W 2000 wystartował w wyborach prezydenckich rozpisanych po śmierci Franja Tuđmana. Poparły go poza HNS także m.in. Chorwacka Partia Chłopska i Istryjskie Zgromadzenie Demokratyczne. W pierwszej turze otrzymał 41,1% głosów, a w drugiej 59,0% głosów, pokonując Dražena Budišę. Urząd prezydenta objął 18 lutego 2000. W 2005 z powodzeniem ubiegał się o reelekcję w kolejnych wyborach, mając wsparcie większości ugrupowań opozycyjnych wobec HDZ. W pierwszej turze otrzymał 48,9% głosów, a w drugiej z wynikiem 65,9% zwyciężył Jadrankę Kosor. Drugą kadencję prezydencką zakończył 18 lutego 2010. W 2016 był kandydatem centrolewicowej koalicji na posła (z rekomendacji Chorwackiej Partii Emerytów), jednak nie uzyskał mandatu.