Anfang des Jahres 1799 wurde Malchus vom Hildesheimer Domkapitel zum Domsekretär und Schatzaktuar gewählt und bald darauf auch zum Hofgerichtsassessor ernannt. Als Domsekretär hatte er mit der Vermögensverwaltung des Domkapitels zu tun, als Schatzaktuar war er dessen Rechtsvertreter in den landschaftlichen Belangen. Durch die Säkularisation des Fürstbistums Hildesheim und seine Einverleibung in das Königreich Preußen am 1. August 1802 ernannte ihn die preußische Regierung bald nach der Besitznahme des Fürstentums zum Mitglied der Spezial-Organisationskommission. Dabei fiel Malchus die Aufhebung der Klöster und Stifte zu. Im Juli 1803 ernannte ihn die preußische Regierung zum wirklichen Kriegs- und Domänenrat bei der Kammer in Halberstadt. Nach der verlorenen Schlacht von Jena führte er Verhandlungen mit der französischen Regierung, welche im Ergebnis die Besatzungslasten für seine Provinz beträchtlich erleichterten.