1996 року головний тренер чеської збірної Душан Угрін викликав Павела Навотного, який до цього не зіграв жодного поєдинку у футболці національної збірної, для виступу на Чемпіонаті Європи 1996 року. 26 червня 1996 року дебютував у складі національної збірної Чехії у переможному матчі (у серії післяматчевих пенальті) у 1/2 фіналу Чемпіонату Європи 1996 року проти Франції. На цьому турнірі у футболці чеської збірної став срібним призером. Протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 4 роки, провів у формі головної команди країни лише 2 матчі. У 1999 році зіграв свій другий і останній матч у переможному (1:0) матчі проти Бельгії на стадіоні імені короля Бодуена.