В 1985—1986 годах Экштайн провёл шесть матчей за молодёжную сборную Германии, забив четыре мяча. В 1987—1988 годах он сыграл три матча за олимпийскую сборную, однако на Олимпиаду в Сеуле не отправился. Вместо этого Экштайн был включен в заявку сборной Германии на чемпионат Европы 1988 года, где немцы дошли до полуфинала. Всего на счету Дитера семь матчей за главную национальную сборную.