En 1959, après le soulèvement tibétain, Chungtsang Rinpoché dut endurer l’endoctrinement communiste chinois et des séances de luttes sévères à Nyima Changra Shedra, devenu le siège régional de l'armée chinoise. Il fut maltraité puis emprisonné durant 23 ans, de 1959 à 1982. Lors de la révolution culturelle, il subit de terribles programmes de rééducation et fut contraint à des travaux forcés. À cette époque, il fut transféré au tristement célèbre camp de Kongpo Ningtri. Là-bas, il devait abattre des arbres dans les bois environnants. Un jour, il fut grièvement blessé par la chute d'un arbre. Il est rapporté qu'il ne survécut que parce qu'il était le Kyabgön Rinpoché. Il put recouvrer la liberté en 1983, en pleine libéralisation politique chinoise. Par la suite, il se vit confier un poste au Congrès du peuple régional puis fut nommé à une haute fonction au sein du Département des Affaires Religieuses de la région autonome du Tibet.