Alliot ha corso a lungo anche con vetture sport prototipo, prendendo parte a 10 edizioni della 24 Ore di Le Mans, tra il 1981 e il 2003, cogliendo come miglior risultato 3 terzi posti. Guidando la Peugeot 905 in coppia con Mauro Baldi vinse 3 gare del Campionato Mondiale Sport Prototipi tra il 1991 e il 1992, lo stesso anno siglò la pole position alla 24 Ore di Le Mans, mentre nel 1993 il francese tornò in Formula 1.