La "contrarreforma" sin embargo también avanzó en la UBA, al igual que en las demás universidades argentinas, a partir de la presidencia del radical Marcelo T. de Alvear (1922-1928) y sobre todo del golpe de Estado de 1930. En particular la FUBA, paradójicamente, apoyará los golpes de Estado de 1930 y 1955, que derrocaron a los gobiernos constitucionales de Hipólito Yrigoyen y Juan Domingo Perón.