Am 30. Mai 2004 brach er von Kingston, der jamaikanischen Hauptstadt, zusammen mit seiner Frau und seinen zwei Töchtern ins Exil nach Südafrika auf. Dort wurde er am 31. Mai von Präsident Thabo Mbeki begrüßt. Nach eigenen Angaben wollte er sich nur vorübergehend in Südafrika aufhalten, bis sich die Lage in Haiti wieder beruhigt habe. Er sieht sich weiterhin als rechtmäßiger Präsident des Landes. Nach dem schweren Erdbeben in Haiti kündigte Aristide 2010 aus seinem südafrikanischen Exil an, wieder in sein Heimatland zurückzukehren, um zu „helfen, das Land wieder aufzubauen“. Er traf am 17. März 2011 in Port-au-Prince ein und somit zwei Monate nach seinem Amtsvorgänger Jean-Claude Duvalier, der mit derselben Begründung seine Heimat wieder aufgesucht hat.