Eine kurze Phase der Entstalinisierung führte im Sommer 1956 zur vorzeitigen Entlassung von 25.000 Häftlingen, darunter zahlreiche politische Gefangene. Auch die bis dahin gängige Folterpraxis stand intern zur Diskussion. Doch bereits nach dem Volksaufstand in Ungarn 1956 folgte eine weitere Welle der Repression, der mit Wolfgang Harich und Walter Janka auch prominente Kommunisten zum Opfer fielen. Auch Wollweber geriet in offenen Konflikt mit Walter Ulbricht. Auf dessen Anordnung wurde Wollweber 1957 durch seinen Stellvertreter Mielke ersetzt. Dieser leitete das MfS bis zum 7. November 1989, dem Tag des Rücktritts des Ministerrats der DDR zur Wende.