Déguisé en civil, Wagner réussit à échapper à l'avance des Alliés le 23 novembre 1944, lorsque les éléments de la blindée française entrèrent dans Strasbourg, en se réfugiant précipitamment de l'autre côté du Rhin. Jusqu'au bout, il essaya de leur opposer une résistance militaire. Il établit d'abord à Baden-Baden un poste de commandement et, pendant l'offensive allemande des Ardennes, revint même encore une fois en Alsace. Comme "Reichsverteidigungskommissar" (commissaire de défense du Reich pour le secteur de défense Bade et Alsace) il mobilisa jusqu'à la fin de la guerre 22 bataillons du Volkssturm et fit distribuer des tracts qui appelaient à des actes de sabotage dans les régions déjà occupées par les Alliés. Il menaça de la peine de mort tous les dirigeants du « Mouvement », s'ils tentaient de s'enfuir. Le , il menaçait encore de faire passer en cour martiale tous les « éléments criminels », s'ils « arboraient des drapeaux blancs à l'approche de l'ennemi ». Il ordonna aux villes de Bade de suivre le principe de la terre brulée et de détruire leurs infrastructures pour empêcher l'avance des Alliés, donnant l’ordre de résister « jusqu’au dernier couteau de cuisine » (« Widerstand bis zum letzten Küchenmesser »).