Em 42 a.C., Agripa provavelmente lutou ao lado de Otaviano e Antônio na Batalha de Filipos. Depois de seu retorno a Roma, Agripa teve um importante papel na guerra de Otaviano contra Lúcio Antônio e Fúlvia, respectivamente irmão e esposa de Marco Antônio, que começou em 41 a.C. e terminou com a captura de Perúsia em 40 a.C.. Porém, Quinto Salvidieno Rufo ainda era o principal general de Otaviano na época. Depois da Campanha de Perúsia, Otaviano partiu para a Gália, deixando Agripa como pretor urbano em Roma com instruções de defender a Itália contra Sexto Pompeu, um adversário dos triúnviros que estava ocupando a Sicília. Em julho do 40 a.C., enquanto Agripa estava ocupado com os Jogos Apolinários ("Ludi Apollinares"), uma responsabilidade dos pretores, Sexto começou um raide no sul da Itália. Agripa avançou contra ele, forçando-o a se retirar. Porém, o triunvirato se mostrou instável e, em agosto de 40 a.C., tanto Sexto quanto Antônio invadiram a Itália (mas não em aliança). O sucesso de Agripa na retomada de Siponto das forças de Antônio ajudaram a acabar com o conflito (conhecido como Guerra de Mutina). Agripa estava entre os intermediários que firmaram a paz entre Otaviano e Antônio. Durante as discussões, Otaviano soube que Salvidieno havia se oferecido a Antônio para traí-lo, o que resultou em sua prisão. Ele foi executado ou cometeu o suicídio e Agripa tornou-se o principal general de Otaviano.