Dans une lettre à Walter Benjamin, Gershom Scholem raconte les efforts de sa famille pour obtenir la libération de Werner Scholem. L'échec serait dû au fait que Scholem figurait sur une liste de prisonniers qui ne pouvaient être libérés qu'avec la permission de Joseph Goebbels : . Un buste de Werner Scholem, probablement réalisé à Dachau, a été montré en 1937 dans l'exposition de propagande « Le Juif éternel » à Munich. En tant que communiste exclu du parti et Juif non religieux, Scholem est resté isolé dans les camps de concentration, selon sa fille, bien qu'il ait agi en faveur de nombreux codétenus.