Po wybuchu wojny duńskiej 1 lutego 1864 roku, okręt wypłynął z Kopenhagi 10 lutego, pod dowództwem H.P. Rothego, w towarzystwie 14-działowej parowej korwety „Dagmar”. 18 lutego popłynął do Egernsundu, by zaatakować most pontonowy, którym Prusacy przerzucali wojska na półwysep Broagerland (nieopancerzoną „Dagmar” pozostawiono w tyle). Ze względu na duże zanurzenie, „Rolf Krake” musiał podjąć ostrzał z dystansu ok. 1300 m, strzelając ogniem pośrednim ponad niewielkim cyplem. Brak możliwości skutecznego korygowania ognia sprawił, że most pozostał nieuszkodzony; natomiast pruskie baterie trafiły okręt w ciągu półtoragodzinnej potyczki niemal 150 pociskami, głównie 24-funtowymi. Mocno postrzelany okręt, wystrzeliwszy 72 pociski, wycofał się z akcji, mając wszakże tylko trzech rannych członków załogi.