Confermato alla Jaguar anche per il 2004, Webber fu affiancato dal giovane esordiente Christian Klien. La stagione fu più avara di soddisfazioni della precedente a causa della minore competitività della vettura, ma Webber ottenne comunque alcuni exploit in qualifica, come il secondo posto in griglia conquistato nella seconda gara in Malesia e il terzo posto ottenuto nel Gran Premio del Giappone, vanificati in entrambi i casi da un ritiro. Il miglior risultato della stagione fu un sesto posto nel Gran Premio di Germania; in totale Webber ottenne solamente quattro piazzamenti a punti, chiudendo la stagione in tredicesima posizione in classifica generale.