הנבחרת הוקמה לאחר פירוק הרפובליקה היוגוסלבית ומתן העצמאות לקרואטיה, בשנת 1991. המשחק הראשון של הנבחרת הצעירה נערך ב-13 בפברואר 1992, ובו נפרדו קרואטיה ואיטליה בשוויון 0-0. ביוני 1993 הכירה פיפ"א רשמית בנבחרת הקרואטית, ושנה לאחר מכן החלה קרואטיה הצעירה את טורניר מוקדמות אליפות אירופה לנוער לקראת טורניר הגמר ב-1996. הנבחרת כשלה להעפיל לטורניר, וכן לטורניר הבא אחריו.