Zu Beginn des Sezessionskrieges empfing er 1861 die Kommission als Oberst im 6. Regiment Pennsylvanias und erhielt kurz darauf den Auftrag zum Aufbau des 48. Regiments, in dem er Oberst wurde. In der Folgezeit diente er in Fort Monroe, den Hatteras Inseln sowie Newbern und befehligte eine Brigade des 9. Armeekorps in der zweiten Schlacht am Bull Run Ende August 1862. Kurz darauf wurde er am 10. September 1862 zum Brigadegeneral der Freiwilligentruppen ernannt und spielte in dieser Position eine führende Rolle beim Halten der Brücke während der Schlacht am Antietam unter dem Kommando von Generalmajor George B. McClellan am 17. September 1862. Nachdem am 4. März 1863 seine Ernennung auslief, wurde diese am 13. März erneuert, so dass er bis zum 9. Mai 1863 mit seiner Brigade in Kentucky und dann wegen seiner angegriffenen Gesundheit zurücktrat.