Tra il 1474 ed il 1480 il Maestro Generale dell'Ordine Domenicano, il teologo padre Leonardo Mansueti applicò un progetto di ampliamento del convento di San Domenico di Perugia, realizzando nuovi dormitori, una grande sala (oggi sala conferenze dell'Archivio di Stato) ed il grande chiostro. E proprio gli spazi tra questo chiostro ed il precedente sono stati destinati ad accogliere i locali dell'Archivio di Stato. A seguito dei lavori di restauro e recupero conseguenti al Terremoto di Umbria e Marche del 1997 e ad altri importanti lavori di consolidamento, vennero realizzati il pavimento in cotto del salone della biblioteca (che richiama nella sua forma la biblioteca del convento domenicano della Basilica di San Marco di Firenze e la Biblioteca Malatestiana di Cesena), nuovi allestimenti con scaffalature compatte, la nuova sala di studio (intitolata di recente a Roberto Abbondanza) e la nuova sala di consultazione della biblioteca dell'istituto. Furono inoltre recuperati i sotterranei dell'edificio ed allestiti ad area espositiva. Nel 2007 sono poi stati acquisiti nuovi locali da destinarsi a depositi archivistici