Als Bürgermeister von Zürich präsidierte er 1794, 1796 und die letzte Tagsatzung am 25. Januar 1798 in Aarau; er versuchte vor 30.000 Anwesenden, die alten Bünde zu einen, aber die Einigkeit reichte nicht für eine ausreichende Verteidigungskraft. Nachdem Bern am 5. März 1798 von den französischen Invasionstruppen eingenommen worden war, legte der bisherige Grosse Rat am 8. März 1798 die Regierung nieder und David von Wyss sah sich gezwungen, um Misshandlungen zu entgehen, gemeinsam mit seinem Sohn am 13. März 1798 Zürich zu verlassen. Er hielt sich mit Unterbrechungen bis Juni 1798 als Flüchtling in Lindau in Bayern und Augsburg auf und kehrte dann nach Zürich zurück, worauf er sich als Privatier zurückzog.