Sulla panchina rossonera arrivò Fabio Capello, già compagno di squadra di Baresi negli anni settanta, con il quale il Milan ritornò subito a vincere il campionato nella stagione 1991-92. Baresi continuò a giocare ad alti livelli, mettendo la propria firma sui successivi successi rossoneri, ovvero le vittorie dei campionati del 1992-93, 1993-94 e 1995-96, delle Supercoppe italiane 1992, 1993 e 1994 e della Champions League 1993-94 (pur non scendendo in campo nella finale vinta contro il perché squalificato).