在地方上，一些人根据儒学水户学等理论，认为幕府把持朝政没有根据，形成倒幕思想。美国叩关以后，幕府威信下降，人们对幕府的不满也在加深，尊王攘夷思想在一些地方上成为潮流。最初，倒幕派思想保守，但在與西方列強有過交涉甚至短暫交戰經驗（例如1863年的薩英戰爭，薩摩藩與英國之間發生戰爭、1864年的下關戰爭，長州藩與英美法荷四國聯軍之間發生戰爭）后攘夷想法逐渐改变。具有倒幕思想的藩士们（長州、土佐、薩摩等藩），1866年开始结成军事联盟，并尝试与天皇接触，主張倒幕。1867年新繼位的明治天皇向倒幕派送去了许可倒幕的密诏。後來，幕府将军德川庆喜为了转移矛盾，在坂本龍馬居間斡旋下，提出「大政奉還」上奏文，表明将政权归还給天皇，但仍拒绝交出兵权与領地，並計畫利用天皇剛重新掌政，與倒幕派皆對政務運作不熟悉之時，派遣家臣進入政府，藉協助之名掌控政治。倒幕派對於這樣的結果很不甘心，但由於武力倒幕的正當性銳減，因此只好暫時按兵不動。