Conobbe Napoleone Bonaparte a Passariano nel 1797, il quale gli affidò l'organizzazione di un convoglio marittimo per la Campagna d'Egitto, dove svolse la funzione di ammiraglio. Partecipò quindi alla presa de La Valletta (Malta, 10 giugno 1798). Comandante di una divisione dell'Armata d'Oriente, il 21 luglio partecipò alla Battaglia delle Piramidi. Per i sei mesi successivi si dedicò alla caccia di Murad Bey, il comandante egiziano che con i suoi mamelucchi conduceva azioni di guerriglia contro i francesi, sostenuto anche dai rifornimenti che gli giungevano dalla penisola araba. Le sue continue scorrerie facevano sì che l'autorità dei francesi nei villaggi egiziani fosse rimessa continuamente in discussione e nessuno di questi potesse dirsi sicuro. A capo di un reparto di poco meno di tremila uomini e praticamente privo di artiglieria, non diede tregua al nemico sfuggente battendolo ad Al Lahun (ottobre 1798), a Samhud (gennaio 1799) e ad Abnud (marzo 1799), finché Murad si trovò praticamente abbandonato dalle sue stesse truppe, stanche e mal ridotte da combattimenti dei quali non si scorgeva la conclusione.