בשנת 2013 הצטרפה פולקסווגן באופן מלא לאליפות עם 2 קבוצות שנהגו בדגם הפולקסווגן פולו. מיקלסן צורף לקבוצה השנייה והתחרה עבורה במשך 4 עונות, עד לפירוק הקבוצה. את עונת הבכורה סיים במקום העשירי בדירוג הכולל. בעונתו השנייה סיים 5 פעמים בפודיום (3 פעמים מקום שני ופעמיים מקום שלישי) ובמקום השלישי בדירוג הכללי. בעונת 2015 השיג את ניצחון הבכורה בראלי הספרדי. שמונה פודיומים נוספים במהלך העונה הקנו לו את המקום השלישי בסיום העונה. את עונתו האחרונה בקבוצה שוב סיים במקום השלישי, תוך כדי שהוא מנצח בפולין ובאוסטרליה. בסיום העונה הודיעה קבוצת פולקסווגן על הפסקת פעילות בעקבות פרשת דיזלגייט.