Istana tersebut dibakar musnah semasa pencerobohan Jepun pada tahun 1592 dan dibina semula pada tahun 1609 oleh Raja Seonjo dan Raja Gwanghaegun. Istana ini dibakar lagi pada tahun 1623 kerana Raja Injo melakukan pemberontakan politik terhadap Gwanghaegun. Istana itu juga diserang oleh Manchu Qing tetapi sepanjang sejarah pembinaan semula dan pembaikannya, ciri reka bentuknya tetap setia kepada reka bentuk asalnya. Changdeokgung adalah tapak istana diraja dan tampuk kerajaan sehinggalah tahun 1868, ketika Gyeongbokgung yang bersebelahan telah dibina semula. Maharaja terakhir Korea, Sunjong tinggal di sini sehingga kematiannya pada tahun 1926. Anggota-anggota bekas keluarga diraja yang lain dibenarkan tinggal di bahagian kecil istana ini seperti bekas Putera Mahkota Yi Un yang tinggal di Bangunan Nakseon-jae dengan isterinya Puteri Bangja dan adindanya Puteri Deokhye sehingga kematian mereka. Aturan ini secara berkala terganggu oleh perintah Presiden yang berbeza yang sama ada menyokong ataupun membantah penggunaan kemudahan bersejarah itu. Anak Yi-Un, Yi-Gu juga tinggal di Istana untuk beberapa sela sebelum berpindah ke kediaman separa kekal di Tokyo disebabkan masalah kesihatan mental yang tidak mampu sepenuhnya menyesuaikan diri dengan Korea baru.