Bereits im Jahr seiner Ankunft verstarb der Vorgänger von Marques Miguel da Silveira Lorena 1832. Die Verwaltung der Kolonie übernahm daraufhin ein Regierungsrat ("Conselho Governativo"), indem es aber zum Streit kam. Bruder "Vicente Ferreira Varela" ließ daher die beiden anderen Mitglieder des Rats verhaften und regierte allein die Kolonie, bis Marques 1834 in Portugiesisch-Timor eintraf. Marques verwies noch im selben Jahr alle Missionare aus der Kolonie. Sie sollten erst 20 Jahre später wieder zurückkehren. Grund war ein Dekret Königs Pedros IV., dass die Macht der Kirche nach der Liberalen Revolution in Portugal einschränken sollte. Auch die Macht des Gouverneurs sollte beschränkt werden, indem man die militärischen und administrativen Befugnisse trennte. Doch bereits im Jahr darauf nahm man diese Änderung wieder zurück.