Am 27. Dezember 1860, eine Woche nachdem South Carolina den Austritt aus der Union erklärt hatte, ergab sich die Fortbesatzung der South Carolina Miliz und erhielt freien Abzug. Die Unionssoldaten begaben sich nach Fort Sumter, um dort die Garnison unter Major Robert Anderson zu verstärken. Castle Pinckney war die erste militärische Liegenschaft der Nordstaaten, die von der Confederate States Army eingenommen wurde. Drei Tage später ergab sich auch das Charleston Arsenal. Nach dem Angriff auf Fort Sumter wurde das Werk von den "Charleston Zouave Cadets" besetzt. Nach der ersten Schlacht bei Manassas nahm das Fort kurzzeitig Kriegsgefangene aus den Nordstaaten auf, die in den unteren Kasematten untergebracht wurden. Nachdem die Gefangenen wieder verlegt worden waren, verstärkte man die Befestigung mit Erdaufschüttungen und zusätzlicher Artillerie. Während des gesamten Krieges war das Fort in keine Kämpfe verwickelt.