Bonaparte befahl dem Général Desaix die Verfolgung, während er nach Kairo weiterzog und die dortige Bevölkerung unterwarf. Währenddessen wurde jedoch die französische Flotte in der Seeschlacht bei Abukir vernichtet, und Bonaparte konnte nicht mehr mit nennenswertem Nachschub rechnen. Er beschloss daher, die von Ägypten angebotenen Mittel bestmöglich zu nutzen, und ordnete im September 1798 an, dass alle Mameluken im Alter von acht bis sechzehn Jahren sowie ihre gleichaltrigen Sklaven in die französische Armee eingegliedert werden sollten.