Основаният на 27 септември 1907 г. отбор е един от малките такива в Аржентина, успели да играят в най-висшото ниво на футбола. За първи път това става през 1970 г., но Сан Мартин заема последното място в класирането и отпада след само един сезон. Второто участие в Примера дивисион е през сезон 2006/2007, но отново трае само една година. За последно отборът печели промоция през сезон 2010/2011, завършвайки на трето място в Примера Б Насонал и печелейки баража срещу Химнасия и Есгрима. От 2011 г. отборът играе мачовете си на новопостроения заради Копа Америка 2011 стадион Естадио дел Бичентенарио.