位于盐城市境内的大丰麋鹿国家级自然保护区是目前世界上占地面积最大、麋鹿种群数量最多、并建立了第一个麋鹿基因库的自然保护区。同样位于盐城境内的盐城国家级珍禽自然保护区为中国最大的海岸带保护区，1992年11月被联合国教科文组织人与生物圈协调理事会批准为生物圈保护区，并纳入“世界生物圈保护区网络”。1996年又被纳入“东北亚鹤类保护网络”，1999年成为“东亚—澳大利亚涉禽迁徙网络”成员，2002年1月被列入Ramsar国际重要湿地名录，保护区是挽救一些濒危物种的最关键地区，如丹顶鹤、黑嘴鸥、獐、震旦鸦雀等。每年来区越冬丹顶鹤达到千余只，占世界野生种群50%以上，是全球最大的丹顶鹤越冬地。