ב-1938, לאחר שהיטלר סיפח את אוסטריה, שרדינגר היה בעמדה בעייתית בשל התנגדותו הידועה לנאציזם. הוא פרסם הצהרה שבה חזר בו מהתנגדותו (מאוחר יותר הוא התחרט על מעשיו, והתנצל בפני חברו איינשטיין). למרות הצהרתו, הוא עדיין נחשד בהתנגדות לנאצים, ופוטר ממשרתו באוניברסיטה, בשל גורמים פוליטיים. הוא סבל מרדיפה קשה, וצווה לא לעזוב את הארץ. למרות הוראות אלו, שרדינגר ואשתו ברחו לאיטליה.