Malgrat retornar amb l'Olympique de Marsella a primera divisió, Barthez decidí fitxar pel l'AS Mónaco, on es consagra com a porter aconseguint dos títols de lliga, els anys 1997 i 2000, així com la Supercopa francesa de futbol 1997, actuacions que el portaren a la titularitat de la selecció de futbol de França campiona de la Copa del Món de Futbol de 1998, del Campionat d'Europa de futbol 2000 i de la Copa Confederacions de la FIFA de 2003.