In Atalanta-Palermo (1-0) della quarta giornata del campionato 2012-2013, disputata il 23 settembre 2012, indossa per la prima volta la fascia di capitano del Palermo dato che Fabrizio Miccoli non era fra i titolari. È stato il vice capitano fino a metà stagione, quando poi il ruolo è stato preso da Édgar Barreto. Sotto la guida tecnica di Gian Piero Gasperini è stato utilizzato quasi esclusivamente come difensore centrale col compito di impostare la manovra, e mai da centrale di centrocampo; veniva piuttosto utilizzato come riserva. Conscio del ruolo, lo ha accettato anche a seguito del calciomercato invernale che ha portato in rosa dei centrocampisti. Col ritorno di Giuseppe Sannino sulla panchina della squadra, dopo l'esonero di inizio annata, gioca inizialmente a centrocampo per poi apparire anche nel reparto difensivo della squadra. La stagione si conclude con la retrocessione dei rosanero, sancita il 12 maggio 2013 dalla sconfitta esterna per 1-0 contro la Fiorentina della 37ª giornata. Chiude l'annata con 28 presenze in campionato e 2 in Coppa Italia.