McClellan kemudian ditarik ke Washington dan memimpin pasukan untuk mempertahankan ibu kota. Saat pasukan Jenderal Lee bergerak ke utara menuju Maryland, pasukan McClellan mencegatnya dan terlibat dalam Pertempuran Antietam pada tanggal 17 September 1862. Lagi-lagi pergerakan McClellan dianggap kurang cepat hingga tidak berhasil mengalahkan pasukan Jenderal Lee. Akibatnya Lincoln menariknya dari kesatuan pada bulan November 1862.