17 июля 2015 года перешёл в «Манчестер Сити» за 8 миллионов фунтов. Контракт подписан на 5 лет. В первые два сезона не смог закрепиться в основе манчестерского клуба, в основном выходя на замену. В сезоне 2015/16 лишь 8 игр в стартовом составе (7 раз был заменен) в чемпионате Англии, в сезоне 2016/17 — 2 игры. Большое количество игр Фабиан пропустил из-за различных травм. В 2015/16 году выиграл первый трофей с «Сити» — Кубок лиги, но, сыграв в 1/4 и обоих матчах полуфинала, пропустил финал из-за проблем с ахиллом.