Kościół ufundowany został w roku 1412 przez Władysława Jagiełłę, jako wotum wdzięczności za zwycięstwo w bitwie pod Grunwaldem. Wcześniej w tym miejscu stała kaplica pw. Maryi Panny, św. Zofii i św. Barbary poświęcona w 1396 roku przez biskupa krakowskiego Piotra Wysza. Według legendy wotum króla Władysława Jagiełły budowali jeńcy krzyżaccy wzięci do niewoli po zwycięskiej bitwie pod Grunwaldem. Po ukończeniu prac w 1426 roku król polski sprowadził zakon brygidek. Wierzono bowiem, że św. Brygida przepowiedziała upadek zakonu krzyżackiego. Przepowiedziała też dzielnego władcę, który ukarze Krzyżaków za krzywdy wyrządzone innym chrześcijańskim narodom. Jagiełło odebrał tę przepowiednię bardzo osobiście i dlatego sprowadził Zakon Najświętszego Zbawiciela do Lublina. Brygidki pozostały tu aż do końca XIX w. Lubelski konwent był jednym z pierwszych klasztorów tej reguły w Polsce. Kościół został zbudowany z dala od murów miejskich, przez co często padał ofiarą rabunków. W XIX w. do świątyni wprowadziły się na krótko siostry wizytki. Wizytki podobnie jak brygidki opuściły klasztor nakazem cara pod koniec XIX w. Kościół stał się wtedy kościołem rektoralnym i jest nim po dziś dzień. Obecnie rektorem jest ks. kan. Dariusz Marek Bondyra.