איום מרכזי נוסף המאפיל על קיומו של המין הוא אי היציבות הביטחונית אשר שוררת במדינה מאז שנות ה-90, המתבטאת במאבקים שונים, כגון: מלחמות קונגו הראשונה והשנייה, וסכסוך איטורי (Ituri conflict). במהלך מלחמות ועימותים אלו, ספגו בעלי החיים ובני האדם באזור אבדות רבות: המוני פילים, פרימטים וחיות אחרות נרצחו על ידי הכוחות המזוינים ששלטו בשמורת אוקאפי, כמו גם הפיגמים ושאר הקהילות האנושיות אשר נאלצו לחיות בפחד יום יומי לחייהם. אי יציבות זו מובילה להימצאות קבוצות חמושות ובלתי חוקיות בתוך ובסביבות אזורים מוגנים, ביניהם זה של האוקאפי. אלו מונעות פעולות שימור יעילות (כמו גם עריכת סקרים וניטור), ומתעסקות בציד פילים וחיות אחרות, כרייה בלתי חוקית (זהב, קולטן ויהלומים), כריתת עצים בלתי חוקית, ייצור פחם עץ והסגת גבול חקלאית. מצב זה משפיע ישירות ובעקיפין על שימור האוקאפי, ודוגמה לכך היא האוכלוסייה הקטנה השוכנת ביער וואטָלִינְגַה (Watalinga Forest), אשר נמצאת בסיכון מכיוון שאי אפשר לספק לה הגנה בשל קבוצות חמושות המונעות את הגישה לאזור או מאיימות על בטיחותה.