Peu à peu et jusqu'au début du combat de libération en 1821, les klephtes et les armatoles, qui représentaient en fait la seule puissance militaire de Grèce, combattaient l'occupation grâce à l'utilisation de leur technique très aboutie de guérilla. Sans lien avec leurs premières motivations, ces troupes de brigands formaient le « levain de la liberté » comme l'écrivait peu après Makriyánnis. Fort de sa formation militaire, Kolokotrónis, dans le Péloponnèse, leur imposa un mode d'organisation rationnel, alors qu'ailleurs les forces restaient plus dispersées. Une partie des troupes irrégulières s'engagea dans l'armée régulière créée par le français Fabvier, comme le fait Makriyánnis en 1825.