Komunistický převrat v únoru 1948 znamenal další zlom v historii ústavu. Nový politický režim pohlížel s odporem nejen na legionářské tradice I. odboje, ale i na účast čs. vojáků v bojích na západní frontě během 2. světové války (II. odboj). Stejně jako v celé společnosti prošel také VHÚ důkladnou personální čistkou. Z nositele legionářských tradic se, pod vedením Hlavní politické správy ČSLA, VHÚ stal v čs. armádě ideologickým pracovištěm Komunistické strany Československa.