Con l'invasione tedesca del 1939, anche Varsavia venne occupata dai Nazisti dopo un assedio che portò alla distruzione del 10-15% dei suoi edifici. Durante l'occupazione, i 500.000 Ebrei della città e dintorni furono rinchiusi nel Ghetto e in seguito massacrati nonostante una strenua resistenza finale durata oltre un mese, tra il 19 aprile e il 16 maggio 1943 (Rivolta del ghetto di Varsavia). Tra il 1º agosto e il 2 ottobre 1944, con l'avvicinarsi delle truppe sovietiche, l'intera popolazione della città si ribellò all'occupazione, resistendo per 63 giorni (Rivolta di Varsavia). Per rappresaglia, i Nazisti deportarono l'intera popolazione di Varsavia e distrussero la città quasi completamente, mentre i sovietici rimasero a guardare tale distruzione, dall'altra parte del fiume, senza intervenire. Quando le truppe sovietiche entrarono a Varsavia, nel gennaio del 1945, l'85% degli edifici era completamente distrutto.