С началом войны капитан Рубан в этой должности принимал участие в приграничном сражении на Северо-Западном фронте. С июля по октябрь 1941 года исполнял должность начальника оперативного отделения штаба 181-й стрелковой дивизии. В составе 24-го стрелкового корпуса 27-й армии участвовал в боях на псковском и холмском направлениях. В октябре был назначен командиром 227-го стрелкового полка 183-й стрелковой дивизии 29-й армии Калининского фронта и участвовал с ней в Калининской оборонительной операции. С декабря 1941 года — начальник штаба этой дивизии. Ее части участвовали в Калининской, затем Ржевско-Вяземской наступательных операциях. В конце января 1942 года в результате нанесенного противником контрудара дивизия попала в окружение. 19 февраля организованно, сохранив костяк личного состава и оружие, она сумела выйти к своим войскам. При прорыве погиб ее командир генерал-майор К. В. Комиссаров. После выхода дивизия была сосредоточена северо-западнее города Старица, где до середины марта пополнялась личным составом и вооружением. В период с 3 по 18 марта 1942 года майор Рубан временно командовал дивизией. После пополнения она заняла оборону в 12 км севернее Ржева, где находилась до конца июля. С августа подполковник Рубан — заместитель командира 183-й стрелковой дивизии. В августе — сентябре участвовал с ней в Ржевско-Сычевской наступательной операции. В период с 22 августа по 1 октября 1942 года вновь исполнял должность командира дивизии, однако с обязанностями не справился и в должности утвержден не был. С сентября 1942 года дивизия находилась в резерве Ставки ВГК. В январе 1943 года она вошла в 40-ю армию Воронежского фронта и участвовала с ней в Воронежско-Касторненской и Харьковской наступательных операциях. С мая 1943 года полковник Рубан вновь в должности начальника штаба этой дивизии.