Поселение было основано 2 июня 1715 года Хуаном Антонио Трасвинием и Ретесом под названием Сан-Франсиско-де-ла-Хунта-де-лос-Риос (). 23 октября 1857 года поселению был присвоен статус вилья, а название изменено на Мануэль-Охинага в честь мексиканского политика, военного и участника борьбы с интервентами . Статус города поселению был присвоен 1 декабря 1948 года.