Уже через месяц после победы революции Борхе занимал важные государственные посты. Он стал членом Государственной комиссии по контролю за ходом сандинистской революции, членом Военного комитета Национального руководства СФНО, а после реорганизации армии 18—23 августа — заместителем главнокомандующего Сандинистской народной армией Умберто Ортеги. В декабре 1979 года его назначили на освободившийся пост министра внутренних дел Никарагуа. Под его начало перешли Сандинистская полиция () и Генеральный директорат государственной безопасности. В сентябре 1980 года Борхе вошёл в состав комиссии по делам обороны и безопасности Национального руководства СФНО. После сентября 1980 года распространялась информация, что Томас Борхе — организатор казни бежавшего за рубеж свергнутого сандинистской революцией диктатора Анастасио Сомосы.