В 1975 году в Ливане началась многолетняя гражданская война. 22-летний Самир Джааджаа прервал учёбу и активно включился в фалангистскую милицию. Продемонстрировал эффективные боевые и командные качества. Возглавлял «спецназ» фалангистов, подчинённый Баширу Жмайелю-младшему. Был одним из ведущих командиров правохристианского ополчения Ливанские силы. (Из-за войны Джааджаа не успел полностью завершить медицинское образование.)