De asemenea, Bölk este componentă a selecționatelor naționale ale Germaniei la diferite categorii de vârstă. În 2014, ea a participat cu echipa de junioare U18 a țării sale la Campionatul Mondial din Macedonia, unde a câștigat medalia de argint și a fost desemnată cea mai bună handbalistă a competiției. În 2015, Emily Bölk a fost componentă a echipei germane de tineret U19 care a evoluat la Campionatul European.