Im April 2002 kandidierte Amaral bei der Präsidentschaftswahl gegen Xanana Gusmão, verlor aber deutlich. Er erhielt nur 17,3 % der Stimmen. Während des Wahlkampfes erklärte Amaral, dass er eine Niederlage gegen Gusmão erwarte, es aber für wichtig halte, die Stärke der osttimoresischen Demokratie vorzuführen, indem Gusmão einen Gegenkandidaten habe. Bei der Präsidentenwahl 2007 trat Amaral erneut an, kam aber nur auf 14,39 % und schied damit schon nach der ersten Runde der Wahl aus. Zusammen mit dem Drittplatzierten Fernando de Araújo und der Kandidatin Lúcia Lobato legte er vor dem Tribunal de Recurso de Timor-Leste () aufgrund verschiedener Unregelmäßigkeiten Einspruch gegen das Ergebnis ein, scheiterte aber damit. Auch zu den Präsidentschaftswahlen 2012 ließ sich Amaral aufstellen. Doch bereits ab dem 27. April 2011 wurde er als ASDT-Vorsitzender von Alberto da Costa vertreten, und bei den parteiinternen Neuwahlen wurde neben Amaral als Vorsitzendem der Tourismusminister Gil da Costa Alves als Exekutiv-Präsident gewählt. Das Oberste Gericht Osttimors widerrief die Wahl aber, da die neue Parteistruktur unzulässig sei. In der Wahlkampfphase verschlechterte sich Amarals Gesundheitszustand. Ende Februar wurde Amaral ins Krankenhaus eingeliefert, weswegen das Nationalparlament Osttimors am 2. März das Wahlgesetz änderte, nach dem sonst beim Tode eines Kandidaten der gesamte Wahlprozess zu wiederholen wäre. Am Morgen des 6. März 2012 erlag Amaral um 8:45 Uhr im Hospital Nacional Guido Valadares (HNGV) seinem Darmkrebsleiden, das 2011 diagnostiziert worden war. In der Nacht wurde der Leichnam im Präsidentenpalast aufgebahrt, damit sich die Bevölkerung verabschieden konnte. Am folgenden Tag wurde Amaral auf dem Heldenfriedhof in Metinaro begraben.