Die Saison 2012 begann für Makwala mit einem vierten Platz in der 4-mal-400-Meter-Staffel bei den Hallenweltmeisterschaften in Istanbul. Im Juli gewann er bei den Afrikameisterschaften in Porto Novo den Titel im 400-Meter-Lauf. Er konnte seine Form allerdings nicht bis zu den Olympischen Spielen in London halten, die einen Monat später stattfanden. Dort schied er im Vorlauf aus. Die Weltmeisterschaften 2013 in Moskau verliefen ebenfalls enttäuschend für ihn. Weder über 400 Meter noch in der Staffel kam er über die Vorläufe hinaus. Am 6. Juli 2014 steigerte Makwala seine persönliche Bestleistung im 400-Meter-Lauf bei einem Leichtathletik-Meeting im schweizerischen La Chaux-de-Fonds auf 44,01 Sekunden. Damit unterbot er den knapp acht Jahre alten Afrikarekord des Kongolesen Gary Kikaya um neun Hundertstelsekunden. An selber Stelle blieb er mit 19,96 Sekunden erstmals unter der 20-Sekunden-Marke im 200-Meter-Lauf. Drei Wochen später verpasste er bei den Commonwealth Games in Glasgow überraschend den Finaleinzug im 400-Meter-Lauf. Bei den Afrikameisterschaften in Marrakesch im August wurde er seiner Favoritenrolle wieder gerecht, indem er seinen Titel über 400 Meter in der Meisterschaftsrekordzeit von 44,23 Sekunden erfolgreich verteidigte. Eine weitere Goldmedaille gewann er mit der botswanischen 4-mal-400-Meter-Staffel. Außerdem wurde er im 200-Meter-Lauf Zweiter.