In het volgende jaar won Aouita op de wereldindoorkampioenschappen de 3000 m. Later dat jaar lukte het hem eindelijk het wereldrecord van Henry Rono op de 3000 m succesvol aan te vallen met een tijd van 7.29,45. Aouita deed geen outdoorwedstrijden in 1990. Toen hij later wel weer in outdoorwedstrijden uitkwam, kon hij zijn dominerende prestaties uit de jaren tachtig niet meer voortzetten. Zijn elfde plaats op de wereldkampioenschappen in Tokio in 1991 baarde geen opzien. Een paar dagen na de WK won hij een wedstrijd in Keulen, waarbij hij de complete 1500 meter-elite versloeg, met uitzondering van wereldkampioen Noureddine Morceli, die afwezig was.