בנובמבר 1966 כתב המוסד דו"ח מיוחד על טיהור הקומוניסטים באינדונזיה, בו תוארו ההיקף והאכזריות של מעשי הטבח. על אף זאת, ישראל ראתה באינדונזיה שותפה לגיטימית לקידום מטרות ביטחוניות, כלכליות ופוליטיות. המוסד ניהל מגעים עם המשטר הצבאי באינדונזיה להקמת פרויקטים מסחריים משותפים בתחומים שונים, כגון שמן, קופרה, נפט גולמי, כותנה ושיווק יהלומים. חלק מהסחורות הללו הועברו בין המדינות בתיווכן של חברות זרות.