A hatóságok Oszáma bin Ládent nevezték meg a támadások gyanúsítottjaként, és 25 millió dolláros vérdíjat tűztek ki a fejére. A terrorcselekmény következményeként 2001. október 7-én az Amerikai Egyesült Államok invázióba kezdett Afganisztán ellen, amelynek eredeti célja a tálib vezetés elűzése és bin Láden kézre kerítése volt. Bin Láden ekkor üzent először a híveinek videóüzenetben az al-Dzsazíra televízión keresztül, további támadásokkal fenyegetve meg Amerikát. Későbbi üzeneteiben a terroristavezér vegyi és nukleáris fegyverek bevetését is kilátásba helyezte. A 2001. szeptember 11-i eseményekkel kapcsolatban Bin Ládent soha nem vádolták meg hivatalosan, habár vállalta értük a felelősséget.