1945年8月17日、インドネシアは独立宣言の直後から、自身の直轄領をインドネシアに併合することを自ら宣言し、ハメンクブウォノ9世は分家のパクアラム8世とともにインドネシア独立戦争をサポートした。ジョクジャカルタを臨時首都とし、財政的に援助を行った。そして、ジョクジャカルタの知事として、パクアラム8世は副知事となり、さらにジョクジャカルタはスルタン領（特別州）として王族制終身知事の存続を認められた。また、ハメンクブウォノ9世はジョクジャカルタの軍隊をも指揮し、1945年から1949年まで大臣を兼任した。