Pada 1974, koloni jiran Timor Portugis diturunkan ke dalam perang saudara selepas penarikan kuasa Portugis berikutan Revolusi Carnation, di mana Fretilin populis kiri (Frente Revolucionária de Timor-Leste Independente) muncul kemenangan. Dengan kelulusan dari negara-negara Barat (termasuk dari presiden AS Gerald Ford dan Perdana Menteri Australia Gough Whitlam semasa lawatan mereka ke Indonesia), Suharto memutuskan untuk campur tangan untuk menuntut untuk mencegah penubuhan sebuah negara komunis. Selepas percubaan sokongan rahsia kepada kumpulan Timor Leste UDT dan APODETI, Suharto telah memberi kuasa pencerobohan besar-besaran terhadap koloni itu pada 7 Disember 1975 diikuti dengan pencabulan semula sebagai wilayah ke-27 Timor Timur pada bulan Julai 1976. Kempen "pengepungan dan pemusnahan" 1977-1979 memecah belakang kawalan Fretilin di kawasan pedalaman, walaupun perlawanan gerilya terus menerus menyebabkan pemerintah mempertahankan pasukan tentera yang kuat di pulau setengah hingga 1999. Sekurang-kurangnya 90,800 dan maksimum 213,600 kematian akibat konflik yang berlaku di Timor Timur semasa pemerintahan Indonesia (1974-1999); iaitu 17,600-19,600 pembunuhan dan 73,200 hingga 194,000 kematian "lebihan" daripada kelaparan dan penyakit, walaupun tentera Indonesia bertanggungjawab terhadap kira-kira 70% pembunuhan ganas. Pencerobohan dan pendudukan Indonesia di Timor Timur semasa jawatan presiden Suharto mengakibatkan sekurang-kurangnya 100.000 kematian.