Nach seinem Wechsel zum Fernsehen ging Boetzkes für den Bayerischen Rundfunk zu ARD-aktuell nach Hamburg. Dort präsentierte er von 1995 bis 1997 das neu eingeführte Nachtmagazin in der ARD. Seit 1997 präsentiert er die neu entstandenen moderierten Tagesschau-Ausgaben am Nachmittag, seit 2001 im wöchentlichen Wechsel mit seiner Kollegin Susanne Holst. Am 11. September 2001 moderierte er die ersten Tagesschau-Sendungen einschließlich der 20-Uhr-Ausgabe nach den Terroranschlägen von New York.