Podczas sześcioletniego pobytu Pullicino za granicą, na Malcie zaszły duże zmiany polityczne. Rządy Zakonu św. Jana zakończone zostały w roku 1798, kiedy wyspa została najechana i zajęta przez Francuzów. Niedługo potem Maltańczycy powstali przeciwko okupantom, uzyskując pomoc brytyjską, neapolitańską i portugalską, i we wrześniu 1800 roku Malta stała się brytyjskim protektoratem. W tym samym miesiącu Pullicino powrócił z Rzymu na Maltę, i zamieszkał w Valletcie ze swoją matką. W kwietniu 1807 roku poślubił Vincenzę Attard, z którą miał siedmioro dzieci.