В сборной Испании де Педро дебютировал 23 сентября 1998 в товарищеском матче против сборной России. Всего с 1998 по 2003 год сыграл 12 матчей, забил 2 мяча. Участник чемпионата мира по футболу 2002 (сыграл 4 матча).