En 1642, la Quinta de Queluz fue confiscada por el rey Juan IV, debido al apoyo de los de Moura a la causa española, e incorporada a la , los bienes que correspondían a la segundogenitura de la Casa de Braganza. Queluz siguió siendo usada como quinta de veraneo, sin grandes alteraciones, a excepción de la reforma de las caballerizas en 1735. Ese mismo año, Queluz fue devuelto a la familia de Moura, marqueses de Castel-Rodrigo, teniendo que pagar la Casa de Infantado un alquiler por su uso.