Dès qu’il eut recouvré sa liberté, il reprend les armes contre la France et participe à la reconquête du duché de Milan par l’Espagne comme commandant de l'infanterie espagnole à la bataille de Vicence, le , puis commandant en second de Prospero Colonna à la Bataille de la Bicoque () ; mais après cette victoire, c'est Colonna que Charles Quint nomme général-en-chef des armées d'Italie : la marquis d'Avalos s'estime injustement privé d'un titre qu'il convoitait ardemment, et cela au profit d'un général italien : il partit pour Valladolid pour plaider sa cause auprès de l'empereur. Charles Quint, qui le reçut plusieurs fois en audience, finit par le convaincre de se remettre sous les ordres de Colonna.