В 1903 году Николай поступил в Московский университет на естественный факультет, однако продолжает активно участвовать в политической жизни Коломны, в частности в работе созданной к лету 1904 года так называемой студенческой «коммуны», в рамках которой делались всевозможные доклады со съездов (3-й съезд большевиков в Лондоне в 1905 году, агрономический съезд в Петербурге и пр.); в её работе участвовали и рабочие Коломенского завода, среди которых у «коммунаров» было много приятелей. В первый раз Сапожков был арестован 19 января 1904 года в Москве, по делу о пропаганде и распространении нелегальной печати среди рабочих Коломенского машиностроительного завода. По этому делу он был отдан под особый надзор полиции в г. Коломне. Вторично по такому же делу был арестован в Коломне в 1905 году.