Vom 29. September 1913 bis 28. Februar 1914 war Isendahl zum Admiralstab der Marine kommandiert und wurde hier als Abteilungsleiter eingesetzt. Am 1. März 1914 wurde Isendahl als Nachfolger von Kapitän zur See Arthur Tapken (1864–1945) Vorstand der Nachrichtenabteilung des Admiralstabs. Über deren Struktur und Tätigkeit im Ersten Weltkrieg ist kaum etwas bekannt. Am 17. Oktober 1915 wurde Isendahl zum Kapitän zur See befördert. Im Frühjahr 1916 war er in das Libau-Unternehmen involviert; eine nachrichtendienstliche Operation zur Unterstützung des Osteraufstands in Irland unter Beteiligung von Sir Roger Casement.