A Japan Airlines começou a década de 1990 com voos para evacuar cidadãos japoneses do Iraque antes do início da Guerra do Golfo. Em outubro de 1990, a Japan Air Charter foi fundada e em setembro de 1996 um acordo com a The Walt Disney Company foi anunciado, transformando a JAL na companhia aérea oficial da Tokyo Disneyland. A JAL Express foi fundada em abril de 1997, com aeronaves Boeing 737. Na década de 1990, a empresa encontrou mais dificuldades econômicas decorrentes de recessões nos Estados Unidos e Reino Unido, além de uma crise interna. Os anos sucessivos de lucro desde 1986 deram lugar a prejuízos operacionais em 1992. O corte de custos, incluindo a formação da subsidiária doméstica de baixo custo JAL Express e a transferência de operações turísticas para a JALways (a sucessora da Japan Air Charter), ajudaram a companhia aérea a recuperar a lucratividade em 1999.