Durch einen königlichen Erlass ("alvará") vom 26. Juli 1819 wurde es von König João VI zur "Vila Nova de São João da Cachoeira" erhoben, die tatsächliche Emanzipation erfolgte erst am 5. Oktober 1820, was als Gründungsdatum gilt und im Stadtwappen aufgeführt ist. Es bildete das letzte von fünf sehr großen Verwaltungsbezirken im frühen Rio Grande do Sul des Übergangs von portugiesischem Königreich zum Kaiserreich Brasilien. Die Gemeinde durchlief die vollständige Abfolge einer brasilianischen Stadtwerdung: erst Dorf, dann Vila (1819), dann Cidade (15. Dezember 1859) mit Umbenennung in Cachoeira. Wegen Namensgleichheit mit anderen brasilianischen Orten wurde die Gemeinde 1944 umbenannt in "Cachoeira do Sul". Sie spielte im 19. Jahrhundert bei den Unabhändigkeitsbewegungen und Unruhen eine Rolle, so besonders in der Farrapen-Revolution und der kurzlebigen Republik Piratini. Es hatte sich eine städtische Elite vorwiegend aus Großgrundbesitzern gebildet. Stadtplanung wurde mit Ernsthaftigkeit aber nicht immer mit Erfolg betrieben, so wurden nach portugiesischem Vorbild quadratische Wohnblöcke errichtet mit strengen Auflagen für die Häuserkonstruktion, es gab in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts jedoch immer mehr Bauanträge von Grundstückseigentümern. Der Hauptort des Munizips kam bis zum 20. Jahrhundert nicht über den Status einer Kleinstadt hinaus, das Gemeindegebiet wurde 1900 mit 6002 km² angegeben, auf denen insgesamt nur 32.510 Einwohner lebten.