Фридрих Рутнер је рођен у Хебу, (данашња Чешка), био син лимнолога Франца Рутнера (1882 - 1961). Студирао је медицину на Универзитету у Бечу, где је 1936 због незаконитих активности везаних за националсоцијализам привремено искључен из студија. (Аустрија до 1939. није била анектирана од стране Трећег рајха). Докторирао је 1938. године и постао члан НСДАП (Националсоцијалистичка њемачка радничка партија), (члан број 6360728). Од 1939. био је члан Института за генетска биолошка истраживања ("Erbbiologische Forschungsinstitut") радећи са Херманом Боехмом (нем. "Hermann Boehm"), професором Расне хигијене у Водећој школи Немачког лекарског удружења ("Führerschule der Deutschen Ärzteschaft") у Алт Рехсеу, под чијим је менторством био подучаван генетици ""Наследне биологије и расне хигијене"" у контексту Нацистичке расне теорије. Чланство у школи било је ограничено на чланове Нацистичке странке који су показали "политичку поузданост" а образовање није било усредсређено на медицинску, него на идеолошку обуку у складу са расном политиком нацистичке Немачке са циљем да се постигне расна чистоћа. Као бивши члан НСДАП-а пре и после Аншлуса, СА ("Sturmabteilung") и СС-а ("Schutzstaffel"), смењен је из универзитетске службе 1945. од стране Савезника услед њихове политике денацификације