Войницкий принял участие в Крымской войне 1853—1856 годов. Продолжая службу, он был произведён в штабс-капитаны (15 апреля 1856 года, за отличие), капитаны (23 апреля 1861 года, за отличие) и подполковники (19 апреля 1864 года), и на 1865 год состоял в прикомандировании для занятий к Главному инженерному управлению.