Selama disintegrasi Yugoslavia, Amerika Serikat terlibat dalam konflik bersenjata dan ekonomi, terutama dengan Serbia, yang dikenal pada sebagai Republik Federal Yugoslavia (salah satu negara penerus negara sosialis Yugoslavia). Amerika Serikat memberlakukan sanksi dan mempelopori kampanye pengeboman NATO melawan Yugoslavia pada tahun 1999. Selama periode ini, gelombang lain dari emigrasi Serbia terjadi, dan banyak pengungsi Serbia pindah ke Amerika Serikat. Pada tahun 2000-an, hubungan diplomatik antara Amerika Serikat dan Yugoslavia membaik, tetapi berubah ketika Montenegro memisahkan diri pada tahun 2006, setelah Serbia menjadi negara penerus untuk melanjutkan hubungan yang sebelumnya dipegang oleh Republik Federal Yugoslavia. Kosovo secara sepihak mendeklarasikan kemerdekaan dari Serbia pada Februari 2008, sebuah langkah yang diakui oleh Amerika Serikat.