Khartum venne fondata nel 1821 da Ibrāhīm Pascià, figlio di Mehmet Ali, reggente d'Egitto. Presto da piccolo avamposto militare divenne un centro commerciale di importanza regionale e, successivamente, capitale della provincia del Sudan. Nel 1884 le truppe del Mahdi Muhammad Ahmad assediarono Khartum e, una volta conquistata, massacrarono la guarnigione anglo-egiziana ed il suo comandante Charles George Gordon. Il 3 settembre 1898 gl'inglesi, guidati da Horatio Herbert Kitchener, sconfissero le forze mahdiste nella battaglia di Omdurman. L'anno seguente divenne capitale del Sudan Anglo-Egiziano. Nel 1956 fu proclamata capitale del Sudan indipendente. Nel 1973 i terroristi palestinesi di Settembre Nero uccisero l'ambasciatore americano assieme ad un altro statunitense ed un belga. Nel corso degli anni '70 ed '80 affluirono in città migliaia di profughi da paesi vicini devastati da guerre civili come il Ciad, l'Etiopia, l'Uganda e l'Eritrea. Giunsero in seguito anche moltissimi rifugiati da aree interne del paese come il Sud Sudan e il Darfur.