In den byzantinischen Notitiae episcopatuum unterstand die Diözese dem Erzbistum Santa Severina als Suffraganbistum, wann es Otranto, das schon in byzantinischer Zeit Erzbistum geworden war, unterstellt wurde, ist nicht klar bestimmbar. Der erste lateinische Erzbischof von Otranto, Hugo, ist zwar seit 1067 belegt, Suffragane sind aber erst im Liber censuum gegen Ende des 12. Jahrhunderts verzeichnet. In der Mehrzahl der Handschriften des Liber censuum findet sich zu Gallipoli der Vermerk "Graecus est" (Es ist griechisch). Zur Zeit der normannischen Herrschaft soll das Territorium der Diözese Gallipoli weitaus größer gewesen sein als später, nachdem sie auf eine Enklave in der damaligen Diözese Nardò reduziert worden war.