Faupel trat im März 1892 als Fahnenjunker in das Feldartillerie-Regiment „von Podbielski“ (1. Niederschlesisches) Nr. 5 der Preußischen Armee ein. Dort erfolgte am 17. September 1892 seine Ernennung zum Fähnrich sowie am 20. Mai 1893 die Beförderung zum Sekondeleutnant. Am 1. Oktober 1899 versetzte man Faupel in das 2. Niederschlesische Feldartillerie-Regiment Nr. 41 und dann am 18. Juli 1900 in die ostasiatische Sanitätskompanie, mit der er an der Niederschlagung des Boxeraufstand teilnahm. Anschließend studierte er an der Kriegsakademie. Ab 1904 war er als Mitglied der Schutztruppe in Deutsch-Südwestafrika an der Niederschlagung des Herero-Aufstandes und des Namaaufstandes beteiligt, zeitweise unter der Führung von Ludwig von Estorff. Ab 11. September 1907 setzte man Faupel als Ersten Generalstabsoffizier im Generalstab des IV. Armee-Korps ein.