Homeroksen "Iliaan" perusteella Ateenalla oli vain pieni osa Troijan sodassa, mikä osaltaan kertoo siitä, ettei Ateena kuulunut tuolla ajalla kaikkein merkittävimpiin kaupunkeihin. Ateenalaisen perinteen mukaan kaupunki vältti kaikkien muiden mykeneläisten keskusten kohtaaman doorilaisvalloituksen ja tuhoutumisen mykeneläisen ajan lopulla noin 1100 eaa. Siksi antiikin ajan ateenalaiset esittivät itsensä Attikan "autokhthoonisina" eli alkuperäisinä asukkaina. Mykeneläinen kulttuuri kuitenkin hävisi noin 1000-luvulla eaa. mahdollisesti siksi, ettei yksinäinen mykeneläinen keskus voinut säilyä muuttuneessa maailmassa. Kulttuurissa tapahtui erilaisia muutoksia muun muassa hautaustavoissa ja keramiikassa sekä raudan käyttöönoton kautta. Tuho ei kuitenkaan ollut yhtä voimakas kuin muualla. Ateenan jonkinasteinen säilyminen saattoi vaikuttaa siihen, että kaupunki nousi geometriselta kaudelta lähtien yhdeksi Kreikan merkittävimmistä.