Em 31 de janeiro de 1889, Rodolfo, Príncipe Herdeiro da Áustria cometeu suicídio - caso que ficou conhecido como Incidente de Mayerling - elevando o pai de Francisco Ferdinando a primeiro na linha de sucessão ao trono. No entanto, o arquiduque Carlos Luís renunciou aos seus direitos em favor de seu filho mais velho. A até então pacata vida de Francisco Ferdinando mudou radicalmente e ele começou a ser preparado para suceder ao tio, Francisco José I. Apesar desta carga, ele ainda conseguia tempo para viagens de lazer e expedições de caça - como sua dispendiosa viagem à Austrália para caçar cangurus e emus em 1893.