Ihr Debüt in der isländischen Nationalmannschaft feierte Guðbjörg am 13. März 2004 gegen Schottland. Bislang absolvierte sie 21 Länderspiele. Sie gehört seither zu den konstanten Leistungsträgerinnen der isländischen Nationalmannschaft. 2009 folgte ihre erste Turnierteilnahme mit Island und sie spielte bei der Fußball-Europameisterschaft der Frauen 2009 in einem Gruppenspiel, bevor die Mannschaft ausschied. Sie nahm im Sommer 2013 zum zweiten Mal an einem Turnier teil. Sie vertrat bei der Fußball-Europameisterschaft der Frauen 2013 die verletzte Stammtorhüterin Þóra Björg Helgadóttir. Guðbjörg spielte in allen vier Spielen der isländischen Nationalmannschaft in dem Turnier, inklusive der 0:4 Viertelfinal-Niederlage gegen die Schwedische Fußballnationalmannschaft der Frauen. Die schwedische Presse wählte sie zu einer der besten Spielerinnen bei der EM 2013.