Во время войны против Первой французской империи Гибралтар сначала выступал в качестве базы британского флота, осуществлявшего блокаду портов Кадис, Картахена и Тулон, а затем в роли перевалочной базы, через которую осуществлялось снабжение британских войск во время Пиренейских войн с 1807 по 1814 год. Летом 1801 года французская и испанская эскадры предприняли две попытки прорвать блокаду и сразились с британской эскадрой у Гибралтара. Для испанцев это дорого стоило: они потеряли два крупнейших корабля, которые приняли друг друга за противника, столкнулись и взорвались, убив почти 2000 моряков. Два года спустя в Гибралтар прибыл лорд Нельсон, занятый поисками французской эскадры адмирала де Вильнёва. Они встретились в Трафальгарском сражении, в результате которого Нельсон был убит, а Вильнёв попал в плен. Прибыв в июне 1803 года, Нельсон руководил блокадой французских и испанских портов, но некоторое время провёл на берегу, в городе. 28 октября 1805 года в Гибралтар вернулся HMS "Victory" с телом Нельсона; донесение адмирала Коллингвуда о победе в Трафальгарском сражении и гибели Нельсона было напечатано в "Gibraltar Chronicle", ставшей первой газетой, объявившей об этом миру (на две недели раньше "The Times").