Watersov otec neskôr zmenil svoj postoj stal sa pacifistom, vstúpil do Britskej armády a dňa 11. septembra 1943 bol zaradený do služby ako podporučík 8. práporu kráľovských strelcov. O päť mesiacov neskôr, 18. februára 1944 bol zabitý v meste Aprilia počas Operácie Shingle (vylodenie pri Anziu). Roger Waters mal vtedy päť mesiacov. Jeho meno sa nachádza v zozname padlých na vojenskom cintoríne Cassino v meste Aprilia. Waters dňa 18. februára 2014 odhalil svojmu otcovi a ďalším vojnovým obetiam v Aprilii pomník a stal sa tiež čestným občanom Anzia. Po smrti svojho manžela sa Mary Watersová, ktorá bola tiež učiteľka, presťahovala so svojimi dvoma synmi do Cambridge, kde pokračovala s ich výchovou. Prvé spomienky Rogera Watersa z jeho detstva pochádzajú z osláv víťazstva vojny nad japonskom, ktoré sa konali na konci druhej svetovej vojny.