בשנת 1805 מת אחיו אלויס הראשון, נסיך ליכטנשטיין, ויוהאן יוזף עלה לשלטון במקומו. יוהאן יוזף פיקד על השדרה האוסטרית החמישית בקרב אוסטרליץ, ולאחר מכן מונה לשליח האוסטרי להשגת שלום פרסבורג. ב-12 ביולי 1806 צירף נפוליאון את נסיכות ליכטנשטיין לקונפדרציה של הריין, ומינה את בנו של יוהאן יוזף - קרל יוהאן, נסיך ליכטנשטיין לעוצר הנסיכות, תפקיד אותו הוא מילא עד לשנת 1813. בשנת 1806 מונה יוהאן יוזף על ידי פרנץ הראשון, קיסר אוסטריה, למפקד העיר והמבצר של וינה. בשנת 1809 הוא נלחם כמפקד חיל הפרשים נגד צבא נפוליאון בקרב אספרן-אסלינג, ולאחר התבוסה פעל שוב להפסקת אש. בעקבות התפטרותו של הארכידוכס קרל, דוכס טשן, מונה יוהאן יוזף ב-31 ביולי 1809 למפקד העליון של הצבא האוסטרי, וב-14 באוקטובר חתם על הסכם שנברון. מאחר שאוסטריה לא יכלה לשלם את הסך של 10 מיליון גילדן שהוטל עליה, חתם יוהאן יוזף על הסכם עם הבנקים להלוואת הסכום. ב-12 בספטמבר אותה שנה הועלה יוהאן יוזף לדרגת גנרל-פלדמרשל, וזמן קצר לאחר מכן הוא פרש מתפקידו כמפקד בצבא האוסטרי והתמסר לארצו.