Гушење Сељачког устанка (1525) важан је догађај у Лутеровом животу. Он раскида са екстремистима и Ротердамским и до краја живота посматра ширење протестантизма. Борбе се заоштравају. Вормски едикт потврђује се 1529. године у Шпајеру, а протест кнежева остаје без одговора па Карло V сазива сабор у Аугзбургу 1530. године. Саставља се списак јеретичких учења на шта протестанти одговарају састављањем Аугсбуршке конфесије. Примат државе је признат, а прихвата га и Лутер. Протестантски кнежеви 1531. године стварају Шмалкландску лигу са циљем одбране вере. Карло лиги објављује рат 1546. године, а наредне године односи победу у Шмалкландском рату. Протестантизам ипак задржава ранију снагу. Карло је 1555. године сазвао сабор у Аугзбургу на коме је успостављен верски мир у Царству. Утврђено је начело: Cuius region, eius religio (Чија је власт, његова је и вера). После смрти Лутера и Калвина, не рађају се велики мислиоци нити се привлаче нови следбеници. Језуити средином 16. века отварају нове школе широм Царства. Контролишу универзитете у Келну, Бечу и Минхену. Протестанти се протерују из Штајерске.