Pemberontakan Bocskai (Perang Kemerdekaan Bocskai ) merupakan sebuah konflik besar yang berlangsung di Hongaria, Transilvania dan Slowakia modern, antara tahun 1604 dan 1606 melawan Rudolf II, Kaisar Romawi Suci, selama Perang Turki Panjang. Pemimpin pemberontakan tersebut adalah István Bocskai, seorang bangsawan Hongaria. Perang Utsmaniyah yang besar membebani Kerajaan Hongaria dan menyebabkan kelaparan dan epidemi. Pemberontakan tersebut berakhir setelah penandatanganan Perjanjian Wina.