Durch die Säkularisation im Zuge der Koalitionskriege kam die Reichsstadt Heilbronn 1803 an Württemberg. Die Ordenskommende blieb vorläufig unangetastet, wurde dann jedoch bei Ausbruch des Dritten Koalitionskriegs vom Heilbronner Oberamtmann Johann Friedrich Zeller am 27. November 1805 für Württemberg in Besitz genommen. Von 1805 bis 1850 war die Anlage Kaserne, wovon noch der Name der Kasernengasse in der Nähe der Kirchbrunnenstraße herrührt. Ab 1856 war der Deutschhof dann Sitz von Land- und Schwurgericht.