Er war sofort konfrontiert mit der energischen Interessenvertretung der mehrheitlich protestantischen Stände gegenüber dem Statthalter. Die Probleme verschärften sich noch durch die hohen Abgaben und die Truppenaushebungen infolge des Langen Türkenkrieges. In den Jahren 1595 und 1597 kam es zu Aufständen der Bauern in Nieder- und Oberösterreich. Während die Bauern ihre Hoffnungen auf Verhandlungen mit dem Kaiser setzten, ging Matthias mit Söldnertruppen gewaltsam gegen die Aufständischen vor.