Vuosina 1929–1935 Slánský toimi maan alla laittomassa kommunistisessa puolueessa. Vuonna 1935 Slánský ja Gottwald valittiin kansalliskokoukseen. Slánskýn, joka oli juutalainen, täytyi paeta Neuvostoliittoon saksalaisten miehitettyä Sudeettialueet lokakuussa 1938. Neuvostoliitossa Slánský toimi Radio Moskovassa Tšekkoslovakiaan lähetettyjen radio-ohjelmien toimittamisessa. Slánský organisoi Tšekkoslovakian armeijan yksiköt, joiden kanssa hän palasi Tšekkoslovakiaan 1944 osallistuakseen Slovakian kansannousuun.