Vier Jahre später erhielt er seine erste Berufung für die A-Nationalmannschaft und spielte mit dieser bei der Asienmeisterschaft 2000 im Libanon. Dort kam er in drei Spielen zum Einsatz. Sein Debüt beim Asien-Cup gab der Verteidiger am 14. Oktober 2000 beim 4:1-Sieg gegen Saudi-Arabien. Trotzdem musste er für die beiden folgenden Gruppenspiele und das Viertelfinale seinen Platz räumen. Erst im Halbfinale und schließlich im Endspiel um den Titel war Matsuda wieder im Einsatz. Das Finale, erneut gegen Saudi-Arabien, gewann die Japaner mit 1:0, so dass der Defensivspieler seinen ersten großen Erfolg im Nationaltrikot feiern konnte. Im Folgejahr war Matsuda Teil des Aufgebots von Trainer Philippe Troussier beim Confederations Cup 2001. Japan schaffte es auch hier bis ins Finale. Matsuda, mit vier Einsätzen von möglichen fünf, stand bei der 0:1-Finalniederlage gegen Frankreich in der Starformation seines Verbandes und absolvierte die volle Spielzeit. 2002 wurde der Abwehrspieler wieder von Troussier berufen, um an der WM im eigenen Land teilzunehmen. Zusammen mit Tsuneyasu Miyamoto und Kōji Nakata bildete Matsuda die Defensive seines Teams. Nachdem man die Vorrunde als Gruppensieger bewältigte, scheiterte die Mannschaft am späteren Drittplatzierten Türkei mit 0:1 im Achtelfinale. Matsuda war neben Koji Nakata und Seigō Narazaki der einzige Akteur, der keine Minute seines Teams bei der WM verpasste.