Heino (zeitgenössisch meist: Heyno) Heinrich von Flemming stammte aus der alten pommerschen, schlossgesessenen, ursprünglich wohl aus Flandern eingewanderten Familie Flemming. Er war der dritte Sohn des pommerschen Landmarschalls und Amtshauptmanns zu Belgard, Jakob von Flemming und der Barbara von Pfuel. Nach einer Ausbildung in Frankreich und den Niederlanden, dort bei Wilhelm von Oranien und dem Admiral Michiel de Ruyter, trat er 1657 in die kurbrandenburgische "Garde zu Fuß". 1658 wechselte er in das kaiserliche Regiment von Sporck, das im Krieg mit Schweden in Holstein eingesetzt wurde. Im Jahr 1660 kehrte Flemming als Kapitän in die brandenburgische Garde zurück. Kurfürst Friedrich Wilhelm übertrug 1672 dem Oberst Flemming das Kommando über das "Regiment von Flemming", das er als Hilfstruppe dem polnischen König Michael von Polen im Krieg mit der Türkei sandte.