Sein erstes Länderspiel für Uruguay absolvierte Francescoli am 20. Februar 1982 beim Nehru Cup in der Partie gegen Südkorea (2:2). Im Jahr darauf feierte er mit der "„Celeste“" den Sieg bei der Copa América, als Brasilien im Finale mit 2:0 bezwungen werden konnte. Zwei Jahre später nahm er am Copa Artigas teil und spielte ebenfalls 1985 mit der Nationalelf um den Artemio-Franchi-Pokal.