После 1054 года вследствие великой схизмы церковно-каноническое, а затем и евхаристическое общение Константинополя с Римской церковью Западной Римской империи было постепенно прервано. Обе Церкви полагали друг друга отпавшими от единства Единой Святой Кафолической и Апостольской Церкви и пребывающими в схизме, а в Константинополе обвиняли Рим и в ереси. Между Константинопольской церковью (по требованию императоров) и папским престолом заключались унии: на Лионском соборе в 1274 году, которую обе стороны понимали по-разному, и на Ферраро-Флорентийском соборе в 1438—1439 годах, в результате которого обе унии были отвергнуты церковным народом, и благодаря ему был воссоздан православный Константинопольский патриархат. После падения Константинополя (1453) турки-османы изгнали из Константинополя сторонников унии и признали Константинопольским патриархатом только православный патриархат во главе с патриархом Геннадием Схоларием. Патриархия стала также единственным легально существующим в Османской империи институтом православных подданных султана (православного миллета) и имела широкие гражданско-судебные и иные полномочия над ними (Печская патриархия сербов была создана только на короткое время).