En abril de 1941 la Alemania Nazi e Italia ocuparon Yugoslavia. Luego de la invasión, algunas partes de Croacia, Bosnia-Herzegovina y la región de Syrmia se incorporaron al Estado Independiente de Croacia (NDH), un estado títere de los nazis. Italia se anexó otras partes de Dalmacia, mientras que Hungría se apoderó de las regiones del norte de Baranya y Medimurje. Ante Pavelić y los ultranacionalistas de Ustacha lideraron el régimen del NDH. Introdujeron leyes antisemitas y condujeron una campaña de limpieza étnica y genocidio en contra de los judíos, serbios y gitanos, ejemplificada por los campos de concentración de Jasenovac y Stara Gradiška. Se estima que de los 39 000 judíos que vivían en el país, solo sobrevivieron 9000; el resto fue asesinado o deportado a Alemania, ambos por las autoridades locales y el propio ejército alemán. Las distintas fuentes croatas y serbias discrepan en las cifras exactas. Además, entre 320 000 y 334 000 serbios fueron ejecutados en el territorio del NDH por diversas causas, ya sea perseguidos por el gobierno, como miembros de la resistencia armada o peleando con las Potencias del Eje. El número total de serbios fallecidos en toda Yugoslavia durante la guerra ronda los 537 000. Al mismo tiempo, cerca de 200 000 croatas fueron asesinados durante el conflicto, en situaciones similares.