Krátce poté Polsko přerušilo diplomatické styky se Sovětským svazem kvůli sporu týkajícím se Katyňského masakru. Beneš se mezitím zaměřoval na úsilí o československo-sovětské spojenectví. Úmrtí Sikorského téhož roku bylo další ranou plánované federaci, jelikož byl považován za jejího největšího zastánce na mezinárodní scéně. V prosinci 1943 byla v Moskvě podepsána nová Dohoda o spojenectví (pro příštích dvacet let) mezi československou exilovou vládou a Sovětským svazem, následovaná dalšího jara Dohodou o vojenské spolupráci mezi těmito zeměmi.