חלק מהתושבים הלא מוסלמים, הרוסים והיהודים, ברחו בזמן המלחמה מהמדינה וכפועל יוצא אחוז המוסלמים במדינה עלה. בעקבות המלחמה של רוסיה באפגניסטן הציבו הרוסים חיילים בגבול בין טג'יקיסטן לאפגניסטן בשטח הטג'יקי עד שנת 2005. לאחר אירועי 11 בספטמבר ותחילת המלחמה באפגניסטן גם חיילים אמריקאים וצרפתים הוצבו באזור הגבול.