Zwischen Dezember 1940 und August 1942 beherbergte die Station die erste mit Halifax ausgerüstete RAF-Staffel, die 35. Squadron. Im Verlauf des Krieges waren die in Linton stationierten Bomber voll in die alliierte Luftoffensive gegen Deutschland integriert, ab Juni 1943 handelte es sich dabei um kanadische Lancaster und später wieder Halifax, die von der 408. und 426. Squadron eingesetzt wurden. Der letzte Angriff erfolgte am 25. April 1945 auf die Insel Wangerooge ("siehe Artikel: Luftangriff auf Wangerooge am 25. April 1945").