Sukcesy Bogdana Zajączkowskiego w Wiśle Płock spowodowały, że ZPRP powierzył mu funkcję selekcjonera męskiej reprezentacji Polski, która pod wodzą Zajączkowskiego po raz pierwszy w historii grała na mistrzostwach Europy (2002 w Szwecji - 15. miejsce, 2004 w Słowenii - 16. miejsce) oraz po 13 latach awansowała na mistrzostwa świata 2003 w Portugalii, na których zajęła 10. miejsce. Bogdan Zajączkowski po nieudanych kwalifikacjach do igrzysk olimpijskich 2004 w Atenach dnia 19 kwietnia 2004 roku podał się do dymisji.