В 1624 году после смерти Яна Кучборского Якуб Задзик получил от польского короля название на должность епископа хелминского. 2 декабря 1624 года получил от папы римского назначение на эту должность. Также он стал пробстом плоцкого кафедрального собора и ленчицкого схоластика. Вступил в управление епархией 14 февраля 1625 года, сан епископа принял 13 апреля в Варшаве, а 30 апреля прошел ингресс в Хелмненском соборе. 10 апреля принимал участие в областном сеймике Королевской Пруссии в Грудзендзе, где получил индигенат. Активно занимался делами своей епархии, в которой проживал постоянно до середины 1627 года. Выдал новую ординацию для Хелмно, а в 1627 году начал строительство епископского замка в Любаве. После начала войны со Швецией епископ хелминский Якуб Задзик поручил своим подчиненным начать молиться за мир. После своего назначения на должность канцлера позднее редко находился в своей епархии. На провинциальном синоде в Пётркуве его заменил каноник Валентин Щавинский. После окончания войны со Швецией приказал вернуться в епархию всем священникам, которые её покинули во время военных действий. 8 ноября 1630 года установил докторский каноникат в хелминском кафедральном капитуле. В 1632 году был избран депутатом от Хелмненского воеводства на элекционный сейм, где поддержал кандидатуру Владислава IV Вазы на польский королевский трон. В 1634 году во время своего пребывания в Торуни защищал права католиков, проживавших в городе.