Быстрый рост населения и экономическая активность влекут за собой утрату и фрагментацию среды обитания, в частности, массовое обезлесение. Лесной покров уменьшился примерно на 40 % с 1950-х по 2000 год, а оставшиеся леса сильно фрагментированы. Подсечно-огневое культивирование имеет давнюю традицию, но с учетом все более плотного населения лес вырубается быстрее, чем отрастает, особенно на влажном востоке. Кроме того, незаконная вырубка роскошных пород древесины, таких как палисандр и черное дерево, увеличилась, особенно в связи с политическим кризисом на Мадагаскаре 2009 года. Редкие растения, такие как эндемичные суккуленты и баобабы, находятся под угрозой из-за урожая и торговли овощами, продуктами питания или косметикой. Ожидается, что глобальное потепление приведет к сокращению или смещению климатически подходящих районов для растений и угрожает прибрежным местам обитания, таким как прибрежные леса, из-за повышения уровня моря.