Letztlich versuchte Bigod, sich selbst Scarborough und Pickering Castle anzueignen, wobei er sich auch noch auf die Provisions of Oxford berief. Er verlangte sogar eine ausdrückliche Mehrheitsentscheidung des königlichen Rats für die Rückgabe der Burgen, doch schließlich musste er im Mai 1261 die Burgen wieder dem König übergeben. Bis Oktober 1261 wechselte er jedoch auf die Seite des Königs, dem er während des weiteren Konflikts mit der Adelsopposition, der schließlich 1264 zum offenen Krieg der Barone führte, loyal diente. Auf der Seite des Königs kämpfte er 1264 in der Schlacht von Lewes. Nach der Niederlage des Königs flüchtete er zusammen mit seinem Halbbruder John de Warenne, 6. Earl of Surrey, über Pevensey nach Frankreich. Erst nach dem Sieg der königlichen Partei in der Schlacht von Evesham im August 1265 kehrte er nach England zurück und blieb danach bis zu seinem Tod ein enger Ratgeber des Königs.