Ab 1979 arbeitete Fukuyama für die US-amerikanische Denkfabrik RAND Corporation, für die er in der Zeit der Sowjetischen Intervention in Afghanistan und des Ersten Golfkriegs unter anderem Gutachten über die Sicherheitslage in Irak, Iran, Afghanistan und Pakistan schrieb. Während der Regierung von Ronald Reagan war er zeitweilig im Strategieplanungsstab des US-Außenministeriums tätig. Nach der Wahl von George H. W. Bush zum Präsidenten wurde er unter Außenminister James Baker stellvertretender Direktor für Strategieplanung. Bereits im Mai 1989 empfahl er Baker, sich auf eine deutsche Wiedervereinigung einzustellen, während die Deutschland-Experten im Außenministerium dies für völlig unwahrscheinlich hielten. Auch die Auflösung des Warschauer Pakts prognostizierte Fukuyama früher als andere Experten.