במהלך המערכה בפולין שירת ברנדי על ה-M-1, תחת פיקודו של הנס בארטלס, וב-1 באוקטובר 1939 הועלה לדרגת אובר-לויטננט. ב-25 במאי 1940 מונה למפקד הספינה במקומו של בארטלס, והשתתף עמה במבצע וזריבונג. באפריל 1941 הוא הועבר לזרוע הצוללות, ובדצמבר אותה שנה נשלח לסיור קצר כמתלמד על הצוללת U-552. ב-9 באפריל 1942 הוא מונה למפקד הצוללת U-617, עמה ביצע 7 פשיטות מוצלחות, וב-1 באוקטובר אותה שנה הוא הועלה לדרגת קפיטן-לוטננט. ב-21 בינואר 1943 הוענק לו על פעולותיו עיטור צלב האבירים של צלב הברזל, וב-11 באפריל אותה שנה הוא קיבל תוספת עלי אלון לעיטור. ב-11 בספטמבר 1943 הוטבעה הצוללת שבפיקודו של ברנדי על ידי פצצות עומק שהוטלו ממטוס לוקהיד הדסון, מול חופי מלייה, מרוקו הספרדית, ויחד עם אנשי צוותו הצליח להגיע לחוף, שם הושמו במחנה מעצר ספרדי בקדיס. בעזרת הנספח הימי במדריד הצליח ברנדי לחזור לגרמניה, תוך שהוא מסתייע בדרכון מזויף על שם אלברט ברגמן. בדצמבר 1943 מונה ברנדי למפקד הצוללת U-380, עמה ביצע רק פשיטה אחת, ובאפריל 1944 הוא מונה למפקד הצוללת U-967. ב-9 במאי 1944 הוא קיבל על פעולותיו תוספת חרבות לעיטור צלב האבירים של צלב הברזל, וב-8 ביוני אותה שנה הוא הועלה לדרגת קורבטנקפיטן. בעקבות דלקת שקדים נאלץ ברנדי לפרוש מתפקידו, ושהה בחופשת החלמה עד ספטמבר 1944, ולאחר החלמתו מונה לקצין האדמירליות במפרץ פינלנד ובים הבלטי. ב-18 בדצמבר 1944 קיבל ברנדי על פעולותיו תוספת יהלומים לעיטור צלב האבירים של צלב הברזל, וב-3 בפברואר 1945 הוא מונה למפקד יחידת הצוללות הננסיות ה-5, עליה פיקד עד סוף המלחמה. ב-6 במאי 1945 נכנע ברנדי לכוחות הצבא הקנדי ונלקח בשבי, וזמן קצר לאחר מכן מונה למפקד מחנה השבויים בוולזן.