В 1940 году, будучи произведённым в генерал-майоры, Нисимура командовал индокитайским экспедиционным корпусом в ходе вторжения в Индокитай. В 1941 году он стал генерал-лейтенантом, и получил под командование 21-ю смешанную бригаду. В ходе Малайской кампании Нисимура командовал дивизией императорской гвардии, а после капитуляции Сингапура контролировал восточную часть острова.