El museu nacional resultà profundament afectat pels 14 anys de guerra, tant la Primera Guerra Civil liberiana com la Segona Guerra Civil liberiana. Segons el director del museu Caesar Harris hi havia uns 5,000 objectes abans d'aquests conflictes, dels quals en resten un centenar. Resta intacte una taula de menjador de 250 anys d'antiguitat cedida per la Reina Victoria al primer President de Libèria, Joseph Jenkins Roberts. Durant la guerra, sovint es van vendre elements valuosos i s'utilitzà el museu de camp de batalla el 2003.