W czasie potopu szwedzkiego w latach 1655–1659 Kotowski służył w dywizji Pawła Sapiehy, hetmana wielkiego litewskiego i za swoje zasługi uzyskał od króla godność marszałka powiatu mozyrskiego. W lipcu 1659 przeszedł pod rozkazy Połubińskiego i udał się wraz z jego dywizją do Kurlandii, gdzie brał udział w walkach zimą 1659–1660. W styczniu 1660 wraz z dywizją Połubińskiego ruszył na Litwę przeciwko wojskom Iwana Chowańskiego. 11 września 1661 przystąpił do nowej konfederacji wojsk litewskich pod Połudowiczami, przekształconej w Związek Braterski. 14 września został obrany konsyliarzem konfederacji i objął stanowisko wicemarszałka konfederacji wojsk litewskich (substytuta). Dowodził silnym podjazdem, który został rozbity przez Chowańskiego 14 października.