Am 14. Mai 1948 wurde Jaffa im Laufe des Palästinakriegs von Milizen der Hagana und des Irgun eingenommen, die Briten hatten inzwischen den Rückzug angetreten. Meldungen über ein Massaker im Dorf Deir Yasin, nahe Jerusalem, und gezielt verbreitete aber teils falsche Gerüchte über weitere Übergriffe auf die arabische Zivilbevölkerung, sowie Drohungen, lösten bis im Juni eine zweite, nun bedeutend größere Fluchtwelle aus. Betroffen waren davon die Orte im Dreieck zwischen Jaffa, Jerusalem und der nördlichen Grenze des heutigen Gazastreifens, sowie um Be’er Scheva, und im Norden zwischen Haifa, Safed und der Grenze zum Libanon. Wobei die arabischen Einwohner Jaffas die Stadt hauptsächlich auf dem Seeweg verließen und bei Gaza angesiedelt wurden, insbesondere im Lager al-Shati. Viele rechneten mit einer baldigen Rückkehr in ihre Häuser. Dies kam in den meisten Fällen einer materiellen Enteignung gleich und bedeutete den Verlust der Heimat. Stellvertretend für diesen Verlust werden häufig die bei der Flucht mitgeführten und dann weitervererbten Hausschlüssel angeführt. Von wenigen Familienzusammenführungen abgesehen, blieb eine Rückkehr ausgeschlossen. Durch das Gesetz Absentee's Property Law ab 1950 fiel ihr Eigentum unter die Sachwaltung des Jüdischen Nationalfonds, wovon auch Internally displaced persons mit Verbleib in Palästina betroffen waren. Weitere Plünderung sollte unterbunden werden. „Verlassenes“ arabisches Eigentum wurde jüdischen Neueinwanderern zugewiesen. 45.000 dieser "Olim chadaschim" wurden kurz darauf in Jaffas arabischen Vororten einquartiert.