Kaarle I:n tappio Englannin sisällissodassa sinetöi lopulta Irlannin konfederaation kohtalon. Ormonde luovutti kesällä 1647 vallan Dublinissa parlamenttia tukeneelle armeijalle, jota komensi eversti Michael Jones. Jones voitti elokuussa 1647 Prestonin Dungan Hillin taistelussa ja löi myöhemmin konfederaation joukot myös Rathminesin taistelussa. Konfederaatio sai tammikuussa 1649 solmittua rauhan kuningas Kaarle I:n kanssa, mutta ilo oli lyhytaikainen, sillä vielä saman kuukauden aikana Englannin parlamentti tuomitsi kuninkaan kuolemaan ja hänet teloitettiin. Oliver Cromwell nousi maihin Irlannissa elokuussa 1649 ja kukisti konfederaation valloittaessaan koko saaren. Hän valtasi Kilkennyn maaliskuussa 1650.