Bakgrunnen for at Fredrikstad ble grunnlagt i 1567 var atter et svensk angrep og nedbrenningen av byen Sarpsborg i 1567 under Den nordiske syvårskrigen. Sarpsborgs utsatte beliggenhet gjorde at byens borgere bad kong Frederik II om å få gjenoppbygge byen nærmere Glommas utløp. Her mente man at det ville være lettere å forsvare byen, samtidig som innbyggerne kunne sikres gode levekår. Bymarkene øst for byen var svært viktige for valget av ny bygrunn. Gode beiteforhold var helt avgjørende for en bybefolkning som i stor grad var bønder. Kongen aksepterte borgernes forespørsel, og 12. september 1567 signerte han brevet som tillot flyttingen av byen og etablering på gården Brubergs grunn. Den nye byen skulle få en tung start, og allerede på 1570-tallet ble den brent av svenskene ved et par anledninger. Likefullt maktet byen gradvis å vokse utover slutten av 1500- og første halvdel av 1600-tallet ble en oppblomstringstid for sjøfart og handel i byen. Borgerne livnærte seg av jordbruk, men flere slo seg stort opp på trelasthandel av skipsfart. Byens handelsprivilegier gav borgerne enerett på all handel i tre mils omkrets.