Pour sa première mission, Lowe est affecté au Corps des ingénieurs, qui se nomme alors le "Corps of Topographical Engineers", où son ballon est utilisé pour la création de cartes. Il travaille ensuite avec le major-général Irvin McDowell qui l'accompagne durant ses vols ; ensemble, ils observent le champ de bataille de Bull Run. McDowell est impressionné par Lowe et son ballon et ses félicitations reviennent aux oreilles du président Lincoln qui recommande personnellement Lowe à Winfield Scott, alors "Commanding General of the United States Army" : Cette recommandation a évidemment un impact important sur la nomination de Lowe en tant qu'aéronaute en chef. Les détails de l'établissement du corps et de son fonctionnement sont laissés à l'initiative de Lowe. Pendant toute son existence, le quiproquo sur la nature civile ou non du "Balloon Corps" persiste et ni Lowe ni aucun de ses hommes n'obtiennent de commission militaire.