Det ble imidlertid et problem da folkesuvereniteten var skrevet inn i lovforslaget, slik at de som var valgere på dette tidspunktet skulle stemme over om en skulle tillate slaveriet eller ei. Dette førte til at både slaveri-tilhengere og abolisjonister stømmet inn i staten for å påvirke avstemningsresultatet, noe som førte til Bleeding Kansas.