José Rafael de Aguilar (San Salvador, alcaldía mayor de San Salvador, Capitanía General de Guatemala; 24 de octubre de 1750-San Salvador, intendencia de San Salvador, Capitanía General de Guatemala; 10 de mayo de 1820) fue un capitán y hacendado que participó en los movimientos independentistas de 1811 y 1814. En el primer movimiento sería designado como comandante de las milicias de San Salvador, cargo que ejercería hasta la llegada desde Guatemala de José Alejandro de Aycinena como nuevo intendente; mientras que después del segundo movimiento sería capturado y reducido a prisión hasta el año de 1818, cuando se acogería al indulto que el rey Fernando VII había decretado.