1978年10月，伊迪·阿敏总统下令入侵坦桑尼亚，以夺取卡盖拉区。从1979年3月24日至26日，穆塞韦尼和国家拯救阵线在莫希参与了流亡者和反阿敏组织举行的聚会。他们克服了意识形态的分歧，共同组成乌干达全国解放阵线，穆塞韦尼被委任为11人执行委员会成员之一，委员会主席是优素福·卢莱。其后，全国解放阵线与坦桑尼亚军队合作对乌干达军队展开反击，最终在1979年4月推翻阿敏政府。穆塞韦尼被任命为卢莱政府的国防国务部长，成为当年最年轻的部长。他在国家拯救阵线时期所招揽的数千名士兵被编入政府军队，仍然效忠穆塞韦尼，但他們後來在第二次奥博特时期的政变，扮演重要角色。