Los Malleys se mudaron a Dublín cuándo Ernie era todavía un niño y, según el censo de 1911, vivían en el 7 de Iona Drive, Glasnevin. Su hermano mayor, Frank, se unió al Ejército cuando estalló la Primera Guerra Mundial. O'Malley estudiaba medicina en el University College Dublín en 1916 cuando el Levantamiento de Pascua sacudió la ciudad, y varios amigos unionistas intentaron convencerle para que defendiera el Trinity College, si los rebeldes intentaban tomarlo. Tras meditarlo, decidió unirse con el bando rebeldes y él y un amigo dispararon a las tropas británicas con un Mauser proporcionado por la Liga gaélica. Ernie se unió a la Compañía F, 1.º batallón, Brigada de Dublín, ya que su base estaba al norte del Liffey. La compañía pasó de tener solamente 12 hombres a 60 durante 1916. Collins, De Valera, y O'Hegarty visitaron el aula de entrenamiento, oculto en el 25 de Parnell Square.