Die Stadt wurde am 18. Mai 1541 von Juan de Alvarado, Juan de Villaseñor und Luis de León Romano unter dem Mandat des ersten Vizekönigs von Neuspanien Antonio de Mendoza gegründet und "Ciudad de Mechuacán" genannt. 1545 erfolgte die Umbenennung zu "Valladolid". 1828 wurde die Stadt erneut, diesmal zu Ehren des Helden des mexikanischen Unabhängigkeitskrieges von Spanien, José María Morelos, in Morelia umbenannt.