Nach der Niederlage in der Schlacht bei Marignano 1515 jedoch, in die Schiner die Schweizer Söldnertruppen des Papstes ohne hinreichende politische Absicherung hineingeführt hatte, musste er seine Pläne begraben. Er wurde zum Opfer der Versöhnungspolitik zwischen Papst Leo X. (1513–1521) und Frankreich und bemühte sich nun darum, als Gesandter von Kaiser Maximilian den englischen König Heinrich VIII. in ein Bündnis gegen Frankreich zu ziehen. 1517 verwehrte ihm sein ehemaliger politischer Ziehvater Jörg auf der Flüe (inzwischen mit den Franzosen liiert) die Rückkehr in sein Bistum in Sitten und zwang ihn zur Flucht. Daraufhin liess sich Schiner in Zürich nieder, blieb aber weiter einflussreich. Auch dank seines Einflusses wurde Maximilians Enkel Karl I. von Spanien als Karl V., und nicht Franz I. von Frankreich zum Kaiser gewählt. Schiner stellte sich Karl V. sogleich als Berater zur Verfügung. 1521 gelang auf sein Betreiben in kaiserlichem Auftrag gegen die auf die französische Seite umgeschwenkten Schweizer Söldner die Rückeroberung Mailands in der Schlacht bei Bicocca, die den Gewinn Mailands für Habsburg und zugleich das Ende der Schweizer Grossmachtträume in Oberitalien besiegelte.