Dans les FFL, il prend le nom de Duhautoy, pour éviter les représailles sur sa famille, notamment ses frères enrôlés de force dans l'armée allemande. Désirant être aumônier dans une unité combattante, il émet nombre de demandes, et finit par obtenir gain de cause. Le Père Duhautoy est affecté à l'Ambulance chirurgicale légère (ACL) des FFL, et rejoint en son unité alors en Libye dans le cadre de la guerre du Désert. Il prend part comme aumônier à la campagne de Libye, à la bataille d'El Alamein, à la campagne de Tunisie en mai 1943 dans l'ACL de la division française libre ( DFL). Lorsque son unité est dans l'attente de participer à la campagne de la Libération, en plus de ses fonctions d'aumônier, le P. Duhautoy prend en charge les œuvres sociales, les loisirs, le sport et tout ce qui permet de maintenir le moral des hommes.