In einer auf die Kargil-Region Kaschmirs begrenzten militärischen Auseinandersetzung mit Indien im Sommer 1999 (siehe Kargil-Krieg) erlitt Pakistan eine Niederlage. Daraufhin setzte General Pervez Musharraf die gewählte Regierung Sharifs in einem Militärputsch ab und errichtete die vierte Militärdiktatur Pakistans. 2001 trat er das Präsidentenamt an.