Desgraciadamente para él, el general Bonaparte, jefe entonces del Ejército de Italia, interceptó mientras tanto a un agente monárquico, Louis-Alexandre de Launay, conde de Antraigues, en posesión de documentos relativos a esta conspiración y a la traición de Pichegru, por lo que envió al general Augereau y a su ejército a París en donde este acabó con la traición de Pichegru en las calles: fue el Golpe de Estado del 18 de fructidor del año V (4 de septiembre de 1797). Algunos de los principales conspiradores como Pichegru y Barthélémy acabaron deportados a la Guayana Francesa, y otros como Carnot o Vaublanc se vieron obligados a huir. Este último consiguió alejarse de París, sitiado por entonces, escondiéndose en un coche con la ayuda de Rochambeau. Se exilió en Italia, en donde adoptó diversas identidades, pasando por Suiza con su amigo Pastoret.