Ottenne la cattedra straordinaria di storia antica nell'Università di Pavia, ma i suoi attacchi al governo e la solidarietà per gli operai dimostrata in occasione dei tragici fatti di Milano nel 1898 gli procurarono una minaccia di arresto per istigazione sovversiva, al quale si sottrasse rifugiandosi a Ginevra, ospite di Maffeo Pantaleoni. Qui scrisse una relazione sulle vicende milanesi, "La sommossa di Milano. Note di un profugo", e le sue impressioni sul paese ospitante, "Attraverso la Svizzera". In queste condizioni, il Ciccotti perdeva l'incarico a Pavia.