Bei der U20-Junioren-Weltmeisterschaft 2013 wurde MacKinnon von Cheftrainer Steve Spott hauptsächlich in der vierten Angriffsreihe eingesetzt. Auf Grund der im Vergleich zum Ligaalltag mit den Halifax Mooseheads für ihn ungewohnten Rolle und der dadurch resultierenden geringeren Eiszeit gelang ihm in sechs Partien lediglich eine Torvorlage. Die Kanadier erreichten bei dem Turnier nach einer Niederlage im Spiel um den dritten Platz gegen die russische Auswahl den vierten Platz.