Иноћентије је стигао у Лион 2. децембра 1244. године, а почетком наредне године позвао је црквене бискупе на сабор. Око 250 прелата одговорило је на позив, укључујући и патријархе Цариграда, Антиохије и Аквилеје, као и 140 бискупа. Сабору су присуствовали и латински цар Балдуин II, тулуски гроф Рајмунд VII и Рајмунд Беренгар IV, гроф Провансе. Фридрих је на сабору у Лиону екскомунициран. Из цркве је изопштен и португалски краљ Санчо II. Папа је на сабору упутио подршку француском краљу Лују IX у његовим настојањима да покрене Седми крсташки рат. Наиме, мир у Светој земљи трајао је до Камилове смрти 1238. године, након чега је краткотрајно владао Малик ел Адил II. Ратоборни султан Ејуб, Адилов наследник, поразио је крсташе код Форбије 1244. године, након чега је његов војсковођа Ејбак без отпора заузео Јерусалим 1244. године. На отварању сабора у Лиону, 28. јуна, након певања химне Veni Creator Spiritus, Иноћентије је проповедао на тему пет "рана" Цркве: 1) непримерено понашање клера, 2) муслиманског заузећа Јерусалима, 3) раскола истока и запада, 4) татарске најезде у Угарској, 5) екскомуникацији Фридриха.