Kent en geç MÖ 4000'den beri bir yerleşim bölgesidir; kent merkezine tepeden bakan Üsküp Kalesi'nde Neolitik dönem yerleşimlerinin kalıntıları bulunmuştur. MS 1. yüzyılın başlarında yerleşim Romalılar tarafından ele geçirilmiş ve yerleşim bir ordu kampına dönüştürülmüştür. Roma İmparatorluğu'nun 395 yılında doğu ve batı olarak ikiye bölünmesiyle birlikte o zamanki adıyla "Scupi" İstanbul merkezli Bizans'ın hakimiyetinde kalmıştır. Üsküp, Orta Çağ'ın başlarında Bizans ile 972 ile 992 yılları arası kenti başkent haline getiren Bulgar İmparatorluğu arasındaki çekişmelerin ortasında kalmıştır. 1282'de Sırp İmparatorluğu'nun bir parçası olan kent 1346'da ülkenin başkenti olmuş, 1392 yılında Osmanlılar tarafından ele geçirilmiş ve Türkler tarafından "Üsküp" olarak adlandırılmıştır. 500 yıldan uzun süre Osmanlı hakimiyetinde kalan kent önce Rumeli Eyaleti'ne bağlı "Üsküp Sancağı"nın merkezi olmuş, daha sonra vilayet sistemine geçilmesiyle oluşturulan Kosova Vilayeti'nın da merkezi olmuştur. 1912'de Balkan Savaşları vasıtasıyla Sırbistan Krallığı tarafından ele geçirilen kent, I. Dünya Savaşı'ndan sonra yeni kurulan Yugoslavya Krallığı'nın bir parçası olmuştur. II. Dünya Savaşı'nda Mihver Devletleri safındaki Bulgaristan tarafından işgal edilmişse de 1944'te Yugoslavya Sosyalist Federal Cumhuriyeti'ni meydana getiren federal devletlerden Makedonya Sosyalist Cumhuriyeti'nin başkenti olmuştur. Üsküp II. Dünya Savaşı'ndan sonra hızlı bir gelişim gösterdiyse de 1963'te yıkıcı bir depremle oldukça zarar görmüş, 1991'de Yugoslavya'dan bağımsızlığını ilan eden Kuzey Makedonya'nın başkenti olmuştur.