L'AJ Auxerre a fourni de nombreux internationaux à l'Équipe de France mais aussi à d'autres sélections. L'AJ Auxerre sert donc de modèle pour d'autres clubs. Ainsi, depuis 2005, le club a signé un accord avec le club bulgare, le PFC Litex Lovetch qui a ouvert un centre de formation avec 150 élèves, suivant les conseils de Daniel Rolland et Bernard Turpin, formateurs à l'AJ Auxerre. Ces liens ont favorisé le transfert du joueur macédonien, Robert Popov qui évoluait au Litex Lovetch. L'AJ Auxerre a également contribué à la création d'un centre de formation en République du Congo afin d'aider au développement du football dans ce pays. Le Congo a ainsi organisé et remporté la Coupe d'Afrique des nations junior 2007 se qualifiant ainsi pour la Coupe du monde de football des moins de 20 ans 2007. L'AJA a ensuite recruté quatre jeunes congolais issus de ce centre de formation. L'AJ Auxerre possède aussi des partenariats avec des clubs franciliens pour y dénicher les futurs talents : Brétigny-sur-Orge dans l'Essonne et de Le Perreux-sur-Marne dans le Val-de-Marne. Le 17 octobre 2009, l'AJA signe un partenariat avec la franchise américaine Rush Soccer. Ce rapprochement a été favorisé par Jérôme de Bontin, icaunais d'origine et membre du conseil d'administration du club américain. Le 18 octobre 2009, l'AJA signe un partenariat avec le club réunionais, l'AS Excelsior. L'idée d'un accord est venue d'une proposition d'Éric Assati, ancien joueur de l'AJ Auxerre et responsable de la formation de l'AS Excelsior.