Lo scoppio della Seconda guerra mondiale e l'attacco italiano alla Francia portarono alla messa sotto sequestro dell’istituto da parte delle autorità fasciste. L’IFF fu costretto a chiudere le porte e mise in una sorta di “veglia” le sue attività, che ripresero solo dopo l’agosto 1944, grazie alla Liberazione di Firenze. Il senso di rinascita che caratterizzò gli anni successivi, in una città governata da una nuova classe politica che aveva forti legami con la società locale che stava vivendo un profondo rinnovamento, è testimoniato dagli interventi che furono presentati in occasione del cinquantenario dell’istituto, ad esempio dall’ex direttore Pierre Ronzy: « Je songe à un vers de Pierre de Nolhac vieilli: « Ma jeunesse est là-bas vers le Tibre romain! ». La mienne et aussi mon âge mûr sont restés là-bas vers l’Arno toscan, dans cet Institut qui va maintenant commencer son deuxième demi-siècle d’existence en cette Florence accueillante et belle ».