Am 26. November 1405 heiratete Fitzalan Beatriz, eine Tochter von König Johann I. von Portugal und seiner Geliebten Inez Pirez. Bis 1412 war Thomas Fitzalan als Lord Warden of the Cinque Ports einer der engsten Berater des Königs, zog sich dann aber auf seine Güter zurück. Ein Jahr später jedoch starb Heinrich IV. und Fitzalan wurde Schatzmeister seines Sohnes Heinrich V. Er unterstützte dessen Feldzug gegen Frankreich im Jahr 1415. Bei der Belagerung von Harfleur erkrankte er an der Ruhr, kehrte nach England zurück und starb wenige Wochen später. Da er keine männlichen Erben hatte, fiel das Earldom Arundel an seinen Neffen zweiten Grades John, das Earldom Surrey erlosch.