Хаджибегич дебютировал в сборной Югославии 13 октября 1982 года во встрече отборочного турнира чемпионата Европы 1984 года со сборной Норвегии. Участвовал в финальных турнирах ЧЕ-1984 и ЧМ-1990. На чемпионате мира 1990 года в матче 1/4 финала с командой Аргентины не сумел переиграть Серхио Гойкочеа в серии пенальти, и в результате «плави» выбыли из турнира.