Po zamachach na indyjski parlament 13 grudnia 2001, oba kraje znów postawiły swoje armie w stan najwyższej gotowości. Indie oskarżyły swojego sąsiada o współudział w zamachach. Nad granicą w Kaszmirze doszło do koncentracji wojsk. Wówczas do mediacji przystąpiły Stany Zjednoczone, dzięki czemu doszło do złagodzenia napięcia. W maju 2003 przywrócono stosunki dyplomatyczne, a w listopadzie zeszłego roku weszło w życie zawieszenie broni w Kaszmirze. Po trzęsieniu ziemi w Kaszmirze w 2005 w którym zginęło 89 000 osób, oba kraje sprawnie działały w niesieniu pomocy ofiarom. Nawiązano później dialog na szczeblu ministrów spraw zagranicznych. We wrześniu 2008 doszło do spotkania prezydenta Asifa Ali Zardariego z premierem Manmohanem Singhiem. 21 października 2008 Indie i Pakistan otworzyły nieczynny, od pierwszej wojny międzypaństwowej, szlak handlowy łączący obie części Kaszmiru.