У месецима након немачке инвазије, 1941. Хрушчов је, као локални вођа партије, координисао одбрану Украјине, али је отпуштен и опозван у Москву након предаје Кијева. Касније је био политички комесар током Стаљинградске битке и виши политички официр на југу Совјетског Савеза у ратном периоду — био је у Курску, ушао у ослобођени Кијев, и учествовао у разбијању националиста Степана Бандере из Организације украјинских националиста (који су били у савезу са нацистима, пре него што су се борили са њима у Западној Украјини).