Le 20 février 2019, lors du derby contre les Tar Heels de la Caroline du Nord, en présence de Barack Obama, Zion Williamson glisse, sa chaussure se déchire et il se blesse au genou. Après 20 minutes de jeu, il doit quitter le terrain en boitant. Nike est alors fortement critiqué pour la qualité de ses produits . La valeur des actions de Nike chute de 1,1 milliard de dollars le lendemain à la suite de l’incident. L’incident mène à des appels de plus en plus nombreux pour que Williamson rejoigne directement la NBA étant considéré comme le meilleur candidat pour la premier choix de la draft NBA 2019. A la fin de la saison régulière, Williamson remporte le titre de Joueur de l’année et de rookie de l'année de l'ACC. Williamson est également nommé Athlète de l’année de l’ACC. Pour son retour le 14 mars, il marque 29 points (à 13/13 au tir), avec 14 rebonds et 5 interceptions dans une victoire 84-72 contre Syracuse en quart de finale du tournoi de l’ACC. Williamson devient également le premier joueur de Duke à enregistrer au moins 25 points, 10 rebonds et 5 interceptions dans un match depuis Christian Laettner en 1992. Le lendemain, il marque 31 points dont le tir victorieux pour aider Duke à vaincre la Caroline du Nord, 74-73, en demi-finale du tournoi de l’ACC. En mars 2019, les Blue Devils remportent le tournoi de l'Atlantic Coast Conference face à Florida State et Zion Williamson (27 points et 10 rebonds de moyenne en ) est nommé meilleur joueur du tournoi.