En kritisk punkt under hela Adenauers regeringstid var den bristande avnazifieringen. I regel fortsatte de allra flesta tjänstemän och jurister från Tredje Riket sina karriärer i Västtyskland och även politiker i Adenauers närmaste krets hade varit djupt involverade i Tredje Rikets politik (t.ex. Hans Globke som hade medverkat i Nürnbergslagarna). Däremot gick västtyska domstolar hårt åt folk på vänsterkanten där aktiva kommunister principiellt inte fick något skadestånd för de brott de hade blivit utsatta för under nazismen. Det var överlag svårt för många av nationalsocialismens offer att få skadestånd, de första skadestånden betalades ut först sent på 50-talet och omfattade då bara vissa motståndsgrupper och deras anhöriga, främst attentatsmännen som medverkade den 20 juli 1944.