Као намјесник Хидејошијевог сина, Токугава Ијејасу је искористио могућност да придобије политичку и војну подршку. Након избијања рата Токугава је поразио противничке кланове у бици код Секигахаре 1600. године. Од цара Го-Јозеија је добио је титулу шогуна 1603. и успоставио Токугава шогунат у Еду (данашњи Токио). Токугава шогунат је усвојио мјере међу којима су "буке шохато", као правилник понашања за контролу аутономних даимјоа; и 1639. године "сакоку" ("затворена земља"), изолационистичку политику која је трајала током два и по вијека слабог политичког јединства познатог као Едо период (1603—1868). Проучавање западњачких наука, познатих као рангаку, настављено је преко холандске енклаве у Деџими у Нагасакију. Такође, током Едо периода дошло је развоја "кокугакуа" (националне студије), јапанског проучавања Јапана.