Отечественная война 1812 года и Заграничные походы 1813 и 1814 гг. вновь дали Керну возможность проявить свою храбрость и боевые таланты. В 1812 г., находясь в авангарде, он прикрывал отступление 1-й армии от Вильны к Дриссе и доблестно участвовал в сражениях под Смоленском и при д. Гедеоновой. В Бородинском бою Керн был выслан к д. Утице на подкрепление левого фланга и, участвуя в контратаке Тучкова, был ранен в ногу; за отличие произведён 21 ноября 1812 г. После сражения при Тарутине он был назначен в авангард Милорадовича и особенно отличился в сражених при Вязьме и под Красным. За отличие при Вязьме Керн был награждён чином генерал-майора (18 июля 1813 г. со старшинством от 22 октября 1812 г.), орденами св. Анны 2-й степени и св. Владимира 4-й и 3-й степеней. Совершив затем поход 1813—1814 гг., Керн был комендантом немецкого города Мейсен, под Бауценом командовал отрядом, действовавшим против неприятельской кавалерии, участвовал в «Битве народов» под Лейпцигом, был военным губернатором Касселя и за штурм Монмартра был награждён 18 марта 1814 г. орденом св. Георгия 4-й степени за № 2883.