В 1933 году после прихода к власти в Германии нацистов Макензен вступил в НСДАП. Кроме того, он выразил свою преданность режиму, высказав антисемитские взгляды. В 1935 году стал профессором. В 1940 году, во время Второй мировой войны являлся первым приглашённым профессором Гентского университета, где подавал отчёты о тех преподавателях, которые «пропагандируют в своих лекциях, более или менее, скрытое неприятие великогерманской мысли». С 1941 году стал профессором германистики в , где занимался вопросами подготовки германизации Польши на территории захваченной Вермахтом, отвечая, по поручению гауляйтера НСДАП и Службой безопасности рейхсфюрера СС, за сбор и упорядочивание легенд, традиций и обычаев, на основании которых можно было доказать заселение региона германцами или немцами со времён бронзового века. После заключения договора о ненападении между Германией и Советским Союзом Макензены было поручено заниматься вопросами с целью проверить насколько «переселенцы» () сохранили свое немецкое происхождение и в силу своих расовых признаков и были пригодны для создания «нового племени поселенцев» () — «фермеров приграничных земель» (), готовых сражаться и строить, заселив земли Бессарабии, Буковины, Волыни, Добруджи и Прибалтики.