Luftwaffe k invazi do Jugoslávie nasadila "Luftflotte 4". Ta zahrnovala jednotky "KG 2" a "KG 3", které byly jedinými ze 7 skupin vyzbrojenými Do 17. V rámci těchto jednotek bylo nasazeno okolo 110 ks Dornier Do 17. První útoky na Bělehrad začaly v 6:51 ráno, 6. dubna 1941. Mezi německými bombardéry bylo i 102 Dornierů Do 17, které nesly 18 ks 50 kg tříštivých pum. Po prvním dni zůstalo v provozu kolem 82 ks Do 17, přičemž jednotky utrpěly jen jedinou ztrátu: stroj jednotky KG 3 s výrobním číslem "WNR 2563" 5K+DS. Luftwaffe a její Dorniery se nad Jugoslávií ocitly ve stejné situaci jako nad Řeckem - s malým odporem ve vzduchu. Jednotka KG 2 se zúčastnila i bojů o Krétu, kde měly německé Do 17 výrazný podíl na ztrátách způsobených Royal Navy. Mezi 6. dubnem a 31. květnem ztratila jednotka "I. /KG 2" šest Do 17 a sedm bylo poškozeno. V téže době hlásila jednotka "III. /KG 3" šest ztrát a pět poškozených strojů. Tato jednotka se také zúčastnila útoků na Krétu a Řecko. Do porážky Řecka bylo v bojích ztraceno 29 kusů Do 17.