拜仁慕尼黑2016至2017赛季是拜仁慕尼黑足球俱乐部历史上的第118个赛季，也是球队连续第52年参加德国足球甲级联赛。由于在上届联赛中夺冠，它们得以直接入围欧洲冠军联赛小组赛阶段和德国超级杯的参赛资格。而德国足协杯则需要从第一轮开始角逐。