29 травня 2013 року дебютував в офіційних іграх у складі національної збірної Канади в товариському матчі проти збірної Коста-Рики. Через місяць Хонатан потрапив в заявку національної команди на Золотий кубок КОНКАКАФ 2013 року. На турнірі він зіграв у матчах проти збірних Мартиніки, Мексики та Панами.