Nel 1990 lascia Verona, in contrasto con la nuova dirigenza del club scaligero, e si trasferisce sulla panchina del , con il quale ottiene il quarto posto nella stagione 1990-1991, miglior risultato della squadra nel dopoguerra, e la qualificazione alla successiva Coppa UEFA. Nella competizione europea i "Grifoni" approdano alla semifinale persa contro l', dopo aver eliminato tra gli altri il Liverpool vincendo sul campo di Anfield Road; in campionato, invece, la formazione di Bagnoli accusa maggiori difficoltà, anche a causa delle voci di mercato che accostano il tecnico milanese ad altre squadre. Nel corso di un'intervista concessa al "Corriere della Sera", ha affermato che in questo periodo Berlusconi non lo volle al Milan perché era "di sinistra". A fine stagione, dopo l'eliminazione in Coppa UEFA e il quattordicesimo posto in campionato, lascia la squadra per trasferirsi all'.