После немецкого вторжения в Советский Союз и оккупации Вильно немцами в конце июня 1941 года он был назначен главой Еврейской больницы. В начале сентября 1941 года Анатолий Фрид, тогдашний председатель юденрата, поручил ему организовать полицию в гетто и руководить ею. Полиция гетто содействовала СС в депортации десятков тысяч евреев в немецкие лагеря смерти. Как глава полиции гетто, Генс отвечал за отбор жертв. В этой должности он пытался спасти от депортации как можно больше жителей гетто.