W czerwcu 1940 roku „Amazone” znajdowała się w składzie 16. dywizjonu okrętów podwodnych w Breście, a jej dowódcą był nadal kpt. mar. Richard (okręt przechodził remont). 18 czerwca, wobec zbliżania się wojsk niemieckich do portu w Breście, „Amazone” ewakuowała się do Casablanki (razem z okrętami podwodnymi „Casabianca”, „Sfax”, „Persée”, „Poncelet”, „Ajax”, „Circé”, „Thétis”, „Calypso”, „Amphitrite”, „Antiope”, „La Sibylle”, „Orphée” i „Méduse”). 11 września „Amazone” i „La Sibylle” znajdowały się na patrolu nieopodal Casablanki, jednak nie nawiązały kontaktu z brytyjskimi okrętami przygotowującymi się do operacji Menace. W listopadzie 1940 roku jednostka stacjonowała w Casablance (wraz z okrętami podwodnymi „Sidi Ferruch”, „Méduse”, „Antiope”, „Amphitrite”, „Orphée”, „La Sibylle” i „Sfax”).