1918 erhielt der Ort wieder Stadtrecht. Von Februar bis Dezember 1918 besetzten deutsche Truppen die Stadt. Während des Estnischen Freiheitskriegs wurde sie am 29. März 1919 von estnischen Kräften erobert. Im Vertrag von Tartu vom 2. Februar 1920 wurden Petschory und Setumaa Estland zugeschlagen. Während der ersten Unabhängigkeit Estlands bis 1940 war "Petseri", wie es in dieser Zeit hieß, Verwaltungszentrum der umgebenden Region "Petserimaa", einer der elf Regionen, aus denen sich die Republik Estland zusammensetzte. Zu dieser Zeit wurde die Peterskirche gebaut.