Kommunistien kaapattua vallan helmikuussa 1948 Fierlinger tuki sosiaalidemokraattisen ja kommunistisen puolueen yhdistämistä, mikä toteutui vielä saman vuoden aikana. Hänestä tuli uuden kommunistisen puolueen keskuskomitean jäsen, missä hän jatkoi vuoteen 1966 asti. Fierlinger toimi 1948–1953 Tšekkoslovakian varapääministerinä ja 1953–1964 kansalliskokouksen puhemiehenä.