Als er 1717 im Auftrag und Namen der Landesherrschaft die Ober- und Niederemsische Deichacht beraten sollte, wie die Schäden der Weihnachtsflut von 1717 zu beseitigen seien, schlug ihm deutliches Misstrauen entgegen, weil er auf fürstliche Initiative hin handelte. Die Deiche konnten dennoch bis 1718 wiederhergestellt worden sein, sodass Münnich nach der Oktoberflut 1718 stolz auf den Erfolg seiner Schutzmaßnahmen verweisen konnte. Er plante daraufhin die Verbesserung des gesamten jeverschen Deichsystems, geriet aber erneut in einen Streit mit den dortigen leitenden Beamten und wurde im Februar 1719 entlassen.