La stagione 2008-2009 iniziò con l'arrivo di Rolando Bianchi dal Manchester City, il più costoso innesto della nuova società. Vennero acquistati anche Blerim Džemaili, Ignazio Abate, Nicola Amoruso e Andrea Gasbarroni; finirono invece i prestiti di Recoba e Di Michele. Il Toro terminò diciottesimo con ancora diversi cambi in panchina (subentrarono a De Biasi prima Novellino e poi Camolese). Al termine della stagione i granata retrocedettero in Serie B dopo 3 anni di permanenza nella massima serie.