1941-1944 yılları arasında, Sovyetler Birliği'ndeki Alman işgali, ülkenin fiilen dağılmasına neden oldu. Ancak 1944-1945 yılında Almanların geri çekilmesi ile, Sovyet hakimiyeti yeniden kuruldu. Bu hakimiyet, Litvanya'nın bağımsızlığını ilan ettiği 1990 yılına kadar devam etti.