Bóng đá tại Đại hội Thể thao Đông Nam Á 2003 bao gồm bóng đá nam và bóng đá nữ. Bóng đá nam diễn ra từ ngày 29 tháng 11 đến ngày 12 tháng 12 năm 2003. Bóng đá nam chỉ bao gồm đội tuyển U23 các quốc gia tham dự. Bóng đá nữ diễn ra từ ngày 2 tháng 12 đến ngày 11 tháng 12 năm 2003. Tất cả các trận đấu của cả hai môn bóng đá đều diễn ra tại Việt Nam.