En las elecciones legislativas de 2002, el CDS-PP obtuvo el 8,7 % de los votos y 14 escaños en la Asamblea de la República de Portugal, que fueron suficientes para formar una mayoría gubernamental con el PSD que ganó la elección. El CDS-PP participó en dos gobiernos de coalición desde abril de 2002 hasta marzo de 2005 y Portas se desempeñó como Ministro de Estado y Defensa Nacional en el primero (Durão Barroso) y Ministro de Estado, Defensa Nacional y Asuntos del Mar en el segundo (Pedro Santana Lopes). Como Ministro de Defensa, presidió importantes reformas militares, como la abolición del servicio militar obligatorio, pero su legado más duradero fue la actualización del equipo militar en el contexto de la "Ley de Programación Militar" de 2003 que contemplaba una mayor aumento en el gasto de equipo militar a 5,341 millones de euros, incluyendo dos submarinos y 260 vehículos de combate. Como ministro de Defensa, Paulo Portas también fue determinante en la alineación de Portugal con la invasión de George W. Bush en Irak en 2003 al decir que él personalmente "vio evidencia irrefutable de armas de destrucción masiva" durante una visita oficial a Washington. Posteriormente, el Departamento de Defensa de EE. UU. Le otorgó la Medalla del Departamento de Defensa por Servicio Público Distinguido.