Obtuvo su «diplôme d'ingénieur» en 1797 y siguió a Dolomieu, primero en una expedición a los Alpes, luego como científico en la expedición de Napoleón a Egipto desde 1798 a 1799. Al llegar a Alejandría, Cordier comenzó inmediatamente sus investigaciones sobre la mineralogía y geología del país, con un enfoque particular en la formación del valle del Nilo. Cuando Dolomieu cayó enfermo, ambos intentaron regresar a Francia. Aunque Cordier fue hecho prisionero en Tarento, posteriormente fue trasladado a Messina en Sicilia y fue liberado después de tres meses en cautiverio como resultado de la intervención de Dolmieu y regresó a Francia. En 1802 publicó"Mémoire sur le mercure argental", y en 1808 "Description du dichtoïte", que reveló su profundo interés en la mineralogía.