Op 25 mei 1809 werd hij aangesteld tot de allereerste president van de politie van Berlijn. Hier bekwaamde hij zich in het opzetten en ontwerpen van een centrale politie-administratie. Door zijn verdienste als president van de politie werd Gruner in 1811 benoemd tot Geheimraad en zette hij op staatsniveau een geheime politiedienst op. Teleurgesteld over het bondgenootschap tussen Pruisen en Napoleon Bonaparte nam hij in 1812 ontslag en bood hij zijn diensten aan bij tsaar Nicolaas I van Rusland om een anti-Napoleontische informatienetwerk op te richten. Deze ging daarmee akkoord en voorzag Gruner van de nodige financiële middelen om diens netwerk op te bouwen. Gruner verhuisde naar Praag om vanaf daar zijn netwerk te kunnen uitbouwen. Hij werd door zijn Pruisische collega's verraden aan Oostenrijk en werd vervolgens in opdracht van Klemens von Metternich opgepakt en vastgezet in Petrovaradin. Nadat Oostenrijk zich schaarde aan de zijde van de Russisch-Pruisische alliantie in 1813 werd hij weer vrijgelaten.