Perustuslakia säätävä kansalliskokous hajaantui syksyllä 1791, joten Barnave palasi tammikuussa 1792 Dauphinéen. Hän liittyi siellä vapaaehtoisena upseeriksi Ranskan kansalliskaartiin, mutta omistautui muuten kirjallisille töille. Tasavaltalaiset alkoivat arvostella häntä yhä jyrkemmin. Tuileries’n palatsin valtauksen yhteydessä elokuussa 1792 Barnaven kirjeet vihatulle kuningattarelle löydettiin ja ne vahingoittivat entistä pahemmin hänen mainettaan. Barnave vangittiin 29. elokuuta 1792 lakiasäätävän kansalliskokouksen määräyksellä. Hän istui vankilassa ensin vajaan vuoden Dauphinéssa, sitten sen lähellä Barraux’ssa. Hirmuvallan aikana hänet siirrettiin Pariisiin 3. marraskuuta 1793 ja tuotiin vallankumoustuomioistuimen eteen. Hänet tuomittiin kuolemaan ja teloitettiin 29. marraskuuta.