После раздела Чехословакии по Мюнхенскому соглашению в 1939 году была образована марионеточная Словацкая республика под контролем нацистов. Во время Второй мировой войны Авенариус был связан с Движением Сопротивления, укрывал бежавших из концлагерей военнопленных и советских парашютистов, помогал им перебираться к партизанам или к линии фронта. В 1944 году был арестован словацкими жандармами и помещён в тюрьму в г. Илава, но вскоре выпущен, отделавшись штрафом. После Словацкого восстания в декабре 1944 года был арестован гестапо, но выпущен за взятку в 20 тысяч крон.