Mellem de primært nomadiske baggara-folk og deres fastboende nabofolk har der ofte været spændinger, som ind i mellem resulterede i voldelige sammenstød. Baggrunden har i de fleste tilfælde været kampen om adgangen til naturressoucer og vand. I sidste halvdel af 20. århundrede har baggaraernes leveområder været påvirket af klimaforandringer, der har betydet at regnmængden er faldet og at ørkenen derfor har bredt sig. Samtidig har regionen været præget af overbefolkning, og disse faktorer har til sammen betydet, at medlemmer af baggara har tilsluttet sig de janjaweedmilitser, som har begået omfattende overgreb på de øvrige etniske grupper i Darfur og Tchad i forbindelse med Darfur-konflikten.