Hans Henrik Böje hyrde 1763 land i Kaisaniemi av Helsingfors stad och grundade en trädgård där. 1812 öppnades trädgården för allmänheten och 1827 började man enligt Carl Ludwig Engels planer jobba på att förvandla trädgården till en gemensam park för människor i Helsingfors. Kaisaniemi Botaniska Trädgård har sina rötter i Åbo Akademis Botaniska Trädgård som grundades av Elias Tillandz. 1828 efter Åbo brand flyttade Åbo Akademi till Helsingfors. När professorn och botanikern Carl Reinhold Sahlberg kom från Åbo till Helsingfors kunde han grunda en ny trädgård där den gamla funnits eftersom Åbo Akademi fått området i Kaisaniemi där den gamla legat. Den nya trädgården grundades 1929 och &gt;den bestod av Sahlbergs privata samlingar som överlevt branden. De ursprungliga växthusen i trädgården ritades av Franz Faldermann som fick som uppgift att designa trädgården. Växthusen ersattes i slutet av 1800-talet av den finska arkitekten Gustaf Nyströms design.