Un conflicto significativo entre los movimientos de Arsuzi y Aflaq ocurrió cuando discutieron sobre el tema del golpe de estado de 1941 por Rashid Ali al-Gailani y la posterior Guerra anglo-iraquí. El movimiento de Aflaq apoyó al gobierno de al-Gaylani y la guerra del gobierno iraquí contra los británicos, y organizó voluntarios para ir a Irak y luchar por el gobierno iraquí. Sin embargo, Arsuzi se opuso al gobierno de al-Gaylani, considerando que el golpe fue mal planificado y un fracaso. En este punto, el partido de Arsuzi perdió miembros y apoyo que se transfirieron al movimiento de Aflaq.