Als nach Bekanntgabe des Ergebnisses des Referendums, bei dem sich die große Mehrheit für die Unabhängigkeit entschieden hatte, durch die Operation Donner eine letzte Gewaltwelle durch pro-indonesische Milizen und indonesisches Militär ausbrach, löste im September die internationale Eingreiftruppe INTERFET die indonesische Besatzung ab. Die FALINTIL-Kämpfer wurden in vier Camps gesammelt in Uai-Mori (Subdistrikt Viqueque), Atelari (Subdistrikt Laga), Poetete (Subdistrikt Ermera) und Ai-Assa (Subdistrikt Bobonaro). Den Kämpfern wurde verboten, ihre Waffen außerhalb der Lager mitzunehmen. Bei der Überführung in die Sammellager kam es zu zahlreichen Problemen, da einige Kämpfer dies ablehnten. Einer der bekanntesten FALINTIL-Führer, Cornelio Gama (heute bekannter als "L7", heute Vorsitzender der Partei UNDERTIM) verließ das Lager zusammen mit einigen Getreuen. Es waren die Folgen von Frustration und Hilflosigkeit, die zu solche Entscheidungen führten. Probleme mit der Versorgung führten zu Nahrungsmittelengpässen und Fällen von Tuberkulose und Malaria in den Lagern. Am 12. September 2000 beschloss das Übergangskabinett Osttimors die Gründung der Verteidigungskräfte Osttimors "F-FDTL".