V letech 1806–1807, při válkách čtvrté koalice, velel Dochturov 7. divizi. Po boku generálporučíka knížete Golicyna bojoval v bitvě u Golyminu, kde s 16 000–18 000 muži odolávali řadu hodin 38 tisícům Napoleonových vojáků. V bitvě u Jílového byl pověřen velením nad zálohou skládající se z jeho 7. a 4. divize spolu s 60 děly jízdního dělostřelectva (u jednotky byl přítomen i generál Bagration, který byl momentálně bez velení). Přestože byl zraněn do pravé nohy, splnil svůj úkol dokonale a odmítl opustit bitevní pole. "Za statečnost" projevenou v boji byl podruhé odměněn zlatým kordem. Když po pádu Gdaňsku na jaře roku 1807 generál Bennigsen naplánoval proti Napoleonovi novou ofenzivu, spočívala na generálu Dochturovovi, který velel I. koloně, úkol odpoutat pozornost od hlavního směru postupu armády a oddělit tak maršála Neye od maršála Soulta. V bitvě u Heilsbergu velel levému křídlu ruské armády. V dalších bojích byl opět zraněn. Účastnil se také bitvy u Friedlandu a kryl hlavní síly rusko-pruské armády při jejím ústupu přes řeku Alle. Za této války byl vyznamenán řádem sv. Anny prvního stupně, řádem sv. Alexandra Něvského a pruským řádem červené orlice. Od jara 1810 zastával funkci velitele VI. sboru.