コソボ空爆において、1999年3月27日にセルビアの首都ベオグラード近郊上空で米空軍第49戦闘航空団に所属する1機、コールサイン「ヴェガ31」、シリアルナンバー「82-0806」（1982年度会計発注の22号機）が撃墜されている。同機は、1984年8月20日に進空して同年9月12日に空軍へ引き渡されており、湾岸戦争では第415戦術戦闘飛行隊に所属し39回出撃している。撃墜当日、同機は僚機とともにネヴァダの基地から発進し大西洋を横断し、数回の空中給油の後、地中海上で最後の空中給油の後ベオグラード近郊まで進空したところで撃墜された。撃墜後パイロットは緊急脱出し、数時間後に救助されている。同機のキャノピーのフレームには「ケン・"ウィズ"・デュエル大尉」と記載されているが、同パイロットは当時除隊を控えているためアメリカ本土に居た。当初はパイロットの名前、階級は公表されなかったが、Dale Selko(デール・ゼルコ)大尉（当時。2007年時中佐）が当日操縦していたことが明らかになっている。また、撃墜された時にパイロットが、僚機（「ヴェガ32」)等及び管制機に向けて発した、「Mayday! Mayday! Mayday! Vega 31 …」との連呼した救助コールと、それに呼応する音声、及び続いて発信されたF-117の遭難信号音等も傍受され録音が残っている。自機のレーダーも外し、僚機との交信も控えて隠密作戦をするF-117であるが、墜落時には敵側にも傍受可能なウォーキートーキーを使って救助発信を行なった。