Baggrunden for den kejserlige japanske flåde går tilbage til begyndelsen af interaktioner med nationer på det asiatiske kontinent, der begyndte i den tidlige middelalderperiode og nåede et højdepunkt i det 16. og 17. århundrede i en tid med kulturel udveksling med europæiske magter i løbet af opdagelsestiden. Efter to århundreders stilstand under landets efterfølgende isolationspolitik under shoguner i Edo-perioden, var Japans flåde forholdsvis tilbagestående, da landet blev tvunget til at åbne for handel pga. den amerikanske intervention i 1854. Dette førte til Meiji-restaurationen. Ledsaget af genopstigning af kejseren kom en periode med hektisk modernisering og industrialisering. Flådens historie med succes, nogle gange mod langt mere magtfulde fjender, som i den kinesisk-japanske krig og den russisk-japanske krig, sluttede i næsten fuldstændig udslettelse under de afsluttende dage af 2. verdenskrig, hovedsageligt pga. den amerikanske flåde (USN).