Son premier album "Euphoria Morning" sort en 1999. Il est produit et co-écrit avec Natasha Schneider et Alain Johannes du groupe "Eleven" qui a souvent fait la première partie de Soundgarden. Les trois artistes s'entourent de Josh Freese à la batterie, Alan Jones (rythme) et Alexis Lemoine (lead) aux guitares. On doit à ce dernier la version française du single "Can't change me". L'album, pourtant bien accueilli par la critique, ne connaît pas le succès des disques de platine de Soundgarden, malgré une tournée en Amérique et en Europe où Eleven l'accompagne sur scène mais se classe n°18 au Billboard 200 et s'écoule à près de 500 000 exemplaires. La chanson "Can't change me" est nommée aux Grammy Awards 2000 dans la catégorie Grammy Award de la meilleure prestation rock. Deux autres titres sont enregistrés en collaboration avec Natasha Schneider et Alain Johannes mais n'apparaissent pas sur l'album : "Heart of Honey" et "Someone to die for" (reprise en 2004 dans "Spider-man 2"). L'album ressort en 2015 sous son titre initial "Euphoria Mourning". . Son manager lui conseille de choisir "morning". Il accepte puis regrette, trouvant "Euphoria mourning" plus poétique. Sur cet album figure la chanson "Wave Goodbye" dédiée à son ami Jeff Buckley disparu en 1997. La mère de ce dernier, Mary Guibert le sollicite afin de participer à la conception du deuxième album du chanteur "Sketches for My Sweetheart the Drunk" qui sort en 1998 à titre posthume. En 2011, Chris Cornell se produit seul sur scène en tournée acoustique avec à ses côtés le téléphone rouge de Jeff Buckley donné par sa mère.