Après les années 1950 et les décennies prospères qui ont suivi, l'agriculture a connu un déclin avec le début de la guerre civile libanaise et en particulier après l'invasion israélienne au début des années 1980. Au cours de cette dernière période, le gouvernement a élaboré des projets d'irrigation de 60 000 hectares supplémentaires et, en 1984, six grands projets d'irrigation étaient en cours d'étude, tous conçus pour être réalisés dans le cadre du plan de reconstruction de 1982 à 1991. Cependant, l'invasion israélienne a entraîné un détournement continu de l'eau des rivières principalement situées au sud. Même dans le calme relatif qui règne entre 1978 et 1981, environ 1 100 hectares de tabac ont été détruits, 300 hectares de terres agricoles ont été abandonnés à cause des mines antipersonnel, et 51 000 oliviers et 70 000 arbres fruitiers ont été détruits, selon le Haut-Commissaire des Nations unies pour les réfugiés. Au milieu des années 1980, le Liban était devenu l'un des plus importants centres de trafic de stupéfiants au monde, avec la phase prospère dont il a été témoin (en particulier dans la vallée de la Bekaa). Avant 1975, une grande partie de ce commerce était exportée par voie aérienne à partir de petites pistes d’atterrissage dans la vallée de la Bekaa. Après que la vallée eut été contrôlée par les Syriens, la drogue a quitté le pays par voie maritime à travers des ports contrôlés par les chrétiens jusqu'à Chypre, par la terre vers la Syrie ou parfois par Israël jusqu'à l'Égypte.