Од јуна 1941. године, њен супруг Војислав Вучковић и сликар Јосип Бенковић су се скривали у тајном склоништу куће. Било је планова да Фани, Војислав и Бенковић напусте Београд и пређу на ослобођену територију, али је тај план омела полицијска провала у београдску партијску организацију, октобра 1941. године. Након тога Фани је на кратко прекинула везу са активистима НОП-а, а потом је уследила Прва непријатељска офанзива па је њихов прелазак био одложен. Током боравка у илегалности њен муж је наставио да се бави компоновањем, а неке његове композиције су преко илегаца биле пребачене на ослобођену територију где су извођене.