Nach Caesars Tod wurde die Legion von dem hohen Militär Lepidus wieder hergestellt und dem Kommando des Marcus Antonius unterstellt. Nachdem sie im Jahr 42 v. Chr. bei Philippi die Truppen der Caesarenmörder Brutus und Cassius besiegt hatte wurden Veteranen in Benevent angesiedelt. Die Legion wurde nach Judäa verlegt, wo sie König Herodes den Großen an die Macht brachte (37 v. Chr.). Im folgenden Jahr nahm sie an einem Feldzug gegen die Parther teil, der jedoch desaströs endete. Die Legionäre der Sechsten konnten froh sein, lebendig das verbündete Armenien zu erreichen. Als Antonius im Bürgerkrieg mit Octavian stand, wurde die Ferrata nach Griechenland geschickt, wo sie jedoch wenig zu tun hatte. Die Legion kämpfte im Jahr 31 v. Chr. in der Seeschlacht bei Actium gegen Octavian.