Après le déclenchement de la guerre du Pacifique (1879-1884), à laquelle il participe comme médecin, il est nommé en 1881 à la tête des services de santé de l'armée, s'impliquant notamment pendant les et de Miraflores et de la . Revenu assumer la charge de recteur, il repart finalement à la guerre en 1883, prenant part à l'.