Babtschenko wurde mit achtzehn Jahren als Jurastudent zum Militärdienst in die russische Armee eingezogen und kämpfte 1995 im ersten Tschetschenienkrieg. Er kehrte 1997 heim und schloss sein unterbrochenes Studium ab. Nach dem Beginn des Zweiten Tschetschenienkriegs trat er erneut in die Armee ein und ging freiwillig in den Krieg. Seine Entscheidung erklärte er rückblickend damit, dass er an einer posttraumatischen Belastungsstörung litt und für Soldaten kein Therapieangebot existierte. Der Krieg sei für ihn damals wie eine Droge gewesen. Im Krieg sei die Welt schwarz-weiß und klar, zwischenmenschliche Beziehungen seien weniger komplex und jeder Soldat habe ein konkretes Ziel. 2000 kehrte Babtschenko in seine Heimatstadt Moskau zurück und wurde Journalist der Zeitung "Nowaja Gaseta".