По време на Балканската война в 1912 година, седмица след Кумановската битка, е назначен за окръжен управител на новосфрмирания Кумановски окръг - първия в завладяната от Сърбия Македония. По-късно Трифунович е окръжен управител в Скопие, Щип и Битоля.