Schließlich wollten ihn der Khan bzw. sein Regent Alim-qul loswerden und befahlen ihm Anfang 1865, sich dem Gefolge des Makhdumzada-Hodschas Buzurg Khan anzuschließen. Dieser nutzte einen Aufstand der Dunganen (in Gansu seit 1862) gegen Qing-China aus, um aus seinem Kokander Exil nach Kaschgar zurückzukehren und die verbliebenen chinesischen Stützpunkte sowie andere Rivalen zu beseitigen. Jakub Bek wurde der Militärbefehlshaber des Hodschas.