Kesäkuussa 2009 Leekens allekirjoitti kolmivuotisen sopimuksen belgialaisseura KV Kortrijkin kanssa. Leekensin johdolla Kortrijk pelasi upean kauden 2009–2010 ja sijoittui Jupiler Leaguessa neljänneksi. Toukokuun alussa 2010 Leekens palasi Belgian maajoukkueen peräsimeen EM2012-projektin kattavalla sopimuksella. Hyvien tulosten myötä Leekens allekirjoitti jatkosopimuksen MM2014-projektin loppuun ulottuvan jatkosopimuksen huhtikuussa 2011.