Zmobilizowany przed niemiecką i radziecką napaścią na Polskę, Paweł Goldstein został ordynatorem szpitala polowego Wojska Polskiego w Chełmie. Po zajęciu miasta przez wojska niemieckie pozostał w szpitalu jako szef oddziału chirurgicznego. W 1940 zdołał przedostać się przez granicę niemiecko–radziecką i znalazł się w okupowanym przez ZSRR Łucku, gdzie również został szefem chirurgii miejscowego szpitala, a po niemieckiej napaści na ZSRR kierował wydzieloną w nim częścią przeznaczoną dla radzieckich jeńców wojennych. W Łucku dołączył do niego syn Jan Goldstein, również chirurg. Wkrótce potem jednak Paweł Goldstein zaraził się tyfusem plamistym od jednego z pacjentów i zmarł 24 stycznia 1942.