В начале Великой Отечественной войны Владимир Яковлевич назначен начальником штаба сформированной на базе Харьковского военного округа 18-й армии. Армия была передана Южному фронту и участвовала в приграничных сражениях в Молдавии и в Тираспольско-Мелитопольской оборонительной операции. В начале октября 1941 года в ходе Донбасской оборонительной операции 18-я армия попала в окружение, после гибели командарма генерал-лейтенанта А. К. Смирнова Колпакчи принял командование армией и вывел из окружения часть войск со штабом. Принял участие в Ростовской наступательной операции. С 24 декабря 1941 года — начальник штаба, с 17 января 1942 года — помощник командующего войсками Брянского фронта по формированиям.