En 1917-18, la estructura resistió muy bien los terremotos que desolaron el resto de la ciudad; la iglesia únicamente perdió uno de sus campanarios, mientras que en su interior solamente se dañaron unas cuantas pinturas coloniales. Sin embargo, en 1926 el gobierno del general José María Orellana anunció el proyecto de demolición del viejo Templo del Calvario, ya que esto serviría para prolongar la Calle Real hacia el Cantón Tívoli. Los reclamos y solicitudes de los feligresos consiguieron que la demolición no se realizara de inmediato, y que el gobierno de Orellana se comprometiera a que previamente se construiría un nuevo templo a pocos metros del antiguo.