W 1262, w miejscu obecnej katedry, stała romańska bazylika, trójnawowa, z trzema apsydami. W 2. połowie XIV wieku została ona rozbudowana w stylu gotyckim. Wówczas kościół otrzymał wydłużone prezbiterium oraz wieżę w fasadzie. Kolejna znacząca przebudowa miała miejsce po ustanowieniu diecezji w Lublanie (1461), wówczas m.in. podwyższono ściany, wykonano gotyckie sklepienia i nowy dach. W latach 1476–1484 nad głównym wejściem zbudowano tzw. kościół górny, połączony z siedzibą diecezji korytarzem prowadzącym przez dzwonnicę. Empora z kościołem górnym wsparta była na czterech kolumnach nawy głównego kościoła. Kościół główny (dolny) posiadał wówczas oprócz ołtarza głównego św. Mikołaja, dziesięć ołtarzy bocznych.