1812 trug das Kremlensemble abermals erhebliche Zerstörungen davon, als die gesamte Stadt Moskau während des Russlandfeldzugs von Napoleon Bonaparte zeitweilig unter französischer Besatzung stand. Während des Aufenthalts der Truppen Napoléons auf dem Kremlgelände wurde eine Vielzahl von Kirchenschätzen geraubt oder beschädigt, da die Soldaten die Kremlkathedralen als Kasernen oder Pferdeställe nutzten. Noch schwerer traf es den Kreml, als die französische Armee den Rückzug antreten musste: Aus Rache für seine Niederlage wollte Napoléon den gesamten Kreml samt Befestigungsanlagen und anderen Architekturdenkmälern sprengen lassen. Das Gelände wurde vermint, jedoch kam es unter anderem aufgrund des starken Regens und des erbitterten Widerstands der Anwohner nur stellenweise zu Explosionen. Dennoch wurden mehrere Kremltürme stark beschädigt, bei einigen von ihnen stürzte das Zeltdach um, erhebliche Schäden gab es außerdem am Glockenturm Iwan der Große, dem Facettenpalast und dem erst kürzlich nach einem Brand restaurierten Arsenalgebäude. Die Wiederaufbauarbeiten am Kreml dauerten bis in die 1830er-Jahre hinein. Einen großen Teil von ihnen leitete der Architekt Joseph Bové. Dabei gestaltete er auch die unmittelbare Umgebung des Kremls ganz neu: Das Flussbett der Neglinnaja wurde in einen unterirdischen Kanal verlegt, wo es sich bis heute befindet, und an seiner Stelle wurde entlang des Westabschnitts der Kremlmauer der Alexandergarten, eine langgestreckte öffentliche Parkanlage mit Blumenbeeten und einer dekorativen Grotte, angelegt. Der Rote Platz wurde ebenfalls neu gestaltet, wobei der alte Alewis-Graben entlang der Kremlmauer zugunsten einer neuen Promenade zugeschüttet wurde.