Po koncu hladne vojne se je število osebja v agenciji precej zmanjšala agencija pa je svoja sredstva usmerila v druge programe. Njeni agenti so bili prisotni tudi med vojno v Jugoslaviji vendar niso znali napovedati pokola v Srebrenici njena letal U-2 pa so kasneje iskala skrita grobišča. Med bombardiranjem Beograda leta 1999 je Cia podala napačne koordinate tako da so ameriška letal zadela kitajsko veleposlaništvo, v napadu so umrli trije kitajski novinarji. Tekom devetdesetih letih so se agenti agencije ukvarjali tudi z gospodarskim vohunjenjem. V drugi polovici devetdesetih let prejšnjega stoletja in na prelomu tisočletja se je z napadi na ameriški veleposlaništvi v Keniji in Tanzaniji ter napadom na rušilec "USS Cole" začelo novo obdobje boja proti terorizmu. Napada 11. septembra 2001 agencija ni morala napovedati. Po tem dogodku so agenciji povečali finančna sredstva in ji razširili pooblastila s čimer je agencija vstopila v novo obdobje boja prosti globalnemu terorizmu. Njihov glavni cilj pa je postal uničenje Al Kaide in njenega voditelja Bin Ladna. To se je agenciji 2. maja 2011 v spektakularni akciji tudi posrečilo. Metode Al Kaide in Bin Ladna so prevzele nekatere še bolj ekstremne teroristične skupine kot je npr. Islamska država tako, da globalna vojna proti terorizmu še vedno poteka ta pa bo tudi v prihodnje ostala na prednostni listi agencije.