Ab 1995 besuchte Fernandes die Katholische Universität Widya Karya im indonesischen Malang, die er mit einem Bachelor-Titel in Wirtschaftsmanagement abschloss. Hier wurde er Mitglied der Resistência Nacional dos Estudantes de Timor-Leste, deren stellvertretender Generalsekretär Fernandes von 2000 bis 2004 wurde. Im Frühjahr 1999 kehrte er nach Osttimor zurück und schloss sich im Vorfeld des Unabhängigkeitsreferendums am 30. August der Unabhängigkeitskampagne an. Nach dem Erfolg der Unabhängigkeitsbefürworter überzogen die Indonesier ein letztes Mal das Land mit einer Gewaltwelle. Fast die Hälfte der Bevölkerung musste aus ihrem Haus fliehen, der Großteil der Infrastruktur wurde zerstört und 2000 Menschen starben. Die Vereinten Nationen entsandten eine internationale Streitmacht (INTERFET), um wieder für Ruhe und Ordnung zu sorgen. Nach drei Jahren UN-Verwaltung wurde Osttimor in die Unabhängigkeit entlassen.