Το "Nier" τοποθετείται χρονικά πάνω από 1000 χρόνια μετά τον πέμπτο τερματισμό του "Drakengard". Σε αυτό το σενάριο, οι πρωταγωνιστές Caim και Angelus (δράκος) ταξιδεύουν ώστε να πολεμήσουν ένα τέρας. Αφού νικούν τη μάχη και το σκοτώνουν, πυροβολούνται από ένα πολεμικό τζετ και σκοτώνονται. Η πτώση του δράκου στο Τόκιο προκαλεί την εξάπλωση της μαγείας στη Γη και οι άνθρωποι, μέσα από έρευνες για τη μαγεία, καταλήγουν στο Black Scrawl. Ο Τάρο, μετά από την σκοτεινή πλοκή του "Drakengard", αποφάσισε να εστιάσει στα πιο ευχάριστα θέματα της φιλίας και της συλλογικής προσπάθειας. Μεγάλο κομμάτι του παιχνιδιού εμπνεύστηκε από τις επιθέσεις της 11ης Σεπτεμβρίου του 2001 και τον Πόλεμο κατά της Τρομοκρατίας. Από αυτά τα γεγονότα, ο Τάρο πήρε την ιδέα ενός τραγικού συμβάντος στο οποίο και οι δύο πλευρές νομίζουν ότι κάνουν το σωστό, και ήθελε να δείξει στον παίκτη τις διαφορετικές οπτικές γωνίες των ίδιων γεγονότων. Επιπλέον, σε μία σημείωση στο παιχνίδι αναφέρεται ότι τα γενέθλια του Nier είναι την 11η Σεπτεμβρίου. Ο όρος "Replicant" πάρθηκε από την ταινία επιστημονικής φαντασίας "Blade Runner" (1982), αν και ο Τάρο δεν ανέφερε κάποια συγκεκριμένη πηγή για το όνομα του Nier, αφήνοντάς το να θεωρηθεί ως ένα κωδικό όνομα που παρέμεινε κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης.