Narastający konflikt etniczny doprowadził ostatecznie do wybuchu wojny domowej w Kosowie w latach 1998–1999. W rezultacie bombardowania Kosowo znalazło się pod tymczasowym zarządem ONZ. Kosowskie kluby wycofały się z mistrzostw Jugosławii i od sezonu 1999/2000 najlepsze zespoły występowały w Superlidze Kosowa. KF Lepenci startował w grupie B Liga e Parë. Kraj znajdował się pod kontrolą ONZ. W sezonie 2001/02 zespół zajął 10.miejsce w grupie B "Liga e Parë". W kolejnych sezonach był 11-tym i trzecim w grupie B. Od sezonu 2004/05 rozgrywki toczyły się w jednolitej lidze, w której zespół został sklasyfikowany na 10.pozycji. 17 lutego 2008 roku proklamowano niepodległość Kosowa. W sezonie 2007/08 klub zajął 7.miejsce w "Liga e Parë". Dopiero w sezonie 2010/11 zajął trzecią lokatę i uzyskał promocję do Superligi. Debiut w najwyższej lidze był nieudanym, po zajęciu 10.pozycji w sezonie 2011/12 spadł z powrotem do drugiej ligi. Po trzech latach w 2015 został zdegradowany do Liga e Dytë (D3). W sezonie 2015/16 zajął drugie miejsce w grupie B "Liga e Dytë", ale potem w barażach o awans przegrał w rzutach karnych z 13.drużyną "Liga e Parë".