Впродовж 1999—2000 років, до 1100-річчя Полтави, було проведено реконструкцію та модернізацію вокзального комплексу, оновлено будівлю вокзалу та привокзальну територію. Ще однієї значної реконструкції вокзальна будівля зазнала перед чемпіонатом Європи з футболу 2012 року.