Nella Repubblica Democratica del Congo, invece, a seguito della guerra civile in Ruanda del '94, il dittatore Mobutu Sese Seko fu deposto nel '96-'97 da un esercito composto dai ribelli Tutsi cacciati dal Ruanda, col sostegno armato dell'Uganda e dell'Angola, guidato dal generale Laurent-Désiré Kabila, che si insediò a Kinshasa al suo posto come Presidente (ripristinandone tra l'altro il nome Congo, che aveva all'indomani della sua indipendenza, prima del golpe di Mobutu). Tuttavia quando Kabila nel '98 tentò di rimandare indietro le forze ugandesi e ruandesi, esse si allearono con i Tutsi congolesi del Kivu per controllare tale regione ricca di oro, diamanti e coltan, mentre Kabila cercò l'appoggio degli Hutu congolesi e degli altri Stati africani, come Angola, Namibia, Zimbabwe, Ciad, Libia e Sudan, iniziando una seconda guerra civile. Kabila morì nel 2001, nel corso della guerra, ma il Parlamento di Kinshasa elesse come successore suo figlio Joseph Kabila, riconfermato nel 2006. Le forze ruandesi e ugandesi si ritirarono nel 2002, a seguito di un accordi di pace, ma il conflitto proseguì su scala regionale tra il governo di Kinshasa e i ribelli tutsi congolesi del Kivu, guidati dal tutsi Laurent Nkunda, e nella regione dell'Ituri. L'entità ed estensione del conflitto ha fatto parlare di una "guerra mondiale africana", con oltre 5 milioni di morti e un numero maggiore di profughi e sfollati.