בנפיקה הוקמה בשנת 1908 בתור איחוד בין הקבוצות "Sport Lisboa" ו-"Grupo Sport Benfica" מהרובע בנפיקה שבחלק הצפון מערבי בליסבון (ראה בנפיקיום). בנפיקה הייתה אחת מהקבוצות החזקות באירופה, והייתה הראשונה ששברה את השליטה של ריאל מדריד בליגת האלופות (אז "גביע אירופה לאלופות") כשזכתה בשני גביעים אירופאים ברציפות (1961 ו־1962), הקבוצה לא הצליחה מאז לזכות בשום תואר אירופאי, והפסידה משחקי גמר רבים של גביע אירופה, למילאן (1963 ו-1990), אינטר מילאנו (1965), מנצ'סטר יונייטד (1968) ופ.ס.וו. איינדהובן (1988), בנוסף להפסד אחד בגמר גביע אופ"א ב-1983 לאנדרלכט והפסד בגמר הליגה האירופית לצ'לסי ב-2013 ולסביליה ב-2014. הקבוצה של שנות ה-60, נחשבת לאחת הטובות בהיסטוריה, כשחלק גדול מהצלחתה היה עם אחד השחקנים הגדולים בכל הזמנים, אאוזביו.