El 26 de mayo de 2009, el Tribunal Supremo admitió a trámite una querella de FE de las JONS contra Baltasar Garzón por prevaricación al declararse competente en la investigación de los crímenes de la Guerra Civil y el franquismo, presentada como acusación popular por las organizaciones Manos Limpias —presidida por Miguel Bernad, exdirigente del partido de extrema derecha Fuerza Nueva y del sindicato Fuerza Nacional del Trabajo— y Falange Española de las JONS, esta última supuestamente implicada directamente -según Garzón- en los crímenes que se pretenden estudiar, si bien nunca se ha probado tal implicación.