1989年10月17日，旧金山南部、聖塔克魯茲附近的地下发生地震，造成舊金山的多數高速公路嚴重受損，而灣區捷運系統具有防震的設計；地震後六個小時，灣區捷運的列車開始恢復營運，次日凌晨5点便恢复了正常时刻表，成為舊金山灣區內唯一可以跨越多數地區的運輸系統。虽然在後續的餘震-{}-中，營運仍然需要暫停數小時，直到以人力確認所有軌道及各隧道的狀況後，才能恢復營運，但地铁依然保持着24小时的服务到同年12月3日。