Toruń fue anexionada por la Alemania nazi tras la Invasión alemana de Polonia de 1939 y administrada como región de Danzig-Prusia Oriental. Durante la Segunda Guerra Mundial la cadena de fortalezas de Toruń sirvió como campo para prisioneros de guerra, conocido como Stalag XX-A. Los polacos locales fueron objeto de detenciones masivas expulsión, trabajos forzados y ejecuciones masivas. En el otoño, los alemanes llevaron a cabo arrestos masivos de la intelligentsia polaca como parte de Intelligenzaktion. Estos polacos fueron encarcelados en la fortaleza local, y en diciembre de 1939 al menos 600 fueron asesinados en el bosque cercano. De 1940 a 1943, hubo un campo de reasentamiento alemán en la ciudad para los polacos expulsados de Toruń y la región. Las condiciones sanitarias en el campo eran inhumanas. 12 000 polacos pasaron por el campo, 1 000 de los cuales murieron, incluidos 400 niños. Como resultado de los crímenes alemanes, el número de polacos en Toruń se redujo a 15 000. Toruń fue liberada por el Ejército Rojo a principios de 1945, en el curso de la Ofensiva del Vístula-Óder y devuelto a administración polaca en la Conferencia de Potsdam. La ciudad fue afortunada por la escasa destrucción ocurrida durante la guerra.