Vier Jahre nach dem Beginn seiner Profikarriere in Portsmouth debütierte Anderton am 9. März 1994 unter Trainer Terry Venables für die englische A-Nationalmannschaft gegen Dänemark (1:0). Kurz darauf wurde er Stammspieler und im Verlauf der Euro 1996 im eigenen Land, bei der England das Halbfinale erreichte, war er an der Seite von Spielern wie Paul Gascoigne, Alan Shearer und Steve McManaman ein wichtiger Bestandteil der „Three Lions“. Dabei traf er in der spannenden Verlängerung gegen den späteren Europameister Deutschland nur den Pfosten und verpasste das mögliche Golden Goal knapp.