Die Gegend um Hamdorf war schon in vorchristlicher Zeit besiedelt, wie Ausgrabungen und Grabfunde zeigen. Urkundlich erwähnt wird Hamdorf erstmals als „Hammathorp“ in einer Urkunde von 1285, in der es der dänischen Krone zuerkannt wurde. Zu Süd-Schleswig gehörend, kam Hamdorf 1864 nach dem Zweiten Schleswigschen Krieg zu Preußen.