ジョンソンは1864年にの副大統領候補に指名された。リンカーンと共に1864年11月に選挙に勝利し、1865年3月4日に副大統領に就任した。1865年4月15日にリンカーンが暗殺されると大統領職に就く。リンカーン大統領の暗殺に続いてジョンソンは南北戦争後の4年間、合衆国のレコンストラクションを統括。ホワイトサウスを支持するジョンソンを共和党のタデウス・スティーブンスら急進派共和党が厳しく政治攻撃し弾劾訴追したが無罪判決が下っている。