ב-7 בדצמבר 1943 מונה פון פונק למפקד הקורפוס ה-23, שהיה חלק מארמייה התשיעית, ולאחר מכן חלק מהארמייה השנייה במסגרת קבוצת ארמיות מרכז, וב-2 בפברואר 1944 פרש מתפקידו. ב-1 במרץ 1944 הועלה פון פונק לדרגת גנרל חיל השריון, וב-5 במרץ מונה למפקד קורפוס הפאנצר ה-47, שהיה חלק מהארמייה השמינית במסגרת קבוצת ארמיות דרום שהפכה בסוף אותו חודש לקבוצת ארמיות דרום אוקראינה. ביוני הועבר הקורפוס לצרפת, והשתתף בקרבות המרים בנורמנדי. ב-21 באוגוסט מונה פון פונק למשך יומיים למפקד הארמייה השביעית, וב-4 בספטמבר נפצע באורח קשה בקרבות. ב-28 בפברואר 1945 פרש פון פונק לביתו, ובסוף המלחמה נפל בשבי הרוסי.