กีฬาว่ายน้ำในกีฬามหาวิทยาลัยโลกฤดูร้อน 1999 เป็นชนิดกีฬาหนึ่งที่จัดการแข่งขันในกีฬามหาวิทยาลัยโลกฤดูร้อน 1999 ณ เมืองPalma de Mallorca ประเทศสเปน ระหว่างวันที่ 3 กรกฎาคม ถึง 13 กรกฎาคม พ.ศ. 2542 โดยจัดการแข่งขันที่สนามPavelló Son Hugo