1802 verkaufte Lindenau Machern und widmete sich in den folgenden Jahren intensiv dem Ausbau der Glienicker Anlagen. Mit der Niederlage Preußens unter den napoleonischen Truppen 1806 und der infolge der französischen Besetzung stagnierenden preußischen Wirtschaft geriet auch Lindenau in wirtschaftliche Schwierigkeiten. 1807 erhielt er zudem den Abschied aus dem Staatsdienst und sah sich genötigt, Glienicke zu verkaufen. Doch der Verkauf von Landgütern erwies sich seinerzeit als nahezu unmöglich. Nachdem sich die Idee, Glienicke in einer Lotterie auszuspielen, als nicht umsetzbar erwiesen hatte, verpachtete Lindenau zeitweise das stattliche Anwesen. Gleichzeitig bereitete er seine Übersiedelung auf sein Gut Büssow (heute Buszów) in der Neumark vor.