Современное поселение создается во время обретения независимости Крита в 1866 году поселенцами из Крицы и Сфакии. Руины крепости использовались в качестве строительных материалов для новых зданий. Первый раз упоминается в 1881 году, когда в поселении проживало 87 христиан и 8 турок. С древних времен называясь Мандраки, тем не менее поселение берет название Айос-Николаос, от маленькой византийской церквушки IX века, которая расположена на полуострове Амуди, примерно в двух километрах к северу от города. В 1900 году Айос-Николаос становится центром общины Крица, а в 1904 году в Айос-Николаос из Неаполиса переносится центр нома Ласитион.