В период распада СССР Ардзинба выступал за сохранение единого государства с обновлением законодательной базы, предпринимал шаги к установлению равноправных отношений с Грузией. В 1992—1993 — был Главнокомандующим её Вооружёнными Силами в грузино-абхазской войне. В начале войны с целью предотвратить разрушения в Сухуми Ардзинба отдал приказ отступить за Гумисту. Несмотря на это, переговоры с Грузией зашли в тупик, а город был подвергнут разрушениям. По окончании военных действий предпринимал шаги по сближению, установлению прозрачных границ и военного союза с Россией.