Han ledde kavalleriet under fälttåget mot Egypten under Napoleon 1798–1799. Framförallt utmärkte han sig i slaget vid pyramiderna och i det sista slaget vid Aboukir. Han blev sårad i ansiktet men lyckades ta fiendens ledare Mustafa Pasha till fånga. Den senaste segern uppskattades av Napoleon som rapporterade: "Segern ska framförallt tillskrivas General Murat; hans kavalleribrigad gjorde det omöjliga". Detta gjorde att Napoleon kunde återvända till Frankrike som segrare. Murat följde med honom tillbaka.