En 1720, sur l'emplacement de l'ancien couvent sont construits des bâtiments pour mettre en quarantaine malades et marchandises suspectes avant leur débarquement à Saint-Malo pour faire face à l'épidémie de peste de Marseille. L'année suivante, les tapis et étoffes de venant de contrées atteintes par la maladie y sont brûlés. Les navires eux sont coulés sur des hauts-fonds pour y être « éventés pendant plusieurs marées » avant leur renflouement.