Il 17 febbraio viene convocato per il Rising Stars Challenge, la sfida tra "rookie" e "sophomore" organizzata nell'ambito dell'All-Star Weekend 2012. Lin non è stato inizialmente selezionato per partecipare alla partita, ma le sue prestazioni hanno convinto la NBA ad aggiungere il suo nome e quello di Norris Cole ai roster delle due squadre. La stagione si conclude però con un infortunio al menisco che lo costringe a saltare i playoff. Comunque questo suo periodo a New York è stato caratterizzato anche da problemi avuti con Carmelo Anthony.