We wrześniu 1939 został powołany do wojska, z przydziałem do Armii „Poznań”, jako kierownik pracowni chemiczno-bakteriologicznej szpitala polowego nr 202. Pod Kutnem, pociąg sanitarny, w którym mieścił się szpital polowy, został zbombardowany, a w Sennikach podczas bitwy nad Bzurą, dr I. Roszkowski został ranny, 18 września 1939 wzięty do niewoli. Dnia 15 października 1939, dzięki pomocy swego stryja Wacława Roszkowskiego i przyjaciela mec. Jerzego Niżałowskiego, uciekł z obozu jenieckiego i wrócił do Warszawy.