I Italias Grand Prix fikk Kobayashi en girkassesvikt, og i Singapore måtte han bryte etter å ha truffet muren i en sving. Kobayashi fikk ny lagkamerat i Singapore, da Pedro de la Rosa ble byttet ut med Nick Heidfeld. I Japan kvalifiserte Kobayashi som nummer 14 og fullførte løpet på syvendeplass, etter å ha passert flere sjåfører underveis på en meget imponerende måte. Han avsluttet på åttendeplass i Korea og på tiende i Brasil, og endte til slutt sesongen med 32 poeng. I sin gjennomgang av sesongen uttalte den tidligere TV-kommentatoren Murray Walker at Kobayashi er «uten tvil Japans beste Formel 1-fører til nå».