Diese Auseinandersetzung endete, als Wenzel begann, sich in die Entwicklung in Österreich einzuschalten. Mit dem Tod Herzog Friedrichs II. in der Schlacht an der Leitha waren dort 1246 die Babenberger in männlicher Linie ausgestorben. Dieser hinterließ eine Nichte Gertrud und eine Schwester Margarete. Gertrud heiratete nach dem Tod ihres Onkels zunächst Ottokars Bruder Vladislav und nach dessen Tod Anfang 1247 den Markgrafen Hermann VI. von Baden, der 1250 starb und sich ebenso wenig wie der Reichsverweser Otto von Bayern im Land durchsetzen konnte. Ende 1250 fiel Wenzel in das Land ein. Anderen Quellen zufolge wurde er von den österreichischen Ständen gerufen, um die Wirren zu beenden. Mit Zustimmung des Adels setzte Wenzel seinen Sohn Ottokar als Statthalter ein. Gleichzeitig schlossen Wenzel und Ottokar einen Friedensvertrag, der den Sohn 1251 auch zum Markgrafen von Mähren machte. Ottokar hatte damit die klassische Herrschaftsposition der böhmischen Thronfolger inne. Im gleichen Jahr zog Ottokar in Österreich ein und wurde von den Ständen bald als Herzog anerkannt. Zu einer Belehnung durch König Konrad IV. kam es hingegen nicht. Um seine Würde zu legitimieren, heiratete er am 11. Februar 1252 die fast dreißig Jahre ältere Margarete in der Burgkapelle von Hainburg.