Die militärische Überlegenheit des Perserreiches beginnt Wirkung zu zeigen. Unter dem Feldherren Harpagos wird der Ionische Aufstand in Kleinasien immer weiter zurückgedrängt. Die Insel Zypern, die sich den Aufständischen angeschlossen hat, wird wieder unter die Kontrolle der Achämeniden gebracht. Auch die von den Ioniern eroberte Regionalhauptstadt Sardis wird zurückerobert und der Satrap Artaphernes befreit, der sich mit einer kleinen Garnison in der Burg verschanzt hat. Anschließend nimmt dieser an der persischen Gegenoffensive teil und erobert Klazomenai und Kyme, wodurch sich Aristagoras, der Initiator des Aufstandes, zur Flucht aus Milet nach Thrakien genötigt sieht. Er kommt dort bei einem kleineren Gefecht ums Leben, wodurch der Aufstand seiner Führungsfigur beraubt wird.