Quindi comandò il "II Corpo" durante la Campagna della Virginia settentrionale e fu infine trasferito al comando del Dipartimento del Golfo, coordinando gli sforzi militari in Louisiana nella guerra di secessione americana e nel Texas nella guerra di secessione americana. In questa veste condusse con pieno successo l'assedio di Port Hudson, strategicamente assai importante, nell'estate del 1863; ma anche la disastrosa Campagna del Red River nella primavera del 1864 la quale pose fine alla sua carriera militare nel campo.