במהלך מלחמת הירושה הספרדית תמך מקסימיליאן עמנואל בצרפת, ובשנת 1704 הובס בקרב בלנהיים. לאחר מכן הוחזקו מקסימיליאן עמנואל ומשפחתו בשבי באוסטריה, ובוואריה חולקה בין אוסטריה לנסיכות הבוחר מפפאלץ. בשנת 1706 הובס מקסימיליאן עמנואל שוב בקרב ראימיאי, ונאלץ לברוח לצרפת. בשנת 1712 מונה מקסימיליאן עמנואל לדוכס לוקסמבורג ומרקיז נאמור, ושלט בהם עד סוף המלחמה. בשנת 1713 נחתם הסכם אוטרכט ובו הוסכם על החזרת נסיכות הבוחר מבוואריה למקסימיליאן עמנואל, ובשנת 1715 חזר יחד עם משפחתו למינכן.