A Família Real Portuguesa transfere-se para o Brasil devido ao receio de ser deposta, à semelhança do que ocorrera nos países recentemente invadidos pelas tropas francesas: Napoleão acumula o título de rei de Itália, dando o título de rei de Nápoles ao seu irmão José Bonaparte, a quem posteriormente situou no trono da Espanha; nos Países Baixos a coroa é dada a seu irmão Luís Bonaparte (Luís I da Holanda). Em 1801, o primeiro-ministro de Espanha, Manuel Godoy apoiado por Napoleão invadiu Portugal por breves meses e, no subsequente Tratado de Badajoz, Olivença passou para a coroa de Espanha, mais tarde também ocupada pelos franceses. Portugal continuou a fazer frente à França e, ao recusar-se a cumprir o bloqueio naval às Ilhas Britânicas, foi iniciada a Primeira invasão francesa de Portugal, pela coligação franco-espanhola liderada pelo Marechal Junot. A família real transfere-se para o Brasil a 29 de Novembro de 1807 deixando Portugal a mercê do invasor. Junot invade Lisboa sendo nomeado governador de Portugal. A 1 de Agosto de 1808, o Duque de Wellington desembarca em Portugal e tem início a Guerra Peninsular. Entre 1809 e 1810, o exército luso-britânico lutou contra as forças invasoras de Napoleão, nomeadamente na Batalha do Buçaco. Quando Napoleão foi derrotado em 1815, Maria e a família real encontravam-se ainda no Brasil. Dos membros da realeza, porém, foi a que se manteve mais calma, chegando a declarar: "Não corram tanto, vão pensar que estamos a fugir".