2018/19 lief Todorowa sowohl im IBU-Cup als auch im Weltcup. Ihr Weltcup-Debüt feierte sie am 13. Dezember 2018, als sie im Sprint 89. wurde. Mit der Weltcup-Staffel belegte sie bei ihrem ersten Auftritt den 20. Rang. Bei den Biathlon-Juniorenweltmeisterschaften 2019 erreichte sie mit dem 6. Platz im Sprint einen Top 10-Rang, was sie in den anderen Rennen der JWM nicht wiederholen konnte. Sie nahm auch an den Biathlon-Europameisterschaften 2019 und den Biathlon-Junioren-Europameisterschaften 2019 teil. Todorowa wurde ein weiteres Mal im IBU-Junior-Cup eingesetzt, wo sie bei den beiden Wettbewerben, an denen sie teilnahm, Zweite wurde. Milena Todorowa schloss die Saison 2018/19 mit einem Einsatz in der bulgarischen Staffel bei den Biathlon-Weltmeisterschaften 2019 ab.