此期间，清华经费充足、园林优美，学习环境十分理想。学校对学生的要求高，在1911至1921年间淘汰率高达32%。清华强调体育锻炼，让学生拥有强健体魄，自清华学堂初建即设立体操课，平时积极督促学生锻炼，午后有一小时“强迫运动”，关闭宿舍、教室、图书馆，由专门人员督促学生参与体育运动。在中等科开办必修童子军训练；在高等科开办必修军事训练（兵操），由西点军校毕业军官担任教官。要求学生毕业前必须通过五项运动最低标准（游泳、百码、跳高、跳远、掷铁球），如有一项不及格则扣发毕业文凭，取消出洋资格。1912年10月，北京学界运动会举行，清华、协和、汇文三校得分最高，故清华发起三校“三角运动会”，成为北京最早校际大赛。 1913年2月，清华派选手参加在菲律宾马尼拉举行的“第一届远东运动会”，开中国学校参加国际竞技之先河，其中潘文炳更获得个人总分第一。