Sein zweiter Parteiauftrag machte ihm zur Aufgabe, die Berliner Sektion der KPD zu organisieren. Dieser Aufgabe widmete er sich als Berliner Bezirkssekretär in den folgenden eineinhalb Jahren. Dies geschah in einer Zeit, in der die junge Partei stark unter Verboten, internen Richtungskämpfen und auch einer weitreichenden Führungslosigkeit litt, nachdem die Exponenten ihrer Gründungsphase, Rosa Luxemburg und Karl Liebknecht, bereits im Januar 1919 im Zuge des gescheiterten Januaraufstands politischen Morden zum Opfer gefallen waren. Seine führende Position im Berliner Parteiapparat ebnete Reuter den Weg in die Parteispitze. Die Delegierten des dritten Parteitags der KPD wählten ihn Ende Februar 1920 zum Ersatzmann in die Parteizentrale.