406 v. Chr. belagerte die spartanische Flotte unter Kallikratidas die Stadt, der den Feldherrn Konon mit dem Gros der athenischen Flotte im Hafen eingeschlossen hatte. Die Athener sandten eine Hilfsflotte und konnten die Eingeschlossenen in der Schlacht bei den Arginusen – benannt nach einer östlich von Lesbos gelegenen Inselgruppe, heute Garip Adaları – befreien. Die Schlacht war die größte Seeschlacht des Peloponnesischen Krieges. Erst Jahrzehnte später verließ Lesbos den von Athen geführten Seebund. Die führende Macht wurde schließlich Makedonien.