1938 wurde al-Husaini ausgewiesen und floh 1939 in den Irak, wo er sich 1941 am von Hitlerdeutschland unterstützten Putsch gegen die pro-britische Regierung beteiligte. 1946 ging er nach Ägypten. Er kehrte dann heimlich nach Palästina zurück, wo er als Kommandeur der Armee des Heiligen Krieges die Belagerung von Jerusalem organisierte. Dabei befahl er von Januar bis März 1948 mehrere Autobombenanschläge auf jüdische Ziele. Die Kampagne traf unter anderem die Zeitung Palestine Post (3 Tote), die beliebte Einkaufsmeile Ben-Jehuda-Straße (46 Tote) und das Hauptquartier der Jewish Agency (13 Tote). Dabei wurde auch das US-amerikanische Konsulat in Jerusalem schwer beschädigt. Als al-Husainis Bombenexperte diente der während des Zweiten Weltkriegs in Nazi-Deutschland ausgebildete Fawzi al-Kutub. Al-Husaini fiel während der Operation Nachschon beim vergeblichen Versuch, das kurz zuvor in israelische Hand gefallene Castel zurückzuerobern, der die israelischen Versorgungswege nach Jerusalem kontrollierte. Sein Tod hatte einen katastrophalen Einfluss auf die Moral seiner Truppen.