נטו הוביל כקפטן את נבחרת ברית המועצות לזכייה במדליית הזהב בטורניר הכדורגל של אולימפיאדת מלבורן ב-1956. כעבור שנתיים נכלל בסגל הנבחרת למונדיאל 1958, אך בשל פציעה החמיץ את כל משחקי הטורניר, למעט המשחק השלישי בשלב הבתים מול נבחרת ברזיל. באליפות אירופה בכדורגל הראשונה שנערכה ב-1960, הוביל נטו את ברית המועצות לזכייה, לאחר ניצחון על נבחרת יוגוסלביה במשחק הגמר. במהלך הטורניר המוצלח הוא ניהל את משחקה של הנבחרת במרכז המגרש לצידו של יורי וובינוב. במונדיאל 1962 סייע נטו לנבחרתו להעפיל לרבע הגמר, שם הודחה על ידי נבחרת צ'ילה. במהלך משחק נגד אורוגוואי הפגין הגינות יוצאת דופן: איגור צ'יזלנקו הצליח להכניס את הכדור לשער, אך היה זה דרך חור ברשת החיצונית; נטו עדכן את שופט המשחק בכך על מנת שיפסול את השער.