Howard foi nomeado coronel do 3º Regimento de Infantaria do Maine e, temporariamente, comandou uma brigada na Primeira Batalha de Bull Run. Foi promovido a general de brigada a contar de 3 de setembro de 1861, e recebeu o comando permanente da sua brigada. Howard então juntou-se ao Exército do Potomac do major-general George B. McClellan para a Campanha da Península.