인테르나치오날레에서 두 시즌을 보낸 후, 밀란 수비수 파올로 말디니는 "인테르나치오날레에서 처음 두 시즌의 호나우두는 경이로웠습니다."라며, 호나우두와 디에고 마라도나를 자신이 상대한 최강의 상대 두 명으로 보았다. 인테르나치오날레는 1999-2000 시즌을 앞두고 호나우두와 이탈리아의 두 거물 로베르토 바조와 크리스티안 비에리를 공격진으로 꾸려 기대 높게 시즌을 준비했다. 그러나, 1999년 11월 21일, 레체와의 세리에 A 경기에서 호나우두는 무릎에 힘이 풀리는 느낌이 들어 경기장 밖으로 절룩거리며 나가야 했다. 의료 검진을 통해 공격수는 무릎의 힘줄이 파열되어 수술이 불가피한 것으로 밝혀졌다. 2000년 4월 12일, 라치오와의 코파 이탈리아 결승 1차전에서 첫 복귀전을 치렀는데, 7분만에 또다시 무릎 부상을 당했다. 호나우두는 부상 재발로 2000-01 시즌을 통째로 날려버린 것은 외에도 그 바로 다음 시즌도 부상으로 많이 날려버렸다. 호나우두의 부재중에 하비에르 사네티가 주장직을 대신하게 되었는데, 결국 주장 완장은 2001년 말에 공식적으로 사네티의 것이 되었다. 두 차례의 수술과 수 달 간의 재활 후, 호나우두는 2002년 FIFA 월드컵에 복귀해 자국의 5번째 FIFA 월드컵 우승을 견인했다. 2002년 말, 그는 개인 통산 3번째로 FIFA 올해의 선수에 선정되었고, 인테르나치오날레에서 레알 마드리드로 이적했다. 호나우두는 인테르나치오날레에서 활약하며 이탈리아 언론으로부터 가장 회자되는 별칭인 "경이로운 자" () 라는 별칭을 얻었다. 그는 20번째로 인테르나치오날레의 가장 위대한 선수 명단에 들었고, 타임 온라인에 따르면 부상이 그가 더 높은 순위에 오르는 것을 막았다고 밝혔다. 그는 "흑청 군단" (Nerazzurri) 으로 활약하며 99경기에 출전해 59골을 기록했다.