В 1810 году он снова отправился в Португалию, служа под командованием маршала Андре Массены. После первой осады Алмейды Брёнье стал её губернатором и занимал этот пост во время неудачного третьего французского вторжения Массены в Португалию в 1810—1811 годах. После отступления французской армии из Португалии британская армия Артура Уэлсли, 1-го герцога Веллингтона, блокировала Алмейду. Идя на помощь Брёнье, Массена не смог преодолеть Веллингтона в битве при Фуэнтес-де-Оньоро.