Nimi Dunkerque mainitaan kirjallisissa lähteissä ensimmäisen kerran vuonna 1067. Nimi tarkoittaa flaamiksi "dyynikirkkoa", ja alueella on runsaasti rantadyynejä. Alueen hallinnasta on sittemmin kiistelty Espanjan, Englannin ja Alankomaiden kesken. Dunkerque tuli kuuluisaksi toisen maailmansodan aikana vuonna 1940, kun kaupungin sataman kautta evakuoitiin Englantiin 338 226 liittoutuneiden sotilasta (pääasiassa brittejä ja ranskalaisia) saksalaisten saarrostuksesta ja pommituksesta huolimatta. Winston Churchill kutsui tätä tapahtumaa ”Dunkerquen ihmeeksi” (”miracle of Dunkirk”).