Johan Ernst diende sinds 1601 in het Staatse leger onder Maurits van Nassau, waar hij deel nam aan de verdediging van Oostende. Later diende hij als hopman in het regiment van zijn oom Ernst Casimir. Van mei tot juli 1603 nam hij deel aan het buitengewone gezantschap naar Londen om koning Jacobus I van Engeland te feliciteren met diens troonsbestijging, welk gezantschap verder bestond uit Frederik Hendrik van Nassau, raadspensionaris Johan van Oldenbarnevelt, Walraven III van Brederode en de Zeeuwse regent Jacob Valcke. Bij de eerste audiëntie trad er een komisch misverstand op toen Johan Ernst door Jacobus I voor Frederik Hendrik werd aangezien. Johan Ernst werd op 22 september 1603 benoemd tot kapitein. Bij het Beleg van Sluis in 1604 kreeg hij een schot in zijn been. Op 6 mei 1606 werd hij benoemd tot kolonel van het regiment Walen.