Secoli dopo, nel 1415, Ceuta venne presa dai portoghesi guidati dal principe Enrico il Navigatore. Lo scopo primario di tale conquista era quello di metter fine all'influenza musulmana nell'area e promuovere ulteriormente la cristianità. Il 1º gennaio 1668 a Lisbona, viene firmato un trattato di pace tra Alfonso VI del Portogallo e Carlo II di Spagna, con la mediazione di Carlo II d'Inghilterra, con il quale il Portogallo cedeva Ceuta alla Spagna.