V roku 1704 počas vojny o španielske dedičstvo nechal bavorský kurfirst Maximilián II. Emanuel Stockach podpáliť. V roku 1770 tu ako v habsburskom meste prespala Mária Antoinetta počas cesty na svoju svadbu s neskorším kráľom Ľudovítom XVI. Počas Francúzskych revolučných vojen sa pri meste v rokoch 1799 a 1800 odohrali dve bitky medzi Habsburskou monarchiou a Francúzskou republikou. V roku 1810 sa Stockach stal súčasťou Bádenského veľkovojvodstva.