Aux championnats du monde sur piste de 2006 à Bordeaux, Jens Mouris est médaillé d'argent de la poursuite individuelle en étant battu par Robert Bartko en finale. Il devient champion d'Europe de l'omnium. Sur route, Mouris court avec l'équipe continentale allemande Regiostrom-Senges. Il gagne deux étapes de la course À travers le Brabant wallon et prend la deuxième place du classement général, derrière son coéquipier Markus Eichler. Durant la saison de coupe du monde 2006-2007, Mouris gagne deux des quatre manches de l'américaine : à Moscou avec Danny Stam et à Manchester avec Peter Schep. Il en remporte ainsi le classement final.