Die Betriebsbedingungen wurden durch die politischen Rahmenbedingungen enorm erschwert, da Eisenach nun unweit der Zonengrenze lag und der Verkehr mit den westlichen Besatzungsmächten abgestimmt werden musste. Eine Sonderregelung für den Streckenabschnitt Eisenach–Herleshausen–Gerstungen – analog zur Whisky-Wodka-Linie konnte nicht gefunden werden. Ein weiteres Problem wurde der Waren- und Menschenschmuggel. Razzien wurden auch auf dem Westbahnhof zur Tagesordnung.