El joc va provocar de nou controvèrsia al llarg d'un període de tiroteigs a escoles als Estats Units quan es va descobrir que Eric Harris i Dylan Klebold, que van cometre la massacre de Columbine en 1999, van ser àvids jugadors del joc. Si bé planificant la matança, Harris va dir que l'assassinat seria "com jugar al "Doom"", i "que serà com els disturbis de LA, l'atemptat d'Oklahoma, la II Guerra Mundial, el Vietnam, "Duke Nukem" i "Doom" tots barrejats", i que l'escopeta era "sortida del joc". Una remor difós després que Harry havia dissenyat un nivell de "Doom" que s'assemblava a l'escola de secundària, amb representacions dels companys i professors de Harris, i que ell practicava el seu paper en el tiroteig jugant el nivell una vegada i una altra. Encara que Harris va dissenyar nivells del "Doom", cap d'ells es basa en la Columbine High School.