Hägglundin ensimmäiset vaalit puolueensa johdossa olivat syksyn 2006 valtiopäivävaalit. Kristillisdemokraatit olivat vaaleissa osa porvarillista Ruotsin allianssia (), joka onnistui saamaan valtiopäiville enemmistön. Puolueen oma kannatus laski vaaleissa 2,5 prosenttiyksikköä syksystä 2002 ja oli 6,6 prosenttia annetuista äänistä. Lokakuussa 2006 Hägglundista tuli kokoomusjohtaja Fredrik Reinfeldtin johtaman enemmistöhallituksen sosiaaliministeri.