Своё название кладбище получило в честь похороненного на нём армянского учёного XI века Ованеса Козерна. Название "Козерн" получил также прилегающий к кладбищу . В 1632 году рядом с Ованесом Козерном был похоронен католикос Мовсес III Татеваци. Там же был похоронен вардапет Меликсет Вжанеци. Над их могилами была сооружена часовня-надгробие, разрушенная во время землетрясения 1679 года. В XIX веке на этом месте была построена новая часовня.