Nur ein Jahr später erreichte er erneut das Endspiel der Weltmeisterschaft, verlor aber diesmal gegen John Higgins. Auch danach hielt sich Doherty lange in der Weltspitze und erreichte unter anderem mehrfach das Endspiel der UK Championship und des Masters sowie das der Snookerweltmeisterschaft 2003. In allen drei Fällen verlor er aber. 2006/07 erreichte er mit Platz 2 die höchste Platzierung seiner Karriere auf der Snookerweltrangliste. Danach verschlechterte sich Dohertys Form sukzessive. Konnte er sich bis Anfang der 2010er-Jahre noch in den Top 32 halten, ging es nur wenige Jahre später bereits um den Erhalt des Profistatus. Sowohl 2017 als auch 2020 reichte die Weltranglistenplatzierung des Iren nicht mehr für eine direkte Qualifizierung aus. Nur dank zweier „Invitational Tour Cards“ blieb Doherty Profispieler. Daneben betätigt er sich vor allem als Snookerkommentator und -funktionär. 2013 wurde er in die Snooker Hall of Fame aufgenommen.