Operasyon aralarında Belgrad'daki Çin Büyükelçiliği'nin bombalanmasının da bulunduğu yüksek sivil kayıplardan dolayı eleştirilse de, Yugoslavya Devlet Başkanı Slobodan Milošević'in 3 Haziran 1999'da uluslararası bir barış planının şartlarını kabul etmesiyle Kosova Savaşı sona erdi. 11 Haziran'da ise Milošević, BMGK'nin 1244 sayılı kararını kabul etti ve NATO'nun KFOR barış gücü BM öncülüğünde kuruldu. Bir milyona yakın mülteci Kosova'yı terk etti. Şiddet caydırıcılığının yanında KFOR, insani görevleri korumakla da görevliydi. Ağustos-Eylül 2001'de ittifak ayrıca Makedonya'daki etnik Arnavut milisleri silahsızlandırmak için Zorunlu Hasat Harekâtı'nı başlattı. 1 Aralık 2013 itibarıyla 31 ülkeden 4.882 KFOR askeri, bölgede görev yapmaya devam etmektedir.