Albright fue nombrada Embajadora en las Naciones Unidas poco después de que Clinton tomara posesión, presentando sus credenciales el 9 de febrero de 1993. Durante su permanencia en la ONU, tuvo una relación difícil con el Secretario General de la ONU, Boutros Boutros-Ghali, a quien criticó. como "desconectado" y "negligente" en el genocidio en Ruanda. Albright escribió: "Lo que más lamento de mis años en el servicio público es el hecho de que Estados Unidos y la comunidad internacional no hayan actuado antes para detener estos delitos".En "Shake Hands with the Devil", Roméo Dallaire afirma que en 1994, en el papel de Albright como representante Permanente de los EE. UU. ante la ONU, evitó describir los asesinatos en Ruanda como "genocidio" hasta que se vio abrumada por la evidencia de ello. Se le indicó que apoyara una reducción o retiro (algo que nunca sucedió) de la Misión de Asistencia de Estados Unidos para Ruanda. Albright más tarde comentó en el documental de PBS "Ghosts of Rwanda" que "fue un momento muy, muy difícil, y que la situación no estaba clara. Usted sabe, en retrospectiva, todo parece muy claro. Pero en ese momento, no estaba claro qué ocurría en Ruanda."