In 1913 raakten de geallieerden tijdens de Eerste Balkanoorlog met elkaar in conflict en dat vormde de aanleiding tot de Tweede Balkanoorlog (29 juni 1913 - 10 augustus 1913). Servië behield de controle over Skopje, mede door de Vardarvallei, die werd opgenomen in het Servische Rijk. Dit duurde tot oktober 1915, wanneer Bulgarije de centrale mogendheden steunde en een groot deel van het door Servië gecontroleerde Macedonië innam. De stad werd op het einde van de Eerste Wereldoorlog in 1918 bezet. Het werd vanaf dan een deel van het Koninkrijk der Serviërs, Kroaten en Slovenen (vanaf 1929 beter bekend als het Koninkrijk Joegoslavië)