15 грудня 1448 р. Йона став митрополитом Київським і всієї Руси без угоди Вселенського патріархату Константинополя, який зробив Київську митрополію та всю Русь "фактично" незалежною. У 1467 р. Митрополит Григорій Болгарський, який був призначений Папою уніатським митрополитом Київським і всієї Русі, розірвав унію з Католицькою церквою і визнав юрисдикцію Константинопольського східно-православного патріарха Діонісія I. Діонісій вимагав, щоб усі східно-православні ієрархи Московії підкорилися Григорію, але Москва тимчасово відмовилася. Того ж року великий князь московський Іван III заявив про повний розрив відносин з Константинопольським патріархатом.