Die Seen entstanden, als vor ca. 6000 Jahren eine heftige Eruption des Mount Meru, ähnlich dem Ausbruch des Mount St. Helens 1980, die Ostwand des Krater kollabieren ließ und ein Strom aus Wasser, Schlamm und Steinen sich nach Osten in die Steppe ergoss. Durch einen weiteren Kollaps der Caldera, 1800 Jahre später, wurde der Lauf des Flusses, der die Seen speiste, geändert und alle Seen, außer dem Kleinen Momella-See, wurden isoliert.