Pendant la Renaissance, la ville connaît un développement sans précédent (en raison de la présence de mines d’argent, du commerce du sel, du drap, de poissons et des bénéfices du brassage de la bière). Mais au , elle affronte à nouveau des temps moins cléments avec les débuts de la guerre de Trente Ans. En 1611, elle sert de base aux Pasovecs, lors de la fronde parlementaire tchèque, puis prend fait et cause pour les Habsbourg, ce qui lui vaut d'être assiégée par Heinrich Matthias von Thurn qui n’arrive cependant pas à la conquérir. En 1618, ce sont les armées impériales de Charles-Bonaventure de Buquoy qui entrent dans la ville mais sont repoussées par l’armée parlementaire tchèque. Affaiblis par ces luttes, les habitants de la ville succombent en masse durant l’hiver 1618-1619 à une épidémie de peste. Au printemps 1619, Buquoy défait les armées parlementaires tchèques lors de la bataille de Záblatí, ce qui a pour effet de stabiliser la situation en Bohême du Sud. La ville profite de la situation pour convaincre Buquoy d’attaquer Rudolfov, sa vieille rivale et concurrente qui avait par ailleurs soutenu les protestants. Ce n’est pas un but prioritaire pour le maréchal impérial, mais une solde versée en or le convainc et la ville de Rudolfov est rasée. Le reste de la guerre de Trente Ans épargne la ville et lui est même bénéfique puisque certaines administrations impériales y sont transférées depuis Prague, en particulier la garde des très symboliques joyaux de la Couronne tchèque.