Berdan brał udział w bitwie siedmiodniowej, II bitwie nad Bull Run, a w lutym i marcu 1863 dowodził 2. i 3. brygadą, 3. korpusu Armii Potomaku w bitwie pod Chancellorsville. Brał czynny udział w bitwie pod Gettysburgiem, gdzie opóźnił atak na "Devil’s Den" oraz "Peach Orchard" konfederackiej brygady z Alabamy pod generałem Cadmusem Wilcoxem.