בתחילת שנות השמונים שינה נומיירי את טעמו וחבר לאחים המוסלמים. ב-1983 השליט בסודאן את השריעה, חוקי הדת האסלאמיים, וכפה אותה גם במחוזות הדרום, הנוצרי ברובו, תוך פיזור הממשלה האוטונומית שם ותוך הפרה של הסכם אדיס אבבה. צעדיו הציתו מחדש את מלחמת האזרחים בין הדרום לצפון, שארכה 22 שנים, והסתיימה רק ב-2005, לאחר חתימת הסכם שלום עם המורדים, שהפך את אזור דרום סודאן לאוטונומי.