Van der Sart nevezték az 1994-es világbajnokság holland keretébe, azonban egy mérkőzésen sem játszott a tornán. 1995. június 7-én mutatkozott be a felnőtt válogatottban Fehéroroszország ellen és 13 év után 2008. június 21-én, az Oroszország ellen 3–1-re elvesztett Európa-bajnoki-negyeddöntő után vonult vissza a válogatottságól.