1605 ockuperades och plundrades Fürstenfeld av hajduker. 92 hus brann ner. Under det närmaste århundradet fanns allvarliga militära hot kvar, men staden undgick ytterligare förstörelse trots en belägring under Rákócziupproret 1704. Däremot drabbades Fürstenfeld av pestepidemier mellan 1679 och 1681.