Der Biathlon-Weltcup 1998/99 war eine Wettkampfserie im Biathlon, die aus jeweils 23 Einzel- und 6 Staffelrennen für Männer und Frauen bestand und an neun Veranstaltungsorten ausgetragen wurde. Neben den acht Weltcupveranstaltungen in Hochfilzen, Osrblie, Oberhof, Ruhpolding, Antholz, Lake Placid, Valcartier und Oslo (Holmenkollen) gingen auch die im finnischen Kontiolahti ausgetragenen Biathlon-Weltmeisterschaften in die Weltcupwertung ein. Während der Saison nahmen Athleten aus 31 Nationalverbänden an Weltcupveranstaltungen teil, alle bei den Männern und 24 bei den Frauen. Den Gesamtweltcup bei den Männern gewann Sven Fischer vor Ole Einar Bjørndalen und Frank Luck, bei den Frauen Magdalena Forsberg vor Alena Subrylawa und Uschi Disl. Die Nationenwertung gewann bei den Männern Deutschland vor Norwegen während sich bei den Frauen Deutschland vor Russland platzieren konnte.