В 1995 году на Кубоке Короля Фахда Шёнберг дебютировал за сборную Дании, он принял участие во всех трёх матчах и став его победителем. В 1996 году Микаэль был включен в заявку на участие в чемпионате Европы в Англии. На турнире он принял участие во встречах против Турции и Хорватии. В 1998 году он попал в заявку на участие в чемпионате мира во Франции. Микаэль был основным футболистом и сыграл в четырёх матчах против сборных ЮАР, Франции, Бразилии и Саудовской Аравии.