La ville fut d'abord une forteresse, fondée en 1732. Selon la tradition, son nom lui vient de la forêt de chênes voisine — en , "doub", signifie « chêne ». À l'origine Doubovka était surtout peuplée de Cosaques, mais beaucoup d'entre eux participèrent à l'insurrection paysanne de Pougatchev, et furent expulsés après son échec. Doubovka reçut le statut de ville en 1803, mais le perdit par la suite, avant de le retrouver en 1925. Depuis lors, elle est aussi le centre administratif du raïon Doubovski.