Le 3e Régiment de Marines est réactivé le 16 juin 1942 à New River, en Caroline du Nord, dans le cadre de l'expansion militaire liée à la Seconde Guerre mondiale. Ils ont été déployés aux Samoa américaines le 14 septembre 1942 et ont été rattachés à la 2nd Marine Brigade. Le régiment se redéploie alors en Nouvelle-Zélande le 23 mai 1943 et est réaffecté à la 3e division des Marines à cette époque. Le régiment a combattu à Bougainville et Guam. Quatre médailles d'honneur ont été décernées aux membres du 3e Marines pour des actions au cours de cette période. Des membres de l'unité ont également participé à l'émeute raciale Agana alors qu'ils étaient stationnés à Guam. Pendant la bataille d'Iwo Jima, le 3e Marines a été maintenu en réserve et n'a pas été envoyés à terre.