Был избран в палату представителей провинции Каука, где прославился своим ораторским искусством. Во время гражданской войны 1854 года присоединился к войскам Хосе Иларио Лопеса. В 1854-55 годах представлял Кауку в парламенте Колумбии. Когда в 1860 году разразилась очередная гражданская война, Пайян поддержал генерала Томаса Сиприано де Москера, который в конце войны назначил его губернатором провинции Буга, а затем сделал губернатором самой большой и богатой провинции Колумбии — Кауки. Будучи губернатором Кауки, Пайян перенёс её столицу из Попаяна в Кибдо.