Il paese avrebbe parteciperà anche ai XVI Giochi paralimpici estivi, in programma a Tokyo dal 24 agosto al 5 settembre 2021, con due atleti, la taekwondoka Zakia Khoudadadi e l'atleta Hossain Rasouli; la loro partecipazione era stata messa a rischio a causa dalla presa di Kabul da parte dei talebani, che nel frattempo sono tornati al potere. Ciononostante, i portabandiera hanno sfilato ugualmente durante la cerimonia d'apertura come "atto di solidarietà e pace". Tuttavia, il 28 agosto seguente, il Comitato Paralimpico Internazionale ha reso noto l'arrivo dei due atleti a Tokyo, i quali parteciperanno nelle rispettive categorie: il 2 settembre, quindi, Khoudadadi gareggerà nella categoria -49kg K44 di taekwondo, diventando la prima atleta afgana a partecipare alle paralimpiadi mentre il giorno dopo sarà la volta di Rasouli nei 400 m T47 dell'atletica leggera.