在美國重建時期里埃默里学院和整个美國東南部一样蒙受经济危境。1880年埃默里学院校长阿提克斯·格林·海伍德在一次演讲里表示赞同废除美國奴隸制度。这次演讲引起了一名纽约银行家的注意。他给埃默里学院捐献了5000美元抵债，50000美元重建校园，75000美元设立一个新的基金。1880年代里在埃默里学院教授数学的埃萨克·霍普金斯教授创办了学院的技术系。1888年霍普金斯成为佐治亚理工学院的首任校长。1893年埃默里大学的首位国际学生尹致昊毕业。尹致昊后来成为一名重要的朝鲜政治人物，大韩民国的国歌《愛國歌》的歌词就是他写的。