2013年（平成25年）4月、自民党の西銘恒三郎衆議院議員（沖縄4区）と島尻安伊子参議院議員（沖縄県選挙区）が相次いで辺野古容認派に転向した。これに対して宮崎は当初は県外移設を模索すべきとして、同年7月の参院選で党が辺野古移設推進を打ち出した際にも「政府は現行計画に固執することなく、県外、国外含めさまざまな代替案を検討すべきだ」と主張した。同年4月に日米両政府によって発表された「沖縄における在日米軍施設・区域に関する統合計画」において普天間飛行場を含む嘉手納基地以南の米軍施設の返還スケジュールが具体的に提示され、また同年10月に開催された「2+2」において辺野古移設に対して両国が責任を持って力強く進めることが日米双方で確認された。更に同年11月、副総裁の高村正彦ら党幹部が「辺野古容認に転じなければ離党勧告もあり得る」と示唆した。幹事長の石破茂と面談や地元関係者との調整後の同月24日、自身の後援会および選挙区内議員総会を開催し、「普天間飛行場の固定化を回避し、その危険性除去を最も早く最も確実に実現するためには、いかなる可能性もいかなる選択肢も排除すべきではない」ことを確認の上、記者会見を開き県民に説明した。翌25日には自民党本部において石破幹事長との面談に臨んでいる。翌26日には首相官邸において菅義偉官房長官と面会し、安倍総理宛に申入書を手渡し、「普天間飛行場の現実と宜野湾市民の生活を前にして、ひとつの考えに固執して普天間飛行場の危険性除去への途を狭めることは絶対に出来ない。いかなる可能性もいかなる選択肢も排除せず、特定の考えに固執することなく、ただ、普天間飛行場の固定化を認めず、危険性を除去するため、忠実に誠実に全力を尽くしたい」「初当選を果たした昨年の総選挙以来、普天間飛行場の危険性除去、全面返還を求めることが原点であり、普天間飛行場の危険性除去のために最も早くて確実な方法を選択すべきであることを主張」してきたと述べ、辺野古移設を選択肢として否定しない考えを表明する一方、統合計画で示されたスケジュールよりもさらに一日も早い普天間飛行場の危険性除去や、KC-130空中給油機の早期県外移転などを要望している。