Toen uiteindelijke de Zeeuwen toegaven aan het sluiten van de Vrede van Münster werd, na de dood van Banckert in 1647, Witte de With als admiraal met een vloot en een leger van 6000 man naar de kolonie gezonden, waar hij uiteindelijk in maart 1648 aankwam. In de jaren die daarop volgden raakte hij regelmatig in conflict met de Hoge Raad over de te volgen strategie en zocht hij naar mogelijkheden een beslissende zeeslag te leveren tegen de Portugezen. Zij hielden zich echter voortdurend schuil in de Allerheiligen Baai bij Salvador. In 1648 en 1649 leden de Nederlanders twee zware nederlagen in de "Eerste en Tweede Slag bij Guararapes" en met moeite werd voorkomen dat de hele kolonie verloren ging. Ondanks deze overwinningen bleef de Portugese Kroon zich voortdurend zorgen maken over de toestand in Brazilië omdat ook voor hem het behoud van de kolonie hoge kosten met zich mee bracht en de staat van oorlog met Spanje voortduurde omdat Portugal niet betrokken was bij de onderhandelingen rond de Vrede van Münster. De Portugese ambassadeur deed in Den Haag nog het voorstel van het Noord-Oosten een onafhankelijke staat te maken met Portugese wetten, Portugees/Braziliaanse ambtenaren onder de heerschappij van de WIC, maar dit werd afgewezen door de Republiek. Ook meerdere voorstellen de kolonie terug te kopen van de WIC kwamen nooit tot een akkoord. De provinciën Holland en Friesland hadden na de nederlagen bij Guararapes de hoop op een goede afloop in Brazilië opgegeven maar Zeeland en Groningen bleven de WIC steunen. Hierdoor kon er binnen de Republiek moeilijk tot een besluit gekomen worden. Toen de Staten Generaal in 1649 besloten op voorstel van Zeeland, opnieuw een vloot van 12 schepen naar Recife te sturen ter aflossing van een deel van de schepen van de With werd dit door Amsterdam geblokkeerd.