Die Ägyptische Expedition der Franzosen beendete 1798 das Duumvirat. Anders als Murad Bey, der sich über al-Fayyūm nach Oberägypten zurückzog und von dort einen Kleinkrieg gegen die Franzosen führte, ehe er sich anno 1800 mit ihnen aussöhnte und sich ihnen unterwarf, wich Ibrahim Bey über Bilbeis und al-Arisch nach Gaza und Syrien aus und verbündete sich mit den Osmanen.