Després de la reunificació, aparells i pilots de la RDA van integrar-se en la Luftwaffe, tot i que la majoria d'aparells es van vendre a països de l'est membres de l'OTAN com Polònia o els països bàltics. Una ala completa, l'Ala 72 Steinhoff de caces, de Laage, que pilotaven MiG-29 comprats durant la reunificació i es van fer servir per entrenar tàctiques de combat aeri fins que finalment es van vendre els aparells a Polònia el 2004. El març de 1999, per primer cop des de 1945, la Luftwaffe va entrar en combat en la Guerra de Kosovo en l'Operació Força Aliada com a part de l'OTAN, i aquest fet va ser molt controvertit a Alemanya, on la constitució obliga a no participar en "guerres ofensives".