Après la mise aux arrêts d'Isabelle et de Roger Mortimer sur ordre d'Édouard III le , Thomas Wake est rappelé en Angleterre dès le mois suivant. On sait que le suivant, il est missionné par le souverain avec Guillaume de Bohun et Eubulus le Strange pour escorter sa mère Isabelle du château de Berkhamsted au château de Windsor, où elle est brièvement détenue. Édouard III lui pardonne formellement pour sa participation à la rébellion d'Henri de Lancastre et ordonne la restitution de ses terres le . Le paiement de l'amende exigée par Mortimer en 1329 est de plus annulé le . Enfin, le , le roi d'Angleterre demande au roi David II d'Écosse de restituer à Thomas Wake les possessions qu'il détenait auparavant en Écosse. Même s'il est avec Henri de Beaumont l'un des deux seuls « déshérités » officiellement reconnus comme tels par les gouvernements anglais et écossais, cette tentative est cependant infructueuse malgré deux nouvelles requêtes adressées en et en . En dédommagement, Édouard III nomme Thomas Wake gouverneur des îles anglo-normandes le . Le baron Wake de Liddell conserve ce poste jusqu'au , date à laquelle il décide d'accompagner le roi dans son expédition militaire en Écosse qui culmine avec sa victoire à Halidon Hill le suivant. Thomas Wake est à nouveau présent lors d'une nouvelle invasion anglaise conduite en et conduit lui-même un raid en Écosse depuis Carlisle en .