Más tarde fue asignado como predicador y confesor apostólico al ejército imperial que luchaba contra los turcos en Hungría, donde asistió a la reconquista de Buda en septiembre de 1686. Regresó a España vía Holanda, Inglaterra y Francia, y narró su experiencia en la "Segunda peregrinación de don Pedro Cubero Sebastián", publicada en 1697.