Michael Schjønberg debuteerde in 1995 tijdens de strijd om de Koning Fahd Cup voor het Deens voetbalelftal. Hij speelde elke wedstrijd op het toernooi, dat uiteindelijk ook gewonnen werd door Denemarken door in de finale Argentinië met 2-0 te verslaan. Het was toenmalig bondscoach Richard Møller Nielsen die hem zijn debuut voor de nationale ploeg gunde.