Zamek był siedzibą komturów, pierwszym z nich był Arnold I von Vietinghoff, późniejszy mistrz zakonu. Pod koniec roku 1390 zamek został spalony przez wojska księcia Witolda. W czasie I wojny północnej Marienburg zajęty został w 1560 przez wojska Iwana Groźnego. Po sekularyzacji zakonu kawalerów mieczowych w latach 1561–1629 Marienburg znajdował się w granicach Rzeczypospolitej Obojga Narodów, później w granicach Szwecji po rozejmie w Altmarku.