Већ од јуна 1848. године на њега као на председника Хрватског четрдесетосмашког сабора све више делује десница под водством Кумлера. Штитећи интересе феудалаца Јелачић је значајно допринео половичном решењу сељачког питања и спречавању развојачења и ослобођења Војне крајине, због чега се против Јелачића у то доба јавља одлучан отпор граничарског пука на челу са Димитријем Орељом и низ сељачких побуна, које Јелачић гуши преким судом и вешалима. Када су почетком септембра снаге аустријско-мађарске реакције ојачале извојеваним победама у Италији, Јелачић је на њихов захтев отпочео рат против Мађарске, прешавши код Вараждина реку Драву 11. септембра 1848. године. Главни организатори хрватско-мађарског рата били су мађарски конзервативци, који су као емигранти у Бечу, у сарадњи с аустријским контрареволуционарима придобили на своју страну део двора. Јелачићев ратни поход против Мађарске претрпео је неуспех највише зато што граничарска војска, верна својим с пролећа 1848. донесеним Народним захтевањима да се граничари убудуће више не боре изван своје домовине, није хтела да ратује у туђини. То је приморало Јелачића да се после неодлучене битке између Пакозда и Веленче (29. септембра 1848) склони из Мађарске на аустријску територију. Ту се спојио с војском аустријског генерала Виндишгреца, с којом је учествовао у гушењу бечке октобарске револуције. Јелачић је хрватској војсци, чим ју је превео преко Драве, одузео њено народно хрватско обележје, заменивши хрватске заставе царским аустријским барјацима.