Marinejegerkommandoens operasjoner i Afghanistan begynte etter terrorangrepene mot USA 11. september 2001. Marinejegerkommandoen (MJK) har deltatt i krigen i Afghanistan gjennom den amerikanskledede Operasjon Enduring Freedom (OEF) fra 2002 til 2006, det NATO-ledede International Security Assistance Force (ISAF), og gjennom NATO-operasjonen Resolute Support (RS). MJKs langvarige tilknytning til ubåtvåpenet medvirket til at en marinejeger også deltok sammen med en norsk ubåt i NATO-operasjon Active Endeavour (maritim overvåkning og kontroll i Middelhavet etter terrorangrepene 11. september 2001). Flere av spesialstyrkenes Kabul-deployeringer er beskrevet i offentlig tilgjengelig litteratur.