Poco después de graduarse temprano de la Universidad de California, Berkeley, donde jugó para los California Golden Bears, Morgan fue reclutada número uno en general en el draft de la Women's Professional Soccer de 2011 por Western New York Flash. Allí, hizo su debut profesional y ayudó al equipo a ganar el campeonato de la liga. Morgan, que tenía 22 años en ese momento, era la jugadora más joven de la selección nacional en la Copa Mundial Femenina de Fútbol de 2011, donde el equipo fue subcampeón. En los Juegos Olímpicos de Londres 2012, marcó el gol ganador del partido en el minuto 123 de la semifinal contra Canadá. Terminó el 2012 con 28 goles y 21 asistencias, uniéndose a Mia Hamm como la única mujer estadounidense que marcó 20 goles y acumuló 20 asistencias en el mismo año calendario y la convirtió en la sexta y más joven jugadora estadounidense en marcar 20 goles en una sola temporada. Posteriormente, fue nombrada Futbolista Femenina del año y fue finalista de la Jugadora Mundial de FIFA. Morgan también ayudó a Estados Unidos a ganar sus títulos en las Copas Mundiales Femeninas de la FIFA 2015 y 2019, donde fue incluida en el Once Ideal en ambos torneos, mientras que ganó la Bota de Plata en 2019.