Stanton remporte le concours de coups de circuit présenté en marge du match des étoiles 2016 à San Diego. Il ne participe cependant pas au match d'étoiles. En 119 matchs des Marlins en 2016, Stanton égale son total de 27 circuits de la saison précédente, mais en 45 matchs joués de plus, et sa moyenne de puissance chute de 0,606 en 2015 à 0,489 en 2016.