La guerre de Sécession débute et elle estime qu'il est de son devoir de servir son pays d'adoption. Travestie en homme, elle réussit à s'enrôler dans le régiment "Flint Union Grays" (future "Compagnie F" du second bataillon d’infanterie du Michigan), grâce à l'absence de contrôle médical poussé à l'époque. Sous le nom de , elle sert dans les rangs de l'Union d'abord comme infirmier. À ce poste, elle dit avoir participé à plusieurs campagnes du général McClellan, dont la première et la seconde bataille de Bull Run, Antietam, la campagne de la Péninsule, Vicksburg, et d'autres. Cependant, les historiens estiment aujourd'hui qu'elle ne peut pas avoir été à tous ces endroits différents en même temps. Par exemple, Judith E. Harper explique que . En , elle participe au service de la poste de son régiment.