Après les batailles d’Heilsberg et de Friedland, Savary devient gouverneur de Prusse-Orientale. À la suite de la paix de Tilsit de entre l'empire français et l'empire russe, le général est envoyé comme plénipotentiaire à Saint-Pétersbourg, où il doit surveiller l'application des clauses secrètes du traité, notamment la mise en place du blocus continental. En dépit de multiples démonstrations d'amabilité du tsar Alexandre, l'aristocratie russe lui ferme ses portes, marquant ainsi son hostilité à l'envoyé de Napoléon, représentant d'une nation révolutionnaire, et surtout au , à l'assassin d'un prince de sang royal. S’il parvient, très progressivement, à se faire tolérer dans la bonne société, Savary reste très mal à l'aise dans cette situation. Ses habitudes, sa franchise et son goût pour l'action se satisfont mal d'une position de diplomate. Très vite il demande à être remplacé par un diplomate de métier. L'Empereur décide de le rappeler à Paris avant la fin de l'année 1807 ; il est aussitôt relevé par le grand écuyer Caulaincourt.