Герта Вамбахер продолжила работу по идентификации частиц ядерных реакций в фотоэмульсии и после того, как в 1938 году Блау накануне аншлюса пришлось покинуть Австрию и перебраться в Норвегию. Защита этой работы в 1940 году обеспечила ей право на преподавательскую деятельность. Вамбахер начала читать лекции в Венском университете. С 1930-х годов она также работала во Втором физическом институте Венского университета под началом . В 1945 году Вамбахер, которая, по её словам, тайно состояла в НСДАП с 1934 года, была уволена из университета и оказалась в Советском Союзе. Домой она вернулась только в 1946 году. У Вамбахер был диагностирован рак, но она продолжала работу в исследовательской лаборатории в Вене.