第二次世界大戦中の1943年11月23日には在ダバオ日本帝国総領事館が開設されたが、1945年3月に始まったミンダナオ島の戦いで皇軍が米軍を筆頭とする連合軍に敗北したため閉鎖を余儀なくされた。