Friedrichswerder liegt zwischen dem Spreekanal und dem 1833–1883 zugeschütteten Festungsgraben, dessen Verlauf sich heute noch an Grundstücksgrenzen ablesen lässt und der durch die Mohrenkolonnaden und die Straße am Festungsgraben gekennzeichnet ist. Im Süden grenzt der Stadtteil an Neu-Kölln, im Westen an die Friedrichstadt.