Ekim 2007'de Afrika Uluslar Kupası elemelerinde, Togo'yu yenen Mali'den Kanouté ve takım arkadaşı Mamady Sidibé Togolular tarafından saldırıya uğramıştır. Frédéric Kanouté, 2010 Afrika Uluslar Kupası'nda Mali elendikten sonra ise millî takımdan emekliliğini duyurmuştur.