Thomas Dupuy aura servi la France durant 9 ans et 5 mois. En 2005, il s'engage dans l'Armée française, à l'école des sous-officiers de Rochefort. Il est successivement nommé caporal le , caporal-chef le puis sergent le . Il reçoit ensuite une formation de fusilier-commando de l'air à Dijon et rejoint plus tard le CPA 30 de Bordeaux-Mérignac. De février à , il sert au Togo. En , il entre dans les commando parachutiste de l'air de la base aérienne 123 d'Orléans, unité d’élite spécialisée dans les sauts à très haute altitude, elle est la seule de l’armée de l’air. Son unité était chargée des guidages laser avant un bombardement sur un objectif, de la sécurisation des terrains d’atterrissage, de la libération d’otages. Il se distingue comme tireur d’élite et spécialiste du saut à ouverture à très haute altitude. Il sert à Djibouti en 2010 et dans les forces spéciales, son comportement exemplaire et ses qualités remarquables lui ont permis de se voir attribuer la Croix de la Valeur militaire avec étoile de bronze. En 2011 engagé en Afghanistan, il est blessé à Kâpîssâ, pris à partie par des insurgés, au cours d’une infiltration derrière les lignes adverses, puis blessé lors d’un accrochage, il obtient la Croix de la Valeur militaire avec étoile d’argent et l’attribution de la médaille des blessés. En , il est sergent-chef de l'armée française engagé au Mali dans l'opération Barkhane.