Air Afriquen alamäki alkoi jo 1980-luvulla mutta se pysyi vielä pitkään Länsi-Afrikan hyvämaineisimpana lentoyhtiönä, jopa koko Afrikan viidenneksi parhaimpana. Ilmailualan korruptio, huolimattomuus ja alamäki syyskuun 11. päivän terroritekojen jälkeen ajoi Air Afriquen kriisiin josta se ei enää selviytynyt. Lentoyhtiö lakkautettiin tammikuussa 2002. Air Afriquen seuraajaksi tuli Afrinat International Airlines. Sekään ei menestynyt ja sen toiminta lopetettiin 2004.