Beneke machte den Feldzug von 1815 als freiwilliger Jäger mit und befasste sich seit 1816 in Halle und Berlin mit philosophischen Studien, deren Richtung die beiden Schriften "Erfahrungsseelenlehre als Grundlage alles Wissens" (Berlin 1820) und "Erkenntnislehre nach dem Bewußtsein der reinen Vernunft" (Jena 1820) bezeichneten. Kurz darauf habilitierte er sich in Berlin als Privatdozent; da er aber 1822 in Berlin eine "Grundlegung zur Physik der Sitten" hatte erscheinen lassen, in welcher man Materialismus witterte, wurde ihm die Fortsetzung seiner Vorlesungen untersagt. Um Missdeutungen vorzubeugen, gab er die „Schutzschrift für meine Grundlegung zur Physik der Sitten“ (Leipzig 1823) heraus und siedelte 1824 nach Göttingen über, wo er als Privatdozent lehrte. Hier befasste er sich vor allem mit psychologischen Fragestellungen.