Незважаючи на його зусилля, іспанська папська армія зазнала поразки, і 11 квітня 1512 р. у Равенні його захопили у полон французи на чолі з Гастоном де Фуа. Фернандо II відмовився викупити його, і Наварро перейшов на службу до короля Франції Франциска I. Він продовжував супроводжувати французькі армії у їхній кампанії проти Мілана (1515—1516) і бився разом із королем Франциском проти швейцарців у битві при Маріньяно (13–14 вересня 1515). Продовжуючи свою французьку службу, він приймав участь в битві під Бікоккою (27 квітня 1522) і потрапив у полон, коли іспанці захопили Геную на початку наступного року (1523). Звільнений після Мадридського договору (14 січня 1526 р.), він повернувся на французьку службу, знову потрапивши в полон під час служби французької експедиції в Італії (1527 р.).