התואר הראשון של קרויף עם המועדון היה גביע המחזיקות ב-1989. בארבע השנים הבאות, עם קרויף כמאמן, זכתה הקבוצה בארבע אליפויות רצופות. ברצלונה אמנם הפסידה בגמר גביע המחזיקות של 1991, אך שלושה ימים לאחר מכן זכתה באליפות, וקטעה רצף של חמש זכיות רצופות על ידי ריאל מדריד. רגע השיא של הקבוצה היה הזכייה הראשונה בתולדותיה בגביע אירופה לאלופות בשנת 1992, לאחר שגברה במשחק הגמר באצטדיון ומבלי על סמפדוריה האיטלקית 1 - 0 בזכות שער של רונאלד קומאן. לזכייה היו שותפים שחקנים כגון מיכאל לאודרופ, חריסטו סטויצ'קוב ואנדוני זוביזרטה. הזכייה באליפות הרביעית והאחרונה של קרויף, בעונת 1993/1994, הייתה בעיקר בזכות הכוכב הברזילאי רומאריו, שהבקיע 30 שערי ליגה. אולם, בגמר ליגת האלופות של אותה עונה מול מילאן כשלה ברצלונה בהצגת היכולת הטובה מהליגה והפסידה 0 - 4.