Under Nordiska sjuårskriget brändes både slott och stad hösten 1567 inför ett hotande danskt anfall. Under lång tid låg slottet i ruiner, men mot slutet av seklet påbörjades en ambitiös om- och utbyggnadsperiod som med vissa avbrott kom att pågå under hela första hälften av 1600-talet. Bastionssystemet påbörjades i början av 1600-talet med de båda södra bastionerna Gustavus och Carolus som sannolikt stod klara redan innan stadens brand 1612. Även den nordvästra spetsbastionen, Adolphus, var sannolikt i det närmaste färdigställd vid detta tillfälle, medan Christina i nordöst prioriterats lägre och byggts klar först några år senare. De mot Munksjön vända Christina och Carolus gjordes mindre än de båda landvända, vars kasematter och gallerier byggdes ut i två våningar och kom att nå en höjd om omkring 13 m över den omgivande vallgravens botten. Mot norr, fram till Vätterns strand, uppfördes samtidigt en rymlig och väl befäst förborg. Arbetet följde i huvudsak en enhetlig plan som upprättats av den kunglige slottsbyggmästaren Hans Fleming.