En 1640 el bisbe Pere Barbosa d'Eça es va veure obligat a fugir de la diòcesi després de la revolució de la independència portuguesa, refugiant-se a Castella i morint el mateix any. En els anys següents el bisbe Diogo de Sousa, nomenat per Joan IV i Jerónimo de Mascarenhas nomenat per Felip IV no van rebre el reconeixement papal i la diòcesi romangué vacant.