Nocą z 5 na 6 czerwca 1944 brytyjskie Radio BBC nadało komunikat „Alpejska kozica skacze”. Był to umówiony sygnał dla FFI do rozpoczęcia mobilizacji i powstania narodowowyzwoleńczego (mobilizacja prowadzona przez lokalne dowództwa FFI była sprzeczna z doktryną komendanta krajowego gen. Kœniga nakazującego podejmować aktywną walkę dopiero po zbliżeniu się Aliantów). Początkowo wystąpienia powstańców nie były ze sobą skoordynowane, nieudane próby wyzwolenia poszczególnych miast często kończyły się masakrami ludności cywilnej, z których najbardziej znana jest zbrodnia w Oradour-sur-Glane dokonana przez 2 Dywizję Pancerną SS „Das Reich” w zemście za porwanie SS-Stubaf Helmuta Kämpfe (rozstrzelanego później w odwecie za pacyfikację Oradour-sur-Glane i Combeauvert). Zgodnie z ustaleniami lotnictwo miało uszkadzać linie kolejowe w strefie północnej zaś FFI w południowej (w samym czerwcu ruch oporu wykonał 2731 ataków na linie kolejowe). Głównym zadaniem FFI było sparaliżowanie działań niemieckich sił zbrojnych i uniemożliwię mu koncentracji i przerzutu na front normandzki. Partyzanci uratowali przed zniszczeniem także wiele mostów stanowiących ważny węzeł komunikacyjny dla wojsk alianckich. Osobną formą walki powstańczej były prowadzone od maja strajki powszechne w różnych zawodach, m.in. na kolei, poczcie oraz we francuskiej policji i żandarmerii (najbardziej znane strajki miały miejsce w Paryżu). Do rangi symbolu i legendy urosła obrona górskiego masywu Vercors, gdzie maquis stworzyli wolną od okupacji republikę partyzancką. Kraj maquis został brutalnie spacyfikowany przez siły niemieckie (m.in. spadochroniarzy) i Vichy, którzy dopuścili się zbrodni mordując jeńców i ludność cywilną oraz paląc wioski. Z 4000-5000 maquis zginęło lub zostało zamordowanych 750.