У време НАТО агресије на СР Југославију, Трифуновић је био ухапшен. „У затвору је провео 45 дана. Ухапшен је због фотографисања стратешких локација у главном граду Србије и СРЈ, и оптужен да је постављао локаторе за НАТО.” Трифуновић тврди да су га тада ухапсили руски агенти и да од тада води и заговара јаку анти-руску политику.