В составе национальной сборной Англии Ширер сыграл 63 матча, в которых ему удалось забить 30 голов. На чемпионате Европы 1996 года он в составе своей команды дошёл до стадии полуфинала, стал лучшим бомбардиром турнира и был включён в состав символической сборной Евро. В составе сборной Ширер также выступил на ЧМ-1998, Евро-1992 и Евро-2000.