หลังจากยุคเซ็งโงกุ หรือยุคไฟสงคราม โอดะ โนบูนางะ และโทโยโตมิ ฮิเดโยชิ ได้ร่วมกันรวมอำนาจสู่ศูนย์กลาง และตั้งเป็นรัฐบาลกลางขึ้นอีกครั้งในยุคอาซูจิ–โมโมยามะ ซึ่งเป็นยุคสั้น ๆ ก่อนยุคเอโดะ ต่อมา หลังจากยุทธการที่เซกิงาฮาระ ซึ่งเป็นการรบครั้งใหญ่ในค.ศ. 1600 การปกครองและอำนาจทั้งหมด ได้ตกอยู่ในมือของโทกูงาวะ อิเอยาซุโดยเบ็ดเสร็จ และสถาปนาตนเองเป็นโชกุนในปี ค.ศ. 1603 ซึ่งเป็นไปตามประเพณีโบราณ ที่ผู้เป็นโชกุนจะต้องสืบเชื้อสายจากต้นตระกูลมินาโมโตะ