En vista de la inminente guerra con Francia, el zar Alejandro I de Rusia invitó a su corte a los más importantes oponentes de Napoleón. Entre estos estaba Stein, quien se convirtió en consejero del zar de manera extraoficial. Stein empezó a promover con mayor agresividad la resistencia contra los franceses. En preparación de una insurrección, propuso la creación de un "Comité alemán" que coordinara la resistencia. Stein apoyó a Justus von Gruner, quien desde Praga estaba creando una red de espionaje. En septiembre de 1812 escribió un memorando en San Petersburgo con un plan para llevar una guerra exitosa en Alemania y además exponía sus ideas para la futura configuración política de Alemania. Sus ideas oscilaban entre una forma idealizada de imperio medieval y una evaluación realista de una repartición federativa de Alemania entre Prusia y Austria.