Mùa thu năm 1806, xung đột bùng nổ giữa Vương quốc Phổ và nước Pháp, Murat tiếp tục quay trở lại làm tư lệnh kỵ binh của Napoléon. Trong vai trò chỉ huy tiên phong quân Pháp vượt Saale, Murat đã tiêu diệt hai trung đoàn phòng thủ của đối phương. Ông tiếp tục chiến đấu dũng cảm tại Trận Jena khi chỉ huy đơn vị của mình bắt sống một lực lượng lớn quân Phổ, buộc Erfurth phải đầu hàng, sau đó tiếp tục truy kích những lực lượng Phổ còn sót lại và cuối cùng buộc nguyên một lữ đoàn Phổ phải đầu hàng tại ngoại ô Prentzlaw.