46 v. Chr. amtierte Lepidus gemeinsam mit Caesar als Konsul. Während dieser in Nordafrika gegen seine auch nach Pompeius’ Tod den Widerstand fortsetzenden Bürgerkriegsgegner Krieg führte, blieb Lepidus in Rom. Caesar ließ sich nach seinem Sieg bei Thapsus (April 46 v. Chr. [vorjulianisch]) zum dritten Mal und diesmal für zehn Jahre zum Diktator wählen. Lepidus fungierte nun bis 44 v. Chr. als sein "Magister equitum". Er nahm in dieser Stellung, als Caesar 45 v. Chr. neuerlich, diesmal auf der Iberischen Halbinsel, gegen die verbliebenen Pompeianer kämpfte, mit Unterstützung von sechs oder acht Stadtprätoren die Leitung der Geschäfte in Rom wahr.