W 1998 roku Villa został powołany do kadry na Mistrzostwa Świata we Francji. Tam wystąpił w dwóch grupowych meczach: zremisowanych po 2:2 z Belgią i Holandią oraz przegranym 1:2 w 1/8 finału z Niemcami. W 2002 roku także był w drużynie na kolejny Mundial, jednak na MŚ 2002 nie zagrał ani razu.