En 2001, la sélection mexicaine lui offre le poste de sélectionneur national. Il accepte et qualifie l'équipe pour le Mondial 2002. Le Mexique sera éliminé en huitièmes par les États-Unis. Au cours de cette période la sélection mexicaine atteint également la finale de la Copa America 2001, battue par la Colombie à Bogota. Sous la direction d'Aguirre, le Mexique remporte onze matchs, concédant trois nuls et quatre défaites (matchs officiels uniquement).