Nella seconda metà del secolo gli Stati Uniti vissero il dramma della guerra di secessione; con il crescere della tensione tra schiavisti e abolizionisti, un buon numero di soldati dette le dimissioni per transitare nelle file dei Confederati e tra essi vi erano molti "Marine". Il presidente Abraham Lincoln aumentò lʼorganico a più di 4.000 uomini, sempre troppo pochi per poter incidere considerevolmente sul conflitto. Nonostante ciò, elementi del corpo furono presenti in molte battaglie e, dopo la sconfitta subita nella battaglia di Manassas del 21 luglio 1861, quando furono impiegati secondo le loro attitudini ottennero risultati di rilievo, compiendo anche alcune operazioni anfibie. Alla fine della guerra di secessione, il corpo contava 4.167 uomini e durante le operazioni aveva avuto 148 caduti in combattimento e 312 per altre cause.