През 1979 г. Картър позволява от хуманитарни съображения Шах Мохамед Реза Пахлави да дойде в САЩ за политическо убежище и за медицинско лечение. В отговор на това настъпва криза, след като ирански милиции завземат американското посолство в Техеран и вземат над 100 души заложници. Исканията на терористите са следните: 1) връщане на шаха, за да бъде изправен на съд; 2) връщане на имуществото на шаха на иранския народ; 3) признание на вината на САЩ за минали намеси в Иран и извинение и 4) обещание от страна на САЩ да не се намесва в бъдещето на Иран. Въпреки че по-късно шахът напуска САЩ и умира в Египет, кризата със заложниците в Иран продължава и доминира последната година от президентството на Картър. Неуспешната му стратегия за решаване на проблема често се смята за причина за загубата на изборите през 1980 г.