Nel 1268, gli Angioini si impadronirono della Sicilia, e il dominio feudale su Paternò risulta appartenere ad un signore di cognome Bonifacio, a cui succedette la figlia Giacoma, per mezzo della quale pervenne in dote al marito Manfredi Maletta. Il Maletta, che nell'ambito della rivolta dei Vespri siciliani scoppiata nel 1282 contro i dominatori angioini, sostenne l'intervento degli Aragonesi nell'isola, li tradì nel 1299 per passare dalla parte degli Angioini; il principe Federico III di Sicilia, divenuto Re di Sicilia nel 1296, gli confiscò la terra di Paternò e la concesse ad Ugo di Empúries, conte di Squillace. Nel 1302, il nuovo sovrano siciliano inserì Paternò nella Camera Reginale, una dote patrimoniale che assegnò come dono di nozze alla consorte la regina Eleonora d'Angiò. Lo stesso re Federico III di Sicilia morì a Paternò la notte del 23 giugno 1337 nell'Ospedale della Commenda dell'Ordine di San Giovanni in Gerusalemme - sito fuori dalla cinta muraria della città - dopo essere stato qui ricoverato, mentre ammalato di podagra, da Enna si recava a Catania.