Одновременно Иран продолжал наращивать военную мощь «Хезболлы» в Ливане — процесс, масштаб которого стал ясен лишь в 2006 году в ходе Второй ливанской войны. Во время этой войны Израиль, привыкший бороться с мелкими подпольными ячейками и разрозненными отрядами, обнаружил, что ему противостоит хорошо вооружённая армия, целенаправленно обученная ведению партизанской войны. На вооружении «Хезболлы» оказалось не только современное индивидуальное оружие и ракеты, в радиусе действия которых оказалась Хайфа, но и противокорабельные ракеты C-802 китайского производства, одной из которых был повреждён корвет израильских ВМС. В ходе войны Израилю не удалось эффективно ликвидировать угрозу со стороны «Хезболлы»; как и иранский ядерный потенциал, она представляет собой угрозу для безопасности Израиля даже в глазах его умеренных кругов. Уже после Второй ливанской войны израильский флот перехватывал в Средиземном море суда с оружием иранского производства (или идущие из иранских портов), по-видимому, предназначенные для переоснащения «Хезболлы» (в частности, в 2009 году) и вооружения «Хамаса» (в том числе в 2014 году). Из Ирана также звучали заявления о готовности организовать вооружённую охрану морских конвоев с грузами для блокированного сектора Газа, что должно предотвратить повторение произошедшего в 2010 году захвата судов аналогичной флотилии израильским спецназом. По данным органов безопасности граничащего с Ираном Азербайджана, связанные со Стражами Исламской революции элементы участвовали в подготовке нападений на израильское посольство и еврейские культурные объекты в этой стране. Помимо этого, в 2012 году также была зафиксирована целая серия покушений на израильских дипломатов в других странах (Индии, Грузии и Таиланде), которые международная следственная комиссия также связывала с Ираном.