Alla fine del 1835, il Consiglio Generale del Texas, governo provvisorio texano, individuò in Harrisburg la capitale dello Stato, ma il 16 aprile 1836, a pochi giorni dal termine della rivoluzione texana, la città fu data alle fiamme dalle forze di Antonio López de Santa Anna e fu quasi completamente distrutta. In seguito furono avviati i lavori di ricostruzione dell'abitato, che nel 1839 fu annesso alla città di Hamilton; nel frattempo fu scelta come nuovo capoluogo della contea di Harrisburg e capitale della Repubblica del Texas la città di Houston, fondata dai fratelli Allen nel 1836 su un vasto appezzamento di terra ad alcuni chilometri dalle rovine di Harrisburg.