Nel 2008-2009 in Coppa del Mondo Svindal è tornato al successo vincendo due gare consecutive sulla stessa pista sulla quale si era infortunato, la Birds of Prey: il 5 dicembre la discesa libera, il 6 il supergigante. Arrivato alle finali di Åre in piena corsa per aggiudicarsi la vittoria finale, ha conquistato la vetta della classifica generale vincendo la discesa libera e giungendo secondo nel supergigante. La prova di slalom gigante lo ha visto però finire fuori dai primi quindici, ultima posizione valevole per i punti, mentre la contemporanea vittoria di Raich aveva riportato l'austriaco a soli due punti dall'atleta norvegese. L'ultima gara della stagione, lo slalom speciale, sembrava più favorevole a Raich, specialista della disciplina, che partiva con il pettorale numero 1; il campione austriaco però ha inforcato nella prima manche consegnando la coppa di cristallo nelle mani di Svindal che così, il 14 marzo 2009, ha vinto la sua seconda Coppa del Mondo assoluta. La classifica finale indicava infatti 1009 punti per il norvegese e 1007 per l'austriaco: i due punti di margine hanno aggiornato il record del minimo distacco, già detenuto dagli stessi Svindal e Raich. Nel 2009 Svindal, oltre alla vittoria generale, si è anche aggiudicato la sua seconda Coppa del Mondo di supergigante, superando nell'ultima gara in testa alla classifica di specialità Hermann Maier. Nello stesso anno ai Mondiali di Val-d'Isère ha conquistato prima la medaglia di bronzo, dietro allo svizzero Didier Cuche e all'italiano Peter Fill, nella prova di supergigante; poi, il 9 febbraio, quella d'oro nella supercombinata davanti al francese Julien Lizeroux e al croato Natko Zrnčić-Dim. Si è inoltre classificato 11º nella discesa libera e 9º nello slalom gigante.