Univerzita byla založena v souvislosti s Basilejským koncilem, a to papežskou bulou z roku 1458, slavnostní otevření bylo 4. dubna 1460. Původně měla čtyři fakulty (artistickou, teologickou, právnickou a lékařskou), absolvování artistické fakulty bylo až do roku 1818 podmínkou pro vstup na tři ostatní. V souvislosti s univerzitou se Basilej stala střediskem vzdělanosti, humanismu a také knihtisku ve Švýcarsku. V novější době přibyly další tři fakulty, přírodovědecká, ekonomická a psychologická a řada univerzitních institutů.