Con la maglia della Nazionale brasiliana prese parte alla vittoria del Campeonato Sul-Americano del 1949. L'anno seguente partecipò ai Mondiali che il Brasile organizzò in casa, perdendo la finale contro l'Uruguay. Bauer venne ritenuto dalla critica come uno dei migliori giocatori della competizione assieme al connazionale Zizinho e le buone prestazioni unite al suo stile di gioco gli valsero il soprannome di "Gigante do Maracanã", attribuitogli dai radiocronisti. Fu uno dei pochi tra i convocati di quell'edizione a partecipare al successivo Mondiale del 1954, occasione in cui ricoprì il ruolo di capitano della squadra. Con la "Seleção" vinse anche il Campionato Panamericano nel 1952.