Essa situação volátil se intensificou ainda mais com a eclosão da Primeira Guerra do Congo, em 1996, quando uma aliança de grupos rebeldes e países liderados por Ruanda invadiu o Zaire para derrubar Mobutu. Uganda se juntou a essa coalizão, percebendo que a guerra era uma oportunidade para eliminar o Zaire como refúgio para os insurgentes ugandenses. Como resultado, a Força de Defesa Popular de Uganda invadiu o nordeste do Zaire e ajudou o EPLS e a Aliança das Forças Democráticas para a Libertação do Congo a liberar a região das Forças Armadas do Zaire e outras forças pró-sudanesas. O Sudão tentou ajudar seus aliados, mas as Forças Armadas do Zaire estava em uma condição catastrófica e os insurgentes ugandenses desmotivados. Ambos foram facilmente repelidos pela Força de Defesa Popular de Uganda e seus aliados e se renderam, desertaram ou fugiram em massa para o sul do Sudão.