Nawaf Al-Khaldi werd in de eerste dagen van het tweede millennium voor het eerst opgeroepen voor het Koeweits voetbalelftal. Op achttienjarige leeftijd speelde hij zijn eerste interland voor Koeweit: een wedstrijd in het kwalificatietoernooi voor het Aziatisch kampioenschap voetbal 2000 tegen Nepal (5–0 winst). In januari 2002 speelde Al-Khaldi zijn eerste interlandtoernooi, de Gulf Cup of Nations: viermaal werd hij opgesteld. In die vier duels werd hij vijfmaal gepasseerd. In de daaropvolgende jaren speelde Al-Khaldi naast oefeninterlands ook in het Arabisch kampioenschap, kwalificatietoernooien voor het Aziatisch kampioenschap en vijf edities van de Gulf Cup. Pas na acht jaar – en 39 interlands – speelde hij zijn eerste interland onder directe auspiciën van de wereldvoetbalbond FIFA. De kwalificatiewedstrijd voor het wereldkampioenschap voetbal 2010 in en tegen Syrië eindigde in een 0–1 nederlaag. Uiteindelijk speelde Nawaf Al-Khaldi drie interlands in het kwalificatietoernooi voor het kampioenschap in 2010; voor het eindtoernooi in 2014 kwam hij in alle kwalificatiewedstrijden in actie (achtmaal). In de derde ronde kwam Koeweit uiteindelijk twee doelpunten tekort: nederlagen tegen Libanon (11 november 2011, 0–1) en Zuid-Korea (29 februari 2012, 0–2) dwarsboomden promotie naar de vierde en laatste ronde. In 2011 nam Al-Khaldi met Koeweit deel aan het Aziatisch kampioenschap; het Koeweits elftal verloor echter achtereenvolgens van China, Oezbekistan en Qatar en trok puntloos terug naar huis.