Turturro, el segundo de tres hermanos, nació en Brooklyn, Nueva York, el 28 de febrero de 1957, en una familia católica de clase obrera y origen italiano. Su padre, Nicola, era un obrero y carpintero que emigró desde la comuna de Giovinazzo, Puglia, a Estados Unidos a los seis años de edad y luchó como marino en el Día D; falleció en 1988 como consecuencia de un cáncer. Su madre Katherine —cuyo apellido de soltera era Inzerillo— era una cantante de jazz amateur y modista que trabajó en la Marina durante la Segunda Guerra Mundial; nació en América y sus padres eran originarios de Palermo y Aragona, Sicilia. John Turturro fue nombrado en honor a su abuelo materno, Giovanni.