Последний раз Меланхтон и Кальвин виделись на рейхстаге в Регенсбурге, после чего их общение продолжилось в переписке. По мере того, как у реформаторов прибавлялись обязанности и заботы, эта переписка становилась менее регулярной, оставаясь при этом весьма тёплой. В этой переписке Кальвин называл Меланхтона «друг» и «муж достославных свершений», Меланхтон, в свою очередь, выражал восхищение добротой друга. В этой переписке друзья часто обсуждали богословские вопросы. Так, к примеру, Меланхтон придерживался иного взгляда на предопределение, чем Кальвин, и некоторое время они пытались переубедить друг друга. После поражения Шмальканденской лиги, когда Меланхтон был вынужден принять лейпцигский интерим, Кальвин также выражал недовольство своим другом. Несмотря на это, переписка продолжилась в прежнем дружеском тоне, при это Кальвин признавался, что имел опасения, что его прежнее письмо может повредить привязанности Меланхтона. Сам же Меланхтон одобрил казнь Сервета, которая произошла в Женеве в 1554 году.