Après l'annexion de la Lituanie centrale à la Pologne, Żeligowski continue de servir dans l'armée polonaise. Promu "général trois étoiles" (Lieutenant général) en 1923, il sert comme un inspecteur de l'armée, et commandant du district militaire de Varsovie. En 1925, il devient ministre des affaires militaires. Évincé par le coup d'État de mai de Piłsudski, il est rapidement renvoyé à son commandement. Il prend sa retraite l'année suivante et s'installe avec sa famille dans le manoir d'Andrzejewo près de Wilno.