В сентябре корабль был номинирован на должность флагмана боевого сопровождения арктического конвоя PQ-18 во время перехода к Кольскому заливу (операция EV). 8 сентября присоединился к конвою с боевым эскортом из 14 эсминцев и эскортным авианосцем Avenger, прикрываемым эскортными миноносцами Wheatland и Wilton. Дальнее прикрытие этого конвоя составляли тяжелые крейсеры Norfolk, London и Suffolk. 11 сентября Сцилла отделился с эсминцами Marne, Martin, Meteor и Milne для дозаправки в Lowe Sound, на Шпицбергене по завершении которой, воссоединения с PQ-18. 14 сентября крейсер принял 209 выживших, включая раненых, спасенных тральщиками Harrier и Sharpshooter с торговых судов конвоя, потерянных от воздушных атаках с тех пор, как конвой покинул Исландию. 16 сентября крейсер с боевым эскортом и авианосцем Avenger оставил конвой, чтобы присоединится к эскорту обратного конвоя QP-14, что и сделал на следующий день. 20 сентября крейсер отсоединился от конвоя из-за растущей угрозы атак подводных лодок, и Флаг был передан на эсминец Milne. Эсминец Somali был торпедирован незадолго до отбытия крейсера и затонул на буксире три дня спустя. Сам Сцилла совершил переход, чтобы высадить выживших в Акюрейри, Исландия, в сопровождении эскортных миноносцев Wheatland, Wilton и эсминца Fury. После чего присоединился к кораблям в Скапа-Флоу, возобновив служебные обязанности с эскадрой на северо-западных подходах. В октябре его посетили премьер-министром и Стаффордом Криппс в Скапа-Флоу.