Desde la cristianización de la Lituania actual por la Orden Teutónica y por la unión polaco-lituana de Krewo en el siglo XIV, los cristianos han vivido en la parte occidental de Samogitia. El predecesor de la diócesis de Kaunas se estableció de acuerdo con las instrucciones del Concilio de Constanza el 24 de octubre de 1417 como la diócesis de Samogitia. La catedral original estaba en Medininkai (hoy Varniai), también dedicada a los santos Pedro y Pablo, pero que actualmente se encuentra en la diócesis de Telšiai.