A pesar de esto obtuvo con la Juventus los títulos de las temporadas 2004-05 y 2005-06, los cuales finalmente fueron revocados al club. Debido al escándalo de manipulación de encuentros la Juventus descendió a la Serie B. Nedvěd fue uno de los pocos futbolistas que se quedaron en el equipo, junto con Gianluigi Buffon, Alessandro Del Piero, David Trezeguet y Mauro Camoranesi. Durante la permanencia de la Juventus en la Serie B, disputó treinta y tres encuentros y anotó once goles, mientras que en la Copa Italia consiguió marcar un gol en tres encuentros. El 19 de mayo de 2007 la Juventus logró matemáticamente su regreso a la Serie A y el 12 de julio de 2007 renovó su contrato por un año más. El 19 de diciembre de 2007, disputó su encuentro #300 con la camiseta bianconera ante el Atalanta B. C. además en dicho encuentro anotó un gol de tiro libre.