Перед драфтом НБА 2009 года Торнтон был на просмотре в «Нью-Орлеан Хорнетс» и произвёл хорошее впечатление на тренера Байрона Скотта. Когда Торнтона выбрал во втором раунде под общим 43-м номером клуб «Майами Хит», «Хорнетс» совершили обмен, отдав за Маркуса два пика во втором раунде драфтов 2010 и 2012 годов. 26 июня 2009 года Торнтон вместе с другим новичком Дарреном Коллисоном был представлен в качестве игрока «Нью-Орлеан Хорнетс». После совместных тренировок и предсезонных игр высоко отзывался о Торнтоне лидер «Хорнетс», разыгрывающий Крис Пол, отмечавший умение новичка обращаться с мячом и разнообразно атаковать.