Lippi sempat digantikan oleh Carlo Ancelotti selama dua setengah musim. Ia kembali pada tahun 2001, menyusul pemecatan terhadap Ancelotti, dan langsung merekrut nama-nama besar, seperti Gianluigi Buffon, David Trezeguet, Pavel Nedvěd, dan Lilian Thuram. Mereka sukses menjuarai Serie A pada musim 2001–2002 dan 2002–2003. Pada tahun 2003, terjadi "All Italian Final" di Liga Champions, namun Juventus harus kalah dari Milan lewat adu penalti setelah pertandingan di waktu normal berakhir tanpa gol. Di akhir musim berikutnya, Lippi ditunjuk untuk menjadi pelatih tim nasional Italia, membuat ia harus mengakhiri salah satu periode kepelatihan paling sukses sepanjang sejarah Juventus.