Неприятие режима за границей, конфликт с частью интеллигенции и оппозиционными партийными кругами, а также военными, привёл к тому что после противники режима оглушительного успеха БЗНС на выборах весной 1923 года занялись подготовкой государственного переворота с помощью армии. В результате переворота 9 июня 1923 года кабинет Александра Стамболийского был свергнут, он и ряд других видных деятелей Союза были убиты, другие заключены в тюрьму, а третьи были вынуждены эмигрировать. Переворот спровоцировал Сентябрьское восстание, после разгрома которого последовала организованная коммунистами террористическая кампания с участием некоторых членов БЗНС. Активисты Земледельческого союза также участвовали в Апрельских событий 1925 года. В этой ситуации организационная жизнь БЗНС была временно парализована, и Союз распадается на отдельные группы, которые ищут разные способы приспособиться к новой ситуации.