Bei der Junioren-Fußballweltmeisterschaft 1995 gehörte er zum Kader seines Landes und kam bei der 2:3-Niederlage gegen den späteren Turnierdritten Portugal einmalig zum Einsatz. In dieser Partie erhielt Fabio Ulloa in der 29. Minute einen Platzverweis. Im Gegnerteam spielten spätere Stars wie Dani oder Nuno Gomes. Zwischen 1994 und 2006 gehörte Fabio Ulloa gelegentlich zum Kader der Honduranischen A-Nationalmannschaft. Unter anderem absolvierte er fünf Spiele beim Central American Cup 1997, bei dem auch die späteren honduranischen Stars Amado Guevara oder Wilmer Velásquez mit zum Kader gehörten.