Letouny Sea Harrier zažily ostrou akci znovu v letech 1992–1995 během konfliktu v Bosně a Hercegovině. Letouny startovaly proti srbským cílům a poskytovaly vzdušnou podporu mezinárodním silám včetně operací pod názvy Deny Flight a Rozhodná síla proti armádě Republiky srbské. 16. dubna 1994 byl Sea Harrier z 801. námořní letecké perutě z letadlové lodi HMS "Ark Royal" sestřelen střelou země-vzduch vypálenou armádou Republiky srbské, když se pokoušel bombardovat dva tanky bosenských Srbů. Pilot, poručík Nick Richardson, se katapultoval a přistál na území ovládaném přátelskými bosenskými muslimy.