Pjanić, 2012-13 sezonuna çoğunlukla yedek kulübesinde başladı. Roma derbisinde forma giydi ve attığı golle skora katkı sağladı. Bu maçtan sonra düzenli olarak ilk on birde oynamaya başladı. Torino karşısında elde edilen 2-0'lık galibiyette ve Copa Italia'daki Atalanta maçında bir gol daha attı. 2013-14 sezonunda, yeni Roma teknik direktörü Rudi García'nın yönetimi altında 4-3-3'ün ortasında oynayan oyuncu, takımının ligdeki ilk 10 maçını kazanarak Serie A rekorunu kırmasında kilit rol oynadı.