Zwischen 1525 und 1531 fand die Reformation auch in Wil ihre Anhänger. Mit dem Sieg der katholischen Orte in der Schlacht bei Kappel wurde diese Entwicklung 1531 wieder rückgängig gemacht. Die Herrschaft der Äbte ging erst 1798 zu Ende, als die Alte Eidgenossenschaft zusammenbrach und sich in der Folge das Fürstenland für unabhängig erklärte.