Quando a guerra civil eclodiu entre Ptolomeu XIII e Cleópatra, Arsinoe escapou do palácio de Alexandria juntamente com Ganimedes, onde se ​​juntou ao exército comandado pelo general Áquila contra os invasores romanos. Depois de um confronto entre o eunuco e o general, ela mandou executar Áquila junto com Potino e nomeou Ganimedes como chefe do exército. Depois da derrota na Batalha do Nilo, ou fugiu do Egito ou morreu afogado junto com Ptolemeu XIII.