Крейсер входив до складу Ескадри Каналу на початку Бурської війни (1899–1900), і був направлений до Гіблартаруr аби супроводжувати транспорти з військами, що перевозили підкріплення до Капської провінції. 4 грудня 1899 року, "Niobe" та HMS Doris врятували солдатів з SS "Ismore", який зазнав катастрофи. "Niobe" і надалі використовувався для супроводження морських перевезень військ до Кейптауну. Члени його екіпажу були нагороджені Королівською медаллю Південної Африки.