Henri de Rigny est élevé au grade de capitaine de vaisseau en 1816. Le , il prend le commandement de l'escadre française dans les mers du Levant, qu'il quitte en (pour raison de santé) mais reprend le . Il est notamment chargé de réprimer la piraterie turque ou grecque, qui s'était développée à la faveur des conflits de la guerre d'indépendance ; ses soins intelligents fixent dans l’Archipel la police de la navigation, et le capitaine français est, suivant sa propre et pittoresque expression, un véritable "juge de paix" chargé de préserver de fureurs inutiles deux peuples alors divisés par une guerre acharnée. Il assiste à plusieurs épisodes du conflit en tant qu'observateur et joue parfois un rôle d'intermédiaire lors des négociations, dont celles ayant précédé la reddition de l'Acropole d'Athènes en .