При избухналата война през 49 пр.н.е. той е, противно на баща си, привърженик на Сената и на Помпей Велики, и служи най-вече в Африка. С десет военни кораба Луций Цезар прави неуспешен опит при "Clupeae" до "Anquillaria" да попречи на претор Гай Скрибоний Курион да навлезе в Африка. Бяга със закрития си тригребен кораб на брега и пристига пеша до град Хадрументум в Тунис. Градът е държан от Гай Консидий Лонг. След това Луций Цезар остава в Африка заедно с помпеанците и през 46 пр.н.е. става проквестор при Марк Порций Катон Млади. След Битката при Тапс той е помилван от Цезар и остава в Африка, но скоро след това е убит, не е известно дали по нареждане на Гай Юлий Цезар.