Kun Japani toisen maailmansodan aikana hyökkäsi Filippiineille, Filippiinien kansainyhteisön presidentti Manuel L. Quezon pakeni Yhdysvaltoihin. Ennen lähtöään Quezon nimitti Laurelin joulukuussa 1941 Manilaan jääneen hallituksen oikeusministeriksi. Japanilaisten saavuttua amerikkalaisvastainen Laurel tarjoutui miehittäjien palvelukseen. Vuosina 1942–1943 hän toimi oikeus- ja sisäasiain komissaarina japanilaisten asettamassa Filippiinien toimeenpanevassa komissiossa, jota johti Manilan pormestari Jorge B. Vargas. Syyskuussa 1943 kansalliskokous valitsi Laurelin presidentiksi ja lokakuussa julistettiin perustetuksi uusi ”Filippiinien tasavalta”. Japanin painostuksesta Laurel julisti sodan Yhdysvalloille ja Isolle-Britannialle, mutta kielsi filippiiniläisten pakkovärväämisen Japanin armeijaan. Vastarintataistelijat onnistuivat ampumaan häntä kahdesti vuoden 1943 aikana, mutta hän toipui kummastakin hyökkäyksestä. Sodan lopulla Laurelin hallitus evakuoitiin ensin Baguioon, mistä Laurel ja hänen perheensä vietiin lopuksi panttivankeina Naraan Japaniin. Amerikkalaiset vangitsivat hänet siellä syyskuussa 1945.