Goukouni nasceu no norte do país e é filho de Oueddei Kichidemi. Ele entrou para a política no final dos anos 1960 como um militante da Frente de Libertação Nacional do Chade (FROLINAT) liderada por Abba Siddick. A FROLINAT se ressentia do domínio político do país por sulistas durante a presidência de François Tombalbaye e defendeu a participação dos povos do centro e norte na política do país. Depois do assassinato de Tombalbaye, em 1975, as tensões entre as duas metades geográficas se transformaram em uma guerra civil que envolveu vários grupos políticos do Chade e mais a Líbia, os Estados Unidos e a França. Goukouni via o regime ditatorial de Tombalbaye como um instrumento de continuação da hegemonia francesa no Chade. O conflito se encerrou formalmente em 1979 mas, de fato, a guerra civil ainda teria um longo desdobramento nas décadas seguintes.