Gelfand đã vài lần lọt vào vòng tuyển lựa ứng cử viên tranh ngôi vô địch thế giới. Tại Giải vô địch thế giới năm 1993, ông lọt vào vòng chọn ứng cử viên nhờ thắng giải Interzonal. Ông thắng trận đầu tiên tại vòng này, tuy nhiên thua ở trận thứ hai (tứ kết) trước Nigel Short. Năm 1996, Gelfand lại thắng giải Interzonal. Lần này ông vào sâu hơn khi thắng 2 trận đầu, trước khi thua Anatoly Karpov ở bán kết. Trong giai đoạn các giải vô địch thế giới FIDE từ 1998 đến 2004, Gelfand cũng giành nhiều kết quả khả quan, với thành tích cao nhất vào đến bán kết năm 1997. Ông cũng từng tham dự giải cờ vua Dortmund năm 2002 gồm 8 kỳ thủ hàng đầu, để lựa ra ứng cử viên tham dự trận tranh ngôi vô địch thế giới năm 2004, tuy nhiên không lọt được vào bán kết.