Leta 1995 je bilo območje zaščiteno kot naravni park. Leta 2001 je bilo razglašeno tudi za Ramsarsko mokrišče mednarodnega pomena – skupaj z delto Neretve, ki ima ta status od leta 1993, tvori čezmejno zavarovano območje, ki ga je z varstvenega stališča smiselno obravnavati kot enotno območje spodnje doline Neretve. Od skupnega območja, velikega 20.000 ha, zavzema 8000 ha Hutovo blato v Bosni in Hercegovini ter 12.000 ha delta Neretve na Hrvaškem. Sodelovanje pri upravljanju je zaenkrat skromno. Hutovo blato je prepoznano tudi kot mednarodno pomembno območje za ptice.