Il retrouve le sol français le . Entre-temps a éclaté la guerre de Crimée, qui touche déjà à sa fin. Elle ne concernera le jeune aumônier que dans la mesure où il est amené à servir à bord du navire à vapeur "Prince Jérôme", qui rapatrie les nombreux blessés et surtout les très nombreux malades. Durant la Campagne d'Italie de 1859, François-Marie Trégaro est embarqué sur l'escadre française qui doit aller à l'assaut de Venise, alors port autrichien. Mais l'armistice de Villafranca, qui met fin au conflit, est signé alors que cette flotte arrivait en vue de son objectif.