Litva, stejně jako zbytek Pobaltí, zájmu Sovětského svazu neunikla. Rudou armádou byla napadena 15. června 1940 a 3. srpna 1940 došlo k jejímu začlenění do SSSR, což vyústilo v masový teror, likvidacím občanských svobod, ekonomického systému a litevské kultury. V letech 1940–1941 byly tisíce Litevců zatčeni a stovky politických vězňů byly svévolně popraveni. Více než 17 000 lidí bylo v červnu 1941 deportováno na Sibiř. Po německém útoku na Sovětský svaz byl začínající sovětský politický aparát buď zlikvidován nebo ustoupil na východ. Litva pak byla na cca 3 roky obsazena Německem. V roce 1944 se německá armáda stáhla a sovětská okupace Litvy byla obnovena. Po druhé světové válce a následném potlačení litevských Lesních bratří sovětské úřady popravily tisíce odbojářů a civilistů obviněných z napomáhání. Asi 300 000 Litevců bylo deportováno nebo politických důvodů odsouzeno do lágrů. Odhaduje se, že Litva přišla v důsledku sovětské okupace o téměř 780 000 občanů, z toho asi 440 000 byli váleční uprchlíci.