Le comté de San Diego a été touché par les deux plus grands incendies, au niveau de la superficie. Le premier, le Witch (Creek) Fire, a brûlé une zone importante au nord et au nord-est de San Diego. Le second, le Harris Fire, a touché le nord-ouest de la frontière mexicaine à San Diego. Des évacuations obligatoires eurent lieu dans les régions directement menacées, des évacuations volontaires préventives furent organisées dans les régions se trouvant sur le chemin prévu des incendies. Le , le Sheriff du comté, Bill Kolender, déclara que le nombre de personnes évacuées dans le comté avait dépassé le nombre d'évacués au cours de l'Ouragan Katrina à La Nouvelle-Orléans, en Louisiane, en 2005. En effet, deux jours après le début des incendies, approximativement personnes habitant au moins maisons, reçurent l'obligation d'évacuer, ce qui représente la plus grande évacuation de l'histoire de la région. Le Qualcomm Stadium, de nombreuses écoles, des églises et des bâtiments publics des environs servirent de sites d'évacuation, organisés sous la direction de la Croix-Rouge américaine. Selon des estimations officielles, personnes étaient rassemblées au Qualcomm. Des volontaires s'y chargèrent de la distribution de vivres, de couvertures, d'eau, de jouets pour les enfants ; un concert de rock and roll fut également organisé. Presque toutes les écoles et universités publiques de la région de San Diego furent fermées, ainsi que de nombreuses entreprises. Pour permettre aux véhicules d'urgence de circuler sans problème, le maire de San Diego, Jerry Sanders, demanda aux habitants de rester chez eux.