Nach dem Aussterben der Lenzburger übernahmen die Grafen von Kyburg im Jahr 1173 die Landesherrschaft. Diese starben 1264 ihrerseits aus und die Habsburger traten ihr Erbe an. Die niedere Gerichtsbarkeit wurde an die Hallwyler verliehen, während die Habsburger die hohe Gerichtsbarkeit behielten. 1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau und Hägglingen bildete ein Amt in den Freien Ämtern, einer gemeinen Herrschaft. 1529 trat die Bevölkerung zur Reformation über, musste aber bereits zwei Jahre später, nach dem Zweiten Kappelerkrieg, zur katholischen Konfession zurückkehren. Zwischen 1611 und 1613 starb bei Pestepidemien ein Viertel der Bevölkerung.