В 1560 году решением Парламента страна отринула католичество и приняла протестантство, точнее его пресвитерианскую ветвь. В целом, движение Реформации оказало большое влияние на Глазго, где была сильна церковная власть, и способствовало её ослаблению. В 1611 году Яков I даровал Глазго статус королевского города, что означало непосредственное подчинение города короне. В ноябре 1638 года — вскоре после принятия Национального ковенанта — в кафедральном соборе Глазго была собрана генеральная ассамблея, выступившая против политики короля Карла I по изменению правил пресвитерианского богослужения. В результате в Шотландии произошли вооружённые конфликты — сначала епископские войны, а затем, в 1644—1647 годах, гражданская война между ковенантерами и роялистами. К счастью, эти конфликты практически не затронули город ввиду его незначительного в те времена политического статуса. В 1650 году, вскоре после поражения шотландцев в битве при Данбаре, в Глазго останавливался Оливер Кромвель.