В годы Смуты, в 1606—1610 годах, Никита Панин оставался верным царю Василию Шуйскому, за что в 1610 году, вместе с другими «московскими сидельцами» из детей боярских, получившими награды, был пожалован вотчиной в Козельском уезде. После свержения Шуйского Панин, по-видимому, придерживался партии сторонников патриарха Гермогена, поднимавшего Русскую Землю на борьбу с польско-литовской интервенцией. Скорее всего поэтому в 1613 году новое правительство, освободив Москву, оказало ему доверие и направило воеводой в уездный городок Карачев, где нужно было провести ревизию писцовых книг.