Bundesligę Bayern rozpoczął od wygranego 8:0 meczu z Schalke 04. 24 września 2020 roku Bayern zdobył pierwsze trofeum w tym sezonie - Superpuchar Europy (po wygranym po dogrywce meczu z Sevillą 2:1). 6 dni później pokonali oni Borussię Dortmund 3:2 w Superpucharze Niemiec. W Lidze Mistrzów trafili do grupy A, gdzie zmierzyli się z Atletico Madryt, Lokomotiwem Moskwa oraz RB Salzburg. 13 stycznia 2021 roku sensacyjnie odpadli z Pucharu Niemiec z drugoligowym Holstein Kiel po rzutach karnych. Był to najgorszy wynik od 21 lat. 8 lutego Bayern wygrał półfinał Klubowych Mistrzostw Świata z Al-Ahly 2:0. 3 dni później pokonali w finale Tigres 1:0. 13 kwietnia 2021 roku po rewanżowym meczu (1:0; w dwumeczu 3:3) Bayern odpadł po dwumeczu z PSG z Ligi Mistrzów na etapie ćwierćfinału. Po meczu Borussia Dortmund – RB Lipsk (3:2), Bayern zdobył swoje 31. mistrzostwo kraju (w tym 30. w erze Bundesligi, co daje możliwość do umieszczenia piątej gwiazdki nad herbem). 22 maja 2021 roku został pobity prawie 50-letni rekord liczby zdobytych bramek w jednym sezonie Bundesligi. Robert Lewandowski zdobywając w meczu z Augsburgiem 41. bramkę w sezonie &lt;a href="Bundesliga%20niemiecka%20w%20pi%C5%82ce%20no%C5%BCnej%20%282020/2021%29"&gt;2020/21&lt;/a&gt; przegonił Gerda Müllera o jedno trafienie.