После Революции гвоздик новое левое правительство Португалии отказалось от борьбы за колонии и предоставило им независимость — 10 сентября 1974 года Бисау стал столицей Республики Гвинея-Бисау. Постколониальный период истории города связан с типичными для Чёрной Африки проблемами — быстрый рост населения и хаотичная застройка на фоне стагнирующей экономики и деградирующей инфраструктуры. Большой ущерб Бисау нанесла гражданская война 1998-99 годов, от последствий которой город не оправился до сих пор.