In Nordamerika war Andros kein populärer Gouverneur. An der Spitze der nur kurz bestehenden Dominion of New England, zu dem zeitweise auch die Colony of Connecticut gehörte, verärgerte er die puritanischen Siedler in Boston, weil er offen mit der Church of England paktierte. Ebenso waren sie über die ungezügelten und „sündigen“ Soldaten Andros' aufgebracht. Andros störte Stadtversammlungen, schränkte Versammlungen unter freiem Himmel ein und belegte die Bevölkerung mit hohen Steuern ohne Erlaubnis ihrer Repräsentanten. Weiterhin verärgerte er die Siedler dadurch, dass er deren Aktivitäten durch die Bekämpfung des Schmuggels und die Durchsetzung der für die Kolonisten restriktiven Navigation Acts einschränkte. Nachdem Jakob II. von England als Folge der "Glorious Revolution" abgesetzt worden war, zerfiel das Dominion. Eine Gruppe von Siedlern überfiel 1689 seinen Verwaltungssitz und zwang Andros zur Rückkehr nach England. Das tat Andros' Karriere jedoch keinen Abbruch, dank der Machtverhältnisse im Mutterland. Andros starb 1714 in London.