Su padre era Alonso de la Puente y Martel (Medellín, 1482 - f. España, 1542), XI señor de Almonaster, que siendo adolescente había sido paje del príncipe Juan que falleciera joven en 1497 y de los Reyes Católicos, luego pasó a ser gentilhombre de la Casa Real y fue enviado para la Conquista de Orán en 1509, y posteriormente, lo mandaron al vecino reino para tratar con su soberano Manuel I de Portugal —sobre algunas cuestiones relativas al descubrimiento de Brasil el 22 de abril de 1500 por la flota lusitana comandada por Pedro Álvares Cabral— y luego pasó a la América española donde tuvo una encomienda entregada por Pedro Arias Dávila, primer gobernador de Castilla de Oro, en donde residiendo en la entonces capital Santa María la Antigua del Darién también fue tesorero en 1514 y en 1518.