Nel 1807 la vita in entrambe le scuole fu scossa, poiché molti insegnanti e studenti presero parte all'invasione napoleonica della Russia, dalla quale ben pochi fecero ritorno. Nel 1852 la scuola agricola fu ripristinata a Weihenstephan e nel 1895 convertita in università agricola, formando il nucleo della Università Tecnica di Monaco a Frisinga.