W reprezentacji Kuby Fernández zadebiutował w 2003. W tym samym po raz pierwszy wystąpił w Złotym Pucharze, w którym wystąpił we wszystkich trzech meczach z Kanadą, Kostaryką i USA (czerwona kartka). W 2005 po raz kolejny wystąpił w Złotym Pucharze, w którym wystąpił we wszystkich trzech meczach z USA, Kostaryką i Kanadą.