Seuraavien viidentoista vuoden aikana Grattan pyrki lisäämään Irlannin katolisten poliittisia oikeuksia. Ranskan vallankumous johti vallankumouksellisen nationalismin nousuun myös Irlannissa, jolloin poliittinen aloite alkoi liukua pois Grattanin käsistä. Vuonna 1793 katoliset saivat Irlannissa rajoitetun äänioikeuden, mutta Irlannin parlamentti ei antanut katolisille oikeutta edustukseen parlamentissa. Mielialojen kiihtyessä Irlannissa Grattan teki vuonna 1797 lakiesityksen myös parlamenttiedustuksen sallimisesta katolisille, mutta Englannin hallituksen myötävaikutuksella esitys hylättiin. Katkerana Grattan vetäytyi parlamentista toukokuussa 1797. Kun suuri kapina puhkesi Irlannissa seuraavana vuonna, hän oleskeli Englannissa. Grattan palasi parlamenttiin viiden kuukauden ajaksi vuonna 1800, ja vastusti huonolla menestyksellä William Pittin hallituksen esittelemää unionilakia, jonka hyväksymisen myötä ”Grattanin parlamentti” lakkautti itse itsensä.