Em algum momento no ou XII um hegúmeno chamado Inácio escreveu um tratado acerca do mosaico de Cristo situado no mosteiro de Latomos. Durante a ocupação latina no , o papa Inocêncio III colocou o mosteiro sob proteção direta da Santa Sé, enquanto no ele esteve envolvido em disputas por propriedades na Macedônia e Salonica. No , mais precisamente em 1405, foi visitado por Inácio de Esmolensco. Após 1430, com a conquista de Salonica pelo Império Otomano, Acapnios perdeu grande parte de sua propriedade.