Впоследствии Салли вернулся к командованию 1-м миннесотским полком, который теперь входил в бригаду Уиллиса Гормана. Он не успела прибыть на поле боя второго сражения при Булл-Ран, но несколько дней спустя участвовала в сражении при Шантильи, а затем прикрывала отступление федеральной армии к Вашингтону. Когда началась Мерилендская кампания, бригада участвовала в сражении у Южной горы и в сражении при Энтитеме. При Энтитеме полк Салли наступал на правом фланге бригады Гормана, и Горман впоследствии писал, что «первый миннесотский стрелял с таким хладнокровием и точностью, что трижды заставил упасть одно из вражеских знамен, и в итоге расщепил древко надвое».