Il punto più basso dei rapporti tra i due Paesi fu toccato pochi giorni dopo l'armistizio, quando Churchill ordinò alla flotta britannica di impedire che la flotta francese cadesse in mano tedesca. In particolare, il grosso della flotta francese nel Mediterraneo si trovava a Mers-el-Kébir, in Algeria. Furono inviati a parlamentare lord Lloyd e l'ammiraglio Thomas Phillips, ponendo ai francesi l'alternativa tra la smobilitazione della flotta o l'affondamento. Dopo che i francesi rifiutarono, su ordine di Churchill, l'ammiraglio James Somerville aprì il fuoco, affondando la corazzata "Bretagne", saltata per aria al suo ormeggio, e danneggiando altre navi; 1.200 marinai francesi persero la vita. Churchill definì la decisione "la più penosa della mia vita".