1990-luku oli Tbilisille ja koko Georgialle traagista aikaa. Talousromahdus, sisällissota ja sekasorto jättivät jälkensä kaupunkiin: kaupungissa on edelleen raunioituneita rakennuksia taisteluiden jäljiltä. Vaikka sisällissota päättyi vuonna 1993, kaupunkiin virtasi pian joukoittain pakolaisia Abhasiasta, jossa Abhasian sota pakotti lukuiset georgialaiset jättämään kotinsa. 1990-luvulla kaupunki kärsi korkeasta rikollisuudesta: monet pitivät pakolaisten suurta määrää osin syyllisenä rikosongelmiin. Kuitenkin 2000-luvulla kaupungin tilanne on parantunut huomattavasti, rikollisuus on vähentynyt ja kaupunkiin on virrannut ulkomaisia investointeja. Ruusujen vallankumouksessa vuonna 2003 tuhannet ihmiset kerääntyivät Tbilisin kaduille ja kaatoivat Eduard Ševardnadzen korruptoituneena pidetyn hallinnon.