Центрами антиурядової опозиції виступали західнояпонські уділи Сацума-хан і Тьосю-хан. На хвилі ксенофобських настроїв вони розв'язали сацумсько-британську й сімоносекську війни 1863 року, але зазнали поразки. Усвідомивши технічну відсталість Японії від Заходу і небезпеку колонізації, уділи розпочали модернізацію війська і переговори із Імператорським двором. 1864 року, для придушення опозиції, сьоґунат здійснив перший каральний похід проти Тьосю й змінив його керівництво. Проте наступного року в уділі стався переворот і опозиціонери повернулися до влади. 1866 року, за посередництва Сакамото Рьоми, Сацума і Тьосю уклали таємний союз з метою повалення сьоґунату та відновлення Імператорського правління. Завдяки цьому другий каральний похід сьоґунату в Тьосю закінчився розгромом урядових військ.