במהלך מלחמת הברונים הראשונה (מלחמת אזרחים שהתנהלה באנגליה בין השנים 1215–1217) בתקופת שלטונו של המלך ג'ון, הברונים שבראשם עמד רוברט פיצוולטר אשר נתמכו על ידי צבא צרפת כבשו את הטירה מידי הארכיבישוף סטיבן לנגטון והשתמשו בה נגד צבאותיו של ג'ון, שהטיל בתגובה מצור על הטירה, שנכנעה רק לאחר שבעה שבועות של קרבות ממושכים. לפי הכרוניקה של ברנוול, המצור היה "המסיבי ביותר בתקופתנו (המאה ה-13), הן מבחינת תוקפנות התוקפים והן מבחינת עמידת המגינים". למרות שהטירה סבלה במהלך חודשי המצור מנזק רב (פרצות בחומות החיצוניות ומגדל אחד שקרס), דווקא הרעב היה שהכריע את המגינים. אך ג'ון לא החזיק בטירה למשך זמן רב: בשנת 1216 היא נכבשה מחדש על ידי מי שלימים ימלוך על צרפת וייקרא בפי עמו "האריה", הנסיך לואי, שעמד בראש צבא הברונים בשליחות אביו, המלך פיליפ השני. לאחר מותו של ג'ון, שסבל מחום גבוה כתוצאה מהרעלת קיבה משתיית שיכר קלוקל ב-19 באוקטובר 1216 הומלך תחתיו בנו, הנרי השלישי. כשתמה המלחמה בהסכם למבת' ב-11 בספטמבר 1217, נותרה טירת רוצ'סטר תחת שלטונו הישיר של הכתר האנגלי.