El 29 de abril de 1937, tras entrar las tropas alzadas contra el gobierno de la república, el ferrocarril pasa a manos de los alzados. Los daños causado por el conflicto bélico a la línea fueron cuantiosos. Las instalaciones ferroviarias de Guernica fueron destruidas en el bombardeo de la villa el 26 de abril y el puente sobre el Ibaizabal en Amorebieta fue volado por las tropas republicanas en un afán retrasar el avance de los facciosos.