En 2019, il présente ses profonds regrets et ses excuses à plusieurs reprises après la publication dans la presse de photos prises au cours de soirées lycéennes et étudiantes et où il apparaît grimé en noir. Le 5 juin 2020 il rejoint une manifestation « "Black Lives Matter" » à Ottawa et s'agenouille pendant plus de huit minutes devant les manifestants et les caméras de télévision. Selon les termes de Mathieu Bock-Côté, « le premier ministre canadien se pliait ainsi à un rituel, marquant sa soumission à l'antiracisme révolutionnaire ». Le 30 octobre 2020, interrogé sur la liberté de critiquer le prophète Mahomet comme l'a fait "Charlie Hebdo", Justin Trudeau répond que la liberté d'expression n'est « pas sans limite », et ne doit pas « blesser de façon arbitraire et inutile » certains groupes ou communautés. Cette réaction survient quelques jours après l'assassinat par décapitation du professeur Samuel Paty qui avait montré à ses élèves des caricatures de Mahomet. Elle lui vaut de nombreuses critiques en France et au Canada.