Okręt został nazwany na cześć arcyksięcia Franciszka Ferdynanda, którego zabójstwo 28 czerwca 1914 roku było bezpośrednią przyczyną wybuchu I wojny światowej. W momencie jej wybuchu siły morskie Austro-Węgier składały się z pancerników typu "Tegetthoff" (z których SMS „Szent István” wciąż był w trakcie budowy), "Radetzky" i starszych typów "Erzherzog Karl" i "Habsburg". Pod koniec lipca 1914 roku „Erzherzog Franz Ferdinand” razem z resztą floty został zmobilizowany w celu osłony ucieczki SMS „Goeben” i SMS „Breslau”. Niemieckie okręty próbowały wyrwać się z cieśniny Messyńskiej, która była otoczona przez brytyjskie okręty i uciec do Turcji. Kiedy austro-węgierska flota była na wysokości Brindisi na południu Włoch, wieść o udanej ucieczce dotarła do Wiednia i okręty zostały odwołane.