W pierwszej reprezentacji Wybrzeża Kości Słoniowej Kessié zadebiutował mając 17 lat 6 września 2014 w meczu ze Sierra Leone w eliminacjach Pucharu Narodów Afryki. Pierwotnie w drużynie narodowej występował jako środkowy obrońca. Po transferze do Atalanty, także w reprezentacji gra jako defensywny bądź środkowy pomocnik. Kessié został powołany na Puchar Narodów Afryki 2017.