Τον Απρίλιο του 1941, ύστερα από βομβαρδισμό (στις 25 Απριλίου, που όμως δεν είχε θύματα ή ζημιές), οι Γερμανοί καταλαμβάνουν την πόλη και την παραδίδουν στους Ιταλούς, μέχρι τον Ιούλιο του 1943 που η πόλη περνά υπό Γερμανική κατοχή. Στα χρόνια της κατοχής από τους Ιταλούς και Γερμανούς κατά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, η πόλη και η γύρω περιοχή δοκιμάστηκε άσχημα και υπήρξαν καταστροφές (κάψιμο χωριών, εκτελέσεις) σε γειτονικά χωριά (Αγία Ευθυμία, Βουνιχώρα, Σεγδίτσα κλπ.). Από την άλλη, στα γύρω βουνά (Γκιώνα και Παρνασσό) έδρασε οργανωμένο αντάρτικο, το οποίο είχε και νικηφόρες μάχες εναντίον των κατακτητών (Ρεκά, Καρούτες). Τον Οκτώβριο του 1943, οι Γερμανοί αναγκάζονται να αποχωρήσουν από την πόλη και στην συνέχεια και τη γενικότερη περιοχή, που θα παραμείνει ελεύθερη μέχρι τον Φεβρουάριο του 1944, όταν και οι Γερμανοί επανέρχονται. Η οριστική αποχώρηση των Γερμανών από την πόλη, θα γίνει στις 15 Οκτωβρίου του 1944. Η πόλη, επίσης, δοκιμάστηκε και στον Εμφύλιο πόλεμο με πολλές απώλειες για τους κατοίκους της.