Zum 1. November 1939 war Haubold wieder der SS beigetreten und auf Wunsch Contis als SS-Untersturmführer in die Sanitätsabteilung des SS-Hauptamtes eingetreten. In der SS wurde er bereits im April 1940 zum SS-Hauptsturmführer und zum Reserveführer in der Waffen-SS ernannt. Mit Unterstützung Contis wurde Haubold 1944 noch zum SS-Obersturmbannführer befördert. Als „Leitender Arzt“ wurde Haubold ab Anfang November 1940 beim Sonderkommando Künsberg eingesetzt, mit dem er am Balkanfeldzug teilnahm. Nach dem Überfall auf die Sowjetunion leitete er ab Mitte Juli 1941 das Einsatzkommando Nord mit dem Tarnnamen „Hamburg“ zum Archiv- und Kunstraub. Anschließend leitete er die Sanitätsstaffel. Haubold gehörte bis zum März 1942 dem Sonderkommando Künsberg an. In der SS wurde er der Sanitätsabteilung des SS-Führungshauptamtes, Abteilung D, unterstellt und gleichzeitig zur Auslandsabteilung der Reichsärztekammer kommandiert, die im April 1943 die Internationale Ärztekommission zur Untersuchung des Massakers von Katyn betreute.