В сезоне 2003/2004 Такахаси участвовал в двух этапах Гран-при, заняв седьмое место в Канаде и пятое во Франции. На этих турнирах впервые была использована новая судейская система, которая стала применяться в фигурном катании после скандала в 2002 году. В конце 2003 года Дайсукэ удалось завоевать первую медаль на взрослом уровне: он стал бронзовым призёром чемпионата Японии. Это позволило Дайсукэ представлять свою страну на , где он занял шестое место. Он также вошёл в состав сборной для участия на чемпионате мира в Дюссельдорфе. Такахаси стал лучшим японским фигуристом на этом турнире, заняв одиннадцатое место, тогда как чемпион Японии Ямато Тамура занял лишь 22-е место. В этом же году Такахаси был вынужден переехать в Осаку, чтобы проходить обучение в университете. При этом его университет построил каток для тренировок, где тренировался как он сам, так и другие элитные фигуристы.