בופון ייצג את איטליה בכל שכבות הגיל עבור כדורגלנים, החל מהנבחרת עד גיל 15 וכלה בנבחרת עד גיל 21. כמו כן, היווה חלק מהנבחרת האולימפית האיטלקית באולימפיאדת אטלנטה 1996. בשנת 1993, בשחקו במדי הנבחרת עד גיל 16, העפיל בופון יחד עם נבחרתו לגמר אליפות אירופה, לאחר שבחצי הגמר הדף שלושה פנדלים בדו-קרב בעיטות העונשין. מאוחר יותר באותה השנה, בשחקו בנבחרת עד גיל 17, השתתף בופון בגביע העולם בכדורגל עד גיל 17 שהתקיים ביפן. ב-1995, העפיל בופון עם נבחרת איטליה עד גיל 19 לגמר אליפות אירופה. בשנת 1996 השיג בופון את הישגו הגדול ביותר טרם הצטרפותו לנבחרת הבוגרת, כשזכה יחד עם הנבחרת עד גיל 21 באליפות אירופה עד גיל 21 לשנת 1996, לאחר ניצחון בגמר על נבחרת ספרד עד גיל 21. בנוסף, זכה בופון יחד עם נבחרת זו במדליית זהב, במסגרת מפעל "משחקי הים התיכון", שהתקיים בשנת 1997 בבארי שבאיטליה.