Током рата и геноцида у Руанди избеглице из Руанде су створиле велику избегличку кризу у региону Великих језера. Букаву је постао центар Хуту побуне против владе Тутсија у Руанди. Војска из Руанде је због тога напала Букаву новембра 1996. што је иницирало Први рат у Конгу. Око Букавуа је било спорадичне пуцњаве између снага владе у Конгу и побуњеника, што се наставило у Другом рату у Конгу и у 2004.