El 1990 Advocaat va tornar a ser assistent de Michels, que havia estat cridat per quarta vegada per entrenar la selecció de futbol dels Països Baixos durant la fase de classificació per disputar l'Eurocopa del 1992. En el transcurs d'aquesta competició, es va fer evident que es tractava de l'última feina de Michels com a entrenador, i just després de la competició Advocaat va esdevenir el nou seleccionador nacional. Advocaat va perdre els seus dos primers partits com a seleccionador: un amistós contra Itàlia, i un partit de classificació per la Copa del Món de Futbol de 1994 contra Noruega. En el transcurs d'aquesta fase classificatòria, Advocaat i Ruud Gullit es van barallar; Gullit no estava satisfet amb la tàctica emprada per Advocaat en un partit contra Anglaterra i la seva substitució abans del final. Després d'això, Gullit es va retirar de la selecció nacional, esperant que la seva acció provoqués l'acomiadament d'Advocaat aquell estiu. Advocaat va aconseguir la classificació per al Mundial després d'una victòria contra Anglaterra. Tot i el resultat, Advocaat estava a punt de perdre la seva feina davant de Johan Cruyff, que va ser escollit per entrenar l'equip de cara al Mundial. No obstant, les converses entre Cruyff i la Reial Associació de Futbol dels Països Baixos es van trencar en l'últim minut, de manera que Advocaat va mantenir el càrrec, provocant que Gullit seguís sense jugar amb la selecció. A la Copa del Món, Advocaat va aconseguir arribar fins als quarts de final, que va perdre per 3-2 contra el Brasil, que es convertiria poc després en la guanyadora del torneig.