В 1347 году эпидемия чумы нанесла сильнейший урон населению и экономике всего Египта. В 1365 году флот Кипрского королевства крестоносцев захватил и разграбил Александрию. В XIV веку арабы отстроили часть Александрийского маяка, но в конце XV века султан Кайт-бей воздвиг на его месте крепость. В XIV—XV веках в городе поселилось немало еврейских беженцев из Испании, включая купцов, ремесленников, раввинов и учёных. В 1439 году александрийский патриарх Филофей I присоединился к Флорентийской унии, признав наряду с остальными восточными патриархами нововведения Рима каноническими, но вскоре уния Восточной (православной) и Латинской (католической) церквей была отвергнута.