במלחמת העולם הראשונה שירת בוגדנוב כרופא בבית חולים, ולא השתתף כלל במהפכה. לאחר עליית הבולשביקים לשלטון באוקטובר 1917, דחה בוגדנוב מספר הצעות להצטרף מחדש למפלגה, והוקיע את המשטר החדש כזהה לשלטונו הרודני והמושחת של גנרל אלכסיי אַרַקְצֶ'יֶב (Аракчеев) בראשית שנות ה-20 של המאה ה-19. בשנים 1913–1922 שקע בכתיבת מסה פילוסופית מקיפה, 'טֶקְטוֹלוגיה: המדע האוניברסלי של ארגון', אשר חזתה רבים מן הרעיונות הבסיסיים של ניתוח מערכות שנחקרו בהמשך בתחום הקיברנטיקה. ב-1918 התמנה בוגדנוב לפרופסור לכלכלה באוניברסיטת מוסקבה ולמנהל האקדמיה הסוציאליסטית למדעי החברה שזה עתה נוסדה.