Στο δεύτερο μισό του 1943 εξοπλίστηκε με τον τύπο η περίφημη μονάδα των Ελευθέρων Γάλλων "Normandie-Niémen" που πολεμούσε στο πλευρό της Κόκκινης Αεροπορίας στο Ανατολικό Μέτωπο. Τον Ιούνιο του 1944, κατά την διάρκεια της επιχείρησης Μπαγκρατιόν, η μονάδα είχε τις πρώτες επιτυχίες και τις πρώτες απώλειες πάνω από την περιοχή του Μπορισοφ. Η πρώτη μονάδα που χρησιμοποίησε το Yak-9U ήταν το 163.IAP, από τις 25 Οκτωβρίου μέχρι τις 25 Δεκεμβρίου 1944. Τα πληρώματα διατάχθηκαν να μην χρησιμοποιούν τους κινητήρες στο έπακρο γιατί θα μειώνονταν η διάρκεια ζωής τους στις 2-3 πτήσεις. Παρόλα αυτά η μονάδα σε 398 αποστολές κατέρριψε 27 από τα επίφοβα Focke-Wulf Fw 190A και ένα Bf 109G-2, έχοντας απολέσει δύο αεροσκάφη σε αερομαχίες, ένα από τα εχθρικά αντιεροπορικά και τέσσερα σε ατυχήματα. Η σοβιετική αεροπορία οφείλει εν πολλοίς την αεροπορική κυριαρχία που είχε στα τελευταία δύο έτη του πολέμου στην δράση των Yak-9U. Οι Γερμανοί απέφευγαν να εμπλακούν με τα νέα σοβιετικά μαχητικά.