Bei der Primetime-Emmy-Verleihung 2000 wurde "In Excelsis Deo" 2-mal ausgezeichnet. Prämiert wurde die Episode sowohl in der Kategorie "Bestes Drehbuch für eine Dramaserie", als auch für die Darstellerleistung von Richard Schiff, der als bester Nebendarsteller in einer Dramaserie ausgezeichnet wurde. Zudem wurde die Episode in der Kategorie "Bester Einzelkamera-Schnitt für eine Dramaserie" nominiert.