We wrześniu 1920 roku do Buchary weszła Armia Czerwona pod wodzą Michaiła Frunzego, a Muhammed zbiegł do Afganistanu. Organizował walkę przeciwko bolszewikom, ale w 1921 został pokonany. Wspierał partyzantkę basmaczy i tureckiego generała İsmaila Envera (Envera Paszy). Zmarł na wygnaniu w 1944 roku.