Mercier trat 1979 in die französischen Luftstreitkräfte ein und schloss ein Studium 1981 ab. Bis 1983 absolvierte er die Ausbildung zum Kampfflugzeugführer und war danach unter anderem als Fluggruppenführer eingesetzt, und erreichte auf der Mirage F1 und Mirage 2000 insgesamt über 3000 Flugstunden, davon 182 Stunden in Kampfeinsätzen im Rahmen der Operation Deny Flight über Bosnien und Herzegowina 1994. Als Staffelkapitän kommandierte er zeitweise die Staffel 1/12 „Cambrésis“. Nach einer Verwendung im NATO-Kommando AFNORTH in Brunssum war er ab 2001 für den Militärflugplatz Reims mit allen dort stationierten Einheiten verantwortlich und bereitete diese nach dem 11. September 2001 auf den Einsatz in Afghanistan vor.