Karierę rozpoczynał w NK Ljubljana. Następnie przeszedł do Olimpiji Lublana. Grał na MŚ 2002, po których przeszedł z Crvenej Zvezdy Belgrad do angielskiego Tottenhamu Hotspur. Później słoweńskiego zawodnika kupił Lille OSC. W 2006 roku został zawodnikiem saudyjskiego Al-Ittihad Dżudda, a od stycznia 2007 Milenko gra w Austrii Wiedeń. Ačimovič był również uczestnikiem ME 2000, na których jego drużyna nieznacznie przegrała mecz o awans do ćwierćfinału. W barwach reprezentacji Słowenii wystąpił 62 razy, strzelając 13 goli.