Die Hilfsorganisation ist seit 1985 auch in der afrikanischen Kongo-Region aktiv. Sowohl der erste als auch der Zweite Kongokrieg führte zu einer erhöhten Gewalt und Instabilität in der dortigen Region. Ärzte ohne Grenzen musste die Teams aus Bunia, der Hauptstadt der Provinz Ituri, wegen der dort eskalierenden Gewalt abziehen. Allerdings setzt sie ihre Arbeit in anderen Gebieten fort, um Zehntausenden vertriebener Zivilisten Essen zur Verfügung zu stellen sowie um Überlebende von Massenvergewaltigungen und weit verbreiteter Kämpfe medizinisch zu versorgen. Die Behandlungen und die möglichen Schutzimpfungen gegen Krankheiten wie Cholera, Masern, Kinderlähmung, Marburgfieber, Schlafkrankheit, Aids und die Pest sind auch wichtig, um Epidemien vorzubeugen oder sie zumindest einzudämmen.