Podczas wojny w Bośni i bezpośrednio po jej zakończeniu pełnił funkcję wiceprzewodniczącego parlamentu Republiki Serbskiej. W 1997 został przewodniczącym Partii Radykalnej. W 1998 pokonał Biljanę Plavšić w wyborach prezydenckich. Jego partia była koalicyjnym partnerem Serbskiej Partii Demokratycznej założonej w 1990 przez wojennego przywódcę bośniackich Serbów Radovana Karadžicia. Była ona skrzydłem Partii Radykalnej serbskiego skrajnego nacjonalisty Vojislava Šešelja, którego paramilitarne oddziały "Białych Orłów" brały udział w wojnie w Bośni. Podczas kampanii wyborczej zadeklarował, że chce połączyć Republikę Serbską z Serbią, ale zachodni przywódcy ostrzegli go, że porozumienie pokojowe z Dayton nie pozwala na zmianę granic. Jego stosunki ze wspólnotą międzynarodową wspierającą proces pokojowy mocno pogorszyły się w 1999, osiągając szczyt w jego zdymisjonowaniu przez międzynarodowego koordynatora procesu pokojowego Carlosa Westendorpa za utrudnianie porozumienia z Dayton. Poplašen odmówił zaakceptowania decyzji Westendorpa o zwolnieniu go z funkcji prezydenta i postanowił poczekać na wyniki referendum w jego sprawie, ale to nie przyniosło rezultatu.