Původní klášterní kostel byl postaven v románském slohu zřejmě na počátku 13. století v místě pozdější kvadratury, která využila některých zdí tohoto chrámu. Zdivo původního kostela z pravidelných kamenných kvádrů, jak objevil výzkum z let 1990–1993, je tedy dochováno v západní (průčelí baziliky se zbytky štítu, armováním, stopami portálu a malým oknem) a severní (zeď boční lodě kostela se zachovaným portálkem na tribunu) obvodní zdi křížové chodby a v severní zdi kaple svatého Jana Křtitele/kapitulní síně (severní stěna kněžiště). Jednalo se tedy zřejmě o bazilikální trojlodí s tribunami sester nad bočními loděmi; na střední loď navazoval chór uzavřený apsidou, boční lodě byly zakončeny hranolovými věžemi, z nichž severní se dochovala až do 30. let 19. století. Na místě tohoto chrámu byla v průběhu druhé poloviny 14. století postavena gotická křížová chodba kláštera.