רפובליקת מלטה השתתפה לראשונה במשחקים הפאראלימפיים באולימפיאדת הנכים רומא (1960), כששלחה משלחת של ארבעה ספורטאים שהתחרו באתלטיקה, בסנוקר ובטניס שולחן. זו הייתה גם האולימפיאדה הפורה ביותר של מלטה, כשכל אחד מהספורטאים שלה זכה במדליה: 2 מדליות כסף ו-2 מדליות ארד. עד לשנת 1984 השתתפה מלטה בכל אולימפיאדה, פרט לאולימפיאדת הנכים טורונטו (1976). באולימפיאדת הנכים טוקיו (1964) זכתה מלטה בשתי מדליות ארד, ובאולימפיאדת הנכים ארנהם (1980) היא זכתה באחת נוספת. ב-5 התחרויות לאחר שנת 1984 מלטה לא לקחה חלק, ובאולימפיאדת הנכים בייג'ינג (2008) היא חזרה להשתתף.