Le , Thiago Silva participe à son troisième Trophée des Champions avec le Paris Saint-Germain Football Club, au Canada. Les Parisiens s'imposent face à l'Olympique lyonnais sur le score de 2 buts à 0 et remportent leur premier trophée de la saison. Tout au long de cette saison 2015-2016, il confirme son statut de titulaire indiscutable en charnière centrale, aux côtés de David Luiz, et reste une nouvelle fois le capitaine du Paris Saint-Germain. Thiago Silva inscrit son premier - et seul - but de la saison lors de la deuxième journée de Ligue 1 face au Gazélec Football Club Ajaccio en reprenant de la tête un corner frappé par Thiago Motta.