בשנת 1996 החל קטאנץ לאמן את הנבחרת הצעירה של סלובניה, ובשנת 1998 אימן לתקופה קצרה את גוריצה, שנקטעה כאשר מונה למאמנה של נבחרת סלובניה. קטאנץ השיג הצלחה אדירה כמאמן נבחרת סלובניה, כאשר הצליח להעפיל עם נבחרתו ליורו 2000, שנפתח עבורו מצוין כאשר נבחרת סלובניה הובילה 3:0 על נבחרת יוגוסלביה, אך המשחק הסתיים בתוצאה 3:3. סלובניה השיגה נקודה נוספת מול נבחרת נורווגיה, וסיימה את שלב הבתים במקום האחרון, אך עם מחמאות רבות. קטאנץ הצליח להעפיל עם סלובניה גם למונדיאל 2002, אותו סיימה סלובניה עם אפס נקודות. קטאנץ התפטר מאימון הנבחרת מיד לאחר המונדיאל, בין השאר בגין סכסוך עם כוכב הנבחרת זלאטקו זחוביץ'. באותו קיץ חתם באולימפיאקוס, שם השיג תוצאות חלשות ופוטר בפברואר 2004.