Apesar de ter conquistado três títulos, Mourinho atingiu apenas o apogeu da sua carreira no clube no ano seguinte, quando o FC Porto venceu o Mónaco na final da Liga dos Campeões por 3–0, com golos de Carlos Alberto, Deco e Alenichev. Entre as suas vítimas, destacaram-se o Manchester United, que perdeu fora por 2–1 e empatou em casa 1–1, com um golo de Costinha aos 90 minutos que garantiu a passagem aos oitavos de final; o Lyon, que perdeu no Dragão por 2–0 e empatou em casa 2–2; e o Deportivo da Corunha, que, apesar de ter empatado fora, perdeu em casa por 1–0, permitindo à equipa portuguesa passar para a final. Voltou a vencer a Supertaça diante do Leiria, nessa mesma época, e na época seguinte, sob o comando de Víctor Fernández, o FC Porto derrotou o Once Caldas nos penaltis para vencer a segunda Taça Intercontinental, a última disputada. A Supertaça Europeia voltou a escapar, perdendo pela segunda vez consecutiva diante do Valência.