Після вторгнення американських та британських військ до Іраку у 2003 році аль-Багдаді взяв участь у створенні міліцейського воєнізованого підрозділу Джамаат Джаіш Ал аль-Сунна ва-ль-Джаммаа, в якому він виконував глави шаріатського комітету. Ту ж роль він виконував і у Раді Муджахедів (Шурі), до якої приєднався у 2006 році. Після перейменування Ради у Ісламську Державу Іраку (ІДІ), аль-Багдаді став головним наглядачем її шаріатського комітету та членом головної дорадчої ради.