Rivalitäten innerhalb des Regentschaftsrates ließen diesen in zwei Parteien zerfallen. Tokugawa stand gegen die Partei der Witwe und des Sohnes von Toyotomi. Am 21. Oktober 1600 kam es zur Entscheidungsschlacht bei Sekigahara, aus der Tokugawa siegreich gegen Ishida Mitsunari hervorging. Der Tennō ernannte ihn daraufhin zum Shōgun.