מאמצע שנות התשעים חלה עלייה ברמת המתיחות בין היהודים והערבים במקום. ב-1994, לאחר טבח מערת המכפלה, החלו מהומות של ערבים כנגד יהודים בעיר שכללו זריקות אבנים על מכוניות ואוטובוסים ברחוב יפת. באירועי אוקטובר 2000, התרחשו אירועי אלימות דומים נגד יהודים. מנגד, התרחשו מקרים של התפרעויות וזריקת אבנים של יהודים על מסגד חסן בק. הפגנות נערכו גם בתקופת מבצע עופרת יצוקה בסוף 2008. בשנת 2007 הוקם בעיר גרעין חברתי תורני על ידי הרב יובל אלפרט ושנה לאחר מכן את ישיבת שירת משה שנועדו על פי מארגניהם לחזק את הקהילתיות והזהות היהודית ציונית ביפו, ולמנוע התבוללות ולימודים משותפים של ילדים יהודים וערבים. גורמים פוליטיים באוכלוסייה הערבית טוענים לעומת זאת כי מדובר בהתנחלויות קיצוניות שגורמת לערעור הסטטוס קוו.