En el Corregimiento de Manila hizo la reforma de la parte material de la ciudad, dotando de aceras hermosas á aquellas calles que, incluso las más aristocráticas como la de San Miguel, donde estaba el Palacio del Gobernador general, eran carreteras de mala calidad que pasaban por entre jardines y hoteles. Como gobernador reguló numerosos servicios, como el de quintas o la exacción de multas, y dio fórmula concreta (que de Manila copió todo el archipiélago) al decreto de reforma municipal y creación de las Juntas provinciales, dictado por Antonio Maura como ministro de Ultramar, determinando los impuestos que podían establecer, mediante estudio de la admininistración y tradiciones filipinas. Conocedor del país, cuyo idioma estudió, denunció al Gobierno español la falta de policía civil, promoviendo su creación, de que dispusieron sus sucesores; y anunció un estado general en todo el archipiélago de honda, vaga y aun encubierta conspiración, que después de algún tiempo estalló. Después de la insurrección de Filipinas fue ofrecida a Domínguez Alfonso la Intendencia general, que aceptó con determinadas condiciones. Apenas había iniciado reformas en asuntos como la lotería y la matrícula mercantil, y cuando había formado un presupuesto del doble del anterior, ocurrió la guerra con los Estados Unidos. Participó en la contienda, como coronel de Voluntarios, y en la Junta de Autoridades votando por la defensa de Manila hasta el último extremo.