"Cony" quay trở lại Guadalcanal vào ngày 24 tháng 8 để chuẩn bị cho cuộc tấn công lên quần đảo Palau. Nó hộ tống cho các tàu sân bay khi chúng tung ra các cuộc không kích hỗ trợ cho cuộc đổ bộ lên Peleliu từ ngày 15 đến ngày 30 tháng 9, rồi đi đến đảo Manus để tiếp liệu. Nó lại ra khơi vào ngày 12 tháng 10, bảo vệ và bắn pháo hỗ trợ cho hoạt động của các đội phá hoại dưới nước, hộ tống đội bắn phá trong vịnh Leyte khi cuộc đổ bộ diễn ra từ ngày 19 đến ngày 21 tháng 10. Khi lực lượng phía Nam của Hạm đội Liên hợp Nhật Bản tiến vào vịnh Leyte vào ngày 24 tháng 10, khởi đầu Trận chiến eo biển Surigao trong khuôn khổ trận Hải chiến vịnh Leyte, chiếc tàu khu trục đã trực chiến cùng các thiết giáp hạm và tàu tuần dương trong hàng chiến trận, góp phần hỏa lực trong cuộc đụng độ ban đêm, truy đuổi và đấu pháo tay đôi với tàu khu trục Nhật Bản "Asagumo", cuối cùng đã đánh chìm nó vào sáng ngày 25 tháng 10 dưới sự trợ giúp hỏa lực từ các tàu khu trục khác và hai tàu tuần dương.