Der Untergang der Minoer ist bis heute ungeklärt und bietet schon seit Anfang des 20. Jahrhunderts Stoff für Spekulationen. James Baikie veröffentlichte 1910 ein Buch, in dem erstmals der Ausbruch der Vulkaninsel Thera (Santorin) für das Ende der Minoer verantwortlich gemacht wird. Der griechische Archäologe Spyridon Marinatos griff diese Idee 1939 auf und veröffentlichte seine Theorie, wonach der Ausbruch um das Jahr 1500 v. Chr. sämtliche minoischen Küstenstädte zerstört haben müsse. Direkte Folgen der Thera-Eruption waren Tsunamis an der Nordküste Kretas, die Schäden an der minoischen Flotte und den Küstensiedlungen verursacht haben. Zwischenzeitliche Annahmen, dass die Eruption zu schwach war, um die Kultur nachhaltig zu beeinträchtigen, wurden durch neuere Forschungsergebnisse widerlegt. Sie kann den Untergang der Minoer jedoch nicht direkt herbeigeführt haben, da die minoische Kultur noch rund einhundert Jahre nach dem Ausbruch existierte (SM I B), neue Keramikstile hervorbrachte und Fernhandel trieb. Der Ausbruch und der ihn begleitende Tsunami wird auf ca. 1645 v. Chr. (± 20 Jahre) datiert. Die archäologischen Funde sprechen jedoch gegen eine plötzliche Zerstörung der minoischen Kultur durch die Eruption.