Саобраћај у Јужном Судану веома је слабо развијен што је директна последица дугог Првог и Другог суданског грађанског рата, који је вођен на тим просторима. Инфраструктура је заостала, већим делом уништена и оштећена. Од 2005. године Влада тадашњег Аутономног региона Јужни Судан, ради на бројним пројектима обнове и развоја саобраћајних веза у држави, међу којима је изградња путева, осавремењавање аеродрома и изградња железнице. Додатна отежавајућа околност су специфични климатски услови овог поднебља. Највећи део земље лежи у субекваторијалном појасу који се одликује сменом кишним и сушних периода. У раздобљу мај-октобар добар део путева у Јужном судану је поплављен, недоступан и неупотребљив.