Zoals diverse steden in Zuid-Italië was de stad een Griekse kolonie, in de 8e eeuw v.Chr. bewoond door kolonisten uit Chalcis (op het eiland Euboea). Zij is echter mogelijk al vóór de komst van de Grieken gesticht. De oude naam van de stad was Zankle ("Zancle"), wat "sikkel" betekent, naar de sikkelvormige haven. Na de Ionische Opstand was de stad een toevluchtsoord voor vluchtelingen uit Milete en Samos. Toen kort daarna afstammelingen van emigranten uit Messenië er de macht in handen kregen, werd de naam gewijzigd in Messana (Dorisch dialect voor "Messene"), waar de huidige naam "Messina" van is afgeleid.