El fin de la independencia del reino se produjo cuando Fernando el Católico realizó la conquista militar en el verano de 1512 con distintas resistencias, controlando el reino en unos dos meses. Se realizaron varios intentos de recuperar la independencia en los años siguientes y finalmente Carlos I de España se replegó de la Baja Navarra por su difícil control. Por lo que esta porción siguió siendo independiente manteniendo la dinastía de Foix, hasta que se asoció dinásticamente a la Corona francesa al subir su rey, Enrique III, al trono galo. Así, los monarcas franceses se intitularon "«Reyes de Francia y de Navarra»". La unión del reino de Navarra a Francia, puramente una unión dinástica, se hizo conservando siempre sus propias instituciones (así, cuando Luis XVI convocó los Estados Generales de Francia, Navarra no envió formalmente diputados a estos, sino al rey en persona, de modo independiente y con su propio "Cuaderno de agravios"). Sin embargo, su estatus diferenciado dentro de la Corona terminó en 1789, al ser abolido como reino. Por otra parte, la Navarra peninsular o Alta Navarra se convirtió en uno más de los reinos y territorios de la Corona de Castilla y finalmente de la Monarquía Hispánica, estatus que conservó, gobernada por un virrey, hasta 1841, fecha en la que pasó a ser considerada "«provincia foral»" española mediante la posteriormente denominada Ley Paccionada, tras la Primera Guerra Carlista.