Chris Klein débute en sélection contre le Mexique le 25 octobre 2000. Il marque son premier but en sélection contre le Canada en 2003. Cette même année, il est sélectionné pour participer à la Coupe des confédérations où il joue un match de poule face au Brésil. Il cumule ainsi 22 sélections pour cinq buts et trois passes décisives entre 2000 et 2006.