Cuando la Alemania nazi invadió la Unión Soviética en 1941, el mayor general Mijaíl Shumilov participó en la defensa del Báltico. Del 23 al 25 de junio, participó en un contraataque de primera línea contra el 4.º Ejército Panzer alemán, que había irrumpido en el área de la región fortificada de Siauliai. Pronto el cuerpo se retiró en dirección a Riga y más lejos a Tartu. En julio, el cuerpo luchó en la línea defensiva de Pärnu-Tartu. Del 22 al 25 de julio, unidades alemanas del Grupo de Ejércitos Norte rompieron la línea de defensa del frente soviético, y avanzaron hasta las inmediaciones del lago Peipus, como consecuencia el cuerpo bajo el mando de Shumilov fue rodeado. El 30 de julio, parte del cuerpo consiguió romper el cerco. Después de escapar del cerco se mantuvo a la defensiva a lo largo de la carretera de Narva - Leningrado.En agosto de 1941 fue nombrado subcomandante del 55.º Ejército, integrado en el Frente de Leningrado, participando brevemente en la defensa de Leningrado, pero en noviembre del mismo año fue llamado a Moscú y quedó a disposición de la Dirección Principal de Personal del NKO. En diciembre de 1941, fue nombrado comandante del nuevo 1er Cuerpo de Fusileros Especiales, pero en realidad nunca lo comandó en combate.