La Lista Rossa IUCN classifica i bonobo come una specie in pericolo, con stime conservative della popolazione che vanno da 29.500 a 50.000 individui. Il calo della popolazione totale di bonobo viene stimato superiore al 50% in un periodo di 75 anni (pari a tre generazioni). I bonobo si riproducono lentamente (una femmina può far passare da 4 a 6 anni tra due eventi riproduttivi), il che li rende particolarmente sensibili ad eventuali minacce per la sopravvivenza. I maggiori pericoli per questa specie derivano dallo sfruttamento e conseguente distruzione dell'habitat per le attività umane (agricoltura, espansione urbana, inquinamento) e dalla caccia per il mercato della "bushmeat". Quest'ultima attività è aumentata notevolmente durante la prima e la seconda guerra del Congo nella Repubblica Democratica del Congo a causa della presenza di milizie pesantemente armate anche in remote aree "protette", come il Parco Nazionale di Salonga. Il bonobo viene inoltre catturato illegalmente per scopi commerciali, quali la vendita come animale domestico o l'utilizzo per test medici. L'instabilità politica, i conflitti e la disponibilità di armi nella zona sono un'altra causa di rapida decrescita della popolazione, non solo per i bonobo ma per buona parte degli animali che vivono in queste foreste.