После того как в результате Венского арбитража в ноябре 1938 года часть территории Словакии была передана Венгрии, в Словакии оставалось около 90 тысяч евреев. С провозглашения автономии и особенно после провозглашения независимой республики и подписания союза с Германией в 1939 году были начаты широкомасштабные преследования евреев. Еврейская собственность была конфискована и передана словакам и немцам. 9 сентября 1941 года был утверждён «Еврейский кодекс» — аналог Нюрнбергских законов. В 1942 году 54 тысячи евреев были депортированы в Польшу и практически все уничтожены. Против депортации активно протестовало католическое духовенство. Активную роль в прекращении депортаций сыграла подпольная группа сионистских деятелей, которые наладили связи с умеренными словацкими политиками и епископами, подкупили часть немецких советников, передавали информацию об уничтожении депортированных евреев представителям союзников и еврейским организациям в других странах. Примерно 13 тысяч евреев были отправлены в лагеря смерти после Словацкого восстания в 1944 году. Всего погибло около 70 тысяч словацких евреев или 77 %.