Несмотря на тесное общение с генерал-оберстом Фридрихом Фроммом, Лееб оказался совершенно не замешан в заговоре 20 июля 1944 года. Поэтому Эмиль Лееб оставался на своём посту и после того, как командующим армией резерва был назначен Генрих Гиммлер. На должности руководителя "HWA" Лееб оставался почти до самого конца войны, когда в последние недели существования Третьего рейха наступила полная дезорганизация государственных структур и дезинтеграция территории страны и были распущены силы резервной армии. Во время битвы за Берлин Лееб уже не находился в столице рейха, ничем не руководил и не командовал.