У средњем вијеку, Акропољ је био у улози тврђаве града. За вријеме крсташких похода, Атина је пала под франачку окупацију која је трајала више од два вијека, од 1204. до 1456. године. Пропилаји су тада претворени у сједиште и пребивалиште франачког владара. У периоду Османског царства (1456—1833), Пропилаји су постале сједиште команданата турских војних трупа. Млечани, под Мороцинијем су опсједали Акропољ 1687. године, и 26. септембра су бомбардовали и уништили Партенон, који је тада служио као магацин муниције Отоманске војске. Лорд Елџин је проузроковао најозбиљнију штету у периоду између 1801. и 1802. године, односећи комплетну скулптуралну декорацију Партенона, храмова Атине Нике и Ерехтејона, коју је касније продао Британском музеју у Лондону. Акропољ су Грци коначно повратили 1833. године, за вријеме Грчког рата за независност. Акропољ је мјесто гдје је Одисеј Андроутсос унапријеђен у првог војсковођу нове грчке војске.