Na het uitroepen van de Indonesische onafhankelijkheid op 17 augustus bleef Maramis politiek betrokken. Tijdens de Indonesische Onafhankelijkheidsoorlog had hij tweemaal de post van minister van financiën, eerst in het Kabinet Presidensial (1945) en later achtereenvolgens in de kabinetten Amir Sjarifoeddin I en II en Hatta I (1947-1949). Daarnaast was hij minister van buitenlandse zaken in het noodkabinet tijdens de gevangenschap van president Soekarno en vicepresident/minister-president Mohammed Hatta.