מקור השם "אמיראליו" (אדמירל) במייסד הכנסייה, , "אמיר האמירים" (לטינית: Ammiratus Ammiratorum, תואר שהתגלגל למילה אדמירל), תוארו של השר הראשי של המלך רוג'רו השני, מלך סיציליה. אמנת היסוד של הכנסייה (שהייתה בתחילה אורתודוקסית מזרחית), הכתובה ביוונית עתיקה ובערבית, שרדה ומתוארכת לשנת 1143. הבנייה של הכנסייה החלה כנראה בשלב זה, והסתיימה בוודאות לפני מותו של ג'ורג'ו בשנת 1151, מכיוון שהוא ואשתו נקברו בנרתקס. בשנת 1184 ביקר בכנסייה הנוסע הערבי , ובהמשך הקדיש חלק ניכר מהתיאור של פלרמו לשבח אותה, ותיאר אותה כ"אנדרטה היפה ביותר בעולם". לאחר המרד המכונה "ערבית סיציליאנית" בשנת 1282 התאספה אצולת האי בכנסייה לפגישה שהביאה לכך שכתר המלוכה בסיציליה הוצע ל.