Nach der Niederlage in der Schlacht von Jena und Auerstedt am 14. Oktober 1806 und der Kapitulation von Erfurt, kam die Stadt unter französische Herrschaft. Die Statthalterei wurde weiterhin als Gouvernementsgebäude genutzt und war nun Sitz des kaiserlich-französischen Gouverneurs. Er hatte die Aufgabe die Provinz Erfurt zu verwalten, die zuvor aus dem Fürstentum Erfurt und der Grafschaft Blankenhain gegründet worden war und zur kaiserlichen Domäne gehörte. Zwischen dem 27. September und dem 14. Oktober 1808 veranstaltete Napoléon Bonaparte den "Erfurter Fürstenkongress", zu dem er seinen Hauptverbündeten, Zar Alexander I., und seine deutschen Bundesgenossen einlud. Während dieser Zeit arbeitete und wohnte Napoleon im ersten Obergeschoss der Statthalterei, die für den Anlass "Kaiserlicher Palast" genannt wurde. Im Renaissanceflügel befand sich sein Arbeitszimmer, das vor allem für diplomatische Verhandlungen genutzt wurde und im Barockflügel sein Schlafzimmer sowie das Warte- und Audienzzimmer. Der Festsaal im Mittelbau wurde als Speisesaal, für größere Empfänge sowie für Gottesdienste genutzt. Die Inneneinrichtung wurde anlässlich des Kongresses mit Gobelins, Bronzefiguren, Kronleuchtern, Nippes, Teppichen aus Paris und mit Mobiliar aus Gotha verschönert. Im Mittelpunkt des Kongresses standen die Verhandlungen um ein Bündnis zwischen den beiden Kaisern, das am 12. Oktober von beiden Parteien unterschrieben wurde. Danach erkannte Napoleon dem Zaren die Fürstentümer Moldau und Walachei sowie Finnland zu und im Gegenzug überließ der Zar Napoleon Spanien und verpflichtete sich bei einem Angriff Österreichs auf Frankreich zu russischem Beistand.