Speciesbanken blev imidlertid også blandet dybt ind i statens finanser ved store lån, og i 1799 også ved at staten lånte halvdelen af bankens sølvbeholdning. Også tab knyttet til Københavns brand i 1795 og fallitter under genopbygningen bidrog til bankens problemer. Herefter var der ikke mulighed for at opkøb kurantbanksedler.