Sa maîtrise du yiddish qui est sa langue maternelle lui permet de converser avec les survivants. En 1946, il est nommé chef de la division des crimes de guerre, faisant des plans pour les procédures légales et les procédures de sécurité, à double titre d’avocat et de colonel d'infanterie, du Tribunal de Nuremberg et celui de Tokyo pour les crimes de guerre et les crimes contre l'humanité. Sa fonction consiste à établir des dossiers bien documentés sur les crimes nazis. Après les procès, il lui est proposé d'être promu "Brigadier General", mais en 1947, Marcus retourne à la vie civile et reprend son bureau d'avocat.