בשנת 1995 התמנה לתפקיד מאמן נבחרת מרוקו. הוא הוביל את הקבוצה לשני טורנירים גדולים, הראשון שבהם היה גביע אפריקה לאומות 1998. בטורניר זה צלחה מרוקו את שלב הבתים מהמקום הראשון וללא הפסד, כולל ניצחון דרמטי בדקה האחרונה 1-0 על מצרים משער של מוסטפא חאג'י. ברבע הגמר נעצרה מרוקו עם הפסד 2-1 ל, בעוד מצרים המשיכה לזכייה בטורניר, עם ניצחון בגמר על אותה דרום אפריקה. עוד באותה השנה הוביל מישל את נבחרתו למונדיאל 1998, הופעה שנייה ברציפות למרוקו בטורניר גמר גביע העולם. מרוקו פתחה את משחקיה בטורניר עם שוויון 2-2 מול נורווגיה, שלאחריו נוצחה 3-0 על ידי ברזיל. גם ניצחון מרשים של 3-0 על לא הספיק למרוקו, שסיימה שלישית בלבד והודחה בתום שלב הבתים. שנתיים אחר כך, הוביל מישל את מרוקו לגביע אפריקה לאומות 2000. מרוקו כבשה רק פעם אחת בשלב הבתים, ובסיומו הודחה מהמשך המשחקים. בעקבות ההדחה סיים מישל את דרכו בנבחרת. כחצי שנה אחר כך התמנה מישל לתפקיד מאמן , אך כיהן בתפקיד במשך פחות משנה.