Islaminuskoiset arabit valtasivat Palestiinan vuonna 637. Jeesus on merkittävä hahmo myös Koraanissa, mutta tästä huolimatta Nasaretin merkitys varhaisella muslimikaudella oli vain vähäinen. Kaupungissa oli edelleen joitakin pyhiinvaelluskohteita, mutta se oli jäänyt selvästi Jerusalemin varjoon. Ristiretkeläiset valtasivat alueen vuonna 1098 ja he korjauttivat rapistumaan päässeen Marian ilmestyksen kirkon. Kreikkalaisortodoksinen kirkko perusti puolestaan Pyhän Gabrielin kirkon. Saladin pakotti ristiretkeläiset hylkäämään kaupungin Hattinin taistelun aikaan 4. heinäkuuta 1187. Fredrik II sai neuvoteltua pyhiinvaeltajille kapean reitin Nasaretiin Akkosta, ja vuonna 1251 siellä vieraili Ranskan kuningas Ludvig IX vaimoineen. Vuonna 1263 mamelukkisulttaani Baibars ajoi ristiretkeläiset Palestiinasta ja hävitti Nasaretin kristityt rakennukset. 1300-luvulla fransiskaanien joukon sallittiin asettua Marian ilmestyksen kirkon raunioiden lähettyville, mutta heidät karkotettiin vuonna 1548. Vuonna 1620 Osmanien valtakuntaan kuulunutta aluetta hallinnut druusiemiiri Fakhr ad-Din salli fransiskaanien rakennuttaa paikalle pienen kirkon ja he alkoivat järjestää retkiä pyhiinvaeltajille lähistön pyhille paikoille. Vuonna 1730 Dhahir al-Umar salli heidän rakennuttaa suuremman kirkon, joka oli pystyssä aina vuoteen 1955, kunnes se purettiin nykyisen tieltä. Napoléon Bonaparten joukot miehittivät Nasaretia jonkin aikaa vuonna 1799 ja myöhemmin alueen valtasivat Egyptin Ibrahim paššan joukot. Ibrahim avasi alueen eurooppalaisille lähetyssaarnaajille ja kauppiaille, joiden asema säilyi vaikka osmanit kukistivatkin Ibrahimin hieman myöhemmin. 1800-luvun lopulla Nasaretin väestön valtaosan muodostivat arabikristityt ja siellä oli myös kasvava eurooppalainen yhteisö.