Lors de l'insurrection de 2012, la ville est la première à tomber sous le contrôle d'un groupe rebelle touareg, le Mouvement national pour la libération de l'Azawad (MNLA), le . Le MNLA est rapidement supplanté par des mouvements islamistes comme Ansar Dine, et surtout le MUJAO qui prennent le contrôle de la ville et y instaurent la charia. À la suite de l'engagement militaire de la France en janvier 2013 dans le cadre de l'opération "Serval", l'armée française, appuyée par celle du Mali, reprend progressivement la boucle du Niger et notamment Gao le 26 et . De manière coordonnée, le même jour un contingent de soldats tchadiens et nigériens, venus du Niger, reprend Ménaka ainsi qu'Andéramboukane aux islamistes. Durant les mois qui suivent, les troupes nigériennes sont chargées par la MINUSMA, avec des éléments français, de sécuriser la ville.