Tsakalotos werd in Nederland geboren in een Grieks gezin en werd en op 21 juni 1960 gedoopt in de Grieks-orthodoxe kerk "Agios Nikolaos" te Rotterdam. Hij is de zoon van Stefanos Tsakalotos, een civiel ingenieur, en Maria Anastassiou. Hij is een achterneef van de Griekse generaal Thrasyvoulos Tsakalotos (1897-1989), die in de Eerste en Tweede Wereldoorlog vocht en vervolgens in de Griekse Burgeroorlog tegen de communisten streed.