In 1988 ging Katanec voor één seizoen naar VfB Stuttgart, waarmee hij in 1989 de finale van de UEFA Cup verloor van het Napoli van Maradona. Hierna stapte Katanec over naar Sampdoria en beleefde daar zijn succesvolste periode. In zijn eerste seizoen won "Samp" de Europacup II door in de finale Anderlecht met 2-0 te verslaan. In 1991 won Sampdoria de eerste 'Scudetto' uit haar geschiedenis en het jaar erop werd de finale van wat toen nog de Europacup I heette bereikt. Op Wembley werd na verlengingen verloren van het Barcelona van Johan Cruijff en Ronald Koeman.