Nach dem Krieg avancierte er 1818 zum Major und wurde 1825 Kommandeur mit der Führung des Lehr-Infanterie-Bataillons beauftragt. Im Jahr 1828 wurde Werder zum Bataillonskommandeur ernannt und dem 1. Garde-Regiment aggregiert. Die Verleihung des Dienstkreuz erfolgte 1831, die Beförderung zum Oberstleutnant 1834 und im selben Jahr die Verleihung des Ordens der Heiligen Anna II. Klasse mit Krone. Von 1835 bis 1841 war er Kommandeur des 1. Garde-Regiment zu Fuß, erhielt ebenfalls 1835 den Orden der Heiligen Anna II. Klasse mit Brillanten. Er stieg 1836 zum Oberst auf und wurde 1838 mit dem Orden des Heiligen Wladimir III. Klasse geehrt. Seit 1841 war Werder Kommandeur der 11. Infanterie-Brigade, wobei ihm gestattet wurde die Uniform des 1. Garde-Regiment beizubehalten. Ebenfalls wurde die dahingehende Aggregation aufrechterhalten. Im Folgejahr seiner Beförderung zum Generalmajor, erhielt 1843 das Kommando über die 1. Infanterie-Brigade und wurde Kommandant von Potsdam. Als Kommandeur der 12. Division war Werder 1848 an der Niederschlagung der Revolution in Berlin beteiligt. Im selben Jahr wurde mit der Wahrnehmung der Geschäfte als Kommandant von Neiße beauftragt. Werder stieg 1849 zum Generalleutnant auf und wurde 1850 von dem Verhältnis in als Kommandant vom Neiße entbunden. Er wurde 1854 Kommandierender General des I. Armee-Korps, erhielt anlässlich seines bevorstehenden 50-jährigen Dienstjubiläums 1856 den Roten Adlerorden I. Klasse mit Eichenlaub in Brillanten und avancierte 1857 zum General der Infanterie. Noch im selben Jahr wurde er dem 1. Garde-Regiment à la suite gestellt.