Fra ruteskiftet sommeren 2003 ble Nabotåget i NSBs rutehefter regnet som en del av togforbindelsene mellom Trondheim og Stockholm/Göteborg. I desember 2003 ble togene forlenget fra Trondheim S via Marienborg (St. Olavs hospital) til Heimdal. Fra januar 2005 falt destinasjonene øst for Östersund bort fra ruteheftet igjen, sammen med nattogkorrespondansen. Under VM i alpint i Åre mellom 3. og 18. februar 2007 gikk Nabotåget kun mellom Trondheim S og Åre, og med andre rutetider tilpasset idrettsarrangementet.