Em 2007, após a ida de Mano Menezes para o Corinthians e da procura do time por jogadores para formar o seu setor defensivo, William acabou sendo indicado pelo treinador. Foi contratado por um período de 2 anos. Com a saída de Betão, que acertou com o Santos, William foi escolhido como capitão da equipe. Chegou, junto com o "Timão", à final da Copa do Brasil de 2008 e ficou com o vice-campeonato. Em 8 de novembro de 2008 conquistou o Campeonato Brasileiro - Série B pelo Corinthians. Em 2009, conquistou o Campeonato Paulista, de forma invicta, e ainda, a Copa do Brasil. Em 2010, o capitão liderou uma campanha em conjunto com o então patrocinador do clube, para ajudar os Haiti, que sofreram com o Terremoto no Haiti. No final de 2010, William anunciou o término de sua carreira como jogador de futebol, mas sua saída do esporte e do Corinthians não durou muito, pois em 7 de fevereiro de 2011, foi apresentado ao público como novo gerente de futebol do clube. Em 2011, após ser desautorizado pela diretoria do clube numa negociação quase fechada com o volante Willian Magrão, que estava no Grêmio, pediu demissão do cargo de Gerente de Futebol.