En su ausencia, Francisco del Rosario Sánchez tuvo que tomar las riendas del movimiento separatista y realizar una alianza con el sector conservador encabezado por Tomás Bobadilla y Briones y Buenaventura Báez, surgiendo el Manifiesto del 16 de enero de 1844. Todo esto, junto con la ayuda de muchos que querían librarse de los haitianos que gobernaban sobre los dominicanos condujo a la proclamación de la independencia el 27 de febrero de 1844.