После завершения карьеры Джонсон стал тренером. В 2007 году, находясь у руля молодежной сборной страны, он завоевал бронзовые медали на Кубке Африки для игроков не старше 20 лет. Благодаря этому результату гамбийцы впервые дебютировали на Чемпионате мира среди молодежных команд в Канады. В 2011-2012 гг. и в 2013-2015 гг. специалист был главным тренером сборной Гамбии.