Toen haar man tijdens de Achtste Kruistocht overleed verbleef Margaretha in Frankrijk en na diens dood keerde ze terug naar de Provence om aldaar haar rechten te verdedigen. Zo streed ze daar tegen haar zwager Karel van Anjou die na de dood van haar vader in de Provence de macht had gegrepen. In haar laatste levensjaren zette ze zich ook religieus in; zo stichtte ze Franciscaanse abdij van Lourcines in 1289. Het jaar daarop overleed ze in de priorij van de clarissen die ze had gesticht in Parijs. Ze werd vervolgens nabij haar man in de Kathedraal van Saint-Denis begraven.