После непродолжительной работы с «Данубио», Маркарян в 2010 году возглавил сборную Перу. На Кубке Америки 2011 перуанцы вышли из группы, а затем обыграли Колумбию в 1/4 финала. В полуфинале сборная Перу уступила Уругваю, но затем обыграла Венесуэлу в матче за третье место. Перуанцы не доходили до полуфинала Кубка Америки 14 лет, а в призы не попадали с 1983 года, когда матч за 3-е место не проводился.