Γεννήθηκε ανάμεσα στο 1465 και το 1480 στη Βενετία. Πατέρας του ήταν ο βυζαντινός στρατιωτικός Ματθαίος Σπανδουγίνος που εργαζόταν ως μισθοφόρος( stradioti) της Βενετίας και μητέρα του η Ευδοκία Καντακουζηνή από τον περιφανή οίκο των Καντακουζηνών κι ανιψιά της Άννας Νοταρά, που πριν την άλωση της Κωνσταντινούπολης κατέφυγε στην Ιταλία. Είχε τουλάχιστον δύο ακόμα αδέρφια, μια αδερφή κι ένα αδερφό που λεγόταν Αλέξανδρος. Ο πατέρας είχε τιμηθεί το 1454 από τον αυτοκράτορα Φρειδερίκο Γ με τιτλο ιππότη και μία έκταση στη Στερεά Ελλάδα (όταν απελευθερωνόταν από τους Οθωμανούς) κοντά στη Νάυπακτο, που περιλάμβανε το Λιδωρίκι Φωκίδας και το μικρό νησί Σπαντονήσι (σήμερα Τριζόνια). Το όνομα του νησιού μαρτυρεί πιθανότατα την καταγωγή του πατέρα του.