Он начал свою военную карьеру в 1651 году, приняв участие в битвах против восставших казаков под Берестечком и Белой Церковью. В кампании 1653 года Ян Сапега участвовал в полку под командованием Яна Фердинанда Сапеги. В 1654 году после смерти своего старшего брата Казимира Мельхиада Ян Фердинанд получил казацкую хоругвь.