קתלין סקוט נישאה לחוקר יבשת אנטארקטיקה רוברט פלקון סקוט ב-2 בספטמבר 1908. כעבור שנה נולד בנם, פיטר סקוט, שהתפרסם בתחומי השידור, הצפרות, הציור, סביבתנות וספורט. בשנת 1910 ליוותה את בעלה לניו זילנד עם צאתו במשלחת טרה נובה אל הקוטב הדרומי. ביוגרף של חוקר הארצות הנורווגי פריטיוף ננסן העלה השערה חסרת ביסוס, שבהיעדר בעלה ניהלה קתלין סקוט פרשיית אהבים קצרה עם החוקר הנורווגי, מדריכו של היריב של סקוט אמונדסן. בפברואר 1913, כשהייתה שוב בדרכה לניו זילנד לקדם את פני סקוט בשובו, נודע לקתלין סקוט על מותו באנטארקטיקה במרץ 1912.