Von 1909 bis 1913 war Thomson auch Mitglied des städtischen Parlaments von Den Haag. Den Winter 1912/13 verbrachte er auf dem Balkan als Militärbeobachter im Rahmen des Ersten Balkankriegs. Dabei hielt er sich vor allem im Epirus auf, begleitete aber auch den Feldzug der Montenegriner über den Tarabosh auf Shkodra.