Op 14 juni 2001 maakte De Boer haar debuut voor het Nederlands vrouwenvoetbalelftal in de wedstrijd tegen Tsjechië die met 2-0 verloren ging. Toen record-international Marleen Wissink een punt achter haar interlandcarrière zette, droeg De Boer een tijdje de aanvoerdersband. Toen ze een schorsing uitzat nam Liesbeth Migchelsen de band over, die sindsdien de vaste aanvoerder was. In de zomer van 2009 nam De Boer deel met het Nederlands elftal aan het EK. Het jaar voor het EK stond in teken van revalideren en zodoende had ze geen basisplaats in het elftal. Uiteindelijk speelde ze alleen de laatste wedstrijd in de halve finale. In de verlenging loste ze Dyanne Bito af.