В апреле 2009 года Хавьер Агирре во второй раз стал тренером сборной Мексики, в этом году сборная выиграла Золотой кубок КОНКАКАФ 2009 и квалифицировалась на чемпионат мира 2010 со второго места в отборочной группе. На самом первенстве мира мексиканцы дошли до 1/8 финала, где проиграли Аргентине со счётом 1:3. 30 июня, через несколько дней после поражения, Агирре подал в отставку со своего поста.