El 10 de agosto de 2007, luego de semanas de negociaciones, fue anunciado como nuevo entrenador de la selección chilena por la Federación de Fútbol de Chile, estableciendo un contrato por 3 años y un sueldo cercano a los 1,4 millones de dólares anuales. Decidió ir por el potencial de sus jugadores jóvenes, que habían logrado el tercer lugar en la Copa Mundial Sub-20 de 2007 y los del club Colo-Colo, tetracampeón de la Primera División en 2006 y 2007. Debutó el 7 de septiembre del mismo año en un amistoso ante , donde el equipo cayó por 2-1. En el siguiente encuentro, venció a Austria por 2-0 como visita. En 2008 dirigió a Chile sub-23 en el Torneo Esperanzas de Toulon, y en 2009, a la absoluta en la Copa Kirin, quedando en ambos en segundo lugar.