Na zijn herstel voerde Hendrik een onafhankelijk commando aan in Saksen, waar hij de Elbe-linie door een manoeuvreeroorlog tegen het Oostenrijkse Rijksleger leidde. In het voorjaar van 1759 voerde hij meerdere offensieven tegen het Rijksleger aan en drong hij via plundertochten door tot aan de Main en tot in Franken. Na de nederlaag van koning Frederik II in de Slag bij Kunersdorf, die zonder gevolg bleven, toonde Hendrik zich zeer actief, drong hij een Oostenrijks legerkorps onder leiding van Karl de Ville terug naar Bautzen en versloeg hij andere korpsen nabij Hoyerswerda (25 september) en Pretzsch (29 oktober). In 1760 werd hij bevelhebber in Silezië, waar hij Breslau ontzette en de samensmelting van de Oostenrijkse en Russische troepen verhinderde. Na in de herfst van 1760 ziek te zijn geworden, werd hij in 1761 weer bevelhebber in Saksen. Op 29 oktober 1762 leidde hij met succes het Pruisische leger bij de Slag bij Freiberg, die het einde van de Saksische campagne en de Zevenjarige Oorlog in het algemeen inluidde. Het was een van zijn laatste militaire wapenfeiten. In 1778 commandeerde hij nog een legerkorps in de Beierse Successieoorlog, maar tot ongenoegen van zijn broer Frederik II bleef hij grotendeels inactief.