Der Aufstand in Ungarn brach Mendiburu „das Genick“, was seine politische Orientierung betraf. Im November 1956 war er Mitorganisator eines Demonstrationszuges, der vor der sowjetischen Botschaft endete. Am 17. Mai 1957 wurde Mendiburu verhaftet und verbrachte ein halbes Jahr in Untersuchungshaft in der Haftanstalt der Staatssicherheit in der Berliner Magdalenenstraße. Bei den stundenlangen Verhören, Schlägen und Misshandlungen wurden ihm zwei Zähne ausgeschlagen. Im Oktober 1957 wurde er in Potsdam wegen Boykotthetze nach Artikel 6 der DDR-Verfassung zu zweieinhalb Jahren Zuchthaus verurteilt, die er im Gefängnis in Neuruppin und im Haftarbeitslager in Eisenhüttenstadt (damals Stalinstadt) verbrachte. Am 4. November 1959 wurde Mendiburu entlassen.