Butt stroomde in het seizoen 1992/93 vanuit de jeugd van Manchester United door naar de hoofdmacht. Dat jaar speelde hij zijn eerste van ruim 270 competitiewedstrijden in de Premier League voor de club. Daarbij werd hij met Manchester landskampioen in de seizoenen 1995/96, 1996/97, 1998/99, 1999/00, 2000/01, 2002/03 en won hij met zijn ploeggenoten de FA Cup in 1995/96, 1998/99 en 2003/04. Butts sportieve hoogtepunt kwam in 1999, waarin hij zowel de UEFA Champions League als de wereldbeker voor clubteams won.