Bei den Olympischen Sommerspielen 1988 in Seoul wurde er über 400 m Freistil nur Sechster, gewann jedoch in seiner Paradedisziplin über 1500 m Freistil die Silbermedaille. 1989 wurde ein weiteres erfolgreiches Jahr für Pfeiffer. Nachdem er bei den Deutschen Meisterschaften über 400 m Freistil und 1500 m Freistil die Goldmedaille und über 200 m Freistil die Bronzemedaille gewann, konnte er auch bei den Europameisterschaften 1989 in Bonn in den Disziplinen 1500 m Freistil, 400 m Freistil und 4×200 m Freistil jeweils die Silbermedaille gewinnen. Auch bei den Deutschen Schwimmmeisterschaften 1990 in München startete Pfeiffer erfolgreich und gewann über 1500 m Freistil und über 400 m Freistil die Goldmedaille. Daraufhin gehörte Pfeiffer zum Team für die Schwimmweltmeisterschaften 1991 im australischen Perth. Dort gewann er über 1500 m Freistil die Bronze- und über 400 m Freistil die Silbermedaille sowie mit der 4×200 m Freistil-Staffel die Goldmedaille. Bei den Deutschen Meisterschaften 1991 gewann er über 200 m Freistil die Silbermedaille.