Die Nabi-Musa-Unruhen vom 4. bis 7. April 1920 in der Altstadt von Jerusalem stiftete al-Husseini an. Die britische Militärverwaltung verurteilte ihn dafür zu zehn Jahren Haft und ersetzte seinen ebenfalls beteiligten Cousin Musa als Bürgermeister von Jerusalem durch ein Mitglied des rivalisierenden al-Nashashibi-Clans. Al-Husseini floh nach Syrien, konnte aber schon im September 1920 wieder nach Jerusalem zurückkehren und wurde begnadigt.