Il est en Italie à tous les combats où commandent Bonaparte et Augereau. Il est blessé en entraînant ses hommes sur le pont d'Arcole. Après la paix de Campo-Formio, il commande la militaire de Marseille et y fait cesser les désordres causés par la réaction thermidorienne. Il rend les mêmes services à Avignon. Nommé général de division, Bon part pour l'Égypte et se distingue à la prise d'Alexandrie, puis détermine la prise du Caire par l'attaque d'un poste important et contribue au triomphe inespéré de la bataille du Mont-Thabor en tournant l'ennemi attaqué de front par Kléber. Il se distingue également à la prise d'El-Arich, enlève Gaza, force Jaffa et est présent sous les murs de Saint-Jean-d'Acre. Le , il se trouve à la tête de ses grenadiers, au pied de la brèche, dans le dernier assaut livré au corps de la place, lorsqu'il reçoit une blessure mortelle qui l'enlève à sa division.