Sen jälkeen kun kuninkaanvalta oli Englannissa palautettu vuonna 1660, Milton ja muut tasavallan edustajat kohtasivat kostonhimoisen uuden valtiovallan ja "Eikonoklastesin" väitettiin oikeuttaneen monarkkien surmaamisia. Milton ei kuitenkaan kuulunut niiden joukkoon, joille säädettiin kuolemanrangaistus Kaarle I:n teloituksesta. Toisaalta kuninkaan julistus määräsi Miltonin teokset "Eikonoklastes" sekä "Defensio pro Populo Anglicanon" poltettavaksi, ja ne poltettiinkin julkisesti. Teos pysyi silti suosittuna, ja siitä otettiin vuonna 1690 uusi painos mainion vallankumouksen jälkeen.