בשנת 2006 אירחה מצרים את אליפות אפריקה בפעם הרביעית וזכתה בתואר בפעם החמישית בתולדותיה לאחר שגברה על סנגל 1-2 בחצי הגמר וניצחה את חוף השנהב במשחק הגמר בבעיטות הכרעה מ-11 מטרים אחרי 0-0 בתום הארכה. כעבור שנתיים זכתה מצרים בפעם השנייה ברציפות באליפות אפריקה לאחר שגברה על אנגולה 1-2 ברבע הגמר, הביסה את חוף השנהב 1-4 בחצי הגמר וניצחה את קמרון 0-1 במשחק הגמר. בעקבות הזכייה השתתפה מצרים בפעם השנייה בתולדותיה בגביע הקונפדרציות 2009. בשלב הבתים הפסידה מצרים למחזיקת הקופה אמריקה ברזיל 4-3 משער שהובקע בדקה ה-90 בבעיטת 11 מטרים ובהמשך הפתיעה את אלופת העולם איטליה 0-1. במשחקה האחרון בשלב הבתים הובסה מצרים על ידי ארצות הברית 3-0 וסיימה אחרונה בבית כשהיא מסיימת עם מספר נקודות זהה לארצות הברית השנייה ואיטליה השלישית, אך עם הפרש שערים נחות. מצרים הייתה לנבחרת הראשונה שזוכה באליפות אפריקה שלוש פעמים ברציפות, כאשר זכתה בתואר בפעם השביעית בתולדותיה באליפות שנערכה בשנת 2010. מצרים ניצחה בשלושת משחקיה בשלב הבתים את ניגריה, מוזמביק ובנין. בחצי הגמר נצחה מצרים את קמרון 1-3 אחרי הארכה ובחצי הגמר הביסה 0-4 את אלג'יריה. במשחק הגמר ניצחה מצרים את גאנה 0-1.