In 1655-1660 werd de kerk tijdens de Pools-Russische Oorlog geplunderd. Nadat de monniken en de burgers die zich in het klooster hadden verstopt waren gedood werd het klooster door de Kozakken in brand gestoken. De kerk werd mede dankzij een belangrijke bijdrage van de hetman Michał Kazimierz Pac hersteld en opnieuw ingewijd in 1676 ter ere van de Franciscus van Assisi en Bernardinus van Siena.