Ndidi edusti Belgian pääsarjassa pelaavaa KRC Genkiä tammikuusta 2015 tammikuuhun 2017 ja pelasi myös Eurooppa-liigassa. Sitten hän siirtyi Englannin Valioliigan Leicester Cityyn. Kevätkaudella 2017 hän pelasi 17 valioliigaottelua ja teki niissä kaksi maalia. Hän pelasi myös neljä ottelua Mestarien liigassa. Kaudella 2017–2018 hän pelasi 33 valioliigaottelua. Kaudella 2018–2019 hän pelasi Leicesterin kaikki 38 valioliigaottelua ja teki niissä kaksi maalia. Seuraavalla kaudella hän viimeisteli 32 pelaamassaan liigaottelussa kaksi maalia. Kauden 2020–2021 alkupuolella hän kärsi lihasvammasta, ja pelasi kaikkiaan 26 valioliigaottelua, joissa teki yhden maalin. FA Cupissa hän pelasi kaikissa kuudessa ottelussa Leicesterin voittaessa cupmestaruuden.