1938 yılında Avusturya, Nazi Almanyası tarafından ilhak edildi, böylece Çin Cumhuriyeti ile Avusturya arasındaki ilişkiler tekrar kesilmiş oldu. İkinci Dünya Savaşı sonrasında bu ilişkiler kısa bir süre için yeniden kuruldu, ancak 1949 yılında Çin Halk Cumhuriyeti kurulduktan sonra Avusturya Pekin'deki büyükelçiliğini kapattı; Çin İç Savaşı'nı kaybetmenin sonucu olarak Tayvan Adası'na çekilmeye zorunda kalmış Çin Cumhuriyeti devleti de ertesi yıl Viyana'daki büyükelçiliğini kapattı. Buna rağmen, Avusturya'nın 28 Mayıs 1971'de en sonunda Çin Halk Cumhuriyeti ile diplomatik ilişkiler kurmasına dek, Avusturya ile anakaradan kovulmuş Çin Cumhuriyeti devleti arasındaki ilişkilere devam edildi.