Un punto de inflexión en el desarrollo de acuicultura chilena ocurrió en los años 60. El terremoto y maremoto de Valdivia de 1960 afectó seriamente los bancos naturales de ostras y mitílidos de Chiloé y destruyó la estación de Pullinque. Esta situación llevó al gobierno de Jorge Alessandri a reimpulsar la actividad ostrícola y mitilicultora, trabajo que empezó a desarrollar el Departamento de Pesca y Caza de la recién creada Dirección de Agricultura y Pesca, dependiente del Ministerio de Agricultura. En 1961 comenzó a operar la estación de Putemún, pero fundamental fue la creación del Instituto de Fomento Pesquero (IFOP) en 1964, que continuó con la labor de investigación biológica y cultivos experimentales de diversas especies. Hacia fines de la década, el IFOP habrá establecido cultivos de ostra en Apiao, Pumalín (Chaitén) e isla Teresa (archipiélago de los Chonos), y a su vez cultivos o investigaciones de mitílidos en Talcán, estero Tubildad (Quemchi) e isla Puluqui.