Il sisma del 1693 distrusse gran parte della struttura (resistettero solo due piccoli corridoi al pianterreno) e rase al suolo la chiesa. Il complesso venne presto ricostruito e nel 1710 la chiesa era già riedificata e dedicata alle "Stimmate di San Francesco di Assisi". Furono aperte sul lato sinistro della navata due cappelle, la prima dedicata al "Crocifisso" e la seconda dedicata alla "Madonna degli Angeli", successivamente "degli Ammalati".