Il convento e la chiesa furono costruiti per volontà testamentaria del 1422 del ventitreenne Giovanni Tommaso Vimercati, studente all'Università di Pavia. Il testamento stabiliva che una buona parte dei suoi beni fosse messa a disposizione dei frati eremitani di Sant'Agostino per la costruzione di un monastero con annessa chiesa nella cittadina cremasca. Nel 1433 l'abate del commandatario del Cerreto, ritenne che non avendo nessuno adempiuto le volontà testamentarie, i beni dovevano passare agli studenti meno abbienti dell'università pavese, e ne fece richiesta al concilio di Basilea. Grazie a frate Gian Rocco Porzi nel 1439 fu possibile esaudire queste volontà.