2016-17シーズンはヴィンチェンツォ・モンテッラが監督に就任し、スソ、エムベイェ・ニアン、ジェラール・デウロフェウといった若くてスピードがあるウイングが起用されたため、出場機会が少なかった。2017年1月、イングランド・プレミアリーグのハル・シティからオファーが届いたが、本田はオファーを断り、残留を決めた。2017年5月21日、ホーム最終戦のボローニャ戦で今季初得点となる直接FKを決めた。ミランの来季のEL出場を決定付ける得点でもあり、このFKはミランサポーターが選ぶ5月のベストゴールに選出された。試合後、自身の公式Twitterを開設すると同時に今季限りでのミラン退団を表明した。5月28日、ミランでのラストマッチとなった最終節のカリアリ戦では、移籍後初のキャプテンマークを巻き、フル出場を果たした。