Après ces scandales, le président George H. W. Bush (élu en novembre 1988) redonne au NSC un rôle de simple coordinateur. Il l’exerce avec succès, en bonne intelligence avec les départements et les agences de renseignement, y compris au cours des crises (telles que l'opération "Just Cause" à Panama en décembre 1989 ou la première guerre du Golfe).