Σε ηλικία 29 ετών ο Κωνσταντίνος αναλαμβάνει τη διοίκηση του ελληνικού στρατού, πιεζόμενος από το Δηλιγιάννη. Παίρνει μέρος στον ελληνοτουρκικό πόλεμο του 1897. Η οδυνηρή ήττα της Ελλάδας και οι δυσβάστακτες οικονομικές συνέπειες του πολέμου ωθούν την κοινή γνώμη στο να κατηγορήσουν τον Κωνσταντίνο και τον πατέρα του, Γεώργιο, ως κύριους υπαίτιους της ήττας. Παρά το γεγονός πως ο Κωνσταντίνος φέρει πράγματι μερίδιο ευθύνης, δεν μπορεί να κατηγορηθεί εξ ολοκλήρου ως μόνος υπαίτιος. Ο πολυάριθμος τουρκικός στρατός, με γερμανική καθοδήγηση, αλλά και ο σαφέστατα υποδεέστερος σε εκπαίδευση, οργάνωση και εφόδια ελληνικός ήταν μακράν σημαντικότεροι παράγοντες που έκριναν την έκβαση της σύγκρουσης. Αξίζει να σημειωθεί πως ο Κωνσταντίνος δεν είχε ούτε καν στη διεξαγωγή των επιχειρήσεων τον πλήρη έλεγχο, εξαιτίας των συνεχών επεμβάσεων της κυβερνήσεως Δ. Ράλλη, αλλά και άλλων πολιτικών και στρατιωτικών παραγόντων. Μετά τον πόλεμο, ο Κωνσταντίνος συντάσσει μαζί με το επιτελείο του μία έκθεση περί της κατάστασης του στρατού τόσο πριν όσο και μετά τον πόλεμο, ενώ η κυβέρνηση Θεοτόκη του αναθέτει την αναδιοργάνωσή του.