Den första kyrkan på Själö flyttades dit år 1624 från S:t Görans hospital i Åbo. Under Stora ofreden (1700–1721) förföll kyrkan och revs sedan för att ge plats för en ny och större kyrka. Den nuvarande kyrkan byggdes år 1733 på samma plats där den föregående stått. Kyrkan är en omålad korsformad träkyrka. Sakristian ligger i den norra korsarmen och altaret är vänt mot öst. Den västra delen av långhuset avskiljs av ett skrank. Denna del av kyrkan var ämnad för ”dem som besvärats av smittosamma sjukdomar”, det vill säga de spetälska. Där fanns ett litet altare och en egen ingång som numera är stängd.