Piłkarz został powołany na EURO 2000. W pierwszym spotkaniu Hiszpania przegrała z Norwegią 0–1, a zawodnik pojawił się na boisku w 71. minucie. W drugim meczu grupowym Hiszpanie pokonali reprezentację Słowenii 2–1, a Mendieta zagrał całe 90 minut gry. Sytuacja w grupie tak się ułożyła, że podopieczni José Antonio Camacho musieli zwyciężyć w meczu z Jugosławią, aby awansować do ćwierćfinału. Do 90. minuty Hiszpanie przegrywali jednak 2–3. Wówczas Gaizka Mendieta wykorzystał rzut karny doprowadzając do remisu. Chwilę później zwycięskiego gola strzelił Alfonso Pérez, dzięki czemu Hiszpanie wygrali 4–3 i awansowali do dalszej fazy rozgrywek. W ćwierćfinale „La Furia Roja” zmierzyła się z Francuzami. W 33. minucie Zinédine Zidane zdobył bramkę dla „trójkolorowych”. 5 minut później Mendieta wyrównał wynik meczu. W 44. minucie Youri Djorkaeff ponownie dał prowadzenie reprezentacji Francji. W 56. minucie Ismael Urzaiz zastąpił Gaizkę na placu gry, jednak to końca meczu wynik nie uległ już zmianie. Hiszpania pożegnała się z Mistrzostwami Europy na tym etapie rozgrywek.