Vuonna 1993 Argentiinan jalkapalloliitto valitsi Maradonan kaikkien aikojen parhaaksi argentiinalaiseksi jalkapalloilijaksi, ja vuonna 2000 hänet valittiin vuosisadan argentiinalaiseksi urheilijaksi. 1995 France Football myönsi Maradonalle Kultaisen pallon urastaan jalkapalloilijana. Loppuvuodesta 1995 Oxfordin yliopisto myönsi Maradonalle "Unelmien innoittamisen maisterin" palkinnon. Vuosisadan vaihteessa FIFA palkitsi Pelén vuosisadan parhaana pelaajana, vaikkakin oli ensin suunnittelut jakavansa tittelin Maradonan ja Pelén kesken. Pelé sanoi ehdotuksesta, että jos hän (Maradona) kuvittelee olevansa vuosisadan paras, se on hänen ongelmansa. FIFA:n vuonna 1998 valitsemassa vuosisadan joukkueessa Maradona oli yksi joukkueen hyökkääjistä. Argentiinan jalkapalloliitto on pyytänyt FIFA:a jäädyttämään hänen pelinumeronsa 10 Argentiinan maajoukkueessa, mutta FIFA kieltäytyi. Myöhemmin Etelä-Korean ja Japanin MM-kisoissa Argentiina yritti ensin olla käyttämättä pelinumeroa 10, mutta FIFA puuttui asiaan ja lopulta Ariel Ortega käytti numeroa kisoissa. Maradonan kasvattajaseuran Argentinos Juniorsin kotistadion on nimetty hänen mukaansa.