De stad heeft het zeer zwaar te verduren gehad tijdens de Tweede Wereldoorlog. Na afloop van de oorlog stonden er nog 13 huizen overeind. Kirkenes werd bevrijd door het Rode Leger tijdens Operatie Kirkenes-Petsamo. De directe nabijheid van Rusland zorgde ervoor dat Kirkenes tijdens de Koude Oorlog regelmatig het toneel was van machtsvertoon van beide zijden. Het was een van de weinige gebieden waar de NAVO direct grensde aan de Sovjet-Unie.