Sau khi ra mắt đội tuyển Cameroon năm 1995, Mboma ghi 33 bàn trong 57 trận. Ông thi đấu tại World Cup 1998 và 2002, cũng như cùng Cameroon đoạt huy chương vàng tại Thế vận hội 2000 và hai chức vô địch châu Phi năm 2000 và 2002. Ông được trao danh hiệu Cầu thủ xuất sắc nhất châu Phi năm 2000.