Van 2003 tot en met 2016 was ze decaan bij de Nederlandse Politie Academie. Daarnaast was ze directeur van de afdeling onderzoek. In 2004 volgde haar benoeming tot bijzonder hoogleraar vergelijkende bestuurskunde aan de Vrije Universiteit Amsterdam. In 2009 werd zij benoemd als lid van de commissie-Davids die onderzoek deed naar de besluitvorming over de politieke steun aan de Irakoorlog in 2003. Den Boer was van 2004 tot 2009 vicevoorzitter van het Instituut Clingendael. In 2013 werd ze directeur van SeQure Research &amp; Consultancy.