Після вибуху на Чорнобильській АЕС у 1986 році Мілько разом з іншими науковцями був на місці катастрофи і проводив велику роботу по ліквідації її наслідків. Надалі на очолюваній ним кафедрі проводили ґрунтовні дослідження наслідків аварії на здоров'я потерпілих. У цьому році йому разом з колективом авторів присуджено Державну премію УРСР в галузі науки і техніки за дослідження впливу надлетальних доз різних видів іонізуючих променів на організм ссавців. У 1990 році він перейшов на посаду професора кафедри.