തെരഞ്ഞെടുപ്പ് വിജയത്തിന്റെ പിൻബലത്തിൽ സൈനിക നേതൃത്വവുമായി പലപ്പോഴും ഇടഞ്ഞ നവാസ്, പല കരസേനാമേധാവികളെയും പുറത്താക്കിയിരുന്നു. 1998 ഒക്ടോബറിൽ ഇദ്ദേഹം ജനറൽ പർവേസ് മുഷറഫിനെ സൈനിക മേധാവിയായി നിയമിച്ചു. എന്നാൽ കാർഗിൽ യുദ്ധത്തിൽ പാകിസ്താനുണ്ടായ പരാജയത്തിനുശേഷം ഇരുവരും തമ്മിൽ അകലുകയാണുണ്ടായത്. പട്ടാള അട്ടിമറിയിലൂടെ മുഷറഫ് തന്നെ പുറത്താക്കുമെന്ന് ഭയന്ന നവാസ് ഷെരീഫ് 1999 ഒക്ടോബർ 12-ന് മുഷറഫിനെ സൈനിക മേധാവി സ്ഥാനത്തുനിന്ന് നീക്കം ചെയ്തു. എന്നാൽ ഏറെ നാടകീയമായ ഒരു പട്ടാള അട്ടിമറിയിലൂടെ നവാസ് ഷെരീഫിനെ പുറത്താക്കിയ മുഷറഫ് അധികാരം പിടിച്ചെടുക്കുകയാണുണ്ടായത്. പിന്നീട് വിവിധ കേസുകളിലായി 14 വർഷം തടവും 21 വർഷം ഏതെങ്കിലും ഭരണ സ്ഥാപനത്തിന്റെ മേധാവിത്വം വഹിക്കുന്നതിൽ വിലക്കും ഏർപ്പെടുത്തിയെങ്കിലും സൌദി രാജകുടുംബത്തിന്റെ പ്രത്യേക ഇടപെടലിനെത്തുടർന്ന് ശിക്ഷ സൗദിയിലേക്കുള്ള നാടുകടത്തലായി ഇളവ് ചെയ്യപ്പെട്ടു.