Bereits im November 1944 wurde er zum Generalmajor befördert, kommandierte im März 1945 Kurzfristig das XXIII Corps und ab 17. März als Nachfolger von John Millikin das III Corps, das Anfang April am Sieg-Abschnitt gegen die Südfront des Ruhrkessels eingesetzt wurde und zuletzt im Verband von George S. Pattons 3. Armee in Bayern operierte. Van Fleet befehligte das III Corps über Kriegsende hinaus bis Februar 1946 als Besatzung in Süddeutschland, bis er in die Vereinigten Staaten zurückkehrte. Van Fleet wurde im Juni 1946 stellvertretender Oberbefehlshaber der 1. US-Armee. Im Dezember 1947 ging er nach Frankfurt und wurde führender Offizier der G-3 Abteilung (Operationsabteilung) des United States European Command.