El 6 de mayo de 2009 marcó uno de los goles más importantes de su carrera, el que clasificó al Barcelona para la final de Liga de Campeones. Sucedió en el estadio Stamford Bridge de Londres contra el Chelsea, que iba ganando por 1 a 0. El gol de Iniesta, en el minuto 93, supuso el empate del partido y decantó la eliminatoria a favor del Barça por el valor doble del gol visitante.El 27 de mayo Iniesta fue titular en la final de la Liga de Campeones, asistiendo a Samuel Eto'o en el primer gol en la que fue su segunda Liga de Campeones y su primer triplete.