Nach Ausbruch des Sezessionskriegs nahm Trobriand die US-amerikanische Staatsbürgerschaft an. Am 28. August 1861 wurde er Regimentskommandeur des 55th New York Infanterieregiments übertragen. In diesem Regiment, das unter dem Namen "Gardes Lafayette" bekannt wurde, dienten hauptsächlich französische Einwanderer. Es wurde im September 1861 der von John J. Peck kommandierten Brigade in der von Darius N. Couch kommandierten Division im IV. Korps der Potomac-Armee zugeteilt. 1862 nahm Trobriand mit dem Regiment am Halbinsel-Feldzug teil. Seinen ersten Kampfeinsatz erlebte Trobriand am 5. Mai 1862 in der Schlacht von Williamsburg. Wenig später erkrankte er schwer und war für einige Zeit dienstunfähig. Er konnte daher am weiteren Verlauf des Feldzugs nicht teilnehmen und kehrte erst im Juli 1862 wieder zum Regiment zurück, nachdem er die als Sumpffieber diagnostizierte Krankheit überwunden hatte. Trobriands Regiment wurde der von J. H. Hobart Ward kommandierten Brigade im III. Korps der Potomac-Armee unterstellt. In der Schlacht von Fredericksburg war das Regiment in Reserve, so dass es trotz der Niederlage der Union keine Verluste zu beklagen hatte.