После окончания гражданской войны в Эфиопии и ликвидации НДРЭ был одним из 46 бывших руководителей НДРЭ, которых судили персонально с 19 апреля 1996 года за убийство людей, геноцид и преступления против человечности в Федеративной Демократической Республике Эфиопии; ещё 22 членам руководства, включая находящегося в изгнании Менгисту Хайле Мариама, обвинение было предъявлено заочно на том же судебном процессе. Судебный процесс завершился 26 мая 2008 года, и он был приговорён к смертной казни. В декабре 2010 года правительство Эфиопии отменило смертный приговор ему и другим 23 должностным лицам Дерга. 4 октября 2011 года Фыкре Селассие Вогдерес был освобожден вместе с другими 16 своими бывшими коллегами после двадцати лет тюремного заключения. Правительство Эфиопии помиловало почти всех тех чиновников Дерга, которые отсидели в тюрьме 20 лет.