En mai 1940 débute l'invasion de la France par l'Allemagne (Bataille de France). La défaite française est totale et le 22 juin un armistice est signé. Les troupes allemandes entrent à Bayonne le 27 juin. Le Pays Basque se trouve divisé entre la zone occupée (Labourd et ouest de la Basse-Navarre) et zone libre (est de la Basse-Navarre et Soule), la ligne de démarcation correspondant au tracé de la route nationale 133. Hitler en personne se rend à Hendaye rencontrer Franco le 23 octobre 1940. La zone libre est occupée à son tour le 11 novembre 1942. Les Basques se distinguent comme passeurs du réseau de résistance Comète.