В 1912 году был назначен министром иностранных дел Австро-Венгрии, сменив Алоиза фон Эренталя и на этой должности. Важнейшим направлением своей деятельности фон Берхтольд сделал Балканы. В 1912 году Австро-Венгрии удалось вынудить Сербию отказаться от выхода к Адриатическому морю, а Черногорию — от занятия города Шкодер (28 ноября 1912 года была провозглашена независимая Албания). Берхтольд также подталкивал Болгарию к войне со своими бывшими союзниками, что вылилось во Вторую Балканскую войну.