Na de Slag bij Rancagua en de nederlaag van de revolutionairen werden Eyzaguirre en andere leden van de "junta" in oktober 1814 gearresteerd en verbannen naar het Juan Fernández-archipel. Hoewel in Spanje na de val van Napoleon de legitieme regering was hersteld, streefden de revolutionairen volledige onafhankelijkheid van Chili na. Vanwege de nederlaag van de Spanjaarden in februari 1817 verkregen Eyzaguirre en andere revolutionairen hun vrijheid terug.