Слід зауважити, що, незважаючи на такі радикальні рішення, конструкторам не вдалося досягти кінцевої мети — побудувати літак, невразливий для противника. По-перше, через погіршену аеродинаміку F-117 був погано захищений від атак винищувачів противника, якщо їм вдавалося його виявити. По-друге, закладені в конструкцію ідеї могли знизити видимість лише до певної межі, а також не забезпечували дуже низького ЕПР для радіолокаційних систем, в яких приймач і передавач були рознесені по різних точках. У результаті радянські зенітні комплекси С-200 і С-300 могли вести по ньому вогонь з великими шансами на влучення, а старіші модернізовані С-125 хоч і не гарантували поразки, але також могли становити загрозу. Зокрема, при нальотах на Югославію F-117 був збитий саме за допомогою комплексу С-125 3-ї батареї 250-ї бригади ППО під командуванням сербського полковника Дані Золтана .