すでに1930年代初めにベームは、ユダヤ教信者に対する差別と迫害に対して反対していたため、1938年に密告があり、彼と姑のは、によって告訴された。1940年に教員資格剥奪となり、訴訟は、懲戒処分という結果で終わった。したがってナチス体制下においてベームには、フライブルクでの教員ポストがなかった。しかしイェーナでの教員時代に、ベームはで、ボンヘッファー学派、に所属しており、さらにカール・ゲルデラーへのコンサルタントグループに所属していた。このグループとともにベームは、経済に対する所見を起草していた。ヒトラー暗殺を企てた7月20日事件で、ベームは単に名前を取り違えたという理由だけで逮捕されなかった。