Sul territorio svizzero sono presenti circa specie vegetali e poco meno di specie animali. La biodiversità è generalmente elevata nelle zone montagnose, nelle foreste e sulle superfici verdi delle zone abitate. Tuttavia, sulla maggior parte del territorio utilizzato intensamente, come gran parte dell'Altipiano, la biodiversità diminuisce. Solo raramente il numero di specie è in aumento e questo è dovuto alla colonizzazione da parte di specie già diffuse, un fenomeno che comporta, secondo l'Ufficio federale dell'ambiente, ""la semplificazione e la banalizzazione degli habitat"". È stato monitorato lo stato di salute di circa il 20% delle specie (piante, animali e funghi). Circa un terzo delle specie monitorate risulta essere a rischio e potenzialmente minacciato di estinzione. In particolare è a rischio il 79% delle specie di rettili e il 70% di quelle degli anfibi. Nel 1982 è stata istituita ad Aarau la fondazione "ProSpecieRara" con lo scopo di salvaguardare la diversità biologica presente sul territorio elvetico (con particolare attenzione alle razze animali da reddito, agli ortaggi e alle bacche). Nel 1992 la Confederazione ha sottoscritto la Convenzione di Rio sulla salvaguardia della biodiversità. Da allora "ProSpecieRara" lavora a stretto contatto con l'Ufficio federale dell'agricoltura (da cui è in parte finanziata) e con le associazioni di coltivatori e allevatori, proponendo ai contadini svizzeri di coltivare e allevare specie che andrebbero altrimenti perse.