Za druhé světové války bylo veškeré civilní obyvatelstvo evakuováno a Gibraltar se opět změnil v pevnost a námořní základnu. Odsud Britové ovládali vstup do Středozemního moře a byli schopni zásobovat Maltu a Severní Afriku. 25. září 1940 se stal Gibraltar cílem náletu 83 francouzských letadel, což byla odveta za britské akce v Mers-el-Kébiru a Dakaru. Španělsko uzavřelo za války pevninské přístupy k pevnosti, odmítlo ale umožnit průchod německým jednotkám, které by chtěly pevnost napadnout.