SS là tổ chức chịu trách nhiệm lớn nhất cho vụ diệt chủng 5,5 đến 6 triệu người Do Thái cùng hàng triệu nạn nhân khác trong suốt thời kỳ Holocaust. Các thành viên ở mọi phân nhánh của tổ chức đều phạm tội ác chiến tranh và tội ác chống lại loài người trong chiến tranh thế giới thứ hai (1939 – 45). SS còn liên quan đến các doanh nghiệp thương mại và bóc lột sức lao động của tù nhân trại tập trung, bức ép họ làm lao động khổ sai. Sau khi chiến tranh kết thúc, Tòa án Quân sự Quốc tế tại Nürnberg đã phán xử SS và Đảng Quốc Xã là những tổ chức tội phạm trong khi Ernst Kaltenbrunner, trưởng bộ phận chính SS cấp cao nhất còn sống, bị xử treo cổ vì tội ác chống nhân loại vào năm 1946.