Jackson, 24 Eylül 1862'de tuğgeneralliğe terfi etti ve Ekim ayında Potomac Ordusu'nun XII Kolordusu'nda tugay komutanlığı verdi. Tugayı ve XII Kolordusu, Aralık ayında Fredericksburg Muharebesi sırasında Harper's Ferry'de görevlendirildi. Jackson atının kayması ve Jackson sağ uyluğunun kırılmasının ardından 17 Nisan 1863'te Virginia'nın Spotsylvania İlçesinde ciddi şekilde yaralandı. Yaralanma, Mayıs ayındaki Şansölye Savaşı'na katılmasını engelledi ve sonbaharda eylem dışı kaldı.