Kesulitan lain muncul ketika parlemen Kekaisaran, Majelis Umum, dibuka pada tahun 1826. Pedro I dan banyak anggota legislatif menginginkan badan yudikatif yang independen, badan legislatif yang dipilih oleh rakyat, dan pemerintahan yang dipimpin oleh kaisar dengan berbagai wewenang dan hak prerogratif. Anggota parlemen lain mendukung struktur serupa, tetapi menginginkan agar peran kaisar dikurangi dan agar badan legislatif menjadi badan yang dominan dalam pembuatan kebijakan dan pemerintahan. Akibatnya, antara tahun 1826 hingga 1830, terjadi perdebatan mengenai badan mana yang sebaiknya mendominasi pemerintahan. Karena tidak mampu mengurus masalah di Brasil dan Portugal secara bersamaan, Kaisar mengundurkan diri dan digantikan oleh putranya, Pedro II, pada 7 April 1831. Pedro I kemudian langsung berlayar ke Eropa untuk mengembalikan putrinya ke takhta.