Hans yngste sønn, Filip, også kalt for «den djerve», var hans favoritt blant kongens mange barn, og hans mest ansette. Filip hadde utmerket seg i 1356 i slaget ved Poitiers hvor han i en alder av 14 år hadde kjempet ved sin fars side til den bitre slutt. For å bedre forholdet til burgunderne og samtidig ære sin sønn utpekte kongen Filip til guvernør av Burgund i slutten av juni 1363, og adelen i Burgund som hadde motsatt seg den forrige, lovte sin troskap. I de siste månedene av Johans regime ble Filip etablert som hertug av Burgund. Kongen hadde i all hemmelighet forfremmet sin sønn som hertug den 6. september 1363 (i kongens doble rolle som hertug i egen rett hadde han gitt tittelen til sin sønn og som konge godkjent endringen), uten å gjøre det offentlig, men da kong Johan døde den 2. juni 1364 utsendte kong Karl V av Frankrike en forordning som offentlig befestet Filips tittel som hertug av Burgund.