Nach einem ersten Auftritt für die schottische B-Auswahl im April 1987, als er gegen Frankreich gleichsam ein Tor schoss und sich eine Verletzung einhandelte, die ihn für den Rest der Saison außer Gefecht setzte, debütierte er für die A-Nationalmannschaft im Rahmen der Vorbereitung für die WM 1990 in Italien. Dem 0:1 gegen die DDR am 25. April 1990 folgte die Nominierung in den schottischen Kader für das Turnier selbst. Dort blieb er in allen drei Gruppenspielen, die mit dem vorzeitigen Aus endeten, unberücksichtigt. In einem Qualifikationsspiel für die folgende Euro 1992 in Schweden schoss McAllister am 17. Oktober 1990 gegen die Schweiz sein erstes Tor die schottische A-Mannschaft und in Schweden selbst absolvierte er alle drei Vorrundenbegegnungen. Dort erzielte er beim 3:0-Sieg gegen die GUS einen Treffer, aber wie zwei Jahre zuvor konnte ein erneutes Ausscheiden nach der Gruppenphase nicht verhindert werden.