Het museum werd in 1940 gebombardeerd, tijdens de Slag om Duinkerke. In 1973 werd het weer geopend in een nieuw gebouw, nu aan het "Place du Général de Gaulle". Op 1 april 2015 werd het museum voorlopig gesloten, om de omvangrijke collectie te hergroeperen en te inventariseren, teneinde deze samen met het Havenmuseum van Duinkerke ("Musée portuaire de Dunkerque") onder te brengen in de wijk "Citadelle", en wel in het "Entrepot des Tabacs" en in het gebouw van het voormalige "Ocean Link".