11月に空挺部隊を高雄まで輸送したのち、12月8日の太平洋戦争開戦を挟んでウェーク島の戦いの末に占領したウェーク島へ向けて上海海軍特別陸戦隊を輸送し、帰途には戦いで発生した約1,200名の捕虜の輸送任務に就く。ところが、一人の捕虜が警備兵の銃を奪おうとする企てが何度も起こり、事の次第を軍令部に報告したところ、「規律に則って処分せよ」と命令が出たため、九州近海にさしかかった際に5名の捕虜が殺害され、水葬に付された。警備兵は呉海兵団から編成されており、斎藤利夫海軍大尉が指揮していたが、呉鎮守府司令長官豊田副武大将から昭和16年12月26日付で斎藤に対し、「必要アルトキハ武力ヲ行使スルコトヲ得」と、武力行使に関しては斎藤にある程度の権限を与え、新田丸が不測の事態に陥った際には、斎藤が船長に代わって「新田丸」の指揮を執ることとする命令が出された。このため、戦争終結後に斎藤を戦犯として追及しようとしたが、動きを察知した斎藤は1953年（昭和28年）まで逃亡を続けた。「新田丸」関係者も高級幹部が亡くなっていたので機関長と船医が聴取された。