Der Name der Stadt wird Thomas Brown zugeschrieben. Vorher war sie unter den Namen "Bedbug" und "Freezeout" von Goldsuchern während der Zeit des Kalifornischen Goldrauschs (California Gold Rush) bekannt. Zu dieser Zeit war die Stadt ein Umschlagplatz für verschiedene Güter. Da in der Nähe Gold gefunden wurde, wuchs die Stadt schnell. Es wurde auch eine Bahnstation angelegt. Zwischen 1890 und 1894 wurde die Preston School of Industry, besser bekannt als „Preston Castle“, gebaut und zeitweise als Rehabilitationsschule für straffällige Jugendliche genutzt. Momentan werden daran Renovierungsarbeiten durchgeführt. Der berühmte Jazz-Pianist Dave Brubeck lebte im Jahre 1998 in Ione und widmete dem Preston Castle ein Video mit dem Titel "A Castle's Song", dessen Erlös für die Restaurierung verwendet wird.