Toda a direção de arte de "Pretty. Odd." foi chefiada por Alex Kirzhner, inspirado nas ideias da banda. O encarte, que possui as letras de todas as músicas, foi ilustrado pelo designer gráfico Connie Makita e a maioria das outras ilustrações foram feitas por Kirzhner e Tanapan "Bang" Puangpakdee. A capa foi revelada no site oficial da banda em 23 de janeiro de 2008. Ela consiste em pinturas de flores e borboletas, que a "Slant" chamou de tributo aos Beach Boys. A versão deluxe em vinil foi indicada a Melhor Box ou Edição Limitada no Grammy Awards de 2009, mas perdeu para o "In Rainbows" (2007) do Radiohead.