V roce 1944 byl Schacht zatčen gestapem po pokusu o atentát na Hitlera 20. července 1944, protože údajně měl kontakt se spiklenci. Následně byl internován až do konce Třetí říše v koncentračních táborech Ravensbrück, Flossenbürg a v závěru války i v Dachau. V posledních dnech války byl jedním ze 134 speciálních vězňů, kteří byli přepraveni SS do "Alpské pevnosti" do Niederdorfu v Jižním Tyrolsku, kde byli 30. dubna 1945 ponecháni svému osudu.