Eerder was hij commandant van "Coalition Forces Land Component Command" (CFLCC) van 2002-2004, waarbij hij de verantwoordelijkheid had voor alle geallieerde troepen in het Midden-Oosten. In deze functie had hij in 2003 het toezicht in de oorlog tegen Saddam Hoessein en het Iraakse regime als onderdeel van de Operatie Iraqi Freedom 2003. Op 6 oktober 2008 aanvaardde McKiernan zowel het commando van ISAF als van de Amerikaanse strijdkrachten in Afghanistan (U.S. Forces Afghanistan, "USFOR-A").