En la temporada 1998-99, regresó al Porto en condición de cedido por el Barcelona. Desde entonces, su dorsal fue el 99, año de su regreso, después de hablarlo con el presidente del Porto Jorge Nuno Pinto da Costa. Desde ese año conquistó una gran cantidad títulos nacionales, a nivel internacional logró la Copa de la UEFA 2002-03, la Liga de Campeones 2003-04 y la Copa Intercontinental 2004.