อย่างไรก็ตามสมเด็จพระจักรพรรดิเปโดรที่ 1 แห่งบราซิลหรือพระเจ้าเปโดรที่ 4 แห่งโปรตุเกส พระเชษฐาทรงสละราชบัลลังก์แก่เจ้าหญิงมารีอา ดา กลอเรียให้ครองราชบัลลังก์โปรตุเกสในพระนาม สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 แห่งโปรตุเกส พระชนมายุ 7 พรรษา ผู้ซึ่งขณะนั้นทรงประทับอยู่ที่ลอนดอน ด้วยสถานะที่พระราชินีนาถมารีอาต้องอภิเษกสมรสกับเจ้าชายมิเกล พระปิตุลา เจ้าหญิงอิซาเบล มารีอาทรงดำรงเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ในพระราชนัดดาจนกระทั่งพ.ศ. 2371 เมื่อเกิดสงครามกลางเมืองขึ้นเรียกว่า สงครามเสรีนิยม ระหว่างฝ่ายอัตตาธิปไตยซึ่งสนับสนุนให้เจ้าชายมิเกลครองราชสมบัติในพระนาม สมเด็จพระเจ้ามิเกลแห่งโปรตุเกสกับฝ่ายเสรีนิยมซึ่งสนับสนุนสิทธิในราชบัลลังก์ของสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 แห่งโปรตุเกสและเจ้าหญิงอิซาเบล มารีอาผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ ในขั้นต้นพระเจ้ามิเกลด้วยการสนับสนุนจากเจ้าหญิงมารีอา เทเรซาแห่งเบย์รา พระเชษฐภคินีพระองค์โตทำการถอดถอนสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 ผู้เป็นพระนัดดาออกจากราชบัลลังก์และถอดถอนเจ้าหญิงอิซาเบล มารีอาออกจากตำแหน่งผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ แต่ในท้ายที่สุดฝ่ายเสรีนิยมเป็นฝ่ายได้รับชัยชนะ ผลที่ตามมาคือพระเจ้ามิเกลถูกเนรเทศออกจากประเทศอีกครั้ง และการครองราชบัลลังก์ครั้งที่สองของสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2