Während der offiziellen Kampfhandlungen des Irak-Krieges von 2003 führte die 3. US-Armee unter David D. McKiernan das CFLCC, zuständig für alle Bodenoperationen der Region. Das CFLCC wurde am 14. Juni 2003 durch die "Combined Joint Task Force 7" (CJTF 7) unter Ricardo S. Sánchez ersetzt, welche später wiederum in die "Multi-National Force Iraq" umgewandelt wurde. Nachdem die CJTF 7 das operative Kommando über alle Bodenstreitkräfte der Region übernommen hatte, wurde CFLCC zum primären Logistikzentrum in der Region.