Mervi Markkanen gehörte im ersten und zweiten Drittel der 2000er Jahre zum finnischen Nationalkader. Ihr internationales Debüt gab sie im Rahmen der Juniorenweltmeisterschaften 2002 in Ridnaun, bei denen sie im Einzel hinter Kaja Eckhoff und Nina Karassewytsch die Bronzemedaille gewann. Im Staffelrennen verpasste sie als Viertplatzierte knapp eine weitere Medaille. Zudem wurde sie 14. in Sprint und Verfolgung. Auch bei den Juniorenrennen der Europameisterschaften 2002 in Kontiolahti verpasste sie wiederum als Viertplatzierte im Staffelrennen eine Medaille um nur einen Platz. Im Einzel erreichte sie den siebten, im Sprint den neunten und im Verfolgungsrennen den 12. Platz. Bei den Juniorenweltmeisterschaften 2003 in Kościelisko wurde die Finnin 16. im Einzel, 20. im Sprint, Zehnte der Verfolgung und Sechste im Staffelrennen. 2004 wurde Markkanen in Haute-Maurienne 15. im Sprintrennen, Elfte des Verfolgers sowie Fünfte in Einzel und dem Staffelrennen. Sie beschloss ihre Karriere bei den Junioren, wie sie sie begann. In Kontiolahti gewann Markkanen 2005 im Einzel hinter Anne Preußler und Marija Kossinowa erneut die Bronzemedaille. Im Sprint wurde sie 27., 16. der Verfolgung und Staffel-Zehnte.