Sotto la guida del nuovo tecnico Peter Bosz il giovane Ajax (età media inferiore ai 23 anni) elimina il PAOK nel terzo turno preliminare della Champions League ma è poi nettamente sconfitto dal Rostov. Accede però alla fase a gironi dell'Europa League 2016-2017 che vince, elimina poi il ai sedicesimi di finale, il agli ottavi, lo ai quarti e l' in semifinale prima di raggiungere la sua decima finale europea. A Solna è però sconfitto 2-0 dal Manchester United, mentre in campionato arriva dietro ai rivali del Feyenoord di un solo punto e in Coppa era stato eliminato già agli ottavi dal Cambuur.