I EM to år senere røk regjerende mester Tyskland ut i gruppespillet. Etter turneringen la daværende kaptein Oliver Bierhoff opp, Kahn ble med det utnevnt til ny kaptein. I 2001 kvalifiserte Tyskland seg til VM i 2002. Tyskland nådde finalen, og på veien dit slapp Kahn kun inn ett eneste mål, men måtte i finalen se seg slått av Brasil med 2-0. Ikke desto mindre ble Kahn som hittil eneste keeper utnevnt til mesterskapets beste spiller.