Первое упоминание о Марке Эмилии относится к 201 году до н. э., когда сенат направил его вместе с цензориями (бывшими цензорами) Гаем Клавдием Нероном и Публием Семпронием Тудитаном с дипломатической миссией в Египет. Официальной целью посольства было сообщить союзному царю о победе Рима во Второй Пунической войне, а неофициальной — заручиться поддержкой Египта на случай новой войны с Македонией. Филипп V Македонский в это время воевал против Пергама, Родоса и свободных городов Эгеиды; возвращаясь из Египта, послы узнали об осаде царём Абидоса, и Лепид направился туда, чтобы потребовать от Филиппа отчёта. Согласно Ливию и Полибию, Марк Эмилий со всей резкостью спросил царя, зачем тот начал войну. «Возраст твой и красота, а более всего принадлежность к римскому племени делают тебя слишком дерзким», — ответил ему Филипп и пообещал, что даст римлянам урок, если они посмеют напасть на Македонию. Вскоре действительно началась война.