13 января 1942 года «Юбари» вместе с плавбазой гидросамолётов «Киёкава-Мару» и четырьмя эсминцами покинул Трук и 15-го прибыл на атолл Ламотрек. В период с 17 по 22 января корабли, вместе с присоединившимися кораблями 19-й дивизии минных заградителей («Окиносима» и «Цугару») и двумя эсминцами, перешли к Рабаулу и участвовали в его захвате, на якорь крейсер стал там 27-го. С 8 по 14 февраля «Юбари» выходил для поддержки высадки у Суруми на Новой Британии, а с 20 февраля по 1 марта (с заходом 23—27 февраля на Трук) — для перехвата американского 11-го оперативного соединения. 5 марта он покинул Рабаул вместе с другими кораблями для участия в операции SR (захват Лаэ и Саламуа). Утром 10-го в результате налёта «Донтлессов» с «Йорктауна» несколько транспортов было потоплено, на «Юбари» от нескольких близких разрывов был повреждён корпус, возникли пожары, погибло 15 человек (в том числе 2 офицера) и 30 было ранено (в том числе 2 тяжело). Крейсер вернулся в Рабаул 14 марта, и после экстренного исправления повреждений 22—25 марта совершил переход на Трук, где пробыл в ремонте до 10 апреля.