Am 18. November 1987 debütierte Goldbæk für die Nationalmannschaft Dänemarks bei der 0:1-Niederlage im Qualifikationsspiel zum Fußballturnier der olympischen Sommerspiele 1988 gegen (West-)Deutschland. Es dauerte fast vier Jahre, ehe er dann erneut für die Nationalmannschaft zum Einsatz kam. Beim 1:1-Unentschieden in Odense gegen Bulgarien stand er in der Startelf. Auch bei der Qualifikation zur Fußball-Europameisterschaft 1992 war er dabei. Beim eigentlichen Turnier, an dem Dänemark trotz sportlicher Nicht-Qualifikation teilnahm und den Titel holte, war Goldbæk jedoch nicht nominiert.