Fignon se présente au départ du "Tour 1986", pour un dernier affrontement face à Bernard Hinault sur cette épreuve, le "Blaireau" prenant sa retraite à la fin de la saison. Cependant le Parisien ne retrouve pas son niveau de 1984, même s'il remporte avec son équipe Système U le contre-la-montre par équipes entre Meudon et Saint-Quentin-en-Yvelines. Ensuite, il enregistre un échec très net lors de la neuvième étape, un contre-la-montre individuel à Nantes, concédant trois minutes et quarante-deux secondes au vainqueur du jour, Bernard Hinault. La première étape pyrénéenne entre Bayonne et Pau est compliquée pour Fignon qui perd plusieurs minutes sur les favoris. Épuisé et fiévreux à cause d'une pharyngite, il ne prend pas le départ de la treizième étape démarrant de la capitale du Béarn le lendemain. À la fin de la saison, Fignon fait partie de l'équipe de France lors des championnats du monde. Même s'il se retrouve dans un premier temps dans le groupe de tête, alors qu'Hinault est piégé, il ne peut suivre l'attaque décisive de l'Italien Moreno Argentin à deux tours de l'arrivée, qui remporte le maillot arc-en-ciel devant Charly Mottet.