En futbol, Estònia no té un equip important internacionalment, i la seva selecció mai s'ha classificat per a una copa del Món de Futbol o Eurocopa. La seva millor campanya va ser en les eliminatòries de la Eurocopa 2000, quan va aconseguir 3 victòries, i va acabar-ne 3a, tenint la clau de la classificació de la República Txeca i Escòcia. El futbolista estonià més conegut és Valeri Karpin, que va decidir jugar amb la selecció russa.