В январе-мае 1919 года заместитель председателя правительства Латвийской ССР и председатель РВС Латвии. С 14 октября 1918 года по 27 апреля 1919 года председатель Революционного Военного трибунала РСФСР. На VIII съезде партии (март 1919 года) избран кандидатом в члены ЦК РКП(б). В июле 1919 года назначен помощником военного комиссара, а затем военным комиссаром Полевого штаба РВСР. Принимал участие в планировании и проведении операций против армий А. В. Колчака, А. И. Деникина, Н. Н. Юденича и П. Н. Врангеля, являлся одним из проводников красного террора в Крыму. Также фигурировал среди активных советских работников, действовавших на фронте против войск Польши. Был делегатом X съезда РКП(б).