Wegen ungenierter Äußerungen über Kaiser Wilhelm II. fiel Kiderlen drei Jahre später in Ungnade und musste die folgenden zehn Jahre abseits des Weltgeschehens als Gesandter in Bukarest (Königreich Rumänien) verbringen. Als Vertreter des erkrankten Botschafters in Konstantinopel leitete er 1907 die Verhandlungen zum Bau der Bagdadbahn. Mit seiner Ernennung zum stellvertretenden Staatssekretär des Auswärtigen Amtes endete 1908 Kiderlens Exil. Durch sein Verhandlungsgeschick trug er zur Überwindung der Bosnienkrise bei und handelte nach der ersten Marokkokrise ein deutsch-französisches Abkommen über Marokko aus.