Sa cinquième patrouille le fait partir de Wilhelmshaven le , pour incorporer le groupe "U-boot 9" (Shetland-Orkney) avec l'U-7 pour l'Opération Weserübung. Le , l'U-7 se ravitaille à partir du navire-dépôt "Carl Peters" à Bergen en Norvège. Après 19 jours en mer, il retourne sur Wilhelmshaven, puis repart le lendemain pour Kiel qu'il atteint 2 jours plus tatd le .