Thomas Mogensen (født 30. januar 1983 i Odder) er en dansk håndballspiller. Han spilte playmaker for den tyske bundesligaklubben SG Flensburg-Handewitt fra 2005 til 2014. Han fikk sin debut på Danmarks herrelandslag i håndball i 2003 og var med på laget som tok sølvmedalje under VM 2011, selv om han ble skadet i kneet og måtte reise hjem fra mesterskapet. Han har fra tidligere også sølv fra ungdoms-EM i 2001 og er dansk mester i 2007.