בעת כהונתו של שביט חוסל בבריסל המהנדס הקנדי ג'רלד בול, מפתח תותח-העל, ובאמצעי התקשורת דווח כי המוסד חיסל אותו במטרה למנוע ממנו לסייע לסדאם חוסיין. באפריל 1991 נעצרו ארבעה לוחמי המוסד בניקוסיה לאחר שפרצו לשגרירות איראן כדי להחליף סוללות למתקן האזנה. הלוחמים שוחררו לאחר תקופת מאסר קצרה. ב-1992 חוסל בפריז בכיר אש"ף עאטף בסיסו, שהיה מעורב בטבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן עשרים שנה לפני כן, ב-1972. בשנת 1995 חוסל במלטה ד"ר פתחי שקאקי, שהיה מנהיג הג'יהאד האסלאמי - וגם פעולה זו יוחסה למוסד. כמו כן, נחשפה אחת מהפרשיות המביכות בתולדות המוסד: איש המוסד יהודה גיל המציא מקור בכיר בסוריה שלא היה ולא נברא. גיל העביר ידיעות כוזבות בשמו של המקור הבדוי, שאף גרמו למתיחות צבאית בין ישראל לסוריה.