Am 14. Oktober 1862 wurde Wedel zum Kommandeur des Füsilier-Bataillons im 2. Ostpreußischen Grenadier-Regiments Nr. 3 ernannt. Dort wurde er am 18. Juni 1865 Oberstleutnant und vom 27. März 1866 bis 9. Mai 1866 wieder zum Kriegsministerium kommandiert. Im Krieg gegen Österreich kämpfte Wedel 1866 er in den Gefechten von Trautenau und Tobitschau sowie der Schlacht bei Königgrätz. Am 29. September 1866 erhielt er den Kronenorden III. Klasse mit Schwertern für seine Verdienste. Zudem wurde er am 30. August 1866 Kommandeur des Infanterie-Regiments Nr. 78 in Emden ernannt und in dieser Eigenschaft am 31. Dezember 1866 mit Patent vom 30. Oktober 1866 zum Oberst befördert.