Avant même que les Alliés rendent rétroactivement caducs les accords de Munich, Beneš bénéfice d'une rare légitimité, car non seulement la résistance intérieure tchèque naissante, mais également Alois Eliáš, premier ministre en exercice à Prague, et, au moins jusqu'en 1940, son successeur le président Emil Hácha reconnaissent son autorité. Cette légitimité dont bénéficie personnellement Beneš est transférée au gouvernement de Londres. Grâce au soutien logistique des Britanniques, une collaboration active entre le gouvernement de Londres et la résistance intérieure est maintenue durant les années de guerre. L'action la plus connue de la Résistance tchécoslovaque, l'attentat contre Reinhard Heydrich connu sous le nom d'Opération Anthropoid, est un fruit de cette collaboration.