פרר חזר מההשאלה ועלה לסגל הקבוצה הבוגרת של ברצלונה, אותה אימן ההולנדי יוהאן קרויף. כבר בעונתו הראשונה בברצלונה, עונת 1990/91, באופן די עקבי, ואת הופעת הבכורה ערך במחזור הראשון של הליגה, בדרבי נגד אספניול בו ניצחה ברצלונה 1-0. באותה עונה זכתה ברצלונה באליפות ספרד, ופרר השתתף ב-26 משחקים. בעונת 1991/92 כמות המשחקים בהם שותף פרר צומצם. בקלאסיקו מול ריאל מדריד ב-19 באוקטובר 1991 הורחק פרר בכרטיס אדום, בפעם הראשונה בקריירה שלו, והמשחק הסתיים בתוצאה 1-1. הוא השתתף במשחק הגומלין של הסופר קאפ הספרדי, בו סיימה ברצלונה בתיקו 1-1 עם אתלטיקו מדריד, וזכתה בתואר בזכות תוצאה מצטברת 2-1. הוא שיחק ב-16 משחקים בליגה, בהם הבקיע את שערו היחיד בליגה הספרדית, בניצחון 4-0 על אספניול ב-31 במאי 1992, וברצלונה זכתה באליפות שנייה ברציפות. בליגת האלופות שותף פרר ב-4 משחקים, כולל כל 120 הדקות במשחק הגמר מול סמפדוריה, בו ניצחה ברצלונה 1-0 בהארכה וזכתה בתואר בפעם הראשונה בתולדותיה.