В 1423 году Наварино, как и весь Пелопоннес, впервые был подвергнут нападению со стороны османов во главе с Турахан-беем. В 1452 году состоялся второй набег. Именно из Наварино император Иоанн VIII Палеолог направился в Ферраро-Флорентийский собор в 1437 году. Отсюда же в 1460 году покинул Грецию вместе с семьёй последний деспот Мореи, Фома Палеолог. После 1460 года крепость, наряду с другими венецианскими аванпостами: Монемвасии и Мани, была единственной точкой контроля христиан на полуострове. Венецианцы удержали контроль над Наварино после Первой турецко-венецианской войны (1463―1779), но были вынуждены его уступить после второй (1499―1503): после поражения венецианцев в битве при Модоне в августе 1500 года, трёхтысячный гарнизон крепости сдался, хотя она была хорошо подготовлена к осаде. Тем не менее вскоре венецианцы отбили крепость 3―4 декабря того же года, но 20 мая 1501 года снова уступили её после совместной атаки османов в суши и моря под руководством Кемаль-реиса и Хадыма Али-паши.