El 10 de agosto Agüero entró como suplente de Gabriel Jesús, en un partido que fue dominado por la introducción del VAR, en el London Stadium del West Ham. Con la victoria 3 a 0 del City, le dieron un penal por una falta a Riyad Mahrez que Agüero tomó y acabó siendo atajado por Łukasz Fabiański. Sin embargo, el VAR actuó y permitió que el penal fuera re-lanzado por invasión de Declan Rice. Agüero anotó su segunda oportunidad para acabar ganando 5 a 0 el partido y empezar la defensa por el título del City. El 12 de enero del 2020, Agüero anotó su doceavo hat-trick en su carrera en la Premier League ante el Aston Villa en una victoria 6 a 1 en Villa Park, superando la marca de 175 goles de Henry.