Con la selección danesa Heintze jugó 86 partidos entre 1987 y 2002 convirtiendo 4 goles. Disputó los campeonatos del Mundo de 1998 y de 2002 y las Eurocopas de 1988 y 2000. Una lesión le impidió estar en el equipo danés campeón de Europa en 1992. Después del retiro del legendario Peter Schmeichel pasó a capitanear al equipo.