En février 1944, à la demande du général de Gaulle, il devient délégué général du Comité français de Libération nationale en France occupée, succédant à ce poste, après le préfet Émile Bollaert, à Jean Moulin. Il est l'intermédiaire entre le Conseil national de la Résistance, le gouvernement provisoire de la République française à Alger et les organisations de résistance sur le terrain et joue un grand rôle dans la Libération de Paris. Le , il accueille de Gaulle à Paris, et défile à côté de lui sur les Champs-Élysées. Il est Compagnon de la Libération.