江户的发展也伴随着包括火灾、洪水和地震在内的各种自然灾害，以及人为的突发事件。1657年3月2日至3月4日，江戶地區發生大火，波及多個地區，超過10萬人死亡，这次事件是日本史上死亡人数仅次于东京大轰炸和关东大地震的灾难，被称为明历大火。1668年的另一次火灾则持续了45天之久。1701年，元祿赤穗事件爆發，为给主君、赤穗藩藩主浅野长矩复仇，浅野长矩的首席家老大石内藏助带领赤穗家臣共47人在江戶城的松之大廊斩杀了旗本吉良義央，将吉良义央的首级供在泉岳寺主君墓前，在全国范围内产生了巨大影响，最終包括主事者大石内藏助在内，47人全部切腹自尽。