Les écossais d'un côté et le roi de l'autre réunirent chacun leurs armées et, après les deux Guerres des évêques de 1639 et 1640, les écossais sortirent vainqueurs. Charles capitula, laissant les Covenantaires au contrôle du pays. Il fut forcé de convoquer le parlement anglais, entraînant le déclenchement de la première révolution anglaise en 1642. Les Covenantaires prirent le parti du parlement et en 1643, ils formèrent la Solemn League and Covenant, garantissant l'adoption du système de l'Église écossaise et promettant des réformes supplémentaires en Angleterre. La Confession de Foi de Westminster, établie par des ministres anglais et écossais et convenue en 1645, devint le document de foi de la doctrine Covenantaire. En 1646, une campagne royaliste dans les Highlands ainsi que les royalistes en Angleterre avaient été vaincus et le roi s'était rendu. Les relations avec le parlement anglais et la New Model Army de plus en plus indépendante furent mises à rude épreuve et le contrôle de l'Écosse s'éloigna du radical "Kirk Party" et tomba plutôt sous le contrôle de ceux prêts à négocier avec le roi, les Engagers. Le traité connu sous le nom d'Engagement signé avec le roi mena à la Deuxième guerre civile anglaise et à une défaite de l'armée écossaise lors de la bataille de Preston, par la New Model Army dirigée par Oliver Cromwell. Après le coup de Whiggamore Raid, le Kirk Party reprit le contrôle en Écosse.