An der heutigen Fährverbindung zwischen Hoopte und Zollenspieker existierte seit mindestens 1260 eine Furt über die Elbe, so dass der Ort verkehrsgünstig an einer Handelsstraße lag. Die erste urkundliche Erwähnung Hooptes geht auf das Jahr 1291 zurück. In Schriftstücken aus dem 12. Jahrhundert wurde die Gegend noch als „von jeher unbewohnbar und unbebaubar“ beschrieben. Erst in der Zeit des Dreißigjährigen Krieges wurde der Hoopter Elbabschnitt komplett eingedeicht und so endgültig bewohn- und bewirtschaftbar gemacht. Im 17. Jahrhundert war der Ort zeitweise dänisch besetzt. In dieser Zeit wurde auf dem heutigen Flügeldeich zwischen Elbe und Ilmenau die Hoopter Schanze, eine militärische Wehranlage, errichtet. Teile von Napoleons Armee überquerten im Jahr 1813 auf dem Rückweg aus Russland hier die Elbe.