Al XVI Congresso di Rimini del 1990, coalizzandosi con la componente di Domenico Mennitti, Rauti vinse su Fini nello scontro per la segreteria. A questo punto Rauti, più intellettuale che politico, non riuscì ad arrestare l'emorragia di voti dopo la morte di Almirante. Inoltre un infortunio all'anca gli impedì di svolgere a tempo pieno le mansioni di segretario, dovendo delegare Mennitti. Nel 1991 inoltre scoppiò la Guerra del Golfo, che vide contrapposta una coalizione internazionale all'Iraq di Saddam Hussein e stranamente la sua segreteria, momentaneamente retta da Mennitti, si schierò con gli americani, provocando una spaccatura nella sua stessa corrente.