Po kapitulacji Warszawy i zawarciu 28 września 1939 Traktatu o granicach i przyjaźni między III Rzeszą a ZSRR Szkoła prowadziła tajne komplety w prywatnych mieszkaniach oraz w pomieszczeniach przydzielonych szkole na nauczanie w zakresie dozwolonym, a w rzeczywistości prowadzone z zachowaniem pozorów dozwolonego nauczania na poziomie podstawowym.