בעקבות ניצחונו הגדול של נלסון בקרב על הנילוס נשלח סמית' לאזור הים התיכון כמפקדה של הספינה "טייגר", ספינה צרפתית שנפלה בשבי ובה שמונים תותחים. תמונת המצב האסטרטגית הייתה כי נפוליאון וכוחותיו שלטו ביבשה במצרים, אך התבוסה הימית גרמה לכך שיהיו מנותקים ממקורות אספקתם. מינויו של סמית' לא היה מינוי ימי טהור, על אף שהוא הושם תחת פיקודו של האדמירל ג'ון ג'רוויס, מפקד הצי בים התיכון. ג'רוויס נתן לו דרגת קומודור שהייתה מלווה בעצמאות פיקודית והרשה לו להגיע עם ספינות שהושמו תחת פיקודו לכל מקום במזרח התיכון בו יידרשו שירותיו. הוא אף שימש כשליח מיוחד לאיסטנבול, שם שימש אחיו כמיופה הכוח הבריטי לחצרו של הסולטאן. משימתו הייתה לחזק את ההתנגדות הטורקית לנפוליאון ולסייע לטורקים במלחמתם בצבא הצרפתי, שכבש את מצרים ועלה אז צפונה לעבר ארץ ישראל. שליחותו גרמה לנלסון שהיה בכיר מג'רוויס, להתנגד לסמכויות הרבות שניתנו לסמית' במזרח התיכון.