לאחר הפסקת הלחימה, שימש קופר כיועץ משפטי לכ-300 אלף העקורים באזור הכיבוש של היחידה שלו, לאחר שגורשו לגרמניה כעבדי המפלגה הנאצית. על פי תנאי ההסכם שהושג בוועידת יאלטה, הוחזרו כל העקורים הרוסים אל ברית המועצות, אך צוות המשא ומתן הסובייטי החליט שההסכם לא יחול על בני זוג לא-רוסים וילדים ללא אזרחות סובייטית. קופר הביא זאת לתשומת לבו של הגנרל פטון, שביטל את צו ההחזרה באזור הכיבוש של הארמייה השלישית. קופר קיבל ציון לשבח ממפקדי הארמייה השלישית על יידוע פטון על החלטות הסובייטים. נוסף על כך, פיקח על ארגונם מחדש של 239 בתי המשפט במדינת בוואריה הגרמנית בניסיון להחליף את כל הפקידים הנאצים, ובעבור פעולות אלו עוטר בכוכב הארד. בין השופטים החדשים שנכנסו לתפקידים בזכות הרה-אורגניזציה שהנהיג קופר היו וילהלם הוגנר, לימים נשיא בוואריה, ולודוויג ארהארד, שיכהן בעתיד כקנצלר גרמניה.