Město roku 1080 dobyli Seldžukové, ale roku 1097 jej křižáci při první křížové výpravě získali zpět a předali je byzantské říši. Po vyplnění Konstantinopole roku 1204 čtvrtou křížovou výpravou odešel císař Theodor I. Laskaris do Nikaje coby exilu a založil zde Nikajskou říši, která uchovala byzantskou kontinuitu. Až roku 1259 císař Michael VIII. Palaiologos vyzískal nazpět trůn, když se mu podařilo dobýt Konstantinopol obsazenou „Latiny“ roku 1261. Roku 1331 dobyla město Osmanská říše a bylo přejmenováno na İznik. Město ztratilo význam po pádu Konstantinopole roku 1453.