У національній збірній Узбекистану Карпенко дебютував 2 квітня 2003 року в нічийному (2:2) товариському матчі проти Білорусі. З 2003 року зіграв 61 матч у національній команді, в яких відзначився 4-а голами, в тому числі провів по 7 матчів в кваліфікаційних турнірах чемпіонату світу 2006 та 2010 років. У 2007 році Рауф Інилеєв викликав Віктора для участі на Кубку Азії 2007 року. На цьому турнірі зіграв 3 матчі: з Малайзією (5:0), з Китаєм (3:0) та чвертьфінальний проти Саудівської Аравії (1:2). Востаннє у складі збірної Узбекистану виходив на футбольне поле 29 травня 2014 року в товариському матчі проти Оману.