Alla morte del padre nel 1587 ereditò il Ducato di Curlandia e Semigallia assieme al fratello, con il quale rimase co-reggente per nove anni. Nel 1596, come da volontà del defunto genitore, il territorio del piccolo ducato venne diviso fra i due eredi: a Wilhelm fu attribuita la parte occidentale dei domini ducali, ovvero la Curlandia propriamente detta (con capoluogo Goldingen); il fratello maggiore Friedrich ottenne invece il controllo sulla parte orientale (la Semigallia, con la capitale Mitau). Con lo scoppio della guerra polacco-svedese nel 1600, Wilhelm si trovò alla testa delle truppe del piccolo ducato di Curlandia, congiuntamente al fratello Friedrich, a fronteggiare l'invasione svedese.