Балтыйскі флот прыняў значны ўдзел у руска-японскай вайне. У верасні 1904 года пасля разгрому 1-й Ціхаакіянскай эскадрыі і Сібірскай флатыліі ў баі супраць Імператарскага флоту Японіі з Балтыйскага мора быў адпраўлены ў 2-ю Ціхаакіянскую эскадру пад камандаваннем адмірала Зіновія Раждзественскага. Здзейсніўшы працяглы пераход ад Балтыкі да Японскага мора, 2-я эскадра была асуджана сустрэць японскі флот у бітве пры Цусіме, дзе пацярпела сакрушальнае паражэнне. Параза ў гэтай бітве паскорыла рэвалюцыйныя працэсы ў Расійскай імперыі і крах яе манархічнай сістэмы.