Al termine della stagione 1998-1999 centra il primo titolo europeo, vincendo la Coppa delle Coppe, mentre in campionato la Lazio si piazza seconda alle spalle del . Nella stagione successiva vince anche la Supercoppa europea battendo il , con Marchegiani che salva il risultato su colpo di testa ravvicinato di Andy Cole. Arriva poi, oltre all'esordio in Champions League, la conquista dello scudetto del 2000. Nella stessa stagione Marchegiani conquista anche la Coppa Italia, senza però mai scendere in campo in quanto in tutti gli incontri è sempre stato schierato il suo vice Marco Ballotta.