18 мая 1944 года, несмотря высокий пост и фронтовые заслуги, Мустафа Селимов был депортирован из Крыма со своим народом. До апреля 1945 года был заместителем председателя Бекабадского райисполкома, до августа 1948 — директор Среднеазиатского филиала Всесоюзного НИИ Виноделия и Виноградарства «Магарач». Потом работал во Всесоюзном Институте Растениеводства. В 1955—1959 годах — заместитель директора Союзного научно-исследовательского хлопководческого института. В 1959—1961 годах Селимов работал заместителем Президента Академии сельскохозяйственных наук Узбекской ССР. В 1961—1963 — заместителем начальника Главного Управления науки и пропаганды Министерства Сельского хозяйства УзССР. В 1963—1966 годах Селимов был начальником отдела Госкомитета по хлопководству Средней Азии. С 1966 года работал заместителем директора Узгипроводхоза. С 1975 года вышел на пенсию в статусе пенсионера республиканского значения.