Se hallaba como jefe instructor en la Provincia de La Mar, cuando se enteró del estallido de la revolución restauradora encabezada por el coronel Mariano Ignacio Prado contra el gobierno del general Juan Antonio Pezet, acusado de debilidad ante las exigencias de la Escuadra Española del Pacífico. Fajardo se unió a la revolución y al frente de su batallón participó en la campaña hasta la entrada triunfal a Lima, en noviembre de 1865. Mereció entonces su ascenso a teniente coronel efectivo. Luego participó en los aprestos para rechazar la agresión española y se distinguió en el combate del 2 de mayo del Callao.