לאחר שזכה בתואר השחקן המצטיין ב2006, משך חסן עניין מצד קבוצות כמו פולהאם, גלאזגו ריינג'רס, ניוקאסל יונייטד ואספניול, ולבסוף החליט לחתום באנדרלכט מליגת העל הבלגית בהעברה חופשית, לאחר שהחליט שלא לחדש את חוזהו בבשיקטש. חסן היה לשחקן חשוב בהתקפת הקבוצה, כשהוא מבשל ומבקיע שערים רבים. הוא זכה עם המועדון בשלושה תארים מקומיים: אליפות בלגיה, הגביע הבלגי והסופר קאפ הבלגי. בעונת הצהיר חסן כי זו היא עונתו האחרונה במועדון וכי הוא מתכוון לחזור למצרים בעקבות משפחתו.