גם בעונה הבאה סיימה מילאן במקום השני בליגה, לפני שהורדו לה 30 נקודות בשל חלקה בפרשת הטיית המשחקים. בעונת 2006/07 היה פירלו השחקן המוביל בקבוצה בדקות משחק והוא עזר לקבוצתו לזכות בפעם השנייה תוך ארבע שנים בליגת האלופות, אחרי ניצחון 1–2 על ליברפול במשחק הגמר. בזכות היכולת באותה שנה הגיע למקום השביעי בכדורגלן השנה בעולם לפי פיפ"א ולמקום החמישי בכדור הזהב, הישגיו הגבוהים ביותר בשני תארים אלו בקריירה שלו.