Cette même année, il succède à Michel Hidalgo comme sélectionneur de l'équipe de France A, tout juste championne d'Europe. Il remportera avec cette équipe la Coupe intercontinentale des nations en 1985 et atteindra la demi-finale de la Coupe du monde 1986 au Mexique. Après cette compétition, la France ne se qualifiera pas pour le Championnat d'Europe de 1988 en Allemagne, et Henri Michel sera remplacé par Michel Platini. Ce remplacement fait suite à un match calamiteux contre Chypre (1-1) lors des éliminatoires du Mondial 1990 qui compromettait les chances de qualification pour ce dernier. L'activité en coulisse du président bordelais de l'époque, Claude Bez, « super intendant » de l'équipe de France, n'étant pas étrangère à cette destitution.