С конца 1848 года Манин руководил обороной Венеции от австрийцев, вновь занявших окрестности, показав себя умелым руководителем и благодаря преданности горожан выдержав долгую осаду. В марте 1849 года он был вновь избран президентом Венецианской республики, а после поражения сардинской армией под Новарой народное собрание проголосовало за продолжение сопротивления любыми способами, предоставив Манину диктаторские полномочия. В это время главным соратником Манина был неаполитанский генерал Гульельмо Пепе, решивший ослушаться приказа своего короля и защищать Венецию. Однако в мае венецианцы потеряли контроль над фортом Маргера, что вскоре позволило австрийцам начать бомбардировки самой Венеции; одна из бомб 19 июня угодила в пороховой склад, что вызвало сильный пожар. К бомбёжкам добавился голод и начавшаяся эпидемия холеры.