Quest'ultimo dissidio era nato dal rifiuto del conte di riconoscere le Disposizioni di Oxford emanate dai nobili quello stesso anno che limitavano sensibilmente il potere regio. Nel 1259, a Parigi, Montfort e de Valence sembravano apparentemente riconciliati, tuttavia nel 1264 all'inizio della Seconda guerra dei baroni i due ritrovarono l'antica rivalità. William combatté per il re nella disastrosa Battaglia di Lewes, al termine della quale di fatto l'Inghilterra era in mano ai Montfort con il re, il figlio ed il fratello catturati dai ribelli. Nel 1265 William ritornò nel Pembrokeshire e, ancora al fianco del re, prese parte all'assedio di Gloucester ed alla finale battaglia di Evesham che si concluse con la vittoria dei realisti e con l'uccisione di Montfort che segnò l'inizio della fine per il partito dei ribelli.