Действует 5 научных заповедников, 41 ландшафтный парк, три угодья конвенции Рамсар и другие охраняемые природные территории. До 2013 года в стране не было ни одного национального парка, когда был основан Национальный парк Орхей, занимающий примерно 1% территории страны.