Nel quadriennio successivo disputò tribolate annate in seconda serie, caratterizzate da piazzamenti a ridosso della zona retrocessione. Nel 2016-17, a causa del ventesimo posto finale in classifica, il Maiorca retrocesse in Segunda División B, la terza serie spagnola, dopo 36 anni trascorsi nelle prime due categorie calcistiche nazionali. Nella stagione 2017-18 ritornò in Segunda División e nella stagione successiva, dopo aver terminato al quinto posto la stagione regolare, vinse i play-off, eliminando l' in semifinale e il Deportivo La Coruña in finale e compiendo dunque un doppio salto di categoria in soli due anni. L'annata 2019-2020 in massima serie si chiuse con una nuova retrocessione, sancita dall'aritmetica alla penultima giornata.