Nach der Invasion der USA im Irak ab 2003 waren auch die chaldäischen Christen in Mossul starker Verfolgung ausgesetzt. Am 1. August 2004, als es mehrere Bombenanschläge auf Kirchen in Mossul gab, wurde die chaldäische Pauluskirche durch eine Autobombe beschädigt. Ein zweiter Bombenanschlag auf die Kirche erfolgte am 6. Januar 2008, durch den es zu schweren Zerstörungen kam. Im Februar 2008 wurden Erzbischof Paulos Faraj Rahho und seine drei Begleiter bei der Rückkehr von einem Kreuzweggottesdienst von Terroristen ermordet; die Leiche des Erzbischofs wurde 13. März 2008 gefunden. 2012 wurde die chaldäische Pauluskirche vom Stiftungsamt für die Religionen der Christen, Jesiden und Mandäer erneuert. Als der Daesch (IS) am 4. Juni 2014 Mossul angriff, lebten von etwa 60.000 Christen vor US-Invasion 2003 noch rund 30.000 in der Stadt. Von diesen blieb nach der Eroberung der Stadt durch Daesch am 10. Juni 2014 niemand. Die meisten christlichen Flüchtlinge aus Mossul kamen in die überwiegend christliche Stadt Ankawa im Norden der kurdischen Metropole Erbil, wo viele in der Chaldäischen Kathedrale St. Josef Unterkunft fanden. Erzbischof Emil Shimoun Nona emigrierte nach Australien, und der Bischofssitz war vakant. Die chaldäische Pauluskirche wurde vom Daesch verwüstet, und die Verzierungen mit Zinnen im babylonischen Stil wurden, wie aktuelle Bilder zeigen, abgeschlagen.