1983年蘇丹總統尼梅瑞（Jaafar Nimeiry）宣佈在全國實施伊斯蘭律法（Sharia），引起南蘇丹地區人民的不滿，南方反抗軍「蘇丹人民解放軍」（SPLA）開始對抗蘇丹政府，第二次蘇丹內戰爆發。2005年1月9日，南北雙方簽署《全面和平協定》（Comprehensive Peace Agreement），結束長達二十一年的內戰。協定賦予南蘇丹地區的自治權，成立過渡性質的南蘇丹自治區和自治政府，蘇丹北部實施的伊斯蘭律法在南方地區不適用，並同意簽署了於2011年1月9日舉行决定南蘇丹地區是否獨立的公民投票。