Wie vor allem der Aufstand in der Georgischen SSR am 28. August 1924 zeigte, stand Transkaukasien noch nicht vollständig unter Kontrolle der RSFSR. Dies hing auch damit zusammen, dass selbst führende Bolschewiki aus der Ukraine und dem Kaukasus durchaus national gesinnt waren. Zur Stärkung der Vormacht der RSFSR innerhalb der UdSSR nutzte insbesondere Stalin die Gegensätze zwischen den Völkern des Kaukasus gegeneinander aus, die sich an die Zentralmacht wandten, um dort ihre Probleme vorzutragen. Innerhalb der Transkaukasischen SFSR wurden die Grenzen zwischen der Armenischen SSR und der Aserbaidschanischen SSR mehrmals geändert. Dies betraf die Gebiete Nachitschewan, Sangesur und Bergkarabach, die sowohl von Armeniern als auch von Aserbaidschanern bewohnt wurden. Nach mehreren Änderungen beschloss Moskau, Sangesur an die Armenische SSR, Nachitschewan als so genannte Autonome Sozialistische Sowjetrepublik und Bergkarabach mit dem Status eines Autonomen Gebiets der Aserbaidschanischen SSR anzugliedern. Die neuen Grenzen waren so gezogen, dass zwischen dem Autonomen Gebiet Bergkarabach und der Armenischen SSR keine Verbindung mehr bestand. Außerdem gehörten weitere mehrheitlich armenisch besiedelte Gebiete, wie der Bezirk Schahumjan (benannt nach dem armenisch-sowjetischen Politiker Stepan Schahumjan), gar nicht zum Autonomen Gebiet. Während die Armenier in der Folge Nachitschewan und die Aserbaidschaner Sangesur nach und nach mehr oder minder freiwillig verließen, schwelte der Konflikt um Bergkarabach weiter.