兩國關係往年因為印度尼西亞在東南亞的霸權主義而緊張，然在2005年，新加坡與印尼簽暑一項諒解備忘錄，兩國之間互相開放更多的航權，新加坡總理李顯龍在2005年印尼巴里島會見了印尼總理蘇西諾，並於2005年巴厘島爆炸案僅止兩天後，雙方就同意加強打擊恐怖主義，並討論了經濟、貿易和投資的合作，總體上印尼和新加坡關係是往好的一面展開，然而目前也有些問題如印尼禁止出口花崗岩和砂至新加坡，而這兩項材料是新加坡建築業所需要的。