Apollinaire est enfermé dans l'ex-église des carmes devenue prison. Selon les dispositions de l'Assemblée nationale, le sort des prêtres insermentés était l'exil, mais dans le climat insurrectionnel, les autorités légitimes ne purent ou ne voulurent pas empêcher des mouvements de lynchage face aux mauvaises nouvelles venant des frontières. Le dimanche 2 septembre, plus de 110 hommes sont tués à la prison des carmes.