Nella stagione 1966-1967 esordisce in Serie A con la maglia della : in particolare, la sua prima partita in massima serie (che è anche l'unica presenza di tutta la stagione) avviene il 28 maggio 1967, all'ultima giornata di campionato, nella partita vinta per 1-0 sul campo della ; rimane in rosa nella formazione toscana anche per la stagione 1967-1968, nella quale pur continuando ad essere una riserva viene impiegato con maggiore regolarità: gioca infatti 4 partite di campionato e 3 partite in Coppa delle Fiere, competizione nella quale il 15 marzo 1967 segna anche il suo primo (ed unico) gol con la squadra viola, realizzando la marcatura del momentaneo 1-1 nella partita di andata del secondo turno di coppa, persa per 2-1 sul campo dei portoghesi dello ; grazie a questa rete, Magli è anche il primo giocatore della Fiorentina ad aver segnato un gol in una competizione europea subentrando dalla panchina (le sostituzioni erano infatti state introdotte proprio a partire da quella stagione).