No obstante, a pesar de la casi unanimidad del nombramiento, era manifiesta la frialdad y falta de entusiasmo de algunos de los electores. Varios de ellos consideraban que lo único que habían hecho era conseguir la unidad de mando necesaria para obtener la victoria eligiendo al general más exitoso. En aquellos momentos es muy posible que la mayoría de los altos mandos allí reunidos pensasen que la guerra iba a ser de corta duración y que finalizaría con la inminente conquista de Madrid. No se había decidido otorgar ningún poder político a Franco y la Junta de Defensa Nacional permanecía intacta. Ni siquiera se había establecido un plazo para la toma de posesión. Además, el acuerdo de que la elección fuera mantenida en secreto hasta que fuera ratificada oficialmente por la Junta de Defensa Nacional aumentaba la percepción de Kindelán y otros partidarios de Franco de que algunos generales no estaban convencidos de la decisión, y los días pasaban sin que esta se hiciera pública. Por ello, el «equipo de campaña» de Franco intensificó los contactos y las presiones para conseguir que el mando militar fuera acompañado del mando político. Su actividad y la popularidad que proporcionó a Franco la liberación del Alcázar de Toledo le permitió conseguir que el 28 de septiembre, en una nueva reunión de mandos, Franco fuera nombrado Jefe del Gobierno del Estado. Solo tras esta nueva decisión se publicó oficialmente en el Boletín Oficial de la Junta de Defensa Nacional del 30 de septiembre el .