Seit seiner Jugend spielte Lee in seiner Heimatstadt Pohang. Beim örtlichen Klub "Pohang Steelers" begann er auch seine Karriere als Profi 1998. Mit 19 Jahren gehörte er zum Kader der südkoreanischen Nationalmannschaft bei der Fußball-Weltmeisterschaft 1998 in Frankreich. Beim Weltturnier machte er jedoch nur einen einzigen Einsatz: Bei der Vorrundenniederlage gegen die Niederlande (0:5) wurde er in der 77. Minute beim Stand von 0:3 eingewechselt. Auch er konnte das Ausscheiden seines Landes in der Gruppenphase nicht verhindern. Doch Lee ließ sich von diesem Rückschlag nicht zurückwerfen und war schließlich auch bei der Asienmeisterschaft 2000 dabei. Nach starken Leistungen beim Turnier wurde unter anderem der Bundesligist Werder Bremen auf ihn aufmerksam, der ein Leihgeschäft mit Pohang arrangierte. Doch in dem Jahr, das er in Bremen spielte, konnte er (auch aufgrund von Verletzungen) nicht überzeugen und kehrte nach Pohang zurück.