Selon une histoire relatée par Nicétas Choniatès, la porte est murée par l'empereur Isaac II Ange en 1189 en raison d'une prophétie. Selon celle-ci, c'est de cette porte que l'empereur romain germanique Frédéric Barberousse entrerait dans la ville. La porte de Xylokerkos est rouverte en 1346 avant d'être fermée à nouveau lors du siège de 1453 pour être rouverte en 1886 seulement, ce qui explique son premier nom ottoman de "Kapalı Kapı" (la « Porte Close »).