Die Kriegsjahre nach dem deutschen Überfall auf die Sowjetunion (22. Juni 1941) brachten weitere Deportationswellen gegen Angehörige von Ethnien, die im Verdacht standen, mit den Invasoren zu kollaborieren oder als "Fünfte Kolonne" des Feindes zu agieren. Kurz nach Kriegsbeginn betraf das zirka eine Million Sowjetbürger deutscher Herkunft, vor allem solche aus der Wolgadeutschen Republik (ASSRdWG). Ferner wurden Tausende deutsche Emigranten, zumeist frühere Staatsbürger des Deutschen Reiches, von einer weiteren Deportationswelle ab November 1941, die bis zum Frühjahr 1942 andauerte, erfasst. Die Verbannungsziele für Deutsche, dazu zählten für die Sowjetbehörden seit dem Anschluss Österreichs 1938 auch österreichische Emigranten der KPÖ oder ehemalige "Schutzbündler", lagen generell – aus Sicherheitsgründen – hinter dem Ural, überwiegend in Sibirien und Mittelasien. 1942 wurden die Deportierten, hauptsächlich Russlanddeutsche und Deutschstämmige, in Arbeitsarmeen mobilisiert und zur Zwangsarbeit herangezogen. Die sogenannten „Arbeitsarmisten“ waren teils in den gleichen Gulag-Lagern wie reguläre Häftlinge versammelt. 1943 kamen deportierte Völker aus dem Nordkaukasus und von der Krim hinzu: Karatschaier, Kalmücken, Tschetschenen, Inguschen, Balkaren, Krimtataren, Mescheten und Kurden.