Najsławniejszym okresem w historii istnienia jednostki była radziecka interwencja w Afganistanie. 345 sppd był jedną z pierwszych jednostek radzieckich, która przybyła do Afganistanu. Oficjalnie, pułk wchodząc w skład 40 A znajdował się w Afganistanie od 14 grudnia 1979 (tj. na dziesięć dni przed oficjalnym rozpoczęciem interwencji) i zabezpieczał pierwsze transporty lądujące w Bagram, jednak jego historia udziału wojnie afgańskiej zaczęła się dużo wcześniej. Jego żołnierze byli przerzucani do Afganistanu już od lipca 1979, działając w ramach specgrup KGB i tzw. "batalionu muzułmańskiego". Brali oni udział w pierwszej zbrojnej akcji radzieckich żołnierzy – 27 grudnia 1979 w szturmie na pałac prezydenta Amina (operacja "Sztorm-333") i zajęciu Kabulu. Uczestniczyli we wszystkich większych i ważniejszych operacjach tamtej wojny: "Panczszir-84", "Magistrala", "Tajfun". Jedna z jej kompanii – 9 – broniła bohatersko w styczniu 1988 wzgórza 3234. Ten jeden z najsłynniejszych epizodów wojny w Afganistanie stał się po latach kanwą głośnego filmu Fiodora Bondarczuka ("9 kompania"). Pomiędzy 1980 a 1989 jednostka uczestniczyła w ponad 240 operacjach bojowych w Afganistanie. Swoje działania bojowe zakończyła 11 lutego 1989. W tym okresie ośmiu jej żołnierzy otrzymało tytuł Bohatera Związku Radzieckiego. Ostatnim radzieckim żołnierzem poległym w wojnie w Afganistanie był spadochroniarz tej jednostki – szer. Igor Lachowicz (przy Salang, 7 lutego 1989).