По данным НКВД и НКГБ СССР от 26 января 1946 года, на Южном Сахалине до начала военных действий проживала 391 тысяча человек, из которых 286 тысяч — в 14 городах и 105 тысяч — в сельской местности. С началом военных действий около 40 тысяч человек (женщины и дети) было эвакуировано на Хоккайдо. По данным Сахалинского обкома, с острова до окончания войны выехало более 102 тысяч человек. Сотни сёл оказались покинуты, в городах на юге острова скопилось около 70 тысяч беженцев, которых в течение двух месяцев возвращали к местам постоянного проживания, но десятки тысяч человек находились в лесах и горах, скрываясь от советских войск. По данным МВД СССР от 22 октября 1946 года, на юге Сахалине было зарегистрировано 339 986 человек — 65 400 русских и 274 586 японцев, корейцев, китайцев и айнов. Репатриация проходила в два этапа: в ходе первого (октябрь 1946 — май 1948) происходила депортация гражданского населения, в ходе второго (1957—1960) — специалистов.