בעקבות קרב מוקדן, (הקרב היבשתי החשוב האחרון במלחמת רוסיה יפן) זיהה קורופטקין את חוסר היכולת לספק לכוחותיו מזון וציוד וביקש לעזוב את עמדותיו. בהתאם לבקשתו, בוצעו חילופי מפקדים עם הגנרל ניקולאי לינביץ' וקורפטקין מונה למפקד הארמייה המנצ'ורית, משרה שכיהן בה עד פברואר 1906.