Am 13. August 2002 wurde die Strecke – wie schon 1897 – bei einem Hochwasser schwer beschädigt. Vor allem im Rabenauer Grund zwischen Freital-Coßmannsdorf und Spechtritz waren Gleise und Brücke weitgehend zerstört. Zwischen Buschmühle und Kurort Kipsdorf hatte das Hochwasser den Bahnkörper abschnittsweise vollständig weggespült. Zwei weniger beschädigte Teilabschnitte konnten schon bald durch Spenden von Eisenbahnfreunden wieder aufgebaut werden, sodass dort von 2003 bis 2006 Sonderfahrten stattfinden konnten.