Mit einer der letzten Einheiten der Unabhängigkeitsarmee erreichte er im Oktober 1823 Lima. Dies war der Beginn seiner Teilnahme am Unabhängigkeitskrieg Perus. Aufgrund einer bis dato ungewöhnlichen Kampftaktik, persönlichen Muts und seiner hervorragend ausgebildeten Schwadron trug „Otón Felipe“ Braun erheblich zum Sieg in der Schlacht von Junín bei. Anschließend wurde Braun nicht nur befördert, sondern etablierte sich kontinuierlich im Führungskreis um Simón Bolívar und Antonio José de Sucre. In der Schlacht bei Ayacucho zeichnete sich Braun erneut aus.