1641 erhoben sich die Iren unter der Führung von Rory O’More und eroberten Dublin. Algernon Sidney zog mit seinem Bruder Philip, der das Kavallerieregiment seines Vaters für den Earl anführen musste, im Oktober 1641 in den Krieg, während ihr Vater die Stelle als englischer Gesandter in Rom antrat. Im Kampf gegen die Aufständischen zeichnete sich Algernon Sidney mehrmals wegen Tapferkeit vor dem Feinde aus. Er erhielt das Lieutenantpatent seines Vaters, dann weitere Auszeichnungen und kehrte im August 1643 als Lord Lieutenant of Ireland mit seinem Bruder nach England zurück, wo er vom englischen Bürgerkrieg überrascht wurde, der mittlerweile zwischen dem englischen König Karl I. und dem Parlament ausgebrochen war. In Lancashire erhielten beide den Einsatzbefehl des Königs, sich ihm in Oxford anzuschließen.