その後、ハノイ - サイゴン（現、ホーチミン）間を結ぶ南北鉄道が1935年に全線開通するなど建設が進んだが、以後は独立戦争となる第一次インドシナ戦争、それに伴う南北分断、そしてベトナム戦争などにより多くの施設が破壊された。その後、南北鉄道は1976年に運行を再開している。一方で中国との国際列車も引き続き運行されていて、一時はソビエト連邦のモスクワから車両が乗り入れていたこともあったものの、1979年の中越戦争で運行が中断され、1996年に再開された。老朽化対策のため1993年からは円借款による南北鉄道の橋梁の緊急リハビリ事業が行なわれ、2004年までに19の橋梁が整備された。これに続いて、やはり円借款により44の橋梁の補修・架替を行なう事業が進められている。またベトナム国鉄の赤字解消のため、1995年からは政府がインフラを所有する上下分離方式が採用された。2003 年、ベトナム国鉄が分割され、鉄道全般について監理・監督する行政主体として交通運輸省(Ministry of Transport :MOT)にベトナム鉄道局(Ministry of Transport Vietnam Railway Administration :VNRA)が設置され、一方、鉄道の運営・管理を行う事業者としてベトナム鉄道公社が設立された。