Du 19 au , le "Tonnerre" participe à l'exercice Zio 2008 qui rassemble 5 sections représentant environ togolais, béninois et français visant à exfiltrer des ressortissants étrangers et des réfugiés menacés au « Monoland », territoire fictif où se déroulent les combats entre rebelles et armée loyaliste. L'assaut final contre les rebelles a lieu le près de Tsévié à environ de Lomé avec largage de parachutistes togolais d'un Transall de l'Armée de l'air française. Cet exercice a pour but de préparer les troupes de ces pays qui seront déployées au Darfour dans le cadre de la Mission conjointe des Nations Unies et de l'Union africaine au Darfour (Minuad). Le Tonnerre appareille de Toulon le pour un déploiement de deux mois et demi en Atlantique pour un exercice amphibie aux États-Unis. Sur son transit retour, le "Tonnerre" participe en février 2009 à la mission Corymbe, assurant la relève du transport de chalands de débarquement "Foudre".