Bereits 1982 wurde Wouters Nationalspieler der Niederlande. Auf sein erstes großes Turnier musste er bis 1988 warten. In Deutschland sicherte sich die Mannschaft durch einen 2:0-Sieg im Endspiel über die Sowjetunion den Titel des Europameisters. Wouters absolvierte jedes der fünf Spiele und bildete mit Ruud Gullit, Arnold Mühren und Gerald Vanenburg das Mittelfeld der Niederländer. Bei der WM 1990 war Wouters ebenfalls im Kader und kam auch in dem berühmten Achtelfinalspiel gegen die Bundesrepublik Deutschland zum Einsatz, das man 1:2 verlor. Auch 1992 wurde er von Nationaltrainer Rinus Michels in den Kader der "Oranje" berufen. Im Halbfinale scheiterte man am späteren Sieger Dänemark. 1994 kam Wouters zu seiner zweiten Weltmeisterschaft und schied im Viertelfinale gegen Brasilien aus.