Когда Нидерланды были оккупированы нацистами, коллекции Люгта угрожала опасность разграбления. Ещё в 1939 году Люгт и его жена Якоба Клевер уехали из Нидерландов в Швейцарию, а позднее они перебрались в США, штат Огайо. Наиболее ценные рисунки своей коллекции чета отправила почтой в шестидесяти герметичных конвертах в США, чтобы защитить их от кражи нацистов. Остальную часть своей коллекции Люгт оставил со своим помощником в Нидерландах. В 1940 году в Гааге действовал специальный представитель по охране художественных ценностей на оккупированных территориях Каетан Мюльман. В его задачи входили поиски наиболее ценных произведений искусства и их экспроприация в пользу нацистской Германии. Узнав о коллекции Люгта, Мюльман конфисковал её. Основная часть этой коллекции была спрятана в соляной шахте в Австрии, в Альтаусзе. Однако некоторая часть коллекции всё же осталась под присмотром голландцев, благодаря помощнику Люгта, который частично сфабриковал историю с коллекцией, чтобы заполучить доверие нацистов.