Bernhard Meyer zum Pfeil war in erster Ehe verheiratet mit Helena Bär, einer Tochter des Tuchhändlers Hans Bär (gefallen 1515 in der Schlacht bei Marignano), Basler Bannerherrn und Zunftmeisters der Basler Zunft zu Safran, eines Schwagers des Basler Bürgermeisters (1516–1521) Jakob Meyer zum Hasen (1482–1531). In zweiter Ehe war Bernhard Meyer zum Pfeil verheiratet mit Maria Wölflin, Tochter des Gewandmanns Wilhelm Wöflin.