1812 yılında Arjantine döndü ve bağımsızlık savaşı için bir devrimci ordu oluşturdu. 1817 yılında San Martin Andlar'da bir isyankar grubu idare eder, İspanyolları Şili'de Chacabuco Muharebesi'nde mağlup eder ve Şili'nin başkenti Santiago, Şili'yi işgal eder. 1818'de Maipú'da İspanyollara karşı elde ettiği son bir galibiyetten sonra San Martin Şili'de millî bir hükûmet kurar ama yine de Şilili General Bernardo O’Higgins lehine başkanlıktan feragat eder.