אף על פי שוודס התנגד למלחמת האזרחים, הוא התנגד לעבדות וראה בניצחון האיחוד כדבר הכרחי. ב-1862 הוא עזב את בית המחוקקים של אוהיו והתגייס לצבא האיחוד. הוא הוצב כלוטננט קולונל ברגימנט הרגלים ה-76 של אוהיו, שלחם בזירה המערבית. וודס השתתף בקרב שילה ובמצור על ויקסבורג וקיבל דרגת ייצוג של בריגדיר גנרל.