Des de 1848 fins a 1864, Dinamarca i la Confederació Alemanya van lluitar per controlar els dos ducats de Schleswig i Holstein. Històricament, els ducats havien estat governats per Dinamarca des de l'època medieval, però restà una gran majoria alemanya. Aquesta majoria es va provocar a la rebel·lió després que Frederic VII de Dinamarca anunciés el 27 de març de 1848 que els ducats es convertissin en part integrant de Dinamarca sota la seva nova constitució liberal. Prússia aviat es va implicar, donant suport a l'aixecament i va començar la Primera Guerra de Schleswig. Ernest va enviar 8.000 homes inicialment, sumant-se a l'exèrcit enviat per la Confederació Alemanya. També va desitjar que se li oferís un treball militar durant la guerra, però va ser rebutjat, ja que era "extremadament difícil oferir-me una posició a l'exèrcit de Schleswig-Holstein corresponent al meu rang", segons les seves memòries. Va acceptar un comandament més petit, arribant a dirigir un contingent turc ; va comentar en una carta al seu germà que "hauria d'haver rebutjat cap altre comandament d'aquest tipus, però no puc rebutjar-lo, ja que, en la condició actual dels nostres Estats, és important mantenir el poder executiu a les nostres mans". Com a comandant d'un cos alemany, Ernest va ser fonamental per guanyar la batalla d'Eckernförde el 5 d'abril de 1849 contra les forces daneses, capturant dues fragates. En aquest moment, Ernest es va interessar al Parlament de Frankfurt i pot haver esperat ser escollit emperador alemany, però va instar el rei Frederic de Prússia a prendre aquesta posició, tot i que sense èxit. Ernest també va provocar una conferència de Berlín de prínceps alemanys el 1850; va valorar molt aquestes oportunitats per la influència política que li van aportar.