Der Aufbau der im Süden angrenzenden Seekommandantur Gascogne verzögerte sich und nahm das 1. Halbjahr 1941 in Anspruch. Während der Aufbauzeit nahm der Seekommandant Loire-Gironde zeitweise die Aufgaben des Seekommandanten Gascogne zusätzlich wahr. Anschließend wurde die Bereichsgrenze von der Gironde an die Mündung der Seudre gegenüber der Île d’Oléron verlegt. Der Stabssitz befand sich in La Baule. Ende März 1942 kam es im Rahmen der britischen Operation Chariot zum erfolgreichen Angriff auf Saint-Nazaire. Die Einheiten des Seekommandanten konnten den Angriff nicht in geeigneter Form erwidern, sodass u. a. die Trockendocks vernichtet wurden.