Porém, em 1798, a Segunda Coalizão foi formada contra a França e era composta novamente pela Áustria, Reino Unido, Nápoles, o Império Otomano, os Estados Papais, Portugal, o Império Russo, a Suécia e alguns outros países. Durante a Guerra da Segunda Coalizão, a República Francesa sofria com corrupção e divisões internas sob o governo do Diretório (cinco "directeurs" que detinham o poder executivo total). A economia francesa estava em frangalhos e não tinha mais os serviços de Lazare Carnot, o ministro da guerra que havia supervisionado as campanhas bem-sucedidas no exterior após uma reforma nas forças armadas na década de 1790. O general Bonaparte, principal arquiteto da vitória contra a primeira coalizão, lançou uma incursão militar no Egito. Na Europa, a França sofria com derrotas e privações. O principal instigador e financiador da guerra era a Inglaterra, velha rival do país.