En la temporada 2000-01, con la llegada de Fabio Capello a la dirección técnica del club, Francesco fue alineado como segundo delantero logrando anotar trece goles, consiguiendo de esta forma su primer título de Serie A, y el 17 de junio de 2001, en la Supercopa de Italia, anotó un gol en la victoria de su club por 3:0 ante la Fiorentina. Fue nombrado dos veces consecutivas y recibió su segunda nominación para el Balón de Oro, finalizando en la quinta posición en las votaciones. En los años siguientes, siguió como segundo delantero, anotó veinte goles en treinta y un encuentros en la temporada 2003-04, obteniendo el subcampeonato de la liga detrás del Milan.