Cesar Karel V., neprestano zaposlen z vojnami na tujem, je dolgo časa pozival cerkev in papeža naj izvedejo neobhodne cerkvene reforme in uredijo teološka razhajanja. Med tem je število protestantskih knezov hitro naraščalo. Leta 1531 so se povezali v šmalkaldensko zvezo. Ko je cerkev leta 1545 končno sklicala tridentinski koncil in se protestantskim teologom ni zdelo primerno, da se ga udeležijo, je prišlo na vrsto orožje. V šmalkaldenski vojni (1546-47) so cesarjeve čete premagale protestantske kneze. Toda leta 1552 je močni volilni knez Mavricij Saški, dotlej cesarjev zaveznik, prestopil na stran protestantov, poiskal pomoč francoskega kralja ter z vojaško akcijo presenetil cesarja v Innsbrucku in ga skoraj zajel. Francozi so priložnost izkoristili in zavzeli mesta Metz, Toul in Verdun. Cesar si je poskušal mesta priboriti nazaj, a je bil pri obleganju Metza poražen; po tem porazu je obupal v prizadevanju, da ustvari enotno cesarstvo po svoji predstavi; reševanje problemov cesarstva je prepustil Ferdinandu (ki je bil že leta 1530 izvoljen za nemškega kralja).