I 1766-67 anlagdes efter forslag af greve Frederik Danneskiold-Samsøe et søfort, Danmarks første, på et flak, Revshalen, hvorpå tidligere Christianshavn, Holmen og Sixtusbatteriet og senere Refshaleøen er anlagt. Søfortet anlagdes på opfyldt jord i Øresund, på en fremskudt position i forhold til Kastellet og Christianshavns Vold. Først under Første slesvigske Krig blev søfortet armeret, og armeringen blev forstærket op til Anden slesvigske Krig. I forbindelse med etableringen af Københavns Befæstning efter nederlaget i 1864 blev Lynetten 1873-84 udvidet og forsynet med stenglacis og betonmure, og blev endelig 1885-94 udstyret med et haubitsbatteri. Da senere søforterne Middelgrundsfortet og Flakfortet blev anlagt, blev haubitsbatteriet nedlagt, og Lynetten fungerede herefter fra 1922 som kommandostation, indtil det fra 1933 kom under Kystdefensionen.