Lors des Championnats du monde de 2005 à Oberstdorf en Allemagne, Kowalczyk participe à quatre épreuves avant d'être ensuite disqualifié. Ceci fait suite à un contrôle positif à la dexaméthasone lors d'une compétition mineure sur le même site le . La dexaméthasone est une substance qui est autorisé hors compétition mais interdit en compétition. Il agit comme un anti-inflammatoire et un immunosuppresseur. Kowalczyk a utilisé la substance pour soulager une douleur au niveau du tendon d'Achille.