1996 yılında kulüp başkanı Lorenzo Sanz, Fabio Capello'yu teknik direktör olarak görevlendirmiştir. Capello sadece bir sezon görev yaptığı kulüpte Roberto Carlos, Predrag Mijatović, Davor Šuker, Clarence Seedorf, Raúl González, Fernando Hierro, Iván Zamorano ve Fernando Redondo gibi döneminin yıldız futbolcularıyla ligde şampiyonluk yaşamıştır. 1998 yılında ise Jupp Heynckes teknik direktörlüğündeki takıma Fernando Morientes'de eklenmiş ve kulüp 32 yıl sonra tekrar UEFA Şampiyonlar Ligi şampiyonluğu yaşamıştır. 1998 finalinde Juventus karşısında 1-0 galip gelen takımın golünü ise Predrag Mijatović kaydetmiştir.