En 1997, Elena Milashina comenzó a trabajar como reportera y periodista para Novaya Gazeta, mientras estudiaba. Una de sus mentoras fue Anna Politkovskaya. En 2000, Elena Milashina publicó una serie de materiales sobre el desastre del submarino nuclear de Kursk, por el cual recibió el premio Golden Pen of Russia de la Unión de Periodistas de Rusia en la categoría de Investigaciones periodísticas. En 2001 se graduó de la Facultad de Periodismo de la Universidad Estatal de Moscú.