16 marca 1919 roku Krišjānis Berķis przybył do Tallinna, gdzie spotkał się z pułkownikiem Jorģisem Zemitānsem. 22 marca podpułkownik Berķis został mianowany dowódcą batalionu rezerwowego formowanego 4. Valmierskiego Pułku Piechoty. Kiedy 31 marca na rozkaz naczelnego wodza estońskiej armii Johana Laidonera utworzono Brygadę Północnołotewską, w wyniku udanej mobilizacji, z batalionu rezerwowego utworzono do 18 maja 2 Wendeński Pułk Piechoty (2. "Cēsu kājnieku pulks"), a jego dowódcą został podpułkownik Berķis. 6 czerwca pułk dowodzony przez Berķisa nie był w stanie obronić Kiesi przed Bałtycką Landeswehrą i wycofał się do , gdzie w ciągu tygodnia udało mu się zwiększyć pułk do 2300 żołnierzy. Po wygranej bitwie pod Kiesią pułk dowodzony przez Berķisa, ścigając przeciwnika, wkroczył do Rygi 6 lipca. 6 sierpnia 1919 r. Krišjānis Berķis został mianowany dowódcą , a w październiku awansował na pułkownika. W październiku i listopadzie 1919 r. płk Berķis brał udział w walkach o obronę Rygi i wyzwolenie Pārdaugavy przeciwko białej Zachodniej Armii Ochotniczej, a w styczniu 1920 r. w walkach o wyzwolenie Łatgalii, m.in. w polsko-łotewskiej operacji dyneburskiej przeciwko Armii Czerwonej.