Admirador del feixisme, Hernández Martínez va conduir un govern militar que va suprimir activament l'oposició. Va reprimir durament l'aixecament indígena conduït per Farabundo Martí a la ciutat d'Izalco el 1932, on l'exèrcit va massacrar milers de camperols sospitosos de col·laboració amb els comunistes. Les estimacions del nombre de víctimes van des dels 10.000 als 40.000. A aquesta massacre se la coneix com "La Matanza".