Im Januar 2001 übernahm Air Canada Kanadas zweitgrößte Fluggesellschaft Canadian Airlines. Dadurch stieg Air Canada zur weltweit zwölftgrößten kommerziellen Fluggesellschaft auf. Trotz dieser Erfolge litt man, wie fast alle Fluggesellschaften zu dieser Zeit, an den weltpolitischen Folgen des 11. Septembers, und auch auf Grund anderer Schwierigkeiten drohte 2003 die Zahlungsunfähigkeit. Man begab sich am 1. April 2003 unter Insolvenzschutz, den man 18 Monate später am 30. September 2004 verlassen konnte. In dieser Zeit wurde die Gesellschaft radikal umstrukturiert und auch eine Neuausrichtung der Flottenbeschaffung beschlossen. Neuer Eigentümer der Fluglinie wurde die neugegründete ACE Aviation Holdings.