Μεταξύ του 7ου και 6ου αιώνα π. Χ. η πόλη βρισκόταν σε συνεχή ανταγωνισμό με την Δελφική Αμφικτυονία με αποκορύφωμα τον πόλεμο μεταξύ των δύο δυνάμεων (περί 600-590 π.Χ.). Φαίνεται πως την περίοδο αυτή οι Κιρραίοι αποσπούσαν χρήματα από τους προσκυνητές που διέρχονταν από την πόλη τους με σκοπό να πάνε στο μαντείο των Δελφών. Το γεγονός αυτό αποτέλεσε αφορμή για να κηρύξει η Δελφική Αμφικτυονία (που ελέγχονταν από τους Θεσσαλούς) τον πόλεμο στους Κιρραίους. Με τους Θεσσαλούς και την Δελφική Αμφικτυονία συμμάχησαν οι Σικυώνιοι, οι οποίοι στόχευαν να απαλλαγούν από τους Κιρραίους πειρατές που δρούσαν στα ανοιχτά του Κορινθιακού. Στην συμμαχία αυτή προστέθηκαν και οι Αθηναίοι. Η Κίρρα πολιορκήθηκε και από την στεριά και από την θάλασσα και τελικά υπέκυψε όταν οι πολιορκητές δηλητηρίασαν τις πηγές που τροφοδοτούσαν με νερό την πόλη με δηλητήριο από το φυτό ελλέβορο. Ο ελλέβορος προκάλεσε ακατάσχετη διάρροια στους υπερασπιστές της πόλης, οι οποίοι εγκατέλειψαν τις θέσεις τους. Οργανωτής αυτού του σχεδίου φαίνεται πως ήταν ο Κλεισθένης της Σικυώνας αλλά κατά τον Παυσανία ήταν ο Αθηναίος Σόλων. Η πόλη ανοικοδομήθηκε μετά την καταστροφή της από τη Δελφική Αμφικτυονία (590 π.Χ.) και στα τέλη του 6ου π.Χ. αιώνα ίδρυσε ένα μεγάλο ιερό, ενώ αργότερα οχυρώθηκε και εξελίχθηκε ξανά σε σημαντικό λιμάνι του Κορινθιακού κόλπου, που λειτούργησε και πάλι ως επίνειο των Δελφών.