Uskonpuhdistusta seuraavaa vuosisataa Euroopassa leimasivat uskonsodat katolilaisten ja protestanttien välillä. Uskonpuhdistuksen levitessä syntyi myös avointa väkivaltaa protestanttien ja katolilaisten välillä, mistä esimerkkinä voidaan mainita Ranskan uskonsodat sekä 1600-luvun kolmikymmenvuotinen sota. Erimielisyydet purkautuivat paitsi sotina, myös verilöylyinä ja vainoina. Tunnetuimpiin niistä kuuluu Pärttylinyön verilöyly, jossa arvioidaan saaneen surmansa noin 30 000 ihmistä. Myös "Pariisin verihäinä" tunnettu verilöyly oli katolilaisten väkivaltaista mellakointia protestanttisia hugenotteja vastaan.