Na de dood van Lefort in 1699 werd Mensjikov de vertrouweling en rechterhand van Peter de Grote. Hij maakte zich verdienstelijk in de Grote Noordse Oorlog en werd in 1702 commandant van Sjlisselburg. In 1703 leerde hij de Litouwse Marta Skavronskaja kennen. Hij nam haar op in zijn huishouding en stelde haar voor aan de tsaar, die haar enkele jaren later in het geheim zou huwen. In 1709 streed hij in de Slag bij Poltava. In 1710 veroverde hij Riga en in 1713 Stettin. Ondertussen was hij in de adelstand verheven door keizer Leopold I van het Heilige Roomse Rijk. De tsaar had hem land gegeven waarop het Paleizencomplex Oranienbaum is verschenen.