Учасник німецько-радянської війни з червня 1941 року. Брав участь в обороні Одеси та Севастополя. На літаку МБР-2 здійснював повітряну розвідку ворожих кораблів у Чорному морі, бомбові удари по військових об'єктах супротивника, його живій силі і техніці. Під час нанесення бомбових ударів по позиціям ворога на Перекопській ділянці фронту С. П. Кручених здійснював по 2-3 бойових вильоти на ніч, беручи при цьому до 600 кг бомбового навантаження. На чолі своєї ескадрильї брав участь у розгромі 22-ї танкової дивізії німців на Керченському півострові, коли протягом двох днів було знищено до 60 танків супротивника.