CH-46E אבירי הים שימשו את חיל הנחתים בפלישה לעיראק ב-2003 ועמדו בכוננות לחילוץ נפגעים 24/7. ב-1 באפריל 2003 השתתפו בחילוצה של החיילת ג'סיקה לינץ' השבויה מבית חולים עיראקי. המסוק הציג בעיות אמינות ותחזוקה רציניות ויכולת נישאת מטען מוגבלת. בעקבות אובדן מסוקים רבים בזירה העיראקית, צוידו ה-CH-46 באמצעים מתקדמים נגד טילים.