ב-1862 הוקמו 14 בתי הקברות הלאומיים הראשונים. ב-1863 נחנך בית הקברות בשדה הקרב של גטיסברג וב-1864 נוסד בית הקברות הלאומי המפורסם ביותר, בארלינגטון שליד וושינגטון הבירה. עד 1872, על רקע המאמץ להביא לקבורה את כל חללי מדינות האיחוד במלחמה, גדל מספרם של בתי הקברות הלאומיים ל-74. דמויות מפתח בהקמתם בשנים אלו היו קצין האפסנאות הראשי של צבא האיחוד מונטגומרי מיגס (Montgomery Meigs) ופקודו אדמונד ברק ויטמן (Edmund Burke Whitman).