Op 25 april 1862, de dag voor de Slag om New Orleans, besliste de Zuidelijke regering om Baton Rouge te evacueren. De katoenplantages in de omgeving werden in brand gestoken, zodat ze niet in vijandelijke handen zouden vallen. Op 9 mei zette James Palmer van de kanonneerboot "Iroquois" voet aan wal in de haven. Zonder enige tegenstand nam hij de haven, de barakken en het arsenaal in. Twee weken voerden guerrilla’s een raid uit op een roeiboot met een zeemachtofficier. Ter vergelding werd de stad beschoten door de "Hartford", het vlaggenschip van David Farragut. Er vielen verschillende slachtoffers en diverse gebouwen werden beschadigd. Op 29 mei arriveerde brigadegeneraal Thomas Williams met zes regimenten infanterie, twee batterijen artillerie en een eenheid cavalerie om Baton Rouge te bezetten.