Tijdens het bombardement van Rotterdam in 1940 werd het ziekenhuis ondanks een groot rood kruis op het dak zwaar beschadigd. De patiënten konden maar ternauwernood worden geëvacueerd. Alleen de buitenmuren stonden nog overeind, evenals de toegangspoort aan de achterzijde van het gebouw, aan de toenmalige Crispijnlaan. Een aantal paviljoens overleefden de oorlog en bleven tot december 1960 in gebruik.