ב&lt;a href="%D7%A2%D7%95%D7%A0%D7%AA%202012/2013%20%D7%91%D7%91%D7%95%D7%A0%D7%93%D7%A1%D7%9C%D7%99%D7%92%D7%94"&gt;עונת 2012/2013&lt;/a&gt; לא שחזרה דורטמונד את הישגיה בבונדסליגה מהעונות הקודמות, כאשר התעקש קלופ להתמקד בעיקר בליגת האלופות, לאחר כישלון העונה הקודמת במפעל. בעונה זו הוגרלה דורטמונד בבית עם מנצ'סטר סיטי, ריאל מדריד ואייאקס אמסטרדם, במה שכונה כ"בית המוות". אולם, עם יכולת מרשימה, לא הפסיד קלופ משחק אחד בשלב הבתים, ורשם 4 ניצחונות. דורטמונד המשיכה כל הדרך לגמר, כאשר פגשה את ריאל מדריד, בפעם השנייה, בחצי הגמר. בצמד מפגשים זה, מול המאמן ז'וזה מוריניו רשם קלופ ניצחון 1–4 במשחק הראשון, והפסד 0–2 במשחק השני, דבר שהביא להעפלה של דורטמונד לגמר ליגת האלופות. דורטמונד הפסידה בגמר 1–2 לבאיירן מינכן, כאשר אריין רובן כבש שער ניצחון בדקה ה-89. באותה עונה הפסידה דורטמונד בסופר קאפ הגרמני, והודחה מהגביע הגרמני בשמינית הגמר.