לפרופ' קובי פלג עשייה רבה בתחום הסיוע ההומניטרי באזורי אסון. בדצמבר 1988 שימש כסגן מפקד המשלחת הרפואית (בית חולים שדה) לקירוואקן (כיום: ונדזור) שבארמניה. ב-1995 השתתף והיה אחראי על הארגון המבצעי של שיגור בית החולים שדה ששלח חיל הרפואה לסייע לפצועי מלחמת האזרחים ברואנדה.