Jezero je státním majetkem, který spravuje "Bayerische Verwaltung der staatlichen Schlösser, Gärten und Seen". Mokřady okolo jižního výběžku Ammersee jsou významným ptačím hnízdištěm, pobřeží je chráněno v rámci Ramsarské úmluvy, vstup na Schwedeninsel je povolen pouze vědeckým výpravám. Žijí zde vzácné druhy ryb, jako je síh bavorský nebo siven německý, v roce 2010 byl popsán endemický druh ježdíka "Gymnocephalus ambriaelacus".