Након пада Цариграда црква Свете Ирина није претворена у џамију као остале цркве, због близине цркве Свете Софије и касније Плаве џамије. Уместо тога, она је коришћена као складиште муниције јер се у њеној близини налазила Топкапи палата односно касарна јањичара који су чували палату.