Z anšlusom nemškega rajha leta 1938 je ne le Avstrija, tudi Klosterneuburg izgubil svojo neodvisnost. Mesto je bilo 15. oktobra 1938 vključeno v Veliki Dunaj in s kraji Gugging, Kierling, Höflein der Donau, Kritzendorf, Weidling in Weidlingbach oblikoval 26. okrožje Dunaja.