I mai 2010 ledsaget Capucci en skipskonvoi fra Free-Gaza-bevegelsen. Skipene ble bordet at den israelske marine. Erkebiskop Capucci var ombord skipet MS «Mavi Marmara», der ni mennesker mistet livet. Han ble først bragt til Be'er Sheva-fengselet og senere sendt ut fra Israel.