Tras las elecciones presidenciales que se llevaron a cabo entre mayo y junio de 2012 en el país, consecuencia de las revueltas vividas anteriormente, Mohamed Morsi, miembro de la organización de los Hermanos Musulmanes, fue elegido presidente. Únicamente ocupó ese cargo hasta julio de 2013, momento en el que Egipto se vio abocado a un nuevo golpe de estado.  Durante estos años, Heikal continuó desarrollando su actividad como periodista y, aunque creía que los Hermanos Musulmanes no eran la solución para Egipto, sí que defendía que era lo que la población quería y que la revolución iraní había abierto una puerta hacía la idea de que un gobierno islámico podía ser la solución a los problemas de muchos países árabes.