Em 11 de setembro de 2001, os equipamentos de transmissão da WNJU e de outras oito emissoras de televisão, além de várias outras emissoras de rádio, foram destruídos quando dois aviões sequestrados colidiram e destruíram as torres norte e sul do World Trade Center. A emissora voltou a operar em sinal aberto uma semana depois, em 19 de setembro, por meio de uma torre em Alpine, em Nova Jersey, e moveu seus equipamentos para o Empire State Building em 1 de julho de 2002, de onde transmitiu até 2017.