En avril 2016, Flor Ruíz remporte le titre national à Medellín. En mai elle est victorieuse pour la deuxième fois, après 2012, aux championnats ibéro-américains de Rio de Janeiro. Elle dépasse à cette occasion la ligne des 60 m pour la première fois depuis 2014. Le 25 juin elle améliore son propre record de 4 centimètres, portant le record d'Amérique du Sud à 63,84 m.