С 10 января 1942 года — командующий 2-й ударной армии Волховского фронта, принимавшей участие в Любанской наступательной операции. В ходе операции части армии прорвали оборону противника в районе деревни Мясной Бор и глубоко вклинились в его расположение, наступая в направлении города Любань. В начале марта наступление армии было приостановлено. 15 марта 1942 года немецкие части начали общее наступление на коридор прорыва, в результате которого пути снабжения армии несколько раз становились перерезанными, а сама армия оказывалась в окружении. Тем не менее совместными действиями войск фронта окружение каждый раз удавалось прорывать. 16 апреля 1942 года в связи с болезнью снят с должности командующего армией и направлен на излечение. 24 июля 1942 года отозван с лечения обратно на пост командующего 2-й ударной армией, занимался её переформированием после почти полной гибели армии в мае-июне 1942 года. В августе-сентябре 1942 года командовал действиями армии в ходе Синявинской наступательной операции. Преодолевая упорное сопротивление войск противника, армия прорвала вражескую оборону в районе деревни Тортолово и, отразив контратаки противника, к концу августа вышла на подступы к Синявино. Во второй половине сентября противнику удалось остановить продвижение войск армии и нанести сильные контрудары. Армия под командованием Клыкова во всех операциях 1942 года несла большие потери в личном составе. По приказу Ставки ВГК войска армии Волховского фронта отошли на исходные рубежи. Приказом Ставки ВГК от 2 декабря 1942 года был отстранён от командования армией «как не справившийся».