בדצמבר 1941 אומנו שני לוחמי המחתרת - יוזף גבצ'יק ויאן קוביש - בבריטניה כחלק ממבצע אנתרופואיד, ולאחר מכן הוצנחו בצ'כיה. הם ארבו למכוניתו של היידריך והשליכו רימון יד. היידריך נפצע, ומת מפצעיו ב-4 ביוני. בתגובה למבצע אנתרופואיד פעלו הנאצים להשמדת תנועת המחתרת הצ'כית לאחר 1942. הנאצים ביצעו פעולת נקם זוועתית, ומחקו כליל מעל פני האדמה את הכפרים לידיצה ולז'אקי, ואף רצחו באופן שיטתי את התושבים. מעט מאוד מהנשים אשר נשלחו למחנות העבודה שרדו, וחלק מן הילדים נשלחו לתוכנית טיהור הגזע, שנועדה להפוך אותם לגרמנים ארים.