1944 wurde das Haus der Familie in Berlin-Schmargendorf von den Nationalsozialisten konfisziert. Werner entkam nur knapp der Verfolgung durch die Gestapo und verbrachte einige Zeit im Untergrund, u. a. im bayerischen Dießen am Ammersee und in Dresden, wo er zum Zeugen der verheerenden alliierten Luftangriffe auf die sächsische Residenzstadt vom Februar 1945 wurde. Als Werner gegen Kriegsende in Bayern davon erfuhr, dass seine Tochter Imogen dazu eingezogen worden war, Panzergräben gegen die auf Wien vorrückende Rote Armee zu errichten, begab er sich nach Wien, um seine Erstgeborene nach Bayern zu bringen, wo Vater und Tochter gemeinsam die Befreiung durch heranrückende amerikanische Truppen erlebten. Einige Zeit später gelang es Werner, auch seine Frau und die jüngere Tochter Sibylle ins amerikanisch besetzte Bayern zu holen, wo sie vor den Übergriffen der Sowjetsoldaten geschützt waren.