Kansainvälinen luonnonsuojeluliitto eli IUCN on määritellyt niilinlikin erittäin uhanalaiseksi lajiksi. Kantojen uskotaan laskeneen 50 % kuluneen 15-vuoden aikana. Vielä vuonna 1980 Etelä-Sudanissa arvioitiin olevan 12 000–32 000 yksilöä ja Etiopiassa vuonna 1988 1 000. Vuonna 2007 ilmasta käsin tehdyssä laskennassa Etelä-Sudanissa havaittiin 4 291 yksilöä. Vuoden 2013 lopussa puhjenneella Etelä-Sudanin sisällissodalla oli huomattava vaikutus niilinlikien kantaan. Sodan molemmat osapuolet ovat kaataneet tuhansia antilooppeja alueella. Suddin alueella laidunnetaan myös suurta määrää nautakarjaa. Myös kaavailulla Jonglein kanavalla saattaa olla tuhoisa vaikutus kantaan.