פוטין פעל בנחישות נגד ה"אוליגרכים", אנשי העסקים מעידן ילצין, שצברו כוח כלכלי ועוצמה פוליטית. בין אישים אלו היה בוריס ברזובסקי שסייע לעלייתו לשלטון, והעניק לו מימון ותמיכה ציבורית. היחסים עם ברזובסקי הגיעו למשבר בסוף שנת 2000, כאשר רשת הטלוויזיה ORT שבבעלות ברזובסקי שידרה כתבות שמתחו ביקורת על תפקודו של פוטין בפרשת טביעת הצוללת הרוסית קורסק. בתוך מספר שבועות אולץ ברזובסקי לצאת לגלות ללונדון. גורל דומה פקד גם את ולדימיר גוסינסקי שתחנת הטלוויזיה הפרטית שלו, NTV הולאמה, והוא נאלץ לצאת לגלות. צעדים אלו זכו לפופולריות בקרב ההמון הרוסי. את האוליגרכים של עידן ילצין החליפה קבוצה חדשה של אנשי עסקים המקורבים לפוטין - גנאדי טימצ'נקו, ולדימיר יאקונין, יורי קובלצ'וק וסרגיי צ'מזוב. יש הטוענים כי בתהליך זה הייתה מעורבת שחיתות רבה, במהלכה צבר פוטין הון אישי עצום במניות של חברות גז ונפט.