El 1559 Mechelen es converteix en arxidiòcesi, posteriorment redenominada com a arxidiòcesi de Mechelen-Brussel·les. En aquesta època els enfrontaments a causa de la Reforma i la Contrareforma fan que la ciutat sigui saquejada, primer el 1572 per les tropes espanyoles durant l'anomenada Fúria espanyola, conduïda com a expedició punitiva per Frederic, fill del duc d'Alba i després per les angleses, el 1580. Cosa que provoca que gran quantitat de monestirs i el Gran beguinatge es traslladin a l'interior del recinte emmurallat.