1883年4月にドイツ帝国の商人アドルフ・リューデリッツは部下のハインリヒ・フォーゲルザングをこの地に派遣し、同年5月1日にフォーゲルザングは在地のベタニア人の首長ヨーゼフ・フレデリックスからアングラ・ペクエナの地を購入した。翌1884年にドイツ帝国はウォルビスベイ以外の地域について、このドイツの商人フォーゲルザングがベタニア人の首長フレデリックスから購入した土地を足がかりにドイツ領南西アフリカとして保護領化を宣言した（ドイツ植民地帝国）。ドイツからは弁務官パウル・ロールバッハや、総督テオドール・ロイトヴァン（任:1894年 - 1904年）が南西アフリカに派遣され、以後ドイツによる南西アフリカ人の「文明化の使命」や、商業上の利害に基づいて植民地化を進めた。他方、ナミビアの人々はこのドイツによる植民地化の動きを黙認したわけではなく、1902年には北部のオヴァンボ人の土地のカンボンデ首長はイギリスに手紙を書き、ドイツの植民地化に抵抗することを宣言している。また、白人入植者から土地を奪われたヘレロ人やナマ人も他の諸民族の反植民地運動に同調し、1904年1月にヘレロ人のサミュエル・マハレロ首長に率いられて蜂起した（）。この戦争に際してドイツ軍を指揮したフォン・トロッタ司令官は1904年10月2日にヘレロ人を抹殺する旨の宣言を発令し、ナマ人のヘンドリック・ヴィットボーイ率いる反乱に苦戦したあとの1905年4月21日にはナマ人の抹殺も命じている。この戦争は1907年9月にドイツと結んだイギリス軍の兵士によって、反乱の有力指導者であったヤコブ・マレンゴが射殺されたことをもって終結し、戦争によってヘレロ人の80%以上、ナマ人の50%以上が殺害された（ヘレロ人とナマ人のジェノサイド）。