1806 wurde das ehemalige Kloster von Kaiser Napoleon als Militärhospital beansprucht. Von 1809 bis 1945 waren dann in der "Nikolai-Kaserne" (ab 1938 als Somme-Kaserne bezeichnet) Soldaten stationiert. Bis heute erinnert daran der gegenüber liegende "Kleine Exerzierplatz", in den der ehemalige Klostergarten umfunktioniert wurde. Die Kirche diente über all die Jahre als Lagerhalle für militärisches Gerät. Die Gemeinde St. Nikola kam am 3. Juni 1870 zu Passau.