Au début de 1942, le "Nagatsuki" escorte des convois de troupes vers l'Indochine française pour l'opération "E" (invasion de la Malaisie) et l'opération "J" (invasion de Java, Indes orientales néerlandaises) en février. À partir du , il est réaffecté à la Flotte de la région sud-ouest ("Southwest Area Fleet") et escorte des convois de troupes entre Singapour et autour des Indes orientales néerlandaises occupées. Il retourne à l'arsenal naval de Sasebo pour des réparations le , rejoignant la flotte le .