Durante la ocupación italiana de Albania ejerció como ministro de Finanzas (1939-1940) en el gobierno de Shefqet Vërlaci y como editor del diario "Fashizmi." Los italianos cedieron el poder en 1943 a las tropas alemanas, que también contaron con Alizoti para el Alto Comisionado de Kosovo y Dibra. Su colaboración con las potencias del Eje terminó cuando Albania fue liberada el 17 de noviembre de 1944 por la resistencia partisana. Días después se estableció un régimen comunista liderado por Enver Hoxha, la República Popular de Albania. Alizoti fue detenido, juzgado por un tribunal especial bajo las acusaciones de corrupción política y colaboracionismo, y condenado a muerte por fusilamiento el 13 de abril de 1945.