I begyndelsen af den Spanske borgerkrig kunne den Anden spanske republik holde stillingen mod de militære oprørere. Men Málaga var fra begyndelsen en frontby og var kun over kystvejen til Almería forbundet med Republikanernes territorium. Som havn for den republiktro spanske marine var byen et vigtigt strategisk mål for begge borgerkrigspartierne og 1937 fandt Slaget om Málaga sted. Derved kom der til en massakre i Málaga. Massakren i Málaga var en massakre som General Francisco Francos nationalister begik mod flygtninge fra Málaga i februar 1937. Flere tusinder mennesker mistede livet. Først efter Francos død, blev hændelsen overvejende behandlet på lokalhistorisk plan. Mens Nationalisterne den 8. februar 1937 nærmede sig Málaga, flygtede over 40.000 fra byen via kystvejen til Almería. Derunder var der 5.000 børn. Tyske flyvemaskiner og to spanske krigsskibe bombaderede kystvejen.