Während des Unabhängigkeitskrieges, im Dezember 1776, blieb Morris in Philadelphia, als der Rest des Kongresses nach Baltimore floh. Er fädelte das Leihen von 10.000 $ ein, um George Washingtons Truppen zu bezahlen. Dies half, die Armee kurz in der Schlacht von Trenton und in der Schlacht von Princeton zusammenzuhalten. Im März 1778 unterzeichnete Morris als Repräsentant Pennsylvanias die Konföderationsartikel.