Fin da subito, la causa della morte fu controversa. I menscevichi in esilio diffusero l’idea che Stalin ne fosse responsabile, come mandante di un assassinio o per aver costretto Ordzhonikidze al suicidio. Gli arresti recenti di funzionari del NKTP diedero forza a questa supposizione, facendo presumere che Ordzhonikidze avrebbe potuto essere arrestato a breve. Anche alcuni vecchi Bolscevichi insistettero sull’assassinio, benché le circostanze riferite dalla moglie e da altri lo rendessero poco plausibile. Chlevnjuk suggerisce che lo stress derivante dallo scontro con Stalin sulla questione dei sabotatori possa aver avuto conseguenze sull’equilibrio di Ordzhonikidze, la cui salute era già molto indebolita. L’ipotesi del suicidio era rafforzata dal fatto che diversi altri dirigenti bolscevichi si fossero tolti la vita in quel periodo. La discussione ebbe poco spazio in URSS finché Nikita Khrushchev, nel suo "Rapporto segreto" del 1956 suggerì che Ordzhonikidze si fosse suicidato per lo stress derivante dalle persecuzioni di Stalin.