Josef Schulz entwarf bedeutende Bauten in Böhmen, darunter in Prag das Nationalmuseum und das Kunstgewerbemuseum, das Museum für industrielle Kunst und gemeinsam mit seinem Lehrer Josef Zítek das Rudolfinum sowie das Rathaus in Smichov (1874). Nach dem verheerenden Brand des Nationaltheaters am 13. August 1881 wurde es in den folgenden Jahren unter seiner Leitung wieder aufgebaut. Weitere Projekte waren Villen in Loučim und Bodenbach an der Elbe (Podmokly) bei Decin (Tetschen) in Nordböhmen (Palais Trauttmansdorff, Palais Jordan, Bauauftrag durch den Fabrikanten Franz Jordan (1828–1884), beim Einmarsch der Roten Armee im Mai 1945 zerstört). Daneben förderte er die böhmische Gartenarchitektur. Als Restaurator erneuerte er Kratzmalereien im Palais Schwarzenberg bei der Prager Burg, dem Hradschin, weiterhin das Buquoypalais und das Waldsteinpalais in Prag, Schlösser in Strahov auf der Prager Kleinseite, Hrubá Skála, Vrchlabí und Bischofteinitz in Westböhmen, Kirchen in Maršov, Uherské Hradiště und Strahov. Seinen Entwürfen lagen meist historische Vorlagen zu Grunde und prägten deren einheitliches, repräsentatives Bild.