Mint később kiderült, a terv nem sikerült, Frentzen a Jordantől kikerült, s a magyar nagydíjtól a Prost-istálló vette gondozásába 2001 hátralévő részére. Igen ám, de a Prost télen csődbe ment, így a német sokáig csak reménykedhetett benne, hogy 2002-ben autóba száll. A mezőny utolsó szerződését aztán vele írták alá, az Arrowshoz került Jos Verstappen helyére, Enrique Bernoldi mellé. 2002 pályafutása legrosszabb éve volt, mindössze két pontot tudott gyűjteni. Még ez év nyarán tönkrement az Arrows csapat, egy versenyen, az amerikai nagydíjon a Sauber színeiben versenyzett. 2003-ra teljes évre a Sauberhez szerződött. Az Ausztrál, és a brazil nagydíjon hatodik illetve ötödik lett, majd az amerikai nagydíjon harmadik helyet ért el. Ezzel tizenhárom pontot gyűjtve a tizenegyedik lett a bajnokságban és az év végén visszavonult a Forma–1-ből.