Después de ajustar el HSI, Garcez programó el sistema de gestión de vuelo de la aeronave (PMS) para la distancia a Belém (346 kilómetros). El plan de vuelo indicaba una altitud de 29.000 pies (8.839 m) (FL 290), y una duración de 48 minutos. Cuando el cocapitán Zille llegó a su asiento, en lugar de revisar su propio plan de vuelo para ajustar su HSI - como estaba obligado a hacerlo - solo copió el indicador del capitán y puso el suyo a los mismos parámetros. A las 17:45, el vuelo 254 despegó de Marabá, y el piloto automático comenzó una larga curva de 158° a babor, en lugar de los 41 grados a estribor que se debe esperar durante un vuelo normal a Belém. Se creyó que el error pudo deberse en parte a que la tripulación estaba escuchando un partido para clasificar para la Copa Mundial de Fútbol entre Brasil y Chile en la radio.