С 1657 года Анджей Самуил Стадницкий командовал собственной панцирной хоругвью. Во время Шведского потопа он участвовал в 1657—1660 годах в боях со шведами до завершения прусской кампании. В составе дивизии польного гетмана коронного Ежи-Себастьяна Любомирского Анджей Самуил Стадницкий в 1660 году принимал участие в разгроме русско-казацкой армии в битве под Чудновом на Украине.