All'età di 29 anni, Miller è stato promosso come capo allenatore al Southwest Texas State nel 1994 ed è stato il secondo più giovane allenatore della divisione I della NCAA quell'anno. Come head coach, Miller ha guidato il Southwest Texas State alla stagione regolare della Southland Conference e ai titolo della conference e un'apparizione al torneo NCAA nel 1996-97, per il quale ha vinto gli onori di Coach of the Year dal Southland. Southwest Texas State è arrivata seconda nella classifica Southland nel 1997-98 e ha vinto un altro titolo di stagione regolare nel 1998-99. Miller ha anche allenato il centravanti Jeff Foster, che sarebbe stato un primo turno di selezione del Draft NBA 1999 e avrebbe giocato la sua intera carriera di 13 stagioni con gli Indiana Pacers. In sei stagioni come capo allenatore al Southwest Texas State, Miller ha registrato un record di 87-79.