בשנת 2000 הוא התמנה לחוקר הראשי של הפצצת הצוללת USS Cole. כשניתן לו תעתיק מחקירותיו של פאהד אל-קוזו, הוא הבחין בהתייחסות לאפגני עם רגל אחת בשם "ח'אלד", שהוא זכר כמקור שזוהה שנים קודם לכן בשם וואליד בן עאטש; פרט זה עזר ל-FBI לאתר את עבד אל-רחים אל-נאשירי. בעקבות הפיגועים ב-11 בספטמבר היה סופאן אחד משמונה סוכני ה- FBI שדיברו ערבית, והיחיד בעיר ניו יורק, עמיתים דיווחו שהוא ישב על הרצפה עם חשודים, הציע להם תה והתווכח על דת ופוליטיקה בערבית שוטפת, תוך כדי השגת מידע.