Bei der Mobilmachung zum Deutschen Krieg war Hann von Weyhern Kommandeur der 2. Kavallerie-Division der 1. Armee. Er nahm an den Gefechten bei Turnau, Münchengrätz und Blumenau sowie an der Schlacht bei Königgrätz teil. Am 17. September 1866 wurde Hann von Weyhern Kommandeur der 4. Division und drei Tage später unter Verleihung des Schwerter zum Kronenorden II. Klasse mit Stern zum Generalleutnant befördert.