1994 року тодішній президент волгоградського «Ротора», Володимир Горюнов, запросив Прокопенка до свого клубу. Повернувшись до «синьо-блакитних» Віктор почав будувати нову команду. Очоливши команду не з початку сезону, Прокопенко зумів вивести «Ротор» на четверте місце вищого дивізіону чемпіонату Росії. Наступного сезону клуб завершив рік на сьомій сходинці турнірної таблиці. На той час провідними гравцями клубу вважалися Олег Веретенников, Олександр Шмарко, Олександр Беркетов та Валерій Бурлаченко. Зокрема, завдяки цим футболістам, наступного сезону 1996 року волгоградський клуб посів призове третє місце найпрестижнішого російського футбольного змагання.