Hänet nimettiin Saaristolaivaston komentajaksi, kun hän oli tukenut Kustaa III:ta tämän päätettyä käydä venäläisiä vastaan uudelleen Ruotsinsalmessa. Pitkälti Cronstedtin ansiosta Ruotsi voitti Venäjän keisarikunnan laivaston Ruotsinsalmen toisessa meritaistelussa 1790. Samana vuonna Cronstedt nimitettiin 26. lokakuuta meriasian valtiosihteeriksi. Hänet ylennettiin sinilippuisen laivaston (toisin sanoen Saaristolaivaston) kontra-amiraaliksi 22. joulukuuta 1793. Laivastojen kenraaliadjutantti hänestä tuli 26. kesäkuuta 1797. Kustaa III:n kuoltua Cronstedille myönnettiin yksi viidestä muistosormuksesta.