Později Papežský stát financoval různá loďstva v průběhu křížových výprav a vypravil některé vlastní eskadry, které se spolu s Benátkami a dalšími podílely na bojích s Osmanskou říší v době po pádu Konstantinopole. Spolu s najatými a spojeneckými loděmi z Toskánska a Malty se jedna papežská eskadra účastnila bitvy u Lepanta.