Einen menschlichen Eindruck hinterließ Erzbischof Johann Ernst im Umgang mit den Anführern des bayerischen Volksaufstandes. Während die Verfahren von der Kaiserlichen Administration in Bayern durchgeführt wurden, hat er sich bei Kaiser Joseph I. für Bürgermeister Franz Dürnhardt und den Kupferschmied Andreas Thanner von Braunau am Inn mit Erfolg eingesetzt. Johann Georg Meindl hat er sogar in seine Leibgarde aufgenommen. Andererseits hatte er eine Antipathie gegen Menschen aus romanischen Ländern, "„Welsche“" genannt. In einer Verordnung aus dem Jahre 1690 wurden "Savoyer" und "Welsche" ausdrücklich vom Bürgerrecht ausgenommen. Das war auch der Grund für die Entlassung Zuccallis, der die Fertigstellung der Kajetanerkirche abbrechen, und jahrelang mit Johann Ernst prozessieren musste.