Скипитис вернулся в Литву в мае 1918 года и работал преподавателем в Шяуляе. Но к концу года он получил должность судьи в формирующейся тогда литовской судебной системе, сначала в Шяуляе, а когда город был захвачен советскими войсками в ходе Советско-литовской войны, в Каунасе. С 6 марта 1919 года до назначения министром внутренних дел в июне 1920 года он работал прокурором. Однажды, когда из-за финансовых трудностей литовское правительство не выплачивало зарплату судебным служащим, Скипитис лично взял взаймы 12 000 немецких марок для выплаты жалованья. Он принимал активное участие в организации Союза стрелков Литвы, который направил его в Шяуляй в ноябре 1919 года для формирования партизанского штаба для борьбы с Западной добровольческой армией (бермондтовцами) во время Войны за независимость Литвы. Осенью 1919 года Скипитис был назначен официальным следователем в деле, основанном на сообщениях о том, что партизаны Повиласа Плехавичюса убивали мирных жителей в окрестностях Скуодаса и Седы. Согласно отчёту Стяпонаса Кайриса литовскому правительству, люди Плехавичюса убили около 50 мирных жителей в январе-апреле 1919 года. Скипитис не стал отрицать факт расправ, но пришёл к выводу, что Плехавичюс «служил литовским интересам». Скипитис был одним из составителей закона о выборах в .