Первых после длительного перерыва посетителей собор принял в июле 1999 года, в 290-ю годовщину победы в Полтавской битве. В качестве музея открыт в следующем, 2000 году, после открытия следующие два года восстанавливалась декоративная роспись стен интерьера главного придела храма.