Ha sido internacional con la selección de fútbol de Eslovenia, donde jugó en 27 ocasiones y anotó solo 1 gol en el seleccionado esloveno adulto. Asimismo, Gajser participó junto a su selección en una Copa del Mundo y fue en la edición de Corea del Sur y Japón 2002, cuando su selección quedó eliminada en la primera fase, siendo último en su grupo (que compartió con España, Paraguay y Sudáfrica). También participó en la Eurocopa de Holanda y Bélgica 2000, cuando su selección quedó eliminada en la primera fase, siendo último en su grupo (que compartió con España, Yugoslavia y Noruega).