La E3 2015, a fost anunțat faptul că Konami și-a extins licența pentru UEFA Champions League, UEFA Europa League și Supercupa Europei până în 2018. La Gamescom 2015, a fost anunțat că Konami a achiziționat licențele exclusive pentru EURO 2016; cu toate acestea, nu va face parte din joc de la început. Pro Evolution Soccer 2016 va include Ligue 1, La Liga, Serie A nelicențiată cu 19 echipe licențiate, Premier League nelicențiată, Manchester United fiind singura echipă licențiată, 3 echipe din Bundesliga (Bayern München, Wolfsburg și Borussia Mönchengladbach), Football League Championship nelicențiată, Serie B nelicențiată, Primeira Liga nelicențiată, Ligue 2, Segunda División, Campeonato Brasileiro Série A nelicențiată, Primera División de Chile nelicențiată, Eredivisie și 4 echipe din Campeonato Brasileiro Série B (Vitória, Bahia, Botafogo și Criciúma).