לאחר הפיכת 1964, הפיקוד העליון המהפכני, שהורכב מגנרל קוסטה אה סילבה, מייג'ור גנרל קורייה דה מלו וסגן האדמירל אוגוסטו רדמאקר, הפך בפועל לחונטה צבאית שלטת והחל בתיקון לחוקה הברזילאית שהחל את תקופת הדיקטטורה הצבאית בברזיל. ב-15 באפריל קיבל ראש המטה הכללי אומברטו קסטלו ברנקו את הנשיאות, לאחר שהודח הנשיא האזרחי הזמני, פסקואל רניירי מזילי. סמכויות מוסד הנשיאות הוגדלו ובפועל היה ברנקו לדיקטטור צבאי. במהלך ממשלתו של ברנקו, קוסטה אה סילבה שירת בתפקיד שר המלחמה והיה חלק מהפלג ה"קיצוני" בשורות הכת הצבאית השלטת שדחק בנשיא ברנקו להמשיך בשלטון הדיקטטורי ולא להשיב את השלטון האזרחי מחשש כי דבר שכזה יאפשר הפיכה קומוניסטית. קוסטה אה סילבה הגיש את מועמדותו לנשיאות ברזיל במטרה להחליף את ברנקו עת הסתיימה הקדנציה שלו בנשיאות. הבחירות לנשיאות היו עקיפות ובפועל קוסטה אה סילבה הפך לנשיא הודות לקשריו הפנימיים עם הדרג הצבאי השלט בתוך הדיקטטורה. הוא הושבע לנשיאות ברזיל ב-15 במרץ 1967 והיה לנשיאה ה-27 של המדינה.