Im Zweiten Weltkrieg – am 25. Juni 1940 – besetzte die deutsche Wehrmacht den Hafen und unterhielt ein Marinelazarett. Am 28. Oktober 1940 ordnete Hitler auf Anregung von BdU Karl Dönitz an, die Organisation Todt in Lorient betonierte U-Boot-Unterstände bauen zu lassen. Wie kaum eine andere Stadt hatte Lorient unter dem Zweiten Weltkrieg zu leiden: Da die alliierten Luftangriffe den U-Boot-Bunker nicht zerstören konnten, wurden die Versorgungslinien zum U-Boot-Stützpunkt bombardiert, so dass 1943 fast die ganze Stadt zerstört wurde. Die U-Boot-Bunker blieben zwar intakt, waren ohne Nachschub aber kaum mehr zu nutzen. Nach der Invasion in der Normandie (Operation Overlord) im Sommer 1944 wurde die Stadt in der Schlacht um die Bretagne von amerikanischen Streitkräften belagert. Die Deutschen konnten die Atlantikfestung aber bis zum 10. Mai 1945 halten.