Tiền thân của Nha Kỹ thuật là Sở Khai thác Địa hình "(Topographic Exploitation Service)" do Đại tá Lê Quang Tung chỉ huy. Sau cuộc Đảo chính Việt Nam Cộng hòa 1963, Sở Khai thác Địa hình bị giải tán. Các phòng ban được giải thể hoặc phân vào các cơ quan thuộc Bộ Quốc phòng. Riêng các đơn vị tác chiến được tập hợp để hình thành một Đơn vị độc lập với Bộ chỉ huy riêng.