Katar hükûmetindeki görevini 1996 yılı başlarına kadar sürdürürken, mesleği gereği çeşitli ülkelerde bulundu. Ocak 2009'da, Bosna-Hersek'te yayınlanan "Fokus " gazetesindeki bir haberde, ülkenin istihbarat birimlerinde çalışan bir görevlinin yaptığı açıklamaya göre Halid Şeyh Muhammed, Bosna Savaşı sırasında, Eylül 1995'te yardım gönüllüsü olarak Bosna-Hersek'e hareket etmiş ve Müslüman Kardeşler'e bağlı bir yardım kuruluşunda gönüllü olarak çalışmıştı. Habere göre Kasım ayında kendisine Bosna-Hersek vatandaşlığı verilirken savaş döneminde yetkililerin Halid Şeyh Muhammed'in ülkede olduğundan haberdardı ve kendisine verilen vatandaşlık devlet sırrı olarak saklanmaktaydı. 1996 yılı başlarında, 1993 Dünya Ticaret Merkezi saldırısıyla ilişkisi olduğu gerekçesiyle kendisini arayan Amerika Birleşik Devletleri yetkililerinden kaçarak tekrar Pakistan'a gitti.