Podczas I wojny światowej Smuts formował Siły Zbrojne Południowej Afryki. Następnie armia południowoafrykańska pod jego dowództwem zajęła słabo bronioną Niemiecką Afrykę Południowo-Zachodnią, a później toczyła długotrwałe walki z kolonialnymi wojskami cesarskimi w Niemieckiej Afryce Wschodniej. W latach 1917–1919 Smuts był członkiem brytyjskiego gabinetu wojennego Davida Lloyda George’a i znacząco przyczynił się do utworzenia RAF. Brał udział w Paryskiej konferencji pokojowej w 1919. Doprowadził do powołania Ligi Narodów, której działalność opierała się w dużym stopniu na jego pomysłach.