В 1999 году Эрнандес выиграл Кубок конфедераций, а также помог сборной завоевать бронзовые медали Кубка Америки. В первом матче группового этапа против сборной Чили, гол Луиса принес мексиканцам первую победу. В поединке 1/8 финала против сборной Перу Эрнандес забил дважды и помог своей команде свести встречу к серии пенальти, в которой мексиканцы оказались сильнее.