Nella stagione 1998-1999 ritorna al club orobico, dove disputa una stagione in Serie B e due in Serie A, sotto la guida del tecnico Giovanni Vavassori che lo aveva allenato nelle giovanili. Il 4 febbraio 2001 realizza il suo primo gol in serie A, con una precisa incornata di testa sugli sviluppi di un calcio d'angolo, nel corso dell'incontro Atalanta-Juventus terminato 2-1 in favore dei nerazzurri.