Pada tahun 1995, pada usia 16, Pirlo melakukan debut untuk Brescia melawan Reggina. Setelah menembus tim utama Brescia, Pirlo telah dibeli oleh pelatih Internazionale Mircea Lucescu. Pirlo tidak mampu untuk masuk ke skuat pertama, bagaimanapun, dan Inter finis di posisi kedelapan pada musim Serie A 1998–99. Inter meminjamkan Pirlo ke Reggina untuk musim 1999-2000. Setelah musim yang mengesankan, ia kembali ke Inter, tapi sekali lagi tidak dapat masuk ke tim pertama, ia hanya membuat empat kali penampilan di liga dan menghabiskan paruh kedua musim itu dengan dipinjamkan ke mantan klubnya, Brescia.