Durante la seconda guerra mondiale, Chruščëv servì il suo paese come ufficiale politico, equivalente al grado militare di tenente generale. Nei mesi seguenti l'invasione tedesca pianificata nell'ambito dell'Operazione Barbarossa del 1941, Chruščëv entrò in conflitto con Stalin riguardo alla condotta della guerra in Ucraina, regione nella quale Nikita Chruščëv era all'epoca guida locale e funzionario più alto in grado del partito. Esempio di tale divergenza di vedute fu l'opposizione, che restò inascoltata, all'offensiva su Char'kov del maggio 1942, in occasione della quale sollecitò Stalin a rinunciare ai suoi propositi di avanzata, in favore di una maggiore concentrazione delle truppe in posizioni difensive che meglio contrastassero la controffensiva tedesca.