O litoral de San Francisco tem crescido além de seus limites naturais. Bairros inteiros, como a Marina, Mission Bay e Hunters Point, além de grandes seções do Embarcadero, estão sob áreas de aterro. A ilha Treasure foi construída a partir de material dragado da baía, bem como de material resultante da construção de um túnel através ilha de Yerba Buena, durante a criação da ponte da baía. Esses terrenos tendem a ser instáveis durante terremotos. A liquefação resultante de terremotos causa grandes danos às propriedades construída sobre elas, como foi evidenciado no distrito de Marina durante o Sismo de Loma Prieta de 1989. A maioria dos cursos de água naturais da cidade, tais como Islais Creek e Mission Creek, foram canalizados ou aterrados, embora a Comissão de Serviços Públicos esteja estudando propostas de restaurar alguns riachos.