Stroessner sirvió en el ejército paraguayo. En 1947, participó en la Revolución de los Pynandí (‘pies descalzos’), una guerra civil en la cual la clase obrera de Asunción fue masacrada, poniendo fin al gobierno liberal y colocando al Partido Colorado en el poder. En 1954 fue ascendido a general de división, y en mayo del mismo año, encabezó un golpe de Estado, por el cual derrocó al presidente Federico Chaves, de su mismo partido. La Junta de Gobierno del Partido Colorado lo eligió candidato a presidente.