La sistemática persecución de los judíos por parte de la Alemania nazi tuvo un profundo impacto en la familia. Cuatro de las cinco hermanas de Freud murieron en campos de concentración: Rosa en Auschwitz, Mitzi en Theresienstadt, Dolfi y Paula en Treblinka. El hermano de Freud, Alexander, huyó con su familia a Suiza poco antes de la anexión y posteriormente emigraron a Canadá. Los hijos de Freud - Oliver, ingeniero civil, y Ernst Ludwig, arquitecto - vivieron y trabajaron en Berlín hasta la llegada de Hitler al poder en Alemania en 1933, tras lo cual huyeron con sus familias a Francia y Londres, respectivamente. Oliver Freud y su esposa emigraron más tarde a los Estados Unidos. Su hija, Eva se quedó en Francia con su novio, donde murió de gripe en 1944.