В 1994 году Бутрос-Гали безуспешно пытался провести решение о военном вмешательстве ООН с целью остановить кровавую гражданскую войну в Руанде. Несмотря на возраставшую непопулярность среди стран-членов ООН, в частности США, в 1996 году Бутрос-Гали объявил о намерении баллотироваться на второй срок, но США наложили на его кандидатуру вето, и новым генеральным секретарём Организации Объединённых Наций был избран дипломат из Ганы — Кофи Аннан.