Erst die Eroberung Kabuls durch die Taliban 1996 setzte dem Konflikt ein Ende. Nachdem die Nordallianz mit amerikanischer Unterstützung im Herbst 2001 Kabul zurückerobert hatte, rief Hekmatyār 2002 zum Kampf gegen die Regierung von Hamid Karzai auf und schloss sich mit den Taliban zusammen. Doch nicht alle Teile der Hizb-i Islāmī folgten seinem Aufruf. So erklärte sich im Sommer 2005 ein Teil der Partei zur Teilnahme an den Parlamentswahlen bereit. Mit vierzig Abgeordneten stellt sie heute in der Wolesi Dschirga (Unterhaus) die größte Fraktion und gehört zu den wichtigsten Stützen der Regierung. Der Teil unter Führung Hekmatyārs hingegen hat seine destruktive Obstruktionspolitik mit der Ermordung von Politikern, Polizisten und Lehrern fortgesetzt. Es ist anzunehmen, dass er weiterhin Unterstützung vom pakistanischen Geheimdienst erhält. Im September 2016 unterzeichnete die afghanische Regierung ein Friedensabkommen mit Hezb-i Islami. In diesem Abkommen wird dem Anführer von Hezb-i Islami, Gulbuddin Hekmatyar, eine Amnestie für seine vergangenen Taten gewährleistet. Darüber hinaus werden bestimmte Kämpfer von Hezb-i Islami aus den Gefängnissen entlassen. Die Regierung versprach ebenfalls, sich für eine Aufhebung der internationalen Sanktionen gegenüber Hekmatyar einzusetzen.