La misión sobrevivió y continuó en funciones tras la Guerra de Independencia de México, la cual pasó desapercibida en la región debido a la lejanía y la falta de comunicación con el centro del virreinato. En 1829, casi al finalizar la época misional y 9 años después de consolidada la Independencia, José María Echendía, gobernador de las Californias, concedió a Santiago Argüello Moraga, una superficie de seis sitios de ganado mayor, equivalente a 10 000 hectáreas, que sería llamado "Rancho Tía Juana".