Die nächsten nennenswerten Erfolgserlebnisse folgten nach der Jahrtausendwende. Zuvor war Owen bei der Euro 2000 zwar in allen drei Gruppenspielen vertreten und auch in einem weiteren Duell mit Rumänien (2:3) mit einem Tor erfolgreich gewesen, aber letztlich war das Turnier mit Vorrundenaus enttäuschend verlaufen. Nach dem Rücktritt von Alan Shearer war Owen unter dem neuen Trainer Sven-Göran Eriksson die neue „Nummer 1“ im englischen Sturm und mit seinem Hattrick zum spektakulären 5:1-Auswärtssieg gegen Deutschland sorgte er in dieser Rolle für erste Glanzlichter. Bei der kurz darauf folgenden WM 2002 in Japan und Südkorea holte er zunächst beim 1:0-Sieg im erneuten Aufeinandertreffen mit Argentinien den entscheidenden Elfmeter heraus. Die einzigen zwei Tore im Turnier erzielte im Achtel- und Viertelfinale gegen Dänemark (3:0) bzw. den späteren Weltmeister aus Brasilien (1:2).