W reprezentacji Ghany Kuffour zadebiutował w 1996 roku. W 1998 roku został powołany do kadry Ghany na Puchar Narodów Afryki 1998. Na tym turnieju zagrał w 3 grupowych spotkaniach: z Tunezją (2:0), z Togo (1:2) i z Demokratyczną Republiką Konga (0:1). Z kolei w 2000 roku zagrał w 3 meczach Pucharu Narodów Afryki 2000: z Togo (2:0), z Wybrzeżem Kości Słoniowej (0:2) i ćwierćfinale z Republiką Południowej Afryki (0:1). W 2002 roku został powołany do kadry Ghany na Puchar Narodów Afryki 2002. Na tym turnieju wystąpił w 2 meczach: z Burkina Faso (2:1) i ćwierćfinale z Nigerią (0:1). W kadrze narodowej od 1997 do 2002 roku rozegrał 31 meczów i strzelił 2 gole. W 1995 roku wystąpił z kadrą U-23 na igrzyskach olimpijskich w Atlancie.