Gaston era il figlio primogenito dell'infante di Navarra, Visconte di Narbona e conte di Étampes Jean de Foix e di Marie d'Orléans.Gaston era perciò cugino dei re di Navarra Francesco Febo e Caterina, da parte di padre e quindi era nipote di Luigi XII di Francia, da parte di madre. La sua famiglia veniva dal mezzogiorno francese ed era imparentata con i regnanti di Navarra. Tipica stirpe della nobiltà francese di spada vantava una lunga tradizione nel mestiere delle armi; suo nonno Gastone IV di Foix combatté gli inglesi in Guienna nella Guerra dei Cent'anni e partecipò alla battaglia di Castillon, suo padre fu pretendente alla corona di Navarra, i suoi cugini Odet de Foix, Thomas de Foix-Lescun e André de Foix combatterono tutti nelle Guerre d'Italia, e tutti vi morirono.