Im Jahre 1956 tobte in Ungarn der Volksaufstand. Dabei erhoben sich gesellschaftliche Kräfte gegen die kommunistischen Machthaber und die sowjetische Besatzungsmacht. Während dieser Revolution war Béla Kovács mitverantwortlich für die Neugründung der Unabhängigen Partei der Kleinlandwirte und wurde Vorsitzender der Partei. Ebenfalls bekleidete er während des Volksaufstandes ab dem 27. Oktober 1957 die Position des Landwirtschaftsministers in der Regierung von Imre Nagy. Er verhandelte mit János Kádár, der mit sowjetischer Unterstützung die Ungarische Sozialistische Arbeiterpartei gründete und in Ostungarn eine Gegenregierung bildete, über einen möglichen Ausgleich.