El 21 de juliol del 1864, Prat donà la prova de teoria i pràctica necessària per passar de guàrdia marina sense examen a guàrdia marina examinat, que va aprovar destacadament. Aquell mateix any es produïren incidents que desembocaren en la guerra contra Espanya, detonada per la desaprovació xilena de l'ocupació de les illes Chincha, pertanyents a Perú, per l'estol espanyol. Declarada la guerra, fou el baptisme de foc per Prat i els seus companys.