À une époque où la religion chrétienne n'est encore autorisée que dans cinq ports ouverts selon le traité de Nankin de 1842 qui mit fin à la Première guerre de l'opium, Chapdelaine est dénoncé, accusé de propagande pour une religion interdite, et il est arrêté dans la nuit du 24 au 25 février 1856. Il est soumis à la question et condamné à mort. Il a été violemment battu, puis enfermé dans une cage accrochée au portail du tribunal.