2005 год стал самым успешным в истории армейского клуба, который выиграл в нём чемпионат, кубок России и Кубок УЕФА. Алексей был ключевым игроком ЦСКА в сезоне, постоянно появляясь в основном составе. 18 мая Березуцкий забил свой первый мяч за ЦСКА, на 56-й минуте замкнув навес Даниэля Карвалью и сравняв счёт в финале Кубка УЕФА против «Спортинга». Позже ворота лиссабонцев также поразили Юрий Жирков и Вагнер Лав, и ЦСКА впервые в истории российского футбола выиграл еврокубок. 30 июля Березуцкий отличился первым голом за «красно-синих» в премьер-лиге, забив его в зрелищном матче 18-го тура против «Локомотива». Всего за сезон во всех турнирах он сыграл 59 матчей и забил 3 гола, а по итогам года впервые попал в список 33-х лучших игроков чемпионата под первым номером на своей позиции.