26 lipca 2016 podczas sprawowania mszy Świętej został brutalnie zamordowany przez sprawców zamachu terrorystycznego. Do zamachu przyznała się salaficka organizacja terrorystyczna ISIS. Jacques Hamel był postrzegany przez lokalną społeczność jako wzór dobroci, „cichej świętości i miłości do ludzi”. Ksiądz Hamel miał znaczny udział w promowaniu dialogu międzyreligijnego. Po śmierci kapłana, lokalny imam oddał mu hołd, w uznaniu jego działań. Pogrzeb Ks. Hamela odbył się 2 sierpnia 2016 został pochowany na miejscowym cmentarzu.