Le est marqué par la perte progressive des colonies espagnoles, processus qui culmine avec la perte dramatique de Cuba en 1898. Le commerce entre l'ancienne métropole et l'Amérique s'en ressent : les puissances européennes s'engouffrent dans cette brèche. Le port de Cadix maintient toutefois une certaine activité, comme en témoignent les profonds bouleversements qui l'affectent au cours de la deuxième moitié du siècle. Un nouveau port est construit à partir de 1870, tandis que se constitue la Société du port marchand de Cadix. La gestion du port sera par la suite transférée au ministère de l'Équipement. Les travaux se poursuivent tout au long du , la configuration actuelle étant fixée par le plan de travaux de 1949. En 1982, les différents ports de la Baie sont regroupés par décret royal en une seule et même entité juridique : le port de la Baie de Cadix. Le port acquiert alors sa physionomie actuelle.