В течение 1988–1991 лет Надибаидзе руководил подразделениями автомобильной службы, которая занимались восстановлением инфраструктуры на подконтрольных ЗакВО территориях (Сумгаитский погром, Армянский погром в Баку, гражданская война в Грузии). 6 мая 1989 года ему было присвоено воинское звание «генерал-майора». В 1991 году за выполнение задачи, поставленной ему лично Министром обороны СССР Дмитрием Язовым, награжден Орденом Красной Звезды. Суть этого задания так и не была раскрыта. По некоторым данным Надибаидзе был куратором поставки оружия мятежникам, имевших целью свержение власти Звиада Гамсахурдии.