במרץ 1939 פלשה גרמניה הנאצית לשארית צ'כוסלובקיה שנותרה לאחר הסכם מינכן והקימה את הפרוטקטורט של בוהמיה ומוראביה, אשר היה תחת שליטה גרמנית במהלך מלחמת העולם השנייה. מאידך, הרפובליקה הסלובקית הייתה חלק ממדינות הציר עד לכיבושה במהלך המרד הסלובקי בשנת 1944. הקרב האחרון שהתרחש ב במהלך המלחמה היה הקרב על פראג במאי 1945.