Nisan 1941'de Yugoslavya, Mihver Devletler yanlısı Ustaşa örgütü tarafından yönetilen Bağımsız Hırvatistan Devleti (NDH) adlı bir kukla devlet kuran Almanya ve İtalya tarafından işgal edildi. Ustaşalar, kendi topraklarından Sırpları olduğu kadar Yahudileri ve Romanları da temizleyerek etnik açıdan saf Büyük Hırvatistan'ı yaratmaya çalıştı. Ustaşa rejimi, bir soykırım kampanyasının bir parçası olarak sistematik olarak yaklaşık 300.000-350.000 Sırp'ı öldürdü. Yalnızca Jasenovac toplama kampında başta Sırplar, Romanlar ve Yahudiler ve diğerleri olmak üzere yaklaşık 100.000 kişi öldürüldü. Yugoslav kraliyetçi ve Sırp milliyetçi hareketi ve gerilla gücü olan çoğunluğu Sırp Çetnikler, Büyük Sırbistan'ı kurmak için savaş suçlarının yanı sıra Müslümanlar ve Hırvatlar üzerinde etnik temizlik yaparak bir yandan da bir Sırp monarşisinin yeniden kurulmasını desteklediler. Bazı tarihçiler bu suçları soykırım olarak görüyor. Hırvatistan ve Bosna-Hersek'te Çetniklerin neden olduğu Müslüman ve Hırvat ölümlerinin sayısına ilişkin en son tahminler 47.000 ile 65.000 arasında değişiyor. Hırvat komünist Josip Broz Tito liderliğindeki Yugoslav Partizanlarının zaferinin ardından Ustaşalar ve Çetnikler mağlup oldu. Yugoslav komünistler monarşiyi kaldırdılar ve tek partili sosyalist cumhuriyeti ve Yugoslavya Komünistler Birliği tarafından yönetilen bir federasyonu kurdular. Tito'nun yardımsever diktatörlüğü altında yeni kurulan Sosyalist Yugoslav Devleti, Sırbistan SC ve Hırvatistan SC da dahil olmak üzere altı sosyalist cumhuriyetten oluşuyordu.