La delusione subita in Ghana non trovò riscatto nelle qualificazioni al , in programma in Sudafrica. Sotto la guida del CT francese Roger Lemerre, insediatosi il 13 maggio 2008, la formazione nordafricana ottenne quattro vittorie e un pari nelle prime cinque partite delle eliminatorie, ma la sconfitta casalinga subita contro il (1-2) il 28 marzo 2009 provocò le dimissioni del presidente federale Hosni Benslimane, in carica dal 1995: lo sostituì Ali Fassi Fihri. I successivi pareggi contro in trasferta e (privo della stella Emmanuel Adebayor) in casa causarono, il 7 luglio, l'esonero di Lemerre, rimpiazzato da Hassan Moumen, che debuttò con un pari in casa del Togo e poi patì due altre sconfitte, per 3-1 in casa del Gabon e per 0-2 a Fès contro il Camerun, concludendo così il girone all'ultimo posto. Dato che le eliminatorie valevano anche per la Coppa d'Africa 2010, a causa dell'ultimo posto i marocchini mancarono l'accesso anche a questa manifestazione.