Vuonna 1603, Englannin kuningattaren Elisabeth I:n kuoltua Englanti ja Skotlanti yhdistyivät kuningas Jaakko I:sen alaisuudessa. Hän halusi yhtenäistää kirkolliset käytännöt rajan molemmin puolin ja kannatti episkopaalista eli piispajohtoista järjestelmää. Knoxin johtama uskonpuhdistus oli rakentunut presbyteriaaniselle järjestykselle. Niinpä sekä Jaakon että hänen seuraajiensa Kaarle I:sen ja Kaarle II:sen aikana Skotlannin kirkon järjestys vaihteli presbyteriaanisen ja episkopaalisen välillä. Stuart-suvun kuninkaat uskoivat heillä olevan jumalallisen oikeuden hallita sekä kirkkoa että valtiota mutta heitä vastustivat voimakkaasti presbyteriaaniset uskonliittolaiset ("Covenanters"), jotka vuonna 1638 allekirjoittivat Presbyteerisen kansallisen liiton ("Presbyterian National Covenant"). Vasta vuonna 1690, Mainion vallankumouksen jälkeen maan valtakirkoksi vakiintui presbyteerisesti järjestynyt Skotlannin kirkko.