1941年のソ連への奇襲攻撃「バルバロッサ作戦」にも従軍し、キエフ包囲戦、第一次ハリコフ攻防戦と戦い、一級鉄十字章を受章するが、その後、重傷を負いドイツへ後送される。傷が癒えると、少尉に任官したエルンストは、編成途中であった第519重戦車駆逐大隊へ配属された。大隊は1943年夏の終わりに編成を完了し、第3装甲軍直轄となり、ロシアのヴィテブスク地区で戦う。この間エルンストは多数の赤軍戦車を仕留め、1944年2月7日にゲオルク＝ハンス・ラインハルト上級大将）自らの手により騎士鉄十字章を受章し、3月28日には、中尉へ昇進した。その後、第519重戦車駆逐大隊へ転属となり、新しい大隊の編成を指導するためドイツへ向かう。大隊は編成を終えると東部戦線のレニングラード戦区へ派遣され、エルンストは赤軍と戦ったが重傷を負う。