Després de la guerra civil provocada per l'enderrocament de Vieira, es van dur a terme eleccions generals per segona vegada a la fi de 1999, amb una segona volta electoral el gener de 2000. Aquest cop Ialá va derrotar el candidat del PAIGC i President en funcions Malam Bacai Sanhá. El PRS va emergir com el partit més gran a l'Assemblea Nacional Popular, però va mantenir només 38 dels 102 escons; el PAIGC va acabar en tercer lloc darrere de la Resistència de Guinea Bissau-Moviment Bafatá.