Alpays freimütige Kommentare erzürnten Präsident Erdoğan. Im Jahr 2015 verlangte er von der Bahçeşehir-Universität, Alpay zu entlassen. Am 27. Juli 2016 wurde Şahin Alpay in Istanbul während der „Säuberungsaktionen“ nach dem gescheiterten Putschversuch am 15. Juli 2016, von der türkischen Polizei festgenommen. Er wurde inhaftiert und seitdem im Hochsicherheitsgefängnis von Silivri festgehalten. Im März 2018 wurde er aus der Untersuchungshaft entlassen und unter Hausarrest gestellt.