С года руководил . В году, когда Дюпону был всего 31 год, Пьер Берже выдвинул его на должность руководителя балета парижской Оперы — он занял этот пост вслед за Рудольфом Нуреевым и совмещал административную работу с артистической карьерой. В 1995 году он оставил руководство из-за некоторых разногласий, однако потом вернулся в театр до 1997 года, когда дирекция уволила артиста, по его собственным словам, за «неповиновение и недисциплинированность». Танцовщик согласился без согласия своего работодателя войти в состав жюри Каннского кинофестиваля 1997 года; позднее он добился выплаты компенсации за увольнение.