Під час Київського січневого збройного повстання 1918 року на чолі Деміївського червоногвардійського загону брав участь у боях проти Української Центральної ради. З березня 1918 року після зайняття Києва німецькими військами — на Донбасі. У травні того ж року на чолі невеликого загону виходить з України в «нейтральну зону». Як свідчить очевидець, на початку вересня В. Н. Боженко з титулом «командуючого всіма повстанськими силами» у селі Юринівка (на той час — Новгород-Сіверського повіту Чернігівської губернії) займається організацією повстанських загонів, очолює повітовий військово-революційний комітет. Результатом його роботи стає злиття щонайменше 30 загонів у три з'єднання, командирами яких було призначено його самого, Салая та Черняка.