Główne siły Francuskiej Marynarki Wojennej stacjonowały po kapitulacji w Dakarze i w Mers el-Kebir w Afryce Północnej. Do sił tych Royal Navy wystosowała ultimatum, a po jego odrzuceniu zbombardowała i zatopiła część okrętów bazujących w Mers el-Kebir (Operacja "Catapult") 3 lipca 1940. Akcja ta wpłynęła negatywnie na wzajemne stosunki francusko-brytyjskie. We wrześniu 1940 alianci i Wolni Francuzi usiłowali wylądować w Dakarze, w listopadzie 1940 lądowali w Gabonie, w czerwcu 1941 lądowali w Syrii, w maju 1942 dokonali lądowania na Madgaskarze, a w listopadzie 1942 w Maroku i Algierii (operacja Torch). Doszło wówczas do starć okrętów francuskich wiernych rządowi w Vichy z aliantami, bez sukcesów, natomiast zakończonych zniszczeniem wielu francuskich okrętów, głównie kilkunastu niszczycieli i okrętów podwodnych. W odpowiedzi na lądowanie w Afryce północnej, Niemcy zajęli do tej pory nie okupowaną Francję rządu Vichy, wraz z portem wojennym w Tulonie, gdzie stacjonowały pozostałe siły Francuskiej Marynarki Wojennej (Operacja "Lila"). Francuzi, nie chcąc wydać floty Niemcom, zatopili ok. 80 swoich okrętów w porcie w Tulonie 27 listopada 1942, niszcząc je w takim stopniu, że nie nadawały się do remontu. Zaledwie kilka okrętów podwodnych zdecydowało się na opuszczenie portu przed opanowaniem portu przez Niemców i dołączenie do floty alianckiej. Niemcom udało się 8 grudnia 1942 opanować port w Bizercie, jednakże przejęli tam tylko niewielkie jednostki. Większość Francuzów uznała akcję niemiecką za agresję, co przyciągnęło do FNFL więcej ochotników. Wolni Francuzi otrzymali także okręty przejęte we francuskich koloniach oraz przekazane im przez Wielką Brytanię i USA. Francuskie okręty brały później udział w lądowaniu w południowej Francji (operacja "Dragoon") i w Normandii (operacja "Neptune").