В какой-то момент по решению ЧК Бейли был подвергнут домашнему аресту и обвинён в финансировании басмачского движения в Ферганской долине. Сам Бейли это категорически отвергал, а затем, по ходатайству комиссариата иностранных дел был освобождён из-под ареста, хотя за ним и была установлена слежка. Вслед за этим Туркестанское правительство по радиотелеграфу запросило Москву на предмет разрешения на его арест. С помощью друзей из антибольшевистского подполья Ф. Бейли узнал о полученном из Москвы приказе о своём немедленном аресте. Будучи заранее готовым к такой ситуации, 1 ноября 1918 года он, переодевшись в форму австрийского военнопленного, исчез из поля зрения советских спецслужб.