Унаслідок агресивної політики Московії почалася Лівонська війна 1558—1583 років, невдовзі конфедерація князівств зазнала нищівної поразки в битві при Лугажі (Ергемська битва 2 серпня 1560; нині територія Литви), її землі були спустошені й окуповані військами царя Івана IV. Після цього останній магістр Лівонського ордену Готард Кеттлер визнав себе васалом короля польського і великого князя литовського Сигізмунда II Августа й став першим герцогом реорганізованої — уже світської — держави — герцогства Курляндії і Земгалії (захід та південь сучасної Латвії). Унаслідок поразки у війні московські війська покинули Лівонію, але частина її земель потрапила під владу Данії і Швеції. Наступна боротьба за цю частину Балтійського регіону спричинила війни між Річчю Посполитою та Швецією в 1-й половині 17 ст., до участі в них з польського боку було залучено українське козацтво.