Tieteellisen vallankumouksen myötä rationalismi liitettiin matemaattisten menetelmien hyödyntämiseen filosofiassa. Uudella ajalla rationalismin edustajia ovat olleet erityisesti 1600-luvun filosofit Descartes, Spinoza ja Leibniz, jotka edustavat mannermaista rationalismia. Heidän ajattelussaan järjellä saavutettavista perusperiaatteista johdetaan loogisesti uusia periaatteita, ja tällä tavoin luodaan filosofinen ja tieteellinen järjestelmä, joka selittää monia filosofian keskeisiä kysymyksiä ja luo pohjaa tieteelliselle tutkimukselle. Näin ollen tieteellistä tutkimusta aistein havaittavassa todellisuudessa ohjaavat periaatteet olisivat yhtä vakaalla pohjalla ja luonteeltaan samanlaisia kuin matematiikan tai käsiteajattelun sisällä tapahtuvat loogiset päätelmät.