Do pracy w MSZ powrócił w 1997, objął wówczas stanowisko sekretarza stanu w tym resorcie, które zajmował do 2001. Pełnił również funkcje wiceprzewodniczącego zespołu negocjacyjnego w sprawie negocjacji o członkostwo Polski w Unii Europejskiej (1998–2001) oraz przewodniczącego zespołu do spraw monitorowania sytuacji w związku z atakami terrorystycznymi w USA z 11 września 2001.