Следующим международным турниром для игрока оказался чемпионат Европы 2000 года, он снова отметился тремя мячами и стал лучшим бомбардиром команды, причём одним из голов сравнял счёт в полуфинальном матче с Португалией. Франция перевела игру в овертайм и выиграла после точного исполнения пенальти Зинедином Зиданом. Победа в финальном матче над Италией так же была одержана в дополнительное время — вместе с главной сборной страны по футболу Анри получил вторую медаль золотого достоинства. В ходе турнира футболист трижды назывался игроком матча, в том числе и в последней игре с итальянцами.