La ciudad está ubicada en el centro del área Tumba-Ngiri-Maindombe, designada como Humedal de Importancia Internacional por la Convención de Ramsar en 2008. Mbandaka presenta un clima de selva tropical bajo la clasificación climática de Köppen. La ciudad cuenta con meses más húmedos y secos, con el mes más seco, enero con un promedio de alrededor de 80 mm de precipitación por año. Sin embargo, la ciudad no tiene una estación seca, todos los meses promedian más de 60 mm de precipitación en un año. Las temperaturas son relativamente constantes a lo largo del año, con temperaturas promedio que oscilan entre los 23 y los 26 grados centígrados durante el transcurso del año.