För sina insatser för våldtagna kvinnor i krigets Kongo, tilldelades han 2008 års och Olof Palmepriset, 2013 års "alternativa Nobelpris" Right Livelihood Award och 2014 års Sacharovpriset för tankefrihet. Den 5 oktober 2018 tillkännagav den norska nobelpriskommittén att Mukwege tillsammans med Nadia Murad tilldelas 2018 års fredspris.