Der zweite Teil des Plans wurde von der Tennessee-Armee der Union unter Henry W. Halleck, Ulysses S. Grant und der Golf-Armee unter Nathaniel P. Banks, und den Mississippi-Flottillen unter Andrew H. Foote, David Dixon Porter und David Farragut vollendet. 1862 wurden der Mississippi und seine großen Nebenflüsse, Tennessee und Cumberland, Stück für Stück für die Union erobert. Im Juli 1863 wurde die Aufgabe mit dem Fall von Vicksburg und Port Hudson beendet und der von vielen abgelehnte Anakonda-Plan war tatsächlich durchgeführt worden.