Au début de la guerre du Pacifique, les sous-marins de poche étaient utilisés dans des missions de reconnaissance des navires de l'US Navy en mouillage à Pearl Harbor (Hawaï), pour les préparatifs de l'attaque sur Pearl Harbor. Lorsque la guerre éclata, les missions de la flotte inclurent également la pose de mines marines. Quelques missions spéciales, telles que l'attaque sur le port de Sydney, furent entrepris avec des sous-marins de poche. Basé à Penang, la flotte collabora brièvement avec la Kriegsmarine dans l'océan Indien lors d'opérations de lutte contre les navires de commerce britanniques, mais ces missions furent peu nombreuses. L'État-major de la Marine impériale japonaise mit davantage l'accent sur des opérations d'embuscade des navires capitaux alliés. En 1942, les sous-marins japonais furent crédités du naufrage de deux porte-avions, d'un croiseur et de plusieurs destroyers, ainsi que d'avoir endommagé un porte-avions et deux cuirassés.