Отличный подготовленный пилот лейтенант Фёдор Шикунов сразу же после прибытия на фронт проявил себя и отличным истребителем. Через несколько дней после прибытия на фронт, в бою 9 октября 1943 года, он открыл свой боевой счёт, сбив немецкий самолёт-разведчик «Фокке-Вульф»—189. А уже через месяц, 11 декабря 1943 года, стал асом, одержав в этот день свою пятую личную воздушную победу. В ноябре 1943 года стал заместителем командира эскадрильи, в апреле 1944 года назначен командиром эскадрильи. Участвовал в Нижнеднепровской, Кировоградской, Корсунь-Шевченковской, Уманско-Ботошанской, Львовско-Сандомирской, Карпатско-Дуклинской, Висло-Одерской, Нижне-Силезской, Верхне-Силезской наступательных операциях, а также в воздушном сражении на подступах к Румынии в апреле — июне 1944 года. Член ВКП(б) с 1944 года.