アリューシャン作戦発動後は水上機部隊を編成し、第四航空戦隊の空母龍驤、隼鷹が第五艦隊指揮下にあった時期を除いて、北方で唯一の艦隊航空戦力だった。7月3日に沖で爆撃を受けて損傷し、横浜にて修理が行われた。以後も横須賀とアリューシャン方面を往復して哨戒行動や航空機輸送で活躍する。第五艦隊時に施されていた迷彩塗装は、福井静夫の手による相良丸（日本郵船、7,189トン）の迷彩塗装と並び、残されている写真の多さもあり有名である。1943年（昭和18年）5月上旬、横須賀を出港して北方方面へ移動中、アメリカの潜水艦に襲撃され右舷後方から魚雷3本を撃たれるが、かろうじて回避に成功した。