Во время Второй мировой войны город сильно пострадал. В октябре 1944 года в его окрестностях проходила Дебреценская операция, после которой 50 % зданий города было полностью разрушено, ещё 20 % понесли ущерб. Восстановление города продолжалось вплоть до 60-х годов XX века. Во второй половине XX века Дебрецен стал третьим по величине городом Венгрии после Будапешта и Мишкольца, а в 90-х годах — вторым после сильного оттока населения из Мишкольца в результате промышленного кризиса. До 1990 года в Дебрецене находился крупный советский гарнизон.