Sin debut som højere troppefører havde Krabbe den 6. april 1849 i den smukke træfning ved Ullerup, hvor han efter en heftig forpostkamp tilbageslog den hannoveranske major Claus Wynekens med dobbelt overlegne kræfter førte angreb på divisionen Bülows (flankekorpsets) højre fløj. Senere på året førte han overbefalingen på Als i stedet for general Christian de Meza, der kaldtes til Jylland for at deltage i udfaldet fra Fredericia. 1850 indlemmedes hans brigade i F.A. Schleppegrells division. Under fremrykningen mod Isted 25. juli havde han først avantgarden og detacheredes derpå med hovedmassen af sin brigade mod passet ved Vedelspang, hvor han ved en dygtig ført kamp standsede den på fjendens yderste højre fløj værende insurgentbrigade Abercron, der ifølge general Karl Wilhelm von Willisens plan skulle falde vor hær i ryggen. Efter slaget formeredes hans brigade som et selvstændigt østkorps og opstilledes mellem Slien og Egernførde Fjord med det hverv at skærme landskabet Svansen og dække venstre flanke af den ved Dannevirke stående hovedhær. Krabbe løste denne opgave med fortrinlig omsigt og satte kronen på værket ved den af alle kendte, glimrende og sejrrige kamp mod general Willisen 12. september 1850 ved Mysunde. Han høstede herfor hædrende anerkendelse i form af mundtlig og skriftlig tak fra den kommanderende general og krigsministeren, mens kongen samme år som belønning lod ham tilstille Kommandørkorset. 1856 blev han desuden Dannebrogsmand.