این دانشگاه در فهرست حاکمان لیتوانی و فهرست شاهان لهستان در سال ۱۵۷۹ توسط استفان باتوری تحت عنوان آکادمی (کالج) ویلنیوس انجمن عیسی تأسیس شد. سومین دانشگاه قدیمی لیتوانی بعد از دانشگاه یاگیلونیا و دانشگاه کونیگسبرگ در کشورهای مشترک‌المنافع لهستان- لیتوانی به‌شمار می‌رود که تاریخ آن بر می‌گردد به سومین تجزیه لهستان در سال ۱۷۹۵ و قیام نوامبر (۱۸۳۱–۱۸۳۰). این دانشگاه در آنزمان بسته شد و ممنوعیت گشودن آن تا سال ۱۹۱۹ اعمال شد. پس از جنگ جهانی اول بازگشایی دانشگاه دانشگاه توسط لیتوانی صورت نگرفت. تا دسامبر ۱۹۱۸ و بدنبال هجوم نیروهای اتحاد جماهیر شوروی سوسیالیستی در مارس ۱۹۱۹، سرانجام شکل‌گیری جمهوری دوم لهستان تحت عنوان عملیاتی با نام دانشگاه استفان باتورو در لهستان انجام شد. در اوت ۱۹۱۹ این بار با اشغال خاک لهستان توسط شوروی، جمهوری دوم لهستان در ۱۹۲۰ در جنگ لهستان-شوروی شکل گرفت و کمتر از دو سال بعد جمهوری لیتوانی مرکزی در سال ۱۹۲۲ ضمیمه لهستان شد. پس از تهاجم نظامی و اشغال لهستان توسط اتحاد جماهیر شوروی در سپتامبر ۱۹۳۹. این دانشگاه (از اکتبر ۱۹۳۹)توسط مقامات لیتوانی، و سپس پس از شوروی، توسط این کشور اداره می‌شد.