Nyár végére Bécs elég erősnek érezte a helyzetét ahhoz, hogy ultimátumot intézzen a magyarokhoz az új törvények visszavonására; amikor ezt elutasították, a horvátok segítségével nyílt fegyveres erővel lépett fel. Az előrenyomuló horvátokat a magyarok a pákozdi csatában megállították. A magyar kormány lemondott és a végrehajtó hatalom Kossuth Lajos elnökletével az Országos Honvédelmi Bizottmány kezébe került. A románok és a szerbek Bécs támogatásával fellázadtak. Október 6-én Bécsben újabb forradalom tört ki, de azt – bár a magyarok megpróbáltak a segítségére sietni – a császárhű csapatok a hónap végére elfojtották. 1848/49 telén az osztrák hadsereg betört Magyarországra és a kormányzat Debrecenbe költözött. Tavasszal azonban fordult a hadiszerencse és a magyarok visszaszorították a támadókat, visszafoglalták Budát is. Ferenc József kénytelen volt segítséget kérni I. Miklós orosz cártól (aki minden forradalmi mozgalomnak esküdt ellensége volt). Június közepén mintegy 300 ezres orosz hadsereg lépte át a határt és augusztusra az osztrákokkal közösen leverték a forradalmat. Kossuth külföldre menekült, 13 másik vezetőt kivégeztek, az országban katonai kormányzást vezettek be. A forradalomnak rövid távon így is voltak maradandó hatásai, a jobbágyok felszabadultak. Hosszabb távon, amikor 1866-ban a birodalom vereséget szenvedett a poroszoktól és az olaszoktól, az újabb felkeléstől való félelmében az uralkodó autonómiát adott Magyarországnak.