Nach seiner Rückkehr nach Griechenland wurde er am 3. Januar 1945 erstmals Ministerpräsident. Während seiner bis zum 9. April 1945 dauernden dreimonatigen Regierung versuchte er sich als Vermittler zwischen den Royalisten, die die Rückkehr von König Georg II. forderten, und der linksdemokratischen Guerilla der Nationalen Befreiungsfront (EAM) sowie der Volksbefreiungsarmee (ELAS). Letztlich gelang es ihm durch das Abkommen von Varkiza von 12. Februar 1945 einen Waffenstillstand zwischen der Regierung und der EAM/ELAS zu erreichen. Dennoch führten seine moderate Politik und die republikanischen Sympathien zum Misstrauen auf Seiten der britischen Kontrollmacht und seinem baldigen Amtsverlust. Im Anschluss nahmen die Spannungen mit der EAM/ELAS wieder zu und gipfelten letztlich im Bürgerkrieg von Juni 1946 bis Oktober 1949.