В 2001 году Рафаэль Бенитес был назначен главным тренером «Валенсии», заменив на этом посту Эктора Купера, который возглавил «Интернационале». В первом сезоне команда под руководством испанца одержала победу в чемпионате, набрав 75 очков. Это была первая победа в Примере за 31 год. В Кубке УЕФА «летучие мыши» дошли до 1/4 финала, где уступили команде Эктора Купера — «Интернационале» со счётом 1:2 по сумме двух матчей. Следующий сезон получился не такой успешный: в чемпионате «валенсийцы» финишировали лишь пятыми, набрав 60 очков. В Лиге чемпионов УЕФА команда вышла с первого место из группы В, где были «Базель», «Ливерпуль» и «Спартак Москва», однако в 1/4 финале «Валенсия» уступила все-тому же «Интернационале», за счёт правила гола, забитого на чужом поле (0:1, 2:1). В сезоне 2003/04 «Валенсия» добилась не малых успехов: команда выиграла национальный чемпионат, опередив «Барселону» на пять очков. Также «летучие мыши» выиграли и Кубок УЕФА, одолев в финале «Олимпик Марсель» со счётом 2:0. После завершения успешного сезона Рафаэль Бенитес перешёл в английский «Ливерпуль».