В самом начале следующего сезона Фернандо продлил контракт с клубом до 2013 года. По новому контракту сумма отступных за футболиста составила 30 миллионов. Чемпионат Аморебьета начал с очередного удаления, на этот раз в матче с мадридским «Реалом». В том сезоне Аморебьета принял участие в 29-и матчах Примеры, но «Атлетик» занял 13-е место. А в Кубке Испании «Атлетик» впервые с 1985 года дошёл до финала. И хотя финал был проигран «Барселоне» со счётом 1:4, «Атлетик» заработал себе место в первом розыгрыше Лиги Европы. Благодаря успешным выступлениям летом «Ливерпуль» был готов предложить 12 миллионов евро за защитника, но руководство «Атлетика» не захотело вступать в переговоры.