В 1941 году Югославию захватили страны «оси». Территория Вардарской бановины была разделена между Болгарией и Албанией. Часть македонских славян поддерживала движение сопротивления, которое возглавил Иосип Броз Тито, впоследствии ставший президентом Югославии. Болгарские оккупационные власти образовали Независимое государство Македония, просуществовавшее несколько месяцев в 1944 году.