Fortemente danificada pelas guerras de religião em 1562, seguida pela Revolução Francesa e o cerco de Lyon em 1793, a primacial foi restaurada no século XIX. Os primeiros trabalhos são bastante modestos e fortemente imbuídos de classicismo; mas essa política mudou vigorosamente com a chegada de um novo arquiteto, Tony Desjardins, que dá um impulso inédito para a restauração. De seu ponto de vista, não só o trabalho deve dar à igreja sua aparência medieval, mas esta é a sublimar a São João uma catedral ideal refletindo o espírito gótico do século XIII.