Die Beschäftigten organisierten sich in der Gewerkschaft "Persatuan Buruh Kereta Api," die 1958 schon rund 32 000 Mitglieder hatte. Diese Organisation wurde als „kommunistisch“ gebrandmarkt. Während der Massaker in Indonesien 1965–1966 wurden zahlreiche Fachkräfte von den Schergen des mit CIA-Hilfe an die Macht geputschten Suharto ermordet. Das Unternehmen beschäftigte 1966 88586 Beschäftigte, zehn Jahre später nur noch ca. 60 000. Die Familie des Diktators betrachtete die subventionierten Staatsbetriebe als einen Selbstbedienungsladen zur persönlichen Bereicherung, sodass für Investitionen vorgesehene Gelder, oft Spenden der Entwicklungshilfe, versickerten. Obwohl im Planansatz der 1970er hohe Investitionen vorgesehen waren, blieb wenig Geld, die vollkommen überalterten Maschinen und Fahrzeuge instand zu halten. In den 1970ern waren durchschnittlich weniger als drei Viertel der Diesellokomotiven einsatzbereit, weniger als zwei Drittel der Dampflokomotiven und nur etwa 45 % der Güterwagen. 1966 wurde ein Viertel weniger Ladung als vor dem Putsch 1962 transportiert. Renovierungen fanden allenfalls an Hauptbahnhöfen statt, sodass viele kleinere Haltestellen auch heute noch aus den Originalbauten der Kolonialzeit bestehen.