בן לאדן חוסל ב־2 במאי 2011, במהלך מבצע התנקשות בחייו, שנקרא "מבצע חנית נפטון". במבצע זה, פשטו לוחמי הכוחות המיוחדים של הצי האמריקני, "צוות 6 של אריות הים", על אחוזה פרטית מבוצרת שבה הסתתר בן לאדן, לא רחוק מהאקדמיה הצבאית לקצינים של פקיסטן בעיר אבוטאבאד, 50 ק"מ צפונית לאיסלאמאבאד, בירת פקיסטן. זהות גופתו של בן לאדן אושרה הן על ידי הלוחמים בשטח, והן באמצעות בדיקת DNA. הכוחות האמריקאיים הודיעו, כי גופתו נטמנה בים, כחלק ממכלול שיקולים, שאחד מהם היה למנוע הפיכת מקום קבורתו למוקד עלייה לרגל. זמן קצר לאחר מותו נטען, כי סגנו של בן לאדן, איימן א-זוואהירי, הוכרז כמחליפו בראש ארגון הטרור אל-קאעידה.