С началом англо-сикхской войны в 1845 году Нейпир принимал активное участие в боевых действиях. В сражении при Мудки 18 декабря он командовал инженерным корпусом, в сражении при Фирозшахе 31 декабря он получил тяжёлое ранение во время штурма сикхского лагеря. Уже 10 февраля 1846 года Нейпир участвовал в сражении при Собраоне и наступлении на Лахор. За свои действия Нейпир получил временное повышение до майора. В мае 1846 года он был назначен главным инженером при осаде крепости Коте-Кангра в Пенджабе, за что был удостоен благодарности от губернатора.