En la segunda mitad de la década de 1990, el Gobierno de Serbia inició negociaciones con los líderes albaneses sobre el tema, y en 1998, cuando la crisis en Kosovo estaba en efervescencia, se produjo un acuerdo entre Milošević e Ibrahim Rugova para permitir el regreso de los estudiantes albaneses a la universidad, y la transferencia de su control. Los serbios de Kosovo protagonizaron violentas protestas contra la transferencia y finalmente tuvieron que ser desalojados por las fuerzas gubernamentales. Los edificios fueron devastados, con muebles y equipos deliberadamente vandalizados que los hicieron inutilizables.