El 1941, després de la invasió de l'Eix de Iugoslàvia, Drapšin va rebre l'ordre del Partit Comunista de Iugoslàvia d'organitzar l'aixecament armat a la regió d'Hercegovina. La seva conducta a Hercegovina li va reportar dures crítiques de la direcció del partit, així com mesures disciplinàries, però al gener de 1943 va ser nomenat comandant de la Primera Divisió d'Eslavònia de l'Exèrcit Iugoslau d'Alliberament Nacional, conegut com a "Partisans". Dos mesos més tard va rebre el grau de Major General, i al maig de 1944 es va convertir en comandant del Sisè Cos de l'Exèrcit Partisà.