A partir do , a cidade iniciou uma era de decadência que se estendeu durante os séculos seguintes. A união dos reinos de Aragão e Castela, oficializada com o casamento entre os reis Fernando de Aragão e Isabel de Castela, gerou um ambiente tenso entre catalães e castelhanos que chegou ao momento mais crítico com a Guerra dos Segadores (de 1640 a 1652) e, posteriormente, com a Guerra da Sucessão Espanhola (de 1702 a 1714), que terminou com a abolição das leis institucionais próprias da Catalunha, com a destruição de boa parte do bairro da Ribera e com a construção, em seu lugar, da fortaleza conhecida como Cidadela (no local do atual Parque da Cidadela). A partir do fim do , Barcelona iniciou uma recuperação econômica que lhe favoreceu a industrialização progressiva do século seguinte.