İlk millî maçına 2000 yılındaki Norveç karşısında çıktı. UEFA Euro 2000 turnuvasından sonra ilk büyük sakatlığını yaşadı. Ancak, 2002 FIFA Dünya Kupası'nda forma giydi. UEFA Euro 2008'in açılış maçında forma giyebilen Emre, bu maçta da sakatlanarak takımının yarı finale çıktığı bu turnuvanın kalan maçlarını da saha dışından izledi.