29. elokuuta 1944 alkoi Slovakian epäonnistunut kansannousu. Dubček osallistui veljensä kanssa taisteluihin, joissa hän haavoittui ja hänen Julius-veljensä kuoli. Saksan armeija kukisti kansannousun, ja Dubček joutui piileskelemään vangitsijoita pienessä Velčicen kylässä aina sodan loppuun asti. Rauhan tultua hän työskenteli vuoteen 1949 asti Trenčínissä hiivatehtaan huoltomiehenä.