Les tendències van continuar amb l'arribada de Napoleó el 1812. Els polonesos van continuar ocupant els càrrecs més importants del govern lituà de Vilna, i, després de la restauració del govern rus, les polítiques del govern central amb prou feines van canviar. Jan niadecki, que va ser promogut en els temps de Napoleón al rang de Ministre d'Educació i Cultes, va salvar el seu rectorat gràcies a la protecció de Czartoryski. Com el pla d'Alexandre de separar definitivament a Lituània de Polònia mitjançant la restauració del Gran Ducat es va fer evident, Sniadecki, amb el suport de Czartoryski, que fingia ser lleial al tsar, va fer l'esforç en última instància de polonitzar a la jove generació de lituans educant-los com a polonesos que s'unirien als rangs de la lluita per una Polònia independent i homogènia.