Après Horace Lindrum (Australie) et Cliff Thorburn (Canada), Doherty est le troisième joueur non britannique à gagner le championnat du monde en battant Stephen Hendry 18-12 en finale de l'édition 1997. Il atteint également la finale du championnat du monde en 1998 mais est battu par John Higgins, ainsi qu'en 2003, où il est cette fois battu par Mark Williams. Le parcours de Doherty durant l'édition 2003 est particulièrement spectaculaire : il gagne lors de la dernière manche contre Graeme Dott et Shaun Murphy, puis bat John Higgins, 13-8, après avoir mené 10-0 et Paul Hunter 17-16, après avoir été mené 9-15. Durant la finale, Williams mène 11-4, mais Doherty remonte à 12-12, pour finalement perdre 18-16.