Ondruš pelasi Tšekkoslovakian maajoukkueessa 58 maaottelua, joissa hän teki yhdeksän maalia. Ensimmäisen maaottelunsa hän pelasi vuonna 1974 ja viimeisen vuonna 1980. Hän pelasi EM-kilpailuissa 1976 ja 1980. Tšekkoslovakia voitti vuonna 1976 Euroopan-mestaruuden kukistettuaan loppuottelussa Länsi-Saksan rangaistuspotkukilpailussa, jossa Ondruš teki joukkueensa kolmannen maalin. Välierässä Alankomaita vastaan Ondruš teki joukkueensa ensimmäisen maalin mutta ottelu meni jatkoajalle Alankomaiden tasoitettua Ondrušin omalla maalilla. Ondruš valittiin EM-turnauksen tähdistöjoukkueeseen. Vuoden 1980 EM-kilpailuissa Ondruš pelasi Tšekkoslovakian kaikki neljä ottelua joukkueen saavuttaessa pronssia.