2016-17 UEFA Şampiyonlar Ligi eleme aşaması 14 Şubat 2017'de Son 16 turu ile başlayacak olan ve 3 Haziran 2017 tarihinde Galler'in Cardiff şehrindeki Milenyum Stadyumu'nda oynanacak final maçıyla son bulacak olan aşamadır. Bu aşamaya gruplarından çıkmayı başaran 16 takım katılır.