29 августа 1944 года началась немецкая оккупация страны с согласия президента Й. Тисо. Вспыхнуло Словацкое национальное восстание, которое через два месяца было подавлено. Военные действия во время Второй мировой войны на территории Словакии велись в течение восьми месяцев. В сентябре 1944 года советская армия перешла через Карпаты. Северные районы Словакии освобождали советские и чехословацкие войска, центральные и западные районы — советские и румынские войска. На словацкой земле было похоронено 60 659 советских, 10 435 румынских и 1736 воинов 1-го Чехословацкого армейского корпуса. 4 апреля 1945 года была освобождена Братислава, 30 апреля — Жилина. Тысячи человек из восточной Словакии были отправлены в лагеря СССР, многие из них погибли. После окончания войны в 1945 году граница с Польшей была восстановлена до заключения Мюнхенского соглашения. Й. Тисо, приговорённый Национальным судом Чехословакии к смерти, был казнён в апреле 1947 года.