ים ואדן עשיר בפאונה ובפלורה, ובפרט בעופות החיים בו. מדי שנה משמש ים ואדן כבית גידול לעד 12 מיליון עופות. חלק גדול מהים מוגן באמצעות שיתוף פעולה של שלוש המדינות שבהן הוא נמצא. ממשלות הולנד, דנמרק וגרמניה עבדו בשיתוף פעולה מאז 1978 על הגנת ושימור הים. שיתוף הפעולה כולל את תחומי הניהול, ניטור ומחקר, כמו גם נושאים פוליטיים. ב-14 במאי 1987 הוכר הים כאזור ראוי לשימור לפי אמנת רמסר, וביוני 2009 הוכרז כאתר מורשת עולמית מטעם אונסק"ו.