Llamado por Carlos IX de Francia, durante la tercera guerra religiosa tomó el mando único del partido protestante tras la batalla de Jarnac (13 de marzo de 1569) donde fue asesinado Condé. En Moncontour (3 de octubre de 1569), Coligny fue derrotado por el duque de Anjou, futuro Enrique III de Francia, pero consiguió huir hacía el Languedoc con sus tropas, donde se reorganizó y formó el ejército de los "vizcondes". Coligny recuperó la iniciativa militar y amenazó París en 1570 desde Charité-sur-Loire, forzando entonces la Paz de Saint-Germain (8 de agosto de 1570), en la que logró estipular su readmisión en la corte y la de los protestantes en la administración.