L'année suivante, il embarque pour l'Égypte. Après la prise de Malte, le , il est renvoyé en France avec les drapeaux pris à l'ennemi. À partir de , il se dit malade et sollicite, mais sans succès, de nouveau Merlino pour obtenir un poste dans la diplomatie. Le , son navire, la frégate "La Sensible", est attaqué par la marine britannique. Baraguey d'Hilliers est blessé lors du combat, fait prisonnier, emprisonné à Portsmouth puis libéré sur parole. Rentré en France, il est destitué le en raison du peu de résistance offert par son vaisseau. Il demande alors à passer en conseil de guerre et est à nouveau acquitté. Leur échange de correspondance s'achève en 1799 alors qu'il est chef de l'état-major général de l'Armée du Rhin à Schwetzingen. Cette dernière est des plus curieuses : Baraguey demande à Merlino des nouvelles des Anglais qui l'avaient emprisonné et, comme toujours, ce qui le rend détestable au ministère de la Guerre, critique le général Muller qu'il juge trop vieux et surtout la conduite des armées. Il sollicite également son intervention auprès du Directoire pour se faire remplacer. En 1800, il participe aux batailles d'Engen et de Biberach.