Im Verlauf des Amerikanischen Bürgerkriegs (1861–1865) brach in Minnesota der Sioux-Aufstand aus. Die Dakota verließen ihr Reservat und überfielen weiße Siedler, von denen insgesamt 450 ihr Leben verloren. Eine hastig zusammengestellte Miliz unter Colonel Henry Sibley konnte die aufständischen Dakota schließlich am 23. September 1862, vier Wochen nach Beginn des Konflikts, am Wood Lake besiegen. 2.000 Indianer ergaben sich den Amerikanern, die 392 Krieger vor Gericht stellten und in einem Schnellverfahren 307 von ihnen zum Tod verurteilten. Bischof Henry B. Whipple aus Minnesota reiste daraufhin nach Washington, um bei Präsident Abraham Lincoln um Gnade zu bitten. Nach eingehender Prüfung wandelte Lincoln die meisten Todesurteile in Haftstrafen um. Nur in 38 Fällen, bei denen Mord oder Vergewaltigung nachgewiesen worden war, blieb die Todesstrafe bestehen. Ein Teil der Dakota war nach Westen geflohen und wurde von den dort lebenden Lakota aufgenommen. Die US-Armee verfolgte die Flüchtigen und schickte Brigade-General Alfred Sully im September 1863 ins Dakota-Territorium. Dort stellte er die aufständischen Sioux bei Whitestone Hill und brachte ihnen eine Niederlage bei. Der Widerstand der Sioux war damit aber nicht gebrochen. Anschließend überwinterte Sully mit seinen Truppen am Missouri River. Generalmajor John Pope, Sullys Vorgesetzter, stellte einen Plan auf, wie man die andauernden Probleme mit den Sioux lösen könnte. Im Juni 1864 verließ Sully mit 2.500 Kavalleristen das Fort, gefolgt von Infanterie, die Forts im Indianerland errichten sollte. Zusätzlich wurde Minnesota-Miliz in Marsch gesetzt, die an der Einmündung des Burdache Creeks in den oberen Missouri mit Sully zusammentreffen sollte.