De Europese kampioenschappen van 2012 in Helsinki dreigden voor Bouckaert in eerste instantie op een regelrechte deceptie uit te lopen. In de halve finale van zijn 400 m werd hij namelijk gediskwalificeerd, nadat hij de lijn van zijn baan had overschreden. Op het estafettenummer nam hij echter revanche op deze beslissing. Samen met Antoine Gillet en de gebroeders Jonathan en Kevin Borlée snelde hij op de 4 x 400 m naar de overwinning in 3.01,09. Bouckaert werd geselecteerd voor het estafetteteam op de 4x 400m voor de Olympische spelen later dat jaar, maar de atleet blesseerde zich in de voorbereiding en werd vervangen door Michaël Bultheel.