הסתייגותו מפעולות מחוץ למסגרת זו הובעה גם אחרי פיגועי 11 בספטמבר. קרדאווי הצהיר אז כי "מה שמתרחש בפלסטין הוא הגנה עצמית, אך ב-11 בספטמבר הם לא נלחמו בפלישה. הם הפעילו לא רק את גופם, אלא את גופם של כל אלה שהיו במטוסים. הצעירים האלה תקפו לא-לוחמים, שבהם היו אפילו מוסלמים וערבים, שניהלו את חיי היום-יום שלהם. בשל כך אני מגנה את מה שאירע בלונדון, בשארם א-שייח ובמדריד". יתרה מזאת, אחרי פיגועי 11 בספטמבר קרא קרדאווי למאמינים מוסלמים לתרום דם לטובת הפצועים, באמרו כי "האסלאם, דת הסובלנות, מקדשת את נפש האדם, ורואה בהתקפות נגד חפים מפשע חטא כבד... האסלאם מעולם לא התיר למוסלמי להרוג את התמימים וחסרי ההגנה". הוא הוסיף וקבע כי חובתו של כל מוסלמי לסייע להביא את מפגעי ה-11 בספטמבר לדין, ומתוקף כך, תמך במתקפה האמריקנית באפגניסטן.