Trotz seiner persönlichen Abneigung gegenüber Maximilien de Robespierre verteidigte der zu den linken Thermidorianern zählende Lindet weiterhin die jakobinische Politik. Deswegen verlor er seinen politischen Einfluss und im Oktober 1794 seinen Sitz im Wohlfahrtsausschuss. Nach dem Prairialaufstand vom 20. bis 23. Mai 1795, an dem er nicht teilnahm, wurde Lindet für zwei Monate inhaftiert. Im Frühjahr 1796 unterstützte er das "„Komitee Amar“" und die gescheiterte "„Verschwörung der Gleichen“" um Babeuf. Das Oberste Gericht in Vendôme, das Babeuf zum Tode verurteilte, sprach Lindet im Mai 1797 in Abwesenheit frei.