I början av maj 1992 bröt ett väpnat uppror mot Nabijev ut i staden Gharm och i regionen Gorno-Badachsjan vilket blev startskottet på det Tadzjikistanska inbördeskriget, en konflikt som pågick fram till 1997. I september 1992 tvingades Nabijev avgå som president under turbulenta former sedan han tagits till fånga av beväpnade oppositionsmän på Dusjanbes flygplats, efter att ha tvingats tillkännagiva sin avgång som president släpptes han fri. Han ersattes senare som president av Emomalii Rahmon.