À la suite des changements politiques dus aux guerres balkaniques, à la Guerre gréco-turque (1919-1922) et à la Première Guerre mondiale, le club quitte la ville de Smyrne pour trouver asile à Athènes en 1922. Ce déplacement du siège a lieu avec l'aide en 1919 du président Dimitrios Marcéllos, alors sénateur et médecin. Dans un premier temps, l'équipe dispute ses rencontres dans un stade situé à proximité de l'Olympiéion. À la suite de nombreux problèmes, le conseil administratif demande la fusion de trois clubs athéniens de réfugiés originaires de Smyrne : Apollon Smyrnis, Panionios et Pelopa. Cette fusion devait créer un nouveau club appelé « Union sportive de Smyrne » ( en grec), mais le projet échoue en raison du refus de Panionios. À partir de là, chacun de ces clubs suit son propre chemin.