Bij het beleg van 1632 werd Maastricht door Staatse troepen veroverd, waarna een aantal zusters vluchtten naar Luik. De overgeblevenen hadden het moeilijk omdat ze, vanwege hun vermeende banden met het Spaanse hof, gewantrouwd werden. Ze hielden zich voornamelijk bezig met onderwijs aan meisjes uit de betere standen, zowel katholieke als protestantse. In 1672 brak driemaal brand uit in het klooster, waarvan tweemaal vermoedelijk aangestoken door een zuster met protestantse sympathieën, die vervolgens naar Noord-Nederland uitweek. Na het beleg van 1673 was Maastricht vijf jaar bezet door de legers van de katholieke Lodewijk XIV van Frankrijk. Nu waren er weer meer mogelijkheden om het klooster te herbouwen en uit te breiden. Daartoe werden enkele aangrenzende tuinen aangekocht. Van 1686 tot 1697 werd de nieuwbouw ter hand genomen. In 1709 kwam de kapel gereed, gebouwd naar een ontwerp van stadsbouwmeester Gillis Doyen. Door schenkingen van invloedrijke families kon het klooster en de kerk worden verfraaid.