През 1797 г. Бонапарт изпраща генерала в Париж да съдейства на якобинската Директория срещу роялистите. Ожеро и войските, водени от него, извършват Преврата от 18 фруктидор (4 септември 1797 г.). След това е изпратен като главнокомандващ на войските в Германия.