Au cours de l'été 1994, Couto quitte le championnat portugais pour rejoindre le Calcio et Parme, quatrième du championnat la saison précédente. Cette place permet au club parmesan de disputer la Coupe UEFA 1994-1995 et d'y réussir un superbe parcours. Éliminant successivement le Vitesse Arnhem, l'AIK Solna, l'Athletic Bilbao, l'OB Odense, le Bayer Leverkusen avant de vaincre la Juventus (1-0 ; 1-1) en finale aller-retour, Couto et ses coéquipiers remportent le deuxième trophée européen de l'histoire du club. La même saison, le défenseur portugais dispute 27 matchs (inscrivant 4 buts) en championnat et contribue à placer le club d'Émilie-Romagne sur la troisième marche du podium. La saison suivante est moins brillante pour le natif d'Espinho qui continue à être titulaire en sélection mais dispute seulement 12 matchs en championnat. Il est alors sollicité par le FC Barcelone qu'il rejoint à l'orée de la saison 1996-1997 contre la somme de 5,5 millions d'euros.