El 3 de octubre de 2001 se notificó que existían 123 denuncias presentadas por familiares de los desaparecidos políticos en contra de los generales Acosta Chaparro y Quirós Hermosillo. En 2002, Acosta Chaparro fue acusado de la desaparición y posterior asesinato de activistas de izquierda política y guerrilleros durante la Guerra sucia en México. El 21 de diciembre de ese mismo año, un juez castrense y la PJM revelaron que tenían la confesión de 10 testigos, miembros del Ejército, que vieron el asesinato de guerrilleros entre 1975 y 1979 que coincidían en la implicación de ambos generales y del mayor Francisco Javier Barquín Alonso, y en la orden de matarlos de un tiro en la nuca en diversas playas de Guerrero para luego arrojarlos en las madrugadas desde un avión en las costas de Oaxaca. Un juez no obstante, determinó que no era responsable y desestimó los cargos en febrero de 2006, beneficiándose en el proceso judicial denominado “desvanecimiento de pruebas”, y exonerado de la detención ilegal, tortura y desaparición de más de 20 campesinos guerrerenses.