Da den filippinske frigjøringskrigen brøt ut i august 1896 befant Inocencio seg nok en gang blant de samfunnsledende filippinerne som ble pågrepet av spanske myndigheter. Den direkte foranledningen til at han ble pågrepet var et vitnemål fra en mann ved navn Alfonso de Ocampo, som anga Inocencio og tre andre menn som ledere for et planlagt opprør som Inocencio skulle sørge for å utløse ved å skyte opp fyrverkeri fra båten sin. Arrestasjonen fant sted 4. september 1896. Den 11. september ble han kjent skyldig i å ha startet eller planlagt å starte opprør.