L'insurrection du 1848 amène la mise en place d'un gouvernement provisoire dans les deux territoires. De plus, celle-ci bénéficie d'une intervention militaire austro-prussienne destinée à le soutenir : c'est la première Guerre des Duchés. Sous la pression des Britanniques et des Russes, les belligérants signent la trêve de Malmö le , trêve rompue par le Danemark le . La paix définitive est signée à Berlin le . Un mois plus tard, le premier protocole est signé à Londres, réhabilitant les distinctions entre les duchés et le royaume du Danemark. Un deuxième protocole est ajouté en 1852 et accorde la succession des Duchés aux Danois, tout en garantissant leurs autonomies.