Током опсаде Цариграда 1453. године у цркву је пренесена икона која се сматрала чудотворном и заштитницом града у циљу добијања божанске помоћи у одбрани од неверника, као што се то десило 1422. године. Међутим и поред тога, Османлије су заузеле град 29.05. али је Хора задржала своју улогу. Око пола века након тога, црква је по налогу Атик Али паше, који је био велики везир султана Бајазита -{II}- (1481—1512) претворена у џамију названу "Карије". Да би се њена унутрашњост прилагодила потребама ислама, мозаици и фреске су прекривене слојем малтера. Зграда је временом оронула и приликом истраживања њене унутрашњости 1948. године амерички византолози су испод слоја малтера открили византијске иконе и мозаике, после чега се приступило детаљној обнови грађевине и откривању првобитног слоја. Радови су трајали читаву деценију и она је 1958. године је отворена за јавност као музеј који се званично зове "Карије" по називу џамије, иако је и даље устаљенији назив "Хора".