תחת כוחו של המסדר הטבטוני לא הייתה פרוסיה בעלת כוח מדיני עצום כלל כפי שהיה לה בהמשך ההיסטוריה. המסדר הטבטוני נוסד בשנת 1198 בחסותו של מלך פולין. אבירי המסדר הטבטוני ייסדו מדינה זאת כחלק מהתהליך של התנצרות התושבים הבלטיים על ידי המסדר. הם פיתחו את החקלאות, הדת והתעשייה במדינה. תחת המסדר תושבי ארץ פרוסיה לא היו בעלי זכויות מרובות, והם סבלו ממשטר כוחני ויציב שלא התאים לרצונותיהם. עקב התבוסה של המסדר הטבטוני כנגד פולין בקרב גרונוולד בשנת 1410, התבצעה חלוקה חשובה בתולדות פרוסיה, כאשר החלק המערבי ביותר שלה היה נתון תחת שלטון פולני. המסדר הטבטוני לא הפסיד את פרוסיה כולה והוא המשיך לשלוט במקביל בפרוסיה המזרחית בלבד בשטח כולל של 36,960 קמ"ר ובתוכו העיר קניגסברג.