Фахрудин Омерович дебютував в збірній Югославії 27 травня 1989 року в товариському матчі зі збірною Бельгії. Був присутній у заявці команди на чемпіонаті світу 1990 року, але тільки в якості наступника Томіслава Івковича і на поле так і не вийшов. Останній матч за збірну Югославії провів 25 березня 1992 року, проти Нідерландів. Розглядався як основний воротар команди перед чемпіонатом Європи 1992 року, але на цей турнір Югославія не була допущена в результаті санкцій ООН.