Nachdem sein Vorgänger wegen Studentenunruhen zurückgetreten war, wurde Boselli am 17. Februar 1888 Unterrichtsminister unter Ministerpräsident Francesco Crispi und blieb dies bis zum 6. Februar 1891. In dieser Zeit waren verschiedene Schulreformen sein Hauptarbeitsgebiet. Seine Ziele – eine Vereinheitlichung des Schulsystems und eine stärkere Einbeziehung technischer Bildung in den Unterricht – konnte er dabei wegen des Widerstandes im Parlament nur teilweise umsetzen. Am 15. Dezember 1893 wurde er – wiederum unter Crispi – Minister für Landwirtschaft, Industrie und Handel und wechselte am 14. Juni 1894 in das Finanzressort. Die Bekämpfung der damaligen schweren Wirtschaftskrise und die Konsolidierung des Staatshaushaltes standen dabei im Mittelpunkt seiner Tätigkeit. Die von ihm verantworteten Steuer- und Zollerhöhungen, u. a. auf Stadtgas und elektrischen Strom, Zucker und Baumwolle, sanierten zwar den Staatshaushalt, machten die Regierung aber extrem unpopulär, so dass sie nach der verlorenen Schlacht von Adua im März 1896 zurücktreten musste. Seit der Parlamentswahl 1893 wurde Boselli nicht mehr für die Hochschule, sondern für den Wahlkreis Avigliana ins Parlament gewählt.