Khalili begann seine Nationalmannschaftskarriere 2008 in der schwedischen U-17-Nationalmannschaft, für die er elf Auswahlspiele absolvierte. Es folgten zehn Einsätze für die schwedische U-19-Nationalmannschaft. Ab 2014 begann er für die schwedische U-21-Nationalmannschaft zu spielen. Mit dem Team wurde er 2015 U21-Europameister.