La Galleria nazionale slovacca è stata fondata nel 1943, durante l'esistenza della Prima repubblica slovacca. Tuttavia questa fondazione non ebbe attuazione fino a dopo la Seconda guerra mondiale e dopo il colpo di stato comunista del 1948, quando fu approvata la legge del Consiglio nazionale slovacco n. 24 del 29 luglio 1948. La fondazione fu sostenuta soprattutto dal poeta, giornalista e scrittore Laco Novomeský, che a quel tempo era commissario della scuola, della scienza e dell'arte. La guida della galleria fu inizialmente affidata a un comitato di sei membri (Vladimír Wagner, Miloš Jurkovič, Ján Mudroch, Jozef Kostka, Milan Škorupa, Jaroslav Dubnický e Alžbeta Güntherová-Mayerová). La prima riunione del comitato si tenne il 7 gennaio 1949. La prima mostra fu allestita nel 1949: si trattava dell "Mostra di quadri degli antichi maestri dalle collezioni della Galleria nazionale slovacca", di cui furono curatrici la Güntherová-Mayerová e Ľudmila Kraskovská. Era una mostra itinerante, che fece tappa anche a Partizánske, Martin e Košice.