Poté co porazil Unii v druhé bitvě u Bull Runu, zahájil sebejistý Lee invazi na sever, kterou McClellan zastavil v krvavé bitvě u Antietamu. Navzdory tomu byl McClellan zbaven velení kvůli tomu, že odmítl pronásledovat Leeovu otřesenou armádu. Další velitel, generál Ambrose Burnside, utrpěl roku 1862 ponižující porážku od slabší Leeho armády v bitvě u Fredericksburgu, což způsobilo další výměnu velitelů. Lee znovu zvítězil v bitvě u Chancellorsville v květnu 1863, přišel v ní však o svého nejlepšího velitele, generála Stonewalla Jacksona. Lee se však příliš soustředil na východní oblast a ignoroval hrozbu Unie na západě. Lee napadl Pensylvánii aby získal zásoby a demoralizoval Sever. Během pravděpodobně rozhodujícího momentu války byla Leeova armáda těžce poražena v bitvě u Gettysburgu 1.–3. července 1863, a jen s obtížemi se jí podařilo vrátit zpět do Virginie.