Nel giro della nazionale Under-21 dal 1992 al 1996, con gli "azzurrini" conquistò gli Europei di categoria nel 1994 e 1996: in quest'ultima manifestazione disputò da capitano e con buon rendimento la finale contro la Spagna; la partita si decise ai tiri di rigore, e le due parate del portiere azzurro Angelo Pagotto resero ininfluente l'errore di Panucci, che calciò a lato.