Během rwandské genocidy v roce 1994 byla Kagera použita k likvidaci mrtvol, protože na březích řeky byly vražděny tisíce politických umírněnců z řad Tutsiů i Hutů. Řeka přivedla zmasakrovaná těla do Viktoriina jezera, což v Ugandě způsobilo vážné zdravotní riziko.