Kung Karl IX:s tid vid makten dominerades av konflikten med Sigismund i Polen. Svenskarna drabbades av svåra motgångar vid striderna, som främst utkämpades i Baltikum. Slaget vid Kirkholm i september 1605 var det värsta militära nederlag som någonsin drabbat en svensk armé. På den svenska sidan stupade 8.000 av de 11.000 man som deltog i drabbningen. Sveriges krig mot Polen under Karl IX:s tid på tronen var sammantaget ett misslyckande. Planerna på att lägga hela Livland under svensk kontroll gick om intet. Ett nytt riksråd hade skapats redan 1602. I riksrådet var många av ledamöterna nykomlingar och som stod Karl nära, men några medlemmar ur den gamla högadeln fanns också på plats. Det dröjde ända till 1603 innan hertig Karl började titulera sig kung, trots att hertigen hade stärkt sin ställning i riket och i realiteten var ohotad. Hans ställning som svensk regent bekräftades av riksdagen följande år, 1604. Men inte förrän ytterligare tre år senare, i mars 1607, ägde kröningen rum. För Karl återstod det att säkra makten för sig själv sedan Sigismund hade drivits bort och avsatts. Han säkrade makten genom att gå mycket hårt fram mot såväl verkliga som misstänkta fiender. Det var främst rådsaristokratin som drabbades av detta.