Bakhchysarai pertama kali disebutkan pada tahun 1502 dan didirikan sebagai tempat tinggal baru Khan Sahib I Giray pada tahun 1532. Semenjak itu, kota ini menjadi ibu kota Kekhanan Krimea. Setelah Kekhanan Krimea diambilalih oleh Kekaisaran Rusia pada tahun 1783, kota ini tidak lagi menjadi kota yang penting secara administratif, tetapi masih menjadi pusat kebudayaan Tatar Krimea hingga peristiwa Deportasi Tatar Krimea pada masa kepemimpinan Josef Stalin pada tahun 1944.