Auch in diesem Amt verweilte er nicht lange. Roosevelt ernannte Biddle 1941 für die Position des Attorney General der Vereinigten Staaten. Er übte diese Funktion bis Juni 1945 aus, auf Bitte von Präsident Harry S. Truman trat er nach Roosevelts Tod zurück. Kurz darauf ernannte Truman ihn zum Richter am Internationalen Militärgerichtshof bei den Nürnberger Prozessen. 1963 wurde Biddle in die American Academy of Arts and Sciences gewählt.