Kurz nach Ausbruch des Amerikanischen Bürgerkrieges erhielt er das Kommando über das 8. New Yorker Infanterieregiment, das hauptsächlich aus deutschen Einwanderern bestand, und wurde in den Rang eines Colonels erhoben. In der Ersten Schlacht am Bull Run am 21. Juli 1861 befehligte er die Reservebrigade der 5. Division und hielt als einziger der höheren Befehlshaber der Bundestruppen den nachrückenden Südstaatlern stand. Dadurch rettete er die Bundeshauptstadt Washington vor der Einnahme durch die Konföderierten. Am 9. August 1861 wurde er zum Brigadegeneral befördert, befehligte bei der Eröffnung des Feldzugs von 1862 eine Division und zeichnete sich in West Virginia besonders bei Cross Keys aus. Nach der Schlacht legte General Blenker das Kommando über seine Division nieder und begab sich nach Washington, wo er seinen Abschied einreichte und auch in allen Ehren entlassen wurde.