阿塞拜疆的精英在史達林的大清洗政策時大批死亡，共產黨對宗教人士的虐待也是頗為嚴酷，但在二戰時蘇聯的衛國戰爭中，阿塞拜疆動員1/5的人口參戰：約68萬人上前線（其中有10萬名婦女），25萬人戰死，而當時阿塞拜疆的人口則是340萬。1969-1982年在經濟衰退的背景下，阿塞拜疆共產黨第一書記阿利耶夫採取強硬方針宣誓肅貪，但沒能阻止官僚主義和腐敗的蔓延。1990年1月，受東歐劇變影響，阿塞拜疆人的獨立運動已在兩年內急速攀升，反亞美尼亞人的種族屠殺運動（巴庫為中心）導致蘇聯紅軍在當年一月進駐巴庫並造成傷亡與破壞，史稱「黑色一月」（約147位平民被紅軍殺死、800人受傷），這次鎮壓削弱了民族獨立運動，直到1991年蘇聯的八月政變爆發，才給阿塞拜疆完成獨立的良機。1991年8月30日宣布独立，成立阿塞拜疆共和国。