1484 wurde die Lambertkirche durch die Ungarn unter Matthias Corvinus teilweise zerstört. 1529 wurde sie im Zuge der Ersten Türkenbelagerung erneut beschädigt, anschließend aber durch Bischof Johann Fabri erneut aufgebaut. Durch die Zweite Türkenbelagerung 1683 wurde die Lambertkirche abermals schwer beschädigt, während die Wolfgangskapelle diese Zeit relativ unbeschadet überstand. Die wenigen Überlebenden der von Kriegshandlungen, Missernten und zwei Pestepidemien (1679 und 1713) gezeichneten Ottakringer Bevölkerung bauten weder ihr zerstörtes altes Dorf, noch die Lambertkirche wieder auf und ließen sich stattdessen im neuen Ortsteil nieder.