После американской интервенции, захвата и казни Хусейна, Ибрагим ад-Дури заменил его на посту секретаря партии Баас и стал одним из лидеров вооружённого сопротивления и новому иракскому правительству. 3 октября 2007 года он возглавил объединённый фронт различных баасистских группировок под названием «Высшее командование джихада и освобождения». Периодически выступал с видеообращениями, критикующими новый иракский режим.