Louise Mushikiwabo nació el 22 de mayo de 1961 en Kigali, la capital ruandesa. Su padre era Bitsindinkumi, un tutsi del clan Batsobe clan; Bitsindinkumi trabajó como labrador, dirigió una pequeña propiedad familiar además de ser contador en una plantación de café colonial. Su madre era Nyiratulira Mushikiwabo. Pasó su infancian en Kigali. Es la más joven de nueve hermanos, entre ellos Lando Ndasingwa, un conocido empresario y político de Ruanda asesinado en 1994 durante el Genocidio ruandés.