Na procesie norymberskim Seyss-Inquartowi postawiono zarzuty „spiskowania w celu dokonania zbrodni przeciw pokojowi”, „planowania i podżegania do wojny i agresji”, zbrodnie wojenne i zbrodnie przeciw ludzkości. Uznano go winnym wszystkich zarzutów z wyjątkiem pierwszego i skazano na karę śmierci przez powieszenie. Amerykańskie gazety okrzyknęły go mianem „konia trojańskiego nazistów”. Psycholog więzienny Gustave Gilbert podczas swoich badań na osadzonych ustalił ich iloraz inteligencji (IQ) – Seyss-Inquart miał wynik 141 (drugi najwyższy wśród oskarżonych). Jego ostatnie słowa brzmiały: "„Mam nadzieję, że ta egzekucja to ostatnia tragedia podczas drugiej wojny światowej, oraz że nauką płynącą z wojny będzie pokój i zrozumienie, które powinny istnieć wśród ludzi. Wierzę w Niemcy”". Wyrok wykonano 16 października 1946 roku.