Theophilus' jüngerer Bruder Nathaniel Eaton (1609–1674) wurde, nachdem ihn der damalige Gouverneur von Massachusetts John Winthrop 1639 seines Amtes enthoben hatte, was einige als Massachusetts' ersten Hexenprozess angesehen hatten, der erste Schulmeister des Harvard College. Ein anderer Bruder, Samuel Eaton (1597–1665), war ein Pastor, der Theophilus nach New Haven begleitete, jedoch dann nach England zurückkehrte, um die antipuritanischen Verfolgungen zu bekämpfen.