После взятия Афин Суллой в 86 году до н. э. большинство зданий агоры были разрушены в наказание за то, что в Первой Митридатовой войне Афины были на стороне Понта, а не Рима. Афины вновь достигают расцвета при Октавиане Августе (27 до н. э.—14). До середины I века агора лежала в руинах, затем здесь возникли мастерские по производству керамики и обработке металла и мрамора. Во время правления Адриана (117—138) агора восстановлена и вновь достигла расцвета. В 15 году до н. э. в центральной части агоры Марк Випсаний Агриппа построил для театральных представлений. Сюда были перенесены Юго-западный и юго-восточные храмы, в которых поклонялись семье императора. Из Палини был перенесён .