Siegfried III. starb am 9. März 1249 in Bingen. Er wurde im Mainzer Dom beigesetzt, dessen spätromanischer Westbau während seiner Amtszeit fertiggestellt worden war und den er 1239 geweiht hatte. Sein Epitaph ist das älteste der Grabdenkmäler im Mainzer Dom. Es zeigt ihn als Königskröner.