Perasović kuului Jugoslavian maajoukkueeseen, joka voitti maailmanmestaruuden Argentiinassa 1990 ja Euroopan mestaruuden Italiassa 1991. Kroatian itsenäistyttyä Perasović saavutti sen maajoukkueessa olympiahopeaa Barcelonassa 1992 hävittyään Yhdysvaltain Dream Teamille ja EM-pronssia Saksasta 1993 sekä Kreikasta 1995. Hän pelasi maajoukkueessa vielä Atlantan kesäolympialaisissa 1996, missä Kroatia sijoittui seitsemänneksi ja Espanjan EM-kilpailuissa 1997, missä Kroatia oli 11:s.