De beweging van de Reformatie had al vroeg in de 16e eeuw invloed op de heren van West-Souburg. Hierdoor raakte de kerk in verval en moest in 1547, met bisschoppelijke toestemming, een gedeelte van de landerijen verkocht worden om herstellingen te betalen. In 1566 raakte de kerk beschadigd tijdens de Beeldenstorm. Tijdens het Beleg van Middelburg van 1572 tot 1574 werd de kerk grotendeels verwoest, net als veel andere kerken op Walcheren.