Employé à l'armée d'Italie sous les ordres de Moncey puis de Guillaume Marie-Anne Brune, le il reçut le commandement des chasseurs basques, devenus la légère de deuxième formation en garnison à Angoulême. Il passa ensuite à l'armée des côtes de l'Océan sous Augereau et fit les campagnes de 1805 et 1806 dans la division Desjardin. Blessé à la jambe à Iéna le , Harispe fut nommé général de brigade le . Affecté au corps de Soult, il commanda ensuite une brigade de la division Verdier au corps de réserve. Il se mit en valeur à Gludstadt, Heilsberg et à Friedland où il fut blessé d'un éclat de mitraille, sous les yeux du maréchal Lannes.