Efter Tysklands villkorslösa kapitulation i maj 1945 greps Eigruber i Salzkammergut av amerikanska soldater. Han kom senare att utgöra vittne vid Nürnbergprocessen. Eigruber ställdes inför rätta vid Mauthausenrättegången, som ägde rum mellan den 29 mars och 13 maj 1946. Eigruber hade visserligen inte tjänstgjort i Mauthausen, men i egenskap av riksståthållare i Oberdonau var han ansvarig för förhållandena i lägret. Eigruber dömdes till döden för brott mot mänskligheten och hängdes i Landsberg am Lech den 28 maj 1947.