В мае 1996 года Скапаротти вернулся в Форт-Драм в качестве офицера оперативного отдела 10-й горной дивизии и прошёл курс в в (штат Пенсильвания). В 1998 году он занял должность начальника группы армейских инициатив при заместителе начальника штаба Управления по планам и операциям в Вашингтоне (округ Колумбия). В 1999 году Скапаротти вернулся в Форт-Брэгг и стал командиром 2-й бригады 82-й воздушно-десантной дивизии, а с июля 2001 по июль 2003 года был заместителем помощника директора по совместным операциям при Объединённом штабе в Вашингтоне (округ Колумбия). С июля 2003 года по июль 2004 года он был помощником дивизионного командира 1-й бронетанковой дивизии во время операции «Иракская свобода».