הנרי היה מעורב בזכייתה של הנבחרת ביורו 2000. בטורניר הבקיע שלושה שערים, ביניהם שער השוויון במשחק נגד נבחרת פורטוגל בחצי הגמר. בזכות שלושת השערים הוא היה למלך השערים של הנבחרת פעם נוספת. צרפת ניצחה את פורטוגל בתוספת הזמן בזכות בעיטת עונשין של זינדין זידאן, ובגמר את נבחרת איטליה בתוספת הזמן. הודות לניצחון בגמר, זכה הנרי במדליה הבינלאומית השנייה בקריירה שלו.