Nonostante la stagione fallimentare della squadra, che nel 1997-1998 chiude al 10º posto in Serie A e perde la finale di Coppa Italia contro la Lazio, Ba, pur avendo un rendimento altalenante anche all'interno delle singole partite, alternando errori banali ad azioni di rilievo, si rende protagonista su 40 partite stagionali di 11 assist per i compagni tra campionato e coppa nazionale, più un'autorete procurata e un gol, contro la Lazio, alla seconda giornata. Impiegato da Fabio Capello sulla corsia destra di centrocampo nel 4-4-2, a tratti ha mostrato nella sua prima stagione rossonera ottime capacità di corsa e inserimento sulla fascia finalizzate al cross o al passaggio, risultando spesso determinante nelle azioni da gol rossonere e segnalandosi come uno dei migliori giocatori della deludente stagione del Milan. Nel 1998-1999, con l'avvento di Alberto Zaccheroni, comincia da titolare ma già nel mese di ottobre perde il posto da esterno nel 3-4-3 e da lì in poi viene utilizzato soprattutto come subentrante da esterno destro o sinistro, mettendo insieme 18 presenze totali tra campionato e coppa nazionale in un Milan che si laurea campione d'Italia vincendo lo scudetto.