W 2007 roku Vargas ponownie wziął udział w Copa América. Na tamtym turnieju, zakończonym przez Chile na ćwierćfinale, wystąpił w meczach z Ekwadorem (3:2) i Brazylią (0:3). W latach 1999–2007 w drużynie narodowej rozegrał w sumie 38 spotkań.