Rautaesiripun kaatuminen ja Neuvostoliiton hajoaminen veivät Jawan 1990-luvun alussa kriisiin, josta se ei ole vieläkään toipunut. Jawa-yhtymä jaettiin kahtia kilpapyöriä valmistavaan "Jawa Divišoviin" ja kuluttajapyöriä valmistavaan "Jawa Motoon". Vanha tuotantolaitos suljettiin, ja merkki myytiin pilkkahinnalla 1990-luvun puolivälissä. Yhteistyöhanke italialaisen Cagivan kanssa kaatui, ja uusi yhtiö avattiin pienemmissä tiloissa 1997. 2003 Jawa esitteli Prahan messuilla 650-kuutioisen kruiserin, "Jawa 650 Classicin", joka toimi uuden nelitahtisen malliston airuena merkin 75-vuotisjuhlien kunniaksi.