Den 23 maj utfärdades myndighetens andra dekret som påbjöd upplösningen av hela Iraks försvarsmakt, hela försvarsministeriet och informationsministeriet, samtliga säkerhetsinstitutioner, underrättelsetjänster, specialdomstolar och statliga paramilitära enheter samt flera andra statsorgan. Även detta beslut blev högst kontroversiellt, bara den irakiska armén uppgick vid tillfället för upplösningen till cirka 400 000 man och till det kom personal från övriga upplösta institutioner som plötsligt saknade försörjning. Många soldater och säkerhetstjänstemän som skickades ut i arbetslöshet gick med den allt större upprorsrörelsen i landet. Ytterligare påbud den 25 maj 2003 gjorde gällande att all egendom eller andra tillgångar som ägdes av irakier men som amerikanerna ansåg tillhörde Baathpartiet omedelbart skulle konfiskeras och överföras till Koalitionsmyndigheten.