W bitwie pod Chancellorsville dywizja Humphreysa nie zdziałała wiele, głównie dlatego, że większość żołnierzy bliska była końca służby i powrotu do cywila. 23 maja 1863 Humphreys został przeniesiony jako dowódca 2 Dywizji III Korpusu gen. mjr. Daniela Sicklesa. Gdy Meade przejął dowodzenie nad Armią Potomaku tuż przed bitwą pod Gettysburgiem, poprosił Humphreysa by został jego szefem sztabu w miejsce gen. mjr. Daniela Butterfielda, którego uważano za zbyt blisko związanego politycznie z poprzednim dowódcą armii, gen. mjr. Josephem Hookerem. Humphreys odmówił nie chcąc zostawiać dywizji. Ta jego nowa dywizja niemal natychmiast weszła do akcji pod Gettysburgiem gdzie, 2 lipca 1863 roku, Sickles wbrew rozkazom wycofał swój korpus z pozycji obronnej na Cemetery Ridge. Nowa pozycja Humphreysa znalazła się okrakiem nad Emmitsburg Road, bezpośrednio na kierunku natarcia wojsk konfederackich, a linia frontu była zbyt długa do obrony przez jedną dywizję. Zaatakowane przez dywizję of gen. mjr. Lafayette McLawsa trzy brygady Humphreysa zostały zdziesiątkowane; Sickles wycofał brygadę rezewową Humphreysa, by dołączyła do sąsiedniej dywizji (gen. mjr. David Birney), która miała być następnym celem ataku. Humphreys walczył tak długo jak mógł, a w końcu wycofał resztki swych ludzi na Cemetery Ridge, niemniej jednak jego dywizja, jak zresztą cały korpus, przestała praktycznie istnieć.