כעבור שנתיים נמלט מאק מפריז בתחפושת, אולם לא הועסק במשך שנים אחדות בצבא האוסטרי. בשנת 1804 כשמפלגת-המלחמה בחצר האוסטרית נזקקה לגנרל, על מנת להתנגד למדיניות-השלום של הארכידוכס קרל, דוכס טשן, מונה מאק למפקד הצבא, וקיבל הוראות להתכונן למלחמה עם צרפת. מאק עשה כל שביכולתו כדי לתקן את הצבא, ועם פתיחת המלחמה בשנת 1805 הוא מונה למפקד העליון של הכוחות בגרמניה, כשפרדיננד קרל יוזף, ארכידוכס אוסטריה-אסטה משמש כראש מטהו. כתוצאה מכך, מאק החזיק יזם כמה שינויים במבנה הצבא, אולם הם החלישו מאוד את צבאו.