"Windhausenia" sopravvisse al grande scambio faunistico americano di fine Pliocene. Probabilmente "Windhausenia" evitò la competizione con l'affine "Macrauchenia" adattandosi a vivere in altri ambienti e tipi di clima: i fossili di "Windhausenia", noti esclusivamente nella regione subtropicale (in contrasto con le zone temperate o tropicali di "Macrauchenia" o di altri macraucheniidi), sono stati ritrovati associati a depositi eolici, corrispondenti ad ambienti aridi e semiaridi. "Windhausenia" occupava un ambiente più simile a quello dei cammelli rispetto a quello di "Macrauchenia".