З 1951 па 1956 год адбываў тэрмін зняволення ў лагерах Электрасталь (Падмаскоўе), Усць-Каменагорск (Паўночны Казахстан), Кемераўскай вобласці, а таксама ва Уладзімірскай турме. У 1953 і 1954 гадах ён двойчы рабіў спробы ўцёкаў, і, паводле ўласнага прызнання, толькі цудам застаўся ў жывых. У 1956 судовая камісія ВС СССР рэабілітавала Эрнста Сабілу, але ён на волі ён быў толькі некалькі месяцаў, бо ў студзені 1957 зноў стаў вязнем ГУЛАГа. Адносна прычынаў гэтага ён пазней казаў наступнае: "Тады пачаліся вугорскія падзеі. Нейкія тайныя ўказы былі, савецкія ўлады сталі вяртаць нядаўна вызваленых назад у лагеры. Рашэнне камісіі ВС СССР па маёй справе адмянілі «за цяжкасцю здзейсненага злачынства».