Filppula oli aikoinaan vakiopelaaja nuorten maajoukkueissa. Hän voitti alle 20-vuotiaiden MM-pronssia vuosina 2003 ja 2004. Jälkimmäisenä vuonna hänet valittiin myös kisojen tähdistökentälliseen ja vuoden parhaaksi nuorten maajoukkuepelaajaksi.