Durante el transcurso de la guerra polaco-soviética, Haller comandó un ejército de voluntarios en el frente de la Línea Curzon. Posteriormente ejerció como Inspector General del Ejército y miembro del Consejo de Guerra. Ese mismo año, entre 1920 y 1927, fue diputado del Sejm y se presentó para ocupar el cargo de Presidente de Polonia, cayendo en las elecciones contra Gabriel Narutowicz en diciembre de 1922, quien además era amigo del carismático líder polaco Józef Piłsudski. Después del Golpe de Estado de mayo de 1926, se le ordenó su jubilación. Haller co-organizó un partido de la oposición, bautizado como el "Frente Morges". Cuando comenzó la invasión de Polonia por la Alemania Nazi en 1939, Haller estaba viviendo en el extranjero. Desempeñó el cargo de ministro de Educación en el gobierno de Władysław Sikorski durante la Segunda Guerra Mundial, estableciéndose en Londres junto al gobierno exiliado de Polonia. Falleció en esa misma ciudad el 4 de junio de 1960, a la edad de 87 años.