14 października 1809 r., na mocy traktatu z Schönbrunn, Kraków i Podgórze zostały przyłączone do Księstwa Warszawskiego jako stolica departamentu. W 1813 r. został siedzibą rządu Księstwa Warszawskiego. W latach 1815–1846 stanowił stolicę niewielkiego powierzchniowo, formalnie niepodległego państwa – Rzeczypospolitej Krakowskiej. W tym okresie rozpoczęła się gruntowna modernizacja i przebudowa miasta, które wciąż tkwiło w średniowiecznym układzie urbanistycznym. Zburzono większość murów miejskich, zasypano fosę, na miejscu której powstał park – Planty. Po powstaniu krakowskim, zorganizowanym przeciwko dominacji austriackiej, ale i faktycznie przeciwko trzem zaborcom naraz (czyli tzw. „państw opiekuńczych” Rzeczypospolitej Krakowskiej), miasto zostało w 1846 r. zaanektowane przez Austrię, w której granicach pozostawało aż do 1918 r. Nazwę Rzeczpospolita Krakowska zastąpiono nową: Wielkie Księstwo Krakowskie. Odtąd cesarz austriacki używał tytułu Wielki Książę Krakowa.