Omedelbart före "Anschluss", Tysklands annektering av Österrike den 13 mars 1938, inträdde Wimmer i Schutzstaffel (SS) och blev statssekreterare i Seyss-Inquarts kortlivade ministär. Tillsammans med den tyska förvaltningen utarbetade han lagen för Österrikes förening med Tyskland och var medförfattare till "Gesetzes über die Wiedervereinigung Österreichs mit dem Deutschen Reich" av den 13 mars 1938.