Nel settembre 1861 il Governatore della Virginia finalmente assunse il controllo autorizzato dall'ordinanza di adozione. Cercando un sostituto per la Bandiera Nazionale Confederata del 1° modello, che era risultata così sconcertante sul campo alla prima battaglia di Manassas (per i federali prima battaglia di Bull Run), il Generale Joseph E. Johnston richiese a ciascuno Stato di provvedere Bandiere di Stato per le loro unità militari in campagna. Solo la Carolina del Nord e la Virginia avrebbero soddisfatto questa richiesta.