Во время Северной войны Ян, всё ещё пребывавший в звании лейтенанта, был назначен 16 апреля 1658 года на "Eendragt", флагманский корабль лейтенант-адмирала Якоба ван Вассенара Обдама. 10 декабря 1659 года, когда Эгберт Бартоломеус Кортенар был произведён в вице-адмиралы, он стал флаг-капитаном вместо него, но вскоре он был переведен на другое судно.