W styczniu 2005 roku podpisał kontrakt z Arsenalem Według pierwotnej koncepcji trenera tego zespołu miał on zastąpić na prawej obronie Laurena, gdy ten odejdzie z klubu. Arsenal kupił Eboué za 1,5 miliona funtów. Oficjalnie do klubu dołączył 2 stycznia. 29 stycznia zaliczył debiut w nowym zespole w meczu Pucharu Anglii przeciwko Stoke. W sezonie &lt;a href="Pi%C5%82ka%20no%C5%BCna%20w%20Anglii%20%282004/2005%29"&gt;2004/2005&lt;/a&gt; zagrał jeszcze dwa razy w pucharze kraju. 26 lutego wchodząc z ławki rezerwowej w meczu z Southamptonem zadebiutował w Premier League. Występował jednak często w drużynie rezerw. W sezonie &lt;a href="Premier%20League%20%282005/2006%29"&gt;2005/2006&lt;/a&gt; Emmanuel rozpoczął sezon jako rezerwowy. Dnia 25 października zdobył swoją pierwszą bramkę w meczu z Sunderlandem w meczu Carling Cup wygranym przez Arsenal 3:0. W 2006 roku został powołany na Puchar Narodów Afryki, na którym z reprezentacją WKS zdobył wicemistrzostwo Afryki. Kilka dni po powrocie z turnieju, wobec kontuzji Laurena, pierwszy raz wyszedł w podstawowym składzie Arsenalu w lidze.Był to mecz przeciwko Liverpoolowi na Anfield Road. Jak się okazało kontuzja Laurena wykluczała go z gry do końca sezonu. Dzięki temu Eboué mógł grać w Arsenalu do końca tego sezonu.