הוא פיקד על משחתת מסדרת ארלי ברק "USS Stethem", שבאפריל 2000 נשלחה לאזור המפרץ הפרסי והשתתפה באכיפת הסנקציות על עיראק. בדצמבר 2004 מונה פולר למפקד סיירת הטילים המונחים "USS Shiloh" ושירת בתפקיד עד מרץ 2006. בתקופת פיקודו סייעה הסיירת לנפגעי הצונאמי באינדונזיה. בהמשך שירותו פיקד על כוח התקיפה 3 בראשות נושאת המטוסים "ג'ון סטניס" והוביל אותו במהלך מלחמת עיראק ומבצע חירות מתמשכת באפגניסטן. כמפקד הכוח היה נתון בחקירה של המפקח הכללי של הצי על הפרת כללי האתיקה בכך שקיבל שדרוג לחדרים בבית מלון, החקירה מצאה שאכן חרג מכללי ההתנהגות הנאותה אך מצאה כי לא ניצל השדרוג לטובתו האישית, אלא הציע את החדרים הנוספים שקיבל לפקודיו. ב-2012 מונה לראש אגף מבצעים בפיקוד מרכז של ארצות הברית. בתפקידי מטה נוספים שימש מפקד פיקוד הגיוס של הצי, מזכיר צבאי לסנטור טד קנדי ועוזרם של מפקד פיקוד האוקיינוס השקט של ארצות הברית ומפקד פיקוד מרכז, ג'ים מאטיס. בתחילת 2017 מונה לעוזרו של מזכיר ההגנה מאטיס.