Летом 2017 года Зюле присоединился к «Баварии», подписав пятилетний контракт. 5 августа в матче за Суперкубок Германии против дортмундской «Боруссии» он дебютировал за новую команду. В этом поединке Никлас завоевал свой первый трофей в составе «Баварии». 18 августа в поединке против «Байера» Никлас забил свой первый гол за «Баварию». В своём дебютном сезоне он стал чемпионом Германии.