Ngày 7 tháng 3, Willian có thêm một bàn thắng tại Europa League khi Chelsea đánh bại Dynamo Kiev 3-0 trong trận lượt đi vòng 1/16. Ngày 31 tháng 3, từ quả phạt góc của Willian, Ruben Loftus-Cheek đánh đầu vào góc xa ghi bàn ấn định chiến thắng 2-1 cho Chelsea ở phút bù giờ đầu tiên của trận đấu tại Premier League với Cardiff City. Cuối mùa giải này, Willian cùng Chelsea giành chức vô địch Europa League và anh xuất hiện từ ghế dự bị trong trận Chung kết UEFA Europa League 2019 đánh bại Arsenal 4-1.