За управління єпископа Михайла Пивницького, Луцька дієцезія пережила «цілий ряд болісних днів». Спершу листопадове повстання, його занепад, який привів до болісного наслідку для Церкви у вигляді скасування багатьох костелів (у тому числі 28 монастирів і духовної семінарії у Луцьку). Монастирські добра і маєтки були забрані до російської державної скарбниці. За царськими указами також поступово ліквідовували парафіяльні греко-католицькі та латинські школи, забороняли будувати нові та ремонтувати старі костели. Згідно з указом царського уряду свою резиденцію, разом із консисторією і семінарію, в 1844 році мусив перенести до Житомира. Більше як сто років Луцьк не був самостійною адміністративною одиницею Католицької Церкви.