1979 júniusában al-Bakr titokban jelezte Háfez el-Aszad szíriai elnöknek, hogy kész újra tárgyalni a két állam egyesítéséről. Szaddám Huszein júliusban értesült a nyilvánvalóan őellene irányuló tervről, és erőszakosan reagált: lemondásra kényszerítette az idős elnököt. 1979. július 11-én Szaddámot a Baasz-párt főtitkárává választották, július 16-án al-Bakr hivatalosan lemondott (egészségügyi okokra hivatkozva), és Szaddám átvette az államfői és kormányfői tisztséget. A hatalomátvétel után Szaddám véres tisztogatást rendezett. Leszámolt Baasz-pártbéli ellenlábasaival (1979. augusztusában a Baasz Párt 500 vezetőjét végeztette ki.). betiltotta az Iraki Kommunista Pártot, leállította a Szíriával tervezett egyesülési tárgyalásokat. A CIA biztatására hamarosan hazaküldte szovjet katonai tanácsadóit, és 1980-ban az Egyesült Államok kormányának támogatásával belevágott a Irán elleni háborúba, amely 8 éven át tartott.