希土戦争後の1922年にトルコからギリシャ人が追放され多くの難民がギリシャにやって来た。10万人近くのギリシャ人たちがテッサロニキに再定住することになり、ユダヤ人の割合は減ることになり市の人口に占める割合は20%になった。戦間期にギリシャ政府はユダヤ人に他のギリシャ市民と同様の公民権を認めた。1926年3月にギリシャ政府は市民が等しく権利を享受することを再強調し、相当数のテッサロニキのユダヤ人は留まることを決心した。第二次世界大戦に突入すると、1941年からドイツがギリシャを占領し反ユダヤ政策を始めたためユダヤ系のギリシャ人にとって災いがもたらされた。1940年代の大多数のユダヤ系ギリシャ人のコミュニティはユダヤ、ギリシャ両方で確固として同一視された。ミーシャ・グラニーによれば大部分のユダヤ系ギリシャ人たちは北ヨーロッパで起こったような反ユダヤ主義には遭遇しなかったとしている。