У бици код Гаугамеле 331. п. н. е. поново је заповедао елитном македонском коњицом, али детаљи његова учешћа нису забележени. За време битке код Персијских врата 330. п. н. е. Александар је са великим делом војске заобилазио Ариобарзанове снаге, а Филота је добио задатак да заједно са Коином, Полиперхоном и Аминтом покуша да премости реку Аракс.