Dans son livre publié le 4 février 2009 aux Éditions Fayard, Pierre Péan met Bernard Kouchner en cause pour des activités de conseil qu'il a eues auprès des autorités du Gabon et de la République du Congo, dans le cadre de la réforme du secteur de la santé de ces pays, et notamment pour une intervention dans le recouvrement de factures pour deux sociétés de conseil, Africa Steps et Imeda, alors qu'il était déjà nommé au Quai d'Orsay. Après des déclarations de Jean-Marie Bockel condamnant la Françafrique, Omar Bongo aurait révélé à Nicolas Sarkozy les affaires de Bernard Kouchner et obtenu la mutation de Jean-Marie Bockel dont le ministre de tutelle était Bernard Kouchner. À la suite de ces révélations, le ministre a évoqué des « allégations inexactes ». À la suite du livre de Péan, "Le Monde selon K", "Arrêt sur images" souligne le silence des médias sur ces affaires de conflits d'intérêts et Arnaud Montebourg, dans un communiqué, dénonce un « ex-French doctor » qui se retrouve « dans une pénible dérive affairiste où l'argent de la Françafrique rémunère grassement le faux idéal de Bernard Kouchner », ce qui, selon lui, « achève de déconsidérer l'intéressé, en confirmant sa préférence pour l'argent et l'affairisme, plutôt que la défense de l'idéal des droits de l'homme ». Le ministre a réagi dans "Le Nouvel Observateur", ce qui a déclenché une polémique médiatique. Pour "Le Monde", « l'ouvrage est principalement une attaque en règle de la politique de Bernard Kouchner, sur fond de désaccord idéologique majeur exprimé par l'écrivain, en particulier sur le génocide rwandais » qui occupe en effet une grande partie du livre . À l'étranger, de grands journaux ont favorablement rendu compte du livre de Pierre Péan ("The Guardian", "The Independent", "The Washington Post"). Sur l'échiquier politique, la droite prend le parti du ministre des Affaires étrangères tandis que la gauche hésite après les explications de Bernard Kouchner devant les députés.