След възстановяването на полската държава Войчеховски се включва в политиката. В годините 1919 – 1920 е министър на вътрешните работи в кабинетите на Игнаци Ян Падеревски и Леополд Скулски. На 20 декември 1922 година е избран за президент на страната. Изпълнява тази длъжност до 7 май 1926 година, когато е свален от власт в резултат на т.нар. „Майски преврат“. Умира на 9 април 1953 година в село Голомбки (днес част от Варшава).