Cependant un grand nombre d'Arméniens continuent de s'y installer au fil des siècles, formant une population prospère et créatrice. À la fin du , le sultan Abdülhamid II, animé par le panislamisme, sorte de nationalisme musulman, met en œuvre une campagne de massacres d'Arméniens qui, en 1896, fait plus de morts. L'Europe indignée n'intervient toutefois pas et les Arméniens de l'empire et de la diaspora, sous le choc, accueillent positivement l'arrivée au pouvoir du mouvement « Union et Progrès » qui promet la réconciliation entre les religions et les ethnies de l'empire. Mais les Jeunes-Turcs à la tête du mouvement, répondent aux protestations de dévouement des Arméniens, avant même la chute du sultan, par une nouvelle série de massacres dans la ville d'Adana et ses alentours entre les 14 et . À l'instar du sultan Abdülhamid, les Jeunes-Turcs sont animés par un nationalisme musulman, le panturquisme, qui place la race turque au-dessus des Arabes et des Perses. L'idée originale que « l'Empire de l'Islam sera assez vaste pour que nous puissions rompre tout contact avec les Chrétiens » a fait son temps et l'idée de régénération de la Turquie est finalement passée par une épuration de tous les « infidèles de l'Empire ». S'ensuit six ans plus tard la déportation et l'extermination méthodique sur ordre du gouvernement des mêmes Jeunes-Turcs en 1915. Ce sera le génocide arménien.