En 660, avant d'être assassiné, saint Aigulphe tente d'instaurer la règle de Benoît de Nursie. Finalement à la fin du , les moines l'adoptent, renonçant à la règle instaurée par Honorat. Au cours des siècles suivants, la vie monastique sur l'île est interrompue à plusieurs reprises par des raids, principalement attribuables aux troupes omeyyades. En effet, après leur défaite à Poitiers, les musulmans se replient sur la Provence et prennent d'assaut l'abbaye qui est une proie riche et facile. Autour de 732, cinq cents membres de la communauté, y compris l'abbé, saint Porcaire, sont massacrés sur l'île par les envahisseurs. L'un des rares survivants, saint Elenthère rebâtit un nouveau monastère sur les ruines de l'ancien.