Etter Molotov–Ribbentrop-pakten inntok Sovjetunionen den da polske byen Vilna (litauisk: Vilnius) i september 1939. Ved en avtale i oktober 1939 fikk Litauen overta Vilnius mot at Sovjetunionen fikk utplassere soldater i landet. I juni–august 1940 ble Litauen annektert av Sovjetunionen som antok at Molotov–Ribbentrop-paktens oppdeling av Øst-Europa var permanent. Mange jøder og enkelte etniske litauere ønsket sovjeterne velkommen. NKVD arresterte og deporterte personer 14. juni 1941, om lag halvparten var etniske litauere, resten var jøder og etnisk polske i likt antall. Deportasjonen var traumatisk for landet, og da tyske styrker krysset grensen en uke senere fikk jødene skylden for dette og andre tragedier landet hadde blitt utsatt for. Andre kilder oppgir at sovjetiske myndigheter deporterte til Sibir. Da de sovjetisk styrkene trakk seg tilbake etter den tyske invasjonen 22. juni drepte NKVD et stort antall fanger (kanskje flere tusen), til dels etter tortur blant annet i Rainiai nær Telšiai.