Người Chechen một lần nữa nổi loạn chống lại nhà nước Xô viết trong thập niên 1940 bằng cách cộng tác với quân Đức Quốc xã, dẫn tới cuộc trục xuất hàng loạt người Chechen tới CHXHCNXV Kazakh (sau này là Kazakhstan) và Xibia trong Chiến tranh thế giới thứ hai . Stalin và những người khác cho rằng điều này là cần thiết để ngăn chặn người Chechen hỗ trợ cho quân Đức trong Chiến tranh thế giới thứ hai. Dù chiến trận không bao giờ lan tới biên giới Chechnya, một phong trào du kích Chechnya đã đe dọa làm suy yếu thế trận phòng thủ vùng Kavkaz của Xô viết (cần lưu ý nhà văn Valentin Pikul trong đoạn viết về lịch sử Barbarossa đã cho rằng khi thành phố Grozny đang chuẩn bị cho một cuộc phong tỏa năm 1942, tất cả máy bay ném bom của mặt trận Caucasia được lệnh phải dẹp yên cuộc nổi loạn của người Chechen thay vì chiến đấu với quân Đức trong cuộc phong toả Stalingrad). Tương tự, những vụ thả dù bí mật của quân Đức tiếp tế cho quân nổi loạn Chechnya cũng thường xảy ra. Người Chechen được phép quay trở lại quê hương họ sau năm 1956 ở thời phi Stalin hoá khi Nikita Khrushchev lên nắm quyền.