В 2013 году в составе молодёжной сборной Мексики Бернардо стал чемпионом КОНКАКАФ среди молодёжных команд. На турнире он сыграл в матчах против молодёжных команд Ямайки, Кюрасао, США и дважды Сальвадора. Летом того же года Эрнандес поехал с молодёжной командой на чемпионат мира в Турцию. На турнире он сыграл в матчах против команд Греции, Парагвая, Мали и Испании.