В это время отношения между двумя Азербайджанами усиливались, что первоначально поддерживало иранское правительство, намереваясь повлиять на Азербайджанскую Республику. Были достигнуты значительные улучшения в коммуникационных и транспортных соединениях между Азербайджанской Республикой и азербайджанскими провинциями Ирана. Появились прямые авиационные и автобусные рейсы. Были установлены связи и подписаны соглашения между администрацией азербайджанских провинций Ирана и правительством Азербайджанской Республики, в области торговли, образования, научных исследований и экономического сотрудничества. Но позже иранское правительство поняло, что влияние идёт в обратном направлении. И к концу 1992 года начали ставить препятствия на пути контактов и с целью их сокращения. Так например, в отличие от своей политики в отношении беженцев из Афганистана и Ирака, Иранские власти отказались принять азербайджанских беженцев спасающихся из районов боевых действий с Арменией, опасаясь интенсивного общения между беженцами и «своими» азербайджанцами. Также правительство Ирана изменило свою позицию в Карабахском конфликте в пользу поддержки Армении, так как считало, что победа Азербайджана вдохновит иранских азербайджанцев.