Во время восстания гереро в октябре 1904 года он разгромил войска повстанцев в битве при Ватерберге. Гереро были вынуждены отступить в пустыню Калахари, где многие из них умерли от жажды. Кроме того, германские патрули по его приказу охраняли возможные пути бегства гереро и отравляли те немногочисленные источники воды, которые были на той территории, где находились последние. В итоге лишь немногим из гереро удалось бежать в соседние территории, находившиеся под контролем британцев. Осенью 1904 произошло ещё одно восстание — народа нама, под руководством Хендрика Витбооя и Якоба Моренги; после гибели Хендрика Витбооя в битве при Фаргласе фон Трота посчитал свою задачу выполненной и вернулся в Германию 19 ноября 1905 года. За свои военные достижения во время восстания он был награждён орденом Pour le Mérite, но жестокость, с которой было подавлено восстание и которая вызвала общественный резонанс, привела к тому, что император Вильгельм II отказался встречаться с ним.