Германия нахлува в Унгария на 19 март 1944 г. Айхман пристига на същия ден и скоро към него се присъединяват високопоставени членове от екипа му и 500 – 600 членове на СД, СС и "Зихерхайтсполицай". Назначаването от Хитлер на про-нацистко правителство означава, че унгарските евреи, които към този момент са незасегнати, ще бъдат депортирани към Аушвиц, за да работят или да бъдат убити. Айхман обикаля из североизточната част на Унгария през последната седмица на април и посещава Аушвиц през май, за да оцени подготовката. По време на Нюрнбергските процеси Рудолф Хьос, ръководител на Аушвиц, дава показания, че Химлер му е казал да получава всички оперативни инструкции за изпълнението на Окончателното решение от Айхман. Събирането на евреите започва от 16 април, а от 14 май четири влака с 3000 евреи на ден напускат Унгария и пътуват до Аушвиц, пристигайки по новопостроена линия, която свършва на няколкостотин метра от газовите камери. Между 10 и 25 процента от хората във всеки влак са избрани да работят, а останалите се избиват часове след пристигането им. Под международен натиск, унгарското правителство спира операциите на 6 юли 1944 г., като до това време над 437 000 от общо 725 000 евреи в Унгария са избити. Въпреки нареждането да спре, Айхман лични урежда допълнителни влакове да бъдат изпратени в Аушвиц на 17 и 19 юли.