Shearer nousi Englannin maajoukkueeseen 1992 ja teki heti ensimmäisessä maaottelussaan maalin. Hän oli mukana EM-kisoissa 1996, MM-kisoissa 1998 ja EM-kisoissa 2000. Parhaimmillaan Englanti eteni välieriin vuoden 1996 kisoissa, jolloin Shearer voitti myös kisojen maalikuninkuuden. Vuoden 2000 EM-kisojen jälkeen Shearer lopetti maajoukkueuransa keskittyäkseen seurajoukkueessa pelaamiseen. Hän viimeisteli Englannin paidassa 30 maalia 63 ottelussa.