Die bekanntesten Gefangenen in der Kleinen Festung nach dem Ausbruch des Ersten Weltkrieges waren die Attentäter von Sarajevo: Gavrilo Princip, Nedeljko Čabrinović und Trifun Trifko Grabež. Während des Krieges waren in der Kleinen Festung neben den prominenten Häftlingen rund 2500 Gefangene in Gewahrsam. Von 1914 bis 1915 wurden dort vorsorglich mehr als 1000 sogenannte Russophile interniert – Ruthenen aus Galizien, der Bukowina und aus der Karpatenukraine, verdächtigt der Sympathie für das feindliche Russland. Ebenfalls in Theresienstadt inhaftiert wurden gegen Ende des Ersten Weltkrieges 1918 etwa 560 Teilnehmer der Soldaten-Meuterei des 7. Schützenregiments von Rumburk in Nordböhmen.