Во время пребывания в должности губернатора, Трокмортон терпимо относился к бывшим конфедератам, и его отношение к гражданским правам столкнулись с реконструкционной политикой радикально настроенных республиканцев в Конгрессе США. Этим он вызвал на себя гнев генерал-майора Чарльза Гриффина, который вскоре убедил своего начальника, Филипа Шеридана, снять Трокмортона с должности и назначить на его место более лояльного республиканца Элайшу Пиз.