Van Bommel blev af den daværende landstræner Marco van Basten udtaget til den hollandske trup til både VM i 2006 i Tyskland, hvor holdet nåede 1/8-finalerne, hvor man dog blev sendt ud af Portugal. Senere deltog han også ved VM 2010 i Sydafrika samt EM 2012 i Polen/Ukraine. Efter sidstnævnte slutrunde stoppede van Bommel på landsholdet.