Ad imprimere un'accelerazione alla costituzione di una vera e propria aeronautica fu la liberazione del Duce voluta da Adolf Hitler e compiuta da un reparto speciale della 2ª divisione paracadutisti tedesca. Il dittatore tedesco convinse Mussolini ad instaurare nell'Italia centro-settentrionale un nuovo Stato fedele all'Asse, che il 23 settembre 1943 prese vita sotto il nome di Repubblica Sociale Italiana (RSI). I circa trecento piloti in quel momento sotto le insegne della Luftwaffe cominciarono quindi ad immaginare un'aviazione pienamente italiana. In preparazione della nascita di una nuova aeronautica, il 16 settembre il generale Aldo Urbani era già stato nominato commissario per l'aeronautica. Il ministero della difesa (dal gennaio 1944 ministero delle forze armate) venne affidato al maresciallo d'Italia Rodolfo Graziani, cui Tessari, che aveva avuto dei contatti anche col segretario del Partito Fascista Repubblicano, Alessandro Pavolini, si era già messo a disposizione. Il 24 settembre, tuttavia, Graziani designò il tenente colonnello Ernesto Botto quale sottosegretario all'aeronautica, che a fine mese si recò nel suo ufficio a Roma iniziando subito l'opera di riorganizzazione: Giuseppe Baylon fu nominato capo di stato maggiore, vennero spediti uomini presso le principali basi aeree per iniziare l'opera di reclutamento, gli uffici del sottosegretariato vennero trasferiti in una zona fra Milano, Bassano del Grappa e Bellagio e, inoltre, venne impostata la futura ANR in tre zone aeree territoriali (ZAT) gravitanti su Milano, Padova e Firenze.