Kondogbia występował w młodzieżowych reprezentacjach Francji na różnych szczeblach wiekowych. W 2012 roku zagrał z kadrą U-19 na Mistrzostwach Europy 2012. W 2013 roku wywalczył z Francją U-20 mistrzostwo świata na turnieju rozegranym w Turcji.