В сентябре 1655 года был захвачен войсками князя А. Н. Трубецкого в войну Русского царства с Речью Посполитой. В 1661 году город был отвоёван польско-литовской армией, из-за разорения освобождён от уплаты налогов сроком на 4 года. В XVI—XVIII веках Новогрудок несколько раз пострадал от пожаров (1578, 1599, 1613, 1652 года, наиболее сильный — в 1751 году, когда сгорели 167 домов, 4 костёла, ратуша и канцелярия воеводы) и эпидемий (1590, 1592, 1603, 1708 годов). Военные события и катаклизмы, произошедшие в XVII—XVIII веках, привели город к сильному упадку. В конце XVIII века в Новогрудке действовали 3 церкви, 5 костёлов, 6 монастырей, синагога, мечеть.