ライバルのドジャースとは対称的に低迷が続いたが、1986年にウィル・クラーク等が台頭してくると復活の兆しを見せ、翌1987年のカージナルスとのリーグ優勝決定戦では敗れたが、選手に自信が戻った。1989年にはオークランド・アスレチックスとのベイブリッジシリーズが展開されたが、途中サンフランシスコ地方を襲った大地震により、10日間以上も中断されるハプニングが起こった。本拠地での仕切りなおしの第3戦では救援活動に従事していた人達が始球式を努めたが、4連敗を喫し、アスレチックスの軍門に下った。