Owens-Kirkpatrick war in den 1990er Jahren in verschiedenen leitenden Funktionen beschäftigt. Sie war von 1992 bis 1993 im Außenministerium als Vizedirektorin des Büros für internationale Sicherheitsoperationen unter anderem mit dem Bosnienkrieg und dem somalischen Bürgerkrieg befasst. Beim United States National Security Council arbeitete sie von 1993 bis 1994 als Direktorin für interamerikanische Angelegenheiten. Ihre Schwerpunkte lagen auf Kuba, der Krise in Haiti (Operation Uphold Democracy) sowie auf Zentral- und Südamerika. Owens-Kirkpatrick wirkte anschließend von 1994 bis 1997 als Diplomatin an der US-Botschaft in Mexiko, während der demokratischen Reformen des Präsidenten Ernesto Zedillo Ponce de León und des beginnenden Chiapas-Konflikts. Von 1997 bis 1998 leitete sie das Büro für europäische Sicherheit und Politik im US-Außenministerium. Sie war für die NATO-Osterweiterung, für den Umgang mit dem Kosovo-Konflikt und für die Feierlichkeiten zum 50. Jahrestag der NATO-Gründung zuständig.