Gli anni novanta furono anche segnati da conflitti armati nel Caucaso del nord, sia scontri etnici locali sia insurrezioni di islamisti separatisti. Da quando i separatisti ceceni avevano dichiarato l'indipendenza nei primi anni novanta, un'intermittente guerriglia fu combattuta tra gruppi di ribelli ed esercito russo. Gli attacchi terroristici contro i civili, compiuti dai separatisti, in particolare la crisi del teatro Dubrovka e la strage di Beslan, causarono centinaia di morti e suscitarono l'attenzione mondiale.