A török pusztítás után Dorogot a Partiumban portyázó kurucok dúlták fel. A Thököly Imre későbbi felkelését támogató fegyelmezetlen rablóbanda 1676-ban lángba borította a várost, amely a következő évben a szomszédos Nánással és Hadházzal együtt a király segítségét kérte a kurucok megfékezésére. A sorozatos kuruc támadások miatt Dorog lakossága ismét csökkenni kezdett, sokan elköltöztek a romokban álló hajdúvárosból. 1687-ben azonban a hajdúkapitányok fölé rendelt kassai várkapitány, Csáky István elrendelte, hogy a Dorogról elköltözött hajdú nemesek visszaköltözzenek eredeti helyükre. A Thököly-féle kurucjárásból feléledő Dorog érthető okokból nem fogadta nagy lelkesedéssel a kurucok élére álló II. Rákóczi Ferenc felkérését, hogy segítse őt szabadságharcában. A hajdúk, köztük Dorog is csak Kálló várának bevételekor, 1703. július 29-én csatlakoztak Rákóczihoz.