През първите две години от периода е прекратен терорът от времето на якобинската диктатура; спрени са масовите екзекуции и са отслабени репресиите. Якобинският клуб е затворен, а опитът за въоръжена якобинска съпротива е потушен, както и заговорът на Гракх Бабьоф, проповядващ насилствена борба срещу богатството. Якобинците обаче възвръщат влиянието си в двата законодателни Съвета след разкриването на роялисткия заговор на генерал Шарл Пишегрю и отново засилват мерките против църквата и емигрантите, като извършват преврата от 18 фруктидор (септември 1797). Директорията постепенно губи подкрепа, като пораженията на френската армия по фронтовете допринасят за нестабилността. Завръщането на Бонапарт се оказва навременно за подготвянето на военен преврат, който е успешно проведен на 8 – 9 ноември 1799 г. Превратът прекратява управлението на Директорията, установява консулство начело с Наполеон и на практика Френската революция приключва.