Allo scoppio della secondo conflitto mondiale, nel settembre 1939, Baer si trovava a Neuengamme ma, come molti appartenenti alle "SS-Totenkopfverbände", abbandonò temporaneamente il servizio presso i campi di concentramento per confluire nella SS-Totenkopf-Division, un'unità delle Waffen-SS ("SS combattenti") comandata da Eicke. Con questa unità Baer partecipò all'occupazione della Francia ed all'invasione dell'Unione Sovietica, dove venne ferito. Dopo la convalescenza egli venne trasferito nuovamente presso il campo di Neuengamme, dove ricoprì l'incarico vicecomandante del lager.