המולוסים הפכו בהדרגה לשבט הדומיננטי מבין השלושה. בשבט זה שלטה השושלת האייקדית, שנקראה על שם איאקוס שעל פי המסורת היה אביה. במשך מאות שנים נותרה אפירוס אזור פריפריה שולי בעולם היווני, ובעיני תוקידידס היו בניה "ברברים". בשנת 370 לפנה"ס לערך הצליחו המולוסים להתגבר על השבטים היריבים ולהפוך לאדוני הארץ. הם כרתו ברית הגנה עם מוקדון כנגד פלישות האיליריים. בשנת 359 לפנה"ס השיא המלך המולוטי אריבאס את אחייניתו אולימפיאס, בתו של המלך הקודם נאופטלמוס עם פיליפוס השני, מלך מוקדון. לאחר מותו של אריבאס, הוכתר אחיה של אולימפיאס, אלכסנדר הראשון כמלך אפירוס. אולימפיאס ילדה לפיליפוס את אלכסנדר הגדול, וכן את הנסיכה קלאופטרה אשר נישאה לאלכסנדר מלך אפירוס. בתקופת מלחמותיו של אלכסנדר הגדול, כבר הייתה אפירוס חזקה דיה, עד שאלכסנדר מלך אפירוס יצא למסע מלחמה לערי המדינה היווניות בחצי האי האפניני (יוון הגדולה), במטרה לסייע להן נגד הרפובליקה הרומית שנתמכה בידי שבטים איטליים מקומיים. ב-331 לפנה"ס אלכסנדר הובס ונהרג בקרב פנדוסיה בידי קואליציה של הלוקאנים והברוטיים.