Con el tenue control bizantino, limitado a unas cuantas mal defendidas fortalezas costeras, los jinetes árabes primero llegaron a Cirenaica en 642, encontrando poca resistencia. El máximo de resistencia alcanzada por el exarcado con la ayuda de sus aliados amaziges (conducidos por el rey Kaisula ait Lamazm) fue la victoria sobre las fuerzas de Uqba ibn Nafi en la batalla de Biskra, en 682. La victoria obligó al musulmán a retirarse a Egipto, dando al exarcado el plazo de una década de relativa paz. En 698, el comandante musulmán Hassan Ibn al Numan con una fuerza de cuarenta mil hombres aplastó la ciudad de Cartago. Muchos de sus defensores eran visigodos enviados a defender el exarcado por su rey, quien temió que la expansión musulmana alcanzara sus dominios. Muchos visigodos lucharon a la muerte, pero en la batalla siguiente, los musulmanes redujeron Cartago a escombros, tal como lo habían hecho siglos antes los romanos.