Bereits in seiner Freshman-Saison erzielte er in 42 Spielen 25 Punkte und wurde am Ende der regulären Saison ins "CCHA All-Rookie Team" gewählt. Zudem schlossen die Wolverines die reguläre Saison auf dem ersten Platz ab und nahmen an der landesweiten Meisterschaft der NCAA teil. Dort setzte sich die Mannschaft in den Regionalausscheiden durch und nahm somit an den Frozen Four in Saint Paul, Minnesota teil. Dabei erreichte das Team das Finale durch einen Sieg gegen die University of North Dakota und musste sich in der Folge nur dem Team der University of Minnesota Duluth geschlagen geben. Merrill wurde dabei ins All-Tournament Team gewählt. Nach diesem Erfolg als zweitbeste Universitätsmannschaft des Landes reiste er mit der U20-Nationalmannschaft zur U20-Junioren-WM 2011, um dort die Bronzemedaille zu gewinnen. Mit diesen Leistungen machte Merrill auch Scouts der National Hockey League auf sich aufmerksam, sodass er im anschließenden NHL Entry Draft des Jahres 2011 an 38. Position von den New Jersey Devils ausgewählt wurde.