Sekularistien mielestä tieteen edistyminen on tehnyt jumalia koskevat oletukset tarpeettomiksi. Uskonnosta vapaata ajattelua, joka suhtautuu arvostelevasti kirkkoon ja sen yhteiskunnalliseen vaikutukseen ja pyrkii täydelliseen uskonnon ja ateismin vapauteen, on kutsuttu vapaa-ajatteluksi. Vapaa-ajattelua ovat edustaneet yleensä ateistit ja uskonnottoman humanismin edustajat. Vapaa-ajattelun aatteelliset juuret juontuvat Antiikin Kreikan humanismiin. Uudella ajalla renessanssin ja luonnontieteiden nousu edistivät Euroopassa uskonnosta vapaata ajattelua. Nimitys vapaa-ajattelija levisi John Tolandin ja Anthony Collinsin välityksellä. Myöhemmin vapaa-ajattelua kehittivät valistusajattelijat.