1865年2月18日、スミスのテネシー軍分遣隊は、第16軍団に名称変更された。ナッシュビルの戦いの時点と同じく3個師団編成であったが、ムーアに代わってユージン・カー（）が第3師団長となった。新生第16軍団はエドワード・キャンビー少将のアラバマ州モービルに対する作戦に参加し、スパニッシュ砦の戦い（）とブレイクリー砦の戦い（）で戦った。ブレイクリー砦は1865年4月9日に降伏したが、これはロバート・E・リーがアポマトックス・コートハウスで降伏したのと同じ日であり、また最後の歩兵戦であった。第16軍団は7月20日に解散した。