L'invasion japonaise força le gouvernement à s'exiler au début sur l'île de Corregidor puis dans un deuxième temps à quitter l'archipel pour se réfugier en Australie. Américains et Philippins menèrent une résistance armée dans le pays tandis que le Commonwealth continuait d'exister sous la forme d'un gouvernement en exil. Les Japonais tentèrent de légitimer leur occupation en favorisant la création d'un gouvernement collaborateur philippin, dirigé par José P. Laurel.