Magruder deltog i Anden Seminolekrig i Florida, og derefter under Winfield Scott i okkupationshæren i Mexico. Han blev midlertidig forfremmet til major for "modig og meritgivende opførsel" i slaget ved Cerro Gordo og til oberstløjtnant for sit mod under stormen på Chapultepec. Han gjorde tjeneste i grænseegnene i California og på Fort Leavenworth i Kansas Territoriet.