Misionarii europeni au început să se așeze în zonă de la Mombasa până la muntele Kilimanjaro începând cu mijlocul secolului al XIX-lea, bucrându-se de protecția oficială a sultanului Zanzibarului. În 1886, guvernul britanic l-a încurajat pe William Mackinnon, care avea deja o înțelegere cu sultanul Zanzibarului și ale cărui vase comerciale făceau un comerț extensiv în regiunea in the Marile Lacuri Africane, să pună bazele influenței britanice în regine. Mackinnon a fondat „British East Africa Association”, care avea să se transforme în Compania Imperială Britanică a Africii de Est în 1888 și care a primit autorizația să administreze regiunea. Compania a administrat o zonă litorală de cam 240 km, care se întindea de la râul Jubba, prin Mombasa până la granița Africa Orientală Germană, teritorii care fuseseră închiriate de la sultan. Sfera de influență britanică asupra căreia s-a căzut de acord la Conferința de la Berlin din 1885, se întindea de la litoralul Oceanului Indian în interiorul continentului, cuprinzând teritoriul viitorului stat kenyan. Mombasa a fost centrul administrativ al regiunii în această perioadă.