После того, как Австрия была «присоединена» к Германскому рейху, 18 марта 1938 года BBÖ перешла к Deutsche Reichsbahn. Во время Второй мировой войны (1939—1945) австрийские железные дороги использовались в агрессивной политике режима, а также в терроризме против евреев и других меньшинств. Как часть Рейхсбана они были «одной из самых важных опор национал-социалистического государства», как было заявлено в 2012 году. Без железных дорог военная логистика немецких вооруженных сил и массовые перевозки в лагеря смерти были бы невозможны. Сотни тысяч австрийцев, включая все еврейское население, были вынуждены покинуть свою родину или были депортированы в концлагеря и лагеря смерти. Эта транспортировка осуществлялась по железной дороге.