C'è poi da osservare che la prima occupazione della Toscana fu assai breve: iniziò il 25 marzo del 1799 e già ad aprile iniziarono i primi moti del Viva Maria che portarono all'allontanamento dei francesi. Infatti l'occupante fu ben presto inviso alla stragrande maggioranza dei toscani, soprattutto a causa del prevalere di esigenze militari e di approvvigionamento di materiali e denari per le guerre in corso, concretizzatosi mediante le imposizioni di tasse e requisizioni di animali. Già a luglio del 1799 i francesi, incorsi nei rovesci della spedizione d'Egitto e in varie sconfitte in Italia, erano stati cacciati completamente dalla Regione dalle truppe aretine, ingrossate progressivamente da forti contingenti di varie municipalità toscane (vedi il movimento del Viva Maria); per tale motivo la vagheggiata 'Repubblica Toscana' non divenne mai una realtà effettiva