Nach dem Erfolg bei den Olympischen Spielen gewann Manaudou im November 2012 bei den Kurzbahneuropameisterschaften in Chartres fünf Goldmedaillen, neben dem Titel über 50-Meter-Freistil wurde er erfolgreich in den beiden Freistil- und Lagenstaffeln (Männer und Gemischt) eingesetzt. Einen Monat später bei den Kurzbahnweltmeisterschaften in Istanbul gewann Manaudou in 20,88 Sekunden Silber hinter dem Russen Wladimir Morosow (20,55 s) und Bronze über die 50-Meter-Brust-Strecke in 26,33 Sekunden hinter dem Norweger Aleksander Hetland (26,30 s) und dem Slowenen Damir Dugonjič (26,33 s).