Die aufgebauten konfessionellen Spannungen entluden sich 1656 im Ersten Villmergerkrieg. Nachdem die Behörden des Standes Schwyz zahlreiche Reformierte vertrieben, der Inquisition übergeben oder hingerichtet hatten, erklärte Zürich den katholischen Orten den Krieg. Doch der Feldzug war schlecht organisiert: Die verbündeten Berner Truppen unterlagen am 24. Januar in der Ersten Schlacht von Villmergen den Innerschweizern. Der am 7. März geschlossene Friedensvertrag bestätigte die seit 1531 bestehenden Verhältnisse. In Baden wurde die 1415 zerstörte Burg Stein als Festung wieder aufgebaut.