Mais la situation de la ville sur la grande voie de passage, routière et fluviale, reliant Bordeaux et Toulouse, la rendait particulièrement vulnérable aux invasions. Ainsi, l'abbaye fut-elle saccagée lors de la campagne omeyyade de 719-721 marquée par la victoire des Francs à Toulouse en 721, puis lors de la campagne marquée par la défaite des Omeyyades à Poitiers en 732. Un siècle plus tard, de nouveaux pillages furent le fait des Vikings qui remontaient la Garonne puis, au , des Hongrois.