1400-luvulta 1800-luvulle, Ottomaanien valtakunnan valtakaudella, nykyajan Bosnian ja Hertsegovinan alueen kroaatteja vainottiin usein, jolloin iso osa heistä joutui pakenemaan alueelta. 1900-luvulla poliittinen kuohunta ja huono taloudellinen tilanne sai aikaan yhä useampien kroaattien maastamuuton. Sotien yhteydessä tehdyt etniset puhdistukset Bosniassa ja Hertsegovinassa 1990-luvulla pakottivat kroaatit muuttamaan eri puolille maata, vaikka he olivat asuneet monilla alueilla jo kauan ennen Bosnian sotaa. Bosnian ja Hertsegovinan tilastokeskuksen mukaan, vuonna 2013 maassa asui 544 780 kroaattia.