Le Directoire oppose quatre armées à l'Autriche : Jourdan doit attaquer en Allemagne du Sud, Bernadotte doit protéger son flanc gauche, Schérer doit opérer en Italie du Nord et Masséna en Suisse. Les armées françaises sont partout en infériorité numérique, ce qui rend une offensive générale très aléatoire. Seul Masséna atteint le Vorarlberg. Les autres sont repoussés. Jourdan passe le Rhin mais il est bloqué à Ostrach et battu à Stockach le . Jourdan et Bernadotte démissionnent. Schérer, qui ne cesse de refluer devant les Autrichiens, est remplacé par Moreau. Les Russes de Souvarov interviennent en Italie du Nord et forcent Moreau à évacuer la République cisalpine. Les Austro-Russes entrent à Milan le 28 avril et à Turin le 29 mai. Moreau se réfugie avec les restes de son armée dans la région de Gênes. La retraite généralisée des armées françaises provoque l'isolement de l'armée de Masséna. L'archiduc Charles lance l'offensive et parvient à prendre Zurich les 3-4 juin, mais est arrêté par Masséna. Le Directoire donne alors l'ordre à l'armée de Naples de remonter l'Italie afin d'attaquer le flanc de l'armée austro-russe conjointement avec une contre-offensive de Moreau. MacDonald remonte la péninsule italienne en ébullition et rencontre Souvarov près de la rivière de la Trébie du 17 au mais il n'obtient pas le soutien de Moreau et est défait. Joubert est nommé en Italie mais il est battu et tué à la bataille de Novi le 15 août. Les souverains légitimes profitent du reflux français pour refaire leur apparition en Italie. La répression est terrible. Le Royaume-Uni décide de lancer une opération en Belgique avec le duc d'York et une aide russe. L'archiduc Charles quitte alors la Suisse pour gagner le Rhin, afin de ne pas laisser les Britanniques libérer un ancien territoire autrichien. L'Autriche convainc Paul de quitter l'Italie pour aller libérer la Suisse.