Die Talsperre liegt in einem von Erdbeben gefährdeten Gebiet, in der Nähe einer geologischen Verwerfung. Der Leiter des geologischen Instituts von Sichuan, Professor Fan Xiao, schließt aufgrund neuer geologischer Untersuchungen Probleme durch den tektonisch instabilen Untergrund nicht aus. Das Gewicht der enormen Wassermassen kann die Erdkruste zusammendrücken, was zu Entladungen bestehender Spannungen im Untergrund führen kann. Durch das aufgestaute Wasser werden die Ufer aufgeweicht, was Erdrutsche und entsprechende Flutwellen auslösen kann. Xiao verweist auf das Erdbeben in Sichuan 2008, wo die Zipingpu-Talsperre beschädigt wurde. Gemäß Professor Xiao hat die Anzahl kleinerer Erdbeben seit der Flutung zugenommen.