Thomas Pekáry studierte von 1947 bis 1952 Alte Geschichte, Klassische Archäologie und Numismatik an der Universität Budapest. Sein Schwerpunkt lag bei Geschichte und Archäologie der römischen Provinzen. Bereits während des Studiums interessierte er sich für die antike Numismatik. Nach dem Studium arbeitete er zwischen 1952 und 1956 in den Budapester Museen Keszthely und Aquincum. 1956 emigrierte er infolge des Ungarischen Volksaufstandes in die Schweiz und begann an der Universität Bern ein Promotionsstudium, das er 1959 mit einer Arbeit über die römische Währungs- und Finanzgeschichte von 161 bis 235 abschloss. Die Darstellung erschien 1969 in einer stark gekürzten Form als Aufsatz in der Zeitschrift "Historia". In der Schweiz erstellte er einen Forschungsbericht über die Studien zur sogenannten Reichskrise des 3. Jahrhunderts.