Після нападів 11 вересня 2001 року Конгрес прийняв Закон про національну безпеку 2002 року, який створив Міністерство національної безпеки для кращої координації між різними федеральними агенціями, які займаються правоохоронною діяльністю, ліквідацією наслідків катастроф, захистом кордону та цивільною обороною. FEMA була переведена до складу цього міністерства 1 березня 2003 року. В результаті, FEMA перетворилась на частину Директорату готовності та реагування на надзвичайні ситуації Міністерства національної безпеки, де працювали понад 2600 штатних працівників, але знову стало Федеральним агентством з надзвичайних ситуацій 31 березня 2007 року, при цьому все одно залишившись в Міністерстві національної безпеки.