Амар Хосе принадлежал к семье потомственных медиков: его отец Хосе Амар де Аргедас был врачом короля Фердинанда VI, дед Мигель Борбон-и-Берне — врачом короля Карла III, а сестра Хосефа была членом Королевского медицинского общества Барселоны. В 20 лет он стал кадетом кавалерийского полка Фарнесио, и после 31 года службы поднялся в звании до бригадира. В 1779 году он принимал участие в осаде Гибралтара, с 1792 года воевал против Франции. За свои военные заслуги в 1770 году он был произведён в рыцари ордена Сантьяго, а в 1802 году получил звание генерал-лейтенанта. 26 июля 1802 года он был назначен вице-королём, губернатором и генерал-капитаном Новой Гранады и президентом Королевской аудиенсии Боготы.