En acabar la guerra, la seva dona i fill s'exiliaren a França, mentre que ell, que es trobava fent servei militar lluitant en la guerra, havia estat fet presoner a Alacant i internat al camp de concentració de Xilxes (Castelló de la Plana). Pogué sortir en llibertat mercès a documentació falsa. A partir d'aleshores romangué amagat durant sis anys a casa de la seva mare a Barcelona, mentre es decretava l'ordre de crida i cerca com a principal responsable de la violència i els assassinats duts a terme pels republicans durant la Guerra Civil al Masnou. Se li feu un consell de guerra sumaríssim d'urgència per adhesió a la rebel·lió, amb les pertinents declaracions de les autoritats i de testimonis particulars que l'acusaven d'assassinats, saquejos, multes, confiscacions, control de la carretera i crema de l'església parroquial, a més de la seva intervenció en els Fets del sis d'octubre, afegint algun d'ells, que Juan era el cap de tots els fets succeïts al Masnou durant la guerra i que era conegut com a "Pancho Villa" per dur un ampli barret de palla i pistoles al cinto. Després de diverses requisitòries, l'any 1942 fou declarat en rebel·lió i fugit i el sumari quedà en suspens i la causa fou arxivada fins a la seva localització.