早いうちから軍務に就き、ローマ内戦ではカエサル派に属して元老院派と戦った。この時、兄ルキウスは元老院派に属してマルクス・ポルキウス・カト・ウティケンシスの下で戦っていたが、タプススの戦いで元老院派が敗北すると兄は捕虜として牢獄に入れられた。しかし友人オクタウィアヌスの配慮で釈放されたという。ただし、この戦いでアグリッパが兄と陣を相対して戦ったかどうかは定かではない。ムンダの戦いなどに参加していることは確かである。いずれにせよ、彼の働きはカエサルの目に留まり、紀元前45年にオクタウィアヌスと引き合わされる。ここでアグリッパとオクタウィアヌスは同年代でもあったので、同様な教育を受け親しい友人となる。そしてカエサルがローマで次々と政策を挙げて行く中で、アグリッパとオクタウィアヌスはともにギリシアのアポッロニアに遊学することになった。そして彼らがギリシアに旅立って4ヶ月が過ぎた紀元前44年3月15日、カエサルが暗殺された。