בתקופת מלחמת העולם השנייה היה המוזיאון סגור. יצירות האומנות נשמרו במקום בטוח אך המבנה עצמו ניזוק באופן קשה כתוצאה מההפצצה המאסיבית על העיר. לאחר המלחמה הוחרמו הציורים על ידי יחידות התגמול של הצבא האדום ונמצאו ציורים שהוחבאו על ידי הנאצים במכרות והם שוחזרו והועברו למוסקבה ולקייב ואוכסנו במוזיאון פושקין. בשנת 1955 הוחזרו 1,240 ציורים לדרזדן והוצגו בקומת הקרקע ההרוסה למחצה של גלריית סמפר.