Ganshof nam in mei 1940 deel aan de Achttiendaagse Veldtocht en keerde nadien naar de universiteit terug. Vanaf september 1944 werd hij, in opdracht van zijn broer Walter, belast met de inspectie van de gevangenenkampen voor incivieken. Op 14 september was hij in zijn twee dagen eerder bevrijde geboortestad, om na te gaan hoe de opsluiting van de verdachten gebeurde. Hij ondertekende zijn rapporten met de graad van kapitein-commandant. Hij verliet het leger met de graad van majoor.