Сезон 2009 е най-добрият в кариерата на Уебър дотогава. Негов съотборник е Себастиан Фетел. През 2009 печели първата си победа във Формула 1 в Германия. До края на сезона записва още една победа в Бразилия, четири 2-ри места и две 3-ти. Постига най-доброто си класиране, завършвайки 4-ти в генералното класиране с 69.5 точки. Заедно с Фетел успяват да класират Ред Бул на 2-ро място при конструкторите.