Tras la renuncia de Girija Prasad Koirala como primer ministro, Deuba derrotó a Sushil Koirala para convertirse en líder parlamentario del Congreso Nepalí y fue nombrado como primer ministro por segunda vez el 26 de julio de 2001. Se convirtió en primer ministro poco después de la masacre real y durante el apogeo de la insurgencia maoísta, y pronto anunció un alto el fuego con el Partido Comunista de Nepal (Maoísta). En agosto de 2001, inició las conversaciones de paz con los maoístas, pero después de que los maoístas se retiraron de las conversaciones y atacaran al ejército en noviembre de 2001, Deuba declaró el estado de emergencia y el PCN(m) fue incluida como una organización terrorista.