第三章為國民大會，其構思来自於孫中山五權憲法中仿效美法等國「憲法會議」和「選舉人團」的精神，將其區别於普通國會，成為行使四權的政權機構。國民大會自五五憲草以来一直是爭論焦點，期成憲草和政協憲草均圍繞國民大會問題激烈争論。據張君勱助手回憶，最终的憲法實質上是折衷方案。憲法之國民大會延長至每六年集會一次，且創制複決两權須等到全國過半縣行使此權方能生效。聶鑫認為，這兩項手段使得國民大會在行憲初期只有選舉罷免總統之權，而創-{制}-複決權事實上被凍结。