Вице-президент Федерации дзюдо России (1996—1999). Президент федерации дзюдо России (1999—2004). Главный тренер сборной России по дзюдо (2001—2004). Своей задачей считал вернуть дзюдо изначальный смысл, заложенный основателем этого спорта Дзигоро Кано, называвшим его «путь совершенствования». «Философия дзюдо многое могла бы дать для воспитания. А спорт высших достижений — удел очень маленького количества людей». Шестаков создал при федерации общественный совет, который смог привлечь ресурсы и людей для развития. На чемпионате мира в Мюнхене в 2001 году российская сборная впервые выиграла у японской, получив 3 золотые медали, чего даже советская сборная не добивалась.