В дальнейшем страна пережила ещё несколько попыток переворота, в результате которых в стране устанавливалась военная диктатура. В 1987 году к власти пришёл майор Пьер Буйоя, в годы правления которого начались серьёзные этнические столкновения между тутси и хуту. На состоявшихся 1 июня 1993 года первых в истории страны демократических президентских выборах главой государства стал представитель хуту Мельхиор Ндадайе, который вскоре был свергнут и убит военными тутси. В стране началась гражданская война между двумя этническими группами. Однако вскоре наступило небольшое затишье, и в 1994 году Национальное собрание избрало нового президента Сиприена Нтарьямиру, скорая гибель которого вызвала новую волну межэтнических столкновений. На фоне этих беспорядков в июле 1996 года произошёл новый военный переворот, и к власти пришёл тутси майор Пьер Буйоя. ООН и ОАЕ осудили новый военный режим и ввели против Бурунди ряд экономических санкций.