Buberník spelade 23 landskamper för det tjeckoslovakiska fotbollslandslaget mellan 1958 och 1963 och gjorde totalt fem mål. Han deltog i fotbolls-VM i Sverige 1958 och i fotbolls-EM i Frankrike 1960, där Tjeckoslovakien kom trea. Med Buberník i landslaget tog sig Tjeckoslovakien även till VM-finalen i Chile 1962, men slutade tvåa efter en förlust mot Brasilien.