Am 12. April 1945 wird Hötensleben von amerikanischen Panzerstreitkräften befreit, die jedoch bereits am 3. Juli von sowjetischen Truppen abgelöst werden. Von 1945 bis 1990 befand sich die Kirche weniger als einen Kilometer von der Innerdeutschen Grenze entfernt. Am 26. Mai 1952 wurde die Grenze von der Volkspolizei vollständig abgeriegelt, was erhebliche negative Auswirkungen auf Hötensleben hatte. Von 1952 bis 1957 durften keine Gottesdienste in Hötensleben stattfinden; stattdessen wurde auf andere nahegelegene Kirchen wie St. Josef in Barneberg, die hierfür 1952 erbaut wurde, und Herz Jesu in Völpke ausgewichen. Am 1. November 1987 erfolgte durch Johannes Braun, den Apostolischen Administrator von Magdeburg, die Weihe eines neuen Altars.