С введением в 1812 году «учреждения о большой действующей армии», Ваценко был назначен правителем дел начальника Главного штаба Дунайской армии и занимал эту должность до 1824 года, находясь в период Наполеоновских войн при всех действиях русской армии как в самой России, так и в Заграничном походе. 29 января 1813 года награждён чином 7-го класса, 27 августа 1815 года произведён в военные советники и 11 ноября 1819 года пожалован чином 5-го класса.