Pelaajauransa jälkeen Kapanen on toiminut useita vuosia valmentajana. Hän on ollut SM-liigassa KalPan (1993-94), HIFK:n (1994-96), HPK:n (1996–97), Jokerien (2.3.1998–20.2.1999) ja Bluesin (4.10.2001– kauden 2003 loppuun) vastuuvalmentajana. Vuonna 1997 hänet palkittiin Kalevi Numminen -palkinnolla SM-liigan parhaana valmentajan johdatettuaan HPK:n pronssille. Kapanen on ainoa valmentaja, joka on valmentanut kaikkia kolmea pääkaupunkiseudun pääsarjaseuraa: Bluesia, HIFK:ta ja Jokereita. Kapasen suurin valmennusmeriitti on kuitenkin Suomen alle 20-vuotiaiden maajoukkueen johdattaminen MM-kultaan vuonna 1998.