Al año siguiente coprotagonizó con Daniel Craig y Geoffrey Rush la controvertida película de Steven Spielberg, "Múnich". Bana dio vida a Avner, un agente del Mosad que recibe la orden de rastrear y matar a los terroristas de la organización Septiembre Negro, a quienes se consideraba responsables de la masacre de los atletas israelíes en los Juegos Olímpicos de 1972. La película fue un éxito de crítica y fue nominada para cinco premios de la Academia en 2006. "Los Angeles Times" publicó que Bana, como Avner, «proyecta una combinación de sensibilidad y crueldad y [...] sabe cómo mostrar una cara para que la preocupación sea una nueva experiencia».