Lors des qualifications de la zone Asie 1998 pour la Coupe du monde 1998 en France, les Émirats arabes unis parviennent à sortir largement premiers de leur poule lors du premier tour. Ils échouent au second tour à la troisième place de la poule finale à 4 points du Japon (seules les deux premières équipes étaient qualifiées). Les éliminatoires pour les coupes du monde 2002, 2006, et ne leur permettent pas non plus de se qualifier et de participer à la phase finale. Néanmoins, les éliminatoires de la Coupe du monde 2002 ont vu les Émirats Arabes Unis décrocher la plus large victoire de leur histoire, le , à Bandar Seri Begawan face à Brunei, infligeant aux locaux une défaite sur le score de 12 buts à 0; et atteindre le stade des barrages (élimination contre l'Iran), leur meilleure performance dans le cadre des éliminatoires pour une Coupe du monde depuis la qualification au Mondial 1990. Les Émirats Arabes Unis, finalistes sortants, ne réussissent pas à se qualifier pour la Coupe d’Asie des nations 2000, tandis que lors des trois éditions suivantes en 2004, 2007 et 2011, ils accèdent à la phase finale du tournoi mais furent éliminés au premier tour. La plus large défaite des Émirats arabes unis fut enregistrée à Abou Dabi, le , sur le score de 8 buts à 0 contre le Brésil en match amical.