Nella stagione 2012-2013 vince il suo secondo trofeo internazionale, superando per 2-1 il Benfica nella finale di Europa League disputata il 15 maggio 2013. Dopo un'altra annata da titolare, nella stagione 2014-2015, con il ritorno dal prestito all'Atletico Madrid di Thibaut Courtois, José Mourinho decide di puntare sul giovane portiere belga e Čech accetta di rimanere al Chelsea come secondo portiere. Nello stesso anno vince la terza Football League Cup e la quarta Premier League, quest'ultima giocando solo 7 gare con 2 gol concessi.