Zur spanischen Grenze entsandt wurde Lamarque am 13. Mai 1793 Grenadierhauptmann in der „höllischen Kolonne“ von La Tour d’Auvergne, die zur Armee der Westpyrenäen gehörte. Er überschritt im Kugelregen die Bidasoa und eroberte im Juli 1794 mit nur 200 Mann Fuenterrabía, wobei er 1800 Gefangene machte und 80 Kanonen erbeutete. Als er die eroberten Fahnen dem Nationalkonvent überbrachte, erklärte dieser durch ein Dekret, er habe sich um das Vaterland Verdienste erworben und ernannte ihn zum Generaladjutanten. Nach dem Friedensschluss mit Spanien diente er unter Moreau und Dessoles in der Rheinarmee zeichnete sich in den Schlachten bei Engen (3. Mai 1800), Meßkirch (4./5. Mai 1800), Höchstädt (19. Juni 1800) und Hohenlinden (3. Dezember 1800) aus. Im letztgenannten Kampf tat er sich so hervor, dass er am 6. März 1801 auf Empfehlung Moreaus von Napoleon Bonaparte zum Général de brigade befördert wurde.