După ce a petrecut primele luni ale anului 47 î.Hr. în Egipt, Cezar merge către Orientul Mijlociu, unde îl anihilează pe regele Farnace al II-lea al Pontului în Bătălia de la Zela; bătălia sa a fost atât de concretă și completă încât a comemorată în cuvintele "Veni, vidi, vici" ("„Am venit, am văzut, am învins”"). După aceasta a pornit către Africa pentru a rezolva problema restului de susținători senatoriali ai lui Ptolemeu. A câștigat cu rapiditate o victorie semnificativă la Thapsus în 46 î.Hr. în fața forțelor lui Metellus Scipio (care moare în bătălie) și a lui Cato cel Tânăr (care se sinucide). Totuși, fii lui Pompei, Gnaeus Pompeius și Sextus Pompeius, alături de Titus Labienus, fostul nunțiu propraetorian al lui Cezar ("legatus propraetore") și al doilea în comandă în Războiul Galic, supraviețuiesc bătăliilor din Spania. Cezar a pus sub urmărire și a înfrânt ultimele rămășițe ale opozanților în Bătălia de la Munda în martie 45 î.Hr.. În tot acest timp, Cezar a fost ales pentru al treilea și al patrulea său mandat în poziția de consul în anii 46 î.Hr. (alături de Marcus Aemilius Lepidus) și 45 î.Hr. (fără partener).