路易丝·穆斯基瓦博于1961年5月22日在卢旺达首都吉佳利出生，父亲是图西人，在殖民者的咖啡种植园当簿记，兼经营家里的小公司。母亲是哲学历史学家的表姐。路易丝在吉佳利度过童年。她是九个兄弟姐妹中最小的一个，哥哥是卢旺达知名商人兼政治人物，曾于朱韦纳尔·哈比亚利马纳政府担任劳工和社会事务部长，1994年卢旺达种族灭绝中遇害。姐姐继承了，2003年和2008年出任卢旺达议会议员。