Las primeras opciones de conservación y desarrollo del área natural protegida se plasman en el programa de manejo emergente, elaborado como preámbulo hacia la definición del programa de manejo para el área de Cuatro Ciénegas, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 24 de marzo de 2000, y representa el instrumento básico de trabajo de conservación y desarrollo del sitio importante para el Gobierno e instituciones nacionales e internacionales. El humedal de Cuatro Ciénegas está contemplado en un criterio de Ramsar 2 y 7 (Moncada et al. 2002).