В конце марта он покинул Барселону и прибыл в Мадрид, присоединившись к Исполнительной хунте ("Junta de esecución"), созданной для решения чрезвычайных ситуаций в Каталонии. Там в июне началось открытое восстание, но Спинола полагал, что с повстанцами можно достичь соглашения, использовав для этого португальских дворян. Изменил свою позицию только в 1641 году, после начала восстания в Португалии. По распоряжению короля для решения каталонской проблемы был сформирован Большой совет во главе с маркизом де лос Бальбасес, графом Оньяте и герцогом де Вильяэрмоса. Придворной карьере Филиппо активно содействовал его брат Агостино, архиепископ Гранады, затем Севильи.