Михаил Бекетов начинал заниматься волейболом с семи лет в ДЮСШ города Ступино у тренера Виктора Ивановича Васина. В 17 лет получил приглашение от одинцовской «Искры», где выступал сначала за дублирующий состав, а с 1997 года — за основную команду. С 2001 года на протяжении семи сезонов был капитаном «Искры». В её составе Михаил Бекетов семь раз становился призёром чемпионатов России, завоевал национальный Кубок и четыре медали еврокубков. В сезоне-2001/02 был признан лучшим игроком чемпионата России. В июне 2005 года играл за сборную страны, всего провёл 4 матча в рамках Евролиги.