В 1796 році з Францією був укладений мирний договір, проте вже в 1798, під час єгипетської експедиції Наполеона і після перемоги адмірала Нельсона в битві при Абукіра, Марія Кароліна вмовила Фердинанда почати війну з Францією ще раз. У вересні 1798 року Нельсон особисто прибув в Неаполь. Неаполітанська армія з 70 000 чоловік під командуванням австрійського генерала Карла фон Маку вже 29 жовтня увійшла в Рим, який був залишений французами і відновила папську владу. Але після раптової французької контратаки неаполітанським військам довелося відступити, і врешті-решт вони були розбиті.