В 1798 году был во главе фрегата «Меркурий» (в звании контр-адмирала) в составе эскадры Брюеса, что двинулась в Египет. По прибытии в Африку Наполеон Бонапарт поручил Пере возглавить Нильскую флотилию, в состав которой вошли 3 фрегата и 2 брига. Эти корабли стояли в Александрии и не участвовали в Абукирском сражении.