Возникали конфликты и между запорожскими казаками и центральным правительством, осваивающим земли Новороссийской губернии. Запорожцы неоднократно громили поместья малороссийской шляхты, Новосербию, Славяносербию и земли Великого Войска Донского из-за земельных споров. Кроме того, Екатерина II, памятуя о поддержке запорожцами Кости Гордиенко восстания Мазепы, участии ссыльных запорожцев в восстании Пугачёва, манифестах Пугачёва о восстановлении всех прав и вольностей Войска Запорожского Низового и Речи Посполитой и узнав из показаний пленённого Пугачёва о его плане уйти в Запорожскую Сечь, приказала ликвидировать Сечь и расформировать Войско Запорожское Низовое, что и было исполнено. Позднее были окончательно упразднены институты гетманской власти. После подавления восстания Пугачёва, в том же 1775 году, в целях полного забвения случившейся смуты Яицкое казачье войско было переименовано в Уральское и лишено остатков автономии. Волжское казачье войско, как и Запорожское войско, было расформировано. Такие действия власти позволяют говорить о том, что регулярная расправа над казаками была политикой государства. Привлекая казаков для достижения своих целей, правительство вводило наказания, как только геополитическое положение существенно изменялось. Помимо этого происходило так называемое естественно-историческое расказачивание, связанное с окрестьяниванием казаков, которое начиналось, когда непосредственная военная угроза ликвидировалась.