У складі збірної був учасником кубка Азії 2007 року і домашнього кубка Азії 2011 року, на обох турнірах провів по два матчі групового етапу. Ще за вісім років брав участь у кубку Азії 2019 року в ОАЕ, де вийшов на заміну наприкінці гри групового етапу проти збірної КНДР, яку його команда на той час вже вигравала з рахунком 6:0. Ця гра залишилася для Алі Афіфа єдиною на турнірі, на якому його команда виграли усі матчі із сукупним рахунком 19:1 і уперше в своїй історії стала чемпіоном Азії.