לאחר פיקוד על שדה בארקסדייל בלואיזיאנה במשך שנה בשנת 1939, הוא הועלה לדרגת בריגדיר גנרל, ומונה למפקד כנף ההפצצה ה-17 בסוואנה, ג'ורג'יה. ביולי 1941, לאחר קידומו למייג'ור גנרל, הוא פיקד על חיל האוויר השלישי של ארצות הברית. זמן קצר לפני ההתקפה על פרל הארבור, מונה בררטון באוקטובר 1941 למפקד חיל האוויר המזרח הרחוק בפיליפינים, ופיקד עליו במהלך המערכה בפיליפינים (1941–1942). לאחר פינויו מהפיליפינים, הוא מונה לסגן המפקד העליון (תחת ריצ'רד פירס) של הפיקוד המאוחד ABACOM של כוחות בעלות הברית בדרום-מזרח אסיה ובדרום האוקיינוס השקט, אשר הוקם בתחילת 1942 בפיקודו של הגנרל הבריטי ארצ'יבלד וייוול בג'אווה.