Der Umschwung kam mit dem zweiten Tschetschenienkrieg, der den bis dahin chancenlosen, aber entschlossen und populistisch auftretenden Ministerpräsidenten Putin plötzlich populär machte. Primakows Bemühungen, zusammen mit dem damaligen Präsidenten Inguschetiens, Ruslan Auschew, eine friedliche Lösung zu erreichen, führten zu seiner zunehmenden Isolation.