پس از تکه‌تکه شدن امپراتوری گرجستان در سده ۱۵ میلادی، شاخه‌هایی از دودمان باگراتیونی در سه بخش جدا شده گرجستان یعنی پادشاهی کارتلی، پادشاهی کاختی و پادشاهی ایمرتی تا زمان الحاق به روسیه در آغازین سده ۱۹ میلادی، حکومت می‌کردند. در حالی که بند سوم معاهده گئورگیوسک ادامه پادشاهی دودمان باگراتونی بر گرجستان را پس از الحاق به روسیه تضمین می‌کرد ولی پس از آن روسیه با نقض این بند از قرارداد، گرجستان را به صورت غیرقانونی به خود ملحق کرد. ادامه دودمان تا انقلاب فوریه سال ۱۹۱۷ به صورت خانواده‌ای اشرافی باقی ماند ولی پس از ایجاد جمهوری سوسیالیستی گرجستان شوروی در سال ۱۹۲۱ برخی اعضای خاندان مجبور به پذیرش مناصب پایین یا از دست دادن داراییهایشان شدند و برخی دیگر نیز به اروپای غربی مهاجرت کردند، با این وجود برخی از آنان پس از فروپاشی شوروی و استقلال گرجستان در سال ۱۹۹۱ به کشور بازگشتند.