Bonevacia kwam gedurende zijn tijd bij Ajax uit voor verschillende Nederlandse jeugdelftallen. Hij speelde wedstrijden voor het Nederlands elftal onder 15, het Nederlands elftal onder 17 en het Nederlands elftal onder 19. In 2008 speelde hij met de onder 17 op het EK 2008 in Turkije. Hierin strandde het Nederlands elftal in de halve finale, door van Spanje onder 17 te verliezen.