Конзерваторски радови на цркви нису обављани, а од 1990. године се налазила под заштитом Републике Србије као споменик културе од изузетног значаја. После окончања НАТО агресије на СРЈ, повлачења југословенских снага безбедности и доласка немачких снага КФОРа у тај део јужне српске покрајине, цркву Богородице Одигитрије су, током јуна 1999. године, дигли у ваздух и сравнили са земљом албански екстремисти.