În decembrie 1999, Cernomîrdin a fost ales membru al Dumei de Stat. În mai 2001, Vladimir Putin l-a numit pe Cernomîrdin ambasador al Rusiei în Ucraina. Această acțiune a fost interpretată de unele agenții de presă rusești ca o mișcare de a îndepărta Cernomîrdin de centrul politicii ruse. În 2003, a respins discuțiile despre scuzele pentru foametea Holodomor făcute de Uniunea Sovietică.