Podczas II wojny w Zatoce Perskiej muzeum zostało splądrowane w dniach 7–12 kwietnia 2003 roku – liczba zrabowanych przedmiotów pozostaje sporna, jednak według szacunków muzeum skradziono ok. 15 tys. eksponatów, z których odzyskano ponad 3 tys. Zginęła wówczas m.in. kolekcja pieczęci cylindrycznych. Odzyskano natomiast m.in. wazę z miasta Uruk (ang. "Warka vase"), datowaną na 3200 p.n.e. i miedziany posąg z Bassetki.