Erst nach der friedlichen Revolution wurde Thomas Heise bekannt und legte mehrere streitbare Werke vor, unter anderem 1992 STAU – Jetzt geht’s los über die rechtsradikale Jugendszene in Halle an der Saale. Von 1993 bis 1998 inszenierte er mehrere Stücke am Berliner Ensemble, darunter Bertolt Brechts "Der Brotladen" (1993) und "Joe Fleischhacker" (1998), Heiner Müllers "Zement" (1994) und "Der Bau" (1996) und Michael Wildenhains "Im Schlagschatten des Mondes" und "Hungrige Herzen" (1995). Im Jahr 2002 wurde er von der DEFA-Stiftung mit dem "Preis zur Förderung der deutschen Filmkunst" geehrt. Sein Film "Mein Bruder. We Will Meet Again" lief auf der Berlinale 2005.