Kaudella 2003 Schumacher joutui käymään jälleen kovan mestaruustaiston, tällä kertaa yhdessä McLarenin Kimi Räikkösen ja Williamsin Juan Pablo Montoyan kanssa. Schumacher voitti kaudella kuusi osakilpailua Ferrari F2003-GA -autolla, ja vaikka mestaruustaisto oli vielä viimeisessä kilpailussa avoin, olivat kilpakumppani Räikkösen mahdollisuudet mestaruuteen lähinnä teoreettiset: Schumacherin ei tarvinnut muuta kuin sijoittua pisteille voittaakseen mestaruuden. Sen hän myös teki sijoittumalla kahdeksanneksi, ja hän voitti kuudennen mestaruutensa kahden pisteen erolla Räikköseen. Kaudella Ferrarin epäiltiin kärsineen Bridgestone-renkaiden huonommasta nopeudesta kuumilla radoilla, sillä Ferrari näytti ylivoimaiselta kauden alussa, mutta kauden keskivaiheilla ylivoima oli jo tyystin kadonnut. Toisaalta mestaruustaiston ratkaisseessa kauden toiseksi viimeisessä Yhdysvaltain GP:ssä Schumacherin nähtiin kuitenkin voittaneen juuri Bridgestone-renkaiden avulla: kilpailun aikana tuli rankkasade ja Bridgestonen tuolloin ylivoimaisina pidetyillä sadekelirenkailla Schumacher ajoi muita selvästi nopeammin ja nousi monta sijoitusta ylöspäin (Schumacher ensin putosi monta sijaa, koska Bridgestonen kuivan kelin renkaat ovat Michelinin renkaita huonommat sateella, mutta saatuaan sadekelirenkaat alle tilanne muuttui dramaattisesti). Lisäksi kaudella muuttui pistejärjestelmä, joka auttoi vastustajia saavuttamaan Schumacherin etumatkan. Vanhalla järjestelmällä hän olisi ollut selkeä mestari suuremmalla piste-erolla.