До 1. марта 1944. опсада Лењинграда је завршена и совјетске трупе су се налазиле на граници са Естонијом. Совјети су 14. септембра покренули Балтичку офанзиву, двоструку војно-политичку операцију за разбијање немачких снага. On 16 September the Врховна команда копнене војске Вермахта издала је 16. септембра план којим ће естонске снаге покривати повлачење Немачке. Совјети су убрзо стигли до естонске престонице Талин, где је прва мисија НКВД-а била да спречи бекство из државе, међутим, многе избеглице су успеле да побегну на Запад. НКВД је такође циљао чланове Националног комитета Републике Естоније. Немачке и летонске снаге остале су заробљене у Курландском џепу до краја рата, капитулирајући 10. маја 1945. године.