ב־1824 פרצה מלחמת אזרחים ביוון. מברובוניוטיס חבר לכוחות הממשלה שהורכבו בעיקר מיוונים שהכיר מתחילת המהפכה. בזכות מחויבותו לצד שניצח במלחמה מונה לגנרל ופיקד על כוח של 1,500 לוחמים, כוח גדול באותה תקופה. בתקופה שבין 1826–1827 הוא היה אחד מלוחמי הגרילה הבודדים שלא הובסו על ידי הכוחות המצרים בפיקודו של אבראהים פאשא, שכמעט הכניע את היוונים.