カエサルとグナエウス・ポンペイウスとの戦争（ローマ内戦、紀元前49年 - 紀元前45年）が始まると、ペディウスはカンパニアに赴き、おそらくカエサルとキケロの間を仲裁を試みたと思われる。キケロが親友ティトゥス・ポンポニウス・アッティクスに宛てた手紙の一通には、カエサルからペディウスへの手紙が引用されており、ブルンディシウム（現在のブリンディジ）包囲戦の様子が伝えられている。紀元前48年、ペディウスはイタリアに留まっていたが、法務官（プラエトル）に就任していた。ティトゥス・アンニウス・ミロ（）がルカニアでポンペイウスのために蜂起すると、ペディウスは1個軍団を率いてこれを鎮圧し、ミロを処刑した。その後、ペディウスは執政官代理（プロコンスル）としてヒスパニア・ウルテリオル（遠ヒスパニア）の属州総督として赴任した。しかし、ヒスパニアではポンペイウスの息子小ポンペイウスを中心にポンペイウス派が勢力を増し、カエサル派を上回った。ペディウスはクィントゥス・ファビウス・マクシムスと共に、カエサルの主力軍が到着するのを待ってポンペイウス派と戦い勝利（ムンダの戦い）、ローマに戻って凱旋式を実施している。