Mit der antijüdischen Rassengesetzgebung des Jahres 1938 im faschistischen Italien wurde Donati seines Lehrstuhls enthoben. Er stammte aus einer jüdischen Familie, war jedoch als Erwachsener zum Katholizismus konvertiert. Bis zur Besetzung Italiens durch deutsche Truppen 1943 arbeitete er in Pflegeheimen, dann flüchtete er aufgrund der beginnenden Deportation italienischer Juden in die Schweiz.