I maj 1703 inringade Karl XII fästningen Thorn vid Weichsel, som bevakades av en stark sachsisk garnison, men han tvingades vänta till augusti för att skaffa tillräckligt med manskap och kanoner innan han kunde inleda sin belägring. Då den ordinarie fortifikationschefen avlidit fick Gyllenkrok i uppdrag att leda belägringen. I början av september öppnade han löpgravarna, och enligt gardesfänriken Leonard Kagg ska han ha fått order av Gyllenkrok att med 24 soldater skydda arbetarna i löpgraven och ligga bakom en uppkastad jordhög framför löpgraven under en hel natt. Gyllenkrok sade till Kagg att han skulle hämta dem i gryningen, men han kom aldrig. När sachsarna under morgonen upptäckte Kagg och hans soldater öppnade de genast eld, och av Kaggs manskap stupade fyra och sex blev sårade. Kagg flyttade inte på sig förrän Karl XII själv sprang ut till dem och således utsatte sig själv för livsfara för att personligen ge Kagg order att retirera. Kungen frågade Kagg vem som gav ordern till honom, men tycks inte ha vidtagit några åtgärder mot Gyllenkrok, som själv inte nämnde något om händelsen i sina rapporter. Thorns garnison kapitulerade inför Karl XII den 14 oktober.