Na początku wojny rosyjsko-japońskiej, „Fuji”, dowodzony przez komandora Kazu Matsumoto, znajdował się w składzie 1. Eskadry Pancerników 1. Floty. 9 lutego 1904 roku wiceadmirał Heihachirō Tōgō poprowadził 1. Flotę do ataku na rosyjskie okręty Floty Oceanu Spokojnego, zakotwiczone na redzie Port Artur. Japoński dowódca spodziewał się większego sukcesu nocnego ataku swoich torpedowców i oczekiwał, że Rosjanie będą osłabieni i zdezorganizowani. Rosjanie jednak byli przygotowani i gdy patrolujący podejścia do twierdzy krążownik pancernopokładowy „Bojarin” dostrzegł siły japońskie, podnieśli alarm. Tōgō zdecydował się skierować główne uderzenie na twierdzę, dlatego artyleria główna okrętów japońskich ostrzeliwała forty, a przeciw okrętom rosyjskim zostały skierowane działa artylerii średniej. Podział ognia nie był dobrym pomysłem, bo choć obie strony osiągnęły wiele trafień, japońskie pociski kal. 203 i 152 mm nie wyrządziły wielkich szkód jednostkom rosyjskim (które straciły 17 ludzi), podczas gdy Japończycy mieli 60 rannych i zabitych, zanim Tōgō zdecydował się na odwrót. „Fuji” otrzymał dwa trafienia, jedno ciężkim granatem i drugim lekkim, kal. 75 mm, które zabiły dwóch i raniły 10 dalszych marynarzy.