El 1994 i el 1996 atacà la república de Txetxènia per ofegar-hi la rebel·lió secessionista, però trobà una forta resistència dirigida per Djokhar Dudàiev. El 1997 signà un tractat d'unió amb el president de Bielorússia, Aleksandr Lukaixenko, que va intentar infructuosament estendre a Ucraïna i Kazakhstan. En 1998-99 nomenà cinc primers ministres, al darrer dels quals, Vladímir Putin, cedí el càrrec en dimitir el desembre del 1999.