Pierwszy medal na arenie międzynarodowej Manabu Horii wywalczył w 1994 roku, kiedy podczas igrzysk olimpijskich w Lillehammer zajął trzecie miejsce w biegu na 500 m. W zawodach tych wyprzedzili go jedynie dwaj nie: Aleksandr Gołubiew oraz Siergiej Klewczenia. Brał także udział w igrzyskach w Nagano w 1998 roku oraz rozgrywanych cztery lata później igrzyskach w Salt Lake City, ale plasował się poza czołową dziesiątką. W 1996 roku zdobył brązowy medal na mistrzostwach świata w wieloboju sprinterskim w Heerenveen, przegrywając tylko z Klewczenią i swym rodakiem, Hiroyasu Shimizu. Rok później zdobył złoto podczas mistrzostw świata na dystansach w Warszawie, wyprzedzając Rogera Strøma z Norwegii i Hiroyasu Shimizu. Łącznie 52 razy stawał na podium zawodów Pucharu Świata, odnosząc przy tym 22. zwycięstwa. W &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20%C5%82y%C5%BCwiarstwie%20szybkim%201995/1996"&gt;sezonie 1995/1996&lt;/a&gt; był najlepszy w klasyfikacji końcowej PŚ na 500 m, a w sezonach &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20%C5%82y%C5%BCwiarstwie%20szybkim%201992/1993"&gt;1992/1993&lt;/a&gt;, &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20%C5%82y%C5%BCwiarstwie%20szybkim%201993/1994"&gt;1993/1994&lt;/a&gt; i &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20%C5%82y%C5%BCwiarstwie%20szybkim%201996/1997"&gt;1996/1997&lt;/a&gt; był drugi. Ponadto w sezonie 1996/1997 wygrał klasyfikację końcową PŚ na dystansie 1000 m. Ustanowił trzy rekordy świata.