Cam în același timp, Junii Otomani și-au schimbat poziția față de armeni. Dacă a existat o perioadă în care turcii i-au considerat pe armeni drept aliați, Junii Turci s-au implicat în acțiuni care aveau să fie cunoscute sub numele de Genocidul Armean. Dacă Masacrul din Adana din 1909 a fost privit ca un fenomen izolat, creșterea naționalismului în timpul Primului Război Mondial a făcut ca Junii Turci să fie profund implicați în acțiunile antiarmenești. În 2005, International Association of Genocide Scholars afirma că cercetătorii pot demonstra cu dovezi puternic că „Guvernul Junilor Turci al Imperiului Otoman a început un genocid sistematic al cetățenilor săi armeni – o minoritate creștină neînarmată. Mai mult de un milion de armeni au fost exterminați prin ucidere directă, înfometare, tortură și marșuri forțate ale morții”. IAGS a condamnat de asemenea și încercările Turciei de negare a realității faptice și morale a Genocidului Armean.