Lors de l'invasion de la Belgique par les troupes allemandes en , Jacques Pirenne se réfugie en France, à Poitiers d'abord, puis à Beynac en Dordogne et enfin à Grenoble où l'université l'accueille. Ses opinions anglophiles ayant été dénoncées aux autorités vichystes, il quitte le chef-lieu de l'Isère en pour rejoindre l'université de Genève . Dans la cité lémanique, il écrit le premier tome — paru en 1943 aux éditions La Baconnière — de son grand œuvre intitulé "Les Grands Courants de l'histoire universelle". En 1944, il coécrit avec son fils Jacques-Henri "La Belgique devant le nouvel équilibre du monde".