En 2011, Gorka Villar comenzó a trabajar para la Confederación Sudamericana de Fútbol (Conmebol), primero en calidad de asesor y, en 2014, como director general.El presidente de la Conmebol y vicepresidente de la FIFA, Eugenio Figueredo, que fue arrestado en Zúrich (Suiza) en el caso de corrupción conocido como Caso Fifagate declaró, ante las autoridades judiciales uruguayas, sobre las prácticas corruptas que salpicaban a decenas de dirigentes deportivos, Gorka Villar entre ellos.En 2013, Gorka Villar fue acusado de extorsión por siete clubes uruguayos que denunciaban la venta a la baja de los derechos audiovisuales de la Copa Libertadores y la Copa Sudamericana. Gorka Villar tuvo el apoyo de su padre, Ángel María Villar, que entonces también era vicepresidente de la FIFA, para presionar a los clubes a retirar las denuncias.