1997 wurde Kelly erneut Weltmeister über den Kilometer, im Teamsprint wurde das Team Dritter. 1998 gewann Kelly seine Spezialdisziplin bei den Commonwealth Games, bei den Bahnrad-Weltmeisterschaften holte er im Zeitfahren und im Teamsprint jeweils zweite Plätze. 1999 folgte ein weiterer zweiter Platz im Zeitfahren bei der Rad-WM.