1635 wurden durch einen Großbrand weite Stadtteile zerstört. Auch das Gröningsche Collegium brannte ab. Nach dem Aussterben des pommerschen Herzoghauses kam Stargard 1648 durch den Westfälischen Frieden mit Hinterpommern an Brandenburg. 33 Jahre nach seiner Zerstörung wurde das Gröningsche Collegium unter Kurfürst Friedrich Wilhelm neu aufgebaut und 1668 wieder eröffnet. Stargard wurde die Hauptstadt von Hinterpommern, hatte aber schwere Nachteile im Handel wegen der Zölle, die Schweden an der Mündung der Ihna in die Oder erhob. 1657 geriet Stargard zwischen die Fronten des Polnisch-Schwedischen Krieges, Soldaten beider Seiten zogen durch die Stadt.