Коли в 1998—1999 роках розгорівся конфлікт у Косово, вона працювала в організації «Лікарі без кордонів» та ОБСЄ. Також працювала в таборі для біженців у Македонії, отримавши престижну стипендію Ron Brown Scholarship від Держдепартаменту США для продовження навчання на MBA в США. Під час перебування в США, Мімоза Кусарі-Ліла продовжила навчання в Інституті економіки, Університеті Колорадо і Університеті Дюкейна в Піттсбурзі (штат Пенсильванія), отримавши ступінь магістра в галузі електронного бізнесу.