Emeryville wurde am 2. Dezember 1896 gegründet. Benannt wurde die Stadt nach "Joseph Stickney Emery", der während des Kalifornischen Goldrausches kam und in der Gegend große Landteile erwarb. 1884 war Emery Präsident einer Schmalspurbahn namens "California and Nevada Railroad". Ursprünglich wurde beabsichtigt eine Eisenbahn von Oakland bis ins Sierra-Nevada-Gebirge zur Goldgräberstadt Bodie zu bauen. Es wurde jedoch nur eine Strecke bis nach Orinda gebaut und die Wegrechte schließlich an die Santa Fe Railway verkauft. Diese baute schließlich eine Eisenbahnstation zwischen der 41st Street und der Yerba Buena Avenue. Obwohl die Station, die 1902 eröffnet wurde, in Emeryville lag, wurde sie "Oakland" genannt.