Ήταν βασικό μέλος της ιαπωνικής ομάδας που προκρίθηκε στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 1998, όπου σημείωσε πέντε γκολ σε προκριματικούς αγώνες και έβαλε και τα τρία ιαπωνικά γκολ στο προκριματικό πλέι οφ εναντίον του Ιράν. Βοήθησε την Ιαπωνία να φτάσει στον τελικό του Κύπελλο Συνομοσπονδιών 2001, αλλά άφησε την εθνική ομάδα πριν από τον τελικό για να ενταχθεί στη Ρόμα για τους τελευταίους αγώνες της Σέριε Α. Ο Νάκατα έπαιξε και στους τέσσερις αγώνες της Ιαπωνίας στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 2002, που φιλοξενήθηκε από τη Νότια Κορέα και την Ιαπωνία, σημειώνοντας το δεύτερο γκολ της νίκης με 2-0 στον πρώτο γύρο εναντίον της Τυνησίας.