1989 begannen die Aufnahmen für das fünfte Studioalbum. Als Co-Produzent wurde Andy Wallace verpflichtet. "Seasons in the Abyss" wurde im Oktober 1990 von Rick Rubins neuer Plattenfirma Def American veröffentlicht. Das Album stieg auf Platz 44 in den US-amerikanischen Charts ein und wurde 1993 mit einer goldenen Schallplatte ausgezeichnet. Für das Titellied nahm die Band ihr erstes Musikvideo auf. Dafür flog die Band kurz vor dem zweiten Golfkrieg nach Ägypten zu den Pyramiden von Gizeh. Ein weiteres Video wurde für "War Ensemble" in London gedreht.