À son retour à Paris, en 1793, il reçut du Comité de salut public la mission de parcourir la Bretagne pour faire descendre et enlever les cloches afin de les transformer en matière première pour l’industrie militaire ou pour la frappe des monnaies, avant d’être nommé membre de la Commission militaire de Vitré. Rappelé, le à Paris, par le Comité de salut public, une fois sa mission accomplie, Laugier s’y fixa et épousa sa cousine, la fille du pharmacien Chéradame. D’abord nommé chef de bureau des poudres et salpêtres au Comité de salut public, l’Insurrection royaliste du 13 vendémiaire lui fit perdre cette place. Fatigué de sa vie aventureuse, il entreprit alors des études de pharmacie, obtint sa maîtrise en 1797 et tenta pendant quelque temps de s’établir mais, la réduction des rentes au tiers ayant enlevé le reste de sa modique fortune à son père, il renonça à prendre un établissement pour entrer dans l’enseignement. Inscrit comme pharmacien de l’armée destinée à la campagne d'Égypte, l’expédition partit sans lui, car il était tombé malade, et il resta attaché à l’hôpital d’instruction militaire de Toulon, établissement où commença sa réputation de professeur. Ses succès dans la chaire lui valurent d’être choisi par le jury d’instruction du Var pour occuper la place de professeur de chimie à l’école centrale de ce département jusqu’à ce que l’inspection de santé, dont il dépendait immédiatement, le nomme professeur à l’hôpital d’instruction militaire de Lille.