Nachdem sich Jelzin am 31. Dezember 1999 aus der Politik zurückgezogen hatte betätigte sich Rybkin als prominenter Kritiker des Zweiten Tschetschenienkrieges und des neuen Präsidenten Putin. 2002 wurde Rybkin Mitglied der Partei Liberales Russland des Oligarchen und scharfen Putinkritikers Boris Beresowski. Rybkin war das „Sprachrohr“ (Schwäbische Zeitung, 10. Februar 2004) des nach London geflohenen Beresowski in Moskau. Bei der Wahl zum russischen Parlament 2003 trat Rybkin ohne Erfolg mit einer eigenen Liste an.