Градът става столица на независим Чад през 1960 година, през 1968 година населението му достига 126 хиляди души, а днешното си име получава през 1973 година (от арабското име на съседно село). Нджамена е частично разрушен през 1979 и отново през 1980 година по време на Гражданската война, като почти цялото му население се прехвърля от другата страна на река Шари, на територията на Камерун, а през 1980-1981 година градът е окупиран от либийски войски по време на Чадско-либийския конфликт. Жителите се завръщат в града едва през 1981-1982 година, но до 1984 година училищата остават затворени, а повечето публични услуги са силно ограничени. През следващите години населението на града нараства, до голяма степен за сметка на заселването на бежанци от провинцията, и през 1993 година надхвърля половин милион души.