In 1799 had hij het bevel over de "Leyden", een linieschip van 64 stukken. Het schip maakte deel uit van een eskader bij Texel dat een troepenmacht van 5000 man onder commando van generaal Daendels naar Java zou escorteren. Een andere Oranjegezinde zeeofficier die bij het uitroepen van de Bataafse Republiek in 1795 de vloot had verlaten, Carel Hendrik Ver Huell, nam contact op met Van Braam en een andere kapitein, Theodorus Frederik van Capellen. Ver Huell stelde voor dat ze een muiterij zouden organiseren aan boord van de schepen van het eskader. Tegelijkertijd viel een Brits-Russische troepenmacht Noord-Holland binnen (zie verder Brits-Russische expeditie naar Noord-Holland).