In 1169 werd de kerk bijna volledig verwoest door een aardbeving, waardoor alleen de apsis intact bleef. De kerk raakte verder beschadigd door een brand in 1169, maar de meest rampzalige gebeurtenis was de aardbeving van 1693, die naast de kathedraal bijna de gehele stad verwoestte. De kathedraal werd in de daaropvolgende jaren herbouwd in de stijl van de Siciliaanse barok.