Wichtigster Standort der Bundeswehr in der Stadt ist die General-Weber-Kaserne in der Brenkhäuser Straße, daneben gibt es einen Wasserübungsplatz an der Weser. Von 1959 bis 1962 war hier das Panzergrenadierbataillon 12 stationiert und von 1985 bis 1986 das Pionierbataillon 150 sowie die Panzerpionierkompanie 210. Ab 1987 war Höxter Standort des Pionierbataillons 7, aus dem 1992 das ABC-Abwehrbataillon 7 wurde. 1993 stellte das Bataillon das Vorauskommando für das 1. Kontingent UNOSOM in Somalia, später wurde es auch bei UNOSOM II eingesetzt. 1995 folgte der Einsatz beim Weserhochwasser im Kreis Höxter. 1995 und 1996 stellte das Bataillon Kräfte für das Vorauskommando IFOR. 1997 wurde das Bataillon bei der Oderflut im Oderbruch eingesetzt. 1998/1999 wurden Kräfte für das SFOR Kontingent in Raijlovac gestellt, 1999 auch für KFOR. 2002 verlegten Teile des Bataillons in den Kosovo (KFOR-Einsatz) sowie im Rahmen der Operation Enduring Freedom in Kuwait (bis 2003) und nach Afghanistan. 2002 bekämpfte das Bataillon die Hochwasserkatastrophe an der Elbe. 2005 wurde das Bataillon statt der ABC-Abwehr-Brigade 100 direkt der 1. Panzerdivision in Hannover unterstellt. 2006 half das Bataillon bei der Absicherung des NATO-Gipfels in Riga. Die Zahl der Dienstposten soll von 850 im Jahr 2007 auf 1250 anwachsen. 2011 wurde in einer neuen Bundeswehrreform bestimmt, die Dienststellen für das ABC-Abwehrbataillon 7 um etwa 500 von bislang 1190 Soldaten zu kürzen.