I 2005 skrev en kontraktsløs Balzaretti under på en kontrakt med Torinos naborival Juventus, som da var under ledelse av Fabio Capello. Han fikk tillit av Capello og spilte seg til fast plass på førstelaget, noe som resulterte i at Juventus vant Serie A 2005–2006. Dette seriemesterskapet ble siden trukket tilbake av FIGC som følge av opprullingen av dommerskandalen i Italia i 2006. Hans første seriemål på seniornivå kom i Serie B-kampen mot FC Crotone den 17. februar 2007 (5–0).