2012-13 sezonunda Westbrook, 7 Aralık tarihinde oynanan Los Angeles Lakers maçının ilk çeyreğinde 27 sayı atarak bir çeyrekte en fazla sayı attığı ve maç genelinde beş üçlükle kariyerinin en fazla üçlük attığı maçını çıkardı. Ayrıca bu yıl üst üste üçüncü kez 2013 All-Star Maçı'na seçildi. Westbrook, normal sezonu maç başına 23.2 sayı, 7.4 asist, 5.2 ribaund ve 1.8 top çalma ortalamalarıyla tamamlamasının yanında üst üste üçüncü kez Yılın İkinci Beşi'ne seçildi. Takımıysa toplam 60 galibiyet aldığı sezonu yeni adıyla ilk kez konferans birincisi olarak tamamladı ve play-off'lara girdi. İlk turda Houston Rockets ile eşleşirlerken 24 Nisan günü oynanan serinin ikinci karşılaşmasında Patrick Beverley onun topunu çalmak için hamle yapınca çarpıştılar ve Westbrook dizinden sakatlandı. Dizindeki ağrılar'dan rahatsız olmasına rağmen maça devam etti ve karşılaşmayı 29 sayı ile tamamladı. Ertesi gün dizindeki ağrılar şiddetlenince tetkikler yapıldı ve menisküs'ünde yırtık olduğu tespit edildi. Westbrook, bu nedenle 27 Nisan, 2013 tarihinde ameliyat oldu ve play-off'ları kapattığı açıklandı. Thunder, onun yokluğunda ilk turda Rockets'ı 4-2 ile geçse de ikinci turda eşleştiği Memphis Grizzlies'e 4-1 elenerek play-off'lara veda etti.