16. století přineslo pokles řádové moci a vlivu. Roku 1517 se od magistrátní komendy ve francouzském Boigny odtrhlo italské převorství v Capuy a založilo vlastní linii řádu, která se později sjednotila s řádem sv. Mauricia v Řád sv. Mauricia a sv. Lazara. Francouzští lazariáni se počátkem 17. století spojili s řádem Pany Marie Karmelské založeným roku 1607. Oba řády měly společného velmistra, rytíři však byli přijímáni odděleně a ke skutečnému splynutí řádů nikdy nedošlo. Novým symbolem se stal zeleno-červený osmihrotý kříž. Většina řádových rytířů byla tehdy šlechtického původu, ale za zásluhy se členy mohli stát i nešlechtici, což bylo např. u Maltézských či Německých rytířů nemožné. Roku 1649 došlo k zásadní úpravě řádových zákonů. Byla zřízena hodnost duchovního velkopřevora a řádu svatého Lazara byl svěřen vrchní dozor nad špitály a chudobinci Francie. Řád také vybudoval svou vlastní flotilu, která se snažila vyčistit Biskajský záliv od pirátů. Dvě galéry řádu svatého Lazara se například zúčastnily i slavné Bitvy u Lepanta roku 1571. Řád svatého Lazara se navíc zavázal dodávat dvanáct rytířů do osobní stráže francouzského krále. Další významné reformy byly prosazeny roku 1693, kdy se řád znovu otevřel cizincům, a proto byly zřízeny nové komendy na území Španělska a Jižního Nizozemí (Belgie). Generální kapitula přesídlila z Boigny do Paříže. Do řádu byly včleněny menší řády jako např. Řád sv. Ducha z Montpellier a francouzský majetek Řádu svatojakubských rytířů a Řádu Božího Hrobu.