В июле 1941 года началась подготовка института к эвакуации. На базе нетранспортабельного оборудования — радиостанции, телеграфной лаборатории и дизельной электростанции, в лабораторных корпусах института был создан узел связи Приморской армии, сыгравший важную роль в героической обороне Одессы. Первоначально институт эвакуировали в казахстанский город Гурьев, однако там он не смог начать работу из-за отсутствия необходимых помещений. ОИИС был перебазирован в Ташкент. Туда же в октябре 1941 года был эвакуирован Московский институт инженеров связи (МИИС). Для повышения эффективности работы преподавателей и рационального использования лабораторного оборудования Одесский институт временно вошёл в состав МИИСа. Директором объединённого института в апреле 1942 года был назначен В. А. Надеждин.