Marek Jankulovskis Talent blieb den Trainern nicht lange verborgen. Er durchlief alle Juniorenmannschaften Tschechiens. In der A-Nationalmannschaft debütierte er am 8. Februar 2000 beim 2:1-Sieg gegen Mexiko im Carlsberg Cup. Seither gehörte Jankulovski zum festen Stamm der tschechischen Nationalmannschaft, in der er allerdings als linker Außenverteidiger in der Viererkette eingesetzt wird. Er spielte bei der Euro 2000, der Euro 2004 sowie bei der WM 2006 und der EM 2008. Nach dem Qualifikationsspiel zur Endrunde der Weltmeisterschaft 2010 am 14. Oktober 2009 gegen die Nordirische Nationalmannschaft erklärte er seinen Rücktritt aus der tschechischen Nationalmannschaft.