Το 1948 παραιτήθηκε από τον στρατό και έγινε πρόεδρος του πανεπιστημίου Κολούμπια ενώ το 1950 ανέλαβε την αρχηγία του Ν.Α.Τ.Ο. Το 1952 έθεσε υποψηφιότητα για το προεδρικό αξίωμα με την υποστήριξη των Ρεπουμπλικανών. Κέρδισε τις εκλογές άνετα αφού ο Αϊζενχάουερ στα μάτια των Αμερικανών πολιτών ήταν ένας ζωντανός μύθος. Ο κύριος λόγος ήταν ωστόσο ο Πόλεμος στην Κορέα και τα ισχυρά αντικομμουνιστικά αισθήματα της κοινής γνώμης που πίστευε ότι θα αντιμετώπιζε καλύτερα ένας στρατιωτικός παρά ο πολιτικός «δεύτερης κατηγορίας» Χάρυ Τρούμαν που για τους Ρεπουμπλικάνους είχε χαρακτηριστεί ως «ατύχημα »που προέκυψε από τον θάνατο του Ρούζβελτ. Τον Σεπτέμβριο του 1955 έπαθε καρδιακό και χρειάστηκε επτά μήνες για να αναρρώσει. Επανεκλέχτηκε στην προεδρία το 1956. Πεπεισμένος ειρηνιστής ο ίδιος ("Μισώ τον πόλεμο όπως μόνο ένας στρατιωτικός που τον έχει ζήσει, που έχει δει τη βία, τη ματαιότητα και την ανοησία του, μπορεί"), ο Αϊζενχάουερ άφησε ωστόσο τον υπουργό Εξωτερικών του, Τζον Φόστερ Ντάλες, να ασκήσει πολιτική εξαιρετικά ριψοκίνδυνη έναντι της Ε.Σ.Σ.Δ., με κίνδυνο πρόκλησης παγκοσμίου πολέμου, ενώ στο εσωτερικό μέτωπο ευθύνεται για την απερίγραπτη διόγκωση του προβλήματος του ρατσισμού και τον αντικομμουνιστικό παροξυσμό και τις έξαλλες ακρότητες του Μακαρθισμού. Παρ' όλα αυτά η οκταετία του παραμένει εποχή ραγδαίας οικονομικής ανάπτυξης και γενίκευσης της ευημερίας του «αμερικανικού ονείρου».