Une des premières situations auxquelles Pérez doit se confronter est la guerre contre l’Espagne. Le royaume européen a occupé les îles Chincha, appartenant au Pérou, comme forme de paiement pour d’anciennes dettes contractées durant la guerre d'indépendance péruvienne. La bataille d'Ayacucho du 9 décembre 1824 se conclut par la capitulation des Espagnols. Des années plus tard les détenteurs des obligations, tant les Péruviens que les Espagnols, font pression pour que la dette soit effectivement payée. Ce prétexte motive la présence sur les côtes occidentales d’Amérique du Sud, de l’"Expédition Scientifique", dénomination donnée à une forte escadre de guerre venant d’Espagne. Le prétexte de la prise des îles est un incident dans l’hacienda Malambo, qui se solde par la mort d’un Espagnol et la répudiation par la population péruvienne du traité Vivanco-Pareja. Ce dernier, est considéré comme un affront à l’indépendance sud-américaine. Le Chili s’allie avec le Pérou et, finalement, lors du combat naval d’Abtao, les Espagnols sont mis en déroute par l’escadre alliée, non sans avoir bombardé le port de Valparaíso, le , et avoir livré la bataille du 2 mai à Callao.