Im Jahre 1802 übernahm er die 1. Militär-Division, im folgenden Jahr folgte die Beförderung zum Général de division und die Übernahm der 2. Division im Feldlager von Bayonne. Im Dritten Koalitionskrieg von 1805 wurde Carra St. Cyr das Kommando über den Küstenschutz gegenüber englischen Flottenangriffen gegen Gravelines übertragen. Nach der Niederwerfung Preußens wurde er Ende 1806 zum Gouverneur der Festung Magdeburg bestellt. Im Februar 1807 übernahm er die 2. Division des IV. Korps unter Marschall Soult und kämpfte dann mit seinen Truppen in der Schlacht bei Eylau.