Före och under öppningsdagarna av OS i Turin 2006 var Bjørgen plågad av sjukdom. Trots detta klarade hon en silvermedalj på 10 km klassiskt, men för övrigt blev mästerskapet medaljlöst för henne. Hon vann den totala världscupen även denna säsong, trots att resultaten från OS inte blev de förväntade. Trots att hon blev tvåa i den totala &lt;a href="V%C3%A4rldscupen%20i%20l%C3%A4ngd%C3%A5kning%202006/2007"&gt;världscupen 2006/2007&lt;/a&gt; blev 2007 ett år av besvikelse för Bjørgen. Hon vann två världscuptävlingar, men var inte i form under VM i Sapporo och kom hem utan individuella medaljer.