Новембра 1941. постављен је за команданта Црногорског НОП одреда за операције у Санџаку са којим је 1. децембра 1941. учествовао у неуспелом нападу на Пљевља. Јануара 1942. постављен је а начелника Врховног штаба НОП одреда Југославије и на овој дужности је остао до краја рата. Активно је учествовао у командовању партизанским јединицама током Друге и Треће непријатељске офанзиве, почетком и средином 1942, као и током похода пролетерских бригада у Босанску крајину. Такође, дао је велики допринос у формирању Народноослободилачке војске (НОВЈ) и првих дивизија и корпуса.