Bei den Turn-Weltmeisterschaften 1999 wurde Amânar zum vierten Mal in Folge Mannschaftsweltmeisterin (1996 hatte es keine Mannschaftswertung gegeben). Des Weiteren gewann sie Silber am Boden und beim Sprung. 2000 war sie bei den Turn-Europameisterschaften Erste beim Sprung, Zweite am Schwebebalken und Dritte mit der Mannschaft. Bei den Olympischen Sommerspielen in Sydney gewann sie schließlich den Mehrkampf mit der rumänischen Mannschaft sowie im Einzelwettkampf, nachdem ihrer Mannschaftskameradin Andreea Răducan die Mehrkampf-Goldmedaille wegen Doping aberkannt wurde. Eine weitere Bronzemedaille gab es für sie am Boden.