La mosquée fut désaffectée au culte en 1821, aux premiers temps de la Révolution grecque. Entre 1822 et 1826, l'édifice accueillit les séances de la communauté des Grecs d'Athènes. Une fois l'indépendance acquise, le bâtiment fut utilisé comme salle pour les musiciens de l’armée en 1834 et un bal en l'honneur du roi Othon fut organisé en mars de la même année. Par la suite, l'édifice servit de prison et d'entrepôt.