В составе юношеской сборной Швейцарии (до 19 лет) Аффольтер принимал участие в чемпионате Европы 2009 года. Защитник провёл все три матча группового турнира без замен, а швейцарцы заняли третье место в группе А, пропустив в полуфинал Англию и Украину.