1874年、マッケンジーはレッド川戦争で戦い、テキサス州サンアンジェロにあった作戦本部のコンチョ砦からはるか北であったパロデュロ・キャニオンの戦いでインディアンの連合軍を壊走させた。1876年、ダルナイフの戦いでシャイアン族を打ち破り、ブラックヒルズ戦争を終わらせることに貢献した。このことで1881年にはニューメキシコ地区軍指揮官に指名された。1882年、准将に指名され、テキサス方面軍任務となった（1883年10月30日）。マッケンジーはテキサスの牧場を購入して婚約したが、異様な行動をとるようになった。オクラホマ州シル砦で荷馬車から落ちて頭部を負傷したことが原因であるとされている。マッケンジーは精神的不安定の兆候を示し、精神の進行麻痺で1884年3月24日に陸軍から除隊した。