Il declino più drammatico, in tutti i sensi, si ebbe durante le guerre d'Italia del 1494-1504, vissute dai gaetani in prima persona. Il saccheggio operato dai soldati francesi nel giugno del 1495 colpì soprattutto le ricche chiese di Gaeta, devastate e private di preziosi ornamenti ed ex-voto accumulati nei secoli.