על אף היותו פרוטסטנטי, לא הצטרף מוריץ לברית שמלקלדן, בין השאר משום שנאתו לדודו יוהאן פרידריך הראשון, הנסיך הבוחר מסקסוניה, ונשאר בברית עם קרל החמישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה. בשנת 1546 הכריז קרל החמישי חרם על ראשי הברית לאחר שלא הגיעו לאספת הממלכה ברגנסבורג, ובעקבות כך פרצה המלחמה השמלקלדית. בסוף שנת 1546, הצליחו החילות ההולנדיים לחבור אל צבא הקיסר, לאחר מסע ארוך דרך הריין ופרנקוניה, ואז פתח הקיסר במתקפה, ובמקביל החל מוריץ לתקוף את נסיכות הבוחר מסקסוניה, כך שהלה היה צריך להתמודד עם חזית חדשה. ב-24 באפריל 1547 ניצחו צבאות הקיסר את צבאו של יוהאן פרידריך הראשון בקרב מילברג, ומוריץ אף שכנע את חותנו פיליפ הראשון, רוזן הסן, להיכנע לקיסר, והבטיחו שלא ייפגע. בתמורה לסיועו לקיסר, מונה מוריץ לנסיך הבוחר של סקסוניה.