Garrel ist Lehrer an der Hochschule für Film und Audiovision in Paris (La fémis). In den 1980er-Jahren war er mit der Schauspielerin Brigitte Sy verheiratet, mit der er die Kinder Louis und Esther Garrel bekam. Sohn und Tochter sind ebenfalls Schauspieler. Die Familienmitglieder hatten oft Rollen in Garrels Filmen, Louis zuletzt in "Un été brûlant", der 2011 eine Einladung in den Wettbewerb der 68. Internationalen Filmfestspiele von Venedig erhielt.