Anders Chydenius nacque nel 1729 a Sotkamo, Ostrobotnia (oggi parte della regione di Kainuu), dove suo padre Jacob era cappellano. Nel 1734 la famiglia si trasferì a Kuusamo, dove suo padre divenne rettore. Anders trascorse l'infanzia nella zona arida del nord Finlandia. Lui e suo fratello Samuel furono educati privatamente dal padre per poi iscriversi al liceo di Uleåborg. Dopo la Guerra russo-svedese (1741-1743), i ragazzi studiarono privatamente a Tornio e nel 1745 entrarono all'Accademia Reale di Åbo. Essi inoltre studiarono presso l'Università di Uppsala in Svezia. Anders studiò matematica, scienze naturali, latino e filosofia. Nel 1746 il padre di Jacob e la famiglia si trasferirono a Gamlakarleby.