22 июня 1941 года гитлеровцы вторглись в СССР и уже 3 июля захватили Белосток. В сентябре гестапо арестовало учёного и его жену. Линденбаум погиб в 1941 году в нацистском концлагере Аукштейи-Паняряй (Понары, близ Вильнюса, точная дата неизвестна), жену убили, видимо, в этом же или в следующем году.