Після цього Вільнев взяв участь в поході до Єгипту у складі флоту віце-адмірала де Брюеса. Взяв участь в Абукірській битві 1 серпня 1798 року. В ній Вільнев не зумів проявити себе. Весь час зі своїми кораблями він простояв на відстані від основних сил французького флоту. У вирішальний момент не прийшов на допомогу де Брюесу. В цьому випадку Вільнев не виявив необхідної ініціативи та рішучості. Після бою він утік з місця бою, вирушив до Криту, потім до Мальти, після цього вирушив до о. Корфу, де захопив англійський корабель «Леандр».