De gode forholdene fordampet raskt i kjølvannet av den tredje makedonske krig (171-168 f.Kr.). Rhodos forsøkte å holde seg nøytrale, men deler av det romerske senatet mente at de hadde hatt litt for gode forbindelser med den beseirede makedonske kongen Perseus. En del romere foreslo å erklære krig mot øya, men det ble avverget. I 164 f.Kr. ble Rhodos en fast alliert av Roma, noe som avsluttet en uavhengighet som hadde mistet innhold. Øya ble deretter et kulturelt og utdanningssenter for romerske adelsfamilier, og var særlig berømt for sine lærere i retorikk, slike som Hermagoras og den nå ukjente forfatteren av "Rhetorica ad Herennium". Rhodos' nøt sin status og privilegier som romersk alliert, men disse fordelene gikk senere tapt i intrigene i romersk politikk. Den romerske senatoren Cassius invaderte til sist øya og herjet hovedstaden. I den tidlige del av det romerske keiserriket ble Rhodos et egnet sed å sende politiske landsforviste. På 100-tallet e.Kr. tilbrakte den senere keiser Tiberius en kort tid som landsforvist på Rhodos.