Considerado como un "traidor" por los seguidores del Samara, en julio de 2005 fichó por su actual club, el Zenit San Petersburgo con el cual consiguió varios títulos nacionales e internacionales. Llegó a cuartos de final de la Copa de la UEFA 2005-06, siendo eliminado por el Sevilla español. Aniukov ayudó a su equipo, disputando 22 partidos y marcando 2 goles, a ganar la Liga Premier de Rusia en 2007. Al año siguiente su equipo realizó una gran temporada y se proclamó campeón de la Copa de la UEFA 2007-08, derrotando en la final al Glasgow Rangers por dos goles a cero. Ese mismo año también ganó la Supercopa de Europa 2008 y la Supercopa de Rusia. En 2009, recibió la cinta de capitán del equipo, la cual dejó en la temporada 2011/12 por razones personales.