Jacques Bien-Aimé est né en 1793 à Saint-Marc dans la colonie française de Saint-Domingue. Son père, Jean-Jacques Dessalines, est un ancien esclave, membre de la rébellion contre les français et acteur de l'indépendance d'Haïti. Combattant au service de Boukman Dutty, Biassou puis de Toussaint Louverture, Dessalines accède d'abord au rang de lieutenant puis à celui de général. Sa mère, Marie-Claire Bonheur, issue d'une famille libre, est au service des frères de saint Jean de Dieu, un ordre religieux hospitalier.