בשנת 1817 הועלה לדרגת האופטמן, בשנת 1829 הועלה לדרגת מיור, וב-14 בדצמבר 1841 מונה למפקד רגימנט הגרנדירים של המשמר ה-1 ("קייזר אלכסנדר"), ופיקד עליו עד 8 במרץ 1848. ב-7 באפריל 1842 הועלה לדרגת אוברסט. ב-9 במרץ 1848 מונה למפקד הבריגדה ה-16. עוד באותה שנה לחם בהצטיינות במלחמת שלזוויג הראשונה, ועל כך הוענק לו עיטור הפור לה מריט. לאחר שנחתם הסכם שביית נשק זמני במאלמו, הוטל על בונין לארגן את צבאן של הנסיכויות שלזוויג והולשטיין. במרץ 1849 הפרה ממלכת דנמרק את תנאי שביתת הנשק והמלחמה התחדשה. בין 20 ל-22 באפריל ניצח את הדנים בקרב קולדינג, אולם ב-6 ביולי נהדף על ידיהם. בשנת 1850 נחתם הסכם שלום סופי בין פרוסיה לדנמרק, ועקב כך התפטר בונין מתפקידו כמפקד צבאן של שלזוויג והולשטיין וחזר לשרת בצבא הפרוסי.