Заниматься горными лыжами Франческая Марсалья начала в раннем детстве, последовав примеру своих старших братьев. Первым тренером Франчески стал её отец — Андреа. Четырежды Марсалья принимала участие в чемпионатах мира среди юниоров и лучшим результатом на мировых молодёжных первенствах для неё стало 5-е место, завоёванное в скоростном спуске в 2009 году. На соревнованиях под эгидой FIS Франческа начала выступать в конце 2005 года. С февраля 2007 года итальянская горнолыжница стала выступать в Кубке Европы. За время выступлений в европейском Кубке на счету Франчески есть одна победа, завоёванная на этапе в швейцарском Санкт-Морице и высокое 6-е место в общем зачёте по итогам сезона 2009/2010. На этапах Кубка мира Марсалья впервые выступила 9 февраля 2008 года в итальянском городе Сестриере. В следующий раз в мировом Кубке молодая итальянка стартовала спустя год. Свои первые очки Марсалься набрала в 2010 году на этапе в канадском Лейк-Луисе, став 13-й в скоростном спуске. 15 декабря 2013 года на этапе в Санкт-Морице Франческа впервые попала в десятку сильнейших, став 9-й в гигантском слаломе. Несмотря на удачные выступления в Кубке мира, на счету итальянской спортсменки числится всего один старт в рамках первенств мира. В 2011 году Марсалья приняла участие в чемпионате мира в немецком Гармиш-Партенкирхене. Франческа выступила только в комбинации, но не смогла закончить второй вид программы.