Einen erheblichen Einschnitt für die Stadt bedeutete der Verlust der Einnahmen aus dem Salzhandel durch die Errichtung des herzoglichen Salzmonopols im Jahr 1594. Im Wesentlichen dadurch bedingt erlebte Burghausen einen mehr als 300 Jahre anhaltenden administrativen und wirtschaftlichen Bedeutungsverlust. Die vielen kriegerischen Auseinandersetzungen der folgenden Jahrhunderte wie etwa der Dreißigjährige Krieg (1618–1648), eine Reihe von Erbfolgekriegen (1701–1714 und 1740–1745) und die Napoleonischen Kriege (1792–1815) brachten auch über Burghausen und seine Umgebung große Not. Bereits im Jahr 1763 war Burghausen im Zusammenhang mit der Vielzahl von kriegerischen Auseinandersetzungen zur Garnison ernannt worden.