A frota permaneceu em cativeiro durante as negociações do Tratado de Versalhes. Reuter acreditava que os britânicos tentariam tomar suas embarcações em 21 de junho, o prazo limite para a Alemanha assinar os termos de paz. Ele não sabia que o prazo tinha sido ampliado até o dia 23, assim ordenou que seus navios fossem deliberadamente afundados. A frota britânica de vigia deixou Scapa Flow na manhã de 21 para realizar exercícios, com Reuter emitindo ordens de afundamento às 11h20min. O "Bayern" afundou às 14h20min. O navio foi levantado em setembro de 1934, rebocado até Rosyth e desmontado no ano seguinte. Seu sino foi posteriormente devolvido para a Marinha Alemã e hoje está em exposição no Kiel Fördeklub. Algumas partes do "Bayern", incluindo suas torres de artilharia, permanecem até hoje no fundo de Scapa Flow.