Виникнення СНР датується 1943 роком. Наприкінці цього року різні організації руху опору уклали угоду, в якій зобов'язались співпрацювати у рамках так зв. Різдвяної угоди. Вона ставала організацією руху опору, її члени також погодились щодо майбутньої форми державного ладу Чехословаччини. Під час Словацького національного повстання значення СНР зросло, оскільки вона стало владною силою в регіонах Словаччини, контрольованих учасниками повстання. Під час повстання 1 вересня 1944 р. СНР взяла владу в свої руки як представник офіційної виконавчої та законодавчої влади в Словаччині, і, незважаючи на певні розбіжності між її керівництвом в управлінні державою, вона функціонувала як повноцінний уряд. Координація заходів СНР відбувалася разом з президентом республіки, хоча не всі члени підтримували Едварда Бенеша як голову держави. Після придушення Словацького національного повстання функція Словацької національної ради була зменшена.