Greenpeacella on vuosien varrella ollut käytössään useita avomerillä purjehtivia aluksia. Tunnetuin niistä lienee vuonna 1978 Greenpeacen lipun alla vesille laskettu entinen kalastusalus nimeltä "Rainbow Warrior". Alusta käytettiin ensimmäisenä valaanpyynnin häirinnässä Islannin vesillä, ja myöhemmin sillä oli näkyvä osa useissa Greenpeacen kampanjoissa 1978–1985. Ranskan hallitus määräsi "Rainbow Warriorin" upotettavaksi pommeilla 1985 Aucklandissa. Valokuvaaja Fernando Pereira kuoli iskussa. Alus korvattiin vuonna 1989 "Rainbow Warrior II":lla, joka puolestaan korvattiin vuonna 2011 varta vasten järjestön tarpeisiin rakennetulla "Rainbow Warrior III":lla.