Depuis 2000, l'Indonésie fait face à une vague d'attentats terroristes islamistes dont l'attentat de la Bourse de Jakarta en 2000 et celui de Bali en 2002. En 2004, grâce à un amendement de la constitution, se tient la première élection présidentielle au suffrage direct. Susilo Bambang Yudhoyono est élu président.