À partir de 1835 Debartzch entretient une correspondance, qualifiée par le député Charles-Ovide Perrault de « journalière », avec le gouverneur Gosford. Nommé au Conseil exécutif en 1837, Debartzch occupe ce poste jusqu'à l'entrée en vigueur de l'Acte d'union, le . Cette nomination entraîne sa condamnation par "La Minerve", organe des Patriotes. Lors des rébellions des Patriotes du Bas-Canada, il doit quitter sa résidence de Saint-Charles, et se rendre à Montréal pour mettre sa famille à l'abri. "Le Canadien" du rapporte que des hommes armés avaient alors saccagé sa maison. Le , Debartzch décède à Saint-Marc, à l’âge de 63 ans. Il est inhumé trois jours plus tard sous le banc seigneurial de l’église de Saint-Charles-sur-Richelieu.