Fernandez 28 Temmuz, 2007 tarihinde 2007 NBA Seçmeleri'nde Phoenix Suns takımı tarafından 27. sıradan seçildi. Daha sonra Portland Trail Blazers takımına takas oldu. Fernandez rüya gibi geçen 2007-08 sezonundan sonra 2008-09 sezonunda DKV Joventut'tan ayrılıp Portland Trail Blazers takımında oynayacağını 6 Haziran, 2008 günü bir basın toplantısında açıklamıştır ve o 1 Temmuz tarihinde Portland ile sözleşme imzalayıp NBA'de oynayan tarihteki 8. İspanyol oyuncu olmuştur. Fernandez 2008 Yaz Olimpiyatları'nda İspanya millî takımı ile gümüş madalya kazandıktan sonra takıma katıldı.