In epoca classica la storia di Aliarto appare legata con quella di Tebe e della Lega beotica di cui fece parte. Fu una delle prime città della Lega a coniare monete di argento con lo scudo beota, l'emblema della Confederazione (V secolo a.C.). Non subì danni durante l'invasione persiana di Serse del 480 a.C. Quando, in seguito alla vittoria tebana sugli ateniesi nella battaglia di Coronea (447 a.C.) venne ripristinata la Lega beotica, Aliarto fu una delle undici città dello stato federale beota al quale forniva, come gli altri dieci membri, mille opliti e cento cavalieri. Il nome di Aliarto è famoso per una battaglia, avvenuta nel 395 a.C. fra Sparta e Tebe, nella quale gli Spartani furono sconfitti e Lisandro ucciso nel tentativo di scalare le mura di Aliarto.