W reprezentacji Belgii Walem zadebiutował w 1991 roku. W 2000 roku razem z drużyną narodową pojechał na mistrzostwa Europy, na których "Czerwone Diabły" zostały wyeliminowane już w pierwszej fazie turnieju. W 2002 roku Johan zagrał natomiast na mistrzostwach świata. Na tej imprezie Belgowie zajęli drugie miejsce w swojej grupie i awansowali do 1/8 finału. W tej fazie turnieju zespół Roberta Waseige przegrał 2:0 z późniejszymi zwycięzcami mundialu - Brazylijczykami. Po mistrzostwach Walem zakończył reprezentacyjną karierę. Dla drużyny narodowej zaliczył łącznie 36 występów, w których zdobył dwa gole.