Detenido el 15 de mayo de 1945 por fuerzas de EE. UU., fue puesto a disposición del Tribunal Militar Internacional y sería juzgado en Núremberg. En este sentido, las fotografías presentadas por el testigo español, y excombatiente republicano, Francisco Boix en Núremberg, mostraban a Kaltenbrunner visitando el campo de Mauthausen y resultaban una prueba de hasta qué punto había estado implicado directamente en algunos de los aspectos más siniestros de las políticas nazis. Por otro lado, muchos de los cargos y acusaciones formuladas en su contra lo eran por el legado de las anteriores gestiones del difunto Reinhard Heydrich. Y como Jefe de la Oficina Central de Seguridad del Reich ello implicaba que tuviera directo conocimiento o responsabilidad de otro gran número de crímenes e incidentes, como los siguientes: