Plateanus blieb jedoch nicht in Zwickau. Nach elfjähriger Tätigkeit legte er Ende September (Michaelis) 1546 sein Rektorat nieder. Nach den Ereignissen des Schmalkaldischen Kriegs wurden im härtesten Winter Januar 1547 große Teile der Bürgerschaft ausgewiesen. Trotz des freundschaftlichen Ratschlags von Philipp Melanchthon, "Templa regant alii, Tu Plateanae Scholam (Mein Plateanus, bleib du bei der Schule und lass andere sich um die Kirche kümmern)", scheint Plateanus angesichts der Bedrängnis, in welche der Ausgang des Krieges den Protestantismus versetzte, entschieden zu haben, seine Kraft nun der bedrohten Kirche zu widmen. 1546 war er Superintendent in Oelsnitz im Vogtland. Im August 1547 wurde er als Oberpfarrer an St. Stephani und Superintendent nach Aschersleben berufen und nahm hier am 22. Oktober sein Predigtamt an. Doch starb er schon am 7. Januar 1551, nachdem er zuvor seine Bibliothek der St. Stephanikirche vermacht hatte. Dort findet sich auch seine Grabinschrift.