Após o retorno do técnico Dunga à Seleção, em julho de 2014, Jefferson ganhou a vaga na equipe. Em 2015, disputou sua primeira competição oficial como titular, a Copa América. Ao final do ano, contudo, perdeu a titularidade para o jovem Alisson, do , por opção do treinador. A decisão surpreendente repercutiu na imprensa, entre torcedores e ex-jogadores, que defenderam o goleiro do Botafogo. A partir de então, Jefferson esteve presente apenas na convocação seguinte, ainda como reserva de Alisson, e depois não foi mais chamado para a Seleção.