Après avoir été libéré du service, il aide ensuite le colonel Alfred H. Terry à lever le 7th Connecticut Infantry, un régiment de trois ans, et est nommé lieutenant-colonel. Il participe à l'expédition de Port-Royal en novembre, et commande les forces affectées à la garnison des deux forts capturés. Il participe aux quatre mois de siège, qui aboutissent à la capture du fort Pulaski en . Encore une fois, il commande la force de la garnison. Avec la promotion du colonel Terry au commandement de la brigade, Hawley lui succède au commandement du 10th Connecticut, menant le régiment lors des batailles de James Island et Pocotaligo.