Godoy zette het Spaanse beleid van neutraliteit tegenover de Franse republiek voort. Het Spaanse protest tegen de onthoofding van koning Lodewijk XVI leidde echter tot een oorlogsverklaring van Frankrijk. In de daaropvolgende Pyreneeënoorlog vielen Spaanse troepen Frankrijk binnen, maar het tij keerde al snel en een Franse invasie van Spanje volgde. Godoy begon vredesonderhandelingen met Frankrijk en in juli 1795 werd de Vrede van Bazel getekend, waarmee de oorlog beëindigd werd. Spanje stond hierbij twee derde van het Antilliaanse eiland Hispaniola aan Frankrijk af. Als dank voor zijn rol in de onderhandelingen kreeg Godoy de bijzondere titel "Príncipe de la Paz" ("Prins van de Vrede"). In 1796 bracht Godoy vervolgens met het Verdrag van San Ildefonso een bondgenootschap tussen Spanje en Frankrijk tot stand en verklaarde Spanje de oorlog aan Groot-Brittannië.