Em 2000, assinou com a Roma, onde participou da conquista do Scudetto e da Supercopa da Itália em 2001. Após se destacar no clube romano, a Juventus e o Real Madrid se interessaram pelo seu passe. A Roma queria vende-lo para o Real Madrid, mas Emerson preferiu assinar com a Juventus e foi vendido por um valor em torno de 15 milhões de euros. Apesar de não ganhar títulos na Juventus, destacou-se; era um jogador de confiança do técnico Fabio Capello.