Từ năm 1994, Kovalev – lúc đó là cố vấn nhân quyền của Boris Yeltsin – đã công khai chống đối việc can thiệp quân sự của Nga vào Chechenskaya, hợp tác với quân nổi dậy và thúc giục binh sĩ Nga từ bỏ (sự can thiệp này). Từ Grozny, ông đã đích thân chứng kiến và tường thuật các sự thật của Chiến tranh Chechnya lần thứ I. Các bài tường thuật hàng ngày của ông qua điện thoại và trên TV đã khích động dư luận công chúng Nga chống đối chiến tranh. Vì hoạt động chống đối, ông đã bị bãi nhiệm chức nghị sĩ ở Duma năm 1995.