À Östersund, première étape de la Coupe du monde 2019-2020, après avoir terminé au-delà de la dans le sprint en raison d'un tir défaillant (4/10), Justine Braisaz remporte l'individuel disputé le 2019. Sa deuxième victoire en Coupe du monde est obtenue avec un 18 sur 20 au tir (deux minutes de pénalité) et forte du deuxième temps réel de la course derrière Marte Olsbu Røeiseland, cette dernière se classant seulement à cause de de pénalité. Justine Braisaz devance Yuliia Dzhima qui a réalisé le 20 sur 20, alors que Julia Simon l'accompagne sur le podium au troisième rang, avec elle aussi deux minutes de pénalité. Au Grand-Bornand, lieu de sa première victoire en Coupe du monde deux ans plus tôt, elle monte sur la deuxième marche du podium du sprint le grâce à un sans faute au tir et une solide course à ski, derrière Tiril Eckhoff. Au cours du mois de janvier elle obtient deux podiums avec le relais féminin à Oberhof et Ruhpolding puis gagne avec le relais mixte à Pokljuka, mais sur le plan individuel elle ne réalise qu'un seul "top 10" ( de la mass-start de Pokljuka). En février à Antholz, pour la première fois depuis ses débuts en Coupe du monde, elle n'obtient aucune médaille aux Championnats du monde. Elle ne rentre ainsi qu'une seule fois dans les vingt premières en courses individuelles ( de l'individuel, résultat qui ne lui permet pas de faire mieux que troisième au classement final de la Coupe du monde de la spécialité) et connait l'échec collectif avec les relais mixte et féminin. En mars, elle effectue une bonne étape à Nove Mesto, avec notamment une seconde place en relais et une quatrième place sur la mass-start. Elle termine la saison, amputée de l'étape d'Oslo qui est annulée pour raison sanitaire, à la neuvième place du classement général, signant son retour dans le mondial après deux années difficiles.