Er war auch einer der führenden jugoslawischen Spieler bei der Fußball-Weltmeisterschaft 1954. Sein Team hatte die WM mit 8:0 Punkten und 4:0 Toren erreicht (viermal 1:0), war über ein 1:0 gegen Frankreich und ein 1:1 gegen Brasilien (Tor Zebec) als ungesetzte Mannschaft ins Viertelfinale vorgestoßen und verlor dort 0:2 gegen den späteren Weltmeister Deutschland. Auch bei der WM 1958 sorgte Deutschland im Viertelfinale für das Aus der Jugoslawen, diesmal mit 1:0. Zebec spielte in diesem Turnier im Mittelfeld und war Kapitän seiner Mannschaft. 1960 nahm er mit Jugoslawien an der Endrunde der ersten Fußball-Europameisterschaft in Frankreich teil. Er stand im Halbfinale gegen Frankreich in der Mannschaft. Frankreich führte in diesem Spiel bis zur 75. Minute 4:2, am Ende gewann Jugoslawien 5:4. Im Finale verlor Jugoslawien ohne Zebec gegen die UdSSR mit 1:2 nach Verlängerung.