Током историје просторима данашњег Јужног Судана владале бројне државе и народи. Између 1000. п. н. е., па све до 350. године нове ере овим пределима доминирало је Краљевство Куш (Доња Нубија). Након распада краљевства територију су населили централно-суданска племена. Њих су потиснули народи попут Динка, Нуера, Шилука и др. Ове заједнице контролисале су просторе јужног Судана све до египатске и турске најезде у XIX веку. На почетку XX века северни и јужни Судан окупирала је Велика Британија и створила Англо-египатски Судан. Он је постојао све до 1956. и независности Судана. Већ 1955. почео је грађански рат чији је епилог био формирање аутономног региона на југу Судана, а затим и отцепљење 2011. године.