Ivan Ljubičić jest synem Marko i Hazirii. Ma również starszego brata, Vladana. W wieku 13 lat, w 1992 roku Ljubičić przeniósł się z nękanych wojną Bałkanów, trafiając przez Belgrad, Lublanę i Opatiję do Rijeki. W 1993 roku przeprowadził się do włoskiego Moncalieri, gdzie rozwijał swoje zdolności tenisowe. Od 18 roku życia Chorwat mieszka w Monte Carlo. Dnia 8 listopada 2004 poślubił Aidę, która towarzyszyła mu w każdym z rozgrywanych turniejów. Cztery lata po ślubie, w czwartkowy ranek 6 listopada 2008 roku urodził się im syn, Leonardo, natomiast 29 listopada 2011 roku na świat przyszła córka, Zara. Ljubičić jest blisko zaprzyjaźniony ze swoim wieloletnim trenerem, Riccardem Piattim oraz innym chorwackim tenisistą, Mario Ančiciem.