Huhtikuussa 2003 Yhdysvaltain johtama liittoutuma syrjäytti Husseinin Irakin sodassa. Hän onnistui pakoilemaan liittoutuman joukkoja, kunnes 13. joulukuuta 2003 amerikkalaisjoukot saivat syrjäytetyn presidentin kiinni hänen kotikaupungissaan Tikritissä. Irakilaisoikeus tuomitsi 5. marraskuuta 2006 Husseinin kuolemaan hirttämällä rikoksista ihmisyyttä vastaan. Tuomio pantiin täytäntöön 30. joulukuuta 2006.