En 2001, l'actrice est victime d'un accident vasculaire cérébral qui la tient éloignée des plateaux. L'année suivante, elle est membre du jury des longs métrages du Festival de Cannes, présidé par le réalisateur américain David Lynch. Après trois ans d'absence cinématographique, Sharon Stone apparaît, le temps de trois épisodes, dans la série "" (2003). Le rôle qu'elle incarne, celui d'une avocate excentrique, lui permet d'obtenir le Primetime Emmy Award de la meilleure actrice invitée dans une série télévisée dramatique. Sur les conseils de son agent, l'actrice accepte ensuite deux films à vocation populaire, le premier étant le thriller "La Gorge du diable" (2003) dans lequel elle joue l'épouse de Dennis Quaid et la mère de Kristen Stewart. Le deuxième est "Catwoman" (2004) avec Halle Berry, considéré comme l'un des pires films jamais réalisés. Sa performance dans "Broken Flowers" de Jim Jarmusch en 2005 est saluée par la critique. Le "New York Magazine" écrit : . L'actrice reprend son rôle de Catherine Tramell dans "Basic Instinct 2" en 2006. Le film reçoit un accueil désastreux de la part de la critique. Le site Rotten Tomatoes résume ainsi l'avis de la presse : . Alors que le film devait marquer son grand retour au cinéma, Sharon Stone apparaît ensuite dans plusieurs films indépendants dont les sorties aux États-Unis sont limitées, principalement destinées au direct-to-video, et quasi inexistantes en France.