Honecker odešel do ústraní, v době sjednocení Německa byl v „azylu“ v sovětské vojenské nemocnici poblíž Berlína, odkud uprchl se svou manželkou do Sovětského svazu. Zachránil se tak před soudem za podíl na smrti uprchlíků přes vnitroněmeckou hranici. 11. prosince 1991 požádal o azyl na chilské ambasádě v Moskvě. Ten mu ovšem nebyl udělen a Honecker se dostal na osobní intervenci Borise Jelcina před soud v nově vzniklém sjednoceném Německu. Soud s ním začal počátkem roku 1993, hrozilo mu dlouholeté vězení, pro svůj špatný zdravotní stav byl ovšem omilostněn, a dožil v Santiago de Chile u rodiny své dcery Sonji. Zemřel 29. května 1994 na selhání jater. Jeho tělo bylo zpopelněno.