Tuttavia, tra il 1997 e il 1998, l'economia del paese crolla a causa della crisi finanziaria che colpisce tutta la regione del sud est asiatico. La crisi aggraverà il malcontento popolare verso il generale Suharto, accusato per giunta di corruzione. Il 21 maggio 1998, il Presidente Suharto rassegna le sue dimissioni. Il 1999 è segnato dalle rivolte a Timor Est, a cui segue la brutale repressione da parte del governo di Jakarta che provoca anche l'intervento delle Nazioni Unite.