McDonald ist auch als Opernsängerin tätig, so veröffentlicht sie seit 1998 Alben. 2001 erhielt sie für ihre Konzert-Aufnahme "Audra McDonald in Concert" eine Image-Award-Nominierung. In der Kategorie "Klassische Musik – Beste Opernaufnahme" erhielt McDonald 2009 einen Grammy für eine Aufnahme der Oper "Aufstieg und Fall der Stadt Mahagonny". Im Jahr 2014 gab McDonald ein Konzert an der Los Angeles Opera.