Rok byl Miloš Lokajíček skladníkem v podniku Regula, pak získal místo fyzika ve Výzkumném závodu Tesla Přemyšlení, kde pracoval na vývoji nukleárních zařízení pro lékařské účely. Teprve po Pražském jaru v roce 1968 mohl oficiálně obnovit svou vědeckou práci včetně spolupráce s prof. Votrubou. Po ročním pracovním pobytu v SÚJV Dubna nastoupil do Fyzikálního ústavu Akademie věd ČR, kde pak vedl sekci fyziky elementárních částic. Po roce 1990 se také podílel na české spolupráci v projektech Evropské organizace pro jaderný výzkum (CERN).