Op 12 augustus won Busquets de achtste Supercopa uit zijn carrière nadat Sevilla met 2-1 verslagen werd. Busquets speelde de volledige wedstrijd. Op 11 december 2018 speelde Busquets zijn honderdste wedstrijd in de Champions League. Door Rakitić te vervangen tegen Tottenham Hotspur stapte hij in de voetsporen van (oud-)teamgenoten Xavi, Iniesta, Messi, Puyol en Valdés. Een paar weken daarvoor, tegen Atletico Madrid op 23 november, speelde Busquets al zijn 500e wedstrijd in het shirt van FC Barcelona. Barcelona won later dat seizoen opnieuw de Primera División. De finale van de Copa del Rey werd verloren van Valencia. Voor het eerst in vier jaar bereikte Busquets met Barcelona de halve finale van de Champions League. Ondanks een 3-0 voorsprong na de thuiswedstrijd behaalde Barcelona niet de finale, door een 4-0 verlies op Anfield tegen Liverpool. Voor het seizoen 2019/20 kwam Frenkie de Jong naar Barcelona toe. Meerdere mensen zagen in de Nederlander de opvolger van Busquets. Echter gingen Busquets en De Jong vooral samen spelen.