Carl du Prel est le cinquième des huit enfants de l'avocat royal Maximilian Freiherr von du Prel (1800-1882) ; sa mère, Anna Sandrezcky (1804-1884) est issue de la noblesse polonaise. Peu de temps après sa naissance, la famille déménage à Munich, où Carl grandit comme un étudiant de la Pagerie royale et, en 1858, suivant la tradition de la famille, il entame des études de droit. Cependant, en raison de la Campagne d'Italie, il interrompt ses études après deux semestres pour s'engager dans l'armée bavaroise. Il travaille ensuite comme précepteur et dans l'administration d'un camp de prisonniers jusqu'en 1872 . Parmi ses amis durant cette période, avec qui il forme une sorte de société secrète, on trouve les écrivains et , l'historien de l'art , Robert Vischer, le peintre Wilhelm Trübner et Hans Thoma. Il noue une longue amitié épistolaire avec le philosophe Eduard von Hartmann.