Ele foi o mais velho de cinco filhos de uma família de classe média argentina de ascendência espanhola (incluindo basca e cantábrica) e irlandesa por meio de seu ancestral patrilinear Patrick Lynch. Um bisavô paterno, Patricio Julián Lynch y Roo, chegou a ser considerado o homem mais rico da América do Sul. Embora muitas das biografias e relatos da família atribuírem sua mãe como sendo descendente de José de la Serna e Hinojosa, último vice-rei espanhol de Lima, este fato é implausível, pois o vice-rei José de la Serna morreu sem deixar descendentes. Celia de la Serna também descendia do espanhol Juan Manuel de la Serna y de la Quintana (de origem cantábrica, nascido em Ontón) que se mudou para o Vice-Reino do Rio da Prata no final do século XVIII, mudando-se para a cidade de Montevidéu, onde se casou em 1802 com Paula Catalina Rafaela Loaces y Arandía. Segundo o genealogista Narciso Binayán Carmona, era um descendente do conquistador, explorador e colonizador espanhol Domingo Martínez de Irala (1509-1556) e Leonor "Iboty-I Yu" Moquiracé, uma indígena guarani que foi integrante do harém pessoal deste. De acordo com a flexibilidade permitida na língua espanhola, seu nome legal (Ernesto Guevara) às vezes aparece com "de la Serna" e/ou "Lynch" acompanhando-o. Referindo-se à natureza "inquieta" de Che, seu pai declarou que "a primeira coisa a notar é que nas veias do meu filho fluía o sangue dos rebeldes irlandeses".