Για περισσότερα από διακόσια χρόνια, η Σαμογιτία έπαιξε κεντρικό ρόλο στους πολέμους της Λιθουανίας με τις σταυροφορίες των Τευτόνων ιπποτών (Τευτονικό Τάγμα και Τάγμα των Αδελφών του Ξίφους). Το 1229 ξεκίνησαν οι εισβολές στη Λιθουανία. Οι συνδυασμένες στρατιωτικές δυνάμεις πραγματοποίησαν πολυάριθμες εκστρατείες κατά των Σαμογιτών και των Λιθουανών. Οι Σάουλε (1236), Σκουόντας (1239), Ντούρμπε (1260), Λιεβάρντε (1261) είναι μερικές από τις μάχες που έλαβαν χώρα. Δεδομένου ότι η Σαμογιτία ήταν η τελευταία παγανιστική περιοχή στην Ευρώπη που είχε μείνει έπρεπε να κυριευθεί και να εκχριστιανιστεί, οπότε το Τευτονικό Τάγμα το θεώρησε την τελευταία του αποστολή. Μεταξύ του 1345 και του 1382, οι Τεύτονες Ιππότες επιτέθηκαν 70 φορές στη Σαμογιτία από την Πρωσία, ενώ το Λιβονικό Τάγμα του Ξίφους πραγματοποίησε 30 στρατιωτικές διώξεις. Χρόνο με το χρόνο, φρούρια καταστράφηκαν, αγροκτήματα και καλλιέργειες κάηκαν, γυναίκες και παιδιά έγιναν σκλάβοι και οι άνδρες σκοτώθηκαν. Παρά τις προσπάθειές τους, οι Σαμογίτες κατάφεραν να υπερασπιστούν τα εδάφη τους μέχρι την αποφασιστική Μάχη του Γκρούνβαλντ ή μάχη του Ζαλγκίρις, όπου οι ενωμένες Πολωνο-Λιθουανικές δυνάμεις νίκησαν το Τεύτονικό Τάγμα και έληξαν την εποχή των σταυροφοριών.