14 жовтня 1546 року імператор Священної Римської імперії Карл V Габсбург уклав Празький договір з Моріцом Саксонський, пообіцявши тому титул курфюрста. Невдовзі почалася Шмалькальденська війна, в якій Йоганн Фрідріх I спільно з ландграфом Філіппом I Гессенським очолив коаліцію протестантських князів. Втім вони діяли повільно, що дозволило імператору зібрати своє військо. Поступово протестантська армія відступила до Саксонії, а союзники Йоганна Фрідріха I підкорилися Карлу V. У відповідь курфюрст саксонський сплюндрував володіння свого суперника Моріца Саксонського. Втім вже 1547 році, допустивши тактичний прорахунок Йоганн Фрідріх I зазнав нищівної поразки в битві під Мюльбергом, після чого потрапив у полон.