La situación cambió abruptamente después de la exitosa represión rusa del levantamiento polaco de 1831, cuyo objeto fue eliminar el control ruso de los territorios polacos. Como el levantamiento fue apoyado activamente por la Iglesia greco-católica, una represión contra ella ocurrió de inmediato. Los miembros pro-latinos del sínodo fueron expulsados y la Iglesia comenzó a desintegrarse, con sus parroquias en Volinia volviendo a la ortodoxia, incluyendo la transferencia en 1833 del monasterio de Pochayiv Lavra. En 1839 el Sínodo de Pólatsk (en la actual Bielorrusia), bajo la dirección del obispo Semashko, disolvió la Iglesia greco-católica en el Imperio ruso y todas sus propiedades fueron transferidas a la Iglesia estatal ortodoxa por el zar Nicolás I de Rusia. Los metropolitanatos de Bielorrusia y de Lituania fueron abolidos, permaneciendo solo la eparquía de Chełm en la actual Polonia. La presión del Gobierno ruso acabó completamente con el catolicismo griego, y unos 7 millones de fieles fueron obligados a pasar a la Iglesia ortodoxa rusa. La disolución de la Iglesia greco-católica en Rusia se completó en 1875 con la abolición de la eparquía de Chełm.