El primer gobierno comunista polaco, PKWN, formado en julio de 1944, no aceptó tener jurisdicción sobre los soldados del AK, por lo que durante más de un año fueron agencias de la URSS como el NKVD las que se encargaron del AK. Hacia el final de la guerra unos 60 000 soldados del AK habían sido arrestados, 50 000 de los cuales fueron deportados a gulags y prisiones de la URSS; la mayoría de esos soldados habían sido capturados por los soviéticos durante o inmediatamente después de la Operación Tempestad, cuando muchas unidades del AK intentaron cooperar con los soviéticos en un alzamiento nacional contra los alemanes. Otros veteranos fueron arrestados cuando se decidieron a dirigirse a funcionarios del gobierno tras recibir la promesa de una amnistía. Tras estas promesas rotas durante los primeros años de control comunista, los soldados del AK dejaron de confiar en el gobierno.