Auch während des Lettischen Unabhängigkeitskrieges blieb Gustav Cleemann bei seiner Gemeinde und kam seiner Arbeit nach, bis er, verhaftet im April 1919, mit seiner Frau von Bolschewiki für längere Zeit als Geisel in der Zitadelle inhaftiert wurde. Der Pastor rechnete diese Zeit zur schönsten Zeit seines Lebens, bezeichnete sie als Quelle reichen Segens und meinte: