Per gli ebrei del centro-nord (per quelli internati nei campi ma ora anche per gli ebrei italiani, nella quasi totalità residenti nelle zone di occupazione tedesca), la situazione si fece drammatica. Non mancarono gli eccidi e le stragi in loco: sul Lago Maggiore, a Meina, a Ferrara, per culminare a Roma il 24 marzo del 1944 con l'Eccidio delle Fosse Ardeatine, dove 75 delle 335 vittime furono ebrei. Ma la persecuzione si realizza in primo luogo attraverso l'arresto e la deportazione degli ebrei verso i campi di sterminio dell'Europa centrale. A tale opera si dedicano le truppe di occupazione tedesca che nell'ottobre del 1943 fecero irruzione nel ghetto ebraico di Roma e nel novembre 1943 deportarono gli ebrei di Genova, Firenze e Borgo San Dalmazzo. A partire dal 30 novembre 1943, anche le autorità di polizia e le milizie della Repubblica Sociale Italiana furono impegnate in prima persona e in modo sistematico nelle deportazioni. Ai tedeschi venne lasciata la gestione dei trasporti ferroviari, mentre ai repubblichini furono affidate le operazioni di polizia per la ricerca e la cattura dei fuggitivi. Dai campi di internamento si passò ad un sistema integrato di campi di concentramento e transito, finalizzato all'organizzazione di trasporti ferroviari verso i campi di sterminio, in primo luogo Auschwitz. Il Campo di transito di Fossoli e quello Bolzano diventarono i perni in Italia delle deportazioni, mentre la Risiera di San Sabba fungeva da principale luogo di raccolta per gli ebrei del Friuli e della Croazia.