Am 1. April 1940 wurde Schneider-Pungs Gruppenoffizier an der Marineschule Mürwik. 1941 wurde er Kommandant eines Schnellboots, mit dem er an den Operationen während des Russlandfeldzugs in der Rigaer Bucht und im Finnischen Meerbusen teilnahm. Nach einer weiteren Tätigkeit an der Marineschule als Kompaniechef wurde Schneider-Pungs im April 1943 Referent im Marineoberkommando Ost in Kiel und blieb dort bis zum Kriegsende.