Mohnke haavoittui vuoden 1945 alkupuolella ja palasi palvelukseen saman vuoden keväällä, jolloin Adolf Hitler määräsi hänet Valtakunnankanslian (hallituskorttelin) puolustuksen "Zitadellen" (linnoitus) komentajaksi. Mohnken komennossa oli sekalaisista SS-yksiköistä koottu noin 2 000 sotilaan vahvuinen osasto, johon liittyi myöhemmin osia muun muassa 11. SS-vapaaehtoispanssarikrenatööridivisioona Nordlandista. Berliinin puolustuksen luhistuttua Mohnke yritti paeta Berliinistä länteen pienen osaston kanssa, mutta joutui neuvostoliittolaisten vangiksi 2. toukokuuta 1945.