En 1645, Leslie fue enviado de vuelta a Escocia para luchar contra los realistas durante la Guerra Civil Escocesa . Derrotó a la principal fuerza realista que estaba mandada por James Graham, marqués de Montrose en la batalla de Philiphaugh (septiembre de 1645) y fue recompensado por el comité de propiedades con un regalo de 50,000 merks y una cadena de oro; pero su victoria se vio empañada por la carnicería de los irlandeses capturados —hombres, mujeres y niños— a quienes se les había dado cuartel. Luego fue declarado teniente general de las fuerzas y, además de su paga como coronel, se le concedió una pensión. Uno de los capturados en Philiphaugh fue su antiguo oficial al mando, Alexander Leslie de Auchintoul, al que salvó personalmente de ser ejecutado. Auchintoul fue desterrado de por vida, lo que llevó de regreso a Rusia.