לאחר כניסתו של צבא קניה לשטחים הנשלטים על ידי הארגון, החל גל תקיפות כלפי אזרחים קנייתים, זאת במטרה ללחוץ על הממשל הקנייתי לסגת משטחיו. בספטמבר 2013 בוצע פיגוע במרכז קניות מרכזי בניירובי, שם נהרגו 67 בני אדם. תקיפה נוספת שהתבצעה על ידי הארגון הייתה התקיפה באוניברסיטת גריסה, שבקניה, שם נטבחו 148 אזרחים (לא כולל ארבעת המחבלים).  ב-14 באוקטובר 2017, התפוצצה משאית תופת בבירת סומליה שכתוצאה מכך נרצחו 231 אזרחים. הממשל הסומלי הטיל אשמה על ארגון "א-שבאב" והאירוע נחשב לפיגוע הגדול ביותר בתולדות מוגודישו. כמו כן, ישנן עדויות לכך שארגון הטרור עושה שימוש בבתי ספר כמחסני נשק וזירות לחימה חיות, דבר המעמיד בסכנה את חייהם של התלמידים והמורים והופך את בתי הספר למטרה צבאית חיה שגורמת לצבאות שנלחמים מול א-שבאב לפגוע באוכלוסיות אזרחים תמימות. שימוש במוסדות החינוכיים גורם לכך שהאוכלוסייה האזרחית איננה יכולה לחיות בבטחה בשטחה, נשקפת סכנה מתמדת לחייהם של התלמידים והמורים וכתוצר לוואי גם נפגעת זכותם לחינוך והשכלה.