En medio de la efervescencia de la guerra emancipadora, su padre decidió volver a España, dejándola a ella y a sus hermanas en el Monasterio de la Encarnación. En esas circunstancias, se vinculó sentimentalmente con el prefecto del Cusco, general Agustín Gamarra, con quién se casó en Zurite en 1825. Cuando el Libertador Simón Bolívar llegó a la ciudad el 25 de junio del 1825, doña Francisca fue la encargada de ceñir en las sienes del Libertador una corona de oro, pero él mismo decidió que ella fuese la que llevara la corona.