Nach dem Krieg wurde er Mitglied der Republikanischen Partei. Zwischen 1865 und 1866, während der Rekonstruktionszeit, war er Bezirksstaatsanwalt. Nach der Wiederaufnahme des Staates Mississippi in die Vereinigten Staaten wurde Harris 1870 in das US-Repräsentantenhaus in Washington gewählt. Dort nahm er den seit Dezember 1860 vakanten Sitz des Kongressabgeordneten des ersten Distrikts von Mississippi ein. Harris konnte sein Mandat im Kongress zwischen dem 23. Februar 1870 und dem 3. März 1873 ausüben. Danach fiel der Sitz wieder an Lucius Lamar von der Demokratischen Partei, der dieses Mandat bereits zwischen 1857 und 1860 innehatte. Bis zum Jahr 1995, als Roger Wicker gewählt wurde, blieb George Harris der einzige republikanische Kongressabgeordnete des ersten Wahlbezirks.