Su reincorporación a los entrenamientos en las instalaciones de Tajonar para preparar la temporada 2007/08 se retrasó hasta agosto, puesto que disputó en el mes de julio la XIV edición de la Copa Asiática. Antes de su retorno a Pamplona, acudió a Teherán para recibir en una ceremonia el premio al mejor jugador iraní de 2006. Sin embargo, la temporada iba a estar marcada por la lesión sufrida al poco de regresar, que le mantuvo inactivo durante ocho meses. El 14 de agosto de 2007, durante un partido amistoso frente al Villarreal C. F. sufrió la rotura del ligamento cruzado anterior de la rodilla derecha, cediendo durante su recuperación el dorsal «6», elegido por el iraní para esa temporada, a una nueva incorporación del equipo rojillo, Jaroslav Plasil. Días después fue operado en Augsburgo, donde permaneció durante los meses siguientes para tratar su lesión. No fue hasta noviembre cuando regresó momentáneamente a la capital navarra para ver a sus compañeros y además renovar su contrato hasta 2011 con el club pamplonés, manteniendo la cláusula en cinco millones para las dos siguientes temporadas y reduciéndola a la mitad para la última campaña.