Les résultats du CSBJ étant de plus en plus modestes, l'ASM Clermont Auvergne recrute Julien Bonnaire à l'été 2007, à l'aube de la Coupe du monde en France. Julien Bonnaire dispute six matches dans cette compétition et intègre l'effectif clermontois à l'automne. Clermont termine premier de la saison régulière mais tombe en finale face à l'armada du Stade toulousain (26-20), le au Stade de France. Il est retenu par le nouveau « patron » du XV de France, Marc Lièvremont, pour le Tournoi des Six Nations 2008 malgré un fort renouveau prôné par la nouvelle équipe. Le début de la saison 2008-2009 est moins bon pour l'ASM, ce qui explique probablement son absence en sélection pour les tests automnaux face aux nations du Sud et au Tournoi 2009, Lièvremont lui préférant Thierry Dusautoir, Fulgence Ouedraogo ou Imanol Harinordoquy. Il effectue son retour au Tournoi 2010, à la suite de très bonnes performances avec l'ASM. Remplaçant aux deux premiers matches, il est titularisé pour le troisième à la suite du forfait de Fulgence Ouedraogo. Il remporte alors son second Grand chelem. En 2011, il est sélectionné pour la Coupe du monde et prend part à tous les matches. Il est désigné "homme du match" en demi-finale contre les Gallois.