Il met sa famille à l’abri dans le Trièves à la fin de l’année 1943. Marco est alors plus disponible pour tenir un rôle important dans la Résistance. C’est sans doute à ce moment qu’il va rejoindre véritablement les Francs-tireurs et partisans (FTP). Il participe à des actions de plus en plus audacieuses : attaques de mairies pour y récupérer des tickets d’alimentation, désarmement de gendarmes ou de policiers pour s’approvisionner en armes, etc. Lorsqu’il entre en clandestinité à partir de novembre 1943, il change régulièrement de domiciles et prend tantôt le nom de Jean-Marie Picard ou de Jean Rolland. Sous l’identité de Jean Stanislas Figiel, il dispose de toute une batterie de faux papiers. Le 11 novembre 1943, il participe à la manifestation au monument aux Diables bleus qui se termine par l’arrestation de près de 400 personnes. D’abord responsable du groupe urbain des FTP, intervenant sur la ville de Grenoble, il devient, sous le nom de « commandant Lenoir », commissaire aux opérations de région, c’est-à-dire responsable militaire des FTPF du département de l’Isère en février 1944. Son adjoint est André Masson dit Charles Petit et Antoine Polotti, dit Georges, est le commissaire technique ou commissaire aux effectifs, c’est-à-dire qu’il dirige l’ensemble des services (armement, renseignement, santé, etc). Malgré les consignes qui voudraient que les cadres ne mettent pas leur vie en danger, Marco continue de participer à des opérations pour rester en contact avec ses hommes. Il coordonne sur le territoire de l’Isère un certain nombre d’unités FTP, appelées « bataillons » à partir d’avril 1944.