Родился неподалеку от Нью-Йорка, закончил Юнион-колледж в 1840 году, в 1844 году поступил в адвокатуру в г. Рочестер. В 1855 году стал участником, впоследствии — одним из директоров железнодорожной компании, став преуспевающим буржуа. Однако главным для Моргана было занятие не бизнесом, а наукой. Кроме научной и коммерческой деятельности, Морган занимался политикой, отстаивая радикальные буржуазно-демократические взгляды, был левым республиканцем. В 1861 году был избран от республиканской партии в палату представителей штата Нью-Йорк, где был яростным противником рабства и сторонником борьбы против мятежного рабовладельческого Юга. В 1868 году был избран в сенат штата Нью-Йорк, где активно выступал за радикальную реконструкцию Юга, за полную отмену всякой расовой дискриминации, отстаивал введение избирательных прав для негритянского населения. Из-за резкости взглядов уже в 1869 году был забаллотирован.