Na de moord op president Samuel Doe in september 1990 en het uitbreken van de Eerste Liberiaanse Burgeroorlog trad Sawyer naar voren als een van de nieuwe leiders van het land. Op 22 november 1990 werd Sawyer gekozen tot voorzitter van de nieuw ingestelde Regering voor Nationale Eenheid en bekleedde daarmee feitelijk het ambt van president van het land. Aanvankelijk benoemd voor de duur van een jaar, werd zijn termijn telkens verlengd als gevolg van de aanhoudende burgeroorlog. Op 7 maart 1994 maakte hij plaats voor David Kpomakpor die het ambt van voorzitter van de Staatsraad ("de facto" staatshoofd) op zich nam. Nadien keerde Sawyer naar de VS terug waar hij als academicus verbonden was aan de Indiana University Bloomington, Bloomington, Indiana.