Po ataku na World Trade Center 11 września 2001 roku państwa zachodnie przestały poświęcać tak dużą uwagę Bośni i Hercegowinie. Wizerunek Aliji Izetbegovicia uległ przewartościowaniu po nagłośnieniu oficjalnych wizyt w radykalnych państwach islamskich na początku swojej prezydentury. Kontrowersje wywołała wizyta w Turcji, gdzie Izetbegović nie złożył kwiatów na grobowcu Mustafy Kemala Atatürka. Po zamachu na World Trade Center Izetbegovicia przedstawiano już nie jako intelektualistę będącego ofiarą serbskiego terroru państwowego, lecz jako fundamentalistę.