Летом 1918 года организовал партизанский отряд для борьбы против белых на территории Енисейской губернии, комиссаром отряда стал ссыльный большевик С. К. Сургуладзе. В декабре 1918 года Кравченко был избран главным командиром партизанских отрядов, расположенных вокруг Красноярска. В апреле 1919 года партизанский отряд Кравченко соединился с партизанским отрядом П. Е. Щетинкина, была создана красная Партизанская армия под общим командованием Кравченко. Партизаны одержали ряд побед над белоказаками и 13 сентября 1919 года заняли Минусинск. К ноябрю 1919 года численность армии достигла 18 тысяч человек. В январе 1920 года партизаны влились в состав 5-й армии РККА на правах отдельной дивизии ("Енисейская стрелковая дивизия имени 3-го Интернационала". Командир — Кравченко А. Д., комиссар — Сургуладзе С. К., начальник штаба — Щетинкин П. Е.). После освобождения Красноярска от колчаковцев дивизия развернула собственное наступление на Белоцарск (ныне Кызыл). Красные партизаны способствовали провозглашению Танну-Тувинской Народной Республики летом 1921 года и установлению просоветского режима в Монголии. Командовал дивизией в это время уже П. Е. Щетинкин.