С началом Великой Отечественной войны полковник В. Н. Жданов 25 июня 1941 года был назначен командующим ВВС 23-й армии Северного фронта (с 23 августа 1923 — Ленинградского фронта). Участвовал в Выборгско-Кексгольмской фронтовой оборонительной операции. В сентябре 1941 года В. Н. Жданов назначен заместителем командующего ВВС Ленинградского фронта и далее участвовал в битве за Ленинград. Одновременно с июня по август 1942 года командовал отдельной авиационной группой (авиационная группа генерала Жданова) Ленинградского фронта в составе трёх истребительных и одного бомбардировочного авиационного полков. 25 ноября 1942 года ВВС Ленинградского фронта были преобразованы в 13-ю воздушную армию, В. Н. Жданов стал заместителем командующего этой армией, участвует в Операции «Искра». С мая 1943 В. Н. Жданов командует ВВС Среднеазиатского военного округа.