Okolo roku 1706 Jánošík vstoupil do oddílů podporujících Františka II. Rákócziho, který se roku 1703 postavil do čela stavovského povstání proti Habsburkům. Jánošík strávil několik let v pěším pluku pod velením plukovníka Wilhelma Winklera (Viliam Vinkler). Zřejmě po rozhodující porážce kuruckého vojska v bitvě u Trenčína 30. srpna 1708 se vrátil do Terchové, ale již zanedlouho vstoupil do císařské armády – není známo, zda dobrovolně, či z přinucení. Byl posádkou na hradě v Bytči, kde byl tenkrát uvězněn zbojník Tomáš Uhorčík. Tvrzení některých historiků, že Uhorčíkovi pomohl k útěku, není ověřitelné a zakládá se pouze na zmínce v soudním protokolu, který uvádí, že Jánošík vězni „poskytl mnohá dobrodiní“. Z protokolu také vyplývá, že k Uhorčíkově útěku došlo až poté, co byl na podzim roku 1710 Jánošík z vojenské služby vykoupen rodiči a propuštěn.