Námorníctvo ho povolalo do služby v januári 1949. Na základni Pensacola absolvoval 18-mesačný letecký výcvik počas ktorého získal kvalifikáciu námorného letca schopného slúžiť na lietadlových lodiach. Dňa 16. augusta 1950, dva týždne po jeho dvadsiatych narodeninách, námorníctvo Armstronga informovalo, že je plne kvalifikovaný námorný letec. Pridelený bol na základňu v San Diegu, o dva mesiace neskôr prešiel k 51. stíhacej letke (VF-51) vyzbrojenej prúdovými stíhačkami F9F Panther. S týmto lietadlom po prvýkrát vzlietol 5. januára 1951. V júni 1951 po prvýkrát pristál na lietadlovej lodi USS "Essex". Koncom júna eskadra na palube lietadlovej lode "Essex" vyrazila do kórejskej vojny.