Durante toda la existencia del antiguo Instituto Militar General Tomás Herrera, siempre estuvo ubicado en la antigua base militar de las Fuerzas de Defensa de Panamá en Río Hato, en la provincia de Coclé. Con la invasión de Panamá la base militar fue bombardeada y atacada y con la extinción de las Fuerzas de Defensa de Panamá dejó de ser una base militar. Actualmente donde estuvo la antigua base militar está el Aeropuerto Internacional Scarlett Martínez. El Actual Instituto General Tomás Herrera otra vez se ubica donde estuvo la antigua base militar de las Fuerzas de Defensa de Panamá en Río Hato, Coclé, mas exactamente en Playa Farallón.