W 1994 Barker został selekcjonerem reprezentacji RPA. W 1996 doprowadził ją do największego sukcesu w historii, zdobycia Pucharu Narodów Afryki. W 1997 wywalczył z RPA pierwszy, historyczny awans do Mistrzostw Świata 1998. Barker stracił posadę selekcjonera RPA po nieudanym starcie w Pucharze Konfederacji w grudniu 1997.