Im September 1939 wurde Lemberg durch die Sowjetische Besetzung Ostpolens infolge des Hitler-Stalin-Paktes der Ukrainischen SSR einverleibt. Als bekannt wurde, „dass die Stadt von den Russen besetzt werden wird“, flohen Emily und Roman Rosdolsky aus Angst vor stalinistischer Verfolgung nach Krakau, da „Roman sich in der Stadt als Trotzkist erklärt hatte“. Damals stand Krakau zwar bereits unter deutscher Besatzung und war Hauptstadt des Generalgouvernements Polen, dennoch schien die Stadt den Rosdolskys sicherer zu sein als Lemberg. In Krakau arbeitete Emily Rosdolsky als Sekretärin bei der Dresdner Bank und half dabei, mit einer kleinen Werkstätte, in der Reisstroh-Bürsten produziert wurden, „einigen Leuten eine Beschäftigung zu geben.“ Die Rosdolskys wohnten damals in der jüdischen Vorstadt Kazimierz in der Dietlstraße Nr. 62 bei einem jüdischen Kaufmann.