Après ces jeux, Biondi décide de prendre sa retraite. Il dispute cependant des courses d'exhibition, en particulier avec Jager. Il revient sur sa décision et dispute les Championnats pan-pacifiques 1989 où il remporte l'or avec le relais 4 × 100 m 4 nages. Lors de l'édition suivante de ces mêmes championnats, en 1991, il remporte l'argent du 50 mètres, l'or sur le 100 mètres nage libre et le 100 mètres papillon, et l'or sur les deux relais du 4 × 100 mètres et du 4 × 100 mètres 4 nages. La même année, il dispute ses deuxièmes championnats du monde, lors des mondiaux de Perth en Australie. Jager le devance sur 50 mètres, mais Biondi remporte trois titres mondiaux avec le 100 mètres et les relais 4 × 100 mètres.