O a doua fază a războiului începe în 1811, pe fundalul deplasării unui număr din ce în ce mai mare de soldați francezi spre Germania centrală, în vederea pregătirii campaniei din Rusia și a întăririi efectivelor armatei britanice conduse de Wellington, care trece la ofensivă în fața armatei inferioare numeric a lui Masséna, pe care nu îl poate însă învinge. Francezii nu își concentrează forțele în fața acestei amenințări și Marmont este învins de englezi la Salamanca (sau Arapiles), în iulie 1812 și, drept urmare, Regele José I este nevoit să își părăsească capitala pe 12 august. Revenit din Andaluzia, Soult îl împinge pe Wellington înapoi spre Ciudad Rodrigo și spre Portugalia, dar nu îl poate anihila. La începutul lui 1813, după dezastruoasa retragere din Rusia, Napoleon retrage cei mai buni soldați din Spania, înlocuindu-i cu recruți fără experiență. Armatele franceze nu mai pot spera să mențină controlul asupra țării și sunt respinse încet spre nord, după înfrângerea decisivă de la Bătălia de la Vitoria, de pe 21 iunie. Armatele ibero-britanice invadează Franța la sfârșitul lui 1813, asediind Bayonne și, în ciuda unei rezistențe dârze, Soult este nevoit să încheie armistițiul în aprilie 1814, după abdicarea Împăratului, eveniment ce marchează sfârșitul războiului din peninsula iberică. În Spania este restaurată dinastia de Bourbon, prin Ferdinand al VII-lea, care reinstaurează absolutismul monarhic.