En enero de 1942, los japoneses invadieron las Indias Orientales Neerlandesas, desplazando al gobierno colonial neerlandés. El 17 de agosto de 1945, dos días después de la rendición japonesa, el líder nacionalista indonesio Sukarno declaró la independencia de Indonesia. Los neerlandeses, viendo que Sukarno y el liderazgo indonesio habían colaborado con los japoneses, decidieron restaurar su autoridad. Sin embargo, el Comando Británico de Asia Sudoriental, bajo Luis Mountbatten, quien tenía la responsabilidad de las Indias Orientales Neerlandesas, se negó a permitir que las tropas neerlandesas desembarcaran en Java y Sumatra y reconoció la autoridad republicana "de facto" allí establecida. Sin embargo, los neerlandeses pudieron reafirmar el control sobre la mayor parte del área anteriormente ocupada por la Armada japonesa, incluidos Borneo y el Gran Este. Las discusiones entre los británicos y los neerlandeses dieron lugar a que el gobernador general de las Indias Orientales Neerlandesas, Hubertus van Mook, propusiera una eventual autodeterminación para una mancomunidad indonesia. En julio de 1946, los neerlandeses organizaron la Conferencia de Malino en Sulawesi en la que representantes de Borneo y el este de Indonesia respaldaron la propuesta de los Estados Unidos de Indonesia con vínculos con los Países Bajos. Comprendería cuatro elementos, Java, Sumatra, Borneo neerlandés y el Gran Este.Esto fue seguido el 15 de noviembre por el Acuerdo de Linggadjati, en el que los neerlandeses reconocieron el control republicano "de facto" sobre Sumatra, Java y Madura, y la República de Indonesia aceptó el principio de una Indonesia federal en la que ser un estado. Los holandeses también organizaron la Conferencia de Denpasar de diciembre de 1946, que condujo al establecimiento del Estado de Indonesia Oriental, seguido de un estado en Borneo Occidental en 1947.