Протягом років Руїни полк зазнав істотних територіальних змін та руху кількості особового складу. Під час гетьманування І. Виговського (1657–1659) полк під керівництвом І. Богуна всіляко підтримував гетьмана, виступив проти його опонентів на чолі з полтавським полковником М. Пушкарем (липень 1658), брав участь у Конотопській битві (липень 1659) проти московських військ.