קונגו השתתפה ברבים מקרבות הצי הקיסרי היפני באוקיינוס השקט. היא העניקה סיוע לכוחות הצבא היפני הקיסרי במהלך כיבוש מלאיה וכיבוש איי הודו המזרחיים ב-1942, ולאחר מכן אף השתתפה בקרב מידוויי, ופעלה באיי שלמה במהלך קרב גוודלקנל. לאורך מרבית 1943 הפליגה הרונה בין מעגן הצי היפני בלגונת טרוק שבאיי קרוליין, מספנת הצי בקורה שביפן, ואיי לינגה שבאינדונזיה, והשתתפה במספר קרבות כנגד נושאות המטוסים ההאמריקניות. ב-1944 השתתפה בקרב ים הפיליפינים ובקרב מפרץ לייטה. ב-21 בנובמבר 1944, בעודה חוצה את מצר פורמוזה, פגע באוניית המערכה טורפדו ששיגרה הצוללת האמריקנית "סיליון II" (Sealion II), והיא טבעה. קונגו הייתה אוניית המערכה היפנית היחידה שטובעה על ידי צוללת.