1940年5月、ドイツ駐在（マクデブルク大学）となり、同年11月、ドイツ大使館付武官補佐官に就任。藤村が補佐官に着任した当時の駐在武官は横井忠雄で、任期中に小島秀雄に交代している。1943年（昭和18年）11月、海軍中佐に進級。1944年（昭和19年）6月、フランス大使館付武官補佐官に転じ、同年10月、ドイツ大使館付武官補佐官を兼務。1945年（昭和20年）3月、連合国軍侵攻によるベルリンの戦いを前にしてスイスへ移駐。このときの藤村の肩書きはスイス公使館の海軍顧問だった西原市郎大佐の輔佐官という立場であった。このスイスへの異動につき、小島秀雄は戦後の回想で、ドイツ人フリードリヒ・ハックを介したアメリカ合衆国との接触をスイスでおこなうために自らが赴こうとしたが、スイス側から査証が発給されず、代わりに藤村を派遣したと述べている。