Арутјуњан је рођен у Степанакерту, Нагорнокарабашка аутонома област, Азербејџанска ССР, Совјетски Савез, 1973. године. Уписао је Јеревански државни економски институт 1990. и две године касније, 1992., придружио се снагама самоодбране Нагорно-Карабаха и учествовао у Нагорно-Карабашком рату . После рата прешао је са Државног економског института у Јеревану на Економски факултет Државног универзитета Арцаха и дипломирао 1995. Три године касније, 1998. године, завршио је постдипломске студије на истом универзитету.