Ebenfalls 1663 traf ihn die größte Tragödie seines Lebens, als sein Sohn Pierre de Beauvilliers, der "Chevalier de Saint-Aignan", aufgrund des Duells zwischen dem Marquis de La Frette und dem Prince de Chalais – wie alle überlebenden Teilnehmer – ins Ausland fliehen musste. Bei Pierre kam erschwerend hinzu, dass er vom König ausgesandt worden war, um das Duell zu verhindern, aber seinen Auftrag nicht erfüllt, sondern die Seiten gewechselt und selbst am Duell teilgenommen hatte. François Honorat de Beauvilliers sagte sich von Pierre los, weil „die Schuld seines Sohnes von der Natur war, um niemals Vergebung zu erlangen: wenn er wüsste, wo er war, würde er der erste sein, ihn zu verraten, um ihm den Prozess zu machen“. Diese Haltung rettete ihm seine Karriere, kostete ihn aber seinen Sohn, der im Jahr darauf im 4. Österreichischen Türkenkrieg fiel.