I juni 1805 annekterades området av det Första franska kejsardömet som departementen Apennins, Gênes och Montenotte. Efter Napoleons nederlag 1814 återställdes republiken kort mellan den 28 april och den 28 juli. Efter Wienkongressen tilldelades republiken till Kungariket Sardinien som annekterade området den 3 januari 1815. Liguriska republiken använde den traditionella genuesiska flaggan med ett rött kors mot en vit bakgrund.