En 2012, Mauer joue 74 fois au poste de receveur, 30 fois au premier but et 42 fois comme frappeur désigné. Disputant 147 matchs au total, il mène la Ligue américaine avec une moyenne de présence sur les buts de ,416. Il mène les Twins pour la moyenne au bâton (,319) et les coups sûrs (174). Il réussit 31 doubles, 4 triples et 10 circuits, ajoutant 85 points produits et 81 points marqués. Il participe à nouveau au match des étoiles.