Nach der erneuten Unabhängigkeit Syriens nahm al-Attar an den 1961 folgenden Wahlen teil und wurde zusammen mit neun anderen Muslimbrüdern ins Parlament gewählt. Nach dem Putsch der Baath-Partei 1963 endete diese politische Freiheit wieder, und al-Attar wurde nach einem Aufenthalt in Mekka 1964 die Wiedereinreise ins Land verweigert. Aus dem Exil im Libanon agitierte er zunächst für gewaltsamen Widerstand gegen das Regime. 1966 verließ er auf Druck der syrischen Regierung den Libanon in Richtung Europa und fand eine Anstellung in einem islamischen Zentrum in West-Berlin.