En 2006, Flores apparaît dans 65 parties des Cardinals durant la saison régulière et, tout comme la saison précédente, joue en séries éliminatoires avec Saint-Louis. Éliminée en Série de championnat de la Ligue nationale en 2005, l'équipe remporte cette fois son premier titre mondial depuis 1982. Flores blanchit l'adversaire en cinq manches et deux tiers lancées au cours des rondes éliminatoires. Crédité de la victoire dans le septième et dernier match de la Série de championnat où les Cards éliminent les Mets de New York pour passer en finale, Flores lance une manche supplémentaire sans accorder de point en Série mondiale 2006 face aux Tigers de Detroit.