Nach einer Pressekonferenz vom 13. März 2011, zwei Tage nach Beginn der Unfallserie im Kernkraftwerk Fukushima I, wurde Masataka Shimizu eine Zeitlang nicht mehr in der Öffentlichkeit gesehen; seine Abwesenheit wurde mit Krankheit begründet. Wegen der Störfälle und den damit verbundenen Milliardenverlusten von TEPCO wurde von verschiedenen Seiten der Rücktritt Shimizus gefordert. Nach einmonatiger Abwesenheit von der Öffentlichkeit besuchte Shimizu am 11. April 2011 das Verwaltungsgebäude der Präfektur Fukushima. Der Gouverneur der Präfektur Yūhei Satō lehnte eine Begegnung mit ihm ab. Später wurde bekannt, dass die japanische Regierung ihm einen Platz in einer Militärmaschine verweigerte, mit der er am 11. März 2011, unmittelbar nach dem Störfall, in das Hauptquartier des Krisenmanagements reisen wollte. Sein verspätetes Eintreffen am nächsten Tag wird von Experten für das zögerliche Krisenmanagement des Konzerns mit verantwortlich gemacht. Am 20. Mai 2011 gab Shimizu bekannt, im Zuge der Atomkatastrophe von Fukushima zum 28. Juni zurückzutreten.