Donal III se unió a la Rebelión irlandesa de 1641 bajo Donough MacCarthy, Vizconde Muskerry, con el resultado que sus tierras fueron devastadas y dos de sus castillos demolidos por los Cromwellianos. Más tarde, durante las guerras confederadas de Irlanda ayudó a su vecino, James Tuchet, III conde de Castlehaven a tomar varias fortificaciones en el condado de Cork. Por todo esto, fue desposeído de sus propiedades por Oliver Cromwell en 1652. Donal se casó con Gylles O'Shaughnessy, hija de Sir Roger Gilla Dubh Ó Seachnasaigh, y su heredero fue Donal IV O'Donovan.