Az 1682. évi nagy árvíz jelentős károkat okozott az erődítményekben. A törökök kiűzését követően Komárom katonai jelentőségét ideiglenesen elvesztette, megszűnt végvár lenni, s ennek következtében kevesebbet áldoztak a két vár fenntartására is. A II. Rákóczi Ferenc vezette kuruc szabadságharc után a Habsburgok tervbe vették a felszámolásukat. A bajt tovább tetézte az 1763-as és az 1783-as földrengés, amely hatalmas károkat okozott nem csak a városban, hanem a várakban is.