Anschließend erreichte die Mannschaft in den 1990er Jahren bei den Südamerikameisterschaften in der Regel die Medaillenplätze, aber bei den kontinentalen Titelkämpfen war man nicht im Vorderfeld platziert und verpasste so auch die Teilnahme an globalen Endrunden. Bei Amerikameisterschaften von 1999 bis 2003 erreichte man jeweils immer den fünften Platz, was zur Teilnahme an der WM-Endrunde 2002 in Indianapolis reichte. Dort reichte es jedoch nur zu einem Sieg über Algerien und dem 14. und drittletzten Platz. Bei der Amerikameisterschaft 2005 gelang erstmals nach über zehn Jahren wieder ein Medaillengewinn, als man im „kleinen Finale“ um die Bronzemedaille eine US-amerikanische Studentenauswahl besiegen konnte. Bei der WM-Endrunde 2006, dem letzten Turnier des altgedienten und damals 38-jährigen Víctor Díaz, reichte es nach einer Auftaktniederlage gegen Libanon nur noch zu einem Sieg über Nigeria im zweiten Spiel. Nach dem Ausscheiden nach der Vorrunde wurde man am Ende auf dem 21. Platz unter 24 teilnehmenden Mannschaften eingestuft.