פריחתה המחודשת של צפת הייתה קצרת ימים. ב-1823 אירעה רעידת אדמה שבעקבותיה הייתה ביזה רבה בעיר. ב-15 ביוני 1834 הייתה הביזה הגדולה בצפת – רבים מיהודי העיר נרצחו או נפצעו ורכוש היישוב נשדד על ידי המון ערבי. ב-1 בינואר 1837 הרסה רעידת אדמה נוספת את כל השכונה היהודית וגרמה למותם של כ-2,000 איש.