У лютому 2001 року аль-Башир уклав перемир'я з Народною армією визволення Судану, хоча сутички тривали ще три роки. 19 листопада 2004 року під тиском ООН було підписано мирну угоду з повстанцями, яка зупинила двадцятилітню війну. Згідно з угодою і новою тимчасовою конституцією, яку було прийнято у червні 2005 року, Південний Судан отримав автономні права протягом шести років, по завершенню яких мав бути проведений референдум про незалежність країни. Угодою також розподілялись порівну прибутки від видобутку і продажу нафти.