Островите са обитавани още през 1345 г., когато пет шведски семейства закупуват западния остров от манастира Падизе. По данни от преброяването на населението в Естония през 1934 г., на островите живеят 354 жители – почти всички шведи, с изключение на 13 германци. На островите е имало 5 села, общо 119 домакинства, малък фолклорен музей (отворен през 1935 г. и затворен през 1940 г.), двата острова са имали свои църкви и училища. След подписването на пакта Молотов–Рибентроп и последващите действия на СССР (виж Съветски ултиматуми от 1939 г.), през 1940 г. всички жители са принудени да напуснат – островите са определени за военна база на Съветската армия. До 1944 г. повечето от шведските семейства заминават за Швеция, по време на германската окупация на Естония. След Втората световна война Вяйке Пакри е населен от няколко жители до 1965 г. По времето на СССР, до 1992 г. островите са използвани като полигон за въздушни бомбардировки на страните от Варшавския договор.