Obsédé par la qualification pour la première Coupe du monde de son histoire finalement manquée, le Mali passe complètement à côté de ses qualifications pour la Coupe d'Afrique des nations 2006 en finissant avant-dernier de son groupe mais se rattrape en terminant en tête de sa poule de qualification pour la CAN 2008. Mais dans un groupe constitué notamment de la Côte d'Ivoire et du Nigeria l'affaire semble compliquée. Contre le Bénin, Keita et les siens s'imposent de justesse 1-0 avant de faire match nul contre les "Super Eagles", 0-0. En ballotage favorable puisque le Nigeria ne compte qu'un nul et une défaite, Seydou Keita et ses partenaires n'ont besoin que d'un point, et peuvent même se satisfaire d'une défaite si elle n'est pas trop large en cas de victoire nigériane sur le Bénin. Mais face à l'ogre du groupe, Keita, une nouvelle fois titulaire, se fait écraser par les "Éléphants" 3-0, terminant du groupe à la différence de but se faisant dépasser par le Nigeria.