A mexikói háború után Winfield Scott személyzeti parancsnokaként működött. Amikor kitört az amerikai polgárháború, akkor szinte természetes volt, hogy Irvin McDowell lesz az északiak parancsnoka, hiszen Scott már túl idős és beteg volt ahhoz, hogy lóra üljön és sereget vezessen. Sajnos a déliek különválása után az északiakat az a meggyőződés uralta, hogy egy nagy csatában le lehet győzni a déli lázadókat, hiába hangoztatta Winfield Scott altábornagy és Irvin McDowell vezérőrnagy, hogy az önkéntesek még nincsenek kiképezve és hiányos a felszerelés, s az ellátmány is. A hadszervezeti rendszerrel is gond volt, az európai tapasztalatokkal bíró tisztek (McDowell, George B. McClellan, William B. Franklin, stb.) tudták, hogy ezredekkel, dandárokkal nem lehet egy háborút megnyerni, nemzeti hadsereget kell szervezni. Ez ismeretlen volt az Egyesült Államokban, hiszen az angol gyarmati háborúkat ezredekkel és dandárokkal vívták, sőt még Scott tábornok is ezredekkel és dandárokkal nyerte meg a mexikói-amerikai háborút. A politika felülírta a hadászat racionális érveit, el kellett indulni Richmond bevételére. Ebből származott az első Bull Run-i csata (1861. július 21.), elvesztette a csatát McDowell, mert fiatal, hitványul kiképzett újoncai nem tudták elfoglalni a kijelölt hadállást, s pánikba estek, egészen Washingtonig menekültek. A szintén alig kiképzett konföderációs újoncok nagyobb kohéziós erővel rendelkeztek, tartani tudták állásaikat. Irvin McDowell jól képzett tiszt volt, ha tisztességesen kiképzett sereget bíztak volna rá, talán jó hadvezérnek bizonyult volna, azonban sem az északiak, sem a déliek területén nem létezett jól kiképzett katona vagy alakulat 1861-ben. McDowell nem úszhatta meg a Bull Run-i vereséget következmények nélkül, leváltották, s helyébe George B. McClellant nevezték ki.