L'évolution du COE et de ses programmes est souvent rythmé par les grands enjeux du . L'assemblée inaugurale d'Amsterdam de 1948 est marquée par le clivage qui sépare les conceptions capitalistes et marxistes, et aborde le sujet de la paix. En 1951, la décision du COE de soutenir l'ONU dans son intervention en Corée occasionne une rupture durable avec l’Église de Chine et d'importantes tensions Églises des pays communistes. L'Assemblée de 1954 à Evanston, dans le contexte de la Guerre froide, le COE est un lieu de dialogue entre l'Ouest et l’Est, amorçant le dialogue avec les Églises orthodoxes et, par ailleurs, encourage le ministère des Églises pour le développement et poursuit ses activités auprès des pauvres, des migrants et des réfugiés.