Den største tragedie i byens historie var Stormen på Frederiksstad i oktober 1850. Midt under Treårskrigen indledte slesvig-holstenerne et stort bombardement af Frederiksstad, og en stor del af byen blev skudt i brand. Stormen på byen blev krigens sidste større slag. Byen forblev på danske hænder indtil den 2. slesvigske krig i 1864.