英蘭艦隊がジブラルタルを占領した際、（現在ジブラルタルのローマ・カトリック教会の司教座となっている）セント・マリー・ザ・クラウンズ教会を除くジブラルタルの全てのカトリック礼拝の場がそうなったように、この教会も宗教的用途を廃されて俗用に供され、軍事用に使われた。またジブラルタル包囲戦の際に大きく破損し、のち取り壊されて同じ場所に新しく建物が建てられた。