Кратко пре Фераро-фирентинског сабора Евгеник је постао митрополит Ефеса. Присуствовао је сабору као један од водећих византијских богослова, заступајући крајње негативну грчку позицију у односу на латинска учења о Светом Духу (Филиокве) и о чистилишту. Био је једини грчки делегат који је одбио да потпише акт о Унији између цркава Рима и Константинопоља (1439). По повратку у Ефес преко Константинопоља, заточен је на острву Лимнос (1440-1442).