Sammern-Frankenegg, der bereits bei einer weiteren geplanten „Umsiedlung“ von 16.000 Juden am 18. Januar 1943 erstmals offenen Widerstand der jüdischen Kampforganisation registrieren konnte, wurde bei dem Versuch, das Ghetto im April 1943 vollständig „aufzulösen“, durch einen bewaffneten Aufstand überrascht. Zwar war ihm unmittelbar zuvor Meldung über bevorstehenden Widerstand gemacht worden, jedoch glaubte Sammern-Frankenegg nicht daran. Trotz Geheimhaltung soll die Räumung des Warschauer Ghettos der jüdischen Kampforganisation bereits am 17. April, einen Tag vor der geplanten Aktion, bekannt gewesen sein. Pflichtgemäß teilte er dem Höheren SS- und Polizeiführer (HSSPF Ost) Friedrich-Wilhelm Krüger dies mit. Daraufhin wurde Jürgen Stroop noch am 17. April 1943 von Krüger nach Warschau beordert, um diese „Aktion“ durchzuführen. Stroop teilte dies Sammern-Frankenegg mit, der jedoch zu diesem Zeitpunkt noch nicht darüber informiert war, diesen Einsatz an Stroop abzutreten. Da Stroop zum Zeitpunkt der Übergabe des Befehls freigestellt war, und Sammern-Frankenegg die Einsatzkräfte und Örtlichkeiten bekannt waren, ließ Stroop Sammern-Frankenegg zunächst den Einsatz wie vorgesehen beginnen.