2006 marque pour la Scuderia Ferrari la fin du cycle le plus brillant de son histoire. Avec le départ à la retraite de Schumacher, le départ de Ross Brawn et la prise de recul progressive de Jean Todt nommé aux plus hautes fonctions chez Ferrari, un nouvel organigramme est mis en place. Côté pilotes, les espoirs de la Scuderia reposent désormais essentiellement sur Kimi Räikkönen, transfuge de McLaren, toujours épaulé par Felipe Massa. Le Finlandais obtient la pole position puis la victoire dès sa première course dans l'équipe, une première pour un pilote Ferrari depuis plus de cinquante ans ; il est le premier pilote depuis Nigel Mansell en 1989 à gagner son premier Grand Prix disputé pour la Scuderia. Ses courses suivantes sont moins brillantes et Felipe Massa s'affirme un temps comme l'homme fort de l'écurie avec deux victoires consécutives à Bahreïn et en Espagne. Lors de la seconde moitié de saison, Räikkönen revient progressivement au championnat pilotes avec de nouvelles victoires. En septembre, le titre constructeurs 2007 est attribué à la Scuderia sur tapis vert, tous les points de l'équipe McLaren étant annulés par la FIA à la suite de l'affaire d'espionnage opposant Ferrari à McLaren. Le titre pilotes reste en jeu et Kimi Räikkönen, troisième avant la finale au Brésil à 3 points de Fernando Alonso et 7 du novice Lewis Hamilton, les deux pilotes McLaren, remporte le championnat avec six victoires. Felipe Massa finit quatrième du championnat en ayant remporté trois nouvelles victoires.