W czasie wojny głodowej w roku 1414 kościół został spalony. Biskup Łukasz Watzenrode przeznaczył na jego odbudowę materiały z rozbiórki kościoła św. Ducha w Lidzbarku. Brak jest szczegółowych informacji, ale odbudowany kościół uległ zniszczeniu w czasie wojny polsko-krzyżackiej 1519-21. Nowy kościół konsekrował 26 kwietnia 1580 roku biskup Marcin Kromer. Wówczas w wieży kościelnej ulokowano szkołę. Szkoła parafialna w Biskupcu znana jest z 1565 r.