Euro 2004'ten sonra Malafeev, birinci kaleci oldu. Mayıs 2005'te uzun süreli bir sakatlık geçirdi. Bu yüzden kaleyi Zenit'te Kamil Čontofalský'ye, millî takımda da İgor Akinfeyev'e kaptırdı. 2007'de Euro 2008 elemelerinde Andorra ve Hırvatistan maçlarında oynadı. İgor Akinfeyev sakatlandıktan sonra Vladimir Gabulov'un ardından ikinci kaleci oldu. Euro 2008'de İgor Akinfeyev ve Vladimir Gabulov'un ardından üçüncü kaleciydi.