Nach der Gründung des weltlichen Herzogtums Preußen durch Herzog Albrecht 1525 wurde Willenberg verwaltungsmäßig dem Oberländischen Kreis zugeordnet und dem Hauptamt Ortelsburg unterstellt. Zur Mitte des 16. Jahrhunderts verfügte der Ort über eine evangelische Kirche, er wurde 1557 als Kirchdorf bezeichnet. Während des Zweiten schwedisch-polnischen Krieges überfielen 1656 tatarische Hilfstruppen des polnischen Heeres den Ort und die Einwohner flüchteten mitsamt ihrem Vieh in den nahen Urwald.