Museum ini dibuka pada tanggal 10 Agustus 1793 dengan memamerkan 537 lukisan. Mayoritas karya tersebut diperoleh dari properti gereja dan kerajaan yang disita Pemerintah Prancis. Karena masalah struktural dengan bangunan, museum ditutup pada tahun 1796 hingga 1801. Jumlah koleksi museum meningkat di bawah pemerintahan Napoleon dan museum berganti nama menjadi "Musée Napoléon". Setelah kekalahan Napoleon dalam Pertempuran Waterloo, sebagian besar karya-karya yang disita oleh pasukannya kembali ke pemilik asli mereka. Koleksi museum ini ditingkatkan lagi selama pemerintahan Louis XVIII dan Charles X, dan selama masa Imperium Prancis Kedua, museum berhasil memperoleh 20.000 koleksi. Koleksi museum terus bertambah dengan adanya sumbangan dan hadiah yang terus meningkat sejak masa Republik Prancis Ketiga. Pada tahun 2008, koleksi museum dibagi menjadi delapan departemen kuratorial: Koleksi Mesir kuno, benda purbakala dari Timur Dekat, Yunani, Etruskan, Romawi, Seni Islam, Patung, Seni Dekoratif, Seni Lukis, Cetakan dan Seni Gambar.