Aselevon solmimisen jälkeen de Valera kävi kesällä 1921 Lontoossa epävirallisia rauhanneuvotteluja David Lloyd Georgen hallituksen kanssa, mutta protestanttisen Pohjois-Irlannin asemasta ja Irlannin itsenäisyyden laajuudesta ei syntynyt yhteisymmärrystä. Lokakuussa de Valeran hallitus lähetti lopullisiin rauhanneuvotteluihin valtuuskunnan, johon de Valera ei tuntemattomasta syystä itse tullut jäseneksi. Griffithin ja Collinsin johtama valtuuskunta allekirjoitti joulukuussa 1921 omalla vastuullaan sopimuksen, jonka mukaan pääosasta Irlantia muodostettaisiin Irlannin vapaavaltio ja se jäisi Brittiläisen imperiumin osaksi dominion asemassa. De Valera vastusti sopimusta, koska se jakoi Irlannin kahtia jättämällä Pohjois-Irlannin vapaavaltion ulkopuolelle, eikä se antanut Irlannille täyttä itsenäisyyttä. Kun Dáil Éireann hyväksyi kiistellyn sopimuksen täpärällä enemmistöllä 7. tammikuuta 1922, de Valera erosi protestiksi hallituksen johdosta. Dáil Éireannissa 10. tammikuuta järjestetyssä presidentinvaalissa Griffith voitti de Valeran kahden äänen enemmistöllä. Kiista sopimuksesta johti kesällä 1922 puhjenneeseen Irlannin sisällissotaan, jossa de Valera oli sopimusta vastustaneiden kapinallisten poliittinen mutta ei sotilaallinen johtaja. Hän perusti sodan aikana tasavaltalaisen varjohallituksen, mutta tappion tultua selväksi hän ilmoitti huhtikuussa 1923 tunnustavansa vapaavaltion hallituksen. W. T. Cosgraven johtama hallitus vangitsi hänet, mutta hänet vapautettiin jo vuonna 1924.