После начала Второй Мировой войны Лишка одно время возглавлял «Имперский центр по еврейской эмиграции», который занимался грабежом имущества еврейских эмигрантов перед выездом в изгнание. В январе-августе 1940 года он возглавлял отделение гестапо по Кёльну, а с ноября — по Парижу. Будучи занимающим последний пост, Лишка совместно со штандартенфюрером Хельмутом Кнохеном впрямую ответственен за насильственные депортации в концентрационные лагеря порядка 73 тысяч евреев, а также за взятие заложников с целью парализации работы Сопротивления и их массовые расстрелы (порядка 29 тысяч человек). 20 апреля 1942 года Лишка был повышен в звании до оберштурмбаннфюрера СС. Преемником Лишки на должности заместителя командира полиции безопасности и СД в Париже стал оберштурмбаннфюрер СС Ганс Хеншке. В сентябре 1943 года он был снят со своей должности по обвинению в злоупотреблении служебным положением, однако суд 27 июня 1944 года оправдал его. С ноября 1943 года работал в IV управлении РСХА, в 1944 году входил в комиссию по расследованию июльского заговора.