1945年1月21日、ソ連軍の猛攻（東プロイセン攻勢）にさらされる傷病兵や民間人200万人を、客船や貨物船、軍艦などあらゆる種類の船を動員してドイツ西部へ海路脱出させるための海上避難輸送計画「ハンニバル作戦()」が発動された。ヴィルヘルム・グストロフも同作戦に投入されることとなり、1月30日午後にゴーテンハーフェンを出港した。