Efter ytterligare en säsong i Arrows gick han till Sauber . Diniz överlevde en mycket stor olycka vid starten av Europas Grand Prix 1999 då rullningsskyddet slets loss från hans bil. Han körde under säsongen ihop tre poäng, medan hans stallkamrat Jean Alesi fick två. Under den andra säsongen i Sauber blev det inte några poäng alls och därefter kunde Diniz inte hitta någon ny förarplats. I slutet av 2000 beslöt då hans familj att köpa 40 procent av Prost Grand Prix, men Pedro Diniz tävlade inte själv utan ingick istället i den operativa ledningen ett par månader, innan familjen blev osams med grundaren Alain Prost. Diniz lämnade då F1 och började istället promota Formel Renault i Sydamerika.