במהלך ההיסטוריה, העיר נכבשה בידי אימפריות רבות, כגון האימפריה המאורית, ממלכת גופטה ואימפריית קושאן. בשנת 1193 הפכה לחלק מסולטנות דלהי. לאחר מכן העיר נכבשה על ידי האימפריה המונגולית, שהשקיעה רבות בפיתוח העיר, במיוחד תחת שלטונו של ג'האנגיר. בשנת 1765 העיר נכבשה על ידי הממלכה המאוחדת. אמנם השלטון הבריטי עדיין לא התערב באופן ישיר בפראיאגראי, הוא ראה את החשיבות האסטרטגית שלה, ובאותה השנה הבריטים הקימו בסיס צבאי בקרבת העיר. בשנת 1801 העיר הפכה להיות תחת שלטונה של חברת הודו המזרחית הבריטית. העיר הייתה מקום מרכזי בזמן המרד ההודי הגדול בשנת 1857. לאחר המרד הכושל, הבריטים הקימו בפראיאגראי מרכזים מנהליים.