Начиная с 1861 года в связи с ограничениями, наложенными на численность флота (на Чёрном море) Парижским мирным договором (после поражения в Крымской войне), часть морских офицеров переводилась на гражданскую службу, в том числе для проведения в жизнь крестьянской реформы. Переведённым таким образом офицерам продолжали присваивать очередные воинские звания. Перевод на гражданскую службу коснулся и Александра Фёдоровича Можайского: 14 марта 1862 года он был уволен с должности командира клипера «Всадник», а в начале 1863 года назначен на должность "кандидата" (то есть помощника) мирового посредника Грязовецкого уезда Вологодской губернии, здесь он поселился в сельце Котельниково (ныне Можайское).