Komise se skládala z vícerých pracovníků, zúčastnil se i historik Karel Kaplan. Jednotliví pracovníci byli zařazeni a rozebírali působení odsouzených podle časových úseků - před druhou světovou válkou, v průběhu války, před únorem 1948 a po něm. Na podzim 1963 se ukázalo, že komise se zřejmě odchýlí od závěrů předchozích komisí a odsouzené rehabilituje. Novotný, který měl obavy ze směřování komise a z možného mocenského vzestupu Gustáva Husáka, do komise dosadil Bohuslava Laštovičku a Michala Sabolčíka, od kterých podle Kaplana pravděpodobně očekával zvrácení směřování komise, což se jim však nepodařilo. Závěry komise byly projednány 18. a 19. prosince 1963 na zasedání ÚV KSČ, které schválilo rezoluci "O přezkoumání kritiky buržoazního nacionalismu vznesené na IX. sjezdu KSS". To vedlo k rehabilitaci odsouzených (a mezitím právně amnestovaných) slovenských komunistů, mezi nimi hlavně Husáka, ale i Ladislava Novomeského, Karola Šmidkeho, Vladimíra Clementise a dalších.