הישגה המשמעותי הראשון של לברקוזן הגיע עם ניצחונה על קבוצת אספניול בפנדלים בגמר גביע אופ"א בשנת 1988 תחת שרביטו של אריך ריבק ובכיכובו של הקשר הדרום קוריאני צ'ה בום קון. בשנת 1993 הצליחה לזכות בגביע הגרמני לאחר ניצחון בגמר על קבוצת החובבים של הרטה ברלין. כוכבה הגדול של הקבוצה בשנות התשעים היה אולף קירסטן. בסוף שנות התשעים הצליחה הקבוצה לשהות באופן קבוע בצמרת. בעונת 1999–2000 נראה היה שהקבוצה צועדת לתואר אליפות היסטורית. הקבוצה הובילה את טבלת הבונדסליגה במשך רוב העונה כאשר מככבים בה אולף קירסטן, ינס נובוטני, מיכאל באלאק, שטפן ביינליך והברזילאי אמרסון, אך במחזור האחרון כשלה הקבוצה מול אונטרהאכינג הקטנה. אף על פי שבאייר לברקוזן נזקקה לתיקו היא הפסידה 2:0 לאחר הרחקתו של כוכבה הגדול מיכאל באלאק לאחר עונה זו עזבו ביינליך ואמרסון, וקירסטן הוותיק פרש. מאמנה המוחצן של הקבוצה כריסטוף דאום הסתבך בפרשיות שונות והקבוצה נאלצה לבנות עצמה מחדש. לאחר מינויו של המאמן קלאוס טופמולר הצליחה הקבוצה להגיע להישגה הגדול ביותר אי פעם, גמר ליגת האלופות בעונת 2001/2002. הקבוצה הצליחה לגבור על מנצ'סטר יונייטד בחצי הגמר לאחר צמד משחקים שהסתיימו בתוצאות 0:0 ו 2:2 באולד טראפורד. בגמר בגלאזגו התמודדה באייר לברקוזן מול ריאל מדריד. התוצאה הייתה 1-1 אך שער של זינאדין זידאן הביא לניצחון 2:1 של ריאל מדריד. גם בעונה זו הובילה לברקוזן במהלך מרבית העונה את טבלת הבונדסליגה אך כשלה בישורת האחרונה של העונה והפסידה את האליפות לבורוסיה דורטמונד. בעונה זו הקבוצה הגיעה לגמר הגביע הגרמני והפסידה גם שם לקבוצת שאלקה 04. שחקניה הבולטים בעונה זו היו שחקני נבחרת גרמניה מיכאל באלאק, ברנד שניידר אוליבר נויביל וכן הברזילאי זה רוברטו. בסיום אותה עונה, עזבו את הקבוצה שחקניה הבכירים מיכאל באלאק, וזה רוברטו, שניהם עברו ליריבתה הגדולה של לברקוזן, באיירן מינכן.