Ernesto Cofiño cursó sus primeros estudios en ciudad de Guatemala. Tras concluir sus estudios de bachillerato en 1917, tenía pensado comenzar sus estudios universitarios. Pero la Universidad de San Carlos de Guatemala se vio obligada a cerrar a consecuencia de los terremotos sufridos en 1917 y 1918. Además, la inestabilidad política del momento propició que comenzara sus estudios de Medicina en París, en la Universidad de la Sorbona en 1919. Robert Debré, prestigioso pediatra francés, dirigió su tesis doctoral: "La sensibilidad a la tuberculina en los niños vacunados por BCG". La tesis, que demostraba que la vacuna administrada por vía oral era capaz de positivizar la reacción tuberculínica, fue premiada con la Medalla de Plata de la Facultad de Medicina, tras su defensa el 6 de noviembre de 1929.