Foi fundada em 1936, após a elevação da RSSA Quirguiz – que, por sua vez, originara-se do Oblast Autônomo Kara-Quirguiz, que pertencia à RSFS Russa – à categoria de república soviética. Em 1990, um intenso conflito entre grupos étnicos quirguizes e uzbeques ocorreu nas cidades de Osh e Uzgen, próximo à fronteira com a RSS Uzbeque. No mesmo ano, a república declarou sua soberania estatal, transformando-se, no ano seguinte, no Quirguistão independente. Uma nova constituição foi adotada em 1991.