В кампаниях 1806—1807 гг. полк под командованием Фёдора Ивановича отличился в сражениях при Пултуске, Прейсиш-Эйлау, Гейльсберге и Фридланде в Восточной Пруссии. За бой у Эйлау генерал-майор Меллер-Закомельский был лично пожалован Государем Орденом Святого Владимира 3-й степени. При Гейльсберге и Фридланде Фёдор Иванович, как старший по выслуге генерал-майор, командовал уже бригадою из 4-х кавалерийских полков. В 1806 году в течение 1,5 месяцев командовал Дерптским драгунским полком, возвращён к командованию Каргопольским драгунским полком 5 октября 1806 года. Уволен от службы по болезни 5 ноября 1808 года.