Anlässlich des Irak-Kriegs sprach sich Gainutdin 2003 gegen Aufrufe zum bewaffneten Kampf gegen die US-Truppen aus. Die Muslime sollten seiner Ansicht nach dem Irak auf legale Weise helfen. Bezüglich des islamistischen Terrors in Russland bemerkte er 2003, dass die Terroristen auch gegen die muslimische Geistlichkeit kämpften. Er verurteilte den Terrorismus und führte seine Wurzeln auf schlechte religiöse Bildung sowie die geistige Abschottung der Extremisten von der restlichen Gesellschaft zurück. Er sprach sich für Toleranz als unabdingbare Basis des multi-ethnischen russischen Staates aus. Das Selbstmordattentat am Flughafen Moskau-Domodedowo am 24. Januar 2011 kommentierte er mit den Worten: „Unschuldige Menschen sind getötet worden und in den Krankenhäusern ringen die Ärzte um die Leben der Opfer“; die Täter kämen in die Hölle.