Op 2 september 2006 maakte Lafata zijn debuut in het Tsjechisch voetbalelftal. Op die dag werd met 2–1 gewonnen van Wales in een kwalificatiewedstrijd voor het EK in 2008. De spits kwam een kwartier voor het einde van het duel in het veld, toen hij van bondscoach Karel Brückner mocht invallen voor Marek Kulič. Binnen één minuut wist hij zijn eerste interlanddoelpunt te maken. In de een-na-laatste minuut tekende Lafata ook voor zijn tweede treffer. Tussen 2007 en 2009 speelde de aanvaller geen interlands. Vanaf het moment dat Lafata speler van FK Jablonec werd, werd hij frequenter opgeroepen voor het nationale team. In 2012 werd hij door bondscoach Michal Bílek opgenomen in de selectie van Tsjechië voor het EK 2012. Op dit toernooi kwam hij eenmaal in actie. Op 8 juni werd met 1–4 verloren van Rusland en vijf minuten voor tijd mocht Lafata als vervanger van Milan Baroš het veld betreden. Na het EK kwam Lafata vaker in actie. Op 14 november 2012 wist hij twee doelpunten te maken, in een oefenduel met Slowakije. Ook debutant Bořek Dočkal maakte een doelpunt en zo werd het 3–0. Ten tijde van de derde treffer was Lafata al gewisseld voor Libor Kozák, die ook zijn debuut maakte. Tijdens de kwalificatiereeks voor het WK 2014 speelde Lafata zes van de tien wedstrijden. Door een derde plaats in de poule, achter Italië en Denemarken, waren de Tsjechen uitgeschakeld voor de eindronde. In het najaar van 2014 startte de kwalificatiewedstrijden voor het EK 2016. Van de tien wedstrijden deed Lafata er zeven mee. Tsjechië wist onder meer IJsland, Turkije en Nederland onder zich te houden en met een eerste plek kwalificeerden de Tsjechen zich voor het EK. Op het toernooi was Tsjechië na nederlagen tegen Spanje (0–1) en Turkije (0–2) en een gelijkspel tegen Kroatië (2–2) uitgeschakeld na de groepsfase. Lafata stopte na afloop van het EK als international.