Mishras Schriften in Bezug auf den Hinduismus als Religion und seiner Bedeutung für die moderne Geschichte der indischen Unabhängigkeitsbewegung (er selbst ist Hindu und indischer Staatsbürger), wie der rechtskonservativen, Hindu-nationalistischen Bharatiya Janata Party (BJP), haben viel Beachtung in der indischen Öffentlichkeit gefunden und zu einigen Unruhen (Februar 2008) geführt. Aus diesen Kreisen stammende Kritiker werfen ihm vor, dass er für "«white pro-Muslim audiences in the West»" schreibe, worauf Mishra mit "«this notion is „optimistic“, even before the September 11 attacks»" antwortete.