Vào ngày 2 tháng 3 năm 2015, Hiệp hội bóng đá Ai Cập đã bổ nhiệm Cúper làm người quản lý mới của đội bóng đá quốc gia của họ. Tại Cúp bóng đá châu Phi 2017, ông đã dẫn dắt Ai Cập vượt qua trận chung kết, họ tiếp tục để thua 2-1 trước Cameroon. Sau đó, Hiệp hội bóng đá Ai Cập đã đưa ra một tuyên bố ủng hộ hoàn toàn Cuper và chúc anh may mắn cho Vòng loại World Cup 2018.   Ông đã dẫn dắt Ai Cập đến FIFA World Cup 2018, lần đầu tiên họ xuất hiện tại giải đấu kể từ năm 1990, sau khi đánh bại Congo với tỷ số 2-1. Hợp đồng của Cúper đã hết hạn vào cuối giải đấu và các cuộc đàm phán đã bị hoãn lại cho đến khi kết thúc. Sau thất bại trong ba trận đấu nhóm của Ai Cập tại giải đấu, có thông báo rằng hợp đồng của Cúper sẽ không được gia hạn.