По выздоровлении Шуберт, уже в чине поручика, был назначен в действовавшую в Финляндии армию графа Буксгевдена. Здесь, во время русско-шведской войны 1808—1809 годов, он принимал участие в сражениях при Форсбю, Дегердале, Ревергольме и Толснесе и был при взятии крепости Гангеуда. В феврале 1809 г. с колонной генерал-майора Сазонова Шуберт перешёл по льду на Аландские острова, а летом того же года, состоя при канцлере, графе Румянцове, работал по налаживанию дипломатическим отношений со шведским кабинетом. Затем через несколько месяцев Шуберт был назначен в депо по квартирмейстерской части, а в следующем году получил командировку в Або для производства топографической съёмки Финляндии.