У Првом балканском рату Бојовић је био начелник Штаба Прве армије од октобра 1912. године. Истакао се током Кумановске и Битољске битке, после којих је добио чин генерала. По окончању Првог балканског рата, на његов предлог, а уз подршку војводе Путника, склопљен је савез са Грчком, као противтежа опасности која је тада долазила од Бугарске. У Другом балканском рату био је начелник Штаба Прве армије која је однела победу у бици на Брегалници, а после рата био је командант трупа "Нових области" на Косову и Македонији.