Les évènements que le Mali a connu depuis mars 2012 (mutinerie militaire puis invasion du nord du pays) ont fortement perturbé le fonctionnement de l'EMP avec la fin de son financement par la majorité de ses bailleurs internationaux. Après l'opération militaire française SERVAL au début de 2013 dans le nord du Mali et le retour progressif de la démocratie, de nombreux pays ont manifesté leur souhait de renouveler leur soutien à cette institution unique en son genre et qui contribue à l'éducation des responsables africains. L'EMP envisage désormais la création d'un Centre d'Analyse et de Recherche sur l'Espace Sahélo-Saharien entre 2013 et 2018, dans le cadre d'un plan stratégique à 5 ans. Ce futur centre permettra une meilleure connaissance de la bande sahélienne et de ses caractéristiques avec des études initiées directement à la source. Il devrait s'ensuivre une diversification accrue de la qualité des stagiaires avec l'arrivée de chercheurs, thésards et d'étudiants africains provenant d'universités du continent.