С распространением войны на бо́льшую часть Европы «Вильгельм Густлофф» сначала принимал раненых во время норвежской кампании летом 1940 года , а затем готовился к транспортировке войск в случае вторжения в Великобританию. Однако вторжение не состоялось и судно отправили в Данциг, где долечивались последние 414 раненых, а корабль ожидал направления на последующую службу. Однако служба судна как военного госпиталя закончилась — по решению руководства ВМФ его приписали к школе подводников в Готенхафене. Лайнер опять перекрасили в серый камуфляжный цвет, и он потерял защиту Гаагской конвенции, которую имел раньше.