Se paragonata alla distruzione dell'habitat riscontrata sulle isole Canarie, la perdita di habitat sul continente appare molto meno grave, in quanto qui il numero di abitanti è inferiore e le aree rimaste sono più estese. Tuttavia, attualmente le aree meglio conservate sono quelle situate all'interno di parchi nazionali e altre aree protette. Il più importante tra questi è il parco nazionale di Souss-Massa, che comprende nei suoi confini anche la riserva biologica di Oued Massa. Attualmente, ricopre una superficie di 33.800 ettari, rigorosamente protetti. Sito Ramsar e riserva della biosfera dell'UNESCO è il parco nazionale di Khenifiss, che protegge importanti zone umide. Data l'importanza di questa ecoregione per lo sviluppo socio-economico del Marocco, la boscaglia di argan è stata dichiarata riserva dell'uomo e della biosfera dall'UNESCO sotto richiesta del governo del Marocco: la riserva della biosfera dell'arganeto è stata istituita nel 1998 ed è la prima di questo genere nel paese. Essa comprende, oltre alle boscaglie di argan, anche le aree urbane e agricole limitrofe. Al suo interno sorgono due cooperative, una di pescatori e un'altra, esclusivamente a personale femminile, dedicata alla produzione di olio di argan. Sulle isole Canarie, rientrano in questa ecoregione il parco nazionale di Timanfaya e numerose altre aree protette più piccole.