Miyahira oppnådde sine beste resultater i 1999. Under hoppuka oppnådde han sine første pallplasseringer i verdenscupen med tredjeplasser i Innsbruck og Bischofshofen. Han ble også tredjemann i sammendraget. Under VM 1999 i Ramsau tok han sølv i normalbakken, bare slått av landsmannen Kazuyoshi Funaki. I lagkonkurransen i stor bakke tok han igjen sølv med det japanske laget. Endelig sikret han seg en bronsemedalje i storbakken, bak tyskerne Martin Schmitt og Sven Hannawald. I sesongavslutningen i Planica oppnådde han sin første og eneste seier i verdenscupen. Denne seieren sikret ham samtidig tredjeplass i verdenscupen sammenlagt.