Nachfolger als Präsident Griechenlands wurde kurzzeitig sein Bruder Augustinos Kapodistrias. Die durch die Ermordung von Ioannis Kapodistrias ausgelösten Machtkämpfe führten aber binnen kurzem dazu, dass die Signatarmächte der Unabhängigkeit Griechenlands (Großbritannien, Frankreich und Russland) intervenierten und mit dem Londoner Protokoll vom 7. Mai 1832 den bayerischen Prinzen Otto zum König von Griechenland bestimmten.