Etter demagogiske prekener av Dionysius Melander kom det til en regelrett billedstorm der altertavler og relikvier ble ødelagt. 23. april 1533 ble alle katolske gudstjenester i byen forbudt, også i domens kor, som hadde vært den katolske tros siste tilfluktssted i byen. For å beskytte seg mot keiserlige straffetiltak sluttet de lutherske statene seg sammen i Schmalkalden-forbundet i 1531, og Frankfurt ble medlem i 1536. Ti år senere kom det til Den schmalkaldiske krig. Byregjeringen utnyttet muligheten til å beslaglegge størstedelen av det katolske stiftets eiendom. I 1547 sluttet Frankfurt fred med keiseren, og selv om byen forble protestantisk gav bystaten det katolske stiftet og den lille gjenværende katolske menigheten tilbake Bartholomäuskirche og enkelte andre kirker. 14. oktober 1548 ble Bartholomäuskirche gjeninnviet av Mainz-erkebiskopen Sebastian von Heusenstamm. Freden med keiseren lønte seg, da Frankfurt kunne beholde sine privilegier som messeby, som de katolske byene Mainz og Worms hadde vært interessert i. Da protestantiske fyrster i 1552 igjen gjorde opprør mot keiseren avviste Frankfurt å delta. Resultatet var at byens egne forbundsfeller beleiret og beskjøt byen gjennom tre uker. Selv om byens omgivelser ble rasert holdt byen med keiserlig støtte stand mot beleirerne.