Kiedy port przeniesiono w dół rzeki budynek przestał być używany jako komora celna i zaczęto używać go jako siedziby lokalnego rządu. Podczas wojny o niepodległość w 1921 Irlandzka Armia Republikańska spaliła budynek "świętując" zwycięstwo Sinn Féin w wyborach. Oryginalne wnętrza projektu Gandona zostały doszczętnie zniszczone przez pożar, a wieża z kopułą zawaliła się. Ogień zniszczył też liczne dokumenty i historyczne archiwa. Mimo osiągnięcia celu, jakim było zniszczenie budynku, IRA podczas ataku na Custom House i późniejszego odwrotu straciła wielu żołnierzy. Po podpisaniu traktatu angielsko-irlandzkiego budynek został odbudowany przez rząd Wolnego Państwa Irlandzkiego. Ślady odbudowy widoczne są do dziś. Rząd promując lokalne materiały użył do odbudowy irlandzkiego wapienia z Ardbraccan, który jest ciemniejszy niż pierwotny kamień z wyspy Portland.