Als Präsident beendete Hayes die Militärbesatzung der letzten Südstaaten, was das endgültige Ende der Reconstruction markierte, aber dort der Jim-Crow-Gesetzgebung und Rassentrennung mit Aushebelung des 14. und 15. Zusatzartikels den Weg ebnete. Damit blieben den Schwarzen im Süden auf viele Jahrzehnte die vollen Bürgerrechte verwehrt. Als der Große Eisenbahnstreik von 1877 in Gewalt ausartete, entsandte er die United States Army zur Wiederherstellung der Ordnung. Hayes initiierte eine Verwaltungsreform, um die Macht der Parteimaschinerie über die staatlichen Behörden zu brechen, womit er sich einflussreiche Republikaner vor allem in New York zu Gegnern machte. Außenpolitisch schlichtete er einen Grenzdisput zwischen Argentinien und Paraguay, der wenige Jahre nach dem Tripel-Allianz-Krieg wieder aufgeflammt war. Er strebte keine zweite Amtszeit an und setzte sich nach seiner Präsidentschaft in seiner Residenz Spiegel Grove zur Ruhe, die sich heute auf dem Gelände des "Rutherford B. Hayes Presidential Centers" befindet.