Након напада на Југославију Љотић се у складу са својим ратним распоредом јавља на дужност у бијељинску касарну. Истовремено наредио је и осталим члановима Збора да поступе исто. Вермахт је заробио неколико десетина официра Југословенске војске блиских Збору, али их је брзо пустио. Након окупације Југославије Љотић се вратио у Смедерево. Немци су послали поруку у којоj су му гарантовали слободу кретања у окупираној Србији. Одазвао се позиву нацистичких окупационих власти које су покренуле иницијативу за стварање цивилних власти (тзв. Комесарска управа) у окупираној Србији. Активно је учествовао у преговорима са немачким властима и постизању споразума са истима. Немци су постепено схватили да Љотић није погодан кандидат, јер није имао угледа у народу. И сам Љотић је из истог разлог одбио да уђе у владу (за њега је било предвиђено место комесара привреде), али су зато уз његово одобрење ушла два члана Збора, Милосав Васиљевић и Стеван Ивaнић.