Після захоплення Константинополя учасниками IV хрестового походу, монастир потрапив у руки бенедиктинців монастиря Сан-Джорджо-Маджоре, а після відвоювання міста візантійцями він повернувся в православні руки. Після османського завоювання церква була перетворена на мечеть, для потреб якої був побудований мінарет у південно-західному куті споруди. У будівлях монастиря розміщувались канцелярська школа та будинок для бідних (імарет - "супова-кухня," звідки походить турецька назва церкви) мечеті Фатих - мечеті Мехмеда Завойовника (де колись знаходилась церква Святих Апостолів). Вважається, що деякі будівлі монастиря зазнали значних пошкоджень під час пожежі, хоча навіть мінарет османського періоду, крім фундаменту, сьогодні не зберігся. Пам’ятка був відновлений у 1970 році"."