Em 1994, mais de 1 milhão de ruandeses (em sua maioria hutus) foragidos do genocídio em seu país ingressaram no leste do Zaire. A chegada dos refugiados desestabilizou a região, habitada há mais de 200 anos pelos tutsis baniamulenges, inimigos históricos dos hutus. Sentindo-se negligenciados por Mobutu, que tolerou a presença dos hutus na região, os baniamulenges iniciaram uma rebelião em outubro de 1996, liderados por Laurent-Désiré Kabila. O movimento contou com o apoio decisivo da vizinha Uganda e do regime tutsi de Ruanda, e ganhou rapidamente a adesão da população, insatisfeita com a pobreza e a corrupção no governo. Nos meses seguintes aumentaram os choques entre a guerrilha, batizada de Aliança das Forças Democráticas pela Libertação do Congo-Zaire (AFDL) e o Exército, que enfrentou deserção em massa. A escalada da ofensiva coincidiu com a ausência de Mobutu, que viajou para a Europa em agosto para submeter-se a tratamento médico para o câncer (cancro, em português europeu) na próstata (que havia sido detectado 34 anos antes, em 1962). Apesar de muito doente, retornou ao território em dezembro com o objetivo de deter a rebelião. Em 1997, a guerra civil alastrou-se pelo território, nos sentidos Norte–Sul e Leste–Oeste. Em fevereiro, a Força Aérea bombardeou as cidades de Bukavu, Shabunda e Walikale, sob controle rebelde. Mobutu propôs cessar-fogo à guerrilha em março, mas a AFDL não negociou. No mesmo mês conquistou Lubumbashi, Kisangani (as duas maiores cidades depois de Quinxassa) e Mbuji-Mayi, a "capital dos diamantes".