על אף העובדה שהוא חף מכל ניסיון צבאי ועבד כלוביסט, היה דונילון "מעורב בצורה אינטימית בנושאי מדיניות חוץ חשובים רבים כולל המשא ומתן להשגת הסכם השלום שסיים את מלחמת בוסניה והמגעים להרחבת נאט"ו". דונילון היה אחת הדמויות הבולטות בגיבוש האסטרטגיה האמריקאית ביחס לאפגניסטן והדיונים הקשורים לכך, בספרו של בוב וודוורד "Obama's Wars" מ-2010.