Letecká společnost byla založena dne 1. ledna 1995 a zahájila svoji činnost v červnu 1997 sérií charterových letů přepravujících poutníky do Džiddy (Saúdská Arábie). Lety byly původně plánovány pro provoz z Gazy, ale vzhledem k izraelskému zákazu byly provozované z Port Saidu v severním Egyptě. Pravidelné lety byly zahájeny dne 23. července 1997, z Aríše do Jordánska a do Saúdské Arábie. Palestinian Airlines přesunuly svoji základnu do Gazy po otevření letiště v listopadu 1998 a přidaly řadu nových tras po regionu. Letecká společnost měla pozastavenu činnost v říjnu 2000 po zahájení Intifády Al-Aksá a byla nucena přestěhovat se na Mezinárodní letiště El-Aríš v prosinci 2001, po zničení dráhy na Mezinárodním letišti Jásira Arafata, kde provozuje omezené služby. Společnost je zcela ve vlastnictví Palestinské samosprávy; k březnu 2007 měla 398 zaměstnanců.