Den Vorbereitungen Bolívars für die Schlacht von Carabobo konnte er nichts entgegensetzen und unterlag schließlich bei dem Treffen am 24. Juni 1821 und floh über La Guaira (Vargas Hafen von Caracas, ca. 15 km N davon), wo nur eine französische Truppe seine Gefangennahme, aber nicht seine Kapitulation verhindern konnte, nach Puerto Cabello. Ungeachtet der Belagerung des befestigten Hafens unternahm er von See aus am Jahresende einen Versuch Coro zurückzuerobern. Trotz anfänglicher Erfolge musste er im Hafen La Vela von Coro kapitulieren. Er wurde nach dem Übereinkommen von Trujillo zwar geschont, seine Heirat mit einer Südamerikanerin (der ein verwandtschaftliches Verhältnis mit Bolívar nachgesagt wird) beraubte ihn aber der Legitimation weiter für die spanische Krone in Venezuela tätig zu sein. Francisco Tomás Morales, inzwischen ebenfalls Feldmarschall, übernahm den Oberbefehl über die Reste der königlichen Truppen von ihm, und leistete noch über ein Jahr Widerstand.