タファリャの名が初めて歴史上に登場したのは10世紀、アリブ・イブン・サドの年代記において、コルドバのカリフ、アブデラマン3世（）が924年にパンプローナ王国へ遠征を行ったという記述においてである。1043年、アラブと同盟したアラゴン王ラミロ1世に対抗し、タファリャ住民がパンプローナ王ガルシア・サンチェス3世に加勢し勝利した後、貢献したタファリャ住民は王によって貴族に列せられた。サンチョ・ラミレスはタファリャに初の司法権を授け、1157年にナバラ王サンチョ6世が、1255年にテオバルド2世がこれを再確認した。サンチョ7世はタファリャ住民に対する自治権をさらに拡大した。カルロス3世は1418年と1423年に市場を開く権利を与え、コルテスをタファリャで開いた。ナバーラ内戦では、タファリャはカルロス3世の血統を支持するとし、侵略者からナバラの正統な王（ビアナ公カルロス）を守ろうとカスティーリャ＝アラゴン連合軍と対峙した。