El apoyo a la Unión Soviética siguió siendo alto, con un referéndum en marzo de 1991 que devolvía un voto casi unánime a favor de seguir siendo parte de la Unión Soviética. Muchos gagaúzos apoyaron el intento de golpe de estado de Moscú en agosto de 1991 y Gagauzia se declaró independiente el 19 de agosto de 1991, seguido en septiembre por Transnistria, por lo que se tensaban, aún más, las relaciones con Chișinău. Sin embargo, cuando el Parlamento moldavo votó sobre si Moldavia se convertiría en independiente el 27 de agosto de 1991, seis de los doce diputados gagaúzos del Parlamento moldavo votaron a favor, mientras que los otros seis no participaron. Finalmente, el gobierno moldavo reafirmó su postura prorrumana y prestó más atención a los derechos de las minorías.