Koncom roka 1938 sa stal poslancom slovenského autonómneho snemu a od marca 1939 aj poslancom snemu Slovenskej republiky. V januári 1939 sa stal ministrom školstva a národnej osvety v tretej slovenskej autonómnej vláde. 9. marca 1939 ho česko-slovenský prezident Emil Hácha vymenoval za predsedu slovenskej autonómnej vlády a okrem ministra financií aj ministrom všetkých rezortov. V tom čase sa zdržiaval v Ríme na slávnostnej korunovácii pápeža Pia XII. Keď sa dozvedel o menovaní, odmietol funkcie prevziať. 11. marca 1939 bol menovaný ministrom školstva a národnej osvety v poslednej autonómnej vláde a túto funkciu zastával aj po vzniku samostatnej Slovenskej republiky. Počas jeho pôsobenia vo funkcii ministra školstva bolo vydaných viac ako 4 000 kníh a prvý raz sa začala tvoriť vlastná slovenská filmová produkcia. Jeho zásluhou sa sa do vyučovacieho procesu nedostala ideológia Nemeckého národného socializmu. Ako minister sa zasadil o zotrvanie niektorých českých profesorov na Slovenskej univerzite. Mal vplyv na vzniku Slovenskej akadémie vied a umení, predchodkyne Slovenskej akadémie vied. Bol odporcom deportácií Židov zo Slovenska a bol odhodlaný na protest odstúpiť z postu ministra. Nakoniec odstúpil až 5. septembra 1944 na znak nesúhlasu s pozvaním nemeckých vojsk na potlačenie SNP.