Когда в феврале 1918 года постановлением ВЦИК был создан 1-й автобоевой отряд, Конопко был назначен его командиром. Под его непосредственным руководством проводились все операции отряда, в том числе охрана переезда правительства Ленина из Петрограда в Москву, охрана Московского Кремля, подавление Левоэсеровского мятежа в Москве. Конопко самостоятельно набирал личный состав в свой отряд. Под его руководством отряд успешно действовал на фронтах Гражданской войны и в разгроме басмаческих формирований в Средней Азии.