Slowakije richtte een eigen staatsstructuur in en stichtte een 60.000 man sterk leger dat aan Duitse zijde meevocht in de Tweede Wereldoorlog. Slowakije viel samen met Duitsland Polen binnen in september 1939. Dit leger stond onder leiding van Ferdinand Čatloš. Ze kwamen tot 30 km in het binnenland van Polen en toen werden verschillende divisies weer teruggetrokken. Al sinds 1920 waren er meningsverschillen over de grens en deze werd in voordeel van Slowakije gewijzigd. In 1941 assisteerde het grootste deel van het leger de Duitsers in Operatie Barbarossa. In augustus 1944 kwamen de Slowaken echter in opstand tegen de Duitsers en tegen Tiso, wat zich uitbreidde tot opstand en muiterij in het leger. De Duitsers sloegen de opstand met harde hand neer en nu werd zelfs de schijn van een onafhankelijk Slowakije niet meer opgehouden.