Em 11 de setembro de 2001, os equipamentos de transmissão da WNYW e de outras oito emissoras de televisão, além de várias outras emissoras de rádio, foram destruídos quando dois aviões sequestrados colidiram e destruíram as torres norte e sul do World Trade Center. A emissora mudou para uma antena localizada no topo do Empire State Building, onde suas instalações de transmissão estavam localizadas até serem transferidas para o World Trade Center na década de 70. Em 2018, a emissora mudou novamente seus equipamentos para o One World Trade Center.