Whipple wurde zu einem Pionier auf dem Gebiet der Astrofotografie. Zusammen mit dem Astronomen William Cranch Bond fertigte er im Jahr 1850 am Harvard-College-Observatorium die ersten Aufnahmen eines Sterns, der Wega, an. Für ihre detaillierten Aufnahmen des Erdmondes wurden Whipple und Bond 1851 auf der Weltausstellung im Londoner Kristallpalast ausgezeichnet.