I maj 1791, på Pasleys anbefaling, kom Flinders med kaptajn William Bligh på "HMS Providence", der skulle sejle brødfrugt fra Tahiti til Jamaica. Det var Blighs anden rejse efter brødfrugt efter den mislykkede tur med HMS "Bounty". Ekspeditionen sejlede via Kap det Gode Håb og i februar 1792, ankom den til Adventure Bay i den sydlige del af det nuværende Tasmanien. De brugte over en uge på at finde vand og tømmer, og de havde kontakt med de indfødte. Dette var Flinders' første besøg i Australien. Ekspeditionen lastede brødfrugt på Tahiti i april 1792 og sejlede derefter tilbage, men denne gang nord om det australske kontinent gennem Torresstrædet. Ud for Zagai Island havde de et sammenstød med bevæbnede indfødte i en flåde af kanoer, hvilket endte med flere døde øboere og en død blandt besætningen. Ekspeditionen ankom til Jamaica i februar 1793, lossede brødfrugten og sejlede derefter til England. Flinders gik i land i London i august 1793 efter mere end to år til søs.