Er stieg 1812 zum Oberstleutnant auf und ging 1813 als Brigadier zur Schlesischen Landwehr, wurde noch 1813 zum Oberst befördert und erhielt ebenfalls noch 1813 das Kommando des 11. Reserveinfanterieregiments (Nr. 23). In den Befreiungskriegen nahm er an der Schlacht bei Dennewitz und der Belagerung von Antwerpen teil. Noch in 1813 wurde Stutterheim Brigadekommandeur im III. Armee-Korps (Bülow) und erhielt für seinen Einsatz bei Dennewitz das Eiserne Kreuz II. Klasse. 1814 avancierte er zum Generalmajor und erhielt den Orden Pour le Mérite mit Eichenlaub. 1815 wurde er erst Chef der 20. Brigade im V. Armee-Korps (Yorck) und dann Landwehrinspekteur in Schlesien.