W reprezentacji Jugosławii Paunović zadebiutował 12 listopada 1967 roku w wygranym 4:0 meczu eliminacji do Mistrzostw Europy 1968 z Albanią. W 1968 roku został powołany do kadry Jugosławii na Mistrzostwa Europy 1968. Na tym turnieju wystąpił w trzech meczach: półfinale z Anglią (1:0) i finałach z Włochami (1:1, 0:2). Z Jugosławią wywalczył wicemistrzostwo Europy. W reprezentacji Jugosławii od 1967 do 1973 roku rozegrał 39 spotkań.