Nach Kriegsende war die „Heuaktion“ Verhandlungsgegenstand in den Nürnberger Prozessen. Im Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher wurde Alfred Rosenberg auch wegen seiner Rolle in der „Heuaktion“ zum Tode verurteilt. Im Wilhelmstraßen-Prozess wurde Gottlob Berger als Kriegsverbrecher zu 25 Jahren Haft verurteilt. Berger, Himmlers Verbindungsmann im Ostministerium, war an der Planung der „Heuaktion“ maßgeblich beteiligt gewesen.