Nach dem Krieg von 1848 richteten die Dänen im Schloss erst ein Lazarett und anschließend eine Kaserne ein, um von hier aus effektiver gegen die Aufständischen in Schleswig-Holstein vorgehen zu können. Das Gebäude wurde den neuen Bedürfnissen angepasst, und die Innenräume verloren viel von ihrer einstmals bedeutenden Ausstattung. Die einstigen Paradezimmer und herzoglichen Räume wurden zu Schlaf- und Esssälen umgestaltet. Die Nebengebäude wurden abgerissen und stattdessen umfangreiche Stallungen errichtet, die Verteidigungsanlagen geschleift. Gottorf blieb Kaserne, als es infolge des Zweiten Schleswigschen Krieges 1867 an Preußen ging und behielt diese Funktion bis 1945.