Militaire de carrière, Jovanović est capitaine de l'Armée royale yougoslave au moment de l'invasion allemande de 1941. Il rejoint les Partisans, au sein desquels sa formation militaire lui permet de gravir les échelons. Il est notamment chargé par Tito, durant l'été 1941, de diriger avec Milovan Djilas l'insurrection au Monténégro occupé.