Po zakończeniu kariery zawodniczej został trenerem hokejowym. Już w sezonie 2002/2003 był asystentem w swoim ostatnim klubie z Atlanty i prowadził tam zespół juniorski. Następnie powrócił do ojczyzny i trenował kadry juniorskie Niemiec do lat 15 i do lat 18. Od 2005 do maja 2011 prowadził seniorską reprezentację Niemiec: na turniejach mistrzostw świata 2006 (Dywizja I), 2007, 2008, 2009, 2010, 2011 (Elita) oraz na zimowych igrzyskach olimpijskich 2006 i 2010. Ponadto w tym czasie funkcjonował jako asystent trenera w ramach reprezentacji Niemiec do lat 20 na turniejach mistrzostw świata juniorów do lat 20 w 2010 (Dywizja I) i 2011 (Elita). Na turnieju seniorskich mistrzostw 2010 rozgrywanych u siebie w kraju Niemcy pod jego wodzą osiągnęły największy sukces od 1953, docierając do półfinału turnieju - w tej fazie 20 maja 2010 uległy Rosji 1:2, tracąc drugiego gola w 59. minucie spotkania (następnie w meczu o brązowy medal Niemcy przegrały ze Szwecją 1:3). Rok później, na turnieju 2011 w meczu otwarcia 20 kwietnia Niemcy po raz pierwszy w historii pokonały Rosję (2:0), a ponadto wygrały wszystkie mecze grupowe; później odpadły w ćwierćfinale ze Szwecją 2:5. Jeszcze pod koniec 2010 Uwe Krupp zapowiedział rezygnację z prowadzenia kadry Niemiec w kolejnym roku. Po zakończeniu mistrzostw 2011 jego następcą na stanowisku selekcjonera został Szwajcar Jakob Kölliker. 1 czerwca 2011 Krupp został trenerem i menadżerem swojego macierzystego klubu z Kolonii w lidze DEL. Został zwolniony w połowie października 2014. W grudniu 2014 został trenerem Eisbären Berlin.