Negli otto anni successivi, avviò significative riforme interne sull'esempio di Giuseppe II, restaurando l'amministrazione cittadina e il governo e abolendo la servitù della gleba. Dapprima cercò di mantenere il Paese neutrale nel corso delle Guerre napoleoniche non partecipando alla Terza coalizione, in funzione antifrancese, nel 1805; tuttavia le sempre più umilianti richieste da parte francese lo costrinsero a entrare in guerra contro Napoleone nel 1806. Il 14 ottobre 1806, nelle battaglie di Jena e Auerstädt, i francesi sconfissero i prussiani, e l'esercito di Federico Guglielmo III dovette capitolare.