ב-1656 מת ז'ואאו הרביעי. בנו הבכור, אפונסו השישי, עלה לכס המלוכה. מפאת היותו בן 13, נאלצה אמו, לואיסה דה גוסמן, לשמש בתפקיד עוצרת. ב-1662 החל אפונסו השישי לשמש רשמית כמלך פורטוגל. בשנת 1659, עם תום מלחמתה של ספרד עם צרפת, תקפו הספרדים את פורטוגל, כדי להחזיר את כס מלכות פורטוגל למלכי בית הבסבורג (מלחמת השבת הכתר הפורטוגלי). הספרדים כבשו את אלוואס (Elvas). בתגובה, תקפו כוחות אנגליים ופורטוגלים את חילות ספרד. ב-1665 מת מלך ספרד, פליפה הרביעי, המונרך האחרון מבין מלכי בית הבסבורג שהחזיקו גם בתואר מלך פורטוגל. עקב הפגיעה המשמעותית בכוחות הספרדיים, נאלצו אלה לחתום ולאשרר את הסכם ליסבון, לפיו על ספרד להכיר בעצמאותה של פורטוגל. סאוטה נשארה בידיים ספרדיות. לאחר הניצחון על ספרד צורף לשמו של אפונסו השישי הכינוי "המנצח" (פורטוגלית: "O vitorioso").