Revoluce roku 1911, tzv. Sinchajská revoluce, ho zastihla v USA a nijak ji neinicioval. Ke svému překvapení se o ní dočetl v novinách, když byl v Denveru. Rychle odcestoval do Šanghaje, kde byl revolucionáři zvolen prozatímním prezidentem, ačkoli císař dosud neabdikoval. Po regulérním vzniku republiky byl zvolen prezidentem znovu. V roce 1912 založil Národní stranu, tedy Kuomintang. Tato strana se však brzy dostala do sporu s příznivci Jüan Š´-kchaje. Mnozí její členové zahynuly při násilnostech a i sám Sunjatsen musel uprchnout. K exilu zvolil znovu Japonsko. Zde se krátce na to i oženil (podruhé a bez předchozího rozvodu), když si vzal vzdělanou mladou japonskou dívku. Její sestra si mimochodem vzala dalšího významného politika Kuomintangu, Čankajška.