Στις 9 Σεπτεμβρίου 2001, μόλις δύο ημέρες πριν από τις επιθέσεις της 11ης Σεπτεμβρίου στις Ηνωμένες Πολιτείες, ο Μασούντ δολοφονήθηκε από δυο βομβιστές αυτοκτονίας, πιθανώς μετά από υπόδειξη της Αλ Κάιντα. Αμέσως μετά οι δυνάμεις των Ταλιμπάν ξεκίνησαν μια μεγάλη επίθεση κατά των θέσεων του Ενιαίου Μετώπου. Ο Μοχάμεντ Κασίμ Φαχίμ επιλέχθηκε ως διάδοχος του Μασούντ ως ηγέτη της στρατιωτικής πτέρυγας του Τζαμιάτ και απώθησε την επίθεση των Ταλιμπάν. Με αρκετή βοήθεια από έναν συνασπισμό υπό την ηγεσία των Αμερικανών τον Οκτώβριο και τον Νοέμβριο του 2001, οι δυνάμεις του Ενιαίου Μετώπου επανακατέλαβαν το μεγαλύτερο μέρος του Αφγανιστάν.