כנס הרצליה השני נערך בין ה-16 ל-18 בדצמבר בשנת 2001 וכותרתו הייתה: "ישראל במערכה והמערכת העולמית". הרקע לכנס הייתה המערכת העולמית המשתנה אחרי ה-11 בספטמבר, פיגועי הטרור בישראל והשינויי בכלכלת העולם. מבין הנאומים שהיו בכנס, בלטו שני נאומים. הראשון היה נאום בשידור לוויני של קונדוליזה רייס, מזכירת המדינה באותה עת. הנאום השני שבלט היה נאומו של אפרים הלוי, מי שהיה בזמנו ראש המוסד. בנאום הוא תיאר את המערכת האזורית אחרי ה-11 בספטמבר. הלוי תיאר את ההשפעות של השינויים במערכת על מעמדו היורד של ערפאת בעולם, על התפתחויות אפשריות ביחסי המערב ואיראן ויחסי סוריה - חזבאללה. נושאים נוספים שנידונו בכנס היו הסדר העולמי החדש, העם היהודי כמרכיב בחוסן הלאומי, המערכה נגד הטרור, חוסן כלכלי, בניין הכוח של צה"ל וחינוך, חברה וממשל כמרכיבים של ביטחון לאומי.