Au sortir de ce Mondial, un nouveau sélectionneur national, Roger Lemerre, est nommé en lieu et place d'Aimé Jacquet. Djorkaeff reste un élément incontournable du groupe. Pour preuve, il termine meilleur buteur de l'équipe de la campagne de qualification pour l'Euro 2000. La France doit pourtant attendre son dernier match contre l'Islande pour valider son billet pour la Belgique et les Pays-Bas, pays hôtes de l'épreuve. À la suite d'une déchirure musculaire à la cuisse droite, Djorkaeff craint longtemps de ne pas pouvoir disputer ce Championnat d'Europe, mais est finalement rétabli à temps. Pour le premier match contre le Danemark, remporté 3-0, il sort en fin de rencontre, puis est laissé sur le banc des remplaçants contre la République tchèque. Il rentre en seconde période et marque le but de la victoire. Il récidive face à l'Espagne en quart de finale, bien décalé par Patrick Vieira. Laissé au repos, il assiste du banc à la qualification de la France pour la finale après sa victoire contre le Portugal en prolongation. Titularisé pour la finale contre l'Italie, il sort en seconde période. Sylvain Wiltord puis David Trezeguet libèrent les Bleus, qui sont sacrés champions d'Europe deux ans seulement après leur sacre mondial.