In der Hallensaison 2006 belegte Niklaus beim Einladungswettkampf in Tallinn mit 6067 Punkten den zweiten Platz hinter dem punktgleichen Roman Šebrle. Fünf Wochen später steigerte sich Niklaus bei den Hallenweltmeisterschaften in Moskau auf 6192 Punkte und wurde Weltmeister im Siebenkampf vor Bryan Clay mit 6187 Punkten und Roman Šebrle mit 6161 Punkten. In den Einzeldisziplinen erzielte er folgende Leistungen: 60 Meter 7,06 s, Weitsprung 7,64 m, Kugelstoßen 14,41 m, Hochsprung 2,07 m, 60 Meter Hürden 8,14 s, Stabhochsprung 5,30 m, 1000 Meter 2:47,80 min. Damit rangiert er in der deutschen Bestenliste auf Platz zwei hinter Frank Busemann, der 2002 in Tallinn 6291 erreichte.