הקודקס נכתב לפני כיבוש האימפריה האצטקית על ידי ספרד. הקודקס נרכש על ידי החשמן האיטלקי סטפנו בורג'ה. לא ידוע כיצד הקודקס הגיע לאירופה. בשנת 1805 גילה אלכסנדר פון המבולט את הקודקס בין חפציו של בורג'ה, והעביר אותו לספריית הוותיקן. בשנת 2004 טען המלומד מארטן ינסן כי שמו המקורי של הקודקס היה "יואלי אהקאטל" ("לילה ורוח").