В 1998 году на территории ДР Конго разразилась Великая африканская война в которой Бурунди вновь поддержала оппозиционные силы в лице Конголезского объединения за демократию. В 2009 году Бурунди и ДР Конго восстановили дипломатические отношения. В 2018 году в Бурунди проживало 75 788 беженцев из Демократической Республики Конго. В 2019 году на территории ДР Конго проживало 43 010 беженцев из Бурунди.