Nach der Auflösung der Sowjetunion Anfang der 1990er Jahre wurde Grosny in die zweite russische Liga aufgenommen. 1993 und 1994 folgten zwei Abstiege hintereinander. Aufgrund des beginnenden ersten Tschetschenienkrieges weigerten sich auswärtige Mannschaften in Grosny zu spielen. Die Mannschaft brach auseinander und der Verein spielte die nächsten sieben Jahre lediglich auf lokaler Ebene. Zeitweise wurde das Stadion von Terek als Stützpunkt und Werkstatt russischer Panzertruppen verwendet. 1997/98 wurde der Rebellenführer und Terrorist Schamil Bassajew, später unter anderem für die Geiselnahme im Musical Nord-Ost in Moskau verantwortlich, Präsident von Terek; er spielte sogar einige Male im Sturm der ersten Mannschaft. Durch den beginnenden zweiten Tschetschenienkrieg verschwand Terek 1998/99 vollkommen von der Bildfläche.