Im Mai des Jahres 1944 wurde Toyoda Oberbefehlshaber der Vereinigten Flotte als Nachfolger von Admiral Koga Mineichi, der bei einem Flugzeugabsturz im März 1944 ums Leben kam. Daraufhin führte er das Oberkommando in der Marianen- und Philippinen-Seeschlacht. Seine geniale, aber auch komplexe Strategie erwies sich als großer Fehlschlag, da er die Flotten zersplittern musste und ein kombinierter Angriff sich als nicht möglich erwies. Er handelte damit in der Tradition der japanischen Marine, die komplexe Strategien bevorzugte. So wurden die kleinen Flotten jeweils nacheinander von überlegenen amerikanischen Flotten zerschlagen. Ein weiterer gewichtiger Faktor war die zu frühe Entdeckung seiner Flotten durch U-Boote, die den Japanern schon vor der eigentlichen Schlacht empfindliche Verluste bescherte. Ein weiterer Fehler war das indirekte Führen von solch großen Verbänden vom „grünen Tisch“ in Tōkyō aus. Er unterschätzte zu diesem Zeitpunkt die alliierte Luft- und Seemacht, die er mit fast der gesamten Flotte Japans ad hoc brechen wollte.