Начиная с 414—413 годов до н. э. Конона несколько раз выбирали в стратеги. Заместив в 406 году до н. э. Алкивиада в командовании афинским флотом, Конон не мог с бывшими в его распоряжении 70 кораблями противостоять спартанскому полководцу Калликратиду, имевшему 170 триер, потерял половину флота и был заперт у Митилены, но победа афинян при Аргинусских островах освободила его.