A Honda 1988 után nem szállított motorokat a Lotusnak, és Nakadzsimának valamint csapattársának, Nelson Piquet-nek 1989-ben a gyenge Judd motorokkal ellátott autóval kellett versenyeznie. A párosnak eléggé kiegyenlítetlen szezonja volt, a belga nagydíjon pedig mind a ketten kiestek a kvalifikáción. Ilyen eset először fordult elő a Lotus harmincéves történetében, szimbolikusan jelezve a brit csapat végét. Nakadzsima az esős ausztrál nagydíjon megfutotta a verseny leggyorsabb körét, és negyedikként ért célba, egyetlen pontjait szerezve ezzel az évadban. Az 1987-es brit nagydíj mellett ez volt karrierje legjobb helyezése.