Pris dans la tourmente des guerres napoléoniennes, le duché disparaît entre 1803 et 1814, date à laquelle il passe à la maison d'Oldenbourg. Il devient un État de la Confédération germanique gouverné en union personnelle par le roi de Danemark. Après la deuxième guerre des Duchés, en 1865, les États généraux de Saxe-Lauenbourg offrent la couronne du duché au roi Guillaume de Prusse. Il gouverne le duché en union personnelle pendant une dizaine d'années, puis celui-ci est annexé formellement à la Prusse et intégré à la province du Schleswig-Holstein.