לפני מעברו לכוכב האדום בלגרד, הוא שיחק עבור פ.ק טרסטניק. מהכוכב האדום הושאל לפ.ק ראד בעונת 1989/90. לאחר מכן חזר לכוכב האדום, וזכה עימה בשנת 1991 בגביע האלופות לאחר ניצחון במשחק הגמר על אולימפיק מרסיי ובגביע הבינלאומי לאחר ניצחון על קולו-קולו הצ'יליאנית. ב-1992, עבר יוגוביץ' למועדון סמפדוריה, בו שיחק 3 עונות לפני שעבר ליובנטוס. בשתי עונותיו ביובנטוס, הוא זכה בסקודטו, וכמו כן בגביע האלופות. במשחק הגמר נגד אייאקס אמסטרדם, הבקיע יוגוביץ' את הפנדל המכריע. בעונת 1997/98 עבר יוגוביץ' ללאציו, ובעונה שאחריה לאתלטיקו מדריד, לפני שנעצר באינטר בשנת 1999, בה בילה שנתיים. יוגוביץ' סיים את הקריירה שלו בקבוצת ל.ר. אהלן הגרמנית, לאחר פרקי זמן קצרים במונקו, ובאדמירה ווקר מודלינג האוסטרית.