"Stalker" spelades in på olika platser i Baltikum i starkt giftiga miljöer bland gamla nedlagda fabriker och vattenkraftverk (Jägala vattenenergiverk och Linnamäe vattenenergiverk). Flera av de medverkande i filmen har senare dött i cancer, bland andra regissören, vilket kan ha påverkats av inspelningen av "Stalker". Filmen hade premiär sju år före Tjernobylolyckan, då säkerheten var låg kring radioaktivt förgiftade områden i Sovjetunionen.