Tras la caída del gobierno de Francisco Largo Caballero en mayo de 1937, se formó un nuevo gobierno liderado por Juan Negrín López. En el nuevo gabinete Indalecio Prieto pasó a liderar el nuevo "Ministerio de Defensa Nacional", que unificaba los antiguos ministerios de "Marina" y "Guerra" y ponía bajo su jurisdicción a todas las Fuerzas armadas en la zona republicana. Inmediatamente después el coronel Vicente Rojo fue nombrado Jefe del Estado Mayor Central de las Fuerzas Armadas y Jefe del Estado Mayor del Ejército de Tierra. El luego ascendido General Rojo mantuvo el puesto hasta el final de la contienda. Indalecio fue sustituido al frente del Ministerio en abril de 1938 por Negrín, tras la crisis política originada por las derrotas militares en el Frente de Aragón, cargo que ostentó hasta el final de guerra.