La ville de Paris ferme l'aquarium en 1985, pour raison de vétusté (on compte également à cette date moitié moins de fréquentation que dans les années 1960, soit annuels contre auparavant. Il est ensuite reconstruit en 2006. Certains éléments de sa décoration sont inspirés de l'œuvre "Vingt mille lieues sous les mers" de Jules Verne qui, à son tour, s'était inspiré de l'aquarium de l'exposition de 1867 pour certains éléments de son roman.