Розташовуючись досить близько до річки, храм неодноразово страждав від весняних паводків. У 1812 році він був спалений французькими військами. Після Листопадового повстання (1830—1831) францисканський монастир був закритий російським урядом. У 1845 році храм було закрито й він пізніше, вже після перебудови, відновив свою діяльність як православний. З 1903 року в приміщеннях костелу розміщувалися військові казарми. У 1915 році представники Рейхсверу використовували будівлю як склад. У 1919 році монастир та костел було повернуто Католицькій церкві, а в 1931—1938 роках й пізніше, у 1978—1982 роках, у даних будівлях проводилися реставраційні роботи.