Ο γιος τους Αυτοκράτορας της Αγίας Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας Φρειδερίκος Β΄ Χοενστάουφεν οικοδόμησε μία μεγάλη σειρά από κάστρα, το σημαντικότερο ήταν το Καστέλ ντελ Μόντε που μερικές φορές το ονομάζουν "Στέμμα της Απουλίας". Ο Οίκος των Χοενστάουφεν ήρθε σε σκληρή σύγκρουση με την Αγία Έδρα, ο ίδιος ο Φρειδερίκος Β΄ αφορίστηκε τέσσερις φορές. Ο Πάπας Ουρβανός Δ΄ έδωσε το βασίλειο της Σικελίας στον Κάρολο τον Ανδεγαυό, γενάρχη του Οίκου των Καπέετιδών του Ανζού, μικρότερο αδελφό του Γάλλου βασιλιά Λουδοβίκου του Αγίου (1263). Ακολούθησε η "μάχη του Μπενεβέντο" στην οποία ο Μανφρέδος της Σικελίας νόθος γιος του αυτοκράτορα Φρειδερίκου Β΄ συνετρίβη από τον Κάρολο τον Ανδεγαυό και σκοτώθηκε (26 Φεβρουαρίου 1266). Ο Κάρολος ο Ανδεγαυός κατέκτησε την Απουλία μαζί με την Σικελία (1266), όταν ξέσπασε ο Σικελικός Εσπερινός (1282) έχασε την Σικελία και η Απουλία ενσωματώθηκε στο Ανδεγαυικό Βασίλειο της Νεαπόλεως.