Während des Sezessionskriegs diente Lynchburg als Versorgungsbasis für die konföderierten Truppen und fungierte dank der Virginia &amp; Tennessee Railroad als wichtiger Verschubbahnhof für Einheiten und Nachschub zwischen dem östlichen und dem westlichen Kriegsschauplatz. 1864 näherte sich eine Unionsarmee unter General David Hunter bis auf etwa eine Meile der Stadt, dieser Vorstoß konnte jedoch von dem konföderierten General Jubal Early am 18. Juni 1864 zurückgeschlagen werden, wobei dieser die Vorteile der Eisenbahn nutzte, um rechtzeitig Verstärkung aus der Nähe von Cold Harbor heranzuführen. Nahe Lynchburg liegt Appomattox Court House, Schauplatz der Schlacht von Appomattox und der Kapitulation der Südstaaten im Sezessionskrieg.