Im Zweiten Weltkrieg blieb Hann. Münden bis auf wenige Ausnahmen von direkten Kriegsauswirkungen und Kampfhandlungen verschont. Am 17. Mai 1943 erreichte die Stadt eine Flutwelle, die durch die Bombardierung der Edertalsperre in der Operation Chastise ausgelöst wurde. Sie richtete beträchtliche Schäden in der Stadt an, forderte aber nicht wie in anderen Orten Todesopfer.