Další porážka čekala slábnoucí řád v třináctileté válce s pruskými městy a Polskem, která probíhala v letech 1454-1466. Poté byl uzavřen tzv. druhý toruňský mír, podle jehož ustanovení Polsku připadly tzv. Prusy královské (Východní Pomoří nebo pozdější Západní Prusko), s Marienburgem, který byl dosud sídelním městem velmistra řádu, Gdaňskem, Toruní a Elblagem. Hlavním městem zbývajícího řádového území, tzv. Prus křižáckých, a sídlem velmistra se poté stal Königsberg (Královec, založený Přemyslem Otakarem II.) Samotný řádový stát se stal polským lénem. Na počátku XVI století došlo k další roztržce mezi řádem a Polskem. Nový velmistr řádu Fridrich von Wettin odmítl složit vazalskou přísahu polskému králi. Nová válka nevypukla jedině díky změnám na polském trůně a následné smrti velmistra. Poslední velmistr řádu Albrecht Braniborský přijal roku 1525 luteránskou reformaci a prohlásil se za světského vládce dosud řádového území. Albrecht jako vládce tzv. Prus knížecích složil v roce 1525 vazalskou přísahu polskému králi.