Öarna intogs av Marathadynastin under 1600-talet. Sedan ingick öarna i Brittiska Indien, och användes då som landsförvisningsort för upproriska indier. Japan ockuperade öarna under andra världskriget. Jordbävningen i Indiska oceanen 2004 drabbade territoriet svårt, med uppskattningsvis 6 000 döda eller saknade. Värst drabbat blev Nikobarerna, eftersom dessa inte är så kuperade.