Новый предолимпийский сезон Алёна начала в Братиславе на Мемориале Непелы. Её выступление было признано не совсем удачным, она не сумела пробиться в пятёрку. Следующий старт состоялся в Ницце на Кубке города в октябре 2016 года, где она заняла четвёртое место. В середине ноября россиянка выступала на этапе Гран-при в Париже, где на турнире Trophée de France финишировала последней. В начале декабря Леонова выступала в Хорватии на турнире Золотой конёк Загреба, где она удачно выступила и заняла третье место, при этом она улучшила свои прежние достижения в сумме и произвольной программе. В конце декабря в Челябинске на чемпионате России она заняла тринадцатое место. В начале февраля 2017 года российская одиночница выступала в Алма-Ате на зимней Универсиаде, на соревнованиях она выступила не совсем уверенно и заняла пятое место.