Jeho výpověď byla zahrnuta do vyšetřování norimberských procesů, František Bláha jej obvinil, že přímo neobvinil Dr. Waldemara Hovena z pokusů na vězních a že bránil nacistické lékaře. Případ vyvrcholil v roce 1948, kdy z důvodů politických změn v Československu nebyl Vítězslav Horn nijak obviněn. Po roce 1948 byl dán na tzv. dovolenou s čekatelným a nemohl se dál věnovat práci lékaře, byla mu také zabavena velká vila v Jihlavě.