Отношения Пакистана с Индонезией значительно окрепли во время президентства Мухаммеда Айюб Хана. Во время войны Пакистана с Индией в 1965 году, Индонезия предложила Пакистану военную помощь и оккупировать индийские Андаманские и Никобарские острова, с целью отвлечь индийцев от сражений в Кашмире.