Il est quelques mois plus tard désigné comme membre du conseil de guerre devant juger quatre capitaines de vaisseau à la suite du désastre de l’attaque par des brûlots britanniques de la flotte rassemblée en rade de l’île-d'Aix sous le commandement du vice-amiral Allemand. Le ministre Decrès manipule le conseil en souhaitant que des têtes tombent tout en empêchant que la responsabilité d’Allemand ne soit mise en cause. Le Chevalier Krohm s’oppose d’abord à ce que Laffon, ancien capitaine du vaisseau du "Calcutta", ne soit condamné et met en cause explicitement la responsabilité d’Allemand. Il manque une voix pour établir une majorité décidant la condamnation à mort de Lafon et le contre-amiral Bedout, président du conseil de guerre, appliquant à la lettre les ordres du ministre, fait pression sur Krohm toute la nuit jusqu’à ce qu’il révise son vote. Lafon sera fusillé le lendemain matin. Krohm adressera dans les jours qui suivent à l’avocat des accusés, Faure, copie de son vote initial et un document affirmant qu’il a été contraint de voter la condamnation à mort contre sa conscience. Decrès ne pardonnera jamais à Krohm sa résistance et ne lui confiera plus aucun commandement ni promotion jusqu’à la fin de l’Empire, y compris pendant les Cent-Jours.