Flotow trat am 1. September 1804 als Gefreitenkorporal in das Infanterieregiment „von Moellendorf“ der Preußischen Armee ein, war aber zunächst dienstbefreit. Vom 7. September 1805 bis zum 29. August 1808 besuchte er die Ritterakademie in Brandenburg an der Havel und kam am 1. April 1809 als Portepeefähnrich in das Brandenburgische Kürassier-Regiment. Wegen seines gut bestandenen Examens wurde er am 14. August 1809 zum Sekondeleutnant mit Patent vom 9. Dezember 1807 befördert. Während der Befreiungskriege kämpfte er bei Großgörschen, Dresden, Kulm, erhielt für das Gefecht bei Liebertwolkwitz den Orden des Heiligen Wladimir IV. Klasse und für Leipzig das Eiserne Kreuz II. Klasse. Flotow nahm auch an den Schlachten bei Laon und Paris sowie den Gefechten bei Champaubert, Sézanne, Gué à Trême, Oulchy-le-Château und Claye teil. Am 6. Januar 1814 wurde er in die Adjutantur versetzt und avancierte bis Juli 1815 zum Rittmeister.