В 1832 году после смерти Боливара президентом страны был избран Сантандер. Он содействовал развитию финансов и образования и ему удавалось сохранить внутреннюю стабильность, но в 1839 году в стране разгорелась гражданская война, длившаяся до 1842 года. В стране возникли две партии — Либеральная и Консервативная. В 1845 году президентом страны был избран Томас Сиприано де Москера-и-Арболеда, который был членом Консервативной партии. При нём были упорядочены финансы, строились новые дороги, развивалось судоходство. В 1849 году на выборах победил либерал Хосе Иларио Лопес. В 1853 году была принята новая конституция, отменившая рабство и провозгласившая отделение церкви от государства. Она стала причиной ряда восстаний и гражданской войны. В 1863 году была принята новая конституция, которая давала штатам ещё большую автономию, а страна была переименована в Соединённые штаты Колумбии. В 1867 году президент Москера был свергнут и выслан из страны. В экономике страны все большую роль играло производство кофе, который со временем стал монокультурой. Экспортировались также табак, хинин, золото и хлопок. В 1880 году президентом стал Рафаэль Нуньес, который потом примкнул к консерваторам. Он занимал президентский пост в 1880—1882 и с 1884 по 1894.