La 28 martie 2009, Torres a marcat cea de-a 60-a selecție în naționala țării sale, în meciul contra Turciei, contând pentru preliminariile Campionatului Mondial din 2010, fiind cel mai tânăr jucător care ajunge la 60 de selecții în echipa națională a Spaniei. Într-un sezon în care a fost afectat de accidentări, el a pierdut o serie de meciuri de calificare, dar a reușit să marcheze împotriva selecționatei Chile înlocuindu-l în a doua repriză pe Villa. A fost numit în echipa Spaniei pentru Cupa Confederațiilor FIFA 2009 care are loc în iunie. El a marcat al doilea hat-trick al Spaniei după 17 minute într-un meci din Cupa Confederațiilor împotriva Noii Zeelande pe 14 iunie, devenind astfel cel mai rapid hat-trick din istorie echipei naționale de fotbal a Spaniei. A jucat pentru Spania în înfrângerea cu 2–0 cu Statele Unite în semifinală, precum și în finala mică, pe care Spania a câștigat-o cu 3–2 contra Africa de Sud după prelungiri.