Im Oktober 1813 flüchtete die Bevölkerung von Kleinzschocher während der Völkerschlacht in den Auewald. Kleinzschocher gehörte wie die Nachbarorte Plagwitz und Lindenau bis 1815 zum hochstift-merseburgischen Amt Lützen, das seit 1561 unter kursächsischer Hoheit stand und zwischen 1656/57 und 1738 zum Sekundogenitur-Fürstentum Sachsen-Merseburg gehörte. Durch die Beschlüsse des Wiener Kongresses wurde der Westteil des Amts Lützen im Jahr 1815 an Preußen abgetreten. Die Exklave Kleinzschocher verblieb jedoch mit dem Ostteil des Amts beim Königreich Sachsen und wurde dem Kreisamt Leipzig angegliedert. Mit 134 bewohnten Gebäuden (280 Familienhaushalte mit zusammen 1242 Einwohnern) gehörte Kleinzschocher 1815 zu den größten Dörfern nahe Leipzig. 1817 beherbergte Kleinzschocher 300 Einwohner, 23 Pferde und 260 Kühe. Bis 1834 stieg die Einwohnerzahl auf 724. An die zwischen Schleußig und Kleinzschocher stattfindenden Kampfhandlungen französischer und österreichischer Truppen erinnert heute ein 1913 eingeweihtes Doppeladler-Denkmal. 1848 wurde der Leipziger Verleger Christian Bernhard Tauchnitz neuer Rittergutsbesitzer, der im gleichen Jahr den Westflügel des Schlosses ausbauen und das gesamte Schloss 1865 von Constantin Lipsius grundlegend umbauen ließ. Der "Allgemeine Turnverein Kleinzschocher" wurde 1849 gegründet.