Das Kloster wurde bis 1810 von den Kapuzinern aus St. Matthias genutzt und wurde dann im Zuge der Säkularisation aufgelöst. Die Gebäude wurden 1810/1811 an die Klarissen aus Sankt Maria Magdalena übergeben, deren eigene Klostergebäude am Klarenanger auf dem heutigen Dachauplatz 1809 bei der napoleonischen Beschießung im Laufe der Schlacht bei Regensburg zerstört worden waren. Die Klarissinnen konnten im Laufe des 19. Jahrhunderts die Anlage erweitern und bewohnten das Kloster bis 1974.