În anul 1787, pe 11 martie, Nelson se căsătorește cu Fanny Nesbit, o tânără văduvă, care are deja un fiu de cinci ani, Josiah. Următorii ani reprezintă un pas înapoi pentru cariera tânărului căpitan. Regatul Marii Britanii nu se mai afla în război cu nici o țară și, drept urmare, Nelson este trecut în rezervă, o practică des întâlnită în acele vremuri. Viața plictisitoare pe uscat se termină o dată cu izbucnirea războiului cu Franța. Lui Nelson i se încredințează, în anul 1793, comanda vasului "Agammemnon", dotat cu 64 de tunuri și împreună cu flota Lordului Hood, navighează pe Marea Mediterană unde participă la Asediul Toulonului. În cursul unei misiuni la Neapole, în septembrie 1793, o cunoaște pe Lady Hamilton, soția ambasadorului britanic la Neapole, cu care mai târziu va avea o relație amoroasă.