După declararea independenței Ceceniei, a devenit un susținător al președintelui separatist Djohar Dudaev. Kadîrov a luptat în Primul Război Cecen pentru independență, fiind lider al unei miliții. În 1995 a fost numit muftiu șef al Republicii Cecene Icikeria. După izbucnirea conflictului violent dintre Moscova și separatiștii ceceni, Kadîrov a declarat că „"ruși sunt de mult mai multe ori mai numeroși ca cecenii, așa că fiecare cecen ar trebui să ucidă 150 de ruși."”