Dopo la separazione dal Piemonte e una breve e tormentata parentesi austriaca, , Siracusa entrò a far parte dei domini della corona dei Borbone di Napoli. Nel 1798 Napoleone Bonaparte mise fine a un lungo periodo di pace, reclamando per la Francia l'isola di Malta e cacciando da essa i cavalieri, un gruppo dei quali andò a chiedere aiuto allo zar della Russia Paolo I Romanov. Venne scatenata una disputa per il possesso dell'arcipelogo maltese; disputa che si estese ai siracusani, poiché Bonaparte non era estraneo al desiderio di conquistare la Sicilia. La città aretusea ricevette nel suo porto dapprima la flotta britannica di Horatio Nelson (celebre la sua frase sull'acqua della Fonte Aretusa, grazie alla quale egli avrebbe riportato la vittoria su Bonaparte in Egitto) e in seguito quella di Cuthbert Collingwood, successore di Nelson nel ruolo di comandante della Mediterranean Fleet, che richiese il pieno possesso marinaro di Siracusa per i soldati di Sua Maestà Britannica. Le truppe di terra del Regno Unito, così come quelle di mare, presidiarono la città per tutta la durata del conflitto bellico napoleonico, lasciandola scoperta solo dopo il 1813 (il periodo napoleonico formò un forte legame con l'Inghilterra, tale da far vacillare la stabilità politica di Siracusa).