В 2013 году в составе молодёжной сборной Мексики Хонатан стал чемпионом КОНКАКАФ среди молодёжных команд. На турнире он сыграл в матчах против молодёжных команд Кюрасао, США и Сальвадора. В том же году Эсперикуэта участвовал в Турнире в Тулоне. Летом 2013 года он поехал с молодёжной командой на чемпионат мира в Турцию. На турнире он сыграл в матчах против команд Греции, Парагвая, Мали и Испании.