לאחר מכן היא החלה לעבוד ישירות עבור המנהיג המהפכני מייקל קולינס. לפי ההוראות היא התפטרה מקומן נה מאן, כאשר הארגון יצא נגד האמנה האנגלו-אירית. מקמהון עצמה נמנעה מתמיכה פומבית באלו מן הצדדים במלחמת האזרחים האירית, ופעילותה הציבורית הפוליטית הסתיימה ב-6 בדצמבר 1921, עם חתימת האמנה. עם זאת, היא המשיכה לעבוד עבור קולינס והחזיקה בניירותיו עד מותו ב-1922. קולינס היה מודע לכך שמי שעובד איתו נתון בסכנה, אך מקמהון בינתיים נישאה והעתיקה מגוריה מהעיר, דבר שהוסיף לביטחונה.