Yamamoto siirrettiin palvelemaan laivastossa 1914, mutta hänet kutsuttiin uudestaan pääministeriksi selvittämään Suuren Kantōn maanjäristysksen aiheuttamaa kriisiä. Hänen toinen kautensa kesti 2. syyskuuta 1923–7. tammikuuta 1924. Kauden aikana Yamamoto osoitti johtamiskykynsä uudelleenrakentamalla Tokion, joka oli kärsinyt raskaita vaurioita maanjäristyksen aikana. Yamamoto yritti myös uudistaan vaalijärjestelmää sallimalla yleisen äänioikeuden kaikille miehille. Hän ja hänen hallituksensa joutuivat kuitenkin irtisanoutumaan ennen uudistuksen toteutumista Daisuke Namban yritettyä salamurhata Hirohiton. Tämän jälkeen Yamamoto vetäytyi pois poliittisesta elämästä.