Après la désintégration du Royaume géorgien, la Kakhetie est devenu un royaume indépendant dans les années 1460. Du début du jusqu’au début du , la Kakhetie et son voisin Kartli sont soumis à une domination iranienne intermittente. En 1616, Shah Abbas déporta des centaines de milliers de géorgiens de l'ethnie kakheti vers l'Iran et détruisit la région pendant sa campagne punitive contre Teimuraz Ier, son sujet autrefois le plus loyal. Pendant tous ces siècles, la région faisait partie intégrante de l'Iran auquel elle fournissait de nombreux généraux et administrateurs. En 1762, le Royaume kakhète a été uni avec le royaume géorgien voisin de Kartli dans le royaume de Kartli-Kakheti sous le roi Heraclius II. Après le traité de Georgievsk et le sac de Tbilissi par Agha Mohammad Khan en 1801, le royaume de Kartli-Kakheti a été annexé à l'Empire russe. La suzeraineté russe sur la Kakhetie et le reste de la Géorgie a été reconnu par la dynastie Kadjar dans le traité de Golestan de 1813 .