У 2002 році Ерні відправився в Японію і Південну Корею на свій третій чемпіонат світу. У першому матчі проти збірної Португалії Стюарт був капітаном своєї команди. В інших поєдинках він виходив на заміну. У 2003 році Ерні знову зайняв третє місце на Кубку конфедерацій. У червні 2004 року у відбірковому матчі чемпіонату світу 2006 року проти збірної Гренади він зіграв свій сотий матч за збірну.