V samostatné české lize nedosáhla Slavia na nejvyšší příčku ani v sezóně 1993/94, ani o sezónu později, třebaže po podzimu vedla ligu o sedm bodů. Také v evropských pohárech se nepodařilo přejít přes první kolo. Zlom přišel až v památné sezóně 1995/96, kdy Slavia pod vedením trenéra Františka Cipra získala po 49 letech mistrovský titul a došla až do semifinále Poháru UEFA). Hráči Slavie (Jan Suchopárek, Radek Bejbl, Karel Poborský, Vladimír Šmicer) také tvořili jádro České reprezentace na Euru 96. Po této úspěšné sezóně však byli tito hráči rozprodáni, Slavia prohrála v kvalifikaci Ligy mistrů celkově 0:6 a brzy se rozloučila i s pohárem UEFA. Mistrovský titul se obhájit nepodařilo, ale Slavia alespoň vyhrála domácí pohár. Nepodařilo se také – i přes mnohá ujišťování ze strany vedení Slavie – zahájit výstavbu nového stadionu místo nevyhovujícího areálu v Edenu.