A Brestbe való megérkezés után a "Gneisenau" karbantartási munkálatait úgy időzítették, hogy 1941 májusában az új "Bismarck" csatahajó részvételével tervezett Rheinübung hadműveletre készen álljon. Azonban a kikötőben számos brit légitámadás célpontja lett, ami meghiúsította a terveket. Az elsőre március 30-31-ike éjjelén került sor, a másodikra április 4-5-ikén. Utóbbi során egy 227 kg-os páncéltörő bomba alig kerülte el a hajót. A karbantartási munkálatok elvégzéséhez április 4-én került szárazdokkba, de mikor másnap eltávolították a vizet, a bakok között egy sértetlen légibombát találtak. Emiatt el kellett hagynia a szárazdokkot, míg a bombát nem hatástalanítják. A kikötőben egy bójánál horgonyozták le átmenetileg. Torpedóvédelmi hálót nem vontak köréje.