Sodan jälkeen ELAS:in ja Kreikan hallituksen välillä syntyi taisteluja ELAS:in kieltäydyttyä luopumasta aseistaan. ELAS:ia tukivat naapurimaiden kommunistit ja Kreikan armeijaa brittihallitus. Taistelut johtivat vuonna 1946 Kreikan sisällissotaan. Siinä ELAS muodosti uuden Kreikan demokraattisen armeijan (DSE). Sisällissodasta tuli raaka ja se johti suurin tappioihin. Sota päättyi vuonna 1949 kommunistien tappioon. Sisällissodan lopussa KKE julistettiin laittomaksi ja sen merkittävimmät jäsenet lähtivät maanpakoon. Tämän jälkeen KKE toimi osana Yhdistynyt demokraattinen vasemmisto (EDA) -puoluetta, joka oli käytännössä KKE:n peitejärjestö.