Stojan Župljanin (serbiska: "Стојан Жупљанин"), född 28 september 1951 i Maslovare i Kotor Varoš, är av en av Haagtribunalen misstänkt bosnienserbisk krigsförbrytare. Han efterlystes 1999 av den Internationella krigsförbrytartribunalen för forna Jugoslavien i Haag. Han misstänks för krigsbrott begångna mot civila bosnienkroater och bosniaker i Bosnien-Hercegovina under 1990-talets inbördeskrig.