L'any 1999, una sèrie d'atemptats a Buinaksk, Moscou i Volgodonsk van causar 293 morts i més de 600 ferits, que van atribuïts a rebels txetxens i són considerats el "casus belli" de la intervenció russa per iniciar Segona Guerra de Txetxènia. Algunes fonts han posat en dubte el paper que va jugar el FSB en aquelles accions, inclús han assenyalat que es tractaria d'una operació de bandera falsa amb la finalitat de justificar la intervenció a la república caucàsica, i que haurien impulsat l'ascens de Vladimir Putin a la presidència. L'indici d'aquesta teoria seria la detenció, la nit del 22 al 23 de setembre de 1991, de varis membres del FSB a la ciutat Riazan amb artefactes explosius, justificats per Nikolai Pàtruixev com un "simulacre" de seguretat. El gener de 2001, el FSB va assumir la direcció del combat contra els guerrillers txetxens, tot i que després d'una onada d'atacs terroristes com la Presa d'ostatges del teatre Dubrovka, el 2003 va ser rellevat per les forces del Ministeri de l'Interior (MVD).