Як людина, що має подвійне аргентино-іспанське громадянство, Мессі мав право вибору, за яку цих країн виступати. Селекціонери збірної Іспанії до 17 років почали переслідувати його 2003 року після того, як футбольний директор Барселони Карлес Решак дав знати Королівській іспанській футбольній федерації про свого молодого гравця. Мессі відхилив це запрошення, бо з дитинства мріяв грати за "Ла Альбіселесте". Щоб ще більше відгородити його від Іспанії, Аргентинська футбольна асоціація в червні 2004 року організувала два товариські матчі до 20 років проти Парагваю та Уругваю з метою остаточно закріпити за ним статус гравця збірної Аргентини у ФІФА. Через п'ять днів після свого 17-го дня народження, 29 червня, він дебютував за свою країну проти Парагваю, забивши один раз і віддавши дві гольові передачі, а загалом команда перемогла 8-0. Згодом його внесли в заявку на , який відбувся в Колумбії в лютому 2005 року. Оскільки за витривалістю Мессі поступався товаришам по команді, що було наслідком його колишнього дефіциту гормону росту, його випустили на заміну в шести з дев'яти матчів. Ставши гравцем матчу проти Венесуели, він забив переможний (2:1) гол у вирішальному останньому матчі проти Бразилії, тим самим забезпечивши їм третє місце у кваліфікації на молодіжний Чемпіонат світу 2005 року.