Lors de la rafle des intellectuels arméniens du 24 avril, qui marque le début du génocide arménien, Vartkès est l'un des rares, avec Krikor Zohrab, à ne pas être arrêté, peut-être pour être gardés comme l'historien Raymond Kévorkian en fait l'hypothèse. En mai, Vartkès et Krikor Zohrab sont les seules personnalités de poids de l'élite arménienne stambouliote encore présentes. À présent convaincus des réelles intentions du gouvernement jeune-turc, ils refusent toutefois de quitter le pays malgré les pressions de leur entourage (Bedri bey, préfet de police, conseille à Vartkès de quitter la capitale) et interpellent les membres du gouvernement au sujet des exactions subies par les Arméniens. Ils rencontrent notamment Talaat Pacha et cherchent à récupérer l'argent saisi lors de la perquisition des bureaux du journal "Azadamard", argent qu'il récupère le 21 mai des mains de Bedri bey. Le , Vartkès rencontre de nouveau Talaat, qui l'informe du projet de l'extermination des Arméniens et dit à son interlocuteur interloqué vouloir ainsi continuer l’œuvre du sultan Abdülhamid II.