In den Jahren von 1906 bis 1909 vertrat Pernier Halbherr in der Leitung der "Missione Archeologica Italiana" auf Kreta und begann die Ausgrabungen in Rhizenia. Am 3. Juli 1908 gelang ihm in Phaistos der bedeutsamste Fund seiner Karriere: Der Diskos von Phaistos, bis heute eines der bedeutendsten Fundstücke der Bronzezeit. Als 1909 die Scuola Archeologica Italiana di Atene gegründet wurde, wählte man Pernier zu deren ersten Direktor, der diese Position bis 1916 innehatte. Da dies keine anerkannte Stellung im Rahmen einer italienischen Archäologenlaufbahn war, bewarb sich Pernier hin und wieder auf unterschiedliche Stellen in Italien, leitete aber währenddessen von 1911 bis 1914 die Grabungen der "Scuola Archeologica" in Gortyn. Nach Ende des Italienisch-Türkischen Kriegs im Jahr 1912 regte er unmittelbar die archäologische Bestandsaufnahme auf Rhodos und den südlichen Sporaden an, die infolge des Krieges an Italien gefallen waren.