В това време става ясно, че надеждите на австрийците за въстание в Германия са напразни. Въпреки че има недоволство, Рейнската конфедерация остава на страната на Наполеон, а Прусия заема неутрална позиция. Докато чака да спаднат водите, френският император нарежда да се построи нов мост, но на 11 км надолу по течението, срещу град Енцерсдорф. На 5 юли Великата армия се прехвърля на левия бряг и се насочва срещу Карл. Битката се започва на следващия ден на височините при Ваграм (малко село в района), където австрийците са създали укрепени позиции. При изравнени сили след 12-часови усилия Наполеон успява да отблъсне австрийската армия, която отстъпва в добър ред в посока към Чехия. Проявявайки разум, той се отказва от преследване, за да пощади изморените си войници. Въпреки всичко победата при Ваграм е достатъчна, за да е ясно кой е победител във войната.