Nach der Niederlage des ungarischen Heers bei Mohács gegen die Osmanen 1526 fiel die Slowakei durch Erbschaft an die Habsburger. Während der Zeit der türkischen Expansion blieb die Slowakei als Teil des Königlichen Ungarns lange Zeit der einzige nicht türkische Teil Ungarns und gewann so an militärischer Bedeutung. Pressburg, das heutige Bratislava, wurde 1536 zur Haupt- und zur Krönungsstadt und konnte diesen Status bis 1848 wahren. Im Jahr 1787 versucht Anton Bernolák, mit der Kodifizierung der slowakischen Schriftsprache zum ersten Mal eine einheitliche slowakische Sprache zu schaffen. In der Slowakei machte sich besonders der Gegensatz zu der ungarischen Oberschicht und die Unzufriedenheit über die Durchsetzung von Ungarisch als Amts- und Schulsprache bemerkbar. 1848 stellte die Nationalbewegung ein politisches und staatsrechtliches Programm vor, das auch die Abspaltung von Habsburg beinhaltete. Dieses gipfelte im erfolglosen slowakischen Septemberaufstand. Erst der Erste Weltkrieg bot den Slowaken die Chance auf eine Autonomie.