Na de revolutie werd het Epifanieklooster gesloten. Tijdelijk werden de kerken van het klooster als parochiekerk gebruikt. In 1925 werden de klokkentoren en de Kerk van de heilige Johannes de Doper gesloopt. In 1929 werd de laatste eredienst toegestaan in de kathedraal. Vervolgens werd het kloostercomplex veranderd in een campus voor studenten en arbeiders. In 1940 wordt op het grondgebied van het klooster een kantoor van vier verdiepingen gebouwd. De kathedraal, de cellen van de monniken en het woonhuis van de abt zouden de enige gebouwen zijn die de atheïstische staat zouden overleven.