Cuando en julio de 1936 se produjo el estallido de la Guerra Civil, inicialmente Peñarroya-Pueblonuevo se mantuvo en zona republicana. Los militantes socialistas y comunistas de la zona organizaron el llamado batallón «del Terrible», que intervendría en diversas acciones en el frente de Córdoba. Dada la importancia del núcleo minero e industrial, la población fue un objetivo prioritario de las fuerzas sublevadas y en octubre de 1936 sería conquistada por estas. La zona se convirtió prácticamente en primera línea de frente, sufriendo frecuentes bombardeos artilleros y aéreos durante toda la contienda. En enero de 1939 las fuerzas republicanas lanzaron una importante ofensiva en la zona, cuyo avance llegó a los alrededores de Peñarroya-Pueblonuevo. La resistencia franquista, no obstante, frustraría esta última ofensiva a pocas semanas del final de la contienda. Posteriormente, la fuerte represión favorecería el abandono masivo, dando lugar a la inmigración de nuevos grupos en busca del trabajo en la minería y la industria.