A Reforma Protestante arrastou o reino cada vez mais profundamente para o caos de guerras religiosas. O resultado foi um país forçado a expandir esforços militares em toda a Europa e no Mediterrâneo. Nas décadas intermediárias do , em uma Europa assolada pela guerra e pela peste negra, os Habsburgos espanhóis haviam enredado o país em conflitos políticos e religiosos em todo o continente. Esses conflitos esgotaram seus recursos e minaram a economia em geral. A Espanha conseguiu manter a maior parte do império disperso e ajudar as forças imperiais do Sacro Império Romano-Germânico a reverter grande parte dos avanços feitos pelas forças protestantes, mas finalmente foi forçada a reconhecer a separação de Portugal e das Províncias Unidas, além de sofrer algumas reviravoltas militares sérias na França nos últimos estágios da imensamente destrutiva Guerra dos Trinta Anos.