К концу XVI века город сильно изменился. В 1597 году посад по числу дворов запустел почти на 70 процентов, а численность населения сократилась примерно в 3 раза. Основными причинами был мор и события в стране — Ливонская война, опричнина, разорение Новгорода и северо-западных земель и, как следствие, хозяйственный кризис.