לאחר הפלישה הגרמנית לברית המועצות, ב-22 ביוני 1941, חתם סטלין ב-17 ביולי, כיו"ר ועדת ההגנה הממלכתית, על צו מיוחד 178 / s, שבאמצעותו הועברה האחריות לסיכול הריגול הצבאית לנ.ק.ו.ד. במסגרת מנהלת המחלקות המיוחדות, עם ויקטור אבאקומוב כראש המחלקה. לארגון ניתן הרבה יותר כוח ויד חופשית יותר בקבלת ההחלטות מאשר בכל עת מאז הקמת צ'קה. כמו כן ב-19 ביולי, בהוראת נ. ק.ו.ד. מספר 00940, הועבר מטה המנהלת ממוסקבה לעיר קויבישב. המנהלה השלישית של הצי הייתה עדיין בשליטת חיל הים, עד 11 בינואר 1942, כאשר שולבה במנהל המחלקות המיוחדות.