Cuộc đảo chính vào ngày 1 tháng 11 năm 1963 đã lật đổ Tổng thống Việt Nam Cộng hòa Ngô Đình Diệm, đồng thời cũng dẫn đến cái chết của chính Ngô Đình Diệm và em trai ông này là Ngô Đình Nhu. Ngày 2 tháng 11, Giáo hoàng gửi thông tin đến Tổng giám mục Nguyễn Văn Bình và cho biết hãy cầu nguyện để Việt Nam vượt qua hoàn cảnh đau đớn này. Tin từ Giáo hoàng tránh nhắc đến vụ đảo chính tại Việt Nam Cộng hòa. Giữa tháng 11, Tổng giám mục Nguyễn Văn Bình trở về Việt Nam, sau khi tham gia đoạn thứ hai của Công đồng Vaticanô II tổ chức vào năm 1963. Sau khi từ Roma trở về Sài Gòn vài giờ, Tổng giám mục Nguyễn Văn Bình gọi cho tướng Dương Văn Minh, Chủ tịch Hội đồng Quân nhân Cách mạng, sau đó là tướng Nguyễn Ngọc Thơ. Tướng Minh đang có cuộc họp với 12 tướng lĩnh quân sự vào thời điểm này, nhưng trình bày (qua điện thoại) với Tổng giám mục Bình về tình hình quân sự. Nguyễn Văn Bình kêu gọi thúc đẩy hòa hợp mọi người thuộc các tôn giáo tại Việt Nam.