Pires hat 79 Länderspiele für Frankreich bestritten. Sein Debüt gab er am 31. August 1996 gegen Mexiko. Pirés wurde 1998 Weltmeister, 2000 Europameister und gewann 2001 sowie 2003 den Konföderationen-Pokal. 2001 wurde er als bester Spieler dieses Wettbewerbs ausgezeichnet.