Johan Rogestedt siirtyi kaudesta 2015 lähtien yhä enemmän 1 500 metrin juoksijaksi. Kuitenkin kesän 2016 Ruotsin mestaruuskisoissa hän otti vielä mestaruuden 800 metrillä voittaen nousevan ruotsalaistähden Andreas Kramerin. Sisähallikaudella 2016 Rogestedt teki 1 500 metrillä toiseksi parhaan ruotsalaisajan kautta aikain eli 3.40,03. Kesäkauden 2016 alussa hän paransi 1 500 metrin ennätystään Oslon Timanttiliiga-kisassa aikaan 3.40,29 ja vielä Sollentunassa kesäkuun lopulla aikaan 3.36,58, jolla hän otti Ruotsin kaikkien aikojen listalla kolmannen sijan. Saman kesän EM-kisoissa Amsterdamissa hän eteni loppukilpailuun, mutta diskvalifioitiin myöhemmin. Pian EM-kisojen jälkeen hän teki 1 000 metrillä uuden Ruotsin ennätyksen ajalla 2.17,67, jolla hän rikkoi Dan Waernin 57-vuotta vanhan ennätyksen. Waernin aika oli aikanaan 1958-1960 maailmanennätys. Viikko tämän jälkeen hän juoksi Lontoossa maililla ajan 3.55,01, joka meni kolmannelle sijalle Ruotsin kaikkien aikojen tilastossa Anders Gärderudin ja Ulf Högbergin jälkeen. Syksyn 2016 Suomi-Ruotsi -maaottelussa hänestä tuli jälleen tuplavoittaja eli 800 ja 1 500 metrin ykkönen.