Hazatérését követően a shkodrai ferences Collegium Illyricum tanára, később igazgatója lett. A második világháborút követően megszilárdult kommunista államhatalom vallásüldözése idején 1946-ban letartóztatták, és a nép ellenségeként halálra ítélték. A verdiktet később életfogytiglani szabadságvesztésre változtatták, és Kurti a következő tizenhét évet shkodrai, burreli, bedeni és ormani börtönökben és munkatáborokban töltötte. 1963-ban helyezték szabadlábra. Noha az albán népi epikus hagyományok egyik legnagyobb szakértőjének számított, szakmájában nem dolgozhatott, azt sem engedélyezték számára, hogy az 1983 októberében Tiranában e témában megtartott nemzetközi konferencián részt vegyen. Életét szegénységben, Shkodra határában egy omladozó viskóban fejezte be.