Maksimilian Joosef liittyi vuonna 1799 Itävallan painostuksesta sotaan Napoleonin Ranskaa vastaan. Hän kuitenkin teki vuonna 1801 Ranskan kanssa erillisrauhan, jossa hän luopui perintömaistaan Reinin länsipuolella ja sai hyvityksenä lupauksen kompensaatiosta. Napoleon palkitsi hänen uskollisuutensa liittämällä hänen valtakuntaansa vuonna 1803 Würzburgin, Bambergin, Freisingin ja Augsburgin ruhtinaspiispakunnat, vuonna 1805 Ansbachin ja vuonna 1809 osia läntisestä Itävallasta. Joulukuussa 1805 allekirjoitetussa Pressburgin rauhassa Baijeri korotettiin kuningaskunnaksi ja Maksimilian Joosef kruunautti itsensä kuninkaaksi 1. tammikuuta 1806 nimellä Maksimilian I. Hän pysyi Ranskan liittolaisena Napoleonin sodissa, osallistui Reinin liittoon ja lähetti 30 000 miestä Napoleonin Venäjän-sotaretkelle vuonna 1812. Ranskan sotaonnen käännyttyä Maksimilian Joosef vaihtoi puolta ja liittoutui lokakuussa 1813 Itävallan kanssa sillä ehdolla, että saisi pitää kuningaskuntansa. Hän joutui palauttamaan joitain alueita Itävallalle 1814 ja 1816, mutta sai vastineeksi Napoleonin sotien jälkeisissä rauhanjärjestelyissä takaisin Reinin länsipuolisia alueita.