Pada tahun 1996, Wenger ditunjuk sebagai manajer Arsenal dan dua tahun kemudian membawa Arsenal meraih gelar double winner dengan menjurai liga dan Piala FA. Dia membawa Arsenal tampil di Final Piala UEFA 2000 dan Final Piala FA 2001, dan meraih double winner kedua pada tahun 2002. Arsenal mempertahankan gelar juara Piala FA pada tahun 2003 dan setahun kemudian kembali meraih gelar liga, dan menjadi klub pertama yang menjalani pertandingan Liga Inggris tanpa kalah dan berhasil mengalahkan rekor Preston North End. Catatan tersebut ditorehkan oleh skuad Arsenal yang lebih dikenal dengan Invincible (Arsenal). Arsenal kemudian mengalahkan rekor Nottingham Forest dengan 49 pertandingan liga tak terkalahkan sebelum akhirnya kalah pada Oktober 2004. Arsenal membuat penampilan pertama mereka di final Liga Champions pada tahun 2006, meskipun mereka kalah dari Barcelona. Pada tahun 2012, Arsenal berhasil mencapai rekor tampil selama 15 musim berturut-turut di Liga Champions. pada masa jabatan Arsene Wenger, Arsenal pindah ke sebuah pusat pelatihan baru dan pindah ke Stadion Emirates pada bulan Agustus 2006, setelah 93 tahun di Highbury.