Tanskan kuninkaat säilyttivät kolmen kruunun vaakunan vielä senkin jälkeen, kun Ruotsi oli Kustaa Vaasan aikana lopullisesti eronnut unionista. Vaakunasta tulikin yksi niistä monista kiistakysymyksistä, jotka johtivat Pohjoismaiden seitsenvuotiseen sotaan 1560-luvulla. Tanskan vaakunassa on yhä tänäkin päivänä kolme kruunua, mutta ne nähdään lähinnä historiallisena symbolina keskiaikaiselle unionille.