Весной 1941 года Королевские военно-морские силы Югославии имели 9 Do 16. Помимо разведывательных полетов, Do 16 также привлекались для постановки мин. В первые дни войны Do 16 потерь не понесли. 9 апреля 1941 года базу 26-й эскадрильи штурмовали итальянские самолёты, уничтожившие два Do 16. 15 апреля 1941 года во время эвакуации югославской морской авиации в Грецию и Египет, все Do 16 были брошены как не представляющие боевой ценности. Их захватили итальянцы, но позже пустили на лом.