En 1805, en la guerra de la Tercera Coalición contra Francia, Fernando fue el comandante en jefe de las fuerzas austríacas con el general Karl Mack von Leiberich como intendente general. En octubre, su ejército estaba rodeado en Ulm. El General Mack se rindió, pero Fernando logró escapar con 2.000 jinetes a Bohemia. Allí tomó el mando de las tropas austriacas y levantó la milicia local. Con un total de 9.000 hombres partió para Iglau para distraer la atención de los aliados del Primer Imperio francés. Tuvo éxito impidiendo que la división bávara del general Karl Philipp von Wrede se uniera a los franceses en la batalla de Austerlitz.