Neskôr boli všetky nové príchody kategórie „nechcení“, ale vzdelanci a politickí väzni tvorili až do skončenia vojny najpočetnejšiu skupinu. Počas druhej svetovej vojny sa do Mauthausenu a jeho pobočiek dostali veľké skupiny španielskych republikánov. Väčšinou bývalých republikánskych vojakov alebo aktivistov, ktorí utiekli z Francúzska po Francovom víťazstve a zajatých nemeckou armádou v roku 1940 pri francúzskej porážke alebo odovzdaných Nemcom predstaviteľmi vichystického režimu. Najväčšia z týchto skupín dorazila do Gusenu v januári 1941. Začiatkom roku 1941 presunuli takmer všetkých Poliakov a Španielov, okrem malých skupín špecialistov pracujúcich v kameňolome, z Mauthausenu do Gusenu. Tábory začali po začiatku sovietsko-nemeckej vojny v roku 1941 prijímať veľké množstvo sovietskych zajatcov. Väčšina z nich umiestnili do barakov oddelených od zvyšku tábora. Prvé skupiny určené pre nové plynové komory postavené začiatkom roku 1942 pozostávali hlavne zo sovietskych vojnových zajatcov. V roku 1944 priviezli do tábora veľkú skupinu maďarských a holandských Židov. Podobne ako v prípade ďalších veľkých skupín väzňov umiestnených do Mauthausen-Gusenu zomrela väčšina z nich na následky ťažkej práce, zlých podmienok alebo po zhodení zo steny mauthausenského kameňolomu, prezývanej dozorcami SS a kápami "parašutistická stena". Týchto väzňov dozorcovia označovali ako „parašutistov bez padáka“.