Happonen deltog i Världsmästerskapen i skidflygning 2006 i Kulm i Bad Mitterndorf i Österrike. Där blev han nummer 9 i den individuella tävlingen. I lagtävlingen vann han en silvermedalj tillsammans med lagkamraterna Janne Ahonen, Tami Kiuru och Matti Hautamäki. Under skiflygnings-VM 2008 i Heini Klopfer-backen i Oberstdorf i Tysklandvann Janne Happonen en ny silvermedalj i lagtävlingen tillsammans med Janne Ahonen, Matti Hautamäki och Harri Olli. I den individuella tävlingen blev han nummer fem, 10,2 poäng från prispallen. I VM i skidflygning i Planica 2010 van finländska laget (Harri Olli, Matti Hautamäki, Olli Muotka och Janne Happonenen) bronsmedalj i lagtävlingen. I Vikersund, där skidflygnings-VM arrangerades 2012, blev Janne Happonen nummer 15 i den individuella tävlingen. I lagtävlingen blev Finland nummer åtta. 13 februari 2011 hoppade Happonen 240 meter i Vikersund i Norge, vilket är finsk rekord.