Der Einsatz von Atomwaffen hat zu einer ganzen Reihe langjähriger Debatten geführt. Kurz nach ihrem Einsatz ergab eine Umfrage, dass 85 Prozent der amerikanischen Bevölkerung den Einsatz von Kernwaffen befürwortete, und es war in der Kriegsgeneration eine weitverbreitete Annahme, dass ihr Einsatz Millionen von Leben gerettet hat. Im Verlauf der Jahre nahm die Kritik an den Abwürfen konsequent zu. Argumente, die gegen diese gesprochen hätten, sind, dass Japan sowieso kapituliert hätte und die Bomben nur als Einschüchterung gegen die Sowjetunion oder um die Existenz und die hohen Kosten des Manhattan Project zu rechtfertigen, eingesetzt worden seien. Laut einer 1994 durchgeführten Umfrage unterstützten noch 55 % der Amerikaner den Einsatz der Bomben gegen Hiroshima und Nagasaki. Bei den ab 1947 stattfindenden Tokioter Prozessen verurteilte der indische Richter Radhabinod Pal als einziger die Atombombenabwürfe. Er begründete seine Kritik unter anderem dadurch, dass die japanische Führung nicht gemeinschaftlich und direkt Kriegsgräuel angeordnet habe, der Befehl zum Abwurf der Bomben aber das beste Beispiel einer direkten Anweisung zu “rücksichtslosem Morden” während des Pazifikkriegs darstelle. Seit damals haben viele japanische Wissenschaftler wie Yuki Tanaka und Tsuyoshi Hasegawa den Einsatz von Atomwaffen als unmoralisch und Kriegsverbrechen gewertet. Im Gegensatz hierzu haben Präsident Truman und spätere Historiker wie beispielsweise Paul Fussell damit argumentiert, dass die Angriffe gerechtfertigt gewesen seien, da sie die Japaner zur Kapitulation gebracht hätten.