ג'ונסון סיים את הקריירה הצבאית שלו בתפקיד הכפול של מפקד פיקוד התובלה של ארצות הברית וכמפקד האחרון של פיקוד ההתובלה האווירית הצבאית וכמפקד הראשון של פיקוד התובלה של חיל האוויר של ארצות הברית. הכוחות שהיו תחת פיקודו סיפקו את כל פעילות התובלה האווירית וביצעו את כל המבצעים המיוחדים בפלישה האמריקאית לפנמה ובמלחמת המפרץ, שכללו הובלת כוחות, ציוד ואספקה אל המפרץ הפרסי וממנו במה שהיה מהלך התובלה המרוכז ביותר בהיסטוריה הצבאית של ארצות הברית.