Harinordoquy bildete bei der Weltmeisterschaft 2003 zusammen mit Serge Betsen und Olivier Magne eine der stärksten dritten Reihen des Turniers. Frankreich scheiterte im Halbfinale am späteren Weltmeister England. Nach über 30 Länderspielen wurde er nach den Six Nations 2005 kaum mehr eingesetzt, Gründe dafür waren Verletzungen und Formschwankungen. Zur Weltmeisterschaft 2007 gehörte er wieder zum Kader und kam in fünf Spielen zum Einsatz. Die Franzosen scheiterten erneut an England im Halbfinale.