После распада СССР «Спартак» занял лидирующие позиции в российском футболе, команду продолжал возглавлять Олег Романцев (который с 1993 года являлся также президентом клуба). Уже в 1992 году «красно-белые» стали первыми чемпионами России, последними обладателями кубка СССР (в финале со счётом 2:0 были обыграны принципиальные соперники — ЦСКА). С этого сезона в команде появился Андрей Тихонов — будущая легенда клуба. Следующий сезон вновь стал чемпионским для «Спартака», а помимо этого подопечные Олега Романцева дошли до полуфинала Кубка обладателей кубков, где уступили бельгийскому «Антверпену». В сезоне 1994 «красно-белые» сделали золотой дубль, в третий раз подряд взяв золото чемпионата России и впервые в истории завоевав Кубок России (в финале в серии пенальти вновь был повержен ЦСКА). На следующий год «Спартак» откатился на 3-е место в чемпионате, пропустив вперёд себя «Спартак-Аланию» и московский «Локомотив».