У пачатку 13 стагоддзя статуя Афіны Прамахас была пашкоджаная і разбураная ў перыяд Чацвёртага крыжовага паходу. Статуя Афіны Парфенас, верагодна, знікла яшчэ ў 3 стагоддзі да н.э. падчас пажару ці раней. Рымскія і візантыйскія імператары неаднаразова выдавалі ўказы аб забароне паганскага культу, аднак паганская традыцыя ў Грэцыі была занадта моцнай. На сучасным этапе прынята лічыць, што Парфенон стаў хрысціянскім храмам прыкладна ў 6 стагоддзі нашай эры.