Pozycja i popularność prezydenta stopniowo słabły z powodu jego nieudolności w tworzeniu azerskich sił zbrojnych, a w konsekwencji klęski ponoszonych w wojnie z Armenią o Górski Karabach. Po zbrodni dokonanej na azerskich cywilach w Xocalı w kraju doszło do politycznego kryzysu i zamieszek. Uliczne protesty na przełomie lutego i marca 1992 sprawiły, że 5 marca tego roku Mütəllibov ogłosił ustąpienie z urzędu, który tymczasowo objął Yaqub Məmmədov. Nie zrezygnował jednak z walki o władzę i 14 maja tego samego roku zdołał przekonać Radę Najwyższą do powtórnego ogłoszenia go prezydentem i rozpisania wcześniejszych wyborów. Odpowiedzią jego przeciwników politycznych z Ludowego Frontu Azerbejdżanu było zwołanie masowej manifestacji, która wymusiła na Radzie Najwyższe samorozwiązanie, a na byłym prezydencie – emigrację. Mütəllibov udał się do Rosji, skąd usiłował nadal wpływać na politykę azerską. W lipcu 2012 otrzymał możliwość powrotu do Azerbejdżanu. Zapowiedział jednak, iż nie będzie udzielał się w życiu publicznym.