Sein Debüt in der australischen A-Nationalmannschaft gab Bolton 2000 in einem Freundschaftsspiel gegen Paraguay, in der WM-Qualifikation 2002 kam er gegen Fidschi und Tonga zu zwei weiteren Einsätzen. 2001 nominierte Frank Farina den Torhüter für den Konföderationen-Pokal, setzte ihn aber nicht ein. Es dauerte bis August 2006, ehe er zu seinem vierten und bislang letzten Einsatz kam. In einem Qualifikationsspiel für die Asienmeisterschaft 2007 gegen Kuwait blieb Bolton auch in seinem vierten Länderspiel ohne Gegentor.