Philippikos taucht in den Quellen erst während der Balkanfeldzüge des Maurikios wieder auf, als er 598 von Komentiolos den Oberbefehl über die Truppen auf dem Balkan übernahm und bei dieser Gelegenheit die „Bulgaren“ schlug (wahrscheinlich handelt es sich dabei jedoch um Abwehrmaßnahmen gegen die Awaren, die nach der Einnahme von Drizipera kurz vor Konstantinopel standen). Einige Zeit darauf wurde Philippikos zum "Patrikios" ernannt, doch Ende 602 wurde Maurikios und seine gesamte männliche Verwandtschaft infolge einer Meuterei der Donautruppen ermordet; seine Nachfolge trat der rangniedrige Offizier Phokas an, der den Quellen zufolge eine brutale Schreckensherrschaft errichtete. Chosrau II. nutzte dies und spielte sich als Rächer des Maurikios auf. Ab 603 fielen persische Truppen in das Reich ein, die in den nächsten Jahren sagenhafte Erfolge verbuchen konnten.