באליפות העולם שנערכה בפרת', בשנת 1998 זכתה תומפסון בארבע מדליות זהב במשחים ל-100 מטר חופשי בתוצאה של 54.95 שניות וב-100 מטר פרפר בתוצאה של 58.46 שניות. תומפסון הייתה גם שותפה למדליות הזהב במשחי השליחות 4x100 מטר חופשי בתוצאה של 3:42.11 דקות לפני גרמניה ואוסטרליה ו-4x100 מטר מעורב בתוצאה של 4:01.93 לפני אוסטרליה ויפן. בנוסף היא זכתה במדליית כסף במשחה שליחות 4x200 מטר חופשי בתוצאה של 8:02.88 דקות אחרי גרמניה (8:01.46 דקות).