Janáček studerade vid Statskonservatoriet i Prag för Bedřich Antonín Wiedermann, debuterade som organist 1938 och absolverade mästarklassen i orgel 1946, och blev 1946 lärare vid Statskonservatoriet. Han genomförde bland annat ett 70-tal orgelkonserter i Pragradion, innan han 1948, efter Pragkuppen, lämnade hemlandet i samband med en konsertturné i Skandinavien. Han var en eftersökt solist med omfattande konsertverksamhet och många grammofoninspelningar i bl.a. Sverige och Tyskland.