Obwohl die "Obrana národa" die größte Widerstandsorganisation des tschechoslowakischen Widerstandes war, musste sie mehrere Verhaftungswellen verkraften, die ihre Schlagkraft teilweise wesentlich schwächten. Der Gestapo gelang es bereits früh, in die Strukturen der ON einzudringen, so dass im Herbst 1939 und anfangs 1940 die ersten Verhaftungen erfolgen konnten, die viele Hunderte Personen trafen, darunter die Führungsebene der Widerstandsorganisation. Viele der Verhafteten wurden bei Verhören gefoltert, in Konzentrationslager deportiert, einige zum Tode verurteilt und hingerichtet. Durch diese Verhaftungen wurden zahlreiche Verbindungen zu und zwischen den lokalen Gruppen zerstört. Ein weiterer Schlag geschah durch die zweimalige Ausrufung des Standrechts 1941 und 1942 nach dem Attentat auf Heydrich. Das führte zu weiteren umfangreichen Verhaftungen und vielen Hinrichtungen. Nach der Verhaftung von General Bedřich Homola im Dezember 1941, der an der Spitze von ON stand, wurde durch den General Zdeněk Novák die Struktur im Zeitraum 1942/1943 neu aufgebaut. Auch er wurde jedoch im Juni 1944 verhaftet und musste durch General František Slunečko ersetzt werden.