En , AQMI prend part à l'offensive djihadiste au sud du Mali aux côtés d'Ansar Dine et du MUJAO. Cette offensive déclenche une intervention militaire de la France de janvier à mars. Face aux armées maliennes, françaises et tchadiennes, les djihadistes subissent une succession de défaites : d'abord à la bataille de Konna, du 9 au , puis à la bataille de Diabaly, du 14 au . Les derniers hommes d'AQMI abandonnent Tombouctou le , quelques heures avant que les parachutistes français ne prennent le contrôle de la ville.