מלבד המאבקים האתניים, במחצית הראשונה של שנות ה-90 גאורגיה חוותה מלחמת אזרחים גם על רקע הדחתו (על ידי אופוזיציה חמושה) של הנשיא זוויאד גמסחורדיה, שאמנם נבחר לתפקיד בבחירות דמוקרטיות, אך גילה נטיות לעריצות. מחליפו, שר החוץ לשעבר של ברית המועצות אדוארד שוורדנדזה, זכה להיבחר פעמיים, אך לא הצליח להתמודד עם השחיתות ועם המשבר הכלכלי שנמשך החל מעצמאותה של גאורגיה. לבסוף הואשם שוורדנדזה על ידי אזרחים ומשקיפים בזיוף תוצאות הבחירות לפרלמנט והודח ב"מהפכת הוורדים" הלא אלימה בנובמבר 2003. המהפכה הייתה בעיקרה מחאה עממית שהיוותה השראה ל"מהפכה הכתומה" באוקראינה, ואירועים דומים במרחב הפוסט-סובייטי. המפגינים, שמחו על זיופים בבחירות לפרלמנט, העלו לשלטון באופן זמני את הנשיאה נינו בורג'נדזה, אך לאחר קיום בחירות דמוקרטיות נבחר לנשיא מיכאיל סאקשווילי.