Ο Φραν πραγματοποίησε το ντεμπούτο του με την Εθνική Ισπανίας στις 27 Ιανουαρίου 1993, σε μια φιλική αναμέτρηση, η οποία έληξε ισοπαλία με σκορ 1–1, απέναντι στο Μεξικό στο Λας Πάλμας.Συνολικά σημείωσε 16 διεθνείς συμμετοχές, παίρνοντας μέρος στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 2000, όπου και αγωνίστηκε στην τελευταία του διεθνή αναμέτρηση, μία νίκη με σκορ 4–3, στα πλαίσια της φάσης των ομίλων της διοργάνωσης, με αντίπαλο της Γιουγκοσλαβία.