続く、第2次近衛内閣も前内閣の方針を継承して蘭印からの石油等の安定した物資供給の確約を得るべく、小林一三商工大臣をバタビアに派遣し1940年9月13日から交渉を開始した（第2次会商）。オランダ側は本土を占領されており、蘭印の統治はイギリスに設置された亡命政府がコントロールしていたが、会商団としてファン・モーク蘭印経済長官および現地石油会社役員・資本元のロイヤル・ダッチ・シェル・スタンダード・オイルからの代表が交渉にあたった。ところが、日本側は蘭印が大東亜共栄圏の一員であることを表明することやインドネシア人に自治権を付与することを期待する態度を示し、更に9月27日には日独伊三国同盟が締結されたことから、蘭印側の警戒感を一気に高めて日本を仮想敵視する動きを見せた。このため、10月22日に一旦小林商相を召還した。1941年1月15日には代表を元外務大臣の芳沢謙吉に代えて再交渉を開始するが、蘭印側は既にナチス・ドイツの同盟国である日本の侵攻を見越してアメリカ・イギリスに支援を求め、その一方で早すぎる決裂が日本側を早期開戦に踏み切らせないために強硬な態度を示しながらも決裂だけは回避する引き伸ばし工作を行った。その結果、6月17日には現状の経済関係の維持と一部地域での石油採掘権の日本側への提供、再交渉の意思の相互確認のみを合意として、事実上の決裂のまま交渉は打ち切られた。だが、翌月の日本軍による南部仏印進駐をきっかけに蘭印側は日本との経済協定を破棄し、太平洋戦争開戦とともに日本軍の蘭印作戦を招くことになる。