В феврале 2002 года Фергюсон был назначен пилотом шаттла Атлантис «Атлантис» STS-115. Полёт планировался на май 2003 года, но из-за катастрофы «Колумбии», полёты шаттлов были приостановлены на полтора года. Полёт «Атлантис» STS-115 состоялся в сентябре 2006 года, это был первый космический полёт Кристофера Фергюсона.