Meyszner est brièvement chargé de coordonner l'assistance des fugitifs nazis d'Autriche pour le compte de la SA. Le , il rejoint l' avec le grade d' et reçoit le numéro . Il est ensuite nommé chef SS sous les ordres directs de Heinrich Himmler qui l'affecte au "Kommando" Sammelstelle. Il reçoit la citoyenneté allemande en et, le suivant, rejoint la (police de protection), une branche de l' (Orpo), au grade de "Major". Il quitte officiellement la SA mais sa carrière au sein de l'Allgemeine SS est de courte durée, du fait d'une loi interdisant l'admission des officiers de police dans l'organisation. Meyszner est donc obligé de démissionner de l'Allgemeine SS en . Le , il est promu au grade d' (lieutenant-colonel de police). Il est autorisé à réintégrer l'Allgemeine SS en , avec son ancien grade, et travaille dans les bureaux du () et du à Berlin. En 1937, il est nommé juge honoraire du  (le Tribunal du peuple) ; son mandat est renouvelé en 1941. Épaulé par des unités de l'Orpo, il retourne en Autriche durant l'annexion de l'Autriche par l'Allemagne nazie. Il s'installe alors à Vienne et devient inspecteur par intérim de l'Orpo en Autriche en plus d'une promotion au grade d' (colonel de police), le . Lors des élections législatives du , il est élu député au Reichstag, poste qu'il occupe jusqu'à la fin de la Seconde Guerre mondiale. À partir du , il est nommé inspecteur de l'Orpo auprès du secrétaire d'État à la Sécurité en Autriche, Ernst Kaltenbrunner.