El Genoa en la siguiente temporada, en 1899, vuelve a participar del torneo con algunos cambios. Cambió su nombre de "Genoa Cricket y el Athletic Club" a Genoa Cricket y Football Club. Además cambió su camiseta esta vez lucía de color blanca con rayas azules. En ese año volvió a salir campeón (consiguiendo su segundo "scudetto") en un torneo que tuvo cita el día 16 de abril, tras vencer en la final al Internazionale Torino por 3-1. Para la temporada de 1900 ganó su tercer "scudetto". venció en semifinales al Sampierdarenese 7-0 y en la final derrotó 3-1 al FBC Torinese.