De daarop volgende negen jaar wist Pius IX zijn macht over de sterk gereduceerde Kerkelijke Staat te handhaven dankzij de aanwezigheid van de Fransen en de zoeaven. Met het decreet "Non Expedit" in 1868 trachtte Pius IX alsnog invloed te verkrijgen over de katholieke bevolking. In het decreet werd het immers aan katholieken verboden deel te nemen aan parlementaire verkiezingen en was het niet toegestaan om zich kandidaat te stellen voor een zetel binnen het parlement. De Italiaanse koning, die ogenschijnlijk akkoord ging met deze situatie, gaf echter aan dat een vertrek van de Fransen gevolgen zou hebben voor de positie van de stad Rome. Die verandering kwam in 1870 toen de Franse troepen in Italië door keizer Napoleon III teruggeroepen werden, doordat het land verwikkeld was in een oorlog met Pruisen. De Inname van Rome volgde op 20 september 1870. Pius trok zich terug in het Vaticaan, waarbij hij zichzelf zag als een gevangene.