Sa saison 2006 débute par une médaille d'argent lors mondiaux en salle de Moscou. Avec , elle est devancée par la Russe Elena Slesarenko. Elle réalise d'autre part à Banska Bystrica. Sa saison en Golden League est couronnée par une victoire lors du Golden Gala de Rome, et elle ajoute une autre victoire en grand prix en remportant le meeting de Zagreb. Le concours du saut en hauteur des Championnats d'Europe de Göteborg est très disputé : quatre athlètes ont réussi à franchir la barre de : Vlašić, la suédoise Kajsa Bergqvist, la bulgare Venelina Veneva et la Belge Tia Hellebaut. Seules ces deux dernières parviennent à franchir la barre suivante de . Vlašić perd la médaille de bronze au profit de la Suédoise au décompte des essais. Sa fin de saison se termine par une sixième place lors de la Finale IAAF.