Полковники и старшина на Сечи приняли его с энтузиазмом и казачество избрало его гетманом Войска Запорожского. К этому периоду относится появление личной хоругви Богдана Хмельницкого, оригинал которой был не так давно найден в шведской государственной коллекции трофеев (Военный музей, Музей Армии) в Стокгольме, а реконструкция экспонируется в историческом музее г. Чигирина. По сведениям историков, хоругвь была утрачена казаками вместе с целым рядом других в битве с поляками при Берестечке в 1651 году. Позднее, во время оккупации шведами территории Польши в 1655 году хоругви, скорее всего, оказались среди шведских трофеев. В настоящее время хоругвь представляет собой коричневое полотнище с «откосом», направленным вверх при горизонтальном расположении флага. По сохранившимся акварелям восстановлены первоначальные цвета — красно-оранжевый), в центре на белом фоне изображены золотые шестиконечные звёзды, крест, серебряный полумесяц и буквы «Б. Х. Г. Е. К.МЛС. В. З.», что означает «Богдан Хмельницкий — Гетман Его Королевской Милости Войска Запорожского».