W 2000 roku rozpoczął się trzeci etap budowy metra. Pierwszym jego efektem było zlikwidowanie w 2003 roku stacji linii U2 Lerchenfelder Straße (patrz: Stacje wyłączone z użytkowania). W 2006 roku rozbudowano linię U1 w kierunku północnym na 4,6-kilometrowym odcinku Kagran – Leopoldau. W maju 2008 roku otwarto przedłużenie linii U2 do stacji Stadion ze względu na organizowane Mistrzostwa Europy w Piłce Nożnej. W październiku 2010 roku otwarto dalszą wschodnią część linii U2 do stacji Aspernstraße. Nowy odcinek miał długość 5 km.