Il revoit les Athletics d'Oakland au premier tour éliminatoire et mérite une décision gagnante. Il perd cependant à son seul départ en Série de championnat contre Seattle. En Série mondiale 2001, sa quatrième série finale en quatre ans, on lui confie la balle le pour le match #4, que les Yankees espèrent remporter devant leurs partisans pour égaler à 2-2 la série face aux Diamondbacks de l'Arizona. Curt Schilling ne donne qu'un point du côté des Diamondbacks, mais Hernández fait de même pour les Yankees et quitte sur une égalité en septième manche. Il n'est pas impliqué dans la décision dans ce match gagné en dix manches par les Yankees. Arizona gagne toutefois la finale dans la limite de sept parties, Hernández ne revenant pas au monticule.