Negli anni 2000 la nazionale inizia ad affacciarsi più insistentemente sul palcoscenico internazionale, ottenendo ottimi risultati nelle varie edizioni della CONCACAF Gold Cup. Inoltre, nel 2001 si rende protagonista di un'ottima prestazione alla Copa América: nonostante l'iniziale sconfitta per 1-0 contro la riesce a superare il girone battendo per 2-0 la e per 1-0 l', qualificandosi agli ottavi di finale. Qui, a gran sorpresa riesce a prevalere sul Brasile con un 2-0, ottenendo l'accesso ai quarti di finale. Verrà tuttavia eliminata al turno successivo dalla - che si laureerà poi vincitrice del campionato nazionale - con una sconfitta per 2-0. Alla finalina per il terzo-quarto posto riesce a ottenere il bronzo nella sfida con l'Uruguay, pareggiando per 2-2 e ottenendo la vittoria ai rigori con il risultato di 5-4. Successivamente fallisce la qualificazione al mondiale del 2002 e a quello del 2006: la qualificazione al sfumò nel turno finale a sei squadre a causa di due sconfitte nelle ultime due partite contro (contro cui gli honduregni colpirono ben sette pali) e ; in quella dei Mondiali 2006, finì invece al terzo posto del gruppo 2 del secondo turno, dietro a e .