Il Consiglio dei Commissari del Popolo stesso nominò il capo supremo dell'Armata Rossa, delegando il comando e la gestione dell'esercito al Commissariato per gli Affari Militari e all'Istituto Speciale di Tutte le Russie di questo commissariato. Nikolaj Krylenko fu il primo comandante in capo supremo, con Aleksandr Mjasnikjan come vice. Nikolaj Podvojskij divenne il commissario per la guerra, Pavel Dybenko commissario per la flotta. Anche Prošjan, Samouskij, Steinberg furono indicati come commissari del popolo così come Vladimir Bonč-Bruevič dall'Ufficio dei Commissari. Nel corso di una riunione congiunta di bolscevichi e socialisti rivoluzionari di sinistra, tenutosi il 22 febbraio 1918, Krylenko commentò: "Non abbiamo più un vero esercito. I soldati demoralizzati fuggono, presi dal panico, non appena vedono un elmetto tedesco apparire all'orizzonte, abbandonando la loro artiglieria, i convogli e tutto il materiale di guerra all'avanzata inesorabile del nemico. Le unità delle Guardie Rosse vengono spazzate via come mosche. Non abbiamo alcun possibilità di continuare la guerra, solo una firma immediata del trattato di pace ci salverà dalla distruzione".