Nel 2016 rimane nello stesso team, con compagno di squadra Loris Baz. A Motegi e Phillip Island sostituisce l'infortunato Andrea Iannone in sella alla Ducati ufficiale. Ottiene come miglior risultato un quarto posto in Malesia e termina la stagione al 10º posto con 102 punti. Nel 2017 inizia la sua ottava stagione consecutiva in MotoGP, lo fa con lo stesso team e lo stesso compagno di squadra della stagione precedente. Ottiene come miglior risultato un nono posto in Catalogna e termina la stagione al 22º posto con 28 punti.