Tarkowskis Konzeption einer "inneren" Biografie war im Frühstadium der Genese seines Films auch formal deutlich sichtbar. Sie sah die Entstehungsgeschichte von Rubljows Fresko "Das Jüngste Gericht" als Rahmenhandlung vor, in die Szenen aus der Vergangenheit des Künstlers eingebaut werden sollten. Später rückte Tarkowski von dieser subjektiven Perspektive ab zugunsten eines eher beobachtenden Protagonisten (den man beispielsweise nie malen sieht) – auch in der Absicht, den Zuschauer zu aktivieren. Die Strukturierung als Zweiteiler trat im Drehbuch noch klarer zutage als im realisierten Film: Jeder Teil hatte ursprünglich einen Prolog. Der erste sollte ein historisches Großereignis ins Bild setzen: die Entscheidungsschlacht der Russen gegen die Tataren auf dem Kulikowo-Feld. Doch man genehmigte weder diesen gewiss aufwendigen Dreh noch einen kostengünstigeren Alternativ-Vorschlag (den „Morgen danach“). So rückte Tarkowski den zweiten Prolog an die Stelle des ersten; außerdem löste er ihn aus der narrativen Verbindung mit der Haupthandlung und stattete den Szenenprotagonisten mit einem anderen Fluggerät aus: einem Heißluftballon anstelle der lange Zeit geplanten Schwingen, die aus seiner Sicht allzu vordergründig auf den Ikarus-Mythos verwiesen hätten.