З лютеранської церкви сформувалася найбільша конфесія Естонії після поширення в країні реформації в 20-х рр. XVI століття. До кінця XIX ст. лютеранські священики, як в міських, так і сільських парафіях в основному були німецькомовними. Після повалення царату 1917 року, Перший церковний конгрес лютеранської церкви визначив лютеранську церкву, як «вільну народну церкву». За даними перепису населення 1934 р., частка вірян, що належали до лютеранської церкви була приблизно 874 000 осіб, або ж, близько 4/5 жителів Естонської республіки. Через численність своїх парафіян, як Естонська євангелічно-лютеранська церква, так і Естонська Апостольсько-православна церква в 1934—1940 рр. мали особливий правовий статус. І тому неодноразово в лютеранській церкві помилково бачили «державну церкву».