În cursul bombardamentelor NATO asupra Iugoslaviei, podul a fost bombardat de 12 ori. El a fost distrus definitiv la 23 aprilie 1999, fiind întreruptă astfel legătura feroviară între Belgrad și Subotica, adică între Serbia și Ungaria. Toate cele trei poduri de pe Dunăre de la Novi Sad (Podul Žeželj, Podul Varadin și Podul Libertății) au fost complet distruse în urma bombardamentelor NATO.