28 Kasım 1917'de bağımsızlığını ilan ederek Sovyetlere karşı Estonya Bağımsızlık Savaşı adıyla bilinen ayaklanma başladı. Bu ayaklanmanın üzerine Kızıl Ordu bölgeye gönderildi, bağımsızlığı destekleyen Almanya Estonya'dan taraf tuttu. Almanya savunması altındaki Estonya, 24 Şubat 1918'de resmi olarak bağımsız oldu. Ardından imzalanan Brest-Litovsk Antlaşması sonrası Sovyetler Estonya'dan çekildi. Tartu Antlaşması ile birlikte Sovyet Rusya, Estonya'nın bağımsızlığını tanıdı ve üzerindeki tüm haklardan vazgeçti. 1 Aralık 1924'te Komintern'in de desteklediği gruplar Estonya'da komünist bir hükûmet kurmak için girişiminde bulundu, ancak girişim başarısız oldu. Rusya'da yaşayan Estonlar Estonya vatandaşlığı aldılar ve Estoya'ya dönme seçeneği kazandılar. 1920 yılında Rusya'da yaklaşık 40.000 Eston yaşamaktaydı. 1920-1923 yılları arasında toplam 37.578 kişi Sovyet Rusya'dan Estonya'ya taşındı.