「第三図南丸」は太平洋戦争直前の1941年（昭和16年）11月に日本海軍によって徴用され、11月1日付で特設運送船として補給隊に編入された。11月25日に横須賀を出港し、佐世保、三亜を経由して12月8日にカムラン湾に到着。英領ボルネオ攻略に参加した。12月13日、「第三図南丸」を含めて10隻の輸送船が第十二駆逐隊などに護衛されてカムラン湾を出撃。12月16日にミリ、ルトン、セリヤへの上陸が行われ、上陸後「第三図南丸」はミリへ資材などを降ろした。続いてクチン攻略が行われ、「第三図南丸」など6隻が駆逐艦2隻と掃海艇2隻の護衛で12月22日にミリから出撃。しかし、23日に船団はオランダ潜水艦「K14」の襲撃を受けて「第三図南丸」を含めて4隻の輸送船が被雷した。「第三図南丸」は中破したが航行は可能であった。12月17日に「第三図南丸」はカムラン湾へ向かい、その後修理のため日本本土へ向かった。1942年2月1日、呉到着。修理は横浜造船所で行われた。