Während der Vorbereitungen des „Anschlusses“ Österreichs an das Deutsche Reich im März 1938 trat Wimmer am 12. März 1938 der SS (SS-Nr. 308.221) bei und wurde am 13. März 1938 als Staatssekretär ins Kabinett berufen. Er arbeitete in Zusammenarbeit mit der deutschen Verwaltung das "Gesetz über die Wiedervereinigung Österreichs mit dem Deutschen Reich" aus. Nach dem Anschluss leitete Wimmer als Staatssekretär des Inneren die Abteilung Rechtsangleichung, er organisierte dabei insbesondere die Angleichung der Verwaltung und deren Gliederung an die Strukturen des sog. „Altreiches“. Seit dem 4. August 1939 war er Staatskommissar beim Reichsstatthalter Seyß-Inquart.