Sovyetlerin Polonya'yı işgalinin ardından Eylül 1939'da, üniversite yönetimi Litvanyalı yetkililere verildi. Litvanya, Sovyetler Birliği'nin dağılmasının ardından 1990'da bağımsızlığını ilan ettikten sonra, Litvanya'nın önde gelen üniversitelerinden biri olarak statüsünü sürdürdü.