Bereits während seiner High-School-Zeit wurde Freeman einige Male in die US-amerikanischen Jugendauswahl geholt und kam in dieser Zeit unter anderem für die U-14-, U-15-, U-16-, U-17- und U-18-Auswahlen zum Einsatz. Ab 2004 trat er auch für die US-amerikanische U-20-Nationalelf an, mit der er an der Junioren-WM 2005 in den Niederlanden teilnahm und dabei in vier Partien seines Heimatlandes eingesetzt wurde. Dabei erzielte er bei der 1:3-Niederlage gegen die Alterskollegen aus Italien, die gleichzeitig das frühzeitige Ausscheiden im Bewerb bedeutete, einen Treffer. Insgesamt kam er von 2004 bis 2005 auf 19 offizielle Länderspieleinsätze und einen Treffer. Ab 2007 wurde Hunter Freeman auch für die US-amerikanische U-23-Auswahl eingesetzt und absolvierte mit dieser unter anderem die Qualifikationsphase zum Fußballturnier der Olympischen Spiele 2008. Dort qualifizierten sich die US-Amerikaner als Zweitplatzierte für das spätere Turnier in Peking, bei dem Freeman allerdings nicht mehr ins Aufgebot geholt wurde. Bis 2008 brachte es der begeisterte Golfer und Jäger dabei auf insgesamt fünf torlose Länderspieleinsätze für das U-23-Team.