Malgré l'amélioration de la situation militaire aux frontières, la France demeurait en proie à des troubles politiques. Revenu de sa campagne en Égypte, le général Napoléon Bonaparte fut accueilli en héros et était regardé par beaucoup comme le sauveur de la France. Bénéficiant d'un large soutien populaire et de celui d'un grand nombre de politiciens, Bonaparte et ses partisans organisèrent un coup d'État qui entraîna la chute du Directoire et instaura le régime du Consulat. Bonaparte, désormais Premier consul, élabora immédiatement une série de plans de campagne contre le dernier adversaire continental de la France, l'Autriche. Nansouty se vit d'abord affecté à l'armée de réserve chargée d'opérer en Italie sous les ordres directs de Napoléon, mais le général Moreau insista pour le retenir à l'armée du Rhin destinée à combattre les Autrichiens en Allemagne centrale. En définitive, Nansouty reçut le commandement de la cavalerie de l'aile droite de l'armée du Rhin sous Lecourbe, composée du régiment de cavalerie, du régiment de dragons et du régiment de chasseurs à cheval.