El Pueblo Yamato se asentó en Mito alrededor del siglo IV. Hacia el final del periodo Heian, Baka Sukemoto, señor de la guerra de la familia Heike, se trasladó a Mito y construyó un castillo. Este castillo cambió de manos numerosas veces hasta que el daimyō llamado Satake Yoshinobu lo ganó a finales del siglo XVI, pero fue obligado a rendirse a Tokugawa Ieyasu en 1603 después de la batalla épica de Sekigahara, ya que permaneció neutral en esa batalla.