W reprezentacji Senegalu N’Diaye zadebiutował w 1998 roku. W 2002 roku został powołany przez selekcjonera Bruno Metsu do kadry na Puchar Narodów Afryki 2002 (wystąpił w 3 spotkaniach), a następnie na Mistrzostwa Świata 2002. Na tym drugim wystąpił we wszystkich trzech meczach grupowych: wygranym 1:0 z Francją, zremisowanym 1:1 z Danią oraz zremisowanym 3:3 z Urugwajem. Następnie wraz z rodakami wyeliminował w 1/8 finału Szwecję (2:1 po dogrywce), ale nie zagrał ani w tym spotkaniu, ani w ćwierćfinale z Turcją (0:1).