紀元前36年、シチリア沖のナウロクス沖の海戦でオクタウィアヌスがセクストゥス・ポンペイウスを破ると、レピドゥスはオクタウィアヌスの打倒を図って失敗した。汚職と反乱の疑いをかけられ、終身職である最高神祇官を除く役職を全て剥奪され、ローマから離れた田舎で死ぬまで隠棲、紀元前13年に亡くなった。最高神祇官の職はアウグストゥスが受け継ぎ、後にローマ皇帝の属性の1つとなった。