Kun Tokugawan ja Ishida Mitsunarin välille syttyi sota, Mitsunari pyysi Fujitakaa liittymään Länsi-Japanin liittoumaan. Fujitaka kuitenkin kieltäytyi, koska hänen lapsenlapsensa ja Gracia olivat menehtyneet Mitsunarin yritettyä ottaa heidät panttivangeiksi. Sen sijaan Fujitaka toimi kenraalina Ieyasun johtamassa Itä-Japanin liittoumassa, ja hallitsi Tanaben linnaa sekä 500 sotilaan armeijaa. Vuonna 1600 linna joutui Länsi-Japanin joukkojen piirittämäksi, minkä seurauksena Fujitaka ei päässyt osallistumaan ratkaisevaan Sekigaharan taisteluun.