De jaren nul waren de hoogtijdagen van het Bahreinse voetbal, voor het WK van 2002 bereikte Bahrein voor de eerste keer de finale-ronde. Het team kwam tekort om voor de twee hoogste plaatsen te spelen, maar speelde een beslissende rol in de groep door op de laatste speeldag met 3-1 van Iran te winnen, waardoor Saoedi-Arabië zich plaatste voor het eindtoernooi. In 2004 plaatste Bahrein zich voor de eerste in keer in zestien jaar voor de Azië Cup, te houden in China. In de eerste ronde van het toernooi toonde de ploeg veerkracht door in de eerste twee wedstrijden tegen China en Qatar vlak voor tijd de gelijkmaker te scoren. Door een 3-1 overwinning op Indonesië haalde het land de kwartfinales. De kwartfinale tegen Oezbekistan eindigde in een 2-2 gelijkspel, waarna Bahrein via strafschoppen de halve finale haalde. Spannend was ook de halve finale tegen Japan, in de blessure-tijd werd een 3-2 voorsprong weggegeven en in de verlengingen scoorde Keiji Tamada de "golden goal". De strijd om de derde plaats tegen Iran ging met 4-2 verloren, A'ala Hubail werd gedeeld topscorer van het toernooi met vijf doelpunten.