В 1903 году Александр Карлович Водар был назначен членом Военного совета; в 1906—1908 гг. входил в состав присутствия Верховного военно-уголовного суда, и под его председательством окончилось рассмотрение дела о сдаче Порт-Артура. По окончании этого процесса на Водара было высочайше возложено производство опытов по введению в войсках нового порядка военного хозяйства интендантского ведомства.