Hacia febrero de 1905 los talleres de "La Protesta" son cerrados temporalmente debido al estado de sitio que siguió a la Revolución radical de 1905. A partir de 1908 publica un suplemento especial con material literario y político-ideológico elegido. El alto nivel intelectual del suplemento lo destaca especialmente en esta valoración de los distintos órganos culturales de difusión popular. Ese mismo año "La Protesta" es nuevamente asaltada, incendiada y clausurada temporalmente. En 1910, "La Protesta" está llegando a su punto culminante, convirtiéndose en el único diario anarquista en el mundo que edita a la vez un vespertino: "La Batalla". Una vez más sus talleres son allanados y la publicación es clausurada. En 1913 Se reinicia la publicación. En 1919 tiene una tirada de 15000 ejemplares. Durante la década siguiente participó de álgidos debates en el seno del movimiento anarquista tomando partido por la tendencia organizadora, específica y antiterrorista, en detrimento de la anti-organizadora, no-especifista liderada por el grupo de anarquistas en torno al periódico "La Antorcha".