南斯拉夫解体后，他来到新独立的克罗地亚，第三次执教萨格勒布迪纳摩（当时改称克罗地亚萨格勒布），他带领球队获得1992/93赛季克罗地亚足球甲级联赛冠军和93/94赛季克罗地亚杯冠军。1994年，他不得不离开克罗地亚萨格勒布，因为新组建的克罗地亚国家队需要他担任主帅参加克罗地亚足球史上第一个重大比赛－1996年欧洲足球锦标赛外围赛。在他的带领下，克罗地亚在外围赛中压倒世界劲旅意大利，以小组第一的成绩入围1996年欧洲足球锦标赛。克罗地亚在96欧锦赛小组赛先后战胜土耳其和卫冕冠军丹麦，提前一轮晋级八强。虽然克罗地亚后来1比2不敌后来的冠军德国国家队止步八强，但布拉泽维奇和克罗地亚依然赢得不少称赞。1997年，克罗地亚在1998年世界杯外围赛附加赛中击败乌克兰，历史上首次进入世界杯决赛圈。