El 24 de abril de 1915, Melkon Guirdjian junto con otros intelectuales y figuras prominentes de la comunidad armenia de Constantinopla, los cuales fueron deportados a paraderos desconocidos dentro de las provincias internas del Imperio otomano, como parte del genocidio armenio. Melkon Guirdjian se encontró en las afueras de Ankara, y finalmente fue ejecutado por parte de gendarmes otomanos.