De la producció religiosa d'aquest sacerdot en resta solament una missa i un motet. Pel contrari, ens han arribat, al voltant de tres-centes cançons polifòniques, la més famosa de les quals és l'anomenada "Batalla de Marignano": gran descripció vocal que evoca de forma impressionant els mils rumors de la comtessa, els crits dels soldats, les ordres dels oficials, els tocs de corneta i el fragor de les armes. Amb ella, l'autor adquirí un sobtat renom arreu de tota l'Europa musical; el gran Andrea Gabrieli feu una transcripció orquestral de la mateixa i Francesco da Milano l'adaptà per a llaüt. Encara que la "Batalla" aparegué durant el , període d"'ars nova", no s'havia escoltat mai res semblant en música. pel demés, la majoria de les seves cançons tracten temes molt diferents. A Janequin li agradava posar música a desimboltes poesies galants, sempre a costa de la dona (per això fou considerat un anti-feminista en la famosa "querelle des femmes"). Però també sabia donar veu a temes sentimentals, malgrat que un xic maliciosos, o a texts elegíacs o, cosa nova per a l'època a arguments baquis.