Климат Европы стал не только холодным, но и неустойчивым; периоды повышенной влажности чередовались с засухой, сократился вегетативный период растений. Если 1300—1309 годы в Европе выдались тёплыми и чрезмерно засушливыми, погода стала холодной и влажной, ливневые дожди начиная с 1314 года на корню губили урожай, что привело к великому голоду 1315—1317 годов. Недостаток пищи в Европе ощущался вплоть до 1325 года. Постоянное недоедание, приводившее к общему ослаблению иммунной системы, с неизбежностью вылилось в эпидемии, в Европе свирепствовали пеллагра и ксерофтальмия. Натуральная оспа, «проснувшаяся» в конце XII века после долгого отсутствия, достигла пика распространения незадолго до пришествия чумы. В тот период оспенные эпидемии охватили Ломбардию, Голландию, Францию и Германию. К оспе прибавилась проказа, распространение которой приняло столь катастрофический размах, что церковь вынуждена была выделять для заболевших специальные убежища (лепрозории), получившие итальянское название "lazaretti". Всё это, помимо высокой смертности, привело к общему снижению иммунитета выжившего населения, которое в скором времени стало жертвой чумы.