Pada saat Perang Dunia II meletus pada tahun 1939, Yugoslavia menyatakan kenetralannya. Pada tanggal 25 Maret 1941, pemerintah Yugoslavia menandantangani Pakta Tripartit. Paul merasa perlu menyenangkan Hitler setelah Prancis jatuh ke tangan Nazi pada tahun 1940. keputusannya untuk menandatangani Pakta Tripartit tidak disukai oleh angkatan darat Yugoslavia. Pada tanggal 27 Maret 1941, hanya dua hari setelah pakta tersebut ditandatangani, militer Yugoslavia yang didukung oleh Britania melancarkan kudeta yang menjatuhkan Paul dari kekuasaan. Mereka juga menyatakan bahwa Petar II sudah cukup usia. Pangeran Paul dan keluarganya lalu menjadi tahanan rumah di Kenya. Seusai perang, ia dinyatakan sebagai musuh negara Yugoslavia dan tidak diizinkan pulang. Semua hak miliknya juga disita. Pangeran Paul meninggal dunia di Paris pada tanggal 14 September 1976. Pada akhirnya ia direhabilitasi oleh pengadilan Serbia pada tahun 2011 dan jenazahnya dimakamkan ulang di pemakaman keluarga kerajaan di Oplenac, Serbia, pada tanggal 6 Oktober 2012, bersama dengan jenazah istrinya Olga dan anaknya Nikola.