Walaupun pada tanggal 7 Mei 1948 ditandatanganinya Perjanjian Roem-Roijen, tapi Panglima Besar Jenderal Soedirman telah mengeluarkan seruan agar seluruh prajurit Angkatan Perang RI tidak angkat tangan. Pada masa itu H.A.S. Hanandjoeddin ditunjuk sebagai Komandan Sektor VIII Tulungagung, juga merangkap sebagai Komandan KDM Campurdarat. Setelah Konferensi Meja Bundar tanggal 27 Desember 1949 dan Pangkalan Bugis Malang diserahkan Belanda kepada AURI, H.A.S. Hanandjoeddin kembali ke Malang dan menjabat Kepala Jawatan Teknik Udara Pangkalan Udara Bugis, H.A.S. Hanandjoeddin berpangkat OMU II atau Letnan Udara II (naik dari OMU III). Itulah beberapa perjuangan H.A.S. Hanandjoeddin dalam memperebutkan dan mempertahankan kemerdekaan Republik Indonesia disamping perjuangan lainnya untuk AURI, juga negara Republik Indonesia.