En 1618, il fut distingué par l'empereur Ferdinand II qui lui confia le commandement suprême de ses armées et le fit maréchal. Il prit donc part, dès leurs prémices, aux hostilités qui suivirent la Défenestration de Prague et fut chargé de la répression du soulèvement en Bohême. En juin 1619, il apprit qu'une armée protestante sous les ordres d'Ernst von Mansfeld marchait sur České Budějovice ("Budweis"). Posté en embuscade, il lui infligea une sévère défaite à la bataille de Zablati le (). Puis Bucquoy dut déloger l'armée du prince de Transylvanie Bethlen Gabor qui avait mis le siège devant Vienne. Il défit ensuite une armée bohémienne commandée par le comte de Thurn à Eggenberg.