2006 kehrte Nilsson als Sportchef zu Helsingborgs IF zurück. Ende 2007 verließ Trainer Stuart Baxter den Klub in Richtung finnische Nationalmannschaft, in der Folge übernahm er dessen Posten zunächst interimsweise bis zur Sommerpause aufgrund der Europameisterschaft 2008. Nach guten Ergebnissen – die Mannschaft hielt sich im vorderen Tabellendrittel – verlängerte der Klub die Tätigkeit Nilssons, seiner Assistenztrainer Peter Gerhardsson und Per-Ola Ljung sowie des Torwarttrainers Sven Andersson. In der Spielzeit 2009 konnte der Klub den vierten Platz des Vorjahres nicht bestätigen, so dass bereits im Herbst ein Ende der Zusammenarbeit zum Jahresende beschlossen wurde. Erneut übernahm er im Anschluss das Traineramt beim mittlerweile viertklassigen IFK Hässleholm.