Lors de la saison 2009-2010 de la LNH, il mène à égalité avec David Krejčí les pointeurs de Bruins avec 52 points en saison régulière. Le , les Bruins disputent Classique hivernale de la LNH Classique hivernale de la LNH 2010 au Fenway Park face aux Flyers de Philadelphie. Ils s'imposent 2-1 en prolongation avec une assistance de Bergeron sur le but vainqueur de Marco Sturm. Sixièmes de l'association de l'Est, ils éliminent les Sabres de Buffalo 4-2 avant de s'incliner 4-3 face aux Flyers de Philadelphie en quart de finale. Bergeron, 11 points en 13 rencontres, est devancé d'un point par le défenseur Dennis Wideman chez les compteurs des Bruins. Bergeron gagne son deuxième Trophée Elizabeth C. Dufresne, remis par les Bruins.