Zum Sicherheitsdienst des Reichsführers SS kam Altinger im Mai 1935 auf Vermittlung seines ehemaligen Klassenkameraden Ernst Himmler, dem Bruder des Reichsführers SS Heinrich Himmler. Nach einer Ausbildung bei der SS-Verfügungstruppe war er ab 1936 im Amt II des SD-Hauptamtes „Inland“ innerhalb dessen Referats II/113 „Konfessionell-politische Strömungen“ als Sachbearbeiter für das „Ordenswesen“ zuständig. Dabei schlug er Reinhard Heydrich am 19. Mai 1936 vor, Sittlichkeitsprozesse gegen Geistliche publizistisch auszuschlachten und auf die Schließung „aller von klösterlichen Sittlichkeitsverbrechern geleiteten Heime hinzuwirken“. Altinger bemühte sich 1937, einen V-Mann in das „Commissariat der Fuldaer Bischofskonferenz“ einzuschleusen, und nutzte seine früheren Verbindungen zum Benediktinerorden, um aus diesem Bereich Informanten für den SD zu gewinnen. Von 1937 bis 1939 war Altinger dem SD-Oberabschnitt Nordost zugeteilt. Nachdem im Gefolge des Deutsch-Sowjetischen Grenz- und Freundschaftsvertrags vom 28. September 1939 deutschsprachige Minderheiten, die unter sowjetische Herrschaft geraten waren, nach Deutschland umgesiedelt werden sollten, war Altinger 1939/40 in einer „Umsiedlungskommission“ auf dem Gebiet der UdSSR tätig und verstarb den lückenhaften Akten zufolge am 12. September 1943 als Angehöriger der Wehrmacht „an Angina und Gesichtsrose“.