První písemná zmínka o Bohušovicích ("Bvsouici") se váže k ustavení litoměřické kapituly roku 1057. Původní název osady zněl "Busovice" a později "Bušovice". Osada se rozkládala na pahorku zvaném "Citomín" na severovýchodě. Dalším držitelem byl doksanský klášter a od roku 1384 litoměřická kapitula, která zde nechala postavit kostel. Za husitských válek stálo místní obyvatelstvo na straně stoupenců kalicha. Roku 1460 zastavil Zikmund obec Vilému z Konic a na Kamýku, odkud přešly ke Kaplířům ze Sulevic a nakonec zpět doksanskému klášteru. Za třicetileté války vpadli do obce roku 1631 Sasové a roku 1634 Švédové. Ti osadu vypálili včetně kostela. Nový kostel svatého Prokopa byl vystavěn v roce 1718. Obcí prošlo za sedmileté války pruské vojsko, které nedaleko svedlo bitvu u Lovosic. Do života obce zasáhla i výstavba pevnosti Terezín v roce 1780. Významným podnětem k rozvoji obce se stala stavba železnice z Prahy do Drážďan (ke zprovoznění zdejšího úseku došlo v roce 1850) a postavení cukrovaru v roce 1870. Později byla vystavěna i mlékárna a pivovar. První statut města byl udělen roku 1920, během druhé světové války byl nacisty odebrán. Znovu byl statut města Bohušovicím nad Ohří udělen 6. října 1998.