Heinichen compuso obras tanto instrumentales como vocales, incluyendo casi todos los géneros conocidos en su época, conciertos, sonatas, cantatas, misas, óperas, etc. En el catálogo publicado por Seibel en 1913 se incluyen más de 250 composiciones; algunas de ellas, sin embargo, se perdieron durante la Segunda Guerra Mundial en los bombardeos de Dresde.