В 1868 году Рино получил звание майора и был переведён в 7-й Кавалерийский полк. В 1876 году участвовал в Великой войне сиу. После гибели командира Джорджа Армстронга Кастера в битве при Литтл-Бигхорн был обвинён в трусости и предстал перед военным трибуналом в феврале 1877 года. В январе 1879 года Рино повторно вызвали в суд по инициативе литератора Фредерика Уиттакера, который обратился в Конгресс США с просьбой продолжить судебное расследование. Суд длился почти месяц. 9 февраля все судебные действия по делу Рино были закрыты. Хотя Маркус Рино был оправдан, его репутация была безнадёжно испорчена. Впоследствии, он совершил несколько дисциплинарных нарушений и 1 апреля 1880 года был изгнан из армии.