En la temporada 2006-07, Wade se perdió 31 partidos por lesión. Fue elegido para disputar su tercer All-Star y repitió título en el Concurso de Habilidades. Miami comenzó de manera titubeante la temporada, con 20-25 al inicio de febrero, pero el equipo recuperó efectivos (incluido O'Neal) y acabaron la temporada con un balance de 44-38. Sin embargo, Wade se dislocó el hombro izquierdo en un encuentro frente a Houston Rockets al intentar robar un balón a Shane Battier. Dwayne decidió optar por la rehabilitación y no así por la operación, con la intención de regresar para playoffs. Regresó frente a Charlotte Bobcats una semana antes de acabar la liga regular. Pero el estado de Wade no era óptimo y el equipo fue barrido en 1.ª ronda por Chicago Bulls (4-0). Wade promedió en playoffs 23.5 puntos, 4.8 rebotes y 6.3 asistencias, números inferiores a los firmados en liga regular. Sus promedios durante la temporada fueron de 27.4 puntos, 4.7 rebotes, 7.5 asistencias y 2.1 robos, finalizando líder en el apartado estadístico de la eficiencia.