Умеренная внутренняя автономия была утрачена в результате внутренних разногласий в самом Кракове, которыми воспользовались государства-попечители. Эти государства передали в 1828 году фактическую власть Эпурационному Комитету, в котором заседали только послушные им сенаторы. Во время Польского восстания 1830 года внутренняя автономия была временно возвращена, а территория Вольного города стала базой поддержки повстанцев из других захваченных польских земель.