В сентябре 1939 года часть еврейского населения Белза покинула город вместе с частями Красной армии в конце сентября 1939 года (Договор о дружбе и границе между СССР и Германией). Белз вошёл в состав Генерал-губернаторства (1939—1944). В мае 1942 года еврейское население Белза составляло 1504 человек, но в июне 1942 г. депортация евреев была проведена в Грубешов и лагерь смерти Собибор.