Durante el decenio de 1990 el aeropuerto empezó a operar vuelos internacionales, sobre todo hacia Suiza y Alemania. Tras la guerra de Kosovo en 1999, el aeropuerto presenció un breve pero tenso enfrentamiento entre las fuerzas de la OTAN (KFOR) y fuerzas de Rusia en el que estas ocuparon el aeropuerto. Después de conseguir un acuerdo por el cual las fuerzas rusas se integrarían en las fuerzas de mantenimiento de la paz, independiente de la OTAN, el aeropuerto de Pristina fue reactivado como base aérea militar el 15 de octubre, y posteriormente empezó a funcionar como aeropuerto civil internacional con vuelos a varias ciudades de Europa. Durante ese período de tiempo las fuerzas rusas, KFOR y otras fuerzas de la OTAN estuvieron a cargo de la seguridad del aeropuerto. El aeropuerto de Pristina inicialmente comenzó sus operaciones con 45 empleados.