Vers la fin de l'année 1898, le ras Mengesha Yohannes, alors gouverneur du Tigré, décide de se rebeller contre le gouvernement central ; malgré sa participation active à la guerre contre l'Italie, il s'est vu refuser le titre de Négus. Il s'installe donc dans l'Adagamus, l'ancienne forteresse du général Oreste Baratieri. Afin de résoudre cette crise, Menelik II appelle Mekonnen vers la capitale, ce dernier quitte Harar le accompagné de soldats auxquels s'ajoutent autres envoyés par le Negusse Negest. Mekonnen prépare le plan d'attaque qu'il présente à Menelik ; au dernier moment, il tente de résoudre pacifiquement la crise en envoyant une lettre à Mengesha. Celui-ci refuse et ouvre les hostilités ; son armée recule et voyant la défaite arriver, il accepte la négociation. Le , il se soumet à Menelik, au camp de Borou Méda ; assigné à résidence, il se voit retirer le poste de gouverneur du Tigré qui revient à Mekonnen.