13. letka byla založena 31. ledna 1940 a jejím prvním velitelem se stal npor. Ondrej Ďumbala. V rámci příprav na operaci Barbarossa byla 13. letka 19. června 1941 s celkem dvanácti B-534 a Bk-534 přesunuta z Piešťan do Spišské Nové Vsi. 25. června 1941 se přesunula na východoslovenské letiště Lyska s úkolem letecké ochrany zdejších letišť, pozorovacích letek a vykládacích prostorů pozemních jednotek. Letka 13 překročila hranice SSSR 3. července 1941, kdy dosedla na letiště Sambor. Během tohoto prvního nasazení na východní frontě vystřídala letka 13 řadu polních letišť v Haliči a na Ukrajině. Po přesunu z Rzesna do Czortkówa 12. července 1941, byla pověřena ochranným doprovodem Hs 126 letky 4.(H)/32. Spolupráce s německou letkou byla ukončena 1. srpna 1941 a 15. srpna 1941 13. letka odletěla zpět na Slovensko.