Находясь на посту министра юстиции Российской Федерации, Калмыков категорически отказался поддерживать решение о вводе войск в Чечню. Юрий Калмыков провел в Грозном переговоры по мирному урегулированию и предотвращению войны. Убедившись в том, что он не в состоянии предотвратить развязывание войны, Ю. Калмыков добровольно подал в отставку с поста министра юстиции РФ и из состава Совета безопасности Российской Федерации.