En el Tribunal Penal Militar Internacional para el Lejano Oriente celebrado en Tokio después de la guerra, Kido fue acusado como un criminal de guerra de clase A. Inicialmente intentó declararse culpable para proteger al emperador asumiendo toda la responsabilidad de las decisiones imperiales que abogaban por la guerra. Su diario personal, guardado en detalle desde 1930, se entregó voluntariamente a la fiscalía, y se convirtió en un documento importante para determinar el funcionamiento interno del gobierno japonés durante la guerra, y la fiscalía a menudo lo citó como evidencia contra los acusados, incluido el mismo Kido.[4] Fue declarado culpable y sentenciado a cadena perpetua en la prisión de Sugamo, Tokio.