Tot i que Abbas havia apel·lat a una resolució pacífica del conflicte, els atacs de milicians palestins i de l'exèrcit israelià van continuar després de la seva elecció, suposant un desafiament directe a la seva autoritat. El 4 de gener, un tanc israelià va disparar contra un camp de maduixes on treballaven diverses famílies palestines, matant a set nens prop de Beit Lahia. Abbas va denunciar aquest atac com una "massacre sagnant" i va demanar la intervenció internacional. El 12 de gener de 2005, el Gihad Islàmic palestí va dur a terme un atac a Gaza que va matar un soldat israelià i va ferir a altres tres. L'endemà, 13 de gener, un tanc israelià va matar dos palestins en el campament de Bureij, un d'ells un nen de 9 anys. Aquell mateix dia, un atac coordinat de les Brigades dels Màrtirs d'Al-Aqsa, Hamàs i els Comitès de Resistència Popular van matar sis israelians al Pas de Karni. Després d'aquest atac, Israel va tancar aquest pas fronterer gazatí i va trencar relacions amb Abbas i amb l'Autoritat Nacional Palestina, declarant que Abbas hauria de mostrar de la seva voluntat de pau aturant els atacs. El 15 de gener, Abbas va jurar el càrrec de president de l'Autoritat Nacional Palestina en una cerimònia celebrada a Ramal·lah, substituint a Rawhi Fattouh, que ocupava el càrrec de manera interina després de la mort de Iàsser Arafat. En el seu discurs d'investidura, Abbas va declarar davant una multitud que entonava crits d'"un milió de shahids (màrtirs)": "Dedico aquesta victòria a l'ànima de Yaser Arafat i la dedico al nostre poble, als nostres màrtirs i als 11.000 presoners". També va tornar a demanar als diferents grups palestins que cessessin en l'ús de les armes contra objectius israelians, encara que va qualificar la Segona Intifada de moviment legítim.