No início da Guerra Civil, Hunt teve um papel destacado na campanha da Primeira Batalha de Bull Run (Primeira Batalha de Manassas). Tornou-se comandante da artilharia das defesas de Washington, D.C. No inverno 1861-1862 treinou a reserva de artilharia do Exército do Potomac, e em seguida participou da Campanha da Península. Em Malvern Hill, suas baterias contando mais de 250 canhões reduziram os sucessivos assaltos das tropas de Robert Lee com tamanha eficiência que pouco trabalho restou à infantaria da União. Nessa batalha, os confederados registraram mais de 5.000 baixas. Lutou com distinção da Batalha de Antietam. Em Setembro de 1862, foi promovido a General de Brigada. Comandou a artilharia da União durante a desastrosa Batalha de Fredericksburg.