Efter att ha missat EM i Belgien och Nederländerna så var det VM-kvalet till Japan och Sydkorea 2002 som stod på tur. Även här blev det ett resultatmässigt misslyckande där man fick nöja sig med en fjärdeplats i en grupp med totalt fem lag. Det enda landet som var sämre var Liechtenstein, vilket också var det enda lag Bosnien och Hercegovina slog i båda matcherna. I oktober 2001 spelade man sin sista match och slog just Liechtenstein med 5-0, vilket var ett målrekord för Bosnien och Hercegovina, ett rekord som skulle hålla sig i ungefär sju år. Man tog även två poäng mot Israel och Österrike, båda på hemmaplan. Kvalet i sin helhet blev ett fiasko och förmodligen det sämsta som Bosnien och Hercegovina gjort.