Június elején a "Jamatót" és a "Muszasit" ismét csapatszállítóvá kívánták átalakítani, hogy segédkezzenek Biak szigetének védelmében a "Kon" hadművelet részeként. A küldetést azonban lefújták, miután Ozava altábornagy értesült arról, hogy amerikai repülőgép-hordozók megtámadták a Mariana-szigeteket. A császári haditengerészet minden erejét arra összpontosította, hogy döntő csapást mérjen az Egyesült Államok csendes-óceáni flottájára, amely azonban nagyobb és edzettebb volt. 1944. június 19-e és 23-a között, a Filippínó-tengeri csatában a "Jamato" Ozava altábornagy mobil flottájának csapatait szállította. Japán három repülőgép-hordozót és 426 repülőgépet veszített el; a "Jamato" mindössze annyit tett, hogy egyszer tévedésből tüzet nyitott egy visszatérő japán repülőgépre.