Das ausgeprägte Salzwiesen- und Dünengebiet entstand mit der Zeit aus einer eigenständigen, sich anlagernden Sandplate. Historischen Berichten zufolge setzte die Entwicklung des Flinthörns ein, als nach einer Sturmflut im Februar 1825 Teile des auf der Nachbarinsel Baltrum liegenden Inseldorfs zerstört wurden. Die Trümmer wurden im Bereich des Langeooger Flinthörns angetrieben und bildeten für den Flugsand Hindernisse, die zur Ablagerung von Sand führten. So begann die Dünenbildung der ersten Flinthörndüne. Begünstigt durch den von 1937 bis 1944 errichteten Flinthörndeich, entwickelte sich das Deichvorland ungestört von der Sandplate über die unterschiedlichsten Stadien der Dünenentwicklung bis hin zu den älteren Graudünen. Alle Stadien der Dünenbildung sind heute noch zu beobachten. Darüber hinaus ist das Flinthörn ein bedeutendes Brut-, Rast- und Gastvogelgebiet für Wat- und Wasservögel.