Glavni dogodek med njegovim vladanjem je bila avstrijsko-turška vojna na Ogrskem od leta 1593 do 1605. Zaradi porazov osmanske armade je sam prevzel poveljstvo, kar se ni zgodilo od Sulejmana I. dalje. Osmanska vojska je leta 1596 zavzela Eger in v bitki pri Mezőkeresztesu porazila habsburško in transilvanso vojsko. Mehmed se je sredi bitke hotel umakniti z bojišča, vendar so mu to na srečo preprečili. Naslednje leto so zdravniki ugotovili, da "sultan zaradi preobilne jedače in pijače ne more oditi na vojno".