Ascendido a comandante el 25 de febrero de 1936, al estallar la guerra civil, en julio de 1936, se mantuvo leal al gobierno de la República, y fue uno de los militares profesionales que participó en la reorganización de las fuerzas republicanas durante los instantes posteriores al golpe de Estado. La intención recelosa del gobierno de Giral fue la de desmantelar el ejército, finalmente en agosto de este mismo año se reactivan los escalafones militares. No es de suponer que se cuestionase la lealtad de Vicente Rojo ya que desde los primeros instantes fue trasladado a las oficinas del Estado Mayor del Ministerio al mando de Hernández Saravia. Debido a las operaciones de acoso a la Capital desde el norte, el 24 de julio partía a Somosierra para incorporarse a una columna que estaba bajo las órdenes de Enrique Jurado, estuvo destinado hasta el 28 de agosto en Lozoyuela, tras este primer punto de contacto regresó al Estado Mayor.El primer contacto con los milicianos fue muy bien entendido y fue considerado a partir de ese primer destino. Durante esos meses de gran actividad tuvieron que reorganizar un nuevo ejército capaz de enfrentarse con las tropas sublevadas que avanzaban por Extremadura hacia la capital, en ese intento se creó la Inspección General de Milicias con el objeto de controlar los batallones de voluntarios. El 18 de agosto llegan las noticias de la toma de Badajoz y de las brutales represiones posteriores por parte del teniente coronel Yagüe.