Archambault IX. nahm am Kreuzzug Ludwigs IX. gegen Ägypten (Sechster Kreuzzug) teil, der im August 1248 in Aigues-Mortes aufbrach, starb aber im Januar 1249 auf der Anreise in Zypern. Zuvor hatte er im Februar 1248 seine Töchter Mathilde und Agnes, in das ältere Haus Burgund verheiratet. Mathilde erhielt den Besitz in Burgund (Nevers, Auxerre, Tonnerre), auf den sie aber bis zum Tod ihrer Urgroßmutter Mathilde von Courtenay 1257 warten musste, und heiratete Odo, den Erbprinzen von Burgund. Agnes erhielt das Bourbonnais und heiratete Odos jüngeren Bruder Johann (der offenbar die Herrschaft im Bourbonnais schon im Jahr der Hochzeit und Archambaults Abreise zum Kreuzzug antreten konnte). Agnes' Tochter aus ihrer ersten Ehe, Beatrix, brachte durch ihre eigene Ehe mit Robert von Clermont Bourbon an die Kapetinger: Beatrix und Robert sind die Stammeltern der Bourbonen.