Le , Nimeiry, soutenu par son second vice-président (originaire de l'extrême sud du pays et commandant de l' pendant la première guerre civile), met fin à l'autonomie du Soudan du Sud par l'ordre républicain numéro 1, qui divise celui-ci en trois sous-régions distinctes (l'Équatoria, le Nil Supérieur et le Bahr el-Ghazal), auxquelles vient s'ajouter la province pétrolifère d'Unité. Ce décret violant la constitution de mai 1973 (qui précise que l’accord d’Addis-Abeba ne peut être modifié que par un vote des trois quarts à l’Assemblée nationale suivie d’une majorité d'un vote des deux tiers lors d'un référendum populaire dans le Sud) enterre définitivement le moribond accord d'Addis-Abeba (maintes fois remis en cause depuis le début des années 1980). Cette décision précipite la reprise des hostilités dans le Sud. Le , Nimeiry se sert de la situation délétère dans le Sud comme d'un prétexte pour décréter l'état d'urgence qu'il finit par lever cinq mois plus tard.