En 1648 après la victoire de Condé à Lens, les blessés affluent à Douai et le collège est transformé en hôpital, mais reste ouvert aux étudiants. En 1651, année encore plus difficile : aux souffrances de la guerre s’ajoutent les maladies et la peste. Avec des hauts et des bas, des accalmies et des reprises d’hostilités, la guerre continue. En 1667, après avoir pris Binche, Ath, et Tournai Louis XIV assiège Douai qui capitule le juillet.