Fraichement nommé capitaine des "Lions indomptables", Moukandjo est un acteur majeur de la victoire de son pays à la Coupe d'Afrique des Nations 2017. En finale, il délivre une passe décisive pour Nicolas Nkoulou permettant au Cameroun de revenir au score contre l'Égypte avant qu'Aboubakar ne scelle le sort de la rencontre pour une victoire 2-1. Au mois de juin 2017, Moukandjo est le capitaine de la sélection camerounaise qui participe à la Coupe des confédérations. Les africains sont rapidement sortis de la compétition après deux défaites et un nul.