Die erste Orgel der Michaeliskirche wurde um 1450 von einem durchreisenden Mönch erbaut. Die zweite Orgel entstand um 1516 und wurde vom Hofer Stadtrat finanziert. Erbauer war vermutlich Leonhard Lilgenweiß aus Bamberg. Das Instrument wurde 1543 repariert und um ein Rückpositiv erweitert. 1553 entstanden an dieser Orgel durch den Markgräfler-Krieg Schäden, sodass sie 1566 repariert und um ein Brustwerk erweitert wurde. Mit dem nun dreimanualigen Instrument verfügte die Michaeliskirche zu dieser Zeit über einen einzigartigen Standard in Süddeutschland.