Czasem intensywnych zmian były lata 90. Wpierw rozpadła się Socjalistyczna Federacyjna Republika Jugosławii (1991–1992). Kierownikiem placówki w Belgradzie był wówczas Jerzy Chmielewski (urzędowanie rozpoczął 27 lutego 1991). W lipcu 1992, dwa miesiące po wybuchu wojny w Bośni i Hercegowinie, Chmielewski został wezwany do kraju na konsultacje. Formalne zastępstwo, w randze charge d'affaires (ad interim), objął 31 lipca Julian Sutor, który swoje funkcje sprawował do września 1996, kiedy Chmielewskiego zastąpił Sławomir Dąbrowa. Za kadencji Tadeusza Diema (od 23 listopada 2001), w 2003 Federalna Republika Jugosławii została zastąpiona federacją Serbii i Czarnogóry. Serbia, jako samodzielny podmiot w prawie międzynarodowym, funkcjonuje od 2006 (ambasadorem był wówczas Maciej Szymański). Od października 2009 do stycznia 2014 ambasadorem w Serbii był Andrzej Jasionowski, a od września 2014 do stycznia 2016 – Aleksander Chećko. Od września 2016 do 30 września 2018 ambasadorem RP był Tomasz Niegodzisz. Następnie placówką jako charge d'affaires kierował Andrzej Kindziuk. W 2020 ambasadorem został Rafał Perl.