Jednou z nejtemnějších stránek této války jsou masakry civilistů, které se odehrály na obou stranách. 9. dubna 1948 byla během akcí organizovaných kvůli obnovení průchodnosti jeruzalémského koridoru napadena jednotkami Irgunu a Lechi arabská vesnice Dejr Jásín (viz Masakr Dejr Jásin). Ironií osudu tato vesnice nedlouho předtím uzavřela přátelství se sousední židovskou obcí Giv'at Ša'ul. Zhruba 100–200 mužů, žen a dětí bylo během útoku zabito, přeživší pak byli příslušníky Irgunu a Lechi předváděni v Jeruzalémě a byla údajně plánována jejich poprava, které zabránili až obyvatelé Giv'at Ša'ul, kteří vzali přeživší pod svou ochranu a zabezpečili jim bezpečný odchod do Jordánska. Ačkoli tento masakr odsoudili jak představitelé izraelské vlády, tak Hagany (velitel jeruzalémského okrsku David Šaltiel chtěl původně vůdce útoku nechat zastřelit, poté ovšem svůj záměr odvolal, neboť obě skupiny potřeboval pro boje v Jeruzalémě), přesto zůstává stále skvrnou celé války. Paradoxně zbraně poskytla Irgunu a Lechi právě Hagana, aby jí tyto organizace pomohly v bojích kolem Jeruzaléma.