В межсезонье слухи связывали и Шмидта и Коттера с постом главного тренера новозеландской сборной, однако после завершения чемпионата мира должность получил Стив Хансен, а Джо продолжил свою работу в Ирландии. Сезон 2011/12 вышел отражением предыдущего — в Кубке Хейнекен клуб вновь без особых проблем вышел из группы, при этом не потерпев ни одного поражения. Сразу же после этого Шмидт и другие тренеры ирландских профессиональных команд оказались в центре дискуссии вокруг разрешения на выступления игроков с небританским гражданством — при этом тренер «Ленстера» высказался против каких-либо ограничений или за достижение компромисса. В плей-офф Кубка Хейнекен «Ленстер» вновь дошёл до финала, уверенно обыграв «Кардифф Блюз» и с трудом — «Клермон». В финале команда столкнулась со своими соотечественниками из «Ольстера», которых команда Шмидта разгромила со счётом 42:14, тем самым обновив рекорд по разнице очков в решающем матче кубка. Титул чемпиона Про12 Шмидту вновь не покорился — в гранд-финале турнира, который прошёл на домашнем стадионе «Ленстера» «РДС Арене» клуб уступил валлийскому «Оспрейз» 30:31, а сама игра запомнилась не только двумя жёлтыми карточками игрокам ирландской команды и победной реализацией , но и спорным судейством Ромена Пуата.