Sein Debüt in der Nationalmannschaft Brasiliens feierte Baptista bereits als 19-Jähriger beim Konföderationen-Pokal 2001 in Japan und Südkorea. Dort kam er am 4. Juni 2001 zu seinem ersten Einsatz im Dress der Südamerikaner. Beim 0:0 gegen Gastgeber Japan wechselte ihn der damalige Trainer Émerson Leão in der 62. Minute für Ramon ein. Zwei Jahre darauf wurde Baptista in einen U-23-Kader berufen, der beim CONCACAF Gold Cup 2003 die Farben seines Landes vertreten sollte.