Humphries è stato scelto dalla franchigia degli Utah Jazz nel 2004 come quattordicesima scelta al draft NBA. Ha trascorso due stagioni con i Jazz, con una media 3,6 punti per gara e 2,7 rimbalzi per gara in 11,6 minuti a partita. L'8 giugno 2006, Humphries è stato scambiato insieme a Robert Whaley ai Toronto Raptors in cambio di Rafael Araújo. Nella stagione 2006-07, dopo un avvio lento in cui egli non ha ricevuto molti occasioni dal coach dei Raptors Sam Mitchell, anche a causa della presenza in squadra di Chris Bosh, Humphries si è rivelato un valido rimbalzista e giocatore di energia e ha contribuito alla vittoria dei Raptors al loro primo titolo di divisione.