V období vlády Komnénovcov vplyv monastiera upadol a privilegované postavenie v Konštantínopole získal Kláštor Krista Pantokratora. Počas IV. križiackej výpravy a latinskej okupácie prišiel o statky a bol poškodený. Význam kláštora opätovne vzrástol za vlády Palaiologovcov, keď znovu patril medzi popredné inštitúcie v meste. V roku 1293 prebehli rekonštrukčné práce. Niekoľko desaťročí pred zánikom Byzantskej ríše v kláštore existovala významná škola na ktorej pôsobil napr. Iósef Bryennios a študoval napr. Markos Eugenikos.