Ses relations avec le pape sont rompues après l'invasion des Français en 1494. Le pape s'oppose aux Français et Sforza soutient le roi Charles VIII de France. Après l'attentat sur Giovanni Borgia, le fils du pape, en 1497, Sforza est accusé de meurtre, mais il est vite pardonné par le pape. Lors de la nouvelle invasion des Français en 1500, Ascanio Sforza est arrêté et emprisonné à Lyon (château de Pierre Scise) et à Bourges. Il participe aux deux conclaves de 1503 (élection de Pie III et de Jules II). Sforza n'a pas le temps d'être un grand protecteur des arts, mais il introduit néanmoins le musicien célèbre Josquin des Prez à la cour du pape en 1486.