Nell'estate 2004 diviene l'allenatore dell'Empoli, appena retrocesso in B. Alla prima stagione, conduce i toscani a vincere il campionato cadetto guadagnando l'immediata risalita. Dopo un inizio complicato del torneo 2005-06, la formazione sembra risollevarsi; nel gennaio 2006 viene però esonerato, in seguito ad una striscia di 8 partite senza vittorie.