I mellomtiden hadde Farnabazos forsøkt å oppildne til splid og motstand mot Sparta på den greske fastlandet, men bygd også opp en ny hær og en ny marine. I tillegg hadde han funnet en dyktig admiral, atheneren Konon. Hans anstrengelser var vellykte. De andre greske byene gjorde opprør mot Sparta i 395 f.Kr. i hva som kalles Korintkrigen. Sparta ble nødt til å tilbakekalle hæren i Anatolia og Farnabazos hadde da ingen fryktet fiende i sitt nærområde lenger, og sammen med Konon kunne han erobre de greske øyene Milos og Kythira i 393 f.Kr. Korintkrigen varte fra 395 til 387 f.Kr.. Sparta kjempet mot en koalisjon av fire allierte bystater, Theben, Athen, Korint og Argos. Farnabazos støttet innledningsvis koalisjon økonomisk, men da Sparta igjen var villig til å inngå en avtale endret han allianse. Fredsavtalen ga Perserriket alle greske byer i Anatolia mens Sparta ble den mektigste statsmakten i Hellas. I begynnelsen respekterte Farnabazos de greske byenes selvstyre, men ble selv gitt nye funksjoner. Hans sønn og etterfølger Ariobarzanes hadde en annen politikk.