בשנת 2004 הועלה לדרגת סא"ל ומונה למפקד גדוד 51, ושימש בתפקיד עד שנת 2006. במהלך תפקידו, הגדוד היה בתעסוקה מבצעית בעיר חברון, במהלכה נהרג חייל מן הגדוד בתאונת דרכים. לאחר מכן הוביל את הגדוד בין היתר בביצוע תוכנית ההתנתקות, במבצע גשמי קיץ ובמבצעים נוספים כנגד הטרור הפלסטיני באינתיפאדה השנייה ברצועת עזה, ובמהלך מלחמת לבנון השנייה. במהלך המלחמה פיקד על הגדוד בין היתר בקרב בינת ג'בייל. במהלך הקרב הרגו לוחמי הגדוד עשרות מחבלי חזבאללה, השמידו שלושה משגרי קטיושות ופוצצו מצבורי תחמושת ורקטות שנתפסו. בקרב הקשה ספג הגדוד שמונה הרוגים, בהם סגנו, רועי קליין, ועשרים פצועים. על פעילותו במלחמה, עוטר הגדוד בפיקודו בצל"ש יחידתי, ממפקד פיקוד הצפון, גדי איזנקוט. לאחר המלחמה מונה למפקד יחידת אגוז בין השנים 2006–2008. לאחר מכן יצא ללימודים.