איפר נוסדה לפני ספירת הנוצרים על ידי שבטים גאלו-בלגיים שחיו בפלנדריה. היא נכבשה ונחרבה במאה הראשונה לפני הספירה על ידי הרומאים. בימי הביניים הגיעה העיר למעמד כלכלי ותרבותי חשוב. בזכות מיקומה הנוח במרחק של עשרות קילומטרים ספורים מחוף הים הצפוני, ובסמוך לרשת דרכים, נהרות ותעלות, הייתה העיר לעיר מסחר חשובה, השלישית בחשיבותה בפלנדריה, אחרי ברוז' וגנט. כלכלתה התבססה על סחר טקסטיל, צמר ופשתן, בעיקר עם אנגליה, הולנד וצרפת. על אף שרפה שכילתה חלק מהעיר העתיקה ב-1241, השתקמה העיר במהירות. במחצית המאה השלוש עשרה מנתה אוכלוסייתה כ-40,000 איש (יותר מפריז ולונדון גם יחד, באותה עת), והיא נחשבה לעיר-מדינה עצמאית. עוצמתה של העיר באה לידי ביטוי גם בכוחות צבאיים ששלחה לקרב הדרבנים המוזהבים (1302), לקרב פבלנברג (1304) ולקרב קאסל (1328).