איציג מת ב-1806 והוחלף על ידי המשכיל הרדיקלי אלעזר בן-דוד, שהשקפתו הייתה זהה כמעט לזו של פרידלנדר. הוא ראה את תפקידו כטיפוח נתינים מועילים למלך פרוסיה, והציע לצמצם את הדת למעט יותר מאשר דאיזם. הוא צירף תלמידים נוצרים וערך תפילות משותפות ברוח אוניברסלית. את שיעורי היהדות הגביל מאוד, אף כי הוסיף שעתיים של לימוד עברי-טייטש (גם לנוצרים), כדי להקנות את היכולת לתקשר עם יהודי פולין לצורכי מסחר. השם העברי 'חברת חינוך נערים' חדל מלהיות מוזכר, והדו"חות של המנהל התנהלו רק בגרמנית ורק בציון השם Freyschule, מגמה שחפפה לדעיכת ההשכלה בפרוסיה בכלל. ב-1810 חזר המוסד להורות מתוך הביאור המנדלסוני, אך במשורה. תקוותיו של בן-דוד לאמנציפציה ליהודים התגשמו ב-1812, אך לאחר תבוסת נפוליאון והריאקציה שבעקבותיה, הורו הרשויות להוציא את כל התלמידים הנוצרים. מספר התלמידים ירד עד עשרים בשנים מסוימות, והמסגרת נקלעה לקשיים כספיים ניכרים. ב-1825 הסכימו פרנסי הקהילה ליטול על עצמם ישירות את התמיכה בבית הספר החופשי, והוא נסגר ומוזג במוסדות החינוך הקיימים.