La nuova nazionale di calcio della Jugoslavia, sebbene fondata nel 1992, non disputò una gara ufficiale prima del 23 dicembre 1994, quando fu sconfitta in amichevole per 2-0 dal . La Jugoslavia non poté giocare le qualificazioni al campionato del mondo del 1994 negli Stati Uniti a causa delle sanzioni internazionali applicate dalla FIFA, così come dalla UEFA per il campionato d'Europa del 1996 in Inghilterra, sanzioni dovute ai conflitti bellici nei Balcani. Con tale denominazione (mantenuta fino al 2003) si qualificò al campionato del mondo del 1998 e al campionato d'Europa del 2000.