Als Reaktion auf die katastrophalen Niederlagen der 2. Armee im Winter 1942/43 (→ Operation Ostrogoschsk-Rossosch) versuchte sich Ungarn mehr und mehr seinem Achsenpartner zu entziehen. Der von Szombathelyi vorgeschlagene und von Hitler begrüßte Einsatz von ungarischen Divisionen zu Besatzungszwecken auf dem Balkan als Ersatz für den Ausfall der 2. Armee wurde von Ministerpräsident Miklós Kállay abgelehnt. Es wurden Kontakte mit den Westmächten initiiert, an denen neben Kállay auch Szombathelyi führend beteiligt war. Nach dem Einmarsch deutscher Truppen in Ungarn im März 1944 wurde Szombathelyi im April auf deutschen Druck seines Amtes enthoben und unter Hausarrest gestellt. Nach der Machtübernahme der Pfeilkreuzler im Oktober 1944 wurde er verhaftet. Gegen Kriegsende wurde er nach Deutschland verschleppt und anschließend von den Amerikanern in Gewahrsam genommen, die ihn nach Ungarn auslieferten. Dort wurde er zunächst von einem Volksgericht zu lebenslanger Haft verurteilt, dann aber an Jugoslawien ausgeliefert. Dort wurde ihm wegen seiner Beteiligung am Massaker von Novi Sad der Prozess gemacht, der zu seiner Verurteilung und Hinrichtung durch den Strang im November 1946 führte. Das ungarische Urteil gegen Szombathelyi wurde 1994 annulliert.