В 2001—2003 годах МТБЮ предъявил обвинения хорватским генералам Янко Бобетко, Мирко Норацу и Рахиму Адеми в совершении военных преступлений во время операции «Медакский карман», однако позже это дело также было передано в хорватский суд. Норац был признан виновным и заключён в тюрьму, Адеми был оправдан, а Бобетко был объявлен непригодным предстать перед судом из-за состояния здоровья. Обвинительное заключение по делу другого хорватского генерала Анте Готовины назвало не менее 150 сербских гражданских лиц, убитых в период проведения операции «Буря». Хорватский Хельсинкский комитет зарегистрировал 677 сербских гражданских лиц, погибших в ходе этой операции. Прокурор МТБЮ Луиза Арбур заявила, что законность и легитимность операции не является проблемой, но при этом необходимо исследовать вопрос о тех преступлениях, которые были совершены во время кампании. Судебная палата подтвердила, что законность операции «Буря» «не имеет значения», поскольку МТБЮ заинтересован только в исследовании военных преступлений. В 2011 году Анте Готовина был приговорён к 24 годам лишения свободы, а другой хорватский генерал Младен Маркач — к 18 годам тюрьмы. В 2012 году апелляционная комиссия МТБЮ полностью оправдала обоих генералов.