Przez pierwsze trzy lata (1915–1917) szkoła borykała się z wieloma problemami, spowodowanymi i działalnością okupacyjnych władz niemieckich, i brakiem środków finansowych. Jeszcze gorsza sytuacja nastąpiła w czasie okupacji miasta przez bolszewików, nauki jednak nie przerwano. Sytuacja poprawiła się po zajęciu Wilna przez wojsko polskie w kwietniu 1919 – szkoła otrzymała wsparcie materialne władz państwowych, przeprowadziła się też do obszernego budynku przy ul. Mała Pohulanka 11. Kierownictwo szkoły objął Zygmunt Fedorowicz.