Zwei Tage nach Beginn des Überfalls auf Polen marschierten Truppen der Wehrmacht am 3. September 1939, einem Sonntag, in Częstochowa ein. Die Stadt wurde Tschenstochau genannt und in das Generalgouvernement eingegliedert, während 60,4 % des bisherigen polnischen Powiats Częstochowski als Landkreis Blachstädt im neuen „Ostoberschlesien“ zugeordnet wurde. Schon am nächsten Tag, der als „Blutiger Montag“ in die Stadtgeschichte eingegangen ist, wurden etwa 150 Juden von den Deutschen erschossen. Am 9. April 1941 richtete die Besatzungsmacht das Jüdische Ghetto ein. Während des gesamten Zweiten Weltkriegs wurden etwa 45.000 jüdische Bürger und damit fast die gesamte jüdische Bevölkerung Częstochowas ermordet und die Synagoge zerstört (siehe Ernst Brückner und HASAG). Die Rote Armee eroberte im Zuge ihrer Weichsel-Oder-Operation die Stadt am 16. Januar 1945 und beendete damit die Zeit der deutschen Besatzung.