Von 2012 bis 2013 spielte Højbjerg sechsmal für die U19 der Dänen (drei Tore), darunter fünfmal in der Qualifikation für die Europameisterschaft 2013. Am 11. Oktober 2013 lief er beim 2:2 im EM-Qualifikationsspiel in Aalborg gegen Slowenien erstmals für die U21-Nationalmannschaft auf. Mit dieser Altersklasse qualifizierte sich Pierre Emile Højbjerg für die Europameisterschaft 2015 in Tschechien und erreichte dort das Halbfinale, wo die Dänen gegen den späteren Titelträger Schweden ausschieden. Dabei kam er zu drei Einsätzen. Insgesamt kam Højbjerg zu acht Spielen und schoss dabei vier Tore.