Indagato per la strage della stazione di Bologna del 2 agosto 1980, Fachini venne inizialmente condannato all'ergastolo in primo grado con l'accusa di aver fornito l'esplosivo utilizzato nell'attentato, con sentenza emessa l'11 luglio del 1987, a cui si aggiunsero altri 12 anni di carcere per l'accusa di banda armata. Durante la detenzione nel carcere di Rebibbia Fachini fu minacciato dagli estremisti di destra del "Movimento Rivoluzionario Popolare", i quali convinti dalle inchieste della magistratura della colpevolezza di Fachini e rifiutando la strategia della tensione, lo minacciarono avvertendolo di non farsi vedere durante le ore d'aria. Fachini, intenzionato a non farsi intimidire affrontò ugualmente gli avversari che lo pestarono violentemente. Secondo le parole di un partecipante all'aggressione si decise di non ucciderlo ""perché in carcere le voci erano tante, ma le prove, ovviamente, inesistenti" e "non si può uccidere una persona solo per le voci"".