Nel 1204 mentre i crociati assediavano Costantinopoli, Alessio I di Trebisonda e suo fratello Davide I Comneno con l'aiuto del Regno di Georgia fondarono l'Impero di Trebisonda nel Ponto, con capitale Trebisonda, che velocemente si estese fino alla Paflagonia, conquistata da Davide che ne divenne il governatore. Ma intorno al 1210 la Paflagonia fu quasi del tutto conquistata da Teodoro I Lascaris, imperatore di Nicea, il resto nel 1212 fu conquistata dal Sultanato d'Iconio. Nel 1261 il generale niceano Alessio Strategopulo riconquistò Costantinopoli, l'imperatore Michele VIII Paleologo poteva così porre sul suo capo la corona dei basileis, senza che nessuno potesse più contestargliela. Alla fine del XIII secolo, durante il regno di Andronico II Paleologo i Turchi ottomani strapparono la Paflagonia all'Impero bizantino, fu così annessa all'Impero ottomano.