V dobách tohto nebývalého rozkvetu sa v okolí rozšírilo katarské hnutie (Albigénstvo). Carcassonnský vikomt Raymond Roger Trencavel, (1194 – 1209), na svojom panstve túto herézu trpel a dokonca i ochraňoval. Ale pápež Inocent III. rozhodol v roku 1208 o albigenskej križiackej výprave proti albigenským a mesto začalo obliehať vojsko severofrancúzskych rytierov pod vedením Simona IV. z Montfortu. Carcassonne, ktorého opevnenie bolo z veľkej časti cez 1000 rokov staré, po 15 dňoch padlo. Súčasne bolo dobyté susedné mesto Béziers, tiež patriace do vlastníctva Raymonda Rogera Trencavela. Obyvateľstvo oboch miest bolo kompletne zmasakrované (20 000 obetí) a Simon z Montfortu kraj dostal ako svoje léno.