Током рата Миловановић је три пута организовао и бранио командно мјесто Главног штаба што је сматрао својим озбиљнијим успјесима. Највише је био разочаран у акцију спашавања чворишта везе на објекту Зловрх у источној Босни, гдје је због раскалашености и нестручности једног мајора "команданта" акције за једну ноћ, 4/5. јуни, животе изгубило 36 припадника ВРС, а више од 30 их је рањено. Генерал Миловановић је током рата учествовао у припремању или извођењу неколико операција од којих се посебно истичу операције: "Подриње - 93" ослобађање источне Босне и спречавање страдања српског становништва од Фоче до Зворника: "Лукавац - 93" око Трнова за спајање Херцеговине са осталим дијелом Републике Српске 1993. године, "Штит" противудар ка Бихаћу у новембру и децембру 1994. године, зимску операцију "Динара 94/95" и успјешна одбрана Високе Крајине, организацију одбране Републике Српске од Српца до Костајнице у току хрватске офанзиве "Бљесак" у мају 1995. године. Поред већ поменуте изгубљене битке за Зловрх изнад Жепе изгубио је и комплетну другу одбрамбену операцију одбране западнокрајишких општина. Губитак западнокрајишких општина није доживљавао као свој лични стратегијски пораз јер је сматрао да је ту битку изгубио због надмоћности непријатеља који су били подржани од стране НАТО-пакта.