Vào tháng 9 năm 1979, Tổng Bí thư Đảng PDPA Taraki bị ám sát trong một cuộc đảo chính nội bộ do thành viên Khalq lúc bấy giờ là Thủ tướng Hafizullah Amin, người đảm nhận chức tổng thư ký mới của Đảng Dân chủ Nhân dân, dàn dựng. Tình hình đất nước trở nên tồi tệ dưới thời Amin và hàng nghìn người đã mất tích. Không hài lòng với chính phủ của Amin, Quân đội Liên Xô xâm lược Afghanistan vào tháng 12 năm 1979, tấn công Kabul và giết chết Amin chỉ ba ngày sau đó. Một chế độ do Liên Xô tổ chức, do Babrak Karmal của Parcham lãnh đạo nhưng bao gồm cả hai phe (Parcham và Khalq), đã thay thế chính quyền cũ. Quân đội Liên Xô với số lượng đáng kể hơn đã được triển khai để ổn định Afghanistan dưới thời Karmal, đánh dấu sự khởi đầu của Chiến tranh Liên Xô-Afghanistan. Hoa Kỳ và Pakistan, cùng với các nước nhỏ hơn như Ả Rập Xê-út và Trung Quốc, tiếp tục hỗ trợ quân nổi dậy, cung cấp hàng tỷ đô la tiền mặt và vũ khí bao gồm hai nghìn tên lửa đất đối không FIM-92 Stinger. Chiến tranh kéo dài chín năm và đã gây ra cái chết của 562.000 đến 2 triệu người Afghanistan, và khiến 6  triệu người mất nhà cửa, sau đó đã bỏ trốn khỏi Afghanistan, chủ yếu đến Pakistan và Iran. Các cuộc không kích nặng nề đã phá hủy nhiều ngôi làng ở nông thôn, hàng triệu quả mìn đã được và một số thành phố như Herat và Kandahar cũng bị hư hại do bị pháo kích. Tỉnh Biên giới Tây Bắc của Pakistan hoạt động như một cơ sở tổ chức và mạng lưới cho cuộc kháng chiến Afghanistan chống Liên Xô, với các Deobandi ulama có ảnh hưởng lớn của tỉnh này đóng vai trò hỗ trợ chính trong việc thúc đẩy 'thánh chiến'. Sau khi Liên Xô rút quân, cuộc nội chiến xảy ra sau đó cho đến khi chế độ cộng sản dưới sự lãnh đạo của Đảng Dân chủ Nhân dân Mohammad Najibullah sụp đổ vào năm 1992.