Od 1788 do 1810 pracował w szpitalu w Halle. W 1795 roku Reil założył pierwsze w Niemczech czasopismo poświęcone psychiatrii – "Archiv für die Physiologie". W 1810 został jednym z pierwszych nauczycieli akademickich psychiatrii jako profesor psychiatrii na Uniwersytecie w Berlinie. W latach 1802-1805 utrzymywał kontakty z Goethem, który omawiał z nim kwestie naukowe, takie jak psychiatria, będąc również jego pacjentem. Reil zmarł w 1813 roku z powodu tyfusu, którym zaraził się lecząc rannych w Bitwie pod Lipskiem.