A pedido de Carlos Bianchi, tras la partida de Jorge Bermúdez, fue elegido para rearmar la defensa del Club Atlético Boca Juniors y fue adquirido al club de La Paternal, en 750 mil dólares. Le costó afirmarse al comienzo, pero luego, ya con el "Maestro" Tabárez, como entrenador, pudo y supo ganarse su lugar tanto dentro como fuera del campo de juego, ya que consiguió rápidamente el cariño de la gente de Boca. Sólido en el juego aéreo, fue figura de los títulos que ganó junto con Boca (Torneo Apertura 2003, Copa Libertadores 2003, Copa Intercontinental 2003, Copa Sudamericana 2004, Torneo Apertura 2005 , Copa Sudamericana 2005 y Torneo Apertura 2011), mostrando su personalidad y entrega.