В 1580-е годы усилия Валиньяно и Руджери едва не были сведены на нет деятельностью испанского иезуита , который дважды побывал в Китае, пытаясь добиться приёма испанского посольства в Пекине. Его угрозы испанским вторжением в Китай сильно испортили отношение к миссионерам. В 1588 году А. Валиньяно направил М. Руджери в Рим, ходатайствуя об открытии постоянной миссии Святого Престола при императорском дворе и назначении самого Руджери послом. Однако этот проект не состоялся: в кратчайшее время сменились четверо пап римских, и сам Руджери не пожелал возвращаться на Восток. В Чжаоцине в 1589 году время сменился состав чиновников, но Маттео Риччи настоял на своём праве остаться в Китае. Для новой резиденции он избрал Шаочжоу, ибо ему было воспрещено оставаться в Гуанчжоу; Санде уехал в Макао, где занял пост ректора коллегиума. В городе Риччи и Алмейда пользовались любезным приёмом у чиновников, но простолюдины приняли их крайне враждебно. В 1593 году М. Риччи остался в одиночестве. Пополнение миссии было очень серьёзной проблемой: не менее половины отобранных кандидатов умирали, не перенеся пути вокруг всей Африки и Южной Азии. Потребности японских миссий приводили к тому, что свежие кадры сразу же после подготовки в Индии направлялись в Нагасаки. После вторжения в Корею японского диктатора Тоётоми Хидэёси в 1592 году, европейцы стали восприниматься как союзники и агенты японских агрессоров. В результате новые сотрудники Риччи — , Жуан Суейру (1556—1607) и  — проникли к нему нелегально.