Su cuarta temporada en el club comenzó con el título de la Supercopa de Alemania, después de derrotar al Bayern. Al contrario que en la anterior Supercopa, Lewandowski no marcó ningún gol.El 4 de enero de 2014 se hizo oficial su traspaso a coste cero al Bayern al acabar la temporada.Continuó en el club amarillo, con el que se proclamó máximo goleador de la Bundesliga con 20 tantos.