Selv om sydstatshæren vandt en opmuntrende sejr i det Første slag ved Bull Run på østfronten i 1861 så det anderledes sort ud i Vesten efter at hans underordnede generaler havde tabt slagene ved Fort Henry og Fort Donelson til Brigadegeneral Ulysses S. Grant i februar 1862. Johnston blev kritiseret for at have udvist dårlig dømmekraft, da han udpegede brigadegeneralerne Tilghman og Floyd til disse afgørende poster og for ikke selv at have overvåget bygningen af forterne.