Az amerikai polgárháború kitörése az amerikai hadsereg Pennsylvania-i részlegénél érte. 1861. május 14-én ezredessé léptették elő, ő vezette a 15. gyalogezredet. Augusztusban előléptették dandártábornokká visszamenőleges, május 17-i hatállyal. A Potomac hadseregben szolgált 1861. október 3. - 1862. szeptember 17. közt. Részt vett a Hétnapos csatákban (1862. június 26. - 1862. július 1.; Oak Grove /Tölgyfa-liget/, június 25.; Maechanicsville, avagy Beaver Dam Greek, június 26.; Gaines+s Mill /Gaines Malma/, június 27.;, Savage's Station - White Oak Swamp /Savage Állomása - Fehér-tölgy-mocsár/, június 28-29.; Glendale avagy White Oak Swamp avagy Fraysers's Farm /Frayser Gazdasága/, június 30.; Malvern Hill /Malvern-domb/, július 1.) p. A Hétnapos csatákban a Potomac hadsereg parancsnoka George B. McClellan vezérőrnagy volt, kinek Porter bizalmas tanácsadója és alkalmanként vezénylő tábornoka volt, mindez később Porter hátrányára vált miután John Pope tábornok parancsnoksága alatt Porter részt vett a vesztes második Bull Run-i csatában 1862 augusztus 28-30 közt. Részt vett Porter a szeptember 17-i antietami csatában is, itt az V. számú tartalék hadtest vezérőrnagya volt. E csata taktikailag döntetlen volt, stratégiailag az északiak nyertek, mert a déliek elhagyták a terepet. George B. McClellan és Porter úgy döntöttek, hogy a tartalékot nem vetik be.