Предолимпийский 2012—2013 сезон Липницкая начала с победы на турнире в Финляндии — Эспоо 5—7 октября 2012 года. В ноябре, дебютируя на этапах взрослой серии Гран-при в Китае и во Франции, выиграла оба раза короткую программу, а в итоге заняла призовые места. При этом в Париже, в произвольной программе за последнее вращение в заклоне она получила не только максимальный 4-й уровень, но и абсолютно все надбавки +3 за максимальное качество исполнения. В итоге фигуристка квалифицировалась в Финал Гран-при, однако 30 ноября президент ФФККР Александр Горшков заявил, что Липницкая не выступит в Финале Гран-при, по причине травмы — рассечения подбородка и лёгкого сотрясения. Из-за травмы не принимала участия в чемпионате России 2013 года в Сочи.