Tedder blev udnævnt til øverstkommanderende for RAF i Mellemøsten i juni 1941 med midlertidig rang af generalløjtnant ("Air Marshal") (den blev gjort permanent i april 1942). Han havde ikke været Churchills første valg til posten, men da den foretrukne kandidat ("Air Vice-Marshal" O.T. Boyd) blev taget til fange, blev Tedder udpeget. Som leder af RAF i Mellemøsten havde han kommandoen over flyoperationerne i Middelhavet og Nordafrika og dækkede evakueringen af Kreta i maj 1941 samt "Operation Crusader" i slutningen af 1941. I januar 1942 blev Tedder ridder, da han blev Knight Commander of the Order of the Bath. Tedder førte tilsyn med opbygningen af flystyrkerne i den vestlige ørken og mere vigtigt; udviklingen af mere effektive operationelle og administrative målsætninger, som ændrede den til en meget effektiv styrke, som var nøglen til de vestallieredes sejr i det afgørende slag ved el-Alamein. En af hans bombetaktikker blev kendt som "Tedder Carpet".