レオポルドヴィルには1959年には独立を求める暴動が起こり、翌1960年の独立に影響を与えた。しかし独立後はすぐにコンゴ動乱が勃発し、国内は内戦の渦に飲み込まれた。出現した中産階級も産業の壊滅とともに姿を消した。こうした中、クーデターで政権を握ったモブツは1966年、オータンティシテ（真正化）政策と名づけた文化のアフリカ化政策を実行し、レオポルドヴィルは植民地化以前にあった村のひとつの名前を取ってキンシャサと改名された。ザイールと改名されたモブツ政権下のコンゴにおいては政治経済は混乱を極め、多くの労働者が職を求めてキンシャサへと向かったため、この時期キンシャサの人口は急速に増大した。モブツ政権は1990年になると欧米からの圧力によって民主化の動きを見せるが、あくまでも実権はモブツが握り続け貧富の差はいっこうに解消されなかったため、1991年には軍の一部が反乱を起こし、これに市民が加わって全市で大暴動が勃発した。その後も情勢は安定せず、ついに1997年、第一次コンゴ戦争においてローラン・カビラ率いるコンゴ・ザイール解放民主勢力連合 (AFDL) がキンシャサへ武力侵攻し、モブツ政権を打倒した。