В 1846—1848 годах Е. Манганари командовал фрегатом Агатополь. После присвоения ему чина генерал-майора корпуса флотских штурманов в 1849—1857 годах он был директором черноморских и азовских маяков. Оснащение новыми маяками и, начавшийся переход на френелевскую систему освещения, во многом способствовало удачным морским действиям во время Крымской войны 1853—1856 годов; картографические документы Манганари о Синопской бухте были использованы российскими военными моряками во время Синопской битвы.