Tijdens de jaren zestig van de 20ste eeuw bleef de NSA zich actief richten op de Sovjets. Zo wist de NSA dat de Sovjets Cuba van raketten voorzag. Deze informatie kwam voort uit onderschepte communicatie over bepaalde procedures tussen Sovjetschepen en Cuba. Zo mochten deze schepen enkel 's nachts worden gelost, de lading werd bewaakt door zwaarbewapende manschappen en zwarte schermen. De grootste doorbraak vond plaats op 15 september 1962 toen de NSA een elektronische vingerafdruk van een operationele SA-2-luchtdoelraket. Deze raket was kenmerkend voor de ondersteuning van nucleaire raketten. Toen in oktober 1962 de Cubacrisis uitbarstte, was de Amerikaanse president John F. Kennedy hierop voorbereid. Zo werd een maritieme blokkade opgericht om de aanvoer van raketten te stoppen. De NSA maakte gebruik van aangepaste vliegtuigen die dicht bij de Sovjetgrenzen vlogen om communicatie op te vangen. Bepaalde vliegtuigen vlogen dicht bij de grond met als doel de Sovjetluchtverdediging te kunnen analyseren.