Dos seus quatro filhos, dois vivem na Suíça, os restantes vivem em Moçambique, casados com moçambicanas. O mais velho, Philippe Arthur Gagnaux, participou na organização de um grupo de cidadãos que concorreu às eleições para a Assembleia Municipal de Maputo, "Juntos Pela Cidade", tendo sido o seu candidato a Presidente do Conselho Municipal. A seguir à Independência de Moçambique, em 25 de junho de 1975, a saúde foi nacionalizada e o missionário-médico suíço foi transferido para Xai-Xai província de Gaza, durante 3 anos, só depois em 1978 para Xinavane, a cerca de 80 km a nordeste de Maputo. Durante os 12 anos que ali trabalhou, Gagnaux ganhou a confiança e o carinho, não só da população local, mas também de muitas pessoas de Maputo e de outras localidades, que o procuravam em Xinavane para receber os seus cuidados.