Nakon iranske revolucije 1979. godine koja je zbacila Muhameda Rezu Pahlavija, narodni mudžahedini Irana odbili su da učestvuju na referendumu za ratifikaciju ustava. Kao rezultat toga, Homenii je naknadno odbio Massoura Rajavija i članove PMOI-a da se kandiduju na iranskim predsedničkim izborima, 1980. Štaviše, uprkos činjenici da je glavni kandidat ove organizacije dobio čak 531.943 glasova u izbornoj jedinici u Teheranu i da je imao nekoliko kandidata u drugom krugu izbora, nije mogao da osvoji ni jedno mesto na izborima za Irana 1980. MEK je optužio Homeinija za „monopolizaciju moći”, „otmicu revolucije”, „gaženje demokratskih prava” i „planiranje za uspostavljanje fašističke jednopartijske diktature”. MEK je predstavljala islamske levičare koji su se borili protiv šahovskog režima nezavisno od Ajatolaha Homeinija. Hominiji je demantovao učešće MEK-a u novom režimu, prisiljavajući ga na opoziciju.