Am 20. September 1961 starb er bei einem Autounfall auf seinem Weg vom KZ Auschwitz-Birkenau, wo er seinen letzten Film "Die Passagierin" ("Pasażerka") drehte, den Witold Lesiewicz 1963 beendete und der bei den Internationalen Filmfestspielen von Cannes 1964 im Wettbewerb gezeigt wurde. Munk erhielt dort den FIPRESCI-Preis und eine besondere Erwähnung der Jury für sein Gesamtwerk. Er liegt in Warschau auf dem Powązki-Friedhof ("Cmentarz powązkowski") begraben.