Κατά την διάρκεια της Γενοκτονίας των Αρμενίων—μαζί με εκατοντάδες άλλους Αρμένιους διανοούμενους—ο Κομιτάς συνελήφθη και απελάθηκε σε στρατόπεδο φυλακής τον Απρίλιο του 1915 από τις οθωμανικές αρχές. Σύντομα αποφυλακίστηκε υπό άγνωστες περιστάσεις, όπου πέρασε μια ψυχική διαταραχή και ανέπτυξε μια σοβαρή περίπτωση διαταραχής μετατραυματικού στρες. Το εχθρικό περιβάλλον στη Κωνσταντινούπολη και οι αναφορές για πορείες θανάτου Αρμενίων επιδείνωσαν την ήδη εύθραυστη ψυχική υγεία του. Τοποθετήθηκε πρώτα σε τουρκικό στρατιωτικό νοσοκομείο όπου παρέμεινε μέχρι το 1919 και μετά μεταφέρθηκε σε ψυχιατρικό νοσοκομείο στο Παρίσι, όπου πέρασε τα τελευταία χρόνια της ζωής του σε αγωνία. Ο Κομιτάς θεωρείται ευρέως ως μάρτυρας της γενοκτονίας και απεικονίζεται ως ένα από τα κύρια σύμβολα της Γενοκτονίας των Αρμενίων στις τέχνες.