Toen in 1189 de laatste Normandische vorst zonder wettige zoon stierf, kwam de kroon in handen van Keizer Hendrik VI van het huis Hohenstaufen. Hierna zou het eiland nooit meer onafhankelijk worden en in de eeuwen die volgden steeds onder heerschappij van verschillende buitenlandse vorstenhuizen komen. In 1282 vonden de Siciliaanse Vespers plaats, grote opstanden van verschillende bevolkingsgroepen tegen de heerschappij van Karel I van Napels. Dit ontaardde in een razzia op iedereen die er maar van verdacht werd Frans te zijn. In deze tijd werd de vlag van Sicilië aangenomen met daarop een triskelion.