Il 8 giugno 1997, Miyamoto è convocata nella Nazionale maggiore in occasione di una partita contro Cina. Miyamoto ha disputato anche il Mondiale 1999, Mondiale 2003, Mondiale 2007 e torneo olimpico 2004. In tutto, Miyamoto ha giocato 77 partite con la Nazionale nipponica riuscendo a segnare 13 gol.