Після відходу зі збірної Данії Меллер-Нільсен очолив збірну Фінляндії на відбіркові цикли до чемпіонату світу 1998 року і Євро-2000, проте не зміг вивести команду у фінальну стадію жодного з цих турнірів. Так само не вдалося вийти на чемпіонат світу 2002 року зі збірною Ізраїлю. Після чемпіонату світу 2002 року ходили чутки про запрошення Меллера-Нільсена ло збірної Росії.