Với chức vô địch châu Á, Honda đã cùng đội tuyển Nhật Bản tham dự Cúp Liên đoàn các châu lục 2013 tại Brasil. Sau trận ra quân thua chủ nhà Brasil 0–3, Nhật Bản bước vào trận quyết định với Ý. Honda ghi bàn thắng mở tỉ số nhưng chung cuộc Nhật Bản để thua 4–3 và chính thức bị loại.