La tredicesima edizione della cronometro maschile Under-23 dei campionati europei di ciclismo su strada, si è svolta il 2 luglio 2009 in Belgio con partenza da Hooglede ed arrivo a Gits, su un percorso di 37 km. La medaglia d'oro è stata vinta dal tedesco Marcel Kittel con il tempo di 47'24" alla media di 46,83 km/h, l'argento al russo Timofej Krickij e a completare il podio il danese Rasmus Quaade.