Toimiessaan Skonton luotsina Starkovs aloitti 1995 työnsä myös Latvian maajoukkueessa. Hän toimi apulaisvalmentajana kuuden vuoden ajan. Katastrofaalisesti sujuneiden MM 2002 -karsintojen jälkeen englantilaisvalmentaja Gary Johnson sai potkut ja Skonton valmentajana jatkanut Starkovs nousi maajoukkueen peräsimeen.