Nach diesen Niederlagen holte Selim III. 1793 anstelle der Briten französische Marineinstrukteure ins Land. Ob die Franzosen die Reform der osmanischen Marine bewusst verzögerten oder ob die für die Modernisierung ausgegebenen Gelder von reformunwilligen osmanischen Marineoffizieren veruntreut wurden, auf jeden Fall war die osmanische Flotte zu Beginn der französischen Eroberung Ägyptens faktisch nicht einsatzfähig. Hinter frischem Anstrich der Kriegsschiffe verbargen sich wurmstichiges Holz, morsche Taue und veraltete Geschütze mit geringer Reichweite und minderwertigem Pulver. Im Bündnis mit Briten und Russen gegen die Franzosen konnte die von Küçük Hüseyin Pasha geführte osmanische Flotte dennoch 1799 die Ionischen Inseln erobern und Truppen in Ägypten sowie in Italien anlanden. Befehlshaber der vereinigten russisch-osmanischen Flotte wurde ausgerechnet jener russische Admiral Uschakow, der die Osmanen acht Jahre zuvor bei Kertsch, Tendra und Kaliakra mehrfach geschlagen hatte. Ab 1802 wieder im Besitz Ägyptens und wieder verbündet mit den Franzosen, konnte sich die osmanische Marine zwar 1807 vor den Dardanellen gegen die britische Royal Navy behaupten, unterlag aber wenige Monate später an der gleichen Stelle den Russen.