L’Huillier egyike volt azoknak a császári tiszteknek, akikkel az ifjú II. Rákóczi Ferenc jó kapcsolatot tartott fenn – többek között ez és francia származása is közre­játszhatott abban, hogy Rákóczi 1701. április 18-i letartóztatását követően még ez év őszén ő is hasonló sorsa jutott. Hosszas vizsgálatok után tudta csak bizonyítani ártatlanságát és bár 1702. május 19-én végül szabadon bocsátották, ezt követően még két évig nem jöhetett vissza Magyarországra. 1704-ben engedélyt kellett kérnie, hogy itthon maradt, rég nem látott családjával találkozhasson. Így azonban szerencséjére a Rákóczi-féle szabadságharcban sem vállalhatott szerepet, hiszen ekkortájt Itáliában teljesített szolgálatot. Mindettől függetlenül – valamint annak ellenére, hogy a II. Rákóczi Ferenc tulajdonában lévő edelényi uradalom a szatmári békekötés után mint elkobzott tulajdon a királyi kamara kezére jutott – a meghosszabbított kölcsönszerző­désnek köszönhetően továbbra is ő kezelte a birtokot. Ezt az 1721. május 28-án felvett kamarai összeírás is bizonyítja.