在米洛舍维奇和南斯拉夫人民军的支持下，全新民族国家克罗地亚和波士尼亞與赫塞哥維納境內的塞爾維亞人分別使用武力手段來要求建立塞族自治区，此舉则引发了克罗地亚战争（1991年至1995年）和波士尼亞戰爭（1992年至1995年）。這兩場战争造成塞尔维亚在经济上的衰退，再加上北约派出维持和平部队阻止了部分塞爾維亞人對別族的种族屠杀，在克罗地亚和波士尼亞與赫塞哥維納境內的塞爾維亞人所追求的自治目的始終未能达成。在這兩場战争中，关于各方对平民进行种族清洗式大屠杀的指控层出不穷。1995年在波士尼亞與赫塞哥維納发生的斯雷佈雷尼察屠殺，有人怀疑是米洛舍维奇控制下的塞尔维亚特种部队所为，米洛舍维奇后来因此被控犯有种族屠杀罪。