A diferencia de su padre, dio preferencia al luteranismo sobre el calvinismo, purgando calvinistas de los puestos en la Universidad de Heidelberg. Los teólogos calvinistas encontraron protección en la corte del príncipe Juan Casimiro, el hermano de Luis, en Neustadt an der Weinstraße y fundaron el "Casimirianum Neustadt". Durante la Guerra de Colonia, Luis VI fue el único príncipe imperial luterano que estaba en el lado del Arzobispo-Elector de Colonia, Gebhard Truchsess de Waldburg.