Hubo una generación de calma en Irlanda hasta que estalló otra guerra en 1689, nuevamente debido a un conflicto político estrechamente alineado con diferencias étnicas y religiosas. La guerra de guilamitas en Irlanda (1689–91) se libró entre jacobitas que apoyaron la restauración del católico Jacobo II al trono de Inglaterra y los guilamitas que apoyaron al protestante Guillermo de Orange. La mayoría de los colonos protestantes en toda Irlanda, pero particularmente en el Ulster, lucharon del lado de los guilitas en la guerra contra los jacobitas. El temor a una repetición de las masacres de 1641, el temor a represalias por la persecución religiosa, así como su deseo de conservar las tierras confiscadas a los terratenientes católicos, fueron todos los principales factores motivadores.