Die Qualifikation zum Afrika-Cup 2000 in Ghana und Nigeria wurde in zwei Runden ausgetragen, einer Vorausscheidung im KO-System sowie einer Hauptrunde mit sieben Gruppen zu je vier Mannschaften. Aufgrund eines Wechsels der Gastgeber der Endrunde wurde zusätzlich eine Playoff-Runde mit drei Mannschaften um den letzten freien Endrundenplatz ausgespielt.