Осенью 1938 назначен командиром 10-й моторизованной кавалерийской бригады (первого польского моторизованного подразделения), которой командовал во время сентябрьской кампании 1939. В составе армии «Краков» принял участие в бою под Йорданувом — его бригада 2 сентября остановила наступление 2-й немецкой танковой дивизии, уничтожив около 50 танков противника. Затем бригада в составе оперативной группы «Борута» успешно прикрывала отступление армии, ведя активную оборону и умело используя рельеф местности, наносила существенные потери XVII корпусу немецкой армии, сдерживая развитие блицкрига. Позднее вошла в состав армии «Малопольска». 9 сентября под сильнейшим натиском немцев бригада отступила из Лонцута, в середине сентября участвовала в боевых действиях под Львовом. В условиях успехов немецких войск и вхождения на польскую территорию Красной армии увел бригаду в Венгрию. Мачек пользовался любовью подчинённых, которые прозвали его Баца (так польские горцы называют своих предводителей).