Høsten 1999 la president Guelleh som formann i den regionale samarbeidsorganisasjonen Intergovernmental Authority on Development (IGAD) frem nye forslag til en fredsløsning i Somalia, noe som førte til at Somaliland-republikken anklaget Djibouti for å blande seg inn i dets anliggender og stengte grensen. I mai 2000 fant det sted en fredskonferanse mellom partene i Somalia i Djibouti. Da grensekrigen mellom Etiopia og Eritrea brøt ut i 1998 forsøkte også Djibouti å megle mellom partene, men bestrebelsene førte ikke frem. Etterhvert tok Djibouti mer og mer Etiopias parti, og ble anklaget av Eritrea for å være partisk i meglingsforsøket. I 1998 brøt Djibouti de diplomatiske forbindelsene med Eritrea etter å ha beskyldt landet for å støtte FRUD. Forbindelsene ble ikke gjenopprettet før 2000. I 1998 ble Etiopia avstengt fra de eritreiske havnene som følge av krigen mellom Etiopia og Eritrea, og bare havnen i Djibouti sto igjen, noe som ytterligere styrket forbindelsene mellom Djibouti og Etiopia. I 1998 inngikk Djibouti og Iran en avtale om økonomisk samarbeid og avtaler med Libya og Jemen ble inngått 2000. Som følge av sin geografiske plassering på det konfliktfylte Afrikas horn, har Djibouti gjennom mange år vært mottaker av betydelige antall flyktninger.