২০০৯ সালে মার্চ-এপ্রিল মাসে পাকিস্তান সফরে মাহেলা জয়াবর্ধনে টেস্ট সিরিজের নেতৃত্ব দেন। ২০০৮ সালের মুম্বাই হামলার পর ভারত পাকিস্তান সফর ভেঙ্গে দিলে ঐ সিরিজের আয়োজন করা হয়েছিল। প্রথম টেস্টটি ড্র হয়। এতে তিনি ডাবল সেঞ্চুরি বা দ্বি-শতক করেন। কিন্তু দ্বিতীয় টেস্টের পর তিনি অধিনায়কত্ব থেকে সরে দাঁড়ান। ঐ টেস্টে শ্রীলঙ্কা খুবই ভাল অবস্থানে ছিল। থিলান সামারাবীরা পরপর দুই টেস্টে দু'টি দ্বি-শতক এবং তিলকরত্নে দিলশান সেঞ্চুরি করেছিলেন। গাদ্দাফি স্টেডিয়ামে অনুষ্ঠিত টেস্টটির তৃতীয় দিনের খেলায় অংশগ্রহণের উদ্দেশ্যে যাত্রার মাঝখানে ১২ জন মুখোশধারী অজ্ঞাতনামা বন্দুকধারীদের হামলার শিকার হয় বাসটি। জয়াবর্ধনে ও তার সহযোগী আরো ছয়জন শ্রীলঙ্কান খেলোয়াড় গুরুতর আঘাতপ্রাপ্ত হন। তাদের নিরাপত্তায় নিয়োজিত ছয়জন পুলিশ এবং দুইজন সাধারণ নাগরিক এ আক্রমণে নিহত হন।