Anschließend schrieb sich Boeser im Herbst 2015 an der University of North Dakota ein, für deren "Fighting Hawks" er fortan am Spielbetrieb der National Collegiate Athletic Association (NCAA) teilnahm. Zudem vertrat er die U20-Nationalmannschaft der USA über den Jahreswechsel bei der U20-Weltmeisterschaft 2016 und errang dort mit dem Team die Bronzemedaille. Die Fighting Hawks führte Boeser indes in Toren (27) sowie Punkten (60) an und erreichte ebenfalls Platz drei der Scorerliste der gesamten NCAA, sodass er ins "First All-Star Team" sowie "All-Rookie Team" der National Collegiate Hockey Conference (NCHC) gewählt und darüber hinaus als Rookie des Jahres der Liga ausgezeichnet wurde.