У 1593 році спалахнула Довга турецька війна, від якої серйозно потерпіли гуттерії. За цієї війни, в 1605 році, близько 240 гуттеріїв були викрадені османською турецькою армією та їх ногайськими спільниками та продані в османське рабство. Так продовжувалося до 1606 року. Перш ніж гуттерії відновилися після втрат почалася Тридцятирічна війна (1618–1648), що, незабаром, переросла у війну за релігію, коли в 1620 році, переважно протестантська Богемія та Моравія була окупована Габсбурзьким імператором Фердинандом II, католиком, який знищив і пограбував кілька поселень гуттеритів. У 1621 році з війною пішла бубонна чума, що вбила третину решти гуттеріїв.