Weit erfolgreicher gestaltete sich die Karriere bei den Sportwagen, in deren diverse Rennserien er mit Beginn der Saison 1990 wechselte. Schon 1986 war er zum ersten Mal bei den 24 Stunden von Le Mans am Start. Bis ins Jahr 2000 startete er 14-mal in Le Mans. Dreimal stand er dort auf dem Podium. 1987, noch vor seinen Aktivitäten in der Formel 1, schaffte er mit einem Cougar C20 mit Porsche-Motor Rang drei. Seine Teamkollegen waren Teamchef und Freund Yves Courage und Hervé Regout. Ab 1990 war Raphanel als Test- und Einsatzfahrer intensiv in das Engagement von Toyota in der Gruppe C eingebunden. Er fuhr in der japanischen Gruppe-C-Meisterschaft und verhalf dem Team zu einem zweiten Gesamtrang in Le Mans 1992. Geschlagen wurde die Mannschaft, der neben Raphanel auch Kenny Acheson und Masanori Sekiya angehörten, nur von der Werksmannschaft von Peugeot. 1997 errang Raphanel in Le Mans noch einmal einen Platz auf dem Podium. Diesmal mit einem McLaren F1, mit Jean-Marc Gounon und Anders Olofsson als Partnern, reichte es erneut für den zweiten Gesamtrang. Raphanel fuhr in diesen Jahren regelmäßig in der Gruppe C und ab 2000 in der FIA-GT-Meisterschaft, unterbrochen nur von einem Jahr (1999) in der japanischen GT-Meisterschaft, wo er einen Toyota Supra fuhr.