Město bylo založeno roku 1567 španělským conquistadorem Martínem Ruizem de Gamboa. V roce 1594 Castro obývalo 8000 osob, převážně zemědělců. Až do roku 1767 bylo Castro administrativním centrem celého ostrova, poté se středisko přesunulo do Ancudu na severu ostrova, zejména kvůli snadnější komunikaci s hlavním městem španělské kolonie v Limě v Peru. I po osamostatnění Chile zůstal hlavním městem Ancud. V roce 1837 bylo Castro poškozeno zemětřesením a na počátku 20. století zde žilo pouhých 1243 osob. V roce 1912 byla otevřena železniční trať do Ancudu, která urychlila rozvoj města. V roce 1960, kdy město zasáhlo Velké chilské zemětřesení a následná vlna tsunami, jej obývalo 7000 lidí. V roce 1982 se Castro stalo opětovně hlavním městem provincie.