Durante le guerre napoleoniche, Nienburg fu di nuovo occupata dalle truppe francesi. La popolazione dovette subire ancora una volta un'occupazione militare. Dal 1810 al 1813, Nienburg fece parte del Comune di Nienburg, appartenente all'omonimo Arrondissement. L'Arrondissement Nienburg a sua volta apparteneva al Dipartimento della Foce del Weser dell'Impero di Francia. In quel periodo furono abbattute le fortificazioni. Dopo la fallimentare Campagna di Russia portata avanti da Napoleone, le truppe francesi dovettero lasciare Nienburg nel 1813.