비밀 작전은 존 F. 케네디 대통령과 그의 후계자들에 의해 계속되었다. 피그스만 침공을 통해 쿠바의 피델 카스트로를 물러가게 하도록 시도했지만 실패했다. 몽구스 작전 동안 CIA는 카스트로에 대한 다양한 암살 시도를 수행하고 쿠바에서 미국이 후원하는 테러 공격을 조장함으로써 카스트로 정권을 전복하려는 노력을 적극적으로 추구했다. 쿠바의 국가 안보를 방해하려는 미국의 노력은 소련과 대결하는 동안 미국이 섬을 봉쇄한 쿠바 미사일 위기로 이어지는 사건에서 중요한 역할을 했습니다. CIA는 또한 독이 든 치약으로 콩고 지도자 파트리스 루뭄바를 암살하는 것을 계획했다. 1961년 CIA는 도미니카 공화국의 라파엘 트루히요의 전복을 지원했다.