En 1943-1944, dans le cadre des opérations de libération, l'aviation alliée bombarde à plusieurs reprises le port de Rotterdam. Une de ces opérations qui vise l'ouest de Rotterdam, le , est menée dans de très mauvaises conditions météorologiques, et elle atteint des quartiers résidentiels. Plus de trois cents personnes sont tuées et plus de sont laissées sans abri. Ce bombardement, parfois surnommé le « bombardement oublié » (), n'est commémoré publiquement qu'en 1993. Des opérations de représailles allemandes en lien avec des faits de résistance de la population, marquent la fin de l', alors que la nouvelle du débarquement allié et de la libération progressive de la France et de la Belgique s'est répandue : en représailles à l'égard du « » (« le Mardi fou ») le , des otages sont fusillés à Rotterdam, puis à nouveau le , sur les Hofplein et Pleinweg, et le , à Oostzeedijk et Hoflaan. À l'automne 1944, les infrastructures et les équipements portuaires sont à leur tour bombardés par les avions allemands : les quais sont anéantis sur et plus de ainsi que l'ensemble des pétroliers sont détruits. Les 10 et a lieu ce qui est appelé la « Razzia de Rotterdam » : environ hommes, entre 17 et 40 ans, sont arrêtés par les occupants qui les parquent dans un premier temps dans le stade de Feyenoord avant de les déporter à l'est des Pays-Bas et en Allemagne pour travailler ; environ 400 personnes perdent la vie à la suite de cet événement. La commune est marquée par une grande famine au cours de l', conséquence du blocus exercé par les Allemands à partir de septembre. Rotterdam, comme l'ensemble des Pays-Bas, est libéré par les forces alliées en .