В июле ему присвоили звание подполковника и перевели в 13-й Вирджинкий полк, которым тогда командовал Эмброуз Хилл. В марте 1862 года Хилл стал командовать бригадой, а Уокер занял его место полковника. Весной он принял участие в кампании в долине Шенандоа. Во время сражения при Кросс-Кейс его полк состоял в дивизии Юэлла и бригаде Эрнольда Элзи, но после ранения Элзи Уокер сам принял командование бригадой. Фактически до конца года он командовал той или иной бригадой. 28 августа он участвовал в начальных боях второго сражения при Булл-Ран, где командовал своим полком в бригаде Джубала Эрли. В этом сражении был ранен генерал Исаак Тримбл, и Уокер временно принял командование его бригадой, во главе которой прошел всю Мэрилендскую кампанию. Эта бригада состояла из четырёх полков и одного батальона: