Брюе очолив флот у Єгипетському поході. У нього було 13 лінійних кораблів, 9 фрегатів, 11 малих суден, 232 транспорти. Від плану знищення англійського флоту на чолі з Нельсоном Брюе відмовився, коли довідався про підкріплення з 10 кораблів, що йшло з Англії. Французький флот йшов трьома колонами. Конвой під охороною 2 венеціанських кораблів, 4 фрегатів на випадок небезпеки повинен був знайти укриття у дружньому італійському порту. З 1798 року — він віце-адмірал флоту.