第二次世界大战爆发导致希佩尔海军上将级重巡洋舰只建三艘，P级装甲舰项目取消。施佩伯爵将军号在1939年12月拉普拉塔河口海战后凿沉，布吕歇尔号在入侵挪威作战时沉没。舍尔海军上将号与希佩尔海军上将号均在战争结束前毁于盟军轰炸。1942年战争海军决定把希佩尔海军上将级塞德利茨號重巡洋艦改造成航空母舰，但项目始终没完成。德国重巡洋舰只有德国号与欧根亲王号坚持到战争结束，德国号更名“吕措号”，1947年在苏联武器测试时沉没；欧根亲王号在1946年“十字路口行动”核试验中沉没。没建成的希佩尔海军上将级塞德利茨号与吕措号都由苏联在20世纪50年代后期拆解，其中塞德利茨号是苏联战利品，吕措号在1941年德军入侵苏联前就卖给苏联。