Au Burundi, les Twa se sont également retrouvés pris au piège des cycles de violence post-indépendance et de la guerre civile des années 1990-2000 qui ont opposé les Tutsi et les Hutu. Beaucoup de Twa ont dû fuir les violences et ont vécu comme déplacés dans leur propre pays. En désespoir de cause, certains Twa se sont installés à proximité d'un groupe Hutu ou Tutsi et ont servi de boucliers humains en l'échange de rations quotidiennes.