Разлад с Хобсоном ещё больше сблизил Кларка с Макдермоттом. Секретарь ИРБ Макдермотт и казначей ИРБ Кларк де-факто руководили всей организацией, хотя формально президентом ИРБ был Шеймус Дикин, а позднее — Деннис Маккаллох. В 1915 году Кларк и Макдермотт образовали Военный комитет в структуре ИРБ, чтобы подготовить то, что впоследствии стало Пасхальным восстанием. В этот комитет, помимо Кларка и Макдермотта, вошли Пирс, Кент и Джозеф Планкетт. В июле 1915 году скончался Иеремия О’Донован, Кларк организовал его торжественные похороны и использовал их (а также блестящую надгробную речь Пирса) для того, чтобы мобилизовать Добровольцев и внушить им необходимость действовать немедленно. Кларк наладил отношения с профсоюзным лидером Джеймсом Коннолли, главой Ирландской гражданской армии — организации, созданной для защиты дублинских рабочих во время забастовок. В январе 1916 года Коннолли вошёл в Военный комитет, позднее (в апреле) в него был включён ещё и Томас Макдона. Эти семь человек позднее подписали Прокламацию о создании республики. Кларк, как самый старший и уважаемый, подписался первым. Считалось, что Кларк должен был объявить себя президентом и главнокомандующим, однако он отказался принимать какой-либо ранг или почести, полномочиями был наделён Пирс, более известный и уважаемый в национальном масштабе.