All'inizio del Novecento rientrò in Italia e avviò assieme alla sezione napoletana la battaglia contro la politica di apertura liberale della direzione socialista di Filippo Turati. Alla fine del 1902 lasciò Napoli e fondò a Milano, assieme a Walter Mocchi, il giornale "Avanguardia socialista" diventando il principale esponente della corrente rivoluzionaria, indi sindacalista rivoluzionaria, in seno al partito socialista. Riuscirà, nel 1904, insieme alla corrente intransigente di Enrico Ferri, direttore dell"'Avanti!", a sconfiggere la linea gradualista turatiana e permettere al Ferri di divenire segretario del Psi. In seguito, però, i rapporti tra Labriola e Ferri si raffreddarono e, nel 1906, passò all'opposizione interna al partito. Fu con-direttore, con Angelo Oliviero Olivetti, della rivista sindacalista rivoluzionaria "Pagine Libere", edita a Lugano dal 1906 al 1911. Tornato a Napoli dove insegnava come libero docente, non approvò la scissione sindacalista dal partito socialista, decisa a Ferrara nel 1907, perché giudicata prematura. Nel 1911 fu favorevole all'intervento dell'Italia in Libia (il che gli valse accuse di sciovinismo da parte di Lenin), ma finì poi col criticare il modo di fare la guerra.