Генерал Лий успява да спре армията на северняците в поредица схватки (т.н. Седемдневни битки), а после напълно да я изтласка от полуострова. Макклелън е сменен, като на неговото място е назначен генерал Джон Поуп. Новият командващ е победен във второто сражение при Бул Рън (29 – 30 август). Лий навлиза в Мериленд, с намерението да прекъсне комуникациите на федералната армия и да изолира Вашингтон. На 15 септември, войските на южняците, под командването на Томас Джаксън, завземат Харпърс-Фери, пленявайки 11-хилядния гарнизон и значително количество снаряжение. На 17 септември край Шарпсбърг, 40-хилядната армия на Лий е атакувана от 70-хилядната войска на Макклелън. В хода на това сражение (известно като битката при Антиетам) двете страни губят 4808 убити, а 18 578 са ранени. Сражението завършва без победител, но Лий предпочита да отстъпи. Нерешителността на Макклелън, отказал се от преследване на противника, спасява южняците от поражение. Макклелън е заменен от Амброуз Бърнсайд.