Da una parte la Francia e dall'altra l'Austria avevano posto la Baviera in una pessima posizione. Prima della morte di Carlo Teodoro (16 febbraio 1799) gli austriaci occuparono nuovamente il paese in preparazione di una nuova guerra con la Francia. Massimiliano IV Giuseppe, il nuovo elettore, ebbe difficoltà a succedere al trono. Grazie all'abilità del suo ministro Maximilian von Montgelas, la sua politica fu orientata a favorire l'Austria dal momento che il suo esercito si trovava indebolito e disorganizzato; il 2 dicembre 1800 le truppe bavaresi vennero coinvolte nella Battaglia di Hohenlinden dove gli austriaci vennero sconfitti e Moreau occupò nuovamente Monaco. Col Trattato di Lunéville (9 febbraio 1801) la Baviera perse il Palatinato e i ducati di Zweibrücken e Jülich.