Nimensä mukaisesti Sioux Fallsin alkuperäisasukkaita olivat sioux-intiaanit. Sioux Falls -vesiputousten kohdalle perustettiin vuonna 1856 Western Town -niminen asutuskeskus, jonka perustajat toivoivat että paikka valittaisiin Dakotan territorion pääkaupungiksi. Dakota Land Company perusti puolestaan Sioux Fallsin asutuskeskuksen. Minnesotan kansannousun väkivaltaisuudet levisivät Etelä-Dakotan puolelle jua intiaanien hyökkäyksiä pelänneet siirtolaiset hylkäsivät asumuksensa paikalla. Kolmisen vuotta myöhemmin paikalle perustettiin Fort Dakota ja siirtolaiset alkoivat palata koteihinsa. Vuonna 1876 Sioux Fallsin asukasluku oli noin 600. Rautatie saapui kaupunkiin vuonna 1878 ja vuonna 1889 Sioux Fallsista tehtiin kaupunki. Paikalle saapui siirtolaisia etenkin Pohjois-Euroopan alueelta. Rautatien kautta kaupungista alettiin viedä graniittia muualle Yhdysvaltoihin.