Miyamoto war fast zehn Jahre lang Kapitän der japanischen Nationalmannschaft. Für das Olympiateam war er bei den Olympischen Sommerspielen 2000 beim Erreichen des Viertelfinals im Einsatz. Bei der WM 2002 wurde er vor allem durch seine Maske bekannt, die er aufgrund eines Nasenbeinbruchs tragen musste; ihretwegen wurde der Verteidiger auch der „Maskenmann“ genannt. Er gewann mit Japan die Asienmeisterschaft 2004. Auch bei den Wettbewerben um den Konföderationen-Pokal 2003 und 2005 stand Miyamoto im Aufgebot der Japaner, ebenso wie bei der WM im eigenen Land 2002 und 2006 in Deutschland. Bei beiden WM-Turnieren war er auch Kapitän des Nationalteams.