Невдоволення частини литовсько-руської шляхти зближенням з Польщею призвели до початку другої громадянської війни. Унаслідок Острівської угоди 1392 року намісником Ягайла у Литві (з 1395 року став використовувати титул Великий князь Литовський) став Вітовт Кейстутович (1392—1430), його двоюрідний брат. Він проводив державницьку політику "«великого княжіння на всій Руській землі»", централізував владу, замінив удільних князів на намісників, ліквідував Київське, Подільське, Новгород-Сіверське і Чернігівське князівства. Наприкінці XIV століття хан Тохтамиш спеціальним ярликом формально скасував режим підлеглості Орді руських земель, що перебували під владою великого князя Вітовта. Вітовт розбудовував на півдні українських земель систему опорних укріплень (в Брацлаві, Черкасах та ін.), ставив фортеці у південних степах (Дністровський лиман), здійснив у 1397—1398 два переможні походи проти Золотої Орди. Під час князювання Вітовта значно поширилась українська територіальна колонізація на південь та схід, аж до Чорного моря — києво-руське наприкінці XIV — початку XV століть населення звело кілька укріплень та замків: Караул (на Дністрі), Чорне місто (Черн на Дністровському лимані, на лівому (овідіопольському) березі), Коцюбіїв (Кацібей, Качибей — на берегах Одеської затоки, між двох лиманів — Хаджибейського (Кацибей) і Куяльницького (Куганлик); на місці сучасної Одеси), кілька військових поселень на Південному Бузі (Бужин?) і нижньому Дніпрі (Дашів та Вітовтова Митниця).