Debyyttinsä Englannin maajoukkueessa Keown teki vuonna 1992 ottelussa Ranskaa vastaan. Yhteensä maaotteluita Keownille kertyi 43 ja maalejakin kaksi. Hän edusti maataan vuosien 1998 ja 2002 MM-kisoissa sekä vuosien 1992 ja 2000 EM-kisoissa.