Zu Beginn des Dreißigjährigen Krieges wurde die Stadt Wodnian im Juni 1619 nach der Schlacht bei Sablat – zwischen den Dörfern Groß- und Klein Sablat bei Wodnian- zwischen den Söldnern der Feldherren Peter Ernst II. von Mansfeld und Charles Bonaventure de Longueval, Comte de Bucquoy um die Vormachtstellung in Südböhmen geplündert und verwüstet. 1623 erhielt sie Feldmarschall Don Baltasar von Marradas von Kaiser Ferdinand II. von Habsburg als Pfand und danach zu Eigentum. Der Neffe Don Francisco de Marradas Graf von Solent verkaufte diese 1661, zusammen mit dem Herrschaftssitz Frauenberg an der Moldau an Johann Adolf Reichsfürst zu Schwarzenberg. In den Jahren 1722, 1757 und 1782 vernichteten Stadtbrände große Teile von Vodňany, dadurch verlor die Stadt an Bedeutung. Durch die Toleranzpatente des österreichischen Kaisers Josef II. besserte sich nach dem Jahr 1782 die wirtschaftliche Lage der Stadt durch den Zuzug von Neubürgern. Beim Ausbau der Stadt wurden in der 1. Hälfte des 19. Jahrhunderts die Stadttore abgetragen.