1945年に入り、アメリカ軍によるフィリピン奪還や南シナ海でのグラティテュード作戦により日本の南方からの資源還送ルートは滅亡寸前となった。日本軍は南号作戦などを発動して資源還送を策したが、1945年3月にヒ88J船団が悲劇的な壊滅をして作戦は打ち切られ、南方からの資源還送ルートは途絶した。ルートが途絶して約3か月後、南方からの資源還送が突然計画されることとなった。そして、この還送に「愛天丸」が起用されることとなった。7月15日、「愛天丸」に長谷部喜蔵大佐が指揮官として赴任。乗組員のうち重要配置についていた者10名以外はすべて日本人乗組員に入れ替え、乗組員総計は42名となった。また、船名も「第二江之島丸」と改名した。「愛天丸」改め「第二江之島丸」はセレター軍港に回航され、船体を鉄板で補強するとともに高角砲2基、20ミリ機銃6基、10ミリ旋回機銃4基を装備し、でガソリンを満載して出港の時を待った。