Nachdem er seine aktive Spielerkarriere beendet hatte, wurde er Trainer bei Sparta ČKD Prag. 1967 wurde er Trainer beim deutschen Bundesligisten EV Landshut. Die Niederbayern hatten Gut für drei Jahre verpflichtet und in der letzten dieser drei Spielzeiten führte er die Landshuter 1970 zum Meistertitel. Es folgten drei Jahre als Trainer der tschechoslowakischen Junioren-Nationalmannschaft, bevor er von 1973 bis 1980 die tschechoslowakische Nationalmannschaft betreute. In dieser Zeit gewann die Tschechoslowakei zwei Weltmeisterschaften (1976, 1977) und errang eine olympische Silbermedaille und viermal WM-Silber. Karel Gut kehrte 1980 erneut für drei Jahre zum EV Landshut und – wie bei seinem ersten Mal – war es wieder das letzte Jahr, in dem er 1983 den Meistertitel nach Landshut holen konnte. Nach einigen Jahren im tschechischen Trainerrat kehrte er 1988 noch einmal zum EV Landshut zurück, zuerst als Trainer und dann als technischer Direktor.