В это время ХДС было обвинено в правом экстремизме и нарушении прав человека, а во второй половине 1990-х — и в махинациях в ходе приватизации. Ситуация ещё более осложнилась после смерти Туджмана. На президентских и парламентских выборах 2000 года левоцентристская коалиция во главе с Социал-демократической партией Хорватии и Хорватской социал-либеральной партией нанесла ХДС тяжёлое поражение. После этого из ХДС вышли ряд членов и образовали новую партию — Демократический центр.