I samband med Napoleonkrigen ritades Europas karta om. Som ett resultat av franska påtryckningar upplöstes Republiken Venedig år 1797. Freden i Campo Formio samma år innebar att Österrike erhöll de tidigare venetianska områdena i det kroatiska kustlandet, Istrien och Dalmatien. Den österrikiska administrationen av Trogir blev dock kortvarig. Efter slaget vid Austerlitz och den efterföljande freden i Pressburg år 1805 tvingades Österrike avträda besittningarna längs den östra adriatiska kusten till Frankrike. Trots upprepade försök misslyckades Österrike att återta områdena. År 1809 skapade fransmännen de illyriska provinserna som bestod av bland annat Istrien, Dalmatien och den av fransmännen upplösta Republiken Ragusa. Som en stad i Dalmatien ingick även Trogir i den nya franska provinsen. Det franska styret varade mindre än ett decennium men lämnade bestående avtryck i regionen. Den franska administrationen införde bland annat en modern administration och jämställdhet inför lagen samt anlade vägar och öppnade nya skolor. I Trogir är Marmonts gloriette (ett lusthus i Gamla stan uppfört till den franske marskalken Auguste de Marmonts ära) ett av få bestående minnesmärken i Kroatien från den franska perioden. I slaget vid Leipzig år 1813 betvingades Napoleons styrkor av de allierade vilket innebar att österrikarna återigen kunde ta kontroll över området. Det österrikiska herraväldet över de illyriska provinserna (och därmed Trogir) bekräftades på Wienkongressen år 1815. Trogir ingick därefter i den österrikiska och sedermera österrikisk-ungerska provinsen Kungariket Dalmatien som efter den österrikisk-ungerska kompromissen år 1867 knöts till den österrikiska rikshalvan. Den österrikiska styret varade till första världskrigets slut och Österrike-Ungerns upplösning år 1918.