Zwischen 1987 und 1993 absolvierte Hernández 37 Einsätze für die mexikanische Nationalmannschaft, wobei dem Verteidiger sogar zwei Treffer gelangen: seinen ersten für „El Tri“ erzielte er in einem am 2. Dezember 1987 ausgetragenen Testspiel gegen Guayana (9:0) und den anderen in einer am 11. Juli 1993 ausgetragenen Begegnung um den CONCACAF Gold Cup gegen Martinique, die ebenfalls 9:0 gewonnen wurde. Mexiko gewann dieses Turnier mit der überragenden Bilanz von 28:2 Toren und leistete sich nur im Vorrundenspiel gegen Costa Rica (1:1) einen Punktverlust. Auch die übrigen Spiele gegen Kanada (8:0 in der Vorrunde), Jamaika (6:1 im Halbfinale) und die USA (4:0 im Finale) absolvierte Hernández über die volle Distanz.