Po wojnie Krzyżanowski – jak większość oficerów ogromnej armii Unii – znalazł się bez środków do życia i dopiero dzięki wstawiennictwu wpływowych kolegów z organizacji weterańskiej "Grand Army of the Republic" (GAR) otrzymał stanowisko przełożonego urzędu podatkowego w Georgii i na Florydzie w okresie rekonstrukcji. W listopadzie 1871 roku utracił jednak to stanowisko oskarżony o udział w nadużyciach finansowych.