Bei der Einnahme eines zwei Kilometer westlich der Stadt gelegenen arabischen Dorfes im Zuge der Schlacht um Jerusalem richteten Irgun gemeinsam mit Lechi am 9. April 1948 das Massaker von Deir Yasin an. Über einhundert Araber wurden getötet, die meisten davon Zivilisten, darunter viele Frauen, Kinder und alte Menschen. Das arabische Dorf Deir Yasin war zuvor eine Nachbarschaftsvereinbarung mit der nahegelegenen jüdischen Siedlung Giv’at Shaul eingegangen, keine Kämpfer einer Seite aufzunehmen, um sich aus den Kampfhandlungen herauszuhalten. Während des Angriffes verschanzten sich die Dorfbewohner in ihren Häusern und leisteten Widerstand. Die militärisch ungeschulten und schlecht ausgerüsteten Angreifer scheuten den Nahkampf in den verwinkelten Gebäuden, so dass sie von Haus zu Haus gingen und Handgranaten durch die Fenster warfen. Insbesondere diese Vorgehensweise führte zu der hohen Zahl an toten Zivilisten. Benny Morris, Professor an der Ben-Gurion-Universität des Negev schreibt, dass Überlebende, unter ihnen Frauen und Kinder, anschließend auf LKWs durch Westjerusalem gefahren wurden, wo sie verhöhnt, bespuckt und mit Steinen beworfen wurden. Mindestens ein Teil dieser Vorgeführten wurde wahrscheinlich anschließend getötet. Zudem kam es zu Plünderungen, Misshandlungen und Vergewaltigungen. Jüdische Führung und Hagana verurteilten das Vorgehen, die Jewish Agency for Israel bat den jordanischen König Abdallah ibn Husain I. für das Massaker um Verzeihung, was dieser ablehnte. Vier Tage später, am 13. April 1948, massakrierten bei einem Vergeltungsangriff arabische Freischärler am Skopus-Berg einen Sanitätskonvoi, wobei 77 Juden starben und 23 verletzt wurden, die meisten davon Ärzte und Krankenschwestern.