À côté de sa politique de terreur, Heydrich tente également de s’attirer la sympathie de la population en augmentant les rations alimentaires, en faisant bénéficier la population des lois sociales allemandes et en luttant contre le marché noir. Cette politique populaire de Heydrich affaiblit la Résistance tchèque. Londres estime alors qu’il devient l’homme à abattre et parachute un commando de résistants tchécoslovaques, comprenant le Slovaque Jozef Gabčík et le Tchèque Jan Kubiš, pour accomplir la mission. Ces derniers ne font que blesser le "Stellvertretender Reichsprotektor" Heydrich dans un attentat commis le et pensent avoir échoué, mais le haut dignitaire nazi meurt une semaine plus tard, le . Les représailles exercées ensuite par les forces d’occupation se poursuivent durant tout l’été et font près d’un millier de victimes, le massacre des habitants du village de Lidice en étant l’épisode le plus tragique.