Depois do armistício de 1918, o "Bayern" – junto com a maior parte da frota alemã – foi internado em Scapa Flow, porto da Grande Frota britânica. O "Bayern" chegou em 28 de novembro de 1918 com uma tripulação mínima de 175 homens, incluindo Lindemann, que então foi mandado de volta para a Alemanha, chegando em Kiel no dia 12 de janeiro de 1919. No dia 21 de junho, o Almirante Ludwig von Reuter mandou que toda a frota fosse afundada para que ela não ficasse nas mãos dos britânicos, com o "Bayern" naufragando às 14h30min.