Όταν εκδηλώθηκε η Ελληνική Επανάσταση του 1821 ήταν ήδη μητροπολίτης Νικομηδείας και συνοδικός επίσκοπος στην Κωνσταντινούπολη. Κατηγορήθηκε από τους Οθωμανούς ως υποκινητής της επανάστασης των Ελλήνων όταν αρνήθηκε μεταξύ άλλων μητροπολιτών να επικυρώσει την εγκύκλιο με τον αφορισμό της Επανάστασης από το Πατριαρχείο. Οι τουρκικές αρχές τότε τον συνέλαβαν και τον φυλάκισαν στην Κωνσταντινούπολη στις φυλακές του Μποσταντζή μαζί με τους συλληφθέντες επίσης επισκόπους Αδριανουπόλεως Δωρόθεο, Θεσσαλονίκης Ιωσήφ, Δέρκων Γρηγόριο, Αγχιάλου Ευγένιο, Εφέσου Διονύσιο και Τυρνόβου Ιωαννίκιο.