De nombreux pronostics donnent Cooper comme un des premiers choix du prochain draft. "Sports Illustrated" prédit que le joueur sera choisi au dixième choix. Jonathan Cooper est, effectivement, sélectionné au premier tour de la draft de la NFL de 2013, mais par les Cardinals de l'Arizona au septième choix. C'est la première fois, depuis 1987 et Harris Barton, qu'un offensive guard de l'université de Caroline du Nord est sélectionné au premier tour de la draft de la NFL. Il n'arrive pas à décrocher le record de la sélection la plus rapide pour un "guard" au draft, détenu par Jim Dombrowski (sixième choix) en 1986.