Nel 1991 il presidente romanista Ciarrapico lo cede all' per 7 miliardi di lire, al termine di un'operazione di mercato in cui i nerazzurri lo acquistano in compartecipazione con la , con l'accordo di riscattarlo a fine stagione; l'acquisto di Desideri rientra nell'ambito del passaggio di Giovanni Trapattoni sulla panchina bianconera. A Milano le prestazioni sono negative e spesso parte dalla panchina. Anche i cattivi rapporti con gli allenatori Corrado Orrico e poi con il suo sostituto, Luis Suárez peggiorano le cose; viene messo fuori rosa e multato per aver rivolto offese ripetute al suo allenatore Suarez dopo aver realizzato un gol al . Nella stagione 1992-1993, dopo aver disputato le prime 4 partite di campionato con i nerazzurri, viene ceduto all' come contropartita tecnica nell'affare che porta Antonio Manicone a Milano. In Friuli viene riconvertito da Albertino Bigon come libero, e realizza il gol decisivo, all'ultima giornata contro la Roma, che consente ai friulani di accedere allo spareggio-salvezza poi vinto contro il Brescia. In maglia Udinese segnerà anche un autogol.