Torstensson kallade honom också från Pommern till tjänstgöring vid huvudhären och i slaget vid Leipzig 1642 anförde han Östgöta fotfolk, som utgjorde mitten av andra linjen. Efter segern blev han utnämnd till viceguvernör i Leipzig och Meissen, med bibehållande av sitt guvernörsämbete i Pommern jämte därtill hörande avlöning. Lillie trivdes dock bättre i Pommern än i Leipzig och reste därför egenmäktigt till Stralsund. ”Genom denna sin obetänksamma och otidiga resa”, skrev regeringen i juli 1643 till Torstensson, ”haver han satt våra saker i Meissen i fara”, varför han allvarligen ålades att genast återvända till Leipzig.