1845/46 erhielt die Gemeinde Honnef mit Erlass einer neuen Gemeindeordnung für die Rheinprovinz einen eigenen Gemeinderat und Vorsteher, 1849 eine eigene Postexpedition (zuvor zum Zustellbereich von Königswinter gehörend). Nach jahrelangen Bemühungen – bereits zum Jahresbeginn 1852 hatte die Gemeinde ein eigenes Standesamt bekommen – gelang es den Honnefern 1862, durch königlichen Erlass vom 14. Juli das Stadtrecht nach der Rheinischen Städteordnung zu erhalten. Damit schied die Gemeinde zum 1. Januar 1863 aus der Bürgermeisterei Königswinter aus und wurde als eigene Bürgermeisterei Honnef selbstständig. Auch das alte Wappen galt nun wieder. Die Ablehnung Preußens durch die Honnefer Bevölkerung legte sich und Honnef überstand die Kriege von 1864 (Deutsch-Dänischer Krieg), 1866 (Deutscher Krieg) und 1870/71 (Deutsch-Französischer Krieg) relativ unversehrt.