С 1995 по 1997 год сыграл за национальную сборную Японии 29 матчей, в которых забил 1 гол. 24 октября 1995 года Хонда дебютировал за сборную Японии в матче против Саудовской Аравии. В 1996 году он играл во всех матчах национальной команды, включая Кубок Азии, где Япония дошла до четвертьфинала. Он продолжал вызываться в сборную, участвуя в отборочных матчах к чемпионату мира 1998 года, но выходил на поле все реже и реже. Его последним матчем за сборную стала встреча против Объединенных Арабских Эмиратов.