На 25 ноември 1921 г. е избран за Константинополския патриарх, който пост от 1918 г е овакантен без никой да заема тази длъжност. По това време Истанбул е окупиран от сили на Антантата. Макар първоначално мнозинството членове на Синода да предпочитат за този пост митрополит Герман (Каравангелис), за избирането на Мелетий натежава дарение от 100 000 долара, което той прави за нуждите на патриархата, както и явната политическа подкрепа, която има той от страна на гръцкия премиер Елефтериос Венизелос и гръцкото правителство. Митрополит Герман сам оттегля кандидатурата си, за да не навреди на „гръцките национални интереси“. През този период гръцките войски са във възход, окупирали фактически цяла Източна Тракия, почти цялото западно крайбрежие на Мала Азия и навлизащи дори дълбоко в турска територия в посока Анкара.