Munk spilte en viktig rolle under den nordiske syvårskrigen som brøt ut i 1563. Han ledet i starten av krigen et motangrep mot de svenske styrkene under ledelse av kommandanten Claude Collart, som invaderte Jemtland, Herjedalen og Trondhjems len, og hadde angrepet Steinvikholm festning i Trondheimsfjorden - hvilket medførte svenskenes overgivelse i denne delen av krigen. Senere ledet han et angrep på Akershus festning etter at svenske styrker hadde beleiret festningen og satt lensherren, Christiern Munk (ikke i slekt), i husarrest. Erik Munk samlet en militær styrke på 1700 hakeskyttere fra Vestlandet, som ble drevet så hardt at de gjorde opprør. Fem av anførerne for opprøret ble avrettet uten skånsel. Det var ved disse to militære aksjonene at Munk for alvor gjorde sitt navn kjent, og at grunnlaget for hans senere karriere ble lagt. Munk dro ved begge anledninger selv til København for å underrette kong Frederik II om utfallet av aksjonene, men ryktene om hans dyktighet – men også om hans sluhet og brutalitet – hadde gått foran. I forbindelse med begge reisene forteller kildene at Erik Munk gjorde seg skyldig i drap, det ene var på adelsmannen Gregers Gram, noe som forsinket, men ikke hindret videre forfremmelse. Med sine felttog mot svenske styrker medvirket Munk til at Norge forble under dansk styre og at utfallet av Syvårskrigen gikk i dansk-norsk favør.