1 listopada 1939 r. awansował do stopnia generała. 1 marca 1940 r. został szefem sztabu 1 Armii Honvédów w Szolnoku. Od 1 sierpnia 1941 r. do 20 sierpnia 1942 r. dowodził V Korpusem Armijnym w Szegedzie w stopniu generała porucznika. Odszedł z tego stanowiska z powodu współuczestniczenia w podjęciu decyzji o przeprowadzeniu rajdu okupacyjnych wojsk węgierskich po południowej Baczce w styczniu 1942 r., w wyniku którego zostało zamordowanych ok. 3,8 tys. serbskich i żydowskich cywilów. Od grudnia tego roku leczył się w sanatorium wojskowym. W latach 1943-1944 był zatrudniony jako kierownik na podbudapesztańskim lotnisku Mátyásföld. Z powodu oskarżenia go o zbrodnie wojenne w Baczce w styczniu 1944 r. wyjechał do Niemiec. 1 marca wstąpił do Waffen-SS w stopniu SS-Gruppenführera. Służył w XIII lazarecie wojskowym SS w Wiedniu, a następnie w lazarecie w Semmering. Jednocześnie wystąpił do Reichsführera SS Heinricha Himmlera z pomysłem utworzenia węgierskich jednostek Waffen-SS. W rezultacie Niemcy rozpoczęli formowanie 25 Dywizji Grenadierów SS „Hunyadi” i 26 Dywizja Grenadierów SS „Hungaria” oraz XVII Korpusu Armijnego SS (węgierskiego). Natomiast Ferenc Fékétehalmy-Czeydner od 1 lipca 1944 r. był przydzielony do sztabu II Korpusu Pancernego SS. Przywrócony do węgierskiego wojska 1 listopada został zastępcą szefa sztabu w ministerstwie obrony. W marcu 1945 r. stanął na czele stopniowo formowanego XVII Korpusu Armijnego SS w stopniu SS-Obergruppenführera, zdając 4 maja dowództwo SS-Obergruppenführerowi Jenő Ruszkay-Ranzenbergerowi. Po kapitulacji Niemiec dostał się do niewoli amerykańskiej.