John Neville blev hurtigt sammen med Warwick repræsentanter for kongens magt i Nordengland, som stadig var præget af politisk turbulens, da der stadig var et stort antal Lancaster-støtter på fri fod til at forsøge at gøre oprør mod det nye regime. Da hans bror Warwick blev mere involveret i national politik og centralstyret, var det John, der havde opgaven med endeligt at besejre de sidste rester af Lancaster-styrker i 1464 (Slaget ved Hedgeley Moor og Slaget ved Hexham). Efter disse sejre blev Montagu, i det der er blevet beskrevet som et højdepunkt for hans slægt, ophøjet til jarl af Northumberland. Omkring samme tid blev hans bror Warwick imidlertid mere og mere utilfreds med sit forhold til kongen. Han begyndte at tilskynde til oprør mod Edvard 4. i Nordengland, og til sidst tog han ham til fange i juli 1469. Til at starte hjalp Montagu med at slå denne utilfredshed ned og opfordrede også Warwick til at frigive Edvard. Til sidst drog hans bror dog i fransk eksil med kongens bror Georg, hertug af Clarence, i marts 1470.