Nonostante avesse ricevuto un'offerta dalla Minardi, lo spagnolo accettò di ricoprire il ruolo terzo pilota per la Prost, salvo poi accordarsi con la Jaguar per ricoprire le medesime funzioni; il nuovo accordo scatenò la dura reazione di Alain Prost che criticò il comportamento del pilota. Il passaggio di Burti alla Prost dopo il Gran Premio di San Marino gli permise quindi di disputare il campionato 2001 e riuscì ad ottenere un quinto posto nel Gran Premio d'Italia e un sesto al Gran Premio del Canada. Più tribolato fu il campionato 2002; in questa stagione lo spagnolo era molto rapido in qualifica, ma in gara, per una serie di coincidenze sfortunate e la scarsa affidabilità della vettura, fermarono spesso il pilota tanto che chiuse senza punti.