בעקבות זאת, המשיכו הספרדים במסעות הכיבוש שלהם ביבשת. ב-1510 הוקם יישוב הקבע הספרדי הראשון ביבשת גופא - סנטה מריה לה אנטיגואה דל דריין, בשטח קולומביה של ימינו. המשיכו מסעות. ב-1519 החל הקונקיסטאדור הרנאן קורטס במסע לכיבוש מקסיקו מידי האצטקים, תוך שהוא מסתייע ביריביהם המרים, בני הטלקסקלה. בתוך שנתיים השתלט קורטס על האימפריה האצטקית, שיותר משנכנעו לצבאו של קורטס, נכנעו למחלות שהביאו עמם חייליו מאירופה. האצטקים לא היו מחוסנים מפני מחלות אלו, ובהן אבעבועות שחורות, דבר וחצבת, והן הפילו מיליוני חללים. כיבוש חצי האי יוקטן מידי המאיה נמשך זמן רב יותר. רק ב-1547 השיגו הספרדים שליטה אפקטיבית באזור, ורק ב-1697 נפל המעוז האחרון של המאיה, טייאסאל. ב-1528 הגיעו הספרדים לגבול אימפריית האינקה. בסוף 1532 נערך קרב קחאמרקה, בו ניצחו הספרדים, בפיקודו של פרנסיסקו פיסארו, ושבו את מנהיג האינקה, אטוואלפה. אחרונת ערי האינקה, וילקבמבה, נפלה ב-1572. עם הזמן צורפו שטחים נוספים לאימפריה והוקמו התיישבויות ואנקומיינדס.