В Великую Отечественную войну — в действующей армии: на Ленинградском, Волховском, 3-м Прибалтийском фронтах. Командовал дивизией (111-я стрелковая дивизия, 24-я гвардейская стрелковая дивизия), корпусом (22.04.1942 — 05.06.1942 — 6-й гвардейский стрелковый корпус; 13.09.1942 — 20.10.1942 — 4-й гвардейский стрелковый корпус). 13 мая 1942 г. присвоено звание генерал-майор. В 1942—1943 гг. — заместитель командующего армией (59-я, 8-я, 2-я ударная армия). С 11 марта 1943 по 13 декабря 1944 г. — командующий 54-й армией, с февраля по март 1945 г. — 67-й армией. 25 сентября 1943 г. присвоено звание генерал-лейтенант. Войска под командованием С. Рогинского наступали на любанском направлении, в Синявинской операции, в прорыве блокады Ленинграда, Мгинской, Новгородско-Лужской, Псковско-Островской, Тартуской и Рижской операциях; особенно отличились при освобождении гг. Тосно, Любань, Дно, при форсировании р. Великая и в боях за Ригу.