Но уже в марте 1644 г., когда в самой Шотландии вспыхнула гражданская война, Аргайл вернулся на родину и достаточно быстро подавил выступление роялистов в Абердиншире. Однако в июле в Арднамурхане высадилась ирландская армия Аласдера Макдональда, большинство солдат которой являлись членами резко враждебных Аргайлу горных кланов (прежде всего клана Макдональд). Во главе этой армии встал маркиз Монтроз, назначенный королём наместником Шотландии. Попытки Аргайла остановить продвижение роялистов провалились: 28 октября 1644 г. его войска были разбиты Монтрозом в битве при Фиви. Арчибальд сложил с себя функции командующего и удалился в свой замок Инверари. Однако в декабре того же года армия роялистов вторглась в Аргайл, заставив маркиза бежать, и занялась систематическим разорением земель Арчибальда, одновременно изгоняя и уничтожая мирных жителей клана Кэмпбелл. В феврале 1645 г. Аргайлу удалось вытеснить горцев на север, но в битве при Инверлохи его войска были наголову разбиты Монтрозом, а сам маркиз вновь бежал на корабле. Триумфальное шествие роялистов по Шотландии продолжилось весной 1645 г. Аргайл уже не пытался лично командовать армиями ковенантеров, однако в качестве представителя правительства присутствовал в войсках, в том числе и во время их очередного разгрома в сражении при Килсайте. К счастью для ковенантеров, 13 сентября 1645 г. Монтроз потерпел решающее поражение при Филипхоу и власть парламента Шотландии была восстановлена. По свидетельству современников, именно Аргайл отдал приказ об убийстве всех пленённых ковенантерами горцев после этой битвы, руководствуясь собственным принципом «"Мёртвые не кусаются"». К весне 1646 г. Аргайлу удалось также изгнать ирландцев из своих владений.