ב-1857 פרצה מלחמת אזרחים במקסיקו בין השמרנים לליברלים וממשלו של הנשיא הליברלי בניטו חוארס ברח ממקסיקו סיטי ועבר לווראקרוס. ב-1861 שלחה ספרד כוחות לכיבוש הנמל, כדי להבטיח את תשלום החובות של מקסיקו לספרד שחוארס השעה. ב-1864 כבשו כוחות צרפתים את העיר כחלק מהמלחמה הפרנקו-מקסיקנית, בה ניסו להעביר את מקסיקו לשליטתו של מקסימיליאן הראשון.