После подавления восстания на посту командующего войсками Котласского района вёл боевые действия на шенкурско-архангельском направлении против войск генерала Е. К. Миллера и английских интервентов. С декабря 1918 года — командующий Астраханским укреплённым районом Каспийско-Кавказского фронта, один из организаторов обороны Астрахани. С 7.02.1919 по 8.04.1919 — начдив 13-й стрелковой дивизии 8-й армии РККА, действовавшей в Северной Таврии и в Крыму. С 9.05.1919 по 24.02.1920 — командующий 13-й армией Южного фронта. Под его командованием армия участвовала во всех важнейших операциях фронта против армий А. И. Деникина, ставшего в 1919 году главным фронтом гражданской войны. В мае — июне 1919 года армия с боями отходила на север от Ростова-на-Дону и Таганрога, затем участвовала в неудачном августовском контрнаступлении Южного фронта 1919 (август−сентябрь). В сентябре — октябре 1919 года в ходе Московского похода Деникина армия отходила на Валуйки, Курск, Ливны, Орёл, затем успешно участвовала в Орловско-Кромской наступательной операции, отбив Малоархангельск и Курск. В ноябре 1919 — январе 1920 года армия наступала в Донбассе, 10 января 1920 года её части первыми вышли на побережье Азовского моря, разрезав надвое весь фронт ВСЮР. Был ранен осенью 1919 года осколком снаряда.