המאמצים ללכוד את בן לאדן החלו עוד לפני פיגועי 11 בספטמבר, בימי הנשיא ביל קלינטון, בעקבות הפיגוע בשגרירויות ארצות הברית במזרח אפריקה. קלינטון הורה לכוחותיו לעוצרו ואישר שימוש בנשק קטלני אם הדבר לא יתאפשר. ב-20 באוגוסט 1998, במסגרת "מבצע השגה אינסופית" ("Operation Infinite Reach"), עליו פיקד גנרל הנחתים אנתוני זיני, שיגר הצי האמריקני, כפעולת תגמול לפיצוץ שגרירויות ארצות הברית בקניה וטנזניה על ידי אל-קאעידה ב-7 באוגוסט אותה שנה, 75 טילי שיוט נגד מחנות של אל-קאעידה באפגניסטן, בין היתר במטרה להרוג את בן לאדן. בנוסף ביצעו ספינות הצי האמריקני אשר בים הערבי ירי של טילי שיוט כנגד מפעל החשוד שהוא מייצר נשק כימי בסודאן. במהלך התקיפות נהרגו כשלושים מחבלים בסודאן ובאפגניסטן, אולם בן לאדן עזב את המחנות מספר שעות קודם לכן. לאחר פיגועי 11 בספטמבר נקב הנשיא ג'ורג' ווקר בוש בשמו של אוסאמה בן לאדן כחשוד העיקרי והודיע לעם האמריקאי להתכונן למלחמה. ב-7 באוקטובר 2001 פתחה ארצות הברית במלחמת אפגניסטן, שמטרתה הפלת המשטר האסלאמי הקיצוני של שלטון הטליבאן וחיסול בסיסי הטרור שם (בעיקר של אל-קאעידה).