Südkorea musste erst in der zweiten Runde eingreifen und traf dabei in der als Gruppenphase ausgetragenen Runde auf Kuwait, Laos, den Libanon und Myanmar. Südkorea konnte alle acht daraus entstandenen Begegnungen gewinnen und blieb dabei ohne Gegentor und erzielte in jedem Spiel mindestens ein Tor. Dabei wurde ein Spiel gegen Kuwait von der FIFA am grünen Tisch als 3:0-Sieg für Südkorea gewertet nachdem die FIFA Kuwait am 6. April 2016 suspendiert hatte. Als Gruppensieger qualifizierte sich Südkorea mit 13 Punkten Vorsprung für die dritte Runde, die wieder als Gruppenphase stattfand. Hier trafen die Südkoreaner auf den Iran, Katar, Syrien, Usbekistan und die Volksrepublik China. In dieser Runde lief es nicht so gut, von zehn Spielen konnte Südkorea nur vier gewinnen, verlor drei Spiele und spielte dreimal remis. Dabei erzielten sie fünfmal kein Tor. Nach einer 2:3-Niederlage in Katar am drittletzten Spieltag wurde Trainer Uli Stielike entlassen, der die Mannschaft nach der WM 2014 übernommen und sie 2015 bis ins Finale der Asienmeisterschaft geführt hatte. Unter seinem Nachfolger Shin Tae-yong verliefen die beiden letzten Spiele gegen die bereits qualifizierten Iraner und Usbekistan, einen der direkten Konkurrenten um den zweiten Platz torlos. Damit sicherte sich Südkorea den zweiten Platz hinter dem Iran und qualifizierte sich für die WM-Endrunde.