Сан-Педро-де-Макорис был основан в конце XIX века бежавшими сюда кубинцами от происходившей на их родине Войны за независимость. Их знания и умения в области возделывания и переработки сахарного тростника способствовали дальнейшему бурному росту сахарной промышленности на территории Сан-Педро-де-Макориса. Город достиг пика своего расцвета в первой четверти XX века, когда из-за Первой мировой войны цены на сахар значительно выросли на международном рынке. Множество европейцев поселялось в городе, делая его центр космополитическим. Авиакомпания Pan American осуществляло регулярные рейсы города с помощью гидросамолётов, в это время порт Сан-Педро-де-Макориса проявлял большую коммерческую активность нежели столичный порт Санто-Доминго.