Desde principios del siglo XIX, el virreinato cayó en crisis, agravada por la Guerra de la Independencia Española, y su consecuencia directa en el virreinato, la crisis política de 1808, que acabó con el gobierno de José de Iturrigaray y más adelante dio pie a la Conjura de Valladolid y la conspiración de Querétaro. Esta última fue el antecedente directo de la guerra de independencia mexicana, la que, al concluir en 1821, desintegró el virreinato y generó nuevos Estados, como México, Guatemala, Belice, Honduras, Costa Rica, Nicaragua y El Salvador.