Ο Μπαΐα έκανε το ντεμπούτο του στην Εθνική Πορτογαλίας στις 19 Δεκεμβρίου 1990, σε φιλική νίκη με 1-0 επί των Ηνωμένων Πολιτειών, σε ηλικία 21 ετών. Έκανε 80 συμμετοχές για την εθνική ομάδα μέχρι το 2002, παίζοντας σε όλους τους αγώνες του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος του 1996 και του 2000 (εκτός από έναν στον τελευταίο, καθώς είχαν ήδη προκριθεί) και του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 2002. Στο Ευρωπαϊκό πρωτάθλημα του 2000, απέκρουσε το πέναλτι του Άριφ Έρντεμ στην νίκη της Πορτογαλίας με 2-0 επί της Τουρκίας στον προημιτελικό.