Con este resultado, se daba prácticamente por sentado que el partido islamista repetiría su triunfo en la segunda vuelta, ganando dos tercios de los escaños. Esto habría permitido fácilmente al FIS cumplir con su programa electoral, que incluía consagrar democráticamente la conversión de Argelia en un estado islámico basado en el Corán y la Shura. Este hecho, sumado a las repetidas promesas de los dirigentes del FIS durante la campaña electoral de tomar represalias contra la jerarquía del régimen saliente (popularmente conocida como "Le Pouvoir" o "El Poder"), hizo que las élites políticas y militares del país entraran en pánico. El 11 de enero, dos días antes de la segunda vuelta, las fuerzas armadas realizaron un golpe de estado que anuló los comicios y paralizó la transición, ilegalizando al FIS y arrestando o asesinando a varios de sus miembros. Los distintos grupos islamistas del país, que se encontraban ya antes de las elecciones escépticos ante la idea de participar en una toma de poder constitucional, terminaron de enardecerse por la nulidad de su triunfo y los ataques en su contra, desatando una intensa guerra civil (conocida como "la Década Negra") que duraría hasta 2002.