In der &lt;a href="Snooker-Saison%201999/2000"&gt;Saison 1999/2000&lt;/a&gt; schaffte es Fernandez lediglich bei einem Weltranglistenturnier in die Hauptrunde; bei den British Open 1999 erreichte er die Runde der letzten 32, in der er dem Engländer Mark Davis, nach einer zwischenzeitlichen 3:0-Führung, nur knapp mit 4:5 unterlag. Bei der Qualifikation zur WM 2000 schied er in der Runde der letzten 128 aus. Am Saisonende erreichte er mit dem 71. Platz seine bis dahin beste Platzierung in der Weltrangliste. In der &lt;a href="Snooker-Saison%202000/01"&gt;Spielzeit 2000/01&lt;/a&gt; erreichte er bei keinem Weltranglistenturnier die Hauptrunde. Sein bestes Ergebnis war die Runde der letzten 64 beim Grand Prix. Bei der WM 2001 schied er erneut in der Runde der letzten 128 aus. Mit dem 99. Platz in der Weltrangliste am Saisonende verlor Fernandez erneut seinen Main-Tour-Platz.