Rappahannock-joella loppuvuodesta 1862 Stuart aiheutti viholliselle 230 miehen tappiot, ja menetti omasta joukostaan vain 27 miestä. Fredericksburgin taistelussa joulukuussa 1862 Stuart suojasi Stonewall Jacksonin joukkojen sivustaa, ja otti tämän toisen armeijakunnan komennon, kun Jackson haavoittui kuolettavasti Chancellorsvillessä toukokuussa 1863. Gettysburgin-kampanjan aikana Stuart palasi ratsuväenkomentajaksi, ja onnistui Gettysburgin taistelussa katoamaan vähäksi aikaa, eikä toimittanut Leelle tarvittavia tietoja unionin asemista ja vahvuuksista, sillä hän oli joutunut Brandy Stationin luona kahakkaan unionin ratsuväen kanssa. Stuart saapuikin Gettysburgiin vasta taistelun toisena päivänä. Stuart kaatui taistelussa 12. toukokuuta 1864 Yellow Tavernissa lähellä Konfederaation pääkaupunki Richmondia.