Die Orgel wurde zwischen 1524 und 1525 von Gian Battista Facchetti erbaut, bedeutender Orgelbauer seiner Zeit. Die Verkleidung des Gehäuses wird Giovanni Antonio Scaccieri da Parma zugeschrieben und ist mit der Jahreszahl 1524 gekennzeichnet. Von der Facchetti-Orgel blieben nach der Instandsetzung 1964, entworfen von Luigi Ferdinando Tagliavini und Paolo Marenzi, nur wenige Pfeifen im Original erhalten. Der Zustand der Orgel verschlechterte sich durch das Erdbeben von 2012 erneut, was eine weitere Renovierung bedingte.