У XVI столітті Лівонська конфедерація, Московське царство, католицьке Велике князівство Литовське (ВКЛ), лютеранські Шведське й Данське королівства вступили у великий і тривалий конфлікт за території, в числі яких була і територія сучасної Естонії. Цей конфлікт, що тривав з 1558 по 1583 роки, отримав назву Лівонська війна. Підсумком конфлікту був розпад Лівонської конфедерації, Естонія була поділена між Швецією та ВКЛ, через півстоліття Південна Естонія також була передана Швеції.