Khu vực của Maputo ngày nay vào thế kỷ 16 là một làng chài. Ngôi làng này sau đó được đặt tên là Lourenço Marques theo tên nhà hàng hải cùng tên, người đã khám phá ra khu vực này vào năm 1544. Thành phố hiện đại ngày nay có nguồn gốc từ một pháo đài của Bồ Đào Nha được xây dựng vào năm 1781. Thị trấn quanh pháo đài bắt đầu phát triển từ khoảng năm 1850 và tới năm 1877 được nâng cấp lên thành phố. Vào năm 1898, thuộc địa Mozambique của Bồ Đào Nha dời thủ đô về đây. Vào cuối thế kỷ 19 và đầu thế kỷ 20, thành phố cảng Lourenço Marques phát triển nhanh chóng về dân số và kinh tế. Sau cuộc Chiến tranh giành độc lập Mozambique vào năm 1975, thành phố trở thành thủ đô và được đổi tên thành Maputo. Trong Nội chiến Mozambique, nền kinh tế của thành phố bị thiệt hại nặng nề. Khi chiến tranh kết thúc, chính phủ FRELIMO thiết lập một chương trình phục hồi kinh tế Maputo, đồng thời thực hiện các chiến dịch loại trừ tội phạm, người sở hữu đất trái phép, và các cư dân không có giấy tờ.