Nach dem Beginn des Überfalls auf Polen im September 1939 übersiedelte er in das von der Sowjetunion besetzte Ostpolen. Wegen seines fortgesetzten politischen Engagements wurde Bader 1940 festgenommen und zu schwerer Zwangsarbeit in Nordrussland verurteilt. Nachdem er 1941 aufgrund der Bestimmungen des Sowjetisch-Polnischen Übereinkommens freigelassen wurde, verließ er die Sowjetunion und trat im August 1942 in die Anders-Armee ein.