Am Anfang schien es, als würden die Einzelheiten der "Capitulaciones" von beiden Seiten eingehalten. Die Missbräuche, die während der Neubesiedlung gegen die Muslime begangen wurden, die Besetzungen von Land, die Willkür bei der Auslegung der "Capitulaciones" und der steigende Steuerdruck schufen Spannungen, die schließlich – nach den gewaltsamen Bekehrungen der "Elches" (zum Islam übergetretene ehemalige Christen) durch Cisneros – zu den Aufständen von Weihnachten 1499 führten. Trotz des schnellen Einschreitens des Generalkapitäns um den im Stadtteil im Albaicín begonnen Aufstand zu beruhigen, dehnte sich dieser schnell über das Königreich aus und es brauchte Zeit um ihn zu unterdrücken. Die Rebellion gab den Monarchen die perfekte Entschuldigung mit dem Rechtssystem der "Capitulaciones" zu brechen und ihre maximalen Bestrebungen zu verwirklichen: Die erzwungene Bekehrung der Mudéjares von Granada.