Pendant la guerre civile en Grèce, Arsène a servi d'opérateur radio. En 1950, après avoir accompli son service, il se rendit au mont Athos : d'abord auprès du père Cyrille, le futur abbé du monastère de Koutloumousiou, puis au monastère d'Esphigmenou (bien qu'il ne soutienne pas leur opposition ultérieure au patriarcat œcuménique).