Sau đảo chính 1963, Lực lượng Đặc biệt nhiều lần tổ chức lại. Phòng 45 đặc trách các toàn Biệt kích nhảy Bắc được tách ra. Giữa năm 1965, các Liên đoàn được giải tán, cơ cấu chỉ huy Lực lượng Đặc biệt được tổ chức theo cơ cấu tương tự như của Biệt kích Hoa Kỳ để dễ phối hợp hoạt động, chỉ huy các toán Biệt kích hoạt động trong nội địa (khác với các toán biệt kích Lôi Hổ hoạt động ngoại biên) trên cả bốn vùng chiến thuật. Riêng các Đại đội Biệt kích Dù Biệt lập được kết hợp thành Tiểu đoàn 91 Biệt cách Dù, vẫn chịu sự chỉ huy của Lực lượng Đặc biệt, vẫn giữ vai trò xung kích, ứng cứu cho các toán Biệt kích nội địa.