Bei den Bundestagswahlen 2013 und 2017 kandidierte Fritz Güntzler für die CDU im Wahlkreis Göttingen. Er unterlag dort Thomas Oppermann (SPD), zog aber jeweils über die Landesliste in den Bundestag ein. Dort vertritt er seine Fraktion als ordentliches Mitglied im Finanzausschuss, im Sportausschuss und im Bundesfinanzierungsgremium. Güntzler war zudem in der 19. Legislaturperiode Mitglied im Wirecard-Untersuchungsausschuss. Zur Bundestagswahl 2021 kandidiert Fritz Güntzler erneut für die CDU im Wahlkreis 53 (Göttingen).