A cidade permaneceu importante por todo o período bizantino médio (séculos VII-XII). Após a rebelião de Nicéforo Melisseno, seus aliados turcos capturaram a cidade em 1081, e ela tornou-se a primeira capital do Sultanato de Rum dos seljúcidas até sua recuperação pela Primeira Cruzada em 1097. Após a captura de Constantinopla e o estabelecimento do Império Latino pela Quarta Cruzada (1204), a cidade tornou-se capital do Império de Niceia, e a sede do Patriarcado de Constantinopla em exílio até a reconquista de Constantinopla em 1261. Entre os 46 bispos registrados por Le Quien (Oriens Christianus, Vol. I, 639–56), os mais notáveis são: Teógnis, o primeiro bispo conhecido, excomungado em 325; Anastásio no , Pedro, , e Gregório Asbestas no ; Eustrácio no começo do ; e Basílio Bessarion no .