Konfederasi Livonia dinyatakan bubar segera setelah Perang Livonia (1558–1582). Peperangan telah mengurangi jumlah penduduk Estonia dari kira-kira 250.000–300.000 jiwa sebelum Perang Livonia menjadi kira-kira 120.000–140.000 jiwa pada dasawarsa 1620-an.