Kesultanan ini didirikan oleh Babur pemimpin Mongol dari cabang Dinasti Timuriyah pada tahun 1526, ketika dia mengalahkan Ibrahim Lodi, Sultan Delhi terakhir dalam Pertempuran Panipat I. Kesultanan ini sebagian besar sempat ditaklukkan oleh Sher Shah pada masa Humayun, namun bisa direbut kembali. Di bawah Akbar yang agung, Kesultanan ini tumbuh pesat, dan terus berkembang sampai akhir pemerintahan Aurangzeb. Jahangir, anak Akbar, memerintah kesultanan ini antara 1605-1627. Pada Oktober 1627 Shah Jahan, anak dari Jahangir mewariskan tahta dan kerajaan yang luas dan kaya di India. Pada abad tersebut, kesultanan ini mungkin merupakan negara monarki terbesar di dunia. Kaisar Mughal Shah Jahan, memerintahkan pembangunan Taj Mahal antara 1630-1653 di Agra, India. Pada masa kejayaannya sebagai salah satu Negeri Mesiu Islam dan juga memiliki pengaruh yang kuat di wilayah Asia Selatan.