A la mort de Blanca I de Navarra, el Regne de Navarra passà a mans del seu marit, cosa que comportà l'aparició de greus enfrontaments entre Joan i els seus fills. Així, la Guerra Civil navarresa provocà l'enfrontament entre els beaumontesos, partidaris de Carles de Viana (hereu legítim a la mort de la seva mare Blanca), i els agramontesos, partidaris del príncep d'Aragó. El 1425, Carles fou derrotat, empresonat i desheretat pel seu pare. La mort el 1461 de Carles per causes naturals (tot i que hi ha qui parla d'un possible enverinament per part de la seva madrastra Joana Enríquez) va provocar que la filla segona del príncep, Blanca II, fos designada hereva del regne pels partidaris de Carles. A la mort de Joan II, el qual havia ascendit el 1485 al tron de la Corona d'Aragó, la tercera filla entre aquest i Blanca I, Elionor I de Navarra, fou nomenada reina.