6月21日にイギリスに到着したケーニグはロンドンへ移動し、シャルル・ド・ゴール将軍率いる自由フランスに加わった。7月1日に大隊長へ昇進し、ダカールへの上陸作戦であるメネス作戦に参加した。ダカール沖海戦での敗戦後、では奮戦し、および赤道アフリカからヴィシー・フランスを追い出すことに成功した。12月にはの駐留フランス軍司令官に就任し、中佐に昇進したが、病気を患ったためしばらくカイロの病院に入院している。1941年1月に大佐へ昇進した彼は、スーダンおよびパレスチナに展開する師団将軍麾下のの参謀となり、シリア・レバノン戦役に参戦した。7月、旅団将軍に昇進した彼は、第1自由フランス師団を率いて、、などで激闘を繰り広げた。とりわけ、1942年5月から6月にかけてのビル・ハケイムの戦いは、ケーニグの名声を高めるきっかけとなった戦いである。エルヴィン・ロンメル上級大将率いるドイツ、イタリア両軍の5個師団（約37,000名）に対して、圧倒的に劣るケーニグの師団（約3,700名）だったが、アレクサンドリアで再編成を図るの時間を稼ぐため、枢軸国の攻撃を16日間耐え抜いた。この活躍を受け、ド・ゴールはケーニグに対して以下のように語っている。「君の部隊に伝えてくれ。フランス中が君たちに注目している。君たちはフランスの誇りだ。」