V roce 1633, během třicetileté války, město z velké části shořelo. Oheň zničil, mimo jiné budovy, i radnici a všechny záznamy v ní. Morová epidemie probíhající v roce 1634 a následně hladomor roku 1639 vedl k drastickému poklesu počtu obyvatel. V roce 1650 měl Markranstädt méně než 150 obyvatel. Další katastrofa se přihodila roku 1671, kdy bylo 31 domů zničeno velkým požárem. Až začátkem 18. století se město začalo stavět na nohy a obnovovat. Město se proslavilo ale i díky 23. červenci 1807, kdy zde Napoleon Bonaparte, i se svým vojenským doprovodem, přespal přes noc v penzionu Zum Rosenkranz. Bitva národů u Lipska ale městu nepřinesla příliš příznivý vývoj.