El 6 de maig de 2016, es va confirmar que Verratti es perdria l'Eurocopa de 2016 després d'una lesió de llarga durada d'una pubàlgia que requeriria cirurgia el 16 de maig, deixant-lo de banda durant dos mesos. Verratti va tornar a l'equip sota el nou seleccionador d'Itàlia Gian Piero Ventura per a un partit amistós contra França a Bari l'1 de setembre, sortint com a substitut en la derrota dels italians per 3-1.