У вересні 1657 року, після смерті Хмельницького, на старшинській раді в Чигирині новим гетьманом було обрано генерального писаря Івана Виговського. Проти цього рішення виступили січовики, яких не запросили на раду, та полтавський полковник Мартин Пушкар, що очолив супротив сил, які не визнали нові порядки з реставрації шляхетсько-панського устрою. Разом із кошовим отаманом Яковом Барабашем, полковник підняв повстання на Лівобережній Україні й закликав на допомогу єдиного можливого союзника — Московське царство. Цар початково намагався замирити сторони, згодом надсилав військо, яке мало підтримати або гетьмана, у разі відсилу татар, або повсталих у разі невиконання цієї умови. За рік гетьману вдалося збройно придушити опозицію. Опісля відверто пропольської політики Виговського, зважаючи на подальшу відкриту підтримку антигетьманських сил московським урядом, він продовжив курс на вихід з царської протекції. 1658 року під Гадячем козацька рада разом із емісарами Речі Посполитої ухвалила подану гетьманом угоду про повернення України під владу короля. Гадяцький трактат спирався на ідею перетворення Речі Посполитої на союз Польщі, Литви і козацької Русі. У відповідь Московське царство вислало в Україну військо, яке, однак, було розбито Виговським та його союзниками 1659 року під Конотопом. Не зважаючи на перемогу, гетьман не зміг нею скористатися — Варшавський сейм урізав підписаний на переговорах текст Гадяцької угоди. Це викликало обурення усього козацтва та сприяло відновленню промосковських впливів на Лівобережжі. Паралельно з цим січовики під проводом Івана Сірка самовільно здійснили похід на союзницький Виговському Крим. У вересні 1659 року гетьмана було скинуто на чорній раді під Германівкою за те, що «"запродав Україну ляхам"». Виговський врятувався втечею, а замість нього у Білій Церкві було обрано новим гетьманом 18-річного Юрія Хмельницького, сина покійного Богдана.