Após a invasão soviética, Carter estava determinado a responder de forma rigorosa. Em um discurso na televisão, ele anunciou Sansões contra a União Soviética, aumentou a ajuda militar ao Paquistão, renovou o registro do Sistema Seletivo de Serviço militar e também fortaleceu o comprometimento dos Estados Unidos a melhorar as defesas do Golfo Pérsico. Carter também convocou um boicote aos Jogos Olímpicos de 1980 em Moscou, o que causou controvérsia na época. A primeira-ministra britânica Margaret Thatcher apoiou incondicionalmente a postura dura de Carter, embora o serviço de inteligência inglês acreditasse que a CIA estava exagerando a ameaça dos soviéticos ao Paquistão. Em 1980, Carter iniciou um programa clandestino para armar os mujahidins através do serviço paquistanês ISI e também garantiu o apoio da Arábia Saudita. A ajuda aos guerrilheiros mujahidins acelerou consideravelmente no governo do sucessor de Carter, Ronald Reagan, ao custo de US$ 3 bilhões de dólares do contribuinte americano. Após quase uma década de guerra, os soviéticos eventualmente se retiraram do Afeganistão, em 1989. Historiadores acreditam que isso ajudou a precipitar a dissolução da União Soviética, devido ao enorme impacto que teve na economia do país. Contudo, a decisão de usar o Paquistão como intermediário para a entrega de armas para os insurgentes afegãos foi duramente criticada, pois vários equipamentos foram desviados e vendidos no mercado negro; a cidade de Karachi, um polo de distribuição de armas americanas para os mujahidins, logo se tornou "uma das cidades mais violentas do mundo" como consequência. O Paquistão também tinha muito poder de decisão sobre quem deveria ter prioridade no recebimento de armas dos Estados Unidos, preferindo grupos islamitas. Apesar disso, Carter não esboçou qualquer arrependimento sobre sua decisão de ajudar o que ele chamava de "guerreiros da liberdade" do Afeganistão.