Le , les troupes françaises sont battues à Arcis-sur-Aube et les armées coalisées convergent vers Paris. Tout en organisant la défense de la capitale, Joseph Bonaparte soumet le au Conseil de Régence la question de l'évacuation de l'impératrice et de son fils. Les avis sont partagés mais en prenant appui sur des lettres de Napoléon, qui lui indique qu'il ne souffrirait pas de voir son fils aux mains de l'ennemi, Joseph prend la décision de leur faire quitter la capitale, ce qui lui sera plus tard reproché. Dans le même temps, il fait placarder une proclamation dans les rues de Paris pour exhorter la ville à se défendre. Le , les combats s'engagent et la situation tourne rapidement en faveur des coalisés. Il réunit dans l'urgence un conseil formé des ministres Clarke, Daru et Decrès, des généraux Hulin, Mathieu et Strolz, du major Allent et de plusieurs officiers d'état-major. La décision est prise d'autoriser les maréchaux à négocier en vue d'une capitulation, qui est signée dans la nuit du . Pendant ce temps, Joseph Bonaparte quitte précipitamment la ville pour rejoindre l'impératrice à Blois, où il arrive le .