Su creación fue propuesta en julio de 2018 con la finalidad de sustituir a su predecesor Consejo Nacional de la Magistratura, organismo que se había visto envuelto en actos de corrupción. La reforma de la Constitución que permitió su creación fue aprobada por el Congreso en septiembre de 2018 y luego ratificada por la población mediante un referéndum realizado en diciembre de ese mismo año. Finalmente, en febrero de 2019 la Junta Nacional de Justicia fue creada al expedirse su ley orgánicay entró en funciones en enero de 2020 al elegirse a sus miembros.