Herrera trat im Alter von 18 Jahren ins Militär ein, stieg dort schnell zum Leutnant auf und kämpfte in Peru gegen königstreue Kräfte in der Schlacht von Junín und der Schlacht bei Ayacucho. Im Jahre 1828 wurde er wegen Hochverrates zum Tode verurteilt, die Strafe wurde später zu zwei Jahren Verbannung aus Großkolumbien umgewandelt. Im Jahre 1830 kehrte Herrera nach Panama zurück und schloss sich den Befürwortern einer Unabhängigkeit von Großkolumbien an. Dieser Konflikt endete im Jahre 1831, wonach Herrera zum Oberkommandierenden der Truppen am Isthmus aufstieg. Am 18. November 1840 entschieden sich die Panamaer für eine Unabhängigkeit von Großkolumbien, Herrera wurde danach Präsident des Isthmus-Freistaates. Dieser unabhängige Staat wurde nur von Costa Rica und den USA anerkannt und 13 Monate nach seiner Gründung mit Großkolumbien wiedervereinigt.