1912 begann ein umfassender Ausbau der Festung, aufgrund des Ersten Weltkrieges wurde lediglich das Fort IX fertiggestellt, bevor die deutsche Armee die Stadt 1915 eroberte. 1918 erklärte sich Litauen noch unter deutscher Besatzung für unabhängig, im Dezember wurde erstmals ein Stadtrat gewählt, wobei alle Männer und Frauen ab 20 Jahren wahlberechtigt waren. 1920 intervenierten im Polnisch-Litauischen Krieg polnische Truppen in Litauen, besetzten die traditionelle litauische Hauptstadt Vilnius, die eine überwiegend polnischsprachige Bevölkerung hatte, und gliederten die gesamte Region Vilnius in das polnische Staatsgebiet ein, was mit der dortigen Bevölkerungszusammensetzung gerechtfertigt wurde. Kaunas war daher von 1920 bis 1940 die provisorische Hauptstadt Litauens "(Laikinoji Sostine)".