Tras evitar el descenso, Racing comenzó el campeonato siguiente mostrando un bajo nivel. Sin embargo, con el correr de las fechas el equipo fue superándose, de tal manera que a 5 fechas del final del campeonato, el objetivo de 25 puntos establecido "a priori" para el campeonato parecía un hecho. A partir de ese momento el equipo se derrumbó, terminando el campeonato con 22 puntos y con la preocupación del descenso siempre latente. Zuculini continuó su carrera ascendente, convirtió su primer gol en primera en una goleada 4-1 a Rosario Central por la fecha 9. Su esfuerzo fue premiado con la convocatoria al Sudamericano Sub-20 disputado en Venezuela a comienzos de 2009. Allí formó parte de un plantel que no mostró el nivel histórico de la Selección Sub-20 y Argentina sorprendentemente no logró la clasificación para el Mundial de Egipto. Para colmo, Zuculini volvió a Buenos Aires desgarrado, lo cual lo alejó de las canchas durante las primeras fechas del Clausura 2009.