Leko teki ensiesiintymisensä Kroatian maajoukkueessa vuonna 2002 Unkaria vastaan, mutta hän ei kuulunut maansa joukkueeseen 2002 jalkapallon maailmanmestaruuskilpailuissa. Hän pelasi myös jalkapallon Euroopan mestaruuskilpailuissa 2004, vaikka pelasi yhteensä vain 22 minuuttia. Leko pelasi Saksan MM-kisoissa 2006 ja on valittu vuoden 2008 EM-kisoihin osallistuvaan maajoukkueeseen. Hän on pelannut maajoukkueessa 59 ottelua tehden niissä 2 maalia.