Am 11. Januar 1871 wurde Manteuffel aus Nordfrankreich abberufen und übernahm das Kommando der Südarmee. Sofort wagte er mit dem VII. und II. Korps den kühnen Zug über die Côte d’Or in den Rücken des bei Belfort an der Lisaine kämpfenden Feindes, drängte ihn bei Pontarlier an die Schweizer Grenze und zwang ab dem 1. Februar 87.000 Mann der Bourbaki-Armee zum Übertritt in die Schweiz. Zur Belohnung erhielt Manteuffel am 22. März das Großkreuz des Eisernen Kreuzes, am 16. Juni den Schwarzen Adlerorden sowie eine Dotation in Höhe von 300.000 Talern.