30 августа 2010 года назначен главным тренером сборной Японии. 29 января 2011 года выиграл с этой сборной Кубок Азии 2011 и квалифицировался в финальную часть чемпионата мира в Бразилии. Однако на самом «мундиале» японцы не оправдали ожиданий болельщиков и не сумели преодолеть групповой этап. Наиболее тяжким оказалось крупное поражение от колумбийской сборной со счётом 1:4 в заключительном матче группового этапа. После окончания чемпионата мира Дзаккерони ушёл в отставку.