14 мая 1861 года Эйрс получил звание капитана и был направлен в . В начале июля его батарея стояла в укреплениях Вашингтона, а затем в составе бригады Уильяма Шермана участвовала в наступлении на Манассас. Батарея была задействована в сражении при Блэкбернс-Форд. В первом сражении при Булл-Ран батарея активно не использовалась, но участвовала в прикрытии отступающей армии после сражения. В конце лета батарея Эйрса стояла в Вашингтоне, а 1 октября он стал шефом артиллерии при дивизии Уильяма Смита. В этой должности Эйрс прослужил до весны 1863 года, участвуя в кампании на полуострове (участвуя в осаде Йорктауна, сражении при Уильямсберге, при Гейнс-Милл и Глендейле) и Мэрилендской кампании, где его батарея участвовала в сражении у Южной горы и сражении при Энтитеме.