Con il ritorno in campo dell'arciduca Carlo, Klenau partecipò nel 1809 alla Battaglia di Aspern-Essling e poi a quella di Wagram giocando in entrambi i casi ruoli importanti. A Aspern-Essling, l'armata di Napoleone venne per la prima volta decisamente sconfitta dimostrando a tutti che poteva essere sconfitto. Dopo la loro sconfitta a Wagram, però, gli austriaci dovettero ripiegare in Moravia lasciando ai francesi il controllo di parte della valle del Danubio.