Der nunmehr politisch als Zweite Republik bezeichnete tschechoslowakische Staat auf dem verbliebenen Hoheitsgebiet – die „Nachmünchener“ Tschechoslowakei vom Oktober 1938 bis zur Besetzung durch Deutschland – bestand nach diesen Abtretungen nur kurz. Am 15. März 1939 besetzten deutsche Truppen die sogenannte "Rest-Tschechei" und stellten sie als Protektorat Böhmen und Mähren unter deutsche Hoheit. Tags zuvor war im slowakischen Landesteil unter direktem Druck Hitlers der Slowakische Staat unter „deutschem Schutz“ gebildet worden; die Karpatenukraine wurde von Ungarn annektiert.Teile der tschechoslowakischen Regierung waren ins Ausland geflüchtet und bildeten unter Edvard Beneš ab 1940 in London eine Exilregierung. An der Seite der Westalliierten und der Roten Armee kämpften Tschechen und Slowaken vom Ausland aus für die Befreiung ihres Landes. Im August 1944 begann der Slowakische Nationalaufstand von Teilen der slowakischen Armee und Partisanen gegen den Einmarsch der Wehrmacht in den Slowakischen Staat und dessen kollaborierende Regierung. Der Aufstand wurde nach zwei Monaten niedergeschlagen.