Ο Κανάρης φαίνεται πως δεν έβλεπε τους Γάλλους ως εχθρούς. Αντιθέτως, έστειλε τον γιο του, τον Θεμιστοκλή, να εκπαιδευθεί στο Παρίσι υπό την επίβλεψη τού εκεί Φιλελληνικού Κομιτάτου, το οποίο άλλωστε τον είχε προσκαλέσει. Το 1826 τοποθετήθηκε κυβερνήτης του νέου πλοίου «"Ελλάς"» και το 1827 εξελέγη πληρεξούσιος των Ψαρών στην Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας.