La croce di Borgogna fu usata per la prima volta nel XV secolo come emblema dei duchi Valois di Borgogna, che governarono gran parte della Francia orientale e dei Paesi Bassi. Lo stendardo fu in origine adottato da coloro che parteggiavano per la Borgogna nella Guerra civile tra Armagnacchi e Borgognoni. È ispirato, come la normale croce di Sant'Andrea, alla croce sulla quale fu crocefisso Sant'Andrea apostolo. Sant'Andrea era infatti il santo protettore dei duchi di Borgogna.