La política de pau va demostrar tenir prou èxit a l'hora de reduir batalles entre indis i blancs a la frontera de l'Oest, però va incrementar la matança del bisó americà, encoratjada pels subordinats de Grant, que va comportar un conflicte amb els indis de les planúries. Els Sioux i altres tribus de les planúries van acceptar el sistema de les reserves, però les usurpacions dels blancs que buscaven or als Black Hills va portar a una nova guerra al final del segon mandat de Grant, posant fi a la bona relació que hi havia hagut entre Grant i el cap Sioux Red Cloud (Núvol Vermell). Amb els generals de divisió Oliver Otis Howard i George Crook, la política de Grant va tenir un gran èxit al sud-oest. Howard, l'excap de l'Agència d'Homes Alliberats, va negociar la pau amb els Apatxe el 1872, convencent el seu líder, Cochise, perquè mogués la tribu cap a una nova reserva, i posant punt final a una guerra començada l'any anterior. A Oregon les relacions eren menys pacífiques i va esclatar una guerra amb els Modoc l'abril de 1873. Els Modoc van rebutjar moure’s cap a una reserva i van matar el comandant local de l'exèrcit, el general de divisió Edward Canby. Tot i que la mort de Canby va ofendre molt a Grant, el president va ordenar moderació, fent cas omís del consell de Sherman d'obtenir venjança o d'exterminar la tribu. L'exèrcit va capturar, jutjar i executar els quatre guerrers Modoc responsables de l'assassinat de Canby l'octubre de 1873. Grant va ordenar a la resta de la tribu Modoc que es recol·loquessin al Territori Indi.