В 1914 году, после начала войны с Германией, 48-летний Клячкин, уже находившийся в непризывном возрасте, добровольцем ушёл на фронт. Будучи вольноопределяющимся, он в течение трёх лет руководил неврологическим военным госпиталем в прифронтовой полосе. В 1917 году вернулся в Казань, став врачом-консультантом Казанского военного госпиталя, а также работал ординатором в одной из больниц города. После взятия города войсками КОМУЧа прятал большевиков под видом больных в своей лечебнице. В 1918 году не ушёл с отступавшими войсками КОМУЧа и остался в Казани, несмотря на то, что клиника была реквизирована советской властью. Следующие два года трудился невропатологом в городском военном госпитале.