อย่างไรก็ตามจากหลักฐานตำนานของชื่อหมู่บ้านคุ้งตะเภา ทำให้ทราบว่าวัดคุ้งตะเภามีอายุมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา หากแต่เป็นวัดที่พักสงฆ์ในชุมชนขนาดเล็ก ไม่มีศาสนสถาน จึงอาจตกสำรวจการขึ้นทะเบียนของกรมการเมืองในสมัยอยุธยา หรืออาจเป็นไปได้ว่าหลักฐานได้สูญหายไปเมื่อคราวสงครามเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สองแล้ว ทำให้นามวัดเพิ่งมีในทะเบียนใน พ.ศ. 2313 พระองค์สถาปนาวัดคุ้งตะเภา และสร้างศาลาบอกมูลฯ ขึ้นในคราวเดียวกันเพื่อให้เป็นศูนย์รวมชุมชนและเป็นที่พำนักสั่งสอนของพระสงฆ์ผู้ทรงภูมิธรรมที่ทรงอาราธนานิมนต์มาจากกรุงธนบุรี เนื่องจากความสำคัญยิ่งที่วัดคุ้งตะเภาเป็นวัดในชุมชนคนไทยดั้งเดิม ที่มีที่ตั้งอยู่เหนือสุด ท้ายพระราชอาณาเขตกรุงธนบุรีในสมัยนั้น ตามสภาพที่ตั้งทางภูมิศาสตร์มาแต่โบราณ