За време патријарха Јована Српска православна црква је доживела један од најтежих својих удараца. Наиме, Синан-паша је наредио да се 1594. године на Врачару спале мошти Светог Саве, који се везује за устанак против Турака у Банату и Херцеговини. За све устанке Турци су осудили патријарха Јована и епископе Српске цркве па су позвали патријарха Јована у Цариград и ту га задавили 1614. године.