Beto speelde twaalf seizoenen voor Sporting Lissabon, waarmee hij in 2000 de eerste landstitel veroverde sinds 1982. In 2005 verloor Beto de finale van de UEFA Cup tegen het Russische CSKA Moskou. Nochtans had Sporting met 1–0 geleid voor de pauze. In de tweede helft gingen de Russen er nog overheen en CSKA won de finale met 1–3. Uiteindelijk zou hij het schoppen tot aanvoerder bij de "Verde-e-Brancos". Alleen in zijn beginjaren werd hij door de club verhuurd aan União Lamas (1994–1995) en Campomaiorense (1995–1996). Beto vertrok in januari 2006 na ongeveer twaalf seizoenen Sporting naar Frankrijk. Hij ging er spelen voor Girondins de Bordeaux, maar veroverde geen basisplaats. Bordeaux had 1 miljoen euro neergeteld voor de centrumverdediger. Echter kwam hij maar vier keer in actie in de Ligue 1.