Seine Karriere in der irakischen Nationalmannschaft begann bei der U-20 Auswahl, mit der er im Jahr 2000 die Junioren-Asienmeisterschaft im Iran gewinnen konnte. Beim 2:1-Finalsieg über Japan erzielte er beide Treffer und verhalf dem Irak zu seinem fünften Titel in dieser Alterskategorie. Bei darauffolgenden Weltmeisterschaft war Emad Mohammed ebenfalls Teil des Kaders, er erzielte beim 3:0-Sieg über Kanada und bei der 1:6-Niederlage gegen Brasilien jeweils einen Treffer.