Ambos os países assinaram um acordo de livre-comércio em dezembro de 2005 e são membros de pleno direito da União para o Mediterrâneo. As relações, no entanto, foram bastante tensas em muitas ocasiões na história de ambos os países, incluindo durante a era Nasser no Egito nos anos 1950 e 1960. Também se deteriorariam fortemente no período após a deposição do presidente egípcio Mohamed Morsi em 3 de julho de 2013. Abdul Fatah Khalil Al-Sisi assumiu o poder logo após a derrubada de Morsi, que liderava a Irmandade Muçulmana. Posteriormente o governo de Sisi proibiu a Irmandade Muçulmana, e a Turquia, que apoia a Irmandade Muçulmana e foi aliada de Morsi, passaria a criticar seu regime.