Die bereits wirtschaftlich angeschlagene "Sabena" stellte ihren Betrieb infolge der Terroranschläge vom 11. September 2001 und des Konkurses der Haupteigentümerin "Swissair" am 6. November 2001 ein. Von nun an kooperierte "Virgin Express" mit der Nachfolgegesellschaft "SN Brussels Airlines", welche der "SN Airholding" gehörte. Im Jahr 2005 kaufte diese Holding die Fluggesellschaft "Virgin Express" auf. Diese setzte den Betrieb zunächst unter ihrem bisherigen Markenauftritt fort und wurde im März 2006 mit der Schwesterfluggesellschaft "SN Brussels Airlines" fusioniert. Aus dem Zusammenschluss ging "Brussels Airlines" hervor, die ihren Flugbetrieb unter diesem Namen im März 2007 aufnahm.