Salem e Rios iniziano così a lavorare per otto anni in varie operazioni militari segrete finanziate dagli Stati Uniti fino agli eventi dell'11 settembre. Essi vengono inviati a infiltrarsi in una base missilistica (abbandonata dai sovietici dalla fine della Guerra Fredda) e usata da Al-Qaida. I loro obiettivi sono distruggere dei missili a medio-raggio M-11, la eliminazione di Mohammed Al-Habiib e il salvataggio di Brian Hicks (un altro agente operativo SSC che è stato catturato cercando di completare gli stessi obiettivi). Dopo aver trovato la prova che Hicks cercava di trattare qualcosa con Al-Habiib, i due riescono a salvare il compagno ferito che appare però infettato da un virus. Dopo aver ucciso Al-Habiib, i due distruggono una carica di testate chimiche con l'aiuto di un hacker, che opera sotto il nome di "s3kShUn8" (Section Eight).