Laissant son épouse derrière, Alexis fit voile vers l’Asie Mineure avec le demi-frère de Michel, Constantin Comnène Doukas. Sa tentative se termina par un lamentable échec lors de la bataille d’Antioche sur le Méandre en 1211 ; Théodore Laskaris tua le sultan et fit prisonnier l’empereur. Capturé par Théodore, Alexis fut envoyé dans un monastère de Nicée où il mourut quelques mois plus tard.