Bei der Schlacht bei Schowti Wody am Beginn des Chmelnyzkyj-Aufstandes gegen die polnische Herrschaft stand Wyhowskyj noch in polnischen Diensten und wurde nach der Schlacht von den Kosaken gefangen genommen. Auf Grund seiner Ausbildung und Erfahrung ließ man ihn frei und er wurde einer der engsten Berater sowie Nachfolger von Bohdan Chmelnyzkyj. Dieser hatte einen Bündnisvertrag mit Russland geschlossen, doch Wyhowskyj verfolgte eine völlig entgegengesetzte Politik und suchte eine Verständigung mit der polnischen Krone. Diese stellte der Kosakenelite Privilegien in Aussicht, so dass Wyhowskyj im Russisch-Polnischen Krieg 1654–1667 die Seiten wechselte und den Vertrag von Hadjatsch mit Polen-Litauen schloss.