Nachdem 1670 die ursprüngliche Kirche im Osten von Aspern bei einer verheerenden Überschwemmung zerstört wurde, baute man auf einem Hügel im Westen von Aspern an einem Wehrturm, der Eigentum der Gemeinde war (bis 1999), ein Kirchenschiff an. Am 27. November 1671 wurde das neue Gotteshaus dem heiligen Martin geweiht. Bei der Schlacht um Aspern 1809 wechselte der Ort insgesamt neunmal den Besitzer. Die Kirche sowie der Platz davor lagen im Brennpunkt der Kämpfe. Der österreichische Feldmarschallleutnant Johann von Hiller sah sich schließlich gezwungen, die Kirche anzünden zu lassen, da sich auf dem Turm immer wieder französische Scharfschützen verschanzten. Von 1810 bis 1813 erfolgte der Wiederaufbau. 1998/99 erfolgte ein viertelkreisförmiger Zubau an der Westseite der Kirche (Architekt Franz Claudius Demblin); dazu musste der Altar vorgezogen werden und die denkmalgeschützte Kanzel an die Ostseite der Kirche versetzt werden.