In der Endphase des Kriegs gegen England (1812–1814) war Munroe im Fort Independence als Artillerieoffizier stationiert. Im Jahr 1818 wurde er Oberleutnant und 1825 Hauptmann. Dabei war er in verschiedenen militärischen Stützpunkten tätig. In den Jahren 1831 und 1832 war er am Black-Hawk-Krieg beteiligt. Während der Nullifikationskrise in den Jahren 1832 und 1833 war er im Hafen von Charleston, South Carolina, stationiert. In den folgenden Jahren nahm er an einigen Feldzügen gegen die Indianer teil. Im Jahr 1838 wurde er zum Brevet-Major befördert.