Trézéguet a 2006–07-es szezonban az utolsó gólját a Spezia ellen szerezte, akkor a Juventus a másodosztályban szerepelt. A klubhoz új elnök érkezett, aki nem bízott a franciában. Azonban 2007. június 25-én bejelentették, hogy Trézéguet 2011-ig meghosszabbította szerződését a csapatnál. A 2007–08-as szezonban csapattársa, Alessandro Del Piero lett a gólkirály, Trézéguet második lett 20 góllal a listán.