De koloniale grenzen, gecreëerd door Groot-Brittannië om Oeganda af te bakenen, groepeerden een grote verscheidenheid aan etnische groepen met verschillende politieke systemen en culturen. Op 1 januari 1961 riep het koninkrijk Boeganda de onafhankelijkheid uit maar dit werd niet aanvaard door de Britten. Op 9 oktober 1962 werd Oeganda onafhankelijk als bondsstaat waarbinnen de verschillende koninkrijken een grote mate van zelfstandigheid kregen. De etnische verschillen verhinderden het tot stand komen van een werkende politieke gemeenschap na de onafhankelijkheid. Bij de eerste verkiezingen in 1962 behaalde de coalitie van de Uganda People's Congress (UPC) en de koningsgezinde Kabaka Yekka de overwinning. Milton Obote werd premier en later, nadat in 1964 de republiek was uitgeroepen, president. De koning van Boeganda ging in ballingschap en de koninkrijken werden afgeschaft. Obote vormde zijn land om naar een eenheidsstaat en een socialistische dictatuur waar oppositiepartijen werden verboden. In 1971 werd hij afgezet door generaal-majoor Idi Amin. Het dictatoriale regime van Idi Amin (1971-1979) was verantwoordelijk voor de uitwijzing van de Aziatische en blanke bevolking in 1972 en de dood van ca. 300.000 tegenstanders. Amin werd verdreven na een militaire interventie van Tanzania en Obote werd terug president. De guerrillaoorlog en schendingen van de mensenrechten onder Milton Obote (1980-1985) kostten nog eens minstens 100.000 levens. Het National Resistance Army van Yoweri Museveni veroverde in 1986 de macht. Zijn bewind heeft relatieve stabiliteit en economische groei gebracht.