Em 1823, o convento abrigou o quartel das tropas que lutaram na Guerra da Independência. Entre o ano de 1832 e 1833, por três dias o convento foi tomado por revolucionários armados. Em 1855, com a epidemia de cólera que assolou o Recôncavo Baiano, o convento se transformou em hospital para atender os contaminados, com os freis sendo os enfermeiros. Um frei chamado Estanislau foi contaminado pela cólera, vindo a óbito. No ano de 1857, o convento abrigou temporariamente no pavimento térreo, a Câmara Municipal, o Tribunal do Júri, a Audiência de Correição e o Quartel da Polícia, enquanto o Paço Municipal passava por obras. Em 1865, o convento abrigou os soldados de Voluntários da Pátria, que seguiam para a Guerra do Paraguai.