Thierry Rupert est « international » et a joué à 35 reprises avec l'équipe de France de basket-ball. Il a notamment participé aux matches de préparation de l'EuroBasket 2001, au Championnat d'Europe 2003 et en partie à la campagne de qualification de l'EuroBasket 2005. Il inscrit un total de 134 points avec un maximum de 16 points lors d'un match amical face à la Suède le .