Sau khi nhà vua Friedrich II Đại Đế qua đời, cuộc chinh phạt Hà Lan vào năm 1787 đã đem lại cho vị thống soái của Quân đội Phổ là Karl Wilhelm Ferdinand, Quận công xứ Brunswick-Wolfenbüttel tiếng tăm lẫy lừng. Nhưng, trong những năm tháng đầu của các cuộc chiến tranh của Napoléon, Quân đội Phổ bị lỗi thời, và nước Phổ bị Đế chế thứ nhất Pháp đánh bại trong cuộc chiến tranh của Liên minh thứ tư. Tuy nhiên, trong những chiến công hiển hách của Quân đội Phổ trong giai đoạn này có cuộc đấu tranh anh dũng tại Kolberg (1807), giữ vững thành phố này khỏi tay quân Pháp xâm lược. Thế rồi, dưới sự dẫn dắt của quan Thượng thư Bộ Chiến tranh Gerhard von Scharnhorst, các nhà cải cách Phổ (trong đó có những tên tuổi lẫy lừng như Gebhard Leberecht von Blücher, Carl von Clausewitz hay August Neidhardt von Gneisenau) tiến hành hiện đại hóa Quân đội Phổ - một trong những đội quân đánh thắng được nhà độc tài Napoléon Bonaparte trong cuộc chiến tranh của Liên minh thứ sáu và Liên minh thứ bảy. Quân đội Phổ thể hiện mình là những chiến binh quả cảm nhất trong liên quân chống Pháp, và đóng vai trò không thể thiếu được với những chiến thắng quyết định trước Napoléon trong các trận đánh vang danh tại Leipzig (1813) và Waterloo (1815) - đại công của Bá tước Gebhard Leberecht von Blücher. Với chiến thắng huy hoàng của mình, nước Phổ lại một lần nữa trở nên uy dũng. Tuy nhiên, một số cải cách đã bị những kẻ thủ cựu - vốn cũng được hưởng lợi từ đại thắng của công cuộc kháng chiến vệ quốc - xóa bỏ, và sau này Quân đội Phổ trở thành một lực lượng bảo vệ của Chính phủ Phổ bảo thủ. Dù sao thì lực lượng Quân đội Phổ trong cuộc kháng chiến chống Napoléon đã mở đường cho sự thiết lập Bộ Tổng tham mưu Đức - một cỗ máy quân sự chuyên nghiệp nhất trên thế giới.