Tendo já conquistado tudo o que havia para ganhar, a ambição da nortenha não esmoreceu e 1997 foi mais um ano de vitórias, com mais 3 medalhas conquistadas. A nível indoor, conquistou a sua única medalha em campeonatos do mundo, com o bronze em Paris 1997, alcançado na prova dos 3000 metros, com o tempo de 8.49,79. Ao ar livre garantiu o bronze nos 5000 metros e a prata nos 10000, repetindo o score de duas medalhas ganhas dois anos antes, nesta mesma competição. No ano seguinte, Fernanda conseguiu mais 2 segundos lugares, desta vez em campeonatos europeus, de pista coberta e ar livre. Em Valência, nos 3000 metros, a corredora do FC Porto fez um tempo de 8.51,42, enquanto que em Budapeste realizou os 10000 metros em 31.32,42. No final do ano, tinha mais 2 medalhas de prata para juntar ao seu já longo palmarés. A 6 de Outubro de 1998 foi elevada a Grã-Cruz da Ordem do Infante D. Henrique. No entanto, 1999 seria um ano negro na sua carreira. À partida para os Mundiais de Sevilha, a expectativa era naturalmente de conquistar mais uma medalha, depois dos quatro lugares de pódio nos últimos dois campeonatos mundiais. A atleta portuguesa ia em 4.º Lugar, quando se sentiu sem forças e desistiu, saindo da corrida visivelmente abalada. O ano mau seria agravado com a sua primeira experiência na Maratona, que terminou também em desistência, em Londres. Esta tentativa falhada terá dado força à manutenção da portuguesa de 30 anos, no atletismo de pista, mais concretamente nos 10000 metros, numa altura em que havia alguma incerteza sobre que rumo dar à sua carreira.