Auch der militärische Einfall des dänischen Königs Christian IV. ins Reich zugunsten der deutschen Protestanten half den Rückkehrplänen Friedrichs V. nicht. In der Schlacht bei Lutter wurde der Dänenkönig 1626 von Tilly völlig geschlagen und schloss schließlich 1629 den Lübecker Frieden. Elisabeth war verärgert, dass ihr Bruder Karl 1630 den Krieg gegen Spanien beendete, ohne dabei die Ansprüche Friedrichs V. zu berücksichtigen. Sie genoss aber in England weiterhin große Sympathien, insbesondere bei strengen Protestanten. Das Ertrinken ihres ältesten Sohnes Heinrich Friedrich (1629) und der frühe Tod ihres erst zweijährigen Töchterchens Charlotte (1631) bereiteten ihr weiteren Kummer. 1629–31 ließ sie sich mit ihrem Gatten ein Palais in Rhenen erbauen, wo der Exkönig gerne auf die Jagd ging; im Königspalais empfing sie viele englische Besucher; über ihre Tochter Sophie fiel der Bau später an das Haus Hannover, wurde jedoch 1812 abgerissen.