Den kanoniska rätten avskaffades vid ett kyrkomöte i Uppsala 1536 och ersattes med "Den Svenska Kyrkoordningen" vid ett kyrkomöte i Uppsala 1572, men med bevarat biskopsämbete till skillnad från de lutherska kyrkorna i Tysk-romerska riket. Kalvinismen avvisades av ett kyrkomöte i Stockholm 1565, och den Augsburgska bekännelsen, en evangelisk-luthersk bekännelseskrift, antogs vid Uppsala möte 1593. Efter Avsättningskrigets mot Sigismund slut 1599, ratificerades Uppsala kyrkomöte slutligen under dåvarande hertig Karls försorg.