A századot az ausztriai Straßhofban állították fel, majd kiképzése után 1917. május 11-én a olasz frontra irányították, ahol Cinto Caomaggiore, majd Prosecco tábori repülőtereiről indultak bevetésekre. 1917. július 25-én az egész légierőt átszervezték; ennek során a század hadseregparancsnokság alárendeltségében működő alegység (neve ekkortól "Fernaufklärer-Kompanie 46", Flik 46F) lett. Októberben az 1. Isonzó-hadsereg részeként vett részt a 12. isonzói csatában. 1918 szeptemberében egy újabb átszervezés során fotófelderítő-századdá "(Photoaufklärer-Kompanie 46, Flik 44P)" nyilvánították.