Kommunistit ottivat vallan käsiinsä helmikuun 1948 lopussa (Tšekkoslovakian vallankaappaus 1948). Masaryk löydettiin ulkoministeriön virka-asunnon kylpyhuoneen ikkunan alta kuolleena, pukeutuneena yöasuun 10. maaliskuuta 1948. Virallisissa tutkimuksissa hänen todettiin tehneen itsemurhan hyppäämällä ikkunasta alas. On arveltu, että hänet työnnettiin ikkunasta, jotta kommunistien suunnitelmat toteutuisivat.