Setelah kemerdekaan Indonesia, Pringgodigdo bertugas sebagai sekretaris negara di bawa Presiden Soekarno sampai Januari 1950; dari Juni hingga September 1948 dia juga bertugas sebagai komisaris untuk Sumatra. Ketika Agresi Militer Belanda II pada bulan December 1948, Pringgodigdo ditangkap dan diusir ke Bangka dengan pemimpin Indonesia lain; dia juga melaporkan bahwa arsipnya dibakar Belanda. Dari tanggal 21 January hingga 6 September 1950, dia bertugas sebagai Menteri Kehakiman, mewakili Masyumi.