במלחמת הבלקן הראשונה והשנייה כיהן מישיץ' כמפקד אוגדה ובהמשך כעוזרו של ראש המטה הכללי הסרבי פוטניק. מישיץ' זכה להערכה רבה בשל הערכות המצב האסטרטגיות שלו שהובילו להשגים צבאיים רבים. יש הזוקפים לזכותו את הניצחון המכריע בקרב ברגאלניצה במלחמת הבלקן השנייה. בסיום מלחמות הבלקן, אולץ שוב מישיץ' לפרוש מהשירות הצבאי.