De Tweede Kasjmiroorlog brak in september 1965 uit, doordat Pakistan verschillende groepen Pakistaanse soldaten het Indiase deel van Kashmir binnen stuurde, om daar een opstand tegen India te simuleren. De poging werd ontdekt en India viel Pakistan binnen. Onder grote internationale druk kwam het na ruim een maand tot een staakt-het vuren. In 1966 sloot Khan namens Pakistan een akkoord, de zogeheten Tasjkent-overeenkomst, met de Indiase premier Lal Bahadur Shastri. De overeenkomst viel niet goed in Pakistan. Veel Pakistanen voelden zich verraden door hun leider. Zulfikar Ali Bhutto trok zich terug uit de regering en ging in de oppositie.