Pada permulaan tahun 1865, saat berumur 13 tahun, Edgardo menjadi novis (anggota pemula) paguyuban imam-imam reguler Lateran. Ia menambahkan nama Sri Paus di depan namanya sendiri sehingga menjadi Pio Edgardo Mortara. Menurut Edgardo, ia berulang kali menyurati kaum keluarganya "menyangkut soal agama, dan berusaha semampu saya untuk meyakinkan mereka akan kebenaran iman Katolik", tetapi tidak pernah menerima balasan sampai dengan bulan Mei 1867. Kedua orang tuanya, yang kala itu sudah tinggal di Firenze, mengabarinya lewat surat bahwa mereka masih sangat menyayanginya, tetapi tidak dapat merasakan kehadiran putra mereka dalam surat-surat yang mereka terima. Pada bulan Juli 1870, tepat sebelum Edgardo genap berumur 19 tahun, garnisun Prancis ditarik mundur dari Roma untuk selamanya sesudah Perang Prancis-Prusia meletus. Pasukan Italia merebut kota itu pada tanggal 20 September 1870.