In der folgenden Saison gab es nur sehr wenige Turniere, bei denen der amtierende Weltmeister nicht das Viertelfinale erreichte. Doherty gewann zwei Einladungsturniere und stand bei einem weiteren im Finale. Dieses verlorene Endspiel beim Irish Masters gegen Ronnie O’Sullivan gewann Doherty nachträglich doch noch, nachdem der aufstrebende O’Sullivan positiv auf Cannabis getestet worden war. Erneut kam es aber so, dass er bis zum Saisonende in Sheffield auf eine Finalteilnahme bei einem Ranglistenturnier warten mussten. Denn als erster Titelverteidiger seit Joe Johnson bei der Ausgabe 1987 erreichte er das Endspiel der Snookerweltmeisterschaft. Doch wie schon Johnson gelang es dem Iren nicht, den „Fluch des Crucible“ zu brechen: er verlor mit 12:18 gegen den Schotten John Higgins. Am Ende der Saison verschlechterte er sich leicht auf Rang 4.