Walter Fauntroy besuchte die öffentlichen Schulen seiner Heimat. Im Jahr 1952 absolvierte er die "Dunbar High School" in Washington, D.C. Danach studierte er bis 1955 an der Virginia Union University in Richmond, Virginia. Daran schloss sich bis 1958 ein Theologiestudium an der theologischen Fakultät der Yale University an. Seit 1959 war er Pastor an der "New Bethel Baptist Church". Er schloss sich der Bürgerrechtsbewegung an und wurde einer derer Führer. Unter anderem war er im Jahr 1963 einer der Organisatoren des Marsches auf Washington. Er gründete die "Model Inner City Community Organization", deren Präsident er zwischen 1966 und 1972 war. Von 1960 bis 1971 leitete er die Washingtoner Niederlassung der Southern Christian Leadership Conference. Außerdem bekleidete er mehrere Ämter im sozialen und kirchlichen Bereich. Politisch schloss er sich der Demokratischen Partei an. Im Juli 1972 nahm er als Delegierter an der Democratic National Convention in Miami Beach teil. In den Jahren 1972 und 1976 kandidierte er erfolglos in den Vorwahlen für die Präsidentschaftswahlen dieser Jahre.