Goudimel syntyi Besançonissa. Hän eli Pariisissa ainakin 1540-luvun lopussa. Hän mahdollisesti opiskeli Pariisin yliopistossa. Goudimel julkaisi Pariisissa myös kokoelman chansoneita. Vuonna 1557 hän muutti Metziin. Goudimel murhattiin Pärttylinyön verilöylyn yhteydessä Lyonissa vuonna 1572.