Quando la sconfitta della Germania apparve inevitabile, venne costituito un nuovo governo formato dal principe Maximilian di Baden, che incaricò Ebert e altri membri del Partito Socialista Democratico di far parte del ministero nell'ottobre del 1918. Nominato cancelliere il 9 novembre dello stesso anno, proclamò la Repubblica assieme a Philipp Scheidemann e chiamò quest’ultimo alla presidenza del consiglio. Contrastò nel gennaio del 1919 l'insurrezione dello spartachismo, che fu sconfitta grazie all'azione congiunta di Scheidemann e Gustav Noske, con il concorso dei Freikorps.