Do října 1942 bylo ze Slovenska odvezeno 57 752 Židů. Další transporty zatím nebyly možné, protože většinu Židů, kteří zůstávali na Slovensku, chránily různé výjimky ze zákona. Podle pozdějších výpovědí u soudu v Norimberku se Wisliceny dozvěděl o likvidaci Židů, která probíhala v Polsku, až na podzim 1942, kdy mu to prozradil Eichmann. Bylo to právě v souvislosti se slovenskými Židy, jejichž životní podmínky v táborech měla na žádost slovenské vlády jít prověřit vládní komise. Ani to však neznamenalo, že by ve své činnosti polevil. Když se ukázalo, že přestávka v transportech slovenských Židů potrvá déle, dostal v lednu 1943 v Berlíně rozkaz odjet do Řecka, kde měl řídit činnost proti tamním Židům.