Karkarachvili commanda les forces géorgiennes durant le reste de la guerre en Abkhazie. Il connut sa première défaite dans la bataille de Gagra en , quand les troupes abkhazes et leurs alliés de la Confédération des Peuples des Montagnes du Nord-Caucase de Chamil Bassaïev prirent la ville après une attaque surprise. Malgré une forte réponse de la part des Géorgiens (le frère de Guia, Gotcha, mourut durant la bataille), Karkarachvili dut se rabattre pour défendre Sokhoumi, où il resta jusqu'à la chute de la ville en septembre 1993. Il participa par la suite au retrait des troupes géorgiennes d'Abkhazie.