Kyrgiakos nåede at spille 61 kampe og score 4 mål for Grækenlands landshold, som han debuterede for den 13. februar 2002 i et opgør mod Sverige. På grund af en skade var han ikke en del af det hold, der sensationelt vandt guld ved EM i 2004, men deltog til gengæld ved Confederations Cup 2005 i Tyskland, EM i 2008, samt VM i 2010.