Trong cuộc chiến tranh Xô-Đức (1941-45), quân Đức và Rumani tiến vào Krym cũng thông quân eo Perekop. Trận chiến ở đây kéo dài 5 ngày và kết thúc vào ngày 24 tháng 9 năm 1941 khi Hồng quân Liên Xô buộc phải triệt thoái. Trong Chiến dịch Krym (1944), việc vượt qua eo đất Perekop thành công đóng một vai trò quan trọng trong chiến thắng của quân đội Liên Xô.