Under borgerkrigen fik Fredericksburg strategisk betydning som følge af dens placering midtvejs mellem Washington og Richmond, som var hovedstæderne i henholdsvis Unionen og Konføderationen. Under Slaget ved Fredericksburg (11- 15. december 1862), blev byen alvorligt beskadiget ved bombardement og efterfølgende plyndring af unionstropper. Et andet slag ved Fredericksburg blev udkæmpet i og omkring byen den 3. maj 1863, i forbindelse med slaget ved Chancellorsville (27. april 1863 – 6. maj 1863). Slagene ved the Wilderness og Spotsylvania Court House blev udkæmpet i nærheden i maj 1864.