До участі у чемпіонату Європи 2000 року хорватам кваліфікуватися не вдалося, а останнім турніром у кар'єрі Шукера в збірній став чемпіонаті світу 2002, на якому він відіграв лише у першому матчі турніру проти збірної Мексики. Ця гра, яку хорвати програли з рахунком 0:1, і стала для Шукера останньою у збірній.