Но Хмельницкий, и сменившие его Выговский, Юрий Хмельницкий и Дорошенко нарушили присягу царю и заключали союзы с поляками и татарами, что привело к расколу и гражданской войне в Малороссии и осложнило взаимоотношение с Москвой. Часть казаков Войска Запорожского приняла участие в битвах против Русского царства, например, Конотопской битве. В конечном итоге, Гетманщина по Андрусовскому перемирию была поделена между Россией и Польшей по фактической границе противостояния — Днепру, которая сложилась в ходе войны.