Samuel, wie auch sein Bruder Hugold versuchten, in den Staatsdienst zu treten, was auch gelang. Er trat in kaiserliche Kriegsdienste und nahm an zwei Feldzügen gegen die Türken teil. Dabei lernte er vermutlich den Markgrafen von Baden-Durlach Georg Friedrich kennen, dessen Hofmeister er bis ins Jahr 1606 war. Seit etwa 1606 war Samuel von Behr Hauslehrer des noch unmündigen mecklenburgischen Herzogs Adolf Friedrich I. Zunächst begleitete er den Herzog auf seinen Reisen und erwarb sich so sein enges Vertrauen. Nach Mecklenburg zurückgekehrt, wurde er Adolf Friedrichs Geheimer Rat und hatte die Regierungsgeschäfte zu erledigen. Ab 1608 stand er mit an der Spitze des mecklenburgischen Hofes zu Schwerin. Er wurde Kanzler und übernahm eine Zeitlang die Aufgaben eines Hofmarschalls.