Yaşının ilerlemesi nedeniyle 1950’lerde işlerini oğlu Ali İpar’a devretti. Ali İpar, 1960 darbesi'nden sonra döviz kaçakçılığı ile suçlanarak Yassıada’da kurulan Yüksek Adalet Divanı'nda yargılandı. Bir yıla yakın süren davanın sonunda ağır hapis ve para cezası alsa da serbest bırakılıp yurt dışına çıkabildi. Mehmet Hayri Bey, aileyi çok yıpratan bu olaylar üzerine 1964’te hastalandı. Geçirdiği kalp krizi sonucu 11 Haziran 1966’da Almanya’da öldü. Cenazesi, İstanbul’a getirilerek Feriköy Mezarlığı’nda toprağa verildi.