军区一直存续至1204年第四次十字军东征，拜占庭帝国被拉丁人攻陷之时，此后成为短命的拉丁萨洛尼卡王国之领土。1246年，尼西亚帝国皇帝约翰三世占领了马其顿，军区被重新设立为单独的省份。但在14世纪，斯特里蒙军区又与波列纶及塞萨洛尼基等军区，或“塞雷斯与斯特里蒙”军区合并。1340年代期间，塞尔维亚帝国将其征服，斯特里蒙军区自此消失。