Za druhé světové války byla jednotka obnovena rozšířením 1419. letky RAF pod označením No. 138 (Special Duties) Squadron (138. peruť pro speciální operace). Původně byla dislokována na základně RAF Stradishall a později RAF Tempsford, a jejím úkolem bylo vysazovat agenty a vojenské vybavení Special Operations Executive na okupovaném evropském kontinentu. Letoun Handley Page Halifax (varianty Mk. II, sériové číslo L9613, trupové označení NF-V) této peruti například v noci z 28. na 29. prosince 1941 vysadil do okupovaného Československa výsadkové skupiny Silver A, Silver B a Anthropoid. Mezi 1. dubnem a listopadem 1943 byla její součástí i Polská letka pro speciální operace, jako její letka „C“. Speciální operace peruť prováděla až do března 1945, kdy byla podřízena Bomber Command, jako součást jeho 3. skupiny. Rozpuštěna byla 1. září 1950.