Une autre insurrection touche les campagnes de la région au printemps 1793. En effet, la décision de la Convention, le 24 février, d'imposer la levée de par tirage au sort à l'échelle du pays est mal acceptée en Bretagne, d'autant plus que les fonctionnaires proches du pouvoir révolutionnaire en sont exemptés afin de ne pas perturber le fonctionnement de l'administration. La première révolte éclate le à Saint-Philbert-de-Grand-Lieu avant de se propager presque à toute la Haute-Bretagne et à une partie du Léon. Des renforts républicains arrivent dans la région à partir du 25 mars ; dès le mois d'avril la situation tourne à leur avantage. À partir de l'automne de la même année, l'arrivée dans la région de chouans venant de Vendée relance l'agitation, notamment avec le passage de la virée de Galerne dans l'est de la Haute-Bretagne. La répression de celle-ci se fait dans le cadre de la Terreur : par exemple à Nantes, Carrier fait fusiller ou noyer des milliers de personnes. La nature de cette répression, tournée notamment contre la religion, précipite à partir du début de 1794 les paysans dirigés par des chefs locaux issus de la paysannerie comme Pierre Guillemot ou Georges Cadoudal dans une forme de guérilla qui touche les campagnes à des degrés divers. La chute de Robespierre en permet aux Thermidoriens de négocier une paix avec les insurgés, ce qui aboutit au traité de La Mabilais le , qui garantit l’amnistie aux insurgés et instaure la liberté de culte.