Ivan Ninčević spielte in der kroatischen Nationalmannschaft und kam dabei auf 53 Einsätze, bei denen er 91 Tore warf. Er stand im Aufgebot zur Weltmeisterschaft 2009 sowie im erweiterten Aufgebot zur Weltmeisterschaft 2011. Im Sommer 2012 nahm Ninčević an den Olympischen Spielen in London teil, wo er die Bronzemedaille gewann; ebenfalls Bronze erreichte er mit der Nationalmannschaft Kroatiens bei der Weltmeisterschaft 2013. Er wurde ins erweiterte Aufgebot für die Europameisterschaft 2014 berufen.