Có đến 390.000 người Hoa, tức hai phần ba số người có thỉnh cầu hợp pháp đối với quyền công dân Indonesia, tuyên bố từ bỏ quyền công dân Trung Quốc khi hiệp định có hiệu lực vào năm 1962. Trên phương diện khác, ước tính 60.000 học sinh người Hoa dời đến Trung Quốc trong các thập niên 1950 và đầu thập niên 1960. Đợt học sinh đầu tiên hầu như đều được giáo dục trong các trường Hoa văn, song không thể tìm được cơ hội giáo dục bậc đại học tại Indonesia. Họ tìm kiếm các nghề khoa học có chất lượng, tiến vào Trung Quốc với hy vọng cao về tương lai của mình và của Trung Quốc đại lục. Các đợt di cư tiếp theo diễn ra vào năm 1960 trong khuôn khổ một chương trình hồi hương, vào năm 1965–1966 sau một loạt bạo lực chống cộng cũng thu hút phẫn nộ hướng đến người Hoa. Có đến 80% các sinh viên ban đầu cuối cùng trở thành những người tị nạn tại Hồng Kông. Theo các chương trình Cách mạng Văn hóa (1966–1976), người Hoa hải ngoại hồi người bị nghi ngờ về lòng trung thành của họ do có các liên kết với ngoại quốc. Do hầu hết trưởng thành trong một môi trường đô thị nên họ bị đưa đến nông thôn nhằm chống xuất thân giai cấp, và cuối cùng mất liên lạc với gia đình của họ. Họ bị tấn công vì là "tên đế quốc", "tên tư bản", "tên gián điệp", "tên lai", và "quỷ ngoại quốc".