Grofija je bila pomembna tudi za Švicarje, zaradi trgovskih poti skoznjo, po katerih so uvažali kovine in predvsem zaradi soli iz rudnikov v Salins-les-Bainsu, ki so jo nujno potrebovali pri proizvodnji sira. Leta 1512 so Habsburžani s Švicarsko konfederacijo sklenili pogodbo o nevtralnosti grofije, pri čemer so Švicarji prevzeli nalogo njene zaščite. Pogodbo so kasneje še večkrat obnovili. Vendar je bila zaradi prevelike odvisnosti od Francije in notranje verske razklanosti švicarska federacija prešibka, da bi grofijo vojaško zaščitila. Tuje vojske so grofijo večkrat plenile, zlasti v zaključni fazi tridesetletne vojne (1635-48). Leta 1668 jo je v devolucijski vojni zasedel vojskovodja Ludvika XIV., princ Condejski. S sporazumom v Aix-la-Chapelle so ob koncu vojne Francozi grofijo Špancem vrnili, a jo je junija 1674 Conde ponovno zasedel. Z mirovnim sporazumom v Nijmegenu (1678) je Francija grofijo dokončno anektirala, postala je francoska pokrajina Franche-Comté. Kralj Ludvik XIV. je naročil vojaškemu inženirju, maršalu de Vaubanu, da utrdi nekdanje cesarsko mesto Besançon, ki je postalo nova prestolnica pokrajine.