Su mayor logro con la escuadra nacional fue el tercer lugar en el Mundial Corea-Japón 2002 donde los turcos lograron la hazaña de llegar a semifinales, quedando eliminado a manos de 0-1, pero derrotando por el tercer puesto a 3-2. Emre fue pieza angular del equipo turco y anotó un gol a Costa Rica en primera fase.