Iniciou a carreira no Metalist Kharkiv em 1981, tendo atuado em apenas 2 jogos. Fez parte do vitorioso elenco do Dínamo de Kiev nos anos 1980, disputou a Copa de 1986 com onze colegas de equipe. No jogo inaugural, contra a Hungria, marcou aquele que seria seu único gol pela União Soviética, logo aos dois minutos da partida. Prejudicado por lesões, Yakovenko não disputou a Eurocopa de 1988 nem a Copa de 1990. Com a dissolução da União Soviética em 1991, não chegou a jogar pela Seleção Ucraniana logo após a independência do país.