Le , Scherzer amorce au monticule les séries éliminatoires 2013 pour Détroit. Il remporte la victoire sur les Athletics d'Oakland grâce à une performance de 11 retraits sur des prises. Le , les Tigers font face à l'élimination dans le de la série et le gérant Jim Leyland se risque à utiliser Scherzer comme lanceur de relève, se privant de la possibilité de l'employer comme partant dans un éventuel . Il lance deux manches et se retrouve en fâcheuse posture dans l'une d'entre elles lorsque les Athletics ont les buts remplis sans aucun retrait. Scherzer n'accorde pas de point et remporte son en 4 jours pour ensuite passer en Série de championnat de la Ligue américaine avec ses coéquipiers. Le , dans le second match de la finale de l'Américaine, Scherzer perd un match sans coup sûr lorsqu'il cède devant Shane Victorino après 5 manches et deux tiers. Il réussit contre les Red Sox de Boston 13 retraits sur des prises en seulement 7 manches. C'est un retrait de moins que le record de franchise en éliminatoires, établi par Joe Coleman contre Oakland en 1972. Mais Boston revient de l'arrière contre la relève des Tigers, privant Scherzer d'une victoire. Même s'il n'est pas le lanceur qui accorde un grand chelem à Victorino dans le et dernier match qui scelle l'élimination des Tigers, Scherzer est le lanceur perdant.