1664 kehrte er nach Spanien zurück, um das Kommando über den Restaurationskrieg gegen Portugal zu übernehmen, der nach einer Reihe von militärischen Rückschlägen, zuletzt nach der Niederlage 1663 in der Schlacht von Ameixial in der Nähe von Estremoz desselben Juan José de Austria. Caracenas Befehlsgewalt über die spanischen Streitkräfte in Portugal währte nur kurz; er wurde entscheidend durch António Luís de Meneses in der Schlacht von Montes Claros am 16. Juni 1665 besiegt, wodurch der Restaurationskrieg faktisch zugunsten der Portugiesen beendet wurde.