Els protestants van ser un altre grup que va començar a establir-se al Brasil en l'inici del segle XIX. Els primers protestants eren anglesos i una església anglicana va ser inaugurada a Rio de Janeiro el 1820. Uns altres van ser establir-se posteriorment en les províncies de SãoPaulo, Pernambuco i Bahia. Aquests van ser seguits per luterans alemanys i suïssos que es van establir en les regions sud i sud-oest i van construir els seus propis centres de culte. Després de la Guerra Civil dels Estats Units de 1860, diversos emigrants del sud del país que intentaven escapar de la "Reconstrucció", es van establir a São Paulo. Diverses esglésies nord-americanes van patrocinar activitats missioneres, incloent baptistes, luterans, congregacionals i metodistes.