Auch nach der Annexion Österreichs 1938 war er als Jude weiterhin in Wien ansässig, und zwar in der Königsklostergasse 7 in Mariahilf, bevor er später in eine „Sammelwohnung“ in die Ferdinandstraße 4/9 in der Leopoldstadt verbracht wurde. Im August 1942 wurde Leopold Jacobson in das Ghetto Theresienstadt deportiert. Dort starb er in den Morgenstunden des 23. Februar 1943 – offizielle Todesursache: Sepsis (Blutvergiftung).