После смерти адмирала Минэити Коги Тоёда был назначен главнокомандующим Объединённого флота 3 мая 1944 года. В июне того же года он разработал и воплотил «План „А-го“», который привёл к тому, что японский флот под командованием Одзавы Дзисабуро потерпел крупное поражение в Битве за Филиппины. Тоёда также спланировал операцию «Сё-го», которая привела к другому крупному поражению в сражении в проливе Суригао. Тоёда знал, что оба плана являются рискованными, но последовал им из-за того, что у Императорского флота запасы топлива и продовольствия стали подходить к концу. Тем не менее агрессивная защитная стратегия Тоёды не принесла желаемых плодов. После этого Тоёда подписал самоубийственный план «Тэн-го», послав линкор «Ямато» в последнее плавание на Окинаву.