Nach dem erfolgreichen Attentat des tschechoslowakischen militärischen Nachrichtendienstes und des englischen Special Operations Executive (SOE) mit Hilfe wieder eingeschleuster tschechischer Soldaten am 27. Mai 1942 in Prag auf Heydrich, seit 1941 stellvertretender Reichsprotektor von Böhmen und Mähren, ernannte Hitler Daluege im Juni 1942 zu Heydrichs Nachfolger in Prag. Als solcher trug er die Verantwortung für die Ermordung der Bewohner der Dörfer Lidice und Ležáky. Seiner Doppelrolle als OrPo-Chef in Berlin und faktischer Reichsprotektor in Prag – der offizielle Reichsprotektor Konstantin von Neurath war seit 1941 dauerhaft beurlaubt, auch wenn er erst 1943 entlassen wurde – zeigte sich Daluege nach einem Jahr nicht mehr gewachsen. Im Juni 1943 wurde er von Hitler vom Amt des stellvertretenden Reichsprotektors entbunden, und nachdem er im selben Monat einen zweiten Herzinfarkt erlitten hatte, beantragte er am 17. August 1943 seine Beurlaubung als Chef der Ordnungspolizei aus gesundheitlichen Gründen. Diese wurde ihm ab 25. August gewährt und er gab alle Ämter ab.