15 ноября 2012 года товарищеском матче против сборной Боливии Лагос дебютировал за сборную Коста-Рики. В 2013 году Кристиан стал победителем домашнего Центральноамериканского кубка. На турнире он сыграл в матче против сборной Никарагуа, в этом же поединке Лагос забил свой первый гол за национальную команду.