Dne 27. září 1941 byl do funkce zastupujícího říšského protektora jmenován Reinhard Heydrich, kterého Pfitzner obdivoval a snažil se mu zalíbit. Dne 5. prosince 1941 konzultoval Heydrich s K. H. Frankem personální změny na vyšších místech. Heydrichovi se však Pfitzner patrně nezamlouval. O Pfitznerových intelektuálních postojích měl nevalné mínění i Joseph Goebbels, který nechal zničit jeho dějiny Polska (Grosse Weltgeschichte Polen, 1939). K takovému postoji se přidali i další (např. SS-Sturmbannführer Walter Jacobi a šéf pražského gestapa Horst Böhme). Pfitzner cítil, že jeho pozice je ohrožena, a začal hledat podporu. Byl přijat Frankem, který jej uklidňoval tím, že mu bude umožněn důstojný odchod a místo profesora na univerzitě v Královci nebo Berlíně. Pfitzner hledal oporu také u sudetoněmeckých nacistů (Franz Mai, Konstantin Hösse, Alfred Buntru) a napsal i Henleinovi. Dne 27. května 1942 byl při operaci Anthropoid zraněn Heydrich a 4. června 1942 na následky zranění zemřel. Pfitzner opět cítil svoji šanci, aktivně se účastnil všech akcí spojených s Heydrichovou smrtí a horlivě jej oplakával. Za měsíc se však již opět mluvilo o jeho odchodu. Fuchs mu nabízel místo profesora na univerzitě ve Štýrském Hradci, to však bylo pro Pfitznera málo. Frank mu slíbil důstojný odchod, což pro něj znamenalo být profesorem v Berlíně nebo rektorem na univerzitě v Praze atd. Jedinou oporou mu v této době byli pražští příslušníci SA.