Kanouté, Lyon için oynarken Fransa 21 Yaş Altı takıma seçilmiştir. 1998'de 21 Yaş Altı takımda forma giymeye başlamasına rağmen 2000, 2002 ve 2004 yıllarında A takıma seçilmemiş, FIFA'nın bir futbolcunun annesinin veya babasının doğduğu ülkenin millî takımı adına forma giymesine izin vermesinden sonra ise Mali'yi seçmiştir. 2004'te Mali ile 2004 Afrika Uluslar Kupası'nda yer alan Kanouté, bu turnuvada gol kralı olmuştur.