In 1963 kwam de Ba'ath-partij, via een nieuwe staatsgreep, aan de macht in Syrië en werd de noodtoestand uitgeroepen. In 1967 werd Syrië betrokken in de Zesdaagse Oorlog tussen een Arabische coalitie en Israël. Syrië verloor de Golanhoogten aan Israël. Aan de politieke instabiliteit kwam een einde toen in 1970 Hafiz al-Assad een coup pleegde en president werd. Al-Assad behoorde tot een etnische en religieuze minderheid, de Alawieten. Hij bleef president tot zijn dood in 2000. Deelname aan de Jom Kipoeroorlog in 1973 en inmenging in de Libanese Burgeroorlog (1975-1990) leverden weinig tastbaar resultaat op, maar Syrië bleef wel een machtsfactor in de regio. Het terugkrijgen van de Golanhoogten van Israël, op welke manier dan ook, blijft een hoofddoelstelling van de buitenlandse politiek, naast een oplossing van het Arabisch-Israëlisch conflict en het vergroten van de invloed in Libanon.