تاریخچهٔ معاصر استفاده گسترده از اعدام‌های فراقضایی در ایران به دوران محمدرضا پهلوی بازمی‌گردد که با استفاده از ساواک به کشتن و شکنجهٔ مخالفین دست می‌زد. اگرچه پس از انقلاب اسلامی استفاده از اینگونه قتل‌ها افزایش یافت و نظام اسلامی ایران در دهه‌های ۱۹۷۰، ۱۹۸۰ و ۱۹۹۰ به صورت وسیع دست به اعدام‌های فراقضایی مخالفین خود زد. برخی از نمونه‌های آن قتل‌های زنجیره‌ای سیاسی، اعدام‌های تابستان ۱۳۶۷ و بمب‌گذاری آمیا می‌باشند.