Po agresji Niemiec na ZSRR, Prützmann 29 czerwca 1941 został powołany na stanowisko Wyższego Dowódcy SS i Policji rejonu "„Ostland und Russland-Nord”" z siedzibą w Rydze (funkcję tę pełnił do 1 listopada 1941 i odpowiadał za działalność "Einsatzgruppen" na tym obszarze). Następnie, od grudnia 1941, zastąpił Friedricha Jeckelna na stanowisku Wyższego Dowódcy SS i Policji rejonu "„Russland-Süd”". W tym okresie został także dowódcą SS-Nadregionu "„Ukraine”". Obie te funkcje pełnił do 1944. 29 października 1943 zostało utworzone nowe stanowisko Najwyższego Dowódcy SS i Policji dla rejonu "„Ukraine”", które objął właśnie Prützmann. Podlegał mu Wyższy Dowódca SS i Policji w rejonie "„Schwarzes Meer”" (Morze Czarne) oraz jego własny rejon "„Russland-Süd”". Prützmann sprawował tę funkcję do września 1944. Odpowiadał bezpośrednio za terror stosowany wobec ludności ZSRR.