Helmikuussa 1943 "Zuikaku" osallistui japanilaisjoukkojen evakuoimiseen Guadalcanalilta. Alus partioi myöhemmin Singaporen ja Mariaanien lähistöllä. 19. kesäkuuta 1944 alus osallistui Filippiinienmeren taisteluun, jossa Yhdysvaltain laivaston sukellusveneet upottivat "Taihōn" ja "Shōkakun". "Zuikaku" selvisi vähin vaurioin taistelusta ja otti vastaan upotettujen alusten selvinneet lentokoneet.