En , Thomas a été transféré au Caire en Egypte comme observateur naval. Il est rappelé à Quantico deux mois plus tard pour devenir officier adjoint des opérations de la Division maritime. Nommé officier des opérations de la division en , il navigue dans le Pacifique Sud. Il reçoit la Médaille du service distingué de la Marine pour ses efforts dans l'assaut et la capture de Guadalcanal et Tulagi. Il est nommé chef d'état-major de la division en à Guadalcanal et en il devint chef d'état-major du Corps amphibie des marines. Il reçoit la Légion du Mérite. Il participe à la Campagne de Bougainville puis il retourne au quartier général du Corps des Marines à Washington où il est nommé directeur des plans et des politiques en et obtint une deuxième Légion du mérite pour service exceptionnel de à .