לקיצוניותו האידאולוגית של אתאסי היה חלק בלתי מבוטל בדינמיקה שהובילה לפרוץ מעשי האיבה בין סוריה וישראל ביוני 1967 (ראו מלחמת ששת הימים). התבוסה במלחמה זו, שהמיטה זעזוע כבד על המערכת הפוליטית בסוריה, קרעה קרע משמעותי בהנהגה הסורית, כשאסד מחד וג'דיד ואתאסי מאידך מחליפים ביניהם האשמות בדבר האחריות לתבוסה במלחמה. ב-16 בנובמבר 1970, ביצע אסד הפיכה צבאית משל עצמו ("מהפכת התיקונים"), במהלכה נעצרו ג'דיד ואתאסי. אתאסי צפה הפיכה זו ותכנן לפטר את אסד ומקורבו, רמטכ"ל הצבא הסורי מוסטפא טלאס, אולם אסד פעל ראשון. אתאסי נותר בכלא בין השנים 1970–1980, ולאחר מכן הועבר לכלא מזה. בשנת 1992 שוחרר בעקבות בריאות לקויה ונשלח לטיפול בפריז במימון ממשלת צרפת, אולם הוא מת זמן קצר לאחר מכן.