Ve druhé polovině 60. let 18. století se začal stávat odpůrcem britské politiky v amerických koloniích, především brojil proti zákonu o kolkovném. Tou dobou se z něj stal úspěšný farmář a majitel hostince. V dubnu 1775, hned po bitvě u Lexingtonu a Concordu nabídl své služby nově vznikající americké armádě. Okamžitě získal hodnost generálmajora. Jeho jméno je především spojeno s bitvou u Bunker Hillu (17. června 1775), kde patřil mezi vrchní velitele a hlavní strůjce úspěšné americké obrany. Kongresem byl mezitím jednomyslně zvolen mezi zástupce (generálmajory) generála Washingtona. Velel kontinentálním jednotkám během obléhání Bostonu. V bitvě o Long Island musel se svou jednotkou ustoupit, přičemž byl následně některými členy druhého kontinentálního kongresu obviněn z toho, že zapříčinil porážku. George Washington se za něj nicméně postavil. V říjnu 1777 se podařilo britským vojákům generála Clintona oklamat Putnama, což vyústilo ve ztrátu Fort Montgomery a Fort Clinton. Došlo k vyšetřování, zda za to Putnam nese odpovědnost, ale nakonec komise konstatovala, že důvodem neúspěchu byl nedostatek vojáků. Washington mezitím z různých důvodů ztratil v Putnama část důvěry a převelel ho na méně důležitou pozici. V prosinci 1779 utrpěl Putnam cévní mozkovou příhodu, která ukončila jeho vojenskou kariéru. Zemřel v roce 1790 v Brooklynu v Connecticutu.