Intensywność prac na pograniczu biologii i cybernetyki rosła w okresie poprzedzającym zamach stanu w Chile – obalenie prezydenta Salvadora Allende przez Augusto Pinocheta. Laboratorium odwiedzili Stafford Beer (profesor "Manchester Business School" w University of Manchester) i Heinz von Foerster (czerwiec–sierpień 1973), co wywołało podejrzenia, że na uniwersytecie powstaje scentralizowany system kontroli chilijskiej gospodarki. F. Varela musiał w pośpiechu wyjechać z kraju. Na emigrację zdecydowało się też kilku innych współpracowników. Przyjaciel Maturany, Fernando Flores (minister w rządzie S. Allende), został aresztowany. Maturana odwiedzał go w więzieniu. Zdecydował się pozostać w Chile i kontynuować swoją misję na uniwersytecie, m.in. troszczyć się o bezpieczeństwo laboratorium. Jego interdyscyplinarne wykłady budziły bardzo duże zainteresowanie studentów. Realizowany w Santiago program studiów biologicznych obejmował ogólne problemy życia, w ożywionym systemie – bardzo różnił się od rutynowego programu, obowiązującego w uczelniach amerykańskich i europejskich. Mimo trudności finansowych prowadzono badania teoretyczne i eksperymentalne (współpracownikami Maturany byli m.in. Anita Lizana, Gloria Guillof, Monica Quiroz i studenci: Nicolas Piwonka, Gonzalo Marin, Alfredo Kirkwood). Rozpoczęto prowadzenie kursu "Biologia del Conocimiento" (ang. "Biology of Cognition"), którego treści znalazły się później w książce "The Tree of Knowledge". W roku 1978 H. Maturana otrzymał stypendium Guggenheima.