Lonis en su debut con la Selección Nacional de Fútbol, fue el mejor guardameta de la Copa de Oro de la Concacaf 1993y el de mayor cantidad de presencias en selección mayor, alcanzando las 76 presentaciones entre 1992 y 2002; no obstante, fue superado por Keylor Navas en los amistosos previos al Mundial 2018.Lonis fue el capitán de Costa Rica en la Copa Mundial de Fútbol de 2002.