À partir de l'automne 1943, Josef Wagner est surveillé par la Gestapo d'Himmler. Il se retire à Bochum. Après l'attentat du 20 juillet 1944, Josef Wagner est arrêté par la Gestapo et emprisonné au siège de la Gestapo à Berlin. Les circonstances de sa mort sont incertaines. Le , Wagner aurait été exécuté par la Gestapo à Berlin. Mais une autre source le fait exécuter par les Soviétiques, le .