Σε απάντηση των επιθέσεων της 11ης Σεπτεμβρίου 2001, η Operation Enduring Freedom (OEF) ξεκίνησε τον Οκτώβριο του 2001. Το Ιντζιρλίκ χρησιμοποιήθηκε ως κύριος κόμβος για τις αποστολές στην υποστήριξη για τον πόλεμο στο Αφγανιστάν, συμπεριλαμβανομένων των πράξεων ανθρωπιστικής αερογέφυρας, των αποστολών ειδικών επιχειρήσεων των MC-130, αποστολές ανεφοδιασμού και επιχειρήσεις της στήριξης των KC -135 για τις ανεπτυγμένες δυνάμεις. Ο αερολιμένας διαχειριζόταν μια αύξηση κατά 6 φορές στη διάρκεια της μέγιστης επιχειρησιακής λειτουργιας της OEF. Όταν οι κύριες βάσεις στο Αφγανιστάν (Αεροδρόμιο Μπαγκράμ) και η αεροπορική βάση του Ουζμπεκιστάν (Αεροπορική Βάση Καρσί-Χαναμπάντ) χρησιμοποιούνταν, μειώθηκε το επίπεδο στήριξης της OEF από το Ιντζιρλίκ.