Az Einsatzgruppék története az "Einsatzkommando" létrejöttéig vezethető vissza. Az Einsatzkommandot Reinhard Heydrich hozta létre 1938 márciusában, azzal a céllal, hogy az "Anschluss"t követően az osztrák kormányzati hivatalokat és dokumentumokat lefoglalják. Az Einsatzgruppék eredeti feladata tehát a megszállt területeken lévő hivatalok és a bennük található dokumentumok lefoglalása és a hivatalnokok kikérdezése volt. Az Einsatzgruppékat akkor alapították, mikor 1938 nyarán Németország tervbe vette Csehszlovákia október 1-jén történő megszállását. A megszállás során az Einsatzgruppék feladata az előrenyomuló német csapatok nyomában haladva lefoglalni a kormányzati hivatalokat és papírokat. Az Einsatzkommandóval szemben az Einsatzgruppék fegyverrel is rendelkeztek, amelyet szabadon használhattak céljuk eléréséhez. Az 1938-ban aláírt müncheni egyezmény megelőzte azt a háborút, ami miatt az Einsatzgruppékat létrehozták, de 1938 őszén, mikor a németek megszállták a Szudétavidéket, az Einsatzgruppék szintén bevonultak az elfoglalt területre és elfoglalták a csehszlovák hivatalokat. 1939. március 15. után Csehszlovákia maradék cseh részét is megszállták a németek és az Einsatzgruppék ismét akcióba lendültek. A feladatuk ezúttal is a hivatalok elfoglalása volt.