Im August 1964 wurde Gnodtke Botschafter der Bundesrepublik Deutschland in Abuja, Nigeria. Am 30. Mai 1967 erklärte der Militärgouverneur Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu die Republik von Biafra für unabhängig von Nigeria. Am 1. August 1966 putschte sich Yakubu Gowon in Abuja an die Macht und entsandte Anfang August 1967 Truppen gegen die Biafra-Sezesionisten. Am 10. August 1967 berichtete Gnodtke über die bewaffnete Auseinandersetzung. Gnodtke betreute deutsche Staatsbürger in Benin, Warri, Ughelli und einer küstennahen Baustelle. Die deutsche Bundesregierung lieferte im Rahmen eines Militärhilfeabkommens Dornier Do 27 mit Wartungspersonal an den Luftwaffenstützpunkt bei Kaduna (Nigeria). Bei einem Angriff eines ostnigerianischen Flugzeugs auf den Flugplatz Kaduna am 10. August 1967 kam ein deutscher Staatsangehöriger ums Leben, zwei weitere wurden leicht verletzt, es handelte sich um Angestellte der Dornier-Werke. Die entsandten Techniker wurden von der nigerianischen Armee um Hilfe bei der Armierung von Flugzeugen gebeten. Gnodtke sprach sich für einen Verbleib der bundesdeutschen Techniker in Nigeria aus und argumentierte, dass ein Abzug „in gegenwärtiger Lage als unfreundlicher Akt und Begünstigung Biafras empfunden“ würde. 1969 wurde Gnodtke von der deutschen Bundesregierung zu Wilhelm Grewe im Nordatlantikrat entsandt.