W tym samym czasie w Danii trwał spór na temat ustrojowego statusu księstw Szlezwiku i Holsztyna, które należały do Związku Niemieckiego. By bronić wymienionych terytoriów Bismarck zaproponował Austrii wspólne wystąpienie przeciwko Danii. Franciszek Józef I zaakceptował tę propozycję. Wojna, która wybuchła w 1864 roku przyniosła sukces koalicjantom. Na terenie Szlezwiku-Holsztyna ustanowiono kondominium, jednak głównie za sprawą Bismarcka nie funkcjonowało ono poprawnie, a jego rządzenie nastręczało wielu kłopotów. W tej sytuacji Austria zaproponowała podział księstw, w wyniku czego Szlezwik przypadł Prusom, natomiast Holsztyn Austrii.