1993'te, Ebu Bekir Beşir ile Abdullah Sungkar tarafından Endonezya'da kuruldu. 12 Ekim 2002'de, örgüt üyesi kişiler tarafından Bali'de gerçekleştirilen bombalı saldırılar sonrasında, 25 Ekim günü Birleşmiş Milletler Güvenlik Konseyi tarafından el-Kaide ile bağlantılı olan bir terör örgütü olarak tanımlandı.