ביוני 1940, סמוך לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה, נכבשה ליטא על ידי ברית המועצות, כפי שהוסכם בהסכם ריבנטרופ–מולוטוב. בתקופה זו עלתה לשלטון ממשלה ליטאית-קומוניסטית בחסות ברית המועצות. השלטון החדש הלאים רכוש רב ושלח רבים מבני-מעמד הבורגנות למחנות בסיביר, ביניהם כ-5,000 יהודים.