Активный участник войны против Наполеона в 1805—1807 годах. В кампании 1805 года, когда армия Кутузова совершала стратегический марш-манёвр от Браунау к Ольмюцу, Багратион возглавлял её арьергард. Его войска провели ряд успешных боёв, обеспечивая планомерное отступление главных сил. Особенно прославились они в сражении при Шёнграбене.