La temporada 2005-06 fue una lucha continua para Lecce. El club cambió su entrenador dos veces (Silvio Baldini por Angelo Adamo Gregucci y en enero de 2006 el entrenador del equipo juvenil Roberto Rizzo, apoyado por el entrenador de porteros Franco Paleari, por Baldini). Los numerosos movimientos gerenciales no pudieron cambiar la fortuna de Lecce, ya que quedaron relegados con algunos juegos de sobra y terminaron la temporada en el puesto 19. En junio de 2006, Giovanni Semeraro regresó al timón del club después de nueve meses. El club volvió a nombrar a Zdeněk Zeman como gerente, solo un año después de que dejó el club.