1996 versuchte Huckabee zunächst, sich erneut für den US-Senat zu bewerben. Als jedoch im Mai desselben Jahres bekannt wurde, dass der damalige demokratische Gouverneur Jim Guy Tucker infolge des Whitewater-Skandals zurücktreten wolle, wurde Huckabee am 15. Juli zum Gouverneur von Arkansas ernannt. Huckabee, der einer der bislang lediglich drei republikanischen Gouverneure von Arkansas war, gewann 1998 die Gouverneurswahlen mit 60 % der Stimmen; 2002 wurde er mit 53 % wiedergewählt. Ebenfalls 2002 bewarb sich seine Frau Janet als Secretary of State, kam aber nur auf 38 % Stimmenanteil.