בספטמבר, נקרא הגדוד של מקינלי לתגבר את ארמיית וירג'יניה בקרב בול ראן השני. הגדוד לא הגיע בזמן אל הקרב, אבל הצטרף אל ארמיית הפוטומק כשזאת פנתה צפונה כדי לעצור את צבאו של הגנרל רוברט אדוארד לי שעמד להתקדם למרילנד. הגדוד היה הראשון שפגש בחיילי הקונפדרציה ב-14 בספטמבר. אחרי אבדות כבדות, הצליח הגדוד להרחיק את חיילי הקונפדרציה ולחם בהם בקרב אנטיאטם, אחד מהקרבות הקטלניים ביותר במלחמה. הגדוד לחם בעוז ומקינלי עצמו התחמק מאש כבדה כשהביא אספקה לחיילים בשדה הקרב. הגדוד ספג אבדות כבדות גם הפעם, אולם הארמייה ניצחה והקונפדרציה נסוגה אל וירג'יניה. הגדוד התנתק מהארמייה וחזר ברכבת אל וירג'יניה המערבית.