În urma , Massoud, care a respins interpretarea fundamentalistă a islamului susținută de aceștia, a continuat să lupte împotriva acestora până la retragerea sa în Kulob, Tadjikistan. A devenit liderul militar și politic al sau Alianța Nordică care a ajuns în anul 2000 să controleze între 5-10% din țară. În 2001, Massoud a vizitat Europa și a atras atenția în cadrul unor întâlniri cu Parlamentul European asupra sprijinului oferit de guvernul pakistanez talibanilor. De asemenea, a solicitat pentru cei aflați sub domnia acestora. Massoud a fost asasinat pe 9 septembrie 2001. Două zile mai târziu, atentatele din 11 septembrie au loc în Statele Unite. Aceste acțiuni vor conduce la invadarea de către NATO a Afganistanului și încheierea unei alianțe cu forțele lui Massoud. Două luni mai târziu, în decembrie 2001, regimul taliban a fost înlăturat.