Первоначально He-115 использовались для постановки мин в Ла-Манше и Северном море, но из-за своей низкой скорости и слабого вооружения они оказались лёгкой добычей для вражеских истребителей. Когда британцы начали посылать конвои в Мурманск, He-115 стали использовать как торпедоносец и бомбардировщик для нападения на эти конвои (конвои имели слабую ПВО и воздушную поддержку и низкая скорость и слабое вооружение самолёта не были проблемой). Самой большой операцией, в которой участвовали He-115 стало нападение на конвой PQ-17 в июле 1942 года.