Heidfeld se během sezóny zranil a jeho místo na čas zaujal Antonio Pizzonia, se kterým se Webber znal za působení v Jaguaru. A hned v Itálii Pizzonia Webera porazil. Zatímco Brazilec dojel 7., Australan po incidentu z první zatáčky dokončil až 14. Role se ale opět prohodily v následujícím závodě, kde odstoupil zase Pizzonia. Když se rozšířily zvěsti, že Heidfeld podepsal na rok 2006 BMW Sauber, zůstal Pizzonia v kokpitu i na domácí půdě v Brazílii. Tam ale došlo k incidentu mezi oběma Williamsy a Markovo auto bylo poškozeno, dojel jako 17., ale mezi klasifikovanými nebyl. Poslední 2 závody přinesly alespoň malý úspěch ziskem 4. a 7. místa. Webber si tak upevnil 10. místo v poháru jezdců. Mark popsal sezónu 2005 jako „frustrující“, a také že jeho reputace značně klesla. Rozhodl se ale zůstat u Williamsu i přes nabídku od BMW Sauber. Webberovým stájovým kolegou pro rok 2006 se stal mladý Nico Rosberg a byl už 7. stájovým kolegou pro Webbera od roku 2002.