בתגובה לעדויות שפרסם הארגון ביחס למבצע "עופרת יצוקה" הגיבו בדובר צה"ל והפרקליט הצבאי הראשי תא"ל אביחי מנדלבליט שהחלטת הארגון לגבות עדויות באופן אנונימי מעוררת את התחושה שהארגון אינו מעוניין באמת ובקיומה של בדיקה ביחס לטענותיו, ושאנונימיות העדויות אינה מאפשרת לחקור את העדים. גם לאחר מבצע "צוק איתן" טען דובר צה"ל ש"שוברים שתיקה" אינו מספק מידע שיאפשר לבדוק את האירועים המועלים בעדויות. בתגובה להאשמות אלו יצא הארגון ב-2011 בפרסום עדויות וידאו, שבהן הופיעו החיילים בשם מלא.