בראשית יוני שוב שימשו היאמטו והמוסאשי כנושאות גייסות, הפעם על מנת לחזק את חיל המצב ואת הגנת האי האינדונזי בְּיָאק, אך לאחר שלידי אוזאווה הגיעו ידיעות על נושאת מטוסים אמריקאית בסביבות איי מריאנה בוטלה המשימה. אוזאווה ארגן את הצי מחדש וריכז את מרבית כליו באזור תוך תקווה להגיע לקרב הכרעה מול האמריקאים, אך באותה עת כבר היה הצי היפני בנחיתות מספרית ואיכותית אל מול צי האוקיינוס השקט האמריקאי. בין ה-19 ל-23 ביוני 1944 הפליגה היאמטו עם כוחות הצי הנייד של אוזאווה במהלך קרב ים הפיליפינים. האמריקאים כינו קרב זה "מטווח תרנגולי ההודו של איי מריאנה" שכן במהלכו איבדו היפנים שלוש נושאות מטוסים ו-426 מטוסים, אל מול 130 בלבד בצד האמריקאי; תרומתה היחידה של היאמטו הייתה פתיחה בשוגג באש על מטוסים יפנים השבים מן הקרב.