Debido a que él y su padre sostenían fuertes creencias anticomunistas, Koubek decidió mudarse de Checoslovaquia después del Golpe de Praga en febrero de 1948. Trató de cruzar la frontera hacia zona de ocupación aliada de Alemania, pero sus intentos no rindieron frutos. Sin embargo, un segundo intentó en julio resultó fructuoso Koubek emigró al Reino Unido en octubre de 1948, donde trabajó en una fábrica de ladrillos como dibujante para ciudad de Gloucester y el condado de Gloucestershire; a su vez trabajó como dibujante para el Ministerio de Obras Públicas y locutor para el servicio de noticias en lengua checa de la BBC. Conoció a su futura esposa, Eva, en una librería en Londres. Eva nació en Praga, hija de un official de la armada checa. Su hermano, a quien rescató posteriormente, fue encarcelado en un campo de concentración en la Alemania Nazi durante la segunda guerra mundial.