Implicado en la conspiración militar contra la República, llegó a tener un importante papel en la trama militar. Cuando el 20 de julio de 1936 la guarnición de Granada se sublevó, Nestares logró sublevar la comisaría de policía y participó en la toma del gobierno civil. A continuación sería nombrado delegado de Orden público, a las órdenes del gobernador civil José Valdés Guzmán. Desde este cargo desencadenó una cruenta represión en Granada, llegando a producirse 572 ejecuciones durante el mes de agosto de 1936. El capitán Nestares llegaría a dirigir junto a los policías Julio Romero Funes y Ángel Martín su propia escuadrilla de represión, las llamadas «Patrullas volantes».