Hamáčková aloitti kansainvälisen kilpauransa vuonna 1999, jolloin hän hyppäsi seitsemänneksi Maebashin sisäratojen MM-kisoissa. Samana vuonna hän oli kolmas Euroopan cupissa ja kuudes Sevillan ulkoratojen MM-kisoissa tuloksella 440. Seuraavana vuonna hän karsiutui Sydneyn olympialaisissa, mutta voitti Lissabonin sisäratojen MM-kisoissa 2001 MM-kultaa kisaennätyksellä 456. Edmontonin ulkoratojen MM-kisoissa hän oli kahdeksas. Vuonna 2002 Hamáčková sijoittui kuudenneksi sisäratojen EM-kisoissa Wienissä. Seuraavana vuonna hän voitti maansa mestaruuden, mutta joutui kauden jälkeen 2. lokakuuta 2003 nilkkaleikkaukseen. Ateenan olympialaisissa 2004 hän oli yhdestoista. Samana vuonna hän voitti jälleen Tšekin mestaruuden.