Aboubakar đã kiếm được hơn 60 lần khoác áo tuyển Cameroon kể từ khi debut quốc tế của mình trong Tháng Năm 2010. Anh là một phần trong đội hình của họ cho World Cu trong các năm 2010 và 2014, cũng như Cúp bóng đá châu Phi trong các năm 2015 và 2017. Anh ấy đã ghi bàn thắng trong trận chung kết sau đó.