Wyniki Schumachera przyczyniły się do zdobycia w 1999 roku przez Ferrari tytułu mistrza świata konstruktorów. Schumacher został pozbawiony możliwości rywalizacji o tytuł w klasyfikacji kierowców po tym, gdy w Grand Prix Wielkiej Brytanii, na zakręcie Stowe, uszkodzeniu w jego samochodzie uległy hamulce, co zaowocowało wypadkiem poprzez wypadnięcie z toru i uderzenie w bandę przy dużej prędkości, na skutek którego Schumacher złamał nogę. W czasie jego 98-dniowej absencji w Ferrari zastępował go Mika Salo. Schumacher wrócił na Grand Prix Malezji zdobywając pole position z prawie sekundową przewagą, ale w trakcie wyścigu oddał zwycięstwo Eddiemu Irvine’owi, który walczył o tytuł mistrzowski. Ostatni wyścig sezonu, Grand Prix Japonii, wygrał jednak Mika Häkkinen, dzięki czemu zdobył drugi z rzędu tytuł mistrzowski. Schumacher określił później Häkkinena jako rywala, którego najbardziej szanował.