Mackinnon nasqué a Londres i estudià al Rugby School el Magdalen College de la Universitat d'Oxford. Va ser membre de l'equip del Magdalen College de quatre sense timoner que va guanyar la Stewards' Challenge Cup i la Visitors' Challenge Cup de la Henley Royal Regatta el 1907 i 1908. Aquella tripulació fou escollida per representar el Regne Unit als Jocs Olímpics de Londres en la prova de quatre sense timoner del programa de rem. Fent equip amb John Somers-Smith, Collier Cudmore i Angus Gillan guanyà la medalla d'or. Posteriorment remà amb l'equip d'Oxford que guanyà la regata Oxford-Cambridge de 1909, 1910 i 1911. Mackinnon també fou membre de l'equip que guanyà la Grand Challenge Cup dues vegades i una la Wyfold Challenge Cup.