W 2006 roku wybuchła afera Calciopoli, która wstrząsnęła całym światem włoskiej piłki nożnej i w którą był również zamieszany Milan, przez co opinia o zespole została mocno nadszarpnięta. Ostatecznie klub dostał pozwolenie na kontynuowanie rozgrywek w Europie, dzięki czemu najlepsi piłkarze pozostali w klubie. W sezonie 2006/2007 wraz z Kaką stworzył duet pomocników prezentujący nienaganny styl gry i wysoką skuteczność zespołu, co pomogło mu z czwartym w swojej karierze triumfie w Lidze Mistrzów (najlepszy pomocnik rozgrywek), Superpucharu Europy 2007 oraz klubowego mistrzostwa świata 2007, na których został nagrodzony Srebrną Piłką.