Dopo la Guerra di Indipendenza la forte posizione dell'esercito e la mancanza di istituzioni politiche solide significarono che ogni presidente peruviano fino al 1872 tenne qualche grado militare. L'" Ejército del Perú " ebbe anche un ruolo importante nella definizione dei confini nazionali, partecipando a numerose guerre contro i paesi vicini. Ciò incluse un conflitto indeciso contro la Gran Colombia (1828-1829), le guerre della Confederazione Perù-Bolivia (1836-1839), due invasioni della Bolivia (1827-1828 e 1841) e una breve occupazione dell'Ecuador (1859-1860). A partire dal 1842, l'aumento delle entrate statali dalle esportazioni di guano permise l'espansione e la modernizzazione dell'esercito, così come il consolidamento del suo potere politico. Questi miglioramenti furono un fattore importante nella sconfitta di una spedizione navale spagnola nella Battaglia di Callao (1866). Tuttavia, gli eccessi di spesa continui e un debito pubblico in crescita portarono ad una crisi fiscale cronica nel 1870, che colpì gravemente i bilanci della difesa. La conseguente mancanza di preparazione militare in combinazione con la direzione difettosa furono le principali cause della sconfitta del Perù contro il Cile nella guerra del Pacifico (1879-1883). La ricostruzione dell'esercito iniziò lentamente dopo la guerra a causa di una generale mancanza di fondi. Una svolta importante in questo processo fu l'arrivo nel 1896 di una missione militare francese contratta dal presidente Nicolás de Piérola. Nel 1900 la forza di pace dell'esercito venne valutata in sei battaglioni di fanteria (circa 2.000 soldati), due reggimenti e quattro squadroni di cavalleria (tra sei e settecento soldati), e un reggimento di artiglieria (poco più di 500 soldati) per un totale di 3.075 soldati. Venne riferita una scuola militare, operante nel Distretto di Chorrillos di Lima e ufficiali francesi continuavano a facilitare la riorganizzazione dell'esercito.