Tijdens het beleg van Maastricht door de Spanjaarden in 1579 raakten zowel het klooster als de kerk zwaar beschadigd. Van de kerk moest een deel van het gewelf worden vernieuwd. Bij de belegeringen van 1632 en 1673 raakte het kerkdak opnieuw beschadigd. In 1796 werd het klooster door de Franse overheid opgeheven en kregen kerk en klooster een militaire bestemming, eerst als munitiemagazijn, daarna als kazerne. Dat bleef zo na het vertrek van de Fransen in 1814. Waarschijnlijk werd in die tijd een tussenvloer in de kerk aangebracht, mogelijk ten behoeve van een bakkerij en kledingmagazijn voor het garnizoen.