Під час повстання у Шотландії, Додлей перебував в армії Карла І. Під час Громадянської війни в Англії був на боці монархії. 1643 року король призначив його військовим інженером і зобов'язав постачати чавунні гармати у королівську армію. 1648 року взяв новий патент, однак як монархіст був взятий у полон військами Кромвеля і засуджений до смертної кари. Додлею пощастило і йому вдалося втекти з в'язниці двічі — спочатку у Вустері, а після того, як його спіймали вдруге і відправили у Лондон