El hecho significó la casi desaparición de las fuerzas llevadas al Perú por el general José de San Martín, por lo que el historiador argentino Bartolomé Mitre escribió: "quedando así disuelto por el motín y la traición el memorable ejército de los Andes". El general Cirilo Correa asumió luego el comando de los restos de la División de los Andes de la expedición libertadora, reducida a oficiales sin unidades a su mando y un escuadrón del Regimiento de Granaderos a Caballo que combatió en las batallas de Junín y Ayacucho y quedó en la retaguardia en la Batalla de Corpahuaico, regresando sus hombres a Buenos Aires luego de la capitulación realista en Ayacucho. Tras el motín, las unidades chilenas quedaron disueltas por completo en el Perú. El 31 de enero de 1825 mientras aún se mantenía el sitio del Callao, el almirante Manuel Blanco Encalada negoció con el jefe realista Rodil la liberación de 16 oficiales chilenos quienes se encontraban prisioneros en las fortalezas desde el alzamiento de la guarnición.