Когда началась война, Тумбс оставил гражданскую службу и вступил в армию Конфедерации. 19 июля 1861 года, сразу после первого сражения при Булл-Ран, ему присвоили звание бригадного генерала. Он командовал бригадой в дивизии Густавуса Смита (до апреля 1862), затем — в дивизии Дэвида Джонса. Бригада состояла из 1-го, 15-го, 17-го и 20-го джорджианских полков. Его первым испытанием стало сражение при Йорктауне, где он фактически командовал дивизией из двух бригад: своей (2357 чел.) и генерала Пола Семса (2342 чел).