После распада СССР и обретения независимости Таджикистаном, была организована сборная Таджикистана нового созыва. Свои первые матчи сборная провела в 1992 году. Первым официальным международным матчем сборной Таджикистана стал матч против сборной Узбекистана (2:2) в рамках Кубка Центральной Азии 1992, инициированный ФИФА. Эти матчи официально зарегистрированы ФИФА на основе того, что сборной Таджикистана и остальным четырём центральноазиатским сборным (сборным Узбекистана, Казахстана, Кыргызстана и Туркменистана) было разрешено с 1992 года участвовать в турнирах и матчах, проводимых под эгидой ФИФА. В розыгрыше Кубка Центральной Азии в формате лиги, сборная Таджикистана после второго тура отказалась от участия в турнире по причине финансовых затруднений. В 1993 году сборная Таджикистана, как и сборная Узбекистана, не провела ни одного матча из-за разгара в Таджикистане гражданской войны и финансовых затруднений. В 1994 году Таджикистан был официально принят в АФК и ФИФА, стал полноправным членом этих международных футбольных организаций. В том году сборная сыграла четыре матча против сборных Казахстана, Кыргызстана, Узбекистана и Туркменистана. В 1995 году, по причине гражданской войны и исчерпания бюджета, сборная этой страны также не смогла провести ни одного матча. В течение 1990-х годов сборная выступала не регулярно из-за гражданской войны и нехватки финансов.