Osttimor kam 2001 zur Ruhe und wurde am 20. Mai 2002 in die Unabhängigkeit entlassen. Das Mandat der UNMISET wurde später bis 2005 verlängert, dann durch die einjährige Folgemission Büro der Vereinten Nationen in Osttimor (UNOTIL) ersetzt. Als 2006 Unruhen in Osttimor ausbrachen, wurde die Entsendung der Integrierte Mission der Vereinten Nationen in Timor-Leste (UNMIT), zusammen mit der International Stabilization Force (ISF) notwendig. Die UN-Missionen in Osttimor endeten schließlich am 31. Dezember 2012, doch noch immer lebten zu diesem Zeitpunkt mehrere Zehntausend Flüchtlinge in Westtimor, zumeist ehemalige Sympathisanten und Kollaborateure der indonesischen Besatzungsmacht.