Після шведських виборів 2006 року, на яких перемогла правоцентристська коаліція Фредріка Райнфельдта, Мальмстрем повернулась до Швеції, обійнявши посаду міністерки з питань європейських справ у кабінеті прем'єр-міністра Райнфельдта, який вступив на посаду 6 жовтня 2006 року. Її обов'язки включали інституційні питання, перегляд бюджету ЄС, стратегію Балтійського моря, Лісабонську стратегію та координацію головування Швеції в Раді Європейського Союзу в 2009 році.