Le 24 novembre 1989, Heffer annonce qu'il ne se représenterait pas aux élections. La décision est motivée par le fait qu'il a reçu un diagnostic de cancer de l'estomac en phase terminale. Il subit un long déclin au cours duquel il se consacre à l'écriture. Lorsque le Parlement est rappelé pour débattre de l'invasion du Koweït en septembre 1990, Heffer prononce ce qu'il sait être son dernier discours à la Chambre des communes pour exhorter le Royaume-Uni à ne pas entrer en guerre. Son apparence maigre et blanche montre à quel point il était malade. En janvier 1991, il se rend à la Chambre des communes pour voter contre la Guerre du Golfe en fauteuil roulant, et John Major traverse le parquet pour lui serrer la main. Le 27 mars 1991, il reçoit la liberté de la ville de Liverpool, mais comme il est trop malade pour s'y rendre, il la reçoit à Westminster. Son ami proche Tony Benn assiste à la cérémonie avec Dennis Skinner et le conférencier Bernard Weatherill. Une lettre de John Major rendant hommage à Heffer est lue .