Al draft 2012 i Sixers selezionano Moe Harkless e Arnett Moultrie (quest'ultimo acquisito dai Miami Heat). Il 4 luglio 2012 viene inoltre tagliato Brand, grande delusione durante tutta la sua permanenza a Filadelfia. Il 9 agosto prendono inoltre parte insieme a Los Angeles Lakers, Orlando Magic e Denver Nuggets alla mega-trade che ha portato Dwight Howard ai Lakers, cedendo Iguodala, Nikola Vučević e Moe Harkless e acquisendo il veterano Jason Richardson, ma soprattutto Andrew Bynum, All-Star considerato dopo Dwight Howard il centro più forte in attività. Bynum è tuttavia costretto a saltare le prime partite della stagione a causa di un infortunio al dito. La squadra inizia quindi la stagione con un roster profondamente rivoluzionato e con la speranza, grazie al nuovo acquisto Bynum, di poter finalmente lottare per le prime posizioni della Eastern Conference. Durante la stagione i Sixers sono però letteralmente falcidiati dagli infortuni; tra gli altri, sono stati assenti diverse settimane Jrue Holiday e Thaddeus Young e a fine stagione solo Evan Turner e Spencer Hawes riescono a disputare tutte le partite. Il 16 marzo, inoltre, dopo numerosi rinvii, viene annunciato che Bynum salterà tutta la stagione. Soprattutto a causa degli infortuni, i Sixers chiudono con un record di 34-48, appena fuori dalla zona play-off. Unica nota positiva è Jrue Holiday, che con le sue prestazioni si guadagna la convocazione per l'All-Star Game, imponendosi come il vero leader della squadra.