Puistoa alkoivat jälleen 1990-luvulla rasittaa alueelliset konfliktit. Sudanin sisällissodan takia Garambaa ympäröiville suojelualueille asettui vuonna 1991 noin 80 000 aseistautunutta pakolaista, jotka metsästivät erityisesti kafferipuhveleita ja kirahveja ruoaksi ja norsuja luun takia. Puiston pohjoisosasta hävitettiinkin lähes kaikki riistaeläimet. Vaarantuneiden maailmanperintökohteiden listalle puisto otettiin jälleen vuonna 1996, kun sieltä oli löydetty kaksi sarven takia metsästettyä sarvikuonoa ja kolme puistonvartijaa oli tapettu. Puiston vartijat riisuttiin aseista 1997, ja tämän jälkeen erityisesti Sudanin kansanvapautusarmeijan harjoittama salametsästys lisääntyi.