Zakon brał udział w licznych akcjach militarnych. W 1565 roku jego rycerze weszli w skład odsieczy dla joannitów, broniących się na Malcie. W bitwie pod Lepanto uczestniczyło 12 okrętów zakonu, przyczyniając się w znacznym stopniu do rozbicia tureckiej armady. W XVI i XVII wieku okręty te wielokrotnie atakowały wybrzeże i porty tureckie. Szczyt potęgi zakon osiągnął na początku XVII wieku, gdy do jednej bitwy był w stanie wystawić nawet 45 statków.