Sully härstammade från en flamländsk släkt "Béthune", känd sedan 1000-talet. Fadern hade på Condés sida deltagit i hugenottkrigen, två yngre bröder till Sully övergick till katolicismen, men Sully själv förblev protestant. Redan vid 10 års ålder blev Sully föreställd för Henrik av Navarra, som tog honom med sig till Paris, där han med knapp nöd tack vare sin rådighet undgick Bartolomeinattens blodbad (1572).