Заслання Вуяхевича до Сибіру, служба в Дорошенка тісно пов’язувало його з Іваном Мазепою. Генеральний суддя, безперечно, належав до кола найдовіреніших осіб гетьмана. Під час Другого Кримського походу 1689 Михайло Вуяхевич залишився в Батурині наказним гетьманом. Їздив залагоджувати важливі справи до Москви у 1688, а також весною 1689 і 1690 років.