Ostatnia wojna polsko-krzyżacka (1519–1521) również spustoszyła Warmię, lecz miasto i zamek dzięki wcześniejszej przebudowie fortyfikacji pozostały bezpieczne. Ówczesnym administratorem dóbr kapituły warmińskiej był kanonik fromborski – Mikołaj Kopernik. W roku 1521 kierował on olsztyńskim zamkiem przed spodziewanym atakiem Krzyżaków (atak na zamek nie nastąpił, oddział krzyżacki jedynie bezskutecznie próbował pokonać mur miejski).