L'església, de planta basilical, tenia les naus cobertes amb voltes de canó, amb un absis i dues absidioles semicirculars amb voltes de quart d'esfera. S'unien entre si amb quatre arcs de mig punt a cada costat, decorats amb lesenes llombardes a la part superior. Les voltes originals es van enfonsar amb els terratrèmols del 1427-28 i es van refer amb rajola. Els pilars que els sostenien, quadrats, van ser substituïts per grups de quatre columnes, que permeten una major visibilitat i lluminositat, en temps de l'abat Joan Antoni Climent (ca. 1700). A finals del es va construir la capella del Roser, al costat est, on hi havia un retaule pintat per Joan Sanxes Galindo, avui conservat al Museu d'Art de Girona.