W XVII i XVIII wieku państwa niemieckie weszły na drogę absolutyzmu, jednocześnie Rzesza jako całość stała się jedynie związkiem państw zdolnych do wspólnego działania tylko w chwilach silnego zagrożenia zewnętrznego (wojny z Turcją osmańską, Francją Ludwika XIV). W epoce nowożytnej Cesarstwo straciło wpływy na zewnątrz, za to obce mocarstwa utrwaliły swoje wpływy w wewnętrznych sprawach niemieckich (Francja, Rosja, Szwecja). W XVIII wieku stało się jasne, że reorganizacja polityczna Niemiec w kierunku większej spoistości będzie hamowana przez mocarstwa europejskie, gdyż wzmocniłaby za bardzo siłę Habsburgów, którzy u schyłku wieku XVII odebrali Turkom całe Węgry (pokój karłowicki) i zachwiałaby równowagą sił w Europie. Międzynarodowy wymiar wydarzeń w Niemczech umocnił się, gdy elektorowie saski i hanowerski uzyskali trony królewskie poza Rzeszą, odpowiednio w Polsce i Wielkiej Brytanii. W tym samym stuleciu wyrosła także potęga Prus Hohenzollernów, którym to przypadnie rola zjednoczyciela Niemiec w 1871, ponad pół wieku po rozwiązaniu Świętego Cesarstwa. Habsburgowie próbowali doprowadzić do likwidacji państwa pruskiego (wojna siedmioletnia) w porozumieniu z Rosją i Saksonią, jednak ostatecznie Rosjanie zmienili front i od tej pory Prusy stały się, zgodnie z zamierzeniem mocarstw ościennych, przeciwwagą dla Austrii w Rzeszy i Europie. Gdy cesarz Józef II starał się przeprowadzić pewne zmiany i przyłączyć do Austrii Bawarię (w zamian za oddanie dziedzicowi Wittelsbachów Belgii), spotkał się z oporem właśnie Prus, a potem koalicji książąt pod ich przewodem (Liga Książęca powstała w 1785).