Od 1992 Metropolia Besarabii ubiegała się o rejestrację jako legalnie działający w Mołdawii związek wyznaniowy. Równolegle trwała wymiana listów między patriarchą rumuńskim Teoktystem a patriarchą moskiewskim i całej Rusi Aleksym II. W listopadzie 1993 premier Mołdawii Andrei Sangheli stwierdził, że jedynie Rosyjski Kościół Prawosławny miał prawo do prowadzenia w Mołdawii swoich placówek duszpasterskich. Rumuński Kościół Prawosławny stał na stanowisku, że placówki Patriarchatu Moskiewskiego mogą funkcjonować w Mołdawii, by zaspokajać potrzeby religijne mniejszości rosyjskiej, natomiast dominującą ludnością rumuńskojęzyczną powinni opiekować się duchowni rumuńscy. 20 października 1995 metropolia Besarabii otrzymała status egzarchatu. Równocześnie nadal nie była uznawana przez państwo mołdawskie. W latach 1992–1995 była publicznie oskarżana o podsycanie konfliktu w Naddniestrzu, podważanie autorytetu państwa mołdawskiego, destabilizację kraju, działanie jako instytucja rumuńskich tajnych służb, funkcjonowanie jako instytucja polityczna pod płaszczykiem związku wyznaniowego. Według Metropolii Besarabii doszło w tym czasie również do gróźb i fizycznych ataków na duchownych, który przyjęli jej jurysdykcję. W latach 1995, 1996 i 1997 Metropolia nadal bezskutecznie starała się o oficjalną rejestrację. W 1998 przedstawiciele administratury złożyli w tej sprawie skargę do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka. W odpowiedzi na tę decyzję rząd Mołdawii stwierdził, że od 1993 w kraju działa już prawosławny związek wyznaniowy – Mołdawski Kościół Prawosławny, natomiast Metropolia Besarabii jest instytucją schizmatycką, w dodatku filialną wobec Kościoła działającego w innym kraju. Powoływano się również na fakt, że w kraju nie ma jednostki administracyjnej o nazwie „Besarabia”. W 1999 Metropolia Besarabii ponownie otrzymała odmowną odpowiedź na wniosek o rejestrację, zaś 2001 Europejski Trybunał Praw Człowieka przyjął jej skargę do rozpatrzenia.