W 1937 roku, wskutek hitlerowskiego programu oczyszczania kultury niemieckiej ze sztuki zwyrodniałej (Entartete Kunst), Pechstein zostaje wydalony z uczelni. W wyniku prześladowania awangardowych artystów w Niemczech, ucieka z Berlina do Łeby, gdzie przeżywa II wojnę światową. Są to najcięższe chwile w życiu artysty. By nie umrzeć z głodu, Pechstein namalował jedyny w swoim życiu religijny obraz, przedstawiający Matkę Boską (obecnie znajduje się w kościele pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Łebie). Wskutek wojny, dzieła ekspresjonisty w większej części ulegają spaleniu. W 1945 roku wraca wraz z rodziną do Berlina, gdzie dostaje posadę profesora w Hochschule für Bildende Künste. W 1951 roku zostaje honorowym senatorem swojej uczelni, a rok później otrzymuje odznakę państwową – Wielki Krzyż Zasługi.