När Johnstons hemstat gick ur unionen begärde Johnston avsked från den reguljära armén för att istället slåss för Amerikas konfedererade stater, och utnämndes till befälhavare i Virginia. Han är en av de mest välkända konfedererade generalerna och deltog i flera av krigets mest kända slag som exempelvis Första slaget vid Bull Run och slaget vid Seven Pines, där han blev svårt sårad.