Alimentate de tensiunile interetnice, au izbucnit războaiele iugoslave (1991-2001), cele mai grave conflicte având loc în Croația și Bosnia, unde marile comunități etnice sârbești s-au opus independenței față de Iugoslavia. RFI a rămas în afara conflictelor, dar a oferit sprijin logistic, militar și financiar forțelor sârbești în timpul războaielor. Ca răspuns, ONU a impus împotriva Serbiei, ceea ce a dus la izolare politică și la prăbușirea economiei (PIB-ul a scăzut de la 24 miliarde dolari în 1990 la sub 10 miliarde dolari în 1993).