В 2001 году в матче против сборной Уругвая голевая передача Алекса на Ивана Кавьдеса помогла сборной Эквадора впервые в истории квалифицироваться на Чемпионат мира 2002 года. В 2002 году Агинага попал в заявку сборной на поездку в Японию и Южную Корея на мировое первенство. На турнире он сыграл в матчах против команд Хорватии, Мексики и Италии.