Το 430 π.Χ., μετά τη Μάχη της Ποτίδαιας, η οποία στην πραγματικότητα ήταν διετής πολιορκία, η πόλη αναγκάσθηκε να παραδοθεί λόγω λιμού που είχε ενσκήψει όπου κατά τον Θουκυδίδη οι κάτοικοι έφθασαν στο σημείο να τρώνε πτώματα. Οι Αθηναίοι εγκατέστησαν στη συνέχεια 1.000 εποίκους κληρούχους, (αφού μετέφεραν τους Ποτιδαιείς κατοίκους στην Όλυνθο). Στο τέλος του Πελοποννησιακού Πολέμου η Ποτίδαια περιήλθε στον έλεγχο των Λακεδαιμονίων, οπότε και συμμετείχε στο Κοινό των Χαλκιδέων. Το 363 π.Χ. οι Αθηναίοι την ανακατέλαβαν αλλά το 356 π.Χ. αναγκάσθηκαν να την εγκαταλείψουν στον Φίλιππο, ο οποίος την κατέστρεψε και παραχώρησε τα εδάφη της στην Όλυνθο.