Linna rakennettiin kuitenkin pian uudelleen, ja sen sai hallintaansa Torii Mototada, Tokugawa Ieyasun vasalli. Vuonna 1600 linna kukistui kuuluisassa piirityksessä, jota johti Ishida Mitsunari. Torii Mototada puolusti linnaa urhoollisesti yhdentoista päivän ajan, viivyttäen Ishidan joukkoja ja antaen herralleen aikaa koota oma armeijansa. Sillä oli ratkaiseva vaikutus Sekigaharan taisteluun, joka käytiin pian piirityksen jälkeen ja joka merkitsi Tokugawa Ieyasun lopullista voittoa kilpailijoistaan.