Дюбуа выступил автором множества книг, включая три автобиографии. Так, в книге (сборнике статей) «» ("The Souls of Black Folk", 1903) он выступил против социального неравенства, а в своей работе «Джон Браун» ("John Brown", 1909) описал деятельность белого аболициониста, боровшегося против рабовладельцев с оружием в руках. В 1911 году Дюбуа опубликовал свой первый роман «Серебряное руно» ("The Quest of the Silver Fleece"). Труд «Чёрная реконструкция в Америке» ("Black Reconstruction in America") стал знаковым в историографии реконструкции Юга. Труды Дюбуа объединены в 40-томное Полное собрание сочинений.