Po wybuchu II wojny światowej walczył w szeregach SGO „Polesie” generała Franciszka Kleeberga. Brał udział w bitwie pod Kockiem. Następnie przedostał się do Starachowic, gdzie stworzył oddział partyzancki, który na początku 1943 roku dołączył do oddziału Jana Piwnika pseud. „Ponury”. Oddział Tomasza Wagi walczył w ramach I Zgrupowania, pod dowództwem Eugeniusza Gedymina Kaszyńskiego „Nurta”. W 1944 roku po zmianie struktury AK, Waga został dowódcą III kompanii Kieleckiego Korpusu Armii Krajowej „Jodła”. Brał udział w akcji „Burza". Służył w oddziale do 19 stycznia 1945, do wydania przez generała Leopolda Okulickiego pseud. „Niedźwiadek” rozkazu rozwiązania AK.