Během první války v Kongu (1996) byla nemocnice zničena, mnozí nemocní a zaměstnanci byli zabiti. Doktor Mukwege se zachránil jen shodou okolností a uprchl do Nairobi, Přesto se rozhodl znovu vrátit domů a s pomocí švédské charitativní organizace "Pingstmissionens Utvecklingssamarbete" založil nemocnici Panzi. Na zdejší patologii se věnoval studiu úmyslného poškození ženských genitálií, které vzniklo převážně jako důsledek hromadného znásilňování a bylo využíváno jako jeden z prostředků vedení války. Aby mohl čelit důsledkům těchto zločinů, dobrovolně se specializoval na péči o hromadně znásilněné ženy. Tato péče má široký záběr, zahrnuje fyzickou a psychickou léčbu a řeší rovněž otázky ekonomické a právní. Z lékařského hlediska je doktor Mukwege uznáván jako velký odborník na léčbu píštělí.