Auf dem VIII. Parteitag (28. bis 31. März 1946) wurde er Mitglied des Präsidiums des ZK und gehörte diesem Spitzengremium der Partei nach seinen Wiederwahlen auf dem IX. Parteitag (25. bis 29. Mai 1949), X. Parteitag (11. bis 15. Juni 1954) sowie XI. Parteitag (18.–21. Juni 1958) bis zu seinem Tode am 5. August 1961 an. Er war zwischen dem 26. Mai 1946 und dem 29. Mai 1948 Mitglied der Konstituierenden Nationalversammlung "(Ústavodárné Národní shromáždění)" und war vom 28. August 1946 bis zum 25. Februar 1948 auch Minister für technische Planung. Eine besondere Rolle nahm er nach dem Tod von Außenminister Jan Masaryk ein, der nach dem kommunistischen Umsturz im Februar 1948 nur in seinen Pyjama gekleidet, im Hof des Palais Czernin, dem Sitz des Außenministeriums, unter dem Badezimmerfenster tot aufgefunden wurde, dem sogenannten „Dritten Prager Fenstersturz“. In seiner Grabrede wiederholte Ministerpräsident Gottwald die Behauptung, eine „organisierte Kampagne des Westens“ habe „unseren lieben Jan in den Selbstmord getrieben“. Präsident Beneš ignorierte Gottwald und das Kabinett während der Beerdigung und wechselte stattdessen mit dem amerikanischen Botschafter Laurence Steinhardt einige Worte. Einige Tage nachdem Masaryk an der Seite seiner Eltern in Lány zur Ruhe gebettet worden war, wies Kopecký Rundfunk und, die seit dem Putsch gleichgeschaltete Presse an, den Namen des Verstorbenen nicht mehr zu erwähnen.