À la suite de cette victoire spectaculaire, les Athéniens prirent le contrôle total des eaux de l'Hellespont. Le jour suivant la bataille, ils reprirent Cyzique qui se rendit sans combattre. Démoralisés par la destruction de leur flotte, les Spartiates envoyèrent une ambassade à Athènes pour demander la paix mais les Athéniens rejetèrent cette offre. Un corps expéditionnaire commandé par Thrasylle fut mis en place pour rejoindre les forces de l'Hellespont. Cette armée, toutefois, quitta Athènes seulement un an après la bataille et, même si les Athéniens finirent par reprendre Byzance et par obtenir que Chalcédoine leur paye un tribut, ils ne profitèrent jamais vraiment de l'avantage que la bataille de Cyzique leur avait donné. La cause de cette inactivité est en grande partie financière car, même après la victoire, le trésor athénien ne pouvait supporter une offensive à grande échelle. Pendant ce temps, les Spartiates, avec l'aide des Perses, reconstruisirent rapidement une flotte pour amoindrir l'avantage pris par les Athéniens. Athènes ne gagna plus qu'une seule bataille navale jusqu'à la fin de la guerre, aux Arginuses, et sa défaite à la bataille d'Aigos Potamos mit fin à la guerre. La bataille de Cyzique, bien qu'ayant été une victoire totale pour les Athéniens, ne leur apporta aucun avantage durable et servit seulement à prolonger la guerre.