בשנת 1948, לאחר מות הרב מרדכי אשכנזי, התבקש אלמולי לקבל לידיו את תפקיד הרב של הקהילה היהודית הספרדית בבוקרשט והוא הסכים. בשנת 1949, כשפורקה הקהילה היהודית הספרדית והפכה לסקציה הספרדית בפדרציית הקהילות היהודיות של רומניה, מילא אלמולי את תפקידו במסגרת חדשה זו. היות שבית הכנסת הספרדי הגדול, "קהל גראנדה" נהרס על ידי הלגיונרים במרד הלגיונרים ופרעות בוקרשט, כיהן אלמולי בבית הכנסת הספרדי "קהל קדוש שלום".