В ноябре 1943 года был назначен на должность командира 110-го стрелкового корпуса. С января 1944 года состоял в распоряжении Военного совета Белорусского фронта и в феврале того же года был назначен на должность командира 9-го гвардейского стрелкового корпуса, участвовавшего в боевых действиях во время Полесской, Белорусской, Минской и Люблин-Брестской наступательных операций. В июле того же года за допущенные просчеты и потерю управления корпусом Попов был снят с занимаемой должности «как не справившийся» и назначен на должность заместителя командира 125-го стрелкового корпуса.