Al començament de la Guerra civil es trobava retirat de l'Exèrcit, però ràpidament va tornar a unir-se, mantenint-se fidel a la República. En aquell moment ostentava el rang de capità d'infanteria. Durant la defensa de Madrid va guanyar notorietat entre les files republicanes. Al llarg de la contesa va ocupar diversos comandaments, com va ser la 24a Brigada Mixta, al capdavant de la qual va intervenir en la Batalla del Jarama i posteriorment la 16a Divisió. A l'abril de 1937 va passar a manar el III Cos d'Exèrcit, al Front del Centre. En la primavera de 1938 va ser posat al comandament d'una nova formació, l'anomenat Cos d'Exèrcit «A», que estaria a càrrec de defensar la Línia XYZ en la rodalia de València. L'agost aquesta formació va ser finalment canviada de nom com XXI Cos d'Exèrcit. Per a llavors Güemes ja ostentava el rang de Tinent coronel. Al capdavant d'aquest Cos d'Exèrcit va jugar un important paper durant la Campanya del Llevant mantenint les posicions de la Línia XYZ fins al final de la guerra.