À la suite d'une série d’assassinats et d’attentats perpétrés par l’armée républicaine irlandaise (IRA, "Irish Republican Army") en , Griffith est arrêté le et emprisonné avec les autres leaders du Sinn Féin tel qu’Eoin MacNeill et Eamon Dugan. S’il est libéré quelque temps avant la fin de la guerre anglo-irlandaise, son emprisonnement engendre d’irrémédiables séquelles sur sa santé.