Graça spillede på klubplan primært hos Vitória Setúbal og Benfica. Hans tid hos Benfica var særdeles succesfuld. I de ni sæsoner han tilbragte i klubben var han med til at vinde hele syv portugisiske mesteskaber og tre pokaltitler. Han var også med til at nå Mesterholdenes Europa Cup finale 1968, hvor han scorede Benficas enlige mål i 4-1 nederlaget til Manchester United.