Il 15 settembre, il Consiglio di sicurezza delle Nazioni Unite dispiegò una forza multinazionale chiamata INTERFET, costituita in gran parte dal personale dell'Australian Defence Force comandata dal Maggiore-Generale Peter Cosgrove, incaricata di ripristinare l'ordine e garantire la pace intestina nella regione. Quando le forze delle UN tornarono in Timor Est il 22 ottobre dopo essere state costrette ad andarsene per salvare i suoi membri, trovarono il territorio distrutto e numerosi dispersi o sopravvissuti terrorizzati tra la popolazione. "Si stima che l'80% delle scuole e delle cliniche siano state distrutte, meno di un terzo della popolazione è rimasta dentro o vicino alle proprie case, i mercati sono stati distrutti e i trasporti sono stati rubati e portati oltre confine o bruciati, mentre le comunicazioni telefoniche erano inesistenti." Gran parte dei professionisti in Timor Est erano in realtà indonesiani o simpatizzanti dell'Indonesia, gran parte dei quali abbandonarono il territorio dopo i risultati del referendum.