Tijdens de laatste twee jaar van het presidentschap van Aquino werden de Filipijnen getroffen door een serie grote natuurrampen. Bij de aardbeving op Luzon in 1990 kwamen ongeveer 1600 mensen om het leven. De meeste doden vielen daarbij in de stad Baguio. In 1991 barstte de vulkaan Pinatubo onverwacht uit. Bij de uitbarsting, die wordt gezien als een van de zwaarste vulkaanuitbarstingen van de 20e eeuw, kwamen ongeveer 300 mensen om het leven en werd veel vruchtbare landbouwgrond in Centraal-Luzon langdurig ongeschikt voor bebouwing. De dodelijkste ramp was echter de tropische storm Thelma (ook wel bekend als tyfoon Uring) in november 1991. Deze tropische storm veroorzaakte grootschalige overstromingen in Ormoc City en maakte ongeveer 6000 slachtoffers. Het is daarmee de dodelijkste storm of tyfoon uit de geschiedenis van de Filipijnen.