כשפרצה המלחמה האנגלו-בורית ב-1899 הועמד בראש יחידת קומנדו בורית והצטיין בלוחמת גרילה. בשנת 1907 מונה לשר בממשלתו של לואי בותה, שהייתה כפופה לבריטים ששלטו בטרנסוואל בעקבות ניצחונם במלחמה. עם קבלת עצמאותה של דרום אפריקה והקמת "איחוד דרום אפריקה" ב-1910, המשיך סמאטס לכהן בממשלה תחת בותה עד פרוץ מלחמת העולם הראשונה, אז חזר לשירות צבאי. הוא היה בין מקימי צבא דרום אפריקה, ובשנת 1916 הוביל 55,000 חיילים מצבא דרום אפריקה במערכה במזרח אפריקה במלחמת העולם הראשונה, בה גורש הצבא הגרמני מאפריקה. בסתיו 1917 הוזמן על ידי ראש ממשלת בריטניה דייוויד לויד ג'ורג' להיות חבר בקבינט המלחמה הבריטי, שם סייע בהקמת חיל האוויר המלכותי. אחרי המלחמה היה סמאטס פעיל בוועידת השלום בפריז ב-1919 ובקביעת שיטת המנדטים בהסכם ורסאי, על פיה קיבלה דרום אפריקה את המנדט על דרום-מערב אפריקה הגרמנית, לימים רפובליקת נמיביה.