Dans la soirée du , le président Lincoln fut mortellement blessé par John Wilkes Booth, un sympathisant confédéré. Le tir contre le président faisait partie d'une conspiration visant à assassiner Lincoln, Johnson et Seward. Ce dernier fut grièvement blessé mais survécut tandis que George Atzerodt échoua dans sa tentative contre Johnson, s'étant enivré au lieu d'assassiner le vice-président. Leonard J. Farwell réveilla Johnson dans sa chambre de Kirkwood House pour l'informer que Lincoln avait été abattu au théâtre Ford. Il se précipita au chevet du président où il resta un court moment et promit à son retour, . Lincoln mourut à et Johnson prêta serment entre 10 et en présence du juge en chef Salmon P. Chase et de la plupart des membres du cabinet. Son comportement fut décrit comme par les journaux. À midi, Johnson présida la première réunion de son administration dans le bureau du secrétaire du Trésor et il reconduisit la totalité de ses membres. Il présida les funérailles de Lincoln à Washington avant que la dépouille du défunt président ne soit envoyée à Springfield pour y être enterrée.