La prospettiva della città venne comunque gravemente danneggiata dalla guerra dei trent'anni (1618-1648) e dalla Seconda guerra del nord (1655-1660). Essa inoltre fu colpita da un'epidemia di peste bubbonica nel 1709. Danzica era la città più grande della Polonia fino all'inizio del XVIII secolo, prima della rapida crescita di Varsavia, la capitale della Polonia.