В боях 18—20 августа на реке Десна Пётр Андреевич был легко ранен в левую руку. Находясь в составе Пинской военной флотилии, Смирнов побывал в Киевском котле. 21 сентября в бою под Борисполем он снова получил лёгкое ранение — на этот раз в правую ногу. Из окружения вышел 28 октября 1941 года вместе с бригвоенюристом Кулаковым и юристом Вировским. Пётр Андреевич вышел к своим, сохранив документы. После выхода из окружения Смирнова направили служить в тыл: с ноября 1941 по январь 1942 года он командовал тыловой военно-морской базой в Уфе, затем до мая 1942 года в Сарапуле. В мае 1942 года капитан 1-го ранга П. А. Смирнов был направлен на борьбу с минной опасностью на Волге — он получил назначение в Отдельную бригаду траления (ОБТ) Волжской военной флотилии (ВлВФ), которую он возглавил 10 августа 1942 года.