Amikor Louise 17 éves lett, 1571-ben, édesapja tanácsára házasságot kötött, Charles de Téligny gróffal (1535–1572), IX. Károly francia király egyik kedvenc udvaroncával. Ám a házasság nem tartott sokáig, ugyanis mind Louise férjét, mind édesapját az augusztus 24-i Szent Bertalan éjszakáján lemészárolták, mert nem voltak hajlandóak áttérni a katolikus hitre. Lujza anyósánál maradt, Jacqueline d’Entremonts-nál és időközben sikerült Svájcba menekülnie. Itt élt egy darabig Bázelben, majd Bernben.