Pemerintah tertinggi terawal kancah tersebut ialah Jeneral Sir Archibald Wavell sambil mengepalai Markas Amerika-British-Belanda-Australia yang telah dibubarkan selepas kejatuhan Singapura dan Hindia Timur Belanda (HTB). Pada Ogos 1943, Pihak Bersekutu mewujudkan Markas Asia Tenggara yang digabungkan, untuk mengambil alih pemerintahan strategik semua operasi udara, laut dan darat di dalam kancah tersebut. Pada Ogos 1943, dengan persetujuan Ketua Turus Gabungan, Winston Churchill melantik Laksamana Madya Lord Louis Mountbatten sebagai Pemerintah Bersekutu Tertinggi Asia Tenggara, menyandangnya sehingga tahun 1946. Leftenan Jeneral Amerika Joseph Stilwell adalah timbalan pertama Pemerintah Bersekutu Tertinggi , serta mengepalai markas Kancah China Burma India (CBI) AS. Mountbatten tiba di India pada 7 Oktober dan SEAC secara rasmi ditubuhkan di Delhi pada tengah malam 15–16 November. Pada April 1944 markas berpindah ke Kandy di Ceylon.