Douglas MacArthur ve komuta heyeti, İmparator Hirohito gerçek anlamda devletin başı olmasına rağmen savaştan sonra kurulacak yeni sisteme geçişte onun otoritesinden faydalanmak amacıyla savaş suçlarından muaf tutulacak ve yargılanması engellenecektir. Yargı sürecinden muaf olan sadece o değil imparatorluk ailesi mensupları Prensler Chichibu (Kara Kuvvetleri - Tümgeneral), Takeda (Kara Kuvvetleri - Yarbay), Asaka (Kara Kuvvetleri - Orgeneral), Higashikuni (Kara Kuvvetleri - Orgeneral) ve Fushimi (Deniz Kuvvetleri - Mareşal) de Tokyo Savaş Suçları Mahkemesinde yargılanmayacaktır.