Toe die Spanjaarde in die 1520's Mitla bereik het, het dit steeds as die belangrikste godsdienstige sentrum van die Zapoteke gedien. Die hoëpriester, "Uija-tào" genoem, het in Mitla gebly, en die Spanjaarde het hom met die pous in Rome vergelyk. Met die Spaanse verowering van die Asteekse Ryk (1521–1523) is die gebied by die Spaanse Ryk ingelyf. Sommige van die terrein se kamers is aansluitend deur Spaanse geestelikes bewoon. Aangesien die terrein groot politieke en godsdienstige betekenis vir die gebied gehad het, is die meeste geboue vernietiging en afgebreek met net 'n paar geboue wat gespaar is. Hierdie vernietiging is in 1553 deur die Aartsbiskop van Albuquerque bevel. Die oorblyfsels is gebruik as boumateriaal vir kerke, insluitende die kerk van Sint Paulus, wat bo-op 'n deel van die ruïnes sit. Die noordekant van die katedraal van Oaxaca toon ook ontwerpeienskappe van Mitla om die nuwe godsdienstige orde te simboliseer.