Pocházel z početné rodiny úspěšného textilního průmyslníka Sira Roberta Peela (1750–1830), který počátkem 19. století patřil k nejbohatším Britům. Narodil se na rodovém sídle "Chamber Hall" v Lancashire jako pátý syn. Čtyři jeho bratři zasedali v Dolní sněmovně a nejstarší z nich Robert Peel (1788–1850) se stal britským premiérem. Jonathan vstoupil v roce 1815 do armády a ještě téhož roku se jako podporučík zúčastnil bitvy u Waterloo. Aktivní vojenskou službu opustil v roce 1827 v hodnosti podplukovníka, mezitím s podporou staršího bratra vstoupil do politiky a byl zvolen do Dolní sněmovny. Za stranu toryů byl v letech 1826–1830 poslancem za město Norwich, po neúspěchu ve volbách v roce 1830 byl od následujícího roku poslancem za Huntingdon (1831–1868). V politice spolupracoval se starším bratrem Robertem a parlamentních jednání se aktivně zúčastnil, kromě toho se věnoval podnikání a angažoval se také v aktivitách Východoindické společnosti.