Hänet lähetettiin Lynchburgiin Virginiaan kouluttamaan etelävaltioiden rykmenttejä. Hän kokosikin niitä kolme ja sai komentoonsa 24. virginialaisen jalkaväen. Early ylennettiin prikaatikenraaliksi ensimmäisen Bull Runin taistelun jälkeen. Hän otti osaa Seven Daysin, Fredericsburgin, toisen Bull Runin, Antietamin, Chancellorsvillen, Gettysburgin ja lukuisiin Shenandoahin laakson taisteluihin.