Portugalin maajoukkueessa Costa pelasi vuosina 1995–2002 50 ottelua ja teki niissä kaksi maalia. Hän edusti Portugalia EM-kilpailuissa 2000 ja MM-kilpailuissa 2002. Hän pelasi molemmissa turnauksissa avauskokoonpanossa Portugalin kaikissa otteluissa. Costa oli myös voittamassa nuorten maailmanmestaruutta Portugalin riveissä vuonna 1991.