Berisha este din Kosovo, dar poate reprezenta Albania datorită etniei sale albaneze și a fost chemat pentru prima dată la echipa națională în 2012 de către antrenorul italian Gianni De Biasi, unde și-a făcut debutul internațional împotriva Iranului la 27 mai 2012. Inițial el era rezerva lui Samir Ujkani, dar după doar câteva meciuri el a devenit titularul Albaniei, astfel că Ujkani a ales să-și schimbe naționala și să joace pentru Kosovo în 2014. A jucat un rol instrumental în calificarea Albaniei la primul său turneu internațional major, cea la Euro 2016, devenind unul din jucătorii preferați ai suporterilor.