Nació en el pueblo de Geilsdorf, en la Vogtland sajona, el 3 de agosto de 1749. Nauendorf provenía de una familia aristocrática sajona menor y de administradores estatales prusianos. Su abuelo fue abogado estatal en Jena. Su padre, Freiherr (barón) Carl Georg Christian Nauendorf, fue oficial de caballería en el servicio militar de los Habsburgo en la Guerra de los Siete Años y estuvo presente en la Batalla de Kolín. También formó parte del ejército del barón Ernesto Gedeón von Laudon del 30 de septiembre al 1 de octubre de 1761, cuando Laudon dirigió la fuerza en el asalto de Schweidnitz.