2001 yılından beri Senegal millî kadrosunun düzenli oyuncusu olan Beye 43 kere forma giyip 1 gol kaydetti. 2002 FIFA Dünya Kupası'nda Danimarka, Uruguay ve İsveç ile oynanan karşılaşmalarda sonradan oyuna girdi. Beye, 2008 yılında Senegal için kötü geçen Afrika Uluslar Kupası'ndan sonra kulüp kariyerine odaklanmak istediği gerekçesiyle, millî takımı bıraktığını açıkladı. Buna rağmen 20 Ağustos 2008 tarihinde Libya ile oynanacak hazırlık maçı için kadroya çağrıldı.