Alla fine di quel secolo l'edificio risultava in pessime condizioni subendo così interventi di consolidamento, lavori probabilmente approssimativi se, a quanto narra il Terni, la chiesa crollò nel 1511; alla riedificazione – cui si contribuì sia con spese pubbliche sia con i contributi dei parrocchiani - furono quasi certamente applicate forme rinascimentali prevedendo otto altari laterali (Vergine Maria, San Giovanni Battista, San Cristoforo, Santa Lucia, San Pantaleone, Sant'Apollonia e Santissimo Sacramento), tuttavia furono mantenute della chiesa precedente le tre absidi semicircolari romaniche. È in questo periodo che venne commissionata una pala a Vincenzo Civerchio, dono della famiglia Terni che era proprietaria dell'altare dedicato a San Giovanni Battista.