Timur Kapadze spielte von 2002 bis 2015 in der usbekischen Fußballnationalmannschaft, für die er 118 Länderspiele bestritt und zehn Tore schoss. 2004, 2007, 2011 und 2015 nahm er mit der Nationalmannschaft an der Fußball-Asienmeisterschaft, wobei 2011 der vierte Platz das beste Ergebnis war. Bei den drei anderen Turnieren schieden die Usbeken jeweils im Viertelfinale aus. Die Viertelfinalniederlage 2015 nach Verlängerung gegen Südkorea war sein letztes Länderspiel. Bis zum 1. September 2016 war er Rekordnationalspieler Usbekistans und wurde dann von Server Jeparov übertroffen. Seit Anfang 2018 ist er Trainer der Mannschaft.