Selepas SMA, Prijanto melanjutkan kuliah di Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Malang Fakultas Keguruan Eksakta pada tahun 1970. Namun, belum tuntas menyelesaikan pendidikan di kampus calon guru itu, pada tahun 1972 Prijanto pindah ke AKABRI dan lulus pada tahun 1975. Selama di militer, Prijanto pernah terlibat aktif dalam Operasi Seroja di Timor Timur pada tahun 1978.