Kort voor het uitbreken van de Amerikaanse Burgeroorlog verhuisde Moody naar Chicago. Hij was daar betrokken bij de oprichting van zondagscholen en de verspreiding van christelijke literatuur. Nadat de Amerikaanse Burgeroorlog was uitgebroken raakte hij betrokken bij de YMCA. Hij omschreef zichzelf als quaker en nam daarom geen dienst in het leger van de Unie. Hij bracht negen maal een bezoek aan het front en was aanwezig na gevechten bij Shiloh, Pittsburgh, Murfbreesboro en de inname van Richmond door generaal Ulysses Grant.