В 1806 году Шельфер перешёл на должность профессора медицины в Гейдельбергском университете. Произошло это после того, как в битве при Йене в октябре 1806 года прусские войска потерпели поражение от Великой армии императора Наполеона, Йена была разграблена французами, серьёзно повреждён ботанический сад и полностью уничтожен ботанический кабинет университета. В Гейдельберге Шельфер читал лекции по судебной медицине, терапии, патологии, а также по ботанике, с 1811 года возглавил . В 1812 и 1819 годах — декан медицинского факультета. В 1816 году Шельфер был избран членом германской академии естествоиспытателей «Леопольдина». С 1821 года — надворный советник. Все эти годы Шельфер продолжал поддерживать контакты с Иоганном Вольфгангом Гёте: они вели переписку и несколько раз встречались.