Походить з родини рабина Мошка Ганновера. Певний час жив на утриманні тестя - заславського купця Авраама. Сповідував так звану «практичну кабалу» (в тлумаченні Ісаака Лурія (*1536 — †1572)). Проповідувати почав у Великій синагозі Старого Заслава. Внаслідок подій повстання Богдана Хмельницького Натан Ганновер створює твір «Глибокий мул» (Венеція, 1653). В ньому описані жахи винищення єврейської громади. Мандрує на захід Європи проповідуючи в синагогах Німеччини, Нідерландів і врешті Італії, де інтеґрується до кола венеційських та ліворнських кабалістів. Тоді ж впорядковує гебрейсько-німецько-латинсько-італійський словник «Ясна мова» (Сафа брура) (Прага, 1660). Згодом подається до Молдови. Був рабином спочатку в Ясах, а наступно у Фокшанах. На початку 1670-х Натан Ганновер переїздить до містечка Угерський Брод в Моравії, де й гине під час нападу на це містечко угорського загону.