Em 2 de agosto de 1939 foi mobilizado no exército polonês como um oficial da reserva, tomando parte na guerra defensiva polaca no início da Segunda Guerra Mundial. Após a invasão soviética da Polônia, sua unidade tentou alcançar as fronteiras húngaras ou romenas, a fim de escapar de ser capturado e encontrar o seu caminho para a França, onde o exército polonês estava sendo recriado. No entanto, após a batalha de Krasnobród em 23 de setembro, ele foi capturado pelos soviéticos. Depois de passar pelo campo de transferência em Putyvl ele foi internado no acampamento da NKVD em Kozelsk, juntamente com milhares de outros oficiais poloneses, professores, guardas de fronteira e policiais. Interrogado pelo comandante de brigada Vasili Mikhaylovich Zarubin, Swianiewicz que falava fluentemente russo aparentemente foi considerado útil. Ao início do massacre de Katyn, na primavera de 1940, ele estava com a um grupo de cerca 100 oficiais poloneses sendo transportados por trem para uma pequena estação em Gniezdovo perto de Katyn. Os seus companheiros estavam amontoados em ônibus com os olhos vendados e sendo transportados para o local de assassinato em massa, quando Swianiewicz foi retirado do transporte.