Na de vlucht en de dood van zijn vader (1495) beloofde paus Alexander VI Borgia hem tot koning van Napels te zullen kronen. Ferdinand II moest zelf de vlucht nemen voor een Franse invasie. De Italiaanse oorlog, gevoerd door een performant Frans leger in Italië, had Napels bereikt. Koning Karel VIII van Frankrijk bezette Napels en liet zichzelf tot koning van Napels kronen door diezelfde paus Alexander VI. Ferdinand II wachtte in ballingschap op het eiland Ischia in de baai van Napels. De Napolitanen meenden verlost te zijn van het onpopulaire koningshuis Trastamara doch de Franse bezetting verliep even slecht. Na de terugtrekking van de Fransen uit Napels kon Ferdinand II gemakkelijk terugkeren naar Napels (1495). Hij overleed kort nadien (1496).