Han spelade i EM 1996 där han gjorde det enda målet i gruppspelsmatchen mot Turkiet. Han var även ordinarie i EM 2000 samt VM 2002. I EM 2004, som spelades i Portugal, blev han utnämnd till lagkapten och startade i premiären mot Grekland som Portugal förlorade. Efter det blev Couto petad resten av turneringen till förmån för Ricardo Carvalho Under 14 år i landslaget gjorde Couto totalt 110 landskamper.