Çeşitli yaş gruplarındaki millî takımlarla Türkiye'yi temsil eden Hakan Şükür, Türkiye U-21 millî takımıyla 1993 Akdeniz Oyunları'nda altın madalya kazandı. A millî takım formasıyla ilk maçına 1992'de, Bursaspor oyuncusuyken çıkan Hakan; 1996 ve 2000 Avrupa şampiyonaları ile 2002 FIFA Dünya Kupası'nda mücadele etti. 2002 FIFA Dünya Kupası'nda bronz madalyanın sahibi olan ve üçüncülük maçında 10,8 saniyede kaydettiği golle FIFA Dünya Kupası tarihinin en erken golünü atan Hakan Şükür; 2007'ye kadar giydiği formayla çıktığı 112 maçta 51 gol kaydederek, Türkiye formasıyla en çok gol atan oyuncu unvanının da sahibi oldu.