Das islamisches Kulturzentrum betreibt seit den 1990er Jahren eine Moschee in Räumen der Universität im Stadtteil Schönwalde II. Sie soll etwa 400 Muslime in Greifswald betreuen. Dem Gründungsimam Abdulrahman Al-Makhadi wurden islamistische Positionen angelastet. So soll er zur Radikalisierung eines Beteiligten der Anschläge vom 11. September 2001 beigetragen und die Verbindung zur Hamburger Terrorzelle hergestellt haben. Über die heutige Ausrichtung der Moschee ist wenig bekannt; sie war jedoch 2009 Gastgeber für eine Veranstaltung des umstrittenen salafitischen Predigers Pierre Vogel.