Бойові дії супроводжувались етнічними чистками, воєнними злочинами та масовим вбивством мирного населення. Зокрема, серби на захопленій ними території жорстоко розправлялись з цивільним боснійським та, подеколи, хорватським населенням. Масові вбивства та геноцид боснійців здійснювався сербами у Сребрениці, Прієдорі, Вишеград, Фочі. А також хорватами у Лашванській долині. Внаслідок цих дій загинули десятки тисяч боснійських мирних жителів. Також сербами створювались концентраційні табори, де катувались і вбивались боснійці, при цьому чоловіки і жінки розділялись, і жінок у цих таборах використовували як секс-рабинь для потреб сербських військових. Протягом Боснійської війни щонайменше 20.000 боснійських жінок зазнавали систематичних зґвалтувань з боку сербських солдатів.