Am 25. November 2006 wurde Biltine im Zuge des bisher letzten tschadischen Bürgerkrieges (2005–2010) von den beiden gegen die Zentralregierung kämpfenden Rebellengruppen UFDD und RAFD besetzt. Die beiden Gruppen hatten zuvor das weiter südlich gelegene, größere Abéché nach einem Vorstoß der tschadischen Armee geräumt. Biltine wurde nach nur einem Tag durch die tschadische Armee befreit, was von heftigen Gefechten geprägt war. Am 16. Juni 2008 war Biltine Schauplatz der "Schlacht von Biltine", in deren Verlauf den Rebellen ein Sieg über die Regierungstruppen gelang.