Na een kabinetscrisis in mei 1941 benoemde Franco Arrese tot secretaris-generaal van de FET y de las JONS (falangistische partij) met de rang van minister. In deze functie publiceerde hij een rapport waarin hij een nationaal-syndicalistische revolutie bepleitte. Het rapport werd evenwel nooit uitgevoerd. Arrese was een bewonderaar van het fascistische Italië van Benito Mussolini en het nationaal-socialistische Duitsland van Adolf Hitler en bepleitte deelname van Spanje aan de Tweede Wereldoorlog aan de zijde van de As-mogendheden. Franco was echter terughoudend en koos ervoor om Spanje buiten de oorlog te houden ofschoon zijn persoonlijke sympathieën, evenals die van Arrese, duidelijk bij de As-mogendheden lagen. Na de nederlaag van Duitsland bij Stalingrad werd Arrese wat voorzichtiger in zijn steun voor de As-mogendheden.