Durante la Guerra de los Trece Años (1454–1466) Varmia se vio sumida en el conflicto entre los frentes de la Confederación de Prusia (que quería liberarse del señorío de la Orden Teutónica y que tenía el apoyo de Polonia) y la Orden Teutónica. El cabildo catedralicio no tardó en mostrar su apoyo a la alianza con Polonia. Sin embargo, el obispo Franz Kuhschmalz se puso de parte de la Orden Teutónica. En 1461, el sucesor de Kuhschmalz, el obispo Paul von Legendorf, para favorecer la soberanía de la diócesis, firmó un acuerdo de neutralidad con la Orden. El rey polaco Casimiro IV, el cual quería debilitar a la Orden, aprovechó la ocasión para, en 1464, proclamar la independencia de la diócesis. Mediante el Segundo Tratado de Toruń (1466), el cual ratificó la derrota de la Orden, el rey polaco rompió su promesa y subordinó la diócesis al poder polaco. Rompió además, en la siguiente oportunidad que tuvo, otra promesa al no permitir al cabildo catedralicio de la catedral elegir un obispo. Tras la muerte del obispo Paul von Legendorf, el rey intentó impedir que se eligiera como sucesor a Nikolaus von Tüngens y que se eligiera a su propio candidato. De este modo, estalló la «Guerra de los Sacerdotes» (1467-1479) entre Polonia y la diócesis de Varmia, que se alió con la Orden Teutónica y el rey de Hungría. Con la firma en 1479 del tratado de Petrikau, Polonia tuvo que legitimar la elección de Nikolaus von Tüngens y la condición de principado episcopal de Varmia. Varmia, a su vez, tuvo que jurar lealtad al rey polaco.