בעקבות קריסתה של ברית המועצות קובאן זכתה באליפות המעבר של חבר המדינות העצמאיות, אבל לא הצליחה לזכות באליפות ליגת העל הרוסית. בשנים 1997 ו-2000, הקבוצה הייתה שנייה לאיסטוצ'ניק רוסטוב וטקווה וולגוגרד, במה שמוגדר לתוצאת השיא שלה. בשנת 2000 היא הגיעה גם לגמר הרביעי שלה של גביע המחזיקות, כשהפעם הפסידה לקבוצת מאר ולנסיה.