Am Abend des 6. April 1994 erfuhr Kavaruganda durch ein Telefonat mit seinem Sohn in Brüssel vom Tod des Präsidenten bei einem Flugzeugabsturz. Als er von der Anwesenheit der Präsidentengarde in seinem Viertel in Kigali erfuhr, bat er ein Kontingent der UNAMIR um Hilfe, wurde jedoch von der Präsidentengarde verhaftet und am folgenden Tag während des als Reaktion auf den Tod Habyarimanas erfolgenden Genozids als liberaler Hutu ermordet.