Deuxième fils de la reine et du roi consort , le futur n'est, à l'origine, pas destiné à ceindre la couronne de son pays. Devenu l'héritier du trône en 1788 à la mort de son aîné Joseph, il doit assurer la régence peu de temps après, sa mère montrant des signes croissants de folie. Arrivé au pouvoir dans le contexte de la Révolution française, le prince déclare la guerre à la France en 1793 mais son armée est vaincue et le royaume d'Espagne, avec qui il avait conclu une alliance, ne tarde pas à l'abandonner (1795). De plus en plus isolé internationalement, le futur est alors victime de la diplomatie napoléonienne et du double jeu de Madrid, qui profite de la situation pour arracher au Portugal la région d'Olivenza après la « guerre des Oranges » (1801). Les tensions entre Paris et Lisbonne atteignent leur paroxysme en 1807, lorsque la France napoléonienne décide d'envahir le Portugal pour punir les Bragance d'avoir refusé d'appliquer le blocus continental dirigé contre le Royaume-Uni.