Lors de la Guerre civile espagnole, Mera prend une part décisive à la sauvegarde de Madrid (novembre 1936), très lourde en pertes humaines, ce qui lui fait prendre une position controversée en faveur de la militarisation des milices anarchistes, c'est-à-dire de la formation d'une armée régulière qui équivaut, selon certains anarchistes, à l'abandon de leurs principes anti-militaristes et anti-hiérarchiques. Le 10 février 1937, la colonne devient la division de l'Armée populaire espagnole et Mera en est nommé commandant. Cette division intervient principalement dans les batailles de Guadalajara et de Brunete, la même année, puis reste cantonnée à Guadalajara.