На початку війни 1812 року, після успішного, але не надто прибуткового каперства як капітана шхуни шхуни , Barney вступив в ВМС США в якості капітана, і очолив Флотилію Чесапікської затоки - флотилію канонерських човнів, що захищали затоку Чесапік. Він є автором плану захисту Чесапіка, який був переданий секретарю ВМФ Вільям Джонс і прийнятий 20 серпня 1813 року. План полягав у використанні флотилії з барж з низькою осадкою, кожна з яких мала велику гармату. Такі баржі використовувалася у великих кількостях атаки британських сил, після чого вони могли уникнути удару у відповідь, відступивши на мілководя, на які багатий на Чесапікський регіон. 25 квітня 1814 року Барні був призначений капітаном у військово-морському флоті США. Через значну чисельну перевагу британського флоту флотилія була заблокована і барні був вимушений її знищити, аби вона не дісталася ворогу.