לאורך רוב שנותיו הראשונות, נשא המשרד בסמכויות אדמיניסטרטיביות בעיקר, כאשר ההחלטות החשובות הנוגעות לצבא הבריטי וניהול המערכות היו בידי פיקוד הצבא, משרד החוץ ומשרד הפנים. רק החל מאמצע המאה ה-19 כאשר החל הצבא הבריטי במספר רפורמות כתוצאה מהמערכות הבעייתיות במלחמת קרים (1853-6) והמרד ההודי הגדול (1857-9), החל המשרד בהדרגה לקבל יותר סמכויות.