В кампанию 1805 года, в чине капитан-командора (с 1804 года), командуя кораблем «Св. Ианнуарий», Эллиот плавал с десантными войсками к острову Рюгену. В 1809 г. он был произведён в контр-адмиралы и вышел в отставку. Но в 1812 году вновь поступил на службу и был командирован в Портсмут, где в 1813 г. состоял презусом для принятия от английского правительства переданных ему в 1808 г. в Портсмуте вице-адмиралом Сенявиным кораблей: «Скорый», «Ретвизан», «Уриил», «Селафаил», «Св. Елена», «Мощный» и «Сильный».