Daarna was hij als legeraanvoerder actief onder keizer Karel V. Tijdens een van zijn gevechten werd hij gevangengenomen door condottiere Andrea Doria. Na het Verdrag van Madrid werd hij weer vrijgelaten. Hij diende verder onder de keizer en was aanwezig bij de Plundering van Rome. In 1528 werd zijn vloot geblokkeerd bij de haven van Napels. Tijdens de gevechten sterft Hugo de Moncada aan zijn verwondingen.