Артаферн сноси део кривице због неуспеха у походу на Наксос. Бивши властодршци Наксоса обратили су се тирану Милета Аристагори тражећи начин како да се врате на Наксос. Аристагора је то сматрао добром приликом да учврсти своју позицију у Милету, па се обратио Артаферну и предложио му је да заједно освоје Наксос. Објаснио је Артаферну да се освајањем Наксоса персијска власт може проширити и на остала Кикладска острва, која признају врховну власт Накса. Осим тога Еубеја је била следећи могући циљ након освајања Киклада. Рекао му је и да код њега већ има довољно новца за почетак похода. Артаферн је након тога тражио и добио одобрење Дарија Великога за тај поход, па је опремио 200 тровесларки (трирема). За врховног команданта војске именован је Мегабат. У Милету Мегабату се придружио Аристагора са својим Јонцима и избеглицама са Накса. Кренули су 499. п. н. е. према Наксосу. На путу према Наксу Мегабат и Аристагора су се посвађали, а тај поход се неуспешно окончао.