En 1941, il rejoint l'Einsatzkommando 3 stationné à Bad Düben. En , il rejoint le "Sicherheitsdienst" (SD), service de renseignement et de maintien de l'ordre de la SS et la "Sicherheitspolizei" ("Sipo)," police de sécurité allemande à Vilnius dans la Lituanie occupée par le Troisième Reich. Il s'occupe des affaires juives du ghetto de Vilnius et de la prison de Lukiškės, prison de la Gestapo. Du fait de la confiance de sa hiérarchie et en dépit de son grade peu élevé, il est le chef "de facto" du ghetto. Il commande aussi jusqu'en 1943 les "Ypatingasis būrys," une unité spéciale de soldats lituaniens responsable des massacres de Ponary. Il supervise lui-même 13 à 15 exécutions sur ce site. En septembre 1943, il est choisi pour coordonner le travail du Sonderkommando 1005 afin d'effacer les preuves d'exterminations juives, c'est-à-dire de déterrer et brûler les cadavres.