Debido a que estaban en desarrollo y todavía no partenecian ni a la FIFA ni a la CAF, Sudán del Sur no pudo participar de los procesos clasificatorios a la Copa Mundial de Fútbol de 2014, a la Copa Africana de Naciones 2013, ni al Campeonato Africano de Naciones de 2014. En la clasificación para la Copa Africana de Naciones 2015, Sudán del Sur, sorprendentemente, pasó a la segunda ronda al retirarse Eritrea pero en el primer partido de la segunda ronda, Sudán del Sur cayó con un contundente 5:0 de Mozambique, para intentar magiar el resultado y pasar a la tercera ronda, necesitaba ganar, pero en el segundo partido empataron 0:0 por lo cual Mozambique clasificó a la tercera ronda, pero Sudán del Sur, feliz por enfrentar a un equipo fuerte, al cual, Mozambique no logró clasificarse al enfrentarse con Zambia, Cabo Verde y con Níger con sólo 1 victoria, 3 empates y 2 derrotas, se colocó en el tercer lugar, por debajo de Zambia y por arriba de Níger. El 5 de septiembre de 2015 logró su primera victoria reconocida por la FIFA frente a por 1:0 con un gol de Atak Lual.