Huayna Capac sai hallittavakseen vain Cuzcon alueen, ja viidesosa inkavaltiosta jätettiin Atahualpalle. Aluksi Atahualpa tyytyi osaansa, mutta kyllästyi pian alueensa pienuuteen ja aloitti kapinan veljeään vastaan. Inkavaltiossa syttyi sisällissota. Huascar johdatti sotajoukkonsa pohjoiseen lyödäkseen häntä uhkaavat kapinalliset. Atahualpa voitti kuitenkin kaikki taistelut, ja Huascarin oli paettava armeijansa rippeineen Cuzcoon. Vetäytyvä Huascar pidätettiin, ja hänet pakotettiin katsomaan perheensä ja kannattajiensa murhia. Sen jälkeen Huascar vietiin vangiksi Atahualpan asuntoon Cajamarcaan. Vuonna 1532 inkavaltioon saapuivat kuitenkin yllättäen Francisco Pizarron johtamat espanjalaiset. Kun espanjalaiset olivat onnistuneet kukistamaan inkat, pelkäsi Atahualpa, että Pizarro yrittäisi palauttaa Huascarin valtaan. Sen vuoksi Atahualpa määräsi veljensä tapettavaksi.