Lorsque la guerre éclate, le "Johan Maurits van Nassau" est à l'ancrage aux Antilles. Il est relevé par le nouveau navire-école d'artillerie HNLMS "Van Kinsbergen", lui permettant de retourner aux Pays-Bas. Le , le jour où les Allemands lancent leur "blitzkrieg", le navire est stationné comme navire de recherche et de garde à Flessingue. Immédiatement pris pour cible par des avions allemands, il en abat un d'entre-eux pendant les rudes combats. La canonnière opère dans la région pendant les jours suivants avant de recevoir l'ordre de bombarder l'aérodrome de Waalhaven à Rotterdam, qui avait été occupé par des parachutistes allemands. Il arrive alors à Hoek van Holland, mais après la perte du destroyer "Van Galen", qui couvrait la même opération, celle-ci est annulée.