Как следует из свидетельства близкого друга Гитлера Шпеера, Гитлер рассматривал назначение Нейрата как способ предупредить негативное впечатление от действий Германии в марте 1939 года по отношению к Чехии. Тогда под давлением гитлеровского руководства было достигнуто согласие руководства Чехии на протекторат со стороны Германии и тем самым на ревизию Мюнхенского соглашения. Назначение дипломата старой школы должно было убедить руководство Британии и Франции в отсутствии необходимости реагировать на действия Германии. Это не удалось, Британия и Франция резко отреагировали на действия Германии, Польше были предоставлены гарантии безопасности. В Чехии Нейрат проводил жёсткую политику подавления прессы, политических партий и профсоюзов. Вскоре после назначения Нейрат был награждён Орденом Германского Орла (), что было большой честью, поскольку этот орден был учреждён Гитлером для награждения иностранцев за большие заслуги перед Германией. Тем не менее, он, по мнению Гитлера, недостаточно эффективно боролся с чешским сопротивлением, поэтому в сентябре 1941 года заместителем протектора был назначен Рейнхард Гейдрих. Нейрат формально оставался имперским протектором до августа 1943 года (даже после того, как убитого бойцами Сопротивления Гейдриха сменил Курт Далюге), пока его отставка наконец не была принята.