Nach dem gescheiterten Augustputsch in Moskau übernahm Bakatin am 23. August 1991 die Leitung des KGB. Seine Aufgabe war die Auflösung des sowjetischen Geheimdienstes, die offiziell im November 1991 erfolgte. Danach war er Chef des nur kurz bestehenden Interrepublikanischen Sicherheitsdienstes (MSB).