Sentindo-se chamado à vida religiosa, em 1845 Houben foi admitido no noviciado dos Passionistas, recém-chegados à Bélgica, na aldeia de Ere, perto de Tournai. Emitiu os votos religiosos no ano seguinte e recebeu o hábito religioso e o nome religioso de Carlos de Santo André. Seu pai morreu em 1850, pouco antes da ordenação de Charles como padre. A família era tão pobre que não puderam comparecer à ordenação por causa das despesas do funeral. Mesmo dias felizes eram dias solitários. Ele foi enviado para servir na Inglaterra em 1852. Ele fez ministério paroquial na Paróquia de St. Wilfred e áreas vizinhas. Servindo lá, Carlos teve o primeiro contato com os irlandeses que estavam se mudando para a Inglaterra após a fome devastadora que estava acontecendo lá.