Dentro de la Revolución de 1851, el 14 de octubre de dicho año se desarrolló el combate de Peñuelas en las dunas del sector homónimo, donde se enfrentaron los revolucionarios que habían tomado el poder en La Serena contra el batallón del ejército gobiernista encabezado por Ignacio José Prieto que provenía desde Copiapó. El saldo total de muertos fue entre 10 a 12. El 2 de junio de 1874 el bergantín-goleta «Johannes-Henrich», de bandera guatemalteca, varó frente a la quebrada de Peñuelas tras haber zarpado del puerto de Coquimbo, siendo reflotado el 26 de noviembre del mismo año. Posteriormente, durante la Guerra del Pacífico, se construyó un pequeño fuerte en el sector para defender a las ciudades de La Serena y Coquimbo ante posibles ataques. Dado que el trazado del ferrocarril que unía Coquimbo con La Serena —inaugurado en 1862— pasaba por el sector de Peñuelas, en décadas posteriores se construyó una estación en la zona, que operó hasta 1961 y permitía acercar a los visitantes a las playas ubicadas en los alrededores.