Hän otti osaa 1862 Williamsburgin ja Yorktownin taisteluihin, jotka olivat Virginian niemimaan taisteluista ensimmäisiä, ja johti divisioonaa kenraalimajuriksi ylennettynä Seven Pinesin ja Seven Daysin taisteluissa. 22. heinäkuuta 1862 Hill ja unionin kenraalimajuri John A. Dix tekivät sopimuksen vankienvaihdosta, nimeltään Dixin-Hillin kartellin. Maryland-kampanjassa 1862 Hill ja hänen miehensä taistelivat South Mountainissa ja Antietamin taistelussa. Antietamissa hän puolusti muutamien eri divisioonista olevien miesten kanssa Bloody Laneksi kutsutta tietä juuri taistelun kriittisimmällä hetkellä. Taistelussa kolme hevosta ammuttiin hänen altaan. Hän riitaantui Robert E. Leen kanssa eikä Fredericksburgin taistelun jälkeen saanut ylennystä armeijakunnan komentajaksi. Myöhemmin kesällä 1863 hänen komensi reservijoukkoja Richmondissa ja Erasmus Keyesissä taisteli onnistuneesti John A. Dixiä vastaan. 1863 hänet lähetettiin Tennesseen armeijaan komentamaan kenraaliluutnanttina yhtä Braxton Braggin armeijakuntaa. Hän taisteli sekavassa ja verisessä Chickamaugan taistelussa, jonka jälkeen riitaantui Braggin kanssa. Kun Tennesseen armeijaa uudelleenjärjesteltiin jälleen, Hill jäi ilman komennusta ja Davis alensi hänet kenraalimajuriksi.