Wenige Monate nach Leen Sanders' Kampf gegen van Dam im Februar 1940 wurde Rotterdam von der deutschen Luftwaffe bombardiert, wobei das Haus, in dem er mit seiner Familie lebte, komplett zerstört wurde. Im August 1942 versteckten sich Leen Sanders und seine Familie vor den deutschen Besatzern, wurden jedoch nach vier Monaten verraten. Am 11. Januar 1943 wurde er gemeinsam mit seiner Frau und den beiden acht- und zehnjährigen Söhnen über das Durchgangslager Westerbork in das KZ Auschwitz-Birkenau deportiert. Die beiden Kinder wurden umgehend nach der Ankunft in Auschwitz am 14. Januar vergast, seine Frau am 30. April. Sieben seiner Geschwister, darunter sein Bruder Bram, sowie seine Eltern wurden im Holocaust ermordet.