Nel 1839, tradito da informatori borbonici, Musolino fu catturato assieme a un gruppo di patrioti: il fratello Pasquale, Settembrini, Raffaele Anastasio e Saverio Bianchi. Dopo avere scontato più di tre anni di detenzione e poi confinato a Pizzo, assieme al nipote Giovanni Nicotera, a Felice Sacchi ed Eugenio De Riso esercitò clandestinamente nel paese un'attività segreta alla Polizia per porre le basi dei moti rivoluzionari, e nell'aprile del 1848 – anno in cui sulla scorta dei moti di Palermo Ferdinando II si vide costretto a promulgare la Costituzione – venne eletto deputato al Parlamento napoletano nella circoscrizione di Monteleone. Quando la Camera venne sciolta d'autorità, Musolino e altri parlamentari calabresi, al seguito di Giuseppe Ricciardi – e dopo che Cosenza era diventata sede del governo provvisorio –, organizzarono una resistenza armata collegata con i moti del Cilento e della Sicilia. Le forze regie ebbero però il sopravvento e soffocarono l'insurrezione nel sangue: devastarono il paese di Pizzo, fucilarono un fratello di Musolino e dettero fuoco al palazzo di famiglia; il padre venne assassinato e poco tempo dopo la madre, l'altro fratello e la cognata morirono di crepacuore.