Военно-морской флот принимал активное участие в гражданской войне 1341—1347 годов, в которой его командир, великий дука Алексей Апокавк, сыграл заметную роль. После окончания гражданской войны император Иоанн VI Кантакузин (1347—1354) попытался восстановить военно-морской и торговый флоты с целью сократить зависимость империи от генуэзской колонии в Галате и обеспечить контроль над Дарданеллами против прохождения его турками. С этой целью он заручился помощью венецианцев, но в марте 1349 года его недавно построенный флот из 9 крупных и около 100 небольших судов попал в шторм у южного берега Константинополя. Неопытные экипажи запаниковали, и корабли были потоплены или захвачены в плен генуэзцами. В 1351 году Кантакузин смог выделить только 14 кораблей для участия в войне Венеции и Арагона против Генуи. В результате византийский флот вскоре был разбит, и Кантакузин был вынужден подписать мир на неблагоприятных условиях.