В &lt;a href="%D0%92%D1%82%D0%BE%D1%80%D0%B0%D1%8F%20%D0%91%D1%83%D0%BD%D0%B4%D0%B5%D1%81%D0%BB%D0%B8%D0%B3%D0%B0%202000/2001"&gt;сезоне 2000/01&lt;/a&gt; «Боруссия» заняла второе место во Второй бундеслиге и вернулась в Первую бундеслигу после двухлетнего перерыва. Ауэр провёл 17 игр (во всех из которых выходил на замену), забил 2 гола. В июне 2001 года в составе сборной Германии до 20 лет выступал на чемпионате мира до 20 лет в Аргентине, где сделал хет-трик в ворота Канады и забил по голу Ираку и Франции. В матче 1/8 финала против французов Ауэр открыл счёт на 19-й минуте встречи, но немцы проиграли со счётом 2:3 и бесславно покинули турнир. Пять мячей, забитые в четырёх матчах, позволили Ауэру попасть в пятёрку лучших бомбардиров чемпионата. В компенсированное время последней игры в столкновении с французским вратарём Николя Пеннето нападающий получил тяжелейшую травму — разрыв крестообразных связок колена. Первоначально оценивалось, что Ауэр выбыл из строя на три месяца, но уже через несколько дней стало понятно, что речь идёт о шести месяцах вне игры.