In Burundi, alle prime elezioni multipartitiche del 1993, fu eletto Melchior Ndadaye, il candidato degli Hutu, ma fu assassinato dall'esercito, che era in mano ai Tutsi; in seguito anche il suo successore Cyprien Ntaryamira fu assassinato nel 1994. Alla notizia di ciò, nel Ruanda di Habyarimana la maggioranza Hutu scatenò una feroce epurazione etnica ai danni dei Tutsi ruandesi. Temendo il propagarsi della ribellione, in Burundi si formò per la prima volta un governo di coalizione tra Tutsi e Hutu. In seguito, Pierre Buyoya tornò al potere nel 1996, ma nel 2001 fu stabilito un nuovo Governo di unità nazionale, che portò nel 2005 all'elezione dell'hutu Pierre Nkurunziza, e nel 2009 all'ingresso di un generale hutu nell'esercito. Il Ruanda è governato dal 1994 da Paul Kagame, rieletto nel 2003 e nel 2010.