1979'da İran Şahının devrilmesi ittifak açısından büyük bir aksilik oldu. İran'ın İslami rejimi İsrail ile ilişkilerini kesti ve Ruhollah Humeyni, Ali Hamaney ve Mahmud Ahmedinejad gibi liderler İsrail'i "yasadışı bir varlık" olarak adlandırdı hatta yıkılmasını savundu. İslam Devrimi'nden sonra açıkça anti-siyonist olması, İsrail'de, İran İslam Cumhuriyeti ile ilişki kurma yönünde şüphe duyulmasına sebep oldu. Buna rağmen İsrailliler, İran-Irak savaşı sırasında İran'a silah ve know-how sattı ve İran'ın petrol satışında yardım etti.