1959 fand auf seine und Theodore Bikels Anregung hin das erste Newport Folk Festival in Newport in Rhode Island statt, wo Joan Baez debütierte. Von 1963 bis 1964 ging Seeger zusammen mit seiner Frau Toshi und den drei Kindern auf eine Welttournee. Er sang u. a. das Spiritual aus dem Amerikanischen Bürgerkrieg "Michael Row The Boat Ashore", ein Lied, das er schon mit den Weavers aufgenommen hatte, und "We Shall Overcome", zu dessen Urhebern er 1945 gehört hatte, weil er den Titel des traditionellen Gospels "We Will Overcome Some Day" umformuliert hatte. Zudem schrieb er weitere Strophen: "We'll walk hand in hand" und "The whole wide world around". Das Lied wurde – vor allem in der Version von Joan Baez, für die er Vorbild und Mentor war – zu einer der Hymnen der amerikanischen Bürgerrechtsbewegung und ist inzwischen weltweit eines der meistverbreiteten Freiheitslieder. Auch "If I Had a Hammer", noch heute populär, ist eng mit der Bürgerrechtsbewegung verknüpft. Peter, Paul und Mary sangen das Lied 1963 während des Marsches auf Washington für Arbeit und Freiheit, als Martin Luther King am 28. August 1963 seine große Rede "I Have a Dream" hielt; Joan Baez trug "We Shall Overcome" bei.