Nach der Machtübernahme durch die Kommunistische Partei im Februar 1948 kam es schon bald zu Auseinandersetzungen mit Agitatoren der KSČ, da sich Černý in seinen Vorlesungen und Beiträgen für die Freiheit von Bildung und Kunst einsetzte, die unabhängig von parteipolitischen Ideologien bleiben sollten. Danach durfte der „Kritický měsíčník“ nicht mehr erscheinen, auch nicht das druckfertige zweite Heft zum Existenzialismus.