El templo, de gran valor histórico, fue una de las cuatro parroquias erigidas por los Reyes Católicos (junto con las iglesias del Sagrario, de Santiago y de los Santos Mártires) después de la conquista de la ciudad en 1487. Corresponde a una zona populosa, al congregar a los antiguos arrabales de la ciudad islámica. Inicialmente, la iglesia tenía una nave y otra colateral, edificadas según los estilemas arquitectónicos propios del gótico en la época de los Reyes Católicos, con elementos mudéjares y arcos apuntados sobre pilares. Tenía una torre terminada en 1543.