Al mismo tiempo, el gobierno intentó una negociación directa con la dirección de ETA pero las llamadas "conversaciones de Argel" no llevaron a ningún resultado; muy al contrario, la banda terrorista perpetró con algunos de los atentados más sangrientos de su historia: la llamada matanza de Hipercor, en Barcelona, y el Atentado contra la casa cuartel de Zaragoza. Entonces el gobierno buscó alcanzar un gran pacto antiterrorista que incluyera también al nacionalismo vasco democrático, lo que finalmente se logró con la firma del Pacto de Ajuria Enea en enero de 1988. Pocos meses después eran detenidos dos policías, José Amedo y Michel Domínguez acusados de estar implicados en el secuestro de Segundo Marey entre otros delitos cometidos por los GAL, y con el agravante de que para realizar los atentados habían contado con los fondos reservados del Ministerio del Interior. El conocimiento de este hecho obligó al ministro del Interior José Barrionuevo a dimitir siendo sustituido por José Luis Corcuera.