W latach 60. XIX wieku Hiszpanie bez powodzenia próbowali odzyskać kontrolę nad Peru, tocząc w latach 1866–1867 wojnę z Chile i Peru i w roku 1879 byli zmuszeni uznać jego niepodległość. Przez wieki swojej historii Peru toczyło liczne spory graniczne ze swoimi sąsiadami. Najistotniejsze znaczenie miała tzw. „wojna o saletrę” (wojna o Pacyfik) w latach 1879–1883. Chile ostatecznie pokonało sprzymierzone Peru i Boliwię i wojna została zakończona podpisaniem 20 października 1883 traktatu z Ancón. W efekcie Chile otrzymało obfitującą w saletrę peruwiańską prowincję Tarapacá, a dwie inne objęło własną administracją (plebiscyt miał rozstrzygnąć ich przynależność). Ta przegrana wojna spowodowała upadek gospodarczy Peru. Odbudowa Peru odbyła się na przełomie XIX i XX wieku za sprawą prezydenta Nicolása de Piérola (1895–1899). W 1889 roku władzę w kraju objęli liberałowie z prezydentem Guillermo Billinghurstem. Rząd liberałów usiłował realizować program socjalny i chronić chłopstwo przed nadużyciami latyfundystów. Reformy zakończyły się niewodzeniem a prezydent w 1914 roku został obalony. W okresie I wojny światowej państwo wzbogaciło się na skutek wzrostu eksportu i sprzedaży saletry, z drugiej strony doszło do wzrostu wpływów Stanów Zjednoczonych, które ingerowały w sprawy wewnętrzne kraju. W pierwszych dekadach XX wieku zaznaczył się dalszy wzrost kraju w związku z otwarciem Kanału Panamskiego (rządy prezydenta Augusto B. Leguía w latach 1908–1912 i 1919–1930).