Nach dem Besuch des Christ’s College in Cambridge lebte er ein Jahr lang in Israel und arbeitete im Kibbuz Rosh haNikra. Danach kehrte er nach Großbritannien zurück und studierte Geschichte an der Universität Cambridge, an der sein Cousin Simon Baron-Cohen heute Direktor des Autismus-Forschungszentrums ist. In Cambridge spielte er bei der Theatergruppe Footlights in Stücken wie "Cyrano de Bergerac" und" Fiddler on the Roof". Dort spielte auch sein Jugendfreund Dan Mazer, der ihn später dauerhaft als Autor und Produzent unterstützte. 1992 fuhr Baron Cohen im Rahmen einer Studienfahrt nach Amerika, wo er den Bürgerrechtler Robert Parris Moses traf. In seiner positiv aufgenommenen Abschlussarbeit "„The Black-Jewish Alliance: A Case of Mistaken Identity“" untersuchte er die Kultur von Afroamerikanern und Juden sowie deren Rolle in der Bürgerrechtsbewegung der 1960er Jahre und beschäftigte sich insbesondere mit der wechselseitigen Beziehung von jüdischen und schwarzen Bürgerrechtlern. Besondere Berücksichtigung fanden dabei die Mississippi-Bürgerrechtsaktivisten-Morde an Michael Schwerner, James Earl Chaney und Andrew Goodman. Er beendete sein Studium mit der Note 2:1. 1994 betätigte er sich als Model.