Le 13 novembre 2009, Choupo-Moting inscrit son premier but avec l'équipe d'Allemagne espoirs, lors d'une rencontre face à l'Irlande du Nord rentrant dans le cadre des éliminatoires de l'Euro espoirs 2011 (score : 1-1). Quatre jours plus tard, il inscrit un nouveau but face à Andorre, contribuant ainsi à la plus large victoire de l'histoire de son équipe (11-0).