Preussin–Itävallan sodan syttyessä vuonna 1866 Albrekt toimi Italian vastaisen rintaman komentajana ja saavutti heinäkuussa ratkaisevan voiton Custozan taistelussa. Italialaiset joukot ajautuivat tämän seurauksena niin suureen hajaannukseen, että Albrekt saattoi irrottaa rintamalta joukkoja ja lähettää ne suojamaan Wieniä Preussin armeijalta, joka oli lyönyt Itävallan Königgrätzin taistelussa. Hänet nimitettiin 10. heinäkuuta 1866 koko Itävallan armeijan ylipäälliköksi, mutta sota päättyi rauhaan ennen kuin hän ehti toteuttamaan suunnittelemiaan operaatioita.