En septembre 1796 il rejoint l'armée d'Italie de Josef Alvinczy. Il prépare le plan de bataille de Bassano (), où les Français ne peuvent se maintenir sur la Brenta et doivent se replier sur Vérone. Weyrother est alors promu lieutenant-colonel. Durant la campagne de 1799, il est nommé chef de l'état-major de l'armée d'Italie et adjudant-général du général Kray. Il est à Legnano () et Magnano (). Il s'y comporte de si belle manière qu'il est nommé colonel et reçoit le commandement du d'infanterie. Le , après la bataille de Novi, Souvorov le recommande à l'empereur d'Autriche. Le 5 août, il est promu colonel. À ce moment, il doit quitter provisoirement le service pour raisons de santé. Après sa convalescence, il est nommé conseiller militaire du ministre Cobenzl lors des négociations de paix de Lunéville.