Los siglos XIX y XX fueron un convulso escenario para todos los habitantes de la Ciudad de México. La guerra de Independencia (1810-1821) con sus escaramuzas en la capital del país; la rebelión de los Polkos (1847) cuando, literalmente, fue cañoneada; el cierre temporal al culto con las Leyes de Reforma (1861) además de la expropiación y venta parcial del inmueble; Demolición de la Casa del Oratorio (1862) para permitir la construcción de la avenida Cinco de Mayo; la Revolución Mexicana (1910) y la Decena Trágica (1913), cuando el centro histórico se volvió un campo de batalla; la Guerra Cristera (1926 – 1929) y la persecución religiosa. Todo esto aunado a remodelaciones (Manuel Tolsá, 1824), inundaciones, temblores e incendios (1914) puede dar una idea del gran esfuerzo que ha implicado la conservación de esta colección.