Dopo la Rivoluzione, Bāhonar divenne membro fondatore del Partito Repubblicano Islamico e un membro costitutivo del Consiglio della Rivoluzione Islamica (). Fu anche nominato ministro dell'Istruzione nel marzo del 1981. Fu pure membro del Assemblea degli Esperti. Bāhonar, unitamente a Moḥammad ʿAlī Rajāʾī, operò una "purga" - che fu poi chiamata "Rivoluzione Culturale dell'Iran" - all'interno delle università iraniane per eliminarne le influenze culturali "occidentali". Dopo l'assassinio di Mohammad Beheshti il 28 giugno 1981, fu nominato Segretario generale del partito, in cui egli ricopriva la carica di membro del Comitato Centrale. Bāhonar servì come ministro della cultura e dell'orientamento islamico quando Primo ministro era Moḥammad ʿAlī Rajāʾī (marzo 1981 - agosto 1981. Quando Rajāʾī divenne Presidente il 5 agosto 1981, egli scelse Bāhonar suo Primo ministro.