Po wybuchu II wojny światowej Jankowski podejmował próby scalenia rozdrobnionych poczynań organizacyjnych młodzieży harcerskiej. Był pierwszym komendantem „Żbika”, oddziału bojowego, który powstał z 21 WDH. Był członkiem delegacji interweniującej u władz niemieckich w obronie Zamku Królewskiego w Warszawie. 22 kwietnia 1940 roku został aresztowany przez Gestapo, był więziony na Pawiaku, dwa miesiące później został rozstrzelany w Palmirach.