З початком 1940 року брав участь в операціях у норвезьких водах, де 14 квітня перехопив німецький танкер "Skagerrak". А за три дні брав участь в артилерійському обстрілі британськими кораблями бази гідролітаків у Ставангері. Під час обстрілу крейсер був атакований німецькими пікіруючими бомбардувальниками KG 26 із довколишніх аеродромів і вражений 4 бомбами — однієї 500- і трьома 250-кілограмовими. Через отримання серйозних пошкоджень кормової частини корабель під ескортом есмінців відправили до Скапа-Флоу. 18 квітня після 22,5-годинного буксирування «Саффолк» прибув до бази і був посаджений на мілину. Його ремонт проводився на верфі «Файрфілд» у Говані з 24 травня 1940 по 12 лютого 1941 року, після чого крейсер знову направлений на патрулювання до Північних підходів.