In seinem 2006 erschienenen Buch "Scheitert Amerika?" dekonstruiert Fukuyama die „Clan-Ideologie“ der Neocons und sagt sich von ihnen los. Er kritisiert die Politik Bushs und vor allem das Mittel des Krieges gegen den Irak als „leninistisch“. „Leninismus“ bedeutet hier für Fukuyama das aktive Eingreifen in unvermeidliche Prozesse, um sie zu beschleunigen. „Der klügste Weg, die amerikanische Macht zum gegenwärtigen Zeitpunkt geltend zu machen, ist kein militärischer“, schreibt er kritisch in Richtung der Neocons: „Gefragt wäre die Fähigkeit der USA, internationale Institutionen zu gestalten wie schon in den Jahren unmittelbar nach dem Zweiten Weltkrieg.“ Dabei kritisiert Fukuyama einerseits das Konzept des „Exzeptionalismus“, welches die „Vereinigten Staaten über die anderen hinaushebt“ (Karl Grobe), und die dieser Haltung entsprechende Ideologie der „Manifest Destiny“. Dahinter stehe der Glaube an eine amerikanische Berufung, allen anderen mit Machtmitteln den richtigen Weg zu weisen. Er spricht dieser Haltung die Legitimität ab, weist ihr aber eine Effektivität zu, die er gleichzeitig bejaht. Karl Grobe stellt in seiner Rezension in der Frankfurter Rundschau "Abkehr eines Vordenkers" dazu fest, dass Fukuyama sich „im Namen der USA auf die Seite der Effektivität“ stelle, nach der „eine schnelle Eingreiftruppe … immer besser als eine vom Völkerrecht durchtränkte und gehemmte UN-Debatte“ sei.