Elle devient Championne d'Afrique juniors du 800 m et remporte l'or aux Jeux africains sur la même distance en 2011. En juillet, elle atteint les demi-finales du 800 m aux Championnats du monde d'athlétisme 2011. Elle est ensuite nommée Athlète de l'année par la Fédération ougandaise d'athlétisme.Lors de l'édition 2012 des Fanny Blankers-Koen Games à Hengelo, Annet Negesa se classe du 800 mètres avec un temps de 1 min 59 s 08, qui lui permet d'être qualifiée pour les Jeux olympiques de 2012.