Im Jahre 1982 marschierte Israel in den Libanon ein. Hobeika wurde zum Verbindungsoffizier zwischen den Forces Libanaises und ihren israelischen Verbündeten ernannt. Am 15. September besetzte die israelische Armee West-Beirut. Unter ihrem Schutz drang die Phalange-Miliz in die palästinensischen Flüchtlingslager Sabra und Shatila ein, angeblich, um Kämpfer der PLO zu entfernen. Während der folgenden drei Tage ermordete die Phalange unter dem direkten Kommando von Hobeika wahllos mehrere hundert Einwohner des Lagers (Massaker von Sabra und Schatila).