Po skončení druhé světové války (a otevření vysokých škol) začal Stanislav Auský studovat na Filozofické fakultě. Studia nedokončil. Po absolvování dvou semestrů byl povolán do Vojenské akademie v Hranicích na Moravě. Vojenská studia regulérně ukončil v roce 1947 vyřazením v hodnosti poručíka pěchoty československé armády. Auského krátká vojenská kariéra byla v roce 1948 (po únorovém puči) "zahájena" udělením velitelské výstrahy, protože "nenašel kladný poměr k lidově demokratickému zřízení." O tři roky později (v říjnu roku 1951) byl Stanislav Auský vojenským soudem degradován a současně propuštěn z armády. Necelé dva roky po propuštění z vojenské činné služby (v dubnu roku 1953) byl Auský zatčen a odsouzen k dvanácti letům trestu odnětí svobody "za velezradu a špionáž". Podmínečného propuštění se Auský dočkal až díky amnestii v roce 1960 za československého prezidenta Antonína Novotného.