Il participe à la guerre d'indépendance de 1991-1994, qui aboutit à la création de la république auto-proclamée du Haut-Karabagh. Il s'impose dans la hiérarchie militaire, devenant le numéro deux de l'armée. Entre 1999 et 2001, il est ministre de l'Intérieur et, entre 2001 et 2007, chef de la sécurité nationale.