Durant la Guerra Civil va formar part del Govern de la Generalitat, en aplicació de la seva consigna d'unitat de forces antifeixistes. El PSUC i la Generalitat van perseguir el POUM, i alguns grups anarquistes per la seva participació en els Fets de maig del 1937 a Barcelona. En l'exili francès col·laboraren en la resistència contra l'ocupació nazi, i alguns dels seus dirigents, com Josep Miret i Musté, moriren en camps de concentració.