Una flota normalment és comandada per un Almirall, qui sovint és també un comandant en cap, però moltes flotes estan comandades per vice-almiralls o de rang inferior. Moltes flotes estan dividides en diversos esquadrons navals cadascun d'ells sota el comandament d'un almirall subordinat. Aquests esquadrons al seu torn estan dividits en divisions navals. Alguns exèrcits de mar només tenen una sola flota. En alguns casos hi ha flotes multinacionals com en la Batalla de Lepant (1571).