האלר ערך את הופעת הבכורה שלו בנבחרת גרמניה המערבית בשנת 1958. בשנת 1962 השתתף האלר עם הנבחרת במונדיאל 1962, שם הודחה הנבחרת ברבע הגמר מול נבחרת יוגוסלביה. האלר השתתף גם במונדיאל 1966, שם הבקיע צמדים בשלב הבתים מול נבחרת שווייץ וברבע הגמר מול נבחרת אורוגוואי. האלר כבש את השער הראשון בחצי הגמר מול נבחרת ברית המועצות, בו ניצחה גרמניה המערבית בתוצאה 2-1. במשחק הגמר הבקיע האלר את שער היתרון הזמני לנבחרת גרמניה המערבית מול נבחרת אנגליה, בדרך לתיקו 2-2 בתום 90 דקות. בהארכה האנגלים ניצחו 4-2 וזכו במונדיאל. האלר סיים את מונדיאל 1966 כסגן מלך השערים עם שש הבקעות, כשרק אאוסביו הבקיע יותר, תשעה שערים. האלר השתתף גם במונדיאל 1970 אך שיחק רק במשחק שלב הבתים מול נבחרת מרוקו, והוחלף במחצית על ידי יורגן גרבובסקי. האלר לא שיחק יותר באותו מונדיאל בגין פציעה, ולאחר מונדיאל זה פרש מהנבחרת, לאחר שהבקיע 13 שערים ב-33 הופעות.