Moslimskú populáciu v ríši tak tvorili najmä uprchlíci, väzni, azylanti a vojaci. Čiastočne iná situácia prevládala v Konštantínopole, kde bolo možné stretnúť aj slobodných moslimských obchodníkov. V 10. storočí v meste stála minimálne jedna mešita, o ktorej sa dozvedáme z diela cisára Konštantína VII. "De administrando imperio". Pôvod mešity je nejasný. Jednou z najpravdepodobnejších hypotéz je, že bola postavená pre moslimských zajatcov. Po tom, čo Egypt v druhej polovici 10. storočia ovládli Egypt Fátimovcami, prevzali patronát nad mešitou. Namiesto sunnitského kalifa sa pri modlitbách spomínalo meno fátimovského šiítskeho ismá'ílíjskeho kalifa). Mešita bola striedavo otvorená a striedavo zatvorená podľa vzťahov medzi krajinami. Ďalšia dohoda bola s Fátimovcami uzavrená v roku 1027, keď bolo cisárovi Konštantínovi VIII. výmenou za znovuotvorenie mešity umožnené obnoviť Baziliku Božieho hrobu v Jeruzaleme. Mohol tiež slobodne dosádzať miestneho patriarchu. Príklon k sunnitskému islamu mešita zažila za vlády Theodory, keď o to požiadal seldžucký sultán Tugril Beg. Fátimovský kalif al-Mustansir následne vyplienil Baziliku Božieho hrobu. Nová mešita bola vystavaná za vlády cisára Izáka II. a jej protektorom bol sultán Saladin. Zničená bola počas štvrtej križiackej výpravy. Ďalšia mešita bola v meste doložená v 14.15. storočí. V tomto období sa v Konštantínopole zväčšil aj počet moslimských obchodníkov.