Dopo essersi ripreso dall'infortunio rimediato nella fase a gironi del campionato europeo, nel settembre 2008 Ribéry torna in campo contro il Norimberga in Coppa di Germania. La stagione è difficile per il Bayern, che non riesce a bissare il successo in campionato, mentre in UEFA Champions League i tedeschi sono eliminati ai quarti di finale dai futuri campioni del Barcellona. Dopo una sonora sconfitta nella gara di andata (5-1), a Monaco il Bayern pareggia 1-1 proprio grazie ad un gol del francese. Il calciatore conclude la stagione con 36 presenze totali, 14 gol e 19 assist. Nell'annata seguente, tormentato da infortuni, torna in campo solo all'inizio del 2010, e pochi mesi più tardi risulta decisivo nei quarti di finale di Champions League contro il Manchester United. Espulso in semifinale contro il Lione, salta per squalifica la finale di Madrid, in cui la sua squadra è battuta per 2-0 dall'Inter; aggiunge comunque al suo "palmarès" uno scudetto e una coppa nazionale.