После безвременной кончины первых пяти президентов Принстона, Джон Уизерспун стал президентом в 1768 году и оставался на этом посту до своей смерти в 1794 году. Во время своего президентства Уизерспун изменил направление университета, сделав приоритетом подготовку нового поколения лидеров новой американской нации. Для достижения этой цели он ужесточил академические стандарты и запросил инвестиции в университет. Президентству Уизерспуна сопутствовал длительный период стабильности в развитии университета, который был прерван лишь американской революцией и, в частности, Битвой при Принстоне, во время которой британские солдаты некоторое время занимали Нассау-Холл. Принстон сыграл заметную роль в событиях Войны за независимость США: подпись Джона Уизерспуна стоит под Декларацией независимости; шестая часть участников Конституционного конвента были выпускниками Принстона.