Και στους δύο παγκόσμιους πολέμους το Σκάγκερακ ήταν στρατηγικά πολύ σημαντικό για τη Γερμανία. Η μεγαλύτερη ναυμαχία του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου, η Ναυμαχία της Γιουτλάνδης, γνωστή και ως Ναυμαχία του Σκάγκερακ, πραγματοποιήθηκε εδώ στις 31 Μαΐου ως 1 Ιουνίου 1916. Κατά το Β' Παγκόσμιο Πόλεμο η σημασία του ελέγχου αυτού του πλωτού δικτύου, στη Βαλτική, ήταν το κίνητρο για τη γερμανική επίθεση στη Δανία και τη Νορβηγία και την εν συνεχεία κατασκευή των βόρειων τμημάτων του Τείχους του Ατλαντικού. Και οι δύο αυτές ναυτικές επιχειρήσεις συνέβαλαν στον μεγάλο αριθμό ναυαγίων στο Σκάγκερακ.