V roce 1704 byl Heister povýšen do hodnosti polního maršála a převzal velení nad císařskou armádou v Uhrách. Do konce roku 1704 vytlačil kurucká vojska ze Zadunajska. Obsadil Györ a Pápu, u Komárna přešel za Dunaj a vytlačil kuruckého vojevůdce Berčéniho až k Váhu. 26. prosince 1704 se Heisterovi podařilo porazit a rozdrobit kurucké jednotky vedené Františkem II. Rákoczim v bitvě u Trnavy. Po tomto triumfu vstoupila císařská armáda do Trnavy, kde Heister nechal popravit všechny kurucké vojáky, kteří se zde ukrývali. V dubnu 1705 byl sice na krátkou dobu odvolán z pozice vrchního velitele armády v Uhrách a poslán na severoitalská bojiště, ale v roce 1706 se do Uher opět vrátil. 3. srpna 1708 se utkal s Rákóczim v bitvě u Trenčína. Z této osudové porážky se kurucká vojska nedokázala vzpamatovat a nastal rychlý úpadek kuruckého hnutí. Poté Sigbert Heister obsadil Nitru, Nové Zámky i středoslovenská báňská města (Kremnica, Banská Štiavnica, Banská Bystrica). Ke konci roku 1710 byl Heister zbaven velení v Uhrách a na jeho místo nastoupil Jan Pálffy, kterému se podařilo s kuruci uzavřít v roce 1711 mír. Heister se poté ještě účastnil protitureckých tažení, ale roku 1718 odešel definitivně do penze. Zemřel 22. ledna 1718 v Kirchberg an der Raab.