Holokaus di Negara Merdeka Kroasia adalah istilah yang merujuk pada genosida orang Yahudi di Negara Merdeka Kroasia (). Tetapi terkadang, istilah ini juga mengacu pada genosida Serbia dan Romani ("Porajmos") di daerah yang dikontrol oleh NDH. Rezim boneka Nazi itu menduduki wilayah bekas Kerajaan Yugoslavia yang mencakup sebagian besar teritori Kroasia modern, seluruh Bosnia dan Herzegovina modern, dan bagian timur Srem (Serbia). Menurut Museum Memorial Holokaus Amerika Serikat, 30.000 dari 39.000 jiwa orang Yahudi yang tinggal di NDH pada tahun 1941 tewas. Dari jumlah yang tewas tersebut, 6.200 dikirim ke Jerman Nazi dan sisanya dibunuh di kamp konsentrasi yang dikelola gerakan Ustaše, termasuk Jasenovac.