הלמר היה שותף להגעה של נבחרת גרמניה בכדורגל לגמר יורו 1992, בו הפסידה לדנמרק. הלמר לקח חלק גם במונדיאל 1994 ובמונדיאל 1998, בהם הודחה גרמניה ברבע הגמר, והיה שותף מלא לזכייה של נבחרת גרמניה ביורו 1996. לאחר ההדחה של גרמניה ממונדיאל 1998, פרש הלמר מהנבחרת, עם 68 הופעות וחמישה שערים.