In der südöstlichen Ecke der Qiblawand sitzt eine Empore für die Sultansfamilie. die Wände sind mit Malereien und Keramiken verziert, die Fenster in Buntglas ausgeführt. Die innere Ausgestaltung der Moschee variiert stark von der anderer Moscheen. Diese erfolgte 1572 nach der verheerenden Niederlage in der Seeschlacht von Lepanto. Die Dekore betonen wesentliche Unterschiede zwischen Islam und Christentum. Sie betonen die Einheit Gottes und die Stellung Mohammeds als seines Gesandten, der aber trotz seiner herausgehobenen Stellung ein Mensch ist. Auch das Jüngste Gericht spielt eine Rolle. Im zentralen Feld über dem Haupteingang wird in acht Kartuschen in arabischer Schrift der Sultan als Stifter der Moschee genannt, Gott gepreist und Baubeginn- und Fertigstellungsdatum genannt. Die reichen Kalligraphien wurden im 19. und 20. Jahrhundert überarbeitet.