Największy sukces w karierze Kenji Takahashi osiągnął w 1981 roku, kiedy zdobył brązowy medal w sprincie indywidualnym zawodowców na mistrzostwach świata w Brnie. W zawodach tych wyprzedzili go jedynie jego rodak Kōichi Nakano oraz Gordon Singleton z Kanady. Był to jedyny medal wywalczony przez Takahashiego na międzynarodowej imprezie tej rangi. Nigdy nie brał udziału w igrzyskach olimpijskich.