Участник Великой Отечественной войны с 1941 года. Служил в частях противовоздушной обороны. После переподготовки на истребитель Як-1 был назначен военным комиссаром эскадрильи 788-го истребительного авиационного полка. Военный комиссар эскадрильи Башкиров отличился во время битвы за Сталинград. В воздушных боях своим боевым примером воодушевлял остальной лётный состав на боевые подвиги. Только в августе 1942 года Башкиров сбил шесть самолётов противника из них четыре — Junkers Ju 88 и два — Messerschmitt Bf.109. Лётный состав эскадрильи Башкирова сбил за этот же месяц 18 самолётов противника. Был тяжело ранен.