La conquête musulmane de tout le Proche-Orient y a probablement amené un déclin irréversible du judaïsme hellénistique, seul le rabbinique, qui suit désormais le Talmud de Babylone, continuant son existence chez les juifs de culture arabe, qui ont le statut de "dhimmis" (« protégés ») au même titre que les chrétiens orientaux. Lorsque les croisés, en 1099, entrent dans Jérusalem, ils y massacrent indistinctement, malgré leurs promesses de clémence, les habitants tant musulmans que juifs et chrétiens. S’il restait alors quelques juifs hellénistiques hors de l’Empire byzantin, cet épisode marqua leur fin.