V roce 1975 Indonésie napadla Východní Timor, který byl v té době kolonií Portugalska. Následně se tamní obyvatelé dočkali nové vlny represí, nucené asimilace a náporu státem podporované imigrace obyvatel Indonésie. Tamní vojenská správa stála v letech 1975 až 1993 životy 120 000 až 200 000 lidí. Do mezinárodního hledáčku se praktiky indonéské armády ve Východním Timoru dostaly v roce 1991 v důsledku masakru na hřbitově Santa Cruz v hlavním městě Dili, kde armáda během demonstrace za nezávislost zabila 250 lidí. Důsledkem mezinárodního zájmu bylo také udělení Nobelovy ceny za mír roku 1996 katolickému knězi Carlosovi Belovi a exilovému politikovi Josému Ramos-Hortovi za přispění k mírovému řešení východotimorského konfliktu. Ani mezinárodní tlak, ale nepřispěl k utišení situace. Indonéská vláda naopak posílila imigraci. V roce 1999 proto byla do Východního Timoru vyslána mezinárodní mise INTERFET, která vedla k referendu, ve kterém se většina obyvatel přiklonila k nezávislosti. I poté pokračovalo několik paramilitantních skupin v masakrech. Celý konflikt stál životy 100 000 až 200 000 lidí a populace původních obyvatel Východního Timoru se tím snížila nejméně o třetinu oproti roku 1975. Většina z nich zemřela v důsledku hladomoru a nemocí.