Zur Saisoneröffnung 1998 gewann er das Rennen Velká Bíteš–Brno–Velká Bíteš. Petr Benčík begann seine Karriere als Profi im Jahr 2000 bei dem Radsportteam Wüstenrot-ZVVZ. Ab 2003 fuhr er für die Nachfolge-Mannschaft Ed' System-ZVVZ. 2005 wurde er Sechster bei Rund um den Henninger-Turm und Vierter bei den Vier Tagen von Dünkirchen. Von 2006 bis 2012 fuhr Benčík für das tschechische Continental Team PSK Whirlpool. 2008 er bestritt er das olympische Straßenrennen bei den Olympischen Sommerspielen in Peking und belegte Rang 74. Dreimal – 2008, 2010 und 2011 – wurde er tschechischer Meister im Straßenrennen, 2011 gewann er die Oberösterreich-Rundfahrt.