До складу клубу «Віган Атлетік» приєднався 31 серпня 2011 року і таким чином повернувся до англійської Прем'єр-ліги. За підсумками сезону 2012/13 команда Малоні здобула Кубок Англії, здолавши в фіналі «Манчестер Сіті» (Шон відіграв увесь матч), проте в чемпіонаті зайняла 18 місце і вилетіла в Чемпіоншип. Незважаючи на це, Малоні продовжив виступати за клуб. Наразі встиг відіграти за команду з Вігана 74 матчі в національному чемпіонаті.