Церковь Святого Якоба была одной из немногих церквей в Любеке, которая осталась неповрежденной во время бомбардировки города в марте 1942 года: в результате, в здании сохранились два исторический органа. Большой орган (Große Orgel) у западной стены изначально был построен в период готики — в период барокко он несколько раз расширялся и перестраивался. Небольшой орган (Stellwagen-Orgel) у северной стены также появился в период средневековья, в 1467 году: он был перестроен и расширен Фридрихом Штельвагеном в 1636—1637 годах.