Trước khi chơi trận đầu tiên tại Bundesliga, Lizarazu đã có được danh hiệu với câu lạc bộ mới khi vô địch Cúp Liên đoàn bóng đá Đức năm đầu tiên. Đây là khởi đầu cho một chuỗi thành công của Lizarazu tại Bavaria, mặc dù có một số chấn thương nghiêm trọng làm gián đoạn. Ông có được sáu chức vô địch Bundesliga (trong đó ba lần liên tiếp từ 1999 đến 2001), năm chức vô địch Cúp bóng đá Đức, Champions League năm 2001 (ghi bàn trong loạt sút luân lưu), và Cúp bóng đá liên lục địa. Với việc vô địch Cúp liên lục địa năm 2001, ông trở thành cầu thủ đầu tiên là đương kim vô địch châu Âu và thế giới ở cả cấp độ câu lạc bộ và đội tuyển.