1975년 11월 25일, 아르헨티나·볼리비아·칠레·파라과이·우루과이의 군사 첩보 기관의 지도자들이 산티아고에서 DINA("Direccion de Inteligencia Nacional", 칠레의 비밀경찰)의 우두머리 마누엘 콘트레라스와 만나 공식적으로 콘도르 작전을 결성했다. 하지만 1973년 칠레 쿠데타 전부터 여러 나라의 안보 부서는 "마르크스 혁명 세력을 제거"하기 위해 공조한 바 있었다. 1973년 9월 3일, 카라카스에서 열린 제5차 아메리카 군대 회의 중 브라질 군대의 수장 브레노 보르헤스 포르테스 장군은 "반란 세력에 대항하기 위해" 각국 기관이 "정보 교환을 확대"하자는 제안을 했다. 나아가 1974년 3월, 칠레, 우루과이, 볼리비아의 경찰 대표가 아르헨티나 반공 연맹(AAA)을 창설한 바 있는 아르헨티나 연방 경찰국 부국장 알베르토 비야르와 만나 아르헨티나의 정치 망명자 수천 명의 "반란" 위협을 분쇄하기 위한 협조 지침을 이행하고자 했다. 1974년 8월 콘도르 작전의 첫 희생자인 볼리비아 난민들의 시신이 부에노스 아이레스의 쓰레기장에서 발견됐다.. '죽음의 부대'(2004년)의 저자인 프랑스 언론인 마리 모니크 로뱅에 따르면, 콘도르 작전은 프랑스 육군의 장학생이었던 아르헨티나 육군 첩보국 장교 리베로가 시작한 것이라고 한다. 1976년부터 칠레의 DINA와 아르헨티나 첩보국(SIDE)은 작전의 전위 부대였다.