Beim Luftangriff vom Palmsonntag 1942 und dem Brand der Marienkirche wurden die erhaltenen und rekonstruierten Reste des Altars dann jedoch unwiederbringlich zerstört. Das Kunstwerk kann heute nur noch anhand der fotografischen Dokumentation der Rekonstruktion von 1852 und den Veröffentlichungen der Vorkriegszeit beurteilt werden kann, wenn man von einigen Bauteilen absieht, die vorher in das St.-Annen-Kloster Lübeck gelangt waren.