Som riksommissær for Ostland brukte han makten sin til å leve et behagelig liv. Han rekvirerte en rekke biler og palasser til eget bruk. Reichskommissariat Ostland ble etablert ved dekret signert av Hitler 17. juli 1941 og Lohse utnevnt som leder. I hvert av landene hadde Lohse en "Generalkommissar" under seg, i Latvia var det Otto-Heinrich Drechsler som også var borgermester i Lübeck. Drechsler hadde en stab på rundt 250 personer. Alt i alt hadde Lohse i Reichskommissariat Ostland rundt 2500 tyske tjenestemenn. Lohses apparat var formelt underlagt Rosenbergs "Ost-Ministerium" ("Reichsministerium für die besetzten Ostgebiete"). Dette sivile styret erstattet den militære administrasjonen som fungerte de første ukene etter invasjonen. Lohse hadde kontor i Riga, den viktigste byen i "Ostland". Den sivile administrasjonen under Lohse var liten og avhengig av landenes eksisterende offentlige forvaltning. En viktig oppgave for administrasjonen var utnytte arbeidskraft og materielle ressurser for krigsinnsatsen lenger øst. Det tyske regimet under nazistene var til dels administrativt kaotisk med uklare kommandolinjer og overlappende ansvarsområder mellom konkurrerende grener av statsapparatet. SS og politiet under Himmler opptrådte stort sett helt på egen hånd, de regionale militære kommandantene hadde sitt eget økonomiske apparat, i tillegg kom Görings fireårsplaner og Organisation Todt. Ostland hadde omkring 8,5 millioner innbyggere hvorav en stor jødisk befolkning særlig i Litauen, Vilnius, Hviterussland og det sørlige Latvia (som hadde vært del av Det jødiske bosetningsområdet i Tsar-Russland). En stor del av de faglærte håndverkerne, kjøpmenn og eksperter var jøder i byene. Okkupasjonsmakten tok kontroll over pressen den viktigste tyske avisen var "Deutsche Zeitung im Ostland" som var Lohses organ og skal ha hatt et opplag på 120.000.