У роки правління Саддама Хусейна в Іраку Аль-Сістані вдавалося уникати жорстоких репресій та переслідувань, в результаті яких загинуло багато священнослужителів, включаючи Мохаммада аль-Садра , до вбивства якого в 1999 році Саддам Хусейн заперечував свою причетність. Лише в 1994 році мечеть аль-Сістані була насильно закрита і лишалася зачиненою до вторгнення в Ірак 2003 року .