Nach seiner Eroberung im späten 14. Jahrhundert war Naoussa bis zum ersten Balkankrieg Bestandteil des osmanischen Reiches. Am 1. November 1912 wurde aus Naoussa die osmanische Verwaltung vertrieben und nachfolgend die Stadt von den aus Süden (Veria) vorrückenden griechischen Truppen besetzt. Anschließend war Naoussa de facto Teil des griechischen Staates (Königreich), was mit dem Frieden von Bukarest 1913 endgültig bestätigt wurde.