Bis zur Machtergreifung der Nationalsozialisten 1938 waren Schloss und Güter verpachtet. Der jüdische Inhaber der Herrschaft, der sie in den Dreißigerjahren von den Maltesern gepachtet hatte, und die Besitzer einer Greißlerei, ebenfalls eine jüdische Familie, wurden bald darauf aus Mailberg vertrieben. Der Orden befindet sich in den ersten Jahren der nationalsozialistischen Herrschaft zwischen "„Anpassung und Auflösung“". Insbesondere die Besitzungen des Ordens in Österreich und Böhmen, zu denen eben auch die Kommende Mailberg mit 676 Hektar Land- und Forstwirtschaft und Weingut zählte, bilden den Kern der Auseinandersetzungen. Die Besitztümer stehen 1938 zunächst unter kommissarischer Verwaltung der SA und von 1939 bis Kriegsende unter treuhändischer Verwaltung.