Inzaghi ilk millî maçına 8 Haziran 1997'de İtalya ile Brezilya karşısında oynanan maçta çıktı ve 120 maçta görev aldı, o sürede 88 gol attı. Ayrıca, 1998 FIFA Dünya Kupası, UEFA Euro 2000, 2002 FIFA Dünya Kupası ve 2006 FIFA Dünya Kupası kadrolarında yer aldı. Inzaghi, 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası'na sakatlığı yüzünden katılamadı.