Inicialment, l'estat estava format per cinc províncies (Sind, Panjab, Balutxistan oriental Bengala oriental i Assam i província de la Frontera del Nord-oest) i quatre unitats administratives (a partir de Gilgit-Baltistan actual (ara província) Azad Kashmir (també estat provisional) i el cinturó tribal amb Karachi com la seva primera capital. El govern de Liaqat Ali Khan patí molts problemes i contratemps durant bona part del primer any del seu govern. A Occident, sorgeixen problemes territorials amb els estats comunistes veïns, l'Afganistan i la Unió Soviètica, i ambdós estats es manifesten hostils envers el Pakistan. Mentre que l'establiment de la independència estatal del Pakistan no rebé massa bona benvinguda per part de la Unió Soviètica, per contra, Iran i Israel (un missatger secret) enviaren les seves missions diplomàtiques al nou estat. El 1947, l'Iran es convertia en el primer país a reconèixer el Pakistan, mentre la petició d'Israel no rebé una resposta completa. S'intensificaren els problemes territorials amb l'Índia, i més tard ambdues nacions es declararen la guerra a gran escala, en el que es convertiria en la Guerra indopakistanesa de 1947, i a la qual seguí el 1948 el conflicte del Balutxistan.