Zum Kommandeur der Aufständischen im Süden ernannt, unternahm er am 17. Januar 1937 einen Angriff auf Málaga, das den Aufständischen am 8. Februar unterlag. In den folgenden Wochen wurden 4.000 Anhänger der Volksfront exekutiert. Ihr Land wurde unter den Anhängern der Franquisten gegen einen symbolischen Preis verteilt. Nach seiner Ernennung zum Kommandeur der Aufständischen im Süden verhielt sich Queipo de Llano während des gesamten Bürgerkrieges ziemlich unabhängig und unterwarf alle von ihm in Andalusien eroberten Dörfer und Städte seinem Terrorregime. Um ihre Ergebenheit zu demonstrieren, hatte die Guardia Civil in vielen Orten die örtlichen Repräsentanten der Linken noch vor Ankunft der Truppe Queipo de Llanos liquidiert.