Бобан је био део репрезентације која је освојила треће место на СП 1998. у Француској. Био је капитен екипе, као и на Европском првенству 1996. Направио је грешку дозволивши да Французи изједначе резултат, након само једног минута од вођства. Француска је победила са 2:1 на крају и прошла у финале, а касније и освојила првенство.