1949年9月，新疆和平解放，随后，中国人民解放军进军新疆。12月20日，民族军被中国人民解放军收编，改编为中国人民解放军第五军。1954年10月7日，第五军改编为伊犁哈萨克自治区军区；1955年1月4日，改称伊犁哈萨克自治州军区；1955年10月31日，改称伊犁军区；1969年12月，改称北疆军区；1985年8月30日，北疆军区撤销，下属各军分区及野战部队转隶新疆军区直辖。