Auch wird seine Rolle als Führer der RPF kritisch gesehen: Sowohl der Einmarsch in Ruanda im Jahr 1990 als auch der Einmarsch in den Kongo im Jahr 1996, welcher den Beginn des ersten Kongokrieges darstellt, werden als nicht völkerrechtlich legitimiert und somit als Angriffskrieg betrachtet. In einem Report der Vereinten Nationen aus dem Jahr 2001 wird Kagame (und ebenso Museveni) Beteiligung beziehungsweise Einflussnahme im zweiten Kongokrieg mit dem Ziel der massiven Plünderung der Bodenschätze Ostkongos vorgeworfen. Zeitweise wurden 70 % der kongolesischen Coltanvorkommen von Ruanda kontrolliert.