Brdarić jest byłym reprezentantem Niemiec. W drużynie narodowej zadebiutował 27 marca 2002 w towarzyskim spotkaniu ze Stanami Zjednoczonymi, wygranym przez Niemcy 4-2. Był uczestnikiem Mistrzostw Europy w 2004 roku, które Niemcy zakończyli na fazie grupowej. Brdarić rozegrał jedno spotkanie w tych rozgrywkach (mecz z Łotwą). Był także uczestnikiem Pucharu Konfederacji w 2005 roku. Niemcy zajęli w nim trzecie miejsce, ale Brdarić nie zagrał w tych rozgrywkach. Łącznie w reprezentacji wystąpił osiem razy i strzelił jednego gola.