Questo periodo è caratterizzato dalla crisi originata dall'attentato alle Torri Gemelle di New York dell'11 settembre 2001 e dal conseguente accentuarsi del contrasto alle iniziative terroristiche portate essenzialmente dal fondamentalismo islamico. Il SISDE contribuisce in quel periodo e in maniera significativa a evitare che l'Italia diventi oggetto di clamorose azioni stragiste che invece colpiscono altre nazioni occidentali, individuando soggetti e organizzazioni operanti in Italia collegati con i gruppi rifacentesi ad al-Qāʿida, sventandone le iniziative illegali. Contemporaneamente il Servizio controlla il panorama criminale italiano e contribuisce in maniera determinante a frustrare, con l'operazione “Tramonto” i cui esiti vengono messi a disposizione dell'Autorità giudiziaria milanese, un tentativo di ricostituzione delle Brigate Rosse.