Niki Lauda se je pred sezono 1986 upokojil, nadomestil ga je prvak iz sezone 1982, Keke Rosberg. Prost je uspešno ubranil naslov, kljub temu da se njegov dirkalnik ni mogel popolnoma meriti z Williamsom Nelsona Piqueta in Nigela Manslla. Do zadnjih dirk prvenstva, Velike nagrade Avstralije, se je zdelo, da Prost ne more višje od tretjega mesta v prvenstvu, za Mansllom in Piquetom. Mansell je na dirki vodil, toda pri veliki hitrosti mu je počila pnevmatika in dirke je bilo zanj konec. Williams je poklical svojega drugega dirkača Piqueta v bokse na preventivno menjavo pnevmatik, tako da je zmaga pripadla Prostu. Še ena nepozabna dirka za Prosta je bila Velika nagrada Nemčije, ko mu je na ciljni ravnini zadnjega kroga zmanjkalo goriva, ko je vozil na četrtem mestu. Namesto, da bi se zadovoljil z odstopom, je Prost na veliko odobravanje gledalcev poskušal poriniti dirkalnik čez ciljno črto. Toda ta je bila predaleč, tako da mu ni uspelo. Vseeno pa je dobil točko za šesto mesto, ker je sedmo uvrščeni dirkač zaostajal za krog.