Nel 1944 l'unità di Fölkersam si trasferì alle Waffen-SS e divenne la maggior parte delle SS-Jagdverband Ost. Questa unità è stata attiva sul fronte orientale e ha preso parte al rapimento di Miklós Horthy jr e alla deposizione di suo padre, l'ungherese reggente Miklós Horthy nell'Operazione Panzerfaust. Durante la battaglia delle Ardenne, Fölkersam partecipò all'Operazione Greif e lavorò in stretto coordinamento con Otto Skorzeny. Nel gennaio 1945, dopo essere stato inviato sul fronte orientale, combatté contro l'avanzata dell'Armata Rossa nella Polonia centrale. Adrian von Fölkersam fu ucciso in azione il 21 gennaio 1945 vicino a Inowrocław, in Polonia. Al momento della sua morte, era un SS-Hauptsturmführer, ed era al comando dell'SS-Jagdverband Ost.