Affolter est sélectionné en équipe de suisse espoir. Le jeune footballeur est sélectionné par Pierluigi Tami pour le Championnat d'Europe de football espoirs 2011 avec les espoirs du pays. Affolter commence la compétition se déroulant au Danemark dans la peau de titulaire, mais perd sa place au profil de Timm Klose. Par la suite, Affolter se blesse lors de l'entraînement et doit déclarer forfait pour le reste du tournoi. Cependant, il tient à rester et à soutenir ses coéquipiers qui atteindront la finale face à l'Espagne espoir.