permanent på øen. Dermed opstod der en lille militærisk bebyggelse, som efter det osmanniske styre var eksil for andre muslimske familier. 1821 levede der cirka 250 personer på Spinalonga. I slutningen af det 18. århundrede og i den første halvdel af det 18. århundrede stagnerede øens økonomiske udvikling på grund af handelsrestriktioner fra Kreta. Spinalongas muslimske indbyggere levede tilbagetrukket på øen og havde kun i mindre omfang kontakt med den kristelige befolkning på fastlandet. I forbindelse med det osmanniske riges reformer som blev indledt i midten af det 19. århundrede, tillod man at øens havn i 1856 fik sine handelsrettigheder og dermed voksede øens befolkningstæthed endnu mere. Under opstanden på Kreta i 1878 var Spinalonga en af de få steder som stadig var under osmannisk kontrol. 1879 blev øen en uafhængig kommune og havde i 1881 1112 muslimske indbyggere. Under den Græsk-tyrkiske krig blev øen den 24. februar 1897 angrebet af græsk-ortodokse oprørere. Efter få timer afbrød et fransk krigsskib angrebet, hvorunder fæstningen blev beskadiget, flere bygninger ødelagt og cirka 30 personer blev såret eller dræbt. Efter oprettelsen af Staten Kreta (1898-1913) og under tryk fra stormagterne Frankrig, Rusland, Storbritannien og Italien blev franske tropper installeret på øen. Sandsynligvis på grund af den nye kristelige forvaltning emigredede i de følgende år mange af de muslimske indbyggere til Lilleasien. Efter oprettelsen af kolonien for spedalske måtte de sidste muslimske indbyggere forlade Spinalonga i 1903.