Під час іспанського завоювання Куернавакою керував Іцоуацин (Itzohuatzin). Це було багате і густонаселене місто з великими господарствами. Ще до завоювання Теночтітлану, Куернаваку захопив Гонсало де Сандоваль, пізніше її приєднали до володінь Ернана Кортеса, який заснував тут свою резиденцію. у 1529 році францисканці заснували в Куернаваці свій монастир, п'ятий за рахунком у Новій Іспанії. У XVII і XVIII століттях ця провінція кілька разів була реорганізована. У листопаді 1815 року, під час війни за незалежність, у місцеву в'язницю в Палас де Кортес був посаджений лідер руху за відділення від Іспанії Хосе Марія Морелос. Аґустін де Ітурбіде, майбутній імператор Мексики, двічі зі своєю армією проходив через Куернаваку, перший раз у 1820 році, борючись з партизанами Вісенте Герреро, і другий раз у 1821 році, вже очолюючи Армію Трьох гарантій.