Suurin osa kaupungista tuhoutui Turun palossa vuonna 1827, mutta Vartiovuoren tähtitorni selviytyi. Palo uhkasi myös observatoriota, mutta Argelander onnistui yhdessä vahtimestarin kanssa pelastamaan rakennuksen tuholta. Palon jälkeen Turun akatemia siirrettiin suuriruhtinaskunnan uuteen pääkaupunkiin Helsinkiin, mistä johtuen myös Argelander joutui muuttamaan pois Turusta. Helsinkiin valmistui uusi observatorio vuonna 1834. Tähtitieteellinen tutkimus päättyi Vartiovuoren tähtitornissa vuonna 1836, kun tutkimustoiminta ja laitteet oli siirretty Helsinkiin.