Смрт Фридрихова довела је до изумирања мушке линије породице Бабенберг. У наредних неколико деценија војводство је било без владара. У складу са феудалним законима, власт над Аустријом припала је аустријском сизерену, цару Светог римског царства. Међутим, само осам година након изумирања Бабенберга, изумрла је и светоримска династија Хоенштауфен. Стога нико није био у могућности да наследи војводство. Године 1251. на аустријски престо долази Отакар II Пшемисл, син чешког краља Вацлава. Папа Иноћентије III потврдио му је право на престо због његових породичних веза са Бабенберзима. До 1269. године Отакар је контролисао Корушку, Крањску и Виндиц. Његово царство простирало се од Судета до јадранске обале. Када му није успело да се избори за светоримску круну, Отакар је оспорио избор Рудолфа I Хабзбуршког. Отакар је убијен у бици на Моравском пољу 1278. године.