Quan Richter va renunciar com a director dels concerts de subscripció de la Filharmònica de Viena el setembre de 1898, la comissió de concerts havia triat per unanimitat a Mahler com el seu successor. El nomenament no va ser del tot ben rebut. La premsa antisemita es va preguntar si, pel fet de no ser alemany, Mahler podria ser capaç de defensar la música alemanya. El nombre de visites va augmentar considerablement en la seva primera temporada, però els membres de l'orquestra estaven particularment ressentits amb els seus hàbits de reescriure reconegudes obres mestres i per la programació d'assajos addicionals d'obres amb les quals estaven àmpliament familiaritzats. L'intent per part de l'òpera que Richter tornés per a la temporada de 1899 va fracassar, perquè el director no estava interessat. La posició de Mahler es va veure afeblida quan, el 1900, va portar l'orquestra a París per a tocar a la Exposició Universal. Els concerts de París van tenir una pobra acollida i van perdre diners (Mahler va haver de demanar un préstec a la família Rothschild per al bitllet de l'orquestra). L'abril de 1901, afectat per la seva recurrent malaltia i fastiguejat pels nombrosos enfrontaments amb l'orquestra, Mahler va renunciar a la direcció de concerts de la Filharmònica. En les seves tres temporades havia representat al voltant de 80 obres diferents, que van incloure peces de compositors relativament desconeguts com Hermann Goetz, Wilhelm Kienzl i l'italià Lorenzo Perosi.