Był młodszym z dwóch synów księcia Meklemburgii-Schwerin Jana VII i Zofii, córki księcia Holsztynu-Gottorp Adolfa I. Wraz z bratem odziedziczyli tron książęcy po śmierci ojca w 1592 r. Faktyczne rządy przejęli po dojściu do lat sprawnych, w 1608 r. W 1610 r. bracia zostali także książętami Meklemburgii-Güstrow po bezpotomnej śmierci tamtejszego księcia Karola I. W 1621 r. podzielili między siebie Meklemburgię, Janowi Albrechtowi przypadła wówczas Meklemburgia-Güstrow. Próbowali zachować neutralność podczas wojny trzydziestoletniej. Jednak ponieważ potajemnie wspierali króla duńskiego, po bitwie pod Lutter am Barenberge zostali uznani przez cesarza za wrogów. 19 stycznia 1628 r. cesarz Ferdynand II Habsburg ogłosił detronizację braci, a Meklemburgię oddał w ręce Albrechta von Wallensteina. W maju tego samego roku obaj bracia opuścili swój kraj. Powrócili do niego w 1631 r. wraz z wojskami szwedzkimi. Choć odzyskali tron, musieli odstąpić królowi szwedzkiemu części Meklemburgii, w tym m.in., Wismar, Neukloster, Warnemünde i wyspę Poel.