Wittenberga stała się „Rzymem protestantyzmu” i głównym ośrodkiem myśli reformatorskiej. Wkrótce ruch reformacyjny upowszechnił się w Europie, przyczyniając się do wybuchu konfliktów na tle religijnym, których kulminacją były I i II wojna szmalkaldzka. Po bitwie pod Mühlbergiem (1547) cesarz Karol V Habsburg tryumfalnie wjechał do miasta, odbierając tytuł elektora Janowi Fryderykowi Wspaniałomyślnemu. Wittenberga oraz prawo elektoralne zostały przekazane książętom z linii Alberta. Linia Ernesta pozostała w Turyngii, ale z czasem rozbiła się na wiele małych księstw.