Gregor XIII. sa prejavil ako nezmieriteľný nepriateľ protestantizmu a horlivý šíriteľ myšlienok protireformácie. S veľkým zadosťučinením privítal správu o povraždení hugenotov vo Francúzsku počas tzv. bartolomejskej noci a na túto počesť dal v Ríme slúžiť slávnostné omše, ktoré sa niesli v duchu víťazstva cirkvi nad nevercami. Vo svojom protireformačnom úsilí plánoval zorganizovať vojenské ťaženie proti anglickej kráľovnej Alžbete I. V tejto súvislosti naliehal na kráľa Filipa II. a mienil ho poveriť vedením invázie do Anglicka. Nielenže mu tento zámer nevyšiel, ale s veľkým znepokojením musel sledovať ako v Európe silnie reformačné hnutie a viaceré krajiny sa odlúčili od katolicizmu (napr. Švédsko, veľké časti územia Nemecka). Gregorovou istou satisfakciou bolo primknutie sa Poľska k Rímu.