W tym okresie zawiązał się konflikt Peru z Hiszpanią, próbującą odzyskać dawne wpływy w swoich byłych koloniach. Hiszpania wystąpiła z roszczeniami finansowymi względem Peru i dla wywarcia nacisku, eskadra okrętów hiszpańskich zajęła 14 kwietnia 1864 ważne dla ekonomii peruwiańskiej wyspy Chincha. Prezydent Pezet zajmował chwiejną postawę wobec żądań. 25 stycznia 1865 hiszpańskie okręty pojawiły się przed portem Callao, wystosowując ultimatum. Prezydent Pezet uległ przed groźbą i uznał żądania hiszpańskie, rozpoczynając negocjacje za pośrednictwem generała Manuela Ignacio de Vivanco. Wstępny traktat, podpisany 27 stycznia, przewidywał m.in. zapłatę Hiszpanii 3 milionów peso za zwrot wysp. Postępowanie Hiszpanii i ustępstwa rządu wywołały wielkie niezadowolenie w Peru, na skutek czego 28 lutego 1865 wybuchło powstanie antyrządowe ("Restauradora Revolution") pułkownika Mariano Ignacio Prado. 25 kwietnia 1865 Pezet utracił władzę na rzecz Prado, lecz następnie 24 czerwca 1865 objął ją ponownie. Powstanie jednak zakończyło się zwycięsko i ostatecznie 8 listopada 1865 Pezet ustąpił z urzędu, po czym wyemigrował do Anglii, osiedlając się w Richmond.