Po bitwie o Midway mianowany został szefem sztabu dowódcy Floty Pacyfiku (CINCPAC), a następnie zastępcą dowódcy. W połowie 1943 mianowany został dowódcą Floty Środkowego Pacyfiku. Z pokładu swego okrętu flagowego (USS „Indianapolis”) dowodził operacjami morskimi związanymi z zajęciem Wysp Gilberta, Marshalla, Marianów, Iwo Jimy i Okinawy. W czerwcu 1944 pokonał flotę japońską w bitwie na Morzu Filipińskim. W końcu 1945 zastąpił adm. Nimitza na stanowisku dowódcy Floty Pacyfiku.