Entretemps, Masséna s'est violemment disputé avec Ney, qui, malgré son comportement brillant au cours de la campagne, a peu apprécié de servir sous les ordres du prince d'Essling ; excédé, Masséna relève Ney de son commandement et le renvoie en France. Timidement poursuivi par Wellington, Masséna décide de reprendre l'offensive afin de dégager Almeida et attaque l'armée anglo-portugaise à Fuentes de Oñoro, le . Au cours de cet affrontement qui s'étale sur trois jours, Masséna réussit à exploiter une faiblesse dans la ligne de Wellington, mais l'inaction de la cavalerie du général Lepic et l'attitude de Bessières qui refuse de lui apporter son soutien l'oblige finalement à se retirer.