Après avoir repris le service à la suite du rétablissement apparent de sa blessure, Scales participe aux campagnes de l'armée de Virginie du Nord au cours de 1864, y compris la Wilderness, Spotsylvania Court House, et le siège de Petersburg. Comme ses précédentes blessures ne sont pas guéries, Scales prend un congé plus tard dans la guerre, et est chez lui en Caroline du Nord lorsque l'armée se rend à Appomattox Court House. Il n'y a pas d'archive qui montre que le général a jamais été formellement mis en liberté sur parole, mais il demande une amnistie à Raleigh le , et est amnistié le .