Em maio de 1998, no sexto congresso da PAIGC, Vieira foi reeleito para mais um mandato de quatro anos como presidente do PAIGC, com 438 votos a favor, oito contra e quatro abstenções. A Guerra Civil na Guiné-Bissau e o golpe de Estado levou à expulsão de Vieira do PAIGC em maio de 1999. Francisco Benante, o líder dos reformistas dentro do partido e o único civil na junta militar de transição, foi eleito como o presidente do PAIGC. O PAIGC ganhou o terceiro maior número de assentos na eleição parlamentar de novembro 1999, e seu candidato presidencial, Malam Bacai Sanhá, foi derrotado por Yalá.