スペイン内戦中の1936年10月1日、バレンシアに移転した共和国議会でバスク自治憲章が成立し、バスク自治法が公布されてバスク自治政府が樹立されたが、この時点でナバーラ県とアラバ県の一部は反乱軍側にあり、共和国側の領域となったのはビスカヤ県の全域とギプスコア県の一部だけだった。10月7日には現在のバスク州の前身であるバスク自治政府が発足し、アギーレが初代レンダカリ（首相）に就任した。バスク軍警察やバスク大学を創設するなどして自治を行ったが、スペイン内戦では反乱軍の後押しを受けたナチス・ドイツ軍によるゲルニカ爆撃などが行われ、バスク自治政府は支配領域を全て失って亡命政府となった。バスク亡命政府はバルセロナ、パリ、ニューヨークと拠点を変え、自治憲章が無効とされたバスク地方ではバスク語文化とそれに結びつく象徴的行為が抑圧された。スペイン内戦は反乱軍を率いたフランシス・フランコの勝利に終わり、第二次世界大戦後、1950年代初頭には国際連合やアメリカ合衆国が相次いでフランコ政権との協力体制を構築。ナチスを想起させるバスク・ナショナリズムは西ヨーロッパ諸国に見限られた。このため1952年には地下組織のEKINが結成され、1959年にはバスク祖国と自由（ETA）に発展した。