Переговоры дважды прерывались российскими представителями, заявлявшими, что позиция цинской стороны не соответствует букве договора. Цинская сторона, в свою очередь, была обеспокоена разгоравшимся Дунганским восстанием, грозившим перекинуться на Синьцзян, где, помимо дунган, ислам исповедовало также многочисленное уйгурское население. Поэтому Китай был заинтересован иметь Россию своим союзником с определённой русско-китайской границей в этом регионе. Переговоры были завершены а подписанием Чугучакского протокола на основе представленного российскими комиссарами проекта границы. В награду за успешное завершение этих переговоров И. И. Захаров произведён в чин действительного статского советника.