За сборную Испании Чики сыграл 22 матча и забил 6 голов. Дебют пришёлся на товарищеский матч с Чехословакией, которая проиграла 2:1. Бегиристайн получил вызов в национальную сборную Испании и поехал на первенство континента 1988 года, правда, вышел на поле лишь в матче с итальянцами. На ЧМ-1990 его не пригласили, ЧЕ-1992 Испания вовсе пропускала, а два года спустя на чемпионате мира в США Чики отличился с пенальти (гол в ворота сборной Швейцарии), Испания выбыла из борьбы в четвертьфинале, уступив итальянцам.