Maaliskuussa 1796 Moreausta tuli Reinin ja Mosellen armeijan komentaja. Hänen tuli hyökätä yhdessä kenraali Jean-Baptiste Jourdanin komentaman Sambren ja Meusen armeijan kanssa arkkiherttua Kaarlen komentamaa Itävallan armeijaa vastaan. Moreaun armeija ylitti Reinin 24. kesäkuuta 1796 ja eteni Baijeriin. Hän löi itävaltalaiset Rastattin, Ettlingenin, Neresheimin ja Friedbergin taisteluissa. Moreau valtasi Münchenin ja eteni Regensburgiin asti, mutta kenraali Jourdanin tahollaan kärsimät tappiot pakottivat lopulta hänet lopulta perääntymään Schwarzwaldin kautta Elsassiin. Moreau suoriutui perääntymisestä taidokkaasti ja vietyään lokakuussa armeijansa takaisin Reinin länsirannalle hän asettui puolustukseen. Hän aloitti uuden hyökkäyksen huhtikuussa 1797, mutta pysähtyi jo Offenburgissa Leobenin välirauhan astuttua voimaan. Samaan aikaan Moreaulle toimitetut siepatut kirjeet osoittivat kenraali Pichegrun juonitelleen rojalistiemigranttien kanssa tasavaltaa vastaan, mutta Moreau salasi todisteet ja toi ne esiin vasta kun Pichegru vangittiin syyskuussa 1797 rojalisteja vastaan suunnatun fructidorin vallankaappauksen yhteydessä. Direktoriohallitus erotti Moreaun välittömästi tiedon salaamisen vuoksi.