Als in 1904 de opstand van de Herero uitbreekt houdt Hendrik Witbooi zich eerst afzijdig. Hij waarschuwde Hereroleider Samuel Maharero al eerder dat hij de Europese kolonisator als een grotere bedreiging beschouwde dan de onderlinge strijd tussen de inheemse volken. Nadat de Herero in augustus 1904 zijn verslagen, voert Witbooi verschillende Namastammen in de strijd tegen de Duitsers aan. Deze opstand staat ook bekend als de Hottentottenopstand. Generaal Lothar von Trotha looft beloningen uit voor degene die de Namakapiteins aanbrengt en waarschuwt de Nama dat zij hetzelfde lot zullen ondergaan als de Herero (zie ook Namibische Genocide).