En 1960, la selección peruana participó por segunda ocasión en unos Juegos Olímpicos, aunque fue eliminada en la primera fase, tras dos derrotas (2:1 ante Francia, 6:2 ante Hungría) y una victoria (3:1 sobre India). Al año siguiente obtuvo su tercera medalla de oro en los disputados en la ciudad colombiana de Barranquilla, tras conseguir seis victorias en igual número de encuentros. Ese mismo año, disputó la clasificación para la Copa Mundial de Fútbol de 1962 ante Colombia. El técnico de la selección, Marcos Calderón, decidió no convocar a las grandes estrellas de las anteriores clasificatorias, muchas de las cuales triunfaban en Europa, porque se creía que la eliminatoria sería sencilla considerando el rival. En el encuentro de ida la selección colombiana venció por 1:0, mientras que en el encuentro de vuelta empataron 1:1, eliminando a Perú en una de sus eliminatorias más vergonzosas y sepultando a la generación dorada de los 50 de la posibilidad de disputar la Copa del Mundo. En el Campeonato Sudamericano 1963, ocupó el quinto lugar tras haber sumado cinco puntos producto de dos victorias, un empate y dos derrotas.