2004년 6월 파라과이 U-20 축구 국가대표팀과의 친선 경기에 출전하면서 아르헨티나 U-20 대표팀에 데뷔했다. 이 경기에서 메시를 출전시킬 때 아르헨티나는 3-0으로 앞서고 있는 상황이였는데 메시가 출전한 후 경기결과는 8-0으로 아르헨티나가 대승을 거두었다. 2005년 네덜란드에서 열린 FIFA 세계 청소년 축구 선수권 대회에서 아르헨티나 대표로 출전하는 동안 골든볼(대회 MVP)와 골든슈(대회 득점왕)를 석권하면서 아르헨티나의 우승을 이끌었다. 2005년 8월 17일에 열린 헝가리와의 경기에 선발 출전하면서 아르헨티나 국가대표팀 무대에 데뷔하게 된다.