Aristagoras, Pers desteğiyle Milet'e tiran olduktan sonra MÖ 499'da, yine Pers desteğini alarak Nakşa adasına karşı bir istila hareketine girişmiştir. Ancak Aristagoras'ın bu seferi bir hezimetle sonuçlanmış ve Pers Sarayı tarafından azledilmekle karşı karşıya kalmıştır. Bunun üzerine, Pers Sarayı karşısında kendi durumunu tehlikede görerek Anadolu'da Pers karşıtı bir başkaldırıyı desteklemeye yönelmiştir. Bu durum İyon Ayaklanması'nı başlattı. Ayaklanma, MÖ 493 yılına kadar, Önasya'ya kademeli olarak yayılarak sürmüştür. Atina ve Eretria'nın askeri desteğini sağlayan Aristagoras, bu destek kuvvetlerinin yardımıyla MÖ 498 yılında, Pers bölgesel başkenti durumundaki Sard'ı ele geçirip yaktı. Pers Kralı I. Darius Atina ve Eretria'dan bu isyana destek oldukları için intikam yemini etmiştir. İsyan, MÖ 497-495 yılları boyunca her iki taraf için de bir açmaz halinde devam etmiştir. Pers kuvvetleri MÖ 494 yılında yeniden toparlanıp isyanın Milet'deki merkez üssüne hücum ettiler. Lade Deniz Muharebesi'nde İyon donanması kesin bir yenilgiye uğradı. Ardından Milet kuşatıldı, ele geçirildi ve halkı sürüldü. Bu yenilgi İyon İsyanı'nın çözülmesine yol açtı ve son direnme güçleri de bir sonraki yıl ezildi.