Walter Stahlecker föddes i en välbärgad familj som son till Eugen Stahlecker (född 1867), protestantisk präst och skoldirektör, och dennes hustru Anna Zaiser (1872–1932). Från 1905 var fadern rektor för Tübinger Mädchenrealschule. Hösten 1918 inkallades Stahlecker till militärtjänst, men han hann inte delta i några strider i första världskriget, innan vapenstilleståndet undertecknades den 11 november samma år. År 1920 avlade Stahlecker studentexamen i Tübingen. Mellan 1920 och 1924 studerade han rättsvetenskap vid Tübingens universitet och efter högre studier promoverades han 1927.