Altıntop tekende voorafgaand aan het seizoen 2007/08 bij FC Bayern München. Hij scoorde in zijn eerste wedstrijd vanuit een vrije trap. Bayern won de wedstrijd met 2-1 van de Braziliaanse landskampioen São Paulo FC. Hij scoorde met links van dertig meter afstand tegen Werder Bremen in de Ligapokal. Bayern won deze wedstrijd met 4-1. Altıntop scoorde tegen Aberdeen FC in de UEFA Cup, op 14 februari in 2008. Het doelpunt kwam vanuit een penalty die eerst gestopt werd door Aberdeen-keeper Jamie Langfield, waarop Altıntop reageerde door in de rebound te scoren. De wedstrijd eindigde in 2-2. Op 28 maart 2008 werd bekendgemaakt dat het lopende seizoen erop zat voor Altıntop. Hij raakte een dag eerder tijdens een vriendschappelijke interland tegen Wit-Rusland geblesseerd aan zijn voet, waardoor hij geopereerd moest worden. Hij herstelde op tijd om aan het EK mee te kunnen doen.