Ларсен почав викликатися до футбольної збірної Данії у 1989 році. У 1992 році Данія з Ларсеном у складі спромоглася виграти чемпіонат Європи, а Генрік з трьома голами став одним з чотирьох кращих бомбардирів турніру.