Ndidi fez parte das Seleções de base da Nigéria durante seu tempo em Nathaniel Boys de Lagos. Enquanto jogava no Campeonato Africano Sub-17 com a Nigéria, foi excluído juntamente com outros dois jogadores da competição após realizar um exame de ressonância magnética que mostrou estar acima da idade permitida. No entanto, juntou-se com seus Companheiros de equipe na equipe sub-20 no ano seguinte, formando a base do meio-campo. Acabou convocado no dia 8 de outubro de 2015, fazendo sua estréia no jogo amistoso contra a República Democrática do Congo, e jogando novamente alguns dias depois na vitória por 3 a 0 contra os Camarões, quando substituiu John Obi Mikel aos 63 minutos de jogo. Ndidi foi convocado numa pré-lista de 25 jogadores pelo técnico da Seleção Nigeriana Olímpica para a disputa dos Jogos Olímpicos do Rio de Janeiro de 2016, mas na lista final dos 18 jogadores ele não foi selecionado para a competição.