בפורים תשנ"ד (25 בפברואר 1994) אירע במערה טבח, שבו רצח ברוך גולדשטיין 29 מוסלמים שהתפללו במקום. לאחר הרצח נסגרה המערה לכניסת יהודים לזמן מה, ומאז חולק המתחם בין המתפללים היהודים לאלו המוסלמים. האולם המרכזי, אולם יצחק ורבקה, פתוח למתפללים מוסלמים בלבד רוב ימות השנה.