עם פרוץ מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939 קיבל זאלווכטר את הפיקוד על יחידות הקומנדו הימיות במערב (Marine-Gruppenkommando West), וב-1 בינואר 1940 הועלה לדרגת גנרל-אדמירל. יחד עם רולף קרלס, היה זאלווכטר המפקד הטקטי של מבצע וסריבונג - הפלישה לנורווגיה. החל מקיץ 1940 הוא הוביל את פעילות השטח של הצי הגרמני בצפון האוקיינוס האטלנטי ובתעלה האנגלית. כוחות הצי שתחת פיקודו תמכו בכוחות הלופטוואפה במהלך הקרב על בריטניה. כמו כן הוא פיקד על מבצע קרברוס. ב-20 בספטמבר 1942 הוא הוחלף בתפקיד בידי תאודור קראנק. הוא פרש משירות ב-30 בנובמבר של אותה שנה. ב-21 ביוני 1945 הוא נכלא בידי כוחות הכיבוש של הצבא האדום, ונידון למוות על פשעי מלחמה בידי בית דין צבאי סובייטי. הוא הוצא להורג בידי כיתת יורים במוסקבה ב-6 בדצמבר של אותה שנה. ב-1994, בעקבות התפרקות ברית המועצות, טוהר שמו רשמית בידי בית המשפט הרוסי.