Während der Ferienzeit lebte Clutton-Brock in Chastleton House in den Cotswolds. Dieses Haus von 1603 hatte ihr Vater im Jahr 1955 geerbt. Es wurde 1991 durch Alans zweite Frau Barbara an den National Trust verkauft. 1958 heiratete Clutton-Brock Peter Jewell, einen Physiologen und Agrarwissenschaftler, der das Interesse für Archäozoologie teilte. Zusammen mit ihren drei Töchtern Sarah, Rebecca und Topsy zog das Paar 1966 nach Westafrika, als Jewell an die University of Nigeria in Nsukka berufen wurde. Allerdings musste die Familie 1967 über den Niger fliehen, um sich vor dem Biafra-Bürgerkrieg in Sicherheit zu bringen. Neben zahlreichen persönlichen Dingen verlor sie ihre Datenkarten von der Ausgrabungsstätte Jericho.