Während seiner Amtszeit als Generalsekretär gab es mehrere Beratungen im Sicherheitsrat zur Lage der Situation im Irak, als wichtiger Punkt wurde über den Stand der Erlangung von Massenvernichtungswaffen durch den Irak debattiert. Kofi Annan sagte 2004, dass seiner Meinung nach die Invasion des Iraks illegal gewesen sei. Zu den im Rahmen des Öl-für-Lebensmittel-Programms (englisch Oil-for-Food Programme, OFFP) erhobenen Korruptionsvorwürfen setzte Kofi Annan 2004 eine unabhängige Untersuchungskommission ein.