Ο Κάρατζιτς κατηγορείται ως υπεύθυνος, τόσο ατομικά όσο και ως πρόεδρος του Συμβουλίου Ασφαλείας και ανώτατος διοικητής του Σερβοβοσνιακού στρατού, για πολλά εγκλήματα πολέμου που διαπράχθηκαν κατά του μη σερβικού πληθυσμού της Βοσνίας. Σύμφωνα με το κατηγορητήριο, οι σερβοβοσνιακές δυνάμεις υπό τις εντολές του ξεκίνησαν την πολιορκία του Σαράγεβο και διέπραξαν αρκετά εγκλήματα κατά των μουσουλμάνων ― μεταξύ άλλων εκτελέσεις, εκτοπισμούς πληθυσμών και εγκλεισμούς σε στρατόπεδα συγκέντρωσης. Κατηγορείται, επίσης, ότι διέταξε τη "Σφαγή της Σρεμπρένιτσα" το 1995, όπου εκτελέστηκαν χιλιάδες μουσουλμάνοι, καθώς και την ομηρία προσωπικού του ΟΗΕ τον Μάιο-Ιούνιο του ιδίου έτους.