Huonosta terveydentilastaan huolimatta Funk tuomittiin muiden natsijohtajien kanssa Nürnbergin sotarikosoikeudenkäynnissä. Häntä syytettiin rikoksista rauhaa vastaan, sodan suunnittelusta ja sytyttämisestä, sotarikoksista ja rikoksista ihmiskuntaa vastaan. Funk kuitenkin väitti lukuisista titteleistään huolimatta, että hänellä ei ollut todellista valtaa ja Hermann Göring kuvailikin häntä ”merkityksettömäksi alaiseksi”. Lisäksi Funk selitti, ettei hän ollut seurannut Hitleriä vakaumuksesta, vaan mukavuudenhalusta. Funkin sodan aikana kirjoittamaa elämäkertaa käytettiin kuitenkin todisteena häntä vastaan, ja Funk saikin elinkautisen vankeustuomion.