Кошаркашки клуб основан је 1919. године у Измиру, у тадашњем Отоманском царству као део спортског друштва Паниониос. Након пораза грчких војних снага у Грчко-турском рату 1922, клуб је премештен у предграђе Атине. У грчко првенство ступају 1928. године и освајају друго место. Следеће сезоне освојили су треће место у првенству. Од 1982. клуб је члан горњег дома грчке кошаркашке лиге. Године 1991. Паниониос је победом у финалу грчког купа 73:70 против ПАОК-а стигао до свог првог, и засад јединог трофеја у својој историји. Паниониос је уз то још двапут играо у финалу грчког купа.