Thỉnh thoảng, ánh sáng của Tháp Tokyo được thay đổi để phục vụ các sự kiện đặc biệt. Kể từ năm 2000, toàn bộ tháp được chiếu sáng bằng màu hồng tối vào ngày 1 tháng 10 để đánh dấu bắt đầu tháng nhận thức ung thư vú quốc gia. Tháp cũng được chiếu sáng theo nhiều cách thức đặc biệt trong Giáng Sinh kể từ năm 1994. Trong đêm giao thừa, tháp sáng lên lúc nửa đêm với số năm hiển thị tại một mặt của đài quan sát để đánh dấu năm mới. Tháp cũng được chiếu sáng theo các cách thức phi truyền thống để đánh dấu các sự kiện đặc biệt của Nhật Bản cũng. Năm 2002, các đoạn giao của tháp được chiếu màu lam để đánh dấu khai mạc Giải vô địch bóng đá thế giới tại Nhật Bản. Các đoạn giao của tháp được chiếu sáng màu lục vào ngày thánh Patrick năm 2007 để kỷ niệm 50 năm quan hệ Nhật Bản-Ireland. Trong vài thời điểm khác, Tháp Tokyo từng được chiếu sáng đặc biệt nhằm đánh dấu các sự kiện thương mại, như nửa trên tháp được chiếu màu lục nhằm đánh dấu "The Matrix Reloaded" ra mắt bản tiếng Nhật và các đoạn khác của tháp được chiếu màu đỏ, trắng và đen để đánh dấu ngày đầu tiên bán Coca-Cola C2. Tháp được chiếu sáng theo cách thức độc nhất để chào đóng thiên niên kỷ mới vào năm 2000, lần này nhà thiết kế vẫn là Motoko Ishii.