Des grands changements ont lieu en : l'escadron passe sur Mirage F1CT, déménage pour la base de Base aérienne 132 Colmar-Meyenheim et est redésigné Escadron de chasse 3/13 Alsace. Il est alors engagé en Bosnie-Herzégovine (opération Crécelle) de février 1993 à août 1995 et au Rwanda (opération Turquoise) au printemps 1994.