ב-1939 פרצה מלחמת העולם השנייה, ולינלית'גו הכריז מלחמה על גרמניה הנאצית בשם הודו. הכרזה זו נדחתה על ידי מהאטמה גאנדי שהכריז כי הודו לא תוכל להיות חלק ממלחמה שנערכת כביכול למען החופש הדמוקרטי, בעוד שחופש כזה נמנע מהודו עצמה. עם זאת, פעל לינליתג'או לשילובם של חיילי צבא הודו הבריטית בזירות הלוחמה השונות לצד צבאות האימפריה הבריטית האחרים, וחיילים אלו לחמו והצטיינו במיוחד במערכה במדבר המערבי ובשאר קרבות המערכה במזרח התיכון והמערכה במזרח אפריקה, ולאחר הצטרפות יפן למלחמה, בקרבות זירת המזרח הרחוק. בין היתר היה לינלית'גו אחראי על הקצאת הכוחות ההודים, והוא שסייע בידו של קלוד אוקינלק להעביר דיוויזיות הודיות לבצרה בשלבי הפתיחה של המלחמה האנגלו-עיראקית בשנת 1941, החלטה שתרמה לניצחון הבריטי במערכה זו, ולהקמתו של כוח עיראק שלאחר מכן היה מעורב בפלישה לסוריה וללבנון והפלישה הבריטית-סובייטית לאיראן מאוחר יותר באותה שנה.