Храм был заложен в 1241 году и освящен в 1251, был, в своё время, самой большой церковью в Лиссабоне. В этой церкви крестили португальских монархов, проводили королевские венчания и похороны. В апреле 1506 года здесь началась Лиссабонская резня, которая охватила практически весь город, жертвами стали несколько тысяч человек. Землетрясение 1531 года сильно повредило храм: частично обрушились стены, появились трещины от пола до потолка. До землетрясения 1755 года, здесь находился монастырь São Domingo, в котором зачитывала свои приговоры инквизиция.