V roku 1944 zatklo Jiřího Navrátila a ďalších skautských vedúcich Gestapo. Za pomoci morzeovky sa im však podarilo dohovoriť, ako budú vypovedať, a väčšina z nich nakoniec neskončila v koncentračnom tábore – Jiří bol napríklad zaradený do pracovných oddielov Organizácie Todt. Čoskoro však utiekol a až do konca vojny sa skrýval. Pritom sa plne venoval ilegálnej činnosti a v máji 1945 sa aktívne zúčastnil Pražského povstania.