Ved krigsutbruddet 1848 var Læssøe stabssjef ved hæroverkommandoen. Han deltok i kampene ved Bov, Nybøl og Dybbøl Banke. Læssøe kom ved denne anledning i konflikt med krigsministeren, som trakk i tvil kompetansen til hærens ledelse. Og som en følge av nederlaget ved Egernførde begynte man jakten på en syndebukk. Krigsminister Hansen benyttet da nederlaget til å fjerne sjefen for overkommandoen, general Christoph von Krogh og hans stabssjef Frederik Læssøe.