במקביל שיחק זידאן בנבחרת צרפת, וזכה להכרה רבה לאחר שהבקיע שני שערים במשחק הגמר במונדיאל 1998, בו הביסה נבחרתו את נבחרת ברזיל 3-0. זידאן הפך לגיבור צרפתי ולסלבריטי ברחבי העולם. באותה שנה הוא זכה במספר רב של תוארי "כדורגלן השנה" מעיתוני ספורט, מוסדות והתאחדויות כדורגל שונות. בשנת 2000 הגיע זידאן להישג נוסף, כאשר היה שותף לזכייה של נבחרת צרפת באליפות אירופה לאומות (יורו 2000).