După aceea, Frémont s-a stabilit în California, la Monterey, în timp ce cumpăra terenuri ieftine la poalele munților Sierra Nevada. Când a fost găsit aur în ranchul său Mariposa, Frémont a s-a îmbogățit în timpul Goanei după aur din California, dar a fost curând împotmolit de procese în legătură cu niște terenuri, între deposedarea în detrimentul unor diverși proprietari în timpul Războiului Mexicano-American și explozia a patruzeci de Forty-Nineri care imigraseră în timpul Goanei. Aceste cazuri au fost soluționate de Curtea Supremă a SUA, care a permis lui Fremont să-și păstreze proprietățile. Cea de-a cincea și ultima expediție finanțată privată de Fremont, între 1853 și 1854, a examinat o rută pentru o cale ferată transcontinentală. Frémont a devenit unul dintre primii doi senatori americani aleși din noul stat din California în 1850. Fremont a fost primul candidat la președinția noului partid republican, care deținea cea mai mare parte a votanților din Nord. El a pierdut alegerile prezidențiale din 1856 în fruntea democratului James Buchanan, Millard Fillmore din partidul Know Nothing împărțind votul. La începutul Războiului Civil American din 1861, președintele Abraham Lincoln a dat comanda Departamentului de Vest lui Fremont.