W kolejnym sezonie również początkowo był rezerwowym, tym razem dla kupionego z River Plate Argentyńczyka Juana Pabla Carrizo. Powrócił do wyjściowego składu w styczniu 2009, kiedy Carrizo zaczął otwarcie krytykować kierownictwo klubu i coraz częściej rozgrywał słabsze mecze. W pierwszym występie po przerwie Urugwajczyk obronił rzut karny Antonia Cassano w przegranym 1:3 spotkaniu z Sampdorią. Interwencjami w kolejnych meczach potwierdził zaufanie trenera i do końca sezonu pozostał pierwszym bramkarzem. Sezon 2008–2009 rzymianie zakończyli na dziesiątym miejscu, jednak po raz pierwszy od pięciu lat zwyciężyli w rozgrywkach Pucharu Włoch; po drodze pokonali między innymi Milan i Juventus F.C., a w finale, w którym Muslera obronił dwa rzuty karne, wygrali z Sampdorią (1:1, k. 6:5). Trzy miesiące później zdobyli kolejne trofeum: Superpuchar Włoch, po zwycięstwie 2:1 nad Interem Mediolan.