Durante su trayectoria internacional Jared participó en dos copas mundiales, Corea del Sur-Japón 2002 y Alemania 2006. El director técnico Javier Aguirre lo convocó para la Copa Mundial de Fútbol de 2002, debutó en el primer partido de grupo contra la Selección de Croacia, encuentro que a la postre terminó con victoria de 1 por 0 con penal anotado de Cuauhtémoc Blanco. En el segundo partido de grupo contra la Selección Ecuatoriana, Borgetti anotó su primer gol en Copa del Mundo al minuto 28' para el empate parcial que finalizaría en victoria de 2-1 y así México sumaría seis puntos en la fase de grupos. Se le recordará por el hecho sobresaliente de anotar el gol de cabeza al minuto 34' contra Italia, siendo este uno de los mejores goles del certamen, y que ponía momentáneamente a la selección mexicana adelante en el marcador y aseguraba el pase a la siguiente fase. En los octavos de final Borgetti poco pudo hacer ante la selección de las barras y las estrellas, así el equipo mexicano perdió 2-0 quedando eliminados de la copa del mundo.