Pod koniec lata 1939 roku pracował jako kierownik Szkoły Taternictwa Klubu Wysokogórskiego na Hali Gąsienicowej, gdzie zastąpił Stanisława Motykę. Od października 1939 do lutego 1940 roku wraz z żoną Janiną, Włodzimierzem Gosławskim i siostrą Adą Kopczyńską prowadził schronisko w Starej Roztoce, stanowiące punkt przerzutowy dla Polaków przedostających się na Węgry. W czasie zamieci Pawłowski niemal stracił całe trzy palce u ręki. Potem ukrywał się przed Gestapo, a w kwietniu tego roku za drugim razem udało mu się przejść na stronę węgierską wraz z Jerzym Włoczkowskim. W dalszej kolejności w lipcu przez Jugosławię i Turcję dostał się do Palestyny. Do końca wojny pełnił służbę w Wojsku Polskim, walczył w bitwie pod Tobrukiem. Przy wychodzeniu z Tobruku został ranny, pozostał przez jakiś czas w szpitalu w Aleksandrii. Następnie skończył podchorążówkę w palestyńskim Bejd Jirga i wziął udział w kampanii włoskiej. Walczył pod Monte Cassino, był wśród zdobywców Ankony i Bolonii. Służył w 4 Batalionie Strzelców Karpackich, w stopniu podporucznika. Został dwukrotnie odznaczony Krzyżem Walecznych. Do Polski trafił z powrotem w maju 1947 roku.