El 12 de marzo de 1945 Hitler convocó a su Cuartel general de Berlín al general Saucken, nombrándole comandante del 2.º Ejército y poniéndole bajo las órdenes de Albert Forster, "Gauleiter" de Danzig. Saucken, sin embargo, respondió a Hitler que no se pondría a las órdenes de un "Gauleiter". Para sorpresa de los presentes, Hitler aceptó que retuviera el mando en su persona, aunque despidió a Saucken sin estrecharle la mano y éste salió de la habitación haciendo una ligera inclinación. Durante los últimos meses de la contienda retuvo el mando del 2.º Ejército en su defensa de Prusia oriental y occidental, hasta que el 8 de mayo ordenó la rendición incondicional de su ejército y de todas las fuerzas alemanas en la zona. Durante todo este tiempo la resistencia del batiburrillo de unidades bajo su mando (ahora reorganizadas como "AOK Ostpreußen") permitió la evacuación de 300.000 civiles y militares alemanes. La capitulación de las tropas alemanas se alargó hasta el 14 de mayo. El Gran almirante Karl Dönitz, nuevo líder alemán desde el gobierno de Flensburgo, le hizo una oferta para salir del cerco y volar hacia la zona todavía controlada por las fuerzas alemanas, pero Saucken rechazó esta opción y permaneció en su puesto. Después de la rendición, fue hecho prisionero por los soviéticos e inicialmente fue transferido a Lubianka, y posteriormente trasladado a la Prisión central de Orel.