Fernando Hierro telah bermain 89 kali dan mencetak 29 gol untuk sepanjang kariernya bersama tim nasional sejak 1989 hingga pensiun pada tahun 2002. Ia juga pernah bermain 5 kali dan mencetak 2 gol untuk tim nasional U-21. Ia telah bermain untuk Spanyol dalam 4 edisi Piala Dunia FIFA, yakni: , , , dan , serta 2 edisi Piala Eropa, yakni: 1996 dan 2000.