Першим Кубком Азії, в якому взяла участь Індонезія, був розіграш 1996 року в ОАЕ. У першому раунді було набрано одне очко (нічия з Кувейтом). Другий раз в Кубку Азії 2000, проведеному в Лівані, також було набрано одне очко в трьох іграх. У наступному розіграші 2004 року була здобута перша перемога - 2:1 над Катаром, - але й цього не вистачило для виходу з групи. У Кубку Азії 2007 Індонезія була однією з чотирьох країн-організаторів. У першому матчі був обіграний Бахрейн з рахунком 2:1, але в останніх двох матчах збірна зазнала поразки і не пройшла до чвертьфіналу, фінішувавши третьою в групі. Цей результат на сьогодні вважається найкращим виступом у Кубках Азії.