При избухването на новата Гражданска война във Византия (1341 – 1347) между Йоан Кантакузин и регентството на Йоан V Палеолог в 1341 година, Мономах първотачално се опитва да остане неутрален, което кара регентите да конфискуват именията му в село Хандак край Струма. В 1342 година той напуска или е изгонен от Тесалия от прокантакузиновата фракция и заминава за Сяр, където се присъединява към антикантакузиновите сили. По това време му е дадена титлата велик коноставъл. Михаил Мономах умира някъде между 1343 и 1346 година.