Chilen maajoukkuetta Fernández on edustanut 74 kertaa ja maaotteluissa hän on tehnyt 14 maalia. Hän pelasi Chilen joukkueessa vuosien 2007, 2011 ja 2015 Copa Américassa sekä vuoden 2010 MM-kilpailuissa.. Hän toimi Chilen nuorten maajoukkueen kapteenina vuoden 2005 nuorten MM-kisoissa.