De Tweede Coalitie (1798/99 – 1801/02) bestond uit Rusland, Groot-Brittannië, Oostenrijk, het Ottomaanse Rijk, Portugal, Napels en de Pauselijke Staat. Zij had niet veel meer succes. Napoleon controleerde de Franse staat sinds 1799 en kon de invallen afslaan. Hij kon er echter niet toe komen Groot-Brittannië binnen te vallen. De Fransen besloten echter Egypte binnen te vallen met de expeditie van Napoleon naar Egypte in de zomer van 1798, en stuurden nog een expeditie uit naar Ierland. De Franse vloot op weg naar Egypte werd verslagen door Horatio Nelson in de Slag bij de Nijl op 1 augustus, en de Ierse crisis kon beperkt worden. Napoleon zat vast in Egypte, en de oude leden van de Eerste Coalitie profiteerden van Napoleons afwezigheid. Vroege overwinningen in Zwitserland en Italië beloofden meer succes, maar de Russen trokken zich terug en de Britten weigerden mee te doen. De Oostenrijkers stonden er alleen voor, en trokken zich ook tijdelijk terug uit het conflict in februari 1801.