Von 1967 bis 1976 gehörte er der deutschen Eishockeynationalmannschaft an. Zusammen mit seinem Teamkollegen Josef Völk bildete er ein starkes Verteidigerduo. An drei Olympischen Winterspielen nahm Thanner teil (1968, 1972 und 1976), wobei er 1976 mit dem Team des Bundestrainers Xaver Unsinn die Bronzemedaille holte. Auch bei den Weltmeisterschaften (2 B und 6 A-WM) gehörte Thanner regelmäßig zum Kader. Insgesamt bestritt er 118 Länderspiele, in denen er 20 Tore erzielte. Nach seiner aktiven Zeit war er zusammen mit Alois Schloder als Aktiver und Organisator für die DEB-Traditionsmannschaft tätig.