במונדיאל 1990 פלר היה חלק מנבחרת מרשימה במיוחד מבחינה התקפית, שכללה גם את תומאס הסלר, יורגן קלינסמן, פייר ליטבארסקי וקרל היינץ רידלה. פלר הבקיע שלושה שערים בטורניר זה, כולם בשלב הבתים, והנבחרת המערב גרמנית זכתה לבסוף במונדיאל, לאחר ניצחון 1:0 במשחק הגמר על נבחרת ארגנטינה, בשחזור היריבות של גמר מונדיאל 1986. פלר שיחק בגמר זה 90 דקות, וסחט את הפנדל בדקה ה-83, אותו תרגם אנדראס ברמה לשער הניצחון של גרמניה המערבית. על הצלחתו של פלר במונדיאל זה העיבה תקרית בה הורחק כבר בדקה ה-21 של שמינית הגמר מול נבחרת הולנד, ביחד עם פרנק רייקארד, לאחר תקרית אלימה בין שני השחקנים, בה רייקארד תיקל את פלר בחריפות וספג כרטיס צהוב. כאשר התמקם רייקארד לקראת הבעיטה החופשית, הוא ירק על רעמתו של פלר, שהתלונן בפני השופט, וספג בגין זאת כרטיס צהוב אף הוא. במהלך הבעיטה החופשית, נדמה היה כי פלר צלל ברחבה כדי למנוע התנגשות עם השוער ההולנדי הנס ואן ברויקלן, אך ואן ברויקלן סבר כי פלר ניסה לסחוט פנדל במרמה ומחה על כך בפני השופט, ורייקארד שוב ניגש לפלר, משך באוזנו ודרך על כף רגלו. פלר ורייקארד הורחקו שניהם בכרטיס אדום בגין האירועים, כשלאחר ההרחקה רייקארד ירק על פלר פעם נוספת. בגין זאת, פלר החמיץ את רבע הגמר. בהמשך, רייקארד התנצל בפני פלר, שקיבל את התנצלותו.