V roce 1898 Kuropatkin převzal post ministra vojenství od Pjotra Vannovského. Během jeho funkčního období zesílilo napětí s Japonskem, které vedlo k rusko-japonské válce let 1904/05. V únoru 1904 Kuropatkin převzal velení ruských armád v Mandžusku. V říjnu pak převzal jako nástupce odvolaného admirála Jevgenije Alexejeva nejvyšší velení nad všemi ruskými ozbrojenými silami na Dálném východě. Po porážce v bitvě u Mukdenu v březnu 1905 nabídl rezignaci a byl nahrazen generálem Nikolajem Linevičem, předchozím velitelem 1. mandžuské armády, kterou po něm Kuropatkin převzal. Po skončení války se vzdal také tohoto velení a odešel do soukromého života. Současníci Kuropatkina obviňovali, že jeho obranná strategie způsobila porážku. Reagoval na to rozsáhlou zprávou popisující jeho pohled na válku, která vyšla v několika jazycích jako vícesvazkové dílo "Ruská armáda a japonská válka".