Först då Finska deputationen infunnit sig i Petersburg gjorde sig hans stämma återigen hörd. Han besvarade å tsarens vägnar deputationens första yttrande och utnämndes 12 december 1808 till Finlands generalguvernör och gav i förening med krigsministern Araktjejev och general von Knorring ett förslag till kejsaren om framtida ordnande av Finlands styrelse. Han stod nu vid det mål han länge drömt sig som högste civil styresman för det med Ryssland förenade Finland men hans verksamhet på den nya platsen blev långt ifrån så betydande som han hade hoppats på. Den allmänna opinionen i Finland var fientlig mot honom och hans retliga lynne gav anledning till förvecklingar med de ryska myndigheterna. En tvist med överbefälhavaren Bogdan von Knorring om en ämbetsvåning i Åbo blev orsak till en skarp varning från tsaren till dem båda. Senare klagade Sprengtporten i ett brev till Speranskij över att ha blivit förbigången vid tillsättandet av kommittén för utarbetande av förslag till regeringskonselj men fick ett skarpt svar och varnades för obefogad inblandning i Borgå lantdags verksamhet. Med anledning därav begärde Sprengtporten sitt avsked som beviljades 17 juni 1809.