Les championnats du monde en plein air constituent l'objectif principal de la saison 2003 d'Ezekiel Kemboi. Vainqueur des sélections nationales se déroulant à d'altitude, en , il s'incline néanmoins à plusieurs reprises lors des courses suivantes face à son compatriote Stephen Cherono, qui a récemment opté pour la nationalité qatarienne et a changé son nom en Saif Saeed Shaheen. Le 15 août 2003, il est devancé d'un centième de seconde par Shaheen au meeting du Weltklasse Zurich, mais réalise cependant un nouveau record personnel en . Les deux hommes se retrouvent fin août au Stade de France en finale des championnats du monde de Paris-Saint-Denis. Après un duel serré débuté à la mi-course, le Qatarien l'emporte au sprint final en , en devançant de moins d'une seconde Ezekiel Kemboi, médaillé d'argent en . L'Espagnol Eliseo Martin, troisième de l'épreuve, termine à plus de quatre secondes du vainqueur. Troisième de la finale mondiale de l'IAAF à Monaco, derrière Shaheen et Paul Kipsiele Koech, il conclut sa saison en disputant pour la première fois les Jeux africains. À Abuja, au Nigeria, il s'impose en .