Його сезон закінчився передчасно, під час матчу-відповіді проти «Челсі» 7 березня 2006 року, коли він зазнав розриву м'яза верхнього стегнового біцепса на правій нозі. Мессі працював над тим, щоб встигнути відновитись до фіналу Ліги чемпіонів, але 17 травня, в день матчу, тренерський штаб вирішив його не випускати. Каталонці обіграли «Арсенал» з рахунком 2:1, але сам Мессі був такою мірою розчарований, що не відзначав разом з усіма перемогу, про що згодом шкодував.