An der Den Haager Jugoslawien-Konferenz waren keine Vertreter des Kosovo beteiligt. Nachdem mit dem Dayton-Vertrag die serbischen und kroatischen Eroberungen in Bosnien faktisch anerkannt wurden, wuchs bei den Albanern die Unzufriedenheit mit der gewaltfreien Politik Rugovas. Zunächst kam es im Winter 1996 und 1997 zu Studentendemonstrationen in Priština, die ohne die Einwilligung Rugovas stattfanden. Die Studenten verlangten die Rückgabe der Universitätsgebäude. 1996 verübte eine Splittergruppe, die Lëvizja Kombëtare për Çlirimin e Kosovës (LKÇK), mehrere Bombenanschläge auf Lager für serbische Flüchtlinge aus Bosnien. Auch die UÇK trat mit Bekennerschreiben zu Bombenanschlägen zum ersten Mal an die Öffentlichkeit. Die Ursprünge der militanten Gruppen liegen im Dunkeln, wahrscheinlich gehen sie auf albanische Widerstandszellen der frühen Achtziger zurück, die ideologisch an Enver Hoxhas albanischem Marxismus-Leninismus orientiert waren und formierten sich zu Beginn der 1990er Jahre. Mit dem Zusammenbruch der Staatsautorität in Albanien 1997 („Lotterieaufstand“) erhielten sie die Chance, sich zu bewaffnen und im Norden Albaniens, an der Grenze zum Kosovo, Trainingslager und Rückzugsgebiete einzurichten. Die bewaffneten Auseinandersetzungen zwischen serbischen Staatsorganen und den zunächst schlecht organisierten und bewaffneten albanischen Guerilleros nahmen daraufhin zu.