Le "Nimrod" quitte la Nouvelle-Zélande le . Il est remorqué vers la barrière de Ross par le remorqueur "Koonya" pour s'économiser. Le 23 janvier, avec son propre moteur, il atteint la barrière où Shackleton prévoit d'établir ses quartiers dans une crique découverte lors de l'expédition "Discovery". Cela s'avère impossible, car la crique s'est beaucoup élargie et est devenue une baie, la future baie des Baleines, où Roald Amundsen installe quelques années plus tard sa base "Framheim" lors de son expédition victorieuse au pôle. Ce rapide changement d'état de la glace convainc Shackleton que cette baie n'est pas assez sûre et comme il n'a pas d'autre site de débarquement sur la Terre du Roi-Édouard-VII, Shackleton est contraint de rompre une promesse qu'il a faite à Scott et emmène le "Nimrod" dans le détroit de McMurdo, zone que Scott considère comme son « fief personnel ». Le site finalement choisi est le cap Royds, sur l'île de Ross, à environ au nord de l'ancien abri de Scott sur la péninsule de Hut Point. En raison des conditions météorologiques et de la « prudence exagérée » du capitaine Rupert England, le déchargement est difficile et long. Joyce reste à terre, s'occupant des chiens et des poneys, et aide à construire l'abri de l'expédition. En mars, il prête assistance à une équipe qui fait la première ascension réussie du mont Erebus, mais n'accomplit pas la montée lui-même.