Desde muito jovem que Francisco Santos se dedicou à prática desportiva, obtendo vários títulos de Campeão Nacional em natação (consecutivamente de 1972 a 1980) e xadrez (1977 e 1979). Representou o país várias vezes a nível internacional, destacando-se os Jogos Pan-Africanos de 1978 na Argélia, a Universíada de Verão de 1979 na Cidade do México, a VII Spartakiada da União Soviética de 1979 em Moscovo e os Jogos Olímpicos de Verão de 1980 em Moscovo .