Žiadosť o milosť pre Tisa predložil 15. apríla 1947 slovenský povereník spravodlivosti Ivan Štefánik na Predsedníctvo SNR a to ju prekvapivo bez hlasovania posunulo vláde ČSR. Vláda K. Gottwalda odporučila prezidentovi Benešovi zamietnuť túto žiadosť v pomere hlasov 17:6. Na mimoriadnom 78. tajnom zasadnutí 16. apríla za prijatie žiadosti hlasovali niektorí poslanci Demokratickej strany (DS) a Čs. strany ľudovej (ČSĽ). Proti boli komunisti a niektorí členovia Československej strany národne socialistickej a Československej sociálnej demokracie. J. Masaryk sa ako nestranícky minister zdržal hlasovania. Prezident Beneš následne súhlasil so zamietnutím žiadosti. Tiso bol popravený (obesený) v skorých ranných hodinách 18. apríla 1947 na dvore Justičného paláca v Bratislave. Podľa dobovej tlače Tisa sedem minút od začatia popravy lekár vyhlásil za mŕtveho. Neskôr bol v tajnosti pochovaný na Martinskom cintoríne v Bratislave. Pochovával ho salezián Jozef Stašo, ktorý v rokoch 1940 - 1945 pôsobil ako tajomník na vatikánskej nunciatúre v Bratislave. Poprava Tisa sa stala dôvodom zvyšovania napätia medzi komunistami a nekomunistickými stranami. Vedenie DS uverejnilo vo svojich novinách Čas niekoľko dní po vykonaní rozsudku článok ""Ako to v skutočnosti bolo?", v ktorom argumentovalo, že predsedníctvo SNR bolo za udelenie milosti a vláda ČSR nemala právo milosť neudeliť ale len vrátiť žiadosť nazad SNR. Gottwald naopak žiadal vyvodiť dôsledky voči DS, pretože "vedie na Slovensku kampaň, ktorá môže veľmi poškodiť záujmy republiky a jednotného štátu. Povážlivým spôsobom je kritizovaný postup prezidenta republiky. Také stanovisko ako zaujala DS nie je zlučiteľné s jej účasťou vo vláde."" Aj tieto rozpory viedli k tomu, že 20. februára 1948 podali vo vláde demisiu práve zástupcovia strán ČSNS (4), ČSL (4) a DS (4), ktoré boli za udelenia milosti Tisovi, čo nakoniec viedlo k vládnej kríze 1948 (Februárový prevrat).