El 6 de enero de 1840, a bordo del "Atalante", reemplazó al contralmirante Luis Francisco Leblanc al mando de la flota francesa que bloqueaba los puertos de la Confederación Argentina. Su nombramiento era una señal de distensión que acompañaba el nombramiento de Ángel Renée Armand de Mackau como plenipotenciario en reemplazo del encargado de negocios interino Aimé Roger. Dupotet es mencionado en la correspondencia de Charles Darwin