ב-6 באפריל 1941 פלשה גרמניה הנאצית ליוגוסלביה וכבשה אותה תוך ימים אחדים. פעילות הארגונים היהודיות נאסרה. בסוף אפריל הקימו הגרמנים את "נציגות הקהילה היהודית" ושימע שפיצר מונה לאחד מחברי הנציגות. ככל הנראה ניסו הגרמנים להקים יודנראט אך הדבר לא עלה בידם משום שחברי הנציגות סירבו למסור רשימות ובהן מכסת שמות של יהודים שנדרשו על ידי הגסטפו. בספטמבר 1941, נעצרו חברי הנציגות ונכלאו בטופובסקה שופה, להוציא את שימע שפיצר אשר נשלח למחנה הריכוז באנייצה. ככל הנראה בשל קשריו הרבים עם ארגונים יהודיים ברחבי העולם נחשב גם כדיסידנט פוליטי. שפיצר עבר חקירות ועינויים קשים במחנה הריכוז באנייצה ונורה למוות בראשית אוקטובר 1941 על ידי רופא המחנה קצין האס אס שטורמבאנפיהרר פרידריך יונג (בגרמנית: Friedrich Jung). בתו בת התשע מרים נרצחה בהמשך בסיימישטה. אשתו יהודית (יוליה) שפיצר לבית לנצנר ניצלה מהשואה ועלתה בהמשך למדינת ישראל.