Fernando el Católico se impacientaba y decidió atacar Velez-Málaga, capturándola, por lo que el Zagal corrió hacia allí, momento que Boabdil aprovechó para ganarse Granada en su totalidad y proclamarse emir por segunda vez el 29 de abril de 1487, informando a la misma Isabel la Católica el mismo día. A primeros de mayo de ese año, firmó el tercer y último acuerdo con los Reyes Católicos, por el que renunciaba a la ciudad de Granada a cambio de un principado en la zona oriental cuando los castellanos tuvieran en su poder el resto del emirato. Este es el motivo por el cual Boabdil recomendó durante la Toma de Málaga a los ciudadanos musulmanes que se rindieran y desbarató unas tropas de auxilio de su tío desde Guadix.