В квалификациите за Световното първенство в Япония и Корея през 2002 г. Индзаги е голмайстор със 7 гола. Взима участие във всички срещи на „Скуадра Адзура“ на Световното първенство в Япония и Корея, където Италия отпада от Южна Корея.