しかし、1941年7月28日の南部仏領インドシナ進駐などを契機としたアメリカやイギリス、オランダとの緊張状態が加速したこともあり、日本政府はソ連方面よりも東南アジア方面へと政策の重点を移して行った（南進論）。1941年8月3日、関東軍は田中新一作戦部長と有末二十班長らがソ連との戦争を念頭とした態度案を海軍側に提出、陸海軍間で話し合いが行われるも、文書から「対ソ開戦」の文字を削除するように海軍側が迫り、5日に妥結した。これを受け、大本営陸軍部と関東軍は1941年8月9日に年内の対ソ開戦の可能性を断念した。その後、兵力は充実させたが南方進出方針の決定により、対ソ戦は行われず満蒙国境警備のみを行うに留まった。その後、太平洋戦争の中期から島嶼防衛のために南方軍に対し関東軍から兵力・資材の引き抜きを始めた。末期には本土決戦のためにさらに兵力・資材を引き抜き、満州在留邦人でその穴を埋めていった（根こそぎ動員）。