Les rapports envenimés entre les deux hommes aboutissent à l'accrochage du Grand Prix du Japon 1989 en fin de saison où Prost résiste à la tentative de dépassement de Senna à l'entrée d'une chicane. Reparti en court-circuitant cette chicane, Senna remporte la course (victoire synonyme d'espoirs retrouvés dans la lutte pour le titre) mais est disqualifié. Alain Prost décroche son troisième titre mondial. Cet accrochage porte toujours à discussion. Senna part d'assez loin pour un dépassement régulier, mais les vues d'hélicoptère montrent que Prost ferme nettement la porte pour préserver sa position. Cet accrochage est assez similaire à celui qui opposera Jacques Villeneuve et Michael Schumacher à Jerez en 1997. Mais en 1989, c'est le pilote attaquant, Senna, qui écope d'une amende et d'une mise à l'épreuve sur la super-licence de pilote pour avoir exprimé ses doutes sur la décision des commissaires de le disqualifier. Pour lui il s'agit d'une manœuvre de la FIA. () déclare-t-il à Adélaïde en , s'attirant les foudres de Jean-Marie Balestre.