Gordon on myös väittänyt, että hänet ylennettiin kenraaliluutnantiksi, mutta tästä ei ole virallisia todisteita. Hän komensi prikaatia Daniel Harvey Hillin divisioonassa Virginian niemimaan taisteluissa vuonna 1862. Antietamin taistelussa hän auttoi kenraali Leetä pitämään hallussaan Bloody Laneksi kutsuttua tietä, ja sai kaksi luotia jalkaansa. Kuukausien toipumisen jälkeen hän palasi taistelukentille kesäkuussa 1863. Hän komensi yhtä Jubal Earlyn divisioonaa etelävaltioiden invaasiossa Pennsylvaniaan. Hänen joukkonsa valtasivat Wrightsvillen Susquehanna-joella. Kaupunki oli kaukaisin paikka idässä mihin etelävaltiot pääsivät. Tosin unionin sissit sytyttivät läheisen joen ylittävän puusillan palamaan estääkseen Gordonin joukkojen etenemisen, ja tuli levisi myös kaupunkiin. Sammutustöihin ryhtyneet Gordonin joukot estivät kuitenkin pahimmat tuhot. Gettysburgin taistelun ensimmäisenä päivänä hänen divisioonansa murskasi unionin armeijan IX armeijakunnan. Gordon auttoi henkilökohtaisesti taistelussa haavoittunutta unionin divisioonankomentaja Francis Barlow'ta, jota vastaan taisteli myöhemmin Wildernessissä.