С началом войны до 28 июня Казанкин продолжил исполнять должность командира 4-го воздушно-десантного корпуса на Западном фронте, затем служил на должности начальника штаба этого же корпуса, который вёл тяжёлые боевые действия на рубежах рек Березина и Сож, после которых в конце августа корпус был выведен на переформирование в Саратовскую область в резерв Ставки Верховного Главнокомандования. В период с 28 августа по 19 ноября вновь исполнял должность командира этого же корпуса, затем вновь назначен на должность начальника штаба корпуса, который с января по февраль 1942 года принимал участие в боевых действиях в ходе Вяземской воздушно-десантной операции, во время которой в период с 27 января по 2 февраля] три батальона 8-й воздушно-десантной бригады из состава корпуса вслед за 201-й воздушно-десантной бригадой (5-й воздушно-десантный корпус) и 250-м стрелковым полком десантировались в тыл противника в районе деревни Озеречня юго-западнее Вязьмы. Вскоре данная бригада действовала на направлении действий 1-го гвардейского кавалерийского корпуса. Основная часть корпуса (9-я и 214-я воздушно-десантные бригады) была десантирована в период с 18 по 24 февраля в район западнее Юхнова с целью прорыва обороны противника с тыла, выхода к Варшавскому шоссе и соединения с 50-й армии. Во время выброски десанта 23 февраля погиб командир корпуса генерал-майор А. Ф. Левашев, после чего Казанкин назначен на должность командира корпуса. Ввиду разновременности применения и распыления сил, отсутствия должного управления во время десантирования, отсутствия необходимых авиационных сил для десанта операция полностью не достигла поставленных задач. 25 июня в ходе прорыва обороны противника Казанкин был ранен и после выздоровления продолжил командовать корпусом.