Несколько тысяч представителей тайпа Гендарганой приняли участие в двух последних войнах на территории Чеченской Республики; в ходе Первой войны известность получили пять братьев Такаевых из Урус-Мартана, возглавлявшие спецназ Президентской гвардии ЧРИ. Во время Второй войны гендарганойцы стояли во главе Исламской бригады, Грозненского и Урус-Мартановского джамаатов, а также Грозненского, Центрального, Урус-Мартановского и Ачхой-Мартановского фронтов. В 2000 году ими была развязана жёсткая диверсионная война в Центральной и Западной Чечне, длившаяся до осени 2005 года. В течение пяти лет десятки командиров из тайпа Гендарганой были убиты, в том числе