Hodges was een van de weinige artsen die tijdens de massale uittocht uit Londen tijdens de pestepidemie in de stad bleef. Hij kwam tijdens de epidemie meerdere malen in aanraking met besmette patiënten, maar hij zou de ziekte zelf niet oplopen. Bij het bezoeken van zijn patiënten nam hij ook strenge regels in acht. Zo had hij tijdens het onderzoek voortdurend hoesttabletten in zijn mond. Hodges was ook een van de weinigen die kritiek had op het preventiebeleid van de lokale overheid. Zo pleitte hij voor een opvangplek voor "de nog niet besmette leden van een gezin met pestlijders".