Henry, Fransa millî takımında da başarılı bir kariyere sahip olmuştur. Uluslararası kariyeri Haziran 1997'de başlayan Henry'nin Monaco'da çizdiği iyi form grafiği karşısında Fransa U-20 Futbol Takımı'na çağrılmıştır. 1997 FIFA Dünya Gençler Şampiyonası'nda oynadığında, yanında gelecekte takım arkadaşları olacak; William Gallas ve David Trézéguet de vardı. Dört ay içerisinde, Fransa teknik direktörü Aimé Jacquet Henry'yi Fransa millî takımına çağırmıştır. 20 yaşındayken millî takımıyla uluslararası sahneye ilk kez 11 Ekim 1997 tarihinde, Güney Afrika karşısında 2-1'lik bir galibiyet elde ettikleri maçta çıkmıştır. Jacquet, Henry'yi 1998 FIFA Dünya Kupası kadrosuna dahil ettiğinde, daha 21 yaşındaydı. Henry, her ne kadar uluslararası seviyede tanınan nitelikli oyuncular içerisinde olmasa da, takımı için attığı 3 golle turnuvanın Fransa millî futbol takımı adına en çok gol atan oyuncusu oldu. 1998 FIFA Dünya Kupası Finali'nde yedek olarak oyuna dahil edilmesi planlanmış olsa da, Fransa'nın Brezilya karşısında 3-0'lık galibiyeti sırasında Marcel Desailly'nin 68. dakikada oyundan atılması sonrası bir defans oyuncusunun, takımın savunma hattının korunması için yedekten oyuna girmesi gerekmiştir. 1998'de Légion d'honneur nişanıyla ödüllendirilmiştir. Bu nişan, Fransa'nın en büyük öneme sahip madalyasıdır.