公武合体を推していた会津藩や薩摩藩など公武合体派（佐幕派）は、これら討幕派（尊王攘夷派）の鎮圧を図った。薩摩藩は、天誅組の変（1863年）、禁門の変（1864年）などにおいて討幕派を鎮圧していた。長州藩は1863年（文久3年）5月に下関事件を起こした後、朝敵として京都から追放された（八月十八日の政変）。