Les Jésuites estimant trop faible le potentiel d'un éventuel séminaire, contrairement à l'évêque, les cours de théologie ne commencent qu'en 1592, mais ils sont immédiatement interrompus par la guerre des évêques et ne reprennent qu'au bout d'un an. Les nouveaux cours s'ajoutent au cas par cas, sur l'insistance de Charles de Lorraine, prétendant à l'évêché de Strasbourg et en lutte pour ce titre avec le candidat protestant.