Następnie dołączył do Odense. Wraz z drużyną "De Stribede" sięgnął po Puchar Danii w roku 1993. W styczniu 1994 roku Nielsen został sprowadzony do ówczesnego mistrza kraju, FC København. W żadnym z dwóch kolejnych sezonów nie powtórzył sukcesu z 1993 roku. W 1996 zdecydował się zmienić drużynę na Brøndby. Pół roku później, jako piłkarz "Chłopców z zachodnich peryferii" sięgnął po swój pierwszy tytuł mistrza kraju. 16 sierpnia 1995 roku zadebiutował w reprezentacji Danii w meczu kwalifikacyjnym do mistrzostw Europy w Anglii z Armenią, w którym strzelił decydująca o wygranej bramkę na 2:0.