После октября 1991 года был назначен на должность заместителя командующего Закавказским военным округом. По его собственным словам его на эту должность назначили в 1990 году. Во время нахождения Беппаева на должности заместителя командующего округом, с его именем связывали многочисленные факты передачи вооружения конфликтующим сторонам в ходе грузино-абхазской войны и в ходе карабахской войны. Очевидцы утверждали о тесных связях Беппаева с Министром обороны Грузии Тенгизом Китовани. По признанию самого Беппаева, в ходе его участия в разрешении карабахского конфликта, армянская сторона обвиняла его в помощи азербайджанцам.