Benes, el líder del gobierno checoslovaco en el exilio, junto con František Moravec, jefe de la inteligencia militar de Checoslovaquia, organizaron y coordinaron una red de resistencia. Hácha, el Primer Ministro Eliáš, y la resistencia checa reconoció el liderazgo de Benes. La colaboración activa entre Londres y el frente de Checoslovaquia se mantuvo durante los años de guerra. El evento más importante de la resistencia fue la Operación Antropoide, el asesinato de Reinhard Heydrich, asistente del líder de las SS Heinrich Himmler y el entonces protector de Bohemia y Moravia. Enfurecido, Hitler ordenó la detención y ejecución de 10 000 seleccionados al azar, pero, después de las consultas, redujo su respuesta. Más de 10 000 fueron detenidos y al menos 1.300 ejecutados. El asesinato dio lugar a una de las represalias más conocidas de la guerra. Los pueblos de Lídice y Ležáky fueron completamente destruidos por los nazis, todos los hombres mayores de 16 años de edad de la aldea fueron asesinados y el resto de la población fue enviado a campos de concentración nazis, donde muchas mujeres y casi todos los niños fueron asesinados.