Следующим клубом в карьере нападающего стал «Блэкберн Роверс», куда он перебрался в начале 2002 года. Здесь Энди вновь начал показывать результативную игру, а в скором времени воссоединился с Йорком, который также продолжил карьеру в Блэкберне. 24 февраля 2002 года гол Коула в ворота «Тоттенхэма» принёс его команде победу в финале Кубка лиги. Следующие два сезона он провёл в «Фулхэме» и «Манчестер Сити», демонстрируя достаточно хороший уровень результативности. Однако начиная с 2006 года карьера Коула пошла на спад. Форварда всё чаще преследовали травмы, кроме того, он неоднократно вступал в конфликт с тренерами или партнёрами по команде, не попадая при этом в стартовый состав. 11 ноября 2008 года англичанин объявил о решении завершить игровую карьеру в возрасте 37 лет.