1939-től kezdve ismét megnőtt a meteorológia szerepe a különböző hadmozgások miatt. Robbanásszerű fejlődésnek indult a háború szorításában mind a nemzetközi, mind a hazai meteorológia. A légköri radarképek belépésével gyakorlatilag a modern meteorológia alap-pillérei kezdtek kialakulni. A háborúban újból fontos hadi információ lett az időjárás-jelentés és a prognosztika. A német megszállás idején német katonai irányítás alá került az intézmény, korábban csak szövetségesi partnerség működött a háború során mind a németországi, és az olasz katonai jelzőrendszerekkel, mérőállomásokkal összehangoltan. A háború utolsó fázisában mint hadsereghez rendelt kiszolgáló intézményt célpontként tekintették a Budapest ostroma idején vívott utcai harcok során. Bár több bomba-találat érte az intézmény központi épületét, az intézet ennek ellenére végig aktívan működött a háború alatt is, nem történt leállás a harcok ellenére sem.