Il regno di Bayezid II (r. 1481-1512) fu un periodo di consolidamento dopo le rapide conquiste dell'era precedente, e il territorio dell'impero fu ampliato solo marginalmente. Nel 1484 Bayezid condusse una campagna contro la Moldavia, sottoponendola allo status di vassallo e annettendo i porti strategici di Kilia e Akkerman. I principali porti veneziani furono conquistati in Grecia e in Albania durante la guerra del 1499-1503, in particolare Modone, Koron e Durazzo. Tuttavia, alla fine del suo regno, il territorio ottomano a oriente era minacciato dal nuovo impero safavide.