В 2014 году в составе сборной Португалии до 21 года Фернандеш сыграл на Турнире в Тулоне. В 2016 году Бруну в составе олимпийской сборной Португалии принял участие в Олимпийских играх в Рио-де-Жанейро. На турнире он сыграл в матчах против команд Аргентины, Гондураса и Германии.