Avaskär war schlecht befestigt und aufgrund der Landhebung verschlechterten sich die Hafenverhältnisse. Am 15. September 1563 wurde die Stadt im Laufe des Dreikronenkrieges von Schweden niedergebrannt. Es erfolgte ein Wiederaufbau, doch die Blütezeit des Ortes war vorüber. 1598 traf Sigismund III. mit seiner Flotte in Avaskär ein und zog von hier aus nach Kalmar, um sein Recht auf den schwedischen Thron einzufordern. Ein Jahr später beschloss der dänische König Christian IV. den Ort mit der deutlich besser befestigten Stadt Kristianopel zu ersetzen. Danach verschwand Avaskär von der Landkarte.