Il 18 gennaio 2016 gli Eagles annunciarono che il nuovo allenatore capo sarebbe stato Doug Pederson, che aveva svolto il ruolo di coordinatore offensivo dei Kansas City Chiefs nelle ultime tre stagioni. In precedenza, Pederson aveva lavorato proprio negli Eagles per quattro anni, di cui due nel ruolo di allenatore dei quarterback. Prima del Draft 2016, il club intavolò uno scambio con i Cleveland Browns per salire fino alla seconda scelta assoluta e chiamare il quarterback da North Dakota State Carson Wentz, che fu nominato titolare per la stagione regolare dopo la cessione di Bradford ai Vikings. La stagione partì bene, vincendo tutte le prime tre partite, ma nelle successive tredici gare, la squadra fu sconfitta nove volte, chiudendo all'ultimo posto della division con un bilancio di 7 vittorie e 9 sconfitte. Wentz stabilì un nuovo record assoluto di franchigia con 379 passaggi completati, che furono anche un record NFL per un rookie.