Nach dem erstmaligen WM-Gewinn Frankreichs war er von 1998 bis 2002 Co-Trainer der französischen Nationalelf unter Roger Lemerre und gewann an dessen Seite im Jahr 2000 die Europameisterschaft und 2001 den Confed-Cup. Nach der misslungenen Titelverteidigung bei der WM 2002, bei der Frankreich bereits in der Vorrunde ausschied, war die Zeit von Lemerre und Girard bei der A-Nationalmannschaft beendet. Lemerre ging nach Tunesien und Girard übernahm die Leitung der französischen U19- (2002/03), anschließend ein Jahr lang der U16- und danach von 2004 bis 2008 der U21-Nationalmannschaft, genannt "Espoirs". Mit Letzterer stieß er im Sommer 2006 bei der Europameisterschaft in Portugal nach gegentorlosen Siegen über den Gastgeber, die deutschen und die serbischen Junioren ins Halbfinale vor, in dem die Niederlande mit 3:2 nach Verlängerung das bessere Ende für sich hatten.