A principios de marzo, estando la flota republicana fondeada en el puerto de Cartagena, el recién nombrado Almirante informó al presidente Negrín que una comisión representativa de las tripulaciones de la flota había constatado la imposibilidad de ganar la guerra, solicitando de nuevo al Gobierno que pactara un acuerdo de paz con Franco a fin de evitar el más que probable bombardeo aéreo sobre las ya indefensas unidades de guerra republicanas. Sin embargo, nuevamente su petición fue ignorada por Negrín, que además nombró al comandante comunista Francisco Galán como jefe de la Base naval de Cartagena para asegurarse de su fidelidad, lo que causó una gran indignación en la Armada republicana y su mandos. Tanto Buiza como el comisario general de la Armada, Bruno Alonso, pensaron atacar la ciudad y los cuarteles generales. Lo cierto es que Buiza era conocedor, si acaso es que no participaba en la misma, de la conspiración que se estaba desarrollando entre algunos militares y dirigentes republicanos contra el Gobierno de Negrín, pero no pudo evitar el estallido de una sublevación en la base de Cartagena, seguida por gran parte la guarnición militar de la ciudad. En medio de esta situación, el 5 de marzo de 1939 ordenó la partida de la flota republicana desde Cartagena, con lo que la República perdía sus tres cruceros, ocho destructores y otras unidades menores. Una vez en alta mar, Buiza y las tripulaciones de los barcos decidieron poner rumbo a la base naval de Bizerta, en Túnez, donde se entregaron a las autoridades militares francesas.