8 июня 2016 года было объявлено о трансфере Эрика Байи в английский клуб «Манчестер Юнайтед». Эрик подписал с «Юнайтед» четырёхлетний контракт. 7 августа 2016 года Байи дебютировал за «Манчестер Юнайтед» в матче за Суперкубок Англии против «Лестер Сити». Игра завершилась победой «Юнайтед» со счётом 2:1, а Эрик был признан «игроком матча». 14 августа Эрик дебютировал в Премьер-лиге в выездной игре против «Борнмута». Игра завершилась со счётом 3:1 в пользу «Юнайтед», а Эрик Байи во второй встрече подряд был признан лучшим игроком матча. Байи был признан лучшим игроком «Манчестер Юнайтед» в августе 2016 года. 23 октября 2016 года Байи был заменен на 52-й минуте после тяжёлой травмы колена во время матча с «Челси».