O panorama político mudou radicalmente com a chegada da expedição francesa enviada por Napoleão III, comandada por Bazaine, que proclamou o arquiduque Maximiliano da Áustria imperador do México. Juárez, instalado junto à fronteira com os Estados Unidos, preparou uma luta armada que se prolongou por três anos (1864-1867). O imperador acabou por ser derrotado em Querétaro e foi fuzilado. Após o fuzilamento de Maximiliano, foi reeleito presidente em 1867 e novamente em 1871. Perto do final da sua vida (1871) teve de combater uma revolta liderada por Porfírio Díaz e em Julho de 1872 morreu em decorrência de um acidente vascular cerebral (AVC).