El pueblo original fue fundado a principios del siglo XVII por el alférez Juan Bautista de Escalante. El territorio estaba habitado por pápagos y pimas altos quienes se resistieron a la ocupación española y destruyeron la Misión Santa María Magdalena en 1648. En 1687 con la llegada del misionero jesuita Eusebio Francisco Kino al territorio que hoy se le conoce como Sonora comenzó la fundación de las primeras misiones como resultado de la evangelización de la población nativa del territorio y fue él quién fundó nuevamente la Misión de Santa María Magdalena en el lugar a finales del siglo XVII.