Nach der Revolution in Ägypten 2011 und dem Rücktritt Mubaraks wurden 118 unbewiesene Anschuldigungen gegen Serageldin erhoben. Ein Staatsanwalt erhob schließlich drei Anschuldigungen „wegen Missmanagements“ gegen ihn, darunter die, er hätte überhöhte Gehälter bezahlt. Serageldin wurde überraschend zu dreieinhalb Jahren Gefängnis verurteilt. Zwanzig Staatsoberhäupter und 90 Nobelpreisträger unterzeichneten einen Protestbrief; zahlreiche Prominente protestierten. Er wurde vom Berufungsgericht freigesprochen.