Il rientro di Napoleone dall'Egitto gli consentì di riprendere quota. Per il sostegno nel colpo di Stato del 18 brumaio, Napoleone lo ricompensò riassegnandogli il comando dell'armata del Reno. Al comando dell'armata il 3 dicembre 1800 riportò la vittoria di Hohenlinden sulle truppe austriache dell'arciduca Giovanni e del generale Kray, il che fece nuovamente risalire la sua popolarità. Tuttavia la condotta di Moreau in quella campagna non soddisfece Napoleone. Il giovane console aveva previsto e chiesto un diverso spiegamento delle forze al nord: un forte concentramento di truppe sull'attraversamento del Reno a Sciaffusa e la distruzione del nemico con rapida avanzata verso Vienna. Moreau disobbedì agli ordini del Bonaparte dispiegando le sue truppe su un fronte molto più ampio e perdendo così tempo ed efficacia. Napoleone non osò mettersi contro un generale più anziano di lui e molto popolare, nei primi tempi di consolato, ma se la legò al dito. In quell'anno Moreau sposò una bella creola, M.lle Hulot, frequentatrice della moglie di Napoleone Giuseppina. La suocera di Moreau era una donna molto ambiziosa, intrigante e dominatrice: molto presto riuscì a dominare, oltre alla figlia, anche il genero (Napoleone lamenterà questo cambiamento di carattere di Moreau a seguito del matrimonio, nelle sue memorie).