A trégua pacífica após o conflito da Cisplatina não durou muito. Uma guerra civil estourou em São Pedro do Rio Grande do Sul no dia 20 de setembro de 1835. A revolta, conhecida como Revolução Farroupilha, começou depois do presidente provincial Antônio Rodrigues Fernandes Braga ter sido deposto do cargo através de um golpe de estado organizado pelo militar Bento Gonçalves. Apesar do nome, os rebeldes farrapos eram donos de terras, assim como Marques de Sousa, que tentaram tomar o poder pela força depois de perderem as eleições. Marques de Sousa foi um dos oficiais da província que permaneceu leal ao presidente deposto. Ele lutou na Batalha do Arroio Grande em 14 de outubro de 1835, onde as forças rebeldes foram derrotadas. Entretanto, as forças leais ao governo legítimo estavam seriamente em menor número. Marques de Sousa e Fernandes Braga partiram para o Rio de Janeiro a fim de pedir ajuda, porém o governo central não foi capaz de prestar grande auxílio já que outras revoltas e tumultos haviam estourado pelo país. Ele foi colocado no comando do 1.º Batalhão de Caçadores, uma unidade de infantaria, e embarcou em 8 de março de 1836 para Pelotas, sul da província, depois de ser nomeado seu comandante militar.