Leopold banyak diingat sebagai pendiri dan pemilik tunggal Negara Bebas Kongo, proyek pribadi yang dijalankan oleh raja. Ia memanfaatkan Henry Morton Stanley untuk membantunya meletakkan klaim atas Kongo, sekarang Republik Demokrasi Kongo. Dalam Konferensi Berlin, para raja Eropa setuju untuk mendirikan Negara Bebas pada tahun 1885, dengan syarat penduduknya digiring ke dunia modern dan semua bangsa diizinkan berdagang dengan bebas. Namun, dari awal, Léopold tak mengindahkan syarat-syarat tersebut dan memerintah Kongo dengan brutal dengan mandat yang dilimpahkan kepada prajurit bayaran untuk keuntungannya sendiri. Ia mengambil keuntungan pribadi dari Kongo, awalnya dengan pengumpulan gading, dan setelah naiknya harga karet pada tahun 1890-an, ia memaksa penduduk asli mengumpulkan getah karet. Pemerintahannya yang kejam bertanggung jawab secara (tidak) langsung atas kematian jutaan orang. Kongo menjadi salah satu skandal internasional pada awal abad ke-20, dan akhirnya Léopold II terpaksa menyerahkan kendalinya kepada pemerintahan Belgia.