Wieś lokował 3 grudnia 1346 wójt biskupi Brunon z Lutr na 91 włókach, w tym było: 74 włók czynszowych na prawie chełmińskim, 10 włók sołeckich, 6 kościelnych i 1 włóka wolna. Zasadźcą był Prus "Heinko". W czasie wojny trzynastoletniej i ponownie w trakcie wojny polsko-krzyżackiej w latach 1519-1521, wieś została w dużym stopniu zniszczona. W połowie XVI w. wieś zasiedlono ponownie. W 1688 we wsi było: 23 chłopów, sołtys, 4 zagrodników. W 1785 Franknowo zamieszkiwali Niemcy. We wsi oprócz budynków mieszkalnych były dwie karczmy, kuźnia i stajnie. W 1820 mieszkały tu 455 osoby, natomiast w 1939 – 927. Po II wojnie światowej zaczęła napływać do wsi ludność różnych narodowości – Polacy z dawnych kresów oraz Polski Centralnej, Ukraińcy. Obecnie we Franknowie mieszka 660 osób.