W reprezentacji Chile Rojas zadebiutował w 1995 roku.W 1998 roku został powołany przez Nelsona Acostę do kadry na Mistrzostwa Świata we Francji. Na tym turnieju był podstawowym zawodnikiem Chile i zagrał w trzech meczach grupowych z Włochami (2:2), z Austrią (1:1) i z Kamerunem (1:1). Ostatni mecz w reprezentacji rozegrał w 2005 roku. Wystąpił na Copa América 1999 i Copa América 2001. W kadrze narodowej zagrał 31 razy.