Med sin erfaring og militære rulleblad hadde Thorne en unik plassering ved utbruddet av andre verdenskrig som satte han i samme klasse med blant andre Alan Brooke, Bernard Montgomery, John Dill og William Slim. Thorne hadde blitt utnevnt til generalmajor i 1938 og fikk kommandoen over "48th (South Midland) Infantry Division" underlagt British Expeditionary Force i Frankrike i 1940, og ble direkte involvert i Operasjon Dynamo under tilbaketrekningen ved Dunkerque. Etter dette fikk han kommandoen ved XII Corps med hovedansvar for å organisere forsvaret av Kent og Sussex mot en eventuell invasjon.