Ende 1688 wurde der katholische Jakob II. im Zuge der Glorious Revolution durch die protestantischen Wilhelm III. und Maria II. ersetzt, die sich den Thron teilten. Andros war insbesondere in Massachusetts extrem unbeliebt, und als die Nachricht über die Revolution Boston erreichte, nutzten seine Gegner die Gunst der Stunde und organisierten einen Aufstand. Am 18. April 1689 bildete sich ein Mob, der Andros und andere Amtsträger des Dominion verhaftete. Dies führte zu einer Reihe weiterer Ereignisse, in denen Massachusetts und die anderen Kolonien in Neuengland ihre Verwaltungsstrukturen so wiederherstellten, wie sie vor der Gründung des Dominion existiert hatten.