Després del seu retorn a Varsòvia, Freyer va assumir el 1837 el càrrec d’organista a la de Varsòvia. Hi va fundar una escola de música, on educava gratuïtament els estudiants més pobres, així com un cor professional parroquial. Va dirigir la seva escola privada de música durant 30 anys; després que les autoritats tsaristes tanquessin totes les universitats de Varsòvia arrel de la insurrecció de novembre, inclosa la principal escola de música, va ser l'única escola d'aquest tipus a la capital. Com a resultat, l’església protestant de Varsòvia es va convertir en un important centre musical de la ciutat.