Seinen ersten Einsatz für die tunesische Nationalmannschaft konnte Khalil am 26. Januar 2016 bei einem 5:0-Sieg gegen die Mannschaft des Niger verzeichnen. Neben diesem Freundschaftsspiel, wurde er in einem weiteren Freundschaftsspiel in diesem Jahr eingesetzt. Er gehörte dem Kader zu der Afrikanischen Nationenmeisterschaft 2016 an, wurde dort aber nicht eingesetzt. Ein Jahr später wurde Khalil ebenfalls für den Afrika-Cup nominiert, kam jedoch erneut auf keinen Einsatz.