Em 30 de junho de 2016, Hajduk anunciou que Vlašić tinha sido nomeado vice-capitão do clube, com Lovre Kalinić a continuar a ser o capitão. Como Kalinić estava em férias prolongadas por fazer parte da seleção croata para o UEFA Euro 2016, Vlašić foi o capitão do Hajduk pela primeira vez em 14 de julho, o jogo de abertura da temporada; um empate em 2–2 fora contra o CSM Politehnica Iași na segunda rodada da fase de qualificação da Liga Europa 2016–17 . Apesar da sua tenra idade, Vlašić seria o capitão da equipa mais quatro vezes nessa temporada.