Il venait de refuser d’accompagner Montluc en Pologne, parce qu’il ne voulait pas « vendre son éloquence, » lorsque commencèrent les massacres de la Saint-Barthélemy. Caché un certain temps dans une librairie de la rue Saint-Jacques, il était rentré chez lui au troisième jour des massacres, le mardi , lorsque des assassins forcèrent l’entrée du collège de Presles, le découvrirent dans son cabinet de travail, où il s’était paisiblement retiré, et le percèrent de coups alors qu’il était dans le recueillement et la prière, avant de le précipiter encore vivant du cinquième étage, pour le traîner par les pieds dans la Seine. On y a vu la main de son ennemi irréductible Jacques Charpentier, qui lui avait succédé à la chaire de mathématiques et dont il avait dénoncé l’ignorance.