Nella stagione 2004-2005 torna in Serie A nell'Atalanta: in questo campionato concluso con la retrocessione della squadra bergamasca gioca 31 partite. L'anno successivo contribuisce alla vittoria del campionato di Serie B degli orobici con 32 presenze e 3 reti. Divenuto inamovibile nella difesa atalantina, nella stagione 2006-2007 disputa un campionato con 32 presenze e una rete (la prima nella massima serie). Anche nella stagione successiva è titolare e colleziona 30 presenze e 1 rete, nel settembre 2008 prolunga il contratto con l'Atalanta.