1940年，被任命为总督。翌年，任利比亚总督、以及当地意大利军总司令官。德意志非洲軍名义上隶属于他的意大利军，但他却与埃尔温·隆美尔多次发生对立。1942年，隆美尔被纳粹德国升为元帅，同年，巴斯蒂科也被升为元帅军衔，以免他的军衔低于隆美尔。第二次阿拉曼战役战败后，巴斯蒂科于1943年2月被解除总督职位，并不再担任任何军职。