Seit 1938 hatte er den Konkordatslehrstuhl für mittlere und neuere Geschichte in Freiburg inne. Dort kam er in Kontakt mit dem Freiburger Kreis um Gerhard Ritter, Walter Eucken, Adolf Lampe oder Constantin von Dietze, der Kontakt zu den Verschwörern des 20. Juli hatte. Allerdings blieb er am Rande des Kreises, weil er Mitglied der NSDAP und Schulungsredner der Partei gewesen sein soll. Die Parteikanzlei lehnte 1943 seine Verwendung für Auslandsvorträge ab, weil Bauer zu wenig weltanschaulich gefestigt sei. Während des Zweiten Weltkrieges leistete Bauer von 1942 bis 1945 erneut Kriegsdienst bei einer Luftwaffennachrichteneinheit.