Vapauduttuaan Jameson palasi Etelä-Afrikkaan, jossa osallistui vapaaehtoisena toiseen buurisotaan 1899–1900. Hänet valittiin vuonna 1900 Kapmaan parlamenttiin ja Rhodesin kuoltua vuonna 1902 hänestä tuli brittiläismielisen edistyksellisen puolueen ("Progressive Party") johtohahmo. Jameson oli helmikuusta 1904 maaliskuuhun 1908 Kapmaan pääministerinä. Afrikaner Bond -puolueen saatua enemmistön vuoden 1908 vaaleissa hän oli oppositiojohtajana ja hänen johdollaan perustettiin uusi unionistipuolue. Hän tuki Etelä-Afrikan unionin perustamista vuonna 1910, mutta joutui vuonna 1912 terveyssyistä jättämään politiikan ja palaamaan Englantiin. Jameson lyötiin ritariksi 1910 ja hänelle myönnettiin 1911 baronetin aatelisarvo. Vuodesta 1913 hän oli British South Africa Companyn johtokunnan puheenjohtaja. Kuoltuaan Lontoossa vuonna 1917 Jameson haudattiin Rhodesian Matobon kukkuloille Cecil Rhodesin haudan lähelle.