Bobetko ist mutmaßlich mitverantwortlich für Kriegsverbrechen während der Militäroperation Medak. Er wurde deshalb 2002 als Oberbefehlshaber der Militäroperation durch den Internationalen Strafgerichtshof für das ehemalige Jugoslawien angeklagt. Bobetko dementierte, Kriegsverbrechen begangen oder angeordnet zu haben. Die kroatische Regierung weigerte sich bis zu seinem Tod, den ehemaligen General auszuliefern.