La cité a été un temps soumise à Pyrrhus d'Épire avant de tomber dans le giron de la République romaine en -229, à laquelle elle demeura loyale : elle en fut notamment récompensée lors de la défaite en -168 de Gentius, dernier roi d'Illyrie. En -148 Apollonia fut intégrée à la province romaine de Macédoine, avant d'être rattachée à celle d'Épire. Lors de la guerre civile opposant Pompée à Jules César, elle prit position pour ce dernier, mais tomba contre Marcus Junius Brutus en -48, allié de Pompée. Le futur empereur romain Auguste étudiait à Apollonia en -44 sous la tutelle d'Athénodore le Cananite lorsqu'il apprit la nouvelle de l'assassinat de César.