Улица была образована из "Пе́рвого Зю́зинского прое́зда" и присоединенных к нему улиц и получила название 29 апреля 1965 года в связи с расположением улицы на юге Москвы по Перекопскому перешейку — месту исторических сражений в годы Гражданской (Перекопско-Чонгарская операция) и Великой Отечественной (Крымская оборонительная операция) войн. На улице установлена мемориальная стела «Героям Перекопа. 1920—1944».