Conduce la squadra agli ottavi di finale d'Europa League, in cui l'Inter è eliminata dal Tottenham il 14 marzo solo dopo i tempi supplementari; in semifinale di Coppa Italia in cui è eliminata dalla il 17 aprile; e al 9º posto finale, a 54 punti (di cui soli 19 nel girone di ritorno), in Serie A, torneo in cui la squadra ottiene il record negativo di 16 sconfitte, dovute anche ai numerosi infortuni che colpiscono la squadra nei primi mesi dell'anno. A stagione conclusa è sostituito da Walter Mazzarri. Il 5 luglio 2013 non ottiene il patentino di allenatore professionista di 1ª categoria–UEFA Pro, venendo bocciato per troppe assenze. Il 25 settembre 2013 lo ottiene con 110 e lode a Coverciano.