Il soggetto venne affidato a Leonard Nimoy, già responsabile del terzo e quarto film della saga, che lo sviluppò assieme a Nicholas Meyer, regista del secondo film. Forti del fatto che i Klingon rappresentassero una metafora dell'Unione Sovietica che si contrapponevano alla Federazione, a sua volta metafora degli USA o della NATO, i due si ispirarono agli avvenimenti storici di quegli anni, quali in particolare la caduta del muro di Berlino e la glasnost. "Rotta verso l'ignoto" è infatti, nelle intenzioni dei suoi autori, una metafora della caduta del muro e in particolare del crollo dell'Unione Sovietica, in cui l'incidente di Qo'noS rappresenta una metafora del disastro di Chernobyl, che rivela la crisi in cui versa il blocco sovietico. Mentre la colonia penale di Rura Penthe è una metafora dei gulag sovietici, il cancelliere Gorkon è stato ispirato a Meyer da Gorbaciov, nel ruolo di "pacificatore" tra l'impero Klingon e la Federazione dei Pianeti Uniti, metafora della riappacificazione tra URSS e USA, mentre nell'aspetto Meyer ha voluto che ricordasse Abraham Lincoln, finendo assassinato anch'esso in un attentato, così come il presidente statunitense.