I maj 1847 vendte Harbou tilbage til Danmark, beriget med større krigserfaring, end der da var sædvanlig her hjemme, og han afventede nu i Altona kongens nærmere bestemmelse om hans fremtidige anvendelse. Herved blev han vidne til oprørsbevægelsen i hertugdømmerne, og da oprøret var udbrudt, rejste han til København for at afgive beretning om tilstanden derovre. Han meldte sig 23. marts i Krigsministeriet, som modtog ham med åbne arme, og han udnævntes straks til krigsministerens, oberst A.F. Tschernings, adjudant, idet han genindsattes på sin tidligere plads i Hæren. Han kom nu til at spille en betydelig rolle, dels i selve Krigsministeriet, hvor han i ministerens øjeblikkelige fraværelse kunne ekspedere selv meget vigtige sager «efter Befaling», dels ved forskellige sendelser såvel til den aktive hær som til udlandet. I maj sendtes han således som krigsministerens befuldmægtigede til overkommandoen for at standse hærens påtænkte fremrykning fra Fyn over Als i Sundeved, men bemyndigede derefter på eget ansvar general Hans Hedemann til at rykke så langt frem, som det var nødvendigt, for at indtage en passende forpoststilling til sikring for Als. Fægtningen ved Nybøl blev heraf følgen. I juli samme år forfremmedes Harbou til major. Ved Tschernings afgang stilledes han til overkommandoens rådighed, ansattes derefter ved 13. bataljon, men erholdt i 1849 kommandoen over 12. lette bataljon, som han førte under slaget ved Kolding, ved hvilken lejlighed han blev hårdt såret. Det følgende år overtog han kommandoen over 9. bataljon og såredes atter hårdt 24. juli ved Helligbæk. 1848 blev han Ridder af Dannebrog og 1850 Dannebrogsmand.