В августе 1940 года Эстония была присоединена к СССР, и сборная Эстонии прекратила существование. В годы немецкой оккупации команда провела несколько товарищеских матчей, однако почти никто из игроков довоенных лет, переживших войну, в стране не остался и не продолжил карьеру. Значительная часть эстонских игроков, мобилизованных в РККА, несла службу в составе 249-й стрелковой дивизии, ряд игроков числились в 412-м сапёрном батальоне. Так, среди участников войны были Рихард Куремаа (рядовой 249-й стрелковой дивизии, 31 декабря 1942 года попал в плен под Великими Луками, уже после освобождения арестован и приговорён 23 февраля 1943 года к расстрелу, заменённому 10 годами ИТЛ), (попал в плен под Великими Луками, через год после освобождения по ложному обвинению в сотрудничестве с гитлеровцами приговорён к расстрелу, заменённому 10 годами ИТЛ, но умер в тюрьме), (служил в 7-й стрелковой дивизии, погиб под Великими Луками). Некоторые из эстонских игроков воевали на стороне немцев либо же бежали на Запад: в команде беженцев в Гайслингене играли Арнольд Пихлак, и многие другие.