В результате указанных событий в марте 1976 года был совершён военный переворот. Сразу после переворота Сантучо писал, что «реки крови отделят аргентинский народ от военных», а также что переворот приведёт к гражданской войне. 29 марта 1976 года лидеры ERP потеряли 12 боевиков в перестрелке с военными в центре столицы, однако Сантучо с 50 боевиками сумел пробиться и бежать из засады. Большего успеха добились аргентинские военные и полиция в середине апреля в Кордове, когда в результате серии рейдов были захвачены, а затем убиты около 300 боевиков и членов групп поддержки ERP в этой провинции. В течение первых нескольких месяцев правления военной хунты левыми радикалами было убито более 70 полицейских. В середине 1976 года аргентинские военные полностью уничтожили элитное подразделение ERP в результате двух жестоких перестрелок. Командиры ERP, Марио Роберто Сантучо и Бенито Уртеага, были убиты в июле отрядом 601-го разведывательного батальона под командованием капитана Хуана Карлоса Леонетти. Вскоре после этого был схвачено и убито около ста членов молодёжного крыла организации при подготовке террористических акций чемпионата мира по футболу 1978 года, который должен состояться в Аргентине. Несмотря на это, ERP продолжала свою деятельность под руководством Энрике Горриарана Мерло до конца 1977 года, когда была окончательно уничтожена. К тому времени военная диктатура развернула собственную кампанию против «диверсантов», в число которых включались также студенты, интеллигенция, политические активисты, которые могли составить основу для будущего восстания. По разным данным, во времена военной диктатуры в Аргентине, действовавшей с 1976 по 1983 год, были убиты (или пропали без вести) от 12 261 до 30 000 человек. Около 11 000 аргентинцев подали заявления и получили по 200 000 долларов в качестве компенсации за потерю близких в период военной диктатуры. По данным The Wall Street Journal, порядка 13 000 аргентинцев стали жертвами «левого террора» .