Dès son coup d'État de la fin 1799, Napoléon est influencé par le milieu colonial entourant son épouse Joséphine mais surtout par ses conseillers souvent issus des équipes du maréchal de Castries, ex-secrétaire d'État à la Marine. Hésitant pendant deux ans, comme ses conseillers, face aux risques politiques et militaires, Napoléon décrête peu à peu l'esclavage dans toutes les colonies, y compris les trois récupérées après quelques années d'interlude anglais. À la Guadeloupe et Saint-Domingue, ce rétablissement s'effectue par la force, via trois expéditions, dont deux à Saint-Domingue, mobilisant deux tiers de la flotte française et plusieurs dizaines de milliers de militaires. La résistance armée des ex-esclaves est ainsi vaincue à la Guadeloupe après plusieurs milliers de morts mais victorieuse à Saint-Domingue, où vivait près de la moitié des esclaves français, et qui devient en 1804 Haïti, deuxième ex-colonie indépendante, après les USA. La France fut pour sa part le seul pays au monde à rétablir l’esclavage dans toutes ses colonies, huit ans après avoir voté son abolition, également dans toutes ses colonies.