Die Nationale Evangelische Kirche Syriens und Libanons hatte ihre Anfänge zu Beginn des 19. Jahrhunderts, als presbyterianische Missionare aus Großbritannien und den USA im damaligen Osmanischen Reich aktiv waren und erste protestantische Gemeinden mit arabischen Gläubigen in Beirut und Hasbaya entstanden. Zu den ersten Missionaren gehörten Isaac Bird und William Kodel, die 1823 in Beirut ankamen. Die osmanischen Behörden erkannten den evangelischen Glauben im Jahre 1848 an. 1860 wurde die presbyterianische Gemeinde in Damaskus gegründet, und 1866 wurde als erste evangelische Kirche im heutigen Syrien die Kirche an der Dawamneh-Straße in der Altstadt von Damaskus eröffnet. Nach dem Ende der osmanischen Herrschaft konstituierte sich 1920 die Nationale Evangelische Synode Syriens und Libanons. 1959 übernahm die einheimische arabische Kirche die gesamte Verantwortung für die Arbeit der vormaligen Missionswerke aus den USA, Frankreich, Dänemark, den Niederlanden und der Schweiz. Durch den Bürgerkrieg in Libanon von 1975 bis 1990 wurden zahlreiche Kirchen zerstört und beschädigt, und viele Christen wanderten aus Libanon aus, insbesondere in die USA und nach Australien. 2006 wurde die Zahl der Mitglieder nur noch mit 6000 angegeben. Ebenso verheerend wirkte sich auch der Bürgerkrieg in Syrien seit 2011 aus, in dem viele Kirchen mutwillig zerstört wurden, so auch die evangelische Kirche im Stadtteil al-Dschudaide von Aleppo, die am 6. November 2012 mit unterirdischen Sprengsätzen islamistischer Rebellen gesprengt wurde. Am 25. Dezember 2015 wurde eine neue Nationale Evangelische Kirche in Aleppo zunächst vorläufig für Gottesdienste geöffnet und am 9. Januar 2019 in einem Festgottesdienst offiziell eingeweiht. Viele evangelische Flüchtlinge aus Syrien mit ihren Kindern waren auch 2019 noch in Libanon untergebracht, wo viele von ihnen von evangelischen Einrichtungen in verschiedenen Orten des Landes betreut wurden.