A princípio, Frederico Guilherme e seus conselheiros (ministros) tentaram seguir uma política de neutralidade durante as Guerras Napoleônicas. Apesar de terem conseguido manter-se de fora da Terceira Coligação em 1805, Frederico Guilherme foi influenciado por sua esposa (a rainha), que liderou o partido pró-guerra da Prússia, e entrou em guerra em outubro de 1806 na famosíssima Batalha de Jena-Auerstedt, os Franceses conseguiram arrasar a eficácia e a funcionalidade do Exército Prussiano liderado por Frederico Guilherme, e o exército prussiano desmoronou inteiramente diante do La Grande Armée de Napoleão Bonaparte. Logo após esse episódio de fracasso, a família real se retira para Memel, na Prússia Oriental. Próximo da Rússia de Alexandre I da Rússia.