Matyáš se kvůli tomuto dobrodružství ocitl v ještě silnější nemilosti svého bratra, který mu na druhou stranu pomáhal k určité moci. Od roku 1594 Matyáš hospodařil v Rakousku, kde byl místodržitelem z vůle Rudolfa II., a vystupoval proti reformované církvi za podpory vídeňského biskupa Melchiora Klesla. Rudolf ho jmenoval do funkce nejvyššího vojenského velitele, když vypukla patnáctiletá válka s Turky, a v roce 1598 za regenta v Sedmihradsku.