Intégré à la nouvelle deuxième division russe pour la saison 1992, le Terek termine cinquième du groupe Ouest pour sa première année. Il est par la suite relégué au troisième échelon la saison suivante en raison de la réduction du deuxième échelon. Affecté par les troubles en Tchétchénie lors de la saison 1994, le club termine avant-dernier du groupe Ouest et doit se retirer de la compétitions alors que les tensions finissent par donner lieu aux qui font rage jusqu'au début des années 2000. Il évolue durant cette période au sein du championnat local tchétchène, qu'il remporte en 1997.