Es folgte die Teilnahme an der WM 1998 in Frankreich. Bei der Euro 2000 in Belgien und den Niederlanden schied er mit seiner Mannschaft früh aus. Stanković war Stammspieler der serbisch-montenegrinischen Nationalmannschaft, die sich auch für die WM 2006 in Deutschland qualifizierte. Er stand in deren Aufgebot für die WM und absolvierte alle drei Gruppenspiele.