Der Tod des Herzog am 19. Juli 1702 in der Schlacht bei Klissow durch eine Kanonenkugel machte dieser innovativen Vereinbarung ein Ende. In der Folgezeit während der Regentschaft der Witwe des Herzogs, Hedwig Sophia von Schweden, und des Administrators Christian August von Schleswig-Holstein-Gottorf gewann Georg Heinrich von Görtz an Einfluss. Die Kammerrechnung des Jahres 1703 wurde wegen einer Forderung von Jacob Mussaphia zu einem langjährigen Streitpunkt. Clausenheim trat vom Amt des Landrentmeisters 1705 ab, blieb aber Mitglied der herzoglichen Rentekammer. Als der Nordische Krieg 1712 nach der Schlacht bei Gadebusch auch nach Holstein kam und die siegreichen Dänen 1713 die herzoglichen Anteile des Herzogtums Schleswig besetzten, flüchtete er zu seinem Sohn nach Hamburg. Von 1719 bis zu seinem Tod war er von Hamburg aus Vizepräsident der Rentekammer.