A professzorok egy része, közöttük nagy tekintélyű tudósok, elhagyták az egyetemet, helyükre Oroszországból érkeztek oktatók és jelentősen megnőtt az ország belsejéből érkező orosz hallgatók száma is. Se az észt lakosság, se a balti német nemesség nem fogadta rokonszenvvel a változásokat. Az Oroszországból érkezett professzorok többször fordultak az udvarhoz támogatásért ilyen irányú elégedetlenségüket. A német hadsereg hadi sikereit követően 1915-ben hozzáláttak az egyetem evakuálásához. 1915 augusztusában az egyetem felszerelésének egy részét köztük értékes kéziratokat, metszeteket Nyizsnyij Novgorodba szállítottak, Nyizsnyij Novgorod nem volt képes befogadni az egyetemet így ezeket a felszereléseket tovább szállították Permbe. 1916 februárjában és márciusában további 40 vagon indult el Tartuból immáron egyenesen Permbe az egyetem könyvtárával beleértve a disszertációkat és a teljes katalógus állományt is. 1917. szeptember 12-én hozott végleges határozatot a minisztérium a Jurjevi Egyetem Voronyezsbe történő elhelyezéséről. A költözést 1917 szeptember 23-án kezdték az orvosi fakultás eszközeinek szállításával. Közben kitört az októberi forradalom. A Voronyezsi Egyetem létrejöttéről már a szovjet hatalom döntött. Az új önálló Voronyezsi Állami Egyetem létrejöttéről kiadott rendeletet a Népbiztosok Tanácsának elnöke Lenin írta alá. A Voronyezsi Egyetem a Tartuból evakuált eszközökkel, oktatókkal és diákokkal 1918 novemberében kezdett működni.