Emilio Pujol ist das letzte von fünf Kindern der 1869 getrauten Eheleute Cristina Vilarrubí und Ramón Pujol Subirat. Er begann mit dem Gitarrespiel bereits in seinem 40 km südlich der Provinzhauptstadt Lleida gelegenen Geburtsort, zog jedoch 1894 nach Barcelona, wo bereits sein elf Jahre älterer Bruder als Student lebte. Anfangs spielte Emilio Pujol auf der Bandurria und war Solist in einem Studentenorchester, einer „Estudiantina“, die vor allem aus Bandurrias und Gitarren bestand. Mit Erfolg trat dieses Ensemble während der Weltausstellung Paris 1900 auf.