Приведя легионеров к порядку, Цезарь отправился из Лилибея в Африку в декабре, вновь пренебрегая неблагоприятными условиями для судоходства и отплыв лишь с одним легионом опытных войск. После переправки всех войск и организации снабжения Цезарь выманил Метелла Сципиона и нумидийского царя Юбу (последнего Гай однажды публично унизил, потянув его за бороду во время суда; см. раздел «Выборы великого понтифика») на сражение в окрестностях Тапса. 6 апреля 46 года до н. э. при Тапсе произошла решающая битва. Хотя в «Записках об Африканской войне» развитие битвы характеризуется как стремительное, а характер победы — как безоговорочный, Аппиан описывает сражение как крайне тяжёлое. Кроме того, Плутарх приводит версию, будто Цезарь не участвовал в битве из-за эпилептического припадка. Многие командиры армии Сципиона бежали с поля боя, но вопреки объявленной политике милосердия, их нагнали и казнили по указанию Цезаря. Марк Петрей и Юба покончили жизнь самоубийством, но Тит Лабиен, Гней и Секст Помпей бежали в Испанию, где вскоре организовали новый очаг сопротивления Цезарю. После победы при Тапсе Цезарь двинулся на север, в хорошо укреплённую Утику. Комендант города Катон был полон решимости удерживать город, однако жители Утики склонялись к сдаче Цезарю, и Катон распустил войска и помогал всем желающим покинуть город. Когда Гай подошёл к стенам Утики, Марк покончил с собой. После возвращения в столицу Цезарь провёл четыре триумфальных шествия подряд — за победы над галлами, египтянами, Фарнаком и Юбой. Впрочем, римляне понимали, что отчасти Цезарь празднует победы над своими соотечественниками.