Han spilte også alle kampene under VM i fotball 1994 som ble arrangert i USA, og var en sterk bidragsyter til at Sverige endte opp på en overraskende bronseplass etter å ha vunnet bronsefinalen mot . Nilssons siste mesterskap var EM i fotball 2000, hvor kun spilte en halv omgang i Sveriges åpningskamp mot . Hans siste og 116de landskamp for Sverige kom den 11. oktober 2000 mot .