Mit dem Beginn der Griechischen Revolution im Jahre 1821 diente Atalanti als Zufluchtsort und Stützpunkt für die griechischen Freiheitskämpfer. Ende 1821 verwüstete ein ottomanisches Heer unter Führung von Omer Vryoni und Kiose Mehmet die Stadt Atalanti und nahm die Bewohner gefangen. Die, die entkommen konnten, flohen auf die Insel Atalanti und lebten fortan in Zelten oder Hütten. 1822 breitete sich die Pest auf der Insel aus. 1824 landete die ottomanische Flotte auf der Insel, zerstörte die Behausungen und inhaftierte die Flüchtlinge.