اختلافات حماس با دیگر گروه‌های فلسطینی به ویژه جنبش فتح شدت گرفته و یک سال بعد در تابستان ۲۰۰۷ به یک جنگ تمام عیار تبدیل شد. جنگ داخلی فلسطین باعث تجزیه فلسطین به دو منطقه شد. حماس در این نبرد غزه پیروز شده و کنترل کامل نوار غزه را به دست گرفت اما در کرانه باختری شکست خورده و فعالیت آن در این منطقه غیرقانونی اعلام شد.