Um alento viria na Copa América de 1995, no seu Uruguai, já sob outro técnico, Héctor Núñez. Retornando ao torneio, Francescoli ergueu no Estádio Centenario uma última vez o troféu, em nova final contra o (recém-tetracampeão do mundo) Brasil. A conquista veio apenas nos pênaltis, com ele acertando a primeira cobrança celeste. Este título, além de reigualar Uruguai e Argentina como os maiores vencedores da competição (o que foi mantido até 2011, quando seu país conseguiu isolar-se novamente ao obter o décimo quinto título), faria Enzo, que tivera um ano sem troféus no River Plate, ser eleito novamente o melhor jogador da América do Sul, já aos 34 anos, onze anos após ter recebido a mesma premiação. No torneio, ele também marcou o que seria seu último gol pela seleção, contra o Paraguai.