Из «Орты» в 1991 году он перешёл в «Сабадель», за который играл год. В течение следующих десяти лет он сменил несколько испанских клубов, а в 2001 году, после победы на чемпионате мира в Фукуоке, получил предложение от итальянской «Пескары», куда его пригласил бывший товарищ по сборной Мануэль Эстиарте, занявший в 2001 году пост президента итальянского ватерпольного клуба. В конце сезона 2001/2002 Эрнандес покинул Пескару. У него были предложения от других итальянских клубов, и он мог бы продолжить играть в лиге Италии, но предпочёл вернуться в Испанию, где вошёл в состав клуба «Атлетик-Барселонета». Однако по возвращении в Испанию в его спортивной карьере наступил период кризиса, и он принял решение провести сезон в немецкой ватерпольной лиге. В 2005 году он перешёл в «Шпандау 04» — клуб, который в 80-е выиграл 4 (1983, 1986,1987, 1989). По завершении сезона Эрнандес вернулся в испанскую лигу, где играл ещё два года. Затем он провёл один сезон, играя за клуб «Эль-Хубар» в Саудовской Аравии, после чего завершил карьеру.