בתקופת השתייכותה לאימפריה הביזנטית הייתה אתונה עיירת שדה לא חשובה, אוצרותיה הרבים נשדדו על ידי הקיסרים והועברו לקונסטנטינופול. בין 1204 ל-1458 הייתה אתונה במוקד הסכסוך בין הביזנטים, הצלבנים ופושטים אחרים. ב-1458 נכבשה העיר על ידי האימפריה העות'מאנית.