日中戦争では国民革命軍や抗日ゲリラ相手に、太平洋戦争では緒戦の一連の南方作戦を筆頭に、マレー作戦・ビルマの戦い・フィリピン攻略戦など各戦線で効果的に使用された。蘭印作戦では「空の神兵」こと陸軍落下傘部隊（第1挺進団挺進第2連隊）による、「パレンバン空挺作戦」に使用予定であったが、火焔発射機を積んだ物料箱が風に流され予定位置に降下しなかったため使用できなかった。なお、1944年（昭和19年）に公開された映画『加藤隼戦闘隊』では、劇中パレンバン空挺作戦のシーンにおいて九三式ないし一〇〇式火焔発射機を装備し、トーチカに対し火焔放射を行う挺進兵の戦闘模様が描画されている。