Działalność Kościoła została zahamowana po objęciu rządów na wyspie przez francuską dynastię Lusignanów, która doprowadziła do formalnego podporządkowania struktur prawosławnych Kościołowi łacińskiemu. W 1571 Cypr przeszedł pod panowanie tureckie. Na mocy systemu milletów prawosławny arcybiskup Cypru stał się etnarchą Greków cypryjskich, odpowiedzialnym za zachowanie przez nich lojalności wobec państwa. W 1821 arcybiskup Cyprian został przez Turków stracony na fali represji po wybuchu powstania w Grecji. W 1878 Cypr przeszedł pod zarząd Wielkiej Brytanii. Nowe władze, choć na mniejszą skalę niż tureckie, nadal ingerowały jednak w życie wewnętrzne Kościoła. Duchowieństwo prawosławne odegrało znaczącą rolę w ruchu na rzecz niepodległości wyspy, a prawosławny arcybiskup Makarios III został pierwszym prezydentem Republiki Cypru. Wskutek inwazji tureckiej na Cypr Kościół stracił kontrolę nad dwiema spośród sześciu swoich metropolii, a większość znajdujących się na ich terenie świątyń uległa zniszczeniu.