Stoney esiintyi ensimmäisen kerran Englannin maajoukkueessa 18-vuotiaana elokuussa 2000. Hän vakiinnutti paikkansa maajoukkueen vasempana puolustajana ja pelasi niin vuoden 2007 kuin vuoden 2011:kin MM-kilpailuissa Englannin kaikki neljä ottelua alusta loppuun. Vuoden 2015 MM-kilpailuissa, joissa Englanti sijoittui pronssille, Stoney pelasi vain yhdessä alkulohko-ottelussa ja pääsi sen jälkeen kentälle vasta puolivälierän ja pronssiottelun viimeisiksi hetkiksi. Stoney saavutti Englannin joukkueessa hopeaa vuoden 2009 EM-kilpailuissa. Vuoden 2017 EM-kilpailuissa hän kuului vielä Englannin välieriin saakka selvinneeseen joukkueeseen mutta ei päässyt pelaamaan lopputurnauksessa. Stoney valittiin Englannin parhaaksi maajoukkuepelaajaksi kaudella 2007–2008.