Di questi compiti lo sradicamento dell'eresia fu il più vicino al cuore di Onorio. Nel sud della Francia egli portò avanti l'opera di Innocenzo III, confermando Simone di Montfort nel possesso delle terre di Raimondo VI di Tolosa e riuscendo, dove aveva fallito Innocenzo, a coinvolgere la casa reale francese nella crociata contro gli Albigesi. Il più importante avvenimento del periodo fu l'assedio e la cattura di Avignone. Sia Onorio che re Luigi VIII non prestarono orecchio alle pretese imperiali di Federico II sulla città.