Im am 11. Januar 1996 von Mubarak ernannten Kabinett Ganzuri I leitete Boutros Ghali das Wirtschaftsministerium (ab 1997 Ministerium für Wirtschaft und Außenhandel). Diesen Posten hielt er – auch noch im Kabinett Abaid (10/1999 – 07/2004) – bis zum Jahre 2004. In dem auf Abaid folgenden Kabinett Nazif (07/2004 – 01/2011) übernahm Boutros Ghali das Finanzministerium. Diesen Posten hielt er bis 29. Januar 2011 als das Kabinett Nazif durch die revolutionären Vorgänge in Ägypten zurücktrat und vom Kabinett Schafiq (01/2011 – 03/2011) abgelöst wurde. Erst seit 2000 war er gewähltes Mitglied des Parlaments (East Cairo District of Shobra).