I januari 1944 utnämndes Reinefarth till Högre SS- och polischef i Warthe. När Warszawaupproret bröt ut den 1 augusti 1944 fick han order att bilda en styrka som skulle ingå i "Korpsgruppe von dem Bach", ledd av SS-Obergruppenführer Erich von dem Bach-Zelewski, med uppgift att slå ner polackernas uppror. I augusti 1944 massakrerade Reinefarths brigad mellan 40 000 och 50 000 polska civilpersoner i Wola-distriktet i västra Warszawa; massakern har fått namnet Wolamassakern. Under Reinefarths befäl sköt man urskillningslöst ihjäl krigsfångar, civilpersoner och sjukhuspatienter. Reinefarth dekorerades med eklöv till Riddarkorset för sina insatser i samband med kväsandet av upproret.