L'iniziale esclusione del Milan dall'Europa League avrebbe comportato l'accesso dell'Atalanta direttamente alla fase a gironi del torneo, ma il ricorso presentato dai rossoneri è stato accolto così da ristabilire — in piena estate — la situazione maturata sul campo. I bergamaschi disputano quindi due turni preliminari, eliminando dapprima il Sarajevo (contro cui, dopo un pari all'andata, viene centrata al ritorno la più larga affermazione esterna del club in Europa) e successivamente l'Hapoel Haifa con un totale di 6-1. Il campionato 2018-19 inizia con una vittoria (4-0 al Frosinone), fatto che non si verificava al debutto da ben dieci anni. L'ultimo ostacolo per raggiungere il tabellone principale della coppa europea è rappresentato dai danesi del Copenaghen, che nella prima sfida impongono un pareggio senza gol. Nell'incontro decisivo, al quale la "Dea" si presenta reduce dal 3-3 con la Roma, l'obiettivo sfuma: altri 90 minuti a reti bianche trascinano il confronto ai rigori, dove gli sbagli del capitano Gómez e dell'ex Cornelius costano l'eliminazione dei nerazzurri.