In 1994 werd de club in de Copa CONMEBOL in de achtste finale uitgeschakeld door São Paulo. De club bereikte ook weer de finale van de Copa do Brasil en kon deze nu winnen van Ceará dankzij een vroeg doelpunt van Nildo in de terugwedstrijd, nadat de heenwedstrijd op 0-0 eindigde. De club mocht dan in 1995 terug deelnemen aan de Copa Libertadores en werd in de groepsfase tweede achter Palmeiras. In de tweede ronde trof de club het Paraguyaanse Olimpia en won hier vlotjes van. In de kwartfinale trof de club opnieuw Palmeiras. Grêmio won met 5-0 en de halve finale leek een zekerheid, toch was het nog bibberen voor de club, daar het 1-5 werd in de terugwedstrijd. Nadat de club ook nog Emelec opzij zetten plaatste Grêmio zich voor de derde keer voor de finale tegen het Colombiaanse Atlético Nacional. Na een owngoal van Atlético konden Mário Jardel en Paulo Nunes de score aandikken, het werd wel nog 3-1. In de terugwedstrijd eindigde het gelijk waardoor de club de trofee voor de tweede keer won. In de intercontinentale beker verloor de club na strafschoppen van Ajax Amsterdam.