3 июля 2013 года член Братьев-мусульман и президент Египта Мухаммед Мурси был свергнут в результате военного переворота, произошедшего на фоне массовых протестов в стране. Новые власти запретили Бади и его заместителю куда-либо выезжать. 10 июля был отдан приказ о его аресте за «разжигание насилия в понедельник в Каире, в результате которого погибло более 50 человек». Назначенный военными прокурор Хишам Баракат поставил заморозить его финансовые активы. 20 августа он и два его заместителя были арестованы, а суд назначен на 25 августа. В связи с арестом Бади, исполняющий обязанности руководителя Братьев-мусульман был назначен Махмуд Эззат.