בשנת 614 כבשו הפרסים את ירושלים והרסו את המקום. לאחר גירוש הפרסים בידי הביזנטים הקימו הנוצרים במתחם ההרוס קפלת תפילה קטנה, סמוך לאטריום (החצר הקדמית) המקורי, ששימשה מצורעים מקומיים.