Muodollisesti syynä oli Napoleonin sotien seurauksena Itävallan keisarikunnan syntyminen kukistuneen Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan tilalle vuonna 1806. Sodan välitön syy oli Preussin halu liittää Holsteinin ruhtinaskunta itseensä. Itävalta ja Preussi olivat sotineet lyhyen sodan Tanskaa vastaan vuonna 1864 saadakseen enimmäkseen saksalaiset Schleswigin ja Holsteinin ruhtinaskunnat hallintaansa. Ennen lopullista päätöstä maiden kohtalosta Preussi otti Schleswigin hallintaansa ja Itävalta Holsteinin. Huhtikuussa 1866 Preussi kuitenkin juonitteli Italian kanssa kahden rintaman sodan Itävaltaa vastaan saadakseen Holsteinin ja Italia Venetsian. Itävalta yritti pitää Italian pois sodasta myöntymällä viime hetkellä luovuttamaan Venetsian sille, mutta Italia liittyi silti sotaan Preussin rinnalla. Itävalta voitti taisteluja Italiaa vastaan, mutta hävisi ratkaisevan Königgrätzin taistelun Preussia vastaan heinäkuussa 1866.