Вскоре, однако, Сигизмунд стал нарушать свои обещания, открывая католические школы и назначая католиков на важные посты. Карл также стал проводить собственную политику, подписав в мае 1595 года Тявзинский мирный договор, завершивший войну с Россией, и лишив постов ряд сторонников Сигизмунда. Затем Карл созвал риксдаг в Сёдерчёпинге, провозгласивший его регентом вопреки воле короля; Швеция оказалась на грани гражданской войны. В 1597 году Карл созвал риксдаг в Арбуге, после чего начал военные действия. Сигизмунд попытался уладить конфликт дипломатическими средствами, а потом обратился к польскому сейму за военной поддержкой. В последовавшей войне победил Карл, который и стал единоличным правителем Швеции, а впоследствии был провозглашён королём под именем «Карл IX».