Nel governo delle proprie terre, Leopoldo trovò molte difficoltà in Ungheria, che in parte furono causate dalla sua volontà di combattere il protestantesimo. Nel 1671 venne repressa una rivolta popolare e per molti anni l'Ungheria venne trattata con estrema severità dal governo di Vienna. Nel 1681, dopo un'altra rivolta, vennero abolite molte tasse e venne adottata una politica meno repressiva, ma questo non impedì agli ungheresi di rivoltarsi nuovamente. Appoggiando la causa dei ribelli, il sultano Mehmet IV, allo scadere dei termini previsti dal trattato di pace di Eisenburg, dichiarò una nuova guerra contro l'impero asburgico. Egli inviò un enorme esercito contro l'Austria nel 1683, agli ordini del Gran Vizir Kara Mustafa, con l'obiettivo di occupare Vienna. Nella sua rapida avanzata l'esercito turco raggiunse le mura della capitale imperiale, che venne assediata da luglio a settembre, mentre Leopoldo, abbandonatala, si era rifugiato a Passavia. Comprendendo, seppur in ritardo, la gravità della questione, molti principi tedeschi, tra cui gli elettori di Sassonia, risolsero di rinsanguare con dei loro contingenti l'esercito imperiale, guidato dal cognato dell'Imperatore, il Duca Carlo V di Lorena.