Au début de 1999, le Mouvement accepte de faire partie du gouvernement yougoslave et Drašković devient vice-premier ministre. Il participe à la délégation serbe à la Conférence de Rambouillet (février-mars), dont l'échec aboutit au bombardement de la Serbie par l'OTAN (mars-juin). Le SPO, qui appelle le gouvernement à se rendre aux forces alliées, est exclu du gouvernement et, tout le reste de l'année 1999, il participe aux manifestations de rue contre Slobodan Milošević ; mais Drašković choisit de rompre son alliance avec Zoran Đinđić, ce qui le rend suspect d'agir pour Milošević. Le , il échappe à un attentat mais quatre de ses proches collaborateurs y perdent la vie.