1968ナシオナルではアルゼンチン代表でもエースストライカーであったカルロス・ビアンチが活躍し、初のリーグ優勝を果たした。その後は優勝から遠ざかったが、1991年にはコパ・アメリカ優勝の立役者となったオスカル・ルジェリが南米年間最優秀選手賞を受賞した。1993年にビアンチが監督に就任すると、キーパーのホセ・ルイス・チラベルトやホセ・バスアルドやロベルト・トロッタを中心としたチームは1993クラウスーラで25年ぶりのリーグ優勝を遂げた。クラブの黄金期は1990年代であり、4つの国内タイトルと5つの国際タイトルを獲得している。1994年のコパ・リベルタドーレス決勝では前年度覇者のサンパウロFC（ブラジル）と対戦して勝利し、同年のトヨタカップではACミラン（イタリア）を2-0で破った。1995アペルトゥーラ、1996クラウスーラでもリーグ優勝し、1996年にはスーペルコパ・スダメリカーナで優勝した。ビアンチ監督は1996年に退いたが、1997年にはレコパ・スダメリカーナで優勝し、1998クラウスーラでは5度目のリーグ優勝を果たした。1991年から2000年まで在籍したチラベルトは南米チーム・オブ・ザ・イヤーに6度選出され、1996年には南米年間最優秀選手賞を受賞した。2009クラウスーラでも優勝争いに加わり、CAウラカンに次ぐ2位で最終節の直接対決を迎えた。ウラカン戦では雹が降って試合が一時中断するなどしたが、後半38分にマキシミリアーノ・モラレスが決勝点を挙げ、逆転で劇的なリーグ優勝を決めた。なお、判定への抗議などで試合が中断したため、この試合が終わったときに時計は後半60分を指していた。