Am 20. Januar 1807 wurde Egloffstein zum Oberst und Brigadier befördert. Das Rheinbund Regiment wurde nach Pommern verlegt, wo es an der Belagerung von Kolberg teilnehmen sollte. Aber bereits auf dem Weg dorthin desertierte die Hälfte der Mannschaften. Nach dem Frieden von Tilsit wurde das Regiment nach Usedom und Wolin verlegt, wo es von Typhus und Ruhr dezimiert wurde. Auch Egloffstein erkrankte dort. Vom 20. August bis 12. November 1807 stand es in Swinemünde. Bereits in Tramm war ein Teil des Gepäcks bei einem Feuer vernichtet worden. Erst am 8. Dezember 1807 erreichten die verbliebenen wieder Weimar. Das Regiment wurde im Jahr 1808 wieder aufgefüllt. Im März 1809 sammelte es sich unter General Royer in Würzburg. Es zog im Rahmen des Fünften Koalitionskrieges über Ingolstadt und Regensburg nach Passau. Nach der Niederlage Österreichs wurde das Regiment Ende Juli 1809 nach Innsbruck verlegt, um dort gegen die aufständischen Tiroler zu kämpfen. Am 4. August 1809 kam es in Mittenwald zu Gefechten mit den Tirolern. Egloffstein wurde bei den Kämpfen verletzt, aber ein Teil des Regiments unter Oberst von Germar wurde in Oberau eingeschlossen und musste sich am Abend des 5. Augusts ergeben. Am Ende hatte das Regiment 40 Offiziere und 946 Mann an Toten und Gefangenen verloren. Es wurde über Salzburg nach Wien beordert und ergänzt. In Wien wurde es am 23. September 1809 von Napoleon gemustert. Bei dieser Gelegenheit verlieh er dem Oberst Egloffstein das Kreuz der Ehrenlegion und gab dem Regiment zusätzlich zwei Kanonen. Nun marschierte das Regiment nach Spanien.