У 1997 році Стефан недовго очолював «Бордо», після чого наступного року став головним тренером юнацької збірної Франції (U-17), а також увійшов до тренерського штабу національної збірної Франції, яку очолював Роже Лемер. За час його роботи збірна Франції виграла домашній Євро-2000, а також Кубок конфедерацій 2001 року.