Shoup s'oppose à une action militaire contre Cuba, avertissant contre toute tentative d'intervention militaire contre Fidel Castro. Il n'est initialement pas impliqué ou conscient des plans de l'invasion de la baie des Cochons. La Central Intelligence Agency (CIA) lui demande de fournir un officier, mais il se met en colère quand il apprend que la CIA réquisitionne des moyens appartenant aux Marines sans son autorisation. Il apprend finalement les intentions de la CIA lorsque le colonel , le contacte la nuit de l'invasion pour qu'il plaide avec lui pour obtenir de Kennedy un soutien aérien. À la suite de l'échec de l'opération, le Comité des chefs d’état-major interarmées est très critiqué, ce que Shoup juge injuste, car ses membres n'ont pas été au courant de la planification de cette opération.