Hernández maakte zijn debuut voor het Uruguayaans voetbalelftal op 11 augustus 2010 in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Angola (2-0). Hij viel in dat duel na 71 minuten in voor Sebastián Abreu, en nam in de slotminuut de tweede treffer voor zijn rekening. Hernández won met Uruguay in 2011 de strijd om de Copa América, het kampioenschap van Zuid-Amerika dat werd gehouden in Argentinië. Hij nam met het Uruguayaans olympisch voetbalelftal onder leiding van bondscoach Óscar Tabárez deel aan de Olympische Spelen van 2012 in Londen. In 2013 werd hij opgenomen in de selectie voor de Confederations Cup. In de wedstrijd in de groepsfase tegen Tahiti (8-0) scoorde Hernández vier keer.