1962 yılıyla beraber Cabral önderliğinde PAIGC Gine’deki Portekiz sömürge yönetimine karşı silahlı gerilla mücadelesi başlatır. Savaşın amacı Portekiz Gine’si ve Cape Verde’nin bağımsızlığıdır. Savaş ilerledikçe PAIGC bazı bölgelerin denetimini eline geçirecek ve Cabral buralarda hüküm sürecektir. Bağımsızlık savaşı başlamadan önce bile Cabral savaşçılarının eğitimi için komşu Gana’da Kwame Nkrumah’ın izniyle eğitim kampları açacaktır. Cabral burada verdiği eğitimlerde yetişen gerilla komutanlarından yerel kabileleri kendi saflarına çekmeleri gerektiğinden bahsedecektir. Kendisi ziraat mühendisi olduğundan askerlerinin gıda ihtiyacının ve yerel halk ile kaynaşma zorunluluğunun bilincindedir. Askerleri aracılığıyla yerel halka daha iyi tarımsal ürün etme yollarını öğreten Cabral toprakların verimliliğini artıracak ve bu sayede askerleri de doyacaktır. Askerler boş zamanlarında köylülerle birlikte tarlalarda çalışacak ve hasadın kaldırılmasına yardım edeceklerdir. Ayrıca Cabral ve PAIGC özellikle köylülerin ürünlerini koloni yönetiminin verdiği fiyatın üstünde satabildiği bir trampa pazarı oluşturur. Bu pazarda köylünün ihtiyacı olan işlenmiş ürünler koloni yönetimin sattığı fiyatın altında olur. Savaş sırasında Cabral, SSCB ve İsveç’den alınan yardımlar sayesinde gezici bir hastane oluşturacak, burada yaralı askerlerinin yanı sıra yerel halkın hastalıklarına ücretsiz bakılacaktır. Gezici olan hastane ve pazar gibi uygulamalar önce sabit olsa da Portekiz Ordusunun saldırılarından sonra gezici olmasına karar verilmiştir. 1972 yılında Cabral bağımsızlık kararı için bir Halk Meclisi oluşturma girişimlerine başlayacak ancak Portekiz ajanlarının da yardımıyla yerel bir düşmanı tarafından öldürülecektir. 20 Ocak 1973 tarihinde Conakry’de öldürülen Cabral’ın yerine kardeşi Luis Cabral geçecek ve bağımsızlığın kazanılmasından sonra Cumhurbaşkanı olacaktır.