Nach diesen Ereignissen wurde Puller stellvertretender Kommandeur des 1. US-Marineregiments. In dieser Funktion erhielt er sein viertes Navy Cross für seinen Einsatz im Dezember und Januar 1944 in Cape Gloucester. Im Februar 1944 wurde er Regimentskommandeur und führte das Regiment zwischen September und Oktober 1944 in zahlreiche Kampfhandlungen, darunter auch die Schlacht um Peleliu.