En la final del torneo disputada contra el Milan en la ciudad de Mánchester, el encuentro se extendió a la tanda de penaltis donde atajó los tiros de Clarence Seedorf y Kakha Kaladze pero finalmente el partido finalizó con marcador de 3-2 favor de los milanistas. La temporada 2003-04 fue muy irregular para su club, en la liga nacional sumó un total de sesenta y nueve puntos para finalmente ubicarse en la tercera posición, durante esta competición Gianluigi disputó treinta y dos encuentros, en la Copa Italia no llegó a estar presente en ningún partido, sin embargo consiguieron el subcampeonato tras ser derrotados en la final 4-2 por la Lazio. Mientras que en la Liga de Campeones de la UEFA 2003-04 fueron eliminados en los octavos de final por el Deportivo de La Coruña de España.