Entrou em funcionamento em 1940 como campo para prisioneiros de guerra, logo após a invasão da Bélgica, Países Baixos e Polônia, com o nome de Stammlager XI C/311. A população do campo cresceu enormemente em 1941 com a chegada de prisioneiros soviéticos feitos após a invasão da União Soviética em junho daquele ano, muitos dos quais pereceram no inverno de 1941/1942, muitos deles torturados pelos guardas nazistas. No ano seguinte, em 1942, Bergen-Belsen tornou-se um verdadeiro campo de concentração; as SS assumiram o comando em Abril de 1943.