מיד לאחר שהסתיימה הפצצת יוגוסלביה על ידי נאט"ו, הכוכב האדום זכתה בגביע ה-17 בתולדותיה (עונת 1998/1999) כשגברה בתוצאה 4:2 על יריבתה המושבעת פרטיזן בלגרד. שתי עונות לאחר מכן המועדון חזר לאור הזרקורים האירופי כשהתמודדה במוקדמות ליגת האלופות בעונת 2001/2002 אך הודחה על ידי באייר לברקוזן (0–0 ו-0–3), שהעפילה באותה עונה עד לגמר. סלאבוליוב מוסלין, שאימן את הקבוצה עזב בספטמבר 2001.