После распада Совјетског Савеза 1991. године, будући председник Азербејџана Хејдар Алијев постаје председник Нахчиванског врховног совјета и претвара Нахчиван у територију скоро потпуно независну од власти у Бакуу. Током рата у Нагорно-Карабаху 1992. године, избили су спорадични оружани сукоби Нахчивана са Јерменијом. Због изолације од Азербејџана током рата, ојачао је везе са Турском и Ираном. Парламент Азербејџана је позвао 1993. године Хејдара Алијева да стане на чело државе, тако да он постаје председник Азербејџана и на тој функцији остаје све до 2003. године када га је на функцији наследио његов син, Илхам Алијев. Нахчиван је до данас остао главни град аутономне републике у саставу Азербејџана.