Суть наиболее распространённой версии заключается в том, что взрывы жилых домов в сентябре 1999 года были организованы российскими властями, в том числе лично тогда действующим премьер-министром Владимиром Путиным, а также Федеральной службой безопасности Российской Федерации. Сторонники этой версии считают, что взрывы были выгодны действующим властям и, наоборот, не выгодны боевикам. Утверждается, что именно после взрывов Владимир Путин смог обеспечить себе повышение рейтинга и, как следствие, победу на президентских выборах 2000 года. Среди причин, по которым власти могли пойти на такой шаг, сторонниками теории также назывались желание усилить роль ФСБ в политической жизни России, а также необходимость оправдать Вторую чеченскую войну.