Le difficoltà a cui andò incontrò Ascanio sotto il pontificato di papa Paolo III causarono la sospensione dei lavori al complesso del palazzo, che vennero ripresi sotto il governo di Marcantonio II Colonna, celebre perché fu l'ammiraglio della flotta pontificia nella battaglia di Lepanto del 1571. Il periodo della sua signoria su Marino, durata dal 1554 al 1584 fu segnato dal riordinamento giuridico -nel 1564 compare per la prima volta il sigillo della Comunità, nel 1566 vennero emanati i nuovi "Statuti"- oltre che dal completamento del riordinamento urbanistico. Nel 1566, mentre risultava completamente abitata in tutta la sua lunghezza la nuova arteria di via Roma, il palazzo era completato solo per un quarto, e già era stato realizzata l'ampia scalea in peperino che dal piano dell'attuale piazza della Repubblica conduce al piano dell'atrio. Dopo la partenza di Marcantonio Colonna per Palermo, dove dal 1577 ricopriva il ruolo di viceré di Sicilia, i lavori urbanistici nel feudo di Marino vennero ripresi dal suo successore, il cardinale Ascanio II Colonna, attorno al 1584. Sotto il dominio del cardinale, che si rese inviso alla popolazione per i suoi atteggiamenti autoritari e dispotici -tanto da suscitare nel 1599 una rivolta dei marinesi, sedata violentemente dall'esercito governativo pontificio ed oggetto di un'inchiesta papale- venne ampliato il complesso dei Giardini Colonna -suscitando non poche proteste fra i marinesi, a cui venne tolto il terreno comunitario destinato alla coltivazione delle cipolle che divenne lo splendido giardino privato della famiglia Colonna-, che vennero abbelliti con statue e fontane e con le volte affrescate del Casino, venne inoltre realizzata una nuova area di verde baronale presso il bosco Ferentano, il Barco Colonna, e venne infine completata la parte del palazzo già posta in opera. Si provvide a porre in opera le mura del cortile interno ed i locali con affaccio sul fronte orientale.