Ab 1938 wurde er von seinem Duzfreund Heinrich Himmler zum Höheren SS- und Polizeiführer „West“ (HSSPF) mit Sitz in Düsseldorf ernannt und hatte damit zeitweilig Zugriff auf über 200.000 Mann Polizei, SS und Sipo. Nach der Besetzung Norwegens durch deutsche Truppen wurde Weitzel im April 1940 HSSPF „Nord“ mit Sitz in Oslo. Sein Nachfolger als HSSPF West wurde der SS-Gruppenführer Theodor Berkelmann. Weitzel starb bei einem Luftangriff auf Düsseldorf, als er sich auf Heimaturlaub befand: In der Nähe des Martin-Luther-Platzes wurde der stark alkoholisierte Weitzel von einer Bombe getroffen, nachdem er unvorsichtigerweise aus seinem Dienstwagen ausgestiegen war. Das Begräbnis in Düsseldorf war ein nationalsozialistisch inszenierter Trauerakt, an dem auch der Chef der Ordnungspolizei SS-Obergruppenführer Kurt Daluege, der rheinische Oberpräsident Josef Terboven und NSDAP-Gauleiter Friedrich Karl Florian teilnahmen. Die SS-Standarte 20 (Düsseldorf) erhielt schon zwei Tage nach Weitzels Tod, am 21. Juni 1940, durch Führerbefehl den Ehrennamen "SS-Standarte Fritz Weitzel". Weitzels Nachfolger als Polizeipräsident wurde sein Stellvertreter August Korreng, sein Nachfolger als HSSPF Nord wurde Wilhelm Redieß, der ebenfalls in Düsseldorf Dienst in der 20. SS-Standarte getan hatte.