20 декабря 1918 года А. И. Шебунин был вызван в Москву и зачислен в 12-й Московский полк ВЧК, который размещался в Покровских казармах. Полк был создан после летнего восстания эсеров для оказания военной помощи губернским ЧК. В апреле 1919 года А. И. Шебунин в составе полка принимал участие в подавлении восстания эсеров в Брянске. С февраля 1919 года А. И. Шебунин — военком того же полка. Командир полка Кикоидзе считал военкома равным себе, поэтому часто советовался с ним по военно-боевым вопросам. В мае-июне 1919 года полк принимал участие в ликвидации банды атамана Григорьева под Одессой, затем был переброшен на Южный фронт — белогвардейские войска Деникина наступали на Москву. 25 июня в районе ст. Лозовая полк при поддержке червоных казаков вступил в бой с дроздовцами, бой шёл три дня, у дроздовцев в рукопашном бою участвовали все офицеры, даже подполковники, в итоге червоные казаки отступили, под угрозой окружения отступил и 12-й полк ВЧК. Армия Деникина захватила Лозовую, Харьков и двинулась на Москву. В этом бою А. И. Шебунин был ранен в голову, в полку из полутора тысяч человек в строю осталось триста. Полк вернулся в Москву на переформирование. В июле А. И. Шебунин был назначен военкомом 1-й запасной бригады ВЧК, сформированной на базе 12-го Московского полка ВЧК (командир — Кикоидзе). Бригада тоже расположилась в Покровских казармах и была частью войск внутренней охраны при ВЧК, при этом занималась формированием новых батальонов для фронта. В 1920 году началось Тамбовское восстание Антонова, А. И. Шебунин был назначен военкомом новой 83-й пехотной бригады (командир — Кикоидзе), и направлен вместе с бригадой в район Старобельска, участвовал в подавлении восстания. В 1921 году бригаду расформировали.