Джеки дебютировал в Формуле-1 в 1965 году с командой BRM и на первом для себя Гран-при Южной Африки финишировал на шестой позиции, заработав очки. Он занял 3-е место в чемпионате, одержав победу и пять раз поднявшись на подиум, однако команда угасала, и шансов на титул чемпиона почти не оставалось. Стюарт провёл в коллективе ещё два сезона, но с каждым годом результаты падали. В 1968 году Джеки перешёл в команду «Матра» и, несмотря на полученную в гонке Формулы-2 травму, из-за которой Стюарт был вынужден пропустить два Гран-при, закончил сезон на второй позиции личного зачёта.