Fin 1996 et début 1997, la restructuration de la Scuderia se poursuit. Le directeur technique John Barnard, jugé ingérable par Todt, est remplacé par Ross Brawn, avec lequel Schumacher avait collaboré efficacement chez Benetton. Peu de temps après, Brawn est rejoint par le concepteur Rory Byrne, également un ancien de chez Benetton. Malgré une monoplace inférieure à la Williams, Schumacher joue le titre mondial face à Jacques Villeneuve, mettant notamment à profit son habileté sous la pluie (comme à Monaco ou en France) et profitant des quelques erreurs de ce dernier. Il aborde l'ultime manche de la saison, à Jerez, en tête du championnat du monde mais il se rend coupable d'une manœuvre litigieuse sur Villeneuve lors de l'attaque fatidique du Canadien qui non seulement l'envoie finir sa course dans un bac à sable, mais lui vaut en outre d'être déclassé du championnat par la FIA.