Как и ожидалось, Второе Новгородское перемирие сохранило довоенные границы обоих государств. Сохранился введённый по российской инициативе обычай дипломатических сношений со Швецией не напрямую, а через новгородского наместника, который воспринимался шведской стороной как унизительный и послужил поводом к началу войны. Перемирие продлилось более 42 лет, если не считать Ливонской войны, в которой шведская сторона принимала некоторое участие. Завершила его Русско-шведская война 1590—1595 годов.