Il intègre l'équipe des Tigers de LSU, au niveau universitaire. Le 22 novembre 2017, il inscrit 39 points contre Marquette. En première année à LSU, Waters obtient en moyenne 15,9 points, 6,0 passes décisives et 3,4 rebonds par match. Son total de 198 passes décisives bat le record de l'université en nombre de passes décisives pour un étudiant de première année, établi précédemment par Ben Simmons. Après la saison, Waters inscrit son nom pour la draft NBA 2018, mais n’a pas embauché d’agent pour préserver son admissibilité. Il annonce son retour à LSU pour sa deuxième saison le 29 mai 2018. Au cours du tournoi de la NCAA, Waters joue une moyenne de 33 minutes par match, et obtient 4,66 passes décisives, 1,66 interception et 16,66 points par match. Il se présente définitivement à la draft 2019 de la NBA à l'issue de la saison universitaire.