Султан је 1499. године отпочео нови рат против Млетачке републике намеравајући да заузме њихове поседе у Грчкој. Августа су Турци започели копнену опсаду Лепанта који се убрзо и предао. Истовремено Турци нападају млетачки Задар и поседе у Фурланији и Корушкој. Модон, Корон и Наварин предају се 1500. године. Венеција није била сама. Против Турака су стали и Французи и Угари. Тројни савез подржао је папа 1501. године. Доделио им је материјалну помоћ за крсташки рат. Млечани, уз шпанску помоћ, заузимају Кефалонију и Лефкаду 1502. године. Исте године губе Драч. Мир је склопљен 1502. године (са Венецијом) и 1503. године (са Угарском). Турци су постали господари читаве Грчке и већег дела Албаније. Османско царство постало је поморска сила.