Gälische Iren, Alt-Engländer und royalistische englische Siedler gründeten 1642 die Confederation of Kilkenny, welche die Gründung eines katholischen, königstreuen Irlands erstrebte. Ihren Truppen gelang die Eroberung eines großen Teils der irischen Insel, doch wurden Ulster und Dublin von parlamentstreuen Engländern gehalten. Die in Irland angesiedelten, presbyterianischen Schotten schlossen sich der Confederation of Kilkenny 1648 an. In England selbst war in diesem Jahr die militärische Entscheidung zugunsten des Parlaments gefallen. Karl I. wurde im Januar 1649 hingerichtet und die Englische Republik gegründet. Im Verlauf des Kriegs hatte der puritanische Abgeordnete Oliver Cromwell eine starke Machtposition erlangt. Er setzte sich im August 1649 an die Spitze eines Strafzugs gegen das aufständische Irland (Rückeroberung Irlands). Dieser Strafzug wurde von Cromwell mit großer Härte geführt, was zunächst die von Aufständischen verteidigte Stadt Drogheda zu spüren bekam. Am 11. September 1649 wurde sie von Cromwells Truppen gestürmt, wobei die gesamte Bevölkerung getötet oder deportiert wurde. Die Stadt selbst wurde zerstört. Cromwell verfuhr mit Städten wie Wexford ähnlich, doch musste er Irland 1650 aufgrund der Lage in Schottland verlassen. Die von ihm zurückgelassenen Truppen beendeten bis 1652 den irischen Aufstand.