1808 год стал годом потрясений для всей Испании. Она была оккупирована французами, в Мадриде вспыхнуло восстание, приведшее к затяжной партизанской войне. Перед отъездом нового короля Фердинанда VII в Байонну, где он будет арестован вместе со всей королевской семьёй, Академия Сан-Фернандо поручает Гойе написать его портрет. Однако сеанс был сокращённым и как оказалось последним, поэтому Гойе пришлось дописывать портрет по памяти. В течение военных лет Гойя однако сумел создать ряд своих выдающихся жанровых картин: «Махи на балконе», «Девушки, или Письмо», «Старухи, или Que tal?», «Кузница» и «Ласарильо де Тормес». Но под впечатлением от происходящего в стране хаоса Гойя вновь взялся за резец и создал цикл офортов «Бедствия войны». Сюжеты этой серии, пронизанные ненавистью к ужасам войны и состраданием к невинным жертвам «наглой воли» Наполеона I, отображены и в полотнах того периода у Гойи. Лишь 2 картины выделяются из этого ряда в изображении войны: «Литьё пуль» и «Изготовление пороха в горах Сьерра де Тардиента». Картина «Похороны сардинки», написанная между 1812 и 1819 годами, также наполнена политическим подтекстом. В июне Гойя овдовел, скончалась Хосефа. Последовавший раздел имущества между Гойей и его сыном Хавьером остался для нас единственным источником сведений о повседневной жизни Гойи после смерти Сапатера в 1800 году.