Durant el , l'activitat de la parròquia del Pi es centra en l'aplicació de les directrius del Concili de Trento i de la pastoral que se'n desprèn. A principis d'aquest segle es continuen compilant d'una forma sistemàtica els llibres de matrimonis i de baptismes i es substitueixen els antics llibres litúrgics pels corresponents a la nova litúrgia. Els vells llibres de cor són retirats, reciclant-ne les planes en pergamí que són utilitzades per a les enquadernacions dels documents de l'arxiu. Això ha permès en l'actualitat recuperar molts documents dels segles anteriors a la construcció de l'església gòtica, com ara el pergamí conegut amb el nom popular del “Caplletra del Llebrer” de mitjan . També en aquest període comença a ser significativa la documentació legal i notarial, i la generada per la relació de la parròquia amb la jerarquia eclesial i amb institucions com ara el Consell de Cent i la Diputació del General. En aquest sentit destaca la documentació relativa a la participació de la parròquia en la Guerra dels Segadors i en la de Successió, especialment pel que fa als setges soferts per la ciutat de Barcelona i que han estat motiu d'una exposició a la mateixa Basílica, a més de diverses intervencions acadèmiques emmarcades en la celebració del tricentenari de la caiguda de la ciutat, l'any 2014.