משפחתו של כריסטיאן הייתה מיוחסת למשפחת המלוכה הדנית, ומשפחתו טיפחה את אחיו פרידריך על מנת שיהא בעתיד מלך דנמרק. אולם, מכיוון שמשפחתו הייתה גם ממוצא גרמני, העדיפו הדנים על פני אחיו את כריסטיאן, נסיך שלזוויג-הולשטיין-זונדרבורג-גליקסבורג בתור היורש. מאידך, בשלזוויג-הולשטיין הגרמנית הוכרה תביעתו של פרידריך, משום שנהג בהם החוק הסאלי. בשנת 1848 פרצה מלחמת שלזוויג הראשונה, שבה קיבל אביו כריסטיאן אוגוסט השני, דוכס שלזוויג-הולשטיין-זונדרבורג-אוגוסטנבורג תמיכה מפרוסיה וממדינות הקונפדרציה הגרמנית, אולם בשנת 1851 חתמה פרוסיה על הסכם שלום עם דנמרק, ומיד לאחר מכן כבשו הדנים את הדוכסויות.