В этих обстоятельствах Чичагов обратился к Павлу I с просьбой разрешить ему выехать за границу, чтобы жениться на своей английской невесте. Павел I через князя Безбородко ответил отказом — «в России настолько достаточно девиц, что нет надобности ехать искать их в Англию». 9 мая 1799 года Павел I приказал восстановить Чичагова на военно-морской службе, с присвоением звания контр-адмирала и отправкой в качестве командира эскадры к берегам Англии для участия в боевых действиях против Голландии. Узнав об этом, его противник граф Кушелев начал убеждать императора, что Чичагов воспользуется этим назначением как предлогом, чтобы всё-таки жениться на англичанке, а одновременно и перейти в английскую службу. 21 июня 1799 года, попавший под влияние наветов графа, Павел I потребовал от Чичагова явиться к нему в кабинет с докладом и, не будучи удовлетворён ответами адмирала, приказал заключить его в Петропавловскую крепость по обвинению в государственной измене. Чичагов возразил на это, что он, как георгиевский кавалер, не может быть заключён в крепость. В ответ император приказал дежурному флигель-адъютанту Ф. П. Уварову сорвать с него орден Святого Георгия, что тот и сделал. После этого оскорбления Чичагов в гневе сам сбросил с себя мундир и был препровождён в форт в одном жилете. В тот же день он был уволен со службы без пенсии, мундира и прошения, а Санкт-петербургскому военному губернатору графу фон дер Палену Павел I отправил написанный собственной рукой приказ следующего содержания: «Якобинские правила и противные власти отзывы посылаемого Чичагова к Вам, принудили меня приказать запереть его в равелин под Вашим смотрением». Навестив Чичагова в тюрьме, император нашёл помещение его слишком чистым и светлым и приказал перевести в каземат.