Según conclusiones de la fiscalía mexicana, ordenó la represión sistemática al Movimiento de 1968 en México y el operativo militar denominada Operación Galeana que causó la llamada posteriormente "matanza de Tlatelolco" causando un número indeterminado de muertos, heridos y detenidos.También es responsable junto con su sucesor, Luis Echeverría, de la persecución de movimientos de carácter izquierdista, tanto armados como pacíficos. Para esto último tuvo una directa relación con la estadounidense Agencia Central de Inteligencia (CIA).