MacDermott et Clarke sont devenus presque inséparables. L'un en tant que secrétaire et l'autre en tant que trésorier dirigèrent de fait l'IRB même si elle était présidée par Seamus Deakin et plus tard par Denis McCullough. En 1915, Clarke et MacDermott (Seán Mac Diarmada) ont créé le Comité militaire de l'IRB pour planifier ce qui allait devenir l'Insurrection de Pâques. Il était tout d'abord composé de Pearse, Ceannt, Joseph Plunkett, Clarke et MacDermott. Lorsque l'ancien Fenian, Jeremiah O'Donovan Rossa, meurt en 1915, Clarke a utilisé ses funérailles (et l'oraison funèbre de Pearse) pour mobiliser les Volontaires Irlandais et les haranguer en vue d'une action imminente. Quand un accord a été conclu avec James Connolly, le chef de l'armée citoyenne irlandaise en , Connolly a rejoint le comité militaire de l'IRB. Il sera imité par Thomas MacDonagh ajouté à la dernière minute en avril. Ces sept hommes ont été les signataires de la Proclamation de la République. Clarke, le vétéran du groupe en fut le premier signataire. Il a refusé tout grade militaire durant les combats qui suivirent.