O país abriga cerca de refugiados. Além disso, acredita-se que há cerca de imigrantes ilegais. A imigração ilegal é um dos principais temas da política interna de Djibuti e, em julho de 2003, foram atribuídos a muitos deles a expulsão do país. Os portos do país desempenharam um papel importante nos anos 1990 e 2000, servindo como apoio aos Estados Unidos, durante a Ocupação do Iraque.