Sein erstes A-Nationalmannschaftsspiel leitete Gil Manzano am 28. März 2016 mit dem Freundschaftsspiel zwischen Liechtenstein und den Färöer-Inseln (2:3; drei gelbe Karten). Am 10. September 2018 leitete er mit dem Gruppenspiel zwischen Schweden und der Türkei sein erstes UEFA-Nations-League-Spiel. Er war Schiedsrichter von einem Gruppen-, einem Achtelfinal- sowie dem Spiel um Platz Drei der U-20-Fußball-Weltmeisterschaft 2019. Im Zuge eines Austauschprogrammes zwischen dem südamerikanischen Fußballverband CONMEBOL und der europäischen UEFA wurde Gil Manzano am 21. April 2021 als Hauptschiedsrichters für die Copa América 2021 ausgewählt, wo er zwei Gruppen- und ein Viertelfinalspiel leitete; er war damit der erste europäische Schiedsrichter, der in der Copa América eingesetzt wurde.