21. června 1940 obsadila sovětská vojska na základě smlouvy s hitlerovským Německem Pobaltí. O den později byla připojena nově vzniklá Estonská sovětská socialistická republika k Sovětskému svazu a zavedena nová vlajka svazové republiky podle vzoru sovětské vlajky a použití dosavadní vlajky bylo zakázáno. Nová vlajka byla tvořena červeným listem o poměru 1:2 se žlutým srpem a kladivem v horním rohu, nad kterým byly žluté iniciály ENSV (). Na mezinárodním poli se užívala pouze sovětská vlajka.