Wahrscheinlich wurde Seehausen um 1150 durch deutsche Siedler gegründet. Anders als die slawischen Weiler entlang des Flüsschens Parthe wurde Seehausen auf einer gerodeten Fläche gegründet. Die erste Kirche entstand im 13. Jahrhundert. Sie wurde als romanische Chorturmkirche errichtet. 1359 wird das Dorf als "Sehusen" erstmals urkundlich erwähnt. In einem Schriftstück werden die Bauern des Dorfes vom Rat der Stadt Leipzig angewiesen, Wege in ihrem Dorf anzulegen. 1438 wird Conrad Bruser durch den Kurfürsten Friedrich II. von Sachsen mit dem Kirchlehn Seehausen belehnt. Um das 15. Jahrhundert erneuerten die Seehausener ihre Kirche. Statt kleiner romanischer Fenster wurden hohe gotische eingesetzt. Die Kirche erhielt einen neuen Altar.