Come rappresentante di Lucerna, Pfyffer prese parte alla Dieta di Augusta (1566) e si guadagnò un cavalierato dall'imperatore Massimiliano II, poi tornò in Francia, attirato dalla recrudescenza delle ostilità tra cattolici e protestanti. Distintosi come guardia del corpo del giovane re Carlo IX di Francia, attaccato dagli ugonotti lungo il tragitto da Meaux a Parigi, si guadagnò l'appellativo di "Re degli Svizzeri". Partecipò alla Battaglia di Saint-Denis (1567) ed alla Battaglia di Jarnac (marzo 1569), decidendo, pochi mesi dopo (ottobre), l'esito dello scontro nella Battaglia di Moncontour, che gli valse anche un cavalierato francese.