Stav, který nastal po první čečenské válce, vydržel až do druhé čečenské války, kdy bojové oddíly Šamila Basájeva a Chattába vtrhly do sousedního Dagestánu, jenž byl součástí Ruské federace. Čečenští představitelé si byli jistí svým úspěchem, po lehce nabyté nezávislosti roku 1996 a chtěli k chálifátu připojit další části Ruska s muslimskou populací. Tentokrát byl ovšem postoj Ruska s novým prezidentem Vladimirem Putinem mnohem tvrdší; Rusko neposlalo pouze pořádkové jednotky, které by měly demonstrovat sílu, ale každému městu pod kontrolou mudžáhidů dalo ultimátum, aby všichni civilisté vyšli ven neozbrojení a zbytek bude považován za teroristy. Poté ruská armáda vykonala důkladnou dělostřeleckou i leteckou přípravu a následně speciální jednotky a těžká technika vyčistily ruiny od přeživších islámských bojovníků.