El fusell Spencer va ser adoptat primer per l'Armada dels Estats Units, sent al seu torn adoptat per l'Exèrcit dels Estats Units i empleat durant la Guerra de Secessió, on va ser una arma popular. Els Estats Confederats d'Amèrica ocasionalment capturaven alguns d'aquests fusells i la seva munició, però, com no podien fabricar els cartutxos a causa de l'escassetat de coure, la seva capacitat de prendre avantatge dels fusells va ser limitada. Entre les notables batalles on va ser empleat per primera vegada figuren la Batalla de Hoover's Gap (on la "Brigada Llampec" del Coronel John T. Wilder va demostrar el poder de foc dels fusells de repetició) i la Campanya de Gettysburg, on els dos regiments de la Brigada de Michigan (al comandament del Brigadier general George Armstrong Custer) els emplearon en la Batalla de Hanover i en el Quadre de Cavalleria de l'est. Mentre la guerra progressava, els Spencer van ser empleats per diversos regiments de Cavalleria i Infanteria Muntada de la Unió, oferint-li a l'Exèrcit de la Unió una potència de foc addicional enfront dels seus contrapartes de l'Exèrcit dels Estats Confederats. John Wilkes Booth, l'assassí del President Lincoln, estava armat amb una carabina Spencer al moment de la seva captura i mort.