Am 10. November 1997 löste Alexander Vershbow Robert E. Hunter  als Ständiger Vertreter der Vereinigten Staaten bei der NATO ab und bekleidete diesen Posten bis seiner Ablösung durch R. Nicholas Burns am 9. Juli 2001. Nach dem Massaker von Račak, ein Ereignis in der innerstaatlichen Phase des Kosovo-Konflikts bekannt, bei dem am 15. und 16. Januar 1999 im Kosovo mindestens 40 Menschen in und bei dem Dorf Račak () aufgefunden wurden, die von jugoslawischen Streitkräften erschossen worden waren, entwarf er einen detaillierten Vorschlag zur Befriedung der Situation durch US-amerikanische und russische Truppen, der jedoch von der US-Regierung abgelehnt wurde. Für seine Verdienste als Botschafter bei der NATO wurde er 2001 der "Distinguished Service Award" des US-Außenministeriums ausgezeichnet.