ביוני 1942, הביסו כוחות הציר את בעלות הברית בקרב גזאלה והתקדמו לצפון-מערב מצרים. ביוני, התייצבה הארמייה השמינית הבריטית במרחק של 100 ק"מ בלבד ממערב לאלכסנדריה, בסעיף מסילת הברזל של אל עלמיין והדיוויזיה התשיעית קודמה כדי לתגבר את הכוחות הבריטים. חיל החלוץ של הדיוויזיה הגיע לאל עלמיין ב-6 ביולי ועל הדיוויזיה הוטלה האחריות על הגזרה הצפונית של קוו ההגנה של בעלות הברית. הדיוויזיה התשיעית לקחה חלק משמעותי בקרב אל-עלמיין הראשון שבלם את התקדמותם של כוחות הציר, אף על פי שבאזור החוף נגרמו אבדות כבדות, כולל גדוד חיל הרגלים ה-2/28 בשלמותו, שנפל בשבי ב-27 ביולי. בעקבות קרב זה נותרה הדיוויזיה בקצהו הצפוני של קו אל עלמיין והיא הוציאה מתקפות דיוויזיוניות במהלך קרב עלם חלפה בראשית ספטמבר.