В августе 1942 года полковник Алиев был назначен на должность командира 314-й стрелковой дивизии, которая в конце сентября была включена в состав 2-й ударной армии (Волховский фронт) и приняла участие в Синявинской наступательной операции, с января по март 1943 года в составе этой же армии принимала участие в операции «Искра», целью которой была деблокада Ленинграда. В ходе операции дивизия обеспечивала фланг ударной группировки фронта. Вскоре 314-я стрелковая дивизия под командованием Алиева в составе 2-й ударной и 67-й армий принимала участие в Мгинской, Красносельско-Ропшинской, Ленинградско-Новгородской наступательных операциях, а также в освобождении города Кингисепп. Приказом ВГК 314-й стрелковой дивизии было присвоено почетное наименование «Кингисеппская», а Иван Михайлович Алиев был награждён орденом Красного Знамени. С марта 1944 года заместитель командира 108-го стрелкового корпуса. С июля по октябрь 1944 года командир 268-й стрелковой дивизии.