Fernandes war während der portugiesischen Kolonialzeit Spieler von Sport Dili e Benfica, obwohl sein Onkel die Vereine Clubo União und Clubo Morçegos mitbegründete. Der Onkel, Filomeno und sein Vater Joaquim Jacob dos Reis Fernandes waren in Folge des Bürgerkriegs ab 1975 politische Gefangene der FRETILIN. Während Filomeno Unterstützer der UDT war, gehörte sein Vater zu den Führern der APODETI. 1975 wurden sie Zeuge des Massakers der FRETILIN an 22 Gefangenen in Aileu. Im Laufe der indonesisischen Invasion wurden die Fernandes von der FRETILIN mehrfach verlegt, bis sie 1977 in Quelicai freikamen. Filomeno kam in die Dienste des Informationsdienstes der Provinz Timor Timur (Dinas Penerangan Propinsi Timor Timur) und spielte in Dili weiter Fußball.