In 2000 nam Wilmots voor het eerst deel aan het EK. België en Nederland waren als gastland geplaatst. Ook onder bondscoach Robert Waseige was Wilmots een vaste waarde. België won in de openingswedstrijd van het toernooi met 2-1 van Zweden, maar verloor vervolgens van zowel Italië als Turkije met 2-0.