Frans begyndte sin regeringstid midt under Revolutionskrigene og Napoleonskrigene, der førte til store nederlag, prestigetab og territorielle afståelser for Østrig. I 1806 måtte han nedlægge kronen som tysk-romersk kejser, efter at riget nærmest var faldet fra hinanden efter Napoleons erobringer. For en sikkerheds skyld havde han dog allerede i 1804 erklæret sig som kejser af Østrig. I 1810 måtte han endvidere indvillige i at lade sin datter Marie Louise indgå ægteskab med Napoleon.