Jean Beausejour maakte in 2004 zijn debuut in het Chileens voetbalelftal. Met Chili was hij actief op het wereldkampioenschap voetbal 2010 in Zuid-Afrika, waar hij op 16 juni 2010 het enige doelpunt maakte in de met 1–0 gewonnen groepswedstrijd tegen Honduras. Op 9 november 2011 raakte Beausejour in opspraak, omdat bondscoach Claudio Borghi hem en vier andere internationals uit zijn selectie verwijderde in de aanloop naar de WK-kwalificatieduels tegen Uruguay en Paraguay. Het vijftal, met verder Jorge Valdivia, Carlos Carmona, Gonzalo Jara en Arturo Vidal zou te laat zijn komen opdagen bij een training nadat zij dronken waren teruggekomen na een avondje vrijaf. "Drie kwartier later dan afgesproken en in een staat die niet bij een profvoetballer past", zei Borghi. In mei 2014 werd hij door bondscoach Ange Postecoglou opgenomen in de selectie voor het wereldkampioenschap voetbal 2014 in Brazilië, waar hij op 13 juni 2014 trefzeker was in het groepsduel tegen Australië (3–1). Beausejour maakte ook deel uit van de Chileense teams die de Copa América 2015 en de Copa América Centenario wonnen.