Si un accord existe sur ces grandes orientations, les relations entre les Américains et, selon les cas, les Français ou un petit noyau de pays européens sont difficiles pendant le premier mandat de George W. Bush, en raison essentiellement de la décision américaine de passer outre sur la question irakienne, mais aussi du refus des Européens de faire évoluer l'Alliance vers une alliance globale, mondiale. En constituant des coalitions au cas par cas et hors du cadre de l'OTAN en Afghanistan et en Irak pour les deux guerres les plus importantes de la décennie, les États-Unis appliquent leur nouvelle doctrine « la mission détermine la coalition » déstabilisent l'Alliance et font passer l'OTAN au second plan. est celle de la mésalliance atlantique et de prises de position fortement anti-européennes de plusieurs très hauts responsables américains. Pourtant l'Alliance atlantique demeure la seule institution permettant à l'Amérique de faire exister ce lien stratégique avec l'Europe auquel elle ne veut pas renoncer, et réciproquement le seul cadre crédible d'organisation de la sécurité de l'Europe.