V roce 1965 vyhlásilo Ministerstvo školství a kultury území nejprve jako státní přírodní rezervaci, později však za národní přírodní rezervaci. Božídarské rašeliniště se dále svou významností dostalo do soustavy evropsky významných lokalit Natura 2000 a následně bylo vyhlášeno za mokřad mezinárodního významu dle Ramsarské úmluvy.