La Résolution 1099 du Conseil de sécurité des Nations unies fut adoptée à l'unanimité le . Après avoir rappelé toutes les résolutions sur la situation au Tadjikistan et à la frontière tadjiko-afghane, le Conseil a prorogé le mandat de la Mission d'observation des Nations unies au Tadjikistan (MONUT) jusqu'au et abordé les efforts visant à mettre fin au conflit dans le pays.