За сборную Хорватии Шукер провёл 69 матчей и забил 45 мячей. В составе сборной Югославии участвовал на Олимпиаде 1988 года в Сеуле. Участник чемпионатов мира 1998 и 2002 годов и чемпионата Европы 1996 года. Последний матч за сборную Хорватии провел на чемпионате мира 2002 года против сборной Мексики. Чемпионат мира 1998 года стал пиком карьеры Шукера, где футболист выиграл бронзовую медаль чемпионата мира, стал лучшим бомбардиром чемпионата мира, выиграл «Серебряный мяч», вошёл в символическую сборную турнира.