Erste internationale Erfahrungen sammelte Barbora Malíková bei den U18-Weltmeisterschaften 2017 in Nairobi, bei denen sie in 52,74 s die Goldmedaille gewann. Anschließend gewann sie beim Europäischen Olympischen Jugendfestival (EYOF) in Győr die Silbermedaille und schied mit der tschechischen 4-mal-100-Meter-Staffel in der ersten Runde aus, gewann aber mit der Sprintstaffel (1000 Meter) in 2:13,64 min die Bronzemedaille. Im Jahr darauf siegte sie bei den U18-Europameisterschaften ebendort in 52,66 s über 400 Meter und gewann auch mit der Sprintstaffel (1000 Meter) die Silbermedaille hinter der Mannschaft aus Italien. Mitte Oktober siegte sie zudem auch bei den Olympischen Jugendspielen in Buenos Aires in 54,68 s. 2019 gewann sie dann bei den U20-Europameisterschaften im schwedischen Borås in 52,37 s die Bronzemedaille und stellte damit einen neuen U20-Landesrekord auf. Bei den World Athletics Relays 2021 im polnischen Chorzów verpasste sie mit 3:21,05 min den Finaleinzug in der Mixed-Staffel.