Teve início então, em 1559, a Guerra da Livônia, na qual lutaram dinamarqueses, suecos e poloneses, para obter o território da Livônia e conter o avanço russo, que já havia conquistado o bispado de Dorpat. Quando os suecos dominaram a região norte, os poloneses a região sul e os dinamarqueses as ilhas do Bispado de Ösel-Wiek, teve início outra guerra, a Guerra Nórdica dos Sete Anos (1563-1570). Aí consolidou-se o avanço e o subsequente domínio sueco na região, derrotados os russos em Narva, e conquistadas em 1629 as terras da Livônia, até então controladas pelos poloneses.