В 1945 году Арсений был призван в действующую армию, где три с половиной года служил радистом. В то время в Греции шла гражданская война. После окончания войны он хотел начать монашескую жизнь, но ему было необходимо сначала помочь своим сёстрам. В 1950 году он пошёл на гору Афон: стал послушником духовника Кирилла, будущего игумена монастыря Кутлумуш на Афоне.