В мае 1938 года был назначен заместителем командующего Амурской флотилией. Затем в 1940 году назначен командующим Пинской военной флотилией, в составе которой и воевал в начале Великой Отечественной войны. 21 мая 1941 года присвоено воинское звание контр-адмирал. Во время второго штурма Киевского укрепрайона, который войска 29-го армейского корпуса вермахта начали 16 сентября 1941 г., находился в городе Киев, куда по мере сжимания киевского окружения отходили по Днепру и Десне корабли флотилии. 18 сентября, находясь в здании штаба флотилии (сейчас это главный корпус Киево-Могилянской академии), попал под артиллерийский обстрел и был тяжело ранен в плечо. Это ранение спасло Рогачеву жизнь. Контр-адмирала вывезли на самолете из окружения буквально в последний момент.