Entre 1976 et 1985, l'attaquant est sélectionné à 15 reprises et inscrit 8 buts pour le compte de l'équipe de Yougoslavie. Il est retenu par le sélectionneur Ante Mladinić à l'occasion du Championnat d'Europe de football 1976. Remplaçant durant le tournoi, il entre en jeu au cours du match pour la opposant la Yougoslavie aux Pays-Bas, qui s'imposent 3-2. Halilhodžić est titularisé pour la première fois en . La même année, il est choisi pour renforcer l'équipe espoirs, comme l'autorise le règlement du championnat d'Europe des moins de 21 ans. La Yougoslavie s'impose en finale contre la République démocratique allemande. Halilhodžić marque l'unique but de la finale aller, disputée en Allemagne. Lors du match retour, qui se termine sur le score de 4-4, il inscrit un triplé en l'espace d'une mi-temps.