Проте в подальші роки Марку у складі збірної катастрофічно не щастило — спочатку команда не змогла потрапити на чемпіонат світу 2002 року, а потім Марк отримав травму і пропустив Євро-2004, а під час відбіркового етапу чемпіонату світу 2006 року, після матчу зі збірною Румунії, ван Боммель був відсторонений від ігор за збірну головним тренером Марко ван Бастеном за невиразну гру, проте на мундіаль 2006 року все ж поїхав. А на Євро-2008 ван Бастен знову не включив Марка у збірну, в результаті чого ван Боммель пропустив ще один великий турнір.