Stefan Kretzschmar spelade från barndomen i SC Dynamo Berlin som var ett handbollscentrum med en sportskola. Han gjorde debut i Bundesliga för SV Blau-Weiß Spandau, som gått samman med SC Dynamo Berlin. 1993 gick han till VfL Gummersbach, som hade Heiner Brand som tränare. 1993 debuterade han även i landslaget och 1994 följde mästerskapsdebuten vid EM i Portugal. 1996 deltog Kretzschmar vid OS i Atlanta. 1996 gick Kretzschmar till SC Magdeburg, som han blev tysk mästare och Champions League-mästare med 2001. Han missade EM 2004, då Tyskland blev Europamästare. Efter OS-finalen 2004 i Aten, som slutade med silver, valde Kretzschmar att sluta i landslaget.