В 1779 году он стал краковским депутатом в Коронном Трибунале. Член конфедерации Четырехлетнего сейма (1788—1792). Пётр Малаховский был включен в список польско-литовских сенаторов, составленный русским посланцем Яковом Булгаковым в 1792 году, на которых царское правительство могло рассчитывать во время отмены конституции 3 мая 1791 года. Консуляр генеральной коронной конфедерации в Тарговицкой конфедерации в 1792 году.