Carlo I d'Angiò, a partire dal 1270, quindi poco tempo dopo la sua vittoria su Manfredi, iniziò a sovvenzionare la ricostruzione della basilica e del convento, in una mescolanza di stile gotico e francescano. Ad architetti francesi si deve l'abside, prima parte edificata della chiesa, ritenuta unica nel suo genere in Italia ed esempio classico di gotico francese. Nel passaggio dall'abside alla zona del transetto e della navata si andò affermando invece uno stile maggiormente improntato al gotico italiano, segno del mutamento dei progettisti e delle maestranze avvenuto con il passare degli anni.