Le Canon des Écritures, promulgué par le Concile de Ferrare-Florence et le Concile de Trente, ne la mentionnent pas. Aucun acte conciliaire ne l'écarte explicitement du Canon. Cependant, la version Sixto-Clémentine de la Bible latine (Vulgate), promulguée en 1592 en application des décrets du Concile de Trente, la place à la suite de tous les livres bibliques (en appendice). Elle précise que la Prière de Manassé ne fait pas partie du corpus des Écritures défini par le concile de Trente, mais qu'il convient d'en conserver la mémoire puisqu'elle est citée par certains Pères et se trouve dans certains manuscrits de la Bible.