Тим часом у внутрішньому становищі країни відбулися серйозні зміни. Близько 1560 цар порвав з діячами Вибраної ради і наклав на них різні опали; особливо жорстоким до боярства цар став після несподіваної смерті цариці Анастасії (7/20 серпня 1560), підозрюючи, що її отруїли. На думку деяких істориків, Сильвестр і Адашев, розуміючи, що Лівонська війна не обіцяє Московії успіху, безуспішно радили царю піти на угоду з ворогом. У 1563 московські війська заволоділи Полоцьком, на той час великою литовською фортецею. Цар особливо пишався цією перемогою, здобутою вже після розриву з Вибраною радою. Проте вже в 1564 Московія зазнала серйозної поразки. Цар став шукати «винних», почалися опали і страти.