Pakenham, en tant qu'adjudant général, rejoint son beau-frère bien connu, le duc de Wellington, dans la guerre péninsulaire. Il commande un régiment à la Bataille de Buçaco en 1810 et, en 1811, combat à la Bataille de Fuentes de Oñoro pour défendre la forteresse assiégée d'Almeida, contribuant à assurer une victoire britannique. En 1812, il est félicité pour sa performance à Salamanque dans laquelle il commande la troisième division et martèle sur le flanc de la ligne française. Il reçoit également la Croix d'or de l'armée et des fermoirs pour les batailles de Martinique, Busaco, Fuentes de Oñoro, Salamanque, Pyrénées, Nivelle, Nive, Orthez et Toulouse.