1792 erkrankte Knobloch schwer und erhielt Urlaub für eine Kur in Karlsbad und eine weitere in Pirna. Am 19. Januar 1793 erhielt er die Beförderung zum Oberst, aber er war weiter krank und ging 1794 erneut nach Karlsbad. Im Jahr 1798 wurde er dann felddienstuntauglich geschrieben, erhielt aber auch die Beförderung zum Generalmajor. Nach der Niederlage bei Jena und Auerstedt floh Knobloch 1807 mit König Friedrich Wilhelm III. über Königsberg nach Memel. Dort wies er Scharnhorst in die Verzeichnisse der Plankammer ein, über die dieser fortan verfügte.