In questa stagione inoltre i "Diavoli" perdono, al Maracanã contro il Santos di Pelé (1-0), la Coppa Intercontinentale al termine della partita di spareggio, necessario dopo che l'andata e il ritorno si erano concluse con il punteggio di 4-2 per i rossoneri e per i bianconeri. I due match vinti dal Santos si segnalarono per il sospetto doping dei brasiliani, nonché per il controverso arbitraggio dell'argentino Juan Regis Brozzi, il quale verrà sospettato di essere stato corrotto dal club sudamericano, e verrà in seguito radiato. Ad allenare il Milan in questa stagione è inizialmente Luis Carniglia, il quale ha condotto il Real Madrid alla vittoria in Coppa dei Campioni proprio contro i rossoneri sei anni prima; l'argentino è affiancato dal direttore tecnico Giuseppe Viani. L'avventura di Carniglia è tuttavia breve: viene infatti esonerato nel marzo 1964 e sostituito da Nils Liedholm.