Il a dirigé la sélection nationale des Pays-Bas entre 1976 et 1981 mais durant la Coupe du monde 1978 en Argentine il était l'adjoint d'Ernst Happel. Les "Oranje" avaient atteint la finale, perdant face à l'Argentine (1-3 a.p.). Après le Mondial, il est redevenu l'entraîneur en chef de la sélection, qualifiant les Pays-Bas pour l'Euro 80 (élimination lors du premier tour). En 1981, Zwartkruis est limogé et remplacé par Kees Rijvers.