V roce 1986 se lidé začali bouřit proti výstavbě elektrárny v důsledku havárie v Černobylu a v okolních městech se pořádaly protesty. Ty pokračovaly až do roku 1990. V září 1990 byla výstavba Baškirské jaderné elektrárny ukončena na základě usnesení Nejvyšší rady Baškirské autonomní sovětské socialistické republiky, iniciované Státním výborem pro ochranu přírody SSSR, který radě ministrů SSSR oznámil v dopise ze dne 14. prosince 1990 nemožnost realizace „projektu vypracovaného na základě zastaralých dokumentů a bez zohlednění výsledků posouzení vlivů na životní prostředí“. Do této doby bylo na výstavbu průmyslových, sociálních a kulturních zařízení vynaloženo přibližně 800 milionů dolarů. V 90. letech bylo plánováno dokončit elektrárnu s dvěma reaktory VVER 1000 a dvěma VVER 1500, což by v té době znamenalo vznik největší jaderné elektrárny v Rusku.