Будучи юниором в 2015 году выступал за сборную Канады на Мемориале Ивана Глинки и дважды участвовал в матче суперсерии за сборную OHL. В составе молодёжной сборной Канады Марнер принимал участие в чемпионате мира 2016 года, на котором канадцы выступили неудачно, проиграв финнам в четвертьфинале и заняв итоговое шестое место. В пяти матчах Марнер набрал 6 очков, разделив с Диланом Строумом первое место среди бомбардиров команды на турнире.