A brandenburgi hadiflotta megszervezése a 16. században történt. A hadihajók eleinte a brandenburgi partvidék védelmét voltak hivatottak ellátni, ám a 17. században feladatkörük kibővült. A haditengerészet nagyarányú fejlesztése I. Frigyes brandenburgi választófejedelemhez köthető. Frigyes nagy összegeket fordított a hadiflotta növelésére, melynek eredményeként 1680-ra a Brandenburgi Haditengerészet több mint harminc aktív állományú hadihajóval rendelkezett. Ennek köszönhetően a Brandenburgi Választófejedelemség képessé vált eredményesen beavatkozni a régió háborúiba (északi háború, svéd-brandenburgi háború) és a Balti-tengeren számottevő tényezővé vált.