1996 spielte sie neben Daniel Day-Lewis und Joan Allen die Hauptrolle in "Hexenjagd", einer Adaption von Arthur Millers Bühnenstück über die puritanische Hexenverfolgung in Salem. Der Film war kein Erfolg; Ryders Leistung wurde aber wohlwollend bewertet. Ein Jahr später verkörperte sie einen Androiden in dem erfolgreichen Horrorfilm "Alien – Die Wiedergeburt" (1997) an der Seite von Sigourney Weavers "Ripley". 1998 war sie in Woody Allens "Celebrity – Schön. Reich. Berühmt." zu sehen, nachdem Drew Barrymore die Rolle abgelehnt hatte.