1989年11月のベルリンの壁崩壊を経てシュタージが解体された後、彼はベルリンの地下鉄で運転手として働いていた。しかし、海外の研究者やジャーナリストにシュタージの記録文書が公開されると、カーニーの正体も露呈することとなった。1991年4月、彼が2人の元シュタージ情報将校の助けを得て生活している旨の情報提供が行われる。カーニーの空軍軍人としての軍籍は正式な除隊手続きが行われていない為に残されており、逮捕の数ヶ月前には所属が書類上テンペルホーフ中央空港に駐屯する第7359空軍基地班（7350th Air Base Group）へと移されていた。なお、当局も意図していなかったが、第7359班は同年中に湾岸戦争関連の支援任務に参加することとなる。そしてカーニーの所属変更は公的な手続きによって行われていた為、皮肉にも彼は後に監獄の中で第7359班の隊員としてを受章したのである。1991年4月22日、旧ソ連占領域でもあるベルリン・ピンチ通り12番地の自宅付近にて（AFOSI）のエージェントらに逮捕された。逮捕後はテンペルホーフ中央空港にて拘留され、激しい尋問を受けることとなる。この28時間にも渡る尋問の中でカーニーは何度も弁護士を呼んだが認められず、以後は全ての質問に対する一切の解答を拒否していた。この時点でAFOSIおよび米政府諸組織は秘密裏にカーニーの身柄をドイツから米本土に移すことを決定していた。カーニーの逮捕と身柄の送還については、ドイツ政府担当者への断りは一切なく、全て米政府の最高レベルの幹部らによる決定の元で行われた。元在独大使で在欧アメリカ空軍総司令官顧問を務めていたもまた、こうした決定を促した人物の1人とされる。