Durante le guerre civili svoltesi dal 42 al 36 a.C., Tindari divenne caposaldo dei pompeiani con a capo Sesto Pompeo mentre Gaio Giulio Cesare Ottaviano Augusto era accampato nei dintorni alla guida di un esercito di 21 legioni e 25.000 cavalieri. Marco Vipsanio Agrippa tentò un primo attacco via mare, ma risultò fallimentare. Dopo alcuni assalti di guerriglia, volti ad infastidire il nemico, Sesto Pompeo abbandonò Tyndaris dopo averla saccheggiata, Ottaviano poté conquistarla nel 36 a.C. Lo storico Cassio Dione ricorda che Marco Vipsanio Agrippa, dopo aver concluso positivamente la Battaglia di Nauloco, ottenne il controllo di Mylae e poi di Tyndaris.