Während Bonaparte im Mai 1798 in Begleitung von 167 Wissenschaftlern und Künstlern zum Ägyptenfeldzug aufbrach, plante Louis-Antoine de Bougainville (1729–1811), der 1766–1769 als erster Franzose die Welt umsegelt hatte, eine Wiederholung seiner Reise, an der auch der preußische Naturforscher Alexander von Humboldt (1769–1859) teilnehmen sollte. Da Bougainville aber bereits 68 Jahre alt war, ersetzte ihn das Direktorium als Leiter des Unternehmens durch den heimkehrenden Baudin. Über die geplante Expedition mit drei Korvetten schreibt Humboldt: Geldmangel und der voraussehbare Ausbruch des Zweiten Koalitionskriegs (1798/99–1801/02) führten aber zur Verschiebung der Abreise um mindestens ein Jahr. In der Folge brachen Humboldt und der Botaniker Aimé Bonpland (1773–1858) allein nach Südamerika auf, doch versprach Baudin, sie in Callao (Peru) abzuholen.