Vuonna 2003 Yhdysvallat aloitti Irakin sodan Saddam Husseinin hallinnon kaatamiseksi, ja Yhdysvaltain merijalkaväki osallistui muiden muassa Fallujan kaupungin valtaamiseen. Sotatoimien päättymisen jälkeen yli 3 000 merijalkaväen sotilasta osallistui Irakin hallituksen joukkojen rinnalla muiden muassa vuonna 2004 operaatio Phantom Furyyn, jonka oli tarkoitus kaapata Falluja, jonka Irakin vastarinta oli miehittänyt Husseinin hallinnon kaatumisen jälkeen. Merijalkaväen sotilaita on kuitenkin myös syytetty sotarikoksista Irakissa, kuten vuoden 2005 Hadithan verilöylystä, jossa Yhdysvaltain merijalkaväki tappoi 24 irakilaista siviiliä Hadithan kaupungissa Länsi-Irakissa.