18 వ శతాబ్దం మధ్యలో గోవా నగర జనాభాను వినాశకరమైన అంటువ్యాధులు నాశనం చేసిన తరువాత పనాజీని పోర్చుగీస్ భారతదేశానికి రాజధానిగా చేశారు. భారతదేశం స్వాధీనం గోవా మాజీ మిగిలిన పోర్చుగీస్ భూభాగాలు తరువాత పోర్చుగీసు భారతదేశం ఇండియన్ దాడి 1961 లో. ఇది 1987 లో గోవా రాష్ట్ర స్థాయికి ఎదిగినప్పుడు రాష్ట్ర రాజధానిగా మారింది. 1961, 1987 మధ్య, ఇది గోవా, డామన్ డయు కేంద్రపాలిత రాజధాని. ఆల్టో పోర్వోరిమ్‌లోని మాండోవి నది మీదుగా 2000 మార్చిలో కొత్త శాసనసభ సముదాయాన్ని ప్రారంభించారు. పనాజీ ఉత్తర గోవా జిల్లా పరిపాలనా ప్రధాన కార్యాలయం.