„Dziennik” Samuela Pepysa jest utworem wielowątkowym. Wynika to tyleż z istoty tej formy literackiej, co bogatej osobowości piszącego. Jest też niezwykłą pełną paradoksów autokreacją. Jednymi z najbardziej znaczących wątków dzieła są: zagmatwane i przedstawione na wskroś współcześnie życie intymne pisarza, plastyczne, pełne sprzeczności, dramaturgii, pasji i pożądania, poczucia winy... Opis relacji z żoną i sporym gronem kochanek, posunięty chwilami wręcz do masochizmu, to antycypacja powieści modernistycznej. Równie interesującą, rozpisaną na całość dzieła, jest realizacja mitu pucybuta. W momencie rozpoczęcia dziennika poznajemy Samuela, jako biednego i podrzędnego urzędnika. Utwór kończy się, kiedy bohatera stać na własny powóz, na codzienne wizyty w teatrze i organizowanie dużych przyjęć dla przyjaciół. Inne znaczące wątki utworu to opis sławnego wielkiego pożaru Londynu z 1666 roku, czy opis wielkiej zarazy z 1665 r. /zob. też Dziennik roku zarazy, autor Daniel Defoe/. Na marginesie tych dwóch wątków godną uwagi jest postać i postawa piszącego. Sam o sobie często na kartach dziennika pisze, że jest „słabego ducha”, bojaźliwy, nadwrażliwy itp.; np. kiedy jest świadkiem brutalnego i bezwzględnego poboru marynarzy (inna sprawa, że odbywało się to w oparciu o instrukcję, którą sam przygotował) pisze, że prawie płakał nad losem tych biedaków. I oto ten „słabeusz”, jako zresztą jeden z nielicznych jest obecny w Londynie od początku niemal do końca tych kataklizmów. Cały dwór, wszyscy najwyżsi urzędnicy państwowi już na samym początku w panice pouciekali, a on, modląc się do swojego Boga z przygotowanym testamentem dzień w dzień pokonuje drogę przez pełne śmierci ulice Londynu.