Juan debutta in Nazionale brasiliana nel 1998. L'anno successivo viene convocato dall'Under-20 per campionato mondiale di categoria, dove il Brasile è eliminato ai quarti di finale dall'Uruguay. Nel 2001 è tra i convocati per la Copa América 2001, dove la "Seleção" è sconfitta clamorosamente dall'Honduras nei quarti di finale, mentre l'anno successivo viene escluso dal C.T. Luiz Felipe Scolari dai convocati per il vittorioso Mondiale 2002 in Corea del Sud e Giappone.