Von 2002 bis 2004 war Thwaite Teil der australischen U-20-Nationalmannschaft und nahm mit ihr an der Junioren-Fußballweltmeisterschaft 2003 in den Vereinigten Arabischen Emiraten teil, wo sie das Viertelfinale erreichten. Sein Debüt für die Australische Fußballnationalmannschaft gab er am 9. Oktober 2005 beim 5:0-Sieg im Freundschaftsspiel gegen Jamaika.