Po wybuchu wojny znalazł się we Lwowie, gdzie działał w kolaboracyjnym Związku Pisarzy. Po prowokacji NKWD i aresztowaniu grupy pisarzy polskich (m.in. Wata, Broniewskiego, Sterna, Peipera, Parnickiego) w styczniu 1940 zaczął organizować serwilistyczny list potępiający aresztowanych. Inicjatywa ta spełzła na niczym, utrącona przez Wandę Wasilewską. Ze wspomnień Michała Borwicza, późniejszego współpracownika paryskiej „Kultury”, można wnioskować, że Putrament wtedy został zwerbowany przez NKWD. W wierszu "Nasza ojczyzna" napisał m.in.: "I" "wie każdy – od starca do dziecka – że najbardziej potężna na świecie jest ojczyzna nasza radziecka, a my wierne jesteśmy jej dzieci""." 17 września 1940 przyjęto go do Związku Radzieckich Pisarzy Ukrainy. Po zaatakowaniu ZSRR przez Niemcy hitlerowskie ewakuował się do Moskwy, gdzie spędził okres aż do wyzwolenia Wilna w lipcu 1944. Współtwórca Związku Patriotów Polskich i 1 Armii Wojska Polskiego, oficer oświatowo-polityczny I Dywizji im. T. Kościuszki.