Todo esto, junto con la muerte de Tudjman en diciembre de 1999, tuvo un impacto en las elecciones parlamentarias de 2000. A pesar de que la HDZ se mantuvo en mayor parte, fue completamente derrotado por una coalición de centro-izquierda de seis partidos de la oposición y muchos vieron gran participación en referéndum en contra de la HDZ, al igual que las elecciones de 1990 había sido visto como el comunismo y el referéndum sobre Yugoslavia. Esta impresión fue subrayada en la elección presidencial de 2000, cuando el candidato HDZ Mate Granić, muy favorecido para ganar, terminó 3 º y no logró entrar en la segunda vuelta que al final ganó por Stipe Mesic.