Il fait ses débuts avec son nouveau club lors de la quatrième journée du championnat, sur la pelouse de l'US Lecce, le . Il est titulaire et les deux équipes se séparent sur un score nul (1-1). Quatre jours plus tard, lors de la journée suivante, il marque son premier but sous ses nouvelles couleurs face au L. R. Vicence Virtus mais les Napolitains s'inclinent sur le score de deux buts à un. Les mauvais résultats de l'équipe, qui ne gagne aucun match après huit journées, amènent Zeman, l'homme à l'origine de la venue de Jankulovski à Naples, à être limogé. Il est remplacé par Emiliano Mondonico, qui en quête de résultats préfère utiliser le Tchèque avec parcimonie ou le laisser sur le banc. Jankulovski refait son apparition de façon plus régulière avec l'équipe en fin de saison mais n'empêchera pas la descente de Naples en Serie B, le club terminant le championnat à la 17e place (sur 18).