En service à Borneo, Baba organise des opérations anti-guérilla dans l'intérieur de l'île. Il est également gouverneur militaire de Sabah du au . Les Alliés lancent la reconquête de Bornéo le avec le débarquement de troupes australiennes à Tarakan, suivi de débarquement à Brunei et Labuan le . Les forces japonaises se rendent le et le général Baba remet officiellement son épée au major-général George Wootten de la australienne à Labuan le . Il est officiellement démobilisé de l'armée japonaise en .