Στις εκλογές του Μαρτίου 1912 ο Γούναρης μόλις και μετά βίας κατάφερε να εκλεγεί βουλευτής Πατρών, εξαιτίας της ανετοιμότητάς του και της επιτυχίας του κόμματος των Φιλελευθέρων, το οποίο κέρδισε τις 151 από τις 181 βουλευτικές έδρες. Η πρώτη σοβαρή πολιτική σύγκρουση μεταξύ Βενιζέλου και Γούναρη πραγματοποιήθηκε τον Φεβρουάριο του 1913 με κύριο θέμα τους χειρισμούς της κυβέρνησης Βενιζέλου στην εξωτερική πολιτική που αφορούσαν τον Α΄ Βαλκανικό πόλεμο. Αφορμή στάθηκε η δήλωση Βενιζέλου, κατόπιν συναντήσεως με την επιτροπή κατοίκων Ανατολικής Μακεδονίας, οι οποίοι διαμαρτύρονταν για βάναυση συμπεριφορά Βουλγάρων στρατιωτών εναντίον τους, ότι "«Ἐὰν οἱ Ἕλληνες ἐκ τῶν ὑποδούλων περιέλθουν ὑπὸ τὴν κυριαρχίαν τινὸς τῶν συμμάχων κρατῶν ὅπως κατ' ἀνάγκην θὰ περιέλθωσιν, ἡ κυβέρνησις θὰ πράξῃ ὅ,τι εἶναι δυνατὸν νὰ περιέλθωσιν λιγότερον»". Ο Γούναρης κατηγόρησε τον Βενιζέλο ότι είχε αφήσει ανενημέρωτη την εθνική αντιπροσωπεία σχετικά με την πορεία των εξωτερικών πραγμάτων και ότι δεν είχε εξασφαλίσει τα δικαιώματα της Ελλάδας, και συγκεκριμένα των Ελλήνων κατοίκων της υπόδουλης Μακεδονίας, απέναντι στις ιμπεριαλιστικές βλέψεις της τότε συμμάχου Βουλγαρίας.