Die Ehe zwischen Isabelle und Eduard II. war nicht ohne Spannungen. Angeblich erklärte Eduard II. beharrlich, dass er Isabelle widerwillig geheiratet hätte. Dazu machte er sie für die andauernden Spannungen mit Frankreich wegen des im Besitz der englischen Krone befindlichen Gascogne verantwortlich. Eduard II. Vorliebe für nicht standesgemäße Freizeitbeschäftigungen wie Rudern führten 1316 zu Gerüchten, nach denen er nicht ein Sohn seines Vaters war, und die standesbewusste Isabelle fühlte sich durch den Spott, der ihr zugetragen wurde, verletzt. Im Krieg mit Schottland geriet Isabelle zweimal in Gefahr, in schottische Gefangenschaft zu geraten. Beim schottischen Vorstoß von 1319 konnte sie rechtzeitig in Sicherheit gebracht werden, da ein schottischer Späher in Gefangenschaft geraten war. Bei einem weiteren schottischen Vorstoß im Oktober 1322 geriet sie nach der englischen Niederlage in der Schlacht bei Byland in Tynemouth hinter die schottischen Linien. Nur durch eine gefährliche Flucht in einem kleinen Schiff konnte sie entkommen. Dabei ertranken zwei ihrer Hofdamen.