Islamilaisen Maghrebin al-Qaida juontaa juurensa 1990-luvulle. Vuonna 1992 Algeriassa oli tarkoitus järjestää vapaat parlamenttivaalit, mutta kun alkoi näyttää siltä että islamistipuolueet voittaisivat vaalit, ne mitätöitiin armeijan tuella. Tilanne johti sisällissotaan islamistien ja hallintoa tukevan armeijan välillä. Vuonna 1999 islamistitaistelijat armahdettiin ja väkivallan määrä lähti laskuun. Yksi islamistiryhmistä, Groupe islamique armé eli GIA ei kuitenkaan hyväksynyt tarjottua armahdusta, vaan jatkoi taistelua. Näihin aikoihin GIA:sta irtosi sirpaleryhmä nimeltä Groupe Salafiste pour la Prédication et le Combat.