Liderando Austrália na Copa da Ásia de 2007 foi uma grande honra, mas desta vez o torneio foi um decepcionante para Neill e seus colegas Socceroo. Austrália venceu apenas um jogo, com Neill demitido na derrota por 3-1 para o Iraque e, em seguida, perder um pênalti na derrota tiroteio contra o Japão em uma quartas-de-final.