Els caunis van resistir al general persa Harpagos tal com van fer els seus veïns licis al . Sotmesos a Pèrsia es van unir a la Revolta Jònica el 499 aC. Tucídides parla de l'expedició de Pèricles i de la batalla naval de Tràgia (440 aC) i esmenta Caunos com una ciutat separada de Cària. La regió de Perea on era Caunos, pertanyia a Rodes, però aquesta no la dominava en aquell moment, però sí que la controlava en temps d'Alexandre el Gran.