17 августа 1945 года была провозглашена независимость Индонезии. Тогда же началось создание индонезийской армии, после нескольких переименований получившей название Национальной армии Индонезии (НАИ; ). Насутион вступил в ряды НАИ и в марте 1946 года стал командиром , которая на тот момент была расквартирована на Западной Яве. В это время он разработал теоретические основы ведения сухопутной войны, впоследствии ставшие основой индонезийской военной доктрины.