Sebanyak antara 562,000 hingga 2,000,000 orang awam yang terkorban dalam konflik ini sementara jutaan orang lain melarikan diri ke Pakistan dan Iran. Perang ini sendirinya memberikan kesan yang sangat besar malah merupakan salah satu faktor berlakunya runtuhnya rejim Kesatuan Soviet pada tahun 1991.