Kilisede görev yaptıktan sonra babasının papalık atamalarıyla kardinal oldu. Ağabeyinin 1498'deki ölümünden sonra kardinallikten istifa etti. Bu görevden istifa eden ilk kişi olarak tarihe geçmiştir. 1500'lü yıllarda Fransa Kralı XII. Louis'ye paralı asker olarak hizmet verdi ve İtalya Savaşları'nda Milano ve Napoli'yi istila etti. Aynı zamanda İtalya'nın merkezinde papalığa bağlı bir devlet kurdu fakat babasının ölümünden sonra iktidarı elinde tutamadı. Machiavelli'ye göre bu güç kaybının sebebi öngörü eksikliği değil Borgia'nın yeni bir papa yaratma konusundaki başarısızlığından kaynaklanıyordu.