W trakcie przedsezonowych do sezonu 2013 Luthi odniósł kontuzję, przez którą opuścił GP Kataru oraz zrezygnował ze startu na amerykańskim torze Circuit of the Americas}w Austin. Do rywalizacji powrócił w trakcie trzeciej rundy na torze w Jerez. Po starcie z dziewiątej lokaty dojechał jedenasty. Z każdym kilometrem odzyskiwał siły i formę, czego dowodem było trzecie miejsce na innym wymagającym technicznie hiszpańskim obiekcie, na torze w Montmelo pod Barceloną. Warto odnotować, iż uzyskał najszybszy czas okrążenia w trakcie wyścigu. Kolejne miejsca na najniższym stopniu podium odnotował w Czechach oraz Wielkiej Brytanii, gdzie do końca liczył się w walce o zwycięstwo. Po czwartej lokacie na torze imienia Marco Simoncelliego oraz wywrotce w Aragonii, Luthi trzykrotnie mógł cieszyć się z podium. Na australijskiej Wyspie Filipa do ostatnich metrów pojedynkował się z tegorocznym czempionem Polem Espargaro. Ostatecznie w klasyfikacji generalnej zajął 6. pozycję z dorobkiem stu pięćdziesięciu pięciu punktów.