Marraskuussa 1794 Hoche nimitettiin sotilaskomentajaksi Brestiin, tehtävänään kukistaa jo edellisestä vuodesta alkaen käynnissä ollut rojalistinen Vendéen kapina. Hän sai sovittelevalla politiikalla aikaiseksi aselevon helmikuussa 1795, mutta kapina puhkesi uudelleen kesäkuussa, kun joukko maanpaossa olleita ranskalaisia aatelisia nousi maihin brittiläisillä aluksilla Quiberoninlahdella Bretagnen rannikolla. Hoche saartoi Bretagnen kapinalliset ja sai Vendéen alueen rauhoitettua lopullisesti heinäkuuhun 1796 mennessä, mikä merkitsi Ranskassa vallinneen sisällissodan päättymistä. Hänen joukkonsa myös vangitsivat François de Charetten ja muut kapinajohtajat. Hoche oli nyt nuoresta iästään huolimatta Ranskan vaikutusvaltaisimpia miehiä. Johdettuaan joulukuussa 1796 epäonnistunutta yritystä tehdä maihinnousu Irlantiin hänet nimitettiin tammikuussa 1797 Reinille sijoitetun Sambren ja Meusen armeijan komentajaksi. Hän löi itävaltalaiset 18. huhtikuuta Neuwiedin taistelussa, mikä päätti sillä erää taistelut Saksan alueella. Hoche joutui keskeyttämään etenemisensä Leobenin välirauhansopimuksen astuttua voimaan. Syyskuun 1797 alussa Hoche lainasi 15 000 miestä kenraali Napoleon Bonapartelle, joka karkotti rojalistit Ranskan parlamentista. Hoche kieltäytyi sotaministerin tehtävästä uudessa hallituksessa ja palasi rintamalle, jossa 10. syyskuuta myös Reinin ja Mosellen armeija alistettiin hänelle. Viikkoa tämän jälkeen Hoche kuoli vain 29-vuotiaana keuhkokuumeeseen päämajassaan Wetzlarissa.