В годы реконструкции Юга Ругер служил военным губернатором Джорджии и в «бюро Фридмена» в 1868 году. С 1871 по 1876 од он служил суперинтендантом военной академии Вест-Пойнт. В 1887 году возглавил экспедицию в горы Биг-Хорн во время Войны кроу. Он вышел в отставку в 1897 году в звании генерал-майора регулярной армии. Он умер в Стамфорде в 1907 году и бы похоронен на национальном кладбище Вест-Пойнт.