Tuttavia il retroammiraglio Sanji Iwabuchi, comandante della 31ª Forza navale speciale, era impegnato a seguire il programma della marina invece di quello dell'esercito che prevedeva l'abbandono della città. Prima di essere promosso al grado di ammiraglio, Sanji aveva comandato la nave da guerra "Kirishima" nel 1942, fino a quando questa fu affondata da una flotta della U.S. Navy al largo di Guadalcanal. Iwabuchi aveva 12500 uomini sotto il suo comando, designato Forza di difesa navale di Manila. A queste forze si unirono poi 4500 uomini sotto il comando del colonnello Katsuzo Noguchi e del capitano Saburo Abe. Essi costruirono delle postazioni difensive nella città, compresa la municipalità di Intramuros, abbatterono le palme lungo il viale Dewey per creare una pista d'atterraggio, e disposero delle barricate nelle strade principali. Iwabuchi costituì la "Forza settentrionale" sotto il comando di Noguchi e la "Forza meridionale" sotto il comando del capitano Takusue Furuse.