Був включений до заявки збірної для участі у фінальній частині чемпіонату Європи 2016 року у Франції. На турнірі Жозе зіграв у чотирьох матчах, в тому числі і у фінальній проти Франції, та став з командою чемпіоном Європи. Цей результат дозволив Фонте з командою взявти участь у Кубку конфедерацій 2017 року у Росії. Зігравши у двох матчах він з португальцями став бронзовим призером турніру.