Charlotte Salomon pochodziła z zamożnej rodziny żydowskiej; jej ojciec, Albert Salomon, był chirurgiem. Gdy Salomon miała dziewięć lat jej matka popełniła samobójstwo. Uczęszczała do gimnazjum Sophie-Charlotte-Gymnasium przy Sybelstraße. W 1936 roku dostała się do Wyższej Szkoły Państwowej Sztuk Pięknych, gdzie studiowała malarstwo. W 1938 roku sytuacja polityczna w Niemczech i coraz gorsza sytuacja Żydów zmusiła ją i jej rodzinę do wyjazdu do francuskiej miejscowości Villefranche-sur-Mer, położonej niedaleko Nicei. Po wybuchu wojny Charlotte wraz z dziadkiem byli internowani w obozie w Gurs w Pirenejach.