In der Saison 2015 stand Flores erstmals am Opening Day in der Aufstellung der Mets, zeigte aber zu Saisonbeginn schwache Leistungen. Alleine im April unterliefen ihm sechs Errors und offensiv kam er nicht an seinen gewohnten Schlagdurchschnitt heran. Im Mai steigerte er sich und ihm gelang am 26. Mai sein erster Walkoff, ein Single gegen die Phillies, am 31. Mai folgte sein erster Walkoff-Homerun gegen die Nats. Flores beendete die Regular Season mit 59 RBIs in 137 Spielen bei einem Schlagdurchschnitt .263 und 16 erzielten Home Runs. Die Mets gewannen ihre Division und zogen in die Play-Offs ein, so dass Flores zu seinen Post Season Einsätzen kam. In der National League Division Series 2015 gegen die Dodgers gelangen ihm in Spiel 2 seine ersten beiden Hits und er erzielte seine ersten Runs. In Spiel 4 der National League Championship Series 2015 gelang ihm ein Triple gegen die Chicago Cubs. In der World Series 2015, die die Mets mit 1:4 Spielen gegen die Kansas City Royals verloren, erzielte er sowohl in Spiel 3, als auch in Spiel 4 je einen Run. Über die komplette Post Season spielte Flores in 13 Partien, blieb ohne RBI und hatte mit 19,5 % einen recht niedrigen Schlagdurchschnitt.