קרואטיה השתתפה לראשונה במשחקים הפאראלימפיים באולימפיאדת הנכים אטלנטה (1996). עד משחקים אלו, התחרו הספורטאים המקדונים במסגרת המשלחת היוגוסלבית, ובמשחקים שנערכו ב-1992 השתתפו ספורטאים קרואטים, לצד ספורטאים ממדינות סלובניה, מקדוניה ובוסניה והרצגובינה כמשתתפים עצמאיים. במשחקי החורף לוקחת קרואטיה חלק מאז אולימפיאדת הנכים סולט לייק סיטי (2002).