Während des Ersten Tschetschenienkriegs von 1994 bis 1996 war Jandarbijew kaum an militärischen Aktionen beteiligt. Er verbrachte diese Zeit damit, Bücher zum Thema der Unabhängigkeit Tschetscheniens zu schreiben. Ab April 1996, als Folge der Ermordung des tschetschenischen Präsidenten Dschochar Dudajew, hatte Jandarbijew kommissarisch das Amt des Präsidenten inne. Ende Mai 1996 traf eine tschetschenische Delegation unter seiner Führung mit dem russischen Präsidenten Boris Jelzin und Ministerpräsident Wiktor Tschernomyrdin zu Friedensverhandlungen zusammen. Daraus folgte ein Waffenstillstandsabkommen, das am 27. Mai 1996 unterzeichnet wurde.