Славиша Йоканович дебютира за националния отбор на Югославия през 1991 г. в контрола срещу Турция. Постепенно се утвърждава като редовен играч в селекцията на „плавите“. Помага и за класирането на отбора на Евро 1992, което така и не се осъществява заради избухването на войната в бивша Югославия. Заради поредицата от военни конфликти в региона националният отбор пропуска и световното първенство в САЩ през 1994 г. и европейското през 1996 г. в Англия.