Năm 1945, chiến tranh Việt-Pháp bùng nổ. Sợ đối phương lập căn cứ ở đây, nên chính quyền thực dân Pháp ra lệnh không cho dân ở trên núi Cấm nữa. Vì vậy, nhà sư Thiện Quang phải dẫn các đồ đệ xuống núi, và sau đó đến tu ở chùa Linh Bửu thuộc vùng Cầu Bông, Sài Gòn. Năm 1953, Hòa thượng Thích Thiện Quang viên tịch.