Nel 1694 fu ritrasferito in Ungheria a combattere i turchi, ove respinse tutti gli attacchi nemici alla fortezza di Petrovaradin. Nel 1697 fu affiancato come vice-comandante a Federico Augusto I, principe elettore di Sassonia, che dal 1695 era stato nominato comandante in capo delle truppe del Sacro Romano Impero, impegnate contro i turchi nella quinta guerra austro-turca. Tuttavia i rapporti fra i due divennero subito pessimi e si impose la necessità di sostituire il Caprara, che rappresentava la corona degli Asburgo in una guerra che vedeva il loro regno particolarmente impegnato ma con l'esercito comandato dal titolare di una potenza di rango inferiore. Caprara fu richiamato a Vienna, ove ebbe la vicepresidenza del Consiglio di guerra di Corte ed il sostituto fu trovato, ironia della sorte, in Eugenio di Savoia che ricevette la nomina il 25 aprile 1697.