Al comienzo de la guerra Hooker solicitó un mando, pero su primera solicitud fue rechazada, muy posiblemente por el enconado resentimiento que hacia el sentía Winfield Scott, general en jefe del Ejército de la Unión. Tuvo que pedir prestado dinero para viajar al este del país desde California. Después de ser testigo de la derrota de la Unión en la Primera batalla de Bull Run, escribió una carta al presidente de Estados Unidos, Abraham Lincoln, en donde se quejaba de la mala administración militar, indicaba sus propios méritos, y de nuevo solicitaba un mando. Fue entonces nombrado, en agosto de 1861, general de brigada de voluntarios con fecha del 17 de mayo. Mandó una brigada y luego una división en Washington, D.C., la cual formaba parte del recién formado Ejército del Potomac de general de división –mayor general- George B. McClellan.