鹿島は太平洋戦争開戦をトラック泊地で迎え、井上中将が中部太平洋・南太平洋の作戦を統括する「南洋部隊」の指揮を執った。開戦時の南洋部隊は第四艦隊のほか第六戦隊（重巡青葉、加古、 衣笠、古鷹）、駆逐艦朧、第23駆逐隊（菊月、卯月、夕月）も指揮下にあった。開戦後、南洋部隊は ギルバート諸島を占領し、ウェーク島を攻略 (ウェーク島の戦い)。1942年（昭和17年）1月には第一航空艦隊と協力してラバウルを占領したが、鹿島は待機が続いた。