Kurz vor Ende ihrer Amtszeit war sie von Anfang Dezember 2012 bis Anfang Januar 2013 vier Wochen erkrankt. Bei ihrer Abschlussrede gestand sie Fehler im Bürgerkrieg in Libyen ein, und sie übernahm die Verantwortung bei dem Botschaftsangriff in Bengasi. Clinton hatte außerdem, wie nach ihrem Ausscheiden aus dem Amt bekannt wurde, syrische Rebellen im dortigen Bürgerkrieg bewaffnen wollen.