In 1592 werd de vijftienjarige Johan George door het protestantse meerderheid in de kapittel van het prinsbisdom Straatsburg verkozen tot diocesaan administrator van Straatsburg. De katholieke minderheid verkoos echter Karel van Lotharingen tot bisschop. Dit leidde tot de Straatsburgse Bisschoppenoorlog, die twaalf jaar zou duren. De oorlog eindigde op 22 november 1604 met de Vrede van Haguenau. Hierbij moest Johan George het prinsbisdom Straatsburg afstaan aan Karel van Lotharingen, waarbij hij in ruil een schadevergoeding kreeg.