Ёнай сыграл большую роль и в Токийском трибунале: сам он к суду привлечён не был, но согласовывал свои показания с главными обвиняемыми, такими как Хидэки Тодзио, чтобы Император Хирохито не был осуждён. Как утверждал переводчик Ёная Сюити Мидзота, американский начальник «психологических операций» обращался к Ёнаю с предложением дать такие показания, чтобы выставить Тодзио главным виновником Тихоокеанских войн.