L'église est fermée en 1790. Au terme de la sanglante journée insurrectionnelle du 10 août 1792, dix-neuf corps ramassés dans les rues sont inhumés le soir même au cimetière de Saint-Paul. Parmi les vicaires de la paroisse Saint-Paul de Paris, cinq sont connus pour avoir refusé de prêter serment à la constitution civile du clergé, dont l'un officiant à l'Institution des sourds-muets établie sur la paroisse. Qualifiés de « prêtres réfractaires », ils furent assassinés lors des massacres de Septembre, soit à la Prison de l'Abbaye, soit à la Prison des Carmes. Pape Pie XI les béatifia le . Une plaque fixée sur un pilier dans l'église Saint-Paul-Saint-Louis honore leur mémoire. La paroisse fut supprimée en 1793. Son église, saisie comme bien national, fut vendue en 1796 avec le cimetière Saint-Paul et la grange Saint-Éloi qui la jouxtaient à un marchand de bois qui la démolit pour récupérer les matériaux