Budapest ostroma nagy veszélybe sodorta a templomot, a közelben működött a Mezőgazdasági, Fegyver és Gyutacsgyár, ami 1944. szeptember 14-én éjjel porig égett, valamint lángra kapott egy szomszédos fatelep is. A folyamatos bombázás alatt az óvóhellyé alakított alagsorban tartották az istentiszteleteket; a templomudvaron ágyúkat és aknavetőket állítottak fel a magyar, német, majd a szovjet Vörös Hadsereg alakulatai, az alagsorba katonákkal katonákat szállásoltak el.