לאחר שהפך לותרני, הורה הדוכס אולריך על פירוק כל המנזרים בשטחי וירטמברג בשנת 1534 והחרים את נכסיהם. מנזר מאולברון היה היוצא מן הכלל היחיד לצו זה, שכן הוא נועד לארח נזירים שגורשו ממנזרים אחרים. בשנת 1536 הועבר אב המנזר של מאולברון למנזר פאירי, ובשנה שלאחר מכן הוא החל בהליכים משפטיים להשבה של מנזר מאולברון למסדר הציסטרציאני. בעקבות תבוסת הנסיכים הפרוטסטנטים במלחמה השמלקלדית, החליטה הדיאטה הקיסרית של האימפריה הרומית הקדושה לטובת הציסטרציאנים בצו המכונה הסדר המעבר של אאוגסבורג משנת 1548. לאחר 1555, השיב שלום אאוגסבורג את הרגיעה הדתית באימפריה, אולם כריסטוף, דוכס וירטמברג הצליח לבצע רפורמה מלאה של הדוכסות. בעקבות תוכנית שהקים היועץ , תאולוג לותרני, פירק כריסטוף את מנזר מאולברון לצמיתות בשנת 1556. אחזקות המנזר אורגנו כמחוז מנזר (קלוסטראמט) ובראשו היה עתה אב מנזר פרוטסטנטי. אב המנזר הפרוטסטנטי הראשון של מאולברון היה ולנטין ואניוס (Valentin Vannius), נזיר לשעבר ממאולברון, שנכנס לתפקידו בשנת 1558. מאוחר יותר הצטרפו למנזר מנהלים חילוניים שהקימו מרכז מנהלי במתחם המנזר. מרכז זה, העיירה מאולברון, הפך למחוז מנהלי רשמי (אובראמט) במאה ה-18. הוא קודם עוד יותר במאה ה-19 והיה אחד המרכזים המנהליים העיקריים של ממלכת וירטמברג.