À la fin de son mandat, en 1791, il revient en Lorraine. Il est alors élu maire de Nancy, fonction qu'il exerce du au . Une de ses premières décisions, symbolique, est de rebaptiser la "place Royale" en "place du Peuple"; il participe activement à faciliter le recrutement des armées durant l'été 1792, fait enlever la statue de Louis XV située au centre de la place du Peuple, puis se montre comme un fervent républicain en octobre 1792, allant jusqu'à critiquer et refuser d'obéir aux arrêtés pris par ses collègues du district de Nancy et du département de la Meurthe. Son nom apparaît dans l'affaire de l'armoire de fer durant le procès de Louis Capet, ex-roi des Français : il est mis en état d'arrestation ce qui l'empêche d'être réélu à la mairie de Nancy en décembre 1792. Libéré en janvier 1793 après que son innocence fut reconnue par la Convention nationale, il est élu "Directeur des Postes et Messageries" à Nancy, fonction qu'il exerce jusqu'en août 1793. Il démissionne de cette place à la suite des dénonciations de la Société Populaire de Nancy qui l'accuse d'avoir soutenu la répression exercée par Bouillé à Nancy lors de l'affaire du 31 août 1790. Il se justifie longuement à la Société populaire de Nancy le 15 septembre 1793 et y est, d'après lui, acclamé. Les sans-culottes de Nancy, ceux-là même qui l'avaient pourtant dénoncé, le lavent de tout soupçon. Duquesnoy se retire le "à sa campagne de Vaux", pour y poursuivre une de ses passions : l'étude et la pratique de l'agriculture.