Євгеній Войскунський народився у 1922 році в Баку. Після закінчення середньої школи він поступив у Ленінградську академію мистецтв, проте в 1940 році призваний на службу у військово-морський флот. Під час німецько-радянської війни Войскунський брав участь у обороні півострова Ханко де служив разом із Михайлом Дудіним, а пізніше в обороні Ленінграда. Пізніше працював військовим кореспондентом. Після закінчення війни служив у військово-морському флоті до 1956 року, отримав звання капітана-лейтенанта, заочно закінчив Літературний інститут імені Горького. Активну літературну діяльність розпочав із 1961 року. Із 1971 року письменник живе у Москві. Тривалий час разом із Дмитром Біленкіним і Аркадієм Стругацьким Войскунський керував Московським та Всесоюзним семінарами молодих письменників-фантастів.