Nach dem sowjetischen Einmarsch in Ostpolen Mitte September 1939 wurde Czapski mit seinem Regiment an die Ostfront kommandiert. Er geriet Ende September in sowjetische Kriegsgefangenschaft und wurde in das Sonderlager Starobelsk deportiert. Er gehörte zu den insgesamt 394 polnischen Offizieren, die dem vom Politbüro in Moskau befohlenen Massenmorden im Frühjahr 1940 entgingen, in seinem Fall offenbar wegen einer Intervention des Auswärtigen Amtes in Berlin. Insgesamt fielen den von der sowjetischen Geheimpolizei NKWD begangenen Massakern bei Katyn, Charkow, Kalinin und anderen Orten rund 22.000 polnische Offiziere, Staatsbeamte und Intellektuelle zum Opfer. Im Lager versuchte Czapski trotz Kälte, Hunger und Krankheit, sich durch ein Tagebuch geistig aufrecht zu halten und zeichnete seine Gemälde aus dem Gedächtnis nach. Die Häftlinge mussten keine Zwangsarbeit leisten. Einige Gefangene organisierten Lesungen zu Themen aus verschiedenen Wissensgebieten. Czapski sprach über polnische Malerei, Proust und Delacroix.