El emperador Qianlong ordenó entonces el genocidio de los zúngaros, trasladando al resto del pueblo zúngaro al continente y ordenando a los generales que mataran a todos los hombres en Barkol o Suzhou, y dividieron a sus esposas e hijos entre las fuerzas Qing, que estaban formadas por mongoles manchúes y kalkha de las ocho banderas. El erudito Qing Wei Yuan estimó la población total de los zúngaros antes de la caída en 600 000 personas, o 200 000 hogares. El oficial oirate Saaral los traicionó y luchó contra los oirates. En un ampliamente citado  relato de la guerra, Wei Yuan escribió que alrededor del 40% de los hogares zúngaros murieron por la viruela, el 20% huyó a Rusia o a las tribus de Kazajsitán, y el 30% fueron asesinados por el ejército Qing de los mongoles manchúes y Khalkha de las ocho banderas, no dejando yurtas en un área de varios miles de li excepto las de los rendidos. Durante esta guerra los kazakos atacaron a los dispersos oirates y altáis. Basándose en este relato, Wen-Djang Chu escribió que el 80% de los 600 000 o más zúngaros (especialmente choros, olots, khoid, baatud y zakhchin) fueron destruidos por enfermedades y ataques  que Michael Clarke describió como «la completa destrucción no solo del estado zúngaro sino de los zúngaros como pueblo». El historiador Peter Perdue atribuyó la diezma de los zúngaros a una política explícita de exterminio lanzada por Qianlong, pero también observó signos de una política más indulgente después de mediados de 1757. Mark Levene, un historiador cuyos intereses de investigación recientes se centran en el genocidio, ha declarado que el exterminio de los zúngaros fue «posiblemente el genocidio del siglo XVIII por excelencia». El genocidio de los zúngaros se completó con una combinación de una epidemia de viruela y la matanza directa de los zúngaros por las fuerzas Qing manchúes y mongolas (kalkha) de las ocho banderas.