Османы переименовали Фивы в "Истефе" и управляли ими до войны за независимость Греции (1821 год, номинально до 1832 года), за исключением венецианской интерлюдии между 1687 и 1699 годами. Во время османского господства Фивы были пожалованы султану (то есть матери султана). Вали гарантировал метным жителям, что без его разрешения на них не могли налагать штрафы или арестовывать. Шёлковая промышленность и сельское хозяйство в первые годы по-прежнему цвели так, что Фивы продолжали считаться богатым городом.