Ochrona przyrody w Mołdawii ma tradycje sięgające początków XX wieku. W efekcie starań przyrodników w 1926 r. objęto ochroną 13 fragmentów lasów. W 1930 r. powołano pierwsze rezerwaty przyrody chroniące lasy Besarabii: „Căpriana” (5011 ha), „Lozova” (200 ha) i „Cărbuna” (35 ha). Ochroną objęto też łąki nad Dniestrem i Prutem. Po zajęciu Besarabii przez Związek Socjalistycznych Republik Radzieckich obszary chronione, głównie o charakterze krajobrazowym, powołano na nowo dopiero w 1962 r. W 1968 r. powstał Komitet Krajowy Ochrony Przyrody, który przyczynił się do znaczącego powiększenia obszarów chronionych do 90821 ha. W 1971 r. powołano pierwszy po wojnie ścisły rezerwat przyrody „Codrii”, który wówczas objął 2734 ha. W 1976 r. powstała pierwsza „Mołdawska Czerwona Księga Zwierząt i Roślin”. Po uzyskaniu niepodległości instytucje państwowe dostosowano do działalności w nowych warunkach politycznych. Aktualnie rząd Mołdawii przeprowadza proces reform w ramach których zostaje unowocześnione prawo i zwiększona współpraca międzynarodowa. Przykładem tych działań jest powołanie parku narodowego, obszarów Ramsar, czy projekt sieci korytarzy ekologicznych.