2008 wurde Houvenaghel in Manchester erstmals Weltmeisterin, in der Mannschaftsverfolgung (mit Rebecca Romero und Joanna Rowsell). Bei den Bahn-Weltmeisterschaften 2009 in Pruszków errang sie ihren zweiten Titel mit der Mannschaft (mit Elizabeth Armitstead und Rowsell), in der Einerverfolgung wurde sie Vize-Weltmeisterin. Am 13. September 2009 gewann sie das Einzelzeitfahren Chrono Champenois – Trophée Européen in Bétheny.