ב-10 במאי 1940 הותקפה הולנד על ידי גרמניה, במסגרת המערכה על צרפת ועל ארצות השפלה. במהלך הפלישה ארגן ברנהרד את שומרי הארמון, ואף ירה לעבר מטוסי קרב גרמניים. לאחר שהחליטה חמותו וילהלמינה, מלכת הולנד לברוח לבריטניה, הצטרפו אליה ברנהרד ויוליאנה, על אף שבתחילה חשב ברנהרד להישאר בהולנד. בני המשפחה הגיעו ללונדון, שם מונה ברנהרד לראש המשלחת הצבאית ההולנדית, ואילו אשתו וילדיו המשיכו לקנדה, שם שהו עד סוף המלחמה. ברנהרד היה חבר במפקדה העליונה של חיל המשלוח של בעלות הברית, ואף לחם כטייס קרב במהלך המלחמה. בשנת 1944 מונה למפקד הכוחות המזוינים ההולנדים, ואף היה נוכח בכניעת הכוחות הגרמניים בצפון-מערב אירופה ב-5 במאי 1945. ברנהרד נחשב בעיני העם ההולנדי לגיבור מלחמה, ואף הקומוניסטים העריצו אותו. בנוסף פעל ברנהרד רבות לשיקום המדינה לאחר המלחמה.