1841 wurde Pottinger zum politischen Agenten in Kohistan, nördlich von Kabul, ernannt. Als sich der afghanische Widerstand gegen die britische Besatzung im Dezember 1841 verstärkte (→ Erster Anglo-Afghanischer Krieg), suchte er Zuflucht in Tscharikar, wo eine Abteilung Gurkhas stationiert war. Der Auslöschung der Garnison durch die Afghanen konnte er gemeinsam mit einem weiteren Offizier, Lieutenant Houghton, durch die Flucht nach Kabul entkommen. Für seine bei der Verteidigung von Tscharikar erlittenen Verwundungen erhielt er eine Entschädigung in Höhe eines Jahresgehalts.