S'étant soumis, il se réconcilie avec la Couronne en 1653, et est chargé de plusieurs expéditions importantes. Nommé à la charge de grand maître, chef et surintendant général de la navigation, il commande en 1662 la flotte française et affronte les Turcs en Méditerranée. Il est écrasé à Jijel par les Barbaresques lors de l'expédition de Djidjelli. En 1665, il bat au large de Cherchell par deux fois les Algériens sur mer. En 1669, il conduit une importante expédition de secours aux Vénitiens contre les Turcs, et dirige les troupes françaises défendant Candie contre les troupes ottomanes. Il est tué durant un assaut le . Son corps n'étant pas découvert sur le champ de bataille, cette disparition donne lieu aux à un certain nombre de légendes, Beaufort étant réputé prisonnier du sultan Mehmed IV ou identifié au masque de fer.