En 1892, Séon participe à la fondation de la Rose-Croix dont il reste un fidèle. Il brosse un portrait de Joséphin Peladan en « nabi de l'idéalité ». Professeur de dessin à la Ville de Paris de 1881 à 1915, il reçoit peu de commandes officielles et, en dépit de ses panneaux pour la mairie de Courbevoie, son ambition de décorateur ne sera pas favorisée. Il écrit des ouvrages théoriques sur la "division perspective du ton" et sur "la symbolique de la ligne et des teintes". Ami de Georges Deherme (fondateur des "universités populaires"), il crée des lithographies bon marché, organise des visites du musée du Louvre pour les ouvriers et milite pour le Palais du peuple.