Con l'arrivo del tecnico Delio Rossi nella stagione 2005-2006, Pandev diventa titolare fisso. Già dal primo impegno stagionale contro il del 28 agosto 2005, l'attaccante macedone realizza il gol della vittoria che permettere alla Lazio di trionfare sugli avversari. Segna la sua prima doppietta in maglia biancoceleste nella partita vinta per 3-1 contro il del 15 aprile 2006. La Lazio chiude al sesto posto in classifica, ma a causa delle sentenze dovute a Calciopoli scende al sedicesimo posto. Pandev disputa 41 incontri stagionali, di cui 35 in campionato, e firma 11 reti.