Во время испанского завоевания Куэрнавакой руководил Ицоуацин (Itzohuatzin). Это был богатый и густонаселённый город с крупными хозяйствами. Ещё до завоевания Теночтитлана, Куэрнаваку захватил Гонсало де Сандоваль, позже её присоединили к владениям Эрнана Кортеса, который основал здесь свою резиденцию. В 1529 году францисканцы основали в Куэрнаваке свой монастырь, пятый по счёту в Новой Испании. В XVII и XVIII веках эта провинция несколько раз была реорганизована. В ноябре 1815 года, во время войны за независимость, в местную тюрьму в Паласии де Кортес был посажен лидер движения за отделение от Испании Хосе Мария Морелос. Агустин де Итурбиде, будущий император Мексики, дважды со своей армией проходил через Куэрнаваку, первый раз в 1820 году, сражаясь с партизанами Висенте Герреро, и второй раз в 1821 году, уже возглавляя Армию Трёх гарантий.