D. H. Hill's division var i reserven i slaget ved Fredericksburg. På dette tidspunkt begyndte konflikten med Lee at komme op til overfladen. I reorganisereringen af Army of Northern Virginia efter Stonewall Jackson's død, fik Hill ikke kommando over et korps. Han var allerede blevet fjernet fra Lee's hær og sendt tilbage til sin hjemstat for at rekruttere folk. Under Gettysburg kampagnen ledede han reservetropperne, som beskyttede Richmond og modstod det halvhjertede fremstod fra unionshæren under John A. Dix og Erasmus Keyes i slutningen af juni. I 1863 blev han overført til den nyligt reorganiserede Army of Tennessee med en provisorisk forfremmelse til generalløjtnant for at lede et af Braxton Bragg's korps. I den blodige og forvirrede sejr i Slaget ved Chickamauga, var Hill's styrker blandt dem, som var involveret i de voldsomste kampe. Efterfølgende sluttede Hill sig til adskillige andre generaler, som åbent fordømte Bragg's manglende opfølgning på sejren. Præsident Jefferson Davis kom personligt til stede for at løse denne konflikt, altsammen til fordel for Bragg. Army of Tennessee blev reorganiseret igen, og Hill blev efterladt uden en kommando. Derefter afviste Jefferson Davis at bekræfte Hill's forfremmelse, hvilket betød, at han i praksis blev degraderet til generalmajor.