W reprezentacji Ghany Baidoo zadebiutował w 1994 roku. W 1996 roku zagrał w jednym meczu Pucharu Narodów Afryki 1996, o 3. miejsce z Zambią (0:1). W tym samym roku zagrał również na Igrzyskach Olimpijskich w Atlancie. W 2000 roku został powołany do kadry Ghany na Puchar Narodów Afryki 2000. Na tym turnieju wystąpił w 3 meczach: z Kamerunem (1:1), z Togo (2:0) i z Wybrzeżem Kości Słoniowej. Od 1994 do 2001 roku rozegrał w kadrze narodowej 24 mecze.