2010 szeptemberében aztán kinevezték Paulo Bentot a portugál felnőtt válogatott szövetségi kapitányává, aki rögtön be is hívta stábjába korábbi segédjét, így Pontes igen megtisztelő feladatot kapott. Négy évig volt a válogatott segédedzője, részt vett a 2012-es Európa-bajnokságon, majd a 2014-es világbajnokságon is. Utóbbi nem túl jó emlékű a portugálok számára, hiszen már a csoportkört követően búcsúzni kényszerültek, ez pedig Bento és stábjának állásába került.