斯托伊科维奇共为国家队出场84次，打进15球。由于历史原因，他先后代表的是南斯拉夫社会主义联邦共和国和南斯拉夫联盟共和国。其中，代表前者参加了1984年欧洲足球锦标赛和1990年世界杯足球赛，代表后者参加了1998年世界杯足球赛和2000年欧洲足球锦标赛。他首次代表国家队出场是在1983年11月12日，对阵法国；而最后一次则是在2001年7月4日，对阵日本。