La Prima guerra boera, scoppiata nel 1880, vide la sconfitta delle forze britanniche nella decisiva battaglia di Majuba Hill, combattuta nel 1881. Kruger svolse un ruolo determinante nei negoziati con gli inglesi, e anche grazie alla sua opera venne riconosciuta l'indipendenza del Transvaal. Il 30 dicembre 1880, a 55 anni, Kruger fu eletto presidente del Transvaal. Il suo primo obiettivo fu una revisione della Convenzione di Pretoria stipulata con gli inglesi al termine della Prima guerra boera. A questo scopo si recò nuovamente in Europa nel 1883, intessendo relazioni con molti leader del Vecchio Mondo.