Die Milizen sind mitverantwortlich für die Gewaltwelle nach dem osttimoresischen Unabhängigkeitsreferendum 1999. Maternus Bere wird unter anderem vorgeworfen am Kirchenmassaker von Suai am 6. September 1999 beteiligt gewesen zu sein, bei dem zwischen 30 und 200 Menschen ums Leben kamen. Außerdem wird ihm die Entführung und Vergewaltigung von "Juliana „Alola“ dos Santos" angelastet, nach der später die Alola Foundation, eine osttimoresische Organisation für Frauenrechte von Kirsty Sword Gusmão benannt wurde.