Im November 1954 wurde das Amerika-Institut gegründet. Es knüpfte an die Tradition des 1910 gegründeten Berliner Amerika-Instituts an. 1963 wurde das Institut vom Politikwissenschaftler Ernst Fraenkel zum interfakultativen Institut umgewandelt, um eine wissenschaftliche Spezialisierung auf die Länder USA und Kanada zu ermöglichen. Namensgeber wurde der im Gründungsjahr des Instituts bei einem Attentat ermordete John F. Kennedy, der 35. Präsident der Vereinigten Staaten.