В 1803—1805 годах герцогство было оккупировано французскими войсками, которые потом ушли воевать с Австрией. Осенью 1805 года в начале Войны третьей коалиции герцогство было занято английскими, шведскими и русскими войсками. В декабре Французская империя передала Саксен-Лауэнбург, которым всё равно уже не владела, Прусскому королевству.