Nach 1945 studierte Navrátil Jura in Prag. Nach der kommunistischen Machtergreifung von 1948 wurde ihm als einem Pfadfinderfunktionär das Studium an der Karls-Universität verboten. 1949 nahm Navrátil mit anderen Pfadfindern an einem antikommunistischen Aufstand teil. Er sollte mit den Pfadfindern die Verbindung zwischen einzelnen Teilen der „Militärgruppe Praha–Žatec“ aufrechterhalten, die, geleitet vom General Karel Kutlvašr, einen militärischen Aufstand durchführen sollte. Die Geheimpolizei verfolgte allerdings die Vorbereitungen und nahm viele Pfadfinder fest. Die Verhafteten wurden während der Verhöre einem physischen wie psychischem Druck ausgesetzt. Wieder mithilfe von Morsezeichen und anderen Hilfsmitteln, gelernt in den Pfadfinderstammen, gelang es ihnen, die Namen der meisten beteiligten Pfadfinder und die Angaben über ihre Tätigkeit nicht preiszugeben. Das Regime organisierte einen "Pfadfinder-Schauprozess". Navrátil wurde wegen Hochverrats zu 20 Jahren Haft verurteilt.