Большая часть хорватской знати и 1 января 1527 года избрала Фердинанда I королём. Крсто Франкопан был единственным влиятельнейшим представителем хорватского дворянства, который не присутствовал там. Другая часть хорватской знати, в основном из Славонии, собралась спустя пять дней в Дубраве, намереваясь избрать князя Яноша Запойяи королём Хорватии. В итоге оба претендента были коронованы как венгерские короли. Янош Запойяи остался в королевском городе Буде, так как Габсбурги вернулись в свои австрийские владения, но не отказавшись от притязаний на венгерский трон. Янош Запойяи возложил на Крсто обязанности бана Хорватии и военачальника королевства Венгрии, считая его одним из своих ближайших союзников. В междоусобной войне в Хорватии, между силами Запойяи и Фердинанда I, он сражался в Славонии против графа , который поддерживал претензии Габсбургов. Крсто был смертельно ранен при осаде замка Вараждин и вскоре умер.