После Ливонской войны (1558—1583 годов) Московское государство потеряло всё побережье Балтийского моря, и внешняя торговля могла осуществляться только через северные моря. Указом Ивана IV были установлены льготы для торговли, которыми стали пользоваться английские и датские купцы. В конце XVI — начале XVII веков на Печоре и в Сибири они стали устанавливать прямые торговые связи с местными жителями, минуя русские порты на Белом море и Пустозерск. Появилась действительная опасность для государства потерять государственный контроля над пушной торговлей на Севере, доходы от которой составляли треть доходов казны. В августе 1620 года царь Михаил Фёдорович своим указом запретил все торговые сношения жителей Севера и Сибири с иностранными купцами и закрыл морской путь в Сибирь. Торговля с иностранцами разрешались только в Архангельске. Фактории заморских купцов в других поморских городах и Пустозерске закрылись. Маршрут, предвосхитивший в дальнейшем появление Северного морского пути, на долгое время оказался заброшенным. Это отрицательным образом сказалось на развитии Печорского края. Уменьшение доходов от торговой и промысловой деятельности ухудшило экономическое состояние города, что привело к снижению численности населения в Пустозерске. В 1611 году в нём было больше 200 дворов, а в 1649 году — 36 посадских и 2 вдовьих двора. Через четверть века после выхода царского указа в Пустозерске осталось только 19 % населения.