Selama masa upacara penting tertentu, dinding samping kapel ditutupi dengan rangkaian permadani yang aslinya dikerjakan oleh Raphael untuk kapel ini, namun kemudian dirampok oleh tentara-tentara Prancis selama jatuhnya kota Roma tahun 1527 sehingga menjadi tersebar di seputar Eropa. Permadani-permadani ini menggambarkan peristiwa-peristiwa dari kehidupan Santo Petrus dan Santo Paulus seperti yang digambarkan dalam Injil dan kitab Kisah Para Rasul. Pada akhir abad ke-20, rangkaian permadani ini digabungkan dan ditampilkan kembali di dalam Kapel Sistina pada tahun 1983. Gambar rancangan untuk persiapan produksi dalam ukuran sebenarnya bagi tujuh permadani (dari sepuluh yang ada), yang dikenal dengan sebutan Gambar Rancangan Raphael, kini disimpan di London.