Kort voor zijn inauguratie, kwam het in 1648 in het Oekraïense deel van het Rijk tot een opstand van de Zaporozje-Kozakken onder leiding van hun hetman Bohdan Chmelnytsky, die ook door de Krim-Tataren werd gesteund. Er werden door opstandelingen bloedige slachtingen onder katholieke Polen en joden gepleegd, waarbij het aantal slachtoffers op een 250.000 wordt geschat. De opstand duurde tot 1654, en eindigde met het Verdrag van Pereyaslav, dat op zijn beurt tot een oorlog tussen Polen en Rusland leidde.