Im Jahre 1992 eskalierte der Konflikt mit Transnistrien zu einem Krieg, der erst nach Vermittlung durch General Alexander Lebed, der die dort stationierte 14. Armee im Auftrag der Russischen Föderation befehligte, beendet werden konnte. 1994 bot die moldauische Regierung Gagausien einen Autonomiestatus innerhalb der Republik Moldau an. Dieser Autonomiestatus wurde auch dem abtrünnigen Landesteil Transnistrien angeboten, was aber von dem De-facto-Regime unter dem selbsternannten Präsidenten Igor Smirnow abgelehnt wurde. Igor Smirnow konnte das Angebot ablehnen, da er die Unterstützung der Russischen Föderation aufgrund deren Interesse an einer weiteren Stationierung russischer Armeeeinheiten auf dem Territorium Transnistriens hatte. Zudem war die „Pridnestrowische Moldauische Republik“ mit dem Aufbau eigener staatlicher Strukturen und Streitkräfte viel weiter fortgeschritten als der gagausische Landesteil. Transnistrien stellte auch im Gegensatz zu Gagausien ein einheitliches Gebiet dar, das aufgrund seiner Landesgrenze zur Ukraine und der Wassergrenze Dnister zum von Moldau kontrolliertem Gebiet in der Lage war sich zu verteidigen und eigenständige Wirtschaftsbeziehungen zu Drittstaaten einzugehen.