После того, как Силы обороны Руанды вторглись в северную Руанду в начале гражданской войны, Мобуту отправил несколько сотен солдат Особой президентской дивизии для оказания помощи правительству Жювеналя Хабиаримана. В 1993 году Особая президентская дивизия была отправлена для подавления беспорядков в Масиси, Северное Киву, но конфликт только усугубился после того, как солдаты дивизии встали на сторону народа хуту против коренной народности бахунде. В 1996 году в докладе Организации Объединенных Наций было отмечено, что премьер-министр Заира Этьен Чисекеди и его сотрудники находились под наблюдением и подвергались преследованиям со стороны Особой президентской дивизии. С 1996 по 1997 год солдаты дивизии принимали активное участие в Первой конголезской войне на стороне президента Мобуту Сесе Секо. В мае 1997 года Особая президентская дивизия была расформирована после того, как президент Мобуту Сесе Секо бежал из страны, спасаясь от расправы со стороны победивших в гражданской войне повстанцев.