Felipe II creó el Consejo de Portugal en 1582. El monarca contaba también con el Consejo de Castilla y el Consejo de Aragón. Felipe IV creó la Junta de Portugal en 1639, que se mantuvo hasta 1658, en que fue sustituida por un nuevo consejo. Entre 1639 y 1668 fueron secretarios de la junta y del consejo: Diego Suárez (que fue apartado de su cargo tras una visita del conde duque de Olivares), Gabriel Almeida de Vasconcelos, Alfonso de Lucena, Francisco Antonio de Almeida y Crispín González Botelho. Después de que el duque de Braganza se proclamase rey de Portugal en 1640, hubo una guerra que finalizó con el Tratado de Lisboa de 1668. En el tratado de paz se reconoció la independencia portuguesa. En el texto se especificó que Ceuta se quedaría como española. En 1668 se disolvió el Consejo de Portugal y Ceuta pasó a depender del Consejo de Guerra de la monarquía española.