Erst nach einer Zeitungsveröffentlichung vom 26. November 2009 über einen von der Bundeswehr am 4. September 2009 angeforderten Luftangriff bei Kundus mit zahlreichen zivilen Verletzten und Toten erklärte Jung am 27. November 2009: „Ich übernehme damit die politische Verantwortung für die interne Informationspolitik des Bundesverteidigungsministeriums gegenüber dem Minister bezüglich der Ereignisse vom 4. September in Kunduz“ und bot seinen Rücktritt an, beteuerte aber: „Ich habe sowohl die Öffentlichkeit als auch das Parlament über meinen Kenntnisstand korrekt unterrichtet“. Der Rücktritt wurde von der Bundeskanzlerin angenommen und Jung wurde am 30. November von Bundespräsident Horst Köhler aus der Bundesregierung entlassen. Dies bedeutet die bisher kürzeste Amtszeit eines Bundesministers in der Geschichte der Bundesrepublik.