Os anos de formação de Maria Luísa foram durante um período de conflito entre a França e sua família. Ela foi criada para detestar idéias francesas. Maria Luísa foi influenciada por sua avó Maria Carolina, que desprezava a Revolução Francesa, que acabou causando a morte de sua irmã, Maria Antonieta. O Reino de Nápoles de Maria Carolina também entrou em conflito direto com as forças francesas lideradas por Napoleão Bonaparte. A Guerra da Terceira Coalizão levou a Áustria à beira da ruína, o que aumentou o ressentimento de Maria Luísa em relação a Napoleão. A família imperial foi forçada a fugir de Viena em 1805. Maria Luísa refugiou-se na Hungria e depois na Galiza antes de retornar a Viena em 1806. Seu pai renunciou ao título de Sacro Imperador Romano, mas permaneceu Imperador da Áustria.