Puchar Świata w biathlonie 1988/1989 to 12. sezon w historii tej dyscypliny sportu. Pierwsze zawody odbyły się 15 grudnia 1988 r. w francuskim Les Saisies, zaś sezon zakończył się 19 marca 1989 w norweskim Steinkjer. Najważniejszą imprezą sezonu były mistrzostwa świata w Feistritz.