Nach dem Tod Cromwells (1658) wurde 1660 die Monarchie in England wiederhergestellt, und die Stuarts kamen erneut an die Macht. Dadurch verschlechterten sich die Beziehungen zwischen den beiden See- und Handelsmächten erneut, und fünf Jahre später brach der zweite englisch-niederländische Krieg (1665–1667) aus. De Witt reformierte die niederländischen Seestreitkräfte, indem er nach englischem Vorbild den Bau größerer und schwerer bewaffneter Kriegsschiffe durchsetzte. Nach einer anfänglichen Niederlage in der Seeschlacht bei Lowestoft übernahm er vorübergehend selbst das Kommando über die Flotte. Als Mittel gegen seine Seekrankheit entwickelte Christiaan Huygens, der Erfinder der Pendeluhr, eine spezielle Hängematte, die nicht schaukelte. Ende 1665 übernahm Michiel de Ruyter auf Betreiben De Witts den Oberbefehl über die Flotte.