Im Zuge des Amerikanischen Unabhängigkeitskrieges nahm Pagès an Bord der "Fier" am 27. Juli 1778 an der Seeschlacht bei Ouessant teil. Am 4. Juli 1779 war er bei der Eroberung Granadas anwesend. Im Januar 1781 kehrte er nach Frankreich zurück und wurde im August 1781 zum Korrespondenten der königlichen Akademie der Wissenschaften ernannt. Er schied im Januar 1782 mit dem Grad eines Schiffskapitäns aus dem Marinedienst aus, zog sich auf seine Besitzung, eine Pflanzung auf Saint-Domingue, zurück und wurde hier bei dem Sklavenaufstand 1792 wie viele seiner Landsleute ermordet. Unter anderem war er Ritter des Ordre royal et militaire de Saint-Louis gewesen. 1781 wurde er korrespondierendes Mitglied der Académie des sciences.