Partito per la guerra di Cuba, nel 1874, rivestì l'incarico di capitano con grande entusiasmo e apprezzò subito i colori e i calori del tropico, i parchi e i giardini, notando però che la vegetazione e la fauna caraibiche risultavano spesso insopportabili e nocive, a volte anche letali. Soprattutto vi erano moltissimi insetti, molti dei quali trasmettevano la malaria, la febbre gialla, e dolori e punture di cui si sapeva ancora poco. Venne assegnato all'infermeria di Vista Hermosa, una regione fangosa e paludosa dell'isola, bersaglio di frequenti attacchi delle truppe nemiche. L'ospedale, tutto in legno con un tetto di palme, aveva una capacità di circa duecento persone: le condizioni erano molto precarie ma questo non scoraggiò la voglia di combattere di Ramón y Cajal.