La population nantaise est cependant divisée entre le peuple, montagnard, et la bourgeoisie du négoce et du barreau girondine. En juin, la municipalité de Nantes et le département de la Loire-Inférieure, acquises aux Girondins, soutiennent l'insurrection fédéraliste, mais les révolutionnaires nantais restent unis et mobilisés contre les Vendéens de l'armée catholique et royale qui menacent Nantes. Cependant le maire de la ville, Baco de La Chapelle publie un arrêté par lequel la ville déclare s'opposer à la présence dans ses murs de tout représentant en mission, le texte est contresigné par le général Beysser, commandant de la place de Nantes, qui fait également libérer des suspects. En revanche, le général Canclaux, commandant en chef de l'armée des côtes de Brest et les représentants en mission Gillet et Merlin de Thionville se montrent hostile au mouvement fédéraliste. Le 29 juin, l'armée républicaine soutenue par des volontaires nantais repousse les Vendéens lors de la bataille de Nantes, mais en Normandie les troupes fédéralistes sont vaincues à la bataille de Brécourt.