A partir da volta do futebol alemão, e do primeiro jogo do Bayern pós-paralização do futebol devido a pandemia de COVID-19 em 17 de julho, Lewandowski seguiu uma temporada surpreendente na Bundesliga e na Copa da Alemanha, marcando um gol ou mais na maioria dos jogos e atingindo uma impressionante média de 1,10 gols por partida na Bundesliga, terminando assim como artilheiro, conquistando a liga e a Copa da Alemanha. No dia 8 de agosto, após finalizar o Campeonato Alemão levantando a taça, Lewandowski foi decisivo na goleada de 4–1 contra o Chelsea, nas oitavas de finais da Liga dos Campeões, marcando dois gols e dando duas assistências, assim se isolando ainda mais na artilharia do campeonato com 13 gols. Nas quartas, O Bayern enfrentou e goleou o Barcelona por 8–2. O polonês distribuiu uma assistência para Thomas Müller no gol que abriu o placar e guardou o seu tento após cruzamento de Philippe Coutinho. Nessa mesma partida, ainda teve um gol anulado. Na semifinal, Lewandowski marcou pela sua nona partida consecutiva na Champions, na vitória por 3–0 sobre o Lyon. Na final da Liga dos Campeões, o Bayern derrotou o Paris Saint-Germain por 1–0, com gol do francês Kingsley Coman. Lewandowski sagrou-se campeão, artilheiro e craque do torneio.