En 1983, el presidente Yaafar al-Numeiry abolió el parlamento y se embarcó en una campaña para islamizar todo Sudán. Proscribió los partidos políticos y promulgó la ley Sharia en el código penal. Los sureños no musulmanes ahora se vieron obligados a obedecer las leyes y tradiciones islámicas. Las políticas revivieron la oposición del sur y la insurgencia militar en el sur. En 1985, Abdel Rahman Swar al-Dahab lideró un golpe y derrocó al régimen. En 1986, Sadiq al-Mahdi fue elegido presidente de Sudán. El nuevo régimen inició negociaciones encabezadas por el coronel John Garang de Mabior, líder de la Sala, pero no logró llegar a un acuerdo para poner fin a la insurgencia del sur. La guerra civil ha continuado desde entonces, pero la presión internacional ha llevado al SPLA y al gobierno de Jartum a llegar a un acuerdo para poner fin a los 21 años de guerra civil.