Джон Уэмисс был важным союзником шотландской королевы Мария Стюарт, и именно в Мария Стюарт впервые встретилась со своим будущим мужем Генри Стюартом, лордом Дарнли. Сэр Джон Уэмисс стал лейтенантом Файфа, и в 1559 году. Он повел своих людей под знаменами королевы Марии в битве при Лангсайде в 1568 году.