El 18 de octubre, Iniesta fue incluido en una lista de 30 candidatos para el prestigioso Balón de Oro, dado el mejor jugador del año en Europa, junto con sus compañeros de equipo Xavi, Lionel Messi, Thierry Henry, Yaya Touré, Zlatan Ibrahimović y su excompañero Samuel Eto'o. Andrés fue uno de los cinco nominados para el Jugador Mundial del Año, junto sus compañeros de equipo Lionel Messi y Xavi Hernández. Orgulloso de la nominación, comentó que "los aficionados del equipo que siempre han estado ahí para apoyar nuestro compañeros de equipo también merecen ser reconocidos". La ceremonia se celebró en Zúrich y su compañero de equipo Lionel Messi se llevó el premio. Iniesta colocó quinto con 134 votos. Marcó su primer gol en la temporada ante el Racing de Santander en la victoria por 4-0. La temporada 2009-10 de Iniesta fue interrumpida en gran parte por las lesiones recurrentes. Se perdió el entrenamiento físico de pretemporada debido a la rotura del aductor sufrida en la final de la Liga de Campeones 2009, y esto significaba que a pesar de que jugó en casi tantos partidos como la temporada anterior, lo hizo todo como un sustituto, a partir de tan sólo 20 juegos completos. Sin embargo, el Barcelona ganó el título de Liga, nuevamente, asegurando un registro de 99 puntos. Su temporada llegó a su fin después de que se resintió de una lesión en la pantorrilla anterior durante el entrenamiento.