Le film suivant, tourné entre 1942 et 1944, "Ivan le terrible", bénéficie de l'approbation de Staline pour la première partie au point qu'Eisenstein reçoit le prix Staline en 1945. Dans la deuxième partie, terminée en 1946, le tsar Ivan n'est plus décrit comme un héros, mais comme un tyran paranoïaque. La troisième partie, commencée en 1946 et restée inachevée, est confisquée et en partie détruite. La deuxième partie dispose de scènes en couleurs (la fête finale), grâce à une récupération de pellicules Agfacolor allemandes après la chute de Stalingrad. Quand Staline découvre la seconde partie d'Ivan, il décide aussitôt de l'interdire. Eisenstein se voit reprocher la façon dont il a représenté la garde personnelle d'Ivan. En fait, le film est perçu comme une critique de Staline et du culte de la personnalité. Le film met fin à la carrière d'Eisenstein. Il n'est autorisé en Union soviétique qu'en 1958.