13 мая генерал-майор Годфруа Нийомбаре заявил о военном перевороте, военные окружили здание телерадиокомпании и заявили об отстранения Нкурунзизы от власти. Сами же власти заявляют, что президент во время «переворота» находился в Танзании. 15 мая было объявлено, что бурундийские военнослужащие арестовали генерала Годфруа Нийомбаре, попытавшегося свергнуть президента, а ранее также были арестованы три генерала-мятежника. Однако позднее пресс-секретарь президента опроверг утверждение об аресте Нийомбаре. В ходе беспорядков погибли, по разным данным, до 1200 человек, около 200 тысяч бежали в соседние страны.