Após a ação de Ironsi contra o golpe, os amigos de Ifeajuna, Christopher Okigbo e J.P. Clark, ajudaram-no a atravessar a fronteira para Daomé (agora Benin) e até Gana, onde foi recebido pelo líder Kwame Nkrumah. O regime de Nkrumah foi derrubado pouco depois e Ifeajuna retornou à Nigéria após garantias de Emeka Ojukwu de que sua vida não estaria em risco. Ele novamente se envolveu nas forças armadas, desta vez no Exército de Biafran - a República de Biafra declarou sua secessão da Nigéria, começando a Guerra Civil da Nigéria. Ifeajuna, Victor Banjo, Phillip Alale e Sam Agbam foram acusados ​​por Ojukwu de negociar com as autoridades federais da Nigéria, via agentes britânicos, na esperança de provocar um cessar-fogo, derrubar Ojukwu e conquistar posições de destaque para si mesmos. Eles foram julgados e condenados às pressas à morte por fuzilamento por traição. Ifeajuna alegou que o plano era preservar a vida civil em Enugu de um ataque iminente por tropas federais. Ifeajuna e seus três co-conspiradores foram executados em 25 de setembro de 1967. Enugu, a capital de Biafran, foi capturada pelas forças federais da Nigéria dois dias depois.