Slaven Bilić est sélectionné pour la première fois dans l'équipe de Croatie en , lors d'un match amical. Il participe à la phase de qualification pour le championnat d'Europe 1996. Les Croates se qualifient en terminant en tête de leur groupe devant l'Italie. Bilić est retenu pour l'Euro, la première compétition internationale à laquelle prend part la sélection du nouvel état Croate. L'équipe est défaite en quarts de finale par l'Allemagne, futur vainqueur de l'épreuve. Bilić est de nouveau appelé en sélection par Miroslav Blažević à l'occasion de la Coupe du monde 1998. Il tient sa place malgré une blessure à la hanche, contractée en club, un geste apprécié par les supporters croates. Après avoir battu l'Allemagne sur le score de 3-0 lors des quarts de finale, la Croatie s'incline 2-1 en demi-finale face à la France. Un accrochage entre Slaven Bilić et le défenseur français Laurent Blanc provoque l'expulsion de ce dernier et une polémique dans la presse. Les Croates terminent le tournoi en battant les Pays-Bas lors du match pour la troisième place. En 1999, Bilić joue son dernier match en équipe nationale.