En su gestión la economía mexicana creció a un nivel de 6.1 %, promovió el desarrollo de puertos marítimos como Puerto Madero y Lázaro Cárdenas, fue creado el Instituto del Fondo Nacional de la Vivienda para los Trabajadores, el Instituto Mexicano de Comercio Exterior y su política exterior fue activa. Fue acusado por la FEMOSPP y por la fiscalía mexicana de fraguar junto a Gustavo Díaz Ordaz la matanza del 2 de octubre de 1968 y la desaparición forzada de personas y disidentes en el contexto de la Guerra sucia en México, por lo que se convirtió en el primer expresidente mexicano en recibir dos órdenes de aprehensión por presunto genocidio, cumplir una prisión domiciliaria y finalmente ser absuelto de toda responsabilidad en 2009.