Pembersihan etnis besar-besaran terjadi selama Perang Bosnia ketika sejumlah besar Muslim Bosniak dan Kroat Bosnia diusir dari rumah mereka oleh orang-orang Serb Bosnia dan berbagai sayap paramiliternya. Beberapa orang Kroasia juga melakukan kampanye serupa terhadap orang-orang Bosnia dan Serbia. Meski sebagian Bosniak juga terlibat dalam pelanggaran berat Konvensi Jenewa dan pelanggaran hukum kemanusiaan internasional, mereka tidak terlibat dalam pembersihan etnis yang sistematis.