Bereits in der Vorbereitung auf die &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202015/16"&gt;Saison 2015/16&lt;/a&gt; trainierte Eder getrennt von der Trainingsgruppe der Männer und stattdessen gemeinsam mit den von seiner Cousine Sandra Flunger betreuten ÖSV-Frauen. Er begründete diesen Schritt mit der hohen Konkurrenzsituation im leistungsstarken Männerteam, die dazu führe, dass man bereits in der Vorbereitung die eigenen Grenzen überschreite und nicht die individuell optimale Trainingsintensität verfolge. Zudem sah er Flunger neben seinem Vater – der seine Stellung als Cheftrainer 2012 verloren hatte – als wichtigste Bezugsperson an. 2016 trennte sich Flunger vom ÖSV und übernahm gemeinsam mit Alfred Eder bis 2018 die Leitung der vom Skiverband unabhängigen Trainingsgruppe "Biathlonschmiede", der sich mehrere Athleten anschlossen, darunter Simon Eder als einziger Mann. Bei den Heim-Weltmeisterschaften 2017 in Hochfilzen gewann Eder die einzige österreichische Einzelmedaille: Im Massenstart traf er mit allen 20 Schüssen und wurde Dritter hinter Simon Schempp und Johannes Thingnes Bø, die ihn auf der Schlussrunde überholten. Zudem holte er mit der Staffel an der Seite von Daniel Mesotitsch, Julian Eberhard und Dominik Landertinger ebenfalls Bronze. Im Weltcup gewann Eder gemeinsam mit Lisa Hauser zwei Rennen in der Single-Mixed-Staffel, im März 2017 in Kontiolahti sowie im November 2017 in Östersund.