С февраля 1923 года служил в Туркестане, несколько лет участвовал в боях против басмачей. Сначала был комиссаром батальона и комиссаром эскадрона 9-го Туркестанского стрелкового полка Туркестанского фронта. В 1929 году М. Д. Сиянин окончил кавалерийские курсы усовершенствования командного состава в Новочеркасске. С сентября 1929 года — помощник начальника штаба полка, начальник полковой школы и начальник штаба 80-го кавалерийского полка в Туркестане. За заслуги в борьбе с басмачеством награждён орденом Красного Знамени, двумя именными часами от Правительства Таджикской АССР, а в 1931 году – именной шашкой от Реввоенсовета СССР. В 1932 году окончил курсы при IV управлении Штаба РККА и в сентябре этого же 1932 года назначен начальником разведывательного отделения штаба 6-й кавалерийской дивизии Среднеазиатского военного округа (Самарканд). С апреля 1935 года — исполняющий должность помощника командира 80-го кавалерийского полка (Куляб).