Beim Afrika-Cup 2006 scheiterte Kamerun erneut im Viertelfinale. In einem dramatischen Spiel gegen die Elfenbeinküste verschoss Eto’o einen entscheidenden Elfmeter, und Kamerun unterlag mit 11:12 im Elfmeterschießen. Eto’o hatte in der Vorrunde fünf Tore erzielt. Obwohl er nur vier Spiele absolviert hatte, wurde er Torschützenkönig des Turniers. Im Januar 2008 nahm er am Afrika-Cup 2008 teil. Im Endspiel unterlag die Mannschaft gegen Ägypten mit 0:1. Eto’os fünf Treffer im Turnier, ausschließlich in der Vorrunde erzielt, brachten ihm nicht nur die Torjägerkrone, sondern auch den Titel des Rekordtorschützen des Afrika-Cups. Diese Bestmarke baute er 2010 auf 18 Tore in 29 Spielen aus. Aber auch 2010 scheiterte Eto’o mit Kamerun an Ägypten, diesmal mit 1:3 n. V. im Viertelfinale.