W pierwszym sezonie gry dla nowego klubu zagrał zaledwie dwukrotnie, z powodu ciężkiej kontuzji i długiej rekonwalescencji, spowodowanej zerwaniem więzadeł kolanowych. Później było już tylko lepiej; Soren wywalczył sobie miejsce w podstawowym składzie i zdobył trzy mistrzostwa Superligaen z rzędu, dwukrotnie zdobywał Puchar Kraju. W marcu 1999 przejął opaskę kapitana klubu od Johna „Faxe” Jensena. Dzięki tym osiągnięciom stał się także ważnym elementem seniorskiej reprezentacji Danii, prowadzonej najpierw przez Bo Johanssona, a następnie przejętej przez Mortena Olsena. Wziął udział w Mistrzostwach Świata 1998 i EURO 2000.