Itä-Saksan kommunistivallan kaaduttua KGB poistui maasta, ja Putin palasi perheineen Moskovaan helmikuussa 1990. Hänellä oli aluksi vaikea saada palkkaa ja uusia työtehtäviä. Hän muutti takaisin Leningradiin ja ryhtyi vanhassa yliopistossaan kansainvälisten asioiden rehtorin avustajaksi, jonka tehtävänä oli pitää silmällä opiskelijoita ja vierailijoita. Leningradin kaupunkineuvoston johtaja Anatoli Sobtšak värväsi Putinin neuvonantajakseen, mutta Putin jatkoi edelleen myös KGB:n palveluksessa. Kun Sobtšak oli valittu Leningradin (nyt Pietarin) pormestariksi, Putin siirtyi kesäkuussa 1991 pormestarinkansliaan uuden kansainvälisten asioiden komitean puheenjohtajaksi. Putin erosi KGB:stä elokuussa 1991, kun kovan linjan miesten yrittämä sotilasvallankaappausyritys oli epäonnistunut. Putin oli kyllä kannattanut vallankaappaajien pyrkimystä säilyttää liittovaltio, mutta hän ei enää nähnyt itsellään tulevaisuutta KGB:ssä.