Blinken arbeitete in niedrigeren Positionen für die Regierung Bill Clintons und war Mitarbeiter am Center for Strategic and International Studies. Auch für die Regierung Barack Obamas war er in mehreren Regierungsämtern tätig. Zwischen 2009 und 2013 war er Nationaler Sicherheitsberater von Vizepräsident Joe Biden. Als dieser ist er auch auf dem ikonischen Foto "Situation Room" zu sehen, das zeigt, wie hohe Mitglieder der Obama-Regierung über den Verlauf der Operation Neptune Spear informiert werden, bei der Osama bin Laden in Pakistan von einer Spezialeinheit der US Navy getötet wurde. Danach war er als Stellvertretender Sicherheitsberater des Präsidenten und als Vizeaußenminister der Vereinigten Staaten tätig.