Vuonna 1806 Ranska voitti Preussin Jenan–Auerstedtin taistelussa. Maa joutui antautumaan Napoleonille, mikä lamautti Preussin rakennustoiminnan. Työpulan vuoksi Engel otti vuonna 1808 vastaan kaupunginarkkitehdin viran Venäjän keisarikuntaan kuuluvasta Tallinnasta, jonka asukkaista suurin osa oli baltian­saksalaisia. Engelin Tallinnaan suunnittelemista rakennuksista tiedetään vain vähän, ja vain yksi kaupungin vanhassa keskustassa sijaitseva yksityistalo on onnistuttu identifioimaan hänen työkseen. Tallinnakaan ei kuitenkaan tarjonnut Engelille riittävästi työtä, joten hän suuntasi katseensa keisarillisen Venäjän pääkaupunkiin Pietariin.