Josef Khýn nechtěl vstoupit do KSČ (zůstal bezpartijní po celý život) a proto mu v období čistek po 25. únoru 1948 hrozilo propuštění a vystěhování celé rodiny z bytu a to i přes velké zásluhy a utrpení v koncentračním táboře. Studenti se však za svého profesora nekompromisně postavili. Josef Khýn byl proto následně sledován a v třídní knize nalézal stále přihlášku do KSČ od profesorů Roubíčka a Hudíka.