В 2004 году Бустос попал в заявку национальной команды на участие в Центральноамериканском кубке. 3 сентября в матче против сборной Никарагуа он дебютировал за сборную Коста-Рики. Также Хуан принял участие в поединках против Панамы и Гватемалы. В матче против гватемальцев он забил свой первый гол за национальную команду. По итогам турнира Бустос стал его победителем.