Från 1996 till 1999 spelade han i Borussia Mönchengladbach, och han blev lagets förstemålvakt i början av säsongen 1998/1999. Sommaren 1999 blev han uttagen till tyska landslaget för första gången, och var tredje målvakt under Fifa Confederations Cup 1999 i Mexiko. Efter hans klubblag blivit degraderat från Bundesliga flyttade Enke till SL Benfica. Han lärde sig portugisiska snabbt och blev även lagkapten för klubben. 2002 värvades han av FC Barcelona, men blev bara tredje målvakt efter ett misstag i första cupmatchen. Han lånades ut till Fenerbahçe sommaren 2003, men bad om att få sitt kontrakt upplöst efter bara en match, efter att fansen hånade och kastade in saker på honom. Han lämnade klubben den 14 augusti. I januari 2004 lånades han ut till CD Tenerife i Segunda División, där han blev förstemålvakt igen.