Le , il est cédé au ballottage et passe aux Giants de San Francisco. Mijares fait 27 apparitions au monticule en fin de saison 2012 pour les Giants. Il remporte un match et maintient une moyenne de points mérités de 2,55 en 17 manches et deux tiers lancées. Au total en 2012, il a une moyenne de 2,56 avec deux gains, deux revers en 56 manches et un tiers lancées lors de 78 parties. Il joue en séries éliminatoires et savoure la conquête de la Série mondiale 2012 avec San Francisco. Au cours de ces éliminatoires, il lance deux manches et deux tiers, dont un tiers de manche en grande finale face aux Tigers de Détroit.