У 1757—1758 роках брав активну участь у поході маратхів на північ Індії, де війська на чолі із Раґханатхом Рао зайняли Делі, землі до річки Сатлендж, а 1758 року захопили Лахор і практично весь Пенджаб. Такі дії маратхів призвели до конфлікту з афганцями Ахмед-шаха Абдалі. 1761 року звитяжно бився при Паніпаті, проте зумів не потрапити у полон, відступивши до Малави. В останні роки багато робив для захисту північних володінь Імперії Маратха. Проте після Паніпату Малхар Рао I фактично став незалежним. Помер в Алампурі (сучасний округ Бхінд, штат Мадх'я-Прадеш) 20 травня 1766 року.