Как председатель ВЦИК и член Оргбюро ЦК РКП(б), был одним из организаторов разгона Учредительного собрания, расказачивания, Красного террора. Приветствовал расстрел последнего российского императора Николая II и его семьи; рядом современных историков рассматривается (наряду с В. И. Лениным) как один из руководителей большевистского правительства, давших санкцию на осуществление этого.