Am 25. Februar 1927 wurde Pawlikowski zum Weihbischof der Diözese Seckau bestellt und Titularbischof von "Dadima" ernannt, schon zwei Monate später, am 26. April 1927 zum Fürstbischof von Seckau (als einziger nach dem Untergang Österreich-Ungarns ernannter Bischof behielt er bis zu seiner Resignation im Jahr 1953 die herkömmliche Bezeichnung „Fürstbischof“ bei). Daneben behielt er weiterhin das Amt des Militärvikars bis zur Besetzung Österreichs durch Nazi-Deutschland im Jahr 1938.