Poliittinen kriisi ei hellittänyt myöskään Chenin toisella kaudella. Hän oli ensimmäisellä toimikaudellaan vaatinut Pekingiä tunnustamaan Taiwanin itsenäisyyden vahvistaakseen omaa kannatustaan. Chen alkoi saada osakseen arvostelua myös liittolaismaastaan Yhdysvalloista, jossa provokaatiota Pekingin suuntaan ei katsottu hyvällä, sillä syyskuun 11. päivän terroritekoja seuranneen terrorisminvastainen sodan lisäksi ei haluttu muita levottomuuksia. Taiwanin poliittisen kriisin vuoksi maan asevarustelu oli jäissä samalla, kun manner-Kiina yritti pelotella Taiwania ohjussijoittelullaan. Manner-Kiinasta oli tullut houkutteleva paikka myös taiwanilaisille liikemiehille investointimahdollisuuksien vuoksi. Näiden tapahtumien vuoksi Chen oli saatettu huonoon valoon kansan silmissä. Hänen hallintonsa tunnusmerkit olivat laaja korruptoituneisuus ja suhteiden huonontuminen Kiinaan ja Yhdysvaltoihin. Presidenttikautensa jälkeen Chen vangittiin vuonna 2009 ja hänet tuomittiin elinkautiseen vankeuteen lahjusten vastaanottamisesta ja rahanpesusta.