W czasie wojen napoleońskich Olsztyn odegrał znaczną rolę leżąc na linii przemarszu wojsk. Po słynnej bitwie pod Jeną w 1806 roku pokonane Królestwo Prus znalazło się pod panowaniem Napoleona. Francuzi wyzwolili ziemie polskie zaboru pruskiego i już 1 stycznia 1807 wkroczyli do Olsztyna. Francuski generał Gaspard Gardanne zamieszkał na Zamku, podobnie jak przybyły 19 stycznia marszałek Michel Ney, jeden z najwybitniejszych wodzów napoleońskich. Na terenie Prus Wschodnich manewrowała jednak jeszcze wielka armia rosyjska i wierne jej oddziały pruskie. Na początku lutego w okolicach Olsztyna skoncentrowały się duże siły francuskie, które tutaj zamierzały powstrzymać wycofujących się Rosjan. Dnia 3 lutego 1807 roku miało miejsce starcie obu wojsk znane jako bitwa pod Olsztynem (również jako bitwa pod Jonkowem lub pod Barkwedą). W związku z tymi działaniami 3 lutego do Olsztyna pośpiesznie przybył z Warszawy sam Napoleon Bonaparte, który na olsztyńskim Rynku przyjął odprawę wojska i przyjął meldunki, a następnie spożył posiłek na Zamku, gdzie wypytywał księdza i historyka Gerarda Gleya o ślady po Mikołaju Koperniku. Następnie po południu obserwował działania swoich żołnierzy z zachowanej do dziś drewnianej wieży kościoła w Gutkowie. Napoleon zamierzał stoczyć pod Olsztynem decydującą bitwę z Rosjanami. Mimo jednak ucieczki Rosjan, Francuzi wygrali bitwę i kosztem ciężkich walk zdobyli nienaruszone strategiczne mosty na Łynie, min. w Barkwedzie, dzięki czemu mogli doścignąć Rosjan i wydać im walną bitwę pod Pruską Iławą kilka dni później.