Frondizi fue derrocado, las provincias en que había triunfado el peronismo fueron intervenidas y su sucesor, José María Guido, que gobernaba bajo la tutela militar, anuló las elecciones y disolvió el Congreso. Bajo su gobierno hubo muy poca actividad sindical o de la resistencia, y la represión contra los sindicalistas alcanzó nuevos niveles de violencia: un joven delegado sindical peronista, Felipe Vallese, fue el primer peronista detenido desaparecido. Durante un año y medio, dos sectores del Ejército —los Azules y Colorados— se enfrentaron en una serie de combates menores por la posición que debía adoptarse frente al peronismo: los azules estaban dispuestos a tolerar al peronismo en una posición subordinada, mientras los colorados pretendían su anulación completa. Triunfaron los azules, pero en las elecciones de 1963 el peronismo volvió a estar absolutamente proscripto.