Pero tres días antes, el pueblo de Madrid se levantó contra la ocupación francesa, dando inicio a la guerra de independencia española. La cual, con la sola excepción de la batalla de Bailén, fue una sucesión de desastres para los españoles; no obstante, la firmeza de éstos en la defensa y la enorme participación popular forzaron a Napoleón a enviar sucesivos ejércitos sobre España, que tardaron más de un año y medio en conquistarla. Mientras tanto, el gobierno pasó primeramente a varias juntas de gobierno locales; una de ellas, la de Sevilla, se arrogó el título de Junta Suprema de España e Indias. No tenía ningún título para ello, pero sirvió para aglutinar las diversas juntas en una Junta Suprema Central, que se reunió por primera vez en septiembre de 1808.