Auch nach Einführung der preußischen Verwaltung nach dem Deutsch-Dänischen Krieg von 1864 blieb Duburg eigenständig und etablierte sich als selbständige Landgemeinde. 1875 wurde sie jedoch, beinahe zeitgleich mit den östlichen Flensburger Vorstädten Fischerhof und Hohlwege, nach Flensburg eingemeindet. In den folgenden Jahrzehnten wurde Duburg großstädtisch bebaut. Doch erst 1895 wurden die evangelisch-lutherischen Einwohner der Gemeinde der nahen Marienkirche zugeschlagen.