Die &lt;a href="Biathlon-Weltcup%201998/1999"&gt;Saison 1998/99&lt;/a&gt; schloss Apel als Achte ab. Zum Abschluss der Saison konnte sie in Val Cartier einen dritten Rang in der Verfolgung und in Oberhof einen zweiten Rang erringen. Sie holte mit der Staffel bei der WM 1999 in Kontiolahti wieder die Goldmedaille. Im Weltcup 2000 in Ruhpolding wurde sie mit nur 1,8 Sekunden Vorsprung Zweite vor Santer und in der Gesamtwertung Zehnte. Bei der WM 2000 in Oslo konnte sie erneut überzeugen. Sie holte im Sprint und mit der Staffel die Silbermedaille. In der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202000/2001"&gt;Saison 2000/01&lt;/a&gt; kam sie in Osrblie und Ruhpolding auf den dritten Rang im Sprint. Mit der deutschen Staffel holte sie bei der WM 2001 die Silbermedaille. Am Ende der Saison 2001/02 kam sie in der Gesamtwertung auf den fünften Rang, und sie feierte den ersten Sieg im Sprint und in der Verfolgung von Lahti. Bei den Olympischen Winterspielen 2002 in Salt Lake City errang sie wieder die Goldmedaille mit der Staffel. Als Startläuferin musste sie in die Strafrunde, was ihr seit zwei Jahren nicht mehr passiert war. In der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202002/2003"&gt;Saison 2002/03&lt;/a&gt; wechselte sie vom WSV Oberhof zum SV Eintracht Frankenhain. In der Gesamtwertung landete sie auf dem 20. Rang, bei der WM 2003 in Chanty-Mansijsk war der 18. Rang im Sprint ihr bestes Ergebnis, in der Staffel kam sie nicht zum Einsatz.