Bauer trat 1987 den Freien Wählern bei und war zwölf Jahre lang Gemeinderat in Sachsen bei Ansbach, davon sechs Jahre Stellvertreter des Bürgermeisters. Bei der Landtagswahl 2008 kandidierte er im Stimmkreis Ansbach-Nord und wurde über die Bezirksliste Mittelfranken in den Landtag gewählt. Bei den Landtagswahlen am 15. September 2013 und am 14. Oktober 2018 wurde er jeweils über die Wahlkreisliste von Mittelfranken wieder gewählt und erhielt von allen fränkischen FW-Kandidaten die meisten Stimmen.