16 марта 1945 года назначен на должность командира 61-й гвардейской стрелковой дивизии, которая вела боевые действия в ходе Венской наступательной операции. 8 апреля полковник С. Н. Лысенков был снят с занимаемой должности «за оставление частей дивизии без управления» и 5 мая назначен заместителем командира 155-й стрелковой дивизии в составе 135-го стрелкового корпуса.