С апреля 1944 по июнь 1945 года гвардии майор С.С. Ахунджанов служил помощником начальника оперативного отдела штаба 3-й гвардейской армии в составе 1-го Украинского фронта. В ходе боя 22 января 1945 года в районе города Ласк (25 км юго-восточнее города Лодзь, Польша) С.С. Ахунджанов получил тяжелое пулевое ранение в правую ногу с раздроблением бедренной кости но смог быстро встать на ноги и снова вернуться в строй. До окончания Великой Отечественной войны гвардии майор С.С. Ахунджанов принял участие в прорыве немецкой обороны и разрушении оборонительных сооружений на реке Нейсе; в боях по уничтожению окружённой группировки немецко-фашистских войск в лесных массивах юго-восточнее города Берлин; а также в штурме Берлина и Дрездена, и освобождении Праги.