Чтобы компенсировать отсутствие квалифицированных командиров и обновить кадровый состав армии Португалии, зачастую слишком пожилой и неэффективный, Бересфорд поставил во главе португальских войск британских офицеров, имеющих полномочие назначать и увольнять () своих подчинённых. Многие британские офицеры воспользовались этой возможностью, чтобы помочь португальской армии обучить их войска и воспитать новые кадры. Бересфорд создал рекрутинговые базы в Пениши, Мафре и Салватерре, организовал раздачу нового оружия и снаряжения, ввёл обучение «прусской» муштре () и «английским» манёврам (). Он использовал «повестку дня» (), чтобы информировать солдат о состоянии дел в армии и улучшить дисциплину. Он заключал в тюрьму и выдавал ордера на казнь без суда и следствия в военном суде; однако он также высылал поздравления и повышал в должности заслуживающих того. описывал его как «руководителя и организатора армии» (). Реорганизация первоначально касалась только центра и юга страны, поскольку войска к северу от Дуэро были заняты сопротивлением Сульту. Однако он быстро распространил свою деятельность по всей стране. После завершения объединения португальского и британского штабов, 29 апреля 1809 года Жуан VI назначил Артура Уэлсли генерала-маршалом и главнокомандующим армией Португалии. После гибели Мура в январе 1809 года он стал главнокомандующим всех британских сил в Португалии, а затем принял единое командование португальской и британской армиями, отныне именуемых англо-португальской армией.