Helton początkowo grywał w młodzieżowych reprezentacjach Brazylii. Wystąpił między innymi na Mistrzostwach Świata U-20 1997, a w 2000 zagrał na Igrzyskach Olimpijskich w Sydney. W dorosłej reprezentacji po raz pierwszy wystąpił 7 października 2006 w towarzyskim meczu z klubem Al Kuwait Kaifan. Oficjalny debiut zaliczył w spotkaniu ze Szwajcarią 15 listopada tego samego roku. Helton był także w kadrze Brazylijczyków na zwycięskim przez nich turnieju Copa América w 2007. Pełnił tam jednak rolę zmiennika, ponieważ między słupkami Canarinhos stał Doni.