Fue aceptado por el ejército de la Unión como cirujano y pudo haber servido en la Batalla de la espesura en mayo de 1864, que fue notable por las terribles bajas sufridas por ambos lados. Hay una historia no verificada de que Minor también recibió la tarea de castigar a un soldado irlandés en el Ejército de la Unión marcándolo en la cara con una D de "desertor" y que este incidente más tarde jugó un papel en los delirios de Minor.