Under krigen i Bosnia fra 1992 til 1995 ble ikke byen direkte rammet av kamphandlingene, men gjennomgikk store forandringer. Mesteparten av byens katolske kirker og alle 16 moskeer, inkludert den berømte Ferhadija-moskeen, som var under UNESCO beskyttelse; ble ødelagt av Republika Srpskas hær. I tillegg har lokale myndigheter som var lojale til Radovan Karadžić sin regjering gjort det umulig for bosnjaker og kroater å leve i byen. Bosnjaker og kroater var sagt opp fra sine jobber eller tvunget til å jobbe gratis, deres eiendommer var tatt fra dem og de hadde ingen beskyttelse mot serbisk paramilitære enheter som drev med terror og systematisk etnisk rensing i byen. Utenfor byen opprettet mydighetene Manjača konsentrasjonsleir for bosnjaker og kroater. Det er estimert at mellom 4 500 og 6 000 Bosnjaker og Kroater hovedsakelig fra Banja Luka og Sanski Most har vært gjennom leiren hvor de har gjennomgått systematisk tortur og drap. Byen er nærmest tom for Bosnjaker og Kroater som utgjorde rundt 40% av byens totalbefolkning før krigen. Dette førte til at byen nå har en stor serbisk majoritet, og den etniske fordelingen er som følger: