Во время кризиса 1997 года ряд кораблей флота получил повреждения. Инфраструктура также была в плохом состоянии. В 1998 году ряд кораблей был переведён на ремонт в Италию. Помощь в восстановлении баз флота, кроме Италии, оказывали также США, Германия, Греция и Турция. В том же 1998 году из состава флота были выведены подводные лодки советской постройки.