Ulkovallat ottivat vastahakoisesti vastaan Pakistanin sotilasvallankaappauksen aiheuttaman vallanvaihdon. Tilanne muuttui dramaattisesti vuonna 2001 syyskuun 11. päivän terrori-iskujen jälkeen. Afganistanissa, lähellä Pakistanin rajaa tukikohtaansa pitänyt al-Qaida, toimi Afganistanin Taleban-hallinnon tuella. Pakistanilla oli diplomaattisuhteet Talebaniin, mutta Musharraf epäröi painostaa Talebania pidättämään al-Qaidan johtajan Osama bin Ladenin. Yhdysvallat kuitenkin vaati Pakistanin apua ja se oli valmis ryhtymään tarvittaessa sotatoimiin Pakistania vastaan. Musharraf valitsi pakon edessä Yhdysvaltojen johtaman Talebanin vastaisen liittouman ja Pakistan avasi sotilastukikohtia Yhdysvaltain armeijan käyttöön.