Die Zapoteke praat veral Zapoteeks as moedertaal. Dit behoort saam met Mixteeks van die naburige Mixteke en ander kleiner tale tot Otomangue, een van die primêre taalfamilies van die wêreld. Sedert die Spaanse verowering van Meksiko (1519–1521) onder Hernán Cortés dien Spaans as die tweede taal van die Zapoteke. Baie mense van Zapoteekse afkoms het oor 'n paar dekade na die Verenigde State geëmigreer en hulle handhaaf eie sosiale organisasies in die Los Angeles- en Central Valley-gebiede van Kalifornië.