Durante a guerra civil de 1998-1999 o edifício do museu foi usado como base das Forças Armadas Senegalesas. A colecção etnográfica e os Arquivos nacionais sofreram danos irreparáveis. Perderam-se definitivamente muitos objetos e documentos, incluindo um importante espólio fotográfico que documentava os primeiros anos de atividade do museu, entre 1996 e 1990.