Minolainen kulttuuri taantui noin 1500–1450 eaa. muun muassa maanjäristysten seurauksena. Tämän jälkeen Manner-Kreikan mykeneläinen kulttuuri sai Kreetan valtaansa 1400-luvun eaa. jälkimmäisellä puoliskolla. Tämän jälkeen Knossos toimi mykeneläisenä palatsina. Homeros kuvaa "Odysseiassa" Kreetalla olleen herooiselle ajalla eli Troijan sodan aikaan 90 kaupunkia. Minolais-mykeneläinen kulttuuri romahti lopullisesti noin 1200–1100 eaa. Seuranneina niin kutsuttuina pimeinä vuosisatoina väestö siirtyi asutuksiin, jotka sijaitsivat korkeammalla Kreetan vuorilla, tai muutti idemmäksi pois saarelta.