В начале войны Черноус в той же должности на Юго-Западном фронте. В ходе приграничного сражения, затем Киевской оборонительной операции дивизия в составе 8-го стрелкового корпуса 26-й армии вела тяжелые оборонительные бои в районах Перемышль, Добромиль, Самбор, Тарнополь, Винница, Умань. В районе села Подвысокое Кировоградской области вместе с соединениями 6-й и 12-й армий попал в окружение, там же был ранен в ногу. С 12 августа по 22 октября 1941 года выходил из окружения. 19 сентября в районе нас. пункта Ольшаница Киевской области он был захвачен в плен немецкой полицией и помещен в концлагерь в городе Белая Церковь. 27 сентября освобожден из концлагеря «как украинец» (под вымышленной фамилией Каченко — жителя Нежинского района Черкасской обл.). 22 октября перешел линию фронта на участке Песочин под Харьковом. До 7 декабря майор Черноус находился в резерве Юго-Западного фронта, затем направлен в Южно-Уральский военный округ на должность командира отдельной бригады. По прибытии его назначили начальником штаба 124-й отдельной стрелковой бригады. Формировал ее на ст. Аксаково, затем убыл с ней в городе Рязань в состав Московской зоны обороны. В середине августа 1942 года бригада убыла под Сталинград в состав 62-й армии. В должности начальника штаба 124-й отдельной стрелковой бригады и начальника штаба Северной группы обороны Сталинграда подполковник Черноус участвовал в Сталинградской битве, в боях был контужен, но остался в строю. С 9 по 30 декабря 1942 года временно и. д. командира бригады. За боевые отличия под Сталинградом Черноус был награжден орденом Красного Знамени. По окончании Сталинградской битвы в феврале 1943 года бригада убыла на Калининский фронт, где вошла в состав 39-й армии.