Марія Анна народилась 7 вересня 1683 року в Лінці, невдовзі після початку Великої турецької війни. Вона була п'ятою дитиною та третьою донькою в родині імператора Священної Римської імперії Леопольда I та його третьої дружини Елеонори Магдалени Нойбурзької. У липні 1683 батьки та двір, рятуючись від наступу османів, рушили із Відня до Пассау. На одній із зупинок на цьому шляху народилась Марія Анна. В той самий день польська армія, яка йшла на допомогу Леопольду, переправилася через Дунай та з'єдналася з імперськими військами та союзними контингентами. За кілька днів прийшла звістка про їхню перемогу. Облога з Відня була знята, і родина могла повернутися додому. Втім, війна з Османською імперією тривала аж до 1699 року, доки у січні не був підписаний Карловицький мир. Разом з тим, у 1688—1697 роках Священна Римська імперія брала участь у війні Аугсбурзької ліги.