In una manovra di riduzione dei costi i Nets cedono lo stesso giorno del Draft 2009 l'altro leader della squadra, Vince Carter, promuovendo di fatto Harris a capitano della squadra. Ma Harris salta gran parte della stagione a causa degli infortuni alla spalla e alla caviglia, tra cui la disastrosa partenza di 0-18 della squadra. Senza il suo gioco la prestazione della squadra fu nettamente inferiore rispetto all'anno precedente. Al fine di ridurre il rischio di infortunio, Harris, su richiesta del suo allenatore Avery Johnson nel corso dell'estate 2010, partecipa a un programma di allenamento con i pesi, riuscendo ad aggiungere sia 15 kg di muscoli, che lavorando sulla difesa con Tim Grover.