Trapier reçoit ensuite temporairement le commandement de la première division du premier corps le , lors de son commandant, Charles Clark, tombe malade. Lorsque Clark récupère, Trapier reçoit ensuite le commandement temporaire de la deuxième division du deuxième corps de Bragg, et la conduit à ce titre au cours de la bataille de Farmington. La performance de Trapier pendant le siège de l'Union à Corinth est fortement critiquée et Bragg, maintenant commandant de l'armée, le relève de son commandement et le renvoie chez lui pour servir en Caroline du Sud.