Nachdem Italien 1936 Äthiopien im Italienisch-Äthiopischen Krieg annektiert hatte, wurde Amadeus Generalgouverneur von Äthiopien und 1940 auch von Eritrea und Teilen Somalias. In Äthiopien reduzierte er die Repression gegen Zivilisten, baute jedoch das rassistische Apartheidregime aus und ging weiterhin mit chemischen Kampfstoffen gegen „Rebellen“ vor. Im Jahr 1940 führte er die italienischen Streitkräfte im Ostafrikafeldzug gegen die alliierten Mächte. Nach anfänglichen Siegen gegen Großbritannien kapitulierte Amadeus am 18. Mai 1941 nach der Schlacht um den Amba Alagi in Äthiopien und wurde in Gefangenschaft genommen.