W 2005 roku zadebiutował w kadrze USA do lat 17. W sumie zaliczył w niej 10 występów. W tym samym roku został powołany na mistrzostwa świata U-17. Rok później, w wieku 18 lat, został powołany kadry U-20, jednak z powodu konfliktu z selekcjonerem został pominięty przy ustalaniu składu na Mistrzostwa Świata U-20 2007. W 2008 roku FIFA zajęła się możliwością jego występów w reprezentacji Serbii. Piłkarz miał również do wyboru dalsze reprezentowanie Stanów Zjednoczonych, jak i grę dla Bośni i Hercegowiny, gdzie się urodził. Ostatecznie, za zgodą FIFA, Subotić zadebiutował w serbskich barwach 28 marca 2009 roku w meczu przeciwko Rumunii w Konstancy. W 2010 roku został powołany na Mistrzostwa Świata.