Auch im Dreißigjährigen Krieg, in dem sich auf den gegnerischen Seiten immer wieder allgemeinpolitische und religionspolitische Motive verbanden, spielte die Reservatsklausel eine wichtige Rolle. 1629 versuchte Kaiser Ferdinand II. mit dem Restitutionsedikt die Rückgabe der von Protestanten verwalteten ehemaligen geistlichen Territorien und damit deren Rekatholisierung zu erzwingen. Die Weigerung Magdeburgs führte zur völligen Zerstörung der Stadt. Außerdem trat König Gustav II. Adolf von Schweden auf Seiten der Protestanten in den Krieg ein.