Патриархи Паисий и Макарий дали толкование на обряды (3 глава Деяние собора 1667 года), под которым подписались и остальные участники собора. Согласно их толкованиям, трегубая аллилуйя является прославлением каждого лица Троицы: аллилуйя — хвала Отцу, аллилуйя — хвала Сыну…, а возглас «Слава Тебе, Боже» выражает единство лиц Троицы; те же, кто возглашает сугубую аллилуйю, «согрешают зело (сильно)», потому что не исповедуют единство Троицы. Далее говорится, что житие прп. Ефросина Псковского (в котором изложено учение о сугубой аллилуйе) написано «диавольским наветом», потому что Ефросин и патриарх Иосиф жили в разное время (на самом деле в одно время), патриарх Иосиф был латиномудренник (участвовал в Ферраро-Флорентийском соборе), свидетельство одного человека не принимается. В соборном толковании отвергнута и работа прп. Максима Грека, в которой излагается мнение о сугубой аллилуйе со ссылкой на Игнатия Богоносца.