Um 550 v. Chr. hatte der Lyderkönig Kroisos nahezu ganz Kleinasien unter seine Herrschaft gebracht und die griechischen Städte unter eine milde Oberherrschaft gestellt. Aber bereits 547/46 v. Chr. fiel das lydische Reich an die Perser. Auch die ionischen Städte, nicht jedoch die Inseln, waren nun tributpflichtig. Solange die blühende Wirtschaft, welche die ionischen Städte wohlhabend gemacht hatte, nicht beeinträchtigt wurde, betrachtete man die persische Herrschaft nicht als Last. Im Gegenteil: Die neuen Herren waren in erster Linie Kunden, und schließlich war Persien in der Abwicklung seiner Handelsgeschäfte im Westen des Reiches auf die griechischen Häfen angewiesen. Die in den Schwarzmeerraum und nach Ägypten ausgreifenden persischen Feldzüge schnitten Ionien jedoch von den wichtigsten Handelsrouten ab. Erst jetzt formierte sich Widerstand gegen die persische Tyrannis. Der Ionische Aufstand von 500/499 v. Chr. bis 494, von Persien niedergeschlagen, war die erste militärische Begegnung von Griechen und Persern.