Amb la publicació del Reial Decret de 3 de novembre de 1928 es creava el Ministeri d'Economia Nacional, al qual va ser transferida la Direcció General d'Agricultura, amb les Cambres agràries, el Consell agronòmic i l'associació de Ramaders, i els serveis d'Higiene i Sanitat pecuària. Finalment, el Ministeri d'Agricultura, Indústria i Comerç va ser creat per Decret del President de la República Niceto Alcalá Zamora el 16 de desembre de 1931, incorporant les direccions generals d'Agricultura, Indústria i Comerç, procedents del Ministeri d'Economia Nacional i les de Mines, Monts i Ramaderia, procedents del Ministeri de Foment. Dos anys més tard, el juny de 1933, sota presidència de Manuel Azaña, es va produir l'escissió en dos del departament, creant-se d'una banda el Ministeri d'Agricultura i de l'altra el d'Indústria i Comerç. Era la primera vegada que existia un Ministeri dedicat exclusivament a gestionar la qüestió agrícola. La separació es va fer definitiva, excepte en el període comprès entre el 25 de setembre de 1935 i el 19 febrer de 1936, en què s'anomena Ministeri d'Indústria, Comerç i Agricultura. En incorporar les competències de pesca, procedents del Ministeri de Transports, el 1981, el departament va passar a denominar-se Ministeri d'Agricultura, Pesca i Alimentació, denominació que va mantenir durant 27 anys fins que el 2008, sota el Govern de José Luis Rodríguez Zapatero, es va fusionar amb el Ministeri de Medi Ambient, i passà a denominar-se Ministeri de Medi Ambient i Medi Rural i Marí. Amb l'inici de la X Legislatura el novembre de 2011, prengué el nom de Ministeri d'Agricultura, Alimentació i Medi Ambient.Després de la Moció de censura contra Mariano Rajoy de 2018, el Govern de Sánchez el tornà a anomenar Ministeri d'Agricultura, Pesca i Alimentació i aquesta és la denominació actual del ministeri.