Walker reprend son grade de brigadier général dans l'armée confédérée, le , et en mai, est affecté au commandement de la brigade du département confédéré de l'ouest. Le , il reçoit un commandement divisionnaire dans le même département, et il est promu major-général, le . Cette promotion est fortement soutenu par le commandant du département, le général Joseph E. Johnston, qui considère Walker comme . Walker participe ensuite à la campagne de Vicksburg cet été là au sein du commandement de Johnston. Walker et sa division sont transférés dans le département du Mississippi et de Louisiane orientale en juillet et y servent jusqu'au , lors de son commandement est ajouté au corps de réserve de l'armée du Tennessee jusqu'au . Pendant ce temps, Walker combat lors de la victoire des confédérés à la bataille de Chickamauga en Géorgie en septembre en tant que commandant de ce corps d'armée.