En 1996, Thorpe participe aux championnats nationaux juniors organisés à Brisbane où il décroche cinq médailles d’or, deux médailles d’argent ainsi que deux médailles de bronze. Plus encore, les temps qu’il réalise sur nage libre et sur dos lui permettent de se qualifier pour les championnats d’Australie élite, compétitions ayant pour enjeu les sélections nationales pour les Jeux olympiques d’Atlanta. Doug Frost, l'entraîneur du jeune nageur, ne se faisait pas d’illusion quant aux chances de son protégé alors âgé de 13 ans et 6 mois ; le voyage à Sydney devait seulement permettre à Thorpe d'emmagasiner de l'expérience. Les résultats finaux ne sont guère surprenants puisqu'il n'obtient qu’une au et une sur le 200 dos, deux classements insuffisants pour décrocher une sélection. À la fin de l'année, Thorpe se qualifie pour les championnats d'Australie en petit bassin élite, une nouvelle chance pour lui de se qualifier pour un rendez-vous international, les Mondiaux en petit bassin prévus en à Göteborg. Qualifié pour la finale nationale du quatre nages au bénéfice du second temps des qualifications, il réalise un temps plus lent lors de sa première finale nationale en carrière, l’empêchant ainsi d’obtenir sa qualification pour la réunion planétaire.