Vaikka historian aikana on kristittyjen asema ollut islamilaisissa maissa välillä hyväkin, on ajoittain ollut myös vainojen kausia. Turkissa murhattiin 1900-luvun alussa toista miljoonaa armenialaista, kreikkalaista ja assyrialaista kristittyä (Armenialaisten kansanmurha). Turkissa kristityn vähemmistön asema ei Euroopan unionin mukaan ole vieläkään tyydyttävä.