В 1809 году Стюарт был произведён в звание бригадного генерала джорджианского ополчения, а во время Войны 1812 года командовал кавалерийской бригадой. После войны он был активным членом ветеранской организации, умер в 1829 году в Седар-Хилле, похоронен на кладбище церкви Мудуэй. В 1915 году по решению Конгресса США на кладбище генералам Дэниелу Стюарту и Джеймсу Скревену был воздвигнут памятник.