Einen wirtschaftlichen Aufschwung erlebte Tobitschau unter der Herrschaft der Pernsteiner (1503 bis 1597). Wilhelm II. von Pernstein, der 1503 für 24.000 Schock Groschen die Burg Alt Tobitschau mit der Neustadt Tobitschau und der Vorstadt Czip, den Flecken Klenowitz und Kralitz sowie den Dörfern Czeltschitz, Czihowitz, Eywan, Herdiborzitz, Klopotowitz, Oploczan, Rakodau, Troubek, Wierowan und Wiklek (Viklice) einschließlich eines Teiles von Piwein erblich erworben hatte, ließ die unter der Herrschaft der Cimburger betriebene Teichwirtschaft weiter ausbauen. 1513 kaufte er noch das Dorf Czertoreg hinzu. Im Jahre 1521 erbte sein Sohn Johann die Herrschaft und kaufte Majetín hinzu. Dessen Sohn Vratislav, der 1548 das Erbe angetreten hatte, überließ die Herrschaft 1567 seinem Schwager Juan Manrique de Lara und schenkte die auf dem Schloss befindliche Büchersammlung des Hauses Pernstein der neu errichteten Olmützer Jesuitenschule. Durch Ehe von Juans Tochter Maria mit ihrem Cousin Johann von Pernstein gelangte die Herrschaft 1591 an das Haus Pernstein zurück. Johann von Pernstein verschuldete sich während des Langen Türkenkrieges und musste Tobitschau an den Grafen Zierotin verpfänden. Dieser verkaufte, nachdem Johann von Pernstein 1597 vor Raab gefallen war, die Herrschaft an Stephan Illesházy. Während des Dreißigjährigen Krieges wurde die Stadt 1619 von den Aufständischen der Stände schwer zerstört. Während der Herrschaft der Grafen Salm – Neuburg (1600 bis 1715) wurde die Verwaltung deutsch.