V 14. storočí sa pápežstvo dostalo pod vplyv francúzskych kráľov, ktorí presťahovali sídlo pápežov do Avignonu (tzv. "avignonské zajatie" 1309 – 1377). Po návrate pápeža do Ríma došlo k cirkevnému rozkolu (schizma), niekedy až s tromi pápežmi proti sebe, ktorý skončil v roku 1415 na kostnickom koncile. V 14. – 15. storočí zaviedli pápeži absolutistický vládny systém s úradníckym a vojenským aparátom. V období renesancie vystupovali ako mecenáši a prizývali na svoje dvory staviteľov, inžinierov, umelcov a vedcov z celého sveta. Do tejto etapy prišla reformácia (1517) a plienenie Ríma žoldniermi nemeckého cisára Karola V. (1527). V nasledujúcom období sa pápeži pokúšali zjednotiť cirkevný štát. Po tridsať ročnej vojne (1618 – 1648) sa vplyv a význam pápežov oslabil, Taliansko sa stalo miestom súperenia veľmocí (Španielska, Francúzska, Habsburgovcov). Po vojne o španielske dedičstvo (1700, 1713 – 1714) si Rakúsko zaistilo vládu nad Talianskom. Vzťah medzi Rímom a európskymi štátmi sa upravoval konkordátmi. Veľká francúzska revolúcia mala ohlas aj v cirkevnom štáte. V roku 1798 tu bola vyhlásená s pomocou francúzskych revolučných jednotiek republika a pápež bol deportovaný do južného Francúzska. V roku 1809 začlenil francúzsky cisár Napoleon Bonaparte cirkevný štát do svojho impéria. Na viedenskom kongrese roku 1814 až 1815 bol však cirkevný štát obnovený. Pápež vládol ďalej pod ochranou francúzskych jednotiek. Keď sa Francúzi po prusko-francúzskej vojne roku 1870 stiahli, zmocnili sa talianske vojská Ríma. Rím bol vyhlásený za hlavné mesto zjednoteného Talianska, taliansky parlament poskytol pápežovi záruky suverenity vo Vatikáne, v Lateráne a v Castel Gandolfo, príspevok na krytie jeho výdajov a slobodu k vykonávaniu cirkevných obradov. Na protest proti obsadeniu Ríma zostali však pápeži vo Vatikáne a označovali sa za tzv. vatikánskych väzňov.