La chiesa sopravvisse ad alcuni gravi episodi: nel 1761 un incendio dalle conseguenze del quale la chiesa fu restaurata appena nel 1767; nel 1772 un nuovo incendio costrinse i religiosi a trasferirsi in quello dei gesuiti, abbandonato dal momento della loro espulsione; errori scoperti nella costruzione; la morte di Fra' Vicente Muñoz; la decadenza di Salta a causa della guerra d'indipendenza che ne ritardò la definitiva conclusione della costruzione.