עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה דרשה ממנו האימפריה האוסטרו-הונגרית לשלוח חיילים אלבנים שיילחמו לצדם. כאשר סירב, בשל הנייטרליות של אלבניה כפי שסוכם באמנת לונדון, הופסקה התמיכה שקיבל מהם. ביולי 1914 פרצה מלחמת אזרחים בנסיכות, ובעקבות כך ברח וילהלם ב-3 בספטמבר לוונציה, ומשם חזר לגרמניה. וילהלם התגייס לצבא הגרמני תחת השם הרוזן פון קרויה, ולחם בקרבות השונים במלחמה. בשנת 1916 כבשו מעצמות המרכז את סרביה ומונטנגרו ווילהלם קיווה שיחזירוהו לשלטונו, אולם הגרמנים והאוסטרים סירבו לכך. לאחר המלחמה הציג וילהלם את תביעותיו בועידת השלום בפריז (1919), אולם בשל העובדה שלחם לצד מעצמות המרכז לא זכו תביעותיו להכרה. במשך כמה שנים לחמו פלגים שונים על השלטון באלבניה כעוצרי המדינה בשם וילהלם, אולם בשנת 1925 הוקמה הרפובליקה האלבנית ובוטל שלטונו.