Para fines del siglo XVIII, Jilotepec dejó de ser Alcaldía Mayor, y se convirtió en municipalidad subordinada al partido de Huichapan, comprendido dentro del distrito de Tula de Allende. Durante la Independencia de México, fueron las masas campesinas de provincia (los otomíes) quienes, armados con flechas, palos y otros instrumentos, acompañaron a Miguel Hidalgo y Costilla, a Ignacio Allende y a otros insurgentes en su ruta libertaria. Al ser erigido como estado libre y soberano, el Estado de México se dio a la tarea de reorganizarse política y administrativamente. En este proceso, Jilotepec fue separado del partido de Huichapan y se incorporó a los pueblos de Villa del Carbón, Chapa de Mota, Acambay, Aculco, San Andrés Timilpan y San Juan Acazuchitlán, e inició así su vida municipal el 11 de marzo de 1824. Al expedirse, en 1861, la Constitución del Estado de México, se confirmó la categoría política de Jilotepec como uno de los distritos del estado. De 1850 a 1878, la historia de Jilotepec registra grupos de campesinos descontentos por la explotación a la que eran sujetos. En 1860, fue escenario también de la Batalla de Calpulalpan, específicamente en San Miguel Mandó, hoy San Miguel de la Victoria, que dio el triunfo a los liberales, al mando de Jesús González Ortega, sobre los conservadores, dirigidos por Miguel Miramón; con este hecho se puso fin a la Guerra de Tres Años o Guerra de Reforma.