À l'issue de la saison 2005-2006, les Bianconeri sont englués dans une sombre histoire de corruption d’arbitres et risquent une rétrogradation administrative. Malgré le risque de relégation, Deschamps signe chez la Vieille Dame le 10 juillet 2006. Finalement, non seulement la Juve est condamnée à la Serie B, mais subit aussi une pénalité de 17 points au classement (ramenée à 9 en octobre). En seconde division, le Basque peut s’appuyer sur un noyau dur des stars turinoises ayant fait le choix de rester (Buffon, Camoranesi, Trezeguet, Nedved, Del Piero). Malgré la sanction, le technicien français conduit le club piémontais vers la remontée immédiate au sein de l’élite italienne. Les « tifosi » sont estomaqués par la discipline imposée et sa volonté de redorer le blason d’un club qui, durant de longs mois, a pataugé dans les eaux troubles du scandale. Il parvient à ce que le sportif reprenne enfin le dessus.