En raison de la coupe du monde et du tournoi des Six Nations, les occasions de jouer avec sa province sont moins importantes. Simon Zebo joue alors 10 matches de Pro12 et inscrit 5 essais. Le , il bas e record du nombre d'essais inscrit par un joueur sous les couleurs rouge et bleu du Munster, avec 43 essais depuis 2010. Son équipe termine à la du classement, synonyme de qualification pour la coupe d'Europe 2016-2017, à la faveur du dernier match de la saison face au Scarlets. Simon Zebo est titulaire au poste d'arrière.