Bakhuizen ligt op een keileemheuvel die is achtergebleven na de Riss-ijstijd. In 1412 werd het vermeld als "Backhuysen", in 1486 als "to Backhusen", in 1505 als "Backhuysen", in 1508 als "Mirlemsebackhuysen" en in 1579 als "Bachusen". De plaatsnaam wijst waarschijnlijk naar een bakkerij van boeren. Deze bakte niet alleen voor mensen maar ook voor de gehouden dieren.