Brasilian jalkapallomaajoukkueessa Rogério Ceni on pelannut vuodesta 1997 lähtien 16 maaottelussa. Hän oli vuoden 2002 MM-kisoissa kolmosmaalivahtina voittaen maailmanmestaruuden ja vuoden 2006 MM-kisoissa kakkosmaalivahtina; jälkimmäisessä turnauksessa hän pelasi kymmenen minuuttia alkusarjan ottelussa Japania vastaan.