W reprezentacji Paragwaju Benítez zadebiutował w 1993 roku. W 1998 roku został powołany przez selekcjonera Paula Césara Carpegianiego do kadry na Mistrzostwa Świata we Francji. Tam był podstawowym zawodnikiem i wystąpił we wszystkich czterech meczach: zremisowanych 0:0 z Bułgarią i Hiszpanią, wygranym 3:1 z Nigerią (w 59. minucie zdobył gola na 2:1) oraz przegranym 0:1 w 1/8 finału z Francją. Karierę reprezentacyjną zakończył w 2003 roku. W kadrze narodowej rozegrał 29 spotkań (w tym na Copa América 1999) i zdobył 11 goli.