Ačkoliv je ruským občanem, tak potřeboval povolení od Mezinárodní hokejové federace (IIHF), aby mohl reprezentovat Rusko, protože v 19 letech v nižší divizi MSJ 1994 reprezentoval Kazachstán. V roce 2005 mu byl udělen souhlas k reprezentování Ruska na MS, ale Nabokov reprezentovat odmítl. Nabokov se snažil získat povolení kvůli Zimním olympijským hrám 2002, ale povolení neobdržel, kvůli tehdejším pravidlům, která zakazovala hráči reprezentovat 2 různé země. Nabokovovi bylo dovoleno hrát za Rusko na Zimních olympijských hrách 2006 v Turíně, poté co dostal výjimku od IIHF a byl také jmenován do Ruské reprezentace na MS 2008, na kterém vyhrál zlatou medaili. Poté byl jmenován i prvním brankářem Ruska pro Zimní olympijské hry 2010 ve Vancouveru.