4 серпня 1941 Андерса була звільнено із в'язниці після початку німецько-радянської війни та підписання угоди Сікорського-Майського. В той час Андерс був рішучим прихильником порозуміння уряду Польщі у вигнані з СРСР. 10 серпня 1941 року був призначеним на посаду керівника Польської Армії в СРСР. 11 серпня 1941 року його було підвищено до звання генерала дивізії. Через порозуміння з радянською владою розраховував повернутися до окупованої німцями Польщі, де проживали його підлеглі офіцері (наприклад полковник Юзефа Спихальського та Антонія Іглевського), що спричинило відверту заборону із сторони генерала Сікорського та здійснення Андерсом будь-яких дій, спрямованих на встановлення контактів з підпіллям в країні та спробу взяти управління ними. З огляду на те що радянська влада, зменшувала кількість продовольчих пайків для Польської Армії приблизно на дві треті, Андерс вирішив, що належало швидко евакуювати польських солдат з СРСР та поставив Начального вождя генерала Сікорського лицем перед цими фактми. Питання евакуації частини відділів він задав під час безпосередньої розмови із Сталіним в березні 1942 року без відома Сікорського.