Ujfaluši pelasi Tšekin maajoukkueen avauskokoonpanon pelaajana EM-kisoissa 2004, MM-kisoissa 2006 ja kapteenina EM-kisoissa 2008. Vuonna 2004 hän pelasi täyden ajan kaikissa muissa otteluissa paitsi merkityksettömässä viimeisessä alkulohko-ottelussa, vuonna 2006 hänet ajettiin ulos Tšekin toisessa ottelussa Ghanaa vastaan, joten hän ei päässyt joukkueensa kolmanteen otteluun, ja vuoden 2008 kisoissa hän pelasi Tšekin kaikki kolme ottelua alusta loppuun. Parhaiten Tšekki menestyi EM-kisoissa 2004, joissa se selvisi välieriin. Kaikkiaan Ujfaluši pelasi 78 maaottelua ja teki niissä kaksi maalia.