Nadat het tot een breuk kwam met het graafschap Savoye en het markgraaf Saluzzo, sloot Bonifatius II een bondgenootschap met het Heilige Roomse Rijk. Hij begeleidde keizer Frederik II bij zijn reizen in Italië en in 1239 kreeg hij van de keizer het koninkrijk Thessaloniki toegewezen, dat zijn grootvader Bonifatius I in de nasleep van de Vierde Kruistocht had veroverd. Bonifatius I had dit koninkrijk nagelaten aan zijn tweede zoon Demetrius, die zijn rechten op Thessaloniki in 1230 aan keizer Frederik II schonk. De goede relaties met het Heilige Roomse Rijk bleven echter niet duren en in 1243 koos hij de kant van de Welfen, de tegenstanders van keizer Frederik II die Bonifatius II hadden omgekocht. Hij kreeg echter snel spijt van deze beslissing en in 1245 vroeg Bonifatius II vergeving aan keizer Frederik II tijdens diens bezoek in Turijn, waarna hij terug in het keizerlijke kamp werd opgenomen. In 1244 overleed markgraaf Manfred III van Saluzzo, waarna Bonifatius II werd aangesteld als voogd voor zijn kinderen en als regent voor Manfreds zoon en opvolger Thomas I.