Przynależność do protestanckiej Wirtembergii wymusiła zmiany. Maulbronn w początkowym okresie miał zapewnić zakwaterowanie mnichom opuszczającym katolickie klasztory męskie w Wirtembergii. Przeor i konwent zostali przesiedleni w 1537 do opactwa Pairis w Alzacji. Po klęsce Wirtembergii w pierwszej wojnie szmalkaldzkiej (1546-47) klasztor został na krótko zwrócony konwentowi.