In einer Stellungnahme vom 4. September 2009 sprach sich das FFI gegen die Initiative zum Minarettverbot aus: "«Die Verbotsbefürworter verstärken damit bewusst oder unbewusst die traditionalistischen muslimischen Kreise und sogar die verschwindend kleine Minderheit von Islamisten, welche sich nichts sehnlicher wünscht als einen Kampf der Kulturen.»" In einer Stellungnahme vom 16. November 2015, nach den Terroranschlägen in Paris u. a. auf das Bataclan-Theater, forderte das FFI eine Fatwa gegen den politischen Islam, das Verbot des Islamischen Zentralrats Schweiz und die Schliessung von radikalen Moscheen. Eine Diskussion mit Salafisten sei vergeblich.