1992 року разом з іншими членами УНА-УНСО брав участь у Придністровському конфлікті на боці сепаратистів, нагороджений медаллю «За оборону Придністров'я». Десять років по тому медаль була вилучена під час обшуку Служба безпеки України. За словами Андрія Шкіля, у Придністров'ї він ставив перед собою завдання витиснути Росію з процесу переговорів.