Trong 12 năm thi đấu quốc tế từ 1992 đến 2004, Lizarazu đã tham dự ba giải vô địch châu Âu và hai giải vô địch thế giới cùng đội tuyển Pháp, vô địch Giải vô địch bóng đá thế giới 1998 và Giải vô địch bóng đá châu Âu 2000.