Selv om Læger uden Grænsers missioner til Thailand med rette kunne anses for organisationens første missioner i krigstid, fik MSF sin første mission til en regulær krigszone med fjendtlig beskydning i 1976. MSF tilbragte ni år, fra 1976 til 1984, med at bistå operationsstuer i hospitaler i forskellige byer i Libanon, under den Libanesiske borgerkrig og opbyggede i denne forbindelse et ry for sin neutralitet og villighed til at arbejde under beskydning. Gennem krigen hjalp MSF både kristne og muslimske soldater, da de ydede hjælp til den af grupperne, der havde mest brug for lægehjælp. i 1984, da situationen i Libanon forværredes, og sikkerheden for hjælpeorganisationerne minimeredes, trak MSF sine frivillige tilbage.