Toen in november 1918 de Estische Onafhankelijkheidsoorlog begon, keerde Laidoner via Finland naar Estland terug. Op 14 december kreeg hij de leiding over de militaire operaties, op 23 december werd hij tot opperbevelhebber van het Estische leger benoemd. Laidoner wist in korte tijd een sterk leger op te bouwen, dat, met enige hulp van vooral Finse vrijwilligers, de bolsjewieken uit Estland wist te verdrijven. Het Estische leger maakte daarbij met succes gebruik van pantsertreinen. Vanaf april 1919 werd er nauwelijks meer gevochten op Estisch grondgebied. Wel opereerde het Estische leger in de nabuurstaten Rusland en Letland. Laidoner stichtte in 1919 ook een Estische militaire academie en een museum gewijd aan de Estische Onafhankelijkheidsoorlog.