Fin dal 1451 il Consiglio privato andò nelle mani di Edmund Beaufort, II duca di Somerset ed Humphrey lo supportò nel tentativo di mantenere la pace fra lui e Riccardo Plantageneto, III duca di York. Dall'agosto 1453 Enrico VI andò in una sorta di stato catatonico e York venne nominato Protettore del regno, quando il re si riprese due anni dopo annullò molte delle decisioni da lui prese e in breve scoppiò la guerra che divenne nota come la Guerra delle due rose. Per quanto Humphrey fosse un sostenitore di Somerset e per quanto sua figlia Margaret fosse sposata con Edmund Beaufort, II duca di Somerset egli era restio a prendere le armi per schierarsi con lui. Quando Somerset venne arrestato per ordine di York Humphrey riuscì a farlo rilasciare nel febbraio 1455 ed egli stava cercando ancora di mediare la pace alla vigilia della Prima battaglia di St Albans il 22 maggio. Humphrey comandò uno dei contingenti di Enrico e benché la battaglia portò con sé poche perdite vide non solo la vittoria di York, ma anche la morte di Somerset che cadde nello scontro ed egli stesso venne catturato. York era riuscito a piegare la politica inglese al proprio comando, si nominò Conestabile d'Inghilterra e quando Enrico tornò ad ammalarsi egli tornò ad essere il Protettore del regno