Pompejus död betydde dock ej att inbördeskriget var till ända. Metellus Scipio, Cato den yngre och andra motståndare till Caesar, bland annat Pompejus den yngre och dennes lillebror Sextus, samlades i den Romerska provinsen Africa och förberedde här sitt motstånd. De blev besegrade i slaget vid Thapsus 46 f.Kr. Metellus Scipio och Cato tog sina liv efter förlusten. De pompejaner som lyckades fly efter slaget var bland annat Pompejus den yngre, Sextus Pompejus och Caesars förre legat Titus Labienus. De fortsatte sitt motstånd i Hispania där det sista och avgörande slaget i inbördeskriget stod utanför staden Munda (dagens södra Spanien) 17 mars 45 f.Kr.