На 31 декември 1999 г. президентът Елцин подава оставка заради събитията в Чечня и тежката икономическа криза. Назначеният малко по-рано за министър-председател Владимир Путин печели президентските избори през 2000 г. Путин отвръща на чеченските опълченци, в резултат на което избухва Втората чеченска война. С поредица от успешни и добре организирани военни операции в Чечня и Дагестан опълченското движение е смазано, въпреки че и до днес се наблюдава насилие в района. Така Русия възвръща своя контрол над Чечня и тя става отново субект от Росийска Федерация. Високите цени на нефта и инвестициите, помагат на икономиката да расте в продължение на 9 поредни години. Подобрява се стандартът на живот в големите градове и се увеличава влиянието на Росия на световната сцена. Въпреки че много реформи, направени по време на председателството на Путин, са критикувани от западните държави, както и организации като ООН,