V Formulo 1 se je vrnil v sezoni 2003, ko je bil testni in nadomestni voznik pri moštvu Toyota. Tovrstno delo je opravljal tudi v naslednjih treh sezonah. Ko je Toyota proti koncu sezone 2004 odpustila Cristiana da Matto, je Zonta dobil priložnost nastopiti na petih dirkah, toda višje od desetega mesta se ni uvrstil. Po poškodbi Ralfa Schumacherja se je udeležil kvalifikacij za Veliko nagrado ZDA 2005, vendar je v Indianapolisu po uvodnem krogu dirke tako kot drugi vozniki v dirkalnikih z Michelinovimi gumami zapeljal v bokse in odstopil. V sezoni 2007 je kot testni in nadomestni voznik iz Toyote prestopil v Renault, potem pa se je poslovil od Formule 1 brez nadaljnjih nastopov na dirkah.