1941年6月22日，纳粹德国对苏联发动全面进攻，由此开始了长达四年的苏联卫国战争，“红箭号”列车亦随即停运，战争期间车辆被封存于列宁格勒。根据官方的历史记载，在列宁格勒围城战结束后，“红箭号”列车于1944年3月20日恢复营运。但根据作家勒·班台莱耶夫（Л. Пантелеев）的旅行日记记载，“红箭号”列车恢复营运的日期比官方资料早了两个月，首班列车经过36小时的运行，于1944年1月10日抵达列宁格勒。