Così, nel 1499, la sua carriera politica subì un salto di qualità con l'elezione a capitano della muda di Aigues-Mortes. A causa della guerra contro i Turchi, tuttavia, le navi dei convogli furono destinate ai combattimenti, sicché il 17 settembre il Foscolo si ritrovò governatore delle galere grosse, agli ordini del comandante Melchiorre Trevisan.