Eloy durchlief die Jugendnationalmannschaften Spaniens. Sein Debüt in der A-Nationalmannschaft erfolgte 20. November 1985 im Rahmen eines torlosen Länderspiels gegen Österreich. Im Jahr 1986 nahm er mit Spanien an der Weltmeisterschaft 1986 in Mexiko teil. Im Viertelfinale gegen Belgien verschoss er entscheidend im Elfmeterschießen, woraufhin Spanien ausschied. Noch im selben Jahr gewann Eloy mit der U-21-Auswahl das Finale um die Europameisterschaft gegen Italien. Zwei Jahre später spielte er mit der A-Nationalmannschaft die Europameisterschaft 1988 in Deutschland.