Tussen 1991 en 1999 speelde er zich een bloedige burgeroorlog af tussen aanhangers van het Front Islamique du Salut (FIS) en de regeringstroepen. Aanleiding voor de burgeroorlog was de winst van de FIS in de verkiezingen, waarna de partij door de Algerijnse overheid werd ontbonden uit vrees voor een moslimfundamentalistische overname. Verschillende aan deze partijen gelieerde groeperingen, zoals de "Groupe Islamique Armé", grepen daarna naar de wapens waarmee een acht jaar durende guerrilla en terroristische oorlog tegen de staat begon. De Algerijnse Burgeroorlog kostte vermoedelijk rond de 120.000 levens. Amnesty International meldde in de periode van de burgeroorlog een groot aantal verdwijningen, martelingen, en slachtoffers van slachtingen aangericht door zowel regeringstroepen als rebellengroepen.