18 марта 1939 года на базе командования австрийских ВВС был создан 4-й воздушный флот, командующим которым назначен Лёра. Одновременно он стал именоваться «командующим люфтваффе на Юго-Востоке». В апреле 1941 года вместе с Куртом Штудентом обеспечивал руководство операцией по захвату Крита. С началом Германо-советской войны флот Лёра поддерживал действия группы армий «Юг». В декабре 1941 года возглавил 2-й воздушный флот, который был переброшен на Балканы, при этом Лёр сохранил за собой пост командующего на Юго-Востоке. 2 июля 1942 года одновременно стал командующим развернутой на Балканах 12-й армией, которая находилась в непосредственном подчинении ОКВ — то есть в руках Лера сконцентрировалось руководство всеми вооруженными силами на Балканах. 28 декабря 1942 года командование армии было переформировано в штаб группы армий «Е» (командование на Юго-Востоке) во главе с Лёром. В марте 1943 года командование флота было разделено, сформирован штаб нового 2-го воздушного флота и командование люфтваффе на Юго-Востоке. Последнюю должность сохранил за собой Лёр. Под его руководством на территории Балкан, прежде всего в Югославии, осуществлялся жесткий оккупационный режим. В августе 1944 года начал эвакуацию. 1 октября советские войска форсировали Дунай и разбили 34-й армейский корпус, а 14 октября болгарские войска вошли в Ниш, отрезав Лёру путь к отступлению. Лёр провел сложный маневр по труднодоступной местности у Адриатического побережья, сорвав планы противника окружить его войска. 15 мая 1945 года добровольно сдался югославской власти. 16 февраля 1947 года югославским военным трибуналом в Белграде приговорен к смертной казни. Расстрелян.