Під час Празької весни (1968) Отто Віхтерле зайняв активну громадську позицію, зокрема був серед ініціаторів звернення «Дві тисячі слів», за що був знятий з посади директора Інституту макромолекулярної хімії і залишився працювати в інституті як звичайний вчений, продовжуючи свої дослідження і винахідницьку діяльність.