Foi também no Lippstadt que Farke estreou como técnico, em 2009, levando o clube da sexta à quarta divisão alemã. Seu trabalho nos "Rubro-Negros" fez com que ele desistisse de tirar um ano sabático para trabalhar no Borussia Dortmund II, onde teve 51,8% de aproveitamento (em 56 jogos, foram 29 vitórias, 21 empates e 6 derrotas). Em maio de 2017, foi anunciado como novo técnico do Norwich City, levando os "Canários" ao título da EFL Championship de 2018–19 e posteriormente a promoção à Premier League de 2019–20.