La segona part del conflicte va començar després de la Batalla del Cap de Santa Maria, quan una flota britànica va atacar en temps de pau a una esquadra espanyola de quatre fragates que transportaven cavalls i mercaderies des d'Amèrica. Un dels vaixells va ser enfonsat i la resta va ser capturat. El conflicte va finalitzar formalment el gener de 1809 amb la signatura d'un tractat de pau i aliança entre el govern britànic i la Junta Suprema Central que governava Espanya en oposició a l'ocupació francesa, tot i que les hostilitats havien finalitzat l'any anterior amb la intervenció britànica a favor de la Junta en la seva lluita contra els exèrcits napoleònics.