In mei 1797 promoveerde Hardy tot commandeur van de HMS "Mutine". In deze hoedanigheid geraakte Hardy betrokken bij de Franse mediterrane campagne van 1798. Onder Hardy's bevel vervoegde de HMS "Mutine" de vloot van Thomas Troubridge, die zich op zijn beurt bij Horatio Nelson voegde nabij Toulon in juni 1798. Rond die tijd werd de exacte locatie van Napoleon Bonaparte achterhaald, waarop de Britten koers zetten naar Egypte, waar zij uiteindelijk nog voor de Fransen arriveerden. Eenmaal Hardy in Egypte aankwam, waarschuwde hij de lokale Ottomaanse gouverneur voor de aankomende Fransen. Die sloeg deze berichten echter in de wind. In de Baai van Aboukir kwam het vervolgens op 1 augustus 1798 tot een heuse zeeslag tussen de Britten en de Fransen, de Slag bij de Nijl. De Franse vloot onder leiding van François Paul de Brueys d'Aigalliers werd er verslagen. Nadien stuurde Nelson zijn vlaggenkapitein Edward Berry naar huis. Nelson benoemde Hardy als diens opvolger. Op die manier kreeg Hardy het bevel over de HMS "Vanguard", op 2 oktober 1798.