Per i "Socceroos" Viduka ha segnato diversi gol importanti. Sembrava volesse ritirarsi dalla Nazionale dopo i Mondiali 2006, ma nel settembre 2006 ha detto di voler continuare a giocare per l'Australia. In un'amichevole prima dell'inizio della Coppa d'Asia, contro Singapore, Viduka segnò 2 gol di testa (partita poi vinta 3-0). Partecipò alla Coppa d'Asia 2007, prima partecipazione per l'Australia, da capitano. Segnò un gol all'Iraq, ma l'Australia perse con il risultato di 1-3. Nel match successivo segnò 2 gol alla Thailandia, sconfitta dall'Australia per 4-0. Prese parte anche a due edizioni della Confederations Cup: 1997 e 2005. Dopo la Coppa d'Asia 2007 ha rinunciato alla Nazionale e nel 2008 ha ribadito di non volerci tornare.