С началом второй российско-чеченской войны, как бывший председатель Парламента ЧРИ, был снова введён в состав ГКО ЧРИ. В октябре 1999 г. на заседании ГКО ЧРИ командующие фронтов единогласно выдвинули предложение о направлении А. Идигова на Запад для разъяснения позиции чеченской стороны во второй российско-чеченской войне и поиска там поддержки для мирного разрешения российско-чеченских отношений в рамках международного права. 21 октября 1999 г. парламент и президент страны направили его с коллегой по парламенту за рубеж.