После начала гражданской войны в Таджикистане, которая длилась с 1992 года по 1997 год, «Лали Бадахшан» вошла в состав Объединённой таджикской оппозиции (ОТО). В состав ОТО входили различные либеральные, демократические и исламистские силы, которые боролись против официальных правительственных властей. Партия участвовала в межтаджикских мирных переговорах.