Im folgenden Dreißigjährigen Krieg kam es bei den Belagerungen der Stadt 1631, 1637 und 1639 zu schweren Zerstörungen am Gebäude. In den Nachkriegsjahren, Demmin gehörte nun zu Schwedisch-Pommern, erfolgten Reparaturen, der Wiederaufbau des Turmes und die Erneuerung der Bleideckung des Daches. Als 1659 während des Zweiten Nordischen Krieges brandenburgische Truppen Demmin belagerten, ließ der schwedische Stadtkommandant Heinrich von Vincken die Bleidächer der Kirche und umliegender Gebäude abreißen und daraus Musketenkugeln herstellen. Nach dem Krieg wurden der Stadt vom schwedischen König „1500 Daler Silbermüntz“ für den Wiederaufbau der Kirche zugesagt, tatsächlich erhielt sie wohl nur etwa 100. Um zu Geld zu kommen, wandte sich die Stadt an die zahlreichen Schuldner der Kirche. Diese wollten oder konnten jedoch infolge des Krieges meistens nicht zahlen, so dass es zu langwierigen Prozessen kam.