בספטמבר 2001 התמנה לממונה על ביקורת מערכת הביטחון וארגוני הביטחון במשרד מבקר המדינה. בין הדו"חות שחיבר היו: הדו"ח שעסק בתפקוד העורף במלחמת לבנון השנייה; הדו"ח על שיטת המינויים בצה"ל ומינוי אלופים; הדו"ח על המועצה לביטחון הלאומי שבהמשכו נחקק חוק המטה לביטחון לאומי; הדו"ח על המשט לעזה (2010) ("המרמרה"); הדו"ח על הביקורת בצה"ל שבהמשכו מונה מבקר לצה"ל; דו"ח על קליטת כיפת ברזל ו"שרביט קסמים"; דו"ח על התנהלות משלחת שר הביטחון אהוד ברק בסלון האווירי בפריז; ודו"ח על יחידת "קיסריה" של המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים ודו"ח על מסמך הרפז. במאי 2012 ביקש לפרוש אך הסכים להמשיך לעבוד בהתנדבות כראש הצוות שבדק את פרשת מסמך הרפז, עד פרסומו הסופי של הדו"ח בינואר 2013.