Durante a intensa onde de protestos que tomou conta do mundo árabe em 2011, Obama e alguns líderes europeus recomendaram publicamente o afastamento de Hosni Mubarak, o que veio a ocorrer no mesmo ano. Os egípcios elegeram um novo governo com base na Irmandade Islâmica. Contudo, o novo presidente, Mohamed Morsi, foi deposto em 2013 pelos militares. Obama classificou a crise no país como "trágica e deplorável".