Anelka swoją reprezentacyjną karierę zaczynał grając w kadrach młodzieżowych. Z zespołem U-20 wystąpił na Młodzieżowych Mistrzostwach Świata w 1997 roku, w których Francuzi dotarli do ćwierćfinału imprezy, gdzie ulegli po serii rzutów karnych Urugwajowi. Pierwszy mecz w dorosłej kadrze Anelka rozegrał 22 kwietnia 1998 roku, kiedy to wystąpił w zremisowanym spotkaniu ze Szwecją. Pierwszego gola strzelił ponad pięć miesięcy później – 10 października – w meczu z Rosją, rozegranym w ramach kwalifikacji do EURO 2000. Reprezentacja Francji awansowała na ten turniej i wraz z Anelką w składzie została Mistrzem Europy. Piłkarz wystąpił również w wygranym przez "Trójkolorowych" Pucharze konfederacji 2001, w którym strzelił jednego gola. Pomimo obiecującego startu w kadrze, Anelka stracił miejsce w zespole w latach 2002-2005, głównie przez częste zmiany klubów i słabą dyspozycję strzelecką.