Не маючи жодного матчу за національну збірну Бразилії, Жуан був заявлений на розіграш Кубка Америки 2001 року у Колумбії, де 15 липня 2001 року дебютував в офіційних матчах у складі бразильців в грі проти збірної Перу, яка завершилася перемогою бразильців з рахунком 2-0.