Barbé-Marbois recebeu a tarefa de organizar os oito consulados franceses de Boston a Charleston. Protegido pelo Marquês de Castries (atual marechal e ministro da Marinha) e Anne César de La Luzerne (irmão de César Henri de La Luzerne, governador das Ilhas de Sotavento), tornou-se superintendente geral da colônia de Saint-Domingue em 1785. A população branca da ilha se rebelou contra as medidas que Luís XVI havia posto em prática em favor da população de pele escura. Eles lutaram, por exemplo, pela preservação dos direitos exclusivos do comércio de farinha, já que as mercadorias importadas da França eram frequentemente vendidas a mais do que o dobro do preço dos produtos locais. Por isso Barbé-Marbois não teve um tempo fácil com os colonos, principalmente porque chegou lá exatamente na época da revolta de 26 de outubro de 1789.