2006 року Жуан потрапив у заявку на свій першиц чемпіонат світу 2006 року у Німеччині, де провів 5 матчів своєї команди, яка вибула в 1/4 фіналу. У 2007 році Жуан змінив Жілберту Сілву на посаді капітана команди на Кубку Америки 2007 року у Венесуелі, здобувши того року титул континентального чемпіона. У 2009 році він допоміг своїй команді вдруге перемогти на Кубку Конфедерацій 2009 року у ПАР, де він пропустив кінець турніру через травму м'язів лівої ноги.