I 1561 pådro han seg adskillig motstand for å ha konvertert fra katolisismen til protestantismen. Lambin var venn av hugenotten Petrus Ramus; han ble myrdet i Bartolomeusnatten (24. august 1572), noe som gikk sterkt inn på Lambin. Han fryktet å lide samme skjebne, og døde da noen uker etter rett og slett av sjokk.