W 1939 Związek Radziecki dokonał agresji na Polskę. W jej konsekwencji do ZSRR przyłączone zostały wschodnie województwa II RP, określane jako Zachodnia Białoruś i Zachodnia Ukraina. Obszary te do II wojny światowej obejmowała jurysdykcja Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. Natychmiast po aneksji wymienionych obszarów metropolita Sergiusz skierował do Łucka arcybiskupa Sergiusza (Woskriesienskiego), który ogłosił przyłączenie diecezji wołyńskiej PAKP do Patriarchatu Moskiewskiego – restaurację eparchii wołyńskiej. W podobny sposób zreorganizowane zostały struktury prawosławne w pozostałej części anektowanych ziem. Duchowieństwo przyłączonych obszarów zostało również poddane represjom zbliżonym do tych, jakie spotkały prawosławnych kapłanów ZSRR jeszcze przed wybuchem wojny.