Während des Zweiten Weltkrieges verweigerte er jede Zusammenarbeit mit der deutschen Besatzungsmacht. Eine von ihm verlangte Anfrage durch das Deutsche Rote Kreuz, die er als Voraussetzung für eine Lieferung von Insulin nach Deutschland ansah, erfolgte zu keinem Zeitpunkt. Hagedorn erkrankte später selbst an Diabetes und starb 1971 in Gentofte an den Folgen einer langjährigen Parkinson-Erkrankung.