Hamilton wurde im Juni 1689 zum Oberstleutnant des Lloyds-Regiments zu Fuß von Enniskillen ernannt und nahm im Juli 1690 an der Schlacht am Boyne teil. Danach führte er sein Regiment bei der Belagerung von Athlone (Juni 1691) und in der Schlacht von Aughrim, wo er verwundet wurde. Nach der Belagerung von Limerick (Oktober 1691) wurde er im Januar 1692 zum Oberst der Königlichen Füsiliere ernannt. Im August 1692 kämpfte er in der Schlacht von Steenkerke und nahm an weiteren Schlachten in Irland teil, bevor er auf den Kontinent zurückkehrte, um im Juli 1693 an der Schlacht von Landen teilzunehmen. Im Juli 1695 wurde er während Belagerung von Namur schwer verwundet und in den Generalsrang befördert.