С осени 1918 года Я. Ф. Балахонов — командир 9-й колонны 11-й армии, с января по май 1919 года — помощник командира Отдельной стрелковой бригады 11-й армии, с июля 1919 года — командир 1-й стрелковой бригады 33-й Кубанской стрелковой дивизии, с января 1920 года — командир 3-й кавалерийской бригады той же дивизии. В ходе Первого Кубанского похода белогвардейцев, 28 марта 1920 года 3-й кавалерийская бригада участвовала в бою с марковцами в районе ст. Ольгинская. Я. Ф. Балахонов находился в первых рядах атакующих, белогвардейцы были разбиты. В тот же день резервные кавалерийские части врага перешли в контратаку, Я. Ф. Балахонов возглавил объединённую кавалерийскую группу в составе 4-й и 3-й кавалерийских бригад. Умело и быстро маневрируя, группа отбила контратаку, нанеся большой ущерб врагу. За этот бой Я. Ф. Балахонов был награждён орденом Красного Знамени (1920).