Il nuovo millennio iniziò con gli scaligeri ancora allenati da Prandelli che dopo un inizio difficile avviarono una serie di risultati utili consecutivi nel girone di ritorno, chiudendo il campionato di Serie A al nono posto. L'anno successivo (2001), invece, la squadra allenata da Attilio Perotti faticò molto e affrontò una stagione difficile che si chiuse con un doppio spareggio salvezza vinto contro la (1-0 all'andata in casa, 1-2 al ritorno con il decisivo goal di Cossato a pochi minuti dal termine).