Il sisma che colpì il Val di Noto, nel 1693, distrusse gran parte dell'intero complesso e ne rese inabitabile la restante. Ricostruito, venne abitato dai frati fino al 1866, quando, a causa della soppressione degli ordini religiosi, l'edificio, espropriato, divenne proprietà demaniale. Riacquistato nel 1886, il convento fu definitivamente soppresso dalla Sacra Congregazione dei Religiosi nel 1927; tuttavia, rimase in parte abitato fino agli anni '60, quando venne ceduto alla diocesi di Ragusa ed utilizzato per finalità culturali.