בית החולים נוסד ב-1851 ביוזמת הפטריארכיה הלטינית של ירושלים. הוא נקרא על שם לואי התשיעי מלך צרפת שהוביל שני מסעי צלב (שביעי ושמיני) למזרח התיכון ואף נפל בשבי המוסלמים במצרים. המוסד שכן תחילה בבניין קטן בין החומות, סמוך לשער יפו בבניין הראשון של הפטריארכיה הלטינית והופעל על ידי נזירות מהמסדר הצרפתי סן-ג'וזף. (מסדר האחיות סן ג'וזף של ההתגלות נוסד בשנת 1832 בצרפת ושם לו למטרה לשלוח אחיות לכל מקום בעולם בו תידרש פעולה רפואית וסיעודית).