В апреле 1798 года Вердье возглавлял бригаду в дивизии Клебера, а в июле того же года, по прибытии в Северную Африку, его перевели к генералу Дюга. В ходе кампании в Египте и Сирии Жан Антуан доблестно отбивал атаки мамлюкской конницы в битве у Пирамид, проявил героизм в сражениях у Эль-Ариша, Шагаре и горы Табор, а также принял участие в осаде крепости Сен-Жан д’Акр (вновь в составе дивизии Клебера), при штурме которой получил штыковую рану. 1 ноября 1799 года, располагая всего тысячей солдат, Вердье разгромил 8-тысячный отряд янычар, высадившийся у Дамьетты. В этом бою турки потеряли 2000 человек убитыми, 800 пленными, 10 орудий и 32 стяга. Клебер наградил «Героя Дамьетты» почётной саблей. Всё тот же Клебер назначил Вердье комендантом Каира (20 марта 1800 года), а через месяц сделал его дивизионным генералом.