In 1896 volgde hij Wouterus Beukers op als burgemeester van Bunschoten. Van Duijn was lid van de ARP. Van Duijn woonde in de burgemeesterswoning op het adres Dorpsstraat 90 in Bunschoten. Van hem is een welkomsttelegram uit ongeveer 1900 aan Paul Kruger bewaard gebleven. Van Duijn was burgemeester van Bunschoten ten tijde van de Stormvloed van 1916, waarbij hij ook koningin Wilhemina ontving in Spakenburg.