Ved invasjonen av Norge i 1940 ble de mest brukte arkivsakene raskt brakt i sikkerhet til Lyngdal. Den solide murbygningen ble snart brukt til å huse tyske luftvernsoldater, men ble senere frigitt slik at driften gjennom 1941 stort sett kunne fortsette som før. I 1942 ble imidlertid hele bygningen tatt i bruk som hovedkvarter for Gestapo i Agder. Lokalene ble brukt som transittfengsel for fanger fra Sørlandet som skulle videre til fangeleir. Fengselet var beryktet for bruk av hard tortur mot fangene. Det resterende arkivmaterialet ble i denne perioden dels oppbevart i Oslo, dels plassert i gruvene på Kongsberg. Ikke noe av statsarkivets arkivmateriale gikk tapt under krigen, og alt ble tilbakeført til Kristiansand i 1945.