W 2002 roku McAteer zaliczył swoje drugie Mistrzostwa Świata. Wystąpił tam we dwóch meczach grupowych: zremisowanym 1:1 z Kamerunem i wygranym 3:0 z Arabią Saudyjską. Karierę reprezentacyjną zakończył w 2004 roku. W kadrze narodowej rozegrał 52 mecze i strzelił 3 gole.