В составе сборной России Николай Апаликов стал чемпионом Олимпийских игр в Лондоне, победителем двух турниров Мировой лиги (2011, 2013), Кубка мира (2011) и чемпионата Европы (2013). По состоянию на конец 2014 года на счету Николая было 95 официальных матчей за национальную команду, а в 2015 году он пропустил сезон сборных из-за проблем с плечом.