Türkiye, turnuvaya katılmaktan vazgeçen Almanya yerine Avrupa temsilcisi olarak 2003 FIFA Konfederasyonlar Kupası'na katılmaya hak kazandı. 30 yaşındaki Rüştü, yine takımın 1 numaralı kalecisi oldu. ABD ile oynanan ilk grup maçında forma giymese de Kamerun ve Brezilya maçlarında 90 dakika forma giydi. Çeyrek finalde Fransa ile oynanan maçta Gökdeniz Karadeniz ile çarpışarak 36. dakikada oyundan çıktı. Sakatlığı nedeniyle 3.lük-4.lük maçında forma giyemedi. Türkiye turnuvayı üçüncü olarak bitirdi.