Dopo il brillante svolgimento delle azioni, egli venne nominato Comandante in Capo del Nord America e colonnello in capo del 60th (Royal American) Regiment nel settembre del 1758. Amherst guidò quindi un'armata contro le truppe francesi presso il Lago Champlain, dove catturò il forte di Ticonderoga nel luglio del 1759, mentre un'altra armata al comando di Sir William Johnson prese Niagara sempre nel luglio del 1759 e James Wolfe assediò e catturò Quebec con una terza armata nel settembre di quell'anno. Amherst fu quindi nominalmente Governatore della Virginia dal 12 settembre 1759.