В 1991 году, с основанием Министерства национальной безопасности Азербайджана Афган Гусейнов, как опытный офицер и преподаватель, занял в нём должность начальника по боевой подготовке. В начале 1992 года он вступил в национальную гвардию. В её составе принял участие в Карабахской войне, где отличился в июньских боях за Физули, по итогам которых получил звание майора и был назначен командиром свежесформированного полка национальной гвардии.