I cappuccini giunsero a Mazzarino nel 1574, quando, grazie alla munificenza del barone Pietro Rivarola, venne costruito il primo nucleo conventuale, adiacente alla preesistente chiesa di "Santa Maria delle Grazie" (XII sec.), successivamente dedicata a san Francesco d'Assisi. La struttura venne ampliata nel 1633, ma in seguito al sisma del 1693, furono necessari ulteriori lavori di consolidamento e ricostruzione.