En , les avocats généraux de la RDA entreprirent sur la base d'une procédure constitutionnelle une information judiciaire pour abus de pouvoir et haute trahison contre Erich Honecker. Il est arrêté le par des policiers est-allemands à sa sortie de l'hôpital où il avait été opéré d'une tumeur maligne aux reins, mais fut relâché quelques jours plus tard. Avec sa femme, il trouva tout d'abord refuge à , chez la famille du pasteur , quand la justice de Berlin prononça un mandat d'arrêt contre lui sur la base de la procédure constitutionnelle introduite avant la réunification. Sur ce, le couple s'enfuit à l'hôpital militaire des forces soviétiques à Beelitz et partit ensuite quelques mois plus tard, le , à Moscou. Comme il devenait de plus en plus évident que les anciens alliés de l'URSS ne seraient plus protégés par la direction soviétique sous Gorbatchev et encore moins après l'échec du putsch des communistes en août 1991 et l'arrivée au pouvoir du président Boris Eltsine, Erich et Margot Honecker s'enfuirent à l'ambassade du Chili, puisque, à l'époque, la RDA avait garanti l'asile à des milliers de Chiliens après la chute de Salvador Allende mais aussi parce que leur fille Sonja avait épousé un Chilien. Ironiquement, Erich Honecker fut le dernier fugitif est-allemand à se réfugier dans une ambassade étrangère, alors que dans les années 1980, un grand nombre d'Allemands de l'Est tentèrent de passer à l'ouest en se réfugiant dans les ambassades des pays occidentaux afin d'obtenir ensuite une sortie du territoire. Selon les souvenirs de Margot Honecker, la Corée du Nord et la Syrie leur avaient aussi proposé l'asile.