Під час Північної війни, Павло Полуботок не підтримав виступ Івана Мазепи, натомість одним з перших прибув на вимогу Петра I до містечка Глухова, котре після зруйнування Батурина було проголошене «новою столицею Гетьманщини». У листопаді на Глухівській раді, в присутності російських військ та полковників п'яти козацьких полків, він був одним із претендентів на гетьманство. Проте булава дісталася Івану Скоропадському: