1913 kehrte Clayton nach Ägypten zurück, wo er Agent für den Sudan und Chef des Nachrichtendienstes der ägyptischen Armee wurde. Nach dem Beginn des Ersten Weltkrieges wurde Clayton, mittlerweile Oberst, Leiter aller britischen Nachrichtendienste in Kairo. Zusammen mit Ronald Storrs spielte er eine zentrale Rolle bei der Gründung des Arabischen Büros und bei der Auslösung der Arabischen Revolte. 1917 wurde er politischer Berater Edmund Allenbys und wurde in den Rang eines Brigadier-Generals erhoben.