Biblioteka dzieli się na dwa działy: Księgozbiór Czartoryskich oraz Archiwum i Zbiór Rękopisów Czartoryskich. Całość liczy około 13 tysięcy jednostek inwentarzowych. Znajdują się tu cenne dzieła o charakterze historycznym takie jak Teki Naruszewicza, część archiwum koronnego, akta panowań królów polskich od XIV-XVIII wieku, akt Unii Horodelskiej Polski z Litwą z 1413 roku, "Annales seu cronicae incliti Regni Poloniae" Jana Długosza (1455-1480 r.) akt Hołdu Pruskiego z 1525 roku, dzieła Macieja Miechowity i Marcina Kromera poświęcone historii Polski, Statuty Jana Łaskiego, które stanowią swego rodzaju konstytucję. Ponadto zbiór dokumentów pergaminowych od XII- XIX stulecia wydawanych przez władców polskich i obcych oraz papieży. Wyjątkową wartość mają dzieła naukowe i literackie m.in. cymelia takie jak "De revolutionibus orbium coelestium" Mikołaja Kopernika w oprawie z biblioteki króla Zygmunta Augusta, dzieła Stanisława Orzechowskiego i Andrzeja Frycza Modrzewskiego oraz egzemplarz "Powieści o Róży". Ponadto bogato ilustrowane "La cosmographie universalle..." Sebastiana Münstera z roku 1550. Bogaty zbiór rękopisów iluminowanych tworzą dzieła od IX do XVII wieku, m.in. Złoty Kodeks Pułtuski (XI w.), Psałterz Puławski (XVI w.), Pontyfikał Erazma Ciołka (XVI w.) oraz "Traktat o formach i przepisach turniejowych" autorstwa René d’Anjou, modlitewnik koloński z XV w. z miniaturami z kręgu Stefana Lochnera czy modlitewnik Agnes de Kiquemberg, z miniaturami iluminatora paryskiego działającego w kręgu Mistrza Marszałka Boucicaut. Przechowywane są tu także liczne czasopisma w tym XVII-wieczne wydania „Gazette de France”, XVIII-wieczne numery „Gazety Polskiej”, „Monitor”, „Zabawy Przyjemne i Pożyteczne” etc. Ponadto liczne muzykalia, w tym średniowieczne utwory religijne takie jak antyfonarze, graduały i kancjonały. Ponadto utwory na fortepian kompozytorów XIX wieku oraz nuty do utworów o charakterze patriotycznym z czasów zaborów.