Messi marcou seu primeiro gol no ano de 2020, em 09 de janeiro, na partida contra o Atlético de Madrid, pelas semifinais da Supercopa da Espanha de 2019–20, onde o Barcelona foi eliminado, perdendo por 3–2, gerando muito indignação da torcida com o time e com o então treinador Ernesto Valverde, que foi demitido em 13 de janeiro e substituído por Quique Setién. Pela sua primeira partida no comando do novo treinador, contra o Granada, em 19 de janeiro, "Leo" marcou o único gol da vitória de um 1–0. Ele voltou a marcar em 30 de janeiro, marcando dois gols da vitória de 5–0 sobre o Leganés pela sua primeira partida na Copa do Rei, sendo esta vitória sua 500.º pelo Barcelona. Em 2 de fevereiro, Messi deu duas assistências para os dois gols do jovem Ansu Fati, na partida contra o Levante, pela La Liga, em que o Barcelona ganhou por 2–1. Após o "Barça" ser eliminado pelo Athletic Bilbao, nas quartas-de-finais da Copa do Rei, Messi e Barcelona voltaram a jogar no dia 9 de fevereiro pela La Liga, contra o Real Betis, no Estádio Benito Villamarín. Foi muito ativo no jogo, participando de todos os gols de seu time ao distribuir três assistências na vitória do "Barça" por 3–2. Em 17 de fevereiro, Messi fez história ao ser o primeiro jogador de futebol a receber o Prêmio Laureus de atleta do ano (2020). Mesmo não estando presente na cerimonia em Berlim, "Leo" agradeceu pelo prêmio nas redes sociais. O argentino voltou a marcar apenas em 22 de fevereiro, quando marcou quatro gols na vitória do Barcelona por 5–0 sobre o Eibar, encerrando o jejum de quatro jogos sem marcar que não acontecia há seis anos e ao final da partida foi eleito o "King of the Match." Pelo primeiro "El Clássico" da década, Messi teve uma atuação discreta e o Barcelona perdeu para o Real Madrid por 2–0, no Santiago Bernabéu. "Leo" voltou a marcar apenas no dia 8 de março, na vitória contra a Real Sociedad por 1–0, gol de pênalti aos 81 minutos.