Onder het Heim ins Reich-programma werden bijna alle Baltische Duitsers door de Duitse regering geherhuisvest in de nieuw gevormde rijksgouwen Wartheland en Danzig-West-Pruisen (op het grondgebied van het bezette Polen). Begin 1940 werden rond 13.700 Baltische Duitsers uit Estland en rond 51.000 Baltische Duitsers uit Letland geherhuisvest, vooral in de rijksgouw Wartheland en andere door Duitsland van Polen geannexeerde gebieden, en als regel in woningen van verdreven Polen en Joden. Deze gebieden waren bij het Molotov-Ribbentroppact aan de invloedssfeer van Duitsland gelaten en in september 1941 bezet en ingelijfd. Na de Sovjet-invasie en oprichting van de Letse Socialistische Sovjetrepubliek en de Estse Socialistische Sovjetrepubliek in het begin van 1941 regelde de Duitse regering in samenwerking et de Sovjet-regering nog een laatste emigratie-actie voor de weinigen die in 1939 of 1940 hadden geweigerd te vertrekken. Deze actie werd de "Nachumsiedlung" genoemd. Nadat de Duitse invasie van de Sovjet-Unie enkele maanden plaats zou grijpen werden ook de Sovjetrepublieken Letland en Estland door Duitsland bezet. Baltische emigranten, Duitse zowel als Letse en Estse, keerden nu terug als functionaris in het Duitse bezettingsbestuur. Zij vluchtten opnieuw, evenals een deel van de Letse en Estische bovenlaag, na drie jaar met het terugtrekkende Duitse leger in de zomer en herfst van 1944. Wie achterbleef werd gedeporteerd naar Siberië en verborg of ontkende zijn Baltisch-Duitse afkomst. Dat gold de Baltische Duitsers die waren getrouwd met etnische Esten, Letten of Russen, en de kinderen uit dergelijke gemengde huwelijken.