Die nach Konfessionsgruppen gespaltene Eidgenossenschaft wurde mehrfach von Bürgerkriegen um die Vorherrschaft einer Konfessionsgruppe heimgesucht (Kappelerkriege 1529/1531, Villmergerkriege 1656/1712). Bis 1712 konnten dabei die im Goldenen Bund organisierten katholischen Kantone eine gewisse Vormachtstellung behaupten. Seit der endgültigen Loslösung der Eidgenossenschaft als Gesamtes aus dem Heiligen Römischen Reich im Westfälischen Frieden 1648 galten die einzelnen Kantone als souveräne Republiken. Seit dieser Zeit wurde die Alte Eidgenossenschaft von den Zeitgenossen als "Corpus Helveticum" bezeichnet und kann aus heutiger Sicht als loser Staatenbund bezeichnet werden. Nach den Kappelerkriegen wurde der von den Dreizehn Orten unterzeichnete Erste Landfrieden zu einer Art Verfassung der Eidgenossenschaft. Bis 1712 wurden drei weitere solche Landfrieden unterzeichnet, in denen die gemeinsamen Belange der Kantone geregelt wurden, insbesondere die Modalitäten der Verwaltung der Gemeinen Herrschaften und der religiösen Fragen.