"FIFA 16" là lần đầu tiên các cầu thủ nữ xuất hiện, với 12 đội tuyển quốc gia: , , , , , , , , , , và . Sự vắng mặt đáng tiếc nhất là á quân World Cup 2015 đội tuyển , do liên đoàn bóng đá nước này đã có thỏa thuận với công ty trò chơi đối thủ của EA là Konami. Vào thời điểm ra mắt, có ba chế độ chơi mà người chơi có thể điều khiển các đội nữ: giao hữu offline (Match Day), giao hữu trực tuyến và một giải đấu dựa trên Giải vô địch bóng đá nữ thế giới.