Duxbury wurde 1849 an die Bahnstrecke Windsor–Burlington angeschlossen. Im Jahr 1860 lag die Einwohnerzahl bei über 1000 Menschen. Die große Flut von 1927 führte in Duxbury entlang der River Road an Häusern, Sägewerken, der Eisenbahn, Brücken und Straßen zu großen Schäden. In Duxbury und Waterbury starben 20 Personen in der Flut.