Baraguey d’Hilliers toimi Ranskan erikoislähettiläänä ja täysivaltaisena ministerinä Osmanien valtakunnassa Krimin sodan alkuvaiheessa vuosina 1853–1854. Kesällä 1854 hän komensi Itämerelle lähetettyjä ranskalaisia maihinnousujoukkoja, jotka valtasivat Bomarsundin linnoituksen Ahvenanmaalla. Hänet ylennettiin Ranskan marsalkaksi 12 päivää Bomarsundin antautumisen jälkeen elokuussa 1854. Vuosina 1855–1856 Baraguey d’Hilliers oli armeijan komentajana Boulognessa. Hän oli myös Ranskan senaatin jäsenenä ja varapuhemiehenä vuoteen 1870. Vuoden 1859 sodassa Italiassa hän toimi I armeijakunnan komentajana, ja osallistui voitokkaaseen Solferinon taisteluun. Vuoden 1870 Ranskan–Saksan sodan alussa iäkäs Baraguey d’Hilliers toimi Pariisin sotilaskuvernöörinä, mutta hänet korvattiin pian kenraali Louis Jules Trochulla. Hän johti vuosina 1871–1872 Ranskan tappion syitä tutkinutta komissiota.