Paulus retornaria ao ITA em 1965, onde os ares do golpe militar tinham tomado os corredores. Vários alunos e professores fora desligados e os que permaneciam eram ameaçados pelo terror implantado pelo então diretor geral. Ele então recusou a chefia do departamento de física e retornou a São Paulo, onde a esposa e seus doze filhos já estavam estabelecidos. Percebendo que seria impossível ir contra a situação política, Paulus pediu sua aposentadoria e se afastou definitivamente do ITA em 20 de junho de 1966.