روابط دیپلماتیک بین دو کشور در ۱۵ ژوئن ۱۹۹۲ برقرار شد. بروز جنگ داخلی تاجیکستان مسائل را پیچیده کرد زیرا بیشتر مناطق مرزی جنوبی تاجیکستان (خاتلون و گورنو- بدخشان) بین نیروهای دولت تاجیکستان (و مرزبانان متحد روسیه) و مخالفان متحد تاجیکستان مورد مناقشه قرار گرفت که توسط نیروهای اسلامی پشتیبانی می‌شد. ایالت افغانستان. در طول سال ۱۹۹۲، حداقل ۸۰۰۰۰ تاجیکستانی به افغانستان پناهنده شدند. رهبران مخالف تاجیکستان از حمایت دولت افغانستان برخوردار شدند و خود را در آنجا مستقر کردند، عمدتاً استان بدخشان. جنگ داخلی در افغانستان نیز باعث مهاجرت پناهندگان بین دو کشور شده بود، این بار پناهندگان از افغانستان وارد تاجیکستان می‌شوند.