Nell'aprile 1798 il Direttorio lo inviò a Tolone, dove divenne Ispettore generale delle coste del Mediterraneo, e subito dopo ricevette il comando della seconda squadra in seno alla flotta dell'ammiraglio Brueys. Le navi di Brueys dovevano scortare i mercantili che trasportavano le truppe del generale Napoleone Bonaparte impegnate nella campagna di conquista dell'Egitto. Quando la squadra navale francese salpò da Tolone il 19 maggio egli innalzò la sua insegna sul vascello da 80 cannoni "Franklin", e all'atto del transito davanti a Genova le navi francesi si congiunsero a 20 trasporti, e poi con il grosso delle navi da trasporto al largo della Sardegna una settimana dopo. Il 7 giugno la squadra francese arrivò davanti a Gozo, isola di Malta, e quando il Gran Maestro dell'Ordine dei Cavalieri di san Giovanni, Ferdinand von Hompesch zu Bolheim, rifiutò di permettere alle navi francesi di entrare in porto, Bonaparte diede inizio alle operazioni di conquista dell'isola, e in questa fase Blanquet du Chayla si distinse particolarmente nel dirigere le operazioni di sbarco delle truppe, al cui terminate riprese il largo con il resto della squadra per arrivare davanti ad Alessandria il 1 luglio. Terminate le operazioni di sbarco del corpo di spedizione la squadra francese si trasferì nelle più protetta baia di Aboukir.