Pada tahun 2007, beliau dipanggil oleh ketua jurulatih Malaysia Norizan Bakar untuk Piala Asia 2007 pada bulan Julai, yang diadakan di Negara Thai, Indonesia, Vietnam, dan Malaysia. Di kejohanan ini, dia menjadi satu-satunya pemain Malaysia yang berjaya menjaringkan gol. Pada tahun 2008, Indra Putra mewakili pilihan Malaysia atau Malaysia XI untuk perlawanan menentang Chelsea. Pada perlawanan ini, Malaysia XI tewas 0-2.