כוח הרוח באסטוניה מסתכם ב 58.1   מגה וואט, ואילו במספר פרויקטים מפתחים כעת קיבולת של בערך 399 מגה וואט. ליברליזצית האנרגיה באסטוניה מפגרת הרחק מאחורי שוק האנרגיה הנורדי. במהלך משא ומתן להצטרפות עם האיחוד האירופי, אסטוניה סיכמה כי לפחות 35% מהשוק יפתחו לפני 2009 כולל כל השוק הלא-ביתי, המהווה כ -77% מהצריכה, לפני 2013. אסטוניה חוששת שרוסיה תוכל להשתמש בשוקי אנרגיה כדי לאיים עליה. בשנת 2009 שקלה הממשלה לתת היתרים לחברות כוח גרעיניות, והיו תוכניות להקמת מתקן גרעיני משותף עם לטביה וליטא. תוכניות אלה נגנזו לאחר אסון הגרעין של פוקושימה במרץ 2011.