Luostari oli pitkään merkittävä kulttuurikeskus. Sen akatemia edisti tieteiden ja taiteiden kehitystä Konstantinopoli esikuvanaan, ja sitä ylistettiin aikoinaan jopa "toiseksi Jerusalemiksi" tai "toiseksi Ateenaksi". Kuningas Davit IV kutsui akatemiaansa Ioane Petritsin ja Arsen Iqaltoelin kaltaisia oppineita. Osmanit polttivat luostarin vuonna 1510, mutta se restauroitiin myöhemmin, minkä jälkeen siitä tuli piispanistuin. Gelati menetti merkityksensä uskonnollisena keskuksena sen jälkeen, kun puna-armeija hyökkäsi Georgiaan ja maa liitettiin Neuvostoliittoon 1920-luvun alussa. Vuonna 1988 kirkot otettiin uudelleen käyttöön.