Bei den Kongresswahlen des Jahres 1808 wurde Anderson im ersten Wahlbezirk von Pennsylvania in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, wo er am 4. März 1809 die Nachfolge von Jacob Richards antrat. Nach zwei Wiederwahlen konnte er bis zum 3. März 1815 drei Legislaturperioden im Kongress absolvieren. In seine Zeit als Kongressabgeordneter fiel der Britisch-Amerikanische Krieg von 1812. Im Jahr 1816 wurde Anderson im ersten Distrikt seines Staates erneut in den Kongress gewählt, wo er zwischen dem 4. März 1817 und dem 3. März 1819 seine letzte Legislaturperiode absolvieren konnte.