, rivalitatea dintre Austria și Transilvania și insurecțiile frecvente împotriva Monarhiei Habsburgice au provocat multe devastări, mai ales în zonele rurale. În , o armată turcă condusă de Marele Vizir a decimat Slovacia. Chiar și așa, slovacii din au luptat alături de turci împotriva austriecilor și polonezilor în bătălia de la Viena din 1683. Pe măsură ce turcii s-au retras din Ungaria la sfârșitul secolului al XVII-lea, importanța teritoriului Slovaciei moderne a scăzut, deși Pressburg (Bratislava) și-a păstrat statutul de capitală a Ungariei până în 1848, când ea a fost transferată înapoi la Buda.