El Parc Nacional de Caguanes n'és a la riba del sud. La mateixa badia és una reserva de la Biosfera i un lloc Ramsar des del 2000. L'àrea de la badia estrictament protegida és de 3.135 km², dels quals 2.245 són marins. N'hi ha altres reserves ecològiques a Cayo Francés, Cayo Santa María, Cayo Guillermo i Cayo Coco, mentre que hi ha una reserva de fauna a Cayo Las Loras. Hi ha també perllongacions d'àrees protegides extenses com Jobo Rosado i Boquerones a l'illa més gran.