На чемпионате мира 2002 года в Японии и Южной Корее Кержаков сыграл 7 минут, заменив Валерия Карпина в игре с бельгийцами, которым сборная проиграла со счётом 2:3 и не смогла выйти в плей-офф. Первый гол за сборную Кержаков забил уже при тренере Валерии Газзаеве в товарищеском матче со шведами 21 августа 2002 года (1:1).