Im Verlauf der Französischen Revolution und während der napoleonischen Herrschaft über Europa verkleinerte sich das Territorium des Kirchenstaats zusehends. Die Städte Bologna und Ferrara wurden schon im Ersten Koalitionskrieg 1796 ausgegliedert und bildeten zusammen mit dem Herzogtum Modena zuerst die neu gegründete Cispadanische Republik, 1797 einen Teil der Cisalpinischen Republik (ab 1802 Italienische Republik und ab 1805 Königreich Italien). 1798 wurde in Rom die Römische Republik ausgerufen, die aber schon im Herbst 1799 im Zweiten Koalitionskrieg unterging. Papst Pius VI. (1774–1799) starb jedoch als Gefangener der Revolution in Südfrankreich, sein Nachfolger Pius VII. (1800–1823) konnte nicht wie üblich in Rom, sondern musste unter österreichischem Schutz in Venedig gewählt werden. Allerdings erreichte Pius VII. bald einen politischen Ausgleich mit Napoleon, der auch zur Wiederherstellung des Kirchenstaates 1801 führte. Dieser Kirchenstaat sicherte seinen Fortbestand vor allem durch das Konkordat mit Napoléon Bonaparte vom 15. Juli 1801. Höhepunkt dieser Ausgleichsphase war die Kaiserkrönung Napoleons in Anwesenheit des Papstes am 2. Dezember 1804.