Nach der Schlacht bei Auerstedt 1806 wurde Herrengosserstedt durch die bei Niederholzhausen biwakierenden Franzosen geplündert. (Ernst Friedemann IV. kämpfte im selben Jahr im Regiment Prinz Louis Ferdinands bei Saalfeld, später im Brandenburgischen Kürassierregiment.) Die Belagerungen Herrengosserstedts durch verschiedene europäische Truppen hielten bis nach der Völkerschlacht bei Leipzig an. Nach Kriegsende fiel Herrengosserstedt als Dorf der Provinz Sachsen an Preußen. Am 1. Oktober 1816 nahmen die Kreisbehörden ihre Tätigkeit auf. Damals entstand der Landkreis Eckartsberga mit der Kreisstadt Kölleda. Herrengosserstedt wurde Sitz eines Amtsvorstehers. 1874 wurde die Pfefferminzbahn (Eisenbahnstrecke Großheringen-Straußfurt) in Betrieb genommen und sollte ursprünglich von Buttstädt aus über Herrengosserstedt und die Finne nach Naumburg verlaufen. Sie scheiterte aber am Widerstand der Gegner dieser Linienführung. Somit blieb Herrengosserstedt ohne Bahnanschluss.