Markus Merk (født 15. mars 1962 i Kaiserslautern, Tyskland) er en tysk toppfotballdommer. Han har dømt 288 kamper i Tysk Bundesliga siden han fikk sin første kamp i 1988/1989 sesongen. Til sammen har han dømt 32 kamper i UEFA Champions League siden 2001/2002 og to EM-sluttspill, i 2000 og 2004. Merk har dessuten dømt i VM i 2002 og på hjemmebane i 2006.