El 10 de agosto, ganaron la Community Shield frente al Portsmouth en tanda de penales, en un encuentro donde Carrick ingresó en el segundo tiempo como sustituto de John O'Shea y anotó su penal. En el primer partido de liga, que se jugó una semana después contra el Newcastle United y terminó empatado, comenzó de titular pero fue sustituido a los veinticinco minutos debido a una lesión en el tobillo. Al día siguiente, se informó que estaría de baja entre dos y tres semanas y, por lo tanto, no disputó la Supercopa de Europa que su club perdió con el Zenit de San Petersburgo. Su vuelta se produjo el 13 de septiembre, en un encuentro frente al Liverpool donde nuevamente fue reemplazado, esta vez debido a un choque con Yossi Benayoun. Tres días más tarde, el club anunció que Carrick tenía una fisura en un hueso del pie que le impediría jugar por, como máximo, un mes y medio. Volvió a la actividad el 29 de octubre, cuando ingresó por Darren Fletcher en el segundo tiempo de un partido contra el West Ham.