Les éliminatoires du CHAN 2016 ont lieu dans un groupe composé de la Libye et du Maroc et la Tunisie, sous la direction d'Henryk Kasperczak, se qualifie pour la phase finale avec une victoire, un match nul et deux défaites. Hatem Missaoui mène l'équipe en phase de groupes au Rwanda, avec de deux nuls contre la Guinée (2-2) et le Nigeria (1-1) et une large victoire sur le Niger (5-0), la plus grande victoire de l'histoire du tournoi ; la Tunisie est toutefois éliminée en quarts de finale par le Mali (1-2). Avant l'édition suivante, la Fédération tunisienne de football annonce que la Tunisie ne participera pas au CHAN 2018 en raison de la participation de l'équipe première à la coupe du monde.