В 1903 году после кишинёвского погрома, ответственность за который общественность возложила на правительство, идея сотрудничества с властями стала терять популярность в еврейской рабочей среде. Вместе с нею начала падать и популярность ЕНРП. В итоге в июне 1903 года было принято решение о роспуске организации. Как писал Зубатов, «Распустили независимцы свою организацию не по чьему иному, как по личному моему их уведомлению, что В. К. Плеве без указания причин приказал мне остановить навсегда легальное движение.» .