פוקו היה עדיין בתוניס כאשר פרץ בצרפת מרד הסטודנטים במאי 1968. אחרי אירועי מאי החליטה הממשלה הצרפתית על הקמת ("Centre universitaire expérimental de Vincennes"). פוקו היה שותף להקמת המחלקה לפילוסופיה, ובדצמבר 1968 מונה לעמוד בראשה. יחד איתו הרצו במחלקה גם ז'יל דלז וז'אן פרנסואה ליוטר. רוב המרצים והסטודנטים היו שייכים לארגוני השמאל הרדיקלי, והפרובוקציות הבלתי פוסקות שעוררו חדשות לבקרים מנעו מהלימודים מלהתקיים כסדרם. כתוצאה מכך החליט משרד החינוך למנוע מהמחלקה להעניק תארים. פוקו השתתף באופן פעיל במאבקים, בהפגנות, התעמת לא אחת עם שוטרים, ואף נעצר. ב-23 בינואר 1969 חבר "רשמית" לשמאל הרדיקלי, כאשר הצטרף למחאה על הדיכוי האלים של הפגנת סטודנטים בסורבון, וסייע למרצים ולסטודנטים אשר כבשו את הקמפוס. פוקו, המזוהה כיום כפילוסוף פוליטי מרכזי, שהגותו השפיעה על המחשבה הרדיקלית, לא זוהה כלל עד אותם ימים עם מחנה השמאל; הוא הצטייר כהוגה שמרן ובורגני בעקבות הביקורת שהעביר על הפילוסופיה האקזיסטנציאליסטית, בשל העובדה שפרש בשלב מוקדם מהמפלגה הקומוניסטית - תוך הטחת ביקורת באידאולוגיה הקומוניסטית, משום ששימש במשך שנים כנציג הממסד התרבותי הגוליסטי ואף השתתף בגיבוש תוכנית הרפורמה הממשלתית במערכת החינוך בשנות ה-60 (תוכנית פוּשה), וכן בשל היעדרותו וחוסר מעורבותו באירועי מאי 1968.