Previo al sorteo la CAF elaboró un sistema de clasificación mediante el cual los equipos participantes fueron distribuidos en 4 bombos sobre la base de su rendimiento en Copas Africanas de los años 2012, 2013 y 2015; en los torneos clasificatorios para las Copas Africanas de los años 2012, 2013 y 2015 y en la Clasificación africana para el Mundial Brasil 2014. Cada selección obtuvo un puntaje calculado según la instancia a la que haya llegado en los torneos antes mencionados, las selecciones fueron ordenadas en los bombos de acuerdo a este puntaje. La selección de Gabón, cuyo país fue elegido como anfitrión de la Copa Africana 2017, fue colocado un bombo X para ser sorteado por separado.