Anschließend wurde Gerger Profi und wandte sich dem Bahnradsport zu. Bei den Bahn-Radweltmeisterschaften 1896 wurde er Dritter im Steherrennen. 1897 wurde er Steher-Europameister. Im Jahr darauf belegte er bei den deutschen Stehermeisterschaften den dritten Platz. Insgesamt stellte Franz Gerger in seiner Karriere acht Weltrekorde auf. Eine letzte Rekordfahrt gelang ihm am 1. Juni 1902, als er den ungarischen Zehn-Kilometer-Rekord hinter einem Motor-Tandem erreichte. Kurz darauf gewann er noch die Fernfahrt "Wien-Semmering-Wien".