W reprezentacji Meksyku Méndez zadebiutował 29 stycznia 2000 roku w wygranym 2:1 meczu z Iranem. W 2003 roku wystąpił w Złotym Pucharze CONCACAF, który Meksyk wygrał po finale (2:1) z Brazylią. W 2004 roku był w kadrze na Copa América (ćwierćfinał), a w 2005 w kolejnym Złotym Pucharze CONCACAF (ćwierćfinał).