독일의 소비에트 연방 침공 동안 그는, 우크라이나에서 특수임무부대C (Einsatzgruppen C)의 특공대 4a (Sonderkommando 4a)의 활동을 통솔하였다. 특공대는 우크라이나에서 독일 국방군의 무리를 따라 정치적, 인종적으로 바람직하지 않다고 간주된 사람들을 총살하였고, 블로벨은 주로 바비 야르 (Babi Yar) 와 키예프 (Kiev) 에서 대량 학살을 담당하였다.