Arzenal je utrpel še eno škodo med vojno z Napoleonom leta 1812, ko so ga razstrelile francoske čete, skupaj s številnimi drugimi kremeljskimi strukturami. Deli severne fasade so se podrli, preostali del stavbe pa je zgorel do tal. Obnova, tokrat pod vodstvom arhitekta Josipa Bovéja, se je začela leta 1814 kot del obsežne obnove celotne Moskve in je bila končana leta 1828.