Nach der Invasion der USA im Irak 2003 fassten die islamistischen Terrororganisationen al-Qaida und Daesch im Gegensatz zu Bagdad und Nordirak in Basra kaum Fuß. Es kam jedoch zum Bürgerkrieg zwischen schiitischen und sunnitischen Gruppen und zu einem Exodus der Sunniten und der Christen. 2005 wurde auf Jahre die letzte Messe in der chaldäischen Kathedrale von Basra gehalten. Nach siebenjähriger Sedisvakanz wurde im Juni 2013 Habib al-Naufali zum neuen chaldäischen Erzbischof von Basra gewählt, und die Renovierung der Kathedrale begann, finanziert von der Irakischen Zentralbank und dem Verband irakischer Privatbanken mit 270 Millionen Irakischen Dinar oder 228.000 US-Dollar. Die chaldäische Kathedrale von Basra wurde am 23. Juni 2019 mit einer feierlichen Messe wieder eröffnet. Die Zahl der verbliebenen Christen ist jedoch nur noch gering. Nach Angaben des Bischofs Habib al-Naufali lebten im Jahre 2019 nur noch etwa 350 bis 400 chaldäisch-katholische Familien in Basra. Von 2003 bis 2019 seien in der Stadt 23 chaldäische Christen ermordet worden und ihre Leichname außerhalb der Stadt gefunden worden. An anderer Stelle wird Habib al-Naufali 2019 sogar mit der Schätzung zitiert, es gebe nur noch 400 Christen in Basra, und zwar aller Konfessionen zusammengerechnet.