Дарий назначава Мардоний за генерал и след потушаването на гръцкото въстание в Йония през 492 пр.н.е. го изпраща да накаже гръцкия полис (град-държава) Атина за помощта, която атиняни били оказали на йонийците. По пътя си към Атина Мардоний използва армиите си да свали от власт местните персийски тирани в Йония и да наложи демократично управление, действие, което изненадало гърците. Историците твърдят, че този негов акт не е бил от великодушие или свободомислие, а е бил премерена стъпка, за да подсигури мира в провинцията и избегне бъдещи въстания след изтеглянето на персийските войски от района. След това с флота прекосява Хелеспонта (Дарданелите).