W pierwszych dniach II wojny światowej w polskiej prasie pojawiły się doniesienia jakoby Luftwaffe dokonało nalotu na klasztor. Informacje te okazały się jednak nieprawdziwe, prawdopodobnie zostały sfingowane przez samych Niemców. W czasie tej wojny część pomieszczeń twierdzy była okupowana przez niemieckie wojsko (od 3 września 1939 roku do 16 stycznia 1945), a sami zakonnicy byli kontrolowani. Ograniczono między innymi zbiorowe pielgrzymki. Samą ikonę w ołtarzu głównym zastąpiono kopią, a oryginał ukrywano na terenie klasztoru, między innymi był przymocowany pod blatem jednego z dwu stołów w Bibliotece Klasztornej. Jasna Góra w tym czasie stała się schronieniem dla partyzantów, a także Żydów. Ponadto Niemcy usiłowali wykorzystać to miejsce na swoją propagandę, chcąc zjednać sobie Polaków. Jasną Górę dwa razy odwiedził gubernator Hans Frank. W styczniu 1945 Niemcy podjęli próbę spalenia klasztoru, zakończoną niepowodzeniem dzięki szybkiej ofensywie Armii Czerwonej.