В первой половине 14 века князья Джакели получили от царя Георгия V титул атабега, после чего Ахалцихе на долгий срок превратился в столицу княжества Самцхе.На территории крепости была построена резиденция атабегов – замок Джакели, а также христианский храм-монастырь. В конце 14 века Ахалцихская крепость получила серьезные разрушения во время завоевательного похода армии Тамерлана в Закавказье. Спустя столетие еще большие испытания выпали на долю Ахалцихе, когда почти весь город был сожжен тюркским войском Якуб-шаха.