Um 1595 war die Bevölkerungszahl der Timucua um 25 % geschrumpft. Ursache waren permanente Kriege und europäische Krankheiten, wie die Pocken, die von den Spaniern eingeschleppt worden waren und gegen die sie keine Widerstandskräfte entwickeln konnten. Zu Beginn des 18. Jahrhunderts eskalierte der Kolonialkrieg zwischen Briten und Spaniern. Die rivalisierenden Europäer bedienten sich dabei der Mithilfe ihrer indianischen Alliierten. Verbündete der Engländer waren unter anderen die Creek, Catawba und Yuchi, während die Timucua auf der Seite der Spanier kämpften. Am Ende des Siebenjährigen Krieges und der Übernahme Floridas durch die Briten im Jahr 1763 lebten nur noch etwa 125 Timucua. Tatsache ist, dass die Spanier die wenigen Indianer, die in ihren katholischen Missionen überlebt hatten, nach Kuba in Sicherheit brachten. Im Verlaufe des 18. Jahrhunderts wurde die Halbinsel von Teilen der Muskogee wieder besiedelt, die aus dem Norden einzuströmen begannen. Infolge des Yamasee-Krieges gelangten auch viele Flüchtlinge der Yuchi und der Yamasee nach Florida. Trotz ihrer heterogenen Wurzeln wurden diese Indianer einheitlich als später als Seminolen bezeichnet. Einige versprengte Timucua wurden um 1710 ebenfalls von den Seminolen absorbiert und der Stamm gilt seitdem als ausgestorben.