Ngày 1 tháng 1 năm 1945, cả "Yamato", "Haruna" và "Nagato" đều được chuyển sang Hải đội Thiết giáp hạm 1 vừa được tái thành lập; và "Yamato" rời ụ tàu hai ngày sau đó. Khi Hải đội Thiết giáp hạm 1 bị giải tán một lần nữa vào ngày 10 tháng 2, "Yamato" được chuyển sang Hải đội Tàu sân bay 1. Vào ngày 19 tháng 3 năm 1945, "Yamato" chịu đựng một cuộc không kích nặng nề khi máy bay từ các tàu sân bay Mỹ "Enterprise", "Yorktown" và "Intrepid" tấn công căn cứ hải quân Kure nơi nó đang neo đậu. Tuy nhiên, chiếc thiết giáp hạm chỉ bị thiệt hại nhẹ, một phần là nhờ căn cứ được phòng thủ bởi các phi công dày dạn kinh nghiệm đang làm nhiệm vụ huấn luyện phi công mới, lái những chiếc máy bay tiêm kích mới Kawanishi N1K "Shiden" hoặc "George". Dưới sự chỉ huy của Minoru Genda, người từng vạch kế hoạch tấn công Trân Châu Cảng, sự xuất hiện của những chiếc máy bay tiêm kích này, vốn có tính năng bay ngang bằng hoặc vượt trội hơn kiểu máy bay tiêm kích chủ lực F6F Hellcat của Hải quân Mỹ, đã gây bất ngờ cho những kẻ tấn công, và nhiều máy bay Mỹ đã bị bắn rơi. Hệ thống hỏa lực phòng không dày đặc và lớp vỏ giáp dày bảo vệ sàn tàu trên chiếc "Yamato" cũng giúp ngăn ngừa những thiệt hại đáng kể cho con tàu. Ngày 29 tháng 3, "Yamato" bắt đầu nhận đầy đủ đạn dược tiếp liệu nhằm chuẩn bị cho trận chiến ngoài khơi Okinawa mang tên Cuộc hành quân Ten-Go.