מצבה החמור של הקיסרות המפוררת החל משתנה כאשר הקיסר תוודרוס השני הדיח את סהלה דנגל ב-1855, ופתח את תקופת הגיבוש האתיופית, תקופת שיקום ורסטורציה שבמהלכה אוחדה המדינה המתפוררת מחדש והקיסר זכה שוב בכוחו ובסמכויותיו. אולם לגונדר ולפאסיל גמב לא הביאה תקופה זו נחמה. תוודרוס השני העביר את בירתו לדברה תבור, ובכך איבדו גונדר והמתחם המלכותי שבלבה את מעמדם, ותקופת גונדר הגיעה לסופה. בנוסף, ב-1864 וב-1866 בזז תוודרוס השני את כנסיות גונדר באופן שיטתי, ורוקן אותן מאוצרותיהן וספריהן. לבסוף גרש את תושבי העיר והעלה אותה באש. לימים עברה הבירה מדברה תבור לאמבה מריאם, וכאשר המשלחת הצבאית הבריטית לאתיופיה כבשה את האחרונה ב-1868, היא בזזה תבות רבים ואת אוצרותיה הכתובים של השושלת הסולומונית. חלקים ממסמכים אלה שמורים כיום במוזיאון הבריטי בלונדון, ואחרים מפוזרים בספריות ברחבי אירופה. עם זאת, המבנים העיקריים בפאסיל גמב - טירותיהם של פאסילידס, ייאסו הראשון, בקפה ומאנטאוואב, כמו גם החומה ההיקפית של המתחם - שרדו את החורבן. הקיסר הבא, תקלה גיורגיס השני, שמלך במשך ארבע שנים, בין 1868–1872, תיקן מעט מהנזקים שגרם קודמו, וסיפק משאבים לשיפוץ ההרס, אך העיר הותקפה שוב ב-1888, הפעם על ידי צבא , והמעט שנותר ממנה, בייחוד הכנסיות (42 מתוך 44), חרב. אולם מבני האבן העיקריים בפאסיל גמב שרדו גם הפעם.