La basilica venne consacrata solennemente il 22 ottobre 1471 dal cardinale e vescovo di Verona Giovanni Michiel anche se il cantiere continuò a essere aperto per oltre due secoli, durante i quali vennero aggiunte le cappelle laterali ma non si arrivò mai a completare la facciata. Tra il 1491 e il 1493 il maestro Lorenzo da Santa Cecilia realizzò le sedie del nuovo coro mentre nel 1498 vennero posate le vetrate del rosone centrale della facciata e dei finestroni laterali. Tra il 1509 e il 1517 Verona, a seguito degli sconvolgimenti susseguenti alla guerra della lega di Cambrai, passò sotto il controllo del Sacro Romano Impero e proprio in Santa Anastasia si tenne la cerimonia di sottomissione all'imperatore Massimiliano I d'Asburgo. Tornata la città sotto il dominio della Serenissima, nel 1522 vennero posate le cornici della formelle che adornano le lesene della porta maggiore, nel 1533 venne lastricata la piazza antistante e in occasione della Pasqua del 1591 venne collocato un telamone, realizzato da Paolo Orefice, a sostegno dell'acquasantiera.