Po operacji Allied Force i wycofaniu się wojsk serbskich z Kosowa świątynie prawosławne należące do eparchii raszko-prizreńskiej były wielokrotnie przedmiotem ataków kosowskich Albańczyków. W szczególności podczas zamieszek w Kosowie w marcu 2004 zniszczonych zostało 35 cerkwi i monasterów oraz pałac biskupów raszko-prizreńskich oraz eparchialne seminarium duchowne Świętych Cyryla i Metodego. Obiekty te w kolejnych latach zostały w większości odnowione i przywrócone do użytku liturgicznego.