Cependant la politique de sécurité et de coopération de l'Union européenne a été entravée par la Chine, ne pouvant progresser en Asie. L'Europe a en effet fait part de son désir d'expansion de l'OTAN et son intervention en 1999 au Kosovo, à laquelle la Chine s'oppose, voyant cette politique comme visant à étendre l'influence des États-Unis. Toutefois, en 2001, la Chine modère sa position anti-américaine dans l'espoir que l'Europe annulerait son embargo sur les armes, mais la pression des États-Unis sur l'UE a conduit à ce que l'embargo reste en place. L'UE partage en effet un nombre des préoccupations des États-Unis, au sujet « du système autoritaire chinois et des menaces de force contre Taïwan ». Même dans la sphère économique, la Chine s'est dite furieuse à propos des mesures protectionnistes contre ses exportations vers l'Europe et l'opposition de l'UE à donner à la Chine le statut d'économie de marché afin d'adhérer à l'Organisation mondiale du commerce (OMC).