После школы он пошёл в армию и в 1881 году поступил в 3-й полк конной артиллерии. Пройдя обучение в военной школе в Рио-де-Жанейро, он в 1888 году получил степень бакалавра физических и естественных наук, а также чин второго лейтенанта. В 1889 году был свергнут император Педру II, и Бразилия стала республикой. Республиканское правительство озаботилось отсутствием связи западных регионов страны с центром, и в 1890 году Кандиду Рондон попал в качестве инженера в комиссию по строительству первой телеграфной линии через штат Мату-Гросу (была завершена в 1895 году). По окончании строительства телеграфной линии Рондон взялся за строительство сухопутной дороги от тогдашней столицы Рио-де-Жанейро до столицы штата города Куяба (до этого попасть в город можно было только по реке).