Центрами антиправительственной оппозиции выступали западнояпонские уделы Сацума-хан и Тёсю-хан. На волне ксенофобских настроений они развязали сацумско-британскую и симоносекскую войны 1863 года, но потерпели поражение. Осознав техническую отсталость Японии от Запада и опасность колонизации, уделы начали модернизацию армии и переговоры с императорским двором. В 1864 году, для подавления оппозиции, сёгунат совершил первый карательный поход против Тёсю и сменил его руководство. Однако в следующем году в уделе произошёл переворот, и оппозиционеры вернулись к власти. В 1866 году, при посредничестве Сакамото Рёма, Сацума и Тёсю заключили тайный союз с целью свержения сёгуната и восстановления Императорского правления. Благодаря этому второй карательный поход сёгуната в Тёсю закончился разгромом правительственных войск.