دکتر احمدیان فعالیت در سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را از سال ۱۳۵۹ آغاز کرد و در طول جنگ ایران و عراق از فرماندهان میانی سپاه پاسداران محسوب می‌شد و فرماندهی ستاد قرارگاه نوح و از سال ۱۳۶۴ تا انتهای جنگ نیز ریاست ستاد نیروی دریایی سپاه را برعهده داشت . او در عملیات‌های فتح‌المبین، خیبر، والفجر مقدماتی و والفجر ۳، کربلای ۳ و کربلای ۴، حضوری فعال داشت.