В 1940 году после оккупации Норвегии был переведён в СД в Осло. Со 2 октября 1941 по 21 марта 1942 года возглавлял зондеркоманду 4b в составе айнзацгруппы C, осуществлявшую массовые убийства евреев и психически больных людей в Полтаве, Бахмуте, Виннице, Кировограде и Горловке. После службы в зондеркоманде вернулся в Берлин. Брауне возглавлял отдел 1 A4 (персональные данные СД) в Главном управлении имперской безопасности.