Per molti anni era incerto se l'AMS-02 sarebbe mai stato lanciato nello spazio perché non era stata resa nota la possibilità di volare su uno dei rimanenti voli dello Space Shuttle. Dopo il disastro del Columbia del 2003 la NASA decise di ridurre i voli shuttle e ritirare i rimanenti shuttle entro il 2010. Un certo numero di voli vennero cancellati dal rimanente programma, compreso il volo per l'AMS-02. Nel 2006 la NASA si trovò a studiare modi alternativi per spedire l'AMS-02 verso la stazione spaziale, ma risultavano troppo costosi.