В сезоне 2008—2009, после пропущенного предыдущего года, Ода принял участие в двух второстепенных турнирах «Nebelhorn Trophy» и «Мемориал Карла Шефера», которые выиграл. Так как рейтинг ИСУ у него, из-за пропуска соревнований, понизился, то в серии Гран-при Ода получил только один, домашний, этап — NHK Trophy. Там он также завоевал золото. На чемпионате Японии, в отсутствии пропускающего сезон из-за травмы Дайсукэ Такахаси, Ода выиграл своё первое золото этого турнира. На чемпионате Четырёх континентов стал только четвёртым.