Marko Nieminen lebt in Orimattila und trainiert in Pasina. Er startete für "Lahden Hiihtoseura" und wird von Marko Passila trainiert. Mit dem Biathlonsport begann der Finne 2003, seit 2005 gehört er dem finnischen Nationalkader an. Seinen internationalen Einstand gab er bei den Biathlon-Juniorenweltmeisterschaften 2005 in Kontiolahti, wo er bei den Jugendrennen 28. des Einzels und 21. des Sprints wurde, sich im Verfolgungsrennen bis auf den neunten Rang verbesserte und mit der Staffel auf Platz sieben kam. Zudem trat er auch in der Jugend-Staffel an und wurde dort Siebter. Ein Jahr später wurde er in Presque Isle 15. des Einzels, Sechster des Sprints, Zehnter der Verfolgung und Fünfter mit der finnischen Staffel. Es folgte wenig später die Teilnahme an den Juniorenrennen der Biathlon-Europameisterschaften 2006 in Langdorf, wo Nieminen Neunter des Einzels, 18. des Sprints und 31. der Verfolgung wurde. Seine dritten Junioren-Weltmeisterschaften lief er 2007 in Martell. In Italien lief er auf die Plätze 53 im Einzel, 54 im Sprint und 14 mit der Staffel. Im Jahr darauf nahm er in Ruhpolding letztmals an einer Junioren-WM teil und erreichte die Plätze 45 im Einzel, 17 im Sprint, 29 in der Verfolgung und sechs mit der Staffel.