С 1944 года — заместитель наркома и начальник управления движения НКПС. Начиная с этого времени, Бещев мог влиять на технологические решения в масштабе всего государства, например, о начале массовой электрификации, о производстве новых моделей магистральных локомотивов. В первом отделе НКПС Бещев имел прозвище "Вещий" — за прогнозный дар и по причине интуитивной аллитерации его фамилии. Весной 1945 года, в ходе подготовки Берлинской наступательной операции, Бещев организовал доставку на фронт в течение 20 суток 40 тысяч вагонов с воинскими грузами. Летом 1945 года Бещев организовал скрытную переброску на Дальний Восток по железной дороге советских войск, вступивших в войну с Японией.