Bei der WM 2018 stand der Defensivspieler einsatzlos im Kader, 2019 kam er bei der Asienmeisterschaft auf vier Einsätze und verlor mit dem Team im Endspiel gegen Katar. Beim Fußballturnier der Olympischen Spiele in Tokio 2021 kam Endo bei allen sechs Spielen der japanischen Nationalmannschaft zum Einsatz.