Karadžić ble anklaget for å ha gitt ordre om etnisk rensning av bosniske kroater og bosnjaker. I 1996 ble han ettersøkt av Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia. Karadžić ble siktet for å stå bak Srebrenica-massakren, der over muslimer ble drept. Srebrenica-massakren regnes som det største folkemordet etter andre verdenskrig. Han ble også siktet for folkemord i løpet av den 43 måneder lange beleiringen av Sarajevo, som kostet menneskeliv.