Doch der Fehlstart einer Ariane 3 1985 sowie die Challenger-Katastrophe 1986 bremste die Entwicklung des Standortes Oberpfaffenhofen und damit die des GSOC spürbar. Trotzdem erhielt das GSOC durch das Investitionsprogramm auch einen Neubau (heute „Gebäude 140“), dessen Grundsteinlegung am 4. April 1989 erfolgte.