С 2003 по 2014 год был президентом Парагвайской футбольной ассоциации, благодаря чему вошёл в управленческие круги в КОНМЕБОЛ. В 2013 году стал вице-президентом главной футбольной организации Южной Америки. После ухода со своего поста многолетнего президента Николаса Леоса организацию возглавил Эухенио Фигередо, но в 2014 году уругваец был арестован в связи с разгоревшимся делом о коррупции в ФИФА. 4 марта 2015 года 56-летний Напоут был избран новым президентом КОНМЕБОЛ (с августа 2014 он исполнял обязанности президента), причём это избрание ознаменовало значительное омоложение управленческого состава в организации (Леосу на момент отставки было 84 года, Фигередо — 82 года). Напоут также стал вице-президентом ФИФА.