После попытки военного переворота в Турции 15—16 июля 2016 года Бадем был задержан по подозрению в связях с гюленистами и, соответственно, в «попытке переворота». Поводом к аресту послужила найденная у него в ходе обыска в рабочем кабинете книга проповедника Фетхуллаха Гюлена. Сам Бадем называет эти обвинения абсурдными, так как он со времён учёбы в колледже придерживается левых социалистических и марксистских взглядов и ввиду этого, по его словам, — "«Я всю жизнь был острым критиком политического ислама и религиозных сект… Как я мог быть гюленистом?»" Кроме того, цитируемые Бадемом высказывания Гюлена могут лишь показывать негативное отношение Бадема к Гюлену. Через день по просьбе судебного контроля Бадем был освобождён, но, тем не менее, указом № 672 от 1 сентября 2016 года он был уволен из Университета Тунджели (в числе других 2346 учёных, уволенных из различных научных и учебных учреждений Турции). Тем же указом Бадему запрещалось устраиваться в научные и учебные учреждения (включая частные университеты) и занимать государственные посты, а ввиду изъятия у него паспорта, — и выезда заграницу.