W przededniu II wojny światowej zmobilizowany do wojska. W sierpniu 1939 został komendantem szpitala wojskowego w Równem, gdzie po agresji sowieckiej został aresztowany i przewieziony do obozu zbiorczego w Szepietówce, a następnie do Starobielska. Jego nazwisko widnieje na listach zamordowanych w siedzibie charkowskiego zarządu NKWD w kwietniu i maju 1940. Nie ma jednak pewności, czy faktycznie został zamordowany. Po wojnie do jego rodziny zgłosili się dwaj oficerowie z informacjami, że trafił do łagru i w 1945 był widziany w obozie w Archangielsku. Na cmentarzu ewangelicko-augsburskim w Warszawie na rodzinnym grobowcu znajduje się tablica inskrypcyjna Alfreda Franke bez określenia miejsca i daty śmierci.