Mit der Rückkehr der Osmanen in die Stadt wurden manche Moscheen restauriert, doch schon 1815 wagten die Serben unter Miloš Obrenović einen zweiten Aufstand. Sie erkämpften sich ein autonomes Fürstentum, und Belgrad kam unter ihre Verwaltungshoheit. Ein osmanisches Regiment blieb in der Belgrader Festung. Nach einem Bericht aus dem Jahr 1836 gab es in Belgrad damals 16 Moscheen. Mit dem Abzug der Osmanen aus der Stadt im Jahre 1867 (der größte Teil war slawischen Ursprungs) begann eine neue Epoche in Belgrad. Felix Philipp Kanitz sagte einmal, als er in Belgrad war: „Wenn man plötzlich eine Explosion hörte, dann war es wieder eine Zerstörung einer Moschee, die das Stadtbild störte.“ Die einzige heute noch verbliebene Moschee in Belgrad ist die Bajrakli-Moschee im Ortsteil Dorćol.