Als "Lord Protector" probeerde Seymour de Schotten voor zich te winnen door hen autonomie, vrijhandel en gelijke rechten te beloven als ze zich bij Engeland zouden voegen. Ze waren echter niet onder de indruk en als wraak leidde hij in september 1547 opnieuw een leger naar Schotland. Op 10 september werden de Schotten verslagen in de Slag bij Pinkie Cleugh, waarna Seymour zijn garnizoenen de opdracht gaf om de Schotse tegenstand neer te slaan. De Engelse druk op de Schotten werd evenwel al snel ondermijnd door onrust in Engeland en zijn wens om Schotland te veroveren bleek hoe langer hoe meer onhaalbaar. De Schotten sloten een alliantie met Frankrijk, die versterkingen stuurden om Edinburgh te verdedigen, en koningin Maria werd verloofd met de latere koning Frans II, waardoor ze naar Frankrijk verhuisde. De kosten om de talrijke Engelse troepen in Schotland te houden ruïneerden dan weer de koninklijke schatkist. Een Franse aanval op Boulogne in augustus 1549 dwong Seymour uiteindelijk om zich terug te trekken uit Schotland.