Во время войны Пятой коалиции Иоганн командовал 1-м резервным корпусом армии эрцгерцога Карла. Он командовал кавалерией и гренадерами в Экмюльской битве 22 апреля 1809 года, Асперн-Эсслингской битве 21-22 мая 1809 года и Ваграмской битве 5-6 июля 1809 года. Иоганн взял на себя командование основной армией после отставки эрцгерцога Карла и сохранял командование до конца года. В сентябре император Франц II произвёл его в фельдмаршалы. Именно Иоганн подписал Шёнбруннский мир от имени Австрии. После этого Иоганн был обвинён в нехватке дипломатических навыков, и в 1810 году ушёл в отставку.