A principios de la década de 1990 vive en Ochamchira, Abjasia, pero en septiembre de 1993 se vio forzado a abandonar su casa a consecuencia de la guerra civil entre separatistas abjasos y Georgia. El alcalde de San Petersburgo, Anatoly Sobchak le garantizó el asilo político en Rusia. Tres meses más tarde, fallece en el hospital del Kremlin de Moscú. El presidente ruso Borís Yeltsin dio el pésame a la familia, pero las autoridades abjasas se negaron a realizar el funeral de Kantaria en Ochamchira. Finalmente se encuentra enterrado en su localidad de Chjorotsku (ჩხოროწყუ), en Samegrelo-Zemo Svaneti, Georgia