Durante la intervención francesa, en 1863 Juárez abandonó la Ciudad de México dejando a cargo de la organización de los asuntos militares de la capital al general de la Garza, y de los asuntos civiles a Romero Rubio. En julio de ese año Manuel Romero Rubio fue encarcelado brevemente en la capital y posteriormente huyó desterrado a Tula, Tamaulipas.