El gobierno de Kublai enfrentó dificultades financieras después de 1279. Las guerras y los proyectos de construcción habían agotado el tesoro mongol. Los esfuerzos para aumentar los ingresos fiscales se vieron plagados de corrupción y escándalos políticos. Las expediciones militares mal manejadas siguieron a los problemas financieros. La segunda invasión de Kublai a Japón en 1281 fracasó debido a un tifón desfavorable. Kublai fue vencido en sus campañas contra Annam, Champa y Java, pero logró una victoria pírrica contra Birmania. Las expediciones se vieron obstaculizadas por enfermedades, un clima inhóspito y un selvático terreno tropical inadecuado para la guerra de los mongoles. La dinastía Trần que gobernaba Annam (Dai Việt) derrotó a los mongoles en la batalla de Bạch Đằng (1288). Pero Annam, Birmania y Champa reconocieron la hegemonía mongola y establecieron relaciones de vasallaje con la dinastía Yuan.