Op 7 september 1994 kwam er een voorlopig einde aan de interlandloopbaan van Guardiola. In een wedstrijd tegen Cyprus wisselde Clemente hem in de tweede helft als enige speler. Guardiola speelde vervolgens twee jaar lang niet voor "La Furía Roja", wat Clemente op veel kritiek kwam te staan. Na het Europees kampioenschap 1996, dat voor Spanje teleurstellend verliep, besloot de bondscoach Guardiola opnieuw op te roepen voor het nationaal elftal. Hij maakte op 4 september 1996 tegen Faeröer zijn rentree. Zijn tweede periode als international duurde ongeveer een jaar. Eind 1997 liep Guardiola een zware enkelblessure op, waardoor hij maanden niet kon spelen. Hij was op tijd hersteld voor het Wereldkampioenschap 1998, maar de middenvelder zag af van deelname omdat hij nog niet volledig fit was. Op 27 maart 1999 maakte Guardiola tegen Oostenrijk zijn tweede rentree. Inmiddels was José Antonio Camacho Clemente opgevolgd als Spaans bondscoach.