Seine Amtszeit war vom Konflikt zwischen dem Deutschen Ritterorden und dem Polnischen König sowie der aufkommenden Reformation bestimmt. Im Petrikauer Vertrag von 1519 wurden Einschränkungen für die Bischofswahl im Ermland festgelegt. Im selben Jahr brach der Reiterkrieg aus, der das Bistum verwüstete. Fabian starb, bevor er zum Kardinal ernannt werden konnte.