Més tard, Papen va servir al govern nazi com a ambaixador a Àustria de 1934 a 1938 i a Turquia de 1939 a 1944. En aquest últim país conegué el llavors Nunci Apostòlic Giuseppe Angelo Roncalli (més tard conegut com el Papa Joan XXIII) el qual va exercir la seva influència en la seva decisió d'alliberar molts jueus que anaven a ser traslladats als camps de concentració. Von Papen fou capturat pels aliats després de la guerra i va ser un dels acusats en els importants Judicis de Nuremberg, però va ser absolt i condemnat a treballs forçats. Durant els anys 50 va intentar, sense èxit, reprendre la seva carrera política. Va morir el 1969 a l'edat de 89 anys.