Wahrscheinlich in der Nacht von 30. zum 31. Oktober wurde die Stadt zur Plünderung freigegeben. Der Stadtrat wurde festgehalten und mit dem Tode bedroht. Es gelang ihm aber wohl zu beweisen, dass die Stadt keinen Anteil an der Vernichtung der Truppen des Kriegskommissars Massoni und der Meuterei der ursprünglichen kaiserlichen Besatzung hatte. Wahrscheinlich hatte sich auch die Stadtbevölkerung auf dem Marktplatz versammelt und um Gnade gebeten. Es ist anzunehmen, dass Tilly die Stadt verschonte, da er nicht wollte, dass sich die Geschehnisse von Magdeburg, bei denen seine Truppen wenige Monate zuvor die Bevölkerung massakriert und die Stadt niedergebrannt hatten, wiederholten. Die Bluttat von Magdeburg erklärt aber auch die Angst, die die damaligen Rothenburger beim Nahen der Tillyschen Armee empfunden haben müssen.