נתניאל הות'ורן נולד בסיילם, מסצ'וסטס למשפחה פוריטנית ותיקה בניו אינגלנד. הוא צאצא של ויליאם הות'ורן שהיה ידוע ברדיפתו את הקווייקרים, ושל בנו, ג'ון הות'ורן, שהיה אחד השופטים במשפטי ציד המכשפות בסיילם בשנת 1692. מעשיהם של אבות-אבותיו העיקו על מצפונו של הות'ורן. תחושות האשם שחש באו לידי ביטוי בהתקפותיו על הפוריטניות ובנושאים בהם עסק בסיפוריו, כגון מוסר, חטא, עונש וכפרה.