Zur mittelalterlichen Geschichte des Ortes ist nichts bekannt. Im 16. Jahrhundert gehörte Bagalkot zum Vijayanagar-Reich. Von 1664 bis 1755 stand es unter der Herrschaft des Nawab von Savanur. Danach wechselte der Besitz der Stadt mehrmals zwischen dem Marathenreich und Hyder Ali von Mysore. Im Dritten Marathenkrieg wurde sie schließlich 1818 von den Briten erobert. Die Briten gliederten Bagalkot als Teil des Distrikts Bijapur der Präsidentschaft Bombay in Britisch-Indien ein. Nach der indischen Unabhängigkeit kam die Stadt 1956 durch den "States Reorganisation Act" an den nach den Sprachgrenzen des Kannada geschaffenen Bundesstaat Mysore (1973 umbenannt in Karnataka). Seit 1997 ist Bagalkot Distrikthauptstadt.