Во время грузино-абхазской войны в 1993 году духовник о. Рафаила, о. Кирилл (Павлов), призывал о. Рафаила из пустыни, хотев его послать в Валаамский монастырь. Рафаил расстроился и не хотел уезжать, но тогда сломал руку, и ему пришлось уехать в город и провести три недели под обстрелом в Сухуми, в чём монах видел дело Божьего промысла. Он смирился и поехал на Валаам.