Йорданов дебютировал за сборную Болгарии 28 мая 1991 года в матче со сборной Бразилии. Ивайло играл за Болгарию на чемпионатах мира 1994 и 1998 годов, сыграв на них в общей сложности 7 матчей, а также на Чемпионате Европы 1996, где сыграл 2 матча. Йорданов не сумел стать игроком основы нападения болгар, не выдерживая конкуренции с Христо Стоичковым, Любославом Пеневым и Эмилом Костадиновым. Последний матч за сборную Йорданов сыграл 16 августа с командой Бельгии. Всего за болгар Ивайло провёл 50 матчей, в которых забил 3 мяча.