A kormányzó bizottság vezetője Claude Henri Belgrand de Vaubois tábornok lett. A franciák uralma azonban hamar szabadrablásba torkollt, ezért szeptember 2-án egy árverésen, ahol egyházi javakat adtak el, felkelés tört ki, és a titokban már egy ideje szerveződő máltai egységek hamar visszaűzték a franciákat Vallettába. A felkelők létrehozták a Nemzeti Kongresszust, és segítséget kértek Szicíliától és az ott állomásozó brit flottától. Októberben Horatio Nelson admirális az abukiri csata után kijavított hajóival Máltára érkezett, és Alexander Ball kapitánnyal és a felkelők vezetőivel úgy döntöttek, hogy blokád alá vonják a szigeteket (október 12-étől). A francia helyőrség magára maradt. Vaubois még aznap visszavonta minden emberét Vallettába, ahol így 3000 embere volt máltaival szemben, akik azonban nem voltak képesek Valletta ostromára.