С началом греко-турецкой войны 1897 года Сапундзакис, дослужившийся к тому времени до полковника, возглавил штаб при наследном принце, который, в свою очередь, являлся командующим всей армией. Плохо обученная греческая армия потерпела поражение и отступила. В результате поражения и последовавшего падения правительства Делиянниса Сапундзакис был отстранён от своих обязанностей, обвинён в нерешительности и отсутствии инициативы. На его место был поставлен герой той войны Константинос Смоленски.