В феврале — марте 1918 года под ударами германских войск и белоказаков генерала П. Н. Краснова отряд отступил сначала в город Ростов-на-Дону, затем в Батайск. Здесь его остатки влились в 1-й Всероссийский коммунистический кавалерийский полк. В его составе Казаков весь 1918 год воевал пулеметчиком против частей Добровольческой армии генерала А. И. Деникина в Кубанской и Терской областях и в Ставропольской губернии. В последующем с полком отступал через Моздок, Кизляр, Астраханские степи до селения Канглы, где заболел тифом и был эвакуирован в тыл. После выздоровления назначен помощником командира взвода в отдельный батальон при штабе Южного фронта. С переездом штаба фронта в город Серпухов и переименованием его в штаб Юго-Западного фронта батальон был переформирован в отдельный полк, который сражался с конницей генерала К. К. Мамонтова. В мае 1920 года Казаков направлен на учёбу на 1-е Московские Кремлевские командные курсы. В августе из личного состава курсов была сформирована 2-я Московская бригада курсантов, а Казаков назначен в ней командиром взвода 4-го полка. Бригада была направлена на Кубань, где участвовала в ликвидации морского десанта генерала С. Г. Улагая, в боях с белогвардейскими частями генерала М. А. Фостикова и подавлении восстаний в Дагестане. После ликвидации бандформирований имама Н. Гоцинского в горах Дагестана бригада была передислоцирована в город Баку, где на её базе в мае 1921 года были сформированы 7-е Армавирские курсы. В их составе Казаков проходил службу командиром взвода и помощником командира роты.