Eigentlich hätten, gemäß dem sonst üblichen Vorgehen Spaniens, die einzelnen Stationen und alle dazugehörigen Ländereien innerhalb von etwa zehn Jahren von Klöstern in Diözesen umgewandelt werden sollen. So war es bei den übrigen Missionsstationen Mexikos, Zentralamerikas und Perus bereits vollendet worden. Doch Serra merkte bald, dass er an dieser Nordgrenze viel länger brauchen würde, um die indigene Bevölkerung für den neuen Glauben zu gewinnen und die Stationen aufzubauen. Zu den Stationen gehörten umfangreiche Ländereien und Viehherden, zu deren Pflege und Aufzucht die Einheimischen ausgebildet wurden, wodurch sich um die Stationen bereits kleine Dörfer bildeten. Bis 1800 wurde die Arbeit der Indianer zum Rückgrat der Wirtschaft am Camino Real. Keine der Missionsstationen erreichte je eine vollständige finanzielle Unabhängigkeit, so dass immer eine gewisse (allerdings geringe) Unterstützung aus Spanien erforderlich war. Nach dem Ausbruch des Mexikanischen Unabhängigkeitskrieges blieben diese Zahlungen aus nachvollziehbaren Gründen aus und die Stationen waren auf sich selbst gestellt.