Su debut con la Selección Argentina fue en un partido amistoso contra Brasil el 27 de junio de 1991, siendo convocado por el entrenador Alfio Basile en preparación para la Copa América 1991. En su primer partido en dicha competencia, el 8 de julio, anotó su primer gol para el seleccionado argentino, y terminaron siendo dos durante el encuentro, ambos marcados a la selección de Venezuela. El equipo argentino se consagró campeón y Batistuta máximo goleador del torneo con 6 tantos.