Nel periodo in cui avvennero gli attacchi dell'11 settembre 2001, il piano di studi sull'anti-terrorismo presente a West Point comprendeva solamente un corso. Per colmare questa lacuna e fornire maggiori risorse educative in materia di terrorismo, l'Accademia ha accolto con favore la creazione del Centro per la lotta al terrorismo e l'ha incluso nel suo Dipartimento di Scienze Sociali il 20 febbraio 2003. Sebbene faccia parte dell'Accademia Militare degli Stati Uniti, il CTC è stato istituito con finanziamenti privati ed è un gruppo di ricerca indipendente. Il primo finanziatore fu Vincent Viola, che nel 1977 si era laureato alla United States Military Academy e aveva ricoperto il ruolo di presidente del New York Mercantile Exchange; altri finanziatori importanti all'inizio furono Ross Perot, George Gilmore Jr. e il maggiore George Gilmore Sr. Il primo Presidente fu Wayne Downing, un generale in pensione, che tenne la posizione fino alla sua morte, avvenuta nel 2007. L'attuale Presidente è John P. Abizaid, un altro generale in pensione. Il tenente colonnello Bryan C. Price è dall'agosto 2012 il Direttore.