En dichos Juegos, Van Niekerk fue elegido como portador de la bandera sudafricana en la ceremonia de apertura.Debido al título mundial del 2015, era el favorito para ganar la , y tenía como serios contendientes a LaShawn Merrit y Kirani James.Logró arribar a la final en la que se ubicó en el carril ocho, el más externo, mientras que Merrit y James ocupaban el quinto y el sexto respectivamente.