В Карловаце Никшич одним из первых узнал новости о капитуляции Югославии в войне с немцами и о провозглашении независимой Хорватии, после чего занялся перестраиванием городского законодательства в соответствии с законами НГХ. В доме Никшича два дня пробыл поглавник НГХ Анте Павелич, проведя там переговоры с немецким дипломатом Эдмундом Веезенмайером и итальянским послом Филиппо Анфузо. В июне 1941 года Никшич был назначен старостой Покуплевского округа, а в середине марта 1942 года начал работу в Министерстве внутренних дел. Месяц спустя переведён в МИД. Министром внутренних дел он стал 10 октября 1942, сменив Андрию Артуковича, и проработал на этом посту до 29 апреля 1943 г. Некоторое время был послом в Италии; вскоре после переворота Дино Гранди вернулся в Хорватский МИД.