Kościół wybudowano w miejscu męczeńskiej śmierci św. Andrzeja Apostoła, gdzie znajdowała się wczesnochrześcijańska świątynia, z której relikwie św. Andrzeja w roku 356 przewieziono do Konstantynopola. Podczas IV krucjaty krzyżowcy po zdobyciu Konstantynopola wywieźli część szczątków św. Andrzeja do Amalfi w pobliżu Neapolu, a głowę złożono w bazylice św. Piotra w Rzymie. Papież Paweł VI podczas Soboru Watykańskiego II nakazał zwrócenie relikwii kościołowi w Patras. Uroczystość ich przekazania odbyła się 24 września 1964 roku. W 1980 roku zwrócono również relikwię krzyża św. Andrzeja. Oprócz Patras wiele kościołów w Europie szczyci się posiadaniem relikwii św. Andrzeja, gdyż na przestrzeni wieków były one dzielone na mniejsze części i nie wszystkie zostały zwrócone.