Terug in Marseille, hielp Barbaroux een royalistische opstand de kop in te drukken en een radicale club van Jakobijnen daar te vestigen. Hij werd in 1793 gekozen tot afgevaardigde van Marseille in de Nationale Conventie met 775 stemmen tegen en 776 stemmen voor. Hij werd een tegenstander van de Montagnards en van Maximilien de Robespierre en diens schrikbewind. Barbaroux was tegen de Septembermoorden en viel Jean-Paul Marat regelmatig aan, door met temperamentvolle toespraken en hartstochtelijke verhalen door te geven dat Jean-Paul Marat het soort monster was waar de Franse Revolutie tegen was begonnen. Barbaroux was ook tegen het vestigen van de Parijse Commune. Ook stemde hij tegen de dood van koning Lodewijk XVI (thans Louis Capet) in januari 1793. Hij pleitte voor een levenslange gevangenisstraf. Omdat de meeste Jakobijnen voor de Septembermoorden waren, er deel aan namen en omdat ze voor de doodstraf van Louis Capet waren, stapte Barbaroux uit de club en voegde zich bij de girondijnen.