1981'de İslami muhalifleri tarafından baskı gören ve halen Sudan Devlet Başkanı olan Numeyri, İslamcı siyasi yönetime doğru dramatik bir geçiş başlattı ve Müslüman Kardeşler ile ittifak kurdu. 1983'te, çoğunluğu Hristiyan ve animist olan Güney'i yabancılaştırarak, ülke geneline şeriatı veya İslam hukukunu empoze etti. Güneyin idari sınırları da yeniden düzenlendi. Addis Ababa Anlaşmasını ihlal ederek Güney Sudan hükümetini feshetti ve böylece iç savaşın, İkinci Sudan İç Savaşı olarak yenilenmesine yol açtı. 1984'te olağanüstü hal ilan ederek orduya özel yetkiler verdi. 1985'te Numeyri, barışçıl ancak tartışmalı siyasi muhalif ve İslami reformcu Mahmud Muhammed Taha'nın - ilk kez 1960'larda Sudan Devlet Başkanı İsmail el-Ezheri'yken dini ayaklanmayla suçlanan - bir Sudan mahkemesi tarafından mürted ilan edildikten sonra idam edilmesine izin verdi.