Patriark Konstantinopel ditetapkan sebagai Patriark Ekumenis sejak abad ke-6, dan selanjutnya secara luas dipandang sebagai pemimpin dari 300 juta umat Kristen Ortodoks di seluruh dunia. Sejak tahun 1601, patriarkat ini berbasis di Gereja St. George, Istanbul. Sampai abad ke-19, kaum Kristen di Istanbul cenderung merupakan umat dari Gereja Ortodoks Yunani ataupun Gereja Apostolik Armenia. Pusat Gereja Ortodoks Turki terletak di kota ini. Karena serangkaian peristiwa yang terjadi selama abad ke-20—misalnya pertukaran penduduk pada tahun 1923 antara Yunani dan Turki, aturan pajak kekayaan pada tahun 1942, dan kerusuhan di Istanbul pada tahun 1955—populasi orang Yunani, yang awalnya berpusat di Fener dan Samatya, berkurang cukup banyak. Pada awal abad ke-21, populasi orang Yunani di Istanbul tercatat sejumlah 3.000 (turun dari 130.000 pada tahun 1923 dan 260.000 menurut Sensus Utsmaniyah tahun 1910 dari total 850.000 orang). Saat ini terdapat antara 50.000–70.000 orang Armenia di Istanbul, turun dari 164.000 pada tahun 1913, antara lain disebabkan oleh Genosida Armenia. Kaum Kristen membentuk setengah populasi kota ini pada tahun 1910.