6 апреля 1941 началась война против Германии: Иосип срочно отправился на аэродром в Сараево, однако паниковавшие солдаты королевской армии не сумели толком подготовить машины, и почти вся авиация была уничтожена на ВПП немецкими бомбардировщиками. Крижай попал в немецкий плен и был отправлен в лагерь, но сбежал оттуда и вернулся в белград к жене Елице. После оккупации страны он перевёз жену в деревню, чтобы обезопасить её от немецких патрулей.