Snegur prend acte de la volonté de la majorité autochtone roumanophone (deux-tiers de la population), sans pour autant perdre de vue les craintes des colons russophones (un tiers de la population) ni la sphère d'influence russe ; il reste chef de l'état au moment de l'indépendance () et fonde le Parti agrarien de Moldavie. Homme de compromis et s'affirmant adepte d'une "realpolitik", il est, avec sa doctrine dite « "Un peuple, deux états" » ("Un popor, două state") perçu par les nationalistes moldaves comme un obstacle à l'union avec la Roumanie, tandis que les russophones craignent qu'accorder à la majorité autochtone des droits égaux aux leurs (le droit de s'affirmer aussi facilement « roumain » que « russe » ou « ukrainien » en Moldavie) ne débouche sur leur marginalisation. Les russophones entament alors une lutte politique et culturelle pour que les Moldaves de langue roumaine ne puissent pas se définir comme « roumains » mais seulement comme « moldaves » (voir controverse identitaire en Moldavie), font sécession en Transnistrie en 1992 au prix d'une guerre locale (comme plus tard en Ukraine orientale) et reconstituent en 1993 le parti communiste, ferme partisan du maintien dans la CEI pro-russe.