Arafat war seit dem 17. Juli 1990 mit Suha at-Tawil, mit der er eine Tochter, Zahwa (* 24. Juli 1995 in Neuilly-sur-Seine), hat, verheiratet. Ab dem Beginn der zweiten Intifada, also ab 2001, lebten Frau und Tochter in Paris und Tunis. 2007 zog Suha nach Malta.