После Октябрьской революции Малаховский в рядах большевиков, член ВКП(б) с 1918 года, председатель временного революционного Богучарского комитета. Начальник Богучарского боевого участка, принимал активное участие в создании красногвардейских отрядов, свёл эти отряды в регулярный 103-й Богучарский полк, в дальнейшем командир Богучарского полка. В составе 1-й экспедиционной дивизии принимал участие в подавлении Вёшенского восстания. Весной 1919 года Богучарский полк вошёл в состав 40-й стрелковой дивизии, 8-й армии Южного фронта РСФСР. Малаховский — командир 353-го Богучарского полка, затем командир бригады 40-й стрелковой дивизии. В 1920 году Малаховский, приказом РВСР № 598 был награждён высшей наградой РСФСР — Орденом Красного знамени за номером 23, именными золотыми часами ВЦИК. После разгрома войск Деникина, участвовал в операциях по уничтожению разрозненных групп неприятеля на Кавказском фронте, затем вновь на Южном фронте, против Врангеля. За всю гражданскую войну Малаховский был 20 раз ранен и один раз контужен. После окончания боевых действий — командир 21-й кавалерийской дивизии.