Tijdens het beleg van 1748 werd de kloosterkapel drie weken als kazerne gebruikt, waarna ze opnieuw gewijd moest worden. In 1773 werd de jezuïetenorde op last van de paus opgeheven. Vanuit het Maastrichtse Jezuïetenklooster verhuisden enkele beelden naar de Bonnefantenkapel. In 1796 werd, op last van de Fransen, ook het Bonnefantenklooster gesloten en fungeerde daarna, tot 1917, opnieuw als kazerne. Van 1924-1930 waren er 32 woningen voor arbeidersgezinnen in gevestigd. Na 1945 was het in gebruik als kunstenaarsatelier voor Charles Eyck en Daan Wildschut. Van 1947-1950 werd het gebouw gerestaureerd en huisvestte vanaf 1952 het "Limburgs Provinciaal Museum van Kunst en Oudheden", later Bonnefantenmuseum geheten. Van 1968-1971 werd ook de kapel gerestaureerd. Toen ontdekte men een grafkelder met nissen daterend van 1712-1794, waarin de zusters werden bijgezet. In 1979 vertrok het Bonnefantenmuseum en werden de gebouwen ingericht voor gebruik door de Universiteit van Maastricht, eerst als bijgebouw van de universiteitsbibliotheek ("Bonnefanten Learning Spaces"); later als servicecentrum voor studentenzaken..