Первые годы Пелопоннесской войны историк провёл в Афинах; во время эпидемии, разразившейся на второй год войны, он сам заболел этой страшной болезнью, которую потом описал. После своего восстановления он был назначен командующим небольшого отряда кораблей, но не успел предотвратить переход Амфиполя на сторону Брасида (приняв лишь меры к защите Эйона). После этого Фукидид попал в немилость к афинянам и был сослан в 424 г. до н. э. в своё поместье, что дало ему достаточно времени, чтобы описывать события Пелопоннесской войны. Высокий социальный статус Фукидида и благосостояние его семьи были необходимы для работы по написанию «Истории».