Das in Freiburg auch „Rotes Haus“ genannte Verlagsgebäude dominiert den Freiburger Stadtteil Neuburg. Es wurde in den Jahren 1910 bis 1912 nach dem Entwurf des Architekten Max Meckel im neobarocken Stil erbaut und nimmt ein ganzes Straßenkarree ein. Am 27. November 1944 wurde der Bau durch den Bombenangriff im Rahmen der britischen Operation Tigerfish zerstört. Unter den Opfern waren 11 Herder-Angestellte. Nachdem die Druckerei, in der in den 1950er Jahren auch eine Teilauflage der Badischen Zeitung gedruckt wurde, und die Auslieferung Anfang der 1990er Jahre ausgelagert wurden, verkaufte der Verlag den dadurch freien Teil des Verlagsgebäudes an das Land Baden-Württemberg, welches diesen Teil des Gebäudes als "Herder-Bau" bezeichnet. Die Räumlichkeiten stehen der Universität Freiburg zur Verfügung und wurden seit 2000 nach und nach saniert. Dort sind hauptsächlich Institute der Fakultät für Umwelt und natürliche Ressourcen untergebracht. Im ehemaligen Papierlager wurde die Ausstellungshalle der Archäologischen Sammlungen der Universität eingerichtet. Der Verlag selbst nutzt weiterhin den Südteil des Gebäudekomplexes.