Αργότερα, ο Μαρχλέφσκι συνδέθηκε και με τους Σπαρτακιστές, ενώ μετά την ανακήρυξη της ανεξαρτησίας της Πολωνίας, είχε προταθεί για να καταλάβει τη θέση του πρώτου πρέσβη της Σοβιετικής Ένωσης στη Βαρσοβία. Τον Ιανουάριο του 1919 εισήλθε παράνομα στη Γερμανία, όπου έδρασε μέχρι τον Μάρτιο, όταν μετά την καταστολή της εξέγερσης των Σπαρτακιστών κατέφυγε στην Πολωνία όπου αρθρογράφησε δυναμικά εναντίον του πολέμου μεταξύ Πολωνίας και κομμουνιστικής Ρωσίας. Την ίδια περίοδο εκπροσώπησε το Κομμουνιστικό Κόμμα της Πολωνίας στις εργασίες της Κομιντέρν, ενώ τον Ιούνιο του 1919 μεσολάβησε για την πραγματοποίηση μυστικών συνομιλιών ανάμεσα στην πολωνική και τη σοβιετική πλευρά, γεγονός που προκάλεσε την αντίδραση του ΚΚ Πολωνίας, την οποία ο Μαρχλέφσκι αντέκρουσε υποστηρίζοντας πως η αποτυχία μιας ενδεχόμενης σοβιετικής εισβολής στην Πολωνία θα σηματοδοτούσε και το τέλος του πολωνικού κομμουνιστικού κινήματος.