Видевши 9. априла Малобабића и Мехмедбашића на оптуженичкој клупи, Апис је био потпуно сломљен. Вративши се у ћелију Апис је о Мехмедбашићу рекао стражару: „...И тај бисер кога треба чувати и не мешати у наше унутрашње ствари, ето где суди српски суд!“. Изгледа да је Петар Живковић ступио у контакт са Аписом у ћелији и објаснио му да је најбоље да призна све о Сарајевском атентату. Већ 10. априла, Апис је послао поверљиви рапорт председнику Војног суда у коме је себе означио као главног организатора Сарајевског атентата. У њему говори да је он ангажовао Малобабића да организује атентат на Франца Фердинанда, јер је био убеђен да ће тако отклонити ратну опасност од Србије. На ово се одлучио тек пошто му је руски војни аташе Артаманов дао уверeња да Русија неће оставити Србију на цедилу, ако је Аустроугарска нападне. Малобабић је све организовао. Учесници у атентату су били Аписови агенти, који су од њега добијали хонорар, који је давао Артаманов. На крају наводи: