Nhiệm vụ tiếp theo của "Halligan" là hỗ trợ cho cuộc đổ bộ lên vịnh Lingayen. Hoạt động trong thành phần lực lượng hỗ trợ dưới quyền Phó đô đốc Jesse B. Oldendorf, nó rời Palau vào ngày 1 tháng 1 năm 1945, vượt qua eo biển Surigao vào ngày 3 tháng 1 để tiến vào biển Sulu, đi đến bờ biển phía Đông của Luzon. Xâm nhập sâu vào lãnh thổ còn do đối phương chiếm giữ, hạm đội chịu đựng nhiều đợt tấn công cảm tử Kamikaze. Tàu sân bay hộ tống bị hư hại nặng do một cuộc tấn công như vậy vào ngày 4 tháng 1, và sau khi những người sống sót được di tản, nó bị tàu khu trục phóng ngư lôi đánh chìm. Phía Nhật Bản lại tiếp tục những đợt không kích vào ngày hôm sau; cho dù hỏa lực phòng không từ các con tàu đã bắn rơi nhiều máy bay tấn công, máy bay tự sát cũng làm hư hại nhiều con tàu trong đợt tấn công lúc xế trưa. "Halligan" bắn rơi một chiếc Kamikaze vào ngày 5 tháng 1, rồi gửi đội cứu hộ và kiểm soát hư hỏng sang trợ giúp cho tàu khu trục hộ tống bị hư hại.