Im Zweiten Weltkrieg konnte der Unterricht nur mit Unterbrechungen und Verlegungen durchgeführt werden. Beim Luftangriff auf Lübeck am Palmsonntag 1942 wurde die Aula zerstört und der Südflügel zur Hundestraße sowie das gesamte Dachgeschoss zur Königstraße hin schwer beschädigt. Das notdürftig reparierte Schulgebäude diente von Herbst 1944 bis zum Kriegsende als Lazarett.