1988 gab es zuletzt einen großen Waldbrand (siehe Brände im Yellowstone-Nationalpark 1988), der beinahe 4000 km² des Parks erfasste: 2300 km² Wald verbrannten ganz, auf 1450 km² lediglich das Unterholz. Außerdem verbrannten auf 250 km² das Gras und gelegentlich Büsche. Früher hat man jede Art von Waldbrand sofort bekämpft, seit 1988 hat sich die Erkenntnis durchgesetzt, dass Waldbrände im Park etwas völlig Normales darstellen. Waldbrände werden nicht mehr bekämpft, sondern nur beobachtet, um ein unkontrolliertes Ausbreiten zu verhindern. Teilweise werden die Waldbrände absichtlich entfacht, damit es nicht zu solch katastrophalen Bränden wie jenem von 1988 kommt. Die Auswirkungen dieses Brandes sind noch nach über 20 Jahren an vielen Stellen deutlich zu sehen.