Mbark Boussoufa hatte die Wahl zwischen der niederländischen und der marokkanischen Nationalmannschaft und entschied sich letztendlich für die marokkanische. Am 23. Mai 2006 absolvierte er sein erstes Spiel gegen die USA. Am 9. Februar 2011 erzielte er beim 3:0-Erfolg gegen den Niger seine ersten beiden Länderspieltreffer. Mit Marokko spielte er bei den Afrika-Cups 2012 und 2017. Er stand auch im Kader Marokkos für die Fußball-Weltmeisterschaft 2018. Nach einem 2:2-Unentschieden gegen Spanien und zwei 0:1-Niederlagen gegen Portugal und den Iran schied Marokko als letzter der Gruppe B aus dem Turnier aus. Boussouffa wurde in allen drei Partien eingesetzt.