Nach der indischen Unabhängigkeit 1947 kam es zu heftigen Kurswechseln in der Partei zwischen einem militärischen Kampf gegen verschiedene lokale Fürstentümer innerhalb der Indischen Union, welche sich gegen eine Abgabe ihrer Macht an die neue Zentralregierung zur Wehr setzten, und einem gemäßigten „Programm der demokratischen Revolution“. Die CPI unterstützte den Kampf der Bauern für eine Landreform. Der Chinesisch-Indische Grenzkrieg 1962 führte zu einer einschneidenden Parteispaltung. Die Mehrheit der Parteiführung und der Mitgliedschaft unterstützte die chinesische Position und trat für Wehrdienstverweigerung und Sabotage der indischen Kriegsanstrengungen ein. Diese Mehrheitsströmung formierte sich dann 1964 zur Kommunistischen Partei Indiens (Marxist), während der moskautreue Flügel die formalen Parteigremien weiterhin unter Kontrolle behielt. Die CPI verlor durch diese Spaltung einen Großteil ihrer Mitglieder und ihres politischen Einflusses. Bei der letzten nationalen Wahl im Jahr 2014 errang die Partei lediglich einen der 543 Parlamentssitze.