Les armées ottomanes s'emparèrent successivement de Constantinople en 1453, d'Athènes en 1458, de Mistra (située tout près de l'ancienne Sparte) en 1460, de Trébizonde (dans le Nord-Est de l'Asie mineure) en 1461 et de Théodoros (en Crimée) en 1475. Toute forme d'État grec indépendant disparut alors. La loi ottomane ne reconnaissait que deux types d'hommes : les croyants (les musulmans) et les infidèles. Ces derniers n'avaient pas le droit de porter les armes et devaient donc « racheter » leur service militaire en payant une capitation : l’"haraç". Ils étaient aussi soumis à diverses autres interdictions. Le système de la "paidomazoma" (tribut des enfants pour en faire des janissaires) avait par contre disparu assez rapidement pour s'éteindre définitivement au début du . Il y eut un certain nombre de conversions, principalement pour des raisons économiques, forcées ou non, mais le pouvoir ottoman ne les encourageait pas, y voyant une perte potentielle de revenus. L'Empire ottoman était organisé autour du système des millets. Le "millet de Rum" englobait l'intégralité des chrétiens orthodoxes dont les principaux étaient les Grecs. Le Patriarche de Constantinople était à sa tête en tant que "millet bashi". De fait, le sultan gouvernait les Grecs par l'intermédiaire de l'Église orthodoxe. Celle-ci constitua le symbole et le principal noyau identitaire de la continuité de l'existence de la « nation grecque ».