31 января 2011 года руководство «Ливерпуля» приняло предложение «Челси» о покупке Фернандо. В тот же день Торрес подписал контракт со своим новым клубом сроком на пять с половиной лет с заработной платой в 175 тысяч фунтов в неделю. Сумма трансфера — 58,5 млн фунтов, стала самой большой, заплаченной клубом английской Премьер-лиги за футболиста. Несколько болельщиков «Ливерпуля» в ответ на переход сожгли футболку Торреса у клубного офиса. В своём интервью, данном после перехода, Торрес заявил, что не скажет ни единого плохого слова в адрес фанов «красных», и сказал, что окончательное решение о трансфере принял не за пару дней до закрытия окна, а заметно раньше, когда «Челси» только обратились с предложением. 6 февраля дебютировал за «Челси» в домашнем матче против «Ливерпуля». Более 14 матчей (903 минуты) не мог отличиться за новый клуб, и в поддержку игрока высказывались Карло Анчелотти, Петр Чех и Питер Одемвингие. 23 апреля в матче против «Вест Хэм Юнайтед» на 83-й минуте забил свой первый гол за новый клуб, а уже в добавленное время сделал голевую передачу на Флорана Малуда. Тем не менее в &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%90%D0%BD%D0%B3%D0%BB%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%202011/2012"&gt;сезоне 2011/12&lt;/a&gt; Фернандо забивал крайне редко, один из безголевых периодов длился почти пять месяцев, психологическое состояние футболиста оставалось тяжёлым, а руководством сборной Испании рассматривался вопрос о целесообразности заявки Торреса на чемпионат Европы 2012 года.