Після повернення з Китаю 1998 року Жозеф Кабіла отримав звання генерал-майора і був призначений заступником голови Об'єднаного комітету начальників штабів конголезької армії. Через два роки, у 2000, його призначили начальником Генштабу збройних сил Конго. На цій посаді він був одним з командувачів урядовими військами під час Другий конголезької війні.