En 1602, la population juive dans la ville représente près de 20 % de la population totale. La période de prospérité de la communauté juive prend fin au milieu du siècle. Les guerres vont affecter profondément la population juive. L'évènement le plus tragique est l'incendie en 1655 de la ville juive par l'armée moscovite-cosaque lors du soulèvement de Khmelnytsky et l'assassinat d'environ voire de Juifs selon les historiens. Le complexe de la synagogue rue Jateczna est sérieusement endommagé, comme la majorité des maisons juives du quartier. La destruction est parachevée par l'armée suédoise en 1656. Après ces évènements, la population juive décimée commence à s'installer dans la vieille ville. Quelques années plus tard, ils en sont expulsés et doivent se réinstaller à Podzamcze. Les sessions du "Waad" ne se tiennent plus à Lublin et les grandes foires sont transférées à Łęczna, ville située à environ de Lublin. La reconstruction de la communauté est difficile dans la période hostile de la Contre-Réforme. Des restrictions économiques constantes de la part des autorités locales ont pour but de limiter le développement économique de la communauté juive.