Nach der verpassten Olympiaqualifikation wurde Dirk Bauermann neuer Bundestrainer, der die Nationalmannschaft bereits interimsweise 1994 kurzzeitig geführt hatte. Der ehemalige Leverkusener Meistertrainer und Bamberger Vereinstrainer brachte der Mannschaft neuen Schwung und ein glänzend aufgelegter Dirk Nowitzki führte die Auswahl als Topscorer ins Finale der EM-Endrunde 2005, das jedoch gegen Griechenland deutlich mit 62:78 verloren ging. Nowitzki wurde als bester Werfer jedoch erneut zum MVP gekürt und der Silbermedaillengewinner bekam wie 1993 den Titel „Beste Mannschaft des Jahres“ von der Presse verliehen. Bei der Basketball-Weltmeisterschaft 2006 in Japan gewann Deutschland mit Ausnahme des Spiels gegen den späteren Turniersieger Spanien alle Gruppenspiele. In der K.-o.-Phase spielten die Deutschen in einem ausgeglichenen Spiel zuerst gegen eine überraschend wettbewerbsfähige nigerianische Mannschaft und gewannen am Ende knapp mit 78:77. Im Viertelfinal-Spiel gegen Topfavorit Vereinigte Staaten konnte die deutsche Mannschaft über zwei Viertel mithalten und lag nur einen Punkt zurück. Danach drehten die US-Amerikaner allerdings auf und das Spiel endete 65:85. In den Platzierungsspielen gab es dann zwei Niederlagen gegen Frankreich und Litauen und man landete auf dem achten Platz.