En 1993, il est nommé chef d'état-major de la Flotte de la Baltique puis commandant de la Flotte du Pacifique en 1994. Il est promu chef d'état-major de la Marine en 1997 puis commandant-en-chef de la Marine russe en . Kouroïedov est élevé au rang d'"admiral flota" en . Kouroïedov offre sa démission à la suite du naufrage du "Koursk" mais celle-ci est refusée.