Током масакра у Хамидијану 1896. године, манастир је и опљачкан. Погинули су неки наставници и ученици. Према савременом извештају једног Американца из Вана, „Варак, најпознатији и историјски манастир у целој овој регији, који је векове преживео, готово је сигурно да ће изгорети“.