Forfait pour les Jeux du Commonwealth de 1986, Sebastian Coe décroche lors de cette même saison son premier titre continental à l'occasion des Championnats d'Europe de Stuttgart où il s'impose en finale du 800 m en 1 min 44 s 50, devant ses deux compatriotes Tom McKean et Steve Cram. Coe se classe par ailleurs deuxième de la finale du 1 500 m, devancé au sprint par Cram. Le à Rieti, Coe établit la meilleure performance de sa carrière sur 1 500 m en 3 min 29 s 77. Il souffre d'une tendinite en 1987 et doit déclarer forfait pour les Championnats du monde de Rome. En 1988, mal remis d'une infection pulmonaire contractée lors d'un stade en altitude, il n'est pas sélectionné pour les Jeux olympiques de Séoul à la suite de son échec en séries du 800 m des championnats nationaux. Il établit néanmoins l'un des meilleurs temps de sa carrière sur la distance, quelques jours plus tard, à Coblence, en 1 min 43 s 34.