Nach dem Tod des ermländischen Bischofs Johannes Abezier wählte das Domkapitel am 13. Februar 1424 Franz Kuhschmalz einstimmig zu dessen Nachfolger. Nach der päpstlichen Bestätigung vom 8. April d. J. wurde er Ende Juli in der Stadtpfarrkirche von Heilsberg in Anwesenheit des Hochmeisters zum Bischof geweiht. Die Konsekration erfolgte durch Johann Marienau von Kulm und Gerhard Stolpmann von Pomesanien. Bald nach der Weihe berief er K. Petrus Steinbutt zu seinem Offizial. 1427 nahm er für seinen Sprengel die neue Landesordnung des Ordenslandes an, ergänzte sie jedoch um einige Artikel, die den Dienst der Prußen regelten. Im selben Jahr wurde auf seinen Vorschlag in Elbing eine Synode der Kirchenprovinz Riga abgehalten. 1437/38 nahm er im Auftrag des Rigaer Erzbischofs Henning Scharpenberg am Konzil von Basel teil. In seinem Bistum veranlasste er eine Visitation, deren Ergebnisse 1444 bekannt gemacht wurden. Darin werden neben Prußen und Deutschen erstmals auch Polen genannt. Es waren Siedler aus Masowien, die nach den Verwüstungen der vorausgegangenen Kriege in größerer Anzahl ins Land geholt wurden. 1449 hielt er in Heilsberg eine Synode ab, die vor allem das sittenlose Leben des Klerus anprangerte. Außerdem fasste sie den Beschluss, dass die Pfarrer in Gemeinden mit deutscher und prußischer Bevölkerung sich einen einheimischen ("also prußischen") Kaplan halten sollten. Wo dies nicht möglich war, sollte für die Predigten ein Dolmetscher eingesetzt werden. Bereits um die Mitte des 14. Jahrhunderts war im Heilsberger Schloss eine Schule für zwölf Knaben gegründet worden, die den prußischen Klerus ausbilden sollte. Sie ging während der Amtszeit des Franz Kuhschmalz wegen des Dreizehnjährigen Kriegs nach 1454 ein.