Зуя была основана вскоре после присоединения Крыма к Российской империи, первыми поселенцами стали крестьяне из центральных губерний империи и отставные солдаты. Поселяне обратились к новороссийскому губернатору и архиепископу Екатеринославскому, Херсонскому и Таврическому с ходатайством о разрешении на строительство церкви. В феврале 1808 года Екатеринославская духовная консистория разрешила строительство храма в казённом поселении Зуя. В августе того же года Святейший правительствующий синод постановил возвести новую церковь во имя Николая Чудотворца.