Las batallas de Issos y de Gaugamela marcaron el fin del poder aqueménida en el imperio persa, conquistado por el ejército macedonio de Alejandro. Bagoas acompañó a su señor cuando abandonó el campo de batalla de Gaugamela desesperadamente. En la huida, Darío III fue asesinado supuestamente por sus generales, y Bagoas fue raptado por uno de ellos, Nabarzanes, sabedor de la valiosa mercancía que se llevaba.