A balesetek és a gépek elhasználódása miatt 1956 októberére már csak hét Jak–12 maradt a légierőnél. Ebből kettő a 66. vadászrepülő-hadosztálynál, a Taszáron lévő 25. hadosztály-parancsnokságon és a szolnoki Kilián György Repülő Tiszti Iskolán egy-egy darab, a budaörsi 16. szállítórepülő-ezrednél két darab üzemelt a típusból, további egy példány javításon volt. A Jak–12-esek használatának legintenzívebb időszaka az 1956-os forradalom volt. A gépeket futárfeladatokra, felderítésre, megfigyelésre, időjárás-felderítésre és röpcédula szórásra vetették be.