Desterrado primero a Chile y alejado del servicio militar, retornó a los nueve meses, reincorporándose al ejército. En 1859 el presidente Castilla lo nombró ministro de Guerra y Marina. Fue jefe de Estado Mayor durante la guerra con el Ecuador (1859-1860). Llegó a presidir el Consejo de Ministros, y como tal, se hizo cargo del Poder Ejecutivo de julio a agosto de 1860, por la incapacidad temporal de Castilla (herido en un atentado) y del vicepresidente Juan Manuel del Mar (por enfermedad). En tal calidad le correspondió presidir la ceremonia de instalación del Congreso encargado de reformar la Constitución, el 28 de julio de 1860.