Seth Jones vertrat sein Heimatland mit der US-amerikanischen Nationalmannschaft erstmals 2011 bei der World U-17 Hockey Challenge. Bei diesem Turnier gewann er nach einer Finalniederlage gegen das Team Canada Ontario die Silbermedaille. Zusätzlich wurde Jones in das All-Star-Team des Turniers gewählt. Einen weiteren Einsatz für das Team USA hatte er noch im selben Jahr bei der U18-Junioren Weltmeisterschaft 2011, bei der die US-Amerikaner das Finalspiel gegen die schwedische Auswahl nach einem Treffer in der Overtime gewannen. Bei der U18-Weltmeisterschaft im Jahr darauf gewann das Team USA erneut nach einem Sieg gegen die schwedische Mannschaft die Goldmedaille. Seth Jones lief dabei als Mannschaftskapitän auf und erzielte in sechs Partien acht Scorerpunkte und war damit zweitbester Punktesammler der US-Amerikaner hinter Nic Kerdiles.