Летом 2016 года Фелипе принял участие в Кубке Америки в США. На турнире он сыграл в матче против команды Коста-Рики. В августе в составе олимпийской сборной Колумбии Агилар принял участие в Олимпийских играх в Рио-де-Жанейро. На турнире он сыграл в матче против команды Японии.