FDP stödde den tyska återförening 1990 som Kohl tog initiativ till efter Berlinmurens fall 1989. Vid återföreningen anslöt sig ett antal tidigare östtyska partier till FDP, som därigenom snabbt fick en organisatorisk bas i de nya förbundsländerna. Bland de östtyska partier som gick upp i FDP fanns bland annat de tidigare blockpartierna LDP och NDPD samt ett nybildat östtyskt FDP.