Церковь Святого Магнуса у Лондонского моста избежала разрушения от масштабного пожара в 1633 году. Во время Великой чумы 1665 года городские власти приказали поддерживать огонь в храмах днём ​​и ночью — в надежде, что воздух будет очищен. В книге Даниэля Дефо «Дневник чумного года» написано, что одним из таких храмов в храм Святого Магнуса. Церковь была одним из первых зданий, разрушенных во время Великого лондонского пожара в 1666 году: здание находилось менее чем в 300 ярдах от пекарни Томаса Фарринера на улице Пудинг-лейн, где начался пожар. Приход нанял каменщика Джорджа Даудсвелла для начала работ по восстановлению в 1668 году: работы велись в период между 1671 и 1687 годами под руководством архитектора Кристофера Рена. Восстановление храма стоило более 9 579 фунтов стерлингов — это была одна из самых дорогих церквей, построенных по проектом Рена. Поскольку церковь Святой Маргариты на улице Нью-Фиш-стрит не была восстановлена ​​после пожара, её приход был объединен с приходом Святого Магнуса.