A Cseh Királyság rendjei azt kívánták, hogy a cseh korona országait és tartományait (Csehországot, Morvaországot, Sziléziát, valamint Alsó- és Felső-Lausitzot) egy, az osztráktól elkülönített önálló kancellária igazgassa. Az önálló cseh kancellária létét a cseh rendi érdekérvényesítés fontos feltételének tekintették. 1527-ben Ferdinánd király rendeletére megalakult a cseh udvari kancellária, mely továbbra is a prágai várban, a középkori cseh királyok palotájának szárnyában, a régi kancellária helyiségeiben működött tovább. Hasonló folyamat zajlott le a Magyar Királyság (Ferdinándot támogató) rendjeivel való egyezkedések során. Ferdinánd létrehozta a magyar udvari kancelláriát is, ennek székhelyét azonban (a magyar belháború és a török veszély miatt) nem Budán, hanem Bécsben jelölte ki.