W czasie trzeciej wojny macedońskiej (171-168 p.n.e.) Związek Epirocki nie był zdecydowany, po której stanąć stronie. Doszło wówczas do podziału wśród jej członków. Molossowie postanowili przejść na stronę Perseusza, ostatniego króla macedońskiego. Appiusz Klaudiusz Cento, wódz rzymski, prowadził nieskutecznie z Chaonami i Tesprotami operację wojskową przeciw Molossom, którzy wcześniej otrzymali pomoc od Macedończyka. Ostateczny wynik wojny był zgubny dla Molossów. Rzymianie postanowili rozprawić się z Epirem, głównie z Molossami, pod koniec r. 167 p.n.e. Decyzją senatu, miasta Molossów miały się stać „łupem armii rzymskiej”. Armia rzymska dokonywała w siedemdziesięciu miastach systematycznych rabunków. Podobno przejęła, poza kosztownościami i pieniędzmi, 150 tysięcy mieszkańców, sprzedanych później w niewolę. Z Epiru pozostało tylko wspomnienie. W r. 157 p.n.e., po dziesięciu latach rządów tyrana Charopsa, Rzym dokonał ostatecznej aneksji Epiru.