La stagione 2000-2001 fu l'ultima che vide Kjus ai vertici della Coppa del Mondo, con il terzo posto nella classifica generale (però con oltre settecento punti di distacco dal vincitore, l'austriaco Hermann Maier), il primo in quella della combinata e sei podi complessivi, con una vittoria (ancora nella combinata dell'Hahnenkamm). Ai Mondiali di Sankt Anton 2001 fu 4º nel supergigante e 7º nello slalom gigante.