Після короткочасного періоду відновлення за Комнінів настав ще один період занепаду, який завершився падінням імперії 1204 року в результаті Четвертого хрестового походу. Після відновлення імперії 1261 року кілька імператорів династії Палеологів намагались відродити флот, але їхні зусилля мали тільки тимчасовий ефект. До середини XIV століття візантійський флот. який колись міг виставити сотні військових суден на море, був у кращому випадку обмежений кількома десятками одиниць, і контроль над Егейським морем остаточно перейшов до італійського та османського флотів. Зменшений флот, однак, зберігав свою активність до падіння Візантійської імперії 1453 року.