Le , à Hohenlinden, de concert avec le général Grandjean, il dirige l'attaque contre les bataillons de grenadiers hongrois qui se trouvent dans le bois, et mérite par sa belle conduite une mention honorable du général en chef. Il soutient ensuite la retraite de la division Ney, de Muldorff sur Hœag et appuie le corps du général Lecourbe au passage de la Salza qu'il fait traverser sans barques, par un bataillon de la de ligne, en présence de l'ennemi posté sur la rive opposée et qui est culbuté en un instant. Chargé de la défense des ponts du Lech, près d'Augsbourg, et de la position avantageuse de Fribourg, contre le prince de Reuss, le général Boyé s'acquitte de cette mission avec un succès complet.