Mugesera war vor Beginn des Völkermords in Ruanda ein Anführer des Mouvement républicain national pour la démocratie et le développement (MRND). In einer Ansprache vor MRND-Mitgliedern am 22. November 1992 rief er als erster hoher Politiker öffentlich zur Ermordung der Tutsi und oppositioneller Hutu auf. Daraufhin wurde er wegen Volksverhetzung angeklagt. 1993, ein Jahr vor dem Völkermord, flüchtete Mugesera nach Kanada.