ב-29 בנובמבר 1941 עזבה קונגו את מעגן הצי בהשירג'ימה ביחד עם אוניית המערכה הרונה, כחלק מהכוח הדרומי בפיקודו של תת-אדמירל נובוטאקה קונדו. ב-4 בדצמבר הפליג הכוח מול חופי סיאם ומלאיה כהכנה להתקפה שתוכננה להיערך מספר ימים לאחר מכן. לאחר שמטוסים יפנים השמידו את אוניית המערכה הבריטית אה"מ פרינס אוף ויילס ואת סיירת הקרב אה"מ ריפאלס עזבו קונגו ואוניות המערכה האחרות את הזירה, ועברו לסייע לכוחות הצבא היפני הקיסרי בכיבוש הפיליפינים. כחודש לאחר מכן השתתפה קונגו בכיבוש איי הודו המזרחיים, ואף בהפצצת צפון אוסטרליה במרץ.