У 1805 році Фердинанд примкнув до Третьої коаліції. Після поразки російсько-австрійської армії під Аустерліцем й виходу Австрії з війни Фердинанд, не чекаючи французькі війська, знову втік на Сицилію під захист англійського флоту. 1806 року Наполеон своїм декретом скинув у Неаполітанському королівстві династію Бурбонів й зробив королем Мюрата, однак влада останнього розповсюджувалась лише на материкову частину королівства; на Сицилії продовжував правити Фердинанд.