Anfang 1643 gab Leopold Wilhelm als Reaktion auf die Niederlage bei Breitenfeld sein Amt auf. Dessen Stellvertreter Piccolomini trat in spanische Dienste über, die meisten anderen italienischen Offiziere baten um Beurlaubung, um im Castro-Krieg in ihrer Heimat zu kämpfen. Melchior von Hatzfeldt hatte das übergangsweise Übernehmen des Oberkommandos abgelehnt, weil er die „Welschen“ in der kaiserlichen Armee (damit waren die Italiener gemeint) für Breitenfeld verantwortlich machte und deren angebliches Versagen nicht wiedergutmachen wollte. Gallas erschien hier als der Kompromisskandidat, der von Breitenfeld unbelastet war und den Deutschen wie „Welschen“ gleichermaßen vermittelbar. Für die Übernahme des Kommandos stellte Gallas mehrere Bedingungen auf, die Kaiser und Hof ihm nur zum Teil erfüllen konnten. Neben den Offizieren Heinrich von Mercy, Johann Wilhelm von Hunolstein und Georg Adam von Traudisch als Teil seines Generalstabs forderte Gallas, dass die bayrische Armee sich nicht mehr wie Anfang 1642 von den Kaiserlichen trennen dürfe, sondern dauerhaft Truppen an seine Seite stelle. Hunolstein und Traudisch leisteten Gallas bald zuverlässige Dienste, die Bayern wurden jedoch dauerhaft im Südwesten gegen die Franzosen gebraucht, die nach Siegen über die Spanier mehr Truppen nach Deutschland senden konnten.