Malesia sijaitsee kahden suuren tektonisen laatan, Euraasian laatan ja Indo-Australian laatan välissä olevalla Sundan laatalla. Malesian alue on vakaa, mutta joskus Sumatralla ja Filippiineillä sattuvat maanjäristykset voivat tuntua Malesiassa pienenä vapinana. Vuoden 2004 Intian valtameren maanjäristys kasvatti Malesiassa mielenkiintoa seismisen aktiivisuuden vaikutuksista. Huolenaiheina ovat Malakan niemimaan länsirannikolla sijaitsevat osavaltiot, sekä Itä-Malesiassa Sabah.