Un an après, en juin 1941, lorsque débute l'attaque de l'Axe contre l'URSS, 311 juifs du secteur soviétique, accusés en bloc par le gouvernement roumain devenu fasciste, d'avoir « soutenu l'occupation soviétique », sont assassinés lors d'exécutions de masse perpétrées par l'armée roumaine. Lors du retour de l'Armée rouge le (jour où la Roumanie rejoint les Alliés et déclare la guerre à l'Axe), les persécutions soviétiques reprennent. Beaucoup d'habitants de Sculeni, moldaves, juifs ou autres, n'ont pas survécu à la guerre, et la ville est en partie dépeuplée, en plus d'être à nouveau divisée entre la République socialiste de Roumanie (ouest) et l'Union soviétique (est) qui rebaptise « Skoulyany » son secteur (désormais organisé en "soviet rural").