Von 1914 bis 1916 verrichtete Wilhelm Eisner-Bubna seinen Dienst als Chef des Generalstabs des VII. Korps unter Erzherzog Josef. In dieser Rolle war er an allen Gefechten in den Karpaten, auf den Plöcken, im Karnischen Kamm und an drei der Isonzoschlachten beteiligt. Im Oktober 1916 wurde der im selben Jahr zum Oberst beförderte Eisner-Bubna in das k.u.k. Kriegspressequartier in Wien berufen.