Politisch schloss sich Weldon der Republikanischen Partei an. Bei den Kongresswahlen des Jahres 1994 wurde er im 15. Wahlbezirk von Florida in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, wo er am 3. Januar 1995 die Nachfolge von Jim Bacchus antrat. Nach sechs Wiederwahlen konnte er bis zum 3. Januar 2009 sieben Legislaturperioden im Kongress absolvieren. Diese waren von den Ereignissen des 11. September 2001 und des Irakkrieges geprägt. Weldon war Mitglied im Bewilligungsausschuss und in zwei von dessen Unterausschüssen.