II wojna światowa to kolejny okres w historii Prawosławnego Ordynariatu Wojska Polskiego. W tych latach kapelani prawo­sławni byli razem z żołnierzami niosąc im kapłańską posługę i wspierając w żołnierskiej doli. Nie są dobrze znane losy kape­lanów prawosławnych internowanych przez Armię Czer­woną na ziemiach wschodnich RP. Wiadomo, że w ręce Rosjan wpadły tutaj m.in. ewakuowane na wschód kierownictwa duszpa­sterstw wyznań niekatolickich. Większość kapelanów przywieziono do obozu w Starobielsku. Przebywało w nim co najmniej 25 duszpasterzy WP wszystkich wyznań. Przebywał tam ksiądz pułkownik Szymon Fedorońko, który został rozstrzelany w 1940 w Katyniu przez bolszewików. W odtworzonych na Zachodzie po klęsce wrześniowej Polskich Siłach Zbrojnych służyli w latach 1939–1941 żołnierze wyznania prawosławnego. Po upadku Francji na terenie Wielkiej Brytanii, pracę duszpasterską i wychowawczą z niekatolikami opierano na wzorach przedwojennych.