Ved utbruddet av krigen til den tredje koalisjonen markerte nok en britisk invasjon av Kappkolonien. Janssens hadde ikke følelsen av at han hadde evnen til å kunne beseire de britiske styrkene ledet av generalløytnant David Baird. Likevel mobiliserte han sine styrker og møtte britene den 8. januar 1806 i slaget ved Blaauwberg nær Cape Town. Styrkene hans ble knust og tvunget til å trekke seg tilbake, og Kappkolonien overgav seg til britene for siste gang den 18. januar. Under betingelsene til overgivelsen ble Janssens transportert tilbake til Nederland hvor han ankom Den Haag 8. juni 1806.