Heydrich zemřel 4. června 1942 na následky atentátu, který provedli 27. května 1942 příslušníci československé armády ve Velké Británii Jozef Gabčík a Jan Kubiš. Již v den atentátu bylo opět vyhlášeno stanné právo (trvalo až do 3. července 1942). Jako odvetu za atentát na Heydricha okupační správa nechala popravit několik tisíc obyvatel protektorátu, kteří se podle ní na útoku mohli podílet, nebo pomáhali odboji či jen atentát schvalovali (zhruba 540 z nich). Hned ten den gestapo s příslušníky SS prohledávali byty po celé Praze a hledali atentátníky, či stopy, které by je k nim mohly dovést. Byla srovnána se zemí obec Lidice s 503 obyvateli (bylo podezření, že někteří z obyvatel Lidic tehdy atentátníkům pomáhali), obyvatelstvo bylo popraveno, nebo odvlečeno do koncentračních táborů, část malých dětí byla určena k poněmčení. Po válce se vrátilo z koncentračních táborů jen 143 lidických žen a po usilovném pátrání z Německa 17 dětí.