Педро Родригес продолжил выступления за North American Racing Team и в 1963 выиграл 3 часа Дайтоны за рулём Ferrari 250 GTO. Также в 1963 состоялся дебют Педро в Формуле-1: мексиканец выступил на Гран-при США и Мексики в составе Team Lotus. В 1964 Родригес набрал свои первые очки в Формуле-1 на Гран-при Мексики, выступая за North American Racing Team. В этом же году Педро Родригес вновь выиграл гонку в Дайтоне, изменившую свой формат: теперь это были 2000 километров Дайтоны. Его напарником был Фил Хилл. В 1965 Педро Родригес занял 7 место в Ле-Мане, одержав победу в своём классе, и выиграл 12 часов Реймса вместе с Жаном Гише. Также Педро вновь набрал очки в Формуле-1 за 5 место в Гран-при США. В 1966 Родригес провёл четыре Гран-при за Lotus, но ни в одном из них не добрался до финиша.