W lipcu 1939 został dowódcą Oddziału Wydzielonego „Ignacy” i na jego czele wziął udział w kampanii wrześniowej. Zadaniem OW „Ignacy” (inaczej znanego jako „Brzeźce”) była osłona kierunku pszczyńskiego. W dniach 1 i 2 września zgrupowanie płk. Misiąga toczyło zacięte walki z niemiecką 5 Dywizją Pancerną, w wyniku których, mimo początkowego sukcesu, uległo rozbiciu w okolicach Pszczyny. Dalsze walki prowadził pułkownik Misiąg wraz z 6 Dywizją Piechoty (w ramach Grupy Operacyjnej „Bielsko”) na Śląsku, nad Dunajcem, nad Sanem, w lasach biłgorajskich i w pierwszej bitwie pod Tomaszowem Lubelskim. W dniu 20 września 1939, po kapitulacji 6 Dywizji Piechoty w rejonie Rawy Ruskiej, dostał się do niewoli niemieckiej.