Podstata sporu spočívala v tom, zdali jeden stát může používat název pro podstatně širší geografické území (v tomto případě se jedná o území celé historické Makedonie včetně Egejské a Pirinské Makedonie), pokud se jeho území nachází pouze na jeho menší části (pouze tzv. Vardarské Makedonie), která byla po První balkánské válce součástí nejprve Srbska a později Jugoslávie. V Řecku bylo obecně vnímáno užívání názvu Republika Makedonie jako symbol iredentismu a krádeže řecké kultury. Řecká média používala buď název "Bývalá jugoslávská republika Makedonie", případně neutrálnější "Republika Skopje". Makedonská média naopak název "Bývalá jugoslávská republika Makedonie" neužívala a považovala jej za urážlivý, stejně jako přidávání některých dalších atributů k názvu "Makedonie". Uvedený název byl rovněž vnímán jako dočasný do doby, než byl spor vyřešen.