Antes el aeropuerto había sido usado para la Guerra en Afganistán de 2001 así como para la primera Guerra del Golfo. Esta solo es una parte de la gran historia del uso de Shannon como transporte militar bajo política irlandesa que fue influenciada hacia la OTAN durante la Guerra fría. Durante la Crisis de los misiles de Cuba, Seán Lemass autorizó la búsqueda de un avión cubano y checo que pasaba por Shannon y pasó la información a la CIA.