Burger osallistui vuonna 1881 kenttäkornettina ensimmäiseen buurisotaan ja myöhemmin sotaretkeen ndebeleiden kuningasta Nyabelaa vastaan. Hänet valittiin vuonna 1886 parlamenttiin eli Volksraadiin. Burger suhtautui Transvaalissa asuviin ulkomaalaisiin eli "uitlandereihin" vähemmän vihamielisesti kuin presidentti Paul Kruger ja hän tuki Krugerin kilpailijana tunnettua Piet Joubertia. Burger valittiin 1895 Volksraadin puhemieheksi ja seuraavana vuonna hänestä tuli toimeenpanevan neuvoston eli maan hallituksen jäsen. Burger oli vuoden 1898 presidentinvaaleissa Krugerin vastaehdokkaana, mutta hävisi vaalin. Vaikka Burger vastusti vastakkainasettelua Britannian kanssa, toisen buurisodan puhjettua syksyllä 1899 hän otti osaa sotatoimiin ja sai maaliskuussa 1900 ylennyksen kenraalikomendatiksi. Hänen katsottiin kuitenkin epäonnistuneen komentajana ja tappiollisen Spionkopin taistelun yhteydessä hän veti joukkonsa pakoon taistelukentältä.