Tre anni dopo, nella notte fra il 4 e il 5 febbraio 1806 fu costretto ad abbandonare nuovamente Napoli insieme con i membri della famiglia reale mentre le truppe francesi si avvicinavano alla capitale. Giunto a Palermo ormai stanco e ammalato, si sistemò presso il seminario nautico dove si spense il 5 gennaio 1809.