In einem Interview mit Aleksei Venediktov von Ekho Moskvy im Jahr 2014 erklärte Nawalny, dass die Krim Teil der Russischen Föderation sei, auch wenn sie „unter ungeheuerlicher Verletzung jeglicher internationaler Normen“ übernommen worden sei. Zur Lösung des Konflikts und zur Wiederherstellung der Gerechtigkeit sei ein erneutes, „normales“ Referendum der Krimbevölkerung über den Status der Krim erforderlich. Er kommentierte, die Loslösung der Krim sei auch von Vorteil für die Ukraine, weil die 2 Millionen prorussischen und konservativen Wähler der Krim die Antikorruptionsbewegung in der Ukraine gebremst hätten. Mitte 2017 erklärte er, den Anschluss der Krim an Russland nicht zu unterstützen, da die Ukraine und Russland das Budapester Memorandum unterzeichnet hätten. Es müsse ein „ehrliches“ Referendum stattfinden, da das Referendum über den Status der Krim von 2014 seiner Ansicht nach gefälscht gewesen sei. Hinsichtlich des Donezbeckens erklärte er, im Falle einer Regierungsübernahme würde er sich an das Minsker Abkommen halten.