Kaiser Johannes VI. Kantakuzenos machte 1353 Philotheos Kokkinos zu seinem Kandidaten für den Patriarchenthron, nachdem sich Patriarch Kallistos I. geweigert hatte, den Sohn des Johannes VI., Matthaios Kantakuzenos, zum Mitkaiser zu krönen, und so den seit dem Ende des ersten Bürgerkrieges zwischen Kantakuzenoi und Palaiologen (1347) mitregierenden Johannes V. Palaiologos in den Hintergrund zu drängen. Kallistos I. ging ins Exil und Philotheos Kokkinos bestieg den Patriarchenthron. Doch Johannes V. Palaiologos konnte sich im erneut ausbrechenden Bürgerkrieg durchsetzen, Johannes VI. Kantakuzenos dankte 1354 ab und wurde Mönch. Auch Philotheos Kokkinos wurde als Patriarch abgesetzt und exkommuniziert, Kallistos I. kehrte auf den Patriarchenthron zurück.