Στις 15 Μαρτίου 2016, η (FIGC) επιβεβαίωσε ότι ο Κόντε θα παραιτηθεί από την προπονητική με την εθνική ως Euro 2016. Αν και πολλοί οπαδοί και μέλη των μέσων ενημέρωσης ήταν αρχικά επικριτικοί για την τακτική του Κόντε και το επίπεδο της ιταλικής ομάδας που επιλέχθηκε για τον διαγωνισμό, η Ιταλία συμμετείχε το τουρνουά με μια πολλά υποσχόμενη νίκη με 2-0 επί της ευρωπαϊκής ομάδας του Βελγίου στις 13 Ιουνίου. Μετά από τη νίκη, ο Κόντε επέδειξε έπαινο από τα μέσα μαζικής ενημέρωσης για την ενότητα της ομάδας, την αμυντική δύναμη και την τακτική προσέγγισή του στον αγώνα, γεγονός που εμπόδισε το Βελγίο να δημιουργήσει πολλές ευκαιρίες για σκοράρισμα. Ο Κόντε οδήγησε την Ιταλία από την ομάδα στον 16ο γύρο, με έναν αγώνα στις 17 Ιουνίου μετά από μια νίκη 1-0 εναντίον της Σουηδίας. Η Ιταλία δεν είχε κερδίσει τον αγώνα της δεύτερης ομάδας σε ένα σημαντικό διεθνές τουρνουά από το Euro του 2000, στο οποίο ο Κόντε είχε εμφανιστεί ως παίκτης. Ο Κόντε οδήγησε την Ιταλία στην κορυφή του γκρουπ, την πρώτη φορά σε μεγάλο τουρνουά από το Παγκόσμιο Κύπελλο του 2006. Μετά την νίκη με  2-0 στο γύρο των 16 έναντι της Ισπανίας, ο Κόντε αντιμετώπισε έπειτα τους αντιπάλους της Γερμανίας στους ημιτελικούς του τουρνουά, η οποία έληξε με 1-1 μετά από μια παράταση και 6-5 υπέρ της Γερμανίας μετά από το αποτέλεσμα των πέναλτι, τελειώνοντας την συμμετοχή του ως προπονητής της Ιταλίας.