אוניברסיטת וילנה הוקמה בשנת 1579 בהוראתו של מלך פולין ודוכסה הגדול של ליטא סטפאן באטורי, בתמיכתו של מסדר הישועים של הכנסייה הקתולית. בזמן בנייתה, האוניברסיטה הייתה השלישית בגדולה (אחרי האוניברסיטה היגלונית ואוניברסיטת קוניגסברג) באיחוד הפולני-ליטאי. בעקבות חלוקת פולין בשנת 1795 ומרד נובמבר, הפסיקה האוניברסיטה את פעילותה ושבה לפעול בשנת 1919.