Schon vor Gründung der J-League wurde Fukuda in die Nationalmannschaft berufen. Sein Debüt gab er am 27. Juli 1990 gegen Südkorea. Zwei Jahre später wurde der Angreifer vom damaligen Nationaltrainer Hans Ooft in das Aufgebot für die Asienmeisterschaft 1992 berufen. Im Turnierverlauf kam der Stürmer zu vier von fünf möglichen Einsätzen. Das japanische Team erreicht das Endspiel des Wettbewerbs, wo man sich mit 1:0 gegen Saudi-Arabien durchsetzte. Er war der erste Japaner, der ein Tor gegen Brasilien geschossen hat. Fukuda gehörte auch zu der Mannschaft, die sich fast für die WM 1994 qualifiziert hätte, dann aber die Tragödie von Doha erleben musste. 1995 war Fukuda im Kader um den König-Fahd-Pokal. Dort kam er zu zwei Einsätzen. Japan schied bereits nach der Vorrunde aus.