Rodríguez ha format part de tots els nivells de la selecció nacional suïssa, guanyant la Copa del Món de futbol sub-17 de la FIFA el 2009. Ja com a internacional per Suïssa des del 2011, Rodríguez ha disputat més de 40 partits pel país. Va ser part de la selecció suïssa als Jocs Olímpics de 2012, la Copa del Món de Futbol de 2014 i la Campionat d'Europa de futbol de 2016. El 2014 va ser elegit futbolista suís de l'any.