Vuonna 1990 Lukašenka valittiin Valko-Venäjän sosialistisen neuvostotasavallan korkeimpaan neuvostoon. Hän perusti "Kommunistit demokratian puolesta" -ryhmän kommunistipuolueen sisälle, joka ajoi kommunismin periaatteita kunnioittavaa demokratiaa Neuvostoliittoon ja puolusti maan saavuttamaa suvereniteettia. Hän sanoo olleensa ainoa korkeimman neuvoston jäsen, joka äänesti joulukuussa 1991 Neuvostoliiton hajottavaa sopimusta vastaan. Neuvostoliiton hajottua Lukašenka palasi vähäksi aikaa valtion maatilan johtoon.