Księga druga przedstawia nową wojnę z Persami wszczętą w 540 roku przez Chosroesa, zaniepokojonego sukcesami bizantyńskimi na zachodzie. Prokopiusz opisuje cztery wyprawy perskie na ziemie Cesarstwa, najazd Hunów, zdobycie przez Chosroesa Antiochii, jego układy z królem Ostrogotów Witigisem, straszliwą dżumę w latach 541/542, wreszcie zmianę sytuacji na korzyść Bizancjum po objęciu dowództwa przez Belizariusza, który powrócił z Italii, i kolejny pokój zawarty przez Justyniana z Chosroesem po nieudanym oblężeniu Edessy i klęsce Persów.