În 1945 noul guvern dominat de comuniști i-a interzis lui Manoliu să mai publice pe o perioadă de cinci ani, acuzându-l că a scris „articole cu caracter antidemocratic”. Ceea ce a deranjat, în special, autoritățile a fost denunțarea de către el a masacrului de la Katîn. În perioada regimului comunist ce a urmat, Manoliu a fost concediat și a fost nevoit să lucreze ca tehnician dentar, după absolvirea unei școli de specialitate în 1951. El a fost, în cele din urmă, arestat în circumstanțe pe care nu a reușit să le clarifice, apoi a fost trimis cu domiciliu forțat în comuna Costișa din județul Neamț și reîncarcerat după ce a fost prins citind (în 1958) lucrarea filozofică "Ispita de a exista" a autoexilatului Cioran. Printre locurile unde a fost deținut s-a numărat Capul Midia, un lagăr de muncă forțată pentru Canalul Dunăre-Marea Neagră. El a făcut parte acolo dintr-o echipă de lucru care-i mai includea, printre alții, pe scriitorul Barbu Brezianu (cu care a rămas prieten apropiat), Oni Brătianu și Bani Ghica. În timpul domiciliului forțat la Costișa a scris pagini de jurnal, eseuri și piese de teatru, care încă nu au fost publicate. A trăit în sărăcie și a fost poreclit "Arlechinul" din cauza numeroaselor petice de pe hainele sale.