זמן קצר לאחר פרישתו, מונה הנס כמנכ"ל באיירן מינכן. בתקופת כהונתו בתפקיד, שארכה כשלושים שנה, הצליחה הקבוצה מאוד, הגדילה משמעותית את מספר חבריה, והפכה למעצמה כלכלית, זכתה ב-15 אליפויות הבונדסליגה, שבעה גביעים גרמניים, גביע אופ"א, הגביע הביניבשתי וליגת האלופות, כאשר עד לתחילת כהונתו של הנס, הקבוצה זכתה בשבעה תארים בכל ההיסטוריה שלה. הנס יזם את הקמתו של אצטדיון האליאנץ ארנה במינכן, בעלות של 340 מיליון אירו. אצטדיון זה החליף את האצטדיון האולימפי במינכן כמגרשה הביתי של באיירן מינכן, ואירח משחקים במונדיאל 2006 ואת גמר ליגת האלופות 2012. בשנת 2012, דיווח הנס שהונה העצמי של באיירן מינכן עומד על 249 מיליון אירו, סכום שיא למועדון. כחלק מניהול הקבוצה, הנס סייע כלכלית למועדונים בבונדסליגה שהיו במצוקה, כמו פ.צ. סנט פאולי, הרטה ברלין והאנזה רוסטוק, ואף לקבוצות להן יש יריבות עם באיירן מינכן, כמו בורוסיה דורטמונד והיריבה העירונית מינכן 1860. בשנת 2009, לאחר יותר משלושים שנים כמנכ"ל, החליף הנס את פרנץ בקנבאואר בתפקיד נשיא באיירן מינכן.