Ekatherini Thanou nació en Atenas (Grecia). Su carrera deportiva como velocista comenzó a destacar en 1996 cuando gana la medalla de oro en los 60 m de los Europeos de Pista Cubierta en Estocolmo (Suecia). Un año después, gana el oro en los 100 m en los Juegos Mediterráneos de Bari (Italia), y en 1998 gana la medalla de bronce en los Europeos de Atletismo celebrados en Budapest (Hungría).