Po podaniu się do dymisji generała Kniaziewicza i odejściu części legionistów, legia przeformowana została w 3 Półbrygadę Polską, a następnie w 113 Półbrygadę Francuską i pod dowództwem generała Władysława Franciszka Jabłonowskiego wysłana latem 1802 na Saint-Domingue, gdzie została zdziesiątkowana przez choroby tropikalne i walki z miejscową ludnością, sprzeciwiającą się francuskiemu panowaniu. Legia Naddunajska przestała istnieć w grudniu 1802 (w marcu 1803 na Saint-Domingue przybyła 2 Półbrygada Polska będąca na żołdzie francuskim). Część legionistów nie kryła sympatii dla powstańców, za co dowódcy francuscy grozili im sądem wojennym. Około 400 Polaków przeszło na stronę rebeliantów i pomagało im w walce z Francuzami.