Por Portugal, foi internacional 42 vezes, marcando 8 golos, dois deles com sabor especial: o golo que marcou, a 28 de Outubro de 1983 frente à Polónia, em Wrocław, que colocou Portugal a um passo do Euro '84; e, sobretudo, o golo frente à República Federal da Alemanha, a 16 de Outubro de 1985, em Estugarda, que garantiu a presença da "equipa das quinas" no Mundial '86. Neese Mundial, Carlos Manuel apontou o golo da vitória sobre a Inglaterra, na 1ª jornada: seria o seu último com a camisola das quinas, pois o jogador quis deixar de jogar pela selecção Nacional de Portugal após o Mundial, na sequência do Caso Saltillo. Por várias vezes a Federação Portuguesa de Futebol pediu para Carlos Manuel voltar a vestir a camisola das quinas mas este recusou jogar por esta, enquanto algumas coisas na Federação não mudassem.