Ved 1400-tallet hadde makten til bystatene blitt brutt. En rekke av kriger i Lombardia fra 1423 til 1454 hadde ytterligere grad redusert antallet konkurrerende bystater i Italia. De neste førti årene var relativt fredsommelig tider i Italia, men i 1494 ble den italienske halvøya invadert av Frankrike. Den påfølgende store italienske kriger varte fram til 1559 da kontrollen over de fleste italiensk statene ble overtatt av kong Filip II av Spania. Freden i Westfalen i 1648 avsluttet formelt styret til de tysk-romerske keiserne i Italia. Men den spanske grenen av huset Habsburg — det samme dynasti hvor de tysk-romerske kom fra via en annen gren — fortsatte å styre over det meste av Italia fram til den spanske arvefølgekrigen (1701–1714). Etter riksreformene i 1495–1512 tilsvarte det italienske kongedømmet til de ikke innesluttede områdene sør for Alpene. Juridisk beholdt keiseren en interesse i den som den formelle konge og overherre, men «regjeringen» av kongedømmet besto av ikke mer enn de fullmektige som keiseren utpekte for å representere ham og de guvernører han utpekte for å styre hans egne italienske stater. Habsburgernes styre i Italia ble avsluttet med krigføringen til de franske revolusjonære i 1792-1797 da en rekke av såkalte søsterrepublikker ble opprettet. I 1806 ble det tysk-romerske rike oppløst av dets siste keiser, Frans II, etter nederlaget for Napoléon Bonaparte i slaget ved Austerlitz den 2. desember 1805. Den eneste gjenværende offisielle tittel han beholdt var som keiser av Østerrike.