1889年，只有五岁的伊麗莎白·瑪麗丧父。魯道夫皇太子和他的情妇在梅耶林惨案中自杀。弗朗茨·约瑟夫一世在鲁道夫死后禁止她们离开奥地利并担任伊麗莎白·瑪麗监护人。伊丽莎白皇后的遗嘱将她大部分的财产都归伊麗莎白·瑪麗所有。