Over årene blev Johanniterordenens magt reduceret, og deres herredømme over Malta sluttede i 1798, da Napoleon Bonapartes ekspeditionsflåde stoppede ved øen på vej til Napoleons ægyptiske militærkampagne. Napoleon bedte om sikker havn til at forsyne sine skibe, og da malteserne nægtede at give franskmændene vand, sendte Napoleon en division ud for at besætte bakkerne omkring Valletta. Stormester Ferdinand von Hompesch zu Bolheim kapitulerede den 11. juni. Den efterfølgende dag blev en traktat underskrevet, hvor Ordenen overdrog suveræniteten over øen Malta til den Franske Republik. Til gengæld loveden den Franske Republik, at "bruge al sin kredit ved Kongressen i Rastatt for at sikre et fyrstedømme for Stormesteren, i lighed med den, som han eftergiver".