De provincie leed sterk onder de Frans-Italiaanse Oorlogen (1494-1559) en de Franse Godsdienstoorlogen (1562-1598). Na de oorlogen werd protestants leider Lesdiguières aangesteld als gouverneur van de provincie. Lesdiguières versloeg het leger van de naburige Savoye verschillende keren en hielp bij de wederopbouw van de Dauphiné na de oorlogen. Zijn meest gekende bouwwerk is het Paleis van Vizille, zijn eigen woonst. De laatste vergadering van de Staten van de Dauphiné vond plaats in 1628. Dit symboliseert het einde van de vrijheid van de provincie en de evolutie naar het absolutisme. Voortaan werden alle belangrijke beslissingen genomen door (vertegenwoordigers van) de koning.