En marzo de 1440, nobles (principalmente de Culmerland) y las ciudades hanseáticas de Danzig, Elbing, Thorn y otras ciudades de Prusia fundaron la Confederación Prusiana para liberarse del señorío de la Orden Teutónica. Debido a las fuertes pérdidas y a los costos después de la guerra contra Polonia y Lituania, la Orden Teutónica cobraba elevados impuestos. Por otra parte, a las ciudades no se les permitía la debida representación en la Orden Teutónica. En febrero de 1454, la Confederación de Prusia interesó al rey Casimiro IV de Polonia sobre un posible apoyo a una rebelión y luego incorporar Prusia a Polonia. El rey Casimiro IV manifestó su acuerdo y estalló la guerra de las ciudades o de los Trece Años. La Segunda Paz de Thorn, en octubre de 1466, puso fin a la guerra y supuso para la Orden Teutona la cesión de sus derechos sobre la mitad occidental de su territorio a la corona polaca, que se convirtió en la provincia de Prusia Real y la parte restante de las tierras de la Orden se convirtieron en un feudo de Polonia.