Avec la fondation du championnat biélorusse indépendant après la disparition de l'URSS en 1991, la ville de Borisov est alors représentée par l'équipe du "Berezina" qui se renomme rapidement "Folmalgaout" en 1994. Celle-ci connaît cependant de grandes difficultés financières et est dissoute en 1996. Pour pallier cette disparition, le club du BATE est relancé à nouveau la même année à l'initiative de Nikolaï Boussel, directeur de l'usine éponyme. Cette nouvelle itération est formellement fondée le 12 avril 1996, avec Anatoli Kaspi en tant que président et Iouri Pountous comme entraîneur principal, et intègre dans la foulée la troisième division biélorusse, où elle termine largement première avec une seule défaite en vingt-huit matchs. avant d'enchaîner une deuxième promotion d'affilée l'année suivante en terminant vice-champion de la deuxième division derrière le FK Homiel.