З 1496 па 1878 гг. вялікія часткі краіны (у асноўным гэта горны рэгіён Брда) неаднаразова траплялі пад уладу Асманскай імперыі. Некаторыя тэрыторыі некаторы час знаходзіліся пад кантролем Венецыі, Першай Французскай імперыі, Аўстрыйскай імперыі і Аўстра-Венгрыі. Аднак Чарнагорыя ніколі не губляла самастойнасці цалкам. Краіна ўяўляла сабой унікальную для Балкан форму аўтаноміі ад Стамбула, якой з 1515 года кіравалі мітрапаліты-уладыкі. У 1697 Чарнагорыя атрымала фаткычную незалежнасць, прызнаную еўрапейскімі дзяржавамі толькі праз два стагоддзі — пасля Чарнагорска-Атаманскай вайны 1876–1878 на Берлінскім кангрэсе 1878 г.. У 1852 мітрапаліт-уладыка Даніла Петравіч з дынастыя Петравічаў-Негашаў стаў князем, а Чарнагорыя — свецкай дзяржавай. у 1905 княства змяніла статус на каралеўства. Да ХХ стагоддзя незалежная Чарнагорыя павялічылася ў памерах у некалькі разоў, паступова далучыўшы да сваёй тэрыторыі часткі Старой Герцагавіны, Метохіі і Рашкі. Улада дынастыі Петравічаў-Негашаў пратрывала да 1918 г.. Ваяўнічая маленькая дзяржава паўдзельнічала ў Першай Балканскай вайне і вельмі пакрыўдзілася, калі Шкодэр, узяцце якога каштавала чарнагорскаму войску 10 000 жыццяў, быў аддадены наваўтворанай Албаніі. У Першай сусветнай вайне Чарнагорыя рашуча выступіла на баку Антанты і чарнагорскія жаўнеры поплеч з сербскімі біліся супраць аўстра-венгерскіх армій, ды пацярпелі паразу. У 1916–1918 аўстрыйцы акупавалі краіну, а кароль Нікола І апынуўся выгнаннікам у Бардо.