Говард Унру родился в Кэмдене, Нью-Джерси, в семье Сэмюэля Шипли Унру и Фриды Воллмер. У него также был младший брат — Джеймс. Родители разошлись, и детей воспитывала мать. Говард учился в школе имени Вудро Вильсона, которую окончил в 1939 году. В школьном выпускном альбоме было сказано, что он был застенчив и хотел стать госслужащим. Во время Второй мировой войны Унру в качестве танкиста принимал участие в Арденнской операции и был отмечен наградами за отвагу. Унру также вёл дневник, где тщательно записывал все детали об убитых им врагах, вплоть до описания трупов. В 1945 году он был с почестями демобилизован и вернулся домой, привезя с собой коллекцию медалей и огнестрельного оружия. Дома Унру украсил свою спальню военными атрибутами, а в подвале оборудовал стрельбище. Работать он не хотел и жил за счёт матери, трудившейся на фабрике, в то время как сам Унру бездельничал и посещал церковные службы. В какой-то момент Унру записался на курсы фармацевтов в Университете Темпл (Филадельфия), но бросил их через три месяца.