Im gleichen Jahr führte er die Restaurierung der Zagreber St.-Markus-Kirche nach den Plänen von Schmidt durch. Bollé ließ sich im Jahre 1878 endgültig in Zagreb nieder. Sogleich wurden ihm verschiedenste architektonische, kulturgesellschaftliche und pädagogische Projekte anvertraut. Nach dem Erdbeben von 1880 wurde er zum Hauptrestaurateur der sakralen und profanen Bauwerke der Stadt ernannt.