W reprezentacji Burkiny Faso Ouattara zadebiutował w 1999 roku. W 2004 roku został powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki. Zagrał na nim we wszystkich 3 meczach swojej drużyny, z: Senegalem (0:0), Mali (1:3) oraz Kenią (0:3). Z tamtego turnieju zespół Burkina Faso odpadł po fazie grupowej.