Ngày 7 tháng 10 năm 1947, chỉ một ngày sau lễ khai giảng của trường, quân đội Pháp tấn công Việt Bắc. Trước tình thế bắt buộc, các bác sĩ cùng gia đình và sinh viên của trường phải rời trường lánh vào rừng sâu. Sau một thời gian lùng sục, quân Pháp phát hiện được nơi trú ẩn và kêu gọi các bác sĩ trở về Hà Nội làm việc, nếu không thì sẽ nguy hiểm đến tính mạng. Trong phút giây nguy cấp, bác sĩ Đặng Văn Chung đành phải cùng gia đình trở về Hà Nội, quay về làm việc tại trường Y trong vùng do Pháp quản lý. Năm 1952, ông sang Paris thi lấy bằng thạc sĩ y khoa, học vị cao nhất trong ngành y lúc bấy giờ.