Tras la independencia, el territorio correspondiente a la Intendencia de Arequipa fue designado como departamento mediante decreto del 26 de mayo de 1822. El congreso de 1826 y la Constituyente de 1827 tuvieron como presidente al arequipeño y «lauretano» Javier de Luna Pizarro. Durante el gobierno de Bolívar, después de la victoria de Ayacucho, la ciudad fue un activo centro contrario a la propagación de los poderes dictatoriales del Libertador. Los letrados arequipeños Domingo Tristán, Benito Lazo, Gualberto Valdivia se opusieron de forma pública y tajante a la constitución vitalicia bolivariana. Fruto de la actividad de la Academia Lauretana fue la fundación del Colegio Nacional de la Independencia Americana y de la Universidad Nacional de San Agustín creadas en 1827.