Efterhånden forværredes økonomien i Chile, hvilket styrkede oppositionen, der samtidig forenede kræfterne fra kristendemokraterne og de konservative, efter at kristendemokraterne i begyndelsen af Allendes regeringsperiode ikke havde modarbejdet ham. Et vigtigt kongresvalg i marts 1973 ændrede imidlertid ikke meget ved magtfordelingen, idet oppositionen ikke opnåede de forventede to tredjedeles flertal, som kunne have væltet Allende. I stedet betød resultatet større konfrontationer, der blev gradvist mere voldelige, på gadeplan mellem regeringsstøtter og tilhængere af oppositionen. De yderste politiske fløje fik vind i sejlene, og højrefløjen søgte at få militæret på sin side. Et militært kup blev forpurret i juni, men hændelsen gav et signal om, at militæret var nervøst. Samfundet gik mere og mere i stå, og da kongressen og højesteret tilføjede Allende et sviende nederlag, planlagde han at søge om støtte til sin politik ved en folkeafstemning. Imidlertid kom militæret under ledelse af den nyudnævnte hærchef, Augusto Pinochet, dette i forkøbet ved at angribe strategiske civile myndigheder i landet den 11. september 1973. Det var starten på det militærkup, der styrtede Allendes regering. Undervejs i kuppet led Allende en voldelig død, øjensynligt begik han selvmord, hvilket en domstolsafgørelse har fastslået i 2012. USA's rolle i kuppet og Allendes død er uklar, men Henry Kissinger fortalte Nixon, at USA havde "hjulpet" kuppet.