La plupart des historiens ont tiré un bilan sévère de l'embargo, jugé inefficace et préjudiciable aux intérêts américains. Les membres du cabinet de Jefferson formulaient eux-mêmes de nombreuses critiques sur la politique de l'embargo mais ils la considéraient préférable à la guerre. Pour Joyce O. Appleby, l'embargo fut indubitablement la « politique la moins efficace » de Jefferson, tandis que Joseph J. Ellis le décrit comme « une calamité pure et simple ». D'autres spécialistes estiment cependant qu'au travers de cette mesure novatrice et non-violente, les États-Unis sont parvenus à aider la France dans sa guerre avec l'Angleterre tout en préservant leur neutralité. De son côté, Jefferson pensait que l'échec de l'embargo avait été précipité par l'égoïsme et le manque de « vertu républicaine » des marchands et commerçants, et affirmait qu'une application plus stricte des mesures de restriction à l'encontre des marchandises aurait permis d'éviter le déclenchement de la guerre de 1812.