En la década de 1960, Atoyac de Álvarez fue escenario del nacimiento del Partido de los Pobres, liderado por Lucio Cabañas Barrientos. El 18 de mayo de 1967, cuando se llevaba a cabo un mitin encabezado por el Profesor Lucio Cabañas en contra de los malos tratos y la discriminación que recibían los estudiantes de escasos recursos de la Escuela Real (hoy Escuela Juan Álvarez), fueron atacados por la Policía Motorizada, finalizando con el asesinato de muchas personas inocentes, a este hecho se le conoce como "La Matanza del 18 de mayo", este fue el suceso que marcó el inicio de la denominada "Guerra Sucia". Cabañas se refugió en la sierra de Atoyac, en donde comenzó a reclutar campesinos para su pequeño ejército. También fue una parte primordial de la llamada "Guerra Sucia" la desaparición forzosa de campesinos y familiares de los mismos, contabilizando hasta estos días aproximadamente 600 desapariciones forzosas. En 1995, un grupo de campesinos que se dirigían a un mitin en la cabecera municipal de Atoyac fue emboscado por la policía del estado de Guerrero, con saldo de 17 muertos. A este suceso se le conoce como la Masacre de Aguas Blancas, ocurrida en dicha población del municipio de Coyuca de Benítez.