Kutaisi boli kedysi metropolou Kolchidského kráľovstva. Archeologické výskumy dokazujú, že mesto fungovalo ako hlavné mesto Kolchidy aspoň od 2. tisícročia pred Kr. Mnoho historikov sa domnieva, že keď písal Apollónios z Rodu o Jásonovi a argonautoch a ich legendárnej ceste do Kolchidy, bolo Kutaisi cieľom argonautov a sídlom kráľa Aiétesa. V rokoch 9751122 bolo Kutaisi metropolou zjednoteného Gruzínskeho kráľovstva a od 15. storočia do roku 1810 potom hlavným mestom kráľovstva Imeretia, ktoré v 17. a 18. storočí trpelo pod nájazdmi Osmanskej ríše. V 60. rokoch 17. storočia mesto obsadili Turci, roku 1770 ho potom oslobodila ruská armáda. Roku 1810 však Rusko donútilo posledného kráľa utiecť do Turecka a kráľovstvo anektovalo. Počas Októbrovej revolúcie tu boli nemeckí a britskí vojaci, roku 1921 tu bola násilím ustanovená sovietska vláda.