Im Libysch-Tschadischen Grenzkrieg spielten die entstandenen Gruppen eine zentrale Rolle, wobei sich Habré mit dem tschadischen Machthaber Malloum verbündete und sich somit die Bündnisse von Gaddafi und Oueddei, sowie Habré und Malloum gegenüberstanden. Nach militärischen Erfolgen im Jahr 1977 wurde Oueddei neuer Generalsekretär der FROLINAT und strebte eine Vereinigung der Widerstandsgruppen an. Durch sein Bündnis mit Malloum wurde Habré am 29. August 1978 zum Premierminister ernannt, konnte diese Position aber nicht lange halten, da bereits am 23. März 1979 Malloum gestürzt wurde und Oueddei als Präsident der Regierung der nationalen Einheit (GUNT) an die Macht kam. Das Bengasi-Abkommen vom 27. März 1979, das einen Waffenstillstand vereinbarte, wurde auch von der FROLINAT unterstützt. Oueddei brach aber das Abkommen und marschierte auf N'djamena; dabei wurde er bei Ati geschlagen und musste sich mit erheblichen Verlusten auf Seiten der FROLINAT nach Norden zurückziehen. Nach dieser vernichtenden Niederlage nahm die Spaltung der FROLINAT in eine Gruppe von Arabern um Ahmat Acyl und eine Gruppe von Tubus um Oueddei zu. Infolgedessen war die FROLINAT keine entscheidende Partei im weiteren Kriegsverlauf und verlor auch im Norden des Landes an Bedeutung.