Treuenfeld continuò a comandare le SS e la Polizia delle Waffen-SS nel Nord-Est tra l'aprile e il dicembre 1941. Dal dicembre 1941 al settembre 1942 tenne la stessa carica nel Protettorato di Boemia e Moravia, e servì come vice del generale Reinhard Heydrich. Dopo l'assassinio di Heydrich nell'Operazione Anthropoid il 27 maggio 1942, i responsabili Jan Kubiš, Jozef Gabčík e gli altri furono traditi e intrappolati nella cripta della Cattedrale dei Santi Cirillo e Metodio a Praga. Treuenfeld ebbe il comando delle truppe che presero d'assalto la chiesa il 18 giugno 1942, solo per trovare gli intrappolati che si erano suicidati.