Le mois suivant, en octobre, le "Bonaventure" rentre à Halifax pour une période de repos. Cette dernière est brutalement interrompue par la Crise des missiles de Cuba qui met le monde au bord d'une guerre nucléaire. L'OTAN mobilise tous ses moyens pour faire tenir le blocus instauré par les Américains. Le Canada n'y échappe pas, le bâtiment appareille sans délai, prêt à toutes éventualités. De nombreux membres d'équipage s'étant rendus en Grande-Bretagne un destroyer va les récupérer et les ramener à bord. Le "Bonaventure" participe, en compagnie d'autres porte-avions alliés, au blocus de Cuba, les porte-avions étant chacun espacés de 150 milles. À la fin du mois la situation, jusque-là extrêmement tendue se détend et le bâtiment rentre à Halifax pour entretien, après cette longue période en mer.