Od 1940 był przewodniczącym zależnego od Niemców "Goralenverein" (Związku Górali). W 1942 stanął na czele "Goralisches Komitee" – "Komitetu Góralskiego" – namiastki autonomicznego samorządu góralskiego, który odpowiadał m.in. za politykę socjalną, edukację i zaopatrzenie. U gubernatora Franka zabiegał o stworzenie samodzielnego państwa góralskiego. Od jesieni 1944, po nieudanej próbie aresztowania go przez Niemców, ukrywał się, początkowo w Tatrach, a następnie przeszedł na Słowację, gdzie brał udział w walkach powstania słowackiego z sowieckim oddziałem partyzanckim. Po jego upadku wrócił w okolice Zakopanego. Ukrywał się w Tatrach w jednym z szałasów na Polanie na Stołach, potem zszedł w dolinę i przebywał w lokalu na Krzeptówkach. Tam został pojmany przez oddział Armii Krajowej "Kurniawa" i powieszony za zdradę. Przy jego ciele znaleziono list o treści „Ja, niżej podpisany Wacław Krzeptowski, urodzony 1897 roku dnia 24 czerwca w Kościeliskach, przekazuję cały swój nieruchomy i ruchomy majątek uwidoczniony w księgach hipotecznych w Zakopanem na rzecz oddziału partyzanckiego Kurniawa grupy Chełm AK z własnej, nieprzymuszonej woli, jako jedyne zadośćuczynienie dla narodu polskiego za błędy i winy popełnione przez mnie wobec polskiej ludności Podhala w okresie okupacji niemieckiej od roku 1939 do 1945. Kościelisko, 20 stycznia 1945, 22.30”. Powody, dla których w ostatnich dniach wojny Armia Krajowa zdecydowała się wysłać specjalnie oddział w celu wykonania wyroku, nie są znane.