Luonnonsuojelu on Kreikassa ollut jäljessä moniin muihin Euroopan maihin verrattuna. Tilanne on kehittynyt EU:n laajuisten suojeluohjelmien ansiosta. Nykyisin Kreikassa on kymmenen kansallismetsää, kaksi merikansallispuistoa sekä 15 muuta kansallispuistoa. Maassa on myös viisi geopuistoa, 443 Natura 2000 -aluetta sekä 10 Ramsarin sopimuksella suojeltua kosteikkoaluetta.