После октябрьских событий 1917 года жил в различных городах Урала и Сибири. Вернулся в занятую белыми войсками Пермь в январе 1919 года и вновь занял пост городского головы. С наступлением красных покинул город и обосновался в Томске. 15 мая 1920 года был арестован местными органами ВЧК, 20 августа оказался в Перми и до октября находился под стражей. Суд установил, что Ширяев в 1919 году был эвакуирован военными властями принудительно, и к 1 октября 1920 года он был освобождён. В конце 1920 года он возглавил Управление водопровода и канализации. В 1923—1927 годах совмещал руководство «Водоканалтреста» с преподаванием в университете.