В конце 1745 года графа направили на другой театр боевых действий — в Северную Англию, куда вторглись восставшие шотландские якобиты. В сражении при Каллодене 16 апреля 1746 года, где мятежники были разбиты, сэр Виллем командовал первой линией. 23 августа он был назначен главнокомандующим в Шотландии, причём воспринял это назначение с неохотой. Продолжая борьбу с якобитами, Албемарл строил новые укрепления и дороги, рассылал по горной местности небольшие конные отряды, расширял шпионскую сеть. Несмотря на всю эту деятельность, «младший претендент» Чарльз Эдуард Стюарт смог бежать на континент, а с наступлением зимы появилась вероятность нового масштабного восстания. В январе 1747 года, после ряда просьб, ван Кеппеля освободили от шотландского командования и снова направили во Фландрию. 2 июля он командовал британской пехотой в битве при Лауфельде, вскоре после этого был поставлен во главе всех британских войск в Нидерландах. В 1748 году сэр Виллем был чрезвычайным послом во Франции.