Pada tahun 2013, Keïta memulakan karier profesionalnya bersama kelab Ligue 2, FC Istres. Setahun kemudian, beliau berpindah ke Red Bull Salzburg dengan mencapai gelaran Bundesliga Bola Sepak Austria dan Piala Austria pada musim kedua bersama kelab tersebut. Keïta menyertai RB Leipzig pada tahun 2016 dan kemudiannya menyertai kelab Liga Perdana Inggeris, Liverpool pada tahun 2017. Semasa berada di musim pertama bersama Liverpool, beliau telah memenangi Liga Juara-Juara UEFA 2018–19, Piala Kelab Dunia FIFA 2019, dan diikuti dengan gelaran Liga Perdana Inggeris 2019–20.