Im Februar erhielt er den Oberbefehl über die Japanische Invasion Sumatras und diente anschließend von März bis Juli sowohl in Malaya als auch auf Sumatra als "Gunseikan", was einem Militärgouverneur entspricht. Als Gerüchte aufkamen, dass Yamashita für seine Erfolge eine Audienz bei Tennō Hirohito gewährt werden solle, damit er dem Kaiser persönlich von den Ereignissen berichten konnte, ordnete Premierminister Tōjō am 17. Juli persönlich die Versetzung Yamashitas an, um diesen von Tokio fernzuhalten. Als Vorwand galt ihm eine Rede Yamashitas, welche dieser Anfang 1942 vor einflussreichen Zivilisten in Singapur hielt und in welcher er diese als Bürger des japanischen Kaiserreiches bezeichnete. Dies wurde nun als Affront gegen die japanische Regierung aufgefasst, da die Einwohner besetzter Gebiete nicht die gleichen Privilegien wie japanische Bürger haben könnten. Yamashita wurde rückwirkend zum 1. Juli 1942 zum Oberbefehlshaber der neu aufgestellten 1. Regionalarmee ernannt, welche ihr Hauptquartier in Bontenko an der mandschurisch-sowjetischen Grenze hatte. Auf diesem Posten wurde er im Februar 1943 zum vollwertigen General befördert. Nach dem Rücktritt Tōjōs als Premierminister am 22. Juli 1944 wurde es Yamashita erstmals wieder gestattet, nach Tokio zu kommen.