Mit dem Beginn des Zweiten Weltkriegs wurde die Selbständigkeit der baltischen Staaten sowie Finnlands immer mehr gefährdet. Im Sommer 1940 wurde Estland gemäß den Geheimvereinbarungen des Hitler-Stalin-Paktes von der Roten Armee besetzt. Die EKP und ihre Funktionäre fungierte von nun an als Unterorganisation der KPdSU. Noch in den 1950er Jahren wurden zahlreiche estnische Kommunisten aus ihren Ämtern vertrieben und durch russische Kommunisten estnischer Herkunft ersetzt.