Der Zeller Berg wurde auf seiner Süd- und Westflanke während der letzten beiden Kaltzeiten von den Ferneismassen des Weißtraungletschers umströmt – wobei nach dem Stand der Endmoränen zu urteilen die Riß-Kaltzeit einschneidender als die Würm-Kaltzeit war. Der Weißtraungletscher bildete einen in Richtung Inzell fließenden Seitenast, der an der Ostseite des Zeller Bergs den einst kontinuierlichen Rücken zum Auer Berg () durchbrach. Moränenablagerungen umgürten den Bergfuß von Obereben bis Bojern. Laut Klaus Doben erreichten die Ferneismassen eine Höhe von 850 Meter südlich des Zeller Bergs und standen hier somit gut 150 Meter über Talhöhe.