Nel prosieguo della seconda guerra mondiale, dal 1941 al 1944 furono occupate dalla Germania nazista e dal 1944 al 1991 furono nuovamente occupate e inglobate nell'Unione Sovietica (RSS Lituana, RSS Lettone, RSS Estone), che represse ogni ulteriore tentativo indipendentista, fino alla caduta della stessa Unione Sovietica nel 1991, quando sono finalmente riuscite a dichiararsi nuovamente repubbliche indipendenti, restaurando l'indipendenza sottratta, con pieno riconoscimento a livello internazionale.