В 1665 году Республика потерпела тяжелое поражение в Лоустофтском сражении в начале Второй англо-голландской войны. Теперь появились большие возможности для карьеры; Флюг был назначен капитаном нового корабля "Wapen van Nassau". На нём он и бился в Четырёхдневном сражении. Когда де Рюйтер, казалось, безнадежно попал в ловушку в сражении в день Святого Иакова, Флюг был одним из тех капитанов, которые твёрдо противостояли англичанам, пока голландский флот не прошёл через фламандские мели, чтобы отступить в безопасности. По этому случаю он получил повышение 24 августа 1666 года до контр-адмирала. Во время рейда на Медуэй в 1667 году он командовал тяжёлыми кораблями в эскадре ван Гента на своём флагмане "Wapen van Utrecht" (72 орудий). Этот отряд бомбардировал английские батареи фортов. За своё участие в рейде он получил от Генеральных Штатов почётную золотую цепь.