V letech 1947–1948 byl rektorem Univerzity Karlovy. Po převratu v únoru 1948 abdikoval na všechny své univerzitní funkce a vynuceně se stáhl z veřejného života. V srpnu 1952 se musel na základě administrativní persekuce vystěhovat z Prahy, podařilo se mu však získat souhlas úřadů, aby se mohl vrátit do rodné Hrabyně. V posledních letech života byl terčem řady omezujících opatření v osobním životě, jeho dílo bylo komunistickou propagandou silně kritizováno a jeho spisy byly zakázány a vyřazeny z veřejných knihoven. Čelil vytrvalé šikaně komunistické totalitní moci, která spočívala zejména v neustálých domovních prohlídkách a také v tom, že mu byl několikrát drasticky snížen původně velmi vysoký důchod až na naprosté minimum. I v těchto těžkých podmínkách se dokázal věnovat své vědecké práci. Věnoval se především logice, národnímu hospodářství, polemikám dvou předchozích oborů a psaním vzpomínek. Většina toho zůstala jen v rukopisech a i po roce 1989 vyšlo jen pár titulů z této doby. Zemřel po letech strádání ve velmi skromných podmínkách pouze za podpory rodiny a nejbližších přátel.