Um gegen die zunehmende Dominanz der KSČ zu protestieren, traten die Minister der ČSNS im Februar 1948 zurück. Dies erwies sich als taktischer Fehler, da der Rückzug nicht wie erhofft zu Neuwahlen führte, sondern die Kommunisten vielmehr die Situation nutzten, um im sogenannten Februarumsturz ihre Macht zu zementieren. So verlor die Partei an politischer Bedeutung. Viele bedeutende Parteimitglieder gingen ins Exil, darunter auch der Vorsitzende Petr Zenkl. Beneš amtierte noch bis Juni 1948 weiter als Präsident und starb wenige Monate später. Milada Horáková wurde verhaftet und in einem Schauprozess zum Tode verurteilt.