В 1640 году сэр Доног Маккарти снова заседал в Ирландской палате общин. Он был переизбран 2 марта 1640 года от графства Корк. В парламентских записях он указан как рыцарь, а не как баронет, которым он был, вероятно, потому, что его баронетство не было ирландским. Парламент собрался 16 марта 1640 года. Он единогласно проголосовал за четыре субсидии в размере 45 000 фунтов стерлингов королю для ирландской армии численностью 9 000 человек, которая должна была использоваться в Шотландии во Второй епископской войне, которая надвигалась. Сэр Доног, опять же, должен был проголосовать за эти субсидии. 31 марта 1640 года парламент был закрыт до первой недели июня. Лорд-наместник Томас Уэнтуорт отправился в Англию ко двору короля. Кристофер Уондсфорд, лорд-заместитель во время отсутствия Томаса Уэнтворта, открыл вторую сессию 1 июня 1640 года. После двух недель безрезультатных дискуссий Уондсфорд с 17 июня до 1 октября приостановил работу парламента. В октябре парламент снова собрался и проголосовал за протест (или жалобу) против графа Страффорда, после чего он снова был перенесен Уондсфордом 12 ноября, чтобы избежать худшего. Протест продвигался Джоном Клотуорти и новоанглийскими поселенцами в Ирландии, но он также был поддержан или, по крайней мере, терпимым католиками. Во время этого парламента Доног Маскерри был членом комитета, который подал жалобу королю Карлу Стюарту. Неясно, были ли эти жалобы одним и тем же протестом или иным ходатайством.