1695 warfen Truppen von Wilhelm III. von Oranien Maximilian II. Emanuel aus der Zitadelle von Namur. Im Feldlager vor dem Schloss dekretierte er am 30. August 1695, 4000 Gulden Spesenrahmen zur regelmäßigen Bestallung von 6000 Gulden jährlich für Franz Hannibal von Mörmann. Der Tod von Karl II. von Spanien löste den Spanischen Erbfolgekrieg aus. Maximilian II. ließ am 8. September 1702 seine Truppen Ulm überrumpeln und am 30. September 1702 auch Memmingen besetzen, womit er sich auf die Seite von Ludwig XIV. schlug und von Leopold I. geächtet wurde. Mörmann wurde im November 1702 aufgefordert, Wien zu verlassen. In München erhielt in der Folge ein Wartegeld von 2000 Gulden jährlich und wurde gelegentlich mit diplomatischen Missionen betraut. Nach der Schlacht von Blenheim verhandelte er mit Johann Sebald Neusönner im Auftrag von Therese Kunigunde von Polen mit der Armee des nachmaligen Kaisers Joseph I. den Vertrag von Ilbesheim vom 7. November 1704. Seine Spesenrechnungen belegen in der Folge eine diplomatische Reise nach London. Ab dem 8. September 1714 und dem Friede von Baden war er wieder Resident in Wien. Sein dortiges Gehalt wurde ab 1. Januar 1715 wieder angewiesen. Noch in dieser Position wurde er zum geheimen Rat und Gesandten befördert. Am 23. April 1719 wurde er von Ernst von Essich als Resident in Wien abgelöst.