Loppukaudella, sateisessa Japanin GP:ssa Kovalainen ajoi ensimmäistä kertaa F1-urallaan palkintosijalle oltuaan toinen. Samassa kilpailussa Kimi Räikkönen oli Ferrarillaan kolmas ja kahden suomalaiskuljettajan välillä nähtiin taistelu toisesta sijasta, kun Kimi Räikkönen yritti ohittaa Kovalaista siinä kuitenkaan onnistumatta. Kovalaisen toinen sija oli myös Renault’n kauden ainoa palkintokorokesijoitus. Vaikka alkukausi oli Kovalaiselle vaikea, niin loppukauden erinomaisilla otteillaan hän päihitti MM-sarjassa kokeneen tallikaverinsa Fisichellan.