בקיץ 2008 חתם בוט על חוזה לשנתיים בבאיירן מינכן בגיל 34. באותו קיץ פרש אוליבר קאן מכדורגל, ואפודת השוער הראשון נמסרה לשוער הצעיר מיכאל רנסינג, כשבוט הוגדר כשוער המשנה. רנסינג ביצע טעויות רבות בעונתו הראשונה בקבוצה, ועד מהרה איבד את מקומו בהרכב לבוט. רנסינג חזר לשער בתחילת עונת 2009/10 אך איבד שוב את מקומו לבוט לאחר מספר טעויות נוספות ובגין פציעה. באותה עונה, הגיעה באיירן מינכן למשחק מכריע מול יובנטוס במחזור האחרון של שלב הבתים בליגת האלופות. באיירן מינכן הייתה חייבת לנצח את יובנטוס במשחק חוץ בסטאדיו אולימפיקו, ונקלעה לפיגור כאשר דויד טרזגה העלה את יובנטוס ליתרון, אך בוט השווה בפנדל את התוצאה בשערו השלישי מתוך שלושה נגד יובנטוס בקריירה, ובאיירן מינכן ניצחה לבסוף 4-1 ועלתה לשמינית הגמר. בתום עונה זו הגיעה באיירן מינכן לגמר ליגת האלופות, והפסידה לאינטר מילאנו, כאשר לבוט זו הייתה הפעם השנייה בקריירה בה הוא מפסיד בגמר ליגת האלופות.