Το 1897, ο Τιμολέων Βάσσος με δύο τάγματα πεζικού, ένα μηχανικού, ένα λόχο ευζώνων και μια ορειβατική πυροβολαρχία, αποβιβάστηκε νότια της μονής για να καταλάβει την Κρήτη στο όνομα του βασιλέα των Ελλήνων. Αυτή η απόβαση έγινε η αφορμή για την κήρυξη του Ελληνοτουρκικού πολέμου του 1897. Ο Βάσσος χρησιμοποίησε τη μονή ως αρχηγείο του. Το 1899 κατασκευάζεται το σημερινό καμπαναριό της μονής, η οποία κρίθηκε διατηρητέα το 1935. Κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, μετά την κατάληψη της Αθήνας από τους Γερμανούς, στη μονή λειτούργησε η σχολή Ευελπίδων. Μετά τη μάχη της Κρήτης, οι Γερμανοί επίταξαν τη μονή και φυλάκισαν τους μοναχούς. Η μονή επαναλειτούργησε μερικώς το 1942 και μέχρι το 1944 ήταν γερμανικό στρατόπεδο.