Sur le Tour de France 2016, Louis Meintjes devient rapidement le leader de la Lampre-Merida, Rui Costa ayant perdu beaucoup de temps en première semaine. D'abord à la bagarre pour le maillot blanc avec Adam Yates, il perd quelques longueurs dans les Pyrénées. À la suite d'étapes maîtrisées dans les Alpes, dont une quatrième place sur l'étape du Mont-Blanc gagnée par Romain Bardet, il rentre dans le top 10, à la huitième place. Au sortir du Tour de France, il se classe de la course en ligne des Jeux olympiques. Il conclut sa saison sur le Tour d'Espagne.