Am 7. Dezember begann Indonesien mit der Operation Seroja die offene Invasion und die Besetzung des Landes. Auf dem Rückzug aus Dili kam es zu Massenhinrichtungen von Gefangenen aus dem Bürgerkrieg durch die FRETILIN. Zwar gab es keine offizielle Order der FRETILIN-Führung zur Tötung der Gefangenen, doch war es Konsens, dass sie die Beweglichkeit der FRETILIN behinderten, frei aber eine Bedrohung für den Widerstand gegen Indonesien darstellten. 1976 erklärte man die Eingliederung Osttimors in Indonesien. Durch die Besetzung und den Kämpfen mit der FALINTIL kamen bis zum Abzug Indonesiens 1999 geschätzte 183.000 von insgesamt 800.000 Einwohnern Osttimors ums Leben.