2013 Mısır askerî darbesinin ardından iki ülke arasındaki ilişkiler gerginleşmiş ve iki ülkenin diplomatik ilişkileri maslahatgüzar seviyesine gerilemiştir. İlerleyen dönemlerde ise cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan ve başbakan Binali Yıldırım, askerî müdahaleyi darbe olarak nitelendirmiştir. Erdoğan Sisi’yi “tiran” olarak nitelemiştir, Sisi ise "Türkiye içişlerimize karışmayı bırakmalı" şeklinde açıklamalarda bulunmuştur. 2016 yılına gelindiğinde ise başbakan Binali Yıldırım, var olan bu durumun ekonomik anlamda iş birliği yapmak için büyük bir engel olmadığını kaydetmiştir. Mısır ise bu durumu olumlu karşılamış ve Türkiye'den var olan Mısır hükûmetini kabul etmesini istemiştir.