Jest wychowankiem Alianza Lima. W 2002 roku podpisał kontrakt z Bayernem. Dobra postawa w drugiej drużynie Bawarczyków zaowocowała powołaniem do pierwszego zespołu, skąd następnie w 2006 roku trafił do Hamburger SV. Przez sześć sezonów w Hamburgu Guerrero był jednym z podstawowych zawodników drużyny, notując 134 występy ligowe i zdobywając w nich 37 bramek. W kwietniu 2010 roku został ukarany przez klub rekordową karą za rzucenie bidonem w twarz kibica na trybunach. W lipcu 2012 roku Guerrero został zawodnikiem Corinthians. W grudniu tego samego roku zdobył dwie bramki w meczach Klubowych Mistrzostw Świata, dzięki czemu jego klub zwyciężył w tym turnieju. W 2013 roku Corinthians zdobył Recopa Sudamericana. W 2015 roku wygasł jego kontrakt i został wolnym zawodnikiem. Po zakończeniu Copa América 2015 Guerrero został piłkarzem CR Flamengo, a w sierpniu 2018 roku zawodnikiem SC Internacional.