Seit 2011 führt Annekatrin Hendel auch selbst Regie, so zum Beispiel bei der Dokumentation "Flake" über Christian „Flake“ Lorenz, den Keyboarder der Band Rammstein, dem Kinodokumentarfilm "Vaterlandsverräter" über den Schriftsteller Paul Gratzik, der zur Berlinale 2011 erstmals aufgeführt wurde, bei dem Kinodokumentarfilm "Anderson" über den Lyriker Sascha Anderson, dessen Welturaufführung bei der Berlinale 2014 stattfand, den Dokumentarfilm "Fassbinder" über Rainer Werner Fassbinder, der 2015 ins Kino und ins Fernsehen kam, "Fünf Sterne" für den sie 2017 den Heiner-Carow-Preis der Berlinale bekam. 2018 veröffentlichte sie den Dokumentarfilm "Familie Brasch", der zum Filmfest München uraufgeführt wurde, ferner 2019 den Dokumentarfilm "Schönheit &amp; Vergänglichkeit", über den Berghain-Türsteher und Fotografen Sven Marquardt, für den sie auf der Berlinale 2019 den Heiner-Carow-Preis bekam und 2021 den Dokumentarfilm "Vertreibung ins Paradies".