Передбачувана раніше першовідкривачем Вадимом Колпаковим, а пізніше й геологом Олександром Портоновим, метеоритна гіпотеза походження Патомського кратера не підтверджується проведеними комплексними дослідженнями. Згідно метеоритної гіпотези конус мав утворитися під час зіткнення із Землею надщільного метеориту на швидкості 1,5 км/с. Інші версії пов'язували його з одним з уламків Тунгуського метеориту.