Im Juli 1812, bei Beginn des Kriegs von 1812 mit den USA, berief ihn Sir George Prevost, der Generalgouverneur von Kanada, in den Generalstab für Oberkanada und unterstellte ihn damit erneut Sir Isaac Brock, der dort den Oberbefehl innehatte. Da Brock sich an der Grenze bei Detroit aufhielt, um die Invasion amerikanischer Truppen unter Brigadegeneral William Hull zurückzuwerfen, hatte Sheaffe auf der Niagara-Halbinsel zeitweilig den Oberbefehl inne. Aufgrund eines zwischen Prevost und dem US-Oberbefehlshaber Henry Dearborn geschlossenen Waffenstillstands kam es in dieser Phase nicht zu Kampfhandlungen. Sheaffe schloss mit US-Generalmajor Stephen Van Rensselaer ein Zusatzabkommen ab, mit dem der Transport von Verstärkungen und Nachschub in die oberen Großen Seen ausgeschlossen wurde. Damit machte er es den Amerikanern unmöglich, Verstärkungen nach Detroit zu schicken. Prevost missbilligte das Abkommen zwar, akzeptierte es aber, um Sheaffe nicht vor den Amerikanern bloßzustellen.