Meno fortunate furono altre città, coinvolte in episodi anche celebri, come Costanza, occupata e annessa dagli Asburgo ai loro domini diretti nel 1548, dopo la Guerra di Smalcalda, come ritorsione per il fatto di aver abbracciato la riforma protestante; oppure Donauwörth, conquistata e annessa alla Baviera nel 1607, per lo stesso motivo di aver sostenuto i protestanti durante le continue lotte religiose di quel periodo. Magonza invece, una delle città liberatesi dal dominio temporale del proprio principe ecclesiastico, libera dal 1244, fu riconquistata dall'arcivescovo nel 1462 dopo un terribile assedio e sottoposta nuovamente al dominio del principato arcivescovile, di cui ridivenne a tutti gli effetti la capitale.