Јован је рођен око 1074. године као најстарији син старијег брата византијског цара Алексија (1081-1118), Исака Комнина и његове грузијске жене Ирине Аланије. Године 1081. Алексије је предложио склапање брака између Јована и немачке принцезе, ћерке Хенрика IV (1056-1105), али је договор пропао. Јован је 1091. године постављен од стране Алексија на место дуке Драча уместо Јована Дуке који је добио титулу мега дукса и заповедништво над византијском флотом. Драч је био веома значајан град. Сматран је "кључем Албаније". Нормани су га користили приликом напада на Балкан. Убрзо по ступању на дужност, Јован је оптужен од стране Теофилакта Охридског за заверу против цара. Да би се одбранио од оптужбе, Јован је оптутовао у Филипопољ где се налазио Алексије. Алексије је одбацио сваку сумњу и вратио Јована на место дуке Драча.