После поражения Франции от нацистской Германии в 1940 году протекторат стал подконтролен режиму Виши, однако в ходе Мадагаскарской операции остров заняли британские войска с целью предотвращения японского завоевания. Германия имела на остров свои виды: планировалось переселить сюда 4 миллиона евреев из Европы (см. план «Мадагаскар»).