Rafael fue elegido en la octava posición del Draft de la NBA de 2004 por Toronto Raptors, donde permaneció 2 temporadas. En ningún momento se pudo ver al jugador dominante de la universidad, y es que, a pesar de salir de titular en la mayoría de partidos, apenas jugaba 12 minutos, con unas pobres estadísticas de 3 puntos y 3 rebotes por partido. El General Mánager de Toronto fue despedido, en parte por la decisión de la elección de Araújo en el draft, desaprovechando una oportunidad para conseguir un jugador más productivo.