El hijo y sucesor de Túpac Yupanqui, Huayna Capac (1492-1525), fue el último gran monarca inca. Durante su gobierno, continuó la política de su padre, en cuanto a la organización y fortalecimiento del estado. Para conservar los territorios conquistados tuvo que sofocar en forma sangrienta continuas sublevaciones. Derrotó a los rebeldes chachapoyas y anexionó la región del golfo de Guayaquil, llegando hasta el río Ancasmayo (actual Colombia). Estando en Tumibamba, en el actual Ecuador, enfermó gravemente de viruelas, epidemia que trajeron los españoles y sus esclavos negros, que por entonces deambulaban por las costas septentrionales del Imperio. Antes de morir, Huayna Cápac designó como sucesor a su hijo Ninan Cuyuchi, pero este falleció también víctima del mismo mal. Otro de los príncipes imperiales, Huáscar, impuso entonces sus derechos al trono y se coronó en el Cuzco, mientras que en la región de Quito, Atahualpa (hijo de Huayna Cápac con una palla o princesa cuzqueña), con el apoyo del ejército y de la población local, se rebeló contra la autoridad de Huáscar, reclamando para sí el Imperio. Entre ambos hermanos y sus respectivos partidarios se desató una guerra civil que finalizó con el triunfo de Atahualpa en 1533. Huáscar fue apresado y su familia exterminada. Atahualpa marchó al Cuzco para ceñirse la mascapaicha o borla imperial, cuando en el trayecto, en Cajamarca, fue sorprendido por los conquistadores españoles bajo el mando de Francisco Pizarro.