В 1948 году члены клуба разделились на два лагеря, так как их позиции по отношению к гражданской войне в Греции были противоположными. В результате сторонники коммунизма отделились от клуба и создали свою команду, назвав её Омонией. С тех пор Омония стала принципиальным соперником АПОЭЛа, а болельщики обоих клубов — злейшими врагами.