בין השנים 1899 ל-1956 הייתה ג'ובה תחת שלטון אנגלו-מצרי, כסודאן כולה. הבריטים שאפו לצרף את אזור הדרום לאוגנדה, אלא שבוועידת ג'ובה ב-1947 נקבע כי צפון סודאן ודרומה יאוחדו למדינה אחת. ב-1955 הצית מרד של חיילים דרומיים בעיר טוריט את מלחמת האזרחים הסודאנית הראשונה, שנמשכה עד 1972.