V dubnu 1941, kdy na území bývalé jugoslávské monarchie vypukla válka byl Šibenik bombardován italským letectvem. Následně zde vznikla velmi rychle organizace Ustašovců (chorvatských fašistů), nedlouho poté však bylo rozhodnuto o připojení města k Itálii. Italská okupace trvala zhruba dva roky. Administrativně byl Šibenik připojen k Zadarské provincii (). V celé provincii vznikaly partyzánské oddíly, které působily záškodnické akce.