Nach Ende des Zweiten Weltkrieges wurde er am 24. November 1947 in einem Nebenprozess des Dachau-Hauptprozesses im Rahmen der Dachauer Prozesse gemeinsam mit dem Oberkapo des Krankenreviers Karl Zimmermann angeklagt. Im Jahr 1942 grassierte im Lager Dachau infektiöse Gelbsucht. Nach Zeugenaussage soll er an etwa 180 Häftlingen Punktionen vorgenommen haben. Nach eigener Aussage hatte er etwa 80 Punktionen vorgenommen, die nur diagnostischen Charakter gehabt hätten. Brachtel wurde, ebenso wie Zimmermann, am 11. Dezember 1947 aus Mangel an Beweisen freigesprochen.