À la mi-septembre, la brigade de Starke fait partie de la force sous les ordres de Stonewall Jackson qui capture la grande garnison de l'Union à Harpers Ferry, après quoi elles marchent sur Sharpsburg, au Maryland, le . Une forte attaque de l'Union le matin du , repousse les lignes confédérées. Starke est abattu à trois reprises et il meurt en moins d'une heure. Il est l'un des six généraux tués ou mortellement blessés à Antietam.