Biernatzki wurde in Elmshorn als Sohn des Militärarztes Christopher Biernatzki und dessen erster Ehefrau Margarethe Gruner, geborene Nagel, geboren. Er hatte eine Schwester namens Auguste (1793–1862), die in Altona eine Mädchenschule leitete und unverheiratet blieb. 1801 starb seine Mutter. Nach seiner Schulzeit in Altona studierte er seit 1816 Theologie, zunächst in Kiel, dann in Jena und Halle. Während seines Studiums wurde er, nachdem er bereits in Kiel der "Alten Kieler Burschenschaft" angehört hatte, 1818/19 Mitglied der Urburschenschaft. Anfang 1822 übernahm er die Predigerstelle auf der Hallig Nordstrandischmoor, die nur noch etwa 50 Einwohner hatte. Gleichzeitig war er Lehrer auf Nordstrand, wo er auch wohnte. 1823 heiratete er Henriette de Vries aus Flensburg. In der Nacht vom 3. auf den 4. Februar 1825 erlebte er die große Sturmflut, bei der Kirche und Pastorat auf Nordstrandischmoor zerstört wurden. Biernatzki organisierte Hilfe für die überlebenden Gemeindeglieder, die er zum Teil mehrere Wochen lang in seinem Haus aufnahm.