1791 року відправився в Океанію разом з експедицією на пошуки зниклого Жана-Франсуа Лаперуз. Відвідав |Австралію, Тасманію, північний острів Нової Зеландії, Ост-Індію. Коли корабель прибув на Яву, колекцію Жака Лабіллард'єра вилучили британці як військовий трофей, оскільки у цей час у Європі почалися Французькі революційні війни. Побиваючись над втратою трьорічної праці Жак Лабіллард'єр намагався повернути її собі і зрештою його запит задовільнив Британський музей. Науковець повернувся 1796 року у Францію зі своєю колекцією. У 1799 році опублікував звіт про подорож у книзі «Relation du Voyage à la Recherche de la Pérouse». З 1804 по 1807 рік опублікував перший у світі опис рослин Австралії «Novae Hollandiae Plantarum Specimen». У 1816 році Жака Лабіллард'єра обрано членом Шведської королівської академії наук.