Do połowy następnego roku przechodził planowy remont, 15 listopada 1943 roku natomiast samoloty torpedowe okrętu przeprowadziły pierwszy na świecie skuteczny nocny lotniczy atak torpedowy. W lutym 1944 roku „Enterprise” wziął udział w operacji Hailstone dokonując rajdu na największą japońską bazę morską poza samą Japonią w Truk. W czerwcu tego roku uczestniczył w bitwie na Morzu Filipińskim i związanym z nią „wielkim strzelaniu do indyków nad Marianami”. „Enterprise” kontynuował następnie działania aż do 14 maja 1945 roku, kiedy trzeci już kolejny atak kamikaze na okręt powiódł się, i okręt musiał udać się do Stanów Zjednoczonych na poważny remont, co zakończyło działania bojowe okrętu w wojnie.