Chojnowski spielte für die deutsche U-15- und U-17-Nationalmannschaft, unter anderem auch bei der U-17-Fußball-Europameisterschaft der Frauen 2010. 2012 nahm sie mit der deutschen Auswahl an der U-20 Weltmeisterschaft in Japan teil. Sie erreichten den zweiten Platz, da sie im Finale 0:1 an dem Team der USA scheiterten. Alle fünf Spiele zuvor blieb die Mannschaft ohne Gegentor. Von U-19-Trainerin Maren Meinert wurde sie im Jahr 2013 in den deutschen Kader für die U-19-Europameisterschaft in Wales berufen und erreichte dort mit der Mannschaft das Halbfinale.