У 1990 році в Косові було введено надзвичайний стан. Проте, сепаратистські прагнення серед албанців зростали. 22 вересня 1991 року було проголошено створення незалежної республіки Косово, а потім проведені несанкціоновані (серед албанської громади) референдум про незалежність і президентські вибори (23 травня 1992 року одночасно з парламентськими виборами), на яких президентом був обраний Ібрагім Ругова. 22 жовтня 1991 року незалежність Республіки Косово визнала Албанія. Почалося створення збройних формувань сепаратистів, які в 1996 році були об'єднані в Армію визволення Косова. У краї розгорнулася партизансько-терористична війна, жертвами якої стали сотні мирних жителів, чиновників і військових Югославії. Спочатку боротьбу з сепаратистами вели лише міліцейські підрозділи, але в 1998 році у військові дії вступила югославська армія. Війна супроводжувалася масовими репресіями, вбивствами мирних жителів і етнічними чистками з обох сторін конфлікту. Членами АОК були зруйновані багато пам'ятників православної культури, вигнано або знищено кілька десятків тисяч сербів. У 1999 році в військові дії втрутилося НАТО: масованим бомбардуванням були піддані югославські міста і військові об'єкти. Тисячі жителів Косова були вбиті, близько півмільйона, в основному албанців, залишилося без даху над головою. В результаті сербський уряд був змушений погодитися на введення в Косово військового контингенту НАТО KFOR і перехід краю під управління ООН, що і було здійснено на підставі резолюції РБ ООН № 1244 від 10 червня 1999 року.