Vaikka Ehrensvärd oli Kustaa III:n vahva tukija, mutta vastusti kuninkaan suunnittelemaa sotaa Venäjää vastaan. Tästä huolimatta kuningas nimesi Ehrensvärdin vuonna 1789 Ruotsin saaristolaivaston komentajaksi Kustaan sodan sytyttyä. Kuninkaan ja Ehrensvärdin välille syntyi heti ristiriitoja, sillä Ehrensvärd pyrki välttämään yhteenottoa Venäjän saaristolaivaston kanssa. Lopulta Ruotsinsalmen ensimmäisessä meritaistelussa elokuussa 1789 laivastot kohtasivat kunnolla. Ruotsalaiset kärsivät taistelussa suuren tappion, minkä johdosta Ehrensvärd menetti Kustaa III:n luottamuksen ja erosi saaristolaivaston palveluksesta 1790.