הקהילה בצפת הונהגה על ידי הרב ישראל משקלוב. בשנים אלו סבל היישוב בצפת מצרות רבות שדלדלו אותו מאוד. לאחר מרד הפלחים (1834), ורעידת אדמה (1837) בה נהרגו למעלה מאלפיים איש הגיעו שרידי הפרושים מהגליל בראשות רבי ישראל משקלוב לירושלים. באותה שנה נחנך בית הכנסת הפרושי "מנחם ציון" בחצר חורבת רבי יהודה החסיד, ולאחר שנתים הוקם גם בית הכנסת "סוכת שלום" של רבי ישעיה ברדקי חתנו של רבי ישראל משקלוב.