Анісе Андріанантенайна уперше викликався до національної збірної 2007 року. За 8 років, у 2015 році вдруге отримав виклик до головної команди своєї країни, та дебютував у її складі в матчі проти збірної Анголи 6 серпня у відбірковому турнірі до Кубку африканських націй 2017 року. Перший свій м'яч за збірну нападник забив 13 жовтня 2015 року в матчі відбіркового турніру до чемпіонату світу 2018 року проти збірної Центральноафриканської Республіки з футболу.