Em 1942, Khrushchov estava na Frente Sudoeste, e ele e Timoshenko propuseram uma contra-ofensiva maciça em direção a Cracóvia. Stalin aprovou apenas parte do plano, mas 640 mil soldados do Exército Vermelho ainda estariam envolvidos na ofensiva. Os alemães, no entanto, haviam deduzido que os soviéticos provavelmente atacariam na Cracóvia, e montariam uma armadilha. A partir de 12 de maio de 1942, a ofensiva soviética inicialmente parecia bem sucedida, mas dentro de cinco dias os alemães haviam entrado profundamente nos flancos soviéticos, e as tropas do Exército Vermelho corriam o risco de serem isoladas. Stalin recusou-se a parar a ofensiva, e as divisões do Exército Vermelho foram logo cercadas pelos alemães. A URSS perdeu cerca de 267 mil soldados, incluindo mais de 200 mil homens capturados. Stalin rebaixou Timoshenko e chamou Khrushchov para Moscou. O ditador chegou a insinuar que ordenaria a prisão e execução de Khrushchov, mas acabou permitindo que o comissário retornasse à frente, enviando-o para Stalingrado.