Đầu tháng 2 năm 1964, sau vụ Chỉnh lý các tướng lĩnh trong Hội đồng Quân nhân Cách mạng để giành quyền Lãnh đạo của tướng Nguyễn Khánh, ông được lệnh bàn giao Sư đoàn 9 lại cho Đại tá Vĩnh Lộc (nguyên Chỉ huy trưởng Bộ chỉ huy Thiết giáp). Giữa tháng 2, ông được cử làm Chỉ huy Biệt động quân Vùng 3 chiến Thuật kiêm Tư lệnh Biệt Khu Phước-Bình-Thành. Tháng 8 cùng năm, ông được bổ nhiệm chức vụ Tư lệnh Lực lượng Đặc Biệt thay thế Đại tá Phan Đình Thứ (tự Lam Sơn). Ngày Quốc khánh lần thứ nhất Đệ nhị Cộng hòa 1 tháng 11 cuối năm ông được thăng cấp Chuẩn tướng tại nhiệm.