En la madrugada del 24 de marzo de 1976, horas antes del golpe de Estado, Vargas Aignasse fue arrestado por la policía provincial, que luego fue puesto a disposición del Poder Ejecutivo Nacional. Días más tarde, su mujer logró que la dejaran verlo, pero no hablarle, en la cárcel de Villa Urquiza. La condujeron a una oficina desde la que se veía el patio, donde Vargas Aignasse caminaba solo. No le permitieron hablarle, sólo mirarlo. Vio que tenía marcas de la tortura.