Il rejoint les rangs de l'équipe première de son club pour la saison 2003-2004. Il joue trente-quatre matchs de la saison et inscrit douze points alors que le Metallourg termine à la première place du classement de la saison régulière . Au cours de la saison, entre fin décembre et début janvier, Malkine est sélectionné pour jouer le championnat du monde junior et la Russie termine à la cinquième place . Cependant le Metallourg perd en finale des "" contre l'Avangard Omsk et Malkine est blessé au cours de la phase finale mais est tout de même sacré meilleur espoir de la Superliga. Peu de temps après la fin de la saison, il est une nouvelle fois sélectionné avec la Russie pour le championnat du monde moins de 18 ans. La Russie termine en tête de sa poule en première place et remportent la médaille d'or du championnat en battant les Américains en finale, 3 buts à 2. Avec huit points d'inscrits, il est une nouvelle fois neuvième pointeur de la compétition.