Nizan voelde zich er in 1939, door het nieuws over het niet-aanvalsverdrag tussen nazi-Duitsland en de Sovjet-Unie, echter toe gedwongen de Franse communistische partij te verlaten. In het licht van zijn actieve deelname aan de anti-fascistische beweging, alsmede door zijn inzet voor de republikeinse zaak in de Spaanse Burgeroorlog, kon Nizan de snelle verschuiving van zijn partij tegen het Spaanse Volksfront niet accepteren. Door deze actie werd hij binnen de communistische partij lange tijd als een verrader beschouwd. Tijdens de aanloop naar de Tweede Wereldoorlog en de mobilisatie meldde Nizan zich aan bij het Franse leger. Hij maakte deel uit van de Franse achterhoede, die de Britse evacuatie (Operatie Dynamo) tijdens de Slag om Duinkerke moest dekken en werd daarbij dodelijk getroffen.