Les armées des Pyrénées et d'Italie où il fait les campagnes qui précédèrent le traité de Campo-Formio sont témoins de sa valeur. Il est blessé aux redoutes de Sezia, à l'entrée dans le Piémont. Chef de bataillon à la de ligne, il est encore blessé au combat de Bassano en 1796 lorsque ce régiment se précipitant sur les pièces qui défendaient le pont de la Brenta, les enlève, passe le pont et pénètre dans la ville malgré la résistance opiniâtre des bataillons de grenadiers, élite de l'armée autrichienne. Le général Napoléon Bonaparte cite honorablement le commandant Frère dans son rapport au Directoire et le fait colonel de son régiment. Il passe en cette qualité à l'armée de l'Ouest, en Hollande, à l'armée du Rhin, qu'il quitte pour venir commander la Garde des consuls. Promu le 12 septembre 1802 au grade de général de brigade, il fait partie du corps d'armée qui s'empare du Hanovre en 1803.