В 1924 году Нансен получил поручение Лиги наций заняться армянскими беженцами. Однако ещё до этого, на первой сессии Лиги Нансен внёс предложение о приёме Армении в её члены, подчеркнув, что армяне как никогда нуждаются в помощи. С 1925 года много усилий Нансен посвятил помощи армянским беженцам — жертвам геноцида армян в Османской империи. Его целью было возвращение беженцев в Советскую Армению; примечательно, что главную помощь Нансену оказывал Видкун Квислинг — будущий руководитель марионеточного норвежского правительства во время немецкой оккупации. Нансен активно посещал лагеря беженцев — в том числе в Египте, а после поездки по Советской Армении предложил Лиге Наций финансировать орошение 36 тыс. га земель (360 км²), что позволило бы разместить и обеспечить работой 15 тысяч человек. Этот план провалился, однако Нансен с тех пор стал одним из героев армянского народа. Всего от геноцида армян Нансеном было спасено около 320 тыс. человек, которые в дальнейшем по «нансеновским» паспортам смогли получить убежища в различных странах, в том числе в Сирии. По возвращении на родину норвежцем была написана полная симпатий и уважения к армянскому народу книга «По Армении» ().