28 февраля 1865 года в Арекипе поднял восстание, будучи недовольным условиями мирного договора, подписанного после войны с Испанией. В результате революции он сверг с поста президента Хуана Антонио Песета и 25 апреля объявил себя Временным Верховным правителем Республики. Через два месяца он передал руководство страной в руки Педро Диаса Кансеко, для того, чтобы на законных основаниях участвовать в выборах в этом же году в президенты Перу, в результате этих выборов Прадо вновь возглавил страну.