Hitler'e 20 Temmuz suikast girişiminden sonra, Haushofer'in oğlu Albrecht (1903-1945) saklanmaya başladı ama 7 Aralık 1944 tarihinde tutuklandı ve Berlin'de Moabit Cezaevi'ne konuldu. 24 Eylül 1945'te, Karl Haushofer gayri savaş suçlarından Nürnberg'de yargılanması gerektiğini belirten Müttefik güçler adına Edmund A. Walsh tarafından sorguya çekildi.