Conrad von Hötzendorf nimitettiin Itävalta-Unkarin pääesikunnan päälliköksi 18. marraskuuta 1906 arkkiherttua Frans Ferdinandin suosituksesta. Conrad von Hötzendorf katsoi Serbian ja Italian havittelevan Itävalta-Unkarin alueita ja kannatti ennaltaehkäisevää sotaa kumpaakin vastaan. Kun Italian–Turkin sota syttyi vuonna 1911, Conrad von Hötzendorf yritti painostaa ulkoministeri Alois von Aehrenthalia, jotta Itävalta-Unkari julistaisi sodan Italialle, mutta von Aerenthal ei ollut siihen halukas. Hän yritti myös saada taistelulaiva SMS "Szent Istvánin" rakentamiseen varatun summan muutetuksi lainaksi armeijalle, joka hänen mukaansa tarvitsi sitä kipeästi. Hänen ja von Aerenthalin välisten erimielisyyksien seurauksena hänet erotettiin esikuntapäällikön tehtävästä marraskuussa 1911.