Przyjął propozycję Interu Mediolan, ale nie potrafił spełnić wysokich wymagań prezesa Massimo Morattiego. Czwarte miejsce na koniec rozgrywek 1999–2000 i porażka ze szwedzkim Helsingborgs IF w eliminacjach do Ligi Mistrzów, spowodowały, że już po roku podziękowano Lippiemu za współpracę.