Năm 1997, Scolari đến Nhật Bản để dẫn dắt câu lạc bộ đang thi đấu ở J. League, Júbilo Iwata. Tuy nhiên chỉ sau 11 trận tại đây, ông đã trở về Brasil và câu lạc bộ tiếp theo của ông là Palmeiras. Trong 3 năm, ông đem về cho Palmeiras danh hiệu Copa do Brasil, Mercosur Cup và Copa Libertadores sau chiến thắng trước Deportivo Cali của Colombia. Tại Intercontinental Cup 1999, họ cũng trở thành á quân sau khi thua câu lạc bộ Anh Manchester United. Nhờ những thành tích trên, ông được bầu chọn là huấn luyện viên bóng đá xuắt sắc nhất Nam Mỹ 1999.