Ludwik Stakebrand pochodził z wrocławskiej rodziny luterańskiej, której członkowie od paru pokoleń wykonywali zawód lekarski. Po naukach w szkole średniej we Wrocławiu zaczął studia medyczne w rodzinnym mieście, ale przerwał je w roku 1810 i przeniósł się do Warszawy, gdzie (prawdopodobnie od czasów pruskich 1795-1806) mieszkał jego stryj Friedrich Wilhelm Stakebrand (zm. 1835), również lekarz i wolnomularz. Ludwik Stakebrand uzyskał zatrudnienie jako felczer w jednym z pułków artylerii konnej Księstwa Warszawskiego i wziął udział w kampanii roku 1812. Pełnił swe obowiązki w bitwie nad Berezyną, odniósł wówczas rany i za odwagę i poświęcenie otrzymał złoty krzyż orderu Virtuti Militari. Walczył także w bitwie pod Lipskiem, gdzie dostał się do niewoli rosyjskiej. Po upadku Imperium napoleońskiego Stakebrand powrócił do Warszawy, gdzie w roku 1815 mianowano go lekarzem batalionowym w gwardyjskim pułku artylerii konnej. W roku 1816 podjął na nowo studia medyczne i uzyskał w kwietniu 1817 roku dyplom lekarza na Uniwersytecie w Jenie.