En 1803 fue fusionada con el Reino de Galicia y Lodomeria, pero retuvo cierta autonomía. Permaneció como un territorio del Imperio austríaco incluso cuando en 1807 Napoleón I de Francia creó el Ducado de Varsovia de los territorios de la Gran Polonia que Prusia se había anexado en la Segunda y Tercera Partición y que ahora estaba forzado a renunciar de acuerdo con el Tratado de Tilsit. Austria perdió Nueva Galicia en la Guerra de la Quinta Coalición en 1809, después que un cuerpo bajo las órdenes del Archiduque Fernando Carlos José de Austria-Este el 15 de abril de 1809 empezara la Guerra austro-polaca con la invasión del Ducado de Varsovia. A pesar de los planes del duque de moverse en él como un liberador nacional fue desafiado por las fuerzas del Príncipe Józef Antoni Poniatowski en la Batalla de Raszyn. Austria fue finalmente derrotada en la Batalla de Wagram el 6 de julio, desde cuando Nueva Galicia fue añadida al Ducado de Varsovia por el Tratado de Schönbrunn.