Gairebé immediatament després del Tractat germano-soviètic d'amistat, cooperació i demarcació, els soviètics pressionaren els lituans perquè signessin el Tractat lituanosoviètic d'Assistència Mútua. Segons aquest tractat, Lituània guanyava aproximadament 6880 km² de territori a la Regió de Vílnius (incloent-hi Vílnius, la capital històrica de Lituània) a canvi de cinc bases militars soviètiques a Lituània (un total de 20.000 soldats). Els territoris que Lituània rebia de la Unió Soviètica eren els antics territoris de la Segona República Polonesa, discutida entre Polònia i Lituània des dels temps de la Guerra lituanopolonesa de 1920 i ocupada per la Unió Soviètica després de la Invasió soviètica de Polònia el setembre de 1939. El Tractat soviètic lituà es descrivia a "The New York Times" com a "sacrifici virtual d'independència." Pactes similars foren proposats a Letònia, Estònia, i Finlàndia. Finlàndia fou l'únic estat que rebutjà aquesta mena de tractat i això feu esclatar la Guerra d'Hivern. Aquesta guerra retardà l'ocupació de Lituània: els soviètics no interferiren en els afers domèstics de Lituània i els soldats russos es mantingueren a les seves bases. Mentre Guerra d'Hivern acabava en març i Alemanya efectuava ràpids avenços en la Batalla de França, els soviètics intensificaren la retòrica antilituana i acusaren els lituans de segrestar soldats soviètics des de les seves bases. Malgrat els intents lituans de negociar i resoldre els assumptes, la Unió Soviètica emeté un ultimàtum el 14 de juny, de 1940. Els lituans acceptaren l'ultimàtum i els militars soviètics prenien control de ciutats més importants abans de 15 de juny. L'endemà, ultimàtums idèntics foren emesos a Letònia i Estònia. Per legitimar l'ocupació, els soviètics planejaren eleccions a l'anomenat Seimas Popular, el qual proclamà llavors la República Socialista Soviètica de Lituània. Això permeté d'afrimar a la propaganda soviètica que Lituània s'unia voluntàriament a la Unió Soviètica.