Després de la conquesta otomana de Constantinoble el 1453 per part de Mehmet II, l'església va quedar circumscrita dins els murs del palau de Topkapı. Els geníssers van usar l'església com a arsenal fins al 1826. També es va utilitzar com a magatzem per a equipament militar i per guardar-hi els trofeus en forma d'armes i altres elements militars capturats pels turcs als enemics durant els conflictes bèl·lics. Durant el regnat del sultà Ahmet III (1703-1730), l'any 1726, es va convertir en el Museu Militar Nacional.