König Alfonso I. gründete zwischen 1170 und 1177 die Ortschaft und gewährte ihr den Status einer Hauptstadt (der Grafschaft Cerdanya). Bis 1345 gehörte die Stadt zu den sieben wichtigsten Orten Kataloniens. Nach dem Erdbeben von 1428 wurde eine neue Burg gebaut. Im Pyrenäenvertrag von 1659 fiel der östliche Teil der Cerdanya, die Alta Cerdanya, an Frankreich, Puigcerdà wurde Grenzstadt. 1886 wurden die Stadtmauern geschleift. 1922 wurde die Stadt ans Eisenbahnnetz angeschlossen. Puigcerdà entwickelte sich zur Sommerfrische. Nach dem Spanischen Bürgerkrieg hielt nach und nach der Wintersport Einzug und seit 1956 wird dort sogar Eishockey gespielt.