Als in Polen 1794 der Kościuszko-Aufstand losbrach, wurde Favrat Kommandeur von 50.000 preußischen Soldaten. Sie bildeten die Hauptstreitmacht, der von König Friedrich Wilhelm II. geführten Armee. Sie rückte von Schlesien gegen Krakau vor, ebenso wie ein russisches Korps unter General Denisoff. Als dieser bei Racławice von den Polen geschlagen wurde, rückten die Preußen nach und in der Schlacht bei Rawka wurden die Polen nach Warschau zurückgeworfen. Dafür hing der König dem Generalleutnant persönlich den Roten Adlerorden um. Krakau ergab sich am 15. Juni dem General von Elsner. Ein Fortschritt vor Warschau wurde durch fehlendes Geschütz verhindert, dass erst aus Gaudenz heran geschafft wurde. Als die Belagerung am 27. Juli begann, hatte man sich in Warschau bereits verschanzt. Der preußische General Wilhelm von Schwerin wartete vergeblich auf die russische Unterstützung, so gab er die Belagerung am 6. September auf. Schwerin wurde später dafür und für die daraus folgenden Probleme verantwortlich gemacht und vom Kriegsgericht zu einem Jahr Haft verurteilt. Schwerin gab in einer Schrift