Miguel de Oquendo pochodził z drobnej szlachty, w wieku 15 lat wstąpił do marynarki i w miarę zbierania doświadczenia pokonywał kolejne szczeble kariery. W 1575 roku, już jako doświadczony żeglarz, brał udział w kampanii przeciwko Oranowi. W 1577 roku został mianowany kapitanem hiszpańskiej marynarki wojennej. W 1580 roku uczestniczył w zajęciu Portugalii przez wojska Filipa II, a w latach 1582-83 w kampanii na Azorach, gdzie był dowódcą eskadry z Gipuzkoi w zwycięskiej bitwie morskiej pod Ponta Delgada przeciwko francuskiej flocie wspierającej portugalskiego pretendenta do tronu. W uznaniu zasług w 1584 roku został przyjęty do zakonu rycerskiego Santiago.