Четыре года спустя бойцы ПАИГК совершили нападение на военные казармы в городе Тит на юге Гвинеи-Бисау, начав таким образом вооружённую борьбу — партизанскую войну против португальских колонизаторов. На первом этапе войны базы партизан были расположены в соседней Республике Гвинее. С января 1963 года Кабрал являлся председателем Военного совета революционных народных вооружённых сил (ФАРП). К 1967 году ПАИГК контролировал до 80 % территории страны. Это были крупнейшие военные неудачи португальцев в борьбе с африканскими движениями. Кабрал требовал от бойцов не верить колдунам, помогать мирному населению. В начале 1970 года во контролем ПАИГК оказалась большая часть Гвинеи. Фактически португальцы удерживали только два крупнейших города колонии — Бисау и Бафата — и их окрестности. В новых — военных — условиях постепенно сошло на нет влияние первого председателя ПАИГК Рафаэла Барбозы. Стало бесспорным лидерство Амилкара Кабрала.