Когда вестготы под предводительством Алариха I разоряли Пелопоннес (396 год), Стилихон прибыл в Грецию через Коринфский залив, дал готам несколько сражений в горах Аркадии и едва не заставил Алариха сдаться, однако всё же дал готам уйти. С 401 года начинается ряд вторжений вестготов в Италию. Когда Аларих в ноябре этого года двинулся на запад, Стилихон спас Рим, укрепив стены города, вызвав легионы из Британии и Рейнскую армию, после чего сам отправился в Рецию и Норик, где набирал среди варваров легионы, оставив Гонория в Медиолане (совр. Милане). Аларих подошёл к Медиолану, но подоспевший Стилихон сразился с ним при Полленции (6 апреля 402 года) в день Пасхи. Христианские писатели сообщают, что Стилихон воспользовался праздником для нападения на христиан-готов. Затем вестготы понесли сокрушительное поражение при Вероне в 403 году и были отброшены, а Италия — освобождена; Стилихон с императором торжественно вступили в Рим. В 405 году Стилихон победил другого захватчика, Радагайса. Под Флоренцией полководец разбил армию Радагайса, а его самого захватил в плен и казнил.