В Пакистане существует ряд охраняемых водно-болотных угодий (согласно Рамсарской конвенции). Водно-болотные угодья являются средой обитания для перелетных птиц, таких как кудрявые пеликаны и журавль-красавка, а также хищных видов скопа, обыкновенный зимородок, кошка-рыболов и бенгальская кошка вблизи побережья. Заповедник дельфинов Чашма и Таунса защищает находящихся под угрозой исчезновения индских дельфинов, которые живут в пресной воде. Протяженность береговой линии Пакистана составляет 1050 км в длину и состоит из разнообразных видов мест обитания, поддерживающих широкий круг животных, из которых более 1000 видов рыб обитают в рифах континентального шельфа. Западное побережье Большого Качского Ранна к востоку от дельты реки Инд и ниже пустыни Тарпаркар, является одним из немногих мест, где размножаются обыкновенный фламинго. Это также среда обитания исчезающего вида малой индийской дрофы. Дельта реки Инд является местом гнездования полосатого змееголова, Channa marulius, Barilius modestus и многих видов сомов, таких как Rita rita. Гильза индийская заплывает на нерест из Аравийского моря в пресную воду. Виды, которые важны для людей в качестве пищи, такие как Tor putitora и крупные пресноводные креветки (виды Macrobrachium), являются частью богатой водной флоры и фауны. Вдоль берегов Астолы и Ормара пляжей Белуджистана и залива Hawke’s Bay и пляжа Sandspit в Синде гнездятся в пяти местах, находящиеся под угрозой исчезновения морские черепахи: зелёная черепаха, логгерхед, бисса, оливковая черепаха и кожистая черепаха. Морские змеи, такие как двухцветная пеламида, также встречаются в пелагической зоне моря. Водно-болотные угодья Пакистана также являются домом для находящихся под угрозой исчезновения видов гангский гавиал и болотный крокодил, которые предпочитают пресноводную среду обитания.