La destitución de su directora en 2001 tras 28 años de continuidad administrativa, el robo de la obra "Odalisca con Pantalón Rojo" de Henri Matisse en 2002 y la Crisis de Venezuela han envuelto al museo en tramas de corrupción, robo y abandono, siendo criticada su actual gestión debido a la inseguridad, los constantes cambios de directores, obras descuidadas, propaganda política y la cancelación de catálogos y adquisiciones.