Pada tanggal 17 Juli 2007, setelah bermain di final Copa América 2007 melawan Brasil, di mana ia mencetak gol bunuh diri, Ayala mengumumkan pengunduran dirinya dari sepak bola internasional. Ayala menyatakan, "itu tidak ada hubungannya dengan apa yang terjadi di final dari Copa America." Javier Zanetti mengambil alih dari dia sebagai kapten.