Akrotírin löydösten lisäksi museossa on aiemmista Thirasían saaren Potamóksen kaivauksista sekä muun muassa Megalochórista ja Christianín saarelta löydettyä kykladista esineistöä. Museo esittelee myös tuliperäisen Santorínin geologista historiaa, mukaan lukien Santorínin tulivuorenpurkaus ja kalderan synty sekä fossiililöydöt; sekä Akrotírin kaivausten vaiheita ja arkeologista työskentelyä.