W 1999 roku wystąpił w Pucharze Konfederacji, na którym Nowa Zelandia odpadła w fazie grupowej. Na turnieju we Meksyku wystąpił w meczu z Brazylią. W 2000 roku wystąpił w Pucharze Narodów Oceanii, na którym Nowa Zelandia zajęła drugie miejsce. Ngata wystąpił w trzech meczach z Tahiti, Vanuatu i Wyspami Salomona. W 2001 roku uczestniczył w eliminacjach Mistrzostw Świata 2002, podczas których 13 czerwca 2001 w wygranym 7-0 meczu z Vanuatu wystąpił po raz ostatni w reprezentacji. Ogółem w latach 1993-2001 w reprezentacji wystąpił w 28 meczach, w których strzelił 3 bramki.