Né dans le comté de Lincoln, en Caroline du Nord, le 23 mars 1843, il s'installe à Talladega en Alabama à l'âge de dix-sept an. Au début de la guerre civile, Johnston s'enrôle comme soldat dans l'armée des États confédérés. Il a servi pendant toute la durée de la guerre, recevant des blessures à Chickamauga, Spotsylvania, New Market, et Petersburg. À la fin de la guerre, il atteint le grade de capitaine.