Miki Andō fait un retour en force lors de la saison 2006/2007. Elle remporte l'or au Skate America et l'argent au Trophée de France, se qualifiant ainsi pour la Finale du Grand Prix. Toutefois, lors de cette compétition, elle ne termine que . Il fut révélé plus tard que l'équipe japonaise était handicapée par un virus. Lors des championnats du Japon, Miki Andō termine deuxième derrière Mao Asada et obtient une place pour les championnats du monde 2007 qui ont lieu à Tokyo. Elle s'y classe deuxième dans les deux segments de la compétition et obtient un score total de 195.09 points. Elle devient ainsi championne du monde devançant de moins d'un point Mao Asada. Miki Andō y établit également ses meilleures scores personnels. Elle est nommée Japonaise de l'année 2007 par le magazine Vogue.