Najwcześniej umocnionym miejscem w okolicy dzisiejszej Ostródy był gród na południe od wsi Kajkowo, w którym przenikały się wpływy polskie i pruskie. Początek Ostródzie dała wybudowana ok. 1270 drewniana strażnica, która została w późniejszym czasie przebudowana w zamek. Powstała na terenie Pomezanii wcześniej zasiedlonej przez staropruskie plemię Pomezanów. Obok strażnicy powstała osada, której komtur dzierzgoński Luther von Braunschweig nadał w 1329 prawa miejskie, które zostały potwierdzone w 1335 i 1348. Nazwa Ostródy pochodzi rzekomo od niemieckiego miasta Osterode am Harz, z którego pochodził komtur. Od 1340 miasto było siedzibą komturii, ok. 1370 w miejscu warowni powstał zamek wybudowany z granitowych głazów i cegły, w 1381 został spalony przez wojska Kiejstuta. Po bitwie pod Grunwaldem pod murami miasta żołnierze polscy dokonali rzezi krzyżackich uciekinierów z pola bitwy, a w dniu 18 lipca 1410 roku rycerz Mikołaj z Durąga (Claus von Doringe) zajął miasto i zamek dla wojsk króla Władysława Jagiełły, cztery dni później mieszczanie złożyli polskiemu królowi hołd. W 1440 roku Ostróda przystąpiła do antykrzyżackiego Związku Pruskiego. W latach 1466–1657 stanowiła lenno Korony Królestwa Polskiego, tereny te od XVI wieku były określane jako Prusy Górne (niem. "Oberland") lub Polnisch Oberland (pol. "polskie Pogórze"). W 1519 roku w czasie wojny polsko-krzyżackiej (wojny pruskiej) Ostróda zostaje zdobyta przez wojska króla polskiego Zygmunta Starego. W 1525 komturstwo staje się starostwem. W 1628 miasto krótko okupowali Szwedzi. W latach 1633–1639, za zgodą polskiego króla Władysława IV Wazy, miastem (i starostwem) zarządzał Jan Chrystian brzeski, książę Brzegu i Legnicy, jeden z ostatnich książąt z dynastii Piastów; tu zmarł. Jego druga żona księżna Jadwiga została pochowana w kościele św. Dominika Savio. W 1656 miasto zostało spustoszone przez Tatarów, a następnie przez wojska szwedzkie.