Kansanvaltuuskunnan sisäasiain osastolla sisällissodan aikana työskennellessään Malm ajautui riitoihin maltillisempien sosiaalidemokraattien kanssa. Hän pyrki muun muassa estämään, Eero Haapalaiselta saamiensa käskyjen mukaisesti, punaisten joukkosiirtymisiä Venäjälle. Malm oli Tampereella, kun valkoiset valtasivat kaupungin. Ennen katoamistaan maan alle ja onnistunutta siirtymistä Ruotsiin Malm piti Tampereen Kauppatorilla (nykyisellä Keskustorilla) puheen, jossa hän kehotti punaisia ottamaan käyttöön "terroristiset" keinot. Puheesta tuomittiin myöhemmin Malmia ulkonäöltään muistuttanut Emmi Murto.