Pierneef syntyi Pretoriassa hollantilaisille vanhemmille. Toisen buurisodan takia hänen perheensä päätti 1901 muuttaa takaisin Alankomaihin. Alankomaissa hän opiskeli Rotterdamse Kunsakademiessä, jossa häntä ohjasivat useat hollantilaiset taiteilijat. 18-vuotiaana hän muutti takaisin Pretoriaan. Hänen ensimmäisen näyttelynsä vuonna 1902 se sai pääosin hyvän vastaanoton. Vuonna 1927 Pretoriassa avattu Pierneefin näyttely sisälsi myös abstraktia taidetta, mutta näyttelyn saama huono vastaanotto sai taiteilijan palaamaan vanhaan tyyliinsä.