În 1903 lordul Curzon l-a numit pe Younghusband șef al Comisiei de Frontieră între Sikkim și Tibet; adjuncții lui erau vicecomisarii John Claude White, ofițer politic al Regatului Sikkim, și E. C. Wilton. Younghusband a condus apoi în perioada 1903-1904 o expediție britanică în Tibet, care avea ca scop prezumtiv soluționarea conflictului cu privire la frontiera dintre Sikkim și Tibet, dar care s-a transformat de facto, prin încălcarea instrucțiunilor primite de la Londra, într-o invadare a Tibetului.