De obelisk stond in het circus toen Nero na de Grote brand van Rome in 64 de eerste christenvervolgingen startte. Volgens de historicus Tacitus werden christenen in de tuinen van het paleis en in het circus op gruwelijke wijze vermoord. Volgens de christelijke overlevering zou de apostel Petrus hierbij in het circus naast de obelisk zijn gekruisigd. De vermeende locatie van het graf van Petrus ligt daarom ook direct naast het circus. Na de dood van Nero in 68 raakte het circus buiten gebruik en werd in de eeuwen daarna afgebroken om ruimte te maken voor de sterk groeiende Vaticaanse necropolis langs de Via Cornelia. De obelisk bleef echter gewoon op zijn plaats staan. Keizer Constantijn begon rond 315 met de bouw van de eerste Sint-Pieterskerk over het graf van Petrus. De Vaticaanse obelisk stond nog tot in de 16e eeuw onaangeroerd naast de basiliek.