En mai 2012, Jacques Rogge s'oppose à la commémoration, par une minute de silence durant la cérémonie d'ouverture des Jeux olympiques de Londres des 40 ans de l'assassinat de onze athlètes israéliens par des terroristes palestiniens durant les Jeux olympiques d'été de 1972. Le rejet de cette demande de commémoration formulée par Israël, la Maison-Blanche, le ministre allemand des Affaires étrangères, Guido Westerwelle, et de nombreux parlements à travers le monde a suscité une vive polémique et de nombreuses critiques.