Während der Religionskriege im 16. Jahrhundert gehörte das Anjou überwiegend der katholischen Liga an. Der Herzog von Anjou (der spätere König Heinrich III.) eroberte 1568 das von den protestantischen Hugenotten gehaltene Loudun und schlug diese, unter dem Amiral de Coligny, im Oktober 1569 in der Schlacht bei Moncontour. Zwei Tage nach der Bartholomäusnacht in Paris (24. August 1572) fielen in Angers mehrere Hugenotten den Massakern zum Opfer. König Heinrich IV. wies den Hugenotten in dem 1598 erlassenen Edikt von Nantes die Stadt Saumur als Sicherheitsplatz ("places de sûreté") zu, wo sie eine ihrer bedeutendsten Akademien gründeten.