Shaheen skrev flere bøker om hvordan etniske minoriteter ble fremstilt i amerikanske medier - og i særdeleshet hvordan arabere og islam ble fremstilt. I hans mest kjente, "Reel Bad Arabs", fra 2001, hevder han hvordan den amerikanske filmindustrien i nesten 900 Hollywood-filmer, fra 1905 frem til 2001, systematisk fremstiller muslimer og arabere som skurker. Han har også hevdet at den negative fremstillinger av muslimer og arabere ble flere etter at Irak invaderte Kuwait i 1990 og etter terrorangrepene mot USA i 2001. De negative fremstillingene som kom i kjølvannet av disse hendelsene mente han bidro til å forsterke amerikanernes negative holdninger overfor muslimer og arabere. Shaheen mente også at fremstillingene av muslimer kunne sammenlignes med måten jødene ble fremstilt på i nazi-inspirerte filmer som blant annet "Die Rothschilds Aktien von Waterloo" (1940). "Reel Bad Arabs" ble i 2006 overført til dokumentarfilmen"". Shaheen ønsket gjennom sitt arbeide å utfordrer de stereotypiene om arabere som han mente lå i det amerikanske samfunnet.