В ходе боёв за Казань в начале сентября 1918 года большевики прямой наводкой стреляли по кремлю из пушек, установленных на холме порохового завода, вследствие чего все пять куполов собора были разрушены прямыми попаданиями снарядов (внешний облик был воссоздан только в ходе реставрации собора в 1973—1984 гг.) Овладев городом, большевики закрепились в кремле, объявив его военным городком: вход для горожан был закрыт, все организации выселены, все 7 кремлевских церквей — закрыты. Епархиальное управление по распоряжению временно управляющего епархией епископа Анатолия (Грисюка) было перенесено из архиерейского дома в кремле в Иоанно-Предтеченский монастырь. Роль кафедрального собора стал выполнять самый большой храм Казани — Казанский собор Богородицкого монастыря. Верующим позволили вынести из собора только раку мощей святителя Гурия и несколько икон. Мощи перенесли в храм Николы Тульского Казанско-Богородицкого женского монастыря. После закрытия монастыря мощи были перенесены в Петропавловский собор (ныне в церкви Ярославских чудотворцев на Арском кладбище, частица св. мощей вложена в воссозданную раку святителя в Благовещенском соборе).