Когда поднялась Барская конфедерация, то Браницкий был назначен начальником польского корпуса, действовавшего против конфедератов вместе с русскими генералами графом Апраксиным и Кречетниковым. Действия его в этой кампании были очень вялы, так как король тайно приказывал ему удерживаться от решительных действий против поляков; зато на долю Браницкого выпало усмирение гайдамаков, что он и выполнил вместе с генералом Кречетниковым, получив от последнего для польского суда одного из главных деятелей восстания, сотника Гонту, подданного Речи Посполитой. Вообще Браницкий в это время был другом короля и сторонником России.