慶長5年（1600年）の関ヶ原の戦いにおいては縁戚の佐竹氏と共に中立。豊臣政権時代に西軍・石田三成と親密であった佐竹義宣の弟・岩城貞隆と婚姻を結ぶなどしていたため西軍寄りとみなされ、徳川家康によって改易された。しかし相馬利胤は幕閣に取り入ることで本領を安堵され、近世大名（中村藩主）として生き抜くことに成功した。対照的に常陸を追放され秋田に転封された佐竹氏とはその後も、養子を送りあうなど親密な関係を維持した。結果として、陸奥相馬氏は現在の浜通り夜ノ森以北を鎌倉開府から戊辰戦争終結に至るまで740年もの長期にわたって統治した。