После утверждения османской власти в Египте Александрийскую цитадель Кайт-бей, как Каирскую, Саладина и ряд других крепостей, продолжали использовать по назначению. С ослаблением Турции Цитадель Кайт-бей потеряла своё военное значение. В 1798 году, во время вторжения французских Наполеоновских войск, она стала для них лёгкой добычей.