Während der Befreiungskriege nahm Beckendorff an den Gefechten bei Möckern, Halle und Magdeburg, Luckau sowie der Belagerung von Stettin teil. Er erwarb sich in der Schlacht bei Großbeeren das Eiserne Kreuz II. Klasse und den Schwertorden II. Klasse. Für Dennewitz erhielt Beckendorff das Eiserne Kreuz I. Klasse. In der Völkerschlacht bei Leipzig erwarb er sich den Orden des Heiligen Wladimir IV. Klasse. Am 27. Dezember 1813 wurde er mit der Führung des 2. Kurmärkischen Landwehr-Regiments beauftragt und am 31. Mai 1815 zum Oberstleutnant befördert. Im Sommerfeldzug von 1815 kämpfte er in den Schlachten bei Ligny und Belle Alliance. In Belle Alliance wurde er verwundet und verlor drei Finger der rechten Hand. Beckendorff erhielt den Orden der Heiligen Anna II. Klasse.