硫黄島上陸作戦より、バンカー・ヒルはマーク・ミッチャー中将率いる第58任務部隊 () の旗艦となる。沖縄戦では、沖縄水上特攻作戦に出撃した戦艦大和と第二水雷戦隊に対し、僚艦と共同して艦上機群による攻撃を行い、大和などを撃沈した（坊ノ岬沖海戦、4月7日）。