Melissus wurde als Paul Schad und Sohn von dem aus Königshofen stammenden Balthasar Schad (auch: Schäd oder Schede) und dessen aus Mailes bei Stadtlauringen stammenden Frau Ottilia Melissa Schirling geboren. Paul Schad nannte seine Mutter später "Melissa" („die Maileserin“). Er studierte nach dem Schulbesuch in Zwickau von 1557 bis 1559 Philologie in Erfurt und Jena. Sein Vater verlor durch ein Feuer sowie Brandschatzungen im Markgräflerkrieg und unüberlegte Bürgschaftsleistungen einen großen Teil seines Vermögens, so dass Paul sein Studium abbrechen musste und auf Vermittlung seiner Verwandtschaft mütterlicherseits 1559 eine Stelle als Kantor in Königsberg in Franken übernahm. Von 1561 bis 1564 lebte er in Wien, wo er an einer Art Kadettenschule unterrichtete und sich mit dem böhmischen Dichter und "poeta laureatus" Caspar Cropacius befreundete. Dieser regte ihn zu ersten dichterischen Versuchen an, so dass Scheder 1561 selbst zum Dichter gekrönt wurde. Er hielt sich in Prag, Wittenberg und Leipzig auf, wurde an den Hof des Würzburger Fürstbischof berufen, begleitete den Kaiser auf den Reichstag zu Augsburg und nahm an einem Feldzug nach Ungarn gegen die Türken teil.