El gobierno de Indonesia ha trabajado con otros países para aprehender y enjuiciar a los autores de atentados terroristas, principalmente los vinculados a militantes del islamismo y Al-Qaeda. El atentado terrorista más mortífero en el país ocurrió en 2002, en la localidad de Kuta, en la isla de Bali, con un total de 202 muertos (incluyendo 164 turistas internacionales). Los ataques y las advertencias de viaje posteriores por parte de otros países, dañaron gravemente la industria del turismo y las perspectivas de los inversionistas extranjeros.