Заједно са Розом Луксембург, Леом Јогишесом и Кларом Цеткин, Либкнехт је такође јануара 1919. учествовао Спартакистичком устанку у Берлину. Устанку се брутално супротставила немачка влада на челу са Фридрихом Ебертом уз помоћ остатака немачке царске војске и десничарских паравојних трупа, фрајкора. До 13. јануара, устанак је угушен. Карла Либкнехта и Розу Луксембург су киднаповали војници Фрајкорпса, и одвели их у хотел Еден у Берлину где су их мучили и испитивали пар сати, пре него што су их погубили и њихова тела бацили канал 15. јануара 1919.