В 1805 году на корабле «Ратный» Мельников совершил плавание до Корфу и обратно, а в следующем году на бриге «Александр» плавал между Глубокой пристанью и Севастополем, после чего на том же бриге перешёл в Архипелаг, где сражался с французами. За отличие, оказанное при разбитии отряда французских канонерских лодок у острова Брацо был награждён орденом св. Владимира 4-й степени с бантом. Далее вплоть до 1810 года он плавал в Адриатическом и Средиземном морях, причём 1 января 1808 года получил чин лейтенанта.