בסיום עונת 2004, מונה ליפי למאמן נבחרת איטליה, עימה זכה בגביע העולם, במונדיאל 2006 לאחר ניצחון דרמטי במשחק הגמר על צרפת. לאחר הזכייה בגביע העולם, התפטר ליפי מהנבחרת והחליף אותו בתפקיד רוברטו דונאדוני אך לאחר הכישלון ביורו 2008 חזר ליפי לתפקיד.