Por otro lado, el control político del Eusko Gudarostea recaía en el EBB ("Euzkadi Buru Batzar", Comisión Ejecutiva de Euskadi del PNV), y uno de sus objetivos era mantener el orden público. Tuvo varios enfrentamientos con batallones anarquistas y de la Unión General de Trabajadores, en tanto el EBB rechazaba los intentos de milicianos anarquistas para desarrollar una "revolución proletaria" similar a la que se había ejecutado en otras zonas de la España republicana (como por ejemplo en Cataluña o Aragón). Las milicias vascas dentro del Ejército Popular de la República mantuvieron su identidad en otros frentes aunque, una vez que quedaron integradas en el Ejército Popular, ya no volvieron a formar un cuerpo similar al "Eusko Gudarostea". A pesar de eso, sí conservaron su carácter distintivo tanto en las campañas de Santander y Asturias como en el resto de los frentes de guerra.