Після війни — міністр Словенії в союзному уряді, заступник голови Народних зборів Республіки Словенія. Однак після виходу в світ книги автобіографічних новел "Страх і мужність" (1951), в якій піднято питання про моральний вибір і людську ціну дій антифашистського підпілля і партизанського Опору, був знятий з усіх посад, витіснений з політичного і громадського життя, опинився в повній ізоляції, потрапив під негласне спостереження спецслужб (втім, персональну справу № 584 на нього було заведено вже в 1944 році). За ним стежили і на нього доносили, серед інших, близькі друзі, особливо активним був відомий письменник і публіцист . Коцбек займався в цей час перекладами з французької та німецької (Бальзак, Мопассан, Екзюпері, Макс Фріш). Після публікації 1975 року в трієстському журналі "Затока", очолюваному Борисом Пахором і Алоїзом Ребулою, інтерв'ю з письменником, в якому він різко засудив масову розправу над більш ніж 10 тисячами членів руху Словенське домобранство та їх близькими югославськими партизанами (Бляйбурзька різанина), Коцбек на кілька років фактично опинився під домашнім арештом, проти нього було розгорнуто кампанію публічного цькування. Від судового переслідування його врятувало активне втручання інтелектуалів Заходу, значну підтримку надав йому Генріх Белль. Вірші Коцбека друкувалися в журналі "Континент" (1976).