За време априлског слома прелази у Бококоторски залив. После првог усташког геноцидног таласа, враћа се у Требиње, али га усташе хапсе. Био је три месеца у дубровачком затвору. После изласка из затвора ступа у четнике. Вршио је позадинске дужности у Требињском корпусу. Постаје шеф четничке пропаганде у Требињу и уредник "Гласа Косова". Касније је постављен за команданта Требињског среза, добио је чин капетана, али без писменог указа. Професор Бубрешко преживљава босанску голготу 1945. Године 1945. херцеговачки четници повлаче се према савезницима у групи војводе Павла Ђуришића. Тако се и професор Бубрешко са најмање 200 херцеговачких и црногорских војних и политичких првака, којима се прикључио и академик Драгиша Васић из Врховне команде, обрео у усташком концетрационом логору Стара Градишка. Бубрешко је заједно са капетаном Милошем Курешом успео да побегне, пред само погубљење.