Etter den tyske invasjon av Sovjetunionen i juni 1941 og USAs inntreden i annen verdenskrig i desember 1941, ble Sovjetunionen mindre attraktiv og Kuomintang langt mer attraktiv som støtte. Mot slutten av 1942 krevde Sheng at Sovjetunionen skulle trekke tilbake alle militære styrker og politiske utsendinger fra Xinjiang. I 1943 ble Sheng utpekt til leder for Kuomintangs avdeling i Xinjiang, og han lot KMT-kadre strømme inn i provinsen. Sommeren 1944, etter at tyskerne hadde lidd nederlag på Østfronten, forsøkte han på nytt å gjenvinne kontroll over hele Xinjiang og vendte seg igjen til Sovjetunionen for hjelp. Men denne gangen nektet Stalin å ha noe med ham å gjøre. Kuomintang fjernet ham fra Xinjiang i august 1944 ved å utnevne ham til en lavere stilling i skogbruksministeriet i Chongqing.