La fin du entraîna l'Autriche dans les tourments des Guerres de la Révolution française, durant lesquelles l'armée impériale se retrouva peut-être face à son plus grand défi : Napoléon Bonaparte. Vaincue et humiliée par ce dernier à de nombreuses reprises, elle perdit de sa puissance et ne put empêcher l'invasion de l'empire des Habsbourg. L'affaiblissement du Saint-Empire romain puis sa dissolution en 1806 sonna le glas de la séculaire "Kaiserliche Armee", et un besoin urgent de réformes se fit ressentir, notamment sous l'impulsion de Charles-Louis d'Autriche. L'occasion se présenta à la suite de la proclamation du nouvel Empire d'Autriche : l'archiduc s'inspira fortement du modèle napoléonien en créant des corps d'armée auxquels il adjoint une force de réserve ("Landwehr"), le tout renforcé par des troupes bien plus homogènes et fiables que sous l'antique Saint-Empire. Malgré de graves défaites (notamment à Wagram), la toute nouvelle armée impériale autrichienne (en allemand "Kaiserliche-Königliche Armee") apprenait de ses erreurs et se révéla progressivement capable de tenir tête aux Français.