Saat Operasi Barbarosa - Invasi Jerman ke Rusia - pada 1941, Röder ditunjuk kembali untuk memimpin sebuah unit khusus SS, Unternehmen Zeppelin. Awalnya tugas dari unit ini adalah merekrut orang Rusia yang bersedia untuk dijadikan mata-mata dalam operasi spionase di garis belakang Rusia, namun belakangan tugasnya melenceng, dan justru menjadikan orang Rusia sebagai tawanan perang untuk dibunuh. Ia bertugas dalam komando Zeppelin hingga Februari 1943, sebelum kemudian dipindahtugaskan menjadi kepala keamanan SS di Budapest, Hungaria. Ia mengakhiri perang sebagai seorang pejabat di bagian hubungan luar negeri SS.