De acuerdo con el "Archivo Histórico de Localidades" del INEGI, Atzala fue fundada en la época prehispánica por los itzocanos, y constituyó un señorío dependiente de Cholula. Tras la Conquista, el pueblo adquirió el nombre de Santiago de Atzala (1522), que no se conservó. Con la conformación del estado de Puebla, Atzala formó parte del municipio de Chiautla, del que se separó finalmente en 1921, con la modificación de la ley municipal del estado de Puebla.