Le 26 février 1993 et le 11 septembre 2001, le complexe du World Trade Center (appartenant à l'autorité portuaire) a été la cible d'attaques terroristes. Alors même que les tours du WTC abritaient plus de employés et accueillaient plus de visiteurs par jour, les efforts des services de police de l'autorité portuaire, du NYPD, des pompiers de New York, des services médicaux d'urgence et des nombreuses autres personnes qui ont apporté leur aide, ont permis de réduire sensiblement le nombre de victimes. Le service de police de l'autorité portuaire de New York a, à cette occasion, subi les plus lourdes pertes humaines jamais subies, à la suite d'un seul événement, dans toute l'histoire des États-Unis. Trente policiers de l'autorité portuaire et un chien policier ont fait le sacrifice ultime le .