Engelbert Boonen behaalde de graad van doctor in de godgeleerdheid aan de Universiteit van Leuven en werd in 1574 kanunnik van de Sint-Servaaskerk te Maastricht. Toen Parma in 1579 de stad belegerde (Beleg van Maastricht, 1579), behoorde hij niet tot de kanunniken die met de vice-deken en enkele kapelaans, tezamen met het garnizoen en een groot deel van de weerbare burgers van Maastricht, tegen de Spanjaarden streden. Waarschijnlijk werd hij om die reden in 1579 gekozen tot deken van het kapittel, als opvolger van Paulus de Spina. De verkiezing, door 10 overgebleven kanunniken (van de 40!), vond plaats onder erbarmelijke omstandigheden, na de plunderingen en brandschatting door de Spaanse troepen.