Pod jego zarządem w latach 1945–1951 przeprowadzono szeroki proces demilitaryzacji i demokratyzacji państwa i społeczeństwa japońskiego. Przywrócono zlikwidowane podczas reżimu militarystów podstawowe swobody obywatelskie (w tym również kobietom), zlikwidowano tajną policję polityczną Kempeitai, rozwiązano organizacje nacjonalistyczne, zniesiono cenzurę, wytoczono w Tokio proces czołowym japońskim zbrodniarzom wojennym. Reforma rolna z 1946 uczyniła 4,6 mln chłopów japońskich właścicielami ziemi. MacArthur nie dopuścił do wywozu z Japonii jakichkolwiek instalacji przemysłowych w ramach reparacji wojennych. Przeciwnie, w latach 1946–1951 wyjednał dla Japonii 2,5 mld dolarów pożyczek, które pomogły dźwignąć się zrujnowanemu gospodarczo krajowi. 6 listopada 1946 nadał Japonii konstytucję, napisaną w jego sztabie. Niemniej istotnym wkładem MacArthura w powojenny kształt Japonii i postawę silnie związanych z tradycją jej mieszkańców było traktowanie przez niego cesarza Hirohito, którego skazania lub co najmniej abdykacji domagały się Chiny, ZSRR i przeważająca część obywateli USA. MacArthur uznał, że cesarz nie ponosi odpowiedzialności za wybuch wojny, że był więźniem rządzącej kliki militarystów i że powinien odegrać swoistą rolę „zakładnika demokracji”.