De Tweede Wereldoorlog verliep tragisch voor de stad: het omvangrijke joodse getto werd vernietigd na de joodse opstand in 1943, en de stad werd goeddeels verwoest tijdens en na de Opstand van Warschau van 1944. Elk jaar op 1 augustus om 17:00 herdenken de Warschauers het Uur 'W', het exacte moment waarop "Operatie Storm" in 1944 had moeten beginnen, een strategisch geplande opstand tegen de Duitse bezetters in de stad, dat zou leiden tot de Opstand van Warschau. Na afloop van de laatste opstand werden alle overgebleven inwoners de stad uit gedreven. De bevolking daalde van 1,3 miljoen in 1939 tot 420.000 in september 1945.