האוניברסיטה מפוקחת על ידי המשרד להשכלה גבוהה של הרשות הפלסטינית, ולא על ידי המועצה להשכלה גבוהה הישראלית (או המועצה להשכלה גבוהה (יהודה ושומרון)), אולם תאריה מוכרים בישראל ובוגריה יכולים להשתלב בלימודים באוניברסיטאות הישראליות. תקופה ארוכה לא הכירה מדינת ישראל בתוארי הרפואה שהמוסד העניק, ועקב כך נמנע מבוגרי האוניברסיטה במקצועות הרפואה לגשת לבחינות ההסמכה של משרד הבריאות, ולהשתלב בעבודה בישראל. השיקולים בסירוב להכיר בתואר היו שחלק מהאוניברסיטה נמצא במזרח ירושלים, כלומר בשטח ירושלים המאוחדת, (אך לא בית הספר לרפואה) ותהיה בכך הכרה באוניברסיטה זרה הפועלת בתחומי ישראל. בעקבות עתירה מנהלית שהוגשה, פסק בית המשפט המחוזי בירושלים כי על המדינה לאפשר לבוגרים לגשת לבחינות ההסמכה. בניגוד להתחייבויות זו, משרד החינוך מסרב להכיר בתארים של אוניברסיטת אל קודס.