En il est de retour en métropole. A bord du "Savorgnan de Brazza", André Roux prend part à l'expédition de Norvège. En mai 1940, il participe à l'évacuation de la poche de Dunkerque et gagne ensuite Portsmouth. Dès , il s'engage dans les Forces navales françaises libres. Le mois suivant il commande le "Savorgnan de Brazza" qui escorte un convoi vers l'Afrique. Il prend part à la bataille de Dakar puis aux combats de Libreville en Capitaine de corvette en il patrouille avec son bâtiment dans l'océan Indien et en mer Rouge. Début 1942, il escorte des convois dans l'Atlantique. Il quitte son commandement en pour être affecté à l'état-major des FNFL où il sera directeur du personnel à Londres puis à Alger.