Podczas intifady Al-Aksa w 2000 podjęto decyzję o włączeniu brygady w działania antyterrorystyczne na Zachodnim Brzegu i w Strefie Gazy, przydzielając batalionom kolejne palestyńskie miasta. Po rozwiązaniu w 2003 500 Brygady Pancernej ("Kfir"), większość jej żołnierzy przeniesiono do Brygady 90 Batalionów. W dniu 6 grudnia 2005 bataliony skonsolidowano w jednej regularnej brygadzie piechoty, która od tej pory była nazywana Brygadą Kfir. Jej żołnierze przechodzą standardowe szkolenie piechoty, a następnie dodatkowe szkolenia z walki w terenie miejskim, znajomości języka arabskiego i inne kursy zbliżone do sił specjalnych. Aby przyciągnąć rekrutów, postanowiono zorganizować system naboru żołnierzy do brygady w ten sposób, że zdają oni testy do jednostek sił specjalnych Sayeret Oketz i Sayeret Lotar. Ci, którzy nie dostaną się do Sayeret, stają się żołnierzami Brygady Kfir. W lutym 2007 ukończono proces szkolenia i konsolidacji batalionów w brygadzie. Obecnie brygada wykonuje około 70% działań specjalnych i aresztowań na Zachodnim Brzegu.