Am 4. April 2008 unterschrieb er als Trainer der aserbaidschanischen Nationalmannschaft einen Vertrag mit Laufzeit bis 2009. Nach erfolgreichen Resultaten wurde der Vertrag mit der AFFA bis zum Ende der Qualifikationsrunde zur EM 2012 verlängert. Dabei traf er sowohl in der Qualifikation für die WM 2010 als auch in der Qualifikation für die EM 2012 auf die deutsche Mannschaft. Er ist damit der erste deutsche Trainer, der sechsmal mit einer anderen Nationalmannschaft gegen Deutschland antrat. Am 11. November 2011 saß er beim Spiel gegen Albanien zum 200. Mal als Nationaltrainer auf der Bank, davon 41-mal für Aserbaidschan. Nur fünf Nationaltrainer haben mehr Länderspiele. Ende Oktober 2011 hatte Vogts zunächst seinen Abschied aus Aserbaidschan angekündigt, am 30. November verlängerte er aber seinen Vertrag bis 2014. Im Dezember 2013 verlängerte er seinen Vertrag um zwei weitere Jahre und führte Aserbaidschan in die Qualifikation zur EM 2016. Vogts agierte während der FIFA Fußball-Weltmeisterschaft 2014 in Brasilien, bei der die USA in der Vorrunde auch auf Deutschland traf, als Scout und Technischer Berater für die Fußballnationalmannschaft der Vereinigten Staaten. Die Arbeit als Nationaltrainer Aserbaidschans beendete Vogts am 17. Oktober 2014 aus eigenem Antrieb. Der misslungene Start in die Qualifikation zur EURO 2016 und die fehlende Perspektive gaben dafür den Ausschlag. Seit März 2015 war Vogts erneut als Berater der US-Amerikaner tätig und unterstützte Trainer Jürgen Klinsmann unter anderem bei der Copa América Centenario 2016.