Baltské loďstvo zůstalo uzavřeno ve Finském zálivu, kde podporovalo obranu obleženého Leningradu. Ztratilo zde mimo jiné jednu ze svých největších jednotek – dreadnought "Marat" a operace v Baltském moři tak prováděly zejména ponorky a lehké síly. Černomořské loďstvo pomáhalo bránit a zásobovat obležený Sevastopol, Novorossijsk či Oděsu. Prodělalo také několik vylodění, např. Kerčsko-feodosijskou operaci. V kritické situaci také pomáhalo s evakuací. Severní loďstvo se zejména podílelo na obraně arktických konvojů. Tichooceánské loďstvo do války téměř nezasáhlo, jelikož Sovětský svaz vyhlásil Japonsku válku až v posledních dnech 2. světové války.