Быстрый рост партизанского движения вызвал масштабные контрмеры оккупантов. Вслед за летней антипартизанской операцией итальянских фашистов в Черногории (18 июля — 15 августа 1941 года), немецкие войска начали с 28 сентября 1941 года наступление на освобождённые территории в Западной Сербии и Шумадии. Для этого по приказу Верховного командования вермахта (ОКВ) от 14 сентября 1941 года в Сербию были переброшены 342-я пехотная дивизия из Франции и 125-й пехотный полк из Греции. В ноябре их усилили 113-й пехотной дивизией с Восточного фронта. Директивой Гитлера 31a от 16 сентября 1941 года предписывалось расстреливать 50—100 заложников за каждого убитого немца. Сочетание численного и технического превосходства немецких войск с массовым террором дало свои результаты. Понеся большие потери, в том числе из-за дезертирства, боеспособные партизанские отряды вместе с командирами и партийным активом отступили в начале декабря из Сербии в Санджак и Восточную Боснию. С этого времени на территории Сербии, кроме небольших южных районов, партизанской активности не было до 1944 года. Сохранившиеся сербские отряды во главе с Тито на новом месте соединились с местными силами НОПО и взаимодействовали с отрядами Герцеговины и Черногории, образовав в конце 1941 — начале 1942 годов обширные связанные между собой и контролируемые партизанами территории. Центром народно-освободительного движения в это время стал город Фоча, в котором располагались Верховный штаб и руководство КПЮ.