Selama berabad-abad semua aspek politik dan ekonomi Kapten ditadbir di Bandar Raya Mexico oleh Viceroyalty di Sepanyol Baru, sementara isu pentadbiran perlu dirujuk dengan Mahkota Sepanyol atau Majlis Hindia melalui Pemerhati Diraja Manila. Walau bagaimanapun, pada tahun 1821, selepas kemerdekaan Mexico, semua kawalan telah dipindahkan ke Madrid. Ia telah digantikan oleh Semenanjung Filipina Pertama yang singkat berikutan Kemerdekaannya melalui Revolusi Filipina.