בעקבות שינוי המשטר בהונגריה בשנת 1989 פנתה עבודתו בעיקר להיבטים השליליים של ההיסטוריה של ברית המועצות והקומוניזם. הוא חקר את תולדות ההגירה במהפכות 1848, את הקשרים בין ההיסטוריה האירופית והרוסית של המאה ה-19 וה-20, הרעב ב אוקראינה בשנות השלושים (הולודומור), את ההיסטוריה של הסטליניזם, הסכם ריבנטרופ–מולוטוב, חייו של ג'ורג' אורוול, המלחמה הקרה וסיפור האביב של פראג 1968. קון מילא תפקיד מרכזי במהדורה ההונגרית של הספר השחור של הקומוניזם (Le Livre noir du communisme). הוא לקח חלק בהקמת מוזיאון בית הטרור, עזב את אוניברסיטת אטווש לוראנד והמשיך את פעילותו בהוראה באוניברסיטה הקלוויניסטית גאשפאר קארוי. בתקופת ממשלת אורבן בשנת 1999 הוא קיבל את מלגת הפרופסורים של סצ'ני, ובשנת 2002 קיבל את צלב האביר מסדר ההצטיינות של הרפובליקה ההונגרית. בשנת 2011 קיבל את פרס סצ'ני.