ב-15 בנובמבר 1935 מונה אינואואה לאדמירל משנה, והיה לסגן מפקד הצי השלישי שפעל באזור סין, וב-1939 מונה לתת-אדמירל. ב-1940 הוענק לו עיטור מסדר השמש העולה, ובאותה שנה התמנה אינואואה למפקד לשכת התעופה הימית של הצי הקיסרי, והגיש לשר הצי, קושירו אואיקאווה, את התזה שלו לארגון מחדש של הצי בראשית 1941. התזה שלו הכילה ביקורת נוקבת על מדיניות בניית האוניות של הצי הקיסרי, על כך שהיא מתמקדת בבניית אוניות מערכה, ולא בנושאות מטוסים. מאוחר יותר באותה שנה נמסר לידיו הפיקוד על הצי הרביעי של יפן, שעגן בבסיס הצי בלגונת טרוק, והוא פיקד על הכוחות הימיים במהלך קרב גואם וקרב האי וייק. לאחר מכן העביר את מטהו לרבאול, כהכנה למבצע MO, שכלל את כיבוש פורט מורסבי, אך לאחר קרב ים האלמוגים במאי 1942, בו נהדפה הפלישה היפנית, איבד את הפיקוד על הצי הרביעי ושב ליפן, שם התמנה למפקד האקדמיה הימית הקיסרית. בשלביה האחרונים של מלחמת העולם השנייה קיבל אינואואה את דרגת האדמירל, וב-15 באוקטובר 1945 הוא פרש מהצי.