En 1596, Yanun apareix als registres fiscals otomans com a vila a la "nàhiya" de Jabal Qubal al "liwà" de Nablus. Tenia una població de 18 llars musulmanes i pagava taxes sobre el blat, ordi, collites d'estiu, olives, cabres o ruscs, i una premsa d'olives o raïm. Edward Robinson va visitar Yanun en 1852. Va escriure que el poble estava pràcticament en ruïnes i només eren habitades unes poques cases. En el segle XIX Yanun va ser poblada amb uns 50 buixnacs (bosnians) musulmans de Bòsnia, després que el seu país va ser cedit a l'Imperi Austrohongarès pel Congrés de Berlín. El sultà Abdul Hamid va donar als immigrants una part significativa de la localitat. Segons Haaretz aquests eren soldats enviats per reforçar el domini otomà a Palestina. Adoptaren un cognom comú, Bushnak, i més tard es van traslladar a la propera Nablus i arrendaren les seves terres de cultiu als vilatans d'Aqraba que van abandonar gradualment el seu poble per instal·lar-se a Yanun. Els vilatans són els seus parents i descendents. En 1870, Victor Guérin la va visitar i va observar Neby Nun a l'est de Yanun. En 1882, el Survey of Western Palestine va descriure-la com «un petit poble a la vora d'una vall profunda, amb un lloc sagrat a l'est (Neby Nun), i un petit corrent aproximadament 1 milla al nord.»