Narastający konflikt etniczny doprowadził ostatecznie do wybuchu wojny domowej w Kosowie w latach 1998–1999. W rezultacie bombardowania Kosowo znalazło się pod tymczasowym zarządem ONZ. Kosowskie kluby wycofały się z mistrzostw Jugosławii i od sezonu 1999/2000 najlepsze zespoły występowały w Superlidze Kosowa. KF Bashkimi Koretin startował w grupie A Liga e Parë. W sezonie 2002/03 zajął ostatnie miejsce w Liga e Dytë i w następnych latach nie występował w żadnych rozgrywkach. Dopiero od 2010 ponownie grał w "Liga e Dytë". W sezonie 2016/17 zajął 1. miejsce w grupie B i awansował do "Liga e Parë". W sezonie 2017/18 był siódmy w końcowej klasyfikacji. W następnej edycji po zajęciu 14. miejsca występował w barażach, w których przegrał z KF Dardana i wrócił do "Liga e Dytë".