Nel campionato successivo (post Calciopoli), Totti batté il suo record personale di gol, segnandone 26 in campionato (uno dei quali, realizzato con un tiro al volo contro la Sampdoria, gli vale l'applauso di tutto il Ferraris) e 32 in stagione. I gol messi a segno gli consentirono di laurearsi capocannoniere della Serie A e di vincere la Scarpa d'oro, contesa fino all'ultimo con Ruud van Nistelrooij. I giallorossi conclusero la stagione al secondo posto, alle spalle dell'Inter, e trionfarono in Coppa Italia battendo proprio i nerazzurri: l'eclatante 6-2 all'andata che rese ininfluente la sconfitta per 2-1 al ritorno. Totti vinse così la sua prima Coppa Italia, dopo tre finali perse.