Η πρώτη και πιο διαδεδομένη εκδοχή για τη βυζαντινή καταγωγή της οικογένειας αναφέρει ότι οι Θεοτόκη εγκατέλειψαν την Κωνσταντινούπολη κατά την Άλωση, το 1453. Τότε, ένας κλάδος εγκαταστάθηκε στην Αθήνα, όπου και παρέμεινε μέχρι το 1686, όταν ακολούθησε τον Φραγκίσκο Μοροζίνι στο Ναύπλιο. Όταν καταλήφθηκε και το Ναύπλιο από τους Οθωμανούς κάποια μέλη της οικογένειας συνελήφθησαν και στάλθηκαν στην Κωνσταντινούπολη, ενώ όσα κατάφεραν και διέφυγαν εγκαταστάθηκαν στην Κέρκυρα.