El 22 de agosto de 1936 la prisión fue invadida por milicianos anarquistas, que se hicieron con el control de la misma y decidieron la ejecución de varios presos significados. Ruiz de Alda formó parte del grupo de 28-30 personas que fueron seleccionadas por los milicianos y fusiladas en los patios de la cárcel, durante la conocida como matanza de la Cárcel Modelo. Días antes de ser asesinado, Ruiz de Alda había rechazado una oferta de trabajar para la República que le había hecho llegar su esposa, Amelia Azarola —sobrina del almirante Antonio Azarola, quien pocos días antes había sido fusilado por los sublevados en Ferrol—.