Etwa gleichzeitig suchten die Engländer auch von Kanada aus nach Süden vorzustoßen. Ihre Niederlage bei Saratoga Springs hatte zur Folge, dass die Franzosen mit George Washington ein Bündnis eingingen (6. Februar 1778). Vergeblich suchten Howe und Knyphausen, Washingtons Armee bei Chestnut Hill zu schlagen, um sie über die Alleghanies zu treiben. Im Juni 1778 musste Lord Clinton, Howes Nachfolger, Philadelphia wieder räumen. Knyphausen deckte den Rückzug der Engländer auf New York. Es folgten Kämpfe in Westchester County. Im Dezember 1779 ernannten ihn Clinton zum Kommandanten der Stadt New York, des wichtigsten Ziels der Freiheitskämpfer. An der Verteidigung New Jerseys gegen die Franzosen hatte Knyphausen mit seinem Hilfskorps führenden Anteil. Im Januar 1780 ließ er seine Truppen über den Hudson auf Paulus Hook und von Staten Island aus über den Raritan River vorgehen. Im Juni zog er mit 5000 Mann nach Elizabeth Town Point und übernahm das Kommando des verwundeten britischen Generals Sterling im Kampf gegen Milizen und Partisanen. Nach einem Vorgehen bis Springfield, das im Laufe der Operationen zerstört wurde, zog er die Truppe nach Staten Island zurück. Da die Engländer massiv von den Franzosen in Kanada bedrängt wurden, entschlossen sie sich, Knyphausen mit seinen Hessen im Zeitraum zwischen 1780 und 1782 an der kanadischen Ostküste zu stationieren. Knyphausens Hauptquartier befand sich zeitweilig in Halifax, wo sich in der St. Paulskirche noch ein an ihn erinnerndes Denkmal und sein Wappenschild befinden.