Simone Perrotta intègre l'équipe première du Reggina Calcio en 1995, à seulement 18 ans ; il avait cependant signé avec ce club dès l'âge de 13 ans. La Reggina venant d'être promue, Perrotta évolue en série B. En trois saisons, il joue 77 matchs de Serie B et marque un but. Il est transféré à la Juventus de Turin, l'un des clubs les plus prestigieux de la Serie A, pour la saison 1998-1999 mais la concurrence de grands joueurs tels que Zinédine Zidane, Didier Deschamps ou Alessio Tacchinardi lui fait de l'ombre : Perrotta ne fait que cinq apparitions en Serie A durant l'unique saison qu'il passe au sein du club turinois (pour un total de 15 matchs toutes compétitions confondues).