В 1895—1896 годах во время массовых убийств армянского населения в Западной Армении, которые были организованы турецкими властями, Мкртич I не раз письменно обращался к русским политикам и даже к самому Николаю II с просьбой вмешаться и заставить турок прекратить резню. В эти дни католикос лично помогал и прятал западно-армянских беженцев в Эчмиадзине, собирал пожертвования с целью размещения беженцев в Восточной Армении.