Im Sommer 2007 wurden in der Nähe des ehemaligen Bergwerkschachts Ganina Jama, im Koptjaki-Wald etwas entfernt von der Fundstelle der Gebeine der restlichen Mitglieder der Zarenfamilie, die Knochenfragmente und Zähne eines jungen Mädchens im Alter von 17 bis 20 Jahren und eines Knaben im Alter von 10 bis 13 Jahren gefunden. Die Gebeine wurden in Jekaterinburg unter Leitung des Kreml und ausländischer Spezialisten untersucht. Am 30. April 2008 wurde das Ergebnis der DNA-Untersuchung bekannt. Diese bestätigte, dass es sich bei den Knochen zweifelsfrei um die Gebeine von Maria und ihrem Bruder Alexei handelt. Damit ist 90 Jahre nach der Ermordung der Zarenfamilie deren Schicksal endgültig geklärt.