С мая 1994 года по апрель 1996 года Скапаротти был командиром 3-го батальона 325-й воздушно-десантной боевой группы в Виченце (Италия), после чего командовал батальоном во время операций «» в Заире/Руанде, «Совместные усилия» в Боснии и Герцеговине, «» в Либерии. Участвуя в конфликтах в разных странах мира, он получил неоднозначный опыт. В частности Скапаротти был очевидцем последствий геноцида в Руанде, и как впоследствии вспоминал, его солдатам негде было разбить военный лагерь, потому что везде на земле они находили останки человеческих тел.