En marzo de 1989, tuvieron lugar las únicas elecciones al Congreso. La diferencia fundamental entre las elecciones anteriores y las actuales fue su carácter competitivo. En lugar de un único candidato del PCUS para ocupar un escaño, se permitió que se presentaran varios candidatos de distintas tendencias. Una variedad de posiciones políticas, desde comunistas a independientes, estuvo representada en el nuevo Congreso, produciéndose intensos debates entre diputados con diferentes puntos de vista. A raíz del intento de golpe de Estado, del 19 de agosto de 1991, el Congreso se autodisolvió el 5 de septiembre de 1991, entregando sus poderes al Sóviet Supremo de la Unión Soviética y al recién creado Consejo de Estado de la Unión Soviética,que dejó de existir el 26 de diciembre de 1991 debido a la propia disolución de la Unión Soviética.