Джамията изгаря през 1689 година, когато Йохан Норберт Пиколомини по време на Голямата турска война заповядва Скопие да бъде опожарен. В 1160 от хиджра (1747 - 1748 от Хр.) е премхнато оловото покриващо купола. Джамията пострадва и по време на Първата световна война и при Скопското земетресение в 1963 година.