Mitsotakis va néixer al barri de Halepa, Khanià, Creta, en el si d'una poderosa família política, vinculada a Elefthérios Venizelos per ambdues bandes. El seu avi Kostís Mitsotakis (1845-1898), advocat, periodista i durant un breu període diputat per la Creta otomana, va fundar el Partit Liberal, a continuació "Partit dels peus descalços" () amb Venizelos, i es va casar amb la germana d'aquest últim, Katigo Venizelou, l'àvia de Konstandinos. El Pacte de Halepa de 1878, que garantia un cert nivell d'autonomia a la Grècia Otomana, va ser signat a casa seva. El seu pare, Kiriakos Mitsotakis (sènior) (1883–1944), també diputat per Khanià al Parlament Hel·lènic (1915–20) i líder dels voluntaris de Creta a la Primera Guerra Balcànica, es va casar amb Stavroula Ploumidaki, filla de Kharàlampos Ploumidakis, primer alcalde cristià de Khanià i diputat en l'època de la República de Creta, al se torn cosí germà d'Elefthérios Venizelos.