כשנה לאחר מכן, באוקטובר 1962 הסתבכו תקריות גבול בגבול הודו-סין במדינת ארונאצ'ל פרדש שבהימלאיה והתדרדרו למלחמת הודו–סין. ב-20 בחודש הותקף פטרול הודי צפונה לקו מקמהון והמתיחות זלגה לאזור האסטרטגי אקסאי צ'ין. צבא הודו ניגף קשות במהלך הלחימה וצבא סין הצליח להשיג שליטה בשני האזורים שבמחלוקת עד שנעצר חד-צדדית. נגד קרישנה מנון הופנתה ביקורת ציבורית קשה עקב העובדה שהצבא ההודי נתפש בלתי מוכן. בעיקר הוטחה בו ביקורת שיומרותיו להנהגה עולמית גרמו לו להקל ראש בבעיות הביטחון השוטף של הודו. ב-1 בנובמבר הודח קרישנה מנון מתפקידו כשר ההגנה ושבוע לאחר מכן הודח גם מתפקידו כשר הייצור המלחמתי.