בתחילת יוני 47 לפנה"ס עזב את אלכסנדריה. בדרכו חזרה לרומא ניהל את קרב זלה, מלחמה קצרה כנגד המלך פארנקס מפונטוס שהתקיים ב-2 באוגוסט 47 לפנה"ס. הניצחון היה כה מהיר עד שקיסר מצא לסכם אותו במילים "Veni, vidi, vici" (באתי, ראיתי, ניצחתי) אשר היו לאמרה ידועה. הוא המשיך בלחימה בשנת 47 לפנה"ס כנגד כוחות הסנאט ובניו של פומפיוס, אשר נמלטו לצפון אפריקה ולאחר מכן להיספניה. המלחמה נמשכה עד לשנת 45 לפנה"ס, ובמהלכה נבחר קיסר שוב לקונסול פעמיים. ב-17 במרץ 45 לפנה"ס זכה קיסר בניצחון מכריע כנגד אחרוני תומכי פומפיוס בקרב מונדה, ובכך הסתיימה (לפחות זמנית) מלחמת האזרחים ברומא.