Tras tres años en el Udinese, el 13 de junio de 2013, la Roma pagó trece millones y medio de euros por el pase de Benatia. Con este equipo logró el subcampeonato de la Serie A, jugando 33 partidos y marcando 5 goles en una de las mejores defensas del campeonato. Además, fue elegido mejor jugador de su equipo en aquella temporada por los aficionados.