Vào ngày 27 tháng 4, Messi vào sân từ băng ghế dự bị và ghi bàn thắng duy nhất trong chiến thắng 1–0 trên sân nhà trước Levante, giúp Barcelona giành chức vô địch giải đấu; đây là lần ra sân thứ 450 của anh tại La Liga và là chức vô địch đầu tiên của anh với tư cách đội trưởng câu lạc bộ. Vào ngày 1 tháng 5, Messi ghi hai bàn trong chiến thắng 3–0 trên sân nhà trước Liverpool ở lượt đi bán kết Champions League; bàn thắng thứ hai của anh trong trận đấu, một quả đá phạt từ cự ly 35m, là bàn thắng thứ 600 ở cấp độ câu lạc bộ trong sự nghiệp của anh, tất cả đều được ghi cho Barcelona. Trong trận lượt về sau đó sáu ngày tại Anfield, Barcelona đã nhận thất bại 4–0 trên sân khách, giúp Liverpool tiến vào chung kết với tổng tỷ số 4–3. Vào ngày 19 tháng 5, trong trận đấu cuối cùng của Barcelona tại La Liga, Messi đã ghi hai bàn trong trận hòa 2-2 trên sân khách trước Eibar (bàn thắng thứ 49 và 50 của anh trên mọi đấu trường mùa giải đó), giúp anh giành được danh hiệu Pichichi lần thứ sáu khi là Vua phá lưới giải đấu, với 36 bàn sau 34 lần ra sân; anh đã cân bằng kỷ lục cầu thủ có nhiều giải thưởng Vua phá lưới nhất ở La Liga của Telmo Zarra. Anh cũng giành được Chiếc giày vàng lần thứ sáu và là thứ ba liên tiếp kể từ mùa giải 2016–17. Vào ngày 25 tháng 5, Messi ghi bàn thắng cuối cùng của mùa giải trong trận thua 2–1 trước Valencia ở chung kết Copa del Rey 2019.