1570 yılında Lefkoşa'nın Osmanlı kontrolüne girmesinin ardından kilise, camiye çevrildi. Bu kapsamdaki çalışmalar doğrultusunda yapının alt katına açılan pencereler, duvarların yapısını zayıflattı. Sonrasında eski binanın döner basamaklarından da yararlanılarak bir minare ilave edildi. Osmanlı döneminde "Cami-i Cedid" veya aynı anlama gelen "Yeni Cami" ismiyle anıldı. 5 Mayıs 1637 tarihli bir belgede, yeni mütevelli Süleyman Bey'in döneminde Cami-i Cedid Vakfının 128.000 akçe gelir elde ettiği; gelir kaynakları arasında eski mütevelliler ve mirasçılardan bağışlar, kiraya verilen bir değirmen ve bir bahçe olduğu kaydedilmekteydi.