Тереза Кунегунда се омъжва на 2 януари 1695 г. във Везел за курфюрст Максимилиан II Емануел Баварски (1662 – 1726), вдовец на ерцхерцогиня Мария Антония Австрийска (1669 – 1692). Тя е втората му съпруга. Тя има зестра от 500 000 талера. След битката при Хьохщет през 1704 г. императорът ѝ дава регентството в Мюнхен, но след три месеца тя бяга с нейния изповедник във Венеция при нейната майка и оставя децата си в Мюнхен.