Katalizatorem następnych działań w zakresie obrony, także tej wewnętrznej, stały się ataki na USA z 11 września 2001 r. Podczas spotkania w Ottawie 18 grudnia 2001 r. wspólnie je potępiono i wyrażono gotowość do aktywnej walki z terroryzmem. 8 maja 2002 r. na szczycie w Toledo oświadczono, że UE i Kanada będą współpracować, by odciąć źródła finansowania organizacji terrorystycznych i międzynarodowych grup przestępczych. Ponadto UE włączyła Kanadę do organizacji operacji reagowania kryzysowego i zaprosiła ją do udziału w misji w Bośni i Hercegowinie, do której Kanada przystąpiła na początku 2003 r.