En 1423, Navarin, comme le reste du Péloponnèse, subit son premier raid ottoman, mené par Turahan Beg, qui se répète en 1452. C'est également à Navarin que l'empereur Jean VIII Paléologue s'embarque en 1437, en direction du Conseil de Ferrare, et où le dernier despote de Morée, Thomas Paléologue, s'embarque avec sa famille en 1460, à la suite de la conquête ottomane du Despotat de Morée. Après 1460, la forteresse, ainsi que les autres avant-postes vénitiens, Monemvasia et la péninsule du Magne, demeurent les seules zones de la péninsule tenues par les chrétiens. Le contrôle vénitien sur Navarin survit à la première guerre vénéto-ottomane (1463-79), mais pas à la seconde (1499-1503) : après la défaite vénitienne à la bataille de Modon en , la garnison de 3 000 hommes se rend, bien qu'elle soit bien approvisionnée pour un siège. Les Vénitiens réussissent cependant à la reprendre peu de temps après, le 3/, mais le , une attaque commune sur terre et sur mer des Ottomans, menée par Kemal Reis et Hadım Ali Pacha permet sa reconquête.