Das Münster blieb im Zweiten Weltkrieg weitgehend unzerstört, obwohl die umgebenden Gebäude durch den Bombenangriff vom 27. November 1944 durch die Royal Air Force in Schutt und Asche gelegt worden waren. Lediglich das Dach wurde beschädigt, konnte aber mit Unterstützung von Berliner Heeresdienststellen, des Basler Denkmalpflegers und von Jugendlichen der Münsterpfarrei bis zum Winter 1945/46 wieder komplett geschlossen werden. Auch die mittelalterlichen Glasfenster blieben erhalten, weil sie rechtzeitig vor den Bombenangriffen ausgelagert worden waren. Weitere Fenster sowie Steinfiguren, die am Bau gegen restaurierte Kopien ersetzt wurden, sind im Freiburger Augustinermuseum zu sehen.