Die ältesten bekannten (um 1300 einzigen) Besitzer des Dorfes Stübach waren die Ritter von Abenberg, welche als Grundherren (bis 1462) vom Würzburger Bischof, dem ersten bekannten für Stübach zuständigen Landesherrn (als Rechtsnachfolger der deutschen Könige im Reichsgut des Rangaus und Steigerwaldes gemäß den Schenkungen von Otto III. und Heinrich II.) belehnt wurden. Im 14. Jahrhundert hatten dann auch die Herren von Hohenlohe im Ort viele Besitzungen. Zu dieser Zeit wird auch die Bartholomäuskirche erstmals erwähnt. Es gab in Stübach ursprünglich auch zwei (abenbergische) Schlösser, die aber zugrunde gegangen sind (Das Hauptschloss war 1462 zerstört und den Herren von Crailsheim übergeben worden; das andere Schloss der Abenberger am Südende des Dorfes, wozu der „Ungerhof“ als Wirtschaftshof gehörte, wurde 1525 von den Bauern verbrannt). Im Jahr 1528 wurde die Reformation in Stübach durchgeführt. Die im 14. Jahrhundert erbaute Kirche mit dem Patrozinium Johannes wurde jedoch erst 1616 dem Dekanat Neustadt zugewiesen. Stübach wurde von den albrechtschen Fehden (Erster Markgrafenkrieg und Zweiter Markgrafenkrieg), vom Bauernkrieg (1525) und dem Dreißigjährigen Krieg (1618/48) wie auch von Pestepidemien (mit 101 Toten) hart getroffen. Die von 1643 bis 1651 unbesetzte Pfarrei wurde in dieser Zeit seelsorgerisch durch Veit vom Berg (1612–1675) versorgt. Neu belebt wurde Stübach 1656 durch Zuwanderer aus Oberösterreich, die ihre Heimat wegen ihres religiösen Bekenntnisses verlassen mussten. Im alten Friedhof wurde 1685 ein (1882 nochmals erweitertes) Schul- und Mesnerhaus erbaut.