У лютому 1919 року, вже після завершення воєнних дій на Середземному морі, командер Е.Каннінгем став командиром есмінця «Сіфайр» типу «S». Тогочасні Балтійські країни поринули в сум'яття громадянської війни: в Латвії до влади рвались комуністи, білогвардійці, різнорідні латиські націоналістичні рухи та партії, а також німці та поляки. За умовами Берестейського миру британський уряд визнавав Латвію незалежною державою, і тому для підтримання порядку відправив до цього регіону свою ескадру, до складу якої увійшов «Сіфайр». Під час цієї експедиції Е.Каннінгем довів свій високий професійний рівень офіцера флоту та продемонстрував відмінні дипломатичні якості. Неодноразово командиру доводилось діяти у небезпечних та складних умовах цього збройного конфлікту, часто він керував своїм кораблем в умовах туману або поблизу мінних полів, уникаючи конфліктних ситуацій з німцями, що також змагались за контроль над Балтикою. Пізніше адмірал В.Кован висловлювався, що "«командер Каннінгем раз за разом приймав бездоганні рішення, діяв проворно та сміливо й проявив себе, як Офіцер виключної мужності та непогрішимої рішучості»".