Spontánní zahájení Pražského povstání v sobotu 5. května 1945 nepřekvapilo plukovníka policie Jana Voženílka. Ještě před polednem 5. května 1945 vydal rozkaz k zahájení útočné akce v rozhlasu stejně jako rozkaz k převzetí moci v podřízených složkách policie a četnictva. Zároveň bylo využito pohotovosti vlastních příslušníků policie a budova generálního velitelství na Tržišti se připravila k boji. Budova byla plně v českých rukou a během Pražského povstání se stala informačním centrem o dění v Praze i mimo ni. Sem také dorazily údaje o příchodu prvních jednotek 1. divize Ruské osvobozenecké armády (ROA) do Velké Chuchle. Jak generál Karel Kutlvašr, tak i Jan Voženílek měli zájem o pomoc vlasovců – ruských dobrovolců. (Kromě jiného Voženílkův štáb soustřeďoval údaje o počtu zbraní dostupných povstalcům.) V průběhu neděle 6. května 1945 se zvýšila četnost informací předávaných Voženílkovým velitelstvím (do Vojenského velitelství Velké Prahy Bartoš) a to hlavně o postupu německých obrněných a pěších kolon stejně jako vlasovců na Prahu. V podvečer v neděli 6. května 1945 rozšířil německý rozhlas (jménem velitelství německých sil v Čechách a na Moravě) dezinformační zprávu, že česká policie spolupracuje se Sicherheitsdienstem (SD). Tato informace byla prohlášena obratem za lež a občané byli ujištěni, že generální velitelství policie a inspektorát policie pracují ve stejné formě ve smyslu nařízení národního výboru a že pokračují v boji proti Němcům. Po poledni v pondělí 7. května 1945 se plukovník Jan Voženílek účastnil jednání s Němci a s důstojníky generála Vlasova. (K dohodě došlo jen v tom směru, že z německé posádky nebude útočeno, nepodnikne-li osazenstvo generálního velitele policie nebo vlasovci sami útok a příměří bylo stanoveno až do 10. hodiny do úterý dne 8. května 1945.) Ještě v úterý 8. května 1945 Česká národní rada jmenovala (ze své vojenské komise) do čela uniformované policie Ing. Antonína Sameše.