Απών από το Βατερλώ, επειδή η εντολή του ως βουλευτής τον κράτησε στο Κοινοβούλιο, παρακολούθησε την ανατροπή του Ναπολέοντα και την επιστροφή του βασιλιά Λουδοβίκος ΙΗ΄. Τοποθετημένος από τον Fouché στους καταλόγους προγραφής με το Διάταγμα της 24 Ιουλίου 1815,"" που καταδίκασε 57 προσωπικότητες για την εξυπηρέτηση του Ναπολέοντα κατά τις Εκατό Ημέρες αφού υποσχέθηκαν υπακοή στον Λουδοβίκο ΙΗ΄, ο Μπορύ πρώτα κατέφυγε στην κοιλάδα του Montmorency, από όπου, κρυμμένος, δημοσίευσε το "Αιτιολόγηση για τη συμπεριφορά και τις απόψεις του κ. Μπορύ ντε Σεν-Βενσάν" ("Justification de la conduite et des opinions de M. Bory de Saint-Vincent")."" Μέτα, ο «νόμος περί αμνηστίας της 12 Ιανουαρίου 1816» που διακήρυξε ο βασιλιάς τον καταδίκασε σε εξορία."" Πέρασε τα χρόνια από το 1816 έως το 1819 στην εξορία μεταξύ Βελγίου, Πρωσίας (προσκεκλημένος από τον βασιλιά της Πρωσίας χάρη στην προστασία του διάσημου φυσιοδίφης Αλεξάντερ φον Χούμπολτ) και Ολλανδίας όπου ήρθε με πλαστή ταυτότητα."" Του προσφέρθηκε μια θέση Στρατηγού στη νεοσύστατη Δημοκρατία της Κολομβίας του Μπολίβαρ από τον βοτανολόγο και φίλο του (και αντιπρόεδρο) Francisco Antonio Zea, όμως την αρνήθηκε. Στις Βρυξέλλες, ο Μπορύ συνάντησε τον γνωστό καθοδηγητή της Γαλλικής Επανάστασης Εμμανυέλ Ζοζέφ Σιεγές, και μαζί με τους Auguste Drapiez και Jean-Baptiste Van Mons, ίδρυσε και έγινε ένας από τους επιστημονικούς διευθυντές των "Annales générales des Sciences physiques", που εκδόθηκαν από τον εκτυπωτή Weissenbruch από το 1819 έως το 1821."" Τα άρθρα, γραμμένα από διεθνή επιστημονικά φωτιστικά, απεικονίζονταν με λιθογραφίες τυπωμένες πρωτα από τον Duval de Mercourt, και στη συνεχεία από τον Marcellin Jobard.