Mesto je bilo v pisnih virih prvič omenjeno kot "Soule" v kronikah Livonskega reda, ki opisujejo bitko pri Sauleju. Tako za datum ustanovitve mesta zdaj velja 22. september 1236, isti datum, ko se je odvijala bitka nedaleč od Šiauliaija. Sprva se je razvil kot obrambno mesto pred napadi Tevtonskega in Livonskega reda. Po bitki pri Grunwaldu leta 1410 so se napadi ustavili in Šiauliai se je začel razvijati kot kmetijsko naselje. Leta 1445 je bila zgrajena lesena cerkev. Leta 1625 je bila nadomeščena z opečno cerkvijo, ki jo je danes mogoče videti v središču mesta.