באותה שנה, מת פרננדו השני, מלך שתי הסיצליות, ופרנצ'סקו בעלה עלה לשלטון במקומו. זמן קצר לאחר שלטונו, נחתו "החולצות האדומות" של ג'וזפה גריבלדי בסיציליה, ועד מהרה כבשו את כולה. פרנצ'סקו ומריה סופיה, התבצרו בעיר הבירה של ממלכתם, נאפולי, אולם עד מהרה פלש גריבלדי גם אל חצי האי האפניני, והם נאלצו לנטוש את נאפולי. באוקטובר 1860 הובס צבאם בקרב וולטורנו, והם נמלטו עם חייליהם המובחרים אל מצודת גיאטה - 80 ק"מ מנאפולי. בהמשך אותו החודש, נכנע גריבלדי בפני צבאו של ויטוריו אמנואלה השני, מלך סרדיניה, אשר מעתה ניהל את המצור על גיאטה. המצור נמשך שלושה חודשים, ופרנצ'סקו ומריה סופיה פנו לשליטים רבים בבקשת עזרה, אולם לשווא. במהלך המצור, כונתה מריה סופיה בעולם "המלכה הלוחמת", כיוון שעמדה לצד חייליה בחזית, עודדה אותם, טיפלה בעצמה בפצועים, חלקה עמם את מזונה, ובעצמה התגרתה בתוקפים.