Zespół mogileńskiego klasztoru znajduje się przy dzisiejszej ulicy Benedyktyńskiej. Wejście na teren zabudowań prowadzi przez osiemnastowieczną trójdzielną bramę (dawniej znajdował się tam most przez fosę). Obecny stan badań umożliwia stwierdzenie, iż pierwotna romańska świątynia na tym miejscu była orientowana, skonstruowana według modelu bazylikowego, z transeptem i apsydami, pojedynczą wieżą położoną nad kruchtą oraz wyjątkowym dwupoziomowym prezbiterium. Wieża mogła pełnić również funkcje obronne. Z pierwszego kościoła klasztornego zachowały się do dnia dzisiejszego jedynie fundamenty, chociaż również obecny kościół powtarza w dużej mierze plan pierwotnej świątyni. Zmiany dotyczyły głównie dekoracji zewnętrznej – w XVIII wieku gotyckie okna i blendy przerobiono na styl barokowy, zaś wieżę zastąpiły dwie niższe konstrukcje zwieńczone hełmami. Ponadto w 1913 przed główną linią fasady wybudowano przedsionek w stylu neobarokowym. Kościół i klasztor przykrywają sklepienia gwiaździste i kryształowe, wykonane w czasie przebudowy w XV i XVI wieku.