Am 20. Mai 2011 gab US-Präsident Barack Obama bekannt, dass er Patterson zur Botschafterin in Ägypten vorschlagen wolle. Am 30. Juni 2011 wurde Patterson einstimmig vom Senat der Vereinigten Staaten zur Botschafterin in Ägypten gewählt. Pattersons enge Kontakte zu hochrangigen Vertretern der Muslimbrüder bzw. der von diesen dominierten Freiheits- und Gerechtigkeitspartei, die in Ägypten nach der Revolution von 2011 die politische Macht übernahmen, war Anlass für Protest aus den Reihen der säkularen ägyptischen Opposition. Kritik wurde allerdings auch wegen Einmischung in Oppositionsarbeit laut (so durch Hamdin Sabahi). Andere Stimmen hielten Pattersons Aktivitäten zwar für fragwürdig, kritisierten aber auch einen Hang zur Übertreibung bei der säkularen Opposition. Gegen Patterson gerichtete Plakate und ähnliche Bekundungen waren auch Teil von antiamerikanischen Protesten in Ägypten, die wiederum Teil einer größeren Protestbewegung gegen die Regierung sind.