Stojaković levou a seleção iugoslava a medalhas de ouro no ​​EuroBasket de 2001 e no Campeonato Mundial de Basquetebol Masculino de 2002. Considerado frequentemente um dos maiores jogadores europeus de basquetebol de todos os tempos, Peja foi eleito Jogador de Basquetebol do Ano Euroscar pelo jornal italiano Gazzetta dello Sport e eleito Mister Europa duas vezes pela revista italiana Superbasket.