Quando, no início da guerra de 1859, Francisco V, duque de Modena, foi expulso e instituído um governo provisório, Farini foi enviado como comissário piemontês àquela cidade; mas, embora lembrado após a paz de Villafranca que encerrou a Segunda Guerra da Independência italiana, ele estava determinado a anexar a Itália central à Sardenha / Piemonte e ficou para trás, tornando-se cidadão modenês e ditador do estado. Ele negociou uma aliança com Parma, Romagna e Toscana, quando outros governos provisórios foram estabelecidos, e confiou a tarefa de organizar um exército para esta liga italiana central ao General Manfredo Fanti.