Havent sol·licitat passar a Amèrica a la primera ocasió que s'hi enviés cavalleria, és nomenat comandant del regiment de Caçadors-Dragons, destinat a reforçar l'exèrcit realista acantonat a Lima, que es trobava proper a operar a la capitania general de Xile. No obstant això, quan l'expedició espanyola va arribar a la seva destinació, l'exèrcit llibertador del general José de San Martín ja havia derrotat a la seva contrapart realista a les planes de Maipú. La meitat dels transports espanyols van ser capturats per l'esquadra patriota, podent desembarcar únicament algunes restes de l'expedició a Talcahuano, entre els quals es trobava el regiment de Bobadilla. Aquest regiment va actuar durant la Segona campanya al sud de Xile que van dirigir els exèrcits patriotes contra els últims reductes realistes a la regió. Després de participar en diversos combats de la campanya, al març de 1822 passa al Perú per sol·licitar auxilis per a la plaça de Chiloé. Serveix a la Segona Campanya d'Intermedis dirigida pel general independentista Andrés de Santa Cruz, incorporant-se a l'exèrcit realista del Sud manat pel general Jerónimo Valdés. Participa en la Batalla de Zepita i a les accions de Sicasica i Ayo Ayo. El 1824 s'incorpora a l'estat major de l'Exèrcit del Nord, comandat pel general José de Canterac, combatent a la Batalla de Junín i finalment a la d'Ayacucho, després de la qual va capitular al costat de la resta de l'exèrcit reial. El general anglès Guillermo Miller el recordaria a les seves memòries com "un home alegre, summament entretingut i de fatxa molt militar".