Lors du mercato d'été 2016, Icardi est courtisé, notamment par le Napoli qui propose 50 millions d'euros. La Juventus manifeste aussi un intérêt ce qui provoque la colère de certains "tifosi" intéristes avec lesquels Icardi a quelques tensions. Le , il prolonge son contrat avec l'Inter Milan jusqu'en 2021, avec un salaire annuel fixe de 4,5 millions d'euros, et un million d'euros de bonus par saison selon la presse italienne. En parallèle, sa clause libératoire, est désormais fixée à 110 millions d'euros. La saison 2016-2017 se termine par une piteuse au classement final. Du point de vue personnel, Icardi réalise sa plus belle saison à Milan avec 24 buts en Serie A dont un triplé contre l'Atalanta Bergame (7-1).