1806-ban beállt a hadiállapot Franciaország és Poroszország között. Vilmos porosz rokonainak oldalára állt, bár formálisan francia hűbéres volt. A holland herceg egy porosz egységet vezetett az auerstädti csatában. A csata elveszett és egy nappal később Vilmos Erfurtban megadta magát. Fogságba esett és bár hamar kiváltották, Napóleon elvette tőle hercegségét. Szabadon engedésének feltétele volt, hogy a háborúban nem fog fegyvert a franciák ellen, de a tilsiti béke után évjáradékot kapott Párizsból.