Отношения между странами начали портиться после того, как Нимейри наладил контакт с ливийским лидером Муаммаром аль-Каддафи. В 1985 году Нимейри был свергнут, следующим президентом Судана стал Абдель Рахман Свар аль-Дагаб. В 1988 году президент Чада Хиссен Хабре обвинил Судан в предоставлении территории для движения ливийских войск .