Tijdens de Tweede Congolese Burgeroorlog werden de Bambuti in 2002-2003 het slachtoffer van een genocide, gepleegd door verschillende rebellengroepen. De campagne kwam neer op een etnische zuivering van het gebied. Naar schatting vielen 60.000 tot 70.000 slachtoffers. De Congolese krijgsheer Jean-Pierre Bemba werd in dit verband veroordeeld door het Internationaal Strafhof, maar in 2018 in beroep vrijgesproken.