Το 1900 τοποθετείται Μητροπολίτης Καστορίας (σημερινής Καστοριάς), από τον Πατριάρχη Κωνσταντίνο Ε΄, κατόπιν προτροπής του Έλληνα πρέσβη Νικόλαου Μαυροκορδάτου. Από της ενθρόνισής του άρχισε με τους πύρινους λόγους του να εμψυχώνει και να αναπτερώνει το ηθικό των Ελλήνων της περιοχής και να οργανώνει ένοπλα σώματα κατά των ομοίως ενόπλων Βουλγάρων Εξαρχικών, που επιχειρούσαν την προσάρτηση των ελληνογενών χριστιανικών πληθυσμών στη Βουλγαρική Εξαρχία. Μαζί και με άλλους ιεράρχες της περιοχής που έδρασαν ομοίως ακολουθώντας το παράδειγμά του, ο Μακεδονικός Αγώνας γενικεύθηκε. Κατάφερε πολλά χωριά και κωμοπόλεις να αποσκιρτήσουν από τη Βουλγαρική Εξαρχία και να επανενταχθούν στο Οικουμενικό Πατριαρχείο.Παράλληλα, στην πολιτική σκηνή ζήτησε την επίσημη παρέμβαση του Ελληνικού Κράτους στον Αγώνα, προκειμένου να μη μένει η πρωτοβουλία στους Βουλγάρους. Βέβαια το αίτημά του εκείνο είχε περισσότερο θρησκευτικό χαρακτήρα, παρά εθνικο-κεντρικό. Οι προσπάθειές του εκείνες, στέλνοντας σχετικές εκθέσεις στους Έλληνες πρωθυπουργούς Α. Ζαΐμη και Θ. Δεληγιάννη, τελικά απέδωσαν, όταν το 1904 η Ελλάδα -υπό την πίεση και της κοινής γνώμης- απεφάσισε την ενεργή συμμετοχή της στον ένοπλο αγώνα αντίστασης.