מחלוקת בנוגע לזהותו של אל-עומארי פרצה זמן קצר לאחר הפיגועים. תחילה, ה-FBI נקב בשמו של עבד א-רחמן אל-עומארי, טייס בחברת התעופה סעודיה, כטייס של טיסה 11 של אמריקן איירליינס. במהרה הוכח כי האיש עודנו בחיים, וה-FBI פרסם התנצלות. לאחר מכן נקבע כי מוחמד עטא היה הטייס מבין החוטפים, וכי עבד אל-עזיז אל-עומארי הוא אחד מהחוטפים.