De 1993 a 2000, Castillo jugó 36 partidos internacionales por la Selección de fútbol de Bolivia, entre los que se incluyen partidos por la Copa América 1997 en que Bolivia acabó como subcampeón, y la Copa FIFA Confederaciones 1999 jugada en México. Además, jugó 12 partidos de Clasificación de Conmebol para la Copa Mundial de Fútbol.