באוגוסט 2011, בעקבות חדירת מחבלים מרצועת עזה לישראל דרך חצי האי סיני אשר ביצעו מתקפת טרור משולבת בקרבת אילת ורצחו 6 אזרחים, שוטר וחייל ופצעו עוד כ-30 אזרחים, הוזנקו צוותי הכוננות של היחידה לזירה. לוחמי היחידה, אותם הוביל מפקדה, סא"ל תומר, כמו גם כוחות נוספים של צה"ל והימ"מ שהוזנקו לאזור, לחמו במחבלים והרגו אותם. ב-5 באוקטובר 2012 הוזעקה היחידה לטפל באירוע ירי בבית מלון באילת בו אדם חטף נשק ממאבטח, הרג עובד במלון וירה באחרים. הלוחמים ניסו תחילה לנהל משא ומתן עם היורה, אך לאחר שירה גם לעברם, החלו חילופי אש במהלכם נהרג החמוש.