В края на Втората световна война през януари 1945 година „Сикстинската мадона“, както и други картини на дрезденската галерия са скрити в товарен вагон в тунел на каменоломна на 30 км. от Дрезден. Благодарение на това те оцеляват при бомбардировката на Дрезден през февруари. През май след завземането на Дрезден от Съветската армия, група военнослужещи под командването на младши лейтенант Леонид Рабинович откриват картините. След това картините са занесени в Москва, където са съхранявани в Пушкинския музей до 1955 година. Тогава се взема решение картините да се върнат в Дрезден и предадат на властите на ГДР.