Le tsar déchu Nicolas II et sa famille sont, depuis la révolution, assignés à résidence à Iekaterinbourg. Lénine avait exprimé en 1911 sa volonté de en référence aux Cent-Noirs et à la condamnation à mort par décapitation de Charles 1er ; cet avis est finalement suivi d'effet dans la nuit du 16 au , quand Nicolas II, son épouse et leurs enfants sont massacrés par un détachement de la Tchéka. D'autres membres de la famille royale, installés à Perm ou à Alapaïevsk, sont également massacrés. Trotski rapporte dans son "Journal d'exil" que Sverdlov lui aurait expliqué que Lénine ne souhaitait pas . Lénine cache dans un premier temps le massacre des enfants du couple impérial, pour éviter que le meurtre d'adolescents ne soulève l'horreur du public : il faut attendre 1919 pour que le pouvoir reconnaisse n'avoir épargné aucun membre de la famille. De manière plus large, Lénine prend garde de ne pas mêler officiellement son nom aux mesures les plus répressives : ses directives, ordonnant de tuer ou de fusiller les opposants, demeurent secrètes, alimentant dans l'opinion le mythe du . En 2011, une commission d'enquête russe ne permet pas de trouver la preuve absolue du fait que Lénine ait ordonné directement de tuer la famille impériale.