תחת המאמן החדש, הפגינה צ'כיה יכולת מרשימה במוקדמות יורו 2000. ברגר היה שותף בכל עשרת משחקיה של צ'כיה במוקדמות, אותם סיימה במאזן מושלם של עשרה ניצחונות. עם זאת, במשחק העשירי והאחרון של שלב המוקדמות, בניצחון הביתי 2-0 על איי פארו, הורחק ברגר בכרטיס אדום שגרר הרחקה משני המשחקים הראשונים של טורניר הגמר. עם זאת, ברגר זומן על ידי צ'ובאנץ לסגל צ'כיה לקראת הטורניר. בהיעדרו של ברגר, נוצחה צ'כיה 1-0 על ידי ו-2-1 על ידי צרפת. ברגר חזר מהשעיה ועלה בהרכב בניצחון 2-0 על , שלא הספיק לצ'כים כדי לעלות לרבע הגמר.