La Flotte Aérienne couvre les débarquements en Thaïlande et en Malaisie qui ont commencé quelques heures avant l'attaque de Pearl Harbor, et elle bombarde les bases qui abritent l'aviation et les navires américains aux Philippines, en particulier sur la base de Cavite, à proximité de Manille. Le , 88 appareils de la flottille, partis de Tan-son-nhut, en Indochine française, à côté de Saigon, réussissent à couler le cuirassé moderne et le croiseur de bataille . Les débarquements à Bornéo commencent à la mi-décembre, se poursuivent aux Philippines, fin décembre, dans les Célèbes à la mi-janvier. Le , la Flotte Aérienne, opérant depuis des aérodromes occupés dans les Célèbes, attaque les forces navales du contre-amiral Doorman, dépendant du Commandement Américain-Britannique-Hollandais-Australien connu sous son acronyme en anglais "ABDACOM", dans la bataille du détroit de Macassar. À la mi-février, la veille de la capitulation de Singapour, elle appuie l'attaque sur Palembang, à Sumatra, puis sur Java, à la fin-février.