1790 bekam Bertie während einer Mobilisierung der Royal Navy wegen eines Konfliktes mit Spanien die "HMS Latona", 1792 wurde er auf "HMS Edgar", 1793 auf "HMS Thunderer" versetzt. Mit "HMS Thunderer" nahm Bertie an der Seeschlacht am Glorious First of June teil. Die folgenden zehn Jahre verblieb Bertie bei der Kanalflotte und kommandierte nacheinander die Linienschiffe "HMS Thunderer", "HMS Renown", "HMS Windsor" and "HMS Malta". 1804 wurde er zum Konteradmiral ernannt, 1807 wurde er Oberbefehlshaber am Kap der Guten Hoffnung. In dieser Eigenschaft war er auch für den Mauritusfeldzug verantwortlich. Obwohl erst seit September 1810 im Kampfgebiet erntete Bertie später die meisten Lorbeeren und wurde am 9. Dezember 1812 zum erblichen Baronet, of the Navy, erhoben, obwohl ein anderer Admiral – Admiral William O'Bryen Drury – dagegen protestierte, da er mehr Anspruch darauf vermeldete. Die Entscheidung ging aber zu Gunsten von Bertie aus.