Tokom rata u Iraku, koalicione snage su bombardovale baze MEK-a i prisilile ih da se predaju u maju 2003. godine. Američke trupe su kasnije postavile stražare na njegove baze. Američka vojska je takođe štitila i pružala logističku podršku MEK-u dok su američki zvaničnici smatrali da je grupa visoko vredan izvor obaveštajnih podataka o Iranu.