Мустафа участвовал в нескольких военных кампаниях отца. В 1473 году Узун-Гасан атаковал Караман, которым управлял Мустафа, собираясь восстановить сначала Пир Ахмета на троне Карамана, а затем планирован напасть на Синоп и восстановить правление Кизил Ахмета Исфендияроглу. Двадцатитысячная армия Узун-Гасана захватила и разорила Токат, через который шла торговля шёлком и который приносил немалый доход в казну султана. По сообщениям историков, при взятии Токата жестокость войск Узун-Гасана превосходила ужасы, пережитые Токатом при захвате Тамерланом: город был сожжён, а жители убиты после пыток. Войска смогли захватить Кайсери, но, осадив Конью, Пир Ахмет и племянник Узун-Гасана Юсуфча Мирза не добились успеха. Им стало известно, что османская армия идёт в их сторону, и они двинулись навстречу ей. В битве у Бейшехира Мустафа разбил армию Ак-Коюнлу и взял в плен Юсуфчу Мирзу. Пир Ахмет смог сбежать и укрыться у Узун-Гасана. Также Мустафа командовал левым флангом армии Мехмеда II в битве при Отлукбели 11 августа 1473 года. Благодаря слаженным действиям Мустафы, его брата Баязида и наставника Баязида Ибрагима-паши, фланги османской армии смогли сблизиться и окружить армию Ак-Коюнлу.