Попри те, що під час Аншлюсу 1938 року Бенуа знаходився у Відні, він до останнього вірив у можливість союзу між Францією і Німеччиною, і початок Другої світової війни став для нього несподіванкою. У вересні 1944 за підозрою у співпраці з окупантами він був заарештований і відправлений до в'язниці Френ, але через півроку з нього зняли всі звинувачення.