PRB, termasuk pemimpinnya, A.M. Azahari menentang penggabungan itu. Menurut mereka, jika Brunei menyertai Persekutuan, Brunei tidak akan mencapai kemerdekaan sepenuhnya. Sebaliknya, ia hanya pemindahan kuasa dari Britain ke Tanah Melayu. Ini dipanggil sebagai neo-kolonisasi. Pada 8 Disember 1962, PRB mengetuai pemberontakan terhadap kerajaan. Dengan bantuan tentera British yang ditugaskan dari Singapura, pemberontakan itu kemudiannya dihancurkan dan PRB dikalahkan.