Su padre, John Gerard Klumpke (1825-1917), era un inmigrante alemán que arribó a California en 1850 atraído por las expectativas de riqueza suscitadas por la Fiebre del Oro y que posteriormente llegó a ser un exitoso agente inmobiliario en San Francisco. Se casó con Dorothea Mathilda Tolle en 1855 y crearon una familia con cinco hijas y dos hijos.