Ende März gelang Hayes in einem Scharmützel bei Point Pleasant die Gefangennahme von 50 konföderierten Soldaten. Später wehrte er zwei Angriffe von General Albert Gallatin Jenkins auf Camp White ab. Bei einem Besuch der Familie im Feldlager im Juni erkrankte sein jüngster Sohn Joe an Dysenterie und starb wenige Tage später. Im Juli verlegte die Brigade über Fayetteville in das Raleigh County, woraufhin sich die Konföderierten trotz ihrer Überlegenheit von dort zurückzogen. Als Hayes vom bis nach Ohio reichenden "Morgan’s Raid" erfuhr, nahm er mit drei Regimentern dessen Verfolgung auf. In Pomeroy am Ohio River gelang es ihm, am 19. Juli die Stadt gegen John Hunt Morgan zu verteidigen und seinen Rückzug über den Fluss zu verhindern, aber er ließ die Konföderierten entkommen, sein größter Fehler im Sezessionskrieg. Als die Konföderierten am nächsten Tag in der Schlacht von Buffington Island zum großen Teil aufgerieben wurden, waren Hayes und seine Truppen nur in einer Beobachterrolle. In Morgans Operation sah er eine Verzweiflungstat der Südstaaten, deren Niederlage durch die Unionssiege in Vicksburg und Gettysburg näher rückte. Den Triumph von John Brough über den demokratischen "Copperhead" („Kupferkopf“), also Kriegsgegner, Clement Vallandigham bei der Gouverneurswahl von Ohio wertete er als dazu gleichrangigen politischen Erfolg.