1980年代後半から政権でのFLNによる一党制や経済政策の失敗に不満を持った若年層を中心にイスラーム主義への支持が進み、1991年の選挙でイスラム原理主義政党の(FIS)が圧勝したが、直後の1992年1月に世俗主義を標榜した軍部主導のクーデターと国家非常事態宣言によって、選挙結果は事実上無効になった。このクーデターにより国内情勢は不安定化し、軍とイスラム原理主義過激派の武装イスラム集団(GIA)との内戦（アルジェリア内戦、1991年12月26日 - 2002年2月8日）により10万人以上の犠牲者が出た。内戦末期の1998年9月にはGIAから「説教と戦闘の為のサラフィー主義者集団」（GSPC、2007年以降はイスラーム・マグリブ諸国のアル＝カーイダ機構）が誕生した。