Neuvostoliiton miehitettyä Liettuan ja liitettyä sen itseensä vuonna 1940 Škirpa oli mukana perustamassa Liettuan uudelleenitsenäistymiseen tähtäävää Liettualaista aktivistirintamaa Berliinissä. Saksan hyökättyä Neuvostoliittoon vuonna 1941 liettualaiset aktivistit perustivat väliaikaishallituksen, jonka johtoon Škirpan oli tarkoitus asettua 23 kesäkuuta 1941. Saksalaiset estivät kuitenkin hänen lähtönsä Liettuaan hänen Liettuan itsenäisyyden kannatuksen takia. liettuaan lähdön sijaan hänet asetettiin kotiarestiin Etelä-Saksaan. Vaadittuaan jälleen Liettuan itsenäisyyttä vuonna 1944 hänet lähetettiin Bad Godesbergin keskitysleirille.