A su solicitud fue transferido al ejército, cuando se inició la Guerra con la Gran Colombia. Pero antes que entregarse de lleno a la defensa nacional, tenía otros planes. Junto con Agustín Gamarra (jefe del Ejército del Sur) y Andrés de Santa Cruz (embajador en Chile y luego presidente de Bolivia), formó una especie de triunvirato cuya misión fue promover la caída del presidente del Perú José de La Mar.