С мая 1943 года гвардии полковник Феодосий Котляр командовал 223-й бомбардировочной авиационной дивизией 2-го бомбардировочного авиационного корпуса 4-й воздушной армии Северо-Кавказского Фронта. В сентябре 1943 года за успешные боевые действия дивизии было присвоено гвардейское звание и она получила наименование 4-я гвардейская бомбардировочная авиационная дивизия. Этой дивизией гвардии генерал-майор авиации Ф. П. Котляр командовал до конца войны. Дивизия Котляра неоднократно отличалась во время Смоленской, Белорусской, Прибалтийской, Восточно-Прусской наступательных операциях, а также в блокаде Курляндской группировки и в штурме Кёнигсберга. Её лётчики совершили 2210 боевых вылетов на бомбардировку войск и важных объектов противника, нанеся тому большие потери. Сам же генерал Котляр за время войны совершил 118 боевых вылетов.