Bodiroga po raz kolejny pojechał z reprezentacją Jugosławii na mistrzostwa Europy w roku 1999 – tym razem Jugosłowianie wywalczyli brązowe medale, a Bodiroga statystyki były następujące: średnio 14,1 pkt, 6,2 zbiórki i 4,3 asysty na mecz.