Durante a Guerra dos Farrapos, a maior guerra civil da história brasileira, a província contou com dois governos paralelos, um leal ao imperador e outro aos revoltosos, na figura do presidente da República Rio-Grandense. Quando o conflito eclodiu, em 1835, o presidente Antônio Rodrigues Fernandes Braga foi deposto pelos farrapos. A Constituição da República Rio-grandense, de 1843, especificou os poderes do presidente em seu título V, capítulo I. Eleito pela Assembleia Geral para um mandato de quatro anos, não poderia ser reeleito consecutivamente. Era responsável pela administração, nomeando magistrados, ministros, senadores, embaixadores, comandantes militares, e decidindo sobre as leis aprovadas pelo legislativo. Apenas Bento Gonçalves da Silva e Gomes Jardim foram presidentes da República Rio-grandense. Em 1845, Duque de Caxias, o presidente provincial nomeado pelo imperador, conseguiu pacificar a província e a guerra chegou a fim com a assinatura do Tratado de Poncho Verde.