Bijeljina je jedním z prvních měst, kde v roce 1992 došlo ke střetům na začátku války v Bosně a Hercegovině. Byla zde vyhlášena Srbská autonomní oblast Semberie a Majevica, která se na počátku konfliktu vymezila proti republikové vládě v Sarajevu. Nacionalistické politické strany využily dlouhodobé nespokojenosti mezi místním obyvatelstvem, především pracujícími, kteří zažívali opožděné výplaty, klesající mzdy a často stávkovali. Po vypuknutí konfliktu paravojenské jednotky Željka Ražnatoviće – Arkana vyhnaly nesrbské obyvatelstvo. Dne 13. března 1993 bylo ve městě zničeno několik historických mešit a dalších objektů spojených s islámskou kulturou Bosny a Hercegoviny, např. Atik mešita.