1 июня 1907 года П. А. Столыпин огласил во II Государственной Думе ультиматум, в котором, под угрозой роспуска Думы, потребовал отстранения от участия в заседаниях Думы 55 социал-демократических депутатов и предания суду 16 из них (см. Третьеиюньский переворот); Алексинский входил в число последних 16 лиц. Алексинский, с начала мая находившийся в Лондоне на V съезде РСДРП как делегат с совещательным голосом, случайно задержался с возвращением в Россию, и в отличие от многих товарищей по партии, избежал ареста. После этого Алексинский, превратившийся в разыскиваемого полицией преступника, уже не мог вернуться в Россию, и до Февральской революции находился в эмиграции.