На посту главы государства Муталибов столкнуся с резким обострением ситуации в зоне карабахского конфликта. 2 сентября 1991 года карабахские армяне провозгласили создание Нагорно-Карабахской Республики, а в ноябре Верховный Совет Азербайджана принял постановление о ликвидации автономии НКАО. Армяне со своей стороны провели 10 декабря референдум о независимости, которое бойкотировало азербайджанское население Нагорного Карабаха. 2 января 1992 года Аяз Муталибов ввёл президентское правление в Нагорном Карабахе и прилегающих районах. К этому времени конфликт перерос в военное противостояние между армянами и азербайджанцами. На этом фоне оппозиционный Народный фронт Азербайджана требовал отставки президента страны. 1 февраля Муталибов публикует «Обращение Президента Азербайджанской Республики к народу»: