בשנת 2005 פתחה פורטוגל גם שגרירות משלה בטאלין. בעקבות מדיניות הצנע הנוקשה והמקיפה בפורטוגל לאחר משבר החוב האירופי, שהכניס את המדינה למשבר כלכלי עמוק משנת 2010, סגרה פורטוגל שוב את שגרירותה באסטוניה בשנת 2012, שמאז היא שייכת שוב למחוז המינהלי של שגריר פורטוגל בפינלנד.