Dua tahun setelah diresmikan, Masjid Nurul Iman kembali mengalami kerusakan akibat gempa bumi yang melanda Sumatra Barat pada 30 September 2009. Masjid ini merupakan satu dari 608 unit tempat ibadah di Sumatra Barat yang mengalami kerusakan. Kerusakan meliputi runtuhnya sebagian plafon di lantai satu dan keretakan pada dinding.