ב-1961, לאחר שקיבל אזרחות איטלקית, החל אלטפיני לשחק בנבחרת איטליה וערך את הופעת הבכורה שלו באוקטובר אותה שנה, במשחק מול ישראל שבו הבקיע שער. הוא השתתף עם הנבחרת במונדיאל 1962, אך היה שותף להדחתה כבר בשלב הבתים. בעונת 1962/1963 הוביל אלטפיני את מילאן לזכייה הראשונה בתולדותיה בגביע אירופה לאלופות. הוא הבקיע 14 שערים במסגרת הטורניר, ובהם צמד בניצחון 1-2 במשחק הגמר על בנפיקה ליסבון הפורטוגלית, שזכתה בגביע בשנתיים שקדמו.