W 1762 r., po sekularyzacji majątków cerkiewnych i przejściu wspólnot mniszych na finansowanie państwowe, podupadły monaster został zaliczony do klasztorów III klasy. W latach 80. XVIII w. w odnowionym soborze wykonano dekorację malarską, wzniesiono także nową dzwonnicę, która była zarazem efektowną bramą wjazdową. Krótki okres dobrobytu we wspólnocie przerwał najazd Napoleona na Rosję w 1812 r. Mnisi wywieźli najcenniejsze ikony z monasteru do Wołogdy; budynek został zajęty przez francuskich żołnierzy i rozgrabiony. Nabożeństwa sprawowano jednak nadal w dolnej cerkwi św. Sergiusza z Radoneża. Po zakończeniu wojny Świątobliwy Synod Rządzący przeznaczył na odbudowę monasteru, jako historycznie związanego z Romanowymi, 15 tys. rubli, ponadto na ten cel wpłynęły dary wiernych.