Dennoch wurde Sámano im Februar 1818 als Vizekönig von Neugranada zum Nachfolger von Francisco Montalvo erhoben. Mit der Ernennung erfolgte auch die Aufnahme in den Orden des heiligen Hermenegild. Am 9. August 1819 erfuhr er von der verheerenden Niederlage der Royalisten-Armee in der Schlacht von Boyacá. Sámano musste fürchten, dass nun auch Bogotá in die Hände der Aufständischen fallen würde und er für seine brutale Politik gegenüber den Separatisten zur Verantwortung gezogen würde. Er machte sich daher umgehend über Honda (Kolumbien) auf den Weg Richtung Cartagena.