Antikythera autioitui jälleen, ja sinne saapui pakolaisia osmanien valtakunnan hallitsemilta alueilta. Pakolaisia saapui pääasiassa Kreetalta, joka Candiaa lukuun ottamatta oli vuoteen 1648 mennessä päätynyt kokonaan osmaneille. Kreetalaiset kapinoivat osmanivaltaa vastaan, ja ensimmäinen suurempi kapina puhkesi vuonna 1770. Antikytheran nykyinen väestö on Kreetan Sfakiásta 1700-luvulla lähteneiden jälkeläisiä. Kreikan vapaussodankin (1821–1829) aikana Antikytheralle pakeni ihmisiä osmanien hallitsemilta alueilta niin Peloponnesokselta kuin Kreetaltakin. Kreeta jäi vapaussodan jälkeen vielä osaksi Osmanien valtakuntaa, ja osa kreetalaisista pakolaisista päätti jäädä Antikytheralle.