En 1798, il y est recruté par son ami et collègue, Pierre Simon Girard, pour une expédition scientifique qui les conduit en Égypte sous la direction du général Bonaparte. D’Alexandrie à Rosette plus au nord, il réalise des travaux du génie sur les canaux, repérage et inspection des citernes, études de machines à eau ou encore exploration des édifices antiques comme les vestiges de bains à Alexandrie ou des tombeaux aux environs de Rosette. La reconnaissance du lac Madiéh (aujourd'hui disparu) lui permet de participer à la confection de la carte topographique de la vallée du Nil. Avec Louis Victor Bodard et Gaspard de Chabrol, il participe au raccordement du canal d'Alexandrie avec le Nil. Les trois hommes consacrent à ce canal une grande partie de l'année 1799. Leur étude est présentée à l'Institut d'Égypte le 22 décembre. Il fait partie ensuite de la commission chargée de l'hygiène d'Alexandrie et de sa canalisation intérieure.