במאה ה-19 באירופה המהפכה המדעית השנייה הייתה בשיאה. תיאוריות מדעיות חדשות כמו התרמודינמיקה, חשמל, הטבלה המחזורית ועוד החלו לצבור תאוצה. בנוסף, החל מהמהפכה הצרפתית, החל תהליך של חילון המדע. לא היה עוד ניסיון ליישב את התיאוריות המדעיות עם התפיסה הדתית, אלא המדע החל לצעוד בדרך חדשה ועצמאית שלא תלויה באמונה הדתית. בדת הבהאית בהתאם, המדע מוכר כיישות עצמאית מהדת, ויש הגות רבה על הקשר בין הדת הבהאית, או דתות שהדת הבהאית מכירה בהן כנכונות (כמו הנצרות והאסלאם), לבין המדע החילוני. נקודת המוצא של הדת הבהאית היא שיש הרמוניה בין הדת והמדע.