С 1988 по 1995 год сыграл за национальную сборную Японии 40 матчей. Мацунага был первым номером команды на Кубке Азии по футболу 1992 года. Но в полуфинальном матче против Китая он был удален на 60-й минуте. Его место занял Кадзуя Маэкава, который играл до окончания турнира. В конечном итоге, Япония стала обладателем Кубка Азии. В 1993 году Мацунага был участником решающего матча в отборочном турнире к чемпионату мира против Ирака. Тогда, в компенсированное время Джаффар Омран Салман, поразив его ворота, сравнял счет, похоронив надежды Японии на участие в чемпионате мира в США. Эту встречу японские болельщики помнят до сих пор, окрестив её «Агонией в Дохе» или «Трагедией в Дохе».