该校的财务状况在芝加哥大火后被彻底动摇。第五任校长在向约翰·戴维森·洛克菲勒及利兰·斯坦福等慈善家求援后未得到帮助，只好在1886年关闭学校。1890年该校校董会一致同意将学校名称从“芝加哥大学”改为“老芝加哥大学”，以便洛克菲勒能建立同名的大学。