I giudizi a posteriori su Jakir non sono unanimi, persino oggi. Come giovane comandante durante la guerra civile, egli ricorse a metodi brutali e di eccessiva violenza (lanciafiamme, mitragliatrici) contro membri civili della resistenza e popolazione Cosacca, effettuando anche delle razzie nei territori conquistati. Successivamente, durante gli anni della Collettivizzazione, egli guidò spedizioni punitive nei confronti di contadini inermi. Molti ritennero che fosse personalmente responsabile della grande carestia in Ucraina tra il 1932 e il 1933. Inoltre, essendo di origini ebraiche, ed avendo supportato Trockij durante e persino dopo la guerra civile (Trockij era un amico di famiglia dei Jakir), si guadagnò ben presto l'antipatia di Stalin. Infine, Jakir non nascose mai il suo lussuoso tenore di vita a Kiev (aveva preso dimora in uno dei palazzi della residenza Mežyhir"ja).