L'autobiografia di Lilly, pubblicata verso la fine della sua vita, nel 1681, su richiesta del suo mecenate Elias Ashmole, fornisce resoconti sinceri degli eventi politici della sua epoca e dettagli biografici di contemporanei che non sono disponibili altrove. È stato descritto, alla fine del XVIII secolo, come "una delle narrazioni più divertenti nella nostra lingua", in particolare per il ritratto storico che ha lasciato di uomini come John Dee, Simon Forman, John Booker, Edward Kelley, tra cui un bizzarro primo incontro di John Napier e Henry Briggs, rispettivi co-inventori del logaritmo e dei logaritmi briggsiani, e per i suoi curiosi racconti sugli effetti dei cristalli e l'apparizione della regina Mab. In esso, Lilly descrive il supporto amichevole di Oliver Cromwell durante un periodo in cui fu perseguito per aver emesso previsioni astrologiche sulla politica. Scrive anche del grande incendio di Londra del 1666 e di come fu portato davanti al comitato che indagava sulla causa dell'incendio, sospettato di coinvolgimento a causa della sua pubblicazione di immagini, 15 anni prima, che lo raffiguravano in una città in fiamme circondato da bare.