Inizia la stagione 2013-14 vincendo la Supercoppa di Francia grazie al 2-1 ottenuto il 3 agosto 2013 a Libreville contro il ; in questa partita Ibrahimović è autore dell'assist per il gol del pareggio di Ongenda. Il 23 ottobre 2013, nella partita della terza giornata della fase a gironi di Champions League vinta dal Paris Saint-Germain per 5-0 in casa dell', realizza una quaterna, diventando così il decimo giocatore a segnare 4 gol in una sola partita di Champions League. Il 27 novembre seguente, scendendo in campo contro l', diventa il diciottesimo calciatore a raggiungere le 100 presenze in Champions League. Conclude la stagione vincendo la Coupe de la Ligue (decisivo il suo contributo), non disputandone però la finale per infortunio, e bissando la vittoria della Ligue 1. A livello personale chiude con 41 reti in 46 partite (massimo personale in carriera), delle quali 26 in campionato che gli valgono il secondo titolo di capocannoniere. Inoltre, ai "Trophées UNFP du football", ottiene il titolo di miglior giocatore della Ligue 1 per la seconda volta e il premio per il gol più bello, grazie alla rete realizzata di tacco nella decima giornata contro il .