1991 года Гранич основал Управление по делам перемещённых лиц и беженцев, а также организовал помощь сотням тысяч беженцам из Боснии и Герцеговины. С 31 июля 1991 года Гранич занял место заместителя председателя хорватского правительства. Он был ответственным за переговоры правительства Республики Хорватия с бывшей Югославской народной армией о разблокирования казарм и эвакуацию из них, подписал 8 декабря 1991 года соглашение о выводе ЮНА из Хорватии. В 1992 году вице-премьер Гранич подписал документ о вступлении Хорватии в СБСЕ. В 1993 году включился в процесс остановки конфликта в Боснии между хорватами и мусульманами. С 1 июня 1993 года по 27 января 2000 года занимал должность министра иностранных дел. Был членом Хорватского демократического союза и близким соратником Франьо Туджмана. В 1994 году как министр иностранных дел был главным участником переговоров, в результате которых подписал Вашингтонское и Венское соглашения. Был вторым лицом после Франьо Туджмана на переговорах 1995 года подписавши от имени Хорватии Дейтонские мирные соглашения. Как министр иностранных дел Гранич помогал вести переговоры о мирном договоре между Хорватией, Боснией и Сербией, посетил Сербию в 1996 году, подписав Соглашение о нормализации отношений с Союзной Республикой Югославией. В период с 6 сентября по 9 сентября 1996 года Гранич впервые с официальным визитом посетил Украину. В 1997 году подписал Соглашение о вступлении Хорватии в Совет Европы. 2000 года был кандидатом от ХДС на президентских выборах. В 2000—2003 годах был председателем Комитета по европейской интеграции парламента Хорватии.