Anlässlich des Zweiten Englisch-Niederländischen Krieges erhielt er jedoch sein Kommando zurück und wurde am 29. Januar 1665 sogar zum Vizeadmiral befördert. In der Seeschlacht bei Lowestoft übernahm Tromp zeitweise das Kommando und verhinderte offenbar den Totalverlust der niederländischen Flotte, indem er es zuließ, dass ein größerer Teil des Kampfverbandes die Flucht aus der Schlacht antrat. Am 23. Juli 1665 erhielt er daraufhin zeitweise sogar ein Kommando als Lieutenant-Admiral, musste diese Funktion (nicht jedoch den Rang) einen Monat später an Lieutenant-Admiral Michiel de Ruyter abtreten. Unter "De Ruyter" kämpfte er schließlich auch, nachdem er am 6. Februar 1666 der Admiralität Amsterdam überstellt worden war, in der Viertageschlacht und in der Seeschlacht zum St. James's Day.