В 1930-е годы, дипломатические отношения между двумя странами осложнились с приходом к власти Адольфа Гитлера, в соседней Германии, и расширяющегося Советского Союза на востоке. В августе 1939 года Германия и СССР заключили договор о ненападении, заявив, что они не будут атаковать друг друга, если будет война в Европе и, что граница между ними будет проходить на территории Польши. Этот договор был известен как пакт Молотова-Риббентропа. Во время Второй Мировой Войны, дипломатические отношения между Мексикой и Польшей не прекращались. Мексика решительно осудила вторжение и оккупацию Польши немецкими и советскими войсками. В мае 1942 года Мексика объявила войну Германии. Чтобы показать солидарность с польским народом, Мексика в 1943 году приняла более 2 000 польских беженцев, в том числе 1400 детей-сирот проживавших в штате Гуанахуато в центральной части Мексики. После войны, многие беженцы остались жить в Мексике.