Howe va comandar un batalló d'infanteria lleugera sota el comandament del general Wolfe durant el setge del Quebec de 1759. Va estar a la batalla de Beaufort i Wolfe el va escollir per dirigir la pujada des del riu Sant Llorenç fins a les Planes d'Abraham que va portar a la victòria britànica a la batalla de les Planes d'Abraham el 13 de setembre de 1759. Després de passar l'hivern en la defensa de la ciutat de Quebec, el seu regiment va lluitar a la batalla de Sainte-Foy l'abril de 1760 i al posterior setge del Quebec. Després va dirigir una brigada a la decisiva Campanya de Mont-real, sota el comandament de Jeffrey Amherst, abans de tornar a Anglaterra. Howe va dirigir una brigada a la captura de la Belle Île de 1761, a la costa francesa, i va rebutjar l'oportunitat de convertir-se en governador militar després de la seva captura, de manera que continuà en servei actiu. Va ser adjutant general de la força que va capturar l'Havana el 1762, prenent part en una escaramussa a Guanabacoa.