Осенью 1999 года в Дагестан вторглись исламские боевики, и для предотвращения дальнейших действий с их стороны в республику были направлены бойцы «Альфы». В том же году «Альфа» вступила в бои в Чечне против сил Чеченской Республики Ичкерия и иностранных исламских наёмников, которые шли в рамках начавшейся Второй чеченской войны. Параллельно в январе 2000 года в Иерусалиме оперативники входили в состав сил, охранявших Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II, который посетил Иерусалим по случаю 2000-летия Рождества Христова.