Оказавшись на Северо-западе, был вовлечён в пограничный спор на островах Сан-Хуан. Он отправил 66 солдат 9-го пехотного полка под командованием капитана Джорджа Пикетта с приказом не дать высадиться британцам на острове Сан-Хуан. Президент США Джеймс Бьюкенен отозвал Харни, опасаясь развития конфликта с Британией, а в Орегон послал Уинфилда Скотта, которому уже удалось уладить два пограничных конфликта между двумя странами в конце 1830-х годов.