Le carenze di prestazioni e di affidabilità ebbero effetto anche sull'impiego operativo e i Ghibli non furono schierati nella guerra del golfo del 1991 e solo limitatamente nell'Operazione Deliberate Force nel 1995 sulla Bosnia, in quanto, all'epoca, ai menzionati problemi di affidabilità dei motori si aggiungevano limiti della capacità operativa in condizioni notturne o di bassa visibilità. Il primo impiego operativo di rilievo avvenne invece nell'Operazione Allied Force, durante la guerra del Kosovo del 1999, in cui gli aerei italiani effettuarono con successo operazioni di bombardamento tattico, dotati di bombe Mk 82, sia di tipo standard a caduta libera, sia a guida infrarossa, grazie all'aggiunta del kit di produzione israeliana ""Opher".