Eva Vrabcová-Nývltová dispute sa première saison internationale dans le ski de fond en 2003-2004. Pour sa course inaugurale, elle s'octroie la victoire à Obertilliach (course FIS). Elle court ensuite aux Championnats du monde junior, oùelle prend la médaille d'argent au relais. En 2005, elle connaît ses débuts chez les séniors, prenant part à la Coupe du monde et aux Championnats du monde à Oberstdorf.