Aboubakar maakte op 29 mei 2010 zijn debuut in het Kameroens voetbalelftal, in een oefeninterland tegen Slowakije. Hij begon in de basis en werd na 67 minuten bij een 1–0 achterstand vervangen door Geremi Njitap (eindstand 1–1). In mei werd Aboubakar opgenomen in de selectie van Kameroen voor het wereldkampioenschap voetbal 2010 in Zuid-Afrika; hij was de enige Kameroener die op dat moment werkzaam was in de binnenlandse competitie. Op het toernooi speelde hij mee in twee groepsduels, tegen Denemarken (1–2 verlies) en Nederland (eveneens 1–2 verlies). Zijn eerste interlanddoelpunt volgde in de eerste interland na het WK: in de vriendschappelijke wedstrijd tegen het Pools voetbalelftal maakte hij het derde van drie Kameroense doelpunten. Met zijn land nam Aboubakar ook deel aan het wereldkampioenschap voetbal 2014 in Brazilië, waar hij meedeed in de verloren groepswedstrijden tegen het gastland en tegen Kroatië. In 2014 speelde hij niet meer bij Cotonsport en dus ook niet meer in de vaderlandse competitie; twee andere Kameroeners in de selectie, Loïc Feudjou en Cédric Djeugoué, nog wel. Aboubakar maakte als invaller het winnende doelpunt in de finale van de strijd om het Afrikaans kampioenschap voetbal 2017, toen de "Ontembare Leeuwen" met 2–1 wonnen van Egypte en zo voor de vijfde keer in de geschiedenis het continentale toernooi op hun naam schreven. Aboubakar nam met Kameroen enkele maanden later deel aan de FIFA Confederations Cup 2017, waar in de groepsfase werd verloren van regerend wereldkampioen Duitsland, regerend Zuid-Amerikaans kampioen Chili en werd gelijkgespeeld tegen de kampioen van Azië, Australië.