Јуна 1990. године, Скупштина општине Нови Сад доноси одлуку о оснивању Гимназије „Исидора Секулић“ у Новом Саду, а за првог директора именује Мару Војиновић, док се у августу врши избор професора на основу конкурса. У недостатку посебног простора за рад, настава се одвија у просторијама Гимназије Јован Јовановић Змај, Електротехничкој школи Михајло Пупин и Основној школи Бранко Радичевић. Након две године, адаптира се зграда Покрајинског завода за статистику у Владике Платона, те од 15. јануара Гимназија ради у тој згради. Јануара исте године први пут се прославља Дан Светог Саве. Школску годину 1993/1994. обележава продужени зимски распуст услед недостатка грејања због међународних санкција, али и матурски испит прве генерације матураната. Гимназија ових првих година постаје домаћин многобројних културних, научних и образовних манифестација, а ученици постижу највиша места на републичким такмичењима из разних предмета. Услед НАТО агресије над СР Југославијом, школска 1998/1999. година је прекинута за време бомбардовања.