Im April 1922 besetzten rund 200 IRA-Angehörige, die gegen den Vertrag waren, das Gerichtsgebäude der Four Courts in Dublin. Da Collins einen Bürgerkrieg um jeden Preis vermeiden wollte, unternahm er zunächst nichts gegen die Besetzung. Am 22. Juni 1922 wurde Henry Hughes Wilson, ein pensionierter britischer General mit stark unionistischen Sympathien, in London von zwei IRA-Männern erschossen. Die Engländer verdächtigten Collins, den Mord angeordnet zu haben. Sie forderten die irische Regierung auf, die Besetzung der Four Courts zu beenden. Nachdem die Besetzer auch noch J. J. O'Connell, einen General der Armee des Freistaats, entführt hatten, war Collins gezwungen zu handeln. Mit zwei von den Briten geliehenen Kanonen eröffnete er das Feuer auf die Four Courts. Dieser Beschuss markierte den Beginn des Irischen Bürgerkrieges zwischen der Anti-Vertrags-IRA und den Truppen des Freistaats. Um sich ganz auf den militärischen Kampf gegen die Vertragsgegner zu konzentrieren, legte Collins am 12. Juli 1922 seine Regierungsämter nieder und übernahm den Oberbefehl über die Armee. Sie wurde hauptsächlich aus britischen Beständen bewaffnet und ausgerüstet.