1 января 1926 года на Пленуме ЦК ВКП(б) избран секретарём ЦК ВКП(б), членом Оргбюро ЦК ВКП(б) и переведен на работу в Москву. После состоявшегося весной 1926 года объединения сторонников Л. Д. Троцкого и Г. Е. Зиновьева Евдокимов становится активным участником «объединенной оппозиции». 9 апреля 1926 года Г. Е. Евдокимов освобождён от должности секретаря и члена Оргбюро, 14 ноября 1927 года выведен из состава ЦК ВКП(б). Практически одновременно из состава ЦК выведены и другие лидеры троцкистско-зиновьевского блока. На XV съезде ВКП(б) в декабре 1927 г. Евдокимов исключён из партии.