การบริหารปกครองของเคเนดีรวมทั้งความตึงเครียดสูงกับรัฐคอมมิวนิสต์ในสงครามเย็น ด้วยเหตุนี้ เขาได้เพิ่มจำนวนที่ปรึกษาทางทหารอเมริกันในเวียดนามใต้ ในเดือนเมษายน ค.ศ. 1961 เขาได้มีอำนาจในความพยายามที่จะโค่นล้มรัฐบาลคิวบาของฟิเดล กัสโตรในการบุกครองอ่าวหมู เคเนดีได้มีอำนาจในโครงการคิวบาในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1961 เขาได้ปฏิเสธปฏิบัติการนอร์ทวู้ด(แผนการด้วยการโจมตีธงปลอมเพื่อได้รับอนุมัติในการทำสงครามกับคิวบา) ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1962 อย่างไรก็ตาม การบริหารปกครองของเขายังคงวางแผนที่จะบุกครองคิวบาในฤดูร้อน ปี ค.ศ. 1962 ในเดือนตุลาคมต่อมา เครื่องบินสอดแนมของสหรัฐได้ค้นพบฐานจรวดขีปนาวุธของโซเวียตที่ถูกติดตั้งขึ้นในคิวบา ในช่วงเวลาที่เกิดความตึงเครียด ซึ่งถูกเรียกว่า วิกฤตการณ์ขีปนาวุธคิวบา ซึ่งเกือบที่จะส่งผลทำให้เกิดแพร่ระบาดของความขัดแย้งเทอร์โมนิวเคลียร์ทั่วโลก โครงการหมู่บ้านเชิงยุทธศาสตร์ได้เริ่มต้นขึ้นในเวียดนามในช่วงที่เขาดำรงตำแหน่งประธานาธิบดี จากภายในประเทศ เคเนดีได้เป็นประธานในการจัดตั้งกองกำลังรักษาสันติภาพและสืบสานโครงการอวกาศที่ชื่อว่า อพอลโล นอกจากนี้เขายังได้สนับสนุนขบวนการเคลื่อนไหวด้านสิทธิพลเมือง แต่ประสบความสำเร็จเพียงเล็กน้อยในการส่งผ่าน ชายแดนใหม่ นโยบายภายในประเทศของเขา