Le Premier consul, puis l'Empereur le récompense en le nommant gouverneur des Invalides en 1803 et maréchal d'Empire honoraire l'année suivante. Trop âgé pour faire campagne, Sérurier ne participe à aucune des campagnes de l'Empire et continue d'administrer l'hôtel des Invalides jusqu'à la chute de Napoléon. Le , lors de la bataille de Paris, il ordonne la destruction des drapeaux conquis par la France dans la cour des Invalides. Le maréchal, déjà nommé comte de l'Empire par l'Empereur, devient pair de France à la Restauration. Il meurt discrètement rue Duphot, à Paris, en 1819. Dans ses "Mémoires", le maréchal Marmont le décrit comme . Bon divisionnaire, les performances de Sérurier sur le champ de bataille font l'objet d'évaluations mitigées, mais il est surnommé « la Vierge d'Italie » pour ses vertus morales et sa répugnance à participer au pillage des territoires conquis.