En 1798 durante la invasión francesa dirigió a la caballería mameluca y la infantería de Jenízaros en la batalla de Shubra Khit el 13 de julio de 1798, pero fue derrotado por la Grande Armée y se retiró de la lucha. Ocho días después, el 21 de julio, mandó a la caballería mameluca durante la Batalla de las Pirámides, junto a Ibrahim Bey, y fue derrotado a manos de los ejércitos de Napoleón. Mientras Ibrahim Bey huyó hacia el Sinaí, Murad huyó primero a El Cairo y luego al Alto Egipto donde organizó una breve campaña de guerrilleros que detuvo a Desaix durante un año. Fue mientras perseguían a Murad Bey en el Alto Egipto cuando los franceses descubrieron los monumentos en Dendera, Tebas, Edfu y Philae.