Sự thất bại của Mutalibov trong việc xây dựng một đội quân hoàn chỉnh mà ông ta sợ rằng có thể không nằm trong tầm kiểm soát của mình đã dẫn đến sự sụp đổ của chính phủ. Vào ngày 6 tháng 5, thị trấn cuối cùng có người Azerbaijan ở Nagorno-Karabakh là Şuşa, thuộc quyền kiểm soát của Armenia. Vào ngày 14 tháng 5, Hội đồng tối cao của Azerbaijan xét xử vụ án về Thảm sát Khojaly, miễn trừ mọi trách nhiệm, hủy bỏ đơn từ chức trước đó và phục hồichức Tổng thống Azerbaijan cho Mütallibov, nhưng ngày hôm sau, ngày 15 tháng 5, các lực lượng vũ trang do Mặt trận nhân dân Azerbaijan lãnh đạo nắm quyền kiểm soát các văn phòng của Quốc hội Azerbaijan và Đài phát thanh nhà nước Azerbaijan và Đài Truyền hình qua đó hạ bệ Mütallibov, người rời đi Moscow; Hội đồng tối cao Azerbaijan bị giải tán để chuyển giao các nhiệm vụ cho Quốc hội Azerbaijan được thành lập bởi sự đại diện bình đẳng của Mặt trận nhân dân Azerbaijan và những người cộng sản trước đây. Hai ngày sau, trong khi lực lượng Armenia nắm quyền kiểm soát Lachin, Isa Gambar được bầu làm Chủ tịch mới của Quốc hội Azerbaijan và đảm nhận nhiệm vụ tạm thời của Tổng thống Azerbaijan cho đến khi cuộc bầu cử quốc gia diễn ra vào ngày 17 tháng 6 năm 1992.