El 7 de diciembre de 2018, Annegret resultó elegida presidenta de la CDU en el congreso federal de ese partido. La hasta ese momento secretaria general de la formación se impuso a los otros dos candidatos, Friedrich Merz y Jens Spahn. De esta forma, la CDU optó por la línea más centrista y europeísta de Angela Merkel, que después de 18 años dejaba el liderazgo del partido.