En il fut chargé de l'invasion de Sarawak avec son "sister-ship", le "Mikuma", protégeant les débarquements de troupes japonaises à Kuching. En , le "Mogami" fut chargé de couvrir les débarquements de troupes à Java, Bornéo et Sumatra. Le , le "Mogami" et le "Chokai" furent attaqués par l' qui a lancé quatre torpilles, qui toutes manquèrent leurs cibles.