През 1787 г. Али паша е награден от падишаха с управлението на Санджак Трикала, заради отличното му представяне във войната на султана срещу Свещената Римска империя. Това обаче не е достатъчно, за да задоволи амбициите на Али и през 1788 г. той мести седалището си в Янина, която се превръща в негова основна властова база за следващите 33 години. По подобен начин процедира и Осман Пазвантоглу във Видин, с който Али е земляк и прекрасно се познава от службата в еничарския корпус.