Anna syntyi setänsä Kaarle II:n hallitessa. Tällä ei ollut aviossa syntyneitä lapsia. Hänen isänsä, Jaakko, oli perimysjärjestyksessä ensimmäinen. Jaakon epäilty roomalaiskatolilaisuus oli epäsuosittua Englannissa, ja Kaarlen ohjeiden mukaisesti Anna kasvatettiin anglikaaniksi. Kolme vuotta sen jälkeen kun hän seurasi Kaarlea valtaistuimelle, Jaakko syöstiin vallasta ”mainiossa vallankumouksessa” vuonna 1688.