Besonders in Oberägypten sind die Kopten Ziel von Gewalttaten, deren Zahl in den Jahren bis 2011 stark zugenommen hat. 2001 wurden bei den Massakern von el-Koscheh 21 Kopten und ein Muslim getötet, 2002 kam es nach der Einweihung einer koptischen Kirche zu Unruhen und 2006 wurde ein Kopte bei Angriffen auf drei Kirchen in Alexandria getötet und 17 wurden verletzt. Weihnachten 2009 wurden sechs Christen vor einer Kirche in Nag Hammadi von drei Attentätern erschossen. Die Menschenrechtsorganisation "Initiative für Persönlichkeitsrechte" zählte allein zwischen 2008 und 2010 rund 60 solcher Gewalttaten gegen Christen. Bei einem Bombenanschlag auf eine koptische Kirche in Alexandria wurden am Neujahrstag 2011 mindestens 21 Menschen getötet. Der ägyptische Rechtsanwalt und Direktor des Al-Kalema Center for Human Rights (ACHR), Mamdouh Nakhla, hatte bereits zwei Tage nach dem Anschlag die Vermutung geäußert, dass es bei diesem Anschlag Komplizen im Innenministerium gegeben haben könnte. Am 7. Mai 2011 griffen Salafisten die St.-Mina-Kirche im Kairoer Stadtteil Imbaba an und setzten sie in Brand. Im Laufe heftiger Straßenschlachten vor der Kirche wurden zwölf Angehörige der Religionsgemeinschaften – sowohl Muslime als auch koptische Christen – getötet, 230 Menschen wurden verletzt. Am 9. Oktober 2011 kamen bei einer Demonstration von koptischen Christen in Kairo mindestens 24 Menschen ums Leben. Am 9. April 2017 sind bei Anschlägen auf koptisch-christliche Kirchen in Alexandria und Tanta mindestens 38 Menschen getötet und mehr als hundert Menschen verletzt worden. Die Terrormiliz IS reklamierte beide Anschläge für sich.