Tras el golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973 que derrocó a Salvador Allende, la dictadura militar realizó varias transformaciones en el Ministerio. El freno al proceso de reforma agraria—la gran mayoría de las tierras expropiadas fueron devueltas o rematadas por el Estado— se tradujo en la disolución de la Corporación de la Reforma Agraria en 1978 y su reemplazo por la Oficina de Normalización Agraria (Odena), la cual tuvo como fin concluir las actividades de la CORA; en 1989, en tanto, se puso fin a la Oficina de Planificación Agrícola y se terminó por derogar toda ley o normativa referida a la reforma agraria. También entre 1976 y 1978 la institucionalidad pesquera fue devuelta al Ministerio de Economía y se crearon la Subsecretaría de Pesca y el Servicio Nacional de Pesca, mientras que organismos como Conaf, SAG e Indap fueron objeto de reestructuraciones en cuanto a composición y funciones.