Seguirono presto il quarto (1959-1960) e il quinto scudetto (1960-1961), in quella che è ricordata come una delle squadre più forti di tutti i tempi. Proprio dopo questi trionfi, nel 1961 Boniperti diede l'addio al calcio, ritirandosi all'età di 33 anni pur essendo ancora in buone condizioni fisiche; la sua ultima partita, il 10 giugno, fu quella contro l'Inter dei ragazzi, schierata per protesta dal presidente Angelo Moratti, nel famoso 9-1 in cui esordì Sandro Mazzola.