Eind 2000 werd Pronk gepasseerd voor de functie van hoge commissaris voor de Vluchtelingen; deze baan ging toen naar Ruud Lubbers. Na de openbaarmaking van het NIOD-rapport over 'Srebrenica' op 10 april 2002 stelde Pronk in het openbaar dat hij als minister van het kabinet-Kok I (het kabinet ten tijde van de Val van Srebrenica) diende af te treden. Op 16 april trad het gehele kabinet af.