Karzai fue designado como presidente de la Administración Transitoria el 22 de diciembre de 2001 tras el Acuerdo de Bonn del 5 de diciembre después de la invasión de Estados Unidos del país y el consiguiente derrocamiento del régimen fundamentalista de los talibanes. Fue nombrado presidente interino de la administración afgana de transición, por la Loya yirga del 19 de junio de 2002,