De plaats werd voor het eerst genoemd in 1241 onder de naam "Uianra". In 1471 verkocht de Lijflandse Orde de grond waarop de plaats lag aan het Piritaklooster. De kloosterlingen stichtten er een landgoed. Na de vernietiging van het klooster in 1577 verviel het landgoed aan de Zweedse staat. In 1643 werd het landhuis op het landgoed de ambtswoning van de gouverneur-generaal van het Hertogdom Estland. Later kwam het landgoed in handen van Zweedse en Baltisch-Duitse families, achtereenvolgens von Stenbock, von Buxhoevden, von Maydell en von Schottländer. In 1865 werd het toenmalige landhuis van het landgoed door brand vernield en werd het huidige landhuis gebouwd. Na 1919, toen Estland onafhankelijk was geworden, vorderde de staat het landgoed Viimsi. In 1923 kreeg generaal Johan Laidoner het landhuis als dank voor bewezen diensten tijdens de Estische Onafhankelijkheidsoorlog.