В 1434 году Ян Чапек участвовал в битве под Липанами, в которой радикальные гуситы (табориты и ) были побеждены коалицией умеренных гуситов и католиков. Во время сражения Ян Чапек командовал конницей радикальных гуситов и перед поражением отозвал свои силы с поля боя. После роспуска сироток Ян Чапек покинул Чехию и поступил на службу к польскому королю Владиславу III Варненчику. С 1440 года Ян Чапек участвовал в военных действия Владислава в Венгрии. В 1443 году Ян Чапек участвовал в неудачной военной кампании Владислава Варненчика против турок-османов. В 1444 году после поражения крестоносцев в битве под Варной и гибели Владислава Варненчика Ян Чапек вернулся в Чехию, где ему принадлежал замок . Последнее упоминание о нем датируется 1445 годом.