O pai de Sexto, Pompeu, foi o adversário de Júlio César por muitos anos e esta animosidade finalmente chegou ao limite em 49 a.C., quando começou a Guerra Civil Cesariana. Pompeu foi assassinado no ano seguinte pelos egípcios, mas Sexto e seu irmão, Cneu Pompeu, continuaram a luta até pelo menos 45 a.C., quando ficou claro que César havia vencido. Depois da Batalha de Munda, Cneu Pompeu foi executado, mas Sexto conseguiu escapar para a Sicília romana.