У грудні 1989 в ході військової операції США «Справедлива справа», що мала метою його зміщення, Нор'єга сховався на території представництва Ватикану, але через 10 днів здався американцям. У 1992 генерал був засуджений американським судом до 40 років позбавлення волі за заохочення тероризму і торгівлі наркотиками, проте за тривалу співпрацю з ЦРУ термін ув'язнення йому було зменшено до 30 років. Ув'язнення відбував у в'язниці штату Флорида. Після закінчення судового процесу Нор'єгу було присвоєно статус військовополоненого, завдяки чому відбував покарання у комфортабельніших камерах і, відповідно до Женевської конвенції, не підлягав видачі третій стороні. Він провів в американській в'язниці 17 років за звинуваченнями в наркотрафіку.