1802 stellte General Charles Leclerc d’Ostin ein Expeditionsheer zusammen, um in Saint-Domingue auf der westindischen Insel Hispaniola Aufständische unter Führung Toussaint Louvertures zu bekämpfen (→Haitianische Revolution). Aubry de La Boucharderie meldete sich schon früh als Freiwilliger, u. a. zusammen mit Nicolas Bernard Guiot de Lacour, Philibert Fressinet und François Watrin. Nach dem Tod Leclerc d’Ostins kehrte Aubry de La Boucharderie 1803 zusammen mit Guiot de Lacour nach Frankreich zurück.