Trotz dieser Niederlage vertraute der König weiter seinem alten Kämpfer, obwohl er angeblich auch Warenne wegen seiner schlechten Führung verhöhnt haben soll. Im Dezember 1297 ernannte er ihn wieder zum Kommandanten eines Feldzugs nach Schottland. Angesichts der Belastung durch den Krieg in Schottland und dem andauernden Krieg mit Frankreich kam es in England zu einem Protest zahlreicher Adliger gegen die Politik des Königs. In die daraus entstandene Staatskrise war Warenne nicht direkt verwickelt. Als alter Anhänger des Königs schwor er im November 1297 die "Confirmatio Cartarum" einzuhalten. Anstelle des in Flandern weilenden Königs führte er im Januar 1298 den Vorsitz über das Parlament in York, wo erneut die Magna Carta bestätigt wurde. Anschließend führte er einen raschen Feldzug gegen Schottland, bei dem er Berwick zurückeroberte. Als Eduard I. von Flandern nach England zurückkehrte, dankte er Warenne für seine Dienste in Schottland und befahl ihn zurück nach England, um mit ihm die Lage in Schottland zu besprechen. Danach kämpfte Warenne wieder in Schottland, dabei nahm er am 22. Juli 1298 an der siegreichen Schlacht von Falkirk teil. Im November 1298 ernannte ihn der König zu einem der Richter, die Amtsverfehlungen seiner Forstbeamten untersuchen sollten. 1299 wurde er erneut zum Kriegsdienst in Schottland einberufen. Im September 1299 gehörte er bei der zweiten Hochzeit des Königs zu den Gästen. Im November 1299 ernannte ihn der König zum Vormund seines Enkels Edward Balliol, einem der potentiellen schottischen Thronanwärter. Während des Feldzugs von 1300 nach Schottland kommandierte Warenne die zweite Abteilung der englischen Armee und nahm an der Belagerung von Caerlaverock Castle teil. Auch 1301, 1302 und 1303 berief ihn der König zum Militärdienst nach Schottland.