Avions F-16 de l'OTAN també van participar en atacs aeris contra les forces sèrbies en Bòsnia i Hercegovina durant l'Operació Força Deliberada entre agost i setembre de 1995, i de nou en l'Operació Allied Force sobre la República Federal de Iugoslàvia, entre març i juny de 1999. Durant la "Allied Force", els F-16 van aconseguir una o dues victòries aèries: una per part d'un F-16AM de la Reial Força Aèria dels Països Baixos, que va derrocar un MiG-29 iugoslau amb un míssil AMRAAM, i possiblement una altra d'un F-16C de la USAF, que va disparar dues AMRAAM contra un altre MiG-29 iugoslau. No obstant això, en l'últim cas, els serbis van afirmar haver trobat posteriorment fragments d'un míssil antiaeri portàtil 9K32M "Strela-2M" (designació OTAN: SA-7b Grail) entre les restes d'aquest MiG-29, suggerint que va ser equivocadament abatut per la infanteria sèrbia.