Horáková återvände till Prag och anslöt sig på nytt till det nationella socialistiska partiet. Året därpå blev hon ledamot av Nationalförsamlingen, men lämnade denna efter Pragkuppen 1948. Hennes vänner vädjade till henne att lämna landet, men hon vägrade. I september 1949 greps hon och anklagades för att leda ett kuppförsök mot den kommunistiska regimen.