A Ligier-istállóból Prost Grand Prix lett 1997-re, miután a négyszeres világbajnok Alain Prost felvásárolta a csapatot. Panis továbbra is maradt az alakulatnál. Már a brazil nagydíjon dobogóra állt, és ezt a teljesítményét megismételte a spanyol futamon is. A szezon hetedik versenyén, Kanadában egy baleset következtében eltörte a lábát, és hét versenyt ki kellett hagynia. A szezon utolsó három versenyére tért vissza, ekkor azonban már csak egyszer tudott pontszerzőként végezni. A következő két évben is a Prost-istálló pilótája volt. Az 1998-as és az 1999-es szezonban nem ért el nagyobb sikereket. A 98-as idényben még csak pontot sem szerzett, 1999-ben pedig két hatodik pozíció volt a legjobb eredménye.