באפריל 1999, פורטוגל השתתפה בהפצצת נאט"ו על סרביה מבסיס האוויר Aviano באיטליה. פורטוגל גם סיפקה חיילים כחלק ממאמצי שמירת השלום של נאט"ו בקוסובו בשנת 1999. באפריל 1999 הגישה סרביה תלונה לבית הדין הבינלאומי לצדק על השימוש בכוח של פורטוגל ברפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה. נכון לשנת 2007 היו לפורטוגל עדיין כ-300 חיילים בקוסובו.