לה פאייט חרד לפניה של המהפכה והתנגד לאופי האלים והברוטלי שלבשה. לאחר הפיכת ה-10 באוגוסט 1792 שהפילה את האספה המחוקקת, ניסה בעצמו לבצע הפיכה צבאית ב-17 באוגוסט 1792 בכוונה להשיב את המונרכיה, ובתנאי שתהיה חוקתית ומוגבלת בכוחה, כמו באנגליה. ואולם, כיוון שחייליו סירבו לפקודה שנראתה להם כבגידה, הוכרז לה פאייט ב-19 באוגוסט 1792 כבוגד, ונאלץ להימלט לעיר הנייטרלית לייז', על ידי עריקתו אל האוסטרים. חרף לחץ אמריקני ולמרות הפצרות רעייתו, הוא נאסר למשך 5 שנים על היותו אחד מקברניטי המהפכה בצרפת, ונכלא תחילה בפרוסיה ובהמשך באוסטריה. נפוליאון, שלא אהד אותו במיוחד, הורה לשחררו ב-1797, אך רק ב-1799 הוא הורשה לחזור לצרפת, שם חבר למתנגדי נפוליאון.