Activitatea politică a început în 1990 în Partidul Democrat din Rusia (PDR). Bogdanov, din propriile cuvinte, a început o carieră politică ca activist ordinar al organizației raionului Solntsevo și mai târziu a creat și condus Uniunea Tineretului PDR, devenind membru al consiliului politic al partidului (a ocupat această poziție până în 1994). În 1991-1994, Bogdanov a deținut diferite funcții de conducere în Comitetul Executiv al PDR, în special fiind secretar al Comitetului Central al Partidului Democrat din Rusia. 10 decembrie 1991, a organizat un miting împotriva acordurilor de la Beloveja. În iunie 1992, Bogdanov a devenit membru al consiliului politic al "Uniunii civile" (lider - Arkadi Volschi). În aceeași vară, după ce a vizitat Transnistria împreună cu delegația PDR, a creat o fundație caritabilă pentru a colecta bani, medicamente și alimente pentru apărătorii Republicii Transnistrene.