Auch im Team Melli ist Hossein Kaebi ein herausragender Spieler. Bereits in der U16 machte er von sich reden und nachdem auch die Asienmeisterschaft mit der U17 erfolgreich verlief, wurde er am 6. Februar 2002 mit nur 16 Jahren zum ersten Mal in die iranische A-Nationalmannschaft berufen. Seitdem war er ständig im Nationalteam dabei, bei der Asienmeisterschaft 2004 ebenso wie in der erfolgreichen Qualifikation zur Fußball-Weltmeisterschaft 2006 in Deutschland, wo er dann auch im WM-Aufgebot des Iran alle drei Vorrundenspiele seines Landes bestritt. Mit nur 22 Jahren hat Kaebi bereits 58 A-Länderspiele bestritten.