Po pádu království obojí Sicílie v roce 1861 během Expedice tisíce odešla královská rodina do exilu. František odešel se svou rodinou do Říma, ke žili pod ochranou papeže Pia IX. Papežský stát byl však v roce 1870 napaden italským králem Viktorem Emanuelem II. a František s rodinou uprchl do Francie. František zemřel 24. září 1892 ve věku 65 let v Paříži.