Muhammed Mursi'nin 2012 yılından beri sürdürdüğü Mısır cumhurbaşkanlığı görevine el konulduğu 2013 Mısır askerî darbesinin ardından iki ülke arasındaki ilişkilerin gerginleşmesi ve iki ülkenin diplomatik ilişkilerinin maslahatgüzar seviyesine gerilemesi ile ilgili olarak Başbakan Yıldırım, Türkiye'nin Akdeniz ve Karadeniz'de yer alan ülkelerle ilişkilerini geliştirmesini gerektiğini savunarak Mısır-Türkiye ilişkilerini geliştirmekten yana olduklarını belirtmiştir.