Tijdens de Algerijnse Burgeroorlog (1991-2002) werd El Watan verschillende malen niet uitgebracht. De edities van 24 april en 7 mei 1996 werden niet uitgebracht, omdat dit werd geweigerd door de staatsdrukkerij. In oktober 1998 legde de drukkerij de uitgave gedurende een maand stil, onder het mom van openstaande schulden. De krant had kort ervoor artikelen uitgebracht die kritisch stonden tegenover een voormalig adviseur van president Liamine Zéroual en de minister van justitie. Het artikel had hen beschuldigd van corruptie en misbruik van macht. Het stilleggen van de persen kwam echter nadat er een mondeling akkoord was bereikt over de achterstallige betaling.