Il fit ensuite partie de l'expédition d'Égypte, coopéra au siège de l'île d'Elbe et à la prise du vaisseau l’"Annibal". En 1802, l’"Indomptable" fut désigné pour faire partie de la division aux ordres du contre-amiral Émériau, chargée de transporter des troupes à Saint-Domingue, et Collet trouva de nouvelles occasions de se signaler dans différents engagements qui eurent lieu, à Port-au-Prince, contre les Noirs révoltés. À la promotion du , il fut nommé capitaine de frégate, et, au mois de décembre, chevalier de la Légion d'honneur. En 1805, ayant été chargé de conduire, de Bordeaux à Boulogne, une division de cinq chaloupes canonnières, il s'empara dans son trajet d'un cutter anglais. Pendant la relâche que cette division fit à Granville, il reçut l'ordre de sortir avec sept canonnières, et de se porter, à la rame, sur deux bricks anglais, qu'il réussit à capturer.