Pada tahun 1993, Khairul membantu Malaysia menjuarai Pestabola Merdeka dan pertandingan tersebut merupakan kejuaraan keduanya diperingkat antarabangsa selepas menjuarai Piala Kemerdekaan Indonesia pada 1992. Dia juga membantu Malaysia layak ke perlawanan akhir Piala Tiger 1996 tetapi tewas kepada pasukan Thailand. Penampilan terakhir Khairul bersama Malaysia ialah pada kejohanan Sukan SEA 1997.