En 2003 el Partido Popular (PP) se querelló contra él por ser el promotor y propietario del dominio de Internet "noalaguerra.org". El sitio web mostrado en ese dominio, alojado en Nodo50, se centraba en la crítica del PP, entonces al frente del gobierno de España, por su implicación en el apoyo a la invasión de Irak en 2003 y la posterior Guerra de Irak. El PP consideró que parte de los contenidos constituían injurias y calumnias contra el propio partido y varios dirigentes, con afirmaciones del tipo «cómplices de asesinato» en referencia a los diputados populares que habían dado su apoyo, en votación secreta, a la participación española en la guerra de Irak. La acusación pidió pena de cinco años de cárcel contra Monedero o los desconocidos responsables de la página. En su defensa, Monedero argumentó que se había limitado a financiar la iniciativa de algunos alumnos y que la querella del PP atendía a motivos políticos por implicarse en contra de la guerra en Irak. Tras negarse a dar nombres de alumnos, el PP continuó con la querella. La causa sería sobreseída.