この暗殺事件はフツの過激派からはツチと講和による戦争終結を求めるフツ穏健派に対する大量殺戮計画を実行に移すためのシグナルとして捉えられた。ここから勃発したルワンダ虐殺による犠牲者数は一般に80万人と推計されている。これに対しRPFは侵攻を開始し、1994年8月までにルワンダ全土を掌握し新政権を樹立した。周辺諸国に逃れた難民はUNHCRの推計で210万人に達したが、これは一部にはRPFの報復を恐れたためであると共に、ジェラール・プルニエなどは「難民キャンプをルワンダ奪還に向けた軍事拠点にしようとする旧フツ政権指導部による計画的な疎開であり、その意味では戦争の継続だった」としている。この結果、大湖沼地域難民危機 () は著しく政治性と軍事性を高め、1996年にRPFによる隣国ザイール（当時。現コンゴ民主共和国）との国境地帯の難民キャンプに対する越境攻撃が始まるに至った。この尖兵となったコンゴ国内の反体制派コンゴ・ザイール解放民主勢力連合（仏略: AFDL, 英略: ADFL）はモブツ政権の転覆を謀り（第一次コンゴ戦争）、1997年5月にザイールのモブツ・セセ・セコ政権は打倒され、国名はコンゴ民主共和国に改められた。1998年、コンゴの大統領となったローラン・カビラはより従順な政権を求める諸外国から支持を失い、新たな内戦状況に陥った。これから生じた第二次コンゴ戦争 (1998-2003) には8ヵ国が介入し、犠牲者数において第二次世界大戦以来最悪の武力紛争となった。その後も内戦の完全な沈静化には至らず、犠牲者数は540万人とも言われる。