Nach der Nelkenrevolution 1974 sollte die Kolonie auf die Unabhängigkeit vorbereitet werden, doch als sich eine Dominanz der linksgerichteten FRETILIN abzeichnete, kam es 1975 in Dili zum Bürgerkrieg und Straßenkämpfen zwischen ihr und der konservativen UDT. Portugals letzter Gouverneur Mário Lemos Pires floh nach Atauro. Die FRETILIN ging aus den Kämpfen als Sieger vor, doch inzwischen hatte Indonesien begonnen nach und nach das Grenzland zu besetzen. Angesichts der Bedrohung hoffte die FRETILIN auf internationale Unterstützung und erklärte daher am 28. November 1975 Osttimor von Portugal unabhängig. Neun Tage später, am 7. Dezember, begannen indonesische Truppen offen mit der Invasion des Landes und besetzten das Festland Dilis. Atauro wurde erst am 30. Dezember von den Indonesiern besetzt. Es folgte ein jahrzehntelanger Guerillakrieg zwischen den Indonesiern und der timoresischen Widerstandsbewegung FALINTIL. Am 10. Juni 1980 griffen FALINTIL-Einheiten einen Fernsehsender am Rande der Hauptstadt Dili an. Nach dem Überfall begann auch Indonesien Atauro als Gefängnisinsel und Umsiedlungslager zu benutzen. 1982 lebten hier 4000 Inhaftierte. Erst 1986 wurde das Lager wieder geschlossen. Am 12. November 1991 forderte ein Massaker durch indonesische Soldaten nach einer Beerdigung auf dem Friedhof Santa Cruz über 200 Todesopfer.