Su trayectoria posterior al golpe de Estado de 1955 estuvo centrada en la publicación de libros y artículos. Durante la dictadura fue expulsado de su cátedra en el seminario y perseguido, su casa allanada en tres oportunidades y —según su propio relato al general Perón— en el mes de febrero de 1956 intentaron asesinarlo, aunque salvó su vida huyendo por los techos. Publicó el periódico "Rebeldía", con el que tuvo una importante participación en la resistencia peronista de esos años. En 1958 se enfrentó con Perón por el apoyo que éste daba a la acción armada de los peronistas, a la que llamaba subversión. No volvió a entrevistarse con Perón, y rara vez le volvió a escribir.