Рафаэл Барбоза придерживался позиций левого национализма и демократического социализма. В 1960-х он резко разошёлся с лидером ПАИГК Амилкаром Кабралом, поскольку выступал против вооружённой борьбы, за компромисс с Португалией и ненасильственные методы достижения независимости. Сторонники Кабрала обвиняли Барбозу в неоколониалистской политике, возлагали на него ответственность за убийство лидера ПАИГК в 1973 году. В независимой Гвинее-Бисау при однопартийном режиме ПАИГК Барбоза был приговорён к пожизненному заключению.