Ensimmäisen maaottelunsa Nowotny pelasi vuonna 1997 Ukrainaa vastaan. Loukkaantumisten takia hän ei pelannut vuoden 1998 eikä vuoden 2002 MM-kilpailuissa. Vuoden 2006 MM-kotikisoihin Nowotny valittiin, vaikka hänen viimeaikaiset esityksensä olivatkin olleet keskikertaisia. Onkin sanottu, että hänet valittiin joukkueeseen kokemuksensa johdosta, koska Saksan maajoukkueessa on mukana paljon nuoria pelaajia. Hän pelasi maajoukkueessa yhteensä 48 ottelua tehden yhden maalin.