Im Jahr 1558 zerstörten französische Truppen in der Zeit der Italienischen Kriege beim Angriff auf die Stadt Ivrea die Klosterkirche. Fast die gesamte restliche Klosteranlage musste 1757 der geplanten Parkanlage neben dem Palazzo Perrone weichen, eine behelfsmäßige Kirche besaß der bis zur Aufhebung des Klosters 1802 noch bestehende Konvent in einer umfunktionierten ehemaligen Scheune. Dieses Gebäude wurde 1898 bei der Vergrößerung der öffentlichen Parkanlage am Corso Re Umberto abgebrochen. So blieb schließlich von Sankt Stefan nur noch der ehemalige Glockenturm übrig. Um 2000 wurde das Bauwerk umfassend restauriert.