Den 4 juli 1568 gifte sig Erik XIV med Karin Månsdotter och dagen efter kröntes hon till drottning. Deras gemensamma son Gustav, som fötts i januari samma år, blev officiell tronarvinge. Hertig Karl och hans bror Johan närvarade inte vid vigseln och kröningen. Istället begav de sig fem dagar senare från Eskilstuna kungsgård, som tillhörde Karl, tillsammans med några medlemmar ur adeln och trehundra av Karls ryttare mot Östergötland. Där intog de Vadstena slott. Ytterligare medlemmar ur adeln anslöt där till hertigarnas uppror. Hertig Karl drog vidare till Stegeborg, där slottet gav sig utan strid, och sedan vidare till Norrköping som han också erövrade. Under tiden utropade sig hertig Johan till riksföreståndare och uppmanade adeln och allmogen till allmänt uppror mot Erik. Bröderna utverkade även ett stillestånd i kriget med Danmark och avlönade de utländska legoknektar som inte fått ut sin sold av kungen. Innan kungen organiserat något motstånd mot upproret hade bröderna erövrat fler slott och städer och i slutet av juli intog Karl Nyköpingshus. Under augusti fortsatte upprorsarmén norrut genom Södermanland och strider utkämpades med kungens trupper. Erik vann ett slag mot hertigarna i Botkyrka socken men upprorsarmén kringgick kungens armé genom att gå över Mälaren och sedan via Västerås och Uppsala marschera mot Stockholm norrifrån. I mitten av september gjorde de halt på ängarna norr om Stockholm. Förhandlingar påbörjades med den belägrade kungen, som bland annat blev tvungen att utlämna sin sekreterare Jöran Persson. I slutet av september släpptes en styrka ur hertigarnas armé in i staden där kungen till slut gav sig till hertig Karl. Erik avsade sig kronan och sattes i fängelse, där han så småningom avled. Kronan gick till brodern Johan.