Fondata nel 729 a.C. dai Calcidesi della vicina Naxos, la città vanta una storia millenaria caratterizzata da un susseguirsi di svariate culture i cui resti ne arricchiscono il patrimonio artistico, architettonico e culturale. Sotto la dinastia aragonese fu capitale del Regno di Sicilia, e dal 1434 per volere del re Alfonso V è sede della più antica Università dell'isola. Nel corso della sua storia è stata più volte interessata da eruzioni vulcaniche (la più imponente, in epoca storica, è quella del 1669) e da terremoti (i più catastrofici ricordati sono stati quelli del 1169 e del 1693).