Als Cicero 49 v. Chr. nach Rom zurückkehrte, stand der Bürgerkrieg zwischen Caesar und Pompeius kurz bevor. Cicero versuchte noch einmal im Senat zu vermitteln, doch der Senat erklärte Caesar, als dieser den Rubikon überschritt, zum Staatsfeind. Cicero schloss sich Pompeius an und verließ mit Bruder und Sohn Italien. Nach Pompeius’ Tod 48 v. Chr. brach er jedoch mit dessen Anhängern und kehrte nach Italien zurück, wo er in Brundisium wartete, bis ihn Caesar 47 v. Chr. begnadigte. Das hinderte Cicero jedoch nicht, eine Trauerrede auf den nach der verlorenen Schlacht bei Thapsus durch eigene Hand gestorbenen Cato zu verfassen. Auch setzte er sich in mehreren Reden vor Caesar für Pompeius’ Anhänger ein.