I juli 1864 vendte han tilbage til hæren, hvor han fik kommandoen over de styrker, der forsvarede sydstaternes vigtige jernbanelinier mellem Richmond og Danville i Virginia. I februar 1865 vendte han tilbage til frontlinien som chef for John Pegrams Brigade. Pegram selv blev dræbt i Slaget ved Hatcher’s Run den 6. februar 1865. Som den ældste brigadechef overtog han kommandoen over Jubal A. Early's division efter at General Lee afsatte Early i marts 1865, og han forblev leder af divisionen til krigens slutning. Sammen med Robert E. Lee overgav han sine tilbageværende 1.500 soldater til Ulysses S. Grant ved Appomattox Courthhouse 9. april 1865.