Das Gericht schloss die Beweisaufnahme am 4. Mai 2012 ab. Am 28. Juni 2012 sprach es Karadžić in einem von insgesamt elf Anklagepunkten, dem Völkermord in bosnischen Gemeinden, frei. Zwei Wochen vor diesem Zwischenurteil forderte er in Den Haag seinen Freispruch in allen elf Anklagepunkten. Im Verlauf des Prozesses wurden ihm noch zehn weitere Verbrechen angelastet. Er blieb unter anderem für das Massaker an muslimischen Jungen und Männern in Srebrenica wegen Völkermordes sowie in neun weiteren Punkten wegen Kriegsverbrechen und Verbrechen gegen die Menschlichkeit weiterhin angeklagt.