Естонското въстание от 1343 довежда тези територии под господството на Тевтонския орден, който ги продава обратно на Дания през 1346 година. Титлата „херцог на Естония“ е притежание на датските крале, но излиза от употреба в ерата на Тевтонския орден и не е бил възобновена до 1456. По-късно е взета от шведската монархия след завладяването на Естония по време на Ливонската война. След победата на руския цар във Великата Северна война титлата на руските царе до Романови е била свалена през 1917 г. по време на руската революция. Херцогство се управлява от вицекрал () в качеството му на упълномощен представител на краля. Този наместник притежава административни правомощия да събира данъци и да командва васали и войски в случай на война.