Kun Israelin joukot miehittivät Libanonin 1982, vaikka Gemayel ei avoimesti toiminut israelilaisten kanssa, hänen entinen yhteistoimintansa oli ainakin muslimien silmissä rasite. Vaikka hän oli ainoa ehdokas presidentinvaaleissa 23. elokuuta 1982, suurin osa muslimeista boikotoi vaalia Syyrian painostuksesta ja hänet valittiin pienimmällä enemmistöllä kautta Libanonin historian (57 ääntä 92:sta parlamentissa). Yhdeksän päivää ennen kuin hänen tuli vannoa virkavalansa, hän ja 25 muuta kuolivat pommiräjähdyksessä Kata'ibin päämajassa Achrafiehissa 14. syyskuuta. Israelin ja USA:n tiedustelupalvelujen mukaan Syyrian Hafez al-Assad määräsi salamurhan. Sabran ja Shatilan verilöylyt olivat kosto tästä surmasta ja Israelin joukot miehittivät sen johdosta myös Länsi-Beirutin.