בסוף 1942 פעלו באזור שלושה גטאות קטנים נוספים: מיכלישקי, סולי ואשמיאני. בשל פעילות פרטיזנית מוגברת הוחלט לחסל את ארבעת הגטאות באביב 1943. כדי למזער את ההתנגדות הובאו שוטרים יהודים מגטו וילנה. כ-2,700 יהודים בעלי כושר עבודה הועברו גטו וילנה או למחנות עבודה בז'ייז'מריאי, ז'וסלה או קנה (Kena). ב-4 באפריל עלו היהודים שנותרו לרכבת משא בשוונצ'יונייליאי. נאמר להם שהם יועברו לגטו קובנה. במקום זאת, הרכבת עצרה בפונאר. חמישה קרונות רכבת הופנו למחנה עבודה בבזדוניס ושני קרונות נוספים עם אנשי היודנראט הובלו לגטו וילנה. מעטים הצליחו להימלט, אך הרוב המכריע נורה על ידי שוטרים גרמנים וליטאים. על פי מקורות נאציים, כ-4,000 יהודים נהרגו ב-5 באפריל 1943 בפונאר.