En 1959, après l'échec du soulèvement tibétain, le Men Tsee Khang ferme. Plusieurs de ses employés et étudiants furent emprisonnés et des ouvrages médicaux inestimables furent détruits. Les médecins tibétains furent persécutés et la pratique de la médecine tibétaine traditionnelle interdite. Rétabli à une date ultérieure, le Men-Tsee-Khang de Lhassa reprend un enseignement rudimentaire en médecine traditionnelle tibétaine aux alentours de 1975 et redevient ultérieurement un institut supérieur d'enseignement de médecine traditionnelle tibétaine.