Humayunin jälkeen valtaan nousi hänen 13-vuotias poikansa Akbar. Tämän neuvonantajana toimi Humayunin uskollinen kenraali Bairam Khan. Samana vuonna Bairam Khanin ja Akbarin joukot joutuivat kohtaamaan toisessa Panipatin taistelussa hindukenraali Hemun joukot, jotka tavoittelivat Delhiä ja Agraa valtansa alle. Moguliarmeija löi taistelussa hindujoukot, ja mogulivalta vakiintui vähitellen Pohjois-Intiassa. 17-vuotiaana, vuonna 1560 Akbar erotti Bairam Khanin ja jatkoi valtakunnan hallitsemista yksin.