Met die uitbreek van die Eerste Wêreldoorlog in 1914 het hy as distriksoffisier op Graaff-Reinet gedien. Tydens die rebellie van 1914 het hy genl. Manie Maritz, onder wie hy jare tevore ’n tyd lank gedien het, probeer oorreed om die stryd teen die regeringsmagte te staak en het Maritz hom in hegtenis geneem, maar na Upington gestuur. (Volgens ’n ander bron het Maritz hom ’n tyd lank aangehou, maar toe vrygelaat.) Daarna het Bouwer met die rang kolonel aan die veldtog in Suidwes-Afrika deelgeneem en Keetmanshoop van die Duitsers verower. As 'n eerstegraadse stafoffisier het hy in die verdedigingsmag gebly en in etlike militêre distrikte die bevel gevoer. Op 1 November 1918 is hy as generale stafoffisier benoem en op 1 Februarie 1923, ’n dag ná sy 48ste verjaardag, na die Suid-Afrikaanse Stafkorps oorgeplaas.