Il luogo di culto è stato un punto di riferimento per la città per oltre 900 anni, sebbene sia stata realmente sede vescovile per due periodi nel XVII secolo (1635–38 e 1661–1689), quando l'episcopalianesimo ottenne, grazie all'appoggio della Corona, importanza all'interno della Chiesa scozzese (vedi Guerre dei Vescovi). Prima della Riforma la città di Edimburgo non aveva avuto una cattedrale, essendo compreso dell'arcidiocesi di St Andrews.