De modo contrario a su éxito matrimonial, el mandato de los reyes fue bastante desafortunado. En 1809 Suecia perdió Finlandia después de la derrota en la Guerra finlandesa, afectando seriamente la popularidad del rey. Gustavo Adolfo fue arrestado junto a su familia el 13 de mayo de 1809. Después de permanecer detenidos en el Palacio Real de Estocolmo, el rey fue depuesto el 13 de marzo de 1809 y la familia se exilió. Luego de una breve estancia en Copenhague, partieron hacia Baden, la tierra natal de Federica. Allí se enfriarían las relaciones entre los cónyuges y en 1812 se separaron oficialmente.