Bei Ausbruch des Sezessionskriegs schloss er sich wie die Mehrheit seiner Kollegen und Studenten den Konföderierten an und stellte binnen kurzer Zeit eine Artilleriebatterie sowie das 36. Virginia Infanterieregiment auf, dessen Befehlshaber er wurde. Er kämpfte mit seinem Regiment zunächst im Kanawhatal, nahm dann an der Schlacht um Fort Donelson teil und kehrte schließlich in den Westen Virginias zurück. Nachdem Brigadegeneral Albert G. Jenkins bei der Schlacht am Cloyds Mountain im Mai 1864 verwundet wurde, übernahm er dessen Brigade mitten im Gefecht und führte einen geordneten Rückzug durch.