Ter Stegen pelasi Saksan eri juniorimaajoukkueissa. Ensimmäisen ottelunsa Saksan A-maajoukkueessa hän pelasi toukokuussa 2012 Sveitsiä vastaan. Hän kuului kokoonpanoon EM-kilpailuissa 2016 ja MM-kilpailuissa 2018 mutta ei päässyt pelaamaan. Maanosaliittojen cupissa 2017 hän pelasi Saksan voittoisassa joukkueessa.