1986-ban Johnny Dumfries lett a brazil csapattársa. A megbízhatóság ismét probléma volt, ahogyan az előző években is. Összesen négy olyan verseny volt, ahol mindkét versenyző be tudta fejezni a futamot. Senna nyolc pole-ból két győzelmet aratott. Az év végén 58 ponttal a harmadik helyen zárt a Lotus a konstruktőrök között. Az idény végén elvesztették az addigi főszponzort, a John Player &amp; Sons cigarettamárkát. Helyére a Camel érkezett, így az autók korábbi arany-fekete színe sárgára változott. Az új szponzor mellett új motor is érkezett a visszavonult Renault helyére. 1987-re Honda turbómotorok hajtották az autókat az új japán pilótának, a Dumfriest váltó Nakadzsima Szatorunak köszönhetően. A Ducarouge által tervezett új 99T aktív felfüggesztéssel rendelkezett, amely előnyt jelentett, különösen a kanyargós pályákon. Senna ennek ellenére ismét csak kétszer tudott futamot nyerni, Monacóban és Detroitban. Utóbbi a Lotus utolsó futamgyőzelme volt. A szezonzáró ausztrál nagydíj után a bíróság úgy ítélte meg, hogy a Lotus-Honda fékvezetékjei szélesebbek a szabályok által megengedettnél, így a csapatot kizárták a versenyből. Az év végén a brazil a domináns McLaren-Hondához igazolt. A konstruktőrök között a csapat 64 ponttal ismét a harmadik lett. 1988-ra kiszerelték az autókból az aktív felfüggesztést, mivel nagyon drága volt az alkalmazása, és úgy gondolták, hogy nem éri meg alkalmazni a technológiát. Néhány nagyobb csapat később újra használta a rendszert, köztük a Williams is, amely ennek köszönhetően teljes mértékben uralta az 1992-es szezont.