Han har tidligere vært landslagssjef for , uten noe særlig suksess. Han returnerte til hjemlandet Colombia for å trene det nyopprykkede laget Corporación Nuevo Cúcuta Deportivo, som han ledet til sitt første seriemesterskap noensinne. Kort tid etter (januar 2007) ble han utnevnt til ny landslagssjef for Colombia. I kvalifiseringen til VM i fotball 2010 fikk Colombia en av sine beste starter noensinne med 10 av 16 mulige poeng, og hadde en solid 3.-plass på tabellen. Opinionen snudde seg imidlertid mot Pinto etter to dårlige forestillinger mot henholdsvis og , samt minnet om svært dårlige resultater i Copa América 2007. I det sistnevnte sluttspillet tapte laget 0-5 mot og 2-4 mot , og røk dermed ut før cuprundene.