Im April 1938 übernahm Negrín das Kriegsministerium. Auf militärischer Ebene lancierte er eine Reihe von verlustreichen, aber erfolglosen Offensiven (Brunete, Belchite, Teruel und Ebro). Am 1. Mai 1938 veröffentlichte er ein 13-Punkte-Programm, in dem er die volle Respektierung aller Bürgerrechte und der Religionsfreiheit garantierte. Azaña versuchte zwar, Negrín im August 1938 aus dem Amt zu entfernen, aber Negrín war inzwischen durch die Unterstützung der Kommunisten in der Regierung und der Streitkräfte der Republik, in denen die Kommunisten ebenfalls eine herausragende Rolle dank der Waffenlieferungen Stalins spielten, für den Präsidenten zu mächtig.