До 1993 года выступал за юношеские сборные Германии. В 1998 году впервые вышел на поле в качестве игрока сборной Германии, заменив на 73-й минуте Ульфа Кирстена в матче против Молдавии. Принимал участие в чемпионате Европы 2000 и чемпионате мира 2002. За свою карьеру в сборной Янкер провёл 33 игры, забив 10 голов.