Hoci ostrovy boli známe už v stredoveku arabským kupcom a na začiatku 16. storočia tu ako prví Európania pristáli Portugalci, zostávali dlho bez trvalého osídlenia. Až v polovici 18. storočia tu Francúzsko zriadilo kolóniu, nazvanú podľa vtedajšieho ministra financií Jeana Moreaua de Sechelles. Obsadené ostrovy zostali vo francúzskych rukách až do porážky Napoleona v roku 1815 v bitke pri Waterloo.