З початком війни на Тихому океані "Ki-48" в складі 8-го і 16-го авіазагону перекинули на Філіппінах, де діяли проти американців. Частини, розміщені в Індокитаї (75-й і 90-й авіазагони), забезпечували десантні операції в Малайї та голландській Ост-Індії. У січні 1942 року ці частини перекинули в Бірму. На цих фронтах, зіткнувшись із сучасними англійськими та американськими винищувачами, "Ki-48-I" зазнали відчутних втрат через слабке озброєння і вісутність захисту паливних баків і екіпажу. Швидкість теж була недостатьною, щоб втекти від винищувачів. На Бірму було перекинено ще 16-й авіазагін. Щоб знизити втрати, вони стали використовуватись як нічні бомбардувальники, що ще більше знизило їх ефективність, яка й так була невисока через невелике бомбове навантаження.