當他們在外國作戰回來時，海軍陸戰隊緊接參加南北戰爭（1861年－1865年），負責海岸封鎖的任務。但是隨著美國分裂，海軍陸戰隊也有一半軍官脫離去加入南軍並成立南方海軍陸戰隊，但是最後只對戰局有一點點影響：南方海军陆战队在第一次奔牛河之役後全軍覆沒。