Batistuta speelde 78 interlands voor de Argentijnse nationale ploeg en was met 56 doelpunten tot november 2016 topscorer aller tijden van zijn land. Daarna haalde Lionel Messi hem in. Argentinië zelf houdt 54 doelpunten in 77 interlands aan in de officiële statistieken. Zij rekenen een 6-0 overwinning (met twee goals van Batistuta) tijdens een oefenwedstrijd tegen Slowakije uit 1995 niet mee, omdat de Slowaken niet met de officiële A-selectie speelden. De FIFA houdt 56 aan. Batistuta kwam in actie tijdens de WK’s van 1994, 1998 en 2002. Tevens was hij er bij toen Argentinië in 1991 en 1993 de Copa América won. Onder leiding van bondscoach Alfio Basile maakte hij op 27 juni 1991 zijn debuut voor de nationale ploeg, toen Argentinië met 1-1 gelijkspeelde in een vriendschappelijke wedstrijd tegen buurland en aartsrivaal Brazilië. Het was de laatste wedstrijd van de Argentijnen voor de start van de strijd om de Copa América 1991 in Chili, waar hij met zes goals uitgroeide tot topscorer van het toernooi.