Am 21. Juli 1798 sprach Lavalette vor der ägyptischen Hafenstadt Abukir den die französische Flotte führenden Admiral François-Paul Brueys d’Aigalliers, fand ihn niedergeschlagen und über seine Lage in Unruhe. Dann fuhr er weiter, bestand in der Nilmündung einen heftigen Sturm und ging in Kairo an Land. Dort berichtete er Napoleon, dass die Flotte noch vor Abukir liege. Er verließ den General fast nie, teilte dessen Gefahren, wohnte den heftigsten Schlachten bei, gehörte zu Napoleons engsten Vertrauten und war gewöhnlich dessen Vorleser. Nachdem er bei Salahieh gefochten hatte, überbrachte er Napoleon die Nachricht vom Untergang der Flotte in der Seeschlacht bei Abukir (1./2. August 1798), von der er zuerst erfahren hatte; Napoleon teilte sie mit großer Ruhe den Offizieren mit.