Auch in den zwei anschließenden Spielzeiten spielte Doherty in der Weltspitze mit. Neben einem verlorenen Endspiel bei den Welsh Open 2002 erreichte er drei Mal das Finale der beiden wichtigsten Turniere: das der UK Championship 2001, jenes der UK Championship 2002 und schließlich das Endspiel der Snookerweltmeisterschaft 2003. Während er bei der UK Championship 2001 klar mit 1:10 gegen Ronnie O’Sullivan, verlor er die beiden anderen Endspiele nur knapp und jeweils gegen Mark Williams. Danach litt Doherty unter einem Formtief. Selbst Viertelfinalteilnahmen wurden in den nächsten Saisons zur Seltenheit. Nichtsdestotrotz wurde er Mitte 2005 immer noch auf einem guten Platz 11 geführt. Mit der &lt;a href="Snooker-Saison%202005/06"&gt;Saison 2005/06&lt;/a&gt; gelang Doherty noch ein kleines Comeback. Der Sieg beim Malta Cup, eine Halbfinalteilnahme bei den China Open und zwei Viertelfinalteilnahmen reichten für Doherty aus, um Platz 2 der Weltrangliste zu erobern. Es war die beste Platzierung seiner Karriere.