Nachdem der von Francisco Pizarro eingesetzte Inka-Herrscher Manco Cápac II. sich 1536 gegen die Spanier gestellt hatte (siehe Belagerung von Cuzco) und sein Aufstand scheiterte, floh er mit einigen tausend Anhängern nach Vilcabamba und leistete den europäischen Eindringlingen von dort aus weiter Widerstand. 1544, nach seiner Ermordung, folgten ihm nacheinander seine beiden Söhne Sayri Túpac und Titu Cusi Yupanqui und konnten durch geschickte Politik die Unabhängigkeit Vilcabambas bewahren. Der brüchige Frieden mit den Spaniern hielt, bis nach Titu Cusi Yupanquis Tod 1571 Túpac Amaru als Letzter die Inkawürde übernahm. Am 24. Juli 1572 eroberten die Spanier Vilcabamba Viejo. Die Inkas brannten dabei ihre Stadt ab. Die Spanier nahmen Túpac Amaru gefangen, der ins Tiefland geflohen war. Er wurde nach Cusco gebracht und zwei Monate darauf auf Befehl des Vizekönigs öffentlich enthauptet.