ジロカストラが歴史的な記録に現れたのは1336年で、名称はギリシャ語でアルギロカストロ（Argyrokastro）。当時は東ローマ帝国の領域の一部であった。後にアルバニア人貴族 (1373-1417)の公国であったの中心地となる。その後、5世紀にわたりオスマン帝国の支配下となった。バルカン戦争時にはギリシャ人が居住していることを根拠としてギリシャ陸軍によって占領されたが 、1913年に新たに独立を宣言したアルバニアに組み込まれる。これに反発した地元のギリシャ人たちはゲリラ闘争によってを成立させジロカストラに首都を置いたが、ジロカストラを含む北エピルスは1921年には最終的にアルバニア領となった。アルバニアに政治危機を引き起こした1997年のアルバニア暴動は、市内にも及んだ。