Toen op 10 mei 1940 de Duitse inval plaatsvond, heeft hij meteen het N.W.H.K. opgeheven en samen met zijn vrienden Han Stijkel en Henri François de ledenadministratie en het gehele archief ervan vernietigd. Niet ten onrechte, want al op 15 mei 1940 deden de Duitsers een inval in zijn appartement aan de Laan van Meerdervoort 539. Schorers omvangrijke bibliotheek, bestaande uit 1885 werken, waaronder 40 tijdschrifttitels, werd in beslag genomen. Er is nooit meer een spoor van teruggevonden. Protesten bij de Duitse autoriteiten bleven onbeantwoord en ook na de bevrijding wees de Nederlandse overheid Schorers oorlogsschadeclaim voor het verlies van de bibliotheek af. Alleen de bibliotheekcatalogus is behouden gebleven; IHLIA LGBT heritage heeft aan de hand daarvan een deel van de collectie, namelijk 1440 van de 1890 werken, kunnen herstellen. In de lange vooroorlogse periode heeft Schorer met open vizier en zonder pseudoniem de weg geëffend waarop in 1946 de Nederlandse homo-emancipatie verder kon gaan.