Stübgen war 1990 als direkt gewählter Abgeordneter (Bundestagswahl am 2. Dezember 1990) des Wahlkreises Bad Liebenwerda – Finsterwalde – Herzberg – Lübben – Luckau und in den Jahren 1994, 1998, 2002 und 2005 stets über die Landesliste Brandenburg in den Bundestag eingezogen. Bei der Bundestagswahl am 27. September 2009 gewann Stübgen wieder das Direktmandat im &lt;a href="Bundestagswahlkreis%20Elbe-Elster%20%E2%80%93%20Oberspreewald-Lausitz%20II"&gt;Wahlkreis Elbe-Elster/ Oberspreewald-Lausitz II&lt;/a&gt; (Wahlkreis 66), das erste Bundestagsdirektmandat für die CDU in Brandenburg seit 1990. Michael Stübgen verteidigte das Direktmandat bei den Bundestagswahlen am 22. September 2013 (40,9 %) sowie am 24. September 2017 (29,5 %) und gewann jeweils den Bundestagswahlkreis 65 Elbe-Elster/Oberspreewald-Lausitz II.