В начале 1930-х годов в условиях подъёма национал-социалистов у Эберта-младшего накалились отношения с коммунистами, в частности с Вальтером Ульбрихтом, в то время как председатель Коммунистической партии обвинял Эберта в ревизионизме. После Лейпцигского съезда СДПГ в мае 1931 года он был назначен руководителем создания Железного фронта в Бранденбурге-на-Хафеле в целях самообороны от угрозы, исходящей от нацистов. 28 февраля 1933 года, после поджога Рейхстага, нацисты в интересах общественной безопасности запретили газету «Brandenburgische Zeitung», вследствие чего Эберт потерял доход как главный редактор. 1 марта полиция обыскала его квартиру. На первом заседании городского совета после переизбрания 12 марта, нацисты вынудили Эберта и его коллег по партии выйти из зала заседаний. Однако 23 марта в Рейхстаге Эберт-младший вместе с коллегами по партии и нацистами голосовал за запрет Коммунистической партии.