Tra 1940 e 1941 il "Wakaba" passò al comando del capitano di corvetta Masakichi Kuroki. Subito dopo l'attacco di Pearl Harbor del 7 dicembre 1941 rimase con il resto della 21ª Divisione nelle acque nazionali con compiti di pattuglia, poiché lo stato maggiore intendeva conservare il nucleo di corazzate per una "battaglia decisiva" da anni studiata e teorizzata. Il 18 dicembre salparono da Tokuyama e andarono incontro alla 1ª Flotta aerea del viceammiraglio Chūichi Nagumo, reduce dall'attacco, per scortarla sino a Hashirajima dove arrivò il 23; i cacciatorpediniere rientrarono quindi a Tokuyama. Il 14 gennaio 1942 il "Wakaba" e le unità gemelle lasciarono il porto di scorta a un convoglio di petroliere che il 22 fece tappa a Davao nelle Filippine; da qui proseguirono verso Kendari aggregati alla forza anfibia che doveva sbarcarvi. Questa stessa formazione condusse poi riusciti sbarchi a Makassar (8 febbraio) e a Bali (18 febbraio). Nella notte tra il 28 febbraio e il 1º marzo, durante gli sbarchi su Giava, il "Wakaba" e gli altri tre vascelli inseguirono senza successo i quattro cacciatorpediniere statunitensi , , , , che fuggirono in Australia.