В 1920 году после смерти короля Александра I его отец вернулся на престол. Алиса с семьёй снова приехали на родину, где жили на вилле на острове Корфу, где у них родился сын принц Филипп. Андрей был восстановлен на военной службе в качестве генерал-майора. Во время Второй греко-турецкой войны Андрей командовал II армейским корпусом в битве при Сакарье, которая закончилась поражением греческой армии. 19 сентября 1921 года Андрею был отдан приказ атаковать турецкие позиции. Принц следовал своему плану сражения к большому неодобрению генерала Анастасиоса Папуласа. Турки атаковали, и войска принца вынуждены были отступать. Папулас сделал принцу выговор; Андрей хотел уйти в отставку, но ему было отказано. Принцу предоставили отпуск на два месяца и перевели его в Верховный армейский совет. В марте 1922 года он был назначен командиром 5-го армейского корпуса в Эпире и на Ионических островах. Из-за недовольства результатами войны 11 сентября 1922 года в Греции вспыхнуло восстание. Состоялся «Процесс шести», завершившийся смертным приговором для шести из девяти обвиняемых. Принцу Андрею, старшему командиру в неудавшейся кампании, были предъявлены обвинения в «неповиновении приказам» и «действиях по собственной инициативе». Он был арестован и перевезён с острова Корфу в Афины; через несколько дней над ним состоялся суд, который признал его виновным в инкриминируемых преступлениях, но полное отсутствие у него военного опыта было признано смягчающим обстоятельством, вследствие чего вместо казни его приговорили к пожизненному изгнанию из страны. Вместе с семьёй он покинул Грецию на британском крейсере "". Супруги с детьми поселились в небольшом доме в Сен-Клу на окраине Парижа, который был дан им в пользование принцессой Марией Бонапарт, женой брата Андрея Георга.