Andra boerkriget, under vars första månader han deltog i och delvis organiserade försvaret av Kimberley, bröt hans redan vacklande hälsa och han avled 1902. Enligt sin önskan begravdes han bland Matoppabergen i Matabeleland. I sitt testamente anslog Rhodes största delen av sin jättelika förmögenhet till en stipendiefond vid universitetet i Oxford för studerande från de brittiska dominierna och USA.