La Guerra de la Independencia española se dejó sentir en Zalla. Tras la caída de Bilbao a manos francesas el 2 de noviembre de 1808, Napoleón desde Bayona ordenó al mariscal Le Febvre perseguir al ejército español del general Blake que se replegaba hacia Burgos. Habiendo tomado Zalla los franceses, el general español dio media vuelta y atacó por sorpresa derrotando al francés en la Batalla de Valmaseda el 6 de noviembre de 1808, aunque este se desquitaría el día 11 en Espinosa de los Monteros. Zalla permaneció bajo dominio francés hasta 1813. La Grande Armée saqueó Zalla quemando y robando las riquezas de las iglesias de San Miguel, Santiago y Santa Isabel, creando un enorme trastorno a la población y a su modo de vida. El Concejo y los particulares tuvieron que abastecer a las tropas francesas, llevando a muchos y al propio Ayuntamiento a la quiebra. Del mismo modo las Guerras Carlistas se hicieron notar en el municipio, siendo escenario de maniobras y acantonamientos militares sobre todo durante los dos sitios de Bilbao entre 1835 y 1836 ya que el general isabelino Espartero penetró en Vizcaya desde Villarcayo para liberar la capital vizcaína. La primera mitad del siglo XIX fue tiempo de crisis en Zalla. Adoptó por primera vez el sistema municipal liberal en 1841 tras la Primera Guerra Carlista, aunque cambió al tradicional según las circunstancias.