W 1580 roku, po wygaśnięciu w Portugalii rodzimej dynastii Aviz, tron objął król Filip II Hiszpański, a portugalska flota pełnomorska, w tym nowo wybudowany galeon "São Martinho" stały się częścią hiszpańskich sił morskich. Od tamtej pory znany jest pod nazwą "San Martin". W dwa lata później, w 1582 roku pod dowództwem markiza Santa-Cruz, brał udział w zwycięskiej dla Hiszpanów i portugalskich rojalistów bitwie morskiej pod Ponta-Delgada przeciwko siłom, wspieranego przez Francuzów, portugalskiego pretendenta do tronu.