이로써 제1차 세계 대전에서 사용된 화학무기를 개발하는데 앞장섰는데, 이는 1907년에 헤이그에서 열리고 독일 제국도 참여하여 서명한 제2차 만국평화회의에서의 결의에 반하는 것이었다. 하버는 전시동안 정부에 의해 찬사를 받았으며, 그 본인도 전쟁에 복역한 것에 대해 굉장히 자랑스러워했다. 실제로 하버는 25년 전에 의무복역할 때와는 달리 임시로 대위직을 받았다가 카이저에 의해 정식으로 대위로 진급한다. 하버는 전쟁이 발발하자 곧 하사관으로 입대한 뒤 곧 대위로 진급해 전쟁부 화학부장직을 맡는다. 하버가 이끄는 팀은 염소 가스를 비롯해 다양한 화학무기를 개발하여 참호전에서 많은 수의 인명을 살상하는데 사용되었다. 특히 하버는 벨기에의 이프르에서 벌어진 제2차 이프르 전투에 화학무기의 투입을 직접 결정했다. 또한 독일군의 화학전 방어를 위해서 흡착 필터를 사용한 방독면을 개발하기도 했다.