Logo após a esmagadora vitória de Nelson na Batalha do Nilo, Smith foi enviado ao Mediterrâneo como capitão do , um navio de linha de 80 armas que tinha sido trazido para a Marinha Real Britânica. Não foi uma nomeação puramente naval, embora ele tivesse sido ordenado a colocar-se sob o comando do Lord St. Vicent, o comandante-em-chefe do Mediterrâneo. St Vincent deu-lhe ordens como Comodoro, com permissão para tomar navios Britânicos sob o seu comando, conforme exigido no Levante. Ele também realizou uma missão militar e diplomática para Istambul, onde seu irmão era agora um Ministro Plenipotenciário da Sublime Porta. A  tarefa da missão era fortalecer a oposição Turca a Napoleão e para ajudar os Turcos a destruir o exército francês, preso no Egito. Esta dupla nomeação causou Nelson, que era o oficial sênior em São Vicente, no Mediterrâneo, a ressentir a aparente autoridade de Smith no Levante. A antipatia de Nelson afetou negativamente a reputação de Smith nos círculos navais.