De rol van de jezuïeten veranderde niet wezenlijk toen de stad in 1632 door de Staatse troepen van Frederik Hendrik werd veroverd, maar enkele jaren later werden drie jezuïeten, waaronder de rector van het college, beschuldigd en terechtgesteld wegens het verraad van 1638. Als gevolg daarvan werden de jezuïeten een jaar later uit de stad verbannen. Slechts één pater mocht blijven die, geholpen door een broeder, enige zielzorg uitoefende en op de gebouwen paste. De kerk werd van 1642 tot 1673 gebruikt door de Waalse gemeente. De verbanning van de jezuïeten duurde 34 jaar. In 1673 werd Maastricht veroverd door Lodewijk XIV, die de jezuïeten hun bezittingen teruggaf. Precies een eeuw later werd de orde opgeheven door paus Clemens XIV. Het klooster telde toen tien paters, vier aspirant-paters en vijf broeders. Het college telde vijf klassen.