בית החולים נוסד ב-1851 ביוזמת הפטריארכיה הלטינית של ירושלים. הוא נקרא ע"ש לואי התשיעי מלך צרפת שהוביל שני מסעי צלב (שביעי ושמיני) למזרח התיכון ואף נפל בשבי המוסלמים במצרים. המוסד שכן תחילה בבניין קטן בין החומות, סמוך לשער יפו בבניין הראשון של הפטריארכיה הלטינית והופעל על ידי נזירות ממסדר האחיות סן ז'וזף של ההתגלות. מסדר זה נוסד בשנת 1832 בצרפת, ושם לו למטרה לשלוח אחיות לכל מקום בעולם בו תידרש פעולה רפואית וסיעודית.