Era originario di Patmos e zio del futuro patriarca Teofilo III. Fece rinnovare il Monastero di San Giorgio nella Cairo Vecchia e riorganizzò la Biblioteca Patriarcale. Dopo la conquista napoleonica dell'Egitto, a causa delle persecuzioni da parte degli arabi Partenio sarebbe stato costretto a rifiugiarsi prima a Rahitio, poi a Rodi, dove morì nel 1805.