Das bis dahin fast unbebaute Gelände zwischen Markt, Burg und Unterem Tor wurde bis Ende des 13. Jahrhunderts komplett bebaut. Zwischen 1232 und 1243 verlegten Mönche vier Brunnenleitungen zur Frischwasserversorgung in die Stadt. Von 1239 bis 1242 errichteten Minoriten des Franziskanerordens zwischen der Burg und dem Unteren Tor das Franziskanerkloster Meiningen. Die Klosterkirche weihte man am 15. Mai 1242 ein. 1276 wurde die erste große Erweiterung der Stadtkirche mit der Errichtung der Westfront und zwei gleich hohen Türmen abgeschlossen. 1277 erschütterte ein Erdbeben mit mehreren Nachbeben die Meininger Gegend. Während die außerhalb der Stadtmauer liegende Kirche St. Martin mit einem Friedhof bestehen blieb, wurde um 1300 die ursprüngliche Siedlung um diese Kirche zur Wüstung. 1300 schloss Meiningen mit der Stadt Mühlhausen einen Freundschaftsvertrag, in dem ein Meininger Stadtgericht nachweisbar ist. 1306 und 1310 gab es verheerende Hochwasser, die Teile der Stadtmauer und Gebäude zerstörten. 1315 bis 1317 litt auch Meiningen unter einer europaweiten Hungersnot, bei der viele Einwohner starben. Weitere schwere Überschwemmungen ereigneten sich zwischen 1336 und 1343. Um diesen Hochwasserereignissen zu begegnen, erhöhten die Bürger Mitte des 14. Jahrhunderts das Niveau einiger Straßenzüge um rund einen Meter. Auch der Boden im Innern der Kirche wurde knapp einen Meter angehoben.