10 января 1918 в Кадниковском уезде провозглашена Советская власть. Во время Гражданской войны, после отпадения Архангельска от центральной России, Коноша фактически стала административной границей Советской России на севере и прифронтовой зоной. Около северного семафора были вырыты окопы и установлена колючая проволока. По Вельскому тракту (Октябрьский проспект) тоже были вырыты окопы. На станцию стали прибывать войска. Воинские части также были в соседних деревнях Верхняя и Глубокое. В 1918 году в Коноше собирают добровольцев в отряды красногвардейцев для отправки в Вологду, для подавления Ярославского восстания. В 1919 году в Коноше собирают добровольцев для формирования бронепоезда, действовавшего против белых и интервентов в районе станции Плесецкая.