Эстония на летних Олимпийских играх 2016 года была представлена 46 спортсменами в 13 видах спорта. На церемонии открытия Игр право нести национальный флаг было доверено участнику летних Олимпийских игр 2012 года в классе «Лазер» Карлу-Мартину Раммо, а на церемонии закрытия тяжелоатлету Марту Сейму, который на Играх в Рио-де-Жанейро стал 7-м в категории свыше 105 кг.