Während des Bosnienkrieges gehörte Janja zu den ersten Zielen der jugoslawischen Invasion und durchlebte wie ein großer Teil Ostbosniens ethnische Säuberungen gegenüber der nicht-serbischen Bevölkerung. So verließen tausende, meist Muslime, Janja und leben verstreut über 55 Staaten. Ein großer Teil der Binnenflüchtlinge ist langsam nach dem Jahr 2000 zurückgekehrt.