Lokakuun vallankumouksen jälkeen bolševikit karkottivat Botškarjovan entiselle kotiseudulleen Tomskiin, josta hän kuitenkin palasi Pietariin jo vuoden 1918 alussa. Kun Botškarjovalla paljastui olleen yhteyksiä valkoiseen armeijaan, bolševikit antoivat hänelle kuolemantuomion, joka kuitenkin muutettiin karkotukseksi. Huhtikuussa 1918 Botškarjova matkusti Vladivostokin kautta Yhdysvaltoihin, jossa hän keskusteli Venäjän tilanteesta presidentti Woodrow Wilsonin kanssa ja saneli New Yorkissa muistelmansa venäläiselle emigranttikirjailijalle Isaac Don Levinelle. Yhdysvalloista Botškarjova jatkoi matkaa Iso-Britanniaan, josta hän kuningas Yrjö V:n tavattuaan palasi jälleen Neuvosto-Venäjälle. Botškarjova matkusti Pohjois-Venäjän interventioon osallistuvien brittijoukkojen mukana Vienanmeren rannalla sijaitsevaan Arkangeliin ja jatkoi sieltä edelleen huhtikuussa 1919 Tomskiin. Botškarjovan tarkoituksena oli nyt koota amiraali Aleksandr Koltšakin joukkojen alaisuuteen naisista muodostettu lääkintäosasto, mutta hän jäi jälleen bolševikkien vangiksi, ja salainen poliisi Tšeka teloitti hänet Krasnojarskissa toukokuussa 1920.