Eine Zäsur für die Elbezweigbahn waren die Luftangriffe am 13. Februar 1945. Der größte Teil der Strecke lag im Gebiet der zu 90 Prozent zerstörten Altstadt. Das Staatliche Fernheiz- und Elektrizitätswerk war völlig zerstört, die Speicher ausgebrannt, der Kohlenbahnhof verwüstet. Weitgehend unversehrt blieben jedoch das Kraftwerk Mitte und die Großmarkthalle. Der Bahnhof Dresden-Altstadt Elbufer wurde fortan nur noch als Lagerplatz genutzt. Seine Bedienung erfolgte nun ausschließlich über die Hafenbahn.