К 2001 году штаб Сухопутных войск разработал на опыте применения вооружённых сил на Балканах доктрину операций полного спектра, которая предусматривала возможность быстрой переброски войск в разные регионы мира, а также боевое противостояние с противником, использующим нерегулярные части и способным на асимметричное противодействие армии. Ввиду рассредоточения американских войск для проведения операции «Несокрушимая свобода» (её основной частью стал ввод войск в Афганистан в 2001 году) и сокращения в период президентства Клинтона численности американских войск постоянной боевой готовности с человек до Шинсеки вступил в конфликт с министром обороны в администрации Джорджа Буша Дональдом Рамсфелдом при подготовке вторжения в Ирак в 2003 году (Рамсфелд добивался новых сокращений в армии). Особое недовольство министра вызвало выступление генерала в Комитете Сената США по вооружённым силам, когда он заявил, что для оккупации Ирака потребуется контингент численностью около 600 тыс. человек. Рамсфелд и его тогдашний заместитель Пол Вулфовиц считали эту оценку завышенной, хотя дальнейшие события подтвердили правоту Шинсеки. 20 марта 2003 года американские, британские, австралийские и польские войска общей численностью около 297 тыс. человек вошли в Ирак. 11 июня 2003 года Шинсеки ушёл в отставку с должности начальника Штаба сухопутных войск, а в августе того же года ушёл с действительной военной службы в запас.