Готово одмах након пошто је стекао независност, Таџикистан је запао у грађански рат у коме су учествовале разне фракције, наводно подржаване од Русије и Ирана. Од 400.000 Руса, само је 25.000 остало у Таџикистану. Остали су пребегли у Русију. До 1997. рат се смирио, а централна власт је почела да се формира, са мирним изборима 1999.