Im Juni 2003 behauptete Litwinenko im Interview mit dem australischen TV-Sender SBS, dass mindestens zwei der Tschetschenen, die das Moskauer Musical-Theater erstürmt hatten, in Wahrheit für den FSB gearbeitet hatten und vom FSB zur Geiselnahme angestiftet worden waren. Angeblich konnten die beiden ihm bekannten Tschetschenen später nicht unter den Toten gefunden werden, weil sie vom FSB herausgeholt worden waren. Litwinenko war überzeugt, dass die Geiselnahme in Wahrheit eine geplante Aktion des FSB war.