Banovina a fost desființată împreună cu Regatul Iugoslaviei după invadarea puterilor Axei în aprilie 1941. Șubașici s-a alăturat lui Dușan Simovici și guvernului său în exil, dar înainte să plece, a refuzat să autorizeze eliberarea unui număr mare de croați comuniști și de extremă stânga, arestați și ținuți sub supravegherea sa în închisori.