Nel frattempo in Germania il generale Moreau, con 90.000 soldati, aveva attraversato il Reno a partire dal 28 aprile disperdendo le sue forze tra Sciaffusa e Kehl e avanzando con difficoltà attraverso la Foresta Nera, ma il generale Kray non seppe approfittare della favorevole occasione, non riuscì a concentrare il suo esercito di 140.000 soldati e venne respinto il 3 e il 5 maggio a Stockach e Mösskirch. Gli austriaci quindi si ritirarono a Ulma mentre i francesi marciavano verso l'Iller e il Vorarlberg. Il 9 giugno il generale Moreau, dopo molte esitazioni, attraversò finalmente il Danubio a Höchstadt, e gli austriaci prima si ritirarono a nord del fiume, quindi lo riattraversarono più a valle e presero posizione sull'Isar. I francesi entrarono a Monaco e respinsero il nemico sull'Inn; un armistizio venne concluso a Parsdorf il 15 luglio 1800.