Während der Proteste in Kirgisistan 2020 wurde er am 10. Oktober 2020 zum neuen Premierminister gewählt und war nach dem Rücktritt des Amtsinhabers Sooronbai Dscheenbekow am 15. Oktober 2020 zudem kommissarischer Präsident. Am 14. November 2020 trat Dschaparow von beiden Ämtern zurück und kündigte seine Kandidatur für die Präsidentschaftswahl am 10. Januar 2021 an. Mit mehr als 79 % der abgegebenen Stimmen konnte er diese bereits im ersten Wahlgang für sich entscheiden. Am 28. Januar fand die Inauguration des neuen Präsidenten der Kirgisischen Republik statt.