1990-luvun alkupuolella Bosnia ja Hertsegovinan muslimit joutuivat Bosnian sodassa ankaran vainon kohteeksi. Heitä surmattiin joukoittain. Jugoslavian aikoina bosniakkien ja muiden muslimikansojen kansallisuudesta käytetty nimitys oli muslimi tai katsottiin sukujuuret sitten kansallisuus oli serbi tai kroaatti. Ennen ensimmäistä Jugoslaviaa, jota kutsuttiin serbien, kroaattien ja sloveenien kuningaskunnaksi sekä ortodoksit, katoliset että muslimit käyttivät itsestään nimitystä bosniakit. Myöhemmin serbien painostuksesta Jugoslaviassa pyrittiin tuhoamaan bosniakkilainen kansallinen identiteetti mm. kieltämällä heidän nimensä perustuslaissa.