Efter nederlaget i Svensksund den 24 augusti 1789 ledde af Klercker flottans reparationer i Lovisa och redan inom en månad var arbetena klara. Han var under vintern 1789/90 chef för Sveaborgs eskader, lät bygga flera nya fartyg, och det var väsentligen hans förtjänst att skärgårdsflottan i maj 1790 var starkare än förut. Under de följande fredsåren var af Klercker kommendant på fästningen Sveaborg 1791–95 och 1797–1801 samtidigt som han ledde rekognosceringskårens arbete (se ovan).