בליוכר חזר לצבא עם תחילת מלחמת האזרחים ברוסיה. בשנת 1918 הוא הועמד בראש יחידה צבאית שנשלחה לדרום הרי אורל להילחם נגד מורדים קוזאקים בפיקוד אלכסנדר דוטוב. בליוכר הצליח להביס את דוטוב והחזיר לבולשביקים את השליטה באורנבורג וסביבתה. בקיץ 1918, בעקבות מרד הלגיון הצ'כי מצאה את עצמה יחידתו של בליוכר בעומק השטח שבשליטת הצבא הלבן וללא קשר עם יתר יחידות הצבא האדום. בליוכר הצליח להתארגן ובראש כוח של כ-5000 לוחמים ערך מסע לאורך של 1500 ק"מ שנמשך 54 ימים. לאחר סיום המסע התחבר ליתר יחידות הצבא האדום בחזית המזרחית. במהלך המסע יחידתו גדלה לכ-10 אלף לוחמים והסבה נזק משמעותי לעורף הצבא הלבן. עבור פיקוד במסע זה, הוענק לבליוכר עיטור הדגל האדום מס' 1.