15. srpna 1990 bylo umístěno 24 letounů F-4G Wild Weasel V a šest letounů RF-4C do Bahrajnu na základnu Šajch Ísá, aby se mohly účastnit operace Pouštní bouře. Dalších 12 letounů F-4G bylo 16. ledna 1991 umístěno na tureckou základnu Incirlik. Letouny F-4G byly jedinými stroji ve výbavě USAF, které nesly výbavu na potlačování nepřátelské protivzdušné obrany (SEAD), a byly tudíž životně nezbytné pro ochranu spojeneckých letounů před propracovanou iráckou protivzdušnou obranou. Letouny RF-4C, které do oblasti vyslala národní garda státu Alabama, zase byly jedinými letouny vybavené do strany snímající kamerou velmi dlouhého dosahu KS-127 LOROP, a byly proto využívány při různých průzkumných misích podél hranic. Letouny F-4G působily ve spolupráci s letouny F-16 tak úspěšně, že i po válce byla zachována jedna letka F-4G. Navzdory tomu, že na mise létaly téměř denně, byl pouze jeden letoun RF-4C ztracen při smrtelné nehodě. Další RF-4C byl ztracen těsně po válce. Také byl ztracen v boji jeden F-4G, když nepřátelská palba poškodila jeho palivové nádrže. Hořící letoun se ale dostal do blízkosti přátelské základny. Po válce tyto letouny hlídkovaly nad jižním Irákem, kde hlídaly dodržování bezletové zóny nad tímto územím.