L'11 ottobre 1899 ebbe inizio la Seconda guerra boera. Il 7 maggio dell'anno successivo Kruger partecipò all'ultima seduta del Volksraad; gli inglesi stavano avanzando e il 29 maggio Kruger dovette abbandonare Pretoria. Per qualche tempo rimase nella zona della Mpumalanga; a ottobre, si imbarcò sulla nave da guerra olandese "Gelderland" e fuggì dal Sudafrica. Sua moglie era troppo malata per imbarcarsi; morì il 20 luglio 1901.