באפריל 2012, חתם שונה באייאקס, והצטרף למספר שחקנים דנים ששיחקו בעבר עבור אייאקס, כולל את מיכאל לאודרופ, איש שהיה מודל לחיקוי עבורו לאורך הקריירה. המועדון והאוהדים בחרו בו לשחקן העונה לשנת 2014. במרץ 2015 האריך שונה את חוזהו בקבוצה עד קיץ 2017. שונה פתח בהרכב קבוצתו לגמר הליגה האירופית 2017, בו פגשה אייאקס את מנצ'סטר יונייטד, והפסידה 2-0.