Περίπου το 1450 π.Χ. όλα τα ανακτορικά κέντρα καταστρέφονται. Παλαιότερα πιστευόταν ότι αιτία ήταν μια πολύ μεγάλη έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας, που συνοδεύτηκε από πολύ ισχυρούς σεισμούς, παλιρροϊκά κύματα και πυρκαγιές. Νεώτερες έρευνες, όμως, χρονολογούν την έκρηξη του ηφαιστείου στον 17ο αιώνα π.Χ., οπότε τα αίτια της καταστροφής των μινωικών ανακτόρων πρέπει να αναζητηθούν είτε σε κάποιες φυσικές καταστροφές είτε σε εχθρικές επιδρομές. Σε κάθε περίπτωση, το πλήγμα ήταν ανεπανόρθωτο (από τα μεγάλα ανακτορικά συγκροτήματα μόνο η Κνωσός συνεχίζει να είναι αναπτυγμένος οικισμός).