Badelj gehörte seit 2004 regelmäßig zum Aufgebot kroatischer Nachwuchsauswahlen. Insgesamt bestritt er in den Altersstufen U16 bis U20 50 Partien, an einer Europameisterschafts- oder Weltmeisterschaftsendrunde nahm er jedoch nicht teil. Für die kroatische U21-Auswahl kam er 14-mal zum Einsatz. Er nahm unter anderem an der Qualifikation für die U-21-Europameisterschaft 2011 teil, wo man in der Relegation an Spanien scheiterte.