Боснийская война 1992—1995 годов привела к существенному изменению этно-конфессиональной картины, в частности процент католиков в стране снизился из-за массовой миграции боснийских хорватов в независимую Хорватию. Множество католических храмов было разрушено в ходе боевых действий.