Coincidiendo con el cambio de nombre del país, en 1929 la empresa fue renombrada como Ferrocarriles del Estado Yugoslavo ("Jugoslovenske državne železnice", o JDŽ). En 1941, tras la invasión alemana, la compañía dejó de existir y fue sustituida por dos nuevas compañías ferroviarias: los Ferrocarriles del Estado Croata (HDŽ) y los Ferrocarriles del Estado Serbio (SDŽ). Los nazis se hicieron con el control de la red, puesto que estaban especialmente interesados en las líneas férreas que conectaban Yugoslavia con Grecia. La antigua JDŽ sería restablecida en 1945, tras el final de la Segunda Guerra Mundial. Debido a los daños sufridos durante la contienda, la red ferroviaria fue ampliamente reconstruida durante la posguerra.