Η εξέγερση αυτή ώθησε Έλληνες στρατιωτικούς και διπλωμάτες να προσπαθήσουν να βρουν διέξοδο για την επίτευξη της Μεγάλης Ιδέας με τις μεθόδους του ανταρτοπολέμου. Το 1904 ιδρύθηκε στην Αθήνα μια κατ' όνομα ιδιωτική οργάνωση, το Ελληνομακεδονικό Κομιτάτο, που λάμβανε ηθική και υλική υποστήριξη από την ελληνική κυβέρνηση. Έλληνες αξιωματικοί απομακρύνθηκαν από τις μονάδες τους για να λάβουν μέρος στον Αγώνα και το ελληνικό προξενείο της Θεσσαλονίκης έγινε το οργανωτικό κέντρο του. Ο θάνατος του Παύλου Μελά το φθινόπωρο του 1904 εξώθησε πολλούς εθελοντές να ακολουθήσουν το παράδειγμά του και κατέστησε αδύνατο για τις ελληνικές κυβερνήσεις να παραβλέψουν το ζήτημα. Από το 1904 ως το 1908 σώματα της ΕΜΕΟ συγκρούστηκαν με ελληνικές αντάρτικες ομάδες, ντόπιων σλαβόφωνων συνταγμένων με την ελληνική πλευρά (που αποκαλούνταν υποτιμητικά από τους αντιπάλους τους «γραικομάνοι») και εθελοντών από την ελεύθερη Ελλάδα (κυρίως την Κρήτη), πλαισιωμένων από έμπειρους αξιωματικούς και επιτελικούς του Ελληνικού Στρατού. Τα ελληνικά σώματα κατάφεραν να υπερισχύσουν, αναχαιτίζοντας τη βουλγαρική δραστηριότητα στη νότια και κεντρική Μακεδονία.