С декабря 1961 — начальник штаба 69-й бригады подводных лодок Северного флота, базировавшейся в Сайда-Губе. 1 октября 1962 в рамках операции «Анадырь» (в ходе Карибского кризиса) бригада была направлена к берегам Кубы, при этом её командованию не было дано чётких инструкций относительно возможного применения атомного оружия. Накануне отбытия Архипов специально уточнил у заместителя Главнокомандующего ВМФ адмирала В. А. Фокина: «Не ясно, товарищ адмирал, зачем мы взяли атомное оружие. Когда и как нам следует его применять?» Адмирал В. А. Фокин не смог дать ответ на этот вопрос, а начальник штаба Северного флота заявил, что оружие может быть применено в случае нападения на лодку, причинившего ей повреждения («дырку в корпусе») или по специальному приказу из Москвы.