L'elemento di maggior scontro tra FISA e FOCA era la battaglia per l'interdizione all'utilizzo delle vetture "effetto-suolo", portata avanti da Balestre, in nome di una maggiore sicurezza. In generale la sua presidenza verrà ricordata per la volontà di migliorare le condizioni di sicurezza delle gare motoristiche, non solo tra le monoposto ma anche nei rally, qui con l'abbandono delle vetture del Gruppo B dopo la morte dell'equipaggio Henri Toivonen-Sergio Cresto, avvenuta durante il Tour de Corse del 1986. La sua intransigenza sulla questione ne aumenterà la considerazione tra i piloti. Molto più contestate saranno le sue ingerenze sull'andamento del campionato di Formula 1: fra tutte la squalifica di Ayrton Senna nel Gran Premio del Giappone 1989 o ancora il rifiuto di modificare la posizione della "pole position" l'anno seguente sempre in Giappone e sempre su richiesta di Senna..