Estuvo en la Batalla de Miraflores, librada el 15 de enero de 1881. Allí peleó bravamente en uno de los reductos, operando un cañón, y cuando se agotaron los proyectiles, siguió luchando con su fusil, hasta resultar gravemente herido en el cuello y en una pierna. Con sumo cuidado se le trasladó a su casa, donde ya se encontraba agonizando su hermano Augusto, herido también de gravedad, en San Juan. Cuando se produjeron saqueos en la ciudad y una de las casas aledañas a la de los Bolognesi ardió en llamas, ambos hermanos fueron trasladados a la casa de su tío, el músico y coronel de artillería Mariano Bolognesi, en la noche del día 16. Tras recibir la extremaunción, Enrique falleció el día 23 y Augusto le siguió el día 27 de enero de 1881.