Une grande révolte éclate en 1641, brisée par Oliver Cromwell en 1649 (massacres de Drogheda et Wexford). Les Irlandais ont profité de la Première révolution anglaise pour tenter de retrouver leur indépendance. Cromwell débarque à Dublin (durant l'été 1649) avec ses soldats, les « Côtes de Fer », entreprend la reconquête de l'île et organise un véritable massacre. Selon les sources, entre le tiers et la moitié de la population de l'île est massacrée. La sauvagerie de l'armée de Cromwell, très anti-catholique, contribuera à créer de profonds clivages entre catholiques et protestants en Irlande. Après sa défaite, l'Irlande est soumise à l'autorité et aux lois de l'Angleterre et les terres du Nord du pays sont confisquées et attribuées à des colons venus d'Écosse et d'Angleterre.