Hierna bereidde Bragg een campagne naar centraal Tennessee voor. Bij de Slag bij Stones River vocht hij een onbesliste strijd tegen de Noordelijke generaal-majoor William S. Rosecrans, maar daarna trok hij zijn leger terug, zodat de Unie reden had om deze veldslag als overwinning aan te merken. Jefferson Davis gaf Generaal Joseph E. Johnston, commandant van alle Zuidelijke troepen in het Westelijke theater, om Bragg van zijn commando te ontheffen, maar Johnston bezocht Bragg en besloot om hem aan te houden. Bragg werd vervolgens teruggedreven naar Chattanooga en daarna naar Georgia tijdens Rosecrans' Tullahoma en Chickamauga campagnes.