Efter at Ludvig XVI af Frankrig blev halshukket og at Spanien tabte Trinidad og Puerto Rico til britterne blev hans fald. Da Napoleon kom til magten i Frankrig, blev Godoy gensat i hans gamle ministerplads. Han lavede en alliance med franskmændene og erklerede krig mod Portugal (Storbritanniens største allierede på fastlandet) og Storbritannien igen. Godoy lod den franske hær gå tværs over Spanien for at invadere Portugal og gav den franske stat lov til at styre den nu store spanske flåde efter deres vilje. Dette blev en sand katastrofe for den spanske flåde, nu under kommandering af franske admiraler, såsom Villeneuve, og den franske hær begyndte så småt at sætte sig tilpas i de spanske territorier. Hvis det ikke var nok, måtte Spanien igen finde løsningen på et nyt statsbankerrot, men eftersom der ingen reformer blev lavet takket være frygten af en "spansk revolution", tog det længere tid at normalisere situationen. Imæns tabte den spanske flåde sammen med franskmændene Slaget ved Trafalgar imod britterne. I marts 1808 udløste sig det man kender som Mytteriet i Aranjuez, hvor kongerne holdt ferie i deres sommerpalæ. Godoy blev taget som gidsel og kong Karl blev nød til at abdicere i hans søn Ferdinand eller Fernando. Napoleon var ikke glad over dette, så han samlede Karl IV og hans søn Fernando så de stiftede fred imellem sig, og sætte hans bror Josef Bonaparte ind som konge af Spanien.