Avusturya'nın ilhakı sırasında, Avusturya'nın bağımsızlığına ilişkin planlanan referandum öncesinde, 12 Mart 1938'de Nazi Almanya'sı tarafından Salzburg ilhak edilmiş ve Alman birlikleri şehre taşınmıştır. Siyasi muhalifler, Museviler ve diğer azınlıklar daha sonra tutuklanmış ve sürülmüştür. Ayrıca sinagoglar yıkılmış, Sovyetler Birliği'nden gelen mahkumlar ve diğer milletler için esir kampları kurulmuştur. II. Dünya Savaşı sırasında, Maxglan semtinde kurulan esir kampı Çingene kampı olarak kullanılmış ve yerli sanayiye köle iş gücü sağlamıştır. Savaş sırasında katedralinin kubbesi yıkılmış olmasına rağmen Barok mimari örnekleri ayakta kalmıştır. Amerikan askerleri 5 Mayıs 1945 tarihinde Salzburg'a girmiştir.