Дэвис был близок к потере профессионального статуса в конце 1990-х годов, но в начале 2000-х вернулся в топ-48. Основным источником очков для этого стало достижение четвертьфинала шотландского турнира 2001 года. Это был его второй четвертьфинал в карьере. Успехом было и попадание на чемпионат мира 2008 после двух плохих сезонов, после которых Марк занимал 58 место в рейтинге. Он сильно начал сезон 2008/2009, квалифицировавшись на турнире в Северной Ирландии и победив местного фаворита Джо Свэйла со счётом 5:4 в первом раунде и Дина Цзюньхуэя 5:4 во втором. Это была одна из лучших побед в его карьере. В следующем раунде он был побеждён Али Картером 5:2. Он продолжил подъём, пройдя на чемпионаты Бахрейна и Великобритании, однако был вынужден уйти в начале своего матча против Джо Перри на втором по важности рейтинговом поединке из-за расстройства желудка. Он превысил свой общий рейтинг сезона 2007/2008 после только пяти из восьми турниров сезона 2008/2009.