Pierwsza flota maltańska zbudowana została za rządów rycerzy św. Jana. Była to potężna flota wojenna, z okrętami takimi jak „Santa Anna”. Zakon, kiedy stacjonował na Malcie, brał udział w różnych morskich wyprawach przeciwko Imperium Osmańskiemu, najgłośniejsze z nich to bitwa pod Lepanto w roku 1571 oraz bitwa w Cieśninie Dardanelskiej w roku 1656. W wieku XVII i początkiem XVIII maltańskie statki brały również udział w korsarskich wyprawach przeciwko statkom muzułmańskim. W końcu korsarstwo upadło, i Zakon stał się słabszy i biedniejszy, więc nic dziwnego, że w roku 1798 Napoleon wylądował na Malcie przy jedynie niewielkim oporze rycerzy. Flota Zakonu, w tym okręty liniowe „San Zaccharia” oraz „San Giovanni”, została włączona do floty francuskiej, i Malta nie miała już swoich własnych sił morskich.