Durante os períodos colonial e imperial, a administração das cidades brasileiras era feita pela Câmara Municipal, escolhida por meio de eleições diretas. Com a República, surgiu uma nova divisão do poder municipal, separando-se o poder executivo e administrativo, exercido pelo prefeito, e o poder legislativo da Câmara. No entanto, ainda em 1905, São Carlos não possuía um prefeito, e sim um intendente, que não era soberano em relação à Câmara, a qual ainda administrava, de fato, a cidade. Em 1908 foi nomeado o primeiro prefeito da cidade. Em 1929, com um novo código de posturas, houve o fortalecimento do poder executivo centrado no prefeito, transferindo-se muitas das atribuições antes da Câmara para a prefeitura. Em 1948, é eleito de forma direta o primeiro prefeito. Em 1953, a estrutura administrativa municipal se tornou mais complexa, com a divisão de tarefas entre novas repartições. Nas décadas seguintes, a prefeitura passou por sucessivas reformas administrativas: em 1960, 1967, 1971, entre outras.