Во главе своего экипажа Андреев участвовал в обороне Рижского залива, Моонзундских островов, Таллина, битве за Ленинград. Его эсминец уничтожал вражеские транспорты, обстреливал вражеские военно-морские базы, скопления техники и живой силы в прибрежной полосе. С ноября 1941 года служил в оперативном отделе штаба Балтийского флота, будучи начальником отделения, заместителем начальника отдела. Активно участвовал в разработке планов морских и десантных операций Балтийского флота. Так, в августе-октябре 1942 года он участвовал в обеспечении высадки десантов в Усть-Тосно, у банки Суханевской, разгроме немецкого десанта у острова Сухо. В 1943 году Андреев принимал активное участие в демонстративно-разведывательной операции у острова Соммерс. Помимо этого, организовывал оперативные перевозки войск и военных грузов Ленинградского фронта. В апреле-мае 1945 года лично участвовал в подготовке и проведении десантных операций флота при штурме крепости Пиллау и очищению косы Фрише-Нерунг в Восточной Пруссии, был назначен начальником штаба военно-морской базы в Пиллау.