Henrik Jørgensen repræsenterede Danmark på maratondistancen ved de olympiske lege to gange. Ved OL i Los Angeles i 1984 blev han nummer 19, mens han blev nummer 22 fire år senere i Seoul. Han blev nummer 19 med tiden 2:14,10 ved VM 1983 i Helsinki, 1987 blev han nummer ni ved VM i Rom med tiden 2:14,58.