En 2001, Pinto logró mayor continuidad en el primer equipo, disputando en simultáneo varios partidos por el y la Copa Libertadores 2001, en la cual Boca Juniors logró el bicampeonato al vencer al Cruz Azul de México. Luego de participar regularmente durante el , el "Chavo" ingresó al campo de juego de Yokohama para disputar el partido por la Copa Intercontinental 2001 contra el Bayern Munich, debido a la lesión del lateral derecho Jorge Daniel Martínez.