Doch am 7. Dezember begann Indonesien mit der offenen Invasion. Truppen landeten in der Hauptstadt Dili und die FRETILIN begann mit dem Guerillakrieg gegen die Besatzer. 1976 annektierte Indonesien Osttimor völkerrechtswidrig. Erst nach 24 Jahren Krieg wurde unter Aufsicht der Vereinten Nationen ein Referendum durchgeführt, in dem sich die Mehrheit der Bevölkerung gegen eine Autonomie innerhalb Indonesiens und für die Unabhängigkeit Osttimors aussprach. Nochmal kam es zu einer Gewaltwelle durch indonesische Sicherheitskräfte und pro-indonesische Milizen. Die internationale Eingreiftruppe INTERFET unter australischer Führung sorgte wieder für Ruhe und Ordnung und Osttimor kam unter UN-Verwaltung, bis es am 20. Mai 2002 in die Unabhängigkeit entlassen wurde.