W sierpniu czechosłowacki rząd emigracyjny wystąpił do władz brytyjskich z prośbą o przeniesienie Batalionu do Wielkiej Brytanii, ale Brytyjczycy odmówili. Natomiast 20 października przetransportowali go do oblężonego przez wojska niemiecko-włoskie Tobruku, gdzie podlegał polskiej Samodzielnej Brygadzie Strzelców Karpackich dowodzonej przez generała brygady Stanisława Kopańskiego. Batalion przez 158 dni w tym 51 w walce, uczestniczył w obronie Tobruku tracąc 14 żołnierzy zabitych i 81 rannych. Następnie pozostawał w rejonie Tobruku, początkowo pod rozkazami brytyjskiego XIII Korpusu, a następnie hinduskiej 38 Brygady Piechoty. W marcu 1942 został przeniesiony do Egiptu i ponownie do Palestyny, gdzie podporządkowano go brytyjskiej 4 Brygadzie Przeciwlotniczej w Hajfie. 21 kwietnia Batalion przeorganizowano w 200 Czechosłowacki Lekki Pułk Przeciwlotniczy – Wschód.