Na początku czerwca „Yamato” i „Musashi” zostały ponownie użyte jako transportowce, tym razem w celu wzmocnienia garnizonu i instalacji obronnych wyspy Biak w ramach operacji Kon. Misja została anulowana, gdy do sztabu Ozawy dotarły wiadomości o atakach amerykańskich lotniskowców na Mariany. Flota cesarska została zreorganizowana. Skoncentrowano większość okrętów w nadziei na osiągnięcie znaczącego sukcesu w walce z Amerykanami. Jednak w tym czasie marynarka japońska miała znacznie mniejsze siły i doświadczenie w porównaniu z amerykańską Flotą Pacyfiku. Od 19 do 23 czerwca 1944 „Yamato” eskortował jeden z zespołów floty Ozawy w czasie bitwy na Morzu Filipińskim, która otrzymała od amerykańskich pilotów nazwę "Wspaniałe strzelanie do indyków nad Marianami" (ang. "The Great Marianas Turkey Shoot"). Japończycy stracili trzy lotniskowce i 426 samolotów. Jedynym znaczącym wkładem „Yamato” było omyłkowe otwarcie ognia do powracających japońskich samolotów.