Pendant le génocide des Arméniens, toutes les activités communautaires cessent mais Tebrotzassère garde son école avec son corps enseignant, ses pensionnaires et ses externes. La plupart des Dames de l’Association, ayant épousé des intellectuels, sont avec eux persécutées et doivent se cacher. La responsabilité de la direction incombe alors à une ou deux des adhérentes de l’Association, rôle assumé principalement par Takouhie Balthazarian. Il reste alors dans la caisse de l’école les fonds récoltés au Caucase, qui lui permettent de subsister à une époque où elle accueille de plus en plus de pupilles du fait du génocide. Malheureusement, le bâtiment de Koum-Kapou, qui abrite l’école, prend feu et ses occupants ont tout juste le temps de s’enfuir. Takouhie Balthazarian les regroupe dans la « Maison de Jérusalem » jusqu’à ce qu’elle puisse louer un autre bâtiment et, se mettant d’accord avec une autre des fondatrices, Armavénie Minassian, elles réunissent les Écoles Tebrotzassère. L’enseignement continue à être prodigué tant bien que mal, dans de très mauvaises conditions.