Nababkin werd in 2012 opgenomen in de selectie van het Russisch voetbalelftal voor het Europees kampioenschap, al had hij tot op dat moment nog niet gespeeld voor het nationale team. Hij verving de afgehaakte Roman Sjisjkin. Hij maakte zijn debuut pas net voor het toernooi, op 1 juni 2013, toen er met 0–3 gewonnen werd van Italië. De verdediger mocht van bondscoach Fabio Capello in de basis beginnen en hij speelde de volledige negentig minuten mee.