Na de Oostenrijkse nederlaag bij Hohenlinden op 3 december 1800 werd Sztáray belast met het oproepen van het Boheems-Moravische legioen. In 1801 werd hij benoemd tot bevelvoerend generaal in Midden-Oostenrijk. Hij werd gepromoveerd tot "Feldzeugmeister" op 6 maart 1800 en ging met pensioen na de campagne van 1805 tegen Frankrijk.