Le , 6 000 hommes entrent en Franche-Comté sous la conduite du duc de Navailles. Le maire d'Arbois Philibert Voiturier réclame des soldats et de l'argent au gouverneur du comté de Bourgogne don Francisco Gonzalès d'Alveida, qui non seulement lui refuse mais fait prélever la garnison d'Arbois pour l'envoyer à Salins. Il lui envoie néanmoins le , un gentilhomme jurassien le lieutenant-colonel Philippe Merceret de Mérona (1610-1690). Militaire compétent et enfant du pays, les citadins lui font immédiatement confiance, même si le conseil municipal n'apprécie guère tous les pouvoirs qui ont été remis entre ses mains. La ville d'Arbois est entourée d'une petite enceinte fine et vétuste, abîmée par la guerre de 1668. Elle n'est défendue que par les hommes de la ville constitués en milices et équipés d'armes hétéroclites. Les habitants des faubourgs et proches villages qui auraient pu grossir ses rangs, se sont enfuis quelques jours avant l'arrivée des français.