De eerste westerlingen kwamen in 1803 in het gebied aan gevolgd door Lewis en Clark in oktober 1805. Zij gingen vanaf hier verder westwaarts over de Clearwater- en de Snakerivier. De plaats werd pas in 1861 gesticht, er was vlakbij goud gevonden. Veel goudzoekers kwamen per schip over de Columbia naar Lewiston en trokken verder over land. In 1863 werd Lewiston de eerste hoofdstad van Idahoterritorium. Het was slechts van zeer korte duur en op 7 december 1864 werd Boise de hoofdstad.