1942年11月11日、クラークは中将に昇進した。アメリカが初めて海外で野戦軍（第5軍、現在はアメリカ北方軍陸軍部隊の1つ）を創設した際、彼はこの軍の司令官に任命され、1943年9月のアヴァランチ作戦に向けて訓練部隊を編成した。この作戦に関してバーナード・モントゴメリーによると、クラークの感覚的で策略もない計画のせいで、サレルノへの上陸に危うく失敗するところだった、とイギリスの歴史家から批判された。