Bu sefer IX. Mihail'in oğlu olan III. Andronikos'un beğenilmeyen hayatı yüzünden imparatorluk ailesi birbirine girerek iç sorunlar ortaya çıkmıştır. 12 Ekim 1320'de oğlu ve ortak imparator IX. Mihail'in genç oğlu Manuel'in kaza ile ağabeyi olan III. Andronikos'un hizmetkarları tarafından katledilmesine gösterdiği üzüntü ve yas sonucu ölmüştür. Bunun üzerine İmparator II. Andronikos torununu varis olarak tanımadığını ilan etmiştir. Bu durum aralıklı olarak şiddet kazanan ve 1328'e kadar süren bir iç savaşa neden olmuştur. İç savaştan faydalanan Bulgar Çarı III. Mihail Asen orduları ile II. Andronikos'u yakalamak için Bizans topraklarına girmiştir. 1328'de III. Andronikos askerî başarı kazanarak bir fatih gibi Konstantinopolis'e girmiştir. 23 Mayıs 1328'de II. Andronikos tahtından torunu olan III. Andronikos lehinde zorla feragat ettirilmiştir. Tahttan ayrıldıktan sonra bir manastıra keşiş olarak kapatılmış, 13 Şubat 1332'de o manastırda ölmüştür.