W 1637 r. umarł ostatni Gryfita – Bogusław XIV. Odżyły obawy przed wcieleniem kraju do Brandenburgii-Prus. Aneksję gwarantowały układy o sukcesji z 1493 r. i 1571 r. W wyniku „ciężkiego prawa wojny” wojska domagały się coraz to nowych dostaw artykułów spożywczych, które mocno nadwerężały możliwości produkcyjne ludności. Od 1643 r. rozpoczęła się działalność partyzancka płk. Matthiasa von Krockowa (fanatycznego wroga Szwedów). Ludność podgryfickich wsi odczuła to najdotkliwiej. Za znaczną sumę pieniędzy miasto wykupiło się od dalszych najazdów. Ostatnie lata wojny trzydziestoletniej doprowadziły miasto do widocznego zubożenia. Nie przypominało już ono prężnego ośrodka handlu i wytwórczości z czasów średniowiecza. Upadły największe fortuny (w tym cech sukienników). Postanowieniem pokoju westfalskiego w Osnabrück miasto w 1648 r. zostało włączone do Brandenburgii-Prus. Nowe władze starały się pozyskać Pomorzan. Stworzone zostało kolegium pomorskiego sejmu krajowego, do którego także wchodzili przedstawiciele z Gryfic. Jednemu z nich przypadł zaszczytny tytuł landrata. W połowie XVII w. rozpoczęto odbudowę miasta, którą przerwała nowa II wojna północna zwana także „potopem szwedzkim” (lata 1655–1660).