Neben zahlreichen nationalen wie auch internationalen Preisen erhielten seine Filme vier Einladungen in den Wettbewerb um den Goldenen Bären. 2004 wurde sein Film "Samurai in der Dämmerung" für den Oscar in der Kategorie "Bester fremdsprachiger Film" nominiert. Bei den 60. Filmfestspielen von Berlin 2010 erhielt Yamada die Berlinale Kamera. 2004 wurde er als Person mit besonderen kulturellen Verdiensten geehrt, 2012 wurde er mit dem Kulturorden ausgezeichnet.