Com que calia reforçar l'exèrcit, durant l'estiu de 1798 es va decretar una lleva general, que va dur a una revolta dels pagesos dels departaments belgues, de la qual s'acusà els capellans d'haver-la instigada; uns vuit mil sacerdots foren condemnats a la deportació en massa però molts se'n salvaren gràcies a la protecció de la gent. Al final, foren molt pocs els soldats obtinguts per la lleva. En aquestes circumstàncies, la victòria de l'almirall Nelson a la Aboukir (1 d'agost de 1798) va donar als britànics el domini de la Mediterrània i deixà Napoleó aïllat a Egipte. Aleshores, es va formar una Segona Coalició contra França integrada per Gran Bretanya, Nàpols, Àustria, Rússia i Turquia; tanmateix, com que va llençar un atac sense esperar els aliats, Ferran IV de Nàpols fou vençut i obligat a refugiar-se a Sicília.