Butrint er især kendt for mangfoldigheden af flora og fauna. Den sydlige del af søen ligger i Butrint Nationalpark og er blevet anerkendt som et vådområde af international betydning ved betegnelse under Ramsarkonventionen. Søen er blevet så godt udpeget som et Important Bird Area og vigtigt planteområde, fordi den understøtter et betydeligt antal fugle og plantearter.