Efter slaget vid Jena 1806, där hennes make slogs på preussisk sida mot Frankrike, erövrades hertigdömet av Frankrike och det övriga hovet flydde och lämnade Louise att ensam möta Napoleon i Weimar. Hon förklarade att maken inte kunde bryta alliansen med Preussen, men lyckades bevara dess självständighet och organisera fransmännens plundringar så skonsamt som möjligt.