In previsione della guerra del 1866, Persano, unico ammiraglio italiano ad aver guidato una squadra navale in battaglia, ottenne il comando della flotta e si recò immediatamente a Taranto il 16 maggio 1866; mancavano trentasei giorni allo scoppio della Terza guerra d'indipendenza. Completamente insoddisfatto delle condizioni della flotta, l'ammiraglio scrisse più volte al ministro Diego Angioletti segnalando le gravi carenze e arrivando anche a minacciare di lasciare l'incarico. Il 20 giugno il ministro Angioletti venne sostituito da Agostino Depretis che ordinò immediatamente a Persano di portarsi con la flotta ad Ancona. Obbedendo all'ordine, Persano partì il 21 giugno 1866; la navigazione procedette senza incidenti malgrado lo scarso addestramento degli ufficiali. Il 25 giugno le 19 navi che componevano l'armata, giunsero ad Ancona.