Después de la invasión alemana de la Unión Soviética en 1941, Bialystok fue ocupada por el ejército alemán. Mientras tanto, la población judía había aumentado debido a la afluencia de más de 60.000 personas. El día de la ocupación alemana, el 27 de junio de 1941, pasó a ser conocido por la comunidad judía como el "viernes rojo", pues un batallón de la Policía alemana encabezada por el coronel Ernst Weis reunió a un grupo de personas en la Gran Sinagoga ubicada en el barrio judío, para después prenderle fuego. Al menos 700 personas resultaron quemadas vivas. En total, se produjo en las primeras dos semanas de la ocupación alemana, la muerte de 4.000 judíos, por ataques o asesinatos en masa, bajo las órdenes directas del líder de las SS Heinrich Himmler.