Nach Aufhebung der Blockade Leningrads musste die 18. Armee im Februar 1944 auf Narva zurückgehen, daher wurde das Generalkommando nach Estland überstellt, um der Armeeabteilung Narwa zugeführt zu werden. Im Juli 1944 erfolgte infolge des Zusammenbruchs der Heeresgruppe Mitte der Rückzugskampf der 16. Armee über Polozk und Dünaburg nach Riga, dadurch kam das Generalkommando wieder kurz unter deren Führung. Das II. Korps wurde freigemacht um die bedrohte Düna-Linie im Raum Dünaburg zu befestigen, zwischen 6. und 8. Juli wurden dazu die 205., 225. und 263. Infanterie-Division westlich des Dissna-Sees konzentriert. Unter Führung des Kommandierenden Generals Wilhelm Hasse beteiligte sich das Korps ab 21. August 1944 an der Abwehrschlacht zwischen Dorpat und Walk und wurde dann über Pernau wieder nach Riga zurückgezogen. Nachdem die russische 51. Armee (Genlt. Kreiser) am 10. Oktober 1944 den Durchbruch zur Ostsee bei Polangen erreicht hatte, musste die vom II. Armeekorps noch östlich Riga gehaltene Front abermals aufgegeben werden. Der Verlust von Riga samt der Räumung von Estland wurde damit erzwungen. Der Rückzug brachte das II. A.K. in den Kurland-Kessel, es wurde im westlichen Abschnitt unter dem AOK 18 in die neue Front eingegliedert. In sechs Kurlandschlachten verteidigte das Korps unter General der Infanterie Johannes Mayer und ab April 1945 unter Generalleutnant Alfred Gause den Abschnitt zwischen Moscheiken und Vaiņode bis Kriegsende gegen die Baltische Front des sowjetischen Marschalls Hovhannes Baghramjan. Anfang März 1945 waren dem Generalkommando die 263. und 563. Volksgrenadier-Division, sowie die Kampfgruppe 290 zugeordnet.