Pudil și-a reprezentat țara sa la categoriile de vârstă sub 19 ani și sub 21 de ani. El și-a făcut debutul la naționala mare în 2007, pentru care a marcat primul gol la 21 noiembrie 2007 într-o victorie cu 0-2 în deplasare împotriva Ciprului în calificările pentru Campionatul European din 2008. Pudil a fost făcut parte din echipa Cehiei care a participat la Campionatul European din 2016.