Обамејанг је био један од кључних играча Афричког купа нација 2012. са три постигнута гола по чему је био изједначен на првом месту са многим играчима међу којима је био и Дидје Дрогба. Постигао је први гол против Нигера и Марока и једини против Туниса. Тако је Габон након првог места у групној фази стигао до четвртфинала где је поражен од Малија, а управо је Обамејанг био тај играч који је једини промашио пенал у извођењу истих након продужетака. Такође је на истом мечу погодио стативу и асистирао код гола.