Am 9. November 1918 meldete sich Eminger zum Dienst in der Tschechoslowakischen Armee, die ihn 1919 als Militärattaché nach Budapest entsandte. Hier wurde er unter anderem mit dem Aufbau eines Agentennetzes betraut und 1921 zum Major im Generalstab befördert. Bereits ein Jahr später musste Emiger jedoch nach Enttarnung seiner nachrichtendienstlichen Tätigkeit Ungarn verlassen. Anschließend diente er bis zur Zerschlagung der Resttschechei 1939 in Einheiten der Kavallerie; bei der Auflösung der tschechoslowakischen Streitkräfte stand er im Rang eines Brigadegenerals. Nach der „Zerschlagung der Rest-Tschechei“ und der Gründung des Protektorats am 25. Juli 1939 wurde die ca. 7000 Mann starke Regierungstruppe des Protektorats Böhmen und Mähren aufgestellt. Eminger war während des gesamten Zweiten Weltkriegs Generalinspekteur dieser Regierungstruppe als General I. Klasse (entspricht General der Waffengattung). Die Prager Burgwache nahm auf Weisung Emingers im Mai 1945 am Prager Aufstand teil. Eminger wurde nach Kriegsende von den Kommunisten der Kollaboration mit den Deutschen beschuldigt, die Anschuldigungen aber im April 1947 fallen gelassen.