Som support till Mötley Crüe turnerade Anthrax i Amerika under 2000, med Snake från Skid Row som gästande gitarrist. Året därpå bidrog bandet till Twisted Sister-tributen "Twisted and Strange", med låten "Destroyer". Bandet tillkännagav också ett nytt samarbete med Beyond Records. Det var planerat att bandet skulle genomföra en turné i USA med Judas Priest men efter 11 september-attackerna ställdes alla dessa shower in. I samband med de så kallade mjältbrandsattackerna under veckorna därefter ifrågasattes bandet och deras namn (Anthrax = mjältbrand). Anthrax fans tillfrågades också om bandet borde byta namn, men det skedde aldrig något namnbyte. Tillsammans med bland andra Overkill, Sebastian Bach och ett återförenat Twisted Sister deltog Anthrax i en konsertkväll till stöd för poliser och brandmän som fallit offer för attackerna mot World Trade Center. I oktober genomförde bandet en Europaturné tillsammans med Motörhead.