Zurück in Frankreich wurde Habert wiederum befördert und wurde nach Spanien versetzt (→Napoleonische Kriege auf der Iberischen Halbinsel). Er nahm u. a. an der Belagerung von Saragossa (Juni/August 1808) teil und kämpfte in der Schlacht bei Bailén (18./22. Juli 1808), Tuleda (23. November 1808) und Alcañiz (23. Mai 1809).