Nel 1862, dopo un fallito raccolto e prima dell'inevitabile carestia invernale, il pagamento federale tardò a giungere. I trafficanti locali non vollero concedere ulteriori crediti ai Santee e l'agente federale della riserva disse ai Santee che erano 'liberi di mangiare l'erba oppure i loro escrementi'. Come conseguenza, il 7 agosto 1862 cominciò la rivolta dei Sioux, allorché pochi Santee uccisero un agricoltore bianco e gran parte della sua famiglia, innescando ulteriori attacchi contro gli insediamenti dei bianchi lungo il fiume Minnesota. I Santee aggredirono poi l'emporio e l'agente federale della riserva fu trovato ucciso con la sua bocca riempita di erba. Nessuno conosce l'esatto numero, ma furono massacrati fra i 500 e i 1000 civili: uomini, donne e bambini, in maggioranza immigrati tedeschi, fin quando le forze dello Stato e quelle federali (circa 25000 uomini in tutto) non posero fine alla rivolta. Corti marziali processarono e condannarono a morte per impiccagione 303 Santee per 'crimini di guerra'. Numerose testimonianze di prima mano descrissero razzie e uccisioni di bianchi da parte dei Santee.