Au début de 1809, la menace d'une offensive autrichienne en Bavière et en Italie amena Napoléon à redéployer ses forces sur ces futurs théâtres d'opération, en mobilisant les effectifs constitués en quelques mois par la conscription, alors que la plupart des troupes aguerries continuaient de combattre en Espagne. Le , il indiqua dans un courrier au maréchal Berthier que « […] à dater du avril, toutes les troupes que j’ai en Allemagne seront connues sous le titre d’armée d’Allemagne, dont je me réserve le commandement en chef […] ». Cette armée d'Allemagne allait connaître de durs combats face à l'armée autrichienne sous le commandement de l'Archiduc Charles, entre avril et , et rejointe par l'armée d'Italie commandée par le vice-roi Eugène, elle put achever la campagne victorieusement à Wagram et Znaïm.