Na jaře 1968 se zapojil do širokého občanského hnutí, v jehož čele stály mnohé osobnosti moravského akademického a vědeckého života s cílem obnovit komunisty v roce 1948 zrušenou zemskou samosprávu Moravy a Slezska. Stal se prvním předsedou Společnosti pro Moravu a Slezsko, která měla v srpnu 1968 již 200 tisíc členů a 600 místních a závodních výborů po celé Moravě i ve Slezsku. Jejich cílem bylo do chystaného zákona o federaci přidat jako svébytný celek Moravu se Slezskem a vytvořit tak z Československa trojfederaci, nikoli jen dvojfederaci, jak se nakonec stalo v říjnu roku 1968. Za svoji politickou iniciativu v letech 1968–1969 byl Theodor Martinec zbaven funkce rektora Masarykovy univerzity.