1990年代初めにソマリア内戦が起こると、外国からの支援物資が届きにくいベレトウェインでは住民の4割が栄養失調になった。1993年3月から第二次国際連合ソマリア活動の一環で外国軍によってベレトウェインは治安維持されるようになったが、1994年3月には撤退している。1994年7月にベレトウェインで同じハウィエ氏族系のUSCとSNAの戦闘が再開し、1996年3月の戦闘など、断続的に続いた。一方、1996年には後に大きな勢力となるイスラム法廷連合の拠点のひとつが設立されている。