Patrik Berger zaczynał karierę jako junior w Sparcie Praga w 1989. Przeszedł do lokalnego rywala Slavii Praga w sezonie 1991/92. W sezonie 1995/96 przeszedł do Borussii Dortmund i od razu zdobył Mistrzostwo Niemiec. Po imponujących występach z reprezentacją Czech na Euro 96 został sprowadzony do Liverpoolu za 3,25 milionów funtów.