In seguito alla resa delle forze alleate a Singapore, Nishimura era a capo della metà orientale dell'isola di Singapore, e durante questo periodo avvenne il massacro di Sook Ching. Lo stesso Nishimura era spesso in contrasto con il comandante della 25ª armata, il generale Tomoyuki Yamashita, a volte impegnandosi in una condotta che sembrava deliberatamente offensiva nei suoi confronti. Di conseguenza, alla sua divisione fu negata la Citazione della Vittoria dell'Imperatore, fu richiamato in Giappone e costretto al ritiro nell'aprile 1942.