Satoja tuhansia albaaneja joutui pakenemaan ulkomaille, muun muassa Suomeen. Syntyi vastarintaliike, johon kuului julistautuminen itsenäiseksi vuonna 1991. Tätä ei kuitenkaan tunnustettu kansainvälisesti. Albaanit tekivät aluksi rauhallista vastarintaa, kunnes vuonna 1996 Kosovon vapautusarmeija (UÇK) aloitti sissisodan, joka laajeni Kosovon sodaksi.