Basketbol kulübünün de şubesi olduğu "Panionios Jimnastik Kulübü", 1890 yılında İzmir, Osmanlı İmparatorluğu'nda kuruldu. Bu durum Panionios'u Avrupa'daki en eski kulüplerden birisi kılmaktadır. Kulübün basketbol şubesi 1919'da kuruldu. Türk Kurtuluş Savaşı Batı Cephesi'nde Yunanların yenilmesinden sonra, kulüp Atina'nın semtlerinden Nea Smirni'ye taşındı.