Itsenäisen Viron tasavallan kohtaloksi oli joutua Saksan ja Neuvostoliiton solmiman Molotov–Ribbentrop-sopimuksen ja sen salaisen lisäpöytäkirjan kohteeksi. Osapuolet jakoivat keskenään koko itäisen Euroopan. Viron hallitus oli pakotettu hyväksymään maaperällään neuvostoliittolaisten sotilastukikohdat ja niiden mukana 25 000 sotilasta. Neuvostoliiton Itämeren laivasto saartoi Viron 12. kesäkuuta 1940. Verenvuodatusta välttääkseen Viron hallitus päätti 17. kesäkuuta ettei se ryhdy vastarintaan. Viron täydellinen miehitys saatettiin loppuun 21. kesäkuuta mennessä. Viron puolustusvoimat riisuttiin aseista heinäkuun aikana. Ainoastaan yksi pataljoona Tallinnassa jatkoi vastarintaa.