לאחר מהפכת אוקטובר ונפילת הצאר ניקולאי השני, שבאה בעקבותיה, במרץ 1917, החזירו הבישופים הגאורגים, ב-25 במרץ 1917, באופן חד-צדדי, את האוטוקפליה (עצמאות) של הכנסייה הגאורגית. הכנסייה הרוסית לא קיבלה את השינוי שעשו הגאורגים אולם לא יכלה לעשות דבר. רק לאחר נפילת הרפובליקה הדמוקרטית של גאורגיה בעקבות פלישת הצבא האדום לגאורגיה, בשנת 1921, נתנה להם את ההזדמנות לגרום להטרדת ודיכוי הכנסייה הגאורגית. מאות כנסיות נסגרו ומאות נזירים הוצאו להורג בתקופת הטיהורים הגדולים של סטלין. למרות זאת הוכרה, ב-31 באוקטובר 1943, עצמאותה של הכנסייה הגאורגית על ידי הכנסייה הרוסית, אולם עדיין הייתה כפופה לכנסייה הרוסית שהפעילה לחץ בלתי פוסק על הגאורגים בתקופה המערכה האנטי-דתית של השלטונות הסובייטים.