Pada 30 Januari 1933 (Machtergreifung), telah berkuasanya Adolf Hitler dan Parti Nazi di Jerman. Pemerintahan Nazi menghapuskan masyarakat Yahudi di Berlin yang pernah mencecah angka 170,000 sebelum tahun 1933. Selepas peristiwa pogrom Kristallnacht pada tahun 1938, beribu-ribu orang Yahudi Jerman di Berlin dipenjarakan di kem tumpuan Sachsenhausen yang berdekatan, atau pada awal tahun 1943, dihantar ke kem maut seperti Auschwitz. Ketika zaman perang, kebanyakan kawasan Berlin diranapkan oleh serangan udara pada tahun 1943–45 dan Pertempuran Berlin di darat. Selepas tamatnya perang di Eropah pada tahun 1945, Berlin dimasuki ramai orang pelarian dari wilayah-wilayah Timur. Kuasa-kuasa yang memenangi perang membahagikan kota Berlin kepada empat pecahan, seiring dengan sistem kawasan pendudukan yang membahagikan negara Jerman. Pecahan Sekutu Barat (Amerika Syarikat, United Kingdom, dan Perancis) membentuk Berlin Barat, sementara pecahan Soviet membentuk Berlin Timur.