Nel 1653 la chiesa fu completamente ricostruita in stile barocco grazie ad un finanziamento dei fratelli Andrea e Bartolomeo Costa. Questa data, tradizionalmente accettata dagli storici, sarebbe contraddetta da un documento d'archivio scritto da un rettore del tempo, che anticiperebbe la ricostruzione al 1611, sulla base di progetti di ampliamento presentati fin dal 1578. Con questa ricostruzione le tre navate furono allungate ed unite in un'unica grande aula; il campanile, eretto nello stesso periodo, venne in seguito restaurato e le sue campane aumentate a cinque. Il bombardamento navale francese del 1684 provocò il crollo del soffitto. Nel 1692 ebbe l'organo, poi riformato e arricchito nel 1844. Tra il 1771 e il 1773 subì un radicale restauro e venne consacrata il 19 dicembre 1773 dall'arcivescovo Giovanni Lercari, che la elevò al titolo di prepositura.