Il est alors remplacé par André Fontaine. La ligne éditoriale avait pris ses distances avec le miterrandisme, affichant notamment son scepticisme sur la politique de nationalisations menée par Pierre Mauroy. C'est notamment la dénonciation du scandale du Rainbow Warrior qui permet au journal de faire preuve de son indépendance et de voir ses ventes rebondir. "Le Monde" est ensuite en première ligne dans la dénonciation des scandales de l'ère Mitterrand (Affaire des Irlandais de Vincennes, Carrefour du développement). Une véritable animosité oppose alors Mitterrand au journal, visant plus particulièrement le journaliste Edwy Plenel. Plusieurs journalistes du Monde font ainsi l'objet d'écoutes téléphoniques clandestines de la part du pouvoir.