Puis le , Patrick Brethous remplace Jean Pierre Palasset au poste de général de division de l’opération interarmées Barkhane. Cette opération française en partenariat avec les principaux pays de la bande sahélo-saharienne, dite BSS regroupe , dont la mission consiste à lutter contre les groupes armés terroristes en appuyant les forces armées du G5 Sahel, qui agissent dans leurs territoires. Il était alors en poste à N'Djaména, ville du Tchad. Il assure cette fonction jusqu'à l'achèvement de sa mission le , année où il est devenu le Commandement des forces spéciales terre ainsi que commandant de la base de défense de Pau, Bayonne et Tarbes. Cette ensemble de base, dont la portion centrale est à Pau, a pour mission principale de soutenir les organismes militaires de la garnison, le 35e régiment d'artillerie parachutiste, autrement dit le RAP et le régiment de hussards parachutistes, le 1er RHP.