1918'in başlarında, Gürcistan'ın Tiflis'teki ilk normal üniversitesini kurmada etkili oldu ve böylece Gürcü entelektüellerinin nesiller boyu değer verdiği, ancak Rus İmparatorluk yetkilileri tarafından sürekli olarak hayal kırıklığına uğrayan uzun süreli bir rüyayı gerçekleştirdi. Cavahişvili'nin profesör ve Gürcistan tarihi bölüm başkanı olduğu Tiflis Üniversitesi (bugünkü İ. Cavahişvili Tiflis Devlet Üniversitesi, şu anda adını taşıyan TSU), Gürcistan'ın eğitim yaşamında hızla baskın bir pozisyon aldı. 1919'da Cavahişvili, üniversitenin ikinci rektörü olarak tanınmış kimyager Petre Melikişvili'nin yerini aldı: Haziran 1926'ya kadar görev yaptı, 1924'teki anti-Sovyet Ağustos ayaklanmasının ardından, Marksist olmayan entelektüellerin hoşgörüsü azalmaya başladı. Yayınlamasına ve öğretmesine izin verilmesine rağmen, bu tutulma muhtemelen hayatını kurtardı, çünkü üniversitedeki halefi, 1936-7'in Stalinist büyük temizliğinin kurbanları arasındaydı. 1938'de TSU'dan istifa etmek zorunda kaldı, ancak kısa süre sonra 1940'ta Tiflis'teki ölümüne kadar başkanlığını yaptığı Gürcistan Devlet Müzesi'nde Tarih Bölümü müdürü olarak atandı. TSU’nun bahçesine defnedildi.