Grant verloor tijdelijk het commando over zijn leger door de bijna nederlaag bij Shiloh. Zijn overste, generaal-majoor Henry W. Halleck, nam het bevel over van Grant. Halleck benaderde de Zuidelijke stellingen bij Corinth met de nodige omzichtigheid. Deze strijd zou bekend worden als het Beleg van Corinth. Op 29 mei trok Beauregard zijn troepen terug uit Corinth naar Tupelo, Mississippi. Hij kon Halleck doen geloven dat hij zijn troepen klaarstoomde voor de aanval. Beauregard liet lege treinen aankomen en vertrekken om de indruk te wekken dat hij massaal versterkingen kreeg. Beauregard kon zijn leger met succes terugtrekken. Hij had problemen met vervuild water in Corinth. In april en mei verloren de Zuidelijken bijna evenveel man in Corinth door ziekte als tijdens de Slag bij Shiloh. Ook deze beslissing werd niet positief ontvangen. Toen Beauregard zonder toestemming op ziekteverlof vertrok, werd hij onmiddellijk vervangen door generaal Braxton Bragg.