En läroinrättning anlades i staden 1603. Ekenäs kyrka byggdes på 1600-talet. Under åren 1709–10 dukade hälften av stadens befolkning under i pest. Rysk ockupation 1713 resulterade i att all kyrklig och civil förvaltning upphörde. Staden var troligen utrymd under flera perioder. Vid freden 1721 återvände flyktingarna från bland annat nuvarande Sverige. Staden återfick sina stadsprivilegier 1723 och beviljades skattebefrielse till 1731. Handeln med Reval (Tallinn) låg nere. Missväxt och nöd rådde under flera år.