V máji 1810 sa nakoniec patrioti vzbúrili, keď zosadili miestokráľa a vymenovali vlastnú vládu, ktorej bol Belgrano členom. Belgrano však stále patril k skôr umierneným patriotom, keď pripúšťal aj v budúcnosti vládu španielskeho kráľa. Prvú vládu neskôr v decembri 1810 vystriedala nová, nazývaná veľká chunta, aj jej členom ešte Belgrano bol. V septembri 1811 nahradil veľkú chuntu tzv. prvý triumvirát, čím sa Belgrano zameral skôr na kariéru v armáde. Stal sa veliteľom severnej armády a viedol niekoľko neúspešných pokusov o obsadenie Horného Peru (súčasná Bolívia) a Paraguaja. V roku 1814 bol po porážkach nahradený Josém de San Martínom. Ako zástanca monarchie sa vydal po svojom odvolaní do Európy, aby našiel nového kráľa pre Río de la Plata, ale nebol úspešný. 20. júna 1820 zomrel vo svojom dome v Buenos Aires. Pochovaný je v kláštore Santo Domingo v Buenos Aires.