Le , Chetlain conduit son régiment avec distinction, lors de la bataille de Shiloh. Dans le combat, il perd environ un quart de ses hommes, et Chetlain est grièvement blessé à la fois au visage et à la poitrine. Le , il est promu colonel pour acte de bravoure au cours de l'action à fort Donelson. En mai, son commandement participe au siège de Corinth, puis à la bataille les et , au cours de laquelle Chetlain est de nouveau très apprécié pour sa performance.