לאחר המלחמה נכללה העיר בשטחי הרפובליקה הפדרלית הסוציאליסטית של יוגוסלביה. בראשית שנות ה-90 של המאה ה-20 החל תהליך התפרקותה האלים של יוגוסלביה ובמהלכו פרצה מלחמת בוסניה. ב-1992 פלשו כוחות צבא הרפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה לאזור וכבשו את ביילינה. מרביתו של הכוח הפולש הורכב ממיליציה סרבית בפיקודו של ז'לקו רזנטוביץ' אשר כונה ארקאן. מטרתו של הכוח הפולש הייתה לבצע טיהור אתני בעיר והוא כוון בעיקר נגד האוכלוסייה המוסלמית המקומית. בהמשך, הגיעו לביילינה גם פליטים סרבים שנמלטו מקרואטיה בשל המלחמה שהתחוללה במדינה.