Joxe osallistui Indokiinan sodan rauhanneuvotteluihin 1954. Vuonna 1959 hänestä tuli pääministerin viraston valtiosihteeriksi. Seuraavana vuonna Joxe toimi lyhyesti opetusministerinä ja nimitettiin sitten vaikeaan Algerian-asioiden ministerin tehtävään. Hänellä oli merkittävä rooli Algerian itsenäisyyteen johtaneen Évianin sopimuksen laadinnassa.