En 2019, Scherzer se convirtió en el 35to lanzador en registrar 2,500 ponches en su carrera, el tercero más rápido en conseguirlo por detrás de Randy Johnson y Pedro Martínez. Fue nuevamente nombrado al Juego de Estrellas, su séptima selección consecutiva. En un total de 27 aperturas, registró una marca de 11-7 con efectividad de 2.92 y 243 ponches. En la postemporada, ayudó a los Nationals a ganar la Serie Mundial de 2019, la primera en la historia de la franquicia. Al finalizar la temporada, fue nombrado al primer equipo All-MLB y quedó en tercer lugar en la votación al Premio Cy Young, por detrás de deGrom y Hyun-jin Ryu.