Nach einer Begnadigung wurde Siemens 1842 zur Artilleriewerkstatt in Berlin versetzt. Im Schleswig-Holsteinischen Krieg unterstützte er 1848 die Kieler Bürgerwehr bei der Verteidigung des Kieler Hafens gegen dänische Seestreitkräfte mittels Besetzung der Festung Friedrichsort. Außerdem entwickelte er funktionsfähige ferngezündete Seeminen, die vor dem Kieler Hafen ausgelegt wurden und die dänische Marine darin hinderten, die Stadt aus der Nähe zu beschießen.