Khairallah mantenne la sua carica di ministro della difesa anche durante la Guerra Iran-Iraq e fu nominato vice-comandante supremo delle Forze armate irachene secondo solo a Saddam Hussein. In questa posizione ebbe un ruolo cruciale nel ricostruire e modernizzare le forze armate irachene. Nel novembre 1988 suo nipote Uday Saddam Hussein fu arrestato con l'accusa di aver ucciso un ufficiale membro dell'unità delle guardie del corpo di Saddam Hussein Kamel Hana Gegeo. Questo scandalo provoco una spaccatura nella famiglia Hussein con la madre di Uday e sua sorella Sajida Talfah che chiese il suo aiuto per scarcerare suo figlio ma Adnan scomparve dalla scena pubblica tra l'agitazione di un potenziale golpe e l'arresto di diversi ufficiali che accusarono Adnan di essere la mente dietro a tale golpe.