Spahn podpisał kontrakt jako wolny agent z Boston Bees w czerwcu 1940 roku (klub zmienił nazwę na Boston Braves w 1941), w którym zadebiutował 19 kwietnia 1942 w meczu przeciwko New York Giants. Podczas II wojny światowej (od grudnia 1942 do maja 1945) służył w U.S. Army w stopniu porucznika; brał udział w między innymi Bitwie o Ardeny.