Nella stagione successiva viene messo fuori rosa per problemi contrattuali. La prima esclusione risale alla finale della Supercoppa italiana 2009, e successivamente non viene neppure inserito nella lista dei 21 giocatori convocabili per l'Europa League. Il 26 gennaio 2010 il collegio arbitrale ha dichiarato "inammissibile" il ricorso di Cristian Ledesma che aveva chiesto la rescissione del contratto con la Lazio, sperando di potersi trasferire all' come l'ex compagno di squadra Goran Pandev. Il giocatore non può quindi svincolarsi dalla società. Il 10 febbraio 2010 con l'arrivo in panchina di Edoardo Reja al posto dell'esonerato Davide Ballardini, l'argentino viene reintegrato nella rosa della squadra e il 14 febbraio successivo viene subito schierato tra gli undici titolari dal tecnico friulano nella gara di ritorno di campionato contro il , partita vinta dai "biancocelesti" per 2-0. Per il centrocampista argentino si tratta di un ritorno sul campo di gioco dopo un lungo periodo d'inattività. Conclude la stagione con sole 13 partite disputate.