Im 16. Jahrhundert verbreitete sich auch in den österreichischen Ländern die Reformation. Die gegen 1600 einsetzende Rekatholisierungspolitik der Habsburger war ein auslösender Faktor des Dreißigjährigen Kriegs, zu dessen Beginn es so schien, als könnten die Habsburger das Heilige Römische Reich in eine zentral gelenkte Monarchie unter ihrer Herrschaft verwandeln. Auf Druck der anti-habsburgischen Koalition aus Frankreich, Schweden und den meisten protestantischen deutschen Staaten mussten sie sich ab 1648 jedoch auf ihre österreichischen und böhmischen Länder im Reich beschränken. 1683 wurden die Osmanischen Streitkräfte ein zweites Mal vor Wien geschlagen und im Großen Türkenkrieg bis hinter Belgrad zurückgedrängt.