Beim Hochwasser im August 2002 wurde die Strecke zwischen Großbothen und Coswig an mehreren Stellen unterbrochen. Am schwerwiegendsten waren die Schäden zwischen Tanndorf und Leisnig. Neben mehreren kleineren Schadstellen wurden bei Tanndorf etwa 500 Meter Strecke mitsamt Bahndamm völlig zerstört. Ab 21. August 2004 konnte die Strecke wieder durchgehend genutzt werden. Nach Angaben eines Stadtrats habe der Bund nach dem Hochwasser 2002 45 Millionen Euro in die Strecke investiert.