Lors de la reprise des hostilités en 1800, l'armée autrichienne du maréchal Melas contraint le général Masséna à s'enfermer dans Gênes avec ses troupes. Ott se voit confier la direction du siège : il affronte Soult à trois reprises entre le et le , le bat en deux rencontres et réussit finalement à le faire prisonnier. Sommé d'abandonner les opérations le , il décide de désobéir et reste sous les murs de la place. Quelques heures plus tard, Masséna entre en négociations et se rend formellement à Ott le . Le 9, à l'issue d'un combat acharné, ce dernier perd la bataille de Montebello face aux Français du général Lannes. Au début de l'action, alors que le chef d'état-major de Melas, le général Zach, lui déconseille de livrer bataille, il réplique : .