Während und nach der Zeit des Völkermordes an den Armeniern im Osmanischen Reich und nach dem Verlust ihrer Heimat an die Türkei fanden etwa 50.000 Armenier Zuflucht im Iran. Nach der Zerschlagung der Demokratischen Republik Armenien, der Errichtung der Armenischen SSR 1920 und den nachfolgenden Säuberungen unter Josef Stalin überquerten weitere Flüchtlinge aus Armenien die Grenze in den Iran, unter ihnen Nikolai Lauri aus Bergkarabach, der spätere Architekt der Teheraner Marienkirche. So nahm die Anzahl der Armenier – mehrheitlich Angehörige der armenischen apostolischen Kirche – in der iranischen Hauptstadt stark zu, und es zeigte sich die Notwendigkeit, eine neue Kirche zu bauen. Am 17. April 1937 kamen Mitglieder der armenisch-apostolischen Gemeinde in Teheran zusammen, und der armenische Architekt Nikolai Lauri wurde gebeten, einen Plan vorzustellen für die Errichtung einer neuen Kirche auf Grundlage eines Budgets von 60.000 Toman. Nikolai Lauri starb jedoch bereits 1939, und der Plan wurde von Nikolai Markow verwirklicht. Roman Isajan (in Russland Isajew genannt) finanzierte den Bau der Kirche, der 100.000 Toman kostete. Die Bauarbeiten begannen am 17. April 1938 unter Beteiligung zahlreicher Armenier und Geistlicher aus den Kirchen Teherans. Das Kirchengebäude war 1938 fertig, wurde aber erst 1945 von Karekin I. von Kilikien als Kirche der Heiligen Muttergottes "(Surb Astvatsatsin)" konsekriert.