בעונת 1996/97 שפויזאט חזר לכושרו הטוב, והבקיע 13 שערי ליגה, ואמנם סיים עם דורטמונד רק במקום השלישי בבונדסליגה, אך היה שותף מלא לזכייה המפתיעה של דורטמונד בליגת האלופות. בשלב הבתים הבקיע שפויזאט שני שערים, ובגמר ליגת האלופות 1997, בו ניצחה בורוסיה דורטמונד את יובנטוס בתוצאה 3-1, שיחק שפויזאט 70 דקות, והוחלף על ידי לארס ריקן, שהבקיע כעבור דקה וקבע את תוצאת המשחק. בעונת 1997/98, הבקיע שפויזאט 14 שערי ליגה, אך רשם עם דורטמונד עונה חלשה במיוחד בבונדסליגה, בה סיימה הקבוצה רק במקום העשירי. בליגת האלופות לא הצליחו שפויזאט ודורטמונד להגן על תוארם, אך רשמו קמפיין מכובד, בו צלחו את שלב הבתים, בו שפויזאט הבקיע שני שערים, והדיחו את באיירן מינכן ברבע הגמר, לאחר ששני המשחקים הסתיימו בתיקו 0-0, ושפויזאט הבקיע את שער הניצחון לבורוסיה דורטמונד בהארכה של משחק הגומלין. שפויזאט ודורטמונד הודחו בחצי הגמר על ידי ריאל מדריד. במהלך אותה עונה, זכו שפויזאט ודורטמונד בטורניר הגביע הביניבשתי, לאחר ניצחון 2-0 בגמר על קרוזיירו. עונת 1998/99 הייתה האחרונה של שפויזאט בבורוסיה דורטמונד. בעונה זו הבקיע שפויזאט שמונה שערים, ודורטמונד סיימה רביעית. בקיץ 1999, לאחר שמונה עונות בבורוסיה דורטמונד, עזב שפויזאט את הקבוצה, בה זכה בשישה תארים והבקיע 102 שערי ליגה.