Le GRU ne voit pas son statut modifié, de son côté, tandis que les services chargés de la création des codes secrets ( du KGB) et du bris des codes utilisés par les adversaires ( Direction générale) sont rassemblés dans une Agence fédérale, le FAPSI. Enfin, le KGB perd ses pouvoirs d'instruction, et ses unités d'élite entrent dans le giron du concurrent, le Ministère de l'Intérieur. Les services chargés de la Sécurité intérieure (protection des secrets économiques, industriels, du contre-espionnage, de la sécurité des transports, antiterrorisme et lutte contre le crime organisé) sont rassemblés dans le FSK, lequel, insécurité puis guerre de Tchétchénie aidant, regagne très vite ses pouvoirs d'instruction et d'écoutes (dès 1993). En remplacement du FSK est créé en 1995 le FSB, Service fédéral de Sécurité, avec les mêmes missions. Les unités d'élites reviennent dans le giron du FSB cette année-là, et en 2002, le FAPSI et les gardes-frontières sont rendus au FSB.