Den &lt;a href="Skilanglauf-Weltcup%202006/07"&gt;Skilanglauf-Weltcup 2006/07&lt;/a&gt; begann sie recht schwach, obwohl ihr bei einem 10-Kilometer-Wettkampf immerhin ein vierter Platz gelang. Auch bei der zum ersten Mal ausgetragenen Tour de Ski verpasste sie als Elfte die Top 10, wenn auch nur knapp. Erst nach der Tour de Ski kam Kowalczyk wieder in Form, bei der Universiade triumphierte sie sogar dreifach, im Sprint, in der Doppelverfolgung sowie über fünf Kilometer. Kurz darauf gelang ihr der erste Weltcupsieg, als sie das 10-Kilometer-Rennen von Otepää gewann. Trotz weiterer guter Ergebnisse im Weltcup schaffte sie bei der Nordischen Skiweltmeisterschaft 2007 in Sapporo keinen Top-Fünf-Platz. Den Gesamtweltcup beendete sie auf einem guten achten Rang, wobei sie sowohl im Distanz- als auch im Sprintweltcup viele Punkte sammelte.