Первым большим препятствием на пути крестоносцев была Никея, столица сельджуков, которую они осадили. Мануил Вутумит был проинструктирован императором Алексем о том, чтобы добиться сдачи города силам императора, а не крестоносцам. Сразу после начала осады Мануил Вутумит в многочисленных письмах пытался убедить сельджуков сдаться ему, используя для этого обещания амнистии и угрозы массовой расправы, которую крестоносцы могут устроить, если возьмут город силой. Турки согласились на переговоры, позволив Мануилу Вутумиту войти в город. Два дня спустя, на фоне новостей о приближении сил поддержки под руководством султана Кылыч-Арслана I (годы правления 1092–1107), они вынудили Мануила Вутумита уйти. Однако, после того как силы поддержки были разбиты крестоносцами, и имперский отряд под руководством Мануила Вутумита получил контроль над открытым путем снабжения города, проходящим через озеро Изник, а также, когда 2000 византийцев под руководством Татикия присоединились к осаде города крестоносцами, жители города решили принять условия Алексея, которые заключались в следующем: Мануил Вутумит войдет в Никею и покажет Золотую буллу византийского императора, предлагая щедрые условия для жены султана и его сестры, которые находились в городе. Мануил Вутумит, однако, сохранил соглашение в секрете и подготовился вместе с Татикием к возобновлению штурма крестоносцами и византийцами. Хитрость сработала: день финального штурма был назначен на 19 июня, но когда на рассвете начался штурм, византийцы, впущенные в город через ворота со стороны озера, подняли их флаги над укреплениями, оставив крестоносцев за стенами.