В ходе Прибалтийской стратегической оборонительной операции в первые три дня войны дивизия была разбита в районе города Расейняй и уже к 25 июня перестала существовать как организованная сила. 17 июля 1941 года Богданов без сопротивления сдался в плен у станции Новосвенцяны, содержался в лагере для военнопленных в городе Сувалки. Известно, что уже 26 июля Богданов выдал немцам двух известных ему политработников, которых немцы сразу же увезли из лагеря и с того дня их судьба неизвестна. В сентябре 1941 года, согласившись сотрудничать с немцами, был переправлен в Германию. Предлагал немцам разрешить ему сформировать отряд из военнопленных для участия в боевых действиях против СССР. Затем его перевели в лагерь Вульгайде, где находились курсы пропагандистов. Писал от своего имени обращения к русскому народу и к генералам Красной армии. Известны случаи, когда Богданов вербовал военнопленных в «Боевой союз русских националистов», в котором и сам состоял с августа 1942 года.