1991년 몰도바가 소련으로부터 독립하자 이들의 분리는 더욱 명백해졌고 양측이 군사력을 갖추게 된 후 1992년 3월부터 본격적으로 몰도바와의 사이에 트란스니스트리아 전쟁이 시작되었다. 이 분쟁에서 트란스니스트리아는 러시아의 지원을 받으며 다소 승세를 보였고 같은 해 7월 총 1천여명의 사망자를 낸 채 러시아의 중재로 끝났다. 트란스니스트리아는 광범위한 자치권을 부여하겠다는 몰도바의 제안도 거부했고 이후 드네스트르강 동안을 실질적으로 통치하게 되었다.