1950年11月17日，隨著中国人民解放军在昌都戰役中擊敗藏军，丹增嘉措提前亲政，執掌西藏的政教大權，並派代表与中央人民政府谈判，达成了和平解放西藏办法的协议（又称“十七条协议”）。他接觸馬克思主義後成為共產主義者，並在中共擔任職務改革西藏制度。在1954年至1959年間，他擔任第一屆、第二屆全國人民代表大會常務委員會副委員長，也是中國人民政治協商會議全國委員會第一屆委員、第二屆常務委員，以及西藏自治區籌備委員會主任委員。1956年11月下旬，十四世达赖应邀赴印度参加释迦牟尼涅槃2500周年纪念法会，於印度停留三个月。在和周恩来會談後，于1957年4月1日返回拉萨繼續施政。1957年以后，主張反對“十七条协议”。1959年3月17日，流亡印度。隨後丹增嘉措在印度達蘭薩拉建立藏人行政中央政府，並有大量藏族追隨他而流亡海外，不過後來他到印度後，政治理念又逐漸變化，開始轉向推動西藏自治，但後來與中方多次談判均未果。