Il primo campionato del dopoguerra venne giocato in due gironi a base geografica. La Triestina si piazzò ottava nel campionato Alta Italia e non poté accedere alla fase finale che attribuì lo scudetto. Nel 1946-1947 la Triestina fu costretta dalle autorità militari anglo-americane, che governavano a Trieste, a disputare le prime partite casalinghe della stagione allo Stadio Moretti di Udine. Un'altra squadra cittadina, l'Amatori Ponziana, disputava infatti il campionato jugoslavo: gli anglo-americani, per evitare incidenti, le avevano vietato di giocare in città, e per evitare polemiche, vietarono anche alla Triestina di giocare a Trieste. Il campionato fu disastroso, la squadra si classificò all'ultimo posto ma venne ripescata dalla FIGC, con delibera del 29 luglio 1947, proprio per le difficoltà sopraggiunte nella stagione. La FIGC decise di allargare il campionato successivo a 21 formazioni.