Em 2 de julho, o comandante do Exército do Potomac, o major-general George Gordon Meade, substituiu Doubleday pelo major-general John Newton, um oficial júnior de outro corpo-de-exército. O real motivo que gerou essa decisão foi um relatório do comandante do XI Corpo-de-exército, o major-general Oliver O. Howard, afirmando que a defesa armada por Doubleday foi a primeira a se romper, fazendo com que a linha inteira da União entrasse em colapso, mas Meade tinha também uma longa história de insatisfações quanto à eficácia dos combates comandados por Doubleday, desde a Batalha de South Mountain. Doubleday foi humilhado por esta afronta e manteve um rancor duradouro contra Meade, mas retornou ao comando da divisão e atuou bem o restante da batalha. Foi ferido no pescoço, no segundo dia de batalha e recebeu uma promoção a coronel do exército regular por seu serviço. Solicitou formalmente a reintegração como comandante do Primeiro Corpo-de-exército, mas Meade recusou o pedido e Doubleday deixou Gettysburg em 7 de julho com destino a Washington.