Kristine Lilly har vært fast medlem av det amerikanske kvinnelandslaget siden 1987. Under VM i fotball for damer 2007 var hun kaptein på laget. Hun er den spilleren uansett kjønn som har spilt flest landskamper i fotball i verden. Da hun la opp i januar 2011, sto hun bokført med 352 landskamper og 130 mål. Med landslaget vant hun gull Sommer-OL 1996 i Atlanta og i Sommer-OL 2004 Athen. Hun var med å vinne sølv under Sommer-OL 2000 i Sydney. Lilly har også vunnet samtlige VM USA har vunnet, da i 1991 og 1999.