Rond 1525 kreeg de Reformatie vaste voet in Dorpat. Op 10 januari 1525 werd de Domkerk ernstig beschadigd door een protestantse beeldenstorm, waarna ze steeds verder in verval raakte. Toen de laatste Rooms-katholieke bisschop van Dorpat, Hermann Wesel (bisschop van 1554 tot 1558; overleden in 1563), tijdens de Lijflandse Oorlog (1558–1583) was gedeporteerd naar Rusland, gaf de katholieke kerk de Dom op. Toen de stad in 1582 in Poolse handen viel, maakten de nieuwe katholieke heersers plannen om de Domkerk te herbouwen, maar door de Pools-Zweedse Oorlog van 1600 tot 1611 kwam daarvan niets terecht. In 1624 werd de toch al slechte toestand van de kerk nog eens verergerd door een brand.