Tenguiz Kitovani entra dans la politique nationale au début de 1990, quand le mouvement nationaliste et indépendantiste atteint son apogée dans la Géorgie soviétique d'alors. Élu au Conseil Suprême de Géorgie la même année, il fut associé de près à Zviad Gamsakhourdia, un ancien dissident soviétique qui devint alors Président du Presidium dudit Conseil Suprême, avant d'acquérir le titre de Président de Géorgie en 1991. En décembre 1990, Gamsakhourdia créa sur décret la Garde nationale de Géorgie et nomma Kitovani son chef. Toutefois, les deux hommes entrèrent en conflit en août 1991, quand le président renvoya Kitovani alors que la Géorgie entrait dans une période de crise constitutionnelle. Tenguiz déclara alors que la décision avait été prise par les leaders du Putsch de Moscou qui auraient été influents dans le gouvernement du premier président géorgien. Toutefois, il ne put prouver ce qu'il avançait et, avec quelques fidèles, quitta Tbilissi pour se retrancher dans la Gorge de Rkoni. Ceci symbolise le début de la fin de Gamsakhourdia, dont la politique inflexible força plusieurs de ses anciens supporters au sein de l'opposition.