Jego ojciec (ur. 1516) został zamordowany w 1571, a wywodził się z bocznej linii panującej w Szkocji – dynastii Stewart (Stuart). Protoplastą tejże linii był sir Jan Stewart, lord Bonkyl (zginął pod Falkirk w 1298), młodszy brat Jakuba Stewarta, V. dziedzicznego stewarta Szkocji, dziada króla Roberta II Stewarta. Matka Henryka – Małgorzata Douglas (ur. 1515, zm. 1578) była córką Archibalda Douglasa, VI. earla Angus, i Małgorzaty Tudor, starszej siostry Henryka VIII.