17 Mayıs 2013 tarihinde, Real Madrid'e karşı oynanan ve 2-1 galibiyetle sonuçlanan Copa del Rey Finali'nde 110 dakika forma giydi. Atlético Madrid uzatmalarda bulduğu golle kupayı kazandı. Arda böylece, takımıyla bu sezonki ikinci kupasını kazanırken, kariyerinde ilk defa Copa del Rey şampiyonluğuna ulaştı. 19 Eylül 2013 tarihinde Atlético ile olan sözleşmesini 2017 yılına kadar uzattı. Yeni sözleşmesiyle beraber yıllık maaşını yaklaşık €1.000.000 artırırken, serbest kalma ücreti Atlético tarafından €41.000.000 olarak belirlendi. Böylelikle Turan'ın değeri 3 yılda yaklaşık 3,5 kat artmış oldu. 1 Haziran 2013 tarihinde, Real Betis ile oynanan ve 3-1 galibiyetle sonuçlanan lig maçında takımını 1-0 öne geçiren golü attı. Bu gol bu sezon attığı son resmî gol oldu.