Dalam Perang Koalisi Kedua (1799–1802), Napoleon Bonaparte berhasil mengalahkan tentara kekaisaran. Traktat Lunéville (1801) dan Amiens (1802) serta Mediatisasi 1803 menyerahkan banyak wilayah Kekaisaran Romawi Suci kepada negara-negara dinasti dan wilayah keuskupan yang disekulerisasi. Sebagian besar kota kekaisaran dibubarkan, dan penduduk di wilayah-wilayah tersebut berada di bawah kekuasaan adipati dan raja. Perubahan ini terutama memperluas wilayah Württemberg dan Baden. Pada tahun 1806, setelah Napoleon berhasil menyerang Prusia dan mengalahkan tentara gabungan Prusia dan Rusia dalam Pertempuran Jena-Auerstedt, Napoleon menetapkan Traktat Pressburg, yang memaksa Kaisar membubarkan Kekaisaran Romawi Suci.