Au printemps 2003, Merkel s'oppose à la prise de position de son parti, sur la question de la troisième guerre du Golfe. Elle a en effet déclaré qu'il était irresponsable d'exclure « la force militaire en tant que dernier moyen catégorique. Elle est et restera un dernier moyen dans tout conflit, donc dans celui-là aussi ». Pour soutenir l'attitude des États-Unis, elle y prévoit un voyage qu'elle annule en raison des élections anticipées de 2005. En , elle effectue un séjour de trois jours en Turquie, afin de promouvoir le modèle de « partenariat privilégié » en tant qu'alternative à l'intégration complète à l'Union européenne. Merkel se prononce en faveur de l'élection de l'économiste Horst Köhler à la présidence fédérale au début de l'année 2004, à la suite d'une alliance CDU/CSU/FDP. Köhler est élu par l'Assemblée fédérale le 23 mai 2004 au château de Bellevue dès le premier tour de scrutin.