W reprezentacji Holandii Van Aerle zadebiutował 14 października 1987 roku w wygranym 2-0 meczu z Polską. Ostatni mecz w narodowych barwach rozegrał dokładnie 5 lat później, również w meczu z Polską, tym razem zremisowanym 2-2 (14 października 1992). W reprezentacji Holandii zagrał 35 razy nie strzelając gola. Zdobył Mistrzostwo Europy w 1988 a barwy Holandii reprezentował również na Euro 92 oraz Mistrzostwach Świata w 1990. Po zakończeniu piłkarskiej kariery Van Aerle został skautem w zespole PSV Eindhoven.