V 16. in 17. stoletju je Galway ostal večinoma zvest angleški kroni, celo med gelskim ponovnim vzponom, morda zaradi preživetja. Vendar se je do leta 1642 mesto med vojnama treh kraljestev povezalo s katoliško konfederacijo Kilkennyja. Med osvajanjem Irske so po devetmesečnem obleganju Cromwellove sile zajele mesto. Konec 17. stoletja je mesto podpiralo pristaše kralja Jakoba II. v Viljemovi vojni za Irsko, ki ga je po zelo kratkem obleganju zajel, ne dolgo po bitki pri Aughrimu leta 1691. Velike družine Galwaya so bile uničene. Mesto je trpelo še zaradi krompirjeve plesni od 1845 do 1852 in si ni popolnoma opomoglo do obdobja močne gospodarske rasti v poznem 20. stoletju.