La ciutat va ser fundada pels jonis. Gent de Cleones i Flios, expulsada pels doris del Peloponès, es van establir al territori de Colofó i van fundar Scífia (Σκυφία) però després es van traslladar a Clazòmenes, que van fundar prop de la costa. Va ser atacada per Aliates II de Lídia (regnà entre 621-654 aC) però la ciutat va resistir, segons diu Heròdot. Va fer moltes colonitzacions destacant Abdera, Fanagòria i Tanais entre d'altres, i va comerciar intensament amb Egipte. En temps de Cressos de Lídia (meitat del segle VI aC) la ciutat tenia el seu tresor a Delfos. Heròdot va enumerar a la ciutat entre els estats grecs d'Àsia Menor sense incloure-la als estats insulars (que eren Quios i Samos) tot i que la ciutat havia estat traslladada a una illa a tocar de la costa durant la Revolta Jònica, però el seu territori era cap a l'interior.