Nel 1999, dopo il successo del volo dell'AMS-01, il costo complessivo del programma AMS veniva stimato sui 33 milioni di dollari, con l'AMS-02 previsto per il volo per la Stazione Spaziale Internazionale nel 2003. Dopo il disastro del Columbia nel 2003, e dopo un numero di difficoltà tecniche per la costruzione dell'AMS-02, il costo stimato del programma lievita a circa 1,5 miliardi di dollari.