Die aufgezeichnete Geschichte der Kirche beginnt im Jahr 1207, als die Insel Santorin in Folge des vierten Kreuzzuges Teil des von der Republik Venedig beherrschten Herzogtum Archipelagos wurde. Die Venezianer vertrieben den orthodoxen Bischof der Insel und setzten einen lateinischen Bischof ein. Dabei wurde die Kirche "Panagia Episkopi" als Sitz des vertriebenen orthodoxen Bischofs genannt. Während sein lateinischer Nachfolger seinen Sitz in Skaros am Kraterrand nahm, wurde in der "Panagia Episkopi" ein lateinischer Altar neben dem orthodoxen errichtet.