Irakin–Iranin sota ei vaikuttanut kaupunkiin juurikaan, mutta Irakin hyökkäys Kuwaitiin ja sitä seurannut Persianlahden sota toi mukanaan mittavat ilmapommitukset 17. tammikuuta 1991 lähtien. Kohteeksi päätyi kaupungin infrastruktuuri ja esimerkiksi suurin osa Tigrisjoen ylittävistä silloista tuhottiin. Sotaa seurasi 12 vuotta YK:n asettamia sanktioita ja kauppasaarto. Ilmapommitukset alkoivat jälleen maaliskuussa 2003 irakin sodan myötä ja amerikkalaiset valtasivat kaupungin 9. huhtikuuta samana vuonna. Valtauksen jälkeen Bagdadissa oli runsaasti pommi-iskuja ja väkivaltaisuuksia yli kymmenen vuoden ajan. Huhtikuussa 2003 lähelle kaupungin keskustaa muodostettiin n. 10 neliökilometrin suuruinen turvajärjestelyillä suojattu Green Zone. Tällä alueella sijaitsee Irakin hallituksen rakennuksia ja ulkomaiden suurlähetystöjä. Väkivaltaisuuksien määrä alkoi vähetä vuodesta 2007 ja Yhdysvallat aloitti asteittaisen vetäytymisen Irakissa. Maan läsnäolo Irakissa päätettiin seremoniassa Bagdadissa joulukuussa 2011.