Construido durante la Guerra de Secesión, Fort Stevens era la instalación militar primaria en el complejo Three Fort Harbor Defense System de la desembocadura de Río Columbia. Los otros dos fuertes del sistema eran Fort Canby y Fort Columbia en la ribera de Washington del río. El fuerte fue construido para resguardar la boca de río de un eventual ataque británico durante las tensiones regionales derivadas de la Guerra del Cerdo de 1859–70 en las Islas San Juan, manteniéndose relevantes durante la Disputa de la frontera de Alaska cuando las tensiones británico-norteamericanos escalaron una vez más a casi una guerra.