Il commande le XXe corps lors de la marche vers la mer de Sherman. Il participe à la campagne d'Atlanta. À la mort du major général McPherson, Sherman lui préfère Howard pour le remplacer à la tête de l'armée du Tennessee. Hooker demande alors à être relevé de son commandement en signe de protestation. Il commande alors le département du Nord, le département de l'Est et enfin le département des lacs jusqu'à la fin de la guerre.