Der zweite bedeutende Dauereinsatz geschah im Rahmen des Jugoslawischen Bürgerkrieges auf dem Balkan von 1992 – 1995. In der "Operation Deny Flight" setzten die Vereinigten Staaten über Bosnien-Herzegowina ein Flugverbot für Flugzeuge der jugoslawischen Armee durch. Gegen Ende des Krieges bombardierten amerikanische Luftstreitkräfte von Stützpunkten in Italien und von den Flugzeugträgern USS Nimitz (CVN-68) und USS America (CV-66) in der Adria aus Ziele der Armee der Republika Srpska, die von den Vereinten Nationen designierte Schutzzonen missachteten, UN-Friedenstruppen als Schutzschilde missbrauchten und die ansässige Zivilbevölkerung bedrohten. In diesem Zusammenhang gelangte der Pilot Scott O’Grady durch seine Rettung aus Bosnien nach dem Abschuss seines Flugzeuges zu einer Bekanntheit, die sich auch in der Populärkultur niederschlug.