Stojković totalizzò 84 presenze e 16 gol con le maglie della Jugoslavia e della RF Jugoslavia (di cui fu capitano in tutti e 7 gli anni di militanza con quest'ultima). Con la prima giocò a Euro 1984 e alla Coppa del Mondo 1990, con l'ultima giocò alla Coppa del Mondo 1998 e ad Euro 2000.