Saksan jalkapallomaajoukkueessa Jürgen Kohler pelasi 105 maaottelua ja teki niissä kaksi maalia vuosina 1986–1998. Hän voitti maailmanmestaruuden vuoden 1990 MM-kisoissa, joissa hän pelasi neljässä ottelussa loppuottelu mukaan lukien, ja Euroopan-mestaruuden vuoden 1996 EM-kisoissa, joissa hän loukkaantui ensimmäisessä ottelussa. Kohler pelasi myös vuoden 1992 EM-kisoissa, joissa Saksan maajoukkue saavutti hopeaa.