Od sezonu 2007 reprezentuje barwy zespołu Red Bull Racing. Debiutancki rok w austriackim zespole osiągnął trzecie miejsce podczas Grand Prix Europy oraz dodatkowe cztery punkty dały mu dwunaste miejsce na koniec sezonu, został jednak pokonany przez zespołowego partnera, Davida Coultharda. W drugim roku startów w Red Bull Racing był lepszy od Brytyjczyka, który wdawał się w różne kolizje. Red Bull w tym sezonie w klasyfikacji generalnej został wyprzedzony przez siostrzaną ekipę Scuderia Toro Rosso. Ostatecznie 21 punktów dało mu jedenastą pozycję w klasyfikacji generalnej. 3 lipca 2008 ogłoszono, iż Mark Webber będzie kierowcą tego zespołu również w sezonie 2009 mając za partnera Sebastiana Vettela, który zastąpił odchodzącego na sportową emeryturę Davida Coultharda. Podczas Grand Prix Niemiec 2009 zdobył swoje pierwsze Pole Position w Formule 1 i odniósł pierwsze zwycięstwo. Wygrał także przedostatni wyścig sezonu, Grand Prix Brazylii.