Nel gennaio 2009 il Manchester City ha avanzato un'offerta tra i 100 e 120 milioni di euro per l'acquisto del brasiliano, che è stata presa in considerazione dalla società rossonera, fatto che ha suscitato le proteste dei tifosi milanisti. Il 19 gennaio 2009, però, quando il passaggio di Kaká al club di Manchester sembrava già definito, il giocatore ha rifiutato l'offerta per rimanere in rossonero. Con il gol alla Fiorentina durante l'ultima giornata del campionato 2008-2009, ha messo a segno la sedicesima marcatura stagionale in Serie A e ha superato così il record personale dell'anno precedente (15 reti).