Den lutherske kirken var mer negativ til regimet og uttrykte i større grad enn den katolske sympati for jødenes situasjon. De lutherske biskopene fordømte 20. mai 1942 overgrepene i forbindelse med deportasjonene og krevde respekt for familieliv og menneskelig verdighet også for jødene. Ifølge den amerikanske historikeren  Walter Laqueur var Vatikanets innblanding mislykket. Pavens utsending til Slovakia, nuntius Giuseppe Burzio, telegraferte 9. mars 1942 (før deportasjonene) til Vatikanet: «Deportasjon av personer til Polen på tyskernes nåde betyr å dømme en stor del til sikker død.» Det tyske nederlaget ved Stalingrad og de sovjetiske styrkenes fremrykking vestover medvirket trolig også til motstanden mot deportasjonene.