Когда началась война, Исмагилов успел отправить свою жену Разию в Казань. После того, как Крым оказался в руках немцев, театру было разрешено выступать, ставить произведения немецких драматургов, татарскую классику. В мае 1944 года, не желая расставаться со своей труппой, добровольно уехал из Крыма в депортацию.