As tensões religiosas permaneceram fortes durante a segunda metade do século XVI. A Paz de Augsburgo começou a se desfazer: alguns bispos convertidos se recusaram a abandonar seus bispados, e alguns Habsburgos e outros governantes católicos do Sacro Império Romano e da Espanha tentaram restaurar o poder do catolicismo na região. Isso ficou evidente na Guerra de Colônia (1583-1588), um conflito iniciado quando o príncipe-arcebispo da cidade, Gebardo, Senescal de Waldburg, se converteu ao calvinismo. Como ele era um eleitor imperial, isso poderia ter produzido uma maioria protestante no Colégio que elegia o Sacro Imperador Romano, posição que sempre foi ocupada por um católico romano.