Durante la Segunda Guerra Mundial, el manuscrito fue escondido de los nazis y de la Ustacha por el bibliotecario jefe del museo, Derviš Korkut, quién arriesgó su vida propia, sacando ilegalmente la Hagadá fuera de Sarajevo. Korkut lo dio a un clérigo musulmán en Zenica, donde fue escondida bajo los tablones de madera del suelo de la mezquita o de la casa de un musulmán. En 1957, fue publicado un facsímil de la Hagadá por Sándor Scheiber, director del Seminario Rabínico de Budapest. En 1992, durante la Guerra de Bosnia, el manuscrito sobrevivió a un robo en el museo y fue descubierto en el suelo durante la investigación policial por el inspector local Fahrudin Čebo, con otros muchos objetos que los ladrones creyeron que no eran valiosos. Durando el asedio de Sarajevo por las fuerzas serbo-bosnias (el asedio más largo de la historia moderna) sobrevivió en una cámara acorazada subterránea de un banco. Hubo rumores de que el gobierno lo había vendido para comprar armas; el presidente de Bosnia mostró el manuscrito a la comunidad Seder el 1995 para desmentirlo.