2003-tól az USS "Arleigh Burke" a USS Theodore Roosevelt (CVN–71) repülőgép-hordozó által vezetett harccsoportba vezényelték, és részt vett az "Enduring Freedom" (Afganisztáni háború) és az "Iraqi Freedom" hadműveletekben. Ezek során az "Arleigh Burke" iraki célpontok ellen lőtte ki Tomhawk cirkálórakétáit, kereskedelmi hajókat kísért a Perzsa-öbölben, illetve kalózok elleni műveleteket is végrehajtott az Ádeni-öbölben.