За взрослую национальную сборную дебютировал 28 марта 2007 года в товарищеском матче против сборной Дании (1:0). Штефан получил футболку с девятым номером, заменив в сборной Майка Ханке. Однако закрепиться в команде форвард не сумел, сыграв свой следующий матч лишь в феврале 2009 года. Вскоре немецкие СМИ встали на защиту Кисслинга, обвинив Йоахима Лёва в боязни пускать в основу молодёжь. Кисслинг вошел в список из 23 игроков, включенных в состав сборной на Чемпионат мира по футболу 2010 года. Футболист вышел на замену в двух матчах мундиаля. Впоследствии стал бронзовым призером мирового первенства, а также удостоился серебряного лаврового листа у себя на родине. Накануне чемпионат Европы 2012 года Кисслинг вновь блистал у себя на родине, однако Лёв даже не включил его в расширенный список сборной Германии. Вскоре после этого Штефан отметил, что не сыграет в сборной, пока её возглавляет Йоахим Лёв.