Als die Spanier nach der Schlacht von Rancagua im Herbst 1814 die Macht in Chile zurückeroberten, ging Marín wie viele andere Unabhängigkeitskämpfer (darunter Carrera und Bernardo O’Higgins) ins Exil ins argentinische Mendoza. Nach dem endgültigen Sieg der Unabhängigkeitsbewegung in der Folge der Schlacht von Chacabuco im Februar 1817 kehrte er nach Chile zurück.