Na het seizoen 2004/05 nam Afellay, voor het Nederlandse team deel aan het WK tot 20 dat in Nederland plaatsvond. In de eerste wedstrijd tegen Japan scoorde hij het openingsdoelpunt. Vanwege een opspelende hamstring werd hij in de tweede wedstrijd tegen Australië gespaard door bondscoach Foppe de Haan. In de derde wedstrijd tegen Benin kwam Afellay na een luchtduel in de zevenentwintigste minuut verkeerd neer, waarna het toernooi voor hem afgelopen was. Hij bleek een scheurtje in de enkelband opgelopen te hebben.