Během druhé světové války byl areál budov zkonfiskován německou okupační správou, a tak opět začal sloužit jako vojenská ozdravovna pro příslušníky jednotek SS. Na konci druhé světové války v rámci pražského povstání byla část komplexu poničena dělostřeleckou palbou. Po ukončení druhé světové války sloužil areál nakrátko jako léčebna pro nemocné tuberkulózou, kteří se vrátili z koncentračních táborů. Zákonem ze dne 23. prosince 1946 došlo k vyvlastnění areálu budov a k jejich převodu do správy Ministerstva školství a osvěty s ohledem na záměr zřídit v areálu zdravotnické zařízení zaměřující se na péči o matky a jejich děti. Po rekonstrukci, která proběhla v roce 1948, byly budovy přiděleny III. gynekologicko-porodnické klinice prof. Jiřího Trapla a Kojenecké klinice.