Himmler muodosti kasvaneesta SS:stä järjestön sotilaallisen siiven Waffen-SS:n tammikuussa 1940. Sen vahvuus nousi kesän 1940 100 000 miehestä 150 000:een saman vuoden loppuun mennessä. Hyökkäyksen Neuvostoliittoon alettua kesäkuussa 1941 neljä Einsatzgruppen-tuhontaryhmää seurasi eteneviä joukkoja surmaten siviiliväestöstä löytämänsä juutalaiset ja kommunistit sekä saksalaisjoukkoja vastaan taistelevat partisaanit. Joulukuussa 1941 Waffen-SS:n vahvuus oli jo 230 000 miestä.