1939年の第2次世界大戦勃発時、ウォーカーは軍人としてのキャリアを終えるかに思われた。中佐から大佐への昇進を断念し、実際に早期退役を待つ身であった。しかし、1940年に退役までの猶予が与えられると、 サー・バートラム・ラムゼー中将下の参謀長に命ぜざれた。しかし、大西洋の戦いにおいて不可欠である対潜戦についての専門知識を持ち合わせているにもかかわらず、ウォーカーは指揮権を与えられないままだった。彼のその任間中、イギリス海外派遣軍, BEF)のフランスからダンケルクでの撤退作戦が行われた。330,000人のイギリス軍・フランス軍将兵のイギリスへの救出を持って、その撤退作戦は奇跡的に成功した。その撤退作戦での業績により、Mentioned in Despatches()を授かる。