Biskop Mogens var den siste biskopen i Hamar før reformasjonen. I 1537 ble han, tross motstand, tatt til fange av den danske hærføreren Truid Ulfstand og sendt til Antvorskov kloster på Sjælland i Danmark. Der ble han holdt fanget til sin død i 1542. Bispegården fikk navnet "Hamarhus slott" da den ble omgjort til residens for lensherren. Bispedømmet ble underlagt Oslo. Domkirken var enda i bruk, men ble ikke ivaretatt. I 1567, under den Nordiske 7-års krigen, ble Hamarhus slott beleiret av den svenske kong Eriks hærfører, Johan Siggeson, som sprengte den i lufta med krutt.