Il 18 agosto 2013 perde la Supercoppa italiana 2013 contro la Juventus subendo 4 gol. Il 19 settembre 2013 durante la gara di Europa League Lazio-Legia Varsavia, indossa per la prima volta la fascia di capitano. Il 20 maggio 2015 perde la finale di Coppa Italia dove la Lazio viene sconfitta dalla Juventus per 2-1. La quinta stagione si apre l'8 agosto 2015, giocando da titolare e perdendo la Supercoppa italiana 2015, per 2-0, contro i Campioni d'Italia della Juventus. Il 17 maggio 2017 perde la sua seconda finale di Coppa Italia poiché la sua squadra viene superata, per 2-0, dalla Juventus. Nel febbraio del 2017 viene messo fuori rosa dalla sua squadra: la società non ha mai chiarito in modo ufficiale le motivazioni, giustificate dai frequenti problemi fisici e, nonostante sia circolata anche un'ipotesi di reintegro, Marchetti non ha più disputato un incontro ufficiale fino alla scadenza del suo contratto.