1990-luvun lopulla Balaban pelasi Kroatian alle 21-vuotiaiden maajoukkueessa ja vuodesta 2000 hän on esiintynyt säännöllisesti maan A-maajoukkueessa. Balabanin ensimmäinen maaottelu oli 16. elokuuta 2000 Slovakiaa vastaan. Hän on pelannut 27 maaottelua, joissa on tehnyt yhdeksän maalia . Hän sekä vuoden 2002 että vuoden 2006 MM-kisajoukkueissa, mutta ei päässyt kummassakaan pelaamaan.