A Murfreesboro, la divisione di Breckinridge venne assegnata al comando del tenente generale William J. Hardee che rimase ad est dello Stones River. Quando l'Armata del Cumberland dell'Unione, comandata dal maggiore generale William Rosecrans, attaccò il 31 dicembre 1862, dando inizio alla Battaglia di Stones River, il grosso delle forze di Bragg inizialmente riuscì a respingere l'attacco. Bragg ordinò a Breckinridge di mandargli dei rinforzi sulla riva ovest del fiume, ma il generale di brigata John Pegram, che comandava una brigata di cavalleria, erroneamente riportò che il grosso delle forze dell'Unione stava avanzando dalla riva est, e pertanto Breckinridge, predisposto per questo compito, non poté compierlo correttamente in tempi utili in quanto realizzò troppo tardi l'errore commesso dal suo superiore. Quando pure attraversò il fiume, i suoi attacchi non ebbero comunque l'effetto sperato, e Bragg gli ordinò di riattraversare il fiume. Dal 2 gennaio, le forze dell'Unione avevano preso ormai tutto il fiume; contro il consiglio di Breckinridge, Bragg ordinò alla 2ª divisione di lanciare un attacco suicida nei confronti della posizione federale. Prima dell'attacco, Breckinridge scrisse a Preston, "se [l'attacco] dovesse risultare un disastro e io dovessi essere tra gli uccisi sul campo, voglio che tu faccia giustizia alla mia memoria e dica alla gente che io credevo nel fatto che questo attacco fosse veramente poco saggio e ho tentato di prevenirlo."