В 1989 году Мексика отозвала своего посла из Панамы, после предъявленных Соединёнными Штатами обвинений президенту Панамы Мануэлю Норьеге в отмывании денег и торговле наркотиками. В декабре 1989 года Соединённые Штаты вторглись в Панаму и свергли Мануэля Норьегу. В сентябре 1992 года Мексика и Панама восстановили дипломатические отношения. В настоящее время двусторонние отношения между Мексикой и Панамой достаточно крепкие.