Durante la década de 1990, como resultado de la Guerra Civil de Tayikistán, entre 700 y 1.200 tayikistaníes llegaron a Pakistán, principalmente como estudiantes, hijos de refugiados tayikistaníes en Afganistán. En 2002, alrededor de 300 solicitaron regresar a sus hogares y fueron repatriados a Tayikistán con la ayuda de la OIM, ACNUR y las autoridades de los dos países. En 2009, alrededor de 140 estudiantes tayikistaníes cursaban estudios en universidades paquistaníes.