Høstsesongen startet med Belgias Grand Prix, hvor han ble slått ut av kvalifiseringen i Q2 og startet fra 10. posisjon. I starten av løpet ble han hindret av den store krasjen foran han, og etter første runde lå han på 12.-plass. Han kjørte seg etterhvert kraftig opp og avsluttet løpet med en sterk andreplass. På Monza startet Vettel som nummer fem, og lå på fjerdeplass i løpet da han presset Fernando Alonso ut på gresset og pådro seg en drive-through-straff som droppet han ned til niende. Han kjørte seg etterhvert opp til sjette, men med fem runder igjen sviktet dynamoen på bilen hans for andre gang i løpet av helga, og han måtte bryte løpet. Vettel ble klassifisert på 22.-plass, og i førermesterskapet falt han ned til fjerdeplass, etter å ha blitt passert av både Hamilton og Räikkönen, og 39 poeng bak ledende Alonso.