Arriva dopo la 6ª giornata con la squadra al quart'ultimo posto e dopo otto partite la porta al settimo posto solitario in classifica. Il 6 gennaio 2014, grazie al successo di 2-0 col Sassuolo, porta il Genoa a raggiungiungere 500 vittorie in Serie A con la formula del girone unico. Chiude il campionato 2013-2014 al 13º posto a pari punti con l'Udinese (44 punti, di cui 40 fatti da Gasperini).