Schäfer war bereits 1933 der SS beigetreten. In dieser wurde er 1933 zum Untersturmführer und 1942 zum SS-Sturmbannführer ernannt. Organisatorisch wurde Schäfer in der SS keiner Gliederung zugeteilt, sondern listenmäßig im Persönlichen Stab des SS-Chefs Himmler geführt. Ebenso gehörte er dem Freundeskreis Reichsführer SS an. Im Winter 1939/1940 begleitete Schäfer Himmler als Klimaexperten zusammen mit weiteren ausgewählten Forschern und SS-Funktionären (Globocnik, Lorenz, Hoffmann, Krüger) auf einer Reise nach Polen. Bei dieser Gelegenheit erfuhr er von Mitgliedern von Himmlers Stab von Massenmorden an Angehörigen der polnischen Intelligenz durch die SS ("AB-Aktion").