Была основана в 1994 году после геноцида в Руанде, в результате которого несколько сотен тысяч человек (преимущественно народности тутси) были убиты в самом сердце Африки. В это время доктор Давит Завде (), врач в Эфиопии, организовал медицинскую бригаду из Кигали, чтобы помочь пострадавшим. Формально основанная в Аддис-Абебе, в течение нескольких месяцев его открытия, AHA послала две команды молодых специалистов в области здравоохранения и оказанию помощи в Руанду. Эти специалисты родом из семи африканских странах — Бенин, Камерун, Эфиопия, Гвинея, Малави, Руанда и Сенегал, став первой в Африке неправительственной организацией, работающей в Руанде. Команды AHA были развернуты в двух медицинских центрах, один в Северо-Западном регионе в Таре в префектуре Кигали и второй при Кабарондо в префектуре Кибунго на юго-востоке страны. Они предоставили круглосуточную неотложную медицинскую помощь и стационарное лечение. По окончании геноцида, AHA решили продлить своё присутствие в других странах Африки. К концу 1995 года организация действовала в Уганде, Анголе и начала свою деятельность в Эфиопии.