В 1891—1893 годах Шлюпас помогал бороться со вспышкой холеры, ставшей следствием голода в России 1891—1892 годов. После окончания университета он некоторое время работал в клиниках Кёнигсбергского университета, прежде чем занялся частной практикой в Арёгале. Шлюпас активно поддерживал литовских книгоношей, которые перевозили и распространяли запрещённые литовские издания. Он был вовлечён в крупный судебный процесс против литовских активистов и книгоношей в 1900 году (известный как дело Людаса Вайнейкиса) и был приговорён к двум годам ссылки в феврале 1902 года. Шлюпас был отправлен в Казань. Он ненадолго вернулся в Литву в 1904 году, но был мобилизован для службы в качестве врача в Русско-японской войне, в этом качестве он участвовал среди прочего и в Мукденском сражении. Шлюпас вернулся в Литву и поселился в Гарляве, где жил до самой смерти. Запрет на литовскую латиницу был снят в 1904 году, и литовцам было разрешено организовывать свои собственные культурные общества. Шлюпас стал их активным организатором. Он помогал основать и в 1904—1906 годах возглавлял общество «Дайна», проводившее концерты и театральные представления. Шлюпас также участвовал в создании общества «Сауле», занимавшегося открытием литовскоязычных школ, и «», содействовавшего научным исследованиям, а также поддерживал журналы «Ateitis» и «Pavasaris», предназначавшиеся для католической молодёжи. В 1910 году вместе с Салямонасом Банайтисом и другими он организовал потребительский кооператив «Неманас», председателем которого он был в 1910—1914 годах.