À cause de cette mauvaise saison, Milwaukee obtient le choix de la draft et le choix (grâce au transfert de Luc Mbah a Moute aux Kings de Sacramento en 2013. Le choix est utilisé pour sélectionner Thon Maker alors que Milwaukee sélectionne Malcolm Brogdon avec le choix. Le 19 septembre 2016, les Bucks et Giánnis Antetokoúnmpo signent une extension de contrat de 100 millions de dollars sur quatre ans. Durant l'été, ils recrutent par des transferts Tony Snell et Michael Beasley. Les Bucks entament la saison sans Khris Middleton qui s’est déchiré un ischio-jambier fin septembre. Il revient au jeu le 8 février. Mais ce jour correspond également à la nouvelle blessure de Jabari Parker, la même que celle de la saison 2013-2014. Malgré toutes ces blessures, les Milwaukee Bucks parviennent à se qualifier pour les playoffs en terminant la saison 2016-2017 avec un bilan de 42 victoires pour 40 défaites. Au terme de la saison régulière, Malcolm Brogdon devient le premier joueur drafté au second tour à remporter le titre de meilleur rookie de l’année. Giánnis Antetokoúnmpo remporte aussi un trophée individuel, celui de meilleure progression. Il rentre également dans l’histoire en devenant le premier joueur à terminer dans les 20 premiers de la NBA en points, rebonds, passes décisives, contres et interceptions. En playoffs, Milwaukee échoue encore une fois au premier tour, cette fois contre les Raptors de Toronto en perdant 4-2 alors qu’ils menaient 2-1 dans la série. Mais étant donné la jeunesse de l’effectif, beaucoup d’espoirs sont placés dans cette équipe pour la saison 2017-2018. Le 23 mai 2017, le directeur général des Bucks, John Hammond, quitte ses fonctions pour devenir directeur général du Magic d'Orlando.