Po vypuknutí druhé světové války se Vojtěch Černý zapojil do odboje. Už v roce 1939 bojoval v Polsku proti Němcům. Pak byl zajat Rusy a poté vstoupil do 1. čs. armádního sboru. Bojoval v bitvě u Sokolova, za což byl vyznamenán medailí za chrabrost. Účastnil se i dalších bitev. V bitvě o Dukelský průsmyk byl raněn.