Risteilijä "Takaon" päällikkönä Yamamoto suoritti luottamuksellisen tehtävän tavata Qing-dynastian kenraali Yuan Shikai Seoulissa, Koreassa 1890. Tämän jälkeen Yamamoto otti komennettavakseen "Takachihon". Ryhdyttyään vuonna 1893 työskentelemään laivastoministeri Saigō Tsugumichin alaisuudessa Yamatosta tuli Japanin laivaston todellinen johtaja aloittaen useita uudistuksia, yrittäen karsia oman provinssinsa upseerien suosimista, yrittäen säilyttää suurin piirtein tasa-arvoinen asema armeijan kanssa korkeimmassa sotaneuvostossa. Hän myös kannatti aggressiivista strategiaa Kiinaa vastaan käydyssä Kiinan-Japanin sodassa.