1998 debütierte der Mittelfeldspieler in der Deutschen Hockeynationalmannschaft. Bereits 1999 wurde Weißenborn zum ersten Mal Europameister. In Sydney bei den Olympischen Spielen erreichte Weißenborn mit der deutschen Mannschaft den fünften Platz. 2001 war er am Gewinn der Champions Trophy beteiligt. Weißenborn gehörte zum siegreichen Team bei der Weltmeisterschaft 2002 in Kuala Lumpur. 2003 wurde er erneut Europameister. Bei den Olympischen Spielen 2004 gewann er die Bronzemedaille. 2006 war Weißenborn dabei, als die deutsche Mannschaft bei der Weltmeisterschaft in Mönchengladbach den Titel von 2002 erfolgreich verteidigte. 2007 gewann er zum zweiten Mal bei der "Champions Trophy". Nachdem er 2008 bei den Olympischen Spielen in Peking mit der deutschen Nationalmannschaft nach einem 1:0-Erfolg im Finale gegen Spanien die Goldmedaille gewonnen hatte, beendete er seine Karriere in der Landesauswahl.