През 1835 г., когато Бесарабия започва постепенно да губи своята самостоятелност, общоруските закони срещу евреите са приложени и към евреите от Бесарабия. В годините на 1869, 1879 и 1891 г., са публикувани постановления за изгнание на евреите от различни градове. През 1903 г., по време на великденските дни (6 – 7 април), настъпва първият еврейски погром в Кишинев, в резултат на което са убити 49 евреи, около 500 са ранени, като са силно повредени стотици еврейски домове и магазини, а около 2000 еврейски семейства остават без дом. Втори еврейски погром се осъществява в периода 19 – 20 октомври 1905 г., по време на който 19 евреи са убити, а 56 са ранени. Този път, някои евреи организират отряди за самозащита, за да предпазят своята общност. Известната поема "Ве-Ir ha-Haregah" („В града на Клането“) от автора Хаим Наман Бялик, е написана в Кишинев след това събитие. Погромите през 1903 и 1905 г. прокудват хиляди евреи в емиграция в Съединените щати.