В конце февраля 1904 года, ещё до прибытия, был назначен начальником штаба 3-й бригады Заамурского округа Отдельного корпуса пограничной стражи, стоявшей в глубоком тылу и вступавшей в стычки с китайскими разбойничьими отрядами хунхузов. В сентябре получил пост офицера для поручений в штабе 8-го корпуса Манчжурской армии. Затем возвратился в Харбин и оттуда уже в чине подполковника был направлен в Цинхечен в Восточный отряд и принял должность начальника штаба Забайкальской казачьей дивизии генерала Ренненкампфа. Первый боевой опыт получил во время Цинхеченского боя . Одна из сопок района боя вошла в военную историю под названием «Деникинской» за отбитое им штыками японское наступление. В декабре 1904 года участвовал в усиленных разведках. Его силы, дважды сбивая передовые части японцев, выходили к Цзянчану. Во главе самостоятельного отряда сбросил японцев с перевала Ванцелин. В феврале — марте 1905 года участвовал в Мукденском сражении. Незадолго до этого сражения, , был назначен начальником штаба Урало-Забайкальской дивизии генерала Мищенко, которая специализировалась на конных рейдах в тыл противника (См. Набег на Инкоу). Там проявил себя инициативным офицером, сработавшись с генералом Мищенко. Успешный рейд был осуществлён в мае 1905 года в ходе конного набега генерала Мищенко, в котором принимал активное участие Деникин. Сам он таким образом описывает результаты этого рейда: деятельность Деникина получила высокое признание у командования, и «за отличие в делах против японцев» он был произведён в полковники и награждён орденами Святого Станислава 3-й степени с мечами и бантами и Святой Анны 2-й степени с мечами.