Grenzstreitigkeiten und vermutlich auch ökonomische Zwiste führten im Mai 1998 jedoch erneut zum Krieg Äthiopien gegen Eritrea, bei dem beide Länder zwei Jahre später unter großen Verlusten in etwa den Status quo ante erhalten konnten, obwohl es im selben Zeitraum erneut zu einer Dürre- und Hungerskatastrophe kam. Etwa 45.000 in Äthiopien lebende Eritreer wurden bis Ende 1998 nach Eritrea deportiert. Von 2000 bis 2008 überwachten Soldaten der „United Nations Mission in Ethiopia and Eritrea“ (UNMEE) einen fragilen Frieden, während eine unabhängige Grenzkommission im Jahr 2002 die Streitigkeiten beilegen sollte. Das umstrittene Gebiet um Badme wurde Eritrea zugesprochen. Äthiopien weigerte sich bis 2018, die Entscheidung der Kommission zu akzeptieren; Eritrea wiederum behinderte regelmäßig die Aktivitäten der UNMEE.