Por causa da inundação e procurando um local melhor para estabelecer-se, em 24 de fevereiro de 1843 a povoação foi restabelecida e refundada pelo governo farrapo no seu local atual. É a única cidade originada do movimento farroupilha. Sua emancipação ocorreu mais tarde, em 29 de maio de 1846, quando se desvinculou do município de Alegrete, ao qual anteriormente pertencia. Perto de sua emancipação, alguns viajantes da época relatam ter encontrado, no local, não uma cidade brasileira, mas sim uma hispano-francesa em suas relações de vida e comércio, apoiadas naquele tempo mais em Buenos Aires e Montevidéu do que Porto Alegre.