בימי מלחמת העולם השנייה, משנת 1939, הוצב מאברוגורדאטו בארמייה התשיעית של הצבא הבריטי בדרגת בריגדיר, כאחראי על ביטחון שדה במפקדת הכוחות הבריטיים בסוריה, בעת ההכנות למבצע לכיבוש סוריה ולבנון מידי צבא וישי על ידי הצבא הבריטי וצבא צרפת החופשית ביולי 1941 (Operation Exporter). מלבדו נטלו חלק במבצע ובהכנות לו רבים מאנשי משטרת המנדט, על רקע היכרותם את האזור ותושביו. לאחר שהושלם כיבוש סוריה ולבנון על ידי הבריטים, פעל מאברוגורדאטו, ביחד עם הגנרל הבריטי אדוארד ספירס, בהפעלתם מחדש (והפעם כבעלי ברית) של הפקידים ואנשי הצבא של וישי, במסגרת השלטון בשתי ארצות אלה שהשליטה בהן עברה ליד צרפת החופשית, וכן לשיתוף פעולה של אנשי צרפת החופשית באותן ארצות עם הבריטים.