La seva data de naixement se situa l'any 1529 a Sant Joan de Peu del Port, capital de la merindad de la Baixa Navarra durant l'edat mitjana i que Ferran el Catòlic incorpora a la Corona a les Corts de Burgos de 1515. Posteriorment a la partida de Carles I, la ubicació fronterera d'aquest territori amb el regne de França durant les Guerres d'Itàlia provoca l'emigració de la família Huarte, fidel a la corona espanyola.