1999年、前項で述べた合併により横浜F・マリノス（横浜FM）が発足し、国体終了に伴い横浜国際の使用制限も解除されると、同年の横浜FM主催試合はJリーグカップ（ヤマザキナビスコカップ、ナビスコ杯）を含めて三ツ沢では1試合もなかった。2000年以降は2002年W杯や2001年開催のコンフェデレーションズ杯の準備のために横浜国際の使用が再び制限され、かつ観客動員が少ないと見込まれる水曜開催のリーグ戦やナビスコ杯などで三ツ沢での開催例が復活したが、年間席（シーズンチケット）販売の増加を含め経営規模の拡大が必要な横浜F・マリノスにとって1万5千人規模の三ツ沢は小さすぎ、大半の主催試合は横浜国際 で行われるようになった。2007年に行われた横浜ダービー（後述）でもF・マリノス主催試合は日産スタジアムで行われた。