Агани оставался в Косово во время войны и избежал первоначальной чистки видных косовских албанцев из Приштины, проведённой сербскими военными. НАТО ошибочно объявило о его смерти через несколько дней после начала своей операции против Югославии в марте 1999 году, но он на самом деле скрывался в конспиративных квартирах в течение пяти недель, которые потратил на то, чтобы начать писать книгу. Агани попытался бежать в Македонию на поезде, но на границе его остановили. Поезд был отправлен обратно в Приштину, а Агани был снят с него сербской полицией. Несколько дней спустя его тело было найдено недалеко от деревни Липян. Сербские СМИ обвинили в его гибели Армию освобождения Косово, его же семья, АОК и западные политики — силы безопасности Югославии.