В том же году новая военнизированная организация, ранее созданная беженцами тутси, — Руандийский патриотический фронт (РПФ) — начала наступление на Кигали, вторгнувшись в северные регионы страны со стороны Уганды, где она ранее помогала повстанческой группировке Йовери Мусевени одержать победу в гражданской войне. В течение трёх последующих лет шли бои, в основном удачные для РПФ, однако ни одна из сторон так и не получила решающего перевеса. Несмотря на это массовые демонстрации в стране, уставшей от войны, вынудили Хабиариману пойти на перемирие и подписать так называемые . Однако им было не суждено сбыться — в день прекращения огня самолёт президента был сбит. Убийство Хабиариманы стало катализатором для начавшегося сразу после этого события геноцида, в результате которого было убито от до человек в основном из числа тутси и умеренных хуту, что не хотели участвовать в расправах. Истребление сопровождалось массовыми изнасилованиями и жестокостью, в него была вовлечена большая часть населения страны, а длился этот процесс ровно 100 дней. В ходе этих событий сильно пострадали и представители народа тва (по некоторым оценкам — в процентном соотношении даже больше, чем тутси), хотя они не являлись непосредственной мишенью геноцида. Повстанцы под руководством Поля Кагаме методично отвоевали Руанду, взяв под контроль всю страну к середине июля. По состоянию на 2021 год власть в стране всё ещё остаётся за Кагаме, а установленный им политический режим называют первой в Африке «диктатурой развития» по «сингапурской модели».