В декабре 1460 года Йорк и Солсбери отправились на север и там погибли в битве при Уэйкфилде. Норфолк оставался в Лондоне. Когда граф Уорик выступил навстречу королеве Маргарите (жене Генриха VI) и дал ей бой у Сент-Олбанса, сэр Джон присоединился к нему со своим отрядом; тем не менее йоркисты были разбиты (17 февраля 1461 года). Герцогу, по словам хрониста, «с большим трудом удалось скрыться», после чего он вместе с Уориком вернулся в столицу. 3 марта Моубрей участвовал в собрании лордов-йоркистов в замке Бейнардс, на котором было решено, что сын Ричарда Эдуард должен стать королем. На следующий день сэр Джон сопровождал Эдуарда к месту его интронизации в Вестминстер.