Bedřich Loewenstein war der Sohn eines deutsch-jüdischen Prager Augenarztes und einer tschechischen Mutter. Er musste das Gymnasium wegen der nationalsozialistischen „Rassegesetze“ mit vierzehn Jahren verlassen und während der deutschen Okkupation in einer Fabrik arbeiten. Im Jahr 1949 konnte er das Abitur nachholen. Die kommunistische Administration verweigerte ihm das Studium. Er leistete seinen Wehrdienst ab und musste sich als Bauarbeiter durchschlagen. Erst im Jahr 1953 wurde er zum Studium der Philosophie und Geschichte aufgenommen. Das Studium schloss er 1956 ab. In den 1960er-Jahren war er wissenschaftlicher Mitarbeiter des Historischen Instituts der Tschechoslowakischen Akademie der Wissenschaften (ČSAV) und dort für deutsche Geschichte des 19. und 20. Jahrhunderts zuständig. Er zählte in den 1960er-Jahren zu den Wegbereitern des Prager Frühlings. Nach dessen Unterdrückung wurde er im Jahr 1969 aus der ČSAV ausgeschlossen und mit einem Berufsverbot belegt. Er verfasste daraufhin Essays zu Themen der europäischen Zivilisation. Einige dieser Texte erschienen 1973 in Hamburg mit einem Vorwort von Golo Mann. Seinen Lebensunterhalt verdiente er in den kommenden Jahren durch Übersetzungstätigkeiten für die deutsche Botschaft. Kleinere Texte schmuggelte er mit Hilfe des Kurierdienstes der deutschen Botschaft aus dem Land und veröffentlichte sie unter Pseudonym in westdeutschen Zeitungen, unter anderem in der Frankfurter Allgemeinen Zeitung. Die westdeutsche Öffentlichkeit erhielt dadurch Einblicke in den Sozialismus hinter der politischen Fassade. Er lehrte als Nachfolger von Reinhard Rürup von 1979 bis zu seiner Pensionierung 1994 am Friedrich-Meinecke-Institut in Berlin auf einer Professur für neuere europäische Geschichte. Mit Annahme der Berufung wurde er 1979 von der Tschechoslowakei ausgebürgert.