Persaingan antara Prost dengan Ayrton Senna adalah salah satu persaingan yang terkemuka. Persaingan ini diawali pada musim 1988, ketika Senna bergabung dengan Prost di tim McLaren. Persaingan di antara keduanya paling terkemuka terjadi pada Grand Prix Portugal 1988, di mana Senna mencoba untuk memblok Prost dari mengambil pimpinan balap dengan "memaksa" Prost untuk berjalan berdekatan dengan tembok pit. Prost kemudian berhasil keluar dari pinggir mobil Senna, mengambil pimpinan, dan kemudian masuk pada tikungan pertama, namun dia tetap marah terhadap Senna atas maneuver berbahaya yang ia lakukan.