Den 1 september 1939 invaderade Nazityskland Polen och andra världskriget utbröt. Seyss-Inquart utsågs till chef för den civila administrationen i södra Polen. I oktober bildades Generalguvernementet, det polska territorium som inte inkorporerades i Tredje riket och Seyss-Inquart blev då ställföreträdande generalguvernör under Hans Frank. Seyss-Inquart förordade hård exploatering av Polens ekonomiska resurser. Han förespråkade även förföljelser av den judiska befolkningen och gav sitt samtycke till Aktion AB, som innebar en eliminering av den polska överklassen och intelligentian samt de polacker som ansågs utgöra ett hot mot Nazitysklands säkerhet.