Το ίδιο έτος κλήθηκε στην Εθνική Ελλάδος, στο φιλικό παιχνίδι με την Πολωνία στις 6 Μαΐου 1976, που έγινε στο γήπεδο Λεωφόρου Αλεξάνδρας (σκορ 1-0). Όμως, επειδή είχε ήδη αγωνιστεί σε επίσημες συναντήσεις με τις «μικρές» εθνικές της Σοβιετικής Ένωσης δεν του επιτράπηκε να αγωνιστεί σε άλλο ματς της Εθνικής Ελλάδας. Η ΕΠΟ, ωστόσο, φαίνεται ότι δεν έκανε ποτέ τις σωστές κινήσεις για να πείσει την ΦΙΦΑ ότι ο Χατζηπαναγής έστω κι αν είχε παίξει στην ολυμπιακή ομάδα της Σοβιετικής Ένωσης, έπρεπε να αγωνιστεί κανονικά στην Εθνική Ομάδα της Ελλάδας. Αγωνίστηκε ξανά, τιμής ένεκεν, στις 14 Δεκεμβρίου 1999 σε ηλικία 45 ετών, στο αποχαιρετιστήριο παιχνίδι που έδωσε προς τιμήν του η Εθνική Ελλάδας με την Γκάνα (σκορ 1-1), στο Καυτανζόγλειο Στάδιο. Στο παιχνίδι αυτό αγωνίστηκε μόνο 21 λεπτά αλλά πρόλαβε να δείξει τη μεγάλη κλάση του, αφού στο 13ο λεπτό δημιούργησε το μοναδικό γκολ της εθνικής. Με έξοχη μπαλιά στην πλάτη της άμυνας έβγαλε μόνο του το Βενετίδη απέναντι στον τερματοφύλακα, ο οποίος απέκρουσε το πρώτο σουτ για να σκοράρει στη συνέχεια ο Κυπαρίσσης. Το γεγονός ότι δεν αγωνίστηκε στην εθνική φυσικά του κόστισε σε φήμη και στη διεθνή αναγνώριση της καριέρας του, ειδικά με την πρώτη συμμετοχή στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου του 1980, που ήταν η πρώτη διεθνής επιτυχία της εθνικής Ελλάδας.