הדחת מובארכ בפברואר 2011, סימנה תחילת תקופה של הרעה ביחסה של מצרים כלפי ישראל. בוצעו מספר חבלות בצינור הגז שעובר בצפון סיני ומספק גז מצרי לישראל. בנוסף, התעצמו ההתרעות על כוונות ארגוני טרור לנצל את שטחי סיני כדי לפגוע בישראל ובישראלים, כמו שאירע באוגוסט 2011, כשחולית מחבלים חדרה לישראל וביצעה את מתקפת הטרור בדרום ישראל (2011). לצד אירועים אלו גברו קולות שונים במדינה 'לבחון מחדש' את היחסים עם ישראל. באוגוסט 2011, נערכו הפגנות סוערות סמוך לשגרירות הישראלית בקהיר, בתביעה 'לגרש' את השגריר הישראלי מתחומי מצרים. במהלך הפגנות אלו אף הורד דגל ישראל מבנין השגרירות על ידי ההמון, במה שנתפס כצעד סמלי שמבטא את ההרעה שחלה ביחסים בין המדינות. זמן קצר לאחר מכן, ב-10 בספטמבר 2011, פרצו אלפי מפגינים משולהבים למתחם השגרירות הישראלית בו היו נצורים כשישה מאבטחים ישראלים. במבצע מורכב שארך שעות חולצו המאבטחים בחשאי ממתחם השגרירות שנפרץ ונבזז על ידי ההמון כשבמקביל פונה כל הסגל הדיפלומטי הישראלי מקהיר במה שנראה כשפל העמוק ביותר ביחסי המדינות מאז חתימת הסכם השלום במרץ 1979. בשנים שלאחר מכן פעלה מצרים להידוק השיטור ובמניעת פעילות חבלנית על ידי קבוצות בדלניות, בחצי האי סיני ובקרבת הגבול עם ישראל.