Bauer tillfångatogs av ryssarna under första världskriget men blev som invalid utväxlad 1917. Efter revolutionen 1918 inträdde han i utrikesdepartementet, som då leddes av Victor Adler. Vid dennes död samma år blev Bauer utrikesminister och sökte fullfölja Adlers politik att förena Österrike med Tyskland. När han misslyckade med detta under fredsförhandlingarna i Saint Germain, avgick han 1919.