Als England vier Jahre später Krieg gegen Frankreich führte und Eduard I. von den Schotten militärische Hilfe verlangte, verweigerte Balliol ihm jedoch die Unterstützung. Eduard marschierte daraufhin 1296 in Schottland ein, ließ den Großteil der Bevölkerung von Berwick-upon-Tweed massakrieren und blieb in der darauf folgenden Schlacht bei Dunbar am 27. April Sieger. Er zwang König John Balliol im Juli zur Kapitulation. Adel und hoher Klerus mussten Eduard als Oberherrscher "(overlord)" von Schottland anerkennen. Englisches Recht und englische Verwaltung wurden eingeführt, gedeckt von Garnisonen in vielen Burgen. Balliol wurde im Londoner Tower inhaftiert und später nach Frankreich verbannt. Damit begann das Zweite Interregnum, in dem sich eine schottische nationale Identität entwickelte. Diese zeigte sich in einer Kette von Widerständen, so dass 1297 vor allem die mittleren Ränge der schottischen Lokalherren zum bewaffneten Aufstand bereit waren. Sie sahen sich englischen Herren gegenüber, die ihre gesellschaftliche und wirtschaftliche Stellung gefährdeten. Einer ihrer Führer wurde William Wallace, der den Sheriff von Lanark tötete. James Stewart unterstützte den Aufstand, die Bruces, bald auch Bischof Wishart und viele frühere Gegner von Balliol. Einige Schotten desertierten aus dem Heerlager Edwards in Frankreich und wurden zu Führern der Aufständischen. Schottland schloss mit Frankreich einen Vertrag zur gegenseitigen Unterstützung gegen den gemeinsamen Feind England, die "Auld Alliance".