San Martín ocupa Lima i reuneix un cabildo obert el 15 de juliol. El dia 28 San Martín declara la independència i és nomenat Protector del Perú amb autoritat civil i militar. Aquest mateix any va fundar la Biblioteca Nacional del Perú a la qual va donar la seva col·lecció personal de llibres i va crear l'Orde El Sol del Perú. Governa el Perú des del 3 d'agost de 1821 fins al 20 de setembre de 1822.