Il 16 settembre 2012 diventa l'allenatore del prendendo il posto dell'esonerato Giuseppe Sannino, a seguito di un solo punto ottenuto nelle prime tre giornate di campionato 2012-13, firmando contratto annuale con automatico rinnovo in caso di permanenza in massima serie, con 500.000 euro di ingaggio e altri 300.000 in caso di salvezza o anticipato esonero; per la prima volta in Italia, infatti, nel contratto è stata inserita una clausola anti-esonero – voluta dallo stesso Gasperini – che imporrebbe al presidente rosanero Maurizio Zamparini di pagare un indennizzo economico in caso di prematuro allontanamento del tecnico.