Als gevolg van de vermeende betrokkenheid van jezuïeten en franciscanen bij het verraad, moesten beide kloosterorden in 1639 de stad verlaten. Voor de Maastrichtse jezuïeten was het de tweede keer dat ze uit de stad werden verdreven. Eén pater en één broeder mochten blijven om op de gebouwen te passen. De Jezuïetenkerk (thans Bonbonnière) werd enkele tientallen jaren gebruikt door de Waalse gemeente. Pas in 1673, na de verovering van Maastricht door Lodewijk XIV van Frankrijk, mochten de paters terugkeren. Ook de Latijnse stadsschool en het jezuïetencollege, die beide door de jezuïeten werden gedreven, waren van 1639 tot 1673 gesloten.