I augusti 2006 deltog Ida Nilsson på 3 000 meter hinder vid EM i Göteborg och gick till final där hon kom sjua på nytt peronbästa, 9:39,24. Tidigare under sommaren 2006 sprang hon sträckan utan hinder på tiden 9.01, det snabbaste loppet av en svensk friidrottare på över 10 år.