Na de Duitse inval werd Herder actief in het opzetten en verspreiden van een illegale parallelkrant van "De Waarheid" in de noordelijke provincies: "Het Noorderlicht". De groep rond dit periodiek werd eind 1941 opgerold. De meeste medewerkers werden omgebracht in concentratiekampen. Herder kon onderduiken in de Haarlemmermeer, maar werd begin 1944 alsnog gearresteerd en geïnterneerd in kamp Amersfoort. Dolle Dinsdag (5 september 1944) kwam hij vrij en dook opnieuw onder. Tot het eind van de oorlog wist hij uit handen van de bezetter te blijven.