Den Präsidenten Abraham Lincoln hat Gardner mehrfach fotografiert. Ein bis heute weit verbreitetes, repräsentatives Porträt entstand am 8. November 1863, nur einige Tage vor Lincolns berühmter Rede auf dem Schlachtfeld von Gettysburg, der „Gettysburg Address“. Ein weiteres bekanntes Bild von Lincoln wurde am 10. April 1865 aufgenommen, vier Tage vor dem tödlichen Attentat auf Lincoln. Gardner machte Fotos von Lincolns Bestattung und er fotografierte die vier gefangenen Komplizen des eigentlichen Attentäters John Wilkes Booth, der auf der Flucht erschossen wurde. Nur Gardner durfte Aufnahmen machen, als die vier Mitverschwörer gehängt wurden. Seine Bilder wurden in Holzschnitte umgesetzt und erschienen in „Harper’s Weekly“.