בותה נולד בגרייטאון במושבת נטאל (כיום בקוואזולו-נטאל) ב־27 בספטמבר 1862 הילד השביעי (מתוך שלוש עשר) של לואי בותה האב וסלומינה אדריאנה ואן רויין. הוריו היו ממוצא צרפתי (הוגנוטי) גרמני, משפחתו של אביו הגיעה לקייפ ב־1678 וסבו פיליפ בותה השתתף בטרק הגדול ובחר להתיישב בנטאל באזור לא מיושב שכיום נקרא גבעת בותה. ב־1869 בותה האב נקלע לחובות כספיים ונאלץ למכור את החווה בגרייטאון ולהעביר את משפחתו לחווה בורדה שבצפון מזרח המדינה החופשית, שם הוא הצליח להתפרנס טוב יותר כחקלאי. בותה כמעט ולא זכה להשכלה פורמלית, הוא קיבל מספר קטן של שיעורים מידי מורה להולנדית אבל את רוב השכלתו הוא קיבל מהוריו ומהעבודה בחווה המשפחתית. הוא שמע אנגלית רק מאורחים שהגיעו לחווה המשפחתית, הוא מעולם לא למד את השפה בצורה מסודרת ועד סוף ימיו התקשה לדבר באנגלית. הוא היה בקיא במספר שפות שחורות, כמו זולו וססטו. את רוב נערותו הוא העביר בחווה המשפחתית, רועה את הצאן של אביו באזור הגבול עם ממלכת הזולו. במהלך מלחמת הבורים הראשונה בותה ביחד עם אביו אספו תחמושת עבור הלוחמים בטרנסוואל והטרידו שליחים צבאיים בריטים.