В дальнейшем армия участвовала в оборонительной войне против стран «оси». После того как 17 апреля 1941 года в Белграде министр иностранных дел Югославии А. Цинцар-Маркович и генерал Янкович подписали от имени Югославии акт безоговорочной капитуляции, Королевская югославская армия по приказу начальника генерального штаба генерала Калафановича прекратила боевые действия, капитулировала и прекратила своё существование.