Parallèlement, il intègre les différentes équipes espoirs de la sélection hondurienne. En 2009, il est sélectionné pour la Coupe du monde des moins de 20 ans et joue les trois matchs de la compétition. Peralta inscrit un but face à la Hongrie. En septembre 2011, il joue son premier match avec l'équipe nationale contre le Paraguay dans le cadre d'un match amical. Arnold Peralta participe aux Jeux olympiques d'été de 2012 où le Honduras est éliminé en quart de finale. Il dispute douze des seize matchs de la campagne de pour le Mondial 2014 mais ne peut prendre part à la compétition, en raison d'une blessure.