פואנקרה הוטל על הצד יותר ויותר לאחר הצטרפותו לשלטון של ז'ורז' קלמנסו כראש ממשלה בשנת 1917. הוא האמין כי שביתת הנשק ב-1918 התרחשה מוקדם מדי וכי הצבא הצרפתי היה צריך לחדור הרבה יותר עמוק לגרמניה. בוועידת השלום בפריז ב-1919, במשא ומתן על חוזה ורסאי, הוא רצה שצרפת תיאבק על הריינלנד מגרמניה כדי להעמידה תחת שליטה צבאית של בעלות הברית. מרשל פרדיננד פוש הפציר בפואנקרה להפעיל את סמכויותיו כפי שנקבעו בחוקה ולהשתלט על משא ומתן על האמנה בגלל דאגות כי קלמנסו לא משיג את מטרות צרפת. הוא לא עשה זאת, וכאשר הקבינט הצרפתי אישר את התנאים שקלמנסו השיג, שקל פינקארה להתפטר, אם כי שוב נמנע.