Sodan lopun lähestyessä Blaskowitz antautui briteille 5. toukokuuta 1945. Hän joutui Nürnbergin oikeudenkäyntiin, epäiltynä pienemmän luokan sotarikoksista. Vuonna 1948 hän teki itsemurhan vankilassa Nürnbergissä. Huhun mukaan aikanaan SS:ään kuuluneet luottovangit olisivat tappaneet Blaskowitzin.