Dans les autres instances onusiennes, le concept de multifonctionnalité est également débattu. En 1999, la FAO organise une conférence à Maastricht sur « Le caractère multifonctionnel de l’agriculture et des territoires ». La conférence se conclut sur un rejet de la notion de multifonctionnalité, une majorité de pays lui reprochant un caractère potentiellement protectionniste. La notion de multifonctionnalité est ensuite rejetée par les pays en développement au sommet de Johannesburg de 2002 et n’apparait pas dans le compte rendu de la conférence.