Henderson wurde als Sohn von Lawson und Elizabeth (geb. Carruth) Henderson in Lincolnton geboren. Er besuchte die "Lincoln Academy" und studierte Jura an der University of North Carolina. 1829 wurde er als Anwalt zugelassen und diente danach in der Miliz von North Carolina, wo er bereits 1830 Colonel eines Regiments wurde. 1835 verließ er das Militär und zog nach Canton (Mississippi). Nach Ausbruch des Unabhängigkeitskrieges zwischen Texas und Mexiko am 2. Oktober 1835 zog er nach Velasco. David G. Burnet machte ihn zum Brigadegeneral und sandte ihn in die USA, um Freiwillige für die texanische Armee anzuwerben. Henderson ging zurück nach North Carolina und stellte auf eigene Kosten ein Heer auf, mit dem er im November 1836 in Texas eintraf. Noch im gleichen Monat wurde er Attorney General der Republik Texas in der Regierung von Präsident Sam Houston und im Dezember, nach dem Tod von Stephen F. Austin, dessen Nachfolger als Außenminister.