Durante a invasão da Rússia por Napoleão, em 1812, se envolveu com um projeto para o uso militar de balões, liderado por Frantz Leppich. Em 1813, talvez devido à morte da esposa, engajou-se em uma expedição marítima. Era médico a bordo do "Suvorov", quando desentendimentos com o capitão o fizeram deixar o navio em Sitka, no Alasca. Lá encontrou Alexander Baranov, chefe da Companhia Russo-Americana, que também tinha problemas com o capitão do "Suvorov"' e contratou Schäffer para trabalhar na companhia.