13 lipca 1944 r. Wilno zostało ponownie zajęte przez Sowietów i żołnierzy Armii Krajowej (operacja „Ostra Brama”). Wraz z wypieraniem Niemców przywracano władzę radziecką, z którą do 1952 r. walczyły litewskie oddziały partyzanckie, a na Wileńszczyźnie polskie. Zarówno podczas pierwszej okupacji, jak i po 1944 r. Sowieci zaprowadzali swoją władzę przy pomocy zbrodni, represji i masowych wysiedleń miejscowej ludności. Pozostałych Polaków z objętej przez sowiecką Litwę części Wileńszczyzny i w mniejszym stopniu Kowieńszczyzny (przedwojennych obywateli Republiki Litewskiej) przymusowo wysiedlono w latach 1944–1946 (Wysiedlenie Polaków z Kresów Wschodnich 1944–1946) w liczbie 200 tys., a następnie w ramach ostatniej masowej fali wysiedleń ludności polskiej w latach 1955–1959 w liczbie blisko 50 tys.