Etelä-Vietnamin kansallisen vapautusrintaman joukot jakautuivat kolmeen operatiiviseen joukkoon. Päätoimiset joukot jaettiin pataljooniin, rykmentteihin ja vuodesta 1965 lähtien divisiooniin. Yhden divisioonan vahvuus oli 7 350 miestä. Vapautusrintamaan kuului myös päätoimisia alueellisia joukkoja sekä väliaikaisia sissiosastoja, joita käytettiin esimerkiksi yksittäisten kylien puolustukseen. Komentosuhteiltaan kansallinen vapautusrintama ei muodostanut Vietnamin kansanarmeijasta erillistä armeijaansa, vaan esimerkiksi jokaisen kansallisen vapautusarmeijan divisioonan johdossa oli kansanarmeijaan kuulunut upseeri. Järjestön sotilaallisen ja poliittisen toiminnan ytimessä olivat usein niin sanotut kaaderit, jotka olivat usein Ranskan siirtomaahallinnon vastaisen sissisodan veteraaneja. Varsinkin sissitoiminnan alkuaikoina monet heistä olivat lisäksi Vietnamin jaon yhteydessä vuonna 1954 pohjoiseen paenneita etelän kommunisteja, jotka oli koulutettu pohjoisessa ja sittemmin solutettu etelään. Myös monet etelään jääneet Việt Minhin jäsenet toimivat kansallisen vapautusrintaman piirissä.