Durch die Lage an der Weißen Elster hatte Eythra häufig unter Hochwassern zu leiden. Ein solches zerstörte 1551 die alte Mühle an der Elster. Ein Mühlgraben mit der neuen Mühle wurde errichtet. Die Elsterbrücke musste mehrfach erneuert werden, bis sie 1868 aus Stein ausgeführt wurde. Auch andere Nöte hatte das Dorf zu überstehen: Pestepidemien in den Jahren 1437–1439, 1611, 1633 und 1637 dezimierten die Bevölkerung. Kriege brachten Not und zum Teil auch Zerstörung über das Dorf: 1430 die Hussiten, 1446–1451 der Sächsische Bruderkrieg, 1633 und 1640 Tote und Plünderungen durch Aktionen im Dreißigjährigen Krieg, 1706 im Nordischen Krieg bedrohten die Schweden Eythra, ab 1806 Belastungen durch französische Einquartierungen, 1870/71 Teilnahme von 30 Eythraern am Deutsch-Französischen Krieg, 58 Tote im Ersten Weltkrieg und im Zweiten Weltkrieg nicht nur Tote an der Front, sondern auch 23 bei Luftangriffen.