1998 bis 2002 wurde das Geschwader von der "Abraham Lincoln" aus eingesetzt, so unter anderem 2002 im Rahmen der Operation Northern Watch im Nordpazifik. Im gleichen Jahr war das Geschwader bei den Operationen Enduring Freedom in Afghanistan und Iraqi Freedom im Irak eingesetzt. Zum Ende der Einsatzfahrt besuchte Präsident George H. W. Bush die "Abraham Lincoln". Es war das erste Mal, dass ein US-Präsident mit einem Trägerflugzeug (einer S-3B der Staffel VS-35) auf einem Flugzeugträger landete und nicht mit einem Hubschrauber.