Эльпиника родилась на Херсонесе Фракийском. Дата её рождения неизвестна, но известно, что она была моложе Кимона. Отец Эльпиники и Кимона Мильтиад являлся тираном греческой колонии Херсонеса Фракийского. Во время Ионийского восстания он был обвинён в том, что помогал грекам, выступившим против власти персов. После подавления восстания Мильтиад, спасаясь от преследования, был вынужден бежать в Афины, вместе с отцом в Афины попали и его дети.