La ciudadela fue utilizada como residencia real, tesorería, prisión y arsenal bajo la dinastía Hotaki/Imperio durrani en el siglo XVIII. Sufrió algunos daños durante la guerra anglo-afgana en el siglo XIX. Una ciudadela moderna ("Arg-e Herat") fue construida inmediatamente al norte a mediados del siglo XIX para asumir su función defensiva. La ciudadela se salvó de la demolición en la década de 1950, y fue excavada y restaurada por la UNESCO entre 1976 y 1979. Sufrió más daños durante las últimas décadas de guerras y abandono.