Ngoài chính phủ được Nga công nhận, còn có một chính phủ ly khai không được bất kỳ một nước nào công nhật (dù các thành viên đã được trao quy chế tỵ nạn chính trị tại châu Âu và các nước Ả rập, cũng như tại Hoa Kỳ). Chính phủ ly khai đã được Georgia công nhận (khi Zviad Gamsakhurdia còn là Tổng thống Georgia và Tổng thống Chechnya là Dzhokhar Dudaev. Năm 1999 chính phủ Taliban của Afghanistan công nhận nền độc lập của Chechnya và cho phép mở đại sứ tại Kabul ngày 16 tháng 1 2000. Việc công nhận đã bị hủy bỏ khi Taliban bị đánh bại năm 2001. Tổng thống của chính phủ này là Aslan Maskhadov, Bộ trưởng ngoại giao là Ilyas Akhmadov, người này cũng là người phát ngôn của Maskhadov. Ilyas Akhmadov hiện sống tỵ nạn tại Hoa Kỳ. Aslan Maskhadov đã được chọn vào một Ủy ban giám sát bầu cử quốc tế năm 1997 với nhiệm kỳ bốn năm, sự kiện này đã diễn ra sau việc ký kết một thỏa thuận với Nga. Năm 2001 ông đã đưa ra một nghị định kéo dài nhiệm kỳ của mình thêm một năm; ông không thể tham gia vào cuộc bầu cử tổng thống năm 2003 bởi các Đảng ly khai bị chính phủ Nga cấm đoán, và Maskhadov đối mặt với lời buộc tội tiến hành khủng bố trong nước Nga. Maskhadov đã rời Grozny sang vùng kiểm soát của phe ly khai ở phía nam khi Cuộc chiến tranh Chechnya thứ hai diễn ra. Tổng thống Maskhadov không thể gây ảnh hưởng tới một số vị lãnh chúa vẫn còn giữ quyền kiểm soát với một số vùng lãnh thổ Chechnya, và quyền lực của ông cũng đã mất. Ông đã lên án cuộc tấn công của những kẻ nổi loạn vào Beslan và cố giữ khoảng cách với Shamil Basayev, người tuyên bố chịu trách nhiệm cho cuộc tấn công trên. Các lực lượng Nga đã giết Maskhadov ngày 8 tháng 3 năm 2005. Vụ ám sát Maskhadov của các lực lượng Nga đã bị chỉ trích rộng rãi bởi vị lãnh đạo ly khai Chechnya "ôn hoà" đã không còn có thể đóng vai trò vào các cuộc thương lượng.