Ranskan merivoimat François d'Orléansin johdolla pommitti Essaouiraa elokuussa 1844. Ranskalaiset myös miehittivät kaupungin lyhyeksi ajaksi. Tapahtuma oli osa laajempaa Ranskan–Marokon sotaa. Ranskan valloitettua nykyisen Malin alueen vuonna 1880 kauppareitit muuttuivat ja Essaouiran vauraus alkoi asteittain vähentyä. Marokko menetti toisen Marokon kriisin seurauksena itsenäisyytensä ja Essaouirasta tulikin vuonna 1912 osa Ranskan Marokkoa, joka oli Ranskan hallitsema protektoraatti. Samalla kaupungin nimi vaihdettiin takaisin Mogadoriksi. Ranskan harjoittaman politiikan ja höyrylaivojen yleistyttyä Essaouiran kaupankäynti tyrehtyi lopullisesti, ja se ohjattiin muun muassa Tangeriin, Agadiriin ja Casablancaan, joissa oli paremmat satamat uudenaikaisille laivoille.