Впродовж XV—XVI століть велике князівство розбудовувалось на основі територіально-федеративного принципу, а низка тогочасних «земель» користувалася власним правом, закріпленим у спеціальних привілеях, що фіксували норми Вітовтової доби. У цей же час землі Литви стали об'єктом претензій з боку Великого князівства Московського, володарі якого заявляли права на давньоруську територіальну спадщину, посилаючись на генеалогічний зв'язок із давніми київськими князями — Рюриковичами. Ідеологічне протистояння переросло в серію виснажливих війн. З другої половини XV століття у становищі Великого князівства відбуваються значні зміни: послаблення Золотої Орди, посилюється московсько-литовський конфлікт за руські князівства, з 1480-х років починаються набіги татар Кримського ханства. Одночасно відбувається асиміляція руської політичної верхівки. Останнім виступом руських князів, нащадків Рюрика, було повстання князів Глинських 1508 року. Воно було придушено, князі з частиною земель (Стародубщина, Чернігівщина, Новгород-Сіверщина) внаслідок московсько-литовської війни перейшли до Московщини. 1514 року війська Костянтина Острозького у битві під Оршею розбили армію Василія III і зупинили на деякий час загарбання Москвою руських земель.