El castell de Georgenburg va ser abandonat pels cavallers teutònics després de la seva derrota en la Batalla de Grunwald el 1410. La regió va ser inclosa a Lituània pel Tractat de Melno el 1422, i el lloc actual de Jurbarkas va començar a desenvolupar-se com una ciutat fronterera, creixent mitjançant l'exportació de fusta a través del Neman al ducat de Prússia. El 1586 el famós historiador polonès Maciej Stryjkowski va esdevenir sacerdot catòlic a Jurbarkas. El rei Segimon III Vasa va concedir a la ciutat de Jurbarkas els seus drets de Magdeburg el 1611.