År 2007 inkallades senator Barack Obamas högste utrikespolitiske rådgivare, reservofficeren Mark Lippert, till aktiv tjänst i och McDonough rekryterades som ersättare under Lipperts utpostering i Irak. McDonough fortsatte att tjänstgöra som Obamas utrikespolitiske rådgivare under dennes presidentvalskampanj 2008.