Obwohl Engelaar nur einen weiteren Kurzeinsatz im November 2007 gehabt hatte, berief van Basten ihn im Mai 2008 in den Kader für die Europameisterschaft in Österreich und der Schweiz. Engelaar profitierte davon, dass van Basten dasselbe System spielen ließ wie Fred Rutten bei Twente. Erstmals stand er daraufhin als defensiver Mittelfeldspieler am 24. Mai 2008 beim 3:0-Sieg gegen die Ukraine in der Startformation der Nationalmannschaft und spielte auch in den beiden letzten Testspielen vor der Europameisterschaft. Während der EM war er in allen Gruppenspielen und im verlorenen Viertelfinale im Einsatz. Nach der EM verzichtete van Bastens Nachfolger Bert van Marwijk wegen dessen „magerer Leistungen“ darauf, den Neu-Schalker in der ersten Elf einzusetzen. Lediglich einmal während seiner Saison in der Bundesliga wurde Engelaar in der Nationalmannschaft eingewechselt, im November 2008 gegen Schweden. Elf Monate später gab er als PSV-Spieler sein Comeback, jedoch auch nur mit zwei Kurzeinsätzen im Oktober und November 2009. Im WM-Jahr erhielt er bis Mitte Mai keine Spielpraxis in van Marwijks Elf, gehörte jedoch zu den 30 Spielern, die den erweiterten Kader für die WM in Südafrika bildeten. Bei der Vorstellung des finalen 23er-Kaders für die WM gab van Marwijk jedoch bekannt, dass er Engelaar nicht mit nach Südafrika nehmen werde.