Das mächtig gewordene Spanien suchte Bayonne 1523 zu erobern, doch die Flotte Karls V. scheiterte bei ihrem Angriff auf die Stadt. Hier kam es im Juni und Juli 1565 zu einer Zusammenkunft der Katharina von Medici, ihrer Tochter Elisabeth, Königin von Spanien, und des Herzogs von Alba als Stellvertreter König Philipps II. Dabei drängte Alba die französische Königinwitwe zu einem scharfen Vorgehen gegen die Hugenotten, wozu Katharina aber aufgrund ihres Interesses zur Wahrung des innenpolitischen Friedens nicht bereit war. Trotzdem schöpften die Hugenotten aufgrund dieses Treffens gegen Katharina Verdacht und glaubten teilweise sogar, dass dabei die Ausrottung der Protestanten in Frankreich und in den Niederlanden verabredet worden sei. Auf Bayonne selbst hatte die wenige Jahre später, 1572, erfolgte blutige Bartholomäusnacht keine Auswirkungen, da sich in der Stadt nur wenige Protestanten aufhielten und hier kein religiöser Fanatismus vorhanden war.