En 1900, Malan est élu à l'assemblée du Cap sous les couleurs de l'Afrikaner Bond dont il devient ensuite le chef. En 1908, il qui son poste à "Ons land" pour devenir ministre de l'agriculture de la colonie du Cap dans le gouvernement de John X. Merriman. Partisan de la réconciliation entre Afrikaners et Britanniques d'Afrique du Sud, il soutient aussi une politique progressiste concernant les populations de couleur. Lors des négociations constitutionnelles de 1909, il propose sans succès que le système électoral du Cap, octroyant sous condition le droit de vote aux noirs, soit étendue aux 3 autres colonies britanniques du Transvaal, du Natal et de l'Orange. En 1910, il est élu au parlement de l'Union sud-africaine, rejoint le parti sud-africain et devient ministre de l'Éducation de Louis Botha. En 1912, il devient ministre des Mines et en devient ministre de l'Agriculture dans le gouvernement de Jan Smuts. Il est Premier ministre par intérim durant 8 mois à l'occasion du déplacement de Botha et Smuts en Europe lors de la conférence de Paris en 1919.