Zu Beginn des Ersten Italienischen Unabhängigkeitskrieges kam es am 18. März in Brescia zu Aufständen gegen die österreichische Herrschaft. Am 22. März versuchte Schwarzenberg mit seinen Truppen dem aus Mailand zurückgehenden Feldmarschall Graf Radetzky entgegenzurücken. Unter Zurücklassung einer Besatzung von nur zwei Kompagnien des Infanterie-Regiments Prinz Hohenlohe Nr. 17 in Castellamare erreichte Schwarzenberg am 24. März Crema, wo er sich mit der kaiserlichen Hauptarmee vereinigte und auf Verona zurückging. Fürst Schwarzenberg erhielt darauf das Kommando einer Division des I. Korps unter FML Wratislaw. Am 6. Mai wurde er in der Schlacht von Santa Lucia von einer sardischen Gewehrkugel leicht verwundet. Er zeichnete sich auch im folgenden Feldzug von 1849 beim I. Reserve-Korps unter FML Gustav von Wocher erneut als Divisionär in der Schlacht von Novara aus. Am 20. Juni 1849 übernahm er das Kommando über er ein Observations-Korps in Vorarlberg, am 16. Oktober wurde er Statthalter und Militär-Gouverneur in Mailand. Im folgenden Jahr 1850 erhielt er am 18. Dezember das Kommando des IV. Korps, bis er am 29. April 1851 zum Zivil- und Militär-Gouverneur von Siebenbürgen ernannt wurde. In Würdigung seiner Verdienste wurde ihm am 16. Dezember 1852 der Orden vom goldenen Vlies verliehen, am 24. April 1854 stieg er noch zum Feldzeugmeister auf. Bis 1858 blieb der Fürst in Siebenbürgen, das er wegen einer schweren Erkrankung am 6. April verlassen musste. Eine Erholungskur in Karlsbad war bereits vergeblich, er verstarb nach Wien zurückgekehrt bereits Ende Juni 1858.