סין תמכה ברפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה במהלך מלחמת קוסובו והתנגדה לתקיפות האוויר של נאט"ו נגד מטרות בסרביה ובמונטנגרו. סין האמינה כי סלובודן מילושביץ' פעל למניעת התנתקות קוסובו על ידי הבדלנים האלבנים מה-FRY, ובכך תמכה במעשיו כשמירה על שלמותה הטריטוריאלית של ה-FRY. סין התנגדה להתערבות נאט"ו בקוסובו על סמך היותה תקדים מסוכן שגורמי הרפובליקה הסינית האמינו כי יוכל בעתיד לפגוע בקהילה, אם יתרחשו מהומות בטיבט או שינג'יאנג אשר יביאו להפצצות. התנגדות סין לפעולות נאט"ו גברה לאחר הפצצת שגרירות סין בבלגרד במהלך המלחמה.