Предизвикателството пред завладелия Антиохия Боемунд расте – да укрепи и опази властта си. Това е изключително трудно – далеч от родина и подкрепления, сред агресивни съседи с аспирации към византийското наследство, а и до самата Византия. Така през 1100 г. той се отправя на поход през Киликийските порти само с 300 рицари и незначителна пехотна войска за да подпомогне арменците от Мелитена срещу Данишмендите от Северен Анадол. Боемунд възнамерява да разпространи влиянието и властта на княжеството си, но не преценява добре силите си и е обграден и победен в Битката при Мелитена. Самият той е пленен, окован във вериги и заключен в Неокесария. Гние в затвора на Данишмендите 3 години, а през това време за регент на Антиохия е избран племенникът му Танкред Галилейски.