Figuroval v kádru slovenského reprezentačního výběru U21 vedeného trenérem Ivanem Galádem v kvalifikaci na Mistrovství Evropy hráčů do 21 let 2013 v Izraeli, ve které se Slovensko probojovalo do baráže proti Nizozemsku. Gyömbér nastoupil v obou barážových zápasech, které skončily shodnou prohrou slovenského týmu 0:2. S týmem U21 odehrál i větší část následujícího kvalifikačního cyklu, kde se slovenskému týmu podařilo vyhrát 3. kvalifikační skupinu (zisk 17 bodů) před druhým Nizozemskem (16 bodů), což znamenalo účast v baráži o Mistrovství Evropy hráčů do 21 let 2015 v České republice.