1944-ig Magyarországon a zsidóságot érintő nagyobb pogromokra illetve deportálási akciókra nem került sor – szemben Romániával, Jugoszláviával, Szlovákiával. Ettől függetlenül azonban a magyar zsidóság is számos atrocitásnak volt kitéve: rendszeres egyetemi zsidóverésekre került sor, 1941 nyarán tömeges deportálások voltak Kamenyec-Podolszkijba. A délvidéki „hideg napok”-nak kifejezetten pogromjellege volt, amit az is bizonyít, hogy az áldozatok 30%-a volt zsidó. Kisebb pogromokra a háború alatt Magyarországon is sor került (Munkácson, Nagykárolyban és Máramarosszigeten). Romániában, Jugoszláviában és Szlovákiában a deportálások már 1942-ben megkezdődtek, ezért onnan zsidó menekültek nagy számban jöttek át Magyarországra. 1943 őszén az országban becslések szerint 15–20 000 zsidó menekült tartózkodott. A háború idején ennél jóval többen találtak itt rövid ideig menedéket, sokan közülük kivándoroltak.