Laboulaye tuki ahkerasti Pohjoisvaltioita Yhdysvaltain sisällissodassa ja vapautta puolustavan Abraham Lincolnin uudelleenvalintaa. Vuonna 1865 Yhdysvaltain kongressi sääti yksilönvapaudet turvaavan ja orjuuden lakkauttavan 13. lisäyksen perustuslakiin. Samana vuonna Laboulayesta tuli Ranskan emansipaatiokomitean puheenjohtaja; komitea pyrki muun muassa avustamaan vapautettuja amerikkalaisorjia. Laboulayeen teki suuren vaikutuksen orjuuden kieltäminen Yhdysvalloissa ja demokratian voitto. Abraham Lincolnin murha pian sodan jälkeen järkytti ranskalaisia laajasti, ja Laboulaye ehdotti, että maat juhlistaisivat ystävyyttään ja yhteisiä ihanteitaan rakentamalla yhdessä vapauden ja Yhdysvaltain itsenäisyyden monumentin.