W reprezentacji Hondurasu Thomas zadebiutował w 2005 roku. W tym samym roku wystąpił w Złotym Pucharze CONCACAF i zajął 3. miejsce. Z kadrą U-23 wziął udział w Igrzyskach Olimpijskich w Pekinie. Swojego pierwszego gola w kadrze narodowej zdobył 26 marca 2008 roku w wygranym 2:1 towarzyskim spotkaniu z Kolumbią.