Megdöntve a Milton Obote vezette rendszert, 1971 és 1979 között Idi Amin Dada volt az ország katonai diktátora. Hatalomgyakorlása alatt egyes források szerint , más források szerint embert öltek meg. Amin rendszere üldözte az ázsiaiakat és a keresztényeket is. 1971-ben kivégeztette a hadsereg acsoli, langi tagjait – korábban ezek alkották Obote kitüntetett helyzetben lévő különleges erőit –, 1974-ben pedig lugbara nemzetiségű tisztjeit. Az ország értelmisége is ellenség lett, a megsemmisítésüket módszeresen hajtották végre, emiatt aki csak tehette, elmenekült Ugandából. Intézkedései eredményeként a gazdasági helyzet katasztrofálissá vált, és az ország a teljes nemzetközi elszigetelődés szélére jutott, amikor szövetséget kötött Moammer Kadhafival. Kettejük és a Palesztinai Felszabadítási Szervezet közreműködésével történt 1976. június 27-én az entebbei nemzetközi repülőtéren tartózkodó zsidó utasok túszul ejtése. Idi Amin segítette a palesztin terroristákat a tel-avivi Air France-járat eltérítésénél. 1978-ban Amin területi követelésekre is hivatkozva megtámadta az Oboténak menedéket adó Tanzániát. A háborúban az ugandai katonák ereje és szervezettsége csak a menekülésre volt elegendő, és miután 1979 áprilisában Idi Amin elhagyta az országot, a tanzániai haderők segítségével felkelés döntötte meg a diktátor rendszerét.