Artikel 5 van de grondwet definieert de Palestijnse Autoriteit als een parlementaire democratie. In januari 2005 werd Mahmoud Abbas verkozen tot president van de Palestijnse Autoriteit. Abbas installeerde een regering waarvan Ahmed Qurei premier werd. Op 24 januari 2006 werden voor het eerst sinds 1996 weer parlementsverkiezingen gehouden. Onder Arafat waren verkiezingen geannuleerd, en onder Abbas tweemaal uitgesteld. De politieke tak van Hamas werd de grote winnaar. De partij vormde hierop een democratisch gekozen regering die echter door de internationale wereld werd geboycot. Eind 2006 ontstond een grote crisis tussen Fatah en Hamas en brak de Palestijnse Burgeroorlog uit. Hamas kon op 14 juni 2007 de controle over de Gazastrook overnemen, waardoor het gezag van de Palestijnse Autoriteit in feite nu alleen nog geldt over de Westelijke Jordaanoever. Om het gezag in Palestina weer te verenigen tekenden Mahmoud Abbas van Fatah en Khaled Meshaal van Hamas in februari 2012 in Doha een samenwerkingsovereenkomst waarin besloten werd dat beide partijen samen een regering moeten vormen. Spanningen tussen beide partijen en regionale omstandigheden, in het bijzonder de Syrische Burgeroorlog, hebben er echter toe geleid dat het nog vijf jaar zou duren voor dat verdere stappen werden ondernomen om beide partijen te verzoenen.