Druhým zlomem ve Vilémově životě se stal rok 1866. Tehdy se rozhořela válka mezi Pruskem a Rakouskem, která se nevyhnula ani Náchodsku. Vilém musel znovu narukovat a bojů se zúčastnil ve III. armádním sboru vedeném arcivévodou Arnoštem. Bathildis raději odjela mimo zemi a pobývala u svých prarodičů v Kodani. Dne 26. června byl Náchod obsazen pruským V. armádním sborem pod vedením generála Steinmetze a v následujících dnech se na panství odehrály tři bitvy – u Náchoda (27. června), u České Skalice (28. června) a u Svinišťan (29. června). Teprve po bitvě u Hradce Králové (3. července) a následně uzavřeném míru mohly být sečteny škody, které celkově dosáhly na sumu 104 709 zlatých. Po dobu bojů sloužil náchodský zámek jako vojenských lazaret, kterým prošlo více než 1000 vojáků obou soupeřících táborů.