ב-1810 התגלה קשר נגד השלטון הקולוניאלי הספרדי, בהנהגתם של מיגל אידלגו אי קוסטייה וחוספה אורטיס דה דומינגס, ביחד עם אנשים נוספים, בהם כמה מאנשי סן מיגל. אחד מהם היה איגנסיו איינדה. ההודעה על גילוי הקשר עברה דרך סן מיגל אל העיירה דולורס (כיום דולורס אידלגו), שם שהו אידלגו ואיינדה. עקב כך ב-16 בספטמבר באותה שנה זעק אידלגו את "זעקת דולורס" (Grito de Dolores), במהלכה קרא אידלגו לאנשי דולורס להתקומם נגד השלטון הספרדי וגייס צבא מורדים. בכך נפתחה מלחמת העצמאות של מקסיקו. צבא המורדים יצא מדולורס ועצר בקרבת המתחם הישועי חסוס דה נסרנו דה אטוטונילקו. משם המורדים המשיכו אל סן מיגל והשתלטו עליה, והיא הפכה להתיישבות הראשונה ששוחררה משלטון הספרדים.