Beim Vormarsch der russischen und schwedischen Truppen im Zuge des Dritten Koalitionskriegs zog sich Barbou in die Festung Hameln zurück, wo er bis zum Pressburger Frieden die Stellung hielt. Während dieser Zeit bekleidete er außerdem die Funktion eines kaiserlichen Kommissars (Commissaire de l’Empereur) für die Hannoverschen Gebiete.