По возвращении, в октябре 1860 года, он был назначен исполняющим должность младшего профессора Горыгорецкого земледельческого института; преподавал полеводство и луговодство; кроме этого, вёл занятия по политической экономии. Желая сделать преподавание более плодотворным и вместе с тем внести живую инициативу в среду учащихся, Стебут организовал так называемые «семинарии», на которых читались, обсуждались и критиковались студенческие сочинения. Много сделал также за время пребывания в институте и для пополнения и обогащения сельскохозяйственного музея различными коллекциями, выбранными и приобретёнными в 1862 году на Всемирной выставке в Лондоне.