1937年12月日军进攻南京前夕，京芜线路轨奉铁道部运输司令部指令被分段拆除。12月7日中华门站东侧的雨花路铁路平交道口处，因遭到侵华日军松井石根部队的对雨花台强行攻击的炮火轰炸而损坏。12月9日，中华门站的员工和部分设备等，和江南铁路公司其他人员一道南下芜湖。苏、皖在日军占领期间，日军铁道队修复了全线，并改名南宁线，起点站设于下关车站（经京市铁路）。