Makgatho wurde als Sohn des Pedi-"Chiefs" Kgorutlhe Josiah Makgatho geboren. Seine Schulbildung erhielt er nahe Pretoria in der Provinz Transvaal. 1882 ging er an eine Schule in Ealing in England, wo er Erziehungswissenschaften und Theologie belegte. Er erlebte dort die Berliner Konferenz mit der Aufteilung Afrikas unter den europäischen Mächten mit und nahm dazu eine kritische Haltung ein. 1885 kehrte er zurück und arbeitete fortan als Lehrer am "Kilnerton Training Institute" in Pretoria. Von 1887 bis 1930 war Makgatho auch Methodistenprediger.