En 1939, bajo el mando del técnico inglés Jack Greenwell, la «U» logró el tercer título de su historia deportiva al sumar nueve triunfos, tres empates y solo dos derrotas, marcando treinta y dos goles, mientras que los rivales únicamente pudieron batir a su guardameta en catorce oportunidades. El campeonato de 1941 contó con la participación de ocho clubes y se disputó mediante dos rondas con encuentros de ida y vuelta. Sin embargo, en la decimosegunda fecha el torneo fue suspendido debido a la participación del seleccionado nacional en el Campeonato Sudamericano de aquel año. Una vez reanudado, Universitario de Deportes consiguió el título tras vencer en los dos últimos encuentros al Club Atlético Chalaco y Alianza Lima por 1:0 y 3:1 respectivamente.