Il fait encore montre de cette qualité à la campagne de Saxe en 1813, et se fait remarquer aux batailles de Lützen, de Bautzen, et surtout à Leipzig où il a dans la troisième journée le 18 octobre 1813, les deux cuisses emportées par un boulet. Fait prisonnier de guerre, le général Aubry meurt le 6 novembre suivant, à l'hôpital de Leipzig, à la suite d'une douloureuse amputation de la cuisse droite.