W 2002 roku generał Edward Pietrzyk zaproponował Skrzypczakowi powrót do Dowództwa Wojsk Lądowych na stanowisko szefa Zarządu Operacji Lądowych (G-3), na co ten się bez wahania zgodził. Na nowym stanowisku znów odpowiadał za operacje wojskowe, w tym – jak się wkrótce okazało – przygotowanie do pierwszej od czasów wojny bojowej misji polskiego wojska, czyli do wejścia do Iraku. Druga wojna w Zatoce Perskiej zbliżała się wielkimi krokami. Miała się zacząć 20 marca 2003 roku. Decyzja polityczna o wysłaniu wojska zapadła w maju 2003 roku. Do Iraku wybrało się 2500 polskich żołnierzy pod dowództwem generała Andrzeja Tyszkiewicza. Skrzypczak był odpowiedzialny za przygotowanie, przerzut i rotację I i II zmiany PKW Irak. Generał kilkakrotnie odwiedzał żołnierzy pierwszej zmiany.