В 1325 году Мальтраверс появился в окружении жены Эдуарда Изабеллы Французской, приехавшей в Париж для переговоров о мире после войны Сен-Сардо. Изабелла была недовольна мужем, и вокруг неё собрались враги короля во главе с Роджером Мортимером, старым соратником сэра Джона. В 1326 году они собрали армию и высадились в Англии. Эдуард II был свергнут, Изабелла с Мортимером стали фактическими правителями королевства при юном Эдуарде III. Мальтраверс получил назад свои земли, а также часть владений казнённых Диспенсеров. В марте 1327 года ему было поручено вместе с Томасом Беркли и сэром Томасом Гурнеем охранять бывшего короля в замке Беркли в Глостершире. Некоторые хронисты обвиняют сэра Джона в жестоком обращении с Эдуардом. Ночью на 21 сентября узник умер, и большинство источников утверждает, что он был убит своими стражами: самые ранние версии предполагают удушение, более поздние — убийство посредством раскалённого прута, введённого в задний проход. Исследователи, как правило, считают насильственный характер смерти Эдуарда II вероятным, но констатируют, что полная уверенность невозможна из-за отсутствия надёжных данных.