Используя с начала 1990-х годов научный инструментарий геополитики, Молодяков сформулировал и обосновал концепцию возможности «континентального блока» Германии, СССР и Японии (с Италией в качестве младшего партнера) в 1939—1941 гг. в ряде работ, включая три книги, которые были высоко оценены такими историками, как Марк Раев, Сергей Семанов, Владимир Невежин и Борис Соколов. Продолжением этих исследований стали написанные им фундаментальные биографии японского дипломата Тосио Сиратори и Иоахима фон Риббентропа, а также статьи о Фумимаро Коноэ, Коки Хирота, Ёнаи Мицумаса, Рихарде Зорге как геополитике и др. Молодяков также является соавтором обобщающих работ по истории Японии XX века, истории внешней политики Японии, истории отношений СССР со странами Востока в 1920—1940-е годы. Молодяков является последовательным критиком Токийского процесса, за что подвергался критике со стороны других историков.