8 Ağustos 2010'da Chelsea ile yapılan FA Community Shield maçında ilk yarı boyunca forma giydi. Maçı 3-1 kazanan United kupanın sahibi olurken Rooney de sezona kupayla başlamış oldu. Ligdeki ilk iki maçında görev almasına rağmen golle tanışamayan oyuncu, 28 Ağustos'ta West Ham United ile oynanan ve 3-0 biten maçta, takımının ilk golünü penaltıdan kaydetti ve ligde 13 maç aradan sonra golle tanıştı. 19 Ekim 2010'da teknik direktör Alex Ferguson, katıldığı basın toplantısında Rooney'nin takımla yeni bir sözleşme imzalamak istemediğini ve kulüpten ayrılmak istediğini belirtti. Bu açıklama, Rooney'nin ayak bileğinden yaşadığı sakatlığın uzamasının ardından Ferguson ile yaşadığı tartışmanın ardından yapıldı. Tartışma, Ferguson tarafından ortaya atılan bir iddiadan kaynaklanmaktaydı. İddiaya göre Rooney, Ferguson tarafından oynatılmaması yüzünden sakatlığı varmış gibi davranmaktaydı. Açıklamanın ertesi gün Rooney, kulüpten ayrılmak istediğini açıkladı. Neden olarak ise kulübün kaliteli oyuncu transfer etmediği ve bu sayede kupa kazanmanın imkânsız olduğunu söyledi. Fakat tüm bu yaşananlara rağmen 22 Ekim'de, United ile olan sözleşmesini beş yıl daha uzatarak Haziran 2015'e kadar kulüple anlaşmaya vardı.