Під час Боснійської війни Бугойно спочатку зазнало нападу сербських військ, підсилених підрозділами ЮНА, включно з авіацією, від чого місто спільно боронили дві найбільші міські етнічні громади — босняки і хорвати, а потім, у наступному році, стало ареною тривалих, важких боїв між колишніми союзниками: АРБіГ і ХРО. 28 липня 1993 боснійська армія зайняла місто, у бою полягло 90 членів ХРО, щонайменше 80 цивільних осіб, з боку хорватів було принаймні 40 військовополонених, близько 350 хорватів закінчили життя в таборах. Почалася масова втеча близько 13 000 мирних жителів хорватської національності і лише близько тисячі залишилось. До червня 2000 року в Бугойно повернулося приблизно 5 000 хорватів і ще 12 500 записалися на повернення.