Bei der Landtagswahl in Bayern 2013 scheiterte er knapp an einem Wiedereinzug. Am 1. Mai 2014 rückte er jedoch für Tanja Schweiger, die zur Landrätin des Landkreises Regensburg gewählt wurde, in den Landtag nach. Bei der Landtagswahl in Bayern 2018 gelang Hanisch erneut der Einzug in das Landesparlament. Seit November 2018 ist er stellvertretender Vorsitzender der Landtagsfraktion der Freien Wähler.