Durante el Golpe de Estado de mayo de 1926, Rozwadowski fue el comandante de las fuerzas leales al gobierno y asumió el papel de gobernador militar de Varsovia. Fue responsable de todas las acciones militares por parte de las fuerzas gubernamentales, ordenando al general Zagórski los ataques aéreos que provocaron numerosas bajas entre miembros del otro bando, siendo las víctimas en su mayoría civiles. Tras la victoria de Józef Piłsudski, Rozwadowski fue arrestado en la capital el 15 de mayo de 1926 y trasladado junto a otros cuatro generales a una prisión militar en Antokol, cerca de Vilna, donde fue encarcelado por más de un año bajo condiciones sumamente estrictas, en una celda sin calefacción, hasta el 18 de mayo de 1927. El general Zagórski, el testigo más importante, desapareció en circunstancias desconocidas en 1927.