Organizacija je dobila novi život u egzilu, osnivajući Nacionalni savet otpora Irana i nastavljajući da vrši nasilne napade u Iranu. Godine 1983. stali su na stranu Sadama Huseina protiv iranskih oružanih snaga u iransko-iračkom ratu, što je ogromna većina Iranaca smatrala izdajom i koja je uništila žalbu MEK-a u svojoj domovini. Godine 1988. Homeinijeva fatva dovela je do pogubljenja političkih zatvorenika, uključujući mnoge članove MEK-a.