Xanana Gusmãos Vorfahren stammen aus den timoresischen Ethnien der Galoli, Makasae und Midiki. Gusmão betonte mehrfach, dass er im Gegensatz zu vielen Führern der Unabhängigkeitsbewegung weder von Portugiesen, noch von adligen Timoresen stammt. Seine Familie seien einfache Bauern gewesen. Seine katholischen Eltern, Antonia Hendrique Gusmão und Manuel Gusmão, erhielten jedoch eine Ausbildung an katholischen Schulen und waren Katecheten. Der Vater starb nach Krankheit mit 83 Jahren in Dili am 24. Dezember 1999. Berichte, er wäre bereits in der Krise 1999 ermordet worden, hatten sich als falsch erwiesen. Von seinem Großvater mütterlicherseits hat Xanana seinen Vornamen: "Kai Rala Alexandre Henriques". „Xanana“ leitet sich von der Aussprache des mittleren Teils des Vornamens „Alexandre“ ab und wurde vom Lied "Get a job" der Gruppe The Silhouettes aus den 1950er Jahren inspiriert.