哈里森执政期间，原本只在南达科他州境内保留地活动的拉科塔苏族在巫医沃沃卡（）影响下渐趋失控，沃沃卡鼓动他们参加人称“鬼舞”的精神运动。联邦政府许多人不知道鬼舞本质上是宗教活动，以为是好战分子聚集美洲原住民对抗政府。1890年12月29日，第七骑兵团将士与苏族在伤膝河发生冲突，屠杀至少146名苏族人，死者埋入万人坑，其中许多是妇女和儿童。事件发生后，哈里森下令尼尔森·迈尔斯（）少将调查，并派3500名联邦将士进入南达科他州，动乱随后偃旗息鼓。历史学家认为伤膝河之战是19世纪最后一次大规模印第安人战争。哈里森整体支持美洲印第安人融入白人社会，虽然发生这样的屠杀，但他认为政策效果良好。哈里森的政策人称配发体系，在道斯法案落实并获自由改革派认可，但因印第安人已把大部分土地低价卖给白人投机商，事实证明该法最终对印第安人不利。