Dopo aver giocato per la nazionale Under-21 svizzera nel periodo 2006-2007, Rakitić sceglie di rappresentare definitivamente la Croazia, nazionale per la quale scende in campo dal 2007. Nel 2009 gioca anche qualche match con l'Under-21 croata. Con la Croazia partecipa a tre campionati europei (2008, 2012 e 2016) e a due campionati mondiali (2014 e 2018).