Fawzi al-Qawuqji werd geboren in Tripoli dat in die tijd tot het Ottomaanse rijk hoorde. Tijdens de Eerste Wereldoorlog diende hij in het Ottomaanse leger. Toen Syrië een Frans mandaatgebied werd nam Al-Qawuqji dienst in het Franse leger en kreeg een opleiding in het École Spéciale Militaire de Saint-Cyr in Frankrijk. Tijdens de Grote Syrische Opstand van 1925-1927 deserteerde Al-Qawuqji en nam deel aan de opstand. Tijdens de Arabisch-Palestijnse opstand van 1936-1939 streed hij aan de kant van de Arabieren tegen de Britten.