Po ataku III Rzeszy na ZSRR w czerwcu 1941 roku zajęta przez Wehrmacht, pod okupacją III Rzeszy jako Komisariat Generalny Estonia w ramach Komisariatu Rzeszy Wschód do lata 1944. W 1944 mniejszość szwedzka w Estonii została repatriowana do kraju przez władze Szwecji, a tysiące Estończyków w obawie przed nacierającą Armią Czerwoną uciekło na zachód. Nadzieje na odbudowę państwowości estońskiej w 1941 roku i po 1945 roku nie ziściły się, jakkolwiek Stany Zjednoczone i część innych państw nie uznało aneksji Estonii przez ZSRR.