Аббас-Кули-Ага Бакиханов сообщал, что Бакинский уезд, половина Ширванского уезда, весь Сальян, часть Шекинского и Кубинского уездов состояло из шиитов; половина Ширвана, большая часть Шеки и Кубы — из суннитов, причём кубинские, шекинские и ширванские сунниты являлись ханафитами. Как отмечает Тадеуш Свентоховский, российские данные 1830-х гг. показывают, что соотношение шиитов и суннитов в Азербайджане было с небольшим преимуществом в пользу последних, и на 1848 год эта пропорция составляла 50:50, но уже в 1860-х в результате подавления сопротивления северокавказских горцев и массовой эмиграции мусульман-суннитов в Османскую империю, доля суннитов значительно снизилась и большинство населения стали составлять шииты-двунадесятники (иснаашариты) джафаритского мазхаба. Кроме того, русские власти усиленно отправляли православных миссионеров к ингилойцам, которых те нередко встречали враждебно. Согласно ЭСБЭ в результате миссионерской деятельности Общества восстановления православного христианства на Кавказе ингилойцы в 1860 году обратились из ислама в христианство, образовав тогда 12 приходов, но в 1863 году 9 приходов вновь перешли в ислам, причём в 1892 году было вновь обращено в христианство 62 человека.