С 2002 по 2004 гг. тренер впервые в карьере возглавлял главную национальную команду. Позднее Машаба занимал должность главного тренера в сборной Свазиленда. В июле 2014 года специалист вернулся на должность наставника «бафана-бафана», сменив на посту Карлоса Игесунда. Ему удалось вывести сборную на Кубок африканских наций 2015 года в Экваториальной Гвинеи. В отборочном турнире ЮАР соперничал с серьезными сборными Нигерии, Республики Конго и Судана. Без единого поражения коллектив Машабы уверенно выиграли группу и получил путевку в финальную часть турнира. На Кубке Африканских наций южноафриканцы выступили неудачно, набрав всего одно очко. В конце 2016 году тренер был уволен со своей должности из-за конфликта с представителями федерации футбола ЮАР. Он произошел после матча отборочного турнира ЧМ-2018 с Сенегалом (1:2).