Vainqueur de la Copa América en 1975, Marcos Calderón a connu des hauts et des bas en équipe du Pérou. Remplaçant György Orth en 1961, il dirige la "Blanquirroja" lors des éliminatoires de la Coupe du monde 1962, première expérience qui s'avère un échec, les Péruviens étant écartés par une équipe colombienne inférieure sur le papier. Cela n'empêche pas la Fédération péruvienne de le rappeler en 1965 avec une nouvelle contre-performance des "Incas" devancés par l'Uruguay lors des qualifications à la Coupe du monde 1966.