Dans les années 1990, l’Algérie entre dans une guerre civile. Du fait de la crise économique et de la disparition de l'Union soviétique, l'acquisition de nouveaux matériels est ajournée. Le départ de près de 500 techniciens soviétiques présents avant 1990 rend difficile le maintien de la flotte opérationnelle. Cette période voit l'acquisition d'avions de transport stratégique Il-76, alors qu'une commande de 30 SA-330 Puma est annulée à la suite du crash des deux seuls appareils à avoir été livrés.