In haar tweede jaar bij de Zweedse club beleefde ze een goed seizoen. Ze werd uitgeroepen tot beste speelster van haar club en werd gedeeld topscorer van de Damallsvenskan. Ze scoorde in totaal 23 doelpunten, een aantal dat ook wereldvoetbalster van het jaar Marta bereikte. Marta scoorde de laatste speeldag zes keer, waardoor ze het aantal van Melis evenaarde. Melis bereikte het aantal van 23 doelpunten na twintig speelronden. Op 8 oktober 2008 brak Melis haar kaakbeen in de kwartfinale van de beker. Ze was hierdoor zeker vijf weken uitgeschakeld en miste hierdoor de play-offs met het Nederlands elftal voor het EK 2009 tegen Spanje. Ook werd bekend dat ze haar contract met drie jaar verlengde bij Malmö. Haar club eindigde dat jaar, evenals het jaar daarvoor, op een derde plek in de competitie.