В период Руины полк стал ареной боевых действий. В 1664 году из-за разорения Корсуни полковой центр был перенесён в Лисинки. В 1665 году происходил массовый исход казаков на Левобережье. В результате, в 1666 году Петру Дорошенко пришлось восстанавливать заново полк, который вошел в состав его вилаета. Формально полк существовал до капитуляции Дорошенко в 1676 году, но фактически прекратил своё существование в 1672 году в результате военных действий польско-турецкой войны. К 1678 году население полка практически полностью переселилось на Левобережье.