Ensimmäiset arvokilpailut, joihin Isinbajeva osallistui olivat alle 20-vuotiaiden maailmanmestaruuskilpailut Ranskan Annecyssa vuonna 1998, joissa hän sijoittui yhdeksänneksi tuloksella 390 cm. Vuonna 1999 hän voitti alle 18-vuotiaiden maailmanmestaruuden tuloksella 410 cm. Seuraavana vuonna olivat jälleen vuorossa alle 20-vuotiaiden MM-kisat, joista tuomisina oli mestaruus tuloksella 420 cm. Vuonna 2001 hänen voittoputkensa sai jatkoa alle 20-vuotiaiden EM-kilpailuissa, joissa voittotulos oli 440 cm.