11. toukokuuta 1857 kapinoivat intialaiset joukot eli sepoyt Meerutista valtasivat Delhin niin sanotun sepoykapinan aikana. Kapinoitsijat nimittivät tuolloin jo 82-vuotiaan Bahadur Šahin kapinan nimelliseksi johtajaksi, vaikka hän itse olikin haluton ottamaa tehtävää vastaan. Brittien saapuessa valtaamaan Delhiä takaisin saman vuoden syyskuussa Bahadur Šah vetäytyi Humayunin mausoleumiin antautuen lopulta lempivaimonsa Zinat Mahalin ja poikansa Mirza Jawan Bakhtin kanssa brittiluutnantti William Hodsonille kun hänelle oli luvattu, että hänen henkensä säästetään. Bahadur Šah päätyi oikeuden eteen syytettynä maanpetoksesta ja hänet karkotettiin Burmaan eli nykyiseen Myanmarin Yangoniin. Hän kuoli karkotettuna 87-vuotiaana 7. marraskuuta 1862 ja hänen mausoleuminsa sijaitsee Yangonissa. Sepoykapina oli päättynyt virallisesti heinäkuussa 1858 ja se johti Itä-Intian kauppakomppanian lakkauttamiseen ja Intian asettamiseen suoraan brittiläisen hallinnon alaiseksi.