Тотті розпочав міжнародну кар'єру з наймолодшого віку, у якому змагаються національні команди. Зі збірною U-18 він у 1995 році став віце-чемпіоном Європи. У фіналі цього турніру, у якому італійці програли Іспанії з рахунком 1:4, Тотті забив єдиний м'яч своєї команди. Наступного року став чемпіоном Європи зі збірною U-21. У півфіналі він забив м'яч у грі проти Франції, реалізувавши перший і останній у матчі гольовий момент. У фіналі турніру Італія знову грала зі збірною Іспанії; матч завершився з рахунком 1:1, а в серії пенальті «Скуадра Адзурра» виявилася сильнішою (Франческо свій пенальті реалізував). У 1997 році Тотті виграв у складі збірної U-23 Середземноморські ігри. У турнірі Італія обіграла Туреччину з рахунком 5:1, а Ческо відзначився 2-ма голами, всього ж на турнірі він 5 разів вражав ворота суперників.