Dans les années 520 av. J.-C. Abydos était gouvernée par un tyran, Daphnis, favorable aux Perses , avant d’être occupée par ces derniers en 514. Darius devait détruire la ville après sa campagne contre les Scythes en 512. La ville tenta de se rebeller en participant à la Révolte de l'Ionie au début du av. J.-C. mais revint brièvement sous contrôle perse lorsque, au cours de la Seconde guerre médique en 480, Xerxès et son armée passèrent par Abydos, en route vers la Grèce, traversant les Dardanelles sur un pont flottant. L’invasion perse s’étant révélée un échec, Abydos devint membre de la Ligue de Délos dirigée par Athènes et fut intégrée dans le district de l’Hellespont. En théorie une alliée, Abydos n’en demeura pas moins hostile durant toute cette période à Athènes à qui elle dut verser une contribution ("phoros") de 4-6 talents . Xénophon atteste que Abdydos possédait alors des mines d’or à Astyra ou à Kremaste et qu’elle continua à émettre ses pièces de monnaie..