Inchiquin servit dans l'armée espagnole d'Italie de 1636 à 1639, puis retourna en Irlande, où il se maria avec la fille de William St Leger, président du Munster. Quand St Leger mourut en 1641, Inchiquin prit sa suite comme administrateur du Munster. Lors du soulèvement irlandais de 1641, il fut le seul chef de clan irlandais à se mettre du côté des colons protestants contre la Confédération irlandaise. Il tint de façon brutale au nom du roi Cork et le sud ouest de l'Irlande jusqu'au cessez-le-feu organisé par Ormonde en . En 1642, à la bataille de Liscarroll, il mit en déroute une armée confédérée commandée par Garret Barry, qui marchait sur Cork.