Von Mai bis November 1999 war Martin Sondergesandter des UN-Generalsekretärs für das Unabhängigkeitsreferendum in Osttimor und Chef der Mission der Vereinten Nationen in Osttimor (UNAMET). In seine Amtszeit fällt die Krise in Osttimor, die etwa 3.000 Menschen das Leben kostete. Von 2000 bis 2001 übernahm Martin das Amt des stellvertretenden Sondergesandten des UN-Generalsekretärs bei der Mission der Vereinten Nationen in Äthiopien und Eritrea (UNMEE). 2002 wurde Martin Vizepräsident des International Center for Transitional Justice in New York und 2005 Repräsentant des UN-Hochkommissars für Menschenrechte in Nepal. 2006 war Ian Martin nochmals in Osttimor als Sondergesandter des UN-Generalsekretärs für Osttimor aufgrund der Unruhen in Osttimor. Zurück in Nepal wurde Martin dortiger persönlicher Gesandter des UN-Generalsekretärs zur Unterstützung des laufenden Friedensprozess (2006–2007) und bis 2009 Sondergesandter des UN-Generalsekretärs und ab Februar 2007 Chef der Mission der Vereinten Nationen in Nepal. 2009 wurde Ian Martin Chef des UN Headquarters Board of Inquiry für Vorfälle im Gaza-Streifen. Seit dem 5. Mai 2011 ist Ian Martin UN-Sonderberater des UN-Generalsekretärs für Post-Konfliktplanung in Libyen sowie erster Chef der United Nations Support Mission in Libya (UNSMIL).