Allo scoppio della Guerra Civile Americana nel 1861, Kearny fece ritorno negli Stati Uniti e venne nominato brigadiere generale, comandando la prima brigata del New Jersey, che condusse vittoriosamente in diverse operazioni. L'esercito era riluttante nell'accettare i comandanti salariati stagionalmente dopo i disastrosi risultati della Prima Battaglia di Bull Run e, perciò, si era puntato sicuramente sulla figura di Philip Kearny, il quale si distinse nella Battaglia di Glendale. Egli fu quindi posto al comando della 3ª divisione del III Corpo d'Armata il 30 aprile 1862, guidandola vittoriosamente nella Battaglia di Williamsburg ed in quella di Fair Oaks.