Боннер был выбран под общим 45-м номером на драфте НБА 2003 года «Чикаго Буллз». Сразу после драфта был обменян в «Торонто Рэпторс». В составе команды на сезон 2003/04 Боннеру место не нашлось, и он подписал контракт на один год с итальянской «Мессиной». По возвращении в Америку Мэтт провёл 2 сезона за «Рэпторс». 21 июня 2006 года был обменян в «Сан-Антонио Спёрс», где играл до завершения карьеры.