Napoleó va assumir el comandament a l'est i va encoratjar l'exèrcit per a contraatacar a Àustria. Una sèrie de batalles relativament menors van assegurar la massiva Batalla de Aspern-Essling, la primera derrota tàctica de Napoleó. L'error del comandant austríac, l'Arxiduc Carles, en voler prosseguir després de la seva petita victòria, va permetre Napoleó preparar un intent d'assetjar Viena, cosa que va fer a primers de juliol. Va vèncer els austríacs a la Batalla de Wagram, entre el 5 de juliol i el 6 de juliol. Durant aquesta batalla el mariscal Jean Baptiste Jules Bernadotte va ser desposseït del seu títol i ridiculitzat per Napoleó enfront d'altres oficials de l'estat major. A Bernadotte li van oferir llavors la corona de Príncep de Suècia, que va acceptar traint així Napoleó. Posteriorment, Bernadotte participaria activament en les guerres contra el seu antic emperador. La guerra de la Cinquena Coalició va acabar amb el Tractat de Schönbrunn, el 14 d'octubre de 1809.