Одним з найпам'ятніших сезонів у його кар'єрі був сезон 2008/09. У півфінальному матчі проти «Челсі», завдяки його голу на 90+3 хвилині,«Барселона» вийшла у фінал Ліги Чемпіонів. Іньєста став героєм всього півфіналу. Також він продовжив контракт з «Барселоною» до 2015 року.