אינייסטה שיחק בנבחרות ספרד עד גיל 16, 19 ו-21, לפני שהחל לשחק בנבחרת ספרד הבוגרת ב-. אינייסטה זומן לסגל הנבחרת למונדיאל 2006, אך שיחק משחק אחד בלבד. הוא עזר לספרד להעפיל ליורו 2008, והיה חלק חשוב מאוד בזכייה שלהם בטורניר, ואף היה חלק מהנבחרת שבחרה אופ"א כמצטייני הטורניר. אינייסטה היה שחקן מפתח בנבחרת ספרד במונדיאל 2010, ואף הבקיע את שער הניצחון של נבחרתו בטורניר, נגד , בהארכת הזמן בדקה ה-116, שבסופו של דבר בזכותו זכתה נבחרתו בגביע הנחשק ובתואר היוקרתי. הוא נבחר לאיש המשחק ולחלק מנבחרת האולסטאר של הטורניר. הוא גם נבחר לאיש המשחק בשני משחקים אחרים ששיחק באותו הטורניר.