Après rachat des actions de sa sœur Barbara, Bertha Krupp von Bohlen und Halbach conserva pratiquement la totalité des actions du conglomérat Krupp AG ; mais en 1941, Gustav Krupp fut frappé d'une attaque cérébrale et sa santé déclina au fil des mois. Compte tenu du rôle central de Krupp AG dans le complexe militaro-industriel allemand, Adolf Hitler décréta en 1943 par la "" de transférer directement la totalité de l'entreprise au fils de Bertha, Alfried Krupp von Bohlen und Halbach. Bertha se retira avec son époux Gustav dans un chalet du Tyrol et y demeura jusqu'à la fin des hostilités. En 1945, son mari et son fils Alfried furent arrêtés par les Alliés et inculpés de crime de guerre ; son mari Gustav, jugé trop malade, et son fils aîné échappent au premier procès de Nuremberg. Alfried ne sera ensuite condamné que lors du procès Krupp, mené par les Américains, à une peine de 12 ans de prison.