フレゼリク3世は三十年戦争に巻き込まれ、難しい領国経営を迫られた。フレゼリク3世は中立を保とうとしたが、これは本家筋であるデンマーク王家との連合関係を否定し、スウェーデンへと接近することを意味した。1643年に起ったトルステンソン戦争でフレゼリク3世はスウェーデン軍の領国通過を黙認し、デンマークを屈しさせた事でスウェーデンは北方の覇権を打ち立てた。1654年にスウェーデンのヴァーサ家が断絶し、神聖ローマ帝国諸侯のプファルツ家が王位を継承するとフレゼリク世3世はさらにスウェーデンとの友好関係強化を推し進め、フレゼリク3世は娘のヘトヴィヒ・エレオノーラをスウェーデン王カール10世に嫁がせた。フレゼリク3世は、野心的なカール10世がバルト海世界を征服しようとしたデンマーク戦争（北方戦争）を起こすと、スウェーデン軍の領国通過を再度黙認。1658年にスウェーデンはデンマークを一旦は屈服させたが、戦争は終結せず、翌年、諸外国の圧力によりスウェーデン軍は撤退した。フレゼリク3世は、デンマーク王フレデリク3世の軍に包囲されていたテニングの城で亡くなった。翌1660年にカール10世がデンマーク征服に失敗し病死すると、親スウェーデン派であったホルシュタイン＝ゴットルプ家の勢威は衰えた。