В 1847 году он начал выставлять свои первые работы, но, спустя год, он вернулся на флот, в связи с началом датско-прусской войны. Во время боевых действий Педерсен принимает участие в , которую он в дальнейшем изобразил на двух своих картинах. Был награжден орденом Данеборга. После войны решил остаться на военной службе, продолжая при этом заниматься живописью. В 1850 году Педерсен в ранге старшего лейтенанта был зачислен на корвет «Валькирия» (Valkyrien), а в 1851—1852 годах он, уже на бриге «Орел» (Ørnen), отправился в плавание к берегам Вест-Индии.