เมื่อมาถึงช่วงนี้กอลีญีก็หันไปเป็นอูเกอโนต์หรือผู้ถือโปรเตสแตนต์โดยอิทธิพลของฟร็องซัวน้องชาย จดหมายฉบับแรกที่ทราบที่ฌ็อง กาลแว็ง เขียนถึงกอลีญีลงวันที่ 4 กันยายน ค.ศ. 1558 กอลีญีสนับสนุนฝ่ายอูเกอโนต์อย่างลับ ๆ โดยการส่งกลุ่มหนึ่งลี้ภัยไปตั้งถิ่นฐานในบราซิลภายใต้การนำของเพื่อนในราชนาวีผู้บังคับบัญชากองทัพเรือนีกอลา ดูร็อง เดอ วีลแกญงในการตั้งอาณานิคมแอนตาร์กติกฝรั่งเศส (France Antarctique) ในรีโอเดจาเนโรในปี ค.ศ. 1555 แต่ในปี ค.ศ. 1567 ก็ถูกขับออกจากบราซิลโดยโปรตุเกส นอกจากนั้นแล้วกอลีญีก็พยายามที่จะก่อตั้งอาณานิคมที่ฟอร์ตแคโรไลน์ในฟลอริดาของสเปนที่นำโดยฌ็อง รีโบในปี ค.ศ. 1562 แต่ก็ไม่ประสบความสำเร็จ ในปี ค.ศ. 1566 และ ค.ศ. 1570 ฟร็องซิสก์ และอ็องเดร ดาลแบญก็ให้ความร่วมมือกับกอลีญีในโครงการที่จะสร้างความสัมพันธ์กับดินแดนทางใต้ แม้ว่าจะลงทุนลงแรงสนับสนุนโครงการต่าง ๆ เหล่านี้ แต่โครงการก็ต้องมายุติลงเมื่อกอลีญีมาถูกสังหารในปี ค.ศ. 1572 ระหว่างการสังหารหมู่วันเซนต์บาโทโลมิว