В 2003 году после вторжения США и их союзников вернулся в Ирак и стал выполнять функции советника по безопасности премьер-министра Ибрахима аль-Джафари. В 2005 году был избран в совет представителей Ирака представителем партии Дава от мухафазы Бабиль. В 2006 году официальные лица США обратились к премьер-министру Ирака Нури аль-Малики с просьбой выдать им организатора терактов в Кувейте в 1983 году. Абу Махди аль-Мухандису пришлось бежать в Иран.