La blindée commandée par Bogdanov fait partie en du mécanisé de la , dans le district militaire de l'Ouest. Il est caserné à Proujany, en Biélorussie. Le au petit matin, l'attaque allemande surprend les forces soviétiques ; l'essentiel des unités du front de l'Ouest se font broyer en quelques semaines, notamment les troupes mécanisées qui sont engagées en contre-attaques. À la mi-juillet, la division Bogdanov a perdu tous ses chars et la majeure partie de son personnel, mais son chef arrive à s'échapper de la poche de Minsk. Nommé commandant adjoint de la  du front du Sud-Ouest, une grande unité qui est à son tour détruite dans la poche de Kiev en août-, d'où Bogdanov à la chance de sortir. Jusqu'en , il commande la zone fortifiée de Mojaïsk, participant ainsi à la bataille de Moscou. De mars à , il commande les blindés de la .