Піком його політичної кар'єри стало обрання генеральним секретарем НАТО. На цій посаді він пробув менше року, в 1994–1995. Саме під час короткого керівництва Клааса, НАТО вперше задіяло військову силу для врегулювання конфлікту в Боснії. У зв'язку з розслідуванням про факт отримання хабарів членами Фламандській соціалістичної партії від італійської авіабудівної компанії Agusta змушений був залишити політичну арену.