В 1948 году, после февральского переворота, установившего монопольное правление КПЧ, Антонин Прхал был переведён в Прагу. С 1949 — следователь StB, с 1950 года — заместитель начальника 5-го сектора StB (следственный аппарат). Активно участвовал в политических репрессиях и внутрипартийных чистках. Имел звание полковника.