11 сентября 1802 года Иван Богданович вернулся на военную службу в чине подполковника, с зачислением в Инженерный корпус. 7 августа 1805 года произведён в инженер-полковники, а 5 февраля следующего года награждён за выслугу лет орденом Св. Георгия IV степени. В 1808—1809 годах участвовал в русско-шведской войне и при осаде Свеаборга получил тяжёлую контузию в грудь при взрыве порохового погреба. 15 июля 1809 года назначен флигель-адъютантом. С 1810 года состоял при директоре Депо карт генерале К. И. Оппермане, а с апреля 1811 года, по высочайшему указанию, занимался анализом стратегических данных. По итогам своей деятельности им были представлены на высочайшее имя записки: