こうして中支那派遣軍と北支那方面軍が中国大陸方面での作戦に当っていたが、1939年（昭和14年）9月に両者を統括する「総軍（総軍の編成は日露戦争における満州軍以来）」として大陸命362号に基づき支那派遣軍を編成した（これに伴い中支那派遣軍は廃止）。また、南支那方面軍は1940年（昭和15年）2月9日の編成時は支那派遣軍隷下であったが、のちに北部仏印進駐のため大本営直轄となり、同方面軍が第23軍に改編されると再び隷下に収め指揮系統が一元化された。