Klasyfikacja medalowa Światowych Wojskowych Igrzyskach Sportowych 1999 – zestawienie narodowych reprezentacji wojskowych zrzeszonych w CISM według liczby zdobytych przez sportowców-żołnierzy medali podczas 2. Światowych Wojskowych Igrzysk Sportowych, które odbyły się w dniach od 8 do 17 sierpnia 1999 w Zagrzebiu w Chorwacji.