Bien que l'affichage de l'unité de l'Alliance soit toujours la règle, la France est en désaccord plus ou moins fort avec certaines des politiques et orientations opérationnelles de l'OTAN. Le projet américain de mise en place d'un bouclier anti-missiles en Europe pose ainsi depuis l’origine un problème pour la France, qui ne veut pas voir sa dissuasion nucléaire concurrencée ou relativisée par cet autre système de défense, y compris sur le plan industriel et financier, puisque l’antimissile requiert des investissements lourds. La déclaration du sommet de juillet 2016 à Varsovie sur la sécurité transatlantique rappelle ainsi, dans un langage pesé, la « combinaison appropriée » sur laquelle doit reposer le « dispositif de dissuasion et de défense de l’OTAN », à savoir « capacités nucléaires, capacités conventionnelles et capacités de défense antimissile ».