Nel Draft 2016, i Cowboys scelsero come quarto assoluto il running back da Ohio State Ezekiel Elliott. Nella terza gara di pre-stagione, Tony Romo si infortunò nuovamente in uno scontro con Cliff Avril così fu il rookie scelto nel quarto giro Dak Prescott ad essere nominato come titolare. Dopo una sconfitta di un punto nel primo turno contro i Giants, i Cowboys trascinati da Elliott e Prescott, oltre che da quella che continuò ad essere la miglior linea offensiva della lega, vinsero 11 gare consecutive, fino alla sconfitta nella settimana 14 sempre contro i Giants. Nel frattempo, Romo si ristabilì ma ormai le redini di Dallas erano saldamente in mano a Prescott. La stagione regolare si chiuse con un record di 13 vittorie e 3 sconfitte, il migliore della NFC e della storia della franchigia assieme a quelli del 1992 e 2007, con Elliott che batté il primato di yard corse per un rookie di Dallas che resisteva dai tempi di Tony Dorsett nel 1977 e Prescott che fu premiato come rookie offensivo dell'anno. Jason Garrett fu invece premiato come allenatore dell'anno.