Чојбалсан је стао на страну Совјетског Савеза након немачког напада на СССР 22. јуна 1941. године. Монголија је током рата помагала Совјетском Савезу опскрбљивањем сировинама, храном, те обућом и одећом за војску. Стаљин је 1944. одликовао Чојбалсана Орденом Лењина за указану помоћ током рата.