Populația creștină a scăzut în primele secole de stăpânire otomană. În 1664 erau doar 142 de case creștine. Situația s-a schimbat în secolul al XVIII-lea, când Ohrida a devenit un centru comercial important pe o cale comercială importantă. La sfârșitul acestui secol a avut în jur de cinci mii de locuitori. Spre sfârșitul secolului al XVIII-lea și în prima parte a secolului al XIX-lea, regiunea Ohrida, ca și alte părți ale Turciei europene, a fost o zonă fierbinte de tulburări civile. În secolul al XIX-lea, regiunea Ohrida a devenit parte a Pașalâcului Scutari, condus de familia Bushati. După ce populația creștină a episcopiei de la Ohrida a votat în 1874 un plebiscit în favoarea aderării la Exarhatul Bulgariei (97%), Exarhatul a preluat controlul zonei. În 1889, potrivit unor cercetări franceze, orașul a avut 2.500-3.000 de case și aproximativ 12.000 de persoane, dintre care 2/3 erau bulgari și vlahi, iar restul de 1/3 erau musulmani albanofoni cu 20-25 de familii grecești slavofone. Conform statisticilor adunate de Vasil Kanchov în 1900, orașul Ohrida a fost locuit de 8000 de bulgari, 5000 de turci, 500 de albanezi musulmani, 300 de albanezi creștini, 460 de vlahi și 600 de rromi. Înainte de 1912, Ohrida a fost un centru orășenesc care se învecina cu Sangeacul Manastir din Vilaietul Manastir (în prezent Bitola). Orașul a rămas sub stăpânirea otomană până la 29 noiembrie 1912, când armata sârbă a preluat controlul orașului în timpul războaielor balcanice și ulterior l-a făcut capitala districtului Ohrida. În Ohrida, forțele sârbe au omorât 150 de bulgari și un grup de 500 de oameni format din albanezi și turci. În septembrie 1913, conducătorii locali albanezi și pro-bulgari ai IMRO (Organizația Revoluționară Internă Macedoneană) s-au revoltat împotriva Regatului Serbiei. A fost ocupat de Regatul Bulgariei între 1915 și 1918 în timpul Primului Război Mondial.