Nel 1807 la "Thunderer" servì nell'Operazione Dardanelli, come parte dello squadrone agli ordini dell'Ammiraglio John Thomas Duckworth, rimanendo gravemente danneggiata durante il ripiegamento della flotta dalla zona. Nonostante ciò fu presente anche alla spedizione di Alessandria dello stesso anno, tornando a Malta per riparazioni nel mese di marzo. I lavori e l'imbarco di provviste si protrassero per trenta giorni.