Chính phủ Brooke dưới quyền Charles Vyner Brooke lập ra một số đường băng tại Kuching, Oya, Mukah, Bintulu, và Miri để chuẩn bị trong trường hợp có chiến tranh. Đến năm 1941, người Anh triệt thoái lực lượng phòng thủ khỏi Sarawak và trở về Singapore. Do lúc này Sarawak không được phòng thủ, chế độ Brooke quyết định thông qua một chính sách tiêu thổ theo đó các cơ sở dầu mỏ tại Miri bị phá hủy và đường băng Kuching được duy trì lâu nhất có thể trước khi bị phá. Trong khi đó, quân Nhật quyết định chiếm Borneo thuộc Anh nhằm bảo vệ sườn phía đông của họ trong Chiến dịch Mã Lai và để thuận tiện cho việc xâm chiếm Sumatra và Tây Java. Một đạo quân xâm lược Nhật Bản do Kiyotake Kawaguchi lãnh đạo đổ bộ tại Miri vào ngày 16 tháng 12 năm 1941 và chiếm Kuching vào ngày 24 tháng 12 năm 1941. Quân Anh dưới quyền Trung tá C.M. Lane quyết định triệt thoái đến Singkawang thuộc Borneo Hà Lan tiếp giáp Sarawak. Sau mười tuần giao tranh tại Borneo thuộc Hà Lan, quân Đồng Minh đầu hàng vào ngày 1 tháng 4 năm 1942. Khi quân Nhật xâm chiếm Sarawak, Charles Vyner Brooke quyết định rời đến Sydney trong khi các quan chức của ông bị quân Nhật bắt giữ và giam tại trại Batu Lintang.