В период войн за независимость с Испанией в конце XVI—XVII веках отношения со Святым Престолом ухудшились. Ненадолго они улучшились в начале XVIII века, когда за поддержку, оказанную португальским королём Жуаном V в войне с турками, папа Климент XI даровал лиссабонскому митрополиту редчайший в Западной церкви титул Патриарха; однако затем снова ухудшились. В 1759 году из страны были изгнаны иезуиты, а король Жозе I вместе со своим могущественным министром Помбалом всячески пытались ограничить влияние Католической церкви и способствовали распространению идей галликанства и янсенизма.