לאחר פירוק ברית המועצות וסיום המלחמה הקרה, הסחר של מונגוליה עם רוסיה ירד בכ-80% ויחסי סין והשפעתה על מונגוליה גברו. עם זאת, רוסיה ביקשה לשקם את היחסים החזקים עם מונגוליה בשנים האחרונות כדי לשפר את מעמדה כמעצמה אזורית. בשנת 2000 ערך נשיא רוסיה ולדימיר פוטין ביקור רשמי במונגוליה - הראשון על ידי ראש מדינה רוסי מאז לאוניד ברז'נייב בשנת 1974 ואחד הראשונים מנשיאותו של פוטין - וחידש הסכם דו צדדי גדול. הביקור והשיפור ביחסים הדו-צדדיים התקבלו בברכה במונגוליה כנגד השפעת סין. רוסיה הורידה את מחירי יצוא הנפט והאנרגיה למונגוליה ושיפרה את הסחר החוצה גבולות. ממשלת רוסיה מחקה 98% מהחובות הממלכתיים של מונגוליה ונחתם הסכם לבניית צינור נפט מרוסיה לסין דרך מונגוליה.