Jezero Markermeer původně nemělo zůstat vodní plochou. V minulosti bylo částí mořského zálivu Zuiderzee, který byl roku 1932 zahrazen uzavírací hrází Afsluitdijk, čímž se přeměnil na umělé sladkovodní jezero IJsselmeer. V následujících letech bylo realizováno několik dílčích projektů rozsáhlého vodohospodářského díla Zuiderzeewerken – vznikly poldery Wieringermeer, Noordoostpolder, Oostelijk Flevoland a Zuidelijk Flevoland. V prostoru současného jezera Markermeer měl vzniknout pátý polder Markerwaard. Jeho realizace byla částečně započata stavbou hráze Houtribdijk, která oddělila prostor Markermeer od většího jezera IJsselmeer. Polder Markerwaard však nebyl dokončen kvůli vysokým finančním nákladům. Jezero v současnosti plní především rekreační a ekologické funkce a je jedním z ramsarských mokřadů.