בשנת 1894 מת אחיו הצאר אלכסנדר השלישי, והשלטון עבר לבנו, ניקולאי השני. בשנת 1896, בעת חגיגות ההכתרה של בן-אחיו (שסרגיי אלכסנדרוביץ' היה אחראי להן), התרחש אסון חודינקה. פקידי הממשל המקומי הועברו מתפקידם, אך סרגיי אלכסנדרוביץ' אף קודם לתפקיד המפקד הצבאי של אזור מוסקבה.