Další dvě sezóny pak strávil u týmu Sauber, výsledky ale opět přesvědčivé nebyly, přestože v sezóně 1999 vybojoval více bodů než jeho zkušený týmový kolega Jean Alesi. Těžkou havárii měl Pedro při Grand Prix Evropy 1999, ze které ale naštěstí vyvázl nezraněn, přestože jeho auto vykonalo ve vzduchu po kolizi otočku. Opět si za sezónu 1999 připsal celkově 3 body.