2011年3月12日の爆発事故後、石丸も一時秋田の実家に避難していたが、一時帰宅を利用し資料とPCの回収に成功、福島県内（作業員の待機場所となっているいわき市）に戻って活動を再開する意向を表明しており、2011年9月より実際に転居し、活発に講演活動を実施しているという。事故については地震発生時より危惧しており屋内に放射性物質が侵入しないように目張りをし、すぐに家族を退避、石丸当人は1号機の爆発があった3月12日にその音を聞いた後、晩に退避している。事故については「四〇年間使ってきた原発の「実験炉」に社会常識から外れることをやってきて、今日の事故を迎えた」と電力自由化による維持費削減傾向や高経年化を批判し、「規制当局である原子力安全保安院が誘導して起きた事故」「国家的犯罪」としている。