Nach Kriegsende wurde die Elbe zur Grenze zwischen beiden deutschen Staaten, Neuhaus lag nun auf dem Gebiet Mecklenburgs. Das Amt Neuhaus kam zum neugegründeten Land Mecklenburg-Vorpommern (von 1947 bis 1952 als "Land Mecklenburg" bezeichnet). Der Landkreis Hagenow übernahm am 28. April 1946 die Betriebsführung, die Kleinbahngesellschaft wurde damit de facto enteignet. (Die Kleinbahn Neuhaus-Brahlstorf GmbH existierte aber in der Bundesrepublik noch bis 1986 weiter, erst dann wurde sie aus dem Handelsregister gelöscht.) 1947 wurde der Bahnbetrieb an die landeseigenen Bahnen in Demmin übergeben. Wie alle nichtstaatlichen Eisenbahnen auf dem Gebiet der Sowjetischen Besatzungszone zu dieser Zeit, ging die Kleinbahn am 1. April 1949 in der Deutschen Reichsbahn auf. In den Kursbüchern war die Strecke erst wieder um das Jahr 1950 mit drei täglichen Zugpaaren verzeichnet.