Während des Krieges gegen Österreich führte Brandenburg sein Regiment 1866 in den Kämpfen bei Skalitz, Schweinschädel sowie bei Königgrätz. Nach dem Prager Frieden erhielt er den Rang und die Gebührnisse als Brigadekommandeur sowie für seine Leistungen während des Krieges die Schwerter zum Kronenorden II. Klasse. Unter Stellung à la suite seines Regiments und unter Belassung in seiner Stellung als Flügeladjutant folgte am 30. Oktober 1866 seine Ernennung zum Kommandeur der 1. Garde-Kavallerie-Brigade ernannt. Als solcher wurde Brandenburg am 22. März 1868 zum Generalmajor befördert unter gleichzeitiger Ernennung zum General à la suite des Königs. Ende November 1869 nahm er im Auftrag Wilhelms I. an der Beisetzung des Fürsten Albert von Schwarzburg-Rudolstadt teil.