CIA hậu thuẫn cuộc Đảo chính Việt Nam Cộng hòa 1963 chống lại Tổng thống Ngô Đình Diệm. Đại sứ Hoa Kỳ tại Sài Gòn ông Henry Cabot Lodge Jr. từ chối gặp ông. Biết tướng Dương Văn Minh và Quân lực Việt Nam Cộng hòa có ý đồ đảo chính, Lodge bí mật đảm bảo với Tướng Minh rằng Mỹ sẽ không can thiệp. Nhân viên CIA là Lucien Conein cũng chu cấp cho các tướng Quân lực Việt Nam Cộng hòa một khoản 40.000 đô kinh phí đảo chính cùng lời hứa rằng họ sẽ không bảo vệ Ngô Đình Diệm. Ngày 1 tháng 11 năm 1963, Dương Văn Minh và các tướng lãnh phát động đảo chính. Ngày hôm đó chỉ có đội lính gác Phủ tổng thống được duy trì để bảo vệ hai anh em Ngô Đình Diệm và Ngô Đình Nhu. Các vị trí khác đã được lệnh rút đi từ trước. Các tướng gọi loa vào giục hai ông ra hàng, hứa sẽ cho sống lưu vong. Tối đó Ngô Đình Diệm cùng Ngô Đình Nhu theo đường hầm bí mật trốn ra Chợ Lớn. Sáng hôm sau hai anh em bị bắt tại Chợ Lớn. Hai ông bị tống vào khoang sau xe thiết giáp và lần lượt bị giết bằng súng sáu và lê dưới tay đại úy Nguyễn Văn Nhung trên đường đến trụ sở Bộ Tổng tham mưu Quân lực Việt Nam Cộng hòa. Ngô Đình Diệm được chôn trong mộ không tên trong nghĩa trang cạnh đại sứ quán Mỹ. Khi biết tin, Hồ Chí Minh cho hay: "Tôi khó tin nổi rằng người Mỹ lại dại thế".