В период Гражданской войны в Шотландии 1644—1646 гг. он несколько раз переходил из одного враждующего лагеря в другой: так в сентябре 1644 года Льюис Гордон в стане ковенантеров защищал Абердин от войск роялистов Монтроза (битва при Абердине), а уже в следующем году участвовал в кампаниях Монтроза в северо-восточной Шотландии. В 1645 году в сражении при Алфорде пал старший сын маркиза Хантли, лорд Джордж Гордон, а в 1648 году в изгнании во Франции умер второй брат Льюиса, Джеймс Гордон, виконт Абойн. В результате, после казни маркиза Хантли в 1649 году Льюис унаследовал права на владения и титул Гордонов.