Bedingt durch den Zweiten Weltkrieg kam es zu erheblichen Einschränkungen auch im Musikleben. Trotz aller Schwierigkeiten gelang es Ernst Schneider, die Orchestertätigkeit in eingeschränktem Maße zunächst fortzusetzen. Am 17. Dezember 1944 fand unter seiner Leitung das letzte Konzert des Mozartvereins zusammen mit dem Chor der Frauenkirche statt. Am Abend des 13. Februar 1945 probte Schneider im Gemeindesaal eine Aufführung von Mozarts großer c-Moll-Messe, bis der Luftalarm den Bombenangriff auf die Stadt ankündigte, der auch Schneiders Wirkungsstätte zerstörte. Ihm selbst gelang mit seiner Familie die Flucht aus der brennenden Innenstadt. Noch in den letzten Kriegstagen wurde er zum Wehrdienst eingezogen und geriet in französische Kriegsgefangenschaft.