Whelan 2011. január 1-jén, az Everton ellen minden sorozatot egybevéve lejátszotta 100. mérkőzését a Stoke színeiben. A &lt;a href="2010%E2%80%932011-es%20angol%20labdar%C3%BAg%C3%B3-bajnoks%C3%A1g%20%28els%C5%91%20oszt%C3%A1ly%29"&gt;2010/11-es szezon&lt;/a&gt; elején nem volt állandó tagja a klub kezdőjének, de márciusra ismét megszilárdította a helyét, és kulcsszerepe volt abban, hogy csapata bejutott az FA Kupa döntőjébe. A fináléban a Stoke City 1-0-ra kikapott a Manchester Citytől. 2011. május 8-án Whelan az Arsenal ellen lejátszotta századik bajnokiját is a klubnál.