Con l'unione di Lublino Čerkasy entrò a far parte della Confederazione polacco-lituana e il reggimento cittadino, istituito nel 1625, divenne un'importante componente dell'esercito polacco anche se durante la rivolta di Chmel'nyc'kyj appoggiò i cosacchi zaporoghi guidati da Bohdan Chmel'nyc'kyj. Con il trattato di Andrusovo del 1667, che pose fine alla guerra russo-polacca scoppiata in seguito alla rivolta cosacca, la città rimase comunque nel territorio della confederazione anche se con la seconda spartizione della Polonia del 1793 entrò a far parte dell'Impero russo, confluendo nel governatorato di Kiev.