Während seiner Dienstzeit als SACEUR zog sich das jugoslawische Militär nach einer 78-tägigen Bombardierung aus dem besetzten Kosovo zurück – NATO-Truppen unter Clarks Kommando bildeten schließlich die KFOR und übernahmen die Verwaltung des Kosovo. Bemerkenswert dabei waren die Vorgänge um den sogenannten 'Vorstoß nach Priština'. Im Dezember 2003 während der Verhandlung gegen Slobodan Milošević vor dem Internationalen Strafgerichtshof für das ehemalige Jugoslawien in Den Haag sagte auch Clark aus. Seine Aussage wurde jedoch von der US-Regierung vor ihrer späteren Veröffentlichung geprüft – eine Maßnahme, die bei der Aussage von Außenministerin Madeleine Albright nicht angewendet wurde. Es wurde spekuliert, dass diese Aktion der Bush-Regierung sicherstellen sollte, dass Clark nicht allzu viel Öffentlichkeit bzw. Sendezeit bekam, da er im darauffolgenden Jahr bei den Vorwahlen zur US-Präsidentschaft antreten wollte. Clarks Aussage vor dem Strafgerichtshof war erforderlich, da er in seiner Funktion als SACEUR während der Dayton-Verhandlungen mehr als 100 Stunden mit Milošević konferiert hatte.