君主制を打倒した軍事政権である、自由同盟士官 (Free Unionist Officers) と称されたの他の面々と同様に、ハフタルは世俗主義者であり、であった。ハフタルは、クーデター直後からリビアを統治したのメンバーであった。後には、カダフィの軍事参謀長となった。1980年代後半、ハフタルは、チャド・リビア紛争(トヨタ戦争）でリビア軍を指揮したが、この紛争はリビアの敗北に終わった.。