Nach Beginn des Zweiten Weltkrieges übernahm Eichmann von Karl Haselbacher die Leitung der Kieler Gestapo. In dieser Funktion setzte er in Kiel die Verhaftung von Gegnern des NS-Regimes um, die in der A-Kartei geführt wurden. Nach einem vorbereitenden Lehrgang der Sicherheitspolizei in Pretzsch führte er nach dem Überfall der Wehrmacht auf Norwegen bis September 1940 ein Einsatzkommando in Trondheim. Anschließend kehrte er auf seinen Leitungsposten bei der Kieler Gestapo zurück, den er bis Ende Juli 1941 innehatte. Danach war er als Abschnittskommandeur der Schutzpolizei in Hamburg-Altona eingesetzt, bis er 1942 als Kommandeur der Ordnungspolizei nach Rennes abkommandiert wurde.