In gleicher Position wechselte Latour-Foissac am 21. Januar 1805 in den Stab von Maréchal Louis-Alexandre Berthier. Er kämpfte vor Eggmühl (22. April 1809) und wurde dabei vom Pferd geschossen. Bereits in der Schlacht bei Wagram (5./6. Juli 1809) konnte er wieder ein Kommando führen.