Тем временем в Риме Гней Помпей Великий получил экстраординарные полномочия для войны с пиратами в масштабах всего Внутреннего моря. Уцелевшие критяне, зная о мягкости Помпея к побеждённым, обратились к нему с изъявлениями покорности. Тот, движимый, согласно Плутарху, «"завистью и ревностью"», направил Метеллу приказ прекратить войну и назначил своего легата Луция Октавия новым наместником острова. Но Метелл отказался подчиниться Помпею; тогда Октавий присоединился к пиратам и начал вместе с ними сражаться против Квинта Цецилия. Последний захватил его в плен и «"с оскорблениями и бранью отпустил из лагеря"». Этот конфликт стал темой для оживлённой переписки Метелла и Помпея с сенатом: «"Метелл жаловался, что Помпей отбирает у него военную славу, послав на Крит своего легата для принятия сдавшихся городов, а Помпей объяснял, почему он не мог иначе поступить"». В конце концов, Помпей, получивший командование в Третьей Митридатовой войне, потерял интерес к Криту, так что Метелл остался единственным наместником. Квинт закончил покорение острова и организовал на нём новую римскую провинцию. По выражению Орозия, он «"заменил законы Миноса римскими законами"».