Am 1. November 2015 unterschrieb er einen Fünf-Jahres-Vertrag als Cheftrainer der afghanischen Nationalmannschaft. Šegrt führte die Mannschaft zur Vizemeisterschaft bei der Südasienmeisterschaft 2015 und als erster Trainer in die 3. Qualifikationsrunde der Asienmeisterschaft für das Turnier im Jahr 2019. Nach internen Streitigkeiten verließ er Anfang des Jahres 2017 die Nationalmannschaft. Seit 11. März 2018 ist Šegrt Cheftrainer der maledivischen Nationalmannschaft. Am 7. Januar 2020 einigten sich Cheftrainer Petar Šegrt und der maledivische Verband auf eine einvernehmliche Vertragsauflösung.