Una situazione parzialmente più complicata era quella invece legata alla struttura dell'Alto comando dell'Esercito (OKH): il Comandante in capo dell'Esercito designato nel testamento del Führer (Feldmaresciallo Ferdinand Schörner) era isolato nella sacca di Praga, mentre il Capo di stato maggiore dell'Esercito (Generale Hans Krebs) era morto suicida a Berlino. Dönitz scelse così di affidare "ad interim" la guida dell'Esercito dapprima al Feldmaresciallo Keitel, che mantenne questo incarico fino al suo arresto il 13 maggio 1945, e poi al Colonnello generale Jodl, che rimase in carica fino allo scioglimento del Governo di Flensburg.