Ennen F1-uraansa Clark oli ajanut rallia ja rata-autoilua sekä toiminut Lotus-tallinsa testikuljettajana (ajaen samalla Formula 2 -sarjaa). Clarkista ei ollut kuitenkaan hyväksi testikuljettajaksi, sillä ainutlaatuisen lahjakkuutensa avulla hän sovitti aina ajotyylinsä autoon sopivaksi, sen sijaan että olisi säätänyt autoa tyyliinsä sopivaksi. Vuonna 1960 hänestä tuli tallinsa virallinen kilpakuljettaja. Ensimmäisenä kautenaan Clark menestyi kohtalaisesti: 8 pistettä ja MM-sarjan kymmenes sija. Vuonna 1961 Clark keräsi jo 11 pistettä ja oli seitsemäs lopputuloksissa. Samana vuonna hän oli osallisena suuressa onnettomuudessa Italian GP:ssä, kun Ferrari-kuljettaja Wolfgang von Trips osui Clarkin Lotukseen ja osuman seurauksena Tripsin auto lensi reunakaiteeseen surmaten Tripsin ja 15 katsojaa. Vuonna 1962 Clark saavutti ensimmäisen F1-voittonsa Belgian GP:ssä ja nousi näin taistelemaan mestaruudesta maanmiehensä Graham Hillin kanssa. Päätöskisassa Etelä-Afrikan East Londonissa Clark oli matkalla kohti maailmanmestaruutta, kunnes hänen Lotus-autoonsa tuli öljyvuoto. Hill vei kilpailun voiton ja maailmanmestaruuden pistein 42, Clark oli toinen 30 pisteellä.