W latach 1989-1993 pełnił funkcję doradcy ds. bezpieczeństwa narodowego w administracji George’a H.W. Busha (jest pierwszą osobą w historii nominowaną na to stanowisko przez dwóch różnych prezydentów), w czasie jego urzędowania Stany Zjednoczone dokonały inwazji na Panamę oraz prowadziły działania zbrojne w I wojnie w Zatoce Perskiej, z kolei w Europie miały miejsce tzw. Jesień Ludów, symboliczne zburzenie muru berlińskiego i ostatecznie upadek Związku Radzieckiego. W 1991 Scowcroft został odznaczony Prezydenckim Medalem Wolności (najwyższym odznaczeniem cywilnym w USA).