После 1809 года, когда по приказу императора Наполеона были разрушены некоторые значительные части укрепления, Шпильберк потерял своё прежнее военное значение. С 1820 года крепость полностью была преобразована в огромную гражданскую тюрьму. Тюрьма была предназначена для самых опасных преступников, но время от времени здесь оказывались и люди, стремившиеся завоевать свободу и демократические права для своих народов и стран, которых можно назвать политическими заключенными. В конце XVIII века в ней содержались французские революционеры и их венгерские последователи, в 1820-е и 1830-е годы — итальянские патриоты (карбонарии и последователи движения «Молодая Италия»), в 1850-е годы — польские участники Краковского восстания. С 1822 по 1830 г. в крепости содержался Сильвио Пеллико, о чем он рассказал в своей знаменитой книге «».