11 декабря 1991 года Баршатлы был заменён на своём посту Таджеддином Мехтиевым и назначен заместителем министра обороны и начальником Генерального штаба Вооружённых сил Азербайджана. За время его пребывания на должности начальника Генштаба азербайджанская армия добилась военных успехов на карабахском фронте. Баршатлы также предотвратил уничтожение боеприпасов, когда последние части Советской армии выводилась из Азербайджана в 1992 году. 4 сентября 1992 года указом президента Абульфаза Эльчибея он был освобождён от обязанностей заместителя министра обороны и начальника Генерального штаба. По некоторым утверждениям Баршатлы ушёл в отставку под давлением Народного фронта Азербайджана. В последующие годы он работал директором спецшколы имени Джамшида Нахичеванского, вновь занимал должности заместителя министра обороны и начальника Генштаба при Гейдаре Алиеве, но затем ушёл в отставку.