Il 29 maggio 2012, dopo il terremoto dell'Emilia, il palazzo è stato chiuso al pubblico a causa della vulnerabilità sismica dell'edificio e conseguentemente anche la Biblioteca universitaria di Pisa è stata chiusa temporaneamente. Infine dopo 6 anni di restauri, con vari blocchi nei lavori, il 29 maggio 2018 è stato finalmente riaperto. Il restauro ha interessato sia la parte statica dell'edificio che la sua valorizzazione, come dimostra il ripristino del bianco mediceo nei paramenti murari del cortile interno.