בשנת 1205 השתתף דאנדולו במסע צבאי נגד הבולגרים, ונפטר זמן קצר לאחר הניצחון על הבולגרים. דאנדולו נקבר בכנסיית האגיה סופיה שבקונסטנטינופוליס, ככל הנראה בגלריה המזרחית העליונה של הכנסייה. מיקום הקבר המדויק אינו ידוע, מאחר שנהרס במהלך כיבוש קונסטנטינופול על ידי העות'מאנים בשנת 1453 והפיכת הכנסייה למסגד, אולם במאה ה-19 הוצב באתר ציון במקום המשוער של הקבר.