Ngeny, een goede 1500 m-loper, had in het begin moeite om bij de wereldtop te geraken. Vele van zijn landgenoten zijn ook sterk op de middellange en lange afstand. Hij greep zijn kansen in 1999, toen hij zich voor de wereldkampioenschappen kon kwalificeren. In Sevilla werd hij in de finale alleen door wereldkampioen Hicham El Guerrouj verslagen. Op 5 september dat jaar verbeterde hij het achttien jaar oude wereldrecord op de 1000 m van de Britse hardloper Sebastian Coe naar 2.11,96.