2013 wurde Margarete Bause mit 93,7 Prozent zur Spitzenkandidatin der Bayerischen Grünen für die bevorstehende Landtagswahl gewählt. Als viertstärkste Kraft nach CSU, SPD und Freien Wählern zogen sie mit 8,6 % in den Landtag ein. Nach ihrer Wahl in den Bundestag verzichtete sie am 24. Oktober 2017 auf das Landtagsmandat. Für sie rückte Martin Runge nach.