После революции 1917 года переехал в Крым, где в конце 1918 года был избран профессором факультетской терапевтической клиники Таврического университета. В январе 1920 года эмигрировал из России; был консультантом при раненых и больных армии генерала П. Н. Врангеля, затем — директором организованной им поликлиники русских врачей в Каире. С момента основания в 1922 году Королевского медицинского общества в Каире К. Э. Вагнер состоял членом его правления, а с 1928 года — вице-председателем.