A mekszikópusztai szikesek a Fertő–Hanság Nemzeti Park védett területén, nagyobbrészt fokozottan védett területen fekszenek. Teljes kiterjedésük Natura 2000-es, a Ramsari egyezmény által védett terület, emellett MAB Bioszféra-rezervátum és világörökségi terület is.