La va refundar, al , Bulugguín ibn Ziri amb el nom de "Jazàïr Bani Mazghanna" del nom d'una tribu amaziga "sanhaja" que vivia a la zona, i va esdevenir un important port per on passava gran part del comerç mediterrani. A partir del darrer terç , va tenir tendència a esdevenir independent sota protecció dels àrabs Thaaliba de la Mitidja; al , la protecció va tenir com a representant el santó "sidi" Abd al-Rahman al-Thaalibi, que va esdevenir patró de la ciutat. Al , hi va arribar una quantitat important de moriscos expulsats de Granada. L'activitat corsària va començar a ser-hi habitual. Els espanyols van conquerir i fortificar el penyal de la ciutat l'any 1510, després d'haver ocupat Orà, ciutat pròxima a Alger, però els habitants, dirigits per Salim al-Tumi, van buscar l'aliança del pirata turc Arudj establert a Djidjeli, que va expulsar els espanyols i es va fer amo de la ciutat. Intents de reconquesta el 1516 i 1518 no van reeixir-hi. Adrujd va morir el 1518 i va ocupar el seu lloc el seu germà Khaïr ad-Din (Barba-rossa), que el 1520 es va replegar a Djidjeli fins al 1525, però en aquest any fou cridat altre cop pels habitants d'Alger i, quatre anys després, va ocupar la fortalesa espanyola construïda sobre el principal dels illots de la badia (25 de maig de 1929); els materials resultants de la demolició de la fortalesa van servir per crear el port d'Alger. Khaïr al-Din s'havia sotmès a l'imperi otomà, i va convertir la ciutat en una base corsària dedicada a atacar els vaixells de la regió, i arribà també a les costes catalanes, entre d'altres. Carles V va intentar recuperar la ciutat el 1541 i va arribar a desembarcar-hi, i establí el seu camp al lloc anomenat "Kudayt al-Sabun" (després Fort de l'Emperador), però la flota que desembarcava fou parcialment destruïda per una tempesta la nit del 24 al 25 d'octubre del 1541 i se'n va haver de retirar.