В разгар Гражданской войны в Боснии сборная матчей почти не проводила. Команда боснийских игроков под именем «Звёзды-благотворители Боснии и Герцеговины» проводила благотворительные матчи ООН в марте 1993 года против бельгийского «Генка» и немецкого «Кайзерслаутерна», капитаном в сборной был Блаж Слишкович. Спустя несколько месяцев сборная Боснии и Герцеговины провела первую официальную встречу против команды Ирана в Тегеране и одержала победу 3:1, однако этот матч ФИФА не был признан: первую официальную встречу под эгидой ФИФА Босния и Герцеговина провела только через два года.