מכיוון שלא היה בית ספר בוימיירו ובית הספר המקומי בסנטה קומבה דאו היה עמוס בתלמידים, אנטוניו נשלח ללימודים תחת המחנך ז'וזה אדוארדו, אשר חינך לערך 30 תלמידים עבור בחינות לפי קביעת החינוך הלאומי. עקב הקשיים הכלכליים של המשפחה, הוריו של אנטוניו העריכו שהחינוך הטוב ביותר עבור בנם יהיה דרך מערכת בתי המדרש הפורטוגזית. באותה העת, קודם להפלת המלוכה הפורטוגזית בשנת 1910, הממשלה הייתה אחראית על שכרם של כמרים. על כן בגיל 11, בשנת 1900, נשלח אנטוניו בידי הוריו ללמוד בבית המדרש בויזאו (Viseu), צפון-מרכז פורטוגל. בשנת 1905 סיים אנטוניו את מערכת ההכנות של בתי המדרש לקראת הלימודים הגבוהים של המוסד והיה בעל ציונים גבוהים בלימודי פורטוגזית, צרפתית והיסטוריה. בשלוש השנים הבאות השלים את לימודי התאולוגיה שלו ובשנת 1908 סיים את לימודיו מקום ראשון בכיתתו. לאחר רצח מלך פורטוגל ויורשו ב-1908 כתב אנטוניו על חששותיו מפני עתידה של פורטוגל לנוכח עליית המאבק בין המלוכנים והרפובליקנים.