Το 1886 συμμετείχε ως υποπλοίαρχος σε ναυτικές επιχειρήσεις στην Πρέβεζα, καθώς και σε αυτές στην Κρήτη κατά τον Ελληνοτουρκικό Πόλεμο του 1897 με τον βαθμό του πλωτάρχη. Ως κυβερνήτης του ατμομυοδρόμου «Αλφειός» αποβίβασε το εκστρατευτικό σώμα του Συνταγματάρχη Τιμολέοντος Βάσσου στο Κολυμπάρι Χανίων τον Φεβρουάριο του 1897 και στη Σκάλα Λεπτοκαρυάς τον Απρίλιο του 1897. Ως Κυβερνήτης του εκπαιδευτικού "«Μιαούλης»", ο Αντιπλοίαρχος τότε Κουντουριώτης πραγματοποίησε το πρώτο υπερπόντιο ταξίδι ελληνικού πολεμικού. Το 1908 έγινε υπασπιστής του βασιλιά Γεωργίου Α΄ και τον επόμενο χρόνο προάχθηκε σε Πλοίαρχο.