In den folgenden Jahren wurde Eberharter durch Verletzungen immer wieder zurückgeworfen. Kurz vor den Olympischen Spielen 1992 erlitt er einen Innenbandeinriss, startete dort aber in der Kombination, wo er nach dem 18. Rang in der Abfahrt im ersten Slalomdurchgang ausfiel. Beste Weltcupresultate waren in dieser Saison zwei vierte Plätze in den Kombinationen von Garmisch-Partenkirchen und Kitzbühel. Im Herbst 1992 erlitt er bei einem Motorradunfall einen Schlüsselbeinbruch. Bei der Weltmeisterschaft 1993 in Morioka-Shizukuishi konnte er seinen Kombinationstitel nicht verteidigen, er fiel im Slalomlauf aus. Den Super-G-Titel behielt er aber, denn dieses Rennen musste wegen des schlechten Wetters abgesagt werden. Am 7. März erreichte er mit Rang zwei im Super-G von Aspen sein mit Abstand bestes Saisonergebnis.