לקראת עונת עזב פרארה לראשונה את נאפולי, ועבר ליובנטוס יחד עם מאמנו בעונה האחרונה בנאפולי, מרצ'לו ליפי. כבר באותה עונה זכתה הקבוצה בדאבל באיטליה והעפילה לגמר גביע אופ"א, ועונה אחר כך זכתה בליגת האלופות, כשפרארה פותח במשחק הגמר מול אייאקס אמסטרדם ואף כובש את הפנדל הראשון לזכות קבוצתו בדו-קרב הפנדלים. במהלך עונת המשיכה יובנטוס את הזכייה בליגת האלופות, כשזכתה בתואר הסופר קאפ האירופי לאחר שהביסה 6-1 את פריז סן-ז'רמן ובתואר הגביע הביניבשתי לאחר ניצחון 1-0 על ריבר פלייט. בשני המשחקים פתח פרארה בהרכב הקבוצה.