עם פלישת הצבא הגרמני לברית המועצות נכבשה העיר על ידי הכוחות הגרמנים והרומנים ביולי 1941. באר נכללה בשטח הכיבוש הרומני - טרנסניסטריה. בעיר הוקמו שלושה גטאות, בהם נכלאו כל יהודי העיר. בנוסף להם הובאו אל הגטאות האלו גם יהודים מרומניה. מרבית מתושבי הגטאות נרצחו על ידי הגרמנים, הרומנים ומשתפי פעולה אוקראינים באוגוסט 1942. היהודים המעטים שהושארו בחיים הועברו לגטו יקושנצי, שם הם הועסקו בעבודות כפייה.