בחודשים הראשונים, ככל הגופים היהודים, גם תנועות הנוער סבלו ממבוכה והתפרקות. השליחים מהארץ, אלו שהיו אחראיים לתיאום העלייה – חזרו ארצה. מנהיגי התנועות, כמו גם מנהיגי המפלגות והמוסדות היהודים יצאו מזרחה אל עבר השטח שנפס בידי ברית המועצות, אך לא בדומה לשאר המוסדות היהודיים, הוחלט בהנהגת תנועות הנוער להשיב מספר ממנהיגיה להקמת התנועה מחדש בשטחי הכיבוש הגרמני, דבר שדורש להתאים את אופי הפעילות למחתרתי. בין החוזרים נמנים אנשים כמו מרדכי אנילביץ', יצחק צוקרמן וצביה לובטקין שלימים יהיו ממנהיגי הארגון אי"ל ומרד גטו ורשה.