Кубок Европы по марафону 2006 года прошёл 12 (женщины) и 13 августа (мужчины) в рамках чемпионата Европы по лёгкой атлетике в Гётеборге (Швеция). Участники разыграли командный приз в соревнованиях у мужчин и женщин. Медали в индивидуальном первенстве вручались в рамках чемпионата Европы.