Myöhempinä aikoina Makrónisos on toiminut usein vankisaarena. Ensimmäisen ja toisen Balkanin sodan aikaan vuosina 1912–1913 sinne sijoitettiin turkkilaisia sotavankeja. Kreikan sisällissodan alusta vuodesta 1946 aina Kreikan sotilasjuntan kaatumiseen vuonna 1973 saakka saari toimi vankipaikkana kommunisteille ja muille poliittisille vangeille. Vankeja kidutettiin, ja monet kuolivat siellä. Saaren tunnettuihin vankeihin lukeutuvat muun muassa säveltäjä Míkis Theodorákis, runoilija Giánnis Rítsos ja elokuvaohjaaja Pantelís Voúlgaris. Sittemmin saari on toiminut tapahtumien muistopaikkana.