En 1885 s'achève la Conférence de Berlin, pendant laquelle les puissances coloniales européennes s'accordent sur une répartition de leurs influences réciproques dans le monde, et notamment sur l'Afrique. la France possédait déjà Mayotte depuis 1841, ainsi que plusieurs comptoirs malgaches, et des entrepreneurs français étaient déjà implantés sur Anjouan : les trois îles comoriennes deviennent donc protectorat français en 1886. Alors qu'Anjouan avait longtemps été l'île la plus puissante de l'archipel, la domination revient alors à Mayotte, plus développée et occidentalisée à cette époque, et Anjouan se retrouve dans l'ombre de celle-ci ainsi que de la Grande Comore, au potentiel agricole et industriel considéré comme plus important.