История университета берет свое начало в 1809 году, когда по инициативе ряда врачей — Августа Вольффа, Гиацинта Дзярковского, Юзефа Чекерского и Францишка Брандта, а также аптечного эксперта Юзефа Целинского, основана Медицинская академию. В 1816 году академия преобразована в медицинский факультет Варшавского университета. Университет функционировал до 1831 года, когда после Ноябрьского восстания правительство царской России ликвидировал все высшие учебные заведения на территории Королевства Польского. Обучение в высшем медицинском учебном заведении в Варшаве прервалось на 26 лет, а профессиональное и научное развитие врачебного сообщества обеспечивало в это время Варшавское общество врачей и Медицинский совет Королевства Польского.