Kurz vor Vertragsablauf beim PSV gelang ihm noch der Gewinn des KNVB-Pokals im Finale gegen Heracles Almelo (3:0), auch wenn Isaksson im Finalspiel nicht zum Einsatz kam. Zur neuen Spielzeit wechselte er zum türkischen Erstligaaufsteiger Kasımpaşa Istanbul. Mit dem Klub etablierte er sich in der Süper Lig und platzierte sich in den ersten beiden Jahren in der Nähe der Europapokalplätze. Parallel war er weiterhin unumstrittener Stammtorhüter der Nationalmannschaft, für die er am 12. Oktober 2012 beim Qualifikationsspiel zur Weltmeisterschaftsendrunde 2014 gegen die Färöer sein 100. Länderspiel bestritt. Bei der Qualifikation zum WM-Turnier scheiterte die schwedische Auswahlmannschaft, die in ihrer Gruppe hinter Deutschland Gruppenzweiter geworden war, mit einer 0:1- und einer 2:3-Niederlage an Portugal um den alle portugiesische Tore erzielenden Cristiano Ronaldo in den Play-offs der Gruppenzweiten. Nach einem 13. Tabellenplatz in der &lt;a href="S%C3%BCper%20Lig%202014/15"&gt;Spielzeit 2014/15&lt;/a&gt; kehrte Kasımpaşa in der folgenden Spielzeit in die vordere Tabellenhälfte zurück. Dabei hatte Isaksson jedoch im Saisonverlauf seinen Stammplatz an Ramazan Köse verloren. Dennoch blieb er die „Nummer 1“ für die EM-Endrunde 2016, für die sich Schweden über die Play-offs qualifiziert hatte. In allen drei Gruppenspielen gegen Irland, Italien und Schweden stand er im Tor, dann schied das Team aus. Nach dem letzten Spiel beendeten Isaksson, der dies bereits im März angekündigt hatte, sowie Zlatan Ibrahimović, der dies auch schon einige Tage vorher angekündigt hatte, und Kim Källström ihre Nationalmannschaftskarriere. Mit 133 Länderspielen hat er die drittmeisten Länderspiele für Schweden bestritten.