In den folgenden Jahren gelang es Bayisa nicht mehr ganz, an seine früheren Erfolge anzuknüpfen. Er belegte in seinen Rennen zwar vordere Platzierungen, konnte aber, abgesehen von der Bronzemedaille im 3000-Meter-Lauf bei den Afrikameisterschaften 1998, keine Medaillen mehr gewinnen. Bei den Leichtathletik-Weltmeisterschaften 1995 in Göteborg, 1997 in Paris und 1999 in Sevilla belegte er jeweils über 5000 m die Plätze acht, zehn und sechs, bei den Olympischen Spielen 1996 in Atlanta den zehnten Rang. Zwischendurch machte er bei den Leichtathletik-Hallenweltmeisterschaften 1997 in Paris einen Abstecher auf die 3000-Meter-Distanz und wurde dort Siebter. Einen letzten Achtungserfolg erzielte er bei den Olympischen Spielen 2000 in Sydney, als er im relativ langsamen 5000-Meter-Rennen Vierter in 13:37:03 min wurde.