W reprezentacji Danii Andersen zadebiutował 30 stycznia 1993 roku w zremisowanym 2:2 towarzyskim spotkaniu ze Stanami Zjednoczonymi. W 1996 roku został powołany przez selekcjonera Richarda Møllera Nielsena do kadry na Euro 96. Tam wystąpił jedynie w wygranym 3:0 grupowym meczu z Turcją. W kadrze narodowej do 2000 roku rozegrał 12 meczów. W 1992 roku był w kadrze olimpijskiej na Igrzyska Olimpijskie w Barcelonie i rozegrał tam jeden mecz.