1686 gründete Jakob VII. innerhalb von Holyrood Palace ein Jesuitenkolleg, das im folgenden Jahr in die neue Kirk of the Canongate verlagert wurde. Die Abtei wurde zu einer römisch-katholischen königlichen Kapelle umgewidmet und die Kapelle dem Distelorden übergeben. Die Abteikirche wurde nach Plänen James Smiths umgebaut und für die einzelnen Ritter der Distel mit aufwändigen von Grinling Gibbons geschnitzten Chorgestühl ausgestattet. 1688, nach der Glorreichen Revolution, brach der Edinburgher Mob in die Abtei ein, zerstörte die königliche Kapelle und schändete die königlichen Gräber. Während eines Sturmes 1768 stürzte das 1758 in schlechter Qualität ausgeführte in Stein gewölbte Dach ein und hinterließ eine dachlose Ruine, wie sie sich noch heute darbietet. Ein Wiederaufbau der Abtei wurde seit dem 18. Jahrhundert mehrfach vorgeschlagen – 1835 von Architekt James Gillespie Graham als Gebäude der Generalversammlung der Church of Scotland und 1906 als Kapelle für die Ritter der Distel — beide Anträge wurden abgelehnt.