Skottland hadde i mellomtiden forblitt et uavhengig kongedømme, men i 1603 endret det seg da den skotske kongen arvet den engelske krone, og således også den irske krone. 1600-tallet ble preget av politisk og religiøs uro og krig. Engelske kolonialisme i Irland ble forsterket med skotsk og engelsk innvandring til Ulster nord på øya. Den religiøse spenningen økte da den engelske konge kom i konflikt med parlamentet. Striden angikk toleranse overfor katolisismen. Den påfølgende borgerkrigen førte til en puritansk og revolusjonær republikk i England under Oliver Cromwell. Irland, som hovedsakelig var katolsk, forble tro mot kongen. Etter et tap mot parlamentets hær ble store landområder tatt fra lojalistisk, irsk adel og fordelt blant engelske kolonister som i løpet av de neste hundre år ble den nye herreklassen på Irland. Herskerklassen var protestantisk og styrte over en irsk, katolsk befolkning, noe som kom til prege irsk politikk årene framover. Da monarkiet ble gjenopprettet i England, fant kongen det politisk umulig å gjenopprette eierskapet til de tidligere landeierne på Irland. Den ærerike revolusjon i 1688 gjentok et tilsvarende tema: en katolsk konge som presset på for religiøs toleranse over katolikker i opposisjon til et protestantisk parlament i England. Kongens hær ble beseiret i slaget ved Boyne i 1690 og deretter i slaget ved Aughrim året etter på Irland. Det nye monarkiet fylte det irske parlamentet med en ny protestantisk elite som innførte økende intolerante straffelover mot irske katolikker.