בעונת 1996/97 דורטמונד ורויטר לא זכו באליפות בגרמניה וסיימו רק במקום השלישי, אך הגיעו עד לגמר ליגת האלופות בו ניצחו את יובנטוס בתוצאה 1–3. רויטר הצטיין באותה עונה והיה חלק חשוב בזכייתה של דורטמונד בתואר. בדצמבר 1997 זכה רויטר עם דורטמונד בגביע הביניבשתי לאחר ניצחון 0–2 בגמר על קרוזיירו הברזילאית. בעונת 1997/98 סבלו רויטר ודורטמונד מעונה חלשה בבונדסליגה, וסיימו במקום העשירי בלבד. בעונת 1998/99 סיימו דורטמונד ורויטר במקום הרביעי בבונדסליגה, ובעונת 1999/00 סיימו רק במקום ה-11. בעונת 2000/01 רויטר נפצע לתקופה ארוכה, והחמיץ חלק גדול מעונה זו, כאשר ערך חמש הופעות ליגה בלבד. דורטמונד סיימה עונה זו במקום החמישי, מרחק חמש נקודות מהאלופה באיירן מינכן, והחלה את הבנייה שלה מחדש לאחר מספר שנים בהן הקבוצה לא השיגה הצלחות.