Імператор зберігав гарні стосунки з Генуєю, яка відновила протистояння в Чорному морі з Венецією, а в Криму — з князівством Феодоро. В свою чергу Іоанн IV планував спиратися на генуезців у боротьбі зі знаттю — прихильниками його брата Олександра. Останнього підтримував візантійський імператор Іоанн VIII Палеолог та генуезець Доріно I Гаттілузі, правитель Лесбосу. 1431 року імператором було надано дозвіл на ремонт генуезького замку в Трапезунді. 1433 року відновлено листування з Папським престолом, коли папа римський Євгеній IV запропонував приєднатися до унії. 1437 року надано додаткові пільги генуезьким купцям. Того ж року спрямовано представників Трапезунду на Флорентійський собор.