Dne 1. srpna 1798 zničil francouzské loďstvo v bitvě u Abukiru, za což byl jmenován baronem nilským. Poté odplul do Neapole, kde vypuklo povstání. Nelson roku 1799 porazil Francouze, kteří se zmocnili města a dosadil zpět na trůn neapolského krále, který mu udělil vévodský titul. Tehdy začala i jeho milostná aféra s lady Hamiltonovou, ženou britského vyslance v Neapoli. Nelson byl proto odvolán na Menorku, kam však nedorazil. Namísto toho se utkal s Francouzi o Maltu v roce 1800. 22. října 1801 byla v Amiensu podepsána dohoda o příměří.