Když byly uvedeny do provozu první zavlažovací kanály a první zemědělské plochy v pouštních oblastech, začalo jezero pomalu vysychat; šlo však o pomalý proces, větší problém než vysychání představovalo znečištění přítoků hnojivy. Dnes už Aralské moře v podobě, v níž je stále zobrazeno ve většině atlasů, neexistuje. Původní rozloha jezera se zmenšila na méně než třetinu a objem vody klesl na jednu desetinu. Tato radikální změna je následkem monstrózního projektu zavlažování pouští pro účely pěstování bavlny, který v roce 1954 zahájil SSSR. Řeky Amudarja a Syrdarja, které přiváděly vodu z pohoří Pamír a Ťan-šan a Aralské moře napájely tisíce let, byly svedeny do soustavy zavodňovacích kanálů. Výsledkem projektu byla ekologická katastrofa, kterou lze v historii SSSR srovnat snad jen s havárií černobylského reaktoru.