Il est aussi l'un des principaux artisans du renversement de son homologue du Zaïre (l'actuelle République démocratique du Congo) en 1997, le président Mobutu Sese Seko, dont le pays est 90 fois plus grand que le Rwanda. À la suite du génocide des Tutsi au Rwanda et de la déliquescence du régime de Mobutu, faits majeurs ayant entraîné les Grands lacs dans le chaos, il est l'un des principaux acteurs de la première (1996-1997), deuxième guerre du Congo (1998-2002), du massacre de 200 000 civils hutus qui s'étaient réfugiés au Congo en 1996 et du pillage des minerais de l'est de ce pays depuis. D'après le journaliste Pierre Péan dans "Carnages", l'occupation rwandaise de l'est du Congo-Kinshasa depuis 1996 a entraîné des guerres qui ont fait 3 à 6 millions de morts. Des proches de ses officiers racontent qu'au départ les Rwandais, alliés avec l'Ouganda et l'AFDL de Laurent-Désiré Kabila, n'avaient pas l'intention de renverser Mobutu Sese Seko, mais que la faible résistance qu'ils auraient rencontrée au Zaïre les aurait alors décidés d'aller jusqu'à Kinshasa en 1997.