1999年のチームメイトはペドロ・ディニス。アレジはエースとして期待がかかるが、マシンは向上せず低迷した。第7戦フランスGPでは大雨の予選で2位を獲得するが、決勝では3位走行中にスピンでリタイアとなり、レース後「ザウバーを出る決心をした」と異例の移籍表明を行った。ペーター・ザウバーとの関係も悪化し、最悪のシーズンを送った。結果は6位2回のみで、6位入賞3回のディニスにもランキングで下回った。