1943年（昭和18年）11月15日，日军组建海上護衛總司令部，统括第一、第二海上护卫队在内的全部护航兵力。1944年（昭和19年）6、7月间的塞班島戰役中，日军驻军全军覆没，二海护司令部因设置在塞班岛，亦于是役全灭，7月18日二海护解散。