Nella lunga e proficua militanza con la maglia rossoblù, la maggiore della sua carriera con sei stagioni, Signori ha disputato complessivamente 178 incontri e segnato 84 reti: 67 reti in serie A (più una nello spareggio contro l'Inter per l'accesso alla Coppa UEFA 1998-1999), risultando quarto assoluto tra i marcatori del Bologna nelle Coppe europee di tutti i tempi, con 14 reti. Sono solo 2, invece le reti messe a segno in Coppa Italia. Nel marzo 2004 Signori annunciò la volontà di voler lasciare il club al termine della stagione. Nella penultima partita della stagione 2003-2004, i tifosi gli regalarono una vasta coreografia e imponenti festeggiamenti. Dopo tredici stagioni in Serie A lasciò il calcio italiano, con 188 gol in 344 presenze nella massima serie.