In 1559 werd Ajmer veroverd door Mogolkeizer Akbar en bleef ondanks enkele opstanden vervolgens in Mogolhanden tot 1770, waarna het overging op de Maratha's. De maharadja's van Mewar en Marwar accepteerden de Maratha's echter niet en voerden een langdurige oorlog tegen hen. In 1818 werd Ajmer door de Maratha's verkocht aan de Britse Oost-Indische Compagnie voor de prijs van 50.000 roepies. Daarop brak een rustigere periode aan, hoewel de nabijgelegen stad Nasirabad wel betrokken was bij de grote opstand van 1857, daar een aantal Indiase sepoys van het garnizoen aldaar meededen aan de opstand. Onder Brits koloniaal bestuur werd Ajmer bestuurd door een agent van de gouverneur-generaal (AGG) die geheel Rajputana (oude naam van Rajasthan) overzag.