O Grande Prêmio do Japão de 1989 continua sendo uma das corridas mais infames da história da Fórmula 1. Senna conquistou a pole position com Prost em segundo. Prost saltou de Senna na largada e liderou para a curva 1. Senna recuou e as posições permaneceram inalteradas. Na volta 46 de 53, Senna, desesperado para ultrapassar Prost e manter vivas suas esperanças de campeonato, tentou ultrapassar o francês na última chicane, mas Prost fechou a porta e os dois colidiram. Prost, naquela época, alegando sua inocência por ter forçado deliberadamente os McLarrens à colisão e ainda reclamar sobre a tentativa de ultrapassagem perigosa de Senna, o empurrou a ir para uma porta já fechada. Essa foi a atitude implacável de Senna, ele acenou para os marechais para um impulso - dentro das regras se um carro for considerado estacionado em uma posição perigosa. Senna voltou a entrar na corrida através de uma corrida off-road conseguiu voltar às boxes para uma nova asa dianteira, conseguindo retomar a liderança nas últimas voltas, cruzando a linha primeiro. Um longo período de silêncio se seguiu com regularidades de pódio regendo sem Senna. Senna foi desclassificado por reentrar na pista de forma ilegal, o que o impediu de conquistar o segundo título. Senna apresentou um caso à Fédération Internationale de l'Automobile (FIA), mas seu caso foi rapidamente rejeitado. Senna continuaria a protestar durante o período de entressafra, com sua batalha final apenas começando a esquentar.