De acuerdo a la información proporcionada por sus compañeros de clase, se negó a recitar el Juramento de Lealtad y responsabilizó a los estadounidenses de los ataques del 11 de septiembre de 2001. Khan, junto con su familia, se mudó a Charlotte, Carolina del Norte, en el 2004. Allí residió hasta el año 2009, cuando se trasladó a Yemen. A partir de ese momento, cortó toda relación con su familia. Tras su muerte, un amigo de la familia reveló a la CNN que el padre de Khan no estaba de acuerdo con las ideas de su hijo, e incluso había buscado ayuda para cambiar los puntos de vista radicales de su vástago en varias ocasiones.