随着1803年的「帝国特别议会重要决议」（Principal Conclusion of the Extraordinary Imperial Delegation）訂定，梅特涅家族新的领地被封在了奥克森豪森，获得贵族头衔并且在帝国议会中有一席之地。在接踵而来的外交改组中，梅特涅于1803年2月被委任为普鲁士王国的大使，11月赴任。而这个时间点却正是“帝国特别议会重要决议”形成的节骨眼上，因此和德累斯顿比起来，梅特涅在德国的外交行动并不活跃。由于奥王对普鲁士大使期望颇深，希望担任此职位者既要能获得普鲁士宫廷及政要的喜爱，又要能兼具敏锐观察力及配合度高，因此梅特涅的出任，再度证明了他己慢慢进入了奥国外交政策的权力核心。梅特涅开始担忧起法国的新皇帝拿破仑·波拿巴，对此俄国沙皇亚利山大一世也有同感，沙皇向梅特涅表明了自己对拿破仑的政治态度。1804年秋天维也纳方面同意對抗拿破崙，并于1805年8月正式向法国宣战，加入到第三次反法同盟战争中。梅特涅没能说服普鲁士加入同盟去对抗法国，因此最终将普鲁士国王推向反法同盟的不是梅特涅而是拿破仑的军队。在奥斯特里茨战役沉痛打击联军之后，普鲁士不顾与联军的协议，而直接与法国签订了至关重要的停战条约。