Nach Ausbruch des Indisch–Chinesischen Grenzkriegs (1962) spaltete sich die CPI in zwei Lager. Während ein Flügel sich auf die Seite Pekings stellte, verurteilte die Mutterpartei den Angriff und bezog damit gleichzeitig im sino–sowjetischen Gegensatz auf Seiten Moskaus Stellung. Als Folge dieser Konflikte trennte sich der pro–chinesische Flügel 1964 von der Mutterpartei und konstituierte sich als Communist Party of India (Marxist) CPI(M). Namboodiripad unterstützte den Kurs der CPI(M). Bevor er von 1974 bis 1992 zum Generalsekretär ernannt wurde, gehörte er dem Zentralkomitee und den Politbüro an. Namboodiripad blieb bis zu seinem Tod Mitglied des Politbüros.