Walter Stahlecker ble født en velberget familie som sønn av Eugen Stahlecker (født 1867), protestantisk prest og skoledirektør, og dennes hustru Anna Zaiser (1872–1932). Fra 1905 var faren rektor for Tübinger Mädchenrealschule. Høsten 1918 ble Franz Walter innkalt til militærtjeneste, men han rakk ikke å delta i noen kamphandlinger i verdenskrigen innen våpenstillstanden ble undertegnet den 11. november samme år.