W roku 2005 zawarto pokój z południem, znosząc obowiązywanie w nim szariatu i zgadzając się na referendum niepodległościowe w roku 2011, w efekcie którego Południe 9 lipca 2011 ogłosiło niepodległość. Od roku 2003 rząd sudański musi jednak zmagać się z konfliktem w Darfurze, gdzie doszło do walk pomiędzy arabskimi koczownikami i murzyńskimi rolnikami, przy czym al-Baszir zdecydował się popierać tych pierwszych. W marcu 2009 Międzynarodowy Trybunał Karny wydał nakaz aresztowania al-Baszira pod zarzutem zbrodni wojennych i zbrodni przeciwko ludzkości popełnionych w Darfurze. 26 kwietnia 2010 roku w Sudanie zostały przeprowadzone wybory powszechne, w których wygrał al-Baszir, ale doszło w ich trakcie do rażących nadużyć z punktu widzenia demokracji. Stosunki z Sudanem Południowym układały się niepomyślnie, a przyczyną konfliktu, była nieuregulowana granica wzdłuż pól roponośnych. W związku z tym dochodziło do walk granicznych, a 11 kwietnia 2012, Sudan ogłosił stan wojny z Sudanem Południowym. We wrześniu 2013 roku rozpoczęły się protesty przeciwko dyktatorskim rządom Umara al-Baszira.