Μετά τη συνταξιοδότησή του ως παίκτης, ο Φαν ΄τ Σχιπ έγινε προπονητής νέων στον Άγιαξ και στη συνέχεια προπονητής της Τβέντε. Από τον Αύγουστο του 2004, ήταν βοηθός προπονητή του Μάρκο φαν Μπάστεν στην Εθνική Ολλανδίας, μέχρις ότου ο Φαν Μπάστεν εγκατέλειψε τη θέση του προπονητή μετά το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 2008. Ακολούθησε τον Φαν Μπάστεν στον Άγιαξ, όπου έγινε βοηθός προπονητή μαζί με το Ρομπ Βίτσχε, για την σεζόν 2008-09. Στις 6 Μαΐου 2009, μετά την παραίτηση του Φαν Μπάστεν, ονομάστηκε ως προσωρινός προπονητής του Άγιαξ και διηύθυνε το σύλλογο μέχρι το τέλος της σεζόν.