21 січня 2009 року Перкінс дебютував за збірну США в матчі проти збірної Швеції. У 2009 році в складі національної команди Трой завоював срібні медалі Золотого Кубка КОНКАКАФ. На турнірі він зіграв в матчах проти збірних збірної Панами, Мексики, Гренади й двічі Гондурасу.