У травні 1940 року переведений до Командування Дувр для допомоги в евакуації голландських та союзних військ із портів Нідерландів. З 26 травня до 4 червня «Малькольм» входив до угруповання, що здійснювало вивезення союзників з Дюнкеркського котла; провів 8 походів між берегами Франції та Британії. 7 червня 1940 року за видатні заслуги в ході проведення цієї операції командир корабля кептен сер Томас Галсі був удостоєний ордена «За видатні заслуги».