2 февраля 2017 года на президиуме Всероссийской федерации волейбола назначен на должность главного тренера мужской сборной России. В первый сезон работы с национальной командой привёл её к победе на чемпионате Европы, а в 2018 году подопечные Шляпникова завоевали золото первого в истории турнира Лиги наций. В феврале 2019 года покинул пост главного тренера сборной России и перешёл на должность руководителя программы подготовки национальной команды к домашнему чемпионату мира-2022.