La dirección general se crea con la reestructuración del Ministerio del Interior de 2006 y asume las funciones que tenía el Ministerio en materia de apoyo a las víctimas del terrorismo y que ejercía a través de la Subdirección General de Atención al Ciudadano y de Asistencia a las Víctimas del Terrorismo que dependía de la Secretaría General Técnica, y también las funciones del Alto Comisionado de Apoyo a las Víctimas del Terrorismo que fue suprimido ese mismo año tras cumplir los objetivos esenciales para los que había sido creado tras los atentados terroristas de Madrid en 2004.