Durante las pruebas de pretemporada de 2004, Yamaha dio un paso al frente sacando todo el potencial de la relación de Rossi y Burgess. A través de un régimen sistemático de desarrollo y pruebas, buscaron refinar los rasgos tradicionalmente fuertes de la M1, como la buena frenada y la buena maniobrabilidad (que impresionó a Rossi), y juntarlos con un buen equilibrio y transición de potencia. Trabajando en estrecha colaboración con Rossi y Burgess, los ingenieros de Yamaha bajo el mando del líder del proyecto YZR-M1, Koichi Tsuji, experimentaron con varias modificaciones del motor en un intento de arreglar la entrega de potencia, y finalmente se decidió seguir adelante con una configuración de cuatro válvulas por cilindro (a diferencia de la anterior coniguración de cinco válvulas por cilindro), con un orden de disparó del cilindro especialmente refinado. Esto convirtió el motor de cuatro cilindros en línea de un "screamer" tradicional, donde los pulsos de potencia están espaciados equitativamente (cada 180 grados de arranque) en el ciclo de cuatro tiempos, en un llamado motor de "long bang" donde los pulsos de potencia se agrupan de manera desigual a través del ciclo (270-180-90-180). Este orden de encendido imita la energía cinética constante de un motor V4 mientras mantiene el deseable empaque del motor de un tradicional cuatro cilindros en línea. Estos desarrollos mejoraron significativamente las características de torque del motor y, junto con ligeros cambios en la posición del motor en el chasis, hicieron que la M1 fuera mucho más fácil de controlar en el límite de adhesión al salir de las curvas. Después de un frenético invierno de desarrollo y pruebas, el equipo mostró al mundo que habían dado un paso significativo en la dirección correcta, cuando Rossi y la M1 ganaron el automóvil BMW en la prueba IRTA de pretemporada 2004 en Cataluña, al registrar la vuelta más rápida. de la sesión abierta (similar a la calificación de una carrera normal).