Nach dem verlorenen Krieg gegen Preußen und der Annexion des Kurfürstentums trat Bauer am 30. Oktober 1866 in die Preußische Armee über und wurde dem 1. Westpreußischen Grenadier-Regiment Nr. 6 aggregiert. Nach seiner Beförderung zum Major erhielt er am 25. September 1867 das Kommando über das in Posen stationierte II. Bataillon. Bauer führte sein Bataillon 1870/71 im Krieg gegen Frankreich bei Weißenburg und Wörth, vor Paris und am Mont Valérien. Während der Schlacht bei Sedan wurde er schwer verwundet. Ausgezeichnet mit beiden Klassen des Eisernen Kreuzes wurde er nach dem Friedensschluss am 18. November 1871 Kommandeur des Füsilier-Bataillons und am 18. Januar 1872 zum Oberstleutnant. Infolge seiner bei Sedan erlittenen Verwundung war Bauer nicht mehr feldverwendungsfähig. Er wurde daher am 18. Juni 1874 unter Verleihung des Charakters als Oberst mit Pension zur Disposition gestellt und zum Kommandeur des Landwehrbezirks Stettin ernannt. Bauer erhielt am 19. Mai 1882 das Patent zu seinem Dienstgrad und Mitte Dezember 1888 den Kronen-Orden II. Klasse mit der Zahl „50“. Unter Verleihung des Charakters als Generalmajor wurde er am 15. Oktober 1889 von seiner Stellung entbunden.