Reiter fu poi un membro delle SS durante la seconda guerra mondiale e partecipò a esperimenti medici condotti dai nazisti. Fu arrestato dall'Armata Rossa nella Germania occupata dall'Unione Sovietica e processato a Norimberga. Durante la sua detenzione, ha ammesso di avere essere stato aconoscenza della sterilizzazione, dell'eutanasia e dell'omicidio di pazienti psichiatrici, in quanto raccoglitore di statistiche e operatore del "controllo di qualità", e di aver aiutato a progettare ed attuare, nel Campo di concentramento di Buchenwald, un esperimento in cui agli internati fu inoculato un vaccino sperimentale per il tifo esantematico, provocando oltre 200 morti.