Das bereits seit dem 6. Jahrhundert existierende Bistum "Egitânia" (heute "Idanha-a-Velha") wurde im Jahr 1199 auf Bitten König Sanchos I. vom Papst Innozenz III. nach Guarda verlegt. In der Folgezeit wurde ein romanischer Vorgängerbau abgerissen und ein Nachfolger gebaut, der jedoch – wegen der Verstärkung der Stadtmauer – gegen Ende des 14. Jahrhunderts auf Betreiben König Fernandos I. (reg. 1385–1433) ebenfalls abgerissen wurde. Die heutige Kathedrale entstand – etwa gleichzeitig mit dem Kloster Batalha – ab dem Jahr 1390 auf Betreiben des Bischofs Vasco de Lamego nach der für die Portugiesen siegreichen Schlacht von Aljubarrota (1385). Sie wurde im Jahr 1517 fertiggestellt.