После убийства Линкольна в апреле 1865 года Стивенс вступил в конфликт с новым президентом, Джонсоном, который искал способы быстрого восстановления отделившихся во время войны штатов без гарантий для бывших рабов. Разница во взглядах вызвала длительное противостояние между Джонсоном и Конгрессом, в котором Стивенс возглавлял левых республиканцев-радикалов, стремившихся политически разоружить рабовладельцев и лишить их влияния на Юге. Получая из южных штатов известия о включении бывших политиков Конфедерации в органы политической власти и насилии против темнокожего населения, в декабре 1865 года инициировал резолюцию, предусматривающую назначение объединенного комитета палаты и сената для расследования положения на Юге.