同年12月31日釈放。在宅起訴となり、1995年3月の裁判で銃砲刀剣類不法所持と火薬類取締法違反で懲役3年（求刑5年）の実刑判決を受け、同年10月11日より札幌刑務所と函館少年刑務所で服役する。裁判では漫画評論家の呉智英などが証人として「いかに花輪が重要な漫画家なのか」をアピールしたが、初犯では異例の「執行猶予なしの実刑」という皮肉な結果となった。呉智英は、当時ソ連崩壊に伴い北海道沿岸でロシア人による銃器密売が問題になっていたことを挙げ、その「見せしめとして」このような結論が出されたと推察している。なお花輪のロシアからの密輸計画は、実際には資金問題で中止していた。当時の関係者は、判決が重過ぎるのではないかと控訴を予定していたが、花輪自身がこの決定を素直に受け入れた。この頃花輪は月刊アフタヌーン紙上において『天水』の連載中であったが、受刑のため休載し、再び休筆に入った。『天水』はのちに描き下ろしの最終回を含めた完全版として単行本が刊行された。