Bedingt durch die exponierte Lage nahe der Grenze zu Indonesien geriet Tawau bald nach Beginn von Konfrontasi zu einem Brennpunkt der Auseinandersetzung. Sicherheitshalber wurden bereits im März 1963 72 Gurkhas in der Stadt stationiert. Andere Einheiten wie die "British No. 2 Special Boat Section" unter Captain D. W. Mitchell folgten. Tawau ähnelte mehr und mehr einer Garnisonsstadt. 1965 wurde ein australischer Geleitzerstörer der River-Klasse in der Cowie Bay stationiert, und eine Staffel Kampfflugzeuge des Typs Sabre flog täglich von Labuan aus kommend über Tawau.