Efter att osmanerna besegrats i slaget vid Wien år 1683 började en lång tillbakagång för Osmanska riket och därmed också den osmanska provinsen Bosnien. Under det stora turkiska kriget mot habsburgarna 1683–1699 förlorade Osmanska riket stora delar av sitt territorium i Europa och plötsligt hade det tidigare rika och stora Bosnien förvandlats till en yttersta gränspostering för osmanernas välde i väst. Under kriget hade Bosnien plundrats av habsburgska trupper under ledning av Eugen av Savojen där tusentals bosniaker fick sätta livet till, och huvudstaden Sarajevo hade bränts till marken efter att dess invånare vägrat överge staden. En annan effekt av kriget 1683–1699 blev en stor inflyttning av muslimer från Slavonien och Ungern till Bosnien, till följd av att osmanerna tvingats lämna ifrån sig dessa två områden till habsburgarna. Det Stora turkiska kriget avslutas slutligen i och med fördraget i Karlowitz år 1718, vilket resulterade i ännu mer muslimska flyktingströmmar från de områden som befriades av habsburgarna. Habsburgarna bröt Passarowitzfördraget och korsade gränsen vid floden Sava, som kom att bli ett av de viktigaste händelserna i bosniakernas historia, då den bosniska adeln organiserade ett försvar och motattack, som kom att bli helt oberoende av de ineffektiva kejserliga myndigheterna. Den 4 augusti 1737, under slaget vid Banja Luka, bekämpades den habsburgska hären av det bosniakiska motståndet och skickades flyende tillbaka till Slavonien.