W 1448 roku metropolia moskiewska uzyskała niezależność od patriarchatu konstantynopolitańskiego (status autokefalii), a metropolita Jonasz tytuł Metropolity Moskwy i Wszechrusi. Działo się to zaledwie na 5 lat przed upadkiem Konstantynopola, toteż Moskwa zaczęła być postrzegana jako sukcesorka jego tradycji, co zrodziło pojęcie Trzeciego Rzymu. W 1589 roku metropolita Hiob stał się pierwszym patriarchą Moskwy i Wszechrusi. Odtąd Rosyjski Kościół Prawosławny zajmuje piąte miejsce w dyptychu Kościołów prawosławnych, tuż po czterech patriarchatach starożytnych. W ciągu następnych lat wraz z osłabianiem się potęgi domu carskiego patriarchowie (zwłaszcza Hermogen i Filaret) stali się wpływowymi figurami w państwie.