2006-2007 sezonunda, Wagner ilk Junior Grand Prix yarışmasına katılmıştır. Junior Grand Prix yarışmalarında Courchevel, Fransa ve The Hague, Hollanda'da yapılan yarışmaları kazanmış ve Sofya'da yapılacak olan Junior Grand Prix Finali'ne katılma ı kazanmıştır. Burada bir diğer Amerikalı Caroline Zhang'in ardında 142.01 ile gümüş madalya kazanmıştır. 2007 ABD Gençler şampiyonasında Wagner Mirai Nagasu ve Caroline Zhang'in ardında bronz madalya almış ve Dünya Gençler şampiyonasına gitme hakkı kazanmıştır.Oberstdorf'da yapılan 2007 Dünya Gençler Artistik Patinaj Şampiyonası'nda serbest programda 7 üçlü atlayış yapmış ve 157.15 ile bronz madalya kazanmıştır. Zhang ve Nagasu'nun ardında üçüncü olan Wagner ile birlikte tarihte ilk kez ABD Dğnya Gençlerde altın, gümüş ve bronzu birlikte almıştır.