Durch seine Tätigkeit in der königlichen Kanzlei diente Petre gelegentlich auch als Richter, dabei verhörte er 1537 mit den Rebellen Robert Aske im Tower of London. Im April 1539 gehörte er dem sechsköpfigen Ausschuss an, der den Entwurf für die späteren "Sechs Artikel" schrieb, die zur Grundlage der Church of England wurden. Petre überstand Cromwells Sturz 1540, während dessen er Bischof Tunstall im Tower verhörte und Cromwells Wohnung durchsuchte. In den nächsten Jahren übernahm er weitere Ämter. Im Januar 1544 wurde er zum Ritter geschlagen, als er am 21. Januar 1544 zusammen mit William Paget königlicher Sekretär wurde. In dieser Stellung nahm er an Sitzungen des Privy Council teil und gehörte zu den Ratgebern der Königin Katharina Parr. Von April bis Juli 1545 war er als Gesandter in Brüssel. Um den Krieg mit Frankreich zu finanzieren, nahm Petre im Auftrag des Königs Kredite auf und gehörte Kommissionen an, die Landbesitz aus dem Crown Estate verkauften. Zusammen mit dem Dekan der St Paul’s Cathedral reiste er im September 1546 zu Verhandlungen nach Frankreich, die aber ergebnislos blieben. Petres bevorzugte Stellung beim König erregte den Missmut des Earl of Surrey, da Petre nichtadliger Abstammung war.