En 157 parties jouées en 2016, Bogaerts atteint de nouveaux sommets personnels de 115 points marqués, 89 points produits et 21 circuits (14 de plus que la saison précédente). Il approche ses totaux de coups sûrs et de doubles de l'année d'avant, avec 192 et 34, respectivement. Sa moyenne au bâton s'élève à ,294. Ses performances offensives sont récompensées d'un second Bâton d'argent du joueur d'arrêt-court et à la mi-saison il honore sa première sélection au match d'étoiles.