Το 1821 οι κάτοικοι του νησιού έλαβαν μέρος στην Ελληνική Επανάσταση, ενώ ο Νεόφυτος Μαυρομάτης, μετέπειτα δεσπότης Ναυπάκτου και ο Ανανίας, δάσκαλος του Γένους φαίνεται πως είχαν αποφοιτήσει από το Γυμνάσιο της Αντιπάρου. Με τα πρωτόκολλα του Λονδίνου της 3ης Φεβρουαρίου του 1830 και της 18ης Αυγούστου του 1832 η Αντίπαρος ενσωματώθηκε στο Ελληνικό Κράτος.