V roce 1798 byl Napoleon pověřen velením připravované invaze do Velké Británie. Tuto akci však vzhledem k síle anglického loďstva pokládal za hazard, místo ní Direktoriu navrhl expedici do Egypta, jejíž realizaci již dříve nastínil ministr zahraničí Talleyrand. Francii mělo dobytí této země otevřít cestu k Orientu a připravit jí pozici k možnému vyhnání Britů z Indie. Oficiální velení výpravy obdržel Napoleon 5. března a již 19. května flotila lodí s jeho muži zamířila přes Maltu k africkému pobřeží. Při plavbě se Francouzům podařilo se štěstím uniknout britskému loďstvu pod velením admirála Nelsona a 1. července celé uskupení dorazilo k Alexandrii. Toto pobřežní město padlo do Napoleonových rukou již následujícího dne, čímž se mu otevřela cesta na Káhiru. 21. července se za pochodu vítězně střetl s Egypťany v bitvě u pyramid a dalšího dne se zmocnil i samotné egyptské metropole. Nadšení z dosažených vítězství na souši však zkalil neúspěch na moři, neboť 1. srpna se admirálu Nelsonovi podařilo porazit francouzskou flotilu v bitvě u Abúkíru, čímž se Napoleon dostal do naprosté izolace. 31. ledna 1799 tedy zahájil ofenzívu do Sýrie a postupně dobyl El Arish a Jaffu a oblehl Akru. Vojsko však bylo před hradbami města postiženo morovou epidemií a Napoleonovi nezbylo než ustoupit zpět ke Káhiře. 25. července sice porazil turecké vojsko ohrožující Alexandrii v pozemní bitvě u Abúkíru, ale již v této chvíli mu bylo zřejmé, že egyptské tažení se stalo slepou uličkou jak ze strategického, tak z jeho osobního hlediska. A to tím spíše, že po střetnutí u Abúkíru obdržel informace, že Francie utrpěla od spojených rusko-rakouských sil zdrcující porážky a domácí politická scéna spěje k další nezadržitelné krizi.