Tega leta je bil tudi izvoljen za predsednika zadruge Neodvisno gledališče in bil sprejet v KPS. Leta 1939 je postal sekretar Komunistične partije za Prekmurje. Istega leta se je poročil Mimo Zupančič, učiteljico v Radmožancih. Od februarja do junija 1940 je bil skupaj z drugimi prekmurskimi aktivisti in izobraženci interniran v Bileči. Po aprilski vojni in madžarski okupaciji Prekmurja je partijsko vodstvo v Prekmurju začelo z organizacijo propagandnih akcij proti okupatorju, zbiranjem orožja, vzpostavljanjem postojank in skrivališč. V juniju in juliju leta 1941 je začelo tudi z organizacijo oboroženega odpora. Kovač je moral kot glavni protiokupatorski organizator v ilegalo, preoblečen v kmečkega človeka in z bombami v cekarju je prepotoval obmurske kraje in organiziral zavedne Prekmurce za boj proti okupacijskemu režimu.