De rest van zijn periode als coach van het Kroatisch voetbalelftal was minder succesvol. Kroatië faalde om zich te plaatsen voor het EK 2000, na een derde plaats in de kwalificatiegroep achter het voetbalelftal van Servië en Montenegro en Ierland. Ćiro behield zijn positie en ging spelen met een nieuw team met jongere spelers voor het aankomende WK 2002. Echter, nadat Kroatië de kwalificatie begon met twee gelijke spelen, werd hij gedwongen af te treden in het najaar van 2000.