Когда в 1860 году в стране, которая тогда называлась Гранадской конфедерацией, началась новая гражданская война, Хулио Арболеда вновь встал на защиту правительства, и воевал против восставшего генерала Томаса де Москера, а также против войск президента Эквадора Габриеля Гарсии, который попытался воспользоваться царившим у соседей хаосом и забрать себе ряд приграничных территорий.