Etter verdensmesterskapet i 1998 fikk Ebbe Sand enda en sesong for Brøndby med 20 mål for de gule, før han ble solgt til den tyske toppklubben Schalke for ti millioner tyske mark. På den tiden gjorde dette Sand til tidenes dyreste eksport fra en dansk klubb. Sands første sesong i Tyskland ble en stor suksess og han scorte 14 mål selv om Schalke endte på en skuffende 13.-plass i Bundesligaen. Internasjonalt gikk det heller ikke så bra, og Sand fikk kun to kamper i Europamesterskapet i 2000 og ble benket etter to dårlige fremvisninger for til den siste kampen.