Durante la ocupación otomana de Hungría, la zona fue invadida en dos ocasiones: la primera sucedió en 1664, cuando fueron derrotados en la localidad cercana de Szentgotthárd; y por segunda vez en 1683, cuando el objetivo era hacerse con la ciudad de Viena, aunque fueron nuevamente vencidos. En su regreso hacia Anatolia, iban saqueando numerosos pueblos. Afortunadamente para Szombathely, las murallas protegieron su interior en ambas ocasiones. La paz llegó a tierras húngaras una vez que el país fue liberado del gobierno otomano y terminó ya a principios del siglo XVIII, cuando Francisco II Rákóczi lideró la revolución contra la Casa de Habsburgo.