לאחר מכן נהיה לגאולייטר של אלזס בצרפת וכונה "הקצב מאלזס" (Schlächter vom Elsaß). לוגנר ניתנה יד חופשית מהנאצים לשלוט באלזס כראות עיניו. הוא נכח במשפטי ראווה רבים שהובילו להוצאות להורג. עודד וסייע בשליחת יהודי צרפת למחנה המעצר גירס, מתוך 4,464 אסירים יהודים שגורשו למחנה רק כ-800 שרדו לאחר השואה.