In den Jahren 1938 bis 1945 konnte die Austria keine großen Erfolge verzeichnen und belegte Platzierungen zwischen Rang 4 und Platz 9. Engagements international erfahrener Spieler wie Wudi Müller, Karl Sesta, Karl Andritz und Karl Adamek konnten aber ein weiteres Absinken verhindern, junge Spieler konnten sich indes aufgrund der ständigen Verlegungen an die Front erst nach Kriegsende entfalten. Zudem wurde diese Zeit von mehreren Todesmeldungen überschattet, insbesondere durch den Tod von Matthias Sindelar am 23. Jänner 1939. Nationalspieler Karl Gall starb beim Russlandfeldzug 1943 durch eine Mine, Nationalspieler Franz Riegler kam 1944 bei einem Bombenangriff ums Leben. Diese Periode wurde mit einem 0:6 gegen den WAC am 2. April 1945 in der &lt;a href="%C3%96sterreichische%20Fu%C3%9Fballmeisterschaft%201944/45"&gt;abgebrochenen Meisterschaft 1944/45&lt;/a&gt; abgeschlossen. Es war das letzte Spiel unter der NS-Herrschaft. Schon sechs Wochen später, am 13. Mai, traten die Violetten, erstmals nach der Befreiung Wiens, wiederum zu einem Match an. Die Leopoldstädter Amateure wurden 11:0 besiegt.