Embora não fosse convocado desde 2009, Berisha manifestou interesse em disputar a Eurocopa de 2016, na qual a Albânia obteve pela primeira vez a classificação. Porém, em agosto, aceitou jogar pelo Kosovo, que tinha sido admitido como novo membro da FIFA e da UEFA, e em novembro foi liberado para defender sua nova seleção, estreando em março de 2017, contra a Islândia, pelas eliminatórias da Copa de 2018.