Sodan jälkeen Karadžić pakoili vuosien ajan virkavaltaa, kunnes hänet vuonna 2008 pidätettiin Serbiassa. Vuonna 2016 Karadžić tuomittiin Haagin YK-tuomioistuimessa Bosnia-Hertsegovinan sisällissodassa suoritetuista sotarikoksista, mm. kansanmurhasta ja etnisistä puhdistuksista 40 vuoden vankeuteen. Vuonna 2019 YK:n valitustuomioistuin kovensi tuomion elinkautiseksi vankeudeksi.