В першу чергу Кахамарка займає місце в історії у зв'язку з подіями 1532 року. Того року інкський принц Атауальпа переміг свого брата Уаскара в битві за трон імперії. По дорозі до Куско він зупинився в Кахамарці з 80-тисячним військом; тут він зустрівся із загоном із 168 конкістадорів на чолі з Франсиско Пісарро, який рухався з Піури. Ернандо де Сото і Вісенте де Вальверде вручили Атауальпі ультиматум з вимогою признати верховну владу Іспанії (так зване «Рекверімьєнто»), але Атауальпа відповів категоричною відмовою. Це дало підставу Пісарро оголосити інків ворогами Іспанії і Церкви. У битві при Кахамарці конкістадори захопили в полон Атауальпу, убивши при цьому кілька тисяч інкських воїнів і мирних жителів. Проте після битви виявилось, що і кількість конкістадорів значно зменшилася, тому вони сховалися в головному храмі міста разом з імператором інків, вимагаючи за нього викуп. Атауальпа запропонував Пісарро заповнити приміщення, у якому його тримали в ланцюгах, до стелі золотом, і таким чином виміняти своє життя. Проте, отримавши скарби, конкістадори не стримали слова і вбили його.