Com o advento do Golpe militar de 1964, Fernando Henrique, ameaçado de prisão pelo governo, decidiu autoexilar-se no Chile, onde viveu até 1967. Posteriormente, seguiu para a França e passou a lecionar na Universidade de Paris X - Nanterre. Foi nessa mesma universidade que o sociólogo testemunhou os protestos que deram início ao movimento de Maio de 1968. Ainda no exílio, também lecionou nas universidades de Stanford e Berkeley, nos Estados Unidos, de Cambridge na Inglaterra e na Escola de Altos Estudos em Ciências Sociais na França.