Los ataques más conocidos son los que, el ejército napoleónico, llevó a cabo entre 1808 y 1809, durante la denominada Guerra de la Independencia Española defendida por Mariano Álvarez de Castro. Fueron los últimos ataques que sufrió la ciudad hasta los bombardeos aéreos de la Guerra Civil Española, pero también fueron los más mortíferos y destructivos de su historia. Pese a que los ejércitos napoleónicos asaltaron y bombardearon la ciudad en dos ocasiones (en la segunda de ellas es de destacar la labor que realizó en la defensa de la ciudad el guerrillero Juan Clarós), el asedio más largo, virulento e importante, es el que se produjo entre los meses de mayo a diciembre de 1809, dirigido por el mariscal Augereau. El general Álvarez de Castro fue el defensor de la plaza fuerte de Gerona y prohibió cualquier síntoma de capitulación o debilidad, bajo la amenaza de ejecución inmediata. Cuando murió, después de siete meses de asedio, una población y una guarnición exhausta y asolada, dirigida por la Junta militar de Julián de Bolívar capituló frente a las fuerzas francesas.