1989年もミナルディに残留し、引き続きマルティニとコンビを組んだ。第8戦イギリスGPでは6位入賞を果たす。これがペレス＝サラ自身のF1キャリアの中で最初で最後のポイント獲得となった。この年もマルティニに対して大きく出遅れた感は否めなく、マルティニはパオロ・バリッラにシートを1戦だけ譲った日本GP以外全て予選通過し、5位2回、6位1回の計3回の入賞を果たしているのに対し、ペレス＝サラは前述の通り6位入賞1回のみに留まり、予選落ちも4回喫しており事実上の完敗であった事は否めなかった。