Varus wurde als Sohn des Quästors Sextus Quinctilius Varus († 42 v. Chr.) geboren und entstammte einer der vornehmsten und ältesten Familien der römischen Nobilität, die ihre Abstammung bis auf die Könige von Alba Longa zurückführte. Sein Vater war überzeugter Republikaner, stand im Bürgerkrieg aufseiten der Gegner des Gaius Iulius Caesar und wurde von diesem begnadigt. Nach dessen Ermordung floh er mit den Caesarmördern nach Griechenland und beging nach der Niederlage von Philippi Selbstmord. Seinem Sohn schadete diese Abkunft jedoch nicht. Er scheint eine gute Erziehung genossen zu haben und gehörte seit Beginn seiner politischen Laufbahn zum engeren Anhängerkreis des Augustus.