Bosnien och Hercegovinas fotbollsförbund bildades 1992 då landet förklarade sig självständigt. På grund av kriget som då pågick i det forna Jugoslavien kunde man inte spela fotboll under normala omständigheter. Därför blev man medlem i Fifa först 1996 (medlemsansökan hade dock skickats in redan 1992) och därefter även i Uefa år 1998. Före 1992 spelade bosnier för Jugoslaviens räkning.