利根はリンガ泊地およびタウイタウイ泊地で待機。機動部隊に所属しマリアナ沖海戦（1944年6月）に参加した。海戦では利根が所属する前衛部隊が小沢機動部隊本隊の攻撃隊を誤射、利根も誤射した。6月24日、内地帰投。射出された利根偵察機は各地を転々とし、7月中旬になって母艦に戻ってきたという。