Während der Operation Desert Storm 1991 kommandierte er als Commander Air Group (CAG) die Trägerfluggruppe 8 ("Carrier Air Wing Eight") auf der "USS Theodore Roosevelt". Während des Krieges in Bosnien-Herzegowina war Fallon 1995 als Kommandeur der "Roosevelt"-Flugzeugträgerkampfgruppe eingesetzt und kommandierte die Kampftruppen der 6. Flotte ("Battle Force Sixth Fleet (CTF 60)"). Bis ins Jahr 2000 kommandierte er die 2. Flotte und ab 1997 die Kampfflotte Atlantik ("Striking Fleet Atlantic").