Wohl während des Schmalkaldischen Kriegs 1550/51 wurde das Kirchenschiff bei einem Brand zerstört. Da auch die Buckauer Kirche zerstört war, mussten die Fermersleber zum Gottesdienst bis zum Kloster Berge laufen. Seit 1561 war Peter Ulner Abt des Klosters Berge. Er beschloss, die zerstörten Kirchen nicht aufzubauen und die Einwohner dauerhaft zu Gemeindemitgliedern der Pfarrkirche des Klosters zu machen. Der in Halle (Saale) residierende Erzbischof Sigismund erteilte am 30. November 1563 hierzu seine Zustimmung und übertrug alle Rechte der Fermersleber Kirche auf die Kirche des Klosters Berge. Die Fermersleber klagten jedoch bereits während einer Kirchenvisitation im Jahr 1563 über die große Entfernung. Darüber hinaus wurde angegeben, dass die Bewohner von Fermersleben statt zum Kloster Berge zur Sankt-Ambrosius-Kirche in Sudenburg gingen. Wieso sie diesen noch weiteren Weg auf sich nahmen ist unklar, möglicherweise gab es Vorbehalte gegen die Klosterkirche. Bereits 1570 wurde das Kirchenschiff der Fermersleber Kirche von den Fermerslebern jedoch neu aufgebaut. Der Turm war erhalten geblieben. Eine andere Quelle datiert den Turm erst auf das Jahr 1716, wobei sie sich möglicherweise lediglich auf eine in der Vergangenheit auf dem Turm befindliche Wetterfahne bezieht, die die Jahreszahl 1716 trug.