После провального для Дании чемпионата Европы 2000 года Лаудруп стал ассистентом главного тренера сборной Мортена Ольсена. На этой должности он работал до конца чемпионата мира 2002 года, после чего возглавил родной «Брондбю». С 2007 по 2008 год занимал пост главного тренера «Хетафе». Вывел команду в четвертьфинал Кубка УЕФА. 12 сентября 2008 года подписал контракт на полтора года с московским «Спартаком». Уволен с поста главного тренера «Спартака» 15 апреля 2009 года в связи с неудовлетворительными результатами команды на старте сезона 2009. Позже тренер признал работу в «Спартаке» ошибкой, поскольку он не знал культуру страны.