В 1994 году принимал участие в первой чеченской кампании, где получил тяжёлое ранение. В течение восьми месяцев находился в госпиталях, после врачебно-лётной комиссии капитан Хабибуллин вернулся в строй. Выполнял боевые задачи на территории Чеченской Республики до конца 1996 года, затем принимал участие в поддержании мира в зоне грузино-абхазского конфликта.