Entre le et et entre le et le , Perry commande l'ancienne brigade d'Evander M. Law. Au cours de la première période, la brigade est dans la division du lieutenant général John Bell Hood dans le département de l'Est du Tennessee, pendant qu'elle est détachée en service sur le théâtre occidental avec le corps du lieutenant général James Longstreet. Lors de la deuxième période, à la suite de la bataille de Cold Harbor, la brigade est dans la division du major général Charles W. Field du premier corps de l'armée de Virginie du Nord. Perry est de nouveau blessé quand il a chute dans un trou lors de la seconde bataille de Deep Bottom, à New Market Heights, en Virginie, en . Longstreet et d'autres officiers de haut rang plaide à plusieurs reprises pour une promotion de Perry, mais Perry n'est pas promu brigadier général avant le . Perry est libéré sur parole à Appomattox Court House, en Virginie, le .