Drugą w karierze i zarazem ostatnią Kryształową Kulę zdobył w &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20narciarstwie%20alpejskim%20m%C4%99%C5%BCczyzn%201998/1999"&gt;sezonie 1998/1999&lt;/a&gt;. Jedenaście razy stawał na podium zawodów PŚ, odnosząc jednocześnie sześć zwycięstw: 12 grudnia w Val d'Isère, 18 grudnia w Val Gardena, 16 stycznia w Wengen, 22 stycznia w Kitzbühel i 10 marca 1999 roku w Sierra Nevada był najlepszy w zjeździe, a 17 stycznia w Wengen zwyciężył również w kombinacji. Oprócz zwycięstwa w klasyfikacji generalnej wygrał również klasyfikacje zjazdu i kombinacji, a w klasyfikacji supergiganta był siódmy. W lutym 1999 roku wystąpił na mistrzostwach świata w Vail. Kjus wygrał tam rywalizację w gigancie i supergigancie, a w slalomie, zjeździe i kombinacji zajmował drugie miejsce. Został tym samym pierwszym alpejczykiem w historii, który zdobył medale we wszystkich pięciu konkurencjach podczas tych samych mistrzostw świata. Większość &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20narciarstwie%20alpejskim%20m%C4%99%C5%BCczyzn%201999/2000"&gt;sezonu 1999/2000&lt;/a&gt; jednak stracił, zmagając się z problemami z oddychaniem. Wystąpił w zaledwie kilku zawodach Pucharu Świata, najlepszy wynik osiągając 28 listopada 1999 roku w Vail, gdzie był trzeci w supergigancie. W klasyfikacji generalnej zajął 53. miejsce.