Nach einigen administrativen Positionen übernahm Marchand zuerst das Kommando über die Isère, kam Ende 1803 nach Boulogne und erhielt das Kommando über die 2. Brigade der Division Dupont im Lager von Montreuil, die im folgenden Feldzug an die Donau zur 1. Division von Neys VI. Korps wurde. Während der Kampagne von 1805 zeichnete sich Marchand bei den Kämpfen von Haslach-Jungingen und Albeck aus. Während der Verfolgung des österreichischen Korps von Werneck kämpften seine Truppen am 17. und 18. Oktober bei Herbrechtingen und Neresheim aus. Nach der Teilnahme am Schlacht bei Dürnstein (11. November) erhielt er am 24. Dezember eine Beförderung zum Général de division. Im nächsten Jahr übernahm er im Verband des VI. Korps unter Marschall Ney das Kommando über Loisons Division. Seine Brigaden wurden von Villatte (6. Leichte Infanterieregiment und 39. Linien-Infanterieregiment) und François Roguet (69. und 76. Linien-Infanterieregiment) geführt. Mit dieser Division kämpfte er in der Schlacht bei Jena (14. Oktober 1806) und nahm vom 22. Oktober bis 11. November 1806 an der Belagerung von Magdeburg teil. Nach der Teilnahme an der Schlacht von Czarnowo (23. und 24. Dezember 1806) verfolgten Marchands Truppen den Gegner nach Soldau und Mława. Marchand führte seine Division in der Schlacht bei Eylau am 8. Februar 1807, in der Schlacht bei Guttstadt, bevor sich seine Truppen bei Deppen hinter der Passarge zurückzogen und dann am 14. Juni zum Erfolg in der Schlacht von Friedland beitrugen. Am 13. Juli 1807 verlieh ihn Napoleon den Großkreuz der Ehrenlegion und am 26. Oktober 1808 wurde er zum Grafen des Reiches ernannt. Während Neys Abwesenheit wurde er zum Interimskommandeur des VI. Korps ernannt und führte das Korps nach Mainz.