V 60. letech se zapojoval do četných dobových diskuzí o postavení Slováků a Slovenska. V roce 1965 například vystupoval v polemice o dědictví slovenského povstání v letech 1848–1849, které Karel Marx a ortodoxní marxistická historiografie hodnotila jako reakční, provídeňské a sabotující liberální maďarskou revoluci. Mináč tento výklad odmítl a postoj maďarských revolucionářů označil za šovinistický. V červnu 1967 se zúčastnil 4. sjezdu Svazu československých spisovatelů, na kterém převládaly výrazně kritické referáty ohledně kulturní a politické situace v Československu. Mináč ale spolu s některými dalšími umělci podepsal prohlášení, ve kterém vyzval, aby se na sjezdu neřešily politické záležitosti. Když po sjezdu došlo k represím proti některým kritickým umělcům, distancoval se od Mináč od nich. Odmítl protesty západních intelektuálů a kritizoval pokusy prezentovat první československou republiku jako vzor. V následujících měsících byl intelektuální frontou za své konzervativní komunistické postoje ostrakizován. Historik Jan Rychlík na příkladu Mináče naznačuje rozdílné směřování českých a slovenských kulturních elit před rokem 1968, kdy mezi Slováky kromě demokratizačních a liberálních proudů hrály významnou roli i nacionální otázky.