Tijdens de oorlog waren geheime groeperingen als "Panama" (Patriotes nationalistes malgaches) en "Jiny" (naar een lokale nachtvogel) opgericht, die bezig waren een gewapende opstand voor te bereiden om zo de onafhankelijkheid te proberen te bereiken. In 1947 begon deze Malagassische Opstand, waarbij Franse kolonisten (waarvan er toen ongeveer 35.000 op het eiland woonden) en leden van de PADESM werden aangevallen en vermoord. De opstand spreidde zich uit over ongeveer een derde van het eiland. De Franse premier Paul Ramadier stuurde versterkingen, die onder andere bestonden uit Senegalese soldaten. Met behulp van deze extra troepen wisten zij het eiland al snel weer volledig in handen te krijgen. Bij de strijd werden door de Franse troepen grote wreedheden begaan. In november 1948 werd het laatste rebellenbolwerk ingenomen. Over het aantal doden bestaat discussie, mede doordat veel rebellen het bos invluchtten en over hun lot veel onduidelijk was. Bij gebrek aan betrouwbare bronnen liggen de schattingen over het aantal doden dan ook op ergens tussen de 8.000 en ruim 100.000. Wie precies de leiders van de opstand waren is nooit onomstotelijk vast komen te staan. De Fransen gaven de MDRM de schuld van de opstand, hoewel deze in alle toonaarden ontkende erbij betrokken te zijn geweest. De partij werd daarop verboden. De Fransen lieten veel leiders oppakken en veroordeelden een aantal van hen ter dood. Twintig personen werden terechtgesteld, maar de rest van de vonnissen werd uiteindelijk niet uitgevoerd. In de jaren erop kregen de meeste leiders amnestie.