В 1944 году советские войска вступили в Югославию. В декабре 1944 года Шульгин был задержан, вывезен через Венгрию в Москву, где 31 января 1945 года был оформлен его арест как «активного члена белогвардейской организации „Русский Общевоинский Союз“», и после следствия по его делу, проходившего более двух лет, был приговорён по статьям 58-4, 58-6 часть 1, 58-8 и 58-11 УК РСФСР постановлением особого совещания при МГБ от 12 июля 1947 года к 25 годам заключения за «антисоветскую деятельность». На вопрос, заданный перед вынесением приговора, признаёт ли он себя виновным, Шульгин ответил: «На каждой странице моя подпись, значит, я как бы подтверждаю свои дела. Но вина ли это, или это надо назвать другим словом — это предоставьте судить моей совести». Приговор потряс Шульгина своей суровостью. Он вспоминал: «Этого я не ожидал. Максимум, на что я рассчитывал, — это на три года». Историк А. В. Репников объяснял вынесение именно такого приговора следующим обстоятельством: Указом Президиума Верховного Совета СССР от 26 мая 1947 года «Об отмене смертной казни» была провозглашена отмена смертной казни в мирное время. Этим же указом устанавливалось, что за преступления, наказуемые по действовавшим законам смертной казнью, вводилось наказание в виде заключения в исправительно-трудовом лагере сроком на 25 лет. Таким образом, как полагал Репников, престарелый Шульгин должен был быть приговорён к расстрелу, и его спасло только то, что в момент вынесения ему приговора смертная казнь в СССР была отменена. Шульгину повезло ещё больше, если учесть, что уже 12 января 1950 года смертная казнь в СССР была восстановлена для «изменников Родины, шпионов, подрывников-диверсантов».