Krátce po osvobození byl 18. května 1945 do rektorské funkce instalován profesor patologické anatomie a dvojnásobný meziválečný děkan lékařské fakulty Václav Neumann, jenž v ní byl následně ještě dvakrát volbou potvrzen. Po ročním mandátu profesora geometrie a bývalého dvojnásobného děkana přírodovědecké fakulty Ladislava Seiferta nastoupil do funkce rektora Masarykovy univerzity první děkan po válce vzniklé pedagogické fakulty a profesor českého jazyka František Trávníček, který v ní setrval dlouhých 11 let a po celou tuto dobu vykonával i funkci poslance Národního shromáždění ČSR za Komunistickou stranu Československa. V roce 1959 Trávníčka jako rektor vystřídal bývalý děkan přírodovědecké fakulty a profesor mikrobiologie Theodor Martinec, který funkci zastával rovněž 11 let, než z ní byl na počátku normalizace roku 1970 pro své politické postoje v době pražského jara odvolán. Uskutečňování normalizace na univerzitě po něm v letech 1970–1973 řídil jako rektor profesor Jaromír Vašků, jenž byl současně (s výjimkou zakladatele Engliše) prvním rektorem, který před výkonem svého úřadu nebyl děkanem některé z fakult (působil pouze v letech 1959–1962 ve vedení lékařské fakulty jako proděkan). S obdobím postupného zmírňování normalizačních tlaků je spjat mandát Vojtěcha Kubáčka, třetího nejdéle sloužícího rektora Masarykovy univerzity (1973–1983). Posledním komunistickým rektorem byl profesor československých dějin Bedřich Čerešňák.