במהלך שנות החמישים ידע הארגון שורה של ניצחונות בחקיקה ובבתי המשפט, אך גם התמודד עם פרצי אלימות שכוונו נגד פעיליו, ששיאם ברצח פעיל הארגון הארי טי. מור (Harry T. Moore) על ידי פצצה שהושלכה לביתו במיאמי בחג המולד 1951 ורצח מזכיר הארגון במיסיסיפי, מדגר אוורס ביוני 1963. זאת בנוסף לרצח הנער אמט טיל ב-1955 ולהתקפות על פעילי התנועה לזכויות האזרח של ארצות הברית באלבמה ובמיסיסיפי ותלמידי בית ספר מעורב בארקנסו ("משבר ליטל רוק", 1957). בשל האירועים פנו מנהיגים שחורים לפעילות רדיקלית יותר ובעלת פרופיל ציבורי גבוה יותר מן הפעילות המסורתית של NAACP במסדרונות בתי המחוקקים, כיתות הלימוד ואולמות בתי המשפט. הן מרטין לותר קינג והתנועה לזכויות האזרח של ארצות הברית והן גורמים שפרשו מהם לפעילות רדיקלית אף יותר ובלתי חוקית כהפנתרים השחורים ואומת האסלאם. על אף חילוקי דעות, הגיש הארגון סיוע משפטי לעצורי מהומות מקרב קבוצות רדיקליות ושילם את הערבות לעשרות פעילי זכויות אדם שביצעו נסיעות אוטובוס מעורבות במדינות דרום ארצות הברית (נסיעות חופש) בשנת 1961 ובכך העלה על נס את ערך הסולידריות. שיאה של מערכה משותפת זו של ארגוני זכויות האדם היה במצעד לוושינגטון למען תעסוקה וחירות ב-28 באוגוסט 1963 בהשתתפותם של כ-250,000 איש. בין ששת הנואמים המרכזיים (לצד מרטין לותר קינג שנשא את נאום "יש לי חלום") היה גם רוי וילקינס, ראש ה-NAACP. המצעד קידם את העברת חוק זכויות האזרח (1964) וחוק זכות ההצבעה (1965) בקונגרס שיזם ממשל קנדי ושהוצאו לפועל לאחר מותו על ידי ממשל ג'ונסון. העברתם של חוקים אלה, שבישרה את סופה של האפליה הגזעית בחסות החוק, סיימה את הפרק הראשון במאבק ה-NAACP לשוויון.