Gallas a jucat pentru naționala sub 18 ani a Frantei la Campionatul European U-18. De asemenea, a jucat pentru naționala sub 20 de ani a Frantei la Campionatul Mondial de Juniori din 1997, impreuna cu Willy Sagnol, David Trezeguet, Nicolas Anelka, Mikaël Silvestre și Thierry Henry. A fost titular de bază la naționala Franței, facând cuplu în centrul apărării cu Philippe Mexès. Și-a făcut debutul la națională în meciul castigat de „cocoșii galici” cu 5-0 împotriva Sloveniei pe 12 octombrie 2002, în cadrul preliminariilor Euro 2004. A jucat in Cupa Confederațiilor în 2003 și în finala Campionatului Mondial din 2006 în fața Italiei.