Город и пограничные с Либерией и Сьерра-Леоне районы серьёзно пострадали в ходе гражданской войны в 1990-е и начале 2000-х; множество беженцев прибыло в Нзерекоре во время первой и второй гражданских войн в Либерии. Остальные прибыли из Кот-д’Ивуара. Вместе с беженцами население города в настоящее время оценивается примерно в 300 000 человек.