El desembre de 1991, el JNA es va reorganizar en quatre districtes militars: Belgrad, Sarajevo, Skopje i Titograd, que disposaven de fins a setze "grups operacionals". Després de l'evacuació de les tropes federals presents a Eslovènia i Macedònia, la declaració d'independència de Bòsnia i Hercegovina va suposar que el JNA passés a anomenar-se Exèrcit Iugoslau ("Vojska Iugoslavije", VJ), d'acord amb la nova República Federal de Iugoslàvia. Tot i que el VJ va evacuar 15.000 efectius de territori bosni, el nou Exèrcit de la República Sèrbia (VRS) que combatria a la Guerra de Bòsnia, va néixer amb 80.000 membres que tan sols havien canviat els símbols o els noms de les antigues unitats del JNA.