Quellinus schuf einen Altaraufbau, sein größtes und bedeutendstes Werk. Der meist nach seinem Stifter Thomas Fredenhagen als "Fredenhagen-Altar" bezeichnete Altar war der barocke Hochaltar der Lübecker Marienkirche. Die zuvor in Kopenhagen gefertigten Skulpturen wurden 1697 nach Lübeck gebracht; eingeweiht wurde der Altar aus weißem und schwarzem belgischen Marmor und Säulen aus Adneter Rotmarmor am 15. August 1697. Er wurde beim Bombenangriff auf Lübeck und dem anschließenden Brand der Marienkirche im März 1942 schwer beschädigt. Die durchaus wiederherstellungsfähige Ruine wurde 1959 durch Beschluss des Kirchenvorstands auf Antrag des damaligen Bischofs Heinrich Meyer abgebaut. Eine im Beschluss zunächst vorgesehene Umsetzung in die Greveradenkapelle im Nordturm, die auch Bedingung für die Zustimmung des staatlichen Denkmalausschusses vom 7. Juli 1958 zum Abbruch war, wurde nicht verwirklicht; die Einzelteile wurden stattdessen in der Petrikirche eingelagert, von wo aus sie in den späten 1970er Jahren wieder zurückkehrten. Einzelteile wie die Abendmahlsdarstellung der Predella und die Kreuzigungsgruppe wurden 1977 im Zusammenhang der Hamburger Ausstellung "Barockplastik in Norddeutschland" teilrestauriert und 1978 im Chorumgang der Marienkirche aufgestellt. 1982 kamen die aus Bruchstücken rekonstruierten Seitenfiguren "Glaube" und "Hoffnung" sowie die Figur des auferstandenen Christus hinzu. Die Diskussionen über einen Wiederaufbau des Altars halten an.