11 марта 1990 года Литва провозгласила независимость. Во время январских событий 1991 года, после захвата советскими войсками зданий радио и телевидения в Вильнюсе, единственная литовская телевизионная программа транслировалась из Каунаса. 31 августа 1993 года город покинули последние соединения Северо-Западной группы войск российской армии.