Летом 47 года до н. э. в Малой Азии появился Цезарь. Он включил в свою армию два легиона Кальвина и разгромил Фарнака при Зеле (2 августа). После этого Гней Домиций преследовал царя до Синопы, где заставил его капитулировать. Был заключён договор, по условиям которого владения Фарнака снова сводились к одному только Боспору; после этого Цезарь уехал в Рим, а Кальвина на какое-то время оставил в Азии для восстановления довоенных порядков. Известно, что в 46 году Гней Домиций участвовал в африканской кампании и после битвы при Тапсе с двумя легионами осаждал город Тиздра, где засел помпеянец Гай Консидий Лонг. В 45 году он находился в Риме, где выступил в роли свидетеля на суде над Дейотаром.