Nach dem Beginn des Deutsch-Sowjetischen Krieges ab dem 22. Juni 1941 wurden der Gedob am 1. August 1941 auch die ehemals polnischen und vor dem Ersten Weltkrieg österreichisch-ungarischen Strecken unterstellt, die nach der Teilung Polens 1939 an die Sowjetunion gefallen waren. Gleichzeitig wurde eine weitere Ostbahnbezirksdirektion in Lemberg eingerichtet. Im Gefolge der zunehmenden deutschen Gebietsverluste während des Kriegsverlaufs ab 1943 wurde die Gedob am 7. August 1944 mit einem Dienstzug zum Bahnhof Gogolin (Oberschlesien) als Dienstsitz verlegt. Weitere Folge war die Zusammenlegung mit der Ostbahnbetriebsdirektion Krakau bei Übernahme der Betriebsführung und Gesamtverwaltung am 1. November 1944. Von der Gedob Gogolin wurde bereits am 4. November 1944 auch die aufgelöste Abwicklungsstelle der Ostbahnbetriebsdirektion Lemberg übernommen.