A Monza Senna partì dalla pole davanti a Prost e alle due Ferrari. Il francese subì l'unico guasto meccanico per la McLaren nel 1988, abbandonando la corsa per la rottura del motore, causata da un pezzo difettoso che provocò anche il ritiro della Lotus di Nakajima. Il brasiliano condusse indisturbato fino a due giri dalla fine, quando si trovò davanti il doppiato Schlesser su Williams. Tra i due ci fu un'incomprensione ed entrarono in collisione: Senna fu costretto al ritiro, e come già l'anno precedente dovette rinunciare alla vittoria a Monza per un problema in fase di doppiaggio. Via libera per le Ferrari, che fecero doppietta con Berger e Alboreto nell'ordine: fu l'unica vittoria non McLaren della stagione, nel primo Gran Premio d'Italia senza Enzo Ferrari. Sul podio chiuse anche Cheever, seguito dal compagno di squadra Warwick, Capelli e Boutsen.