22 июня 2015 года Эммануэль Мудиай был выбран командой «Денвер Наггетс» на драфте 2015 года. Мудиай играл за «Наггетс» в летней лига НБА 2015 в Лас-Вегасе, по итогам которой вошёл во вторую символическую пятерку турнира. 31 июля он подписал контракт с командой из Денвера. В дебютном матче против «Хьюстон Рокетс» 28 октября 2015 года на его счету было 17 очков и 9 передач.