Nell'estate 2004 la conduzione tecnica fu affidata a Roberto Mancini, con il quale il difensore non trovò inizialmente spazio tra i titolari. Resosi protagonista di un rendimento discontinuo, ottenne maggiori chance dopo l'affermazione ai Mondiali con la maglia azzurra. Nel campionato 2006-07 contribuì alla vittoria del tricolore con 10 reti, segnalandosi in particolare per un gol nel derby meneghino vinto per 4-3 (terminato per lui con un'espulsione) e per la marcatura in rovesciata contro il Messina. Fu inoltre autore di una decisiva doppietta contro il Siena, vittoria che assicurò ai milanesi il titolo con cinque gare di anticipo.