În martie 1938 a fost timp de trei zile secretar de stat pentru apărare în guvernul de scurtă durată al lui Seyss-Inquart. Cancelarul l-a numit pe 13 martie 1938, la o zi după Anexarea Austriei, în cabinetul său și l-a făcut șef al ministerului ca succesor al generalului de infanterie Wilhelm Zehner, care a murit o lună mai târziu, la 11 aprilie 1938, la Viena, în circumstanțe misterioase. În această calitate, Angelis a avut un rol semnificativ în integrarea forțelor armate austriece în Wehrmacht-ul german. El a fost membru al odioasei „Muffkommission” - numită după atașatul militar german Wolfgang Muff - care a strâns material împotriva ofițerilor austrieci, care urmau să fie declarați de naziști ca „netransferabili” și pensionați sau trecuți în activități administrative pentru a-i forța să demisioneze (precum au fost cazurile generalilor Alfred Jansa sau Alois Windisch).