W czasie studiów Niklus rozpoczął działalność dysydencką. Rozpowszechniał informacje o tajnej klauzuli paktu Ribentrop-Mołotow oraz o nielegalności włączenia Estonii do ZSRR. Agitacje prowadził na organizowanych przez siebie studenckich spotkaniach, przesłał również list do Głosu Ameryki. Przesyłał za granicę wykonane przez siebie i Vella Pällina zdjęcia radzieckich stacji zagłuszających.