В это время шла Первая англо-афганская война и будучи гостем кандагарского губернатора, Ага-хан стал посредником в переговорах британцев с афганскими властями, что способствовало эвакуации британских войск. После отъезда из Афганистана Ага-Хан на два года обосновался в Синде, где издавна существовала большая и влиятельная исмаилитская община. Он предупредил британского политического агента о готовящемся нападении синдского эмира Насир Хана на британский лагерь и за это британцы ему назначили ежегодную пенсию в 2000 фунтов стерлингов. В 1843 г. при завоевании британцами Белуджистана Ага-Хан одних вождей белуджей уговорил капитулировать, а против других послал собственные части, чтобы воевать на британской стороне.