Quando a guerra irrompeu em 1809 contra a Áustria, ele estava novamente com o "Grande Armée" no vale do Danúbio como líder da cavalaria, posição em que se destacou. Na Batalha de Aspern-Essling, ele liderou a cavalaria no centro e se saiu bem segurando-a contra números superiores, mas mais uma vez caiu em conflito com Lannes. Lannes novamente sentiu que Bessières não estava fornecendo apoio suficiente para suas tropas vacilantes e ordenou que ele voltasse para casa em vez de fingir. Bessières então desafiou Lannes para um duelo, mas o marechal André Massena interveio e impediu o duelo entre os dois marechais na frente de suas tropas.