Commines nació en Renescure (en lo que entonces era el condado de Flandes) al interior de una familia adinerada. Sus padres fueron Colard van den Clyte (o de La Clyte) y Marguerite d'Armuyden. Su familia paterna era originaria de Ypres. Además de ser señor de Renescure, Watten y Saint-Venant, Clyte se convirtió en bailío de Flandes por el Duque de Borgoña en 1436, y fue tomado prisionero en la Batalla de Azincourt. Philippe tomó su apellido de un señorío en el río Lys que había pertenecido a la familia de su abuela paterna, Jeanne de Waziers. Su abuelo paterno, también llamado Colard van den Clyte (m. 1404), había sido gobernador de Cassel y, luego, de Lille. No obstante, la muerte del padre de Commines, en 1453, lo dejó como propietario de un patrimonio con enormes deudas. En su juventud, fue puesto bajo el cuidado de Felipe el Bueno (1419-1467), duque de Borgoña, quien era su padrino. Luchó en la Batalla de Montlhery en 1465 y en la Batalla de Brusthem en 1467, pero en general parece haber mantenido un bajo perfil.