Дебютував за збірну Хорватії в 1991 році в товариському матчі проти Румунії, а востаннє вийшов у формі збірної в 1999 році в товариському матчі проти збірної Франції. За всю кар'єру в національній збірній Хорватії Бобан зіграв 51 матч і забив 12 голів. Був капітаном збірної на Євро-96 та Чемпіонаті світу у Франції, де хорвати стали бронзовими призерами.