Gesner was de zoon van een Zürcher bontwerker. Hij groeide op en ging naar school in Zürich. Zijn vader sneuvelde in de Tweede Kappeleroorlog in 1531, waardoor de jonge Gesner in financiële nood kwam te zitten. Dankzij steun van zijn leraar Oswald Myconius en later van Heinrich Bullinger kon hij verder studeren aan de universiteiten van Straatsburg en Bourges (1532-1533).