לוק אינו מקדיש מקום רב בספרו "מחשבות אחדות" לפירוט מערכת לימודים מסוימת. תחת זאת הוא מתמקד יותר בשכנוע קוראיו כי חינוך משמעותו הנחלת מידות טובות, בשפת ימינו היינו מכנים זאת חינוך למיומנויות מחשבה ביקורתית. לגישתו של לוק הורים ומורים חייבים קודם כל ללמד ילדים כיצד ללמוד וליהנות מלימודים. כפי שהוא כותב, המורה "חייב לזכור כי עיסוקו כי לא כל כך בלימוד הילד כל מה שניתן לדעת, אלא לעורר בו את האהבה וההערכה לידע, להעלותו על הנתיב הנכון לרכישת ידע ולשיפור עצמי". לוק אף מציע מספר רמזים אשר למה שלדעתו מהווה חלק ממערכת לימודים בת-ערך. הוא יוצא נגד שעות הלימוד הרבות המבוזבזות על שינון לטינית וטוען כי יש קודם כל ללמד ילדים לדבר ולכתוב בשפת אימם. רוב המלצותיו של לוק מבוססות באופן דומה על עקרון תועלתני. כך לדוגמה הוא טוען כי יש ללמד ילדים לצייר כיוון שהדבר עשוי להועיל להם במסעות לארצות זרות (כדי לתעד את מקומות ביקוריהם), אולם הוראת שירה ומוזיקה הם לדעתו בזבוז זמן. לוק אף ניצב בחזית המהפכה המדעית ותמך בהוראת גאוגרפיה, אסטרונומיה, ואנטומיה. המלצותיו של לוק בתחום מערכת הלימודים עומדות בניגוד למסורת הסכולסטית ההומניסטית ומסמלות את תחילתו של עידן חדש בחינוך - עידן המדגיש לא רק את המדע אלא אף רכישת מיומנות מקצועית מועילה. לוק אף המליץ לדוגמה כי כל ילד (זכר) ילמד מקצוע. הצעותיו הפדגוגיות של לוק מסמנות את תחילתו של אתוס בורגני חדש אשר יאפיין את בריטניה במאות ה-18 וה-19.