ワイオミングへの移民や開拓者の流入は先住民との遭遇の機会を増やし、トレイル沿いには軍隊の駐在が増えて行った。のような軍事基地は地域の秩序を保つために設立された。1851年、がアメリカ合衆国と先住民族代表との間で取り交わされ、平和とトレイルに沿った開拓民の安全を確保した。1850年代はその結果静穏だったが、開拓者が先住民族に約束された土地に進入するようになって再び緊張関係が持ち上がり、特に1851年の条約で先住民族に約束されたパウダーリバー・カントリーの猟場を通るボーズマン・トレイルが1864年に開通してからはひどくなった。開拓者と先住民族の軋轢が1865年にはより深刻になっていたので、グレンビル・M・ドッジ少将は暴力沙汰を鎮めるために最初のパウダーリバー遠征を命じた。この遠征はタングリバーの戦いでアラパホ族と戦闘して終わった。翌年、闘争はワイオミングにおける最初のアメリカ合衆国と先住民族の大きな軍事衝突であるレッドクラウド戦争にまで高まった。1868年のはパウダーリバー・カントリーから白人を締め出すことで戦争を終わらせた。ブラックヒルズの鉱夫達によるこの条約の侵犯によって1876年のブラックヒルズ戦争が起こり、主にワイオミングとモンタナの州境沿いで戦われた。