Besondere Bekanntheit erlangte Seidl als Verteidiger in den Nürnberger Prozessen. Im Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher vor dem Internationalen Militärgerichtshof verteidigte er Rudolf Heß und Hans Frank. Bis an sein Lebensende setzte Seidl sich für die Rehabilitierung von Rudolf Heß ein. Im Wilhelmstraßen-Prozess war er Verteidiger des ehemaligen Reichsministers und Chefs der Staatskanzlei Hans Heinrich Lammers. Im sogenannten Pohl-Prozess (United States of America vs. Oswald Pohl, et al. (Case No. 4)) verteidigte er Oswald Pohl, im Nürnberger Ärzteprozess (United States of America vs. Karl Brandt, et al. (Case No. 1)) verteidigte er Fritz Fischer, Karl Gebhardt und Herta Oberheuser, im I.G.-Farben-Prozess verteidigte er Walter Dürrfeld sowie im Augsburger Prozess Ilse Koch.