Deportările evreilor au fost reluate pe 30 septembrie 1944, când Armata Roșie a ajuns în apropierea granițelor slovace și a izbucnit Insurecția națională slovacă. Ca rezultat a acestor evenimente, germanii au decis să ocupe toată Slovacia, care și-a pierdut astfel independența. În timpul ocupației germane, alți aproximativ 13.000 de evrei au fost deportați, iar cam 5.000 au fost arestați. Deportările evreilor au continuat până pe 31 martie 1945. În total, autoritățile germane și slovace au deportat aproximativ 70.000 de evrei slovaci. În jur de 65.000 de evrei slovaci au murit în lagărele de concentrare germane. Există estimări recente care afirmă că aproximativ 105.000 de evrei slovaci, sau 77% din populația evreiască interbelică a Slovaciei, au murit în timpul războiului.