15 апреля 1918 года линкор коснулся грунта в устье Яде, но без существенных повреждений корпуса. С 23 по 24 апреля участвовал в последнем боевом выходе флота в море до параллели Ставангера в Норвегии. С 23 сентября 1918 года «Байерн» был флагманским кораблём 2-й эскадры. 21 ноября 1918 года по условиям перемирия с Антантой перешёл в Скапа-Флоу и был интернирован. 21 июня 1919 года вместе с другими кораблями германского флота затоплен собственным экипажем. Как и остальные затонувшие в Скапа-Флоу корабли, был продан судоподъёмной компании. Линкор лежал кверху килем на глубине порядка . Первая попытка подъёма 18 июля 1934 года была неудачной — продержавшись на поверхности 30 минут, корабль снова ушёл под воду. Окончательно «Байерн» подняли только 1 сентября 1934 года. Его отбуксировали в Росайт и разделали на металл в течение 1935 года.