Dù là con út trong số 9 người con, Kiyochika trở thành trụ cột gia đình khi cha ông qua đời năm 1862 và cái tên Katsunosuke được thay đổi từ đây. Là cấp dưới của một quan chức "kanjō-bugyō," Kiyochika chuyển đến Kyoto vào năm 1865 cùng với tùy tùng của Tokugawa Iemochi, đây là chuyến thăm đầu tiên của tướng quân tới Kyoto trong hơn hai thế kỷ. Họ tiếp tục đến Osaka, nơi Kiyochika sau này dựng nhà. Trong Chiến tranh Boshin năm 1868, Kiyochika tham gia theo phe shōgun trong trận Toba – Fushimi ở Kyoto và trở về Osaka sau khi quân đội của Mạc phủ bị đánh bại. Ông trở lại Edo bằng đường bộ và trở lại làm việc cho shōgun. Sau khi Edo thất thủ, ông chuyển đến Shizuoka, nguyên quán của gia tộc Tokugawa, nơi ở của ông trong vài năm tiếp theo.