Jakober czterokrotnie w swojej karierze stawał na podium mistrzostw świata, zdobywając 1 złoto, 2 srebra i 1 brąz. Jedyny złoty medal wywalczył na turnieju w 1947 roku w karabinie dowolnym w trzech postawach z 300 m drużynowo (skład reprezentacji: Robert Bürchler, Emil Grünig, Otto Horber, Werner Jakober, Louis Schlapbach). Jedyne indywidualne miejsce na podium osiągnął dwa lata później, gdy został wicemistrzem świata w karabinie dowolnym klęcząc z 50 m (okazał się gorszy wyłącznie od Roberta Bürchlera).