Durante la década siguiente, una fuerte tensión se acumuló entre Belgrado y la provincia, donde creció el sentimiento separatista entre la población de origen albanés. Tras la disolución de Yugoslavia, pasó a formar parte de la República Federal de Yugoslavia, que sería conocida como Serbia y Montenegro desde 2003 hasta la independencia de Montenegro en 2006. En 1999 estalló la Guerra de Kosovo, que llevó al enfrentamiento de la OTAN y del Ejército de Liberación de Kosovo contra la República Federal de Yugoslavia.