Unter dem Kommando von Kapitän Thomas Bladen Capel nahm die "Phoebe" 1805 an der Kampagne teil, die zur Schlacht von Trafalgar führte. Die Fregatte gehörte zu den Schiffen, die nach der französisch-spanischen Flotte suchten, und fand diese am 29. März, konnte aber die britische Hauptflotte nicht heranführen, da der Kurs Pierre de Villeneuves in Richtung Atlantik nicht erkennbar war. In der Seeschlacht am 21. Oktober 1805 stand das Schiff am linken Flügel der britischen Flotte, spielte aber keine aktive Rolle, da es viel zu verwundbar für das Feuer der schweren Linienschiffsgeschütze war. In dem auf die Schlacht folgenden Sturm war die "Phoebe" an den Bemühungen zur Rettung zweier Prisen, des französischen Linienschiffs "Swiftsure" und des spanischen Linienschiffs "Bahamas" beteiligt.