Został także augurem, choć nie odbył inauguracji nie powracając już nigdy do Rzymu. Do śmierci był faktycznym władcą Sycylii. Pogłębiające się rozdźwięki między Antoniuszem a Oktawianem skłoniły tego ostatniego do rozpoczęcia ponownie wojny z Sekstusem Pompejuszem. Próby zdobycia Sycylii nie przynosiły powodzenia, m.in. Sekstus odniósł zwycięstwo w morskiej bitwie pod Messyną w 37 p.n.e. Dopiero rozbudowa floty pozwoliła Markowi Agrypie - utalentowanemu dowódcy Oktawiana odnieść decydujące zwycięstwo pod Naulochos i całkowicie rozbić flotę Sekstusa. Sekstus Pompejusz zdołał i tym razem zbiec na Wschód. Jednak w 36 p.n.e. został schwytany w Milecie i bez sądu stracony na rozkaz jednego z dowódców Antoniusza, Marka Titiusa.