V následujících desetiletích se RAAF soustředilo zejména na logistickou podporu jednotek Spojených národů. Zvláštní akcí byla mírová mise v roce 1999 ve Východním Timoru pod vedením australských jednotek. V roce 2003 se australské letectvo účastnilo války v Iráku. Bojové letouny &lt;a href="F/A-18%20Hornet"&gt;F/A-18 Hornet&lt;/a&gt; podnikaly společně s britskými Tornády nálety na cíle v Iráku. Navíc se podílely i na kontrole iráckého vzdušného prostoru. Nasazení v Iráku ovšem vyvolalo ostrou kritiku. Letecká operační skupina 630 () RAAF se od října 2014 podílí na operacích proti hnutí Daeš na území Iráku, a od září 2015 i v Sýrii.