Im Schuljahr 1943 / 1944 führte die Anstalt vier sechste Klassen (= 10. Schul-/Jahrgangsstufe) als sogenannte Luftwaffenhelfer-HJ-Klassen, die bei Flakstellungen untergebracht waren und von dorthin beorderten Lehrern unterrichtet wurden. Im letzten Kriegsjahr wurden die Schüler der Gymnasien des 18. und des 19. Bezirks, deren Schulen nun als Lazarette dienten, dem Hietzinger Gymnasium zugeteilt. Direktor Karl Aulitzky wurde zu Kriegsende dem Volkssturm zugewiesen, geriet in sowjetische Kriegsgefangenschaft und wurde als vermisst gemeldet. Bei der Eroberung Wiens durch die Rote Armee im April 1945 quartierte sich diese im Schulgebäude ein. Die Schulwartin Preinfalk rettete die Sammlung und die Bücher der Schule.