La zona va esdevenir la base dels mercaders europeus, especialment dels genovesos i venecians. Després de la Quarta Croada de 1204, i durant l'Imperi Llatí (1204-1261), els venecians van guanyar importància a Pera. L'església de Sant Pau (1233), avui coneguda com a "Arap Camii", té el seu origen en aquest període. El 1273, l'emperador romà d'Orient Miquel VIII Paleòleg va cedir Pera a la República de Gènova a canvi del suport genovès després de la quarta croada i el saqueig de Constantinoble de 1204. Pera va esdevenir una pròspera colònia comercial governada per un "podestà". El palau Genovès ("Palazzo del Comune") va ser construït el 1316 per Montano de Marinis, el "podestà" de Pera. Actualment queden ruïnes del palau a Bankalar Caddesi, a Karaköy. Altres edificis i cases genoveses adjacents també daten de principis del . El 1348, els genovesos van construir la famosa torre de Gàlata, un dels edificis més importants d'Istanbul. Pera va romandre sota domini genovès fins al 20 de maig de 1453, quan va ser conquerida pels otomans junt amb la resta de la ciutat, després del setge de Constantinoble.