Als Hallenvolleyballer begann Emanuel Rego seine Karriere. 1991 wechselte er zum Beachvolleyball, 1994 startete er zum ersten Mal bei der FIVB World Tour. Mit seinem Partner Zé Marco nahm Emanuel 1996 an den Olympischen Spielen in Atlanta teil und wurde zum ersten Mal FIVB Tour Champion. 1997 konnten die beiden diesen Erfolg wiederholen. 1998 wurde José Loiola neuer Partner von Emanuel Rego, der im gleichen Jahr bei der AVP Tour zum Rookie of the year gewählt wurde. 1999 gewannen die beiden Brasilianer die Beachvolleyball-Weltmeisterschaft in Marseille und wurden FIVB Champion. Bei den Olympischen Spielen 2000 in Sydney schieden sie bereits im Achtelfinale aus. Emanuel, der zum FIVB Player der neunziger Jahre gewählt wurde, wechselte 2001 erneut den Partner und gewann anschließend zum vierten Mal die FIVB Tour, diesmal mit Tande Ramos.