Noe Zárate, dzięki swoim dobrym występom w Chivas, znalazł uznanie w oczach selekcjonera Manuela Lapuente i został powołany do reprezentacji Meksyku na Puchar Konfederacji 1997. Na tej imprezie nie wystąpił jednak ani razu, a swoje jedyne spotkanie w kadrze narodowej rozegrał w roku 1998.