Walter Smithin siirryttyä yllättäen Rangersin päävalmentajaksi tammikuussa 2007, McLeishille tarjottiin tilaisuutta ryhtyä Skotlannin maajoukkueen päävalmentajaksi. Sopimus virallistettiin 29. tammikuuta ja McLeishista tuli Skotlannin maajoukkuevalmentaja. McLeish jatkoi Smithin työtä skottien peräsimessä menestyksekkäästi ja joukkueella oli mahdollisuudet EM-kisapaikkaan 2008. Ratkaisevassa ottelussa Glasgow'ssa Skotlanti kuitenkin hävisi Italialle 2–1 ja jäi lohkon kolmanneksi. McLeish ilmoitti 27. marraskuuta 2007 jättävänsä maajoukkueen päävalmentajan tehtävät.