Bei der Sturmflut von 1962 diente "Hamburg Süd" zusammen mit dem Bahnhof "Hamburg Hohe Schaar" für gut eine Woche der Umfahrung der überfluteten Elbinsel Wilhelmsburg. Bis zu 75 Reise- und Güterzüge pro Tag verkehrten auf den Gleisen der Hafenbahn, die die einzige befahrbare Verbindung zwischen Hamburg Hauptbahnhof und Harburg war. Bei der Sturmflut von 1976 wurde das Bahnhofsgelände überflutet; eine zwischen 1984 und 1986 erfolgte Einpolderung soll dem Schutz vor weiteren Überflutungen dienen.