Mikuláš Pálffy se podle vzoru a příkladu svého otce zúčastnil protitureckých bojů na slovenském území. Byl nejvýznamnějším velitelem v 15leté válce proti Turecku. V roce 1593 se zúčastnil bojů u Pákozdu a přispěl k vítězství císařských vojsk, byl při obléhání Stoličného Bělehradu, dobyl několik pohraničních hradů a pevnosti (Fiľakovo, Divín, Modrý Kámen, Szécsény, Drégelypalánk, v roce 1594 Novohrad, 1595 Štúrovo, 1596 Vác, 1598 Ráb, Tata, Veszprém, Palota, Nagyvászony, 1599 bojoval u Stoličného Bělehradu, Budína a Pešti).