Durant les Guerres confederades d'Irlanda (1641-1652), el fort de Duncannon fou ocupat inicialment per soldats anglesos i usat com a base per a atacar el proper Redmond's Hall (ara Loftus Hall). Durant aquest període fou assetjada tres cops. En 1645 fou presa per l'exèrcit confederat irlandès sota comandament del general Thomas Preston. La guarnició anglesa es va rendir després d'un llarg bombardeig durant el qual el seu comandant fou mort i un vaixell que intentava portar-los queviures fou enfonsat (vegeu setge de Duncannon). Durant la Conquesta d'Irlanda per Cromwell Duncannon fou assetjada novament com a part del setge de Waterford, inicialment en novembre de 1649 per Oliver Cromwell y Michael Jones. La guarnició irlandesa del fort es va reforçar i el setge fou abandonat el desembre. Tanmateix, en juliol de 1650 Henry Ireton renovà el setge i tant el fort com la vila es rendiren després de la caiguda de Waterford quan ja s'havien acabat els queviures i subministraments.