Bộ phim giật gân "You Were Never Really Here" (2017) do Lynne Ramsay viết kịch bản và đạo diễn dựa trên cuốn tiểu thuyết cùng tên của nhà văn Jonathan Ames được xếp vào hàng những bộ phim được đánh giá cao nhất trong sự nghiệp của Phoenix. Phim kể về Joe, một cựu đặc vụ FBI và cũng là cựu binh trong Chiến tranh vùng Vịnh, cùng nhiệm vụ tìm kiếm những cô gái trẻ đang bị mất tích. Để chuẩn bị cho vai diễn, Phoenix đã nhờ đến sự tư vấn của một cựu vệ sĩ chuyên làm nhiệm vụ giải cứu những trẻ em bị bọn buôn người bóc lột và lạm dụng tình dục; anh cũng phải tăng một lượng cân nặng và cơ bắp đáng kể cho vai diễn này. Phoenix là sự lựa chọn đầu tiên và duy nhất của Ramsay cho vai diễn; Ramsay cũng gọi anh là "tri kỷ của tôi trong việc làm phim". Bộ phim được ra mắt tại Liên hoan phim Cannes 2017, nhận về vô số lời hoan nghênh từ khán giả và giới chuyên môn, đồng thời cũng mang về cho Phoenix một giải cho Nam diễn viên chính xuất sắc nhất của Liên hoan phim Cannes. Justin Chang của "Los Angeles Times" đã miêu tả màn trình diễn của Phoenix trong phim là "đầy mê hoặc".