В средние века Капуя входила в состав сначала герцогства Беневенто, затем Салерно; в 841 году город разрушили сарацины. Новый город был отстроен в 856 году в 4 км от места, где был расположен старый. В 900 году Атенульф, граф Капуанский, избран в герцоги Беневенто, а Капуя возведена в отдельное княжество; с тех пор судьба Капуи связана с историей Беневенто. При герцоге Пандульфе (943—981) столица герцогства Беневенто перенесена в Капую. В 1062 году Капуя была завоёвана норманнским графом Ричардом из Аверсы, в 1135 году — королём сицилийским Рожером, в 1252 году — императором Конрадом IV. В 1501 году Капуя хитростью была занята войсками Папской области под командованием Чезаре Борджиа, причём город был разграблен и до 5000 человек жестоко убиты. В войну за испанское наследство Капуя была занята австрийцами. В 1799 году французский генерал Шампионне взял Капую, но через полгода вынужден был сдать её адмиралу Нельсону. В 1821 году в Капуе заключено перемирие между австрийцами и неаполитанцами. В 1860 году город сдался Гарибальди.