Nach dem missglückten Attentat auf Hitler vom 20. Juli 1944 wurden Brandes, seine Ehefrau sowie weitere ehemalige Gewerkschaftssekretäre am 22. des folgenden Monats verhaftet. Am 1. September kam Brandes wieder frei. Seine Wohnung und Geschäftsräume waren bei den starken Bombenangriffen der Alliierten vom 30. August zerstört worden. Es gelang ihm und seiner Familie aus Ostpreußen zu fliehen.