Ayoví fue convocado para la última plantilla de la Copa Mundial de la FIFA 2002 celebrada en Japón y Corea del Sur. Siendo uno de los integrantes más jóvenes de esa selección de Ecuador, no hizo acto de presencia en ese torneo. Fue un habitual de la selección ecuatoriana que se clasificó para la Copa Mundial de la FIFA 2006 en Alemania, pero esta vez, sorprendentemente, no fue incluido en la selección final de la Copa del Mundo.