Nella stagione 2008-2009 in giallorosso mette insieme solo 26 presenze sulle 49 a disposizione, perché spesso vittima di risentimenti muscolari. Riesce comunque a mettersi in luce sia in campionato che in Europa, realizzando tre gol, tra cui quello contro l'Arsenal negli ottavi di finale di ritorno di UEFA Champions League: nel corso della partita, che si conclude con l'eliminazione dei "giallorossi" dal torneo dopo i calci di rigore, gioca solo i primi trenta minuti del primo tempo prima di abbandonare il campo per infortunio. Il 29 maggio 2009 rinnova il proprio contratto con la Roma fino al 2013.