Par ailleurs, les Martin ont adhéré à la Cimade et travaillé en étroite coopération avec Madeleine Barot. Leur action fut multiple : fourniture de colis pour les internés au Camp de Gurs, hébergement et orientation de juifs fugitifs vers des cachettes sures ou des filières d’évasion, falsification de cartes d'identité, trafic de cartes d'alimentation et de tickets de rationnement en faveur des juifs clandestins. Les Martin ont aussi hébergé le beau-frère de Jacques, le pasteur André Trocmé pendant sa période de clandestinité dans leur maison familiale de la Drôme. Le , dénoncé par sa voisine directe au 24 rue Biron à Ganges, Jacques Martin fut arrêté par la Milice et incarcéré à la prison de Montpellier. La Résistance (maquis de l'Aigoual) négocia la libération du pasteur en échange de mille moutons et il fut remis en liberté trois jours avant la Libération.