Mortier osallistui Ranskan vallankumoussotien aikana taisteluihin Hollannissa, Saksassa ja Sveitsissä. Vuoden 1799 aikana hänet ylennettiin ensin prikaatin- ja sitten divisioonankenraaliksi, ja seuraavana vuonna hänet nimitettiin Pariisin sotilasalueen komentajaksi. Huhtikuussa 1803 Mortier miehitti Hannoverin. Hänet ylennettiin toukokuussa 1804 Ranskan marsalkaksi. Marraskuussa 1805 hän kärsi tappion venäläisille Dürnsteinin taistelussa. Hän osallistui 1806–1807 sotaan Preussia vastaan ja johti ruotsalaisia vastaan käytyjä operaatioita Pohjois-Saksassa. Vuonna 1808 Mortier sai Trévisen (Trevison) herttuan arvon. Seuraavina vuosina hän soti Espanjassa, jossa hän voitti espanjalaiset Ocañan taistelussa. Napoleonin Moskovan-sotaretkellä 1812 Mortier komensi nuorta kaartia. Pariisin kukistuttua keväällä 1814 hän siirtyi kuningas Ludvig XVIII:n palvelukseen ja sai tältä päärinarvon. Napoleonin palattua tilapäisesti valtaan seuraavana vuonna Mortier saattoi kuninkaan pakoon Belgiaan ja liittyi sitten uudelleen Napoleoniin. Tämän seurauksena hän menetti kaikki arvonimensä toisen Bourbon-restauraation yhteydessä, joskin sai ne takaisin vuonna 1819.