바오로 3세가 교황좌에 오른 당시는 1527년 로마 약탈이 끝난 지 얼마 지나지 않았으며, 또한 알프스 이북에서는 가톨릭교회의 존립 기반을 위태롭게 하는 프로테스탄티즘의 종교 개혁 운동이 한창 유행하고 있던 어려운 시기였다. 교회 쇄신 문제는 당시의 사회적 배경과 맞물려진다. 중세 말기에 들어서면서 실제로 교회 안의 여러 부분에서 폐해가 많아졌기 때문에 교회 쇄신이 무엇보다 가장 시급히 요구되는 상황에서 바오로 3세가 교황이 되면서 당면한 최대 화두는 교회 쇄신으로 모아지지 않을 수 없었다. 바오로 3세는 바로 이러한 시대의 요청을 받아들여 교회를 쇄신하는 문제에 매우 열성적이었으며, 1536년 6월 2일에는 이듬해인 1537년에 만토바에 공의회를 소집할 것을 알리는 교황 칙서를 반포하였다. 그리고 개신교 교도들에게도 공의회에 참석하라고 초대하였다. 그는 모든 참석자들이 이 공의회의 결론을 수용하리라고 생각하였다. 그러나 마르틴 루터는 개신교도들이 공의회에 참석하는것을 반대하였으며, 독일 프로테스탄트교도들은 교황의 초대장을 개봉도 하지 않고 돌려보냈다. 그렇게 개신교 교도들의 참석을 설득하기 위해 공의회 개최가 연기되는 동안 공의회 주최지인 만토바의 공작마저 점차 공의회 개최를 만사에 제쳐두었다. 결국 이러한 정치적인 이해관계로 인하여 만토바 공의회 계획은 완전히 폐기되어 버렸다.