En 1517, a la muerte de su madre Catalina de Foix, se hizo cargo de su herencia y no tardó en iniciar negociaciones con Carlos I para conseguir la restitución completa del Reino de Navarra: previamente en Noyon en 1516, durante la firma del tratado entre Francia y España que supuso el fin de la Guerra de la Liga de Cambrai, y luego en Montpellier, en 1518, sin éxito alguno. En 1521 decidió tratar de recobrar su reino por la fuerza, para lo que obtuvo el apoyo de Francisco I, deseoso de debilitar la posición de Carlos I. Tropas navarro-gasconas enviadas por el rey entraron en Navarra y ayudadas por la sublevación de algunos de sus habitantes pusieron efímeramente en sus manos todo el reino. Sin embargo, las tropas francesas, en lugar de asegurar el territorio, se dirigieron a asediar Logroño, pues la causa de los Albret no era la principal para ellos, y sí entrar en Castilla. Las tropas castellanas con fuerte presencia guipuzcoana reaccionaron y enviaron un ejército de 30.000 hombres, que obligó a los franceses a retirarse de Logroño. Ambos ejércitos se enfrentaron finalmente en la batalla de Noáin en junio de 1521, venciendo los leales al Emperador y tomando definitivamente Pamplona. Posteriormente aún hubo puntos de resistencia de los navarros afínes a Albret, en el castillo de Maya hasta 1522 y Fuenterrabía hasta 1524.