I Sveriges herrlandslag är Lindgren den spelare som gjort näst flest landskamper efter Magnus Wislander, hela 376 stycken under vilka han gjorde 482 mål. Han landslagsdebuterade 1986 och var bland annat med om att vinna VM-guld 1990 och 1999, EM-guld 1998, 1994, 2000 och 2002 samt OS-silver 1992 i Barcelona, 1996 i Atlanta och 2000 i Sydney. Under VM 2001 spelade Lindgren flera matcher med en bruten näsa, han använde sig av en heltäckande mask som skydd. I turneringen blev Sverige silvermedaljör när Frankrike vann efter förlängning. Han deltog även vid OS 1988 i Seoul. Sin sista landskamp spelade han 2003.