Nannini nousi tallinsa ykköskuljettajaksi kaudeksi , kun Boutsen siirtyi Williamsille. Nannini sai rinnalleen brittiläisen Johnny Herbertin. Pistetilin Nannini avasi heti kauden avauksessa Brasiliassa sijoituttuaan kuudenneksi. Tosin Herbert oli F1-debyytissään neljäs. Seuraavaksi ajetussa San Marinon GP:ssa Nannini oli kolmannen kerran urallaan palkintokorokkeella kolmantena. Kuitenkin hän jäi tallikaverinsa suoritusten varjoon. Kauden neljännessä kilpailussa Meksikossa Nannini jäi juuri palkintosijojen ulkopuolelle ollen neljäs. Kilpailu sujui hyvin italialaisittain, kun Nanninin lisäksi neljä italialaiskuljettajaa oli kymmenen parhaan joukossa. Yhdysvaltain GP:n aika-ajoista Nannini saavutti uransa parhaaksi aika-ajosijoitukseksi jääneen kolmannen lähtöruudun. Kilpailua edeltäneissä lämmittelyajoissa sattuneen kolarin seurauksena hän keskeytti kilpailun kymmenen kierroksen jälkeen. Kanadassa Nannini hylättiin, koska hän ajoi lähtöhetkellä varikolta ulospäin punaisia valoja. Hän oli tullut varikolle vaihtamaan kuivan kelin renkaat juuri ennen lähtöä Nigel Mansellin tavoin. Myös Mansell hylättiin samasta syystä. Ranskan GP:ssa Nannini oli vahvasti kiinni toisessa sijassa, mutta jousituksen pettäminen päätti kilpailun keskeytykseen. Britanniassa hän nousi jälleen palkintokorokkeelle kolmantena. Japanin GP:sta Nannini saavutti uransa ainoaksi jääneen voiton. Hän ajoi kilpailussa kolmantena, kunnes edellä ajaneet Prost ja Senna kolaroivat. Senna pääsi jatkamaan matkaa, mutta hänet hylättiin auton käyntiin työntämisen takia, ja näin Nannini nousi kilpailun voittajaksi. Kauden viimeisessä kilpailussa Australiassa Nannini oli vielä toinen.