W dniu 12 września 1634 roku oba budynki, kolegium oraz przyległy kościół, zostały poważnie uszkodzone w wyniku wybuchu w wytwórni prochu. Uszkodzone konstrukcje naprawiono, a kościelna fasada została kompletnie przebudowana. Kolejne zniszczenia dotknęły to miejsce podczas trzęsienia ziemi w roku 1693. W roku 1695 na tyłach budynku zainstalowany został zegar słoneczny oraz umieszczona łacińska inskrypcja.