Dans les années 1960, Paisley et l'UPA font campagne contre la politique de rapprochement avec la république d'Irlande initiée par le Premier Ministre d'Irlande du Nord Terence O'Neill, et ses rencontres avec le Premier ministre de la république d'Irlande, Seán Lemass, ancien membre de l'IRA qui avait participé à l'Insurrection de Pâques 1916. L'UPA s'oppose aux projets d'O'Neill en ce qui concerne l'octroi de droits civiques aux membres de minorité catholique de la province nord-irlandaise, en particulier en ce qui concerne le découpage des circonscriptions électorales pour les élections locales. L'exigence de l'UPA que la police procède au retrait du drapeau de l'Irlande, hissé devant les bureaux du Sinn Féin à Belfast, provoque deux jours d'émeutes. À la suite de ces émeutes, Duff et James McCarroll sont élus au conseil municipal de Belfast pour l'UPA. En 1966, le groupe est dissous en tant que mouvement et est refondé en tant que Parti unioniste protestant.