Hollandske flådeenheder beskyttede overalt i verden troppetransportskibe. De stod eksempelvis for eskortetjeneste og angreb fjendtlige mål under Operation Dynamo (1940) og Operation Overlord (1944). Under krigen tog flåden store tab, specielt under forsvaret af Hollandsk Ostindien mod Japan i Slaget i Javahavet i februar 1942. Admiralen Karel Doorman gik ned med de fleste af sine skibe samt 2.300 mand.