Научный музей Никитского ботанического сада был создан в 1892 году первоначально как музей наглядных пособий при училище садоводства и виноградарства. В 1927 году его дом был разрушен землетрясением. 16 декабря 1972 года к 160-летнему юбилею Сада музей вновь открылся в специально построенном для него помещении на территории арборетума Сада.