После Реформации Уотерфорд остался католическим городом. С 1641 года, после восстания, активно поддерживал, принимая беженцев, Ирландскую конфедерацию — независимое от англичан католическое государство с 1642 по 1649 год. В 1649 году город выдержал войск Оливера Кромвеля, но в 1650 году, ослабленный первым нападением, после сдался. Уотерфорд был последней крепостью католиков, противостоявших англичанам, на востоке Ирландии.