ב-31 בדצמבר 1991 הכירה גינאה ביסאו בפדרציה הרוסית כמדינה היורשת של ברית המועצות, לאחר פירוקה של זו. אזרחים רוסים וצוות השגרירות פונו מגינאה ביסאו בשנת 1998 עקב לחימה בין כוחות הממשלה והמורדים.