La fine degli anni novanta e gli anni duemila sono caratterizzati da un'alternanza di categoria tra Serie A e Serie B (tre promozioni, fra cui un campionato vinto nella stagione 2005-2006, e quattro retrocessioni tra la stagione 1997-1998 e la stagione 2009-2010). Con la vittoria della Serie B 2010-2011 il club torna nuovamente in Serie A, per poi essere coinvolto a fine stagione nello scandalo calcioscommesse del 2011; rimane in massima serie anche negli anni seguenti e, sotto la guida di Gian Piero Gasperini, ottiene il quarto posto nella stagione 2016-2017 e annessa qualificazione, dopo ventisei anni, a una competizione confederale, l'Europa League. Nelle stagioni 2018-2019 e 2019-2020 migliora ulteriormente il piazzamento in campionato chiudendo entrambe le edizioni al terzo posto, conseguendo così la prima qualificazione alla Champions League della sua storia, dove, da matricola della competizione, nella stagione 2019-2020 viene eliminata ai quarti di finale.