Les protozoaires intestinaux du genre "Entamoeba" étaient présents dès l'origine de l'humanité en étant commensaux du tube digestif des primates. L'espèce "E. histolytica" a probablement suivi les migrations humaines hors d'Afrique, jusqu'aux zones tempérées, en se révélant pathogènes au néolithique avec l'adoption d'un mode de vie sédentaire basé sur l'agriculture.