L'anno dopo Małysz non riuscì a ripetersi. Collezionò quattro secondi posti, me nessuna vittoria, e finì dodicesimo nella classifica finale di Coppa del Mondo, vinta dal finlandese Janne Ahonen. Nella stagione 2004-2005 concluse la Coppa del Mondo al quarto posto, con quattro vittorie, ma ai Mondiali del 2005, dove si presentava come bi-campione uscente, non ottenne medaglie.