Nelson A. Miles werd geboren op de familieboerderij in Westminster, Massachusetts. Hij ging vervolgens op zestienjarige leeftijd werken in Boston en volgde 's avonds lessen. toen de Amerikaanse Burgeroorlog uitbrak meldde hij zich als vrijwilliger aan bij de Union Army. Gedurende de oorlog wist hij in rang op te klimmen en na de slag bij Antietam werd hij bevorderd tot kolonel. Hij vervolgens ook nog mee in de slagen bij Fredericksburg en Chancellorsville. Op 26-jarige leeftijd werd Miles in 1865 benoemd tot majoor-generaal van de vrijwilligers. Na de oorlog kreeg hij het commando over Fort Monroe, waar de zuidelijke president Jefferson Davis gevangen zat.