En 1809, en la guerra de la Quinta Coalición contra Francia, Fernando mandó un ejército austríaco de 36.000 hombres. En abril invadió el ducado de Varsovia con la esperanza de animar a un levantamiento local en contra de Napoleón (ver Guerra polaco-austriaca). Pero los polacos se unieron con el príncipe Józef Antoni Poniatowski. Fernando fue derrotado en la Batalla de Raszyn, aunque logró ocupar Varsovia. En junio, sin embargo, Fernando se vio obligado a retirarse de Varsovia, y renunciar a Cracovia y a Galitzia.