В августе 1998 года в товарищеском матче против сборной Чехии Йенсен дебютировал за сборную Дании. В 2002 году он попал в заявку на участие в чемпионате мира во Японии и Южной Корее. На турнире Никлас сыграл в трех матчах против сборных Уругвая, Франции и Англии.