Torres, 16 Ağustos 2008'de Sunderland ile Liverpool'un yaptığı maçta tek gol atarak maçın adamı oldu. 2008-09 sezonuna iyi başlayacağının sinyallerini vermek isteyen Torres, İkinci hafta Aston Villa ile yapılan maçta Liverpool 0-0 berabere kalınca iyi performans sergileyemediğini gösterdi. Torres,Şampiyonlar Ligi'nde Marsilya ile yapılan maçta bir gol attı ve Liverpool 2-1 maçı kazandı. 27 Eylül 2008 tarihinde Everton ile karşılaşmada 2 gol attı ve 2-0 biten maçta 3 puanın mimarı oldu. Torres, Manchester City ile yapılan maçta 2 gol attı ama Liverpool maçı Emirates Stadyumu'nda 3-2 kaybetti. Torres, EURO 2008 için İspanya millî takımına çağrıldı. Finale kadar gol atamayan Torres, Almanya'ya 33. dakikada attığı golle İspanya'ya kupayı getiren isim oldu. 22 Ekim 2008'de Liverpool, Vicente Calderón Stadyumu'nda Torres'in eski takımı olan Atlético Madrid'le Şampiyonlar Ligi maçı yaptı ve Torres bu maçta iyi performans göstermedi. Atlético Madrid başkanı Enrique Cerezo, ona oyunu izletmek için VIP davet etmişti. Torres bir de 27 Ekim 2008 tarihinde 2008-09 sezonu FIFPro World XI takımına da seçildi.