Nel 1805, la Pace di Presburgo alla fine della Guerra della Terza Coalizione obbligò l'Austria a cedere il Tirolo alla Baviera. A causa di ciò la valle fu unita al Salisburghese rimanendo così all'Austria. Tuttavia gli abitanti della Zillertal si unirono all'insurrezione tirolese del 1809 guidata da Andreas Hofer, con la Battaglia del Ponte dello Ziller (14 maggio). In seguito alla repressione dell'insurrezione la Zillertal divenne per breve tempo bavarese, fino al Congresso di Vienna del 1814/1815.