Nel 1479 il padre lasciò il comando del presidio militare reggiano e si trasferì con un analogo incarico a Rovigo lasciando Ludovico e l'intera famiglia a Reggio Emilia sino all'inizio del 1481. Nella città veneta Niccolò poté godere di vantaggi economici, come una residenza a titolo gratuito, e quando anche il giovane Ludovico vi si trasferì vi rimase pochissimo tempo poiché con lo scoppio della guerra tra il Ducato di Ferrara e la Repubblica di Venezia, nel 1482, le truppe della Serenissima entrarono in città. Il padre venne catturato assieme al commissario ducale Giacomo dal Sacrato ma prima della presa di Rovigo aveva avuto il tempo di rimandare la sua famiglia a Reggio Emilia, accolta dai parenti della moglie e potendo contare sul Il Mauriziano, che i Malaguzzi avevano acquistato già nella prima metà del XV secolo. La concitazione del momento creata dall'urgenza di fuggire dai pericoli ed altri problemi di trasferimento fecero perdere tutte le proprietà ed i beni che erano stati raccolti a Rovigo che quindi andarono perduti. Lo stesso Ludovico, che all'epoca aveva otto anni, in seguito non ricordò questo breve intervallo della sua vita anche se citò Rovigo nel suo massimo poema, definendola città delle rose. Il padre venne liberato subito dopo la resa di Rovigo.