Po nieudanym zamachu na Hitlera, przeprowadzonym 20 lipca 1944 w Wolfsschanze większość członków organizacji oskarżono o zdradę stanu i skazano przed Volksgerichtshof (Trybunałem Ludowym) na śmierć. Wśród zabitych był także jej mąż. Freya von Moltke bezskutecznie starała się o jego zwolnienie z więzienia.