1821 року розпочалась грецька національно-визвольна війна проти османського панування, зіткнення між греками і османами спалахували і в Ханьї, на що османська влада відповіла жорстокою розправою над православними. Єпископ міста Кіссамос був повішений на дереві у кварталі Спланція за участь у революційних подіях. У 1878 році відповідно до підписаного у Ханьї договору між султаном Абдулою Гамідом ІІ та представниками кількох європейських держав, християнам Ханьї були надані певні права.