В 1805 году, рассчитывая на британскую и русскую помощь, Фердинанд третий раз вступает в войну против Франции. Но начале 1806 года наполеоновская армия вошла в Неаполь, королём вместо Фердинанда был провозглашён брат Наполеона Жозеф, которого в 1808 году сменил Иоахим Мюрат. Королевский двор вновь искал спасения на Сицилии.