In Champions League ha giocato 7 partite senza concludere in gol. Il Manchester United ha concluso primo nella fase a gironi, di tre punti sopra il Valencia. Il suo club raggiunge la finale di questa competizione contro il Barcellona (persa 3-1), dove l'attaccante bulgaro non viene convocato. Nelle coppe nazionali, nella FA Cup hanno raggiunto la semifinale persa 1-0 contro i cugini del Manchester City e hanno vinto la supercoppa contro il Chelsea, dove Berbatov, con un gol di pallonetto in pieno recupero, ha chiuso definitivamente la contesa.