Sapa Inca Manco Cápac II. hatte 1536 das Zeichen zum allgemeinen Aufstand der indigenen Bevölkerung gegen die Spanier gegeben, der mit einer ein halbes Jahr währenden Belagerung Cuscos verbunden war. In dieser Zeit forderte Francisco Pizarro, der einen Angriff auf Lima hatte abwehren können, aus ganz Spanisch-Amerika Verstärkung an. Als einer der Letzten traf Alvarado mit einer starken Truppe aus Guatemala ein und wurde von Francisco Pizarro von Lima nach Cusco entsandt. Mit 500 Mann zog Alvarado daraufhin Richtung Cusco, gelangte allerdings nur bis nach Jauja, wo er aus nicht nachvollziehbaren Gründen fünf Monate verbrachte.