ก่อตั้งขึ้นในสมัยราชวงศ์ชิง ในวันที่ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2441 ในชื่อมหาวิทยาลัยจักรวรรดิ์ปักกิ่ง ต่อมาเกิดเหตุการณ์การปฏิวัติซินไฮ่ ในปี พ.ศ. 2454 ราชวงศ์ชิงถูกล้มล้างอันเป็นจุดสิ้นสุดของจักรวรรดิจีนอายุกว่า 2,000 ปี เริ่มต้นของการปกครองแบบสาธารณรัฐของจีนมหาวิทยาลัยแห่งชาติปักกิ่ง (National Peking University) ก่อตั้งโดยพรรคชาตินิยมจีน (ก๊กมินตั๋ง) ในปี พ.ศ. 2463 มหาวิทยาลัยปักกิ่งเป็นมหาวิทยาลัยแรกที่รับนักศึกษาหญิงเข้ามาศึกษาในระดับอุดมศึกษาสมัยใหม่ของจีน