1925年，东征军攻入海丰，彭湃在周恩来协助下建立中共党支部；杨其珊加入中国共产党，同时恢复农会，改称县农民协会。1926年8月12日至19日，他在海丰县第二次农民代表会上当选为海丰县农会执行委员。1927年4月至5月，中国共产党第五次全国代表大会召开，他当选中央委员。中国国民党清党后，1927年9月开始，他任中共海陆县委农运委员。11月开始，他任海丰县苏维埃政府委员，陆丰县苏维埃政府委员、主席团成员，主要精力抓土地革命工作。1928年2月，全县土改分田面积达原有耕地面积的80%。同年3月，国民政府重兵攻陷海丰县城后，杨其珊被迫率部在山区坚持领导农民斗争。1929年冬，他率地方武装配合红四十九团，打击了国民政府对海陆丰苏区的军事进剿，扩大了苏区。1930年12月，中共海陆紫特委召开三县工农兵代表大会，成立海陆紫苏维埃政府，继续当选为海陆紫县苏维埃政府主席团委员，参与领导当地农民坚持武装割据。