Untuk mengakhiri pergolakan ini, kaisar Frederick II, pengikut Perang Salib, manghasut kebijakan "pembersihan" etnis dan agama, berkaitan dengan tekanan Papal namun juga dalam perintah untuk menjadikan kemampuan pasukan loyal yang tidak dapat terpengaruh oleh saingan Kristen (baron lokal dan raja asing, seperti Paus). Tahun 1224-1239 dia mendeportasi 20.000-30.000 Muslim dari Sicily menuju koloni di bawah kendali militer di Lucera di Apulia, kira-kira 20 kilometer barat laut Foggia dan 150 kilometer barat laut Bari. Dia menjadikan koloni otonomi dan mendukung mereka, dengan demikian membantu kebudayaan Muslim di Italia untuk terakhir kalinya. Tahun 1249 dia menolak Muslim dari Malta. Frederick memiliki pasukan pengaman Muslim, berbahasa Arab dan mengenakan Mantel Penobatan yang dibuat oleh penjahit Arab, menyebabkan paus membuangnya sebagai "Sultan Lucera". Saat kematian Frederick, menurut dugaan 60.000 Muslim tinggal di Lucera. Setelah kejatuhan Hohenstaufen dalam Pertempuran Benevento (1266), Muslim bertempur berdampingan dengan Staufer Sisilia, dan pengikut Perang Salib yang kalah pada tahun 1291. Lucera akhirnya dapat dikalahkan tahun 1300 karena hasutan Paus oleh Raja Charles II dari Naples. Populasi Muslim, yang berjumlah kira-kira 100.000, dibunuh dan diperbudak.