Ayatollah Seyyid Ruhollah Khomeini (persisk: روح الله موسوی خمینی "Rūollāh Mūsavī Khomeynī") (født 24. september 1902, død 3. juni 1989) var en iransk shia-muslimsk lærd og den politiske og åndelige leder af den Den iranske revolution som væltede den sidste shah Mohammad Reza Pahlavi. Han styrede som Irans religiøse leder landet fra shahens fald til sin død i 1989. Khomeini har været blandt de mest indflydelsesrige mænd i det 20. århundrede. Han blev kåret til Årets Mand af Time Magazine i 1979. Af mange i den vestlige verden blev han opfattet som en skruppelløs fjende af Vesten, især USA.