Изабелла была четвёртой дочерью короля Арагона Хайме I Завоевателя и его второй жены Иоланды Венгерской. По отцовской линии была внучкой Педро II Католика, первого вассала Папы Римского среди арагонских королей и участника альбигойского крестового похода, а также Марии де Монпелье. По материнской линии происходила из венгерской династии Арпадов и приходилась внучкой королю Венгрии Андрашу II, предпринявшему Пятый крестовый поход, и Иоланде де Куртене, принцессе Латинской империи.