Nach wie vor gibt es entlang des Pamir Highways einige Checkpoints, u. a. auch um gegen den Rauschgiftschmuggel aus Afghanistan anzukämpfen, der vor allem nach dem Abzug der Grenztruppen Russlands im Jahr 2004 stark anstieg. Zudem sind Bereiche abseits des Pamir Highways zwischen Chorugh und Duschanbe sowie entlang der afghanischen Grenze vermint. Seit dem Jahr 2002 wird durch eine gemeinschaftliche Initiative der OSCE und der FSD versucht, die Überreste dieser im tadschikischen Bürgerkrieg ausgestreuten Minen zu räumen. Heute ist der Pamir Highway ein beliebtes Reiseziel für ausländische Rad- und Motorradfahrer. Neben dem regulären Visum für Tadschikistan ist für die Befahrung des Pamir Highways eine Sondergenehmigung für die autonome Provinz Berg-Badachschan erforderlich, die bei der Botschaft zusätzlich mitbeantragt werden kann.