Nella stagione 2003-2004 l'Inter lo cede in prestito all', neopromosso in massima serie. Con i marchigiani, oltre a esordire in Serie A nella partita Ancona- disputata il 2 novembre 2003, Pandev colleziona 20 presenze e una rete segnata il 7 dicembre 2003 in trasferta contro il Bologna.