בראשית מלחמת העצמאות התגייס לארגון "ההגנה" במרחב ירושלים. כמהנדס, הוא סייע לפעולות ההגנה, ולהתקנת בורות צבירה למי גשמים בימי המצור על ירושלים. בראשית שנת 1948 מונה על ידי דוד שאלתיאל למפקד מחנה הקבע היחיד שהיה אז בירושלים, מחנה שנלר, (להוציא בסיס הגדנ"ע בשייח' באדר, שזכה לכינוי "גבעת רם"). מחנה שנלר היה לא רק מחנה צבאי, אלא גם מקום ריכוז גדול לכל מצרכי המזון שהועברו אז בשיירות מהשפלה לירושלים. בתחילת אביב 1948 הועבר טוביאנסקי ממחנה 'שנלר' לחיל האוויר, ומונה למפקד שלושת שדות התעופה של החיל, שהיו באותם ימים באזור ירושלים.