Le rôle de Waldheim, en tant qu'officier d'état-major, dans la réussite militaire de l'opération "Kozara" menée contre les partisans et qui vit des représailles sanglantes contre les populations civiles au Monténégro et en Macédoine orientale, a été mis en lumière par divers documents. Selon une enquête menée après-guerre, des détenus étaient régulièrement abattus à quelques centaines de mètres de son bureau ainsi qu'au camp de concentration de Jasenovac. Le nom de Waldheim figure sur la liste d’honneur de la Wehrmacht parmi les personnes ayant assuré la réussite de l'opération. L’État de Croatie lui remit pour son rôle la médaille d'argent de l’.