しかしながら、どの国においても少数民族や外国人がたとえ少数ながらも存在しており、国政に多数派の価値観や文化や利権が組み込まれると結果として少数派には不公平な状態、あるいは少数派民族の人権が著しく損なわれる事態が発生することが問題点として指摘されている。その最も極端な例がドイツに出現したドイツ第三帝国で、ナチスが独断で決定したアーリア人の定義に見合わないドイツのユダヤ人、ジプシーが多量に虐殺されただけでなく、東欧への侵攻の際に、膨大な数の東欧の住民が強制移住・強制労働・虐殺の憂き目にあっている（ただし、ナチスの政策はドイツ民族主義というより独自の人種主義に基づいている）。これほど徹底したものではなくとも、アメリカ合衆国（インディアン絶滅政策）、オスマン帝国（アルメニア人虐殺）、ポーランド・チェコスロヴァキア・ハンガリーなど（ナチスへの報復として行われたドイツ人追放）、ソビエト連邦（ホロドモールなど）、イスラエル（パレスチナ問題）、中華人民共和国（チベット問題）など、民族主義ないし国民統合の理念に基づき、少数民族を追放したり、虐殺した国家は世界史上数多く存在する。