Côté militaire, les activités sous-marines se développeront au Mourillon qui sera utilisé comme base de sous-marins pour la Marine française. C'est du quai des sous-mariniers que parviendra à s'échapper le sous-marin "Casabianca" lors du sabordage de la flotte en 1942. Avec le transfert de la allemande U-Boot du port de La Spezia en Italie au Mourillon en 1943, le quartier deviendra la cible de violents bombardements alliés. L'actuel quartier du Port Marchand qui abritait les anciens entrepôts de l'arsenal nord du Mourillon sera pratiquement rasé et le quartier du Mourillon aura à souffrir des bombes qui s'abattront sur de très nombreuses maisons du quartier et notamment sur le cinéma Comœdia, l'école et la poste de la rue Castel. Le premier bombardement de fera plus de au Mourillon. Le quartier sera vidé de sa population par les Allemands.