Bis etwa 1450 hatten die Hallwyler ihre Grablege im Kloster Kappel, nachher in der Kirche Seengen. 1415 eroberten bernische Truppen den Aargau und steckten die Burg Hallwyl in Brand. Erst 1470 erhielt die Familie das Burgerrecht in der Stadt und Republik Bern als neuer Landesherrschaft im Berner Aargau, in deren Patriziat sie aufgenommen wurde. Eine Linie blieb aber bis zu ihrem Erlöschen im Dienst der Habsburger im Elsass, Thüring III. von Hallwyl war 1455–58 oberster Hauptmann in den Vorlanden und 1464–68 Landvogt im Elsass, Sundgau, Breisgau und im Schwarzwald. Hans von Hallwyl war der Anführer der eidgenössischen Vorhut in der Schlacht bei Murten 1476 gegen Karl den Kühnen.