Pérez több nagy tornán is részt vett a mexikói válogatottal, melyben 1997-ben debütált. Ott volt az 1998-as és a 2002-es világbajnokságon is. Előbbin nem léphetett pályára, de 2002-ben négyszer is lehetőséget kapott. Csapatával megnyerte az 1999-es konföderációs kupát.