Ab Januar 1941 stand die III./KG 40 unter dem Kommando des Fliegerführer Atlantik (Martin Harlinghausen) der Luftflotte 3. Anfangs noch mit der Heinkel He 111, ab Dezember 1941 mit der Focke-Wulf Fw 200, bekämpfte sie Seeziele durch Bomben, Minen oder Torpedos. Längere Zeit lag sie in Cognac, nutzte aber Anfang 1944 auch kurz mit Teilen Avord () und bis Juli 1944 (7. Staffel) auch Saint Jean d'Angély-Fontenet. Die 9. Staffel/KG 40 griff im Januar 1943 kurzzeitig von Sizilien aus in die Kämpfe in Tunesien ein. Auch in dieser Gruppe wurde die Henschel Hs 293 eingeführt, eine Bombe, die nach dem Abwurf noch gelenkt werden konnte. Dabei gelang es mehreren Focke-Wulf Fw 200 am 23. Juni 1943 im Nordatlantik die britischen Frachter "Shetland" und "Volturno" zu versenken. Am 11. Juli 1943 sichteten mehrere Focke-Wulf Fw 200 der III. Gruppe im Nordatlantik einen Konvoi mit mehreren großen Truppentransportern. Trotz starker Flak-Abwehr griffen sie ihn an und trafen die California () und Duchess of York, die daraufhin in Brand gerieten und aufgegeben werden mussten.