Lors du soulèvement, Raimond VII, en 1242, obligea Pierre Amiel à fuir de nouveau à Narbonne, où le comte de Toulouse était entré triomphant en juillet. Contre lui et ses collègues, il a reparlé à Carcassonne de l'excommunication. Mais le soulèvement a pris fin à la fin de l'année avec l'asservissement de Raymond VII à l'autorité royale. [7] Lors du soulèvement, les inquisiteurs de Toulousain sont assassinés à Avignonet. Les assassins venaient du dernier site notoire de résistance cathare, Montségur. Pendant le siège de ce château de 1243 à 1244, Pierre Amiel était temporairement sur place. Donc, même avec leur reddition le , après quoi il brûla 224 Cathares, qui ne renoncèrent pas à leur foi, au pied de la montagne. [9]