Народившись у сім'ї сенегальця і гвінейки, Буна Сарр мав право, окрім французької, виступати за будь-яку з цих двох національних збірних. У грудні 2014 року він був запрошений національною збірною Гвінеї увійти у заявку її команди на Кубок африканських націй 2015 року, але відмовився. Наприкінці квітня 2018 року Сарр отримав виклик і від збірної Сенегалу, відхиливши і цю пропозицію.