La Grande Idée continue d'occuper la politique de la Grèce et de son roi durant toutes les années 1890. En , après plusieurs massacres d'Arméniens en Anatolie, des représentants des provinces crétoises demandent aux puissances européennes de placer la Crète sous leur protection. L'Empire ottoman tente alors de rassurer les insulaires en nommant un gouverneur chrétien, mais les habitants se révoltent. Pendant deux ans, des violences intercommunautaires secouent l'île et, le , les Crétois proclament l'union de leur province à la Grèce.