In het seizoen &lt;a href="Engels%20voetbalkampioenschap%201992/93"&gt;1992/1993&lt;/a&gt;, degradeerde Forest naar de tweede klasse. Zijn vader Brian Clough nam na 18 jaar ontslag als hoofdcoach. Nigel verliet net als zijn vader de club en tekende een contract bij Liverpool, dat £ 2.750.000 voor hem betaalde aan Forest. Hij maakte zijn debuut voor Liverpool op 14 augustus 1993 tegen Sheffield Wednesday. Clough trof vier maal doel voor Liverpool tegen het einde van augustus 1993, maar vanaf de kerstperiode moesten Clough en Paul Stewart knokken voor speelgelegenheid vanwege de opkomst van de 18-jarige Robbie Fowler als aanvalspartner van ouderdomsdeken Ian Rush. Liverpool won de League Cup in 1995, door in de finale te winnen van Bolton Wanderers met 2-1 na haast een onemanshow van Steve McManaman. Clough behoorde niet tot de wedstrijdselectie.