Harris também enfrenta o problema do mal - a dificuldade em acreditar num bom Deus que permite catástrofes como o Furacão Katrina - e o conflito entre a religião e a ciência. Numa recente pesquisa de opinião do instituto Gallup, foi sugerido que 53% dos estadunidenses são criacionistas, e, portanto, Harris também tem a preocupação de argumentar pela evolução e contra o conceito de Design Inteligente (ou desenho inteligente).