Az 1966-os évadban egy versenyen indult Cooperrel, majd a következő évtől a Ferrari versenyzője lett. Lorenzo Bandini és Ludovico Scarfiotti halála, valamint Mike Parkes súlyos sérülése után a csapat elsőszámú versenyzője lett. 1968-ban három egymást követő versenyén az első helyről indult, de technikai problémák miatt összesen 1 pontot szerzett ezeken. Amon számos alkalommal a dobogón végzett, az 1968-as brit nagydíjon pedig csak kevéssel ért célba a győztes Jo Siffert mögött. Ferraris éveiben összesen hatszor állhatott dobogóra.