Etter å ha spilt for Santos, gikk Giovanni over til FC Barcelona i 1996. Han etablerte seg som førstelagsspiller, og kunne notere seg 18 mål i løpet av de to første sesongene. I sin første sesong for Barcelona vant han Cupvinnercupen med laget. Da Louis van Gaal tok over som manager for klubben, falt han, sammen med Sonny Anderson, ut av førstelaget, til tross for avgjørende scoringer, som i andre kampen av UEFA Super Cup 1997 mot Borussia Dortmund. han forlot Barcelona til fordel for den greske klubben Olympiakos for den rekordstore overgangssummen 10 800 000 £ sommeren 1999. Han kom senere i karrieren med kontroversielle uttalelser, hvor han refererte til Van Gaal som en Hitler for brasilianere, og for å være selvsentrert.