17 мая 1999 года, выступив в качестве лидера левоцентристского блока «Единый Израиль», одержал убедительную победу над бывшим премьер-министром Биньямином Нетаньяху и стал премьер-министром страны. За полтора года правительство Барака провело вывод израильских войск из Ливана, после того как они находились там последние 19 лет. Эхуд Барак выступил с планом частичной секуляризации. В июле 2000 года правительство Э.Барака начало переговоры с палестинцами об окончательной фазе урегулирования ближневосточного конфликта в рамках переговоров с Ясиром Арафатом в рамках саммита в Кэмп-Дэвиде при посредничестве президента США Билла Клинтона. Переговоры результатов не принесли, хотя Эхуд Барак предлагал палестинской стороне существенные уступки, вплоть до раздела Иерусалима. Провал переговоров привел к началу интифады Аль-Акса, обострению интифады, развалу правительственной коалиции и похоронил его планы политических реформ.