Obecny dworzec kolejowy w Ufie został wybudowany w 1968 roku. W 2006 roku odbyła się gruntowna renowacja. Obecnie budynek stacji może pomieścić nawet 6000 osób. Linie kolejowe biegną z miasta w kierunkach: Magnitogorsk, Czelabińsk, Samara, Orenburg i Uljanowsk. 4 czerwca 1989 roku w pobliżu Ufy miała miejsce katastrofa kolejowa, w wyniku której zginęło wedle różnych szacunków od 575 do 675 osób.