1988 wechselte er nach der Trennung von Williams und Motorenlieferant Honda zu Lotus-Honda, wo er wiederum einen gutdotierten Zweijahresvertrag unterschrieb; dieser Wechsel bedeutete den Abstieg in seiner Karriere, denn beim stagnierenden Lotus-Team blieben ihm die früheren Erfolge versagt und er zählte nie mehr zu den Anwärtern auf den Weltmeistertitel. 2013 sagte er in einem Interview dazu: „Dem Lotus 100T mangelte es so sehr an Torsionsfestigkeit, dass es nicht mal den Versuch wert war, das Problem zu lösen.“ Piquets Reputation litt zusehends und in den folgenden Jahren wurde er vor allem von der britischen Presse heftig kritisiert. Der ehemalige Weltmeister und damalige TV-Kommentator James Hunt legte ihm Mitte 1989 in einer Kolumne öffentlich seinen Rücktritt nahe. Für die Saison 1990 unterschrieb Piquet stattdessen einen leistungsbezogenen Vertrag beim Benetton-Team, der ihm 100.000 Dollar pro WM-Punkt einräumte; Piquet fuhr eine starke Saison und gewann die beiden letzten WM-Läufe in Suzuka und Adelaide; am Ende der Saison war er Dritter in der Fahrerweltmeisterschaft. 1991 wechselte das Benetton-Team von Goodyear zu Pirelli und engagierte anstelle des verunglückten Alessandro Nannini Piquets Landsmann und Freund Roberto Moreno. Piquet errang beim Rennen im kanadischen Montreal seinen letzten Sieg. Ende 1991 verlängerte Benetton seinen Vertrag nicht mehr, nachdem Teamchef Flavio Briatore das junge Talent Michael Schumacher verpflichtet hatte.