V říjnu 2002 jako senátor hlasoval pro americkou invazi do Iráku. Byl proti stahování amerických vojáků z Iráku. Prezidenta Obamu obvinil, že je „přímo zodpovědný“ za masakr v Orlandu v roce 2016, ke kterému se přihlásil Islámský stát, protože podle McCaina, když Obama v roce 2011 „stáhl vojáky z Iráku, tak se al-Káida přemístila do Sýrie, kde se přetvořila v Islámský stát, a Islámský stát je dnes to co je díky chybám Baracka Obamy“. McCain také kritizoval Obamu za jeho pokus o zlepšení vztahů s Kubou.