Loutró oli alun perin Anópolin satama, ja se tunnettiin nimellä Foíniks. Foíniksin kylä kukoisti hellenistisellä ja roomalaisella ajalla. Tilanne muuttui, kun saraseenimerirosvot ja orjakauppiaat tekivät kylästä tukikohtansa. Venetsian tasavalta sai Kreetan haltuunsa 1200-luvun alussa, ja venetsialaiset ajoivat merirosvot pois kylästä. Venetsialaiset rakensivat kylään pienen linnoituksen, jonka rauniot ovat säilyneet nykyaikaan saakka. Osmanit valloittivat Kreetan 1600-luvun aikana ja rakensivat kreetalaisten vuoden 1866 kapinan jälkeen Loutrón yläpuolelle oman linnoituksensa hallitakseen aluetta ja Loutrón satamaa. Kapinoivat kreetalaiset olivat käyttäneet satamaa tukikohtanaan laivanvarustaja Daskalogiánniksen johtamassa kapinassa vuonna 1770 sekä vuoden 1821 kansannousussa. Loutróon perustettiin vuonna 1821 sairaala hoitamaan kapinoinnissa haavoittuneita taistelijoita.