Der türkischstämmige Doğan begann in Bonn beim 1. FC Ringsdorff-Godesberg mit dem Fußballspielen. Von dort ging er 1991 in die Jugend des Bonner SC und 1997 weiter zu Bayer 04 Leverkusen. Bei Bayer schaffte er den Sprung in die Männermannschaft, wurde allerdings überwiegend im Reserveteam eingesetzt und bestritt für dieses 59 Partien in der Regionalliga Nord (in denen ihm sechs Tore gelangen) sowie 33 Oberligaspiele (neun Tore). Im Jahr 2001 war er für Deutschland Teilnehmer an der Junioren-Fußballweltmeisterschaft 2001. Als die erste Mannschaft von Bayer 04 in der Bundesliga-&lt;a href="Fu%C3%9Fball-Bundesliga%202002/03"&gt;Saison 2002/03&lt;/a&gt; jedoch vermehrt in Abstiegsgefahr geriet und Spieler für die Bundesligapartien geschont werden sollten, kam Doğan in der Champions League gegen Manchester United und den FC Barcelona zu seinem Pflichtspieldebüt für die A-Mannschaft.