Після смерті Банера, в 1641 році, Торстенсон взяв на себе головне командування військами в Німеччині. Хвороба часто змушувала його слідувати за військом у ношах, але не заважала йому наводити страх на ворогів. У 1642 році Торстенсон, через Бранденбург і Сілезію, увійшов в Моравію, де фортеця за фортецею здавалися йому. Щоб не бути відрізаним імператорськими військами, він повернувся в Саксонію і там, при Брейтенфельді, розбив ущент імператорські війська. Зайнявши Лейпциг і перезимувавши там, він навесні 1643 року, знову вторгнувся в Моравію, допоміг гарнізону в Ольмюці, а потім — за таємним дорученням свого уряду — поспішив на північ: йому було доручено командування в новій війні, що спалахнула між Швецією і Данією. Був момент, коли імператорський полководець Галлас ледь не замкнув Торстенсона в Ютландії, але полководець пробився.