2002年8月16日にジャーマンタウンはハーパーズ・フェリー ("USS Harpers Ferry, LSD-49") とその任務を交代した。ジャーマンタウンは長崎県佐世保からカリフォルニア州サンディエゴに帰港し、2,500万ドルをかけてオーバーホールを行った。翌年ジャーマンタウンは第一遠征攻撃グループの一部としてペルシャ湾に展開した。ジャーマンタウンは第13海兵隊遠征部隊の一部としてイラクの自由作戦を支援した。