I januar 1944 var "Kongō" i tørdok for at for ændret sit antiluftskyts. Fire 152 mm kanoner og et par dobbelte 25-mm maskinkanoner blev fjernet og erstattet med fire 127 mm kanoner og fire tripel 25 mm maskinkanoner. 3. slagskibsdivision afsejlede fra Kure den 8. marts 1944 og ankom til Lingga den 14. marts. Divisionen blev her og trænede indtil den 11. maj 1944. Den 11, maj 1944 afsejlede "Kongō" og admiral Ozawas mobile flåde fra Lingga mod Tawitawi, hvor de fik selskab af viceadmiral Takeo Kuritas "Styrke C". Den 13. juni afsejlede Ozawa's mobile flåde fra Tawitawi med kurs mod Marianerne. Under Slaget i det Filippinske hav eskorterede "Kongō" de hurtige japanske hangarskibe og forblev uskadt under modangreb fra de amerikanske hangarskibsfly den 20. juni. Da det kom tilbage til Japan blev der tilføjet 13 tripel og 40 enkelte 25-mm kanonaffutager til dets anti-luftskyts, så der var over 100 affutager. I august blev yderligere to 152 mm kanoner fjernet og yderligere 18 maskinkanoner installeret.