Als Sophomore hatte er mehr Spielzeit und erreichte durchschnittlich 10,5 Punkte, 7,9 Rebounds und 4,5 Blocks pro Spiel in der Saison. Am 5. Januar 2008 stellte er seinen eigenen Rekord von 10 Blocks in einem Spiel gegen die University of Notre Dame ein. Thabeet wurde Big East Defensive Player of the Year und wurde ins zweite Team der All-Big East Conference berufen. Als Junior (in seinem dritten Jahr) erschien Thabeet das erste Mal auf der nationalen Bildfläche. Er erzielte 13,6 Punkte und 10,8 Rebounds pro Spiel. Außerdem schaffte er sein erstes triple-double gegen das Providence College am 31. Januar 2009, mit 15 Punkten 11 Rebounds und 10 Blocks. Er wurde zum zweiten Mal Big East Defensive Player of the Year und zum Co-Big East Player of the Year mit DeJuan Blair zusammen ernannt. Thabeet knackte die 1000-Punkte-Marke in einem Spiel gegen Purdue. Er war der dritte Spieler aus seinem Team, der das in dieser Saison schaffte (Jerome Dyson und A.J. Price waren die anderen). Thabeet half seinem Team außerdem zum ersten Final Four Einzug seit 2004. Er entschied sich keine weitere Saison an der Uni zu spielen und meldete sich stattdessen für die NBA Draft 2009 an.