Das NSG Amrumer Dünen ist Teil des FFH-Gebietes „Küsten- und Dünenlandschaften Amrums“ und des Ramsar-Gebiets „Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer und angrenzende Küstengebiete“. Es ist eines von zwei Naturschutzgebieten auf Amrum. Zusammen mit dem Landschaftsschutzgebiet Amrum stehen über 80 Prozent der Inselfläche unter Schutz. Auf der Westseite schließt sich der Nationalpark Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer an.