Dal 1941 al 1945 tenne il comando supremo di tutte le forze militari tedesche schierate nei Balcani e diresse le operazioni antipartigiane in Grecia e soprattutto sul Fronte jugoslavo. Löhr dimostrò nel complesso abilità e preparazione nel difficile teatro bellico balcanico e riuscì a mantenere il controllo della situazione fino alla primavera 1945, pur dovendo progressivamente evacuare tutti i territori occupati. Caduto prigioniero dei partigiani jugoslavi al termine del conflitto, venne accusato di crimini di guerra, per il sanguinoso bombardamento di Belgrado del 1941 e per le brutali operazioni anti-partigiane, processato, condannato a morte e fucilato.