В 1401 году скончался Владислав Опольчик, дядя Яна Кропидло, что позволило епископу хелминскому окончательно примириться с польским королем Владиславом Ягелло. В январе 1402 года Ян Кропидло вторично получил должность епископа влоцлавского (куявского), которую он занимал уже до самой смерти. Должность епископа влоцлавского не была простой, в основном, из-за положения епархии во время войны между Тевтонским орденом и Польским королевством. В состав Влоцлавской епархии, во главе которой стоял Ян Кропидло, формально входила епархия Гданьского Поморья, что было очень неудобно для Тевтонского ордена, который всячески старался помешать епископу осуществлять руководство епархией. Этот факт способствовал сближению Яна Кропидло с Польшей, что особенно выявилось во время Великой войны с Тевтонским орденом в 1410 году, когда при посредничестве епископа представители Гданьска принесли ленную присягу на верность польскому королю Владиславу Ягелло.