Rientrato a Rabaul, Abe si spostò nei mesi seguenti nelle isole Marshall e si rese responsabile di un crimine di guerra. Il 17 e 18 agosto il 2º Battaglione Marine Raiders aveva condotto un raid inaspettato sull'isola di Makin, nell'arcipelago delle Gilbert; dopo l'annientamento della guarnigione giapponese e la distruzione di depositi, materiali e due navi, gli statunitensi furono ripresi a bordo dai due sommergibili che li avevano trasportati fin lì, ma nove marine furono lasciati indietro per cause poco chiare. Costoro furono fatti prigionieri dai rinforzi inviati dalla base di Truk e trattati nel rispetto della Convenzione di Ginevra durante e dopo il trasferimento a Kwajalein, nelle Marshall, dove rimasero per sei settimane circa. All'inizio di ottobre Abe s'interessò alla cosa e inviò al comandante dell'atollo (capitano di vascello Yoshio Obara) il perentorio ordine di uccidere i prigionieri: egli protestò vivamente ma non riuscì a far cambiare idea al suo superiore, quindi si rassegnò a scegliere quattro ufficiali del suo stato maggiore per portare a termine l'esecuzione. Il 16 ottobre i nove americani furono fatti inginocchiare sul bordo di una fossa appena scavata e decapitati a uno a uno con alcune katana, alla presenza del contrammiraglio Abe.