Johann Weyer beschäftigte sich unter anderem mit der Diagnose und Behandlung von Skorbut (Schurbauch; Scharbock), Sumpffieber (Quartanfieber; Malaria), Lungenentzündung, Trichinose („laufende Varen“), Syphilis (Franzosenkrankheit), Influenza, sog. Englischem Schweiß, Wassersucht (Hydrops), epidemischem Rotlauf oder Dünndarmkoliken. Er setzte sich insbesondere mit verschiedenen Epidemien auseinander, die am Niederrhein und in den Niederlanden von 1562 bis zum Anfang des Jahres 1564 wüteten. Im Jahre 1563 trat in den Niederlanden die Pest auf und verbreitete sich den Rhein entlang nach Süden. Zum Jahreswechsel 1563/64 beobachtete Weyer eine oft tödlich verlaufende ansteckende Halsentzündung. Nachdem eine Pestepidemie Ende des Jahres 1564 gleichzeitig mit einem außergewöhnlichen Kälteeinbruch im Winter 1564/65 nachließ, beschrieb er eine ungewöhnliche Lungen-Seuche im Januar 1565, die er als "Pleuritis pestilenz" bezeichnete und die 1564/65 ähnlich auch in der Schweiz auftrat. Weyer hielt die Seuche für ein dem "Schwarzen Tod" von 1348 vergleichbares Phänomen und machte Vorschläge für ihre Behandlung. Er verwarf den Aderlass und die übliche Behandlung mit süßen Medikamenten und verordnete saure und bittere Mittel.