Wiewohl man ihm kaum mehr eigene Wahlchancen einräumte, blieb Kardinal Bertone im Konklave 2013 eine belangreiche Gestalt und wurde als Anführer der Fraktion der „Bertonianer“ wahrgenommen, einer Gruppe von Benedikt XVI. ernannter Kardinäle – darunter Antonio Maria Vegliò, Giuseppe Versaldi und Giuseppe Bertello –, die ungebrochen zu Bertone hielten und seinen Rivalen Sodano bekämpften. Nach der Wahl von Papst Franziskus galt Bertone faktisch als einflusslos, übte das Amt des Kardinalstaatssekretärs aber zunächst weiter aus und begleitete den Papst auch auf seiner ersten Auslandsreise nach Brasilien anlässlich des Weltjugendtags in Rio de Janeiro. Nach seinem vom Papst angenommenen Rücktrittsgesuch vom 31. August 2013 blieb er noch bis zum 15. Oktober 2013 kommissarisch im Amt. Kardinal Bertones Nachfolger im Staatssekretariat wurde der Diplomat Erzbischof Pietro Parolin. Im Januar 2014 besetzte der Papst auch die Kardinalskommission des IOR fast komplett neu und beließ nur den französischen Kurienkardinal Jean-Louis Tauran im Amt, der innerhalb der Kommission als Bertone-Kritiker gegolten hatte, während der seit 2008 mächtigste Kontrolleur das IOR-Aufsichtsorgan verlassen musste. Nach seiner Abberufung sagte Bertone, er sei Opfer von „Maulwürfen und Schlangen“ im Vatikan geworden. Für Aufsehen sorgten Presseberichte über riesige Finanzlöcher, die Bertones riskante Finanzgeschäfte und Fehlspekulationen sowohl bei der Vatikanbank als auch bei seinem Orden, den Salesianern, hinterlassen hatten. Angebliche Ermittlungen gegen ihn wurden indes nicht bestätigt. Seit 2014 geriet er durch den Skandal um den Umbau seines Apartments nachhaltig ins Gerede. Anfang Dezember 2014 schied Bertone zu seinem 80. Geburtstag aus allen noch verbliebenen Ämtern aus. Am 20. Dezember 2014 wurde Kardinal Tauran auch zu Bertones Nachfolger als Camerlengo ernannt.