Tijdens de Franse bezetting van 1673-1678 kregen de katholieken tijdelijk weer de beschikking over de St.-Matthijs (de Franse koning was katholiek), maar na het vertrek van de Fransen kwam deze opnieuw aan de protestanten en moesten de katholieken weer genoegen nemen met de Sint-Catharinakapel. In 1679 werd in de ingang van de smalle Kerkgang, waaraan het oude gasthuis lag, een woonhuis gebouwd, waardoor de verbinding tussen Boschstraat en Batterijstraat volledig werd afgesneden. De kerktoren was nu alleen nog bereikbaar via dat huis, of vanaf de achterzijde van de kapel. Aan de Batterijstraat lag het westelijke deel van de Kerkgang namelijk nog open; hier lag ook het Sint-Catharinakerkhof. Kort daarna, in elk geval vóór 1718, moet een nieuwe Catharinakapel zijn gebouwd, op een iets verderop gelegen locatie op de grens van Boschstraat en Markt, destijds aangeduid als Houtmarkt. De oorspronkelijke kapel is waarschijnlijk kort na het gereedkomen van de nieuwe kerk gesloopt. Ze is niet meer te zien op de gedetailleerde plattegrond van de landmeter Delom uit 1718, noch op de Franse stadsmaquette, die tijdens de bezetting van 1748-1752 tot stand kwam.