Во время Династии Цин хуэйцзу, как и другие мусульмане Китая, неоднократно участвовали в народных восстаниях, самым крупным из которых было Дунганско-уйгурское восстание 1862—1877 гг. В результате разгрома восстания цинскими войсками во главе с Цзо Цзунтаном, карта расселения хуэйского населения претерпела значительные изменения. Хуэйцы некоторых районов понесли значительные потери (к примеру, более тысячи защитников Цзиньцзипу на севере Нинся, во главе со своим вождём, джахрийским мюршидом Ма Хуалуном были убиты, после того как их крепость пала в 1871 г; подобная же резня около 7000 хуэйцев имела место и после падения Сучжоу) в 1873 г. Другие были переселены на новые места по соображениям государственной безопасности: например, повстанцы, отступившие из долины реки Вэй в южном Шэньси, были водворены на засушливые неплодородные возвышенности южного Нинся и прилегающих районов Ганьсу; мусульмане стратегически важного «Коридора Ганьсу», оставшиеся в живых после резни в Сучжоу, были перемещены в южное Ганьсу. Некоторые группы смогли найти приют в пределах Российской империи (см. дунгане). С другой стороны, руководители восстания в Хэчжоу — Ма Чжаньао и Ма Цяньлин — перешли на стороны цинских властей; впоследствии их дети и внуки играли немалую роль в управлении хуэйскими землями северо-западного Китая.