Am 13. Februar 1945 wurde die Armee der 1. Baltischen Front unterstellt und bereits am 25. Februar wieder der der 3. Weißrussischen Front (Samland Gruppe) zugeordnet. Anfang April 1945 beteiligten sich die Truppen an der Erstürmung von Königsberg. Gegen die südliche Front der Festung wurde die 11. Gardearmee am 6. April angesetzt. Am linken Flügel der Südfront sollte das 36. Garde-Schützenkorps den Stoß nordwärts zum Pregel führen. In der Mitte hatte das 16. Garde-Schützenkorps den Hauptstoß durch den südlichen Stadtteil Panarth gleichfalls zum Pregel anzusetzen. Schließlich hatte rechts das 8. Garde-Schützenkorps den Durchbruch ins Stadtzentrum zu erreichen. Am Morgen des 9. April versuchten die deutschen Truppen, sich nach Westen durch zu schlagen. Die 43. Armee verhinderte den Ausbruch. Der Angriff der deutschen 5. Panzer-Division vom Samland aus blieb erfolglos. Nach langem Beschuss griff die sowjetische 11. Gardearmee, unterstützt von 1.500 Flugzeugen, das Stadtzentrum an und zwang die deutsche Garnison zur Kapitulation. Während der Samländer Operation eroberten die Armeetruppen bis 25. April den wichtigen deutschen Flottenstützpunkt Pillau und vollendeten die Niederlage der deutschen Samland-Gruppierung an der Frischen Nehrung.