Liivinmaan liitto säilytti riippumattomuutensa vielä yli 30 vuotta. Sen lopullinen hajoaminen alkoi 1555 kun Riian arkkipiispa vetäytyi Wolgastin sopimuksesta ja aloitti yhteistyön Mecklenburgin herttua Albert VII:n pojan "Christoph von Mecklenburgin" kanssa. Seurauksena oli Baltian valtatyhjiö ja sitä seurannut Liivinmaan sota. Tammikuussa 1558 Venäjän tsaari Iivana Julma aloitti sodan Liivinmaan ja Kuurinmaan valtaamiseksi. Tämä ajoi alueen eri osat hakeutumaan yhteistyöhön ulkovaltojen kanssa. Lopullisesti ritarikunta ja liitto hajosivat vuonna 1561 solmitulla Vilnan liittosopimuksella. Liivinmaan ritarikunnan viimeinen suurmestari, Gotthard Kettler maallisti veljeskunnan, joka kääntyi luterilaisuuteen. Hallitsemiensa maiden eteläiseen osaan Kettler perusti hallittavakseen Kuurinmaan herttuakunnan.