בטורניר קופה אמריקה 1999 היה שותף הרננדס למקום השלישי של נבחרתו. הוא כבש רק במשחק אחד בטורניר, כשברבע הגמר מול צמד שלו החזיר את מקסיקו מפיגור 2-0 לשוויון 2-2. המשחק עצמו הסתיים בשוויון 3-3, ומקסיקו עלתה לשלב הבא בדו-קרב פנדלים. זמן קצר לאחר האליפות, זכה הרננדס עם נבחרתו לראשונה בתולדותיה בגביע הקונפדרציות 1999, אותו אירחה מקסיקו. בניגוד לדומיננטיות שלו בטורנירים קודמים, הרננדס שותף רק במשחק אחד בטורניר, המשחק האחרון של שלב הבתים, ולא כבש.