Le , un peu avant la deuxième guerre anglo-néerlandaise, Banckert est nommé contre-amiral de l'Amirauté de Zélande, puis "vice-admiraal" le . En 1666, il participe à la bataille des Quatre Jours, puis à celle de North Foreland, où son vaisseau coule et où, après avoir changé de navire, il couvre la retraite de la flotte néerlandaise le second jour de la bataille. Lors de cette bataille, le lieutenant-amiral Johan Evertsen est tué et Banckert est nommé "luitenant-admiraal" de Zélande le , atteignant ainsi le plus haut rang naval de sa province. En 1667, à cause de problèmes de recrutement d'équipages, il arrive trop tard pour participer au raid sur la Medway.