În februarie 1948, majoritatea membrilor necomuniști ai guvernului au demisionat, sperând să forțeze organizarea de noi alegeri, dar în locul alegerilor a fost format un guvern comunist condus de Gottwald în ceea ce a devenit cunoscut sub numele de Lovitura de stat din Cehoslovacia (Februarie Victorios în Blocul Estic). Masaryk a rămas ministru de externe și a fost singurul ministru proeminent din noul guvern care nu a fost nici comunist, nici tovarăș de drum. Cu toate acestea, se pare că a fost nesigur cu privire la decizia sa și este posibil să-și fi regretat decizia de a nu se opune loviturii de stat comuniste prin adresarea către poporul ceh prin intermediul postului național de radio, unde a fost o celebritate foarte iubită.