Med en fransk armé på sin sida landsteg Jakob på Irland i mars 1689, vilket blev början till Tvenne kungars krig. Det irländska parlamentet följde inte det engelskas exempel utan förklarade att Jakob fortfarande var kung. Han besegrades emellertid i slaget vid Boyne 1 juli 1690. Han flydde till Frankrike efter nederlaget. För detta uppfattades han som feg och mycket av hans stöd upplöstes och han fick öknamnet "Séamus an Chaca" ("Skiten Jakob") på Irland.