府院の争いでは、王士珍は黎元洪を支持し、対ドイツ宣戦問題でも宣戦反対の立場をとった。1917年（民国6年）5月、黎が段祺瑞を国務総理から罷免すると、王は京畿警備総司令に任命された。李経羲内閣が成立すると、陸軍総長兼参謀部総長となっている。7月、張勲が復辟を行うと、王はこれに参与し、内閣議政大臣、参謀部大臣などに任命された。復辟失敗後は、混乱の責任を取ろうと王は故郷に隠居してしまう。しかし、北京における秩序の維持に貢献したことなどを理由に、段祺瑞から参謀部総長への復帰を許された。