Després de la Independència de Mèxic, la missió va ser secularitzada en 1833. Aquest mateix any, el governador de Califòrnia, José María Echeandía, va disposar establir un poble d'"indis lliures" en el qual suposadament els nadius prendrien a càrrec seu les instal·lacions. Per contra, ells van acabar queixant-se que treballaven per a l'oficial governamental a càrrec. Finalment, en 1845 el governador Pío Pico va vendre l'heretat a un preu de 710 dòlars al seu cunyat, quan el veritable valor s'estimava en més de 54.000 dòlars. La família va viure allí per vint anys. Després del seu abandó, sent Califòrnia part dels Estats Units, el govern va retornar la missió a l'Església catòlica en 1865.