La guerre civile syrienne marque toutefois un frein à ces relations, la France accusant le gouvernement syrien de massacres qui auraient été commis à cette occasion. La France a cependant participé à des bombardements que Leurs Béatitudes les patriarches orthodoxe, syriaque-orthodoxe et grec-melkite catholique d’Antioche Jean, Ignace Ephrem et Joseph Absi ont condamné, les qualifiant notamment d'« agression injuste » qui « encourage les organisations terroristes ».