Niňaj působil v mládežnických reprezentacích Slovenska včetně týmu do 21 let. S ním vyhrál v září 2014 3. kvalifikační skupinu (zisk 17 bodů) před druhým Nizozemskem (16 bodů), což znamenalo účast v baráži o Mistrovství Evropy hráčů do 21 let 2015 v České republice. Na závěrečný šampionát konaný v České republice v létě 2015 se však Slovensko z baráže neprobojovalo.