Na Japonskem najdemo preko 90.000 vrst živali, med drugim rjavi medved, japonski makak, japonski rakunji pes in japonski orjaški močerad. Velika raznolikost je posledica podnebja in geografije otokov, ki so razdeljeni na devet ekoregij, vse od subtropskega vlažnega listnatega gozda na jugu do zmernega iglastega gozda na severu. Japonska ima vzpostavljeno omrežje narodnih parkov in 37 zaščitenih mokrišč Ramsar. Štirje naravni spomeniki (starodavni gozd Jakušima, polotok Širetoko, otočje Bonin in "gorovje in brezovi gozdovi Širakami Sanči") so vpisani v UNESCO-v seznam svetovne dediščine.