Когато Али е на шест години, семейството ѝ напуска страната и се мести в Саудитска Арабия, по-късно – в Етиопия, а след това в Кения, където получава политическо убежище. В Кения Хирси Али посещава Английското девическото училище за мюсюлманки в Найроби, спонсорирана от Комисията по човешките права на ООН (UNCHR). След нашествието на светски Ирак в ислямската република Иран тя симпатизира на Иран и на ислямисткото мюсюлманско братство и носи хиджаб заедно с ученическата си униформа. След средното училище тя посещава курс за секретарки в секретарския колеж „Вали“ в Найроби (близо до центъра „Яйя“) в продължение на една година.