W 1990 roku pod naciskiem międzynarodowym i opozycji zgodził się na nieznaczną demokratyzację. W 1994 roku wprowadzono nową tymczasową konstytucję. W połowie lat 90. ludność z plemienia Tutsi (pozostająca od dłuższego czasu w opozycji wobec Mobutu z powodu jego zdecydowanego poparcia dla plemienia Hutu uczestniczącego w ludobójstwie w sąsiedniej Rwandzie przy poparciu m.in. Francji) opanowała znaczną część wschodniego Zairu. Mobutu wydał polecenie usunięcia Tutsi poza granice Zairu. Wywołało to otwartą wojnę domową, w którą zaangażowali się inni opozycjoniści. 16 maja 1997 oddziały przeciwników Mobutu – występujące jako Sojusz Sił Demokratycznych na rzecz Wyzwolenia Konga – zdobyły Kinszasę. Nowym prezydentem został ogłoszony Laurent Kabila. Obalony Mobutu wyjechał z kraju (któremu przywrócono dawną nazwę Kongo).