Ο ντέλλα Ρόβερε ήταν επικεφαλής του στρατού της Δημοκρατίας της Βενετίας στους πολέμους στη Λομβαρδία μεταξύ 1523 και 1525, μα με τον νέο Πάπα από την οικογένεια των Μεδίκων, Κλήμη Η΄, ο οίκος των ντέλλα Ρόβερε ξαναμπήκε στο περιθώριο. Σύμφωνα με κάποιους ιστορικούς, ήταν η στάση του Φραντσέσκο Μαρία μία από τις αιτίες που προκάλεσαν την επιδρομή των στρατευμάτων του αυτοκράτορα Καρόλου Ε΄, τα οποία προσπάθησε να εμποδίσει χωρίς όμως επιτυχία ο Τζοβάννι ντέλλε Μπάντε Νέρε. Η εισβολή των στρατευμάτων αυτών στην Ιταλία θα έχει αποτέλεσμα τη Λεηλασία της Ρώμης το 1527.