Люсьен Мюрат родился 16 мая 1803 года в Милане, воспитывался в Неаполе. В 1815 году, после поражения Иоахима Мюрата в Неаполитанской войне, Каролина Бонапарт вместе с детьми была доставлена в Триест на борту британского корабля "HMS Tremendous", после чего переехала в Хайнбург, а затем — в замок Фросдорф. Люсьен, как и его старший брат Ашиль, получил образование в Австрии. С 1822 года жил в Венеции, в 1824 году решил последовать примеру Ашиля, эмигрировав в США, куда также переехал его дядя Жозеф Бонапарт. Корабль Мюрата был вынужден остановиться на ремонт в Малаге, где Люсьен был взят под стражу и конвоирован в Гибралтар, а впоследствии около двух месяцев держался в заключении в Альхесирасе, откуда был отпущен под гарантии американского правительства.