Em 1954, a Alemanha Ocidental abriu uma embaixada em Assunção. Neste mesmo ano, Alfredo Stroessner se tornou Presidente do Paraguai. Stroessner era de origem alemã por parte do pai e governou o Paraguai por 35 anos. Seu tempo no governo ficou conhecido como El Stronato. Stroessner manteve laços políticos estreitos com a Alemanha Ocidental e fez várias visitas ao país. No entanto, as relações entre a Alemanha Ocidental e Stroessner se deterioraram quando o governo alemão o pressionou a parar de exilar os criminosos de guerra nazistas no Paraguai. Em 1964, a Alemanha Ocidental pediu a Stroessner para extraditar Mengele, mas Stroessner recusou e afirmou que o Paraguai não extradita seus cidadãos. Em fevereiro de 1989, Stroessner foi derrubado do poder por um golpe de estado e as relações entre a Alemanha Ocidental e o Paraguai foram retomadas mais uma vez.