A Nigéria voltou a aparecer na Copa das Nações Africanas em 1992 e 1994, terminou em terceiro em 1992 e conquistou a Copa das Nações Africanas de 1994, que foi a segunda vez que venceu o torneio. Em 1996, a equipe se retirou do torneio devido às tensões políticas no país, na época, eles também foram proibidos de entrar na Copa das Nações Africanas de 1998. Em 2000, eles retornaram à Copa das Nações e foram vice-campeões. Mais tarde, terminaram em terceiro lugar na Copa das Nações Africanas de 2002, 2004 e 2006.