Nach der Vereinigung mit dem Königreich Griechenland 1913 verlor Samos den Status einer Inselhauptstadt, wurde aber Verwaltungssitz der Präfektur, die auch die Inseln Ikaria und Fourni umfasste. Die hinzugewonnene administrative Bedeutung und der Hafen veranlasste viele Menschen, sich hier niederzulassen. Neue Stadtviertel (Neapoli, Kalami, Koutra) entstanden am Hang östlich der Stadt. Zusätzlich siedelten sich nach 1922 viele Flüchtlinge aus Kleinasien an. Zwischen den Weltkriegen gewann die Tabakverarbeitung an Bedeutung. Mehrere Fabriken mit Lagerhäusern wurden gebaut. In "Malagari", westlich von "Samos", betreibt seit 1934 die "Winzergenossenschaft von Samos" (Ένωσης Οινοποιητικών Συνεταιρισμών Σάμου) eine Kellerei.