בעונה שלאחר מכן, עונת 2000/2001, ולנסיה הגיעה לגמר ליגת האלופות פעם נוספת. במשחק הפסידה לבאיירן מינכן בתום דו-קרב בעיטות עונשין. גם בעונה זו זכה מנדייטה בתואר "קשר השנה באירופה". שתי הזכיות הרצופות של מנדייטה בתואר היוקרתי הפכו אותו לאחד השחקנים המבוקשים באירופה, ובסופו של דבר חתם מנדייטה בקבוצת לאציו האיטלקית תמורת סכום של 29 מיליון ליש"ט - אחת ההעברות היקרות ביותר בהיסטוריה של הכדורגל.