Позже Мария Луиза и её семья были вынуждены покинуть Флоренцию 27 апреля 1859 года, когда началась революция, вдохновлённая Австро-итало-французской войной в рамках Рисорджименто. Семья нашла убежище в Австрии. В конце войны её отец Леопольд II отрёкся от престола, и её брат Фердинанд стал великим герцогом.