1294, während des französisch-englischen Konflikts, war er der Verhandlungsführer für Philipp IV. in der Gascogne. 1296 wurde er in den königlichen Rat aufgenommen, aus dem heraus er den französischen Kampf gegen den Papst organisierte. Bonifatius VIII. hatte mit seinem Dekretale "Clericis laicos" den König an die päpstliche Zustimmung zur Investitur der Bischöfe erinnert. Auf Betreiben Flotes und anderer Legisten untersagte Philipp IV. daraufhin die Ausfuhr von Gold und Silber aus dem Königreich, womit der Papst eines Großteils seiner Einkünfte beraubt war. Bonifatius VIII. zog daraufhin mit der Bulle "Romana mater ecclesia" die Entscheidungen aus "Clericis laicos" zurück.