Durante il regime di Idi Amin, Obote si rifugiò in Tanzania, il cui presidente Julius Nyerere condivideva la sua visione socialista. L'opportunità per il ritorno si presentò verso la fine del 1978, quando Amin inviò delle truppe ad invadere una striscia di territorio della Tanzania situata sulle rive del fiume Kagera (e chiamata Kagera Salient) come ritorsione a delle presunte provocazioni da parte dell'esercito di quel Paese, all'epoca Amin stava perdendo il controllo dell'esercito, dilaniato da lotte intestine originate da rivalità tribali. Le truppe tanzaniane, insieme ad un piccolo contingente di esuli ugandesi fedeli ad Obote, contrattaccarono e senza incontrare resistenza degna di nota furono in grado di giungere fino a Kampala (10 aprile 1979). Presidente del Paese divenne dapprima Yusuf Kironde Lule (fino al giugno 1979) e poi Godfrey Binaisa (fino al maggio 1980), entrambi del Fronte Nazionale di Liberazione dell'Uganda, che includeva anche un'unità guidata da Obote.