1. augusta však britské loďstvo pod velením Horatia Nelsona zajalo alebo zničilo okrem dvoch všetky francúzske lode v bitke známej ako bitka pri Abú Kíre alebo bitka pri Níle. Mnohí pripisujú vinu za túto porážku francúzskemu admirálovi Brueysovi, ktorý zvolil nevhodnú obrannú stratégiu. Francúzskym lodiam tiež chýbala posádka, dôstojníci boli demoralizovaní a Nelsonov útok flotilu prekvapil. Celkom sa Britom podarilo zabiť približne 1 700 Francúzov a stratili pri tom len okolo 250 mužov. Bonapartov cieľ posilniť postavenie Francúzska v Stredomorí tak bol zmarený. Jeho armáda síce uspela v dočasnom zvýšení francúzskeho vplyvu v Egypte, no čelila opakovaným revoltám.