En el drama bélico biográfico de dirigido por Otto Preminger "The Court-Martial of Billy Mitchell" desempeñó el papel del general William Mitchell, quien durante la Primera Guerra Mundial trató de convencer a los funcionarios del gobierno de la importancia del poder aéreo y que fue sometido a un consejo de guerra tras culpar al Departamento de Guerra de una serie de desastres aéreos. Para algunos críticos Cooper estuvo desacertado, al considerar que su sosa y rígida interpretación no reflejaba la personalidad dinámica y cáustica de Mitchell. En fue más efectivo interpretando a un apacible cuáquero de Indiana en el drama de William Wyler ambientado en la guerra de Secesión "Friendly Persuasion", junto a Dorothy McGuire. Al igual que en "Sergeant York" y "Solo ante el peligro", esta película aborda el conflicto entre el pacifismo religioso y el deber cívico. Por su actuación Cooper recibió su segunda nominación a los y la película fue nominada a seis premios Óscar, recibió la Palma de Oro en el Festival Internacional de Cine de Cannes de 1957 y recaudó ocho millones de dólares en todo el mundo.