En 1839 el de nuevo presidente Anastasio Bustamante le llama para ser secretario de Relaciones Exteriores e Interior, donde dura casi un año en el cargo, es durante este que reanuda relaciones con Francia luego de que Francia había reconocido la Independencia de Texas, durante este periodo logra entablar de nuevo relaciones con los EE. UU., recibe representantes de Prusia, Bélgica y en diciembre de 1839 recibe al primer embajador plenipotenciario de España, Ángel Calderón de la Barca con lo cual España reconoce la independencia de México y el término de la guerra de independencia.