En diciembre de 1934 había sido nombrado delegado Regional de los Requetés e intervino muy activamente, durante la primavera de 1936 en las negociaciones entre los militares golpistas, a los que representaba Emilio Mola, y las fuerzas paramilitares carlistas, a fin de consumar el Golpe de Estado en España de julio de 1936 que llevaría a la Guerra Civil Española. En vísperas de la sublevación, fue detenido en Burgos, el 17 de julio de 1936, cuando se dirigía en avión hacia Lisboa y realizaba una escala técnica en esa ciudad. La finalidad del viaje era encontrarse con el general José Sanjurjo, otro de los militares rebeldes junto a Franco y Mola, también implicado en el inminnente Golpe de Estado de 1936, huido a Portugal tras la Sanjurjada, su fallido intento de golde de Estado en 1932. Lizarza fue llevado a la cárcel Modelo de Madrid, donde permaneció preso hasta ser la capital de España ocupada por las tropas del general Franco. Durante la denominada «Matanza de la prisión Modelo» —la noche del 22 al 23 de agosto de 1936—, a pesar de ser un destacado dirigente derechista, logró salvar la vida.