Vom 17. Dezember 1985 bis zum 21. Jänner 1987 war Franz Kreuzer Bundesminister für Gesundheit und Umweltschutz. In die Bundesregierung Sinowatz wurde er als Nachfolger von Kurt Steyrer berufen, da dieser für das Amt des Bundespräsidenten kandidierte und dafür sein Ministeramt zurückgelegt hatte. Auch der Bundesregierung Vranitzky I gehörte Kreuzer in derselben Funktion an. In seine Amtszeit als Gesundheitsminister fielen die Maßnahmen, die nach der Katastrophe von Tschernobyl zum Schutz der Bevölkerung getroffen werden mussten. Kreuzer wurde kritisiert, weil seine Mitteilungen zu diesem Thema zu wenig dramatisch gewesen seien.