Das Fort wurde am 10. und 11. Mai 1940 im Zuge des Westfeldzuges von einem deutschen Kommando, gelandet mit Lastenseglern, mittels neuartiger Hohlladungen der deutschen Pioniere erobert. Die Festung wurde eingenommen und ebenso wie die drei Brücken, von denen eine bereits gesprengt war, gegen belgische Gegenangriffe verteidigt, bis die Spitzen der deutschen 18. Armee aus Richtung Aachen eintrafen. Der Kampf war ein entscheidender Sieg für die deutschen Truppen. Die Luftlandetruppen erlitten zwar Verluste, es gelang aber, die Brücken bis zur Ankunft der deutschen Kräfte zu halten. Der Besitz des Forts trug maßgeblich zum Erfolg des Westfeldzugs bei. Seit 1999 ist Eben-Emael ein Museum, das einmal im Monat sonntags besichtigt werden kann. Es finden auch Führungen auf Deutsch statt. Die Außenanlagen sind frei zugänglich. Die Spuren des zeitweise sehr heftigen Kampfes um das Fort sind immer noch unübersehbar; so sind noch alle zerstörten Kanonen und Panzerteile vorhanden.