La Biblioteca Nacional reabrió durante la Guerra de la Independencia, después de la victoria de Chacabuco. De acuerdo a Barros Arana, el 11 de marzo de 1817, San Martín, que se encontraba en Santiago, partió hacia Buenos Aires sin previo aviso, con el fin de evitar una «apartosa despedida»; el cabildo de Santiago, enterándose de la situación y como reconocimiento, ordenó que se le alcanzace y se le entregaran 10 000 pesos para gastos de viaje. San Martín hizo devolver la suma y a su llegada a Mendoza, el 17 de marzo de 1817, elaboró un oficio que entregó a José Ignacio Zenteno y Bernardo Vera estipulando que ese dinero que sirviese para construir «una Biblioteca Nacional», pero, en rigor, los fondos serían destinados a su reapertura ya que esta se había creado en 1813. Tanto el oficio como la respuesta del 24 de marzo de Zenteno y Vera fueron publicadas en "Viva La Patria", "gazeta del Supremo Gobierno de Chile", el 26 de marzo de 1817. Finalmente, el 8 de agosto de 1818 se publicó el decreto que ordenaba la creación del catálogo de libros y de un reglamento a cargo de Manuel Salas, primer bibliotecario de la institución, lo que significó la reapertura efectiva de la Biblioteca Nacional.