A música ganhou "Melhor Vídeo Pop", "Melhor Coreografia em Vídeo" e "Escolha do Espectador" no MTV Video Music Awards de 2000, o vídeo mais premiado da noite naquele ano. Também ganhou o prêmio Radio Music Radio, em 2000, como melhor canção do ano. A música foi nomeada para "Record of the Year" e "Melhor Performance Pop por um Duo ou Grupo com Vocal" no Grammy Awards de 2001 . Outros prêmios incluem 3 Teen Choice Awards em 2000 (Choice Single, Choice Music Video e Song of the Summer), MuchMusic Video Music Award (Grupo Internacional Favorito por "Bye Bye Bye") e Blockbuster Entertainment Award 2001 (categoria Favorite Single para "Bye Bye Bye"). A música foi eleita a música por um boy band/ girl band número 1 na U Choose 40 on C4 na Nova Zelândia .