הרפורמות הדתיות של ניקון ואישיותו הסמכותנית עוררו פילוג של ממש בתוככי הכנסייה הרוסית. אף שב-1657 ו-1658 נראה היה שהרוחות נרגעו – ניקון התפטר, אך לא מונה לו מחליף והוא המשיך בתפקידו, בעוד שנרונוב חזר בו בפומבי מסירובו לתיקונים – המתח התפרץ מחדש. ב-1662, בעת שהמון זועם ניסה לשרוף את ארמונו והאויב הפולני התקדם בחזית המערב, כבר ערך הצאר מזה זמן מה תוכניות לסינוד כללי שישים קץ למחלוקת, ושנועד למצוא מחליף מוסכם לניקון. במסגרת המדיניות הפשרנית, נקרא גם אבאקום מסיביר. הותר לו לצאת מדאוריה לרוסיה האירופית, לווליקי אוסטיוג, ביוני 1662, ובפברואר 1664 הוא שב למוסקבה. בבירה הוא שהה אצל משפחת האצילים מורוזוב, הפך למוודה של פאודוסיה מורוזובה, וזו נעשתה תומכת נלהבת שלו.