Nach dem Abitur 1926 studierte Aschenbrenner Medizin an der Ludwig-Maximilians-Universität München, der Universität Zürich, der Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg, der Universität Wien und wieder in München. Er promovierte 1933 bei Albert Fraenkel in Heidelberg und ging als Assistenzarzt der Inneren Medizin zu Hans Heinrich Berg nach Dortmund, von dort mit ihm an die Universitätsklinik Hamburg-Eppendorf. 1938 habilitierte er sich mit einem kardiologischen Thema. Im Zweiten Weltkrieg war er Truppenarzt im Russland-Feldzug. Für eine Arbeit über das Fleckfieber mit dem Paul Martini-Preis ausgezeichnet, war er ab 1944 bei der Sondergruppe Seuchenbekämpfung der Heeresgruppe Mitte tätig.