Den nationale bevægelse i Sønderjylland i 1840-erne havde Johannsen ingen sympati for, men han var kongetro til det yderste og blev 1848 afsat af oprørerne. I september samme år blev han tillige med Carl Moltke og biskop Jørgen Hansen medlem af "Den kongelige Immediatkommission til fælles Bestyrelse af Hertugdømmerne Slesvig og Holsten", som aldrig kom til at træde i virkelig funktion, overtog under våbenstilstanden 1849 atter sin amtmandspost i Haderslev, kommitteredes 1850 til direktør for Overjustitskommissionen for Hertugdømmet Slesvig og udnævntes samme år til gehejmekonferensråd. Han døde 21. maj 1851 i Flensborg.