Puolan pakolaishallitus kokoontui ensin Pariisiin ja siirtyi myöhemmin Lontooseen. Saksa perusti Puolaan hirmuhallinnon, jonka aikana murhattiin miljoonia puolalaisia siviilejä ja juutalaisia. Työkuntoiset miehet pakotettiin pakkotyöhön huonoihin oloihin ilman palkkaa. Aluksi juutalaiset pakotettiin ghettoihin. Lopullisen ratkaisun hahmottuessa suurimmat tuhoamisleirit perustettiin Puolaan. Auschwitzissa yksinään murhattiin yli miljoona ihmistä. Myös Neuvostoliitto syyllistyi omalla puolellaan sotarikoksiin ja rikoksiin ihmisyyttä vastaan. Näistä tunnetuimpia lienee Katynin joukkomurha, jossa teloitettiin noin 22 000 puolalaista upseeria ja älymystön jäsentä. Satojatuhansia puolalaisia siviilejä kuljetettiin keskitysleireille Siperiaan ja ainakin 150 000 kuoli neuvostoliittolaisten murhaamana.