בקיץ 2005 הפתיע זידאן כאשר הודיע שהוא חוזר לנבחרת צרפת כדי לעזור לה במשחקי המוקדמות למונדיאל 2006. לאחר שמטרה זו הושגה, המשיך לשחק בשורותיה והכריז כי יפרוש סופית מכדורגל מקצועי לאחר המונדיאל. בתחילת המונדיאל הציגה הנבחרת הצרפתית יכולת בינונית. בשמינית הגמר מול נבחרת ספרד ניצחו הצרפתים 1–3 כשאת השער השלישי כבש זידאן. ברבע הגמר ניצחו הצרפתים את נבחרת ברזיל 0–1, וזידאן בישל את שער הניצחון לתיירי הנרי. בחצי הגמר מול פורטוגל כבש זידאן את שער הניצחון בבעיטת פנדל והעלה את צרפת לגמר מונדיאל 2006 מול נבחרת איטליה. קודם למשחק הגמר נבחר זידאן לשחקן המצטיין במונדיאל 2006 וזכה ב"פרס כדור הזהב". במשחק הגמר, שהיווה עבור זידאן משחק פרידה מהכדורגל המקצועי, כבש זידאן שער בבעיטת עונשין בדקה השביעית. אך לאחר מכן, בזמן ההארכה, הוא הורחק בכרטיס אדום מפורסם מאוד, לאחר שנגח במכוון בחזהו של מרקו מטראצי האיטלקי שהיה ללא כדור (לאחר שהאחרון ככל הנראה העליב את אחותו). איטליה ניצחה בגמר זה, בדו-קרב בעיטות עונשין בתום ההארכה; אחרי הגמר בחנו ראשי פיפ"א שנית את זכיותיו האישיות של זידאן בגלל תקרית הנגיחה, אך לא שינו את הבחירה לבסוף.