Každopádně konec této války znamenal též etnické čistky Gruzínů z Abcházie. Podle odhadů, kromě zhruba 30 tisíc civilistů zabitých při bojích nebo při masakru v Suchumi a jinde, z Abcházie uprchlo nebo bylo vyhnáno 230 až 250 tisíc obyvatel, převážně gruzínské národnosti, z nichž mnozí, zvláště ti, kteří se rozhodli utéct přes soutěsku Kodori, podléhali nemocem nebo hlady v důsledku nedostatku zásob a špatného podzimního, v horských oblastech již zimního, počasí. Abcházie a hlavně Suchumi zůstalo následkem těchto událostí prakticky vylidněné. Násilnosti v Abcházii, kdy docházelo k vraždám, rabování či zabírání majetku vyhnaných Gruzínů, trvaly ještě během roku 1994, přestože nabyla platnosti Moskevská dohoda, která konečně zajistila klid zbraní, hlavně umístěním mírových sborů SNS na hranici mezi Abcházií a Gruzií podél řeky Inguri. Spojenci Abchazů, zvláště Čečenci, se většinou po skončení bojů v Abcházii přemístili do své domoviny, kde bojovali v právě vypuklé první čečenské válce.