Successivamente si trovò coinvolta nella lotta che le grandi potenze marittime di Pisa e Genova intrapresero per garantirsi il predominio sulla Sardegna e nel 1258, alla caduta del giudicato, passò sotto il controllo pisano. Il nome "Pirri" comparve per la prima volta proprio nel trattato di pace stipulato da Genova e Pisa nel 1288. Dopo la dominazione pisana, anche Pirri passò nelle mani della Corona d'Aragona, facendo parte del Regno di Sardegna di dominazione spagnola. Nel 1326, insieme agli abitati vicini di "Quarto" (l'attuale Quartu Sant'Elena), "San Vidrano" (centro ormai sparito e localizzabile nell'attuale Quartiere Europeo nel comune di Cagliari), "Quartuccio" (oggi Quartucciu), "Fluminella" e "Sebolla", venne concessa in feudo al catalano Guglielmo Sorell.