Dobrze zapowiadającą się karierę braci Phoenix przerwała tragedia, gdy 31 października 1993 w wieku zaledwie 23 lat, z powodu przedawkowania narkotyków, zmarł brat River. Wówczas Joaquin wycofał się z życia zawodowego. Powrócił na ekran w roli Jimmy’ego, uwodzonego przez Suzanne (Nicole Kidman) w prezentowanym poza Konkursem Głównym na festiwalu w Cannes komediodramacie kryminalnym Gusa Van Santa "Za wszelką cenę" (1995) z Mattem Dillonem. Zagrał w melodramacie "Abbottowie prawdziwi" ("Inventing the Abbotts", 1997) z Liv Tyler, dramacie kryminalnym "Droga przez piekło" ("U Turn", 1997) u boku Seana Penna, Jennifer Lopez i Nicka Nolte, dramacie sensacyjnym "Powrót do raju" ("Return to Paradise", 1998) z Vince’em Vaughnem i Anne Heche. Wystąpił w roli pracownika hollywoodzkiego sklepu kaset wideo z filmami porno Maxa Californię w dreszczowcu Joela Schumachera "Osiem milimetrów" ("8MM", 1999) z Nicolasem Cage'em i zagrał postać byłego francuskiego księdza katolickiego Simoneta De Coulmier, który zaprzyjaźnił się z markizem de Sade'em (Geoffrey Rush) i jako formę terapii pozwolił mu prowadzić amatorski teatr w Charenton w filmie Philipa Kaufmana "Zatrute pióro" ("Quills", 2001).