Musim 2009 ternyata tidak seindah yang diharapkan oleh tim Ferrari dan juga dua pembalapnya (Felipe Massa dan Kimi Räikkönen). Massa hanya mampu meraih podium ketiga di Jerman. Selanjutnya di Hungaria ia terlibat kecelakaan hebat yang disebabkan pecahan mobil dari Rubens Barrichello, di mana salah satu pecahannya mengenai helm Massa. Ia kemudian dilarikan ke rumah sakit Állami Egészségügyi Központba (dalam bahasa Indonesia: "pusat kesehatan masyarakat") di Budapest, dan hasil pemeriksaan menyebutkan bahwa Massa mengalami gegar otak. Sebagai penggantinya di Valencia pada 23 Agustus, tim Ferrari kemudian menyiapkan Luca Badoer dan terhitung sejak tanggal 3 September 2009, Giancarlo Fisichella akan mengisi posisi Felipe Massa sampai musim 2009 berakhir. Sebagai salah satu upaya penyembuhan dirinya, Massa kemudian banyak melakukan latihan dengan memakai mobil gokart. Ia kemudian tampil sebagai tamu istimewa di GP Brasil 2009 dengan menjadi pengibar bendera finis.