Der Name "Huajuapan" oder "Huaxuapan" setzt sich aus folgenden Nahuatl-Wörtern zusammen: "huaxin" = Weißkopfmimose, "ohtli" = Weg, "apan" = Fluss. Er bedeutet daher „Fluss der Weißkopfmimosen“ oder „Ort der Weißkopfmimosen am Fluss“. Der Beiname "de León" verweist auf Antonio de León, einen aus dem Ort stammenden Helden des mexikanischen Unabhängigkeitskriegs.