Bei Ausrufung der Unabhängigkeit 1975 trug es den Namen „Minister für Nationale Verteidigung“ (). Zwischen 1975 und 2000 bestand dann aufgrund der indonesischen Besatzung nur eine Exilregierung. Von 2001 bis 2005 gab es kein eigenständiges Ministerium, sondern nur einen Staatssekretär. 2005 erfolgte die Gründung des Ministeriums für Verteidigung. Von 2006 bis 2015 führte der Premierminister das Ministerium in Personalunion. Von 2007 bis 2015 und von 2017 bis 2018 trug das Ministerium den Namen „Ministerium für Verteidigung und Sicherheit“ (; , kurz: MDS). Zu diesen Zeiten war das Innenministerium in das Verteidigungsministerium integriert. In der VIII. Regierung (seit 2018) gibt es zwar eine Trennung der Ressorts Verteidigung und Inneres, der Verteidigungsminister Filomeno Paixão führt aber seit Beginn ad interim das Innenministerium mit.