בעקבות הכישלון במערכה נגד סקסטוס פומפיוס והסכנה שנשקפה לאספקת המזון לעיר רומא עקב פשיטותיו על חופי איטליה, מינה אוקטביוס את אגריפה למפקד הצי. דאגתו הראשונה של אגריפה הייתה להקים נמל להגנת האוניות ולאימון המלחים והחותרים. הוא חיבר את אגם אוורנוס, שעל יד פוטיאולי, עם הים, והקים במקום את נמל פורטוס יוליוס. אחר כך פנה לבנייה מחדש של הצי עצמו. בין חידושיו היו בנייה של אוניות חמש-חתרית משופרות בגודלן ושיפור מתקן העורב שנועד ללכוד אוניות אויב. אגריפה ואוקטביוס יצאו למערכה בקיץ של שנת 36 לפנה"ס, אך הפלגתם הראשונית לסיציליה נכשלה בעקבות סערה שגרמה נזק לחלקו הארי של הצי. לאחר תיקון הספינות, אגריפה הפליג לאיים הליפריים שם הוא קבע את מפקדתו. אגריפה נלחם נגד סקסטוס במילאי ובנאולוכוס, תוך שהוא משמיד את רוב אוניותיו ולוקח בשבי את השאר. ניצחונו הושג הודות לכך שהצליח להתגבר על יכולת התמרון העליונה של סקסטוס על ידי אוניותיו הגדולות שסיפקו עמידות בפני התקפות ומתקן העורב המשופר שבעזרתו חייליו הצליחו ללכוד את ספינות האויב.