Depois da Queda de Constantinopla em mãos dos turcos otomanos em 1453 a mãos de , a igreja foi adicionado ao interior do palácio. Os janízaros usaram a igreja como arsenal e em ocasiões como armazém dos botas de guerra. Durante o reinado do sultão Amade III (1703-1730) se converteu em um museu de armas.