Koncepcja wzniesienia nowego ołtarza została opracowana w 1508 roku, a więc sześć lat po całkowitym ukończeniu budowy głównomiejskiej fary. Jan Sculthes, proboszcz kościoła, a także pełniący urząd prokuratora Gdańska przy Stolicy Apostolskiej ubiegał się o uzyskanie odpustu od ówczesnego papieża Leona X, który udzielił go gdańszczanom dwukrotnie, w 1508 i 1516 r. W 1511 zawarto kontrakt z Mistrzem Michałem. 25 stycznia 1517 roku ołtarz umieszczono w prezbiterium Mariackiej świątyni. W tymże samym roku zostały dodatkowo dostawione dwa stałe skrzydła malowane tworzące odwrocie retabulum. Tego samego roku narodziła się reformacja, a Mistrz Michał opowiedział się za naukami Lutra, przy czym przyjął radykalną postawę, m.in. uczestniczył w powstaniu ludowym, które wybuchło w Gdańsku w 1522 roku. Ołtarz Mariacki ocalał. Wykonany z drewna, kamienia, złota i srebra późnogotycki ołtarz uznawano za najwspanialszy na Pomorzu Wschodnim i w Prusach. W 1539 roku wmurowano do wschodniej ściany mensy relief z Modlitwą w Ogrojcu. W czasie walk miasta ze Stefanem Batorym zdobiące ołtarz srebrne figury apostołów przetopiono na monety. W 1804 roku usunięto gotyckie zwieńczenie ołtarza (które zdobiły m.in. srebrne rzeźby), zastąpione nowym o formach klasycyzujących. W 1866-1877 przeprowadzono konserwację retabulum, które otrzymało neogotyckie zwieńczenie, zdemontowane w 1936 r. Podczas II wojny światowej retabulum rozebrano i ewakuowano do Kadyn, jednakże uległo zdekompletowaniu. Po wojnie elementy ołtarza znalazły się w Muzeum Pomorskim w Gdańsku i składnicy muzealnej w Oliwie. Na jubileusz chrztu Polski i uroczystości milenijne retabulum (bez pary skrzydeł rzeźbionych) zostało ustawione na swoim dawnym miejscu. W latach 1980-1985 podjęto konserwację ołtarza i dostawiono skrzydła rzeźbione. W latach 2017-2018 przeprowadzono remont i konserwację zabytku, po których przywrócona zostanie funkcja zamykania skrzydeł.