Avec le changement du règlement technique en 1989 (abolition des moteurs turbocompressés et retour aux moteurs atmosphériques), Berger compte rivaliser avec les McLaren-Honda. Malgré la victoire en début de saison de son nouvel équipier Nigel Mansell, les Ferrari restent en retrait. Au Grand Prix de Saint-Marin à Imola, déséquilibré par une rupture mécanique, Berger tire tout droit dans la courbe rapide de Tamburello, heurte le mur de béton et reste prisonnier de sa monoplace en flammes. Grâce à l'efficacité des secours, Berger n'est que légèrement blessé (brûlures aux mains, côte cassée) et, après une rapide convalescence où il ne manque qu'un Grand Prix, il est en mesure de retrouver les circuits. Il remporte, à l'automne, le Grand Prix du Portugal avant d'annoncer son transfert chez McLaren-Honda pour les saisons suivantes.