Årene med forberedelse og træning gav stort udbytte for hæren. I 1941 blev Eddy chef for 114. infanteriregiment. Året efter blev han forfremmet til brigadegeneral og fik kommandoen over 9. infanteridivision under felttoget i Tunesien, invasionen af Sicilien og invasionen i Normandiet. Som leder af 12. korps holdt hans enheder med held stand på den sydlige side af det amerikanske frontfremspring i Slaget i Ardennerne. I april 1945 vendte han på grund af sygdom tilbage til USA. For hans rolle i erobringen af Cherbourg blev Eddy tildelt Distinguished Service Cross.