През ноември Апостолов, който тогава се подвизава под името "Михайло Митич", а по-късно приема името "Михайло Апостолски", подава молба да постъпи като офицер в българската армия. С оглед на миналото му на югославски офицер, му е предложено по-ниско от дотогавашнато му военно звание, а именно – капитан, а също и работа в строителни войски. Той не е удовлетворен и отказва. През зимата на 1941 – 1942 година Апостолов се мести в София и започва да следва в СУ, където влиза в контакт с нелегални леви дейци. През пролетта на 1942 година прекъсва обучението си и се включва в югославското комунистическо партизанско движение. През май 1943 Тито му дава званието генерал-майор. Избран е за делегат от Македония за Второто заседание на АВНОЮ, но не успява да отиде там поради отдалечеността на мястото, където се провежда то – град Яйце в Босна.През първата половина на 1945г. командва македонските единици от югославската армия, сражаващи се против германските войски на Сремският фронт и в НДХ.