1858 wurde er in den Kongress der Union Mexiko und zum Präsidenten desselben gewählt, lehnte den ihm von Benito Juarez angebotenen Ministerposten ab, flüchtete nach dem Sieg der Franzosen bei Puebla 1863 mit der Regierung in den Norden, nahm dann in San Luis Potosí das Ministerium des Äußeren an. Er führte als Anhänger Benito Juarez' ein unstetes Leben, bis dieser siegte.