Durant ses quatre années d'existence, le Directoire est confronté à des complots royalistes mais aussi jacobins, telle la Conjuration des Égaux qui survient en 1796, et recourt à la déportation en Guyane. Les élections annuelles sont autant de désaveux pour l'exécutif, qui organise à plusieurs reprises des coups d’État pour se maintenir, notamment le 18 fructidor an V quand les monarchistes sont devenus majoritaires aux Conseils. Ceux-ci multiplient les reproches et appellent à la révision de la Constitution de l'an III. En 1799, un des révisionnistes, Sieyès, devient Directeur puis fomente le coup d'État du. Celui-ci met fin au Directoire et entraîne la formation du Consulat, dont la personnalité principale est Napoléon Bonaparte.