Il 21 luglio 1940 Ulmanis fu costretto a dimettersi, e al suo posto fu insediato Augusts Kirhenšteins. Ulmanis chiese al governo sovietico una pensione che gli permettesse di emigrare in Svizzera, e i sovietici gli risposero che era possibile, ma successivamente fu costretto a salire su un treno per a Mosca, e lì fu bloccato dall'NKVD che lo trasferì a Stavropol, città dell'attuale Russia, dove lavorò come contadino per un anno, in condizioni miserabili. Nel luglio 1941, a seguito dell'invasione tedesca dell'Unione Sovietica, fu arrestato preventivamente e imprigionato. Un anno dopo, dato che le armate tedesche erano ormai vicine a Stravopol, lui e altri prigionieri furono evacuatati nella prigione di Krasnovodsk, oggi in Turkmenistan. Lungo la strada, contrasse la dissenteria e morì il 20 settembre 1942. Non si conosce l'esatta ubicazione della sua tomba, ma il cimitero di Turkmenbashi ospita un piccolo memoriale in suo onore. Ulmanis non aveva moglie né figli, poiché, come era solito dire, lui era "sposato con la Lettonia".