Rådets beslutninger skulle være enstemmige. Dette førte til at rådet ble lammet i saker med motsetninger mellom vestmaktene og Sovjetunionen. Der det ikke ble oppnådd enighet anså den enkelte okkupasjonsmakt seg for å stå fritt innenfor sin sone. Sovjetunionen forlot møtet i kontrollrådet 20. mars 1948 i protest mot at Londonkonferansen (23. februar–6. mars 1948) hadde besluttet å etablere en vesttysk forbundsstat. Kontrollrådet ble etter dette aldri sammenkalt, men ble ikke formelt oppløst før i 1990.