Binondo menjadi pusat perniagaan dan kewangan utama di Manila bagi etnik Cina, mestizos Cina dan Filipina Sepanyol. Selama zaman penjajahan Sepanyol, banyak " esteros " (terusan) dibina di kawasan Binondo, dari mana mereka memasuki Sungai Pasig. Di antara banyak orang yang berkahwin di Gereja Binondo yang bersejarah adalah Andres Bonifacio pada tahun 1895, yang menjadi pahlawan Revolusi Filipina.