En 1993 et 1994, Judith Arndt devient double championne d'Allemagne de poursuite individuelle chez les juniors (17/18 ans). Toujours en 1994, elle devient à Quito vice-championne du monde de cette discipline chez les juniors. En 1996, elle est deux fois championne d'Allemagne chez les élites : elle remporte la course aux points et la poursuite individuelle. En 1996, elle est sélectionnée pour participer aux Jeux olympiques d’Atlanta. Elle remporte la médaille de bronze en poursuite individuelle et termine treizième de la course aux points. En 1997, en Australie, elle devient championne du monde de poursuite. Elle remporte trois nouvelles médailles lors des trois saisons suivantes, sans toutefois pouvoir s'imposer à nouveau. En 1999 et 2000, elle ajoute deux médailles d'argent sur la course aux points, à chaque fois derrière la Française Marion Clignet. Elle fait figure de favorite pour les Jeux olympiques de 2000 à Sydney. Elle s'aligne sur trois épreuves, mais en raison d'une infection virale durant la compétition elle ne retrouve pas son meilleur niveau. Elle termine quatrième de la course aux points, sixième de la poursuite et septième du contre-la-montre. Cette dernière performance lui donne la motivation d'essayer une carrière sur route.