Bei den Luftangriffen auf Dresden wurde die Matthäuskirche 1945 schwer beschädigt und brannte aus. Dabei ging die komplette Ausstattung, darunter auch die Orgel und der wertvolle Altar verloren. Trotz Bemühungen der Kirchgemeinde konnten in der Nachkriegszeit lediglich einige Sicherungsarbeiten vorgenommen werden. Dabei erfolgte zunächst 1956 eine Renovierung der Pöppelmann-Gruft, Mitte der 1960er Jahre weitere Arbeiten an der Kirchenruine. Zwischen 1974 und 1978 erfolgte der Wiederaufbau unter Leitung des Architekten Christian Möller. Dabei entschied man sich für eine originalgetreue Wiederherstellung des Äußeren einschließlich der originalen Farbgebung der Barockzeit, während der Innenraum modern umgestaltet wurde.