En 2016, Ali Nouisri réalise tout d'abord de bons résultats sur le territoire algérien, en terminant cinquième du Tour international d'Oranie et du Tour international de Sétif. Également cinquième d'une étape sur le Tour du Maroc, il se présente ensuite au départ du Tour du Sénégal, qu'il conclut à la sixième place, au terme d'une épreuve dominée par les coureurs algériens. De retour dans son pays natal, il termine onzième du Tour de Tunisie, avant de s'illustrer sur les championnats nationaux, où il se classe deuxième du contre-la-montre puis premier sur l'épreuve en ligne, en remportant les deux titres mis en jeu chez les moins de 23 ans. Grâce à ces bonnes performances, il est choisi pour représenter la Tunisie Jeux olympiques. Afin de se préparer pleinement à cette échéance, il est convié à un stage de dix jours en France au Cavigal Nice Cyclisme, grâce à un accord entre la Fédération tunisienne de cyclisme et le club de Cavigal. Seul représentant tunisien engagé, il est contraint à l'abandon lors de la course en ligne.