Οι σχέσεις του Εσωτερικού Στρατού με τον Σοβιετικό Κόκκινο Στρατό έγιναν χειρότερες καθώς εξελίχθηκε ο πόλεμος. Η Σοβιετική Ένωση εισέβαλε στην Πολωνία στις 17 Σεπτεμβρίου 1939 μετά τη γερμανική εισβολή που ξεκίνησε την 1η Σεπτεμβρίου 1939. Ακόμα κι αν οι Γερμανοί εισέβαλαν στη Σοβιετική Ένωση τον Ιούνιο του 1941, οι Σοβιετικοί είδαν τους Πολωνούς αντάρτες να είναι πιστοί στην πολωνική εξόριστη κυβέρνηση περισσότερο ως πιθανό εμπόδιο στα σοβιετικά σχέδια για τον έλεγχο της μεταπολεμικής Πολωνίας παρά ως πιθανός σύμμαχος. Με εντολές της Σοβιετικής "Στάβκα" (ανώτατη διοίκηση) που εκδόθηκε στις 22 Ιουνίου 1943, Σοβιετικοί αντιστασιακοί εμπλέκονταν σε μάχη με Πολωνούς παρτιζάνους. Υποστηρίχθηκε επίσης ότι επιτέθηκαν στους Πολωνούς πιο συχνά από τους Γερμανούς.