Hij was de zoon van Eduard van Anhalt en Louise van Saksen-Altenburg, zuster van Ernst II van Saksen-Altenburg. Zijn vader besteeg de troon van Anhalt na de dood van hertog Frederik II op 21 april 1918, maar stierf reeds op 13 september. Joachim Ernst besteeg nu op 17-jarige leeftijd de troon, hoewel zijn oom Aribert vanwege zijn minderjarigheid het land bestuurde. Deze zag zich in de Novemberrevolutie op 12 november van datzelfde jaar genoodzaakt namens de jonge hertog troonsafstand te doen.