Très vite, il se fait remarquer par ses reportages sur la guerre d'Algérie dans lesquels il dénonce notamment la torture. Favorable à la cause algérienne, il défend les négociations avec le FLN, ce qui entraîne l'éloignement d'avec Albert Camus. Inculpé à deux reprises pour atteinte à la sûreté de l’État, menacé de mort par des partisans du maintien de l'Algérie au sein de la République française, il est à l’origine, par ses articles, de presque toutes les saisies de "L'Express". En , il est grièvement blessé au fémur lors des événements de Bizerte qui lui valent d'être opéré neuf fois, ce qui lui donne l'occasion de lire Gobineau. Il passe de longs mois à l'hôpital, à l'issue desquels il exprimera son refus de signer le "Manifeste des 121" et son approbation de la politique de Charles de Gaulle. À son retour à "L'Express", la guerre d'Algérie étant terminée, il perd de son aura et ses rapports se dégradent avec Jean-Jacques Servan-Schreiber.