El 2 de agosto, renovó su contrato hasta 2021. Al inicio de la temporada 2016-17, con el nuevo entrenador Unai Emery, consiguió la Supercopa de Francia 2016 frente al Lyon nuevamente, en el que Verratti entraría en el segundo tiempo. Luego en la Ligue 1 2016-17, en un partido contra elGuingamp el 17 de diciembre de 2016, tendría una notable actuación a pesar del bajo rendimiento de su equipo, ya que finalmente perderían por 2-1. Cuatro días más tarde, el 21 de diciembre, tendría otra buena actuación frente al F. C. Lorient, donde asistiría a Lucas Moura para que sentencie la goleada por 5-0.