Luis Javier Fortún considera que está acreditado el uso histórico de la bandera de Navarra desde mediados del siglo XVI. Recoge el acta de la sesión del regimiento municipal o ayuntamiento de Pamplona celebrada el 11 de agosto de 1558 para recibir a los soldados navarros que habían participado en la expedición de castigo contra la localidad francesa de San Juan de Luz, en el marco de la guerra hispanofrancesa librada entre las monarquías de Felipe II y Enrique II de Francia entre 1551 y 1559. Esta acta relata cómo los soldados navarros portaban una bandera que es descrita como sigue: "la qual es colorada, sembrada en ella cadenas y una corona doradas". Dicha bandera precedió la entrada de los soldados en Pamplona tras su victoria en la expedición sobre San Juan de Luz y era la misma que se había utilizado dos años antes en la proclamación de Felipe II en Pamplona como rey.