Mustafa Doğan, Almanya millî futbol takımının 1999 FIFA Konfederasyonlar Kupası kadrosunda yer aldı. ABD'nin Almanya'yı 2-0 yendiği son grup maçında 41. dakikada Jörg Heinrich'in yerine girdi. Almanya gruplardan çıkamadı. Doğan, Almanya formasını ikinci ve son kez 2000 Avrupa Futbol Şampiyonası elemelerinde Türkiye ile oynanan maçta giydi. Eleme maçlarının sonu olan bu maçta Doğan, 89. dakikada Bernd Schneider'ın yerine oyuna girdi. 0-0 biten maçla beraber Almanya birinci olarak turnuvaya katılma hakkını kazandı.