Wrócił do Bahrajnu w 2001, entuzjastycznie witany przez zwolenników. Jego powrót był możliwy dzięki wdrożonym przez króla Hamada reformom konstytucyjnym. Uchwalona w 2002 konstytucja była jednak znacznie mniej liberalna niż jej poprzedniczka z 1973; reformy Hamada rozczarowały bahrajneńskich szyitów. W 2002 opozycyjne organizacje szyickie zbojkotowały wybory. Isa Kasim nie wypowiadał się w tym czasie na tematy związane z polityką wewnętrzną, natomiast w 2003 i w latach następnych prowadził manifestacje przeciwko wojnie w Iraku, na których gromadzili się zarówno szyici, jak i sunnici. W 2006 wezwał szyitów Bahrajnu do bojkotu wyborów parlamentarnych i samorządowych, wbrew stanowisku szyickich organizacji opozycyjnych, które ostatecznie w wyborach z powodzeniem wystartowały.