Pada pertengahan 1870-an dan 1880-an Giquel menjadi semakin terlibat dalam diplomasi internasional. Dia pertama kali melayani sebagai penasihat selama "krisis Taiwan"; bentrokan diplomatik antara Jepang dan Tiongkok pada tahun 1874. Pada tahun 1881 ia membantu Tseng Chi-tse dengan damai mengakhiri "krisis IIi" antara Tiongkok dan Rusia. Giquel menghabiskan tahun-tahun terakhirnya, 1883–1885, berjuang untuk membantu mengakhiri Perang Tiongkok-Prancis yang pecah karena konflik tuntutan Tiongkok-Prancis ke Indocina. Di antara peristiwa traumatis pada periode itu, tentu saja bagi Prosper Giquel, adalah penghancuran pada bulan Agustus 1884 oleh Angkatan Laut Prancis dari Arsenal Fuzhou, pencapaian utama dari seluruh kariernya di Tiongkok, dalam Pertempuran Fuzhou.