Початок третього терміну перебування Говарда на посту Прем'єра було відзначено трагічною подією. 11 вересня 2001 року Говард зустрічався з Президентом США Джорджем Бушем та перебував у Вашингтоні у день терактів. У відповідь Говард висловив підтримку США у боротьбі проти терористів. У жовтні він прийняв рішення про відправку австралійського контингенту до Афганістану. Це значно зблизило двох політиків. Джордж Буш казав, що «Говард — людина, що мислить серцем».