Влітку 2001 за 7,1 млн євро бразилець перейшов у «Боруссію» (Дортмунд), з якою у першому ж сезоні виграв чемпіонат Німеччини, а також дійшов до фіналу Кубка УЄФА, де його клуб програв нідерландському «Феєнорду» (2:3). В подальшому у складі «джмелів» Евертон провів ще три сезони, теж будучи основним гравцем, але клуб більше не здобував серйозних результатів, хоча і дійшов до фіналу літнього Кубка німецької ліги 2003 року. Загалом в Дортмунді бразилець за цей час забив 47 голів і віддав 17 результативних передач у 119 матчах Бундесліги, також забив 3 голи у 7 іграх Кубка Німеччини та 4 голи у 27 виступах на європейській арені. Його особисто найуспішнішим сезоном став &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D1%96%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%9D%D1%96%D0%BC%D0%B5%D1%87%D1%87%D0%B8%D0%BD%D0%B8%20%D0%B7%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%202003%E2%80%942004"&gt;сезон 2003/04&lt;/a&gt;, коли він з 16 голами і разом з Яном Коллером став найуспішнішим бомбардиром «Боруссії».