Вместе с генералом К. В. Сахаровым был автором плана Челябинской операции. После её неудачи был смещён с постов начальника штаба Ставки (10 августа 1919) и военного министра (12 августа 1919). Общественное мнение считало его одним из виновников поражений белой армии. Назначен командующим Отдельной Степной группой войск на правах командующего армией. 16 ноября 1919 в связи с упразднением Степной группы войск, назначен командиром Уральской группы войск, принимавшей участие в боях под Красноярском в январе 1920. Участник Великого Сибирского ледяного похода, во время которого возглавлял одну из колонн вместе с генералом К. В. Сахаровым.