A partir del año 1881 inicia su trabajo misionero en el territorio de la Araucanía, que por entonces estaba en pleno proceso de incorporación al Estado chileno. Durante este periodo, funda una misión religiosa de Cholchol y otra en Cañete, donde encabezó la construcción de un convento. Por esta labor, en 1899 se le nombra prefecto de misiones, abarcando territorios entre las actuales provincias de Arauco, Malleco y Cautín. Posteriormente continuaría su labor religiosa como guardián de los conventos de Ancud, Angol, Osorno, Traiguén y Castro.