El 16 de febrero del 2009 se convirtió en MVP del All-Star Game en Phoenix junto a Kobe Bryant donde firmó 17 puntos, 5 rebotes y 3 asistencias. Al término de la temporada regular O'Neal acabó con 17,8 puntos y 8,4 rebotes por partido, pero los Suns finalizaron en novena posición de su Conferencia y no se clasificaron para PlayOffs. Siendo la primera vez, desde 1994, que O'Neal se perdía la cita con la postemporada.