Durante la Copa Africana de Naciones 2006, Drogba fue fundamental durante la fase de grupos, ya que anotó 2 goles ante Marruecos y Libia respectivamente, además de haber anotado el tiro decisivo en la victoria en penales por 12-11 sobre Camerún en las cuartos de final, y el único gol en la victoria por 1-0 sobre Nigeria en las semifinales. Ya en la final, Costa de Marfil empató a 0-0 con Egipto, por lo que tuvo que decidirse mediante una tanda de penales, en donde Drogba falló un penal, el cual fue atajado por el guardameta egipcio Essam El-Hadary. Eventualmente, Egipto se llevaría el trofeo.