Ізабела была чацвёртай дачкой караля Арагона Хаймэ I Заваёўніка і яго другой жонкі Іаланды Венгерскай. Па бацькаўскай лініі была ўнучкай Педра II Каталіка, першага васала Папы Рымскага сярод арагонскіх каралёў і ўдзельніка альбігойскага крыжовага паходу, а таксама Марыі дэ Манпелье. Па матчынай лініі паходзіла з венгерскай дынастыі Арпадаў і прыпадала ўнучкай каралю Венгрыі Андрашу II, які распачаў Пяты крыжовы паход, і Іаландзе дэ Куртэнэ, прынцэсе Лацінскай імперыі.