Κατά τη δεκαετία του '90, η Εθνική Γιουγκοσλαβίας αποκλείσθηκε από τρεις συνεχόμενες ποδοσφαιρικές διοργανώσεις για πολιτικούς λόγους (κυρώσεις ΟΗΕ προς τη Γιουγκοσλαβία λόγω του Πολέμου της Βοσνίας). Το 1992, λίγο πριν ξεκινήσει το Euro της Σουηδίας, η πρόκρισή της ακυρώθηκε και αντικαταστάθηκε από τη Δανία. Εν συνεχεία δεν της δόθηκε το δικαίωμα να συμμετάσχει στα προκριματικά του Μουντιάλ των ΗΠΑ (1994) και του Euro της Αγγλίας (1996). Μετά την άρση των κυρώσεων η εθνική ομάδα προκρίθηκε, στο Παγκόσμιο Κύπελλο Ποδοσφαίρου του 1998 και στο Euro του 2000.