Militare sin dalla giovane età, si pose al servizio dei re aragonesi di Napoli, operando nel 1480-81 al seguito del duca di Calabria in Toscana ed il 10 settembre 1481 partecipò con gli spagnoli alla riconquista di Otranto, dopo che la città l'anno precedente era stata attaccata e conquistata dai Turchi. Il 15 settembre 1484, ottenne dai veneziani la restituzione della città di Gallipoli come parte di quanto stipulato nella pace di Bagnolo. Quando nel 1485 scoppiò la guerra tra Ferdinando d'Aragona e Innocenzo VIII, il quale si era schierato a favore dei ribelli che un po' ovunque minacciavano la sicurezza del regno di Napoli, il Caracciolo ebbe il delicato compito di fare da tramite tra l'esercito aragonese e gli uomini al comando di Virginio Orsini che, pur trovandosi all'interno dello Stato della Chiesa, si era schierato a favore del re di Napoli. Giunto nei territori dell'Orsini, Giovanni Battista lo assistette nel 1486 nella difesa di Civita Lavinia, ma le forze filo-napoletane vennero sconfitte dall'esercito pontificio guidato da Prospero Colonna e dall'esule partenopeo Antonio Maria Sanseverino, le quali catturarono anche il Caracciolo con Bartolomeo d'Alviano. Entrambi gli illustri prigionieri vennero condotti a Roma ed imprigionati a Castel Sant'Angelo. Dopo poco il Caracciolo venne liberato e tornò immediatamente a Napoli, divenendo aiutante di camera del duca di Calabria, ottenendo nel 1487 l'incarico di portare a Isabella Del Balzo, figlia del principe di Altamura, la proposta di matrimonio di Federico d'Aragona, figlio secondogenito del sovrano di Napoli.