Do momentu ataku Niemiec na Holandię „Johan Maurits van Nassau” pełnił służbę patrolową na holenderskich wodach terytorialnych. W nocy z 9 na 10 maja okręt przebywał na redzie Vlissingen (wraz z „Flores” i „Sumatrą”). Rankiem 10 maja jednostka wzięła udział w odparciu ataku niemieckich bombowców, które zrzuciły miny u ujścia Skaldy, prawdopodobnie zestrzeliwując jeden samolot. Następnie kanonierka otrzymała rozkaz udania się do Hoek van Holland, by wpłynąć do Nieuwe Waterweg w celu ostrzelania zajętego przez niemieckich spadochroniarzy lotniska Waalhaven. Z powodu zaminowania kanału i zagrożenia ze strony nieprzyjacielskiego lotnictwa szef sztabu marynarki odwołał rozkaz i nakazał jednostce powrót do Vlissingen. Podczas odwrotu okręt zahaczył o łańcuch boi wyznaczającej granicę toru wodnego, który wkręcił się w wał śruby, a uderzająca o burtę boja spowodowała uszkodzenie poszycia kadłuba i przecieki. Rankiem 11 maja z pomocą dwóch holowników kanonierka dotarła do Hoek van Holland, gdzie pękniętą burtę załatano betonowym plastrem. Wieczorem 12 maja „Johan Maurits van Nassau” otrzymał rozkaz udania się do Den Helder, który wykonała dwukrotnie unikając zbombardowania, docierając w pobliże portu rankiem 13 maja. Tam kanonierka otrzymała rozkaz ostrzału niemieckich oddziałów w pobliżu Afsluitdijk, który wykonała tego i następnego dnia, prowadząc skuteczny ogień z odległości 18 kilometrów, korygowany drogą radiową przez załogę fortu Kornwerderzand (podczas bitwy okręt wystrzelił łącznie 98 pocisków kalibru 150 mm).