W latach 1773-1774 kozacy orenburscy wzięli udział w powstaniu Jemieljana Pugaczowa, za co spotkały ich później represje, ale utrzymano ich w służbie. W 1798 roku wszystkie osady kozackie w południowej części Uralu zostały przyłączone do Kozackiego Wojska Orenburskiego (poza kozakami uralskimi). W 1840 roku ostatecznie wyznaczono granice zasięgu kozaczyzny orenburskiej i jej siły militarne. Od tamtej pory składała się z 10 regimentów kawalerii i 3 batalionów artyleryjskich. W połowie XIX wieku populacja kozaków na tym obszarze wynosiła 200 000 ludzi.