Ngày 18 tháng 8, Coligny cùng nhiều người Huguenot quyền thế và giàu có đến Paris dự hôn lễ của Công chúa Marguerite nhà Valois với Henri Navarre (cô dâu là người Công giáo còn chú rể là người Kháng Cách). Ngày 22 tháng 8, Coligny thoát chết trong một vụ ám sát, nhưng ông bị mất một ngón tay ở bàn tay phải, và tay trái bị chấn thương. Trong khi các sử gia cho rằng thủ phạm là Charles de Louvier, sieur de Maurevert, thì khó có thể khẳng định ai là người ra lệnh (dù có lời đồn đoán người chủ mưu là Catherine de' Medici). Ngày 23 tháng 8, trong một phiên họp riêng của hoàng gia, Catherine và những người theo bà tin rằng phe Huguenot có thể đang chuẩn bị một vụ lật đổ, rồi họ quyết định, với sự chuẩn thuận của nhà vua, tiến hành một vụ đánh úp bằng cách ám sát một số nhà lãnh đạo Huguenot, là những người có khả năng tổ chức một cuộc đánh trả. Sáng sớm ngày 24 tháng 8, Công tước Guise đến chỗ trọ của Coligny, giết Coligny vài người ở đó, ném xác Coligny qua cửa sổ rơi xuống đường. Đám đông người dân Paris xúm lại cắt xẻo xác Coligny, kéo lê trong bùn, ném xuống sông, treo lên giá, rồi thiêu. Trong năm ngày kế tiếp, thành phố trở nên hỗn loạn bởi người ta đổ xô đi săn tìm để tàn sát người Huguenot, kể cả phụ nữ và trẻ em, và cướp phá nhà cửa của họ. Nhà vua không lường trước được vụ tàn sát này. Trong vài tuần sau đó, cuộc tàn sát lan ra đến hơn chục thành phố khắp nước Pháp. Biến cố này được gọi là vụ Thảm sát Ngày lễ Thánh Barthélemy. Có lẽ khoảng 2.000 người Huguenot bị giết ở Paris, và trong vài tuần lễ kế tiếp, có thêm nhiều ngàn người thiệt mạng tại các tỉnh; tổng cộng, có khoảng 10.000 người bị sát hại trong vụ thảm sát.