Политически Альфредо Стресснер придерживался крайне правых взглядов, был убеждённым националистом и непримиримым антикоммунистом. Участвовал в гражданской войне 1947 на стороне правых сил. Командовал крупным соединением правительственных сил Мориньиго. Войска под командованием Стресснера сыграли важную роль в исходе войны: артиллерийская дивизия, подтянутая из Парагуари остановила левых повстанцев, штурмовавших Асунсьон. После этого повстанцы были отброшены, восстание подавлено правительственной армией и парамилитарными формированиями "Guión Rojo" при аргентинской поддержке.