После смерти Батория в 1586 году поляки избрали шведского короля Сигизмунда III Ваза; впрочем, он вскоре лишился шведского престола из-за своего католического фанатизма. С его правлением связаны три важных события: перенос в 1596 году столицы из Кракова в Варшаву (коронации по-прежнему проводились в Кракове); Брестская уния православной и католической церквей (1596), покончившая с традиционной польской веротерпимостью и создавшая предпосылки к восстанию Хмельницкого и интервенции Польши в Россию в эпоху Смутного времени.