Її малолітній пасинок певний час був принцом Астурійським, спадкоємцем Карла II, однак помер у лютому 1699 року від віспи. У листопаді 1700 року пішов з життя сам Карл II. За кілька місяців почалася війна за іспанську спадщину. Баварія виступила на боці Франції, але у битві під Гохштедтом у серпні 1704 року зазнала нищівної поразки. Максиміліан утік до Нідерландів, залишивши дружину регенткою. У лютому 1705 року Тереза Кунегунда, залишивши дітей, від'їхала до Італії, сподіваючись зустрітись із матір'ю. У березні вона побачилася із нею у Падуї. У травні 1705 року намагалася повернутися до Баварії, однак Мюнхен був вже окупований імперськими військами і на кордоні її не пропустили, змусивши їхати до Венеції. Наступного року четверо старших дітей були перевезені до Клагенфурту, в той час як молодші залишилися у Мюнхені. Життя курфюрстини у Венеції було досить скромним, вона також регулярно листувалася з чоловіком. Родина воз'єдналася лише після Раштаттського миру. Зустріч Терези Кунегунди з сім'єю відбулася у замку Ліхтенберг 3 квітня 1715 року.