Po tzv. krakovském povstání v roce 1846, které bylo potlačeno rakouským vojskem, Rakousko využilo svého práva dle tajné smlouvy mezi Rakouskem, Ruskem a Pruskem z roku 1835 a přičlenilo dříve nezávislé Svobodné město Krakov do svého území. Tato situace se neobešla bez problémů s Pruskem, které realizovalo svůj export do Haliče a Kongresového Polska přes bezcelní zónu Svobodného města, ale nakonec Prusko ustoupilo spojenému tlaku Ruska a Rakouska. Počáteční správy velkovévodství se ujal hrabě M. Deym, který úspěšně potlačil povstání v roce 1848, a v roce 1853 bylo velkovévodství rozděleno na tři okresy.