Margot Käßmann äußerte sich schon im November 2001 skeptisch über die Erfolgsaussicht des Afghanistaneinsatzes der Bundeswehr beim zivilen Aufbau. Weihnachten 2009 erklärte sie, der Bundeswehreinsatz in Afghanistan sei „nach den weitesten Maßstäben“ der EKD „so nicht zu rechtfertigen“. Man habe militärische und zivile Opfer jahrelang verdrängt und den Bundeswehreinsatz als Aufbauhilfe ausgegeben. Der gewaltsame Konflikt müsse möglichst rasch beendet, die deutschen Soldaten möglichst bald, ruhig und geordnet abgezogen werden. Schritte wie das Unterbrechen der Finanzströme für Waffen- und Drogenhandel und eine Mediation zwischen den Konfliktparteien müssten Vorrang erhalten. Angesichts der Opfer des Luftangriffs bei Kundus sei es die Aufgabe der Militärseelsorge, Bundeswehrsoldaten kritisch zu begleiten.