Politické a ekonomické reformy, které generální tajemník Michail Gorbačov zahájil roku 1985 znamenaly decentralizaci sovětské autority. Arméni, jak v samotné Arménii, tak Náhorním Karabachu, viděli program těchto reforem jako příležitost, jak oba celky sjednotit. 13. února 1988 desítky tisíc Arménů demonstrovaly v Stěpanakertu na Leninově náměstí (nyní Renesanční náměstí) a požadovaly připojení regionu k Arménii. 20. února 1988 vrchní sovět Náhorního Karabachu hlasoval pro připojení k Arménské SSR, což bylo odsuzováno autoritami sovětského Ázerbájdžánu. Vztahy mezi Armény a Ázerbájdžánci, podporujícími pozici tehdejší ázerské vlády, se na to v následující době značně zhoršovaly. V září 1988 se odehrály vzájemné násilnosti zahrnující fyzické napadání a pálení majetku a domů, které měly za následek útěk části obyvatel z města a desítky zraněných. Sovětská armáda, poslaná do města zjednat pořádek, zavedla třídenní zákaz vycházení. Mezi Ázerbájdžánci se šířili fámy o tom, že stěpanakertští Arméni chtějí otrávit vodovodní potrubí do Šuše a také o tom, že dvě ázerbájdžánské studentky byly znásilněny, v reakci na to pochodovaly stovky mladých Ázerbájdžánců z Agdamu na Stěpanakert, byly zastaveni ale Armény před městem a dva ze studentů byli zabiti a mnoho dalších zraněno. Tito dva mrtví ázerbájdžánští studenti jsou považovány za první oběti války v Náhorním Karabachu. V reakci na smrt těchto dvou studentů byl v Sumgaitu proveden pogrom na Armény, ve kterém podle neoficiálních zdrojů bylo zavražděno až 200 arménských civilistů.