Inquadrato nella 1ª Squadra aerea, 4ª Divisione Aerea "Drago", lo stormo comprende il 98º Gruppo BT (240ª e 241ª Squadriglia) e il 99º Gruppo BT (242ª Squadriglia e 243ª Squadriglia), ed era uno dei primi stormi italiani ad essere equipaggiati con la nuova versione del B.R.20, il B.R.20M ("Modificato"). Insieme al 13º Stormo BT, il 43º partecipò alle prime azioni di guerra contro la Francia nel giugno 1940 e fece successivamente parte del Corpo Aereo Italiano, di stanza a Chièvres in Belgio, impegnato nella Battaglia d'Inghilterra.