На практике реальность образования в Бурунди часто отличается от правовой структуры. Боевые действия во время гражданской войны в Бурунди (1993—2006 годы) нанесли ущерб системе образования. Около 25 процентов всех школ страны были разрушены, а многие учителя были убиты или стали внутренне перемещенными лицами. Более 6000 бурундийских детей живут в лагерях беженцев за пределами Бурунди.