После битвы у Липан в 1434 году в стране постепенно установился мир, король Зикмунд Люксембургский утвердился на чешском престоле и богато одарил своих сторонников, в том числе Зденека из Рожмиталя и его жену Маркету. Через несколько лет престол Чешского королевства унаследовал несовершеннолетний Ладислав Погробек, находившийся под опекой короля Германии Фридриха IV. Зденек Младший, находясь уже в довольно преклонном возрасте, принял участие в делегации чешских панов к королю Фридриху с просьбой отпустить королевича Ладислава в Чехию. В этот же период Зденек из Рожмиталя постепенно перешёл к поддержке лидера умеренных гуситов (утраквистов) Йиржи из Подебрад и в 1450 году выдал за него свою племянницу Йогану (дочь Яна из Рожмиталя). Наконец, в 1452 году Зденек Младший и его племянник Ярослав Лев из Рожмиталя стали двумя из двенадцати чешских панов, избравших Йиржи из Подебрад «земским правителем» (регентом) Чешского королевства. Таким образом, оставаясь верным католиком, Зденек содействовал утверждению у власти партии утраквистов, при этом обеспечив своим племянникам ведущие позиции при королевском дворе. Последнее упоминание о Зденеке Младшем датируется 1454 годом, когда он всё ещё заседал в земском суде Чехии. Он умер бездетным, все его владения перешли по наследству его племянникам Ярославу Льву и Противе из Рожмиталя, сыновьям его брата Яна.