Sin embargo, en 1990 una lesión en el pie le alejó de las competencias. Además, su entrenador José Godoy falleció a principios del año, lo que representó un fuerte golpe emocional para Sotomayor. Pese a todo, y bajo la dirección de su nuevo entrenador Guillermo de la Torre, regresó con la conquista de la medalla de oro en los Juegos Centroamericanos y del Caribe de la Ciudad de México. Luego, en 1991 hizo su segunda aparición en un campeonato mundial, el cual tuvo lugar en Tokio, Japón, y se ubicó segundo con 2,36 m, siendo superado por el estadounidense Charles Austin (2,38 m). Asimismo, en marzo de ese año compartió el tercer puesto con el soviético Alexei Yemelin (2,31 m) en el campeonato mundial en pista cubierta de Sevilla; y en agosto se agenció su segunda victoria consecutiva en Juegos Panamericanos con marca de 2,35 m, los cuales se desarrollaron en su país.