2015 ble et problematisk år sportslig for Wyder. Skader ødela det meste av verdensmesterskapet i skotske Inverness. Hun kom sterkt tilbake i 2016 der hun blant annet fikk med seg tre medaljer fra EM i tsjekkiske Jesenik. Hun ble europamester i sprint for andre gang på rad, tok sølv på mellomdistanse og bronse på sprintstafett. Fra VM 2016 i Strömstad-Tanum i Sverige fikk hun med seg sølvmedaljer fra sprint og sprintstafett. Under verdenscupavslutningen på hjemmebane i Aarau vant Wyder begge de individuelle løpene i tillegg til at hun var med på det sveitsiske vinnerlaget på sprintstafetten. Hun avsluttet verdenscupen 2016 med å bli nummer to sammenlagt.