В январе 1943 года был назначен на должность начальника штаба, а в октябре — на должность командира 5-го танкового корпуса, который принимал участие в ходе Ржевско-Вяземской и Орловской наступательных операций, в ноябре 1943 года — в наступательных и оборонительных в районе Витебска, в июле 1944 года — в Режицко-Двинской и Белорусской наступательных операциях и при освобождении города Крустпилс, а осенью 1944 года — в Рижской наступательной операции. С января 1945 года Яков Евсеевич Бабицкий исполнял должность начальника штаба этого же корпуса.