Werner stand im Kader der Nationalmannschaft beim Konföderationen-Pokal im Sommer 2017. Am 25. Juni 2017 schoss er beim dritten Gruppenspiel gegen Kamerun seine ersten beiden Länderspieltore. Er gewann bei diesem Wettbewerb den "Goldenen Schuh" des Torschützenkönigs. Außerdem gewann er mit der deutschen Nationalmannschaft am 2. Juli 2017 gegen Chile das Finale mit 1:0. Am Siegtreffer durch Lars Stindl war er als Vorbereiter beteiligt.