Летом 1917 года пошёл добровольцем в сухопутный отряд, составленный из матросов-охотников — Ревельский морской батальон смерти. За отличие в делах против неприятеля во время июньского наступления на Северном фронте произведён 6 октября 1917 года в капитаны 1-го ранга. В октябре 1917 года принял командование Ревельским морским батальоном смерти. Во время оборонительных боёв на Моонзундских островах был пять раз ранен, и, решив оставить остров последним, попал в плен. Про Шишко говорили, что это офицер, не знающий чувства страха.