Toisessa maailmansodassa Unkari ajautui natsi-Saksan liittolaiseksi. Saksalaiset miehittivät Unkarin maaliskuussa 1944, ja lokakuussa valtaan nousi fasistinen nuoliristi-puolue. Budapestissä murhattiin tuhansia juutalaisia, ja työkykyiset lähetettiin marraskuussa 1944 kuolemanmarssille rakentamaan panssariesteitä Wienin edustalle. Kaupungista käytiin ankaria, viikkokausia kestäneitä taisteluita tammi-helmikuussa 1945. Kun puna-armeija valtasi Pestin, saksalaiset vetäytyivät Budan puolelle ja räjäyttivät Tonavan sillat. Taistelujen lopulta tauottua surmansa oli saanut noin 20 000 siviiliä ja kolme neljäsosaa kaupungin asuintaloista, historiallisista rakennuksista ja kirkoista oli tuhoutunut tai vakavasti vaurioitunut.