נגאטה היה מבין האדריכלים של תקרית מוקדן, שהיוותה את ההצדקה לפלישה היפנית למנצ'וריה. נגאטה התנגד לפעולות אלימות וטרור במטרה לחזק את ההשפעה של הצבא על הפוליטיה היפנית מכיוון שאלו עלולות להחליש את האחדות הלאומית היפנית. נגאטה פעל מאחורי הקלעים של הפוליטיקה היפנית במטרה לחזק את עמדת הצבא ותמך בשימוש בלוחמה ביולוגית ולוחמה כימית.