Die Gräueltaten des indonesischen Militärs und die Tatenlosigkeit der Militärverwaltung angesichts der Hungersnot während der Operation Seroja belasteten Lopes schwer. Anfangs wandte er sich deshalb an die Kommandeure des Militärs, um auf Änderungen hinzuwirken. Doch er musste feststellen, dass seine Anregungen und Beschwerden nicht zur Kenntnis genommen wurden. Daraufhin entschloss er sich, die Staatsverbrechen bekannt zu machen, indem er sie ab 1981 in Briefen an ausländische Zeitungen schilderte. Erst dadurch wurde die Weltöffentlichkeit auf die Geschehnisse in Osttimor aufmerksam. Lopes prangerte vor allem die Zwangsaushebung von 50.000 Männern und Jungen an, die gegen die osttimoresische Freiheitsbewegung FRETILIN kämpfen mussten. In einer Aufsehen erregenden Predigt berichtete er vom Massaker an 500 Frauen und Kindern am 7. September 1981 beim "St. Antonius-Schrein" am Aitana durch die indonesische Armee. Das Militär erteilte ihm daraufhin einen scharfen Verweis und zwang ihn im Oktober 1981, Dili zeitweise zu verlassen. Lopes erklärte: „Ich empfinde es als unbändiges Bedürfnis, der ganzen Welt von dem Völkermord in Timor zu erzählen, damit wenn wir sterben, zumindest die Welt weiss, dass wir im Stehen starben.“ 1981 lud die indonesische Bischofskonferenz Lopes ein, an ihrer Herbstvollversammlung teilzunehmen. Lopes nutzte die Gelegenheit, ein umfangreiches Dossier über Kriegsverbrechen und Verletzungen der Menschenrechte in Osttimor zusammenzustellen, denn er hoffte auf das Gehör seiner indonesischen Amtsbrüder. Als Staatschef Suharto aus Anlass ihrer Vollversammlung am 19. November 1981 die Bischöfe empfing, sprach Lopes die Gräueltaten der indonesischen Streitkräfte an. Seinen indonesischen Amtsbrüdern war dies sehr peinlich.