Буніа знаходиться в центрі Ітурійського конфлікту між місцевими нілотами ленду (FNI - Фронт націоналістів і інтеграціоністів) і банту Хема (UPC - Союз конголезьких патріотів). Під час Другої конголезької війни в місті неодноразово траплялися військові зіткнення між ополченням і силами Уганди, у результаті чого зазначалася велика кількість жертв серед цивільного населення Буніа. У місті була відкрита місія ООН з підтримки миру в Демократичній Республіці Конго (одна з найбільших штаб-квартир на північному сході ДРК). Як основна причина конфліктів у Буніа називають наявність в області багатьох золотих копалень.