Roku 1799 byl zvolen direktorem, jedním z nejmocnějších mužů republiky. Ve stejný rok spolu se Sieyésem, Napoleonem Bonaparte a jinými zosnoval státní převrat proti direktoriu, které bylo svrženo a moc převzal konzulát. Ducos se stal jedním ze tří konzulů. Brzy však byli zvoleni noví konzulové a v jejich čele jako první konzul opět stanul Napoleon Bonaparte. Ducos se ovšem podruhé konzulem nestal a musel se spokojit s funkcí viceprezidenta senátu. Pro Napoleonovu vládu vypracovával zákony a staral se o právní záležitosti. V roce 1808 mu Napoleon udělil titul hraběte. Po Napoleonově abdikaci a po jeho návratu z Elby Ducos Napoleona podpořil a získal od něj titul paira. Po Waterloo byl Bourbony donucen opustit Francii a odešel do Německa, kde na cestě do Ulmu dne 17. března 1816 zemřel.