Antes de la invasión alemana de la Unión Soviética, tres millones de soldados alemanes destinados al frente recibieron una orden en clave. Se tituló «Directrices para la conducta de las tropas en Rusia». Halder determinó el tono y el lenguaje de dicha orden. Describió al bolchevismo como el «enemigo mortal del pueblo nacionalsocialista alemán» e instó a las fuerzas alemanas a «tomar medidas enérgicas» y «eliminar toda resistencia». Los judíos fueron mencionados en la orden y se pretendía que fueran parte de la «eliminación». En abril de 1941, Halder redactó una orden para la policía de seguridad y el Servicio de Seguridad ("Sicherheitsdienst" o SS) durante la Operación Marita. La orden definía al enemigo como saboteadores, terroristas, comunistas y judíos. Las «órdenes penales» redactadas por Halder documentan su solidaridad con las políticas antisemitas y racistas de Hitler. Varios de los comandantes de Halder, incluidos Erich Hoepner, Erich von Manstein y Walter von Reichenau, dieron discursos y órdenes antisemitas similares.