Syyskesällä 1999 Krautzun toimi TSG 1899 Hoffenheimin urheilutoimenjohtajana ja siirtyi lokakuussa Darmstadt 98:n päävalmentajaksi. Hän luotsasi seuraa kauden loppuun saakka. Marraskuussa 2000 hän siirtyi 2. Bundesliigassa vaikeuksiin ajautuneen FSV Mainzin peräsimeen. Hän jätti kuitenkin tehtävänsä jo helmikuussa 2001. Hän siirtyi Tunisian maajoukkueen peräsimeen maaliskuussa ja luotsasi Tunisiaa MM-karsinnoissa menestyksekkäästi. Krautzunin johdolla Tunisia voitti karsintalohkonsa ja selvisi MM-kisoihin 2002, mutta riidat maan jalkapalloliiton kanssa johtivat Krautzunin lähtöön karsintojen päätteeksi heinäkuussa 2001.