Lorsque s’achève la guerre des Gaules, l’accord fragile entre César et Pompée vole en éclats et les guerres civiles commencent, entre les deux premiers protagonistes d’abord, puis après l’assassinat de César en 44 av. J.-C. entre Marc Antoine et Octave. Si ces guerres n’ont pas eu pour théâtre la Gaule, celle-ci sera cependant aussi l’objet de rivalités entre Marc Antoine, qui obtient dans un premier temps le gouvernement de cette nouvelle province, avant qu’Octavien, dans le cadre d’un accord de paix précaire avec Marc Antoine n’en prenne à son tour le contrôle. Ce n’est qu’au terme de ces guerres civiles et après l’affermissement du nouveau régime qu’Octave, devenu Auguste en 27 av. J.-C., est alors en mesure d’organiser les territoires conquis par César. La date de la réorganisation territoriale est encore discutée, soit entre 27 et 25 av. J.-C., soit entre 16 et 13 av. J.-C., lors de deux séjours différents effectués par Auguste en Gaule. Cette réorganisation territoriale a pour conséquence de diviser le vaste territoire conquis par César entre la Narbonnaise, sur laquelle il s’appuie, et les Pyrénées et le Rhin, en trois provinces de rang impérial : la Gaule Belgique, la Gaule lyonnaise et la Gaule aquitaine. Mais cette œuvre d’organisation n’est pas que territoriale. Il convient de signaler aussi la mise en place d’un premier réseau viaire, ayant Lugdunum (Lyon) pour cœur, et qui est l’œuvre d’Agrippa ; la création d’un atelier monétaire impérial à Lugdunum en 15 av. J.-C. ; la fondation en 12 av. J.-C. du Sanctuaire fédéral des Trois Gaules, à Lugdunum aussi, et destiné à maintenir un cadre unifié, mais essentiellement religieux, à l’échelle des trois provinces Gaules venant d’être séparées ; la création enfin, vers 15 av. J.-C., d’une zone douanière interne à l’Empire, unifiée non seulement à l’échelle des Trois Gaules, mais intégrant aussi la Narbonnaise.