その後、太平洋戦争開戦1ヶ月前の1941年（昭和16年）11月6日に再び動員された。第48師団は第5師団とともに揚陸能力を備えた機械化師団のうちの一つであり、極めて重要な存在だった。開戦後、まずは第14軍の主力としてフィリピンの攻略に従事した。マニラ占領後はバターン半島の攻略には向かわず、1942年（昭和17年）1月14日に蘭印作戦のため第16軍戦闘序列に編入され（大陸命第588号）、3月1日ジャワ島東部に上陸し、3月7日スラバヤを攻略した。蘭印作戦終了後はジャワ島の警備にあたり、1943年（昭和18年）1月に第19軍隷下となるが、1945年（昭和20年）2月28日第2方面軍戦闘序列に編入（大陸命第1265号）、そして同年6月13日には第2軍戦闘序列に編入（大陸命第1346号）、ティモール島で終戦を迎えた。