В апреле 2004 возглавил сборную Того. Под руководством Кеши сборная, где блистал Эммануэль Адебайор, прошла квалификацию к Кубку Африки 2006, эта квалификация также дала путёвку сборной на ЧМ 2006. На Кубке Африки сборная выступила неудачно, и перед Чемпионатом мира в Германии, Кеши сменил Отто Пфистер. Однако эта рокировка не принесла желаемых результатов, и в феврале 2007 Стивен Кеши вернулся на пост главного тренера. На следующий Кубок Африки сборная не пробилась, и Кеши покинул пост в марте 2008.