Весной и летом 1919 года Рудольф Гесс активно участвовал в борьбе с так называемыми «ноябрьскими преступниками» — в контрреволюционной деятельности по свержению Баварской советской республики. Гесс занимался закупками оружия и отвечал за размещение рекрутированных боевиков Общества Туле. Под его руководством разведывательная служба Общества Туле готовила фальшивые документы: более пятисот проездных билетов, увольнительные, печати и многое другое. Гесс занимался внедрением своих людей в Коммунистическую партию Германии и её боевые отряды. Каждый боец Общества Туле обеспечивался членским билетом другой организации на чужое имя. За успешными акциями саботажа, как, например, вывод из строя автопарка правительства Баварской советской республики и самолётов на аэродроме в Шлайсхайме, также стоял Рудольф Гесс. Кроме того, он непосредственно участвовал в боях и командовал артиллерийским взводом, получил лёгкое ранение. После разгрома Баварской советской республики в начале мая 1919 года Гесс участвовал в расправах над побеждёнными, жертвами которых стало не менее пятисот человек. По доносам подчинённых Гессу шпионов Общества Туле защитников баварских Советов доставляли в следственную комиссию командования рейхсвера. С 7 мая по 15 октября 1919 года Рудольф Гесс временно служил добровольцем в 5-й дежурной роте добровольческого корпуса Франца фон Эппа, а затем вновь надел военную форму, чтобы участвовать в ликвидации Рурской Красной армии. 30 апреля 1920 года Рудольф Гесс официально демобилизовался из рядов рейхсвера и посвятил себя служению идеям экстремистской реакционной партии.