Schon vor der Ankunft der Spanier war der Großraum von Lima das am dichtesten besiedelte Gebiet der peruanischen Küste. Am 18. Januar 1535 wurde Lima von dem spanischen Eroberer Francisco Pizarro unter dem Namen "Ciudad de los Reyes" (Stadt der [Heiligen Drei] Könige) auf einer Eingeborenensiedlung am Südufer des Flusses Rímac gegründet. Für Pizarro waren strategische Überlegungen entscheidend, als er sich für das fruchtbare Tal des Río Rímac entschied. So befand er sich für den Notfall in der Nähe seiner Schiffe und hatte dennoch einen guten Ausgangspunkt, um relativ schnell in die Zentralanden zu gelangen. Als Manco Cápac im Mai 1535 seinen landesweiten Aufstand gegen die Spanier begann, wurde Lima von seinen Truppen erfolglos angegriffen und belagert.