Den seismiska aktiviteten är hög- och lågintensiva jordbävningar som förekommer i princip i hela landet, upp emot 1 500 om året, vilket gör det till ett av världens mest jordbävningsbenägna områden. Utöver detta drabbas Japan ofta av tyfoner och även tsunamivågor. År 1923 inträffade den Stora Kanto-jordbävningen nära Tokyo som förstörde stora delar av staden och orsakade 140 000 dödsoffer.