In dieser Zeit, zwischen 1557 und 1584, in der Spanier und Osmanen um die Herrschaft in der Alten Welt rangen, befand sich auch der Kaperkrieg zwischen den Korsaren und den christlichen Staaten des Mittelmeers auf dem Höhepunkt. 1558 kaperten Korsaren in den balearischen Gewässern eine Flotte von 150 Galeeren, 1560 besiegten sie die Flotte unter Führung des Genuesen Andrea Doria vor Djerba. Im Gegenzug konnte die spanische Flotte den Korsaren 1563 und 1564 schwere Niederlagen zufügen und sich wieder ins mittlere Mittelmeer vorwagen, um Malta zu verteidigen. 1568 bis 1570 kam es in Spanien zu einem Aufstand der Muslime, die vielleicht noch 250.000 Angehörige zählten. Diese „Morisken“ waren zwar offiziell 1502 zum Christentum übergetreten, doch waren sie weiterhin von der Inquisition drangsaliert worden. 1571 siegte die spanisch-venezianische Flotte bei Lepanto zwar über die osmanische, dennoch fiel 1573 Zypern endgültig an das Istanbuler Großreich, Tunesien wurde 1574 eine Provinz des Osmanischen Reiches.