Nach der Reichsgründung und dem Frieden von Frankfurt folgte am 15. Juli 1871 die Übernahme mit seinem Regiment in den Verbund der Preußischen Armee. Anlässlich der Herbstübungen des XIV. Armee-Korps fungierte Böcklin als Ordonnanzoffizier von Kaiser Wilhelm I. Nach seiner am 11. Juni 1879 erfolgten Beförderung zum Major kam Böcklin am 1. April 1881 als etatsmäßiger Stabsoffizier in das 4. Garde-Regiment zu Fuß. Vom 15. November 1883 bis zum 2. Februar 1887 kommandierte er das I. Bataillon, wurde zwischenzeitlich Oberstleutnant und rückte dann in den Stab auf. Unter Stellung à la suite des Regiments beauftragte man ihn am 6. April 1889 mit der Führung des Verbandes und ernannte ihn kurz darauf am 22. Mai 1889 bei gleichzeitiger Beförderung zum Oberst zum Regimentskommandeur. Als Generalmajor folgte vom 29. März 1892 bis zum 26. Januar 1896 eine Verwendung in Straßburg als Kommandeur der 61. Infanterie-Brigade. Anschließend hatte Böcklin als Generalleutnant das Kommando über die ebenfalls in Straßburg stationierte 31. Division. In dieser Eigenschaft wurde ihm am 15. Januar 1899 der Kronenorden I. Klasse verliehen. Obwohl für die Funktion als Kommandierender General geeignet, scheiterte eine weitere Verwendung an der Tatsache, dass Böcklin bereits das 60. Lebensjahr überschritten hatte. Er wurde daher am 22. Mai 1899 zu den Offizieren von der Armee versetzt und am 10. Juni 1899 mit der gesetzlichen Pension unter Verleihung des Roten Adlerordens I. Klasse mit Eichenlaub zur Disposition gestellt.