Παρά το γεγονός ότι ο Νακάτα έπαιξε σε κάθε αγώνα στις τρεις πρώτες συμμετοχές της Ιαπωνίας στο Παγκόσμιο Κύπελλο, δεν επελέγη για τις ομάδες που κέρδισαν το Ασιατικό Κύπελλο Εθνών του 2000 και του 2004. Συνολικά, είχε 77 συμμετοχές για την Ιαπωνία, σημειώνοντας 11 γκολ, 9 εκ των οποίων σε επίσημες διοργανώσεις της FIFA.