События Техасской войны за независимость 1835—1836 годов мало затронули Эль-Пасо. Доля белых не превышала 10 % от численности населения, а большая часть индейцев и метисов равнодушно относились что к претензиям Республики Техас на владение городом, что к попыткам Мексики оставить его за собой. С заключения Веласкских договоров вплоть до аннексии Техаса Соединёнными Штатами в городе действовали две администрации (мексиканская и техасская), в основном игнорировавшие друг друга, при этом мексиканская мэрия занималась проблемами индейцев и метисов, а техасская — белых (число которых возрастало по мере прибытия иммигрантов). Договор Гвадалупе-Идальго провёл границу между Мексикой и США прямо посреди города, разделив его на мексиканский Сьюдад-Хуарес и собственно Эль-Пасо (США).