В июне 1918, после падения советской власти, арестован в Томске, вывезен Пепеляевым на Урал и содержался в Екатеринбургской тюрьме. Когда в Екатеринбургской тюрьме начал свирепствовать тиф, тюремная администрация предложила Чепалову взять на себя руководство по борьбе с эпидемией. Чепалов лечил не только арестантов, но и тюремную администрацию. Когда же сам Чепалов заболел тифом, тюремная администрация поместила его в санитарный барак на том основании, что томичи, вывезенные Пепеляевым, особого ухода не заслуживают.