Das Wählerverhalten war scharf nach Nord und Süd und damit moslemisch / christlich getrennt: Die Nationale Kongresspartei holte 322 ihrer 323 Sitze im Norden und nur einen Sitz im Südsudan, die SPLM dagegen 93 Sitze im Süden und 6 Sitze im erheblich bevölkerungsreicheren Norden. In der Konfliktregion Darfur war die SPLM nicht angetreten, da die Region weiterhin Kriegsgebiet ist und ein Ausnahmezustand gilt. Die Nationale Kongresspartei errang hier daraufhin offiziell 87 % der Stimmen, in West-Darfur sogar 100 %.