メコネンは1998年のアフリカ陸上競技選手権大会5000mに出場してダニエル・コーメンに次ぐ2位に入り、知られるようになった。1999年の世界クロスカントリー選手権ではジュニア優勝・ショート3位の活躍を見せた。メコネンは自身の成功が、練習相手でありよき先輩でもあるハイレ・ゲブレセラシェの助力によってもたらされたものだと考えている。1999年6月に出場したシュトゥットガルトの競技会で3000mのジュニア世界記録を上回る7分33秒00を記録したが、レース後に必要なドーピング検査を受けなかったためにジュニア世界記録は公認されていない。同年8月の世界陸上競技選手権大会5000mでは、13分18秒97の記録で7位に入賞した。