Hundertwasser est l’enfant unique d'un technicien, alors au chômage, Ernest Stowasser et de sa femme Elsa. Son père décède treize jours après son premier anniversaire à cause d’une appendicite, et sa mère est obligée de s'occuper seule de son fils. À l’âge de six ans, il entre à l'école Montessori à Vienne pour un an. Là, les enseignants d'art lui attestent « un sens inhabituel pour les formes et la couleur ». Bien que de mère juive, Hundertwasser est baptisé dans une église catholique en 1935. Après l'annexion de l'Autriche en 1938, il participe aux groupes de la Jeunesse hitlérienne, toujours à l'initiative de sa mère, inquiète par la montée du nazisme, et qui souhaite le protéger de l'antisémitisme. Pour ne pas attirer l’attention dont les élèves d’écoles privées de la bourgeoisie viennoise étaient l'objet, Elsa Stowasser envoie désormais son fils à l'école publique à Vienne.