Le régiment de Clayton combat lors de la bataille de Stones River au début de l'hiver faisant partie de la brigade du brigadier général . Clayton subit une blessure sévère, mais recouvre la santé et est promu brigadier général en . Il est affecté au commandement de la brigade précédemment commandée par Alexander P. Stewart comprenant les régiments 18th, 32nd, 36th, 38th, et 58th Alabama. Clayton est actif lors des campagnes et batailles qui suivent, dont Chickamauga et Chattanooga. Sa brigade joue un rôle important pendant les combats de la campagne d'Atlanta de 1864. À la suite de la bataille de New Hope Church, Clayton est promu major général et affecté au commandement de la division de Stewart de l'armée du Tennessee, où il participe à la campagne de Franklin-Nashville qui se solde par un échec.