В 1999 году Рамирес дебютировал за сборную Колумбии. В том же году он попал в заявку на участие в Кубке Америки. В 2001 году Хуан Карлос вместе с национальной командой во второй раз принял участие в розыгрыше Кубка Америки. Со второй попытки Рамирес выиграл трофей.