Bagunte war seit dem Mittelalter Barcelos untergeordnet, bis es im Zuge der zahlreichen Verwaltungsreformen nach der Liberalen Revolution 1820 und dem folgenden Miguelistenkrieg (1832–1834) im Jahr 1836 dem Kreis Vila do Conde angegliedert wurde. Im Jahr 1898 wurde zudem die Gemeinde Santagões aufgelöst und der Gemeinde Bagunte einverleibt.