しかし国内世論の拒否反応を背景にした黎元洪を、段祺瑞は押し切ることができなかった。逆に同年5月23日には、黎により段が国務総理を罷免されてしまう。怒った段は天津に移り、安徽督軍張勲らを含む督軍団を煽動して「独立」宣言を発するように仕向け、黎を辞任に追い込もうと画策した。追い込まれた黎は張を招聘・篭絡して段に抵抗しようとする。ところがこの機会を捉えた張は、7月1日に北京に乗り込むと直ちに黎を下野に追い込み、清朝復辟を敢行した（張勲復辟）。これを見た段は直ちに張を反逆者として追討することを宣言し、同月14日、張を駆逐して北京を奪還している。黎の後任の大総統には直隷派の馮国璋が就き、段は国務総理兼陸軍総長として北京政府内で実権を掌握した。8月14日には、対ドイツ宣戦も果たしている。