В 1945 году новый президент США Гарри Трумэн назначил Ачесона заместителем государственного секретаря США. Ачесон оставался на этой должности при трёх госсекретарях — Эдварде Стеттиниусе, Джеймсе Бирнсе и Джордже Маршалле. Изначально нормально относился к СССР и его внешней политике, в 1946 году предложил реализовать первые меры по контролю над оборотом и ограничению использования ядерного оружия. Однако в 1947 году его отношение к СССР сильно поменялось на фоне войны в Греции и становившегося всё менее оспоримым желания СССР контролировать положение дел во всей Европе. Был одним из безусловных инициаторов и архитекторов Холодной войны, сыграл важную роль в составлении плана экономической помощи Европе, впоследствии ставшего известным как План Маршалла.