С началом войны с 23 июня 1941 года полковник Дудников исполнял должность офицера связи при Военном совете сформированной в округе 9-й отдельной армии. 25 июня она была передана Южному фронту и участвовала в приграничном сражении в Бессарабии, затем в оборонительных боях по рекам Днестр, Южный Буг и Днепр. 17 августа под Дубоссарами был ранен, а 20 августа в районе Днепропетровска — контужен.