En años sucesivos, recorre distintos departamentos de la Administración del Estado, en los que Rajoy se encontraba al frente. Así: Secretario de Estado para el Deporte (1999-2000) - etapa que coincidió con el Campeonato Mundial de Atletismo de Sevilla y la - y Director de Gabinete del Vicepresidente Primero en los Ministerios de la Presidencia (2000-2001 y 2002-2003) y del Interior (2001-2002). Fue durante su paso por el Ministerio de la Presidencia cuando, en 2000, Villar seleccionó personalmente a quien más tarde sería Vicepresidenta del Gobierno, Soraya Sáenz de Santamaría para formar parte del Gabinete de Mariano Rajoy. Dos años más tarde, Rajoy lo nombró coordinador operativo del desastre del Prestige en 2002.