Tras una grave crisis interna y malos resultados electorales (en 2002 se bajó al 7% de los votos y 12 escaños), en noviembre de 2004 Jerónimo de Sousa sustituó a Carvalhas como secretario general en el XVII Congreso del PCP, cuyo lema fue "Democracia y Socialismo: un futuro para Portugal". El PCP aumentó su presencia en la calle apoyando la huelga general de 2002, participando en las movilizaciones contra la Guerra de Irak y las del movimiento estudiantil, así como reestructuró su organización interna. En 2005 volvió a la tercera posición en las elecciones legislativas, alcanzando el 7,6% de los votos y 14 diputados.