Chiar mai înainte ca Aliații să denunțe Acordurile de la Münche, Beneš s-a bucurat de o legitimitate totală. Chiar și Alois Eliáš, premierul, și Emil Hácha, perședintele în funcție la Praga, i-au recunoscut la un moment dat autoritatea. Beneš a hotărât, dată fiind această legitimitate, să mute guvernul în exil la Londra. Mulțumită logisticii asigurate de britanici, legăturile dintre rezistența internă și guvernul în exil la Londra s-a îmbunătățit încontinuu în timpul războiului. Cea mai cunoscută acțiune a rezistenței cehoslovace a fost tentativa de asasinare a lui Reinhard Heydrich, cunoscută ca Operațiunea Anthropoid.