En septiembre de 1980, Irak lanzó una invasión a gran escala de Irán, comenzando la Guerra Irán-Irak (septiembre de 1980 - agosto de 1988). Una mezcla de feroz resistencia por parte de los iraníes y de incompetencia militar por parte de las fuerzas iraquíes pronto detuvo el avance iraquí y, a pesar del uso de gas venenoso por parte de Sadam, condenado internacionalmente, Irán había recuperado para principios de 1982 casi todo el territorio que había perdido en la invasión. La invasión aglutinó a los iraníes tras el nuevo régimen, realzando la prominencia de Jomeini y permitiéndole consolidar y estabilizar su liderazgo. Después de este revés, Jomeini rechazó una oferta iraquí de tregua, y en cambio exigió reparaciones y el derrocamiento de Sadam Huseín del poder.En 1982, tuvo lugar un intento de golpe militar contra Jomeini.La guerra Irán-Irak terminó en 1988, con la muerte de entre 320.000 y 720.000 soldados y milicias iraníes.