בקיץ 1990 תמה השאלתו של גויקוצ'אה והוא הצטרף לסגלה של ברצלונה, שם חבר למספר שחקנים בסקים נוספים כצ'יקי בגיריסטיין, חוליו סלינאס וחוסה מאריה באקרו. הוא הוסב מהעמדה הקדמית בה שיחק לעמדה אחורית יותר, כמגן ימני, והוא היה מעמודי התווך בקבוצה, שכונתה "קבוצת החלומות" בשל הצלחה המקצועית הרבה. כבר בעונתו הראשונה עזר לברצלונה לזכות באליפות, הראשונה מבין 4 רצופות, בכך שכבש 3 שערים ב-37 הופעות. הראשון שבהם בניצחון 2-1 על ריאל מיורקה ב-2 בדצמבר. בגומלין הסופר קאפ הספרדי נגד ריאל מדריד הבקיע שער, אך קבוצתו הפסידה 4-1 במשחק זה ו-5-1 בסיכום שני המשחקים. בחצי גמר גביע מחזיקות הגביע כבש שער לרשתה של יובנטוס והוא עזר לברצלונה להעפיל לגמר, שם הפסידה למנצ'סטר יונייטד 2-1. בזכות יכולתו הטובה זכה בפרס דון בלון המוענק לשחקן הספרדי המצטיין בליגה. בעונת 1991/1992, גם בה כאמור זכתה ברצלונה באליפות, אמנם לא כבש אף שער בליגה אך הוסיף לשחק בעקביות בהרכב ברצלונה. הוא כבש שער בסיבוב הראשון של גביע אירופה, ובסוף העונה זכתה ברצלונה בתואר לראשונה בתולדותיה, כשבמשחק הגמר נגד סמפדוריה נכנס כמחליף וסייע לקבוצה לנצח בהארכה.