En la década del noventa la Sub-20 logró una clasificación a Australia 1993, donde Henry Zambrano logró la Bota de oro con tres tantos en el mismo número de juegos; otros destacados fueron Jersson González, Leonardo Fabio Moreno y Arley Betancourt. Después de varios fracasos en Uruguay 2003 remata cuarta y consigue la clasificación a Emiratos Árabes 2003 donde llega a semifinales y le arrebata el tercer lugar a Argentina siendo este el mayor logro de los cafeteros en torneos FIFA. En el Sudamericano de 2005 tras 18 años, Colombia recupera el trono continental con la figura sobresaliente de Hugo Rodallega con 11 goles y una generación destacada con Freddy Guarin, Abel Aguilar, Radamel Falcao, Juan Carlos Toja, Wason Rentería entre otros; la base de esta selección lograría recuperar después de 60 años para el país el título en 2006.