Lokakuussa 2011 Heimiristä tuli Lars Lagerbäckin apuvalmentaja Islannin jalkapallomaajoukkueeseen. Kaksikko johdatti Islannin MM2014-karsinnoissa jatkokarsintavaiheeseen, mutta jäi kisojen ulkopuolelle hävittyään Kroatialle. Marraskuussa 2013 Heimir nousi jakamaan päävalmentajavastuun Lagerbäckin kanssa. Samalla kerrottiin, että Heimiristä tulee päävalmentaja Lagerbäckin sopimuksen päättymisen jälkeen vuonna 2016. Kaksikon yhteistyö jatkui menestyksekkäästi EM2016-karsinnoissa ja he johdattivat Islannin historiallisesti EM-lopputurnaukseen. Karsinnoissa Islanti hävisi vain kaksi ottelua ja voitti esimerkiksi Alankomaat kahteen kertaan.