Рат на Косову и Метохији 1999. године пореметио је и званични универзитет и његову подружницу у Косовској Митровици. Већина особља и студената побегла је са Космета почетком јуна 1999. године. Српско становништво Приштине, у августу 1999. године, пало је са 40.000 на мање од 1.000. Као резултат тога, универзитет је упао у две одвојене гране, један у Приштини и један у Северној Митровици.