Die neue rechtsgerichtete Regierung unter Aleksandar Zankow verfolgte auch die Kommunisten und ließ 2500 von ihnen am 12. September 1923 ins Gefängnis werfen. Obwohl Stambolijski auch gegen die Kommunisten vorgegangen war, und diese den Bauernbund lange als „bäuerliche Kleinbourgeoisie“ geschmäht hatte, verbündete sich die kommunistische Partei unter dem Druck Moskaus (genauer der Kommunistischen Internationale) mit Stambolijskis Anhängern und startete am 23. September einen Aufstand, um die „Fehler“ vom 9. Juni wiedergutzumachen. Führer dieses Aufstands waren Wassil Kolarow und Georgi Dimitrow. Diese verspätete Auflehnung wurde in nur wenigen Tagen mit mehr als 20.000 Opfern und einem Sieg der Armee blutig beendet. Die Kommunistische Partei wurde verboten.