Den 9 juli 1701 korsade Karl XII floden Düna utanför Riga och anföll August II:s trupper, som efter några timmars strid slog till reträtt. Piper följde slaget med kikare från Rigas domkyrkotorn tillsammans med Guiscard. Kurland ockuperades och Karl XII planerade att genomföra ett fälttåg i Polen för att utmanövrera August II:s trupper och avsätta honom som polsk kung. Piper och flera andra rådgivare, liksom polska magnater och utländska diplomater, oroade sig för kungens krigsplaner och i synnerhet hans plan på att avsätta August II; den polska republiken var fortfarande neutral eftersom August II hade anfallit svenska Livland i egenskap av kurfurste av Sachsen, inte kung av Polen. Den 22 april 1702 sammanträffade 500 polska adelsmän med Karl XII i Dlogovice väster om Grodno. Adelsmännen ville genom förhandlingar förhindra kungen att inträda i landet. Förhandlingarna, som sköttes av Piper, Hermelin och den svenske diplomaten Georg Wachschlager, blev resultatlösa eftersom kungen tvivlade på republikens neutralitet med argumentet att August II använde polskt territorium som operationsbas för sina sachsiska trupper. Karl XII marscherade sedan mot Warszawa, som intogs den 14 maj 1702. Under sommaren 1702 installerades Piper och kansliet i staden, där polackerna höll baler till Pipers ära. Den 12 juli avled Bengt Oxenstierna och både Piper och Karl XII utlovade en livslång änkepension åt Magdalena Stenbock. Piper fick efteråt en penninggåva om 500 gulddukater av Magnus Stenbock, som i ett senare brev till sin fru Eva Magdalena Oxenstierna kunde konstatera att "greve Piper är en trogen vän av vårt hus efter salig papas död." Den 29 augusti utnämndes Piper till Oxenstiernas efterträdare som universitetskansler för Uppsala universitet.