Наиболее крупным военным конфликтом стал захват в 1975 году Восточного Тимора. Как непосредственно в ходе операции по овладению этой территорией, так и в последующем, по мере обеспечения оккупации, индонезийские военные столкнулись с ожесточённым и достаточно хорошо организованным сопротивлением боевых подразделений сторонников независимости. Масштабная партизанская война продолжалась на Восточном Тиморе вплоть до восстановления его независимости. Проводившаяся с начала 1970-х годов борьба с сепаратистскими движениями в Ачехе и на Западном Ириане требовала меньших усилий, однако и там периодически проводились достаточно крупные военные операции. Кроме того, военные подразделения задействовались при подавлении наиболее серьёзных беспорядков на этноконфессиональной почве, имевших место в 1990-е — 2000-е годы в различных регионах Индонезии.