Teve maior destaque no Liverpool, onde foi campeão da Copa da UEFA de 2000–01 e da Supercopa da UEFA de 2001. Pelos ingleses, atuou em 196 jogos e marcou 35 gols, sendo por muito tempo um dos principais jogadores do time ambidestro. Berger era um jogador de muito talento e técnica, um dos melhores jogadores tchecos dos últimos anos.