המנזר הוקם ב-1663 על שרידים עתיקים ידי הפטריארך הארמני מירושלים, כדי שישמש מלון דרכים לעולי הרגל הארמנים המגיעים לארץ ישראל בדרכם לירושלים. לאחר שנפוליאון כבש את יפו ב-1799 פרצה בעיר מגפת דבר, והחולים מקרב חיילי הצבא הצרפתי רוכזו בבנין המנזר. השמועות על פרוץ המגפה התפשטו עד מהרה בקרב החיילים, וכדי לשמור על המשמעת בקרב גיסותיו ביקר נפוליאון במנזר. הוא ביקש להוכיח כי המצב נמצא תחת שליטה וכי אל לחיילים לחשוש מהדבר. נפוליאון נגע בחולים ולפי אחת הגרסאות אף סייע בפינוי גופתו של אחד מקורבנות המגפה, מעשים שבאותה עת היו כרוכים בסכנת מוות. ביקורו של נפוליאון במנזר הכה גלים לא רק בקרב החיילים אלא גם ברחבי אירופה.