I November 1861 blev han assisterende generalinspektør med rang af major, og i juli 1862, efter at have gjort tjeneste i forsvaret af Washington D.C. i nogle måneder blev han forfremmet til brigadegeneral i den frivillige hær. I 1862 fik han sin første kommando under generalmajor John Pope som leder af II korps kavaleribrigade i Army of Virginia, som kæmpede med udmærkelse i det andet slag ved Bull Run. Buford ledede personligt et angreb sent i slaget, men blev såret i knæet af en reflekteret kuble. Såret var smertefuldt, men ikke alvorligt, selv om nogle aviser i sydstaterne berettede at han var blevet dræbt. Han vendte tilbage til aktiv tjeneste og gjorde tjeneste som kavalerichefer for generalmajorerne George B. McClellan og Ambrose E. Burnside. Desværre var hans opgave kun en stabsopgave, og han var utålmodig efter at få kommando over en styrke i felten. Under McClellan's Maryland kampagne, var han igen chef for kavaleriet i Army of the Potomac og deltog i Slaget ved South Mountain og Slaget ved Antietam, hvor han erstattede brigadegeneral George Stoneman i McClellan's stab. Under Generalmajor Joseph Hooker, derimod fik Buford kommandoen over reserve brigaden af regulært kavaleri i 1st Cavalry Division, Army of the Potomac.