Nacido del contratista y productor de fruta Thomas Madigan y Mary Dixie (née Finey) una maestra, Cecil Madigan fue el mayor de 4 hermanos: dos varones y dos niñas. Fue criado por su madre ya que su padre murió en las minas de oro de Kalgoorlie, Australia Occidental, Asistió a la Universidad del Príncipe Alfred en Adelaida, a la Universidad de Adelaida, y a la Escuela de Minería e Industria de Australia Meridional. Ganó una beca Rhodes en 1911 para estudiar geología en la Universidad de Magdalen en Oxford, pero aplazó su nombramiento ya que fue invitado por Sir Douglas Mawson para ir a la Expedición Antártica Australasiana como meteorólogo]] En diciembre de 1911]] el partido dejó Hobart a bordo del SY Aurora. En enero de 1912 llegaron a Bahía de la Commonwealth en Tierra Adelia, en la Antártida, donde establecieron una colección de edificios conocidos posteriormente como Chozas de Mawson. Desde allí dirigió varias expediciones a regiones inexploradas de la Tierra Adelia y la Tierra del Rey George V. Estas expediciones reunieron información vital sobre la presencia de carbón en la Antártida. Fue galardonado con la Medalla Polar del Rey a su regreso. Madigan luego sirvió con los Ingenieros Reales en Francia durante la Primera Guerra Mundial. Participó en la Batalla de Loos donde fue herido, y en la Batalla del Somme.