Han var en søn af sekondløjtnant, senere kaptajn Ancher Anthoni Schor Schepelern (1762-1822) og Mariane Fridericia Levin (adopteret Bergendahl) (1773-1850). Han blev landkadet 1805 og blev 1812 sekondløjtnant ved Sjællandske Skarpskyttekorps, med hvilket han deltog i det ublodige felttog på Fyn 1814. Han blev premierløjtnant 1820, kaptajn 1828, major 1845 og fik 1848 kommandoen over 1. Jægerkorps. Hans afdeling var den første, der vekslede skud med fjenden, nemlig i det lille sammenstød ved Ringenæs 6. april; to dage senere deltog han i kampen ved Bov, og 20. april leverede han i spidsen for et kombineret kommando de slesvig-holstenske friskarer en uafgørende kamp i egnen syd for Egernførde. I slaget ved Slesvig blev Schepelern hårdt såret, og først halvandet år efter kunne han på ny melde sig til tjeneste. Under rekonvalescensen avancerede han 1848 til oberstløjtnant og året efter til oberst. I december 1849 overtog han kommandoen over 3. Infanteribrigade. 1836 var han blevet Ridder af Dannebrog og 1848 Dannebrogsmand.