Am 20. September landeten in Dili die Internationalen Streitkräfte Osttimor (INTERFET), um wieder für Ruhe und Ordnung zu sorgen. Die Sicherheitskräfte Indonesiens zogen sich aus Osttimor zurück. Am selben Tag wurde Soares zum Chef einer Organisation, die sich am 5. Februar 2000 als Uni Timor Aswain (UNTAS) im westtimoresischen Kupang offiziell gründete. Die Organisation beansprucht weiterhin Osttimor als Teil Indonesiens und wurde zur politischen Basis der Milizionäre und war auch später im von der UN-Verwaltung eingesetzten National Council mit drei Sitzen vertreten. Soares wies beharrlich das Ergebnis des Referendums zurück. Öffentlich lehnte er aber die Gewalt der Milizen ab und bestritt Gewalttaten durch Milizen, die ihm unterstellt waren, beziehungsweise bestritt er die Existenz solcher Milizen. Die Verwaltung durch die Vereinten Nationen bezeichnete er als „Kolonialismus“ und die ausländischen, meist westlichen Truppen als „Albinos“.