Ein die moldauische Politik beherrschendes Thema ist der Umgang mit den separatistischen Regionen Transnistrien und Gagausien. Während Gagausien einen von der moldauischen Regierung angebotenen Autonomiestatus akzeptierte, gestalten sich die Verhandlungen mit Transnistrien wesentlich schwieriger. Nach den bewaffneten Auseinandersetzungen 1992 etablierte sich in Tiraspol ein De-facto-Regime um Igor Smirnov, welches das Gebiet jenseits des Dnister kontrolliert und dort eigene Verwaltungsstrukturen aufgebaut hat. Der Verhandlungsprozess zwischen der Regierung in Chișinău und in Tiraspol gestaltet sich schwierig, so dass Beobachter von einem „eingefrorenen Konflikt“ sprechen.