По закінченні війни Донован повернувся до звичної для себе справи юриста, щоб виконати свій останній обов'язок: він працював спеціальним помічником головного обвинувачувача Роберта Х. Джексона на Нюрнберзькому військовому трибуналі у Німеччині. Там він мав нагоду бачити лідерів нацистів, які були відповідальні за знущання та вбивства захоплених членів УСС, та правосуддя над ними. Донован був переконаний, що генштаб Німеччини та офіцерський склад не слід карати так само як і нацистських лідерів, але він не отримав схвалення Трумена та Джексона та залишив команду обвинувачення.