Ekonomický boom Prištiny přerušily nepokoje v roce 1981 a následná hospodářská krize v 80. letech. Situace pokračovala i v 90. letech, kdy byla fakticky omezena kosovská autonomie. Uplatněna byla přímá správa srbských úřadů. Během Bombardování Jugoslávie v roce 1999 bylo v Prištině zasaženo několik strategických objektů, mezi které patřilo např. Letiště Slatina (které nicméně utrpělo jako převážně podzemní základna jen malé škody), dále místní kasárna, policejní stanice, budova pošty a další. Po skončení konfliktu Prištinu opustilo několik desítek tisíc místních Srbů. Po roce 1999 bylo Kosovo centrem správy UNMIK OSN.