1968 befand sich die UNAM inmitten von studentischen Protesten, die im Massaker von Tlatelolco ("Matanza de Tlatelolco") auf dem Platz "Plaza de las Tres Culturas" gipfelten. Bei dem Massaker, für das sich seit dem 30. Juni 2006 der damalige Innenminister und spätere Präsident Luis Echeverría Álvarez (1970–76) wegen Völkermord verantworten muss, starben Hunderte von Studenten. Es markierte eine Zäsur in der Geschichte Mexikos.