Obwohl er weiterhin an verschiedenen Kliniken arbeitete, eröffnete er 1905 seine eigene Praxis in Montreal. 1908 wurde er Arzt für Infektionskrankheiten am dortigen Royal Alexandra Hospital. 1910 schloss er sich einer Kanu-Expedition des Generalgouverneurs von Kanada, Lord Grey, durch die Hudson Bay an. Während des Zweiten Burenkriegs diente McCrae als Artillerist. Nach seiner Rückkehr wurde er zum Professor für Pathologie an der University of Vermont ernannt, wo er bis 1911 lehrte (zeitgleich dozierte er auch an der McGill University in Montreal).