Die Schirmherrschaft über das Kloster hatten ab 1218 die Grafen von Neuenburg, spätestens ab 1299 die Grafen von Aarberg inne. Im Jahr 1341 wurde ein Burgrechtsvertrag mit der Stadt Freiburg unterzeichnet. Die erste Plünderung 1387 im Rahmen des Sempacherkrieges leitete das Ende der Blütezeit ein. Auch im Krieg gegen Savoyen wurde das Kloster 1448 in Mitleidenschaft gezogen. Von 1452 an stand die Abtei Hauterive endgültig unter der Oberhoheit von Freiburg.