Tobrukin jälkeen Rommel pyrki lopulliseen tavoitteeseensa, Aleksandriaan. Liittoutuneet olivat rakentaneet puolustuslinjan Rommelin tielle (Alamein-linja), joka kulki pohjoisesta Välimeren rannalla olevasta pienestä El Alameinin rautatiekaupungista etelään aavikolle Qattaran syvängöille asti. El Alameinin kaupunki oli vain noin 60 kilometrin päässä Aleksandriasta. Jos Rommel olisi onnistunut murtautumaan läpi El Alameinissä, olisi Egypti menetetty. Rommel hyökkäsi 1. heinäkuuta 1942, mutta ei onnistunut murtamaan liittoutuneiden puolustuslinjaa ja El Alameinin ensimmäinen taistelu päättyi tasapeliin. Rommel tiesi, että seuraava taistelu olisi ratkaiseva. Liittoutuneilla oli kuitenkin materiaalinen ylivoima, ilmaherruus ja lyhyet huoltolinjat. Rommelilla puolestaan oli pulaa joukoista ja huoltolinjat olivat erittäin pitkinä epäluotettavia. Liittoutuneet ehtivät usein upottaa hallussaan olevan Maltan saaren läheltä kulkevat Rommelin huoltolaivat (Rommel ihmetteli alituiseen esikunnalleen, miksi sotavoimien ylijohto ei vallannut Maltaa). Tämän lisäksi Rommelin terveys alkoi pettää.