Kurz vor seinem Tod verbreitete Cooper auf seiner Website Verschwörungstheorien zum 11. September 2001. Da von den Anschlägen auf das World Trade Center und das Pentagon nicht die arabische Welt profitiere, sondern seiner Spekulation nach die Bush-Familie, die Ölindustrie, der militärisch-industrielle Komplex, die Vereinten Nationen und Israel, sei es wahrscheinlich, dass die auch dahinter stecken würden: Ihr Ziel sei es, den nationalen Notstand zu instrumentalisieren, um eine „Tyrannei im Namen der Sicherheit“ zu errichten.