В основные обязанности Секретариата входит организация сессий Конференции Сторон и её вспомогательных органов, учреждаемых в соответствии с Конвенцией, и представление им необходимых услуг. Секретариат занимается сбором и передачей представленных ему докладов, а также координирует свою деятельность с секретариатами других соответствующих международных органов и конвенций (например, Рамочная конвенция ООН об изменении климата, Конвенция о биологическом разнообразии).