Se inició futbolísticamente en el Club Gimnasia y Esgrima de La Plata, donde debutó profesionalmente en el año 1991. Permaneció en el club durante seis años, obteniendo el único título de la era profesional en la historia de ese club, la Copa Centenario celebrada en 1994. A mediados de 1997, llega a Boca Juniors junto con su hermano Gustavo y Martín Palermo, por recomendación de Diego Armando Maradona quien en ese momento se encontraba en el club. Jugó en Boca Juniors durante diez años, siendo ídolo y obteniendo múltiples títulos, destacándose como los más importantes la Copa Intercontinental 2000 y la Copa Intercontinental 2003 y las Copa Libertadores 2000, 2001, 2003.