Vastbesloten om zelf een kolonie te zoeken en geïnspireerd door recente verslagen uit Midden-Afrika, begon Leopold met het steunen van een aantal gerenommeerde ontdekkingsreizigers, waaronder Henry Morton Stanley. Leopold richtte de Association internationale africaine op, een ideële organisatie met als doel toezicht te houden op verkenning en onderzoek van het gebied rond de rivier Kongo, met als doel humanitaire hulp en beschaving aan de inwoners te bieden. Op de Koloniale Conferentie van Berlijn van 1884–85 erkenden de Europese staten officieel deze organisatie als soevereine staat, de Onafhankelijke Congostaat met een grootte van de 2,350,000 km2 op grond van het feit dat het een vrijhandelszone en een bufferstaat zou zijn tussen Britse en Franse invloedssferen. In de Vrijstaat oefende Leopold totale persoonlijke controle uit zonder veel delegatie aan ondergeschikten. Afrikaanse leiders speelden een belangrijke rol in het bestuur door het uitvoeren van overheidsopdrachten binnen hun gemeenschappen. Gedurende een groot deel van het bestaan van de Vrijstaat was de aanwezigheid van de Vrijstaat op het geclaimde territorium echter fragmentarisch, met maar enkele beambten geconcentreerd in een aantal kleine en ver van elkaar gelegen handelsposten die slechts kleine hoeveelheden achterland beheerden. In 1900 waren er slechts 3.000 blanken in Congo, van wie slechts de helft Belgisch was. De kolonie had voortdurend een tekort aan administratief personeel en beambten (in die periode tussen de 700 en 1500 mensen).