En 2006, la Juve est reléguée en Série B, pour la première fois de son histoire, pour fraude sportive à la suite de l'affaire fort controversée du Calciopoli, mais Nedvěd lui reste fidèle, tout comme Buffon, Del Piero, Camoranesi et Trezeguet, geste qui ne fera que renforcer l'amour que portent les supporters à la "Furia Ceca". La Juventus terminera championne de Série B avec Didier Deschamps comme entraîneur, et ce, dès la première année. La Juve fait son retour en Série A l'année suivante (2007-2008) et y affronte ses plus grands rivaux. Elle termine troisième cette année-là, derrière l'AS Rome et l'Inter Milan. Quant à Nedvěd, il arrêtera sa carrière professionnelle un an plus tard à la fin de la saison 2008-2009.