В Лиге чемпионов мюнхенцы заняли первое место в группе F, набрав 13 очков: одержали 4 победы, 1 матч сыграли вничью и потерпели 1 поражение — от белорусского БАТЭ, который в ответном матче проиграл 4:1. В 1/8 финала соперником «Баварии» стал лондонский «Арсенал». Выиграв выездной матч со счётом 3:1, подопечные Юппа Хайнкеса дома проиграли 0:2, но вышли в четвертьфинал, где жребий свёл его с лидером чемпионата Италии — «Ювентусом». Оба четвертьфинальных матча «Бавария» выиграла с одинаковым счётом — 2:0; после ответной встречи в Турине капитан «Ювентуса», Джанлуиджи Буффон, сказал: «…Мы встречались с командой, которая со всех точек зрения лучше нас. Знал, что соперник силён, но, если быть честным, не предполагал, что он настолько силён. И сегодня был впечатлён даже больше, чем в Мюнхене».