1864 var Palæet preussernes stabskvarter og feltlazaret under den 2. Slesvigske Krig. Palæets ur spillede en vigtig rolle den 29. juni 1864, hvor det kl. 2 om natten signalerede starten på overgangen til Als. Se Slaget om Als. I forbindelse med Overgangen opførte preusserne en kanonstilling på marken nord for Bøgely, (syd for Sandbjerg) men på grund af overraskelsesmomentet kom kanonerne ikke i brug ved den første angrebsbølge over Als Sund.