По окончании Крымской кампании Дерожинский продолжил службу по Генеральному штабу и в 1857 году был произведён в подполковники и назначен начальником штаба 4-й кавалерийской дивизии, в 1861 году произведён в полковники. Но последствия контузии в Севастополе не замедлили сказаться в 1862 году, когда он, вследствие расстроившегося здоровья, оставил строй и поступил в Николаевскую академию Генерального штаба штаб-офицером над обучающимися в ней молодыми офицерами.