Участник Великой Отечественной войны с первого дня, первый боевой вылет совершил 22 июня 1941 года. Практически весь первый года войны эскадрилья вела боевые действия на сухопутном фронте, участвуя в Ленинградской оборонительной операции и в обороне Ленинграда. К августу имел более 100 боевых вылетов. В октябре—ноябре 1941 года Голубев в числе шести пилотов был откомандирован на полуостров Ханко для воздушной обороны его обороняющегося в далёком тылу противника гарнизона флота и от налётов финской и немецкой авиации. По возвращению с Ханко участвовал в обороне с воздуха Кронштадта, в ноябре 1941 года назначен командиром звена. В бою 13 августа 1941 года был сбит и тяжело ранен, а в начале октября упал на повреждённом самолёте в Ладожское озеро, плыл несколько километров в ледяной воде до берега. До начала 1943 года воевал на истребителе И-16.