El 17 de diciembre de 2012 fue designado como director técnico de la selección salvadoreña de fútbol, siendo esta su primera experiencia en un banquillo nacional. Consiguió el tercer lugar de la Copa Centroamericana 2013 y posteriormente clasificó a los cuartos de final de la Copa de Oro 2013. Su balance tras este último torneo con El Salvador es de 11 partidos, 2 victorias, 3 empates, 6 derrotas, 7 goles anotados y 20 encajados.