Aodh Mac Cathmhaoil, un franciscà, va ser consagrat a l'estranger per la seu el 1626, però va morir abans que pogués arribar-hi. Hugh O'Reilly, el següent primat (1628-1653), va ser molt actiu en els moviments polítics de la seva època. En el caos que va seguir la rebel·lió irlandesa de 1641, en 1642, va convocar els bisbes i el clergat de l'Ulster a un sínode a Kells en el qual la guerra que estaven portant a terme els irlandesos va ser declarada legal i piadosa. Va prendre una part prominent en la Confederació irlandesa de Kilkenny i va ser nomenat membre del Consell Suprem de les vint-i-quatre persones que van portar al govern del país en nom del rei Carles I. Durant la conquesta d'Irlanda per Cromwell (1649- 53), Irlanda va ser reconquerida per les forces parlamentàries angleses, que eren molt hostils a la romanitat. Després de la derrota, amb la mort o l'exili de la majoria dels líders irlandesos catòlics, va ser elegit comandant nominal de les forces catòliques romanes durant la resta del conflicte.