Auch in der Nationalmannschaft konnte Pepi Hamerl zu dieser Zeit Fuß fassen, sein Debüt gab er am 23. März 1958 beim 3:2-Sieg über Italien. Er spielte auch bei der Europameisterschaft 1960, bei der Österreich im Viertelfinale an Frankreich scheiterte, und kam bei mehreren bekannten Spielen in der Decker-Ära zum Einsatz, so bei den Siegen über Spanien und die Sowjetunion vor Rekordkulisse 1960. Gemeinsam mit Sturmkollegen Karl Skerlan entschloss sich Pepi Hamerl 1961 zum Wechsel zur Admira Wien nach Jedlesee. Als Admiraner trug er auch am 5. Jänner 1962 gegen Ägypten zum letzten Male das österreichische Teamdress. Nach nur zwei Jahren bei der Admira kehrte er allerdings zum Sport-Club zurück, konnte aber nicht an die erfolgreichen Zeiten in Dornbach anschließen. Seine letzte Saison in der Meisterschaft absolvierte Pepi Hamerl 1967 für den 1. Wiener Neustädter SC, nachdem er ein Jahr zuvor noch für den Kapfenberger SV auf Torejagd gegangen war. Insgesamt schoss er 158 Tore in Österreichs höchster Liga.