Nei mesi successivi, tuttavia, i più grandi stati tedeschi non accettarono sempre i decreti e le leggi del governo e del Parlamento di Francoforte e fu chiaro fin dall'inizio che l'esecutivo nominato dal Parlamento di Francoforte non avrebbe avuto alcun potere, eccetto quelli che gli avrebbero accordato i singoli stati. La prova di questo si ebbe in occasione della guerra contro la Danimarca per lo Schleswig-Holstein. In tale occasione il governo provvisorio conferì il comando del Deutsches Bundesheer al generale prussiano Friedrich von Wrangel che ottenne dei successi occupanodo lo Schleswig; l'intervento prussiano provocò la reazione delle altre potenze europee e il Re di Prussia Federico Guglielmo IV, temendo l'allargarsi del conflitto ordinò a von Wrangel di ritirare le proprie truppe, ma Von Wrangel rifiutò di obbedire, affermando di aver ricevuto mandato dalla Dieta della Confederazione germanica, non dalla Prussia. Il Regno di Prussia, ignorando le deliberazioni del Parlamento di Francoforte, concluse la guerra nell'agosto 1848 firmando l'armistizio di Malmö. La gestione prussiana della guerra fu fonte di insoddisfazione per l'assemblea di Francoforte, al punto che il 5 settembre 1848 Carlo di Leiningen diede le dimissioni; gli subentrò il delegato austriaco Anton von Schmerling, un liberale moderato, che resse la carica fino al dicembre 1848, quando fu sostituito da Heinrich von Gagern.