Dans les années qui suivent, Izabela Czartoryska devient une ardente patriote. En 1783, les Czartoryski quittent Varsovie pour leur résidence à Puławy, qui devient rapidement un nouveau centre de la vie politique, culturelle et littéraire de la Pologne. Alors que son pays est démembré et occupé par trois puissances voisines à la suite des partages, la princesse Izabela fait construire dans son jardin anglais le Temple des Sibylles (1801) et la Maison gothique (1809). C'est là qu'elle fonde en 1801 le premier musée de Pologne. Son but est de réunir et préserver des œuvres d'art polonaises et européennes. Sa collection s'élargit progressivement. Tadeusz Czacki, un éducateur exceptionnel et un chercheur d'histoire, y contribue avec ses propres collections. Ainsi, le musée de Puławy accueille, entre autres, deux épées teutoniques conquis à la bataille de Grunwald de 1410, les chaussures de la reine Jadwiga, des souvenirs de Napoléon, de Richard Cœur de Lion ou de Louis XVI. Ici, se trouvent aussi la "Dame à l'hermine" de Léonard de Vinci ou "Le Paysage avec le bon Samaritain" de Rembrandt. En 1807, elle publie à Breslau "Diverses idées sur la manière de disposer les jardins".