Ab 1863 kam es zur Krise des Vereins. Aufgrund der Schleswig-Holstein-Krise hatte der Verein seine Agitation zu Gunsten des neu gebildeten 36er Ausschusses aufgegeben. Man erhoffte sich, dass die beiden Herzogtümer von Freiwilligenverbänden befreit würden und Teile des neuen deutschen Nationalstaates werden würden. In diesem Augenblick wurden sie von Bismarck überholt. Dieser schloss ein Bündnis mit Österreich und gemeinsam eroberten sie die Herzogtümer unter Berufung auf internationale Rechtstitel, nicht aber unter Berufung auf nationale Einigung. Damit hatte Bismarck die Agitatoren des 36er Ausschusses düpiert.