Bir subay olarak, 1969 askeri darbesinden sonra iktidara geldi. Ülkedeki tek yasal siyasi varlık olan Sudan Sosyalist Birliği ile tek partili bir devlet kuran Numeyri, sosyalist ve Pan-Arabist politikalar izledi ve Mısır'dan Cemal Abdünnasır ve Libya'dan Muammer Kaddafi ile yakın işbirliği yaptı. 1971'de Numeyri, Sovyet yanlısı bir darbe girişiminden kurtuldu, ardından Çin'den Mao Zedong (ona önemli askeri ve ekonomik yardım sağladı) ve nihayetinde ABD ile ittifak kurdu. 1972'de Birinci Sudan İç Savaşı'nı sona erdiren Addis Ababa Anlaşması'nı imzaladı. İktidardaki son yıllarında İslamcılığı da benimsedi ve 1983'te İkinci Sudan İç Savaşı'nı hızlandırarak ülke genelinde şeriat yasasını dayattı. 1985'te iktidardan indirildi ve Mısır'a sürgüne gitti. 1999'da geri döndü ve 2000'deki Cumhurbaşkanlığı seçimlerine katıldı, ancak başarısız oldu.