In der Nacht des 27. auf den 28. Mai 1941 begann der britische Vormarsch auf Bagdad, dessen erste Vororte am 30. Mai 1941 eingenommen wurden. Junck verfügte zu diesem Zeitpunkt noch über zwei einsatzbereite He 111. Die irakischen Minister, unter anderem auch der Verteidigungsminister Naji Shawakat flohen nach Ankara. Rashid Ali floh nach Persien bzw. Berlin, nachdem die deutsche Seite verlauten ließ, es könne für die nächsten zwei Monate keine Hilfe mehr geleistet werden. Das „Sonderkommando Junck“ wurde in der Nacht vom 29. auf den 30. Mai 1941 von Bagdad nach Mossul, unter Aufgabe der letzten Flugzeuge verlegt, wo sie mit italienischen Transportmaschinen über Rhodos nach Deutschland zurückbeordert wurden. Dort wurde der Sonderstab aufgelöst. An ihre Stelle im Irak, traten die am 29. Mai 1941 in Bagdad eingetroffenen zwölf Maschinen vom Typ Fiat CR.42 der italienischen Luftstreitkräfte, die jedoch mit ihren alten Maschinen gar nichts erreichten. Der zuvor im Exil lebende Regent Iraks und nun zurückgekehrte Abd al-llah unterzeichnete am 31. Mai 1941 gegenüber den britischen/indischen Streitkräften einen Waffenstillstand und wurde mit der Bildung einer neuen Regierung betraut. Am 1. Juni 1941 wurde Bagdad durch britische und indische Truppen besetzt, am 4. Juni 1941 folgte Mosul. Mit der Etablierung der neuen Regierung war der Irak befriedet und das „Abenteuer Irak“ für die deutsche Luftwaffe abgeschlossen, da sowohl der bevorstehende Überfall auf die Sowjetunion sowie der Afrikafeldzug die zur Verfügung stehenden Ressourcen band.