Όταν έγινε φανερό το 1990 ότι η Γιουγκοσλαβία ήταν έτοιμη να διαλυθεί, πάνω από 2.000 Αλβανοί διαδήλωσαν στο Τέτοβο απαιτώντας την απόσχιση από τη Σοσιαλιστική Δημοκρατία της Μακεδονίας και την ενότητα με την Αλβανία. Σύμφωνα με το σύνταγμα της Σοσιαλιστικής Δημοκρατίας της Μακεδονίας δεν υπήρχε δικαίωμα αυτοδιάθεσης μιας εθνικής μειονότητας μέσα στο κράτος. Διαμαρτυρόμενοι λοιπόν για την έλλειψη εκπροσώπησής τους σύμφωνα με το σύνταγμα της τότε νέας «Δημοκρατίας της Μακεδονίας», οι Αλβανοί μποϋκόταραν το δημοψήφισμα για την ανεξαρτησία από τη Γιουγκοσλαβία και, συνεπώς, εξαιρέθηκαν από σχεδόν οποιαδήποτε εκπροσώπηση στη νέα κυβέρνηση. Το Τέτοβο έγινε έδρα των νέων αλβανικών πολιτικών κομμάτων, που θεωρήθηκαν ως αντισυνταγματικά από τη σημερινή Βόρεια Μακεδονία. Οι εντάσεις επιδεινώθηκαν και το Τέτοβο, μαζί με την πόλη του Γκόστιβαρ, δέχτηκε και προστάτευσε αρκετές χιλιάδες Βόσνιων Μουσουλμάνων προσφύγων από το 1992 μέχρι το τέλος του Πολέμου της Βοσνίας. Πριν από το βομβαρδισμό του ΝΑΤΟ των Σερβικών δυνάμεων στο Κόσοβο το Τέτοβο έγινε η οπισθοφυλακή ανεφοδιασμού για τον Απελευθερωτικό Στρατό του Κοσόβου, [5] και, στη συνέχεια, αργότερα στέγασε πάνω από 100.000 Κοσοβάρους προσφύγες από τον Πόλεμο του Κοσόβου. Το 1997 ο Αλατζίν Ντεμίρι, δήμαρχος του Τετόβου, φυλακίστηκε γιατί ύψωσε τη σημαία της Αλβανίας με το δικέφαλο αετό στο δημαρχείο της πόλης και το 2000 το ξέσπασμα των εχθροπραξιών στο Τανουσέβσκι έφτασε μέσα στις πόλεις Τέτοβο και Γκόστιβαρ. Το 2001 οι Αλβανοί ξεκίνησαν μια εξέγερση, με το Τέτοβο το κύριο σκηνικό του πολέμου. Ευτυχώς υπεγράφη η Συμφωνία της Οχρίδας, επιτρέποντας την επιστροφή της ειρήνης στην πόλη και πάλι.