1939年に相互に公使館が開設された。ブルガリアは防共協定と、三国条約に参加し、両国は枢軸国を形成したが、相互の関係はほとんど無かった。により、ブルガリア王国政府が枢軸国から離脱したため、国交は断絶された。第二次世界大戦が終結し、1959年9月に15年ぶりに国交を回復したが、社会主義体制当時からブルガリアは親日的であり、冷戦中も両国は敵対関係になることなく良好な関係を維持した。1970年の日本万国博覧会に来日した最高指導者のトドル・ジフコフは日本の発展に感銘を受け、有力者を来日させ「日本ロビー」を形成した。1989年の民主化により表立った日本ロビーこそ姿を消したものの、その後も経済協力に期待し、たびたび要人が来日している。