Anschließend kommandierte Abbot von Juni 1864 bis Januar 1865 die Belagerungsartillerie während des Richmond-Petersburg-Feldzugs, worüber er 1867 einen Bericht veröffentlichte. Auf Verlangen von Alfred Terry begleitete er im Januar 1865 dessen Expeditionskorps nach Fort Fisher, einer bedeutenden Befestigungsanlage der Confederate States Army, und befehligte eine Brigade der Belagerungsartillerie in der Zweiten Schlacht von Fort Fisher, die mit der Eroberung der Festung durch Terrys Truppen endete. Der höchste der insgesamt sieben Brevet-Ränge, die Abbot im Verlauf des im Juni 1865 mit dem Sieg der Nordstaaten ausklingenden Bürgerkriegs verliehen wurden, war jener eines Generalmajors der Freiwilligenarmee, aus der er am 25. September 1865 austrat.