Jednocześnie w drugiej połowie XVIII wieku w imperium pojawiła się nowa przyniesiona z Zachodu ideologia, która ostatecznie miała doprowadzić do jego rozpadu. Był to nacjonalizm, który najwcześniej objął prawosławnych mieszkańców Bałkan. W warunkach osmańskich początki nacjonalizmu były powiązane z kwestią tożsamości religijnej. Wiek XVII i pierwsza połowa XVIII to walka chrześcijańskich elit stolicy, czerpiących coraz większe korzyści z międzynarodowego handlu, o rozciągnięcie władzy nad swoimi współwyznawcami na prowincji. Ich zabiegi na sułtańskim dworze doprowadziły do powstania w połowie XVIII wieku systemu milletów, to jest scentralizowanych związków wyznaniowych obejmujących całe imperium. Początkowo status milletu (dosłownie „narodu”, „nacji”) miały jedynie Grecki Kościół Prawosławny i Apostolski Kościół Ormiański. W 1830 pod naciskiem Francji uznano za odrębny millet Kościół katolicki obrządku ormiańskiego, a w 1835 Żydów. Ostatecznie pod koniec istnienia imperium było dwanaście uznanych milletów. Centralizacja chrześcijańskich kościołów przeprowadzona z wykorzystaniem władzy sułtana spotkała się jednak z oporem wielu lokalnych wspólnot religijnych. Wiązało się to z kwestią języka liturgicznego. Do tej pory była ona rozstrzygana na poziomie lokalnym, jednak powstanie prawosławnego milletu z centrum w Konstantynopolu oznaczało hellenizację. Stojący za finansową i polityczną potęgą Cerkwi fanarioci uważali bowiem patriarchat za narzędzie w walce o przywrócenie kulturalnego i politycznego znaczenia Greków. W rezultacie około 1767 patriarchat zniósł względną autonomię kościołów serbskiego i bułgarskiego i nakazał im używanie języka greckiego oraz korzystanie z greckich księży. Rząd osmański okazał się niezdolny do dostrzeżenia tych zmian i w ten sposób za jego milczącym przyzwoleniem doszło do zniechęcenia wielu Słowian do patriarchatu. Ta przymusowa hellenizacja była jedną z przyczyn powstania Karadziordziewicia w Serbii.