Weitere Titel holte er 2002 und 2003 mit dem EC Vitória. Es folgten Anstellungen bei diversen anderen brasilianischen Klubs. 2004 rettete er Vasco, 2005 Flamengo vor dem Abstieg. Nach einem Job in Japan bei Vegalta Sendai tat er das Gleiche mit Flamengo erneut 2007 und holte 2008 sogar seine nächste Staatsmeisterschaft von Rio. Im April 2008 wurde Joel Santana Nachfolger seines Landsmannes Carlos Alberto Parreira als Nationaltrainer von Südafrika. Trotz eines guten vierten Platzes beim Konföderationen-Pokal 2009 in Südafrika wurde er im Oktober 2009 entlassen und konnte so nicht bei der WM im eigenen Land 2010 dabei sein; verantwortlich dafür waren die schlechten Resultate in den Testspielen und das Scheitern in der Qualifikation zum Afrika-Cup 2010.