Jedním z nejhrůznějších zločinů Německa za druhé světové války byl holokaust, nacistickým Německem prováděné systematické pronásledování a hromadné vyvražďování etnických a jiných velkých skupin obyvatelstva. Oběťmi holocaustu se stalo asi šest milionů Židů, mezi 220 000 a 1 500 000 Rómů, 275 000 osob s mentálním nebo zdravotním postižením v rámci Akce T4, tisíce Svědků Jehovových a homosexuálů. Státními a vojenskými útvary byly zavražděny stovky tisíc politických protivníků nacistického režimu. Bylo zabito cca šest milionů Ukrajinců a Poláků. Přibližně 2,8 milionu sovětských válečných zajatců bylo zabito nebo zemřelo v důsledku nelidského zacházení. Nacistický Generalplan Ost, který měl pro německé obyvatelstvo vytvořit životní prostor na východě, chystal po vítězné válce germanizaci, vysídlení a likvidaci Čechů, Poláků, Rusů a dalších slovanských národů.