Năm 1945, chiến tranh Việt-Pháp bùng nổ. Sợ đối phương lập căn cứ ở đây, vào năm 1946, chính quyền thực dân Pháp ra lệnh không cho dân ở trên núi Cấm nữa. Vì vậy, nhà sư Thiện Quang phải dẫn các đồ đệ xuống núi, tạm trú tại nhà Phật tử ở Tri Tôn, và sau đó (đầu năm 1947) đến tu ở chùa Linh Bửu thuộc vùng Cầu Bông, Sài Gòn...