KF Trepça ble startet etter at Kosovokrigen var slutt i 1999 og mange av de kosovoalbanske spillerne forlot den serbiske klubben FK Trepča og startet sin egen klubb. Den nye klubben ble kalt KF Trepça, det albanske navnet på "FK Trepča", slik at det var to klubber i byen med det samme navnet, men på forskjellige språk.