אנשיו של הייז החזירו אותו אל העורף והוא נלקח אל בית החולים. הגדוד המשיך לתקוף בקרב אנטיאטם, אולם הייז לא היה פעיל במהלך המערכה. באוקטובר, קודם לדרגת קולונל ופיקד על הבריגדה הראשונה