В начале Великой Отечественной войны дивизия Бикжанова принимала участие в Белостокско—Минском оборонительном сражении, действуя в составе 10-й армии. В июле 1941 года она попала в окружение в районе Гродно, Лида, Новогрудок и в последующих боях распалась на отдельные группы. 17 июля 1941 года Бикжанов, зарыв в землю свои документы и форму, переоделся в штатское, после чего вместе с небольшой группой офицеров своей дивизии попытался выйти из окружения, но 25 июля попал в плен в деревне Заболотье Пуховичского района Минской области. Первоначально содержался в лагере для военнопленных у города Пуховичи, затем в польском городе Замосць. В апреле 1942 года он был переправлен в концентрационный лагерь Хаммельбург, в июле 1943 в лагерь военнопленных в Нюрнберге, в сентябре 1943 — в крепостную тюрьму Вайсенбург. 29 апреля 1945 года Бикжанов был освобождён частями 3-й американской армии. 5 июня 1945 года Бикжанов через советскую военную миссию по репатриации в Париже был отправлен в Москву. Прошел спецпроверку СМЕРШ в Москве.