В первое время почти не подвергался критике ни со стороны Президента России, ни со стороны коммунистической оппозиции. Заявлял, что «"армия … не должна вмешиваться в разрешение внутриполитических проблем, какими бы острыми они не являлись"». Однако после своих заявлений во время конституционного кризиса в стране осенью 1993 года о поддержке Президента армией, отношение оппозиции к Грачёву изменилось на резко критическое. В марте 1993 года Грачёв, как и другие силовые министры, явно дал понять, что принял сторону Президента. Во время начавшихся в Москве 3 октября беспорядков, после некоторого промедления, вызвал в город войска, которые на следующий день после танкового обстрела штурмом взяли здание парламента.