В 1774 году в Массачусетсе начали формироваться части ополчения, и Прескотт был назначен полковником Пеппереллской роты. Вечером 18 апреля 1775 года в окрестностях Бостона была поднята тревога - стало известно, что британские войска готовят рейд на Конкорд. Ночью Пол Ривер прибыл в Лексингтон и оттуда разослал гонцов по прилегающим городам. Новости достигли Пепперелла около 10 часов утра 19 апреля. Прескотт немедленно предупредил роты Пепперелла, Холлиса и Гротона, и эти роты направились к Конкорду. Они прибыли поздно, и не успели принять участия в Сражениях при Лексингтоне и Конкорде. Прескотт повёл их к Бостону, где они присоединились к осаде города. Рота Прескотта встала в Роксбери, перекрывая выход с Бостонского перешейка.