Indigenii americani au trăit în regiunea Yellowstone de peste 11.000 de ani. Regiunea a fost ocolită în timpul Expediției lui Lewis și Clark din secolul al XIX-lea. În afară de vizitele muntenilor din prima jumătate a secolului XIX, expedițiile organizate nu au început până la sfârșitul anilor 1860. Armatei Statelor Unite i s-a comandat supravegherea parcului imediat după înființarea acestuia. În 1917 administrarea parcului a fost mutată către "National Park Service", care a fost creată anul precedent. Sute de structuri au fost construite și sunt protejate acum pentru importanța lor arhitecturală și istorică, iar cercetătorii au examinat mai mult de 1.000 de situri arheologice.