El desembre del 1897, Turquia, després d'una revolta a l'illa, va acceptar el principi d'autonomia per a Creta i el 20 de març del 1898 es va establir l'estat de Creta sota sobirania otomana. El 6 de novembre del 1898, els militars otomans van abandonar l'illa i, el 19 de novembre, el príncep Jordi de Grècia en fou designat comissari extraordinari, si bé la nominal sobirania otomana es mantenia. El 1900, Jordi I va voler proclamar la unió a Grècia, però no va obtenir el suport de les potències. El seu successor, Zaimis, va proclamar la independència el 6 d'octubre del 1908, que suposà la unió de fet amb Grècia. La ciutat prengué aleshores el nom d"'Heràkleion," "ciutat d'Hèracles", nom que ja havia portat en temps de Roma. El 9 de maig del 1910, l'assemblea va fer jurament al rei de Grècia mentre la tensió augmentava amb Turquia, que no reconeixia la virtual unió. El 10 d'octubre del 1912, durant la Guerra dels Balcans, el govern grec en va confirmar la unió i els tractats de Londres (30 de maig del 1913) i de Bucarest (10 d'agost del 1913) van reconèixer tal unió. Bona part de la població turca va marxar entre 1900 i 1912 i la resta ho va fer el 1923 amb els acords entre Grècia i Turquia per a l'intercanvi de poblacions. La població musulmana de la ciutat s'estimava en 17.000 persones.