Agüero war der Sohn von García González de Agüero und María de Sandoval. Er begab sich mit Francisco Pizarro nach Peru, nachdem dieser die Kapitulation von Toledo unterzeichnet hatte. De Agüero nahm an der Landung in Tumbes, an der Gründung von San Miguel de Tangarará, am Marsch auf Cajamarca und an der Gefangennahme von Atahualpa teil.