Dies währte jedoch nicht lange, da bereits 1601 die Brüder vor den herannahenden Truppen des Sir Henry Docwra, dem Gouverneur von Derry, fliehen mussten. Sowohl das Kloster als auch der Ort wurden besetzt, was Red Hugh O’Donnell veranlasste, sich von anderen Auseinandersetzungen des neunjährigen Krieges abzuwenden, um seinen Stammsitz wieder zu befreien. Während der Kämpfe wurde das Kloster ein weiteres Mal durch ein Feuer zerstört und noch bevor eine Wiedereinnahme gelang, zog O’Donnell nach Süden, als er von einer Landung der Spanier in Kinsale hörte, wo es kurze Zeit später zur Entscheidung kam. Sein Bruder Rory half den Brüdern beim Wiederaufbau des Klosters, der jedoch nach der Flucht der Grafen im Jahr 1607 nicht vollendet werden konnte. Die Brüder fanden Zuflucht in der Region, wahrscheinlich in Rosfriar, wo die Annalen der vier Meister zusammengestellt wurden. Einige Zeit später betreuten die Brüder Pilger auf Saints Island im Lough Derg. Weitere überlieferte Stationen waren Barnesmore und Killybegs. 1946 erfolgte die Neugründung des Konvents in Rossnowlagh.