Durant la Terreur, Chaumette, alors tout puissant procureur syndic de la Commune, et dont il s’était fait un ennemi pour avoir dénoncé l’incurie de l’administration de l’Hôtel-Dieu, l’a dénoncé à la municipalité comme ayant refusé de donner ses soins aux blessés du 10 aout, alors qu’au contraire, ils remplissaient les salles de l’Hôtel-Dieu. Le , un mandat d’arrêt ayant été lancé par le comité révolutionnaire, à 10 heures du matin l’Hôtel-Dieu et son amphithéâtre ont été entourés de soldats, qui l’ont enlevé au milieu de sa leçon, pour l’incarcérer comme suspect au Luxembourg. Il a dû sa libération à une pétition rédigée par une cinquantaine de médecins, de nombreuses réclamations pour sa remise en liberté de ses élèves et des malades et l’intercession de François Antoine de Fourcroy. Le comité de sûreté générale a pris un arrêté le rendant, au bout de trois jours à ses fonctions, qu’il devait continuer deux années encore.