Din 1949, Palatului Cotroceni a fost transformat de comuniști în Palatul Pionierilor. În perioada când clădirea a funcționat ca Palat al Pionierilor, mănăstirea din curtea sa s-a ruinat complet. Cutremurul din 1977 a afectat-o iremediabil. După 1977, Palatul Cotroceni a fost folosit de Nicolae Ceaușescu drept casă de oaspeți. În anul 1984 Nicolae Ceaușescu a hotărât ca biserica veche, construită de Șerban Cantacuzino, să fie dărâmată.