Φαίνεται πως οι ντόπιοι χριστιανοί απολάμβαναν ένα ιδιαίτερο καθεστώς μετά την οθωμανική κατάκτηση της Σμύρνης, σε αντίθεση με πολλές γειτονικές μητροπόλεις που καταργήθηκαν, ενώ την πτώση της Κωνσταντινούπολης (1453) στους Οθωμανούς ακολούθησε σημαντική αναδιοργάνωση στην εκκλησιαστική διοίκηση μετά ον νέο ρόλο του Οικουμενικού Πατριαρχείου ως εκπροσώπου των χριστιανών εντός της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Έτσι, παρότι ο Χριστιανισμός στην Ανατολία μειώθηκε σταθερά κατά την διάρκεια αυτής της περιόδου, η επισκοπή της Σμύρνης διεσώθη, αν και με περιορισμένη δικαιοδοσία, και κατάφερε να διατηρήσει το καθεστώς της ως μητρόπολη της Ορθόδοξης Εκκλησίας.