Foi vendido para o Liverpool em 2006. Nas primeiras temporadas atuou como centroavante, sendo inclusive o artilheiro do time em sua temporada de estreia e marcando o gol do Liverpool na derrota por 2 a 1 para o Milan, na final da Liga do Campeões da UEFA. Depois, muito em virtude da contratação do espanhol Fernando Torres, passou a atuar pelo lado direito, cumprindo a função de meio campista, esporadicamente retornando a sua posição de origem em virtude de desfalques. Mesmo com a saída de Rafa Benítez em 2010, o holandês manteve-se titular no setor direito do meio campo durante a rápida passagem do técnico Roy Hodgson. Com a demissão desse e a posterior saída de Fernando Torres no meio da temporada 2010–11, Kuyt passou a ser empregado novamente como centroavante dessa vez pelo técnico Kenny Dalglish. Esse retorno a posição original rendeu importantes gols. No dia 6 de março de 2011 o atacante marcou seu primeiro "hat-trick" (marcar três gols em um mesmo jogo) com a camisa do Liverpool justamente contra um dos maiores rivais do time, o Manchester United em uma vitória por 3 a 1. A temporada 2011–12 viu uma queda de rendimento do holandês, que marcou apenas uma vez no primeiro turno e seu primeiro gol na Premier League viria apenas no segundo turno em um jogo contra o Wolverhampton. Esse gol foi o 50º do atacante na Premier League, tornando-o apenas o quinto holandês a atingir essa marca. Apesar da má fase, o holandês novamente justificou sua fama de marcar gols decisivos ao entrar durante a prorrogação da final da Copa da Liga Inglesa contra o Cardiff City e marcar o gol da virada do Liverpool: 2 a 1. O Cardiff ainda viria a empatar, levando o jogo para pênaltis mas não evitando a derrota para o time de Kuyt, que converteu uma das cobranças. Esse título da Copa da Liga quebrou um jejum de seis anos sem títulos do Liverpool e foi o primeiro conquistado por Kuyt com a camisa do time.