Il film successivo fu "La guerra dei mondi", tratto dall'omonimo classico di H. G. Wells; prodotto con un budget di 200 milioni di dollari il film avrebbe dovuto essere girato nel 2006, ma lo slittamento dei progetti di Spielberg ("Munich") e Cruise ("") ne fecero anticipare le riprese. Spielberg, in un'intervista concessa alcuni giorni prima della presentazione del film, ha raccontato che l'idea di dirigere "La guerra dei mondi" è nata mentre lui e Tom Cruise discorrevano amichevolmente durante un loro incontro. Per rispettare le scadenze e per evitare il sovrapporsi degli altri impegni di lavoro, la produzione fu costretta ad accelerare i tempi delle riprese, tanto da provvedere al completo sgombero di un intero quartiere di Beyonne nel New Jersey. In successive interviste Spielberg ha ammesso che la tensione e la drammaticità degli eventi dell'11 settembre hanno sicuramente influenzato la scelta di realizzare un film dai toni particolarmente cupi e drammatici. Il giorno stesso all'uscita del film, Spielberg iniziò le riprese di "Munich", sui tragici eventi del Settembre Nero e del massacro di Monaco ai Giochi olimpici estivi del 1972. Il film, giudicato dalla critica come uno dei più maturi di Spielberg, ha ricevuto 5 nomination all'Oscar, ma senza poi vincerle. Spielberg ha comunque ricevuto il premio Lifetime Achievement Award dalla CIFF (Chicago International Film Festival's) per la regia.