Pozostając aktywnym uczestnikiem kawiarnianego życia szachowego w okupowanej Warszawie, w styczniu 1940 Łowcki został aresztowany przez hitlerowców. Razem z nim zatrzymano dużą grupę szachistów, zgromadzonych w kawiarni Jana Kwiecińskiego; uwięzieni gracze, w liczbie około trzydziestu, zdołali rozegrać w areszcie turniej, którego zwycięzcą został Łowcki. Wkrótce część szachistów została zamordowana, m.in. Dawid Przepiórka, Achilles Frydman, Stanisław Kohn. Ofiarą zbrodni padł również Mojżesz Łowcki, prawdopodobnie rozstrzelany w Palmirach między styczniem a marcem 1940; Litmanowicz i Giżycki podają, że śmierć poniósł w jednym z obozów koncentracyjnych.