В 1993 году армянские силы перешли в контрнаступление и ко 2 апреля 1993 года Кельбаджарский район перешёл под контроль войск непризнанной Нагорно-Карабахской Республики (НКР). Мирным жителям дали всего 10 часов на эвакуацию. Многие жители Кельбаджара, не найдя транспорта, были вынуждены уходить оттуда пешком, бросив свои дома и имущество. Азербайджанское население бежало через покрытый снегами высокогорный Муровдагский хребет, что привело к многочисленным случаям гибели беженцев от холода. Брошенные азербайджанцами дома новыми властями были подвергнуты разрушению; подобная практика была характерна и для других занятых армянскими силами районов Азербайджана. В результате войны 53 340 человек вынуждены были покинуть Кельбаджарский район, погибло 55 военнослужащих и 511 мирных жителей, 321 человек пропали без вести или попали в плен.