В 1349 году византийский император Иоанн VI Кантакузин отправил 11-летнего Иоанна в Трапезунд, чтобы заменить им правившего там в то время Михаила, отправленного туда противниками византийского императора в недавно завершившейся гражданской войне. 22 декабря 1349 года Иоанн прибыл в Трапезунд, и местная знать во главе с великим дукой Никитой Схоларием тут же признала его императором, а Михаила заставили постричься в монахи. 21 января 1350 года Иоанн короновался под именем «Алексей III». Так как император был ещё слишком юн, реальная власть оказалась в руках местной знати, представители которой начали воевать друг с другом из-за власти. В столице стало небезопасно, и Алексей перебрался в приморский замок Триполис.