I mars 1994 førte signeringen av Washington-avtalen mellom bosniere og etnisk kroatiske ledere til dannelsen av en felles Bosnisk-kroatiske føderasjon av Bosnia og Hercegovina. Dette, sammen med internasjonalt raseri over serbiske krigsforbrytelser og grusomheter (mest kjent er Srebrenica-massakren hvor minst 8 000 mannlige bosniere ble myrdet i juli 1995 bidro til å snu krigen. Signeringen av Daytonavtalen i Paris av Serbias president Slobodan Milošević (som representerte de bosniske serbernes interesser i Radovan Karadžićs fravær), Kroatias president Franjo Tuđman, som representerte de bosniske kroatene og Bosnias president Alija Izetbegović som sammen med Bosnias utenriksminister Muhamed «Mo» Sacirbey ivaretok de bosniske muslimenes interesser. Daytonavtalen regulerte alle detaljer i prosessen som skulle føre frem til separasjon og demilitarisering av de stridende partene i Bosnia og hvorledes partene selv skulle samarbeide og bygge en fremtidig, fungerende føderasjon, bestående av de tre etniske befolkningsgruppene, bosniere (hovedsakelig muslimer), kroater og serbere. Avtalens militære del, separasjon av partenes styrker, ble overvåket av NATO styrken IFOR. Enkelt sagt etablerte avtalen den grunnleggende strukturen av dagens stat.