През 1895 г. Шагунов се завръща в България и облича мундира на военен капелмайстор. Назначен е като войник-капелмайстор на духовия оркестър при Трети конен полк – Пловдив. След шестмесечна служба, през 1896 г. Георги Шагунов е изпратен за титулярен капелмайстор на 2-ри конен полк в Лом. През 1897 година се установява в Бургас, където живее до смъртта си. До пенсионирането си през 1930 г. е диригент на военния оркестър на 24-ти Пехотен Черноморски полк. Взема участие в Първата Балканска война като капелмайстор на 30-и Шипченски полк.