המוזיאון היה מוזיאון הטבע הראשון בשיקגו וחלק גדול מאוסף המיצגים המקורי שלו נשרף בשרפה הגדולה של שיקגו, בשנת 1871. המוזיאון נבנה מחדש אך עוקל במשבר הכלכלי של שנות השמונים, של המאה התשע עשרה. הוא נבנה השלישית ונפתח בשנת 1898, במבנה שמשמש כיום את הנהלת גן החיות של פארק לינקולן.