Các đảo có hàng trăm năm nằm dưới sự cai trị của đế chế Ottoman. Dodecanese là một phần của "Vilayet của quần đảo". Cư dân các đảo được cho phép giữ lại một số đặc quyền miễn là họ chấp thuận nằm dưới quyền cai trị của Ottoman. Bằng sắc lệnh của Suleiman, họ đã phải trả một loại thuế đặc biệt để phục hồi lại tình trạng tự trị đặc biệt theo đó cấm các tướng Ottoman can thiệp vào công việc dân sự hoặc ngược đãi cư dân. Các đảm bảo, cộng với vị trí chiến lược tại ngã tư các tuyến đường vận chuyển của tàu thuyền trên Địa Trung Hải, đã cho phép các đảo phát triển thịnh vượng. Mặc dù số cư dân Hy Lạp áp đảo (chỉ Rhodes và Kos là có các cộng đồng người Thổ) có mối thiện cảm hướng đến đất nước Hy Lạp sau khi nước này tuyên bố độc lập vào năm 1822, song cư dân các đảo đã không tham gia vào Chiến tranh giành độc lập Hy Lạp, tiếp tục duy trì tình trạng của một quần đảo bán tự trị của các thương gia Hy Lạp bên trong đế chế Ottoman. Thật vậy, thế kỷ 19 là một trong những thời kỳ thịnh vượng nhất của các đảo, và có một số biệt thự còn lại trên các đảo hiện nay đã được xây từ giai đoạn này.