Junot pocházel ze středostavovské burgundské měšťanské rodiny. Narodil se jako syn Michela Junota (1739–1814) a jeho manželky Marie Antoinetty roz. Bienayme (1735–1806). Junot studoval lyceum v Chatllion sur Seine a pak v Paříži práva. Těsně po výbuchu revoluce se stal vojákem (1790). Vstoupil do praporu dobrovolníků z Cote d´Or a hned po propuknutí války se vyznamenal odvahou a byl 2x raněn, což mu vyneslo hodnost seržanta. Při obležení Toulonu v roce 1793 jej mladý Napoleon Bonaparte ustanovil svým adjutantem a Junot se velmi s Napoleonem sblížil. Tím začíná jeho strmá kariéra. Během italského tažení (1796–1797) byl již plukovníkem. V této kampani byl v bitvě u Lonata (3. srpna 1796) těžce raněn – utrpěl sečnou ránu na hlavě. Fyzicky se uzdravil rychle, ale v důsledku poranění nastaly rozsáhlé psychické změny, které jeho současníci líčí jednotně: rychlé střídání nálad, enormní popudlivost a výbušnost často zcela bez příčiny, omezení intelektu, ztráta zájmů mimovojenských. Změna jeho osobnosti mu vynesla od Napoleona přezdívku „Bouřka“.