A universidade foi fundada pelo governo Meiji em 1877 com seu nome atual, fundindo escolas governamentais mais antigas de medicina, vários estudiosos tradicionais e ensino moderno. Ela foi rebatizada de em 1886, e depois em 1897, quando o sistema de Universidade Imperial foi criado. Em setembro de 1923, um terremoto e os seguintes incêndios destruíram cerca de 700 000 volumes da Biblioteca da Universidade Imperial. Em setembro de 1923, um terremoto e os subsequentes incêndios destruíram cerca de 700 000 volumes da Biblioteca da Universidade Imperial. Os livros perdidos incluíam a , uma coleção de cerca de 10 000 livros. Os livros pertenciam anteriormente ao historiador japonês Hoshino Hisashi antes de se tornarem parte da biblioteca da universidade e eram principalmente sobre filosofia e história chinesas.