Dopo la firma dell'armistizio dell'8 settembre 1943 aderì alla RSI entrando nella neocostituita Aeronautica Nazionale Repubblicana. Assegnato come comandante della 2ª Squadriglia, al Gruppo Aerosiluranti "Buscaglia-Faggioni" equipaggiato con velivoli S.79 di varia provenienza, di stanza sull'aeroporto di Perugia-Sant'Egidio entrò in azione l'8 marzo 1944 per contrastare lo sbarco alleato di Anzio. Il 6 aprile 13 S.79 decollarono dall'aeroporto di Lonate Pozzolo per attaccare navi alleate nel Tirreno. Gli aerosiluranti furono intercettati sulla verticale del passo della Futa da caccia Republic P-47 Thunderbolt dell'U.S.A.A.F. che abbatterono quattro aerosiluranti, danneggiando tutti gli altri. Il 10 aprile il reparto rientrò in azione attaccando navi alleate al largo di Nettuno con quattro S.79. La contraerea alleata abbatte tre aerosiluranti, tra cui quello del comandante del reparto, capitano Carlo Faggioni, mentre egli riuscì a rientrare alla base dopo aver attaccato un piroscafo. Agli ordini del capitano Marino Marini il reparto si riformò subito, e nella notte del 4 giugno attaccò con 10 aerei la rada di Gibilterra. Andò perso un solo velivolo che ammarò nelle vicinanze di Barcellona. Dopo un ciclo operativo nel Mediterraneo centrale e in Egeo, compiuto nel corso dell'estate del 1944, gli S.79 non rientrarono più in azione, e il reparto fu sciolto. Dopo la resa dell'aprile 1945, e la conseguente fine della seconda guerra mondiale, egli fu sottoposto a precedimento di epurazione e radiato dal personale della neocostituita Aeronautica Militare.