Con la Selección de fútbol de México ha disputado la Copa Oro 2007 en Estados Unidos y la Copa América 2007 en Venezuela. Jugó algunos partidos de eliminatorias para el Mundial de 2010, pero debido a su baja de juego dejó de ser convocado hasta el 2013, cuando José Manuel de la Torre lo llamó para jugar dos partidos, uno de los cuales era eliminatorio para el Mundial 2014. Fernando ha jugado 46 partidos con la selección marcando 7 goles.