Em 1942, passa a viver clandestinamente. A 1943, é eleito no III Congresso para o Comité Central do PCP. Usou o pseudónimo "Amílcar". O Jornal Avante! do PCP declara que «até ao 25 de abril [de 1974] percorreu o País de Norte a Sul, com a responsabilidade de diversas organizações, a primeira das quais o Algarve. Foi ainda responsável por todas as organizações ao sul do Tejo, do Norte e das Beiras. Já no Secretariado, para o qual entrou em 1947, foi responsável por Lisboa, Ribatejo e Região do Oeste». Vilarigues foi responsável pelo Jornal Avante! e o resto da imprensa partidária por 16 anos, entre 1947 e 1972. Devido a «questões de defesa», é enviado para o estrangeiro, voltando a entrar e a sair do país múltiplas vezes, não estando presente no dia da revolução de 25 de abril de 1974.