In 2001 won ze het Japanse bedrijvenkampioenschap. Na een serie van overwinningen kreeg Mizuki Noguchi de bijnaam "Koningin van de halve marathons". In maart 2002 maakte ze in Nagoya haar marathondebuut, een wedstrijd die ze gelijk won. In 2003 werd ze op de wereldkampioenschappen in Parijs tweede op de marathon achter de Keniaaanse Catherine Ndereba. Dit jaar won ze ook de marathon van Osaka.