Отношения между Южным Суданом и Израилем начались в конце 1960-х годов, когда лидеры Вооружённых силы Южного Судана, ведя восстание против северного правительства были впечатлены победой Израиля в Шестидневной войне (1967), обратились к Израилю. Посещение Израиля было наказуемым преступлением в Судане; южане поддерживали связи с еврейским государством под страхом большого личного риска. Израильские посланники также встречались с местными южносуданскими лидерами и инициировали программу помощи в сферах развития сельского хозяйства и инфраструктуры.