L'anno successivo ha disputato da protagonista i Mondiali tedeschi del 2006. In quest'ultima competizione ha giocato tutte le gare ad'eccezione la partita d'esordio contro la Costa Rica per un problema al polpaccio. La Germania arriva in semifinale dove viene sconfitta per 0-2 dai futuri campioni dell'Italia. Ritornato in nazione dopo aver recuperato dall'infortunio alla caviglia, Ballack ha guidato la Germania agli Europei del 2008 in Svizzera ed Austria. In questa competizione è andato a segno contro l'Austria nella terza partita della fase a gironi e nei quarti di finale contro il Portogallo. La Germania si è arresa in finale contro la Spagna, con Ballack schierato ugualmente nonostante venisse da un brutto infortunio al polpaccio destro.