Entre 2002 i 2007 el cardenal Martini va residir principalment a Jerusalem, on va reprendre els seus estudis bíblics: amb 75 anys tornà al papir Bormer, un dels manuscrits bíblics més antics que han sobreviscut, que conté la Primera i la Segona cartes de Pere. Van ser, llavors, anys d'intensa pregària per la pau, durant el període més dur de la Segona intifada.