Епархија је имала више врло старих цркава и манастира, па су у њима најчешће и столовали епископи чије се сједиште стално помјерало, а од 18. вијека се усталило у Мостару одакле је принудно премјештено током посљедњег рата у манастир Тврдош. Током Другог свјетског рата (1941—1945) на подручју Епархије захумско-херцеговачке једна црква је срушена до темеља, а 18 их је оштећено. Пет парохијских домова је срушено, а четири су оштећена. Уништено је 12 библиотека и 21 црквена архива. У Рату у Босни и Херцеговини (1991—1995) Захумско-херцеговачка епархија је једна од епархија које су највише страдале — порушено је 36 цркава, а знатно је оштећено 28 цркава. Манастир Житомислић је срушен, а манастир Завала је веома оштећен. Порушено је 12 парохијских домова, а два су оштећена. Владичански двор у Мостару и Владичанска кућа у Дубровнику такође су срушене.