Han var legesjef i Forsvarets sanitet fra 1951 til 1958, og tjenestegjorde som kirurg og sjefkirurg ved Norwegian Mobile Army Surgical Hospital (NORMASH) under Koreakrigen i 1951 (major) og 1953 (oberstløytnant). Han arbeidet deretter som overlege ved det skandinaviske sykehuset i Seoul, National Medical Center (NMC), fra 1958 til 1960. Bernhard Paus hjalp mange hardt skadede koreanere med medisinsk hjelp og til et nytt liv i Norge. Han introduserte også Korea til vestens medisin og tok initiativer til moderne sykehusbygging. Norsk-koreaneren Lee Chul-ho har i intervjuer trukket frem Bernhard Paus og Trygve Lie som de to nordmenn som har gjort mest for Korea.