Pereyra pelasi neljä ottelua alle 20-vuotiaiden MM-kilpailuissa 2011. Argentiinan maajoukkueessa Pereyra teki ensiesiintymisensä lokakuussa 2014. Hän on pelannut maaliskuun 2020 loppuun mennessä 19 A-maaottelua. Hän pelasi Copa Américassa kaksi ottelua Argentiinan hopeajoukkueesas 2015 ja yhden ottelun pronssijoukkueessa 2019. Hän on tehnyt maalin lokakuussa 2018 Irakia ja kesäkuussa 2019 Nicaraguaa vastaan.