Однако в ночь с 31 марта на 1 апреля 1964 года в Бразилии произошёл военный переворот, в результате которого президент Жуан Гуларт был отстранён от власти, а в стране установилась военная диктатура во главе с маршалом Кастелу Бранку. Для Panair do Brasil возникшая ситуация ничего хорошего не сулила, ведь за ней стояли бизнесмены, которые были сторонниками свергнутого президента и не поддержали переворот. Начиная уже с середины 1964 года пошли слухи, что военные намереваются вмешаться в дела флагманской авиакомпании, аргументируя это высокой коррупцией в совете директоров. А 11 января 1965 года Министром авиации стал Эдуарду Гомеш, который был сторонником военного переворота.