Κατά τους Νατοϊκούς βομβαρδισμούς κατά της Γιουγκοσλαβίας το 1999, η Νις υπέστη αεροπορικές επιθέσεις σε 40 περιπτώσεις. Στις 7 Μαΐου 1999 η πόλη αποτέλεσε στόχο επιδρομής του ΝΑΤΟ με βόμβες διασποράς, που σκότωσαν 16 πολίτες. Μέχρι το τέλος των Νατοϊκών βομβαρδισμών 56 άτομα στη Νις είχαν σκοτωθεί από αεροπορικές επιδρομές.