קיימים מספר עימותים צבאיים בין-גלקטיים ביקום הבדיוני של בבילון 5. הסיפור מתחיל כאשר נבנית תחנת חלל כסמל לשלום מתוח שקם מההריסות של מלחמה שכמעט הביאה להשמדתו של גזע האדם בעקבות טעות אנוש. שלום זה עומד בפני מבחן כאשר מלחמה חדשה עומדת בפתח. מלחמתם של הסנטאורים בנארנים מוצגת, כאשר זו מתחילה כסכסוך על טריטוריות ומגיעה לכיבוש, עבדות (דרך השימוש בנשק להשמדה המונית) ובסופו של דבר לאחדות כנגד אויב משותף. מלחמה זו מהדהדת את המלחמות של ימינו, כדוגמת מלחמת המפרץ, משבר הטילים בקובה ופלישתה של ברית המועצות לפראג, כאילו באה להמחיש שהאירועים הקשים אכן התרחשו כתוצאה מאיבה רבת שנים וחוסר היכולת להגיע לפשרה.