En , les Alliés sortent victorieux des batailles de Tarawa et de Makin dans les îles Gilbert. Début , ils s'emparent de positions extrêmement stratégiques dans les îles Marshall pendant la bataille de Kwajalein et la capture de Roi-Namur. Craignant que la base de Truk ne devienne trop vulnérable, Kobayashi ordonne le transfert des porte-avions, cuirassés, et croiseurs lourds de la Flotte combinée à Palau. Toutefois, de nombreux navires de guerre plus petits et des navires marchands étaient restés au mouillage à proximité. Une semaine plus tard, les États-Unis lancent l’opération "Hailstone" et coulent un grand nombre de navires japonais encore présents dans la rade. L'état-major de la marine impériale japonaise impute la cinglante défaite à Kobayashi et le démet de ses fonctions deux jours plus tard. Le , il est forcé de prendre sa retraite, rejoignant la réserve le lendemain.