Mit dem nach Kriegsbeginn rasch anwachsenden Bedarf der Kriegsmarine an hochseetüchtigen, kleinen Schiffen wurde das Schiff 1940 requiriert und nach entsprechendem Umbau am 1. März 1940 als Wetterbeobachtungsschiff mit der Bezeichnung "WBS 3" in Dienst gestellt. Die Besatzung bestand aus 15 Mann sowie einem kleinen Trupp von meteorologischem Fachpersonal. "WBS 3" wurde dem Marinegruppenkommando West (MGK West) zugeteilt. Seine erste Einsatzfahrt begann am 21. März in Wilhelmshaven und führte in das sogenannte "Operationsgebiet 1", die Dänemarkstraße zwischen Island und Grönland, wo es gemeinsam mit den ebenfalls entlang der geplanten Fahrtstrecke postierten "Hinrich Freese" ("WBS 4") und "Adolf Vinnen" ("WBS 5") den Ausbruch des Hilfskreuzers "Atlantis" in den Nordatlantik mit Wetterinformationen unterstützen sollte. Danach beobachtete und meldete das Schiff Anfang April, unmittelbar vor und während der deutschen Invasion Norwegens und als Fischfangschiff getarnt, den Schiffsverkehr vor der norwegischen Küste. Nach etwa 25 Tagen auf See kehrte die "Fritz Homann" Mitte April nach Wilhelmshaven zurück.