Erste internationale Erfahrungen sammelte Guzel Khubbiyeva im Jahr 1998, als sie bei den Asienmeisterschaften in Fukuoka im 100-Meter-Lauf mit 11,77 s den sechsten Platz belegte. Anschließend nahm sie erstmals an den Asienspielen in Bangkok teil und belegte dort in 11,59 s ebenfalls den sechsten Platz und gewann mit der usbekischen 4-mal-100-Meter-Staffel in 44,38 s die Silbermedaille hinter dem Team aus China. 2000 schaffte sie mit der Staffel die Qualifikation für die Olympischen Spiele in Sydney, bei denen sie mit 45,14 s aber den Finaleinzug verpasste. Im Jahr darauf startete sie bei den Hallenweltmeisterschaften in Lissabon im 60-Meter-Lauf und schied dort mit 7,61 s in der ersten Runde aus. Im Sommer nahm sie mit der Staffel an den Weltmeisterschaften in Edmonton teil, schied aber auch dort mit 45,99 s im Vorlauf aus. 2002 belegte sie bei den Asienmeisterschaften in Colombo in 11,82 s den vierten Platz über 100 Meter und erreichte im 200-Meter-Lauf in 24,15 s Rang fünf. Zudem gewann sie mit der Staffel in 44,85 s die Silbermedaille hinter dem Team aus China. Anschließend wurde sie bei den Asienspielen in Busan in 11,69 s Achte über 100 Meter und klassierte sich über 200 Meter mit 23,68 s auf dem fünften Platz. Des Weiteren gewann sie mit der Staffel in 44,32 s die Bronzemedaille hinter den Mannschaften aus China und Thailand.