אירוע משמעותי בזירה הימית היה תקרית ליברטי, שבה תקפה ישראל אניית ביון אמריקאית, עקב טעות בזיהוי. שלש טרפדות בפיקוד המפל"ג משה אורן לקחו חלק בתקרית, שהתרחשה ביום השלישי של המלחמה. בליל 7/8 ביוני הפגיזה משחתת מצרית כוח טנקים בפיקוד ישראל גרנית באזור רומאני. בלא קשר אירעו התפוצציות באזור חוף אל עריש. מסקנת הפיקוד הייתה שהמצרים מפגיזים מהים וחיל הים נדרש להגיב. הטרפדות ט-204 בפיקוד קרן גיל, ט-203 בפיקוד רמי רפאלי וט-206 בפיקוד רפי אפל נשלחו נגד המשחתת המצרית.