Bejbl pelasi EM-kilpailuissa 1996 täydet minuutit Tšekin kaikissa otteluissa lukuun ottamatta välierää, josta hän oli poissa saatuaan aiemmissa otteluissa kaksi varoitusta ja niiden myötä yhden ottelun pelikiellon. Hän teki 2–1-voittomaalin alkulohko-ottelussa Italiaa vastaan. Tšekki saavutti hopeaa hävittyään loppuottelussa jatkoajan kultaisella maalilla Saksalle. EM-kilpailuissa 2000 Bejbl pelasi joukkueensa kaikki kolme ottelua, joista kaksi avauskokoonpanossa.