Lo scopo di questa nuova operazione era di far sembrare Cuba una minaccia per il mondo occidentale e quindi rendere poi giustificato un attacco militare, in quanto Cuba non era ancora membro del patto di Varsavia. Il "Cuban Project" ebbe un ruolo fondamentale nell'avvenimento della Crisi dei missili di Cuba del 1962. Le cause per cui l'operazione terminò era il disaccordo tra le organizzazioni anti-castriste e i dipartimenti americani coinvolti e il numero di persone coinvolte non sufficiente, cioè quasi 1500 persone, e che "se il progetto fosse stato più organizzato e controllato, non saremmo dipendenti dalle decisioni del presidente" secondo il generale Pfeiffer. Una volta conclusa l'Operazione Mongoose, il presidente Kennedy cercò, come dimostrano i documenti dell'Archivio di Sicurezza Nazionale americano, d'instaurare un legame pacifico tra le due nazioni. I documenti riportano che "il problema di Cuba fu visto da una sola prospettiva", anche se le operazioni precedenti contro Cuba indebolirono i rapporti.