Aby utrzymać istnienie Jugosławii prezydent Serbii i przywódca SPS Slobodan Milošević zapowiedział oderwanie od Chorwacji oraz Bośni i Hercegowiny terenów zamieszkałych przez Serbów. Powstanie serbskich enklaw było przyczyną wybuchu wojny domowej. 27 kwietnia 1992 roku Serbia i Czarnogóra utworzyły Federalną Republikę Jugosławii (FRJ). Dzięki międzynarodowej mediacji wojna domowa zakończyła się w 1995 roku. W 1997 roku Milošević został prezydentem FRJ. W 1998 roku wojska serbskie rozpoczęły działania wojenne przeciwko Albańczykom zamieszkującym Kosowo. Bezpośrednią przyczyną wojny była obawa o ogłoszenie secesji przez Albańczyków. Po odrzuceniu przez Miloševicia w styczniu 1999 roku kolejnej międzynarodowej mediacji NATO rozpoczęło bombardowanie Serbii i Czarnogóry (marzec-czerwiec 1999). Działania NATO doprowadziły do wycofania sił serbskich z Kosowa.