Năm 1954 Péraud yêu cầu ông bằng điện tín về tham gia cùng trong trận Điện Biên Phủ, và ông đã nhảy dù cùng với Tiểu đoàn Dù Việt Nam thứ 5 (5e BPVN). Do đó mà Schoendoerffer đã "tổ chức" sinh nhật thứ 26 của mình giữa cuộc bao vây kéo dài 57 ngày. Ông đã quay cảnh trận chiến cho SCA, nhưng khi quân Pháp thất bại và ngừng bắn, giống như những người lính khác ông đã phá hủy thiết bị để nó không rơi vào tay Việt Minh. Dẫu vậy thì ông vẫn giữ lại sáu cuộn phim dài 1 phút của SCA, sau này được chuyển cho Roman Karmen . Sự kiện này sau đó được chính con trai của ông, Frédéric, mô tả trên màn ảnh năm 1992 ở phim tư liệu "Dien Bien Phu".