Il borgo vide passare tutti i tentativi di invasione del milanese, sia durante le Guerra d'Italia del 1499-1504, sia durante le guerre napoleoniche come pure durante la prima guerra d'indipendenza italiana, occasione in cui il borgo vide il transito di Carlo Alberto di Savoia. Ad inizio ottocento a San Martino venne impiantata la dogana piemontese per regolare l'accesso al Regno di Sardegna dal Regno Lombardo-Veneto e viceversa.