מאוחר יותר, באוקטובר של שנת 2006, ניצח קראמניק את אלוף העולם המכהן של ארגון פיד"ה וסלין טופאלוב, והפך בכך לאלוף העולם הרשמי והבלתי מעורער. דו-קרב זה עורר שערורייה בעולם השחמט כאשר טופאלוב האשים את קראמניק בשימוש בעזרה חיצונית. לפי טופאלוב, קראמניק היה הולך לשירותים ומתייעץ עם מחשב שחמט חזק. טופאלוב אף פרסם ספר על הדו-קרב, בו הוא מתאר את גרסתו. כעבור שנה בספטמבר 2007, באליפות העולם במקסיקו, הפסיד קראמניק לוישוואנתן אנאנד והודח מתוארו.