Dokładna data założenia miejscowości nie jest znana. Jej powstanie związane jest prawdopodobnie z budową, w latach 1257–1287, Zamku Pienińskiego. Według Długosza Krościenko miało istnieć już w roku 1251, wymienione zostało przez niego (pod nazwą "Troszczenko") w legendarnym testamencie Wydżgi. Wzmianka o Krościenku pojawia się u Długosza również przy opisie ucieczki Świętej Kingi ze Starego Sącza do Zamku Pienińskiego w trakcie najazdu tatarskiego, w tym przypadku kronikarz posługuje się nazwą "Kroszczyenko", a samą osadę nazywa miastem. W przedlokacyjnym mieście był już kościół oraz miało ono własnego plebana, wskazuje na to pominięcie w akcie lokacyjnym rozporządzenia o wyznaczeniu łanu pod budowę kościoła oraz to, że już w latach 1350–1351 krościeński pleban figurował na liście duchownych uiszczających świętopietrze. W roku 1340 parafia krościeńska, należąca wówczas do dekanatu długopolskiego, liczyła 210 osób.