Pada abad ke-12, muncul sempalan Katarisme di Languedoc, Prancis. Usaha-usaha untuk menanggulangi ajaran bidah inilah yang melahirkan lembaga inkuisisi. Setelah kaum Katar didakwa membunuh seorang utusan paus pada tahun 1208, Paus Inosensius III melancarkan Perang Salib Albigenses. Berbagai tindakan penyalahgunaan kewenangan yang terjadi selama berlangsungnya Perang Salib ini mendorong Paus Inosensius III untuk membentuk lembaga inkuisisi kepausan secara informal guna mencegah tindakan-tindakan pembantaian lanjutan dan memberantas sisa-sisa kaum Katar sampai ke akar-akarnya. Pada masa-masa jayanya, sesudah diformalisasi Paus Gregorius IX, lembaga inkuisisi Abad Pertengahan ini menghukum mati rata-rata tiga orang per tahun. Seiring waktu, aksi-aksi inkuisisi lain juga dilancarkan