Der geschlossene Friedensvertrag machte den Sachsen die Schweden erneut zum Feind. Diese begannen in der Folge mit Angriffen auf das Kurfürstentum. In der zweiten Schlacht von Breitenfeld 1642 wurde das kaiserlich-sächsische Heer vernichtend geschlagen und das Kurfürstentum von den Schweden besetzt. Erst durch den Waffenstillstand von Kötzschenbroda im Jahre 1645 wurden die Feindseligkeiten zwischen Schweden und Sachsen beigelegt. Sachsen gehörte zu den Gewinnern des Dreißigjährigen Krieges, was den territorialen Zugewinn betraf. Im Reichstag erhielt Sachsen den Vorsitz im Corpus Evangelicorum zugesprochen, war also fortan die protestantische Führungsmacht im Reich. Ab 1648 durften die Territorialherren unbeschränkt ein stehendes Heer in eigenständiger Organisation richten. Nachdem im Jahre 1650 die letzten schwedischen Besatzungstruppen Sachsen verlassen hatten, verkleinerte Johann Georg seine Armee. 1651 wurde die sächsische Feldarmee aufgelöst. Nur 121 Reiter, 143 Mann Artillerie und 1452 Infanteristen blieben in den Diensten des Kurfürsten.