Sau khi được chuyển giao về cho Xi măng Hải Phòng quản lý, câu lạc bộ ngay lập tức thi đấu khởi sắc trong mùa bóng đầu tiên quay trở lại V-League và giành hạng Ba chung cuộc tại Giải vô địch bóng đá quốc gia năm 2008 dưới sự dẫn dắt của huấn luyện viên Vương Tiến Dũng. Tại mùa giải ngay sau đó, đội góp phần đánh dấu hai cột mốc cho sự phát triển của bóng đá Việt Nam khi thành công trong việc ký hợp đồng với cựu tuyển thủ Brasil, nhà vô địch World Cup 2002, Denílson về thi đấu cho đội tại giai đoạn 2 V-League 2009. Đây là cầu thủ tên tuổi nhất về thi đấu tại Việt Nam tính đến thời điểm đó. Việc thứ hai là hội cổ động viên bóng đá Hải Phòng chính thức trở thành hội cổ động viên đầu tiên của Việt Nam được thành lập theo quyết định của Ủy ban nhân dân thành phố, có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng.Đội lúc đó có thêm nhiều cầu thủ nổi bật như thủ môn Đặng Tuấn Điệp,Đinh Xuân Việt,các hậu vệ Bùi Trọng Nghĩa,Mai Ngọc Quang,Đào Thế Phong,Ngô Anh Tuấn,Lê Bật Hiếu,các tiền vệ Nguyễn Minh Châu,Đặng Hồng Trường,Đồng Đức Thắng,các tiền đạo Đặng Văn Thành,Leandro Oliveira,Elenido De Jesus,Nguyễn Ngọc Thanh.