En av de nordlige rutene til Silkeveien passerte nær Issyk-Kul, og det finnes mange spor etter gamle sivilisasjoner. Turisme er nå en viktig næring for områdene rundt sjøen. Utsetting av fremmede fiskearter og mangelfull forvaltning har ødelagt fisket i innsjøen. Det er også mange andre miljøtrusler mot denne unike innsjøen. Innsjøen er et ramsarområde, og det er etablert et biosfærereservat som omfatter både innsjøen og området rundt.