Tras los terremotos de 1917-18 se reconstruyó el templo lentamente, pero la nueva estructura fue destruida nuevamente por el terremoto de terremoto del 4 de febrero de 1976, iniciándose la reconstrucción el 4 de junio de 1978. Cuatro años después se bendijo la nave central del edificio y estuvo en disposición de acoger a la feligresía. Por su parte, cuando el templo de San José quedó destruido por el terremoto, varias personas arriesgaron su vida para extraer a la imagen del Nazareno de entre las ruinas. En 1992, la imagen fue sometida a un proceso de restauración, que estuvo a cargo del Instituto de Antropología e Historia de Guatemala. Unos meses después, el 4 de abril de 1993, el Nazareno fue consagrado y coronado y, en noviembre de 1996, fue llevado a visitar su hogar original, la ermita de la Santa Cruz del Milagro, y proclamado Protector Perpetuo de la Ciudad de Antigua Guatemala.