5 июня 1991 года Эффенберг дебютировал в национальной сборной Германии в матче со сборной Уэльса в Кардиффе, встреча завершилась поражением немцев со счётом 1:0. На чемпионате Европы 1992 года Эффенберг был одним из лучших в составе сборной Германии. Он сыграл пять матчей и забил гол в ворота сборной Шотландии, помог немцам дойти до финала, где они уступили сборной Дании, а сам был включён в символическую сборную турнира.