Під час німецької окупації Естонії в 1918 році школа перейшла на викладання естонською мовою. У тому ж році гімназія Гуґо Треффнера була об'єднана з Олександрівською гімназією Тарту, а у лютому 1919 року школа переїхала в нову будівлю, де вона й знаходиться до цього дня. Під час злиття школа придбала інвентар і бібліотеку Олександрівської гімназії. У роки Естонської визвольної війни 230 учнів гімназії Нуґо Треффнера були призвані в армію, семеро з них загинули в боях.