11 червня 1798 року французи захопили Мальту, а 2 липня висадилися в Єгипті. Мамлюкське військо вийшло назустріч Наполеону, але було розбите у битві біля Пірамід. Єгипет був захоплений французами. Однак, Наполеону довелося боротися з повстаннями місцевого населення. У цей же час у битві при Абукірі британський адмірал Нельсон потопив французький флот. Після цього постачання армії Наполеона з Франції перервалося.