En enero de 1962, Sanders dirigió un mitin en el edificio administrativo de la Universidad de Chicago para protestar contra el segregacionismo de las políticas de alojamiento del campus, propuestas por el presidente universitario George Wells Beadle. «Sentimos que es una situación intolerable que estudiantes universitarios negros y blancos no puedan vivir juntos en departamentos que pertenecen a la universidad», expresó Sanders en la protesta. Él y otros 32 estudiantes entraron al edificio y se plantaron ante la oficina del presidente realizando con ello el primer plantón a favor de los derechos civiles en la historia de Chicago. Semanas después, Beadle y la universidad formaron una comisión para investigar la segregación. Sanders también participó en la Marcha sobre Washington por el Trabajo y la Libertad de 1963. Ese verano fue condenado culpable de resistirse al arresto durante una manifestación contra la segregación racial en las escuelas públicas de Chicago y recibió una multa de 25 dólares.