26 марта 2008 года, в связи с отсутствием в составе шотландцев действующего капитана Барри Фергюсона, Стивен, будучи вице-капитаном сборной, впервые играл международный матч в качестве капитана «горцев». Это была товарищеская встреча со сборной Хорватии, проходившая на стадионе «Хэмпден Парк». Игра закончилась вничью 1:1, голы забили Кенни Миллер и Нико Краньчар. 10 сентября 2008 года в Рейкьявике на стадионе «Лаугардалсвёллур» состоялся матч в рамках отборочного турнира к чемпионату мира по футболу 2010 между сборными командами Исландии и Шотландии. На 76-й минуте встречи, при счёте 2:0 в пользу «тартановой армии» Макманус рукой выбил мяч с линии ворот Крейга Гордона после удара нападающего исландцев Хельгусона, за что и был справедливо удалён с поля. Назначенный одиннадцатиметровый удар реализовал Эйдур Гудьонсен, установив окончательный счёт в матче — 2:1. 7 сентября 2010 года в отборочном поединке к европейскому первенству 2012 против Лихтенштейна Стивен забил свой второй мяч за «горцев», замкнув ударом головой навес с углового в исполнении Барри Робсона. Случилось это на 7-й добавленной минуте матча, гол Макмануса стал победным для шотландцев в этой драматической встрече, по ходу которой они проигрывали 0:1.