О внутренней политике Саломеи Александры известно немного. В то время как Иоханан Гиркан II занимал должность первосвященника, Аристобул II руководил войсками. Когда Саломея заболела, Аристобул II прибирал к рукам управление в стране. С её смертью это вылилось в гражданскую войну между братьями Гирканом II и Аристобулом II. В этот конфликт вмешался Рим в 63 году до н. э ("см." Осада Иерусалима), что привело к потере независимости Иудеей.