Na igrzyskach olimpijskich w 1988 w Seulu zdecydował się startować na krótszych dystansach. Doznał jednak kontuzji ścięgna. Mimo to zdobył brązowy medal w biegu na 800 metrów (za Paulem Erengiem I Joaquimem Cruzem). Bardzo szybki bieg spowodował nasilenie się kontuzji i chociaż Aouita zakwalifikował się do półfinału biegu na 1500 metrów, nie wystartował w nim. W 1989 zwyciężył w biegu na 3000 metrów na halowych mistrzostwach świata w Budapeszcie (przed José Luisem Gonzálezem z Hiszpanii i Dieterem Baumannem z RFN, a później ustanowił rekord świata na tym dystansie na otwartym stadionie wynikiem 7:29,45 (28 czerwca 1989 w Kolonii). Zwyciężył w biegu na 5000 metrów w zawodach pucharu świata w 1989 w Barcelonie.