La stagione successiva viene impiegato stabilmente in posizione centrale, diventando un elemento portante della difesa, grazie anche alla sagace interpretazione della tattica del fuorigioco impostata dall'allenatore. A fine stagione le presenze saranno trentatré. Nel corso della stagione inizia anche a tirare le punizioni, una delle quali risulterà decisiva nel corso dell'incontro Atalanta-Napoli (3-1). La società gli offre il prolungamento del contratto in scadenza fino al 2013. La stagione 2009-2010 è stata per la squadra e un'annata storta, culminata con la retrocessione. Thomas decide di rimanere a Bergamo lo stesso e la nuova società gli adegua il contratto.