בספטמבר 1972 כשר פנים דחה גנשר את הצעת ישראל לשלוח לגרמניה יחידות מיוחדות כדי לסייע בשעות משבר בני הערובה הישראלים במשחקים האולימפיים במינכן. ניסיון חילוץ כושל של כוח משטרה גרמני בבסיס חיל האוויר הגרמני בפירסטנפלדברוק הביא לטבח עקוב בדם, במהלכו נהרגו כל 11 בני הערובה, 5 מחבלים פלסטינים ושוטר גרמני. הפופולריות של גנשר בישראל ירדה עוד יותר אחרי שהוא שחרר שלושה מן המחבלים הערבים בעקבות חטיפה של מטוס גרמניה של חברת "לופטהנזה" ב-29 באוקטובר 1972.