Ab Mitte Februar 1800 versuchten die Franzosen neuerlich über den Rhein zu kommen und bedrohten Vorarlberg. Erzherzog Karl wurde im März 1800 als Oberbefehlshaber in Süddeutschland durch General Pal Kray ersetzt, dieser reiste am 5. März aus Wien ab und traf am 17. März in seinem Hauptquartier in Donaueschingen ein. Die noch in Versammlung stehende österreichische Hauptarmee war etwa 95.000 Mann stark und wurde in Stellungen zwischen Liptingen und Stockach konzentriert. Der Rheinübergang der 120.000 Mann starken Armee unter General Moreau erfolgte von 25. bis 28. April bei Straßburg, Breisach und Basel. Nachdem die französischen Truppen den Rhein überquert hatten, zogen sich die Österreicher am 1. Mai aus Singen zurück, Einheiten der französischen Division Vandamme besetzten die württembergische Festung Hohentwiel. Am 3. Mai wurden Krays Truppen in den Schlachten von Engen und Stockach geschlagen, wenig später nach den Niederlagen bei Meßkirch und in der zweiten Schlacht bei Biberach war Kray gezwungen über die Donau nach Ulm zurückzugehen.