Nell'aprile del 1798 riprese servizio dopo un lungo periodo di convalescenza. Gli fu assegnata nel Mediterraneo una divisione incaricata di sorvegliare i movimenti della flotta francese con base a Tolone. Essendosi lasciato sfuggire la flotta comandata dall'Ammiraglio Brueys, diretta in Egitto con la spedizione di Napoleone Bonaparte, iniziò una lunga caccia che lo portò ad inseguire l'armata navale nemica per quasi due mesi dopo i quali, il 1º agosto 1798, sorprese il nemico ancorato nella baia di Abukir e lo annientò (battaglia del Nilo), bloccando in tal modo le truppe di Napoleone sul suolo egiziano.