پس از تسلیم بی قید و شرط آلمان، آیزنهاور به عنوان فرماندار نظامی در منطقه اشغال شده توسط آمریکا منصوب شد. این منطقه در جنوب آلمان واقع شده و از ساختمان IG Farben در فرانکفورت فرماندهی می‌شد. وی با کشف اردوگاه‌های کار اجباری آلمان نازی، به گروه رسانه و تصویربرداری دستور داد تا مدارک مربوط به جنایات موجود در آنها را برای استفاده در دادگاه‌های نورنبرگ ثبت کنند. او اسیران جنگی آلمانی (اسرا) را در بازداشتگاه ایالات متحده به عنوان سربازان خلع سلاح شدهٔ دشمن (DEF) طبقه‌بندی کرد، بدین ترتیب آنها دیگر مشمول کنوانسیون ژنو نبودند. آیزنهاور از دستوراتی که توسط ستاد مشترک (JCS) در بخشنامه JCS 1067 وضع شده بود پیروی کرد، اما با آورده شدن ۴۰۰۰۰۰ تن غذا برای غیرنظامیان و اجازه رفتار دوستانه بیشتر ملایمت بیشتری به خرج داد.