১৯৯৪ সালের রুয়ান্ডার গণহত্যার সময়, কাজিরা নদীকে মৃতদেহ নিষ্কাশন করতে ব্যবহার করা হয়। এসময় হাজার হাজার তুতসি এবং হুতু রাজনৈতিক মধ্যপন্থীদের নদীর তীরে হত্যা করা হয়। নদীটি ভিক্টোরিয়া হ্রদে নিহত মৃতদেহ নিয়ে আসে, যা উগান্ডায় একটি গুরুতর স্বাস্থ্য ঝুঁকির সৃষ্টি করে।