Die rot-grüne Bundesregierung mit Fischer als Bundesaußenminister führte deutsche Bodentruppen mit der Beteiligung am Einsatz der NATO im Kosovokrieg erstmals nach dem Zweiten Weltkrieg in einen Kriegseinsatz. Fischer legitimierte diesen Einsatz in einer Rede auf dem Kosovo-Sonderparteitag in Bielefeld 1999 mit den Worten: „Ich stehe auf zwei Grundsätzen, nie wieder Krieg, nie wieder Auschwitz, nie wieder Völkermord, nie wieder Faschismus. Beides gehört bei mir zusammen.“ Ab 2001/2002 beteiligte sich die Bundeswehr am Krieg in Afghanistan. 2003 weigerte sich hingegen die rot-grüne Bundesregierung, den Irakkrieg der USA zu unterstützen.