В рамках Яванской операции крейсера прикрывали зоны высадок на Яве: «Судзуя» и «Кумано» у Индрамадзю восточнее Батавии, «Могами» и «Микума» в бухте Бантам западнее. Последние совместно с 5-й ЭЭМ в ночь на 28 февраля в ходе боя в Зондском проливе потопили американский тяжёлый крейсер «» и австралийский лёгкий крейсер «», не получив при этом повреждений. В ходе боя торпедным залпом с «Могами» ошибочно были потоплены транспорты Японской императорской армии «Сакура-мару», «Хорай-мару», «Тацуно-мару», транспорт/десантный корабль «Синсю-мару» (позже поднят и отремонтирован) и тральщик № 2: пять из шести торпед, выпущенных «Могами» по крейсеру «Хьюстон» с дистанции около 9000 м, прошли мимо цели и на скорости 48 узлов спустя 8 минут поразили транспорты, стоявшие на удалении 11 800 м от «Могами».