Die Qualifikation zum Afrika-Cup 2013 begann am 15. Januar 2012 mit dem Spiel São Tomé und Príncipe gegen Lesotho. Im Gegensatz zu vergangenen Qualifikationen diente diese Qualifikation nicht gleichzeitig als WM-Qualifikation. Die Qualifikation für den Afrika-Cup 2012 fungierte quasi als Vorqualifikation, da die Teilnehmer jener Meisterschaft bereits für die 3. Runde dieser Qualifikation qualifiziert waren.