Inzwischen war Napoleon Bonaparte aus Ägypten nach Frankreich zurückgekehrt. Ihm gelang es durch den Staatsstreich des 18. Brumaire VIII (9. November 1799), die Macht in Frankreich an sich zu reißen und das Konsulat als neue Regierungsform zu etablieren. Er machte vergeblich Friedensangebote auf der Basis des Friedens von Campo Formio. Darauf wollte Österreich nicht eingehen, weil es wiedergewonnenen Gebiete aus der ersten Phase des Krieges hätte zurückgeben müssen. Der damals führende österreichische Politiker Johann Amadeus Franz von Thugut verkannte die Situation und erwartete in Frankreich eine innenpolitische Krise. Trotz Warnungen hielt er angesichts der günstigen militärischen Lage am Kriegskurs fest.