La guerre des paysans de 1525, suivie de la guerre des margraves en 1522, provoquent des destructions et des pillages. La chartreuse est entourée de remparts de défense en 1561. Ensuite la Réforme protestante provoque le départ de la communauté de plusieurs chartreux. Au début du , la chartreuse connaît à nouveau une période de consolidation. L'église est refaite dans le style maniériste entre 1613 et 1616. Mais la guerre de Trente Ans, extrêmement dévastatrice pour l'Allemagne, vient bientôt frapper le monastère qui est pillé par les Suédois, puis en 1673 par les Français.