Kirkko jäi käytöstä uskonpuhdistuksen myötä, ja se raunioitui Liivinmaan sodassa tulipalossa vuonna 1624. Vuosina 1804–1807 Tarton yliopiston arkkitehti J. W. Krause suunnitteli kirkon kuoriosan yliopiston pääkirjastoksi. Kirjasto muutti vuonna 1982 uuteen kirjastotaloon, ja nykyään tiloissa on Tarton yliopiston museo. Tornit on kunnostettu näköalapaikaksi, jotka ovat yleisölle avoinna kesäkausina. Raunioissa järjestetään kesäisin teatteriesityksiä ja konsertteja.