À la fin des années 1980, en pleine guerre civile, alors que le général Michel Aoun se bat contre l'invasion syrienne, la forêt de pins qui entoure le palais est détruite. Plusieurs parois sont soufflées et des vitres brisées. Le général se sert alors d'un bunker comme bureau, salle à manger et chambre à coucher. Des milliers de Libanais stationnent nuit et jour autour du palais pour le protéger symboliquement, alors que des soldats dorment sur des lits de camp dans les couloirs. Le , il est chassé du palais par les chars syriens et se réfugie à l'ambassade de France, avant de partir en exil en France. Après la guerre, le bunker est transformé en garde-meuble.