В 1992 году в составе национальной команды Рисагер выступал на Олимпийских играх в Барселоне. В 1994 году он дебютировал за сборную Дании. В 1995 году Йенс в составе национальной сборной выиграл Кубок Короля Фахда, приняв участие во всех матчах. В 1996 году он был включен в заявку на участие в чемпионате Европы в Англии. На турнире он принял участие во встрече против сборной Португалии. Йенс был признан одним из виновников пропущенного датчанами гола, так как не смог помешать Рикардо Са Пинту в эпизоде в пропущенным голом. Рисагер взял вину на себя и в оставшихся матчах был заменен на Микаэля Шёнберга.