Aguilar sloot zich in 1861 aan bij het liberale leger en vocht in de Franse interventie in Mexico en de opstand van Tuxtepec. Hij bleef dienen in het Mexicaanse leger gedurende het hele Porfiriaat en klom op tot generaal. Na de Mexicaanse Revolutie en de verkiezing van Francisco I. Madero in 1911 stapte hij uit het leger. In 1912 deed hij een poging tot contrarevolutie en begon hij een opstand tegen Madero. Na de omverwerping en moord op Madero door Victoriano Huerta in 1913 sloot Aguilar zich aan bij Huerta's federale leger.