En 1942, Jodl ayant appuyé Halder lorsqu'il s'est opposé à l'opération Fall Blau, Hitler prévoit de le remplacer par le général Friedrich Paulus. Il lui est reproché d'avoir protégé les responsables de l'armée du Caucase contre Hitler, en affirmant qu'ils avaient suivi les ordres du Führer. Durant la crise de , qui a pour objet la gestion des opérations dans le Caucase, Jodl affronte une nouvelle fois Hitler, et y perd la position de conseiller pour la conduite de l'ensemble des opérations. Après la débâcle de Stalingrad, le projet de remplacer Jodl est abandonné.