Le major-général Natonski a pris le commandement de la 1re Division des Marines en août 2004, alors qu'il était en Irak. Là, il a dirigé l'élément de manœuvre au sol I MEF pendant les opérations de contre-insurrection, la bataille de Fallujah (opération Al-Fajr) et les élections nationales irakiennes en janvier 2005.