Thomas, que desde 1940 tinha sido um general de infantaria, reconheceu desde o início que a capacidade da Alemanha em travar uma longa guerra era limitada pelo estado de sua economia. Como ele ainda tinha contato com seu ex-superior Ludwig Beck, bem como com Carl Friedrich Goerdeler e Johannes Popitz, desde 1938-39 ele começou a trabalhar no planejamento de golpe de estado militar contra Adolf Hitler. Quando a ameaça de guerra com as Potências Ocidentais tornou-se evidente, na esteira dos movimentos de Hitler para assegurar a Áustria e a Sudetenland, e com a iminente invasão da Polónia aguardando para acontecer, Thomas produzido um extenso relatório para Hitler, avaliando os riscos. A análise de Thomas era repleta de gráficos e estatísticas que demonstram a superioridade militar-econômica das Potências Ocidentais, mas Hitler recusou-se a aceitar tais argumentos e exclamou que "não compartilhava a ansiedade de Thomas sobre o perigo de uma guerra mundial, especialmente porque ele agora tinha a União Soviética a seu lado", referindo-se ao Pacto Molotov-Ribbentrop. As preocupações de Thomas com ataques provocando britânicos e franceses eram compartilhadas pelo General von Brauchitsch, o Coronel-General Halder, e Intendente Geral von Stülpnagel. Contudo, Hitler recusou-se a apoiar quaisquer atrasos ou a relutância de seu pessoal militar com seus planos, e, apesar de sólidos argumentos em contrário, intensificou os preparativos para o ataque.