Su situación fortificada en el camino principal de Gerona a Francia acentuó la importancia estratégica de la villa en época moderna. Así, en 1675 la población fue tomada por las tropas francesas que, en 1683, establecieron un campamento para preparar el sitio de Gerona en el marco de la Guerra de las Reuniones. Más de un siglo después, en 1808 y 1809, las tropas francesas volvieron a ocupar Báscara, e instalaron los almacenes y un hospital de sangre, en el marco de la Guerra de la Independencia Española. Al final de la guerra el general Louis Gabriel Suchet hizo volar las fortificaciones de la villa. En marzo de 1814 Napoleón liberó en esta población al rey Fernando VII de su presidio en Francia mediante un acto solemne que se llevó a cabo a ambas orillas del río Fluviá.,