Április 10-én kora reggeli órákban az osztrák hadsereg átkelt az Inn folyón és megszállták Bajorországot. A korai osztrák támadás meglepte a franciákat, Napóleon maga is Párizsban volt, amikor értesült az invázióról. 17-én érkezett Donauwörth-be a Grande Armée-hoz, melynek két szárnya 120 km-re volt elválasztva, de a bajor csapatok vékony kordonjai egyesítették. Károly elnyomta a francia sereg bal szárnyát és Davout marsall III. Hadteste felé vezette embereit. Napóleon katonáit Eckmühl városa felé vezényelte. Az eckmühli csatában a franciák győzelmet arattak és ez arra kényszerítette Károly főherceget, hogy vonja vissza erőit a Dunán át Csehországba. Május 13-án Bécs négy év után másodjára is elesett, de a háború folytatódott, mert az osztrák seregek nagy része túlélte a kezdeti dél-németországi hadműveleteket.