Tijdens het beleg van Maastricht in 1579 werd het klooster verwoest. Herman d'Aspremont-Lynden-Reckheim, landheer van de baronie Rekem, liet het op zijn kosten herstellen en bouwde bij het altaar van de kloosterkerk een grafkelder voor hem en zijn familie. In 1610 waren het de troepen van Maurits van Nassau die voor grote schade zorgden bij de achtervolging van verslagen Oostenrijkers.