На посту фактичного керівника держави Шастрі намагався уникати кардинальних реформ у внутрішній політиці, завжди прагнучи до компроомісів. Його уряд не зміг подолати економічну кризу та проблему нестачі продовольства. 1965 року спалахнула Друга індо-пакистанська війна. Основні бойові дії розгортались у Кашмірі й Пенджабі. Пакистанська влада розраховувала, що в індійському Кашмірі спалахне повстання, але того не сталось. Хоч пакистанцям і вдалось просунутись углиб індійської території у Пенджабі, індійські війська досягли успіхів у Кашмірі. Окрім того, індійські війська обстріляли Лахор. Наприкінці 1965 року було оголошено перемир'я. У січні 1966 року в Ташкенті почались індо-пакистанські перемовини за посередництва СРСР. 10 січня було підписано Ташкентську декларацію, що поклала край війні. Наступного дня Шастрі помер через серцевий напад.