Am 8. Februar 1814 konnte er sich gegen die Österreicher in der Schlacht am Mincio noch behaupten, aber nach der offiziellen Nachricht vom Thronverzicht Napoleons streckte er am 17. April 1814 die Waffen. Er schloss mit Feldmarschall Bellegarde eine Konvention, welche die Verwaltung seines Königreichs in die Hände der Alliierten legte. Eugène verließ angesichts zunehmender antifranzösischer Stimmung sein Königreich Italien und traf mit seiner Familie am 4. Mai 1814 am bayerischen Königshof in München ein. Während des Wiener Kongresses und der Herrschaft der Hundert Tage war er kurzzeitig als eventueller Großherzog von Genua bzw. als Regent Frankreichs im Gespräch. Die Angliederung Genuas an Sardinien-Piemont sowie die Rückkehr des Kaisers bzw. die Machtübernahme Fouchés nach Napoleons endgültigem Sturz bereiteten derartigen Plänen 1815 jeweils ein schnelles Ende.