Переговоры между повстанцами и правительством в 2003—2004 формально завершили 22-летнюю вторую гражданскую войну, хотя отдельные вооружённые столкновения в ряде южных районов имели место и позже. 9 января 2005 года в Кении было подписано Найвашское соглашение, предоставившее региону автономию, а лидер Юга Джон Гаранг стал вице-президентом Судана. Южный Судан получил право после 6 лет автономии провести референдум о своей независимости. Доходы от добычи нефти в этот период должны были, по соглашению, делиться поровну между центральным правительством и руководством южной автономии. Это несколько разрядило напряжённую обстановку. Однако 30 июля 2005 Гаранг погиб в результате крушения вертолёта, и обстановка вновь стала накаляться. Для урегулирования конфликта в сентябре 2007 года Южный Судан посетил Генеральный Секретарь ООН Пан Ги Мун. Международное сообщество ввело в зону конфликта миротворческие и гуманитарные силы. В течение 6-летнего временного периода власти юга организовали достаточно полный и эффективный контроль своей территории действующим Правительством Южного Судана со всеми министерствами, включая вооружённые силы и органы правопорядка. По всем оценкам, способность и желание неарабского региона жить самостоятельно не вызывали сомнения. В июне 2010 года США объявили, что будут приветствовать появление нового государства в случае положительного исхода референдума.