Po powrocie do Europy w 1893 roku objął Operę w Budapeszcie, którą prowadził do 1895. Śmierć Hansa von Bülowa, pierwszego w historii dyrygenta Berlińskiej Filharmonii, zmarłego w Kairze 12 lutego 1894 roku, otworzyła Nikischowi drogę do posady dyrektora muzycznego berlińskiej placówki; funkcję tę objął w roku 1895. W tym samy roku zgodził się przyjąć stanowisko pierwszego dyrygenta Lipskiego Gewandhausu. W 1897 roku otrzymał ofertę objęcia wakującego po śmierci von Bülowa etatu pierwszego dyrygenta Hamburskiej Orkiestry Filharmonicznej - ona również została zaakceptowana. Na tych trzech stanowiskach maestro Nikisch pozostał aż do śmierci. Jako szef tych orkiestr nie zaniedbywał artystycznych podróży; jeszcze przed Rewolucją październikową koncertował na przykład z "Berlińczykami" w Moskwie, wykonując utwory Czajkowskigo. W 1904 roku dyrygował gościnnie Orkiestrą Londyńską; w efekcie sukcesu artystycznego tego przedsięwzięcia został szefem tej orkiestry (1912-1914) i w roku 1912 odbył z nią podróż do Stanów Zjednoczonych. W 1913 dyrygował wykonaniem Pierścieniem Nibelunga w Covent Garden. W 1921 koncertował w Buenos Aires. Zmarł w roku 1922 w Lipsku; pochowano go na cmentarzu Südfriedhof. Jego następcą i w Berlinie, i w Lipsku został Wilhelm Furtwängler, wielki admirator sztuki Nikischa.