20 октября 1794 года Юнг прибыл в Эдинбург и остановился в доме на площади Сент-Джеймс. Университет был либеральным: не было религиозных ограничений, занятия проводились на английском, а не на латыни. Не было обязательной программы обучения, студенты оплачивали только те курсы, на которые записывались. Главный упор делался на практику, но преимущественно клиническую, для анатомической не хватало трупов (ближе к концу жизни Юнга это станет причиной серии убийств). Отношения с ведущими специалистами не сложились, главным образом, из-за спора об аккомодации. Однако в других отношениях Юнг нашёл приятное общество: он посещал занятия Эндрю Делзела, профессора греческого языка. В дальнейшем они издали совместную антологию "Analecta Hellenika", в которую Делзел отобрал тексты, а Юнг снабдил их научным комментарием. В Эдинбурге бывший квакер увлёкся театром, танцами и музицированием, которые были ранее для него запретны. Как обычно, он очень обстоятельно отнёсся к новым увлечениям. Если верить анекдоту, побывав в первый раз на уроке менуэта, Юнг вооружился линейкой и циркулем, чтобы вывести формулу идеального танца. В городском театре он был в восторге от игры Сары Сиддонс. Далее он стал брать уроки игры на флейте, но одному из коллег писал, что не надеется получить хороших результатов. Представители местной общины квакеров вежливо задали ему вопрос, намерен ли он и далее оставаться в их церкви? В Эдинбурге Юнг впервые оценил современную классическую литературу, прочитав «Дон Кихота» Сервантеса и «Неистового Роланда» Ариосто. Прочитав «Путешествие на острова Западной Шотландии» Джонсона, он был разочарован педантизмом стиля, но загорелся желанием совершить путешествие в Хайленд, куда отправился через три недели после начала лекций. Он побывал в Абердинском университете и многих замках знатных семейств, включая Гордон-касл. В последнем, по словам Пикока, он впервые «страстно увлёкся дамским обществом».