סוריה ולבנון נקטו גם בצעדים מעשיים להטיית מקורות המים של המוביל על ידי מפעלי ההטיה של מקורות הירדן. בראשית שנות ה-60 התרחשה "המלחמה על המים" ומוביל המים הארצי היה המטרה לניסיון הפיגוע הראשון של ארגון טרור פלסטיני, הפת"ח. העימות עם מדינות ערב הוביל להעברת נקודת השאיבה של המוביל מהירדן ההררי לכנרת.