De cara a la temporada 2017-18, ya plenamente recuperado, se le empezó a ver actuar en el puesto de lateral derecho ya que Clyne había caído lesionado en verano. Joe compartió el puesto de lateral derecho con Alexander-Arnold, a pesar de que su posición natural fuera la de central.En mayo se anunció que el jugador debería pasar por el quirófano para solucionar unos problemas en el tobillo, lo que le hizo perderse la final de la Liga de Campeones ante el Real Madrid.