После битвы при Йене Мюллер, под влиянием беседы, состоявшейся с Наполеоном в Берлине, перешёл на его сторону, изменив своим прежним политическим убеждениям. Он был назначен министром нового Вестфальского королевства, но вслед за тем, под видом повышения, перемещен главным директором учебного ведомства. Горько разочарованный, Мюллер скоро умер.