19 декабря 1948 года нидерландские войска начали успешное наступление на временную столицу Индонезии Джокьякарту, вскоре заняв город. После этого индонезийские войска отступили вглубь страны, перейдя к тактике партизанской войны. На случай возможного пленения президента Сукарно было создано Чрезвычайное правительство Республики Индонезии во главе с Шафруддином Правиранегарой, в котором Насутион, ставший генералом, получил пост командующего военным округом Явы. После признания Нидерландами независимости Индонезии и окончания войны за независимость Насутион вновь стал заместителем главнокомандующего.