El papa Francisco lo nombró miembro del Pontificio Consejo para la Cultura el 29 de marzo de 2014, y lo convocó para participar en calidad de vicepresidente de la comisión para el mensaje del Sínodo extraordinario de obispos sobre la familia (2014). Hombre de confianza del pontífice, se le atribuyeron aportes al papa Francisco para la exhortación "Evangelii gaudium". El papa citó como referencia 207 de ese documento pontificio un trabajo de Fernández. También se le atribuyó una colaboración en la redacción de la encíclica "Laudato si'" sobre el cuidado del ambiente.