Більшу частину свого життя в подальшому Барбара провела в самоті у Вільно, так як її чоловік, будучи великим князем Литовським, знаходився на війні, оголошеному Великому московському князівству (Московсько-литовська війна (1512—1522)). Знаючи побожність і «святість» в питаннях віри своєї королеви, деякі сучасники приписували перемогу литовсько-руського-польського війська під Оршею над московськими військами невпинним молитвам Барбари. У 1515 році королева народила другу дочку, Анну, мертву незабаром після пологів. Сама Барбара також померла на початку жовтня 1515 від родової гарячки.