С 1 января по 31 июля 1812 года Малиновский находился в Молдавии, откуда, после заключения мира с Турцией русские войска отправились на родину на борьбу с французами. В Отечественную войну он участвовал в сражениях: при с. Кладневе (15 сентября), при Любомле (17-го) при переправе неприятеля чрез Березину, близ г. Борисова (17 ноября) и при его преследовании до Немана. Во время похода за границу он был участником многих сражений, причём за боевые отличия был произведен (04.10.1813) в поручики и награждён орденом Св. Анны 4-й степени. С 31 января 1815 года он находился в Тираспольском конно-егерском полку, в котором 22 июня 1816 года был произведён в штабс-капитаны, а 4 апреля 1819 года — в капитаны; 5 апреля 1827 года по болезненному состоянию уволился от службы с производством в майоры.