11 ноября 1998 года в товарищеском матче против сборной Мексики Руис дебютировал за сборную Гватемалы. 19 марта 1999 года в матче Кубка наций Центральной Америки против сборной Сальвадора он забил первый гол за национальную команду. В 2000 году в началом развития футзала в стране Карлос был выбран наряду с другими 11 футболистами, чтобы представлять Гватемалу на чемпионате мира. На турнире он забил один мяч.