Le différend avec le gouvernement fédéral de transition (TFG) découle de l'adoption de la nouvelle Charte en novembre 2004. Cependant, ce n'était pas une question importante avant les succès militaires du gouvernement lors de la guerre de 2006–2007 en Somalie. Les affirmations de souveraineté en janvier 2007 par les dirigeants du TFG ont déclenché des émeutes au Somaliland.