Le , lorsque les Allemands envahissent la Belgique, il participe à la Campagne des 18 jours. Pendant les combats de Juprelle et de Geluwe sur le canal Albert, il se distingue en allant porter secours aux blessés sous le feu ennemi, ce qui lui vaudra la Croix de Guerre. Le , quelques heures après la capitulation de l'armée belge, il choisit de rejoindre les lignes anglaises afin de continuer la lutte. Il parvient le juin à embarquer entre la Panne et Dunkerque sur le chalutier britannique Westward 760 vers l’Angleterre avec les troupes britanniques qui se replient. Le , il est renvoyé en France par le navire Batavia II par Brest en vue d’un hypothétique regroupement des forces belges à Poitiers (siège du gouvernement belge). Le il est désigné pour le centre d'instruction du service de Santé dans la région des Sables-d’Olonne. Le , sur le point d'être fait prisonnier des Allemands, il s'en évade et rejoint le centre de regroupement des blindés dans le sud de la France, à Lunel-Viel. Après la capitulation française, il refuse l'ordre de se laisser constituer prisonnier et rejoint la côte avec quelques officiers belges (les lieutenants Georges Danloy, Freddy Gréban de Saint-Germain, Jacques de Brabant, Nicod et de Jean de Selys Longchamps). Fin juin, ils embarquent à Sète sur un navire charbonnier avec des troupes de la légion tchèque. Arrivé dans la rade de Gibraltar le , Guérisse profite de l'occasion de compléter l’équipage d’un navire marchand français ("Le Rhin") que son commandant (Péri) compte mettre à la disposition de la marine anglaise.