カエサル派とグナエウス・ポンペイウスら元老院派との内戦ではカエサル派として軍団はヒスパニアへと転戦、紀元前48年のデュッラキウムの戦いに従軍、とくに続いてのファルサルスの戦いでは重要な功績を挙げた。戦後軍団は解散、軍団兵は退役となったが、紀元前46年には再び結束してカエサルのアフリカ遠征に助力した。功績により軍団兵たちはカプアとルッカの土地を譲り受けるが、紀元前44年にカエサルが暗殺されると第7軍団に所属するベテランの多くがカエサルの後継者オクタウィアヌスの指揮下に入り、第7軍団は再び編成される。その際には「パテルナ」（＝「古参の者」の意）という名で呼ばれていたらしい。そして紀元前43年のムティナの戦い、紀元前42年のフィリッピの戦いに参戦した。