Da Sydstaterne formindskede deres garnison i Port Hudson ved Mississippi-floden, omringede han stedet i maj 1863. To forsøg på at storme stillingerne under Belejringen af Port Hudson mislykkedes på det sørgeligste. Port Hudson var første gang sorte amerikanske soldater kom til indsats i et slag under borgerkrigen efter tilladelse fra Banks. Da mad og ammunition var opbrugt overgav garnisonen i Port Hudson sig den 9. juli 1863 og hele Mississippi floden kom under Unionens kontrol.