Stari mostista tuli Mostarin ja koko Bosnia-Hertsegovinan monikansallisuuden ja kansanosien rauhanomaisen rinnakkaiselon symboli. Pitkälti juuri symboliarvon vuoksi Bosnian kroaattiarmeija tuhosi sen Bosnian sodassa 9. marraskuuta 1993. Siltaa ammuttiin T-55-panssarivaunujen 100 mm tykillä noin kaksi kilometriä lounaaseen sijaitsevalta Humvuorelta käsin. Toista päivää jatkunut järjestelmällinen panssarivaunutulitus luhisti sillan noin kuudenkymmenen osuman jälkeen kello 10.16.