Dne 2. září 1792 bylo v kostele zabito pět kněží během tzv. zářijových masakrů. Během Velké francouzské revoluce sloužil kostel jako chrám Rozumu. Katolické bohoslužby zde byly obnoveny v roce 1802. Kostel byl vedle svatého Ludvíka zasvěcen i svatému Pavlovi na památku zničeného kostela Saint-Paul-des-Champs a pokračoval ve funkci farního kostela.