Начало Освободительной войны Греции в 1821 году застало Раффенеля служащим во французском консульстве в Смирне. Раффенель был свидетелем резни османами греческого населения города и получил информацию о последующей резне на близлежащем острове Хиос в апреле 1822 года. Поколебали Раффенеля и решили его судьбу события на острове Псара в июне 1824 года и участие в них французов.