La carrière militaire d'Etterlin débuta en 1468 quand il rejoignit l'armée de la Confédération des VIII cantons au siège de Waldshut. Durant un exil temporaire de la cité de Lucerne, Etterlin participa en outre aux batailles de Grandson, Morat tout comme celle de Nancy durant la Guerre de Bourgogne. En 1477, il fut de plus impliqué dans une campagne contre le duché de Lorraine.