Die Hauptaufgabe des Heimatschutzes bestand darin, die deutsche Minderheit in der Slowakei vor möglichen Partisanenangriffen zu schützen. Der Plan von Karmasin scheiterte jedoch daran, dass der Slowakische Aufstand am 29. August 1944 früher als erwartet begann und in einigen Fällen die Waffen, welche zur Bewaffnung der Heimatschutz-Mitglieder vorgesehen waren, in die Hände von Partisanen fielen. Während des Aufstandes kam es zu schweren Kriegsverbrechen an Angehörigen der deutschen Minderheit in Gebieten, in denen Selbstschutzeinheiten nicht rechtzeitig aufgestellt worden waren, so beim Massaker von Glaserhau. Die Offiziere der Heimatschutzeinheiten galten als unerfahren und schlecht organisiert. Anfang September 1944 begann die Ausbildung von Mitgliedern der bewaffneten Organisation HS, an der 8000 männliche Deutsche in der Slowakei beteiligt waren. Zum Zeitpunkt des Aufstandes standen die Heimatschutzeinheiten unter dem Kommando des SS-Obergruppenführers Gottlob Berger.