Maher ha criticado frecuentemente las teorías de conspiraciones del 11-S, declarando por ejemplo el 14 de septiembre de 2007 en su programa Real Time," estos locos que todavía creen que el gobierno tiró abajo las torres gemelas en explosión controlada tienen que dejar de pretender que yo soy el que está siendo ingenuo. ¿Cuán lunática ha de ser una persona para ver en TV en vivo a dos aviones comerciales gigantes cargados de combustible estrellarse contra dos edificios, desatando un infierno masivo que ardió durante dos horas, y luego pensar 'bueno, si tú piensas que eso es la causa...' "?.