Υψίστης σημασίας για τον πόλεμο είναι και η Ελληνική Αντίσταση. Η αντίσταση ξεκίνησε σχεδόν αμέσως μετά την πτώση και τη συνθηκολόγηση της Ελλάδας, τον Απρίλιο του 1941. Η πρώτη αντιστασιακή οργάνωση στην Ευρώπη ιδρύθηκε στη συνοικία "Επτάλοφος" της Θεσσαλονίκης με το όνομα «Ελευθερία», στις 15 Μαΐου 1941 (περίπου ένα μήνα μετά την κατάληψη της πόλης από τα γερμανικά στρατεύματα), με πρωτοβουλία μελών του Κομμουνιστικού Κόμματος, του Αγροτικού Κόμματος, της Ένωσης Λαϊκής Δημοκρατίας και του στρατηγού Δημήτριου Ψαρρού και εξέδιδε την ομώνυμη εφημερίδα στο παράνομο τυπογραφείο της Επταλόφου. Την νύχτα της 30ής προς 31η Μαΐου του 1941, δυο νέοι, ο Μανώλης Γλέζος και ο Λάκης Σάντας, κατεβάζουν τη σημαία της Ναζιστικής Γερμανίας από τον ιστό του βράχου της Ακρόπολης στην Αθήνα (γεγονός που μετέπειτα οδήγησε τον Γλέζο στην βράβευση από την Σοβιετική Ένωση με το Διεθνές Βραβείο Ειρήνης Λένιν το 1962, ενώ ο Γάλλος πρόεδρος Σαρλ ντε Γκωλ τον χαρακτήρισε ως τον "«πρώτο παρτιζάνο της Ευρώπης»)". Ταυτόχρονα, στο νοτιότερο τμήμα της χώρας διεξάγεται η Μάχη της Κρήτης από το πρωί της 20ής Μαΐου 1941, όταν ξεκίνησε η αεραπόβαση των Γερμανών εναντίον του νησιού, ως την 1η Ιουνίου. Με την επιχείρηση αυτή οι Γερμανοί κατάφεραν να καταλάβουν το νησί από τις αγγλοελληνικές συμμαχικές δυνάμεις, ωστόσο αυτή τους η επιτυχία κόστισε τόσο πολύ ώστε να μην επιχειρήσουν ξανά άλλη αεροπορική έφοδο της ίδιας κλίμακας κατά τη διάρκεια του πόλεμου. Η μάχη της Κρήτης θεωρείται επίσης πολύ σημαντική για τους Κρητικούς, λόγω της αναπάντεχης σθεναρής αντίστασης που πρόβαλλαν εναντίον των αριθμητικά ανώτερων Γερμανών και του μεγάλου τιμήματος που είχε η επίθεση, και η επακόλουθη κατοχή, στον πληθυσμό του νησιού.