Straubing war von den Jahrhunderthochwässern 2002 und 2013 betroffen, aufgrund des nach dem Hochwasser von 1988 verbesserten Hochwasserschutzes entstanden jedoch nur vergleichsweise geringe Schäden. Im November 2016 zerstörte ein Feuer den historischen Teil des Rathauses. Der Wiederaufbau des Rathauses wird voraussichtlich 2021 abgeschlossen sein.