Nel 1933, per aver espresso critiche alla politica di Stalin, Baccalà viene espulso dal partito, costretto ad allontanarsi e ad abbandonare la famiglia. Nel 1937 è arrestato e accusato di attività controrivoluzionaria. Condannato a morte per trockismo da una commissione OSO, viene fucilato, nello stesso anno, a quarantaquattro anni. Nel 1956, dopo la denuncia dei crimini staliniani fatta da Chruščёv al XX Congresso del PCUS, viene riabilitato.