Cerkiew razem z całym monasterem została poważnie uszkodzona w czasie wojny północnej, zaś po 1720 – napadnięta przez grupę szlachciców-katolików, którzy zdewastowali jej wnętrze i pobili mnichów. W kolejnych dziesięcioleciach cerkiew była w coraz gorszym stanie technicznym. Remont obiektu sfinansowała dopiero caryca Katarzyna II po II rozbiorze Polski, gdy Mińsk znajdował się już w granicach Imperium Rosyjskiego. Władczyni Rosji zdecydowała równocześnie o kasacie monasteru mińskiego i przeniesieniu ostatnich zakonników do budynków po dawnym unickim klasztorze Świętego Ducha, a następnie do monasteru Objawienia Pańskiego w Pińsku oraz o zmianie wezwania cerkwi na św. Katarzyny. W 1812, w czasie marszu Wielkiej Armii Napoleona przeciwko Rosji, cerkiew Świętych Piotra i Pawła została zdewastowana przez francuskich żołnierzy i pełniła przez dwa miesiące funkcję szpitala polowego. Nabożeństwa w obiekcie wznowiono dopiero w roku 1814. W 1844 obiekt otrzymał rangę soboru.