Vari eventi disastrosi come scosse sismiche e colate laviche distruggono in epoche differenti il patrimonio storico, artistico e religioso della città, come il Terremoto del 1169; più tardi nel XVII secolo accadono proprio entrambe le cose: l'Eruzione dell'Etna del 1669, dovuta alla mai cessata attività del vulcano, che con diverse colate laviche arriva fino al lato ovest della città, costeggiandola e sguarnendola nel suo lato sud, colmando il Lago di Nicito e buona parte del fiume Amenano; e il Terremoto del Val di Noto del 1693, il quale impone la totale rivisitazione dell'impianto urbanistico cittadino.