2 мая 1568 года он помог Марии Стюарт, королеве Шотландии, бежать из замка Лохливен, а затем 13 мая 1568 года сражался за неё при разгроме в битве при Лангсайде. Поскольку его поместья были конфискованы из-за осуждения, Клод Гамильтон был причастен к убийству регента Джеймса Стюарта, 1-го графа Морея, в 1570 году, а также к убийству регента Мэтью Стюарта, 4-го графа Леннокса, в следующем 1571 году. Но в 1573 году он вернул свои поместья.