Al termine della stagione 1942-1943 sarebbe dovuta retrocedere in Prima Divisione, ma l'evolversi del conflitto portò alla nascita della Repubblica Sociale Italiana e la squadra venne iscritta alla Divisione Nazionale 1944, in cui non superò il girone eliminatorio B del Veneto. Già nel primo campionato del dopoguerra riprese parte alla Serie C e nel 1946 cambiò la propria denominazione in "Associazione Calcio Marzotto", mentre il campo da gioco venne ribattezzato "stadio dei Fiori". Nella stagione 1946-1947 la squadra ottenne il terzo posto nel girone G ed in quella successiva la seconda piazza finale che le permise, anche in seguito al Caso Napoli, di mantenere la categoria nonostante la riforma che prevedeva una radicale riduzione del numero di partecipanti. Nel 1950 assunse la presidenza Vittorio Marzottoprimo esponente della famiglia a ricoprire direttamente tale incaricoe la compagine, guidata dall'allenatore Gino Costenaro, terminò al primo posto il girone B a pari punti con il . Nello spareggio tenutosi il 17 giugno 1951 sul campo neutro dello stadio comunale di Ferrara il Marzotto si impose 3-1 ottenendo la promozione in Serie B.