Dal 1936 al 1938, Nishimura fu comandante del 9º reggimento di fanteria e dal 1938 al 1939 comandò la 1ª brigata di artiglieria pesante. Divenne capo di stato maggiore dell'Esercito di difesa orientale dal 1939 al 1940. Promosso a Maggiore Generale nel 1940, Nishimura fu al comando del corpo di spedizione dell'Indocina durante l'invasione dell'Indocina francese nel 1940. Nishimura fu promosso a Tenente Generale nel 1941.