Bis 1572 waren die Organisationsstrukturen des Luzon-Reiches noch intakt, wurden danach von den spanischen Kolonialbehörden allmählich abgelöst. 1575 wurden der Rajah Bago und sein Cousin Lumanlan von den Spaniern exekutiert, im selben Jahr verstarb der letzte Lakandula. Der einheimischen Adel und die Maharlika griffen 1586 in der Provinz Pampanga und 1588 in Tondo zu den Waffen, jedoch wurden beide Aufstände blutig niedergeschlagen. Das bislang letzte Aufbäumen der chinesischen Einwanderer geschah in der Sanglay Rebellion von 1603, nach Angaben chinesischer Historiker sollen bei diesem Aufstand bis zu 20.000 Menschen getötet worden sein. Während der britischen Invasion der Philippinen 1762 wurden die britischen Truppen von den chinesischen Einwohnern und den Sanglays Manilas sehr stark unterstützt, die wohl in Erinnerung an das Luzon-Reich die spanische Oberherrschaft nie ganz akzeptiert hatten.