Педру Барбоза впервые стал вызываться в сборную Португалии в 1992 году. В течение 10 лет он сыграл за сборную 22 игры и забил 5 голов. В 1996 году участвовал в чемпионате Европы, где сыграл 30 минут в матче группового раунда против сборной Хорватии. В 2002 году был в составе сборной на чемпионате мира, но не сыграл ни одной игры.