Am Ende des 15. Jahrhunderts begann der Niedergang des Klosters. Während der sogenannten Sächsischen Fehde eroberte Herzog Georg von Sachsen 1514 das Kloster mit Oldenburger Truppen, wobei das Kloster und das Skriptorium in Brand gesteckt wurden. Im selben Jahr wurde Georg von Otto von Diepholz vertrieben, der Wittewierum für Edzard I. zurückeroberte. Das Kloster war nach wie vor sehr wohlhabend, verlor jedoch seine Angehörigen. 1561 gab es nur noch drei oder vier Mönche. Papst Pius IV. unterstellte sie dem Bischof Johannes Knijff des 1559 neu geschaffenen Bistums Groningen: Dieser verfügte ihre Entlassung aus den strengen Ordensregeln und ihren Anschluss an ein anderes Kloster.