Placówka osiągnęła swój szczyt działalności pod koniec 1962 i na początku 1963 – podczas kryzysu kubańskiego. Pod przywództwem Theodora Shackleya, w okresie 1962–1965, JMWAVE stało się drugą co do wielkości placówką CIA, po głównej siedzibie w Langley w Wirginii. Pracowało tam od 300 do 400 profesjonalnych agentów (w tym prawdopodobnie około 100 na Kubie); na liście płac znalazło się 15000 kubańskich emigrantów, nieprzychylnie nastawionych do rządów Fidela Castro. CIA było jednym z największych pracodawców w Miami w tamtym okresie. Emigranci byli szkoleni w taktyce, szpiegostwie oraz umiejętnościach żeglarskich, placówka wspierała również liczne rajdy wymierzone w Kubę.