Η Γιουγκοσλαβία και η Ελλάδα διατήρησαν στενές σχέσεις. Η Ελλάδα υποστήριξε την Γιουγκοσλαβία στον Πόλεμο της Βοσνίας, ενώ αρνήθηκε να παραχωρήσει στρατιωτικές βάσεις για χρήση από το ΝΑΤΟ. (για μια πιο εμπεριστατωμένη ανάλυση των ελληνογιουγκοσλαβικών-ελληνοσερβικών σχέσεων στην δεκαετία του 1990, βλέπε Ελληνο-Σερβικές σχέσεις) Η Ελλάδα ήταν η μόνη χώρα που εξέφρασε την αντίθεση της με την νατοϊκή επίθεση στη Γιουγκοσλαβία το 1999 και, σύμφωνα με τις δημοσκοπήσεις της εποχής, η ελληνική κοινή γνώμη ήταν ομόφωνα κατά της επέμβασης. Μάλιστα η επίσκεψη του αμερικανού προέδρου Μπιλ Κλίντον τον Νοέμβριο του 1999 στην Ελλάδα συνοδεύτηκε από μαζικές αντιαμερικανικές διαδηλώσεις.