Eduard Pierer war Sohn des k. k. Bezirksvorstehers von Kremsmünster und wurde als oberösterreich-ständischer Stiftling (C.-I. Marburg) an der Militär-Erziehungs-Anstalt aufgenommen. Als Angehöriger des K.u.k. Infanterieregiments Nr. 59 wurde er zum 1. Mai 1866 zum Unterleutnant 2. Klasse befördert und nahm er 1866 am Feldzug in Südtirol teil. Ab 1872 war er Offizier im Generalstab. Vom Leutnant zum Oberleutnant wurde er zum November 1874 befördert. Zum November 1877 wurde er mit Versetzung zum Infanterie-Regiment Nr. 47 vom „Oberleutenant Generalstabs-Offizier“ zum Hauptmann erster Klasse befördert. Ein Jahr später wurde er kurzzeitig in den Generalstab rückversetzt und nahm dann mit dem Infanterie-Regiment Nr. 47 im selben Jahr am Okkupationsfeldzug in Bosnien teil. 1880 wurde erneut in den Generalstab berufen, war 1881 bei der Mappierung und dann ab 1882 beim Militär-Kommando in Zara eingesetzt. In der Verwendung als provisorischer Generalstabs-Chef der 34. Infanterietruppendivision ab 1885 wurde er zum Major befördert. 1887 wurde er in die 5. Abteilung des K.u.k. Kriegsministeriums versetzt und im Jahr darauf in seiner Verwendung in der Militärkanzlei Sr. Majestät des Kaisers und Königs zum Oberstleutnant befördert.