Janouch föddes 1964 i Prag, i dåvarande Tjeckoslovakien, och är dotter till kärnfysikern František Janouch och Ada Kolman, som är professor i strålningsbiologi. Såväl hennes morfar som hennes mormor var författare, och hennes mor arbetar delvis som översättare. Farmodern var sjuksköterska och farfadern läkare med privatmottagning hemma. Katerina Janouch skrev sin första bok vid sex års ålder. Redan vid fyra och ett halvt års ålder hade föräldrarna dock förbjudit henne att använda ryska som språk, på grund av ockupationen. 1971 föddes hennes lillebror, Erik. Fadern, som stödde idén att Andrej Sacharov skulle få Nobels fredspris 1972-73 och arbetade emot kommunisterna, blev utesluten ur kommunistiska partiet och ombads sedan att emigrera.