1940年（昭和15年）5月1日、第一艦隊隷下に第三水雷戦隊が新編された。新編時の三水戦は、軽巡洋艦「川内」、第12駆逐隊（東雲、白雲、叢雲、薄雲）、第20駆逐隊（天霧、朝霧、夕霧）であった。第三水雷戦隊は第二遣支艦隊に編入されて日中戦争に加わり、華南での沿岸作戦、北部仏印進駐作戦などに参加した。同年8月15日、僚艦薄雲が中国大陸沿岸で触雷し、長期修理のため第12駆逐隊から外れた。11月15日の艦隊再編により、第三水雷戦隊に第11駆逐隊と第19駆逐隊が編入された。