В мае-сентябре 1939 года участвовал в боях с японскими милитаристами в районе реки Халхин-Гол в составе 22-го истребительного авиационного полка. Воевал на истребителе И-16. За отличия и умелое командование на фронте назначен командиром эскадрильи. За время боёв старший лейтенант В. Ф. Скобарихин совершил 169 боевых вылетов, в 26 воздушных боях сбил 5 самолётов противника лично и 6 в группе. 1 японский истребитель Nakajima Ki-27 сбил тараном.