Vuonna 1943 Mountbatten lähetettiin Kaakkois-Aasian joukkojen komentajaksi, missä hän aloitti moraali-monsuuni-malaria-ohjelman. Arakan ja Imphalin voitot mursivat käsityksen japanilaisten voittamattomuudesta. Hyvin huollettuina brittijoukot jatkoivat aktiivista taistelua myös monsuunisateiden aikana. Malarian ja muiden trooppisten sairauksien vuoksi hän perusti lääketieteellisen neuvontaosaston, jossa tutkijat vaihtoivat kokemuksia sotilaslääkäreiden kanssa onnistuen alentamaan sairas:kaatunut -suhteen 120:1:stä 10:1:een vuodesta 1943 vuoteen 1945 mennessä.