В конце 1999 года страны возобновили мирные отношения благодаря дипломатическим усилиям Катара. Но несмотря на это, Судан позволил эфиопским войскам использовать суданскую территорию и воздушное пространство во время Эфиопо-эритрейского конфликта. В ответ Эритрея вновь начала оказывать помощь НДС, а также поддержала повстанческие силы в Дарфуре и Народно-освободительное движение Судана. В январе 2005 года было подписано Найвашское соглашение между правительством Судана и НОДС, Эритрея стала одним из посредников при подписании соглашения, что способствовало возобновлению дипломатических отношений между двумя странами.