Ab 1. Oktober 1902 leitete Hipper als Kommandeur die II. Torpedo-Abteilung und war vom 20. April bis 22. August 1906 Kommandeur des Kleinen Kreuzers "Leipzig". Anschließend kurzzeitig zur Verfügung des Chefs der Marinestation der Nordsee gestellt, erhielt Hipper am 30. September 1906 das Kommando über den Großen Kreuzer "Friedrich Carl". Vom 6. März bis 30. September 1908 war er Kommandant des Großen Kreuzers "Gneisenau". 1912 zum Konteradmiral befördert, leitete er ab Oktober 1913 als Befehlshaber die Aufklärungsstreitkräfte der Hochseeflotte. Mit Ausbruch des Ersten Weltkriegs führte er die Schlachtkreuzer erfolgreich in Gefechte gegen die Royal Navy. Dabei wurden im Dezember 1914 die englischen Küstenstädte Scarborough, Whitby und Hartlepool beschossen, was Opfer unter der Zivilbevölkerung forderte.