Στις 16 Απριλίου 1941 οι γερμανικές δυνάμεις Κατοχής πέρασαν από τη Δεσκάτη. Η κωμόπολη βρισκόταν στην ιταλική ζώνη κατοχής μέχρι τις 8 Σεπτεμβρίου 1943, όταν και επέστρεψε στον γερμανικό έλεγχο. Η τελευταία εμφάνιση των Γερμανών έγινε στις 18 Φεβρουαρίου 1944. Στην περιοχή αναπτύχθηκαν ομάδες του Ε.Α.Μ. από το 1942, οι οποίες με τον τερματισμό του πολέμου συμμετείχαν στην επίθεση στη Δεσκάτη (21/9/1946), καθώς και ευρύτερα στον εμφύλιο πόλεμο.