Los restos de Cortés fueron colocados en la iglesia por el Virrey Revillagigedo en 1774. Al mismo tiempo, Manuel Tolsá creó un busto del conquistador, así como su escudo de armas, en bronce. Hoy en día, todavía hay una pequeña placa en la parte delantera de la iglesia, a la izquierda del altar mayor, que indica la ubicación de la tumba. Sin embargo, en agosto de 1882, hubo una propuesta para trasladar los restos y colocarlos junto a los de algunos de los héroes de la Guerra de la Independencia Mexicana, pero eso causó un alboroto en el que algunos trataron de profanar la tumba dentro de la iglesia. Los restos se trasladaron a un sitio seguro, en secreto.