Am 29. Mai traf während des Aufstands in Palermo ein Waffenstillstandsansuchen des bourbonischen General Lanza ein, welcher die Kämpfe beendete. Sirtori wurde nach dem Sieg bei Milazzo von Garibaldi zum General ernannt und erhielt am 22. Juli in Palermo als Staatssekretär für Krieg in der Regierung unter Vincenzo Orsini diktatorische Vollmacht auf Sizilien. Sirtori blieb aber de facto Generalstabschef der Freiwilligen Befreiungsarmee und nahm nach dem Übergang auf das Festland am 1. Oktober als Befehlshaber der neapolitanischen Reserve-Division an der Schlacht am Volturno teil. Seine Truppen marschierten in Richtung Caserta und blockierten damit die Heranführung gegnerischer Verstärkungen. Nach Garibaldis persönlichen Rückzug nach seinem Domizil auf Caprera wurde Sirtori am 11. November 1860 Führer der Freiwilligen Legion, die Aufgabe sie mit der italischen Armee zu verschmelzen waren aber so ungünstig das sich die Legion selbst auflöste. Sirtori trat in die königliche Armee über, am 12. Juni 1861 wurde ihm die Kommandantur des Militärorden von Italien verliehen und im März 1862 wurde er zum Generalleutnant befördert. Am 22. Dezember 1862 wurde von der Parlamentarischen Kommission in Palermo die neuen Militärbefehlshaber gegen das Banditentum erwählt. General Cosenz wurde Präfekt von Bari, General de Medici militärischer Befehlshaber in Palermo. Sirtori wurde als Bevollmächtigter für Catanzaro bestimmt, mit dem Auftrag die in Kalabrien übermächtigen Räuberbanden auszuschalten. Seine ab Dezember 1862 eingeleiteten Operationen führten auch zu einigen Erfolgen.