Alcanzó la fama en su país al participar en la reconquista de Sudán para la Corona británica entre 1886 y 1899, de nuevo como ayuda de campo. Ingresó en la Orden del Baño y fue nombrado "Sirdar" del ejército Anglo-Egipcio, al que dirigió en la Batalla de Omdurmán contra los sudaneses el 2 de septiembre de 1898. La victoria anglo-egipcia se debió en gran medida a las facilidades creadas por la construcción de líneas férreas en la zona que el propio Kitchener había promovido.