Slovenia selvitti tiensä Japanin ja Etelä-Korean MM-kilpailuihin 2002 kukistettuaan jatkokarsinnassa Romanian yhteismaalein 3–2. Lopputurnauksessa se hävisi kaikki ottelunsa: Espanjalle ja Paraguaylle maalein 1–3, Etelä-Afrikalle 0–1. Kolmannen kerran Slovenia esiintyi jalkapallon arvoturnauksessa Etelä-Afrikan MM-kilpailuissa 2010. Se varmisti kisapaikkansa kukistettuaan jatkokarsinnassa Venäjän vierasmaalisäännön perusteella. MM-turnauksessa joukkue karsiutui alkulohkon jälkeen. Se voitti Algerian 1–0, pelasi Yhdysvaltojen kanssa tasapelin 2–2, mutta hävisi Englannille 0–1.