После прихода к власти Народного правительства в июле 1921 года Цэрэндорж был смещён с поста и вернулся в свой монастырь. В 1922 году поддержал тайную миссию Цэрэнпил-гуна, отправленного с посланием к японскому императору, в котором сообщалось о притеснении новой властью буддизма и о том, какую пользу оказал стране Унгерн. В 1930 году Цэрэндорж проходил по делу о антиправительственном заговоре Егузээр-хутухты Галсандаша, и в результате процесса был приговорён к 10 годам заключения. Однако в 1937 году его привлекли к качестве одного из главных обвиняемых по делу о прояпонском заговоре «Центральной контрреволюционной группы», возглавляемой Ёнзон-хамбо, и в числе ещё 18 человек приговорили к расстрелу.