Jokaiseen osavaltioon ja territorioon on perustettu suojelualueita suojelemaan ja säilyttämään maan ainutlaatuista ekosysteemiä. Näihin alueisiin kuuluu kansallispuistoja ja muita alueita, kuten myös 64 suota, jotka on rekisteröity Ramsarin sopimukseen ja maailmanperintöluetteloon. Vuonna 2002 oli Australian kokonaispinta-alasta suojeltua aluetta 10,8 % (774 619,51 km²). Merien monimuotoisuuden säilyttämiseksi on suojelualueita perustettu myös useille merialueille. Alueet kattoivat vuonna 2002 7 % (646 000 km²) Australian aluevesistä. Isoa valliriuttaa ylläpitää osavaltio- ja territoriolainsäädännön alainen Grand Barrier Reef Marine Park Authority. Jotkin Australian kalavesistä ovat jo ylikalastettuja, ja useille merieläinlajeille on määritelty kalastuskiintiöt.