Mawlawi Akhundzada sau đó được bổ nhiệm làm Chánh án Tòa án Shariah của Tiểu vương quốc Hồi giáo Afghanistan. Thay vì chỉ là một lãnh chúa hoặc chỉ huy quân sự, ông đã có một danh tiếng như một nhà lãnh đạo tôn giáo, người chịu trách nhiệm phát hành hầu hết các "fatwa" của Taliban và giải quyết các vấn đề tôn giáo giữa các thành viên của Taliban. Cả Mullah Omar và Mullah Mansour đều được biết là đã tham khảo ý kiến của Akhundzada về các vấn đề của fatwa. Không giống như những người tiền nhiệm của ông, những người được giáo dục ở Pakistan — và những người cũng được cho là đã di chuyển vĩnh viễn về phía đông qua Đường Durand sau cuộc xâm lược của Hoa Kỳ vào năm 2001 và trong cuộc chiến tranh —Akhundzada được cho là đã sống ở Afghanistan trong suốt giai đoạn 2001–2016 mà không có ghi chép gì về hành trang, mặc dù ông có quan hệ chặt chẽ với Quetta Shura tạiQuetta.