In der sogenannten "Kołłątaj-Schmiede" versammelte der Aufklärer einen Kreis von Publizisten um sich, der gemeinsam die Verfassung vom 3. Mai 1791 ausarbeitete. Gleichzeitig wurde er vom König zum stellvertretenden Kronkanzler ernannt, einem Amt, das er zwei Jahre ausübte. In diese Zeit fällt jedoch auch sein kurzzeitiges Exil in Dresden, als die Reformgegner der Konföderation von Targowica die Macht übernommen hatten. Aus dem Untergrund bereitete er den Protest gegen die inzwischen erfolgte Zweite Teilung Polens vor und initiierte den Kościuszko-Aufstand 1794, dessen wichtigste Texte, wie das Universal von Połaniec, er selbst verfasste. Als Mitglied der "Rada Najwyższa Narodowa", des Obersten Nationalen Rates trat Kołłątaj für noch weitergehende Reformen wie die Befreiung der Bauern ein, die sich jedoch angesichts der Machtverhältnisse nicht durchsetzen ließen. Nach dem von russischen Truppen im Warschauer Vorort Praga am 4. November 1794 angerichteten Blutbad und endgültigen Scheitern des Aufstandes floh er aus Warschau. Bereits am 6. Dezember wurde er von österreichischen Truppen in Radymno verhaftet und in die Festung Przemyśl gebracht, wo er bis 1802 inhaftiert war.