Nach dem Frieden von Amiens (25./27. Mai 1802) bekam Codrington den Befehl über das Linienschiff "HMS Orion" mit dem er sich im Frühjahr 1805 der Flotte von Admiral Horatio Nelson anschloss. Unter Nelson nahm er an der Schlacht von Trafalgar (21. Oktober 1805) teil. In den darauffolgenden Jahren unterstützte er in einem britischen Kontingent die spanische Flotte im Kampf gegen die Franzosen und nahm u. a. im fünften Koalitionskrieg an der Walcheren-Expedition (Juli/Dezember 1809) teil.