Danach wurde er wieder General Augereau und der „Hannover-Armee“ ("Armée de Hanovre") zugeteilt. 1801 nahm er am Feldzug nach Franken teil. Am Ende des Jahres wurde ihm dann zunächst das Kommando über die 17. Division übertragen, wobei es ihm gelang in der Region Le Midi nach Unruhen die Ordnung wiederherzustellen. Später ersetzte er Marschall Ney in der Schweiz, erhielt dann das Kommando über eine Division im Lager von Boulogne und folgte Bernadotte im Oktober 1805 als Kommandeur der "Armée de Hanovre".