Anyukov va debutar internacionalment el maig del 2004 contra Àustria. Va marcar el seu primer gol internacional el 2005 contra Alemanya. Més tard Anyukov va ser convocat a la plantilla de Rússia per a l' Eurocopa 2008 . Va ser confirmat per a la selecció final de la UEFA Euro 2012 el 25 de maig de 2012.