Nel 1999, Nisipeanu, sebbene partisse da una posizione di non favorito, riuscì a raggiungere la semifinale del Campionato mondiale FIDE, battendo Vasyl' Ivančuk al 4º turno e Aleksej Širov nei quarti di finale, soccombendo solo ad Aleksandr Chalifman, che poi vinse la finale contro Vladimir Hakobyan diventando campione del mondo FIDE.