Группы активистов в течение продолжительного времени выражали обеспокоенность присутствием среди членов Комиссии таких стран, как Китайская Народная Республика, Зимбабве, Россия, Саудовская Аравия и Пакистан, а также присутствием Алжира, Сирии, Ливии и Вьетнама в прошлом. В этих странах установлено множество нарушений прав человека. 4 мая 2004 года представитель США, Сичан Сив, покинул Комиссию после избрания Судана в её члены, назвав это «абсурдом» в свете этнической чистки в Судане, ставшей результатом конфликта в районе Дарфур. Одним из самых существенных последствий избрания Судана в качестве члена Комиссия стало нежелание некоторых стран работать в рамках данного органа. 30 июля 2004 года именно Совет безопасности ООН, а не Комиссия по правам человека, принял резолюцию 13 голосами против 0 и двумя воздержавшимися (Китай и Пакистан), в которой угрожал Судану неопределёнными санкциями в случае, если ситуация в районе Дарфур не нормализуется в течение последующих 30 дней. Причиной стали нападения арабских вооружённых отрядов «Джанджавид» на африканских мусульман, проживающих на западе Судана, в Дарфуре.