W 2005 roku Marrugo został powołany przez szkoleniowca Eduardo Larę do reprezentacji Kolumbii U-20 na Młodzieżowe Mistrzostwa Ameryki Północnej. Tam pełnił rolę podstawowego zawodnika swojej drużyny, rozgrywając siedem z dziewięciu spotkań, z czego sześć w wyjściowym składzie i strzelił gola w spotkaniu rundy finałowej z Wenezuelą (2:0). Jego kadra, w której występowali wówczas zawodnicy tacy jak Fredy Guarín, Hugo Rodallega czy Radamel Falcao i pełniąca wówczas rolę gospodarza triumfowała ostatecznie w tym turnieju. Kilka miesięcy później znalazł się w składzie na Mistrzostwa Świata U-20 w Holandii, gdzie również miał pewne miejsce w wyjściowej jedenastce i wystąpił w trzech meczach, tym razem nie wpisując się na listę strzelców. Kolumbijczycy odpadli natomiast z młodzieżowego mundialu w 1/8 finału.