পাকিস্তানের সামরিক পদক্ষেপের প্রতি প্রাথমিক বাঙালি প্রতিরোধ স্বতঃস্ফূর্ত এবং বিশৃঙ্খল ছিল। বাঙালি সৈন্যরা বৃহত্তর পরিস্থিতি সম্পর্কে অনেকাংশে অসচেতন ছিল; অনেক ইউনিট পাকিস্তানি আক্রমণের পরে কেবল বিদ্রোহ করে ৩১ শে মার্চ পর্যন্ত রুটিন দায়িত্ব পালন করে চলেছিল। পিএএফ পূর্ব পাকিস্তানের ওসি অ্যাডমিন উইংয়ের গ্রুপ ক্যাপ্টেন এ কে খন্দকার ২৫ শে মার্চ পাকিস্তানি আক্রমণ শুরুর আগে পূর্ব পাকিস্তান থেকে ইয়াহিয়া খানের চলে যাওয়ার সাক্ষী ছিলেন এবং আওয়ামী লীগ সদস্যদের সতর্ক করেছিলেন এবং এর আগে তিনি শেখ মুজিবুর রহমানকে পাকিস্তানি সৈন্যদের সম্পর্কে সতর্কও করেছিলেন আন্দোলন তবে, এই বিদ্রোহ শুরু করতে কোনও দেশব্যাপী যোগাযোগ বাঙালি সৈন্যদের কাছে পৌঁছায়নি; বাঙালিদের উপর পাকিস্তানি হামলার আক্রমণ শুনে বা শুনে তারা বিদ্রোহ করেছিল। এয়ার কমোডর মিট্টি মাসুদ ১৫ মার্চ পাকিস্তানি সিনিয়র অফিসারদের বৈঠকে নৈতিক ভিত্তিতে অপারেশন সার্চলাইটের বিরোধিতা করেছিলেন এবং মার্চ ২৯-এ বিমান হামলা চালানোর জন্য সেনাবাহিনীর অনুরোধ প্রত্যাখ্যান করেছিলেন। তিনি ২৭শে মার্চ বাঙালি পিএএফ কর্মীদের ব্যক্তিগত সুরক্ষার আশ্বাস দিয়েছিলেন এবং ৩০শে মার্চ তাদেরকে হ্রাসকারী মিশন বা ছুটিতে যাওয়ার বিকল্প দিয়েছিল, তবে রাষ্ট্রদ্রোহিতা করার বিরুদ্ধে তাদের সতর্ক করে দিয়েছিল, এবং বাঙালি বিমানবাহিনী ও কর্মীদের দায়িত্ব থেকে অব্যাহতি দেওয়া হয়েছিল। এয়ার কমোডর মাসুদ ৩১শে মার্চ তার পদ থেকে মুক্তি পেয়েছিলেন এবং এয়ার কমডোর ইনাম-উল হক তার স্থলাভিষিক্ত হন। একুশ মার্চ থেকে নভেম্বরের মধ্যে কয়েক শতাধিক বাঙালি কর্মকর্তা এবং সৈন্য, বিমান ও নৌবাহিনীকে পশ্চিম পাকিস্তানে প্রেরণ করা হয়েছিল, এবং পাকিস্তান সেনাবাহিনী পূর্ব পাকিস্তানে ২১ জন সেনা ও ৪ জন বিমান বাহিনী কর্মকর্তা এবং কয়েক শতাধিক সৈন্যকে বন্দী করেছিল। তবে, ১৯৭১ সালের মার্চ-নভেম্বরের মধ্যে সেনাবাহিনী কর্তৃক ৪ জন বাঙালি সেনা অফিসারকে হত্যা করা হয়েছিল, তখন বিমান বাহিনীর কোনও কর্মকর্তা এ সময় এ জাতীয় পরিণতির শিকার হননি।