In de roerige jaren rond de staatsgreep van 1980, de decembermoorden van 1982 en tijdens de Binnenlandse Oorlog was Vernooij aalmoezenier voor de militairen en actief als docent bij de verpleegkundigenopleiding (Covab), de lerarenopleiding (I.O.L.) en de journalistenopleiding van de AHKCO. Recensies van zijn hand verschenen regelmatig op de literaire pagina van De Ware Tijd.