در سال ۱۹۷۴، کروگمن موفق به اخذ لیسانس در رشته اقتصاد از دانشگاه ییل، جایی که وی یک محقق ممتاز ملی بود، شد. وی سپس در دکترای اقتصاد از مؤسسه فناوری ماساچوست (MIT) ادامه داد. در سال ۱۹۷۷، وی دکترای خود را در سه سال با پایان‌نامه ای با عنوان «مقاله‌هایی در مورد نرخ ارز انعطاف‌پذیر» با موفقیت به پایان رساند. وی همچنین در زمانی که در MIT بود، عضوی از یک گروه کوچک از دانشجویان دانشگاه بود که در تابستان ۱۹۷۶ برای یک دوره سه‌ماهه کار در بانک مرکزی پرتغال اعزام شدند. این در جریان هرج و مرج پس از انقلاب میخک بود.