В середине XVI века были проведены реформы государственного управления, включая создание первого в истории сословно-представительного органа (Земский собор) и постоянного войска (стрельцы), были присоединены территории Казанского (1552) и Астраханского (1556) ханств, тем самым весь волжский бассейн оказался под контролем Москвы, глава государства принял царский титул, началось присоединение Сибири. В 1558 году Русское государство вступило в затяжную войну в Прибалтике (Ливонская война). После вступления в неё Великого княжества Литовского московский царь Иван Грозный начал борьбу с внутренней оппозицией, которая вместе с нагрузкой на хозяйство для нужд войны привели к экономическому кризису. На этом фоне после пресечения династии Рюриковичей началось Смутное время (1605—1613), когда на протяжении нескольких лет бунтовали наиболее экономически развитые юго-западные районы страны при поддержке польских интервентов, в итоге были потеряны отвоёванные столетием раньше у Литвы Чернигов и Смоленск. В правление царя из новой династии Романовых Алексея Михайловича эти земли вместе со всей левобережной Украиной и Киевом вернулись под контроль Москвы после перехода запорожских казаков под власть Москвы и многолетней русско-польской войны, а киевская митрополия была присоединена к московской. В то же самое время в Русском государстве после принятия Соборного уложения окончательно утвердилось крепостное право (1649), произошёл церковный раскол из-за реформ патриарха Никона (1654) и восстание под руководством Степана Разина (1667—1671). Пришедший к власти в 1689 году новый царь Пётр I провёл реформы армии и государственного управления, включая упразднение Земских соборов и подчинение церкви государству, выиграл Северную войну против Швеции и принял в 1721 году титул императора.