С 1965 по 1967 год Жиль Клутье активно участвовал в работе научного павильона для школьников Монреальской всемирной выставки, в 1966 году став председателем комитета по его эксплуатации и получив в 1967 году за свою деятельность . В 1968 году Клутье присоединился к только что образованному Исследовательскому институту Hydro-Québec (Электрической компании Квебека) в качестве директора по научной инфраструктуре. В его задачи в этом качестве входили разработка исследовательской программы, набор штата и планирование исследовательских лабораторий института. С 1970 года он занимал пост председателя исполкома Франкоканадской ассоциации за развитие науки (ACFAS), а в следующем году был избран президентом Канадской ассоциации физиков. В этом же году Клутье возглавил отдел исследований Исследовательского института Hydro-Québec, а в 1974 году стал заместителем его директора. В период нахождения на этом посту Клутье, проявлявший интерес к альтернативным источникам энергии в условиях топливного кризиса, инициировал подготовку крупномасштабного гидроэнергетического проекта «Залив Джеймс».