Von März 1884 an fand die Belagerung von Khartum im Zuge des Mahdi-Aufstandes statt. Zwei Tage bevor die britischen Entsatztruppen eintrafen ließ der Mahdi am 26. Januar 1885 Khartum angreifen. Am Morgen traten 50.000 Mahdisten zum Angriff an, stürmten die Stadt und töteten Gordon Pascha, vermutlich im Gouverneurspalast. Der Mahdi gründete Khartum gegenüber, am westlichen Nilufer, in Omdurman, eine neue Hauptstadt. Unter seinem Nachfolger Abdallahi ibn Muhammad wurde Khartum endgültig aufgegeben und verwandelte sich zur Geisterstadt. Erst 1898, nach der Niederschlagung des Mahdiaufstandes durch den britischen Sirdar Kitchener, wurde die Stadt wieder aufgebaut.