6月4日，前代表菅直人出马当选新任党首，并成为了第二任民主党籍的首相。初期菅以“脱小泽”的新内阁赢得民心，但随后因消费税发言的问题，在其領導的參議院選舉使民主黨失去参院控制權。选后，小泽派系开始对菅直人发难，小泽更在9月的代表选举中挑战菅直人的地位，然而菅直人最终连任。但是，踏进2011年后菅内阁就因三一一大地震及福岛第一核电站事故处理失当而被国民批评，同年8月被小泽等人逼宫而请辞。