JJ Hanrahan retourne au Munster avec un contrat de deux ans à compter de la saison 2017-2018. Il fait son retour en compétition pour le Munster le , sortant du banc contre Cardiff Blues lors de la journée de la Pro14 2017-2018 et marquant deux essais lors de la victoire 39-16. Il transforme les 7 essais et est désigné homme du match lors de la victoire 49-6 du Munster contre les Dragons le . Le Munster finit de sa conférence puis échoue en demi-finale du Pro14 d'un point face au Leinster (16-15), futur vainqueur de la compétition ; en coupe d'Europe, le Munster est éliminté en demi-finale par le Racing 92 (27-22) après avoir sorti le RC Toulon en quarts (20-19).