Църквата е свързана с Априлското въстание. В хода на въстанието се оказва последната крепост на разбунтувалите се батачани, чийто яростен отпор довежда до Баташкото клане. В черквата са заклани и избити от турския башибозук около 2000 българи, жени, деца, старци.