Rafał Ratajczyk gewann 2002 bei der U23-Bahnradeuropameisterschaft in Büttgen die Bronzemedaille im Scratch. 2004 wurde er Europameister (U23) im Punktefahren und gewann im Scratch die Silbermedaille. In der Saison 2005 fuhr Ratajczyk für das Straßenradsportteam Grupa PSB, wo er polnischer Meister im Zeitfahren der U23-Klasse wurde. Auf der Bahn gewann er 2006 die Scratch-Wettbewerbe bei den Weltcups in Manchester und Sydney. Bei den Bahnweltmeisterschaften in Bordeaux holte er sich die Silbermedaille im Punktefahren, und bei den Europameisterschaften in Ballerup wurde er Zweiter beim Omnium. 2007 gewann Ratajczyk erneut den Scratch beim Weltcup in Manchester. Bei der Bahn-WM in Palma gewann er die Bronzemedaille im Scratch und bei der Europameisterschaft in Alkmaar wurde er wieder Zweiter beim Omnium. 2011 wurde Ratajczyk Europameister im Punktefahren. Anschließend beendete er seine sportliche Laufbahn.