Nel 1501 le truppe di Luigi XII di Francia e di Ferdinando il cattolico occuparono il Regno di Napoli durante la guerra di Napoli (1499-1504). Il giovane Ferdinando si trovava a Taranto, che fu assediata dalle forze spagnole sotto il comando di Gonzalo Fernández de Córdoba. Durante l'assedio, gli fu assicurata la libertà dopo la resa della città, ma Ferdinando fu fatto prigioniero e portato in Spagna dove rimase sotto la tutela dei sovrani iberici per oltre venti anni.