Vapaa-ajattelun aatteelliset juuret ulottuvat muinaiseen Intiaan ja Kreikkaan. Renessanssin aikana uudestaan herännyt kiinnostus antiikin humanismiin ja luonnontieteiden nousu edistivät vapaa-ajattelua. 1600-luvun lopulla ja 1700-luvulla vapaa-ajattelu merkitsi ensisijaisesti uskonnosta tai uskonnollisista dogmeista vapaata ajattelua. Nimitys vapaa-ajattelija levisi John Tolandin ja Anthony Collinsin välityksellä. Myöhemmin vapaa-ajattelua kehittivät valistusajattelijat. Ranskan vallankumouksen yhteydessä ilmestyi 1793 lehti "Le Libre Penseur" (Vapaa ajattelija), mutta järjestäytynyt vapaa-ajattelijaliike syntyi vasta myöhemmin.