Po soborze Gemist-Pleton powrócił do Mistry, gdzie zmarł w 1452 roku, na rok przed upadkiem rodzinnego miasta. Jego ciało spoczęło w Mistrze. W 1460 roku zdobyli Mistrę Turcy. w 1464 roku Sigismondo Malatesta odzyskał dolne miasto, gdzie odnalazł grób Pletona. Przed laty bezskutecznie namawiał filozofa, by objął kierownictwo jego nadwornej szkoły w Rimini. Po wkroczeniu do Mistry odnalazł jego grób i zabrał jego zwłoki do Rimini. Do dziś spoczywają w grobowcu w Tempio Malatestina, a nagrobna inskrypcja głosi: "Szczątki Gemistosa Bizantyńczyka, Księcia Filozofów swoich czasów".