1939年から1941年にかけて、ユーゴスラビア王国におけるクロアチア人とセルビア人の政治的・社会的な敵対関係を解消するべく、クロアチア自治州が設置され、かつての軍政国境地帯もボスニア・ヘルツェゴビナの一部とともに、その内側へと組み込まれた。1941年、枢軸国はユーゴスラビアを侵攻し、クロアチア独立国が建国された。クロアチア独立国には、現在のクロアチア、ボスニア・ヘルツェゴビナの全域に加え、セルビアの一部（スレム地方）も含まれた。アレクサンダル1世の暗殺などに関わっていたクロアチア人の民族主義組織・ウスタシャは、ドイツによって新しいクロアチア独立国の支配者として導入された。ウスタシャによってセルビア人、ユダヤ人や反対勢力のクロアチア人に対するジェノサイドが実行され、数十万人が殺害された。この間、クロアチア人たちは、支配するウスタシャを支持するか、それに反して共産主義で反ファシズムのパルチザンに協力した。他方、この地域のセルビア人のうち、クニンでは多くがチェトニックに、バニヤ（）やスラヴォニアでは多くがパルチザンに加わった。第二次世界大戦の終わりには、共産主義のパルチザンが支配権を得た。戦後新たに成立したユーゴスラビア連邦人民共和国の構成国・クロアチア人民共和国の一部となった。同国は1963年4月7日、クロアチア社会主義共和国と改称された。クロアチアの自治統治機構はチトーの連邦政府の統制を受けたが、連邦の1965年と1974年の憲法改正はクロアチア領内のセルビア人を含む少数民族の権利を高めた。