קאלקרויט התנגד גם למלחמות הנפוליאוניות, וטען שיש לכרות ברית שלום עם נפוליאון בונפרטה. בשנת 1806, כאשר יצא פרידריך וילהלם השלישי, מלך פרוסיה למלחמת הקואליציה הרביעית, הוא קיבל פיקוד על יחידות מילואים והועלה לדרגת גנרל חיל הרגלים. הוא מתח ביקורת על הנהגת הצבא, וחזה את האסון שהתגשם מאוחר יותר בדמות קרב ינה-אאורשטדט. לאחר הקרב, קאלקרויט הוביל את שרידי הצבא הפרוסי בנסיגה, בעוד הצרפתים כובשים את מרבית פרוסיה. קאלקרויט נסוג לדנציג, והחזיק מעמד במשך 76 ימים של מצור. ב-24 במאי 1807 נכנעו כוחותיו לכוחותיו של פרנסואה ז'וזף לפבר. כמחווה על מעשהו במיינץ 14 שנים קודם לכן, הצרפתים לא לקחו בשבי את אנשיו. קאלקרויט היה מהחותמים על שלום טילזיט, וב-1807 הועלה לדרגת גנרל-פלדמרשל בשל ההגנה האמיצה על דנציג, ומונה למושל הצבאי של קניגסברג. ב-1809 הוא הועבר להיות המושל הצבאי של ברלין, ב-1812 הועבר לברסלאו, וב-1814 הוחזר לברלין. הוא נודע כפרו-צרפתי ואנטי-לאומני, ומכיוון שלא חשש להביע את דעותיו בגלוי, הוא לא היה פופולרי במיוחד בפרוסיה במהלך מלחמת הקואליציה השישית. הוא נפטר בברלין ב-10 ביוני 1818 בגיל 81.