Josef Bieberle schloss 1952 sein Studium der Geschichte und der tschechischen Sprache an der Philosophischen Fakultät der Palacký-Universität in Olmütz ab. Bis 1959 arbeitete er am Lehrstuhl für Marxismus-Leninismus, ab 1959 am Lehrstuhl für Geschichte. Zwischen 1964 und 1966 war er Dekan an der Philosophischen Fakultät der Palacký-Universität in Olmütz. Wegen seiner politischen Tätigkeit während des Prager Frühlings wurde er 1970 aus der Universität entlassen und mit einem Publikationsverbot belegt. Im Jahr 1990 wurde er rehabilitiert und konnte wieder an der Palacký-Universität arbeiten. Im Jahr 1992 wurde er pensioniert, forschte aber als Historiker bis zu seinem Tod.