Під час операції «Вайсс II» дивізія брала участь в битві на Неретві, а потім несла охорону дороги Сараєво-Мостар. Навесні 1943 року взяла участь в атаці на четників у Чорногорії. Операція «Шварц» почалася 11 травня, в наступі взяли участь три піхотні дивізії Вермахту, та 4-й полк дивізії «Бранденбург», три піхотні дивізії італійців і дві піхотні дивізії хорватів. В наслідок цього четники були змушені залишити Чорногорію і відступити до Сербії, їх втрати склали близько 4000 бійців. Після закінчення операції дивізія «Прінц Ойген» була направлена в Боснію, де розмістилася на просторах від Тузли до річки Босна. Дещо пізніше дивізія знову повернулася в район Мостара. У червні 1943 року командиром дивізії був призначений бригадефюрер СС і генерал-майор військ СС Карл Рейхсріттер фон Оберкамп.