Salzburgiin liitettiin vuonna 1935 uusia alueita, ja kaupunkia laajennettiin uudestaan kun Itävalta liitettiin Saksaan vuonna 1939. Asukasluku kasvoi liitosten jälkeen 40 500 ihmisestä 77 000 ihmiseen. Kansallissosialistien valtakauden aikana kaupungissa oli rotusortoa ja poliittista painostusta ja monet pakkotyöläiset ja sotavangit joutuivat rakennustöihin, kuten Staatsbrücke-sillan rakentamiseen. Toisen maailmansodan aikana liittoutuneiden pommituksissa kuoli 547 ihmistä ja 40 prosenttia rakennuksista vaurioitui pahoin.