Nach der preußischen Niederlage gegen Napoleons bei Jena und Auerstedt begann das letzte Kapitel des Klosters Berge. Im Jahr 1806 wurden auf Befehl des preußischen Gouvernements am 17. Oktober die Schule geräumt und der alte Baumbestand des sogenannten "Poetengangs" (300-jährige Ulmen und Eichen) aus strategischen Gründen abgeholzt. Die Festung Magdeburg kapitulierte dann jedoch kampflos vor dem französischen Heer. Unter Marschall Ney und dann im Königreich Westphalen wurde der Schulbetrieb zunächst wieder aufgenommen, aber die Schülerzahl nahm weiter ab. 1810 erließ die Regierung des Königreichs Westphalen ein Dekret, die Klosterschule zu schließen und ihre materielle Ausstattung der Universität Halle zugutekommen zu lassen. Die Klosterbibliothek und die Naturaliensammlung wurden der Universität direkt gegeben, die Schulbibliothek zugunsten eines Studienfonds versteigert.