Rientrato dall'infortunio, verrà incluso nella lista dei convocati per il in Brasile, dove Khedira conquista un posto da titolare nella formazione tedesca e nella semifinale contro il , vinta 7-1 dai tedeschi, mette a segno la quinta rete tedesca. Il 13 luglio 2014 Khedira non disputa la finale a causa di un infortunio, ma si laurea comunque campione del mondo grazie alla vittoria ottenuta in finale contro l'Argentina, battuta 1-0 ai tempi supplementari grazie al gol decisivo di Götze.