Kroatia trakk uansett laget sitt fra den kvalifiseringen, men stilte opp i klasse B i neste kvalifisering, til EM i 2001. Der endte laget sist. Kroatia forbedret seg til neste kvalifisering, til VM i 2003, der de endte på andreplass bak Polen. Kroatia ble stabile der, i de to neste kvalifiseringene ble de respektive tredje best og nest best i sin gruppe.