Erik 14. af Sverige ville derimod sikre Sveriges interesser i Sværdbroderordenens dødsbo og erobrede Estland. Dette krydsede Danmarks, Polens og Ruslands udvidelsesplaner i samme retning. Dette, og at Danmarks fornyede sine krav om, at unionen skulle genskabes, gjorde, at den nordiske syvårskrig brød ud 1563. Den afsluttedes 1570 ved Erik 14.s afsættelse. I stedet gjorde erobringen af Estland, at Johan 3. blev indviklet i en krig mod Rusland, som varede til Rusland opgav sine krav på dette land ved freden i Teusina 18. maj 1595.