Stylianos Gonatas werd in 1876 geboren in de stad Patras. In 1892 trad hij toe tot de Militaire Academie en studeerde in 1897 af. Als luitenant nam hij deel aan de "Macedonische Strijd" van 1907-1909 en was als adjudant van kolonel Nikolaos Zorbas betrokken bij de Goudirevolutie van 1909. Hij nam ook deel aan de Balkanoorlogen van 1912-1913 en aan de expeditie van de geallieerden naar Oekraïne in 1919. Ook nam hij deel van de Grieks-Turkse Oorlog van 1919-1922 met de rang van kolonel, eerst als stafofficier en later als afgesplitste commandeur.