В рамках благотворительной деятельности основал в 2003 году Фонд Роджера Федерера, направленный на помощь детям из неимущих семей и развитие молодёжного спорта. Фонд спонсировал, в частности, школьников в ЮАР и Эфиопии. С 2006 года Федерер выступал в качестве посла доброй воли ЮНИСЕФ, свой первый визит в этой роли совершив по завершении игрового сезона в индийский штат Тамилнад, пострадавший от цунами 2004 года. В 2010 году накануне начала Открытого чемпионата Австралии стал организатором благотворительного матча Hit for Haiti с участием ведущих теннисистов мира, сборы от которого (порядка 200 тысяч австралийских долларов) были направлены в помощь жертвам гаитянского землетрясения 12 января. В 2020 году вместе с Надалем пожертвовал 1/4 миллиона долларов на борьбу с последствиями лесных пожаров в Австралии. В 2011 году опрос , на который ответила 51 тысяча человек в 25 странах, поставил Федерера на второе место после Нельсона Манделы в списке людей, пользующихся наибольшим общественным доверием и уважением. Кроме того, он неоднократно включался в списки «самых сексапильных мужчин» журналом "People".