I 2001 ble bandnavnet en utfordring for bandet. Det oppstod en situasjon i USA der en rekke hendelser tydet på at terrorister benyttet seg av det amerikanske postverket for å spre miltbrann-bakterien. Mange nysgjerrige besøkte nettsiden til Anthrax, enten etter å ha søkt på "anthrax" (det engelske ordet for miltbrann) eller etter å ha skrevet inn "anthrax.com" i nettleseren. Bandet følte seg tvunget til å legge ut en faktaside om bakterien på hjemmesiden sin. Miltbrann-episoden og en spøk fra programlederen og komikeren Jay Leno førte til at bandet selv spøkte med at de ville bytte navn, og i en pressemelding skrev de faktisk at de vurderte å skifte navn til noe søtere som for eksempel «Basket Full of Puppies». Ryktene om et reelt navnebytte begynte å spre seg, og på en veldedighetskonsert for 11. september-angrepet møtte de opp med kjeledresser som stavet «WE'RE NOT CHANGING OUR NAME» da de sto i en bestemt rekkefølge (et bilde av dette kan ses i omslagsbrosjyren som følger med "We've Come For You All" (2003), det neste studioalbumet fra Anthrax). I 2004 ga Anthrax ut sitt andre konsertalbum, "Music Of Mass Destruction".