El 30 de junio de 1941, ocho días después de comenzar la invasión alemana de la Unión Soviética, Bandera proclamó en Leópolis un estado ucraniano independiente, mientras el brazo armado de la Organización de Nacionalistas Ucranianos (OUN) pensaba que en su lucha contra la Unión Soviética, la Alemania nazi podía convertirse en un poderoso aliado. Sin embargo, los alemanes arrestaron al recién formado gobierno ucraniano y los envió a campos de concentración en Alemania. Bandera fue encarcelado por los nazis hasta septiembre de 1944. Desde 1943, la Organización de Nacionalistas Ucranianos realizó matanzas de polacos en Volinia y en el este de Galitzia, causando la muerte de hasta 100 000 civiles, aunque en ese momento Bandera se encontraba en un campo de concentración alemán y no estaba directamente a cargo de la organización. Miembros de la OUN también estuvieron implicados en asesinatos de judíos en esos territorios. En 1944, con Alemania retrocediendo rápidamente en la guerra y ante el avance de los Aliados, Bandera fue puesto en libertad con la esperanza de que luchase contra las fuerzas soviéticas que avanzaban. Bandera estableció su sede en Berlín y recibió ayuda financiera y material alemana, además de personal de apoyo para su Ejército Insurgente Ucraniano. Después de la guerra, en 1959, fue asesinado en la ciudad alemana de Múnich por la KGB, la principal agencia de inteligencia soviética.