Odată cu instaurarea Consulatului în Franța, cele două țări se pun de acord să cucerească împreună regatul Portugaliei, vechi aliat al inamicului comun: Regatul Unit. Cu toate acestea, în ciuda unor demonstrații militare neconvingătoare la granița hispano-lusitană, devine evident că Spania nu avea intenția de a-și ataca vecinul apusean și Primul Consul Bonaparte se mulțumește cu soluția neutralității Portugaliei. Începând cu sfârșitul anului 1805, relațiile dintre Spania și Franța se deteriorează, după ce o flotă combinată a celor două țări, aflată sub comanda amiralului francez Villeneuve este învinsă decisiv de britanici pe 21 octombrie, în cadrul bătăliei navale de la Trafalgar. Înfrângerea a survenit după ce Napoleon I, devenit Împărat al francezilor, îl presase pe amiralul Villeneuve să părăsească securitatea portului și să se îndrepte spre Canalul Mânecii. Înfrângerea reprezenta pentru Spania, o grea lovitură adusă prestigiului său naval, însoțită de pierderi umane și materiale importante, dar însemna mai ales periclitarea comerțului cu coloniile sud-americane. Favoritul regal Manuel Godoy, prim-ministru al Spaniei, începea să se convingă de faptul că alianța cu Imperiul Francez era costisitoare și nu corespundea intereselor regatului.