Међутим, током Велике чистке 1937. године нашла се на списку потенцијалних „ државних непријатеља “ и ухапшена је под оптужбом да намерава да организује сељачки устанак против совјетске власти. 8. марта 1937. године, Војни колегијум Врховног суда СССР-а формално ју је осудио на 25 година затвора, док је била на издржавању казне. У септембру 1941. године, неколико месеци након почетка немачке инвазије, шеф НКВД-а предложио је ликвидацију тамошњих затвореника, што је одобрио Стаљин. Марија Спиридонова је тако постала жртва масакра у Медведеву. Пресуде на основу којих је затворена и погубљена поништене су, односно рехабилитоване 1988. и 1992. године.