En 2000, Nakanishi participe aux Jeux olympiques de Sydney où elle obtient une septième place lors de la finale du 200 m papillon. L'année suivante aux Mondiaux de Fukuoka, elle termine au pied du podium sur la même épreuve. Lors de l'édition suivante organisée deux années plus tard à Barcelone, elle grimpe sur la troisième du podium aux côtés de la Polonaise Otylia Jedrzejczak et de la Hongroise Éva Risztov.