La "Catedral de Sant Giles" fou solament catedral en el seu sentit formal (és a dir, amb un bisbe) durant dos períodes durant el segle XVII (1635-1638 i 1661-1689), quan l'Església episcopal escocesa era recolzada per la Corona d'Escòcia. Durant aquest període va existir un conflicte sobre aquest tema denominat "Guerra dels bisbes".