Znojmo dikenal sebagai tempat disepakatinya gencatan senjata pada tahun 1809 setelah meletusnya Pertempuran Wagram antara Napoleon melawan Adipati Agung Karl. Kota ini juga konon merupakan tempat lahir Leopold Loyka, sopir Franz Ferdinand dari Austria ketika Ferdinand tewas ditembak di Sarajevo pada tahun 1914; peristiwa ini merupakan peristiwa yang memicu Perang Dunia I. Setelah perang ini berakhir, kota ini menjadi bagian dari Cekoslowakia, tetapi pada masa Jerman Nazi dari tahun 1938 dan 1945 kota ini menjadi bagian dari "Reichsgau Niederdonau". Setelah berakhirnya Perang Dunia II, warga Jerman di kota ini diusir akibat dikeluarkannya dekret-dekret Beneš.