בופון נכלל בסגל הנבחרת האיטלקית לטורניר גביע הקונפדרציות 2013 ושיחק בכל אחד ממשחקי הטורניר כקפטן הנבחרת. ב-16 ביוני 2013 הוא שיחק במשחק הפתיחה של נבחרת איטליה, בו היא ניצחה בתוצאה 1–2 את נבחרת מקסיקו, כשבופון סופג שער בודד מפנדל של חאבייר הרננדס. במשחק הבא, נגד נבחרת יפן, העניק השופט ליפנים פנדל בדקה ה-20 לאחר שקבע כי בופון הכשיל את שינג'י אוקזאקי לאחר שקיבל מסירה לא טובה ממגן נבחרתו, מתיה דה שיליו, והשוער ספג כרטיס צהוב. בסופו של דבר איטליה ניצחה את המשחק בתוצאה 3–4 והבטיחה העפלה לחצי הגמר של הטורניר בפעם הראשונה בהיסטוריה, בו פגשה את נבחרת ספרד לשחזור גמר יורו 2012. לאחר 0-0 בסיום 120 דקות במשחק חצי הגמר, שני השוערים, בופון ואיקר קסיאס, לא הצליחו לעצור בעיטה בדו-קרב בעיטות העונשין, ובעיטה של לאונרדו בונוצ'י האיטלקי למשקוף השער קבעה ניצחון 6–7 של הספרדים. במשחק על המקום השלישי ניצחה איטליה את נבחרת אורוגוואי בתוצאה 2–3 בדו-קרב בעיטות עונשין לאחר תיקו 2-2 בתום 120 דקות. בופון עצר שלושה פנדלים, מרגלי דייגו פורלאן, מרטין קאסרס ווולטר גרגאנו.