Museets arkæologiske park omfatter Hovedvolden, Kampestensmuren, Valdemarsmuren og Thyraborg. Få hundrede meter vest for museet blev i 2001 i samarbejde med danske og tyske ingeniørtropper genetableret en skanse fra krigen i 1864. I sommeren 2010 fandt arkæologerne direkte ved museet det cirka seks meter brede "Kalegat", gennem hvilket den nord-sydgående trafik på Hærvejen foregik fra 600- til 1200-tallet. Fundet af denne port blev mulig, efter at museet ved hjælp af fondsmidler kunne erhverve nabogrunden.