Nach Beendigung seiner aktiven Radsportkarriere absolvierte Gisiger, der vier Sprachen fliessend spricht, eine Trainerausbildung in Frankreich und war in Neukaledonien, dem Geburtsland seiner Frau, als Verbandstrainer tätig. Anschließend arbeitete er als Trainer im Centre Mondial du Cyclisme des Weltradsportverbandes Union Cycliste Internationale in Aigle, aber die Zusammenarbeitet endete im Streit. Seit 2007 ist Gisiger Nationaltrainer der Schweizer Bahn-Mannschaft. Unter seiner Ägide errang der Schweizer Bahn-Vierer bei den UEC-Bahn-Europameisterschaften 2015 die Silbermedaille, und im selben Jahr wurde der Fahrer Stefan Küng Weltmeister in der Einerverfolgung.