Pero tras los atentados del 11 de septiembre y la intervención de la coalición internacional liderada por Estados Unidos en Afganistán, el MIU fue desarticulado en gran parte cuando luchaba junto a los talibanes, y el mismo Namangani cayó muerto. Los combatientes de MIU se dispersaron, Yuldeshev y muchos otros huyeron junto con los restos de los talibanes a las zonas tribales de Pakistán.