Tra il 1999 e il 2000 consolidò la sua posizione tra le più prestigiose squadre della lega, perdendo per la seconda volta la MLS Cup ma fregiandosi del primo titolo internazionale, secondo club statunitense a riuscirci dopo il vincitore due anni prima: il 21 gennaio 2001 conquistò la Champions' Cup battendo per 3-2 l'. Tale vittoria la qualificò di diritto alla Coppa del mondo per club, manifestazione che però venne annullata a causa dei problemi economici di alcuni paesi partecipanti alla competizione, in aggiunta ai problemi finanziari di ISL Worldwide, partner commerciale della FIFA. La stagione seguente fu segnata dai tragici attentati dell'11 settembre, causando la cancellazione, tra le altre, di due partite dei californiani da disputare tra il 12 ed il 16 settembre. Il mese successivo i Galaxy vinsero la loro prima coppa nazionale.