Il sert sous deux présidents, Gilbert Olivier jusqu'en 1965 puis Guy Fournet et ne tarde à devenir une véritable pièce maîtresse de l'administration fédérale participant aux actes administratifs auprès de Robert Pringarbe qu'il suit même dans les réunions interaffinitaires où l'Union française des œuvres laïques d'éducation physique (UFOLEP) et la Fédération sportive et gymnique du travail (FSGT) ont la surprise de voir débarquer une soutane. Cette période est marquée par la mise à l’écart des patronages dans de nombreuses paroisses. Depuis 1945, des éléments progressistes remettent en cause sous divers prétextes leur bien-fondé et leur utilité. Cette crise encore latente s’aggrave avec la mise en œuvre du concile Vatican II. Bien que la constitution pastorale qui en résulte, Gaudium et Spes, ne nécessite pas une telle décision l’opportunité du concile est utilisée en France pour remettre en cause l’assimilation des paroisses à leurs patronages. Des associations commencent à perdre leurs prêtres-directeurs et parfois leurs locaux et installations. Dans ce contexte conflictuel, les évènements de 1968 sont aussi pour la l’occasion d’une remise en cause et un groupe de réflexion est constitué autour de Jean Berthou et de Jacques Gautheron sur la nature de l'affinité et l'identité fédérale. Lors du départ de Jean Berthou en 1972, ces travaux aboutissent à un premier document intitulé "Vers quel homme ?".