В 1898 году Н. Б. Рожков приглашен на должность директора прядильной и ткацкой фабрик Прохоровской Трехгорной Мануфактуры в Москве, где работал до 1906 года в течение восьми лет и руководил реконструкцией предприятия. Основное внимание Н. Б. Рожкова было сосредоточено на ткацкой фабрике (расширено жаккардовое ткачество, усилена выработка тонких сатинов и фасонное ткачество летних и зимних тканей), кроме того прядильная фабрика была расширена с 28 000 веретен до 42 000. В 1900 году Н. Б. Рожков был командирован правлением фабрики на Всемирную выставку в Париж на два месяца.