Nach der Annexion des Sudetenlandes und der Besetzung der „Resttschechei“ setzte die Regierung des Protektorats Böhmen und Mähren diese Politik fort. Im Herbst 1939 wurde die Zwangsansiedlung „herumreisender Personen“ angeordnet; es wurden etwa 7000 Personen registriert, die meisten davon Roma. Diejenigen, die sich weigerten, einen festen Wohnsitz zu akzeptieren, wurden ab 1940 in Zwangsarbeitslagern „für Arbeitsscheue“, später in „Zigeunerlagern“ interniert. Nach dem Attentat auf Heydrich verstärkte sich die Repression ab Sommer 1942, sodass zwischen Frühjahr 1943 und Juli 1944, auf Anordnung des Reichs-SS-Führers Heinrich Himmler vom Dezember 1942, die Roma in das KZ Auschwitz-Birkenau deportiert wurden, wo mindestens 5000 von ihnen das Leben verloren. Die wenigen im Protektorat und in der Slowakei gebliebenen Roma haben sich auch an Widerstandsaktionen beteiligt.