Armia Renu została powołana po raz kolejny 9 grudnia 1797 roku. Funkcjonowała jedynie do 3 lutego 1798 roku. Przez ten czas pełniła funkcje strażnicze, obserwacyjne i porządkowe wzdłuż granicy na Renie. Armia została sformowana po raz trzeci 18 lipca 1799 roku. Jej zadaniem tym razem była obrona wschodniej rubieży granic przed wojskami II koalicji antyfrancuskiej. Powstała z formacji wydzielonych z Armii Dunaju, a już 22 listopada 1799 wchłonęła resztki tej rozbitej armii. Armia Renu, pod wodzą generała Jeana Victora Moreau, ruszyła z ofensywą wraz z wojskami francuskimi we Włoszech, w maju 1800 roku. Szybko zajęła Badenię i Wirtembergię, a następnie rozbiła dwie potężne armie austriackie – pierwszą pod Höchstädt, a drugą pod Hohenlinden. Wtedy też całe południowe Niemcy znalazły się w rękach Armii Renu, która bezpośrednio zagroziła Wiedniowi. Uderzenie na Austrię jednak nie nastąpiło gdyż Pierwszy Konsul, Bonaparte, zawarł z Cesarstwem pokój w Lunéville, kończąc tym samym szlak wojenny Armii Renu. Ostatecznie została ona zdemobilizowana i 5 maja 1801 roku rozwiązana.