Sau Vụ Tấn công Khủng bố ngày 11 tháng 9 năm 2001, Clinton xem vấn đề an ninh nội địa là ưu tiên hàng đầu, chú trọng đặc biệt đến tiến trình gây quỹ tái thiết và cải thiện khả năng phòng thủ trong khu vực thành phố New York. Cộng tác với Thượng nghị sĩ Schumer, Clinton vận động ngân quỹ 21,4 tỉ USD nhằm hỗ trợ công tác thu dọn và tái thiết cũng như theo dõi tình trạng sức khoẻ của các nhân viên cứu hộ và người thiện nguyện đầu tiên có mặt tại khu bình địa, đồng thời xúc tiến các chương trình trợ giúp để tái phát triển. Trong năm 2005, Clinton công bố cho các uỷ ban địa phương và những người tham gia cứu hộ hai bản nghiên cứu về các khoản tiền đã được chi trích từ quỹ an ninh nội địa.