Após o fim do Campeonato Europeu de Futebol de 2000, João Pinto teve várias propostas do estrangeiro, por exemplo Manchester United, Chelsea, Bayern de Munique, Boca Juniors e também do FC Porto, mas viria a assinar pelo Sporting. Depois de um campeonato pobre, o Sporting contratou o Bota de Ouro Mário Jardel, tendo João Pinto voltado aos seus anos de ouro e ajudado o Sporting a vencer o campeonato. Apelidado de "pai da equipa" por Jardel, João Pinto jogaria quase todos os jogos, apontando ainda nove golos.