FitzRoy est promu lieutenant le sur la frégate , sous le capitaine Henry Blackwood, dans laquelle il assiste au Blocus de Malte en septembre, et prend part à la Campagne d'Égypte à la mi-1801. Le , il est nommé commandant et le capitaine de la corvette HMS "Salamine", et après confirmation, le , de sa promotion, il commande la . Il retourne en Angleterre, et à partir du commande le . FitzRoy est promu au capitaine le , prenant le commandement de la frégate , et est présent à la Bataille du cap Ortegal le , et à la Prise de la Martinique (1809) en février.