L'anno successivo sulla panchina del club torna Giovanni Trapattoni. Nel settembre 1991, dopo la sfida casalinga contro il , Baggio rimedia il primo dei vari infortuni che influenzeranno la sua carriera in bianconero negli anni a seguire, uno stiramento che lo tiene fuori tre settimane e dal quale recupera a fatica. Ristabilitosi, incrementa notevolmente il proprio rendimento, disputando un'ottima seconda parte di stagione e attirando paragoni sempre più frequenti con Giuseppe Meazza, mentre Trapattoni lo accosta a Zico. La squadra torinese arriva seconda in campionato dietro al e raggiunge la finale di Coppa Italia; nella partita d'andata della finale poi persa contro il , Baggio segna il gol della vittoria su rigore.