После пораза Краљевине Југославије у Априлском рата, Иван Суботић је са положаја посланика у Лондону стављен на располагање указом од 4. августа 1941. године. Решењем Министарског савета од 12. августа исте године, постављен је за краљевског делегата при Црвеном крсту Сједињених Америчких Држава. Тај посао је обављао до децембра 1943. године, када је постављен за члана Комисије за Италију. Међутим, услед различитих здравствених проблема које је имао током исте године, није био у могућности да прихвати нову дужност.