Virginian niemimaalla käytyjen taistelujen aikana 1862 Hill ylennettiin jälleen hänen kunnostauduttuaan Williamsburgin taistelussa. Hänestä tuli kenraalimajuri ja yksi Leen luottoupseereista. Hillin kevyt divisioona, joka oli yksi etelävaltioiden armeijan suurimpia, kunnostautui Seven Daysin, Cedar Mountainin, toisen Bull Runin, Antietamin ja vielä Fredericksburgin taisteluissa. Hänen divisioonansa oli osa Stonewall Jacksonin armeijakuntaa. Sen jälkeen kun Jackson haavoittui kuolettavasti Chancellorsvillessä toukokuussa 1863, Hill otti armeijakunnan komennon ja haavoittui itsekin.