林書豪沒有參加2013年在休士頓舉行的NBA全明星賽，他在西區後衛的投票中僅次於科比·布莱恩特和克里斯·保罗、排名第三；但他代表球隊參加全明星周末期間的技術挑戰賽，以35.8秒完成賽事，排名第四。全明星賽後，他的得分、投籃命中率和三分球命中率都有所提升。《紐約時報》在2013年2月報導稱他與休士頓火箭「融合地很好」。該賽季例行賽結束，這是林書豪生涯首次完成整個賽季，且全勤打滿82場球賽，每場皆擔任先發，繳出場均13.4分和6.1助攻的成績。休士頓火箭獲得季後賽資格，但在首輪以6場比賽輸給第一號種子俄克拉何马城雷霆。4月21日，林書豪生涯首次在季後賽出賽，上場32分鐘，2罰2中，繳出4分、4助攻、3籃板、2抄截。林書豪在第2場比賽中右胸挫傷，這限制他在第3場比賽中的表現，並使他在之後的兩場比賽中受到限制。他在最後一場比賽回歸，替補出場13分鐘得到3分。在季後賽他一共出戰的4場比賽中，僅留下場均4分、2助攻、2籃板的成績。