Po pádu Francie v roce 1940 drtivá většina francouzských zámořských území zůstala věrná nové vzniklé vládě Vichistické Francie. K FFL se připojily pouze francouzské državy v Indii, Francouzská rovníková Afrika a Francouzská Polynésie, a teprve postupně během války se FFL dařilo získávat kontrolu nad dalšími koloniemi. S přidáváním francouzských afrických kolonií do FFL přišlo velké množství afrických koloniálních vojenských jednotek. K prvnímu ozbrojenému střetu mezi Vichisty a FFL došlo v září roku 1940 během neúspěšného pokusu o dobytí Dakaru. V listopadu téhož roku se FFL podařilo dobýt Gabon, jedinou součást Francouzské rovníkové Afriky, která se připojila na stranu vlády ve Vichy. V polovině roku 1941 byla Vichistická armáda poražena v Levantě. Tohoto tažení (Operace Exporter) se účastnil i 11. československý pěší prapor - Východní. V severní africe se vojáci FFL účastnili bojů v Libyi a Egyptě proti Erwinu Rommelovi a jeho Afrika Korps. Po britské invazi byla vláda Svobodné Francie ustavena i nad Madagaskarem. Spojenecké vylodění v severní africe navíc přineslo osvobození Francouzské západní afriky a Alžírska. Po těchto úspěších začali roku 1943 vstupovat do FFL také obyvatelé Guadeloupe, Martiniku a Francouzské Guyany. Roku 1944 boje o kolonie utichly v důsledku vylodění spojenců v Normandii a konce Vichistického režimu po osvobození Francie.