Il 27 settembre 2001, "The Onion" pubblicò il suo primo numero su carta dopo il trasferimento, interamente dedicato agli attentati terroristici dell'11 settembre. Nonostante le controversie, il giornale riuscì a dare voce alla necessità di andare avanti, dimostrando che "il senso dell'umorismo degli americani non era morto". Questo numero del giornale divenne infatti un momento di svolta per "The Onion", in quanto le visite al sito raddoppiarono nei giorni a seguire la pubblicazione.