いよいよルソン島の戦いが差し迫った1944年12月19日にも、第19師団の輸送のためヒ85船団へ加入し、門司を出港した。「吉備津丸」は高雄でヒ85船団と分かれ、陸軍特殊船「神州丸」「日向丸」および貨物船「青葉山丸」（三井船舶：8811総トン）とともに12月26日にサンフェルナンドへの揚陸を強行した。船団はアメリカ陸軍航空軍から猛烈な空襲を受け、揚陸中に「青葉山丸」が沈没したが、本船は無事に揚陸を完了した。本船は、負傷兵など便乗者500-550人を収容している。残存船団3隻はマタ40船団と改称して高雄へ帰ろうとしたが、1945年1月3日に第38任務部隊の艦上機により捕捉された。これまで無傷の「吉備津丸」もついに爆弾2発が船首を直撃し、至近弾10発も受けたが、沈没は免れた。応戦していた船砲隊69人・便乗者2人または75人が戦死し、徴用船員に被害は無かった。この戦闘で僚船のうち「神州丸」は撃沈され、「日向丸」も損傷している。高雄での応急修理後、基隆港および青島を経て2月に日本へ帰還した。日本への帰還後は、三菱造船神戸造船所で修理工事に入った。