Das Zeitgeschehen beeinflusste die angestrebte berufliche Laufbahn von Arnold Ernst Fanck negativ. 1939 wurde er zur Luftwaffe der Wehrmacht eingezogen und zum "Luftverteidigungskommando 9" beordert. Er war 1940 während des Westfeldzuges im "Luftgau Belgien-Nordfrankreich" und danach im "Luftgau Westfrankreich" zur Luftraumverteidigung an der Flak eingesetzt. Ab Januar 1942 musste er mit seiner Einheit, die im September 1941 in "9. Flak-Division (mot.)" umbenannt worden war, am Russlandfeldzug teilnehmen. Dadurch war er im Mai 1942 an der Schlacht bei Charkow in der Ukraine beteiligt, während der sich seine Einheit, die der 2. Armee und der 6. Armee zugeteilt war, auszeichnete und im Wehrmachtsbericht Erwähnung fand. Im Sommer 1942 war seine Einheit an der deutschen Sommeroffensive ("Fall Blau") beteiligt und kooperierte dabei mit der 6. Armee und der 4. Panzerarmee. Während der Schlacht von Stalingrad verlor er schließlich 23-jährig ein Bein. Der Schwerverwundete wurde nacheinander in mehrere Feldlazarette transportiert, eine Tortur, die er nur knapp überlebt hat.