Nel 1911, insieme con un altro eroe boero della guerra, Jan Smuts, formò il South African Party, o SAP. Considerato troppo conciliante con gli Inglesi, Botha affrontò le critiche rivolte al suo partito e all'opposizione da James Barry Munnik Hertzog del National Party. Quando il Sudafrica ottenne lo status di dominion nel 1910, Botha divenne il 1º primo ministro dell'Unione Sudafricana. Durante la Prima guerra mondiale, mandò delle truppe a conquistare l'Africa Tedesca del Sud-Ovest, una mossa disapprovata dai Boeri e che causò la Rivolta Boera.