Como futbolista se desempeñó en la posición de defensa central. Inició su carrera como profesional en la S.S. Lazio, en donde fue capitán y obtuvo su primer "scudetto", además de 2 Copas de Italia, 1 Recopa de Europa, 2 Supercopas de Italia y 1 Supercopa de Europa. Para la temporada 2002-2003, pasó a las filas del A.C. Milan logrando 2 Serie A, 1 Copa de Italia, 2 Supercopas de Italia, 2 UEFA Champions League, 2 Supercopas de Europa y 1 Mundial de Clubes de la FIFA. Su estadía en el A.C. Milan duró hasta el 2012, año en el que Nesta argumentó que jugar dos partidos por semana era muy fuerte para alguien de su edad por lo que decide irse a la Major League Soccer y jugar por el Montreal Impact de Canadá, con ellos obtiene el Campeonato Canadiense de Fútbol. En 2013, Nesta anunció que se retiraría del fútbol al finalizar la temporada 2012-2013 de la MLS, pero su amigo Marco Materazzi lo convenció de seguir jugando por un tiempo en el Chennaiyin FC de la India. En diciembre de 2014 y con una carrera de dos décadas, Nesta se retiró del fútbol logrando un legado como uno de los más grandes defensores de todos los tiempos.