В августе 1999 года началась Вторая чеченская война и в ноябре 1999 года Руслан Вахитов вновь стал главой администрации села Алхан-Юрт. В том же месяце вокруг села начались ожесточённые столкновения федеральных сил с боевиками, село подвергалось обстрелам, в нём занимали позиции боевики, федеральные войска брали его в кольцо, происходили эксцессы военного времени. Вахитов как глава гражданской администрации по мере сил занимался разрешением этих проблем, предпринимал решительные меры по налаживанию мирной жизни после изгнания боевиков.