Après une onzième place en Coupe IBU, Weger fait ses débuts en Coupe du monde seniors à Oberhof (Allemagne). Il est neuvième avec le relais suisse. Il participe à sa première course individuelle deux jours plus tard avec une dans le sprint. Pendant la saison 2009-2010, il termine du sprint de Ruhpolding et marque ses premiers points en Coupe du monde. Lors des Jeux olympiques d'hiver de 2010, organisés à Vancouver (Canada), Benjamin Weger est de l'individuel, du sprint et du relais. Weger remporte la médaille d'argent du sprint aux championnats du monde juniors 2009 à Canmore (Canada). Il est également de la poursuite.