Pekhart részt vett a 2007-es U20-as világbajnokságon, 18 évesen ő volt a keret legfiatalabb tagja. Hét mérkőzésen lépett pályára, az Argentína elleni döntő is játszott, a csehek végül ezüstérmesek lettek. Az U21-es válogatottban 17 gólt szerzett, ezzel hazájában új rekordot állított be. Ott volt a 2011-es U21-es Eb-n is.