In den Wirren der letzten Monate der portugiesischen Herrschaft über Osttimor besetzte Indonesien Oe-Cusse Ambeno bereits am 6. Juni 1975. Die Soldaten wurden dabei als Kämpfer der UDT getarnt, die im Konflikt mit der dominierenden Partei FRETILIN standen. Im Oktober folgte die Invasion in die osttimoresischen Grenzregionen Bobonaro und Cova Lima. Als die FRETILIN schließlich am 28. November 1975 Osttimor für unabhängig von Portugal erklärte, wurde bereits am Tag darauf die indonesische Flagge in Pante Macassar gesetzt. Die Invasion in das restliche Osttimor begann am 7. Dezember 1975. In der indonesischen Besatzungszeit blieb Oe-Cusse Ambeno als Kabupaten Teil der Provinz Osttimor (). Ein Teil der Bevölkerung wurde Anfang der 1980er Jahre aus dem bergigen Landesinneren, wo sie traditionell aufgrund von Hitze, Malaria und Überfällen von See aus lebte, an die Küste zwischen Citrana und Sacato zwangsumgesiedelt, die bis dahin weitgehend unbewohnt war. Nur an den Ufern des Tonos gab es die kulturell von den Bergbewohnern unterschiedlichen Flachlandbewohner, die in den Überflutungszonen Reis anbauten. Immerhin blieb die Region von den Kämpfen des Unabhängigkeitskrieges verschont. Es gab keine Kampfeinheiten der osttimoresischen FALINTIL in Oecussi-Ambeno, dafür aber ein weites Netzwerk des Widerstands. Während die administrative Verwaltung weiterhin über Dili erfolgte, lief der Warenverkehr nun über die benachbarten Orte Wini, Kefamenanu und Kupang im indonesischen Teil Westtimors. Die Sandelholzbestände, die hier im Gegensatz zu den meisten anderen Gebieten auf Timor noch 1975 existierten, verschwanden zumeist in den ersten Jahren der indonesischen Besatzung. Immerhin gab es Fortschritte bei der Bildung, Infrastruktur und Gesundheitsprogrammen und der Waren- und Personenverkehr nach Westtimor wurde erleichtert.