Ces plans sont découverts après l’échec de l’attentat du 20 juillet 1944 et Thomas est arrêté le et déporté à Flossenbürg puis à Dachau. En , le convoi de 130 déportés importants à destination du Tyrol dont il fait partie est laissé derrière eux par les SS en fuite et Thomas est capturé par les troupes américaines le 5. Il meurt en détention le .