Пабло Эрнандес был в расширенном списке кандидатов в национальную сборную на чемпионат Европы 2008 года, но в итоге оказался в числе отсеянных. Следующий вызов в сборную полузащитник «Валенсии» получил перед Кубком конфедераций, когда тренерам национальной команды понадобился игрок, способный заменить травмированного Андреса Иньесту.