Σύμφωνα με τον ιστορικό Πασχάλη Κιτρομηλίδη, η δράση του Κοσμά αποτελεί «ιδιοσυγκρατική έκφραση της Ρωσικής προπαγάνδας». Ο Κοσμάς σχετιζόταν με τον Ευγένιο Βούλγαρη και την Αθωνιάδα Σχολή, ενώ ο Πατριάρχης Σεραφείμ συνδεόταν με την πολιτική της Ρωσίας στην Οθωμανική αυτοκρατορία. Το 1770, μετά την αποτυχία των Ορλωφικών στην Πελοπόννησο, μιας αντιοθωμανικής εξέγερσης των Ρωμιών με ρωσική υποκίνηση, οι Τούρκοι τον υποπτεύονταν ως πράκτορα των Ρώσων. Κατά άλλους ερευνητές στην καταδίκη του Κοσμά συνέβαλαν κάποιοι Εβραίοι της Ηπείρου, διότι με το κήρυγμά του κατόρθωσε να μεταφερθεί η διενέργεια του παζαριού από την Κυριακή στο Σάββατο, γεγονός που έφερε οικονομικές ζημίες στους Εβραίους. Τελικά συνελήφθη και εκτελέστηκε στις 24 Αυγούστου 1779, ημέρα Σάββατο, στο χωριό "Κολικόντασι" κοντά στην πόλη του Βερατίου στη σημερινή Αλβανία.Ο Άγιος συχνά αναφερόταν στα κηρύγματά του αρνητικά για τους Εβραίους, πάντως σε κήρυγμά του είχε πει ρητά: «"Όσοι αδικήσατε χριστιανούς ή Εβραίους ή Τούρκους, να δώσετε το άδικον οπίσω"». Εναντίον του στρέφονταν επίσης οι Ενετοί, οι κοτσαμπάσηδες, οι πλούσιοι και άλλοι ισχυροί, οι οποίοι θεωρούσαν ότι θίγονται. Αντίθετα ο Κοσμάς είχε τη λαϊκή στήριξη από Χριστιανούς και ακόμα και από Τούρκους. Δεν υπήρξε καμία επίσημη κατηγορία εναντίον του, ούτε δικάστηκε πριν το θάνατό του. Για την καχυποψία των Ενετών απέναντί του σώζονται μέχρι σήμερα αναφορές κατασκόπου τους στα ενετικά αρχεία.