Sa blessure n'est cependant pas totalement guérie, et après cet avancement il doit regagner Perpignan pour finir de se soigner. Il y rencontre sa future première femme Jeanne Josèphe Barbe Méric, souvent surnommée Polette, . Revenu sur le front pyrénéen, Lannes participe du au à la seconde bataille du Boulou, dans la division du général (et futur maréchal) Pérignon. Il y commande alors les  et de volontaires du Gers. Puis il dégage le général Lemoine au combat de Ripoll lors de l'expédition du corps de Cerdagne. Après cet engagement, Lannes passe dans la division d'Augereau, désormais général. Le , il se marie avec « Polette ».