Les effets combinés des inondations précédentes et du cyclone Eline ont laissé environ 463000 personnes déplacées ou sans abri, dont 46 000 enfants de cinq ans ou moins. Dans l'ensemble, les inondations et Eline ont causé environ 700 morts, dont la moitié à Chokwe, avec des dommages estimés à 500 millions $ (2000 USD). Le cyclone et les inondations ont détruit les réalisations d'une grande partie des progrès économiques réalisés par le Mozambique dans les années 90 depuis la fin de sa guerre civile.