في سنة 1976 وخلال سنوات الحرب اللبنانية (1975-1990) أصيب السراي باضرار كبيرة نتيجة القذائف التي سقطت عليه والحرائق التي اندلعت فيه وأتت على معظم أجزائه. بعد انتهاء الحرب الأهلية اللبنانية سنة 1990 شرعت مؤسسة إعاده إعمار وسط بيروت بإعادة إحياء مبنى السراي لجعله رمزاً للسطوة السياسية للمنطقة. وانتهى العمل فيه في عام 1998 بعد 900 يوم عمل. وحاول القيمون على إعاده تأهيله بأن يصبح رمزاً للتصميم على إعادة البناء والرؤية لما ستصبح عليه المنطقة. وقامت شركة سوليدير إضافة لمسات معاصرة وتقنيات متقدمة مع الحافظة على طابعه التراثي العثماني. ومن معالمه الجديدة الملفت لوحة علقت على المدخل الرئيسي للواجهة الشمالية تقول: "لو دامت لغيرك لما وصلت إليك" وقد وضعت بطلب من الرئيس رفيق الحريري لتذكير المسؤولين أن الحكم لا يدوم. وهي شاهدة على تأثير الرئيس الحريري في إعاده إعمار بيروت بدأ من السراي.