La Moldavia giocò la sua prima partita ufficiale il 2 luglio 1991 contro la . I suoi migliori risultati li raggiunse a metà degli anni novanta, durante le qualificazioni a Euro '96. Il 7 settembre 1994 la squadra sconfisse la per 0-1 a Tbilisi (gol di Igor Oprea) e un mese dopo, il 12 aprile 1994, batté il a Chișinău per 3-2 (gol di Sergiu Secu, Sergei Belous e Valeri Pogorelov). Nonostante questi successi la squadra fu eliminata in breve tempo dalle qualificazioni. Nelle qualificazioni al la Moldavia colse qualche risultato incoraggiante, ma non seppe migliorare il proprio risultato finale.