Le les bombardements sur Rotterdam détruisent complètement sa maison et ses biens, « même le chien » écrit-il dans une lettre. Au moins vingt-cinq ans de documentation partent en fumée : correspondances d'amis, d'élèves et de collègues musiciens, photographies, collection d'instruments de musiques, bibliothèque... Mais l'essentiel de ses compositions sont conservées, grâce aux conseils d'un de ses amis, Saar Bessem, les manuscrits étaient à l'abri dans un coffre de banque situé en sous-sol – bâtiment qui a été lui aussi incendié, mais les voûtes ont résisté. D'autres compositeurs eurent moins de chance, par exemple Rudolf Escher, un élève de composition de Pijper de 1934 à 1937, perdit un grand nombre de ses œuvres. En 1941, Pijper s'installe à Leidschendam.