W 2006 Międzynarodowy Trybunał Karny (MTK) z Hagi wydał za Ntagandą nakaz aresztowania wskutek popełnienia przez niego zbrodni wojennych i werbowania dzieci poniżej 15. roku życia do oddziałów militarnych. W tym samym roku popadł w konflikt z dowództwem UPC, w wyniku czego powrócił do rodzinnej prowincji Kiwu. Dołączył wówczas do Narodowego Kongresu na rzecz Obrony Ludu (CNDP) pod dowództwem Laurenta Nkundy, który wówczas prowadził rebelię antyrządową. Po wkroczeniu w szeregi partyzantów, został szefem sztabu.