إنهارت اتفاقية إديس ابابا بعد عشر سنوات من عمرها لأسباب من بينها الفساد الذي استشرى وسط النخبة الجنوبية الحاكمة في جنوب السودان، وتأخر التنمية فيه فضلاً عن الصراع السياسي والقبلي بين دعاة تقسيم جنوب السودان إلى أقاليم تحكم نفسها بنفسها، والمتمسكين بوحدة الإقليم الجنوبي. وتأزم الوضع السياسي بتبني حكومة النميري فكرة التقسيم - في انتهاك لنصوص الاتفاقية. وفي عام 1978 قام متمردون في منطقة أعالي النيل بحمل السلاح ضد الحكومة المركزية مطلقين على نفسهم اسم أنيانيا- تو، أي حركة انيانيا الثانية (أو الجديدة) وكانت تلك بمثابة الشرارة التي أشعلت الحرب الأهلية السودانية الثانية التي قادتها &lt;a href="%D8%A7%D9%84%D8%AD%D8%B1%D9%83%D8%A9%20%D8%A7%D9%84%D8%B4%D8%B9%D8%A8%D9%8A%D8%A9%20%D9%84%D8%AA%D8%AD%D8%B1%D9%8A%D8%B1%20%D8%A7%D9%84%D8%B3%D9%88%D8%AF%D8%A7%D9%86"&gt;الحركة الشعبية/الجيش الشعبي لتحرير السودان&lt;/a&gt;، وزعيمها جون قرنق.