Tras el referéndum y la convocatoria anticipada de elecciones, las fuerzas de la "Plataforma Cívica" forjaron la coalición de la Izquierda Unida, y la Federación Progresista se vio obligada a decidir si participaba en IU o presentarse en alianza con Los Verdes, ideológicamente más afines pero con expectativas electorales más modestas. En la reunión del Comité Federal del 26 de abril de 1986, la dirección progresista decidió integrarse en el nuevo proyecto de Izquierda Unida, lo que motivó la dimisión de su Coordinador General, Santos M. Ruesga, y su sustitución por Pablo Martín Urbano.