В ведении патриархата находятся армянские церкви Израиля (в Иерусалиме, Яффо, Рамле и Хайфе) и Иордании. До 1930 года Армянская Иерусалимская Патриархия имела епархии в Ливане и Сирии, однако после геноцида армян в Турции, ради сохранения института Киликийского Католикосата ААЦ, эти епархии по просьбе Католикоса всех армян были временно переданы Киликийскому католикосату.