Die Kreter betrachteten diese Wendung ihrer vorherigen Verbündeten als Verrat. So ging der Kampf gegen die deutschen Truppen auf Kreta nahtlos in den Bürgerkrieg über, der zwischen der griechischen Regierung, den Briten und national gesinnten Kräften auf der einen und Linksliberalen, Sozialisten und Kommunisten der ELAS auf der anderen Seite geführt wurde. Der Bürgerkrieg suchte allerdings Kreta in weit geringerem Maße heim als das griechische Festland. Traditionell war ein Großteil der Kreter antimonarchistisch eingestellt, sodass die von den Briten mit militärischem Nachdruck unterstützte Rückkehr von König Georg II. auch außerhalb der EAM keine breite Unterstützung fand. Die Auseinandersetzungen betrafen unter anderem Verrats- und Kollaborationsvorwürfe. Die von der nationalen Führung der EAM angeordnete Revolte konnte auf Kreta nicht durchgeführt werden. Im April 1947 versuchten die Kommunisten erneut einen Aufstand. Die von Giannis Podias organisierte "Demokratische Armee Kretas" wurde aber innerhalb weniger Monate entwaffnet, ihr Anführer Podias wurde am 2. Juli 1947 erschossen.