Etimológicamente, el término genérico "Jenynsia" rinde honor al apellido del naturalista inglés Leonard Jenyns. El epíteto específico "darwini" es un epónimo que refiere al apellido de la persona a quien fue dedicada, el naturalista inglés Charles Robert Darwin, quien fuera el primer científico en capturar ejemplares del género "Jenynsia" durante su célebre viaje alrededor del mundo, a bordo del bergantín HMS Beagle.