Entre août et septembre 1943, Tournemire passe dans la clandestinité, et François Huet, alors secrétaire général, lui succède. Mais le mouvement est peu à peu miné par le STO, et Pétain accepte sa dissolution en janvier 1944. Huet rejoint alors les "Druides", et devient en mai le chef militaire du Maquis du Vercors. L'armement du mouvement prévu par "Alliance" est abandonné.