Šamil Basajev je přímo zodpovědný za nespočet teroristických útoků na civilní a vojenské síly v Rusku a v okolních zemích, které měly za následek stovky mrtvých. Nejznámější a nejkrvavější útoky, ke kterým se Basajev přihlásil, jsou útoky na divadlo v Moskvě a Beslanský masakr.