Gedurende de 13e en 14e eeuw bedreef men de lakennijverheid, maar in 1384 werd het recht hiertoe verboden en werd Leke weer een landbouwdorp. Tijdens de Vlaamse Opstand tegen Maximiliaan in 1488 werd Leke door aan Maximiliaan trouwe troepen vanuit Diksmuide geplunderd, waarbij dook de kerk in brand werd gestoken. In de 16e eeuw liep de bevolking sterk terug, en had het dorp ook te lijden onder de godsdiensttwisten. Omstreeks 1647 waren het de Franse troepen die de streek onveilig maakten. Van 1695-1696 had men dan weer te maken met overstromingen. In 1706 volgden dan weer militaire inundaties vanwege de Spaanse Successieoorlog. Niettemin kwam het dorp tijdens de 18e eeuw weer enigszins tot bloei. In 1779 werden de toegangswegen naar Leke verhard.