২ ডিসেম্বর ২০০৪ সালে ভূমিকম্প এবং সুনামিতে মসজিদের চারপাশের পুরো এলাকা ধ্বংস হয়ে সমতল হয়ে যায়। শুধুমাত্র বাইতুর রহিম মসজিদটি এই অঞ্চলের একমাত্র টিকে থাকা কাঠামো ছিল যা ভূমিকম্প ও সুনামি ক্ষতি করতে পারেনি। ইট দিয়ে তৈরি মসজিদের কেবল বিশ শতাংশ ক্ষতিগ্রস্ত হয়ে ছিল। আচেহর বাসিন্দারা আল্লাহর মাহাত্ম্যের প্রতীক হিসাবে এই মসজিদটিকে অত্যন্ত সম্মান করে।