Va contribuir a la victòria a la batalla de Fleurus el 26 de juliol de 1794, i poc després participà en el setge de Maastricht sota el comandament de Jean Baptiste Kléber. EL 8 de novembre del 1794 va ser promocionat a general de divisió. Va lluitar a la Vendée el 1795, i més endavant en el Rin, on va forçar el pas sobre el riu el 20 d'abril de 1797 a Kehl. El 1798 va rebre un comandament a Itàlia a les ordres de Jean Étienne Championnet, va participar en el setge de Nàpols i va prendre el control de Calàbria i Pulla. Després, va rebre un comandament als Alps el 1800 en l'exèrcit Franco-Batavià de Pierre François Charles Augereau. Duhesme va ser fet comte i cavaller de la Legió d'Honor, i va durant la Tercera Coalició dirigir la quarta divisió de l'exèrcit italià el 1805 a la presa del Regne de Nàpols.