Toutefois, un coût d'arrêt total fut ordonné aux agents de l'opération Mangouste à partir d'Avril 1963 lorsque, conséquence directe de la crise des missiles d'octobre 1962, John F. Kennedy décida d'apaiser les relations avec Fidel Castro après avoir mesuré les trop grands risques d'une confrontation permanente à l'échelle mondiale. Ce que la CIA, au niveau infrastructurel notamment, et la Mafia n'acceptèrent pas, leurs opérations d'élimination du leader cubain restant encore actives malgré les ordres formels reçus et ce jusqu'à quelques jours avant la mort de John F. Kennedy à Dallas le .