Przez całe swe życie Osiander był płodnym pisarzem. W 1537 roku sporządził korelację Ewangelii, napisał odpowiedź na ataki Jana Ecka i traktat "Conjectura de ultimis temporibus" wymierzony w papiestwo. Był też zainteresowany matematyką i astronomią, w 1543 roku wydał dzieło Mikołaja Kopernika "De revolutionibus orbium coelestium", z którego jednak usunął wstęp Kopernika, i dodał własny, niepodpisany wstęp, mówiący o hipotetycznym charakterze teorii heliocentrycznej, co było niezgodne z intencją autora. Konflikty ze zwinglianami i zagrożenie dla protestantów spowodowane I wojną szmalkaldzką sprawiły, że sytuacja Osiandra w Norymberdze stawała się coraz mniej wygodna. Po zwycięskim pochodzie wojsk cesarskich Osiander nie zaakceptował "Interim augsburskiego" i zbiegł do Wrocławia. Stamtąd napisał list do księcia Albrechta Hohenzollerna, który został przekonany do sprawy reformacji kazaniem Osiandra wygłoszonym w Norymberdze, i z którym prowadził stałą korespondencję. Nie czekając na odpowiedź w 1549 roku udał się do Królewca, gdzie, pomimo braku stopnia naukowego, otrzymał probostwo i profesurę na wydziale teologicznym. Tam spierał się ze swoimi kolegami i zwolennikami "Interim". Napisał tam traktat "Von dem neuen Abgott und Antichrist zu Babel" wymierzony w papieża i "Interim". 24 października 1550 roku miała miejsce dysputa na temat usprawiedliwienia z wiary, która dała przeciwnikom Osiandra okazję do przeprowadzenia ataku.