Coimbra erlitt durch das Erdbeben von 1755 große Schäden. Während der Napoleonischen Kriege auf der Iberischen Halbinsel konnte Wellington am 27. September 1810 französische Angriffe einer von Masséna kommandierten französischen Armee bei Buçaco nordöstlich von Coimbra abwehren und setzte in der Folge seinen Rückzug hinter die Linien von Torres Vedras fort. Vom 12. bis zum 15. März 1811 lieferte die französische Nachhut bei Coimbra den Engländern eine Reihe von Gefechten, welche die Räumung Coimbras durch die Franzosen zur Folge hatten. 1834 verlegte Dom Miguel seinen Sitz hierher. Am 7. Juli 1846 brach in Coimbra ein miguelistischer Aufstand aus, der durch den Herzog von Saldanha aufgrund von dessen Sieg bei Torres Vedras unterdrückt wurde, woraufhin der Herzog am 4. Januar 1847 in Coimbra einzog.