コソボ紛争とその余波、NATOが行ったプリズレン周辺の軍や保安部隊拠点への限定的爆撃は、ある程度の損害を与えることになった。セルビア軍はプリズレンにあるアルバニア人の重要な文化遺産であるプリズレン連盟の建物を破壊した。アルバニア人に対する宗教的侮辱として、モスクを破壊するなどの行為にも組織的に行われた。一方で2004年3月17日、2004年の反セルビア人暴動の最中において、セルビア人文化遺産、1307年に建てられたセルビア正教会のリェヴィシャの生神女教会への破壊行為、救世主教会、聖ゲオルギイ教会（市内最大の教会建造物）、ランジェヴァックの聖ゲオルギウス聖堂、ミラのニコラオス聖堂、聖大天使修道院などプリズレンの礼拝所、地方教会関係者の住居はすべてアルバニア系群集の復讐による破壊を蒙った。