Die Saisonvorbereitung verlief erneut schwierig. Aufgrund starker Vibrationen des Motors und großer Zuverlässigkeitsprobleme konnte das Team bei den Testfahrten in Barcelona insgesamt lediglich 485 Runden zurücklegen. Beim Saisonauftakt in Australien fiel Alonso fünf Runden vor Schluss nach einem Technikdefekt aus, Vandoorne kam mit zwei Runden Rückstand als Letzter ins Ziel. Alonso kritisierte Honda und McLaren nach dem Rennen öffentlich. Der MCL32 sei „eines der schlechtesten Autos, das ich jemals gefahren bin.“ Hinzu kamen technische Defekte, die mehrfach bereits einen Start unmöglich machten: In Bahrain konnte Vandoorne wegen unzureichenden Wasserdrucks nicht am Rennen teilnehmen, in Russland fiel an Alonsos Auto das Energierückgewinnungssystem ERS schon in der Einführungsrunde aus, und in Kanada musste Alonso das Rennen zwei Runden vor Schluss auf Platz zehn liegend infolge eines Motordefekts beenden. Alonso suchte daraufhin den Kontakt zu den Zuschauern auf einer Tribüne. Ein bereits für Kanada angekündigtes Motorupdate debütierte im Training zum Großen Preis von Aserbaidschan, wurde im Rennen selbst aber noch nicht eingesetzt. In Baku kam Alonso auf Platz neun ins Ziel und erreichte damit die ersten Weltmeisterschaftspunkte des Jahres. Beim Großen Preis von Ungarn kamen erstmals beide McLaren in den Punkterängen ins Ziel. Alonso, der von Platz sieben gestartet war, erzielte mit Rang sechs das beste Saisonergebnis. Zudem fuhr er die schnellste Runde des Rennens. In der Folge zog McLaren in der Konstrukteurswertung an Sauber vorbei und lag zu Beginn der Sommerpause nun mit 11 Punkten auf Platz neun. In der zweiten Saisonhälfte erreichten Alonso und Vandoorne noch fünf Zielankünfte in den Punkterängen, sodass am Saisonende 30 Weltmeisterschaftspunkte eingefahren waren. McLaren beendete das Jahr als Neunter und Vorletzter der Konstrukteurswertung; der Rückstand auf das achtplatzierte Haas F1 Team betrug 17 Punkte.