Kirchenrechtlich ging das Kloster auf dem Adlersberg erst mit der Säkularisation 1803 unter – der Besitz des Reichsstifts Kaisheim wurde enteignet und ging auf den Bayerischen Staat über. Im Jahr 1809, nach der Schlacht von Regensburg, wurde die ehemalige Klosteranlage zuerst von zurückweichenden österreichischen und später von nachrückenden napoleonischen Truppen geplündert. In der Folgezeit wechselten die Besitzer wieder mehrfach, ehe die Klosterökonomie 1838 in den Besitz der Familie Prößl überging, die dort bis zum heutigen Tag eine Brauerei mit angeschlossener Ausflugsgaststätte betreibt. Die ehemalige Klosterkirche war beim Verkauf nicht eingeschlossen und blieb im Besitz des Bayerischen Staates. Zwischen 1818 und 1838 wurde von staatlicher Seite über einen Abbruch der Klosterkirche verhandelt, der aber durch den Einsatz des örtlichen Pfarrers, Severin Fuchs, und dessen Freund, dem Historiker Joseph Rudolf Schuegraf, verhindert werden konnte.