Originalmente Hampton estaba opuesto a la Secesión, pero permaneció fiel a su estado natal una vez que comenzó la guerra. Como tal organizó la Legión Hampton, una fuerza compuesta de infantería, caballería y artillería compuesta de 1.000 hombre armados y la equipó con su dinero. Por sus esfuerzos recibió una comisión de coronel en el ejército confederado a pesar de no haber tenido experiencia militar. Llevó a su legión a Virginia para luchar en la primera btalla de Bull Run de julio de 1861, donde sus tropas jugaron un importante papel en la victoria confederada.