На початку Балканських воєн Павлос Кунтуріотіс підвищений у званні і став контр-адміралом, 16 квітня 1912 року він призначений начальником генштабу військово-морського флоту Греції. На цій посаді він залишався до 16 вересня 1912 року Тоді Кунтуріотіс прийняв командування Егейським флотом. Командуючи флотом і крейсером «Георгіос Авероф», він звільнив від турків один за іншим острови: Лемнос, Тасос, Імброс, Тенедос, Псара, Айос-Ефстратіос, Самотракі. До 21 грудня йому вдалося звільнити майже всі острови Егейського моря, включаючи острів Хіос.