Nel 1990 si trasferì quindi in Giappone, alternandosi tra Formula 300 e sportprototipo. Pur senza ottenere risultati particolarmente rilevanti, riuscì ad accordarsi con la Mazda per disputare la 24 Ore di Le Mans in coppia con Volker Weidler e Bertrand Gachot, poi conclusa con un ritiro. Anni dopo, in un'intervista, Herbert descrisse il periodo trascorso in estremo Oriente come utile, sia per il numero di corse disputate sia per alleggerire la pressione che sentiva su sé stesso. Tornò in Formula Uno alla fine del 1990 con la Lotus, con cui disputò le ultime due gare in sostituzione di Martin Donnelly, vittima di un grave incidente al Gran Premio di Spagna, pur senza andare oltre due ritiri.