Début mai 2008, le Kényan décroche la médaille d'or des Championnats d'Afrique d'Addis-Abeba, sa première lors d'une compétition internationale seniors, en dominant le Soudanais Ismail Ahmed Ismail et le Kényan Asbel Kiprop. Quelques jours plus tard, Rudisha se blesse à la cheville lors d'un camp d'entraînement précédent les sélections olympiques kenyanes. Figurant pourtant parmi les meilleurs performeurs mondiaux de l'année (1 min 43 s 72 à Oslo), il ne fait pas partie de la délégation du Kenya en partance pour les Jeux olympiques de Pékin.