A principis del la Guerra del Francés inicia la decadència del cenobi. També la seua ubicació fora de les muralles i a la vora del riu ha afavorit el seu deteriorament, havent sofert bombardejos i saquejos durant les guerres, i riuades (fins a set s'han comptat). A més les polítiques desamortitzadores també l'afectaren llevant-li les seues rendes. La guerra civil del 1936 i la Riuada del 1957 ocasionaren greus perjudicis al convent.