В 1656 году Филон Гаркуша находился с дипломатической миссией в Варшаве, столице Речи Посполитой. В июне 1657 года он командовал казацким войском на Волыни. Поддерживал политику нового гетмана Ивана Выговского, принимал участие в подавлении восстания под руководством полтавского полковника Мартына Пушкаря. После гибели последнего был назначен наказным полковником Полтавского полка(май-ноябрь 1658). Вероятно участвовал в Конотопской битве. После объединения гетманом Петром Дорошенко Правобережной и Левобережной Украины получил должность полтавского полковника (1669—1670). В 1670 году отстранен от должности левобережным гетманом Демьяном Многогрешным.