Dopo la strepitosa vittoria dell'ammiraglio Nelson nella Battaglia del Nilo del 1798, Smith venne inviato nel Mediterraneo come comandante dell"'HMS Tigre", un vascello francese da 80 cannoni catturato dagl'inglesi e riallestito come nave da combattimento della Marina britannica. Sebbene gli fosse stato ordinato di porsi sotto il comando del comandante in capo della Marina britannica per le operazioni nel Mediterraneo, Lord John Jervis, non si trattò di un incarico puramente navale. John Jervis gli dava ordini come commodoro, con l'autorizzazione di prendere navi britanniche al suo comando come richiesto nel Levante. Egli condusse anche missioni diplomatiche e militari ad Istanbul, ove il fratello era diventato ora ministro plenipotenziario presso la Sublime porta. La sua missione era quella di rafforzare l'opposizione turca a Napoleone e fornire assistenza ai turchi nel distruggere l'armata francese in Egitto. Questo doppio incarico provocò il risentimento di Nelson, che era ufficiale superiore nel Mediterraneo agli ordini di John Jervis nel Levante. L'antipatia di Nelson nei suoi confronti condizionò negativamente la reputazione di Smith nei circoli marittimi inglesi.