শাস্ত্রী প্রধানমন্ত্রী হিসেবে নেহেরুর অপক্ষপাত ও সমাজতন্তের নীতিকেই মেনে চলেছিলেন। ১৯৬৫ সালের ইন্দো-পাক যুদ্ধে নায়ক ছিলেন ইনিই। তার বিখ্যাত স্লোগান "জয় জওয়ান, জয় কিষান" এই যুদ্ধের সময় খুবই জনপ্রিয় ছিল। এমনকি এখনও এই স্লোগান মানুষে মনে রেখেছে। ১৯৬৬ সালের ১০ ই জানুয়ারি তাশখন্দে ভারত-পাকিস্তানের মধ্যে যুদ্ধ বিরতি চুক্তি সম্পাদিত হয়। এবং পরের দিন ওখানে শাস্ত্রীকে মৃত অবস্থায় পাওয়া যায়। সে সময় মৃত্যুর কারণ হিসেবে ভারত শাস্ত্রী হৃদরোগে মারা গেছে বলে প্রচার করলেও তার পরিবার তা অস্বীকার করে তদন্তের দাবি তোলে। ভারত মনে করে শাস্ত্রীর মৃত্যু তদন্ত যুদ্ধ বিরতি চুক্তিতে প্রভাব ফেলতে পারে। তাই হৃদরোগেই তার মৃত্যুর কারণ হিসেবে ধরে নেয়া হয়েছে। পরবর্তীতে সিআইএ (সেন্ট্রাল ইন্টেলিজেন্স এজেন্সি) অনেকগুলো ইভিডেন্স ও আলামত দেখিয়ে প্রমাণ করে যে, শাস্ত্রীকে যুদ্ধ বিরতি চুক্তির পর পাকিস্তানি গোয়েন্দারা পরিকল্পিতভাবে হত্যা করেছে।