На втором этапе колонизации Э. Кортес в 1521 году завоевал государство ацтеков, в 1523–26 годах П. де Альварадо завоевал территорию современной Гватемалы, в 1524 году Ф. Эрнандес де Кордоба основал первые постоянные испанские поселения на территории современного Никарагуа. В последующие годы Н. де Гусман покорил государство тарасков и основал испанские поселения у входа в Калифорнийский залив, Ф. де Монтехо начал завоевание городов-государств майя на полуострове Юкатан (это завоевание продолжил ). Последним независимым городом майя оставался Тайясаль. Испанцы с 1629 года предпринимали систематические попытки захватить его, увенчавшиеся успехом только в 1697 году.