החל משנות ה-90 יצר הארגון קשרים עם ארגון הטרור הבינלאומי אל-קאעידה, והושפע ממנו. מנהיג התנועה, חפיז מחמד סעיד, קיים קשר הדוק עם אוסמה בן לאדן, מנהיג אל-קאעידה. קשרים אלו התחזקו לאחר פיגועי 11 בספטמבר 2001, כאשר לשקאר-א-טייבה שיתף פעולה והעניק סיוע, מסתור ומשענת לפעילי אל-קאעידה לאחר פלישת ארצות הברית לאפגניסטן.