В 1848 г. ему было поручено командование войсками (6 дивизий), которые по соглашению с турецким правительством должны были подавить возникшие в Молдавии беспорядки. Вскоре сильное расстройство здоровья отразилось на его душевном состоянии: ошибка в исполнении Высочайшего повеления относительно перехода войск через Прут привела Герштенцвейга в такое отчаяние, что он просил об увольнении от командования. Получив отпуск, он отправился в Россию и на пути, в местечке Леове, в Бессарабии, находясь в карантинной обсервации по случаю холеры, под влиянием тяжелого нравственного состояния, застрелился 14 августа 1848 г.