В пятнадцать лет поступил на государственную службу, был писарем у дистанционных заседателей. В 1853 году, с началом Крымская войны, был призван на военную службу и вместе со своим полком, отправился на защиту побережья Азовского моря, затем переведен для защиты Таганрога. С 1856 года работал в канцелярии Хоперского окружного сыскного начальства, в 1859 году был назначен к окружному стряпчему, а позже — к сыскному начальнику Хоперского округа. В это же время Преображенское станичное общество выбрало Харитона Попова депутатом в комитет для составления проекта нового положения о войске Донском, членом котором он впоследствии стал.