במהלך מלחמת האזרחים האמריקנית הנהיג סאמנר את התנועה הרפובליקנית הרדיקלית אשר ביקרה את הנשיא אברהם לינקולן על שהיה רחרוחי בניהולו את המלחמה נגד הקונפדרציה בניסיונו לא לפגוע במרכזי אוכלוסין. במקביל, סאמנר עבד יחדיו עם לינקולן בנוגע ליחסי החוץ של ארצות הברית ופעל למנוע מהממלכה המאוחדת והקיסרות הצרפתית השנייה מלהתערב במלחמת האזרחים לטובת הקונפדרציה. לאחר המלחמה סאמנר אפילו הציע שבריטניה תשלם בפיצויים על תקריות ימיות בכך שתעניק את מושבותיה הקנדיות לארצות הברית. לצד תדיאוס סטיבנס, סאמנר התנגד לתוכנית השיקום של הדרום שהונהגה בידי הנשיא אנדרו ג'ונסון.