Johnston übernahm das Kommando über die konföderierten Truppen im virginischen Shenandoahtal, mit denen er General Beauregard in der Ersten Schlacht von Manassas im Juli 1861 gerade noch rechtzeitig verstärkte und so einen nicht geringen Anteil am Sieg der Konföderierten hatte. Obwohl ranghöher, überließ er Beauregard die Führung. Ende August wurde er mit vier anderen Offizieren zum General des konföderierten Heeres befördert. Johnston, stets auf seine Ehre bedacht, beschwerte sich bei Präsident Jefferson Davis darüber, nur an vierter Stelle der Ernennungsliste gestanden zu haben – obwohl er nach dem Dienstalter vor den anderen hätte befördert werden müssen und er im US-Heer einen höheren Rang als die anderen bekleidet hatte. Dies war nur der Beginn einer langen Reihe von Auseinandersetzungen, die Johnston mit dem Präsidenten austrug.