Tomáš Hübschman se již od svých 14 let objevuje v mládežnických reprezentacích. Zúčastnil se Mistrovství světa ve fotbale hráčů do 20 let 2001 v Argentině, kde ČR prohrála ve čtvrtfinále 0:1 s Paraguayí. O rok později byl členem týmu, který na mistrovství Evropy hráčů do 21 let vybojoval zlaté medaile, když porazil ve finále Francii.