Raper diente anschließend auf der HMS Duke und der HMS Victory. Im Juni 1793 wurde er zum Lieutenant befördert und wechselte auf die HMS Speedy. Im September desselben Jahres wurde Raper Offizier auf der Commerce de Marseille, ein ehemaliges französisches Schiff, das während der Belagerung von Toulon von der Royal Navy beschlagnahmt wurde. Die französische Besatzung und der Kapitän verblieben auf dem Schiff und so war Raper, abgesehen von zwei kurzen Besuchen britischer Offiziere, der einzige britische Offizier an Bord der Commerce de Marseille. In den Soldbüchern des Schiffes wurde Raper als Reper oder „Rapert … Lieutenant anglais“ gelistet.