Alla fine del XIII secolo, durante il breve periodo angioino il castello passò di nuovo al vescovo di Catania. Durante i Vespri, a cui il borgo parteciperà, Federico III d'Aragona concesse l'«Università di Aci» all'ammiraglio Ruggero di Lauria nel 1297. La concessione prevedeva che annualmente, il giorno di sant'Agata, venisse pagato un canone di ben 30 once d'oro al vescovo di Catania, cosa che poi in realtà non avvenne. Fu il riconoscimento ufficiale della «Università di Aci», formata dal castello e dal territorio delle Aci. Dopo alcuni anni, quando Ruggero di Lauria passò con gli angioini contro la corte aragonese, il re Federico fece espugnare il castello, usando una torre mobile di legno chiamata "cicogna", riprendendo così con la forza la fortezza nel demanio. Nel 1320 Federico III d'Aragona cedeva il territorio del castello di Aci (ormai di proprietà di Margherita di Lauria, discendente di Ruggero) a Blasco II Alagona al quale successe il figlio Artale I . Nel 1326 avvenne il saccheggio da parte delle truppe di Roberto d'Angiò comandate da Beltrando Del Balzo.