14 апреля 1264 года сэр Роджер был в составе королевской армии, сражавшейся при Льюисе в Сассексе. Мятежники одержали там полную победу; Мортимер вместе с несколькими другими баронами Марки смог бежать с поля боя и укрыться в Певенси. После того, как Генрих III подписал соглашение с оппозицией, сэру Роджеру разрешили вернуться домой при условии, что он освободит всех захваченных в Нортгемптоне пленных, а одного из своих сыновей оставит в качестве заложника. Эти условия не были выполнены. Монфор, навязавший королю соблюдение Оксфордских провизий и ставший фактическим правителем Англии, осенью того же года вызвал Мортимера на собрание знати, но тот проигнорировал этот вызов и снова взялся за оружие. Совместно с Клиффордом он занял Глостер, Бриджнорт и Мальборо. Тогда Монфор объединил свои силы с Лливелином, вторгся в Валлийскую марку (декабрь 1264 года) и опустошил земли своих врагов. Бароны Марки, чтобы получить мир, постановили, что Мортимер должен отправиться на год и один день в изгнание в Ирландию.