A spingere Moratti ad un ripensamento fu però la partenza negativa nel campionato seguente, con Cúper esonerato a favore di Alberto Zaccheroni nell'ottobre 2003. Al culmine di una stagione tormentata — complici anche le dimissioni di Moratti dalla presidenza, ruolo poi assunto da Facchetti — l'allenatore cesenate, dopo l'eliminazione patita sia in Champions League che in Coppa UEFA, condusse i nerazzurri al quarto posto. Malgrado il raggiungimento dell'obiettivo minimo, Zaccheroni fu esonerato in giugno.