L'ayatollah Shariatmadari s'est fermement opposé au système de gouvernement instauré par Khomeyni fondé sur le principe de l'autorité du docteur de la loi ("velâyat-é faghih") qu'il jugeait contraire à l'Islam et aux revendications du peuple iranien. Il a par ailleurs sévèrement critiqué les conditions dans lesquelles s'est tenu le référendum par lequel a été adoptée la Constitution de la République islamique et a condamné la prise en otage du personnel diplomatique de l'ambassade des États-Unis menée le . En raison de son attitude critique à l'égard du régime khomeyniste, il fut placé en résidence surveillée et les membres de sa famille furent emprisonnés et torturés. Cette situation provoqua en des manifestations massives dans la province d'Azerbaïdjan, notamment à Tabriz, qui furent violemment réprimées sur ordre de Khomeyni. Afin d'éviter un bain de sang, l'ayatollah Shariatmadari demanda l'arrêt des manifestations.