בשנת 2007 נאלצה TEPCO לסגור את תחנת הכוח הגרעינית קאשיוואזאקי-קאריווה לאחר רעידת האדמה בניגאטה-צ'ואטסו-אוקי. באותה שנה החברה רשמה הפסד ראשון מזה 28 שנה. הפסדי התאגיד נמשכו עד לפתיחתו מחדש של המפעל בשנת 2009, בעקבות רעידת האדמה והצונמי בשנת 2011 בטוהוקו, אחת מתחנות הכוח שלה הייתה למקום אסון הגרעין החמור ביותר בעולם, האסון הגרעיני פוקושימה דאיצ'י. החברה נאלצה להתמודד עם הפסד של 2 טריליון יואן (כ-23.6 מיליארדים דולרים) עד מרץ 2012 והיא הוכנסה כחלק מתוכניות ממשלת יפן  להעמיד את TEPCO תחת שליטה אפקטיבית של המדינה כדי להבטיח תשלומי פיצויים לאנשים שנפגעו מהתאונה. אסון פוקושימה גרם לעקירת 50,000 בתי אב באזור הפינוי בשל דליפות של חומרים רדיואקטיביים לאוויר, לאדמה ולים.