বসনিয়ার যুদ্ধের সময় বসনিয়ার মুসলমানদের জাতিগত নিধন বসনিয়া-হার্জেগোভিনার মধ্যে তাদের জনসংখ্যার গভীর অভ্যন্তরীণ স্থানচ্যুতির কারণ হয়ে দাঁড়িয়েছে, যার ফলে দেশটির ধর্মীয় সম্প্রদায়কে পৃথক জাতিগত-ধর্মীয় এলাকায় প্রায় সম্পূর্ণপৃথক করা হয়েছে। ২০০৩-২০০৪ সালের মধ্যে শরণার্থীদের প্রত্যাবর্তনের হার উল্লেখযোগ্যভাবে হ্রাস পেয়েছে, যার ফলে সার্বিয়ান অর্থোডক্স অনুসারীদের সংখ্যাগরিষ্ঠ রেপুব্লিকা স্র্পস্কাতে বাস করে এবং বেশিরভাগ মুসলিম এবং ক্যাথলিক এখনও বসনিয়া ও হার্জেগোভিনা ফেডারেশনে বাস করে। ফেডারেশনের মধ্যে, স্বতন্ত্র মুসলিম এবং ক্যাথলিক সংখ্যাগরিষ্ঠ অঞ্চল রয়ে গেছে। যাইহোক, সার্বিয়ান অর্থোডক্স অনুসারী এবং মুসলমানদের পশ্চিম বসনিয়া ক্যান্টনে তাদের প্রাকযুদ্ধ বাড়িতে এবং মুসলমানদের স্রেব্রেনিকার কাছে পূর্ব বসনিয়ায় তাদের প্রাকযুদ্ধ বাড়িতে ফিরে আসা উভয় ক্ষেত্রেই নৃতাত্ত্বিক-ধর্মীয় গঠনকে স্থানান্তরিত করেছে। বসনিয়া জুড়ে, ৯০ এর দশকে বসনিয়া যুদ্ধে সার্ব এবং ক্রোট সশস্ত্র বাহিনী মসজিদগুলি পরিকল্পিতভাবে ধ্বংস করেছিল। অনেক ভবন ক্ষতিগ্রস্ত বা ধ্বংস হয়ে গেছে, ৪০০০ টিরও বেশি বিভিন্ন প্রাক-যুদ্ধ ইসলামিক ভবনের ৮০% পর্যন্ত। যাইহোক, সার্বিয়ান অর্থোডক্স অনুসারী এবং মুসলমানদের পশ্চিম বসনিয়া ক্যান্টনে তাদের প্রাকযুদ্ধ বাড়িতে এবং মুসলমানদের স্রেব্রেনিকার কাছে পূর্ব বসনিয়ায় তাদের প্রাকযুদ্ধ বাড়িতে ফিরে আসা উভয় ক্ষেত্রেই নৃতাত্ত্বিক-ধর্মীয় গঠনকে স্থানান্তরিত করেছে।