1598年（宣祖31年）、稷山の戦いで日本軍を撃退したと評価した李氏朝鮮は、明軍の経理楊鎬の功績を本国へ知らせる陳奏辨誣使を派遣しようとした。しかし、同じ明の主事の丁応泰が楊鎬の不正を讒訴する事件が起きており、臨機応変を要求される使者の人選に領議政柳成龍をあてる案が浮上した。しかし、これは李氏朝鮮内の派閥抗争であり、北人派である前領議政の李山海らが敵対派閥を国政から排除するため陰謀であった。この事態に李元翼は自らを使者とすることを申し出て、柳成龍の排撃を防いだ。1600年に左議政と都体察使に任じられ、1604年（宣祖37年）に扈聖功臣二等に列せられ完平府院君となる。一方門下生である許穆に孫娘を与えた。また壬辰倭乱の頃から、李舜臣を評価し、李舜臣が柳成龍を批判する際にも、唯一支持した。