Командування веде активну діяльність, спрямовану на боротьбу з тероризмом у визначеній зоні відповідальності Центрального Командування Збройних сил США; воно із самого початку операції «Нескорена свобода» розпочало підготовку до дій на території Афганістану. 5 жовтня 2001 року на авіаційній базі Карші-Ханабад в Узбекистані була сформована "Об'єднана оперативна група спеціальних операцій — Північ" (), котра вже з 7 жовтня керувала бомбардуванням важливих об'єктів на території сусіднього Афганістану. Бойовий кістяк ударного угруповання спецоперацій становили бійці 5-ї групи ССО, відомої як оперативна група «Даггер». Тим часом, під керівництвом Командування «Центр» на півдні розгорталася оперативна група «K-BAR».