W 1939 Jałówka znalazła się pod okupacją radziecką, a w 1941 – niemiecką. 24 czerwca 1941, w czasie walk niemiecko-radzieckich całkowicie spłonęła cerkiew Podwyższenia Krzyża Świętego oraz budynki parafialne. Od tego czasu w porze letniej odprawiano nabożeństwa na zgliszczach cerkwi, a zimą – w prywatnych mieszkaniach. Władze niemieckie próbowały zaognić konflikt katolicko-prawosławny, oferując pomoc w odzyskaniu cerkwi św. Aleksandra Newskiego, jednak zdecydowany protest ówczesnego proboszcza (ks. Wiaczesława Skabałłanowicza) i parafian nie dopuścił do prowokacji wobec katolików.