28. joulukuuta 2009 Ben Khalfallah kieltäytyi osallistumasta vuoden 2010 Afrikan kisoihin. Hän ei myöskään kertonut lehdistölle syytä pois jäämisestään. Ben Khalfallah oli aikaisemmin ilmaissut halukkuuttaan pelata vain MM-kisoissa, jota pidettiin yleisenä syynä kieltäytymiseen osallistua Afrikan kisoihin. Tempaus sai myös kannattajat raivoisaksi oltuaan heidän mielestä epäisänmaallinen. Maaliskuussa 2010 Ben Khalfallah kertoi Sport24.comille syyn jättäytyä pois kisoista tuntiessaan olleensa vielä pettynyt MM-kisapaikan menettämisestä, eikä ollut vielä valmis palaamaan takaisin maajoukkueeseen, koska turnaus tuli liian nopeasti karsintojen jälkeen. Samalla hän kertoi olevansa edelleen maajoukkueen käytössä mikäli saisi uuden kutsun.