Le 22 avril, la majeure partie de la famille royale est évacuée en Crète mais le roi et le diadoque Paul restent à Athènes jusqu’au lendemain. établit alors son quartier-général à La Canée, où il fait de son cousin, le prince Pierre, son aide de camp personnel. Après le début de l’attaque aérienne allemande sur la Crète, le 20 mai, le souverain et son gouvernement doivent tout de même se résoudre à évacuer l’île. Gratifié du titre d’« ennemi numéro 1 du Reich en Grèce » par Hitler, le roi échappe de peu aux parachutistes allemands et parvient à rejoindre un navire britannique à Chóra Sfakíon. Avec son cousin et son fidèle écuyer, le major Dimitrios Levidis, il gagne alors Alexandrie, où il retrouve le reste de la famille royale, réfugiée en Égypte depuis la fin avril. Le courage dont le souverain fait preuve durant ces événements lui vaut tout de même d’être le seul monarque de l’histoire à être décoré de l’ordre du Service distingué.