In seiner &lt;a href="Alpiner%20Skiweltcup%201986/87"&gt;Comebacksaison 1986/87&lt;/a&gt; waren Pfaffenbichlers beste Resultate ein fünfter Platz im Super-G von Furano und ein achter Platz in der Abfahrt von Wengen. Nachdem er im Jänner 1988 drei Top-10-Plätze erreichte hatte (fünfter Rang im Super-G von Leukerbad und jeweils Rang acht in den Abfahrten von Bad Kleinkirchheim und Schladming) gelang Pfaffenbichler endlich das, was ihm bisher verwehrt geblieben war: die Teilnahme an einem Großereignis. Bei den Olympischen Winterspielen 1988 in Calgary kam er zwar im erstmals olympischen Super-G nicht zum Einsatz, doch in der Abfahrt erreichte er als zweitbester Österreicher den guten fünften Platz. Ein fünfter Platz war auch das beste Weltcupergebnis des Salzburgers in der &lt;a href="Alpiner%20Skiweltcup%201988/89"&gt;Saison 1988/89&lt;/a&gt;, sonst fuhr er in diesem Winter aber nur zwei weitere Male unter die schnellsten 15. Bei der Weltmeisterschaft in Vail fehlte er daher wieder. Im Dezember 1989 erlitt Pfaffenbichler bei einem Sturz auf der Saslong in Gröden erneut einen Kreuzbandriss, worauf der 28-Jährige nach neun Jahren im Weltcup und insgesamt 22 Top-10-Platzierungen seine Karriere beendete.