در آغاز دهه ۱۹۶۰، جنایات جنگی انجام شده توسط شاپر توسط مرکز قضایی آلمان برای تعقیب جنایات نازی‌ها در لودویگزوبورگ مورد بررسی قرار گرفتند. دادستان‌ها یک شاهد کلیدی، "کرایس‌کومیسار" آلمانی در ومژا، را احضار کردند و او از گروه شبه‌نظامی گشتاپوی «آینزاتس‌گروپ ب» تحت فرماندهی "اس‌اس-اوبراشتورمفورر" هرمان شاپر در جریان تحقیقات برکنر نام برد. شاپر در سال ۱۹۶۴ متهم شد که بشخصه آینزاتس‌کماندوی مسئول کشتار جمعی یهودیان در شهر را هدایت کرده‌است. دو شاهد از اسرائیل - خایا فینکلستاین از راجووو و ایتزهاک فلر از تیکوچین - از روی عکس‌ها هرمان شاپر را به عنوان مسئول کشتار در راجووو در ۷ ژوئیه ۱۹۴۱، و همچنین کشتارهای دسته جمعی در تیکوچین در ۲۵ اوت ۱۹۴۱ شناسایی کردند. روش‌های به‌کارگرفته‌شده توسط جوخه مرگ شاپر در این کشتارها همانند ان‌هایی بودند که در یدوابنه (چند کیلومتر فاصله) تنها سه روز پس از آن استفاده شدند. شاپر اتهامات را رد کرد و آلمانی‌ها شواهد را برای پیگرد قانونی وی در آن هنگام کافی ندانستند. او به بازجویان دروغ گفت که در سال ۱۹۴۱ راننده کامیون بوده و از نام‌های دروغین استفاده کرد. علیرغم شناسایی مثبت وی توسط دادگاه‌ها، روند قانونی علیه او در ۲ سپتامبر ۱۹۶۵ متوقف شد.