Dette mønster fortsatte også efter Sudans selvstændighed i 1956. Den økonomiske situation er blevet yderligere forværret af en række stedfortræderkrige mellem Sudan, Libyen og Tchad. Ligesom den ideologiske indflydelse den libyske leder Muammar al-Gaddafi har haft på den del af befolkning, der opfatter sig selv som arabere, har øget de etniske spændinger. I midten af 1980'erne blev Darfur ramt af en langvarig tørke, som ødelagde mange samfundsmæssige strukturer, og som førte til interne kampe i befolkningen, kampene fortsatte med lav intensitet de følgende 15 år. I 2003 nåede de et foreløbigt højdepunkt i 2003, da den eskalerede til et åbent oprør mod Sudans centralregering. Denne konflikt blev kort efter karakteriseret som en af verdens værste humanitære kriser. Over 2,5 mill. mennesker er blevet fordrevet og har måttet leve i flygtningelejre lige siden, da de ellers ikke ville være i sikkerhed for de militiaer, som hærger regionen.