Le 6 octobre 2020, à la suite des élections législatives, des manifestations éclatent lorsque les partis d'oppositions refusent de reconnaitre les résultats. Sadyr Japarov, figure de l'opposition, est élu Premier ministre par intérim par le Parlement à la suite de la démission du gouvernement Boronov. Le 9 octobre, Baatyrbekov est nommé en parallèle Premier ministre par intérim par le président Jeenbekov. Japarov forme son propre gouvernement le 10 octobre à la suite d'un nouveau vote du Parlement. La composition du gouvernement quasiment inchangée par rapport au précédent gouvernement, et Baatyrbekov est maintenu à son poste. Après une première opposition du président Jeenbekov, le gouvernement Japarov est de nouveau approuvé par le Parlement le 14 octobre et le président signe son décret de nomination dans la foulée. Baatyrbekov n'en fait pas partie.