Die ersten Jahre der neuen Provinz wurden wesentlich von den Hexenprozessen von Salem sowie vom King William’s War (1689–97) bestimmt. Nach der Revolte gegen Andros wurde die koloniale Verteidigung aus den Grenzgebieten zurückgezogen, die in der Folge wiederholt von französischen und indianischen Truppen aus dem kolonialen Neufrankreich und Akadien überfallen und ausgeraubt wurden. Mit dem Queen Anne’s War brach 1702 ein weiterer Krieg aus, der bis 1713 andauern sollte. Joseph Dudley, zu dieser Zeit Gouverneur der Provinz, organisierte die koloniale Verteidigung und konnte erreichen, dass es im Vergleich zum vorhergehenden Krieg weniger Plünderungen gab. Dudley sandte darüber hinaus 1704 und 1707 Truppen nach Akadien, das zu dieser Zeit ein beliebter Zufluchtsort für französische Freibeuter war, und forderte aus London Verstärkung an, um entschiedener gegen Neufrankreich vorgehen zu können. 1709 stellte die Provinz Truppen für einen Feldzug gegen Kanada zusammen, der jedoch noch vor Beginn wieder abgesagt wurde. 1710 wurde der Feldzug hingegen durchgeführt und endete mit der Eroberung der Akadischen Hauptstadt Port Royal.