Bysanttilaisena aikana saarelle rakennettiin linna. Neljännen ristiretken jälkeen vuodesta 1204 Skýros oli venetsialaisvallan alla. Osmanit valtasivat saaren vuonna 1538. Saarella oli kuitenkin suhteellisen vapaa asema. Skýros osallistui merkittävällä panoksella Kreikan vapaustaisteluun ja julistautui itsenäiseksi vuonna 1829. Pian tämän jälkeen se liittyi itsenäistyneeseen Kreikkaan.