Der Isenheimer Altar ist ein Symbol der wirtschaftlichen und kulturellen Blütezeit des frühen 16. Jahrhunderts. 1538 gründete Johannes Sturm in Straßburg das protestantische Gymnasium (1556 Akademie, 1621 Universität Straßburg). Auch das Domkapitel des Bistums Straßburg rang im Straßburger Kapitelstreit 1583–1604 um die Einführung der Reformation. Im Rahmen der Gegenreformation wurden im 17. Jahrhundert in Hagenau, Molsheim, Schlettstadt und Ensisheim Jesuitenkollegs eingerichtet.