Двейн Бейкон підписав контракт із Флоридським університетом 5 вересня 2015 року. Першокурсником він отримав відзнаку першокурсника тижня від CBS Sports 21 листопада. Двейн тричі ставав новачком тижня Атлантичної конференції узбережжя (ACC) NCAA (16 листопада, 21 та 28 грудня). У своїй першій грі в кар'єрі за університет Бейкон мав 23 очки, 8 підбирань, 2 крадіжки та 1 передачу. Першої перемогу в кар'єрі він здобув над "Чарлстон Саутерн", набравши дабл-дабл з 20 очок та 10 підбирань. Він виступав у кожній грі протягом сезону 2015-16 і набирав у середньому 15,8 очка та 5,8 підбирання за 28,8 хвилини за гру. 23 березня Бейкон оголосив через Twitter, що перевірятиме себе на можливість виставитись на драфт НБА 2016 року. Він не винайняв агента та зберіг статус аматора і можливість повернутися до штату Флорида на сезон 2016-17. 28 березня Двейн оголосив, що повернеться до університету.