Başkan olarak Rhee, 1950'de patlak veren Kore Savaşı'ndan önce diktatör bir tutum sergiledi. İç güvenlik birimlerinin (sağ kolu olan Kim Chang-ryon'un başkanlığında) Komünistlerin zanlı olarak tutulmasına ve Kuzey Koreli ajanların işkence edilmesine izin verdi. Hükûmeti aynı zamanda birkaç katliamı yöneterek, Jeju Adası'ndaki solcu grupların baş kaldırılarına karşılık vermiş oldu. Başkan Rhee döneminde, Güney Kore Barış ve Uzlaşma Komisyonu komiseri Kim Dang-Çun'a göre en az 100.000 kişinin idam edildiği, bazı kaynaklara göre ise yaklaşık 200.000 komünistin katledildiğini belirtmektedir.