Villa giocò la prima parte della sua carriera nell'Atlético Nacional, dove visse il periodo di successi che il club andino esperì tra la fine degli anni 1980 e l'inizio dei novanta. Aggiudicatasi la Coppa Libertadores 1989, la società di Medellín, difatti, andò a disputarsi la Coppa Intercontinentale a Tokyo contro il Milan; Villa non fu però presente in tale partita, venendo sostituito da Pérez. Lasciato l'Atlético Nacional nel 1992, giocò ancora due stagioni nel Deportes Quindío prima di terminare la carriera, a trentaquattro anni.