Panis i Trulli zostali w zespole na sezon 1999, a Prost AP02 nie był tak nieudanym modelem jak poprzednik, chociaż silnik Peugeot był zbyt duży i ciężki. W trakcie sezonu Prost zatrudnił Alana Jenkinsa na stanowisku dyrektora technicznego. Prost zdobył w sezonie 9 punktów (w tym 6 punktów za drugie miejsce Trullego w Grand Prix Europy) i zajął siódme miejsce w klasyfikacji konstruktorów.