画家であり美術評論家の（1590年）によると、コレッジョは4または5スクードの小額の借金を支払うため、絵画を薬師に与えたという。その後、ミラノのピッロ・ヴィスコンティ伯爵（Count Pirro Visconti）に400から500スクードで売却された。1650年代に、当時のスペインのミラノ総督であるカラセナ侯爵は絵画をピッロ伯爵の子孫から750ドッピエで購入し、1666年までに国王フェリペ4世のコレクションに加わった。1813年、ナポレオン政権下でスペイン王となったジョゼフ・ボナパルトは6月21日のビトリアの戦いに際してスペイン王室の83点の絵画コレクションを国外に持ち出そうとした。『ゲツセマネの祈り』はその中に含まれていたが、他の絵画とともにジョセフ・ボナパルトの馬車から発見され、初代ウェリントン公爵アーサー・ウェルズリーによってスペイン国王フェルナンド7世に返還された。これに対してフェルナンド7世は贈物として公爵に返した。絵画がイギリスに到着したとき王立アカデミーの学長ベンジャミン・ウェスト（Benjamin West）が注目し、「ダイヤモンドで縁取る」べきであると述べた。