Unter Leo III. gehörte Pergamon zum Thema Thrakesion, seit Leo VI. zum Thema Samos. Es litt zwar während des Vormarschs der türkischen Seldschuken nach Westanatolien nach der Schlacht von Manzikert 1071, blieb aber unter der byzantinischen Dynastie der Komnenen eine wohlhabende Stadt. Unter Isaak Angelos wurde der Ort zum Erzbistum, nachdem er vorher Suffraganbistum von Ephesus war. Nach der Eroberung Konstantinopels 1204 im vierten Kreuzzug wurde Pergamon Teil des Kaiserreichs Nikaia.