Od roku 1956 byla členkou KSČ. Angažovala se např. na podzim roku 1967 po zastavení vydávání Literárních novin, kdy přemlouvala kolegy, aby zůstali ve straně a podpořili rodící se reformu. V roce 1968 se stala funkcionářkou a vedoucí stranické skupiny na FF UK. Poté za tuto skupinu podepsala manifest Dva tisíce slov a působila v tzv. nátlakové skupině „Červení proti“. V roce 1969 ze strany vystoupila. (Doba členství J. Šiklové v KSČ je v některých publikacích uváděna nepřesně.) Po propuštění z univerzity pracovala jako uklízečka, pokračovala v samostudiu a dávala konzultace studentům. Na začátku 70. let našla místo jako sociální pracovnice na geriatrickém oddělení Thomayerovy nemocnice v Praze, kde se podílela na výzkumu, avšak bez možnosti publikovat pod svým jménem, a kde se zapojila do disentu.