1631 trat er im Rang eines Generals in die Dienste des Schwedenkönig Gustav Adolf. Er brachte fünf Regimenter Engländer und Highlander mit, die er auf eigene Kosten, aber mit Unterstützung des Königs, angeworben hatte, zu und half, den Sieg in der Ersten Schlacht bei Breitenfeld zu erringen. Ende 1631/Anfang 1632 hielt Hamilton sich bei Magdeburg auf. Quartier nahm er dabei im nahe gelegenen Dorf Salbke. Mehrere seiner in dieser Zeit verfassten Briefe sind überliefert. Nach der Schlacht von Lützen im November 1632 zogen die Schweden in den süddeutschen Raum und nach ihrem von „entsetzlichen Greueltaten gekennzeichneten Marsch unter General Graf Horn am Oberrhein und in den Breisgau (fielen) [sie …] unter dem schottischen Grafen Hamilton im Klettgau ein.“ Bereits am 4. Dezember 1632 war er mit 400 Reitern nach Jestetten gezogen um den Befehl den Klettgau zu plündern und zu verheeren, auszuführen. Nur durch ernstes Bitten durch den Abt des Klosters Rheinau, Eberhard III. von Bernhausen-Kempten und der Städte Zürich und Schaffhausen konnte er zum Abzug bewogen werden. Im Februar 1633 baten Rat und Bürgermeister von Zürich einen schwedischen Kommandanten und durch ihn General Horn vergeblich um Schonung des Klettgau. Die Bauern organisierten sich offensichtlich, doch im Mai 1633 schlugen französische Reiter unter Oberst Villefranche ein Bauernaufgebot bei Lottstetten und plünderten und brandschatzten danach das Land. (Siehe auch: Schweden am Hochrhein)