Első csapatával, a Sampdoriával bajnok lett, valamint a KEK-et is megnyerte. Az olasz kupát háromszor nyerte meg. Hét év alatt összesen 198 bajnokin szerepelt, majd 1994-ben az Interhez igazolt. A kék-feketékkel szintén összejött egy nemzetközi siker, amikor UEFA-kupát sikerült elhódítania. Az olasz házidöntőben, a Lazio ellen Pagliuca csapatkapitányként vezethette ki az Intert a döntőben.