Christoph Metzelder debuterade för Tyskland 15 augusti 2001 i en match mot Ungern, som Tyskland vann med 5-2. Under VM-slutspelet 2002 bildade han mittbackspar tillsammans med Thomas Linke. Efter att ha hämmats av återkommande skador så var Metzelder utanför landslaget i över två år innan Jürgen Klinsmann kallade in honom till en vänskapsmatch mot Kina i oktober 2005..