長州藩是尊王攘夷運動的中心，代表人物有吉田松陰、桂小五郎、高杉晉作、久坂玄瑞等，成員有各地武士，富商，農民，國學者，神官及倒幕派公卿等。1863年6月6日，幕府同意攘夷，6月24日通告閉港。翌日長州藩開始在下關海峽炮擊外國船隻，挑起下關戰爭。8月，英國軍艦進攻薩摩藩，迫使後者投降屈服，轉而支持公武合體。1863年，幕府及公武合體派發動八月十八日政變，自京都驅逐倒幕派和尊王攘夷派代表。1864年，長州藩軍隊開入京都，與幕府軍隊作戰，史稱禁門之變，最終戰敗，幕府則聯合外國軍隊發動长州征讨，迫使長州藩放棄尊王攘夷運動。尊王攘夷派自此開始向倒幕派轉化，為日後大規模倒幕運動埋下伏筆。