Nganioni spielte im September 2010 erstmals für eine französische Jugendnationalauswahl. Mit der U-17-Auswahl nahm er 2012 an der Europameisterschaft teil. Bei dieser kam er in allen drei Spielen der Franzosen zum Einsatz, die als Gruppendritter bereits in der Vorrunde ausschieden. Mit der U-19-Mannschaft nahm er 2013 ebenfalls an der EM teil, wo Frankreich Zweiter wurde. Nganioni kam jedoch während des Turniers zu keinem Einsatz.