С 15 сентября по конец октября 1941 года исполняющий обязанности начальника Оперативного управления Главного морского штаба ВМФ. С конца октября по конец ноября участвовал в управлении морскими операциями на Черноморском флоте при обороне Севастополя, Керченско-Феодосийской десантной операции, обороне Таманского полуострова в должности помощника главкома вооруженных сил Крыма по морской части. В качестве представителя Главного Морского штаба участвовал в подготовке и руководстве Керченско-Феодосийской десантной операции (декабрь 1941 — январь 1942 года). Начальник Управление боевой подготовки (февраль 1942 — август 1943 года), заместитель начальника Главного морского штаба — начальник Управления боевой подготовки (август 1943 — ноябрь 1944 года). Указом Президиума Верховного Совета СССР «за умелое и мужественное руководство боевыми операциями и за достигнутые в результате этих операций успехи в боях с немецкими захватчиками» вице-адмирал Ставицкий 22 июля 1944 года был награждён орденом Нахимова I степени.