W 1993 roku El-Gohary został trenerem Zamaleku Kair. W tym samym roku zwyciężył z nim w Lidze Mistrzów, a rok później w Superpucharze Afryki. Potem pracował w saudyjskim Al-Wahda FC. W latach 1996-1997 był selekcjonerem reprezentacji Omanu. W 1998 roku prowadził Egipt w Pucharze Narodów Afryki i wygrał z nim ten turniej. W 2002 roku dotarł z Egiptem do ćwierćfinału Pucharu Narodów Afryki 2002. W 2002 roku prowadził też reprezentację Jordanii.