In der Saison 1986/87 siegte Fähndrich über 15 km beim Alpencup in Furtwangen und belegte in Le Brassus den dritten Platz über 15 km Freistil und bei den Schweizer Meisterschaften 1987 in Blonay den siebten Platz über 30 km klassisch und den vierten Rang über 50 km Freistil. Beim Saisonhöhepunkt, den nordischen Skiweltmeisterschaften 1987 in Oberstdorf, errang er den 15. Platz über 50 km. Nach Platz drei über 9,6 km in Pontresina zu Beginn der Saison 1987/88, erlitt er nach einem Sturz in Štrbské Pleso einen Bänderriss und konnte dadurch nicht an den Schweizer Meisterschaften teilnehmen. Er nahm einen Monat später an den Olympischen Winterspielen in Calgary teil und belegte dabei den 35. Platz über 50 km Freistil. Im März 1988 wurde er Dritter beim Engadin Skimarathon Nach der Saison 1987/88 trat er aus dem A-Kader aus und nahm in den folgenden Jahren an nationalen und Volkslangläufen teil. Dabei siegte er in der Saison 1988/89 in Maloja über 15 km Freistil, beim Tauer-Marathon in Altenmarkt über 50 km und beim Pinzgalauf in Kaprun über 45 km. Zudem wurde er Dritter beim Sapporo International Ski Marathon, Vierter beim Transjurassienne und Siebter bei den Schweizer Meisterschaften 1989 über 50 km Freistil. Er belegte damit den vierten Platz in der Worldloppet-Gesamtwertung. In der folgenden Saison gewann er wie im Vorjahr den Tauer-Marathon, den 20-km-Lauf in Lenzerheide und den Sapporo International Ski Marathon. Zudem errang der dritten Platz beim American Birkebeiner und den zweiten Platz beim Gatineau Loppet und erreichte zum Saisonende den zweiten Platz in der Worldloppet-Gesamtwertung. Bei den Schweizer Meisterschaften Anfang Februar 1990 wurde er Fünfter über 50 km Freistil. Im Jahr 1991 gewann er den Suisse-Loppet-Lauf in Les Cernets über 42 km Freistil und errang im folgenden Jahr dabei den zweiten Platz. Nach seiner Karriere eröffnete er ein Sportgeschäft und eine Skilanglaufschule.