Tensões políticas e religiosas minaram a estabilidade do país e, ainda em 1956, rebentou a guerra civil, iniciada no sul, contra o domínio do norte. Em causa estavam as rivalidades seculares entre o Norte, de religião muçulmana, e o Sul, de tradição cristã e animista de expressão africana. Em 1958, após as primeiras eleições, o novo governo foi derrotado pelo tenente-general Ibrahim Abboud, o qual dissolveu o Parlamento, suspendeu a Constituição, declarou lei marcial e se autoproclamou primeiro-ministro. Em 1964, Abbud foi deposto por uma revolução popular e assumiu o poder um Conselho de Estado.