Pollitt ilmaisi syyskuun 1939 alussa tukevansa Britannian sodanjulistusta natsi-Saksalle. Kun Neuvostoliiton hyökkäys Puolaan kaksi viikkoa myöhemmin osoitti Saksan ja Neuvostoliiton olevan liittolaisia, Pollitt joutui eroamaan puoluesihteerin tehtävistä virheelliseksi julistetun linjansa vuoksi. Saksan hyökättyä Neuvostoliittoon kesäkuussa 1941 tilanne kuitenkin kääntyi päinvastaiseksi ja hänet kutsuttiin takaisin tehtäväänsä. Sodan jälkeen Britannian kommunistinen puolue hyväksyi Pollittin johdolla "The British Road to Socialism" -nimisen periaateohjelman. Pollitt tosiasiassa johti kommunistista puoluetta vuoteen 1956. Kun Neuvostoliiton kommunistinen puolue tuolloin virallisesti tuomitsi edesmenneen Josif Stalinin henkilökultin, stalinistina pidetty Pollitt joutui luopumaan puoluesihteerin tehtävästä. Hänet nimitettiin puolueen puheenjohtajaksi, mikä oli lähinnä kunniatehtävä. Hän kuoli vuonna 1960 ollessaan laivamatkalla Australiasta Englantiin.