Op 13 oktober 1982 debuteerde Hadžibegić voor de nationale ploeg van Joegoslavië in de EK-kwalificatiewedstrijd in en tegen Noorwegen, net als Stjepan Deverić van NK Dinamo Zagreb. In 1984 nam hij met Joegoslavië deel aan het EK in Frankrijk en in 1990 aan het WK in Italië.