Avec l'arrivée au pouvoir de l'AFDL en , Alexis Thambwe-Mwamba s'exile à Bruxelles, d'où il rejoint la rébellion du Rassemblement congolais pour la démocratie (RCD) qui débute en (Deuxième guerre du Congo). Il devient chargé des relations extérieures du RCD en , en tant que « chef de file visible des mobutistes ralliés au RCD » comme le qualifie la journaliste belge Colette Braeckman.