Durante a ausência de Napoleão em 1812, 1813 e 1814 (quando ele estava na Campanha da Rússia e durante sua Campanha na Alemanha), Maria Luísa atuou como regente em Paris. Após a primeira queda de Napoleão em 1814, ela retornou a Viena, onde foi recebida de braços abertos pela população e por sua própria família. Ela não respondeu aos pedidos de Napoleão para segui-lo até Elba. Também durante o segundo reinado de Napoleão, o chamado Governo dos Cem Dias, ela permaneceu em Viena, apesar dos renovados convites de Napoleão para juntar-se a ele. Após sua queda em 1814, ele nunca mais a viu.