Lors du dernier Grand Prix de la saison disputé à Suzuka, Panis, qui s'élance de la sixième position, prend la troisième place dès le départ et la conserve jusqu'au seizième tour où il abandonne sur un problème électrique. Avec neuf points marqués en 1999, Prost Grand Prix se classe septième du championnat du monde des constructeurs. Après trois ans chez Prost Grand Prix, Panis quitte l'écurie pour devenir pilote essayeur chez McLaren Racing tandis que Trulli signe chez Jordan Grand Prix pour remplacer Damon Hill qui prend sa retraite.