25-26 listopada 1990 na I Powszechnym Kongresie Narodu Czeczeńskiego został wybrany jego przewodniczącym. 6 września 1991, korzystając z zamieszania wywołanego upadkiem puczu Janajewa w Moskwie, obalił dotychczasowe władze Czeczenii i przejął władzę w republice. 27 października 1991 został wybrany na prezydenta w wyborach ocenianych przez obserwatorów jako „nie całkiem wolne” – głosił, iż uczyni Czeczenię „drugim Kuwejtem”. 1 listopada 1991 ogłosił niepodległość republiki. Po nieudanej interwencji rosyjskich komandosów ogłosił dżihad przeciwko Rosji. Jedną z pierwszych decyzji Dudajewa było danie obywatelom prawa do noszenia broni i zwolnienie z więzień wszystkich więźniów. Doprowadził do uchwalenia przez czeczeński parlament 12 marca 1992 konstytucji niepodległej Czeczenii. Rządził twardą ręką, walcząc z opozycją parlamentarną (17 kwietnia 1993 rozwiązał parlament) i nie podporządkowującymi się mu lokalnymi przywódcami. Nie był jednak w stanie opanować ogarniającego Czeczenię chaosu i ustanowić efektywnej kontroli nad krajem.