Na invasão alemã à Rússia a SVZ prestou cobertura aérea por forças eslovacas lutando contra a União Soviética na frente oriental. Durante a campanha, os biplanos eslovacos obsoletos foram substituídos com aeronaves alemãs, incluindo o Messerschmitt Bf 109. A força aérea foi enviada de volta à Eslováquia após fadiga de combate e a deserção ter diminuído a efetividade dos pilotos.