Al iniciarse la guerra con Chile, se incorporó a la reserva; en la defensa de Lima concurrió a la Batalla de Miraflores (15 de enero de 1881), como segundo jefe del 14.° batallón; y al ser ocupada la capital por las tropas chilenas, se retiró a la sierra y pasó a establecerse en Chancay, donde trabajó en las explotaciones agrícolas de su padre. Allí reanudó las tareas humanísticas que le eran gratas; y con particular afán se dedicó al aprendizaje de lenguas extranjeras. Logró consolidar una posición independiente, que le evitó solicitar un empleo público y que al mismo tiempo le permitió escrutar en el pasado histórico, sin temor al descubrimiento y la exposición de la verdad.