На Дальнем Востоке старший лейтенант Барабаршинов встретил начало Великой Отечественной войны. На фронт попасть, несмотря на рапорты, не удалось. В середине 1943 года был назначен заместителем командира 37-го штурмового авиационного полка. В феврале 1944 года командир полка В. Н. Каштанкин убыл на фронт, и командование принял майор М. Н. Барбашинов. В этой должности принимал участие в войне с Японией в августе 1945 года.