Arrêté le , dans la vague d'arrestations qui a suivi la tentative de coup d’État du 15 juillet 2016, il est accusé de « terrorisme » et de « tentative de renversement du gouvernement par un coup d’État », pour avoir fait passer « un message subliminal de coup d’État » lors d’un débat télévisé diffusé la veille de la tentative putsch. Le , la Cour constitutionnelle turque (AYM) a annoncé que sa détention était une « violation de droit », avant de se rétracter le de la même année. Son procès s'est ouvert le et le il a été condamné à la prison à la « perpétuité aggravée », ainsi que son frère Ahmet Altan et quatre autres personnes. Le mercredi , après 21 mois de prison, la justice décide de le libérer sous le régime de la "liberté conditionnelle". La sentence et sa condamnation à la réclusion à perpétuité n'ont pas été annulées et il reste interdit de quitter le territoire et devra pointer régulièrement auprès des autorités.