Birinci Dağlık Karabağ Savaşı sırasında Hocavend, Askeran, Ağdere ve Ağdam'da cephede savaşan Hakobyan, üçten fazla kez yaralandı. Hagopyan, Temmuz-Eylül 1992 arasında memleketi Çartar'daki taburda komutanlık yaptı. Ardından 1992'den 1993'e kadar Şuşa'daki savunma cephesinde komutan yardımcılığı, ardından komutanlık yaptı. Eylül-Aralık 1993 arasında Martuni'deki savunma cephesini yönetti. Ardından 1998 yılına kadar Martuni 2. Savunma Bölgesi ve 1998-1999 yılları arasında Askeran 4. Savunma Bölgesi Komutanlığı yaptı. Hakobyan, 1999'dan 2001'e kadar Dağlık Karabağ Savunma Ordusu'nda savaşa hazırlıktan sorumlu komutan yardımcısıydı.