לאחר הקרב על כרתים, היה כל שטחה של יוון כבוש בידי מדינות הציר. במהלך שלוש וחצי השנים שלאחר מכן, חולק שטחה של יוון בין בולגריה, איטליה הפשיסטית וגרמניה הנאצית. לעמה של יוון הדבר בישר אך סבל ומכאוב. יהודי יוון נשלחו להשמדה. באזורי הממשל האיטלקי שרר רעב, שכן ממשלו הכושל של מוסוליני לא יכול היה לספק מזון לאוכלוסייה, ומאות אלפים נספו. תנועת המחתרת שקמה בשטחי הכיבוש דוכאה באכזריות. מלחמת גרילה נרחבת נפתחה באזורי הכיבוש, ועד לשחרור בספטמבר 1944 השיגה התנועה הצלחות, ושלטה באזורים נרחבים משטחה של יוון, במיוחד בהרים. חיילים יוונים וספינות הצי היווני שהצליחו להימלט מהכיבוש הנאצי נלחמו לצד הבריטים בצפון אפריקה. תנועות השחרור הלאומיות שקמו ביוון היו מפולגות בין ימין ובין שמאל, ולאחר השחרור מן הנאצים פרצה מלחמת האזרחים ביוון, שנמשכה עד לשנת 1949.