Египат су 969. године освојили северноафрички владари из династије Фатимида, који су били шиити. Претворили су га у средиште своје државе с престоницом у Каиру (973. године). Како су 1099. крсташи освојили Јерусалим, а фатимидски владар Адид упутио је 1168. курдског војсковођу Саладина у рат против крсташа. Саладин не само да је био успешан у борби са крсташима, већ је 1171. свргнуо последњег фатимидског владара, поновно увео сунитски ислам и 1175. прогласио се султаном. Његови потомци постали су познати као династија Aјубида. У току њихове владавине Египат је у неколико наврата био мета нових крсташких похода, нарочито Петог и Седмог. Власт 1250. преузимају мамелуци, припадници султанове страже, робови туркменског и монголског порекла. Управо су мамелуци 1277. заузели Акру и тако занавек истерали крсташе из Свете земље. Међутим, током 14. и 15. века мамелучки султани су усред дворских преврата неретко смењивани, а у истом периоду становништво Египта је исцрпљивано честим епидемијама куге.