Сразу же после создания перед Академией встали серьёзные проблемы, связанные с общей деградацией всех структур общества, включая научно-образовательную среду, разрушением связей с родственными организациями в других субъектах СНГ. Ситуация усугублялась взятым новым руководством республики курсом на разрыв всех связей с Россией. Последовавшие первая и вторая чеченские войны привели к ещё большему упадку научно-образовательной сферы, разрушению материальной базы науки и образования, оттоку значительной части научно-педагогических кадров, уничтожению библиотечных фондов и целому ряду других негативных последствий.