A los 18 meses Compton estaba otra vez en el ejército, sirviendo sucesivamente en la 11.ª Caballería de Kentucky, 125.ª Caballería de Míchigan, 21.ª Infantería de Minnesota, el 8.º, 17.º, y 28.ª Infantería de Míchigan, la 79.ª Infantería de Nueva York, y la 3.ª Caballería de Nueva York. Su primera batalla fue la Batalla de Mill Springs el 19 de enero de 1862, donde observó la caída del general Felix Zollicoffer. Compton luchó y fue herida por metralla en la Batalla de Antietam durante la carga cuesta arriba de la Unión. Después de ser herida en Fredericksburg y transferida, inmediatamente se dirigió al oeste para unirse a la 25.ª Infantería de Míchigan. Mientras combatía en la Batalla de Gettysburg con la 79.ª Infantería de Nueva York, fue herida y expulsada otra vez. Posteriormente recibió un tiro en un hombro durante una riña a las afueras de Green River, Kentucky, en la Batalla de Tebbs Bend. Mientras era tratada por el cirujano, su género quedó revelado. Sin inmutarse, regresó a Green River después de su recuperación para unirse al regimiento acampado allí. Luchó también en la Batalla de Fort Donelson, la Batalla de Shiloh, y la Batalla de Antietam.