In seinen letzten Lebensjahren wurde er sogar noch ein Anhänger von Otto von Bismarck, ging aber gleichzeitig politisch auf Distanz zu früheren Weggefährten wie Carl Schurz oder Friedrich Hammacher, die in den USA und Deutschland erfolgreiche Karrieren als Politiker und Wirtschaftsführer aufbauten. Eine solche Karriere blieb ihm selbst versagt, mehrere Unternehmensgründungen scheiterten, die Ehe mit Mathilde Anneke ging auseinander. Zum Schluss lebte er getrennt von ihr in Chicago, wo er als Redakteur und Arbeitersekretär tätig war. Im Alter von 54 Jahren starb Carl Friedrich Theodor Anneke am 8. Dezember 1872 dort an den Folgen eines Unfalls. Nach dem Großen Brand, der ein Jahr vorher große Teile der Stadt in Schutt und Asche gelegt hatte, war Chicago mit ungesicherten Baugruben übersät, eine davon wurde dem kurzsichtigen Anneke zum Verhängnis.