Efter delingen af Tjekkoslovakiet ved udgangen af 1992 ophørte landets fodboldlandshold også med at eksistere, og Tjekkiet fik sit fodboldforbund optaget i FIFA i 1994. Landsholdet var dermed klar til at kvalificere sig til EM i 1996, en opgave man klarede, da man sluttede som vinder af sin kvalifikationsgruppe foran Holland. Ved slutrunden kom holdet i en svær pulje med Italien, Tyskland og Rusland, men overraskede ved at gå videre via en overraskende sejr over italienerne. I kvartfinalen besejrede holdet Portugal, og overraskede i semifinalen igen ved at slå de franske favoritter efter straffesparkskonkurrence. Dermed var landet ved sin første slutrunde nogensinde klar til finalen, hvor modstanderen for anden gang i turneringen var Tyskland. Tjekkerne kom foran via en straffesparksscoring af Patrik Berger, men måtte se to scoringer af Oliver Bierhoff, heraf den ene som et golden goal i den forlængede spilletid, give tyskerne titlen.