In 1999 tekende Marsden een contract bij Premier League-club Southampton, waar hij uitgroeide tot vice-aanvoerder achter rechtsback Jason Dodd. Reden was het afscheid van clubicoon Matt Le Tissier in 2002. Marsden speelde bij de "Saints" op de top van zijn kunnen en haalde met Southampton de FA Cup-finale in 2003. Southampton verloor met 1–0 van het dan almachtige Arsenal. Marsden was aanvoerder van het elftal omdat Jason Dodd geblesseerd was (enkelblessure).