16세기 중엽부터 필리핀과 함께 스페인의 식민지가 되었고, 1899년에 독일이 이 지역을 마리아나 제도·캐롤라인 제도와 함께 스페인으로부터 매입하였다. 코프라를 생산하고 앙가우르 섬에서 인산염이 채굴되었다(1955년에 고갈). 제1차 세계 대전 후 1919년 베르사유 조약에 따라 위 두 제도 및 마샬 제도와 함께 일본 제국의 위임통치령(국제 연맹이 통치를 위탁한 지역)인 남양 군도가 되었다. 1922년에 코로르에 일본 제국의 통치 기관인 남양청(南洋廳, )이 설치되었다.남양청은 행정 및 사법 업무를 관할하였고, 산업 개발 및 교육(특히 일본어 교육) 사업을 수행했다.1944년 5월 남양청(남양군도를 총괄하는 일제 행정기관)에 의해 남태평양 팔라우 섬으로 강제 동원됐던 한인 노무자 334명 가운데 151명이 현지에서 사망해 사망률이 45.12%에 달하는 것으로 나타났다. 태평양 전쟁 당시 일본 해군의 주요기지로 있다가 1944년에 펠렐리우 전투로 미군이 점령하였다.