La temporada 2013-14 el seu equip va tenir un destacat rendiment, aconseguint el segon lloc en la Sèrie A. Pjanić va fer una bona temporada en la qual va jugar 35 partits i va marcar 6 gols, i va renovar el seu contracte amb el club. A l'any següent, els "giallorossi" van tornar a ser subcampions d'Itàlia.