Již 13. března 1990 pozval prezident ČSSR Václav Havel předsedu litevského parlamentu Vytautase Landsbergise k návštěvě Československa a tím vyjádřil podporu litevskému boji za obnovení nezávislosti. V polovině září, zhruba půl roku po provedení prvních nezávislých voleb, které skončily vítězstvím Sąjūdisu, navštívila ČSFR na pozvání předsedy federální vlády M. Čalfy předsedkyně prvé samostatné litevské vlády Kazimira Prunskienė, aby získala podporu pro demokratizační proces a obnovu nezávislosti Litvy. Setkala se s prezidentem V. Havlem, předsedou parlamentu A. Dubčekem a předsedy republikových vlád. Československé Federální shromáždění se zařadilo mezi prvé parlamenty, které odsoudily krvavý zásah sovětských bezpečnostních sil(OMONu) ve Vilniusu (v období kolem) 13. ledna 1991. Represivní postup sovětských bezpečnostních sil odsoudil prezident Havel, jenž vyzval sovětského prezidenta M. Gorbačova k zastavení násilí a řešení sporných problémů demokratickou cestou a navrhl Prahu k setkání obou stran. Zároveň upozornil, že ČSFR (tehdy ještě člen Varšavské smlouvy) by nemohla nést spoluzodpovědnost za použití ozbrojených sil jiné členské země proti vlastnímu obyvatelstvu. Prezident Havel tuto problematiku přenesl na historické setkání prezidentů ČSFR, Maďarska a Polska ve Visegrádu (13.?) (15.?) února 1991, kde středoevropští státníci odsoudili jakoukoli formu totalitarismu. Navzdory postoji prezidenta však československá diplomacie s navázáním oficiálních diplomatických styků váhala, ostatně jako téměř všechny státy, až do porážky 1991 moskevského srpnového puče. Ministr zahraničních věcí Jiří Dienstbier odůvodňoval zdrženlivý postoj odkazem na uznání Slovenského státu litevskou vládou de iure po likvidaci Československa v roce 1939. Československá vláda uznala nezávislost Litvy a druhých pobaltských republik 29. srpna 1991. Diplomatické styky byly obnoveny 9. září 1991. Od roku 1992 byla podepsána smlouva o oboustranném bezvízovém styku.