Zu Beginn des Zweiten Weltkriegs wurde Kolpaktschi zum Stabschef der 18. Armee ernannt, die auf der Grundlage des Kommandos des Militärbezirks Charkow gebildet wurde. Die 18. Armee wurde an die Südfront versetzt und nahm an Grenzschlachten in Moldawien und an der Tiraspol-Melitopoler Verteidigungsoperation teil. Anfang Oktober 1941, während der Kämpfe im Donbass – wurde die 18. Armee von den deutschen Truppen umzingelt. Nach dem Tod von Generalleutnant A. K. Smirnow übernahm Kolpaktschi das Kommando über die Armee, er konnte einen Teil seiner Truppen samt dem Hauptquartier aus dem Kessel retten. Es folgte die Teilnahme an der Gegenoffensive in der Schlacht um Rostow. Ab 24. Dezember 1941 war er Stabschef und ab 17. Januar 1942 Stellvertretender Kommandeur der Brjansker Front.