Die bewaffneten Flüchtlinge konstituierten sich nach 1994 in Nord-Kivu neu und verbündeten sich mit den kongolesischen Hutu. In der Folge kam es zu Übergriffen auf die kongolesischen Tutsi (Banyamulenge), was bis 1996 zur Vertreibung von bis zu 500.000 Tutsi führte. Da die Zentralregierung von Zaire zu keiner Intervention in der Lage war, bildeten sich lokale Tutsi-Milizen, welche von Ruanda aus unterstützt wurden. Dies führte zum Ersten Kongokrieg, in dessen Verlauf die Alliance des Forces Démocratiques pour la Libération du Congo (AFDL) mit Unterstützung aus Ruanda und Uganda die kongolesische Hauptstadt eroberte und sich 1997 Laurent-Désiré Kabila zum neuen Präsidenten der Demokratischen Republik Kongo erklärte.