У сезоні 2016—2017 «Манчестер Юнайтед» виступав під керівництвом нового головного тренера: Луї ван Гала змінив португалець Жозе Моурінью. На початку сезону Руні зберіг за собою капітанську пов'язку і місце в стартовому складі. 7 серпня Вейн завоював свій 14-й трофей у складі «Юнайтед», обігравши «Лестер Сіті» в Суперкубку Англії. У першому турі Вейн забив у ворота «Борнмута», чим допоміг своїй команді здобути перемогу з рахунком 3:1. 19 серпня в матчі другого туру Прем'єр-ліги проти «Саутгемптона» Руні віддав гольову передачу на Златана Ібрагімовича; зустріч завершилася з рахунком 2:0 на користь «червоних дияволів». Ця гра стала для Руні 600-ю на клубному рівні (Вейн провів 523-й матч у складі «Манчестер Юнайтед» і ще 77 матчів за «Евертон»).