Am 11. Oktober 2011 wurde er erstmals seit der WM wieder für ein Länderspiel berufen. Im letzten Spiel der Qualifikation zur Europameisterschaft glich er in der 85. Minute gegen Georgien aus. in der Nachspielzeit folgte der Siegtreffer durch Gekas, wodurch sich Griechenland direkt qualifizierte. Im November 2011 kam Charisteas noch in zwei Freundschaftsspielen gegen Russland und Rumänien zum Einsatz, für die EM 2012 wurde er aber nicht nominiert.