Negli anni successivi (1797-1781), ebbe luogo in Egitto la campagna di Napoleone Bonaparte. Il riconoscimento della Russia come protettrice dei cristiani e l'invasione di Napoleone in Palestina fecero ribellare i musulmani e peggiorarono la posizione dei cristiani palestinesi. I turchi rinchiusero nuovamente nel tempio mille cristiani (diverse centinaia di ogni confessione) e li liberarono solo dopo che i francesi si erano ritirati.