Sudanin liiton maltilliseen siipeen kuulunut Koné joutui epäsuosioon Malin frangin devalvoinnin takia vuonna 1967 eikä häntä valittu politbyroon korvanneen vallankumouksen puolustuskomitean jäseneksi. Moussa Traorén johtaman sotilasvallankaappauksen jälkeen hän toimi väliaikaisen hallituksen ulkoministerinä vuosina 1968–1969.