В конце 2011 возглавил сборную Нигерии. Под его руководством Нигерия вышла в финальный турнир Кубка Африки 2013, на котором стала победителем турнира, обыграв в плей-офф Кот-д’Ивуар и Мали, а в финале Буркина-Фасо. Эта победа стала третьей по счёту для Нигерии в финалах Кубка Африки, и второй лично для Стивена Кеши, ранее выигрывавшего турнир в 1994 году как футболист. Он также стал первым нигерийским тренером которому удалось выиграть Кубок Африки.