Koncem 18. století, během josefínských reforem, byla kaple na dvacet roků uzavřena. V letech 1883–1890 byla během regotizace katedrály svatého Václava stavba zkrácena o jedno pole a současně s tím bylo upraveno průčelí, aby byl zachován hlavní renesanční portál. Tehdy byla odhalena stěna románského ambitu, která se dochovala dodnes. Interiér kaple byl obnoven v letech 1898–1899, kdy byl pořízen nový hlavní oltář a instalovány varhany.