Karel, který se ujal vlády po smrti svého churavého bratra Františka II., žil ve složité době náboženských (hugenotských) válek, jež rozštěpily celou Francii. Vzhledem ke své nezletilosti stál nejprve pod poručnictvím královny vdovy Kateřiny Medicejské (podporující katolíky), později však pod vlivem hugenotského předáka admirála Colignyho inklinoval spíše k protišpanělskému protestantskému táboru než ke katolické straně vedené svými příbuznými Guisy. Kateřina Medicejská ho nakonec donutila, aby dal souhlas ke krvavé lázni (tzv. Bartolomějské noci), při níž byli přední hugenoti včetně Colignyho v Paříži povražděni. Po smrti Karla IX. nastoupil na trůn jeho bratr Jindřich III.