במהלך תקופת השיקום היה העבד לשעבר ג'יימס ובסטר סמית' לצוער האפרו-אמריקאי הראשון באקדמיה הצבאית של ארצות הברית בווסט פוינט. לאחר תחילת לימודיו ב-1870, טורטר סמית' קשות על ידי צוערים לבנים. אחד מאחייניו של בלקנאפ, גם הוא צוער באקדמיה, ננזף על שהשתתף בהתעללות בסמית'. במקרה נוסף, סמית' נעצר והועמד לדין בפני בית דין צבאי על שהתכתש עם צוער לבן, אף על פי שהוא טען שזה היה מקרה של הגנה עצמית. מייג'ור גנרל אוליבר א. הווארד, תומך בזכויות האזרח של השחורים, שניהל את המשפט, זיכה את סמית' מרוב האישומים והטיל עליו עונש קל על התנהלות בלתי ראויה. החלטה זו עוררה את זעמם של אנשי התביעה המשפטית של האקדמיה שב-20 בנובמבר 1870 עתרו רשמית בפני בלקנאפ. במקרה נוסף של התעללות, בינואר 1871, נעצר סמית' על שכביכול לא זקף את ראשו בעת צעידה, ושוב, היה זה לאחר שעבר התעללות מידי הצוערים הלבנים. הווארד היה אז כבר מוצב במערב ארצות הברית והנהלת האקדמיה הייתה נחושה להדיח את סמית'. הפעם הוא הורשע והוגשה עתירה על המקרה שלו לבלקנאפ. ניתנה המלצה להרחיקו, אך בלקנאפ התערב אצל הנשיא גרנט, שהמיר את גזר הדין להשארתו של סמית' שנה נוספת באקדמיה, כך הוא נאלץ לחזור על שנתו הראשונה באקדמיה. סמית' המשיך בהכשרתו באקדמיה עד 1874, כאשר הוא נבחן אישית על ידי פרופסור פיטר ס. מיצ'י, שתמך בעליונות הגזע הלבן, בניגוד למסורת של ווסט פוינט, וטען שסמית' נכשל. סמית' דחה את ההזדמנות להיבחן מחדש ונאלץ לעזוב את האקדמיה. ב-1871 מונה למפקד האקדמיה הצבאית, מייג'ור גנרל תומאס ה. רוגר, שתוך שנתיים גרם להפחתת מקרי ההתעללות ועשה מאמצים רבים למגר התנהגות בלתי ראויה. בלקנאפ העריץ את רוגר וגיבה את אופן ניהולו בווסט פוינט וציין "אני מאוד מרוצה עם הצלחת הניהול שלך ומהשיחות עם קצינים בכל הדרגות וכן עם אזרחים שהיו שם מאז שנכנסת לתפקידך...". בעקבותיו של סמית' הגיעו אפרו-אמריקאים נוספים לווסט פוינט והראשון לסיים שם את הכשרתו היה הנרי א. פליפר ב-1877. ב-1997 הכיר הנשיא ביל קלינטון בעוול שנעשה לסמית' והעניק לו הסמכה בדיעבד כבוגר האקדמיה בדרגת לוטננט משנה.