Tijdens zijn periode bij Milan werd Helveg geselecteerd voor het EK 2000 en het WK 2002. In 2003 won hij met Milan de Coppa Italia en de Champions League. Ondanks de successen van de club verliet hij in 2003 AC Milan en trok hij naar aartsrivaal en stadsgenoot Inter Milaan. Bij Inter zag hij zijn voormalige trainer bij Udinese en Milan, Alberto Zaccheroni, terug. Helveg werd ook voor het volgende grote toernooi voor landenteams, het EK 2004, geselecteerd en werd na dit toernooi aanvoerder van de nationale ploeg nadat René Henriksen stopte met internationaal voetbal.