Depois que a independência do Brasil foi proclamada, a capitania foi elevada à categoria de província. A Revolução Farroupilha, ocorrida no Rio Grande do Sul em 1835, teve suas consequências sofridas pela então província. Em julho de 1839, a República Juliana foi proclamada pelos revolucionários, chefiados por Garibaldi e Davi Canabarro, que tinham tomado Laguna. Derrotados pelas tropas do Império do Brasil, os rebeldes deixaram Laguna. Em 1840, as trincheiras farroupilhas mais recentes foram extintas. Em meados do século XIX vieram os imigrantes europeus, especialmente alemães e italianos, estes últimos em quantidade muito pequena. Foram criadas as colônias de Dona Francisca, atual Joinville, em 1850, Blumenau em 1852, e Brusque em 1860. A proclamação da República foi apoiada pela província agora elevada à categoria de unidade federativa, porém a revolta do governador escolhido por nomeação presidencial, que se aderiu à Revolução Federalista gaúcha em 1893, foi contrária ao governo central. Desterro foi transformada em base naval da esquadra revolucionária chefiada por Custódio José de Melo. As lutas expandiram-se por toda a costa de Santa Catarina. Derrotados em 1894, os revolucionários foram seriamente castigados pelas tropas legalistas. Em 1894, Hercílio Luz foi escolhido por voto popular como governador e elaborou uma política que pacificasse a região e que reparasse os problemas infraestruturais que o estado sofreu. Homenageando Floriano Peixoto, Desterro recebeu o nome de Florianópolis.