Clark sammelte bereits Erfahrungen in verschiedenen Jugendauswahlen der Vereinigten Staaten. So kam er zum Beispiel zu fünf Einsätzen für die US-amerikanische U-20-Auswahl, für die er auch an der Junioren-WM 2003 in Saudi-Arabien teilnahm. Sein Debüt in der A-Nationalmannschaft gab er am 12. Oktober 2005 im Spiel gegen Panama. Zu seinem ersten und bisher auch einzigen Länderspieltreffer kam Clark am 2. Juli 2007 im Match gegen Paraguay in der Copa América 2007. Zu seinen Einsätzen kam er auch in den Qualifikationsspielen zur WM 2010 gegen Trinidad und Tobago und Guatemala. Außerdem nahm Clark am FIFA-Konföderationen-Pokal 2009 teil, wo er bereits im ersten Spiel gegen Italien wegen eines schweren Fouls an Gennaro Gattuso mit einer roten Karte vom Platz geschickt wurde. Am Ende schafften es die US-Amerikaner bis ins Finale des Konföderationen-Pokals, wo sie der brasilianischen Nationalmannschaft mit 2:3 knapp unterlagen, nachdem sie zuvor mit 2:0 geführt hatten.