Pada 1 Januari 1945, "Yamato", "Haruna", dan "Nagato" dipindahkan ke Divisi Kapal Tempur I yang baru diaktifkan kembali. Dua hari berikutnya, "Yamato" keluar dari dok kering. Ketika Divisi Kapal Tempur I dinonaktifkan kembali pada 10 Februari 1945, "Yamato" dipindahkan ke Divisi Angkut I. Pada 19 Maret 1945, "Yamato" diserang habis-habisan oleh pesawat terbang dari USS "Enterprise", USS "Yorktown", USS "Intrepid" yang menyerbu pangkalan angkatan laut utama Jepang di Kure ketika "Yamato" sedang didok. Namun "Yamato" hanya menderita kerusakan ringan, berkat pengawalan pilot instruktur pesawat tempur Jepang yang menerbangkan pesawat tempur Kawanishi N1K "Shinden" atau "George". Skuadron ini dipimpin pilot Minoru Genda yang merencanakan Pengeboman Pearl Harbor. Kehadiran pesawat-pesawat tempur Kawanishi N1K yang setara kalau tidak lebih superior dibandingkan F6F Hellcat membuat pilot-pilot Amerika terkejut, dan beberapa pesawat Amerika Serikat ditembak jatuh. Tembakan defensif antipesawat dan plat perisai dek atas yang tebal juga menjaga "Yamato" dari kerusakan yang serius. Pada 29 Maret 1945, "Yamato" berangkat dengan amunisi penuh, dan bersiap-siap melakukan pertempuran di Okinawa dalam Operasi Ten-Go.