Ein Rückschlag war die erneute Flutung eines Teiles der Ebene durch die deutsche Wehrmacht im Spätsommer 1943, die damit nach der Landung der Alliierten in Sizilien deren Vormarsch auf Rom behindern wollte. Eine Bewertung dieser Maßnahme als einzigem Fall von biologischer Kriegsführung im Zweiten Weltkrieg durch eine geplante Auslösung von Malaria-Epidemien konnte durch neuere Untersuchungen entkräftet werden. Schon bald nach Kriegsende wurden die Entwässerungsanlagen wieder instandgesetzt.