Le déroulement de l'assemblage est fortement perturbé par l'éclatement de l'Union soviétique en plusieurs pays indépendants qui se produit à la fin de l'année 1991. Le projet est récupéré par la Russie, principal composant de l'ancienne URSS, mais la réorganisation en profondeur de la société entraine une violente crise économique. Le budget consacré au programme spatial s'effondre avec un impact fort sur le projet. La navette spatiale Bourane qui devait remplacer les vaisseaux Soyouz pour la desserte de la station spatiale et qui avait effectué un premier vol sans équipage trois ans auparavant, est abandonnée. L'assemblage de la station est considérablement ralenti ; les deux derniers modules ne seront livrés qu'en 1995 et 1996).