V době neolitu, tj. v 3. a 2. tisíciletí př. n. l., byla Kréta jedním z center velmi vyspělé mínojské civilizace, nazvané podle krále Mínóa. Ta po sobě zanechala ruiny svých paláců, z nichž největší je Knóssos. Znalost výroby bronzu, rozvoj hrnčířství a kovotepectví, obchodní styky způsobily, že se mínojská civilizace rozvinula ve významnou námořní velmoc. Původní písmo minojců zatím nebylo zcela rozluštěno. Někdy mezi lety 1470 až 1450 př. n. l. říše náhle zanikla. Spekuluje se o následcích erupce sopky Thera (Santorini) kolem roku 1550 př. n. l., silném zemětřesení v uvedených letech. Po pádu této civilizace, která na Krétě žila přes 1500 let, se ostrova postupně zmocňovaly jiné kultury - mykénská, dórská. V roce 67 př. n. l. ovládli ostrov Římané -Římská říše, za níž ostrov poměrně prosperoval, ačkoliv se dostal na periferii dění. V letech 395–823 a 964–1204 vládla ostrovu říše Východořímská, později Byzantská, v mezidobí roků 823–961 ostrov ovládli Arabové. Od konce roku 1204 město spravovala Benátská republika, která zde vytvořila svou kolonii Království Kandia. Následovala vláda Osmanská říše od roku 1669, která po dvaadvacetiletém obléhání dobyla Iraklio. V 19. století probíhal boj za připojení Kréty k Řeckému království, v roce 1898 dostal ostrov díky intervenci Velké Británie vlastní samosprávu (tehdy klesl podíl muslimů z asi 45 % na 11 %), roku 1913 byl ostrov oficiálně postoupen Řecku Na základě smlouvy z Lausanne byl i zbytek muslimské populace repatriován do Turecka, ačkoliv to de facto byli místní islamizovaní Kréťané. V roce 1941 byl ostrov obsazen nacisty při první parašutistické výsadkové vojenské akci v dějinách, ale nacisté při této vzdušné operaci utrpěli poměrně značné ztráty asi 4000–7000 vojáků. Po osvobození byl ostrov navrácen Řecku a dodnes je jednou z nejosobitějších oblastí Řecka s vlastním dialektem a uvědoměním.