Nella stagione 1988-1989, con l'arrivo di Sven-Göran Eriksson, mette a segno 15 gol, andando a formare con Stefano Borgonovo un affiatato tandem d'attacco detto "B2", dalle iniziali dei loro cognomi: i due realizzano 29 dei 44 gol totali messi a segno dalla formazione viola, trascinando la squadra a un settimo posto in campionato. Nello spareggio per la Coppa UEFA contro la , Baggio fornisce l'assist per il gol della vittoria di Pruzzo che regala la qualificazione ai viola.