In den folgenden Jahren pendelte die "Condor" immer wieder zwischen Deutsch-Ostafrika und Südafrika. Während des Zweiten Burenkrieges kamen zusätzliche diplomatische und militärische Aufgaben auf das Schiff zu. So mussten unter anderem deutsche Handelsschiffe vor Übergriffen britischer Kriegsschiffe geschützt werden. Die Beziehungen zwischen dem Deutschen Reich und Großbritannien wurden durch die Ereignisse während des Burenkrieges erheblich belastet, so war die "Condor" am 7. Januar 1900 von britischen Kriegsschiffen aufgebracht und in den Hafen von Durban in der britisch-südafrikanischen Kolonie Natal überführt und nach Waffenlieferungen für die Buren durchsucht worden. Zu diesem Zeitpunkt befanden sich die Mitglieder der Zweiten Hilfsexpedition der Deutschen Vereine vom Roten Kreuz sowie einer Ambulanztruppe, die von einer Privatgesellschaft in Antwerpen ausgerüstet worden war, an Bord.