Baškortostán je jedním z regionů, který se v 90. letech stal střediskem separatistických tendencí. Vladimir Putin sice silně posílil centralismus a druhou čečenskou válkou dal najevo všem národnostně odstředivým skupinám, že Moskva žádné štěpení teritoria nedovolí, nicméně uznání Abcházie a Jižní Osetie nacionalistické tendence oživilo i zde.