Den andra fasen av muslimsk invandring tog vid under 1980-talet och antalet muslimer i Danmark ökade snabbt då en mycket stor andel av flyktingar som beviljats asyl i Danmark kommer ifrån muslimska världen på grund av Inbördeskriget i Libanon, Jugoslaviska krigen, Afghanistankriget och Irakkriget. Sedan 1980 har antalet ökat från ca 29 300 till 236 000 år 2012 och andelen ökat från 0.6% till 4.2% av befolkningen.