Nach dem Frieden von Tilsit wurde er am 9. August 1807 Premierleutnant. Am 2. Januar 1810 wurde er Stabskapitän und am 20. Mai 1810 dem Leibgrenadier-Regiment Nr. 8 aggregiert. Am 27. Mai 1811 kam er als Kapitän und Kompaniechef in das Normal-Infanterie-Bataillon. Gagern schied am 21. Dezember 1812 als Major aus dem Dienst aus, dennoch kam er am 25. Dezember 1812 als Kommandeur in das III. Bataillon des 4. Ostpreußischen Infanterie-Regiments (Nr. 5). Am 1. Juli 1813 wurde er Kommandeur des 5. Reserve-Infanterie-Regiments, aus dem das 17. Infanterie-Regiment hervorging. Während der Befreiungskriege kämpfte Gagern bei der Belagerung von Spandau, erwarb im Gefecht bei Luckau das Eiserne Kreuz II. Klasse und kämpfte später bei Wilmersdorf. In der Schlacht bei Dennewitz wurde er verwundet und mit dem Orden der Heiligen Anna II. Klasse ausgezeichnet. Später kämpfte er dann bei den Belagerungen von La Fere und Soissons.