Nationalitetskonflikten mellem dansk og tysk i samme periode gjorde skolen til en stridens genstand, idet der ikke mindst rejstes krav om indførelse af dansk som undervisningssprog på skolen. Dette vakte stærk modstand i byens slesvig-holstenske borgerskab, der betragtede en sådan omdannelse som et anslag mod skolens århundredgamle status som det, man betragtede som en grundlæggende tysk kulturinstitution. Ved kongeligt reskript i 1847 bestemtes det imidlertid, at dansk skulle indføres som skolens undervisningssprog. Denne bestemmelse trådte dog først i kraft efter den første slesvigske krig i 1850.