Myllylä aloitti kauden 1997–1998 vaihtelevasti mutta voitti myös yhden maailmancupin osakilpailun, tammikuun alussa Kavgolovossa hiihdetyn vapaan hiihtotavan 30 kilometrin kilpailun. Naganon olympialaiset Myllylä aloitti voittamalla kovassa lumisateessa käydyn perinteisen 30 kilometrin kilpailun ylivoimaisesti, puolentoista minuutin erolla toiseksi sijoittuneeseen Erling Jevneen. Hän saavutti kisoissa myös jälleen pronssia perinteisen 10 kilometrillä sekä Suomen viestijoukkueessa, jossa hän hiihti toisen osuuden. Takaa-ajokilpailussa hän sijoittui kuudenneksi. Maailmancupin yhteispisteissä hän sijoittui seitsemänneksi. Maailmancupkausi 1998–1999 alkoi Myllylältä vaisuhkosti, mutta ennen Ramsaun MM-hiihtoja hän voitti maailmancupin osakilpailun Seefeldissä 10 kilometrin vapaalla. MM-hiihdoissa Myllylä voitti henkilökohtaisella tasolla lähes kaiken mahdollisen: maailmanmestaruudet vapaan 30 kilometrillä sekä perinteisen 10 kilometrillä ja 50 kilometrillä. Lumisateisessa takaa-ajokilpailussa Myllylä taipui loppusuoralla Norjan Thomas Alsgaardille, joka sai Myllylän kiinni tämän joutuessa avaamaan lumen peittämän ladun, ja otti hopeaa. Viestissä Myllylä hiihti toisen osuuden ja Suomi sijoittui viidenneksi. Maailmancupissa Myllylä sijoittui lopulta kolmanneksi. Hänet palkittiin jälleen Vuoden urheilijana.