Burnes wurde 1836 in einer politischen Mission zu Dost Mohammed, dem Herrscher von Afghanistan, nach Kabul entsandt. Dort traf er auf den russischen Offizier Witkewitsch. Dessen Aufgabe war die Fortsetzung der 1835 begonnenen Annäherung Afghanistans an Russland. Burnes riet dem britischen Generalgouverneur von Kalkutta, Baron Auckland, Dost Mohammed zu unterstützen. Dieser entschied sich aber, der Meinung William Macnaghtens zu folgen und den früheren Herrscher Schodscha Schah Durrani wieder einzusetzen, was zur Ausweisung von Burnes aus Kabul und schließlich zum Ersten Anglo-Afghanischen Krieg führte. 1838 wurde Burnes als Knight Bachelor geadelt. Nach dem Einmarsch der britischen Armee wurde Burnes politischer Agent in Kabul. Im Laufe des Jahres 1841 kam es zu Unruhen, genährt von Steuererhöhungen durch Schodscha Schah Durrani und dem ausschweifenden Leben einiger britischer Offiziere, allen voran Alexander Burnes. Afghanische Freischärler griffen britische Außenposten an und in Kabul versammelte sich am 2. November 1841 eine Menschenmenge vor Burnes Haus. Bei dem Versuch, zu fliehen wurde er entdeckt und ermordet. Die britische Garnison unterließ es, ihm zu Hilfe zu kommen, und die einheimischen Truppen flohen vor der aufgebrachten Menge. Die Untätigkeit der Briten führte zu einem allgemeinen Aufstand, der zum katastrophalen Rückzug von General Elphinstone aus Kabul führte, in dem dessen Armee vollständig vernichtet wurde.