Aga Muhammad Khan, de la dinastía Kayar, había conseguido someter bajo su control firme la mayor parte de la meseta iraní en 1794, poniendo fin a la dinastía Zand. Su principal objetivo era recuperar el Imperio persa, con Georgia de nuevo en su poder. En 1795, tras una rápida conquista del Cáucaso meridional, reclamó a Heraclio que reconociera la soberanía persa, prometiéndole a cambio confirmarle como valí de la provincia. Heraclio rechazó la oferta y en septiembre de 1795, el ejército persa movilizó 35.000 soldados para conquistar Georgia. Tras la valiente defensa de Tiflis en la batalla de Krtsanisi, en la que participó Heraclio en persona al mando de la vanguardia del ejército combinado de Kartli-Kajetia y Imericia, que sumaba unos 5.000 soldados, tropa limitada tras verse abandonado por la mayoría de sus vasallos musulmanes. Esta pequeña tropa fue casi aniquilada y la capital georgiana completamente saqueada. Heraclio no quiso abandonar el combate, y mientras contemplaba el saqueo de la ciudad, fue convencido de un ir por su escolta personal y algunos miembros de su familia. La invasión persa supuso un duro golpe para Georgia del que no pudo recuperarse. A pesar de haber sido abandonado en el momento crítico, su única opción era confiar en la ayuda rusa, luchando junto a la expedición enviada contra los territorios persas por Catalina la Grande en 1796. Pero la muerte de la zarina ese año motivó un cambio en la estrategia rusa en el Cáucaso. Pablo I retiró a todas las tropas rusas de la región. Aga Muhammad Khan mandó una segunda campaña punitiva para castigar que Heraclio no hubiera roto los lazos con los rusos, pero el asesinato del shah en 1797 en Shusha salvó a Georgia de una mayor devastación.