Az épület a kóbei tengerparton helyezkedik el, a Rokko hegység északi oldala, a Szeto beltenger és a kikötő déli része között. A múzeum az 1995-ben sok életet követelő, és a város nagy részét elpusztító kóbei földrengés utáni újjáépítési terv keretében készült. Az építész, Andó Tadao, a múzeumot az azzal szemközti, tengerre néző, szintén általa tervezett, Nagisza parkkal egyesítette. A két létesítmény összekapcsolásával a tervező célja az volt, hogy helyreállítsa a tenger és a város kapcsolatát, amit a katasztrófa tönkretett, így a múzeum és a park is a földrengésben elpusztult Hjógo kikötő területén kapott helyet. Andó Tadao, más munkáitól eltérően, az épületnek egy szigorú és méltóságteljes stílust választott, ami biztonság, erő és maradandóság érzetét kelti, ezzel is ellensúlyozva lesújtó képet, amelyet a terület nyújtott a katasztrófa után.