Την εποχή της βασιλείας του Ιβάν Α΄ η πόλη διαδέχθηκε το Τβερ ως πολιτικό κέντρο του πριγκιπάτου Βλαντίμιρ-Σούζνταλ και έγινε ο μοναδικός συλλέκτης φόρων για τους ηγεμόνες των Μογγόλων και των Τατάρων. Με την καταβολή ιδιαίτερα υψηλού τιμήματος, ο Ιβάν κέρδισε μία σημαντική παραχώρηση από τον Μογγόλο χάνο: σε αντίθεση με άλλα πριγκιπάτα, η Μόσχα δε διαιρέθηκε μεταξύ των γιων του, αλλά περιήλθε στον μεγαλύτερο σε ηλικία. Η αντίθεση όμως της πόλης στην ξένη ηγεμονία συνεχώς αυξάνονταν και το 1380 ο πρίγκηπας Ντμίτρι Ντονσκόι οδήγησε έναν ενωμένο ρωσικό στρατό σε νίκη ενάντια στους Τατάρους στη μάχη του Κουλίκοβ. Δύο χρόνια αργότερα η πόλη καταλήφθηκε από τον χάνο Τοκταμίς, ενώ το 1480 ο Ιβάν ο Γ΄ κατάφερε τελικά να αποτινάξει τον ζυγό των Τατάρων, φέρνοντας τη Μόσχα στο επίκεντρο της ισχύος στη Ρωσία. Με την ηγεμονία του Ιβάν του Γ´ η Μόσχα έγινε η πρωτεύουσα μίας αυτοκρατορίας που τελικά επεκτάθηκε σε όλη τη σημερινή έκταση της Ρωσίας.