W 1900 roku objął stanowisko wiceprezydenta. Po decyzji rady złożonej z przedstawicieli rządów i wojsk obu burskich republik o wysłaniu prezydenta Krugera z misją dyplomatyczną do Europy (wrzesień 1900), Burger przejął jego obowiązki. Pełnił je do końca istnienia Republiki. W kolejnych latach próbował, wspólnie z innymi przywódcami burskimi, doprowadzić do rewizji kończącego II wojnę burską pokoju w Vereeniging (którego był, jako reprezentant ZRA, sygnatariuszem). Jego działania nie przyniosły jednak żadnych rezultatów.