Im April 1942 übernahm Mutō in Singapur als Kommandierender General den Befehl über die Einheiten der Kaiserlichen Garde, die mit anderen Einheiten der 25. Armee zuvor die Malaiische Halbinsel und Teile Niederländisch Ostindiens erobert hatten. Als die Kaiserliche Garde im Juni 1943 in mehrere Divisionen geteilt wurde, wurde Mutō Kommandierender General von deren 2. Division, die weiterhin der 25. Armee unterstand. Im Oktober 1944 wechselte er auf den Posten des Stabschefs der 14. Regionalarmee auf den Philippinen. Dort sollte er gemeinsam mit dem Oberbefehlshaber Yamashita Tomoyuki die befürchtete alliierte Invasion der Philippinen abwehren. Bei seiner Ankunft auf der Hauptinsel Luzon kam er beinahe ums Leben, als sein Flugzeug nach einem Angriff amerikanischer Jagdflieger notlanden musste. Während der Schlacht um Luzon diente er im Hauptquartier von General Yamashita, welches sich anfangs in Baguio City lag und später in den Norden der Insel verlegt wurde. Er begleitete Yamashita ab dem 14. August 1945 zu den Verhandlungen in das amerikanische Hauptquartier in Baguio City, welche aufgrund eines Erlasses des Tennō Hirohito infolge der Atombombenabwürfe auf Hiroshima und Nagasaki am 15. August zuerst in einen Waffenstillstand mündeten. Am 2. September begleitete er Yamashita bei der parallel zur Kapitulation Japans stattfindenden Kapitulation aller verbliebenen japanischen Truppen auf Luzon. Von diesen zu Beginn der Schlacht 250.000 Soldaten unter seinem Kommando hatten nur etwa 50.000 die Kampfhandlungen überlebt.