В период Пражской весны 1968 Антонин Прхал всячески дистанцировался от политики. Символично, что министром внутренних дел в тот период являлся Йозеф Павел, которого Прхал в своё время арестовывал и подвергал жёсткому прессингу на следствии. Прхал подвергался критике в официальной печати.