W chwili wybuchu puczu Janajewa przebywał na urlopie w Soczi, jednak natychmiast przerwał urlop, przybywając do Moskwy i wstępując na służbę Państwowemu Komitetowi Stanu Wyjątkowego. Był m.in. autorem planowanego szturmu na siedzibę parlamentu rosyjskiego („Białego Domu”). Klęska puczu zwiastowała rychły koniec jego kariery politycznej.