La saison suivante, en 1999-2000, il est transféré pour la somme de 30 millions d'euros au Parme FC, tout juste vainqueur de la Coupe UEFA 1998-1999 et de la Coupe d'Italie 1998-1999. Malgré un début de saison prometteur, avec une victoire en Supercoupe d'Italie 1999, Parme ne parvient pas à exploiter les qualités de son équipe et termine quatrième du championnat. Amoroso, lui, ne retrouve pas la forme qu'il avait à l'Udinese à cause de nombreuses blessures, qui le suivent encore l'année suivante. Avec la sélection brésilienne, il joue deux matchs comptant pour les tours préliminaires du mondial 2002, contre l'Équateur et le Chili. Lors de la saison 2000-2001, Parme se hisse, malgré les difficultés de son attaquant Amoroso, à la cinquième position du championnat en 2001 et atteint la finale de coupe d'Italie 2001.