הכיבוש הנאצי של העיר, ושחרורה לאחר מכן בידי הרוסים, ב-13 בפברואר 1945 לאחר מצור ממושך, הביאו להרג של כשנים-עשר אלף איש מן האוכלוסייה האזרחית. אך עיקר ההרג היה בהשמדתם של היהודים. יהודי בודפשט רוכזו בגטו בתוך תחומי העיר עצמה, במה שנקרא בעבר "הרובע היהודי". רבים מתו מרעב ומחלות בתוך תחומי הגטו, אך רבים אחרים נרצחו בבודפשט עצמה, על ידי הנאצים ומשתפי הפעולה ההונגרים ממפלגת "צלב החץ", הרצח בוצע על ידי כבילת קבוצות של יהודים (כ-5,000 בסך הכל) והעמדתם על מעקה הגשר. ירייה אחת בראשו של הכבול הראשון בכל קבוצה, חרצה את דינם של הכבולים אליו לטביעה קבוצתית (ב-2005 הוקמה אנדרטת זיכרון על שפת הדנובה). רבים נוספים הושמדו באושוויץ. מתוך אוכלוסייה של כ-280,000 יהודים בעיר בודפשט לפני המלחמה, הושמדו כמאה אלף.