Entre els francesos i els austríacs, Baviera estava ara en mala situació. Abans de la mort de Carles Teodor (16 de febrer de 1799) els austríacs van ocupar de nou el país, en preparació de reprendre la guerra contra França. Maximilià IV Josep (de Zweibrücken), el nou elector, el va succeir en una herència difícil. Malgrat les seves pròpies simpaties, i les de la seu tot-poderós ministre Maximilian von Montgelas, les finances de l'estat bavarès eren franceses abans que austríaques, i el fet que les tropes bavareses estaven disperses i desorganitzades, el va posar indefens en mans d'Àustria. El 2 de desembre de 1800 l'exèrcit bavarès va estar involucrat en la derrota austríaca de Hohenlinden, i Moreau una vegada més va ocupar Munic. Pel Tractat de Lunéville (9 de febrer de 1801) Baviera va perdre el Palatinat i els ducats de Zweibrücken i Jülich.