Bien que la majorité des F.K.51 furent employés comme des avions d'entraînement élémentaire aux Pays-Bas ou dans des rôles de reconnaissance par l'Aviation militaire de l'armée royale des Indes néerlandaises aux Indes néerlandaises, vingt-huit avions furent vendus clandestinement au gouvernement républicain espagnol lors de la guerre civile espagnole, en dépit d'un embargo néerlandais sur la vente d'armes aux deux belligérants de ce conflit. Certains de ceux qui arrivèrent en Espagne furent utilisés comme bombardiers légers par les Républicains dans la région espagnole de Cantabrie. Les F.K.51 étaient en usage dans les écoles royales de pilotage néerlandaises durant les premiers mois de la Seconde Guerre mondiale, en entraînant les jeunes pilotes hollandais, mais avec l'invasion allemande de la Hollande le , les F.K.51 furent jugés désuets et la plupart n'ont jamais pris l'air étant trop lents et vulnérables. La majorité des F.K.51 ont été détruits lors d'attaques au sol par des avions de la Luftwaffe.