Beim zweiten Lauf des &lt;a href="Bahnrad-Weltcup%202016/17"&gt;Bahnrad-Weltcups 2016/17&lt;/a&gt; in Apeldoorn belegte der belgische Vierer, bestehend aus Thijssen, Moreno De Pauw, Kenny De Ketele, Robbe Ghys und Jonas Rickaert, Rang zwei. Beim Sechstagerennen von Gent gewann Thijssen gemeinsam mit Hester das U23-Rennen. Im Oktober wurde er im Alter von 19 Jahren bei den Bahneuropameisterschaften in Berlin Europameister im Ausscheidungsfahren.