Stewart diente als "Assistant Adjutant-General" der Bengal Army, bis er 1862 zum "Deputy Adjutant-General" ernannt wurde und maßgeblich an der Umstrukturierung der britisch-indischen Armeen beteiligt war. Im Februar 1861 wurde er zum Major, im Juli 1863 zum Brevet-Colonel, im Oktober 1866 zum Lieutenant-Colonel befördert. In den Jahren 1867 und 1868 befehligte er im Rang eines Brigadier-General eine Brigade der Bengal Army auf dem Feldzug nach Abessinien unter Sir Robert Napier. Er zeigte beträchtliche Fähigkeiten bei der Organisation der Streitkräfte und bei der Organisation des Nachschubs. Er wurde mentioned in despatches (30. Juni 1868) und am 14. August 1868 als "Companion" des Order of the Bath ausgezeichnet. Zurück in Indien wurde er Divisionskommandeur in Peshawar.