Dnia 17 września 1940 księdza Zygmunta Sajnę wraz z grupą ok. 200 osób rozstrzelano w masowej egzekucji w Palmirach. Zamordowano go w ramach akcji AB, mającej na celu eksterminację polskiej inteligencji. Według relacji obserwującego z ukrycia egzekucję gajowego, Piotra Herbańskiego, będący w grupie skazańców kapłan błogosławił swych towarzyszy znakiem krzyża i przemawiał do nich. W 1946 podczas ekshumacji zwłoki księdza Zygmunta Sajny rozpoznała jego siostra, Maria Zyta Sajna. Został pochowany wraz z innymi we wspólnej mogile.