Dua tahun kemudian, Perancis meneruskan era kegemilangannya dengan meraih kejuaraan Euro 2000. Selepas kejohanan itu, Desailly mengetuai pasukan kebangsaan selepas persaraan Didier Deschamps. Pada tahun 2001, beliau mengetuai Perancis untuk meraih Piala Konfederasi 2001.