Under det tyske angrepet på Norge 9. april 1940, lå DS «Ryfylke» i Oslo. Skipet ble rekvirert av den tyske okkupasjonsmakten og benyttet som losjiskip. I november 1940 ble hun returnert til rederiet, og ble straks utleid til Det Nordenfjeldske Dampskibsselskab i Trondheim. Nordenfjeldske var på den tiden i akutt skipsmangel etter at fire av rederiets hurtigruteskip var senket i krigshandlinger: DS «Sigurd Jarl», DS «Dronning Maud», DS «Prins Olav», og DS «Prinsesse Ragnhild». DS «Ryfylke» ble satt inn i hurtigruten, men allerede på sin første rundtur fra Trondheim, grunnstøtte hun ved Ørland i Trondheimsfjorden og måtte på verksted for reparasjon. 5. februar 1941 var skipet på nordgående på sin andre rundtur. På Stad ble hun oppdaget av en britisk ubåt som ved hjelp av varselskudd tvang henne til å stoppe. Passasjerene og besetningen ble beordret i livbåtene, og DS «Ryfylke» ble senket av kanonild fra ubåten. Ingen mennesker omkom.