Nel campionato 2006-2007 i friulani, guidati da Alberto Malesani, raggiungono il decimo posto in classifica. L'Udinese è però l'unica squadra non battuta dai campioni d'Italia dell'Inter, pareggiando entrambi gli incontri (0-0 in casa e 1-1 in trasferta) e interrompendo la striscia di 17 vittorie consecutive dei nerazzurri. Nell'estate del 2007 Pasquale Marino diventa il nuovo allenatore della squadra, mentre sul mercato il club acquista gli attaccanti Fabio Quagliarella e Antonio Floro Flores. La stagione 2007-2008 si conclude con un settimo posto, che permette all'Udinese di accedere nuovamente alla Coppa UEFA.