เมืองนี้ถูกกล่าวถึงครั้งแรกในปี ค.ศ. 1158 ฝ่ายคาทอลิกมิวนิกต่อต้านการปฏิรูปศาสนาอย่างรุนแรงและเป็นจุดแตกทางการเมืองในช่วงที่เกิดสงครามสามสิบปี แต่ไม่เคยเกิดการปะทะกันโดยตรงแม้จะถูกยึดครองโดยชาวโปรเตสแตนต์สวีเดน เมื่อภูมิภาคไบเอิร์นถูกสถาปนาขึ้นเป็นอาณาจักรอธิปไตยในปี ค.ศ. 1806 มิวนิกกลายเป็นศูนย์กลางศิลปะ สถาปัตยกรรม วัฒนธรรม และวิทยาศาสตร์ที่สำคัญของยุโรป ในปี ค.ศ. 1918 ระหว่างการปฏิวัติเยอรมัน ราชวงศ์วิทเทิลส์บัค ซึ่งปกครองไบเอิร์นมาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1180 ถูกบังคับให้สละราชสมบัติในมิวนิก หลังจากนั้นได้มีการประกาศตั้งสาธารณรัฐสังคมนิยมซึ่งมีอายุเพียงไม่นาน ในช่วงคริสต์ทศวรรษที่ 1920 มิวนิกกลายเป็นบ้านของกลุ่มการเมืองหลากหลาย รวมถึงกลุ่ม NSDAP หลังจากการขึ้นสู่อำนาจของนาซี มิวนิกได้รับการประกาศให้เป็น "เมืองหลวงแห่งขบวนการ" เมืองถูกทิ้งระเบิดอย่างหนักในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 แต่ก็ได้มีการฟื้นฟูภูมิทัศน์ของเมืองกลับเป็นแบบดั้งเดิมเกือบทั้งหมด หลังสิ้นสุดการยึดครองของอเมริกาภายหลังสงครามในปี ค.ศ. 1949 ประชากรในเมืองและอำนาจทางเศรษฐกิจเพิ่มขึ้นอย่างมากในช่วงปีที่เรียกว่า "Wirtschaftswunder" หรือ "ปาฏิหาริย์ทางเศรษฐกิจ" มิวนิกเคยเป็นเจ้าภาพการแข่งขันกีฬาโอลิมปิกฤดูร้อน 1972 และเป็นหนึ่งในเมืองเจ้าภาพการแข่งขันฟุตบอลโลก 1974 และ 2006