1653 fik han kvittering for det norske len og var vendt tilbage til Danmark, hvor han 1655 sammen med Ulrik Christian Gyldenløve arbejdede på Sjællands defension. Ved krigens udbrud 1657 var der tiltænkt ham kommandoen over infanteriet i den skånske hær, men en begyndende sygelighed nødte ham til at give afkald herpå, og han fik i stedet for den øverste befaling på Sjælland og blev kommandant i København – en post, han på en kort afbrydelse nær i efteråret 1657, sendt til Malmø i midlertidig kommando, beklædte indtil september 1659, da han afløstes af Frederik Ahlefeldt, for hvem han dog vikarierede ind i det næste år. Under stormen på København førte han kommandoen på nordøstfronten mellem Helmers Skanse og Østerport, hvor han afslog to stormangreb natten mellem 10.-11. februar 1659. Samme år blev han lensmand over Vesterålen og Lofoten fogderier. 13. januar 1658 blev han medlem af det nyoprettede krigsråd, forløberen for det senere Krigskollegium. Han blev afskediget i september 1660, døde 20. december 1660 og førtes til Aggersvold, hvorfra han blev begravet i Hjembæk Kirke.