Още преди да се върне в Пиемонт, Емануил Филиберт изпраща постоянна делегация в Република Венеция, с която Савоя са прекъснали отношенията си в края на 15 век заради претенциите им към Кралство Кипър. Тогава Република Венеция установява редовно посолство в Пиемонт и по времето на Емануил Филиберт в Торино се сменят цели седем посланика, оставяйки богато описание на страната, на управлението и на личността на самия него. Вниманието на херцога към Венеция е постоянно и той посещава града през 1566 и 1574 г., ставайки венециански патриций, а Република Венеция е кръстница на сина му принц Карл Емануил през 1567 г. По случай Свещената лига, довела до победата при Лепанто през 1571 г., три савойски галери участват в кампанията в рамките на венецианския флот.