ニューヨーク州バッファロー生まれ。建築家の息子である彼は、13歳から18歳まで母親の指揮する声楽の小アンサンブルに参加していた。両親にピアノと歌を習わせてもらっていたが、祖母の影響でに興味を持つようになった。きっかけはフランソワ・クープランのオルガン作品のディスクだった。また、幼少期には両親と一緒にヨーロッパ諸国を旅行したこともある。当初ウィリアムは医者になろうと考えていた。しかし、次第に美術に惹かれていき、1962年にハーバード大学に入学して美術史を修めた後、1966年に卒業した。一方でチェンバロに情熱を燃やした。ウィリアム・クリスティはイェール大学で勉強を続け、1966年から1970年にかけてラルフ・カークパトリックにこの楽器を師事、ケネス・ギルバートがそれに続いた。ベトナム戦争のために陸軍に入隊する事なく、1968年には予備役の訓練プログラムに参加しなければならなかった。ダートマス大学で教鞭をとる事になったが、1970年5月4日のケント州立大学銃撃事件で状況は一変した。ユネスコ音楽大使ジョン・エバーツの推薦でアメリカを離れ、BBC交響楽団に入団。