Током Рата у Босни и Херцеговини, многе грађевине су уништене. За време Опсаде Сарајева гранатиране су обе зграде близанкиње. Између 1992. и 1995. године, преко 2000 манастира, цркава, џамија и других грађевина од историјске важности су уништене. Међу њима су били џамија Ферхадија (изграђена 1578. године у Бањој Луци, а срушена 1993. године) као и Стари мост у Мостару (изграђен 1566. године). Данас Стари мост дели град на источни део у којем бораве Бошњаци и западни део у којем бораве Хрвати.