No dia 27 de julho de 2013, Lewandowski conquistou a Supercopa da Alemanha com o Dortmund após vencer o Bayern de Munique por 4–2. Lewa marcou seu primeiro gol da temporada no dia 10 de agosto, na vitória por 4–0 sobre o Augsburg, no jogo de abertura da Bundesliga. Já no dia 1 de novembro, novamente pela Bundesliga, ele marcou seu único hat-trick da temporada na vitória por 6–1 contra o Stuttgart.