מאז קבלת העצמאות ב-1962 ועד הבחירות ב-1993 נשלטה בורונדי בידי שרשרת רודנים צבאיים, כולם בני מיעוט הטוטסי. לאורך כל השנים האלו אירעו מהומות אתניות נרחבות, כולל האירועים בשנות 1964, 1972 (רצח העם בבורונדי) וסוף שנות השמונים. בבחירות הדמוקרטיות הראשונות, בשנת 1993, ניצחה החזית למען הדמוקרטיה בבורונדי (FRODEBU), בהנהגת ברוב ההוטו, ומנהיג המפלגה מלכיור נדאדיה היה לנשיא ההוטו הראשון של המדינה. ברם, הוא נרצח חודשים אחדים לאחר מכן על ידי קבוצת קצינים השייכת לשבט הטוטסי, ובעקבות הרצח פרצה מלחמת האזרחים בבורונדי שנמשכה עד שנת 2005.