Johnson County wurde am 13. Februar 1854 aus Teilen des Ellis County, Hill County und Navarro County gebildet und die Verwaltungsorganisation am 7. August gleichen Jahres abgeschlossen. Benannt wurde es nach Middleton Tate Johnson (1810–1866), einem Kommandeur der Texas Rangers und Politiker. Johnson war Abgeordneter in den State Legislatures von Alabama und der Republik Texas. Während des Mexikanisch-Amerikanischen Kriegs kämpfte er in der Schlacht von Monterrey. Obwohl er ein Gegner der Sezession durch die Südstaaten war, hob er während des amerikanischen Bürgerkriegs ein texanisches Kavallerieregiment für die Konföderierte Armee aus.