Cerkiew Opieki Matki Bożej powstała na terenie wsi Rubcowo, należącej do dworu carskiego, w celu upamiętnienia ostatecznego odparcia polskiej interwencji w Rosji w epoce Dymitriad. Pierwsza drewniana świątynia na miejscu dzisiejszej cerkwi powstała w 1619, w 1626 zastąpiono ją kamienną budowlą z trzema ołtarzami. Budynek stanowił typowy przykład architektury sakralnej epoki carów Fiodora I i Borysa Godunowa. W tym samym roku obiekt został poświęcony. Ze względu na swoje położenie w osobistym majątku rodziny carskiej cerkiew otrzymała status soboru i była obsługiwana przez protopopa, dwóch kapłanów i diakona. W 1761 świątynia została zmieniona w zwykłą cerkiew parafialną. Obiekt prawdopodobnie poniósł straty w czasie wojny francusko-rosyjskiej r. 1812 i w XIX w. był remontowany: w 1821 odnowiono ikonostas. Generalny remont obiektu miał miejsce w 1869. Ceremonię ponownego poświęcenia świątyni przeprowadził w tym samym roku metropolita moskiewski Innocenty.