Memelland ble i 1924 en del av Litauen etter Klaipėdaopprøret i 1923. Høyreradikale og nasjonalistiske offiserer avsatte den valgte regjeringen ved et militærkupp 17. desember 1926 og nasjonalisten Antanas Smetona ble innsatt som president. Næringslivet og den katolske kirken var tilfreds med kuppet. Nasjonalisten Augustinas Voldemaras var statsminister fra 1926 med Vilnius-striden som hovedsak. Smetona innførte trinnvis et autoritært styresett, undertrykte opposisjonen og avsatte i 1929 Voldemaras da denne mislykkes med Vilnius-saken. Smetona regjerte etter dette tilnærmet diktatorisk. Smetonas regimet bekjempet fascistiske bevegelser (der den avsatte Voldemaras var involver) og nasjonalister som var mer ytterliggående enn Smetona selv. Da Litauen overtok Vilnius etter Sovjetunionens okkupasjon av det østlige Polen høsten 1939, innledet den litauiske regjeringen en tvungen «litauisering» av byen noe som gjorde de jødiske og etnisk polske innbyggerne skuffede og sinte. Omtrent 15 000 jøder flyktet nordover fra Polen til Vilnius. Fra Suwałki-området forsøkte tyske styrker å jage jødiske polakker over grensen til Litauen, opp mot 2000 jøder krysset grensen. Mot slutten av 1930-årene innførte polske myndigheter anti-jødiske tiltak i Vilnius.