Wobec zagrożenia konfliktem zbrojnym w 1939 został zmobilizowany w Modlinie. Po wybuchu II wojny światowej brał udział w kampanii wrześniowej, walczył pod Kamionką Strumiłową, pod Tomaszowem Lubelskim. Po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939, w drugiej połowie września został aresztowany przez sowietów, po czym zbiegł i przedostał się do Sanoka. Podczas okupacji niemieckiej zaangażował się w działalność konspiracyjną. W listopadzie 1939 przystąpił do organizacji Służba Zwycięstwu Polski. W styczniu 1940 został zaprzysiężony do Związku Walki Zbrojnej i przybrał pseudonim „Sęp” (przyjął go Stanisław Majewski ps. „Ma”). Zajmował się udzielaniem pomocy Polakom uciekającym na Węgry, a także kolportażem podziemnej prasy i ulotek. Od lutego 1940 organizował siatkę wywiadowczą, której przedmiotem działania było zdobywanie informacji o wojskach niemieckich, ich położeniu uzbrojeniu, umocnieniach nad Sanem. Komórka wywiadowcza działająca w sanockiej fabryce wagonów przekazywała mu meldunki. Po przekształceniu ZWZ w Armię Krajową w lutym 1942, w ramach której w powiecie sanockim powstał oddział partyzancki OP-23 (działający pod kryptonimem „San”), Władysław Pruchniak od kwietnia 1943 do sierpnia 1943 był organizatorem i pierwszym dowódcą jego placówki nr 1 Sanok. Od września 1943 działał w sztabie całego obwodu jako zastępca oficera wywiadu, a później oficer kontrwywiadu oraz oficer saperów. Funkcjonował wówczas pod pseudonimami „Sęp”, „Ireneusz”, „Felek”. Jednocześnie był członkiem sanockiego patrolu dywersyjnego od czerwca 1940 do stycznia 1942. Przygotowywał i brał udział w nieudanej akcji odbicia z sanockiego więzienia Władysława Szelki ps. „Borsuk”. Brał udział w przygotowaniu i wykonaniu Akcji „Burza” od lipca do sierpnia 1944 (także jako łącznik dowódcy zgrupowania AK kpt. Adama Winogrodzkiego ps. „Korwin”).