Depuis la dernière semaine d'octobre 1794, la place était bloquée par les Français. Durant le siège, Weyrother se dépense sans compter et donne l'exemple aux troupes. De nombreuses attaques sont repoussées durant l'hiver, et il en conduit lui-même de nombreuses, par exemple la prise de Weisenau le ou celle des défenses du Zahlbach. Le , c'est la prise de Hartenberg, au cours de laquelle le courage de Weyrother ne se dément pas. Le général recommande à l'attention du maréchal Clerfayt . Le , Weyrother est promu major. C'est au cours d'une nouvelle affaire à Weisenau qu'il est blessé à l'épaule gauche. Sa guérison faite, il reste pour une courte durée dans l'armée du Rhin de l'archiduc Charles et, le , il reçoit la récompense de son courage en étant fait chevalier dans l'ordre de Marie-Thérèse.