Charlton valmensi Irlannin maajoukkuetta yhdeksän vuoden ajan. Charltonin johdolla Irlanti eteni vuoden 1988 EM-kisoihin, MM-kisoihin 1990, joissa Irlanti selvisi puolivälieriin saakka ja MM-kisoihin 1994. Uransa valmentajana Charlton lopetti Anfieldilla EM-karsinnoissa vuonna 1996 tappio-ottelussa Alankomaita vastaan.