Παρέμεινε σε μεγάλο βαθμό έξω από τους αγώνες των κυβερνήσεων των Βαλντέκ-Ρουσώ και Κομπ, ταξιδεύοντας πολύ σε ξένες χώρες. Το 1902 και το 1903 ο Μπουρζουά εκλέχθηκε πρόεδρος της βουλής. Το 1905 αντικατέστησε τον ακαδημαϊκό d'Audiffret-Pasquier ως γερουσιαστής του Νομού Μαρν και τον Μάιο του 1906 έγινε υπουργός Εξωτερικών στην κυβέρνηση Σαριέν, έχοντας έτσι την ευθύνη για τις ενέργειες της γαλλικής διπλωματίας στη Διάσκεψη της Αλχεθίρας. Εκπροσώπησε τη Γαλλία σε αμφότερες τις Συνδιασκέψεις της Χάγης, καθώς και στη Σύνοδο των Βερσαλλιών του 1919, υποστηρίζοντας την ιαπωνική πρόταση φυλετικής ισότητας ως «αδιαμφισβήτητη αρχή δικαιοσύνης».