В начале Ирландского восстания 1641 года граф Ормонд оказался командующим правительственными войсками, расквартированными в Дублине. Большая часть Ирландии оказалась под контролем повстанцев-католиков, среди которых были родственники Джеймса Батлера. Однако узы родства не были полностью разорваны. Его жена и дети были отправлены из Килкенни в Дублин по приказу , другого члена династии Батлеров. Весной 1642 года граф Ормонд и виконт Монтгаррет были командующими противоборствующих сил в , где Ормонд одержал победу.