Habyarimana wurde gemeinsam mit seinem burundischen Amtskollegen Cyprien Ntaryamira und dem Armeechef Déogratias Nsabimana getötet, als ihr Flugzeug am 6. April 1994 kurz nach 20.00 Uhr beim Landeanflug auf den Flughafen Kigali von zwei Raketen getroffen wurde. Sofort nach Habyarimanas Tod begannen radikale Hutu einen systematischen Völkermord an den Tutsi und gemäßigten Hutu, in dessen Verlauf mindestens 800.000 Menschen getötet wurden.