Tras el Atentado del 20 de julio de 1944, donde su hermano Claus von Stauffenberg es ejecutado y muchos miembros de la familia Stauffenberg son arrestados y posteriormente ejecutados, Alexander rechaza la idea de escapar a Egipto y tanto él y su esposa son detenidos por la Gestapo al presentarse en los cuarteles voluntariamente. Alexander niega haber tenido conocimiento del complot contra Hitler.