ボゴタで最も人気のあるスポーツはサッカーであり、市内にはミジョナリオスFC、インデペンディエンテ・サンタフェ、ラ・エキダの3つのプロサッカークラブが存在する。ボゴタのサッカーのメインスタジアムはエル・カンピンスタジアムであるが、ここはミジョナリオスFC、インデペンディエンテ・サンタフェの2つのクラブが本拠地としている。この2チームは歴史も古くボゴタを代表するクラブであるとみられており、両者はライバル関係にある。この両チームの直接対決はエル・クラシコ・カピタリーノ（首都ダービー）と呼ばれる。エル・カンピンはまた、コロンビアで行われる多くの国際大会のメインスタジアムともなっており、2001年にはコパ・アメリカ2001の、2011年には2011 FIFA U-20ワールドカップの決勝戦が行われた。また、2016年に行われる2016 FIFAフットサルワールドカップにおいても、ボゴタが会場の一つになることがコロンビアサッカー連盟から発表された。