История порта уходит во времена древнегреческой колонизации Крыма. В начале XIX века Евпатория официально считалась крупнейшим портом Чёрного моря. Рейд порта был постоянно заполнен большим количеством кораблей. В 1828 году началось регулярное пассажирское сообщение между Одессой и Евпаторией. Оккупация Евпатории надолго затормозила экономическое развитие города и порта. Но к концу XIX века торговый оборот порта уже составлял 10 млн рублей.