Али Муртопо придерживался правых националистических взглядов и принципов Панча Сила. Был также убеждённым антикоммунистом, поддерживал организацию Юность Панча Сила, учреждённую генералом Насутионом для противостояния Компартии Индонезии (КПИ). Это отразилось во время индонезийско-малайзийского конфликта 1963, когда Али Муртопо был среди военачальников, постаравшихся спустить на тормозах военное противостояние. Несмотря на мусульманское происхождение, стоял также на антиисламистских позициях.