Instytucja jest podzielona na 13 wydziałów. W każdym z nich znajduje się wystawa dotycząca konkretnego okresu, wydarzenia lub postaci z historii narodu macedońskiego: zbrojnego oporu przeciwko osmańskim władzom w Macedonii; reform w Imperium Osmańskim i ich zastosowania w Macedonii w XIX wieku; powstania w Razłogu i Kresnie; politycznych, kulturalnych i edukacyjnych działań macedońskich intelektualistów w okresie sprzed powstania ilindeńskiego; działaczy Wewnętrznej Macedońskiej Organizacji Rewolucyjnej; rewolucyjnego roku 1903 podczas powstania ilindeńskiego i okresu istnienia Republiki Kruszewskiej; działalności Wewnętrznej Macedońskiej Organizacji Rewolucyjnej w okresie od końca powstania ilindeńskiego do rewolucji młodotureckiej; Macedonii w okresie rządów Młodoturków; wojen bałkańskich; Macedonii w czasie I wojny światowej; Macedonii w latach 1918–1941; ludowej wojny wyzwoleńczej z lat 1941–1944 oraz ofiar rządów komunistycznych.