Harte w reprezentacji Irlandii zadebiutował 2 czerwca 1996 roku w zremisowanym 2:2 meczu przeciwko Chorwacji. Irlandczyk był podstawowym zawodnikiem reprezentacji swojego kraju, która w 1998 roku przegrała baraż o awans do mistrzostw świata, a w roku 2000 baraż o awans do mistrzostw Europy. W 2002 roku Harte wraz ze swoją narodową drużyną wystąpił na mistrzostwach świata w Korei Południowej i Japonii, na których wraz z reprezentacją Irlandii dotarł do 1/8 finału, przegrywając po rzutach karnych z Hiszpanią. Następnie Harte brał udział w nieudanych dla reprezentacji Irlandii eliminacjach do Euro 2004 oraz Mistrzostw Świata 2006.