היחסים הפכו למתוחים כאשר שני הצדדים החלו למתוח ביקורת זה על זה על האסטרטגיה של האחד והשני במלחמה בטרור, וממשלת ארצות הברית מאשימה את פקיסטן לעיתים תכופות בנתינת מחסה לאנשי טליבאן, ואילו פקיסטן טענה כי ארצות הברית לא עשתה די מאמצים לשמירת הביטחון במזרח אפגניסטן. יתר על כן, כתוצאה מהאירוע של ריימונד אלן דייוויס בלאהור, המבצע של ארצות הברית באבוטאבאד (שהוביל למותו של אוסמה בן-לאדן) ובעקבות זאת לתקיפות נאט"ו בפקיסטן, נעשו היחסים בין שתי המדינות מתוחים יותר ויותר בשנים האחרונות המאופיינים בחוסר אמון. דעת הקהל בפקיסטן מרבה לדרג את ארצות הברית כאחת המדינות הפחות מועדפות על הציבור, ולהפך. בשנת 2015, על פי סקר עולמי של חברת גאלופ, 15% מהאמריקאים בעלי השקפה חיובית על פקיסטן.