101-ша дивізія стала першим з'єднанням регулярних збройних сил, що вступила в боротьбу на території Афганістану в ході Глобальної війни з тероризмом. Основні підрозділи 2-ї бригади (502-й полк "«Страйк»") базувалися на той час на території Косово, виконуючи завдання у складі миротворчої місії КФОР. Після теракту 11 вересня 2001 року, 3-й батальйон разом з підрозділами 5-ї групи спеціальних операцій було перекинуто до зони відповідальності Центрального Командування ЗС США на Близький Схід. Незабаром, 3-тя бригада (187-й полк "«Раккасан»") була передислокована до Афганістану, де брала участь у бойових діях в горах східного Афганістану Шох-і-Хот, в тому числі у взаємодії з військами 10-ї гірсько-піхотної дивізії в операції «Анаконда». Протягом тривалого часу бойові підрозділи 101-ї дивізії брали активну участь у веденні бойових дій на території цієї країни, змінюючи одне одного. Так, у 2008 році, 4-та бригадна бойова група "«Куррахі»" разом зі 101-ю бригадною бойовою авіаційною групою була розгорнута в районі авіабази Баграм. 159-та бригадна бойова авіаційна група прибула до Афганістану на початку 2009 року. У березні 2010 знову була перекинута в район Кандагару 101-ша бригадна бойова авіаційна група.