Historia rejonu związana jest w historią miasta Nowosybirska. Rejon został sformowany przez władze sowieckie w 1929 roku i wówczas jeszcze Nowosybirsk leżał w jego administracyjnych granicach. Zmieniło się to w 1939 roku, gdy miasto zostało wydzielone i zyskało własną podmiotowość, a rejon zajął tereny okalające metropolię i część jej przedmieść. Jego całkowita powierzchnia była nieznacznie większa od obecnej i wynosiła 2310 kilometrów kwadratowych, w jego granicach znajdowało się m.in. miasto Bierdsk, a obszar ten zamieszkiwało 54 800 ludzi. Mieszkańcy trudnili się głównie rolnictwem, poza Bierdskiem znajdowało się tu jedno osiedle typu miejskiego i 13 sielsowietów. Po agresji Niemiec na Związek Radziecki w 1941 roku na front udało się 13 tysięcy mieszkańców rejonu nowosybirskiego, a na jego tereny ewakuowano kilkanaście zakładów przemysłów z zachodu kraju. Po wojnie rozwijano głównie rolnictwo oraz budownictwo mieszkaniowe, usytuowano tu także kompleksy badawczo-techniczne instytutów naukowych związanych z naukami przyrodniczymi oraz rolnictwem.