Augusztus 22-én Coligny karsérüléseket szenvedett egy merénylőtől, aki feltehetően a Guise-ekkel állt kapcsolatban. IX. Károly személyesen látogatta meg a sebesülten fekvő admirálist, ígéretet téve a nyomozásra. Ehhez képest az augusztus 23-áról augusztus 24-ére virradó éjszakán – Szent Bertalan éjszakája – a királyi gárda rátört Colignyra, és háznépével együtt lemészárolták. Holttestét az utcára hajították, később megcsonkítva a Szajnába vetették. Az eset hatására Párizs papjai által fanatizált katolikus lakossága az esküvő miatt a városban tartózkodó hugenottákra vetette magát, így Coligny-t mintegy 2000 hitsorsosa követte a halálba. Az országszerte tovaterjedő erőszakhullámban további ezrek pusztultak el.