Després de ser reparat, l'Emden participà en la col·locació de camps de mines durant bona part de 1939. Durant la invasió de Noruega (Operació Weserübung) l'Emden formà part del "Kriegsschiffgruppe 5", encarregat de prendre Oslo. El vaixell insígnia del grup, el creuer pesant Blücher va ser enfonsat per la fortalesa costanera de Oscarsborg dins de l'Oslofjord i el creuer pesant Lützow (abans creuer Deutschland va ser greument danyat per un torpede disparat per un submarí britànic a la vora de la costa danesa durant el seu trajecte de retorn a Alemanya.