Alors qu'il visitait le Ghana en 1960, Du Bois échangea avec son président au sujet de la création d'une nouvelle encyclopédie de la diaspora africaine, l"Encyclopedia Africana". Au début de l'année 1961, le Ghana notifia à Du bois qu'il avait préparé des fonds pour financer le projet et il invita Du Bois à venir au Ghana pour superviser sa rédaction. En octobre 1961, à l'âge de , Du Bois et sa femme se rendirent au Ghana et commencèrent à travailler. Au début de l'année 1963, les États-Unis refusèrent de renouveler son passeport et il demanda la nationalité ghanéenne qui lui fut accordée. Sa santé déclina durant ses deux années au Ghana et il mourut le 27 août 1963 dans la ville d'Accra à l'âge de , la veille du discours de Martin Luther King "I have a dream". Du Bois fut inhumé à Accra près de sa résidence qui est maintenant le Du Bois Memorial Centre. Le lendemain de sa mort, lors de la Marche sur Washington pour l'emploi et la liberté, Roy Wilkins demanda aux centaines de milliers de personnes présentes de respecter un moment de silence en son honneur. Le Civil Rights Act de 1964, reprenant de nombreuses réformes pour lesquelles Du Bois avait fait campagne toute sa vie, fut promulgué un an après sa mort.