Bien que l'idée de création d'une section d'Amnesty International en Algérie remonte bien avant à 1990, notamment avec des contacts entre le secrétariat international basé à Londres et des juristes et des militants algériens (à savoir des détenus du printemps berbère 1980 et des membres fondateurs de la première Ligue algérienne pour la défense des droits de l'homme), la section n'a vu le jour qu'en 1990 avec l'ouverture qu'a connu le pays après les événements d'octobre 1988. Quelques années après sa création, la jeune section d'Amnesty International connaît une crise interne dans le contexte de la « décennie noire ». La première a lieu après l'assassinat de Mohamed Boudiaf, quand des militants ont remis leur démission : en effet, contrairement aux principes d'Amnesty International qui est contre la peine capitale, ces militants souhaitaient l'exécution de l'assassin de Boudiaf. La deuxième crise fait suite aux rapports annuels d'Amnesty International évoquant un « mouvement d'opposition politique » pour parler des islamistes, et qui considéraient que le terrorisme islamiste était une réponse à la spoliation de la victoire des islamistes aux élections législatives de 1991.