Il 25 ottobre 2006 la magistratura argentina ha emesso un mandato di cattura nei confronti di Rafsanjāni come mandante della strage del 18 luglio del 1994 al centro ebraico di Buenos Aires, che fece 85 morti e più di 300 feriti. L'attentato fu deciso, secondo il procuratore, in una riunione ai più alti livelli a Teheran, il 13 agosto dell'anno precedente, e venne chiesto a Hezbollah di realizzare l'attacco. Uno dei possibili moventi sarebbe stato l'interruzione degli accordi nucleari da parte del governo argentino con l'Iran.