В последующей войне между Персией и Спартой Фарнабаз II играет одну из центральных ролей. В 397 году до н. э., по его рекомендации, царь назначает командующим персидским флотом афинянина Конона. Он также помогает сатрапу Тиссаферну в обороне Карии от спартанской армии под руководством . В ответ на это спартанцы во главе со своим царём Агесилаем II разорили Фригию, которой владел Фарнабаз. С тем, чтобы отвлечь внимание спартанцев от персидских владений в Малой Азии, Фарнабаз II, при посредничестве родосца Тимократа, подкупает в 396—395 годах до н. э. руководство беотийских Фив, побудив их выступить войной против Спарты, развязав таким образом Коринфскую войну. Совместно с Кононом, Фарнабаз в 394 году до н. э. одержал решительную победу в сражении при Книде, где был потоплен весь спартанский военный флот. Впоследствии, дабы помешать возрождению морского могущества Спарты в Эгейском море, он поддерживал там действия афинского полководца Фрасибула. Несмотря на эти успехи, после заключения в 387 году до н. э. мира со Спартой, Фарнабаз был царём отстранён от управления сатрапией Фригия и заменён на его сына .