1945. április 12-én a Szent István-székesegyház vörösfenyőből készült tetőszerkezete és harangtornyai teljesen leégtek. Ezt követően évtizedekig elterjedt volt a történet, miszerint a bevonuló szovjetek felgyújtották a székesegyházat, vagy hogy a visszavonuló német hadsereg tette ezt, szemtanúk beszámolóiból azonban kiderült, hogy a rablók és fosztogatók által felgyújtott környező épületekről terjedt át a tűz a dómra. A korábbi harcok lyukakat ütöttek a székesegyház tetején; a repülő szikrák ezen keresztül jutottak be a tetőszerkezet belsejébe, és meggyújtották azt. A bécsi csata alatti harc megakadályozta a hatékony tűzoltást, ezenkívül 1945. március 12-én a székesegyház két nagy vízvezetéke megsemmisült egy amerikai bombatámadásban. 1945. április 12-én éjjel az északi toronyban lógó Halbpummerin leszakadt és a baloldali kereszthajóba esett, az ott található Wimpassinger-kereszt pedig elégett. Az égő harangszék a Pummerinnel április 12-én délután összeomlott. Az óriási harang áttörte a harangkamra padlójának boltozatos nyílását, azon át a toronyterembe esett, ahol a padlóra zuhanva teljesen megsemmisült, és emellett összetörte Bécs török alóli felszabadításának emlékművét. A Zwölferin, más néven Fürstenglocke, a Viertelpummerin (Neuerinként is ismert) és a déli Pogány torony mindkét harangja leszakadt és elpusztult. Az értékes, 1886-ból származó Walcker-orgona is elégett, miután a parázs a boltozat nyílásán keresztül az égő tetőszerkezetről ráesett. Április 13-án a reggeli órákban egy 16 m magas támfal összeomlott a tetőszerkezetben, és több boltozatot is összetört a középső és a déli kórusban. A galériát a kórus orgonájával, a császári oratóriummal és az értékes gótikus kórus székeivel együtt a lezúduló romok összetörték, és az égő tetőgerendák meggyújtották. III. Frigyes sírja a körbefalazásnak köszönhetően szinte sértetlen maradt. 1947 novemberében a megmaradt déli kórus boltozatai is összeomlottak.