Le après la défaite de la France, le Conseil national tchécoslovaque décide de former une structure gouvernementale provisoire avec Beneš comme président, l'évêque Jan Šrámek comme chef de gouvernement et Jan Masaryk aux Affaires étrangères. Ce gouvernement en exil est reconnu par le gouvernement britannique le , par l'URSS après l'attaque allemande et par les États-Unis après l'attaque de Pearl Harbor. Ce n'est qu'en 1942 que l'ensemble des alliés dénoncent les accords de Munich et reconnaissent ainsi la continuité entre la première république tchécoslovaque et le gouvernement de Beneš.