Die Geschichte des Klosters nach der Mamikonjan-Herrschaft ist geprägt von muslimischen Überfällen, Massakern, kurzen Perioden des Verlassens, gefolgt von einer Wiederbelebung der Klostergemeinde. Unter der osmanischen Herrschaft kehrte eine gewisse Stabilität zurück und der Wohlstand des Klosters wuchs zunächst, sank allerdings mit den osmanisch-safawidischen Kriegen im 17. Jahrhundert. In den 1660er Jahren zerstörte ein Erdbeben den größten Teil der Gebäude. Nach den Massakern an den Armeniern unter Sultan Abdülhamid II. in den 1890er Jahren reduzierte man die Kongregation auf einen Prior und zwei bis drei Mönche. 1901 fand hier eine siegreiche Schlacht der Armenier um das Kloster statt. Dank der kontinuierliche Anwesenheit der Reliquien im Kloster blieb dieses bis zum Ersten Weltkrieg ein wichtiger Pilgerort. Im Zuge der Ereignisse um 1915 wurde das Kloster angegriffen und der letzte Prior Yovhannes Vardapet Muratian getötet.