Vervolgens werd hij in 2001 rechter in het Joegoslavië-tribunaal en in 2004 werd hij herkozen voor een nieuwe termijn. Hij was betrokken bij meerdere rechtszaken en voorzitter van de kamers die de zaken tegen Radovan Karadžić, Ratko Mladić en Ante Gotovina behandelden. Omdat Mladić succesvol een wrakingsverzoek tegen Orie had ingediend vanwege de Nederlandse betrokkenheid bij de Val van Srebrenica, leidde hij in deze zaak alleen de voorbereidende hoorzittingen en niet de hoofdzittingen. De behandelend rechter Fausto Pocar verwees de zaak daarop door naar een andere strafkamer van het tribunaal.