Po zabójstwie Abrahama Lincolna Hancocka przydzielono do nadzoru nad przeprowadzeniem egzekucji zamachowca. W lipcu 1866 roku mianowano go brevet generał majorem armii regularnej. Niedługo potem został naczelnikiem Departamentu Missouri, a następnego roku naczelnikiem Departament Wschodu, a później 5 Departamentu Wojskowego z siedzibą w rekonstrukcjonistycznym Nowym Orleanie. Jego polityka dezaprobowania wojskowych procesów sądowych, sympatia dla południowców i chęć godzenia zwaśnionych nie spotkała się z aprobatą Waszyngtonu i na własną prośbę został przeniesiony.