이로 인하여 마르셀로 비엘사가 아르헨티나 국가대표 감독에서 경질되었으며 그의 뒤를 이어 호세 페케르만이 선임되었다. 페케르만은 제일 먼저 가브리엘 바티스투타를 엔트리에서 제외시키고 그 자리에 이미 어린 나이로 세상을 놀라게 한 리오넬 메시를 편성했다. 아르헨티나는 2006년 FIFA 월드컵에서 또다시 죽음의 조에 편성되었는데 지난 대회보다 더한 죽음의 조였다. 잉글랜드보다 강력한 네덜란드, 스웨덴과 호각인 세르비아 몬테네그로, 나이지리아보다 강력한 팀이자 아프리카 최강인 코트디부아르와 같은 조가 된 것이다. 아르헨티나는 첫 경기 코트디부아르전에서 양 팀의 에이스인 에르난 크레스포와 디디에 드로그바가 골을 주고 받는 공방전 끝에 2-1로 승리했다. 세르비아 몬테네그로전에서 아르헨티나는 막시 로드리게스와 에스테반 캄비아소등의 맹활약으로 골폭풍을 일으키며 세르비아 몬테네그로를 일방적으로 몰아붙인 끝에 6-0 대승을 거두며 단 두 경기 만에 16강 진출을 확정지었다. 마지막 네덜란드전에서는 후보선수 위주로 경기를 하여 득점없이 무승부를 기록하고 조 1위를 확정지었다.