1999'da Avustralya millî takımının başına getirildi. Takımla ilk maçına Sidney'de, Brezilya karşısında çıktı. Maçtan 2-0 mağlup ayrılsa da üç gün sonra Melbourne'de oynanan rövanş maçı 2-2'lik beraberlikle sonuçlandı. Avustralya, Farina yönetimiyle ilk galibiyetini ise Şubat 2000'de, Budapeşte'de Macaristan ile oynanan hazırlık maçında 3-0'lık skorla elde etti. Aynı yıl düzenlenen OFC Uluslar Kupası'na da katılan takım şampiyonluğa uzanarak 2001 FIFA Konfederasyonlar Kupası'na katılma hakkı elde etti.