Azhar dan wakilnya Zamzami Rani yang sama-sama mantan kombatan GAM maju dalam pilkada yang dilaksanakan 11 Desember 2006 dari jalur independen dan menang setelah meraih 21.883 suara. Dalam pelantikannya yang dilaksanakan 21 Februari 2007, Gubernur Irwandi Yusuf menyampaikan meminta masyarakat tidak terpancing dengan gerakan bawah tanah yang ingin menggoyang kendudukan bupati dan wakil bupati yang terpilih dari calon independen. Gerakan ini dinilai dapat merusak situasi keamanan. Gubernur juga berpesan untuk bekerja dengan sungguh sungguh karena masa kepemimpinannya ini dimulai saat rekonstruksi Aceh pasca tsunami 2004, baru berjalan dua tahun.