ב-1940, עם תחילת מלחמת העולם השנייה, קודם מוטגוצ'י לדרגת לוטננט-ג'נרל, והפיקוד על "הדיוויזיה ה-18" נמסר לידיו באפריל 1941. דיוויזיה זו מלאה תפקיד חשוב בקרב מלאיה, ומוטגוצ'י עצמו נפצע במהלך קרב סינגפור באפריל 1942. לאחר נפילת סינגפור, נשלחה הדיוויזיה ה-18 לפיליפינים, על מנת לתגבר את היחידות היפניות אשר הדפו את הכוחות האמריקאים דרומה בחצי האי בטאן. באפריל, נשלחה הדיוויזיה ה-18 לבורמה, שם לקחה חלק במערכה על בורמה.