ประเทศญี่ปุ่นมีภูเขาไฟที่ยังมีพลังอยู่ 108 ลูก ระหว่างคริสต์ศตวรรษที่ 20 มีภูเขาไฟใหม่เกิดขึ้นหลายลูก รวมทั้งโชวะ-ชินซันบนฮกไกโดและเมียวจิน-โชนอกหินบายองเนสในมหาสมุทรแปซิฟิก เกิดแผ่นดินไหวทำลายล้างซึ่งมักทำให้เกิดคลื่นสึนามิตามมาหลายครั้งทุกศตวรรษ แผ่นดินไหวครั้งใหญ่คันโต พ.ศ. 2466 ทำให้มีผู้เสียชีวิตกว่า 140,000 คน แผ่นดินไหวใหญ่ล่าสุด ได้แก่ แผ่นดินไหวใหญ่ฮันชิง พ.ศ. 2538 และแผ่นดินไหวในโทโฮะกุ พ.ศ. 2554 ซึ่งมีขนาด 9.1 และทำให้เกิดคลื่นสึนามิขนาดใหญ่ ดัชนีความเสี่ยงโลกปี พ.ศ. 2556 จัดให้ประเทศญี่ปุ่นมีความเสี่ยงภัยธรรมชาติสูงสุดอันดับที่ 15