Canaris war wiederholt in Spanien, um Konflikte zwischen Spaniern, Deutschen und Italienern zu schlichten. Canaris persönlich sorgte für Ablösung des deutschen Botschafters Wilhelm Faupel und des Kommandeurs der Legion Condor Generalmajor Hugo Sperrle, da beide mit ihrer Art die Spanier vor den Kopf stießen. Die Bombardierung von Guernica soll Canaris erschüttert haben.