10 сентября Джексон отправился с тремя своими дивизиями для окружения и захвата города Харперс-Ферри. Джонс командовал дивизией на марше и во время осады. Джонсу был поручен левый фланг армии, блокирующей Харперс-Ферри. На его участке не происходило боёв до самой капитуляции города 15 сентября. В это время остальные дивизии армии отступали к Шарпсбергу, поэтому, как только город сдался, Джексон направил свои дивизии в Шарпсберг. Дивизия Джонса шла первой и первой перешла Потомак в конце дня 16 сентября. На закате дивизия Джонса была размещена к северу от Шарпсберга на левом фланге армии: бригады Б. Джонса и Григсби встали в первой линии, бригады Старка и Тальяферро во второй линии. Утром 17 сентября началось сражение при Энтитеме: артиллерия Джексона открыла огонь по позициям бригады Гиббона, а федеральная артиллерия открыла ответный огонь. Один из федеральных снарядов разорвался прямо над головой Джонса, и он, по его словам, оказался сильно оглушён, и был вынужден покинуть поле боя, сдав командование генералу Старку. После сражения по армии пошли слухи, что Джонс покинул поле боя без серьёзной причины.