Pernille Harder venne convocata dalla federazione danese per far parte delle rappresentative nazionali giovanili, partendo dalla Under-16, dove accumulò 3 presenze nel 2007, per passare lo stesso anno alla selezione Under-17 dove giocò fino a raggiunti limiti di età. In questo periodo venne utilizzata prima durante le qualificazioni all'edizione 2008 del campionato europeo di categoria, e poi nella fase finale, conclusa al terzo posto. Grazie a questo risultato, la nazionale danese guadagnò l'accesso al campionato mondiale di Nuova Zelanda 2008, raggiungendo i quarti di finale, dove venne eliminata dalla Corea del Nord, successiva vincitrice del campionato. Harder venne poi impiegata anche durante la prima fase delle qualificazioni al successivo campionato europeo 2009, ma senza poter accedere alla seconda fase per raggiunti limiti di età.