La revanche Häkkinen-Schumacher, tant attendue en 1999, semble tourner à l'avantage de l'Allemand et de la Scuderia qui enchaînent les victoires et les podiums en début de saison. Cette dynamique est brutalement interrompue à mi-saison, lorsque l'Allemand se brise la jambe dans un accident au Grand Prix de Grande-Bretagne, et reste éloigné plusieurs semaines des circuits. Auteur d'un solide début de saison avec une victoire au Grand Prix d'ouverture à Melbourne, Eddie Irvine, le lieutenant de la Scuderia, prend le relais et se replace dans la course au titre grâce à deux victoires consécutives en Autriche puis en Allemagne où il bénéficie de l'aide de Mika Salo, le remplaçant de Schumacher, qui lui cède la victoire. Au Grand Prix de Malaisie, l'avant-dernière manche de la saison, il remporte une quatrième victoire, cette fois avec l'aide de Schumacher dont c'est la course de rentrée, ce qui lui permet de reprendre la tête du championnat. Le doublé des Ferrari est remis en cause dans les heures qui suivent la course, les commissaires techniques jugeant illégaux les déflecteurs latéraux des Ferrari et prononçant leur disqualification. Troisième sous le drapeau à damier, Häkkinen est déclaré vainqueur et se retrouve de fait champion du monde. La Scuderia Ferrari fait appel de la sanction et obtient gain de cause quelques jours plus tard devant le Tribunal d'appel de la FIA. Cette décision controversée permet à Irvine de récupérer sa victoire ainsi que ses quatre points d'avance sur Häkkinen au moment d'aborder l'ultime épreuve de la saison. Battu par Häkkinen au Japon, il termine deuxième du championnat. Le beau comportement d'ensemble de la Scuderia lui permet de remporter le titre mondial des constructeurs, son premier depuis 1983.