חצי שנה מאוחר יותר,עם הקמת פולין כמדינה עצמאית, במאי 1919 ,פנה מילייקובסקי שוב אל הצבא. הוא התגייס בדרגת קצונה נמוכה לצבא פולין, ומעתה שירת בבתי חולים רבים במדינה: בז'רנדובייה, בביאליסטוק, ביחידה מס' 63 כרופא בחזית מלחמת פולין-רוסיה ובבית החולים מס' 6 לאנשי צבא ברובע פראגה בוורשה. ב 25 באפריל 1923, השתחרר סופית.