Μετά τη Μάχη του Κοσσυφοπεδίου το 1389, και πριν την εισβολή των Τούρκων στον Ελλαδικό χώρο, υπήρξαν μεγάλες καταστροφές από τους Τούρκους με μαζικό κάψιμο σπιτιών και λεηλατήσεις περιουσιών. Κατά την διάρκεια της Τουρκοκρατίας η περιοχή ονομαζόταν "Επαρχία Καϊλαρίων" και η Πτολεμαΐδα, "Καϊλάρ". Η περιοχή έγινε γνωστή για τη συμβολή της στο Μακεδονικό Αγώνα και για τις ιστορικές μάχες στον Κόμανο και στον Περδίκκα κατά τους Βαλκανικούς πολέμους του 1912-13. Σημαντικές μορφές της πόλης κατά τη διάρκεια του Μακεδονικού Αγώνα ήταν ο Ιωάννης Κατεκανόπουλος, ο Γεώργιος Ρόμπολης και η Βενετία Μπαμπαγιάννη.