Ο Αποκόρωνας δε συμμετείχε στην πρώτη εξέγερση κατά των Οθωμανών το 1770, αλλά οι χριστιανοί της επαρχίας αναθάρρησαν μετά την εξόντωση του γενίτσαρου Ιμπραήμ Αληδάκη το 1774 και έκτοτε συμμετείχαν δυναμικά σε όλες τις επαναστάσεις και εξεγέρσεις του 19ου αιώνα. Η επαρχία υπέστη εκτεταμένες καταστροφές κατά τις επαναστάσεις του 1821 και του 1841, αλλά αυτές δεν κατάφεραν να οδηγήσουν στη χειραφέτηση και την απελευθέρωση από την οθωμανική κυριαρχία. Ο Αποκόρωνας συμμετείχε επίσης ενεργά στην επανάσταση του 1866, πράγμα που ώθησε τους Οθωμανούς να επιχειρήσουν να τους «εξευμενίσουν» ιδρύοντας τον Νομό Σφακίων, στον οποίο υπάγονταν οι επαρχίες Αποκορώνου, Σφακίων και Αγίου Βασιλείου με έδρα το Βάμο.