Mô tả đầu tiên về chim đớp ruồi đỏ son do John Gould đề xuất vào năm 1839. Ông cũng là cha đẻ của chi "Pyrocephalus" mà ta biết ngày nay. Gould định danh loài mới phát hiện của mình là "Pyrocephalus obscurus", dựa vào các mẫu vật mà Charles Darwin mang về trong chuyến hải hành thứ hai của tàu HMS "Beagle", kéo dài từ năm 1831 đến 1836. Loài này sau đó được nhà động vật học người Anh George Robert Gray định danh là "Pyrocephalus rubinus" vào năm 1840, dựa trên mẫu vật khác của Darwin lấy từ quần đảo James. Năm 2016, một nghiên cứu di truyền phân tử đã thay đổi nguyên tắc phân loại của loài, tách ra một số loài mới và tái định danh loài này là "Pyrocephalus obscurus." Trước khi nghiên cứu, chim đớp ruồi đỏ son được coi là một chi đơn loài, nhưng ngày nay, các nhà phân loại học (bao gồm Hiệp hội Sinh vật học Quốc tế) đã tách ba trong số các phân loài của chúng ra thành những loài riêng biệt. Đó là chim đớp ruồi Darwin, chim đớp ruồi San Cristóbal và chim đớp ruồi đỏ tươi.