Il governo Rhee continuò molte delle pratiche del governo militare statunitense, tra cui la repressione brutale dell'attività dei movimenti di sinistra. Nel 1949, l'esercito sud-coreano contrastò brutalmente l'Insurrezione di Jeju, uccidendo 60.000 persone.. Furono soffocate anche le rivolte militari a Suncheon e Yeosu, provocate dal rifiuto delle truppe di ubbidire agli ordini di partire per Jeju e partecipare alla repressione. Inoltre, nel giugno 1950, nei giorni successivi all'attacco subito da parte della Corea del Nord, sfruttò il momento drammatico per attuare il Massacro della lega di Bodo, giustiziando tra i 60.000 e i 200.000 sudcoreani detenuti per sospette simpatie comuniste.