Мюллер начал профессиональную карьеру в амстердамском «Аяксе». В возрасте 18 лет дебютировал в основном составе «Аякса», а в скором времени стал одним из ведущих игроков клуба. Выступал за команду на протяжении тринадцати сезонов, сыграв за это время 426 матчей и забив 36 мячей. Пятикратный чемпион Нидерландов и трёхкратный победитель кубка страны, финалист Кубка европейских чемпионов 1969 года. Входит в десятку игроков по числу матчей в истории «Аякса». На клубном уровне выступал также за «» и «Блау-Вит».