Jannie w 2009 roku był członkiem zespołu, który zdobył Puchar Trzech Narodów. Swoją pozycję w drużynie narodowej du Plessis ugruntował w 2010 roku, kiedy wystąpił w 12 meczach swojego zespołu, w tym w 10 kolejnych w pierwszym składzie. Rok później, już jako zawodnik „pierwszej piętnastki”, znalazł się w 30-osobowym składzie "Springboks" na Puchar Świata. W Nowej Zelandii du Plessis wystąpił w czterech spotkaniach, w tym w przegranym ćwierćfinale z reprezentacją Australii.