En total, hay protegidos unos 143.000 km² en 23 áreas que comprenden el 15 por ciento del territorio. La mayor área protegida son los humedales de Sudd, que cubren 57.000 km² y es considerado zona Ramsar, con unas 400 especies de aves, 100 especies de mamíferos y 100 especies de peces. En muchas de estas áreas se practica la caza ilegal y la ganadería.