Ovšem muslimové přešli do protiútoku. Na krátkou chvíli znovudobyla skoro celý subkontinent Surská říše, založená afghánskou muslimskou dynastií. Existovala v letech 1540–1556. Mnohem trvalejší se ukázala být Mughalská říše. Její základy položil Bábur, vládce Kábulu. V bitvě u Pánípatu v roce 1526 porazil posledního dillíského sultána Ibráhima Lódího, čímž se mu otevřela cesta do Dillí a Ágry, budoucích center mughalského impéria. Báburův syn Humájún nadále pacifikoval sever Indie, rozsáhlá teritoriální expanze pak nastala za třetího mughalského císaře Akbara (vládl 1556–1605), který rozšířil říši od Gudžarátu po Bengálsko a Dakšin. S nástupem Aurangzéba na císařský trůn začal proces postupné ztráty stability a decentralizace říše. Souviselo to mj. s Aurangzébovou násilnou islamizací země, která kontrastovala s dosavadní náboženskou tolerancí Mughalů vůči neislámským tradicím. Uvnitř říše se začala formulovat lidová hnutí se silně protimughalskými postoji. Významnými odpůrci Mughalů byli zejména Džátové, Maráthové a sikhové. Jeden ze smrtících úderů Mughalské říši ovšem, paradoxně, zasadili muslimové, a to ti útočící na počátku 18. století z Persie pod velením Nádir Šáha. Poté již Mughalská říše uvolňovala území různým hinduistickým státním útvarům, jako bylo Maisúrské království (jen nakrátko muslimy ovládnuté), Maráthská říše nebo Sikhská říše.