Trotz der Teilung der Universität in eine deutsche und eine böhmische Lehranstalt im Jahre 1882 und der Gründung der selbständigen Naturwissenschaftlichen Fakultät im Jahre 1920 hat die Philosophische Fakultät weiterhin eine Schlüsselrolle gespielt, und zwar bis 1939, als die Universität von den Nationalsozialisten geschlossen und die Lehrer und die Studierenden verfolgt wurden. Nach der Befreiung im Jahre 1945 hat sich die Philosophische Fakultät wieder etabliert. Der Februarumsturz der kommunistischen Partei im Jahre 1948 hat aber die Beendigung der Entwicklung bedeutet, denn viele hervorragende Pädagogen waren gezwungen, die Fakultät zu verlassen, und der Marxismus-Leninismus wurde ein obligatorisches Fach, weshalb das Prestige der Fakultät gesunken ist. In den sechziger Jahren waren viele bedeutende Persönlichkeiten an der Fakultät wieder tätig, der Reformprozess wurde jedoch durch die sowjetische Okkupation 1968 und den folgenden Prozess der sogenannten Normalisierung beendet. Der Student Jan Palach verbrannte sich aus Protest gegen die Passivität und die Konformität der Mehrheit der tschechoslowakischen Gesellschaft selbst. Die Fakultät hat sich erst nach der Samtenen Revolution und dem Rücktritt der kompromittierten Exponenten im Jahre 1989 wieder etabliert und ist eines der größten und bekanntesten Hochschulinstitute in Tschechien. Aufgrund der jahrhundertelangen Tradition, der erfolgreichen wissenschaftlichen und pädagogischen Tätigkeit und des breiten Angebots an Studienfächern hat sie auch einen internationalen Ruf.