Anche la Seconda guerra mondiale ha visto operazioni nel Mare del Nord, anche se prevalentemente limitato alla caccia con sottomarini e a navi di più ridotte dimensioni. Il 9 aprile 1940 i tedeschi avviarono l'Operazione Weserübung in cui la quasi totalità del flotta tedesca si concentrò a nord verso la Scandinavia tra lo Skagerrak e il Kattegat. Durante l'occupazione tedesca della Norvegia, l'operazione Shetland Bus collegò segretamente la Gran Bretagna alla Norvegia.