נמל ג'יבוטי נבנה בשנת 1888. לאחר כמה שנים, ב-1896, העיר נהפכה לבירת המושבה סומלילנד הצרפתית, היא ג'יבוטי של ימינו. העיר שימשה נמל עיקרי של אתיופיה הודות למסילת ברזל צרפתית שחיברה את אדיס אבבה לג'יבוטי, וכ-80% מהייצוא של אתיופיה עבר דרך ג'יבוטי. לאחר כיבוש אתיופיה על ידי איטליה במלחמה האיטלקית-אתיופית השנייה, ירדה ג'יבוטי מגדולתה, ושליט איטליה בניטו מוסוליני דרש נמל חופשי איטלקי בג'יבוטי. בעקבות תבוסת צרפת במערכה על צרפת ועל ארצות השפלה, הסכימה ממשלת וישי בכניעתה לאיטליה להעניק לה זכות שימוש בנמל ג'יבוטי. מושל ג'יבוטי לא נענה בעניין זה להוראות ממשלת וישי והוא הוחלף במושל אחר, שהיה כפוף לאיטלקים ששלטו על כל הסביבה. תושבי ג'יבוטי נחלקו בין תומכי וישי לתומכי צרפת החופשית, אך כמעט כולם התנגדו לאיטלקים. בעקבות תבוסת האיטלקים באתיופיה לצבא הבריטי במאי 1941, נכנסה ג'יבוטי למצור בריטי במטרה להעבירה למחנה צרפת החופשית. אולם ג'יבוטי לא נכנעה, הגם שהביעה נכונות לאפשר לבריטים שימוש במסילת הברזל ובנמל תמורת הסרת המצור. השליטה בג'יבוטי עברה לידי צרפת החופשית רק בסוף 1942.