À l'inverse des Jésuites, les Frères mineurs capucins n'ont pas eu le problème de la reconnaissance légale dans les Pays-Bas. Les autorités espagnoles non seulement encouragent l'arrivée de missions, mais offrent aux congrégations religieuses d'importantes aides dans leur travail de reconquête. C'est le cas des Capucins qui arrivent dans les Pays-Bas espagnols en 1583. Quatre capucins, trois Flamands et un Italien, de la Maison provinciale de Paris sont accueillis à Saint-Omer mais de là ils sont vite envoyés à Anvers, un des centres de la révolte protestante qui vient d'être reconquis par les troupes espagnoles. En , les quatre Pères vont trouver le gouverneur, Alexandre Farnèse, qui deviendra leur champion selon Édouard de Moreau. L'Italien du groupe est Félix de Lapedona, il vient du même pays que Farnèse et a combattu les Turcs à Lepante comme lui. Ce dernier les reçoit avec tous les signes de bonne volonté, leur promet sa protection et leur offre pour résidence anversoise une petite maison près de l'hôpital Saint-Julien en attendant d'obtenir un plus grand terrain où ils pourraient construire un couvent. Le , Philippe II accorde l'octroi à cette fondation, le couvent d'Anvers devient alors pleinement indépendant et forme un commissariat propre sous la direction du Père Hippolyte de Bergame.