Od chwili zawarcia układu biskup popierał zdecydowanie politykę królewską. Zerwał kontakty z zakonem krzyżackim, co ostatecznie przerodziło się w długotrwały konflikt z wielkim mistrzem Albrechtem. Fabian zwracał się do króla Zygmunta z prośbą o interwencję wobec planów zbrojnych Albrechta, który dodatkowo wspierał grasujących na Warmii rozbójników. W latach 1519-1521 przetoczyła się przez Warmię kolejna wojna z zakonem krzyżackim; na ten okres przypada m.in. obrona zamku w Olsztynie przez Kopernika.