Η κοιλάδα των Σκοπίων βρίσκεται κοντά σε ένα σεισμικό ρήγμα μεταξύ των Αφρικανικής και Ευρασιατικής τεκτονικών πλακών και γνωρίζει συνεχώς σεισμική δραστηριότητα. Αυτή η δραστηριότητα επαυξάνεται από την πορώδη δομή του υπεδάφους. Μεγάλοι σεισμοί σημειώθηκαν στα Σκόπια το 518, το 1505 και το 1963.