Khudoynazarov es el único director de Asia Central que se hizo un nombre para el cine tayiko en la década de 1990 y entró en el espacio europeo. Su primer largometraje "Hermano" (1991) fue filmado en el género de "road-movie" en el desierto de Asia Central. Según el crítico de cine Andrei Plakhov, este modesto trabajo estudiantil en blanco y negro "prevé la sensación de falta de hogar y de orfandad de que Tayikistán pronto se verá envuelto en una guerra consigo mismo". La película recibió varios premios en festivales internacionales de cine. La segunda película "Kosh-ba-kosh" (1993), filmada durante los conflictos étnicos en Tayikistán, narra "una vida joven que intenta acostumbrarse a la guerra, sobre la misma soledad y la falta de vivienda, sobre el amor". Esta película le valió a Khudojnazarov el León de Plata en el Festival de Cine de Venecia en 1993.