Schubert besuchte das Wiener Gymnasium Theresianum. Noch vor der Matura erlebte er den NS-Einmarsch 1938. Er wurde wegen seines Asthmas als nicht kriegsdienstfähig eingestuft (nur als „arbeitsverwendungsfähig“), daher konnte er in Wien studieren. Die Judenverfolgung bewog ihn zur wissenschaftlichen Auseinandersetzung mit dem Judentum. So erhielt er den Spitznamen „Moses“. Der engagierte Katholik Schubert begann bereits mitten im Krieg am Institut für altorientalische Philologie der Universität Wien mit dem Hebräisch-Studium. 1944 promovierte er mit einer Untersuchung über die Außenpolitik König Hammurabis.