Op 13 maart 1938 kreeg Bürckel de opdracht, om de sinds 1933 in Oostenrijk verboden NSDAP te reorganiseren en de volksstemming na de annexatie van Oostenrijk voor te bereiden, die op 10 april 1938 plaatsvond. Na de stemming, werd hij nog hetzelfde jaar "„Reichskommissar für die Wiedervereinigung Österreichs mit dem Reich“" (vrije vertaling: Rijkscommissaris voor de hereniging van Oostenrijk met het Duits Rijk). Tevens was hij vertegenwoordiger voor de "Gleichschaltung" (gelijkschakeling) van Oostenrijk.