Le "Capitols" utilisait au départ la ligne côtière de l'Union Pacific entre Oakland et Santa Clara avec aucun arrêt entre San José et Oakland. En 1992, après des travaux de signalisation et de voiries, le Capitols fût dérouté vers des voies plus à l'intérieur des terres entre Elmhurst et Newark.Cette nouvelle route a permis l'ajout de 2 arrêts supplémentaires, à Fremont en 1993 et à Hayward en 1997. La station centrale d'Oakland qui a été endommagée lors du Séisme de 1989 à Loma Prieta fût fermée en 1994 et remplacée par une nouvelle station à Jack London Square. De nouveaux arrêts intermédiaire furent ajoutés à Gare de Santa Clara - Great America en 1993, à l'aéroport d'Oakland en 2005, à la Gare de Santa Clara - Universités en 2012 et à Fairfield en 2017.