«Філікі Этэрыя» згуляла ключавую ролю ў падрыхтоўцы грэчаскай вайны за незалежнасць. Па яго ініцыятыве ўспыхнулі паўстанні ў Малдаўскім княстве, Валашскім княстве і на Пелапанесе. 1 студзеня (па юліянскім календары) 1822 года Нацыянальны сход у Эпідаўры абвясціў незалежнасць Грэцыі. Праз 15 дзён сцяг Гетэрыі быў заменены на бела-сіні грэчаскі сцяг, пасля чаго таварыства фактычна было распушчана.