La Révolution expulse les religieux en 1791. L'ancien monastère dont l'église avait été rebâtie sous Louis XV est confisqué, déclaré bien national et mis en vente aux enchères. Plusieurs propriétaires successifs le démantèlent partiellement, rasant notamment les cellules du grand cloître, et laissent se dégrader certains bâtiments inoccupés. A cette époque se déroule dans le marais de kerzo, à 1 km de distance de la Chartreuse, en direction d'Auray, la tragédie de l'exécution des chouans et des royalistes émigrés engagés dans l'armée anglaise et condamnés à mort par les commissions militaires d'Auray à la suite du débarquement à Quiberon (1795). Amenés au bord de tranchées creusées dans le lieu nommé dès 1795 Champ des Martyrs, ils sont fusillés par les troupes républicaines sous le commandement du général Hoche et sommairement enterrés dans ces fosses improvisées et mal comblés.