Després de la conquesta de Constantinoble pels otomans al 1453 el Myrelaion fou convertit en mesquita pel Gran visir Mesih Pasa sobre l'any 1500, durant el regnat de Baiazet II. Després de construir-ne la subestructura el temple fou batejat com "Bodrum" (en turc "bodrum" significa 'cambra cuirassada subterrània, soterrani') i coexisteix aquest nom amb el del seu fundador ("mesquita de Mesih Paşa"). L'edifici es danyà en dos incendis, al 1784 i 1911. Després del darrer incendi, el temple quedà abandonat.