Seule enfant de l'empereur (également roi de Portugal sous le nom de ) et de sa seconde épouse, la princesse Amélie de Leuchtenberg, Marie-Amélie appartient à la branche américaine de la maison de Bragance. Née après l'abdication de son père, la jeune fille voit le jour en France, où ses parents se sont installés après avoir regagné l'Europe. Vingt jours après sa naissance, part cependant au Portugal afin d'y combattre les forces de son frère, le roi usurpateur , et de restaurer sa fille aînée, la reine , sur le trône.