Po razglasitvi litovske neodvisnosti leta 1990 so se sovjetski poskusi zatiranja upora osredotočili na radijsko postajo "Sitkūnai". Branilo jih je državljanstvo Kaunasa. Papež Janez Pavel II. je med obiskom v Litvi leta 1993 za vernike nadškofije Kaunas opravil sveto mašo v baziliki kaunaške stolnice, na stadionu S. Darius in S. Girėnas pa se je srečal z mladimi iz Litve. Domačina Vytautas Landsbergis in Valdas Adamkus sta postala vodji države leta 1990 oziroma v letih 1998 in 2004. Od obnovitve neodvisnosti do bistvenega izboljšanja zračnih in kopenskih prometnih povezav z zahodno Evropo je Kaunas lahko dostopen tujim turistom. Kaunas slovi po svojem legendarnem košarkarskem klubu Žalgiris ("Krepšinio klubas Žalgiris"), ki je bil ustanovljen leta 1944 in je bil eden najbolj priljubljenih nenasilnih izrazov upora v času boja z moskovskim CSKA ("ПБК ЦСКА Москва"). Leta 2011 je bila zgrajena največja pokrita arena v baltskih državah, ki so jo poimenovali "Arena Žalgiris". Kaunas je gostil finale zelo cenjenega EuroBasketa 2011. Marca 2015 so medvojne stavbe Kaunasa prejele nagrado – Znak Evropske dediščine. 10. januarja 2017 je bila medvojna moderna arhitektura Kaunasa uvrščena na predhodni seznam Unescove svetovne dediščine. 29. marca 2017 je bil Kaunas imenovan za evropsko prestolnico kulture leta 2022. 28. septembra 2017 je bil razglašen zmagovalec arhitekturnega natečaja M. K. Čiurlionis Concert Center, ki naj bi bil dokončan do leta 2022, blizu mostu Vitolda Velikega.