במהלך מלחמת האזרחים השנייה בלוב, מלטה (יחד עם מרבית הקהילה הבינלאומית) המשיכה להכיר בממשלת ההסכם הלאומי לאחר שבית המשפט העליון בלוב הוכרז כבלתי חוקתי. מטען הלובי חוסין מוסראטי התעקש כי בכך מלטה "מתערבת בענייני לוב". בשל הסכסוך, יש שתי שגרירויות לוב במלטה. הקונגרס הלאומי הכללי המוכר שולט כעת בשגרירות לוב הרשמית בבלזן, ואילו בית הנבחרים הלא מוכר פתח קונסוליה בתא' שיביקס. כל אחת משתי השגרירויות אומרת כי אשרות שהונפקו על ידי הגורם האחר אינן תקפות.