Candidat à l'élection présidentielle de 2012, soutenu par le Congrès national de reconstruction timoraise (CNRT) au pouvoir, il est arrivé deuxième au premier tour et a été élu avec 61,2 % des voix au second tour le , contre Francisco Guterres (Fretilin) qui obtient 38,8 %. Il succède à José Ramos-Horta le .