Bereits wenige Jahre nach der Fertigstellung der Zitadelle musste diese einem Angriff trotzen: Während der polnisch-litauischen Invasion in Russland Anfang des 17. Jahrhunderts, in der sogenannten Zeit der Wirren, belagerte eine rund 22.000 Mann starke Truppe von König Sigismund III. den Smolensker Kreml und konnte ihn erst nach einer 20-monatigen Blockade einnehmen. 1654 ging Smolensk wieder an Russland, jedoch erlitt der Kreml bis zu dieser Zeit bereits erhebliche Zerstörungen. Noch mehr machten dem Kreml der Krieg gegen Napoleon 1812, als die Stadt zeitweise unter französischer Besatzung stand, sowie die Kämpfe im Zweiten Weltkrieg zu schaffen.