In 1773 trad Pinckney in het huwelijk met Sarah Middleton. Haar vader Henry Middleton was de tweede president van het Continental Congress. Haar broer Arthur Middleton ondertekende ook de Onafhankelijkheidsverklaring. Sarah Middleton overleed in 1784. Twee jaar later hertrouwde hij met Mary Stead. In totaal kreeg Pinckney drie dochters.