A erupção do vulcão erupção do vulcão Tera (atual Santorini) foi implacável para o rumo de Creta. A erupção foi datada como tendo ocorrido entre 1639 e 1616 a.C., por meio de datação por radiocarbono; em 1628 a.C. por dendrocronologia; e entre 1530-1500 a.C. pela arqueologia. O leste da ilha foi alcançado por nuvens e chuvas de cinzas. Possivelmente, gases nocivos podem ter escapado do vulcão e intoxicado muitos seres vivos. As nuvens vulcânicas alteraram o clima, além de a erupção ter causado um maremoto. É plausível que Creta tenha recebido um grande número de refugiados vindos das Cíclades, que foram afetados pela erupção. Estes eventos enfraqueceram a estabilidade da ilha o que a deixaram frágil. Em torno de 1550 a.C., um novo abalo sísmico consecutivo as catástrofes do Santorini, destruíram outra vez os palácios minoicos. Mesmo estes desastres não desencorajaram os minoicos: os palácios foram novamente reconstruídos e foram feitos ainda maiores do que os anteriores.