Fundada em 1946 como Faculdade de Administração do Nordeste em Harbin, Heilongjiang, a Universidade de Jilin se uniu a muitas universidades e faculdades e mudou seu nome várias vezes. Em maio de 1948, a Faculdade de Administração do Nordeste se fundiu com a Universidade de Harbin e foi renomeada Academia de Ciências do Nordeste. Em novembro de 1948, a Academia de Ciências do Nordeste foi transferida para Shenyang, Liaoning e restaurou o nome do Faculdade de Administração do Nordeste. Em 1950, foi renomeada como Universidade do Povo do Nordeste. Após o início da Guerra da Coréia, ela foi transferida para Changchun, Jilin . Em 1958, foi renomeada Universidade de Jilin.