En 1099 l'exèrcit croat va capturar Jerusalem, inclosa Beit Hanina, infligint fortes baixes a la població musulmana i provocant la fugida de la majoria dels residents. Més tard van tornar a conrear els seus horts i camps de cereals. La ciutat va ser recapturada per la dinastia aiúbida liderada per Salah ad-Din. Per garantir una majoria musulmana i protegir-la d'una invasió croada, Salah ad-Din va aportar poderoses tribus beduïnes del desert del Nègueb i del nord del Hejaz per instal·lar-se a la zona.