Au début du , une forte résistance se met en place en Serbie. Un premier soulèvement serbe de 1804 à 1813 est écrasé, mais une seconde révolte de 1815 à 1817 aboutit à l'autonomie du pays ; Miloš Obrenović, le chef de la seconde insurrection, devient le souverain de la Principauté de Serbie. Cette autonomie est suivie par l'indépendance du pays en 1878, reconnue en même temps que celle Monténégro, par le Congrès de Berlin, à l'issue de la guerre russo-turque de 1877-1878 ; par voie de conséquence, le nord-est des Alpes dinariques redevient serbe mais la chaîne du Zlatar, au sud-est, reste officiellement ottomane au sein du Sandjak de Novi Pazar et ne redevient serbe qu'à l'issue des guerres des Balkans (1912-1913). Parallèlement, l'Autriche-Hongrie occupe la Bosnie en 1878. À cette date, environ la moitié de la population est musulmane ; l'autre moitié se partage entre les catholiques, proches des Croates, et les orthodoxes, favorables au rattachement à la Serbie. L'annexion officielle de cette région des Alpes dinariques en 1908 intensifie les tensions entre l'Autriche et la Serbie et pousse certains Serbes de Bosnie au terrorisme, comme lors de l'assassinat, à Sarajevo, le , de l'archiduc François-Ferdinand d'Autriche, à l'origine du déclenchement de la Première Guerre mondiale. Après des années de révoltes durement réprimées, la partie albanaise du massif voit le départ des Ottomans, l'Albanie devenant à son tour indépendante en novembre 1912, après les défaites de la Sublime Porte dans les guerres balkaniques.