ב-1513 פלש ג'יימס הרביעי לאנגליה, בניסיון לנצל את העדרו של הנרי השמיני, מלך אנגליה מהממלכה, אך נחל תבוסה בקרב פלודן. המלך, מרבית אציליו ולמעלה מ-10,000 לוחמים סקוטים נהרגו בקרב זה. לאחר מותו הומלך בנו התינוק, ג'יימס החמישי, והממלכה נוהלה בידי עוצרים. לאחר הגיעו לבגרות ניסה גם ג'יימס החמישי לפלוש לאנגליה ב-1542, אך הובס ונהרג גם הוא, ובתו הוכתרה כמרי, מלכת הסקוטים. מרי הקתולית ניסתה לדכא את המגמות הפרוטסטנטיות שפשטו בסקוטלנד, ונישאה לאציל קתולי, הנרי סטיוארט, לורד דרנלי, צעד שפגע באהדה כלפיה. לאחר הרצחו של בעלה ב-1567 נישאה שוב, ככל הנראה בניגוד לרצונה, לג'יימס הפבורן, רוזן בותוול (שככל הנראה היה רוצחו של בעלה הקודם). נישואין אלו הביאו לקרע גלוי בין האצולה לבין בית המלוכה, ובאותה שנה נאלצה המלכה לוותר על כסאה ולהימלט לאנגליה, שם נכלאה והוצאה להורג עשרים שנה מאוחר יותר בידי אליזבת הראשונה, מלכת אנגליה. בנה התינוק, ג'יימס השישי, הומלך תחתיה. ג'יימס חונך כפרוטסטנטי, ולאחר מות המלכה אליזבת הראשונה הומלך תחתיה כג'יימס הראשון, מלך אנגליה.