Batista dilahirkan di Banes, Cuba pada tahun 1901 dan merupakan anak kepada Belisario Batista Palermo dan Carmela Zaldívar González, yang telah berjuang dalam Perang Kemerdekaan Cuba. Ibubapa beliau adalah dari campuran Sepanyol, Afrika, Indian dan campuran Cina dari sebelah bapa beliau. Ibunya menamakan dia Rubén dan memberinya nama terakhir, Zaldívar. Bapanya tidak mahu mendaftarkannya sebagai Batista. Dalam rekod pendaftaran mahkamah Banes di sisi undang-undang Rubén Zaldívar sehingga tahun 1939, apabila nama beliau menjadi Fulgencio Batista, beliau menjadi seorang calon presiden dan ia telah mendapati bahawa nama ini tidak wujud. Ada yang mendakwa bahawa hakim telah disogok 15,000 peso Cuba (kira-kira jumlah yang sama dalam dolar AS pada masa itu) untuk menetapkan percanggahan.