De geringe informatie over Heraclitus' leven komt voornamelijk uit het "Leven en leer van beroemde filosofen" (boek IX) van de doxograaf Diogenes Laërtius, die andere auteurs citeerde. Heraclitus werd rond 540 v.Chr. geboren in het welvarende, Ionische Efeze aan de Anatolische westkust, als zoon van de aristocraat Bloson of Heracon. Bloson zou de nazaat zijn van Androclus, de stichter van de kolonie en zoon van de Griekse tiran Codrus. Ionië maakte tijdens Heraclitus' leven deel uit van het Perzische rijk. Hij maakte dan ook de Ionische Opstand tegen de Perzische overheersing mee in de zesde eeuw v.Chr. Diogenes vermeldt dat de aristocraat een wonderkind en autodidact was. Toch kende Heraclitus ook het werk van andere filosofen en zette hij er zich tegen af. Daarnaast erfde hij de positie van priester-koning, maar stond hij die af aan zijn jongere broer.