Nonostante la partenza di molti giovani Negraresi per il fronte, i primi anni della seconda guerra mondiale non incisero nella vita del luogo. Tuttavia, con il progredire del conflitto molti cittadini veronesi dovettero cercare ospitalità nella valle per sfuggire ai continui bombardamenti degli alleati che imperversavano sulla città. In seguito alla caduta del fascismo e alla firma dell'armistizio di Cassibile, l'Italia centrale e settentrionale venne occupata dai tedeschi che si stanziarono anche a Negrar, requisendo edifici e imponendo agli uomini lavori obbligatori. Nonostante ciò, non si verificò alcun episodio di molestia tra i soldati della "Wehrmacht" e la popolazione locale. Vi è comunque da ricordare la presenza di movimenti di Resistenza acquartieratati sul monte Comun e a Vigolo. Negrar dovette subire un unico bombardamento: cinque bombe vennero sganciate presso villa Bertoldi dove alcuni soldati tedeschi festeggiavano di notte con le luci accese; tuttavia, ciò non causò nessuna vittima. Terminata la guerra, settantaquattro soldati Negraresi non fecero mai ritorno a casa: tra questi 48 vennero dichiarati dispersi mentre 26 perirono al fronte.