După aceea a servit ca reprezentant al Lituaniei în Germania (1927-1930), Liga Națiunilor (1937), Polonia (1938) și din nou în Germania (1938-1941). După ocupația sovietică a Lituaniei în 1940, Škirpa a fugit în Germania și a fondat Frontul Activist Lituanian cu caracter antisemitic și antipolonez, o organizație efemeră având scopul precis de eliberare a Lituaniei cu sprijinul naziștilor. După invadarea URSS de către Germania în iunie 1941, Škirpa s-a întors în Lituania și a încurajat populația să ucidă evrei prin intermediul transmisiunilor radio. Până la finalul acelui an, au fost uciși 2,500 de evrei în urma progromurilor, iar unitățile Einsatzgruppe au ucis 133,346 de oameni dintre care 114,856 erau evrei.