Bernardo Silva nahm mit der portugiesischen U19-Nationalmannschaft im Sommer 2013 an der U19-Europameisterschaft in Litauen teil und scheiterte mit seiner Mannschaft im Halbfinale an Serbien. Am 15. Oktober 2013 debütierte er beim 2:0-Sieg in Aserbaidschan für die U21-Auswahl. Bei seinem zweiten Einsatz am 18. November 2013 erzielte er beim 4:3-Sieg in Israel zwei Tore. Am 31. März 2015 kam er im Rahmen eines Freundschaftsspiels gegen Kap Verde (0:2) erstmals in der A-Nationalmannschaft zum Einsatz. Für die U21-Europameisterschaft in Tschechien wurde er im Sommer 2015 in den portugiesischen Kader berufen. Er erreichte mit der Mannschaft das Finale, in dem sie Schweden im Elfmeterschießen unterlag, und wurde in die Mannschaft des Turniers berufen.