Hon återvände liksom de andra Mariorna till Skottland tillsammans med Maria Stuart år 1561. Mary Seton närvarade vid Maria Stuarts sida vid Slaget vid Carberry Hill 1567 och följde henne i fångenskapen på Loch Leven Castle. Hon hjälpte Maria Stuart i dennas flykt från slottet genom att ställa sig i fönstret och låtsas vara henne. Seton följde Maria Stuart till England efter Slaget vid Langside.