Carlo I ereditò un accordo in Scozia basato sul compromesso tra dottrina calvinista e prassi episcopale, ma, in assenza dell'abilità politica del padre, la situazione diventò sempre più precaria. Contrario alla "sobrietà" del culto, cercò di introdurre quello della pratica della Chiesa Alta ("High church") in uso in Inghilterra e che in Scozia è detto High Kirk. Punto centrale di questa strategia fu il "Prayer Book" del 1637. Nel 1638 un gran numero di scozzesi firmarono il "National Covenant" contrari al "Prayer Book" ed alle innovazioni liturgiche che non fossero prima state approvate da liberi "Parliaments and General Assemblies of the Church". Nel novembre del 1638 l'Assemblea Generale di Glasgow, la prima ad incontrarsi dopo venti anni, non solo dichiarò il "Prayer Book" illegale, ma andò avanti ad abolire l'ufficio di vescovo. La Chiesa di Scozia si fondò così su un sistema presbiteriano. Il tentativo di Carlo di resistere a questa evoluzione portò allo scoppio delle Guerre dei Vescovi ("Bishops' Wars"). Nelle successive guerre civili i covenanti si schierarono con i parlamentari inglesi. Entrambi adottarono la "Westminster Confession of Faith".