W pierwszej turze wyborów prezydenckich 17 marca 2012 zajął drugie miejsce (25,71% głosów), przegrywając z Francisco Guterresem (28,76%), lecz pokonując urzędującego prezydenta José Ramos-Hortę (17,48%). W drugiej turze wyborów 16 kwietnia 2012 pokonał Guterresa, zdobywając 61,2% głosów poparcia. Urząd prezydenta objął 20 maja 2012 i zajmował do 20 maja 2017. Nie ubiegał się o reelekcję w wyborach prezydenckich w 2017.