ב-1937 קיבלו פליקס ואחותו אדלהייד אישור מיוחד לחזור לאוסטריה, חרף החוק ההבסבורגי שאסר זאת. פליקס אף נרשם ללימודים באקדמיה הצבאית הטרזיאנית בווינר נוישטאדט, מתוך כוונה להתחיל קריירה של קצין בצבא אוסטריה. עם זאת, לאחר האנשלוס נמלטו הוא ואחותו חזרה לבלגיה דרך צ'כוסלובקיה. בעקבות הקרב על בלגיה, נמלטה כל המשפחה הקיסרית לשעבר לארצות הברית. פליקס ואחיו קרל לודוויג התנדבו לשרת בצבא ארצות הברית במלחמת העולם השנייה. הם רצו להילחם במסגרת גדוד החי"ר ה-101 אשר הורכב מאוסטרים אתנים, אולם נדחו עקב בקשות מצד חיילים בגדוד.