Am 2. Dezember 1940 wurde Tovey auf Cunninghams Vorschlag im Rang eines amtierenden Admirals zum Oberbefehlshaber der Home Fleet in Scapa Flow ernannt. In dieser Funktion hatte er mehrere Zusammenstöße mit dem Ersten Seelord Dudley Pound und Winston Churchill. Unter anderem wollte er nach schweren Verlusten 1942 die Nordmeergeleitzüge einstellen. Seine bis heute bekannteste Aktion war die Jagd der "Home Fleet" auf das deutsche Schlachtschiff "Bismarck", die Tovey von seinem Flaggschiff, der HMS "King George V", aus führte (→ Unternehmen Rheinübung). Nach erfolgreicher Versenkung der Bismarck wurde Tovey zum "Knight Commander des Order of the British Empire" ernannt; zum "Knight Commander" des Order of the Bath war er schon in den "New Year Honours" 1941 ernannt worden. Zu beiden Auszeichnungen erhielt er vom König bei dessen beiden Besuchen in Scapa Flow persönlich den Ritterschlag.