Saksalaiset jatkoivat hyökkäystään aikaisin huhtikuun 13. päivän aamuna, jolloin Helsingin edustalle ankkuroitunut laivasto-osasto alkoi pommittaa punaisten viimeisiä vastarintapesäkkeitä. Kruununhaassa käytiin aluksi kiivaita taisteluja, mutta vastarinnasta huolimatta punaisten päämaja Smolnassa joutui antautumaan jo kello 7 aamulla. Punaisten hallussa olivat nyt enää itäiset Siltasaaren ja Kallion työläiskaupunginosat, joita saksalaisten tykistö moukaroi niin, että muun muassa Helsingin työväentalon torni syttyi palamaan. Lopulta Kallion kirkon torniin nostettiin valkoinen lippu kello 14 ja viimeisetkin punaiset luovuttivat aseena puoli seitsemään mennessä. Kaikkiaan saksalaisille antautui yli 6 000 punaista, joista kuitenkin vain pieni osa oli aseistettuja punakaartilaisia. Heidät koottiin seuraavien päivien aikana Suomenlinnan vankileirille. Helsingin taistelussa kaatui kaikkiaan 54 saksalaista. Punaisten tappiot olivat noin 400 kaatunutta, joista 20–50 oli Pikku Huopalahdessa teloitettuja. Helsingissä ei kuitenkaan nähty Tampereen ja Viipurin taistelujen yhteydessä tapahtuneita joukkoteloituksia, vaan saksalaiset pyrkivät jopa hillitsemään valkoisten intoa ampua antautuneita punakaartilaisia. Siviiliuhreja Helsingin valtaus vaati noin 20.