2020년 도쿄 하계 올림픽·패럴림픽 조직위원회의 공식 홈페이지가 개최국인 일본의 2020년 도쿄 하계 올림픽 성화 봉송 경로와 일정을 안내하는 지도에서 대한민국과 일본 간의 영토 분쟁 지역인 독도, 러시아와 일본 간의 영토 분쟁 지역인 쿠릴 열도 남단 4개 섬을 일본의 영토로 표시했다. 독도를 실효 지배하고 있는 대한민국 외교부는 2020년 도쿄 하계 올림픽·패럴림픽 조직위원회에 일본의 지도에서 독도를 삭제해 줄 것을 요구했다. 쿠릴 열도 남단 4개 섬을 실효 지배하고 있는 러시아 외무부의 마리야 자하로바(Maria Zakharova) 대변인도 2020년 도쿄 하계 올림픽·패럴림픽 조직위원회를 비판하는 공식 성명을 발표했다. 이에 앞서 러시아 외무부는 2019년 6월 28일부터 6월 29일까지 열린 2019년 오사카 G20 정상회의에서 쿠릴 열도 남단 4개 섬을 일본의 영토로 표시한 공식 자료를 사용한 일본 정부에 공식 항의 서한을 전달한 바 있다. 대한민국과 러시아의 올림픽 보이콧이 예상되거나 정치적으로 언급되기도 했다. IOC는 이 중 독도에 대해서 "단순한 지정학적 표기이며, 정치적인 의도가 없다"고 답변했다.