Voor zijn carrière op zee diende hij als adelborst op kasteel Zeeburg. Daarna werd hij koopman in Middelburg, maar hij ging failliet. Hij voer in 1598 in dienst van Balthazar de Moucheron naar Afrika. De Moucheron zocht een verversingsplaats voor zijn schepen. Van Spilbergen veroverde het eiland Principe op de Portugezen, maar het bleef slechts kort in hun bezit. In 1601 voer hij met drie schepen opnieuw in dienst van De Moucheron naar Indië, en landde als eerste Nederlander op Ceylon, waar hij vriendschappelijke betrekkingen met koning Vimala Dharma Suriya van het koninkrijk Kandy sloot. Hij keerde in 1604 terug in Nederland. In 1607 diende hij onder Jacob van Heemskerck in de Slag bij Gibraltar om een klaarliggende Spaanse vloot te vernietigen. In deze expeditie speelde hij als administrateur geen actieve rol.