Zugleich unternahmen Genua und Byzanz (bzw. Nikaia) mehrere Versuche, die Insel zurückzuerobern. Die Einwohnerzahl wuchs von rund 50.000 auf 200.000 an. Die Hauptstadt Candia wurde zu einem der wichtigsten Handelsrelais im östlichen Mittelmeer. 1363–1366 rebellierten die venezianischen Siedler selbst gegen die harte Fiskal- und Handelspolitik der Mutterstadt – ebenso erfolglos wie zuvor die griechischen Kreter.