לאחר שסיים את לימודיו במחזור ה-32 של האקדמיה הימית הקיסרית ב-1904 שירת יממוטו כאיש צוות על הסיירת "נישין" במהלך מלחמת רוסיה–יפן. ב-27 במאי 1905, הוא נפצע במהלך קרב צושימה, בו איבד שתי אצבעות (אצבע מורה ואמה) בידו השמאלית, ובנוסף, נפצע ברגלו הימנית. לאחר הפציעה, היה מאושפז כחודשיים. בשנים הבאות הרבה להדריך צוערים בהפלגות אימונים לקוריאה, סין ופעם אחת, במרץ 1909, גם לחוף המערבי של ארצות הברית. הוא שב למכללת המטה הימי ב-1914 וסיים את לימודיו ב-1916 בדרגת לוטננט קומנדר.