Efter att ha representerat Makedonien på ungdomsnivå under flera år, debuterade Alioski i seniorlandslaget den 11 oktober 2013. Han spelade då hela matchen när Makedonien förlorade borta mot Wales med 1-0 i en kvalmatch till VM i Brasilien. Fyra dagar senare startade han igen i en ny kvalförlust med 5-1 mot Serbien. I kvalet till EM 2016 fick Alioski spela fyra matcher, varav ett inhopp.