Mequinenza revient à être un lieu d'importance pendant les guerres carlistes et plus tard dans la guerre des Matiners. Au cours de la dernière Guerre Civile (1936-1939), la commune a été le théâtre de combats de la bataille de l'Ebre, entre juin et novembre du 1938, surtout aux Auts. En conséquence, le pont a été détruit et n'a pas été reconstruit jusqu'aux années 1950.