Im Sommer 2001 hielt sich Khafagy aus beruflichen Gründen in Bosnien und Herzegowina auf; er war mit redaktioneller Arbeit an der geplanten Koran-Ausgabe seines Verlags in serbo-kroatischer Sprache beschäftigt. Nach Kontakten Khafagys mit mutmaßlichen al-Qaida-Mitgliedern wurde Khafagy im Rahmen der erhöhten Sicherheitsbereitschaft der SFOR in Bosnien-Herzegowina nach den Terroranschlägen am 11. September 2001 in den USA observiert. Schließlich wurde er aufgrund einer Verwechslung seines Mitarbeiters mit einem gesuchten al-Qaida-Mitglied am 25. September 2001 in seinem Hotelzimmer in Sarajewo von einer SFOR-Einheit festgenommen. Diese Festnahme war mit hartem Einsatz von Gewalt verbunden; Khafagy – zu diesem Zeitpunkt fast 70 Jahre alt – erlitt eine Platzwunde am Kopf, die noch vor Ort von einem Sanitätssoldaten genäht wurde. Nach Angaben Khafagys hatten die SFOR-Soldaten direkt und unprovoziert Gewalt eingesetzt; die SFOR hingegen erklärte den Gewalteinsatz mit Widerstand bei der Festnahme – der BND-Untersuchungsausschuss zu diesem Fall beurteilte den Gewalteinsatz abschließend als „unverhältnismäßig“.