בשנת 1997, בעקבות ניצחון ה-, עלייתו של לורן-דזירה קבילה לנשיאות ושינוי שמה של המדינה לרפובליקה הדמוקרטית של קונגו, המשיך ז'וזף קבילה לקבל הכשרה נוספת באוניברסיטת PLA בבייג'ינג, בירת סין. עם שובו ב-1998 הוענקה לקבילה דרגת אלוף והוא מונה לסגן הרמטכ"ל של צבא הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו (FARDC). בשנת 2000, הפך לראש המטה של כוחות היבשה - תפקיד בו כיהן עד רצח אביו, לורן קבילה, בינואר 2001. כרמטכ"ל, היה ז'וזף אחד המנהיגים הצבאיים המרכזיים של כוחות הממשלה בזמן מלחמת קונגו השנייה.