A sua rotina doméstica tranquila terminou abruptamente quando uma facção do exército se rebelou e depôs Pedro em , mandando que toda a família imperial deixasse o Brasil. Ao ouvir a ordem para partir, um oficial militar disse à imperatriz: "Resignação, minha senhora", por sua vez Teresa Cristina respondeu: "Sempre a tive, mas como não chorar tendo que deixar esta terra para sempre!". De acordo com o historiador Roderick J. Barman, os "eventos de 15 de novembro de 1889 causaram-lhe um impacto tanto emocional quanto físico". A imperatriz amava o Brasil e seu povo. Ela não desejava nada mais do que terminar seus dias na terra que fizera sua. Com 66 anos de idade e sofrendo de asma cardíaca e artrite, enfrentava agora a perspectiva de acompanhar o marido num incessante deslocamento pela Europa, passando seus últimos anos virtualmente sozinha em aposentos estranhos e desconfortáveis". Teresa Cristina esteve doente durante toda sua viagem até Lisboa, Portugal, chegando no dia 7 de dezembro.