1559年にフレゼリク2世が即位し海軍は更に拡大し始める。基地、造船所そして船舶数は急激に増加し、新しい船の設計、武器、戦闘戦術に相当な資源が注ぎこまれた。一方、スウェーデンは独立国となり、バルト海の大部分を支配下に置き、デンマーク商人の利益を脅かした。第一次北欧戦争（1563年から1570年）では両国は海軍力でも対峙し、以後徐々にスウェーデンはバルト海に影響力を及ぼし始めることとなる。1645年には、トルステンソン戦争で海軍はオランダ海軍と共闘したスウェーデン海軍に勢力を大幅に削がれ、バルト海での権益を失った。これに加え、エーレスンド海峡の海峡税免除を認めさせられている。こうしたことからデンマークは報復行動に出て、1568年にエーレスンド海峡を封鎖、スコーネ戦争（1675年から1679年）の最初の種がまかれた。これは第二次北欧戦争（1657年から1660年）後わずか8年でデンマークは現在のスウェーデン領であるスコーネ（Skane）、ハッランド（Halland）およびブレーキンゲ地方（Blekinge）の喪失に繋がった。この間、国家資源は更に海軍に注がれた。コート・アドラー（Cort Adler）、ニールス・ユール（）は1677年のキューゲ湾の海戦（）でデンマーク海軍を勝利に導いた。17世紀後半はスウェーデン海軍に対して優位を持っていた。スコーネ戦争ではオランダ海軍と共闘が叶いバルト海南部においてスウェーデン海軍に対して海戦で勝利を積み重ねた（弱体化していたスウェーデン海軍はこれによって壊滅的な打撃を受けることとなった）。しかしフランスの介入と軍事的圧力によって全てが第二次北欧戦争終結時（1660年）の状態に戻されることとなった。