Năm 1999, Đông Timor bỏ phiếu ly khai khỏi Indonesia, sau một cuộc xâm chiếm quân sự dài 25 năm được đánh dấu bởi những lời lên án quốc tế và những vụ đàn áp thường xuyên với người Đông Timor. Từ khi Suharto từ chức, một quá trình tăng cường dân chủ gồm cả một chương trình trao quyền tự trị cho các vùng, và cuộc bầu cử tổng thống trực tiếp năm 2004. Tình trạng bất ổn chính trị và kinh tế, bất ổn xã hội, tham nhũng và chủ nghĩa khủng bố đã giảm sút đáng kể. Dù các quan hệ giữa các tôn giáo và các nhóm sắc tộc phần lớn hài hòa, những vấn đề bất đồng và bạo lực tại một số khu vực vẫn thỉnh thoảng xảy ra. Một cuộc dàn xếp chính trị cho cuộc xung đột vũ trang ly khai ở Aceh đã được thực hiện năm 2005.