Em 1509, 56 após a Queda de Constantinopla para os otomanos, a porta que dava o nome turco ao edifício ("Isa Kapi", Porta de Jesus), foi destruída por um terremoto. Entre 1551 e 1566, o vizir Hadim Ibraim Paxá (d. 1562/63) - que também dotou o bairro vizinho da Porta de Silivri () com uma mesquita congregacional que portou seu nome - converteu o edifício em uma pequena mesquita (). Ao mesmo tempo, ele permitiu que o arquiteto cortesão Mimar Sinan (que também designou a mesquita congregacional) aumentasse o complexo existente. Sinan construiu um Madraçal (escola corânica) e um Dershane (escola primária), conectando-os à antiga igreja. A localização destes estabelecimentos religiosos em bairros esparsamente povoado ao longo dos muros teodosianos da cidade, onde a população é predominantemente cristã, mostra o desejo do vizir de prosseguir uma política de islamização da cidade.