Bush igangsatte også invasionen af Irak, der startede den 20. marts 2003 og fældede Saddam Husseins diktatur. Men krigen i Irak blev efterhånden langt vanskeligere end Bush-administrationen havde regnet med. Blandt andet blev det afsløret, at amerikanske soldater torturerede irakiske fanger i Abu Ghraib-fængslet 32 km vest for Bagdad. Et problem var, at man opløste Iraks militær og sikkerhedspoliti uden at tage deres våben.