เจ้าหญิงมาร์เกรเธอประสูติเมื่อวันที่ 16 เมษายน ค.ศ. 1940 ณ พระราชวังอามาเลียนบอร์ก กรุงโคเปนเฮเกน เป็นพระราชธิดาพระองค์โตในเจ้าชายเฟรเดอริกและเจ้าหญิงอิงกริด มกุฎราชกุมารและมกุฎราชกุมารีแห่งเดนมาร์ก พระราชบิดาของพระนางเป็นพระราชโอรสในพระเจ้าคริสเตียนที่ 10 แห่งเดนมาร์กกับสมเด็จพระราชินีอเล็กซานดรีน และพระราชมารดาของพระนางเป็นพระราชธิดาพระองค์เดียวในมกุฎราชกุมารกุสตาฟ อดอล์ฟแห่งสวีเดนกับมกุฎราชกุมารีมาร์กาเร็ต เจ้าหญิงประสูติเพียงหนึ่งสัปดาห์หลังจากกองทัพนาซีเยอรมนีได้ทำการยึดครองเดนมาร์กในวันที่ 9 เมษายน ค.ศ. 1940