Habeas corpus se dostal do centra pozornosti po 11. září 2001. Nejprve byl omezen v roce 1996 zákonem proti terorismu a o trestu smrti ("Antiterrorism and Effective Death Penalty Act"), poté ještě v roce 2005 a 2006 zákonem o zacházení se zadrženými ("The Detainee Treatment Act") a zákonem o vojenských komisích ("Military Commissions Act"). Podle těchto dvou zákonů se habeas corpus nevztahuje na tzv. "nepřátelské bojovníky" ("enemy combatants"). Tento zvláštní status byl přidělen mj. zajatcům z Afghánistánu, kteří se tím octli mimo ochranu mezinárodních dohod o válečných zajatcích, protože byli uvězněni na základně v zátoce Guantanámo, tedy mimo území USA, a zároveň ani nebyli americkými občany. Tito "zadržení" ("detainees") se podle těchto zákonů nesměli obracet na federální soudy s žádostí habeas corpus za účelem přezkoumání legality jejich zadržení.