У збірній СРСР дебютував 11 вересня 1990 року в переможному (2:0) поєдинку проти Норвегії. За збірну України зіграв 3 гри. Дебютував 29 квітня 1992 року в товариському матчі зі збірною Угорщини (1:3). Це був перший матч в історії збірної України. Перед матчем Юрію, як чинному на той момент капітану базового клубу національної збірної — одеського «Чорноморця», було запропоновано вивести команду на гру з капітанською пов'язкою. Однак, Никифоров відмовився, заявивши, що одна справа клуб, інше — збірна. Один з футболістів збірної Росії, чий підпис стояв під «Листом чотирнадцяти». У 1994 році отримав запрошення від Павла Садирина на Чемпіонат світу в США. Виступав там у всіх трьох поєдинках Росії: програних (0:2) з Бразилією та зі Швецією (1:3), а також у виграному (6:1) з Камеруном. У 1996 році на Євро 96 зіграв у двох матчах: з Німеччиною (0:3) та Чехією (3:3).