W reprezentacji Belgii Jan Verheyen występował w latach 1965–1976. W 1970 uczestniczył w mistrzostwach świata. Na mundialu w Meksyku był rezerwowym i nie wystąpił w żadnym meczu. W 1972 uczestniczył w mistrzostwach Europy. W turnieju finałowym rozgrywanym w Belgii wystąpił w przegranym półfinale z RFN oraz wygranym 2-1 meczu o trzecie miejsce z Węgrami. Ogółem w reprezentacji Belgii rozegrał 33 spotkania.