Карьера Скоулза продолжилась после того, как Англия досрочно покинула чемпионат мира, проиграв в серии пенальти Аргентине. Скоулз забил хет-трик 27 марта 1999 года в матче отборочного цикла Чемпионата Европы 2000 против сборной Польши, а 13 ноября два его гола в ворота сборной Шотландии обеспечили Англии место в финальной части турнира. 5 июня 1999 года Пол Скоулз установил своеобразный анти-рекорд, став первым и пока единственным игроком сборной Англии в истории, удалённым в матче на родной земле. Это случилось в игре против Швеции.