היחסים בין המדינות כוננו ב-14 ביוני 1870, עת כוננה צ'ילה יחסים דיפלומטיים עם ממלכת הונגריה, שהייתה באותה העת חלק מהאימפריה האוסטרו-הונגרית. ב-18 באפריל 1843, במהלך מלחמת העולם השנייה, ניתקה צ'ילה את היחסים עם הונגריה שהייתה חלק ממדינות הציר. ב-15 בינואר 1965 חודשו היחסים בין המדינות, אולם הם נותקו שוב ב-16 באוקטובר 1973 בעקבות ההפיכה בצ'ילה. ב-11 בינואר 1990 בעקבות חזרתה של צ'ילה לדמוקרטיה חודשו היחסים בין המדינות.