Beim Bombenangriff auf Lübeck 1942, dem auch das Museum am Dom zum Opfer fiel, konnten durch den Einsatz Margarete Schmidts etwa 80 Prozent der Bestände gerettet werden, wenn auch viele wertvolle Exponate vernichtet wurden. In den folgenden Jahren wurden die Objekte an verschiedenen, wechselnden Orten gelagert, wobei durch Diebstahl und Beschädigung weitere Verluste eintraten. Von 1945 an lagerte die Sammlung im Luftschutzbunker in der Schildstraße und wurde ab 1947 durch die Geographische Gesellschaft betreut.