W 1430 księstwo stało się częścią Niderlandów Burgundzkich, następnie władzę nad nim przejęli Habsburgowie (od 1477 austriaccy, a od 1556 hiszpańscy). W czasie wojny o niepodległość Niderlandów księstwo było jednym z głównych ośrodków oporu antyhiszpańskiego. W wyniku walk i rozłamu religijnego, część północna księstwa (głównie protestancka) weszła w 1579 (formalnie w 1648 – pokój westfalski) w skład Republiki Zjednoczonych Prowincji, a część południowa (katolicka) pozostała przy Niderlandach Hiszpańskich wchodząc w skład Niderlandów Południowych. Po wojnie o sukcesję hiszpańską część południowa znalazła się pod panowaniem austriackim, a księstwo Brabancji istniało do 1794 roku, gdy jego tereny zajęła armia Francji.