בתקופת הגירושים והמרד ביקש שיפר להימלט, אולם נתפס ונשלח למיידנק, שם נפטר באופן טבעי ביולי 1943 זמן קצר לפני הטבח הגדול של נובמבר 1943 (לפי עדותו האישית של י, ליכטערמאן בספר הזיכרון "טארנע" ("טרנוב" ביידיש) בעריכת אברהם חומט, תל אביב תשי"ד, עמ. 878). לפי גרסה אחרת, הוא נספה בגטו בימי מרד גטו ורשה. נזכר רבות ברשימותיו של עמנואל רינגלבלום.