През 2012 година Перес постига най-доброто си класиране като завършва на второ място в Малайзия и Италия. Освен това се качва на подиума още веднъж, завършвайки 3-ти в Канада. Успява да влезе в зоната на точките още четири пъти, пет пъти обаче завършва на 11-о място на косъм от точките. Завършва сезона на 10-а позиция с 66 точки. Неговият тим Заубер става 6-и със 126 точки.