Âgé de quinze ans seulement, Abreham Cherkos remporte la finale du 3 000 mètres des Championnats du monde jeunesse, compétition mettant aux prises les meilleurs athlètes internationaux de moins de dix-huit ans. A Marrakech, il couvre la distance en 8 min 00 s 90 et termine le dernier kilomètre en 2 min 27. Il intègre le circuit professionnel de l'IAAF en 2006, et se distingue lors des Bislett Games d'Oslo en prenant la cinquième place du 5 000 mètres derrière des athlètes expérimentés tels que son compatriote Kenenisa Bekele ou le Kényan Isaac Kiprono Songok. Quelques semaines plus tard, au meeting de Rome, il descend pour la première fois de sa carrière sous les 13 minutes en réalisant 12 min 54 s 19. Le , Cherkos se classe deuxième du 5 000 mètres des Championnats du monde juniors de Pékin avec le temps de 13 min 35 s 95, derrière son compatriote Tariku Bekele. Il termine troisième de la Finale mondiale d'athlétisme disputée en fin de saison à Stuttgart.