Bei seinen vierten Olympischen Winterspiele 1988 in Calgary verpasste Eder mit Anton Lengauer-Stockner, Bruno Hofstätter und Schuler als Schlussläufer im Staffelrennen auf Rang vier um knapp 26 Sekunden eine Medaille, verwies dabei aber die mitfavorisierten Staffeln der DDR und Norwegens auf die folgenden Ränge. Im Einzel wurde er zudem 26., im Sprint 40. Bei den Weltmeisterschaften 1989 in Feistritz an der Drau erreichte er, mittlerweile 35-jährig, letztmals mit Platz neun im Einzel eine Top-Ten-Platzierung und wurde 20. des Sprints und Siebter mit der Mannschaft. Nach mittleren Resultaten bei den nächsten Weltmeisterschaften nahm er in Albertville an seinen fünften Olympischen Spielen teil und wurde 30. des Einzels und 53. des Sprints. Zwei Jahre später nahm Eder in Lillehammer letztmals und zum sechsten Mal an Olympischen Spielen teil. Der 40-Jährige war ältester Österreicher bei den Spielen. In seinem einzigen Rennen, dem Einzel, erreichte er mit Platz zehn noch einmal eine sehr gute Platzierung. Letzte internationale Meisterschaft wurden die Biathlon-Weltmeisterschaften 1995 in Canmore, wo erneut das Einzel der einzige Einsatz blieb. Eder wurde 50. Nach der Saison beendete der Österreicher seine Karriere.