С 1 января по 16 февраля 1920 года руководил Регистрационным управлением Полевого штаба Реввоенсовета Республики, то есть военной разведкой РККА (будущее Главное разведывательное управление Генштаба). Во время Советско-польской войны 1920 года был членом РВС 16-й армии (июнь-октябрь 1920), затем 6-й армии (ноябрь 1920), возглавлял «Чрезвычайную тройку по Крыму» (наряду с Землячкой и Белой Куном), руководя карательной политикой большевиков в Крыму, в ходе которой было расстреляно и казнено другим способом не менее 56 тыс. человек.