בשנת 787 שוב התקיימה ועידה אקומנית בניקאה וזו נודעה כועידת ניקיאה השנייה. 300 שנה מאוחר יותר ושש שנים לאחר קרב מנזיקרט ב-1071, החלו הסלג'וקים מתפשטים מערבה לרוחבה של אסיה הקטנה. מנהיג סלג'וקי מקומי, סולימאן בן קוטלמיש (Kutalmışoğlu Süleyman Şah), כבש ב-1075 את העיר ואת ניקומדיה הסמוכה. שנתיים לאחר מכן התמרד סולימאן כנגד מליק שח (Melikşah), סולטאן האימפריה הסלג'וקית. הוא הקים את סולטנות רום, הכריז על עצמו סולטאן וקבע את בירתו בניקאה, ממש מתחת לאפם של הביזנטים. עם זאת, מסע הצלב הראשון דחק את רום ממערב אסיה הקטנה ב-1097, והצלבנים השתלטו על ניקאה בדרכם לירושלים. בהסכם שהושג בין הצלבנים לאימפריה הביזנטית, נמסרה העיר לאחרונה. כאשר קונסטנטינופול נכבשה במסע הצלב הרביעי ב-1204, והאימפריה הביזנטית התנפצה לרסיסים, הייתה העיר לבירתה של האימפריה של ניקאה שהשתרעה בחלקה המערבי של אסיה הקטנה. כאשר האימפריה של ניקאה שחררה את קונסטנטינופול מידי הלטינים, הועברה בירת המדינה מניקאה.