ההיסטוריה של האוניברסיטה מתחילה באוניברסיטת אקס שנוסדה בשנת 1409 על ידי לואי השני מאנז'ו דוכס פרובאנס. האוניברסיטה הפסיקה לפעול בשנת 1793 וחזרה לפעול לאחר המהפכה הצרפתית בשנת 1806. בשנת 1896 האוניברסיטה נפתחה מחדש בשם אוניברסיטת אקס-מרסיי. לאחר אירועים מאי 1968 התפצלה האוניברסיטה לשתי אוניברסיטאות ובשנת 1973 לשלוש אוניברסיטאות. בשנת 2007 החל תהליך איחוד האוניברסיטאות, תהליך שהסתיים בתחילת שנת 2012.