Фарход Магометов дебютував у національній збірній Узбекистану 23 серпня 1992 року в товариському матчі зі збірною Киргизстану. У 1994 році Магометова включили до складу збірної для участі у Азійських іграх 1994 року в Японії. Хоча АФК цього року вирішила, що у складі збірних мають бути гравці лише віком до 23 років, проте практично всі команди приїхали на цей турнір у найсильніших складах. Фарход Магометов на турнірі був одним із основних гравців захисної лінії команди, зігравши на турнірі у всіх 7 матчах, та разом з іншими гравцями збірної став переможцем турніру. Надалі Магометов грав у складі збірної до 1996 року, брав участь у Кубку Азії 1996 року. Усього в складі збірної зіграв у 20 матчах, у яких забитими м'ячами не відзначився.