Am 10. Juni 1627 heiratete er Anna Hackenberg († 31. Dezember 1670 Gotha), Tochter des Magdeburger Kämmerers Andreas Hackenberg in Magdeburg. Aus der Ehe gingen letztlich drei Töchter und drei Söhne hervor. Nach achtmonatiger Belagerung wurde die Stadt am 10. Mai 1631 durch General Tilly eingenommen, geplündert und zerstört. Bei diesen als Magdeburger Hochzeit bekannt gewordenen Kämpfen kamen auch die Eltern und die zweite Tochter Rudolphs um. Er selbst wurde mit seiner Frau und seinem ältesten, zweijährigem Kind gefangen genommen und in das Lager Tillys bei Fermersleben gebracht. Bei der Plünderung seines Hauses fand man Bauunterlagen der Magdeburger Befestigungsanlagen. Man befahl ihm einen im Keller des Gebäudes gefundenen Riss der Festung für General Graf Wolf von Mansfeld ins Reine zu übertragen. Dies verbesserte Rudolphs Lage. Er blieb zunächst als Ingenieur bei von Mansfeld und unterrichtete dann Oberstleutnant von Mendik im Befestigungsbau, wofür er eine beachtliche Entlohnung erhielt. Trotzdem wollte der protestantische Rudolph seinen Dienst bei den kaiserlich-katholischen Truppen möglichst bald beenden und bat nach der für Tilly im September 1631 verlorengegangenen Schlacht bei Breitenfeld um seine Entlassung, um mit seiner Familie zu Verwandten nach Hamburg zu ziehen. Trotz anfänglicher Zusage wurde ihm der Abschied dann jedoch verweigert. Er floh daraufhin mit Hilfe eines Magdeburgers ohne Einwilligung elbabwärts und gelangte so nach Hamburg.