Il 27 marzo un bombardiere Consolidated B-24 Liberator fu localizzato mentre eseguiva una ricognizione sulle Palau; il 28 e il 29 marzo, allertato, Kōga inviò diversi aerei a esplorare vasti settori a est che individuarono una numerosa flotta nemica. In effetti alla fine di febbraio l'ammiraglio Chester Nimitz, comandante in capo della Flotta del Pacifico, aveva pianificato l'attacco alle isole Palau e a Yap, Ulithi e Woleai (Caroline occidentali) nel quadro della prevista offensiva verso le isole Marianne e aveva perciò distaccato tre gruppi dalla Task Force 58, la squadra di portaerei dipendente dalla Quinta Flotta. Il pomeriggio del 29 marzo Kōga ridispose il proprio comando a terra, ordinò a tutte le navi di lasciare l'ancoraggio e di rimanere in attesa nelle Filippine, dalle quali fece arrivare rinforzi aerei per contrastare l'attacco statunitense. All'alba del 30 marzo i gruppi imbarcati americani colpirono duramente le Palau e il 31 marzo si svolsero gli attacchi sulle Caroline occidentali; aviazione e contraerea nipponiche si opposero ma non ottennero risultati sensibili. Nel corso delle due giornate Kōga fu informato che navi trasporto avversarie stavano navigando a ovest delle isole dell'Ammiragliato: assieme al viceammiraglio Fukudome, concluse che gli Stati Uniti avrebbero attaccato in forze la Nuova Guinea occidentale e non le Palau o le Marianne. Decise pertanto di ridislocare il quartier generale a Davao, città sull'isola di Mindanao 600 miglia a ovest, e dirigere da quella posizione più sicura la controffensiva.