Il ministero fu creato nel 1809 con il nome di Ministero dei trasporti ferroviari dell'Impero russo. Dopo la rivoluzione del 1917 divenne noto come Commissariato popolare per le ferrovie dell'URSS e, dopo il 1946, come Ministero delle ferrovie, espandendo successivamente la sua area di influenza, diventando Ministero dei trasporti dell'URSS. In seguito al crollo dell'Unione Sovietica fu assunse la denominazione di Ministero dei trasporti della Repubblica Socialista Federativa Sovietica Russa. Il 25 dicembre 1991, quando il paese cambiò nome in Federazione Russa, l'ente fu chiamato Ministero dei trasporti della Federazione Russa.