2004 diente Major General Taguba bereits zehn Monate als stellvertretender Kommandierender General für Unterstützung der 3. US-Armee, US Army Central Command des Coalition Forces Land Component Command in Kuwait, als er beauftragt wurde, die Fälle von Folter im Abu-Ghuraib-Gefängnis zu untersuchen. Nach der Veröffentlichung seines – ursprünglich geheimen – Untersuchungsberichtes, des Taguba-Reports, im Mai 2004, der sehr kritisch ausfiel, war seine Karriere faktisch beendet. Noch im selben Monat wurde er ins Pentagon versetzt und bekleidete dort den Posten des stellvertretenden assistierenden Verteidigungsministers für Bereitschaft, Ausbildung, Training und Mobilisierung im Büro des assistierenden Verteidigungsministers für Reserveangelegenheiten.