San Francisco se ligging digby die geologiese San Andreas-breuk, 'n bron van voortdurende seismiese aktiwiteite, maak van die stad 'n gebied wat in 'n groot mate deur aardbewegings bedreig word. Die grootste aardbewing in die moderne geskiedenis het die stad in 1906 getref. Die Loma Prieta-aardbewing in 1989 eis tientalle menselewens en berokken groot skade in die stad en sy omgewing.