Początek dekady to także starania papieża o pokój na świecie – zwłaszcza w ogarniętych wojnami domowymi państwach afrykańskich oraz na Bałkanach. Niektóre papieskie działania pozostawały jednak bez odpowiedzi, jak choćby apele o zaprzestanie wojen w Zatoce Perskiej oraz o zniesienie embarga nałożonego na Kubę. Prawdopodobnie dzięki takiemu stanowisku, kiedy w 1998 wizytował ten kraj został ciepło przyjęty przez komunistycznego prezydenta Fidela Castro, co doprowadziło do większej akceptacji kubańskiego Kościoła katolickiego przez władze.