Aufgrund von kriegsbedingten Gebäudeschäden musste dieses Gebäude später aufgegeben werden. Die mineralogischen Sammlungen kamen schließlich ins 1958 neu errichtete Mineralogisch-Petrographische Institut in der Grindelallee 48. Eine öffentliche Schausammlung wurde allerdings erst 1969 wieder eröffnet. Bedingt durch die Flutkatastrophe von 1962 war zunächst das Rechenzentrum der Universität in die Museumsräume eingezogen. Erst nach Fertigstellung des Rechenzentrum-Neubaus in der Schlüterstraße standen die Räumlichkeiten für ihre ursprüngliche Bestimmung wieder zur Verfügung. Das Kunstwerk über der Eingangstür ohne Titel stammt von Arnold Fiedler und ist aus dem Jahre 1957. Er schuf noch drei weitere Werke an den Wänden im Inneren des Gabäudes.