No transcurso de sua carreira militar-naval cumpre destacar a importante participação em diversos momentos da Campanha da Guerra da Tríplice Aliança (1864-1870), especialmente enquanto comandante da Canhoneira "Mearim" nos combates em Corrientes e durante a Batalha Naval do Riachuelo. Tomou parte também nas passagens de Mercedes e Cuevas e foi o último Comandante-em-Chefe da Esquadra em Operações de Guerra no Paraguai. Entre os navios que comandou, além da Canhoneira "Mearim", merecem destaque a Fragata "Amazonas" e o Encouraçado "Tamandaré""." Nesse último, durante as ações para a passagem da Fortaleza de Curupaiti, em 15 de agosto de 1867, foi gravemente ferido por um disparo da artilharia paraguaia e teve seu navio severamente avariado, ficando então sem condições de navegar e, consequentemente, ao sabor do canhoneio inimigo. O "Tamandaré" somente conseguiu sair daquela difícil situação com o auxílio do Encouraçado "Silvado" que, sob o comando do Capitão-Tenente Justino José de Macedo Coimbra, ao perceber as condições do "Tamandaré", foi em seu socorro e rebocou-o até completar a passagem pela fortificação inimiga. Em decorrência do ferimento sofrido naquele combate, o então Capitão de Fragata Elisiário José Barbosa teve seu braço esquerdo amputado, sendo levado à Corte para tratamento. Recuperado, retornou ao teatro de operações ainda em fevereiro de 1868, onde desempenhou, sucessivamente, as funções de Chefe das 3ª e 2ª Divisões da Esquadra em Operações e, por fim, como já mencionado, último Comandante em Chefe da Esquadra em Operações de Guerra no Paraguai.