W 1723 roku Piotr I wydał ukaz zabraniający chowania zmarłych (z wyłączeniem szlachty) w obrębie murów miejskich, co wymusiło na władzach Moskwy potrzebę ustanowienia nekropolii poza miastem. Cmentarz Wagańkowski został założony w 1771 roku, w czasie epidemii dżumy, jednakże już wcześniej na tym terenie odbywały się pochówki. Nekropolia powstała głównie z inicjatywy Grigorija Orłowa, który został wysłany do Moskwy przez cesarzową Katarzynę II, by uporać się z problemem panującej tam zarazy. Szacuje się, że w czasie trwania epidemii na tym terenie pochowano kilka tysięcy mieszkańców Moskwy i okolic. W XVIII wieku cmentarz nie uchodził za prestiżowy, chowano tu biedaków, chłopów, kupców, drobnych urzędników i niskiej rangi wojskowych. Dopiero w XIX w. cmentarz Wagańkowski stał się miejscem pochówku dla arystokratów i ludzi wysoko postawionych. W czasie wojny napoleońskiej na cmentarzu złożono we wspólnej mogile ciała rosyjskich żołnierzy poległych w obronie ojczyzny w czasie bitwy pod Borodino we wrześniu 1812 roku. Na początku XX wieku pochowanych zostało wiele ofiar paniki na Chodyńskim Polu. Upamiętnione są tu także ofiary represji stalinowskich z lat trzydziestych XX wieku, groby obrońców Moskwy z lat 1941–1942, ofiary puczu sierpniowego (1991), a także terrorystycznego ataku na teatr na Dubrowce.