Accompagnò poi sua nipote, la regina, ed il principe Edoardo a Burgos, in Spagna, per il matrimonio di Edoardo con Eleonora di Castiglia. Durante la Seconda guerra dei baroni, pare che Bonifacio avesse fatto inizialmente causa comune con i vescovi inglesi contro le esazioni del papa e del re, ma si sarebbe successivamente e gradualmente avvicinato alle posizioni del sovrano. Nel 1262 si ritirò in Francia ove si unì ai legati pontifici nella scomunica dei baroni ribelli.