1946 wurde Papadopoulos zum Hauptmann befördert, 1949 während des Griechischen Bürgerkriegs zum Major. Nachdem er 1953 bei der CIA eine Ausbildung erhalten hatte, diente er von 1959 bis 1964 als Kontaktmann des militärischen Geheimdienstes KYP zu dem CIA-Spitzenagenten John Fatseas.