En 2009 et 2010, CJ Stander est sélectionné avec l'équipe d'Afrique du Sud des moins de 20 ans. Pour le championnat du monde junior 2010, CJ Stander est nommé capitaine de l'équipe avec laquelle il terminera sur la troisième marche du podium. En juin 2012, il est appelé dans un groupe élargi avec les "Springboks", mais n'est finalement pas retenu pour les tests matches.