En outre, les Einsatzgruppen, créés en 1939 et subordonnés au RSHA, ont pour mission de combattre « tous les éléments hostiles au Reich et aux allemands » dans les territoires conquis. Par l'intermédiaire d'une propagande de haine ciblant la population juive, des pogroms ciblés sont mis en œuvre dès l'invasion de la Pologne en . À partir de l'invasion de l'Union soviétique déclenchée en , le RSHA organise les "Säuberungsaktionnen" (« opérations de nettoyage ») contre les communistes et les Juifs. Au total, il est estimé qu'environ ont été victimes des opérations mobiles de tuerie assurées par les Einsatzgruppen.