2008–09-es idényében, a brémai egyesület csak a 10. helyen zárta a Bundesliga tabelláját, viszont a német kupát Özil találatával sikerült megnyerniük, valamint az UEFA-kupa döntőjébe is sikerült eljutniuk, ott azonban vereséget szenvedtek az ukrán Sahtar Donecktől. Özil 3 gólt és 15 gólpasszt jegyzett a kiírásban.