Di masa awal Abad Pertengahan, para misionaris Ortodoks menyebarkan Kekristenan ke wilayah utara seperti Bulgaria, Serbia, Rusia, dan bangsa-bangsa lainnya. Akan tetapi, di saat yang sama, kerenggangan terjadi di antara empat patriarkat dengan Gereja Latin di Roma, yang pada puncaknya memicu Skisma Akbar antara keempat patriarkat Gereja Ortodoks dengan Gereja Katolik Roma di abad ke-11. Kemudian di akhir abad pertengahan, Kejatuhan Konstantinopel mengakibatkan sebagian besar wilayah yang mayoritas penduduknya beragama Kristen Ortodoks Timur berada dalam kendali dan kekuasaan Kekaisaran Ottoman Turki. Sementara itu, di Rusia dan beberapa wilayah Balto-Slavik lainnya, Kekristenan Ortodoks Timur terus berjaya dan semakin berkembang pesat. Ketika Kekaisaran Ottoman mengalami kemunduran di abad ke-19, bangsa yang mayoritasnya beragama Kristen Ortodoks Timur banyak mendeklarasikan kemerdekaannya dan mengusahakan terbentuknya gereja-gereja otokefali baru di wilayah selatan, tenggara, dan timur Eropa.