Юри Мюлдер сыграл 9 матчей за сборную Нидерландов и забил 3 гола. 16 ноября 1994 года Мюлдер дебютировал за сборную. Голландец принял участие на чемпионате Европы 1996, где сыграл всего 40 минут (с учётом дополнительного времени) в четвертьфинальном матче против сборной Франции.