Средином маја 1999. године приликом НАТО бомбардовања Савезне Републике Југославије, дошло je до бомбардовања непосредне околине Архива, што је изазвало велика оштећења на згради и делу архивске грађе. Такође приликом исељавања фондова од великог и изузетног значаја на алетрнативну локацију, архивској грађи је такође нанета штета од непроцењиве вредности.