Todos los planes de Päts por consolidar el nuevo sistema se vinieron abajo con el estallido de la Segunda Guerra Mundial. Tras el incidente del submarino polaco Orzel, en octubre de 1939 el presidente se vio obligado a firmar el tratado estonio-soviético de asistencia mutua que permitía al Ejército Rojo establecer bases militares en suelo estonio. La idea del presidente era aguantar sin injerencias hasta el estallido de una guerra entre la URSS y Alemania, por lo que siempre justificó que «"Estonia no sería sovietizada"». No obstante, y después de un ultimátum, Estonia tuvo que aceptar la invasión soviética el 17 de junio de 1940. Jüri Uluots fue reemplazado por un dirigente comunista, Johannes Vares.