Nato nel 1779 nella valle del Punilla, nei pressi di Córdoba, Juan Bautista Bustos si trasferì nel 1805 a Buenos Aires, dove curò gli affari della famiglia, attiva nel commercio del cuoio. Tra il 1805 e il 1806 partecipò alla difesa di Buenos Aires e di Montevideo durante le invasioni britanniche; aderì in seguito alla rivoluzione e combatté i realisti spagnoli dai ranghi delle milizie patriottiche.