På landslaget gikk det i utgangspunktet bra til og med VM i 2007. Under OL i Beijing spilte Marie Knutsen samtlige kamper, på tross av at hun fikk et nesebrudd i kampen mot Japan. Marie Knutsen var også med på den siste EM-kvalifiseringskampen mot Russland, men det var hennes foreløpige siste. Den 21. oktober 2008 skapte Marie Knutsen og fire andre Røaspillere – Marit Fiane Christensen, Guro Knutsen, Lene Mykjåland og Siri Nordby – overskrifter da de sendte ut et presseskriv der de erklærte seg ferdig med landslaget inntil videre på grunn av problemer med landslagsledelsen. Presseskrivet nevnte aldri landslagstrener Bjarne Berntsen ved navn, men det var forstått at han og hans håndtering av landslaget var vesentlig i deres avgjørelse om å trekke seg fra landslaget. Landslagsavslaget, som hyppig ble omtalt som en boikott i pressen, skapte stor mediaoppmerksomhet, langt mer enn noe annet det året. Det ble arrangert et improvisert møte den 28. oktober mellom Berntsen og de fem utbryterne, men ettersom Norges fotballforbund ikke stilte på møtet, ble møtet resultatløst.