Большая часть — низменная холмистая равнина, сложенная преимущественно вулканическими породами. На склоне, обращённом к Карибскому морю — вечнозелёные тропические леса, на обращенном к Панамскому заливу— саванны. Панамский перешеек образовался в плиоцене, около трёх миллионов лет назад. После его образования произошло взаимопроникновение фауны и флоры обоих материков, существенно изменившее прежнее положение.