El 1999 el GR.1 va entrar en acció en la Guerra de Kosovo. Durant la primera fase de la guerra els Tornado operaven des de la base RAF Bruggen, a Alemanya, efectuant missions d'atac de precisió. Posteriorment, poc abans que la guerra acabés, van ser traslladats a una base de Còrsega per estar més prop de la zona de combat. A pesar que el sistema de designació làser TIALD havia demostrat la seva efectivitat en la Guerra del Golf, Regne Unit només havia adquirit 23 unitats d'aquest sistema l'any 2000, i aquest nombre tan reduït va tenir un impacte negatiu durant les operacions de combat sobre Kosovo. Després de la Guerra de Kosovo, la versió GR.1 va anar desapareixent a mesura que s'actualitzava a l'estàndard GR.4. L'últim GR.1 va ser modernitzat el 2003, sent lliurat a la RAF el 10 de juny.