Johnson nasceu na Paróquia de St. James Goose Creek (agora parte do Condado de Berkeley, Carolina do Sul), filho do Sr. William Johnson, um ferreiro que mudou-se de Nova York para a Carolina do Sul, e Sarah Johnson, nascida Nightingale. Seus pais apoiavam a Revolução Americana. Durante a Revolução, o Sr. Johnson foi considerado pelas autoridades britânicas como "um dos rebeldes mais perigosos e importantes". Liderou os revolucionários de Charleston ao lado de Christopher Gadsden e foi o criador da Liberty Tree de Charleston. Após o Cerco de Charleston, o Sr. Johnson e Gadsden foram presos em Saint Augustine, Flórida, pelo comandante britânico Henry Clinton. Johnson, Jr., ao lado de seu irmão e mãe (que também era revolucionária), posteriormente fugiram para a Cidade de Nova York, onde viveram até o final da Revolução. Após a guerra, o Sr. Johnson foi representante de Charleston na Assembleia Geral da Carolina do Sul.