総裁政府が発足すると、イタリア戦線では教皇との休戦が成立し、国内ではカトリック勢力の復権がやや進んで、亡命した聖職者の帰国も始まった。1797年2月19日には教皇との間にトレンチノ条約が締結されアヴィニヨンが放棄されることで和平が成立した。4月4日の共和国5年の総選挙では、併合されたベルギーのカトリック勢力が多く議席を占めたが、これはフリュクティドール18日のクーデターにつながった。