Po wybuchu II wojny światowej i agresji Związku Radzieckiego na Polskę z 17 września 1939 i po przemianowaniu uczelni na Lwowski Państwowy Uniwersytet im. Iwana Franki został prezesem Związku Zawodowego Pracowników Uniwersytetu (tzw. „Profspilka”, do którego przynależność była obowiązkowa). W okresie radzieckiej okupacji Lwowa nadal prowadził działalność naukową. W sierpniu 1940 był gościem Wszechzwiązkowego Komitetu ds. Nauki ZSRR w Moskwie. W czasie wojny był delegatem Rządu RP na wychodźstwie na Obszar Lwowski. Lwów opuścił w 1941 (wraz z Karoliną Lanckorońską). Zamieszkał w Krakowie, gdzie zajmował się tajnym nauczaniem na Uniwersytecie Jagiellońskim. 10 maja 1945 przybył do Wrocławia, gdzie rozpoczął odbudowę uniwersytetu. Był pierwszym rektorem połączonych: Uniwersytetu i Politechniki w latach 1945–1951.