Современные молекулярно-генетические методы дали новые, ранее недоступные возможности для идентификации инфекционного агента путём анализа археологических останков на наличие ДНК возбудителя. Известны примеры как подтверждения, так и опровержения чумного характера эпидемий. Например, анализ зубов на ДНК Yersinia pestis дал положительный результат в захоронениях времён Юстиниановой чумы и Чёрной смерти, но отрицательный результат при исследовании захоронения жертв Афинской чумы, что опровергает чумной характер афинской эпидемии.