Ab 109 v. Chr. war Marius zunächst Legat im Jugurthinischen Krieg unter dem (Pro-)Konsul Quintus Caecilius Metellus Numidicus. Es gelang ihm, gegen den Widerstand der Nobilität für das Jahr 107 v. Chr. als "homo novus" zum Konsul gewählt zu werden und den Oberbefehl im Krieg gegen den numidischen König Jugurtha zu übernehmen. Der Krieg war bis zu diesem Zeitpunkt für Rom nicht effektiv verlaufen, jedoch ohne größere Niederlagen. Marius eroberte zunächst die Stadt Capsa und schlug Jugurtha dann bei Cirta. Mit Hilfe seines damaligen Quästors Lucius Cornelius Sulla konnte er den Krieg schließlich siegreich beenden: Sulla handelte die Auslieferung Jugurthas von dessen Schwiegervater Bocchus von Mauretanien aus, bei dem der König Zuflucht gefunden hatte.