Репнин потребовал решения диссидентского вопроса: свободы вероисповедания для православных в коронных землях и уравнения в правах с римо-католиками православных, протестантов и униатов. В 1768 году под его давлением некатолики были уравнены в правах с католиками, что вызвало негодование среди римокатолических иерархов Речи Посполитой. Такую же реакцию вызывал сам факт вмешательства во внутренние дела государства, что привело к войне, в которой силы Барской конфедерации сражались против русских войск, верных королю сил и восставшего православного населения Украины (1768—1772). Конфедерация также обратилась за поддержкой к Франции и Турции, по просьбе Франции и Барской конфедерации Турция и Крым объявили войну России. Однако турки потерпели поражение от русских войск, помощь Франции оказалась несущественной, а силы конфедерации были разгромлены русскими войсками Кречетникова и королевскими войсками Браницкого. Ослаблению государства способствовала позиция давнего союзника Речи Посполитой — Австрийской империи.