En , les demandes de l'Amirauté ayant diminué, le PRU porta plus fréquemment assistance au Bomber Command. Durant la bataille de la Ruhr, les Spitfire PR furent intensivement utilisés pour identifier les cibles puis apprécier les dégâts. En particulier, l'escadrille 542 fut utilisée pour évaluer les résultats de l'opération "Chastise". La PRU fut aussi impliquée dans la localisation des sites allemands de lancement de missiles sur les côtes de la Baltique, du côté de Peenemünde, permettant ainsi leurs bombardements par le Bomber Command. En , l'Amirauté demanda l'aide des PRU pour l'opération "Source", visant à détruire les grandes unités allemandes en Norvège. L'escadrille 544 contribua à cette opération. Après le succès de cette opération, toutes les unités PR furent dotées de 20 avions.