Het college werd hard geraakt door de Engelse Burgeroorlog. In 1642 verstrekte het college een "lening" van zijn goud en zilver aan de Britse Kroon - een lening die tot op heden nog niet is terugbetaald. In 1666 vernietigde de Grote brand van Londen een flink deel van de bezittingen van het college in onroerend goed, waardoor het nog armer werd. Pas aan het begin van de achttiende eeuw verbeterde de financiële situatie van het college.