W młodości przechodził burzliwy okres. Miał nieślubną córkę. Później się ustatkował. W wieku dwudziestu lat podjął pracę w górnictwie w Styrii a w roku 1930 roku powrócił do rodzinnej wsi, gdzie kilka lat później przejął farmę ojczyma. W 1934 roku spoważniał i umocnił się w wierze. Zaczął czytać Biblię i odmienił swoje zachowanie. W 1936 roku Franz poślubił Franziskę Schwaninger. Po kilku latach para miała trzy córki. W Sankt Radegund Jägerstätter jako jedyny zagłosował przeciw przyłączeniu Austrii do III Rzeszy. Po Anschlusie Jägerstätter zdecydowany nie współpracować z nazistowskim reżimem odmówił przyjęcia pieniędzy, które mógł otrzymać w ramach nazistowskiego programu wspierającego rodziny.