Alaba s-a întors la Bayern la începutul sezonului 2011-2012, unde a ajuns un titular important al primei echipe. Pe 23 octombrie 2011, Alaba a marcat primul său gol pentru Bayern München în înfrângerea 1–2 cu Hannover 96. În timpul celei de-a doua jumătăți a sezonului 2011-2012 din Bundesliga, a devenit titular pentru Bayern. Pe 25 aprilie 2012, el a jucat în semifinala Ligii Campionilor 2011-2012 împotriva echipei Real Madrid, și a marcat primul gol al lui Bayern de la lovituri de departajare, astfel ei câștigând cu 3-1 la penaltiuri. Oricum, chiar dacă a primit doar un cartonaș galben în semifinală, Alaba nu a avut voie să joace în Finala Ligii Campionilor 2012 din cauza suspendării.