Nach dem Studium der Architektur in Hannover arbeitete Nagel ab 1986 zunächst in verschiedenen Funktionen auf Bezirks- und Senatsebene für die Stadt Hamburg, zuletzt ab 1998 in der Geschäftsleitung der HafenCity Hamburg GmbH. 2005 wechselte er als Abteilungsleiter für die Bereiche Stadtentwicklung, Stadt- und Freiraumplanung in die Berliner Senatsverwaltung für Stadtentwicklung und Umwelt. Hier verantwortete er mehrere Stadtentwicklungspläne und Projekte, etwa die Entwicklung der Europacity am Berliner Hauptbahnhof, der Internationalen Gartenausstellung 2017, die Nachnutzung des Flughafens Tegel sowie die Erarbeitung des aktuellen Stadtentwicklungskonzeptes Berlin 2030. Seit 1. Mai 2013 ist Reiner Nagel Vorstandsvorsitzender der Bundesstiftung Baukultur in Potsdam.