По това време той е предан бонапартист. През следващия месец поема длъжността на военачалник и дипломат в Швейцария, където се опитва да потуши опитите за бунт, но се връща във Франция за да ръководи военните части в Кампан (Campagne) и Монтрьой (Montreuil) при подготовката им за нахлуване в Англия. Той става член на маршалата чрез консулски указ от 19 май 1804 г. Поема командването на 6-и корпус и показва уменията си в Улм, където пресича отстъплението на австрийската армия на генерал Карл Мак фон Лайберих в Елхинген, като лично води атаката през моста, след която градът е превзет (средата на октомври 1805). След това завладява Тирол, превземайки Инсбрук през ноември 1805 г. Преди битката при Йена през 1806 г.почти му е отрязан пътя за отстъпление и Наполеон е принуден да дойде да го спаси и да се включи в боя, преди да е готов. При последвалото преследване на победената пруска армия, Ней окупира Ерфурт и принуждава крепостта Магдебург да се предаде. На 8 февруари 1807 г. пристигането на 6-и корпус в Ейлау укрепва духа на отпадналите французи, въпреки че не взема дейно участие в битката.