През 1906 година действията на гръцките андарти в Македония водят до безредици и погроми срещу гръцкото население в пренаселения с бежанци град и регион. В Бургас гръцката църква и училище са отчуждени, а гръцкото население емигрира през следващите години основно в Константинопол. През 1906 г. създадената година по-рано Търговска гимназия се премества в бившите помещения на гръцкото училище. По това време в града работят още по едно арменско, турско и френско частно училище.