Морские течения, достаточно сильные в Ла-Манше, в Па-де-Кале ослабевают вблизи скалистых берегов. Вода на этом участке прозрачнее, делая возможным более активный рост водорослей. Непостоянный рельеф дна, где перемежаются каменистые участки, ровные песчаные поверхности и подводные дюны (равно как и сотни затонувших судов), обеспечивает условия для проживания разнообразных морских организмов, а положение пролива между Атлантическим океаном и южной оконечностью Северного моря создаёт транзитную зону для биот обоих бассейнов. Международным правом и британским и французским правительствами предусмотрены многочисленные меры по защите биоразнообразия вод Па-де-Кале. Промысловое рыболовство (в частности, Булонь-сюр-Мер является ведущим рыболовецким портом всей Франции) и высокая плотность движения судов через пролив создаёт угрозу этому биоразнообразию. Ко второму десятилетию XXI века в проливе насчитывается 6 морских охраняемых территорий, вдоль британского побережья есть зоны, защищаемые Рамсарской конвенцией.