После этого Такахара участвовал в Кубке конфедераций 2003. В 2006 году он вошёл в сборную Японии для участия в Чемпионате мира по футболу 2006, где выходил на поле во всех матчах. Затем на Кубке Азии 2007 он забил 4 года в шести матчах и стал лучшим бомбардиром турнира. За свою карьеру в сборной до 2008 года Такахара сыграл 57 матчей и забил 23 гола.