Lors de sa mise en service le 20 avril 1944, le "I-55" était basé dans le district naval de Kure et affecté au "11 escadron de sous-marins" de la "6 Flotte". Fin juin 1944, il fut sélectionné pour être converti afin de porter l'arme navale spéciale n°8, une version du ballon-bombe Fu-Go qui pouvait être lancée en mer, la conversion impliquant l'installation d'hydrogène et d'équipement de lancement de ballon. Entre-temps, cependant, la Flotte combinée avait activé l'opération A-Go pour la défense des îles Mariannes le 13 juin 1944, et la campagne des Mariannes avait commencé avec tinvasion américaine de Saipan le 15 juin. Avant que sa conversion ne puisse commencer, le "I-55" fit route de Kure le 30 juin 1944, fit escale à Yokosuka du 1er au 6 juillet 1944, puis partit pour Guam en remorquant un conteneur de canon Unpoto, un containeur de 70 pieds (21,3 m) qui pouvait transporter jusqu'à 15 tonnes de marchandises, généralement trois obusiers Type 96 de 15 centimètres (5,9 pouces) et de leurs munitions.