O rei Henrique continuou a apoiá-lo, mas no final de 1046 opositores de Guilherme se uniram em uma rebelião centrada na Baixa Normandia, liderada por Guido de Borgonha com o apoio de Nigel, Visconde do Cotentin, e Ranulfo, Visconde de Bessin. De acordo com as histórias que podem ter elementos lendários, foi feita uma tentativa de apreender Guilherme em Valognes, mas ele escapou protegido pela escuridão, buscando refúgio com o rei francês. No início de 1047, Henrique e Guilherme voltaram à Normandia e foram vitoriosos na Batalha de Val-ès-Dunes perto de Caen, embora poucos detalhes da luta real sejam registrados. Guilherme de Poitiers alegou que a batalha foi ganha, principalmente, por meio dos esforços do jovem duque, mas relatos anteriores afirmam que homens e a liderança do rei Henrique também desempenharam um papel importante. Guilherme assumiu o poder na Normandia, e logo após a batalha promulgou a Trégua de Deus em todo seu ducado, em um esforço para limitar a guerra e a violência, restringindo os dias do ano em que a luta era autorizada. Embora a Batalha de Val-ès-Dunes tenha marcado um ponto de virada em seu controle do ducado, não foi o fim de sua luta para ganhar vantagem sobre a nobreza. O período de 1047 e 1054 viu guerra quase contínua, com crises menores continuando até 1060.