Коли Іоанна була зовсім дитиною (рік народження невідомий), її батьки вирушили в Четвертий хрестовий похід, де батько був обраний імператором Константинополя. Через рік він помер у болгарській темниці і опіка над Іоанною була довірена його брату — маркграфу Філіпу Намюрському. Той, однак, незважаючи на похилий вік, заручився з дочкою короля Філіпа II Августа і передав опіку над двома дівчатками тестю.