בשנת 1938, כאשר הגרמנים נכנסו לאוסטריה, היה יגרשטטר האדם היחיד בכפרו שהצביע נגד סיפוח אוסטריה לגרמניה. אף שלא היה מעורב בשום תנועה פוליטית, הוא התנגד גלויות לנאצים והכריז שלא ילחם במלחמה, זאת למרות אימון צבאי קצר שעבר. לאחר מספר דחיות, נקרא בפברואר 1943 לשירות פעיל בצבא הגרמני. באותו זמן כבר היה אב לשלוש בנות, הגדולה בהן בת שש. ב-1 במרץ התייצב במשרד הגיוס והצהיר שאינו מוכן להילחם מטעמי מצפון, אולם הסכים לבצע כל משימה בלתי-מלחמתית. הוא נענה בשלילה ונכלא, ראשית בלינץ, ואחר כך בברלין. ב-6 ביולי הועמד למשפט צבאי באשמת פגיעה במאמץ המלחמתי. הוא הורשע, נגזר עליו עונש מוות, והוא הוצא להורג בגיליוטינה ב-8 באוגוסט 1943, בגיל 36.