קובוס הנילוס מסווג על ידי IUCN במצב השימור סכנת הכחדה (EN), עם ירידה מוערכת של 50% בתקופה של 21 שנים בעיקר בשל ציד, אובדן בית גידול, ותחרות עם בעלי חיים מבויתים על מקורות מחייה. הציד הוא בעיקר לבשרו וכן לפרוותו ופוחלציו היקרים, אובדן בית הגידול נגרם בעיקר על ידי בניית סכרים (ובדרום סודאן גם תעלת ג'ונגליי) המצמצמים את מחזור ההצפה הטבעי של ביצות הסוד ומאצ'אר, ולאחרונה הולך וגובר האיום מצד ניצול מאגרי הנפט של דרום סודאן הנמצאים בחלקים הצפוניים של תפוצתו; תחרות עם בעלי חיים מבויתים היא בעיקר עם עדרי בקר גדולים הרועים סביבות ביצות הסוד, אך בעוד שבקיץ השפעתם גדולה בשל התייבשות הביצות, בחורף היא פחות בעייתית בשל מפלס המים הגבוה שאינו מאפשר לבקר להיות בתוכו. בנוסף לכך קובוס הנילוס סבל ממלחמות האזרחים הסודאניות שגרמה להתפשטות יישובי בני אדם ונשק חם לתחומי מחייתו, וכן הטווח שלו מצטמק בתקופת הקיץ כאשר חלקים גדולים מהביצות מתייבשים.