Fu catturato il 17 agosto 2003, al termine dell'invasione statunitense dell'Iraq, e fu accusato di crimini di guerra, crimini contro l'umanità e genocidio. Il 24 giugno 2007 tali accuse gli guadagnarono la condanna a morte per i crimini commessi nella campagna militare "al-Anfal" del 1988, quando su sua decisione furono usati gas cianidrici nella città di Halabja. L'appello per questo giudizio fu respinto il 4 settembre 2007.