В сентябре 1939 года Перемышльскую епархию согласно пакта Молотова-Риббентропа разделила советско-немецкая демаркационная линия. Иосафат Коциловский проживал на территории, подконтрольной Красной армии. Советскими спецслужбами подозревался в нелояльности, за ним был установлен тайный надзор. После начала Великой Отечественной войны 22 июня 1941 года и гитлеровской оккупации территории Украины, его дважды вызывали на допрос в гестапо, где угрожали заключением в концлагере за выявленные случаи сокрытия евреев греко-католическим духовенством епархии. В 1943 провел мессу для добровольцев дивизии СС «Галичина».