Након доласка у Србију, пребацили су се на Радан. Нешковић још неко време остао са члановима Главног штаба на територији Топлице и Јабланице. Заједно са јединицама 21. и 25. српске дивизије, које су водиле борбе са немачким, четничким и албанским снагама, кретао се правцем Гајтан—Медвеђа—Капит—Липовица—Оруглица—Милово. Почетком августа 1944. по наређењу Врховног команданта НОВ и ПОЈ послат је да помогне Оперативној групи дивизија, под командом Пека Дапчевића које су успеле да се из Санџака пробију до Копаоника, али су ту биле заустављене Топличко-јабланичком операцијом. Због офанзиве, Нешковић није успео да се повеже са Дапчевићевим снагама, па је током августа, заједно са Сретеном Жујовићем и Милентијем Поповићем, који су по Титовом налогу дошли у Србију, радио на припремама организовања Антифашистичке скупштине Србије. Половином септембра 1944. у Прокупљу је одржана Конференција Народноослободилачких одбора из зајечарског, нишког, крушевачког и прокупачког округа, којој је присуствовало преко 500 делегата. Ова Конференција имала је карактера манифестације и припреме за избор Антифашистичке скупштине Србије, а завршну реч на Конференцији је одржао Благоје Нешковић. У међувремену јединица НОВ и ПОЈ, под командом Пека Дапчевића, извршиле су нови продор у Србију. Крећући се у сусрет совјетској Црвеној армији, ове јединице су 16. септембра ослободиле Ваљево, где је убрзо потом дошао Нешковић. Савезничким авионом пребацио се из јужне Србије у село Дивци и одмах дошао у Дапчевићев штаб, са којим се кретао ка Београду и учествовао у борбама за ослобођење Београд, октобра 1944. године.