Vuonna 1401 alkoi taas sota ritarikuntaa vastaan, jonka puolella taisteli Liettuan hallintaa tavoitteleva Jogailan veli Švitrigaila. Liettuaa tuki kuitenkin paavi, joka kielsi vuonna 1403 ritarikuntaa hyökkäämästä Liettuaan. Kiellon jälkeen solmitussa Raciążin rauhansopimuksessa, jossa ritarikunta piti itsellään Žemaitijan mutta luopui tuestaan Švitrigailalle. Tämän jälkeen sotatoimien painopiste siirtyi itään, jossa taisteltiin mongolien ja rusilaisten ruhtinaiden lisäksi myös Vytautasin vävyn johtamaa Moskovaa vastaan. Moskova joutui luopumaan sodasta Kultaisen ordan Edigun hyökkäysten takia, joka oli puolestaan heikentynyt Timur Lenkin hyökkäyksissä siten, että Liettuan oli mahdollista vallata Vorsklajoen taistelussa menettämänsä alueet takaisin. Idässä saavutetun rauhan jälkeen alkoivat sotatoimet taas lännessä. Žemaitija kapinoi ritarikuntaa vastaan 1409 ja Vytautas lähetti joukkonsa auttamaan kapinallisia. Puola liittyi sotaan ja kesällä 1410 Jogailan ja Vytautasin johtamat joukot etenivät ritarikunnan maille. Liettualais-puolalaiset joukot saavuttivat voiton ritarikunnasta Tannenbergin taistelussa ja vaikka taisteluun osallistuneiden joukkojen johtaja plikin Jogaila, oli voitto paljolti kiinni Vytautasin joukkojen toiminnasta. Taistelun tuloksena solmittiin Thornin rauha, jolla ritarikunta luopui alueistaan Žemaitijassa. Rauhasta ei kuitenkaan tullut kestävä sillä Vytautas vaati vielä kaikkia ritarikunnan alueita Niemen-joen pohjoispuolelta.