Deux ans plus tard, il est affecté au régiment de cavalerie. Il franchit ainsi l'isthme de Suez, gagne Jérusalem puis Damas. Son régiment est ensuite envoyé à Antioche dans le nord de la Syrie. Le 24 juin 1839, Cuny participe ainsi à la bataille dans les plaines de Nézib qui oppose l'armée de Méhémet Ali sous les ordres de Soliman Pacha à celle du sultan Mahmut et soigne les nombreux blessés. Il est, à la fin du conflit, nommé au régiment de Sélim Pacha dont le but est d'éliminer les quelques poches de résistances qui pourraient exister puis s'installe à Alep où il s'achète une esclave et où il travaille à l'hôpital. La peste faisant des ravages à Damas, Cuny y est envoyé (1840). avant de recevoir, après le traité de Londres, son congé.