ישראל ופנמה חתמו על הסכם שיתוף פעולה בתרבות ובתיירות ב-1963. עד 1974 היו יחסי שתי המדינות טובים. אולם, על רקע המחלוקת בין ארצות הברית ובין פנמה על רקע שאלת תעלת פנמה, ביקשה פנמה לגייס את תמיכת העולם השלישי והחלה לתמוך בהחלטות אנטי-ישראליות, אם כי התנגדה להחלטת האו"ם בדבר הגדרת הציונות כגזענות. שינוי זה לא הפריע לאנשי עסקים ישראלים רבים להגיע לפנמה ולעסוק שם בעסקים שונים, כולל בחקלאות ובייעוץ ביטחוני. במיוחד בלט בשטח זה מייק הררי שקשר, מהגיעו לפנמה ב-1968 ועד פלישת ארצות הברית לפנמה בסוף 1989, קשרים הדוקים עם שליטי פנמה: עומר טוריחוס ומנואל נורייגה. באותן שנים הפכה פנמה למוקד השפעה ישראלית חשוב והמדינות שיתפו פעולה בנושאים ביטחוניים באופן חשאי, והיחסים עם פנמה הוגדרו בזמן ראש הממשלה מנחם בגין כנכס אסטרטגי למדינת ישראל ובעלי חשיבות דרמטית לביטחון ישראל.