Op 3 juli 1940 - een paar maanden na de Duitse inval - ging Marie Baale met pensioen. Hierna werd ze actief als bestuurslid van de Amsterdamsche Schoolwerktuinen, na de Eerste Wereldoorlog gesticht om kinderen te interesseren voor de natuur, maar ook vanwege de voedselschaarste. In 1943 overleed haar broer, met wie zij sinds de dood van haar moeder in 1927 samenwoonde in de Palestrinastraat. Begin augustus 1947 werd ze ernstig ziek opgenomen in het ziekenhuis. Marie Baale overleed op 22 oktober 1947 en werd begraven op de Nieuwe Oosterbegraafplaats.