기원전 499년 당시 밀레토스의 참주 아리스타고라스는 페르시아의 도움을 받아 낙소스 섬을 정복하고자 원정대를 보내었다. 그러나 원정대는 패주하였고, 아리스타고라스는 생각을 바꾸어 (별 어려움 없이) 페르시아에 대항하여 소아시아의 헬라스 지역 전체가 반란을 일으키도록 선동하였다. 그리하여 이오니아 반란이 일어나 기원전 493년까지 이어졌는데, 점점 소아시아의 더 많은 지역이 전쟁에 뛰어들었다. 아리스타고라스는 아테나이와 에레트리아의 군사적 지원을 확보하고 기원전 498년에 이들 군대의 도움으로 페르시아의 지역 도읍인 사르데이스를 점령하여 불태웠다. 페르시아의 다리우스 대왕은 이런 일을 한 아테나이와 에레트리아에 복수하기로 맹세하였다. 반란은 계속되어 기원전 497년~495년 사이에 양측은 교착 상태에 빠졌다. 기원전 494년에 페르시아는 다시 군대를 일으켜 반란의 중심지인 밀레토스를 공격하였다. 라데 해전에서 이오니아는 결정적인 패배를 당하여 반란군은 몰락하였고, 이듬해에 마지막 저항도 진압되었다.