In 2011 keerde Pinto terug naar zijn ex-club Atlético Junior, maar na twee wedstrijden stapte hij opnieuw op. De inmiddels 59-jarige trainer werd in augustus 2011 voor de tweede keer aangesteld als bondscoach van Costa Rica. Hij volgde de Argentijn Ricardo La Volpe op. In juni 2012 ging de kwalificatiecampagne voor het WK 2014 van start. Costa Rica werd in de groep van Mexico, Guyana en El Salvador tweede en plaatste zich zo voor de vierde en laatste ronde. Costa Rica presteerde in het laatste deel van de kwalificatiecampagne uitstekend. Het won van onder meer de Verenigde Staten (3–1) en Mexico (2–1), dat in de vorige ronde nog groepswinnaar was geworden. Pinto's team werd uiteindelijk tweede in het klassement en plaatste zich net als de Verenigde Staten en Honduras rechtstreeks voor het wereldkampioenschap. In 2013 veroverde Costa Rica onder Pinto's leiding ook de Copa Centroamericana. In de finale van dat toernooi won Costa Rica met 1–0 van Honduras. Op het WK 2014 werd Costa Rica ingedeeld in een groep met Italië, Uruguay en Engeland. Costa Rica versloeg Italië met 1–0, Uruguay met 3–1 en hield Engeland op 0–0 en werd dus verrassend eerste in de groep. In de achtste finale speelde Pinto met Costa Rica tegen Griekenland. In de reguliere speeltijd werd het 1–1, maar strafschoppen brachten het verschil: 5–3. In de kwartfinale trad Costa Rica aan tegen Nederland. Deze wedstrijd werd na een 0–0 eindstand met 4–3 na penalty's verloren. Pinto werd echter geliefd in eigen land door deze prestatie. In december 2014 werd hij bondscoach van Honduras, waar hij de ontslagen Hernán Medford opvolgde. Oud-international Paulo Wanchope volgde hem op als bondscoach van Costa Rica. Van november 2018 tot november 2019 was Pinto hoofdtrainer van Millonarios FC. In juni 2020 werd Pinto bondscoach van de Verenigde Arabische Emiraten, maar werd al op 30 november 2020 ontslagen wegens tegenvallende resultaten.