Der heutige Flughafen hat seine Wurzeln im "Aeródromo de Garrapinillos", das aus zwei jeweils zirka ein Quadratkilometer großen und vier Kilometer auseinanderliegenden Fluggeländen, Sanjurjo und Valenzuela, bestand. Ersteres war das näher zum Stadtzentrum Saragossas gelegene Flugfeld. Es wurde in der ersten Phase des Spanischen Bürgerkrieges eröffnet. Teile der deutschen "Jagdstaffel" flogen bereits im Oktober 1936, noch vor der Aufstellung der eigentlichen Legion Condor Einsätze von Saragossa. Die Nationalspanier und ihre Verbündeten nutzten die Plätze ab Oktober 1937 zunächst als Basis von He-51 Jagdflugzeugen und ab Ende 1937 auch von He-111 Bombern der "Kampfgruppe 88". Letztere nutzte vorwiegend Sanjurjo als Haupteinsatzplatz, während die nationalspanischen und auch die italienischen Fliegereinheiten vorwiegend von Valenzuela aus operierten. Nach der Schlacht von Teruel kamen die Fliegerkräfte bei der Aragonoffensive, dem weiteren Vormarsch der Franco-Truppen Richtung Levante, der Ebroschlacht und den abschließenden Kämpfen in Katalonien zum Einsatz.