Yhdysvaltain kongressi esitti vuonna 1850, että San Franciscon edustalle pitäisi rakentaa linnoitus suojelemaan Kalifornian kultaryntäyksen ansiosta kasvavaa kaupunkia. Linnoituksen sijaintipaikaksi valittiin Alcatraz, ja 1850-luvun loppuun mennessä saarelle oli rakennettu paitsi varuskunta myös Yhdysvaltain länsirannikon ensimmäinen majakka. Samoihin aikoihin saarelle tuotiin sen historian ensimmäiset vangit, jotka olivat enimmäkseen niskuroinnista tai karkailusta syytettyjä sotilaita.