Da Pave Innocens 3. opfordrede til et korstog mod "Albigenserne" eller katharerne i Languedoc i 1208, gjorde Filip intet for at støtte det, skønt han ikke forhindrede sine adelige i at deltage. Krigen mod katarerne sluttede først i 1244, hvor deres sidste fæstninger endelig blev erobret. Frugterne af sejren, underkastelsen af det Sydfrankrig under kronen kom til at blive høstet af Filips søn Ludvig 8. og barnebarn Ludvig 9. Fra 1216 til 1222 var Filip også involveret i arvefølgekrigen i Champagne og bidrog til sidst til Odo 3., hertug af Burgunds og den tysk-romerske kejser Frederik 2.'s militære indsats for at bringe den til ophør.