После распада СССР в 1991 году Азербайджан обрёл независимость и унаследовал свой участок ирано-советской границы. Иран быстро признал новое государство, хотя отношения с ним охладели из-за опасений Ирана относительно потенциальных претензий Азербайджана на его территорию как часть «Всего Азербайджана». Иран также поддержал Армению в Карабахской войне. После войны Армения продолжила контролировать самый западный участок «материковой» азербайджано-иранской границы. Отношения между Ираном и Азербайджаном несколько улучшились после вступления в должность президента Ирана Хасана Рухани.