Hong devient coach Assistant sous les ordres de Dick Advocaat, qu’il épaule lors de la Coupe du Monde de 2006. Hong reste en position pour la Coupe d’Asie 2007 avant de devenir l’entraîneur officiel des moins de 20 ans, puis des moins de 23. Il prend en charge l’équipe nationale pour la première fois en 2013 afin de préparer la Coupe du Monde 2014, qui s’ensuit par un échec cuisant.