翌1999年に移籍したジョーダンは国際F3000時代にも所属している旧知のチームで、この年のマシンは常に表彰台を争える速さと信頼性を備えており、戦える環境が揃っていた。開幕戦で2位表彰台を獲得し好調なスタートを切り、雨中の乱戦となったフランスGPでは、巧みな燃費走行とピット戦略でワールドチャンピオンのミカ・ハッキネンを破って勝利。イタリアGPでもフロントローから自身初のドライコンディションでの勝利を挙げ2勝目（通算3勝目）を挙げ、チャンピオンを射程にとらえた。そして、ヨーロッパGPでポールポジションを獲得し、レースもリードし優勝も見えていたが電気系トラブルによりリタイアとなったため、タイトル獲得の可能性はここで途絶えた。それでも、予選、決勝共にエースドライバーの元チャンピオンのチームメイト・ヒルを凌駕（予選14勝2敗、決勝13勝2敗1分、ポイント54対7）し、優勝2回も含めた表彰台6回とポールポジション1回を獲得し、終盤までチャンピオン争いに食い込む活躍を見せ、ハッキネン、アーバインに次ぐランキング3位を獲得した。