Els primes Bf 109A van entrar en servei durant la Guerra Civil espanyola. Al setembre de 1939, el Bf 109 esdevingué el caça principal de la Luftwaffe per la II Guerra Mundial, substituint als caces biplans, sent instrumental per guanyar la superioritat aèria de la Wehrmacht durant la Blitzkrieg. Durant la Batalla d'Anglaterra va haver de realitzar nous papers, principalment el de caça d'escorta, un paper per al qual no estava dissenyat, a més de ser àmpliament usat com a caça bombarder i com a avió de reconeixement. Malgrat els resultats diversos sobre Anglaterra, amb la introducció del millorat Bf 109F, a la primavera de 1941 tornà a demostrar ser un caça efectiu durant la Invasió de Iugoslàvia, la Batalla de Creta, la invasió de la Unió Soviètica i durant el Setge de Malta.