En la temporada 2012-13, Nicola se convirtió en el nuevo entrenador del Livorno en la Serie B, con el que consiguió el ascenso a la Serie A. Fue destituido en enero de 2014, tras concluir la primera vuelta de la Serie A con 13 puntos. Aunque regresaría al equipo tres meses después, no pudo evitar el descenso y dimitió en julio de 2014.