После победы Сандинистской революции и прихода СФНО к власти Ленин Серна определился на службу в аппарат Борхе. Первоначально он был атташе никарагуанского посольства в Гондурасе, где, по некоторым сведениям, участвовал в убийствах оппозиционных политэмигрантов. Затем Серна возглавил сандинистскую спецслужбу "Генеральный директорат государственной безопасности" ("Dirección General de Seguridad del Estado", "DGSE"). Курировал подавление оппозиции, репрессии против политических противников СФНО и сопротивлявшихся коллективизации крестьян. Предполагается, что Серна имел отношение к ряду политических убийств, в том числе Хорхе Саласара. Руководил также ликвидацией свергнутого диктатора Анастасио Сомосы.