For sin deltakelse i 20. juli-attentatet ble Strünck arrestert 1. august og fikk avskjed fra hæren i unåde 24. august og 10. oktober dømt til døden av "Volksgerichtshof" (av domstolens president Roland Freisler). Han ble deretter fengslet i Flossenbürg konsentrasjonsleir, hvor han, Dietrich Bonhoeffer, Wilhelm Canaris, Ludwig Gehre, Hans Oster og Karl Sack ble henrettet ved hengning den 9. april 1945.