Ces derniers sont contraints à la fuite à la suite du coup d'État du 18 fructidor an V (le ). Les élections sont cassées dans le Rhône, des autorités énergiques remplacent les précédentes, accusées de ne pas avoir suffisamment combattu les contre-révolutionnaires. Durant les deux dernières années de la Révolution française, les autorités s'échinent sans succès à instiller l'idéologie républicaine à une population qui n'adhère pas. Elles tentent également de contrer les libelles monarchistes et contre-révolutionnaires, sans grand succès. Un dernier complot est ourdi en par l'anglais William Wickham, mais il sera arrêté par la victoire de Masséna à Zurich.