Το 1204 ερειπώθηκε από τους Λατίνους επιδρομείς της Δ΄ Σταυροφορίας. Επίσης, το 1302 σε πειρατική επιδρομή τα κτίριά της καταστράφηκαν από φωτιά. Αναγκαστικά οι μοναχοί της την εγκατέλειψαν, αφού πρώτα έκρυψαν την εικόνα του Αγίου Γεωργίου σε απόκρημνη, δυσπρόσιτη περιοχή. Την εικόνα ανακάλυψε πολλούς αιώνες αργότερα ένας τσοπάνος από την Πελοπόννησο, στον ύπνο του οποίου είχε εμφανιστεί ο άγιος, σύμφωνα με τοπική παράδοση. Έτσι ξαναχτίστηκε η μονή, στα 1751-1752 σύμφωνα με πατριαρχικά σιγίλια, από τον μοναχό Ησαΐα.