Da tyskerne angrep Norge i 1940, var Lie fremdeles i Kirkenes. Han hilste ikke det tyske overfallet velkommen, men var innstilt på å forsvare landet mot enhver invaderende fiende. Samtidig rettet han sitt sinne mot regjeringen Nygaardsvold som han mente hadde framprovosert det tyske overfallet ved å opptre ettergivende overfor England.