Известие о Варфоломеевской ночи пришло в Руан в конце августа 1572 года; пытаясь избежать массовой резни протестантов, городские власти взяли их под стражу. Однако с 17 по 20 сентября народная толпа сломала тюремные двери и расправилась с протестантами. Затем Руан неоднократно осаждал Генрих IV, но город сопротивлялся, в частности в ходе осады с декабря 1591 по май 1592 года на помощь Руану пришла испанская армия под командованием герцога Пармского.