Ab dem 16. Jahrhundert begann sich die Hanse unter der Führung Lübecks in zahlreiche Kriege in Nordeuropa zu verstricken, welche die militärische Kraft der Hanse verringerten und die innere Schlagkraft unterminierten. Viele Städte des Bundes waren es mit der Zeit leid, Geld und Soldaten für die zahlreichen politischen Abenteuer und Kriege des Zentrums Lübeck aufzubringen, da viele Mitglieder den Bund in erster Linie als Handelsbund denn als politische Union sahen. Einen ersten Rückschlag erlitt die Hanse im Dänisch-Hanseatischen Krieg, der 1512 endete. Dieser Rückschlag konnte durch die Unterstützung Schwedens während des Schwedischen Befreiungskrieges wett gemacht werden, welcher zur Folge hatte, dass 1524 Gustav I. Wasa den Thron Schwedens besteigen konnte. Im selben Jahr eroberte die Flotte der Hanse auch Seeland und Kopenhagen und setzte Friedrich I. als neuen König von Dänemark ein. Dies bedeutete den letzten großen außenpolitischen Erfolg der Hanse.