投獄されたにもかかわらずカルトーは恐怖政治を生き抜き、テルミドールのクーデターで釈放される。しばらく予備役であったが、1795年、ヴァンデミエールの13日クーデターでも政府側将軍の１人として活躍。ポンヌフで部隊を指揮したが、反乱軍に突破される失態を演じた。しかしヴァンデにおける王党派の反乱の鎮圧する部隊への配属を命じられ、退役するまでその地位にあった。