Aufgrund ihrer Lage waren die beiden Städte von nahezu allen Kriegen betroffen, die sich in den folgenden Jahrhunderten im griechisch-kleinasiatischen Raum abspielten. Während des Ionischen Aufstands wurden beide Städte von den Persern belagert und eingenommen, woraufhin Teile der Bevölkerung auf andere griechische Schwarzmeerkolonien wie Mesembria auswichen. Nach den erfolglosen Feldzügen der Perser gegen Griechenland wurde Byzantion oligarchisch. 478 v. Chr. wurde es vom Spartaner Pausanias eingenommen. Dieser herrschte dort zwei Jahre, wurde dann aber von der Bevölkerung vertrieben. Seit 476 v. Chr. hatte Byzantion eine Demokratie als Regierungsform.