Barankitse asui Ruyigiin lähistöllä, kun Burundin ensimmäisen demokraattisesti valitun presidentin Melchior Ndadayen murha käynnisti hutujen ja tutsien välisen sisällisodan, jossa kuoli yli 300 000 ihmistä. Kun tutsikapinalliset lähestyivät 24. lokakuuta 1993 Ruyigiä, Barankitse haki adoptiolastensa kanssa turvaa arkkipiispan asunnosta.