Япония на летних Олимпийских играх 2016 года была представлена 338 спортсменами в 26 видах спорта. Знаменосцем сборной Японии, как на церемонии открытия Игр, так и на церемонии закрытия стал чемпион летних Азиатских игр 2014 года в десятиборье легкоатлет Кэйсукэ Усиро. По итогам соревнований сборная Японии установила собственный рекорд по количеству медалей на одних Олимпийских играх — 41 из которых 12 золотых, 8 серебряных и 6 бронзовых медалей, что также позволило сборной Японии занять 6-е место в неофициальном медальном зачёте.