Tatsächlich regierte die BNBCC das Gebiet bis zum 1. Januar 1942. Nach der Invasion war Nordborneo bis 1945 unter japanischer Herrschaft. Die bewaffneten Kräfte der Gesellschaft waren gerade einmal 650 Mann stark und kaum in der Lage, der Invasion Widerstand entgegenzusetzen. Während der Besatzungszeit wurden die Europäer interniert, und die öffentlichen Einrichtungen stellten ihren Dienst ein. Armut, Krankheit und Unterernährung waren in jener Zeit an der Tagesordnung.