Sınır, Sovyetler Birliği'nin dağılması ve kurucu cumhuriyetlerinin bağımsızlığının ardından 1991 yılında uluslararası bir sınır haline geldi. 1990'da Oş şehrinde Kırgızz-Özbek isyanlarıyla gerginlikler ortaya çıkmaya başladı. 1999/2000'de Özbekistan sınır ötesi terörizm tehdidine atıfta bulunarak sınırın tek taraflı olarak sınırlandırılmasına ve mayınlandırılmasına başlamıştır. Sınır parçalarını sınırlamak ve anklavları ‘anakaraya’ bağlayan arazileri takas etmek için 2001 yılında bir antlaşma uygulanmaya konulmak istendi, ancak Kırgızistan tarafından bu anlaşma kabul görmedi ve bu da sınır boyunca gerginliğin devam etmesine yol açtı. Son yıllarda ilişkiler iyileşti ve 2018'de sınırlardaki kısıtlamaların çoğunu kaldıran bir sınır anlaşması imzalandı; ancak anklavların durumu ile ilgili tartışmalar halen devam etmektedir.