In 1494 sloot het klooster zich aan bij de hervormingsbeweging van de observanten binnen de orde der predikheren. De dominicanen stonden bekend als strenge vervolgers van ketterij ("Domini cani", ofwel "honden van de Heer"). Of ze ook in Maastricht als zodanig zijn opgetreden, bijvoorbeeld in 1535 bij de veroordeling en verbranding van 15 anabaptisten op het Vrijthof, is niet bekend. In november 1566 kon een beeldenstorm in de kerk worden voorkomen. In 1577 plunderden Duitse huurtroepen in dienst van het Staatse garnizoen de kerk en het klooster, waarbij een deel van het kloostercomplex in vlammen opging. Twee kloosterlingen vonden hierbij de dood. De dominicanen, felle tegenstanders van het protestantisme, moesten vervolgens de stad uit, maar konden twee jaar later alweer terugkeren toen de Spaanse troepen onder leiding van Alexander Farnese, prins en later hertog van Parma, Maastricht heroverde (Beleg van Maastricht, 1579). In 1589 was het kloostercomplex nog niet hersteld, al woonden er inmiddels alweer achttien religieuzen. Pas rond 1620 was het klooster weer in zijn geheel bewoonbaar, vooral dankzij de vrijgevigheid van het stadsbestuur en de prior Dominicus Nulens (1614-21), die zijn familiekapitaal inzette om de kloostergebouwen te herstellen en ontvreemde kloostergoederen terug te kopen. In 1635 werd de Poort van Haren, de eerste vestiging van de paters, afgebroken.