Während der Ersten Phase des Bürgerkrieges zerfiel die Armee in christliche und muslimische Teile. Die muslimischen Teile wurden z. B. von den Offizieren Ahmed al-Khatib und Aziz al-Ahdab geführt. Im Süden, wo eine christliche Exklave entstanden war, formierte sich ein Armeeteil unter dem Kommando von General Saad Haddad. Dieser lehnte sich bald an Israel an, speziell nach den Invasionen von 1978 und 1982, und aus ihm entstand später die „Südlibanesische Armee“ (SLA). Zudem operierten von 1976 bis 2005 zwischen 15.000 und 25.000 syrische Soldaten auf libanesischem Gebiet, was die Bedeutung der Streitkräfte des Landes weiter verringerte. Nach der Invasion 1982 wurde ein von den USA und dem Westen sanktionierter Versuch gestartet, die Armee neu aufzubauen, sie wurde mit altem US-Kriegsmaterial der Vietnam-Ära ausgestattet, etwa M113-Schützenpanzern und US-Militärhubschraubern der älteren Generation. Kommandeur der neuformierten libanesischen Armee wurde General Ibrahim Tannous und ab 1984 Michel Aoun. Aoun wurde wiederum nach Ende der Amtszeit von Amine Gemayel im Jahre 1988 Interims-Ministerpräsident, begann aber einen sogenannten "Befreiungskrieg" gegen sämtliche im Libanon operierende Milizen. Er wendete sich auch gegen das Abkommen von Taif von 1989, bei dem libanesische Parlamentarier im saudi-arabischen Taif mit Unterstützung der USA und Saudi-Arabiens die Grundlagen für das spätere pro-syrische Regime im Libanon ab 1990 legten. Aoun war damals äußerst populär, da er den unter 15 Jahre Bürgerkrieg leidenden Libanesen Gesetz und Ordnung versprach. Es kam 1989–90 zu einer spontanen Massenbewegung von Jugendlichen und Studenten, die von den friedlichen Revolutionen in Osteuropa inspiriert waren. Dennoch wurde Aoun kurz vor Beginn des Zweiten Golfkriegs von syrischen Truppenverbänden am 13. Oktober 1990 abgesetzt, was das offizielle Ende des libanesischen Bürgerkrieges bedeutete.