Милан Петржела в 2003 году привлекался в сборную Чехии для игроков не старше 20 лет. В составе этой команды полузащитник дебютировал 9 октября 2003 года в товарищеском матче с командой Англии. Всего Петржела сыграл за молодёжную сборную 6 матчей, из которых 3 товарищеских и 3 в рамках чемпионата мира 2003.