Am 12. Januar 1990 organisierten aserbaidschanische nationalistische Kräfte das siebentägige Pogrom in Baku, dem rund 90 Armenier zum Opfer fielen. Die Menschen, über die vor den Angriffen Listen vorbereitet worden waren, wurden vor allem durch Schläge und Messerstiche ermordet; außerdem wurden Häuser in Brand gesteckt. Die einzige gegen Ende der Sowjetzeit in Baku noch genutzte armenische Kirche, die Kirche des Heiligen Gregor des Erleuchters, brannte aus, während Feuerwehr und Polizei zuschauten. Der Einmarsch der Sowjetarmee in der Nacht vom 19. zum 20. Januar 1990, von den Aserbaidschanern als „Schwarzer Januar“ bezeichnet, bereitete dem Pogrom ein Ende, doch wurden bei der Niederschlagung der nationalistischen Ausschreitungen 93 Aserbaidschaner und 29 sowjetische Soldaten getötet. In der Folge floh der Großteil der Armenier, aber auch ein Teil der Russen aus Baku, darunter der ehemalige Schachweltmeister Garri Kasparow mit seiner Familie. Hatte der Anteil der Armenier in Baku laut Volkszählung 1979 noch bei 16,5 % – 215.000 Menschen – gelegen, so wurde die Zahl Ende April 1993 auf etwa 18.000 geschätzt und betrug im Jahre 2009 praktisch 0 %.