1996年（平成8年）1月下旬、10年ぶりの作品となる『御法度』の製作を発表。しかし、同年2月下旬に渡航先のロンドン・ヒースロー空港で脳出血に見舞われた。その後、3年に及ぶリハビリを経て、1999年（平成11年）に『御法度』を完成させた。同作ではビートたけしと崔洋一という二人の映画監督が俳優として出演し、大島は二人に撮影現場でのサポート役を託したと言われている。同作は翌2000年（平成12年）の第53回カンヌ国際映画祭に出品され、第42回ブルーリボン賞では作品賞・監督賞を受賞した。また、1999年12月15日には同作の撮影現場を映したテレビドキュメンタリー『1999 大島渚 映画と生きる』がNHK-BS2にて放映された。