19 мая 2011 года тренер сборной Бразилии Мано Менезес объявил список игроков, которые примут участие в товарищеских матчах 4 и 8 июня, в него попал Джефферсон. Позже Джефферсон попал в окончательный список игроков, заявленных на Кубок Америки 2011. Джефферсон принял участие в Кубке Америки в качестве запасного вратаря. Дебютировал в составе Селесао 14 сентября 2011 года в игре за Кубок Рока в Кордове против сборной Аргентины. Матч закончился со счётом 0:0. В 2014 году Джефферсон был вызван в состав сборной Бразилии на домашний чемпионат мира, но в матчах не участвовал. В 2015 году Джефферсон был основным вратарём сборной на Кубке Америки, сыграл во всех четырёх матчах против Перу, Колумбии, Венесуэлы и Парагвая, пропустив в них 4 мяча.