Alla sua seconda esperienza da capo allenatore in Serie A, ottiene 2 vittorie, 7 pareggi e 10 sconfitte: la squadra chiude la prima parte di campionato al 18º posto e con 13 punti. In Coppa Italia, invece, il Bologna riesce a qualificarsi agli ottavi di finale, dove viene eliminato dalla . Il club rossoblù inizia il 2019 con un pareggio e una sconfitta per 4-0 contro il , diretta concorrente per la salvezza, disfatta che causa il 28 gennaio l'esonero di Inzaghi, sostituito da Siniša Mihajlović.