Nach dem Tod des Kongressabgeordneten Steven Schiff am 25. März 1998 wurde Heather Wilson bei der Nachwahl mit 5 Prozent Stimmenvorsprung gegen Phil Maloof in das US-Repräsentantenhaus gewählt. Sie trat am 23. Juni 1998 ihr Mandat an und entschied auch die reguläre Wahl im November 1998 und die weiteren Wahlen bis 2006 für sich, trat aber bei der Wahl 2008 nicht wieder an und schied am 3. Januar 2009 aus dem Kongress aus. Stattdessen bewarb sie sich bei der Wahl 2008 um einen Sitz im Senat der Vereinigten Staaten, unterlag aber in der republikanischen Vorwahl (Primary) dem Kongresskollegen Steve Pearce.