Estas normas fueron impugnadas en varios casos y llevó a que la Corte Suprema de Justicia se pronunciara a favor de la validez constitucional de las leyes 13.234 y 14.785, y de los decretos 2628/60 y 2639/60. En esos fallos la Corte sostuvo que era "notoria la existencia del estado de subversión y violencia generalizada" y convalidó “las tareas de investigación, para el arresto, la intervención de los Consejos de Guerra Especiales, el allanamiento de domicilios y la adopción de los procedimientos sumarios del Código de Justicia Militar”, aclarando que como el decreto 6495/61 derogó los decretos 9680/58 y 2628/60, no subsistían las condenas militares impugnadas legalmente. Pese a esta última decisión de la Corte, los consejos de guerra se mantuvieron y cientos de personas permanecieron detenidas, hasta que se dictó la amnistía el 12 de septiembre de 1963.Al asumir Frondizi la Presidencia cesaron por renuncia los jueces de la Corte Suprema que habían sido designados por el golpe de Estado militar de 1955. Frondizi, con acuerdo del Senado, designó a los integrantes de la nueva Corte incluyendo a dos -Alfredo Orgaz y Benjamín Villegas Basavilbaso- que ya habían ejercido ese cargo nombrados por el citado gobierno militar.