Z małżeństwa z Elżbietą urodziło się księciu pięcioro dzieci, z czego czworo dożyło wieku dorosłego. W chwili wybuchu II wojny światowej liczył książę 46 lat. Do końca czerwca 1940 roku uczestniczył w zachodniej kampanii przeciwko Francji, a potem przez dwa i pół roku stacjonował tamże do chwili wydania przez Hitlera dekretu zakazującego arystokracji udziału w działaniach militarnych III Rzeszy, opublikowanego 31 marca 1944 przez feldmarszałka Wilhelma Keitla. Jedyny syn księcia Franciszka Józefa, Gabriel zginął 17 grudnia 1942 roku w Bitwie pod Stalingradem w wieku zaledwie 20 lat.