Keďže sa Indonézia nachádza na okrajoch Pacifickej, Eurázijskej a Austrálskej tektonickej dosky, vzniklo na jej území mnoho sopiek, z ktorých je približne 150 aktívnych, a dochádza tu k častým zemetraseniam. Výbuchy sopiek Tambora a Krakatoa v 19. storočí sú známe pre svoju devastujúcu silu. Explózia supervulkánu Toba pred asi 70 tisíc rokmi bola jednou z najväčších známych sopečných erupcií a katastrofou s globálnymi dôsledkami. Medzi posledné väčšie prírodné katastrofy patrí zemetrasenie a následné cunami v roku 2004, ktoré si vyžiadalo viac ako 150 tisíc obetí a zemetrasenie na ostrove Yogyakarta v roku 2006. Sopečný prach má na druhú stranu pozitívny vplyv na úrodnosť pôdy a umožňuje nadpriemerne vysoké zaľudnenie.