La ciudad sufrió las destrucciones de la guerra de las Vísperas sicilianas en 1282. A partir de 1282, bajo la influencia aragonesa, Catania pasó a ser la capital del Reino de Sicilia. En 1376 las reliquias de santa Ágata fueron depositadas en la catedral de Catania. En 1423 se produjo una epidemia de peste. La primera universidad siciliana fue fundada allí en 1434 por Alfonso V de Aragón. En los siglos y sufrió las erupciones del Etna y en 1693 un terremoto.