За първи път село Копаница е упоменато в подробния тимарски регистър от 1572 г. Отсъствието на стара църква, както и на други архитектурни обекти от по-старо време в селото, предполага евентуални опустушения по време на османската власт. По всяка вероятност то е било засегнато и от Австро-Турската война (1683-1699). След Освобождението селото започва да се разраства като в него се заселват хора от околните планински села. Първото училище в Копаница е открито през 1885 г. През 1909 г. е построена църквата „Св. Иван Рилски“. По време на Балканската война, Първата световна война и Втората световна война много копаничани дават своята кръв за България. От 1928 г. селото има и читалище. През 1948 г. е образувано ТКЗС. През 1957 г. се извършва планиране на района в близост до жп-линията София-Кюстендил и центъра на селото е преместен там. За няколко години голяма част от жителите се преселват от старата в новата част на Копаница. На VIII конгрес на БКП през 1962 г. обаче няколко хиляди села са обявени за безперспективни. В този списък попада и Копаница, което сериозно забавя развитието на селото.