La stagione successiva, che vede l'arrivo sulla panchina laziale di Davide Ballardini, inizia con la vittoria della Supercoppa italiana a Pechino a spese dei campioni d'Italia dell'. Nei mesi successivi la squadra gioca al di sotto delle aspettative sicché nel febbraio 2010, quando Ballardini viene esonerato, la Lazio è terz'ultima in campionato; con l'arrivo del nuovo tecnico Edoardo Reja, Lichtsteiner segna reti pesanti: quella del vantaggio contro il , nella partita vinta 2-0, e quella del pareggio nella trasferta contro il terminata sull'1-1. Con il cambio d'allenatore, il giocatore ottiene maggiore sicurezza e le sue prestazioni migliorano notevolmente: grazie agli ottimi risultati ottenuti nel finale di stagione, nel quale il difensore svizzero contribuisce attivamente, la squadra biancoceleste risale la classifica concludendo il torneo al dodicesimo posto.