Tras la suspensión, fue transferido a la Juventus por una suma de 4,5 mil millones de liras para disputar la temporada 1991-92. Durante su primera temporada con los "bianconeri", Peruzzi permaneció como suplente de Stefano Tacconi —el capitán del equipo que jugaba su última temporada en el club— y consiguió seis presencias en el campeonato y seis en la Coppa Italia. Desde la temporada sucesiva, Peruzzi se afianzó como arquero titular, volviéndose un elemento fundamental del equipo. Al año siguiente, obtuvo su primer éxito internacional, levantando la Copa de la UEFA. En 1995 consiguió su primer "scudetto", al mismo tiempo que se alzó con la Copa Italia y la Supercopa de Italia.