Като император той формално нарежда, макар да не започва, премахването на феодалната земевладелска система през 1871 г., както и създаването на нова училищна система през 1872 г., приемането на кабинетната система в правителството през 1885 г., провъзгласяването на Конституцията Мейджи през 1889 г. и учредяването на японския парламент през 1890 г. Той играе активна роля във воденето на Първата китайско-японска война (1894 – 1895) и Руско-японската война (1904 – 1905). През 1910 г. издава указ, провъзгласяващ анексирането на Корея от Японската империя. Същата година, обаче, срещу него е извършен опит за убийство – т.нар. инцидент Котоку. В резултат на провала на заговора, Мейджи организира масови арести и екзекуции на леви елементи.