Cuando el ejército inglés abandonó al rey, este huyó a Francia, acompañado de Patrick. En 1689 ambos volvieron a Irlanda para iniciar la resistencia ante Guillermo de Orange. Durante la Guerra Guillermita de Irlanda, Sarsfield se encargó de mantener Connacht en manos jacobitas. El rey, que le describió como un tipo valiente, pero sin cabeza, pronto le ascendió a General de Brigada y, más tarde, aunque con reservas, a General Mayor.