Тренерскую карьеру Андреа начал в 2007 году. Сначала на клубном уровне в Модене, затем его пригласили тренировать сборную Словении. В 2015—2016 — наставник сборной Словении (второе место на Евро 2015, первая медаль в истории словенской команды). В 2017 году возглавил сборную Германии, сменив на данному посту бельгийского специалиста Витала Хейнена. С первой же попытки немецкая команда под руководством Джани выиграла серебряные награды европейского первенства, уступив в финале команде России (2:3).