Las alegrías no terminarían ahí para el cuadro de Santa Laura. En la primera edición de la Supercopa de Chile disputada el año 2013 entre el campeón vigente del fútbol chileno (el cuadro Rojo) y el de la Copa Chile MTS (Universidad de Chile), Unión volvería a ser campeón por segunda vez en tan solo 2 meses. El partido se jugó en Antofagasta, en el Estadio Regional Calvo y Bascuñán ante cerca de 8.000 espectadores, y la victoria fue para el "Cuadro de Colonias" por 2-0. Los goles fueron obra de Gustavo Canales de cabeza, luego de un centro de Sebastián Miranda, y de Óscar Hernández Polanco, tras capitalizar el rebote que dejó Johnny Herrera tras un lanzamiento penal. El prometedor joven hispano acababa de llegar de Turquía, después de disputar el Copa Mundial de Fútbol Sub-20 de 2013 junto a la Selección de fútbol sub-20 de Chile, donde llegó hasta cuartos de final. De esta manera, Unión quedó en la historia como el primer Supercampeón del fútbol chileno.