Nel 1667, Luigi XIV richiese la Franca Contea a seguito del suo matrimonio con Maria Teresa di Spagna. Nel corso della Guerra di devoluzione le truppe francesi arrivarono in zona nel 1688. Besançon cercò di sostenere la sua neutralità in qualsiasi ostilità, visto che era una città imperiale, cosa che il comandante francese, principe di Condé respinse in quanto arcaica. Il francese accettò generosamente, nel trattato di consegna della città con le autorità cittadine, il trasferimento dell'università che allora dipendeva ancora dalla recalcitrante Dole. Ci furono voci che il Parlamento regionale poteva essere trasferito da Dole e venne inoltre stabilito che sarebbe stata lasciata la reliquia di un frammento della sacra sindone e che i protestanti non avrebbero avuto la libertà di coscienza come avvenne poi nel resto della Francia.