Het merendeel van Eriks koningschap werd echter beheerst door de Zevenjarige Oorlog (1563-1570) waarin Zweden tegenover Denemarken-Noorwegen, de Hanze en Polen kwam te staan. Oorzaken voor het ontstaan van de oorlog waren de drang voor suprematie in het Oostzeegebied en de voortdurende ambitie van Denemarken om Zweden terug te krijgen in de Unie van Kalmar. De oorlog zou voor beide partijen tot niets leiden.