La saison 2006-2007 sera une réussite pour Goran Pandev d'un point de vue individuel avec 39 matchs disputés, toutes compétitions confondues, et 14 buts marqués. D'un point de vue collectif la saison est aussi une réussite car la Lazio Rome termine à la troisième place en championnat et se qualifie pour le tour préliminaire de la Ligue des champions de l'édition 2007-2008.