Uniwersytet powstał w 1920 jako Universidade do Rio de Janeiro, a w 1934 został przemianowany na Universidade do Brasil. W wyniku zamachu stanu w 1964 i przejęciu władzy przez wojsko, rok później nazwę zmieniono na Universidade Federal de Rio de Janeiro, co było próbą obniżenia renomy uczelni ze strony dyktatury. W 2000 sąd federalny pozytywnie rozpatrzył wniosek złożony przez władze uczelni o przywrócenie nazwy Universidade do Brasil, co ogłosił jej rektor José Henrique Vilhena podczas uroczystości obchodów 80. rocznicy powstania placówki.