Après leur expérience en Croatie puis en Bosnie-Herzégovine et craignant une extension du conflit à la Macédoine, les pays occidentaux décident de réagir. C'est à cette période que le gouvernement allemand présente le plan Fer-à-cheval visant à la déportation des Albanais du Kosovo, mais dont l'authenticité fait débat. Finalement, entre le et le , l’OTAN procède à des frappes aériennes sur la Serbie (Opération Force alliée) et contraint Milošević à se retirer du Kosovo. La région passe sous l’administration des Nations unies en vertu de la résolution 1244 du Conseil de sécurité en date du . Près d’un million de Kosovars reviennent progressivement sur leurs terres et, en compagnie d'autres ONG internationales, la Centrale sanitaire suisse apporte une aide médicale à ces populations en détresse.