Efter Tysklands invasion av Sovjetunionen sommaren 1941 började han kampanjerna hårt för ett amerikanskt inträde i kriget mot Nazityskland och fortsatte att förespråka enighet och nära samarbete med Sovjetunionen även efter krigsslutet, men då denna linje blev allt mer impopulär efter krigsslutet avtog hans inflytande inom kommunistpartiet och 1945 avsattes han som generalsekreterare av sin främste politiske rival, den mer sovjetkritiske William Foster, som han själv hade avsatt 1930. Under resten av sitt liv höll han sig mestadels borta från politiken men gjorde ändå regelbundna inhopp i den amerikanska politiska debatten.