Foi fundada em 1782, na forma de uma feitoria com o nome de Lourenço Marques. A 9 de dezembro de 1876, foi elevada a vila e, em 10 de novembro de 1887, a cidade, por meio de um Decreto do Rei de Portugal (formalmente intitulado Decreto Régio). A cidade passou a designar-se Maputo depois da independência nacional, uma decisão anunciada pelo então presidente Samora Machel num comício a 3 de fevereiro de 1976 e formalizada em 13 de março. O nome provém do Rio Maputo, que marca parte da fronteira sul do país e que, durante a guerra pela independência de Moçambique, adquirira grande ressonância através do "slogan" "Viva Moçambique unido do Rovuma ao Maputo" (o Rovuma é o rio que forma a fronteira com a Tanzânia, a norte). Com a independência, a cidade sofreu um imenso afluxo populacional, devido à guerra civil travada no interior do país (1976-1992) e à falta de infraestruturas nas zonas rurais. O natural crescimento demográfico faria também com que a cidade se transformasse muito ao longo dos anos 1980 e 1990.