Der Tod eines amtierenden US-Senators und persönlichen Freundes des Präsidenten sorgte im politischen Washington für helle Aufregung. Die Niederlage bei Balls Bluff war nach den Katastrophen von Bull Run und Wilson's Creek bereits der dritte Rückschlag für das Heer in nur drei Monaten. Besonders die radikalen Republikaner im Kongress verdächtigten Teile des Heeres des Verrats, der Duldung der Sklaverei und der heimlichen Sympathie für die Südstaaten, und drängten auf eine Untersuchung der Vorfälle. Auf ihre Forderungen hin wurde Anfang Dezember 1861 ein „Gemeinsames Komitee für die Kriegsführung“ "()" gebildet, das sich mit inquisitorischem Eifer daran machte, nach Schuldigen für die schlechte Kriegslage zu suchen. Vor allem Offiziere, die der demokratischen Partei angehörten, wurden die Opfer dieser Hexenjagd. Obwohl Bakers Entscheidungen für die Niederlage bei Balls Bluff verantwortlich gewesen waren, wurde sein Vorgesetzter Stone zum Sündenbock für die Affäre gemacht, bei Nacht und Nebel verhaftet und sechs Monate lang ohne Anklage inhaftiert.