До основания города, местность пересекали Франсиско Васкес де Коронадо в поисках семи золотых городов Сиболы, торговцы, путешествовавшие из Миссури в Нью-Мексико, и отряды, привлечённые золотой лихорадкой в Калифорнии. Канейдиан был основан в 1887 году компанией, занимавшейся планированием городов на пути железной дороги Kansas Railway. Город был назван в честь реки Канейдиан-Ривер, на южном берегу которой он расположен. Летом 1887 года в город была проведена железная дорога. В том же году Канейдиан стал административным центром округа Хемпхилл. В 1888 году было проведено первое родео в городе, которое позже стало ежегодным событием под названием «Воссоединение ковбоев» ().