Ocupada pels turcs el 1420, la regió va romandre sota control otomà fins a finals del . Inicialment, fou organitzada com a una "udj" (província fronterera) inclosa en el sanjak de Silistra, part del Vilaiet de Rumèlia. Més tard, sota Murad II o Solimà I, el sanjak de Silistra i territoris veïns foren constituïts en un vilaiet separat. El 1555 es produí una revolta contra l'administració otomana dirigida per un tal Mustafà que sacsejà tota la regió, però que fou sufocada pel beilerbei de Rumèlia. Del 1603 al 1612, la regió va patir les incursions cosaques, qui van cremar Isaccea i saquejaren Constanţa. L'imperi Rus va ocupar Dobrudja molts vegades durant les successives guerres russoturques — el 1771–1774, 1790–1791, 1809–1810, 1829 i 1853. La invasió més violenta fou la de 1829, que va despoblar moltes viles i ciutats. El Tractat d'Adrianòpolis (1829) va cedir el delta del Danubi a l'Imperi Rus. Tanmateix, els tussos foren obligats a cedir-lo als otomans després de la Guerra de Crimea de 1856. El 1864 Dobrudja fou inclosa en el vilaiet de Tuna.