Kiinan-Japanin sodan aikana Gotō työskenteli Hiroshiman kaupungin satamassa vastaten Japaniin palanneiden sotilaiden asettamisesta karanteeniin. Kenraali Kodama Gentarō pani merkille Gotōn. Sodan lopussa solmitussa Shimonosekin rauhansopimuksessa Kiina luovutti Taiwanin Japanille. Kodamasta tuli Taiwanin kenraalikuvernööri ja hän pyysi Gotōn siviiliasioiden johtajakseen.