Suwerenność i integralność kraju w dalszym ciągu była poddawana próbom. W 1995 roku w Ogadenie doszło do rebelii partyzanckiej Narodowego Frontu Wyzwolenia Ogadenu, która trwała aż do 2010 roku. W 1998 roku pomiędzy Etiopią i Erytreą wybuchła wojna graniczna. Znaczne nasilenie walk nastąpiło w maju 2000 roku, co skłoniło władze obydwu krajów do poszukiwania kompromisu. W kilka miesięcy później podpisano porozumienie pokojowe. 24 grudnia 2006 premier Etiopii w orędziu do narodu ogłosił, że jego kraj został zmuszony do wojny z Somalią, czyli do zbrojnej interwencji na jej terytorium, skierowanej przeciwko faktycznie panującym tam i kontrolującym stolicę fundamentalistom islamskim.