Nel 1431 Traversari divenne generale dell'ordine e gli fu affidata la guida della congregazione per il diritto canonico. In tale ruolo fu strenuo avvocato del papato, in specie quando partecipò al Concilio di Basilea come legato di papa Eugenio IV. Tale fu la sua ostilità ad alcuni delegati conciliari e alla secolarizzazione del clero che essi rappresentavano, che Traversari giunse a descrivere Basilea come una moderna Babilonia. Egli sostenne il Papa pure a Ferrara, insieme con altri prelati, tra cui spicca il vescovo di Forlì, Luigi Pirano. Al Concilio, la sua principale preoccupazione fu la riconciliazione fra ortodossi e cattolici. Egli redasse insieme a Basilio Bessarione il decreto detto di Firenze e Ferrara che avrebbe dovuto porre fine allo scisma fra le due chiese risalente al 1054. Tale riavvicinamento era peraltro favorito dalla minaccia turca (gli ottomani avevano ormai in mano buona parte dei Balcani) che si sarebbe concretizzata ulteriormente nel 1453 con la caduta di Costantinopoli.