Plusieurs athlètes devancent le Cubain aux bilans mondiaux de l'année 1998, dont font partie les Américains Miguel Pate et Dwight Phillips. Il réalise un saut à en fin de saison à Padoue, avant de se classer deuxième de la Coupe du monde des nations de Madrid () à un centimètre seulement de l'Américain Savanté Stringfellow. En août 2003, Iván Pedroso remporte pour la troisième fois de sa carrière les Jeux panaméricains devant son compatriote Luis Felipe Méliz. Blessé, il déclare forfait pour les Championnats du monde de Paris-Saint-Denis se déroulant deux semaines plus tard.