В конце мая 1942 года полковник Виндушев назначается командиром 27-й гвардейской стрелковой дивизии, находившейся в резерве Калининского фронта. С 15 июля по 23 августа 1942 года состоял в резерве Военного совета фронта и ГУК НКО СССР, затем вступил в командование 13-й воздушно-десантной бригадой 6-го воздушно-десантного корпуса в МВО. В ноябре командовал 4-й маневренной воздушно-десантной бригадой. С 10 декабря 1942 года исполнял должность заместителя командира 10-й гвардейской воздушно-десантной дивизии, с 26 января 1943 года - 9-й гвардейской воздушно-десантной дивизией на Северо-Западном фронте. В составе 1-й ударной армии она участвовала в Демянской наступательной операции, имея задачу захватить плацдарм на западном берегу реки Порусья. С марта 1943 года командовал 121-й отдельной стрелковой бригадой, переформированной затем в апреле в 95-ю стрелковую дивизию в составе 3-й резервной армии МВО. 15 июля 1943 года она была направлена на Западный фронт в 21-ю армию и участвовала в Смоленской, Ельнинско-Дорогобужской и Смоленско-Рославльской наступательных операциях. Затем ее части в составе войск 68-й, 5-й и 33-й армий вели наступательные и оборонительные бои в районе Витебска. В декабре 1943 года полковник Виндушев был назначен зам. командира 13-й гвардейской воздушно-десантной дивизии, переформированной затем в 98-ю гвардейскую стрелковую. В декабре 1943 года Виндушев назначен командиром этой дивизии В июне 1944 года дивизия была переброшена на Карельский фронт. Форсировав реку Свирь, дивизия прорвала три пояса обороны немцев и прошла с боями до 300 км. За успехи в боях дивизия получила почётное наименование «Свирская», а Виндушев был награждён орденом Суворова II степени.