На первом собрании команды было решено, что играть новообразованный коллектив будет в синем. Однако уже на следующей встрече цвета клуба сменили на бело-красные. Нынешнюю красно-черную расцветку форма «Вардара» получила в 1963 году, после землетрясения в Скопье. Этот год был ознаменован и значимым спортивным событием: клуб вышел в элитный дивизион югославского футбола. «Красно-черные» в переходных матчах одолели «Слогу» из Нови Сада.