Zwischen Juni und August 1945 wurde Berger im London Cage des britischen Geheimdienstes festgehalten; nach seiner Rückkehr nach Deutschland war er überwiegend in Nürnberg und Dachau inhaftiert. Das nach Kriegsende aufgefundene Aktenmaterial belastete Berger und führte zum Entschluss der zuständigen amerikanischen Behörden, ihn in einem der Nachfolgeprozesse des Nürnberger Kriegsverbrecherprozesses anzuklagen. Berger war einer der zwölf Angeklagten im elften Nachfolgeprozess, auch als „Wilhelmstraßen-Prozess“ bezeichnet, da viele Angeklagte dem Auswärtigen Amt angehört hatten. Berger wurde vor und während des Prozesses häufig vernommen; dabei erwiesen sich Bergers Behauptungen, er habe erst nach 1945 vom Mord an den europäischen Juden erfahren, angesichts aufgefundener Dokumente als wenig glaubhaft; auch widersprach im Prozess der als Zeuge vernommene ehemalige Reichsamtsleiter im Ostministerium, Georg Leibbrandt. Berger wurde auch für die Broschüre „Der Untermensch“ verantwortlich gemacht, die im von ihm geleiteten SS-Hauptamt entstanden war und Slawen als "„geistig, seelisch […] tiefer stehend als jedes Tier“" darstellte.