Als Amateur startete er für den Verein ZOP Kuibyschew. 1981 wurde Marat Ganejew Weltmeister der Junioren in der Mannschaftsverfolgung sowie Vize-Weltmeister in der Einerverfolgung, im Jahr darauf konnte er seinen Erfolg in der Einerverfolgung wiederholen. 1985 errang er mit dem sowjetischen Bahnvierer Bronze bei den Bahn-Weltmeisterschaften in Bassano del Grappa, gewann die "Marokko-Rundfahrt" und belegte den zweiten Platz in der Gesamtwertung der "Griechenland-Rundfahrt". 1986 wurde er Dritter der "Ägypten-Rundfahrt".