Seuraavana vuonna hän löi myös Preussin Jenan ja Auerstedtin taistelussa (14. syyskuuta 1806). Näin Napoleonista tuli myös Saksan tosiasiallinen hallitsija. Marssittuaan Puolan halki ja voitettuaan Venäjän armeijan Friedlandin taistelussa hän solmi Venäjän keisarin Aleksanteri I:n kanssa Tilsitin sopimuksella rauhan ja liiton, jolla nuo kaksi suurvaltaa jakoivat Euroopan keskenään. Venäjä hyökkäsi Ruotsiin ajatuksena pakottaa Ruotsi mukaan Britannian kauppasaartoon, sillä kovan diplomaattisen taivuttelun osoittauduttua tuloksettomaksi Aleksanteri joutui Napoleonin painostuksesta julistamaan vuonna 1808 Ruotsille sodan, joka tunnetaan Suomen sotana. Sen seurauksena Suomi liitettiin osaksi Venäjää. Suomesta tuli tällöin Venäjän vallan alainen ja 1809 perustettiin Suomen suuriruhtinaskunta. Ranskan osasta Puolaa tehtiin Varsovan herttuakunta, jonka johtoon asetettiin saksilainen kuningas.