Franz Roth karrierjét az SV Bertoldshofen utánpótlás csapatában kezdte. 1964-ben két évre kötelezte el magát az SpVgg Kaufbeuren ifi csapatába. A Bayern München felfigyelt játékára, és szerződést kínált Roth számára, amit el is fogadott. 1966 augusztus 27-én a második fordulóban debütált a Bayern München színeiben a Fortuna Düsseldorf elleni 0-0-ra végződő mérkőzésen. Első gólját 1966 szeptember 10-én a 4. fordulóban szerezte meg a Karlsruher SC ellen aratott 6-1-es győztes mérkőzés során. Első szezonjában német bajnok és kupagyőztes, valamint KEK győztes lett. Az 1-0-ra végződő KEK-döntő 108. percében ő szerezte a győztes találatot. A tökéletesnek mondható szezonja alatt behívót kapott a német utánpótlás válogatottba. A DFB-utánpótlás válogatottban 1967-ben és 1968-ban 11 alkalommal léphetett pályára. 1969-ben Németország U-23-as válogatottjában egy alkalommal szerepelt, viszont a felnőtt csapatban nem kapott sok bizalmat. Ezt bizonyítja, hogy 1967 és 1970 között csupán négyszer léphetett pályára. Címeres mezben nem szerzett gólt. 1974-ben, 1975-ben és 1976-ban is BEK győztes lett. Az 1976-ban az 1-0-ra megnyert döntőben ő szerezte a győztes gólt. Az 1976-os év végén felült a klublabdarúgás csúcsára, amikor megnyerte a Világkupát. 1978. március 4-én, a Bundesliga 28. fordulójában játszotta utolsó mérkőzését Roth a Bayern München színeiben.