Bajo la dirección técnica de Ronald González, el defensa fue considerado en la nómina definitiva para disputar el Mundial Sub-20 de 2009, el cual tuvo a Egipto como sede. El 27 de septiembre fue el primer partido ante la selección de Brasil, en el Estadio de Port Said. Kenner Gutiérrez ingresó de cambio en el segundo tiempo por Derrick Johnson con la dorsal «4», y su conjunto perdió con cifras de goleada 5-0. Tres días después se realizó el segundo encuentro contra Australia, en el mismo escenario deportivo. En esta oportunidad, el zaguero completó la totalidad de los minutos en la victoria de 0-3. Para el juego del 3 de octubre frente a República Checa, Gutiérrez encontraría un cupo en el once titular y, por otro lado, los costarricenses sufrieron una derrota de 2-3. Los resultados obtenidos en la primera fase, le permitieron a su país clasificar a la siguiente ronda como mejor tercero del grupo E. Los octavos de final se llevaron a cabo el 6 de octubre ante el anfitrión Egipto. Kenner permaneció en el banquillo y su conjunto salió ganancioso con marcador de 0-2. El 10 de octubre pasó por la misma situación en el cotejo frente a Emiratos Árabes Unidos, por los cuartos de final. Por otra parte, cerca de acabar el tiempo suplementario, su compañero Marco Ureña concretó la anotación del triunfo histórico de 1-2, y de esta manera avanzando a las últimas etapas. Tres días después fue la semifinal nuevamente contra Brasil, en el Estadio Internacional de El Cairo. El defensor quedó en la lista de suplentes y su país perdió 1-0. El 16 de octubre se dio la definición por el tercer lugar ante Hungría, donde la igualdad de 1-1 llevó la serie hasta los penales, en los cuales sus compañeros no pudieron materializar los goles, saliendo derrotados con cifras de 2-0 y con el cuarto puesto de la competición.