El Salvador is vir eeue deur Meso-Amerikaanse beskawings soos Pipil, Lenca en Maja bevolk. Van die vernaamste argeologiese vondsplekke is Joya de Cerén, ook "Pompeii van die Amerikas" genoem. Ná die Spaanse verowering van die Asteekse Ryk onder Hernán Cortés in 1521–1523 is die hele Sentraal-Amerika by die Spaanse Ryk ingelyf en het onder die gesag van Nieu-Spanje gekom. Met die Meksikaanse Onafhanklikheidsoorlog van 1810–1821 het dit deel geword van die kortstondige Eerste Meksikaanse Keiserryk. Die vyf Sentraal-Amerikaanse republieke het in 1823 van Meksiko afgeskei en vervolgens die Federale Republiek van Sentraal-Amerika gestig. In 1838 het dit egter verbrokkel en van die vyf republieke het hul onafhanklikheid verklaar.