Il nome originario del complesso oggi conosciuto come "Palazzo di Topkapı" era Yeni Saray o Saray-i Cedid-i Amire (ot. سراى جديد عامره), letteralmente "Nuovo Palazzo Imperiale", in contrapposizione al Vecchio Palazzo Imperiale ("Eski Saray") oggi in Piazza Beyazit, che la dinastia ottomana aveva ereditato dagli imperatori bizantini una volta strappata loro la capitale nel 1453. Tale nome fu in uso sino al XIX secolo, specificatamente sino a quando il palazzo estivo del sultano Mahmud I, noto come "Topkapusu Sâhil Sarâyı" in quanto costruito al di fuori della "Porta del Cannone" (in turco: "Topkapı"), venne distrutto da un incendio e il titolo di "Topkapı" passò ad indicare l'intero Serraglio.