Jakob, Duke of York, wurde zum Lord High Admiral ernannt und war Oberbefehlshaber der Royal Navy während des zweiten (1665–1667) und dritten Englisch-Niederländischen Seekriegs (1672–1674). Sein Staatssekretär im Marineamt, Samuel Pepys, beschrieb diese Zeit in seinem bekannten Tagebuch. Nachdem die Engländer 1664 das Gebiet Nieuw Nederland in Nordamerika erobert hatten, wurde die Stadt Nieuw Amsterdam ihm zu Ehren in New York umbenannt. Das 150 Meilen flussaufwärts am Hudson River liegende Fort Oranje wurde nach Duke of Albany, seinem zweiten Titel, in Albany umbenannt. Jakob stand auch der sich am Transatlantischen Sklavenhandel beteiligenden Royal African Company vor.