Es en este periodo, concretamente el 3 de julio de 2006, cuando se produce en la línea 1 de MetroValencia -cuyo mantenimiento depende de la Conselleria que él dirigió durante siete años- el accidente de metro con más víctimas sucedido hasta la fecha en Europa. Fallecieron 43 personas y otras 47 resultan gravemente heridas. Pese a ello García Antón nunca asumió responsabilidad alguna por ello, ni se le exigió por parte del presidente autonómico Francisco Camps, que en su defecto le recompensó ese mismo año con un traslado de Consellería, siendo nombrado Conseller de Medio Ambiente, Agua, Urbanismo y Vivienda, cargo que ocupó hasta el momento de su fallecimiento.