Saksa hyökkäsi Puolaan syyskuussa 1939. Korten pysyi yhä Itävallassa Luftflotte 4:n esikuntapäällikkönä, mutta seuraavana vuonna hän osallistui Ranskan valtaamiseen ja taisteluun Britanniasta Luftflotte 3:n esikuntapäällikkönä. Hänet ylennettiin kenraalimajuriksi 19. heinäkuuta 1940. Tammikuussa 1941 hänet siirrettiin takaisin Luftflotte 4:n, joka oli lähdössä osallistumaan operaatioihin Balkanille. Saksa hyökkäsi Neuvostoliittoon kesäkuussa 1941. Korten siirrettiin itärintamalle seuraavan vuoden elokuussa. Hän sai komentoonsa I lentoarmeijakunnan, josta muodostettiin Stalingradin taistelun ajaksi Luftwaffenkommando Don, joka sai vanhan nimensä takaisin Saksan hävittyä taistelun. Kesäkuussa 1943 hänestä tuli Luftflotte 1:n komentaja.