Il 25 settembre 1997 diventa direttore sportivo del Fulham. Il 7 maggio 1998 in seguito all'esonero di Ray Wilkins lo nominano tecnico dei "Cottage". Con questa squadra di Londra egli visse due annate culminate con la promozione in Premier League e la qualificazione per la Coppa UEFA. Il 18 febbraio 1999 fu chiamato ad allenare la nazionale inglese. Il 9 maggio lasciò il Fulham, mentre con la nazionale Keegan venne eliminato al primo turno della fase finale del Campionato europeo di calcio 2000, e il 7 ottobre dello stesso anno si dimise.