Počas druhej svetovej vojny bol okupovaný nacistickým Nemeckom od 9. apríla 1940 (prvého dňa invázie do Nórska) až po koniec vojny 8. mája 1945. Nemci v Trondheime vybudovali ponorkovú základňu "DORA 1", ktorú využívala 13. podmorská flotila vojenského námorníctva ríše. V súčasnosti je zo základne mestský archív a využíva sa aj na komerčné účely (z kotvištia ponoriek je osobný prístav). Nemci mali taktiež v pláne vybudovať v oblasti Trondheimu nové mesto pre 300 000 obyvateľov. "Neu-Drontheim" ("Nový Trondheim") mal byť centrom germanizovanej Škandinávie a najväčšou námornou základňou severného Atlantiku.