Im Mittelalter lag die niedere Gerichtsbarkeit beim Kloster Muri, die Blutgerichtsbarkeit bei den Habsburgern. 1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau und Hermetschwil war nun Hauptort des «Krummamts» in den Freien Ämtern, einer gemeinen Herrschaft. Die Bevölkerung trat 1529 zur Reformation über, wurde aber 1531 nach dem Zweiten Kappelerkrieg rekatholisiert. Im März 1798 nahmen die Franzosen die Schweiz ein und riefen die Helvetische Republik aus. Hermetschwil war eine Gemeinde im kurzlebigen Kanton Baden, seit 1803 gehört sie zum Kanton Aargau. Im Zuge des Aargauer Klosterstreits hob der Kanton das Kloster im Jahr 1841 auf, machte diesen Schritt jedoch 1843 wieder rückgängig. Während des Kulturkampfs wurde das Kloster im Jahr 1876 erneut aufgehoben und in ein Kinderheim umgewandelt. Seit 1985 wird das Kloster wieder von Nonnen bewohnt. Die Gemeinde selbst blieb bis weit ins 20. Jahrhundert hinein landwirtschaftlich geprägt.