Após o Golpe militar de 1964, seu mandato de Paulo foi cassado sob a alegação de quebra de decoro parlamentar, pois não usava paletó e gravata. Nesse contexto, também perdeu o cargo de presbítero na Igreja Presbiteriana em Florianópolis. Por conta da cassação, Paulo exilou-se no México por um ano e retornou, em 1965, atuando clandestinamente na Ação Popular (AP) durante oito anos. Segundo documentos dos órgãos de segurança, conforme o livro Direito à Memória e à Verdade, Paulo foi o representante da Ação Popular na reunião da Organização Latino-Americana de Solidariedade – Olas, realizada entre 31 de julho e 10 de agosto de 1967, em Havana (Cuba).