Rudolfův zájem o esoterismus se však spojil s duševní chorobou a vyústil v neschopnost vládnout a v následnou politickou krizi císařství. Válku s Turky, která zuřila v letech 1593–1606, a zvládnutí řady povstání v Uhrách (Zikmund Báthory, Štěpán Bočkaj) přenechával jiným. Rudolfův bratr Matyáš se nakonec rozhodl situaci vzít do vlastních rukou, získal podporu všech stavů krom českých a roku 1608 donutil Rudolfa, aby mu přenechal vládu Uhrách, Rakousku a na Moravě. Rudolf nakonec ztratil podporu i v Čechách a roku 1611 byl přinucen k abdikaci, takže monarchii vládl zase jediný panovník, Matyáš.