Придя к власти в результате военного переворота, он возглавил , а затем стал президентом страны. В период его правления продолжалась гражданская война в Южном Судане, закончившаяся подписанием мирного соглашения и независимостью юга страны. В то же время разразился кровопролитный конфликт в Дарфуре, в результате которого погибли 200—300 тысяч человек и около 2,7 млн стали внутренне перемещёнными лицами. Параллельно разразился конфликт с сепаратистами в Южном Кордофане.