1980年代末，受到苏东剧变与国际共产主义运动低潮的影响，迫于国内与党内反对派的压力，也门社会党同北也门执政党全国人民大会合作，宣布南北也门统一为也门共和国，也门社会党成为联合政府成员。1994年5月21日，南北也门统一四周年前夕，也门南方领导人、也门社会党总书记比德通过亚丁电台、电视台发表《告人民书》，宣布南方脱离也门共和国，成立“也门民主共和国”，也门内战爆发。最终也门社会党败北，成为在野党。1994年9月5日，也门社会党选出新的领导机构成员，阿里·萨利赫·奥贝德当选为总书记。1998年11月，也门社会党召开第四次全国代表大会，奥贝德再次当选。 也门社会党的影响力呈下降趋势，在2003年4月23日的议会选举中，也门社会党仅获得3.8%的选票，在议会301个席位中获得8席。2005年，伊斯兰·萨义德·努曼成为新一任总书记。