Després de l'enderrocament de la dinastia filipina l'1 de desembre de 1640, que governava Portugal des del 1580, João es va convertir en rei de Portugal i la capella ducal es va traslladar de Vila Viçosa a Lisboa. Els dos germans es van traslladar a la capital en comitiva del rei i el 1641 Marcos es va convertir en el "mestre da Capela Real" de la Capella Reial.