Die international gefährlichste Krise lag in Bosnien. Als Perry im Februar 1994 sein Amt antrat, belagerten die bosnischen Serben die Hauptstadt Sarajevo, waren jedoch angesichts des UN-Ultimatums und der Warnung vor Luftangriffen dazu gezwungen, sich zurückzuziehen. Kurz darauf drohten sie die muslimische Stadt Goražde in Ostbosnien zu überrennen. Anfangs schloss Perry US-Militäreinsätze aus, aber im April 1994 nahmen US-Kampfflugzeuge an den UN-Luftangriffen bei Goražde teil, die die bosnischen Serben zum Rückzug veranlassten.