Im Zweiten Weltkrieg wurde der Hamam des Komplexes zerstört, die größten Schäden entstanden jedoch während des Kosovokrieges 1999, als am Abend der Nato-Intervention in Jugoslawien serbische Paramilitärs und Polizisten den Moscheekomplex in Brand steckten und das Minarett niederrissen. Die jahrhundertealte Manuskripte enthaltende historische Bibliothek, in der die Geschichte der Hadum-Moschee archiviert war, wurde zusammen mit dem hölzernen Portikus niedergebrannt.