После распада СССР для «Сокола» начались новые времена. Команда сразу попала в Первую лигу, где постоянно боролась за выход в Высший дивизион. Наибольшего для себя успеха клуб добился в сезоне 2000 года, когда саратовцы выиграли турнир Первого дивизиона. Первый сезон в Высшей лиге выдался удачным. Одержав ряд громких побед, в том числе и над тогдашним лидером российского футбола московским «Спартаком» в четвертьфинале Кубка России, «Сокол» завершил год на почётном для новичка 8-м месте. Но следующий сезон команда завершила на последнем месте и вернулась в Первый дивизион. В 2003 году саратовцам не удалось вернуться в Премьер лигу. Потерпел неудачу «Сокол» и в следующем сезоне. Команда почти весь год вела борьбу за первое место с грозненским «Тереком», но в двух последних турах неожиданно уступила вторую строчку «Томи». Эта неудача стала началом распада старого «Сокола». Почти весь сезон 2005 года клуб провёл на последнем месте и впервые в своей истории вылетел во вторую лигу. А по окончании сезона клуб и вовсе был ликвидирован.