14 жовтня 1962 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Угорщини у матчі проти збірної Югославії. У складі збірної Бене, на відміну від виступів у клубі, де він грав центрфорвардом, частіше виступав на місці правого крайнього нападника, оскільки місце центрального нападника було зарезервовано за найкращим футболістом Угорщини 60-х років XX століття Флоріаном Альбертом. У складі збірної був учасником чемпіонату Європи 1964 року в Іспанії, на якому команда здобула бронзові нагороди, а Бене — звання найкращого бомбардира фінального турніру. У 1966 році брав участь у фінальному турнірі чемпіонату світу з футболу в Англії. На цьому турнірі Бене зумів відзначитися у переможному для угорців матчі зі збірною Бразилії, а команда Угорщини дойшла до чвертьфіналу, де поступилася радянській збірній. У 1972 році Ференц Бене виступав у складі збірної у фінальному турнірі чемпіонату Європи з футболу у Бельгії. Протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 18 років, провів у формі головної команди країни 76 матчів, забивши 36 голів.