2001年3月3日，卡恩在对阵汉莎罗斯托克的一场德甲联赛被驱逐出场。在这场拜仁以2比3告负的比赛最后阶段，他悄然进入对方禁区，高高跃起将队友罚出的角球用拳头砸入球门。主裁判立即出示红牌将其罚下。在2001年欧洲冠军联赛决赛对阵巴伦西亚的比赛中，卡恩作为拜仁阵中的一员被评为比赛最佳球员。他在双方于加时赛以1比1战平之后的点球大战中发挥了重要作用，共3次扑出对方射门。赛后他还走到因失利而痛哭的对方门将圣地亚哥·卡尼萨雷斯面前，试图安慰对手，并因此而获得了欧洲足联公平竞赛奖。同年，卡恩还随拜仁在东京国立霞丘陆上竞技场击败博卡青年，夺得洲际杯冠军。由于饱受个人情绪、伤病和缺乏动力等因素影响，他在2002-03赛季的中表现急转直下。在2003-04赛季欧洲冠军联赛淘汰赛对阵皇家马德里的第一轮比赛中，卡恩犯下低级失误将罗伯特·卡洛斯一记看似柔和的射门漏入网内，并最终导致他的团队在这项赛事中被淘汰出局。《每日邮报》是这样批评他的过错：“卡恩再次在面对巴西人的重大场合中掉链子，就像在2002年世界杯决赛一样。只是这一次他漏掉的是罗伯特·卡洛斯的任意球而非里瓦尔多的射门，这个尴尬的失球可能会为拜仁带来灾难性的后果”。在随后一个赛季中，卡恩随拜仁收获了德甲及德国杯的双冠王。