Чиклайо заснований в XVI столітті під назвою Санта-Марія-де-лос-Вальєс-де-Чиклайо (). Статус міста був наданий 15 квітня 1835 року президентом Перу Філіпе Сантьяго Салаверрі, також президент надав статус міста-героя за хоробрість, виявленою мешканями міста під час війни за незалежність Перу.