Seit 2004 spielte sie auch in den deutschen Nationalmannschaften der verschiedenen Altersklassen, 2005 belegte sie mit der Auswahl des Deutschen Hockey-Bundes den zweiten Platz bei der U18-Europameisterschaft. 2008 gewann Hannah Krüger mit der deutschen Mannschaft die U21-Europameisterschaft. Nachdem sie am 6. Februar 2009 in der A-Nationalmannschaft debütierte, belegte sie bei der Weltmeisterschaft 2010 den vierten Platz. Bei der Europameisterschaft 2013 gewann Hannah Krüger mit der deutschen Mannschaft den Titel durch Penaltyschießen über England. Nach einem achten Platz bei der Weltmeisterschaft 2014 erreichte Hannah Krüger mit der deutschen Nationalmannschaft durch einen Sieg über Spanien den dritten Platz bei der Europameisterschaft 2015. Bei den Olympischen Spielen 2016 in Rio de Janeiro gewann sie mit der deutschen Mannschaft das Spiel um die Bronzemedaille gegen Neuseeland. Insgesamt absolvierte Hannah Krüger bislang 166 Länderspiele.