Mikołaj Zebrzydowski joue encore un rôle mineur dans la politique polonaise. Il ne participe pas à la guerre polono-moscovite (1605-1618), se contentant d'envoyer quelques centaines de soldats pour garder la frontière avec la Transylvanie pour prévenir une éventuelle invasion de Gabriel Báthory. Il apparaît encore à la Diète en 1613 et 1615, soutenant publiquement le roi. Après la mort de sa femme, il se retire peu à peu au monastère de Kalwaria Zebrzydowska dont il avait financé la construction en 1602.