Syyskuussa 1792 Chabot valittiin Aveyronin departementin edustajana uuteen parlamenttiin, kansalliskonventtiin. Hän liittyi radikaaliin vuoripuolueen edustajaryhmään, jonka nimenkin on sanottu olleen hänen keksimänsä. Hän äänesti kuningas Ludvig XVI:n kuolemantuomion puolesta ja vastusti syyskuun murhista syytettyjen vallankumouksellisten saattamista oikeuden eteen. Chabot oli yleisen turvallisuuden valiokunnan jäsenenä tammikuusta syyskuuhun 1793. Hän oli myös kansalliskonventin komissaarina Aveyronissa ja Tarnissa maaliskuusta toukokuuhun sekä Sommessa heinäkuusta syyskuuhun 1793. Hän tuli tunnetuksi myös radikaaleista uskonnollisista näkemyksistään. Hän muun muassa sanoi: ”Kristus oli ensimmäinen sanskulotti”. Chabot teki aloitteen Notre Damen katedraalin muuttamisesta järjen temppeliksi. Vallankumousjohtaja Maximilien Robespierre kääntyi häntä vastaan. Chabot oli läsnä Jean Paul Marat’n murhaajan Charlotte Cordayn pidätyksessä ja otti haltuunsa muun muassa pidätetyn kellon.