בשנת 1908 היה גורדון בין השומרים העבריים בכרמי רחובות. באחד הימים, עת הלך מרחובות ליפו, התנפלו עליו שודדים ערבים, ירו בו ודקרו אותו. גורדון נפצע פצעים קשים והועבר לבית החולים ביפו, בו אושפז לשלושה שבועות. פגיעתו הקשה בידי ערבים לא שינתה את עמדתו העקרונית לגבי היחס שיש לנקוט כלפיהם. הוא האמין כי זכותם המוסרית של היהודים על ארץ ישראל נקנית בכוח העבודה, הבנייה והייצור ולא תוכל להבנות בכוח הנשק. הוא שמר על עמדה מתונה בסוגיית היחס לערבים עד ימיו האחרונים. אולם לאחר מאורעות תל חי ולאחר רצח יוסף חיים ברנר וחבריו, התבטא, ביוני 1921, כי ודאי שרצוי לנו יחסי שלום וידידות עם הערבים "אך זה לא הזמן וזו לא הדרך".