일본 U-20 축구 국가대표팀은 일본을 대표하는 20세 이하 축구 국가대표팀이다. FIFA U-20 월드컵 본선에는 10번 출전하여 이 가운데 1999년 대회에서 준우승의 성적을 거두었고 AFC U-19 축구 선수권 대회 본선에는 40번 출전하여 1번의 우승과 6번의 준우승을 기록하는 성과를 올렸다. 그러나 2009년 FIFA U-20 월드컵부터 2013년 FIFA U-20 월드컵에 이르기까지 3개 대회 연속으로 번번이 라이벌인 대한민국의 벽에 막혀 예선 탈락하는 수모를 겪기도 했다. 2015년 FIFA U-20 월드컵에선 간신히 라이벌인 대한민국을 이기는데 성공했으나 또 예선 탈락의 고배를 마셨고 대한민국이 개최국으로 빠진 2017년 FIFA U-20 월드컵 때 다시 본선에 진출하여 2개 대회 연속으로 16강 진출에 성공했다.