In de wereldbeker kende Schlierenzauer opnieuw een sterk seizoen in de winter van &lt;a href="Wereldbeker%20schansspringen%202012/2013"&gt;2012/2013&lt;/a&gt;. Dankzij 10 individuele overwinningen domineerde hij het gehele seizoen. Schlierenzauer was dan ook de beste in de eindklassementen van zowel de wereldbeker schansspringen als skivliegen. Hij won ook opnieuw het vierschansentoernooi. Tijdens de Wereldkampioenschappen schansspringen 2013 behaalde Schlierenzauer opnieuw drie medailles. Samen met Wolfgang Loitzl, Manuel Fettner en Thomas Morgenstern was hij de beste in de landenwedstrijd op de grote schans. Individueel moest hij op de kleine schans zijn meerdere erkennen in Anders Bardal, terwijl hij op de grote schans op de 8e plaats eindigde. Voor het eerst stond er ook een teamwedstrijd voor gemengde landenteams op het programma. Samen met Chiara Hölzl, Thomas Morgenstern en Jacqueline Seifriedsberger behaalde Schlierenzauer de zilveren medaille.