Yanagita debytoi Japanin maajoukkueessa joulukuussa 1997. Hän kuului Japanin joukkueeseen myös MM-kilpailuissa 1999, 2003, 2007, kesäolympialaisissa 2004 ja 2008. Hän on pelannut 91 maaottelua ja tehnyt niissä 11 maalia.