Come annunciato il 25 marzo 2011, il nuovo allenatore per la stagione 2011-2012 è per la terza volta Jupp Heynckes. Il Bayern conquista subito la nona finale di Champions League: la partita è in programma proprio nello stadio di casa, mentre l'avversario è il . I tedeschi sbloccano l'incontro all'ottantatreesimo con il gol di Thomas Müller, ma cinque minuti dopo, poco prima del termine, Didier Drogba riesce a battere Manuel Neuer; alla fine sono gli inglesi a sollevare il trofeo, dopo i calci di rigore. In ambito nazionale, invece, i bavaresi finiscono alle spalle del sia in campionato che nella Coppa nazionale, dove vengono battuti in finale dai "giallo-neri". La situazione si inverte però nella stagione successiva: il Bayern vince contro i rivali la Supercoppa nazionale, mentre in Bundesliga stabilisce il record di punti, di vittorie, di distacco dalla seconda e di turni di anticipo per la conquista matematica del ventitreesimo titolo e conquista il Deutsche Meisterschale il 6 aprile 2013 con sei giornate d'anticipo, in seguito alla vittoria per 1-0 sull'. Intanto in Champions League la squadra si era qualificata per la fase ad eliminazione diretta dopo aver vinto il proprio girone eliminatorio. Aveva poi battuto prima l', poi la ed infine il , complessivamente per 7-0, prima di arrivare così alla terza finale in quattro anni. Questa si gioca a Londra, e anche qui il Bayern si trova di fronte la squadra di Dortmund, che viene battuta per 2-1 grazie ai gol di Mario Mandžukić e Arjen Robben; il club può così festeggiare il quinto successo nella manifestazione. I bavaresi conquistano anche la sedicesima Coppa di Germania battendo in finale lo , e centrano così lo storico "treble".