Indonesia reclamó todos los territorios de las antiguas Indias Orientales Neerlandesas, y además de oponerse a los planes británicos para unir a la Malasia Británica y Borneo en una nueva federación independiente de Malasia, ya que eran vistos como una amenaza a su objetivo de crear un Estado único llamado Gran Indonesia. La oposición indonesia de la creación del Estado malayo provocó enfrentamiento entre Indonesia y Malasia entre 1962 y 1966. Sin embargo, las tensiones se han repetido a lo largo del tiempo. El país ocupó el territorio del Timor portugués (llamado ahora Timor Oriental) entre 1975 y 2002 basado en demandas del irredentismo. La ocupación militar incluyó asaltos, violaciones, saqueos y otros actos violentos hacia la población local. Al incluir la isla de Borneo dentro de sus pretensiones, la unión incluiría a Indonesia, Malasia, Timor Oriental, Brunéi y Singapur.