Не имея надежд на наследство, Джон планировал сделать церковную карьеру, однако всё изменила начавшаяся в 1455 году гражданская война, известная как "Войны Алой и Белой розы". Семья Куртене в этом конфликте поддержала Ланкастеров. Йоркисты в 1461 году заняли Лондон и провозгласили королём Эдуарда Марчского; созванный этим монархом парламент объявил ряд лордов, сражавшихся на стороне Ланкастеров, предателями, и в их числе оказались Куртене. После поражения при Таутоне в марте 1461 года Томас Куртене (на тот момент 14-й граф Девон) был обезглавлен. Второй брат, Генри, тоже оказался в плену и был казнён в 1466 году. Поскольку оба не оставили потомства, семейные владения и титулы должны были перейти к Джону, но всё это было конфисковано йоркистским правительством.