Sjisjkin maakte zijn debuut in het Russisch voetbalelftal op 24 maart 2007, toen door twee doelpunten van Aleksandr Kerzjakov met 0–2 gewonnen werd van Estland. Hij mocht van bondscoach Guus Hiddink in de basis starten en hij speelde het gehele duel mee. De andere debutant dit duel was Dmitri Torbinski, destijds teamgenoot van Sjisjkin bij Spartak Moskou. Na dit optreden kwam hij een aantal jaren niet meer in actie voor het nationale elftal, maar vanaf eind 2010 werd hij weer opgeroepen. In 2010 en 2011 speelde de verdediger zeven interlands. Door Dick Advocaat werd hij in 2012 opgenomen in de voorselectie van het Russische elftal voor het EK 2012. Later moest Sjisjkin zich afmelden voor de definitieve selectie, vanwege gezondheidsproblemen. Na het EK speelde hij drieënhalf jaar lang geen interlands, tot hij in 2015 onder Leonid Sloetski zijn terugkeer maakte in het nationale elftal. In 2016 werd hij opnieuw opgenomen in de selectie voor het Europees kampioenschap. Rusland werd in de groepsfase uitgeschakeld, nadat het in Groep B op de vierde plek eindigde achter Wales, Engeland en Slowakije. Sjisjkin kwam in alle drie de duels niet in actie. Sjisjkin nam in juni 2017 met gastland Rusland deel aan de FIFA Confederations Cup 2017, waar het in de groepsfase werd uitgeschakeld.