Lors des guerres de dislocation de la Yougoslavie elle reçut du gouvernement de Belgrade l'ordre de bloquer les côtes de la Croatie qui venait de faire sécession (du point de vue fédéral), de miner les ports dalmates et d'assiéger Dubrovnik, mais la plupart des équipages étant croates, ils se mutinèrent et la Marine populaire se disloqua à son tour : la plus grande partie des unités prirent le pavillon croate, quelques-unes se réfugièrent dans les bouches de Kotor où elles prirent successivement les pavillons de la nouvelle Yougoslavie, devenue en 2003 Serbie-et-Montenegro, puis, depuis 2006, celui du Monténégro.