Liittouneiden joukkojen vetäytymistä seuranneessa kaaoksessa hänet määrättiin Kreetalla olevien joukkojen komentajaksi 30. huhtikuuta 1941 ja hän toimi komentajana Kreetan taistelussa kunnes hänet evakuoitiin Egyptiin 30. toukokuuta. Freyberg jatkoi 2. uusiseelantilaisdivisioonan komentajana läpi lähes koko Pohjois-Afrikan ja Italia taisteluiden lukuun ottamatta lyhyitä jaksoja eri armeijakuntien komentajana ja hänen kahta haavoittumistaan. Hän oli erittäin suosittu komentaja sotilaidensa joukossa ja jättäessään divisioonan komennon 1945 hän oli arvoltaan kenraaliluutnantti.