Visti i buoni risultati ottenuti, per il 1962 venne assunto come pilota ufficiale della Ferrari. L'annata si rivelò, per un insieme di fattori, molto difficile e Baghetti non riuscì a replicare i successi dell'anno precedente. All'esordio stagionale ottenne subito un quarto posto in Olanda e giunse quinto in Italia. Il suo miglior risultato fu comunque un secondo posto al Gran Premio del Mediterraneo, gara non valida per il campionato. A fine anno Baghetti decise di seguire Phil Hill ed altri ferraristi, tra cui l'ingegner Carlo Chiti, alla A-T-S dopo che questi avevano lasciato la Ferrari.