Під час Першого сербського повстання, монастир знову був практично зруйнований і кілька років перебував у руїнах, проте в середині XIX століття був відбудований: після відвідання монастиря князем Милошем Обреновичем у 1832 році, у 1844 році в Манасії були розпочаті роботи з її відновлення. Деякі роботи були також виконані наприкінці XIX століття. З того часу монастир не ремонтувався, через що його укріплення поступово руйнувались аж до 1929 року, коли в було проведено часткову реставрацію і консервацію фортеці.