Nach dem Studiumsabschluss war Heusser-Markun zunächst als freie Journalistin unter anderem für die "Frankfurter Allgemeine Zeitung", den "Tages-Anzeiger" sowie die "Neue Zürcher Zeitung" tätig, bevor sie 1980 in die Redaktion der letzteren eintrat. Bis zu ihrem Ausscheiden 2006 profilierte sie sich mit markanten Artikeln aus dem weitgefächerten gesellschaftspolitischen Bereich. Sie war unter anderem verantwortlich für die Wochenendbeilage "Zeitfragen". Ihr Themenspektrum reichte vom Wertewandel, gesellschaftlichen Verhaltensformen, Migration und Sozialpsychologie über medizinische Fragen bis hin zu Minderheiten- und Frauenthemen, gesellschaftlichen Problemen wie Suizid, Sterbehilfe und Drogenabhängigkeit sowie der sozialen Situation von Kindern und Jugendlichen. Ein besonderer Schwerpunkt ihrer Arbeit lag bei der Beobachtung der Verhältnisse in der Sowjetunion vor und nach dem Zerfall. In diesem Bereich erschienen zahlreiche Reportagen und Analysen.