После капитулације Југославије 1941. године Апатин је ушао у састав Хортијеве Мађарске. За време Батинске битке фронт се протезао све до Апатина и Богојева, a сам град је постао права ратна база. Партизанске јединице ослободиле су Апатин 24. октобра 1944. године.