Po 1522 zawitała do Hamburga reformacja. Począwszy od 1526 niemal całe mieszczaństwo a od 1528 również rada miasta przyjęły zasady nauki luterańskiej. Marcin Luter na prośbę senatu Hamburga przysłał swojego współpracownika Jana Bugenhagena, który do 1529 wypracował ewangelickie ustawy kościelne (evangelische Kirchenordnung) dla miasta. Chciał on pierwotnie przejąć dochody katedry i kapituły katedralnej i włączyć je do kasy miasta by opłacać z nich kaznodziejów i nauczycieli. Nie mógł jednak osiągnąć w tej sprawie porozumienia z członkami kapituły, którzy w 1529 jeszcze nie byli zwolennikami reformacji. Z tego też powodu wielu z nich opuściło potem Hamburg, a sama katedra była nawet czasowo zamknięta. Sam zaś spór, który toczył się również przed Sądem Kameralnym Rzeszy, mógł być zażegnany dopiero po pierwszej wojnie szmalkaldzkiej (1546-1547) i pokoju augsburskim (1555). W międzyczasie członkowie kapituły przyjęli protestantyzm.