Bei den Kongresswahlen des Jahres 1994 wurde Kelly im 19. Wahlbezirk von New York in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, wo sie am 3. Januar 1995 Hamilton Fishs Nachfolge antrat. Nach fünf Wiederwahlen konnte sie bis zum 3. Januar 2007 sechs Legislaturperioden im Kongress absolvieren. In diese Zeit fielen die Terroranschläge am 11. September 2001, der Irakkrieg und der Militäreinsatz in Afghanistan. Im Jahr 2006 wurde sie nicht wiedergewählt.