Da der Staat zu dieser Zeit im Verfall begriffen war, konzentrierte sich das Einsatzgebiet der OMON zunächst auf die Aufrechterhaltung der öffentlichen Ordnung und der Unterdrückung der Unabhängigkeitsbestrebungen der nichtrussischen Sowjetrepubliken. OMON-Kräfte waren unter anderem auch an Überfällen im Baltikum beteiligt. So wurden in der Folge der Januarereignisse in Litauen 1991 beim Angriff einer OMON-Einheit am 31. Juli 1991 auf eine neu errichtete Grenzstation sieben Litauer getötet.