Ab 1984 wirkte Michels als Technischer Direktor der niederländischen Nationalmannschaft. 1986 übernahm er auch wieder den Trainerposten. Bei der Fußball-Europameisterschaft 1988 in Deutschland triumphierte er dieses Mal über Deutschland im Halbfinale mit 2:1 und erreichte damit die Revanche für die Niederlage von München. Sein Team mit Ruud Gullit und Marco van Basten gewann anschließend im Finale in München durch einen 2:0-Sieg über die Sowjetunion die Europameisterschaft.