באותה שנה פרץ המרד היעקוביטי וויליאם נבחר שוב להנהיג את הכוחות הבריטים במערכה כנגד הכוחות הסקוטיים של צ'ארלס אדוארד סטיוארט. הבחירה בוויליאם הייתה פופולרית והעלתה את מורל החיילים ודעת הקהל בקרב נאמני המלך הבריטי. ויליאם הצטרף למאמץ לדחוף את צבא היעקוביטים הנסוג צפונה חזרה לסקוטלנד, לאחר הניסיון הכושל שלהם להגיע להשגים באנגליה, בינואר 1746 הכוח הבריטי הגיע לאדינבורו ומשם עבר לאברדין כדי לחנות במהלך החורף ולהתאמן לקראת המשך המערכה. ב-8 באפריל הבריטים יצאו מאברדין לכיוון כוח המורדים באינוורנס ושני הכוחות נפגשו בשדה הקרב בקולודן (מספר קילומטרים מזרחית לאינוורנס).