Début , il fait arrêter et déporter Toussaint Louverture (qui s'était distingué pendant la révolte des esclaves de Saint-Domingue onze ans plus tôt et qui, convaincu par l'abolition de l'esclavage de 1794, avait gardé la colonie à la France) après que celui-ci a proclamé une Constitution autonomiste et envahi la partie espagnole au moment où Napoléon souhaite apaiser la situation en Europe. L'Antillais devait mourir de froid un an plus tard au fort de Joux, dans le Doubs, département réputé pour la rigueur de ses hivers. Avec l'expédition de Saint-Domingue, une deuxième phase de la guerre de Saint-Domingue débute ; elle provoque bien des massacres de part et d'autre. Ce sont les Noirs et les Mulâtres de Saint-Domingue qui sortent victorieux de ces terribles combats et créent, en , la première République noire indépendante Haïti.