Le , les Japonais, après avoir envahi le Laos, détruisent l'administration coloniale, comme dans toute l'Indochine française. Les conséquences de ce coup de force japonais seront irréversibles pour la suite de l'histoire de l'Indochine française qui court à sa perte définitive. Il s'agit d'éliminer l'influence française. Les Japonais internent tous les Français dans des camps de concentration. Gouin est arrêté avec Thomine et le Père Jean Thibaud (1890-1945), ainsi que plusieurs fonctionnaires français. Liés les uns aux autres, ils sont menés à Nakhay, à environ de Thakhek, où ils sont sauvagement fusillés par les Japonais, le . Les corps, laissés d'abord cinq jours à découvert sont finalement inhumés sur place, puis ramenés à Takhek lorsque l'autorité française est rétablie. Des funérailles solennelles ont lieu en . Le Laos prend son indépendance en 1953. L'influence américaine remplace l'ancien colonisateur et s'oppose à la rébellion communiste du Pathet Lao pendant les trois décennies suivantes, sur fond de guerre du Vietnam. Cela aboutit à la victoire du Pathet Lao qui met en place une politique d'athéisme et expulse les missionnaires. Le passé français est définitivement éradiqué, mais il reste en germe quelques communautés encore chrétiennes.