Die Ideen der Aufklärung (Naturrecht) versuchte er später, 1790, als Petersburger Zolldirektor, in seinem Roman "Reise von Petersburg nach Moskau" zu verbreiten. In diesem „Roman“ – in Wirklichkeit eine radikal aufklärerische Kritik an den seiner Meinung nach unerträglichen Verhältnissen in Russland unter Katharina II. – geißelte er insbesondere die Leibeigenschaft und die Unmenschlichkeit der herrschenden und weitgehend verkommenen aristokratischen Klasse. Dem Adel gibt sein Roman auch die Schuld am bäuerlichen Pugatschow-Aufstand. Katharina II. ließ ihn wegen dieses Buches durch den der Geheimpolizei vorstehenden Geheimrat Scheschkowski verfolgen und verurteilte 1790 Radischtschew zum Tode. Radischtschew bat um Gnade und distanzierte sich von den Inhalten seines Buches, worauf die Strafe in zehn Jahre Verbannung umgewandelt wurde. Das Verbot der "Reise von Sankt Petersburg nach Moskau" gilt als Wendepunkt in der bis dahin glimpflichen Zensurpraxis Katharinas, die in den letzten Jahren ihrer Herrschaft deutlich verschärft wurde.