Muñoz, der auf der Position des Stürmers spielte, war Mitglied der Nationalmannschaft seines Heimatlandes und nahm mit ihr an der ersten Fußball-Weltmeisterschaft 1930 teil. Dort stand er jedoch nur im Aufgebot Chiles. Einen Einsatz während des Turniers kann er nicht vorweisen. Bei den Südamerikameisterschaften 1917, 1919 und 1920 stand er ebenfalls im chilenischen Aufgebot. Von seinem Debüt am 6. Oktober 1917 in Montevideo im Spiel gegen Argentinien bis zum Duell Chiles in Viña del Mar gegen Uruguay am 26. September 1920 absolvierte er sieben Länderspiele.