Mit dem gemeinsamen Wahlbündnis Allianz für Schweden gewann das bürgerliche Lager unter der Führung Fredrik Reinfeldts die Wahl 2006. Hägglund wurde am 6. Oktober 2006 zum Minister für Gesundheit und Soziales ernannt. Dieses Amt hatte er bis zum Regierungswechsel nach der Wahl 2014 inne.