Après avoir monté un cabinet de juriste privé, Yockey parvint à décrocher un poste au Tribunal des crimes de guerre, et partit en Allemagne avec l’équipe juridique américaine pour juger les nazis de second ordre à Wiesbaden. « Indubitablement, son intention était de venir en aide à certaines des personnes poursuivies » . Yockey se rebella, jouant des hymnes allemands au piano du club des officiers, et, après une confrontation avec le procureur Robert Jackson, fut congédié. À partir de ce moment il fut repéré par le FBI et par les diverses branches des renseignements militaires, qui devaient tous avoir de grandes difficultés pour retrouver la trace de Yockey pendant les 15 années suivantes, le FBI à lui seul entretenant un dossier de plus de mille pages.