Choć jeszcze Aleksander III w 1163 ułaskawił heretyków schwytanych przez arcybiskupa Reims, jego następca Lucjusz III nakazał konfiskować majątki heretyków i wydawać ich władzom świeckim celem ukarania. Papież Innocenty III nie tylko potwierdził to stanowisko, ale nadto ogłosił w 1209 roku krucjatę przeciw albigensom, która pochłonęła dziesiątki tysięcy ofiar. Papież Grzegorz IX w 1231 roku wpisał do papieskich regestów konstytucję cesarską o karaniu heretyków przez spalenie żywcem oraz zatwierdził tenże rodzaj kary w swojej konstytucji o herezjach ("Excommunicamus"). Dla poparcia tak brutalnej formy egzekucji posłużono się wypowiedzią Jezusa z ostatniej wieczerzy: "„Ten, kto we Mnie nie trwa, zostanie wyrzucony jak winna latorośl i uschnie. I zbiera się ją, i wrzuca do ognia, i płonie.”" (). W listopadzie 1302 roku papież Bonifacy VIII posługując się niektórymi wersetami z Ewangelii stwierdził, iż Chrystus przyznał Piotrowi prawo do używania dwóch mieczy: duchowego i materialnego, przez co Kościół i kapłani mają prawo posługiwać się królami i żołnierzami do osiągnięcia swych celów. W 1415 roku sobór w Konstancji potępił Jana Husa między innymi za jego naukę zawartą w traktacie "de Ecclesia", według której żaden heretyk nie powinien być wydawany ramieniu świeckiemu w celu ukarania go śmiercią. Podobnie też, kiedy Marcin Luter napisał, że palenie heretyków jest sprzeczne z wolą Ducha, papież Leon X potępił to stwierdzenie jako herezję w swojej bulli "Exsurge Domine" z 1520 roku.