Mit dem Ausbruch des Schmalkaldischen Krieges schickte der Vater die zwei Brüder zu seinem Schwager ins Nürnberger Umland. Als der Krieg bald darauf auch diesen Ort erreichte, flohen sie weiter nach Windsheim. Dort begann die schulische Ausbildung der beiden, die durch die Nachricht vom Tod des Vaters 1546 allerdings jäh unterbrochen wurde. Wieder verließen Johannes und Georg ihren Zufluchtsort und zogen zu den Brüdern des Vaters nach Ochsenfurt. In der fürstbischöflichen Amtsstadt am Main wurde Johannes zwei weitere Jahre von Privatlehrern unterrichtet.