1641 wurde der Rock of Cashel im Zuge der irischen Konföderationskriege wieder katholisch, aber bereits 1647 ging er nach einer Belagerung des englischen Kommandanten von Cork, Murrough O’Brien, Earl of Inchiquin, wieder an die anglikanische Kirche. Die konföderierten Truppen und der römisch-katholische Klerus, einschließlich "Theobald Stapleton", wurde hingerichtet. Die englischen Truppen plünderten oder zerstörten auch viele wichtige religiöse Kunstwerke.