Erhebliche Zerstörungen erlitt das Ensemble Iwan des Großen während des Krieges gegen Napoléon im Jahre 1812. Nachdem französische Truppen nach der Schlacht von Borodino in Moskau einmarschierten, wollte Napoléon das den Glockenturm abschließende vergoldete Kreuz, das er für reines Gold hielt, nach Paris verfrachten lassen, um es auf der Spitze des Invalidendoms aufzusetzen. Beim Versuch, es abzumontieren, fiel das Kreuz jedoch herunter und zerbrach. Beim Rückzug der Franzosen befehligte Napoléon schließlich die Sprengung des Glockenturms. Die Detonation zerstörte die angebaute ehemalige Auferstehungskirche vollständig, der Turm selbst erwies sich aber als außerordentlich stabil und erlitt nur einige Risse an den Grundmauern. Die Wiederherstellung der Bauwerke unter Leitung der Architekten Iwan Jegotow und Luigi Rusca wurde im Zuge des großen Wiederaufbaus der gesamten Stadt in den Jahren 1816–23 durchgeführt.