Anja Pärson change de skis à l'intersaison, abandonnant les Salomon pour les Head, et déclare vouloir . Après un début de saison correct, éclipsé toutefois par les performances de Lindsey Vonn et Maria Höfl-Riesch, elle signe sa première victoire de la saison 2009 lors du super-combiné de Saint-Moritz qu'elle considère . Mais elle ne parvient pas à confirmer et, malgré quelques podiums, est rapidement distancée dans la course au globe de cristal. Elle remporte la quarantième victoire de sa carrière lors de la descente d'Altenmarkt mais reconnaît qu'elle n'a plus la même motivation : . En réalité, elle réalise une saison semblable à celle de 2007, où elle avait connu des mondiaux fastes au cœur d'un hiver décevant. Mais ce n'est plus le cas en 2009 : elle ne réussit à défendre aucun de ses trois titres et repart des championnats du monde sans médaille pour la première fois depuis dix ans. Elle arrive toutefois à relever la tête en Coupe du monde : même si elle ne retrouve pas son niveau de 2006, elle termine troisième du classement général et s'offre même le globe de cristal du combiné.