1959 werteten Portugal und die Schweiz ihre gegenseitigen Vertretungen zu vollen Botschaften auf. Mit der Mitgliedschaft beider Länder in der Europäischen Freihandelsassoziation (EFTA) ab 1960 vertieften sich die bilateralen Beziehungen weiter. Während des portugiesischen Kolonialkriegs vertrat die Schweiz zwischen 1963 und 1975 die Interessen Portugals im Senegal.