Gedurende die Anglo-Amerikaanse Oorlog van 1812 het Burlington 'n weermagpos en 'n militêre hospitaal gehuisves, alhoewel dit in vergelyking met sy buurdorpe langs die Champlainmeer 'n minder belangrike militêre rol gespeel het. Die stad het egter as die VSA se vlootbasis vir die Champlainmeer gedien.