Habibiemu se skutečně podařilo uklidnit napětí v zemi, začal pracovat na demokratizaci země, stabilizoval ekonomiku a zahájil jednání s čínskou menšinou, která se stala obětí útoků při nepokojích roku 1998. Připravil též rozsáhlý program umožňující indonéským studentům studium v zahraničí, zejména v USA, Evropě a Japonsku. Zvolil ovšem zvláštní, často kritizovanou, taktiku v otázce Východního Timoru, který Indonésie považuje za svou provincii, který však chce být nezávislým státem. K překvapení světových politiků Habiebi svolil, aby se ve Východním Timoru konalo roku 1999 referendum, v němž si Timořané měli zvolit mezi nezávislostí a autonomií v rámci Indonésie. Drtivě zvítězila varianta nezávislosti, při stahování indonéských vojáků však došlo k rozsáhlému krveprolití, které znamenalo velkou mezinárodní krizi, již řešili jednotky OSN (INTERFET), v nichž značný podíl měla Austrálie, která na referendum v Timoru také nejvíce tlačila.