Während des Ersten Weltkriegs übernahm er zudem die Betreuung des österreichischen Nationalteams, da Trainer Hugo Meisl auf Fronteinsatz zur Isonzoschlacht musste. Dennoch versuchte er, den neuen Trainer in dieser Zeit zu unterstützen. Insgesamt saß Heinrich Retschury vom 28. April 1914 bis 1. August 1919 bei 23 Spielen der Nationalelf auf der Trainerbank, ehe er wieder von Hugo Meisl abgelöst wurde. Der Gegner hießen in den Kriegszeiten allerdings nur Ungarn oder Schweiz. Nach dem Tode Hugo Meisl 1937 wurde er ein weiteres Mal Trainer der österreichischen Fußballnationalmannschaft. Mit dem Team konnte er dank eines 2:1-Sieges über Lettland die Qualifikation zur Weltmeisterschaft 1938 erfolgreich absolvieren. Diese wurde allerdings nach der Annexion Österreichs durch das Deutsche Reich im März 1938 hinfällig.