Während seiner Regierungszeit dauerte der Bürgerkrieg mit den radikalen Islamisten an. Mit der Armee kam es zunehmend zu Unstimmigkeiten über die Behandlung der islamistischen Gruppen. Zéroual trat für Verhandlungen mit einigen Gruppen ein, während das Militär die Vernichtung der islamistischen Terroristen forderte. Wegen dieser Auseinandersetzungen kündigte Zéroual 1998 seinen Rücktritt an und übergab 1999 die Regierung an Abd al-Aziz Bouteflika.