Несмотря на лестные знаки внимания со стороны августейших особ и высших церковных иерархов, материальное положение Леванды со времени назначения кафедральным протоиереем оставалось достаточно тяжёлым: 400 рублей серебром в год штатного жалованья при почти полном отсутствии дополнительных доходов протоиерею, обременённому большим семейством (восемь детей к 1778 году) для полноценной жизни не хватало. В феврале 1807 года Леванда обратился к императору Александру I с прошением о пенсии, но вместо этого в 1809 году получил единовременное пособие в размере 1000 рублей серебром. 9 июля 1811 года его дом сгорел во время большого пожара в Киеве, и целую неделю он жил под открытым небом «на Оболонье» и шесть недель в саду и огороде своего знакомого под Кирилловском. При этом он находил в себе силы поддерживать других погорельцев как пастырь. После этого Леванда тяжело заболел, а в 1812 году скончалась его жена Евфимия. 25 апреля того же года в Санкт-Петербурге скончался его сын, статский советник Александр, «оставивший сирот обоего пола кучу». Иоанн Леванда прожил после этого ещё два года, но это было «медленное угасание, изредка прерывавшееся вспышками патриотизма» в связи с шедшей тогда Отечественной войной против французов. Эти патриотические чувства, волновавшие Леванду, выражены им в письмах к разным лицам.