Nach der jordanischen Eroberung der Altstadt wurden alle jüdischen Einwohner, etwa 1500 Menschen, vertrieben. Dabei sorgte Paul Ruegger vom Internationalen Komitee vom Roten Kreuz persönlich für sicheres Geleit ins israelisch gehaltene westliche Jerusalem. Der neue jordanische Staat konzentrierte sich auf den Ausbau seiner Hauptstadt Amman und Umgebung; das Westjordanland und die Jerusalemer Altstadt wurden unter jordanischer Regierung vernachlässigt. Verschärfend kam hinzu, dass die Altstadt von der Infrastruktur abgeschnitten war, die sich in der Neustadt befand, nun israelisches Staatsgebiet. Jordanien investierte in den 1960er Jahren in den christlichen und muslimischen Pilgertourismus Jerusalems. Das verfallende Jüdische Viertel war davon ausgeschlossen, und jüdische religiöse Stätten wurden absichtlich profaniert. Die jordanische Verwaltung sprengte die beiden großen aschkenasischen Synagogen wegen ihrer militärischen Bedeutung. Sie definierte die Klagemauer in eine rein islamische heilige Stätte um, die Mohammeds magischer Stute al-Buraq gewidmet war. Nach israelischen Quellen war kurz vor dem Sechstagekrieg eine amerikanische Baugesellschaft damit beauftragt worden, das jüdische Viertel komplett abzureißen und auf dem Areal einen öffentlichen Park anzulegen. Einige palästinensische Flüchtlinge, die in der Zwischenkriegszeit die leerstehenden Häuser bezogen hatten, seien deshalb evakuiert und in einem Lager bei Shu’afat angesiedelt worden.