Eenentwintig jaar na de opening werden, ten tijde van de Bataafse Republiek, veel schilderijen door de Franse bezettingsmacht als oorlogsbuit afgevoerd naar Parijs, alwaar zij werden tentoongesteld in het net geopende Louvre in Parijs. In 1800 werd een 'Nationale Konst-galerij' in paleis Huis ten Bosch geopend voor publiek. Als voorbeeld diende het Louvre in Parijs. De Amsterdammer Jan Gerard Waldorp werd door Alexander Gogel aangesteld als 'opzichter'. In de praktijk fungeerde hij als directeur en conservator. Een aantal schilderijen uit de collectie van de Amsterdamse verzamelaar Jan Gildemeester konden toen worden aangekocht op een veiling. Bij de Vrede van Amiens van 1802 werd bevestigd dat de schilderijencollectie van de stadhouder aan de Franse staat was vervallen. Deze vrede hield echter slechts kort stand, door het uitbreken van de Derde Coalitieoorlog in 1805, waarna de voorwaarden in het verdrag als ontbonden werden beschouwd. Toen in datzelfde jaar Rutger Jan Schimmelpenninck als staatshoofd van het Bataafs Gemenebest het paleis Huis ten Bosch betrok, werd de schilderijengalerij aan het Buitenhof weer in gebruik genomen. Het gebouw was gedurende die tijd in gebruik geweest als schermschool.