Osmanit valtasivat suurimman osan Kykladien saarista vähitellen 1500-luvulla ja loput seuraavina vuosisatoina. 1800-luvun alussa monet saarista olivat eturintamassa Kreikan vapaustaistelussa ja muun muassa rahoittivat sitä merkittävästi. Kykladeista tuli osa itsenäistynyttä Kreikkaa vaiheittain 1820–1830-lukujen kuluessa. 1800-luvulta lähtien, merirosvouhan väistyttyä, saarten väestö on palannut saarten rannoille. Näin ovat kehittyneet monien saarten uudemmat suuret pää- ja satamakaupungit. Monet kaupungeista kehittyivät merkittäviksi kauppamerenkulun keskuksiksi. Esimerkiksi Ermoúpoli oli aikanaan yksi Kreikan merkittävimpiä höyrylaivaliikenteen keskuksia ja se on edelleen Kykladien keskuspaikka.