בשנת 1941, כניסת ברית המועצות למלחמת העולם השנייה בעקבות הפלישה הגרמנית הביאה לפינוי המוזיאון בארמון גטצ'ינה כדי להגן על המבנה ועל חפצי ערך מפני הפצצה אווירית. ב-15 באוגוסט 1941 התפוצצה ליד הארמון פצצה שהוטלה על ידי הלופטוואפה ובסוף החודש הייתה העיר בהישג יד של ארטילריה גרמנית. ב-24 באוגוסט פגזים פגעו בכיכר המרכזית וב-3 בספטמבר, פצצת אוויר גרמה נזק רב לחצר. לא ניתן היה לבצע פינוי מלא של חפצי הערך בארמון, כאשר רק ארבעה מערכי אשלון עם המוצגים החשובים ביותר שנשלחו מזרחה ואחד נוסף נשלח ללנינגרד (פטרבורג). הרכוש שנותר אוחסן במרתף הארמון, חלק מפסל גדול נקבר בפארק והאחרים אוחסנו באזור סגור עם שקיות חול.