En 1829 fue nombrado ayudante de campo del presidente José de La Mar, acompañándolo durante la guerra contra la Gran Colombia. Asistió a las acciones de Saraguro (13 de febrero) y Portete de Tarqui (27 de febrero). Destacado al cuartel general de Piura, fue hecho prisionero al ser derrocado La Mar. Liberado, permaneció en Piura y se hizo notar como partidario del depuesto mandatario; luego viajó a Lima, decidido a apartarse de la política, pero el presidente Gamarra le ofreció la subprefectura y la comandancia militar de Tacna en 1831. Salaverry aceptó y partió a Tacna, donde se casó con doña Juana Pérez.