В 1904 году был прикомандирован к штабу Верховного Главнокомандующего действующей армии на Дальнем Востоке. 1 июня 1904 года участвовал в сражении под Вафангоу под командованием генерала Самсонова. Вскоре генерал-адмирал Алексеев направил Тагеева в Порт-Артур, где он выполнял обязанности офицера связи. 8 июня Борис Леонидович покинул крепость с задачей вывезти секретные документы, но после выхода в море его джонка была захвачена японцами, и Тагеев с двумя спутниками попал в плен. Содержался в лагере Мацуями. Летом 1905 года лагерь посетил народник Судзиловский, который организовал «Комитет помощи русским пленным» и стал издавать для них еженедельник «Япония и Россия». В этом лагере Судзиловский познакомился с Тагеевым.