"Kaiser" hejste kommando i 1859 og indgik i sommeren 1864 i den eskadre, der beskyttede skibstrafikken i Nordtyskland, da krigen mod Danmark blev alvor igen efter våbenstilstanden i maj 1864. Da krigen mod Preussen og Italien brød ud i 1866, var "Kaiser" som træskib allerede teknisk forældet, men det deltog alligevel i slaget ved øen Lissa, 20. juli samme år. Træskibene i den østrigske 2. division kom omkring klokken 11 i kamp med de italienske panserskibe i kommandør Ribotis 3. division. "Kaiser" var det forreste østrigske skib, og det styrede lige imod det forreste italienske skib "Re di Portogallo", og vædrede det. Vædringen illustrerede klart forskellen på panserskibe og træskibe. Det italienske panserskib fik kun mindre skrammer, mens Kaiser mistede formasten, som i sit fald tog skorstenen og nogle kanoner med, og startede en brand ombord. "Kaiser" fik klaret sig fri af den efterfølgende beskydning, som kostede 99 døde eller sårede, og skibet gik længere mod syd for at reparere. På sin vej lå det pludselig ud for det italienske "Affondatore", der ikke indgik i den italienske kamplinje. "Affondatore" havde kurs direkte mod siden på "Kaiser", men drejede så af. Da admiral Persano - som var øverstkommanderende ombord - senere blev afhørt i det italienske senat, forklarede han, at han mente at "Kaiser" allerede var dømt til undergang, og han anså det for unødig grusomhed at sænke skibet og skade dets besætning. På "Kaiser" kvitterede man for ridderligheden med en bredside, og skibet klarede sig i sikkerhed i San Giorgio-bugten på Lissa, hvorefter resten af 2. division vendte tilbage til slaget.