Nel 1006 Khotan era in mano al musulmano Yūsuf Qadr Khān, fratello o cugino del re musulmano di Kāshgar e Balāsāghūn. Tra il 1006 ed il 1165, dopo la caduta sotto Kara Khitay, divenne parte del Khanato di Kara-Khanid. La città soffrì molto durante la rivolta dei Dungani contro la dinastia Qing nel 1864-1875, ed ancora pochi anni dopo quando Yaqub Beg di Kashgar si autonominò signore del Turkestan orientale.