アプホルダーは全就役期間にわたって少佐が指揮をとり、第2次世界大戦において最も成功を収めたイギリス潜水艦となった。練成期間の後、アプホルダーはマルタに向けて1940年12月10日に進発し、同地を拠点としていた第10潜水戦隊に配属された。アプホルダーは24回の哨戒を完遂し、敵艦船9万3031トンを撃沈し、その中にはデュースブルク船団の戦いの後のマエストラーレ級駆逐艦「リベッチオ」、2隻の潜水艦（トリチェコおよびサン・ボン）、3隻の兵員輸送船、6隻の貨物船、補助艦艇および補助掃海艇を含んでいる。ウォンクリンは1941年の哨戒の後、ヴィクトリア十字章を受賞した。この哨戒では特に厳重に護衛された船団に対する1941年5月24日の攻撃が含まれており、この攻撃でアプホルダーは総トン数17,879トンのイタリアの兵員輸送船「コンテ・ロッソ」を撃沈した。1941年7月28日にはイタリア海軍の巡洋艦ジュゼッペ・ガリバルディに損害を与えた。1941年9月18日には、姉妹船である2隻の兵員輸送船ネプチュニア（19,475トン）およびオセアニア（19,507トン）を数時間のうちに相次いで撃沈した。