В ходе летнего наступления немецких войск на южном крыле советско-германского фронта 9-я армия потерпела тяжёлое поражение и была выведена в резерв Северо-Кавказского фронта. С августа 1942 года политрук, а после введения в армии единоначалия лейтенант А. А. Прохоров занимал должности комиссара и заместителя командира по политической части в истребительно-диверсионных отрядах 12-й (август-сентябрь 1942 года), 18-й (октябрь-декабрь 1942 года) и 56-й армий (с декабря 1942 год). Участник Битвы за Кавказ на Закавказском и Северо-Кавказском фронтах. В период обороны Краснодара и в ходе Туапсинской оборонительной операции Александр Александрович участвовал в семи операциях за линией фронта. Действуя в тылу немцев, отряд неоднократно добывал ценные разведданные, захватывал контрольных пленных, устраивал засады, проводил диверсии на коммуникациях противника, уничтожив при этом более 80 солдат и офицеров вермахта и 12 автомашин с продовольствием и боеприпасами. Всего за время боёв на Северном Кавказе он в составе специальных групп совершил 18 рейдов в тыл противника. 24 апреля 1943 года во время операции по захвату языка Александр Александрович был тяжело ранен и эвакуирован в госпиталь в Махачкалу.