Ibu kota berada di dekat Otsu yang sekaligus merupakan kota istana. Di zaman Sengoku, bagian utara Ōmi merupakan wilayah kekuasaan Ishida Mitsunari, walaupun Mitsunari berkedudukan di Istana Osaka berperan sebagai pembantu pribadi Toyotomi Hideyori. Setelah Ishida Mitsunari dikalahkan dalam Pertempuran Sekigahara dan tewas, Tokugawa Ieyasu membagi-bagikan wilayah kekuasaan Mitsunari kepada klan Ii yang membangun istana dan kota Hikone di atas reruntuhan kota Sawayama.