Pada 26 Januari 2017, Pogba mencetak gol di "leg" kedua melawan Hull City dengan kekalahan tandang 2–1 dalam babak semi-final, tetapi membuat Manchester United lolos ke babak final dengan skor agregat 3–2. Pada 24 Mei, Pogba mencetak gol pada menit ke-18 dalam pertandingan final Liga Europa melawan klub Belanda AFC Ajax, yang menjadi gol kemenangan saat Manchester United mengalahkan Ajax 2–0 sekaligus memenangkan trofi kontinental pertama bagi United setelah sembilan tahun terakhir. Manchester United mengakhiri musim Premier League 2016–2017 di peringkat keenam, sementara Pogba terlibat dalam 30 pertandingan, mencetak lima gol, dan memberikan empat "assist".