Il est nommé en à la tête du RAID, en remplacement d'Amaury de Hauteclocque. Il se fait connaître le lorsqu'il dirige l'assaut, préparé par la Brigade de recherche et d'intervention (BRI), contre Amedy Coulibaly lors de la prise d'otages du magasin Hyper Cacher. Il est présent lors de l'assaut contre les terroristes au Bataclan le , puis il dirige celui contre l'appartement de Saint-Denis, en , qui suscite des interrogations sur sa rigueur, les équipes du RAID ayant tiré contre des terroristes qui n'avaient qu'un revolver, des grenades et une ceinture explosive. Il quitte son poste fin . Selon lui, la Direction de la police nationale a officiellement justifié sa mise à l'écart par la publication, sans l'accord de la hiérarchie, du livre "Médecin du RAID. Vivre en état d'urgence" de Matthieu Langlois, du médecin-chef du Raid, qui raconte la prise en charge des blessés lors des attentats du 13 novembre 2015 en France.