В начале XIX века в городе был построен новый порт, ставший одним из самых крупных в Крыму, в 1840 году начато строительство городской набережной. К 1840-м годам в Евпатории проживало около 11 тысяч человек. Во время Крымской войны Евпатория была занята англо-франко-турецкими войсками и превращена в укреплённую базу. Попытка русских войск 5(17) февраля 1855 года выбить оставленный здесь турецкий гарнизон закончилась неудачей.В XIX веке Евпатория стала главным культурным центром крымских караимов. Из постепенно пришедшего в запустение Чуфут-Кале в город переселилась большая часть населения во главе с гахамом — духовным лидером караимской общины. В 1865 году в городе было открыто Караимское женское училище для девиц.