Under såvel den amerikanske uafhængighedskrig som krigen mellem USA og England i 1812 var floden og Penobscot Bay skueplads for slag, som i begge tilfælde blev vundet af den britiske flåde. I 1814 plyndrede englænderne byen Bangor. For at forhindre en tredje episode byggede amerikanerne i 1844 Fort Knox nær flodens udløb i bugten. Fortet kom dog aldrig i kamp.