Na temporada 2007–08, Rooney fraturou o metatarso esquerdo no empate sem gols contra o Reading, mesma lesão que havia sofrido em seu pé direito três anos antes. Após seis semanas afastado, retornou em 2 de outubro de 2007, na vitória por 1 a 0 sobre a Roma, em jogo válido pela Liga dos Campeões, marcando o único gol do jogo. No entanto, apenas um mês após seu retorno, machucou o tornozelo durante um treino, e ficou afastado por mais duas semanas. Após uma temporada atrapalhada por lesões, conquistou a tríplice coroa pelo Manchester United: a Premier League, a Liga dos Campeões e o Mundial de Clubes da FIFA. Nesta temporada, Rooney marcou um total de 18 gols em 43 jogos, sendo doze deles pela Premier League.