Von 1821 bis 1876 wechselten sich 85 Regierungen ab. Erst 1876 stabilisierte sich die Regierung und Marco Aurelio Soto leitete eine liberale Wende ein: er säkularisierte den Kirchenbesitz, führte die Zivilehe und ein staatliches Bildungswesen ein. Seine Gegner (Kirche und Großgrundbesitzer) und Befürworter (das städtische Bürgertum) organisierten sich später in der Nationalen Partei und in der Liberalen Partei, die bis heute die wichtigsten Parteien geblieben sind. Gleichzeitig trieb Soto die Erschließung und Weltmarktöffnung des isolierten Landes voran. Großzügige Konzessionen lockten US-Konzerne an und führten zur Entwicklung der „Bananenrepublik“. Die Geschichte einer kolonieähnlichen Fremdbestimmung begann. Die Diktatoren Tiburcio Carías Andino und Juan Manuel Gálvez, die von 1933 bis 1948 bzw. von 1949 bis 1954 an der Macht waren, betätigten sich als Handlanger der United Fruit Company. Der Streik von rund 25.000 Arbeitern auf den US-amerikanischen Bananenplantagen im Jahre 1954 leitete die Bändigung der Macht ein, die von der „Bananen-Enklave“ auf den „Rest des Landes“ ausgeübt wurde. Ebenfalls 1954 stellte Honduras sein Territorium für eine von der CIA organisierte Invasionstruppe im Rahmen der Operation PBSUCCESS zum Sturz des guatemaltekischen Präsidenten Jacobo Arbenz Guzmán zur Verfügung.