1999 utbröt det Andra Tjetjenienkriget. RNE backade ivrigt upp kriget och ska ha försvarat officerare som anklagades för folkrättsförbrytelser. Samma år nådde RNE sin hittills högsta popularitet, med över 100 000 aktiva medlemmar. Moskvas borgmästare Jurij Luzjkov lät då stänga RNE:s partihögkvarter, stoppa genomförandet av det andra riksmötet i staden och förbjuda organisationen att verka i Moskva, något som myndigheter gjort främst mot våldsamma extremistgrupper vilket de antagligen då räknade RNE som.