Территория современной Гватемалы в древности была заселена индейцами майя, которые создали мощные города-государства. В западной части современного города в древности существовал один из крупнейших городов цивилизации майя — Каминальхуйу, который в настоящее время почти полностью скрыт под современными постройками. Но к началу XVI века, когда наступила эпоха испанских завоеваний, эти государства уже находились в упадке. В 1524 году конкистадор Педро де Альварадо основал город Сантьяго, позже переименованный в Гватемалу. Он до 1560 года входил в состав вице-королевства Новая Испания, затем в состав генерал-капитанства Гватемала. В 1676 году основан университет. После разрушения землетрясением в 1776 году поселение было перенесено на место нынешней Гватемалы.