Après l'invasion allemande de l'Union soviétique, Melnikaitė et d'autres membres du Komsomol sont évacués vers la Russie où elle travaille dans une usine de machines-outils à Tioumen. En , elle intègre la de l'armée soviétique et est envoyée dans une école de sabotage à Balakhna. En , elle finit ses études et est envoyée en Biélorussie puis dans sa ville natale de Zarasai où elle rejoint un groupe de partisans sous la direction de Ona Kuosaitė.