В 2015 году, после ухода Алексея Дюмина на пост заместителя министра обороны, Матовников стал командующим ССО и заместителем начальника ГУ ГШ ВС РФ. По данным СМИ, состоял офицером по спецпоручениям при президенте России Владимире Путине и был одним из руководителей секретными военными операциями за границей, в том числе на Украине, где во время присоединения Крыма к России занимался координацией действий личного состава. Также на командных постах принял участие в военной операции России в Сирии.