Mit der Ansiedlung der Messerschmittwerke in unmittelbarer Nähe des Flugplatzes im Jahr 1937 wurde der Flugplatz neben der zivilen Luftfahrt auch militärisch genutzt. In der Folge wurde der Flugplatz auch „Messerschmittflugplatz“ genannt. Um 1943 soll das Messerschmittwerk Regensburg das zweitgrößte Flugzeugwerk Europas gewesen sein, was den Stellenwert des Flugplatzes verdeutlicht. In den 1940er Jahren gab es folglich Überlegungen, den Flugplatz nach Osten zu erweitern. Hierbei hätte unter anderem die nahegelegene Westheimsiedlung weichen müssen. Das Vorhaben scheiterte letztlich am Kriegsverlauf. Im Zweiten Weltkrieg wurden die Werke wiederholt das Ziel amerikanischer Luftangriffe, lediglich das ehemalige Verwaltungsgebäude, in dem heute die kaufmännische Berufsschule untergebracht ist, und ein Teil der Lackiererei nahe dem Flugplatz sind noch erhalten.