La basilique a été construite entre 1087 et 1197, à la suite du siège de Bari, lors de la Conquête normande de l'Italie du Sud à la suite de laquelle les Pouilles furent rattachées au royaume de Sicile. La zone était précédemment occupée par le Catépanat d'Italie dépendant de l'Empire byzantin, dont Bari était le siège.