1. listopadu je královské vojsko drtivě poraženo Pražany a jejich spojenci v bitvě pod Vyšehradem. Vyšehrad je husity vypleněn. Na jaře roku 1421 se za výrazné pomoci táborského hejtmana Jana Žižky postupně formuje pražský městský svaz. Při společném tažení s tábory obsazují pražané mnohá města ve východních Čechách. 21. dubna je mezi pražskými husity a arcibiskupem Konrádem z Vechty uzavřena dohoda, v níž se arcibiskup zavázal respektovat čtyři pražské artikuly a neuznávat krále Zikmunda. 3.-7. června se konal v Čáslavi tzv. Čáslavský sněm, na kterém byla ustanovena dočasná dvacetičlenná zemská vláda. Čtyři zástupce měla v zemské vládě právě Praha. Jan Želivský byl spolu s Janem z Příbrami zvolen rozhodčím v náboženských otázkách. Na přelomu června a července provedl radikální kněz Jan Želivský převrat na obou městských radnicích a dosazením konšelů z řad svých přívrženců ovládl obě pražská města. Pražské vojsko vedené Želivským je 6. srpna poraženo při tažení na sever v bitvě u Mostu míšeňskými žoldnéři. Jan Želivský je spolu se svými druhy 9. března 1422 zajat a popraven na Staroměstské radnici svými odpůrci. I přes velký odpor chudiny je toto konec radikálního období v Praze a k moci se dostávají umírněnější husité.