Lorsqu'il rejoint la Norvège pendant l'attaque allemande, Flesch est promu SS-"Sturmbannführer". et devient "Kommandeur der Sipo und des SD" à Bergen. Le , il est nommé "Kommandeur der Sicherheitspolizei und des Sicherheitsdienst" à Trondheim. En tant que commandant du district, il est également chef du camp de concentration de Falstad et des prisons de Trondheim. Gerhard Flesch est promu SS-"Obersturmbannführer" et reçoit le titre de "Oberregierungsrat", son supérieur immédiat étant Heinrich Fehlis. Le , il fuit Trondheim avec un lingot d'or dans ses bagages, mais il est rattrapé et renvoyé avec une escorte de police en train, au cours duquel il tente à maintes reprises de s'échapper.