Les Yankees alignent deux championnats de la division Est en 2011 et 2012 avec des saisons de 97 et 95 victoires, respectivement. Ils sont toutefois éliminés trois parties à deux par les Tigers de Détroit au premier tour éliminatoire la première de ces deux années. En 2012, ils franchissent non sans difficulté la première étape en triomphant des Orioles de Baltimore dans la Série de division mais retrouvent les Tigers en Série de championnat de la Ligue américaine et subissent quatre défaites en autant de rencontres. En 2013, les Yankees terminent à égalité avec Baltimore au de la division Est et ratent les éliminatoires pour la seulement en 19 ans. Le travail de Girardi est néanmoins salué car, aux commandes d'un club vieillissant dont un grand nombre de joueurs sont constamment blessés, il parvient à mener l'équipe à une saison de 85 victoires contre 77 défaites qui permet aux Yankees de lutter pour une place en matchs d'après-saison jusqu'à la fin septembre. Le contrat du gérant doit se terminer le . Les rumeurs l'envoient diriger les Cubs de Chicago, une équipe pour laquelle il a joué et située, qui plus est, dans son État natal de l'Illinois, mais le , il signe un nouveau contrat de 4 saisons avec les Yankees de New York.