De Delta heeft een tropisch klimaat. De gemiddelde jaarneerslag varieert tussen de 1500 en 2000 mm in het westelijke gedeelte en 2000 en 3000 mm in het oosten. In november 1970 richtte de tropische cycloon Bhola veel schade aan in het gebied. 300.000 tot 500.000 mensen overleden door de storm en de daarop volgende overstromingen in het deltagebied. Het was de dodelijkste cycloon die ooit is vastgelegd. In 1991 werd de Gangesdelta wederom op grootschalige wijze getroffen door een cycloon en overstromingen, waarbij ruim 138.000 mensen overleden.