Přibližně rok po Urbanově provolání se u Konstantinopole začalo shromažďovat rytířské vojsko první křížové výpravy, jehož velitelé se zavázali odevzdat Alexiovi někdejší byzantské území dobyté na Turcích. V roce 1097 křižáci oblehli Nikaiu, již Seldžuci předali Byzantincům, a při tažení Anatolií zvítězili v bitvě u Dorylaia. Díky tomuto křižáckému vítězství mohl Alexios získat zpět pro říši mnohá města a ostrovy a většinu západních oblastí Malé Asie. Křižáci se v červnu 1098 zmocnili Antiochie, ovšem normanský velitel Bohemund z Tarentu odepřel přenechat město Byzantincům a sám se zde ustavil jako nezávislý kníže. Následoval několikaletý konflikt, v němž Bohemund Alexiovi podlehl, navzdory tomu nebyl císař schopen prosadit svoji kontrolu nad Antiochií.