בשנת 2001 מונה אגירה למאמנה של נבחרת מקסיקו, במקום אנריקה מסה תחתיו השיגה הנבחרת תוצאות חלשות. באותה שנה הוא הצעיד את הנבחרת להעפלה לגמר קופה אמריקה 2001, אך שם הפסיד עמה בתוצאה 0–1 לנבחרת קולומביה. הוא הצעיד את הנבחרת גם בטורניר גביע הזהב 2002, שבו היא הודחה כבר ברבע הגמר, וכן במונדיאל 2002.