31 июля 1938 года М. Н. Ахутин прибыл в район боевых действий у озера Хасан и принимал участие в боевых действиях в должности хирурга армии. Под руководством М. Н. Ахутина на дивизионном медицинском пункте было налажено переливание консервированной и свежей крови раненым военнослужащим РККА, что способствовало их успешному излечению. После окончания боевых действий М. Н. Ахутин был награждён орденом Красной Звезды. Практический опыт эвакуации и лечения раненых, полученный в ходе боёв у озера Хасан, был обобщён и представлен в докладе «Хирургическая работа во время боев у озера Хасан» на Всесоюзном съезде хирургов (Харьков, 26 декабря 1938 года). В 1938 году он написал монографию «Хирургическая работа у озера Хасан» (изданную в 1939 году).