Trotz seines Bündnisses mit Frankreich bemühte sich der Kurfürst um eine Verständigung mit Kaiser Karl VI. Er stellte 1717 bayerische Truppen für den Türkenkrieg zur Verfügung. Damit verband er auch die Absicht, von den zu erwartenden Erbfolgestreitigkeiten in Österreich nach dem Tod des Kaisers zu profitieren. Diesem Ziel diente auch die Heirat des bayerischen Kurprinzen Karl Albrecht mit Maria Amalia von Österreich. Die Anerkennung der Pragmatischen Sanktion und der Erbverzicht der Erzherzogin waren für ihn dabei nebensächlich. Den Einfluss der Wittelsbacher im Reich stärkte er, indem er maßgeblich dazu beitrug, dass sein Sohn Clemens August von Bayern gleich mehrere Bischofssitze einnehmen konnte. Darunter war auch das Erzbistum Köln mit der dazu gehörigen Kurstimme. Ebenfalls mehrere Bischofssitze nahm Johann Theodor von Bayern ein. Mit der Wittelsbacher Hausunion von 1724 konnte der innerfamiliäre Streit insbesondere mit der in der Kurpfalz regierenden Linie von Kurfürst Karl III. Philipp beigelegt werden. Darin eingeschlossen waren ebenfalls die geistlichen Wittelsbacher Fürsten, so auch Kurfürst Franz Ludwig. Im Rahmen der Wittelsbachischen Hausunion kam es endlich zu einem Vergleich in der lange umstrittenen Vikariatsfrage, der vorsah, dass Bayern und die Pfalz künftig gemeinsam das rheinische Vikariat ausüben sollten. Es war Max Emanuel in der zweiten Herrschaftszeit ein Anliegen, seine politische Isolation aus der Zeit des spanischen Erbfolgekrieges im Reich zu überwinden. Allerdings wurde das Land trotz aller Bemühungen von hohen Schulden belastet.