La chiesa venne completamente ricostruita nel 1278, arretrandone la facciata rispetto alla precedente chiesa romanica. La nuova chiesa, in stile gotico, più grande della precedente, venne realizzata nello stesso stile dei palazzi della famiglia, con i quali è direttamente collegata e dei quali riprende le arcate ogivali e il paramento a strisce bianche e nere, realizzato alternando marmo bianco e pietra di Promontorio; a sottolineare il suo ruolo di centro prestigioso della consorteria sulle liste di marmo bianco sono descritte le imprese della famiglia Doria. Infine tra il 1308 e il 1310 fu realizzato il chiostro, a sinistra della chiesa, dietro al palazzo di Branca Doria.