I frågan om turkiskt medlemskap i Europeiska unionen har Reinfeldt uttalat sitt stöd. I mars 2010 förlorade regeringen Reinfeldt en omröstning i riksdagen, där riksdagen i strid mot regeringens vilja beslutade att erkänna folkmordet på armenier, &lt;a href="Assyriska/syrianska/kaldeiska%20folkmordet"&gt;assyrier/syrianer/kaldéer&lt;/a&gt; och pontiska greker. Efter detta reagerade Turkiets premiärminister Recep Tayyip Erdoğan bl.a. genom att hota med att deportera 100 000 armenier som lever i Turkiet utan medborgarskap. Reinfeldt sade i en intervju i Sveriges Radio efter detta att han ""förstår att han (Erdoğan) har reagerat" samtidigt som han beskrev Erdoğan som "en modig och på många sätt beundransvärd politiker". På frågan om Reinfeldt själv ansåg att de tidigare historiska händelserna var att betrakta som folkmord ville Reinfeldt inte svara ja utan sade istället att det hela var "komplicerat"". I en intervju i den assyriska tidskriften "Hujådå" inför riksdagsvalet 2006 sa dock Reinfeldt att han stod bakom ett uttalande från samtliga partier i riksdagens utrikesutskott om att erkänna folkmordet.