Neben Raumprojekten und Arbeiten mit Licht oder Wind entwickelt Markus Heinsdorff seit 1990 unter dem Titel "wasser-werke" eine Vielzahl von Installationen und Objekten mit und über Wasser. 2008 initiierte er dazu eine Kunst- und Wissenschafts-Kooperation mit dem Hydromechanik-Labor der TU München. Daraus entstanden unterschiedliche Exponate, u. a. das Objekt „Rotor“ ("empowering people Award" der Siemens Stiftung), Porträts der Favela Bewohner „about water“ in São Paulo, eine Installation mit Luftringen in einer Wassersäule in Rio de Janeiro anlässlich der Rio+20 Umweltkonferenz der Vereinten Nationen, eine Installation zum Thema Monsun in Bangalore und Ubud (Bali), sowie eine Klanginstallation mit Wassertropfen im Max-Planck-Haus in München zur "Langen Nacht der Museen". Im Sommer 2016 wurde ein 10 m hoher Wind-Wasserturm als Tankstelle bzw. Wasserstation mit integriertem, natürlich gekühltem Aufenthaltsraum in Sansibar eröffnet.