Während des Bürgerkrieges und Völkermords im nahe angrenzenden Ruanda 1994 war Goma eines der Hauptziele für Flüchtlinge. Unter diesen waren nebst Zivilisten auch Mittäter des Genozids. Nachdem über eine Million Flüchtlinge die Stadt erreicht hatten, brach in den Lagern eine Cholera-Epidemie aus, die mehrere Tausend Opfer forderte. In den Jahren 1997 und 1998, als der Bürgerkrieg im Kongo nach dem Sturz von Präsident Mobutu Sese Seko eskalierte, eroberten ruandische Regierungstruppen Goma. Im Zuge der Verfolgung von Hutu, die in der Stadt Zuflucht gesucht hatten, töteten sie auch Hunderte Unbeteiligte.