En la situación de emergencia creada por el derrocamiento del Gobierno provisional y el surgimiento de uno basado en los sóviets (consejos) y surgido del Segundo Congreso Panruso de los Soviets, la Administración heredada de aquel no resultó efectiva, en parte por el rechazo de muchos de los funcionarios a aceptar la legitimidad del nuevo Gobierno, denominado Sovnarkom. El CMR devino entonces en el organismo en el que se apoyó el nuevo Sovnarkom para afrontar la situación y establecer su control en la capital; en la práctica, fue el primer Gobierno efectivo tras la revolución. Para los dirigentes bolcheviques, se convirtió en el instrumento esencial para afirmar su nuevo poder, al comienzo mediante la supresión de los focos de resistencia a la Revolución de Octubre, la toma y salvaguarda de instituciones e instalaciones claves para el Gobierno, el control de los pogromos y saqueos, el aplastamiento de la rebelión de los cadetes de la capital o la derrota del intento de Kérenski de retomar el poder. Para oponerse a este, el CMR trasladó el centro de operaciones a la sede del distrito militar de la capital cerca del Palacio de Invierno y allí se dirigió Lenin la madrugada del desde el congreso de los soviets para alentar las actividades contra Kérenski.