Saksalaiset alkoivat työntyä itään 1100-luvulla. Lyypekki perustettiin vuonna 1159, mikä avasi portin itään. Alustyyppi koggi mahdollisti suurten matkustaja- ja tavaramäärien kuljetuksen. Saksalaisia tuli vuoden 1159 paikkeilla Väinäjoen suulle. Vuonna 1182 alueelle tuli piispa Meinhard, joka aloitti paikallisten käännytyksen. Saksalaisvallan alle Baltian alueen toi Liivinmaan kolmas piispa Albert von Buxhövden, joka tuli alueelle vuonna 1200. Hänellä oli mukanaan ristiretkeläisiä, ja vuonna 1201 hän perusti Riian alueen keskukseksi. Liiviläiset ja latvialaiset alistettiin suhteellisen nopeasti. Virolaisten alistaminen alkoi vuonna 1208. Virolaiset tekivät kostoiskun latvialaisten tekemän iskun johdosta nykyisen Latvian alueelle, mitä seurasivat puolestaan latvialaisten ja saksalaisten kostoretket. Vuonna 1217 käytiin Matinpäivän taistelu, jossa virolaisten yhdistyneet joukot kärsivät tappion Lembitun johdolla saksalaisille. Tanskalaiset valtasivat Pohjois-Viron Lyndanisen taistelun myötä vuonna 1219. Viimeinen vapaa virolainen alue Saarenmaa kukistui vuonna 1227.