Ayrıca kariyerinde iki tane "treble horror" diye anılan korkunç üçleme sezonları vardır. 2001-2002 sezonunda Bayer Leverkusen ile son üç haftasına beş puan önde girdikleri ligde şampiyonluğu bir puan farkla Borussia Dortmund'a kaptırmışlar, Şampiyonlar Ligi finalinde Real Madrid'e 2-1 yenilerek kupayı kaldırma şansını kaybetmişler, Almanya millî takımıyla birlikte 2002 Dünya Kupası'nda ise, kırmızı kart cezası sebebiyle oynayamadığı, final maçını Brezilya'ya 2-0 kaybederek ikincilikle yetinmek zorunda kalmışlardır. 2008 yılında ise Chelsea ile birlikte aynı senaryoyu yaşamak zorunda kalan Ballack, sezonu Manchester United'ın iki puan gerisinde tamamlayarak hayal kırıklığı yaşamıştır, Şampiyonlar Ligi'nde ise berabere biten doksan dakikanın sonunda Manchester United'a penaltılarla kaybederek kupayı kaldıramamıştır. 2008 yılının yazında, üzücü geçen sezonun ardından Almanya millî takımıyla birlikte Euro 2008'de final oynamış, fakat İspanya Torres'in 33.dakikada attığı golle kupayı kazanmış, Ballack ve arkadaşları ise yine ikincilik ile yetinmek zorunda kalmışlardır. Bu iki sezonun ardından Almanya'da esprilere konu olmuş, bununla birlikte çok parlak bir kariyer yaratma fırsatını kaçırmıştır.