Vóór 1218 stichtten de kanunniken naast hun eigen kerk een aparte parochiekerk, de Sint-Janskerk. Vanaf dat moment deed de Servaaskerk nog slechts dienst als kapittel- en pelgrimskerk. De bedevaartsfunctie kreeg een sterke impuls door de instelling van de heiligdomsvaart, voor het eerst genoemd in 1391, maar zeker ouder. Vooral in de 15e eeuw was Maastricht daardoor een topbestemming voor pelgrims (die daarvoor of daarna Aken en Kornelimünster aandeden). De gasthuizen van Sint-Jacob en Sint-Servaas, die beide aan het kapittel toebehoorden, vingen de pelgrims op. Door de Reformatie, de Tachtigjarige Oorlog en epidemieën nam de stroom pelgrims in de 16e eeuw sterk af. Na de verovering van Maastricht door Frederik Hendrik (Beleg van Maastricht, 1632) kon het kapittel blijven voortbestaan. De Sint-Janskerk moest echter worden overgedragen aan de protestanten, waarna de Sint-Jansparochie kerkte in de kapel van het Sint-Jacobsgasthuis.