В 1990-х и 2000-е годах он активно и небезуспешно боролся с террористическим подпольем «Аль-Каиды» («заблудшей сектой») на территории Саудовской Аравии, за что в глазах общественности заслужил имидж «победителя терроризма». В качестве министра внутренних дел Наиф возглавлял Саудовский комитет поддержки интифады Аль-Аксы и контролировал практически все саудовские благотворительные фонды по всему миру. Его общий вклад в дела благотворительности оценивают в 33 млн. долларов США. Также принц Наиф возглавлял Высший совет по вопросам информации, осуществляющий цензуру публикаций всех саудовских средств массовой информации, а также контроль над доступом к Интернету. Кроме того, Наиф бин Абд аль-Азиз возглавлял Высший комитет по делам хаджа, контролирующий паломничество мусульман всего мира в Мекку и Медину. 27 марта 2009 г. королевским указом принц Наиф был назначен на пост второго заместителя председателя Совета министров Саудовской Аравии, на который традиционно назначается будущий наследник престола.