Загальна чисельність хорватів в Боснії і Герцеговині продовжувала знижуватися, а до цього найбільше спричинилась після 1991 р. кривава війна, яка завирувала в Боснії і Герцеговині. Так стався трагічний відтік хорватського населення з БіГ. Основні приклади такого відтоку — це Боснійська Посавіна і середня Боснія. Перепис населення в Боснії і Герцеговині 1996 року, проведений Управлінням Верховного комісара у справах біженців (офіційно невизнаний) засвідчив, що населення БіГ було 3 919 953. З них хорвати становили 14,57% або 571 317 від загальної чисельності населення. Хорвати завдяки їхній самоорганізації через Хорватську Республіку Герцег-Босну і її збройні сили Хорватську Раду Оборони боролися за своє виживання в Боснії і Герцеговині під час війни в цій країні. Згідно з даними, оприлюдненими Центром досліджень і документації в Сараєво, у Боснії і Герцеговині протягом війни було вбито або пропало безвісти 7 762 хорвати.. З території, підконтрольної Армії Республіки Боснії і Герцеговини, виселено близько 150 000 хорватів , а з районів, які підпали під контроль війська Республіки Сербської, вигнано близько 200 000 хорватів.