当第一次纳戈尔诺-卡拉巴赫战争爆发后，伊斯坎达罗夫继续效力于阿格达姆地区自卫部队，并参与了乌木德卢村附近的一系列作战行动。1992年的一次战斗中，他和他的小组被亚美尼亚军队包围并无法脱身。阿塞拜疆部队派直升机疏散剩余的40人，而亚美尼亚军队在其四周发动攻势，阻止直升机降落。但最终伊斯坎达罗夫仍然成功率领部队突围，并在十天后秘密返回大本营。1992年3月4日，他在卡赞切（）的一场恶战中不幸阵亡。