Éder Aleixo spielte zwischen Mai 1979 und April 1986 insgesamt 54-mal für die brasilianische Fußballnationalmannschaft und erzielte dabei acht Tore. Er war bereits 1979 im Kader der Seleção bei der Copa América 1979 und wurde einmal eingesetzt. Bei seinen ersten beiden Länderspielen gegen Paraguay am 17. Mai 1979 und Uruguay traf er jeweils einmal. Éder war auch im Kader bei der Mundialito 1980/81, wurde aber erst im Endspiel neun Minuten vor Schluss einmal eingesetzt.