1572. augusztus 18-án Coligny jelen volt a két vallási tábor összebékítését szolgáló jeles eseményen, Navarrai Henrik és Valois Margit királyleány menyegzőjén. Augusztus 22-én egy Guise-ekhez tartozó házból rálőttek az admirálisra, aki megsérült. A feltüzelt kedélyek lecsillapítására maga a király látogatott el a betegágyához, igazságtételt ígérve. Ez azonban csak porhintésnek bizonyult, hiszen az udvar döntött a vezető hugenották sorsáról: a királyi hercegek, Navarrai Henrik és Henri de Condé áttérésük fejében megmenekülhettek, de a veszedelmes Coligny-ra halál várt. Az augusztus 23-áról augusztus 24-ére virradó éjszakán – Szent Bertalan éjszakája – a királyi gárda rátört a sebesült admirálisra, és háznépével együtt lemészárolták. Holttestét az utcára hajították, később megcsonkítva a Szajnába vetették, fejét bebalzsamozva Rómába küldték. Az eset hatására Párizs papjai által fanatizált katolikus lakossága az esküvő miatt a városban tartózkodó hugenottákra vetette magát, így Coligny-t 2000 hitsorsosa követte a halálba. Az országszerte tovaterjedő erőszakhullámban további ezrek pusztultak el.