En junio de 1796, la diócesis de Imola será invadida por las tropas revolucionarias francesas de Pierre François Augereau. Llegará a Roma en 1797, y Pío VI buscará pactar por medio del Tratado de Tolentino. A partir de una política moderada, Chiaramonti logrará evitar desgracias para los habitantes de su diócesis, sobre todo de enfrentamientos directos con el general Augereau, cosa que ocurrió con los habitantes de Lugo, que se habían mostrado poco pacíficos. Sin embargo, varios estragos se sucedían a nivel de la Iglesia. En Roma, la muerte del general Leónard Duphot daba la excusa a Napoléon Bonaparte para una invasión a los Estados Pontificios, la que se concretó con la ocupación de la capital el 11 de febrero de 1798. Fruto de ello, Pío VI debió renunciar a su poder temporal y limitar sus poderes espirituales.