En 1944, la Gestapo le surveille. En , Flügge est arrêté à son arrivée à l'aéroport de Vienne. De là, il est emmené à Berlin et emprisonné dans le camp de concentration de Ravensbrück. Il est d'abord affecté à la résistance autrichienne. Cependant, après l'attentat du 20 juillet 1944, ses contacts sont révélés. Flügge est amené au camp de concentration de Sachsenhausen. Peu avant la fin de la guerre, il arrive au camp de concentration de Flossenbürg près de Dachau. Dans le cadre d'un transport de prisonniers importants des camps de concentration vers le Tyrol du Sud, il est libéré des mains des SS à Villabassa le .