En 1993, l'année de la guerre civile, le Burundi affiche une victoire, un nul et cinq défaite (1V-0N-5D), mais l'équipe nationale burundaise affrontait des gros morceaux du continent africain (Congo, Guinée, Algérie et Ghana). Par la suite, de 1996 à 1998, le Burundi enchaîne 5 victoires, notamment une contre le Sénégal (1-0). Il rate de peu une première qualification en phase finale d'une compétition internationale, la Coupe d'Afrique en 1998 contre la Guinée perdant aux pénaltys (4-5).