Ο Μπόλτον υπηρέτησε ως Βοηθός Γενικός Εισαγγελέας των Ηνωμένων Πολιτειών για τον πρόεδρο Ρόναλντ Ρήγκαν από το 1985 έως το 1989. Υπηρέτησε στο Στέιτ Ντιπάρτμεντ ως Βοηθός Υπουργός Εξωτερικών για Θέματα Διεθνών Οργανισμών από το 1989 έως το 1993 και ως Υπογραμματέας Ελέγχου των Όπλων και Θεμάτων Διεθνούς Ασφαλείας από το 2001 έως το 2005. Ήταν υποστηρικτής του πολέμου στο Ιράκ ως διευθυντής του Εγχειρήματος για τον Νέο Αμερικανικό Αιώνα, το οποίο υποστήριζε την αμερικανική εισβολή στο Ιράκ.