Die U-21-Fußball-Afrikameisterschaft 1999 war die elfte Auflage des vom Afrikanischen Fußballverband (CAF) organisierten Turniers für Junioren-Fußball-Nationalmannschaften (U-21) Afrikas. Das Turnier wurde vom 21. Februar bis 7. März 1999 in Ghana ausgetragen. Sieger wurde der Gastgeber durch einen 1:0-Sieg gegen Nigeria. Die beiden Finalisten sowie die unterlegenen Halbfinalisten Kamerun und Sambia sowie der Fünfte Mali qualifizierten sich für die Junioren-Weltmeisterschaft 1999 in Nigeria.