Batista dilahirkan di Banes, Cuba, pada 1901, Ayahnya bernama Belisario Batista Palermo dan ibunya Carmela Zaldívar González, Mereka adalah pejuang disaat Perang Kemerdekaan Kuba. Dia merupakan perpaduan antara Spanyol, Afrika, dan Indian dia juga memiliki darah Cina dari Ayahnya. Ibunya menamainya dengan Rubén dan memberikan nama belakang, Zaldívar. Ayahnya tidak ingun memberikan nama Batista. Di dalam akta kelahirannya di Pengadilan Banes namanya tertera Rubén Zaldívar sampai 1939. Ketika dia mencalonkan diri sebagai Presiden Kuba, dia mendaftarkan diri dengan nama Fulgencio Batista dan tentunya nama ini tidak terdaftar. Beberapa orang menuduh bahwa hakim telah di suap sebesar 15.00 peso (sekitar jumlah yang sama dalam dollar Amerika waktu itu) untuk menyelesaikan perbedaan administrasi ini.