Im Februar 1628 verließ Johann Amos Comenius, der zuvor im damals protestantischen Schatzlar übernachtet hatte, bei den zu Schwarzwasser gehörenden Neuhäusern ("Nové Domky") Böhmen und ging mit seinen Anhängern ins Exil nach Lissa. Während des Zweiten Schlesischen Kriegs schlug König Friedrich II. sein Hauptquartier in Schwarzwasser auf, das damals unmittelbar an der Grenze zu Schlesien lag. Nachdem Schwarzwasser im Siebenjährigen Krieg von Kriegshandlungen verschont blieb, erfüllte der damalige Richter Johann Christoph Feest 1765 ein von ihm geleistetes Gelübde und stiftete eine Skulptur der hl. Anna, die unweit der nun preußischen Grenze aufgestellt wurde. Im Bayerischen Erbfolgekrieg bezog die preußische Armee in Schwarzwasser und den benachbarten Orten Schatzlar, Lampersdorf, Berggraben und Königshan ein Lager. Nach ihrem Rückzug nach Schlesien hinterließ sie große Schäden an Wald und Flur.