לאחר מכן התבקש לנהל את המחלקה הגרמנית במשרד החוץ. עם תחילת ההדברות בין ישראל לגרמניה בנושא הסכם השילומים, הופקד שנער לשמש כראש המשלחת הישראלית במערב גרמניה. בתפקיד זה השתתף בכל שלבי המשא ומתן. בראש המשלחת הגרמנית עמד ד"ר אוטו קיסטר שאף הוא למד במקביל לשנער בגימנסיה בשטוטגרט. לאחר חתימת ההסכם כיהן כראש משלחת ישראל בעניין ביצוע ההסכם, במעמד של שגריר. המשלחת הישראלית ישבה בעיר קלן שבגרמניה.