اسماعیل دقایقی در تاریخ ۲۸ دی ۱۳۶۵ در زمان انجام عملیات شناسایی پیش از عملیات کربلای ۵، در منطقه شلمچه، توسط هواپیماهای جنگنده نیروی هوایی عراق مورد اصابت موشک قرار گرفت و در ٣١ سالگی کشته شد. پیکر وی در گلزار شهدای امیدیه، در استان خوزستان دفن گردید. یکی از همراهان وی، واقعه را اینچنین شرح می‌دهد: