От 1970 година Музеят на град Скопие се помещава в обновената част от старата сграда на железопътната гара на града, която частично е разрушена от земетресението в Скопие в 1963 година. Една трета от сградата, която е останала относително запазена, е на разположение на музея и има площ от около 4500 m2, от които около 2000 m2 е изложбено пространство. В 1971 година отваря врати музейната библиотека.