Nach mehreren Missionen stieg er 1962 aus der CIA aus, um seine Verlobte zu heiraten und ein Zivilleben zu führen. Er arbeitete zunächst für eine Werbeagentur und dann für eine Verpackungsfirma. Auf dem Höhepunkt der Raketen-Krise im Oktober 1962 ließ er sich jedoch spontan reaktivieren, als die CIA ihn für Geheimdienstaktivitäten in Kuba zur Unterstützung einer vorgesehenen Invasion von US-Marineinfanteristen und zur Zielidentifikation für Luftangriffe auf sowjetische Raketenbasen anwarb. Am geplanten Einsatztag stimmte die sowjetische Regierung dem von den USA ultimativ geforderten Abzug der Atomraketen zu, so dass die Krise entschärft wurde und auch Rodríguez’ Mission entfiel. Da er seine zivile Arbeitsstelle bereits aufgegeben hatte, entschied er sich für einen dauerhaften Wiedereintritt in die CIA.