Kaunas byl založen patrně počátkem 11. století, první dochovaná písemná zmínka o něm pochází z roku 1361. Roku 1362 bylo město spáleno, byl zbořen i jeho hrad. Záhy však došlo k jeho obnově a v roce 1408 získalo opět městská práva. Roku 1440 se stal Kaunas členem hanzy. Město se postupně stalo obchodním centrem, ale jeho rozvoji uškodilo několikanásobné poničení ze strany Švédů, Rusů a později i napoleonské armády. Další rozvoj města nastal až ve druhé polovině 19. století, kdy se město stalo jednou z ruských hraničních pevností. Během první světové války bylo město přibližně po dobu tří let obsazeno německou armádou. V letech 1919–1939 byl Kaunas z důvodu polské okupace Vilniusu hlavním městem samostatné Litvy. V důsledku paktu Ribbentrop – Molotov a sovětského nátlaku na Litvu byl v roce 1940 Kaunas, stejně jako celá Litva, obsazen Rudou armádou. V letech 1941 až 1944 byl Kaunas okupován vojsky třetí říše, v roce 1944 jej získal opět Sovětský svaz. Po rozpadu Sovětského svazu se stal Kaunas součástí samostatné Litvy.