До конфликта лесные районы и саванна были населены лесными слонами, буйволами, жирафами, окапи, бородавочниками, шимпанзе, различными антилопами. На берегу озера Эдуард обитают гиппопотамы, их популяция сократилась на более чем 95 % в 2006 году. Водные угодья парка охраняются в рамках Рамсарской конвенции, сюда на зимовку прилетают птицы из Сибири. Колонии птиц включают бакланов, марабу и другие виды.