Пасля тэрактаў 11 верасня 2001 года ЗША ўварваліся ў Афганістан і зрынулі Талібан з дапамогай афганскіх войскаў. Барадар ваяваў супраць Паўночнага альянсу, які падтрымліваўся ЗША, і, паводле "Newsweek", «сеў на матацыкл і павёз свайго старога сябра [Амара] у бяспеку ў горы» ў лістападзе 2001 года, калі абарона Талібану разбуралася. Адна гісторыя сцвярджае, што звязаныя з ЗША афганскія сілы сапраўды захапілі Барадара і іншых дзеячаў Талібану дзесьці ў гэтым месяцы, але пакістанская выведка дамаглася іх вызвалення. Іншая гісторыя, пра якую паведамляла нідэрландская журналістка Бэт Дам, сцвярджае, што Барадар на самай справе выратаваў жыццё Хаміду Карзаю, калі той увайшоў у Афганістан, каб стварыць сілы супраць талібаў.