Am 12. April 1945 wurde der Bahnhof Eilsleben von der US-Armee eingenommen, die Strecke befand sich danach zunächst innerhalb der Britischen Besatzungszone. Am 1. Juli 1945 besetzten sowjetische Truppen gemäß dem Potsdamer Abkommen das Gelände bis zur vereinbarten Demarkationslinie zwischen Völpke und Offleben. Auf Anordnung der SMAD wurde der grenzüberschreitende Verkehr eingestellt und das zweite Streckengleis abgebaut. Bis zum Frühjahr 1948 sollen noch vereinzelt Güterzüge die Zonengrenze passiert haben, gesichert ist diese Behauptung jedoch nicht. Genaue Daten zum Streckenabbau in der Grenzregion liegen ebenso wenig vor. Der in der SBZ verbliebene Streckenabschnitt unterstand ab dem 18. Oktober 1945 der wiedergegründeten Reichsbahndirektion Magdeburg.