La saison 2016-2017 est marquée par le parcours en Ligue Europa et l'émergence de jeunes talents comme Kasper Dolberg, Matthijs de Ligt, Justin Kluivert, Davinson Sánchez ou encore le portier André Onana. L'équipe menée par Peter Bosz se hisse en finale de la compétition. Après avoir éliminé des clubs comme Schalke 04 ou l'Olympique lyonnais, elle s'y incline face à Manchester United sur le score de 2-0.