O rei regressou a Nápoles pouco depois e ordenou que algumas centenas de pessoas que tinham colaborado com os franceses fossem executadas. Esta acção apenas terminou quando os sucessos militares dos franceses o forçaram a concordar com um tratado que incluía um acordo de amnistia dos membros do partido francês. Quando rebentou a guerra entre o Império Francês e o Império Austríaco em 1805, Fernando assinou um tratado de neutralidade com a Áustria, mas, alguns dias depois, aliou-se com ela e permitiu que uma força militar anglo-russa passasse por Nápoles. (Ver Terceira Coligação).