Vanaf 1795 begon er al duidelijk verzet tegen het regime te ontstaan, vooral vanwege de antiklerikale houding van de Fransen en de verplichte krijgsdienst. Vanaf oktober 1798 ontstond er op vele plaatsen een ware guerrilla. Dit gebeurde ook in Roermond en omgeving. Hasselt werd zelfs even bezet. Vanaf 1799, toen bij besluit de kerken weer open mochten, werd het overal rustig en werd het redelijk gematigde bewind zelfs steeds meer gewaardeerd. In 1801 werd een concordaat gesloten tussen Napoleon en paus Pius VII, waarmee ook de bisschop van Luik weer terugkwam, maar nu zonder wereldlijke macht, dit nieuwe bisdom Luik viel samen met de departementen Ourthe en Nedermaas. Het gebied van het Roerdepartement viel onder het nieuw gestichte Bisdom Aken.