Schesaeus' bedeutendstes Werk ist das epische Gedicht „Ruinae pannonicae“. Die ersten vier Bücher erschienen mit einem Anhang 1571 in Wittenberg bei Clemens Schleich. Nach dem Vorbild von Vergils Aeneis in epischen Hexametern verfasst, schildert das Werk Ereignisse aus der siebenbürgischen und ungarischen Geschichte zwischen 1540 und 1552. Es beschreibt das Land Siebenbürgen und die Geschichte seiner reformatorischen Bewegung, sowie die Geschichte des letzten Ungarnfeldzugs des osmanischen Sultans Süleyman I., der 1566 bei der Belagerung von Szigetvár gestorben war. Dabei verzichtet Schesaeus zuweilen auf historische Genauigkeit zugunsten der dichterischen Wirkung. Er selbst schrieb, dass die Absicht seines Werkes darin bestehe, Verständnis und Mitleid freier Völker für das vom Osmanischen Reich bedrängte Land zu wecken. Am Schluss des vierten Gesanges schreibt er: