La începutul Primului Război Mondial Jean Clunet a fost chirurg militar în Regimentul de linie 332 și a participat la bătălia de la Charleroi (în august 1914), la retragerea pe aliniamentul râului Aisne și la Bătălia de la Berry-au-Bac.. Ulterior a făcut parte din Corpul expediționar francez și a participat la bătălia de la Gallipoli Aici s-a îmbolnăvit de dengue; după vindecare s-a întors la Paris și a lucrat un timp la .