Під час придушення Празької весни-1968 — військової агресії проти Чехословаччини з боку СРСР та декількох країн ОВД улітку 1968 року будівля Національного музею була частково ушкоджена, причому деякі зі слідів від куль лишаються і до тепер (2000-ні).