こうした後方勤務の時期を経て、第二次世界大戦（太平洋戦争）が勃発すると、アラスカ軍司令官としてアリューシャン戦線に従軍、前線に復帰し准将に昇進した。1943年にはダッチハーバー、アッツ島、キスカ島での戦いの功績から少将に昇進。1944年7月には陸軍と海兵隊の混成部隊である第10軍の編成のためハワイに転任した。時期は不明ながら、このころ中将に昇進している。当初第10軍の任務は台湾への侵攻であったが、どういう理由によるものかこの命令は取り消され、バックナーは沖縄侵攻の準備をするよう命じられた。それまでアッツ島の戦いを除き太平洋戦線での主要な戦闘に参加していなかった彼が沖縄戦の指揮を執ることになった背景には、上陸作戦のエキスパートであるホーランド・スミス海兵中将がその激しい性格によって太平洋戦域最高司令官であるチェスター・ニミッツ元帥はじめとする軍上層部に嫌われていたという事情が存在する(スミスは硫黄島の戦いの苦戦の責任をとらされる形で事実上更迭された)。