Tiene una gran extensión de manglares que son refugio para gran variedad de peces, crustáceos y moluscos, además de ser un sitio de anidación de dos especies de tortugas marinas. Estos humedales de la reserva han tenido reconocimiento internacional, siendo el primer sitio de humedales mexicano inscrito en la "Lista de Humedales de Importancia Internacional de Ramsar" el 4 de julio de 1986. Asimismo, sus playas fueron decretadas, el 16 de julio de 2002 por el Gobierno Federal, como "Área Natural Protegida" con categoría de "Santuario", establecido para la protección, conservación, repoblación, desarrollo y control de las diversas especies de tortugas marinas, ya que Ría Lagartos se reconoce como una de las principales zonas de arribo de la "tortuga carey" (Eretmochelys imbricata) y la única en el estado de Yucatán para la "tortuga blanca" (Chelonia mydas).