לאחר שחזר מרוסיה, הוצב במטה הקורפוס ה-6. מ-1883 עד 1887 הוא פיקד על רגימנט הרגלים ה-106, ובתקופה זו התיידד עם הגנרל ז'וזף דה מיריבל. ב-1890 מונה מיריבל לראש המטה הכללי, ומינה את בואדפר לסגנו. נטען שבואדפר השיג את המינוי רק תודות לקשריו עם מיריבל, והוא כונה בידי אחד מעמיתיו: "נוכל ממולח אך דגיג עצלן, אשר ניהל את הדברים בצורה חובבנית". במהלך תקופה זו, פעל בואדפר לשיפור היחסים בין צרפת לרוסיה. באותה שנה הוזמן בואדפר בידי אלכסנדר השלישי, קיסר רוסיה כדי לייצג את צרפת בתמרונים הגדולים של צבא האימפריה הרוסית. הזמנה זו נועדה להתריס בפני וילהלם השני, קיסר גרמניה אשר סירב לחדש את ברית ביטוח המשנה. תודות ליוזמותיו של בואדפר, ב-1892 נחתמה הברית הצרפתית-רוסית, אשר גרמה להפסקת העוינות ההדדית בין רוסיה לצרפת אשר שררה מאז פלישת נפוליאון לרוסיה ב-1812. ברית זו הוציאה את צרפת מהבידוד הפוליטי שבו הייתה שרויה מאז תבוסתה ב-1870, ובדיעבד גרמה גם להחלשת תנועות קיצוניות כמו הבולנז'יסטים, אשר מצען העיקרי הייתה הסיסמה להוציא את צרפת מבידודה. הוא פיקד על הדיוויזיה ה-10, ולאחר מכן במשך ימים בודדים פיקד על הדיוויזיה ה-9, לפני שמותו הפתאומי של מיריבל ב-28 בספטמבר 1893 אפשר לו להתמנות לראש המטה הכללי. ב-1896 הוא נכח בהכתרתו של ניקולאי השני כקיסר רוסיה, ויזם את ביקור הקיסר בצרפת באוקטובר של אותה שנה. ביוזמתו הוכנסו לשימוש אופניים בצבא.