Il progetto successivo, "Babel", racconta quattro storie ambientate fra Marocco, Messico, Stati Uniti e Giappone. Il film affianca star come Brad Pitt e Cate Blanchett a un cast che comprende attori al loro esordio cinematografico (fra cui Adriana Barraza e Rinko Kikuchi) e non professionisti. Il film è presentato a Cannes nel 2006 e González Iñárritu riceve il premio per la miglior regia, diventando il primo messicano a vincere questo premio. "Babel" esce nelle sale a novembre del 2006 e riceve sette candidature per la 79ª edizione degli Oscar, fra cui Miglior film e Miglior regista. Gustavo Santaolalla vince nella categoria Miglior colonna sonora originale. "Babel" consegue anche il premio come Miglior film drammatico ai Golden Globe il 15 gennaio 2007.