Cleopatra sau đó tới Rome như là một nữ hoàng chư hầu vào năm 46 và 44 TCN, bà đã ở tại trang viên của Caesar trong khoảng thời gian này. Khi Caesar bị ám sát vào năm 44 TCN Cleopatra đã cố gắng để Caesarion được chỉ định làm người kế vị của ông, nhưng thay vào đó nó lại rơi vào tay người cháu trai của Caesar là Octavian (được gọi là Augustus vào năm 27 TCN, khi ông ta trở thành vị Hoàng đế La Mã đầu tiên). Cleopatra sau đó đã sát hại Ptolemaios XIV và tấn phong người con trai của bà Caesarion làm đồng cai trị.