בין מאי ויוני 1999 אירעה בחבל מלחמת קרגיל, לאחר שחיילים ופעילים פקיסטנים חמושים עברו את קו הפסקת האש בין המדינות. בקרבות נהרגו מאות חיילים פקיסטנים והודים ובסיומם נסוגו הפקיסטנים בלחץ אמריקני לגבול הבינלאומי, והצדדים חתמו על הפסקת אש. עם זאת מעשי הטרור בחבל קשמיר לא פסקו.