Scheuer ist seit 2002 Mitglied des Deutschen Bundestages. Er zog 2002 über die Landesliste Bayern sowie 2005, 2009, 2013 und 2017 als direkt gewählter Abgeordneter des Wahlkreises Passau in den Bundestag ein. Bei der Bundestagswahl 2005 erreichte er 58,5 %, 2009 46,5 %, 2013 59,8 % und 2017 47,5 % der Erststimmen.