Después de pasar alrededor de un año en Calcuta arreglando el informe de su misión, Elphinstone fue nombrado en 1811 para el importante y difícil puesto de residente en Pune (antes conocido como Poona). La dificultad surgió de la complicación general de la política Maratha, y especialmente de la debilidad de los Peshwas, que Elphinstone leyó correctamente desde el principio. La tenue paz entre los Peshwas se rompió en 1817 cuando los Marathas declararon la guerra a los británicos. Elphinstone asumió el mando de las fuerzas armadas durante una importante crisis durante la Batalla de Khadki, también llamada Tercera guerra anglo-maratha y logró asegurar una victoria a pesar de sus antecedentes no militares. Como reparación, los británicos anexaron territorios Peshwa. Elphinstone se convirtió en comisionado del Deccan en 1818.