Дебют Санетти за новую команду состоялся 27 августа 1995 года в домашней игре против «Виченцы». В первом же сезоне Санетти стал игроком основы своего нового клуба. Он сыграл в 32 матчах чемпионата Италии, в которых забил два гола, причём оба — в ворота клуба «Кремонезе». Первый гол Хавьер забил в 12 туре 3 декабря 1995 года, на 19-й минуте открыв счёт во встрече, закончившейся в итоге 2:0 (ещё один гол на счету Маурицио Ганца). В 29 туре «Интер» проводил выездной поединок. Пол Инс открыл счёт, однако игрок «Кремонезе» Андреа Тентони в начале первого тайма счёт сравнял. Он же забил и второй гол своей команды на 82-й минуте, но к тому моменту Санетти на 55-й и другой защитник, Алессандро Пистоне, на 79-й минуте, сделали счёт 3:1. Гол Марко Бранки установил окончательный счёт в игре — 4:2. Также Санетти сыграл в двух матчах Кубка УЕФА, но итальянская команда выступила крайне неудачно, вылетев из турнира на первой же стадии турнира (1/32 финала), уступив по сумме двух матчей швейцарскому «Лугано» (ничья 1:1 в гостях и домашнее поражение 0:1). В Кубке Италии Санетти сыграл в пяти из шести проведённых «Интером» матчей. Команда дошла до полуфинала турнира, но там уступила в обеих встречах — 1:3 во Флоренции и 0:1 в домашнем матче, когда Габриэль Батистута после скоростной контратаки точно пробил в дальний угол ворот хозяев. В итоге именно «Фиорентина» стала обладателем Кубка Италии.