עם זאת, מאז סוף המלחמה החלו סכסוכים בין קירגיזים לאוזבקים להתגלע לעימות גדול יותר. בשנת 1990, סמוך לקריסת ברית המועצות, התרחשו מהומות באוש ונהרגו כמעט 1,000 בני אדם, בעיקר קירגיזים אתניים ואוזבקים. ההתנגשות החלה ביוני והסתיימה באוגוסט, ואף צד לא הגיע להישגים משמעותיים.