Kim Jong-un est le fils le plus jeune et le préféré de Kim Jong-il. Sa mère, Ko Young-hee, née en à Osaka au Japon, retournée en Corée du Nord en , diplômée de l'Université de Musique et de Danse de Pyongyang en 1970, danseuse dans la Troupe d'Art de Mansudae en 1971, est décédée d'un cancer du sein à l'Institut Gustave-Roussy de Villejuif en . Elle avait surnommé son fils . Kim Jong-un est le frère de Kim Jong-chol (né le ) et de Kim Yo-jong (née en 1987), le demi-frère de Kim Jong-nam (né le , assassiné le ) et de Kim Sul-song (née en 1974).