カティプナンはホセ・リサールによって作られたラ・リガ・フィリピナ（フィリピン連盟）の主要メンバーたちの逮捕後に、その一員でもあったアンドレス・ボニファシオによって創設された。「ラ・リガ・フィリピナ」は知識階級が中心で非暴力改革を志向したが、スペイン官憲の徹底的な弾圧を受けた。ボニファシオはこのようなやり方では改革は達成できないと考え、武力闘争路線のもとでカビテ州、バタンガス州、ブラカン州、ヌエバ・エシハ州などのタガログ諸州にまで支部を拡大し、1896年にカティプナンによるフィリピン独立闘争（フィリピン独立革命）を開始した。