La chute du dictateur en 1989 sauve le Jardin, sans toutefois le sortir du marasme financier. Plusieurs projets inspirés des plans d'Antipa échouent faute de moyens. L'établissement est finalement réhabilité à partir de 2007 ; le Musée est rénové en 2011 et consacré à la flore tropicale, notamment celles des grandes forêts pluviales équatoriales. En 2013, l'herbier atteint 500.000 planches, regroupées en deux grandes sections.