Au , les dangers demeurent : les épidémies qui ont nécessité la construction du lazaret en 1657 et qui ont ravagé le port en 1664-1665 (peste). Après les ravages de l’hiver 1709 qui voit les oliviers geler en Provence, la peste frappe Toulon en 1720-1721, en même temps que Marseille. Sur les à , la ville en perd (dont deux consuls et plusieurs officiers des vaisseaux du roi). Au début de la guerre de Succession d'Autriche (1740-1748), Toulon accueille une escadre espagnole poursuivie par la "Navy". C’est devant Toulon que se livre le premier combat naval de la guerre, sous le cap Sicié, et qui libère la ville du blocus anglais (1744). En 1747, Toulon est menacée par les troupes des Impériaux et du roi de Sardaigne qui ont franchi les Alpes, mais l’envahisseur est finalement repoussé. L’année suivante, la suppression du corps des galères fait arriver à Toulon. En 1756, au début de la guerre de Sept Ans, La Galissonnière appareille de Toulon et s’empare de Minorque, offrant à la France l’une de ses rares victoires navales dans ce conflit. En 1759, La Clue-Sabran part de Toulon pour rejoindre l’escadre de Brest en vue de débarquer en Angleterre, mais il est défait à Lagos. Toulon joue une rôle secondaire pendant la guerre d'Amérique (1778-1783), mais c'est de son port que part, en 1778, la des « Insurgents. »