I 1665, under den andre anglo-nederlandske krig utmerket han seg som underadmiral i Blue Squadron i slaget ved Lowestoft, noe han ble adlet for. I august 1665 ble Thomas Teddiman sendt med «Revenge» til Bergen for å erobre en nederlandsk flåte, men ble slått i slaget i Vågen i Bergen av kommandør Pieter de Bitter. Dette var en stor skuffelse for Karl II, men Teddimans karriere tapte ikke stort på det, og han var igjen i kamp året etter, denne gang på «Katherine». Han var viseadmiral i firedagersslaget og i slaget på St. James' dag. I 1667 lå hovedskipene i den engelske flåten i opplag, og Teddiman hadde ingen kommandoer.