Die "Bayern" gehörte zu den Schiffen, deren Internierung seitens der Entente im Waffenstillstandsabkommen gefordert wurde. Gemeinsam mit einem Großteil der Hochseeflotte trat sie am 19. November 1918 die Überführungsfahrt zum Firth of Forth an. Von dort aus lief das III. Geschwader am 26. November nach Scapa Flow weiter. Da unklar war, ob die deutsche Regierung den Versailler Vertrag unterzeichnen würde, gab der Befehlshaber des Internierungsverbandes, Konteradmiral Ludwig von Reuter, am 21. Juni 1919 den Befehl zur Selbstversenkung. Die "Bayern" versank um 14:30 Uhr.