Dodekanézy sú po celé svoje dejiny pevne späté s gréckym kultúrnym okruhom. Postupne patrili k Rímskej a Byzantskej ríši. Od 13. storočia boli jednotlivé ostrovy predmetom záujmu Benátok, Janova a Maltézskeho rádu. V roku 1522 boli obsadené Osmanskou ríšou a v jej držbe zostali až do roku 1912, kedy po taliansko-tureckej vojne pripadli Taliansku. Taliansko si ich podržalo pod názvom "Talianske egejské ostrovy" až do roku 1943, kedy boli obsadené Nemeckom. V roku 1945 ostrovy obsadilo britské vojsko a v roku 1947 boli formálne pričlenené ku Grécku.