1918年11月11日の休戦協定締結から4か月後、シャクルトンは、ロシア北部の経済発展に関する計画を持ってイギリスへ戻った。1919年4月25日に臨時名誉少佐に任じられ、 エドムンド・アイアンサイド少将（後の元帥）が指揮する、ロシア内戦におけるに従軍した。「ロシア北部における軍事作戦に関連して行った様々な任務」に対し、1919年の国王誕生記念叙勲で大英帝国勲章オフィサーを授与され、アイアンサイド将軍によりにも名前が記載された。しかし資金を集めている最中に、ロシア北部がボリシェヴィキの支配下となり、シャクルトンの計画はとん挫した。シャクルトンは1919年10月に少佐の階級を保持したまま陸軍を除隊した。