De regreso en México, y por la muerte del obispo Manuel Ignacio González de Campillo Gómez del Valle, es nombrado en ausencia obispo de la ciudad de Puebla el 19 de diciembre de 1814, tomando el puesto hasta su regreso en 1815. Al parecer, se mantuvo fuera de la política durante la Guerra de Independencia, pero en varias ocasiones es investigado por sospechas de pertenecer al grupo suversivo Los Guadalupes.