В сезоне 2006—2007 хореографом Джонни Вейра работала олимпийская чемпионка в танцах на льду Марина Анисина. Она помогла поставить короткую программу "King of Chess" и произвольную "Child of Nazareth" на музыку Максима Родригеса. В серии Гран-при по фигурному катанию Вейр был призёром на этапах в Канаде и России, однако в финале в Санкт-Петербурге был вынужден сняться с соревнований в результате травмы бедра после падения. На чемпионате США после удачного выступления в короткой программе стал вторым, хотя по очкам отставал от Эвана Лайсачека незначительно. В произвольной он неудачно исполнил тройной аксель, упал с тройного риттбергера, а после четверного тулупа приземлился на две ноги и, в конечном итоге, занял третье место. Позже Вейр пояснил, что был очень расстроен своим вторым местом после короткой программы: «Это был мой лучший прокат в сезоне, а меня все равно поставили ниже Лайсачека. Стало понятно, что мне не выиграть, даже если я чисто откатаю произвольную. Так что настрой на произвольную был не лучшим, потому что я не был уверен в победе даже при условии 100 % чистого выступления». На чемпионате мира фигурист занял лишь восьмое место.