Chancellorsvillen jälkeen Lee oli taistelukyvytön tulehduksellisen reumatismin vuoksi, oli sivussa kuukauden eikä ollut mukana merkittävässä ratsuväentaistelussa Brandy Stationissa. Hän toipui ajoissa johtaakseen prikaatia Jeb Stuartin ratsastuksella unionin armeijan ympäri Gettysburgin sotaretken varhaisina päivinä, missä hänen merkittävin apunsa oli Carlislen taistelu. Gettysburgin taistelun aikana hänen prikaatinsa taisteli epäonnistuneesti East Cavalry Fieldissä. Stuartin raportissa ei ylistetty ainoatakaan upseeria paitsi Fitz Leetä, jonka hän sanoi olevan "yksi hienoimmista ratsuväenupseereista mantereella ja parhaita ylennettäviä". Lee ylennettiin kenraalimajuriksi 3. elokuuta 1863.