Берлин је 24. априла био опкољен од стране совјетских јединица, и Хитлер је 27. априла издао обавештење да ће у случају његове смрти, Шернер преузети команду над војском. Неколико сати касније, Совјетске трупе су ушле у Берлин. Након тога, Шернер је дезертирао и покушао авионом да побегне у Баварску. То није успео јер му је авион пао у Аустрији. Шернер је ту остао до доласка америчких трупа које су га ухапсиле. Након тога, Американци су га предали Совјетима, који су му судили и осудили га на казну затвора од 25 година. Одслужио је само 10 година казне, након чега се вратио у Немачку. Ту му је суђено за убијање немачких војника и осуђен је на четири ипо године затвора. Након изласка из затвора 1963. остао је да живи у Немачкој у којој је живео у сиромаштву све до смрти 1973. године.