בדומה לתהליך כתיבת סרטיו הקודמים, גם עבור "המעיין" החליט ארונופסקי לשנות את מקום מגוריו על מנת לקבל השראה עבור הכתיבה. הוא ערך יחד עם הנדל טיול לגואטמלה לצורכי תחקיר אודות ההיסטוריה והפילוסופיה של תרבות המאיה. התסריט לסרט הושפע רבות מעבודתו של העיתונאי האורוגוואי אדוארדו גליאנו, אשר כתב על מיתוסים מנקודת מבטם של הילידים ובמיוחד מספרו "בראשית". סיפורו של הסרט "היו זמנים באמריקה" השפיע אף הוא על התסריט. ארונופסקי שילב בתסריט גם מוטיבים מהספר "ההיסטוריה האמיתית של כיבוש ספרד החדשה" אשר נכתב על ידי ברנל דל דיאז קסטיליו (1492–1585), קונקיסטאדור ספרדי שכתב עדויות ראייה אודות כיבוש מקסיקו על ידי הרנאן קורטס. כתביו היוו השראה ליצירת עלילתו של תומאס היוצא למשימה בשירות המלכה איזבלה.