1204年，斯图狄奥斯修道院被十字军摧毁，直到1290年才完全修复。当时修道院内约有700名修士。修道院的主要部分在1453年君士坦丁堡的陷落时被毁，修道院唯一幸存的部分是建于5世纪的巴西利卡式样的圣约安教堂，也许是伊斯坦布尔最古老的教堂，被改为伊姆拉赫尔清真寺（İmrahor Camii，意为马棚清真寺)。此后又遭到1782年和1920年的大火，以及1894年伊斯坦布尔地震的破坏，也沦为废墟。