היחסים התקררו מעט לאחר שהנשיא ז'אניו קואדרוס נכנס לתפקידו, כאשר שלט בברזיל לאורך מספר חודשים בודדים ב-1961. הקמפיין של קוואדרוס זכה לתמיכה מההאיחוד הלאומי הדמוקרטי, מפלגת הימין הגדולה בברזיל אז. מדיניות החוץ של קוואדרוס - בשם "מדיניות חוץ עצמאית" - שחקה מהר את תמיכתו השמרנית. בניסיון ליצור קשרים עם שותפויות סחר חדשות, נשיא ברזיל ניסה ליצור קשרים הדוקים יותר עם כמה מדינות קומוניסטיות, בהן קובה. קוואדרוס תמך בגלוי בפידל קסטרו במהלך הפלישה למפרץ החזירים שהובלה על ידי ארצות הברית. הנשיא ביקר במדינה הקריבית לאחר האירוע, ועוטר בתואר הכבוד הגבוה ביותר של ברזיל. כתוצאה מחוסר היציבות הפוליטית במדינה - דבר שגרם להתפרקותו עם ה-UDN והמתחים עם הצבא - התפטר קוואדרוס. באותה עת היה סגן הנשיא ז'ואאו גולאר בשליחות דיפלומטית בסין הקומוניסטית.