Nach der Ermordung Reinhard Heydrichs im Mai 1942 führte Böhme – seit dem 21. Oktober 1941 im Rang eines SS-Standartenführer als Befehlshaber der Sicherheitspolizei und des SD (BdS) für Prag das Kommando über die Ausführungskommandos für die „Vergeltungsmaßnahmen“. Auf seinen Vorschlag hin kam es zur Vernichtung des Dorfes Lidice, wobei 184 Männer erschossen, 195 Frauen ins KZ Ravensbrück deportiert und 105 Kinder in das Umsiedlungslager (Łódź) verschleppt wurden, von denen bis auf 17 alle umkamen.