Po ataku III Rzeszy na ZSRR i zajęciu Lwowa przez Wehrmacht napisał list powitalny, w którym dziękował za wyzwolenie spod bolszewickiego jarzma. Poparł wraz z biskupem Hryhoryjem Chomyszynem ogłoszony 30 czerwca 1941 akt niepodległości Ukrainy, opublikował potępienie „nieludzkiego i niehumanitarnego... ateistycznego Związku Radzieckiego”. W czasie okupacji niemieckiej, podobnie jak uprzednio – do czerwca 1941 – w czasie okupacji sowieckiej – wobec braku prymasa Polski i nuncjusza apostolskiego, metropolita Szeptycki, prowadził samodzielną politykę wobec władz okupacyjnych, kontaktując się także bezpośrednio z episkopatem Niemiec. Dzięki temu w dystrykcie Galicja Ukraińcy byli relatywnie uprzywilejowani; istniały np. greckokatolickie seminaria duchowne i Akademia Teologiczna (podczas gdy polskie były w tym czasie zamknięte). 22 lipca 1941 w imieniu swoim i narodu ukraińskiego skierował do Hitlera własnoręcznie podpisaną deklarację chęci uczestnictwa w budowaniu „nowego porządku w Europie”. Po zdobyciu przez Wehrmacht Kijowa wysłał do Hitlera list z gratulacjami.