In seiner Amtszeit fand der Bürgerkrieg im Südsudan 2013 bis 2018 statt. Dabei bekämpfen sich Angehörige der Dinkas, zu welchen auch Salva Kiir Mayardit gehört, mit den Nuer. Dem ehemaligen Stellvertreter von Kiir, Riek Machar, misslang im Dezember 2013 ein Putschversuch gegen ihn.