Antes de se localizar no bairro do Ipiranga, o Seminário era chamado de Seminário Provincial de São Paulo e sua primeira sede, em 1856, foi na Avenida Tiradentes. Em 1924, durante a Revolta Paulista liderada pelo general Isidoro Dias Lopes, a Estação da Luz foi bombardeada pelo governo e o Seminário foi também atingido. Dom Duarte Leopoldo e Silva resolveu transferir o Seminário para o bairro do Ipiranga e, enquanto esperava a construção, os seminaristas foram transferidos para o bairro da Freguesia do Ó, onde permaneceram de 1927 a 1934 .