I 1941 tok han del i Syria-Libanon-felttoget. Kœnig ble senere utnevnt til general, og fikk kontrollen over den frie franske brigaden i Egypt. Brigadens 3700 mann sto imot fem av aksemaktenes divisjoner, dvs. rundt 45 000 mann, i 16 dager under slaget om Bir Hakeim, helt til de fikk ordre om å evakuere 11. juni 1942. Videre ledet han de frie franske styrkene som tok del i Normandie-invasjonen, og ble en av de Gaulles militærrådgivere. I juni 1944 fikk han kommandoen over franske motstandsmenn som han skulle forene under de Gaulles kommando. 21. august ble han militærguvernør for Paris. For sin innsats under krigen ble han tildelt Frigjøringsordenen.