Als 1739 mit dem Frieden von Belgrad der Russisch-Österreichische Türkenkrieg endete, war dies auch das Ende des Habsburgischen Königreichs Serbien (1718–1739). Der Sultan des Osmanischen Reiches setzte den mit der Habsburger Monarchie während des Krieges sympathisierenden serbischen Patriarchen Arsenije IV. ab und ernannte an seiner statt Joannikios zum Erzbischof von Peć und zum serbischen Patriarchen. Bei den Serben war er als "Joanikije" (Јоаникије) bekannt. Sein Vorgänger Arsenije IV. emigrierte in die Habsburger Monarchie und mit ihm viele Serben, was als die zweite große Auswanderung der Serben in die Geschichte der Serben einging. Arsenije IV. wurde Metropolit von Karlovci, unterhielt jedoch nach wie vor enge Beziehungen zu den im Osmanischen Reich verbliebenen Serben, die nun unter der Jurisdiktion von Joannikios standen. Dieser hatte das Amt des serbischen Patriarchen bis 1746 inne, musste allerdings anschließend aufgrund von Schulden, die durch seinen exzessiven Lebensstil entstanden waren, den Titel verkaufen, um seine Gläubiger zu befriedigen.