Le , le nouveau président américain, Harry Truman, nomme Jackson à la tête de l'équipe chargée de l'accusation contre les grands criminels nazis. Le juillet, Jackson rencontre Lauterpacht à Londres pour l'aider à surmonter les problèmes théoriques que posait l'établissement des termes de l'accusation. La notion de « crime contre l'humanité » fait son apparition dans le réquisitoire. L'article 6c de la charte instituant le Tribunal de Nuremberg impose la sanction les crimes contre l'humanité très précisément définis selon la nomenclature de Lauterpacht. Le procureur Hartley Shawcross, désigné par les Britanniques pour porter l'accusation en leur nom, demande à Lauterpacht de rejoindre son équipe à Nuremberg (Maxwell Fyfe, Khaki Roberts, Patrick Dean) où il eut une influence majeure sur le discours inaugural du procureur britannique et la responsabilité d'une partie du plaidoyer final. Il s'opposait à l'intégration du concept de génocide promu par Raphael Lemkin, comme inutile, émotionnel, dangereux et impraticable.