Cette population de chevaux doit son nom au biotope dans lequel elle évolue depuis longtemps à l'état sauvage, le mont Kundudo. Très peu d'informations existent au sujet de leur histoire, car les sources écrites sont absentes. La tradition orale, recueillie auprès des habitants locaux les plus âgés, veut que ces chevaux soient connus depuis plus de 200 ans, et que le futur empereur Haïlé Sélassié ait capturé l'un d'eux avec l'aide de son oncle, à l'âge de 10 ans. L'une des hypothèses évoquées oralement quant à l'origine de ces chevaux serait que leurs ancêtres soient des montures militaires restées sur place après la guerre Adal-Éthiopie, qui opposa le chef musulman Ahmed Gragn au chef chrétien Lebne Denguel de 1528 à 1560. Il est possible qu'un petit groupe de 10 à 15 chevaux ait survécu durant des décennies malgré la présence passée de lions et de guépards. Cependant, il n'existe aucune preuve tangible en faveur d'une théorie d'origine. La distance génétique relativement plus proche entre les chevaux sauvages de Kundudo et les chevaux domestiques de la race Abyssinien suggère toutefois que les Kundudo pourraient être une sous-population de chevaux abyssiniens retournée à l'état sauvage dans un passé récent, peut-être durant les événements militaires du .