Město bylo silně poškozeno během Chorvatské války za nezávislost. Většina bojů se odehrála na podzim roku 1991. Vukovar se stal místem rozsáhlé bitvy, velké operace Jugoslávské lidové armády. Ačkoliv jugoslávské vojsko Vukovar dokázalo dobýt, nestalo se tak bez rozsáhlého ničení a značných ztrát na životech. Stopy válečných škod byly patrné ještě řadu let až desítek let po skončení války. Chorvatská státní komise pro zhodnocení válečných škod odhadla celkové materiální škody ve výši 9,5 miliardy kun (33,5 miliardy korun). Vukovar byl rekonstruován vysokými náklady chorvatským státem. Jen škody na bytovém fondu dosahovaly několik tisíc bytů; opravovány byly postupně v letech 1997 až 2012. Město bylo občas titulováno jako "Symbol odporu", "Město hrdina" apod. V roce 2010 město navštívil tehdejší srbský prezident Boris Tadić a za válečné škody a utrpení se chorvatskému státu omluvil.