Il 27 agosto 1862, a 19 anni, Albert Pope entrò nella Union Army al 35th Massachusetts Volunteer Regiment, come sottotenente. L'unità attraversò il Potomac il 7 settembre, e pochi giorni dopo, combatté la Battaglia di Antietam. Il 35th Massachusetts andò contro i Stati Confederati d'America e raggiunse le linee nemiche prima del ritiro comandato. 79 uomini morirono nella compagnia di Pope. Pope sopravvisse al colera, e combatté la battaglia di Fredericksburg, la battaglia di Vicksburg, e la campagna di Knoxville. Si congedò Capitano, con titolo onorifico di Lieutenant-Colonel per distinzione in servizio.