Im Frühjahr 2007 unterzog sich Widhölzl einer Leistenoperation, nachdem er im Vorwinter ständige Probleme wegen einer „weichen Leiste“ gehabt hatte, durch die er nicht ganz in die Hocke gehen konnte. Nach der Operation konnte er nicht mehr richtig trainieren, schwache Ergebnisse führten dazu, dass er ab Mai 2007 nicht mehr im Nationalkader stand und in den A-Kader, die zweite Mannschaft, rückversetzt wurde. Dort startete er zunächst im Sommer-Continental Cup, wo er mit zwei Siegen und dem vierten Gesamtrang auch erfolgreich war. Im Winter verschlechterten sich Widhölzls Leistungen auch in dieser niederklassigen Serie. Dadurch bot sich dem 31-Jährigen anders als dem gleichfalls rückversetzten Martin Höllwarth nicht die Chance auf eine Nominierung für die Vierschanzentournee, wo er in der „nationalen Gruppe“ an den Start gegangen wäre. Dennoch gab Widhölzl weiterhin als Ziel aus, bei der Skiflugweltmeisterschaft in Oberstdorf „um die Medaillen mitzuspringen“. Um dies zu erreichen, versuchte er als Vorspringer beim Weltcup in Harrachov vergeblich, auf sich aufmerksam zu machen, um noch nominiert zu werden. Stattdessen wurde ihm angeboten, ebenfalls als Vorspringer die Weltmeisterschaft zu eröffnen. Diese Möglichkeit nahm Widhölzl noch wahr, ehe er am 7. März 2008 seinen Rücktritt vom Leistungssport verkündete. Am 14. März beendete er mit einem vom Publikum gefeierten Einsatz beim Weltcupfinale in Planica seine Karriere. Widhölzl selbst gab an, es sei ihm schwergefallen, seine 15-jährige Weltcuplaufbahn zu beenden, er habe aber gespürt, dass es jetzt so weit sei. Außerdem bereue er es nicht, dass er nicht schon nach der Saison 2005/06 zurückgetreten sei, als er noch Erfolge gefeiert habe. Zwei Monate nach Widhölzl beendete auch Martin Höllwarth seine Karriere.