בתקופה שלאחר פיגועי 11 בספטמבר, ידעו היחסים בין ארצות הברית לסין שיפור מסוים. הסינים גינו את הפיגועים, תמכו ביציאה האמריקנית לאפגניסטן ב-2001; ומאוחר יותר הם אף תרמו 150 מיליון דולר לשיקום אפגניסטן ולייצובה לאחר הפלת שלטון הטליבאן. תקופת בוש התאפיינה בהתמקדות הממשל בנעשה במזרח התיכון, ובהורדת פרופיל מסוימת במזרח אסיה, דבר שהסינים ראו באופן חיובי. למרות זאת, שררו בסין חששות מסוימים לאחר שארצות הברית הרחיבה את אחיזתה במרכז אסיה והקימה בסיסי צבא במדינה כמו טג'יקיסטן, מדינה הגובלת עם סין ממערב. על היחסים בין סין לארצות הברית העיבו במיוחד היחסים הקרובים שקיימה ארצות הברית עם טאיוואן, אויבתה המושבעת של סין. ב-25 באפריל 2001 נשאל בוש אם ארצות הברית תבוא לעזרתה של טאיוואן, אם זו האחרונה תותקף בידי סין. הוא השיב: "הסינים צריכים להבין שארצות הברית תעשה כל מה שנדרש כדי לעזור לטאיוואן להגן על עצמה... אף על פי שיש לנו (סין וארצות הברית) אינטרסים משותפים, הסינים צריכים להבין שיש מקומות (כמו הסוגיה הטאיוואנית) בהם אנחנו לא מסכימים".