W tym samym roku Lángara objął urząd sekretarza stanu w ministerstwie marynarki oraz stanowisko radcy stanu. W roku 1797 mianowano go generalnym inspektorem hiszpańskiej marynarki. W roku 1799 przeszedł w stan spoczynku. Na kilka miesięcy przed śmiercią w roku 1806, hiszpańska flota poniosła sromotną klęskę w bitwie pod Trafalgarem. Według wszystkich relacji Lángara odznaczał się wysokimi umiejętnościami, odwagą, skrupulatnością, znajomością osiągnięć naukowych oraz poświęceniem. Jego głównymi wadami były: duma oraz wyniosłość, szczególnie wobec brytyjskich sprzymierzeńców, których traktował z wyraźną pogardą, graniczącą z obrzydzeniem.