En plena guerra civil de 1891, apoyó activamente al gobierno de Balmaceda, siendo Jefe del Estado Mayor del Ejército. Fue elegido senador por Valparaíso en el Congreso Constituyente de 1891. Finalizada la guerra, fue arrestado y sometido a tormentos en el Monitor Huáscar por ocho meses, hasta que obtuvo su libertad en 1892 gracias a la amnistía y al indulto general aplicado por el Presidente Jorge Montt Álvarez.