Entre 1507 y 1516, aun con extremadas dificultades, Cisneros y el rey Fernando lograron devolver un tanto el prestigio que la monarquía había perdido. En 1507 Cisneros fue nombrado Inquisidor general de Castilla. Se renovó el entusiasmo conquistador, desempeñando Cisneros un papel importante en la conquista de Orán, al igual que en los tiempos de Isabel la Católica había participado de manera activa en la conquista de Granada. Organiza eclesiásticamente los territorios conquistados y dio nombre a Villa Cisneros (actual Dajla). Pese a su rango de cardenal, no participó en el cónclave de 1513 en el que fue elegido León X.