W kwietniu 1938 roku Edmund Żarczyński stał się ofiarą czystek stalinowskich. Został oskarżony o szpiegostwo dla wywiadu polskiego. Po aresztowaniu przez NKWD trafił do więzienia w Kijowie. Po torturach zostały mu złamania, blizny i uszkodzony słuch. Został zwolniony w marcu 1940 r. po dwurocznym pobycie w więzieniu.