I 1788 ble han titulær generalkrigskommissær og var medlem av feltkommissariatet under felttoget i Sverige. 30. januar 1789 ble han utnevnt til generalveiintendant i Akershus stift. I denne stillingen ledet han mesteparten av veibyggingen i Norge. Hans hovedoppgave som generalveiintendant var å planlegge de nye veianleggene, og dermed særlig konferere med almuen om dens mening. Sammen med generalveimesterne N. F. Krohg og G. A. Krogh har Anker æren for å ha skapt det norske veinettet. Innen utgangen av 1700-tallet var den trondhjemske hovedvei over Gudbrandsdalen satt i ferdig stand etter skadene den hadde lidd ved flommen i 1789. Hovedveien fra Christiania til Vestlandet, den smålenske hovedvei til Svinesund og den bergenske hovedvei over Valdres var de store årene i veinettet som var kommet i full stand omkring 1800.