Nach der Abschaffung der sozialistischen Wirtschaftspolitik durch Präsident Joaquim Chissano, die auch die Privatisierung staatlicher Unternehmen beinhaltete, wurde Guebuza ein erfolgreicher und gut verdienender Geschäftsmann, der in der Bau- und Fischindustrie und im Export aktiv war. Guebuza leitete die Delegation der FRELIMO bei den Friedensgesprächen zur Beendigung des mosambikanischen Bürgerkriegs in Rom (1990–1992).