W roku 1864, w czasie wojny secesyjnej, Johnston został powołany do służby w Armii Unii. W Saint Louis wstąpił, jako szeregowy, do Kompanii H 2 Regimentu Kawalerii. Był dwukrotnie ranny w bitwach pod Newtonią i Westport, za co w latach 1884-1899 wypłacano mu niewielką rentę. 23 września 1865 roku 2 Regiment został rozformowany, a Johnston odszedł do cywila, ale 10 lat później, w czasie wojny o Black Hills, zaciągnął się raz jeszcze.