Восстановление собора осуществил униатский архиепископ Флориан Гребницкий. К 1750 году на сохранившихся основаниях стен была возведена двухбашенная базилика в стиле виленского барокко, которую освятили в честь Сошествия Святого Духа. Во время Отечественной войны 1812 года храм использовался французскими войсками как конюшня.