In april 2002 kwam Blom in het nieuws door het 5.000 pagina's tellende rapport over de Val van Srebrenica, dat hij met enkele collega's van het NIOD in vijf jaar schreef. Met de acceptatie van deze regeringsopdracht nam Blom een groot risico, omdat tevoren niet duidelijk was of er voldoende bronnen beschikbaar zouden komen voor een helder verslag. Geheel in lijn met zijn oratie sprak Blom ook in dit rapport weinig waardeoordelen uit. Het rapport leverde hem zware kritiek op van vakbroeders, publicisten, juristen en politici. Het rapport leidde tot de val van het kabinet-Kok II.