Com a proclamação da República em 1889, Manuel Vargas tornou-se o líder do Partido Republicano Riograndense (PRR) em São Borja. Em 1893 teve início a Revolução Federalista no Rio Grande do Sul, uma guerra civil iniciada por federalistas ("maragatos") contra o governador do estado, Júlio de Castilhos. Sendo partidário do governador, Vargas retornou ao exército para participar na supressão da revolta. Foi ferido na Batalha de Passo Fundo em julho de 1894, e enfrentou tropas rebeldes comandadas por seu próprio cunhado, Dinarte Dornelles, o que criaria dentro da família uma histórica contradição entre “chimangos” (republicanos) e “maragatos” (federalistas). Durante a revolução foi promovido à coronel pelo então presidente Floriano Peixoto, e por fim à general de brigada pelo sucessor Prudente de Moraes.