Vom neuen Trainer Vanderlei Luxemburgo wurde Romário in der Folge wiederum nicht berücksichtigt. 2001 weigerte sich Romário an der Copa America teilzunehmen, um eine Augenoperation durchzuführen, spielte dann jedoch stattdessen einige Freundschaftsspiele mit seinem Verein Vasco da Gama in Mexiko, was zu einer Auseinandersetzung mit Luiz Felipe Scolari führte, der zwischenzeitlich als Trainer das Amt von Luxemburgo übernommen hatte. Vor der Fußball-Weltmeisterschaft 2002 sorgte der mittlerweile 36-jährige Romário mit sehr guten Leistungen im Verein (in der ersten Jahreshälfte 2002 schoss er 26 Tore für Vasco da Gama) dafür, dass Fans, Medien und auch Staatspräsident Fernando Henrique Cardoso nun vehement seine Nominierung für die Seleção forderten. Diese war in der WM-Qualifikation enttäuschend aufgetreten und hatte sich am Ende nur als drittplatzierte Mannschaft in der südamerikanischen Qualifikationsgruppe qualifiziert. Luiz Felipe Scolari verweigerte dies nun jedoch. Als Begründung gab er Rómarios frühere Undiszipliniertheiten an und dass er angeblich nicht in seine Spielphilosophie passe. Er reiste ohne ihn nach Japan und Südkorea, wo Brasilien seinen fünften Titel errang. Romários Nichtberücksichtigung galt als symbolisch für den Abschied Brasiliens vom ‚schönen Spiel‘ vergangener Jahrzehnte.