Als premier steunde Botha het Verenigd Koninkrijk tijdens de Eerste Wereldoorlog door Duits-Zuidwest-Afrika aan te vallen in 1914. Zijn voormalige militaire collega's kwamen in opstand tegen de Britse collaboratie tijdens de Maritz-rebellie. Botha bleef het Verenigd Koninkrijk trouw en wist de opstand neer te slaan. Duits-Zuidwest-Afrika werd in 1915 veroverd.