Po zakończeniu wojny był początkowo jednym z głównych świadków oskarżenia podczas głównego procesu zbrodniarzy hitlerowskich przed Międzynarodowym Trybunałem Wojskowym w Norymberdze. Następnie Wisliceny został wydany władzom czechosłowackim, skazany na karę śmierci i powieszony na początku maja 1948. Jego zeznania odegrały znaczną rolę podczas procesu Adolfa Eichmanna w Izraelu, mocno obciążając byłego przełożonego.