Là một tổ chức chính trị bí mật, những thành viên của Katipunan phải tuyệt đối giữ bí mật về sự tồn tại của tổ chức và bắt buộc phải tuân thủ những điều lệ. Những người muốn tham gia phải thực hiện những nghi thức kết nạp tiêu chuẩn Ban đầu, Katipunan chỉ kết nạp nam giới Philippines, sau này cho phép phụ nữ được kết nạp. Katipunan có cơ quan ngôn luận của riêng mình, báo "Kalaayan" (Tự do), xuất bản lần đầu tiên cũng như in lần cuối vào tháng 3 năm 1896. Lý tưởng cách mạng và những hoạt động cách mạng phát triển mạnh mẽ trong tổ chức, và văn học Philippines cũng đã được mở rộng, phát triển bởi những thành viên nổi bật. Trong tiến trình thực hiện cách mạng, Bonifacio đã bí mật liên lạc với nhà hoạt động dân chủ José Rizal, đề nghị Rizal giúp ông làm cách mạng. Đổi lại, Katipunan sẽ cứu Rizal ra khỏi trại giam, nhưng Rizal từ chối. Vào tháng 5 năm 1896, một phái đoàn Katipunan được phái đến Nhật Bản, yêu cầu Thiên hoàng Minh Trị viện trợ cho họ về tài chính và quân sự để khởi nghĩa. Sự tồn tại của Katipunan đã được tiết lộ cho Chính quyền Thực dân Tây Ban Nha bởi một thành viên tên là Teodoro Patiño. Ông này đã tiết lộ các hoạt động bất hợp pháp của Katipunan cho em gái mình và cho một bà xơ ở Trại trẻ mồ côi Mandaluyong. Bảy ngày sau khi chính quyền Thực dân Tây Ban Nha biết được sự tồn tại của Katipunan, vào ngày 26 tháng 12 năm 1896, Bonifacio và các thành viên của ông đã phát động khởi nghĩa, mở đầu cuộc Cách mạng Philippines. Sau đó, Bonifacio bị sát hại, Katipunan tan rã.