Franz Pless wurde am 10. Oktober 1819 in der zu Graupen, heute Krupka, gehörenden Ortschaft Hohenstein, heute Unčín, in der Nähe des Wallfahrtsortes Mariaschein am Fuße des Erzgebirges und nahe den Schlachtfeldern von Kulm als Sohn eines Landschaftsarchitekten geboren. Durch manche Verluste und ihren Wohltätigkeitssinn waren seine Eltern genötigt strenger zu wirtschaften, damit das geringe Einkommen des Gewerbes und einer kleinen Landwirtschaft ausreichte, um ihn und seine sieben Geschwister zu erziehen. Mit zwölf Jahren kam er ans Internat des Gymnasiums in Leitmeritz und noch in jungen Jahren wurde seine Leidenschaft für die Naturwissenschaften durch die in der Nähe der Heimat befindlichen Bergwerke geweckt. Da es in der Gymnasiumsbibliothek keine Bücher darüber gab, legte er sich autodidaktisch eine Mineraliensammlung zu und ließ sich "Schuberts Naturgeschichte" aus Dresden schicken. In weiterer Folge besuchte er die Karls-Universität in Prag, wo er vor allem unter den Professoren Franz Serafin Exner und Ferdinand Heßler studierte. Nach der Absolvierung der philosophischen Studien in Prag trat er als Novize in den ritterlichen Kreuzherren-Orden ein. Dabei erlangte er von dessen Großmeister die Zusage, dass er sich für eine Professur der Naturwissenschaften dürfe. Diese Zusage wurde jedoch vom bald darauf nachfolgenden neuen Großmeister wieder zurückgenommen, da dieser meinte, dass sich Pless einer theologischen Professur zuwenden solle.