1939-ig egy zsolnai vegyi üzemben dolgozott. Június 4-én illegálisan Lengyelországba távozott, ahol belépett az ott formálódó Csehszlovák Hadseregbe. Ezután Franciaországba került, ahol tagja lett egy emigráns csehszlovák alakulatnak Agdeban. Később, Franciaország kapitulálása után, Nagy-Britanniába került, ahol ejtőernyős- és kémkiképzést kapott. 1941. december 28-áról december 29-re virradó éjszaka ledobták az akkori Cseh–Morva Protektorátus területére, s ezzel megkezdődött az Anthropoid hadműveletnek elnevezett terv Heydrich meggyilkolására. Kubišon és Gabčíkon kívül még további két csoport segítette a terv megvalósítását. Május 27-én a merénylet sikerült, ezután Gabčík, Kubiš és további öt ejtőernyős elrejtőzött a prágai Szt. Cirill és Metód templomban, de rejtekhelyüket elárulta egy másik ejtőernyős, Karel Čurda. Június 18-án reggel 4 óra 15-kor a merénylet elkövetőinek elfogására razzia indult, melyben 360 Gestapo- és SS-tag vett részt. Bekerítették a rejtekhelyet. A merénylet végrehajtói és a segítő csoportok öt tagja életét vesztette, mert a fogság helyett az öngyilkosságot választották.