Em 1602, missionários agostinianos também chegaram ao Japão, e quando Tokugawa Ieyasu tomou o poder em 1603, o catolicismo ainda era tolerado. Muitos daimiôs católicos foram importantes aliados na Batalha de Sekigahara, e os Tokugawa ainda não eram fortes o suficiente para ficarem contra eles. Uma vez que o Castelo de Osaka foi tomado e a prole de Toyotomi Hideyoshi foi morta, o domínio Tokugawa foi assegurado. Além disso, a presença holandesa e os inglesa permitiu o comércio sem envolvimento religioso. Então, em 1614, o catolicismo foi oficialmente banido e todos os missionários receberam a ordem para irem embora. A maioria dos daimiôs católicos apostataram, e forçaram seus subordinados a fazerem o mesmo, apesar de alguns não renunciarem a religião e partirem para Macau, Luzon e outras cidades com grande número de japoneses no sudeste asiático. Uma brutal campanha de perseguição seguiu-se, com milhares de cristãos em Kyūshū e outras partes do Japão mortos, ou forçados a renunciarem sua religião.