До середины 2000-х годов тренировал различные испанские клубы. Некоторое время работал в Хорватии. Во время его тренерства в одном из испанских клубов в 2008 году, сборная Таиланда пригласила его в качестве главного тренера и таким образом Мендес стал главным тренером данной сборной. С тех пор Он работает в Азии. В его руководстве сборная Таиланда в первый раз в своей истории дошёл до финала Чемпионата Азии и в третий раз в своей истории участвовала на Чемпионате мира 2008, который проходил в Бразилии и заняла 4-е место в группе B. Некоторое время работал со сборной Вьетнама. В 2011 году получил приглашение от сборной Узбекистана и возглавил эту сборную. Работал в Узбекистане до конца 2012 года и с 2013 года начал работать в тайском клубе «Чонбури Блувэйв». С апреля 2014 года снова возглавляет сборную Узбекистана. Под его руководство узбекистанцы выиграли бронзовые медали Чемпионата Азии 2014 и дошли до финала на Чемпионате Азии 2016 года, который проходил в Ташкенте, и в первые в своей истории получили путёвку на Чемпионат мира 2016, который прошёл в Колумбии.