Chegado à Armada Portuguesa pouco após o golpe de estado de 28 de Maio de 1926 que impôs a Portugal o regime do Estado Novo, Manuel Guedes presencia em primeira mão a instalação do modelo fascista neste ramo das forças armadas, e as consequentes revoltas e perseguições aos dissidentes ocorridas naquele ano. Neste contexto, cria amizade com os marinheiros antifascistas e republicanos. Junta-se pouco depois às Juventudes Comunistas.