В связи с процессами, происходившими при распаде СССР и восстановлении независимости Эстонии, стали ослабляться действовавшие в СССР экономические связи. Руководство «Таллэкса» во главе с генеральным директором П. Трейером стремилось к большей автономии предприятия, и в декабре 1990 года «Таллэкс» из ведения Министерства тяжёлого машиностроения СССР перешел в подчинение Министерства экономики ЭССР. Несмотря на приобретение предприятием большей независимости, его положение продолжало быстро ухудшаться: «Таллэкс» по-прежнему зависел от прежних поставщиков и покупателей из республик Советского Союза. В новых же условиях поставки материалов и спрос на продукцию быстро сокращались.