След големия изборен успех на БЗНС през пролетта на 1923 година, противниците на режима се ориентират към подготовката и извършването на държавен преврат с помощта на войската. В резултат на Деветоюнския преврат кабинетът на Александър Стамболийски е свален от власт, той самият и редица други дейци на съюза са избити, други са хвърлени в затвора, трета част е принудена да емигрира. Превратът предизвиква опит за бунт, последван от терористична кампания, организирани от комунистите, в която се включват и някои земеделци. Земеделски активисти загиват и по време на Априлски събития през 1925 година. При това положение организационният живот на БЗНС е временно парализиран и съюзът се разпада на отделни групи, които търсят различни начини да се адаптират към новата обстановка.