עם פרוץ המאורעות בשנת 1936 השתתף כהן בהגנת שכונת ברנר בתל אביב. בקיץ 1936 עבר קורס מפקדי קבוצות בקריית אריה, ואחריו עסק בהדרכה בכרם התימנים. עם הפילוג הראשון באצ"ל, ב-1937, חזרו להגנה כמחצית מאנשיו, ועימם כהן.