Khan otti käyttöön uuden perustuslain vuonna 1962. Oppositio valitti poliittisen vapauden puutetta. Khan aloitti sodan Intiaan vastaan vuonna 1965 Kashmirin tilanteen vuoksi. Pakistan hyökkäsi panssarijoukoilla 1. syyskuuta 1965. Ayub Khan hyväksyi Neuvostoliiton välitysehdotuksen ja sota päättyi 22. syyskuuta 1965. Lal Bahadur Shastri ja Khan neuvottelivat Taškentissa Neuvostoliiton pääministeri Aleksei Kosyginin johdolla tammikuussa 1966. Tämän jälkeen Khanin suosio Pakistanissa laski ja hän menetti armeijan tuen.