Езерото Богория и около 100 km2 по източния му бряг са обявени за Национален резерват от 1973 г., а от 2001 г. са защитени от Рамсарската конвенция за влажните зони с международно значение и по специално като местообитание на водолюбиви птици. Те включват много регионално и национално застрашени видове, главно миграционните потоци от двата вида фламинго и черновратия гмурец. В резервата могат да бъдат наброени до 2 милиона различни видове птици. Пресноводните извори и потоци по бреговете на езерото привличат много диви животни и птици, като от последните са наброени 135 вида. Фламингото е представено от двата си африкански вида – розово и малко. В пиковите периоди на годината тук се наброяват над един милион екземпляра. Край езерото се отчита една от най-големите популации от розово фламинго в света. Все повече от тях предпочитат езерото Богория пред замърсените води на близкото Накуру. В началото на 2000 г. е наблюдаван значителен брой смъртни случаи сред розовото фламинго, във връзка с което BBC провежда разследване.