Pada tanggal 10 November 2001, Theys Hiyo Eluay diculik dan lalu ditemukan sudah terbunuh di mobilnya di sekitar Jayapura. Menurut penyidikan yang dipimpin oleh Kepala Kepolisian Daerah Papua Jenderal I Made Mangku Pastika, yang juga memimpin penyidikan peristiwa Bom Bali 2002, ternyata pembunuhan ini dilakukan oleh oknum-oknum Komando Pasukan Khusus (Kopassus). Beberapa anggotanya, antara lain Letkol Hartomo, berikutnya Letkol Hartomo tidak dipecat namun hanya ditahan selama 3 tahun. Dunia Internasional mengecam pembunuhan Eluay ini.