Während des Prager Aufstands, in den letzten drei Tagen des Zweiten Weltkrieges schossen die letzten deutschen Panzer vom Prager Hügel Letná den neugotischen Ost- und Nordflügel des Rathauses in Brand, wobei auch das Stadtarchiv zerstört wurde – bis heute eine empfindliche Baulücke vor der St.-Nikolaus-Kirche. Die Astronomische Uhr wurde sowohl durch direkten Beschuss als auch durch das ausgebrochene Feuer schwer beschädigt. Viele gaben die Hoffnung auf, das Uhrwerk könnte noch restauriert werden. Es gab sogar Stimmen, es durch ein völlig neues, mit modernen Zeigern versehenes zu ersetzen. Die Figuren sollten das zeitgenössische Leben symbolisieren. Dennoch gelang es, das historische Werk zu restaurieren, was zu der Entscheidung führte, die astronomische Uhr insgesamt in ihrer ursprünglichen Gestalt wiederherzustellen. Die Apostel, die heute zu sehen sind, wurden vom Bildhauer Vojtěch Sucharda erst 1948 gefertigt. Nur zwei der ursprünglichen Figuren haben im Prager Stadtmuseum überlebt. Zum 1. Juli 1948 konnte die Originaluhrmechanik nach aufwendigen Reparatur- und Restaurierungsarbeiten wieder ihrer Bestimmung übergeben werden.