В Наполеоновских войнах Фридрих Франц I сначала соблюдал нейтралитет, но после битвы при Йене и Ауэрштедте 1806 года Мекленбург был оккупирован в декабре 1806 года французскими войсками. После этого Фридрих Франц вместе с семьёй выехал в Альтону под защиту датчан. В июле 1807 года царь Александр I на дипломатических переговорах с Наполеоном добился восстановления власти герцога при условии вступления в Рейнский союз.