In den indigenen Pipil-Gemeinden im Westen des Landes waren jedoch bereits Vorbereitungen für einen Bauernaufstand getroffen worden, der eine von der Parteipolitik unabhängige Dynamik bekommen hatte und den die PCS-Führung nicht mehr verhindern konnte. Am 22. Januar besetzten Pipil-Bauern die Bürgermeisterämter "(alcaldías)" in mehreren Gemeinden, so in Izalco, Nahuizalco und Tacuba. In Juayúa, das zu einer Hochburg des Aufstandes wurde, leitete der Pipil und PCS-Angehörige Francisco Sánchez die Widerstandsaktionen. Der Aufstand wurde jedoch nach wenigen Tagen niedergeschlagen, und im Anschluss kam es zur „Matanza“, einem Gemetzel, bei dem Regierungstruppen und paramilitärische Einheiten der Großgrundbesitzer etwa 30.000 Bauern töteten. Francisco Sánchez, Agustin Farabundo Marti, Alfonso Luna und Mario Zapata, aber auch Bauernführer außerhalb der PCS wie Feliciano Ama wurden hingerichtet. Miguel Mármol gelang es, einem Hinrichtungskommando zu entkommen, weil er für tot gehalten wurde.