Vzhledem ke kladnému ohlasu k pilotu objednala stanice ABC, patřící do stejné skupiny jako Touchstone Television, v květnu 2001 seriál "Alias". Jeho produkce byla zahájena v srpnu 2001. Abrams se pro tuto práci obklopil skupinou scenáristů, kteří měli zkušenosti z nejrůznějších seriálů (např. "Ally McBealová", "Xena", "Správná pětka" a "Případ pro Sam"). K nejvýznamnějším patřili John Eisendrath, Alex Kurtzman a Roberto Orci, kteří byli společně s Abramsem zároveň výkonnými producenty. J. J. Abrams také přišel s konceptem pětiaktového cliffhangeru pro každý díl a nikoliv pouze pro závěrečnou epizodu celé řady, jak bylo v té době obvyklé. Tato neobyčejná struktura byla atraktivní nejen pro scenáristy, jimž dávala jiné možnosti stavby epizod a vůbec celé sezóny s jedním příběhem, ale i pro diváky, kteří s napětím mohli očekávat další díl kvůli rozuzlení zápletky. Po teroristických útocích z 11. září vypustili scenáristé ze čtvrté epizody Světovou obchodní organizaci a nahradili ji fiktivním spolkem, jinak ovšem seriál zůstal beze změn. Showrunnerem byl Abrams, který v této době pracoval zároveň jak na tomto díle, tak na poslední sérii "Felicity". Před čtvrtou řadou "Aliasu" vystřídal Abramse na pozici showrunnera Jeffrey Bell a během páté řady zastával tento post Jeff Pinkner.