Το Τάγμα εκδιώχθηκε όταν η Πρώτη Γαλλική Δημοκρατία εισέβαλε στα νησιά το 1798, (Γαλλική εισβολή στη Μάλτα) σηματοδοτώντας την αρχή της διετούς γαλλικής κατοχής στη Μάλτα.