En 1992, Boughedir est délégué général lors de la session des JCC, dont il devient vice-président en 2000 et 2002 puis directeur en 2006, avant de recevoir le prix du anniversaire des JCC lors de la session en 2016. Il est par ailleurs membre des jurys officiels du Festival de Cannes, en 1991 dans la catégorie long métrage et en 2009 dans la catégorie court métrage, de la Berlinale (1997) et de la Mostra de Venise (1999), ainsi que président du jury du Festival panafricain du cinéma et de la télévision de Ouagadougou (2001).