In den kriegerischen Auseinandersetzungen der hellenistischen Zeit konnte sich der boiotische Bund behaupten. Für einige Zeit waren sogar Chalkis, Eretria, Megara und andere Städte zu Boiotien gehörig. Als König Perseus den Dritten Makedonischen Krieg (171–168 v. Chr.) gegen Rom ausfocht, waren die Boioter seine Bundesgenossen, doch gab es in einzelnen boiotischen Städten auch romfreundliche Parteien. Die Römer griffen in Boiotien militärisch ein und zerstörten u. a. 171 v. Chr. Haliartos. Auch am Aufstand des Achaiischen Bundes gegen Rom beteiligte sich Boiotien, dessen Bund infolgedessen 146 v. Chr. aufgelöst wurde. Rasch kam es zu einer Neuetablierung des Bundes. Er dauerte bis in die späte Kaiserzeit fort, doch hatte er keine politische Bedeutung mehr, sondern nur noch kultische Funktionen inne. Es kam unter römischer Herrschaft zu einem Verfall vieler Städte der Landschaft. Strabon kennt nur noch Tanagra und Thespiai als mittelmäßige Städte; alle übrigen lagen in Trümmern oder waren zu kleinen Orten verkommen. Der sehr bescheidene Wohlstand Boiotiens wurde später durch einen Einfall der Goten unter Alarich erneut vernichtet.