Leurs relations se détériorent en , lorsque des commandos de la marine de guerre israélienne prennent d'assaut le ferry turc "Mavi Marmara", navire amiral d'une flottille humanitaire internationale à destination de la Bande de Gaza, faisant neuf morts et vingt-huit blessés parmi les passagers. Cet incident provoque une grave crise diplomatique entre les deux États, qui prend fin en 2013 à la suite d'un accord portant sur le versement d'une indemnisation de 20 millions de dollars par Israël. Leurs relations sont normalisées en 2016 lorsque les deux États échangent de nouveaux des ambassadeurs.