Während des Preußischen Städtekriegs (1454–1466) schloss sich Eylau dem Preußischen Bund an, der sich mit Polen gegen den Deutschen Orden gestellt hatte. 1457 verkauften böhmische Söldner wegen ihres ausstehenden Lohns Burg und Stadt an Polen. Polnische Truppen besetzten Eylau, die jedoch nach wenigen Monaten von den Einwohnern wieder vertrieben wurden. Im Zuge des Reiterkrieges wurde die Stadt erneut von königlichen Truppen besetzt, wurde aber nach wenigen Tagen vom Orden zurückerobert. Anschließend war Deutsch Eylau an verschiedene Gläubiger verpfändet. Im 16. Jahrhundert hatte Eylau 70 Bürger; es wurden Landwirtschaft, Fischfang, Schifffahrt und die üblichen Handwerke betrieben.