Lýsandros musel sice v dalším roce odevzdat velení, přesto po boku nového spartského velitele Kalikratida nadále řídil vojenské operace. Athénská flota byla obklíčena Sparťany u ostrova Lesbos. V této kritické chvíli bylo v Athénách rozhodnuto vrhnout do boje veškeré dostupné rezervy, pročež byla vyslána flota, která v roce 406 př. n. l. donutila Sparťany k bitvě u Arginuských ostrovů. Prý to byla největší námořní bitva, jakou mezi sebou Helénové dosud svedli a skončila skvělým vítězstvím Athén. Nicméně kvůli zanedbané záchraně topících se námořníků došlo k pověstnému arginuskému procesu, který skončil popravou několika vítězných athénských stratégů, čímž se Athéňané sami připravili o zkušené velitele.