Родился в США в семье украинского эмигранта и итальянки. Рано потерял мать и воспитывался своей бабкой из Львова. В молодости мечтал стать греко-католическим священником и с этой целью даже поступил в духовную семинарию в Стэмфорде. Но через пять лет учёбы, под влиянием атмосферы 60-х гг., бросил её и поступил в Мичиганский университет (византийский язык, история Балкан). Его наставником стал Роман Шпорлюк. Помимо учёбы Джон-Пол Химка принимает активное участие в антивоенных демонстрациях, протестах против расовой дискриминации и капитализма; был на фестивале в Вудстоке. Степень бакалавра получил в 1971 году.