Die Krypta entstand um 1130 als romanischer Gewölbebau unter der Kirche des im Jahre 1055 gegründeten Petersstift Nörten. Später wurde sie im gotischen Stil umgestaltet. Das Ende für Kirche und Krypta kam während des Dreißigjährigen Krieges, als Truppen des protestantischen Herzogs Christian von Braunschweig-Wolfenbüttel, genannt „der tolle Christian“, den Ort 1626 plünderten und in Brand steckten. Danach wurde die Krypta mit dem Schutt der zerstörten Kirche verfüllt. In der Folgezeit kam es über der Krypta zu einem Kirchenneubau und zu verschiedenen Um- und Anbauten. Ein dabei im 17. Jahrhundert verlegtes Pflaster überdeckte die Krypta. 1893 wurde die alte Kirche abgerissen und durch einen leicht nach Norden versetzt liegenden Neubau ersetzt.