由于根据宪法，巴希尔无法竞选2020年总统，于是苏丹国会将再次修改宪法延长总统连任届数。巴希尔谋求修宪连任的举动与苏丹面包和燃料价格不断上涨的高通胀引发苏丹人民强烈不满，2018年12月19日苏丹爆发大规模抗议示威活动，要求巴希尔下台，抗议活动持续数月，苏丹政府逮捕、拘留大量抗议群众和记者，但抗议活动愈演愈烈。2019年4月11日，苏丹发生政变，军方包围总统府，巴希尔宣布辞去总统职务，随后被军方逮捕，不久轉移到科巴尔（Kobar）监狱。2019年12月14日，巴希爾被判洗黑钱和贪污罪名成立，入住用来关押年老且未犯死罪囚犯的自新设施两年。