ורנס ייצג את גרמניה גם בגביע הקונפדרציות 1999. את מונדיאל 2002 החמיץ ורנס בגלל פציעה. ביורו 2004 ורנס חזר לסגל של גרמניה, שהודחה בשלב הבתים. לקראת מונדיאל 2006 שנערך בגרמניה, ורנס היה מועמד להיכלל בסגל, אך הושעה ממנו לאחר שהעביר ביקורת גלויה על מאמן הנבחרת דאז יורגן קלינסמן. הופעתו האחרונה של ורנס בנבחרת הייתה בשנת 2005, וסך הכל הוא צבר 66 הופעות, בהן לא הבקיע.