W sezonie 1999/2000 Zagórska i Siudek, już jako pretendenci do podium w każdych zawodach, w których brali udział, po raz pierwszy zdobyli medale zawodów z cyklu Grand Prix. Dwukrotnie wywalczyli brąz, na NHK Trophy 1999 oraz Trophée Lalique 1999. Ponadto zwyciężyli w Memoriale Ondreja Nepeli. Następnie po raz drugi z rzędu wywalczyli wicemistrzostwo Europy, tym razem ustępując jedynie rosyjskiej parze Marija Pietrowa / Aleksiej Tichonow. Pierwotnie zajmowali trzecią lokatę, ale srebro zostało im przyznane po dyskwalifikacji Jeleny Bierieżnej i Antona Sicharulidze, którzy zostali pozbawieni tytułu mistrzów Europy po wykryciu w organizmie Bierieżnej zakazanej pseudoefedryny. Na mistrzostwach świata zostali sklasyfikowani na 5. miejscu. Ponadto zajęli 18. miejsce w głosowaniu na najlepszego sportowca Polski w Plebiscycie Przeglądu Sportowego 2000.