Wolfgang Schmidt fit son retour en 1988 où il réalisa, cette saison, 68,22 m. La même année, c'est sous le maillot de l'Allemagne de l'Est qu'il fait son apparition. Quelque temps après, un scandale éclate, son nouveau compatriote Jürgen Schult, refusa de serrer la main que lui tendait Wolfgang Schmidt à la fin d'un concours. En 1990, aux championnats d'Europe de Split, il monte sur la troisième marche du podium au lancer du disque derrière Schult, premier de l'épreuve. En 1991, aux Championnats du monde d'athlétisme, il se classe à la place avec un jet mesuré à 64,76 m. En 1992, il devient champion d'Allemagne devant Jürgen Schult. Mais comme il n'avait pas pris part aux épreuves de qualifications imposées en vue des Jeux olympiques d'été de 1992, il ne fut pas pris en considération pour faire partie de l'équipe olympique allemande. Son rival Jürgen Schult y devint vice-champion olympique. Il prit sa retraite quelque temps plus tard, en 1993, après une blessure au dos. Par la suite, il se retira à San Francisco en 1996 et y devint agent de change et consultant en entreprises avant de devenir entraîneur dans un centre de remise en forme à Bâton Rouge en Louisiane. Il fera quelques apparitions sur les stades américains, qu'il fréquentait précédemment avec son ami Mac Wilkins, en tant qu'entraîneur pour de jeunes lanceurs. Il écrira un livre sur son parcours est-allemand, avec Williams Oscar Johnson, intitulé « Thrown Free ».