Kort na de revolutie streed Primakov als squadron-aanvoerder tegen de tsaristische troepen van generaal Krasnov. Tijdens de Russische Burgeroorlog bevocht hij als legercommandant van onder meer rode Kozakkentroepen de Witten, op meerdere fronten, onder andere bij Chmelnytsky in Oekraïne en in Basmatsji. Voor dat laatste kreeg hij de Orde van de Rode Banier toegekend.