Quando chegou a paz, Pajączkowski-Dydyński eleito para servir no exército da recém-proclamada República da Polônia garantida pelos signatários do Tratado de Versalhes. Ele se tornou um tenente e funcionário do general Józef Haller em uma divisão de infantaria e participou da guerra polonesa de 1920-21 contra a Rússia Soviética. Isso foi travado entre o Exército Vermelho e a Polônia sobre a fronteira oriental da Polônia. Após o Armistício de Compiègne em novembro, ele foi transferido para o 2º Exército polonês, e dois anos depois ele se tornou um capitão. Depois de se casar com Maria Lewandowska em 1924, Pajączkowski-Dydyński estava em Przemyśl. Em 1925, ele se tornou um major, e em 1930, mudou-se para Varsóvia com sua esposa e seu filho.