En febrero de 2004, el país experimentó un golpe de Estado que provocó la expulsión y el exilio del presidente Jean-Bertrand Aristide, estableciéndose el gobierno interino de Boniface Alexandre; Rompiendo con la constitución haitiana, los poderes internacionales establecieron un "consejo de sabios" para elegir un nuevo primer ministro. Latortue fue seleccionado por el Consejo y nombrado jefe del gobierno interino el 9 de marzo mientras todavía vivía en los Estados Unidos, y juró su cargo el 12 de marzo. En junio de 2006, Jacques-Édouard Alexis sucedió a Latortue tras el restablecimiento del orden constitucional del país.