Cehii au câștigat primul meci al Campionatului Mondial din 2006 cu 3-0 împotriva Statelor Unite dar mai mulți cheie s-au accidentat. Cehia avea să piardă următoarele două meciuri din grupe împotriva Ghanei și cu eventuala câștigătoare Italia, terminând pe locul trei în grupă. Golul marcat de Nedvěd la începutul celei de-a doua reprize a meciului cu Ghana a fost anulat pe motiv de offside. Șuturile expediate de el pe poarta Italiei au fost respinse de coechipierul său de la Juventus, Gianluigi Buffon. Nedved și-a anunțat din nou retragerea de la națională înainte de meciul amical din august 2006 împotriva Serbiei și Muntenegrului, în care a jucat cel de-a 91-lea și ultimul meci. El a refuzat să revină asupra deciziei înainte de Euro 2008, în ciuda rugăminților coechipierilor și ale lui Brückner. În cele 91 de meciuri pe care le-a jucat pentru echipa națională, Nedved a marcat 18 goluri.