Il 27 aprile 1992 la Repubblica Socialista Federale di Jugoslavia diviene Repubblica Federale di Jugoslavia ed è composta da Serbia e Montenegro. La Kup Jugoslavije non cambia il format, le partecipanti rimangono sempre 32 anche dopo il 1999, quando, a seguito della Operazione Allied Force, Le squadre di etnia albanese del Kosovo abbandonano il sistema calcistico jugoslavo.