בבחירות שנערכו בעקבות ההפיכה במצרים ב-2011, זכתה "מפלגת החופש והצדק" של התנועה ב-36.6% מהקולות, והפכה למפלגה הגדולה ביותר בפרלמנט המצרי. בבחירות לנשיאות שנערכו כארבעה חודשים מאוחר יותר, ניצח המתמודד מטעם התנועה מוחמד מורסי והפך ל"נשיא מצרים החדשה", עד הדחתו בידי הצבא המצרי בעת ההפיכה במצרים ב-2013. האחים המוסלמים השתלטו על מצרים בדרך להפיכתה למדינה דתית יותר, זאת בניגוד לתקופת שלטונו של מובארק שבה מצרים נטתה יותר לעולם המערבי והשלטון בה היה בעל אופי חילוני.