Juan nåede i sin tid som landsholdsspiller (2002-2010) at spille 79 kampe og score 7 mål for Brasiliens landshold, som han debuterede for i 2002. Han har siden da repræsenteret sit land ved adskillige internationale turneringer, både VM, Copa América og Confederations Cup. Han har med sit land været med til at vinde Copa América i både 2004 og 2007, og Confederations Cup i både 2005 og 2009.