Trong khi đó, Dąbrowski trải qua những năm đầu của thế kỷ mới với tư cách là một vị tướng phục vụ cho cộng hòa Ý. Năm 1804, ông nhận Huân chương hạng nhất của Bắc Đẩu Bội tinh, và Order of the Iron Crown (tạm dịch: Huân chương Vương miện sắt) của Ý trong năm tiếp theo. Cùng với Józef Wybicki, ông một lần nữa được Napoléon Bonaparte triệu tập vào mùa thu năm 1806 và được giao nhiệm vụ tái thành lập đội hình Ba Lan mà Napoléon muốn sử dụng để chiếm lại Greater Poland từ tay Phổ. Xung đột xảy ra sau đó được biết đến với tên gọi Khởi nghĩa Greater Poland, và Dabrowski là thủ lĩnh chính của lực lượng nổi dậy của Ba Lan. Dąbrowski chiến đấu nổi bật trong Cuộc vây hãm Tczew, bao vây Gdańsk và Trận Friedland.