대법원 자체적으로 사법행정권 남용에 대한 대법원 내부 특별 조사단 (단장 안철상 법원행정처장)에 의한 대법원 자체 조사 였다. 대법원 특별 조사단의 조사 결과는 2018년 5월 28일 김명수 대법원장이 검찰로 협조를 하도록 하는 지시에 따라서 검찰로 수사가 인계되었다. 대법원 내부 특별 조사단 법원행정처가 특정 판사들의 블랙리스트 감시자 명단 작성 의혹, 재판 거래, 세월호사건 관련 적정관할법원 및 재판부 배당방안, 등 410개 의혹 문서 파일 중 미공개 문서 파일 228개를 1차로 검찰에 인계 하였다.