По време на Втората световна война се установява Българско административно управление в Западна Тракия и източния дял на Егейска Македония, но етническата картина е коренно променена в междувоенния период и българското население там е останало малцинство. Извън границите на България остават Централна и Западна Македония с градовете Солун, Воден, Енидже Вардар, Лерин и Костур, в които се формират колаборационистки и паравоенни организации като Централен българомакедонски комитет и Солунски български клуб, известни под общото име „Охрана“. По време на Гражданска война (1946 – 1949) българското население сериозно пострадва, много са убитите, осъдените и интернирани в концлагери, голяма част от населението се изселва в страните в Съветската сфера на влияние.