Частые финиши в первой десятке важнейших однодневок принесли Беттини первое место рейтинга по итогам 2002 года, он не отдавал лидерство и в следующие 2 года. 2003 год, начиная с которого он выступал за «Quick Step», начался для Беттини победой на Милан — Сан-Ремо, однако из-за травмы итальянец пропустил другие весенние классики. Вернувшись, он первенствовал в Классике Сан-Себастьяна и Ваттенфаль Классик. У итальянца были хорошие шансы на победу в чемпионате мира, но на финише он упустил рывок Игора Астарлоа. Испанец затем утверждал, что Беттини предлагал ему деньги в обмен на победу, однако позже заявил, что это недоразумение. В 2004 году итальянец трижды был вторым в классиках, но победы так и не добился. Однако неудачи затмило золото на Афинской Олимпиаде: Беттини вместе с Сержио Паулиньо оторвался от пелотона, а в спринтерской развязке одолел португальца. В 2005 году он выиграл Чемпионат Цюриха и Джиро ди Ломбардия, а также спринтерский зачёт на Джиро, где он 4 этапа ехал в розовой майке. Однако в первом UCI ProTour итальянец стал только 8-м.