Framtredende borgere fra Ithaka deltok i den hemmelige greske motstandsbevegelsen Filiki Etairia som var medvirkende i å begynne den greske revolusjonen og uavhengighetskrigen i 1821 mot den osmanske undertrykkelsen, og greske soldater søkte tilflukt på øya. I tillegg deltok øya i beleiringen av Messologi, og i sjøslagene med osmanske skip i Svartehavet.