Quatre ans plus tard, en 1998, le parlement est en fin de mandat ; le président de la République refusa de procéder aux nouvelles élections législatives; un soulèvement militaire, autoproclamé "junte militaire" et mené par le général Ansoumane Mané plongea, le , le pays dans un conflit interne et externe (intervention de l'armée sénégalaise appelée par le président): le président fut renversé par la "junte" le et contraint à l'exil. En février 2000, Kumba Ialá, leader de l’opposition, fut élu à l’issue de deux tours d’élection présidentielle qualifiée de transparente par les observateurs. Il établit un gouvernement provisoire, mais le retour à la démocratie fut compliqué par une économie dévastée par la guerre civile et la propension de l’armée à s’immiscer dans les affaires gouvernementales. Le poids des anciens combattants qui ont obtenu l'indépendance de leur pays est en effet tel que l'armée est le véritable socle du pouvoir politique.