ב-1 במאי 1943 קיבל אונישי דרגת תת-אדמירל, ובאוקטובר של השנה לאחר מכן קיבל את הפיקוד על הצי האווירי הראשון בבסיסו שבצפון הפיליפינים. לאחר אובדן איי מריאנה ב-1944 קיבל אונישי הוראה להשמיד את נושאות המטוסים האמריקניות, והחל לשלוח טייסי קמיקזה כנגד אוניות בעלות הברית. בעת פגישה ב-19 באוקטובר אמר אונישי לפקודיו שהדרך היחידה להפיק את המקסימום מכוחותיהם הנחותים היא לערוך התקפות התאבדות תוך שימוש במטוסי A6M זירו חמושים בפצצות במשקל 250 קילוגרם, שיצללו לתוך אוניות האויב.