Buberník speelde tevens 23 wedstrijden voor het Tsjecho-Slowaaks voetbalelftal. Hij maakte zijn debuut op 17 juni 1958, in een groepswedstrijd tegen Noord-Ierland op het wereldkampioenschap voetbal 1958. Twee jaar later, tijdens het eerste Europees kampioenschap voetbal in 1960 speelde hij in beide wedstrijden en eindigde hij derde met zijn nationale elftal. Voor het wereldkampioenschap voetbal 1962 behoorde hij wel tot de selectie, maar zou hij geen enkele wedstrijd spelen.