Năm 1219, Thành Cát Tư Hãn và quân đội Mông Cổ của ông đã chiếm đóng khu vực này. Quân Mông Cổ được cho là đã tiêu diệt các thành phố Herat và Balkh của Khwarazmian cũng như Bamyan. Sự tàn phá do người Mông Cổ gây ra đã buộc nhiều người dân địa phương quay trở lại xã hội nông thôn nông nghiệp. Sự cai trị của người Mông Cổ tiếp tục với Ilkhanate ở phía tây bắc trong khi triều đại Khalji quản lý các khu vực bộ lạc Afghanistan ở phía nam của Hindu Kush cho đến khi xâm lược Timur (hay còn gọi là Tamerlane), người đã thành lập Đế chế Timurid vào năm 1370. Dưới sự cai trị của Shah Rukh, thành phố từng là tâm điểm của thời kỳ Phục hưng Timurid, nơi vinh quang sánh ngang với Florence của thời kỳ Phục hưng Ý là trung tâm của sự tái sinh văn hóa.