Nel maggio del 1863, Breckinridge venne riassegnato a Joseph E. Johnston, prendendo parte alla battaglia di Jackson in un pessimo tentativo di rompere l'assedio di Vicksburg. Vicksburg cadde sotto le forze di Grant il 4 luglio, e Breckinridge tornò sotto il comando di Bragg il 28 agosto 1863. Rimasto immobile il primo giorno della Battaglia di Chickamauga in Georgia il 19 settembre successivo, guidò una divisione del corpo d'armata comandato dal generale D.H. Hill in un attacco alle forze unioniste il mattino successivo. Le truppe confederate riuscirono a spezzare le linee nemiche, ma il grosso dell'esercito, in gran parte per le esitazioni di Bragg, fuggì nel Tennessee. Dei 3769 uomini di Breckinridge, 166 furono i caduti in battaglia, 909 i feriti e 165 i dispersi.