Ná ernstige geskille met die Sjiïitiese Iran wat rebelle (Sjiïtiese Moslems is die meerderheid in Irak) ondersteun het, het Hoesein Irak in 'n vernietigende oorlog teen Iran gelei. Die oorlog het van 1980 tot 1988 geduur en honderdduisende ongevalle aan albei kante veroorsaak. Die VSA en die res van die Weste het Hoesein en die Irakse regering in hierdie tyd ondersteun, aangesien hulle gekant was teen die radikale Islam wat die Iranse regering se binne- en buitelandse beleid gekenmerk het. Dit was ten spyte daarvan dat Hoesein Irak tot 'n eenpartystaat omskep het. Hy het ook nie-Soenniete in Irak begin onderdruk, veral die Sjiïtiese meerderheid en Koerde, wat onafhanklikheid in die noorde van Irak bepleit het.