Kipchoge kom utenfor prispallen ved VM 2005 i Helsingfors, hvor han ble nummer fire. I 2006 ble han tredjemann på  meter under innendørs-VM i Moskva. Under VM 2007 kom Kipchoge på sølvplass etter Bernard Lagat, og han tok også sølv under OL i 2008 etter Kenenisa Bekele.