1804年、ナポレオン（1世）はルイ＝ニコラ・ダヴーの第3部隊を彼に預ける。ギュダンはこれを用いて1805年オーストリア遠征を行い、さらに1806年プロシア、1807年ポーランドへ遠征。1805年から1806年、大陸軍のアウエルシュタットの戦いにおいて負傷するもさらにアイラウの戦いに加わる。1805年から1813年にかけてルイ・フリアン（第1部隊）およびシャルル・アントワン・モラン（第2部隊）らの将官とともに第3部隊の司令部に参加。ナポレオンに"brelon"と称される。