Распад СССР вызвал центробежные тенденции и в церкви. На территории бывших союзных республик начали создаваться (нередко при поддержке властей) независимые от Русской православной церкви церковные структуры. В конфликтных условиях произошло фактическое отделение от Русской православной церкви некоторого числа приходов на Украине и образование на их основе Украинской православной церкви (Киевский патриархат). В Молдавии часть приходов перешла в юрисдикцию Румынской патриархии (Бессарабская митрополия). В Эстонии часть приходов также вышла из-под юрисдикции Московского патриархата, приняв покровительство Константинопольского патриарха.