9 июня 2000 года Мигель Касерес дебютировал в составе сборной Парагвая в гостевой товарищеской игре против команды Австралии. Спустя шесть дней он забил свой единственный гол за национальную сборную, также в гостевом товарищеском матче с австралийцами. Касерес был включён в состав Парагвая на Кубок Америки 2001 в Колумбии, где провёл одну игру группового этапа с мексиканцами.