У червні 1945 року був призначений начальником штабу Головного командування радянських військ на Далекому Сході. За літо під його керівництвом була ретельно підготовлена операція по розгрому Квантунської армії. Указом Президії Верховної Ради СРСР від 8 вересня 1945 року за вміле керівництво військами, особисту мужність і відвагу, проявлені в боях, генерал-полковнику Іванову Семену Павловичу присвоєно звання Героя Радянського Союзу. До березня 1946 року — начальник штабу Головного командування радянських військ на Далекому Сході.