În 1897 Younghusband s-a căsătorit cu Helen Augusta Magniac, fiica parlamentarului Charles Magniac. Fratele Augustei, Vernon, a îndeplinit funcția de secretar particular al lui Younghusband în timpul expediției în Tibet. Soții Younghusband au avut un fiu care a murit în copilărie și o fiică, Eileen Younghusband (1902-1981), care a devenit o proeminentă asistentă socială.