Im Jahr 1059 baute der byzantinische Kaiser Isaak I. hier eine größere Kirche zum Dank an sein Überleben bei einem Jagdunfall. Die Kirche war bekannt für ihre Schönheit, und die byzantinische Geschichtsschreiberin Anna Komnena berichtete, dass ihre Mutter Anna Dalassene hier oft betete. Nach der Eroberung Konstantinopels durch die Osmanen wurde das Gotteshaus bei einem Erdbeben im Jahr 1509 schwer beschädigt und die Kuppel stürzte ein. Der Kommandeur der Palastwache und spätere Großwesir Koca Mustafa Pascha ließ die Schäden reparieren und baute die Kirche zur Moschee um. Bis zum Ende des 19. Jahrhunderts gehörte auch ein Hamam zur Moschee, welches dem Gotteshaus gegenüberlag. Im Jahr 1692 erbaute Şatir Hasan Ağa einen Brunnen vor der Moschee. Bei einem Großbrand im Stadtviertel Balat im Jahr 1729 wurde die Moschee erneut schwer beschädigt, aber ein paar Jahre später wiederaufgebaut. Erneut wurde das Bauwerk bei einem Erdbeben im Jahr 1894 beschädigt und das Minarett zerstört, 1906 dann mit neuem Minarett wieder für Gottesdienste geöffnet. Die letzte umfassende Sanierung erfolgte im Jahr 1922. Bei dieser Gelegenheit wurde eine marmorne christliche Inschrift freigelegt und in das Archäologische Museum Istanbul verbracht. In der südlichen Apsis befindet sich die Makam-Türbe von Jabir ibn Abdullah al-Ansari, einem Gefährten des Propheten Mohammed, der 678 bei der ersten Belagerung von Konstantinopel (674–678) gefallen war. Daher stammt auch der türkische Name "Hazreti Cabir Camii" (deutsch: Moschee des Heiligen Jabir)"."