מלדיני ערך את הופעתו הראשונה בנבחרת הבוגרת בגיל 19 ב-31 במרץ 1988. מלדיני זומן למשחקים האולימפיים לשנת 1987 אף על פי שלא לקח חלק בהם. מלדיני שיחק בכל המשחקים ששיחקה נבחרת איטליה ביורו 1988, שבו הגיעה עד לחצי הגמר והודחה על ידי נבחרת רוסיה.