Ruhollah Khomeini (, 24. syyskuuta 1902 Khomein, Persia – 3. kesäkuuta 1989 Teheran, Iran), tunnetaan myös nimellä ajatollah Khomeini, oli iranilainen šiiapappi, suurajatollah ja vuoden 1979 Iranin vallankumouksen uskonnollinen ja poliittinen johtaja.