La présidence de François Hollande est marquée par une controverse au sujet des frappes ciblées organisées par l'Etat français et d'une confusion entre les opérations "homo" et les assassinats ciblés de l'armée par frappe aérienne. Dans l'ouvrage d'entretiens "Un président ne devrait pas dire ça...", le président reconnaît avoir ordonné au moins quatre assassinats ciblés pendant son mandat, dont probablement celui du chef islamiste somalien Ahmed Abdi Godane en . Le journaliste Vincent Nouzille confirme que le président aurait ordonné l'exécution d'une quarantaine de djihadistes entre 2013 et 2016, dont huit Français (au rang desquels Macreme Abrougui, tué par une frappe française en Syrie le ), et cinq autres tués dans des frappes ciblées grâce à des drones américains : David Drugeon, Charaffe El-Mouadan, Boubaker El Hakim, Salah Gourmat et Walid Hamam. Abdelhamid Abaaoud, un des principaux organisateurs des attentats du 13 novembre, aurait lui-même été la cible d'une opération à la fin de l'été 2015, qui n'aurait finalement pas été menée au bout pour éviter des dommages collatéraux parmi la population civile.