Stafylidis nahm mit der U19-Nationalmannschaft an der vom 3. bis 15. Juli 2012 in Estland ausgetragenen U19-Europameisterschaft teil und war mit seiner Mannschaft erst im Finale der Auswahl Spaniens mit 0:1 unterlegen. Für die A-Nationalmannschaft debütierte er am 14. November 2012 in Dublin beim 1:0-Sieg im Länderspiel gegen die Auswahl Irlands.