Baeza debütierte am 3. Januar 1965 in der uruguayischen A-Nationalmannschaft. Insgesamt absolvierte er sechs Länderspiele. Ein Tor schoss er dabei nicht. Sein letzter Länderspieleinsatz in der „Celeste“ datiert vom 2. Februar 1967. Er gehörte dem Aufgebot bei der Südamerikameisterschaft 1967 an, das den Kontinentalmeistertitel gewann.