Schnepf był jednym z teologów sprzeciwiających się bigamii landgrafa Filipa. Wskutek tego jego pozycja na dworze słabła i rozważał przeniesienie się do Saksonii. Jednak w 1544 roku udał się do Tybingi, gdzie uzyskał tytuł doktora, a w lutym został superintendentem seminarium teologicznego, gdzie wykładał Stary Testament i "Loci communes" Melanchtona, a także głosił kazania. W 1546 roku toczył dysputę z augustianinem Johannesem Hofmeisterem w Ratyzbonie. W związku z postępami wojsk cesarskich w I wojnie szmalkaldzkiej 7 stycznia 1547 roku uciekł do Blarera, przebywającego wówczas w Konstancji, jednak wkrótce mógł wrócić do Tybingi. Nie zaakceptował "interim augsburskiego" i w kazaniu 11 listopada 1548 roku pożegnał się ze swoimi uczniami. Melanchton zaprosił go do Wittenbergi, jednak Schnepf przyjął propozycję objęcia profesury na Uniwersytecie w Jenie. Objął urząd superintendenta i został jednym z najbardziej wpływowych teologów i działaczy kościelnych w Saksonii. Pod naciskiem politycznym dołączył do opozycji wobec Melanchtona. Popierający go teolodzy nie doszli do porozumienia z Melanchtonem i Brenzem, co doprowadziło do zerwania spotkania w Wormacji. Unikał kontaktów z Brenzem i Jakobem Andreä, a wobec tego pierwszego stał się nawet wrogi. Choć stanął po stronie Strigela w sprawie "Konfutationsbuch", próbował doprowadzić po pojednania Strigela z Flaciusem.