2001 року молодого спеціаліста було обрано новим головним тренером національної збірної Мексики. Керував національною командою в рамках розіграшу Кубка Америки 2001 року, що проходив у Колумбії і де мексиканці здобули «срібло». Очолювана Агірре команда була також учасником розіграшу Кубка Конфедерацій 2001 року, розіграшу Золотого кубка КОНКАКАФ 2002 року та фінальної частини чемпіонату світу 2002 року в Японії і Південній Кореї, де мексиканська збірна впевнено пройшла груповий етап, втім вже в 1/8 фіналу поступилася збірній США.