Ngày 9 tháng 5 năm 2019, Kepa trở thành người hùng đưa Chelsea vào trận chung kết UEFA Europa League 2019 với hai pha cản phá phạt đền thành công ở loạt sút luân lưu trận bán kết lượt về với Eintracht Frankfurt. Kepa có được danh hiệu đầu tiên cùng Chelsea khi Chelsea đánh bại Arsenal 4-1 trong trận chung kết mà anh bắt chính. Mùa giải đầu tiên tại Chelsea, Kepa cũng trở thành thủ môn có số lần giữ sạch lưới tốt thứ ba tại Premier League với 14 lần.