באליפות העולם שנערכה בפרת' בינואר 1998 בעודו בן 15 ו-3 חודשים, זכה ת'ורפ בשתי מדליות זהב, במשחה ל-400 מטר חופשי בתוצאה של 3:46.29 דקות, לפני גרנט האקט (3:46.44 דקות) ופול פאלמר מבריטניה (3:48.02 דקות) ובמשחה שליחים 4x200 מטר חופשי בשיא אליפות חדש של 7:12.48 דקות, לפני הולנד (7:16.77 דקות) ובריטניה (7:17.33 דקות) ובכך היה לאלוף העולם הצעיר ביותר בהיסטוריה של השחייה.