Tuttavia alla fine del Seicento la sua potenza cominciò a scemare, sia per la concorrenza francese e inglese, sia per la cattiva amministrazione, sia per le ingenti spese militari dovute alle frequenti ribellioni indigene. Nel 1740, semplici voci sulla deportazione della popolazione di etnia cinesi dall'area di Batavia portarono a disordini diffusi. I militari olandesi perquisirono le case dei cinesi a Batavia in cerca di armi. Quando una costruzione prese fuoco accidentalmente, i militari e i cittadini più poveri iniziarono a massacrare la popolazione cinese saccheggiandone le proprietà. Questo massacro di cinesi fu ritenuto sufficientemente grave dal consiglio di amministrazione della VOC da farle subire un'indagine ufficiale governativa per la prima volta nella sua storia. Persi numerosi stabilimenti nel corso della quarta guerra anglo-olandese (1780-1784), e ceduti i restanti agli alleati britannici dopo l'invasione dei Paesi Bassi da parte delle armate rivoluzionarie francesi nel 1794, nel 1798 la Compagnia cessò i traffici e fu sciolta due anni dopo lasciando i propri resti allo stato olandese.