После сецессии Виргинии и начала Гражданской войны, Паттон записался в армию Конфедерации и был избран в майоры в 7-й виргинский пехотный полк (где подполковником служил Льюис Уильямс). Это произошло весной 1861 года. 27 апреля 1862 года он был повышен до подполковника (после перевода Уильямса в другой полк). В июне 1862 года командир полка, Джеймс Кемпер, был повышен до командира бригады и освободившееся место командира полка досталось Паттону. В этой должности он принял участие во Втором Сражении при Булл-Ран и был тяжело ранен 30 августа 1862 года. До конца года он восстанавливал здоровье во Фредериксберге. В 1863 году его избрали в Сенат Виргинии, но Паттон предпочел вернуться в свой полк.