Christoph Eimer debütierte 1996 in der Deutschen Hockeynationalmannschaft und gewann zu Beginn seiner internationalen Karriere den Titel bei der Halleneuropameisterschaft 1997. Ebenfalls 1997 siegte die deutsche Mannschaft bei der FIH Champions Trophy. 1998 folgte der dritte Platz bei der Weltmeisterschaft 1998 in Utrecht. 1999 siegte Eimer mit der deutschen Mannschaft sowohl bei der Hallenhockey-Europameisterschaft als auch bei der Feldhockey-Europameisterschaft. Nach einem zweiten Platz bei der Champions Trophy 2000 belegte die deutsche Mannschaft bei den Olympischen Spielen 2000 in Sydney den fünften Platz.