Avec la fin de la guerre froide, en 1991, le rôle de la marine japonaise change considérablement. À partir de 1993 et une première mission au Cambodge, la marine est engagée dans un grand nombre de missions de maintien de la paix conduites par l'Organisation des Nations unies dans toute l'Asie. En 1993, le Japon admet au service actif son premier destroyer équipé du système de combat Aegis, le DD173 "Kongō". La marine participe activement à des exercices navals avec des puissances amies, notamment les États-Unis et depuis 1998, la coopération avec la Septième flotte américaine qui avait été restreinte commence à se mettre en place. La marine a également participé à l'opération "Enduring Freedom", déployant ses destroyers dans l'océan Indien dans des missions de soutien et d'escorte.