Nadat Middelburg in 1574, na een beleg van twee jaar, in handen van Oranje viel, moesten alle rooms-katholieke geestelijken verplicht de stad verlaten. Alle kerken werden gesloten, gesloopt of in gebruik genomen voor de hervormde eredienst. Rooms-katholieke erediensten werden niet getolereerd en er stonden zware straffen op, maar vonden nog wel in het geheim plaats. Pas in 1678 was er weer een aanwezigheid van een Roomse kerk toen een pand aan de Blauwedijk werd ingericht als schuilkerk. In 1799 werd ook de Gasthuiskerk toegewezen. De schuilkerk, nog in gebruik als parochiekerk, raakte de jaren daarna meer in verval. Toen Koning Willem II in augustus 1841 Middelburg bezocht vroegen de toenmalige pastoor, Toorenent, en enkele kerkmeesters een audiëntie bij hem aan om deze bouwvallige staat te bespreken. Nadat Willem II op de hoogte was besteld bezocht hij zelf de parochie en beloofde de zaak te melden bij het Ministerie van Eredienst waarmee de roomse gemeente in gesprek moest gaan. Aan de Lange Noordstraat werd grond aangekocht en vanuit het Ministerie van Waterstaat werd architect J. Bourdrez aangewezen. In 1846 kon het gebouw worden geconsacreerd door mgr. Cornelis Ludovicus baron de Wijkerslooth, titulair bisschop van Curium. De Gasthuiskerk werd reeds in 1845 verkocht aan de Christelijke Afgescheiden Gemeente, de schuilkerk werd in 1847 verkocht en in 1871 afgebroken om plaats te maken voor het Kanaal door Walcheren.