In dem 49 v. Chr. zwischen Caesar und Gnaeus Pompeius Magnus ausgebrochenen römischen Bürgerkrieg stand Crispus auf Caesars Seite. Von seinen diesbezüglichen militärischen Aktivitäten ist aber nur ein Auftrag bekannt, den er, wohl als Legat, im März 46 v. Chr. während Caesars Feldzug in Afrika gegen die nach Pompeius’ Ermordung (48 v. Chr.) verbliebenen pompeianischen Heerführer zu erfüllen hatte: Er sollte mit drei Kohorten, Bogenschützen und zahlreichem Kriegsgerät das Dorf Thabena besetzen. Die Einwohner des Ortes, der sich unweit der Stadt Thapsus befand, hatten Caesar zuvor um Schutz gebeten. Nicht lange danach wurde Thapsus Schauplatz einer kriegsentscheidenden Schlacht, die mit Caesars Sieg endete.