El Estado Secreto no contó con el apoyo o el reconocimiento de la extrema derecha (nacionalistas) ni de la extrema izquierda (comunistas). Si bien recibió un amplio apoyo a lo largo de buena parte de la guerra, su influencia decayó en medio de reveses militares, sobre todo el fracaso del Alzamiento de Varsovia, y la creciente hostilidad de la Unión Soviética. La Unión Soviética había creado un Estado títere alternativo en 1944 (el Comité polaco de liberación nacional) y aseguró que formara la base del gobierno de posguerra en Polonia. Durante la toma del poder comunista de Polonia apoyada por la Unión Soviética al final de la guerra, muchos involucrados con el Estado clandestino fueron procesados como supuestos traidores y murieron en cautiverio. Abandonadas por los Aliados occidentales, en la imposibilidad de negociar con los soviéticos y deseando evitar una guerra civil, las instituciones claves del Estado secreto polaco se disolvieron en la primera mitad de 1945.