През 1913 година Талат отново става вътрешен министър, а малко по-късно вече е един от Тримата паши, заедно с Енвер паша и Джемал паша – групата, фактически оглавила авторитарния режим в страната през следващите години. До 1917 година Талаат паша е вътрешен и финансов министър, а през 1917 – 1918 година е велик везир. Като вътрешен министър Талаат паша инциира през 1915 година арестите на арменски общественици и масовите депортации на арменско население, които поставят началото на Арменския геноцид.