Aan het begin van de Tweede Wereldoorlog, tijdens de meidagen van 1940, kwam Goudriaan in opspraak omdat hij zijn gezin met een speciaal voor hem ingelegd "dieseldrie"-treinstel uit Hilversum gehaald had. Hij had de bedoeling vanuit Scheveningen naar Engeland over te steken, maar er bleek geen schip beschikbaar. Door veel NS'ers werd dit als een poging tot vaandelvlucht opgevat. Vervolgens werd Goudriaan door de Duitse bezetters geschorst als directeur. Zijn functie werd waargenomen door NS-directeur Hupkes. Via de kampen Buchenwald en Haaren, waar hij woordvoerder van de gegijzelden was, kwam Goudriaan in het gijzelaarskamp Sint-Michielsgestel terecht. In 1943 werd hij vrijgelaten.