Древний город Анополис находился в районе современной . По соседству находился город Арадин () в районе современной деревни . Эти города и были в числе 30 городов Крита, которые в 183 году до н. э. заключили договор с пергамским царем Эвменом II. Также в древности были известен город Финик (, ), ныне деревня Лутро, а также , которая чеканила свою монету. В 1645 году после падения Ханьи турки пытались захватить Сфакью. Жители оказали ожесточенное сопротивление. После захвата Сфакьи турки убили много местных жителей и уничтожили деревни в области. В 1770 году сфакиоты восстали против турок под предводительством Даскалоянниса. Даскалояннис рассчитывал на поддержку Алексея Орлова. Восстание было жестоко подавлено, Анополис и Арадин были разрушены. Во время Греческой революции 1821 года сфакиоты первыми на Крите выступили против турок, а также сформировали временное правительство под названием . Сфакиоты одержали ряд побед над турками. В последующих критских восстаниях сфакиоты также играли ведущую роль. После Критской операции 1941 года в Хора-Сфакионе происходила эвакуация союзников. Во время оккупации Греции странами «оси» в Сфакье готовили партизан, гавани Сфакьи часто использовались союзниками для десанта.