W okresie wojen kozackich narodziła się idea powstania trzeciego, ruskiego członu federacji polsko-litewskiej (promował ją wojewoda kijowski Adam Kisiel i król Jan II Kazimierz Waza). W 1654 Chmielnicki i starszyzna Hetmanatu zawarli ugodę z Rosją, w której poddali Hetmanat władzy cara. Car Aleksy Michałowicz zerwał traktat pokojowy z Rzecząpospolitą i dwoma armiami najechał Koronę i Litwę, rozpoczynając tym długoletnią (1654–1667) wojnę polsko-rosyjską. W toku walk polsko-rosyjskich część Kozaków opowiedziała się za związkiem z Rzecząpospolitą, część za Rosją. 21 października 1655 w czasie II wojny północnej w Krakowie województwo poddało się Karolowi Gustawowi razem z pozostałymi województwami prowincji małopolskiej. Choć niektóre z województw były w rękach rosyjsko-kozackich, przysięgę na wierność królowi Szwecji składała zbiegła stamtąd szlachta.