På andre halvdel av 1800-tallet oppsto de første større konfliktene mellom albanere og serbere, da muslimske albanerne stilte seg på siden til det osmanske styret i den russisk-tyrkiske krig (1877-1878). I løpet av krigen hadde serbiske tropper invadert de nordøstlige delene av provinsen Kosovo og deportert mange tusener av etniske albanere. Signeringen av freden i San Stefano markerte begynnelsen på en vanskelig situasjon for albanere på Balkan i de områdene som ble avstått fra Tyrkia til Serbia, Montenegro og Bulgaria. Ved freden ble Serbia tvunget til overgi Kosovo til osmanene og deretter begynte en utrenskning av kristne serbere fra det nyskapende vilâyetet Kosovo. Mange opplysninger har bevitnet at mellom 200 000 og 400 000 serbere ble tvangsdeportert i forbindelse med forfølgelse fra den muslimske delen av befolkningen. Samtidig ble rundt albanere tvunget til å flykte fra de områdene som Serbia beholdt ved krigsslutten. Den etniske rensningen av serbere i Kosovo nådde sitt høydepunkt i forbindelse med den gresk-tyrkiske krig i 1897.