1938年末被調回日本，後曾短暫在參謀本部工作。1939年，被任命為第9師團的師團長。1942年升中將，被派往札幌，擔任第5方面軍司令官。他參與阿留申群島戰役，其中包括阿圖島戰役和茅舍行動。此後，作為北部軍司令官，他組織在日本北部防禦盟軍的進攻。1945年8月，他組織在占守島和庫頁島南部抵抗蘇聯紅軍的入侵。日本投降後，他被史達林點名為「戰犯」，要求將他引渡到蘇聯審判。但由於他先前保護猶太人的善舉，發起拯救樋口運動，歐洲的猶太裔金融家亦進行政治遊說，最後駐日盟軍總司令麥克阿瑟拒絕了蘇聯方面的引渡要求。遠東國際軍事法庭也認定其無罪。