אחרי חידוש היישוב היהודי בחברון, נחשף בית הכנסת על ידי פרופסור בן ציון טבגר והוא פעל לשיקומו מחדש (הוא פעל גם לשיקומו של בית העלמין היהודי של חברון שאף הוא נהרס וחולל על ידי הערבים אחרי הטבח בתרפ"ט). בית הכנסת שוחזר על פי תמונות ועל פי זכרונות של בני חברון שניצלו בתרפ"ט, וכיום הוא שוב משמש לתפילה. לבית הכנסת הוחזרו ספרי תורה עתיקים שנלקחו ממנו לירושלים לאחר הטבח בתרפ"ט.