Aggressiivista ilmanäytteenottoa on myös käytetty pernaruttokirjeiden yhteydessä vuodesta 2001. Menetelmällä on haluttu seurata jälkien siivouksen onnistumista. Aggressiiviseen menetelmään siirryttiin sen jälkeen, kun huomattiin että pernaruttobakteerin ("Bacillus anthracis") itiöillä oli taipumus siirtyä laskeutumisensa jälkeen takaisin ilmaan erilaisilta pinnoilta.