Als Notarzt im Einsatz und diensthabend in der Bombennacht des 13. Februar 1945 am Dresdner Hauptbahnhof hinterließ Ernst zahlreiche Erlebnisberichte von Betroffenen und eigene Schilderungen. Noch in der Nacht hat er mit weitgehend eigenen Mitteln das Parkhotel Weißer Hirsch als Notlazarett und erste Auffangstelle eingerichtet, wobei er viele Kollegen zur Mitarbeit gewinnen konnte. Hier wurden vom 14. Februar bis 7. Mai 1945 über 6000 Verletzte, Kranke und Hilfsbedürftige versorgt. Nach dem Einmarsch der Roten Armee wurde trotz Verbots der Sowjets und der Behörden das Notlazarett noch weitergeführt. Am 12. Mai 1945 erhielt Ernst zusammen mit Fleischer durch den sowjetischen Kommandeur Vollmachten zum Aufbau des Dresdner Gesundheitswesens. Fünf Tage später, am 17. Mai, wurde Ernst die Leitung des Krankenhauses Dresden-Loschwitz (ehemals "Sanatorium Dr. Möller") übertragen, die er bis Januar 1946 innehatte. Vom 27. November 1946 bis 31. Dezember 1949 war Ernst als Internist und Röntgenarzt dienstverpflichtet am Krankenhaus der Sowjetischen Militäradministration (SMAD) im ehemaligen Lahmann-Sanatorium.