Werder trat am 16. November 1797 als Gefreitenkorporal in das Infanterieregiment „von Kunheim“ der Preußischen Armee ein. Am 1. Juni 1798 wurde er vereidigt und avancierte bis 1. August 1803 zum Sekondeleutnant. Als solcher nahm er am Vierten Koalitionskrieg teil, kämpfte bei Lübeck und ging nach der Kapitulation bei Ratekau in Gefangenschaft.