З 2009 року очолював молодіжну збірну Сальвадору, з якою здобув бронзові нагороди Молодіжного чемпіонату КОНКАКАФ 2013 року. Цей результат дозволив сальвадорцям вперше в своїй історії кваліфікуватись на Молодіжний чемпіонат світу 2013 року, що пройшов у Туреччині. Там підопічні Альфаро здобули перемогу над австралійцями, але програли дві інші гри і не вийшли з групи.