Son baptême du feu a eu lieu durant la guerre du Kosovo où sur les , un groupe de neuf a participé à l'opération "Allied Force", et un maximum de six simultanément. Ils auraient d'ailleurs à cette occasion été détectés et suivis pendant leur mission par le , implanté près de Dreux. Le , deux B-2 ont lâché leurs bombes sur des cibles yougoslaves, au cours d'une mission de .