Nella stagione 1996-1997 Alphand raggiunse l'apice della carriera vincendo sia la Coppa del Mondo generale, con 34 punti di margine su Kjetil André Aamodt, e due Coppe di specialità, quella di discesa libera (sopravanzando Ghedina di 79 punti) e quella di supergigante (con 18 punti in più di Josef Strobl). Tra le sue vittorie stagionali ci furono anche quelle nelle discese libere della Saslong in Val Gardena e, nuovamente, della Stelvio di Bormio, della Streif di Kitzbühel e della Kandahar di Garmisch-Partenkirchen: quest'ultimo successo, il 22 febbraio, fu anche l'ultimo podio di Alphand in Coppa del Mondo, circuito nel quale prese per l'utlima volta il via il 13 marzo a Vail in supergigante (9º). Nello stesso anno ai Mondiali di Sestriere, sua ultima presenza iridata, si classificò 12º nel supergigante e non completò la discesa libera.