Hooker nació en Hadley, Massachusetts, y era nieto de un capitán que luchó en la guerra de independencia. Se graduó en la Academia Militar de Estados Unidos en 1837, y fue enviado como subteniente al 1º de Artillería. Su primer destino estuvo en Florida, luchando en la segunda guerra Semínola. Participó también en la Guerra Mexicano-Estadounidense en el estado mayor de Zachary Taylor y luego de Winfield Scott. Fue ascendido provisionalmente por su liderazgo y valentía en tres batallas: Monterrey (a capitán), Puente Nacional (Comandante -mayor-), y Chapultepec (teniente coronel). Su fama de mujeriego comenzó en México, en donde era conocido como “Handsome captain” (“el capitán guapo”).