Vùng từng chịu nhiều ảnh hưởng từ cuộc nội chiến trong nhiều năm. Vùng là nơi đã diễn ra những hành động mở màn cho Nội chiến Sudan lần thứ nhất. Năm 1982, Quân đội Giải phóng Nhân dân Sudan (SPLA) được thành lập do John Garang đứng đầu đã chiến đầu chống lại chính quyền do người Ả Rập chiếm ưu thế tại Khartoum. Các hành động quân sự nhanh chóng trở thành Nội chiến Sudan lần thứ hai. Các cuộc xung đột tiếp tục cho đến năm 2003 và đã lấy đi mạng sống của hơn hai triệu người. Một phần dân cư của vùng đã phải đi tị nạn trong và ngoài nước. Bắc Bahr el Ghazal là tỉnh chịu ảnh hưởng tồi tệ nhất.