Renunciou à nunciatura na Coréia do Sul em 20 de junho de 1987. De 1987 a 1990, foi funcionário da Secretaria de Estado, na seção de Relações com os Estados e professor da Pontifícia Academia Eclesiástica. Foi nomeado Delegado para as Representações Pontifícias em 28 de agosto de 1990. Foi núncio na Bósnia e Herzegovina de 11 de junho de 1993 a 7 de março de 1998; enquanto nesse cargo, ele permaneceu como delegado para as representações pontifícias, contudo, em abril de 1992, um conflito armado internacional eclodiu na Bósnia e Herzegovina, que durou até dezembro de 1995; depois que terminou, o Núncio Monterisi foi chamado de volta a Roma.