En 1461, cuando Rhys ap Thomas contaba doce o trece años, un ejército Lancastriano fue reclutado en Gales debajo Jaspe Tudor, Conde de Pembroke, y desplazado a Inglaterra pero fue derrotado en la Batalla de Mortimer's Cross por Eduardo, Conde de March (el hijo mayor de Richard de York que había sido muerto unas semanas antes). El abuelo de Rhys Gruffydd ap Nicholas murió en la batalla. Al cabo de unas pocas semanas, Eduardo fue proclamado rey como Eduardo IV, y los ejércitos de Lancaster fueron derrotados en la Batalla de Towton en Yorkshire.