Da die Patrouillentätigkeit während der Operation "Desert Storm" hauptsächlich von McDonnell Douglas F-15 "Eagle" der Air Force ausgeführt wurde, wurde die erste "Phoenix" im Kampfeinsatz erst 1999 während der Operation "Southern Watch" abgefeuert. Am 5. Januar feuerte eine "F-14D" der "VFA-213 Blacklions" von der "USS Carl Vinson (CVN-70)" zwei Raketen auf zwei MiG-25 "Foxbat" der irakischen Luftstreitkräfte, die in der Flugverbotszone erfasst worden waren. Nach der Erfassung durch das "AWG-9" drehten die "Foxbats" sofort ab und entkamen so den "Phoenix".