Vuonna 1900 Sofoúlis siirtyi politiikkaan tavoitteenaan Sámoksen liittäminen osaksi Kreikan kuningaskuntaa. Vuonna 1902 hänestä tuli Sámoksen ruhtinaskunnan parlamentin puhemies. Vuonna 1908 hän joutui siirtymään tilanteen kiristyttyä Kreikkaan ollessaan julkisesti vankka Kreikkaan liittymisen kannattaja. Tilanne ratkesi osana Ensimmäistä Balkanin sotaa, jonka kuluessa kreikkalaiset julistivat saaren Kreikkaan liitetyksi ja tilanne vahvistettiin osana Lontoon rauhansopimusta toukokuussa 1913. Sofoúlis itse toimi Sámoksen hallinnon johtajana huhtikuuhun 1914 asti.