Nel 1944 con l'aiuto dei servizi segreti britannici, fuggì in Egitto, dove gli viene assegnato il grado di tenente. Nel 1945 tornò in Grecia dove partecipò alla fondazione di "IDEA", organizzazione segreta nazionalista e prese parte alla Guerra civile greca (1946-1949) dove ottenne la medaglia d'oro per atti eccezionali e croce di guerra. Durante gli anni cinquanta ha ricoperto varie unità in posizione elevata ed è stato addestrato negli Stati Uniti e nel 1961 raggiunse il grado di tenente colonnello. Era stato anche membro dei servizi segreti greci (Kyp). Nel 1964 Papadopoulos fu trasferito ad una divisione di artiglieria in Tracia.