Gonthier XLI se marie lui-même le . Pour des raisons politiques, il épouse la sœur de Guillaume, Catherine de Nassau-Dillenbourg. Le mariage reste sans enfant. Le couple vit à Arnstadt, le temps que Gonthier utilise ses pour construire le château de Neideck. Entre 1563 et 1565, Gonthier et ses jeunes frères Jean-Gonthier de Schwarzbourg-Sondershausen et Albert VII de Schwarzbourg-Rudolstadt combattentu dans l'armée du roi Frédéric II de Danemark dans la Guerre nordique de Sept Ans contre la Suède.