Lyypekkiä lukuun ottamatta nykyinen Schleswig-Holstein kuului Tanskalle vuodesta 1460. Tällöin niiden ruhtinassuvut sammuivat ja maakunnat valitsivat hallitsijakseen Tanskan kuninkaan. Samalla säädettiin, että niitä ei erotettaisi toisistaan. Alue koostui pohjoisesta Schleswigin ja eteläisestä Holsteinin herttuakunnista. Holstein kuului Saksan keisarikuntaan (myöhemmin Saksan liittoon), mutta Schleswig ei kuulunut siihen. Alueen saksalainen enemmistö nousi kansallisuusaatteen innoittamana kapinaan vuonna 1848 Tanskaa vastaan. Kapina kukistettiin, mutta vuonna 1864 Preussi ja Itävalta liittoutuivat Tanskaa vastaan, koska ne vastustivat Tanskan valtiosäännön soveltamista Schleswigissä. Toisessa Saksan–Tanskan sodassa Slesvig-Holstein jaettiin Itävallan ja Preussin kesken. Vain kaksi vuotta myöhemmin vuonna 1866 Preussi valtasi koko alueen Itävallalta, ja Schleswig-Holsteinista tuli osa Saksan keisarikuntaa 1870.