Sissoko oli Moussa Traorén ystävänä mukana vuoden 1968 vallankaappaussuunnitelmassa, vaikka hän ei osallistunut varsinaiseen kaappaukseen. Sissoko oli Malia hallinneen sotilasjuntan jäsen ja marraskuussa 1968 hänet nimitettiin puolustus- ja sisäministeriksi. Vuosina 1970–1978 hän toimi Malin ulkoministerinä.