Am 31. März 1644 wurde Johann von Werth nach der Einnahme von Göppingen zum General befördert. Im Mai desselben Jahres erstach er nach einem Trinkgelage in Köln den Grafen von Merode, der ihn herausgefordert hatte. Am 27. Juli 1644 befreite er zusammen mit Franz von Mercy Freiburg im Breisgau von der schwedischen Besatzung und schlug anschließend am 3. und 5. August die Schlacht bei Freiburg im Breisgau gegen die Franzosen unter Herzog Enghien (der spätere Ludwig II. von Bourbon, Prinz von Condé) und Marschall Turenne.