En la Serie A 2012-13, tras superar un irregular comienzo, parecía que el Inter podía volver a luchar por estar entre los grandes, situándose entre las 5 primeras posiciones hasta el inicio de la segunda vuelta. Pero un horrible final de temporada dejó al equipo sin posibilidades de clasificarse para competiciones europeas por primera vez en 14 años. En la Liga Europa, cayó en octavos de final ante el Tottenham por la regla del gol de visitante; mientras que en la Copa de Italia, fue apeado en semifinales por la AS Roma. Tras esta mala campaña, fue despedido y reemplazado por Walter Mazzarri.