En 2007 participó en la Copa de Oro de la CONCACAF 2007 donde México quedó en segundo lugar. Al igual que su compañero de equipo del VfB Stuttgart, Ricardo Osorio, Pardo también fue objeto de críticas en su contra tras darse a conocer la noticia de que no iba a participar con el equipo mexicano dentro del certamen de la Copa América 2007 a dos días de jugar la final contra Estados Unidos. Antes de este hecho, Pardo anotó el gol solitario de la victoria contra la escuadra de Guadalupe en la semifinal de la Copa Oro. El mediocampista militante de la Bundesliga alegó el cansancio físico y mental (los mismos motivos que Osorio) para justificar su ausencia en el torneo continental. Su castigo se hizo efectivo cuando el entonces técnico de la selección Hugo Sánchez ya no lo convocó para el resto de los partidos del 2007 al término de la Copa América.