Первым международным турниром в новом сезоне стал этап Гран-при NHK Trophy 2013, по итогам которого российский дуэт занял четвёртое место, уступив в борьбе за третье место сестре и брату Шибутани 2,21 балла. На своем следующем этапе во Франции они замечательно откатали обе программы и выиграли серебряную медаль, оказавшись впереди хозяев соревнований Натали Пешала / Фабьяна Бурза. На чемпионате России, в произвольном танце, Елена и Никита сорвали поддержку, что не помешало им третий год подряд выиграть серебряные медали национального чемпионата.