בשנת 1923 החליטה ועדה בינלאומית כי הנחל עצמו יישאר בשטח המנדט הבריטי בעוד שהכפר והמעיינות יהיו בשטח המנדט הצרפתי (ובמשתמע, חלק מסוריה). מלחמת העצמאות קיבעה מצב זה, כאשר רק חלקו הדרומי של הנחל נותר בשליטה ישראלית. הסורים השתלטו על חלקו הצפוני של הנחל והפכו אותו לשטח מפורז. בשנת 1964 ריכזה סוריה ציוד הנדסי כבד באזור, והחלה במפעל שמטרתו הטיית מסלול הנחל מזרחה על מנת למנוע ממימיו להגיע לישראל, בניגוד לחוק הבינלאומי. ישראל התנגדה לפעולה זו, והמאבק על מי הירדן נמשך בגיזרה, כאשר אחד משיאיו היה פעולה גדולה של צה"ל ב-12 באוגוסט 1965 במהלכה הצליח צה"ל להשמיד את ציוד ההטיה, לאחר קרב בו הופעלו ארטילריה וטנקים. הסורים המשיכו במאמציהם, אך הצליחו לחפור רק חלק קטן מן התעלה עד שנכבש האזור בידי צה"ל במלחמת ששת הימים. במהלך אותה מלחמה פלשה מחלקת טנקים סורים לאזור, במהלך הקרב הדרדר אחד הטנקים לאפיק הנחל, הוא הושאר במקום.