Partecipa anche alla Confederation Cup 2017, manifestazione vinta dalla nazionale tedesca. A differenza dei Mondiali di Brasile 2014, in cui era stato convocato ma non aveva giocato nemmeno un minuto, in questa competizione Ginter trova decisamente più spazio, giocando da titolare 4 partite su 5 come difensore centrale in un 3-4-2-1.