31 березня 1993-го року Рада Безпеки ООН у відповідь на погіршення ситуації в Боснії та Герцеговині санкціювала створення безпольотної зони над нею. З метою забезпечити її непорушність 12 квітня НАТО розпочало операцію «Заборона на польоти». В серпні 1993-го до операції були залучені F-15E зі складу 492-ї та 494-ї винищувальних ескадрилей, вони діяли з авіабази Авіано в Італії. Наприкінці 1993-го НАТО вирішило завдати бомбового удару по аеродрому в Удбина (Хорватія), який контролювався сербами. В завданні брали участь 30 літаків, в тому числі і 8 F-15E, завданням останніх було бомбардування сербських ЗРК «Куб». Але бомбардування було скасоване, коли літаки вже знаходились у повітрі. Причиною скасування стали строгі правила ведення бойових дій, які виключали застосування зброї, якщо є висока вірогідність жертв серед мирного населення. В грудні 1993-го F-15E завдали удару по ЗРК С-75 боснійських сербів, які обстріляли два британських літаки . 21 листопада 1994 року авіація НАТО знову бомбардувала аеродром в Удбині, в атаці брали участь 39 літаків, у тому числі F-15E, але повністю вивести з ладу авіабазу не вдалося. Через три дні 20 натівських літаків атакували ППО боснійських сербів біля м. Отока, під час атаки F-15E застосували протирадіолокаційні ракети AGM-88 HARM. 30 серпня 1995 року НАТО розпочало операцію «Обдумана сила», приводом до якої послужив мінометний обстріл ринку в Сараєво, вину за який було покладено на боснійських сербів. Напередодні операції на Балкани було перекинуто ще одну ескадрилью F-15E — . Під час операції F-15E завдавали багатократних авіаударів по сербській бронетехніці та засобах матеріально-технічного забезпечення в районі Сараєво. 9-го вересня «ударні орли» вперше застосували GBU-15 в умовах бойових дій, під час бомбардування сербських наземних сил та засобів ППО біля м. Баня-Лука. Всього під час кампанії на Балканах 492-га та 494-та ескадрильї здійснили 2500 вильотів, із них 2000 на рахунку на 492-ї.