Entre KéMacina y Tombuctú, el río se extiende en una vasta llanura de inundación de casi en la época de crecidas, en lo que se denomina el Delta central del Níger, donde su caudal se reduce. Aquí se pierde entre el 25 y el 50 % de sus aguas, principalmente a través de la evaporación. En la zona del delta se encuentra el lago Débo, el mayor de Malí, que en época de crecidas llega a los (y que ha sido declarado sitio RAMSAR)