Несмотря на январские слова, в июне 2005 года Тотти продлил контракт с «Ромой», подписав его на 5 лет с ежегодной выплатой 5,4 млн евро, а выплата налогов с заработной платы Тотти легла на клуб. Летом того же года «Рому» возглавил Лучано Спаллетти. Он сразу же начал перестройку игры клуба, сменив схему на 4-2-3-1, с двумя вингерами и одним атакующим полузащитником в лице Тотти. В 9-м туре чемпионата Франческо стал участником стычки с Хуаном Вероном во время матча с миланским «Интером», за что получил красную карточку.