Cuando la Guerra de la Vendée estalló en marzo de 1793 se incorporó a los rebeldes, llegando a ser segundo de Charles de Bonchamps. Tras la muerte de aquel lucharía bajo las órdenes de Jean-Nicolas Stofflet y participaría del Giro de la Galerna. A finales de este último capítulo, después que Stofflet y Henri de La Rochejaquelein cruzaron el Loira en Ancenis pero la ruta rápidamente fue cortada por barcazas republicanas. Sin sus líderes, los rebeldes recurrieron a Fleuriot y el príncipe de Talmont, combatiendo en la batalla de Savenay (23 de diciembre). Fleuriot consiguió escapar a la posterior matanza y se unió a François de Charette.