Dopo l'evacuazione finale di Guadalacanal, Komatsu continuò a organizzare viaggi di rifornimento e ricognizione nelle Salomone centro-meridionali e in Nuova Guinea. All'inizio di marzo ebbe ordini di distaccare qualche sommergibile nel Mare di Bismarck, dove un convoglio composto da otto cacciatorpediniere e nove unità da carico era stato decimato dall'aviazione australiano-statunitense mentre faceva rotta per Lae e Salamaua. Lo "I-26" trasse in salvo 114 naufraghi e lo "I-17" ne accolse a bordo oltre 150, ma in generale il bilancio di morti fu oneroso. Il 21 giugno 1943 Komatsu cedette infine il posto alla testa della 6ª Flotta al viceammiraglio Takeo Takagi e rientrò in patria: non avrebbe più tenuto comandi in mare. Infatti fu dapprima messo a capo del 3º Distretto navale (Sasebo), che diresse a lungo, poi il 4 novembre 1944 fu nominato direttore dell'Accademia navale. Il 15 gennaio 1945 lasciò comunque l'incarico e rimase per diversi mesi a disposizione dello stato maggiore generale. A metà maggio fu posto nella riserva ufficiali e non ebbe più alcun ruolo nelle vicende ultime del Giappone in guerra.