2008 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda tüm maçlarda oynadı. Ancak, gruplardan çıkamadılar. 2010 FIFA Dünya Kupası'nda 16 Haziran 2010 tarihinde İspanya ile yaptıkları maçta takımın kaptanlığını Alexander Frei'ın yerine yaptı. Maçı 1-0 kazandılar. İkinci maçta Frei, son maçta İnler kaptanlık yaptı. Son maçta Honduras ile berabere kalan İsviçre gruptan çıkamadı. 2011 yılında Frei'ın millî takımı bırakmasıyla kaptanlığa İnler getirildi. Son 16'ya kaldıkları 2014 FIFA Dünya Kupası'nda dört maçta da forma giydi. Leicester'da düzenli forma giyemeyen futbolcu, 2016 Avrupa Futbol Şampiyonası kadrosuna davet edilmedi.