Суд виник під час національно-визвольної війни українського народу під проводом Богдана Хмельницького 1648-57 років. Підпорядковувався гетьманові. Розглядав справи про вбивства, грабежі, підпали маєтків. Найважливіші справи (наприклад, злочини проти Гетьманщини, невиконання розпоряджень гетьмана та інше) та суд над генеральною військовою і полковою старшиною розглядались у Генеральному військовому суді членами генеральної старшини. Був найвищою апеляційною інстанцію для полкових і сотенних судів. Рішення Генерального військового суду могло бути оскаржене у гетьмана.