Nanninga speelde met het Nederlands elftal ook het Europees kampioenschap voetbal 1980, maar toen werd het Nederlands elftal in de eerste ronde uitgeschakeld. In totaal speelde Nanninga vijftien interlands, waarin hij zes keer scoorde. In februari 1981 speelde hij zijn laatste wedstrijd voor het Nederlands elftal, dat tegen Cyprus met 3-0 won. De wedstrijd werd in het Oosterpark-stadion in Groningen gespeeld, de plek waar Nanninga met Oosterparkers zijn thuiswedstrijden speelde. Hij scoorde een keer.