Геннадій Мохненко неодноразово заявляв про свою аполітичність і небажання брати участь у політиці. У ході передвиборної президентської кампанії 2004 року Мохненко проповідував з кафедри своєї церкви, надівши одночасно і помаранчевий, і синій шарф (кольори основних суперників — В. Ющенко та В. Януковича). Однак після оголошення результатів другого туру, Мохненко й низка пасторів зробили заяву про фальсифікацію виборів; причиною такої заяви стали звернення парафіян, які свідчили про порушення.