Hermes da Fonseca was de zoon van Hermes Ernesto da Fonseca en Rita Rodrigues Barbosa da Fonseca en neef van Brazilië's eerste president, maarschalk Deodoro da Fonseca. Net als zijn oom koos hij voor een militaire carrière. Vanaf 1870 studeerde hij aan de militaire academie. Hij kreeg o.a. les van kolonel Benjamin Constant. Na zijn afstuderen was hij adjudant van de conde D'Eu. Hij was ontvankelijk voor de republikeinse ideeën die leefden onder jonge officieren en werd lid van de Militaire Club. Zijn oom haalde hem over om mee te doen aan de samenzwering tegen de monarchie. Na de Proclamatie van de Republiek Brazilië op 15 november 1889 werkte hij voor de nieuwe republikeinse regering. Later werd hij bevorderd tot generaal en daarna tot maarschalk. In november 1904 onderdrukte hij een opstand op een militaire academie.