詹姆斯被任命为海軍大臣，在第二次英荷战争和第三次英荷战争中他是英國皇家海军最高指挥官，雖然他作戰勇敢負責，但英軍仍在兩次英荷戰爭中落居下風，草草收場。1664年，荷兰殖民地新阿姆斯特丹被攻克后被改名为纽约（新约克），作为对他的成果的纪念。他也是从事奴隶贸易的皇家非洲公司的首领。