Im Krieg gegen Dänemark leitete Wulffen am 15. März 1864 den Angriff auf Fehmarn und nahm die Insel in Besitz, wofür er eine Belobigung des Königs erhielt. Am 18. Juni 1865 wurde er zum Oberstleutnant befördert. Während des Krieges gegen Österreich 1866 zeichnete sich Wulffen in der Schlacht bei Gitschin so aus, das er dafür den Orden Pour le Mérite erhielt. Danach kämpfte er auch in der Schlacht bei Königgrätz. Am 18. April 1867 wurde er zum Oberst befördert und am 22. Juni 1876 zum Kommandeur des 6. Brandenburgischen Infanterie-Regiments Nr. 52 ernannt.