9 июня 1675 года случился сильный пожар «на Белом городе и на Петровке и выгорело до Земляного города, да по Тверскую и по Неглинну. А людей сгорело у Петровских ворот 370 человек, а иных и не весть сколько». В конце ноября 1682-го, после смерти царя Фёдора Алексеевича, сгорела часть обновлённого дворца, примыкавшая ко двору патриарха. Пожар охватил деревянные хоромы царя Петра Алексеевича и царевен, затем в огне оказался Успенский собор, на котором пострадали кровля и оконницы. Ценные иконы и мощи вынесены были в Архангельский собор. В 1683 году на месте сгоревших зданий для царя Петра и его матери царицы Натальи Кирилловны построили новые деревянные хоромы. В 1685-м на Арбате и в Хамовниках сгорели Ростовское подворье и церковь Благовещения. При очередном пожаре 28 августа 1688 года пострадали южные и юго-восточные части Китай-города, Белого и Земляного городов: «в Китай-городе: в Знаменском монастыре 6 церквей и 5 монастырских подворий и от Посольского двора до Ильинских и до Варварских ворот и до Ростовского подворья и до Знаменского монастыря и до Зачатия». В Белом городе огонь распространился к Яузским воротам и до Ивановского монастыря, на Покровке и Хохловке на церквах и богадельнях сгорели кровли. В Ивановском монастыре кроме кровли сгорели кельи. В Земляном городе сгорели церкви, пострадало более 500 стрелецких дворов и две торговых бани. Столица вновь горела 6 июня 1696 года, во время пребывания Петра Алексеевича в военном походе под Азовом, в Кремле сгорели государевы хоромы.