Die Königswahl und die folgenden kriegerischen Auseinandersetzungen mit Ludwig dem Bayern stürzten ihren Gemahl in Kosten und Elisabeth musste wiederholt Schmuck opfern. Während der zweieinhalbjährigen Gefangenschaft ihres Gemahls nach der Schlacht bei Mühldorf unterzog sich Elisabeth schweren Kasteiungen, die ihre Gesundheit gefährdeten. Am 13. Jänner 1330 starb ihr Gemahl, Elisabeth überlebte ihn nur wenige Monate. Sie wurde in der Wiener Minoritenkirche beigesetzt.