Hardee fornyede sin modstand mod at gøre tjeneste under Bragg og sluttede sig til en gruppe officerer som til sidst overbeviste præsident Jefferson Davis om at lade sin gamle ven afløse. Joseph E. Johnston overtog kommandoen over hæren i Atlanta kampagnen i 1864. Mens Johnston kæmpede en manøvrekrig og trak sig gradvist tilbage overfor generalmajor William T. Sherman, mistede konføderationen til sidst tålmodigheden med ham og erstattede ham med den mere aggressive generalløjtnant John Bell Hood. Hardee kunne ikke udstå Hoods overmodige angreb og store tab. Efter Slaget ved Jonesborough i august/september 1864 bad han om at blive forflyttet og blev sendt af sted for at lede militærområdet South Carolina, Georgia og Florida. Han modstod Shermans march til havet så godt han kunne med utilstrækkelige styrker og evakuerede til sidst Savannah den 20. december Da Sherman drejede mod nord ind Carolina kampagnen, tog Hardee del i slaget ved Bentonville i North Carolina i marts 1865, hvor hans eneste søn blev dræbt i et kavaleriangreb. Han overgav sig sammen med Johnston til Sherman den 26. april ved Durham Station.