Au début de 1862, le gouvernement confédéré retire la petite armée du général Braxton Bragg de Pensacola à la suite des défaites successives confédérées dans le Tennessee à fort Donelson et fort Henry et la chute de la Nouvelle-Orléans. Elle est envoyée sur le théâtre occidental pour le reste de la guerre. Les seules forces confédérées restantes en Floride à l'époque sont quelques compagnies indépendantes, plusieurs bataillons d'infanterie, et le 2nd Florida Cavalry. Ils sont renforcés en 1864 par les troupes de la Géorgie voisine.