Durante la Crisis de Timor Oriental de 1999, la violencia en Timor Oriental se recrudeció y la presión interna llevó a la Misión de las Naciones Unidas en Timor Oriental (UNAMET) a trabajar a marchas forzadas hasta el 30 de agosto de 1999; día en que la referéndum para la independencia se llevó a cabo. Para la realización de la referéndum, la ONU solicitó apoyo del Instituto Federal Electoral de México en materia electoral. En esa ocasión el Instituto Federal Electoral brindó asistencia técnica a Timor Oriental en dos áreas específicas, en la creación de un registro electoral y en la logística para las elecciones. El apoyo dio inicio el 2 de junio y terminó el 30 de agosto del mismo año.