1649年に和睦反対派が内部分裂で自滅すると改めて同盟と接触、1月17日に和睦条約が結び直された。30日にチャールズ1世が議会派に処刑されると再びアイルランドへ渡り王党派の軍を結集して議会派との戦いに向かったが、8月2日のラスマインズの戦いでマイケル・ジョーンズ率いる議会派に敗北し脱走兵が続出して弱体化してしまい、15日にオリバー・クロムウェル率いる本隊がアイルランドに到着、9月11日のドロヘダ攻城戦でアーサー・アーストン率いる別部隊を壊滅させられた。以後のアイルランド侵略も無力でなすすべも無く見守るだけに終始、1650年に観念してフランスへ亡命した。大陸で亡命中のチャールズ王太子（後のチャールズ2世）ら王党派と合流してからは外交面で活動、1656年にスペインと亡命政権の同盟を締結、1659年にフランスとの交渉も行ったが、交渉相手のフランス宰相マザランに拒否され、スペインとの同盟も復帰の役に立たなかった。