За отличия, оказанные в этой войне, он получил два чина, а 7 ноября 1798 года был произведён в подполковники. Однако, 30 июня 1799 года, за какое-то упущение в своем (Кексгольмском) полку во время парада, он был, по распоряжению Императора Павла, исключен из службы; но уже 4 ноября 1800 года снова принят в тот же Кексгольмский полк, а три дня спустя произведен в полковники. 12 октября 1803 года Чоглоков был назначен командиром Кексгольмского полка, с которым сражался в Войне третьей коалиции, состоя в корпусе графа Толстого.