Al asumir el trono, aún estaba activa la Guerra de los Farrapos ("farrapos" en portugués significa ‘harapos' y «harapiento» ―‘pordiosero’―, fue el mote despectivo que las autoridades brasileñas dieron a los independentistas de la Región sur). La Revolución "Farroupilha" (de los ‘harapientos’) tomaba proporciones temibles para el gobierno brasileño, y estaba próxima a lograr su independencia. Pedro II nombró al Barón de Caxiás comandante en Jefe del Ejército Imperial, el barón fue agraciado con el título de presidente de la provincia de Río Grande del Sur.