Percival utnämndes till brigadgeneral i generalstaben, för första kåren, British Expeditionary Force, som leddes av general Dill från 1939 till 1940. Han befordrades sedan till ställföreträdande generalmajor, och i februari 1940 blev han för en kort tid General Officer Commanding i 43:e divisionen. Han utnämndes till biträdande chef för brittiska imperiets generalstab vid War Office 1940 men bad om förflyttning till en aktiv befälstjänst efter Dunkirk-evakueringen. Han gavs befälet över den 44:e infanteridivisionen och tillbringade nio månader med att organisera skyddet av den engelska kusten inför en eventuell kommande tysk invasion. Han utsågs till riddare av Bathorden (CB) år 1941.