W drafcie NBA w roku 2009 został wybrany z numerem 5 do drużyny Minnesota Timberwolves i był pierwszym zawodnikiem z rocznika 1990 draftowanym do NBA. Nie zdecydował jednak od razu się na występy w tym klubie. W sierpniu 2009 FC Barcelona sprowadziła Rubio za 3,5 mln euro. Od 2011 roku reprezentuje barwy Minnesoty Timberwolves.