Da flåden udrustedes ved Treårskrigens start i 1848, fik Bille ordre til at forrette tjeneste som næstkommanderende ved Østersø-eskadren under kommandør Frederik August Paludans overbefaling og gik som sådan om bord i dampskibet «Hekla» (kaptajn C. Køpke), med hvilket han udfoldede den største aktivitet, dels ved at overføre tropper, dels efter evne medvirkende til fjendens beskydning så vel 6.-7. April under de danske troppers overgang fra Als til Holnæs som 9. samme måned ved Flensborg, da hæren kæmpede mod oprørerne i "Slaget ved Bov". Senere, da hæren trak nord på og gik over Lillebælt, efter at preusserne under general Friedrich Ernst von Wrangel var trængte op og havde besat halvøen, fulgte eskadren, bestående af korvetterne «Galathea» og «Najaden», briggerne «St. Thomas» og «Merkur» samt damperen «Gejser», med og forhindrede derved fjendens overgang til Fyn, medens «Hekla» med nogle kanonbåde optog en afdeling, som ved tilbagetoget var bleven afskåret ved Egernførde; samtidig blokerede 2 fregatter og 2 korvetter de tyske Østersøhavne. Nogen større Affære forefaldt dog ikke på søen, da fjenden som bekendt ingen anden søstyrke besad end Kanonbåde og mindre armerede hjuldampskibe; dog bør det nævnes, at Bille, harmfuld over at se Fredericia i tyskernes vold, med «Hekla» og 6 kanonbåde 8. maj foretog et bombardement af denne fæstning. Forblev end Beskydningen uden andet resultat, end at fjenden til gengæld beskød Strib og den åbne by Middelfart, så bidrog den dog til at løfte den noget sunkne stemning i landet og forskaffede Bille en stor popularitet i befolkningen. Ved nævnte lejlighed led «Hekla» en del skade, mandefaldet var på dansk side 6 døde og 17 sårede. Bille forfremmedes til kommandørkaptajn og overtog i juni måned befalingen over Nordsøeskadren, bestående af de 4 fregatter «Bellona», «Gefion», «Thetis» og «Havfruen», med hvilke Elben og Weseren blokeredes.