במהלך המבצע התרחשה פרשת כיבושו של הכפר הערבי דיר יאסין על ידי ארגוני האצ"ל והלח"י, שבו נהרגו כ-100 עד 120 (יש מחלוקת על המספר המדויק, ומיד לאחר שאירע, פרסמו הן הערבים והן האצ"ל מספרים גבוהים בהרבה) מתושבי הכפר. הפרשה יצרה זעזוע רב בארץ ובעולם, והגבירה, ככל הנראה, את תופעת הבריחה של תושבי הכפרים הערביים, שגבלו בהתיישבות יהודית.