Po zamachach z 11 września 2001 roku w USA meczet gdański stał się celem ataków (obrzucanie kamieniami, wybijanie szyb) nieznanych sprawców. Jeden z ostatnich tego typu aktów wandalizmu miał miejsce w październiku 2013 roku (podpalenie), wcześniej w lipcu 2012 roku. Ataki na meczet zaczęły nasilać się od końca 2014 r., kiedy doszło do próby jego podpalenia. W następnych latach świątynia systematycznie padała łupem wandali malujących na niej obraźliwe i wulgarne napisy.