Początek wojny domowej w Burundi doprowadził do upadku jej rządu. Prezydent Ndadaye został zamordowany w październiku 1993 i rozpoczęły się czystki etniczne. Sylvie Kinigi, która formalnie pełniła obowiązki głowy państwa, znalazła schronienie w ambasadzie francuskiej, gdzie przetrwała wojnę. Po wyborze Cyprien Ntaryamira na prezydenta w styczniu 1994 nadal piastowała funkcję premiera kraju. Zastąpił ją w lutym Anatole Kanyenkiko. W czasie kolejnych burzliwych wydarzeń politycznych – śmierci prezydenta Ntaryamira w zamachu i obaleniu Sylvestre Ntibantunganya – przeszła z polityki do sektora gospodarczego. Pracowała w państwowym banku centralnym. Angażuje się w projekty ONZ.