לקראת האביב, בעוד דיווחים על אלפי נרצחים ומעשי התעללות ואונס המוניים זורמים מכל רחבי המדינה, המפלגות היהודיות השלימו את התנתקותן מהדירקטוריום. מנהיגים יהודים כמו משה רפס האשימו את הממשל של ויניצ'נקו ביותר מאשר חוסר אונים (אם כי יש להביא בחשבון כי זיכרונותיהם נכתבו בברית המועצות, וכיוונו גם להשחיר את הממשלה הלאומנית) וראו את מדיניותו כנרפית במכוון עקב רצון להפיק תועלת מהאנטישמיות להשגת תמיכה עממית. השיח והתעמולה שנפוצו פרטו רבות על נימה זאת; הזיהוי בין בולשביקים ליהודים בתודעת חוגי הצבא והשלטון היה מושרש ביותר, והם האמינו בכנות כי הם נלחמים נגד אויב יהודי-קומוניסטי. השקפה זו, למרות ההצהרות הרשמיות מגבוה – באפריל הוציא הדירקטוריום שוב גינוי חמור לפורעים והורה על מאסרם ושפיטתם; במאי אף הוקמה ועידת חקירה מיוחדת – הביאה לכך שגם כשמבצעי פוגרומים נעצרו הם כמעט ולא הורשעו או נענשו. בסוף מרץ 1919, אחרי הפוגרום הקשה בז'יטומיר, כתב אליהו חפץ שמשלחת יהודים שעלתה אל ויניצ'נקו נענתה על ידו במילים: בשלב זה הצהירה אפילו "פועלי ציון" על אי-הסכמה עם מדיניות הדירקטוריום. השר לעניינים יהודיים, נציג "פועלי ציון", אברהם רבוצקי, התפטר ב-9 באפריל. הוא הוחלף על ידי פנחס קראסני, שחסר תמיכה פוליטית ואף הוקע וגונה רבות על ידי הפוליטיקאים היהודים האחרים. קראסני עסק רבות בסיוע לנפגעי הפרעות, כשהוא מקצה דמי פיצויים שהדירקטוריום הקצה למטרה זו. גם סגן-שר החוץ האוקראיני, היהודי ארנולד מרגולין , התפטר במחאה על הפוגרומים, אם כי המשיך לתמוך בממשלה כנציגהּ לוועידת השלום בפריז.