Po skončení První balkánské války v roce 1912 bylo na Balkáně provedeno nové stanovení hranic, a díky němu se nádraží v Gevgeliji stalo pohraničním. V letech 1918 až 1991 bylo součástí sítě Jugoslávských železnic a po roce 1991 připadlo v souvislosti s rozpadem země Severní Makedonii. V roce 2015 se stalo nádraží jedním z dějišť evropské migrační krize, neboť přes něj od srpna 2015 přecházely tisíce uprchlíků, převážně ze zemí Blízkého východu. V blízkosti nádraží z jižní strany vznikl improvizovaný uprchlický tábor a zasahovala severomakedonská policie i armáda.