Gegenüber Serbien betrieb Stambolijski eine Politik der Annäherung. Im März 1923 unterzeichnete er mit Jugoslawien das "Abkommen von Niš", in dem sich die beiden Staaten dazu verpflichteten, Maßnahmen zum gegenseitigen Schutz an der Staatsgrenze zu treffen. Damit traf Stambolijski den Nerv der slawisch-mazedonischen Befreiungsbewegung Innere Mazedonische Revolutionäre Organisation (IMRO), die nunmehr nicht mehr ungehindert von Bulgarien aus im serbischen Teil Mazedoniens operieren konnte. Die IMRO, die die Annäherung an den serbischen Erzfeind der Organisation ohnehin missbilligte, begab sich nun daran, mit nationalistischen Offizieren unter dem stillschweigenden Einverständnis des Königs einen Putsch zu organisieren, bei dem Stambolijski abgesetzt werden sollte. Als sich Stambolijski im Urlaub befand, putschten die Nationalisten am 9. Juni 1923 unter Führung von Aleksandar Zankow, übernahmen noch am selben Tag die Befehlsgewalt über Militär und Polizei und erklärten Stambolijski für abgesetzt. Er versteckte sich in seinem Heimatdorf, wo er am 14. Juni von Mitgliedern der IMRO aufgespürt, gefoltert und erschossen wurde. Als Kampfansage an alle Gegner eines mazedonischen Anschlusses an Bulgarien schnitt man seiner Leiche die Hand ab, mit der er die Verträge von Neuilly und Niš unterzeichnet hatte, und schickte seinen Kopf nach Sofia. Der Juniputsch wurde zum Auslöser des kommunistischen Septemberaufstandes.