گروه‌های حقوق بشری، جامعه جهانی و آمریکا را متهم می‌کنند که بخاطر اجازه وی به آمریکا و متحدانش برای استفاده از خاک آن کشور در حمله به افغانستان، نقض حقوق بشر، شکنجه و زندان با اتهامات بحث‌برانگیز، مهاجرت اجباری، اخته‌کردن اجباری در بیمارستان‌های دولتی و کار کودکان در مزارع پنبه در آن کشور را نادیده می‌گیرد. عفو بین‌الملل می‌گوید که حکومت اسلام کریموف که در کارنامه‌اش سرکوب و کشتار اندیجان در سال ۲۰۰۵ را دارد از شکنجه و فشارهای دیگر برای اقرار گرفتن از افرادی که احتمال دارد با احزاب اسلامی ممنوع شده ارتباط داشته باشند فروگذار نمی‌کند. مسدود کردن بسیاری از سایت‌های اینترنتی نیز از این دست اقدامات وی است.