Podczas mistrzostw świata w Sapporo najwyższym miejscem Kowalczyk okazała się 9. pozycja w biegu łączonym na 15 km na dochodzenie, rozegranym 25 lutego 2007. Zajęła również 17. miejsce w sprincie i 18. miejsce na 10 km stylem dowolnym. Porażką natomiast zakończył się start na głównym dystansie 30 km stylem klasycznym – Kowalczyk nie ukończyła tego biegu.