L'église a été construite une première fois sur les vestiges d'un lieu de culte du , sans doute ceux de l'ancienne cathédrale Saint-Procope de la ville. Dans les premières décennies du , une nouvelle église a été construite et peinte ; ces fresques sont restées visibles jusqu'en 1860 ; la nouvelle église a été dédiée à saint Nicolas, un des saints les plus populaires de Serbie, notamment parce que les reliques de saint Procope ne se trouvaient pas à Niš. Détruite en 1690 en représailles contre les Serbes qui avaient soutenu les Autrichiens dans leur combat contre la Sublime Porte, elle a été reconstruite en 1722, comme en témoigne l'inscription au-dessus de l'entrée. Après la victoire des Turcs dans la guerre avec l'Autriche en 1737, l'église a été transformée à plusieurs reprises en mosquée ; elle est définitivement devenue une mosquée en 1799 et elle était connue sous le nom de "Fetija džamija", la « mosquée conquise » ; à cette époque, un minaret lui a été ajouté.