Після розпаду Радянського Союзу у 1991 році «Чорноморець» опинився у першому дивізіоні українського чемпіонату. Саме кінець 1980-х — перша половина 1990-х вважається розквітом команди. Саме у ті часи клуб здобув найбільше кількість своїх найсерйозніших призів. Саме у 1990-ті команда здобувала своє найбільше досягнення у міжнародних турнірах — двічі дійшла до 1/16 фіналу Кубку УЄФА та один раз дійшла до 1/16 фіналу Кубку володарів кубків УЄФА. У різні роки за команду виступали відомі радянські та українські футболісти, такі як Василь Москаленко, Валерій Лобановський, Валерій Поркуян, Стефан Решко, Леонід Буряк, Ігор Бєланов, Юрій Никифоров, Ілля Цимбалар, Іван Гецко, Тимерлан Гусейнов, Олег Суслов, Олександр Косирін, Олексій Гай, тощо.