Rumänien erklärte 1990 als erster Donauanrainerstaat seinen Teil des Deltas zum Biosphärenreservat. Die Liste der "Feuchtgebiete von internationaler Bedeutung" der Ramsar-Konvention konnte 1991 um das Delta erweitert werden. Die UNESCO nahm das Gebiet 1993 in die Weltnaturerbeliste auf. Rumänien wies das Reservat im gleichen Jahr als "Naturschutzgebiet von nationaler und internationaler Bedeutung" aus. Seit 1998 ist auch der ukrainische Teil des Donaudeltas ein anerkanntes Biosphärenreservat.