След османското нашествие (1459) храмът запада. Монашеската общност е възстановена едва след 1557 г. около Печката патриаршия, но не надвишава 3 души. След началото на Руско-турската война (1735 – 1739) през 1735 г. църквата и манастирът отново са разграбени и осквернени: османците използват помещенията на религиозните сгради като конюшни. От средата на XIX век „Свети Ахил“ е със статут на енорийска църква.