Au commencement de la troisième guerre de religion, Françoise se réfugie à La Rochelle avec sa famille auprès de la reine de Navarre Jeanne d'Albret. Son époux, qui commande l'armée protestante, est tué au combat le , lors de la Bataille de Jarnac qui vit la défaite des Huguenots devant l'armée royale.