Svanite le speranze di un accordo con i riformatori, l'imperatore Carlo V si decise alla guerra contro la Lega di Smalcalda, la prima delle guerre di religione che devasteranno l'Europa per almeno un secolo. Il conflitto terminò nel 1555 con la Pace di Augusta, che sancì definitivamente la divisione religiosa della Germania. Tre furono le clausole principali: "Cuius regio, eius religio": il Principe poteva scegliere liberamente a quale religione appartenere, i sudditi o la accettavano o dovevano emigrare in un altro Stato; "Reservatum ecclesiasticum": i Principi che avrebbero in seguito abbandonato il cattolicesimo avrebbero perso tutti i loro beni; "Declaratio secreta": per compensare il "reservatum", in un accordo segreto venne riconosciuto ai nobili, alle città e ai villaggi che da anni avevano abbracciato il luteranesimo, il diritto di restare liberamente nella loro fede.