Parti 1921 yılında Komünist Enternasyonal'in (Komintern) seksiyonu olarak kurulmuştur. 1920'lerdeki bir darbenin ardından yasadışı ilan edilmiştir. Portekiz Komünist Partisi, António de Oliveira Salazar'ın diktatörlük rejimine karşı muhalefet hareketinde tayin edici bir rol oynamıştır. Elli yıllık diktatörlük boyunca, parti sıkça siyasi polis (PIDE) tarafından yok edilmeye çalışılmış. PIDE, komünist parti üyelerini hapis, işkence ve ölüm tehdidi altında yer altında mücadele etmeye zorlamıştır. 1974 yılında, 48 yıllık diktatörlüğü deviren kansız Karanfil Devrimi'nden sonra, partinin hapiste bulunan 36 Merkez Komitesi üyesi, toplam 30 yıl hapis yattıktan sonra serbest kaldılar. Devrimin sonucunda komünistlerin de desteklediği gerilla hareketleri başarılı olacak ve Portekiz'e karşı bağımsızlık savaşı veren Angola, Mozambik ve Gine-Bissau bağımsızlıklarını kazanacaktır. Efsanevi önderi Alvaro Cunhal 1961-1992 yılları arasında partiyi yönetmiş ve halihazırdaki güçlü ve siyasi olarak geleneksel komünist hattı tutmasını sağlamıştır.