Capitale de l'État du Jalisco, Guadalajara poursuit son expansion et renforce son rôle de métropole de l'ouest du Mexique au . Elle subit néanmoins les conflits qui agitent le pays à cette époque : durant la Guerre de Réforme, le président Benito Juárez transfère la capitale fédérale à Guadalajara et il y échappe à une tentative d'assassinat (grâce à une intervention passée à la postérité de Guillermo Prieto) qui aurait mis fin au camp libéral. Durant l'invasion française, le gouverneur de Guadalajara Pedro Ogazón y mène un mouvement de rébellion jusqu'à la victoire.