Nachdem Salazar einen Schlaganfall erlitten hatte, wurde Caetano zum 27. September 1968 sein Nachfolger. Er setzte die repressive antikommunistische Politik fort und führte den Krieg in den Kolonien weiter, der bis zur Hälfte des Staatsbudgets kostete. Im Gegensatz zu Salazar war er ein Befürworter einer härteren Gangart gegen die Aufständischen in den Kolonien. Er führte zögerliche Reformen ein und gestattete es Mário Soares und seiner Familie, aus dem Exil nach Portugal zurückzukehren.