Doch obwohl die Intervention von der afghanischen Bevölkerung anfangs mehrheitlich begrüßt wurde, gelang es der in den pakistanischen Rückzugsgebieten neu formierten Talibanbewegung, seit Anfang 2003 wieder in Afghanistan Fuß zu fassen. Die von den USA und ihren Alliierten gestützte Regierung erlangte nie ausreichende Akzeptanz, denn durch den Unwillen der beteiligten Staaten, eine größere Anzahl von Truppen zu stellen, war der neue Staat auf die von den Taliban entmachteten, bei der Bevölkerung als korrupt diskreditierten regionalen Machthaber angewiesen, und es kam zu einer erneuten Fragmentierung des Landes. Außerdem verhinderten die Unterfinanzierung der Aufbauarbeiten, die Konzentration der US-Bemühungen auf den seit 2003 parallel geführten Krieg im Irak und die weiter andauernde Einmischung Pakistans eine Stabilisierung des Staates.