Vuonna 1940 Mach erosi propagandaministerin virastaan kritisoiden samalla presidentti Josef Tisoa, joka erotti hänet myös Hlinkan kaartin johdosta. Machin mielestä Tiso ei tehnyt tarpeeksi läheistä yhteistyötä Saksan kanssa. Hän matkusti Berliniin tavaten muun muassa Joseph Goebbelsin ja Joachim von Ribbentropin, sekä osallistuen saksalais-slovakialaiseen kokoukseen Salzburgissa kesäkuussa 1940. Salzburgissa Adolf Hitler kritisoi Slovakiaa Machin ja pääministeri Béla Tukan menetetyistä asemista ja molemmat saivat jälleen virat hallinnosta. Machista tuli Slovakian sisäministeri ja hän toimi tehtävässään aina maaliskuuhun 1945 saakka, saaden takaisin myös paikkansa Hlinkan kaartin johdossa. Hlinkan kaarti piti puolestaan kokouksen Trenčianske Teplicessä vuoden 1941 alussa. Kokouksessa Mach osallistui "Slovakian juutalaiskysymyksen lopullisen ratkaisun" läpivientiin. Slovakiasta pakkosiirettiin yli 50 000 juutalaista saksalaisten keskitysleireille, joissa suurin osa heistä sai surmansa. Hlinkan kaarti otti Machin käskystä myös osaa Slovakian kansannousun kukistamiseen vuonna 1944. Mach pakeni maaliskuussa 1945 Itävaltaan, jossa hän jäi amerikkalaisjoukkojen vangiksi. Amerikkalaiset luovuttivat hänet Tšekkoslovakian viranomaisille ja vuonna 1947 maan korkein oikeus tuomitsi hänet 30 vuoden vankeusrangaistukseen. Mach armahdettiin vuonna 1968 ja hän asettui Bratislavaan kuollen 15. lokakuuta 1980.