בעונת &lt;a href="%D7%A2%D7%95%D7%A0%D7%AA%202011/2012%20%D7%91%D7%91%D7%95%D7%A0%D7%93%D7%A1%D7%9C%D7%99%D7%92%D7%94"&gt;2011/12&lt;/a&gt;, תחת המאמן החדש יופ היינקס, רובן עדיין סבל מפציעות, וערך 24 הופעות ליגה, בהן הבקיע 12 שערים. רובן ובאיירן מינכן שוב לא זכו באף תואר בגרמניה, כאשר זכורה החטאת פנדל של רובן במשחק הקלאסיקר מול בורוסיה דורטמונד, בו ניצחה דורטמונד בתוצאה 0–1, וסללה לעצמה את הדרך לזכייה באליפות. באיירן ורובן הגיעו באותה עונה לגמר הגביע הגרמני, והובסו על ידי בורוסיה דורטמונד בתוצאה 2–5. רובן הבקיע את השער הראשון לבאיירן בגמר זה. בחצי גמר ליגת האלופות מול ריאל מדריד, ניצחה באיירן בתוצאה 1–2 באליאנץ ארנה, ובמשחק הגומלין בסנטיאגו ברנבאו, פיגרה באיירן בתוצאה 0–2 בשלב די מוקדם של המשחק. עוד במחצית הראשונה זכתה באיירן מינכן בפנדל, אותו רובן תרגם לשער לאחר בעיטה די חלשה שכמעט נעצרה על ידי איקר קסיאס, והביא את המשחק להארכה, שהסתיימה ללא שערים, ובהמשך ניצחה באיירן מינכן בפנדלים. רובן ובאיירן העפילו לגמר ליגת האלופות 2012 שנערך באצטדיונם הביתי, האליאנץ ארנה. במשחק זה שיחקה באיירן מינכן מול צ'לסי, ושלטה במשחק ללא עוררין, ואף הובילה 0–1 משער של תומאס מולר לקראת סיום המשחק. כמה דקות לאחר שערו של מולר, השווה דידייה דרוגבה את התוצאה ושלח את המשחק להארכה. בתחילת ההארכה זכתה באיירן מינכן בפנדל, אותו החטיא רובן. המשחק הסתיים בתוצאה 1-1, ובאיירן הפסידה בפנדלים, וכך רובן סיים עונה ללא תארים, וחיזק את תדמית הלוזר שדבקה בו.