1991 und 1992 kämpfte Thomas Müller für den MTV Ingolstadt, später wechselte er zum TSV Abensberg. Bei den Deutschen Meisterschaften gewann er 1991 im Schwergewicht vor Jochen Plate, 1992 war er Zweiter hinter Henry Stöhr. Bei den Europameisterschaften 1992 in Paris trat Müller in der offenen Klasse an. Er bezwang im Viertelfinale den Esten Indrek Pertelson, im Halbfinale den Russen Igor Bereznitsky und im Finale den Franzosen Georges Mathonnet.