Seedorf teve um papel importante na campanha do Milan rumo à final da Liga dos Campeões de 2004–05. Ele começou jogando a grande final contra o Liverpool, realizada em Istambul, que viria a se tornar um jogo histórico. O Milan, após terminar o primeiro tempo com uma vantagem de 3 a 0 no placar, acabou por ceder o empate no segundo tempo, perdendo o título na disputa por pênaltis. Seedorf não cobrou nenhum desses pênaltis. O Milan também terminou em segundo lugar na Serie A de 2004–05, perdendo o "Scudetto" para a Juventus.