Einen weiteren Unterschied zu Ungarn bildeten in der Slowakei die Partisanen, denn dort hatte in der Zeit zwischen 29. August und 28. Oktober 1944 der Slowakische Nationalaufstand stattgefunden. Zentrum des Aufstandes, der von Teilen der slowakischen Armee und der Partisanenbewegung getragen wurde, war die Stadt Banská Bystrica in der Mittelslowakei. Der Aufstand hatte eine militärische Schlagkraft entwickelt, die zuerst von den deutschen Dienststellen unterschätzt worden war. Nach einigen Anfangserfolgen stagnierte im September die Niederschlagung des Aufstandes durch die ab 29. August in die Slowakei einmarschierten deutschen Truppenverbänden. Den Slowaken gelang es den deutschen Vormarsch ins Kernland des Aufstandes zu unterbinden. In einer zweiten Phase, die Mitte Oktober begann, konnten die nunmehrigen deutschen Besatzer durch einen massiven Einsatz verschiedener neuer Truppenteile, darunter auch SS-Einheiten wie der berüchtigten SS-Brigade Dirlewanger, die Aufstandsbewegung niederschlagen. Am 28. Oktober akzeptierte der slowakische General Rudolf Viest die Niederlage und forderte in einem Befehl die überlebenden Soldaten auf, den regulären Widerstand aufzugeben und stattdessen in den Bergen den bewaffneten Kampf als Partisanen fortzusetzen. Die slowakische Partisanenbewegung wurde ab Mitte 1944 stark sowjetischen Partisanen dominiert, da in einem Abkommen im Mai 1944 zwischen Klement Gottwald, dem Vorsitzenden der Kommunistischen Partei der Tschechoslowakei, und Nikita Chruschtschow, dem damaligen Generalsekretär der ukrainischen Kommunisten, vereinbart worden war, dass sich die Partisanen in der Tschechoslowakei der von Kiew aus geleiteten ukrainischen Partisanenbewegung unterstellten.