Das Gefängnis wurde von Joshua Jebb (1793–1863) entworfen und 1850 als "Mountjoy Gaol" eröffnet. Es spielte wie das Kilmainham Gaol eine Rolle im Irischen Unabhängigkeitskrieg (1919–1921) und im Irischen Bürgerkrieg (1922/1923), als Kämpfer der irischen Unabhängigkeitsbewegung hier inhaftiert waren und eine Anzahl von ihnen starben bzw. hingerichtet wurden. Die Hinrichtung von Kevin Barry (1902–1920) im Mountjoy Prison, die erste eines republikanischen Gefangenen seit dem Osteraufstand 1916, löste internationale Aufmerksamkeit und Proteste u. a. aus dem Vatikan aus. 1942 war auch der IRA-Aktivist und Schriftsteller Brendan Behan kurzzeitig im "Mountjoy" inhaftiert.