Tijdens de Duitse bezetting (februari-november 1918) verbleef Päts in diverse gevangenkampen. Op 17 november 1918, na de Duitse capitulatie, werd hij vrijgelaten. In Estland was inmiddels op 12 november 1918 Päts' functie hernoemd van ‘voorzitter van de ministerraad’ in ‘minister-president’. Hij werd tevens minister van Binnenlandse Zaken. Op 27 november 1918 (hij was inmiddels terug in Tallinn), verruilde hij de functie van minister van Binnenlandse Zaken voor die van minister van Defensie. Zo kreeg hij de taak om leiding te geven aan de Estse Onafhankelijkheidsoorlog.