W lipcu 1532 roku wylądował na wybrzeżu dzisiejszego Ekwadoru. Tam stoczył walkę z plemieniem Puna. Zwyciężył, ponieważ dotarły posiłki pod dowództwem Hernando de Soto. Następnie konkwistadorzy ruszyli w głąb imperium Inków. Po kilku miesiącach marszu dotarli do Cajamarki. Tam na spotkanie z Atahualpą wysłał de Soto, dominikanina Vincente de Valverde i tłumacza. Valverde nakłaniał władcę do przejścia na chrześcijaństwo i poddania się hiszpańskiemu panowaniu – w przeciwnym wypadku zostałby uznany za wroga Hiszpanii. Atahualpa odmówił spełnienia żądań, rzucając Biblią w twarz dominikanina. To był sygnał do ataku. Najpierw Hiszpanie ostrzelali zgromadzonych na placu Inków z dział i arkebuzów, a następnie ruszyli do ataku. W trakcie rzezi zginęło ok. 5 tys. Inków, a sam Atahualpa został uwięziony. Licząc na uwolnienie, władca obiecał wypełnić pokój do wysokości ręki złotem i dwa razy srebrem. Pizarro nie zamierzał go uwolnić i po uzyskaniu okupu Atahualpa został zamordowany po sfingowanym procesie w 1533.