Baxter conserve le commandement de sa brigade au cours de la réorganisation de l'armée du Potomac, en , un signe qu'il a la confiance de ses supérieurs. Sa brigade est affectée à la division du , sous les ordres du major général Robinson. Lors de la bataille de la Wilderness, il est blessé à la jambe gauche, la balle tuant aussi son cheval. Après sa convalescence, il commande une brigade de la 3rd division du V Corps, au cours des étapes ultérieures du siège de Richmond et de Petersburg. Il quitte le service actif des volontaires le . Le , le président Andrew Johnson nomme Baxter pour l'attribution du brevet de major-général avec une date de prise de rang au , et le sénat américain confirme la récompense le .