У роки визвизвольної війни українського народу (1648—1654) воно вже було «містечко Балаклейка». Балакліївську сотню створено наприкінці 1648 року у складі Полтавського полку (153 чол.). У 1654 в містечку, крім козаків, проживало 148 міщан, справами яких відали війт та бурмістр. Сотник Яків Чернігівець перебував серед організаторів подій 1657-го року. Після невдачі повстання, разом з частиною козаків та їх родинами, заснував Балаклію на Слобожанщині.