У складі збірної був учасником кубка Азії з футболу 1996 року в ОАЕ, на якому команда, в якій Накіса був основним голкмпером, здобула бронзові нагороди. За два роки поїхав на чемпіонат світу 1998 року у Франції, де розпочинав турнір також як основний воротар збірної, захищав її ворота в дебютному матчі групового етапу проти югославів (0:1), проте на решту ігор турніру поступився місцем на останньому рубежі захисту збірної досвідченішому Ахмаду Резі Абедзаде.