Bereits 1977 wurde das Gebiet unter Naturschutz gestellt. Zwei Jahre später wurde es zum MAB-Biosphärenreservat der UNESCO. 1989 wurde es zum Ramsar-Gebiet. 1991 wurde der gesamte südliche Seeteil aus dem Gebiet vor dem Strandbad in Fertőrákos zum Nationalpark erklärt. Dieser umfasste damals 65 km². Erst 1994 konnten große Gebiete des Hanság durch den Staat angekauft und ebenfalls dem Nationalpark angeschlossen werden. Später wurden weitere kleinere Schutzgebiete entlang der Rabnitz hinzugefügt, sodass der Park etwa eine Fläche von 235 km² umfasst.