La masacre de San Bartolomé -que ocurrió cuando estaba a punto de acompañar al obispo de Valence en una embajada a Polonia- hizo huir a Scaliger, junto con otros hugonotes, a Ginebra, donde fue nombrado profesor en la academia. Fue profesor del Organon de Aristóteles y el De Finibus de Cicerón con gran satisfacción de los estudiantes. Sin embargo, detestaba la docencia, y se aburría con las impertinencias de los predicadores fanáticos, y en 1574 regresó a Francia.