Les empereurs paléologues utilisèrent l'aigle à deux têtes comme un symbole des membres supérieurs de la famille impériale. Il est alors principalement utilisé sur les vêtements et autres costumes, comme l'atteste Georges Kodinos dans son "Livre de Bureaux "au milieu du . Selon Kodinos, l'empereur portait des chaussures particulières ("tzangia") avec des aigles de perles sur les deux tibias et sur le cou-de-pied. Les despotes portaient des bottes similaires de blanc et de pourpre, et faisaient broder des aigles de perles sur leurs selles, tandis que les tapis de selle et les tentes étaient décorées avec des aigles rouges sur fond blanc. De manière similaire, le sébastokrator portait des bottes bleues avec des aigles brodés de fil d'or sur fond rouge, tandis que son tapis de selle était bleu avec quatre aigles brodés de rouge. La seule occasion notable durant laquelle l'aigle à deux têtes fut affichée sur un drapeau fut le voyage de l'empereur Jean VIII Paléologue au Concile de Florence, durant lequel l'aigle fut brodé sur le drapeau du navire de l'Empereur. Ce point fut noté par Sphrantzes et confirmé par sa représentation sur les portes de Filarète de la Basilique Saint-Pierre.