Наивысшей точкой его политической карьеры стало избрание генеральным секретарём НАТО. На этом посту он пробыл менее года, в 1994—1995. Именно во время краткого руководства Клааса, НАТО впервые задействовало военную силу для урегулирования конфликта в Боснии. В связи с расследованием о факте получения взяток членами Фламандской социалистической партии от итальянской авиастроительной компании Agusta вынужден был покинуть политическую арену.