Vervolgens werd hij benoemd tot adjudant van generaal Desaix, die hij vijf jaar lang volgde: eerst met het Rijnleger, daarna van 1798 tot 1800 met het leger tijdens de Egyptische campagne. Savary leidde de landingstroepen van Desaix's divisie tijdens de veroveringen van Malta en Alexandrië. Hij nam eveneens deel aan de slag om de Piramides. Hij diende nog steeds onder Desaix's bevel tijdens de tweede Italiaanse campagne tot aan de slag bij Marengo, waar de generaal werd gedood.