В апреле 1920 года в Азербайджане установилась Советская власть. До этого момента Джафаров работал в Баку по найму и когда в город вступила 11-я Красная Армия, то он добровольно пошёл в её ряды. В том же году, в армии, он стал членом РКП(б). Сафтар Джафаров в течение нескольких лет (с 1920 по 1932 год) состоял в рядах Рабоче-Крестьянской Красной армии (РККА) и прошёл путь от рядового до военного комиссара.