El tema de Cefalònia es menciona freqüentment en un context de guerra durant els segles IX-XI. L'any 809, l'estrateg Pau va derrotar una flota veneciana davant de Dalmàcia. L'any 880, l'almirall Nasar va vèncer, en una batalla estratègica, a una flota pirata àrab que saquejava les illes del tema. Les tropes de Cefalònia posteriorment van participar en una ofensiva bizantina contra Itàlia. Els mardaïtes de Cefalònia van participar en una expedició fallida l'any 949 contra l'Emirat de Creta. Es menciona per última vegada un estrateg de Cefalònia l'any 1011, quan Kontoleon Tornikios va ser enviat a Itàlia a reprimir una revolta dels longobards. Quan l'Imperi Romà d'Orient va perdre el sud d'Itàlia cap a mitjans del , el tema va perdre importància i va quedar sota el comandament de governadors civils que portaven el títol de "krites" (jutges).