Вернулся на родину, в декабре 1917 году Козырь вступил в 2-й Брянский отряд Красной Гвардии на станции Эрастовка, а очень скоро выбран командиром этого отряда. Активный участник Гражданской войны. Воевал против войск Украинской Центральной рады, гайдамаков и австро-германскими оккупантами. Отряд превратился в партизанский и вёл боевые действия до ухода оккупантов в декабре 1918 года. В этом месяце в районе Севска отряд встретился с частями Красной Армии, вошёл в её состав, был переформирован во 2-ю Украинскую отдельную бригаду, а М. Е. Козырь утвержден её командиром. С начала февраля 1919 года — командующий группой войск Одесского направления, принимал участие в боях против английских и французских интервентов. В начале мая 1919 года группа войск М. Е. Козыря была переброшена для борьбы против войск генерала А. И. Деникина, в районе Таганрога расформирована, а он 4 мая назначен командиром 15-го стрелкового полка 7-й стрелковой дивизии, одновременно исполняя должность начальника боевого участка Иловайская — Волноваха — Пологи. 17 мая в бою под Волновахой против корпуса генерала А. Г. Шкуро был ранен, после излечения продолжил командовать полком. В августе 1919 года полк передан в 46-ю стрелковую дивизию и переименован в 414-й стрелковый полк, Козырь оставлен его командиром. Воевал при отражении генерального наступления Деникина на Москву и при контрнаступлении Красной Армии, отличился под Полтавой, Сумами, Севском, Льговом и при разгроме Корниловской (Дроздовской) дивизии под городом Дмитриев в декабре 1919 года, за что награждён орденом Красного Знамени РСФСР за номером 71. С января 1920 года — командир 138-й стрелковой бригады в той же дивизии. Участвовал с ней в боях против Русской армии генерала П. Н. Врангеля.