1939年、フランス派遣軍の参謀長に就任。第43師団長として1940年5月ダイナモ作戦に参加し、帰国後は第44師団長として英国本土の沿岸防備に専念。1941年4月（司令官：空軍大将）隷下の司令官となった。パーシバルはマレー駐屯軍の6個師団への増強と航空支援を要求したが、配下にあったのは訓練が不十分な2個師団半のみであった。1942年2月にシンガポールが陥落し、山下奉文率いる日本軍に約8万の残存兵と共に投降した。マレー半島で投降した5万人と合わせ、これは英国史上最大規模の降伏だった。初めての軍司令官勤務での敗戦を経験した後、捕虜となって台湾や満州で抑留された。