Ende der 1990er Jahre wurde das Fleischzentrum stillgelegt und mit Überlegungen über die Nachnutzung des Areals begonnen. Einzig das Zerlegezentrum des Inlandsschlachthofs blieb bis zu seiner Verlegung in das neue Fleischzentrum am Großmarkt Wien in Inzersdorf im Dezember 2007 in Betrieb. Im Juni 2008 wurde der alte Schlachthof noch einmal im Zuge der Fußball-Europameisterschaft als Bereitstellungsraum für die Sanitäts-Einheiten des Bayerischen Roten Kreuzes benutzt. Diese waren zur Unterstützung des Österreichischen Roten Kreuzes über drei Wochen im alten Verwaltungstrakt stationiert.