С началом «Интифады Аль-Аксы» сотрудники подразделения активно участвовали в организации и проведении терактов против израильтян, как непосредственно, так и совместно с такими группировками как «Танзим», «Бригады мучеников Аль-Аксы», ХАМАС (см. раздел «Причастность к террору против Израиля и других стран»). Соответственно, «Подразделение 17» серьёзно пострадало в ходе операции «Защитная стена» в 2002 году, многие её сотрудники и руководители были арестованы.