Paolo disputou por três vezes a Eurocopa: em 1988, 1996 e 2000, tendo sido vice-campeão nesta última. Representou a "Azzurra" em quatro edições da Copa do Mundo, nos anos de 1990, onde foi terceiro colocado; 1994, com o vice-campeonato; 1998, onde foi treinado por seu pai Cesare Maldini; e 2002, quando, após a eliminação dos italianos, retirou-se da Seleção.