Κατά τη διάρκεια του ατυχή Ελληνοτουρκικού πολέμου του 1897, η περιοχή γύρω από το τζαμί υπήρξε και πάλι πεδίο μαχών ανάμεσα στις ελληνικές δυνάμεις υπό την διοίκηση του Συνταγματάρχη Θρασύβουλου Μάνου και των Τούρκων του Αχμέτ Χιφσί Πασά. Τον Μάΐο του 1897, υπογράφτηκε στην περιοχή του Ιμαρέτ, η πρώτη ανακωχή στο μέτωπο της Ηπείρου και επισημοποιήθηκε στις 3 Ιουνίου στην Άρτα.