Frattanto il 17 maggio mette in bacheca la Coppa Italia, primo trofeo stagionale nonché terzo consecutivo per la squadra bianconera, dopo la vittoriosa finale di Roma sulla Lazio dov'è peraltro autore del definitivo 2-0; quattro giorni dopo, con il successo 3-0 allo Stadium sul arriva anche il sesto titolo italiano di fila e settimo personale, che permette al difensore e alla squadra d'inanellare il terzo "double" nazionale consecutivo, e soprattutto di battere dopo 82 anni il record della Juve del Quinquennio: Bonucci, insieme ai compagni di squadra Barzagli, Buffon, Chiellini, Lichtsteiner e Marchisio, è tra i 6 esacampioni d'Italia di questo ciclo bianconero. Il 3 giugno scende in campo a Cardiff per la sua seconda finale di Champions League, persa 1-4 contro il . Rimarrà questa l'ultima partita del suo primo periodo torinese: infatti, nonostante quanto palesato da Bonucci giusto pochi mesi prima circa il voler diventare una «bandiera» del club, il suo rapporto con la Juventus s'interrompe bruscamente nell'estate seguente.