1661年，鄭成功在熱蘭遮城之戰後，將荷蘭東印度公司驅離臺灣，在承天府（今臺南市）建立鄭氏王朝。其僚屬陳永華在承天府建立臺灣史上第一座孔廟，也附設學堂，是為「全臺首學」。當時的孔廟也是官學所在地，是當時臺灣的最高學府。康熙22年（1683年），施琅佔領臺灣後建立第一所義學，康熙43年（1704年）設立第一所书院。此後直到光緒21年（1895年）乙未割臺為止，清領臺灣有各式以八股文教育為主的儒學、書院、義學、蕃學和民營書房，這些學校和明鄭時的官學比較接近，尚未進入現代教育體系。