12 апреля 1940 года "U-3" вышла из Вильгельмсхафена для поддержки сил вторжения в операции «Везерюбунг» (вторжение в Норвегию). Совместно с "U-2", "U-5" и "U-6" составила Восьмую Группу. После выхода субмарина ненадолго вернулась в порт для ремонта перископа и 13 апреля 1940 года вновь отправилась в море.