Во время Второй мировой войны синагога использовалась немцами как склад зерна. В июле 1944 года сгорела в ходе боёв за Вильнюс. Крыша здания была полностью разрушена, внутренности выгорели, но стены остались стоять. Однако новые власти Вильнюса не согласились на восстановление синагоги.