Masri a rencontré son mari, le cinéaste libanais Jean Chamoun, en 1982. Ils ont fait plusieurs films ensemble. Ils se marient en 1986 et ont deux filles, Nour et Hana. Nour est une designer de l'interaction, diplômée de la Parsons School of Design et Hana est une actrice et réalisatrice établie à New York. Mai Masri vivait à proximité du camp de réfugiés palestiniens de Chatila à Beyrouth lorsque les milices libanaises phalangistes ont commis des massacres et des viols en 1982.