Nato nella nobile famiglia grigione degli Sprecher Von Bernegg (originari di Schanfigg), Fortunat era figlio di Florian ed Elisabetta Sebregonzi. Tra i suoi avi, particolarmente noto era il bisnonno, che aveva preso parte nel 1512 all'occupazione della Valtellina e nel 1515 alla Battaglia dei Giganti, trovandovi la morte.