Avant la guerre de Bosnie, Krupa na Uni faisait partie de la municipalité de Bosanska Krupa. À la suite des accords de Dayton en 1995, la municipalité a été créée et intégrée à la République serbe de Bosnie, le reste de l'ancienne municipalité d'avant-guerre de Bosanska Krupa se trouvant dans la Fédération de Bosnie-et-Herzégovine.