Over de geschiedenis van de Sint-Nicolaasparochie is weinig geschreven en het uitgebreide archief van de kerk is nog nauwelijks onderzocht. In de middeleeuwen had de parochie 4.500 communicanten, een aantal dat in de 16e eeuw tijdens de Reformatie sterk terugliep. Bij de plundering van de stad na de verovering in 1579 door Alexander Farnese, werd het duizend pond wegende koperen koorhek geroofd, mogelijk een werkstuk van de Maastrichtse geelgieter Aert van Tricht. Het doopvont van dezelfde kunstenaar, thans in de Onze-Lieve-Vrouwebasiliek, werd mogelijk bij die gelegenheid ontdaan van zijn deksel en gebeeldhouwde ornamenten.