29 травня 1453 Константинополь був узятий військами султана Османа Мехмеда II . Геннадій, як і багато жителів Константинополя, потрапив в рабство і був відвезений в Адріанополь . Приблизно в кінці 1453 султан наказав християнам обрати патріарха «згідно своєї віри». Ймовірно цей поворот політики султана і привів до звільнення Геннадія з рабства. На Богоявлення 1454 року він одностайно був обраний Константинопольським патріархом. За бажанням султана Геннадій склав для нього виклад головних догматів християнської віри.