Nel 1994 si verificò una rottura delle relazioni diplomatiche con il Sudan, dopo la denuncia dell'Eritrea di un tentativo di colpo di Stato appoggiato da Khartum. Nel 2002 il governo eritreo rivolse la medesima accusa al Sudan, con il risultato di ottenere una contro-accusa da quest'ultimo per una serie di offensive dei ribelli separatisti dell'Esercito di Liberazione del Popolo del Sudan (SPLA) e del Movimento per la Liberazione del Sudan (SLM), compiute da territorio eritreo dopo riunioni segrete dei movimenti ribelli sudanesi nella capitale Asmara. I rapporti tra i due paesi si sono normalizzati negli anni successivi, quando l'Eritrea giocò un ruolo determinante nei colloqui di pace tra le fazioni separate della seconda guerra civile sudanese.