Durch seine pointiert konservativen Ansichten zum kirchlichen Wertverständnis und insbesondere zur Sexualmoral stand er regelmäßig im Mittelpunkt des Medieninteresses. Auch in Bezug auf die Ökumene galt Eder als ausgesprochen konservativ. So sprach er sich gegen einen ökumenischen Trauergottesdienst für die 155 Toten der Brandkatastrophe im Gletscherbahn-Tunnel des Kitzsteinhorns aus.