W 1998 roku Pérez Muñoz był uczestnikiem mistrzostw Europy U-21. Zagrał na nich we wszystkich trzech meczach reprezentacji Hiszpanii, która została zwycięzcą turnieju. W ćwierćfinale z Rosją (1:0), a także w finale z Grecją (1:0) strzelił zwycięskie gole dla swojej drużyny. Oprócz tego wystąpił w półfinałowym spotkaniu z Norwegią (1:0 po dogrywce).