После окончания войны он продолжил службу в Советской Армии. Служил в частях Одесского и Прибалтийского военных округов. Затем проходил службу в Группе советских войск в Германии, а именно служил в отдельной воинской части, которая в Берлине совместно с воинскими частями США, Великобритании и Франции выполняла особое задание по охране содержащихся тюрьме Шпандау нацистских военных преступников, осужденных Международным военным трибуналом. Позднее три года командовал мотострелковым полком. В 1957 году он окончил Военную академию имени М. В. Фрунзе. С 1958 по 1961 год преподавал на военной кафедре Новосибирского института инженеров железнодорожного транспорта. В 1961 году переведён преподавателем (с 1963 года — старший преподаватель) военной кафедры Новосибирского государственного университета. С 1970 года возвращён старшим преподавателем военной кафедры Новосибирского института инженеров железнодорожного транспорта. В октябре 1981 года полковник В. А. Мушников уволен в запас.