А вже 16 листопада 2004 року 21-річний нападник дебютував у складі національної збірної Хорватії у товариській зустрічі з командою Ірландії. У 2005 році провів лише дві товариські зустрічі у складі збірної, в 2006 також нерегулярно одягав форму національної команди і не був включений до складу команди для участі у чемпіонаті світу 2006 року. Стабільно почав запрошуватися до лав збірної восени 2006 року вже новим тренером хорватів Славеном Біличем, який очолив збірну перед початком кваліфікаційного раунду до чемпіонату Європи 2008. Едуардо став одним із героїв цього тріумфального для хорватської збірної кваліфікаційного турніру. Збірна Хорватії здобула 9 перемог та 2 нічиї у 12 іграх своєї групи та зайняла перше місце, обійшовши збірні Росії та Англії. У цих 12 матчах Едуардо відзначився 10 забитими голами, у тому числі хет-триком у грі проти збірної Ізраїлю, в якій хорвати перемогли з рахунком 4:3.