ב-1991 התנגד ביידן ליציאת הכוחות המזוינים של ארצות הברית למלחמת המפרץ, בצוותא עם 45 מתוך 55 הסנאטורים הדמוקרטים. הוא האמין שארצות הברית נושאת כמעט לבדה את מרבית הנטל בקואליציה האנטי-עיראקית. עם זאת, ביידן היה תומך נלהב במלחמת אפגניסטן ב-2001 ואמר כי "לא משנה במה זה כרוך, עלינו לעשות זאת". לגבי מלחמת עיראק, הצהיר ביידן ב-2002 כי סדאם חוסיין מהווה איום על הביטחון הלאומי, ואין ברירה אלא לחסל את האיום. באוקטובר 2002 הצביע ביידן בעד ההחלטה שהסמיכה את הנשיא להשתמש בכוח צבאי נגד עיראק והצדיקה את המלחמה. אולם, הוא הפך עד מהרה למבקר של המלחמה. הוא הגדיר את הצבעתו בעדה כ"טעות", אבל לא דרש נסיגה של הכוחות האמריקאים. הוא תמך בהקצבת כספים של הקונגרס לצורך מימון הכיבוש, אך טען כי יש להפוך את המלחמה ליותר בינלאומית, להגדיל את מספר החיילים המשתתפים, וכי על ממשל ג'ורג' ווקר בוש לשתף את העם האמריקאי במידע לגבי העלות הכלכלית של הסכסוך ואורכו.