Nach der Wiedereinsetzung der griechischen Regierung am 18. Oktober 1944 sollten die Sicherheitsbataillone im weiteren Verlauf entwaffnet und aufgelöst werden. Aufgrund der eskalierenden Unruhen zwischen der ELAS und EAM einerseits und der griechischen Regierung, den britischen Truppen und der griechischen Rechten andererseits, erfolgte deren Auflösung nur unvollständig. Vielmehr wurden die Sicherheitsbataillone bzw. deren Mitglieder trotz der Kollaboration mit den Besatzungsmächten Griechenlands in Teilen in die reguläre griechische Polizei und später auch Armee übernommen. In dieser Funktion kämpften sie im griechischen Bürgerkrieg von Ende März 1946 bis Ende September 1949 gegen die kommunistisch-kontrollierten Aufständischen der Demokratischen Armee Griechenlands (DSE).