Con la dichiarazione di guerra del 1793 da parte della Francia contro il Regno Unito, le esigenze della guerra assunsero la precedenza rispetto a quelle della riforma delle leggi penali irlandesi. Allorché il governo francese divenne ostile alla Santa Sede dal 1790, e i preti cattolici erano stati formati in Francia, il primo ministro William Pitt fondò il Seminario di San Patrizio a Maynooth (1795). La politica di decristianizzazione perseguita dalla Francia tra il 1790 ed il 1801 è stata spesso paragonata alla politica anti-cattolica di Cromwell in Irlanda negli anni 1650. Nel 1795 il nuovo viceré William FitzWilliam, 4º conte FitzWilliam, propose l'emancipazione politica totale dei cattolici, così come l'aveva suggerita Henry Grattan ma fu sollevato dalla carica poche settimane dopo per l'intervento di protestanti irriducibili nell'amministrazione irlandese.