В Гражданскую войну Виндушев добровольно вступил в Кушкинский красногвардейский отряд, где служил рядовым бойцом и командиром взвода. С этим отрядом участвовал в обороне крепости Кушка. Осенью 1918 года заболел малярией, больным попал в плен. Отпущен «как несовершеннолетний на поруки матери для продолжения учебы». В мае 1919 года призван военным комендантом города Асхабад на военную службу и зачислен в конно-горную батарею. При первой предоставившейся возможности перешел на сторону Красной армии. В июле 1919 года направлен в эскадрон отряда особого назначения при Особом отделе 1-й армии, в сентябре был назначен командиром взвода этого эскадрона. В его составе участвовал в ликвидации бандитизма в Туркмении. С сентября 1920 года по декабрь 1922 года проходил службу оперативным сотрудником в органах ВЧК-ГПУ в городах Асхабад, Мары, Термез. В должности уполномоченного особого отдела ГПУ принимал участие в борьбе с басмачеством в Бухаре.