Dunne inició su carrera en el Everton, tras haber pasado por la filial irlandesa del equipo. Debutó a la edad de 16 años, época en la que marcó el récord histórico del club de los 100 metros planos. En el verano del 2000 fue transferido al Manchester City en £3 million. Por problemas disciplinarios fue suspendido el año 2003 y se especulaba que saldría del equipo. Sin embargo, Dunne volvió al equipo después de una fuerte preparación física, incluso logrando a los pocos meses el ser nominado a la selección nacional y en la temporada 2004/2005 fue nombrado Jugador del Año del Manchester City. Ha sido seleccionado nacional en 22 ocasiones, marcado 4 goles (hasta 2005) y formó parte del equipo que asistió al Campeonato Mundial del año 2002.