Al estallar la Guerra de Secesión, Sykes fue asignado como comandante de la nueva 14ª Infantería de los Estados Unidos. En la Primera batalla de Bull Run comandó el Batallón de Infantería Regular, un conjunto de ocho compañías del ejército regular de diferentes regimientos, los únicos regulares en el campo. Sykes obtuvo el mando de una brigada de regulares después de Bull Run, y fue ascendido a general de brigada de voluntarios el 28 de septiembre. Dirigió a sus regulares en la Campaña de la Península y ascendió al mando de una división en mayo de 1862 en el recién creado V Cuerpo. Sus hombres, que a menudo se referían a sí mismos como "los regulares de Sykes", se distinguieron defendiendo su posición en Gaines' Mill durante las batallas de los Siete Días, antes de que la línea de la Unión se rompiera en otros lugares.