1997 bei den Weltmeisterschaften in Athen musste er sich mit Wilson Boit Kipketer erneut einem Landsmann über 3000 Meter Hindernis geschlagen geben. Kiptanui hatte fast das gesamte Rennen Führungsarbeit geleistet und wurde erst am letzten Hindernis überholt. Boit Kipketer nahm Kiptanui am 13. August in Zürich auch den Weltrekord ab. Am 24. August in Köln versuchte Kiptanui, sich den Rekord zurückzuholen. Er begann das Rennen in einem außergewöhnlich hohen Tempo (2:36 Minuten für den ersten Kilometer), doch der WM-Dritte Bernard Barmasai ließ sich nicht abschütteln und ging 80 Meter vor dem Ziel an Kiptanui vorbei. Dieser lief persönliche Bestzeit, unterbot Kipketers Weltrekord um fast drei Sekunden und wurde doch wieder nur Zweiter, denn Barmasai siegte in 7:55,72 min.