Au cours de la guerre contre la Turquie, il conduisit ses troupes à Slatina-Timiş le 13 septembre 1788, où il s'empara d'une colline défendue par les Ottomans avec 400 soldats. En août de l'année suivante, il combattit à Mehadia. Werneck s'illustra ensuite le 30 septembre 1789 au à la tête de la colonne d'attaque. Les unités placées sous ses ordres comprenaient un bataillon du régiment "Stain", un bataillon de grenadiers et une compagnie de volontaires. Après la chute de Belgrade le 7 octobre, il fut nommé général-major le 9 du même mois, avant d'être fait chevalier de l'ordre militaire de Marie-Thérèse le 19 décembre 1790.