In assoluto il più significativo di tutti gli attentati operati da al-Qāʿida, è stato il dirottamento di quattro aerei di linea, fatti schiantare l'11 settembre 2001 contro le Torri Gemelle del World Trade Center di Manhattan e sul Pentagono presso Washington, con tutto il loro carico umano, compresi i 19 dirottatori. Osāma bin Lāden ha rivendicato la responsabilità di al-Qāʿida solo nel marzo del 2002, pur lodando gli esecutori dell'attentato già nell'ottobre del 2001. Altrettanto gravi – seppur con un numero di vittime alquanto minore – sono stati gli attentati di Bali del 2002 (per opera del gruppo "Jamāʿa Islāmiyya", affiliato ad al-Qāʿida), gli attentati ai treni nella stazione di Atocha di Madrid dell'11 marzo 2004 (compiuti da un'altra cellula terroristica ispirata ad al-Qāʿida) gli attentati nel "tube" di Londra del 7 luglio 2005 e pochi giorni dopo, il 23 luglio 2005, nell'egiziana località turistica di Sharm el-Sheikh. Altri attacchi sono avvenuti negli ultimi mesi del 2005 in Giordania (Amman) e nuovamente in Indonesia (sempre nelle località turistiche di Bali) e nel 2009 in alcuni alberghi della capitale Giacarta.