Ostrov má tropické klima, pobřeží tvoří pláže s černým pískem. Vnitrozemí je hornaté, nejvyšším bodem je Mont Ntrigui s 1 595 metry nad mořem. Kráterové jezero Dzalandzé je chráněným územím podle Ramsarské úmluvy. Pěstuje se kananga vonná, hřebíčkovec kořenný a různé tropické ovoce, rozšířen je rybolov. Endemickými druhy ostrova jsou výreček anjouanský ("Otus capnodes") a krahujec Francesův anjouský ("Accipiter francesii pusillus", pravděpodobně již vyhubený).