Medens han nu i en række år levede fjernt fra nærmere deltagelse i rigets styrelse, fik han under den såkaldte Bayerske Arvefølgekrig (1778-79) af Frederik den Store tilladelse til at følge med hans hovedkvarter. Han vandt preusserkongens velvilje og fulgte det kortvarige felttog med stor iver og interesse. I sine "Mémoires de mon temps" har han meddelt flere interessante udtalelser af Frederik II. Efter at regeringsforandringen 14. april 1784 havde fundet sted, fik han i nogle år atter lejlighed til at spille en rolle, da kronprins Frederik sluttede sig nøje til ham, og det i den grad, at han (1790) ægtede hans datter Marie Sophie Frederikke. 1789 udnævntes han til præses i Generalitets- og Kommissariatskollegiet. Prins Carl tog blandt andet del i de forhandlinger, som i disse år fandt sted om en omorganisation af Hæren, og han kunne endog komme til at prøve sine kræfter som hærfører, da Rusland 1788 i henhold til traktaten 1773 forlangte den dansk-norske stats hjælp imod Gustav III, der havde angrebet det i Finland. Prinsen blev da sat i spidsen for den 12000 mand stærke norske hær, der fra Norge trængte ned igennem Båhus Len, tvang et mindre svensk korps til at overgive sig ved Kvistrum Bro og truede Gøteborg. Kronprinsen fulgte med på toget. Men det fik en stakket ende på grund af Englands og Preussens mellemkomst, så krigen med Sverige næppe var begyndt, førend den ophørte. Uheldigvis havde der kun været sørget slet for soldaternes forplejning under toget, og følgen var smitsomme sygdomme, der efter dets ophør voldte 3-4000 soldaters død.