Im Jahr 2017 wurde "San Junipero" bei den GLAAD Media Awards in der Kategorie "Outstanding Individual Episode" ausgezeichnet. Den Preis erhalten LGBT-relevante Folgen von Fernsehserien, in denen üblicherweise keine regulären LGBT-Charaktere vorkommen. Zudem gewann die Episode im selben Jahr bei den Emmy Awards in den Sparten "Outstanding Television Movie" (Bester Fernsehfilm) und "Outstanding Writing for a Limited Series, Movie, or Dramatic Special" (Bestes Drehbuch für eine limitierte Serie, Fernsehfilm oder dramatisches Special). "San Junipero" erhielt ebenfalls im Jahr 2018 einen IGN-Award in der Kategorie "Beste Fernsehepisode" sowie eine Nominierung für einen Hugo Award in der Sparte "Beste dramatische Präsentation (Kurzform)".