Peloponnesolaissodan jälkeen Lysandros joutui riitaan Spartan kuninkaiden kanssa. Vuonna 399 eaa. kuningas Agis II:n kuoltua Agesilaios II:a tuli kuningas ehkä Lysandroksen ansiosta. Kun Agesilaios hyökkäsi Persiaa vastaan, hän ja Lysandros riitaantuivat, ja Lysandroksen oli palattava Spartaan. Korintin sodan aikana Lysandros johti armeijaa Boiotiassa, mutta hän kaatui, kun thebalaiset yllättivät hänet Haliartoksen taistelussa.