Pendant les Guerres de Religion, de nombreux nobles Huguenots de la région font célébrer le culte sur leurs terres, notamment les seigneurs de La Muce-Ponthus, les barons d'Auvagour, La Chapelle, seigneurs de La Roche-Giffart, les Châtillons ou les Rohan. Lors des massacres de la Saint-Barthélemy, le maire de Nantes Guillaume Harouys refuse d'exécuter les ordres royaux et protège la communauté et les négociants protestants des Provinces-Unies. Le temple de Blain subit un incendit en 1591, et les fidèles trouvent asile au Château de la Gascherie, propriété du capitaine calviniste François de La Noue.