Nachdem 1528 in Bern die Reformation eingeführt worden war, nahm die strategische Bedeutung der Lenzburg zu, da das Schloss nahe der Konfessionsgrenze lag und Angriffe der katholischen Luzerner durch die Freien Ämter befürchtet wurden. Während des Ersten Kappelerkriegs von 1529 und des Zweiten Kappelerkriegs zwei Jahre später diente das Schloss als Operationsbasis der Reformierten. Danach hatte es die Funktion einer bedeutenden Grenzfestung, da von hier aus die nahen Übergänge über die Reuss kontrolliert werden konnten.