Подавляющее большинство среднеазиатских рабочих исповедовало ислам. В СССР (тем более в Средней Азии) массовые гонения на ислам начались позже, чем на православие. Поэтому атеизация Средней Азии фактически только началась. В 1941 году в связи с началом Великой Отечественной войны централизованные гонения на религиозные организации и атеистическая пропаганда были ослаблены. Поэтому есть косвенные данные о том, что на Урале трудмобилизованные среднеазиатские рабочие соблюдали религиозные обряды. В Москву поступали отчеты о «разлагающей деятельности мулл и басмачей». На почве соблюдения мусульманских обрядов были конфликты между начальством и среднеазиатскими рабочими. Работники администрации были против того, чтобы мусульмане использовали в качестве савана для погребения умерших среднеазиатских рабочих простыни, которых не хватало. Среднеазиатские рабочие отказывались от казенной пищи, опасаясь, что в ней содержится свинина. Иногда среднеазиатским рабочим помогали читать намаз представители местных мусульман.