Runje on edustanut ammattilaisurallaan kroatialaista HNK Trogirä (1993–1995), kroatialaista Hajduk Splitiä (1996–1998), belgialaista Standard Liègeä (1998–2001, 2004–2006), ranskalaisia Olympique Marseillea (2001–2004) ja Lensiä (2007–2011) sekä turkkilaista Beşiktaşia (2006–2007). Kroatian maajoukkueessa hän on pelannut 22 ottelua vuosina 2006–2011. Hän oli mukana EM-kilpailuissa 2008.