Im Dreißigjährigen Krieg stand er, vermutlich als Hauptmann, im Dienst des Kaisers des Heiligen Römischen Reichs Ferdinand II. und nahm an der Schlacht am Weißen Berg und dem Feldzug in die Kurpfalz teil, wo er anscheinend an der Eroberung von Heidelberg unter dem Befehl Johann t’Serclaes von Tilly beteiligt war. Auf Empfehlung des Feldherrn Wallenstein übertrug Kaiser Ferdinand II. am 22. Juni 1625 Isolani das Kommando über ein 600 Söldner starkes kroatisches Reiterregiment. Die leichte Reiterei war nicht zum Einsatz in der Schlachtlinie gedacht, sondern sollte bei Märschen die Flanken sichern, das Gebiet und die feindlichen Truppen aufklären, die Nachschublinien des Gegners attackieren und in evangelisch-protestantischen Gebieten die Bevölkerung terrorisieren. Seinen Auftrag als Kavallerieoberst erfüllte Isolani zu Wallensteins Zufriedenheit; im April 1626 erwarb er wegen seines Einsatzes beim Flankenangriff unter der Führung des Heinrich Schlik zu Bassano und Weißkirchen in der Schlacht bei Dessau Wallensteins Dankbarkeit. In der nächsten Zeit verfolgte er den unterlegenen Peter Ernst II. von Mansfeld, bis dieser Ende November in Bosnien starb. Im Sommer 1627 eroberten Isolanis Reiter mit Pappenheims Truppen die Stadt Wolfenbüttel, 1628 kämpften sie unter Jean de Merode in Pommern gegen die dänischen Truppen, ehe sie wieder unter Schlicks Befehl durch Jütland bis an das Kap Skagen zogen.