Базилика играла значимую роль в истории Венецианской республики. По сложившейся традиции глава республики должен был предстать перед горожанами и публично провозглашается дожем из преголы, правой кафедры, специально устроенной для этой цели в соборе. Несмотря на то, что базилика до 1807 года была лишь дворцовой капеллой, в ней проходили крупные официальные церемонии (благословение войска перед войной, в том числе перед четвёртым крестовым походом, демонстрация захваченных у врагов знамён). В базилике состоялась покаянная встреча Фридриха Барбароссы с папой Александром III. Собор полностью находился в юрисдикции дожей и имел собственный причт, независимый от местного епископа. В 1807 году по приказу Наполеона в собор Сан-Марко из церкви Сан-Пьетро ди Кастело была перенесена кафедра патриарха Венеции (титул принадлежит епископу Венеции с 1451 года) и храм стал кафедральным собором Венеции.