Alfaro war Mitglied der von Gustavo Ferrín trainierten U-17-Auswahl Uruguays. Mit dieser nahm er an der U-17-Südamerikameisterschaft 2005 in Venezuela teil und wurde Vize-Südamerikameister. Im Gruppenspiel gegen Chile erzielte er dort einen Treffer. Bei der U-17-Weltmeisterschaft 2005 stand er ebenfalls im uruguayischen Kader. Im Verlaufe des WM-Turniers bestritt er zwei Länderspiele. Später wurde er auch in die uruguayische U-20-Nationalmannschaft berufen und gehörte dem Aufgebot bei der U-20-Weltmeisterschaft 2007 an.