El suposa un punt d'inflexió, ja que s'inicia una llarga etapa de decadència i despropòsits que culminarà en el 1835 amb la desintegració del monestir. A inicis del segle XV el monestir experimenta alguns canvis en el seu model de gestió: al 1414 és concedit pel sistema de la comanda a un abat foraster, Joan Esteve d'Agremont. En el 1423 la manca de residència dels abats, el poc nombre de monjos i la baixa de les rendes, fan que el monestir tingués un estat ruïnós. A causa dels terratrèmols de 1428 gran part del monestir va ser enderrocada. En el 1449 el monestir recupera la seva independència, i els nous abats són comendataris i no resideixen en el monestir.