Το 499 π.Χ. ξέσπασε η Ιωνική Επανάσταση την οποία ο Δαρείος κατέπνιξε με συνεχόμενες αποστολές στρατηγών και ύστερα από πολλές μάχες και πολιορκίες το 493 π.Χ.. Ο Δαρείος Α' ήταν αυτός που ξεκίνησε την εκστρατεία των Περσών εναντίον των αρχαίων Ελλήνων που ήταν ο πρώτος από τους Περσικούς Πολέμους για να τιμωρήσει τους Αθηναίους και τους Ερετριείς, που βοήθησαν τους Ίωνες να ξεσηκωθούν. Η πρώτη εκστρατεία του γαμπρού του, του στρατηγού Μαρδόνιου απέτυχε καθώς καταστράφηκε ο στόλος στο ακρωτήρι Άθως και ο στρατός ηττήθηκε από τους Βρύγες, θρακικό βαρβαρικό φύλο. Η δεύτερη εκστρατεία του, με επικεφαλής τον Δάτη και τον Αρταφέρνη, ηττήθηκε στη μάχη του Μαραθώνα, το 490 π.Χ., εναντίον της Αθήνας του Μιλτιάδη.