3月20日付で報国丸とともに第六艦隊（小松輝久中将（海兵37期））の指揮下に入り、4月12日に瀬戸内海を出撃してペナンに向かい、4月25日に到着した。4月30日、報国丸およびインド洋で通商破壊を行う第8潜水戦隊甲先遣隊(伊30を除く)とともにペナンを出撃。5月5日、10日、15日に甲先遣隊に給油を行った後、甲先遣隊と別れた。9日、マダガスカル島の東方海上で報国丸がオランダのタンカーであるヘノタ（"Genota"、7,986トン）を発見して威嚇射撃を行い、停船させた後ボートを降ろしてヘノタに臨検隊を送り込み、捕獲した。ヘノタは後に日本海軍籍に編入され、特務艦大瀬となる。6月5日には英客船エリシア（"Elysia"、6,757トン）を発見し、報国丸の魚雷で撃破。6月17日、甲先遣隊との会合点に到着し、燃料と食糧の補給を行った。補給を受けた艦のうち、伊16と伊20は5月29日にディエゴ・スアレス攻撃を終えた後であり、伊30は第一次訪独潜水艦としてロリアンに向かった。7月12日、の地点でニュージーランドの貨物船ハウラキ（"Hauraki" 7,113トン）を発見。軍艦旗を翻し、報国丸の威嚇射撃で停船させた後に拿捕し、ペナンに回航させた。ハウラキは後に伯耆丸と改名され、三井船舶の手により運航される。また、ハウラキの船内の積荷の中にはレーダーがあったものの問題にされず、積荷の中ではむしろ、ウイスキーやブランデーなどアルコール類が喜ばれた。さらに、押収した新聞により、シドニー港攻撃の詳細と乗員が手厚く葬られた事を知った。通商破壊戦の他にココス島攻撃も計画されていたが、イギリス海軍がハウラキ奪還を豪語して警戒が厳しくなるのを察知し、作戦は中止となった。作戦終了後は7月26日にペナンに帰投し、昭南に回航されて整備を行った。