Şəfiqə Əfəndizadə wurde 19. März 1882 im Dorf Azquri in der Region Achalziche in der Familie des bekannten Pädagogen Məmmədəmin Şeyxzadə geboren. Məmmədəmin Şeyxzadə beschäftigte sich mit östlicher und europäischer Literatur. Zu dieser Zeit erhielt er regelmäßig Publikationen wie "Kəşkül", "Tərcüman", "Kaspi", die in Tiflis, Baku und auf der Krim erschienen, und informierte seine Familie über Ereignisse und Neuerungen im Kaukasus und in der Welt. Dadurch begann sich Şəfiqə für die Presse zu interessieren. Sie schrieb kurze Artikel und Geschichten und las sie ihrem Vater vor. Əfəndizadə erhielt ihre erste Ausbildung zu Hause von ihrem Vater und lernte neben ihrer Muttersprache auch Arabisch, Persisch und Russisch. Nach dem bolschewistisch-daschnakischen Massenmord an der türkisch-muslimischen Bevölkerung im März 1918 floh sie aus Baku und lebte in Quba, Azquri und Istanbul. Im April 1919, nach dem Sieg der Demokratischen Republik Aserbaidschan, kehrte Əfəndizadə nach Baku zurück und nahm ihre pädagogische Arbeit wieder auf.