Kurz vor Kriegsende wurde Jindřich Freiwald am 8. Mai 1945 beim Prager Aufstand von den Nationalsozialisten ermordet. Sein Leichnam wurde zunächst am 11. Mai 1945 am Friedhof des Prager Stadtteils Braník beigesetzt. Ende August 1945 wurde er im Rahmen des 15. Festivals „Jiráskův Hronov“ auf den Friedhof von Hronov umgebettet.