Le fort a été construit en 1867 afin de protéger les travailleurs de l'Union Pacific Railroad. Il a alors pris le nom de David Allen Russell, général tué au cours de la Bataille de Opequon pendant la Guerre de Sécession. En 1930, le fort a changé de nom pour s'appeler Fort Francis E. Warren. En 1949, il est devenu la Francis E. Warren Air Force Base.