Im Januar 1998 wurde er Nationaltrainer von Mali. Nachdem die Qualifikation für die Turniere 1998 und Afrika-Cup 2000 des Afrika-Cups verpasst wurde, entließ ihn der malische Verband im April 2000. Anschließend kehrte Sarramagna nach Frankreich zurück und wurde im Juli 2000 technischer Direktor und Trainer seines Jugendklubs Aviron Bayonnais. Im Januar 2006 gab Sarramagna seinen Rücktritt vom Trainerposten bekannt. Grund dafür waren Meinungsverschiedenheiten mit dem Präsidenten über die Zukunft und die Professionalisierung des Vereins.