У 1996 році, завершившм свою кар'єру футболіста, Дюссьє був призначений помічником менеджера команди «Канн». Мішель займав дану посаду до 2002 року, а потім поїхав працювати до Гвінеї. Там Дюссо став головним менеджером національної команди, з якою став чвертьфіналістом кубка африканських націй 2004 року — їх кращий результат за останні 30 років, але він пішов у відставку в березні 2004 року, посилаючись на сімейні причини.