Oron i landet kulminerade 1967, då det nigerianska inbördeskriget bröt ut. Azikiwe stödde Biafra i deras självständighetssträvan, men då kriget gick mot sitt slut 1970 förespråkade han ett återförenande. Efter kriget var han rektor för University of Lagos mellan 1972 och 1976. Då Nigeria 1979 efter flera år av militärstyre höll fria val ställde Azikiwe upp i presidentvalet för sitt nya parti "Nigerian People's Party" (NPP), men utan framgång. Han ställde därefter upp i valet 1983, men inte heller då lyckades han vinna. Han drog sig då tillbaka från politiken och bosatte sig i Nsukka, där han avled den 11 maj 1996.