Das FONGTIL wurde am 2. Juni 1998 von 14 Nichtregierungsorganisationen gegründet, als Osttimor noch unter indonesischer Besatzung (1975–1999) stand. Allerdings erschwerte die Gewalt im Umfeld des Unabhängigkeitsreferendums in Osttimor 1999 jegliche Arbeit, auch wenn sich das Netzwerk im Juni 1999 reaktivierte. 1999 hatte das FONGTIL 24 Mitgliedsorganisationen, im Jahr 2000 waren es 112 und 2002 mehr als 231. 2018 hatte das FONGTIL 348 Mitglieder; 324 nationale und 44 internationale.