Успехи молодого игрока не оставались незамеченными тренерами сборной России по мини-футболу. Панько дебютировал в ней в августе 1995 года в матче против сборной Словакии. После этого он ещё несколько раз привлекался к товарищеским матчам, пока в декабре 1998 года не дебютировал в официальном матче против сборной Греции в рамках отбора на чемпионат Европы 1999 года. В той игре Сергей сделал хет-трик, однако в состав на чемпионат, ставший для россиян победным, в итоге не попал, да и вообще больше не привлекался к играм сборной. Всего он провёл за неё 14 матчей и забил 8 мячей.