Després de la Guerra Civil, fou destinat a l'Oest, per tal de lluitar a les Guerres índies. L'aclaparadora derrota en la seva última batalla ensombreix les coses que va aconseguir a la Guerra Civil. Custer fou derrotat i mort a la Batalla de Little Bighorn en 1876, lluitant contra una coalició de tribus índies en una batalla que ha arribat a ser popularment coneguda, a la història dels Estats Units, com a "Darrera batalla de Custer".