Au cours de la guerre américano-mexicaine, Brown sert comme commandant sous les ordres des généraux Zachary Taylor et Winfield Scott. Il remporte une distinction lors des batailles de Monterrey, Cerro Gordo, Contreras, et de la porte de Belén au cours de la chute de la ville de Mexico, breveté lieutenant-colonel et de colonel pour les deux derniers engagements respectivement. Impliqué dans le recrutement militaire de 1848 à 1852. il combat lors de la troisième guerre séminole et reste en Floride jusqu'en 1857. Brown exerce diverses fonctions et est inspecteur de l'artillerie avant la guerre de Sécession.