Adams wurde im Januar 1862 zum Brigadekommandeur zunächst in der Tennessee-Armee, danach in der Mississippi-Armee ernannt. In der Schlacht von Shiloh wurde er durch einen Kopfschuss verwundet und verlor sein rechtes Auge. Adams wurde am 23. Mai 1862 zum Brigadegeneral befördert und nahm mit der Louisiana-Brigade an der „Heartland“ Offensive unter General Bragg teil. Erneut der Tennessee-Armee unterstellt nahm er an der Schlacht am Stones River teil und wurde am 31. Dezember 1862 am rechten Arm verwundet. Im Mai 1863 übernahm er genesen wieder die Führung seiner Brigade. Während der Schlacht am Chickamauga wurde Adams am 20. September 1863 erneut verwundet und gefangen genommen.