El gobierno de Topolánek dirigió la República Checa durante la Presidencia checa del Consejo de la Unión Europea en 2009. La presidencia checa tuvo que lidiar con la disputa de gas entre Rusia y Ucrania. Topolánek y su equipo pudieron negociar un compromiso entre Rusia y Ucrania. Otro momento importante fue un conflicto en Gaza.