Der Rajon wurde am 17. Januar 1940 nach der Annexion Ostpolens durch die Sowjetunion gegründet, kam dann nach dem Beginn des Deutsch-Russischen Krieges im Juni 1941 ins Generalgouvernement in den Distrikt Galizien und nach der Rückeroberung 1944 wieder zur Sowjetunion in die Ukrainische SSR. Ende 1962 wurden der "Rajon Skala-Podilska" und der "Rajon Melnyzja-Podilska" aufgelöst und zum heutigen Rajon vereint, seit 1991 ist er Teil der heutigen Ukraine.