1990年6月20日、フォート・マクヘンリーは砂漠の盾／砂漠の嵐に参加するためペルシャ湾に配備され、10ヶ月間に渡って作戦従事する。1991年4月17日、母港のサンディエゴに帰港後フォート・マクヘンリーは海軍部隊栄誉章、国防従軍記章、南西アジア勲功章、クウェート解放メダル(サウジアラビア)、クウェート解放メダル(クウェート)および戦闘活動記章を受章した。