После революции Ипатьев основал несколько химических исследовательских центров в СССР. Ленин высоко уважал его и называл «главой нашей химической промышленности». Но несмотря на это, к концу 1920-х Ипатьев стал чувствовать себя не в безопасности из-за начавшихся чисток в промышленности. Во время зарубежной поездки он узнал из газет о раскрытии «контрреволюционной вредительской и шпионской организации в военной промышленности СССР» и том, что казнены В. С. Михайлов, В. Л. Дымман, В. Н. Деханов, Н. Г. Высочанский. В 1929—1930 гг. арест его ученика и коллеги Е. И. Шпитальского и арест Л. К. Рамзина по делу Промпартии вызвали у Ипатьева большую тревогу. В рамках дела Промпартии по обвинению во вредительской деятельности тогда было арестовано более 2000 инженеров. В 1991 году и Рамзин, и другие участники процесса были реабилитированы посмертно, а дело признали фальсификацией.