Le 22 février 2012, il fait partie pour la première fois de l'équipe première lors du match de Ligue des Champions contre le FC Bâle, mais ne sera pas utilisé comme quatre jours plus tard où il fait partie de l'effectif en Bundesliga. Il signe son contrat professionnel au début de la saison 2012-2013 et fait ses débuts en équipe première le lorsqu'il est titularisé comme défenseur latéral gauche lors de la Supercoupe d'Allemagne 2012 face au Borussia Dortmund avant d'être remplacé à la . Le il dispute son premier match en entier lors du premier tour de la Coupe d'Allemagne de football. Emre dispute son premier match de Bundesliga contre le 1. FC Nuremberg le . Il marque son premier but en Bundesliga le en détournant légèrement un coup franc de Xherdan Shaqiri.