Eugen nahm an den Schlachten der ersten Phase des großen Türkenkrieges teil. Am 16. Oktober 1685 wurde er Generalfeldwachtmeister, was einem Generalmajor entspricht. Am 31. Januar 1688 wurde er Feldmarschallleutnant, 1690 General der Kavallerie und am 25. Mai 1693 Feldmarschall. Bei der Belagerung von Belgrad 1688 und vor Mainz 1689 wurde er jeweils verwundet. Ohne sich wirklich hervorzutun, befehligte er seit 1690 eine größere Einheit. Bei der Niederlage von Herzog Viktor Amadeus II. von Savoyen gegen die Franzosen in der Schlacht bei Staffarda deckte Eugen den Rückzug der Savoyer. Im Jahr 1693 nahm er an der Schlacht bei Marsaglia teil. 1696 befehligte er die kaiserliche Armee in Oberitalien und verließ das Land gemäß dem Vertrag von Vigevano.