Chrzest bojowy B-2 Spirita nastąpił podczas operacji „Sprzymierzona Siła” (ang. "Allied Force") w Kosowie w 1999 roku; bombowce tego typu zniszczyły 33% serbskich celów w pierwszych ośmiu tygodniach walk. Od tego czasu Spirity brały udział w operacjach „Trwała Wolność” (ang. "Enduring Freedom") w Afganistanie w latach 2001–2002 oraz „Iracka Wolność” (ang. "Iraqi Freedom") w Iraku w 2003.