במשך למעלה מ-11,000 שנים לפני זמננו חיו אינדיאנים פרהיסטוריים לאורך הסנייק. מיליוני דגי סלמון מהאוקיינוס השקט נהגו להתרבות בנהר. הדגים היוו חלק חשוב מתזונתם של התושבים שחיו במורד הסנייק החל ממפלי שושוני (Shoshone Falls). כאשר משלחת לואיס וקלארק חצתה את הרי הרוקי וראתה את העמק של יובל של הסנייק היו השושוני והנז פרס העמים החזקים ביותר באזור. חלק מהשבטים פגשו לראשונה סוסים בעקבות המגע עם האירופאים ואלו עיצבו מחדש את אורחות חייהם במשך כמה מאות השנים הבאות, לפני שהחלה התיישבות אירופאים באזור. שינויים נוספים אירעו כשהגיעו חוקרי ארצות וציידי פרוות והשתמשו במשאבים של אגן הנהר סנייק. באחד המקרים סימן שהשושונים עשו בידיהם שנועד לייצג את תנועת דג הסלמון במים הובן בטעות כאילו הוא מייצג נחש (באנגלית סנייק), ומכאן שם הנהר.