בפברואר ובמאי 1952 השתתף המופתי בשני קונגרסים אסלאמיים נוספים בקראצ'י. הוא הפך פופולרי מאוד בפקיסטן ואגודת העולמא המקומית הציעה לו מינוי ל"שיח' אל-אסלאם" במדינה, אולם הוא בחר לחזור לקהיר. אף כי לפי ההערכה לאל-חוסייני לא היה תפקיד משמעותי במסגרת מהפכת הקצינים החופשיים במצרים בשנת 1952, הרי שבין הקצינים המורדים נכללו אישים שנחשבו כתומכיו, וביניהם גמאל עבד אל נאצר, שליטה העתידה של מצרים, אשר הכיר את המופתי עוד במהלכה של מלחמת העצמאות. בשנות החמישים ישב אל-חוסייני וארגן יחד עם גמאל עבד אל נאצר את פעולות הפידאיון. בקהיר הוא נפגש עם יאסר ערפאת, שהושפע ממנו רבות. "פלסטינונא נדאא אלחיאת", העיתון הראשון שיצא לאור על ידי צעירי הפתח, הכיל רבים מעקרונות המופתי.