Bovenal is "Charlie Hebdo" republikeins en laïcistisch geïnspireerd: het magazine verdedigt de vrijheid van het collectief en het individu, en laat ook op zijn eigen redactie verschillende meningen toe. In het bijzonder omtrent het Franse referendum over de Europese Grondwet weerklonken in "Charlie Hebdo" verschillende stemmen. Na de aanslagen van 11 september 2001 distantieerde het weekblad zich uitdrukkelijk van extreemlinks, dat uit antiamerikanisme toenadering zocht tot het Arabische fundamentalisme. Volgens "Charlie Hebdo" vergoelijkt het islamisme het antisemitisme, en vormt het daardoor een verwerpelijke racistische stroming. Op 15 juli 2008 werd de populaire karikaturist Siné (echte naam: Maurice Sinet) door hoofdredacteur Val weggestuurd wegens vermeend antisemitisme, na diens bijdrage over Jean Sarkozy, de oudste zoon van president Nicolas Sarkozy. De rechter oordeelde echter dat Siné onrechtmatig werd ontslagen en veroordeelde "Charlie Hebdo" tot een forse schadevergoeding. Kort daarna stichtte Siné zijn eigen satirische tijdschrift "Hebdo Siné".