Jeppe Højbjerg est sélectionné avec les différentes équipes de jeunes du Danemark. En 2016, il participe aux Jeux olympiques de 2016 avec l'équipe du Danemark olympique, qui se hisse jusqu'en quarts de finale. Il joue quatre matchs lors du tournoi olympique, encaissant un total de six buts. Le Danemark enregistre une seule victoire, contre l'Afrique du Sud.