В 1683 году уже в качестве офицера «штаба» великого визиря Кара Мустафы участвовал в осаде Вены во время Войны Священной лиги. Хусейн-паша принял участие в битве под Веной и в отступлении османской армии. После казни великого визиря Кара Мустафы-паши по приказу султана Мехмеда IV Хусейн Кёпрюлю был заключен в тюрьму. Впрочем, уже в 1684 году он был освобожден и назначен бейлербеем городка Кардак на полуострове Галлиполи; после становится визирем и санджакбеем Седулбехира.