شهرت این مدرسه مذهبی بیشتر به خاطر پرورش و آموزش اعضای ارشد طالبان است. از جمله این افراد می‌توان به محمد عمر، جلال‌الدین حقانی و اختر محمد منصور اشاره کرد. در جریان ترور بی‌نظیر بوتو پلیس پاکستان مدعی شد که ترور در دارالعلمیه حقانیه و به دست طلاب آن طرح‌ریزی شده است.