1945年雅努塞克返回了捷克斯洛伐克，发现他的妻子和许多亲属早已死在纳粹的监狱中。之后他又被捷克斯洛伐克空军体系中力量日渐增长的的捷共将领排除在核心外。捷克斯洛伐克1948年二月事件后捷共掌权，雅努塞克遭到有预谋的陷害，并被軍事法庭判处18年监禁，剥夺他的军衔，学位和荣誉。1949年刑期被延长到了19年，1950年又被延长至無期徒刑，1955年又被减至44年，之后再获减刑，1960年他被总统特赦出狱。1968年布拉格之春中的一个军事法庭对他做出无罪判决（但相关荣誉依然被剥夺）。雅努塞克1971年于布拉格去世，但直到1989年的天鵝絨革命结束了捷共的统治后雅努塞克才被彻底。