Farsalia puso fin a la guerra entre el Primer Triunvirato pero no a la guerra civil entre romanos, poniendo fin a las esperanzas de los cesarianos de una victoria rápida. Dos hijos de Pompeyo, Cneo y Sexto, y la facción pompeyana, dirigida ahora por Metelo Escipión y Catón, quienes sobrevivieron y lucharon por su causa en el nombre de Pompeyo el Grande. César pasó los próximos años acabando con los restos de la facción senatorial, pero como reflexionó Cicerón después de Tapso, la superioridad militar la había ganado César en Farsalia irrevocablemente. Además, el mando senatorial (incluido Pompeyo) se había desacreditado al abandonar al ejército a su suerte.