Морските планове на Наполеон се срутват, когато на 21 октомври френско-испанският флот е победен от англичаните при Трафалгар (край южните испански брегове). Адмирал Хорацио Нелсън загива в битката, но успява да осуети замисляното нападение. Това не отчайва императора и той започва кампания против Австрия и Русия, която повече отвсякога показва неговия военен гений. Сухопътните му армии вече са навлезли на германска територия, подкрепени от редица германски принцове и особено от Бавария. Австрийската армия на генерал Мак е обградена при Улм и се предава, след което маршът към Виена става неудържим. Хабсбургската столица пада на 12 ноември без съпротива, а Франц ІІ бяга в Моравия. Там австрийците и руснаците се съединяват, а двамата императори лично се срещат. Събирайки 90 хиляди войници, те са уверени в крайната победа. Споразумяват се да дадат решително сражение на Наполеон на платото при Аустерлиц. Той внимателно изследва мястото и възможностите, които предлага. Умишлено подвежда противниците си, че е изпаднал в безпътица. В деня на битката (2 декември 1805) успява да разтегли силите им и да ги победи една по една. Част от руските войски затъват в околните блата и се предават. Почти 30 000 са убитите и пленените съюзници. Тази „"битка на тримата императори"“ е най-големият триумф на Наполеон. Тя слага край и на войната, принуждавайки Австрия да капитулира, а руснаците да се оттеглят безславно на изток. Според мирния договор от Пресбург (дн. Братислава) Австрия отстъпва на Бавария, Вюртемберг и Баден част от земите си (включително цял Тирол), губи излаза си на море и обещава да плати 40 млн. франка контрибуция.