En la última semana del mes de marzo de 1941, una fuerza liderada por la alemana lanzó una ofensiva en Cirenaica que derrotó rápidamente a las fuerzas aliadas en la zona, obligando a una retirada hacia Egipto. La 9ª División formó la retaguardia de esta retirada, y el 6 de abril recibió la orden de defender el puerto de la ciudad de Tobruk durante al menos dos meses. Durante el asedio al Sitio de Tobruk que siguió la 9ª División, reforzada por la 18 Brigada de la 7ª División, la artillería británica y tropas blindadas utilizaron fortificaciones, y patrullaron agresivamente para contener y derrotar los ataques de la infantería alemana; los defensores de Tobruk fueron soportados por la Flota del Mediterráneo. Los destructores HMAS Waterhen (D22) Waterhen y HMAS Parramatta (U44) fueron hundidos durante estas operaciones. A petición del Gobierno de Australia, la mayor parte de la 9ª División fue retirada de Tobruk, en septiembre y octubre de 1941 y fue sustituida por la 70.ª División de Infantería del Reino Unido. Parte del batallón se vio obligado a permanecer en Tobruk hasta que el sitio fue restaurado en diciembre, cuando el convoy de evacuación fue atacado. En la defensa de Tobruk participaron 3.009 personas, con un total de 832 muertos y 941 prisioneros.