Перед чемпионатом Европы 2000 года Недвед не мог полноценно тренироваться из-за травмы лодыжки. В первом матче финальной части турнира против Нидерландов он и его напарник по команде Ян Коллер поочерёдно попадали в каркас ворот, затем голландцы забили спорный пенальти, выиграв с минимальным счётом. Во втором матче против Франции Недвед заработал пенальти, который реализовал Карел Поборский, сравняв счёт (1:1). Несмотря на два удара по воротам, Недвед не смог забить французскому вратарю Фабьену Бартезу, и Франция выиграла матч со счётом 2:1. Недвед играл в третьем матче группы против Дании; несмотря на победу чехов со счётом 2:0, команда покинула турнир. После Евро-2000 Недвед принял капитанскую повязку сборной у Иржи Немеца.