Tendo jogado nas categorias de base da Dinamarca, estreou pelo selecionado em 1995, na Copa Rei Fahd, vencida pelos nórdicos. Foi convocado, também, para a Eurocopa de 2000 e para as Copas de 1998 e 2002, como reserva de Peter Schmeichel e Thomas Sørensen, respectivamente. Apesar do longo período na Seleção, Kjær disputou apenas 4 jogos.