Asimismo, intervino en la expedición a Egipto, en la que evitó por poco la muerte en la batalla del Nilo. Allí entabló una relación personal con el general Bonaparte, que apoyó su ascenso. Fue hecho contraalmirante y se le concedió el comando de una escuadra que tenía como objetivo abastecer al ejército de Egipto. Sin embargo, durante una serie de expediciones en 1801 se enzarzó en meses de complicadas maniobras para eludir a la Marina Real británica y al final fracasó.