Canclaux otrzymał od Konwentu Narodowego dowództwo nad Armią Zachodnią. Mając pod komendą zaledwie 12-tysięczny oddział, Canclaux z powodzeniem obronił Nantes przed rojalistami w dniu 29 lipca 1793, kiedy to po kilku zaciekłych starciach udało mu się odeprzeć natarcie wandejskiej armii w sile 50 tysięcy ludzi pod dowództwem Jacques’a Cathelineau. Kolejne zwycięstwo Canclaux odniósł w bitwie pod Montaigu (nad Charette’em, którego później po raz kolejny pokonał pod Mortagne-sur-Sèvre). Z kolei po przegranej bitwie pod Tiffauges, Canclaux został pozbawiony dowództwa. Pomimo kolejnego zwycięstwa, uzyskanego pod Saint-Symphorien, zdemobilizowano go 29 września. Canclaux przeszedł w stan spoczynku, zaszywając się w jednym ze swoich majątków, w "Château du Saussay". Jednak po przewrocie termidoriańskim w 1794 roku przywrócono go na stanowisko głównodowodzącego Armii Zachodniej ("armée de l'Ouest"). Podczas inwazji sił kontrrewolucyjnych w roku 1795, Canclaux wsparł Lazare'a Hoche posiłkami. Jeszcze w tym samym roku Hoche zastąpił go na stanowisku naczelnego dowódcy Armii Zachodniej. Canclaux wycofał się ze służby wojskowej.