O hospital de Mödling não fora poupado dos efeitos do Anschluss de 1938, no qual a Alemanha anexou a Áustria. Kafka foi muito forte em sua oposição ao novo regime, que havia começado imediatamente a implementar as Leis de Nuremberg estabelecidas pelo Partido Nazista na Alemanha após a aquisição do poder. "Um vienense não pode ficar de boca fechada", ela disse. Quando uma nova ala hospitalar foi construída, Kafka manteve a prática católica tradicional e pendurou um crucifixo em todos os quartos. As autoridades nazistas exigiram que as cruzes fossem retiradas, ameaçando sua demissão, mas ela recusou. Os crucifixos não foram removidos, nem Kafka, pois a comunidade franciscana disse que não poderia substituí-la.