Le 19 janvier 1944, la Gestapo arrêtait von Moltke, pour avoir prévenu une de ses relations de l'imminence de son arrestation. Freya fut autorisée à lui rendre visite et découvrit qu'il pouvait continuer à travailler et à recevoir des documents. Le 20 juillet 1944, il y eut une tentative d'assassinat d'Hitler, ce qui fut le prétexte utilisé par la Gestapo pour éliminer une série d'opposants présumés au régime. En janvier 1945, Helmuth von Moltke fut jugé, condamné et exécuté par un “tribunal du peuple” pour trahison.