Die Ägyptische Expedition beendete die Herrschaft der Mamlukenhaushalte: Ende Juni 1798 landete Napoleon mit einer Armee von 33.000 Mann bei Alexandria und schlug die an militärischer Effektivität deutlich unterlegenen Mamluken in den Schlachten bei Shubrakit, bei Imbaba und bei Salihiyya vernichtend. Daraufhin zog sich der größte Teil der Mamluken angeführt von Murād Bey nach Oberägypten zurück. Ein kleiner Teil, angeführt von Ibrahim Bey, flüchtete nach Palästina zum osmanischen Gouverneur Ahmed Pascha al-Jazzar. Napoleon ließ die Steuerpacht-Gebiete und den Besitz der Mamluken konfiszieren und nahm die Verfolgung der beiden Mamlukenführer auf. General Desaix marschierte Anfang 1799 in Oberägypten ein. Murād Bey gelang es, den französischen Truppen ständig auszuweichen, wodurch er verhinderte, dass diese für die Nahrungsversorgung Unterägyptens wichtige Provinz komplett unter französischer Kontrolle geriet. Napoleon übernahm die Verfolgung von Ibrahim Bey, brach diese nach dem Scheitern der Belagerung von Akkon im März 1799 aber ab. Im August 1799 verließ Napoleon Ägypten und übertrug den Oberbefehl an General Kléber, der mit Murād Bey ein Friedensabkommen erreichen konnte und ihm die Kontrolle über Oberägypten (unter französischer Oberherrschaft) gewährte. Anfang Juni 1801 landeten britische Truppen bei Qusair im Rahmen des britisch-osmanischen Feldzugs gegen die französische Besetzung Ägyptens. Die Mamluken in Oberägypten (ihr Anführer Murād Bey war zuvor gestorben) beendeten darauf ihre Kooperation mit den Franzosen. Ende August 1801 kapitulierten in Alexandria die letzten französischen Truppen. Ibrahim Bey kehrte mit Yusuf Paschas osmanischer Armee aus Syrien nach Kairo zurück.