Posteriormente, Bolívar siguió gobernando en un ambiente enrarecido, acorralado por disputas fraccionales. Las revueltas continuaron. En esta situación, la Gran Colombia le declaró la guerra al Perú y el presidente de este país, José de La Mar, invadió Guayaquil, pero fue vencido por Antonio José de Sucre en la batalla del Portete de Tarqui el 27 de febrero de 1829. Venezuela se proclamó independiente el 13 de enero de 1830 y José Antonio Páez ocupó la presidencia de ese país desterrando a Bolívar.