Густав Адолф, "Лъвът на Севера," е убит през 1632 г. в битката при Лютцен. Нейната 6-годишна дъщеря Кристина става през 1632 г. официално кралица на Швеция. Мария Елеонора се оттегля в нейния вдовишки дворец Грипсхолм. Тя няма повече свободи, нейната кореспонденция с роднините и в империята е следена. През 1640 г. решава тайно да напусне Швеция и бяга в Дания, където живее в кралския двор. На 24 декември 1642 г. се взема решение тя да напусне Дания. През лятото 1643 г. получава жилище в Инстербург и годишно 40 000 шведски талери. Кралицата-вдовица често е в дворана бранденбургския курфюрст и се оплаква от несигурното плащане на шведските пари. През лятото 1648 г. Мария Елеонора се връща обратно в Стокхолм.