Nach dem Kongress von Erzurum (23. Juli bis 7. August 1919) wurde am 9. August von fünf Vertretern des Repräsentativrats des Kongresses, darunter auch Mustafa Kemal, ein Dokument unterzeichnet, dass Karabekir zu einem Vertreter der Befreiungsbewegung machte und ihn zum Kommandanten der Ostfront erklärte. Nach dem Kongress in Sivas wurde in Ankara das Parlament eröffnet und Karabekir wurde zum Abgeordneten von Edirne gewählt. Er blieb aber weiterhin der Kommandant der Armee in Erzurum und am 6. Mai 1920 wurde er zusätzlich zum Gouverneur derselben Stadt. Am 28. September 1920 wurde unter seiner Heeresleitung Sarıkamış, am Folgetag Göle, am 30. September Kağızman und am 30. Oktober Kars besetzt – für seine Leistungen wurde er von der Regierung in Ankara zum Generalleutnant ernannt. Am 7. November wurde Alexandropol (Gjumri) eingenommen und die Armenier mussten sich zurückziehen. Sie wurden daraufhin gezwungen, den Vertrag von Alexandropol am 3. Dezember 1920 zu unterzeichnen. Mit der Unterzeichnung des Vertrags von Moskau und der Konferenz von Kars (26. September bis 10. Oktober 1921) wurden die Grenzen zu den Kaukasusstaaten festgelegt, die Belagerung von Gjumri, Nachitschewan und Batumi aufgehoben und die osmanischen Divisionen in Sarıkamış stationiert. Der Türkisch-Armenische Krieg kostete Armenien 198.000 Todesopfer.