1730-ban újabb nagy tűzvész pusztított. 1803-ban a freisingi püspök földjeit szekularizálták, Enzersdorf pedig a Habsburg-család birtokába került. 1809-ben a Napóleon hadai ellen vívott asperni és wagrami csaták érintették Enzersdorfot, amely komoly károkat szenvedett. Groß-Enzersdorf 1850-ben járásközponttá vált (ami 1893-ban átkerült Floridsdorfba). 1