Heintze speelde in totaal 86 wedstrijden voor de Deense nationale ploeg, daarin kon hij vier doelpunten scoren. Hij maakte zijn debuut op 29 april 1987 tegen Finland (1-0 winst). In 1992 werd Denemarken Europees kampioen, maar Heintze was daar niet bij vanwege een conflict met toenmalig bondscoach Richard Møller Nielsen. Zijn laatste wedstrijd was op 6 juni 2002 (Senegal-Denemarken) op het WK in Zuid-Korea en Japan.