Во время осады замка Фусими в 1600 году (перед битвой перед Сэкигахарой) Найто Иэнага был одним из последних защитников замка, осажденного армией Исиды Мицунари. Его преемником стал его сын, Найто Масанага (1568—1634), который за своё участие в осаде Осаки получил от сёгуната дополнительно еще 10 000 коку. Найто Масанага также получил 10 000 коку за подавление рода Сатоми в Татеяма-хане (провинция Ава) и 5 000 коку от сёгуна Токугава Хидэдаты за участие в большой соколиной охоте, в результате чего его общий доход составил 45 000 коку риса. В 1622 году Найто Масанага был переведен в Ивакитайра-хан в провинции Муцу.