À la suite de la réorganisation des troupes de la Caroline du Nord, Hoke fut nommé lieutenant-colonel du de Caroline du Nord. Il fut cité pour sa bravoure lors de la bataille de New Bern en , où il assuma le commandement du régiment dont le colonel, C. M. Avery, venait de se faire capturer. Il dirigea le au long de la campagne de la Péninsule, il faisait alors partie de la brigade de . Hoke fut promu au grade de colonel avant la Campagne de Virginie Septentrionale et prit part à la Seconde bataille de Bull Run, ainsi qu'à la bataille d'Antietam lors de la campagne du Maryland.