Nach Überwachung der Forts und der Artillerie im Raum Washington, D.C. wurde er Chef der Artillerie unter Generalmajor William T. Sherman und nahm mit ihm an der Schlacht von Chattanooga, dem Marsch zum Meer und der Carolina Kampagne teil. Am 23. Januar 1865 nominierte Präsident Lincoln Barry, rückwirkend zum 1. September 1864, zur Ernennung zum Brevet Generalmajor für seine Verdienste im Atlanta-Feldzug. Das betätigte der Senat am 14. Februar 1865. Am 15. Januar 1866 wurde er ausgemustert und schied aus der Armee aus. Am 17. Juli 1866 nominierte Präsident Andrew Johnson Barry für den Wiedereintritt in die Armee, rückwirkend zum 13. März 1865, und der Senat bestätigte dies am 23. Juli 1866.