W reprezentacji Szkocji Ferguson zadebiutował 17 maja 1992 roku w wygranym 1:0 towarzyskim spotkaniu ze Stanami Zjednoczonymi. W tym samym roku został powołany przez selekcjonera Andy'ego Roxburgha do kadry na Euro 92. Tam zagrał tylko w przegranym 0:1 meczu grupowym z Holandią. Następnie niemal co roku Duncan rozgrywał po jednym spotkaniu w kadrze, a do 1997 rozegrał ich łącznie zaledwie siedem.