Le prove di judo ai XIII Giochi dei piccoli stati d'Europa sono state disputate al Lefkotheon Indoor Hall di Nicosia, il 2, il 3 e il 5 giugno 2009. Il programma delle prove era diviso in 7 categorie maschili (60 kg, 66 kg, 73 kg, 81 kg, 90 kg, 100 kg, Squadre) e 6 femminili (48 kg, 52 kg, 57 kg, 63 kg, 70 kg, Squadre).