У 2000 році керував виборчим штабом кандидата в президенти Хорватії Стіпе Месича, а після перемоги останнього став радником президента з національної безпеки. Також обіймав посаду начальника Управління національної безпеки з 2000 по 2002 рік, керівника служби контррозвідки з 2004 по 2006 рік, та начальника Агентства безпеки і розвідки з 2006 по 2008 рік. У вересні 2011 року знову вступає в ХДС. На XV з'їзді ХДС 20 травня 2012 у другому турі Карамарко перемагає Мілана Куюнджича і стає 4-м головою ХДС.