Загоракис много лет был капитаном сборной Греции. Свой первый матч он сыграл 7 сентября 1994 года против сборной Фарерских островов. 26 апреля 1995 года забил гол в свои ворота в домашнем матче греков против сборной России в рамках отборочного турнира к чемпионату Европы 1996 года, сделав счёт 2:0 в пользу россиян. Сборная России выиграла тот матч — 3:0.