Toisessa maailmansodassa japanilaiset hyökkäsivät Bruneihin. Japanin joukot nousivat maihin Kuala Belaitissa 6. joulukuuta 1941, ja kuudessa päivässä Japani oli miehittänyt koko Brunein. Britit olivat sidoksissa Euroopassa käytyyn sotaan eivätkä puolustaneet Bruneita sopimuksesta huolimatta. Borneon taisteluiden jälkeen Japani miehitti koko saaren. Japanilaiset uudistivat Brunein hallintoa ja liittivät Bruneihin joitakin brittien hallinnassa olleita alueita. Japanilaisilla ei ollut pyrkimystä hallita Brunein sisämaata, ja he pitivät hallinnassaan vain rannikkoalueita ja jokisuistoja. Japanilaiset myös yrittivät saada Brunein öljykenttiä jälleen toimintaan, ja öljyntuotanto kasvoi puoleen siitä mitä se oli ennen sotaa.