Firmada la paz con Francia, se concentró en la lucha contra los corsarios berberiscos y los turcos en el Mediterráneo occidental. En 1559, mientras que se prepara la campaña para recuperar Trípoli, Mendoza recibió la orden de guardar las costas de España, por lo que no se halló en el desastre de Los Gelves. En 1561 transporta desde España a Italia las tropas desmovilizadas en Flandes tras la Paz de Cateau-Cambrésis, y realiza labores contra la piratería. En la primavera de 1562 dirige una armada a La Goleta para aprovisionar aquella plaza.