Kondōn laivasto tuki Malaijan valtausta joulukuussa 1941. Hänen lentokoneensa upottivat 10. joulukuuta 1941 brittien sotalaivat "Prince of Walesin" ja "Repulsen". Hän osallistui keväällä 1942 Chūichi Nagumon komentamaan hyökkäykseen Intian valtamerelle. Kondō osallistui kesäkuun 1942 alussa tappiolliseen Midwayn taisteluun, jossa hänen oli tarkoitus suojata maihinnousua Midwaylle. Hän piti itse operaatiota varomattomasti suunniteltuna. Elokuussa 1942 hän johti Japanin ensimmäistä vastahyökkäystä Guadalcanalilla ja osallistui Itäisten Salomonsaarten taisteluun. Lokakuussa 1942 hän kohtasi uudelleen Thomas C. Kinkaidin yhdysvaltalaisen laivaston Santa Cruzin saarten taistelussa. Kondō johti japanilaisten hyökkäystä marraskuussa 1942 Guadalcanalin meritaistelussa, jossa hän menetti lippulaivansa "Kirishiman" ja joutui perääntymään, mikä osaltaan ratkaisi kamppailun Guadalcanalin saaresta Yhdysvaltain hyväksi.