Elle commence à réfléchir à la problématique de la défense antimissile en 1993. Lors du sommet de 1999 à Washington, l’organisation mentionne pour la première fois la défense antimissile dans son concept stratégique ; le programme "Active Layered Theatre Ballistic Missile Defence" (ALTBMD, défense antimissile balistique de théâtre active multicouche) est approuvé lors du sommet de 2004 à Istanbul. Il s’agit de créer un système de commandement et de contrôle, les capteurs et les effecteurs restent de la responsabilité de chaque état membre. Ce système est ouvert et permet à chaque pays d’intégrer progressivement un ou plusieurs de ses sous-systèmes. À ce stade, sept pays ont annoncé qu’ils contribueraient : l’Allemagne, l’Espagne, les États-Unis, la France, la Grèce, l’Italie et les Pays-Bas. La première phase, « couche basse » doit permettre au commandement OTAN de mettre en œuvre une capacité contre les menaces jusqu’à de portée. Elle devrait être en service en 2014, elle repose sur les sous-systèmes d’interception suivants :