Parcul acoperă o suprafață de 1.206 kilometri pătrați, din care 443 km2 reprezintă suprafață marină. Cea mai mare parte din parc se situează într-o peninsulă de pe litoralul Oceanului Indian. Erupția vulcanului Krakatau din 1883 a produs un tsunami (val uriaș) care a distrus satele și culturile din zonele de coastă din vestul peninsulei și a acoperit întreaga zonă cu un strat de cenușă de o grosime medie de 30 de centimetri. Acest lucru a dus la evacuarea completă a tuturor oamenilor de pe peninsulă, permițând astfel transformarea acesteia într-un paradis pentru flora și fauna insulei Java.