בשנת 1809 התפשט רעיון העצמאות בפרו העליונה כמו בכמה מדינות אחרות ברחבי אמריקה הספרדית. במאי 1810 אירעה מהפכה בבואנוס איירס ששלטה בשטח פרו העליונה והובילה למלחמת העצמאות הארגנטינאית בהנהגתו של הגנרל חוסה דה סן מרטין. זה הוביל למלחמת גרילה בשנת 1811 בפרו העליונה המכונה מלחמת הרפובליקות. לוחמי הגרילה הובסו בסופו של דבר על ידי כוחות המלוכה.