Von 1486 bis zum Einmarsch der Franzosen in die Schweiz im Jahr 1798 war Plaffeien eine Vogtei von der Stadt Freiburg. Seit 1833 ist Plaffeien eine politische Gemeinde. 1848 wurde Plaffeien mit der neuen Kantonsverfassung in den damals neu geschaffenen Sensebezirk eingegliedert. Am 31. Mai 1906 wurde fast das gesamte Dorf durch einen Brand zerstört, dem sogenannten Dorfbrand. Dabei wurden 51 Häuser, darunter auch die Kirche und das Schulhaus Opfer der Flammen. 62 Familien, bzw. 274 Personen wurden obdachlos. Seit dem Jahre 1979 ist Kasterlee (Belgien), eine Partnergemeinde von Plaffeien. Seit 2012 ist Plaffeien Mitglied beim Naturpark Gantrisch.