У серпні 2012 року за успіхи в олімпійській збірній Махді був призначений головним тренером національної збірної ОАЕ. Згодом майже всі гравці «золотого покоління» стали кістяком національної збірної. У кубку Азії 2015 року в Австралії збірна ОАЕ виграла бронзові медалі турніру, а в Кубку перської затоки стала чемпіоном у 2013 році та бронзовим призером у 2014 році. Пішов у відставку з посади у головній збірній країни після програшу 0:2 матчу відбору до чемпіонату світу 2018 проти збірної Австралії 28 березня 2017 року.