1944年初，运力更强的C-47運輸機取代哈德逊式轰炸机。3月3日收到首架新机，5月底全部换装。鸟枪换炮后中队继续在澳大利亚境内飞行，还开始向新几内亚西部和日本作战的盟军部队运送物资，返程时经常带伤员到澳大利亚治疗。1944年10月，第38中队受命支援里士满的澳大利亚皇家空军伞兵训练队（）。中队同年12月初迁至布里斯班的澳大利亚皇家空军阿彻菲尔德站（），里士满留有分队。此时第38中队主要负责向新几内亚战场运送物资，包括向战场的澳大利亞陸軍部队空投补给，把伤员转移回国。1945年7月17日，中队在摩罗泰岛常驻分队，向投身婆罗洲战役的陆军部队空投物资。二战期间全中队共损失一架C-47运输机，是在新几内亚比亚克岛飞往摩罗泰岛时撞山，残骸直到1970年才找到。