反抗的な南インドのマイソール王国に対しては、1799年に第四次マイソール戦争で屈服させ、その君主ティプー・スルターンを殺害した。その後、イギリスはヒンドゥーの王家（オデヤ朝）を復活させ、新たに擁立した君主と軍事保護条約を締結し、マイソール王国を藩王国化した。また、カルナータカ太守には第四次マイソール戦争で内通した疑いをかけ、1801年にカーナティック条約でその領土を奪い、ここにマドラス管区が完成した。