עם פרוץ המלחמה היה מיינדל מפקד רגימנט הארטילריה ההררית ה-112, ולחם עמו במהלך המערכה בפולין כחלק מהדיוויזיה ההררית ה-3 במסגרת הקורפוס ה-18, ולאחר מכן לחם עמו במהלך המערכה בנורווגיה כחלק מהדיוויזיה ההררית ה-3. ב-1 בספטמבר 1940 מונה מיינדל למפקד רגימנט הסער של הלופטוואפה ה-1, וב-1 בינואר 1941 הועלה לדרגת גנרל מיור. במאי 1941 פיקד מיינדל על הרגימנט שבינתיים הפך לרגימנט הצנחנים ה-1 במהלך הקרב על כרתים, וב-12 במאי נפצע קשה במהלך הלחימה. ב-14 ביוני 1941 קיבל מיינדל על פעולותיו בכרתים את עיטור צלב האבירים של צלב הברזל, ובחורף 1941 מונה למפקד קבוצת הקרב מיינדל, שהפכה ב-26 בפברואר 1942 לדיוויזיית השדה של הלופטוואפה מיינדל, ולחמה כחלק מהארמייה ה-16. ב-27 ביולי 1942 קיבל מיינדל את עיטור הצלב הגרמני בזהב, וב-26 בספטמבר 1942 מונה למפקד הקורפוס האווירי ה-13. ב-1 בפברואר 1943 הועלה מיינדל לדרגת גנרל לוטננט, באמצע יולי 1943 מונה מיינדל למקד יחידות הקרקע של הלופטוואפה, וב-5 בנובמבר 1943 מונה למפקד קורפוס הצנחנים ה-2. ב-1 באפריל 1944 הועלה מיינדל לדרגת גנרל חיל הצנחנים, ובמאי הועבר תחת פיקוד הארמייה השביעית עימה לחם במערכה בנורמנדי. ב-31 באוגוסט 1944 קיבל מיינדל על פעולותיו בקרב פאלז תוספת עלי אלון לעיטור צלב האבירים של צלב הברזל, ובספטמבר לחם בהולנד כחלק מארמיית הצנחנים הראשונה לבלימת מבצע מרקט גארדן. מיינדל לחם עם הקורפוס שבפיקודו, כחלק מארמיית הצנחנים הראשונה בקרבות בהולנד ובצפון גרמניה. ב-8 במאי 1945 קיבל מיינדל תוספת חרבות לעיטור צלב האבירים של צלב הברזל, ולאחר מכן נכנע בראש כוחותיו לכוחות בעלות הברית.