W reprezentacji Senegalu N’Doye zadebiutował w 2003 roku. W 2004 roku wystąpił z Senegalem w Pucharze Narodów Afryki i dotarł z nim do ćwierćfinału. W 2008 roku został powołany przez Henryka Kasperczaka do kadry na Puchar Narodów Afryki 2008.