В 2009 году тренер юношеской сборной Мексики Хуан Карлос Чавес, включил Кортеса в заявку на участие в молодёжном Чемпионате Северной Америки, проходившем в Тринидаде и Тобаго. Команда заняла последнее место в группе и лишила себя шансов на поездку в Египет на молодёжный чемпионат мира 2009. Хавьер принял участие в двух встречах турнира.