Klemen Pretnar gehörte ab den frühen 2000er Jahren den Kadern der slowenischen Nachwuchsnationalmannschaften an. 2004 nahm er mit der U18-Auswahl des Landes an der U18-Junioren-Weltmeisterschaft der Division I teil. Weitere Einsätze im Nachwuchsbereich hatte er bei den U20-Weltmeisterschaften der Division I 2005 und 2006.