Навесні 1998 року переніс перший інсульт. Два місяці потому знову повернувся до «Футбольного огляду», однак наприкінці 1999 року передачу було закрито. До 2003 року Перетурін був коментатором «Першого каналу», однак, фактично, роботи майже не мав. 2003 року був звільнений з редакції, чому, на думку самого Володимира Івановича, посприяли інтриги Віктора Гусєва. Останнім значним турніром, на якому працював Перетурін, став Чемпіонат світу з футболу 2002 року.