Po jejím pádu v roce 1797 přešel pod vládu Rakouska jako součást provincie Dalmácie až do roku 1918. Začátek rakouské nadvlády města přerušily Napoleonské války a krátké osvobození, kdy město získala v letech 1813-1814 Černá Hora. Po Berlínském kongresu bylo navráceno zpět Rakousku. V rámci něj se stal Kotor jedním ze třinácti okresních měst Dalmácie. Poté se stal součástí Království Srbů, Chorvatů a Slovinců (SHS), které bylo v roce 1929 přejmenováno na Jugoslávii. V době druhé světové války byl okupován Itálií (1941–1943) a Německem (1943–1944). Poté se stal opět součástí Jugoslávie v rámci republiky Černá Hora. Od roku 2006 je součástí nezávislé Černé Hory.