Hercules soll enge Verbindungen zu indonesischen Generälen während der Suharto-Zeit gehabt haben und wird von den Vereinten Nationen beschuldigt, bei den gewalttätigen Ausschreitungen 1999 aktiv gewesen zu sein. Hier organisierte er mit Hilfe Krimineller Gegendemonstrationen von sogenannten „pro-indonesischen Timoresen“ zu Pro-Unabhängigkeitsprotesten und auch an der Gewalt, der insgesamt 3000 Menschen zum Opfer fielen, soll er beteiligt gewesen sein.