1999年，南斯拉夫联盟共和国内部爆发科索沃战争，近40万阿尔巴尼亚族难民从科索沃涌入北马其顿。2001年春，该国西部的阿族人开始进行武装叛乱，引发短暂的内战，后来双方于6月在欧盟官员的调停下达成停火协议，阿族同意放下武装，政府同意给予阿族人更多权力，阿族人得以进入共和国的议会并参与选举，之后国内的民族关系有一定的改善。