Погиб от удушья 19 апреля 1943 года вместе с семьёй при пожаре в подвале дома по , 6 при подавлении восстания в варшавском гетто. Все его взрослые дети с семьями также погибли в Варшавском гетто. Памятный кенотаф Гершона Сироты был установлен на Геншенском кладбище уже после войны.