Практычна ўся тэрыторыя з’яўляецца часткай так званага «Ціхаакіянскага вогненнага кальца», што абумоўлівае высокую ступень тэктанічнай актыўнасці. У розных раёнах краіны перыядычна адбываюцца землятрусы, часцяком вельмі моцныя. Самым разбуральным за гістарычны перыяд было землетрасенне, якое адбылося 26 снежня 2004 года ля заходняга ўзбярэжжа Суматры, калі ў выніку падземных штуршкоў і, галоўным чынам, выкліканых імі цунамі на розных астравах Інданезіі загінула, па розных ацэнках, ад 130 да 170 тысяч чалавек. Акрамя таго, на тэрыторыі краіны знаходзіцца каля 150 дзеючых вулканаў, найбольш буйнымі з якіх з’яўляюцца Мерапі, Брома, , (востраў Ява), Кракатаў (Зондскі праліў), Тамбора (востраў Сумбава). Наймацнейшае вывяржэнне за гістарычны перыяд развіцця Інданезіі — і адно з наймагутнейшых у сусветнай гісторыі наогул — зрабіў у 1883 годзе Кракатаў: у выніку вывяржэння і выкліканага ім цунамі на Яве, Суматры і невялікіх астравах Яванскага мора загінула не менш як 36 тысяч чалавек, было разбурана амаль 300 населеных пунктаў.