1988 war Berger gegen die überlegenen McLaren-Honda, die 15 von 16 Rennen für sich entschieden, chancenlos. Das Rennen in Italien gewann er einen Monat nach Enzo Ferraris Tod vor Teamkollege Alboreto. Dabei profitierte er von einer Kollision des bis dahin führenden Ayrton Senna mit dem überrundeten Jean-Louis Schlesser. Berger war seinem Teamkollegen Alboreto erneut meist überlegen und wurde am Ende des Jahres mit 41 Punkten Dritter in der Weltmeisterschaft.