À l'indépendance, le gouvernement provisoire eut le choix entre la dislocation de la capitainerie générale en petits États, la formation d'un État fédéral ou l'annexion à l'Empire mexicain. Les municipalités de la région furent consultées et votèrent pour l'annexion au Mexique. Au Salvador, l'annexion fut rejetée mais les troupes mexicaines envahirent le territoire. Au Honduras, la municipalité de Tegucigalpa la refusa mais fut contrainte par la municipalité voisine de Comayagua de l'accepter. Il y eut une forte opposition à l'annexion au Costa Rica.