Dans le contexte de la guerre de Restauration portugaise, les défenses d'Évora furent modernisées. Des lignes fortifiées transformèrent le château en véritable place forte. Il tomba cependant à la suite d'un siège et des assauts des forces espagnoles commandées par Don Juan d'Autriche (mai 1663). À cette occasion, la "porta da Alagoa" fut détruite. Le château fut repris par les Portugais un mois plus tard, le .