Sein Debüt in der A-Nationalmannschaft seines Landes gab Pranjić am 16. November 2004 in einem Test-Länderspiel, welches mit 0:1 in Dublin gegen Irland verloren wurde. 2006 wurde er in den Qualifikationsspielen zur Weltmeisterschaft 2006 eingesetzt und nahm mit der Nationalmannschaft sowohl am Turnier in Deutschland als auch am Turnier, der Europameisterschaft 2008, in Österreich und der Schweiz teil.