Nach Ausbruch des Krieges von 1812 mit Großbritannien war Porter zunächst von Mai bis Oktober 1812 Generalquartiermeisters der Miliz von New York und erhielt dann ein Feldkommando als Brigadegeneral in der „Army of the Center“ unter dem Kommando von Generalmajor Alexander Smyth. Als solcher nahm er an Smyths erfolglosen Operationen am Niagara River teil, die mit der Schlacht am Frenchman’s Creek in einem peinlichen Debakel kulminierten, und äußerte scharfe Kritik an Smyth, den er öffentlich als Feigling bezeichnete. Da Smyth mit dem Vorwurf konterte, Porter habe den Krieg lediglich gewollt, um sich mit Lieferverträgen der US Army persönlich zu bereichern, kam es zu einem Duell beider, das jedoch unblutig verlief. Porter stellte eine Milizbrigade auf, zu der auch Indianer gehörten, und nahm mit dieser 1814 unter Generalmajor Jacob Brown und Brigadegeneral Winfield Scott an der Invasion Kanadas, an den Schlachten von Chippewa und Lundy’s Lane sowie an der Verteidigung von Fort Erie teil. Der Kongress verlieh ihm für seine Leistungen in diesen Gefechten eine goldene Medaille.