Вершиной полководческого таланта С. Д. Пруткова стала Инстербургско-Кёнигсбергская операция, составная часть Восточно-Прусской стратегической операции. Степан Дмитриевич сам лично спланировал боевую операцию по обеспечению силами своей дивизии ввода в прорыв частей 2-го танкового корпуса. 1-я гвардейская штурмовая авиационная дивизия взломала немецкую оборону в Восточной Пруссии в районе Гумбиннена, а затем на протяжении всей операции оказывала штурмовую поддержку танковым частям, наступавшим на Кёнигсберг. За период с 13 по 29 января 1945 года лётчики дивизии, несмотря на плохие метеоусловия, произвели 1563 боевых вылета, уничтожив бомбово-штурмовыми ударами 106 вражеских танков, 508 автомашин с войсками и грузами, 30 бронетранспортёров, 20 самоходных артиллерийских установок, 6 цистерн с горючим, 65 батарей полевой артиллерии, 6 батарей зенитной артиллерии и до 5500 солдат и офицеров вермахта. Гвардии полковник С. Д. Прутков во время операции находился в штабе 2-го танкового корпуса и руководил действиями своей дивизии с его командного пункта. Вместе с танкистами Степан Дмитриевич прошёл с боями около 200 километров от Гумбиннена до Кёнигсберга. За блестяще проведённую операцию гвардии полковник С. Д. Прутков был награждён орденом Кутузова I степени, став самым молодым в истории кавалером этого ордена.