ב-7 במאי 1992 הוקם משרד ההגנה של רוסיה וחיל ההנדסה הפך לחלק ממנו ומכוחות היבשה הרוסיים של הכוחות המזוינים של הפדרציה הרוסית. מאז 1993 החיל נטל חלק במשימות הנדסיות מורכבות עבור הצבא במלחמת צ'צ'ניה הראשונה והשנייה, במלחמת גאורגיה-רוסיה ונטל חלק משמעותי בנטרול פצצות בתדמור בפרט וב בכלל. חיל ההנדסה של הכוחות המזוינים של הפדרציה הרוסית מורכבים מגופי פיקוד ובקרה צבאיים, יחידות צבאיות ויחידות משנה. כוחות הנדסה נועדו לבצע את המשימות המורכבות ביותר של תמיכה הנדסית, הדורשות הכשרה מיוחדת של כוח אדם, שימוש בציוד הנדסי, תחמושת הנדסית וציוד הנדסי.