Op 27 december 1949 droeg Nederland de soevereiniteit van Nederlands-Indië met uitzondering van Nieuw-Guinea over aan de "Republik Indonesia Serikat" (RIS), oftewel de Verenigde Staten van Indonesië, na daarover afspraken gemaakt te hebben op de zogenaamde Nederlands-Indonesische rondetafelconferentie van 1949. De Zuid-Molukken maakten toen als daerah (provincie) deel uit van de deelstaat Oost-Indonesië. Spoedig na de onafhankelijkheid begon Indonesië onder president Soekarno met het opheffen van de federale structuur. Chris Soumokil (van Molukse afkomst, zijn vader kwam van Saparua), die als minister van Justitie en waarnemend premier een belangrijke rol had gespeeld in de regering van de deelstaat Oost-Indonesië, was de drijvende kracht achter verschillende pogingen de deelstaat overeind te houden, zoals de militaire coup van Andi Aziz en een poging tot het stichten van een onafhankelijke staat Oost-Indonesië (april 1950). Toen dat mislukte en de deelstaat zich onderwierp aan de door republikeinen gedomineerde centrale regering, week hij uit naar Ambon, legde contact met een andere Molukse federalist J.A. Manusama en op hun initiatief werd op 24 april de RMS uitgeroepen en op 25 april door het het hoofd van de daerah Zuid-Molukken (kepala daerah) Johanis Hermanus Manuhutu de RMS geproclameerd. Soumokil wilde dat het hoofd de proclamatie deed en president werd met het oog op internationale erkenning.