L'any 1936, un cop iniciada la Guerra Civil Espanyola es va exiliar a Cuba. Allà fou el director de la secció de febre tifoide del Laboratori Nacional, a més de ser professor de microbiologia a l'Institut Finlay i fundador de l'Institut Nacional de BCG. A causa de la Revolució Cubana de 1959, Domingo es va exiliar als Estats Units d'Amèrica. Allà, Pere Domingo fou designat expert en tuberculosi de l'Organització Mundial de la Salut (OMS). Va retornar a Catalunya l'any 1962.