Durante la Segunda Guerra Mundial, Tokio fue intensamente bombardeada a partir de 1942 hasta 1945. A causa de esto, en 1945 la población de Tokio era la mitad que en 1940. Al terminar la guerra, en septiembre de 1945, Tokio fue ocupada militarmente y pasó a ser gobernada por las Fuerzas Aliadas. El general Douglas MacArthur estableció los cuarteles de la ocupación en lo que ahora es el edificio DN Tower 21 (anteriormente conocido como "Dai-Ichi Seimei"), frente al Palacio Imperial. En la segunda mitad del , Estados Unidos aprovechó a Tokio como un centro importante de logística durante las guerras de Corea y Vietnam. En la actualidad, aún permanecen bajo control estadounidense la base aérea de Yokota y algunas pocas instalaciones militares menores.