Razem z drużyną narodową Cañizares uczestniczył kolejno w Mistrzostwach Świata 1994, Mistrzostwach Europy 1996, Mistrzostwach Świata 1998, Mistrzostwach Europy 2000, Mistrzostwach Europy 2004 oraz Mistrzostwach Świata 2006, jednak na żadnym z tych turniejów Hiszpanie nie zajęli medalowego miejsca. Wychowanek Realu Madryt nie wziął natomiast udziału w Mistrzostwach Świata 2002, a z udziału w tym mundialu wyeliminowała kontuzja, której nabawił się upuszczając butelkę z wodą kolońską na stopę. Łącznie dla reprezentacji swojego kraju Cañizares rozegrał 46 spotkań.