В 1992 году в Таджикистане началась гражданская война, которая возложила на служебно-боевую деятельность пограничников новые задачи: не только охранять, но и защищать и оборонять государственную границу. Одновременно пограничники стали объектом травли со стороны незаконных вооруженных формирований, националистического толка. В пограничных отрядах по причине срыва призывной кампании ощущался острый недостаток личного состава, доходивший до 60 %. Летом 1992 года в пограничных подразделениях прошли офицерские собрания, на которых было принято обращение к президенту Российской Федерации Б. Н. Ельцину о принятии пограничных отрядов таджикско-афганской границы под юрисдикцию России. В августе пограничники получили российский статус. 19 октября 1992 года приказом Министра безопасности РФ Баранникова В.П. на базе Оперативно-войскового отдела КСАПО была создана Краснознаменная Пограничная группа Российской Федерации в Республике Таджикистан.