Für die Ägyptische Fußballnationalmannschaft nahm Elmohamady am Confederations Cup 2009 und den Afrikameisterschaften 2008 und 2010 teil. Er war Teil des ägyptischen Kaders bei der Fußballweltmeisterschaft 2018 in Russland, in der Ägypten in der Gruppenphase nach Niederlagen gegen Russland, Uruguay und Saudi-Arabien als letzter der Gruppe A ausschied. Er kam jedoch zu keinem Einsatz.