В 1942 году, после уменьшения площади гетто, синагога оказалась за его пределами. Учитывая большую площадь помещения, в синагоге был устроен магазин мебели и реквизированного у евреев имущества. Магазином руководил комиссар варшавского гетто по делам недвижимости Карл Набе. Конец существованию синагоги наступил во время подавления восстания в варшавском гетто, 16 мая 1943 года. Она была взорвана в 20:15 лично генералом СС Юргеном Штропом, как символ окончательной ликвидации еврейского гетто. После её уничтожения Штроп сказал: