Al inicio de la Segunda Guerra Mundial, 101 Vildebeest todavía estaban en servicio con la RAF. Los dos escuadrones desplegados en Inglaterra, encargados de las patrullas costeras y misiones de escolta de convoyes, continuaron operando con estos aparatos hasta que fueron reemplazados por el Bristol Beaufort en 1940. Los dos escuadrones basados en Singapur estaban todavía esperando reemplazar sus aparatos cuando Japón invadió Malasia en diciembre de 1941, y los ya obsoletos biplanos tuvieron que ser desplegados frente a los atacantes japoneses, llegando a lanzar un fallido ataque con torpedos contra un crucero japonés a las afueras de Kota Bharu. Los Vildebeest continuaron atacando a los japoneses al tiempo que sus fuerzas avanzaban por Malasia, sufriendo graves pérdidas a manos de los cazas japoneses, especialmente cuando no disponían de cobertura de cazas. El 26 de enero de 1942 varios ataques del 36.º Escuadrón terminaron con fuertes pérdidas para los británicos. Los Vildebeest supervivientes fueron retirados a Java el 31 de enero. Desde su nueva base atacaron a las fuerzas japonesas que desembarcaron en Rembang, reivindicando haber hundido 8 buques japoneses aunque a costa de fuertes pérdidas. El 6 de marzo los aparatos supervivientes intentaron escapar a Birmania, pero fueron derribados sobre Sumatra. Los últimos Vildebeest de la RAF que estaban en servicio, operados por el 273.º Escuadrón en Ceilán, fueron retirados en marzo de 1942.