In de zomer van 2004 nam Manchester United Rooney tegen een betaling van €42.200.000,- over van Everton. Deze transfer maakte hem de duurste speler ooit in de Britse voetbalgeschiedenis. Met zijn nieuwe club werd hij vervolgens Engels landskampioen in seizoen 2006/07, 2007/08 en 2008/09 en won hij zowel de UEFA Champions League van &lt;a href="UEFA%20Champions%20League%202007/08"&gt;2007/08&lt;/a&gt; als het WK voor clubs in 2008. In het &lt;a href="Premier%20League%202009/10"&gt;seizoen 2009/10&lt;/a&gt; werd Rooney met zesentwintig doelpunten tweede op de topscorersranglijst van de Premier League, achter Didier Drogba. Op 2 april 2011 scoorde hij tegen West Ham United zijn honderdste doelpunt voor Manchester United in de Premier League. Hiervoor had hij tweehonderdelf wedstrijden nodig. Rooney maakte elf doelpunten in het seizoen &lt;a href="Premier%20League%202010/11"&gt;2010/11&lt;/a&gt;. Hij scoorde in de Champions League-finale tegen FC Barcelona, in een wedstrijd waarin zijn club met 3–1 verloor.