С августа 1942 года исполнял должность командира 109-й стрелковой дивизии, которая вела оборонительные боевые действия в районе Урицк — Пушкин, а с января по март 1944 года принимала участие в боевых действиях во время Ленинградско-Новгородской наступательной операции. В мае того же года дивизия была передислоцирована на Карельский перешеек, где принимала участие в ходе Выборгской наступательной операции, за что ей было присвоено почетное наименование «Ленинградская», а также награждена орденом Красного Знамени. С октября по ноябрь дивизия участвовала в боевых действиях во время Моонзундской десантной операции и освобождении острова Сааремаа. С 13 декабря 1944 по 15 февраля 1945 года Трушкин исполнял должность командира 109-го стрелкового корпуса, который выполнял задачи по противодесантной обороне островов Моонзундского архипелага.