Heise wurde 1794 zum Senator von Hamburg ernannt und musste schon bald darauf sein politisches Geschick unter Beweise stellen, da es zu zahlreichen Handwerkerunruhen kam. Heise wurde die Gegend um Ritzebüttel übertragen, die ein strategisch wichtiger Handelspunkt für den städtischen Handel war. Doch schon im darauffolgenden Jahre besetzten hannoveranische Truppen Ritzebüttel, da sie eine Landung der Franzosen befürchteten, 1800 waren es dann die Preußen, die ihre Truppen an den Außenposten entsandten, diesmal in Erwartung einer englischen Flotte. 1803 kehrte Heise nach Hamburg zurück, nachdem seine Amtszeit um drei Jahre verlängert worden war und trat vier Jahre später das Amt des Bürgermeisters von Hamburg an. Trotz der fremden Truppen, die Teile Hamburgs Jahre zuvor besetzt hielten, damit eine französische Invasion abgewehrt werden konnte, musste Heise die Stadt 1810 Napoleon Bonapartes Truppen öffnen. Bis 1811 blieb er das provisorische Stadtoberhaupt. Obwohl Heise 1813 das Amt wieder übertragen bekam, da die Koalitionsarmee Bonaparte aus dem deutschen Raume verdrängt hatte, musste er sich schon im April 1813 den erneut vorrückenden Franzosen ergeben, im folgenden Jahre hingegen waren die Franzosen endgültig aus Hamburg vertrieben worden.