Продолжая сниматься в исторических картинах Джонс воплотил в кино образ обвинителя пресловутых судебных процессах над салемскими ведьмами Томаса Патнэма в фильме «Суровое испытание» (1996), экранизации одноимённой пьесы Артура Миллера, основанной на реальных исторических событиях. Ещё одной запоминающейся ролью Джонса стал полковник Хард в фильме ужасов Антонии Бёрд «Людоед» (1999), где его работа поражает пронзительным реализмом. Кроме того актёр исполнил роль главного антагониста в комедии «Доктор Дулиттл 2» (2001) с Эдди Мерфи в главной роли.