La trilogie commence par une enquête menée par deux détectives de New York (Saul Goodman et Barney Muldoon) sur le bombardement de "Confrontation", un magazine de gauche, et la disparition de son rédacteur en chef, Joe Malik. À travers l'enquête concernant l'assassinat de John F. Kennedy, de Robert F. Kennedy et de Martin Luther King, les deux compères suivent un jeu de piste laissé sur des notes suggérant l'implication de puissantes sociétés secrètes. Ils sont peu à peu entraînés dans une multitude de théories du complot. Pendant ce temps, un journaliste du magazine, George Dorn, ayant perdu tout soutien de la droite de Mad Dog, est arrêté pour possession de drogue. Il est emprisonné et menacé physiquement, et finit par avoir des hallucinations au sujet de sa propre exécution. La prison est bombardée et il est sauvé par les Discordians, dirigés par l'énigmatique Hagbard Céline, capitaine d'un sous-marin d'or. Hagbard représente les Discordians dans leur éternel combat contre les Illuminati, l'organisation conspiratrice qui contrôle secrètement le monde. Il finance ses opérations par la contrebande de substances illicites.