Эмилио, родившийся в Испании и имевший испанское подданство, неоднократно получал предложения выступать за сборную Экваториальной Гвинеи, откуда родом его отец, но отвергал их в пользу испанских молодёжных сборных. Выступал за юношеские сборные Испании различных возрастов. Участник юношеского чемпионата Европы (до 19 лет) 2008 года (провел 1 матч), чемпионата мира (до 20 лет) 2009 года (3 матча, 2 гола), молодёжного чемпионата Европы—2011 (1 матч).