À la suite de l'accord du Congrès de Berlin conclu entre les principales puissances européennes entre juin et , l'Empire austro-hongrois administre la Bosnie, désignée alors sous le nom de condominium de Bosnie-Herzégovine. Un drapeau constitué de deux bandes horizontales, rouge et jaune a en son centre les armoiries présente est celui de Stjepan Vukčić Kosača, noble de Bosnie et duc du XIVe siècle. Le blason médiéval d'origine avait un fond blanc et deux bandes rouges en haut du bouclier.