14 червня 2017 року Толіссо за 41,5 млн. євро став гравцем німецької «Баварії», підписавши контракт на 5 років, і цей трансфер став на той момент найдорожчим в історії німецького клубу. 5 серпня в матчі за Суперкубок Німеччини проти дортмундської «Боруссії» він дебютував за нову команду. У цьому поєдинку Корентен завоював свій перший трофей у складі «Баварії». 18 серпня в поєдинку проти «Баєра» він дебютував у Бундеслізі. У цьому ж поєдинку Толіссо забив свій перший гол за «Баварію». 5 грудня в заключному поєдинку групового етапу Ліги Чемпіонів проти «Парі Сен-Жермен» він зробив «дубль». Станом на 4 січня 2018 року відіграв за мюнхенський клуб 15 матчів в національному чемпіонаті.