מובוטו הודח מהשלטון במהלך מלחמת קונגו הראשונה. בני הטוטסי התנגדו לו בשל תמיכתו בבני ההוטו ברואנדה, שהיו אחראים לרצח העם שם ב-1994. ממשלתו של מובוטו פרסמה בנובמבר 1996 צו האוסר הימצאות בני טוטסי בזאיר ומטיל עונש מוות על טוטסי שיימצא בה, דבר שהביא להתקוממות נרחבת שהחלה במזרח זאיר, בתמיכתו של פול קגמה, שלימים היה נשיא רואנדה. הטוטסי החלו במרד נרחב, גייסו גם קונגולזים שהתנגדו למובוטו, וצעדו לעבר הבירה קינשאסה. הצבא התמוטט בפניהם, שכן לא היה מאומן כלל להגנת המדינה, אלא עסק בעיקר ברדיפת מתנגדי משטר. ב-16 במאי 1997, לאחר כישלון שיחות שלום, נתפסה קינשאסה בידי הטוטסי. זאיר שינתה שמה לרפובליקה הדמוקרטית של קונגו, ומובוטו יצא לגלות בטוגו ולאחר מכן במרוקו.