In dem nun folgenden Thronfolgekrieg, der sogenannten Anarchie, blieb Nigel zunächst ein Unterstützer von Matilda. Am 3. März 1141 war er in Winchester, als Matilda dort feierlich in die Kathedrale einzog. Danach gehörte er zum Gefolge Matildas, als diese über Oxford nach London zog. Obwohl Stephan in ihre Gefangenschaft geraten war, konnte sie jedoch ihre Herrschaft nicht durchsetzen und musste sich wieder nach Oxford zurückziehen. Matilda setzte Nigel wieder als Bischof ein. Nachdem sie jedoch im November 1141 den König im Austausch gegen ihren gefangenen Bruder Robert of Gloucester wieder freilassen musste, schickte der König daraufhin Geoffrey de Mandeville, den er inzwischen zum Earl of Essex erhoben hatte, sowie den Earl of Pembroke gegen Bischof Nigel. Daraufhin unterwarf sich Nigel und wurde vom König begnadigt. Die nächsten Handlungen Nigels während des Thronfolgekriegs sind nicht sicher belegt. Im März 1143 nahm er an einer königlichen Ratsversammlung in London teil. Dort musste er sich wegen der Anklagen eines Beamten namens "Vitalis" rechtfertigen, den Nigel wegen Simonie entlassen hatte. Wenig später wollte er sich anscheinend wieder Matilda anschließen, als er in Wareham von königlichen Rittern überrascht und ausgeplündert wurde. Geoffrey de Mandeville besetzte daraufhin erneut die Isle of Ely.