מהמאה ה-18 ואלדיביה הפכה לבסיס לקולוניזציה של דרום צ'ילה. התהליך נבע גם מהשמועות על עיר הקיסרים (Ciudad de los Césares), עיר זהב אגדית שממוקמת כביכול בפטגוניה. בסוף המאה ה-18 הצליחו הספרדים להכניע סופית את בני הוויליצ'ה מדרום לעיר, מה שאפשר בנייה של דרך מוואלדיביה אל תעלת צ'קאו, המפרידה בין האי צ'ילואה ושאר צ'ילה. העיר חוברה סופית לחלקים הצפוניים של צ'ילה מבחינה יבשתית רק בשנות ה-80 של המאה ה-19, עם סיום כיבוש אראוקניה.