Miloševićovo omezování autonomie Kosova, které začalo již na počátku 90. let mělo zastavit politickou emancipaci kosovskoalbánského vedení. To chtělo změnit tehdejší svazovou autonomní oblast na svazovou republiku – s právem sebeurčení. Tvrdá represe vůči albánskému obyvatelstvu v letech 1990–1991 iniciovala vznik Kosovské osvobozenecké armády (UÇK), která zahájila v roce 1996 teroristické útoky. Milošević v takové situaci musel hledat kompromis mezi dvěma možnými scénáři: Buď nebude konat, což povede k pádu jeho podpory v Srbsku a Kosovo se fakticky odtrhne, nebo vyšle do Kosova vojsko a následně dojde k zásahu NATO tak, jako tomu bylo v případě Války v Bosně. S rostoucím počtem útoků na jugoslávské politiky na území Kosova ze strany Kosovské osvobozenecké armády navíc rostl politický vliv Vojislava Šešelje, který navrhoval odsun statisíců Albánců z Kosova. Milošević se nakonec dohodl s NATO na stažení části vojsk, ale však až po nátlaku OSN a západních zemí.