С марта 1997 года — начальник штаба — первый заместитель командующего Уральского военного округа. 30 декабря 1999 года назначен командующим войсками Уральского военного округа, однако командовал округом менее месяца. 22 января 2000 года Указом Президента Российской Федерации В. В. Путина назначен Главнокомандующим внутренними войсками МВД Российской Федерации — заместителем Министра внутренних дел Российской Федерации. Как вспоминал сам Вячеслав Валентинович в интервью Светлане Сорокиной в программе Герой дня на НТВ 27 января 2000 года, ему три раза предлагали стать командующим ВВ МВД. Сначала это было на уровне предварительных разговоров с Анатолием Куликовым, потом с Сергеем Степашиным, когда они были министрами МВД. Провёл значительную работу по усилению и перевооружению внутренних войск, предложил план их реорганизации (впоследствии реализован). Многократно был в Чеченской республике в период второй чеченской войны. Воинское звание генерал армии присвоено указом Президента Российской Федерации Путина В. В. от 6 ноября 2002 года.