Однако методы повстанцев вызывали у него отвращение и полного взаимопонимания между Не Шичэном и ихэтуанями достичь не удалось. В ходе конфликта с руководителями повстанцев Не Шичэн настоял на том, чтобы ихэтуани перестали истреблять китайских христиан и пошли на штурм Тяньцзиня, оборонявшегося иностранными (преимущественно русскими) войсками. Когда же ихэтуани не смогли выполнить поставленную задачу, Не Шичэн приказал своим солдатам открыть огонь по мятежникам, что вынудило повстанцев отойти от Тяньцзиня. С этого момента и до самого конца сражения за Тяньцзинь всю тяжесть боев вынес на себе корпус Уи.