En febrero del año 2007, Vogts fue contratado como entrenador de la Selección de fútbol de Nigeria hasta el año 2010. Pero en 2008, después de ser eliminada en cuartos de final de la Copa África, abandonó el cargo y firmó con la Selección de fútbol de Azerbaiyán, a la que dirigió hasta su dimisión en octubre de 2014.