Во время предсезонной подготовки к &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%90%D0%BD%D0%B3%D0%BB%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%201997/1998"&gt;чемпионату Англии 1997/98&lt;/a&gt; Ширер получил травму, из-за чего в Премьер-лиге он провёл лишь 17 матчей, в которых забил только два гола. Низкая результативность Алана отразилась и на итоговом положения клуба в турнирной таблице: «Ньюкасл» занял 13-е место в Премьер-лиге. Клубный физиотерапевт оказывал Ширеру серьёзную помощь, которая по его собственному признанию сыграла немалую роль в восстановлении от этой травмы, а также последующих повреждений. Несмотря на неудачное выступление в английской лиге, «Ньюкасл», который возглавил бывший тренер Ширера в «Блэкберне» Кенни Далглиш, показал положительные результаты в Кубке Англии. В матче 1/2 финала смог отличиться и Ширер, он забил победный гол в игре против «Шеффилд Юнайтед», благодаря чему команда вышла в финал. В финальном матче «сороки» проиграли «Арсеналу» (0:2). В этом же сезоне Ширер отметился неприятным инцидентом в матче против «Лестер Сити», со стороны Футбольной ассоциации Англии ему было предъявлено обвинение в неправомерном поведении, так как на видео попал момент, в котором он ударил Нила Леннона ногой в процессе борьбы за мяч. Арбитр матча не предпринял никаких действий против Ширера, в дальнейшем с него были сняты обвинения в намеренной грубой игре, в том числе после того как Леннон дал показания в защиту Ширера. Бывший глава Футбольной ассоциации Грэм Келли, выдвинувший обвинения против игрока, позже утверждал в своей автобиографии, что Алан угрожал не поехать на чемпионат мира 1998 года, если обвинения в его сторону не будут сняты.