Mursis Amtszeit war stark von Demonstrationen der Liberalen und Linken geprägt, welche blutig niedergeschlagen wurden. Nachdem sich die Lage zugespitzt hatte, putschte sich das Militär am 3. Juli 2013 an die Macht. Infolgedessen wurde Adli Mansur, ein früherer Mubarak-Beamter, zum Präsidenten, und Hasim al-Beblawi zum Premierminister ernannt. Anhänger Mohammed Mursis widersetzten sich jedoch der neuen Regierung und riefen zu Protesten auf. Die Demonstrationen wurden blutig niedergeschlagen und es gab mindestens 43 Tote. Der frühere Präsident Hosni Mubarak wurde von der neuen Regierung freigelassen und steht seitdem unter Hausarrest. Am 25. August 2013 begann der Prozess gegen Mubarak wie auch gegen die Muslimbrüder. Ende September 2013 wurden die Muslimbrüder offiziell verboten. Im Januar 2014 wurde ein Verfassungsreferendum durchgeführt, welches die Menschenrechte schützt, aber auch die Rolle des Militärs stärkt. 98 % der Wähler stimmten für die neue Verfassung. Bei der Präsidentschaftswahl im Mai 2014 siegte der General Abd al-Fattah as-Sisi.