Вже на початку наступного року Мохаммед був включений в єгипетську заявку на Кубок африканських націй 2010 року, що проходив в Анголі. На цьому турнірі він забив свій перший гол, довівши рахунок до великого в принциповому поєдинку проти Алжиру. У фіналі Абдель-Шафі вийшов на заміну на 57-й хвилині, внісши свій внесок у підсумкову перемогу і завоювання чемпіонського титулу.