בשנת 1995 חזר שטרונץ לבאיירן מינכן, והחל לקצור הצלחות ותארים. כבר בעונתו הראשונה זכה בגביע אופ"א בשנת 1996, לאחר ניצחון כפול בגמר על בורדו. שטרונץ שיחק חמש עונות בקדנציה השנייה בבאיירן מינכן, בהן לבד מגביע אופ"א, זכה בארבע אליפויות, שני גביעים מקומיים וארבעה גביעי הליגה הגרמנית, והיה חלק מהקבוצה שהגיעה לגמר ליגת האלופות 1999 והפסידה למנצ'סטר יונייטד משני שערים בתוספת הזמן, אך לא שיחק בגמר. בשתי עונותיו האחרונות בקבוצה מיעט לשחק עקב פציעות טורדניות, ונאלץ לפרוש בסוף שנת 2000, בגיל 32.