Однако в 2001 году вышел указ, по которому Министерство обороны отказалось отправлять выпускников вузов в подразделения МВД, ФСБ и иных ведомств. В итоге Шатунов начал воинскую службу на Урале, в посёлке Еланский (под Екатеринбургом), в одной из статей местной газеты его назвали одним из лучших офицеров гарнизона (тогда он имел звание капитана). Позже он всё же прошёл собеседование в управлении «А» и стал числиться сотрудником 2-го отдела «Альфы» с ноября 2002 года. Комиссией характеризовался как эрудированный, грамотный и умный человек с хорошими результатами сдачи нормативов. За время службы в «Альфе» неоднократно был в командировках на Северном Кавказе и участвовал в выполнении оперативно-боевых задач. В частности, Шатунов участвовал в операции по ликвидации Абубакара Висимбаева («Одноглазый Бакар»), вербовавшего шахидок для осуществления теракта на Дубровке, и вынес из дома умиравшего майора Юрия Данилина.