Pese a que todos preveían que se perdería todo lo que restaba de temporada 2004-05, Cissé hizo una sorpresiva reaparición en abril de 2005 ante la Juventus en un partido de Champions League, incluso marcó uno de los penaltis de la tanda en la final ante el AC Milan. En la temporada 2005-06, el entrenador Rafael Benítez situaría a Cissé en la banda derecha, y el propio jugador expresó en alguna ocasión su disconformidad con ello. Cissé también marcaría en la Supercopa de Europa 2005 y en la final de la FA Cup de 2006 ante el West Ham United.