La flota va ser vençuda i capturada a la Batalla de Trafalgar el 21 d'octubre per l'armada britànica al comandament d'Horatio Nelson. Napoleó havia enviat plans diferents a Villeneuve, però aquest va vacil·lar constantment i al seguir el pla inicial va acabar patint aquesta desfeta desastrosa de les flotes espanyoles i franceses.