ベーメン・メーレン保護領および後のスロバキア共和国において、SOEは数多くの作戦を遂行した。中でも最も有名なのは1942年のプラハにおけるラインハルト・ハイドリヒSS大将の暗殺計画（エンスラポイド作戦）であろう。1942年から1943年にかけて、チェコスロバキアはバッキンガムシャーのに独自の特殊訓練学校を有していた。1944年、SOEはスロバキア民衆蜂起に支援要員を派遣した。