Zu Beginn des fünften Koalitionskrieges kam Pelleport im Rang eines Colonels in den Stab von Napoleon und nahm u. a. an den Kämpfen bei Aspern (21./22. Mai 1809) und Wagram (5./6. Juli 1809) teil. Nach dem Waffenstillstand von Znaim (12. Juli 1809) konnte er wieder nach Frankreich zurückkehren.