En 1935, Franz Haider est nommé recteur. À la mi-avril 1936, la Grande révolte arabe se déclenche. Le 18 mai 1936, Karl Breitlinger, un fonctionnaire viennois membre de l’hospice, est pris pour cible par erreur et meurt d’une balle dans le dos. Le conflit se dissipe lentement et en 1937, l’hospice accueille 498 personnes. Après la signature de l’Anschluss, le statut légal de l’hospice autrichien reste indéfini et il a le statut d’une institution cléricale indépendante. Le troisième Reich, qui convoite l’hospice autrichien et sa position au Moyen-Orient, essaie d’exercer des pressions sur le recteur, par un gel des salaires. Le cardinal Theodor Innitzer résiste et déclare que l’hospice autrichien est une institution ecclésiastique, dont le transfert ne peut être effectué que par décision du conseil d’administration. Il prétexte que le conseil ne peut se réunir qu’en présence de tous ses membres, ce qui est impossible pour des raisons politiques puisqu’ils appartiennent à différents diocèses de l’ancienne Monarchie des Habsbourg.