In 1632 sneuvelde Gustaaf II Adolf tijdens de Slag bij Lützen, waarna zijn zesjarige dochter Christina de nieuwe koningin van Zweden werd. Wegens haar minderjarigheid nam rijkskanselier Axel Oxenstierna de regeringszaken waar. Maria Eleonora kwam snel in conflict met Oxenstierna over de voogdij en de opvoeding van haar dochter en uiteindelijk liet Oxenstierna haar in 1636 opsluiten in het Gripsholms slott. In 1640 wist Maria Eleonora uit dit slot te ontsnappen, waarna ze met medeweten van koning Christiaan IV van Denemarken naar Gotland vluchtte. De jaren nadien leefde ze aan het koninklijke Deense hof in Nykøbing.