גיברלטר הותקפה ישירות, גם בגלוי וגם בחשאי, מספר פעמים במהלך המלחמה. חיל האוויר של צרפת של וישי ביצע מספר גיחות הפצצה ב-1940, וכן חילות האוויר הגרמניים והאיטלקיים ביצעו מספר תקיפות ספורדיות עם מטוסים ארוכי-טווח, אך הנזק שנגרם היה בלתי משמעותי. פרנקו שינה את עמדתו בעדינות מ"נייטרליות" ל-"אי תוקפנות", והמשמעות המעשית של שינוי המדיניות הייתה שהיא איפשרה לכוחות של מעצמות הציר לבצע פעולות חשאיות נגד גיברלטר מהשטח הספרדי. למרות נכונותו של פרנקו להתעלם מהפעולות הגרמניות והאיטלקיות שנעשו במפרץ גיברלטר, הוא החליט שלא לחבור לתוכניתו של היטלר לכבוש את גיברלטר ("מבצע פליקס"). גורם עיקרי בהחלטתו זו, היה פגיעות אספקת המזון למדינתו; לאחר ההרס והחורבן שנגרם במלחמת האזרחים הספרדית, לא היה בכוחה של ספרד להאכיל את תושביה שלה בלי עזרה חיצונית. משלוחי התבואה שהגיעו לספרד נשלחו בעיקר על ידי ארצות הברית, שללא ספק הייתה מפסיקה את המשלוחים אם היה פרנקו מצטרף להיטלר למלחמה נגד בעלות הברית. לבסוף החליט היטלר לנטוש את התוכנית של מבצע פליקס, ולתת עדיפות למבצעים אחרים, כמו הפלישה ליוגוסלביה והפלישה לברית המועצות.