Nach dem Besuch des Radley College trat Walter Kerr im August 1853 als Seekadett in die Royal Navy ein und nahm zwischen 1854 und 1855 am Krimkrieg teil. Im August 1855 erfolgte seine Beförderung zum Midshipman. Nachdem er an der Niederschlagung des Indischen Aufstandes von 1857 teilgenommen hatte, wurde er am 5. September 1859 zum Kapitänleutnant "(Lieutenant)" befördert. In der Folgezeit fand er zahlreiche Verwendungen als Seeoffizier und erhielt 1868 für die Rettung eines Menschen in Seenot die Silbermedaille der "Royal Humane Society". Am 3. April 1868 erfolgte zudem seine Beförderung zum Fregattenkapitän "(Commander)" sowie am 30. November 1872 zum Kapitän zur See "(Captain)". Er übernahm zwischen Oktober 1874 und August 1875 den Posten als Kommandant des Schulschiffs "HMS Agincourt" und war im Anschluss von August 1875 bis November 1877 Kommandant der Gepanzerten Fregatte "HMS Minotaur".