Poc més tard, el 4 de febrer de 1899, va esclatar la guerra entre el govern d'Aguinaldo i els ocupants nord-americans, després de l'assassinat d'un soldat filipí per un guàrdia nord-americà en creuar el Pont de Sant Joan. Aguinaldo va dirigir les tropes filipines contra les forces superiors dels ocupants. Tot i derrotes successives, va continuar la lluita en retirada, mentre es replegava amb les seves tropes cap al nord de Luzón, illa on es trobava Baler, lloc on encara romanien assetjats un grup de soldats espanyols, presumptament desconeixedors de la nova situació.