Im seit Jahrzehnten angespannten Verhältnis zwischen Ägypten und dem Iran war Mursi nach eigener Aussage um Entspannung bemüht, um ein strategisches Gleichgewicht in der Region zu schaffen. Als erster ägyptischer Präsident seit der Islamischen Revolution im Iran 1979 besuchte er anlässlich des Treffens der blockfreien Staaten am 30. August 2012 den Iran. Allerdings bezeichnete er in seiner dortigen Rede den syrischen Präsidenten Assad als Anführer eines Unterdrückerregimes, was die mit Syrien verbündete iranische Regierung verärgerte, sodass das Verhältnis der beiden Staaten nach wie vor angespannt ist und keine offiziellen diplomatischen Beziehungen unterhalten werden. Dennoch empfing Mursi den iranischen Präsidenten Ahmadinedschad am 5. Februar 2013 zu einem Staatsbesuch in Ägypten.