In seiner Zeit im Kongress fiel Duffy, der als kommende Führungsfigur seiner Partei gehandelt wurde, durch kontroverse Äußerungen auf. So bestritt er einen Zusammenhang zwischen einzelnen Gewalttaten von White-Supremacy-Anhängern und führte das Attentat von Tucson, bei dem die demokratische Kongressabgeordnete Gabrielle Giffords schwer verletzt wurde, auf linke Ideologie zurück. Duffy verteidigte während Donald Trumps Präsidentschaft umstrittene Maßnahmen wie das Einreiseverbot gegen Menschen aus mehrheitlich muslimischen Ländern (Executive Order 13769).