W 1626 klasztor został splądrowany przez szwedzkie wojska pod dowództwem admirała Carla Carlssona Gyllenhielma. Wtedy właśnie wywieziono do szwedzkiego Skokloster renesansową ambonę i organy. wojnę ze Szwedami konwent oliwski przetrwał w Gdańsku, skąd powrócił do Oliwy w 1628 roku. Wcześniej, w roku 1627, na wodach Zatoki Gdańskiej doszło do bitwy między flotą polską a szwedzką. Wojna zakończyła się w roku 1629, a w 1630 zmarł opat Adam Trebnic. Wobec tego, że klasztor utracił sporą część wyposażenia, kolejni opaci (Jan Grabiński, Aleksander Grabiński, Michał Konarski i Aleksander Kęsowski) fundowali nowy, tym razem barokowy wystrój świątyni.