Az ország határain belül Moldova haderején kívül más katonai erő is szerveződött az országban. A Dnyeszter Menti Köztársaság hadereje 5000 fő körül mozog és mellettük még körülbelül 1000 fős kozák haderő is szerveződött. A transznisztriai konfliktus hatása, hogy egyre csökkenő számú, orosz haderő is állomásozik az országban békefenntartóként.