Nach der Annexion von Eritrea durch Äthiopien 1962 firmierte die Bahn als "Northern Ethiopian Railway" (NER). Noch 1965 verkehrten 30 Züge täglich auf der Strecke, wurden jährlich 500.000 Fahrgäste und 200.000 t Güter befördert. In diesen Jahren wurde die Straße zwischen Asmara und Massawi ausgebaut. Die Kohle für den Betrieb der Dampflokomotiven wurde in dieser Zeit aus den Vereinigten Staaten von Amerika bezogen, was teuer war und die Bahn weiter ins ökonomische Abseits führte. Der Eritreische Unabhängigkeitskrieg (1962–1991) führte Mitte der 1970er Jahre zu einer so weitgehenden Beschädigung der Bahnanlagen, dass der Betrieb 1976 eingestellt werden musste.