В 1998 году дебютировал за национальную сборную Китая. Два года спустя Бора Милутинович вызвал его в сборную для участия в Кубке Азии. На том турнире китайская сборная заняла 4-е место, а Ян Чэнь сыграл в всих матчах сборной и отметился 3 голами. В 2002 году Ян попал в список из 23-х игроков для участия на "мундиале". Его сборная на групповом этапе заняла 4-е место и не квалифицировалась для участия в следующей стадии, а Чэнь сыграл в 2 матчах на турнире. В течение карьеры в национальной команде, которая длилась 10 лет, провел в форме главной команды страны 35 матчей, забив 11 голов.