Nel 2004 passa al Liverpool per 14 milioni di sterline, fortemente voluto da Gérard Houllier. Segna all'esordio nella prima giornata di Premier League contro il Tottenham (1-1). Il 30 ottobre 2004 gli viene provocata una doppia frattura (tibia e perone) della gamba sinistra in uno scontro con il difensore James McEveley nella gara con il Blackburn Rovers, pareggiata 2-2. Cissè ha rilevato in seguito che se non fosse stato per il pronto intervento dello staff presente allo stadio avrebbe rischiato di perdere la parte della gamba al di sotto del ginocchio. Gli furono inseriti dei chiodi nella gamba e sembrava dovesse saltare tutta la stagione 2004-2005. Nonostante ciò ritorna in campo il 13 aprile del 2005, nei quarti di Champions League contro la Juventus (0-0), sostituendo Milan Baroš. Il 15 maggio realizza una doppietta ai danni dell'Aston Villa (2-1), sua prima partita da titolare da quando è rientrato in campo dopo l'infortunio. Nella sua prima stagione in Inghilterra segna 4 gol in 16 partite di campionato. Con i "Reds" conquista la Champions League 2004-2005 e la Supercoppa UEFA, sempre nel 2005. Gioca la prima partita di Champions il 10 agosto contro il Grazer AK (2-0). Il 15 settembre sigla una marcatura al Monaco (2-0) e nella finale di Champions contro il Milan, Cissé subentra a fine secondo tempo e sarà uno dei rigoristi che segnando regalano il successo agli inglesi.