После чемпионата мира Комленович не вызывался в состав сборной на первые матчи отборочного турнира к Чемпионату Европы 2000. Слободан сыграл лишь в двух матчах отборочной кампании в сентябре 1999 года против Ирландии (1:2) и Македонии (4:2). Однако, несмотря на это Комленович был включён в состав сборной тренером "«плави»" Вуядином Бошковым на чемпионат Европы 2000. Слободан провёл на турнире 3 матча и отметился одним голом. Первую игру со словенцами Комленович пропустил, однако во всех последующих матчах "«плави»" Слободан принял участие. В драматичном поединке со сборной Испании, Комленович сумел забить один из трёх мячей в ворота соперника, однако этого оказалось недостаточно для победы (3:4). В матче 1/8 финала против голландцев югославы были разгромлены со счётом 1:6 и прекратили выступления на континентальном первенстве.