Natsi-Saksan Alankomaiden valtauksen jälkeen juutalaisten vaino levisi myös Alankomaihin ja Alfred Flatow vangittiin. Hänet vietiin Theresienstadtin keskitysleirille, jossa hän menehtyi nälkään vuonna 1942 73-vuotiaana. Myös hänen serkkunsa Gustav menehtyi holokaustin uhrina.