У місто почало активно розвиватися ремесло та торгівля, населення почало збільшуватися і в 1629 році в містечку було близько 3 тисяч мешканців та 630 садиб. Однак під час повстання 1648 — 1654 років під керівництвом Богдана Хмельницького майже всі жителі Дунаївців загинули.