Фукидид, как это доказывает его труд, получил прекрасное образование. Достигнув зрелого возраста, он принял участие в государственных и военных делах. Первые годы Пелопоннесской войны историк провёл в Афинах; во время эпидемии чумы, разразившейся на второй год войны, он сам заболел этой страшной болезнью, которую потом описал. Когда спартанский полководец Брасид перенёс военные действия во Фракию (424 г.), Фукидид командовал эскадрой у острова Фасоса; он не успел предотвратить переход Амфиполя на сторону Брасида (приняв лишь меры к защите Эйона). Принуждённый, вследствие этого, отправиться в изгнание, он поселился в своём фракийском поместье, где на досуге мог составлять и обрабатывать свой труд, спокойно, в качестве зрителя, наблюдать за обеими воюющими сторонами и, в особенности, ближе стать к пелопоннесцам. Он посетил, по-видимому, многие места, бывшие театром войны, двор македонского царя Архелая, Сицилию и в частности Сиракузы, как это можно заключить по живому и точному описанию их окрестностей и осады. 20 лет провёл Фукидид в изгнании. По окончании Пелопоннесской войны (404 г.), вследствие амнистии (общей или, по некоторым известиям, особой, по предложению Энобия) он мог вернуться на родину, но вскоре умер (ок. 399—396; во всяком случае не позже 396 года, ибо он не знает восстановления Длинных стен Кононом и извержения Этны 396 г.), по мнению одних — в Афинах, по мнению других — на чужбине, во Фракии, или по дороге на родину. Есть известие, что умер он насильственной смертью.