Након слома Краљевине Југославије, истакнути чланови удружења су поздравили оснивање Независне Државе Хрватске, јер је у почетку признавала културну и вјерску аутономију босанскохерцеговачких муслимана. Међутим, само су се неки одважили на политички ангажман са фашистичким усташама. На удружењу су непрестано вршили притисак муслимански поклоници хрватске националне идеје Адем-ага Мешић и Хакија Хаџић, који су жељели обновити удружење на основама хрватске кампање међу исламским вјерницима.