Na początku września 1939 r. mosty włodawskie zostały zbombardowane. We wsi znalazło się wielu Polaków uciekających przed wojskami niemieckimi, w tym wielu Żydów. W rejonie Tomaszówki z inspiracji NKWD zaczęły działać bojówki mordujące polskich oficerów i inteligentów. 17 września do wsi wkroczyły wojska niemieckie, które następnie wycofały się, oddając ten obszar pod kontrolę Armii Czerwonej. Wraz z ustanowieniem władzy radzieckiej Tomaszówka weszła w skład BSRR.