Lorsque la guerre de Sécession éclate, il est nommé commandant dans le 3rd Alabama Infantry le , et est envoyé avec le régiment à Norfolk, en Virginie. Le , il est promu lieutenant-colonel du régiment. Il combat lors de la bataille de Seven Pines et est promu colonel le . Il rate la bataille des sept jours, mais revient dans l'armée, à temps pour la campagne du Maryland, en septembre 1862, combattant lors des batailles de South Mountain, et Antietam. Il est blessé après une chute de son cheval, juste avant la campagne de Chancellorsville et est contraint de renoncer à son commandement. Bien qu'il reprenne le commandement, juste un jour plus tard, ses blessures s'aggravent lorsque son cheval saute un fossé, le forçant à abandonner le commandement à nouveau.