En octubre de 2015, Kono se unió al tercer gabinete de Shinzō Abe como Presidente de la Comisión Nacional de Seguridad Pública, Ministro a cargo de la Reforma Administrativa, Ministro a cargo de la Reforma del Servicio Civil, Ministro de Estado para Asuntos del Consumidor y Seguridad Alimentaria, Ministro de Estado para la Reforma Regulatoria y Ministro de Estado para la Gestión de Desastres. En este puesto, fue responsable de coordinar las medidas de seguridad para la cumbre del G7 de 2016.