W październiku 1941 roku otrzymał stopień admirała oraz mianowany został dowódcą Floty Dalekiego Wschodu, co wzbudziło kontrowersje wśród brytyjskich wyższych oficerów, posiadał bowiem małe doświadczenie w bezpośrednim dowodzeniu siłami morskimi. 25 października, na czele Zespołu G ("Force G"), w skład którego wchodziły okręty liniowe HMS "Prince of Wales" i "Repulse" oraz niszczyciele HMS "Electra", "Express", "Encounter" i "Jupiter", wyruszył do Singapuru, docierając tam 2 grudnia. Po przystąpieniu Japonii do wojny w dniu 8 grudnia 1941 (w tym dniu nastąpiła również inwazja na Malaje) wyruszył na czele Zespołu Z ("Force Z" - HMS "Prince of Wales", "Repulse" oraz niszczyciele HMS "Electra", "Express", "Tenedos" i HMAS "Vampire") w poszukiwaniu inwazyjnych sił japońskich. Błędem Brytyjczyków było jednak pozbawienie ich zespołu osłony samolotów myśliwskich. Po wykryciu przez japoński okręt podwodny okrętów alianckich, doszło w dniu 10 grudnia do powietrzno-morskiej bitwy pod Kuantanem, w wyniku której bombowce japońskie zatopiły oba brytyjskie okręty liniowe. W bitwie śmierć poniosło 840 marynarzy brytyjskich, wśród nich również admirał Thomas Phillips.