Das große Klostergebäude im Süden stammt in seinen heute erhaltenen Resten aus dem 19. Jahrhundert. Im Oktober 1895 kam es, wie in einigen anderen Städten im Osten der Türkei zu Übergriffen von osmanischen Militärs und der muslimischen Bevölkerung gegen Armenier, bei denen im Gebiet von Trabzon etwa 1100 Armenier ums Leben kamen. Bis 1915 diente das Kloster als Sitz der Diözese Trapezunt des Armenischen Patriarchats von Konstantinopel. Zu dieser Zeit bestand die armenische Gemeinde im städtischen Distrikt aus etwa 30.000 Mitgliedern. Mitte 1915 begannen die Angriffe und Massaker an der armenischen Bevölkerung, an deren Organisation auch führende Mitglieder der Stadtverwaltung von Trabzon beteiligt waren. Das Kloster Kaymaklı wurde geschlossen. Seine letzte Funktion war die eines Transitlagers für Armenier, die nach Syrien deportiert wurden.