Năm 2013, Stoney trở thành thành viên nữ đầu tiên của ủy ban quản lý Hiệp hội các cầu thủ chuyên nghiệp. Cô dẫn dắt nước Anh vào chiến dịch Euro 2013 nhưng toàn đội thực hiện kém và kết thúc ở vị trí cuối cùng, với "sự thất vọng cay đắng" của cô. Khi huấn luyện viên lâu năm của đội tuyển Anh Hope Powell bị sa thải, Stoney bị loại khỏi đội hình huấn luyện viên mới Mark Sampson do chấn thương bàn chân. Sampson thông báo cho Stoney rằng băng đội trưởng của cô đang được xem xét, một quyết định mà cô hiểu được. Stephanie Houghton sau đó được đặt tên là người kế nhiệm của cô với tư cách là đội trưởng.