Toisen maailmansodan alkaessa vuonna 1939 Sveitsissä asunut Bonaparte kirjoitti kirjeen Ranskan pääministeri Édouard Daladierille ja tarjoutui vapaaehtoiseksi maan armeijan palvelukseen, mitä kuitenkaan ei sallittu. Bonaparte liittyi kuitenkin salanimellä "Louis Blanchard" Ranskan muukalaislegioonaan. Hän palveli muukalaislegioonan riveissä Pohjois-Afrikassa, mutta Compiègnen aselevon jälkeen vuonna 1941 Vichyn Ranska demobilisoi yksikön, jossa hän palveli.