Im Siebenjährigen Krieg führte er erneut die Armee Sachsens. Die von ihm initiierte Zusammenziehung des sächsischen Heers in einer fast unangreifbaren Lagerstellung bei Pirna verhinderte zunächst eine schnelle Überrumpelung Sachsens beim Einmarsch der Preußen in der Nacht vom 28. auf den 29. August 1756. Zwar vermochte die sächsische Armee der preußischen Belagerung etwa sechs Wochen zu widerstehen, angesichts des zunehmenden Nahrungsmangels und eines gescheiterten Ausbruchsversuchs aber war die schließlich am 16. Oktober auf der „Liliensteiner Ebenheit“ geschlossene Kapitulation unvermeidbar. Nach der gewaltsamen Eingliederung weiter Teile des sächsischen Heers in die Armee Preußens blieb Feldmarschall Rutowski in Dresden und kümmerte sich von da aus weiterhin um die Belange einzelner Offiziere sowie des „Sammlungswerkes“, in welchem die in großer Zahl aus dem erzwungenen preußischen Dienst wieder desertierten sächsischen Soldaten reorganisiert und sodann dem österreichischen bzw. französischen Heer zur Verfügung gestellt wurden. Im Frühjahr 1763 zeichnete Rutowski für die Rückführung dieser Truppen nach Sachsen verantwortlich.