Eto'o sebahagian daripada skuad Cameroon yang menjuarai Piala Negara-Negara Afrika 2000 dan 2002. Beliau juga membantu skuad Cameroon melangkah ke perlawanan akhir tetapi sebagai naib juara ketika Piala Konfederasi FIFA 2003. Cameroon tersingkir pada peringkat suku akhir Piala Negara-Negara Afrika 2006 selepas tendangan penalti Eto'o tersasar dan Ivory Coast menang 12-11 melalui penalti selepas seri 1-1. Namun, Eto'o tetap menjadi penjaring terbanyak kejohana ndengan menjaringkan lima gol. Beliau terlepas latihan bersama rakan sepasukan sebelum perlawanan suku akhir apabila beliau perlu menghadiri anugerah Pemain Terbaik Afrika CAF di Togo.