Les États-Unis connurent une série de troubles intérieurs — les — sous la présidence de Johnson. La première émeute de ce genre éclata à Harlem en 1964, suivie par une autre émeute dans le quartier de Watts à Los Angeles, ces deux événements faisant l'objet d'accusation de brutalité de la police à l'encontre des minorités raciales. En 1966, une émeute se produisit à Hough, une communauté de Cleveland à prédominance afro-américaine. L'année suivante, 159 émeutes furent recensés à travers le pays dans ce qui fut baptisé le « long et chaud été 1967 ». À Newark, dans le New Jersey, les violences durèrent six jours et se soldèrent par 26 morts, blessés et le centre-ville réduit en cendres. À Détroit, le gouverneur George W. Romney déploya soldats de la garde nationale pour mettre fin aux incendies criminels, aux pillages et aux attaques contre des entreprises ou contre les forces de police. Devant la gravité de la situation, Johnson fut contraint d'envoyer des unités de l'armée fédérale équipées de tanks et de mitrailleuses. Lorsque les troubles cessèrent trois jours plus tard, le bilan était extrêmement sévère : 43 morts, blessés, arrestations et des dégâts matériels évalués à plusieurs centaines de millions de dollars. Même si des Blancs avaient pris part aux émeutes, ces dernières furent essentiellement le fait des Afro-Américains qui dénonçaient la discrimination en matière de logement, d'emploi et d'éducation.