Alors que les deux pays semblent se trouver des intérêts communs, les attentats du 11 septembre 2001 à New-York déclenchent un conflit majeur en Afghanistan. Les États-Unis, avec pour objectif initial la capture d'Oussama ben Laden, jugé responsable des attentats, lancent l'opération « Liberté Immuable » (Operation Enduring Freedom). Les objectifs sont par la suite élargis avec pour finalité de lutter contre le « terrorisme international » et ses soutiens. Un grand nombre de pays et notamment les pays membres de l'Otan apportent leur soutien aux États-Unis dans ce conflit. La France non contrainte par l'article 5 du Traité de l'Atlantique nord enclenché, décide néanmoins d'intervenir dans deux opérations internationales distinctes : la force internationale d'assistance et de sécurité (ISAF) sous commandement de l'OTAN, et l'opération Enduring Freedom sous commandement américain. La présence de l'armée française dans ces deux opérations s'illustre par une présence maritime dans l'océan Indien, l'action d'unités (avions de chasse, de transport, d'observation et drones mais également des commandos) de l'armée de l'air, à partir de l'Afghanistan ainsi que de bases situées dans des pays limitrophes, dont le Tadjikistan, et la participation d'unités de l'armée de terre aux opérations de sécurisation et d'instruction.