Wszystkie klasztory peresławskie zostały zniszczone i splądrowane podczas polskiej interwencji w Rosji, przez wojska polsko-litewskie idące na Moskwę. Remont monasteru św. Teodora rozpoczął się w 1622 na polecenie cara Michała I. Do 1654, gdy w Peresławiu wybuchła epidemia, ponownie nakryto dachem sobór monasterski, odbudowano budynki mieszkalne dla mnichów i wzniesiono drugą cerkiew połączoną z refektarzem.