Après sa formation d’officier et un rapide début de carrière dans l’armée chilienne, suivis d’une mise en disponibilité pour raisons de santé, il participa en 1851, à l’âge de 30 ans, à la révolution (avortée) contre le président Montt. Nommé intendant militaire dans le sud, il lui échut de réprimer la révolution de 1859, et fut autorisé cette même année à réintégrer l’armée. Il fut le concepteur d’un plan de conquête (militaire dans un premier stade, puis administrative et démographique) de l’Araucanie, territoire indien demeuré jusque-là indépendant ; ce plan, d’abord rejeté, fut finalement mis à exécution, en partie par Saavedra lui-même, entre 1861 et 1883. Il prit part en 1879 à la guerre du Pacifique contre le Pérou — Saavedra avait des intérêts personnels dans l’exploitation des nitrates dans l’Atacama —, et assuma en 1881 le commandement des troupes d’occupation de Lima. Il mena parallèlement une carrière politique, comme député et sénateur "propriétaire", sous la bannière du Parti national.