עם מעברו ליובנטוס היה פסוטו לשחקן הרכב פותח, ועימו הרכיבה יובנטוס את אחת מחוליות ההגנה הטובות בעולם בשנים אלו. פסוטו שיחק במדי יובנטוס במשך 12 עונות, וזכה עימה בארבע אליפויות באיטליה, ובליגת האלופות בעונת . במשחק הגמר פתח פסוטו בהרכב קבוצתו ושיחק לכל אורך המשחק וההארכה, שהסתיימה בשוויון 1-1. בדו-קרב הפנדלים בעט פסוטו את הבעיטה השנייה של קבוצתו וכבש בדרך לניצחון והזכייה בתואר. במהלך תקופתו ביובנטוס העפיל המועדון שלוש פעמים נוספות לגמר ליגת האלופות אך לא הצליח לנצח שוב. פסוטו פתח באחד מהגמרים (1998) וישב על הספסל בשניים נוספים (1997 ו-2003).