След избухването на Ноемврийското въстание, макар и вече в напреднала възраст, Малаховски се включва в борбата с руснаците. През февруари 1831 е на левия фланг в Гроховската битка. Месец по-късно получава командването на дивизия от въстаническите войски. В неуспешната битка при Остроленка е ранен, но се възстановява. През август, когато руските войски са вече на подстъпите на Варшава, генерал Малаховски е назначен от президента Круковецки за негов помощник във върховното командване. След втория щурм, с който руснаците достигат до подстъпите на града, застава начело на защитниците и ги извежда на десния бряг на Висла, оставяйки Варшава в руски ръце. Още на следващия ден (9 септември 1831) сдава правомощията си на генерал Мачей Рибински. След като въстаническите лидери решават, че по-нататъшната съпротива е безсмислена, Малаховски отхвърля амнистията, предложена му от руснаците, и заедно със семейството си става един от хилядите полски емигранти във Франция.