Bedeutende Siedlungen entstanden ab der frühen Bronzezeit (etwa 2800–2000 v. Chr.). Zu Beginn des 2. Jahrtausends v. Chr. ließen sich Minoer in Ialysos nieder, die weitreichende Kontakte von Kreta bis nach Karien pflegten und sich schon früh in Milet niederließen. Akrotiri auf Thera wurde ein weiterer bedeutender Handelsstützpunkt des minoischen Kretas. Vermutlich war die Inselgruppe stark durch den Vulkanausbruch von Santorin und den darauf folgenden Ascheregen betroffen.