En , recevant le président de la République serbe Aleksandar Vučić, il devient le premier chef d’État à s’excuser pour les bombardements menés en 1999 par l’OTAN contre la Serbie, déclarant que cette intervention était . Alors qu'il était président du gouvernement à cette époque, Zeman indique que la République tchèque ne pouvait s'opposer à ces opérations militaires, son pays n’étant membre de l’OTAN que depuis quelques semaines à ce moment-là.