Magallanes spielte für die uruguayische U-17 und nahm an der U-17-Südamerikameisterschaft teil. Am 20. September 1995 debütierte Magallanes bei der 1:3-Niederlage im Freundschaftsländerspiel gegen Israel in der uruguayischen A-Nationalmannschaft. Sein letztes von insgesamt 26 Länderspielen absolvierte er am 6. Juni 2002. Er erzielte sechs Tore für die "Celeste". Er nahm an der Copa América in Paraguay teil. Magallanes spielte auch bei der Fußball-Weltmeisterschaft 2002 in Japan und Südkorea mit.