בהמשך התעוררה בעיה: הגזרה ההררית מסביב לאילת קשה מאוד מבחינה טופוגרפית, לכן בניית גדר לאורכה תצריך תקציב עצום לאותם 14 ק"מ. בשלב זה הוחלט לבנות גדר לאורך כל הגבול, למעט "פתחה" באזור אילת. רעיון זה השתמע מהצהרות הממשלה והצבא, עד אשר אירע הפיגוע בנטפים באוגוסט 2011. לאחר אירוע זה, קיבלה הגדר משנה חשיבות, והובן על ידי הממשלה שיש למגן את כל הגבול. בדצמבר אישרה הממשלה תקציב נוסף לפרויקט, כדי להשלים את הגדר גם באותה גזרה סלעית לאחר דין ודברים עם רשות הטבע והגנים, הוחלט לבטל את המובלעת של הגדר באזור נחל גשרון ולהחזיר אותה לגבול הבינלאומי, כדי להגן על הטבע המיוחד באזור. הגדר תוקם באזור זה כמעט לכל אורך הגבול, למעט חלקים קטנים שאינם עבירים ברגל. עד חודש דצמבר 2012 הושלמו 227 ק"מ מתוואי הגדר שבין רפיח לאילת.