Amikor 1859-ben kitört a szárd–francia–osztrák háború, amelyben Franciaország a Szárd–Piemonti Királyság mellé állt. Hazánk esetleges felszabadítását remélve a Kossuth-emigráció is bekapcsolódott az eseményekbe. Nemeskéri Kiss Miklós 1859. május 6-án ott volt Párizsban, amikor megtartotta alakuló ülését a magyar emigráció politikai és szervezeti központja, a Magyar Nemzeti Igazgatóság., mely Kossuth Lajos elnökletével a száműzetésben alakult kormány szerepét töltötte be. Székhelyül Genovát választották. Elhatározták a "Magyar Sereg Olaszhonban" elnevezésű légió felállítását két gyalog- és egy lovasdandár erőben. A III. Napóleontól is ezredesi rendfokozatot kapott Nemeskéri Kiss Miklós a 2. gyalogdandár parancsnoka lett (helyettese: Tüköry Lajos őrnagy). Az egység két, rendkívül véres ütközetekben is kitüntette magát (Magenta és Solferino). Az olasz királyi hadseregben tábornoki rendfokozatot kapott és kitüntették a "Szent Móric- és Lázár-renddel" (Mauritius-rend).