Durante a Guerra dos Segadores os andorranos apoiam os catalães na revolta contra Castela. Estava em jogo diminuir a influência e dominação que Castela exercia sobre Portugal, Catalunha, reino de Valência, reino de Navarra e Andorra. Efetivamente, enquanto Portugal aproveita a ocasião para revoltar-se contra a coroa castelhana, em 1641, Luís XIII de França e co-príncipe de Andorra, é proclamado rei da Catalunha como represália contra Castela. A proclamação de Luís XIII de França como rei catalão obriga o bispo e também co-príncipe de Andorra a fugir para Castela, pois apoiava a monarquia castelhana. Assim, durante o conflito a soberania andorrana vai ser posta em questão. Neste caso, Luís XIII usurpa do poder do bispo e obriga os andorranos a alugarem tropas francesas, além de pagarem impostos a monarquia francesa. O parlamento andorrano não aceita a situação, mas durante 10 anos não pode fazer nada. No final da guerra, em 1652, apresentam-se condições péssimas de rendição para com os catalães, Andorra vê-se afetada. O Tratado dos Pirenéus, que marca o fim da guerra, retira da Catalunha parte do seu território, nomeadamente o condado de Rossilhão e metade do condado de Cerdanha. A situação é vivida com grande receio por parte dos andorranos. Os motivos parecem ser óbvios: a Catalunha não consegue restaurar a sua soberania. O único reino da coroa castelhana a obter vitória será Portugal em 1668. A Catalunha retorna a autoridade ao rei castelhano, Filipe IV, e o co-príncipe e bispo andorrano volta do exílio.