Laut "Gerhard Graf Leutrum" erlitt die Kirche 1693 im Pfälzischen Erbfolgekrieg größere Schäden: Österreichische Truppen sollen vom "Hochstämmer" aus mit Geschützen auf französische Truppen im Kirchhof der Frauenkirche geschossen haben. Dabei sollen auch Schäden im Dorf selbst entstanden sein. Laut der von Reyscher und Troll wiedergegebenen Überlieferung sollen die Schäden hingegen im Spanischen Erbfolgekrieg erfolgt sein. Beim Abzug haben die Franzosen die Glocken der Frauenkirche entwendet. Zusätzlich setzte ein Blitzeinschlag im darauf folgenden Jahr die Kirche in Brand. Die Schäden wurden nur notdürftig repariert und ein provisorisches Dach erstellt. Auf einem Panorama von Markgröningen ist die „Unter Riexiniger Todten Kirch“ 1798 noch mit Dach zu sehen. Nachdem dieses eingestürzt war, verfiel die Kirche zur Ruine und wurde von der Bevölkerung als Baustoffreservoir missbraucht. Im 19. Jahrhundert lockte die als bezeichnete Kirchenruine Künstler wie Carl Urban Keller und August Seyffer an. Nachdem die Familie der Freiherren, später Grafen, Leutrum von Ertingen 1820 wieder auf Schloss Unterriexingen eingezogen war, trug man sich mit dem Gedanken, die ehemalige Patronatskirche wiederherzustellen.