Under felttoget i Norge i 1940 ble han utnevnt til oberst og generalstabssjef den 4. mai 1940. Da general Otto Ruge i oktober 1940 ble sendt til Tyskland, ga han Halvor Hansson Olaf Helset oppgaven med å ta ledelsen av offiserskorpset på hans vegne. Hansson ble arrestert av Gestapo 20. januar 1941. Hansson ble etterhvert satt, sammen med andre norske offiserer, i tysk fangenskap, fra 1941 til 1945, blant annet i Oflag XXI-C i Polen .