De Russische heerschappij werd niet zonder tegenstand aanvaard: van 1901 tot 1915 waren er maar liefst 13 massaoproeren. In 1916 groeide de ontevredenheid onder de lokale bevolking uit tot de Basmatsjiopstand (of "Centraal-Aziatische Opstand"), waarvoor de aanleiding werd gevormd door een decreet dat de dienstplicht oplegde aan de inheemse bevolkingsgroepen in de vorm van werkbataljons voor de Eerste Wereldoorlog. Hiervan waren ze namelijk tot die tijd vrijgesteld. Bij de opstand werden volgens een bron 4725 Russische kolonisten vermoord. Dit leidde tot Russische vergeldingsacties, vooral tegen de nomadische bevolking. Hierbij kwamen ten minste 205.000 Turkestanen om het leven, werden 168.000 naar Siberië verbannen, raakten 300.000 mensen tot vluchteling en werden ten minste 50 dorpen in de buurt van Samarkand verbrand. De volledige mobilisatie van Turkestan mislukte echter.