展示品の多くは予定通り翌年のウィーン万国博覧会に出品するため、海外へと運ばれた。一方1873年（明治6年）、「文部省博物館」は太政官正院の「博覧会事務局」（1872年設置）に併合され、場所も湯島から内山下町（現在の東京都千代田区内幸町）に移転した。よって博覧会終了後は常設の博物館として1と6のつく日に公開された。この博物館は後に上野に移転し、東京国立博物館へと発展する。