Après le coup d'État du 12 octobre 1999, Zubaida Jalal soutient le chef de l'armée Pervez Musharraf qui devient président. Lors des élections législatives de 2002 qu'il convoque, elle est élue députée sous une étiquette indépendante dans une circonscription de l'Assemblée nationale du district de Gwadar et de Kech avec 49,6 % des voix. Elle est l'une des rares femmes élues députées directement par le peuple.