Будучи тренером, Ортега поработал практически со всеми местными грандами. Несколько раз он выигрывал с ними чемпионат страны. В 1991 году бразилец тренировал сборную Гондураса на Золотом Кубке КОНКАКАФ в США. На нем "катрачос" неожиданно завоевало серебро.