Pizarro v reprezentaci debutoval roku 1999. Roku 1999 se zúčastnil jihoamerického turnaje Copa América, které pořádala Paraguay. Chile se dostalo do semifinále turnaje, kde po penaltovém rozstřelu padlo s Uruguayí, Pizarro svou penaltu proměnil. Po prohře s Mexikem zůstalo Chilanům čtvrté místo.