Die Neuregelung des Schulwesens stieß 1866 auf den Widerstand der katholischen Kirche. Als jedoch in der Ersten Kammer der Antrag gestellt wurde, Lamey wegen Amtsmissbrauch und Verfassungsbruch zu entlassen, stellte sich die Zweite Kammer einstimmig hinter ihn. Nur wenige Wochen später trat er jedoch freiwillig zurück. Im deutschen Konflikt zwischen Preußen und Österreich stand die badische Regierung auf der Seite von Österreich. Nach dem Sieg Preußens bei Königgrätz traten alle Minister zurück, die für eine Großdeutsche Lösung in der Frage der nationalen Einheit waren.