קהילה יהודית התקיימה בעיר כבר מהמאה ה-12, בארבעה רבעים, הגדול בהם ברובע באיישה (Baixa).רב העיר היה רבי יוסף בן אברהם חיון, בשנת 1492 הגיעו לפורטוגל ולעיר ליסבון בפרט עשרות אלפי יהודים מגורשי ספרד. הם נרדפו וב-1497 הוטבלו אלפים מהם בכפייה. אך העוינות כלפי היהודים שהמירו בכפייה את דתם ("אנוסים") לא פסקה ובמאי 1506, בפוגרום ליסבון נרצחו בין 3000 ל-4000 באירוע אדיר ממדים ואכזרי. באופן פורמלי עד המאה ה-19, אז היגרו לליסבון יהודים ממרוקו וגיברלטר, לא התקיימה קהילה יהודית בעיר, אף שהיו אנוסים שהמשיכו לקיים את הדת בהיחבא. כיום מעריכים שבליסבון כ-750 יהודים.