Después del fallido sitio a Cartagena, el general Gaitán Obeso y Julio Navarrete –militar subordinado al general- intentaron escapar a Venezuela pero fueron capturados en Carare en septiembre de 1885, y por orden del presidente Núñez se les realizó un consejo verbal de guerra el 4 de octubre siguiente. Más allá de un acto de justicia este juicio se constituyó como un símbolo porque representaba el fin de la rebelión y la caída de la Constitución de 1863, igualmente el fiscal del caso –Alberto Urdaneta- había sido señalado como un posible guerrillero conservador de la guerra de 1876 de la cual Gaitán también participó y por tanto antiguo adversario de este. A Gaitán Obeso se le acusó de perseguir conservadores en la región del Tolima y de Cundinamarca después de la guerra de 1876-1877, también de su sangrienta campaña en el Magdalena y la toma a Guaduas. Aunque se le juzgó principalmente por el delito de traición.