Verso la fine dei due mandati dell'amministrazione Giuliani, l'11 settembre 2001 la città di New York venne colpita dagli attentati più violenti e sanguinosi della sua storia, quando due aerei, dirottati da alcuni terroristi legati all'organizzazione islamica Al-Qaida, si schiantarono su ciascuna delle due Torri Gemelle; l'attentato, che ebbe una possente risonanza in tutto il mondo, fece quasi 3.000 vittime e diede l'inizio ad una serie di violente reazioni americane contro gli Stati accusati di ospitare le basi operative dei terroristi. Un altro grave incidente aereo, due mesi più tardi, fece ripiombare New York nell'incubo del terrorismo, anche se poi venne accertato che le cause non erano da ricollegarsi ad atti terroristici.