Durante a Guerra Mexicano-Americana, Gardner serviu sob o comando do major-general Winfield Scott. Foi promovido a major em 1845 e comandou o 4.º Regimento de Artilharia de 1846 a 1848. Esteve baseado no Forte Polk, no Texas, entre 29 de julho de 1846 e 31 de janeiro de 1847. Lutou na Batalha de Cerro Gordo em 18 de abril de 1847, e foi promovido a tenente-coronel "por mérito e conduta corajosa". Participou da Batalha de Contreras em 20 de agosto de 1847, e foi promovido a coronel por sua atuação em 20 de agosto de 1847, também "por mérito e conduta corajosa". Na Batalha de Cerro Gordo Gardner, atuando como primeiro tenente, comandou uma companhia do 7.º de Infantaria, muitos dos quais foram mortos ou feridos durante o combate. Mais tarde ele foi elogiado por seus comandantes, incluindo Scott em seu relatório de 23 de abril de 1847, por seus serviços de comunicação e apoio.