Kurz vor dem Zweiten Weltkrieg weilte Brunner noch einmal drei Monate in Berlin, um sämtlichen Proben seiner "Missa a cappella" durch die Sing-Akademie zu Berlin beizuwohnen. Gleichzeitig schloss sich Österreich an das Dritte Reich an, was Brunner veranlasste, vor dem drohenden Kriegsausbruch nochmals nach Frankreich zu reisen (Reims, Paris, Dijon). Zurück in Zürich freundete er sich mit dem Komponisten Robert Oboussier an, der später Pate seines Sohnes Christoph wurde. Im Zuge der Mobilmachung nach dem Überfall auf Polen wurde Brunner in den Aktivdienst nach Altdorf eingezogen. Im Juli 1940 wurde er aus dem Dienst entlassen.