Od března 1944 do června 1944 byl náměstkem náčelníka poboček IVA a IVB (nepřátelé režimu a činností sekt a církví) v Říšském hlavním bezpečnostním úřadu (RSHA). V prosinci 1944 byl jmenován nástupcem Františka Josefa Hubera jako šéfa SiPo, Gestapa a SD ve Vídni. V této funkci byl zodpovědný za boj s odbojem vedené členy Wehrmachtu majorem Karlem Biedermannem, kapitánem Alfredem Huthem a nadporučíkem Rudolfem Raschke. Tento odboj se pokusil zachránit Vídeň před zničením a předat Vídeň spojencům. Odbojáři byli Mildnerem popraveni. Následně byla Vídeň Sověty obsazená a Mildner se vrátil do Linze. Zde byl náměstkem Františka Josefa Hubera. V květnu 1945 uprchl na západ a byl zatčen americkou armádou a svědčil v norimberském procesu. Americká armáda zadržovala Mildnera a zachránila ho před předáním do rukou vyšetřovatelů válečných zločinů, protože jeho znalost komunistické subverze byla považována za užitečnou.