Нуну Гомеш начал привлекаться к играм за национальные команды разных возрастов с 15 лет, исправно забивая за каждую сборную. Он помог сборной страны занять третье место на молодёжном Чемпионате мира 1995 года в Катаре, забив два гола в матче группового этапа против сборной Гондураса и два в матче за третье место против сверстников из Испании.