Francesc Josep va estar preocupat pel nacionalisme durant tot el seu regnat. Va concloure el compromís austrohongarès de 1867, que va atorgar una major autonomia a Hongria i va transformar l’Imperi austríac en la monarquia dual d’Àustria-Hongria. Va governar pacíficament durant els següents 45 anys, però va patir personalment les tragèdies de l'execució del seu germà, l'emperador Maximilià I de Mèxic el 1867, el suïcidi del seu únic fill i hereu, el príncep Rudolf, el 1889, l'assassinat de la seva dona, l'emperadriu Elisabeth ("Sisi"), el 1898, i l'assassinat del seu nebot i presumpte hereu, l'arxiduc Francesc Ferran, el 1914.