2016 год сложился для Бердыха неоднозначно. Хотя он дошёл до четвертьфинала на Открытом чемпионате Австралии и Открытом чемпионате Франции (проиграв соответственно Федереру и Джоковичу) и до полуфинала на Уимблдоне (проиграв Маррею), но затем пропустил Олимпийские игры в Рио-де-Жанейро из-за паники вокруг эпидемии лихорадки Зика, а позже ему пришлось отказаться от участия в Открытом чемпионате США из-за аппендицита. Грунтовый сезон был ознаменован для чеха первым в карьере сухим поражением — он проиграл в третьем круге Открытого чемпионата Италии 13-й ракетке мира Давиду Гоффену со счётом 0-6, 0-6, уволив после этого своего тренера Даниэля Вальверду.