Перша половина 2000-х років стала для "Aloha Airlines" смугою суцільних невдач. Економічна стагнація в Японії, терористичні акти 11 вересня 2001 року, паніка через епідемію вірусу атипової пневмонії 2003 року та істотне підвищення цін на паливо призвели авіакомпанію до важкому фінансовому кризі. 30 грудня 2004 року "Aloha Airlines" оголосила себе банкрутом, скориставшись положеннями Глави 11 Кодексу США про банкрутство комерційних компаній. Після переукладання трудових договорів з працівниками авіакомпанії, отримання додаткових інвестицій від фінансових інвесторів і оптимізації доходів і витрат 17 лютого 2006 року "Aloha Airlines" зуміла вийти зі стану банкрутства, а 30 серпня 2006 року Головою ради директорів авіакомпанії був призначений топ-менеджер корпорації Boeing Гордон Бетюн.