Церква святого Хреста одна з унікальних пам'яток вірменської архітектури і один з прекрасних прикладів художньої течії у Вірменії IX—X століть. Побудований у 915—921 роках зодчим Мануелом. Від 1113 року стає резиденцією Вірменської церкви. Причиною цьому була незгода 5 єпископів з поставленням патріархом молодого Григора III Пахлавуні. 1114 року Собор у містечку Шугра в Кілікії скинув ахтамарського єпископа Давида, однак останній, не підкорившись рішенням, проголосив Ахтамарський католикосат. Його юрисдикція поширилася тільки в частині Васпуракана. Від XIII століття, в епоху монгольського панування, Ахтамарських католикосів обирали з роду Арцруні-Хеденекідів, тоді ж цей сан стає спадковим. Користуючись заступництвом Джахан-шаха Кара-Коюнлу католикос Закарія III зумів на короткий час об'єднати Ахтамарський католикосат з Ечміадзинським, але всього 14 єпархій. В кінці XVIII століття після тривалих суперечок між двома католикосатами щодо розмежування юрисдикції, було визнано верховенство Ечміадзина. Вже в кінці XIX століття Ахтамарський католикосат мав 2 єпархії з 302 церквами і 58 монастирями. 1895 року єпархії перейшли в юрисдикцію константинопольського патріархату Вірменської церкви. Монастир спорожнів після геноциду вірмен 1915 року.