Am 28. November 1799 übernahm er den Befehl über den rechten Flügels der Armee du Rhin, erzwang den Durchgang zwischen Basel und Schaffhausen (29. April 1800), nahm die feindliche Festung bei Hohentwiel (2. Mai 1800) und kämpfte dann in der Schlacht bei Stockach. Danach wieder dem General Moreau unterstellt, kämpfte er und seine Truppen in der Schlacht bei Meßkirch und besetzte Memmingen (10. Mai) und Augsburg (28. Mai). Darauf nahm er an der Schlacht bei Höchstädt und an den Kämpfen bei Nördlingen (23. Juni) und bei Neuburg an der Donau (27. Juni 1800) teil. Während dieser Jahre entstand sein Spitzname „General Fisch“, da er bei Flussübergängen mehrmals (und mit Erfolg) Kampfschwimmer einsetzte.