Am 1. September 1939 ging der Leuchtturm von Neufahrwasser in die Geschichte ein, als von ihm aus um 4:45 Uhr auf einen polnischen Militärposten auf der Westerplatte geschossen wurde, was der Beginn des Kampfes um die Westerplatte und damit des Überfalls auf Polen war. Zusammen mit der Freien Stadt Danzig wurde Neufahrwasser vom Deutschen Reich völkerrechtswidrig annektiert. Von September 1939 bis Anfang 1940 bestand in Neufahrwasser das Zivilgefangenenlager Neufahrwasser als Durchgangslager. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde Neufahrwasser wie die gesamte Stadt Danzig der polnischen Verwaltung überstellt und bekam den polnischen Namen "Nowy Port" (deutsch: neuer Hafen). 1951 bekam Nowy Port eine Anbindung an das S-Bahn-Netz der Dreistadt, die in den 2000er-Jahren stillgelegt wurde.