Schon Émilie Fers Mutter Gaelle Madrange war Kanutin und französische Meisterin. Émilie kam im Alter von 12 Jahren über ihre Schule zum Kanusport. Ihr erster großer Erfolg war der Gewinn der Goldmedaille im K1-Teamwettbewerb zusammen mit Mathilde Pichery und Marie Gaspard bei den Kanuslalom-Weltmeisterschaften 2006. In Einzelrennen errang Fer dagegen lange keine Platzierung unter den ersten drei. Erst 2009 gewann sie Silber hinter Elena Kaliská bei den Kanuslalom-Europameisterschaften 2009. 2012 erreichte Fer mit Platz Zwei in La Seu d’Urgell ihren ersten Podestplatz in einem Weltcuprennen.