Sa participation à plusieurs organisations sous le précédent régime la rendent cependant suspecte aux yeux du gouvernement. En 1944, la tentative d'assassinat ratée contre Adolf Hitler est suivie par des arrestations de masse de personnes identifiées comme anti-nazies. L'écrasante majorité des individus arrêtés dans l'opération connue sous le nom d""' étaient d'anciens militants communistes ou socialistes sous la République de Weimar. Bien que rien n'indique que Margarete Gröwel ait été membre de ces partis, elle compte parmi les interpellées en . Elle est déportée au camp de concentration de puis est libérée le .