V roce 2003 se Jan Pavel II. stal prominentním kritikem americké invaze do Iráku. Poslal svého „ministra míru“, kardinála Pia Laghiho na rozhovory s prezidentem Spojených států Georgem Bushem, aby vyjádřil svůj odpor vůči této válce. Jan Pavel II. řekl, že konflikt musí vést OSN. Chtěl vyřešit mezinárodní konflikt diplomatickou cestou. Tvrdil, že jednostranná agrese je zločin vůči míru a porušení mezinárodního práva.