Nilsson begann seine Karriere als Langläufer. Bei den Junioren-Weltmeisterschaften 2001 im polnischen Karpacz wurde er im Sprint 40. und belegte über 30 Kilometer in der freien Technik den 58. Rang. Ein Jahr später wurde er bei den Junioren-Weltmeisterschaften in Schonach im Schwarzwald über 10 Kilometer in der freien Technik Sechster. Nachdem er bis 2004 nur vereinzelt in unterklassigen FIS-Rennen eingesetzt worden war, wechselte er zum Biathlon über.