Dopo la caduta di Costantinopoli sotto i turchi ottomani nel 1453, il Patriarcato si occupò più direttamente di tutti gli ortodossi che vivevano nell'Impero ottomano. Hovagim I era all'epoca metropolita di Bursa. Nel 1461, Hovagim I fu portato a Costantinopoli dal sultano Mehmed II e istituito come patriarca armeno di Costantinopoli, la cui carica fu creata esclusivamente con uno scopo politico. Il sultano Mehmed II voleva la separazione armeno-greca. Costantinopoli divenne il vero centro della loro vita ecclesiastica e nazionale. Il patriarca armeno e non il Catholicos di Etchmiadzin, era il loro più importante dignitario nazionale, come parte del desiderio di Mehmed. Nella capitale del sultano viveva la più grande comunità armena del mondo e la sua autorità civile-ecclesiastica rese il sultano nei fatti il più potente ufficiale tra gli armeni in generale. Dal 1453 a Istanbul furono costruite 55 nuove chiese armene, alcune risalenti al XVI secolo.