Van Rooy groeide op in een katholiek gezin in de lagere middenklasse. Hij behaalde in 1971 een licentiaat Letteren en Wijsbegeerte in de Germaanse Filologie en een licentiaat in de Zweedse letterkunde aan de Rijksuniversiteit Gent. Ook specialiseerde van Rooy zich in de godsdienstwetenschap. Hij volgde colleges bij onder andere Etienne Vermeersch, Leo Apostel, en Jaap Kruithof. Van Rooy is, naar eigen zeggen, "als velen van zijn generatie begonnen als marxist," in de geest van mei '68.