Chrześcijaństwo bierze swoje początki z działalności misyjnej w okresie kolonialnym. W czasie rządów niemieckich (1894-1916), chrześcijaństwo pozostaje religią mniejszościową. Na początku rządów belgijskich (1916-62) było zaledwie 7000 chrześcijan w całym kraju. Ich liczba gwałtownie wzrosła w okresie międzywojennym, kiedy to władze belgijskie sprzyjały rozprzestrzenianiu się chrześcijaństwa, zwłaszcza katolicyzmu. Obecny prezydent Pierre Nkurunziza, który był przywódcą rebeliantów podczas wojny domowej w Burundi, jest ewangelikalnym protestantem. Wśród wyznań protestanckich w kraju dominują: zielonoświątkowcy (12,2%), anglikanie (9,2%), adwentyści dnia siódmego (2,6%) i metodyści (1,5%).