Το 1895, εξελέγη μητροπολίτης στην Μητρόπολη Πρεσπών και Αχριδών με έδρα το Κρούσοβο της βόρειας Μακεδονίας. Το φθινόπωρο του 1896, μετά τον μυστηριώδη θάνατο του μητροπολίτου Σκοπίων Μεθοδίου, απεστάλη ως έξαρχος επίσκοπος του Πατριαρχείου στα Σκόπια για να διερευνήσει την υπόθεση. Σε μια τεταμένη περίοδο, όπου η σερβική πολιτική επιζητούσε τον διορισμό Σέρβου επισκόπου στην αρχιερατική περιφέρεια των Σκοπίων και της αντίστοιχης βουλγαρικής για τον διορισμό επισκόπου της Βουλγαρικής Εξαρχίας, η Ιερά Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου εξέλεξε τον Αμβρόσιο Σταυρινό μητροπολίτη Σκοπίων τον Νοέμβριο του 1896. Ο τότε Οικουμενικός Πατριάρχης Άνθιμος Ζ΄ είχε δηλώσει σε συνέντευξη του στην αθηναϊκή εφημερίδα Εμπρός, ότι η εκλογή του επισκόπου Πρεσπών και Αχριδών στην θέση του αποθανόντος Μητροπολίτου Σκοπίων, ήταν «"ως επί τόπου ευρισκόμενον και καταλληλότερον παντός άλλου"». Από την εκλογή του και έπειτα γνώρισε τις αντιδράσεις του σερβικών παραγόντων της πόλης, που επιθυμούσαν την αντικατάσταση του Έλληνα επισκόπου με επίσκοπο της Σερβικής Εκκλησίας. Μάλιστα δέχθηκε επίθεση με λιθοβολισμό από μέλη της σερβικής κοινότητας της πόλης. Κατά την διάρκεια του Ελληνοτουρκικού Πολέμου την άνοιξη του 1897, ο Αμβρόσιος αναχώρησε εσπευσμένα από την Θεσσαλονίκη στην Κωνσταντινούπολη λόγω του θανάτου της μητέρας του.