Na de Cubaanse Revolutie werd de naam gewijzigd in de huidige naam. Uit onvrede met het nieuwe regime stelde de Amerikaanse regering in 1962 een embargo in. Amerikaanse luchtvaartmaatschappijen mochten niet langer op Cuba vliegen en het vliegverkeer op de luchthaven nam dramatisch af. Gedurende de Invasie in de Varkensbaai werd het vliegveld gebombardeerd en raakte beschadigd. Later namen andere buitenlandse maatschappijen de luchthaven op in hun netwerk, zoals Aeroflot, Interflug en LOT Polish Airlines. José Martí werd de hub van Aeroflot voor Zuid-Amerika.