Am 28. Oktober wurde Cybichowski als einer der am besten verdienenden und engagierten Architekten von der Gestapo festgenommen und im Fort VII in Posen inhaftiert. Drei Monate später, am 6. Januar 1940, erschoss man ihn dort. Cybichowskis Familie hatte keine Kenntnis über seinen Tod und wartete auch noch nach Kriegsende auf seine Wiederkehr.