Οι δύο χώρες ήταν ιδρυτικά μέλη του Οργανισμού Ηνωμένων Εθνών. Το 1945-49 η Τσεχοσλοβακία διατηρούσε γραφείο στην Αθήνα. Παράλληλα, στα τέλη της δεκαετίας του 1940, η τσεχοσλοβάκικη κυβέρνηση υποδέχτηκε 13.000 πολιτικούς πρόσφυγες από τον Ελληνικό Εμφύλιο Πόλεμο, αρκετοί από τους οποίους ζουν μέχρι σήμερα στην Τσεχία.