Nommé commandant de la d'infanterie le 4 janvier 1866, Clausewitz dirige sa grande unité dans la  du prince héritier Frédéric-Guillaume dans la guerre austro-prussienne. En juin, il traverse la Silésie en direction de la Bohême. Sa division avance via Trautenau, qui est à environ 30 km au nord de Nachod et couverte par la rivière Aupa, formant un important point de défense autrichien. Dans la bataille de Sadowa (3 juillet), il peut à peine se distinguer parce que le d'armée n'est plus vraiment engagé dans le combat. Mais sa division poursuit l'armée autrichienne en fuite en Moravie-du-Sud, où il reçoit l'ordre de s'arrêter près du village de Tscheitsch. Ici, à environ 40 km au sud-est de Brno, il trouve des conditions catastrophiques: le choléra éclate. Clausewitz utilise son personnel médical pour soigner et traiter les malades. Quand le 30 juillet, la division reçoit l'ordre de rentrer chez elle, Friedrich ne peut plus suivre cet ordre. Comme son oncle, il est tombé malade du choléra et décède le 31 juillet 1866. En tant que chrétien protestant, Clausewitz reçoit une tombe dans le parc par l'Église catholique.