לבקשת אחיו, פיקח קנדי על פעילות ה-CIA נגד פידל קסטרו לאחר הפלישה למפרץ החזירים. הוא גם סייע לפתח את האסטרטגיה לביצוע סגר ימי על קובה במהלך משבר הטילים בקובה במקום פעולה צבאית שהייתה מובילה למלחמה גרעינית. קנדי היה ניצי יחסית ובהתחלה תמך בפעולה צבאית, אולם לאחר מכן העדיף להרגיע את האזור.