После оккупации Литвы СССР летом 1941 года Малинаускас был вывезен сотрудниками НКВД в Сибирь. Умер в одном из концлагерей системы ГУЛАГ вблизи Бийска в Алтайском крае. В 1993 году Малинаускас перезахоронен в Литве. В 1999 году в Литве была выпущена почтовая марка с изображением Малинаускаса, а в 2013 году районной школе в Онушках, где в своё время он проживал, присвоено его имя.