Il Regno Unito temeva che la potente marina francese potesse finire nelle mani dei tedeschi e pertanto potesse essere utilizzata contro gli Alleati e in particolare contro la Royal Navy, vitale per il mantenimento delle comunicazioni e dei trasporti con l'Atlantico settentrionale. Tra i termini dell'armistizio, la Francia aveva ottenuto il permesso di mantenere la "Marine nationale", a precise condizioni. Vichy disse che la marina non sarebbe mai passata nelle mani dei tedeschi, ma si rifiutò nel contempo di spostarla altrove nell'impero francese, come le era stato chiesto da altre potenze. Poco dopo la conquista della Francia un grande contingente navale a Mers-el-Kebir, uccidendo 1297 militari francesi. Vichy non dichiarò guerra al Regno Unito comunque. Churchill ordinò inoltre che le navi francesi nei porti inglesi fossero catturate dalla Royal Navy. Lo squadrone francese ad Alessandria d'Egitto, sotto il comando dell'ammiraglio René-Emile Godfroy, venne bloccato sino al 1943.