Die Innenpolitik ist stark durch den Konflikt zwischen den beiden größten Nationalitäten geprägt, den Mazedoniern und den Albanern. Nordmazedonien hatte auf internationalen Druck im Kosovokonflikt 1999 rund 380.000 Flüchtlinge aus dem Kosovo aufgenommen, was das brüchige ethnische Gefüge im Land für eine Weile änderte. Seit dem Frühjahr 2001 verstärkte sich der Konflikt nach der Bildung einer neuen militanten albanischen Organisation (Ushtria Çlirimtare Kombëtare). Durch das Engagement des Präsidenten Boris Trajkovski, der Europäischen Union und der Vereinigten Staaten konnte im Rahmenabkommen von Ohrid vertraglich ein Ausgleich zwischen den Volksgruppen und eine Entwaffnung der militanten Albaner erreicht werden.