Lindh dro til Afghanistan i mai 2001 for å kjempe for det afghanske Talibans styrker mot den afghanske Nordalliansen. Hans foreldre oppgir at han var motivert av historier om overgrep begått av Nordalliansen mot afghanske sivile. Lindh fikk opplæring ved Al-Farouq, en treningsleir i Afghanistan tilknyttet Al-Qaida. Der deltok han på et foredrag holdt av Osama bin Laden like før terrorangrepet i USA den 11. september 2001. Lindh hadde tidligere fått opplæring sammen med Harkat-ul-Mujahideen, en internasjonalt utpekt terroristorganisasjon, hvis oppholdssted er basert i Pakistan.