Mit dem Kriegsende sowie dem Sklavereiverbot waren jedoch keineswegs alle politischen Konflikte gelöst. Die Nachkriegsordnung "(Reconstruction)" war Streitpunkt zwischen und innerhalb der Parteien. Die republikanischen Abgeordneten waren in das moderate und das radikale Lager gespalten, die Demokraten sprachen sich ohnehin für eine milde Wiederaufnahme des Südens aus. Mit Ausnahme des formalen Sklavereiverbots sollten die alten gesellschaftlichen Strukturen im Süden bestehen bleiben. Moderate Republikaner sprachen sich für Zugeständnisse an Schwarze aus, indem ihnen einige natürliche Rechte (wie entlohnte Arbeit) zugestanden werden sollten. Die Radikalen Republikaner hingegen wollten Afroamerikanern auch das Wahlrecht und die Staatsbürgerschaft zuerkennen. Eine Mehrheit im Kongress hatten die Republikaner nur durch beide Parteiflügel. In den letzten Tagen seines Lebens zeigte sich Lincoln durchaus offen für den Vorschlag, Schwarzen das Wahlrecht einzuräumen. Allerdings starb der Präsident am 15. April 1865 an den Folgen eines Attentats, das der fanatische Südstaaten-Sympathisant John Wilkes Booth am Vorabend auf ihn verübt hatte. Neuer Präsident wurde Andrew Johnson, der bei der Wahl von 1864 als Lincolns Vizepräsidentschaftskandidat angetreten war (im Rahmen der National Union Party). Mit der Besetzung der Vizepräsidentschaft durch den Demokraten Johnson wollte Lincoln seine Absicht verdeutlichen, den Süden mit Milde zu behandeln.