В 1830 году было построено новое здание для семинарии, напротив Спасо-Преображенского кафедрального собора. Из-за нарушения правил строительства и бракованных материалов здание семинарии удалось запустить в эксплуатацию только через 10 лет, после долгих ремонтов. Во второй половине XIX века в семинарии существовали революционные кружки и подпольная типография. Во время революции 1905—1907 годов семинария была более, чем на два месяца закрыта из-за бунта учащихся, ноябрь 1905 — январь 1906 года. В годы Крымской и Первой мировой войны многие семинаристы добровольцами ушли на фронт.