Dans les années 1690, une controverse sur la paternité de "Eikon Basilike" voit le jour. William Levett, le garçon de chambre de Charles qui l'accompagna le jour de son exécution et qui accompagna son corps pour son enterrement au château de Windsor, jura qu'il avait personnellement vu le roi rédiger l"Eikon Basilike" lors de son emprisonnement sur l'île de Wight et qu'il avait lui-même lu le manuscrit, mais les historiens débattent de la véracité de cette affirmation. Dans "Vindication of King Charles the Martyr, proving that his Majesty was the author of Εἰκὼν Βασιλική" (Londres, 1693 ; reed. 1697-1711), puis dans "A Defence of the Vindication" en 1699, Thomas Wagstaffe défend la paternité du roi Charles . L'on prétendait qu'une prière contenue dans "Eikon Basilike" avait été plagiée, mais Wagstaffe a accusé John Milton et John Bradshaw de l'avoir délibérément insérée dans le texte.