SEAL Team 6 päätettiin perustaa Iranin panttivankikriisin ja epäonnistuneen panttivankien pelastusyrityksen jälkeen vuonna 1980. Vastuu yksikön perustamisesta annettiin komentaja Richard Marcinkolle. Marcinko antoi yksikölle nimen SEAL Team 6 harhauttaakseen Neuvostoliiton vakoojia yliarvioimaan SEAL-ryhmien määrän jos tieto heille vuotaisi. Ryhmiä oli tuolloin todellisuudessa vain kaksi. Joukko koostui alun perin vain kahdesta rynnäkköryhmästä nimeltä "Blue" ja "Gold".