Im Jahr 1060 gründeten sechs Kanoniker des Augustinerordens hier eine Kirche, doch bereits 19 Jahre später wurden sie durch Benediktiner-Mönche der Abtei Saint-Évroult ersetzt. Der sich um das Kloster entwickelnde Ort erhielt im Jahre 1203 durch Herzog Johann Ohneland Gemeinderechte. Nach der Schlacht von Azincourt (1415), einem der wichtigsten Ereignisse des Hundertjährigen Krieges, wurde der Ort von den Engländern besetzt; die Burgunder setzten ihn 1472 in Brand. König Heinrich IV. hielt sich mehrmals in der Stadt auf. Während der Französischen Revolution war Auffay einige Jahre lang (1790–1801) Kantonshauptstadt. In der Nacht vom 10. auf den 11. Juni 1940 wurde der Ort von deutschen Brandbomben schwer getroffen; später befand sich in der Nähe eine Abschussrampe für V1-Raketen.