Hans forældre var generalmajor Frederik Christian Ernst og Sophie Bolette født Wendel. Selv indtrådte Ernst meget tidligt i den militære stand, idet han i 1830 blev landkadet og fem år efter udnævntes til sekondløjtnant à la suite ved det Holstenske Infanteriregiment med anciennitet fra 1. februar 1835. Efter at have forladt Landkadetkorpset trådte han i 1836 i sekondløjtnants nummer ved Kronens Regiment og var fra 1838-42 elev ved Den kongelige militære Højskole. I 1842 blev han først premierløjtnant à la suite i infanteriet og 1. august premierløjtnant i Ingeniørkorpset. Fra 1842-47 gjorde han tjeneste ved Ingeniørtropperne, de to første år i København, de tre sidste i Rendsborg, men fungerede samtidig ved fæstnings- og bygningstjenesten i de nævnte byer, og han forblev ved denne sidste tjeneste i Rendsborg indtil krigens udbrud i 1848. Han var imidlertid blevet kaptajn af 2. klasse i 1844 og forfremmedes i sommeren 1848 til kaptajn af 1. klasse, og han var i 1849-50 ansat ved Fredericia fæstning og tog virksom del i sammes forsvar samt i udfaldene derfra. 1850-51 stod han atter ved feltingeniørdetachementet og indlagde sig særlig fortjeneste ved Frederiksstads forsvar i 1850.