Осенью 1999 часть лидеров блока СПС поддержали начатую премьером Владимиром Путиным вторую чеченскую войну. Анатолий Чубайс назвал её «началом возрождения армии» и публично объявил «предателем» лидера «Яблока» Григория Явлинского, предлагавшего возобновить мирные переговоры с чеченским президентом Масхадовым.