В 1994 году прежний губернатор штата Техас, Джордж Буш, назначил его своим юридическим советником. Впоследствии Гонсалес также занимал пост секретаря штата Техас (1997—1999) и был членом верховного суда штата (1999—2001). Вступив в должность президента, Буш-младший назначил Гонсалеса юрисконсультом Белого Дома (2001—2005). На этом посту Гонсалес выступил одним из главных идеологов политики в отношении пленных, захваченных в Афганистане и Ираке, выступая за право властей задерживать любого подозреваемого в террористической деятельности на неопределённый срок. После скандала по поводу пыток заключённых в тюрьме Абу-Грейб достоянием общественности стал один из меморандумов Гонсалеса, датируемый 2002 годом, в котором он утверждал о нецелесообразности применения положений Женевской конвенции в отношении боевиков Аль-Кайды и Талибана. Это сделало юрисконсульта объектом критики со стороны многих правозащитников.