Po odzyskaniu tronu przez króla Anglii Karola II, Rupert wrócił do służby w Anglii, otrzymując dożywotnią rentę i stając się członkiem Rady Królewskiej. Nigdy już nie toczył walki na lądzie, lecz, stając się admirałem jak George Monck i Robert Blake, wspaniale spisywał się podczas drugiej wojny angielsko-holenderskiej jako naczelny wódz floty angielskiej od czerwca 1666, zwyciężając w bitwie pod North Foreland. Jego wysiłki w trzeciej wojnie angielsko-holenderskiej skończyły się poniżającymi porażkami w bitwach pod Schooneveld i pod Texel.