Det Nordiska sjuårskriget 1563–1570 innebar den första katastrofen för Eksjö stad. I samband med den danske fältherren Daniel Rantzaus fälttåg brändes staden ner av befolkningen år 1568. Samma år skickade Erik XIV ett brev till sin slottsbyggare i Vadstena, flamländaren Arendt de Roy, där denne befalldes att skyndsamt bege sig till Eksjö. Där stakade han ut hur den nya staden skulle byggas och på Erik XIV:s befallning flyttades staden till den ås där stads- och sockenkyrkan var belägen sedan medeltiden. År 1602 fick Eksjö sin första skola.