Maailmantilanne muuttui vuoden 1939 aikana. Sen seurauksena osana 23. elokuuta 1939 tehdyssä Molotov-Ribbentrop -sopimuksessa natsi-Saksa ja Neuvostoliitto sopivat salaisessa lisäpöytäkirjassaan Baltian maiden ja Suomen kuulumisesta Neuvostoliiton etupiiriin. Syyskuussa 1939 Baltiassa alkoi puna-armeijan tukikohtakausi, joka päättyi 17. kesäkuussa 1940 tapahtuneeseen puna-armeijan Baltian maiden miehitykseen. Neuvostoliiton miehitettyä Viron tasavallan Viron hallitus vaihtui 22. kesäkuuta 1940. Uuden Neuvostoliiton määräämän kansanhallituksen pääministeriksi tuli Johannes Vares. Hans Kruusista tuli hallituksen varapääministeri, ja Varesin siirryttyä Pätsin erottamisen jälkeen heinäkuussa 1940 vt. presidentiksi Kruus hoiti pääministeriyttä elokuun lopulle, jolloin Viron tasavalta oli liitetty osaksi Neuvostoliittoa. Kruus liittyi Viron kommunistipuolueeseen elokuun alussa 1940.