Inicialment el general Salom estava a càrrec de Pasto, però va tornar a Quito per ordre de Bolívar. Una guarnició es va quedar ocupant la ciutat al comandament del coronel Juan José Flores. Al juny de 1823 esclata el segon aixecament de Pasto, aquesta vegada al comandament del coronel Agustín Agualongo. Després de la victòria de Bolívar sobre els reialistes a la batalla d'Ibarra el 17 de juliol de 1823 li va donar ordres a Salom de pacificar Pasto. Salom va haver de coordinar les seves forces amb el general José de Jesús Barreto i el coronel Joseph Hermógenes Maça, i sense contemplacions de cap tipus va completar la tasca en menys d'un mes. 1.000 ciutadans de Pasto van ser reclutats per la força, i 300 van ser exiliats a Quito i Guayaquil; es van afusellar a capitosts i presoners reialistes i es van confiscar gran quantitat de béns. S'ordenà, a més, l'execució de 14 habitants il·lustres de Pasto, llançant-los en parelles i amarrats als precipicis del Riu Guáitara. Segons Gutiérrez Ramos: «"així van intervenir els caps patriotes en les cruels campanyes dutes a terme contra aquella Vendée colombiana, fins al punt d'haver violat cínicament compromisos solemnement adquirits"». No obstant això, el 18 d'agost Agualongo va tornar a concentrar suficients guerrillers al voltant de Pasto com per assetjar a la guarnició republicana, que va haver d'abandonar cinc dies després. Salom va ser reemplaçat pel general Joseph Mires al comandament de les forces patriotes. El 13 de setembre el coronel Flores va vèncer a Agualongo i va reconquerir Pasto per a la causa patriota. El 13 d'octubre Salom venç al coronel reialista a Catambuco.