Durch den Zerfall der Sowjetunion wurde Aserbaidschan 1991 unabhängig. Einige Monate vor der Unabhängigkeitserklärung kam es in Baku zu einem Pogrom an dort lebenden Armeniern (siehe Pogrom in Baku), das eine Fluchtwelle nationaler Minderheiten auslöste. In den frühen 1990er Jahren wurde Baku zu einem intellektuellen Zentrum des islamischen Aktivismus. 1992 wurde die historische Freitagsmoschee in der Altstadt der schiitischen Gemeinde der Stadt übergeben, die diese restaurierte. Mit der finanziellen Unterstützung der kuwaitischen Organisation "Ihyāʾ at-Turāth al-Islāmī" wurde 1997 im Nərimanov-Distrikt die sunnitische Abu-Bakr-Moschee errichtet. Hier befindet sich seither die größte sunnitische Gemeinde in Baku.