Dès que la paix a été signée avec l'Espagne, Digonet reçoit l'ordre de se rendre à l'armée de la Vendée, où il fait la campagne de l'an III à l'an IV. Dans le cours de cette campagne, il bat Charette près de Saint-Fulgent et l'oblige à fuir avec les débris de sa bande. C'est à la suite de cette déroute que Charette tombe entre les mains du général Travot. Digonet obtient le même succès contre Stofflet qui, lui-même, tombe quelque temps après au pouvoir du général Mesnage. Hoche, parvenu à pacifier les départements de la Vendée, de l'Orne, de la Manche et du Calvados, fait grand éloge de Digonet dans le rapport qu'il adresse au Comité de salut public.