Lors de la retraite dans le Maryland, l'armée fut à nouveau réorganisée et le major-général Philip Sheridan remplaça Hunter. En août, Early commença à se retirer le long de la vallée de Shenandoah poursuivit par Sheridan. Les troupes de Hayes menèrent l'assaut à bataille de Berryville et avancèrent jusqu'à Opequon Creek où elles brisèrent les lignes adverses avant de poursuivre les Confédérés vers le sud. Ils remportèrent deux nouvelles victoires à Fisher's Hill le et à Cedar Creek le . À Cedar Creek, Hayes se foula la cheville en tombant de cheval et fut légèrement blessé à la tête. Le commandement de Hayes attira l'attention de ses supérieurs et Ulysses S. Grant écrivit plus tard de Hayes que .