Dortmund'da bazen orta saha, bazen defansta görev yaptı. Oynadığı oyun, mücadeleci yapısı ile takımın liderlerinden biri oldu. Dortmund 1994-95 ve 1995-96 sezonlarında şampiyon olurken Sammer de yılın futbolcusu ödüllerini kazandı. Ayrıca 1996 yılında Avrupa'da Yılın Futbolcusu Ödülü'nü de kazanarak en büyük başarılarından birini elde etti. 1996-97 sezonunda UEFA Şampiyonlar Ligi şampiyonluğunu da kazanarak başarılarının arasına birini daha ekledi. 1997 yılında Kıtalararası Kupa'yı da kazandı. 1997-98 sezonu sonunda futbolu bıraktı.