Thaçi voerde in de eerste paar maanden van 1999 de onderhandelingen voor het Kosovo Bevrijdingsleger over het Akkoord van Rambouillet en stelde zich op als leider van de Kosovaren. Met steun van de Verenigde Staten passeerde Thaçi hiermee zowel Ibrahim Rugova (schaduwpresident van Kosovo) en Bujar Bukoshi (schaduwpremier) en vervulde als tweede de rol van premier in ballingschap en hoofdvertegenwoordiger van het verzet van Kosovo van 2 april 1999 tot 1 februari 2000.