Danach ging die Reise weiter mit einem Besuch beim von den Terroranschlägen am 11. September 2001 zerstörten World Trade Center („World Trade Center Site“), wo er niederkniete und für die Fanatiker, Extremisten, Terroristen und Terroropfer betete und das Gelände segnete. Anschließend zelebrierte er eine Messe im Yankee Stadium vor 65.000 Gläubigen. Er beendete den Besuch am 20. April 2008 und wurde von Vizepräsident Dick Cheney und der Senatorin von New York Hillary Clinton auf dem New Yorker JFK Flughafen verabschiedet.