Om deze oorlogen te kunnen betalen, moest hij hoge belastingen heffen. Dit leidde tot onrust in zijn eigen land. Op 1 december 1640 begon er een opstand in Lissabon, die uiteindelijk leidde tot Filips' afstand van de Portugese troon die in handen kwam van het Huis Bragança, met koning Johan IV als staatshoofd. Deze periode heet ook wel de Portugese Restauratieoorlog. Hiermee kwam een einde aan een zestig jaar durende unie tussen Spanje en Portugal, de Iberische Unie.