Von der &lt;a href="Naturbahnrodel-Weltcup%201998/1999"&gt;Saison 1998/1999&lt;/a&gt; bis zu seinem Karriereende nach der &lt;a href="Naturbahnrodel-Weltcup%202000/2001"&gt;Saison 2000/2001&lt;/a&gt; bildete Braunegger zusammen mit dem neun Jahre älteren Peter Lechner, der zuvor mit Martin Schneebauer gestartet war, ein erfolgreiches Doppelsitzerpaar. Lechner/Braunegger waren in diesen drei Weltcupjahren in keinem Rennen schlechter als Fünfte, fuhren insgesamt achtmal unter die schnellsten drei und feierten am 16. Jänner 2000 in Garmisch-Partenkirchen und am 7. Jänner 2001 in Unterammergau zwei Weltcupsiege. Damit erreichten sie in allen drei Jahren den dritten Platz im Doppelsitzer-Gesamtweltcup. Bei internationalen Titelkämpfen gewannen sie insgesamt drei Medaillen. Bei der Europameisterschaft 1999 in Szczyrk wurden sie hinter Helmut und Andi Ruetz Zweite, lediglich bei der Weltmeisterschaft 2000 in Olang verfehlten sie als Vierte knapp das Podest. Bei der Weltmeisterschaft 2001 in Stein an der Enns erreichten Lechner/Braunegger den dritten Platz im Doppelsitzer und zusammen mit Marlies Wagner und Gerhard Pilz den zweiten Platz im erstmals ausgetragenen Mannschaftswettbewerb. Nach dem Winter 2000/2001 beendeten sowohl Peter Braunegger als auch Peter Lechner ihre Karriere.