В. А. Сапрыкин продолжил работать в городе Озёрске, руководил его строительством вплоть до 1950 года. Он руководил строительством ёмкостей для отработанного ядерного топлива, а также инспектировал строительство. В то время прочность строящихся хранилищ считалась запредельно высокой, однако Кыштымская авария, в результате которой взорвалась одна из этих ёмкостей, показала, что это не так.