Nach einem einjährigen Aufenthalt im Hauptamt Ordnungspolizei wurde er im April 1944 zum Höheren SS- und Polizeiführer Warthe und am 1. August 1944 zum SS-Gruppenführer und Generalleutnant der Waffen-SS und Polizei berufen. In dieser Funktion befehligte er zwölf galizische Schutzmannschaft-Kompanien bei der Niederschlagung des Warschauer Aufstandes der polnischen Heimatarmee (Armia Krajowa) vom 1. August bis zum 3. Oktober 1944 (Kapitulation der Heimatarmee). Zu den ihm unterstellten Einheiten gehörten das SS-Sonderregiment Dirlewanger mit dem unterstellten II. Bataillon (aserbaidschanisches) / Gebirgsjägerregiment „Bergmann“ unter Hauptmann Hubert Mertelsmann und das verstärkte Waffen-Grenadier-Regiment der SS 72 (russische Nr. 1) unter dem Brigadestabs-Chef Waffen-Sturmbannführer Iwan Frolov der Waffen-Sturmbrigade RONA sowie das I. &amp; II. Bataillon / Ostmuselmanische SS-Regiment unter SS-Sturmbannführer Franz Liebermann. Diese waren von äußerster Brutalität und Verrohung geprägt. Immer wieder kam es neben den Massenmorden (bei denen über 100.000 polnische Aufständische und Zivilisten getötet wurden) auch zu Massenvergewaltigungen und anderen Exzessen, bei denen häufig auch Minderjährige und Kinder Opfer waren (Massaker von Wola). Überliefert ist ein Funkgespräch Heinz Reinefarth mit dem Oberbefehlshaber der 9. Armee Nikolaus von Vormann, in dem er fragt: „Was soll ich mit den Zivilisten machen? Ich habe weniger Munition als Gefangene“. Heinz Reinefarth, Befehlshaber bei der Niederschlagung des Warschauer Aufstandes, erhielt den Beinamen: „Mörder von Warschau“ bzw. „Der Schlächter von Warschau“ oder auch „Henker von Warschau“. Für seine Taten in Warschau zeichnete das NS-Regime Reinefarth am 30. September 1944 mit dem Eichenlaub zum Ritterkreuz des Eisernen Kreuzes aus.