Mandžukić var uttagen i Kroatiens trupp till fotbolls-EM 2012 där han gjorde tre mål. Efter mästerskapet flyttade han från Wolfsburg till Bayern München där han var med och spelade en viktig roll i laget som vann Bundesliga, DFB-Pokal och Champions League säsongen 2012/13. Hela första året i den tyska klubben blev en stor personlig triumf för kroaten som gjorde flera viktiga mål i Champions League-slutspelet (där bland 1-0-målet i Champions League-finalen mot Borussia Dortmund).