同年末から内南洋でもアメリカ軍の反抗が始まった（ギルバート・マーシャル諸島の戦い）。11月にはギルバート諸島タラワ島が陥落した（タラワの戦い）。翌1944年(昭和19年）1月にはマーシャル諸島クェゼリン島も陥落する（クェゼリンの戦い）。さらに同年2月17日にはトラック島空襲のため中心拠点が機能不全となり、小林仁司令長官が更迭された。連合艦隊主力はパラオに退却するが、ここも3月末のパラオ大空襲で機能不全となり、日本軍は内南洋の制海権を完全に失った。第四艦隊の艦隊根拠地守備隊としての意義も失われた。