В гражданской войне между Гнеем Помпеем Великим и Гаем Юлием Цезарем Квинт Марций сражался на стороне последнего. В частности, в 47—46 годах до н. э. в качестве легата или военного трибуна он участвовал в африканской кампании диктатора; после сражения у Тапса Цезарь поручил ему с тремя когортами взять город Табену. В следующем году Квинт Марций стал наместником провинции Вифиния и Понт в звании проконсула. В 44 году до н. э., когда в Сирии поднял мятеж Квинт Цецилий Басс, Квинт Марций во главе трёх легионов двинулся на помощь проконсулу Луцию Стацию Мурку; совместно им удалось окружить Басса в Апамее. В начале 43 года до н. э. в Сирию прибыл Гай Кассий Лонгин, получивший наместничество от сената. Квинт Марций признал его полномочия, но служить под его началом отказался.