Стаўшы графам, Бадуэн IX у адрозненне ад бацькі стаў прыхільнікам караля Англіі. У 1200 годзе яму ўдалося паводле Перонскага дагавора атрымаць поўнач Артуа, а таксама атрымаць суверэнітэт над Гінам, Арам і Бецюнам. А ў 1202 годзе ён разам з малодшымі братамі Генрыхам і Эсташам адправіўся ў Чацвёрты крыжовы паход, пакінуўшы рэгентам Фландрыі Філіпа Намюрскага, а рэгентам Эно — свайго пабочнага брата Вілема дэ Вершына. У выніку гэтага паходу Бадуэн быў выбраны імператарам Лацінскай імперыі, але ў 1205 годзе трапіў у палон, дзе і памёр. У Лацінскай імперыі яго спадчыннікам стаў брат Генрых (каля 1176 — 11 ліпеня 1216). Яшчэ адзін брат, Эсташ (пам. пасля 1217) у 1210—1216 гадах быў рэгентам Фесаланікскага каралеўства.