Na era que se seguiu à conquista do Império Asteca pelos espanhóis no século XVI, várias fontes confundem Quetzalcoatl com Ce Acatl Topiltzin, um governante da cidade mítico-histórica de Tollan. É uma questão de muito debate entre historiadores em que grau ou se de alguma forma essas narrativas sobre esse lendário governante tolteca descrevem eventos históricos. Além disso, as primeiras fontes espanholas escritas por clérigos tendem a identificar o governante-deus Quetzalcoatl dessas narrativas com Hernán Cortés ou o Apóstolo Tomé - uma identificação que também é fonte de uma diversidade de opiniões sobre a natureza de Quetzalcoatl.