Његов престиж је произлазио из чињенице да је био једини генерал, који је успевао да побеђује Французе. Започео је са реформама, којима је заменио аустријске застареле методе ратовања 18. века. Прихватио је француску ратну организацију и тактику, Такву битно ојачалу армију Наполеон је 1809. успео да победи тек након дуге и очајне борбе. Почетни успеси аустријске војске били су неутрализовани поразима код Ландшута и битком код Екмила. Међутим након евакуације Беча надвојвода Карло је победио у бици код Ашперна. Постао је познат по победи над Наполеоном у бици са бројчано подједнаким армијама. После тога су Аустријанци изгубили битку код Ваграма. Наполеон је у те две битке претрпио преко 50.000 жртава. На крају кампање надвојвода Карло је предао све своје дужности.