Le , il est confronté aux attentats de mars 2012 à Toulouse et Montauban. Devant l'absence totale de mouvement à l'intérieur du domicile de Mohammed Merah, Claude Guéant exprime des doutes sur le fait qu'il soit encore vivant et ordonne l'assaut. La consigne est de le prendre vivant. Le terroriste est tué lors de l'assaut donné par les policiers du RAID.