La massima serie venne mantenuta per tre consecutive stagioni, nono posto nel 1965-1966 con Virginio De Paoli cannoniere con 13 reti segnate, tredicesimo nel 1966-1967 e nel 1967-68 con un quattordicesimo posto finale, la squadra retrocedette in Serie B. Ritrovata la Serie A grazie al secondo posto alle spalle della e davanti al nel campionato 1968-69, con un altro quattordicesimo posto nel 1969-70 la società assaggiò la massima serie e tornò in B. Durante la stagione 1969-70, il Brescia partecipò inoltre alla Coppa Mitropa, venendo eliminato agli ottavi di finale dagli jugoslavi dell'Hajduk Split.