Im Jahr 1724 war er zum Tode verurteilt worden, weil er sich gegenüber polnischen Behörden geweigert hatte, seinem evangelischen Glauben abzuschwören und zum Katholizismus überzutreten. Er sollte deswegen enthauptet werden und wäre beinahe Opfer des Thorner Blutgerichts geworden, wurde dann aber begnadigt. Einer seiner engsten Mitarbeiter in der Stadtverwaltung, der Stadtpräsident Johannes Gottfried Roesner, ebenfalls evangelisch, der mit angeklagt gewesen war, wurde geköpft. Zernecke ließ sich danach in Danzig nieder.