Ieyasu päätti marssia Uesugia vastaan ja lähti Osakasta 18. kesäkuuta 1600. Matkalla Ieyasu sai kuitenkin tietää Mitsunarin aloittaneen sodan häntä vastaan lännessä ja päätti kääntyä tätä vastaan. Uesugin hän jätti liittolaistensa Date Masamunen ja Mogami Yoshiakin hoidettavaksi. Ieyasu marssi liittolaisinaan Tōkaidōta pitkin samalla, kun hänen poikansa Hidetada kulki Nakasendōa pitkin 38 000 sotilaan voimin. Taistelu Sanada Masayukia vastaan kuitenkin hidasti Hidetadan joukkoja, eivätkä ne ehtineet lopulliseen taisteluun. 21. lokakuuta 1600 Mitsunarin ja Ieyasun joukot kohtasivat ratkaisevassa taistelussa Sekigaharassa, jossa kohtasi 160 000 sotilasta ja jota pidetään yhtenä Japanin historian tärkeimmistä. Taistelu päättyi Ieyasun lopulliseen voittoon. Länsi-Japanin liittouma tuhoutui, ja taistelua seuraavina päivinä Mitsunari sekä usea muu liittouman johtaja vangittiin ja tapettiin.