Armenia syytti Azerbaidžania katedraalin tulituksesta Vuoristo-Karabahin yhteenottojen alettua jälleen vuonna 2020. Azerien vallattua Şuşan saman vuoden marraskuussa heitä syytettiin puolestaan kirkon tilojen töhrimisestä. Toukokuussa Azerbaidžanin uutisoitiin aloittaneen paikalla kunnostustyöt, joiden ilmoitettu tarkoitus oli "palauttaa kirkko alkuperäiseen muotoonsa". Azerbaidžanissa on esitetty väitteitä, joiden mukaan kirkko oli alun perin venäläisortodoksinen eikä armenialainen, ja että armenialaiset olivat tehneet siihen muutoksia 1990-luvulla.