1689年到1690年寫成的《兩篇政府論》是洛克最重要的政治論文。《政府論》的第一篇是對罗伯特·菲尔默的《》（或先祖論即論國王之自然權）的反驳。洛克極力並有效地驳斥了费尼默的君權神授的主張。洛克主张政府的權威只能建立在被统治者擁有的基礎之上，並且支持社會契約論。不過他也強調社會契約論是可以廢除的。在第二篇中洛克則試圖替光榮革命辯護（但根據拉斯萊特的考證，政府論發表之時，光榮革命尚未發生，因此這部著作是在呼喚一場革命而不是為已經發生的革命辯護），提出了一套正當政府的理論，並且主張當政府違反這個理論時，人們就有權推翻其政權。洛克還巧妙的暗示讀者當時英國的詹姆斯二世已經違反了這個理論。