בשנת 1998 הוא החל לכהן כראש ממשלת הודו. בתחילת כהונתו הוא היה גם שר החוץ, עד שבדצמבר 1998 מונה לתפקיד זה את ג'סוואנט סינג. בתקופת כהונתו כראש ממשלה, ביצעה הודו את הניסוי הגרעיני פוקרהן II ב-1998. ואג'פאיי אשר ביקש לשפר את היחסים הדיפלומטיים עם פקיסטן, נסע ללאהור באוטובוס כדי להיפגש עם ראש הממשלה נוואז שריף. אחרי מלחמת קרגיל עם פקיסטן, הוא ביקש להחזיר את היחסים לתקנם באמצעות קשריו עם הנשיא פרבז מושארף, מזמין אותו להודו לפסגה באגרה.