11. syyskuuta 2012 Yhdysvaltain Bengasin-konsulaattiin Libyassa kohdistui isku, joka surmasi Libyan-suurlähettiläs Christopher Stevensin ja kolme muuta henkilöä. Clintonin johtama ulkoministeriö joutui tutkinnan kohteeksi, ja itsenäiset tutkijat julkaisivat raportin, jonka mukaan Bengasin isku johtui ”ulkoministeriön hallinnon systemaattisista epäonnistumisista”.