Câțiva ani mai târziu, au început să se formeze grupuri de rezistență. Deși energia lor în primii ani a fost îndreptată spre sprijinirea grecilor în revoluția împotriva turcilor, în curând au început să se îndrepte împotriva britanicilor. Partidul radicalilor (în greacă: Partidul Rizospaston (Ριζοσπαστών)), fondat în 1848, a fost împotriva ocupației britanice a Insulelor Ionice și în favoarea unirii cu Grecia. În septembrie 1848 au avut loc ciocniri cu armata britanică în Argostoli și Lixouri din Cefalonia, ceea ce a dus la o anumită relaxare a legilor și a libertății presei. Unirea cu Grecia a fost acum un scop declarat, iar până în 1849, o agitație crescândă a avut ca rezultat și mai multe ciocniri. Cei douăzeci și unu de instigatori au fost spânzurați, alți 34 au fost închiși și 87 biciuiți.