Bei dieser Mannschaft blieb Dovalil dann über mehrere Jahre und feierte mehrere Erfolge: So gewann die tschechische U-17-Auswahl bei der Europameisterschaft in Luxemburg 2006 die Silbermedaille, ebenfalls 2006 gewann Dovalil als Assistent bei der U-19-Auswahl die Bronzemedaille bei der Europameisterschaft in Polen. Von 2007 bis 2008 coachte Dovalil die tschechische U-18-Auswahl, ehe er 2009 die U-20-Auswahl und im Anschluss daran die U-21-Nationalmannschaft übernahm, mit der er im Juni 2011 bei der Europameisterschaft in Dänemark die Bronzemedaille gewann. Das Qualifikationsspiel für das Olympische Fußballturnier 2012 gegen Weißrussland ging allerdings mit 0:1 verloren.