Després dels Jocs Olímpics, Manaudou va competir al Campionat d'Europa de natació en piscina curta i al Campionat del Món de natació en piscina curta de 2012. Al campionat europeu, celebrat a Chartres, Manaudou va guanyar cinc medalles d'or, una individualment als 50 metres lliures amb un temps de 20,70 Al Campionat Mundial a Istanbul, Manaudou va guanyar una medalla de plata i una de bronze. Als 50 metres lliures, Manaudou va ser segon, per darrere del nedador rus Vladimir Morozov (a qui havia guanyat a Chartres) per tres dècimes de segon (0,33) amb un temps de 20,88.