אין עימות ישיר ואף פעם לא היה עימות מזוין בין ארמניה לפקיסטן והבעיות העיקריות ביחסים שבין שתי המדינות הוא סכסוך נגורנו-קרבאך עם אזרבייג'ן והאירידנטה הארמנית במזרח טורקיה. אזור נגורנו קרבאך הוא אזור המאוכלס בעיקר בארמנים מאז סוף מלחמת העולם הראשונה, האזור הכריז על עצמאות וקרא לעצמו "רפובליקת ארצאך" אך אינו מוכר על ידי אף מדינה חוץ מאבחזיה, דרום אוסטיה וטרנסניסטריה, אף הן מדינות לא מוכרת, האזור נמצא דה יורה בתוך גבולות אזרבייג'ן. פקיסטן תמכה באזרבייג'ן במהלך המלחמה. בשל קשריה ההדוקים של פקיסטן עם יריבותיה של ארמניה - טורקיה ואזרבייג'ן, היא רואה בטבח חוג'אלי כרצח עם שנעשה על ידי ארמניה כנגד הקבוצה האתנית האזרית (ולא הטורקית, כמו שקרה בפועל). כאשר היא המדינה השלישית בעולם להכיר באזרבייג'ן כמדינה עצמאית לאחר טורקיה ורומניה, יש לאזרבייג'ן ולפקיסטן יחסים חמים מאוד. אזרבייג'ן תומכת בעמדת פקיסטן בסכסוך קשמיר, ארמניה לעומתה, בעקבות העוינות הפקיסטנית אליה, פיתחה מערכת יחסים ידידותית וענפה עם הודו, והיא תומכת בעמדתה בסכסוך קשמיר. פקיסטן אינה מכירה ברצח העם הארמני ואף לוחצת על מדינות שונות לא להכיר בו יחד עם חברותיה - אזרבייג'ן וטורקיה.