Andra världskriget var en svår period för partiet. SKP var den enda politiska kraften i Sverige som stödde den sovjetiska sidan i finska vinterkriget och var enda riksdagspartiet som inte fick sitta med i Per Albin Hanssons samlingsregering. Liksom resten av den kommunistiska rörelsen gjorde SKP 1939 analysen att kriget var ett imperialistiskt krig, en analys som i mångt och mycket präglades av Molotov–Ribbentrop-pakten som Sovjetunionen undertecknat med Tyskland.