Era racionero de La Seo de Zaragoza y canónigo del cabildo de la Catedral de Tarazona, cuando en la década de 1350 su hermano Pedro, que gobernaba esta última diócesis, delegó en él su administración para servir al rey Pedro IV de Aragón, enfrascado por aquel entonces en la guerra castellano-aragonesa contra Pedro I de Castilla. Durante esos años Fernando fue ascendiendo a arcipreste de Calatayud y deán de Tarazona, hasta que en 1370 marchó a la Universidad de Bolonia, de la que salió doctor en derecho canónico seis años después.