Nach der Machtübernahme durch die Nationalsozialisten im März 1933 begannen erneute Spannungen, die einen ihrer Höhepunkte im Februar des Jahres 1934 erreichten, als die litauische Regierung Dutzende von pro-nationalsozialistisch gesinnten Aktivisten festnahm. Im März 1939 musste sich Litauen dem deutschen Druck beugen und das Memelgebiet wieder an Deutschland abtreten. Im Hitler-Stalin-Pakt war Litauen zunächst dem deutschen Einflussgebiet zugeteilt worden. Nach dem Ausbruch des Zweiten Weltkrieges gab es jedoch eine Revision dieses Vertrages durch den Deutsch-Sowjetischen Grenz- und Freundschaftsvertrag mit einer Abänderung der Einflussbereiche. Deutschland erhielt Teile Ostpolens. Litauen wurde der Sowjetunion zugesprochen. Am 15. Juni 1940 rückte die Rote Armee in Litauen ein und gründete die Litauische SSR am 21. Juli 1940. Noch im Jahr 1941 wurden viele Litauerdeutsche in den deutschen Machtbereich umgesiedelt. Von 1941 bis 1945 war Litauen im Rahmen des Angriffskrieges der Nationalsozialisten auf die Sowjetunion. von der Wehrmacht besetzt und gehörte zum Reichskommissariat Ostland. In dieser Zeit wurden von Deutschen und litauischen Kollaborateuren schwerste Verbrechen gegen Kritiker und Minderheiten verübt. Die litauischen Juden fielen zum größten Teil dem Holocaust zum Opfer. In Litauen wurde versucht, das sog. Kegelbahnprojekt umzusetzen, d. h. die gezielte Besiedlung bestimmter eroberter Gebiete mit deutschen Aussiedlern. Ab 1944 flüchteten die meisten Deutschen vor der wieder anrückenden Roten Armee oder wurden bald darauf vertrieben. Tausende Litauer flohen mit den Deutschen nach Westen. Für die in Westdeutschland heimisch werdenden Exillitauer bildete das litauische Gymnasium in südhessischen Hüttenfeld ein kulturerhaltendes Zentrum. Vertriebene Litauendeutsche schlossen sich 1951 in Landsmannschaft der Deutschen aus Litauen zusammen.