Im Jahr 2003 wurde er in Sierra Leone erstmals Trainer einer Nationalmannschaft. Das wichtigste Ziel in dieser Funktion war die Qualifikation für den Afrika-Cup 2004 in Tunesien. Diese wurde allerdings knapp verpasst, nachdem Sierra Leone in der Qualifikation in einer Gruppe mit Marokko, Gabun und Äquatorialguinea nur den zweiten Platz hinter Marokko belegte und damit ausschied. Daraufhin wurde Nogueira entlassen.