Vitale et les autres dirigeants mettent en place un gouvernement provisoire (l"'Assemblée nationale") qui siège à la "Banca Giuratale" de Mdina le 3 septembre 1798. Il demande de l'aide étrangère et envoie un représentant à la cour de Naples. Vitale, le comte Salvadore Manduca, le Marquis Vincenzo de Piro et le comte Ferdinand Thurna Castelliti envoient également une lettre à l'amiral britannique Horatio Nelson. Ce dernier, qui vient de gagner avec la flotte britannique la bataille navale d'Aboukir le août arrive en renfort à Malte, accompagné d'Alexander Ball. Il s'agit une fois de plus de supprimer la présence française en Méditerranée. Ils apportent des renforts ainsi qu'une flotte portugaise commandée par le marquis Nizza qui apporte des troupes, des fusils et de la poudre.