Suomen sisällissodan aikana Liljeström esitti helmikuussa 1918 valkoisten ylipäällikölle Mannerheimille sotilassoitto-opiston perustamista, ja hän toimi sitten perustetun Korsholman sotilassoitto-opiston johtajana. Kesäkuussa 1918 Lilijeström nimitettiin Suomen armeijan ensimmäiseksi ylikapellimestariksi. Viron vapaussodan aikana 1919 Lilijeström oli valkoisen armeijan ylikapellimestarina ja musiikkimajurina. Liljeström kuoli tuberkuloosiin syyskuussa 1922, ja hänet haudattiin Savonlinnaan.