I 1400 fik ordenerne støtte fra Vytautas, storfyrste af Litauen, og Žemaitija måtte for første gang overgive sig. Med overgivelsen indledtes en besættelse, hvor Korsridderne koncentrerede sig om reformer af landbrugsdriften og skatteopkrævning og undlod at udbrede kristendommen. Under besættelsen gjorde žemaitijanerne oprør 1401 og 1408. Oprøret i 1408 udviklede sig til det afgørende slag ved Grunwald i 1410, hvor en forenet polsk-litauisk styrke besejrede Den Tyske Orden og sluttede deres korstogs æra.