Negli anni '90 ha continuato ad innovare con video di successo come "Black or White" (1991) che è entrato nel "Guinness dei primati" come il video più visto nella storia con oltre 500 milioni di telespettatori in tutto il mondo, e "Scream" (1995) che è stato dichiarato il video più costoso mai realizzato con oltre 7 milioni di dollari di budget. Nel 1997 il suo cortometraggio musicale "Michael Jackson's Ghosts" venne presentato fuori concorso al Festival di Cannes, nel cortometraggio Jackson interpretava ben 5 personaggi diversi incluso il ruolo del protagonista e dell'antagonista, grazie anche agli effetti speciali creati da Stan Winston che lo diresse anche.