Inför säsongen 2001 lämnade Junqueira Williams för att köra för Chip Ganassi Racing i CART, såsom Juan Pablo Montoya gjort ett par år innan. Junqueiras första säsong med Ganassi blev dock en stor besvikelse, och räddades enbart av en seger på Road America. Totalt sett blev han sextonde i mästerskapet, bara precis för stallkamraten Memo Gidley som hoppade in under enbart säsongens andra halva. Junqueira kom dock att få ett genombrott i CART-sammanhang under säsongen 2002, då han tog två segrar och var stabilt bland seriens snabbaste förare. Mot mästaren Cristiano da Matta stod inte Junqueira en chans, men han besegrade stallkamraterna Kenny Bräck och Scott Dixon klart över hela säsongen, och slutade den på andra plats. Han tog även pole position inför Indianapolis 500, men bröt efter problem med växellådan. Ganassi valde att ta steget över till IndyCar Series fullt ut inför 2003 och erbjöd Junqueira att få ena platsen bredvid Dixon. Dock ville Junqueira stanna kvar i CART, och skrev istället på som ersättare till mästaren da Matta i &lt;a href="Newman/Haas%20Racing"&gt;Newman/Haas Racing&lt;/a&gt;.