Mais le , des parachutistes envahissent le palais national, capturant et tuant le président Ndadaye et six de ses ministres. Les auteurs du coup d'État imposent un couvre-feu, coupant les lignes téléphoniques, prenant le contrôle de la radio de l'État et fermant l'aéroport international de Bujumbura. Par la suite, au moins Hutus s'enfuirent vers le Rwanda voisin. Ce coup d'État marqua le début d'une guerre civile, avec l'extension d'une violence ethnique à la quasi-totalité du territoire national.