Matsunaga występował w reprezentacji Japonii w latach 1988-1995. W 1989 uczestniczył w eliminacjach Mistrzostw Świata 1990. W 1992 uczestniczył w Pucharze Azji, który zakończył się zwycięstwem Japonii. Na turnieju rozgrywanym w Japonii Matsunaga był podstawowym bramkarzem i wystąpił w czterech meczach z ZEA, Koreą Północną i Iranem, w którym został ukarany czerwoną kartką, przez co nie mógł uczestniczyć w finale.