17 мая Вернер был вызван в сборную Германии на Кубок конфедераций в России. В стартовой игре турнира против сборной Австралии Вернер заменил Сандро Вагнера по ходу матча 25 июня 2017 года Вернер сделал «дубль» в победной игре против сборной Камеруна в Сочи (3:1) и был признан лучшим игроком матча. Вернер стал единственным футболистом на турнире, которому удалось забить два мяча в одном матче групповой стадии. Четыре дня спустя Вернер забил третий гол своей сборной в полуфинальном матче против сборной Мексики, финальный счёт матча — 4:1. 2 июля Вернер отдал голевую передачу на Ларса Штиндля в финале турнира против сборной Чили, этот мяч стал победным. По итогам турнира, имея в своём активе три забитых мяча и две голевые передачи, Вернер был удостоен «Золотой бутсы».