Основным оружием "U-boat" были торпеды, хотя мины и (в надводном положении) так же применялись. К концу войны торпедами "U-boat" были потоплены почти 3000 кораблей антигитлеровской коалиции (175 военных, а остальные торговые). Первые немецкие торпеды времён Второй мировой войны имели возможность лишь двигаться прямо, однако позднее, по ходу войны, были разработаны наводимые и маневрирующие варианты. Они были снабжены двумя типами взрывателей: ударным, срабатывавшим при касании с твёрдым объектом, и , срабатывавшем при изменении магнитных полей на расстоянии нескольких метров. Одним из наиболее эффективных методов применения магнитных детонаторов был пуск торпеды прямо под килем цели. Взрывной волной судно просто разламывало надвое. Теоретически даже тяжелобронированные суда могли быть потоплены или хотя бы серьёзно повреждены единственным удачным попаданием. На практике же, однако, оборудование торпед, в частности, рули удержания глубины, равно как и взрыватели, в первые восемь месяцев войны были заметно ненадежны. Зачастую торпеды уходили на неверную глубину, взрывались досрочно или же не взрывались вовсе, безвредно отскакивая от корпуса цели. Наиболее очевидно это стало во время Датско-норвежской операции (вторжения в Норвегию), когда различные опытные командиры "U-boat" не могли повредить британские транспорты и военные суда по причине отказа торпед. В большинстве своем отказы торпед случались по причине недостаточной протестированности. Магнитные детонаторы были чувствительны к механическим колебаниям во время движения торпеды благодаря искажениям магнитных полей Земли в высоких широтах. Эти недостатки были устранены наравне с проблемами сохранения глубины в начале 1942 года.