Den Vierten Kreuzzug dirigierte der Doge Enrico Dandolo 1202 zunächst nach Zadar um, wo erstmals katholische Kreuzfahrer für die Eroberung und Plünderung einer katholischen Stadt eingesetzt wurden, dann nach Konstantinopel, das 1204 erobert wurde. Zahllose Kunstschätze gelangten auf diese Art in den Westen, so auch die bronzene Quadriga der Markuskirche. Zudem erweiterte Venedig sein Kolonialreich um zahlreiche Stützpunkte, allen voran Kreta, das sich allerdings in einer Kette von Aufständen gegen die Siedler, die Venedig auf die Insel brachte, zur Wehr setzte. Aus diesem „Coup“ folgte allerdings auch ein Dauerkonflikt mit Genua, der Ursache für vier verheerende Kriege war. 1261 erlangten die Griechen wieder die Herrschaft in Konstantinopel, wobei sie nun ihre genuesischen Verbündeten gegen Venedig ausspielten. Venedig seinerseits verbündete sich mit Karl von Anjou, der Süditalien erobert hatte, um Konstantinopel zurückzuerobern. Erst ab 1285 durften Venezianer wieder in der byzantinischen Hauptstadt handeln. 1310 erschütterte ein Adelsaufstand unter Führung des Baiamonte Tiepolo die Republik, 1355 versuchte der Doge Marino Falier einen Staatsstreich und 1363 bis 1366 revoltierten die venezianischen Siedler auf Kreta gegen die rigide Politik Venedigs. 1379 gelang den Genuesen im Bündnis mit Ungarn sogar für ein Jahr die Eroberung Chioggias, doch der Friede von Turin (8. August 1381) läutete eine neue Phase der Prosperität ein, zumal Genua, durch innere Kämpfe geschwächt, keine große Gefahr mehr darstellte. Im Gegensatz dazu ließ eine andere Gefahr die Stadt drei Jahrhunderte lang nicht ruhen. Die Pest von 1348 ließ die Einwohnerzahl Venedigs von etwa 120.000 auf vielleicht 60.000 einbrechen. Die zahlreichen Toten wurden ab April 1348 auf zwei Inseln, San Leonardo Fossamala und San Marco in Bocca Lama verbracht. Dieser Pestwelle folgten bis in das frühe 16. Jahrhundert weitere 25 Epidemien. 1423 entstand mit dem Lazzaretto Vecchio das erste Pestkrankenhaus.