Во время Русско-японской войны 1904—1905 годов участвовал в обороне Порт-Артура (с 30 июля по 23 декабря 1904 года), командовал батареей 9-дюймовых мортир Квантунской крепостной артиллерии. После падения города, подобно многим другим офицерам, отказавшимся дать обещание никогда не воевать с Японией, оказался в японском плену. Пробыл в плену год, получив там туберкулёз правого лёгкого. Вступил в переписку и позднее познакомился с епископом Николаем Японским, переосмыслив за время плена своё отношение к религии и христианству.