С началом войны полковник Шварев находился на прежней должности. Полк под его командованием в составе Западного фронта принимал участие в боевых действиях в ходе приграничного сражения в Белоруссии и Смоленского сражения. С августа 1941 года после полученного тяжёлого ранения находился на лечении в госпиталях в Москве и Тбилиси. С выздоровлением в ноябре назначен на должность заместителя командира 79-й отдельной стрелковой бригады (Северокавказский военный округ), которая после включения в состав Отдельной Приморской армии с января 1942 года принимала участие в боевых действиях под Севастополем. В апреле Шварев был назначен на должность командира 388-й стрелковой дивизии, которая в составе этой же армии Крымского фронта также вела оборонительные боевые действия в районе Севастополя.