Der Kirchhof wurde 1927 durchstochen, um Platz für eine Zufahrtsstraße zum neuen Hauptbahnhof Königsberg zu gewinnen. Durch ihre Lage südlich der Innenstadt überstand die Kirche die beiden Luftangriffe auf Königsberg Ende August 1944. Während der Schlacht um Königsberg im Winter 1945 wurde die Kirche schwer beschädigt. Die Außenmauern und der ausgebrannte Turm standen noch bis in die 1950er-Jahre und wurden dann abgebrochen. An der Stelle der Haberberger Kirche steht heute das „Haus der Künste“.