Kościół powstał wraz z klasztorem kanoników regularnych w drugiej ćwierci XII w. Fundatorem założenia był Aleksander z Malonne, biskup płocki w latach 1129–1156. Zapewne w fundacji uczestniczyli też książęta Bolesław Kędzierzawy i Henryk Sandomierski. W lipcu 1410 r. Władysław Jagiełło po przeprawie przez Wisłę modlił się tu o powodzenie swej wyprawy przeciwko Krzyżakom, a po bitwie pod Grunwaldem ponoć ofiarował klasztorowi w podzięce swój hełm, który nosił w bitwie.