Lahir di Ziguinchor, dia memulai kariernya dengan klub Lille OSC sebelum pindah ke CS Sedan dan kemudian Paris Saint-Germain. Dia juga menghabiskan sebagian besar musim 2001-02 sebagai pemain pinjaman di Montpellier Herault SC. Pada musim panas 2002, Cissé menjadi kapten tim nasional Senegal yang mencapai perempat final Piala Dunia 2002, mengalahkan pemegang juara sebelumnya Prancis. Dia juga bagian dari Timnas Senegal, tim yang menjadi runner-up di Piala Afrika 2002, tetapi adalah salah satu pemain yang gagal mengeksekusi penalti pada adu penalti di final karena itu mereka kalah dari Kamerun.