Pierwsze wzmianki o istnieniu w tym miejscu świątyni chrześcijańskiej pod wezwaniem św. Barbary, pochodzą z połowy XIII wieku, gdy proboszcz Bartłomiej odprawił nabożeństwo żałobne w pierwszą rocznicę śmierci Henryka II Pobożnego w bitwie pod Legnicą. Oznaczałoby to, że była to pierwsza świątynia w Jaworze, przed kościołem św. Marcina. Później służyła jako kaplica szpitalna oraz, w latach 1564-1651 (gdy kościołem św. Marcina gospodarowała gmina ewangelicka) jako magazyn.