Im Februar 1813 wurde Mortier erneut Kommandant der Jungen Garde, mit der er an der Schlacht bei Großgörschen, der Schlacht bei Bautzen, der Schlacht bei Dresden, der Völkerschlacht bei Leipzig und der Schlacht bei Hanau teilnahm. Nach der Schlacht bei Hanau befehligte er erneut die Nachhut der Armee und wurde im Dezember Kommandant der Alten Garde. Es folgte der Feldzug in Frankreich mit den Schlachten bei Montmirail, Château-Thierry, Craonne, Laon und Fère-Champenoise, in der er zusammen mit Marschall Marmont von FM Fürst Schwarzenberg geschlagen wurde. Am 30. März 1814 verteidigte er mit dem Marschall Marmont Paris, stellte jedoch im April den Kampf ein und lief am 8. April zu König Ludwig XVIII. über. Dieser ernannte Mortier im Gegenzug am 1. Juni 1814 zum Chevalier des Saint-Louis-Ordens, erhob ihn am 4. Juni zum Pair von Frankreich und ernannte ihn am 21. Juni zum Befehlshaber des 14. Militär-Bezirks (Lille).