De Sint-Matthiaskerk werd na de inname van de stad in 1632 door Frederik Hendrik voor de protestantse Republiek der Verenigde Nederlanden vanwege het toen geldende confessionele pariteitsbeginsel aan de protestantse gemeente toegewezen. Daarop werd de Sint-Catharinakapel door de katholieken als parochiekerk in gebruik genomen (1633). Enkele aan de Sint-Matthijs verbonden broederschappen verhuisden met hun respectievelijke altaren mee. De drie meest actieve broederschappen waren die van het Heilig Sacrament, die van de Gelovige Zielen in het Vagevuur en die van de heilige Johannes Nepomucenus. De verhuizing van de parochie was willens nillens: de kapel was veel te klein voor het aantal gelovigen. De Sint-Matthijsparochie telde midden zeventiende eeuw circa 3.500 parochianen. Die konden net als overal elders voor hun dagelijkse zielzorg en zondagsplicht ook terecht in de wijkkapellen en sommige kloosterkapellen. Voor het bijwonen van de plechtigheden op de hoogtijdagen van het kerkelijk jaar (Kerstmis, Pasen, Pinksteren, enzovoort) was een bezoek aan de parochiekerk echter verplicht. Dat gold ook voor het toedienen van bepaalde sacramenten zoals doopsel, vormsel, huwelijk en begrafenis, hetgeen alleen in een parochiekerk mocht plaatsvinden.