Капков стал одним из инициатором приглашения голландского тренера Гуса Хиддинка на пост главного тренера сборной России — под руководством Хиддинка в 2008 году сборная России заняла третье место на чемпионате Европы по футболу. В апреле 2006 года Капков был избран вице-президентом Российского футбольного союза по развитию и вошел в состав его исполкома. В 2013 году Роман Абрамович заявил о прекращении финансирования проектов Академии, заявив, что отныне финансированием развития футбола в стране будет заниматься «Газпром». Всего за пять лет работы Фонд вложил в развитие российского футбола около 3 млрд руб.