W okresie wojny trzydziestoletniej w Europie w lipcu 1626 roku Braniewo zdobył król szwedzki Gustaw Adolf, po zaledwie jednodniowym oblężeniu, i na 9 lat miasto znalazło się pod panowaniem szwedzkim. W tej wojnie Braniewo poniosło ciężkie straty. Wszystkie kosztowności kościołów i bibliotek wywieziono do Szwecji. Nowe Miasto i przedmieścia spalono, zaś Stare Miasto otoczono murami i warowniami.