Летом 2013 года состав команды пополнили Виктор Щекалюк и Евгений Горчанюк, имеющие опыт выступлений за сборные Украины и Казахстана соответственно, вернулись в родной клуб Андрей Борозинец из «Нефтяника» и Сергей Назинцев из «Енисея», также игроками «Кристалла» стали победитель молодёжного чемпионата мира Илья Быковский из дубля новосибирского «Локомотива» и игрок «Зенита» Виталий Матыченко, но по ходу начавшегося сезона Назинцев, Горчанюк и Матыченко по разным причинам покинули Воронеж, а в феврале 2014 года в связи с неудовлетворительными результатами был уволен Вячеслав Зайцев. Вновь возглавивший команду Дмитрий Митрофанов за оставшееся время поднял её с 11-го на 7-е место в турнирной таблице. В трёх следующих сезонах «Кристалл» боролся за сохранение прописки в высшей лиге «А». С февраля 2015 по март 2017 года команду возглавлял Юрий Геннадьевич Локтев. В сезоне-2014/15 воронежцы неудачно выступили в переходном турнире, но остались во втором по рангу дивизионе по причине отказа от дальнейших выступлений «Тюмени», а спустя два года, завершив чемпионат серией из 12 поражений подряд, не смогли попасть в переходный турнир и напрямую выбыли в высшую лигу «Б».