I tedeschi si erano tuttavia premuniti per fronteggiare un voltafaccia dell'Italia, e quando l'armistizio venne reso noto la sera dell'8 settembre scatenarono la loro rappresaglia: nel corso della cosiddetta operazione Achse, i tedeschi attaccarono e disarmarono le truppe italiane dislocate tanto nella penisola quanto nei territori occupati in Francia, Jugoslavia e Grecia; privi di organizzazione che avrebbe dovuto essere dettata dall'alto comando fuggito da Roma con il re e il governo, i reparti italiani opposero una resistenza disorganizzata, sbandandosi in gran numero e venendo sopraffatti. I tentativi di opposizione organizzata furono sconfitti al termine di sanguinosi scontri, conclusisi spesso con ondate di esecuzioni sommarie di soldati italiani da parte dei tedeschi: fu questo il caso della Divisione "Acqui" a Cefalonia o di varie guarnigioni italiane nel Dodecaneso, interamente occupato dai tedeschi a metà novembre al termine di una dura campagna nonostante l'intervento di alcuni reparti britannici. Almeno soldati italiani caddero in mano ai tedeschi unitamente a tonnellate di equipaggiamento militare; la flotta italiana riuscì invece a sottrarsi alla cattura e a consegnarsi agli Alleati a Malta, nonostante la corazzata "Roma" fosse stata colata a picco dai tedeschi con la morte di buona parte dell'equipaggio. Mussolini fu liberato dai tedeschi e posto a capo di un governo sedicente creato dall'invasore tedesco nell'Italia occupata, la Repubblica Sociale Italiana.