Oleg Romantsevin jätettyä A-maajoukkueen päävalmentajan tehtävät EM-kisojen 1996 jälkeen, nousi Ignatjev päävalmentajaksi. Hän ei kuitenkaan onnistunut luotsaamaan joukkuetta MM-kisoihin 1998 ja jätti tehtävänsä. Ura jatkui tämän jälkeen FK Torpedo-ZIL Moskovan peräsimessä. Ignatjev nosti seuran kaudella 1998 1. divisioonaan ja kaksi vuotta myöhemmin liigaan. Ignatjev ei kuitenkaan valmentanut Torpedo-ZILiä liigassa, sillä hän siirtyi kauden 2000 jälkeen kiinalaisen Shandong Lunengin päävalmentajaksi. Hän johdatti seuran Kiinan cupin välieriin. Kauden jälkeen Ignatjev palasi Venäjälle toimien seuraavat kaksi vuotta FK Alania Vladikavkazin konsulttina ja FK Lokomotiv Moskovan urheilutoimenjohtajana.