Seluruh prestasi militer Clark di dapatnya sebelum ulang tahunnya yang ke 30. Kemudian ia memimpin milisi dalam pertempuran pembuka Perang Indian Barat-laut, tetapi kemudian didakwa mabuk dalam tugas. Meskipun Ia meminta dilakukannya investigasi terhadap dakwanya, tetapi ia tetap dipaksa untuk mengundurkan diri secara tidak hormat. Ia meninggalkan Kentucky untuk kemudian tinggal di perbatasan Indiana. Pengeluarannya selama perang tidak sepenuhnya diganti oleh Virginia, ia menghabiskan sisa umurnya dengan menghindar dari penagih hutang, dan hidup dalam kemiskinan dan ketidakjelasan. Ia pernah terlibat dalam dua konspirasi yang gagal untuk membuka Sungai Mississippi yang di kuasai Spanyol untuk lalu lintas Amerika. Setelah menderita Stroke dan kehilangan kakinya, Clark dibantu oleh anggota keluarganya pada tahun-tahun terakhirnya, termasuk adik laki-lakinya William, salah satu pemimpin dari Ekspedisi Lewis dan Clark. Clark meninggal karena stroke pada 13 Februari 1818.