جنگ بیولوژیک توسط واحد ۷۳۱ بر روی اسیران جنگی و همچنین غیرنظامیان انجام می‌شد. این شامل استفاده از سلاح‌های بیولوژیکی و شیمیایی مجاز توسط امپراتور شووا بود. طبق سمپوزیوم بین‌المللی ۲۰۰۲ در مورد جنایات جنگ باکتریولوژی، تعداد افراد کشته شده در خاور دور آسیا توسط جنگ میکروبی ژاپنی و آزمایش‌های انسانی حدود ۵۸۰٬۰۰۰ نفر تخمین زده می‌شود. اعضای واحد ۷۳۱، از جمله سرلشکر شیرو ایشی، در ازای داده‌های مربوط به جنگ میکروبی بر اساس آزمایش بر روی انسان، از ژنرال داگلاس مک‌آرتور مصونیت دریافت کردند. این معامله در سال ۱۹۴۸ منعقد شد. ارتش امپراتور ژاپن اغلب از جنگ شیمیایی استفاده می‌کرد. با این حال، به دلیل ترس از تلافی، این سلاح‌ها هرگز علیه غربی‌ها به کار نرفتند، بلکه علیه دیگر آسیایی‌ها که با تبلیغات امپراتوری «پست» به‌شمار می‌رفتند استفاده می‌شدند. به عنوان مثال، امپراتور استفاده از گاز سمی را در ۳۷۵ مورد جداگانه در نبرد ووهان از اوت تا اکتبر ۱۹۳۸ مجاز دانست.