Op 1 maart 1793 viel Clerfayt de Fransen aan nabij Aldenhoven en dwong hen om de belegering van Maastricht op te heffen. Op 18 maart nam hij deel aan de Tweede Slag bij Neerwinden en kreeg er het commando over de linkervleugel waartegen de hoofdaanval van de Fransen gericht was. Het Oostenrijkse leger behaalde de overwinning op de Fransen. In oktober 1793 verloren de Oostenrijkers wel de Slag bij Wattignies. In 1794 was Clerfayt vooral actief in Vlaanderen en kon er eerst nog verscheidene Franse aanvallen afslaan, maar werd dan door de Fransen verslagen in Kassel, Menen en Kortrijk en tijdens de Veldslag te Hooglede. Nadat de Slag bij Fleurus werd verloren dienden de Oostenrijkers de Zuidelijke Nederlanden te verlaten.