В начале войны в Боснии и Герцеговины Блажанович 15 мая 1992 года вступил в ряды Войска Республики Сербской. За время войны он последовательно занимал должности помощника командира дивизии, командира 30-й дивизии и помощника командира 1-го Краинского корпуса по вопросам морали, религии и права. С ноября 1997 по апрель 2002 года был советником по военным вопрос члена Президиума Боснии и Герцеговины от сербов. 12 мая 1998 года ему было присвоено звание генерал-майора. После окончания войны Блажанович написал несколько книг о ходе боевых действий и процессах, сопровождавших распад СФРЮ.