Durant la guerre d'indépendance américaine, il se battit du côté de l'Armée continentale en tant que colonel, bien que plus tard son régiment fut considéré comme étranger puisqu'appartenant à la République du Vermont. Il participa à la Prise du Fort Ticonderoga, à l'Invasion du Canada, à la bataille de Hubbardton et surtout à la bataille de Bennington. Puis, en 1782, sa santé déclinant, il retourna à Roxbury. Warner ne fut jamais talentueux dans les affaires financières, et ne parvint pas à s'enrichir comme de nombreux autres en spéculant sur la terre dans les nouveaux territoires. À la fin de sa vie, sa femme Hester dut demander charité au Congrès continental la charité. Après un long délai, il lui fut cédé un terrain de dans le nord-est de l'état, le Warner's Grant. Il était cependant trop tard pour Seth Warner, qui était mort depuis quatre ans. Il lui fut rendu hommage lors de la construction du Bennington Battle Monument, qui comprend une sculpture de Walter.