Le , dans le cadre de l'insurrection au Nord du Mali menée par le MNLA, l'armée malienne perd le contrôle de la ville au profit de divers mouvements rebelles touareg rapidement supplantés par les islamistes salafistes radicaux. Du à fin décembre, les islamistes des mouvements AQMI et Ansar Dine se lancent dans la destruction systématique des tombeaux des saints musulmans et des mausolées de la ville. L'intervention de l'armée française dans le cadre de l'opération "Serval" aux côtés de l'armée malienne permet la reprise de contrôle partiel de la ville — aéroport de Tombouctou et principaux accès à la ville pris notamment par le de parachutistes de la Légion étrangère — dans la nuit du 27 au . Durant la journée du , les troupes françaises et maliennes finissent de libérer la ville, sans combats majeurs, et avec un accueil enthousiaste des populations. Cette liesse populaire s'amplifie lors de la visite de François Hollande, « accueilli en libérateur », accompagné de son homologue malien Dioncounda Traoré, lors d'un voyage d'une journée à Sévaré, Tombouctou et Bamako au cours duquel le président de la République française déclare « [avoir] sans doute [vécu] la journée la plus importante de [s]a vie politique. Durant les mois qui suivent, des troupes burkinabés sont chargées par la MINUSMA, avec des éléments français, de sécuriser la ville.