1740 lud ihn Friedrich der Große auf Empfehlung von Voltaire nach Berlin ein, um ihm die Leitung der Preußischen Akademie der Wissenschaften zu übertragen. Da Friedrich jedoch mit militärischen Fragen beschäftigt war, begleitete Maupertuis ihn und geriet während der Schlacht bei Mollwitz in österreichische Gefangenschaft, wurde nach Wien gebracht, dort allerdings freundlich behandelt und bald auf Anweisung Maria Theresias freigelassen. Er kehrte zunächst nach Berlin, schon im Juni 1741 aber nach Paris zurück, um das Ende des Zweiten Schlesischen Kriegs abzuwarten.