En décembre, il intègre l'expédition catalane qui voyage au Japon pour y jouer la Coupe du monde des clubs. Victime d'une colique néphrétique, il est préservé en demi-finale contre Guangzhou Evergrande (3-0) mais revient en grâce le au cours de la finale face au club argentin de River Plate où il marque un but (victoire 3 à 0). Il remporte pour la troisième fois la Coupe du monde des clubs après 2009 et 2011, et devient le meilleur buteur de l'histoire du tournoi. En remportant la Coupe du monde des clubs à Yokohama, Messi devient le joueur le plus titré de l'histoire du club à égalité avec Andrés Iniesta (26 titres). Le , Lionel Messi marque un but contre le Bétis Séville et termine l'année civile avec 53 réalisations et 27 passes décisives.