В 1997 году Ниcино вернулся в «Касива Рейсол» и через год стал главным тренером команды. В 1999 году под его руководством клуб стал обладателем Кубка лиги. В 1999 и 2000 годах клуб занимал третье место в Джей-лиге, за что Нисино был признан лучшим тренером. Но в июле 2001 года он был уволен. В 2002 году он подписал контракт с «Гамба Осака» и через три года привел его к победе в чемпионате, впервые в истории клуба, за что Нисино также получил награду как лучший тренер. А в 2008 году команда выиграла Азиатскую Лигу чемпионов и заняла третье место на Клубном Чемпионате Мира. И Нисино был признан тренером года в АФК. «Гамба Осака» также становилась обладателем Кубка лиги в 2007 и 2008 годах и Кубка Императора в 2009 году. В 2011 году он ушел в отставку. В мае следующего года Нисино подписал контракт с «Виссел Кобе», где сменил . Но уже в ноябре был уволен. В 2014 году Нисино стал главным тренером «Нагоя Грампус» и руководил клубом до 2015 года.