Overland-sotaretkellä 1864 Johnson menestyi hyvin Wildernessin taistelussa ja kun kenraaliluutnantti James Longstreet haavoittui vakavasti siellä, Robert E. Lee harkitsi vakavasti Johnsonia korvaavaksi armeijakunnankomentajaksi. Spotsylvanian käräjätalon taistelussa 12. toukokuuta 1864, konfederaatiom "muulinkenkä" puolustuslinjan ulkonemassa, Johnson joutui sotavangiksi miltei koko divisioonansa kanssa. Hän oli vangittuna kuukausia Morris Islandilla, Charlestonin rannikolla Etelä-Carolinassa, ja hänet vaihdettiin vapaaksi 3. elokuuta 1864. Hänet lähetettiin liittymään kenraaliluutnantti John Bell Hoodin Tennesseen armeijaan, komentamaan divisioonaa kenraaliluutnantti Stephen D. Leen armeijakunnassa. Franklin–Nashville-sotaretkellä Johnson joutui sotavangiksi uudestaan Nashvillen taistelussa 16. joulukuuta 1864. Hän vietti jälleen kuukausia sotavankina unionin vankileirissä Johnson's Islandilla Eriejärvellä. Sodan lopussa Johnson siirrettiin Old Capitolin vankilaan Washingtoniin, missä häntä syytettiin osallisuudesta jotenkin Abraham Lincolnin murhaan. Mitään raskauttavaa ei kuitenkaan ilmennyt ja hänet vapautettiin 22. heinäkuuta 1865.