Zwischen dem 18. und 19. Jahrhundert war die Festung von untergeordneter militärischer Bedeutung. Auf der Insel lebten ungefähr 200 osmanische Soldaten zusammen mit muslimischen Familien, die sich aus Sicherheitsgründen dauerhaft dort angesiedelt hatten. Somit wuchs eine kleine militärische Siedlung heran, die mit dem Ende der osmanischen Herrschaft weiteren muslimischen Familien als Exil diente. 1821 lebten 20 Familien bzw. etwa 250 Personen auf Spinalonga. Ende des 18. Jahrhunderts und in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts stagnierte die wirtschaftliche Entwicklung der Insel aufgrund der auf Kreta gültigen Handelsbeschränkungen. Die muslimischen Einwohner Spinalongas lebten zurückgezogen auf der Insel, mit wenig Kontakt zur christlichen Bevölkerung auf dem Festland. Im Zuge von Reformen, die im Osmanischen Reich Mitte des 19. Jahrhunderts eingeleitet wurden, gewährte man 1856 dem Hafen von Spinalonga Handelsrechte. Durch den Handelsverkehr im Hafen stieg die Bevölkerungsdichte auf der Insel weiter an. Während des Aufstands der Kreter im Jahr 1878 war Spinalonga einer der wenigen verbliebenen Orte unter osmanischer Kontrolle. 1879 wurde die Insel eine unabhängige Gemeinde und zählte 1112 muslimische Einwohner im Jahr 1881. Während des Türkisch-Griechischen Krieges wurde die Insel am 24. Februar 1897 von griechisch-orthodoxen Aufständischen angegriffen. Nach wenigen Stunden unterband ein französisches Kriegsschiff den Angriff, bei dem die Festung beschädigt, mehrere Gebäude zerstört und etwa 30 Personen verwundet oder getötet wurden. Nach der Errichtung des Kretischen Staates auf Druck der Großmächte Frankreich, Russland, Großbritannien und Italien wurden französische Truppen auf der Insel stationiert. Wohl aufgrund der neuen Verwaltung unter Christen emigrierten viele der muslimischen Bewohner in den Folgejahren nach Kleinasien. Mit der Errichtung einer Leprakolonie mussten die letzten muslimischen Einwohner Spinalonga 1903 verlassen.