Pada temasya Sukan SEA 1991, Fandi menjaringkan kedua-dua gol Singapura terhadap Myanmar di peringkat kumpulan, tetapi telah digantikan dalam perlawanan separuh akhir, selepas pemain pertahanan Indonesia Herry Setyawan menyikunya di mata. Perlawanan itu berkesudahan seri tanpa jaringan dan Lions tewas menerusi penalti. Fandi juga terlepas cubaan gagal Singapura untuk melayakkan diri ke Piala Asia 1992, setelah mengalami kecederaan tumit. Pada Sukan SEA 1993, kapten Fandi menjaringkan hatrik dalam kekalahan 7-0 Filipina, diikuti oleh matlamat Singapura kedua dalam 3-3 seri separuh akhir dengan Myanmar dan menjaringkan satu gol dalam kemenangan 3-1 ke atas Indonesia yang memperoleh pingat gangsa untuk Singapura. Fandi juga bermain di Tiger Cup, dan menjaringkan gol penyamaan terhadap Malaysia, gol menentang Brunei dan dua menentang Filipina. 1997 merupakan tahun yang mengecewakan bagi Fandi, yang gagal menjaringkan gol dalam Piala Dunhill dan kelayakan Piala Dunia. Selepas Sukan SEA 1997, di mana matlamat di separuh akhir tidak dapat menghalang kekalahan 1-2 kepada Indonesia, Fandi bersara daripada bola sepak antarabangsa.