Ndadaye llegó al poder como consecuencia de la caída del estado militarista encabezado por le etnia minoritaria tutsi en el marco de la transición democrática realizada por el presidente Pierre Buyoya, en un intento de impedir que el país tuviera un destino similar al de la vecina Ruanda, inmersa en un conflicto racial entre los mismos grupos. Ndadaye derrotó a Buyoya, candidato del hasta entonces partido único UPRONA, en las elecciones del 1 de junio de 1993 como candidato del FRODEBU. Ndadaye intentó llevar a cabo políticas moderadas destinadas a buscar una entente entre ambos grupos étnicos. Sin embargo, no contó con el apoyo de sectores radicales hutus, que mantuvieron actos de sabotaje e insurgencia aún después de asumido el gobierno democrático, y a su vez debió enfrentarse a la oposición de las fuerzas armadas del país, aún en manos de los tutsis, que recelaron de sus reformas. Fue un ferviente crítico del racismo cuestionando a todos los que tuvieran prejuicios.