In hetzelfde jaar steunde de fractie de inval in Afghanistan, na de terroristische aanslagen op 11 september 2001. Dit leidde tot grote onrust binnen de pacifistische vleugel van de partij. Voormalige PSP-leden binnen de Tweede Kamerfractie spraken openlijk hun twijfel over de koers uit. Onder druk van de interne oppositie, onder leiding van de jongerenorganisatie DWARS, veranderde de fractie van positie: de luchtaanvallen moesten opgeschort worden.