През юли 1900 година дейци на ВМОК и ВМОРО убиват румънския журналист Стефан Михайляну и един българин – турски шпионин в Букурещ. Това предизвиква дипломатически скандал, който за кратко изправя България и Румъния на ръба на войната. На шумен процес в Букурещ през ноември 1900 година всички заловени получават солидни присъди. Българското правителство е принудено да арестува някои дейци на ВМОК като Борис Сарафов, Владислав Ковачев и други. По-късно на делото Сарафов и другарите му са оправдани. Румънските власти се възползват от антибългарската истерия в страната, за да ограничат още повече дейността на българските културни институции и да настроят румънците против българската революционна организация в Македония. Въпреки това, румънската общественост в голяма степен подкрепя революционно движение, което работи съвместно с влашкия елемент по време на Илинденското въстание и в периода 1904 – 1908 година, когато взаимно се защитават от сръбската и гръцката въоръжена пропаганда в Македония. Задълбочаването на влашко-гръцкия конфликт в Македония води до скъсване на дипломатическите отношения между Румъния и Гърция. След организираното от гръцките андарти клане в Авдела през 1905 година започват масови антигръцки демонстрации в Румъния, което довежда до прогонването на гърците от страната.