1923년 11월 뮌헨 폭동의 실패로 연루되어 히틀러와 함께 교도소에 갇혔다가 곧 풀려나 음주로 인한 심근 경색으로 사망했다. 그는 유언으로 "히틀러를 따르라, 춤은 그가 추지만 노래를 내가 고른다. 나때문에 슬퍼하지 마라. 나는 독일 역사에 지대한 영향을 미쳤을 것이다." 라는 말을 남겼다. 이후 히틀러는 자신의 자서전인 나의 투쟁을 에카르트에게 바쳤으며 그를 국가 사회주의의 아버지라 평한다.