En 1814, Pajol luchó en la Campaña de los Seis Días, al mando de todos los ejércitos del valle del Sena. Cuando Napoleón fue derrotado, Pajol se unió al gobierno de la Restauración, pero volvió a ponerse del lado de Napoleón cuando volvió a Francia. A su mando estuvo el primer cuerpo de caballería, que tuvo un papel destacado en la Batalla de Ligny y en el avance hasta Wavre bajo el mando de Emmanuel de Grouchy. Al recibir la noticia de la derrota napoleónica en la batalla de Waterloo, Pajol se retiró a París, donde él y sus hombres desempeñaron un papel activo en las acciones que pusieron fin a la guerra.