Причиной банкротства послужил ряд грубых ошибок и просчётов руководства компании, не сумевшего подготовить Pan Am к резко изменившимся условиям рынка после вступления в силу закона о дерегулировании воздушных перевозок США 1978 года. С этого момента авиакомпания ежегодно несла ощутимые убытки, постепенно распродавая активы для погашения задолженностей. В 1985 году азиатско-тихоокеанское направление полностью было продано авиакомпании United Airlines. Война в Персидском заливе 1991 года привела к росту цен на нефть и авиатопливо, что стало роковым для Pan Am, находившейся в плачевном финансовом состоянии. Комиссией по расследованию взрыва лайнера ПанАм над Локерби в 1990 также была установлена вина компании, допустившей на борт багаж с бомбой в отсутствие пассажира. 4 декабря 1991 года авиакомпания объявила о банкротстве. После банкротства многие рейсы Пан Ам были переданы компании Delta Air Lines.