I slaget vid Leipzig 1813 blev Małachowski fången. Åren 1815–18 var han guvernör på fästningen Modlin. År 1830 anslöt han sig till polska upproret, fick för kort tid överbefälet i augusti 1831 och undertecknade kapitulationen i Warszawa natten till den 8 september, varigenom staden överlämnades åt ryssarna.