W czasie II wojny światowej i kampanii wrześniowej 9 i 12 września 1939 niemieckie samoloty zbombardowały Zamość. Zginęło ponad 250 osób, wiele było rannych, przede wszystkim cywilów. 13 września około godziny 17.00 oddziały niemieckie wkroczyły do Zamościa. 18 września Niemcy wywieźli ukryte w Kolegiacie Zamojskiej skarby z Pelplina i Habsburgów z Suchej. W nocy z 19 na 20 września 1939, 29 Brygada Piechoty płk Jana Bratro miała za zadanie odbicie Zamościa. Do miasta wdarł się jako pierwszy 2 Rezerwowy Pułk Piechoty ppłk Stanisława Gumowskiego. Polskie oddziały napotkały jednak silny opór. Zginęło około 50 Polaków i około 50 Niemców. Zgodnie z pierwotnymi ustaleniami Paktu Ribbentrop-Mołotow w sprawie granicy pomiędzy ZSRR i III Rzeszą, 25 września Niemcy opuścili Zamość. Z 26 na 27 września 1939 miasto zajęli żołnierze Armii Czerwonej. Na mocy uzgodnionego 28 września 1939 Traktatu o granicach i przyjaźni III Rzesza – ZSRR, dotyczącego rozgraniczenia stref wpływów obu sprzymierzonych państw na terenie podbitej Polski i linii demarkacyjnej pomiędzy ZSRR a Trzecią Rzeszą, wojska sowieckie opuściły Zamość. Wycofanie żołnierzy Armii Czerwonej przeprowadzono w dniach 4-5 października. Razem z nimi odeszło ok. 1/3 zamojskich Żydów. Od 8 października miasto na prawie 5 lat znalazło się w rękach Niemiec hitlerowskich.