В юности играл в «Висмаре» и юношеских командах «Ганзы» и «Кёльна». В 1992 году подписал контракт с основной командой «Кёльна»; первый для Янкера выход за этот клуб состоялся 25 сентября 1993 года в матче против «Лейпцига» и уже 11 сентября 1993 года участвовал в своём первом матче за Кубок Германии, в котором «Кёльн» уступил второму составу «Баварии». В следующем сезоне Янкер всего дважды выходил на поле, после чего решил уйти. Следующим его клубом стал венский «Рапид», за который он провёл 27 игр и забил 7 голов. Также в составе «Рапида» дошёл до финала Кубка кубков 1996, где австрийская команда уступила «Пари Сен-Жермен» со счётом 0:1.