Den 25 januari 1971 störtades Milton Obotes diktatur genom en militärkupp som leddes av befälhavaren Idi Amin. Amin utropade sig själv till president och upplöste parlamentet. Amins åtta år som diktator ledde Uganda till ekonomisk kris, social misär och grova brott mot de mänskliga rättigheterna. Särskilt de etniska grupperna acholi och langhi drabbades hårt eftersom dessa hade varit förbundna med Milton Obotes regim. Amin lät också utvisa 50 000 medborgare av indiskt ursprung och beslagtog deras egendom. Detta gjordes för att Obote och hans regering hade tillåtit indier att komma in i landet och Amin hävdade därmed att de var i maskopi med Obote. Amin uttalade även att han skulle se till att britternas välde krympte över hela Afrika, vilket väckte britternas motstånd mot honom. I oktober 1978 slog Tanzanias armé tillbaka ett anfall från Uganda. Med hjälp av inhemsk motståndsrörelse, "Uganda National Liberation Army", kunde till slut huvudstaden Kampala intas den 11 april 1979. Amins regim störtades och han själv lämnade landet. Idi Amins diktatoriska regim mellan 1971 och 1979 var ansvarig för 300 000 motståndares död och för utvisandet av alla med indisk bakgrund och konfiskeringen av deras egendom.