Scofield combatté nella guerra civile americana come membro dell'11º reggimento della riserva della Pennsylvania. Divenuto luogotenente, dopo la battaglia di South Mountain fu promosso capitano. Partecipò a tutte le battaglie del suo reggimento fino alla Battaglia del Wilderness il 5 maggio 1864, quando fu fatto prigioniero ed erroneamente riportato come morto. Fu prigioniero per dieci mesi, durante i quali fu detenuto nelle prigioni del sud prima di essere rilasciato a Wilmington, nella Carolina del Nord, il 1º marzo 1865. Fu promosso maggiore dopo la sua liberazione.