В первый день Великой Отечественной войны "С. Д. Акимов" назначен на должность помощника командующего Северо-Западного фронта, участвовал в Прибалтийской стратегической оборонительной операции. По приказу командующего войсками фронта Ф. И. Кузнецова создал сводную оперативную группу из разрозненных частей и подразделений в районе города Даугавпилс с целью обороны города и недопущения форсирования противником реки Даугава. 26 июня 8-я танковая дивизия 4-й танковой группы противника с ходу форсировала реку Даугава и ворвалась в город. Сводной группе С. Д. Акимова в условиях явного превосходства противника в силах и средствах, особенно в артиллерии и авиации, отстоять город не удалось. Проведённая контратака совместно с подошедшими частями 5-го воздушно-десантного корпуса успеха не принесла. Впрочем, командование армии оценило действия сводной группы генерала Акимова по задержанию немецкого наступления высоко. Генерал Акимов был представлен к награждению орденом Красного Знамени, вскоре это награждение состоялось.