בזאגרב נותרו עדיין יהודים אשר זכו להגנת שלטונות האוסטאשה, בשל סיבות כלכליות, קרבה אישית, נשואים בנישואי תערובת או מומרים. בראשית 1943 התנהל משא ומתן בין ראשי האוסטאשה לגרמנים על השלמת גירוש היהודים. על פרנץ אברומייט הוטל להשלים את מבצע הגירוש. החשמן אלויזיה סטפינאץ הארכיבישוף של זאגרב ניסה להתערב ולהציל יהודים מומרים ובני נישואי תערובת ואף כתב מכתב חריף לאנטה פאבליץ' ובו הוא דורש שלא לגרש את היהודים. שלטונות האוסטאשה השתהו בביצוע האקציות אך לבסוף נכנעו ללחץ הגרמני. ב-3 במאי 1943 לפנות בוקר החלה האקציה האחרונה בזאגרב ובמהלכה נעצרו כ-1,400 יהודים. ב-5 במאי הגיע לזאגרב היינריך הימלר כדי לעמוד מקרוב על השלמת הגירושים ולהיפגש עם ראשי האוסטאשה. הימלר עזב את זאגרב בשעות אחר הצהריים ועם עזיבתו החלו הטרנספורטים לאושוויץ. בראשית 1944 לחצו הגרמנים שוב על ראשי האוסטאשה לפעול לחיפוש, מעצר וגירוש מלא של כל היהודים שעדיין מצויים בשטחי מדינת קרואטיה העצמאית. ראשי השלטון השהו את פעולתם ולבסוף סירבו. תבוסת גרמניה בחזית המזרחית ושחרור איטליה על ידי בעלות הברית הובילו את ראשי האוסטאשה למסקנה, שתבוסת גרמניה במלחמה היא ודאית ועליהם למקסם רווחים לקראת ההסכמים העתידיים שיבואו בעקבותיה.