Im Herbst 1940 übernahm Weise die Führung der Luftverteidigungskräfte der Reichshauptstadt. In einer Studie vom Januar 1941 regte er die Neuordnung der Luftverteidigung des Reiches unter einer zentralen Kommandobehörde an. Im März 1941 wurde Weise zum Luftwaffenbefehlshaber Mitte mit den Befugnissen eines Luftflottenbefehlshabers ernannt, der für die Luftverteidigung des Reichsgebietes einschließlich Dänemarks verantwortlich war. Im Gefolge der zunehmenden alliierten Bomberoffensive geriet er schließlich in die Kritik und wurde im Januar 1944 durch Hans-Jürgen Stumpff abgelöst. Den Rest des Krieges verbrachte er in einer Anzahl nichtssagender Sonderverwendungen oder hielt sich zur Verfügung Hermann Görings. Vom 16. Mai 1945 bis Juli 1947 war er in alliierter Kriegsgefangenschaft.