La stagione 2001-2002 incominciò con il clamoroso ingaggio di Josep Guardiola e con lo strepitoso inizio di Baggio, capocannoniere con otto reti dopo nove giornate. Tuttavia, nella partita con il , Baggio ebbe un primo infortunio al ginocchio sinistro. Come se non bastasse, il 23 gennaio, mentre la squadra si trovava a Parma per una partita di Coppa Italia, il difensore Vittorio Mero (che non prendeva parte alla trasferta in quanto squalificato) morì, vittima di un incidente stradale. La partita non venne disputata e, nel recupero della stessa, Baggio fu vittima della rottura del legamento crociato anteriore con lesione del menisco interno del ginocchio sinistro. Il giocatore venne operato in Francia e, con grande determinazione, riuscì a rientrare in campo a soli 77 giorni dall'infortunio, quando mancavano tre giornate alla fine del campionato. Anche stavolta, il rientro avvenne contro la , e ancora una volta Baggio realizzò una doppietta: segnò un gol dopo appena due minuti dal suo ingresso in campo e raddoppiò poco dopo, tra gli applausi anche dei tifosi viola. La carica di Baggio consentì al Brescia di raggiungere la salvezza, grazie alla vittoria per 3-0 contro il nell'ultima giornata. Il prodigioso recupero non convinse tuttavia il commissario tecnico della Nazionale, Giovanni Trapattoni, a portare Roberto Baggio ai mondiali del 2002, nonostante i tifosi di tutta Italia chiedessero a gran voce la sua convocazione.