Den größten Erfolg der Saison erreichte Kowalczyk jedoch bei der Junioren-Weltmeisterschaft 2003 im schwedischen Sollefteå. Hier wurde sie zunächst Fünfte über fünf Kilometer im klassischen Stil und platzierte sich anschließend im Sprint als Zweite hinter der Deutschen Nicole Fessel, womit sie die Silbermedaille gewann. Noch in der Qualifikation, dem Prolog, war sie nur 14. gewesen. Wegen dieser guten Leistungen nominierte der polnische Verband sie auch für die Weltmeisterschaft der Senioren. Dort gelang ihr über zehn Kilometer der 48. Rang, im Sprint verpasste sie als 31. knapp die Top 30.