Enkele uren na de aanval op Pearl Harbor op 8 december 1941 begon ook de Japanse aanval op Filipijnen. Quezon, die in Baguio verbleef, keerde direct terug naar Manilla. Toen enige weken later duidelijk werd dat de stad in Japanse handen zou vallen, werd Quezon samen met familieleden en kabinetsleden naar het eiland Corregidor geëvacueerd. Daar bevond zich ook het hoofdkwartier van generaal Douglas MacArthur, die door president Roosevelt was benoemd tot commandant van het Amerikaanse leger in het Verre Oosten. Nadat duidelijk was geworden dat beloofde versterkingen niet zouden arriveren en de Filipijnse en Amerikaanse troepen de Slag om de Filipijnen uiteindelijk zouden verliezen werden Quezon en zijn familie en kabinetsleden via de Visayas geëvacueerd naar Mindanao, vanwaar ze met enkele B17 bommenwerpers werden overgevlogen naar Australië. Van daar vertrokken ze, enkele dagen na de val van Bataan, per schip naar de Verenigde Staten.