Em 2006, a igreja foi parcialmente destruída em um bombardeio durante a Guerra do Iraque. No verão de 2014, os cristãos na planície de Nínive caíram nas mãos do Estado Islâmico. A maioria das quarenta e cinco igrejas foram destruídas, convertidas em mesquitas ou prisões. Em 24 de abril de 2016, foi relatado que a Igreja Latina foi destruída por terroristas após saquear antiguidades e obras de arte. Relatórios posteriores indicaram que a torre do relógio ainda estava de pé.