Krize, která vypukla krátce poté, co Konvent vyhlásil válku Velké Británii a Holandsku (1. února 1793, viz Francouzské revoluční války), a o něco později i Španělsku, vynesla Fouchého na vrchol. Stal se jedním z nejmocnějších jakobínských radikálů. Zatímco armády první koalice ohrožovaly severovýchod Francie, vzpoura roajalistů s centrem v Bretani a Vendée hrozila Konventu na západě. Fouché byl tedy se svým kolegou Villersem vyslán, aby s téměř diktátorskými pravomocemi potlačil vzpouru "bílých" (bílá byla barvou roajalistů). Odhodlání, s jakým se pustil do vykonání zadaných rozkazů mu vyneslo obrovskou reputaci a již brzy se stal komisařem republiky v departmentu Niévre.