Als die Sowjetunion 1940 infolge des Hitler-Stalin-Pakts Litauen besetzte, versuchten viele dort lebende jüdische Flüchtlinge aus Polen, Ausreisevisa zu bekommen. Ohne Visum war die Reise gefährlich, aber es war schier unmöglich, Länder zu finden, die diese ausstellten. Hunderte Flüchtlinge kamen in das japanische Konsulat, um Visa nach Japan zu bekommen. Der niederländische Konsul Jan Zwartendijk hatte einige von ihnen mit Papieren für das offizielle Zielland Curaçao, eine karibische Insel, die kein Einreisevisum forderte, oder für Niederländisch-Guayana (heute Suriname) versehen. Zu dieser Zeit verfolgte die japanische Regierung offiziell eine Neutralitätspolitik gegenüber den Juden. Allerdings forderte sie, dass Visa nach Durchlaufen der Immigrationsformalitäten nur an Personen mit ausreichenden Mitteln erteilt werden sollten. Die meisten Flüchtlinge erfüllten diese Kriterien nicht. Sugihara konsultierte pflichtgemäß drei Mal das japanische Außenministerium bezüglich Instruktionen. Jedes Mal antwortete das Ministerium, dass ausnahmslos jeder, der ein Visum bekommen sollte, ein Visum eines Drittlandes zur Ausreise nach Japan besitzen müsse.