בית הכנסת נפגע ברעידת האדמה שהייתה בצפת בשנת 1759 ונהרס ברעידת האדמה של שנת 1837, שבה נספתה מחצית הקהילה ונחרבו כמעט כל בתי הכנסת בעיר. שיקום בית הכנסת בעזרתו של הנדבן האיטלקי יצחק גואטה נמשך 16 שנה.