Nel campionato del ritorno in A, dopo un avvio in sordina, riesce a rendersi decisivo per la salvezza del Chievo segnando 13 reti, uguagliando il suo stesso record. Il 5 aprile 2009 realizza la prima tripletta in A, consentendo ai veronesi di pareggiare sul campo della . Tra le stagioni 2009-2010 e 2010-2011 mette a segno 21 reti in campionato, 11 per stagione, contribuendo a tranquille salvezze di metà classifica dal parte del club. Nella partita con il del 2 febbraio 2012, vinta per 2-1, mette a segno la centesima marcatura in gialloblù e termina la stagione con 8 reti segnate. Alla prima giornata del campionato 2012-13 festeggia le 300 presenze in A con un gol al e termina il campionato prematuramente dopo aver collezionando 24 presenze e 5 reti a causa di un grave infortunio. La stagione successiva è molto complicata per il recordman clivense: il tecnico Eugenio Corini, suo compagno di squadra nei primi anni 2000, lo esclude infatti dalla squadra titolare, relegandolo ad allenarsi con la primavera anziché con la prima squadra e inserendolo solamente in alcuni spezzoni finali di partita dove segna appena 1 rete decisiva contro l’. Al termine della stagione, dopo il rinnovo del contratto di Corini, Pellissier dichiara di voler lasciare il Chievo perché deluso dalla mancanza di fiducia dell’allenatore e della società nei suoi confronti.