Mit Ausbruch des Estnischen Freiheitskriegs gegen Sowjetrussland (1918–1920) organisierte Pitka die Ausrüstung und den Bau für Kraftfahrzeuge und Züge. Am 16. Dezember 1918 wurde er zum Oberbefehlshaber der im Aufbau befindlichen Estnischen Seestreitkräfte ernannt. Er hatte das Amt bis zum 28. November 1919 inne. Am 21. September 1919 wurde ihm der Titel eines Konteradmirals verliehen.