Etter attentatet mot Adolf Hitler den 20. juli 1944 ble Huppenkothen medlem av den særkommisjonen ("Sonderkommission 20. Juli"), som hadde som oppgave å oppspore og reise tiltale mistenkte sammensvorne. I andre verdenskrigs siste fase fikk Huppenkothen i oppdrag å gjøre tjeneste som aktor ved standrettsprosessen mot Dietrich Bonhoeffer, Hans Oster, Karl Sack, Ludwig Gehre, Wilhelm Canaris og Hans von Dohnanyi.