1865 wurde Fabrice zum Generalmajor und Chef des Generalstabs befördert, im Deutschen Krieg (1866) – an dem Sachsen gegen Preußen teilnahm – diente er unter dem Kronprinzen Albert von Sachsen. Die Operationen des sächsischen Armeekorps in Böhmen führte er mit großem Geschick. Am 29. Juni 1866 fiel in der Schlacht bei Gitschin (Böhmen) sein Bruder Bernhard von Fabrice im Krieg gegen Preußen.