Madisonille ja Jeffersonille yhä vihaisena Monroe asettui Madisonin vastaehdokkaaksi vuoden 1808 presidentinvaaleihin. Monroe hävisi vaalit ja palasi vuonna 1811 Virginian kuvernööriksi. Presidentiksi noussut Madison päätti kuitenkin vielä samana vuonna pyytää Monroeta maan uudeksi ulkoministeriksi. Monroe suostui ja hän osoittautui suureksi eduksi, kun Yhdysvallat ja Iso-Britannia ajautuivat sotaan seuraavana vuonna. Ulkoministerin lisäksi Monroe toimi 1814–1815 myös Yhdysvaltain sotaministerinä (), kun virassa aiemmin ollut John Armstrong joutui eroamaan brittien poltettua Washingtonin.