1792 erklärte ihn die französische Nationalversammlung als einzigen Schweizer zum französischen Ehrenbürger. In den Wirren der helvetischen Revolution (Einmarsch französischer Truppen 1798) stellte sich Pestalozzi der neuen helvetischen Regierung zur Verfügung, einerseits durch publizistische Tätigkeit (Redaktor am "Helvetischen Volksblatt"), andererseits durch die Führung eines Waisen- und Armenhauses in Stans (1799), wo er grundlegende pädagogische Erfahrungen machen konnte. Im folgenden Jahr gründete er sein berühmtes Erziehungsinstitut im Schloss Burgdorf (Burgdorf BE), wo er eine eigene Unterrichts- und Erziehungsmethode entwickelte und theoretisch begründete (Hauptwerk: "Wie Gertrud ihre Kinder lehrt").