Коли Велика Північна війна торкнулася Курляндії-Семигалії і Карл XII розбив саксонсько-курляндське військо в битві на Дюні біля Риги 1701 року, регент Фердинанд покинув Курляндію й поселився у Данцигу. Того ж року Єлизавета-Софія разом із сином і пасербицями так само назавжди покинула герцогство. Вона поїхала до Пруссії, до Кенігсбергу, де 18 січня взяла участь у святкуваннях з нагоди коронації її брата Фрідріха I, а звідти вирушила до Берліна. Внаслідок цього Курляндія лишалася без голови — країна переходила то в руки москвинів, то шведів.