Po ukončení vojenské akademie v Bělehradě nastoupil Çeku službu v JNA. V roce 1991 přešel do nově se tvořících Ozbrojených sil Chorvatské republiky. Zde se dostal do funkce brigádního generála. Byl jedním z organizátorů chorvatských vojenských operací Medacká kapsa (Medacký masakr), Spálená země a Bouře. Ani v tomto případě však nebyl vydán a později se mohl vrátit do Kosova.