Kort nadat Hamilton in 1803 overleed keerde Nelson terug naar de marine om te vechten in de napoleontische oorlogen. Hij overleed in 1805 tijdens de Slag bij Trafalgar. Vervolgens ging het snel bergafwaarts met Emma. Ze werd dikker, onderwerp van allerlei roddels en ze verkwanselde in snel tempo Hamiltons nalatenschap. Een bedrag dat Nelson in zijn testament voor haar had bestemd werd haar door de Britse regering nooit uitgekeerd. Ze stierf in 1815 in Calais, mede ten gevolge van alcoholisme, nog geen vijftig jaar oud.