La nuova forma data allo Stato italiano lo mise in contrasto con l'imperatore del neonato Impero austriaco Francesco II che, essendo prima di tutto imperatore dei romani, risultava "de iure" anche re d'Italia. La situazione si risolse con la guerra contro la Terza coalizione: l'Austria fu sconfitta (2 dicembre 1805) e il trattato di Presburgo (26 dicembre 1805) pose di fatto fine al Sacro Romano Impero che sarebbe tuttavia stato sciolto solo nel 1806.