Историк А. Антонов-Овсеенко, работавший директором Государственного музея истории ГУЛАГа, в своей работе «Берия» привёл совсем иную, крайне противоположную биографию. Он писал, что настоящее имя Мир Джафара Багирова неизвестно, а сам он присвоил себе имя своего старшего брата. «Подлинный» Мир Джафар Багиров, как он пишет, работал сельским учителем и тесно был связан с большевиками, в то время как «младший» Багиров не разделял ленинских идей и в то время примыкал к мусаватистам. По версии А. Антонова-Овсеенко, в Баку «подлинного» Мир Джафара Багирова в лицо не знали. После победы Советской власти в Азербайджане «Багиров-младший» отправился к своему старшему брату и убил его, подстроив несчастный случай в горном ущелье. Присвоив документы убитого, «фальшивый» Мир Джафар Багиров был принят в местную ЧК сотрудником комендатуры. Антонов-Овсеенко приводит сообщение генерал-лейтенанта МВД Н. К. Богданова прокурору: "«Багиров признался в том, что ещё до 1917 года он вместе с родным братом сбежал от царских властей в иранский Азербайджан. Во время крупной ссоры Багиров убил брата и завладел его документами. После февральской революции он вернулся на родину. Большое сходство с убитым братом позволило ему длительное время скрывать обман»". Однако приведённые свидетельства не опираются на надёжные источники, а многие факты не подкреплены соответствующими источниками информации. Более того, Антонов-Овсеенко сам указывает на расхождение некоторых деталей между двумя версиями, но склонен считать, что суть одна — братоубийство.