Zipser wurde beim NBA-Draft 2016 von den Chicago Bulls an 48. Stelle ausgewählt. Am 15. Juli 2016 unterschrieb er einen Zweijahresvertrag bei den Bulls. Sein Vertrag beim FC Bayern München enthielt eine Ausstiegsklausel für den Fall eines Wechsels in die NBA, zudem erhielten die Bayern eine Ablösesumme in unbekannter Höhe. Sein erstes NBA-Spiel bestritt Zipser am 29. Oktober 2016 gegen die Indiana Pacers. Nachdem die Chicago Bulls mit Paul Zipser die Playoffs in dessen erster Saison knapp erreichten, unterlag man in der ersten Runde der Meisterrunde den Boston Celtics mit 2:4. Zipser beendete die Hauptrunde mit durchschnittlich 5,5 Punkten in 44 Einsätzen. In seiner zweiten NBA-Saison verringerte sich seine Spielzeit und Zipser kam in 54 Einsätzen auf 4,0 Punkte pro Spiel mit einer schwachen Wurfquote von 34,6 Prozent. Im Zuge der Verpflichtung von Jabari Parker entließen die Bulls Zipser im Sommer 2018. Zipser plagten während seiner zweiten Saison nach eigenen Aussagen anhaltende Schmerzen im linken Fuß. Ein Ermüdungsbruch im Fuß, den sich Zipser wohl bereits im Laufe der Saison zuzog und in Chicago unentdeckt blieb, wurde erst in der Sommerpause in Deutschland diagnostiziert. In seiner Heimatstadt Heidelberg absolvierte Zipser anschließend ein Wiederaufbautraining. Bezüglich seiner Zukunftspläne erklärte Zipser im Herbst 2018, dass er sich erst nach vollständiger Genesung wieder einem Verein anschließen wolle und weiter: „Dann sagen wir den ganzen Teams Bescheid, die Interesse hatten, dass ich bereit bin. Mein Ziel ist ganz klar, wieder in die NBA zurückzukommen.“ Im Januar 2019 stand er Medienberichten zufolge kurz vor einem Wechsel zu den Brooklyn Nets, der aber platzte.