Vaikka Nikkilä oli osin omavarainen, vuonna 1942 sairaalaan muutti myös Helsingin pommituksista evakuoituja potilaita Marian ja Kivelän sairaaloista. Päivittäinen ruokailijoiden määrä nousi korkeimmillaan noin 2 200 ihmiseen ja potilasvahvuus 1 754:ään. Yhteensä vuosina 1940−1945 kuoli 739 potilasta.