Im Sempacherkrieg 1386 plünderten und brandschatzten Eidgenossen Kirche und Stift. Der Wiederaufbau begann 1392. Im Jahr 1445 ist belegt, dass das Chorherrenstift neben dem Hl. Petrus zusätzlich dem Hl. Paulus geweiht war. Erbstreitigkeiten um die Ländereien der Toggenburger führten 1444 zum Alten Zürichkrieg. In diesen Wirren wurden grosse Teile des Dorfs Embrach und des Chorherrenstifts wiederum von den Eidgenossen vollständig zerstört. Zum zweiten Mal innert weniger als 60 Jahren lagen die Stiftsgebäude samt der St. Peterskirche in Schutt und Asche. Der Propst war geflohen und hatte in Zürich, wo er Kanoniker bei S.S. Felix und Regula war, Zuflucht gefunden. Von den Stiftsherren blieben nur wenige in Embrach zurück. Dorf, Stift und Kirche wurden ab 1446 neu aufgebaut. Eberhard Nellenburger gesellte sich 1448 zu den zurückgebliebenen Stiftsherren und erwies sich beim Wiederaufbau des Stifts als derart tüchtig, dass er vom Papst persönlich zum neuen Propst ernannt wurde. Die neu erbaute gotische Stiftskirche besass neben dem zu Ehren des Hl. Petrus geweihten Hochaltars noch sechs Nebenaltäre. Anfang des 16. Jahrhunderts wurde zusätzlich eine St. Gallus-Kapelle erwähnt, in der damals die Kapitelversammlungen stattfanden.