עם פרוץ המלחמה היה פפר מפקד אגד הארטילריה ה-44, ופיקד עליו במהלך המערכה בפולין, כחלק מהדיוויזיה ה-44 במסגרת הקורפוס ה-17. בתחילת 1940 הועבר פפר לעתודת המילואים, וב-5 באפריל 1940 מונה למפקד הדיוויזיה ה-297. במהלך מבצע ברברוסה לחם פפר עם הדיוויזיה שבפיקודו כחלק מהקורפוס ה-44 במסגרת הארמייה השישית, ולאחר מכן כחלק מארמיית הפאנצר הראשונה ומהארמייה ה-17, ולחם עימה בקרב אומן ובכיתור הגדול בקייב. באוקטובר הועברה הדיוויזיה תחת פיקוד הקורפוס ה-55 שהיה חלק מהארמייה ה-17, ובנובמבר הועברה הדיוויזיה לארמייה השישית, כחלק מהקורפוס ה-11, ה-55, וה-51 לסירוגין. על פעולותיו בקרבות קיבל פפר ב-4 בדצמבר 1941 את עיטור צלב האבירים של צלב הברזל.