15 апреля 1945 года ударом с плацдарма за Одером, получившего название «Кюстринский», 1040-й стрелковый полк подполковника И. С. Козлова начал штурм сильно укреплённой оборонительной линии противника на берлинском направлении. Находясь со своим расчётом в боевых порядках пехоты, сержант М. Р. Перегоненко огнём орудия способствовал захвату первой линии немецких траншей. Развивая успех полка, 16 апреля в бой вступили основные силы 295-й стрелковой дивизии. Прорвав оборону немцев на Зееловских высотах, дивизия в составе 32-го стрелкового корпуса генерала Д. С. Жеребина устремилась к Берлину. В трудных условиях сильно пересечённой лесистой местности Михаил Романович огнём и колёсами содействовал успешному продвижению стрелковых подразделений. Умелая работа артиллеристов неоднократно помогала пехотинцам преодолевать сопротивление противника на промежуточных рубежах обороны и глубоко вклиниваться в боевые порядки врага, уничтожать разрозненные группы немцев. 19-20 апреля Перегоненко со своими бойцами участвовал в штурме крупного опорного пункта неприятеля на подступах к Берлину — города Штраусберга, а 23 апреля в составе своего подразделения ворвался в юго-восточные кварталы германской столицы. В ходе уличных боёв в Берлине расчёт сержанта М. Р. Перегоненко прокладывал путь своей пехоте, наступавшей вдоль правого берега реки Шпрее в направлении Силезского вокзала. Боевой путь Михаил Романович завершил 2 мая 1945 года недалеко от Бранденбургских ворот.