Наиболее успешно команда выступала в начале 2000-х годов. В отборочной группе Евро-2000 было занято второе место, которое позволило сыграть в стыковых матчах с Украиной, которая была неожиданно переиграна с общим счётом по сумме двух игр 3:2. В финальном турнире, дважды сыграв вничью с югославами (3:3) и норвежцами (0:0) и проиграв испанцам (1:2), словенцы оказались на последнем месте в группе. Затем команда добилась своего главного достижения: отобралась на чемпионат мира 2002 года. В отборочном турнире команде вновь пришлось играть стыковые матчи, на этот раз с Румынией (2:1, 1:1). В Корее, где проходили матчи группы B, словенцы проиграли все три матча: 1:3 — испанцам и парагвайцам и 0:1 — южноафриканцам.