Наступного сезону в клуб був призначений новий тренер, Зденек Земан, який змінив схему гри на 4-3-3. Незважаючи на серйозну конкуренцію в атаці «Роми», тільки Тотті мав постійне місце в стартовому складі команди. У першому ж турі чемпіонату Франческо забив гол, принісши своїй команді перемогу в матчі з «Салернітаною». 19 жовтня Тотті забив переможний м'яч на 90-й хвилині зустрічі у ворота «Фіорентини», яка займала напередодні матчу перше місце в Серії А. 31 жовтня Алдаїр віддав Тотті пов'язку капітана команди, а 3 дні по тому Ческо зробив перший у сезоні дубль, двічі забивши у ворота «Удінезе». 1 грудня Тотті забив м'яч, який приніс його клубу нічию з принциповим суперником — «Лаціо» (3:3). Десять днів по тому Франческо знову врятував клуб від поразки, забивши на 90-й хвилині у ворота «Цюриха» в &lt;a href="%D0%9A%D1%83%D0%B1%D0%BE%D0%BA%20%D0%A3%D0%84%D0%A4%D0%90%201998%E2%80%941999"&gt;1/8 Кубка УЄФА&lt;/a&gt;. У середині сезону в Тотті трапився спад — він демонстрував невисокий рівень гри і декілька місяців не забивав. Лише до початку весни Франческо знову набрав хорошу форму: з його гольового пасу був забитий м'яч, який приніс перемогу «Ромі» над «Міланом». 11 квітня Франческо відзначився святкуванням голу в матчі з «Лаціо», коли, забивши м'яч на 90-й хвилині, він зірвав футболку і показав напис на майці, одягнену поверх клубної: "Vi ho purgato ancora" («Я знову змусив вас страждати»). За підсумками сезону Тотті отримав приз найкращому молодому гравцеві в Італії. Клуб зайняв у чемпіонаті 5-те місце.