Mit der U-17-Nationalmannschaft von Bosnien und Herzegowina nahm Marko Maletić an der Qualifikation zur U-17-Europameisterschaft 2010 teil und scheiterte erst in der Elite-Runde an der Qualifikation für das Endrundenturnier. Dabei erzielte Maletić in sechs Qualifikationsspielen einen Treffer. Für das bosnisch-herzegowinische U-19-Nationalteam spielte Marko Maletić in der Qualifikationsphase der U-19-Europameisterschaft 2012, die trotz seiner drei Torerfolge in insgesamt sechs Qualifikationspartien für seine Mannschaft ebenfalls nach der Elite-Runde beendet war. Maletić wurde für die abschließenden Qualifikationsgruppensspiele für die U-21-Europameisterschaft 2013 gegen Griechenland und Deutschland im September 2012 erstmals in die bosnisch-herzegowinische U-21-Nationalmannschaft berufen. Am 14. November 2012 gab er gegen Polen sein U-21-Debüt.