Im April 1944 fungierte die "Yamato" erneut als Truppentransporter und brachte Verstärkungen nach Manila, bevor sie ihren neuen Liegeplatz Lingga in der Nähe von Singapur einnahm. Da die Öllieferungen aus den eroberten südostasiatischen Gebieten auf Grund der zunehmenden US-amerikanischen U-Boot-Aktivitäten immer mehr versiegten, sah sich die japanische Führung gezwungen, den größten Teil ihrer Überwasserflotte nahe den Ölquellen im Süden zu stationieren. Von Lingga aus nahm die "Yamato" – oft zusammen mit der "Musashi" – an einigen Übungs- und Einsatzfahrten teil. Darunter waren ein erfolgloser Versuch, im Juni 1944 die Insel Biak zu verstärken, die gemeinsame Teilnahme an der Schlacht in der Philippinensee, wo die "Yamato" erstmals ihre Hauptgeschütze gegen Luftziele einsetzte – allerdings versehentlich gegen eigene Flugzeuge. Ohne weitere Feindberührung kehrte sie Ende Juni nach Lingga zurück und verlegte Anfang Juli nach Japan, wo ihre Flugabwehrbewaffnung erneut verstärkt wurde (fünf 25-mm-Drillingstürme). Auf dem Rückweg nach Süden wurden Truppen nach Okinawa transportiert.