Prieto a été l'un des cinq fils d'un officier créole de Concepción. Après avoir terminé l'école, il a rejoint la garnison de cavalerie dans sa ville natale. En 1810, il rejoint la lutte pour l'indépendance chilienne contre la volonté de son père. Il a rencontré Manuela Warnes García de Zúñiga à Buenos Aires et l'a épousée en 1812. Pendant la Guerre d'indépendance du Chili, il a servi en tant que capitaine. Dans le différend entre Bernardo O'Higgins et José Miguel Carrera, il a pris le côté de O'Higgins, qui l'a ensuite fait Intendant général de l'armée du sud.