במדי נבחרת ברזיל באואר ערך 29 הופעות וכבש חמישה שערים. הוא זכה עימה בקופה אמריקה 1949 ושנה אחר כך סיים כסגן אלוף עולם במונדיאל 1950. באסון ה"מרקנאסו" בו ברזיל הפסידה 2–1 לאורוגוואי, הפסד שמנע ממנה זכייה ראשונה במונדיאל, גם כן שותף. בסיום הטורניר נבחר באואר להיות בנבחרת המצטיינת. הוא גם היה במונדיאל 1954 בו עשה את הופעתו האחרונה במדיה בהפסד 4–2 להונגריה, משחק שזכה לכינוי "הקרב של ברן".