Током Априлског рата у Југославији 1941, Трећи бомбардерски пук, под командом пуковника Зденка Горјупа био је сачињен од 63. ваздухопловне групе стациониране на аеродрому Петровац код Скоплља и 64. ваздухопловне групе распоређене на аеродроме Обилић, Милешево и Стубол код Приштине.