Liefdadige inspanningen leidden er toe dat de gemeenschap een gewaardeerde bemiddelaar werd in vredesonderhandelingen. In de late jaren 80 realiseerde de gemeenschap zich dat haar humanitaire inspanningen in het door burgeroorlog verscheurde Mozambique zonder vrede niet konden slagen. In 1990 werd de gemeenschap door zowel het regerende FRELIMO als het opstandige RENAMO geaccepteerd als bemiddelaar. Zo speelde Sant'Egidio een belangrijke rol bij de totstandkoming van het Algemeen Vredesakkoord van Rome, dat op 4 oktober 1992 werd ondertekend en een einde maakte aan de Mozambikaanse Burgeroorlog.