Zehn Jahre lang galt Apakidse als einer der besten Piloten der Sowjetunion und Russlands. Durch seinen Ruf ging er in die Geschichte der russischen Seekriegsflotte als Begründer ihrer modernen Marineflieger ein. Während seiner Laufbahn flog er mit 13 verschiedenen Flugzeugtypen. Apakidse wurde am 26. September 1991 das Landen einer Su-33 auf dem Flugzeugträger Admiral Kusnezow anvertraut, was ihm ohne Komplikationen gelang. Am gleichen Tag vollzog er drei weitere Landemanöver und testete anschließend dieselben Manöver während der Nacht und unter schwierigen Wetterbedingungen. Während des Zerfalls der Sowjetunion später im selben Jahr war Apakidse bereits Oberst und Hauptinstruktor der Seefliegerschule auf Saky. Er lehnte sowohl den Eidschwur auf die sich von der Sowjetunion losgelöste Ukraine als auch das Angebot seiner ebenfalls unabhängig gewordenen Heimat, Georgien, ab und flog mit seinem Regiment nach Seweromorsk. Seine Begründung war, dass man „nur einmal einen Eid leisten dürfe“.