Depuis l'indépendance des deux États, les sont marquées par des phases de tension, notamment à partir de 1982 où le soutien syrien à l'Iran pendant la guerre Iran-Irak entraîne la fermeture de la frontière et de l'oléoduc de Kirkouk à Baniyas. Les relations entre les deux pays s'améliorent entre 1997 et 2003 et les échanges syro-irakiens permettent à l'Irak de Saddam Hussein de contourner l'embargo international. Après l'invasion américaine de l'Irak en 2003, des groupes armés venus de Syrie traversent la frontière pour mener une guérilla contre les troupes américaines ; ces passages reprennent à partir de 2012 pendant la seconde guerre civile irakienne. Les déplacements de réfugiés et de commerçants sont continuels entre les deux pays, le visa n'étant pas nécessaire jusqu'en 2007. La guerre civile syrienne, à partir de 2011, entraîne une nouvelle fermeture des échanges.