В 1815 году Перпонхер, будучи генерал-лейтенантом и командиром 2-й дивизии нидерландских войск, снова сражался против Наполеона и вопреки приказу герцога Веллингтона удержал важную позицию в сражении при Катр-Бра. Этим он весьма способствовал общей победе в сражении при Ватерлоо, в котором также был одним из деятельнейших участников. В награду за оказанные им подвиги, Перпонхер получил от короля Нидерландов графский титул. По окончательном изгнании Наполеона Перпонхер был снова отправлен послом в Берлин.