Maxmiliánovy nezkrotné mocenské ambice jej v těchto válkách přivedly do tábora habsburských protivníků, vedeného Francií. Po bitvě u Höchstädtu (1704), v níž byla bavorsko-francouzská vojska poražena britsko-holandsko-habsburskou koalicí, přišel o Bavorsko a tento stav byl potvrzen poté, co jej vévoda z Marlborough rozdrtil v bitvě u Ramillies (1706), pročež Britové s Holanďany obsadili i Španělské Nizozemí. Maxmilián Emanuel uprchl nejdříve do Bruselu a pak do Francie. Císař Josef I. vynesl v roce 1706 nad tímto Wittelsbachem říšskou klatbu a Bavorsko se dostalo pod císařskou správu. Faktickou vládu v Bavorsku získal Maxmilián II. Emanuel zpět až v roce 1714, kdy se také usmířil s Habsburky. Životní sen Maxmiliána II. Emanuela – povýšení Bavorska na království – se mu nepodařilo realizovat.