À la suite des soulèvements des Patriotes de 1837 et 1838 et des répressions militaires qui suivirent, la fête cessa d'être célébrée pendant plusieurs années. Lorsqu'elle réapparaît, c'est sous la forme d'une célébration essentiellement religieuse, bien que les feux soient toujours présents. À Québec en 1842, elle donne lieu à une grande procession religieuse, inaugurant ainsi la tradition du défilé de la St-Jean-Baptiste, promis à une longue postérité. En 1843, Duvernay établit l'Association Saint-Jean-Baptiste, une société charitable et patriotique, en vue de la célébration de la fête de cette année-là à Montréal en 1843.