Nel 2019 passa alla Honda, con contratto biennale da 8 milioni di Euro a stagione e con compagno di squadra Marc Márquez. In questa stagione è costretto a saltare i Gran Premi di Olanda, Germania, Repubblica Ceca e Austria a causa della frattura della sesta vertebra dorsale rimediata nelle prove libere del GP d'Olanda. La stagione in generale si rivela molto difficile per lo spagnolo, che non coglie risultati di rilievo, ottenendo come miglior piazzamento un undicesimo posto in Francia e chiudendo la stagione al 19º posto con 28 punti.