Stuhr beendete 1970 ein Polonistik-Studium in Krakau und begann zwei Jahre später mit einer Schauspielausbildung an der Staatlichen Schauspielschule in Krakau, deren Rektor er von 1990 bis 1997 war und es wieder seit 2002 ist. Er war Schauspieler am Teatr Stary in Krakau und erhielt für seine zweite Regiearbeit "Liebesgeschichten" (1997), in dem er auch die Hauptrolle übernahm, eine Nominierung für den Europäischen Filmpreis als bester Darsteller, sowie den FIPRESCI-Preis bei den Internationalen Filmfestspielen von Venedig 1997. Seit 1998 ist Stuhr Mitglied der Europäischen Filmakademie. Sein Sohn Maciej Stuhr (* 1975) ist mittlerweile auch ein populärer polnischer Schauspieler. Für die Rolle des Radca in Krzysztof Zanussis Drama "Persona non grata" erhielt Jerzy Stuhr 2006 den Polnischen Filmpreis als bester Nebendarsteller.