Najbardziej znane użycie krążowników pomocniczych miało miejsce podczas II wojny światowej. Niemcy użyli wówczas jako rajdery 11 krążowników pomocniczych przebudowanych ze statków handlowych, a Brytyjczycy używali licznych okrętów tego typu (zazwyczaj przebudowanych ze statków pasażerskich) do patrolowania i ochrony konwojów. Z reguły krążowniki pomocnicze nie miały szans w starciu z dużymi okrętami nawodnymi; ewenementem było starcie niemieckiego rajdera „Kormoran” z lekkim krążownikiem , który zatopił atakiem z zaskoczenia z małej odległości, sam jednak również tonąc. Niemieckie krążowniki pomocnicze nie nosiły bandery i udawały statki handlowe krajów neutralnych.