خامنه‌ای در دورهٔ دوم ریاست جمهوری خود (۱۳۶۴) به شدت مخالف ادامهٔ نخست‌وزیری موسوی بود ولی با اصرار روح‌الله خمینی مجبور به معرفی دوبارهٔ او شد. خمینی، به دلیل گزارش محسن رضایی معتقد بود که کنار گذاشتن موسوی لطمهً جدی به روحیهٔ سربازان ایرانی در جنگ ایران و عراق خواهد زد و در پاسخ به ناطق نوری که تعدادی از روحانیون بلندپایه را برای مذاکره واسطه کرده بود، گفت: «انتخاب غیر از ایشان، خیانت به اسلام است.» و به همین دلیل خامنه‌ای در مذاکرات بعدی با ناطق نوری گفت: «حجت بر من تمام شد.» و موسوی را برای نخست‌وزیری معرفی کرد. در نهایت در جلسهٔ رأی اعتماد به موسوی ۹۹ نماینده (از ۲۷۰ نماینده مجلس) به او رأی عدم اعتماد دادند و پس از آن مخالفان موسوی به ضدیت با ولایت فقیه متهم می‌شدند.