Im Jahre 1990 wurde Jakubowski zum Leiter der Arbeitsgruppe des Verteidigungsministeriums der Westgruppe der sowjetischen Streitkräfte (Deutschland) ernannt. Er wurde jedoch kurze Zeit später von diesem Amt suspendiert, nachdem Beschwerden von der deutschen Seite aufkamen, er habe sich zu stark bei der Registration von Besitzansprüchen von verlassenen Vermögen zugunsten der UdSSR eingesetzt. Danach wurde Jakubowski Vertreter von Agrochim (Agrochemie-Unternehmen vormals des Ministeriums für Landwirtschaft) bei dessen Tochtergesellschaft Fersam Ltd. in Binningen bei Basel. Nach dem Augustputsch in Russland 1991 zog er nach Kanada um bereits im März 1992 nach Russland zurückzukehren.