Након смрти Луја Светог у Осмом крсташком рату, Маргарета се вратила у Провансу. Одржавала је блиске односе са својом сестром Елеонором, краљицом Енглеске. Остали су у контакту све до Елеонорине смрти 1291. године. Маргарета је умрла у Паризу, у манастиру Клариса кога је сама основала. Умрла је 20. децембра 1295. године у доби од 74 године. Сахрањена је у близини (али не и поред) мужа у базилици Сен Дени крај Париза. Њен гроб никада није био обележен спомеником тако да је његова локација непозната. То је био разлог због чега је Маргаретин гроб једина краљевска гробница која није уништена током Француске револуције. Вероватно је остала нетакнута до данас.