Zmarł 2 sierpnia 2016 w Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie, gdzie przebywał od czerwca po odniesieniu obrażeń spowodowanych upadkiem. Na kilka dni przed śmiercią (28 lipca) odwiedził go w szpitalu papież Franciszek, który w tym czasie uczestniczył w odbywających się w Polsce Światowych Dniach Młodzieży. 5 sierpnia 2016 został pochowany w katedrze na Wawelu, w krypcie biskupiej pod konfesją św. Stanisława.