Die Ankündigung der Festung Breslau und die Kämpfe gegen die Rote Armee in der Zeit von Januar bis Mai 1945 führten zur Liquidierung des Gartens und zum Tod der meisten besonders großen oder gefährlichen Tiere im Garten, die auf Befehl der deutschen Behörden erschossen wurden. Bis Juni 1945 überlebten jedoch etwa 200 Tiere, die Schlott noch immer pflegte. Im Juni wurden sie in andere polnische Zoos gebracht.