Perikles d. J. wurde 407 v. Chr. dann tatsächlich zu einem der zehn athenischen Strategen (Feldherrn) gewählt, die den bisherigen Oberbefehlshaber Alkibiades, der beim athenischen Volk in Ungnade gefallen war, ablösen sollten. Das Amt brachte ihm jedoch wenig Glück. Er konnte zwar gemeinsam mit den anderen Admirälen in der Schlacht bei den Arginusen für seine Vaterstadt Athen einen wichtigen Sieg erringen, wurde jedoch danach im sogenannten Arginusenprozess gemeinsam mit seinen Kollegen Aristokrates, Diomedon, Erasinides, Thrasyllos und Lysias unschuldig zum Tode verurteilt und 406 v. Chr. hingerichtet.