Da den tutsidominerte Front patriotique rwandais (FPR) inntok Rwanda flykta mange av Interahamwes medlemmer til Rwandas naboland, først og fremst til Zaire (dagens Den demokratiske republikken Kongo). Interahamwe-medlemmene der fortsatte å angripe over grensa, samt å angripe kongolesiske tutsier. Disse angrepene var en viktig årsak til utbruddet av den første og den andre krigen i Kongo.