После переворота 1903 года, во время которого король Александр Обренович был убит и новым королём стал Пётр I, Путник был реабилитирован, получил звание генерала и назначен на должность главы Генерального штаба. При нём сербская армия была полностью реорганизована, обновлён офицерский состав. Своим заместителем Путник назначил Живоина Мишича. В 1912 году он возглавлял сербскую армию в Балканских войнах. В 1913 году Путник стал первым офицером сербской армии, получившим высшее звание воеводы (соответствующее званию фельдмаршала). В этот же период он неоднократно занимал должность военного министра Сербии.