Im WM-Zyklus 2006/2007 griff die FIDE wieder auf den Modus der Kandidatenturniere zurück. Gelfand hatte sich beim FIDE-Weltpokal 2005 in Chanty-Mansijsk (RUS) für die Kandidatenkämpfe qualifiziert. Diese fanden im Mai und Juni 2007 in Kalmückien (RUS) statt, wo er durch Siege über Rustam Kasimjanov und Gata Kamsky schließlich zu den acht Spielern gehörte, die im September an der Schachweltmeisterschaft 2007 in Mexiko-Stadt teilnehmen durften. Der Wettkampf wurde als Rundenturnier – also jeder gegen jeden mit Hin- und Rückrunde – ausgeführt. Mit 8 Punkten aus 14 Partien erreichte Gelfand hinter Viswanathan Anand und Wladimir Kramnik den dritten Platz, der damit sein bis dahin größter Erfolg bei einer Weltmeisterschaft war.