Durante o domínio filipino, Vila Viçosa, era sede da maior corte ducal da Península Ibérica. Em 1640, um grupo de conspiradores convenceu o então João II, Duque de Bragança, a aceitar o trono de Portugal, tornando-se a 1 de Dezembro de 1640, D. João IV (1640-1656) dando início à Dinastia de Bragança. A partir desta data, Vila Viçosa, perdeu fulgor e tornou-se na residência real de férias. Em 1646, João IV de Portugal ofereceu a coroa de Portugal a Nossa Senhora da Conceição como agradecimento pela boa campanha da Guerra da Restauração, tornando-se Nossa Senhora da Conceição, Rainha e Padroeira de Portugal. A partir desta data, mais nenhum Rei de Portugal usou a coroa na cabeça.