Мечеть названа в честі фатимідського халіфа Абу-Алі Мансур аль-Хакім бі-Амрі-Алла. Спочатку мечеть знаходилася ззовні закритого міста Бадр аль-Гамалі, але згодом вона була обнесена замковою стіною при реконструкції укріплення . За часи полководця Салаг ед-Діна в мечеті знаходилися полонені хрестоносці, а також стайня. У період Єгипетської кампанії Наполеона Бонапарта мечеть була перетворена на склад зброї та набоїв. Після проголошення незалежності Єгипту, під час президентства Ґамаль Абдель Насера, ​​в мечеті організували школу. В 1980-х роках, після реставрації, мечеть знову стала релігійним об'єктом . Мечеть покрили білим мармуром та золотом, оздобленням зайнявся Саєд Мухаммед Бурхануддін, голова Давуд Богра, міжнародної секти Ісмаїлітів, що базується в Індії. Залишки оригінального оздоблення, включаючи особливу різьбу, бруси, та написи з Корану, були відновлені як частина реконструкції. Мінарети мечеті Аль-Хакім вважаються найстарішими в Єгипті. Висота північного мінарета - 33,7 метра, а південного - 24,7 метра.