So sánh di truyền cho thấy "P. tapanuliensis" tách khỏi đười ươi Sumatra khoảng 3,4 triệu năm trước, nhưng càng bị cô lập hơn sau sự kiện siêu phun trào Toba chừng 75.000 năm trước. Hai loài vẫn có những tiếp xúc rời rạc, cho tới 10.000 đến 20.000 năm trước. Để so sánh, đười ươi Sumatra và đười ươi Borneo tách khỏi nhau khoảng 670.000 năm trước. Hai hòn đảo từng nối với nhau (và cùng là một phần của Sundaland). Nơi "P. tapanuliensis" sống ngày nay có lẽ gần với chỗ mà tổ tiên chung của ba loài đười ươi đã đến, từ Đông Nam Á lục địa.