În 1038, Cracovia a devenit sediul guvernului polonez. Până la sfârșitul secolului al X-lea, ea devenise un târg important. S-au construit clădiri de cărămidă, între care castelul regal Wawel cu rotonda Sf. Felix și Adaukt, biserici în stil romanic cum ar fi biserica Sf. Adalbert, Catedrala Wawel, și Bazilica Sf. Maria. Orașul a fost distrus aproape în întregime în timpul invaziei mongole din 1241. A fost reconstruit practic identic, și a primit drepturi de oraș în 1257 din partea regelui, pe baza legii Magdeburg, ceea ce a dat orașului dreptul de a impune taxe, precum și privilegii comerciale pentru cetățenii săi. În 1259, orașul a fost din nou prădat de mongoli. Un al treilea atac, în 1287, a fost respins în parte datorită fortificațiilor recent construite. În 1335, regele Cazimir al III-lea al Poloniei (Kazimierz) a declarat cele două suburbii vestice ale orașului ca un nou oraș separat, denumit Kazimierz ("Casimiria" în latină). S-au înălțat ziduri de apărare în jurul centrului Kazimierzului în 1362, și a fost alocat un teren pentru ordinul augustinienilor lângă Skałka.