Née en 1818 ou en 1820 à Ioannina, elle est la fille du chef et héros de la révolution grecque, Márkos Bótzaris, membre de la notable famille souliote Bótzaris. Lorsque la révolution grecque éclate, Ekateríni se trouve à Ioannina. Elle et d'autres femmes sont capturées par les autorités et transférées dans une terre lointaine de l'Empire ottoman, à l'intérieur du territoire européen.