Després de la invasió alemanya de Rússia del 1941 i un cop signat l'acord entre els governs rus i polonès, Czapski va unir-se al II Cos Polonès sota les ordres del general Anders. Entre 1941 i 1942, Czapski fou encarregat d'investigar la desaparició dels polonesos que havien estat en captivitat per part del NKVD (policia secreta del règim soviètic d'Stalin) i subsegüentment massacrats. Mai rebé cap resposta satisfactòria sobre el destí d'aquests homes, però va escriure sobre les seves experiències dins dos llibres, "Reminiscències dStarobyelsk" (1944) i "La terra inhumana" (1949). Durant aquell període Czapski també va conèixer Aleksei Nikolàievitx Tolstoi i Anna Akhmàtova de la que es diu que li dedicà un dels seus poemes.