Навесні 1918 року разом із чехословацьким з'єднанням переїхав на Далекий Схід. Перебуваючи у Владивостоці, очолив 8-й чехословацький стрілецький полк, воював проти більшовиків у Сибіру, а згодом виконував функції командувача уральського та бенгенського фронтів білогвардійських військ. У лютому 1919 року став командиром 3-ї чехословацької стрілецької дивізії. У тому ж році був обраний делегатом Верховного командування білогвардійських військ у Сибіру. Перебування Льва Прхали при командуванні білогвардійських військ у Сибіру та участь у війні проти більшовиків під час громадянської війни в Росії визначили в майбутньому його стійку антирадянську позицію і водночас москвофільські погляди білого спрямування. 14 серпня 1920 року у зв'язку з поразкою білогвардійських військових сил на Далекому Сході та наступом більшовиків Лев Прхала припинив свої повноваження та емігрував у Францію.