במהלך עשור זה קיים הארגון מלחמת גרילה נגד שלטונו של מילטון אובוטה, ובשנת 1986 הארגון הצליח להדיח מהשלטון את טיטו אוקלו לאחר 5 שנים של מלחמה עקובה מדם. לאחר הבחירות הנשיאותיות ב-1996, אשר נתפסו כמתן לגיטימציה לשלטונו של מוסווני, שינה הארגון את שמו ל"כוח ההגנה העממי של אוגנדה".