Über die Frage der englischen Oberhoheit kam es zum Bruch zwischen John Balliol und Eduard I. Im Februar 1296 bezeugte Atholl das Bündnis zwischen Schottland und Frankreich, worauf es zum Krieg gegen England kam. Zu Beginn des Kriegs überfiel Atholl zusammen mit dem Earl of Buchan Nordengland. Dann gehörte er zu den Führern der Streitmacht, die Dunbar Castle besetzte. Als die Burg nach der Schlacht bei Dunbar den Engländern übergeben wurde, geriet Atholl in englische Gefangenschaft wurde in den Tower of London gebracht. Er wurde unter der Bedingung freigelassen, während des Französisch-Englischen Kriegs 1297 am Feldzug von Eduard I. nach Flandern teilzunehmen. Danach kehrte er nach Schottland zurück und kämpfte womöglich wieder auf schottischer Seite 1298 in der Schlacht von Falkirk. 1299 gehörte er zu den Schotten, die einen Raubzug in das englisch besetzte Südostschottland führten. Wenig später nahm er an dem Treffen der schottischen Magnaten in Peebles teil. Durch seine Besitzungen "Stratha'an" and Strathbogie hatte Atholl Interessen in Nordostschottland, so dass er als schottischer Sheriff von Aberdeen diente, während Sir Alexander Comyn, der jüngere Bruder des Earl of Buchan dieses Amt als Sheriff des englischen Königs beanspruchte. Als Sheriff nahm Atholl an einem vom Earl of Buchan abgehaltenen Gerichtshof teil. Wenige Monate später nahm er an dem schottischen Parlament in Rutherglen teil, während dem er in einem Streit zwischen dem Bischof von St Andrews mit John Comyn dem Jüngeren von Badenoch den Bischof unterstützte.