בנו של מוסטפא ח'ומייני, סייד חוסיין ח'ומייני, ריצה עוד במהלך שלטונו של סבו 6 חודשים בכלא, על נאום בו הזהיר את האיראנים מפני "כינון פאשיזם דתי, שהוא הסוג הרע יותר של פשיזם". כיום, חוסיין ח'ומייני הוא חכם דת ואחד מתומכי הדמוקרטיה הבולטים באיראן. בעקבות סכסוכיו עם השלטונות, הוא עזב לעיר כרבאלא בעיראק, לאחר פלישת האמריקנים ב-2003. בתקופת שהותו בעיראק, הוא קרא לפלישה אמריקנית לאיראן, וגירוש המשטר. הוא שב לאיראן זמן קצר לאחר עזיבתו, עם קבלת מסר מסבתו (בתול ח'ומייני), שלא יאונה לו רע.