Tras el golpe de estado de agosto de 2020 y el establecimiento de una junta militar, el 21 de septiembre -un día antes de que terminar el plazo dado por la CEDEAO- fue nombrado presidente interino de Malí por un comité designado por esta Junta militar en el poder. En el comité están representados el Comité Nacional para la Salvación del Pueblo (CNSP, que dio el golpe), así como el principal movimiento opositor M5-RFP y representantes civiles y políticos, según anunció la televisión nacional del país ORTM. El coronel Assimi Goïta fue a su vez nombrado vicepresidente del país. Fue el propio Goïta quien dio la noticia de los nombramientos.