Shehata on toiminut Egyptin maajoukkueen päävalmentajana vuodesta 2004 lähtien. Hän on johdattanut Egyptin Afrikan-mestaruuteen vuosina 2006, 2008 ja 2010. Viimeisin mestaruus oli samalla historiallinen, sillä Shehatan luotsaamasta Egyptistä tuli ensimmäinen maa, joka on juhlinut Afrikan mestaruutta kolme kertaa peräkkäin.