В 1984 году Ким Кристофте дебютировал за сборную Дании. Травма помешала ему поехать на Чемпионат Мира в Мексику. 25 сентября 1991 года в отборочном матче Евро-92 против сборной Фарерских островов Ким забил первый и единственный мяч за национальную команду. В 1992 году Кристофте был включен с заявку национальной команды на участие в чемпионате Европы и стал победителем турнира. На турнире он сыграл во всех матчах против сборных Англии и Швеции, Нидерландов, Франции и Германии. В поединке против сборной Нидерландов Ким забил решающий пенальти в послематчевой серии, который позволил датчанам выйти в финал.