Auf der Reise nach Regensburg, wo er am 20. Mai 1801 seine vormaligen Tätigkeiten einschließlich der Spionage wieder aufnahm, ließ der kurmainzische Minister Franz Joseph von Albini in Aschaffenburg Bacher als Vertreter Napoleons einen Empfang mit militärischen Ehren bereiten. Die herausgehobene Stellung, die Bacher fortan als französischer Geschäftsträger beim Reichstag einnahm, unterstreicht insbesondere das heutige Präsidialpalais, das ihm als repräsentativer Wohnsitz in Regensburg zugewiesen wurde. Bei den am Reichstag anlaufenden Verhandlungen engagierte sich Bacher besonders für die Entschädigung der im Zuge des Friedens von Lunéville depossedierten Reichsfürsten, die vertragsgemäß innerhalb des Reichs zu erfolgen hatte. Diese Verhandlungen mündeten bald in Pläne zur Säkularisation der geistlichen Reichsstände. Mit ihrer Inkraftsetzung durch den Reichsdeputationshauptschluss veränderten diese Pläne die Landkarte und das Machtgefüge des Reiches einschneidend. 1804 erhielt Bacher von Talleyrand das Kreuz der Ehrenlegion zugesandt. Während des Dritten Koalitionskriegs hielt sich Bacher vom 16. Dezember 1805 bis zum 8. Januar 1806 in Wien auf. Seine dortige Mission ist nicht bekannt, eine Teilnahme an einer internen französischen Abstimmung über die Folgen des Vertrags von Schönbrunn und des Friedens von Pressburg liegt jedoch nahe. Anschließend kehrte er nach Regensburg zurück. Am 1. August 1806 überreichte Bacher beim Reichstag jene berühmte französische Note, worin Kaiser Napoleon als Protektor des im Juli gegründeten Rheinbundes verkündete, die Verfassung des Heiligen Römischen Reichs nicht mehr anzuerkennen. Am 11. August ließ der österreichische Außenminister Johann Philipp von Stadion Bacher und den Mitgliedern des Reichstags durch eine Note, die der dortige Gesandte Egid Joseph Karl von Fahnenberg übermittelte, mitteilen, dass Franz II. am 6. August 1806 die Reichskrone niedergelegt habe.