A partire dagli anni novanta si è registrato un aumento del fondamentalismo islamico e i pochi cattolici sono stati oggetto di persecuzione, culminata con gli omicidi del 1996: il 23 maggio furono sequestrati e poi uccisi per decapitazione sette trappisti del monastero di Tibhirine; il 1º agosto successivo il vescovo di Orano, Pierre Lucien Claverie, morì nell'esplosione di una bomba collocata nel vescovado. Complessivamente, negli anni tra il 1991 e il 1999 sono stati uccisi centinaia di cristiani, tra cui un vescovo e diciotto sacerdoti, oltre a religiosi e religiose, di cui circa il 10% nella sola arcidiocesi di Algeri.