Mit der Machtübernahme durch die Kommunisten nach der Oktoberrevolution 1917 teilte das Ipatios-Kloster das Schicksal anderer russisch-orthodoxer Klöster: 1919 wurde es geschlossen und die Besitztümer beschlagnahmt. 1932 bis 1934 wurde die Mariä-Geburts-Kirche des Ipatios-Klosters abgerissen, die in den 1860er-Jahren vom bekannten Architekten Konstantin Thon erbaut worden war. Ab den 1950er-Jahren wurde das Ensemble des Ipatios-Klosters aufwändig restauriert, seitdem hat es Museumsstatus. Anfang der 1990er-Jahre wurde das Kloster der Kirche zurückgegeben und dient heute sowohl als Kloster wie auch als Museum. Letzteres genießt herausragende Bekanntheit und wurde von allen drei bisherigen Präsidenten Russlands in ihrer Amtszeit besucht (zuletzt von Dmitri Medwedew am 15. Mai 2008).