Niemöller verurteilte, unter anderem in Briefen an General Clay, auch rechtswidriges Vorgehen der alliierten Besatzungsmächte. Den nach Protesten in der amerikanischen Bevölkerung und Politik ad acta gelegten ursprünglichen Morgenthau-Plan bezeichnete er als „das Vorhaben, das deutsche Volk bis zu seinen Wurzeln auszurotten“, ferner Praktiken des Nürnberger Gerichtshofes als „schwere Verdunkelung des öffentlichen Gewissens“. Es erinnere „an die Behandlung der Offiziere des 20. Juli durch Adolf Hitler, wie man jetzt mit Wehrmachtoffizieren vor amerikanischen Tribunalen verfährt“. Auch die Flächenbombardements gegen die deutsche Zivilbevölkerung und Vertreibungen im Osten verurteilte Niemöller entschieden. Er müsse überdies im besetzten Deutschland Verhältnisse feststellen, „die auf Schritt und Tritt an die hinter uns liegenden Schreckensjahre erinnern“; manche durch die Besatzungsbehörden zu verantwortenden Zustände und Maßnahmen seien „selbst unter dem Naziregime niemals gewesen“.