Sudanin itsenäistyessä 1956 aloitettiin alueen arabialaistamistoimet. Sotilaat Toritissa olivat kapinoineet jo vuonna 1955, mikä aloitti vuoteen 1972 saakka jatkuneen Sudanin ensimmäisen sisällissodan. Sodan aikana Juba oli useaan otteeseen taisteluiden keskipisteessä. Sisällissota alkoi uudestaan vuonna 1983 ja Etelä-Sudanin itsenäisyyttä tavoitelleet liikkeet yrittivät useaan otteeseen vallata Jubassa sijainneen sotilastukikohdan. Sota päättyi rauhansopimukseen vuonna 2005, jonka perusteella Etelä-Sudan sai itsehallinnon. Etelä-Sudanin itsenäistyessä vuonna 2011 Jubasta tuli maan pääkaupunki. Sittemmin on tosin esitetty ehdotuksia maan pääkaupungin siirtämisestä Ramcieliin Jubasta pohjoiseen. Heinäkuussa 2016 presidentti Salva Kiirille ja varapresidentti Riek Macharille uskollisten joukkojen välisissä taisteluissa Jubassa sai surmansa 300 henkilöä ja taistelut ajoivat tuhannet pakolaisiksi.