V průběhu 60. let byla založena ústředí MPLA v Zairu, Zambii a Kongu, odkud byly řízeny další protikoloniální aktivity. Tato roztroušenost ale logicky vyústila v první problém, strana byla nejednotná, neorganizovaná, představy stranických lídrů o fungování strany, jejích cílech a vůbec o základní ideologické linii se v jednotlivých ústředích značně lišily. Během války za nezávislost tak měla stále podporu především v okolí hlavního města Luandy a mezi příslušníky etnika Mbundu. Pro své ukotvení v hlavním městě bylo hnutí silně vystaveno portugalským represím. Vedení MPLA bylo nuceno odejít do exilu a zahájilo partyzánské útoky vedené ze sousedního Konga (Brazzaville). Podpora hnutí výrazně vzrostla poté, co se roku 1962 stal jeho prezidentem António Agostinho Neto, Mbundu, assimilado a bývalý politický vězeň.