Pelaajauran jälkeen Honkavaara alkoi valmentaa Ilvestä ja saavutti valmentajana kolme Suomen mestaruutta kausina 1957–1958, 1959–1960, 1971–1972 ja yhden hopean 1967–1968. Honkavaara toimi myös Suomen maajoukkueen valmentajana vuosina 1955–1959. Honkavaara toimi maajoukkueen kakkosvalmentajana Joe Wirkkusen kanssa Squaw Walleyn olympialaisissa 1960 ja Innsbruckin olympialaisissa 1964. Jääkiekon maailmanmestaruuskisoissa hän toimi kakkosvalmentajana vuosina 1963, 1965 ja 1966.