W 1993 stanął przed sądem w Tiranie oskarżony w jednym z procesów dekomunizacyjnych. Asllani, podobnie jak dziewięciu innych wysokich funkcjonariuszy państwa komunistycznego został oskarżony o nadużycie władzy i nadużycia finansowe i skazany na karę pięciu lat więzienia. W 1996 ponownie stanął przed sądem, oskarżony o zbrodnie przeciwko ludzkości. Tym razem otrzymał wyrok 18 lat więzienia. Po wydarzeniach 1997 opuścił więzienie, a następnie skorzystał z dobrodziejstwa amnestii.