No final de Agosto de 1936 foi enviado para Santander, a fim de "coordenar o comando das forças e milícias" dos territórios do norte republicanos, bem como organizar - e dirigir- um Exército do Norte . Posteriormente, ele foi nomeado chefe de operações do Exército do Norte, promovido a major, segundo as ordens do general Francisco Llano de la Encomienda. Já durante a campanha em Euskadi tinha expressado sérias discordâncias com José Antonio Aguirre, lehendakari Basco, devido à sua filiação comunista oposta as ideias nacionalistas e conservadoras do líder basco, e pelo pouco entusiasmo de Ciutat pelo Euzko Gudarostea, o exército cuja existência implicava uma autonomia militar significativa do País Basco. Mais tarde, ele participaria das batalhas de Santander e das Astúrias.