Nachdem er sich 1936 in Erlangen habilitiert hatte, wurde er 1937 Privatdozent an der Universität Berlin und dort 1943 zum außerplanmäßigen Professor ernannt. 1937 wurde er zum Robert Koch-Institut abgeordnet, wo er in der Abteilung Virusforschung unter der Leitung Eugen Haagens über Vakzineinfektionen an Mäusen forschte. Im Frühjahr 1939 nahm Eyer mit seinem Assistenten Przybylkiewicz im italienisch besetzten Äthiopien an Testreihen mit Fleckfieberschutzimpfungen in Addis Abeba teil und hatte sich mit diesem auch am "Herzog von Aosta-Institut" selbst eine entsprechende Schutzimpfung setzen lassen. Zuvor hatte er als Stabsarzt auf Weisung der Wehrmachtsgesundheitsführung am Abessinienkrieg teilgenommen, um bei der italienischen Armee die Wirkung bestimmter Medikamente zu beobachten.