מתחילת שנת 2006 החלו להגיע סודאנים לישראל, בעקבות פיזור הפגנות אלים שהתחולל במצרים במסגרתו נהרגו כמה סודאנים. ב-2008 הנחה ראש הממשלה אהוד אולמרט את הגורמים המקצועיים להחזיר את המסתננים מיד למצרים, בנוהל שכונה "החזרה חמה". מנגד, ארגונים רבים פעלו למען השארתם בישראל, בפרט על רקע רצח העם בדארפור. זאת אף על פי שהפליטים מדארפור לא היו חלק גדול מהמסתננים מסודאן (על פי הפורום לזכויות פליטים, בשנת 2008 נמצאו בישראל כ-4,000 איש מסודאן שמהם כ-1,200 מחבל דארפור והשאר מדרום סודאן).