Auch auf dem Gebiet der heutigen Niederlande und Belgiens entwickelte sich der Orden rasch. In den 30er Jahren des 12. Jahrhunderts wurden mit Orval (1132), Vaucelles (1132) und Ter Duinen (1138) die ersten drei Abteien gegründet, denen während des 12. und 13. Jahrhunderts noch viele weitere folgten. Auch zahlreiche Frauengemeinschaften suchten seelsorgerliche Betreuung bei den Zisterziensern und bemühten sich um den Anschluss an den Orden. Ab 1182 zeigten sich die Mönche mit der Inkorporierung des Frauenklosters Herkenrode bereit, dieser Aufgabe nachzukommen. Die Zisterzienserinnenkonvente der Niederlande und Belgiens brachten zahlreiche geistig bedeutende Persönlichkeiten hervor, so zum Beispiel die Mystikerinnen Ida von Nivelles, Lutgard von Tongern und Beatrijs von Nazareth. Die Zisterzienser waren bald aufgrund ihrer effektiven Wirtschaftsweise ein bedeutender Faktor für die Region. Zum Teil setzten sie ihre große Kapitalkraft für den Landesausbau ein, etwa durch größere Eindeichungsmaßnahmen. Hier ist z. B. die Abtei Ten Duinen zu nennen, die nicht nur größere Einpolderungsmaßnahmen durchführte, sondern deren Äbte auch mehrfach als Ratgeber der Grafen von Flandern auftraten. Kloster Aduard nordwestlich von Groningen galt einst als das reichste, größte und berühmteste Kloster in den nördlichen Niederlanden. Seine (heute verschwundene) Basilika wurde ab 1240 mit einem Umgangschor errichtet, acht Jahre vor dem Baubeginn des gotischen Kölner Doms.