Il 1988 lo vide compagno di squadra di Nelson Piquet, sempre alla Lotus-Honda: la stagione fu più avara di risultati della precedente a causa della minore competitività della vettura, come dimostrano anche alcune mancate qualificazioni. La Honda abbandonò la Lotus a fine stagione, ma Nakajima rimane in squadra grazie all'appoggio dei suoi sponsor, tra cui Epson. Nel terzo ed ultimo anno alla scuderia inglese, disputato con un motore Judd, ad alcune mancate qualificazioni fece riscontro il miglior risultato della carriera di Satoru, ottenuto nell'ultima corsa in Australia. Al termine di una durissima gara sotto l'acqua, il giapponese conquistò il quarto posto ed il giro più veloce della corsa.