Johnstone si arruolò in marina nel 1779, servendo a bordo delle navi "HMS Keppel", "HMS La Fortune", "HMS Formidable", "HMS Queen" e "HMS Assistance"; durante questo periodo navigò fino a New York e nelle Indie Occidentali, inoltre partecipò alla Battaglia di Chesapeake. Ottenne i gradi di ufficiale nel 1785, ma l'anno successivo abbandonò la carriera militare.