C'est lors de la principale expédition de Pizarro, celle qui a abouti à la destruction de l'Empire Inca en 1532, que Felipillo a servi au Pérou comme interprète, notamment avec Atahualpa lui-même lors de la fameuse rencontre de Cajamarca. Les historiens se rejoignent en ce que l'interprétation fournie par Felipillo, loin d'être fidèle ou même utile aux Espagnols, contribua davantage à envenimer les relations entre les conquistadores et les partisans d'Atahualpa.