Como consejero tercero desarrolló su cargo Rafael Casanova hasta que tres meses después, en abril de 1706, las tropas de Felipe V, con el rey a la cabeza, rodearon la ciudad e iniciaron el Sitio de Barcelona (1706) para reconquistarla. Después de bloqueada Barcelona las tropas borbónicas empezaron las operaciones encaminadas a la conquista de la fortaleza de Montjuic, desde la cual una vez tomada, rendirían la ciudad. En 21 de abril las tropas de Felipe V ya habían tomado posiciones cerca de la fortaleza y comenzaron a hostigarla. Entonces cundió un rumor entre los barceloneses según el cual las tropas austracistas habían pactado con las borbónicas la rendición de la fortaleza, rumor que desembocó en un amotinamiento general de los barceloneses por toda la ciudad. Durante los disturbios murió asesinado el "Conseller en Cap" de 1705-1706 Francisco Nicolás de Sanjuan. Quedaron al frente de la ciudad el consejero segundo, el mercader Francisco Gallart, y el consejero tercero, el jurista Rafael Casanova, quienes consiguieron finalmente reconducir la situación y el gobierno de la ciudad. El 8 de mayo se albiró en el horizonte a la flota inglesa bajo el comando del almirante John Leake, provocando el levantamiento del sitio y la caótica huida de las tropas borbónicas que dejaron abandonados en el campo delante de Barcelona a los heridos, los suministros y todo el tren de artillería. Un año más tarde, el 6 de febrero de 1707, el archiduque Carlos le otorgó a Rafael Casanova el título de "Ciutadà Honrat" (ciudadano honrado) por su actuación al frente de gobierno de la ciudad durante el sitio borbónico de Barcelona de 1706.