В течение периода Сэнгоку область вокруг Симодатэ находилась под контролем клана Юки и принадлежала его вассалам, роду Мидзуноя (Мидзутани). Позднее род Мидзуноя стал вассалом Тоётоми Хидэёси. Несмотря на сильное давление со стороны Исида Мицунари и западных даймё род Мидзуноя поклялся в верности Токугава Иэясу во время битвы при Сэкигахаре в 1600 году. В ответ сёгунат Токугава утвердил за ним 31 000 коку риса. Мидзуноя Кацутака (1542—1606) заложил городской замок и построил несколько храмов, прежде чем его род был переведен в Нарива-хан в провинции Биттю.