Estonia Swedia adalah periode yang berlangsung dari tahun 1558 hingga 1710 ketika sebagian wilayah Estonia saat ini (dan setelah tahun 1645 seluruh wilayah Estonia saat ini) dikendalikan oleh Swedia. Setelah Negara Ordo Teutonik mengalami perpecahan, bangsawan Jerman Baltik di wilayah Harrien (Harjumaa) dan Wierland (Virumaa) serta di kota Reval (Tallinn) pada Juni 1561 (dan belakangan juga diikuti oleh bangsawan di kota Jerwen (Järvamaa)) meminta perlindungan dari Raja Erik XIV dari Swedia, sehingga Swedia menjadi terlibat dalam Perang Livonia. Pada penghujung perang pada tahun 1583, Swedia telah mengendalikan wilayah utara Estonia dan pulau Hiiumaa; dari wilayah ini berdirilah Kadipaten Estonia. Setelah perang antara Polandia dan Swedia kembali meletus, bagian selatan Estonia saat ini (saat itu disebut Livonia) menjadi wilayah Swedia seperti yang diatur oleh Perjanjian Altmark pada tahun 1629. Pada tahun 1645, Swedia juga menaklukkan pulau Ösel (Saaremaa) dari Denmark, sehingga Swedia mengendalikan seluruh wilayah Estonia modern.