W 2009 roku ponownie objął stanowisko selekcjonera reprezentacji Meksyku. Z popularnymi "El Tri" Aguirre wygrał w Złotym Pucharze CONCACAF 2009 i zakwalifikował się do Mundialu w RPA. Jego drużyna zagrała w grupie A razem z RPA, Urugwajem i Francją, a odpadła po 1/8 finału po spotkaniu z Argentyną. Po tym przegranym 1:3 meczu Aguirre złożył dymisję ze stanowiska selekcjonera. 18 listopada 2010 roku został trenerem Realu Saragossa. 27 grudnia 2011 został zwolniony z funkcji trenera Realu Saragossa. 26 listopada 2012 roku został trenerem Espanyolu Barcelona.