Clark a affirmé qu'il n'avait envisagé sérieusement une possible carrière politique, qu'après sa retraite militaire, au moment de l'élection présidentielle américaine de 2000 que gagnera George W. Bush. Clark avait eu alors une conversation avec Condoleezza Rice qui lui dit que la guerre du Kosovo n'aurait jamais eu lieu sous l'administration d'un Bush. Clark, qui avait été sélectionné pour le poste de SACEUR justement parce qu'il était partisan d'un plus grand interventionnisme, tout comme l'était Bill Clinton, trouva cette vision des choses inquiétante. Il affirma y avoir vu un signe que au niveau des relations internationales américaines si Bush était élu. Il soutint la guerre d'Afghanistan en réponse aux attentats du 11 septembre 2001, mais pas celle en Irak. Clark continua à affirmer en tant que commentateur sur CNN, qu'il pensait que les forces américaines étaient en sous-effectif en Irak, que et que