In den folgenden Jahren flogen acht B-1B von Diego Garcia aus Einsätze über Afghanistan "(Operation Enduring Freedom)", wobei sie in den ersten sechs Monaten 40 % der gesamten Bombenlast abwarfen. Darunter waren 3.900 "JDAM", zwei Drittel der Abwürfe dieser Munitionsart. 2003 nahmen die B-1 auch an der Irak-Kriegs-Operation "Iraqi Freedom" teil. Sie flogen von Oman aus rund 2 % der gesamten Einsätze und warfen mit 2.100 "JDAM" mehr als 50 % dieses Munitionstyps ab. Zu den Hauptzielen der B-1-Bomber gehörten auch Verwaltungsgebäude in Bagdad, darunter das Hauptquartier der Baath-Partei. Am 7. April 2003 wurde ein Häuserblock in Bagdad mit vier "JDAM" angegriffen, weil sich dort nach Geheimdienstinformationen der irakische Diktator Saddam Hussein versteckt haben sollte. Dabei wurden zwölf Menschen getötet, während sich die angebliche Information nicht bestätigte.