In de precolumbiaanse periode was Atoyac het centrum van de Mezcalacultuur. Verschillende prominenten uit de Mexicaanse Onafhankelijkheidsoorlog waren afkomstig uit Atoyac, waaronder de latere president Juan N. Álvarez, waarnaar de plaats is genoemd. In 1967 ontstond in Atoyac de Partij van de Armen, een guerrillabeweging geleid door de charismatische Lucio Cabañas.