Bouma valittiin Alankomaiden maajoukkueeseen 2002 MM-kisojen karsintoihin. Hän pelasi myös 2004 EM-kisoissa. Maajoukkueessa hänet siirrettiin keskuspuolustajaksi, missä hän pelasi jatkossa myös Guus Hiddinkin valmentamassa PSV:Ssä kaudella 2004–2005.