В 1842 году Крыжановский был назначен состоять для особых поручений при начальнике Черноморской береговой линии, участвовал в делах с горцами и за боевые отличия получил несколько наград. В 1850 году Крыжановский назначается штаб-офицером по искусственной части при Киевском арсенале, а с началом Крымской войны — начальником артиллерии Южной армии и за боевые отличия при осаде и взятии Силистрии награждается золотой саблей с надписью «за храбрость» и чином генерал-майора. Когда военные действия на Дунае приостановились, Крыжановский был назначен начальником штаба артиллерии в Крымской армии и принял деятельное участие в обороне Севастополя, во время которой он был сильно контужен, а под ним убита лошадь. По окончании Крымской войны в 1857 году Крыжановский был назначен начальником Михайловского артиллерийского училища и академии, в 1860 году исполнял должность начальника штаба 1-й армии, расположенной в Царстве Польском, а в 1861 году — произведён в генерал-лейтенанты и назначен Варшавским военным генерал-губернатором и заведующим особой канцелярией наместника Его Императорского Величества в Царстве Польском; за отличное исполнение этих трудных и ответственных должностей Крыжановский 22 мая 1862 года был пожалован званием генерал-адъютанта.