Daarnaast kwam Prosinečki tot 49 interlands voor Kroatië, waarin hij tienmaal doel trof. Prosinečki was actief op de WK's van WK 1990, WK 1998 en WK 2002, en EK 1996. Op het WK 1998 behaalde Prosinečki met Kroatië de derde plaats. Hij is de enige voetballer in de WK-historie die voor twee landen een doelpunt maakte - voor Joegoslavië in 1990 tegen de Verenigde Arabische Emiraten en voor Kroatië in 1998 tegen Jamaica en Nederland. Zijn 49ste en laatste interland speelde hij op maandag 3 juni 2002, tegen Mexico (1-0 nederlaag) tijdens de eerste wedstrijd van Kroatië bij het WK voetbal 2002. Hij moest in dat duel in de rust plaatsmaken voor Milan Rapaić.