Несмотря на то, что Южный Кордофан расположен к северу от местности, которая стала в настоящее время государственной границей между Суданом и Южным Суданом, в нём проживает множество общин, поддерживающих Южный Судан, в особенности в районе Нубийских гор. Некоторые члены этих общин ведут боевые действия совместно с повстанцами-южанами в ходе длительной гражданской войны.