כהונתו של גריי כמושל הסתיימה לפני שמונתה הממשלה הראשונה. משימה זו הוטלה על מי שכיהן כמנהלן של הממשלה (Administrator of the Government), רוברט ויניארד, שב-24 במאי 1854 פתח את הפרלמנט הראשון של ניו זילנד. עד מהרה התעמת ויניארד עם חברי הפרלמנט על רקע דרישתם לקבל את הזכות למנות שרי הממשלה במקום המושל עצמו. ב-2 ביוני העביר הפרלמנט החלטה ברוח זו. ויניארד והמועצה המנהלת של ניו זילנד סירבו לאפשר זאת, בציינם שמשרד המושבות לא אזכר שום אפשרות לקיומה של ממשלה בשדרים שלו. לאחר מכן הציע ויניארד להוסיף מספר חברים שייבחרו על ידי הפרלמנט למועצה המנהלת וכך היה. פשרה זו פעלה עד ה-1 באוגוסט, כאשר חזר הפרלמנט על דרישתו לקבל את הסמכות למנות שרים. למזלו הטוב של ויניארד, ב-8 באוגוסט 1855 הגיע המושל החדש, סר תומאס גור בראון. תקופת כהונתו של זה האחרון עמדה בסימן תחילת פעולתה של ממשלה ייצוגית, שבאופן משמעותי הפחיתה את סמכויותיו של המושל. בשנים הבאות התחוללו עימותים בין גור בראון לבין ראש הממשלה אדוארד סטפורד בנוגע לשאלה אם למושל (ומכאן לממשלת בריטניה) תהייה שליטה על ענייני המאורים, סוגיית מפתח באותה תקופה. סטפורד החל לנהל את ישיבות הממשלה באופן עצמאי מהמועצה המנהלת, ובכך הפחית עוד יותר את השפעתו של המושל. ב-1861 שב ג'ורג' גריי לניו זילנד לתקופת כהונה שנייה כמושל. גריי נאבק למלא אחר דרישותיה של ממשלת בריטניה בכלל ושל משרד המושבות בפרט. מלחמות הקרקעות של ניו זילנד גרמו להגעתם של כוחות צבא בריטים גדולים למושבה וגריי, שחשש מעימותים, ובתמיכתו של סטפורד, התחמק ממילוי ההוראות של משרד המושבות כדי להחיש את שובם של הכוחות לבריטניה. בפברואר 1868 הוחזר גריי לבריטניה על ידי משרד המושבות.