Marraskuussa 1988 Viron korkein neuvosto julisti maan suvereeniksi. Toukokuussa 1990 osa vuoden 1938 perustuslaista palautettiin voimaan ja maan nimi muutettiin "Viron tasavallaksi". Kansanäänestyksessä suurin osa kansasta kannatti itsenäisyyden palauttamista. Viro julistautui uudelleen itsenäiseksi 20. elokuuta 1991, kun Neuvostoliitossa tapahtui kommunistien epäonnistunut vallankaappausyritys. Vuonna 1993 Viron hallitus määritteli 500 000 maan asukasta "ulkomaalaisiksi" ja määräsi heidät hakemaan oleskelulupaa. Viimeiset Venäjän armeijan joukot vetäytyivät elokuuhun 1994 mennessä. Kun Viro itsenäistyi uudelleen, se ei saanut takaisin kaikkia niitä alueita, joita maahan kuului vuosina 1920–1940, eli Viron Inkeriä, Petserimaata ja Setumaan itäosaa, eli se on maapinta-alaltaan noin 5 prosenttia pienempi kuin tuolloin.