Na herstelwerkzaamheden werd de "Emden" gedurende de laatste maanden van 1939 ingeschakeld om mijnenvelden te leggen in de Noordzee. Tijdens de Duitse invasie van Noorwegen (Operatie Weserübung) maakte het schip deel uit van het onfortuinlijke eskader dat Oslo moest innemen. Het vlaggenschip, de Blücher werd in de Oslofjord tot zinken gebracht door het Noorse geschut van Fort Oscarsborg en de zware kruiser "Lützow" werd op de terugweg naar Duitsland zwaar beschadigd door een torpedo van een Britse onderzeeboot.