В перерыве между 1901 годом и началом Русско-японской войны Кусуносэ был комендантом Цусимской крепости, заведовал артиллерийским арсеналом Осаки. Когда началась война против России, он принял полномочия командующего японской тяжёлой артиллерией при 2-й армии. Позднее, в ходе войны, он командовал артиллерией Маньчжурской армии, участвовал в решающем Мукденском сражении. После войны он командовал Крепостью Юра, с 1906 года — гарнизоном новообразованной префектуры Карафуто, а годом позже — стал руководить администрацией этой префектуры.