Selama Pertempuran Kharkov Ketiga, Peiper memimpin batalion ketiga dari Resimen Panzergrenadier Kedua, yang merusak lini Soviet untuk menyelamatkan Divisi Infantri yang terkepung. Memimpin ambulans kembali ke lini Jerman, ia menemukan rutenya diblokir oleh batalion ski Soviet yang menghancurkan jembatan utama di Sungai Udy. Unitnya bertempur di kota dan memperbaiki jembatan tersebut, mengamankan jalan bagi ambulans-ambulans kembali ke lini Jerman. Jembatan yang diperbaiki, bagaimanapun, tak sanggup menahan unit berat dan senjata penyerang. Peiper memerintahkan orang-orangnya untuk berjaga di belakang lini Soviet dan menemukan jalan keluar lain. Mereka lalu berhasil kembali ke lini Jerman dengan angka kematian rendah.