Mebus vertrat Deutschland im Juniorenbereich bei der U18-Junioren-Weltmeisterschaft 2011 und der U20-Junioren-Weltmeisterschaft 2013. Im Frühjahr 2015 wurde Mebus erstmals in den Kader der deutschen A-Nationalmannschaft berufen. Sein erstes großes internationales Turnier bestritt der Verteidiger mit der Weltmeisterschaft 2018 in Dänemark.