Kun ateenalaiset ja eretrialaiset tekivät monien muiden joonialaisten kanssa sotaretken Sardiihin Joonian kapinan alussa vuonna 499 eaa., he purjehtivat Efesokseen ja jättivät laivansa Koressokseen. Muutamat efesoslaiset toimivat heidän oppainaan läpi Kaystroksen laakson ja yli Tmolos-vuorten. Sardiin poltettuaan joonialaiset perääntyivät, mutta persialaiset voittivat heidät Efesoksessa. Laden taistelun vuonna 494 eaa. jälkeen Mykale-vuorelle paenneet khioslaiset siirtyivät yöaikaan Efesokseen, jossa naiset viettivät juuri Thesmoforia-juhlaa. Efesoslaiset, jotka luulivat tulijoita ryöväreiksi, surmasivat heidät tai ainakin useita heistä. Efesoslaiset itse eivät ilmeisesti ottaneet osaa Joonian kapinaan, eikä heillä ollut laivoja mukana Laden taistelussa. Kun Kserkses poltatti Vähän-Aasian kreikkalaiset temppelit noin vuonna 480 eaa., vain Efesoksen Artemiin temppeli säästettiin.