Nach der französischen Kapitulation im Juni 1940 in Europa und noch vor der britischen Besetzung Syriens und des Libanons im Juni 1941 ging Seyrig zunächst nach Mexiko und dann weiter nach New York und arbeitete dort für die Forces françaises libres. Nach Kriegsende kehrte er nach Beirut zurück und wurde für zwanzig Jahre Direktor des „Institut français d’archéologie du Proche-Orient“ (IFAPO). Seyrig hatte nun eine starke Bindung zu Forschungseinrichtungen in den USA und war zwischen 1964 und 1969 mehrfach Gastwissenschaftler am Institute for Advanced Study in Princeton. 1967 ging er in den Ruhestand und übersiedelte von Beirut in die Schweiz, sein Nachfolger in Beirut wurde Daniel Schlumberger.