Gustavo Nery za sobą występy w reprezentacji Brazylii, w której zadebiutował 8 lipca 2004 w meczu z reprezentacją Chile podczas Copa America 2004. Brazylia wygrała cały turniej, Gustavo Nery ma dzięki temu na koncie tytuł mistrza Ameryki Południowej. Wcześniej, w 2001 roku był członkiem kadry na Puchar Konfederacji. W późniejszych latach sporadycznie grał w barwach "canarinhos". Ostatni, dziewiąty raz przeciwko reprezentacji Rosji 1 marca 2006.