En tant qu'entraîneur, Filipe est l'entraîneur en chef de l'équipe nationale angolaise masculine depuis 2010, qu'il a qualifiée pour le Championnat du monde 2017, en terminant à la troisième place du Championnat d'Afrique des nations 2016. Il avait auparavant qualifié l'équipe junior au Championnat du monde 2015.