I Belgien förde Alonso en undanskymd tillvaro, men slog förste förare Hamilton och tog tredjeplatsen bakom de båda Ferrariförarna. I Japan drabbades Alonso av problem när han kom ut från depån med en tung bil och var av banan två gånger, en gång efter en knuff av Sebastian Vettel. Senare tvingades Alonso bryta efter en ordentlig krasch. Han klarade sig oskadd från smällen som skedde i cirka 200 km/h. Hamilton vann och såg ut att ha avgjort kampen om VM-titeln. Alonso kom sedan till Kina där FIA hade tillsatt en kontrollant i McLarens depå. Konflikten inom McLaren hade medfört att man nu uppenbart missgynnade Alonso till förmån för Hamilton. FIA kontrollantens uppgift var att se till att båda förarna fick likvärdiga förutsättningar då teamorder till förmån för en förare inte är tillåtna enligt reglerna. Alonso verkade inte trivas med bilen, trots det låg han trea halvvägs och när Hamilton åkte av gick han förbi och blev tvåa bakom Räikkönen. Inför sista den deltävlingen behövde Alonso vinna och Hamilton på tredje plats för att bli mästare. De båda hade en tuff duell som slutade med att Hamilton bromsade sig av banan. Hamilton klarade bara en sjundeplats, men Alonso blev trea bakom Räikkönen och Massa, vilket gjorde att Räikkönen blev världsmästare. Alonso, som tvingades in i en roll som andre förare, slutade ändå med lika många poäng som Hamilton, en poäng efter mästaren Räikkönen.