Totti hat von der U-15 bis zur U-21 sämtliche italienischen Jugendnationalmannschaften durchlaufen. Im Juli 1995 wurde er mit der U-18-Auswahl Vize-Europameister und erzielte bei der 1:4-Niederlage gegen Spanien den Ehrentreffer für Italien. Im darauffolgenden Jahr gewann er den U-21-EM-Titel, im Finale ging es wieder gegen die Iberer. Totti erzielte das zwischenzeitliche Führungstor, danach gewann Italien 5:4 im Elfmeterschießen.