Die &lt;a href="Skisprung-Weltcup%201999/00"&gt;Saison 1999/2000&lt;/a&gt; startete Janda erfolgreich mit einem Punktgewinn in Kuopio. Doch auch in dieser Saison blieb er ohne dauerhafte Erfolge. Am Ende reichte es nur zu insgesamt acht Weltcup-Punkten und dem 70. Platz in der Gesamtwertung. Bei der Skiflug-Weltmeisterschaft 2000 in Vikersund flog er auf Rang 31. Auch im Sommer versuchte er zum dritten Mal sein Glück im Skisprung-Grand-Prix konnte aber außer in Hinterzarten bei keinem Springen punkten. Die &lt;a href="Skisprung-Weltcup%202000/2001"&gt;Weltcup-Saison 2000/01&lt;/a&gt; begann er so, wie er die letzte Saison beendet hatte. Bis Februar 2001 gewann er bei keinem Springen Punkte und landete oft nur auf den letzten Plätzen. Erst in Willingen gelang ihm in beiden Springen wieder der Sprung unter die besten 30. Bei der Nordischen Skiweltmeisterschaft 2001 in Lahti startete er in allen vier Wettbewerben. In den Einzelwettbewerben reichte es für ihn zu Platz 17 und Platz 27. In den Teamwettbewerben erreichte er gemeinsam mit Jakub Hlava, Michal Doležal und Jaroslav Sakala die Plätze sechs und sieben. Zum Saisonende gelang ihm mit dem siebenten Platz im norwegischen Trondheim eine Top-10-Platzierung, bevor er die Saison auf dem 35. Platz der Weltcup-Gesamtwertung beendete.