萬曆十年（1582年）壬午科鄉試第五名舉人，萬曆十四年（1586年）丙戌科會試三百七名，登三甲第七十八名。任應天府江浦縣知縣。萬曆十七年（1589年），改常州府武进县知县。萬曆二十年（1592年），陞任戶部主事。歷贵州司郎中，总理密云等处粮饷。萬曆二十五年（1597年）七月，升任山東右參議兼僉事，备兵宁前。十一月，调补海防道。其時朝鮮之役正酣。次年正月，梁祖齡奉命入朝，籌措軍糧。戰爭結束，陞任浙江按察使。萬曆四十二年（1614年）正月由河南左布政使、加都察院右僉都御史、巡撫河南。萬曆四十五年（1617年）四月己未乞休致仕，獲准。