1861年、ポーターはUSSポーハタンを指揮して海軍のメキシコ湾戦隊に加わった。4月22日に海軍中佐、1863年2月7日に海軍大佐に昇進した。1862年のルイジアナ州ニューオーリンズに対してミシシッピ川を遡る遠征（ニューオーリンズの戦い）には、21隻の砲艦と幾隻かの蒸気船を率いて加わった。