En maig de 1998, en el sisè congrés del PAIGC, Vieira va ser reelegit per un mandat de quatre anys més com a president del PAIGC, amb 438 vots a favor, vuit contra i quatre abstencions. La Guerra Civil de Guinea Bissau i un cop d'Estat vn provocar l'expulsió de Vieira del PAIGC en maig de 1999. Francisco Benante, líder dels reformistes del partit i únic civil en la junta militar de transició, va ser escollit com a president del PAIGC. El PAIGC va obtenir el tercer major nombre d'escons a les eleccions parlamentàries de novembre 1999, i seu candidat presidencial, Malam Bacai Sanhá, va ser derrotat per Yalá.