Одними из первых европейских исследователей, посетивших Бубастис, были французские учёные, сопровождавшие Наполеона в его Египетском походе в 1798-1801 годах. В 1840 году город описал британский египтолог и путешественник Д. Г. Уилкинсон. Планомерные археологические раскопки в Бубастисе начал в конце XIX века швейцарский учёный Э. Навилль, они шли в первую очередь на территории храма богини "Бастет". Позднее были исследованы другие объекты династического периода, а также обнаружены артефакты эллинистического периода. Благодаря найденному фрагменту мозаики, определено местоположение города Римской эпохи (археологи ещё не приступили к его исследованию, выполнены частичные раскопки). Список некоторых археологических памятников и кладов, найденных исследователями XIX века и экспедициями XX-XXI веков: