De Mazahua bewonen hun gebied al sinds de precolumbiaanse tijd, waarschijnlijk zijn zij in de 13e eeuw met de Chichimeken meegetrokken. In de 15e eeuw werden ze door de Azteekse heerser Axayacatl onderworpen, en ingedeeld bij de provincie Tecpanecahpan. In de latere geschiedenis vochten zij nog mee tijdens de Mexicaanse Onafhankelijkheidsoorlog en in de Mexicaanse Revolutie.