フィッシャーは1909年に男爵位を授けられ1910年に引退した。第一次世界大戦の勃発に際して、ドイツとの結びつきの強さを忌避されたルイス・アレグザンダー・マウントバッテン（改姓前はバッテンバーグ）に代わり第一海軍卿に就任した。フィッシャーは大きな被害を出し完全な失敗に終わったガリポリ上陸戦における責任問題を巡りウィンストン・チャーチル海軍大臣との間で苦々しい論争を繰り広げた末、1915年5月15日に辞任した。後にチャーチルも辞任を余儀なくされた。フィッシャーはドイツのバルト海沿岸への上陸作戦を提案しており、そのためのフューリアスなどの「ハッシュ・ハッシュ・クルーザー」を開発したが、結局この作戦は中止されてこれらの艦艇は空母へ転用された。