Створана на тэрыторыі былога Дорпацкага біскупства ў Інфлянтах, якое ахоплівала гістарычна-геаграфічны рэгіён Угаўнія. У пачатку Інфлянцкай ваны 1558 — 1582 гг., у ліпені 1558 г. Дорпат быў заняты войскамі Івана IV, таму Дорпацкае біскупства не брала ўдзел ў актах падданства вялікаму князю літоўскаму Жыгімонту II Аўгусту і унійным працэсе з ВКЛ. Пасля адваявання Інфлянтаў у Рускага царства Стэфан Баторый разглядаў землі Дорпацкага біскупства як здабытую тэрыторыю, дзе ён не быў звязаны якімі-небудзь абавязкамі. У 1582 г. манарх падпісаў «Інфлянцкую канстытуцыю», паводле якой створаны Дорпацкі прэзідыят. Дорпацкі прэзідыят, як і іншыя саноўнікі Інфлянтаў, не атрымаў месца ў Сенаце Рэчы Паспалітай. Паводле «Інфлянцкай ардынацыі» 1598 г. прэзідыят перайменаваны ў ваяводства. Дорпацкія ваявода і кашталян сталі сенатарамі. У час вайны Рэчы Паспалітай са Швецыяй 1600 — 1629 гг. шведскія войскі ў 1625 г. узялі Дорпат. Паводле Альтмаркскага перамір'я 1629 г. Дорпацкае ваяводства засталося за Швецыяй, але ў Рэчы Паспалітай працягвалася намінацыя на дорпацкія ўрады. Паводле Аліўскага міру 1660 г. Рэч Паспалітая канчаткова прызнала за Швецыяй заваяваную ёю частку Інфлянтаў. Намінацыя на ўрады дорпацкага ваяводы і кашталяна спынілася, але на іншыя дорпацкія ўрады (абозны, войскі, гараднічы, канюшы, лоўчы, мечнік, падкаморы, падстолі, падсудак, падчашы, пісар земскі, скарбнік, стольнік, стражнік, харунжы, чашнік) працягвалася да канца існавання Рэчы Паспалітай.