Als in Vorbereitung auf die Olympischen Spiele 1940 Filmaufnahmen von den auf der Akropolis von Athen gefundenen Statuen an ihren Originalschauplätzen gemacht wurden, nutzte Wagner die Gelegenheit, um die Statuen auch fotografisch festzuhalten. Er galt als ein Fotograf, der besonders gut mit dem „griechischen Licht“ umzugehen wusste. Einige Fachhistoriker, darunter Reinhard Förtsch, sehen in der Art der Fotografie eine gelebte Ausprägung des Dritten Humanismus. Andererseits werden die starke Inszenierung der Bilder, die zeittypische Idealisierung der Antike und der verklärende Versuch die Antike „nachzuempfinden“ sowie die nicht immer sachgerechte oder spekulative Präsentation kritisiert. Nichtsdestotrotz veröffentlichte Hans Schrader 1939 das Buch "Die archaischen Marmorbildwerke der Akropolis" mit Wagners Bildern und unter der Beteiligung von dem Wagner sehr schätzenden Ernst Langlotz, das eine weite Verbreitung fand. Nach dem Ausscheiden aus der Agora-Grabung war Wagner vor allem bei der Olympia-Grabung des DAI tätig. Hier war das technische Personal – Restauratoren, Zeichner und Fotografen – von ganz besonderer Bedeutung, da in den 1940er Jahren insbesondere schwer zu bergende Funde aus Bronze und Eisen zu bearbeiten waren. Wagner war hier nicht nur als Fotograf, sondern auch für die Reinigung der Bronzefunde zuständig. Er bekam auch mehrfach Aufträge von der griechischen Regierung: vor Wahlen im Land wurde Wagner beauftragt, Luftbilder von den Flüchtlingslagern zu machen, die von den Flüchtlingen des griechisch-türkischen Krieges und nach dem Bevölkerungstausch zu Beginn der 1920er Jahre in und um Athen entstanden waren. Zu dieser Zeit gab es keine griechischen Fotografen, die imstande waren, derartige Luftbildaufnahmen anzufertigen. Mit dem Abzug der Deutschen Besatzer 1944 verließ auch Wagner Griechenland, das mittlerweile zu seiner Heimat geworden war, wobei er auch sein Haus in Iraklion verlor.