Nach dem Frieden von Tilsit wurde Schmalensee am 31. Januar 1808 zum Kapitän befördert und am 30. November 1808 mit Halbsold dem Infanterie-Regiment Nr. 2, 1. Pommerisches Infanterie-Regiment aggregiert. Am 4. September 1809 folgte seine Versetzung als Kompaniechef in das 3. Ostpreußische Infanterie-Regiment Nr. 4. Im Feldzug von 1812 kam er nach Kurland. Während der Befreiungskriege erhielt Schmalensee für das Gefecht bei Blankenfelde das Eiserne Kreuz II. Klasse, wurde nach der Belagerung von Magdeburg öffentliche belobigt sowie für Belle Alliance mit dem Eisernen Kreuz I. Klasse, dem Orden des Heiligen Wladimir IV. Klasse und dem Orden der Heiligen Anna II. Klasse ausgezeichnet. In der Zeit wurde er am 26. März 1813 in das 4. Ostpreußische Musketier-Bataillon versetzt und am 18. April 1813 zum Major befördert. Schon am 1. Juli 1813 kam er in das 3. Reserve-Infanterie-Regiment (15. Infanterie-Regiment) und wurde ab dem 12. Oktober 1813 als Bataillonskommandeur verwendet.