Durant la Seconde Guerre mondiale, alors que la Yougoslavie est envahie et démembrée, Hebrang fait partie de la direction des Partisans. Capturé en 1942 par les Oustachis, il est envoyé au camp de Stara Gradiška, mais il en est libéré à la suite d'un échange de prisonniers. Il participe en novembre de la même année à la première session, dans la , du Conseil antifasciste de libération nationale de Yougoslavie (AVNOJ). En , il participe à la fondation de la branche croate de l'AVNOJ, le "Conseil antifasciste de libération nationale de Croatie" (Zemaljsko antifašističko vijeće narodnog oslobođenja Hrvatske ou ZAVNOH), dont il est le vice-président : le ZAVNOH compte non seulement des communistes, mais aussi des membres du Parti paysan croate, et utilise des slogans patriotiques pour être plus rassembleur.