Sin una estructura suficiente para afrontar la represión posterior al golpe militar del 24 d marzo de 1976, las FAP vieron menguadas sus filas y Villaflor instaló junto con Enrique Ardeti un local de reparación de artículos eléctricos cerca de la estación de ferrocarril de Florencio Varela y a mediados de 1978 decide junto con otros compañeros suspender la actividad política hasta que cambie la situación. El 4 de agosto de 1979, luego de varias detenciones de militantes, Villaflor fue secuestrado junto a su compañera, Elsa Martínez Garreiro, y fueron trasladados al centro clandestino de detención que funcionaba en la Escuela de Mecánica de la Armada, donde ya estaban su hermana Josefina Villaflor por entonces asesora gremial de la Federación Gráfica Bonaerense y su compañero José Luis Hazan, quienes habían sido secuestrados el día anterior. Este grupo fue denominado por las fuerzas represivas como Grupo Villaflor. Según el testimonio de Victor Basterra, entre otros/as testigos, fue asesinado cuatro días después mientras lo torturaban. El responsable de ese asesinato habría sido el represor Víctor Roberto Olivera, alias Lindoro.