Nach dem Auslaufen seines Vertrags beim FC Bayern München übernahm Guardiola zur &lt;a href="Premier%20League%202016/17"&gt;Saison 2016/17&lt;/a&gt; das Premier-League-Team von Manchester City von Manuel Pellegrini. Er erhielt einen bis zum 30. Juni 2019 gültigen Dreijahresvertrag. In seiner ersten Saison wurde er mit Manchester City Dritter in der Premier-League, verlor das FA-Cup-Viertelfinale gegen den FC Chelsea und das EFL-Cup-Achtelfinale gegen Manchester United. Außerdem schied er im Achtelfinale der Champions League gegen Monaco aus. Dies war das erste Mal, dass Guardiola nicht das Halbfinale in diesem Wettbewerb erreichte, ebenfalls war es seine erste Saison in einer ersten Liga ohne Titel. In der nächsten Saison führte er sein Team dann zur englischen Meisterschaft und zum Sieg im EFL-Cup. Im FA-Cup schied man gegen Wigan Athletic aus und in der Champions League im Viertelfinale gegen den FC Liverpool. In der Saison 2018/19 gelang es Guardiola, alle drei nationalen Wettbewerbe zu gewinnen, sowohl die Premier League als auch den FA-Cup und den EFL-Cup. In der Champions League scheiterte er gegen Tottenham Hotspur zum zweiten Mal im Viertelfinale. In der Saison 2019/20 holte er zum dritten Mal den EFL-Cup, scheiterte jedoch im FA-Cup am FC Arsenal und wurde in der Liga Zweiter hinter Liverpool. In der Champions League scheiterte er gegen Olympique Lyon zum dritten Mal im Viertelfinale.