Hernández reçoit en 2012 sa troisième invitation au match des étoiles. Sa moyenne de 3,06 en 232 manches lancées lors de 33 départs est la de la Ligue américaine. Il est de l'Américaine et des majeures après Justin Verlander et R. A. Dickey pour les manches lancées. Il prend le des majeures et le de l'Américaine derrière Verlander et Max Scherzer avec 223 retraits sur des prises. Il mène tout le baseball avec 5 blanchissages et se classe des majeures après Verlander pour les matchs complets (5). Hernandez remporte 13 victoires contre 9 défaites à sa huitième année avec Seattle. Pour la troisième fois de sa carrière, il est l'un des favoris pour gagner le trophée Cy Young mais prend le quatrième rang du vote remporté par David Price. Également pour la troisième fois, il reçoit des votes au scrutin du joueur de l'année, terminant .