Die Kirche entstand in zwei Bauabschnitten auf einer Kirchwarft. Im ersten wurden von 1230 bis 1250 die Apsis und die beiden Ostjoche errichtet. Von 1260 bis 1270 wurde die Kirche um die drei Westjoche vergrößert. An diesen Bauabschnitten lässt sich das Vorbild der Marienhafer Kirche ausmachen, die etwa zeitgleich entstand. So sind die Ostjoche eindeutig auf die verloren gegangenen schlichten Ostteile der Kirche in Marienhafe zurückzuführen, während die Westjoche von Engerhafe auf das Vorbild des reicheren Langhauses der Marienhafer Kirche zurückgehen. Ursprünglich war die Kirche mit rund 60 Meter Länge fast doppelt so lang wie der heute sichtbare Bau. 1775 stürzten die Gewölbe ein. Dies ist möglicherweise auf die Weihnachtsflut von 1717 zurückzuführen, die weite Teile Ostfrieslands überflutete. Dadurch wurden die Böden der Warften aufgeweicht und senkten sich.