У травні 1943 року Рой Гейгер став командувачем авіацією в штабі Корпусу морської піхоти. У листопаді 1943 року він знову повернувся до командування військами, будучи поставленим на чолі I-го Морського експедиційного корпусу, і в цій якості брав участь з 9 листопада по 15 грудня 1943 року в Бугенвільській кампанії. У квітні 1944 року його корпус було перейменовано у III Морський експедиційний корпус. До початку 1945 до складу корпусу входили 1-ша (ген. П. дель Балі), 2-га (ген. Т. Вотсон) та 6-та (ген. Л. Шеферд) дивізії морської піхоти. У липні-серпні корпус взяв участь у висадці на Гуамі, у вересні-жовтні захопив південну частину островів Палау. Як складова частина 10-ї армії влітку 1945 року «III Морський експедиційний корпус» взяв участь у битві за Окінаву. Після смерті генерал-лейтенанта Саймона Бакнера, Гейгер 19 червня 1945 року очолив 10-ту армію на завершальних етапах битви за Окінаву, ставши таким чином єдиним офіцером Корпусу морської піхоти США, який командував сухопутною польовою армією.