Seddon besökte 1897 och 1902 de koloniala konferenserna i London och tog där starkt intryck av Joseph Chamberlains planer på koloniernas intimare sammanslutning med moderlandet genom ett preferenstullsystem. Vid boerkrigets utbrott 1899 gick Seddon i spetsen för koloniernas lojala uppslutning kring moderlandet, och 1903 genomförde han en lag om preferenstariff för brittiska varor.