1988 eskalierte der Konflikt. Es gab Massendemonstrationen in Armenien sowie Schießereien mit mehreren hundert Toten und Pogrome in Aserbaidschan. In der Folge kam es zu beidseitigen Ausweisungswellen und Flucht der jeweiligen Minderheit. Im September 1991 erklärte die Republik Bergkarabach ihre Unabhängigkeit, im November schaffte daraufhin Aserbaidschan den autonomen Status der Region ab. Ab 1992 kam es nach dem Massaker von Chodschali, dem Massaker von Maraga und mit einer Gegenoffensive der karabachischen Armee zu verstärkter Gewaltanwendung von beiden Seiten, ab 1993 beteiligte sich Armenien mit eigenen Verbänden am Konflikt. Beim Waffenstillstand 1994 kontrollierten Armenier einen Großteil des von der Republik Bergkarabach beanspruchten Gebiets und eine Pufferzone zu Aserbaidschan. Die Unabhängigkeit Bergkarabachs wird international nicht anerkannt. Nach 1994 gab es mehrere gescheiterte Vermittlungsversuche sowie wiederholt Kampfhandlungen. Nach Gefechten im Sommer 2020 kam es Ende September zu einem erneuten Krieg. Am 9. November 2020 unterzeichneten beide Konfliktparteien eine erneute Waffenruhevereinbarung unter Vermittlung Russlands. Durch die aserbaidschanische Offensive hatte die Republik Arzach ein Drittel ihres Gebietes verloren, darunter auch früher zur Autonomen Oblast zählende, traditionell armenische Siedlungen und Städte wie Hadrut. In Folge des Waffenstillstands musste Arzach ein weiteres Drittel seines Gebiets, das die frühere Oblast umgab, an aserbaidschanische Kontrolle abgeben.