Trzy z zakonnych okrętów brały udział w bitwie pod Lepanto w roku 1571, która była przełomowym zwycięstwem . Po tej bitwie siła Turków osmańskich na terenie śródziemnomorskim zaczęła słabnąć i w końcu Zakon usankcjonował korsarstwo przeciwko statkom muzułmańskim u wybrzeży Afryki Północnej i Lewantu.