På grunn av første verdenskrig ble jernbaneselskapene i USA underlagt myndighetenes styring i 1918. Etter at kontrollen ble returnert til de respektive selskapene våren 1920, var det oppgangstider og økning i både gods og passasjertrafikk. Trafikkøkningen bare fortsatte, og i 1924 var kapasiteten på FECs linjenett sprengt. Styret besluttet å legge dobbelspor fra Jacksonville til Miami og installere automatisk blokksignalsystem, et arbeide som ble fullført i 1926. I 1925 ble også en lenge planlagt innkorting av hovdlinjen realisert; Moultrie cut-off. Det nye sporet tok av like sør for St. Augustine og kom innpå igjen ved Bunnell. Dette reduserte avstanden mellom Jacksonville og Miami med omtrent 32 km (20 miles). Sporet via East Palatka ble mindre brukt og etterhvert nedlagt. I august 1925 var arbeidet med dobbelsporet i full gang, og etterspørselen etter transport bare økte på. FEC så seg tvunget til å innføre stopp i all godstrafikk for at passasjertogene skulle komme frem. Bare godstog med spesiell tillatelse ble sluppet igjennom. 1926 ble et godt år for FEC, men i 1927 var økningen stoppet opp. I 1929 tapte selskapet 1,3 millioner dollar – mye på grunn av gjeldsbyrden det hadde pådratt seg under de foregående hektiske årene med store investeringer. Selskapet kuttet ned på togfrekvensene, la ned sidebaner og kvittet seg med lokomotiver og annet rullende materiell, men effektene etter krakket på New York-børsen høsten 1929 gjorde at FEC var ute av stand til å betale kreditorene sine. 1. september 1931 ble selskapet slått konkurs og satt under administrasjon.