Mortimer blieb im Tower in Kerkerhaft, doch ein Jahr später konnte er mit Unterstützung durch Londoner Bürger und durch seinen Wärter Gerard d’Ailspaye flüchten. Während der Constable of the Tower Stephen Seagrave und die Wachen anlässlich des Festtags St Peter in Chains betrunken waren, wurde Mortimer aus seinem Kerker befreit und entkam mit einem auf ihn wartenden Boot über die Themse. Obwohl seine Flucht bald bemerkt und er verfolgt wurde, konnte er mit wenigen Begleitern zu Pferd Dover erreichen und von dort mit einem Schiff nach Frankreich entkommen. In Paris empfing ihn König Karl IV., der einen Krieg gegen England vorbereitete. Im französischen Exil wurde Mortimer rasch der neue Führer der Opposition gegen den englischen König. Schon wenige Wochen nach seiner Flucht gab es Gerüchte über eine Revolte in den Welsh Marches und über Pläne, den König zu ermorden. Um schließlich den Krieg mit Frankreich zu beenden, schickte Eduard II. im Frühjahr 1325 seine Frau Isabelle, die eine Schwester des französischen Königs war, nach Frankreich. Isabelle konnte tatsächlich einen Frieden aushandeln, worauf der Thronfolger Eduard am 12. September 1325 in Paris eintraf, um dem französischen König für die Besitzungen des englischen Königs zu huldigen. Weder Isabelle noch der Thronfolger wollten jedoch an den von den beiden Despensers dominierten englischen Königshof zurückkehren. Stattdessen blieben sie in Frankreich, wo Isabelle eine Beziehung mit Mortimer einging. Diese Beziehung war beim Besuch von Walter Stapeldon, Bischof von Exeter, in Paris im November 1325 offensichtlich, weshalb der Skandal spätestens Anfang 1326 in England bekannt wurde. Auch der Earl of Kent, ein Halbbruder des Königs, blieb in Frankreich und schloss sich Mortimer an.