Popović sort de sa retraite durant la Seconde Guerre mondiale, alors que la Yougoslavie est envahie et démembrée par l'Allemagne et ses alliés. Il est alors en désaccord avec Sekula Drljević, chef politique du mouvement, qui veut proclamer l'indépendance du Monténégro avec le soutien de l'Italie : Popović et son entourage se montrent plutôt partisans d'un maintien de la Yougoslavie sous la forme d'une fédération où le Monténégro jouirait d'une large autonomie, et s'opposent à l'annexion par l'Italie de plusieurs régions monténégrines comme les bouches de Kotor.