Tussen 1939 en 1945 waren alle Duitse instellingen genazificeerd. In mei 1945 werd de Duitse bevolking van Praag, nadat enkele honderden Duitsers en collaborateurs op straat waren geëxecuteerd, geïnterneerd en vervolgens gedeporteerd, voor zover zij al niet was gevlucht. Zie Verdrijving van Duitsers na de Tweede Wereldoorlog. De herinnering aan het tweetalige verleden blijft sindsdien onvermeld omdat het als een smet op het Tsjechische blazoen wordt ervaren. Alle Duitstalige instellingen waaronder de Karl-Ferdinands-Universität (het Carolineum) werden opgeheven. Omdat het sinds 1940 onafhankelijke Slowakije eveneens staatkundig werd opgeheven, werd Praag weer de hoofdstad van Tsjecho-Slowakije. Met de staatsgreep van 25 februari 1948 greep de Communistische Partij van Tsjecho-Slowakije de politieke macht. Er volgde een tijd van onderdrukking, die pas in de jaren 60 enigszins gematigd werd. 1968 was het jaar van de Praagse Lente, maar in augustus van dat jaar werd deze vreedzame matigingspoging hard neergeslagen door de Sovjet-Unie, Polen, Hongarije en Bulgarije, vier partners uit het Warschaupact. Het bekendste protest tegen de Sovjetbezetting is de symbolische zelfverbranding van Jan Palach op 16 januari 1969.