Am 25. April 1865 stürzte er die Regierung des verfassungsmäßigen Präsidenten General Juan Antonio Pezets und rief sich zum Obersten Führer der Republik aus. Nach zwei Monaten überließ er die Führung des Staates Pedro Díez-Canseco um an den Präsidentschaftswahlen dieses Jahres teilzunehmen, die er auch gewann. Während seiner Regierung fand am 2. Mai 1866 im Spanisch-Südamerikanischen Krieg die Schlacht von Callao statt und die, später von Pedro Díez-Canseco annullierte, Politische Staatsverfassung von 1868 wurde verabschiedet. Am 5. August 1868 trat er wegen Drucks seitens des Republikanischen Kongresses zurück.