Berhalter estreou na Seleção Norte-Americana em novembro de 1994, num amistoso contra a Arábia Saudita. Preterido por Steve Sampson para a Copa de 1998, foi convocado para a Copa seguinte, sediada na Coreia do Sul e no Japão, tendo começado como reserva de Jeff Agoos, mas o titular se lesionou e abriu espaço para Berhalter jogar duas partidas.