El 1939, sota els termes del protocol Secret del pacte Mólotov-Ribbentrop, Volínia Occidental va ser annexionat a la República Socialista Soviètica d'Ucraïna. Part de la població local ho va veure, com a mínim inicialment, com una forma d'alliberament de les lleis poloneses. Tanmateix la posició antireligiosa els governs soviètics va suposar una font nova d'opressió, tot i que la forma ucraïnesa d'aquesta persecució era una mica menys rígida que dins les terres russes a principis dels anys 1920. La Lavra va ser auto-transferit al Patriarcat de Moscou, i durant aquest temps milers de pelegrins ortodoxos, d'arreu la URSS, amb un cert risc, visitaven el monestir, tement que compartiria el destí d'altres a la URSS. No va ser així, tot i que van ser confiscats el bestiar, l'orfenat i altres serveis comunals, el nombre de visitants van impedir el soviètics una acció immediata contra un lloc que havia esdevingut un refugi pels ortodoxos.