כשחזר יאנקר מההשאלה בראפיד וינה בקיץ 1996, חתם בבאיירן מינכן, שהתרשמה מיכולותיו בגביע המחזיקות. יאנקר שיחק בבאיירן מינכן שש עונות, זכה עמה בארבע אליפויות, שני גביעים, ארבעה סופר-קאפ, זכייה אחת בליגת האלופות בעונת 2001, לאחר ניצחון בבעיטות הכרעה במשחק הגמר מול ולנסיה, וזכייה אחת בטורניר הגביע הביניבשתי, לאחר ניצחון בגמר על בוקה ג'וניורס. באותן שנים, יאנקר שיתף פעולה בהתקפה של באיירן מינכן עם החלוץ הברזילאי ג'ובאני אלבר, והם יצרו ביחד חוליית התקפה אפקטיבית במיוחד. יאנקר הופיע במדי באיירן מינכן 143 פעמים, והבקיע 48 שערים.