1947年、マーシャル・プランへの参加を表明するが、ソ連の圧力で撤回する事態が生じた。当時外務大臣であり、モスクワにソ連指導部との会談に赴いたヤン・マサリクが「一国の外相としてモスクワへ行ったが、ソ連の下僕としてプラハに戻ってきた」と述べたと言われるように、日増しにソ連および共産党からの圧力が高まっていった。そして1948年2月に、非共産党系の閣僚がベネシュに辞表を提出し、ゴットワルト内閣の総辞職を目論むが、共産党は労働組合などを動員し、ベネシュに圧力をかけた。結局、ベネシュは辞表を受理し、共産党と社会民主党左派からなる政権が成立し、チェコスロヴァキアにおいて共産化が完了した（二月事件）。3月には、閣内に残っていたヤン・マサリクが外務省の敷地で遺体で発見され、秘密警察による暗殺説が囁かれるなか、政府は事故死として事件を収拾した。またベネシュは大統領職を辞し、9月3日に死去した。