Por esta exitosa campaña, el virrey La Serna fue nombrado «conde Los Andes». En lo sucesivo al brigadier De La Hera le sería encomendada la labor de destruir las guerrillas remanentes que operaban en los pueblos y bosques a la derecha del río Ayopaya. Por sus éxitos fue ascendido a general. Finalmente fue nombrado gobernador de Potosí. Cuando el ejército realista se preparaba para lanzar una ofensiva definitiva sobre los territorios declarados independientes estalló la sublevación del general absolutista Pedro Antonio Olañeta que insurreccionó al Ejército del Alto Perú contra la autoridad del virrey La Serna. Debido a que el general De La Hera se mantuvo leal a la autoridad virreinal negándose a plegarse a Olañeta, este le atacó en Potosí. El general De La Hera atrincheró las dos compañías a su mando en la Casa de la Moneda, pero no pudo impedir que Olañeta se apropiara del resto de la provincia. Ante esta situación, el virrey La Serna encargó al general Gerónimo Valdés, comandante en jefe del Ejército del Sur, el sometimiento de Olañeta por medio de las armas. Durante esta fratricida campaña, el general De La Hera se halló en los encuentros de La Quebrada, Escoipe y Cotagaitilla tras los cuales Valdés quedó en situación ventajosa frente a Olañeta, pero las noticias de la derrota de Junín y las órdenes del virrey de abandonar la campaña y regresar al Bajo Perú hicieron que Olañeta quedara dueño del Alto Perú. El general De La Hera no tendría oportunidad de tomar parte en la decisiva batalla de Ayacucho, esto debido a que se encontraba en el hospital de Arequipa restableciéndose de dos heridas sufridas en la campaña contra Olañeta.