In 1939 op 28 augustus werd de algehele mobilisatie afgekondigd met als eerste mobilisatiedag 29 augustus, waarmee de bemanning van het fort op oorlogssterkte werd gebracht. Lang had het geschut niet meer gefunctioneerd dus toen het fort weer bezet was, werd de eerste taak het geschut gevechtsklaar maken. Door de afwezigheid van deskundigen was dit geen gemakkelijke taak. Alle verloven van soldaten werden op 7 mei ingetrokken. Tussen 7 en 10 mei 1940, vlak voor het invallen van het Duitse leger, was het fort zodanig paraat dat op alle momenten wanneer nodig snel gevuurd kon worden. Op 9 mei werd, na een telefonische waarschuwing van de Chef Marinestaf, tegen 03:00 uur voor heel Hoek van Holland een gevechtsklare toestand bevolen. Uiteindelijk werd Nederland op 10 mei binnengevallen door het Duitse leger. Duitse parachutisten landden op de zuidelijke oever van de Nieuwe Waterweg en daarop werden beschikbare manschappen, zo'n 12 onderofficieren en 50 korporaals en manschappen, van het fort naar het eiland Rozenburg gezonden. Het detachement keerde op 11 mei terug met 12 gevangengenomen Duitse militairen en buitgemaakte lichte mitrailleurs. De gevangenen werden op het fort vastgehouden. Op de dag van de invasie legden Duitse watervliegtuigen magnetische mijnen in de Waterweg. Vruchteloos werd geprobeerd deze te laten ontploffen door met het koepelgeschut erop te schieten. In de drie dagen erna werd het Staelduinse Bos onder vuur genomen, ter ondersteuning van de Nederlandse infanterie, omdat daar zich Duitse parachutisten schuilhielden. Door het slechte onderhoud van de kanonnen en gebrek aan deskundigheid bij het personeel traden door het schieten storingen op waardoor op 13 mei de twee 15 cm kanonnen en het draaimechanisme van de B-koepel uitvielen.