La începutul anilor 2000 a fost afectată de mai multe accidente mortale în Europa, cum ar fi dezastrul din Aeroportul Linate din 2001 și coliziunea aeriană Überlingen din 2002, ambele fiind legate de deficiențele de navigație a traficului aerian. Presiunea a fost în continuare agravată de atacurile din 11 septembrie, sporind nevoia unui organism de reglementare și coordonare rapid la nivel european. În mai 2003 Eurocontrol și NATO au semnat un memorandum de cooperare, urmat de un memorandum similar cu Comisia Europeană în decembrie 2003. În februarie 2004 Eurocontrol a început să lucreze la primele mandate ale Comisiei Europene, iar în aprilie 2004 a adoptat Regulamentul privind cerul unic european (pachetul 1). În martie 2006, Programul Comisiei Europene de Cercetare ATM (SESAR) al Comisiei Europene a fost lansat de Grupul de consultare a părților interesate (SCG) sub egida Eurocontrol.