Ruandasta Ruandan isänmaallisen rintaman voittoa paenneet pakolaiset, lähinnä Ruandan kansanmurhan jälkeisiä tutsien kostotoimia pelänneet hutut, saattoivat Kongon itäosan sekasorron valtaan. Siellä jo 1960-luvulla ilman menestystä kapinoinut Laurent Kabila, jota Che Guevara oli käynyt tukemassa 1960-luvulla, käytti tilaisuuden hyväkseen ja johti ”Demokraattisten voimien liiton Kongon vapauttamiseksi” (AFDL) ensimmäisessä Kongon sodassa (1996–1997) Mobutua vastaan ja onnistui syöksemään hänet vallasta vuonna 1997. AFDL:n joukkojen pääosa oli tutseja. Sitä tukivat Suurten järvien alueen valtioiden johtajat, lähinnä Ruandan Paul Kagame ja Ugandan Yoweri Museveni. AFDL eteni Kongojokea alas kohdaten vain vähäistä vastarintaa Kinhasan armeijan joukkojen vaihtaessa puolta. Kabila sai uskottavuutta ollessaan Mobutun pitkäaikainen vastustaja ja Patrice Lumumban kannattaja. 16. toukokuuta 1997 monikansalliset joukot etenivät Lubumbashin lentokentälle neuvottelujen keskeytyessä ja Mobutu pakeni maasta. Samana päivänä Kabila julistautui presidentiksi. Vuonna 1997 valtion nimi muutettiin Zairesta takaisin Kongon demokraattiseksi tasavallaksi.