Durant la guerre civile syrienne, Miloš Zeman soutient le régime de Bachar el-Assad contre les groupes d'islamistes radicaux. En , il émet la possibilité de voir un accord de paix signé à Prague. En , il se montre hostile aux bombardements aériens des États-Unis, de la France et du Royaume-Uni contre des installations du régime syrien.