La canzone venne inoltre provata da Jackson anche per il concerto "One Night Only" del 1995 (poi cancellato a causa di un malore del cantante) come dichiarato dal coreografo Barry Lather, che aveva dato al pezzo una nuova atmosfera punk rock industriale con un leggero sottotono da spionaggio, dichiarando: «C'era una messa in scena specifica e nuove mosse». Jackson amò così tanto la nuova coreografia di "Thriller" che ripropose una serie di passaggi della coreografia di Lather nel suo cortometraggio "Michael Jackson's Ghosts" del 1996. In seguito, Jackson provò la canzone anche per il ' nel 2001, ma venne scartata a ultimo momento dalla scaletta delle due serate, come dichiarato dal suo stilista personale, Michael Lee Bush, nel suo libro "The King of Style", dove pubblicò anche la foto eslusiva della giacca che aveva confezionato per Jackson per l'esecuzione del brano, che sarebbe stata identica a quella del video ma completamente nera. L'ultima volta la canzone venne provata da Jackson per il residency show ', che non ebbe mai luogo a causa della prematura scomparsa dell'artista avvenuta il 25 giugno 2009. Le immagini dell'esecuzione della canzone "Thriller" durante le prove del "This Is It", alcune registrate il 24 giugno, un giorno prima dell'improvvisa morte dell'artista, e pubblicate in seguito nel lungometraggio musicale "Michael Jackson's This Is It", corrispondono quindi all'ultima volta che l'artista abbia interpretato questo pezzo nella sua carriera.