Er beschäftigte die Fotografen Alexander Gardner, James Gardner, Timothy H. O’Sullivan, William Pywell (1843–1887), George N. Barnard und 18 weitere Männer, die, mit transportablen Dunkelkammern ausgestattet, loszogen, um den Krieg fotografisch zu dokumentieren. Brady selbst blieb für gewöhnlich in Washington, von wo aus er die Arbeit seiner Assistenten organisierte, und suchte nur selten selbst die Schlachtfelder auf. Eine erwähnenswerte Ausnahme war die Zweite Schlacht am Bull Run im Jahr 1862, wo er Fotos von zurückweichenden Unionssoldaten machte, die damals großes Aufsehen erregten.