Емельян Василенко воевал в составе Таманской армии, участвовал в её походе августа — сентября 1918 года, в боях под Белореченской, Армавиром, Ставрополем. Затем воевал в составе войск Южного фронта. Весной 1920 года в составе Красной армии вернулся на Кубань, в частности, участвовал в отражении «улагаевского» десанта.