Während des Ersten Weltkrieges wurden Teile des Stiftes vom Militär beschlagnahmt, in der Zeit des Nationalsozialismus wurde es noch schlimmer. Zunächst wurde Neustift nach dem Einmarsch der Deutschen als Versorgungslager missbraucht. Einige italienischstämmige Chorherren mussten sogar fliehen. Im März 1945 verursachten dann alliierte Bomben massive Schäden am ganzen Stift, doch schon 1949 war es wieder weitgehend hergestellt.