בשנת 1999 נבחר בראש מפלגת "התלכדות הרפובליקנים", אך לא הורשה להתייצב בבחירות לנשיאות בשנים 1995 ו-2000 בגלל טענות כי מוצא חלק ממשפחתו הוא כביכול מבורקינה פאסו. בשנת 2010 הוא נבחר בבחירות שהיו אמורות להוביל לסיום מלחמת האזרחים, אך הנשיא לוראן גבאגבו סירב לעזוב את השלטון. ואטארה נכנס לתפקיד רק ב-21 במאי 2011, אחרי שגבאגבו נעצר בידי כוחות צרפתיים שהתערבו במשבר במדינה כדי לבלום את האלימות שהתחדשה עד לכדי מלחמת אזרחים נוספת. אלאסן ואטארה משתייך לקבוצה האתנית באולה.