1940年，涂治被中共中央派到新疆农学院担任院长，负责中国共产党交给的新疆上层统一战线工作。1948年，因遭人举报，他遭政府迫害一年，被关押后受到各种酷刑，始终不屈服。后来在中国共产党的营救下获释，继续任新疆农学院院长，为促进新疆和平解放发挥了很大作用，因此后来获得中国人民解放军西北野战军政治部颁发的“毛泽东奖章”和“人民功臣章”（有称“西北解放纪念章”）。