Ο Υψηλάντης το Σεπτέμβριο και τον Οκτώβριο του 1821 προέβη σε πρωτοβουλίες σχετικές με τη συγκρότηση Εθνικής Συνέλευσης. Ο Υψηλάντης, με μόνη συμπαράσταση τους στρατιωτικούς, τελικά δέχθηκε να γίνει Πρόεδρος της Πελοποννησιακής Γερουσίας. Στις 11 Δεκεμβρίου έφυγε για την πολιορκία της Κορίνθου. Στα πλαίσια της Α΄ Εθνοσυνέλευσης, εξελέγη πρόεδρος του Βουλευτικού Σώματος. Αν και τυπικώς ισότιμο το αξίωμά του με του προέδρου του Εκτελεστικού (Μαυροκορδάτος), ο Υψηλάντης δεν υφίστατο πλέον πολιτικώς.