Karadžić står åtalad för krigsförbrytelser under Bosnienkriget. Rättegången i Haag inleddes den 31 juli 2008 och Karadžić sade då att han inte ville ha någon försvarsadvokat utan företräda sig själv. Slutpläderingarna i målet inleddes den 29 september 2014. Den 24 mars 2016 dömdes han för folkmord i Srebrenica, krigsbrott samt brott mot mänskligheten av internationella krigsförbrytartribunalen för det forna Jugoslavien med påföljden 40 års fängelse.