Em 1916, antes da Batalha de Romani, no Canal de Suez, fez pessoalmente o reconhecimento da posição otomana a bordo de um avião. Foi condecorado como Companheiro da Ordem de São Miguel e São Jorge em fevereiro de 1917. Nesse ano assumiu o comando da e foi promovido a major-general. Quando participava no ataque da Batalha de Rafa (9 de janeiro de 1917), ignorou as ordens de Philip Chetwode, comandante da Coluna do Deserto, para retirar do ataque e em vez disso capturou a principal posição defensiva da cidade. Em 13 de agosto de 1918 foi criada uma unidade temporária, em grande parte constituída pela Divisão Montada ANZAC, que foi chamada Força de Chaytor. Esta unidade, comandada por Edward Chaytor, teve um papel fulcral nas diversas operações vitoriosas da Batalha de Megido, e nas que se seguiram, nomeadamente no terceiro ataque transjordano, durante o qual as tropas de Chaytor Amã e milhares de prisioneiros, no corte das linhas de retirada otomano-alemãs, na sua perseguição até Damasco.