L'alto comando tedesco aveva ritenuto sostanzialmente completata la missione della Wehrmacht nei Balcani; i compiti di occupazione furono lasciati all'Esercito italiano che avrebbe impegnato la maggior parte delle sue divisioni in Jugoslavia, all'esercito bulgaro e alle milizie collaborazioniste reclutate in Serbia e Croazia; rimasero solo quattro divisioni tedesche di seconda linea in Serbia. Gli sviluppi della situazione furono invece molto diversi dalle aspettative delle potenze dell'Asse; in Jugoslavia esplose a partire dall'estate 1941 un movimento insurrezionale di resistenza che, pur conflittuale e diviso tra cetnici e partigiani, mise in estrema difficoltà gli italiani in Montenegro, gli ustasa in Croazia e Bosnia e i tedeschi in Serbia dove i partigiani comunisti di Tito costituirono un primo territorio libero. La reazione tedesca fu rapida e brutale; furono inviate alcune divisioni di rinforzo e venne instaurato un regime di terrore in Serbia con fucilazioni in massa, rappresaglie, raccolta di ostaggi, devastazioni e saccheggi. Nel 1941 e 1942 i tedeschi sferrarono tre offensive contro i partigiani comunisti che subirono forti perdite, dovettero abbandonare più volte le loro posizioni ripiegando al riparo nell'impervio territorio bosniaco ma mantennero la coesione e la combattività, rimanendo attive e pericolose.