У 1895—1896 роках під час масових вбивств вірменського населення в Західній Вірменії, які були організовані турецькою владою, Мкртич I не раз письмово звертався до російських політиків і до Миколи II з проханням втрутитися і змусити турок припинити різанину,ховав західно-вірменських біженців в Ечміадзині, збирав пожертвування з метою розміщення біженців у Східній Вірменії .