Khomeini saapui Iranin pääkaupunkiin Teheraniin 1. helmikuuta 1979 Iranin vallankumouksen johtajan asemassa. Hän nimitti neljä päivää myöhemmin maahan uuden hallituksen ja muutti itse Qomiin maaliskuun alussa. Joulukuussa 1979 järjestetyssä kansanäänestyksessä Iran otti käyttöön uuden perustuslain ja siitä tuli islamilainen tasavalta, jonka elinikäinen poliittinen ja uskonnollinen johtaja Khomeini oli.