Italian liittyessä toiseen maailmansotaan Bastico toimi Italian Dodekanesian kenraalikuvernöörinä. Bastico ylennettiin kenraaliksi 7. elokuuta 1940, vain muutama kuukausi Italian sotaan liittymisen jälkeen. 19. heinäkuuta 1941 hän sai komentoonsa kaikki akselivaltojen joukot Pohjois-Afrikassa. Paperilla tämä tarkoitti sitä, että Rommelin täytyi saada Basticolta hyväksyntä kaikille suunnitelmilleen. Todellisuudessa joukkoja kuitenkin johti Saksan silloinen kenraaliluutnantti Erwin Rommel. Osittain tämän seurauksena Bastico ylennettiin sotamarsalkaksi 12. elokuuta 1942, jotta hän ei olisi sotilasarvoltaan Rommelin alapuolella. Hänet ylennettiin myös sen toivossa, että saksalaiset joukot alkaisivat tottelemaan italialaisten käskyjä enemmän. Tämä ei kuitenkaan onnistunut, ja Rommel jatkoi joukkojen johtajana. Basticon komentamat italialaisjoukot ja Rommelin saksalaisjoukot hyökkäsivät Gazalaan toukokuussa 1942. Akselivaltojen joukot voittivat taistelun, ja sen ansiosta liittoutuneiden joukot saatiin työnnettyä Egyptin rajalle. Pohjois-Afrikassa käytiin suuria taisteluita, kuten Alam Halfan taistelu ja toinen El-Alameinin taistelu, joissa liittoutuneet saavuttivat tärkeitä voittoja. Häviöiden seurauksena liittoutuneet saivat jalansijan Egyptiin, ja alkoivat edetä Libyaan saksalais-italialaisten joukkojen perääntyessä.