উগান্ডা-তানজানিয়া যুদ্ধের পরে আমিনের রাজত্ব ১৯৭৯ সালে শেষ হয়েছিল। এই যুদ্ধে তানজানিয়ার সেনাবাহিনী উগান্ডার নির্বাসিতদের সহায়তায় উগান্ডা আক্রমণ করেছিল। এর ফলে ওবোতের প্রত্যাবর্তন ঘটে, যিনি ১৯৮৫ সালে জেনারেল টিটো ওকেলো দ্বারা আবার পদচ্যুত হন। ওকেলো পদচ্যুত হওয়ার আগে পর্যন্ত ছয় মাস শাসন করেছিলেন। উগান্ডার গেরিলা যুদ্ধের পরে তিনি পদচ্যুত হয়েছিল। ইয়োভেরি মুসেভেনি এবং বিভিন্ন বিদ্রোহী গোষ্ঠী যেমন অ্যান্ড্রু কায়িরার ফেডারেল গণতান্ত্রিক আন্দোলন এবং জন কোয়াঙ্গার অন্য একটি দলের নেতৃত্বে পরিচালিত হয়ে জাতীয় প্রতিরোধ সেনা (এনআরএ), লড়াই করেছিল। গেরিলা যুদ্ধের সময় সেনাবাহিনী অ-যোদ্ধাদের ওপর গণহত্যা চালিয়েছিল।