В январе 1918 года вступил в Красную гвардию и служил красногвардейцем в отряде ЧК в городе Казань. В период наступления белочехов и отхода от Казани в августе отряд влился в Московский пехотный полк, а Кутлин назначен в нем командиром отделения. Член ВКП(б) с 1918 года. В ноябре был контужен и до февраля 1919 года находился в госпитале и в отпуску, в этот же период вновь работал ремонтным рабочим на станции Казань и стрелочником на станциях Юдино и Казань. В августе 1919 года направлен в штаб железнодорожных войск Северного фронта в Петроград и затем воевал на севере против англичан. В ноябре командирован на Мусульманские пехотные курсы в городе Казань. В апреле 1920 года окончил их и назначен в 10-й Туркестанский стрелковый полк, где служил командиром взвода, помощником командира и командиром роты. В его составе сражался с басмаческими бандами в Ферганской долине (октябрь 1920 — апрель 1921) и против белоказаков в Семиречье (май — июль 1921 года).