Bokšić spillede 40 kampe og scorede ti mål for Kroatiens landshold i perioden 1993-2002. Han repræsenterede sit land ved to slutrunder, henholdsvis EM 1996 i England og VM 2002 i Sydkorea/Japan. Han var også en del af det jugoslaviske landshold til VM 1990 i Italien, omend han ikke kom på banen i denne turnering og aldrig nåede at spille en A-landskamp for Jugoslavien.