Yakubu, 1998 yılında Julius Berger takımında profesyonel olduktan sonra Gil Vicente takımına kiralandı. 1999 yılında İsrail'in takımlarından Maccabi Haifa'ya transfer oldu. Bir sene sonra Hapoel Kfar Saba takımına kiralandı. 2003 yılında İngiliz kulüp Portsmouth'a kiralandı. Portsmouth'u Premier League'ye taşıyan Yakubu, ardından Portsmouth'a transfer oldu. Yakubu, 2005 yılında Middlesbrough'a 7,5 milyon £ karşılığında transfer oldu. Takımıyla ilk sezonunda UEFA Kupası'nda final yaşadı. Yakubu, Ağustos 2007'de 11,25 milyon £ karşılığında Everton'a transfer oldu ve beş yıllık sözleşme imzaladı. Yakubu, Everton forması altındaki ilk maçına 4 Eylül 2007 tarihinde 2-1 kazandıkları maçta Bolton maçına çıkarken; Everton formasıyla ilk golünü de bu maçta attı. 13 Ocak 2011 tarihinde Leicester takımına kiralık olarak transfer olan Yakubu, Leicester forması altındaki ilk maçına 15 Ocak 2011 tarihinde 1-1 biten maçta Preston North End karşısında çıkarken; ilk golünü ise 22 Ocak 2011 tarihinde 4-2 kazandıkları maçta Millwall karşısında kaydetti. Yakubu, 31 Ağustos 2011 tarihinde Blackburn ile 3 yıllık sözleşme imzaladı ve 24 numaralı formanın sahibi oldu. Son olarak Aiyegbeni, Kayserispor ile 2 yıllık sözleşme imzaladı.