Als Königin von Navarra betrieb sie die Ausrottung der katholischen Lehre, wodurch sie Spannungen mit dem französischen Hof erzeugte. Renée de France, Herzogin von Ferrara und selbst dem Protestantismus verbunden, kritisierte ihren Fanatismus und bewertete Johannas Aktivitäten als staatsgefährdend. Ihr Sohn Heinrich sollte als erster Prinz von Geblüt an den Hof in Paris geholt werden, doch sie widersetzte sich und so erlebte ihr Sohn seine frühe Kindheit in Navarra. Allerdings konnte sie sich dem Ruf bald nicht mehr widersetzen und er verbrachte die nächste Zeit auf Wunsch der Königinmutter Katharina von Medici in Frankreich. In der Folgezeit unterstützte sie die Hugenotten zumindest moralisch und starb wenige Tage vor der Bluthochzeit ihres Sohnes in Paris.