Landet havde enorme indtjeninger fra kaffeeksport, men denne gik næsten udelukkende til en lille magtelite, der desuden sad på den politiske magt. De skiftende regeringer koncentrerede sig om at understøtte kaffeindustrien med udviklingen af landets infrastruktur. Under Pedro José Escalón oplevede landet en relativ stabil periode fra starten af det 20. århundrede til depressionen i starten af 1930'erne efter Wall Street-krakket. I 1932 blev en stor opstand fra bønder og indianere og ledet af det nye kommunistiske parti slået brutalt ned med mere end 20.000 ofre. Efter denne opstand blev El Salvador i praksis et militærdiktatur indtil 1979.