1966 trennten sich nach nur zwei Saisonrennen die Wege von Ferrari und John Surtees. Bandini rückte damit in die Rolle des Team-Leaders auf. Die Saison verlief für die „Roten“ allerdings nicht besonders erfreulich, abgesehen vom Ferrari-Doppelsieg beim Heimrennen in Monza, wo Bandinis Teamkollegen Ludovico Scarfiotti und Mike Parkes die beiden vorderen Plätze belegten. Bandini erzielte insgesamt zwölf WM-Zähler, sein Saisonhöhepunkt war einmal mehr der Große Preis von Monaco, wo er erneut Zweiter wurde.