En 1920, il entre au service de l'émir de Boukhara, Alim Khan, qui devra bientôt fuir l'invasion soviétique et trouver refuge à Douchanbé en actuel Tadjikistan, puis à Kaboul, dans l'émirat d'Afghanistan. Ibrahim décide alors de s'opposer à l'occupation russe et mène l'insurrection musulmane des « Basmatchi » (« Brigands » en ouzbek), pour se libérer du joug bolchevik. Il luttera également contre le militaire ottoman Enver Pacha, un des chefs de la révolution « Jeunes-Turcs » qui cherchait à unifier les forces armées turcophones de l'Asie centrale dans le but de créer un Turkestan indépendant.