את הופעת הבכורה שלו במדי נבחרת גרמניה, ערך שניידר במסגרת גביע הקונפדרציות 1999 בניצחון 2-0 על נבחרת ניו זילנד. בהמשך הטורניר שיחק שניידר גם בהפסד 2-0 לנבחרת ארצות הברית, והיה שותף להדחתה של גרמניה כבר בשלב הבתים. שניידר מיצב את עצמו באותו זמן כשחקן הרכב קבוע בנבחרת גרמניה וערך שלוש הופעות במוקדמות יורו 2000, אך החמיץ את יורו 2000 עצמו. במוקדמות מונדיאל 2002 שניידר לא שיחק כלל ולמעשה לא לבש את המדים הלאומיים למשך שנתיים, אך חזר לשחק בנבחרת בצמד משחקי פלייאוף העלייה למונדיאל 2002 נגד נבחרת אוקראינה, אותם עברה גרמניה בהצלחה. שניידר זומן לסגל הגרמני למונדיאל 2002, והיה שותף להעפלה הגרמנית לגמר, כשהוא פותח בהרכב בכל שבעת המשחקים. את שערו הראשון במדים הלאומיים הבקיע שניידר במחזור הראשון בשלב הבתים של מונדיאל 2002, בניצחון 8-0 על נבחרת ערב הסעודית. שניידר שיחק בגמר מונדיאל 2002 במשך 90 דקות, אך נבחרתו לא יכלה לנבחרת ברזיל והפסידה בתוצאה 2-0, וברזיל זכתה במונדיאל.