Sus presentaciones con el Bayer Munich, en el cual formó una dupla letal con el jugador brasileño Elber. Impresionó al por entonces técnico de la selección alemán Erich Ribbeck, quien lo incluyó en la lista definitiva de jugadores para la Eurocopa del 2000. Jancker nunca demostró un buen nivel con la selección de Alemania, sin embargo, fue incluido en la nómina de 23 jugadores del técnico Rudi Völler para el mundial de Corea y Japón del 2002. En dicho torneo Janker marcó 1 gol en la victoria de su equipo por 8-0, frente a la Selección de Arabia Saudita por el primer partido de la fase de grupos. Alemania terminaría llegando a la final del mundial cayendo frente a la Brasil de Ronaldo.