1522 war St. Jakob die zweite Kirche in Riga, in der lutherisch gepredigt wurde. Nachdem sich die Stadt Riga im Livländischen Krieg dem polnisch-litauischen König Stephan Báthory unterstellt und dieser im "Corpus Privilegiorum Stephaneum" der Stadt ihre Freiheiten und Privilegien bestätigt hatte, kaufte der König der Stadt 1582 die Kirche ab und übergab sie den Jesuiten. Bei den Kalenderunruhen 1584 wurde der größte Teil der Inneneinrichtung von einer aufgebrachten Menge zerstört. 1621 kam Riga unter schwedische Herrschaft; die Jakobskirche wurde für die nächsten 300 Jahre wieder lutherisch. In dieser Zeit war sie auch als "Kronskirche" bekannt. 1656 beschoss die russische Artillerie bei der Belagerung von Riga während des Russisch-Schwedischen Krieges die Jakobskirche. Zum Gedenken daran wurden bei der Beseitigung der Kriegsschäden zwei Kanonenkugeln in die Gewölbe über dem Altar bzw. dem Mittelschiff eingemauert.