Хотя Патрик уже выигрывал международные соревнования под эгидой ISU, крупные чемпионаты ему пока не покорялись. На новый сезон Чан создал новую произвольную программу, использовав два произведения Сергея Рахманинова. Сезон 2008/2009 Патрик начал с победы на этапе Гран-при Skate Canada, а затем выиграл французский этап Trophée Eric Bompard, выйдя таким образом в финал Гран-при, где снова занял пятое место. На первенстве Канады Патрик отстоял свой титул чемпиона. Затем он выиграл чемпионат четырёх континентов, опередив ближайшего соперника, американца Эвана Лайсачека, более чем на 12 баллов.