Les Bleus figurent parmi les favoris lors Championnat d'Europe 2006 disputé en Suisse malgré la retraite de Gregory Anquetil et Jackson Richardson. Après une victoire face à la Slovaquie, la France subit une défaite face aux champions du monde espagnols sur le score de 29 à 26 malgré sept buts, sur dix tirs tentés de Fernandez qui est également utilisé sur le poste de meneur de jeu. Sur cette compétition, le sélectionneur l'utilise également pour la première fois sur le poste d'arrière droit. La France obtient sa qualification pour le tour principal en s'imposant face à l'Allemagne sur le score de 27 à 25 avec encore cinq buts de Fernandez sur neuf tentatives. La France s'impose lors des trois rencontres de ce tour, 31 à 21 face à la Slovénie, 31 à 21 face à la Pologne et 30 à 20 face à l'Ukraine, pour se qualifier pour les demi-finales où elle retrouve la Croatie d'Ivano Balić. Lors de cette rencontre, la France s'impose 29 à 23 avec cinq buts de Fernandez. En finale, face à l'Espagne, la France prend sa revanche par rapport au match du premier tour et s'impose sur le score de 31 à 23, Fernandez inscrivant deux buts alors que Nikola Karabatic en marque onze. La France obtient ainsi le premier titre européen de son histoire.