באוגוסט 1939 מונה סמושקביץ למפקד הכוחות האוויריים של הצבא האדום המוצבים במונגוליה. במסגרת תפקיד זה השתתף בקרבות עם היפנים באזור הנהר חלקין גול. על פועלו בקרב זה הוענק לו בשנית תואר גיבור ברית המועצות. סמושקביץ' הוא האדם השלישי בהיסטוריית בברית המועצות שזכה בשני תוארי גיבור ברית המועצות. לאחר חזרתו ממונגוליה מונה סמושקביץ' למפקד חיל האוויר הסובייטי ושימש בתפקיד זה עד אפריל 1940, במהלך מלחמת החורף. חיל האוויר כשל במלחמה, למרות יתרונו המספרי על זה של הצבא הפיני וסמושקביץ' תואר כמי שלא התאים לתפקיד של גנרל. סמושקביץ' מונה לעוזר ראש המטה הכללי לענייני חיל האוויר.