Ved siden heraf udøvede Wagner i tiden 1870-96 en ikke ringe virksomhed som ingeniør, dels som anlæggende (fx i bygningsfaget: Hotel d'Angleterres glastag og Sankt Matthæus Kirkes hvælvinger, i fabriksfaget: svovlsyrefabrikker, træskærerier, ombygning af Usserød Klædefabrik og dampanlæggene på laboratoriet og Geværfabrikken), dels som rådgivende (fx ved Marmorkirkens opførelse) og som dømmende (som Krigsministeriets voldgiftsmand i vandstriden på Frederiksværk, der bilagdes 1894, og som dommer på udstillingen i København 1888 og i Malmø 1896). Han var opfinder af "den Wagnerske feltbåre" 1876. I 1877 var han medstifter af Den tekniske Forening og indtrådte i dens bestyrelse (fra 1898-1903 var han formand), og holdt en mængde tekniske foredrag. Han var fra 1907 til sin død medlem af Patentkommissionen, hvor han virkede med pligttroskab og udholdenhed omtrent til det sidste.