1700 brach der Große Nordische Krieg aus. Um einen Zugang zur Ostsee zu erhalten, musste zunächst das Newaumland erobert und militärisch gesichert werden. In diesen Kämpfen wurden auch Flussboote auf dem Ladogasee, Onegasee und Peipussee gebaut und eingesetzt. Es folgten die Belagerung von Nyenschanz und die Belagerung von Nöteborg. Zur Sicherung der neu eroberten Gebiete wurde die Peter-und-Paul-Festung angelegt. Jetzt hatte Peter sein Fenster zum Westen und einen Marinestützpunkt an der Ostsee. Der Bau der geruderten Flotte erfolgte in den Jahren 1702–1704 auf Werften im Delta der Flüsse Sjas, Luga und Olonka statt. Daraus entwickelte sich nach und nach die Baltische Flotte. Um die eroberte Küstenlinie verteidigen und die feindlichen Seeverbindungen in der Ostsee angreifen zu können, schufen die Russen eine Flotte aus russischen und importierten Segelschiffen. Beim Bau der Flotte kamen Tausende russische Bauern zum Einsatz, die von hunderten Schiffsbauern und Offizieren angeleitet wurden, welche Peter aus Westeuropa zum Dienst anwarb. Westliche Mathematiker, Schiffsbauer und Wissenschaftler schufen die Grundlage für die Seefahrtausbildung und Schiffsbautechnik in Russland. Zunächst war der Wladimirskij Prikas (Владимирский приказ) für den Schiffbau zuständig, später der Admiraltejskij Prikas (Адмиралтейский приказ). Die Marineoffiziere kamen aus dem Adel und die gemeinen Seeleute aus den Reihen der Rekruten der Armee. Der Dienst in der Flotte war lebenslang. Im Jahre 1701 wurde die „Schule für mathematische und navigatorische Wissenschaften“ eingerichtet, an der ausländische Lehrer wirkten (z. B. Prof. Farwharson aus Aberdeen); an ihr stellten allerdings Kinder adliger Familien eine Minderheit dar. Die Schüler wurden häufig ins Ausland geschickt, um den Dienst in fremden Flotten zu lernen.