In England wurde Mortimer 1191 von William de Longchamp beschuldigt, sich mit den Walisern gegen den König verbündet zu haben. Da König Richard unterwegs auf seinem Kreuzzug und Longchamp als Justiciar den König vertrat, musste Mortimer ins Exil gehen. Nach dem Chronisten "Richard of Devizes" blieb er drei Jahre lang im Exil, doch wahrscheinlich war sein Exil in Wirklichkeit kürzer. Möglicherweise unterstützte er zunächst Graf Johann von Mortain, einen Bruder des Königs. Diesem gelang es im Herbst 1191, Longchamp zu stürzen, der nun selbst ins Exil gehen musste. Johann von Mortain rebellierte 1194 erfolglos gegen seinen Bruder Richard, doch offenbar hatte sich Mortimer zuvor wieder dem zurückgekehrten König angeschlossen. 1194 gehörte er zum Heer von Richard in Frankreich, und auf Befehl des Königs unterstützte der Justiciar Hubert Walter 1195 Mortimer im Kampf um Maelienydd. Nachdem Johann von Mortain 1199 als Nachfolger seines Bruders König geworden war, blieb Mortimer ihm loyal bis zu seinem Tod. Der König erließ ihm 1202 die Schuld von £ 400, die Mortimer bereits von seinem Vater geerbt hatte. Mortimer kämpfte im Krieg des Königs gegen Frankreich in der Normandie. Durch die Eroberung der Normandie durch Frankreich bis 1204 verlor auch er seine Besitzungen in dem Herzogtum. 1205 wurde Mortimer gefangen genommen, als er versuchte, Dieppe zurückzuerobern. Erst gegen die Zahlung eines Lösegelds von 1000 Mark kam er wieder frei. Auch danach blieb er ein Unterstützer des Königs, gegen dessen Herrschaft andere Adlige zunehmend aufbegehrten. Als der König 1210 einen Feldzug nach Irland unternahm, um eine Rebellion von William de Braose niederzuschlagen, unterstützte Mortimer den Feldzug mit seinen Rittern, obwohl Braose der Schwiegervater von einem seiner Söhne war. Schwer erkrankt, übertrug er 1214 noch vor seinem Tod seine Ländereien seinem ältesten Sohn.