Юзеф Коженьовски е роден на 1 октомври 1863 година, в семейството на Кажимера (с родово име Винклер) и Владислав Коженьовски. Завършва история в Ягелонския университет. През 1886 започва работа в Римските архиви. Две години по-късно е назначен за асистент в Ягелонския университет. Паралелно с това е архивист в музея на Чарториски. В периода 1893 – 1896 година е ръководител на научния отдел на полската библиотека в Париж. От 1896 година води лекции в Лвовския университет и ръководи библиотеката на Баворовски. По време на мирните преговори за прекратяване на Полско-съветската война (1921) в Рига участва като експерт.