Au cours de la Guerre de Crimée (1853-1856), à bord de la frégate "Odessa" placé sous les ordres de l'amiral Pavel Nakhimov, le Fiodor Kern prit part à la bataille de Sinop. Après le débarquement des troupes alliées à Balaklava (25 septembre et ) il fut nommé commandant de la quatrième ligne défensive de la tour Malakoff. Au cours des combats il fut blessé à la tête par une balle (). Il fut décoré de l'Ordre de Sainte-Anne (deuxième classe - avec glaives), l'Ordre de Saint-Vladimir (troisième classe - avec glaives), l'Ordre de Saint-Georges - troisième classe, en outre il reçut une épée d'or avec l'inscription « Pour bravoure ».