Nach einem kurzen reformatorischen Intermezzo, das durch den zweiten Kappelerkrieg 1531 ein Ende fand, war Wettingen eine katholische Gemeinde. Erst durch die Einrichtung des Lehrerseminars 1847 im ehemaligen Kloster und die Industrialisierung gab es in Wettingen wieder Reformierte. Die Gottesdienste fanden zunächst im Seminar statt, bis die 1877 gegründete "Reformierte Kirchgenossenschaft Wettingen-Neuenhof" im selben Jahr vom Kanton das Recht erhielt, in der Klosterkirche Gottesdienst zu feiern. Im Jahre 1920 wurde aus der Kirchgenossenschaft mit Genehmigung des Grossen Rates eine Kirchgemeinde, die im Jahre 1926 Land kaufte und darauf das erste Pfarrhaus errichtete. Das Landstück lag in der Nähe des Bahnhofs und die Umgebung war damals weitgehend unbebaut.