За время после Сен-Жерменского мира Колиньи овладел доверием короля, что вызывало раздражение как королевы-матери, так и Гизов. Бракосочетание Генриха Наваррского и Маргариты Валуа обернулось страшной резнёй гугенотов на улицах Парижа и других городов, вошедшей в историю как Варфоломеевская ночь. Среди жертв насилия был и Колиньи, которому Генрих Гиз отомстил за убийство своего отца. Особенностью конфликта стало фактическое отсутствие полевых боевых действий и сражений. Война свелась главным образом к двум осадам — Ла-Рошели и Сансерра под руководством герцога Генриха Анжуйского. Попытки выбить гугенотов из Сансера и Ла-Рошели, впрочем, закончились безрезультатно. В 1573 году был издан эдикт, подтвердивший право гугенотов на отправление протестантских обрядов в Ла-Рошели, Монтобане и Ниме.