Giáo đường đã bị phá hủy bởi quân Đức xâm lược vào tháng 9 năm 1939, vào đầu Thế chiến II (theo Virtual Shtetl trực tuyến của Ba Lan), hoặc vào tháng 9 năm 1941 (theo Pinkas haKehilot), ngay sau cuộc tấn công của Đức vào Liên Xô và việc tạo ra Łomża Ghetto cho người Do Thái từ các làng và thị trấn xung quanh. Nhiều khả năng Giáo đường Do Thái đã bị phá hủy theo từng giai đoạn, đầu tiên bị thiêu rụi và san bằng sau đó.