Одна из версий следствия связывала происшествие с событиями в Дагестане, о чём также высказывался министр внутренних дел Владимир Рушайло. Кроме того, вспоминали угрозы боевика Шамиля Басаева, что «если даже весь мир будет гореть синим пламенем, я не намерен отказаться от джихада». 2 сентября 1999 года ответственность за взрыв взяли на себя боевики «Освободительной армии Дагестана». Представитель организации, связавшийся с журналистом France Press в Грозном, угрожал продолжить террористические акты, пока федеральные войска не покинут Дагестан. Однако председатель Исламского комитета Гейдар Джемаль заявлял, что подобной организации не существует. В марте 2005 года после операции по уничтожению полевого командира Ризвана Читигова представитель УФСБ по Чеченской Республике Геннадий Решетнев сообщал, о причастности боевика к теракту на Манежной площади.