1992년 타지키스탄 내전이 일어났을 때 그는 이슬람 반군과의 전투에서 승리했다. 그러나 건강 악화로 인해 자신의 후계자였던 에모말리 라흐몬에게 대통령직을 넘겨주게 되었다.