জ্যোতির্বিজ্ঞান এবং প্রাকৃতিক দর্শনে অসামান্য অবদানের পাশাপাশি বিজ্ঞানের দর্শন এবং বিজ্ঞানের ইতিহাস-লিখনেও কেপলারের গুরুত্বপূর্ণ প্রভাব রয়েছে। কেপলার এবং তার গতির সূত্রগুলো প্রথম দিককার জ্যোতির্বিজ্ঞানের ইতিহাস রচনার মূল বিষয়বস্তু ছিল। উদাহরণ হিসেবে Jean-Étienne Montucla-র "Histoire des mathématiques" (১৭৫৮) এবং Jean-Baptiste Delambre-র "Histoire de l’astronomie moderne" (১৮২১) এর নাম করা যেতে পারে। এই বইগুলো আলোকিত যুগের দৃষ্টিকোণ থেকে লেখা, এই দৃষ্টিকোণ থেকে লেখা সব প্রায় সব গ্রন্থেই কেপলারের ধর্মীয় এবং অধিবিদ্যা বিষয়ক চিন্তাধারার সমালোচনা করে তা বর্জন করা হয়েছে, কিন্তু এর পর রোমান্টিক যুগের দার্শনিকরা এই দৃষ্টিভঙ্গিকে কেপলারের সাফল্যের প্রধান কারণ হিসেবে আখ্যায়িত করেছেন। William Whewell তার প্রভাবশালী বই "History of the Inductive Sciences" (১৮৩৭) এ কেপলারকে আরোহী যুক্তি অবলম্বনকারী বিজ্ঞানীদের আদিপুরুষ হিসেবে অভিহিত করেছেন। ১৮৪০ সালে প্রকাশিত একই লেখকের "Philosophy of the Inductive Sciences" বইয়ে বলা হয়েছে কেপলার বৈজ্ঞানিক পদ্ধতির সবচেয়ে উন্নত দৃষ্টান্ত স্থাপন করেছেন। Ernst Friedrich Apelt ছিলেন প্রথম ব্যক্তি যিনি কেপলারের সকল পাণ্ডুলিপির (ক্যাথেরিন দ্য গ্রেট এর ক্রয়ক্রীত) চুলচেরা বিশ্লেষণ করেছেন, তার মতে কেপলার বৈজ্ঞানিক বিপ্লবের অন্যতম গুরুত্বপূর্ণ ব্যক্তি। তিনি কেপলারের গণিত, সুকুমার বৃত্তি, ভৌত চিন্তাধারা এবং ধর্মতত্ত্বকে একটি একীভূত চিন্তাধারার টুকরো টুকরো অংশ হিসেবে বিবেচনা করেছেন, তিনিই কেপলারের জীবন ও কর্ম নিয়ে প্রথম বিস্তৃত গবেষণা করেছিলেন।