Опыт его применения был получен во время боевых действий у озера Хасан, на реке Халхин-Голе, в период Советско-финской войны. С учётом опыта применения штат корректировался, в частности увеличили хирургов, часть фельдшеров и санинструкторов заменили медицинскими сёстрами. Продолжалось это и во время Великой Отечественной войны, так в 1941-1942 годах были выделены в отдельный поток легкораненые и легкопоражённые (составляющие бóльшую часть санитарных потерь), в медико-санитарном батальоне из которых оставлялись со сроками лечения от 2-3 до 10-12 суток и после оказания амбулаторной помощи из них формировались "команды выздоравливающих" (нуждающиеся в сроках лечения менее и более указанного соответственно лечились амбулаторно в своих подразделениях или эвакуировывались в вышестоящий этап медицинской эвакуации). Была увеличена и манёвренность батальона. В дальнейшем структура батальона имела следующий состав: