Landets stagnation både ekonomiskt och politiskt fortsatte långt in på 1900-talet. Under perioden 1904-1954 satt inte mindre än 31 presidenter vid makten varav merparten störtades i kupper och revolter. I Chacokriget 1932-35 vanns stora, ekonomiskt viktiga områden från Bolivia men Paraguay förlorade 40 000 man. 1947 bröt ett inbördeskrig ut där regeringen krossade vänstern och etablerade ett enpartisystem under det konservativa Coloradopartiet.