El 27 de juliol de 2013 el Bayern de Guardiola va perdre el primer títol oficial de la temporada, la Supercopa d'Alemanya, contra el Borussia Dortmund, per 4 a 2; el 30 d'agost, això no obstant, va aconseguir el seu primer títol com a entrenador del Bayern de Munich en vèncer el Chelsea FC a la tanda de penals (després d'acabar el partit 2-2) la final de la Supercopa d'Europa.