La guerra con Francia continuó once años más, ya que Francia quería acabar totalmente con España y no darle la oportunidad de que se recuperara. La economía española estaba tan debilitada que el Imperio era incapaz de hacerle frente. La sublevación de Nápoles fue sofocada en 1648 y la de Cataluña en 1652 y además se obtuvo una victoria contra los franceses en la batalla de Valenciennes (1656, última de las victorias españolas), pero el fin efectivo de la guerra vino en la batalla de las Dunas (o de Dunquerque) en 1658, en la que el ejército francés bajo el mando del vizconde de Turenne y con la ayuda de un importante ejército inglés, derrotó a los restos de los Tercios de Flandes. España aceptó firmar la Paz de los Pirineos en 1659, en la que cedía a Francia el Rosellón, la Cerdaña y algunas plazas de los Países Bajos como Artois. Además se pactó el matrimonio de una infanta española con Luis XIV.