1 июля полк участвовал в сражении при Малверн-Хилл, где потерял 15 человек убитыми и 58 ранеными из 225 человек. 17 июля подполковник Холл стал полковником и возглавил полк, майор Ходсон стал подполковником, а капитан Эуген Блэкфорд (рота К) стал майором. Полк не участвовал в Северовирджинской кампании, но был переброшен на север к началу Мерилендской кампании и сражался у Южной горы и при Энтитеме, потеряв в обоих сражениях 11 человек убитыми и 39 ранеными. В сражении при Энтитеме 5-й Алабамский был атакован 1-м Делаверским полком и, когда делаверцы отступили, бросив знамёна, 5-й Алабамский был посла в атаку (в основном против 14-го Индианского полка), которая, однако, быстро была отозвана.