La stagione 2000-2001 è sicuramente da ricordare: il Bayern mette in bacheca UEFA Champions League per la quarta volta. Durante il cammino i tedeschi eliminano le due grandi favorite per la conquista del trofeo nonché le detentrici delle ultime due edizioni, ovvero il Manchester United e il Real Madrid, rispettivamente ai quarti e in semifinale, ottenendo anche quattro vittorie in altrettante partite. La settima finale della storia del club si gioca al Meazza di Milano contro il e ha un'epilogo ai tiri di rigore, dopo che due calci di rigore avevano caratterizzato i tempi regolamentari: nei primi 90 minuti di gioco, dal dischetto segnano prima Gaizka Mendieta per gli spagnoli poi Stefan Effenberg, mentre in precedenza Mehmet Scholl si era fatto parare il rigore del possibile pareggio. Questo risultato rimane immutato anche alla fine dei tempi supplementari e il Bayern vince il trofeo dagli undici metri, dopo che Oliver Kahn riesce a parare il tiro a Mauricio Pellegrino. Intanto qualche giorno prima è arrivata anche la conquista del diciassettesimo titolo, grazie alla rete segnata da Patrik Andersson su calcio di punizione indiretto: in questo modo viene tenuto a distanza lo Schalke 04.