Hneď po komunistickom prevrate, konkrétne 28. februára 1948, bol okamžite odvolaný z funkcie povereníka spravodlivosti. Po odvolaní bol Búza ako sociálny demokrat dvakrát odsúdený na 18 mesiacov väzenia. Najprv v roku 1949, kedy bol umiestnený do Väznice Leopoldov a následne do Bratislavy. Druhýkrát bol odsúdený v roku 1952, pričom z väzenia sa dostal až v priebehu roka 1953. V 50. rokoch Andrej Búza už pracoval ako stavebný robotník. V roku 1958 bol znova zatknutý, keďže bol spolu s ďalšími osobami podozrivý z organizovania ilegálnej sociálnej demokracie. Znova bol odsúdený na jeden a pol roka, takže z väzenia bol prepustený v roku 1960. Po prepustení z väzenia sa prihlásil na štúdium na Strednej