Активный участник Египетской экспедиции Наполеона. Командир пехотной бригады в дивизии генерала Дезе. По пути в Египет, Бельяр участвует в захвате Мальты. В самом Египте он отличился в битве при Пирамидах, взятии Каира, в битве при Гелиополисе. Построенные в каре, пехотинцы Бельяра успешно отбивали атаки иррегулярной турецкой и мамлюкской кавалерии во многих сражениях и стычках. Бельяр получил чин дивизионного генерала от генерала Клебера, возглавившего армию после возвращения Бонапарта во Францию. Назначенный губернатором Каира, Бельяр, исчерпав возможности сопротивления превосходящим англо-турецко-мамлюкским силам, и, опасаясь многочисленного враждебно настроенного населения самого города, в середине 1801 года подписал с англичанами капитуляцию на почетных условиях и вернулся во Францию вместе со своими войсками на английских кораблях.