בשנת 1977 חתם נידרמאייר בבאיירן מינכן ושובץ בתפקיד התקפי יותר. נידרמאייר שיחק חמש עונות וצבר 145 הופעות, בהן הבקיע 32 שערים. בתקופתו בבאיירן מינכן זכה נידרמאייר בשתי אליפויות הבונדסליגה ובגביע מקומי אחד. בשנת 1982, בעונתו האחרונה של נידרמאייר בבאיירן מינכן, העפילה הקבוצה לגמר גביע אירופה לאלופות, והפסידה 1-0 לאסטון וילה, כאשר נידרמאייר נכנס כמחליף.