В игре с «Редингом» 14 октября 2006 года Терри пришлось встать в ворота на последние минуты матча, когда оба вратаря «Челси» Петр Чех и Карло Кудичини получили травмы во время матча и у лондонской команды не осталось замен. «Челси» сохранил преимущество в один мяч и выиграл матч. В матче с «Тоттенхэм Хотспур» 5 ноября Терри был впервые в карьере в «Челси» удалён с поля. После матча Терри позволил себе ряд критических высказываний в адрес арбитра матча Грэма Полла, за что был оштрафован Футбольной ассоциацией на 10 тысяч фунтов. В &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%90%D0%BD%D0%B3%D0%BB%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%202006/2007"&gt;сезоне 2006/07&lt;/a&gt; Терри пропустил несколько матчей из-за болей в спине. В них «Челси» пропустил шесть мячей. 28 декабря в официальном пресс-релизе, выпущенном «Челси», говорилось, что операция по удалению поясничного межпозвоночного диска прошла успешно. Первый выход на поле после травмы состоялся 3 февраля 2007 года в матче с «Чарльтон Атлетик», Терри вышел на замену ближе к концовке игры. В следующем матче против «Мидлсбро» Терри впервые за несколько месяцев вышел на поле в стартовом составе. В гостевом матче 1/8 Лиги чемпионов УЕФА с «Порту» он получил ещё одну травму, на этот раз лодыжки, и по прогнозам врачей должен был пропустить финальный матч Кубка лиги, однако сумел восстановиться и выйти на поле в этом матче. Во втором тайме, при подаче углового, он, пытаясь сыграть головой в падении, получил удар от защитника «Арсенала» Абу Диаби, который при попытке вынести мяч ногой случайно попал Джону в лицо. Его унесли с поля на носилках, однако от полученной травмы защитник оправился в тот же день, присоединившись к празднованию своей команды по поводу выигранного трофея (результат матча 2:1). В мае 2007 года Терри вышел в составе в финальном матче Кубка Англии с «Манчестер Юнайтед», который «синие» выиграли со счётом 1:0.