Obwohl Lynch die Besetzung des Four Courts, durch eine Gruppe extremer Republikaner in Dublin, ablehnte, schloss er sich der Besatzung im Juni 1922 an, als das Gebäude von der neu gebildeten Freistaats-Armee angegriffen wurde. Dies markierte den Beginn des Irischen Bürgerkriegs. Lynch wurde von den Streitkräften des Freistaates verhaftet, durfte Dublin aber unter der Voraussetzung verlassen, dass er versuche, den Kämpfen Einhalt zu gewähren. Stattdessen aber begann er schleunigst den Widerstand anderorts zu organisieren.