In der chinesischen Mannschaftsmeisterschaft spielt Ju Wenjun seit deren Gründung 2005 für die Mannschaft der "Shanghai Jianqiao University" und gewann mit dieser 2008, 2009, 2012, 2016, 2017, 2018 und 2019 den Titel. Ju Wenjun siegte 2010 bei der chinesischen Frauenmeisterschaft in Xinghua. Im selben Jahr gewann sie mit der chinesischen Mannschaft die 16. Asienspiele in Guangzhou. Im September 2014 gewann sie ungeschlagen das Turnier des FIDE Women’s Grand Prix in Sharjah. Dabei holte sie 8,5 Punkte aus 11 Partien und verwies die punktgleiche FIDE-Weltmeisterin Hou Yifan auf Platz 2. Im Februar 2016 gewann sie ungeschlagen und mit 7,5 von 11 möglichen Punkten das Turnier des FIDE Women’s Grand Prix in Teheran. Bei der Schachweltmeisterschaft der Frauen 2018 gewann sie den Weltmeistertitel im Zweikampf gegen ihre Landsfrau Tan Zhongyi mit 5,5:4,5 und verteidigte ihn im gleichen Jahr bei der K.-o.-Weltmeisterschaft gegen Jekaterina Lagno. Bei der Weltmeisterschaft 2020 konnte Wenjun ihren Titel gegen die Russin Alexandra Gorjatschkina verteidigen. Im Tie-Break des WM-Duells setzte sie sich 2,5:1,5 durch, nachdem es in den regulären Partien 6:6 stand.