В XVI веке два кёльнских архиепископа перешли в протестантизм. Герман фон Вид, приняв лютеранство, под давлением Гроппера был вынужден в 1540-е гг. оставить пост архиепископа. Один из его преемников, Гебхард фон Вальдбург, перейдя в 1582 году в кальвинизм, попытался секуляризовать архиепископство, что привело к Кёльнской войне, в ходе которой баварская армия возвела на кафедру баварского же принца Эрнста — первый крупный успех контрреформации в Германии. Начиная с этого времени и до середины XVIII века архиепископы Кёльнские принадлежали к младшей по отношению к правителям Баварии линии рода Виттельсбахов.