W czasie swych perypetii w różnych wojskach potopu szwedzkiego Gordon poznał chorążego koronnego Jana Sobieskiego, który mu udzielił poparcia, dzięki czemu Szkot dostał się jako kapitan do przybocznego pułku dragonii hetmana Jerzego Lubomirskiego, gdzie dokładnie poznał jego charakter i działalność, opisując go później (bardzo pochlebnie) w swych pamiętnikach. W oddziałach Lubomirskiego służyli krewni, Henryk Gordon, Patrick Gordon zwany Stalowa Ręka i inni, ale jak Patrick pisze w swym dzienniku z roku 1659, "nie chciałem im się pokazać, by nie wiedzieli o mym położeniu i niedoli". W czasie wojny polsko-rosyjskiej Gordon walczył m.in. w bitwach pod Cudnowem i Słobodyszczami. Po zawarciu rozejmu opuścił polskie wojska i zamierzał się zaciągnąć do armii austriackiej, ale uległ namowom ambasadora rosyjskiego Leontiewa i wstąpił w 1661 w stopniu majora do armii carskiej, mimo że o Polsce miał pochlebną opinię (zapisek w dzienniku, 1659: "od dawna uważam, że cudzoziemcy mają w Polsce przepiękne życie i że porządny człowiek szybko uzyskuje możliwości zrobienia kariery" (oraz): "wierzyłem, że moje wyznanie, znajomość języków, szczególnie łaciny, i godność szlachecka będą niemałą pomocą wśród narodu, gdzie wykształcenie, szlachectwo i prawość otwierają drogę ku wielkim zaszczytom i sukcesom".)