В 1976—1981 годах — министр экономики и финансов в левом правительстве Омара Торрихоса. После гибели Торрихоса избран генеральным секретарём объединявшей его сторонников «Революционно-демократической партии». В 1984 году вступил в конфликт с фактическим диктатором страны Мануэлем Норьегой и бежал в Испанию, но вскоре вернулся. В 1989 году руководил избирательной кампанией проправительственного кандидата в президенты Карлоса Дуке, которого с огромным отрывом победил оппозиционер Гильермо Эндара. Результаты были аннулированы Норьегой, что вызвало вторжение США и свержение Норьеги, после чего Эндара занял президентский пост. Перес Бальядарес был вновь арестован, но вскоре освобождён.