בשנת 1941, עם פלישת גרמניה הנאצית לווילנה, נכלא שפטל עם תושבי העיר בגטו וילנה והועבד בעבודות פרך. לבקשת מחתרת הגטו הוקדש מרבית זמנו לעבודה חינוכית כמנהל בית ספר וכסגן מנהל הגמנסיה הבלתי לגלית שהוקמה בגטו. מלבד זאת הוא הרצה, עסק בכתיבת יומן הגטו ולקח חלק באיסוף מסמכים שהועברו לידי הפרטיזנים. עם המחתרת הוא לקח חלק בשנת 1943 בתכנון המרד בגטו, אך בטרם הוצאה התוכנית לפועל נשלח שפטל למחנה השמדה באסטוניה. עם התקרבות כוחות ברית המועצות פונה יחד עם שאר האסירים למחנה הריכוז שטוטהוף. בסוף 1944 הועבר למחנה עבודה במגדבורג בה עבד בבית חרושת לתחמושת בגלווניזציה. בעת העברה למחנה אחר צלחה בריחתו ולאחר דרך ארוכה, במהלכה נתפס וברח בשנית, הגיע אל מעבר לקווי הצבא האמריקאי.