В сборной Хорватии Цвитанович дебютировал 22 октября 1992 года в матче с Мексикой, а через два года 17 августа 1994 года забил свой первый гол за сборную, поразив ворота Израиля в Тель-Авиве. В 1996 году Цвитанович в составе сборной Хорватии поехал на чемпионат Европы, но игроком основы игрок не был, проведя в квалификации лишь 1 игру, а потому на самом турнире на поле не выходил. В 1998 году Цвитанович должен был поехать на чемпионат мира, но всего за несколько недель до начала мундиаля он был вынужден покинуть ряды сборной, после конфликта с главным тренером хорватов Мирославом Блажевичем. Лишь весной 1999 года Цвитанович ненадолго вернулся под «знамёна» сборной: 12 июня Цвитанович забил свой последний гол в футболке национальной команды, поразив ворота Египта, а 19 июня провёл свой последний игру, выйдя на поле в матче с Кореей.