Zwischen Habsburg und den Eidgenossen wurde 1512 die Neutralisierung der Freigrafschaft vertraglich festgelegt, wobei die Eidgenossen den militärischen Schutz der Freigrafschaft übernahmen. Für die Eidgenossen war das Gebiet wirtschaftlich enorm wichtig, da die meisten Salz- und Metallimporte von dort – insbesondere von Salins-les-Bains – kamen und Salz auch für die Käseproduktion essentiell ist. Wegen ihrer inneren Zerstrittenheit und ihrer Abhängigkeit von Frankreich konnte die Eidgenossenschaft ihren militärischen Verpflichtungen gegenüber der Freigrafschaft jedoch nicht nachkommen, als diese im Dreißigjährigen Krieg in den Jahren des französisch-schwedischen Krieges (1635–1648) zum Kriegsgebiet wurde und auch geplündert wurde. Ähnlich war es später, als Ludwig XIV. die Freigrafschaft im Devolutionskrieg 1668 und im Holländischen Krieg 1674 militärisch besetzte.