Carlos I, hijo de Jacobo VI, intentó imponer elementos del sistema religioso inglés en sus otros reinos, pero esto llevó a un deterioro gradual de la situación que desembocó en la Guerra de los Obispos (1637-40), en la que Carlos fue derrotado, y posteriormente en la Guerra de los Tres Reinos. Los escoceses, sobre todo los Coventanters, aliados con el Parlamento Inglés intervinieron en la guerra en contra del Rey Carlos I. En la Segunda y Tercera Guerra Civil (1648-1651), se rompió la alianza entre el Parlamento Inglés y los Covenanters, que dieron su apoyo a Carlos I y tras su ejecución, a su sucesor Carlos II. Sin embargo, fueron derrotados cuando un ejército parlamentario dirigido por Oliver Cromwell, invadió Escocia y forzó a su incorporación a la Mancomunidad. La restauración de la monarquía en 1660 vio el regreso del episcopado y un régimen cada vez más absolutista, lo que causó agitación y rebeliones religiosas y políticas. La llegada al trono del abiertamente católico Jacobo VII, hizo nacer una creciente inquietud entre los protestantes. Tras la Revolución Gloriosa de 1688 a 1689, Guillermo de Orange y María, hija de Jacobo VII, fueron aceptados como monarcas. El presbiterianismo fue reintroducido y se impusieron algunas limitaciones a la monarquía. Después de la grave crisis económica de los años 1690 se firmó el Acta de Unión de 1707, que propició la unificación política con Inglaterra, y dio lugar al Reino de Gran Bretaña en 1707. Sin embargo, la línea principal de los Estuardos creó un clima de descontento político, conocido como Jacobitismo, que dio lugar a numerosas invasiones y rebeliones, que concluyeron en 1745 tras el aplastamiento de los levantamientos jacobitas. A partir de entonces, Escocia entró en un período de gran estabilidad política y económica y de expansión intelectual.