Las FDI se han visto envueltas en una serie de controversias sobre su historial de derechos humanos, y han sido acusadas por organizaciones tales como B'tselem, Amnistía Internacional, el Comité Internacional de la Cruz Roja (CICR) y Human Rights Watch de violar las leyes de la guerra. También han sido acusadas de maltrato contra los palestinos, saqueos y destrucción de sus propiedades. Por otro lado, sus defensores afirman que las FDI tienen un comportamiento humanitario jamás observado en ningún otro ejército del mundo que incluye, por ejemplo, realizar advertencias previas a los pobladores civiles antes de la realización de una acción militar, a fin de conseguir la evacuación de una zona o un edificio, lo que ha permitido evitar la muerte de gran cantidad de civiles en la Franja de Gaza. Esta práctica tuvo lugar tanto en el año 2009 durante la operación Plomo Fundido, como así también en el año 2012 durante la operación Pilar Defensivo y en el año 2014 durante la operación Margen Protector.