Pomimo rozpadu Czechosłowacji 1 stycznia 1993 roku reprezentacja U-21 tego kraju występowała aż do 1994 roku. Od września tamtego roku występowała już pod szyldem reprezentacji Czech U-21. 5 września rozegrała swoje pierwsze spotkanie, wygrane 1:0 z Maltą. W 1996 roku drużyna wystąpiła na Mistrzostwach Europy U-21, na których dotarła do półfinału. W 1998 roku nie awansowała na ten turniej, ale w 2000 roku na Mistrzostwach na Słowacji dotarła do finału, w którym uległa 1:2 Włochom.