Barannikov iniciou a transferência de poder sob a responsabilidade do Ministério do Interior para repúblicas individuais e ordenou que a milícia se mantivesse longe do caos político que envolvia a capital. Ele foi demitido pelo presidente no final de julho de 1993. E como justificativa para sua demissão, foi usado como mootivo um incidente envolvendo as forças da Guarda de Fronteira na fronteira soviético-afegã e o estilo de vida perdulário de sua esposa Ludmila, que custou aos contribuintes cerca de cem mil dólares. Durante a crise constitucional russa em setembro-outubro de 1993, ele tentou mediar entre Boris Yeltsin e Duma, que queria arrastá-lo para o lado dela, nomeando-o Ministro da Segurança. Ele foi detido e encarcerado por vários meses, logo após sua libertação, ele morreu de um ataque cardíaco em 22 de julho de 1995.