日本が対米戦の準備に着手すると、既に船齢20年超と老朽船の部類に入っていた本船も1941年9月13日に再び日本陸軍によって徴用された。太平洋戦争開戦後、「りま丸」は同年12月22日に同じT型の「但馬丸」「対馬丸」などを含む総数84隻の護送船団の第2船隊第8分隊に属して野砲部隊を搭載、フィリピンの戦いでルソン島リンガエン湾への上陸戦に参加した。1942年（昭和17年）の蘭印作戦では、香港の戦いを終えた陸軍部隊を収容してスマトラ島パレンバンへ上陸させた。ビルマの戦いにも参加してラングーンまで進出、帰途にはマレーの戦いで大破した貨物船「阿蘇山丸」（三井船舶：8811総トン）をパタニから香港まで曳航している。同年11月12-29日には、門司からラバウルまで貨物船「富浦丸」（日本郵船：3821総トン）と船団を組み、工兵部隊の陸軍将兵1234人・馬118頭を無事に輸送した。1943年（昭和18年）はマニラを拠点として主にフィリピン方面で行動した。同年3月16日と4月6日に敵潜水艦と遭遇するが自衛用火砲で砲撃するなどして難を逃れ、陸軍から表彰された。