Đơn vị tiếp tục tồn tại sau sự sụp đổ của Liên bang Xô viết và đã được sử dụng trong nhiều tình huống khủng hoảng như hành động gây tranh cãi rất nhiều của họ trong việc xử lý vụ khủng hoảng con tin nhà hát Mátxcơva năm 2002 (được các nhân viên Alpha gọi là "chiến dịch thành công đầu tiên của chúng tôi trong nhiều năm") và vụ khủng hoảng con tin trường học Beslan năm 2004 trong đó nhóm này đã phải chịu thiệt hại chính thức to lớn nhất trong lịch sử hoạt động.