Estos hechos volvieron su posición más insegura en la nobleza, por lo que aconsejó al Rey que no pactara con los nobles sublevados después de que repudiara a su esposa doña Blanca de Borbón, celosos también de los Padilla. Sirvió al Rey lealmente durante los diez años que duró la Guerra de los Dos Pedros (1356-1366) entre Pedro III de Aragón y Pedro I de Castilla. En la frontera sur de Aragón, las fuerzas lideradas por Padilla saquearon Jinosa y Monóvar en agosto de 1356. El rey lo recompensó dándole el cargo de mayordomo mayor entre los años 1357 y 1360. Estuvo presente en las vistas de Tejadillo, en el enfrentamiento de Toledo, en el cerco de Tarazona y en el asesinato del hermanastro del rey don Fadrique Alfonso de Castilla, ordenado por el propio Pedro I. La época estaba tan revuelta que incluso el tío de Diego García, Juan Fernández de Henestrosa fue secuestrado por unos nobles en 1358 y Diego se vio obligado a huir, siendo apresado y encerrado en Utrera dos días en custodia de Fernando Sánchez de Tovar.