Dopo il Congresso di Vienna del 1815 il ducato di Holstein divenne membro della Confederazione germanica il che portò a non pochi conflitti ed alla cosiddetta Questione dello Schleswig-Holstein. La Danimarca era intenzionata a difendere il proprio diritto di dominio sull'Holstein con la Prima guerra dello Schleswig del 1848-51 contro le pretese del Regno di Prussia, ma quando nel corso della Seconda guerra dello Schleswig nel 1864 le truppe prussiane e austriache attraversarono il fiume Eider e conquistarono lo Schleswig, Cristiano IX di Danimarca dovette rinunciare ad entrambi i ducati con il Trattato di Vienna di quell'anno. L'Holstein venne posto sotto l'amministrazione austriaca sino allo scoppio della Guerra austro-prussiana che infine permise al territorio di essere annesso alla Prussia dal 1866.