Tras la revolución de 1979, Naraghí prosiguió como director del IEIS y presidente del Instituto de Investigaciones y Programación Científica y Pedagógica de Irán (موسسه تحقیقات و برنامه‌ریزی علمی و آموزشی کشور). Sin embargo, fue detenido, encarcelado y liberado tras probarse su inocencia en un total de tres ocasiones, pasando un total de dos años en prisión, experiencia que reflejó en su libro "Del palacio a la prisión: Dentro de la revolución iraní" tras exilarse a Francia al salir de prisión, consagrándose en el exilio a la colaboración con la UNESCO, de cuya Sección para la Juventud fue director durante años hasta dejar el cargo para desempeñarse como asesor y consejero de la Dirección General de la Unesco bajo la administración de Federico Mayor Zaragoza, función que cumplió hasta 1999.