家庭教師から商業について学んでいたが、1745年ジャコバイト蜂起の勃発により中断した。の後、カーネギーはジャコバイトとしてでチャールズ若僭王と合流、若僭王がイングランドに進軍したときも彼に従った。1746年のカロデンの戦いに参戦した後、大陸ヨーロッパに逃亡したのち、ジェームズ・カーネギー・アーバスノット（）とともに小舟で海に出て、スウェーデン行きの船に拾われた。