En 1940, durante la Campaña de los Dieciocho Días, Baels intentó comunicarse con el Ministro del Interior, Arthur Vanderpoorten, quien, según su información, se encontraba en la costa norte por una serie de asuntos urgentes, con el fin de comunicarle la situación de desorden en la Provincia. Sin embargo, Baels se vio involucrado en un accidente de tránsito y no pudo regresar a Brujas debido a la gran cantidad de refugiados. Debido a que Baels había abandonado Brujas antes de que esta cayera ante el dominio alemán, esto fue interpretado como un caso de abandono del cargo y Vanderpoorten solicitó al rey Leopoldo III que destituyera a Baels como gobernador. Este lo decretó así el 21 de mayo de 1940, pero debido al caos que reinaba en el país, el decreto no fue emitido. Después de su huida, el secretario de gobierno Amand Lommez se convirtió en gobernador en cargado. En agosto de 1940, el Ministro del Interior del gobierno de ocupación, Gérard Romsée, designó al nacionalista flamenco Michiel Bulckaert como gobernador de la provincia.