По време на Илинденско-Преображенското въстание Иван Джонев участва в защитата на Крушевската република, а след разгрома се укрива в Цер при чичо си. Зимата на 1903 се връща в Крушево и участва в противодействието на гръцката въоръжена пропаганда в Македония, околийският комитет на ВМОРО му възлага изпълнението на смъртната присъда на гъркоманина Коте Чавка. Иван Джонев минава в нелегалност и участва в четите на Милан Гюрлуков, Ташко Арсов, Петър Юруков, Георги Ралев. Секретар е в четата на Блаже Кръстев, а след смъртта му в 1911 става войвода. След младотурската революция от юли 1908 година остава в нелегалност. Арестуван е и е затворен в Битолския затвор, но е освободен след намесата на крушевчани.