Katarina var år 1513 Englands regent under makens frånvaro i Frankrike. Som sådan hanterade hon det skotska anfall på England som slutade med Englands seger i Slaget vid Flodden. Under regentskapet oroade hon sig mycket för sin make. Henrik var ingen brevskrivare, så istället använde hon Thomas Wolsey som kanal. Vid de tidpunkter hon inte oroade sig var hon en energisk och beslutsam regent. Hon började hålla tal inför folket på engelska, som hon nu hade lärt sig att behärska förutom latin, franska och spanska. Vid Slaget vid Flodden dödades den skotska kungen Jakob IV. Det var en extrem seger ansåg Katarina. Segern undanröjde det skotska hotet för en tid framöver, emedan den efterträdande regenten var hans 18-årige son samt dennes mor, Margareta av England, Henriks syster. När kungaparet återigen träffades var det ett "så kärleksfullt möte att alla varelser jublade".