Algerie debuterte i 1998, samme år som nabo og rival Marokko. Algerie var imidlertid ikke med i kvalifiseringen til Afrikamesterskapet i 1998. Algerie møtte imidlertid Marokko til kvalifisering til Afrikamesterskapet i 2000, et oppgjør Algerie tapte klart. Det ble ingen kvalifisering i 2002, men i 2004 kvalifiserte Algerie seg til Afrikamesterskapet ved å slå ut Mali med ett mål sammenlagt. I gruppespillet kom Algerie i gruppe med nettopp Mali, i tillegg til Nigeria og Kamerun. Algerie greide nok en gang å slå Mali, men tapte for de to favorittene.