Uskonpuhdistuksen vaikutukset ulottuvat myös tieteelliseen vallankumoukseen. Paikoin protestanttien parissa syytettiin katolilaisten konservatiivisissa tavoissaan harjoittavan "magiaa". Kun kirkkoa oli riisuttu, protestanttisissa kirkoissa oli karsittu myös traditioihin perustuvia käytäntöjä. Protestanttien mukaan Jumalan palvelemista olivat ennen kaikkea eettiset teot, eivät niinkään kirkolliset menot. "Maagisina" pidettyjen käytäntöjen hylkääminen sai jatkoa valistusajan sarastaessa 1600-luvulla. Nyt valistusfilosofit menivät uskonpuhdistajia pidemmälle ja hylkäsivät uskonnon tunnustuksellisuuden. He riisuivat uskonnoista uskonnolliset ja siten "järjenvastaiset" piirteet ja pyrkivät luonnontieteiden kautta luomaan uutta maailmankuvaa. Tosin taustalla oli yhä paljolti kristillisen etiikan piirteitä.