L'opera venne realizzata a Bologna, città in cui l'artista si era riparato dopo il Sacco di Roma (1527), che all'epoca era la seconda città per grandezza dello Stato Pontificio, vicina inoltre alle terre di cui era originario. Qui ricevette la commissione per una pala d'altare per una cappella della basilica di San Petronio, in ringraziamento per la fine della pestilenza del 1527: non a caso rappresenta san Rocco, protettore degli appestati. Non è chiaro chi fosse il committente, che si fece rappresentare vicino al santo. Lamo, nel 1560, parlò di un certo Baldassarre, mentre Vasari, nel 1568, da un Fabrizio da Milano. Pare che comunque all'epoca la cappella fosse in comproprietà tra Nicola Bonsignori e la famiglia Ghiselli (Giacomelli, 1994). Vasari la citò come prima opera eseguita dopo l'arrivo in città, informazione confermata anche dall'analisi stilistica.