Fils de Robert de Harlay de Sancy, conseiller au Parlement, et de de Morainvillier(s), dame de Maule, Nicolas Harlay de Sancy est issu d'une famille protestante. Après le massacre des Huguenots lors de la Saint-Barthélémy, il se fit plus discret dans la promotion de sa foi, au point d'être accusé de s'être converti au catholicisme, il s'afficha néanmoins de nouveau réformé plusieurs années après. Il se convertit finalement au catholicisme le 10 mai 1597. Certains le critiqueront en pensant qu'il se convertissait pour amadouer ou par lâcheté. Ce fut le cas d'Agrippa d'Aubigné qui écrivit de nombreux pamphlets à son encontre. Il est l'arrière-arrière-petit-fils de Jacques Cœur et l'arrière-arrière-arrière-arrière-petit-fils possible d'Étienne Marcel