В Гражданскую войну Яцун проживал на территории, занятой белогвардейскими войсками. В 1919 года он был мобилизован в вооруженные формирования Н. А. Григорьева, поднявшего антисоветский мятеж на юге Украины, однако уже через день бежал. В августе 1920 года призван в РККА Александрийским городским военкоматом и зачислен красноармейцем в 23-й стрелковый Воронежский полк в город Воронеж. Затем служил во 2-м Туркестанском артиллерийском дивизионе 2-й Туркестанской стрелковой дивизии на Туркестанском фронте в Ташкенте. В декабре 1920 года зачислен на курсы младших командиров при этом дивизионе, по окончании назначен там же командиром отделения. В составе дивизиона участвовал в борьбе с басмачеством в Ферганской области.