À la suite du transfert de l'armée de l'Ouest vers Corinth, une partie de l'armée est incorporée à l'armée du Mississippi. Le reste des unités sont réorganisées par Price en deux divisions commandées par les brigadiers généraux Henry Little et Dabney Maury, avec une brigade de cavalerie commandée par le colonel Frank Armstrong. En préparation de la campagne de Perryville, le nouveau commandant du département No. 2, le général Braxton Bragg, divise le Mississippi en plusieurs commandements pour défendre l'État en son absence. Van Dorn est nommé commandant du district du Mississippi, centré autour de Vicksburg ; Price reçoit le district du Tennessee, couvrant le nord-ouest du Mississippi et le nord-est de l'Alabama, avec l'armée de l'Ouest en tant qu'armée opérationnelle. Price reçoit l'ordre de tenir la voie ferrée de Mobile et de l'Ohio et d'empêcher les forces de l'Union dans l'ouest du Tennessee, commandée par U.S. Grant et William S. Rosecrans, de renforcer l'armée de l'Union dans le Kentucky, avec Van Dorn qui doit coopérer avec Price. Initialement Van Dorn refuse d'unir ses forces avec celles de Price, préférant se concentrer sur la reprise de Baton Rouge, Louisiane ; quand l'attaque échoue, Van Dorn reconsidère la proposition de Price d'envahir le territoire tenu par l'Union.