Pereyra war Mitglied der von Ángel Castelnoble trainierten uruguayischen U-15-Auswahl, die bei der U-15-Südamerikameisterschaft 2005 in Bolivien teilnahm. Er spielte auch in der uruguayischen U-17-Nationalmannschaft und gehörte zum Kader bei der U-17-Südamerikameisterschaft 2007 in Ecuador. Auch war er Teil der U-20-Auswahl. Er nahm mit dem Team an der U-20-Südamerikameisterschaft 2009 in Venezuela und der U-20-Weltmeisterschaft 2009 in Ägypten teil. Bei der Südamerikameisterschaft kam er achtmal zum Einsatz, im Laufe des WM-Turniers lief er viermal auf. Pereyra gehörte zudem im Vorfeld der Olympischen Sommerspiele 2012 zum von Nationaltrainer Óscar Tabárez aufgestellten erweiterten Kader der U-23.