Cabral syrjäytettiin pääministeri João Bernardo Vieiran johtamassa vallankaappauksessa vuonna 1980. Kolmentoista kuukauden ajan kotiarestissa pidetty entinen presidentti karkotettiin Kuubaan, josta hän siirtyi Kap Verdelle ja lopuksi Portugaliin. Guinea-Bissaun sisällissodan jälkeen vuonna 1999 Cabral kävi Ansumane Manén kutsumana Guinea-Bissaussa, mutta kieltäytyi osallistumasta politiikkaan ja palasi Portugaliin. Guinea-Bissaun hallitus tunnusti Cabralin merkityksen hänen kuolemansa jälkeen.