Arabští vládci však přeložili centrum Egypta na území dnešní Káhiry a význam Alexandrie začal upadat. Došlo k zanesení kanálu, jež město spojoval s Nilem a velká část zástavby byla zničena při zemětřesení roku 856. Při obdobných katastrofách v letech 1303 a 1323 se zřítily i zbytky tehdy už poškozeného majáku na ostrově Faru. Později byla na rozvalinách vystavěna Qait-bejova pevnost. V letech 1167-1169 byla Alexandrie obsazena vojsky jeruzalémského krále. K úpadku města přispělo i jeho obsazení a vydrancování kyperským králem Petrem I. během tzv. Alexandrijské křížové výpravy roku 1365, opanování středomořského obchodu Benátskou republikou a vzestup Káhiry. Při Napoleonově egyptském tažení čítalo město pouhé čtyři tisíce obyvatel.