Nach dem Besuch der Kadettenanstalten in Potsdam und Berlin wurde Blanckensee am 10. August 1830 als Sekondeleutnant dem Garde-Jäger-Bataillon der Preußischen Armee überwiesen. 1842/44 war er als Examinator an der Divisionsschule der 1. Garde-Division tätig. Im Verlauf seiner Militärkarriere stieg Blanckensee weiter auf, wurde am 19. Januar 1863 Kommandeur des Infanterie-Regiments Nr. 66 und als solcher am 17. März 1863 zum Oberst befördert. Während des Krieges gegen Österreich nahm er 1866 an den Schlachten bei Münchengrätz und Königgrätz sowie dem Gefecht bei Blumenau teil. Seine Leistungen wurde dabei durch die Verleihung des Kronenordens II. Klasse mit Schwertern anerkannt.