Joseph Marie wuchs in Lyon auf und studierte auch dort. 1793 wirkte er bei der Verteidigung der durch ihre monarchistische Einstellung verfemten Stadt gegen die Armee des Nationalkonvents mit, wurde dabei gefangen genommen und zum Tode verurteilt. Er konnte jedoch über die Schweiz nach Neapel fliehen. 1796 kehrte Degérando nach Lyon zurück und ging mit seinem Freund Camille Jordan nach Paris. Nach dem Staatsstreich des 18. Fructidor V verhalf er Jordan zur Flucht nach Deutschland und trat Ende 1797 als Soldat in André Massénas Armee ein. In dieser Zeit reichte er seine erste philosophische Abhandlung bei der Académie française ein. Durch ihren Erfolg wurde er einer größeren Öffentlichkeit bekannt und unter Lucien Bonaparte Berater des Innenministeriums. Zu Napoléon Bonapartes Krönung in Mailand reiste er 1805 als "maître des requêtes" des französischen Conseil d’État (Staatsrat). 1808 wurde er Mitglied der Verwaltungskommission der Toskana, danach 1810 Mitglied der Verwaltungskommission für den säkularisierten Kirchenstaat (die "États romains").