В октябре — декабре 1918 года 9-я армия вела бои с Донской армией Краснова в районах Поворино, Елань, Балашов. В январе — марте 1919 г. участвовала в наступлении Южного фронта, заняла Борисоглебск и Новохоперск. С марта подавляла Вёшенское восстание в своем тылу и вела оборонительные бои с войсками Деникина в Донбассе. Входила в состав Особой группы В. И. Шорина (23 июля — 30 сентября 1919), участвовала в августовском контрнаступлении Южного фронта, затем держала оборону на реке Хопёр против наступавшей Донской армии. В ноябре — декабре 1919 участвовала в наступлении Юго-Восточного фронта, форсировала реки Дон и Северский Донец, заняла станицы Миллерово, Лихую.