Nel 1997 passa al Milan per 10 miliardi di lire, che per averlo lo ha strappato alla concorrenza della Juventus. Nella prima stagione le sue prestazioni, dopo un inizio positivo, vanno pian piano peggiorando. La stagione successiva Ziege con i rossoneri ha vinto lo scudetto, pur disputando poche gare da titolare in quanto il suo ruolo era occupato da Paolo Maldini.