Lane blev udnævnt til major i den konfødererede arme og tildelt 1. North Carolina Infantry regiment den 11. maj 1861. Forfremmelserne fulgte hurtigt, og han var oberst og leder af 28. North Carolina den 15. september. I Syvdagesslaget i 1862 blev han såret to gange mens han førte sit regiment. Han gjorde tjeneste i generalmajor A.P. Hills division i Stonewall Jacksons 2. Korps i Army of Northern Virginia under Andet slag ved Bull Run og fik sin egen brigade i slaget ved Antietam. Han blev forfremmet til brigadegeneral den 1. november 1862, og overtog ledelsen af 2. brigade i William Dorsey Penders division i Hills 3. Korps i Army of Northern Virginia året efter i maj, ved begyndelsen til Gettysburg kampagnen.