En fin d'année 2011, un rapprochement avec Israël est envisagé par le Conseil national de transition qui succède au régime de Kadhafi. Mais la situation sécuritaire en Libye se détériore de nouveau, poussant au contraire la plupart des pays représentés à fermer leurs ambassades. Pendant la deuxième guerre civile libyenne (2014 - 2020), Israël apporte une aide secrète au maréchal Khalifa Haftar, celui-ci étant soutenu par l’Égypte d'Abdel Fattah al-Sissi, grand allié d'Israël dans la région.