Die Küsten des Kirchenstaates standen bis zum 9. Jahrhundert unter dem Schutz der Byzantinischen Marine. Die Sarazenenangriffe auf Rom in den Jahren 843, 846 und 849 erforderten schließlich den Aufbau eigener Seestreitkräfte. Sie existierten oft nicht permanent und wurden bei Bedarf durch Flotten anderer christlicher Staaten ergänzt. Päpstliche Kriegsschiffe beteiligten sich ihrerseits an den verschiedenen Kreuzzügen und Türkenkriegen sowie an der Abwehr von Korsaren. Ein päpstlicher Flottenverband nahm 1571 unter Marcantonio Colonna an der Seeschlacht bei Lepanto teil. Die Kriegsschiffe wurden im römischen Binnenhafen Ripa Grande gebaut, wo ab 1715 ein neues Arsenal entstand, das aber hauptsächlich Handelsschiffe baute. Die wichtigsten Stützpunkte befanden sich in Civitavecchia und Ancona. Nach dem napoleonischen Intermezzo gab es keinen nennenswerten Wiederaufbau; 1823 hatte die Kriegsmarine einen Schoner namens "San Pietro" (12 Kanonen) und drei kleinere Einheiten. Hinzu kamen zwölf Patrouillenboote der Zollflottille und vier Dampfboote der Tiberflottille. Die drei genannten Organisationen wurden 1856 zur "Päpstlichen Marine" fusioniert, die bis 1870 bestand. Die 1859 in Dienst gestellte und zuletzt in Toulon liegende Dampfkorvette "Immacolata Concezione" wurde von Leo XIII. im Jahr 1878 verkauft, also acht Jahre nach dem Ende des Kirchenstaates.