Pendant la Guerre de Cent Ans, les moines se réfugient par deux fois dans leur maison d'Amiens avec leurs reliques. D'abord en 1356-1360, lors des ravages troupes de Charles II de Navarre dans la ville, puis en 1420 lors des combats entre Armagnacs et Bourguignons. Les troupes d'Étienne de Vignolles, dit la Hire, qui occupent Breteuil, mettent le feu à l'abbaye avant leur départ. L'abbaye est encore en ruine en 1476 lors des troubles causés par le passage des troupes de Charles le Téméraire. L'abbaye obtient du pape le droit d'accorder des indulgences contre le versement d'aumônes à l'abbaye à l'occasion de la visite de ses ruines. La réfection de l'abbaye ne commence qu'à partir de cette date. Les abbés sont obligés de multiplier les procès pour récupérer leurs terres et leurs droits.