Un autre conflit en Extrême-Orient commença peu après en 1962. La Confrontation indonésienne, qui débuta par une rébellion contre l'État de Brunei à Bornéo soutenue par l'Indonésie. Elle fut rapidement réprimée. L'année suivante, des hostilités éclatèrent entre la Malaisie soutenue par les Britanniques et l'Indonésie. Les deux bataillons du régiment furent tour à tour engagés respectivement en 1964 et 1965. En 1965, le régiment obtint sa première et unique Croix de Victoria (VC). Le caporal Rambahadur Limbu du bataillon reçu le VC pour ses actions lors d'un incident dans le district de Bau à Sarawak, Bornéo, au cours de l'opération Claret qui fut conduite contre Kalimantan, tenue par des Indonésiens. Cette action devint ensuite la bataille de Bau. Le conflit prit fin en 1966, date à laquelle le Gurkhas avait eu onze morts.