Závěrečné boje proběhly ve Virginii na řece Appomattox. Dne 9. dubna 1865 se ve zděném domku farmářské rodiny McCleanových u Appomattox Court House sešel generál Ulysses Simpson Grant a poražený generál Robert Edward Lee, aby tu podepsali kapitulační listinu. 12. dubna 1865 Severovirginská armáda generála Leea složila zbraně. O dva dny později, 14. dubna 1865, byl ve Fordově divadle spáchán atentát na prezidenta Abrahama Lincolna, který střelnému poranění o den později podlehl. Vrahem byl bývalý herec John Wilkes Booth, člen spiklenecké skupiny sympatizující s Jihem. Kromě prezidenta Lincolna měli spiklenci v plánu zavraždit také generála Granta, viceprezidenta Andrewa Johnsona a ministra zahraničí Williama H. Sewarda, což se jim nepodařilo, i když ministr Seward unikl zavraždění ve svém domě jen náhodou a byl pouze zraněn. K definitivní kapitulaci všech jižanských vojsk došlo až 26. května 1865, kdy byla v Trans-Mississippi uzavřena dohoda o definitivním ukončení organizovaného vojenského odporu s účinností od 2. června 1865.