Za občanské války mezi Caesarem a konzervativním senátem se jako věrný optimát přidal na stranu senátu ztělesňovanou Pompeiem. Velel republikánským jednotkám bojujícím proti Caesarovi, zejména v bitvě u Farsálu a v bitvě Thapsu, kde byl spolu s Catonem mladším poražen, načež oba spáchali sebevraždu. Tato událost je považována za klíčový okamžik zániku republiky.