Als 1454 der Dreizehnjährige preußische Städtekrieg entbrannte, stellte sich Putzig förmlich unter den Schutz der Stadt Danzig. Das Fischmeisteramt, das der Deutsche Orden in Putzig betrieb, wurde während der Zeit des Bundeskriegs von dem Ordensbeamten Heinrich Reffle von Richtenberg verwaltet. Putzig wurde mit dem Zweiten Thorner Frieden 1466 zum Sitz des königlichen Starosten. Bis 1544 hatte sich das Gebiet von Putzig eine Zeitlang im Pfandbesitz der Stadt Danzig befunden, die es jedoch nach Zahlung einer Abfindung in Höhe von 6.000 ungarischen und 2.000 preußischen Gulden durch den polnischen König wieder abtreten musste. Da die Stadt Danzig keine für den polnischen König gecharterten Schiffe im Danziger Gebiet erlaubte, mussten diese 1567 in dem kleinen Fischerhafen Pautzke an der Pautzker Wiek ankern.