לחוד שירת תחת פיקודו של הגנרל מישל עאון בשנים האחרונות של מלחמת האזרחים הלבנונית. לאחר שהפסקת האש שהושגה בתיווכה של הליגה הערבית נכנסה לתוקפה, עבר לחוד למערב ביירות, שהייתה בשליטת סוריה. בשל קשריו הטובים של לחוד עם קצין סורי בכיר, עלי חמוד, הוצע לו, כנוצרי-מארוני, להתמנות למפקד הצבא של ממשלת לבנון שהוקמה במערב ביירות על פי הסכם טאיף. לחוד קיבל את המינוי ושירת במספר תפקידים במסגרת צבא לבנון עד שהגיע לדרגת מפקד צבא לבנון בשנים 1989-1998. ב-1998 יזם לחוד את תיקון החוקה הלבנונית, שקבעה כי למפקד הצבא דרושה תקופת צינון של שלוש שנים בטרם יוכל להתמודד לנשיאות. ב-15 באוקטובר 1998 הוא נבחר לנשיא לבנון, לתקופה של שש שנים. בלחצה של סוריה, הצביע הפרלמנט הלבנוני על הארכת כהונתו ב-2004, לשלוש שנים נוספות. מהלך דומה נעשה גם במהלך כהונתו של קודמו בתפקיד אליאס הראווי. צעד זה של הפרלמנט הלבנוני, שההשפעה הסורית ניכרת בו בבירור, היה אחד הגורמים לקבלת החלטה 1559 של האו"ם, הקוראת לנסיגת כל הכוחות הזרים מלבנון.