Весной того же года получил назначение в Вандею на усмирение мятежников. Прибыв в Париж 25 мая, Наполеон узнал, что ему назначили командовать пехотой, тогда как он был артиллеристом. Буонапарте отказался принять назначение, сославшись на состояние здоровья. В июне Дезире прекратила отношения с ним, по мнению Э. Робертса, под влиянием своей матери, которая считала, что одного Буонапарте в семье вполне достаточно. Находясь на половинном содержании, Наполеон продолжает писать военному министру Карно письма касательно действий Итальянской армии. В отсутствие каких-либо перспектив он даже рассматривал возможность поступить на службу в Ост-Индскую компанию. Имея много свободного времени, посещал «Кафе де ля Режанс», где с увлечением играл в шахматы. В августе 1795 года военное министерство потребовало от него пройти медицинскую комиссию, чтобы подтвердить болезнь. Обратившись к своим политическим связям, Наполеон получил должность в топографическом отделении Комитета общественного спасения, игравшем на тот момент роль штаба французской армии. 15 сентября он был исключён из списка действующих генералов за отказ ехать в Вандею, однако практически сразу же восстановлен.