È in questo periodo che González Iñárritu incontra e comincia la collaborazione con lo sceneggiatore Guillermo Arriaga: dopo tre anni di lavoro e 36 bozze, il lungometraggio "Amores perros" (2000) prende forma. Il film, che attraverso tre storie rappresenta crudamente la vita messicana, si guadagna diversi riconoscimenti fra cui una candidatura agli Oscar come Miglior film straniero, Miglior film di lingua non inglese ai BAFTA e il Gran Premio per il miglior lungometraggio e Premio della Critica Giovani alla “Settimana della Critica” del Festival di Cannes 2000. Con più di 60 premi raccolti nei festival di tutto il mondo, "Amores perros" è il film del 2000 che riceve il maggior numero di riconoscimenti e segna l'esordio cinematografico di Gael García Bernal.