В ходе избирательной кампании 1999 года «Яблоко» выступило против начала второй войны в Чечне, выдвинув план изоляции Чечни по линии Терека. Поскольку война была популярна в обществе, это повлекло снижение популярности и уменьшение числа голосующих за список. Получив на выборах 5,4 % голосов, «Яблоко» сформировало фракцию в составе 21 человека (3 человека были избраны по одномандатным округам). В течение созыва фракция постепенно уменьшалась. Член фракции Сергей Степашин был назначен Председателем Счетной Палаты, Елена Мизулина и Николай Травкин перешли во фракцию СПС, Петр Шелищ — во фракцию «Отечество».