Tras los acontecimientos del 10 de agosto, Champcenetz pudo salir de París y refugiarse en Joigny. Gracias a Jourgniac Saint-Méard, logró salvar su vida durante las matanzas ocurridas en la prisión de la Abadía, en las conocidas como masacres de septiembre. Al poco tiempo obtuvo un certificado de ciudadanía y regresó a París. Saint-Méard fue tras él y le advirtió de su imprudencia, a lo que Champcenetz respondió: "he aquí los pocos amigos que me quedan", mostrando sus libros, "no puedo resignarme a abandonarlos". Fue arrestado y encerrado en la prisión de Carmes, siendo acusado de conspiración ante el Tribunal Revolucionario, quien lo condenó a muerte. Fue ejecutado en la guillotina el 23 de julio de 1794.