第二次鼠疫大流行期间，黑死病之后，同樣的疾病多次侵襲歐洲等地，造成的死亡情形與嚴重程度各不相同，主要疫情包括1629-1631年的意大利鼠疫、1656-1658年的那不勒斯鼠疫、1665-1666年的倫敦大瘟疫、1720-1722年的馬賽大瘟疫、1772-1773年的波斯鼠疫等等。關於這些疾病的異同仍有爭議，但是其致命型態似乎於18世紀消失於歐洲，而与此同时，中国明朝末期1633年-1644年也发生了“明末大鼠疫”。此后，19世纪中期云南地区则爆发了第三次鼠疫大流行，世界范围内有超过1000万人死亡。目前普遍認為黑死病的病原体可能已经灭绝。