Le , Johnston fut informé que Robert E. Lee s'était rendu à Appomattox Court House. Il envoya un message à Sherman, lui demandant quels pourraient être les termes d'une reddition. Le , trois jours après l'assassinat d'Abraham Lincoln, Johnston signa un armistice avec Sherman à Bennett Place, une ferme située sur la commune de Durham Station. Sherman dut subir des reproches de la part des politiques concernant les termes accordés à Johnston pour sa reddition, ceux-ci comportant des clauses politiques concédées sans autorisation de Grant ou du Gouvernement des États-Unis. La confusion autour des termes de l'armistice perdura jusqu'au , date à laquelle Johnston accepta une version purement militaire, identique à celle que Lee avait acceptée à Appomattox. Il signa alors la reddition de son armée, ainsi que celle des forces confédérées opérant dans les deux Caroline, la Géorgie et la Floride.