1951 heiratete er Brunhilde Eisler, mit der er zwei Söhne hatte. Die Ehe wurde 1956 geschieden. Seine Söhne Johannes Heisig und Walter Eisler sind ebenfalls bekannte Maler und Grafiker. Von 1951 bis 1954 arbeitete Heisig freiberuflich in Leipzig, mit Schwerpunkt auf Zeichnungen und Lithographien zur 1848er Revolution und der Pariser Kommune sowie auf Buchillustrationen für Werke von Ludwig Renn, Johannes R. Becher, Erich Maria Remarque und weiteren Autoren.