Ved Louisiana-kjøpet i 1803 ble det meste av Sør-Dakota kjøpt av USA fra Frankrike. Amerikanerne utrustet Lewis og Clarks ekspedisjon for å utforske området. I 1817 ble det etablert et amerikansk handelsfaktori for pels ved det som nå er Fort Pierre. Det ble begynnelsen på den varige amerikanske bosettingen i området. Det amerikanske forsvaret kjøpte Fort Pierre i 1855, men flyttet allerede i 1857 til Fort Randall lengre sør. Den amerikanske og europeiske bosettingen økte raskt, og i 1858 inngikk USA en avtale med indianerne om å overta kontrollen over det meste av det østlige Sør-Dakota.