Alla fine del 1999 Jarrah, Mohamed Atta, Marwan al-Shehhi, Sa'id Bahaji e Ramzi bin al-Shibh decisero di recarsi in Cecenia per lottare contro i Russi nel contesto della Seconda guerra cecena. Khalid al-Masri e Mohamedou Ould Slahi lo convinsero all'ultimo istante a recarsi in Afghanistan per conoscere Osama bin Laden e addestrarsi alle azioni terroristiche. Fu quindi istruito a tornare in Germania e a iscriversi per frequentare corsi di pilotaggio. Nell'ottobre del 1999 Ziyad Jarrah fu filmato al matrimonio di Sa'id Bahaji con altri futuri sequestratori dell'11 settembre 2001, incluso Marwan al-Shehhi.