Keskikentällä pelannut Thern edusti urallaan ruotsalaista Malmö FF:ä, sveitsiläistä FC Zürichia, portugalilaista Benficaa, skotlantilaista Rangersia sekä italialaisia Napolia ja AS Romaa. Thern pelasi maajoukkueessa 75 maaottelua, ja hän oli mukana Ruotsin joukkueessa 1988 olympialaisissa, 1990 MM-kisoissa, 1992 EM-kisoissa ja 1994 MM-kisoissa. Thern oli maajoukkueen kapteeni MM-pronssia 1994 saavuttaneessa joukkueessa. Thern päätti uransa 1999 polvivamman vuoksi.