Les troubles viennent également de la droite du Directoire. La répression anti-jacobine qui suit la conjuration des Égaux suscite en effet une peur de l'anarchie favorable aux royalistes. Carnot espère notamment un rapprochement en prévision du renouvellement du tiers du corps législatif pour germinal an V. Ce rapprochement reste incomplet, les demandes des royalistes étant trop élevées aux yeux du régime, notamment quant au retour des émigrés. Malgré cela, le 14 frimaire an V (4 décembre 1796), les Jacobins qui avaient été amnistiés sont à nouveau exclus des fonctions publiques, et les dernières mesures contre les prêtres réfractaires sont abrogées. L'insurrection en Vendée se poursuit, bien que perdant en intensité. Les véritables espoirs des royalistes sont en effet tournés vers le général Jean-Charles Pichegru, général en chef sur le front allemand, à leur solde. Celui-ci trahit le Directoire et s'illustre par sa passivité, qui entraîne la perte de positions face aux Autrichiens. Suspicieux, l'exécutif le rappelle finalement à Paris, où il tente sans grand succès de fomenter un coup d’État. À la fin de l'année 1796, les tentatives de restauration de la monarchie par la voie armée sont toutes en échec, mais de nouvelles élections se profilent.