Экономический рост Британии в начале XIX века привёл к усилению противников монополии, видевшей в ней средневековый пережиток, и желавших принять участие в торговле с Индией. Само положение Компании как одновременно коммерческой и государственной организации было двусмысленным. Так как Компания фактически начала править всей Индией, это вызвало резкий рост расходов на чиновников, причём временами задачи имперской экспансии и чисто коммерческие задачи прямо противоречили друг другу. Наконец, британская Корона прямо выражала недовольство, что практически никак не контролируемая правительством Компания сама правит гигантской империей в Индии. Правительство начало активно вмешиваться в деятельность Компании через своих уполномоченных. Кроме того, финансовое положение Компании начало ухудшаться, в связи с чем ей приходилось периодически обращаться к государству за займами, что создавало поводы для давления, а отмена монополии в 1813 году привела Компанию к быстрому упадку. В 1830-х — 50-х годах Компания уже окончательно потеряла автономию, в частности решение о вторжении в Афганистан ("см. Первая англо-афганская война") было принято вопреки протесту директоров. В 1853 году был отменён традиционный для Компании патронаж, который ранее был в Британии обычной практикой, но со временем начал восприниматься, как коррупция. К 1857 году деятельность Компании в Индии уже сводилась лишь к административной.