Im Dreißigjährigen Krieg wurde das Dorf wieder stark in Mitleidenschaft gezogen. Während der Belagerung Magdeburgs 1631 lagerten die kaiserlichen Truppen Tillys im südlichen Teil des Wolfswerders auf Fermersleber Gemarkung. Es bestand auch eine Schanze von der aus bei der Einnahme der magdeburgischen Schanze Trutz Tilly das Feuer auf die aus der Kreuzhorst fliehenden Magdeburger über die Elbe hinweg eröffnet wurde. Fermersleben wurde schwer geplündert und gebrandschatzt. Nach der Erstürmung Magdeburgs wurden Gefangene im Lager Tillys bei Fermersleben festgehalten, um Lösegeld zu erzielen. Darunter befand sich auch der Baumeister Andreas Rudolph. Insgesamt könnten etwa 400 Bürger Magdeburgs im Lager interniert gewesen sein. Die Lebensbedingungen im Lager waren sehr schlecht. Am 14. Mai 1631 brach im Lager ein Feuer aus, wobei es für möglich gehalten wird, dass die Gefangenen selbst das Feuer legten. Im entstandenen Tumult gelang vielen die Flucht, darunter auch dem in Magdeburg gefangen genommenen schwedischen Gesandten Johann Stalmann.