Bereits am 22. Oktober 1792 bot Eickemeyer General Custine an, in französische Dienste zu treten. Dieser nahm das Angebot an und Rudolf Eickemeyer begann seine zweite Militärlaufbahn als Colonel der französischen Armee. Bei Kämpfen gegen preußische Truppen im Hunsrück konnte er sich auszeichnen und wurde bereits am 15. März 1793 mit der wohlwollenden Beurteilung "„In Zuversicht auf seine Erfahrung, Wachsamkeit, beste Führung und Treue“" zum Général de brigade der Französischen Republik befördert. Im Juli 1793 übernahm Eickemeyer eine Brigade der Oberrheinarmee unter General Presgracier. Am 12. Februar 1795 wechselte er als Pionier-Experte zu General Kuhns Armee, die mittlerweile das von preußischen Truppen verteidigte Mainz belagerte. Trotz Eickemeyers genauen Kenntnissen der Festungsanlagen konnten die französischen Belagerungstruppen die Stadt nicht einnehmen. Eickemeyer beschrieb Jahre später in seinen Erinnerungen die katastrophalen Zustände bei den französischen Truppen: