Trots ett år kvar på kontraktet med Kasimpasa ville Isaksson bort, då det var mycket oroligheter i Turkiet. Den 11 augusti 2016 meddelades det att Isaksson skrivit på för 2,5 år med Djurgårdens IF. Isaksson blev den första spelaren i Djurgården att få tröjnumret 1 sedan början av 2000-talet då nummer 1 reserverades för supportrarna.