עם הפלישה לאפגניסטן חיוו אנשי משרד המשפטים את דעתם לפיה אמנות ז'נבה אינן חלות על אנשי אל-קאעידה והטליבאן, משום שאפגניסטן אינה מתפקדת כמדינה, ואין לראות בכוחות הלוחמים בה צבא סדיר. חרף התנגדות מחלקת המדינה, אומצה חוות הדעת, והצבא לא נהג בשבויים שלכד באפגניסטן כשבויי מלחמה. בתחילה הוחזקו העצורים במחנות מעצר שהוקמו באפגניסטן, ולאחר מכן הועברו לבסיס הצי האמריקני במפרץ גואנטנמו. מיקום זה נבחר בשל פסיקת בית המשפט העליון של ארצות הברית מ-1950 ולפיה אין האזור, שהוא מובלעת אמריקנית בקובה מכוח תיקון פלאט, מצוי בסמכות שיפוטם של בתי המשפט של ארצות הברית. בית המשפט הפך פסיקה זו בשנת 2004.