A prisão não foi danificada durante o bombardeio a Tóquio durante a Segunda Guerra Mundial e o Supremo Comando das Forças Aliadas tomou controle das instalações durante a ocupação do Japão para abrigar suspeitos de crimes de guerra enquanto aguardavam julgamento pelo Tribunal Militar Internacional para o Extremo Oriente. Após a conclusão do julgamento, a prisão de Sugamo foi utilizada para encarcerar alguns dos condenados e foi o local de execução de sete internos sentenciados à morte por enforcamento em 23 de dezembro de 1948.