К концу 80-х годов в институте работали 8900 человек, из них в Москве — 1350 человек. В связи с аварией на ЧАЭС «Атомэнергопроекту» было поручено пересмотреть все проекты атомных электростанций СССР с точки зрения повышения их безопасности, в некоторых случаях в них были внесены коррективы. Одновременно институт выполнял проекты более 70 энергоблоков мощностью в основном 1000 МВт каждый, однако из них построены и введены в строй только девять.