Vieira poursuit son parcours en sélection dans l’ombre de Didier Deschamps, puis à ses côté à partir de 1999. En 2000, il gagne le Championnat d'Europe des nations. Lors de son premier match face au Danemark, la France rappelle le score de l'été 98 (3-0) face à l'équipe supposée la plus faible du groupe contre qui Vieira entre à la 59e minute. Vient ensuite la République tchèque, Vieira joue toute cette rencontre disputée (2-1). Dans le dernier match face aux Pays-Bas, la finale pour la première place, les Bleus s'inclinent (3-2) malgré un bon Vieira qui musèle Edgar Davids. En quart de finale, la France rencontre l'Espagne qu'elle bat 2-1. En demi-finale, elle élimine le Portugal sur le même score (2-1) au but en or. En finale, les Bleus l'emportent sur le même principe face à l'Italie (2-1 beo). Vieira dispute chaque minute des trois matchs à élimination directe.