在19世纪初希腊独立战争期间，斯塔夫罗尼基塔修道院以及整个圣山，经历了严酷的时代，一度被遗弃。此后，修道院又因1864年、1874年、1879年的三次大火遭受重创。重建的修道院又被债务缠身。到20世纪下半叶，修道院已被基本放弃。1981-1999年，修道院得到修复加固。