Nel 2001 il giudice argentino Rodolfo Corral emise nei suoi confronti un mandato di comparizione per la presunta complicità nell'"Operazione Condor". Nonostante quest'incriminazione, e quella ricevuta della magistratura francese, nel 2002 il presidente George W. Bush lo nominò presidente della commissione incaricata di chiarire gli eventi dell'11 settembre 2001: questo suscitò aspre critiche da parte di coloro che lo accusavano di crimini di guerra; Kissinger si dimise dalla commissione il 13 dicembre 2002.