La vila va ser saquejada durant la Guerra dels Segadors, conflicte que va afectar la seva economia, la qual no es va recuperar fins al començament del . El 1652 es va declarar una epidèmia de pesta, i per combatre-la els jurats van utilitzar un edifici com a hospital i van contractar els serveis d'un cirurgià de Reus. Les seves collites també es van veure delmades en 1687 degut a una plaga de llagostes. Una nova plaga, la de la fil·loxera, va provocar en el un descens de la població. Pel juliol de 1794 van sortir del poble els primers membres del sometent per a participar en la Guerra Gran. El 1822 diversos veïns del poble es revoltaren contra l'autoritat liberal, però quan es va acostar la milícia van fugir. Durant la primera carlinada es van refer els portals i la muralla i el campanar de l'església es va transformar, convertint l'últim pis en un terrat per hostatjar-hi la tropa. El 1849, Baldrich, Escoda i Baliarda, que es van aixecar a la Guerra dels Matiners, van ser batuts prop de Vilanova d'Escornalbou. L'1 d'octubre de 1868 es va crear una junta revolucionària local i es van cremar a la plaça tres retrats de la reina Isabel II. En esclatar la darrera carlinada el 1873 es va formar un cos de voluntaris liberals que van obtenir armes del govern, en van fer noves fortificacions i es van confiscar l'abadia i el campanar.