Роден е около 540 г. пр.н.е. в Милет, в богато семейство. След като пътува много се установява в родния си град, където заема висок пост и се отдава на географски и исторически съчинения. През 512 г. пр.н.е. участва в Скитския поход на Дарий I. По време на йонийското въстание срещу персите в началото на V век пр. Хр., като един от водачите му, напразно съветва съотечествениците си да проявят благоразумие. След неговото потушаване Хекатей е изпратен при персийския сатрап Артаферн, за да договори приемливи условия в мирния договор. Според Диодор, неговата мисия завършва с успех. Ако се доверим на Херодот, след потушаването на въстанието персите разрушават града и продават голяма част от жителите му в робство. По-нататъшната съдба на Хекатей не е известна.