Mit dem Verlust des Westens ging auch der von Sizilien einher. Die Statthalterschaft der Kalbiten war hier in den vorangegangenen Jahren durch innere Zwistigkeiten in Anarchie versunken und wurde durch eine vom byzantinischen Reich betriebene christliche "Reconquista" von außen bedroht. Die Anlandung eines byzantinischen Heers 1038 konnte nicht verhindert werden, blieb aber noch ohne gravierende Folgen. Doch die Angriffe der Christen wiederholten sich in den folgenden Jahren, während die innere Ordnung auf der Insel zu erodieren begann. Nach einem an Kairo ergangenen Hilferuf wurde die Kalbitendynastie im Jahr 1051 auf Weisung al-Yazuris abgesetzt und nach Ägypten deportiert. An deren Stelle übernahm nun ein von Kairo direkt eingesetzter Statthalter die Verwaltung auf der Insel, doch konnte auch dieser den Untergang des islamischen Siziliens nicht mehr abwenden. Während die Fatimiden im fernen Osten für ihren eigenen Überlebenskampf gegen die Seldschuken all ihre Kräfte konzentrieren mussten, war im Jahr 1060 – al-Yazuri war da schon tot – eine christliche Streitmacht in Gestalt eines normannischen Eroberungsheers unter der Führung des „Grafen Roger, dem Sohn des Tankred“ "(al-qumṭ Ruǧǧar ibn Tanqar)" an der Küste vor dem Seehafen Messina angelandet, der im Jahr darauf von den Eroberern genommen wurde. Im Juni 1063 siegten die Normannen bei Cerami über das letzte Aufgebot der sizilischen Muslime; 1072 fiel die Hauptstadt Palermo. Kalif al-Mustansir erlebte noch im Jahr 1091 mit dem Fall von Noto das Ende der fast zweihundertfünfundsechzigjährigen Herrschaft des Islam auf Sizilien.