В 1986 году Нильсен перешёл в ПСВ. С новым клубом он ещё трижды завоевал Кубок Нидерландов и стал чемпионом страны. В 1988 году Иван реализовал один из послематчевых пенальти в финале Кубка чемпионов против «Бенфики» и завоевал самый главный клубный трофей Европы. В 1990 году он вернулся на родину, где непродолжительное время выступал за «Фремад Амагер» и Б-1903. В 1992 году Нильсен подписал контракт с «Копенгагеном». В 1993 году он впервые выиграл датскую Суперлигу. В 1993 году Иван перешёл в «Нествед», где и завершил карьеру спустя полгода.