Enrique I no había dejado ningún heredero varón legítimo y, al ascender al trono, Esteban se encontró con el rechazo de un sector de la nobleza que apoyaba las pretensiones de su prima Matilde, hija del difunto rey Enrique. Aunque en principio John apoyó la sucesión de Esteban, durante la guerra civil que estalló en 1139 y que llevaría a Inglaterra a la anarquía tuvo el acierto de escoger el bando de Matilde. Fue en este contexto cuando John Marshal se vio envuelto en una disputa local en las tierras de su castillo de Marlborough con Patrick, conde de Salisbury. Patrick era más poderoso y finalmente John tuvo que avenirse a un acuerdo que incluía su matrimonio con la hermana de Patrick, Sybil.