Após o golpe militar de 1973, voltou à Alemanha, onde atuou por três anos, como professor visitante, no Instituto Latinoamericano da Universidade Livre de Berlim. Em 1976, retornou à América Latina. Nesse mesmo ano, fundou, com Hugo Assmann e Pablo Richard, o Departamento Ecumênico de Investigações (DEI), em Sabanilla, Costa Rica, do qual foi também diretor e docente.