Ян Косцелецкий принимал участие в Тринадцатилетней войне с Тевтонским орденом. В конце сентября 1456 года предоставил военную помощь королю при подавлении городского мятежа в Торуни. В начале мая 1457 года сопровождал короля в походе на Гданьск. Более активно участвовал в военных действиях в Пруссии. В конце 1457 года был вызван в Торунь для отражения ожидавшегося нападения немецких наемников. В октябре 1458 года был одним из гарантов заключения польско-тевтонского перемирия в Прабутах. Летом 1459 года командовал польской армией в военных операциях в Хелминской земле и под Хойнице. В 1460 году Ян Косцелецкий оборонял Гданьск от нападений тевтонских рыцарей, в 1461 году участвовал в осаде замка Свеце на Висле.