1979, während der indonesischen Besatzungszeit, gründeten diese Protestanten die "Christliche Kirche Osttimors" ( GKTT), die 1988 offiziell anerkannt wurde. In der Besatzungszeit waren viele der Mitglieder der GKTT indonesische Verwaltungsangestellte, Beamte und Soldaten. Im Allgemeinen galt die Kirche in der Bevölkerung Osttimors als pro-indonesisch und gegen die Unabhängigkeit eingestellt, während der Großteil der protestantischen Führer versuchten, sich aus der Politik rauszuhalten. Anfang der 1990er Jahre wurde Arlindo Francisco Marçal Moderator der GKTT und die Kirche ging nun mehr auf Distanz zu Indonesien. Marçal positionierte sich als Befürworter der Unabhängigkeit Osttimors, der bei Christen im Ausland um Unterstützung warb. Während der Krise in Osttimor 1999 im Umfeld des erfolgreichen Unabhängigkeitsreferendums am 30. August wurden alle 60 Gebäude der GKTT von Milizen zerstört. Nach dem Abzug der Indonesier erfolgte die Umbenennung der GKTT zur IPTL. Seit der Unabhängigkeit breiteten sich auch andere protestantische Kirchen in Osttimor aus, wie die Assemblies of God, die Bethel Church und die Pfingstbewegung.