Raggiunse l'apice della fama e influenza sotto il prete Tenkai e fu patrocinato dai primi tre shōguns Tokugawa: Ieyasu, Hidetada e Iemitsu. Tale fu l'influenza di Tenkai che, quando il Kita-in venne distrutto da un altro incendio nel 1638, Iemitsu trasferì alcuni edifici del castello di Edo al Kita-in. Poiché il castello venne distrutto dall'incendio causato dal grande terremoto del Kantō nel 1923, il Kita-in contiene le sole strutture rimanenti del castello di Edo originale. Queste strutture comprendono le sale di ricevimento, studio, la cucina, gabinetto e il bagno usati da Iemitsu, nonché la stanza in cui si pensa che sia nato. Contiene anche la stanza di vestizione usata dalla sua balia, Kasuga no Tsubone, che divenne la signora del palazzo interno del castello di Edo. Fu in questo periodo che il Kita-in rimpiazzò il Naka-in come più influente dei tre tempi. Nello stesso periodo il carattere cinese nel suo nome fu rimpiazzato con quello corrente, per significare "grande felicità". Il tempio fu anche patrocinato dal "daimyō" del Dominio di Kawagoe.