La reacción española no se hizo esperar. El virrey y arzobispo de México, Francisco Javier de Lizana y Beaumont, fue reemplazado el 14 de septiembre por el teniente general Francisco Xavier Venegas, el cual había participado en la Batalla de Bailén, donde los franceses fueron derrotados por primera vez. Los realistas disponían de 30 000 soldados, la mayoría criollos y mestizos. Venegas ordenó la formación de tres puntos de defensa, Guanajuato, Puebla y San Luis Potosí, esta última de donde salió el brigadier Félix María Calleja, que a la postre derrotaría a los insurgentes. La Iglesia excomulgó a los rebeldes, primero por rebelarse en contra del rey, y segundo por tomar en Atotonilco el estandarte de la Virgen de Guadalupe como bandera. El edicto de excomunión fue publicado por Abad y Queipo el 20 de septiembre en Valladolid.