Anfang April 1809 übernahm er den Oberbefehl über die Südarmee in Italien und führte zwei Korps gegen den dortigen französischen Vizekönig Eugène de Beauharnais in die venetianische Tiefebene. Am 13. April zogen seine Truppen in Udine ein und überraschten am 15. die feindliche Nachhut bei Pordenone. Schließlich besiegte er die Truppen des Vizekönigs am 16. April in der Schlacht von Sacile. Die Niederlagen der Hauptarmee in Bayern zwang ihn jedoch über Kärnten zum Rückzug in die Steiermark. Auf seinen Befehl hin wurden im Mai 1809 die Festungen in Malborgeth durch Hauptmann Hensel, am Predil-Pass durch Hauptmann Hermannsdorf und der Grazer Schloßberg durch Major Hackher verteidigt. Erzherzog Johann konnte Graz nicht halten, vereinigte seine Truppen mit ungarischen Reserven im Raum Körmend und versuchte sein Korps der Hauptarmee unter Erzherzog Karl über Preßburg zuzuführen. Am 14. Juni durch die verfolgenden Truppen unter Beauharnais eingeholt und in der Schlacht bei Raab schwer geschlagen, konnte er nicht mehr rechtzeitig zur entscheidenden Schlacht bei Wagram eintreffen. Nachdem die Hauptarmee an den Fürsten Johann von Liechtenstein überging, verlor Johann zwar sein aktives Feldkommando, erhielt aber wenigstens das Großkreuz des Maria Theresien-Ordens zuerkannt.