Le buone prestazioni con il Barcellona convincono il ct della Nazionale olandese Guus Hiddink a convocarlo per gli Europei del '96. Fa il suo debutto in nazionale il 24 aprile 1996 in un'amichevole contro la Germania. Cruijff segna il suo primo e unico gol in nazionale durante la fase finale dell'europeo il 13 giugno, nella vittoria per 2-0 contro la Svizzera al Villa Park. Cruijff è uno dei tre olandesi ad aver giocato per la nazionale senza mai aver giocato in Eredivisie: gli altri sono Rob Reekers e Willi Lippens.