Nach dem böhmischen Ständeaufstand von 1547 verpfändete König Ferdinand I. die Herrschaft Trautenau wiederum an Christoph von Gendorf, der auch das Amt des Burggrafen ausübte und die Trautenauer Burg zu einem Stadtschloss ausbaute. Streitigkeiten mit den Bürgern führten dazu, dass Gendorfer 1562 die Herrschaft Trautenau seiner Tochter Eustachie überschrieb. Sie übereignete Trautenau 1563 ihrem Schwiegersohn Wilhelm Mir(z)kowsky von (S)Tropczicz (Miřkovský von Stropčice), der die Stadt acht Jahre später mit der Begründung verlor, es gehöre der böhmischen Königin. Dadurch stieg Trautenau zur königlichen Stadt auf. Ende des 16. Jahrhunderts verkaufte die königliche Kammer die Herrschaft Trautenau, zu der neben dem Schloss, Mühlen und der Papiermühle 24 Dörfer gehörten, an die Stadt. Sie verlor wegen ihrer Beteiligung am böhmischen Ständeaufstand von 1618 zahlreiche Güter. Das Schloss wurde zwar während der Rekatholisierung an die Stadt restituiert, jedoch im Dreißigjährigen Krieg zerstört. Im Zweiten Schlesischen Krieg wurde Trautenau 1745 in Brand gesteckt.