Al terminar sus estudios médicos se trasladó a Cumaná, donde vivió hasta 1812; lapso en el que se incorporó al Supremo Poder Legislativo de Cumaná (1811) en el contexto del movimiento independentista venezolano. Se encontraba en su ciudad natal cuando se produjo el terremoto del 26 de marzo de 1812, y allí prestó destacados servicios como médico y hombre público a la comunidad de la misma, los cuales fueron reconocidos oficial y públicamente por la municipalidad guaireña. Después de su destacada participación tras los sucesos del terremoto de 1812, Vargas regresó a Cumaná para dedicarse a sus labores médicas.