Nel 1804, al raduno annuale della Compagnia del Nord-Ovest a Kaministiquia, Thompson divenne socio della Compagnia e passò gli anni successivi a gestire il commercio delle pelli cercando comunque di espandere le sue esplorazioni lungo i corsi d'acqua del lago Superiore. Nel 1806, in una riunione della Compagnia, si decise di rimandare Thompson nell'entroterra. La preoccupazione legata alla spedizione statunitense di Lewis e Clark portò la Compagnia del Nord-Ovest ad incaricare Thompson di trovare una rotta per l'oceano Pacifico in modo da avviare il redditizio commercio con i territori del Pacifico Nordoccidentale.