フランス革命後、フランス政府の許しを得て、コルシカに帰還。パオリはコルシカの独立を心から望んでいたが、一方で、君主制主義者であり、8月10日事件で王制を打倒したのみならずルイ16世を処刑するに至った革命を嫌悪した。フランス軍の中尉となっていたナポレオン・ボナパルトは、初めこの英雄パオリを崇拝していたが、彼は王制を打倒した革命（政権）を受け入れる立場で、次第に路線の違いが明らかになっていった。パオリとその腹心ポッツォ・ディ・ボルゴらはイギリスの間接統治を主張するパオリ派を形成したことから、リュシアン・ボナパルトがトゥーロンで告発演説を行い、1793年、国民公会はパオリ逮捕命令を発した。しかしこれに従う者はおらず、アジャクシオで騒乱があって、パオリ派の支配する議会はボナパルト一族を島から追放した。