Atropates będąc satrapą Medii w bitwie pod Gaugamelą dowodził wojskami z Medii, Albanii Kaukaskiej oraz Sakasene (część dzisiejszej Armenii). Pozostał wierny Dariuszowi III aż do jego śmierci, po której przybył do obozu Aleksandra. Ten nieco wcześniej mianował satrapą Medii Oxydatesa, jednak nie ufając mu dłużej w roku 328 lub 327 p.n.e. zdymisjonował go, i przywrócił Atropatesa na jego dawne stanowisko. W roku 325 lub 324 p.n.e. Atropates dostarczył Aleksandrowi do Pasargady buntownika Barjaxesa, po którym to wydarzeniu szacunek Aleksandra do niego wzrósł tak bardzo, że wkrótce jego córka została wydana za mąż za jednego z najbliższych towarzyszy króla, Perdikkasa.