Depois da vitória na Gália, o senado romano recusou-se a conceder a César um segundo consulado, ordenou que ele entregasse seu comando e exigiu que ele voltasse a Roma para enfrentar um processo. Forçado a escolher entre o fim de sua carreira política ou uma guerra civil, César conduziu a décima-terceira através do rio Rubicão e invadiu a Itália. A XIII permaneceu leal a César na guerra civil resultante contra os optimates no senado, cujas legiões eram comandadas por Pompeu. A décima-terceira combateu durante todo o conflito, lutando na Batalha de Dirráquio e a Batalha de Farsalos (). Depois da vitória decisiva contra Pompeu na primeira, a décima-terceira seria debandada e seus legionários receberiam suas terras. Porém, ela foi convocada para a Batalha de Tapso () e, finalmente, para a Batalha de Munda (), quando ela foi finalmente debandada e seus veteranos receberam suas terras na Itália.