Quan les noves autoritats franceses reprimiren l'aixecament del 2 de maig de 1808, Bassecourt va fugir de Madrid el juny en direcció a Sevilla, a on s'estava organitzant la resistència. De seguida fou ascendit a brigadier i des d'aleshores va lluitar a la Guerra del Francès. Fou present a les derrotes de Medellín, Tudela, i d'Uclés. A partir de llavors va participar en diversos combats entre la Manxa i Extremadura, fins que li fou encarregada la instrucció de noves tropes com a comandant general de Conca (Castella - la Manxa). L'agost de 1810 el Consell de la Regència el feu capità general de València de forma interina, establint la seva base d'operacions a Castelló de la Plana a l'octubre. Després de reorganitzar les tropes valencianes, desfetes a Alcalà de Xivert, fou severament derrotat pels francesos a Ulldecona el 26 de novembre patint més de 2.500 baixes, quan volia evitar que ocupessin Tortosa. En cerca de suport, el gener de 1811 va convocar els membres de la Junta de València i diversos diputats: però el mes següent va reaccionar a les crítiques que hi va rebre dissolent la reunió i empresonant alguns dels seus assistents. Aquest fou el motiu pel qual a l'abril fou substituït per Carlos O'Donnell i enviat de nou a Conca. Des de llavors va tornar a participar en diversos fets bèl·lics per la meseta sense massa èxit, fins que el 1813 fou destinat a l'exèrcit de reserva de Galícia fins al final de la guerra. En 1815 fou ascendit a tinent general. Les condecoracions pels seus fets d'armes arribaren el 1817 amb l'Orde de Sant Hermenegild i l'Orde de Sant Ferran