La JSL rimase il campionato nazionale fino al 1980, quando le sempre più pressanti richieste di organizzare una lega professionistica ebbero il sopravvento. La J. League, primo campionato professionista della nazione, debuttò con i primi incontri nel 1993. Successivamente il calcio giapponese ha fatto passi da gigante. Nel 1998 la squadra giapponese ha raggiunto per la prima volta le fasi finali della Coppa del Mondo, mentre nel 2002, il Giappone ha ospitato insieme alla Corea del Sud le fasi finali del campionato mondiale. La squadra maschile vanta il numero maggiore di vittorie nella Coppa delle nazioni asiatiche, quattro, ottenute nel 1992, 2000, 2004 e 2011. La squadra femminile ha vinto nel 2011 il campionato del mondo di categoria, battendo ai calci di rigore la selezione americana e aggiudicandosi il primo titolo; le ragazze giapponesi hanno anche conquistato la medaglia d'argento ai giochi di Londra nel 2012.