La stagione successiva iniziò, nell'estate 2012, con la vittoria della Supercoppa di Francia contro il , ma il Lione, complice la crisi finanziaria del club, perse pedine importanti come Cissokho (ceduto al Valencia per 8,5 milioni), il portiere Lloris (ceduto al per 10 milioni), Cris e Källström, allo scopo di abbassare il tetto salariale. In loro sostituzione arrivarono calciatori prelevati a costo zero (Steed Malbranque, Milan Biševac, Arnold Mvuemba, Fabián Monzón) e giovani del vivaio come Alexandre Lacazette, Maxime Gonalons, Clément Grenier e Samuel Umtiti. Il Lione giunse terzo in campionato dietro PSG e Marsiglia (quattordicesimo piazzamento nei primi tre posti in quindici stagioni), qualificandosi così al terzo turno preliminare della Champions League. In Coppa di Francia fu clamorosamente eliminato ai trentaduesimi di finale dall', club di terza divisione, per 4-2 ai tiri di rigore (3-3 dopo i supplementari). In ambito europeo vise il proprio girone di Europa League con 5 vittorie e un pareggio in 6 partite e ai sedicesimi di finale fu eliminato dal (2-1 a White Hart Lane e 1-1 allo Stade de Gerland, con gol decisivo subito al 90º minuto da Dembélé quando la qualificazione sembrava ormai centrata grazie alla regola dei gol fuori casa).