לאחר שובו אל הרפובליקה הפולנית השנייה, כעת מדינה הנלחמת לעצמאות, הועברו האלר וחייליו לגליציה המזרחית, בקו החזית הפולני-אוקראיני. האלר קיבל את הפיקוד על החזית במלחמת פולין–אוקראינה באוקטובר. לאחר מכן הוא שאף להבטיח את פומרניה, השטח שהוענק לפולין על פי הוראות חוזה ורסאי. ב-10 בפברואר 1920 ערכו האלר וחבריו הקצינים טקס סמלי של "חתונת" פולין והים הבלטי. במהלך המתקפה הבולשביקית בשנת 1920, "הגנרל הכחול" כפי שנודע השתתף באופן פעיל בהגנת המדינה. הוא מונה למפקח הכללי של צבא המתנדבים, אותו עזר להקים. לאחר מכן פיקד על קו החזית הצפון-מזרחי והגן על הבירה ורשה.