Das Talent des jungen Defensivspielers hatte sich in Europa herumgesprochen. Im Spätsommer der Meisterschaftssaison wechselte Mellberg nach Spanien zu Racing Santander. In der Primera División etablierte er sich als Stammspieler und kam in der &lt;a href="Primera%20Divisi%C3%B3n%20%28Spanien%29%201999/2000"&gt;Spielzeit 1999/2000&lt;/a&gt; in allen 38 Ligaspielen zum Einsatz. Damit verhalf er einerseits dem Klub aus dem nordspanischen Kantabrien zum Klassenerhalt, andererseits spielte er sich ins Notizbuch des Nationaltrainers Tommy Söderberg und seines Assistenten Lars Lagerbäck. Am 23. Februar 2000 debütierte er bei der 0:1-Niederlage gegen die italienische Nationalmannschaft im Dress der Landesauswahl, in der er sich in der Folge festspielte. Beim Europameisterschaftsendrunde 2000 gehörte er bereits an der Seite von Joachim Björklund, Teddy Lučić und Patrik Andersson zu den Stammspielern in der Abwehr und bestritt alle drei Spiele in der Gruppenphase, konnte das vorzeitige Ausscheiden als Gruppenletzter jedoch nicht verhindern.