Στην μεταπολεμική περίοδο, οι σχέσεις των δύο χωρών παρέμειναν εχθρικές, λόγω της Σοβιετικής υποστήριξης στους κομμουνιστές κατά την διάρκεια του Ελληνικού Εμφυλίου Πολέμου. Άλλος ένας παράγοντας ήταν το ότι πέρασε στην βρετανική σφαίρα επιρροής, σύμφωνα με την συμφωνία των ποσοστών του 1944 (για την Ελλάδα είχε οριστεί 90% βρετανική επιρροή και 10% σοβιετική). Επίσης, το πολιτικό γραφείο του Σοβιετικού κομμουνιστικού κόμματος απέστειλε προμήθειες, χρηματική και μη, στους Έλληνες κομμουνιστές. Επίσης, η Μόσχα δεν αναγνώρισε το δημοψήφισμα της 1ης Απριλίου 1946 για την αποκατάσταση της μοναρχίας. Ο Σοβιετικός ναύαρχος και πρεσβευτής Ροντιόνοφ, ανακλήθηκε τον Αύγουστο του 1946 και επανήλθε τον Ιανουάριο του επόμενου έτους.