Il 24 giugno 2020 Thaçi viene accusato dal Tribunale speciale dell'Aia di crimini di guerra e crimini contro l'umanità, commessi ai danni di oppositori politici, serbi e rom, nell'ambito del conflitto con la Jugoslavia del 1998-1999. Il successivo 5 novembre, a seguito della conferma delle accuse, si dimette dalla carica di presidente per poi essere arrestato e trasferito nel carcere del tribunale in attesa del processo.