После окончания игровой карьеры Фогтс начал работать тренером молодёжной сборной страны. В 1986 году он параллельно выполнял функции ассистента главного тренера в первой сборной, а в 1990 году возглавил сборную Германии. В 1996 году он привёл Германию к победе на чемпионате Европы в Англии. Пост главного тренера он оставил после чемпионата мира 1998, когда сборная Германии сенсационно была разгромлена командой Хорватии в 1/4 финала. В 1996 году международной федерацией футбольной истории и статистики был учрежден новый футбольный приз — титул лучшего тренера планеты среди наставников национальных сборных. Его первым обладателем стал немец Берти Фогтс.