Nel 1998 è nominato selezionatore della , che guida ad una sorprendente qualificazione al dopo aver eliminato l'Ucraina ai play-off. Nella fase finale del torneo la nazionale slovena ottiene due pareggi alla sua prima partecipazione ad una competizione internazionale di rilievo; uno di questi è contro la per 3-3, con gli sloveni che si fanno rimontare 3 gol di vantaggio. Due anni più tardi Katanec conduce la squadra alla qualificazione al campionato del mondo nippo-sudcoreano, nuovamente tramite i play-off, in cui questa volta gli sloveni si qualificano a spese della Romania. Nella manifestazione iridata la Slovenia perde tutte e tre le partite della prima fase ed è eliminata al primo turno.