פנקהרסט נולד בלונדון לסילביה פנקהרסט, שהייתה מראשי תנועת הסופרג'יזם בבריטניה, ולאנרכיסט סילביו רוסריו .פנקהרסט סיים לימודי דוקטורט בהיסטוריה כלכלית בבית הספר לכלכלה של לונדון. מילדותו נחשף פנקהרסט לענייני אתיופיה היות שאימו, סילביה, הייתה תומכת פעילה של התרבות האתיופית ומהפעילות המובילות בבריטניה כנגד הכיבוש האיטלקי של אתיופיה. אימו, אשר הייתה ידידתו האישית של קיסר אתיופיה היילה סלאסי, פרסמה בשנת 1955 את ספרה "אתיופיה: היסטוריה תרבותית".