В середине XII века Сирийский монастырь пережил период упадка, когда в нем не было ни одного сирийского священника. Однако в 2000 году в монастыре была найдена надпись от 1285/1286 года, «которая свидетельствовала о строительстве или иной деятельности в монастыре». Это может быть свидетельством притока сирийцев, бежавших от вторгнувшихся на Ближний Восток монголов. В XIV веке монастырь опустошила чума. Когда монах по имени Моисей из монастыря Мор-Габриэль в Тур-Абдине посетил Сирийский монастырь в 1413 году, он нашел только одного сирийского монаха.