Rimljani so se ponovno vmešali v dogajanja v Judeji proti koncu tretje mitridatske vojne leta 63 pr. n. št., ko je prokonzul Pompej Veliki poskusil zavarovati rimsko zaledje. Kraljica Saloma Aleksandra je malo pred tem umrla in med njenima sinovoma Hirkanom II. in Aristobulom II. je izbruhnila državljanska vojna, v kateri je zmagal Aristobul. Pompeju je bil ljubši Hirkan, ker je bil šibkejši in zato bolj zanesljiv rimski zaveznik, zato je Aristobula po vdaji negove vojske odstavil in odpeljal v Rim in na njegovo mesto postavil Hirkana. Leta 40 pr. n. št. se je Aristobulov sin Antigon II. Matatija s podporo Partov razglasil za kralja in visokega svečenika, aretiral in pohabil Hirkana in mu za vedno odvzel svečeništvo. Kmalu po prevzemu oblasti se je uprl Rimljanom, ki so ga leta 37 pr. n. št. porazili in ubili.