Na XVIII zjeździe WKP(b) w marcu 1939 Malenkow został członkiem KC, sekretarzem KC WKP(b) i kierownikiem wydziału kadr KC (do wiosny 1946). W czasie wojny wszedł w skład Państwowego Komitetu Obrony, był wysyłany często na krytyczne odcinki frontu; kierował też produkcją samolotów. 30 września 1943 otrzymał Medal Sierp i Młot i tytuł Bohatera Pracy Socjalistycznej wraz z Orderem Lenina (w 1945 i 1952 ponownie odznaczono go Orderami Lenina). Od 1944 wicepremier ZSRR, od 1946 członek Biura Politycznego KC WKP(b). Mimo przejściowej niełaski stał się drugą osobą w państwie. W 1949 organizował tzw. sprawę leningradzką, a następnie sprawę „Żydowskiego Komitetu Antyfaszystowskiego”. W 1952 przewodniczył XIX Zjazdowi WKP(b) i wygłosił na nim referat sprawozdawczy (zgodnie z jego konwencją, Stalin wyłącznie przysłuchiwał się obradom, składającym się głównie z pochwał jego osoby i polityki).