Im Krieg gegen Dänemark 1864 war Hindersin mit der technischen Oberleitung des Artillerie- und Ingenieurangriffs gegen die Düppeler Schanzen beauftragt. Für die erfolgreiche Ausführung wurde er am 22. April 1864 mit dem Orden Pour le Mérite ausgezeichnet. Nach dem Krieg wurde er unter Beibehaltung seiner Stellung als Inspekteur der 2. Artillerie-Inspektion zum 2. Generalinspekteur der Artillerie ernannt. Am 20. Dezember 1864 wurde Hindersin schließlich Generalinspekteur sowie Kurator der Vereinigten Artillerie- und Ingenieurschule.