Em novembro de 1998, McCain foi reeleito para um terceiro mandato no Senado. Durante o julgamento do Senado a respeito do impeachment de Bill Clinton, McCain votou para condenar o presidente por perjúrio e obstrução de justiça, afirmando que Clinton tinha violado o juramento que havia feito quando assumiu o cargo. Em março de 1999, McCain votou em favor da missão americana na Intervenção militar na Iugoslávia em 1999 feita pela OTAN, afirmando que era a única forma de deter um genocídio que estava acontecendo durante a Guerra do Kosovo e criticou a inação da administração Clinton. Em 1999, McCain ganhou o prêmio "Profile in Courage", com o colega senador Feingold, devido a sua luta para tirar o dinheiro das grandes corporações das campanhas políticas.