В 1796 году, после того как граф В. А. Зубов был назначен командующим войсками, предназначенными для похода в Персию, Гудович подал в отставку, посчитав себя обойдённым по службе. Вместо отставки ему было дано увольнение на два года; при этом императрица дала ему 1800 крепостных в Подольской губернии. По вступлении на престол Павла I получил назначение на место Зубова, а при коронации Павла I был произведён в графское достоинство.