Toen de Lijflandse Confederatie uiteenviel onder de aanvallen van Ivan de Verschrikkelijke (Lijflandse Oorlog) kwam het noorden in 1561 bij het Koninkrijk Zweden als Zweeds Estland. Het zuiden van het huidige Estland werd samen met het noorden van het huidige Letland (Vidzeme en Letgallen) een Pools leen (Hertogdom Lijfland) maar kwam in 1629 met de Vrede van Altmark ook bij Zweden als Zweeds Lijfland. In de 17e en 18e eeuw werd veel handel gedreven met de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden. De export bestond vooral uit graan en hout.