John Means Amtszeit endete am 1. Dezember 1852. Da die Verfassung keine zwei zusammenhängende Amtszeiten erlaubte, durfte er nicht direkt wiedergewählt werden. In der Folge blieb er seinen politischen Grundsätzen treu. Im Dezember 1860 war er Mitglied eines Kongresses, der den Austritt South Carolinas aus der Union beschloss. Means hatte das entscheidende Dokument, die so genannte „Ordinance of Secession“ mitunterschrieben. Bei Ausbruch des Bürgerkrieges stellte er sich als Oberst (Colonel) an die Spitze eines Infanterie-Regiments aus South Carolina. Dieses Regiment wurde dem Kommando der Konföderation unterstellt und kämpfte in Virginia. Während der zweiten Schlacht am Bull Run wurde Colonel Means tödlich verwundet. Er war mit Sara Rebecca Stark verheiratet, das Paar hatte zwei Kinder.