Kayqubād era il secondogenito del sultano Kaykhusraw I, che gli diede in tenera età il titolo di "malik" (re) e il governatorato della città Tokat (importante città dell'Anatolia centrale). Dopo la morte del Sultano nella battaglia di Alaşehir nel 1211, sia Kayqubād sia suo fratello maggiore Kaykāʾūs, che succedette al loro padre come Sultano, furono costretti a lottare per il trono. Inizialmente, Kayqubād ebbe alcuni alleati vicini al sultanato: Leone II d'Armenia, il re della Cilicia Armena e Ṭughrilshāh, zio del fratello e sovrano indipendente di Erzurum, ma la maggior parte degli emiri stettero invece dalla parte di Kaykāʾūs, in quanto potenti aristocratici terreni del sultanato. Conscio di non poter competere col fratello, Kayqubād fuggì nella fortezza di Ankara, dove cercò aiuto dalle tribù turkmene di Kastamonu, ma sfortuna volle che fu catturato e imprigionato dal fratello in una fortezza nell'Anatolia occidentale. Kaykāʾūs I, però, morì inaspettatamente nel 1219 (o 1220), e Kayqubād, tornato libero, gli succedette come Sultano.