Durante le ribellioni gaeliche del 1600, Galway rimase fedele alla corona britannica, ma poi si alleò con l'Irlanda confederata di Kilkenny durante le Guerre dei tre regni. Durante la Conquista cromwelliana dell'Irlanda, le armate di Oliver Cromwell conquistarono la città dopo ben nove mesi di pesante assedio. Si ribellò nuovamente in seguito contro Guglielmo d'Orange sostenendo i giacobiti, ma cadde dopo un breve assedio poco dopo la Battaglia di Aughrim nel 1691. Da quel momento le grandi famiglie si trovarono in rovina e la città cominciò un secolare declino che non terminò fino al boom economico del tardo XX secolo.