En 1997, le américain réalise la meilleure performance de l'année en finale des Championnats du monde d'Athènes avec le temps de 12 s 93, conservant ainsi sa couronne mondiale. Après une victoire aux Goodwill Games en 1998, Allen Johnson connait un passage à vide, notamment en raison de différentes blessures. Il parvient malgré cela à se qualifier pour les Jeux olympiques de 2000 à Sydney, épreuve qu'il termine à la quatrième place, derrière notamment le champion cubain Anier Garcia. Il détient également la meilleure performance mondiale de l'année en 12 s 97. En 2001, à Edmonton, il s'impose pour la troisième fois en finale des Championnats du monde (13 s 04). Il égale ainsi son compatriote Greg Foster, triple champion du monde de la discipline (1983, 1987 et 1991).