שלוש שנים לאחר מכן נפלה העיר בידי הצלבנים ומלכם בלדווין השלישי מלך ירושלים, וזאת לאחר מצור שהוטל עליה במשך חודש. בהמשך המאה הייתה העיר בסיס צלבני למתקפות על מצרים בהנהגת צלאח א־דין, וכוחותיו של א־דין תקפו בעיר מספר פעמים. בשנת 1187 הובסו הצלבנים בקרב קרני חיטין על ידי צלאח א־דין, וממלכת ירושלים נפלה. הצלבנים גורשו מהעיר אשקלון על ידי המוסלמים בהנהגת א־דין, שהרס את מבני העיר, גירש את האוכלוסייה והעלה הכל באש, כדי למנוע הקמה מחדש של המקום כבסיס צלבני. לאחר מכן נסתם נמלה.