Botha syntyi afrikaaneriperheeseen Paul Rouxissa, Oranjen vapaavaltion provinssissa. Hänen isänsä Pieter Willem Botha Sr. oli taistellut kommandona toisessa buurisodassa ja hänen äitinsä Hendrina Christina Botha oli ollut vanki brittien keskitysleirissä sodan aikana. Botha opiskeli Oranjen vapaavaltion yliopistossa Bloemfonteinissa oikeustiedettä, mutta jätti yliopiston ennen valmistumista ja keskittyi poliittisen uran luomiseen. Bothan kotiseutu oli hyvin konservatiivista ja afrikaanerinationalistista. Vuonna 1936 Botha liittyikin Kansallispuolueeseen. Daniel François Malan nimitti nuoren Bothan puolueorganisaattoriksi Kapmaahan, ja myöhemmin hän toimi puolueen kansallisena tiedottajana vuoden 1948 parlamenttivaaleissa. Samoissa vaaleissa Botha valittiin parlamentin jäseneksi Georgen vaalipiiristä Kapmaasta. Botha toimi tässä tehtävässä yhteensä 36 vuoden ajan.