Het paleis kreeg het zwaar te verduren tijdens de Ottomaanse verovering van Constantinopel in 1453, door de ligging nabij de verdedigingsmuren. Gedurende de 16e en 17e eeuw bood het onderdak aan een deel van de menagerie van de sultan. Toen de dieren werden verplaatst naar een ander verblijf, werd het gebouw gebruikt als bordeel. Vanaf 1719, was de "Tekfur Sarayı" pottenbakkerij er gevestigd en begon daar tegels te produceren in de stijl van de İznik-keramiek, maar dan beïnvloed door Europese kleuren en dessins. De werkplaats had vijf ovens en maakte ook borden en vaatwerk. Na ongeveer een eeuw te hebben gedraaid, stopte het bedrijf en werd het gebouw een armenhuis voor Joden uit Istanboel. In het begin van de 20e eeuw werd het kort gebruikt als bottelfabriek, voordat het werd verlaten. Het resultaat hiervan is dat vandaag de dag alleen de buitenste stenen façade er nog staat, het enige groot bewaard gebleven voorbeeld van de seculiere Byzantijnse architectuur. Vanaf het jaar 2006 ondergaat het paleis een omvangrijke restauratie.