Milligan war Stammspieler in der australischen U20-Auswahl, mit der er 2005 die U20-Ozeanienmeisterschaft gewann und anschließend an der Juniorenweltmeisterschaft in den Niederlanden teilnahm. Die U23-Auswahl führte er als Mannschaftskapitän zum Olympischen Fußballturnier 2008 in China, bei dem er mit der Mannschaft in der Vorrunde ausschied.