Sirvió en el Ejército confederado durante la Guerra Civil de los Estados Unidos como capitán y posteriormente como coronel en el Tercer Regimiento de Infantería de Arkansas. Manning fue herido en las batallas de Antietam y Gettysburg. En 1864 fue herido y capturado en la batalla del Wilderness, en Virginia. Manning fue prisionero de guerra del Ejército federal desde su captura hasta el final de la guerra en 1865.