Был призван в армию с четвёртого курса химического факультета Московского университета в августе 1941 года и направлен на учёбу на курсы при Академии химзащиты им. К. Е. Ворошилова. После окончания курсов в марте 1942 года был назначен начальником химической службы танкового соединения. Начал свой боевой путь под Сталинградом. Танковый корпус, в котором он служил, преградил дорогу войскам Манштейна, рвавшимся к окруженной в Сталинграде гитлеровской группировке. За участие в этих боях Филиппов был награжден орденом Красной Звезды. Потом в военной биографии Филиппова был танковый бой у Прохоровки в июле 1943 года, освобождение Харькова, Полтавы, Переяславля-Хмельницкого. Южнее Кременчуга 5-я танковая армия, в составе которой воевал Филиппов, форсировала Днепр и позже приняла участие в Корсунь-Шевченковской операции. За мужество и умение, проявленные в операции «Багратион» летом 1944 года, Филиппов был награжден орденом Отечественной войны II степени.