La Generalitat de Catalunya si è fatta carico della sua amministrazione a partire dal 1578, facendo costruire, nel 1618 tre nuove navate, di disegno e materiali identici a quelle d'epoca medievale, di dimensioni, però, diverse e disposte trasversalmente rispetto alle altre. Tra 1641 e 1644 vengono fortificate le mura, a causa della Sollevazione della Catalogna ("Guerra dels Segadors").