Een dieptepunt werd bereikt in 1578, toen door het oorlogsgeweld de meeste kanunniken, inclusief de proost en de deken, hun toevlucht hadden genomen in het neutrale Luik. De zes in Maastricht overgebleven kanunniken beklaagden zich over het defaitisme van hun collegae en stelden, dat indien zij hun voorbeeld hadden gevolgd, het kapittel "gansselijcken geruineert" zou zijn en de kerk tot een "geussen tempel" zou zijn getransformeerd. De roofmoord in 1586 op een van deze zes kanunniken, Aerdt Tuteler, bewijst dat ook na de inname van de stad door Parma in 1579 het niet altijd even veilig was voor de kanunniken.