16 октября 1853 года началась Восточная (Крымская) война. 10 ноября Исмаил Хан был назначен начальником Эриванской бекской дружины, вошедшей в состав Эриванского отряда русских войск. С 1 мая по 5 декабря 1854 года он был помощником командира 4-го конно-мусульманского полка. С 22 апреля по 5 июля принимал участие в боестолкновениях с противником в районе Игдыра, Каравансарая, Оргова. 17 июля в составе Эриванского отряда под общим командованием генерал-лейтенанта барона Карла Карловича Врангеля, участвовал в разгроме 12 тысячного корпуса Селим-паши на Чингильских высотах и последующим занятии Баязета 19 июля. В дальнейшем участвовал в действиях в районе Абас-геля, Мысуна, Дутаха, Диадина, Кара-килиса, Алашкерта (Топрак-кала) и т. д. За боевые заслуги 4 августа 1855 года он был переведён в лейб-гвардии казачий Его Величества полк с переименованием в ротмистры, а 13 октября 1856 года был награждён орденом Святого Станислава 3-й ст. с мечами.