A mediados de 2002, luego de una corta experiencia europea, retornó a Argentina para defender los colores de Boca Juniors. Con el "xeneize" ganó los títulos más importantes de su vida: la Copa Libertadores 2003, la Copa Intercontinental 2003 y la Copa Sudamericana 2004. En la Intercontinental de 2003 fue elegido el "Hombre del partido", gracias a que convirtió el gol del empate ante el Milan de Italia, que forzó una definición por penales (donde también anotó su penal correspondiente).