1997-ben Webber feljebb lépett a brit Formula–3-ba az Alan Docking Racing csapat színeiben. Az ausztrál versenyző ekkoriban anyagi gondokkal küzdött, ami miatt majdnem abba kellett hagynia a versenyzést a szezon felénél, ám a segítségére sietett David Campese egykori ausztrál rögbi játékos. Webber negyedik Forma-3-as versenyén, Brands Hatch-ben már diadalmaskodni tudott és egy új pályacsúcsot is felállított. Az 1997-es Formula–1-es brit nagydíj betétfutamaként megtartott Forma-3-as futamon második lett, a bajnokságban összetettben pedig negyedik.