В первом сезоне независимого чемпионата Чехии (1993/94) клуб во второй раз подряд стал вторым, а в еврокубках опять не удалось пройти первый раунд. Также второй «Славия» стала и в следующем сезоне 1994/95. Переломный момент наступил в сезоне 1995/96, в котором команда под руководством тренера Франтишека Ципро стала чемпионом Чехии (после 49 лет без чемпионств) и дошла до полуфинала Кубка УЕФА. Костяк «Славии» (Ян Сухопарек, Радек Бейбл, Карел Поборски, Владимир Шмицер) также стал основой чешской сборной на Евро-1996, которая досталась финала соревнований. Однако после успешного турнира эти игроки разъехались по европейским топ-чемпионатах, а «Славия» проиграла в квалификации Лиги чемпионов 0:6 по сумме двух матчей швейцарском «Грассхопперу», после чего быстро вылетела и из Кубка УЕФА. Чемпионат клуба выиграть также не удалось, но «Славия» завоевала Кубок Чехии. Кроме этого, 2 октября 1996 года на матчи «Брно» против «Славии» собралось 44 120 зрителей, установив рекорд посещаемости на матчах чемпионата Чехии.