Tammikuussa 1943 Clark sai komentoonsa Yhdysvaltain 5. armeijan, jonka tehtävänä oli syyskuussa nousta maihin Salernossa Italian rannikolla ja edetä sen jälkeen pohjoiseen. Clarkin onnistuttua valloittamaan Napolin ja Volturnon hän eteni Monte Cassinon edustalle. Hänet määrättiin 15. armeijaryhmän komentajaksi joulukuussa 1944 ryhmän entisen komentajan Harold Alexanderin siirryttyä muihin tehtäviin. Ryhmän komentajana hän johti Monte Cassinon taistelua sekä siihen liittyvää Anzion maihinnousua. Hyökkäys ei tuottanut toivottua tulosta, vaikka luostaria pommitettiin rajusti.