In de 15e en 16e eeuw kwamen er maar liefst vijf vrouwenkloosters bij, die alle tot de Derde Orde der Franciscanenessen gerekend worden: het Sint-Andriesklooster, het Sint-Annadalklooster, het Faliezustersklooster, het Beyartklooster en het Nieuwenhofklooster (voormalig begijnhof). Het begin van de 17e eeuw zag de vestiging van een nieuw mannenklooster (van de kapucijnen) en twee vrouwenkloosters (de annunciaten en het klooster Calvariënberg). De verovering van Maastricht door Lodewijk XIV van Frankrijk in 1673 maakte de vestiging van nog meer tertiarissenkloosters mogelijk, onder andere van grauwzusters en penitenten-recollectinnen. In de 19e en vroege 20e eeuw was er een nieuwe golf van franciscaner kloosterstichtingen. Franciscanen en franciscanessen waren onder andere actief in de zielzorg, gezondheidszorg, onderwijs, jeugdwerk en ander maatschappelijk werk. In de jaren 1950 en '60 waren franciscaner paters actief in de nieuw-opgerichte parochies van Nazareth (Antonius van Paduakerk) en Malberg (Vier Evangelistenkerk). Tegenwoordig is, voor zover bekend, de bescheiden communauteit van de franciscanessen van Heythuysen aan het Kardinaal van Rossumplein in Heugemerveld de enige vestiging van franciscanen in Maastricht.