באוגוסט 1998 פלשו רואנדה ואוגנדה שוב לקונגו והחלה מלחמת קונגו השנייה, במטרה להפיל את קבילה, שהיה בן ברית לשעבר של מוסווני ונשיא רואנדה, פול קגאמה. מוסווני וכמה יועצים צבאיים קרובים קיבלו את ההחלטה לשלוח את כוח ההגנה של העם האוגנדי (UPDF) לתוך הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו. מספר מקורות מקומיים מצביעים על כך שהפרלמנט האוגנדי והיועצים האזרחיים לא התייעצו על העניין כפי שהוא נדרש על ידי החוקה 1995. ככל הנראה שכנע מוסווני את הפיקוד העליון הסרבן לשתף פעולה עם היוזמה בתחילה. "הרגשנו שהרואנדים פתחו במלחמה, וחובתם להמשיך ולסיים את העבודה, אבל הנשיא שלנו לקח זמן ושכנע אותנו שיש לנו עניין במה שקורה בקונגו", דיווח אחד הקצינים הבכירים. הסיבות הרשמיות שאוגנדה נתנה על התערבות היה לעצור את "רצח העם" נגד בני הבניאמולנג' (Banyamulenge) ברפובליקה הדמוקרטית של קונגו בתיאום עם כוחות רואנדיים, וכי קבילה נכשל בסיפוק ביטחון לאורך הגבול כשאפשר לכוחות הדמוקרטיים של בעלת הברית (ADF) לתקוף את אוגנדה מבסיסים בשטח קונגו. במציאות, חדר כוח ההגנה של העם האוגנדי עמוק בתוך שטח הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו, יותר מ-1,000 ק"מ (620 מייל) ממערב לגבול עם אוגנדה.