Die einfache Trikolore wird von den Gemeinden, aber auch von der Bevölkerung benutzt. Bis auf Nordfriesland, wo die friesischen Farben beliebt sind, ist die schleswig-holsteinische Flagge überall im Land z. T. stark verbreitet. In Lübeck und Dithmarschen bestehen daneben eigene Flaggentraditionen. Viele in der dänischen Minderheit lehnen die Flagge aus historischen Gründen bis heute ab; bis vor kurzem wurde sie in konservativen Kreisen der Minderheit noch als "oprørsfane" – „Aufruhrfahne“ – in Anlehnung an die Erhebung von 1848 bezeichnet. Die Landesbehörden hissen hingegen die Dienstflagge. Sie trägt das Landeswappen im Zentrum. Im Allgemeinen wird die Dienstflagge neben der Flagge Deutschlands und der Europäischen Union gehisst. Fahrzeuge der (Landes-)Wasserschutzpolizei führen die Dienstflagge auch als Gösch am Bug, ebenso die Schiffe des GEOMAR Helmholtz-Zentrums für Ozeanforschung Kiel.