У квітні 1941 року після захоплення Югославії німцями Фран пішов в підпілля і вступив у Визвольний фронт Словенії, який допомагав словенському антифашистського руху в роки Народно-визвольної війни. Неодноразово Франа заарештовувала італійська поліція. У 1944 році німці заарештували його і відправили до концтабору Дахау.