בקרואטיה התפתחה מדיניות של החרמת רכוש, גיוס כפייה של יהודי קרואטיה לעבודות פרך וחובת טלאי צהוב. מגמה זו גברה לאחר הפלישה הגרמנית לברית המועצות ביוני 1941. יהודים נעצרו ונשלחו למחנות ריכוז (אם כי רוב האסירים במחנות אלו היו צוענים, בוסניאקים, מתנגדי משטר קרואטים וסרבים). בקיץ 1941 החלו לפעול בקרואטיה מספר מחנות נוספים ובהם יאסנובאץ בו נרצחו 600,000 איש, בהם 25,000 יהודים, וסיימישטה, בו נרצחו 7,500 יהודים מתוך מספר כולל של 47,000 קורבנות. מבין 40,000 יהודי קרואטיה נרצחו כ-30,000 בידי הקרואטים והגרמנים. רובם של 4,000 מיהודי יוגוסלביה שחיו לחוף הים האדריאטי שסופח לאיטליה, היו מוגנים על ידי איטליה.