10 июля 1619 года сэр Генри был назначен членом Совета Севера. С февраля 1628 года он заседал в палате лордов в качестве барона Клиффорд, а 14 марта 1636 года был назначен лордом-лейтенантом графств Нортумберленд, Камберленд и Уэстморленд. В это самое время обострилась ситуация в Шотландии: местные пресвитериане восстали против короля. Клиффорд демонстрировал свою преданность Карлу I и готовность сражаться против мятежников, но он не разбирался в военном деле. Поэтому Страффорд, рекомендуя королю сделать сэра Генри, человека лояльного и влиятельного, губернатором Карлайла на шотландской границе, уточнил, что необходимо дать ему способного заместителя. В апреле 1639 года, получив чин генерал-лейтенанта, Клиффорд занял Карлайл во главе отряда, набранного в Камберленде, и вскоре получил подкрепление из Ирландии в пятьсот человек во главе с сэром Фрэнсисом Уиллоуби. Через три месяца по приказу командования он передал Карлайл Уильяму Говарду, но и после этого активно участвовал во Второй Епископской войне.