Во время Великой Отечественной войны 1941—1945 большая часть города была захвачена войсками вермахта (см. Новороссийская операция (1942)). В 1943 году, в ночь на 4 февраля высадился десант моряков численностью 274 человека, захвативший плацдарм (впоследствии — Малая земля), который удерживался 225 дней, до полного освобождения города. 16 сентября 1943 года (см. Новороссийско-Таманская операция) город был полностью освобождён.