É uma importante indicação das intenções de Basílio para com sua nova igreja que ele a proveu com suas próprias terras e com uma administração autónoma, nos mesmos moldes de Santa Sofia. Durante o seu reinado e no de seu sucessor, a Igreja Nova teve um importante papel nas cerimonias palacianas e, pelo menos até ao reinado de Constantino VII Porfirogênito , o aniversário de sua consagração era uma importante festa dinástica. Em algum ponto do ela foi convertida num mosteiro e passou a ser conhecida como "Novo Mosteiro" (). O imperador Isaac II Ângelo (c. 1185-1195; 1203-1204) retirou muito de sua decoração, móveis e vasos litúrgicos e utilizou-os para restaurar a Igreja de São Miguel em Anáplo. O edifício continuou a ser utilizados pelos latinos e sobreviveu ao período paleólogo até a conquista otomana da cidade. Os conquistadores, porém, utilizaram a igreja como depósito de pólvora e, assim, em 1490, quando o edifício foi atingido por um raio, foi destruído e, em seguida, demolido. Por isso, as únicas fontes de informação que temos sobre o edifício são literárias, especialmente a obra do "Vida de Basílio", e algumas representações muito primitivas em mapas.