Einen Bedeutungswandel und neue Akzente hat es im Laufe der Nachkriegszeit und insbesondere seit den 1990er Jahren auch hinsichtlich der inhaltlichen musealen Präsentation gegeben. So findet man nun auch Hinweise u. a. auf Mordaktionen von Soldaten der kaiserlichen Marine zwischen 1904 und 1908 an den Herero und Nama in Deutsch-Südwestafrika und auf die frühe Beteiligung der Marineführung an den Aufrüstungsplänen des NS-Regimes sowie auf den Einsatz von Zwangsarbeitern, etwa beim Bau von U-Boot-Bunkern.