Према његовој званичној веб страници, Хамнеј је ухапшен шест пута пре него што је послан у изгнанство на три године током владавине Мохамада Резе Пахлавија. Након Иранске револуције и збацивања шаха, био је мета покушаја атентата у јуну 1981. године који му је парализовао десну руку. Хамнеј је био један од иранских лидера током Иранско-ирачког рата 1980-их година и развио је блиске везе са сада моћном Револуционарном гардом коју он контролише и чије команданте он бира и разрешава. Револуционарна гарда је била распоређена да сузбије његову опозицију. Хамнеј је био трећи ирански председник од 1981. до 1989. године, док је постао блиски савезник првог врховног вође Рухолаха Хомеинија. Непосредно пре смрти, Хомеини је имао неслагања са наследником којег је изабрао - Хусеином Али Монтазеријем - тако да није било договора о наследнику када је Хомеини умро. Скупштина стручњака изабрала је Хамнеја за следећег врховног вођу 4. јуна 1989. године, када је имао 50 година. Према Акбару Хашеми Рафсанжанију, Хамнеј је био човек кога је Хомеини изабрао за свог наследника пре смрти. Хамнеј је на челу службеника Астан Кудс Разавија од 14. априла 1979.