Met die uitbreek van die Tweede Vryheidsoorlog voeg Theron hom by gen. Christiaan de Wet in die Vrystaat. In 1899 vergesel Theron die Transvaalse hoofkommando na Ladysmith en lewer ook waardevolle diens as baasverkenner. Saam met gen. Koos Jooste rig hy die “Wielrijders Rapportgangers Corps” op. In Maart 1900, na die slag van Colenso, stig hy “Therons Verkenningscorps” en doen uitstekende werk, onder meer in die Vrystaat. Later word hy as kommandant aangestel.