La nuova stagione inizia molto bene per Youzhny, che vince subito a Chennai il suo quarto titolo ATP perdendo un solo set in tutto il torneo; in finale demolisce Nadal con un eloquente 6-0, 6-1, infliggendogli la più pesante sconfitta della carriera. Conferma il buono stato di forma arrivando per la prima volta nei quarti all'Australian Open dopo aver battuto in tre set il nº 4 mondiale Davydenko, si inchina quindi in tre set a Jo-Wilfried Tsonga, che batterà anche Nadal e perderà contro Djokovic l'unica finale di uno Slam giocata in carriera. La sequenza di risultati garantisce a Youzhny l'8º posto del ranking, che rimarrà la miglior posizione raggiunta in carriera. Arriva ai quarti anche al successivo torneo di Marsiglia, sconfitto da Baghdatis in due set. Al torneo di doppio di Rotterdam arriva in finale in coppia con Kohlschreiber. Il grande avvio del 2008 non trova molto seguito nel resto della stagione. In primavera raggiunge gli ottavi al Miami Masters e, dopo un infortunio che lo tiene tre settimane lontano dai campi, in maggio arriva alla finale di Wold Team Cup con la Russia. Al Roland Garros cede in 4 set al terzo turno contro Fernando Verdasco. Il 15 giugno vince il suo quarto titolo ATP in doppio a Halle superando in tre set, in coppia con Miša Zverev, il duo Lukáš Dlouhý / Leander Paes. A Wimbledon viene eliminato al quarto turno da Nadal, che gli concede solo 7 giochi. Vince di nuovo due incontri consecutivi in agosto alle Olimpiadi di Pechino e al terzo turno viene sconfitto in due set da Djokovic. Un'infezione virale lo costringe a sei settimane di stop e salta gli US Open, il primo Slam in cui è assente dopo averne giocati 23 consecutivi. Il 5 ottobre vince il titolo in doppio a Tokyo in coppia con Miša Zverev, battendo di nuovo in finale Dlouhý / Paes. Termina la stagione senza altri risultati di rilievo al 32º posto del ranking.