Bieg na dystansie 5000 metrów mężczyzn był jedną z konkurencji rozgrywanych podczas IX Mistrzostw Europy w Atenach. Rozegrano od razu bieg finałowy 19 września 1969 roku. Zwycięzcą tej konkurencji został reprezentant Wielkiej Brytanii Ian Stewart. W rywalizacji wzięło udział trzynastu zawodników z dziewięciu reprezentacji.