כנשיא גאורגיה שוורדנדזה התמודד מול אויבים רבים, חלקם מתקופת מאבקו בשחיתות ולאומנות בתקופה הסובייטית. בשנת 1993, התפרצה מלחמת אזרחים, במערב גאורגיה, בין תומכי גמסחורדיה לשוורדנדזה, והסתיימה בהתערבות רוסית לצידו של שוורדנדזה, ומותו של הנשיא לשעבר גמסחורדיה, ב-31 בדצמבר של אותה שנה. שני ניסיונות התנקשות התרחשו כנגד שוורדנדזה, האחת באוגוסט 1995 והשנייה בפברואר 1998, שבה האשימה ממשלתו את שרידי מפלגתו של גמסחורדיה. בסוף 1993 פתחו הבדלנים האבחזים, במלחמת אבחזיה, והשתלטו על רוב שטחו של האזור האוטונומי שלהם. כמו כן, התמודד שוורדנדזה עם הבדלנים בדרום אוסטיה. שני הקונפליקטים גבו את מותם של 10,000 איש. יש הרואים בעימות הפנימי בין הזוויאדיסטים ותומכי שוורדנדזה ובעימות בין הממשל המרכזי הגאורגי והבדלנים באבחזיה ובדרום אוסטיה, מלחמה אחת, המכונה מלחמת האזרחים של גאורגיה.