בנדו שיחק בנבחרת נבחרת ישראל הבוגרת, בה ערך 94 הופעות, והיה שיאן ההופעות שלה (עד ששיאו נשבר על ידי יוסי בניון). ב-17 במאי 1995 ערך את הופעת הבכורה שלו בנבחרת, במשחק ידידות מול נבחרת ברזיל באצטדיון רמת גן. במוקדמות מונדיאל 2006 היה אחד מהקפטנים של הנבחרת (יחד עם אבי נמני). במשחקי מוקדמות יורו 2008 בחר מאמן הנבחרת דרור קשטן שלא לזמנו בהתחלה אך מאוחר יותר השתמש בשורותיו בתור קשר אחורי. בעמדה זו שיחק במשחקו האחרון בנבחרת, מול נבחרת אנגליה באצטדיון ומבלי, שנערך ב-8 בספטמבר 2007.