Joaquim Murat estabeleceu um plano de conquista, enviando dois grandes exércitos para atacar bolsões de resistência pró-Fernando VII. Um exército garantiu a rota entre Madrid e Vitoria-Gasteiz e sitiou Saragoça, Girona e Valência. O outro, enviado para o sul, para a Andaluzia, saqueou Córdoba. Em vez de seguir para Cádis como planejado, o general Dupont recebeu ordens de marchar de volta a Madrid, mas foi derrotado pelo general Francisco Javier Castaños em na Batalha de Bailén em 22 de julho de 1808. Essa vitória encorajou a resistência contra os franceses em vários países da Europa. Após a batalha, o rei José Bonaparte deixou Madrid para se refugiar em Vitoria-Gasteiz. No outono de 1808, o próprio Napoleão entrou na Espanha, entrando em Madrid em 2 de dezembro e devolvendo José Bonaparte à capital. Enquanto isso, o Exército Britânico entrou na Espanha vindo de Portugal, mas foi forçado a recuar para a Galícia, na Europa Central. No início de 1810, a ofensiva napoleónica atingiu as proximidades de Lisboa, mas não conseguiu penetrar nas Linhas de Torres Vedras.