בד בבד, במאה ה-12, התבססה תוניס כמוקד הכוח האזורי, כאשר השושלת החאפיזית קבעה בה את בירתה. בעקבות מסע הצלב השמיני ב-1270, התגברה הקיצוניות הדתית בקרב החאפיזים, והם אסרו את מגוריהם של לא-מוסלמים בקירואן. אלה נאלצו להתאסלם או לעזוב את העיר, ובכך בא הקץ גם על הקהילה היהודית בעיר. מאידך, החאפיזים קוממו את הריסות קירואן במאה ה-13 לאחר תקופת משבר שנמשכה כמאתיים שנה, אך ממדיה של העיר החדשה היו קטנים בהרבה מזו של העיר ההיסטורית. לקירואן לא נודעה חשיבות משך מאות שנים, ולפי תיאורו של נוסע מ-1516: