Les quatre années suivantes sont émaillées de crises, dont pour les Européens celle de Berlin est la plus grave. C'est dans le traitement de cette crise où la France tient une place capitale que va exister une véritable coopération entre les trois grands Occidentaux ; mais pour de Gaulle, elle est davantage liée aux accords de l'après-guerre et à l'engagement des trois alliés occidentaux de défendre Berlin qu'à l'OTAN, et n'empêche pas que des divergences importantes se fassent jour à plusieurs moments durant cette longue crise. Sur la plupart des autres sujets, de Gaulle constate que la solidarité occidentale joue peu et que les Américains prennent peu en considération les intérêts de la France. Les Américains ne veulent pas de ce tripartisme qui mettrait en danger la cohésion d'ensemble de l'Alliance. Afin d'illustrer sa détermination, de Gaulle retire la flotte méditerranéenne du commandement de l'OTAN le . Puis en 1962, il retire la flotte de Atlantique et celle de la Manche du commandement de l'OTAN.