В 1994 году 18-летняя Мануэла Леджери впервые была вызвана с национальную сборную Италии и дебютировала в ней 30 мая в товарищеском матче со сборной Японии. За период с 1995 по 2004 годы Леджери в составе «скуадры адзурры» выступала на двух Олимпиадах (2000 и 2004), двух чемпионатах мира (1998 и 2002), двух розыгрышах Кубка мира (1999 и 2003), пяти чемпионатах Европы (1995, 1997, 1999, 2001, 2003), пяти розыгрышах Гран-при (1997—2000, 2003, 2004). Вместе со своей сборной она выигрывала золотые награды чемпионата мира (в 2002), а также «серебро» и «бронзу» первенств Европы и «серебро» Гран-при (в 2004). Дважды Леджери признавалась лучшей блокирующей официальных международных турниров на уровне сборных. Всего же на момент окончания карьеры в национальной команде Италии (после Олимпиады-2004) на счету Мануэлы Леджери 326 матчей, проведённых в форме «скуадры адзурры» (с 2002 в качестве капитана).