Seit 1932 war er, nach dem Eintritt seines Bruders Georg von Sachsen in den Jesuitenorden und dem Tod seines Vaters, Chef des Hauses Wettin. Bis 1937 war Bamberg der Wohnsitz der Familie, hier führte Friedrich Christian den Marien-Ritterorden. 1937 zog er mit seiner Familie nach Schloss Wachwitz in Dresden-Wachwitz, das er zuvor neben der Königlichen Villa hatte neu errichten lassen, und wo sie bis 1945 lebten. Nach den Bombenangriffen auf Dresden nahm Friedrich Christian zahlreiche Opfer im erhalten gebliebenen Haus Wachwitz auf. Schon bald darauf zog die Familie über Hof und Regensburg nach Bregenz, wo die beiden jüngsten Kinder bereits seit 1940 lebten. Aufgrund ihrer guten Verbindungen zu den Franzosen konnten sie hier zum Beispiel Richard Strauss die Einreise in die Schweiz ermöglichen. Ab 1955 fand die Familie dann mit Hilfe der eng verwandten Thurn und Taxis eine neue Heimat in München-Harlaching.