Pendant la Terreur, Musset de Cogners est inquiété parce qu’il est soupçonné d’aider les chouans. Son filleul Alfred de Musset aimait jouer dans le château de Cogners, dans les nombreuses caches où se seraient réfugiés des prêtres réfractaires. Il publie également "De la Religion et du Clergé catholique en France", 1797.