Am 5. April wurden die Tuareg von der islamistischen westafrikanischen Gruppe Ansar Dine vertrieben. In den folgenden neun Monaten kontrollierte sie zusammen mit Al-Qaida im Islamischen Maghreb (AQMI) die Stadt. Die Islamisten versuchten, eine strenge Form der Scharia durchzusetzen, und zerstörten mehrere weltbekannte Mausoleen (siehe Zerstörungen durch Islamisten 2012). Ende Januar 2013 wurde Timbuktu im Rahmen der Opération Serval von französischen und malischen Truppen zurückerobert. Dabei wurde bekannt, dass die Islamisten kurz vor der Einnahme der Stadt eine wichtige Bibliothek mit vielen Handschriften in Brand gesteckt hatten. (siehe Abschnitt Forschungszentrum Ahmed Baba dieses Artikels.)