Il fonde en 1990 un journal d'opposition intitulé "Dien" (en français "Le Jour") dont il tient le poste de rédacteur en chef. Ce quotidien s'oppose radicalement à la perestroïka. Il prend le parti des putschistes pendant le putsch d'août 1991. Le ministère de la Justice interdit la parution de "Dien" qui reparaît sous une autre formule en 1993 en hebdomadaire et s'intitule "Zavtra" (en français "Demain"). Il existe toujours aujourd'hui. Le journal s'oppose à cette époque frontalement à la politique de Boris Eltsine, mais il n'est lu que par une frange radicale. Prokhanov est totalement marginalisé dans les années 1990. "Zavtra" a défendu dans les années 2000 le parti communiste russe, ainsi que le parti Rodina (disparu aujourd'hui), atteignant un tirage de 100 000 exemplaires.