После сецессии штата Миссисипи Фетерстону поручили посетить нейтральный Кентукки и попробовать склонить губернатора Берию Магоффина к выходу из Союза. Когда началась война, Фетерстон собрал пехотный полк, который был включён в армию Конфедерации как 17-й миссисипский пехотный полк, а Фетерстон стал его полковником. Он командовал этим полком в Первом сражении при Булл-Ран, где полк числился в бригаде Дэвида Джонса. Впоследствии он проявил себя в сражении при Бэллс-Блафф и 4 марта 1862 года получил звание бригадного генерала. Ему поручили бригаду, которая в апреле-мая 1862 года состояла из четырех полков: