Syksystä 1697 alkaen Juslenius opiskeli päätoimisesti. Yhtenä opinnäytetyönä oli Turun kuvaus "Aboa Vetus et Nova", joka sai erinomaiset arvosanat vuoden 1700 tarkastuksessa. Sen kirjoittajasta tuli yliopiston riikinruotsalaisten ja saksalaisten opiskelijoiden keskuudessa tunnettu Suomen puolustaja. Muutaman kuukauden opiskelujakso Ruotsin Strängnäsissä korosti hänen mielessään eroja Suomen ja Ruotsin välillä. Turkuun palattuaan 1702 hän toimi yliopiston sihteeritehtävissä ja kotiopettajana. Maisterinväitöskirja on nimeltään "Vindiciae Fennorum", suomalaisten puolustus (1703), jonka ansiosta Juslenius valittiin priimusmaisteriksi. Hän sai heprean ja kreikan kielen professuurin. Samaan aikaan oli käynnissä pitkäaikainen suuri Pohjan sota, joka lopulta romahdutti Ruotsin suurvalta-aseman. Juslenius joutui vuonna 1713 pakenemaan isoavihaa Ruotsiin. Siellä hän kirjoitti "De miseriis Fennorum" -teoksen Suomen tilanteesta ja toimi Västeråsin lukion lehtorina.