Während der philippinischen Revolution rief er zusammen mit Emilio Aguinaldo die erste provisorische philippinische Republik in den Höhlen von Biak-na-Bato aus, der Republik von Biak-na-Bato 1897, und wurde später zum Verhandlungsführer der zum Pakt von Biak-na-Bato führte. Seinen politischen Höhepunkt erreichte Pedro Paterno, als er der stellvertretende Premierminister der ersten philippinischen Republik wurde (7. Mai 1899 bis 13. November 1899). Er wurde im April 1900 gefangen genommen und erhielt im Juli eine Amnestie, woraufhin er mit der Schurman-Kommission zusammenarbeitete, was ihm bis heute den Vorwurf der Kollaboration einbrachte. Im Dezember gründete er zusammen mit Cayetano Arellano, Benito Legarda, Trinidad Pardo de Tavera und Florentino Torres die konservative politische Partei Partido Federal. Von 1907 an war er Abgeordneter in der Philippinischen Versammlung.