После начала войны Хет уволился из армии США и вступил в армию Конфедерации. Ему присвоили звание подполковника и некоторое время он служил интендантом в армии Роберта Ли. Это положительно повлияло на его карьеру, потому что с этого момента Ли обратил на него внимание. Часть 1861 года он провёл в долине Канава (в Западной Вирджинии) в 5-м и 45-м вирджинских пехотных полках. 6 января 1862 года он был повышен до бригадного генерала и направлен в Восточный Теннесси, под командование Кирби Смита. В Кентуккийскую кампанию он был послан Смитом на север от Лексингтона, чтобы провести демонстрацию перед Цинциннати. Эта демонстрация не причинила городу особого беспокойства, но несколько перестрелок все же имели место.