Dopo altri due campionati privi di squilli, l'Inter recuperò competitività tra il 1996 il 1998. Guidati da Roy Hodgson, i meneghini ottennero il terzo posto nella Serie A 1996-1997 e raggiunsero la finale di Coppa UEFA, persa ai tiri di rigore contro lo . Bergomi, spesso schierato nel ruolo di terzino sinistro, si espresse su buoni livelli. Per la stagione 1997-1998, il club nerazzurro nominò come nuovo allenatore Luigi Simoni, che pose Bergomi al centro del suo progetto tattico, facendogli ricoprire il ruolo di libero. Bergomi ripagò l'allenatore con prestazioni convincenti, contribuendo al secondo posto in campionato e alla vittoria della Coppa UEFA, la terza sia per la squadra nerazzurra che per Bergomi. Stabilì inoltre diversi record di presenze, superando Ray Clemence nelle coppe europee, Pietro Vierchowod in Coppa Italia, Giacinto Facchetti per partite in campionato con la maglia dell'Inter, Gianni Rivera per derby di Milano disputati e Franco Baresi per partite totali con un'unica squadra italiana. L'ottima stagione disputata gli valse il ritorno in nazionale e una maglia per il .