Después de catorce años de beneficios, Midwest Express se vio afectada por serios problemas financieros después del ataque terrorista del 11 de septiembre de 2001. Para regresar a los beneficios, la aerolínea se vio en la necesidad de efectuar grandes cambios en sus servicios. Lo primero que hicieron fue, reconfigurar algunos aviones MD-80 en un nuevo «Servicio Saver», colocando asientos de tela en una configuración de 2 asientos a un lado y 3 al otro. El servicio Saver, redujo la anchura de sus asientos, pero continuó ofreciendo un amplio espacio para las piernas. Este servicio fue inicialmente ofrecido desde sus bases de Milwaukee y Kansas City a destinos grandes como Florida, Los Ángeles, Las Vegas, y Phoenix con aviones McDonnell Douglas MD-80. El Servicio Garantizado de la aerolínea también se vio afectado por las dificultades financieras. El acuerdo con la compañía de cáterin, encargada de proporcionar la comida que luego era cocinada a bordo, se rompió en 2002.