Tras ser internacional Sub-21 (9 partidos) y Sub-23, Aranzabal debutó como internacional absoluto el 7 de junio de 1995 en un partido clasificatorio para la Eurocopa de Inglaterra 1996, aunque no llegó a ser convocado para esa cita deportiva. Ese verano, en cambio, sí disputó los Juegos Olímpicos de Atlanta 1996 con la selección sub-23. Con esta alcanzó los cuartos de final y obtuvo así el diploma olímpico. Durante los siguientes años jugó puntualmente con la selección y fue incluido en la convocatoria del Mundial de Fútbol de 1998, aunque no llegó a debutar en dicho campeonato. Con posterioridad fue uno de los jugadores de confianza de Antonio Camacho de cara a la Eurocopa 2000 y jugó como titular en tres de los cuatro partidos que jugó la selección española en aquel torneo. Tras estar fuera de la selección, durante año y medio volvió a jugar en algún partido clasificatorio para la Copa Mundial de Fútbol de 2002 durante la temporada 2001-02 y la Eurocopa 2004, aunque no entró en la convocatoria de ninguno de estos dos eventos. Su último partido como internacional fue el 30 de abril de 2003.