Alex Ferguson cùng trợ lý Archie Knox chuyển tới từ Aberdeen vào ngày mà Atkinson bị sa thải và đưa đội kết thúc mùa giải ở vị trí 11. Mặc dù về nhì ở mùa giải 1987–88, đội trở lại vị trí thứ 11 vào mùa giải sau. Giữa lúc những đồn đoán về nguy cơ bị sa thải lên cao, chiến thắng trước Crystal Palace ở trận đá lại Chung kết Cúp FA 1990 (trước đó hòa 3–3) đã cứu vãn sự nghiệp của Ferguson. Mùa giải sau đó, Manchester United giành chức vô địch Cúp C2 châu Âu đầu tiên cùng chiến thắng trong trận tranh Siêu cúp châu Âu 1991 trước nhà vô địch Cúp C1 Sao Đỏ Beograd tại Old Trafford. Đội tiếp tục vào chung kết Cúp Liên đoàn 1992 và đánh bại Nottingham Forest 1–0 tại Wembley. Vào năm 1993, câu lạc bộ giành chức vô địch quốc gia đầu tiên kể từ năm 1967, và một năm sau bảo vệ thành công chức vô địch. Họ hoàn tất cú đúp danh hiệu đầu tiên trong lịch sử câu lạc bộ với chức vô địch Cúp FA 1994.