Jaysh Rijal al-Tariqa al-Naqshbandia on saanut nimensä 1300-luvulla syntyneestä naqshbandi-suufilaisuudesta. Suufilaisuudella on ollut maine rauhallisena ja politiikkaan sotkeutumattomana islamin suuntauksena ja tästä syystä sitä suvaittiin Irakissa Saddam Husseinin valtakaudella. 1970-1980-luvulla liikkeen yhdeksi suojelijoista nousi Irakin armeijan sotilaskomentaja Izzat Ibrahim al-Duri, joka loi yhteydet naqshbandi-liikkeen ja Irakin hallitsevan Baath-puolueen välille Irakin–Iranin sodan aikana. JRTN perustettiin virallisesti vuonna 2006 Baath-puolueen sisäisen hajaantumisen seurauksena sen jälkeen, kun Saddam Hussein teloitettiin. Järjestö toimi naqshbandi-liikkeen seuraajien suojelijana ääriliikkeitä kuten Irakin al-Qaidaa vastaan. Järjestö myös hylkäsi Irakin al-Qaidan tavan taistella Irakia miehittäneitä koalition joukkoja vastaan katsoen sen johtaneen liian monen irakilaisen kuolemaan. JRTN ryhtyikin taistelemaan koalition joukkoja vastaan itsenäisesti. Koalition joukkojen vetäytyessä vuonna 2011 järjestö vaihtoi pääkohteeksensa Nuri al-Malikin johtaman Irakin hallituksen. Isis-järjestön ottaessa haltuunsa Pohjois-Irakin monet JRTN:n jäsenistä auttoivat sitä suorittamaan haltuunottonsa käyttämällä omaa sotilasasiantuntemustaan ja paikallisia yhteyksiä. Järjestö ei kuitenkaan tue Isisin ajamaa islamilaista kalifaattimallia. Huhtikuussa 2015 Irakin viranomaiset uutisoivat järjestön johtaja al-Durin kuolleen taisteluissa Bagdadin pohjoispuolella. Al-Durin tukijat kiistivät uutisen.