JSO принимали участие в многочисленных боевых операциях во время эскалации Косовского кризиса. В то время были задействованы вертолёты Ми-24 для атак на тренировочные лагеря и транспорт сепаратистов, также их использовали в медицинской эвакуации. Во время бомбардировок Югославию, вертолеты JСО продолжали делать эвакуационные вылазки, при этом не понеся потерь.