En enero de 1938, Naumann volvió a unirse a las SS como Oberführer. En abril, se convirtió en asesor ministerial y primer asistente personal del ministerio de propaganda de Goebbels. En 1937, comenzó el servicio militar en el vigésimo regimiento antiaéreo en Breslau, y de marzo a mayo de 1939 continuó en el duodécimo regimiento antiaéreo en Berlín. Desde el estallido de la guerra hasta mediados de 1940, fue suboficial y comandante de defensa aérea en Berlín. En mayo de 1940 fue ascendido a teniente en la reserva. Desde abril de 1941, con el rango de Obersturmführer, junto a las Waffen-SS participó en hostilidades en los Balcanes y en la Invasión a la Unión Soviética