Bij de Ierse opstand van 1641 kwam het kasteel in handen van de Ierse Katholieke Confederatie. Graaf Barnaby O'Brien leverde het kasteel in 1646 over aan de New Model Army van Oliver Cromwell, ter plaatse onder leiding van William Penn, en verdween discreet naar zijn bezittingen in Engeland. De Ierse Katholieke Confederatie nam het kasteel vervolgens na een beleg van twee maanden in. In 1651 werd het kasteel weer ingenomen door de Engelsen, die er een sterk garnizoen legerden.