Польское восстание 1830—1831 годов привело к серьёзному повороту в образовательной политике Российской империи. В волнениях были замешаны многие студенты и даже преподаватели Виленского университета. В этих условиях учебный округ был подвергнут дальнейшей реорганизации. Указом от 12 января 1831 года учебные заведения Минской губернии были переданы Белорусскому, а Волынской и Подольской губерней — Харьковскому учебному округу. 1 мая 1832 года Виленский университет был закрыт и вместе с ним расформирован Виленский учебный округ. Остававшиеся в его ведении учебные заведения были включены в Белорусский учебный округ, центр которого некоторое время продолжал находиться в Витебске, а в 1836 году был перенесен в Вильно.