Первоначально Вилли был 24 февраля похоронен на кладбище Оак-Хилл в Вашингтоне. После убийства Авраама Линкольна в 1865 году тело его сына было эксгумировано и помещено в катафалк его отца, отправленный в город Спрингфилд в Иллинойсе, на родину убитого президента, на кладбище Оак-Ридж, а перед этим — в похоронную процессию через все Соединённые Штаты. Из семи тысяч долларов, выделенных правительством на похороны Авраама Линкольна, десять долларов было выделено на эксгумацию тела его сына — именно такую сумму запросил согласившийся сделать это гробовщик. 19 сентября 1871 года, когда умер его брат Тэд, останки Вилли перенесли в семейный склеп там же.