Po zakończeniu kariery piłkarskiej Aguirre został trenerem. Najpierw krótko przez rok prowadził Atlante FC, a w 1998 roku został zatrudniony na stanowisku trenera CF Pachuca, który w 1999 roku doprowadził do mistrzostwa kraju. W 2001 roku objął stanowisko selekcjonera reprezentacji Meksyku zastępując Enrique Mezę. W 2002 prowadził ją na Mistrzostwach Świata 2002. Meksyk wygrał 1:0 z Chorwacją, 2:1 z Ekwadorem i zremisował 1:1 z Włochami, a w 1/8 finału odpadł po porażce 0:2 z USA. Po turnieju zrezygnował z pracy.