Cygnaeuksen vanhemmat olivat kappalainen Johan Martinpoika ja Birgitta Svahn. Mäntyharjun kirkkoherra Cygnaeuksesta tuli 1733. Valistuspappina hän taisteli vanhoja uskomuksia, mutta myös esimerkiksi kansallispukuja vastaan. Cygnaeus kääntyi sodan aikana 1742 venäläisen päällikön puoleen tiedustellen Holsteinin herttuan Pietarin mahdollisuutta ryhtyä itsenäisen Suomen hallitsijaksi. Turun rauhassa Mäntyharjun kirkko ja pappila joutuivat Venäjän puolelle, mutta 2/3 seurakunnasta jäi Suomeen. Tilanne oli vaikea, koska Cygnaeuksen oli otettava määräyksiä sekä Porvoon tuomiokapitulista että Venäjän oikeuskollegiolta. Tämä lienee osin vaikuttanut siihen, että Cygnaeus sairastui henkisesti 1752.