3 сентября 1878 года была основана астрономическая обсерватория при Токийском университете. В то время обсерватория называлась на японском языке «Kansyoo-dai». Она использовалась для обучения студентов факультета естественных наук. В 1888 году астрономическая обсерватория, которая была основана ВМФ Японии, и являлась крупнейшей обсерваторией в стране, была передана Министерству образования и была переименована в «Токийскую астрономическую обсерваторию». В обязанности обсерватории входила работа над составлением календаря и астрономические наблюдения. Через год после Великого землетрясения Канто (1923 год) обсерватория переехала на окраины Токио в город Митака.