1557 konnten sich die Hugenotten in der Stadt zwar durchsetzen, doch wurde Niort nach der Schlacht bei Moncontour im Jahre 1569 von den katholischen Truppen des französischen Königs Karl IX. eingenommen. Die Nacht vom 27. zum 28. Dezember 1588 verlief für die Stadt sehr blutig: Die Hugenottenführer Louis de Saint-Gelais und Théodore Agrippa d’Aubigné fielen mit ihren Söldnern in Niort ein und es kam zu Mord, Plünderung und Brandstiftung. Im Jahre 1627 wurde Niort erneut katholisch, doch konnten sich protestantische Widerstandsnester noch bis 1685 in der Stadt halten. Viele Hugenotten zogen es allerdings vor zu fliehen, wobei Kanada als Exilland im Vordergrund stand. In der Folge wurde Niort zu einem wichtigen Umschlagplatz für Häute und Felle, die in Nordamerika den Indianern abgehandelt wurden. Dieser Handel kam Mitte des 18. Jahrhunderts zum Erliegen, als Frankreich Kanada im Siebenjährigen Krieg verlor. Dennoch zählte man am Vorabend der Französischen Revolution in der Stadt rund dreißig Walkmühlen zur Herstellung und Veredelung von Stoffen, Leder sowie Filz und mehr als dreißig Kavallerieregimenter statteten sich dazumal in Niort mit Lederhosen aus.