Era el hijo de Ferdinand August Leopold, 3º Príncipe de Lobkowicz y Duque de Sagan (1655-1715) y de su segunda esposa, Marie Anna Wilhelmine von Baden-Baden y Hochberg. En su edad adulta luchó a las órdenes del Príncipe Eugenio de Saboya contra los franceses en la Guerra de Sucesión Española y después contra los turcos durante la Guerra austro-turca de 1716-1718. Sucedió a Piccolomini tras su muerte en Prishtina, Kosovo, pero Johann aumentó los impuestos y fracasó en mantener buenas relaciones así que las fuerzas albanesas y serbias se unieron a los otomanos.