Ve 26 letech se poprvé objevil v Řecko-turecké válce v roce 1897 jako armádní důstojník. Poté se vydal do Německa na studia. Po návratu byl zařazen do generálního štábu. Před Balkánskými válkami v letech 1912–1913 byla reorganizována armáda, čehož se Metaxas aktivně účastnil. V roce 1913 byl jmenován hlavním velitelem řeckého generálního štábu.