Houghton pelasi Irlannin maajoukkueessa 73 maaottelua ja teki niissä kuusi maalia vuosina 1986–1998. EM-kilpailuissa 1988 hän pelasi avauskokoonpanossa joukkueensa kaikissa kolmessa ottelussa ja teki ensimmäisessä alkulohko-ottelussa Englantia vastaan kuudennella peliminuutilla ottelun ainoaksi jääneen maalin. MM-kilpailuissa 1990 hän pelasi avauskokoonpanossa Irlannin kaikissa viidessä ottelussa ja teki Romaniaa vastaan pelatun neljännesvälierän päättäneessä rangaistuspotkukilpailussa maalin. MM-kilpailuissa 1994 hän pelasi avauskokoonpanossa joukkueensa kaikissa neljässä ottelussa ja teki ensimmäisessä alkulohko-ottelussa sittemmin MM-hopealle yltänyttä Italiaa vastaan 12. minuutilla ottelun ainoaksi jääneen maalin. Houghton teki maalin myös viimeiseksi jääneessä MM-karsintaottelussaan marraskuussa 1997 Belgiaa vastaan jatkokarsinnassa, jonka Irlanti hävisi kahden ottelun yhteismaalein 2–3 jääden vuoden 1998 MM-kilpailujen ulkopuolelle.