Toisessa maailmansodassa Ju 52 oli Luftwaffen pääasiallinen kuljetuskone. Verrattuna hävittäjiin kone oli hidas (huippunopeus 265 km/h) ja kahdella konekiväärillä varustettuna melko kevyesti aseistettu, joten saattue oli aina tarpeen, mutta silti koneita ammuttiin alas suuret määrät. Kone oli tärkeässä roolissa muun muassa saarretun Stalingradin huoltolennoissa. Myös Norjan miehityksessä operaatio Weserübungissa 9. huhtikuuta 1940 alkaen oli Junkers Ju 52:lla suuri merkitys, koska se pystyi vuoristoisessa maassa hyödyntämään melko lyhyitä ja heikkokuntoisia lentokenttiä. Suurin laskuvarjo-operaatio, jossa Ju 52:t olivat mukana, oli hyökkäys Kreetalle toukokuussa 1941, johon osallistui noin 500 Ju 52 -konetta. Myös toukokuussa 1940 Belgian Eben-Emael linnoituksen taisteluun osallistui 400 Ju 52 -konetta joista osa hinasi DFS 230 liitokoneita.