Значај венецијанске колоније на Криту повећан је након пада Цариграда 1453. године. Средином 16. века то је био једини млетачки посед у Егејском мору, а након Кипарског рата и губитка Крита (1570—1571), и у целом источном Медитерану. Крит је поприште сукоба првог и трећег млетачко-турског рата. Хајрудин Барбароса накратко заузима делове Крита 1538. године. Делови острва накратко су под турском влашћу током Кипарског рата. Појава турске опасности поклапа се са економским пропадањем Млетачке републике, чиме је онемогућена ефикасна одбрана острва. Унутрашњи сукоби и отпор локалне аристократије Крита додатно су погоршали проблем. Турци заузимају Крит током Кандијског рата. Кандија је током рата (1645—1669) трпела најдуготрајнију опсаду у историји. Мировним споразумом из 1669. године Млечани предају Крит Турцима, а заузврат добијају Далмацију. Током Великог бечког рата Млечани се боре за повраћај Крита, али им он није враћен Карловачким миром из 1699. године, као ни Пожаревачким миром из 1718. године којим је окончан последњи Млетачко-турски рат. По завршетку овог рата, Венеција престаје да игра значајну улогу у европској политици. Турци на Криту формирају Критски вилајет који ће постојати до краја Критског устанка. Тада је формирана Критска држава која ће се, Лондонским споразумом, ујединити са Грчком, по завршетку Првог балканског рата.