Pope urodził się w Louisville, w stanie Kentucky, jako syn Nathaniela Pope’a, znanego sędziego na tzw. "„Terytorium Illinois”", zaprzyjaźnionego z młodym prawnikiem Abrahamem Lincolnem. Był przyrodnim bratem Manninga Force’a i dalekim kuzynem Mary Todd Lincoln. Ukończył Akademię Wojskową Stanów Zjednoczonych w West Point w roku 1842 i otrzymał – w stopniu podporucznika – przydział do Korpusu Topograficznego. Służył na Florydzie, a następnie pomagał w kartowaniu północno-wschodniego pogranicza z Kanadą. Walczył pod rozkazami Zahary’ego Taylora w bitwach pod Monterrey i Buena Vista w czasie wojny z Meksykiem, w trakcie której został awansowany na porucznika, a następnie na kapitana. Po wojnie Pope pracował jako geodeta wojskowy w Minnesocie. W roku 1850 dowiódł żeglowności Red River. Służył jako naczelny inżynier Departamentu Nowego Meksyku w latach 1851-1853, a pozostałe lata przed wybuchem wojny secesyjnej spędził, wytyczając szlak dla linii „Pacific Railroad”.