Após a queda da União Soviética em 1991, conflitos entre os dois grupos surgiu quando tadjiques atacaram bens uzbeques no Tajiquistão enquanto uzbeques proibiram produtos tajiques no Uzbequistão. A guerra civil no Tajiquistão eclodiu quando grupos étnicos no Tajiquistão entraram em choque e mais tarde envolveram-se em uma guerra com baixas devastadoras. Durante esta guerra, as tropas uzbeques entraram no Tajiquistão para impedir a guerra, porém seus esforços foram fúteis devido a desentendimentos pessoais entre os líderes de ambos os países. No entanto, o Uzbequistão recebeu uma enxurrada de refugiados uzbeques e tajiques do Tajiquistão devido à guerra em curso, a maioria dos quais permaneceu no Uzbequistão após a guerra.