Em 1967, o museu voltou para a tutela do estado vinculado à Secretaria de Cultura do Estado do Ceará (Secult). Em 1973, o Palacete Senador Alencar foi tombado como Monumento Nacional pelo IPHAN. Em 1990, na gestão do governador Tasso Jereissati, foi restaurado e passou a ser sede do atual Museu do Ceará. Foi reinaugurado em 25 de março de 1998, na comemoração dos 144 anos da abolição da escravatura no Ceará. O majestoso edifício foi, então, adaptado para o funcionamento do museu e, desde 1998, abriga exposições de longa e curta duração. Em 2001, foi criada a Sala Paulo Freire, que sedia palestras, cursos e seminários. No ano seguinte, foi aberto o Memorial Frei Tito, uma homenagem ao religioso que viveu durante o regime militar instaurado no país em 1964. O Museu do Ceará possui, ainda, Reserva Técnica, sala do Núcleo Educativo, sala da administração e biblioteca. Tem ainda em sua coleção um acervo plumário que também foi tombado pelo IPHAN.