1980年5月から1981年7月まで、国防相を兼任。6月30日ベギンの発議により、クネセトはエルサレムをイスラエルの「永遠かつ不可分の首都」と宣言する法律を採択する。1981年7月イラクの原子炉攻撃を命令した（イラク原子炉爆撃事件）。1982年6月にはレバノン戦争として知られるガリラヤの平和作戦の開始を命令、レバノンでイスラエル軍が支援したカターイブ（レバノンのキリスト教系民兵）によるサブラー・シャティーラ事件の問題が明らかになると次第に国際社会からの孤立が深まっていった。