Nel maggio 2006 diventa l'allenatore del per la stagione 2006-2007. Dopo la sconfitta 5-1 contro l'Atalanta, nell'ultima giornata del girone di andata, è esonerato verbalmente dal presidente Aldo Spinelli, il quale, accettando le volontà di alcuni senatori amaranto, decide alcuni giorni dopo di rinnovargli la fiducia, reintegrandolo nel ruolo di tecnico della prima squadra. Il 20 marzo 2007 Arrigoni viene poi esonerato dopo una sconfitta per 4-0 in trasferta contro l'Udinese.