2016 begann Babenko seine Trainerkarriere. Er übernahm das Amt als Assistenztrainer von Waleri Bragin der russischen U20-Nationalmannschaft, mit der er bei den U20-Junioren-Weltmeisterschaften 2017 und 2019 jeweils die Bronzemedaille gewann. Zwischen 2019 und 2021 war er Assistenztrainer beim HK Dynamo Moskau.