Înainte de proclamarea independenței, în țară a apărut o mișcare a băștinașilor majoritari, care sprijinea reunificarea Republicii Moldova cu România, dar și mișcări secesioniste care pledau pentru despărțirea unor teritorii (Transnistria, Găgăuzia) de Moldova. Cele din urmă, forțe separatiste, au proclamat unilateral independența teritoriilor respective. Au urmat o serie de ciocniri armate între trupele de ordine ale Republicii Moldova și milițiile rusofone ale Tiraspolului. Prima bătălie cu morți și răniți s-a produs pe podul peste Nistru de lângă Dubăsari, la 2 noiembrie 1990 (3 morți, peste 30 răniți din ambele părți). A urmat altă ciocnire sângeroasă în decembrie 1991 (3 morți, peste 5 răniți din ambele părți). De la 2 martie 1992 luptele în zona Nistrului au luat un caracter permanent, această data fiind considerată (cu unele contestări) începutul Războiul din Transnistria. Republica Moldova a fost nevoită să lupte pentru menținerea suveranității asupra teritoriului din stânga Nistrului, întâmpinând rezistență din partea Rusiei și Ucrainei, care au susținut armat forțele locale separatiste. La 21 iulie 1992, conflictul a fost aplanat printr-o convenție semnată între Republica Moldova și Federația Rusă.