Die Uneinigkeit der Regenten führte zum Bürgerkrieg und gipfelte in der Schlacht von Sekigahara im Jahre 1600. Die Truppen des Toyotomi-Clans wurden von Ishida Mitsunari in die Schlacht geführt und fast vollständig aufgerieben. Ishida und sein Klan wurden ausgelöscht, Toyotomi jedoch wurde von Tokugawa Ieyasu verschont. Er konnte weiterhin auf Burg Ōsaka leben und war offiziell immer noch der Erbe, aber nur dem Namen nach, da Tokugawa Ieyasu ab 1603 die Würde des Shōguns innehatte und damit die Edo-Zeit begann. Toyotomi vertrieb sich indes die Zeit mit dem Studium der Kalligrafie.