Dès le début de la guerre avec la France, il reçoit de nouveau le commandement de l’ensemble des forces de la Manche : il est à la tête d’une flotte de 32 vaisseaux de ligne en 1793 et 1794. Après un premier combat où il met en difficulté l’arrière-garde française le , il remporte à 68 ans la victoire du « "Glorious First of June" », le 13 prairial an II, contre la flotte de Louis Thomas Villaret de Joyeuse. Rompant avec la tactique des savantes évolutions d’escadres en ligne, il n’hésite pas à lancer sa flotte à l’assaut de la ligne française qu’il rompt en sept points. Villaret perd sept vaisseaux. Howe sera cependant critiqué en Grande-Bretagne pour ne pas avoir exterminé l’escadre française en mauvaise posture et pour n’avoir pu finalement empêcher l’arrivée en France du convoi d’Amérique de Van Stabel. Il sera toutefois accueilli en triomphe à Portsmouth et honoré par le roi pour sa brillante victoire.