Noch vor Nüßleins Freilassung ereignete sich der kommunistische Umsturz vom 25. Februar 1948, dem unter dem neuen Justizminister Alexej Čepička eine neue Welle der Repression mit Schauprozessen gegen Deutsche und Tschechen folgte. Das neu geschaffene außerordentliche Volksgericht entzog Dr. Lankaš das Mandat und verbot ihm jeden weiteren Kontakt mit Nüßlein, der seitdem keinen Verteidiger mehr hatte. Später verlor Lankaš als Nichtkommunist die Zulassung als Anwalt. Am 16. April 1948 beantragte die Staatsanwaltschaft beim Außerordentlichen Volksgerichtshof die Wiederaufnahme des Verfahrens gegen Nüßlein. Daraufhin wurde am 5. Mai 1948 vor der XIV. Kammer des Volksgerichtshofes Anklage gegen ihn erhoben und ein knapp vierstündiger Prozess ohne Verteidiger und Dolmetscher durchgeführt. Nüßlein war keine förmliche Anklageschrift ausgehändigt worden. Das Urteil vom selben Tag lautete auf 20 Jahre schweren Kerker, verschärft „mit einem harten Lager im Vierteljahr“ (= Schlafen auf dem Fußboden). Auch das Urteil wurde Nüßlein nicht ausgehändigt, den ca. 20-seitigen Text erhielt er erst 1965, nachdem es infolge der Recherchen des Süddeutschen Rundfunks bekannt geworden war. Das Urteil bezeichnet es als Nüßleins Aufgabe, „verschiedene, beim deutschen Sondergericht in Prag anhängige Strafverfahren ‚auszurichten‘“.