Aufgrund interner Querelen mit dem SD-Oberabschnitt in Dresden ließ sich Güthling mit Beginn des deutschen Überfalls auf Polen vom 1. September 1939 zur Wehrmacht versetzen. Beim Überfall auf Polen gehörte er dem Kradschützen-Bataillon 23 als Offizier an, im Krieg gegen die Sowjetunion ab 1941 zunächst der 16. Panzer-Division später der 23. Panzer-Division. Während des Zweiten Weltkriegs erhielt Güthling zahlreiche militärische Auszeichnungen, darunter das Deutsche Kreuz in Gold. Am 21. Juni 1943 verlieh ihm Heinrich Himmler den Silbernen Ehrenring der SS. Zwischendurch arbeitete Güthling mehrmals als Oberstudienrat an Gymnasien. Er verließ die deutsche Wehrmacht im Rang eines Majors der Reserve. Als nun „ehrenamtlicher Mitarbeiter“ des SD war er 1944 noch zum SS-Sturmbannführer befördert worden.