מנדוסה היה חלק מ"תור הזהב" של הכדורגל הקולומביאני בין השנים 1987–1995. הוא שיחק בארבעה טורנירי קופה אמריקה למעט הטורניר של 1991. שיחק גם במוקדמות מונדיאל 1990 שבו העפיל עם הנבחרת לטורניר הגמר אבל לא שיחק בו. כעבור 3 שנים הבטיח עם הנבחרת את ההעפלה למונדיאל 1994 אחרי ששיחק באותו משחק היסטורי ב-5 בספטמבר 1993 שבו הביסה את 0-5. בטורניר הגמר שיחק במשחק האחרון בשלב הבתים שבו קולומביה ניצחה את 0-2 והודחה מהטורניר. בסך הכל הופיע 67 פעמים במדים הלאומיים וכבש שני שערים.