A következő év már szerencsésebb volt, még annak ellenére is, hogy ezúttal sem kerülte el a sérülés. 24 Serie A mérkőzésen szerepelt, és 12 góljából ötöt lőtt tizenegyesből. Az Intertotó-kupában 1998-at követően ismét bejutottak a döntőbe, ám ott a Fulham ellen összesítésben 5–3-as vereséget szenvedtek, Signori két gólt ért el a 2–2-es végeredménnyel záruló odavágón, de ez sem bizonyult elégnek a párharc megnyeréséhez. A szezon alatt kisebb nézeteltérése alakult ki Francesco Guidolin vezetőedzővel. Beppe nem került be a csapatba néhány mérkőzésen, noha már játékra alkalmas egészségi állapotban volt. A kialakult feszült helyzetről az újságok is beszámoltak, ezalatt a szurkolók nem adtak igazat Guidolinnak, és Signori megtartását támogatták. A nyáron eleinte nem kapott új szerződési ajánlatot a klubtól, viszont a hírek szerint a Chelsea, a Lazio, a AC Siena, valamint Szaúd-arábiai és katari csapatok is érdeklődtek iránta. A Bologna szurkolói az utcákra vonulva tüntettek csapatkapitányuk mellett, hogy a vezetőség változtassa meg az álláspontját az ügyben. Végül Guidolin távozott a bajnokság kezdete előtt, helyette azt a Carlo Mazzonet nevezték ki, aki Giuseppe érkezésekor is betöltötte a posztot. A 2003–2004-es szezon első felében állandó sérülései miatt csak két gólt szerzett. A bajnokság végére 23 mérkőzésen hatra növelte találatai számát. Legutolsó gólját a Lazio ellen érte el a 24. fordulóban, amellyel 2–1-es győzelemhez segítette csapatát. Később kiderült, hogy sok szempontból ez volt az utolsó gólja: a Bologna színeiben nem jegyzett több találatot, mivel az idény végén eligazolt onnan, ráadásul nem egy másik olasz csapatba, így ez volt egyben a legutolsó Serie A-s találata is. Az olasz bajnokságban 344 mérkőzésen 188 gólt szerzett az első osztályban, amivel a Serie A hetedik legeredményesebb góllövője.