Rothen, 2003 yılında 2003 FIFA Konfederasyonlar Kupası turnuvasında; Fransa'nın o zamanki teknik direktörü Jacques Santini tarafından 23 kişilik kadroya, eski takımı Monaco'dan arkadaşı Ludovic Giuly ile beraber çağrıldı. Rothen, böylece millî takım formasıyla ilk kez resmî turnuvada yer almış oldu. Fransa, A Grubu'nda Kolombiya, Japonya ve Yeni Zelanda ile aynı grupta yer almıştı. Rothen, bu turnuvada sadece bir maça çıkabildi. O da; 20 Haziran 2003 tarihinde Fransa'nın Japonya karşısında 2-1 kazandığı maçın 65. dakikasında Sylvain Wiltord'un yerine oyuna girdi. Fransa turnuvada finale kadar yükseldi ve Kamerun'u; uzatmada Thierry Henry'nin 97. dakikada attığı altın golle yendi ve FIFA Konfederasyonlar Kupasını kazandı. Bu kupa, Rothen'in millî takım forması altında kazandığı ilk, tek ve son kupa oldu.