이베리아 연합이 형성된 계기는 포르투갈 왕위계승 전쟁이며, 60년 뒤 포르투갈 독립 전쟁으로 브라간사 가가 포르투갈의 새 왕가가 되어 독립하면서 연합이 해체되었다.