Для Керри была характерна поддержка новых украинских властей. Его переговоры с министром иностранных дел РФ Сергеем Лавровым по украинскому вопросу протекали с переменным успехом, несколько раз находившегося в Москве с визитом Керри принимал президент России Владимир Путин. Эти встречи и переговоры не привели к значимым результатам. После вхождения Крыма в состав России Керри отрицательно отнёсся к данному факту, назвав это «вопиющим шагом со стороны России», которая напомнила ему о начале второй мировой войны. Следуя официальной американской позиции, Керри в марте 2014 года счёл референдум о статусе Крыма нелегитимным.