Em 1994, o Japão chegou muito perto de conquistar uma vaga na Copa do Mundo pela primeira vez, mas perdeu a chance por causa de um gol de empate nos últimos minutos do último jogo das eliminatórias da Copa de 1994, uma partida que ficou conhecida como Agonia de Doha. Foi só na Copa de 1998 que o time conseguiu sua primeira classificação. Desde então, vem conseguindo participar de todas as edições - suas melhores participações foram em 2002 (quando sediou o evento juntamente com a Coreia do Sul), em 2010 e 2018 - nas três oportunidades, alcançou as oitavas de final. Também como país-sede, participou da Copa das Confederações de 2001 (apesar de também ter ganho a Copa da Ásia de 2000, título que também concede uma vaga na competição), onde conseguiu o 2º lugar.