В 1548 году Генрих выдал свою единственную дочь и наследницу, Жанну, замуж за герцога Антуана де Бурбона, который, подчиняясь её влиянию, относился одно время сочувственно к Реформации и сражался за гугенотов, но впоследствии открыто перешёл на сторону католичества и примкнул к партии Гиза. Жанна, напротив, была, душой Реформации и по смерти своего зятя, Людовика I Конде, поставила во главе гугенотов своего сына Генриха III, ставшего впоследствии королём Франции, под именем Генриха IV. Приехав в Париж, чтобы присутствовать при бракосочетании своего сына с Маргаритой де Валуа, она умерла 4 июня 1572 года, за несколько дней до Варфоломеевской ночи.