Angesichts wachsender Kritik an der Aufnahme von Findelkindern, vor allem von Seiten des Generalvikars (und späteren Erzbischofs) Thomas O'Shea SM (1870–1954), entschloss sich Mutter Mary Joseph, dem Vorbild von Mary MacKillop und Euphrasie Barbier folgend, zum Papst zu reisen und sich dort die Unabhängigkeit vom Ortsbischof zu erkämpfen, damit ihr Werk nicht nach ihrem Tod in die Hände des Erzbischofs überging. Im August 1913 verließ die 78-jährige heimlich Neuseeland und reiste über Vancouver, Québec, England und Frankreich nach Rom, wo sie Kardinal Girolamo Maria Gotti, den Präfekten der Propagandakongregation, und Papst Pius X. für sich einnehmen konnte. Der Ausbruch des Ersten Weltkriegs, der Tod des Papstes und die Notwendigkeit, die Ordensstatuten in Sprachen vorzulegen, die in Rom verstanden werden, verlängerte ihren Aufenthalt über Jahre. Am 1. April 1917 erreichte sie von Papst Benedikt XV. das für die Unabhängigkeit notwendige Lobdekret, musste aber noch bis August 1919 in Rom ausharren. Ihre wichtigsten Gesprächspartner waren die Kardinäle Bonaventura Cerretti und Francis Aidan Gasquet. Sie wohnte zeitweilig bei den Eltern von Pietro Fumasoni Biondi. Sie besuchte weit über 300 römische Kirchen. Über Jahre arbeitete sie trotz ihres Alters aufopfernd als Krankenschwester und rechte Hand der Chirurgen, die zuerst mit den Opfern des Erdbebens von Avezzano 1915, dann mit den Kriegsverletzten rund um die Uhr zu tun hatten. Mehrfach war sie Opfer von Verkehrsunfällen mit Pferden. Einen Dieb musste sie mit einem Faustschlag auf die Nase vertreiben. Die Rückreise über Lyon, Ars, Paris, London und Durban dauerte Monate. Am 28. Januar 1920 war sie wieder in Wellington.