Der Erste Krieg der Barone von 1215 bis 1217, der auf die Nichtanerkennung der Magna Carta durch seinen Vater folgte, war ein prägendes Ereignis für den jungen Prinzen. Sein Vater starb plötzlich am 19. Oktober 1216 inmitten des Krieges mit den rebellischen Baronen und mit Frankreich. Neun Monate später, im Juli 1217, verließ seine Mutter, Königin Isabella ihre Kinder und kehrte in ihre Heimat Südfrankreich zurück, wo sie die Herrschaft in der Grafschaft Angoulême, dem Land ihres Vaters, übernahm. Im Frühjahr 1220 heiratete sie in zweiter Ehe den französischen Grafen Hugo X. von Lusignan von La Marche. Heinrich sah sie erst 1230 wieder.