Когда вице-королём Рио-де-ла-Платы стал Сантьяго де Линьерс, то в 1807 году он назначил Рокамору лейтенант-губернатором Гуаранийских миссий, подчинённым губернатору провинции Парагвай Бернардо де Веласко. Когда в 1810 году в Буэнос-Айресе произошла Майская революция, то Рокамора признал власть Первой хунты; так как Бернардо де Веласко остался верен королю, то революционное правительство признало Рокамору губернатором Мисьонес. Рокамора присоединился к войскам Мануэля Бельграно во время его экспедиции в Парагвай и принял участие в . После того, как Бельграно покинул Парагвай, Рокамора некоторое время продолжал поддерживать автономию Мисьонес, но в итоге уехал в Буэнос-Айрес, где в 1819 году скончался от болезни.