В конце 1598 года, по окончании корейской войны, Киёмаса вернулся в Японию. В ходе политической борьбы за главенство в роде Тоётоми между Исидой Мицунари и Токугавой Иэясу он поддержал последнего. В 1600 году полководец руководил войсками союзников Токугавы на острове Кюсю.