На момент апреля 1941 года, когда немецко-фашистские войска вторглись в Югославию, Кочовская была активным членом деревенской партийной организации и состояла в Союзе коммунистической молодёжи Югославии. Болгарским полицаям удалось захватить одного члена СКМЮ, который публично восхвалял деятельность организации и её членов — через него они вышли на Фану, провели обыск в деревенском доме, где жили её мать и бабушка, однако девушке всё же удалось скрыться. В течение некоторого времени она вела работу в подполье и в итоге присоединилась к битольскому партизанскому отряду «Гоце Делчев». Так, весной 1942 года в неполные пятнадцать лет Кочовская вошла в состав диверсионной группы из семи солдат — в соответствии с поставленной задачей группа должна была атаковать вражеские бункеры и остановить производство в свинцовых рудниках. Партизаны справились с заданием, парализовали работу в шахтах и благополучно бежали, однако Фана в ходе операции была ранена — соратники предложили ей остаться на лечение в деревне, но девушка отказалась и продолжила вести борьбу в составе партизанской бригады.