We wrześniu 1939 był ordynatorem Szpitala Wojennego Nr 202 w Lublinie i Łucku. W okresie okupacji niemieckiej ponownie pracował w II Klinice Chorób Wewnętrznych. Uczestniczył w tajnym nauczaniu, a także udzielał pomocy lekarskiej harcerzom warszawskich Grup Szturmowych Szarych Szeregów, w tym m.in. rannemu w Akcji pod Arsenałem Maciejowi Aleksemu Dawidowskiemu oraz odbitemu w tej akcji z rąk Gestapo Janowi Bytnarowi. W czasie powstania warszawskiego został ewakuowany do obozu przejściowego w Pruszkowie. Następnie kierował szpitalem etapowym w Milanówku–Grudowie.