L'arrivée du professionnalisme au milieu des années 1990 dans les championnats des grandes nations va changer la donne. Le Japon, qui reste avec son championnat amateur des entreprises, va voir le fossé se creuser avec les nations majeures du rugby. Lors de la coupe du monde 1995 en Afrique du Sud, le Japon va énormément souffrir. Vaincus 57 à 10 par les Gallois, les Japonais vont ensuite perdre face à l'Irlande 50-28 avant de subir la plus grande défaite de leur histoire face aux All Blacks sur le score de 145 à 17. Les Nippons terminent derniers de leur poule, humiliés. Ce retard face aux équipes professionnelles se fait encore sentir lors de la Coupe du monde 1999, où le Japon est encore largement dominé par les Samoa (43-9), le Pays de Galles (64-15) et l'Argentine (33-12). Le rugby nippon est alors vraiment au plus mal et n'a surtout pas su prendre la voie du professionnalisme, contrairement par exemple à la fédération de football, la JFA (Japan Football Association), avec la création de la première division de football professionnelle, la Japan League, en 1993, et d'une deuxième division, la Japan League 2, en 1999. Pire encore, avec le succès de la Coupe du monde de football de 2002, organisée au Japon et en Corée du Sud, la popularité du football au Japon dépassa celle du rugby, pour la première fois de son histoire. Le besoin de réformer le championnat amateur des clubs d'entreprises japonais se fit de plus en plus pressant.