12 сентября 1972 года премьер-министр Португалии Марселу Каэтану назначил генерала Франсишку да Кошта Гомиша начальником Генерального штаба армии вместо генерала Венансио Дешландиша и в тот день присвоил ему звание четырёхзвёздного генерала. Теперь на него легло руководство всей португальской армией в условиях колониальной войны. В мае-июне 1973 года генерал Кошта Гомиш вновь посетил Португальскую Гвинею. Тем временем в Португалии и в её армии нарастал конфликт по поводу путей дальнейшего развития страны. В 1973 году, после принятия правительством декретов о «милисиануш», в офицерской среде возникло «Движение капитанов». 26 сентября 1973 года Кошта Гомиш был единственным, кто выступил на Высшем военном совете за пересмотр летних решений о «милисиануш», ущемляющих права боевых офицеров. Раскол в вооруженных силах нарастал. 22 декабря был утвержден пост заместителя начальника Генерального штаба, который занял генерал Антониу ди Спинола, сторонник политического решения проблемы колоний. 18 января 1974 года. Кошта Гомиш совершил поездку в Мозамбик, в город Бейру, где произошли серьёзные инциденты и, после возвращения в Лиссабон дал согласие на публикацию книги генерала ди Спинолы «Португалия и будущее», призывавшей к политическому решению вопроса колоний. 5 марта 1974 года руководители Движения капитанов приняли решение считать ди Спинолу и Кошту Гомиша номинальными лидерами движения.