Emerson lần đầu thi đấu cho Brasil ở World Cup 1998 khi được gọi để thay thế cho Romario. Trong giải đó Brazil đã thua Pháp ở trận chung kết. Sau đó anh lại cùng Brazil tham gia World Cup 2002 và lần này anh đã cùng đội tuyển giành được cúp vô địch.