Boca disputó el 28 de noviembre de 2000 en Japón la Copa Intercontinental, donde llegaría otro de los momentos más trascendentales de la carrera de Riquelme. Román se destacó durante todo el partido y colaboró con el triunfo de Boca por 2 a 1, con una asistencia a Palermo de más de cincuenta metros. En los últimos minutos, aguantó la pelota se ganó la ovación de todo el estadio. Contra todo pronóstico, Boca se consagró campeón del mundo, y Europa ya le tenía el ojo visto al "10". Un mes después, se consagraría campeón del en la última fecha, y conseguiría una histórica triple corona. Román volvería a entrar en el Equipo Ideal de América y ganaría el Olimpia de Plata al Futbolista Argentino del Año, sus excelentes actuaciones dieron como resultado que el enganche fuese pretendido por otros clubes europeos como el Fútbol Club Barcelona y el Inter de Milán, elogiado por Pep Guardiola, futbolista del club hasta entonces, y por el director técnico Marcello Lippi.