Au début de l'année 1884, la Guerre des mahdistes fait rage au Soudan entre les adeptes du Mahdi et le khédivat d'Égypte, alors sous contrôle britannique. Dans ces conditions, le vice-consul français Gaston Lemay, nommé à Khartoum en remplacement d'Albert Marquet, est retenu à Souakim et ne peut rejoindre son poste. Le représentant de la France au Caire, Camille Barrère, demande alors à Herbin de se rendre à Khartoum pour y prendre la direction du consulat en l'absence du titulaire. Arrivé dans la ville soudanaise le , peu de temps après le général Gordon, Herbin doit d'abord y vaincre la défiance des Britanniques, qui le suspectent d'être chargé d'une mission secrète et lui reprochent sa collaboration au "Bosphore égyptien", récemment censuré à cause de ses attaques contre les autorités anglaises. Il subit bientôt les affres des six premiers mois du siège mahdiste.