Po volbách se stal premiérem Zimbabwe. Na začátcích své vlády se snažil do politiky zapojit také hnutí ZAPU, které mělo silnou podporu veřejnosti. To se však nesetkalo s patřičným ohlasem a v zemi vypukla občanská válka. Úplný mír byl nastolen až 22. prosince 1988. To bylo zapříčiněno spojením ZAPU a ZANU, čímž vznikla Zimbabwská africká národní unie – Vlastenecká fronta (ZANU-PF). Celý tento zdlouhavý konflikt si vyžádal až 30 tisíc obětí na straně národa Ndebele. Postupem času se země pod jeho vedením začala ekonomicky propadat a tak se snažil hledat viníky, také sklouzával k rasistickým výrokům. Například obvinil menšinu zimbabwských bělochů, že přivedli zemi do problémů. V roce 1995 dokonce zakázal homosexuální vztahy, za toto porušení hrozilo občanům až 10 let vězení. Všechny tyto problémy vyvrcholily v roce 1998, kdy Zimbabwe vstoupilo do Druhé Konžské války. Tento konflikt vedl jen k definitivní destrukci země. Proto se rozhodl pro radikální řešení, v roce 2000 se uchýlil k diktatuře.