Pohjoisvaltioiden voiton jälkeen Miles oli merkittävässä roolissa useimmissa Suurille tasangoille ja tasankointiaaneja vastaan suuntautuneissa Yhdysvaltain armeijan sotaretkissä. Vuosina 1874–1875 hän pakotti comanchet, kiowat ja eteläiset cheyennet antautumaan Texasissa ja Coloradossa. Vuosina 1876–1877 Miles johti Little Bighornin taistelun jälkeisiä talvihyökkäyksiä ja pakotti lakotat ja pohjoiset cheyennet palaamaan reservaatteihinsa. Samana kesänä Miles joukkoineen osallistui nez percé -sotaan, joka johti päällikkö Josephin antautumiseen Montanassa. 1880-luvun jälkipuoliskon aikana Miles miehineen päätti lopullisesti apassi-johtaja Geronimon vuosikymmeniä jatkuneet ryöstöretket Yhdysvaltain ja Meksikon rajaseudulla. Vuonna 1898 hän osallistui Espanjan–Yhdysvaltain sotaan, jonka seurauksena Yhdysvallat sai haltuunsa Espanjan siirtomaat Karibialla ja Tyynellämerellä.