Posteriormente, la represión política que afectó a España tras la victoria de las tropas de Franco implicó de lleno a Aguilar, muchos de cuyos ciudadanos resultaron afectados. Un colegio de la localidad albergó un campo de concentración de prisioneros republicanos entre, al menos, junio de 1938 y junio de 1939, con no más de 300 internos.