В 1995 году Милошевич стал одним из подписантов Дейтонского соглашения в США, формально завершившего войну в Боснии 1992—1995 гг. В 1996 году в Косово началось формирование вооружённых формирований сепаратистов, которые вскоре были объединены в Армию освобождения Косова. В крае развернулась партизанско-террористическая война, жертвами которой стали сотни мирных жителей, чиновников и военных Югославии. На первом этапе борьбу с сепаратистами вели лишь милицейские подразделения, но в 1998 году Милошевич направил в край югославскую армию, что вызвало резкую реакцию на Западе. В июне 1998 года западные страны угрожали использованием силы, если СРЮ не выведет из Косова войска и спецназ. На встрече Милошевича и Ельцина в Москве было принято совместное Заявление о необходимости решения проблемы мирным путём, однако остановить военные действия, сопровождавшиеся репрессиями и этническими чистками с обеих сторон конфликта, не удалось.