עם גיוסו לצה"ל שובץ בחטיבת גולני. בגולני עבר הכשרה כלוחם, קורס מ"כים חי"ר וקורס קציני חי"ר. עם סיום הקורס שב לחטיבה ושימש כמפקד מחלקה, וכמפקד פלוגה. בשנת 1982 מונה למפקד גדוד 51 בדרגת רס"ן. עמר הוביל את גדודו במלחמת לבנון ונפצע קשה במהלך הקרב על הבופור. בשנת 1984 נענה לבקשתו של מפקד חטיבת גבעתי דאז יהודה דובדבני והקים את בא"ח גבעתי בבסיס קציעות בנגב. לאחר שהועלה לדרגת אל"ם מונה למפקד חטיבת ירושלים בין השנים 1989–1992. בשנים 1993–1996 שירת כראש מחלקת בקרה ומעקב.