Двумя годами позднее, в 1798 году, Теобальд Вольф Тон вместе с небольшим отрядом французских войск (около 1000 человек) вновь отправился в Ирландию, чтобы принять участие в Восстании 1798 года. По прибытии на остров, он был радушно встречен повстанцами и стал одним из лидеров восстания. Последнее, однако, развивалось неудачно, и 8 сентября 1798 года войска повстанцев потерпели сокрушительное поражение от частей Британской армии в битве при Баллинамакке. Теобальд Вольф Тон был арестован и приговорён к смертной казни, в ожидании которой он умер при до конца невыясненных обстоятельствах. По наиболее распространённой версии, он перерезал себе шейную артерию перочинным ножом, однако не смог убить себя сразу и скончался через несколько дней мучительной агонии.