Nach einem turbulenten Jahr bei Ligier und vor der Übernahme durch Prost Grand Prix beendete de Cortanze seine Arbeit dort im Streit und nahm ein Angebot von Toyota Motorsport an. Als de Cortanze 1997 zu Toyota kam, war die Entwicklung des Toyota GT-One bereits im Gange. Aus dem halbfertigen Konzept formte er einen richtungsweisenden schnellen, aber erfolglosen Prototyp. Er leitete die von Pech verfolgten Le-Mans-Einsätze 1998 und 1999. 1998 fiel der deutlich führende GT-One von Thierry Boutsen, Ralf Kelleners und Geoff Lees eine Stunde vor Rennschluss nach einem Getriebeschaden aus. Es war einer der vielen glücklosen Auftritte von Toyota in Le Mans. Erst mit dem Sieg von Sébastien Buemi, Kazuki Nakajima und Fernando Alonso im Toyota TS050 Hybrid endete 2018 die sieglose Zeit in Le Mans.