Bonner ha giocato alla University of Florida ed è stato scelto dai Chicago Bulls al secondo giro del Draft NBA del 2003. L'anno del draft gioca in Italia, a Messina. I Chicago Bulls in seguito lo girano poi ai Toronto Raptors, dove gioca per due anni. Nel 2006 inizia a giocare coi San Antonio Spurs, squadra nella quale ha militato sino al proprio ritiro.