Na czele Egipskiego Dżihadu stoi Ajman al-Zawahiri, uważany za bliskiego współpracownika Osamy bin Ladena. Szejk Omar Abdel Rahman, skazany za udział w spisku, który doprowadził w lutym 1993 do zamachu bombowego na World Trade Center, jest duchowym przywódcą tego ugrupowania.