Im August 2018 trocknete der Fluss aufgrund der außergewöhnlich heißen und trockenen Wetterlage auf einer Länge von viereinhalb Kilometern zwischen dem Wehr in Kleinkoschen, wo Wasser für die Tagebauseen abgeleitet wird, und dem Zufluss der Rainitza in Senftenberg komplett aus. Während der Hitzewelle 2019 trocknete sie bereits Ende Juni/Anfang Juli auf mehreren Kilometern aus. Das Fischsterben wurde durch die Installation der EUGAL-Pipeline mitverursacht. Auch im Sommer 2020 fiel der Flusslauf der Schwarzen Elster trocken, diesmal erst Anfang August, jedoch bereits ab Hoyerswerda.