San Francisco 49ers (lempinimeltään Niners) on Yhdysvalloissa NFL:ssa pelaava amerikkalaisen jalkapallon seura. Se pelaa National Football Conferencen läntisessä divisioonassa, NFC Westissa. Seuran kotipaikka on Santa Clarassa Kalifornian osavaltiossa. Joukkue on saanut nimensä Kalifornian kultaryntäykseen vuonna 1849 osallistuneiden mukaan.