紀元前63年、ポンペイウスはさらに南下して、フェニキア及びシリアの主要な都市を抑えた後、ユダヤへと進軍した。当時のユダヤはハスモン朝のヒルカノス2世とアリストブロス2世の兄弟が王位・大祭司職を巡って争っている最中で、両勢力は競ってポンペイウスを引入れようと接近した。しかし、アリストブロス2世がポンペイウスを侮る態度を示したことから、ポンペイウスはヒルカノス2世を支援することを決め、ポンペイウスとヒルカノス2世の連合軍はアリストブロス2世が守るエルサレムを包囲した（エルサレム攻囲戦）。アリストブロス2世派の頑強な抵抗とエルサレムの堅牢な守りの前にローマ軍は苦戦を強いられたが、3ヵ月後の包囲戦の末に陥落させ、アリストブロス2世を捕虜とした。なお、ポンペイウスはアリストブロス2世をローマへ連行したが、アリストブロス2世は後に逃亡、ローマに対する反乱を再三に渡り首謀者として起こすこととなる。