Biafran sodassa everstiksi ylennyt Obasanjo nimitettiin toukokuussa 1969 divisioonan komentajaksi. Tammikuussa 1970 hän tapasi Biafran johtajaksi nousseen Philip Effiongin ja neuvotteli tämän kanssa Biafran antautumissopimuksen lähes kokonaisuudessaan. Hän pyrki myös parhaansa mukaan estämään Biafran igbojen ahdistelun komentamiensa joukkojen taholta määräämällä raiskaajat ammuttaviksi ja ryöstelijät ruoskittaviksi.