Zijn divisie zag weinig actie tijdens de Slag bij Fredericksburg. Toen kwamen de eerste ressentimenten naar boven met Robert E. Lee. Na de dood van Stonewall Jackson diende Lee zijn legerleiding te reorganiseren. Hill werd hierbij niet tot korpsbevelhebber gepromoveerd. Hij was al gedetacheerd van Lees leger en naar zijn thuisstaat gestuurd om de rekrutering in goede banen te leiden. Tijdens de Gettysburgveldtocht had Hill de leiding over de Zuidelijke reservetroepen die Richmond bewaakten. Hij kon een halfslachtige aanval van de Noordelijken onder John Adams Dix en Erasmus Keyes in juni 1863 met gemak afslaan. In 1863 werd hij naar de gereorganiseerde Army of Tennessee gestuurd met een voorlopige promotie tot luitenant-generaal. Hij kreeg een korps toegewezen en Braxton Bragg was zijn superieur. Tijdens de bloedige Slag bij Chickamauga werden de zwaarste gevechten geleverd door Hills korps. Na de slag sloot Hill zich aan bij andere hoge officieren om Bragg aan te klagen die de overwinning niet uitgebuit had. President Jefferson Davis kwam persoonlijk de ruzie beslissen ten voordele van Bragg. Opnieuw werd de Army of Tennessee gereorganiseerd. Hill was zijn commando kwijt. Davis weigerde de promotie van Hill tot luitenant-generaal te ratificeren waardoor Hill opnieuw de rang van generaal-majoor kreeg. Hierna zou Hill niet meer deelnemen aan de grote slagen en veldtochten van de oorlog.