После окупације Југославије, 1941. године, укључио се у припреме за оружану борбу. Живећи полуилегално, заједно с осталим комунистима Боке организовао је састанке, реорганизовао партијске организације, учествовао у организовању разних курсева у којима се омладина припремала за наступајуће догађаје. После напада Немачке на Совјетски Савез, јуна 1941. године, Ђурковић и остали истакнути комунисти прешли су у илегалност, чекајући директиву за почетак оружане борбе. Као прва личност у партијској организацији Боке, после формирања прве Кривошијске чете у данима Тринаестојулског устанка, Ђурковић је био њен први политички комесар, да би у новембру 1941. године, после формирања Орјенског партизанског батаљона, постао његов први политички комесар. Овај батаљон, сматрао се једним од најбољих на територији Црне Горе и Боке. У исто време, Ђурковић је био и члан Окружног комитета КПЈ за Никшић.