Als Georgia sich im Rahmen der Sezession von der Union löste, quittierte Gardner am 19. Januar 1861 den Dienst und wurde stellvertretender Kommandeur des 8. Georgia Infanterie-Regiments mit dem Dienstgrad Oberstleutnant. Mit dem Regiment nahm Gardner am 21. Juli 1861 an der Ersten Schlacht von Manassas im Prince William County, Virginia teil und wurde schwer verwundet. Am gleichen Tag wurde er zum Oberst befördert.