Bragg deltog som artilleriofficer i kriget mot Mexiko 1846-48, och blev efter slaget vid Buena Vista 1847 överstelöjtnant. Vid inbördeskrigets utbrott slöt sig Bragg till sydstaterna, blev 1861 brigadgeneral och 1862 överbefälhavare för Mississippiarmén. Efter att 19-20 september 1863 ha besegrat nordstaternas armé vid Chickamauga blev han 23-25 november samma år besegrad av Ulysses S. Grant i Chattanoogafälttåget.