El 10 de mayo de 1940, Alemania invadió Bélgica, Luxemburgo y los Países Bajos, marcando el fin de la fase relativamente libre de conflictos de la «guerra de broma» de la Segunda Guerra Mundial. A medida que Estados Unidos avanzaba hacia la guerra, Roosevelt se sintió deprimida nuevamente, temiendo que su rol en la lucha por la justicia se tornara irrelevante en una nación centrada en asuntos exteriores. Consideró brevemente viajar a Europa para trabajar con la Cruz Roja, pero fue disuadida por asesores presidenciales que señalaron posibles consecuencias si la esposa del presidente fuese capturada como prisionera de guerra. Sin embargo, pronto encontró otras causas de guerra en las que trabajar, comenzando con un movimiento popular para permitir la inmigración de niños refugiados europeos. También presionó a su esposo para que permitiera una mayor inmigración de grupos perseguidos por los nazis, como los judíos, pero el temor a los "quintacolumnistas" hizo que Franklin restringiera la inmigración en lugar de expandirla. Eleanor aseguró con éxito el estatus de refugiado político para ochenta y tres asilados judíos del buque de pasajeros SS Quanza en agosto de 1940, rechazado en varias ocasiones. Su hijo James posteriormente escribió que «su arrepentimiento más profundo al final de su vida» fue que no haber forzado a su padre a aceptar más refugiados del nazismo durante la guerra.