Později bylo zjištěno, že organizoval exekuci cara Mikuláše II. a jeho rodiny, která se odehrála 17. července 1918, a že tedy byl za tento zločin plně odpovědný. Vyhlásil Rudý teror, kampaň poprav a věznění, přičemž všechny oběti teroru jsou mu právem přičítány.