I 1938 ble han medlem av NSDAP. Han ledet 1943 næringsavdelingen i den tyske legasjon i Bern. Blankenhorn ble i 1943 utnevnt som legasjonsråd av første klasse, og var i perioden 1943 til 1945 i utenriksdepartementet i Berlin. Han deltok i attentatet mot Hitler 20. juli 1944. I 1945 ble han arrestert av amerikanske okkupasjonsstyrker, og satt i en fangeleir i Paris.