В 2007 году шотландский рефери вошёл в судейский корпус, обслуживавший матчи чемпионата Европы среди молодёжных команд, проходивший в Нидерландах. 13 июня он судил поединок между «молодёжками» Бельгии и Израиля. Уже на 18-й минуте Томсон принял неоднозначное решение, удалив с поля прямой красной карточкой полузащитника Маруана Феллайни. Несмотря на это, бельгийцы выстояли и в конце встречи сумели провести победный мяч. Этот матч стал единственным на чемпионате, который Крейг отработал в качестве основного арбитра. Через год Томсон вошёл в список резервных арбитров на встречи чемпионата Европы 2008, но не отсудил на турнире ни одной встречи.