Jouant pour l'Avangard Kolomna puis le Spartak Moscou durant ses premières années, c'est au Dinamo Minsk que Malofeev passe la grande majorité de sa carrière, évoluant sous ces couleurs de 1963 à 1974. Au cours de cette période, il est notamment finaliste de la coupe nationale en 1965 et termine meilleur buteur du championnat soviétique à l'issue de la saison 1971. Il est en parallèle sélectionné régulièrement avec l'équipe d'Union soviétique entre 1963 et 1968, jouant 40 matchs pour 6 buts marqués et prenant part aux championnats d'Europe de 1964 et 1968 ainsi qu'à la Coupe du monde 1966.