Коперник был назначен экономическим администратором Вармии и поселился в Ольштыне 8 ноября 1516 года. В его обязанности входило управление примерно одной третью земельных угодий региона (другие две трети были под управлением епископата). На этот период пришлась война с Тевтонским орденом 1519—1521, в результате которой часть земель была разорена и нуждалась в восстановлении. Коперник в качестве администратора совершил 65 инспекционных поездок, во время которых посетил 41 деревню (некоторые — по нескольку раз).