Christian Lell est formé dans l'équipe de jeunes du Bayern Munich. De 2001 à 2004, il évolue dans l'équipe "B" du club en Regionalliga Sud et joue la Coupe du monde des moins de 20 ans en 2003 avec l'équipe d'Allemagne des moins de 20 ans. Il fait ses débuts en Bundesliga le 4 octobre 2003 contre le Hertha BSC Berlin et apparaît à quatre reprises en équipe première durant cette saison.