יאנקו ווקוטיץ' נולד למשפחת אצולה בנסיכות מונטנגרו (מדינת חסות של האימפריה העות'מאנית) בשנת 1866. משפחתו הייתה מקורבת למשפחת המלוכה של מונטנגרו אשר באותה העת הונהגה בידי ניקולא הראשון, נסיך מונטנגרו. מונטנגרו הפכה נסיכות ריבונית בשנת 1878 לאחר המלחמה העות'מאנית-רוסית ולאחר שהתחנך באקדמיה צבאית במודנה, ממלכת איטליה, התגייס ווקוטיץ' לחיל הרגלים של נסיכות מונטנגרו. בשנת 1902 הועלה לדרגת בריגדיר גנרל ובשנת 1910 הועלה לפיקוד על דיוויזיית החי"ר הראשונה. מאז 1905 שירת ווקוטיץ' בתור חבר במועצת המלחמה העליונה. במהלך מלחמת הבלקן הראשונה ומלחמת הבלקן השנייה הפך לראש המטה הכללי של צבא מונטנגרו והפך מקורב לממשל של ממלכת מונטנגרו וניקולא הראשון בראשו.