Pour l'édition 2012 de la CAN, Seydou Keita est le vice-capitaine. La compétition commence pour le mieux puisque les Maliens s'imposent 1-0 face à la Guinée avant de s'incliner face au favori du groupe, le Ghana (2-0). C'est contre le Botswana et grâce à un but de son capitaine, Seydou Keita, que le Mali obtient son billet pour les quarts. Face à l'organisateur gabonais, Keita et les siens n'ont d'autre choix que d'aller aux tirs au but, et c'est encore le et capitaine qui envoie les siens au tour suivant en réussissant le dernier tir (1-1, 4-5 après tirs au but). Sur le chemin de Keita se dresse alors l'ultime favori à la victoire, Côte d'Ivoire de Didier Drogba. Les demi-finales ne réussissent toujours pas aux "Aigles" puisqu'ils doivent s'incliner sur le plus petit des écarts, 1-0. L'autre grand déçu de la compétition, le Ghana, déjà affronté en phase de poule, se retrouve face à Keita et les siens pour la place, mais cette fois-ci, les Maliens s'imposent et terminent sur la marche du podium grâce à une victoire 2-0.