La FSK y el Ejército de Liberación de Kosovo (ELK) cooperaron de varias maneras durante el conflicto de Kosovo. La FSK, operando junto con el SAS británico, fue la primera fuerza de operaciones especiales en entrar en Pristina. La misión de FSK era nivelar el campo de negociación entre las partes beligerantes, y afinar los acuerdos locales detallados necesarios para implementar el acuerdo de paz entre los serbios y los albaneses de Kosovo.