Saksan jalkapallomaajoukkueessa Bodo Illgner pelasi vuosina 1987–1994 yhteensä 54 maaottelua. Hän voitti maailmanmestaruuden vuoden 1990 MM-kilpailuissa, joissa hän teki historiaa olemalla ensimmäinen maalivahti, joka ei päästänyt loppuottelussa maalia. Vuoden 1990 kilpailuiden lisäksi Illgner edusti Saksaa vuoden 1994 MM-kilpailuissa ja vuoden 1992 EM-kilpailuissa. Vuoden 1992 EM-kilpailuissa Illgner voitti EM-hopeaa. Bodo Illgner lopetti maajoukkueuransa vuoden 1994 MM-kilpailuiden jälkeen. Hän pelasi maajoukkueessa 54 ottelua.