Seu primeiro jogo oficial foi na Copa da Itália, em novembro de 2006, quando a enfrentou o Messina. Pelos "Nerazzurri", foi campeão nacional da Serie A de 2006–07, embora não tenha jogado nenhuma partida na campanha do título. Entre 2007 e 2009, quando terminou seu vínculo com a Internazionale, Fautario atuou no Pro Sesto e na Pistoiese (ambas por empréstimo).