Wyjątkowe osiągnięcia Pope’a nad Mississippi spowodowały jego nominację na generała majora, antydatowaną 21 marca 1862. Podczas oblężenia Corinthu dowodził lewym skrzydłem armii Hallecka, ale wkrótce – rozkazem Lincolna – został przeniesiony na wschód. Po zakończeniu nieszczęsnej kampanii półwyspowej McClellana Pope został mianowany dowódcą Armii Wirginii złożonej z sił rozproszonych po dolinie Shenandoah i północnej Wirginii.