Вместе с полком, в чине коллежского асессора (1808), принимал участие в Русско-турецкой войне 1806—1812 годов, в ходе которой получил контузии. Перед началом Отечественной войны 1812 года 42-й егерский полк был расформирован, Шлегель занял должность старшего лекаря 5-го егерского полка и принял участие в войне с французами. Дошел до Парижа, за участие в сражении под Лейпцигом был награждён орденом Св. Владимира 4-й степени. По возвращении из Франции, в конце 1816 года, по собственной просьбе ушел в отставку. Но в июле 1818 году он снова попросился на службу в военно-медицинское ведомство и был причислен к Главной квартире 2-й армии в качестве помощника генерал-штаб-доктора этой армии. Когда в сентябре 1819 года в Бессарабии вспыхнула чума, Иван Шлегель предложил свои услуги и был направлен в Кишинев, где боролся с эпидемией. В конце мая 1820 года он вернулся в Тульчино. За своё участие в ликвидации эпидемии чумы был награждён орденом Св. Анны 2-й степени и в июле 1820 года был назначен дивизионным доктором 16-й пехотной дивизии. В марте 1828 года И. Б. Шлегель был назначен главным медиком 2-й армии. В этом же году ему снова пришлось вступить в борьбу с чумной эпидемией, на этот раз в Бухаресте и других городах Румынии.