Talvi 1944–1945 oli ankara Alankomaissa. Blankers-Koenin perhe selviytyi kuitenkin "Hongerwinter"-nimellä tunnetusta talvesta, jonka aikana saksalaisten blokin takia maassa kärsittiin paikoin ankarasta nälänhädästä. Sota loppui toukokuussa 1945, eikä Blankers-Koenilla ollut suunnitelmia palata kilpaurheiluun. Hän päätti kuitenkin jatkaa uraansa kuultuaan, että Oslossa järjestettäisiin EM-kilpailut vuonna 1946.