Kilka miesięcy po zakończeniu piłkarskiej kariery, po niespodziewanej rezygnacji Ladislaua Bölöniego latem 2001, został selekcjonerem reprezentacji Rumunii. Dla wielu obserwatorów było to o tyle zaskakujące, że wcześniej wielokrotnie zarzekał się, że nie wróci do kraju z powodu panującej w rumuńskiej piłce korupcji. Jego poprzednik wywalczył z kadrą drugie miejsce w grupie eliminacyjnej do Mundialu 2002, a zadaniem Hagiego było wygrać dwumecz barażowy. Przeciwnikiem Rumunów była Słowenia, która nigdy nie grała na mistrzostwach świata. Na korzyść Rumunów przemawiał także fakt, że obie drużyny dzieliła w tamtym okresie dwunastopunktowa różnica w rankingu FIFA. Mimo to, faworyzowani Rumuni przegrali (1:2 i 1:1) i po raz pierwszy od 1986 nie pojechali na mistrzostwa. Po tej porażce Hagi zrezygnował z dalszej pracy z reprezentacją, tłumacząc, że działacze związku nie przystali na jego koncepcję radykalnej przebudowy kadry. Tymczasem dziennikarze oskarżali go o zbyt autorytarny stosunek do piłkarzy i brak jasnej wizji, jak powinna grać drużyna. Jego bilans: 4 mecze, 1 zwycięstwo – 2 remisy – 1 porażka (bramki: 5:4).