Im Dezember 2005 löste Lederer Stefan Liebich als Landesvorsitzender der Linkspartei.PDS ab. Auf dem Landesparteitag erhielt er knapp 90 Prozent der Stimmen. Im Juni 2007 wurde er mit knapp 80 Prozent der Delegiertenstimmen zum ersten Landesvorsitzenden des neu gegründeten Berliner Landesverbandes der Partei Die Linke gewählt. Im Dezember 2008 wurde er mit 73 Prozent der Stimmen als Vorsitzender bestätigt. Umstritten war sein Auftritt auf einer Solidaritätskundgebung für Israel am 11. Januar 2009 aus Anlass des Gazakrieges. Die Kommunistische Plattform der Linkspartei kritisierte den Redebeitrag in einem offenen Brief. Zu den Bundestagswahlen 2009 und 2013 trat Lederer als Direktkandidat im Bundestagswahlkreis Berlin-Mitte an, konnte aber kein Bundestagsmandat erreichen.