Die Opposition zweifelte das Ergebnis an und verwies auf zahlreiche Hinweise auf Unregelmäßigkeiten bei der Wahl. Die Opposition ging nach eigenen Angaben von einem Wahlergebnis von 40 % für ihren Kandidaten aus, verzichtete aber auf eine Anfechtung des offiziellen Wahlergebnisses. Khudonazarov akzeptierte seine Wahlniederlage und engagierte sich in den folgenden Jahren während des Tadschikischen Bürgerkriegs für Frieden und eine demokratische Entwicklung in Tadschikistan. Am 2. Dezember 1991 wurde Nabijew als erster gewählter Präsident Tadschikistans vereidigt und bemühte sich anschließend um eine Umkehr des zuvor eingeschlagenen Reformkurses und eine Restauration der Zustände vor der Unabhängigkeit.