Un autre régiment est mis en place à Elmira, autre ville de l'État de New York ; le , le colonel Slocum prend le commandement de ce d'infanterie de l'Armée de l'Union, régiment composé de nombreux volontaires. Slocum déclare alors : . Son régiment fait partie de la division du major-général David Hunter lors de la Première bataille de Bull Run après avoir rejoint la ville de Manassas depuis peu de temps. Slocum subit une blessure en recevant une balle de mousquet dans la cuisse lors de la première charge de son unité ; le bilan de la bataille pour le régiment est de vingt-six morts, quarante-quatre blessés, dont deux officiers, et soixante disparus. Malgré un engagement de la bataille qui leur est d'abord favorable, les forces nordistes subissent un échec cuisant et, mises en déroute, doivent se replier sur Washington. Dès que sa blessure le lui permet, Slocum retourne chez lui auprès de sa femme pour finir de guérir.