内战结束后，汉考克获派监督林肯遇刺案几位同谋者的死刑执行。林肯总统于1865年4月14日遇刺，同年5月9日，政府组建军事委员会审理几名被告的案件。行凶的刺客约翰·威尔克斯·布斯已于案发当晚被击毙，几位同谋的案件审理很快就以定罪告终，总统安德鲁·约翰逊下令死刑于7月7日执行。汉考克不是很愿意处决以玛丽·苏勒（）为代表的几名罪行不是很严重的同谋人士，但他还是执行了命令，之后他这样写道：“每一位军人在类似情况下都势必会像我一样执行命令”。