14 июня 2017 года Толиссо за 41,5 млн евро стал игроком немецкой «Баварии», и этот трансфер стал на тот момент самым дорогим в истории немецкого клуба. Контракт подписан до 30 июня 2022 года. 5 августа в матче за Суперкубок Германии против дортмундской «Боруссии» он дебютировал за новую команду. В этом поединке Корентен завоевал свой первый трофей в составе «Баварии». 18 августа в поединке против «Байера» он дебютировал в Бундеслиге. В этом же поединке Толиссо забил свой первый гол за «Баварию». 5 декабря в заключительном поединке группового этапа Лиги чемпионов против «Пари Сен-Жермен» сделал «дубль». В своём дебютном сезоне стал чемпионом Германии. В апреле 2019 года вернулся к тренировкам после серьёзной травмы, из-за которой не выступал на поле с сентября 2018 года.