En 1868 una epidemia de la fiebre amarilla azotó Lima, ocasionando 6.000 muertos. Ello, sumado al crecimiento de la población y a la incomodidades de los viejos hospitales que existían en la ciudad, hizo que el 1º de mayo de 1868 el presidente Pedro Diez Canseco decretara la fundación de un moderno y más amplio hospital, al que se bautizó como "Dos de Mayo", en homenaje a los peruanos que lucharon contra la escuadra española en el Combate del Callao librado el 2 de mayo de 1866 (llamado también Combate del Dos de Mayo). Los fondos para tal fin provenían de tres fuentes: el sobrante de las rentas de la Beneficencia de Lima, el fondo existente de las cofradías que se hallaba en depósito y una mesada del Gobierno ascendente a 2 mil soles mensuales.