Momento perigosíssimo para a política deste rei foi 1648-1649, o da reconquista de Angola e São Tomé por Salvador Correia de Sá e Benevides: a assinatura da Paz de Munster tornara-se um perigo para a Restauração, pois a Espanha reconhecia aos holandeses a posse das capitanias do Brasil, o que era de molde a comprometer a dupla política real. O Rei chegou por um momento a encarar a hipótese de se transferir para a ilha Terceira, a fim de salvar a coroa da ameaça militar que Filipe IV lançaria sobre o reino. Chegou a aventar-se o pagamento de uma indemnização para que a Holanda deixasse o Nordeste brasileiro. E foi do Brasil que veio a solução militar que em breve iria pôr fim ao domínio flamengo. Em 19 de fevereiro de 1649 ocorreu a segunda vitória dos Guararapes, que tornou irreversível, cinco anos depois, a expulsão dos holandeses.