En 1423, Navarin, comme le reste du Péloponnèse, subit son premier raid ottoman, conduit par Turahan Bey, puis en subit un second en 1452. Le contrôle de Navarin par les Vénitiens subsiste après la première guerre vénéto-ottomane (1463-1479), mais non après la seconde (1499-1503): les Vénitiens sont défaits à la bataille de Modon en août 1500, lors de laquelle la garnison de se rend, bien qu'approvisionnée pour un siège. Les Vénitiens reprennent la place de Navarin peu de temps après, le 3 décembre, mais le 20 mai 1501, une attaque terrestre et maritime conjointe ottomane conduite par Kemal Reis et Hadım Ali Pasha la reprend. Une nouvelle forteresse ("Néo-Navarino") est construite par les Turcs en 1573 après leur défaite à Lépante (1571) au sud de la rade, sur le site de la ville actuelle de Pylos, et l'ancienne forteresse franque est alors définitivement abandonnée.