7 марта 2015 года Дадаев был задержан на территории Ингушетии, на следующий день арестован и доставлен в Москву. Ему предъявлены обвинения по статье 105 часть 2 пункт «ж» и «з» (убийство, совершённое организованной группой из корыстных побуждений или по найму, а равно сопряжённое с разбоем, вымогательством или бандитизмом), а также части 3 статьи 222 УК (незаконное приобретение, хранение и перевозка оружия, совершенная организованной группой). 9 марта 2015 года появились сообщения о признании Дадаева в организации совершении преступления. По версии следствия, Дадаев непосредственно расстрелял Немцова. Причиной совершённого убийства стали, по словам Дадаева, антиисламские высказывания Бориса Немцова, сделанные им, в частности, в связи с терактом в редакции французского журнала Charlie Hebdo. По сообщению «Росбалта», следствие считает, что причиной также является то, что Немцов написал на своей странице в Facebook, что «Кадыров своими угрозами в адрес Венедиктова грубейшим образом нарушает 144 ст УК России „Воспрепятствование законной деятельности журналистов“. По этой статье Рамзану грозит два года отсидки».