Ve funkci viceprezidenta přijel na návštěvu Česka 22. října 2009. Setkal se s prezidentem Václavem Klausem a premiérem Janem Fischerem. Návštěva se uskutečnila měsíc po oznámení americké vlády, že odstoupila od záměru umístit vojenský radar v Brdech. Biden a Fischer po společném jednání oznámili, že Česko se bude podílet na nové koncepci americké protiraketové obrany v Evropě. Bývalý premiér Mirek Topolánek s Bidenem jednal o české účasti ve válce v Afghánistánu a o česko-amerických smlouvách ve vědě a výzkumu.