Auch in der nächsten Saison startete er im Europacup und belegte gute Plätze in Ridnaun, als Vierter im Sprint und Dritter in der Verfolgung. Die Juniorenweltmeisterschaften des Jahres in Haute-Maurienne verliefen für Windisch nicht besonders gut. Besser liefen die Europameisterschaften in Minsk, wo er Sechster im Einzel wurde. Im Weltcup debütierte der Südtiroler bei einem Staffelrennen in Beitostølen (12.). Erste sehr gute Platzierung bei einem Biathlon-Weltcup-Rennen war für einige Zeit ein 13. Rang bei einer Verfolgung 2007 in Pokljuka. Erstmals nahm Windisch 2007 auch bei einem Biathlon-Großereignis teil. Bei den Biathlon-Weltmeisterschaften 2007 in seiner italienischen Heimat in Antholz belegte er im Einzel (57.) und Sprint (47.) mittelmäßige Platzierungen. Eine kleine Sensation war das Erreichen eines ausgezeichneten Vierten Platzes mit der italienischen Staffel. Zum Auftakt der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202008/2009"&gt;Saison 2008/09&lt;/a&gt; konnte Windisch in Östersund bei einem Sprintrennen Siebter werden und belegte damit erstmals einen Platz unter den Besten Zehn.