W reprezentacji Południowej Afryki Mathoho zadebiutował 14 maja 2011 w wygranym 1:0 towarzyskim meczu z Tanzanią. W 2015 roku został powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki 2015. Rozegrał na nim dwa mecze: z Senegalem (1:1) i z Ghaną (1:2).