Hij duikt tijdens de Tweede Engels-Nederlandse Oorlog in de geschiedenis op: in 1665 was hij bij de Admiraliteit van de Maze luitenant-commandeur van het jacht de "Kat" (18 kanonnen) dat te laat uitvoer om nog mee te doen aan de Slag bij Lowestoft; in datzelfde jaar werd hij benoemd tot luitenant-commandeur van de brander "Rotterdam" (zes kanonnen), die in 1666 meedeed aan de Vierdaagse Zeeslag. Zijn schip ging, zoals bedoeld, verloren. In de Tweedaagse Zeeslag was hij opnieuw commandeur van een brander, de "Lammertje Kweek"; hij redde toen, met een aantal sloepen van een net mislukte aanval tegen de "Royal Charles" terugkerend, de "Gelderland" van Willem Joseph van Ghent van een aanval door een Engelse brander. Op 22 september 1666 werd hij als beloning benoemd tot buitengewoon kapitein van een fregat. Bemanningen van branderschepen hadden een lage levensverwachting; alleen de meest wanhopigen monsterden in zo'n functie aan. Dat kan wijzen op een zeer nederige afkomst; later zouden Van Brakels bemanningen notoir zijn vanwege hun slechte discipline. Kapiteins van branders maakten zelden carrière. Als andere verklaring voor het feit dat hij brandercommandant was, wordt ook wel zijn opvliegende en roekeloze karakter gegeven.