בניגוד למלחמת אפגניסטן אשר נתפסה כתגובה לגיטימית לפיגועי 11 בספטמבר והייתה מצויה בקונצנזוס לאומי רחב בארצות הברית, המלחמה בעיראק עוד מלכתחילה הייתה לשנויה במחלוקת. בעוד בתחילת המלחמה נהנה בוש מעלייה בפופולריות ומתמיכה של כ-60% מהציבור, עד מהרה מגמה זו נשחקה. הגם שלאחר ה-13 בדצמבר 2003, אז נתפס סדאם חוסיין על ידי הצבא האמריקני והובא למשפט, זכה בוש לעלייה מסוימת במעמדו הציבורי, גם מצב עניינים זה לא נמשך זמן רב. כבר מלכתחילה היו שמתחו ביקורת נוקבת על המלחמה, וטענו על היותה מעורערת מהבחינה החוקית. נקודה משמעותית הייתה באשר לסיבת המלחמה. בעוד בוש ראה את החשדות להימצאותו של נשק להשמדה המונית בעיראק כעילה המרכזית ליציאה למלחמה, מלבד כמות מזערית של סארין, לא נמצא בעיראק נשק להשמדה המונית. עובדה זאת הייתה בעוכריו של הממשל, והדבר הוליד ביקורת רבה על בוש. רבים טענו שהממשל הגזים באיום הבלתי קונבנציונלי מעיראק וערך מניפולציות במידע המודיעיני באשר למשטרו של סאדם חוסיין. לימים הודה בוש שהימצאותו של נשק להשמדה המונית בעיראק היה נתון מעורער מלכתחילה, אך האשים במרומז את קהיליית המודיעין ש"הרבה מהמידע המודיעיני (שסופק לו) התברר כשגוי". ביקורות נוספות על המלחמה כללו גם טענות שהעלות הכספית של המלחמה יקרה מדי, וששיעור האבדות האמריקני גדול אף הוא. אחרים טענו שהמלחמה בעיראק מסיטה את תשומת הלב של ארצות הברית ממאבקה העיקרי – מלחמת אפגניסטן. היו מי שפקפקו ביכולת האמריקנית לקיים בצורה מוצלחת שתי מלחמות גדולות במקביל. בנוסף לכל אלו נטען שלא הייתה בנמצא תוכנית מוסדרת ליום שאחרי הפלת משטר סדאם חוסיין, וכן שהתוכניות לשיקום עיראק לאחר המלחמה לקו בחסר. ביקורת נוספת טענה להפרות זכויות אדם משמעותיות במלחמה. מנגד תומכי המלחמה טענו שבדיעבד לא נמצא כמות משמעותית של נשק להשמדה המונית בעיראק, אך בעת היציאה למלחמה המשטר בעיראק לא שיתף פעולה בצורה מלאה והיה מקום להניח שהוא משטה בעולם. בנוסף, הם טענו שסדאם חוסיין איננו שליט לגיטימי והפלתו של רודן אכזרי היא מעשה ראוי. עוד הם אמרו שהמלחמה הפכה את העולם למקום בטוח יותר, ושכתוצאה מהמלחמה מצבם של תושבי עיראק טוב יותר גם כן.