Sfortunatamente il parco è stato uno dei teatri nel quale è stata combattuta la guerra civile sudanese. Dal momento che in seguito agli accordi di pace di Khartoum del 2005 il Sudan del Sud ha iniziato ad autogovernarsi, non è ancora chiaro sotto quale forma verrà ripristinato il parco nazionale di Boma. Numerosi animali sono fuggiti in Etiopia durante la guerra civile, mentre altri sono stati usati come fonte di cibo. Il parco è minacciato dalla mancanza di infrastrutture, che rende difficile la sua sorveglianza, dalla presenza di sfollati della guerra civile, alcuni dei quali si sono insediati nel parco, dai taglialegna alla ricerca di una materia prima che scarseggia ormai da decenni e dai cacciatori muniti di armi da guerra. Anche il parco nazionale di Gambela, situato un po' più a nord sul lato etiope, è minacciato. Lo sviluppo turistico della regione non è ancora previsto.