Den po vyhlášení Protektorátu Čechy a Morava už byl Vladimír Vaněk zpátky ve Švédsku. Ve Stockholmu organizoval pro československý odboj zpravodajství a spojení s domovem. V březnu 1942 byl na popud německého velvyslance zatčen a vězněn až do ledna 1944. V dubnu 1944 odjel do Londýna, kde se v září stejného roku stal vyslancem exilové vlády v osvobozené Itálii, kde pak působil do ledna 1946. Po návratu do Prahy byl povýšen na ministerského radu a zástupce ředitele politické sekce ministerstva zahraničí. Po komunistickém puči byl v březnu 1948 propuštěn a nuceně přidělen prodejně Ferromet v Praze. V prosinci 1948 se vystěhoval do Itálie, kde mj. organizoval zastoupení švédských firem, pracoval také pro české exilové organizace a zůstal činný i literárně.