En 1890 el Congreso Nacional entra derechamente en conflicto con el presidente Balmaceda, al oponerse a aprobar la ley de presupuestos. Balmaceda declara unilateralmente como vigente la del año anterior, sin la aprobación del Congreso, el 1 de enero de 1891. El Congreso Nacional declara inconstitucional dicha medida y se alza en armas, dando inicio a la guerra civil de 1891, el 7 de enero de aquel año, organizando una Junta de Gobierno en Iquique. Al final de dicho conflicto, el 31 de agosto del mismo año, con la victoria de las fuerzas del Congreso, la Armada y parte del Ejército, se instaura la República Parlamentaria, que se extenderá hasta 1924-1925.