Etter å ha hatt flere ledende stillinger i hæren ble Musharraf utnevnt til øverstkommanderende for hæren i 1998 av den daværende statsministeren Nawaz Sharif. Året etter markerte Pakistan seg militært ved å gjennomtføre sin første sprenging av kjernevåpen og gå inn i den indiskstyrte delen av Jammu og Kashmir. Kargilkrigen endte med at de pakistanske styrkene, ledet av Musharraf, måtte trekke seg ut på grunn av internasjonalt press.