この虚勢にも拘らず、またマクレランのポトマック軍から部隊を引き入れてバージニア軍は70,000名の大部隊に膨れ上がったことにも拘らず、ポープの攻撃性はその戦略的能力を上回った。特に南軍のロバート・E・リー将軍に対峙してからがそうであった。リーは、ポープが決断力のないことを見て取り、そのやや劣る（55,000名）軍隊を分けて、ストーンウォール・ジャクソン少将には24,000名の部隊を付け、シーダー山に陽動部隊として派遣した。そこで、ジャクソンはポープ配下のナサニエル・バンクスの部隊を破った。リーは残りの部隊を連れてポープ軍に向けて前進し、ジャクソンは北に回ってポープ軍の主要物資基地マナサス駅を占領した。ポープは混乱し、南軍主力の位置を掴めないままに第二次ブルランの戦いの罠に踏み込んだ。1862年8月29日の戦闘は、ポープ軍がジャクソンとリーの複合攻撃を耐えたが、翌日、ジェイムズ・ロングストリート少将が北軍の側面を急襲し、北軍は完璧に打ち破られて退却を強いられた。ポープは軍隊において不人気だったが、フィッツ・ジョン・ポーター少将の命令不服従に敗北の責任を取らせたことで、その人気はさらに悪化した。ポーターは軍法会議で有罪とされ、面目を失った。