Den Aufständen des Fränkischen Bauernkrieges schlossen sich die Ipsheimer Bauern mehrheitlich nicht an, zumal die Belastung durch Abgaben und Frondienste vergleichsweise gering und das Dorf wirtschaftlich in einer recht guten Lage war (Marktrecht, Zugang zu einem Forst). Als allerdings Ende Mai 1525 Windsheimer Bauern zur Unterstützung des Aufstandes in Neustadt a. d. Aisch durch das Aischtal zogen, stationierte Markgraf Kasimir Reitereinheiten in Ipsheim, welche die Bauern abfingen, die meisten töteten und zehn Gefangene im Dorf köpften. In Folge dieses „Ipsheimer Blutgerichts“ musste das Dorf 300 Gulden aufbringen; außerdem ließ Kasimir die Kirche plündern. Im Zweiten Markgrafenkrieg wurde Ipsheim, das bereits wieder relativ wohlhabend war, 1553 von den Windsheimern und ihren Verbündeten zerstört; der Wehrturm gesprengt.