1592年からは日本の豊臣秀吉からの侵攻を受けることになる（壬辰倭乱）。先祖の李成桂以来、平和な時代が続く中で有名無実化していた朝鮮軍は戦国時代によって鍛えられた日本軍に太刀打ちできず、一時は首都の漢城府（現在のソウル）から追われ、開城に向かったが、ここでは迎えるべき文武官は殆ど逃散し、また民衆からは、国王一行に罵声が浴びせられ、石を投げつけられる有様であった。続いて平壌さらには義州まで落ち延び明に救援を求めた。臨海君・順和君の2王子は捕らえられるという危機的状況に陥った。