Проте провів в Англії лише півтора року, оскільки вже наприкінці січня 2017 було повідомлено, що англійський клуб прийняв пропозицію від нового керівництва «Марселя» про зворотній викуп гравця за 25 мільйонів фунтів, що більш ніж вдвічі перевущувала суму, за яку гравець переходив до «Вест Гема». У «Марселі» Паєт став лідером та плеймейкером команди (навіть на позиції лівого атакувального півзахисника) та основним організатором атак команди. Разом з тим, його рівень гри доволі нерегулярний та впливає на результати команди: навесні 2018, коли Паєт був у найкращій формі, він вивів команду до фіналу Ліги Європи (де передчасно залишив поле через травму), натомість в наступному сезоні Паєт показував посередню гру, а «Марсель» навіть не кваліфікувався до єврокубків. У сезоні 2019/20 «Марсель» здобув срібні медалі Ліги 1 та кваліфікувався до Ліги чемпіонів, а Паєта визнали одним з найкращих гравців сезону, зокрема, він переміг в опитуванні Eurosport на звання найкращого гравця Ліги 1.