Durch seine Nähe zu Tirol war Bayrischzell (Die Zell) sowohl in den Spanischen und Österreichischen Erbfolgekriegen als auch in den Napoleonischen Kriegen Schauplatz bewaffneter Auseinandersetzungen auch örtlicher Gebirgsschützen mit den Tirolern. 1811/12 wurde "Die Zell" (oder Margarethenzell) eine selbständige Pfarrkuratie. Seit 1832 wird der Ort offiziell Bayrischzell genannt. Am 5./6. Dezember 1846 fand dort ein Haberfeldtreiben mit über 100 Treibern statt. Um 1900 setzte allmählich der Fremdenverkehr ein. Das Wappen in seiner aktuellen Form wird seit 1959 geführt und soll mit den silbernen Rauten an die enge historische Beziehung zu den Wittelsbachern erinnern.