Am 9. März 1867 wurde er als Premierleutnant in die Preußische Armee übernommen und im Jägerbataillon Nr. 1 angestellt. Mit diesem zog er in den Deutsch-Französischen Krieg, in dem er in den Schlachten bei Colombey-Nouilly, Amiens und Villers kämpfte. Für seine Leistungen erhielt Mejer das Eiserne Kreuz II. Klasse sowie das Mecklenburgische Militärverdienstkreuz.