בינואר 1944 עלתה קונגו על מבדוק יבש, וקיבלה תוספת תותחי נ"מ ותותחי 127 מ"מ, ובחודש מרץ עזבה פלגת אוניות המערכה השלישית את יפן והפליגה לאינדונזיה. במאי 1944 הצטרפה קונגו לכוח המשימה של אדמירל ג'יסאבורו אוזאווה, ולאחר מכן חברו לכוח המשימה של תת-אדמירל טקאו קוריטה בדרכם לאיי מריאנה. במהלך קרב ים הפיליפינים ב-20 ביוני, בו ליוותה את נושאות המטוסים היפניות, לא ספגה קונגו כל נזק, והצליחה לחמוק מהתקפות מטוסי בעלות הברית. לאחר ששבה ליפן נוספו לסיפונה עוד תותחי נ"מ, שהביאו את המספר הכולל למעל מאה.