Zur venezianischen Zeit befand sich an der Stelle von Neapoli der Ort "Kares". Um 1340 wurde hier Petros Philargis geboren, der spätere Gegenpapst Alexander V. Kurze Zeit später wurde während der Rebellion des Partisanenführers Michael Psaromilingos und seines Bruders Ioannes gegen die venetianische Besatzung der Ort Kares von den Venetianern zerstört. Am gleichen Ort entstanden die Dörfer Neochorio ( = "junges" bzw. "neues Dorf") und Kenourgio Chorio ( = "neues Dorf"). Kenourgio Chorio entwickelte sich zu einem der größten Orte der Region mit überwiegend griechischen Bürgern. Im Januar 1823, während des Griechischen Freiheitskampfs, starb der Partisanenführer Nikolaos Zervos an Lungenentzündung hier und wurde dort begraben. Einige Tage später erschien das ägyptisch-türkische Heer unter der Führung von Hassan Pascha, dem Schwiegersohn von Muhammad Ali Pascha, in der Stadt. Die Einwohner flohen in die Höhle von Milatos, Hassan Pascha ließ die Stadt brandschatzen, den Leichnam von Nikolaos Zervos exhumieren und als Zielscheibe für die Gewehrschützen verwenden. Erst nach drei Tagen durfte der Leichnam wieder begraben werden, das Grab soll sich im Hof der Bischofskirche nordwestlich des Kirchleins "Mikri Panagia" befinden. 1827 zogen sich türkische Einwohner zum Schutz vor aufständischen Griechen in die Moschee von Kainourio Chorio zurück. Die Verfolger steckten daraufhin das Gotteshaus in Brand.