Amikor a mohácsi csata után a török fősereg 1526. szeptember 12-én bevonult a védtelenül hagyott Budára (az udvar Pozsonyba menekült), csapatai kifosztották a könyvtárat és elkezdték a környék kifosztását. 1541-ben a török újra elfoglalta Budát és a legtöbb itt található mű, köztük 650 páratlan antik kézirat eltűnt. Néhány könyv azonban megmaradt.