1999-ben erős külföldi nyomásra az indonéz kormány beleegyezett, hogy tartsanak népszavazást a terület jövőjéről. Az augusztus 30-án megtartott szavazáson a választók többsége (78,5%) a függetlenség mellett döntött, és visszautasították az indonéz javaslatot az autonómia bevezetéséről. A választások eredményének kihirdetése után az indonéz hadsereg által támogatott helyi milíciák bosszúhadjáratot indítottak, a helyi lakosság elleni támadásokat kezdtek, ennek során 1400 fő meghalt, 300 000 fő elmenekült otthonából és Kelet-Timor infrastruktúrájának 75%-át, az ország elektromos hálózatának közel 100%-át lerombolták.