Mehrere Panzir-S2 sind seit dem 26. November 2015 neben dem S-400-Flugabwehrsystem im Rahmen des russischen Militäreinsatzes in Syrien zum Eigenschutz der Luftwaffenbasis in Latakia stationiert, seit 2016 auch innerhalb Syriens in Palmyra. Im Jahr 2017 sollen dabei durch das System insgesamt fünf unbemannte Luftfahrzeuge (drei IAI Heron, eine Boeing RQ-21A und eine Bayraktar) abgeschossen worden sein. Weiterhin kam es durch Panzir-S1-Systeme zu mehreren erfolgreichen Abschüssen von Grad-Raketen, die auf den russischen Flugplatz in der Nähe von Latakia abgefeuert worden waren.