Mit der Landtagswahl am 15. September 2013 sackte die FDP jedoch auf 3,3 Prozent der Stimmen ab, so dass sie nach fünf Jahren Parlamentspräsenz erneut nicht im Landtag vertreten ist. Es begann eine erneute außerparlamentarische Oppositionszeit. Bei der anschließend folgenden Bundestagswahl am 22. September 2013 erzielte die FDP in Bayern zwar 5,1 Prozent der Stimmen, verfehlte jedoch mit bundesweit 4,8 Prozent der Stimmen erstmals in ihrer Geschichte den Wiedereinzug in den Bundestag. Entsprechend verloren auch die 14 bayerischen Bundestagsabgeordneten ihre Mandate. Am 23. November 2013 löste Albert Duin die langjährige Vorsitzende Sabine Leutheusser-Schnarrenberger als Vorsitzender ab.