La prise de Malte est certainement une heureuse distraction à cet ennui et une opération fructueuse. En effet, le , la flotte arrive en vue de Malte. Les rapports entre la République et l'Ordre de Malte ne sont pas bons, puisque la Révolution a aboli les ordres de chevalerie. De plus, la prise semble facile, l'île étant riche et peu défendue, malgré des fortifications jugées imprenables. Presque sans coup férir, Bonaparte s'empare de l'île en une seule journée et en moins d'une semaine il va se payer largement des peines de la conquête - le butin s'élèvera à plusieurs millions de francs, ce qui aidera bien la campagne en Égypte. Le , la flotte française quitte Malte. L'enthousiasme est revenu à bord des divers navires.