המשחקים האולימפיים הראשונים חיזקו את הרגש הלאומי ביוון ובשנה לאחר מכן, לנוכח פרוץ מרד של יוונים נגד השלטון העות'מאני בכרתים, יוון התערבה צבאית וטענה כי האי נמצא תחת ריבונותה. בהתחשב בעובדה שבעודה העת היה הגנרל היחיד בצבא היווני, קונסטנטינוס פיקד על הצבא היווני במהלך המלחמה היוונית-עות'מאנית (1897), אשר הוכיחה כי יוון אינה מוכנה למלחמה כוללת נגד העות'מאנים. בעות'מאנים כבשו את תסליה והיה על יוון לשלם הון עתק בתור פיצויי מלחמה לעות'מאנים. הממשלה החדשה שלאחר המלחמה הורתה לקונסטנטינוס לפקד על הארגון המחודש של הצבא. קונסטנטינוס עקב אחר מודל המעצמות האירופאיות בארגון המחודש, בעיקר של צבא הקיסרות הגרמנית. עם הארגון המחודש יצר קונסטנטינוס גרעין צבאי של קצינים הנאמנים לו בצורה אישית. ההנהגה הצבאית של הקצינים הללו עוררה מרות מצידם של הקצינים בדרגות הנמוכות יותר. ההתנגדות הזאת מצד הקצינים בדרגות הנמוכות הובילה אותם להנהיג את ארגון "הליגה הצבאית" שביצעה הפיכה צבאית נגד הפרלמנט והעלתה לשלטון את אלפתריוס וניזלוס בתפקיד ראש ממשלת יוון.