Issa Ba débute dans le club de l'ASC Police de Dakar. À dix-huit ans, il quitte le Sénégal pour la France. Il rejoint donc en 2000 le club du Stade lavallois Mayenne Football Club. Il porte les couleurs "tango" de 2000 à 2004. À l'été 2004, il quitte la Mayenne pour rejoindre la Berrichonne de Châteauroux. Il y reste deux saisons et il joue même deux matchs en Coupe UEFA contre le FC Bruges. Il est alors convoqué pour participer à la Coupe d'Afrique des nations 2006 avec "Les Lions de la Teranga". En 2006, Issa Ba quitte "La Berri" pour l'AJ Auxerre. Après avoir connu la Ligue 2, il découvre à l'âge de vingt-cinq ans la Ligue 1. En juillet 2009, après deux saisons presque blanches (quatre matches en deux ans) dues en grande partie à sa longue blessure de 2007, il rompt son contrat à l'amiable avec l'AJ Auxerre. Il restera dans la mémoire des supporters d'Auxerre comme le joueur qui cite lors d'une interview à la fin d'un match de Coupe UEFA contre Livourne (défaite 0-1, but de Lucarelli) que l'AJA "a ses chances pour le match retour" alors que c'était un match de poules et que le club était éliminé. Il rejoint ensuite le club espagnol du Terrassa FC en Segunda División. Jamais utilisé par le club espagnol, il décide de le quitter au mercato hivernal. Il effectue alors un essai en Pologne avec le Wisła Cracovie, club champion en titre polonais, et y signe un contrat de six mois avec une option de prolongation de deux ans.