Затем Калининский фронт был преобразован в 1-й Прибалтийский фронт, а 683-й штурмовой авиаполк вошел в состав сформированной 335-й штурмовой авиадивизии. При формировании 335-й ШАД, С. М. Ковальчик был назначен командиром эскадрильи. На 1-й Прибалтийском фронте С. М. Ковальчик участвовал в освобождении Белоруссии в ходе Полоцкой операции и Прибалтики в ходе Шяуляйской, Рижской, Мемельской операций.