Die Kosten für die Galeeren und Soldaten waren aber enorm, und Papst Clemens geriet zunehmend in finanzielle Probleme. Dies wurde dadurch verstärkt, dass das Papsttum auch den Johanniterorden finanziell unterstützen musste, da dieser beim Bankrott der Florentiner Bankhäuser Bardi und Peruzzi ab 1343 große Mengen Geld verloren hatte. Zur gleichen Zeit häuften sich in Europa die Krisen: Der Papst stand mit Kaiser Ludwig dem Bayern in offenem Konflikt, Frankreich war bei Crécy von den Engländern vernichtend geschlagen worden, und der ungarische König stellte ein Invasionsheer gegen Neapel auf. Die Venezianer stellten zwar weiterhin zuverlässig den Großteil der Galeeren, stritten sich aber währenddessen mit den Johannitern über Zölle und rüsteten gegen Genua auf. Auch richteten der neue Johanniter-Großmeister Dieudonné de Gozon und der König von Zypern ihr Augenmerk mehr auf das Königreich Kleinarmenien, das durch interne Machtkämpfe und einen Angriff der Mamluken in Bedrängnis geriet.