Im Juli 1968 kam durch Militärputsch im Irak wieder al-Bakr an die Macht, während im November 1970 in Damaskus alawitische Baath-Offiziere unter Hafiz al-Assad ihre drusischen und sunnitischen Waffenbrüder verdrängten („Korrekturbewegung“). Trotz gemeinsamen Kampfes syrischer und irakischer Truppen im Jom-Kippur-Krieg 1973 bildete al-Bakr neben seiner Regionalleitung 1974 in Bagdad eine rivalisierende Nationalleitung der Baath-Partei. Der alte Parteigründer Aflaq wurde Gesamt-Generalsekretär und zunächst Shibli al-Aysami, dann al-Bakr (1979–1989 Saddam Hussein) sein Stellvertreter. Nach Aflaqs Tod wurde Saddam Hussein 1989 Generalsekretär, Aflaqs langjähriger Mitarbeiter Elias Farah übernahm die ideologische Ausrichtung der Partei auf einen Personenkult um Saddam Hussein.