В годы Великой Отечественной войны И. С. Кая с семьёй жил в г. Керчь, оккупированной в немецко-фашистскими захватчиками. По действиям оккупационных властей И. С. Кая понял, что в городе готовится уничтожение еврейского населения. Для противодействия оккупантам, он создал инициативную группу в составе пяти человек (И. С. Кая, И. И. Валит, М. С. Токатлы, А. С. Мизрахи и З. Я. Борохов), которая попыталась доказать оккупационным властям, что крымчаки — крымские евреи-талмудисты, во всём похожи на крымских караимов и отличаются от них лишь принадлежностью к талмудическому иудаизму и отсутствием мифологемы о своём нееврейском происхождении. Приведённые доводы были столь грамотно сформулированы, что немецкая администрация отложила приведение расстрела крымчаков Керчи до получения по этому вопросу дополнительного разъяснения из центра. К концу декабря из Берлина пришел ответ, что керченские крымчаки должны быть расстреляны 3 января 1942 года. Однако 30 декабря 1941 года Керченско-Феодосийская десантная операция освободила город и 826 керченских крымчаков были спасены. Впоследствии большей части крымчаков, спасённых перед повторным захватом города немцами, удалось переправиться через Керченский пролив и сохранить свою жизнь.