Après la déclaration d'indépendance, trois choix politiques s'offrirent à l'ancienne Capitainerie générale: son rattachement à l'Empire mexicain d'Iturbe, la formation d'un pays fédéral ou l'indépendance complète des différentes municipalités. Le gouvernement provisoire décida de consulter les municipalités qui votèrent toutes le ralliement au Mexique, sauf les communes de San Salvador et de San Miguel. Le l'annexion fut proclamée et des troupes mexicaines, menées par le général Vicente Filísola, furent envoyées par Augustin du Mexique pour soumettre l'ancienne Intendance de San Salvador. Les troupes entrèrent à San Salvador en février 1823 à la suite de la bataille de Mejicanos et la région fut annexée au Mexique. Mais en mars 1823 Augustin abdiqua : Vicente Filísola, fidèle à son empereur et non pas au Mexique, fit convoquer les députés centre-américains.