Verschärfen sollte sich die Situation für ihn indes nach der Restauration des Stuart-Königtums 1660. Insbesondere nach der Großen Pest und dem Brand von London sah er sich Verfolgungen durch anglikanische und presbyterianischen Kreise ausgesetzt, insbesondere durch die neuen Minister Edward Hyde, 1. Earl of Clarendon und Gilbert Sheldon. Um ihn wegen angeblicher Häresie juristisch belangen zu können, wurde sogar mehrfach versucht, eigens dafür eine gesetzliche Grundlage zu schaffen. Dank einflussreicher Freunde, etwa des Earls von Arlington, der ein Ministeramt in der sogenannten Cabal-Regierung bekleidete, gelang es Hobbes indes, die gegen ihn gerichteten Intrigen unversehrt zu überstehen. Zudem schützte ihn die Sympathie König Karls II., der ohnehin heimlich zum Katholizismus konvertiert war.