Na de bevrijding in mei 1945 werd Horáková voor het eerst in vier jaar weer herenigd met haar echtgenoot Bohuslav en dochter Jana. Jana had de oorlogsjaren doorgebracht in het huishouden van Horáková's jongere zuster Věra. De Tsjecho-Slowaakse democratische president Edvard Beneš overtuigde haar om terug te keren bij de Tsjecho-Slowaakse Volkssocialistische Partij en zij werd in oktober verkozen tot lid van het parlement in de Derde Tsjecho-Slowaakse Republiek. Tevens werd ze voorzitster van de raad van "Tsjecho-Slowaakse vrouwen" en vice-voorzitster van de "Unie van Bevrijde Politiekgevangenen". In haar werk had Horáková regelmatig aanvaringen met de communisten en de sociaaldemocraten over buitenlandbeleid en strafrecht. Zo verzette zij zich tegen de hevige focus op de Sovjet-Unie en de uitsluiting van het Westen, en bekritiseerde ze de willekeur waarmee werd gestraft in rechtbanken. Al snel kregen de communisten meer en meer macht en werden de banden met de Sovjet-Unie verstevigd. Horáková realiseerde zich dat Tsjechoslowakije haar betrekkingen met het Westen moest verstevigen om Joseph Stalin te kunnen bevechten. Na iets meer dan tweeënhalf jaar, in februari 1948, werd zij gedwongen haar zetel op te geven, na de Praagse Coup waarbij de communistische partij van Tsjecho-Slowakije, met steun van de Sovjet-Unie, de macht greep in het land en Tsjecho-Slowakije als laatste zich voegde bij de landen van het Oostblok. Na de staatsgreep werd Horáková bij alle organisaties uitgeschreven en aangemerkt als persona non grata. Horáková kreeg de mogelijkheid te vluchten naar het buitenland maar besloot toch in Tsjecho-Slowakije te blijven om haar democratische idealen te blijven verspreiden. Ze werkte samen met illegaal verklaarde organisaties en onderhield contacten met politici in ballingschap.