1958年、ギニアは国民投票を経て他のアフリカ諸国に比べいち早くフランスから独立すると、日本は同年11月14日にこれを承認し、外交関係を樹立した。しかしその後、ギニアは旧宗主国であったフランスと1965年に断行を実施し、これを契機として初代大統領セク・トゥーレは社会主義体制を敷く。またマリやガーナと協力してアフリカ諸国連合を結成し、ギニアビサウ独立戦争の支援をきっかけにポルトガルとは戦闘を行うなど（緑海作戦）、西側先進国と外交的に距離を置いた。そのため日本との本格的な交流開始は1970年代まで待たなければならず、1972年12月に東京に駐日ギニア大使館が開設され、1976年1月にはコナクリに在ギニア日本国大使館を開設した。