Nach Beginn des griechischen Unabhängigkeitskampfes wurde Gregor V. als Ethnarch der griechischen Religionsgemeinschaft im Osmanischen Reich vom Sultan Mahmud II. für sein Unvermögen, den griechischen Aufstand zu unterdrücken, getadelt. Der Patriarch hatte anscheinend heimliche Verbindungen mit Rebellen, doch öffentlich ermahnte er im Jahr 1821 die Griechen zum Gehorsam gegenüber dem Staat. Am 21. März 1821 verhängte er über Aufständische einen Kirchenbann. Seine nächste Umgebung versuchte vergeblich, den Patriarchen zu überzeugen, Konstantinopel im Hinblick auf seine potenzielle Gefährdung bei einer griechischen Revolution zu verlassen, welche schließlich am 25. März 1821 ausbrach.