Au cours de la décennie qui suit, la Russie traverse une profonde crise économique. Pour le secteur spatial complètement dépendant du budget de l'état, les répercussions sont particulièrement sévères. Les commandes de satellites et de lanceurs s'effondrent. Le nombre annuel de lancements passe de 75 en 1990 à un peu plus de 20 en 1998. Les satellites en orbite ne sont plus remplacés en fin de vie. Le lanceur Energia et la navette spatiale Bourane, aboutissement réussi de deux décennies de travaux, sont arrêtés en juin 1998 après un vol unique car les constructeurs ne disposent que de 1% du budget nécessaire pour effectuer un nouveau vol. Pour tenter de survivre, les entreprises travaillant dans le secteur spatial tentent de diversifier leur activité ou recherchent des débouchés à l'exportation. La stratégie des responsables russes est de regrouper les entreprises travaillant dans le secteur pour empêcher leur disparition. Les effectifs du secteur sont divisés par quatre entre 1989 et 1999 passant de à . Dans ce contexte de survie au jour le jour, Koptiev a du mal à définir une politique spatiale à long terme et l'agence spatiale a du mal à imposer son rôle auprès des autres acteurs. C'est ainsi que la décision d'abandonner la navette spatiale Bourane, qui est à l'époque le projet phare du programme spatial russe, n'est pas prise par Roscosmos mais par le conseil des constructeurs qui réunit les responsables des bureaux d'étude du secteur spatial. De même la décision de prolonger la durée de vie de la station spatiale Mir au delà de 1999 est prise par les actionnaires d'Energia en prenant à contre-pied à la fois Roscosmos et l'agence spatiale américaine, la NASA, qui décident ensemble de consacrer les ressources russes à la réalisation du premier module russe de la Station spatiale internationale.