1204년 콘스탄티노폴리스가 십자군에 의하여 함락되자 십자군 정부는 고등교육에 대한 재정지출을 중단하였다. 그러나 니케아로 망명해있던 비잔티움 제국 정부는 황궁 수석교사들에 대한 지원을 계속하였다. 1261년 콘스탄티노폴리스로 환도하게 되자 이전 시기의 고등교육제도를 복원하기 위한 노력이 이루어졌으나, 의도한 바가 실현되지는 않았다. 대부분의 고등교육은 개인자격을 가진 교사와 전문가들에 의해서 제공되었다. 이러한 개인자격 교사에는 교사뿐만 아니라 당시의 공무원, 외교관, 사제 등이 있었다. 당시의 대표적인 개인자격 교사로는 사제 막시무스 플라누데스, 역사학자 그레고라스(Nicephorus Gregoras), 저술가 크리솔로라스(Manuel Chrysoloras)가 있었다. 이 중 크리솔로라스는 고대 그리스의 철학 저서들을 라틴어로 번역하여 비잔티움 제국 멸망 이후 중근세 유럽의 학문진흥에 영향을 미친 인물이다.