Cette nouvelle organisation affaiblit sensiblement le pouvoir central et n'empêche pas les conflits entre les États. L'intervention du gouvernement central dans les domaines de compétence des États provoque de nombreuses querelles avec les libéraux qui estiment que les États manquent encore d'autonomie. La guerre civile colombienne de 1860-1862 voit s'affronter militairement les partis conservateur et libéral. Les premiers souhaitent un État centralisé fort et un grand pouvoir pour l'Église tandis que les seconds souhaitent un État fédéral laissant un grand pouvoir aux États fédérés et une mise à l'écart de l'Église dans les affaires de l'État.