1948, kurz nach dem Tod seines Mentors Schdanow, dessen Gegner Lawrenti Beria und Georgi Malenkow waren, verschwand Wosnessenski 1949 plötzlich ohne jede Erklärung aus dem öffentlichen Leben. Chruschtschow berichtete 1956 in seiner Geheimrede auf dem XX. Parteitag, dass er in die von Stalin und Beria erfundene „Leningrader Affäre“ verwickelt gewesen sei. Nikita Chruschtschow führte aus: