Na de oorlog ging hij op 13 juli 1848 als luitenant bij de dragonders van het 2nd Cavalry Regiment. In 1849 ging hij opnieuw rekruten ronselen. Van 1849 tot 1850 keerde hij terug naar Carlisle Barracks. In 1854 ging hij weer ronselen. Daarna bewaakte hij de grens van Texas: Fort Graham van 1852 tot 1853 en Fort McKavett van 1853 tot 1854, dan San Antonio in 1854 en opnieuw Fort McKavett in 1855. Op 3 maart 1855 werd hij bevorderd tot kapitein en tot 1856 werd hij gestationeerd te Fort Riley in Kansas. Anderson was te Kansas gedurende de Bleeding Kansas. Daarna ging hij weer ronselen en in 1858 keerde hij terug naar de Carlisle Barracks. Hij vocht in de Utah War van 1858 - 1859. Van 1859 tot 1861 deed hij dienst te Fort Kearny, Nebraska.