Marko Elsner ne marque aucun but lors de ses quatorze sélections avec l'équipe de Yougoslavie entre 1983 et 1988 et ses deux sélections avec l'équipe de Slovénie entre 1992 et 1993. Il participe au Championnat d'Europe 1984 et aux Jeux olympiques de Los Angeles avec la Yougoslavie.