Ca urmare a faptului că a făcut parte din echipa care a participat la Campionatul European din 2016 din Croația, Kaliniș a ratat primele trei etape ale sezonului la Hajduk 2016-2017, primind o vacanță prelungită din partea antrenorului lui Hajduk, Marijan Pušnik. El s-a întors la echipă pe 28 iulie 2016, într-un meci în care Hajduk a învins-o pe FC Oleksandria cu 3-0 în runda a treia a Ligii Europa UEFA din 2016-2017, care a avut loc pe Stadionul CSC Nika, păstrând poarta intactă. În septembrie 2016, Kalinić a semnat un nou contract pe cinci ani cu Hajduk. În timpul său la Hajduk, Kalinić a jucat în 134 de meciuri în șapte sezoane. În total, Kalinić a petrecut 17 ani din viață la juniorii și seniorii lui Hajduk.