Mimo że zgromadzenie ustawodawcze Alabamy poparło projekt Yancey'a, "Alabama Platform" zostało odrzucone przytłaczającą większością głosów, gdy Yancey przedstawił je w 1848 na Demokratycznej Konwencji Narodowej. Jednak Yancey był zdeterminowany, i po kompromisie 1850, dodał secesję do swojego politycznego credo. Przez następną dekadę starał się rozbudzić w południowcach poczucie zagrożenia pozostawaniem w Unii. Organizował stowarzyszenia praw południowców i w 1858 pomagał przy założeniu League of United Southerners. Dostarczał setek przemówień, próbując wciągnąć południowców ze wszystkich partii i wyznań do ruchu popierającego bezkompromisowo pro-niewolnicze stanowisko. Do 1860 "Alabama Platform" uzyskało znaczące wsparcie ze strony Południa. Na Demokratycznej Konwencji Narodowej w Charleston w 1860, nieco zrewidowana wersja zdobyła tylko kwalifikowaną akceptację, skłaniając delegatów z Południa do wycofania się i nominowania programu wyborczego rywali. W istocie, Yancey był więc odpowiedzialny za rozwiązanie ostatniej narodowej instytucji ery przed wojną secesyjną. Prowadził kampanię Johna Breckinridge'a, nominowanego przez południowe skrzydło Partii Konstytucyjnych Demokratów. Po wyborze Lincolna na prezydenta, Yancey sporządził rozporządzenie o secesji Alabamy. W 1861 udał się do Anglii i Francji w poszukiwaniu oficjalnego uznania dla nowego rządu konfederackiego, jednak jego misja okazała się nieudana. W 1862 wrócił do CSA i został wybrany do Senatu Konfederacji, którego członkiem pozostał do śmierci. Zmarł w swoim wiejskim domu 27 lipca 1863, wkrótce po klęskach konfederatów w bitwach pod Gettysburgiem i Vicksburgiem. Został pochowany na Montgomery's Oakwood Cemetery.