För sina insatser på östfronten dekorerades Wagner med Riddarkorset. I oktober 1943 övertog han befälet för 23. SS-Freiwilligen-Panzergrenadier-Division Nederland (niederlandische Nr. 1), som bland annat sattes in i Kroatien och Kurland-fickan. Våren 1944 var Wagner under en kort period befälhavare för 4. SS-Polizei-Panzergrenadier-Division, innan han ånyo tog befäl över 23. SS-Freiwilligen-Panzergrenadier-Division Nederland (niederlandische Nr. 1).