Esordisce con la maglia della Juventus il 1º settembre 1990, in Supercoppa italiana, realizzando l'unico gol dei torinesi nella sconfitta per 5-1 contro il Napoli. Nel primo anno in bianconero, sotto la guida di Luigi Maifredi, segna 27 gol, di cui 9 in Coppa delle Coppe che gli valgono il titolo di capocannoniere dell'edizione; ne sigla uno anche nella semifinale di ritorno contro il , ma l'1-0 non è sufficiente a ribaltare l'1-3 degli spagnoli dell'andata. A fine campionato la Juventus, nonostante il bottino di 14 reti di Baggio, rimane esclusa dalle coppe europee.