Nel 1861 ottenne e firmò una controversa legge sull'emancipazione della servitù della gleba che determinò l'indipendenza della stragrande maggioranza dei contadini russi. Nel 1862 riformò l'amministrazione fiscale aumentandone l'efficienza. Nel 1863, dopo una serie di decisioni prima liberali poi repressive, riformò l'università migliorandone le finanze e l'autonomia dei docenti. Nel 1864 completò la conquista del Caucaso iniziata dai suoi predecessori nel 1817 e riformò l'esercito di modo da ottenere riserve più numerose ed efficienti. Nello stesso anno riformò l'amministrazione locale creando le assemblee elettive degli "zemstvo", e promulgò la riforma dell'ordine giudiziario. Malgrado le sue riforme, l'autocrazia zarista perdurava.