El 3 de agosto de 1979, Macías fue derrocado por un golpe de estado liderado por su sobrino, el teniente coronel Teodoro Obiang Nguema, que había sido alcaide de la siniestra prisión Playa Negra. Macías fue juzgado y ejecutado, en tanto que se constituía un Consejo Supremo Militar presidido por el propio Obiang. Las islas fueron renombradas Bioko y Annobón. El nuevo régimen tenía ante sí una labor ingente: las arcas del Estado estaban vacías y la población era apenas un tercio de la que había en el momento de la independencia.