Sau khi Đế chế Ottoman mở rộng tới Hungary và sự chiếm đóng Buda đầu thế kỷ XVI, trung tâm của Vương quốc Hungary (dưới cái tên Hoàng gia Hungary) chuyển tới Pozsony (trong tiếng Slovakia: Prespork ở thời điểm đó, hiện là Bratislava) trở thành thành phố thủ đô của Hoàng gia Hungary năm 1536. Nhưng các cuộc chiến tranh Ottoman và những cuộc nổi dậy sau đó chống lại Triều đình Habsburg cũng gây nên sự phá hoại rất lớn, đặc biệt tại các vùng nông thôn. Khi người Thổ Nhĩ Kỳ rút khỏi Hungary hồi cuối thế kỷ XVII, tầm quan trọng của vùng đất gồm Slovakia hiện đại ngày nay giảm bớt, dù Bratislava vẫn giữ được vị thế thủ đô Hungary cho tới năm 1848, khi nó được chuyển cho Buda.