El 2 de gener, Abbey va fer el seu rècord en una cursa de 3000 metres a la Universitat de Boston amb 8:51.88 El 12 de març, Abbey D'Agostino es va col·locar segona en dones en 3000 metres amb 8:57.31 als Campionats dels EUA en camp i pista 2016 de 3000 metres. Va acabar amb un temps de 8:58.40 els 3000 metres als Campionat del Món d'atletisme en pista coberta de 2016 on fou cinquena. El 17 de juny, Abbey D'Agostino fou tercera als 5000 metres als Jocs de Boston d'Adidas de 2016 amb un temps de 15:22.29.