Аптекер сотрудничал в профсоюзе работников пищевой и табачной промышленности, а также был секретарём комитета за упразднение пеонажа. В 1939 году он вступил в Коммунистическую партию США, которая, по его мнению, занимала передовые позиции в борьбе за полное экономическое, социальное и политическое равноправия афроамериканцев. В ходе Второй мировой войны он вступил в армию, приняв участие в операции «Оверлорд» и освобождении Франции. В артиллерийских войсках дослужился до звания майора, которого был лишён за «коммунистическую деятельность» в декабре 1950 года. После демобилизации занялся исследовательской работой.