Im Mittelalter lag Oberwil im Herrschaftsbereich des Hauses Habsburg-Laufenburg. Zu den Lehnsherren gehörten die Klöster Engelberg und Muri. 1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau, und Oberwil gelangte zum Kelleramt im Herrschaftsbereich der Stadt Zürich. 1429 erwarb Bremgarten die niedere Gerichtsbarkeit. Während des Alten Zürichkriegs verwüsteten die Innerschweizer im Jahr 1445 das Dorf. 1529 traten die Einwohner zur Reformation über, mussten aber nur zwei Jahre später nach dem Zweiten Kappelerkrieg zum Katholizismus zurückkehren. Im Ersten Villmergerkrieg von 1656 plünderten durchmarschierende Truppen das Dorf erneut. Nach der Eroberung der Schweiz durch die Franzosen und der Ausrufung der Helvetischen Republik im März 1798 folgte die Auflösung des Kelleramts. Oberwil und Lieli waren Gemeinden im kurzlebigen Kanton Baden, ab 1803 gehörten sie zum Kanton Aargau.