Воював проти шведів у 1601–1605 роках. 1601 року разом з князем Христофором Радзивіллом отримав славетну перемогу над шведами в битві під Кокенгаузеном. 1604 року взяв Дерпт (нині Тарту, Естонія), двічі розбив шведські війська. За отримані перемоги в березні 1605 року отримав посаду великого гетьмана Великого князівства Литовського. У середині вересня 1605 року на чолі польського війська розбив шведську армію в битві під Кірхгольмом (Саласпілс). Ходкевич мав близько 4 тис. війська — в основному важку кавалерію (гусарів). Шведське військо налічувало близько 11 тис. чоловік, з них 8,5 тис. становили піхотинці. Ходкевичу вдалося розгромити шведів протягом трьох годин завдяки вдалому застосуванню важкої кавалерії: виманивши противника з його укріплених позицій удаваним відступом, війська Ходкевича зім'яли наступ шведської піхоти та за підтримки артилерії розгромили основні сили противника. Король Карл IX був вимушений тікати з поля бою, а шведська армія, припинивши облогу Риги, повернулася назад до Швеції. Ходкевич отримав вітальні листи від папи римського Павла V, імператора Священної Римської імперії Рудольфа II Австрійського, короля Англії Якова I Англійського, турецького султана Ахмеда I і перського шаха Аббаса I.