Vào ngày 30 tháng 4 năm 1945, sau khi Hitler tự tử và theo di nguyện trước khi chết của Hitler, Dönitz được chỉ định làm người đứng đầu nhà nước, kiêm nhiệm chức vụ Tổng thống Đức và Tổng Tư lệnh tối cao quân lực. Vào ngày 7 tháng 5 năm 1945, ông ra lệnh cho Alfred Jodl, Tham mưu trưởng Hành quân của Bộ chỉ huy tối cao quân lực "(OKW)" ký Văn kiện đầu hàng của Đức tại Reism, Pháp. Dönitz sau đó giữ vai trò làm người đứng đầu Chính phủ Flensburg cho đến khi chính phủ này bị Lực lượng đồng minh tuyên bố giải thể vào ngày 23 tháng 5. Tại phiên tòa xét xử tội phạm chiến tranh ở Nuremberg, Dönitz bị kết án là tội phạm chiến tranh và bị tuyên phạt 10 năm tù giam. Sau khi ra tù, ông sống bình lặng tại vùng quê gần Hamburg cho đến khi qua đời năm 1980.