En 1795, Werneck intégra l'armée du général Clerfayt stationnée sur le Rhin, assistant notamment au blocus de Mayence le 29 octobre, où il commandait la réserve, et à la bataille de Pfeddersheim le 10 novembre. L'année suivante, il participa à la brillante campagne de l'archiduc Charles en Allemagne, se signalant notamment à Wetzlar le 15 juin et à Amberg le 24 août. Au cours de la bataille de Wurtzbourg, le 3 septembre 1796, il commandait une division de grenadiers forte de douze bataillons et appartenant à la réserve du général Wartensleben. Ses brigadiers avaient pour nom Johann Kollowrat, et . La division Werneck se distingua dans cette action en forçant le passage de Lengfeld. Le général fut récompensé le 18 septembre par la croix de commandeur de l'ordre de Marie-Thérèse. À la même période, alors que l'archiduc Charles faisait sa jonction avec le corps de Baillet de Latour, Werneck se retrouva à la tête de l'armée indépendante du Bas-Rhin. Il conserva sa position durant tout l'hiver, sans que les Français ne fassent quoi que ce soit pour l'en déloger. Dans une lettre datée du 26 novembre 1796, le chancelier Thugut écrivit que .