En 1979, il fait partie de l'équipe du GIGN envoyée à La Mecque pour aider le pouvoir saoudien à venir à bout d'une prise d'otages dans la Grande mosquée après une conversion à l'islam « express » car aucun non-musulman ne peut entrer dans La Mecque. Après l'attentat de la rue Marbeuf du , il participe avec Christian Prouteau à la création de la cellule antiterroriste de l'Élysée. Il est impliqué dans plusieurs affaires retentissantes comme celle des Irlandais de Vincennes qui éclate peu après et l'affaire des écoutes de l'Élysée, révélée onze ans plus tard. Il ne sera pas poursuivi dans le cadre des procès concernant la perquisition irrégulière effectuée chez les « Irlandais ». Cependant le , Paul Barril perd le procès en diffamation qu'il avait intenté contre "Le Monde" pour un article d'Edwy Plenel relatant son rôle dans cette affaire. . Le jugement est confirmé en appel et en cassation.