Após a Queda de Constantinopla, Genádio foi aprisionado pelos turcos otomanos. Na tentativa de administrar a sua nova conquista, o sultão conquistador, de apenas 21 anos, desejava assegurar a lealdade da população grega e, acima de tudo, evitar que ela apelasse ao ocidente por sua libertação, com risco de iniciar uma nova onda de cruzadas. Maomé então buscou no clero o seu membro mais anti-ocidental para lançar como uma figura de união dos gregos sob o jugo turco - e Genádio, como o líder anti-unionista, era uma escolha natural. Em 1 de junho de 1453, apenas três dias após a queda, a procissão do novo patriarca passou pelas ruas da cidade, onde Maomé recebeu Genádio graciosamente e ele mesmo o investiu com os símbolos do seu novo cargo – o báculo (dicanício) e o manto. Esta investidura cerimonial seria repetida por todos os sultões e patriarcas posteriores.