В 1480 году Паоло был назначен кардиналом Сант-Анастазия. В Генуе он снарядил двадцать кораблей и отбыл в Рим, где был принят папой Сикстом IV. Сохранив церковный сан, Паоло был назначен адмиралом Святейшего Престола во главе военно-морской экспедиции, в союзе с неаполитанским флотом Фердинанда I, против турецкого флота в битве при Отранто.