Alberto Coyote był zawodnikiem reprezentacji Meksyku w latach 1992-2001. Uczestniczył w imprezach takich jak: Złoty Puchar CONCACAF 1993, Puchar Konfederacji 1995, Copa América 1995 oraz Puchar Konfederacji 2001. Ogółem w barwach "El Tri" rozegrał 54 spotkania, nie strzelając ani jednej bramki.