Rektorspalatset hyste rektorns kansli och var säte för republikens regering. Men det tjänade också som stadens domstol, fängelse och krutförråd. Det sistnämnda hade förödande inverkan på palatsets historia. År 1435 skadades byggnaden mycket svårt i en brand som föranleddes av en krutexplosion. Den efterföljande restaureringen fortgick åren 1435–1463. År 1463 skadades byggnaden ånyo i en andra krutexplosion vilket ledde till att myndigheterna beslutade att förlägga stadens krutförråd på annan plats. I den stora jordbävningen år 1667 skadades byggnadens interiör och den efterföljande restaureringen skulle fortgå i tre decennier.