Durante las guerras de los Tres Reinos, los enclaves restantes en las provincias de Úlster, Munster y Leinster fueron acogidos por ejércitos leales a los Caballeros Realistas de Carlos I de Inglaterra, por el Ejército del Parlamento de Inglaterra o por los escoceses conocidos como Covenanters. Los "Confederados" fueron derrotados por los Ejércitos ingleses en el periodo 1642-1649 (en un conflicto conocido como las guerras Confederadas) y en 1648; se unieron a la "Alianza Realista de Caballeros" contra el Parlamento Rabadilla.