Con l'Uruguay Under-20 prese parte a un Mondiale di categoria, . Il commissario tecnico Betancor ricorse costantemente a Vargas, schierandolo in tutte e 6 le partite disputate dalla selezione giovanile nel torneo. Al termine della competizione, Vargas registrò anche due reti messe a segno, una contro la e l'altra contro l'. Il suo esordio con la selezione maggiore avvenne il 26 settembre 1979, nell'ambito della Copa América 1979, subentrando ad Alonso contro il a Montevideo. Nel 1980 fu convocato per il Mundialito; giocò contro l', disputando gli ultimi 15 minuti della gara. Raccolse il suo ultimo gettone di presenza il 13 settembre 1981.