Anche la stagione 2017-18, la terza e ultima in Baviera, vede il cileno subito vincente, con i "Roten" che il 5 agosto s'impongono in Supercoppa battendo nuovamente ai rigori il Borussia Dortmund, in seguito al 2-2 dei tempi regolamentari. Per il terzo anno consecutivo Vidal si aggiudica con largo margine la Bundesliga; ancora una volta però il finale di annata, che per lui termina anzitempo il 17 aprile 2018 a causa di un intervento chirurgico al ginocchio destro, risulta indigesto alla squadra tedesca, nuovamente eliminata dal Real Madrid nel doppio confronto della semifinale di Champions League, e perdente 1-3 nella finale della Coppa di Germania del 19 maggio contro l'.