Мата е национал на Испания, като взима участие в отбора на Испания до 16 г., до 17 г., до 19 г., до 20 г., до 21 г. и мъжкия национален отбор. През юни 2009 Хуан е включен в състава на Испания за Купата на конфедерациите. На 9 септември 2009 отбелязва първото си попадение за националния отбор, срещу Естония. Вкарва гол и във финала на Европейското първенство през 2012 г. срещу Италия.