Ele estudou na Escola de Pessoal de Comando e Estado Maior em 1924, também trabalhando como professor na instituição entre 1929 e 1933. Na Segunda Guerra, Huebner liderou parte das forças norte-americanas na Praia de Omaha durante os Desembarques da Normandia em junho de 1944, conseguindo chega em Saint-Lô. Em seguida conseguiu repelir uma contra-ofensiva alemã em Mortain, perseguindo as forças inimigas pela França até a Batalha de Aachen em outubro. Huebner assumiu o comando do V Corpo, indo para o rio Reno e Elba até o final da guerra.