In aanloop naar de uitbraak van de Tweede Wereldoorlog werd de SVOBA overgebracht naar Haarlem. Tijdens de Duitse inval in mei 1940 verbleef Van Vark dus ook daar. Hij kwam niet in actie. Kort na de Nederlandse overgave maakte Adolf Hitler bekend dat de Nederlandse militairen uit krijgsgevangenschap werden vrijgelaten. Kort daarna vond hij een baan als ziekencontroleur bij de ENKA in Ede.