No final dos anos 90 se uniu a Aliança do Norte, principal opositora ao primeiro governo Talibã. Saleh foi designado por Massoud a liderar a embaixada afegã no Tajiquistão e comandar as ações de ajuda humanitária. Também ajudou para ações humanitária em Nova Deli. Após o 11 de setembro e posterior invasão do Afeganistão pelos Estados Unidos, Saleh ajudou nos serviços de inteligência anti-talibã.