O golpe de Estado de 11 de setembro de 1973 contra o governo socialista de Salvador Allende, marcou o começo do regime militar dirigido por uma Junta, que estava encabeçada pelo general Augusto Pinochet. Todo o aparelho administrativo da Universidade foi intervindo, o que incluiu a perseguição a alunos, sendo emblemáticos os casos de Patricio Munita, executado em dezembro de 1973, e os desaparecidos Ismael Chávez e Cecilia Castro.Em finais de 1973 realizou-se um sumário, dirigido por Miguel Otero Lathrop, a diversos professores e alunos pelas suas ideias políticas, incluindo ao presidente do Centro de Estudantes de Direito da época, Álvaro Varela, quem foi expulso da Universidade pela sua militância no MAPU.