ז'פרסון החל את הופעותיו בנבחרות ברזיל בנבחרת על גיל 20 בגביע העולם בכדורגל עד גיל 20 2003. לנבחרת הבוגרת הוא הוזמן לראשונה בקופה אמריקה 2011 כמחליפו של ז'וליו סזאר, אולם לא שיחק ולו במשחק אחד. ז'פרסון המשיך לשמש כשוער מחליף בנבחרת והיה בסגל נבחרת ברזיל לגביע הקונפדרציות 2013, ובמונדיאל 2014, וכשוער ראשון בקופה אמריקה 2015.