קשה לאמוד את השפעת היחידה ואת תרומתה לביטחון ישראל. היחידה הוקמה מתוך גישה נאיבית, שמדענים יכולים תוך זמן קצר ללמוד ולפתח אמצעי לחימה, למרות הקשיים הטכניים והטכנולוגיים הכרוכים בנושא. אמנם היו ליחידה הצלחות רבות בפיתוח אמצעי לחימה שנעשה בהם שימוש במהלך מלחמת העצמאות אך הצלחה לא פחותה הושגה גם על ידי פיתוחים שנעשו מחוץ ליחידה. כך לדוגמה, דוד ליבוביץ, מורה מבית הספר החקלאי "מקוה ישראל", פיתח את מרגמת הדוידקה, ששיחקה תפקיד מרכזי בקרב על ירושלים. מנגד, חזונו של דוד בן-גוריון באשר לכך שמלחמות ישראל יוכרעו בזכות ה"גניוס היהודי", הוכיח את עצמו בטווח הרחוק. התעשייה הביטחונית עתירת הידע של ישראל, הכוללת את רפא"ל ומפעלים נוספים נחשבת לאחת הגורמים החשובים לחוסנה הביטחוני והכלכלי של מדינת ישראל.