Pendant l’émancipation des colonies en 1810, la ville devint le chef-lieu de la Province de Tunja, une des Provinces-Unies de Nouvelle-Grenade, et de la République de Tunja en 1811 après la déclaration d'indépendance de l'Espagne. À la suite de la reprise du contrôle de la part de la couronne espagnole, la ville fut capitale fédérale des Provinces de la Nouvelle-Grenade face au centralisme de la province de Cundinamarca. En 1819, il se déroula à proximité la Bataille de Boyacá et, dès la réorganisation de la nouvelle République de la Colombie, la ville est déclarée chef-lieu du département de Boyacá.