В 1851 году Кочетков вышел в отставку, однако два года спустя снова вернулся на службу в связи с начавшейся Крымской войной, попав в Казанский егерский полк. Он был в числе защитников Севастополя, где принимал участие в вылазках с командами охотников (добровольцев), а при обороне Корниловского бастиона снова был ранен осколками разорвавшейся рядом бомбы.