Am 10. April 2010 gehörte Janusz Krupski zur polnischen Delegation um Staatspräsident Lech Kaczyński, die anlässlich des 70. Jahrestages des Massakers von Katyn zur Gedenkstätte nach Russland reiste. Er kam gemeinsam mit weiteren hochrangigen Staatsvertretern Polens bei dem Flugzeugabsturz bei Smolensk ums Leben. Er hinterließ Ehefrau und sieben Kinder.