کار فدراسیون فوتبال وقتی گره خورد که سازمان تربیت بدنی که سرپرستی آن را محمد علی‌آبادی، یکی از نزدیکان محمود احمدی‌نژاد رئیس‌جمهور سابق ایران بر عهده داشت، به دلیل ناکامی ایران در جام جهانی ۲۰۰۶، محمد دادکان رئیس این فدراسیون را بر کنار کرد و تلاش کرد خودش ریاست فدراسیون فوتبال را به عهده گیرد. برکناری محمد دادکان و این اقدام محمد علی‌آبادی باعث بروز مشکلات و محرومیت فوتبال ایران شد. احمدی‌نژاد بعداً گفت علی‌آبادی به درخواست شخص او کاندیدا شده بود. پس از آن با مذاکراتی که با فیفا صورت گرفت قرار بر تشکیل کمیته انتقالی فیفا و تغییر و تحولات در فدراسیون فوتبال شد. محسن صفایی فراهانی به عنوان رئیس و محمد خبیری به عنوان نایب رئیس، موفق‌ترین فدراسیون فوتبال را از نظر نظم و قانونگرایی پس از انقلاب اداره کرده بودند و همین امر باعث پافشاری فیفا و کنفدراسیون فوتبال آسیا در گزینش صفایی فراهانی و سپردن سکان مسوولیت به او شد. فدراسیون جهانی فوتبال، فیفا، پس از لغو محرومیت فوتبال ایران و در جهت استقلال فدراسیون فوتبال ایران، محسن صفایی فراهانی را به "ریاست کمیته ویژه" منصوب کرد. در حکم فیفا، محسن صفایی فراهانی به عنوان رئیس، کیومرث هاشمی به عنوان نایب رئیس، و محمدحسن انصاری‌فرد، حسن غفاری، محمد خبیری و علی رغبتی به عنوان اعضا معرفی شده بودند. در مذاکراتی که ابتدا منجر به اجازه حضور تیم‌ملی امید در بازیهای آسیایی و سپس قبول شرایط فیفا از سوی نمایندگان ایرانی حاضر در جلسات گفتگو با نمایندگان فیفا شد، در مورد وظایف هیئت رئیسه انتقالی مورد پذیرش فیفا و کنفدراسیون فوتبال آسیا، توافق شد که مدیریت فوتبال ایران در سطح ملی و بین‌المللی را هیئت رئیسه بر عهده داشته باشد. تهیه پیش‌نویس و تصویب اساسنامه جدید برای فدراسیون فوتبال ایران بر پایه اساسنامه فیفا و سازماندهی انتخابات برای رهبری آینده فدراسیون فوتبال ایران بر اساس مفاد این اساسنامه جدید نیز از جمله وظایف این هیئت بود. در حکم فیفا آمده که با تشکیل این کمیته، گزینه‌های پیشین از سوی تربیت بدنی در مورد سرپرست، نایب رئیس و دبیر موقت فدراسیون رسمیتی ندارد و کمیته‌های فدراسیون فوتبال زیر نظر هیئت رئیسه یاد شده به کار خود ادامه می‌دهند.