En 1941, l’offensive allemande contre l’URSS remet pour quatre ans en question l’organisation territoriale de 1939 : les occupants mettent en place leur propre administration avec les « Commissariats du Reich » des « Pays de l’Est » regroupant les pays baltes et la Biélorussie, et « d’Ukraine », auxquels s’ajoutent à l’Est une vaste zone sous administration militaire directe en Russie occidentale, et au Sud une petite zone d’occupation roumaine en Podolie. Ces structures disparaissent en 1944 à mesure que les contre-offensives de l’Armée rouge permettent au gouvernement soviétique de reprendre le contrôle de ces territoires. L’organisation de 1939-1940 est alors rétablie jusqu’en 1954 lorsque certains changements sont opérés : par exemple, la République socialiste soviétique carélo-finnoise est réintégrée à celle de Russie, qui de son côté cède la Crimée à la République socialiste soviétique d'Ukraine.