במרץ 1944 השתלטו הנאצים על הונגריה. ילדים יהודים הורחקו מבתי הספר, ונדרשו להתייצב בפני היודנראט. סורוס סיפר שקיבל מהיודנראט משימה: לחלק הודעות ליהודים. הוא הראה את ההודעות לאביו, שזיהה שאלה צווי הגליה לעורכי דין יהודים, והורה לסורוס להזהיר את מקבלי הצווים. משפחתו של סורוס רכשה מסמכים שהקנו לה זהות נוצרית, וכך שרדה את שואת יהודי הונגריה. סורוס הנער התחזה לבן הסנדקות של פקיד במשרד החקלאות ההונגרי, שעסק בהחרמת רכוש יהודי. בשנת 1998 בריאיון עם סטיב קרופט במסגרת התוכנית 60 דקות אמר סורוס שאין הוא מצטער על מעשיו באותה תקופה, שכן בכל מקרה אדם אחר היה עושה זאת. אביו של סורוס סייע להצלת יהודים נוספים, וסורוס כתב על כך מאוחר יותר ששנת 1944 הייתה המאושרת בחייו, משום שהתאפשר לו לחזות בגבורתו של אביו. המשפחה ניצלה בזכות תושייתה של אלזה ברנדייס אשר סיפקה להם מחסה בביתה. בשנת 1945 שרד סורוס את המצור על בודפשט.