Lismore Castle spielte eine Rolle in den Cromwell’schen Kriegen, als 1645 eine katholische Streitmacht unter dem Kommando von Lord Castlehaven Stadt und Burg Lismore plünderte. Richard Boyle, 2. Earl of Cork, (1612–1694) ließ etliche Restaurierungsarbeiten ausführen, um die Burg nach der Zerstörung wieder bewohnbar zu machen, aber weder er, noch einer seiner Nachfolger, lebten jemals wieder auf Lismore Castle.