לאחר יורו 1996, חתם שניידר בבורוסיה דורטמונד, שם שיחק שלוש עונות, אך לא הצליח להביא את עצמו לידי ביטוי, כאשר צבר רק 11 הופעות בבונדסליגה בשלוש עונות, בהן הבקיע שלושה שערים. עם זאת, לשניידר הופעה בליגת האלופות בעונת 1996/97 במשחק הראשון ברבע הגמר מול אוסר. במשחק זה בורוסיה דורטמונד ניצחה 1–3 ושניידר הבקיע את השער השני. למעט משחק זה, שניידר לא שיחק בליגת האלופות באותה עונה, והקבוצה זכתה בתואר לאחר ניצחון 1–3 במשחק הגמר על יובנטוס.