In de 16e en 17e eeuw werden veel kloosters in de Nederlanden ten gevolge van de reformatie opgeheven. In Maastricht konden de meeste kloosters ook na de overname van de stad door de protestantse Republiek der Verenigde Nederlanden (Beleg van Maastricht, 1632) blijven voortbestaan. Zo ook het Dominicanenklooster. Het klooster maakte in de 17e en 18e eeuw een nieuwe bloeitijd door. Bekende Maastrichtse dominicanen in deze periode waren: de kroniekschrijver Thomas de Heer (?-1685), de bouwkundige Franciscus Romanus (1647-1735), de theoloog Mattheüs Dolmans (1673-1729) en de broers Franciscus Huntjens (1737-1807) en Jan-Willem Huntjens (1757-1813), die beide hoogleraar waren in de theologie en filosofie.