Da quel momento si intensificò la pratica, da parte della nazionale ecuadoriana, di scegliere l'Olímpico Atahualpa come sede delle proprie sfide interne per le qualificazioni ai mondiali. Dopo aver ospitato ben 6 delle 9 gare interne per le partite di qualificazione a Francia '98, l'impianto fu dichiarato "la casa de la Selección Ecuatoriana de Fútbol". Durante le qualificazioni a Giappone-Corea del Sud 2002 la "Tricolor" disputò qui 7 gare su 9 e al termine delle eliminatorie colse la sua prima storica qualificazione alla rassegna iridata.Infine, in occasione delle eliminatorie per Germania 2006, l'Ecuador giocò qui addirittura 9 volte su 9: anche in questo caso il cammino fu suggellato con la qualificazione al mondiale (dove, oltretutto, la "Tricolor" giunse brillantemente fino agli ottavi di finale).