En 1891, Berthieu est envoyé au nord de Tananarive, à Andrainarivo (Anjozorofady) où on lui confie la responsabilité de deux postes. La situation y est souvent délicate ; les rivalités entre protestants et catholiques y sont vives. De plus la tension monte entre la France et Madagascar. La pression colonialiste française conduit à un ultimatum (1894) qui est rejeté. Une deuxième guerre coloniale franco-malgache (1894-1895) s'ensuit et se termine par l’imposition d’un protectorat français humiliant pour les Malgaches. Durant cette guerre, le missionnaire est contraint de se replier à La Réunion.