Rentré à Paris après sa révocation, le baron Desportes sert dans la garde nationale, en tant qu'aide de camp d'un général de cette milice, et passe rapidement du grade de capitaine à celui de lieutenant-colonel. Après avoir pris part à la défense de la capitale en mars 1814, il se rallie brièvement aux Bourbons mais, après l'annonce du débarquement de Napoléon, il prend à nouveau le parti de l'empereur. Il est d'ailleurs envoyé au devant de ce dernier pour préparer son entrée dans la capitale (20 mars 1815). En avril, Caulaincourt l'envoie à Bâle pour essayer d'obtenir la neutralité des cantons suisses avant l'affrontement avec l'Europe coalisée. Mais la Suisse prend le parti des Bourbon et des coalisés. Quelques semaines plus tard, Desportes retrouve Lucien Bonaparte à Paris, où le prince de Canino vient de s'installer au Palais-royal. Laure Junot d'Abrantès écrira au sujet du baron : « Bon, spirituel, fidèle ami, M. Félix Desportes est toujours l'homme dont on sera fier d'être aimé et estimé ».