Indonesia lần đầu tiên xuất hiện ở 1 vòng chung kết Asian Cup là vào năm 1996 diễn ra ở UAE, đội giành 1 điểm duy nhất sau trận hòa với Kuwait ở vòng bảng. Ở lần thứ 2 xuất hiện tại Liban năm 2000; 1 lần nữa, Indonesia cũng chỉ giành được 1 điểm sau 3 trận đấu. Tại Asian Cup 2004, thành tích của đội cao hơn khi giành thắng lợi đầu tiên trong lịch sử khi đánh bại Qatar với tỉ số 2–1; tuy nhiên kết quả này chưa đủ để đưa đội vào vòng 2. Đến Asian Cup 2007, với tư cách là chủ nhà, Indonesia được vào thẳng vòng chung kết. Ở đây, họ đã thắng Bahrain 2–1, thua Ả Rập Saudi 1–2 và thua Hàn Quốc 0–1. Họ kết thúc giải ở vị trí thứ 3 bảng D.