לאחר סיום לימודיו הוא למד רפואה אצל דר' ג'וזף וורן, פטריוט ידוע. באפריל 1775, כאשר הציתו קרבות לקסינגטון וקונקורד את מלחמת העצמאות של ארצות הברית, טיפלו וורן ויוסטיס בפצועים בשדה הקרב. וורן השיג ליוסטיס מינוי כרופא בכוחות הארטילריה של המורדים. ביוני סייע יוסטיס לטיפול בפצועים בקרב גבעת בנקר, שבו וורן נהרג. הוא שירת עם הצבא הקונטיננטלי במערכה על ניו יורק וניו ג'רזי וסירב להצעה למינוי לדרגת לוטננט קולונל שהוצעה לו על ידי מפקד הארטילריה הנרי נוקס. במהלך שירותו בצבא הקונטיננטלי הכיר יוסטיס את בן ניו ג'רזי, ארון בר, ופיתח איתו ידידות ארוכת ימים.