Tammikuussa 2012 Pekermanista tuli Kolumbian maajoukkueen päävalmentaja tavoitteena johdattaa maa MM-kisoihin 2014. Pekerman onnistui tavoitteessaan ja Kolumbia pelasi MMkisoissa ensimmäistä kertaa 16 vuoteen. Kolumbia oli lopputurnauksessa vahva ja voitti kaikki alkulohkonsa ottelut. Tie nousi kuitenkin pystyyn puolivälierissä, kun joukkue taipui tiukan taistelun jälkeen kisaisäntä Brasilialle 2–1. Kisojen jälkeen Kolumbian jalkapalloliitto teki Pekermanin kanssa nelivuotisen jatkosopimuksen. Vuoden 2015 Copa Américassa Kolumbia pelasi nihkeämmin, mutta selvisi pudotuspeleihin lohkokolmosena. Tie katkesi puolivälierissä rangaistuspotkukilpailussa kärsittyyn tappioon Argentiinalle.