Иако има грчко држављанство изабрао је да игра тада за репрезентацију Југославије. Године 1999. је дебитовао за репрезентацију на Европском првенству 1999. у Француској, на ком је СР Југославија освојила бронзану медаљу, али је мало играо на првенству због повреде. На Олимпијским играма 2000. у Сиднеју Стојаковић је са репрезентацијом СР Југославије освојио 6. место.