На чэмпіянаце свету 2006 года Шон атрымаў першы нумар пасеву як дзеючы чэмпіён. У першым раўндзе ён без цяжкасці атрымаў перамогу над снукерыстам з Тайланда Джэймсам Уотанай 10:4. На другім этапе быў пераможаны Стыў Дэвіс з лікам 13:7. А ў чвэрцьфінале Мёрфі саступіў будучаму фіналісту Пітэру Эбдану 7:13. Такім чынам, Мёрфі стаў ахвярай «праклёну Крусібла» — ні адзін з снукерыстаў, які выйграў чэмпіянат свету ў першы раз на арэне тэатра Крусібл, не змог абараніць свой ​​тытул у наступным годзе.