Em 1935, Chaves participou do Levante Comunista contra o governo de Getúlio Vargas, também conhecido como Revolta Vermelha de 35. Após a derrota do grupo, no mesmo ano, Francisco foi torturado sob o comando de Lúcio Meira e depois foi preso no presídio da Ilha Grande, em Angras dos Reis, Rio de Janeiro, até o início da década de 40, quando foi libertado.