Tras el final del conflicto, Guerra emigró, como otros partidarios de la causa carlista, al Uruguay, donde al contrario de la mayoría de sus camaradas de armas, se puso al servicio del presidente Fructuoso Rivera (la mayoría revistaron en el bando del presidente derrocado Manuel Oribe). En 1842 comandó el "Batallón de Aguerridos Españoles" en la guerra entre Rivera y el caudillo argentino Juan Manuel de Rosas, pero no llega a entrar en combate ya que en camino hacia Entre Ríos, recibió orden de regresar a Montevideo tras la batalla de Arroyo Grande, en que Rivera fuera derrotado. Durante el Sitio Grande comandó diversas unidades militares a las órdenes del Gobierno de la Defensa.