Der Bezirk bestand bereits zu sowjetischer Zeit als Teil der Autonomen Oblast Bergkarabach. Diese erklärte sich 1991 für unabhängig und konnte sich im darauf folgenden Krieg als international nicht anerkannte, aber de-facto unabhängige Republik Arzach behaupten. 1992 fand im Zuge des Krieges in der Bezirkshauptstadt das Massaker von Chodschali statt, bei dem viele Aserbaidschaner ums Leben kamen. In Folge des Konflikts floh die verbliebene aserbaidschanische Bevölkerung des Rayon, der von da an von Arzach als Teil der Provinz Askeran verwaltet wurde.