Nikolaj Velimirović und der Patriarch der serbisch-orthodoxen Kirche Gavrilo Dožić, die in diesen Zeiten als die einflussreichsten Vertreter der serbischen Orthodoxie galten, wurden im Juli 1941 von der deutschen Besatzungsmacht in verschiedenen Klöstern unter Hausarrest gestellt. Die Besatzer hegten Misstrauen gegen die Geistlichen, da sie 1941 den jugoslawischen Putsch unterstützt hatten und Sympathien für die Tschetniks hatten. Gleichzeitig kamen die Antikommunisten für eine mögliche zukünftige Kollaboration in Frage. Am 14. September 1944 wurden sie als „Ehrenhäftlinge“ in das Konzentrationslager Dachau eingewiesen und bereits im Dezember 1944 wurde Nikolaj Velimirović wieder aus dem KZ Dachau entlassen. Dass Velimirović im KZ angeblich Folter erlitten hat, ist eine Legende seiner Bewunderer und Schüler (darunter sein Neffe Bischof Jovan Velimirović und die Bischöfe Amfilohije Radović und Atanasije Jevtić).