Po przejęciu w 1999 przez Jerzego Engela stanowiska selekcjonera reprezentacji Polski został podstawowym bramkarzem drużyny. Zagrał we wszystkich 10 meczach eliminacyjnych mistrzostw świata 2002, z czego dziewięć meczów rozegrał w pełnym wymiarze czasowym (wyjazdowy mecz z Norwegią zaczynał z ławki rezerwowych, w 66. minucie meczu zastąpił Adama Matyska). reprezentacji Polski wygrała swoją grupę eliminacyjną i pierwszy raz od 1986 awansowała na mistrzostwa świata 2002 w Korei Południowej i Japonii, podczas którego "Biało-Czerwoni" po dwóch porażkach z reprezentacją Korei Południowej (0:2) i reprezentacją Portugalii i zwycięstwie z reprezentacją Stanów Zjednoczonych (3:1) zajęli ostatnie czwarte miejsce w Grupie D i zakończyli swój udział w turnieju po fazie grupowej, a Dudek wystąpił w dwóch pierwszych meczach, w których puścił sześć bramek, a podczas meczu z reprezentacją Stanów Zjednoczonych w bramce "Biało-Czerwonych" stanął Radosław Majdan.