În noiembrie 1978 a început serviciul militar in cadrul regimentului 51 al brigazii Golani. S-a antrenat ca soldat combatant, distingându-se în cursul instrucției. Apoi a făcut cursul de comandanți de grupă și cursul de ofițeri de infanterie. A revenit apoi la regimentul 51 ca comandant de pluton. În Războiul din Liban din 1982 a luat parte în fruntea unei companii, la cucerirea localității Ain at-Tina, unde și-a pierdut doi din cei mai buni prieteni, și la cucerirea orașelor An-Nabatiye și Djezzin și a aeroportului internațional Beirut. După un an s-a întors la vatră, ca după trei luni sa revină în serviciul permanent al armatei. La propunerea comandantului școlii de ofițeri ai bazei de antrenament 1, generalul Ilan Biran, Eizenkot a devenit comandant al companiei de cadeți ai cursului.