לאחר הירצחו של פרחי המשיך עבדאללה לפעול נגד הנתינים היהודים והנוצרים שתחת שלטונו. כיוון שחכמי הדת שיעצו לעבדאללה לא הצליחו למצוא כל פגם בהתנהגותו של פרחי קודם להירצחו, הם האשימו אותו לאחר מותו כי היה אחראי לבואם של מספר גדול של יהודים ללבנט. לטענתם היו בצפת 20,000 מהגרים יהודים ואלפי יהודים בטבריה. על סמך מספרים שקריים אלו נתבעו יהודי צפת לשלם מיסים שלטענת עבדאללה לא שילמו בשל חסותו של חיים פרחי. יהודי צפת נעצרו ונאלצו למכור את רכושם על מנת לשלם את הקנס שהוטל עליהם. ב-1821 החלה התקוממות היוונים נגד האימפריה העות'מאנית במוראה (כיום חצי האי פלופונסוס). בתגובה, שלח הסולטאן מהמוט השני הוראה לכל שליטי המחוזות לבצר את ערי החוף ולפרוק את הנוצרים מנשקם. עבדאללה פאשא, לא רק שציית להוראה זו אלא אף החל לגרש נוצרים מעכו, והיה מוכן לשלם לנוצרים שהביעו רצון להתאסלם. הנוצרים החלו לעזוב בהדרגה את העיר. בתחילת המאה ה-19 היוו הנוצרים מעל למחצית מתושבי עכו, אך בסוף שנות ה-20 של אותה מאה הם מנו רק כ-20% מתושביה. באותה שנה (1821) הורה עבדאללה פאשא להרוס את הכנסייה בסטלה מאריס שבחיפה ולהשתמש באבניה לבניית בית קיץ עבורו.