Efter det 4. korstog blev øen styret af en latinsk kejser fra Venedig med sæde i Konstantinopel, men en anden venezianer, Marco Sanudo, erobrede øen og snart efter alle de andre øer i Kykladerne. Han udråbte sig selv til hertug af Naxos (eller hertugen af Archipelago). 22 hertuger i to dynastier regerede indtil 1566, men styret fra Venedig fortsatte en sporadisk kontrol af øerne indtil 1714.