17 ноября 1976 года, в возрасте 17 лет, Шалана дебютировал в составе сборной Португалии в матче квалификации чемпионата мира 1978 против Дании, в котором его команда победила 1:0. В 1984 году Шалана в составе сборной поехал на чемпионат Европы. Там он был лидером своей команды, особенно отличившись в полуфинале в матче против будущего победителя — Франции, где Фернанду отдал две голевые передачи на Руя Жордана. Последний матч за сборную полузащитник провёл 12 ноября 1988 года со Швецией, который завершился вничью 0:0.