Im Rahmen einer Übereinkunft mit Tughrul Beg soll Konstantin IX. um 1050 Sanierungsarbeiten an der Moschee beauftragt haben (daher gelegentlich auch als "Seldschukische Moschee" bezeichnet). Von den lateinischen Kreuzrittern im August 1203 in Brand gesteckt (nach anderen Angaben von den „Sarazenen“ selbst oder bereits bei Unruhen im Jahr 1200), soll die Moschee nach der byzantinischen Rückeroberung Konstantinopels von Michael VIII. 1263 im Interesse guter Beziehungen zum ägyptischen Mamluken-Reich restauriert worden sein. Der letzte byzantinische Kaiser, Konstantin XI. verfügte offenbar die Schließung aller Moscheen in Konstantinopel und drängte die Muslime zur Annahme des Christentums. Ob die Maslama-Moschee bis zum Zeitpunkt der osmanischen Eroberung 1453 genutzt wurde bzw. noch existierte, bleibt unklar. Archäologische Funde gibt es kaum bzw. können nicht eindeutig zugeordnet werden.