El 4 de julio de 2013, Aubameyang firmó un contrato con el Borussia Dortmund por cinco años. El 27 de julio hizo su debut competitivo frente al Bayern Múnich, sustituyendo a Błaszczykowski en la victoria del Borussia Dortmund por 4-2 en la Supercopa de Alemania, además, él dio la asistencia del último gol marcado por Marco Reus. El 10 de agosto de 2013 debutó en la 1. Bundesliga marcando un "hat-trick" ante el Augsburgo, incluyendo un gol en su primer disparo en la liga. En el proceso, se convirtió en el primer futbolista gabonés en jugar y marcar un gol en la Bundesliga.Aubameyang marcó su primer gol en la Liga de Campeones de la UEFA frente a Napoli el 26 de noviembre. Su primera temporada en el club alemán fue positiva ya que logró dieciséis tantos, trece de ellos en Bundesliga.