Касније, Нагумо постаје главни командант 3. ваздушне флоте јапанске морнарице и командује носачима авиома у Гвадалканалској кампањи, али је тамо његово дејство углавном било неодлучно, и неопрезне је полако ослабио јапанску поморску отпорност. Заправо тешки губици авиона и посада у бици код источних Соломона и у бици код Санта Круз острва ће се показати одлучујућим за учинак јапанске морнарице у каснијем ангажовању.