שתי המדינות משתפות פעולה הדוק בתחום ייצור האנרגיה גרעינית. בספטמבר 2013, שנתיים לאחר האסון הגרעיני בפוקושימה, קיבלה יפן רשמית עזרה מצרפת לצורך הפירוק של הכורים בפוקושימה. מיצובישי תעשיות כבדות, תאגיד יפני וערבה הצרפתית החלו לשתף פעולה בהקמת כור גרעיני בטורקיה בשנת 2013.