Современный эритрейский военно-морской флот ведёт свою родословную с морских транспортных перевозок для нужд Фронта освобождения Эритреи (ФОЭ) на раннем этапе войны за независимость Эритреи. Такие перевозки продолжались и Народным фронтом освобождения Эритреи (НФОЭ) после раскола ФОЭ. После второго съезда НФОЭ были созданы военно-морские силы с базой в Судане.