Il prit la parole au cours de la seconde assemblée d'Épidaure en , protestant contre la décision de ne confier qu'à la seule Angleterre le rôle de médiateur vis-à-vis de l'Empire ottoman dans les négociations qui débutaient ; ce discours provoqua des remous et Ypsilantis fut alors privé par décret de sa citoyenneté grecque. Il fut réintégré dans ses droits l'année suivante.