Амер дебютировал в национальной команде, когда был вызван в сборную ОАЭ до 17 лет на международный турнир в 2006 году. С ней он в 2008 году выиграл чемпионат Азии до 19 лет. Он также был в составе команды на чемпионате мира 2009 среди молодёжных команд в Египте, где дошёл с командой до четвертьфинала. В следующем году он помог олимпийской сборной выиграть Кубок наций Персидского залива 2010 года среди юношей до 23 лет в Катаре и был назван игроком турнира. В том же году выиграл серебряную медаль Азиатских игр в Китае.