A GiveWell não listou nenhuma instituição de caridade de ajuda a emergências nas suas melhores recomendações e em geral tem argumentado contra doar para a ajuda a emergências. No entanto, a GiveWell publica análises de esforços de ajuda e recomendações dentro da categoria de ajuda a emergências após grandes catástrofes, incluindo o Sismo do Haiti de 2010, o Sismo e tsunami de Tohoku de 2011, e a Crise alimentar de 2011 no Corno de África. Além disso, a GiveWell tem uma categoria no seu blogue dedicada à ajuda de emergência. Entre as instituições de caridade que a GiveWell recomendou no contexto da ajuda a emergências estão os Médicos sem Fronteiras, a Partners in Health e a Direct Relief.