Reorganizacja rozgrywek PEMK – która doprowadziła do utworzenia Ligi Mistrzów – stała się możliwa na początku lat 90. XX wieku, po założeniu EHF. Gruntowną reformę rozpoczęto w 1993 i od sezonu 1993/1994 impreza nosi nazwę Ligi Mistrzów. System rozgrywek oraz liczba uczestniczących w nich drużyn ulegała – na przestrzeni lat – kilku zmianom, jednak najważniejszą cechą pozostaje do dziś ich cykliczność. Wcześniej zdarzało się, że zmagania w ramach Pucharu Mistrzów były zawieszane na czas Mistrzostw Świata (w latach 1958, 1961 i 1964). PEMK nieobce były również zawirowania polityczne, bowiem w 1968 federacje odmówiły współzawodnictwa z powodu wydarzeń praskiej wiosny. W latach 1993-2003 w rozgrywkach o Ligę Mistrzów uczestniczyło 32 zespołów. Od sezonu 2003-2010 do rozgrywek przystępowało łącznie 40 drużyn, z których do fazy grupowej przystępowały 32 drużyny. Od sezonu 2009/2010 nastąpiła reorganizacja rozgrywek i w fazie grupowej uczestniczyły 24 drużyny. Od sezonu 2015/2016 nastąpiła kolejna reorganizacja rozgrywek i udział bierze maksymalnie 41 drużyn (29 z rankingu EHF oraz do 12 drużyn, którym przyznawane są "dzikie karty"), w fazie grupowej uczestniczy 28 drużyn.