Con el seleccionado mexicano disputó la Copa Mundial de Fútbol de 2010 y la Copa América 2007. Bautista no conseguía obtener regularidad en la selección, lo cual, junto con algunos problemas personales con el D.T. Ricardo Lavolpe y la explosiva personalidad del jugador, lo deja excluido de la Copa Mundial de Fútbol de 2006 al igual que a Cuauhtémoc Blanco.