Pochodził ze starego arystokratycznego rodu, będącego boczną gałęzią klanu Fujiwara. Jego ojciec, Sakihisa Konoe, był posiadaczem olbrzymiej kolekcji kaligrafii chińskiej i japońskiej. W młodości pobierał nauki zen w świątyni Daitoku-ji w Kioto, następnie podjął służbę na dworze, pełniąc m.in. urząd ministra lewej strony ("sadaijin"). W 1594 roku popadł w niełaskę u cesarza Go-Yōzei, próbując wbrew woli monarchy wziąć udział w inwazji na Koreę i został z rozkazu Nobunagi Ody skazany za niesubordynację na zesłanie na wyspę Kiusiu. Ułaskawiony w 1596 roku, powrócił do stolicy. W latach 1605-1606 sprawował urząd kampaku.