Nach der Einnahme von Fort Sumter übertrug man ihm das Kommando über den Hafen von Charleston. Am 19. Juli 1861 wurde er zum Brigadegeneral befördert und nach Pensacola, Florida versetzt, wo er im Gefecht um Fort Pickens verwundet wurde. Nach seiner Genesung kämpfte er mit seinen Truppen am 5. Mai 1862 in der Schlacht von Williamsburg, am 31. Mai und 1. Juni 1862 in der Schlacht von Seven Pines und in der Sieben-Tage-Schlacht vom 25. Juni – 1. Juli 1862. Seit Williamsburg führte er das Kommando über die Division Generalmajor James Longstreets. Für seine Verdienste und Erfolge wurde er am 14. Juli 1862 zum Generalmajor befördert und bekam das Kommando über die zweite Division aus Longstreets Korps.