Lasciate le moto, fece il suo esordio nelle gare automobilistiche con un'Alfa Romeo a Montlhéry nel 1960. Dopo qualche gara in Formula Junior passò alla Formula 1 nel 1962, durante i primi anni di carriera corse per varie scuderie private. Nel 1964 firmò un lungo sodalizio con il Rob Walker Racing Team che durò fino al 1969. Durante questo periodo di tempo divenne uno dei migliori piloti in circolazione conquistando la sua prima vittoria al Gran Premio di Gran Bretagna 1968 (l'ultimo successo per un team privato). Passato alla BRM, nel 1971 ottenne la seconda e ultima vittoria in carriera. A fine anno trovò infatti la morte durante una gara non valida per il campionato a causa della rottura di una sospensione, confermata solo dopo molti anni da un ex-meccanico della scuderia BRM. Dopo i funerali, la salma di Siffert venne tumulata nel cimitero di San Leonardo a Friburgo.