En 1801, il est impliqué dans les opérations en mer Méditerranée : tentatives de franchissement du blocus britannique, actions autour de l'île d'Elbe et la bataille d’Algésiras en 1801, durant lequel il sera très endommagé. Rapidement remis en état, l’"Indomptable" fera aussi partie de l'expédition de Saint-Domingue (1801-1803), qui verra quatre escadres françaises converger et débarquer une armée de sur l'île sous les ordres du général Leclerc. L'expédition sera un échec sur le terrain. Les soldats sont vaincus par les révoltés organisés en guérilleros et la maladie. Le , près du Cap-Français, les Français sont vaincus à la bataille de Vertières par le général insurgé Dessalines. L'île proclame son indépendance sous le nom d'Haïti ; les colons sont chassés ou massacrés.