William Henry Harrison syntyi 9. helmikuuta 1773 Virginiassa perheen Berkeley-nimisellä maatilalla lähellä Richmondia. Harrisonin isä oli Benjamin Harrison V, yksi Yhdysvaltain itsenäisyysjulistuksen allekirjoittajista ja Virginian silloinen kuvernööri. William Henry Harrison kävi koulunsa Hampden–Sydney Collegessa, josta hän siirtyi Pennsylvanian yliopistoon opiskelemaan lääketiedettä. Harrison opiskeli yliopistossa vuoteen 1791, jolloin hän liittyi armeijaan.