A eleição de Juvénal Habyarimana como presidente em 1973 trouxe estabilidade à região, no entanto, seu assassinato, em 1994 e a instalação de um novo governo causaram outra onda de violência por hutus, durante a qual aproximadamente 1 milhão de tutsis foram massacrados e começaram as represálias: entre elas o assassinato de 17 estudantes étnicos hutus em uma escola católica perto de Butare em 1997. Mesmo após possíveis revelações de Nossa Senhora na década de 1980, de que o país se mergulharia em "rios de sangue". Durante os massacres, 20.000 tutsis foram assassinados apenas em Kibeho, e a população do vilarejo caiu de 58.000 para menos de 20.000. A porcentagem de católicos de Kibeho também caiu de 83% para 49%. As igrejas católicas eram abrigos e esconderijos comuns dos tutsis, que fugiam da morte na época.