En octobre 1805, alors qu'il commande le HMS "Canopus", un vaisseau de ligne français ("Le Franklin") capturé lors de la bataille d'Aboukir, Francis Austen est temporairement détaché de l'autorité de l'amiral Nelson pour être chargé du convoyage à travers la Méditerranée, ce qui l'amène à ne pas participer à la bataille de Trafalgar, ce qu'il a regretté toute sa vie. Cependant, Francis Austen commande le "HMS Canopus" en février de l'année suivante lors de la bataille de Saint-Domingue, conduisant à la bataille la ligne de vaisseaux sous le vent.