Der Prozess wurde von Anfang an und seitdem wiederholt scharf kritisiert. So mangelte es vielen an der Anklage beziehungsweise dem Schuldspruch beteiligten amerikanischen Offizieren an Fronterfahrung und sie hatten vorher, wenn überhaupt nur eine ungenügende Ausbildung in den Rechtswissenschaften erhalten. Darüber hinaus beklagten die Verteidiger Yamashitas, dass sie zu wenig Zeit zur Vorbereitung der Verteidigung ihres Mandanten erhalten hätten und Anträge auf eine Verschiebung des Prozessbeginns abgelehnt oder ignoriert wurden. Die Beteiligung vieler auf Rache für die japanische Besetzung sinnender Filippinos sowie die Auswirkungen langjähriger verhetzender Propaganda gegen Yamashita heizten die Stimmung während des Prozesses so weit auf, dass der Schiedsspruch des Gerichts als nicht objektiv gilt. Beispielsweise hatte die britische Propaganda Yamashita seit der Eroberung Singapurs exzessiv als "barbarischen Affen" karikiert. Vielfach wird der Prozess auch als Privatfehde von Douglas MacArthur gesehen, der sich so für die japanische Besetzung „seiner“ Philippinen rächen wollte. Darüber hinaus verlangte er, dass in diesem ersten Kriegsverbrecherprozess gegen einen Japaner ein Exempel statuiert, und als Vorbild für eine harte Abhandlung anderer Angeklagter in den bevorstehenden Tokioter Kriegsverbrecherprozessen dienen sollte.