Saint-Germain-des-Prés’stä tuli vuodesta 1630 alkaen benediktiinien keskuudessa vaikuttaneen maurilaisen uudistusliikkeen ansiosta tärkeä sivistyksen keskus. Luostarin laaja kirjasto avattiin jo tuolloin tutkimuskäyttöön. Ranskan suuren vallankumouksen aikana kaikki Ranskan luostarit suljettiin ja myös Saint-Germain-des-Prés lopetti toimintansa 13. helmikuuta 1792. Kirkko muutettiin salpietaritehtaaksi. Luostarin alueella tapahtui niin sanottujen syyskuun murhien aikana 3. syyskuuta 1792 verilöyly, jonka yhteydessä väkijoukko silpoi kuoliaaksi yhteensä 318 pappia. Suurin osa luostarin rakennuksista tuhoutui tulipalossa vuonna 1794. Luostarikirkko säilyi, mutta sen sisätiloja tuhottiin pahoin vallankumouksen vuosina. Merovingikuninkaiden hautojen ohella hävitettiin länsiportaalin veistoskoristelu, jonka luultiin esittävän kuningasta.