Nachdem die saudi-arabischen Nationalmannschaft in der Vorrunde der Fußball-Weltmeisterschaft 2002 ausschied, bekam al-Qahtani beim Neuaufbau des Teams seine Chance. Bei der Fußball-Asienmeisterschaft 2004 – seinem ersten internationalen Turnier – erzielte al-Qahtani zwei Tore, schied aber mit der Mannschaft in der Vorrunde aus. Während der Qualifikation zur WM-Endrunde 2006 traf der Stürmer ebenfalls zweimal und stand im WM-Aufgebot Saudi-Arabiens. Bei der Endrunde gelang ihm ein Treffer beim 2:2 gegen Tunesien. Im April 2012 erklärte er seinen Rücktritt von der Nationalmannschaft.