Μετά την κατάκτηση των Δωδεκανήσων από την Ιταλία κατά τη διάρκεια του Ιταλοτουρκικού πολέμου, ο Μαλαχίας ξεκίνησε ετοιμασίες για την εξέγερση των Ικαριωτών εναντίον της Οθωμανικής φρουράς στο νησί, και παράλληλα βρισκόταν σε επικοινωνία με τον Θεμιστοκλή Σοφούλη σχετικά με τις κινήσεις της Ελλάδας, ενώ στο νησί έφτασε και ο Κωνσταντίνος Μυριανθόπουλος ως απεσταλμένος του ελληνικού υπουργείου εξωτερικών. Συνελήφθη στις 9 Ιουλίου, την ημέρα όπου προγραμματίζονταν να ξεκινήσει η εξέγερση, ωστόσο η εξέγερση ξεκίνησε και 8 ημέρες αργότερα ο Μαλαχίας απελευθερώθηκε από τους επαναστάτες, ανάμεσα στους οποίους συμμετείχαν και μη Ικαριώτες, όπως ο Μακεδονομάχος Ευάγγελος Κουκουδέας. Με την κατάλυση της φρουράς, και τη μη αποστολή ενισχύσεων από τους Οθωμανούς, ιδρύθηκε η Ελεύθερη Πολιτεία Ικαρίας στις 17 Ιουλίου του 1912 με τον Μαλαχία ως τον πρόεδρο του 9-μελούς συμβουλίου της εθνοσυνέλευσης και πρόεδρο της Πολιτείας.