1455-ben férje fogságba esett, miután elvesztette az első Saint Albans-i csatát York hercege, Plantagenet Richárd ellenében. Margit ekkor ellentámadásba lendült, és megkérte Henrik féltestvérét, Jasper Tudort, hogy támogassa a király kiszabadítását. 1460 decemberében a királyné Skóciában tartózkodott, mivel veszélyesnek érezte, hogy a háború közepette Angliában maradjon. December 30-án, a Yorkshire megyei Wakefield-nél lezajlott ütközetben elesett Plantagenet Richárd, York hercege. A királyné seregét Edmund Beaufort, Somerset hercege vezette, York seregéhez pedig csatlakozott saját haderejével Salisbury grófja is. Fia, Eduárd, s unokatestvére, Warwick 16. grófja Franciaországba távoztak, hogy elkerüljék kivégzésüket, amennyiben elfogná őket Margit serege. York és a csatában szintén elesett Salisbury fejét levágták, s a york-i vár fokára tűzték ki, elrettentő példaként. York fejére még egy papírkoronát is tettek, annak kifigurázásaként, hogy végül mégsem sikerült megszereznie magának az angol trónt. 1461. február 17-én a királypártiak győzelmet arattak a második Saint Albans-i csatában, és VI. Henrik visszatérhetett feleségéhez. A király bosszút állt fogvatartóin: kivégeztette William Bonville-t és Sir Thomas Kyrielt.