Im Rahmen der Pläne zur Wiederbelebung der Altstadt begann die Kostodie des Heiligen Landes 1947 die Franziskanerkirche zu renovieren, jedoch ruhten die Arbeiten ab November im Palästinensischen Bürgerkrieg. Schließlich beschädigten im Mai 1948 israelische Geschosse im Krieg um Israels Unabhängigkeit den exponiert gelegenen Bau, bevor der ZaHa"L am 17. Mai 1948 die Stadt einnahm. Während jüdische Akkoner alle vor antisemitischer Gewalt im Zuge des Arabischen Aufstands 1936 bis 1939 aus der Stadt geflüchtet waren, floh im Krieg um Israels Unabhängigkeit die Hälfte der nichtjüdischen Akkoner oder wurde vertrieben. Zugleich wurde Akko erste Zuflucht und dann neue Heimat vieler arabisch-muslimischer Binnenflüchtlinge aus anderen Orten, die landesweit mit 46.000 Personen 1949 ein knappes Drittel der israelischen Araber ausmachten.