W 1679 Gafà zaprojektował i nadzorował budowę prezbiterium katedry św. Pawła w Mdinie, a później zaprojektował Pałac Biskupi. Katedra została częściowo zniszczona kilka lat później podczas trzęsienia ziemi, chociaż nowo wybudowane prezbiterium pozostało nienaruszone. Stara katedra została rozebrana, a między 1696 a 1705 zbudowano nową, według barokowych projektów Gafà. Została ona konsekrowana 8 października 1702 i jest uważana za arcydzieło Gafà.