1999 में वे बाल बाल खोया क्योंकि दो देर गोल मैनचेस्टर यूनाइटेड को 2-1 करने के यूईएफए चैंपियंस लीग खो दिया। वे वालेंसिया को पराजित जब अंत में वे 2001 में अपने चौथे यूईएफए चैंपियंस लीग जीता। एक मौसम के बाद बेयर्न एक रिकार्ड अंतर से लीग प्रमुख, उनके चौथे डबल जीता। हाय, जो 1998 के बाद से कोच दूसरे विभाजन अलेमन्निअ आकिन द्वारा एक कप हार सहित, बेयर्न खराब प्रदर्शन के साथ, 2004 में इस्तीफा दे दिया था।