Después Conquista de Navarra por Fernando V el Católico, a comienzos del siglo XVI, se producen en esta zona abundantes conflictos con pueblos tan cercanos como Tauste y Tudela, por los derechos de aguas para riego agrícola, tanto en la margen izquierda del río Ebro como en la margen derecha. Por el lado izquierdo, el emperador Carlos I concede en 1529 a la villa de Tauste, permiso para ensanchar y alargar la Acequia del Ebro hasta Tauste y que se denominará desde ahora Canal de Tauste y por la margen derecha, la iniciativa aragonesa apoyada también por el emperador, de construir un nuevo canal que deberá partir desde Tudela para llevar el agua a Zaragoza, conocido como Canal Imperial. En ambos proyectos, se plantearon conflictos graves con los habitantes de Buñuel y que en el transcurso de los años se fueron superando, por las mejoras que dichos proyectos dieron.