L'armée du Missouri trouve son origine dans la garde de l'État du Missouri, créée par Sterling Price en 1861, au début de la guerre de Sécession, pour faire valoir la position officielle de cet État, à savoir la « neutralité armée » sans quitter formellement l'Union. Après avoir participé à des escarmouches contre les troupes nordistes commandées par Nathaniel Lyon, la Garde fut intégrée à l'armée des États confédérés. Sous le drapeau de la garde de l'État du Missouri, ses hommes remportèrent des victoires à Lexington et à Wilson's Creek, où Lyon trouva la mort.