Церковь Святого Иакова была выстроена на месте одноимённой церкви, разрушенной в 1679 году землетрясением. Восстановление храма состоялось благодаря тбилисскому богатому армянину Акопяну, а также стараниям местных жителей. В 1868 году при церкви была открыта епархиальная школа имени святого Саака Партева, которой заправлял архимандрит Месроп Смбатянц. В годы существования Армянской ССР церковь была закрыта и переоборудована в склад, но в 1990 году снова была открыта и реконструирована на государственные средства. 7 октября 2004 года по распоряжению премьер-министра Андраника Маргаряна церковь включена в Государственный список недвижимых памятников истории и культуры города Еревана и Перечень недвижимых историко-культурных памятников города Еревана под номером 1.12 / 6.