Po februárovom prevrate ho komunisti obvinili zo „zrady“ a vo vykonštruovanom politickom procese odsúdili na smrť obesením. 21. júna 1949 bol obesený na dvore plzeňskej väznice Bory. Jeho politická vražda odštartovala sériu politických procesov s viacerými dejateľmi odboja. Nastalo obdobie odsunu niektorých príslušníkov odboja na okraj spoločnosti. Neskôr bol obvinený z protištátnej činnosti aj Píkov syn Milan, ktorý bol cez vojnu letcom RAF. Jeho prenasledovanie ale bolo na Svobodov nátlak zastavené.