Hughes werd een van de meest onderscheiden uitvinders van zijn tijd. Hiertoe behoorden onder andere de Grand Gold Medal toegekend op de Wereldtentoonstelling van 1867 in Parijs, de Royal Society gold Medal in 1885 en de Albert Gold Medal, Society of Arts in 1897. Voor een aantal uitvindingen en ontdekkingen, speciaal voor de telegraaf en de microfoon, werd hij benoemd door Napoleon de III als Ridder in het Legioen van Eer later werd hij bevorderd tot Commandeur in deze Orde. Ook werd hij onderscheiden door een aantal afzonderlijke landen, te weten Italië, Oostenrijk, Rusland, Turkije, Spanje, Servië en België.