地震发生后7分钟，日本政府紧急成立官邸对策室，时任內閣總理大臣菅直人做出4点指示，要求尽快确认灾情、确保居民安全、保证交通和及时提供准确訊息。在地震发生后31分钟的15时14分，日本政府首次成立以应对地震。 3月12日夜间，内阁基于以为灾区提供专项资金支持，应对此次地震。法令指定本次地震为主要灾害，是基于特殊的紧急灾害触发特定紧急灾害对策特别措施法，透过法令（均为法令颁布3月13日）指定。此外，青森县，岩手县，宫城县，福岛县，茨城县，栃木縣，千叶县，东京（在各都道府县、和规定的直辖市）决定应用灾害救助法。 3月22日，针对青森县，岩手县，宫城县，福岛县，茨城县，千叶县的灾情，内阁办公室已决定申请自然灾害受害者救济法对地震所造成的海啸和东北地区太平洋地震的破坏进行救济（适用于青森县，岩手县，宫城县，福岛县，茨城县，栃木县，千叶县）。然而，在福岛县因为核事故而紧急疏散的居民并不在此列，这是因为日本政府不视为这是一次「家庭的长期避难」。