In den Folgejahren konnte Peterka nur noch vereinzelt gute Resultate bei Weltcups erzielen. Dennoch gehörte er weiterhin zum slowenischen Kader und sprang im Welt- sowie im Continental Cup. Bei der Skiflug-Weltmeisterschaft 2006 in Planica landete er im Einzelfliegen nur auf dem schwachen 31. Platz. Auch im erstmals durchgeführten Teamfliegen kam er mit der Mannschaft nicht über Platz sechs hinaus. Obwohl er in der Folge auch weiterhin ohne große Erfolge blieb, gehörte Peterka bei der Nordischen Skiweltmeisterschaft 2005 in Oberstdorf erneut zum slowenischen Aufgebot. Überraschend gewann er dort gemeinsam mit Jure Bogataj, Rok Benkovič und Jernej Damjan die Bronzemedaille im Teamspringen von der Normalschanze. Im Teamspringen von der Großschanze verpasste die Mannschaft eine weitere Medaille als Vierter nur knapp.