Bei den Kongresswahlen des Jahres 2000 wurde Honda im 15. Wahlbezirk von Kalifornien in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, wo er am 3. Januar 2001 sein neues Mandat antrat. Nach sieben Wiederwahlen konnte er sein Mandat im Kongress bis zum 3. Januar 2017 ausüben. Seit dem 3. Januar 2013 vertrat er dort den siebzehnten Wahlbezirk seines Staates. In seine Zeit als Kongressabgeordneter fielen die Terroranschläge am 11. September 2001, der Irakkrieg und der Militäreinsatz in Afghanistan. Honda war Mitglied im Bewilligungsausschuss und im Haushaltsausschuss sowie in zwei Unterausschüssen. Im Jahr 2015 kamen Gerüchte um finanzielle Unregelmäßigkeiten im Umgang mit Wahlkampfgeldern auf. Eine Untersuchung wurde eingeleitet bisher aber nicht abgeschlossen. Im November 2016 wurde Honda nicht wieder gewählt.