Der erste Generalstabschef (, CEMGFA) und damit militärischer Oberbefehlshaber der F-FDTL war Generalmajor Taur Matan Ruak, der zuvor Kommandeur der FALINTIL war. Taur Matan Ruak reichte am 2. September 2011 seinen Abschied ein, um später für das Präsidentenamt zu kandidieren. Er gewann die Präsidentschaftswahlen in Osttimor 2012.