Jokanović pelasi Jugoslavian maajoukkueessa vuosina 1991–2002. Hän kuului joukkueen vakiokokoonpanoon MM-kilpailuissa 1998 ja EM-kilpailuissa 2000, joista jälkimmäiset päättyivät hänen osaltaan ulosajoon alkulohkon viimeisessä ottelussa Espanjaa vastaan. Hän edusti urallaan kotimaassaan Novi Sadia, Vojvodinaa ja Partizania, Espanjassa Oviedoa, Tenerifea, Deportivo La Coruñaa ja Ciudad Murciaa sekä kausina 2000–2002 Englannissa Chelseaa. Hän voitti kahdesti Jugoslavian mestaruuden ja kerran Espanjan mestaruuden. Valmentajan uransa hän aloitti vuonna 2007.