Neill est fermement opposé au Brexit avant le référendum de 2016 . Le 7 février 2017, avec six autres députés conservateurs, il défie le whip du parti et vote en faveur de la nouvelle clause 110 du projet de loi sur le retrait de l'Union européenne. En décembre 2017, dans le même projet de loi, il vote avec son collègue conservateur Dominic Grieve et neuf autres députés conservateurs contre le gouvernement pour garantir au Parlement un " vote significatif " sur tout accord que Theresa May aurait avec Bruxelles sur le Brexit .