Auteuil festigte nach "Jean Florette" und "Manons Rache" seinen Ruf als Charakterdarsteller und übernahm immer wieder Rollen, die Gefühlsstörungen thematisierten, seien es psychische Probleme wie Teilnahmslosigkeit ("Einige Tage mit mir", 1988) oder die Unfähigkeit, zu lieben oder sich zu binden ("Ein Herz im Winter", 1992; "Meine liebste Jahreszeit", 1992). Als Filmschauspieler international bekannt wurde Auteuil 1994 durch seine Darstellung des protestantischen Königs Heinrich von Navarra in Patrice Chéreaus "Die Bartholomäusnacht". Für seine Darstellung des Karrieremenschen Harry im Film "Am achten Tag", der sich mit Georges, Heimbewohner mit Downsyndrom, anfreundet, wurde Auteuil bei den Filmfestspielen von Cannes mit dem Preis als Bester Darsteller ausgezeichnet. Seinen zweiten César als Bester Hauptdarsteller gewann er 2000 für seine Rolle des erfolglosen Messerwerfers Gabor in "Die Frau auf der Brücke", der in der selbstmordgefährdeten Adèle (Vanessa Paradis) eine Muse und unerreichbar scheinende Geliebte findet. "The Lost Son" aus dem Jahr 1999 und unter der Regie von Chris Menges wurde Auteils erster englischer Film, während er in "Ein Mann sieht rosa" als vermeintlich homosexueller Angestellter 2001 ins Komödienfach zurückkehrte. Dabei stand er nach "Jean Florette" und "Manons Rache" erneut mit Gérard Depardieu vor der Kamera.