Алоис Перштерер родился 29 сентября 1909 года. С 1928 по 1933 год служил автомехаником в австрийской армии. 1 марта 1930 года вступил в НСДАП. В годы запрета НСДАП в Австрии Перштерер возглавлял абшнит СД в Зальцбурге, а также работал курьером в местной городской администрации. Получил 18 месяцев тюремного заключения за нелегальную политическую деятельность. После присоединения Австрии к Германии вновь возглавил СД в Зальцбурге.