Hodnostně stoupal, v letech 1928-1930 sloužil jako podnáčelník štábu Zemského vojenského velitelství v Košicích, následovaly velitelské funkce praporů a pluků. Před koncem samostatnosti Československa velel 18. pěšímu pluku v Plzni.