В первые дни грузино-абхазской войны 1992—1993 гг. его дом в селе Меркула Очамчирского района был разрушен при обстреле грузинскими танками. Никитченко вместе с семьёй ушёл в горный город Ткуарчал (Ткварчели), где занялся организацией обороны и жизнеобеспечения взятого в блокаду Очамчирского района. Был заместителем командующего Восточным фронтом Абхазии Мераба Кишмария, руководил операциями по освобождению восточной части Абхазии. За боевые заслуги получил орден Леона.