Im Juli 1890 wurde er als 2nd Lieutenant in das USMC aufgenommen. Nach einer kurzen Ausbildung und Indoktrination wurde er dem Marinestützpunkt Norfolk zugeteilt. Er diente von 1891 bis 1893 an Bord des Kanonenboots USS "Bennington" und wurde 1892 zum 1st Lieutenant befördert. Anschließend diente er bis 1897 in den Norfolk Barracks. 1897 wurde er Kommandeur des Marine-Detachments an Bord des geschützten Kreuzers USS "Cincinnati", mit der er am Spanisch-Amerikanischen Krieg von 1898 teilnahm. Von 1899 bis 1900 diente er an Bord des Schlachtschiffs USS "Massachusetts" und wurde im März 1899 zum Captain befördert. Nach einer Tätigkeit als Rekrutierungsoffizier wurde er Ende 1900 zum Kommandanten der Marine Barracks in Pensacola, Florida, ernannt. Später diente er wieder in Norfolk und im Marine Corps Headquarters in Washington, D.C. Von 1903 bis 1904 diente er im Rang eines Major auf dem Isthmus von Panama, in der späteren Panamakanalzone. Es folgten Dienstzeiten in den Marine Barracks Washington und wieder in Panama bis 1907, als er auf die Philippinen versetzt wurde. Hier diente er in der Provinz Cavite, bis er 1909 für einen einjährigen Kurs ans United States Army War College berufen wurde. Die folgenden Jahre verbrachte der mittlerweile zum Lieutenant Colonel beförderte Lejeune auf der Guantanamo Bay Naval Base auf Kuba und in Panama. 1914 nahm er, gerade zum Colonel befördert, an der Besetzung von Veracruz in Mexiko teil. Nach der Rückkehr in die Staaten wurde er Assistent des Marine-Corps-Kommandanten George Barnett in Washington, dem er später nachfolgen sollte, und wurde im Sommer 1916 zum Brigadier General befördert.