С целью закрепления очередного эфемерного мира между католиками и гугенотами (протестантами) Франции, 18 августа 1572 года девятнадцатилетняя Маргарита была выдана замуж за одного из лидеров гугенотов восемнадцатилетнего Генриха де Бурбона, короля Наваррского, своего троюродного брата, принца крови. Её свадьба, отпразднованная с большой пышностью, закончилась Варфоломеевской ночью, или «парижской кровавой свадьбой» (24 августа). Уцелев во время избиения и сохранив хладнокровие, Маргарита спасла жизни нескольким гугенотским дворянам и главное, своему мужу, Генриху Наваррскому, отказавшись оформлять развод с ним, как настаивали её родственники.