Яне Сандански продължава да работи като просбописец и да участва в дейността на Комитета. През 1896 година Сандански узнава, че освен ВМОК съществува и друга, нелегална организация за борба в Македония и Одринско, но информацията за нея е оскъдна. През 1897 година в Дупница, по повод избухналата Гръцко-турска война е формирана нова чета на Върховния комитет, под войводството на Кръстьо Захариев от село Ореховец, Сярско, състояща се от тридесетина четници, към които се присъединява и Яне Сандански. Четата е получила оръжието си отново от българските офицерски патриотични дружества, чрез младите поручици Йордан Венедиков и Морфов. След това четата навлиза в Пиринско. Най-сериозният сблъсък на тази чета с турските войски е над село Пирин, в местността Дебели рид, където след еднодневно сражение успяват да се измъкнат от около 150 души аскер, без нито един убит или ранен четник. По-късно в сражение с аскер в местността Лопово е убит един четник, а Сандански е ранен в лявата ръка и по-големият му брат Тодор Сандански, който също е в четата, го връща в Княжеството за лечение.