בתחילת שנת 2013 לאחר שחתם על הסכם שיתוף פעולה עם איראן בחקירת פיגוע הטרור בבניין הקהילה היהודית בבואנוס איירס ב-1994, מחתה ישראל בפני השגרירות הארגנטינאית, בעקבות כך נזף טימרמן בישראל ודרש ממנה לא להתערב בענייניה של ארגנטינה. התובע אלברטו ניסמן שמונה לחקור את הפיגוע טען כי טימרמן, לצד כריסטינה קירשנר ופוליטיקאים נוספים, פעל כדי לטייח את חלקה של איראן בפיגוע. הוא כיהן בתפקיד עד לשנת 2015, אז הוחלף על ידי סוסנה מלקורה.