Zepeda maakte op 10 februari 1999 zijn debuut voor het Mexicaans voetbalelftal tijdens een vriendschappelijke wedstrijd tegen Argentinië. Hij won datzelfde jaar de FIFA Confederations Cup 1999, die in eigen land werd gehouden. Zepeda scoorde in de finale tweemaal tegen Brazilië. Twee jaar later haalde hij met Mexico de finale van de Copa América 2001, maar die verloor hij van Colombia. Zepeda mocht tijdens de finale in de 74e minuut invallen voor Alberto Rodríguez.