Para 1810, la defensa del Imperio Español estaba en manos de los criollos americanos, que tenían fuertes lazos de unión con la península ibérica; en Centroamérica, en el año de 1811, Aycinena junto con José María Peinado, fueron comisionados por el gobierno guatemalteco para ir a la Intendencia de San Salvador para detener el movimiento independentista iniciado en su cabecera; lo cual realizaron eficaz y pacificamente, sorprendiendo incluso al capitán general José de Bustamante y Guerra (representante del absolutismo de Fernando VII en Centroamérica).