В 2012 году Хорхе возглавил сборную Чили, которой руководил на чемпионате мира в Бразилии (в 1/8 финала чилийцы по пенальти проиграли хозяевам турнира) и привёл к победе на домашнем Кубке Америки в 2015 году. После этого успеха Сампаоли покинул занимаемый пост в январе 2016 года.