Maximiliaan Frederik nam zijn geestelijke verplichtingen zeer serieus en volgde in zijn kerkelijk beleid een gematigd episcopaal beleid, maar werd later een aanhanger van het febronianisme. Als gevolg van verschillende conflicten met de Romeinse Curie of de pauselijke nuntius hielden de geestelijke keurvorsten van Keulen, Trier en Mainz een vergadering, waarin ze het febronianisme onderschreven, zich beriepen op de besluiten van de Concilies van Konstanz en Bazel en de paus opriepen om verschillende aan zichzelf toegekende rechten op te geven en de nuntii af te schaffen. Hun voorstel had echter weinig effect, omdat de nodige keizerlijke steun ontbrak. In 1774 benoemde Maximiliaan Frederik febronianist Hedderich tot kerkelijk adviseur, waarbij die tevens bevoegd was voor de censuur.