O Genocídio em Ruanda ocorreu em 1994 enquanto Annan dirigia a Operações de Manutenção da Paz. Em 2003 o ex-general canadense Roméo Dallaire, que foi comandante da força da Missão de Assistência das Nações Unidas para Ruanda, afirmou que Annan foi excessivamente passivo em sua resposta ao genocídio iminente. Em seu livro "" (2003), o General Dallaire declarou que Annan reteve as tropas da NU de intervir para resolver o conflito, e de fornecer mais apoio material e logístico. Dallaire afirmou que Annan falhou em fornecer respostas aos seus repetidos faxes pedindo acesso a um depósito de armas; tais armas poderiam ter ajudado Dallaire a defender os quase extintos Tutsis. Em 2004, dez anos depois do genocídio em que um número estimado de 800 000 pessoas foram assassinadas, Annan disse, "Eu poderia e deveria ter feito mais para soar o alarme e reunir apoio".