Жан Франсоа Шамполион е роден в южното френско градче Фижак в провинцията Дофине. Смятан е за дете-чудо. Едва петгодишен, без помощта на възрастните се научава да чете и пише, като сравнява научените наизуст молитви с текстовете в молитвеника на майка си. На 6 години знае няколко езика. На единадесет чете от Библията в староеврейския ѝ оригинал, на тринадесет започва да се занимава с арабски език. Петнадесетгодишен той изучава гръцки, латински, арабски, сирийски, арамейски и коптски език. Интересът му към древната история се развива под влияние на неговия брат – археолога Жак-Жозеф Шамполион-Фижак, който от своя страна е повлиян от египетската кампания на Наполеон Бонапарт през 1798 – 1801 г. Седемнадесетгодишен Жан-Франсоа става член на Академията на науките в Гренобъл. Вместо встъпителен реферат прочита започнатия от него труд „Египет през царуването на фараоните“. Учи в Парижкото училище за живи езици и в Колеж дьо Франс.