Nach der WM 2006 hat ihn der neue Trainer Leo Beenhakker ins polnische Nationalteam zurückgeholt. Am 16. August 2006 bestritt er in einem Freundschaftsspiel gegen Dänemark wieder als Nummer eins ein Länderspiel. Das Spiel ging mit 0:2 verloren. Daraufhin bekam er auch beim ersten EM 2008-Qualifikationsspiel gegen Finnland seine Chance, dort aber verschuldete Dudek zwei Gegentreffer bei der 1:3-Niederlage Polens. Viele polnische Zeitungen beschrieben dieses Spiel als „Untergang der Dudek-Ära“. Sein letztes Spiel für die polnische Fußballnationalmannschaft bestritt er am 14. Oktober 2009 in der Qualifikationsphase für die WM 2010 in Südafrika gegen die Slowakei. Das Spiel endete 0:1. Insgesamt absolvierte Dudek 59 Länderspiele.