Військово-морський флот брав активну участь у громадянській війні 1341—1347 років, в якій його командир, великий дука Олексій Апокавк відіграв помітну роль. Після завершення громадянської війни імператор Іоанн VI Кантакузин (1347—1354) спробував відновити військово-морський і торговий флоти з метою скорочення залежності імперії від генуезької колонії в Галаті й забезпечити контроль над Дарданеллами проти проходження їх турками. З цією метою він заручився допомогою венеціанців, але в березні 1349 року його нещодавно збудований флот із 9 крупних та близько 100 невеликих суден потрапив у шторм поблизу південного берега Константинополя. Недосвідчені екіпажі запанікували й кораблі були потоплені або взяті у полон генуезцями. 1351 року Кантакузин зміг виділити тільки 14 кораблів для участі у війні Венеції та Арагону проти Генуї, проте візантійський флот невдовзі було розбито й Кантакузин був змушений підписати мир на несприятливих умовах.