Самолёт использовался в учебных частях. До начала Второй мировой войны было выпущено 139 экземпляров E-39 различных модификаций; в Чехии, оккупированной Германией, 125 самолётов достались Люфтваффе, также использовавшим их как учебные, 10 из них были переданы Словацким ВВС и участвовали в боевых действиях на территории Советского союза в качестве разведывательных. Во время словацкого национального восстания некоторые из них применялись повстанцами.