לאחר כיבוש ניו אורלינס, מינה הנשיא אברהם לינקולן את ג'ונסון לבקר את החלטותיו של המפקד הצבאי על העיר, גנרל בנג'מין באטלר, בנוגע לממשלות הזרות, והפך על פיהן את כל ההחלטות לשביעות רצון הממשל. לאחר המלחמה, בניגוד לדעת עמיתיו, טען ג'ונסון שתהליך השיקום צריך להיות עדין יותר בהשוואה לזה שדרשו הרפובליקנים הראדיקלים.