Ferner wurden teils vorübergehend, teils dauerhaft Sondergerichte eingerichtet, die überwiegend dazu dienten, angebliche politische Verstöße eigener und fremder Soldaten sowie Zivilpersonen gegen die NS-Ideologie zu verfolgen. Von Juni 1943 bis September 1944 bestand laut Führerbefehl als weiterer Senat des Reichskriegsgerichts ein Zentrales Sonder-Standgericht für politische Straftaten, die „sich gegen das Vertrauen in die politische und militärische Führung“ richteten und bei denen eine Todes- oder Zuchthausstrafe zu erwarten war. Im April 1944 wurde aus dem „Gericht der Wehrmachtskommandantur Berlin“ ein Zentralgericht des Heeres gebildet, das unter anderem für politische Strafsachen, Korruptionsfälle von besonderer Bedeutung und die Entscheidung über Wiederaufnahmeverfahren zuständig wurde. Für die Luftwaffe war entsprechend das „Feldgericht z.b.V. d. Lw.“ zuständig, für die Kriegsmarine bestand seit 1940 das „Gericht der Kriegsmarine Berlin“. Das Heeres-Zentralgericht musste aber im September 1944 aufgrund eines Führererlasses seine Kompetenzen an den Volksgerichtshof abgeben. Auch über die Zuständigkeit des Reichskriegsgerichts für Staatsschutzfälle von Militärangehörigen setzte sich die NS-Führung immer wieder bedenkenlos hinweg, wenn es ihr zweckmäßig erschien, etwa bei den Verfahren gegen die Verschwörer des 20. Juli 1944 oder den Mitgliedern der Weißen Rose. Die dabei beschuldigten Soldaten wurden aus der Wehrmacht entlassen oder ausgestoßen, um sie danach vom Volksgerichtshof verurteilen zu lassen.