2 августа 2018 года Лионель был назначен исполняющим обязанности главного тренера аргентинской сборной после того как Сампаоли покинул пост. 30 ноября был утверждён в должности на постоянной основе. На Кубке Америки 2019 сборная Аргентины под руководством Скалони завоевала бронзовые медали, обыграв сборную Чили в матче за третье место со счётом 2:1.