L'an 1000 débute par une période de troubles dus à la rivalité entre les seigneurs et le clergé. Climat aggravé par la rivalité opposant le comte de Toulouse (Guillaume III de Toulouse) et le vicomte de Béziers. Le peuple se détourne de l'église. Dans la seconde moitié du , l'hérésie prend une part considérable dans la région et le Biterrois. L'église ne tarde pas à réagir. Le , l'armée de croisés occupe Servian désertée par ses habitants. Le soir même elle met le siège devant Béziers, suivi du massacre que nous connaissons. De nombreux petits seigneurs se soumettent, dont Béranger de Boujan. Après la mort de Simon de Montfort, en 1218 au siège de Toulouse, le pays se soulève à nouveau. La décision de Louis VIII de participer à la croisade et d'occuper le Languedoc met fin à l'insurrection. Louis VIII confie l'administration du pays à ses officiers royaux : bayles, sénéchaux et prévôts. Le village compte à cette époque (foyers) soit environ . Vers 1296, les habitants du Languedoc commencent à résister à l'Inquisition dont les abus et les massacres exaspèrent tout le monde. Y a-t-il eu des « cathares » à Boujan ? La liste des hérétiques de Béziers n'en relève aucun, contrairement à Servian, Corneilhan et Bassan.