Con la fundación del "fuerte del Presépio" en 1616 (hoy Belém) se estableció la capitanía del Gran Pará. El 13 de junio de 1621 el rey Felipe IV de España (III de Portugal) dividió la Gobernación General del Brasil creando el Estado del Maranhão (hecho efectivo en 1626) que comprendía las capitanías del Maranhão, la del Gran Pará y la del Ceará, con una administración independiente del resto del Brasil. Su capital era São Luís. De esta manera Brasil pasó a tener dos unidades administrativas: Estado del Maranhão (con capital en São Luís) y Estado del Brasil, este último con capital en Salvador de Bahía. En diciembre de 1640 terminó el período de Unión Ibérica restaurándose la independencia de Portugal, volviendo Brasil a ser una de sus colonias. Aceptando la nueva dinastía de los Braganza, Bahía en febrero de 1641 y Río de Janeiro en marzo.