В 1847 году, будучи в Ницце, он получил приглашение занять кафедру зоологии в родном городе Гиссене, но уже в следующем году был принуждён бежать в Швейцарию: приняв самое живое участие в революционных событиях 1848 (был депутатом левого крыла в Национальном собрании во Франкфурте и одним из пяти регентов Империи), был уволен от службы и в конце концов был приговорён к смерти. В этот период деятельности Фохт напечатал имевший громадный успех научно-популярный труд «Океан и Средиземное море», заключающий в себе результаты исследований, произведённых во время первого его пребывания во Франции и на берегу Средиземного моря. В этом сочинении, как и в своих «Физиологических письмах», Фохт впервые проявил выдающийся талант в изображении природы в научно-популярном виде. В Берне, куда бежал из Германии Фохт, он прожил недолго и с 1850 по 1852 гг. вновь занялся изучением фауны Средиземного моря в Ницце и в то же время составил отличный для своего времени учебник зоологии под заглавием «Зоологические письма»; в 1852 получил приглашение читать лекции по зоологии в Женеве, а после смерти Пикте (Pictet) занял кафедру зоологии, сравнительной анатомии и палеонтологии. Здесь после долгого периода странствований оставался до своей смерти, занимаясь сначала зоологическими исследованиями, затем антропологией, а в восьмидесятых годах вернулся вновь к чисто зоологическим работам. В этот период научной деятельности появились его «Лекции о человеке», в которых он выступил ярым защитником полифилетического происхождения человека и вызвал живую полемику статьёй о микроцефалах; в последние годы жизни предпринял ещё два капитальных труда, а именно естественную историю млекопитающих и учебник сравнительной анатомии. Занимал пост ректора Женевского университета.