戦闘員ではないアルバニア人が攻撃を受け、多くのアルバニア人が隣接する北マケドニアやアルバニア、モンテネグロなどに流出し、再びセルビア側の「非人道的行為」がクローズアップされるようになった。国連や欧州連合（EU）は、セルビアとコソボの間に立って調停活動を行うことになった。1999年3月からは、北大西洋条約機構（NATO）が国際世論に押されて、セルビアに対する大規模な空爆を実施するに至った（アライド・フォース作戦）。この空爆は約3カ月続き、国際社会からの圧力に対抗しきれなくなったセルビアはコソボからの撤退を開始。翌年までに全てのユーゴスラビア連邦軍を撤退させた。これによってコソボはセルビア政府からの実効支配から完全に脱することになった。代わって国連の暫定統治機構である国際連合コソボ暫定行政ミッション（United Nations Interim Administration Mission in Kosovo、UNMIK）が置かれ、軍事部門としてNATO主体の国際部隊 (KFOR) が駐留を開始した。それ以降、主にセルビア系住民が多数を占める限られた一部の地域と一部の出先機関を除いて、ユーゴスラビア政府やそれを継承したセルビア・モンテネグロ（2003-2006年）、セルビア（2006年-）による実効支配は及んでいない。