Bei den Kongresswahlen des Jahres 2000 wurde Putnam im zwölften Wahlbezirk von Florida in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, wo er am 3. Januar 2001 die Nachfolge von Charles T. Canady antrat. Nach vier Wiederwahlen konnte er sein Mandat bis zum 3. Januar 2011 ausüben. Putnam war Mitglied im Finanzausschuss und in zwei von dessen Unterausschüssen. Bei seinem Amtsantritt im Januar 2001 war er der jüngste Kongressabgeordnete. In seine Zeit als Kongressabgeordneter fielen die Terroranschläge am 11. September 2001 und der Irakkrieg sowie der Militäreinsatz in Afghanistan. Von 2006 bis 2007 leitete er das "House Republican Policy Committee"; danach fungierte er als Vorsitzender der "House Republican Conference" von 2007 bis 2009 und war somit der dritthöchste Republikaner nach dem republikanischen Minderheitsführer John Boehner und dem republikanischen Minderheitswhip Roy Blunt. Sein Nachfolger in diesem Amt war der spätere Vizepräsident der Vereinigten Staaten Mike Pence.