Papież Klemens VII wyznaczył w 1526 roku trzech kardynałów do zbadania akt sprawy, a w rok później wydał brewe zezwalające polskim dominikanom na odprawianie mszy świętych ku czci św. Jacka. Paweł III rozszerzył kult na całą Polskę. Akta procesu beatyfikacyjnego zaginęły jednak podczas "Sacco di Roma" w 1527 roku, toteż proces należało zacząć od nowa. W czasie pontyfikatu papieża Pawła III wyznaczono komisję złożoną z sufragana krakowskiego Erazma Ciołka, dziekana krakowskiej kapituły katedralnej Stanisława Borka i archidiakona krakowskiego Jerzego Myszkowskiego do zbadania cudów i przesłuchania świadków. W 1545 roku ustanowiono nową komisję, w której skład weszli Stanisław Hozjusz, Jakub Uchański, Jakub Fridel z Kleparza oraz Zygmunt ze Stężycy; komisja uporządkowała akta, opieczętowała i wysłała je do Rzymu. W międzyczasie odnalazły się dokumenty zagubione w 1527 roku.