Fins al 1915 va servir com la seu de la diòcesi deTrebisonda lligada al Patriarcat Armeni de Constantinoble. En aquell moment, la comunitat armènia que vivia en la ciutat era d'unes 30.000 persones. En 1915, es van interrompre les funcions normals del monestir quan va ser utilitzat com a camp de trànsit per als armenis deportats cap a Síria durant el genocidi armeni. Després de la captura de Rússia de Trebisonda, els monjos armenis van tornar al monestir i es van quedar fins després de la Primera Guerra Mundial, suposadament fins al 1923.