Em Junho de 1861, com a secessão do sul, Ewell foi comissionado como General de Brigada do Exército Confederado. Lutou com distinção na Primeira Batalha de Bull Run. Em Janeiro de 1862 foi promovido a Major General. Participou da Campanha do Vale e da Campanha da Península. Em um dos combates da campanha da Segunda Batalha de Bull Run perdeu uma das pernas, que foi substituída por uma de madeira.