Następnie Włoch powrócił do Atalanty Bergamo. Od początku sezonu był podstawowym piłkarzem drużyny "Nerazzurrich". W jej barwach 26 sierpnia w zremisowanym 1:1 pojedynku z Regginą zadebiutował w Serie A. W końcowej tabeli pierwszej ligi Atalanta zajęła dziewiątą lokatę. W pierwszym meczu rozgrywek &lt;a href="Serie%20A%20%282008/2009%29"&gt;2008/2009&lt;/a&gt; przeciwko Sienie Padoin zdobył jedynego gola i zapewnił swojemu klubowi trzy punkty. 22 marca 2009 roku strzelił oba gole dla Atalanty w zremisowanym 2:2 spotkaniu z S.S. Lazio.