Am 25. Juli erfolgte seine Ernennung zum Wehrmachtbefehlshaber Norwegen, als welcher er mit dem Reichskommissar Josef Terboven zusammenarbeitete. Gegen Jahresende stellte Falkenhorst aus seinem Stab das Armeeoberkommando Norwegen auf. Als dessen Befehlshaber war er 1941 für die Planung des Unternehmens Silberfuchs verantwortlich. Später ging die Führung der Truppen an der Lapplandfront auf das AOK Lappland über. Falkenhorst wurde am 18. Dezember 1944 als Wehrmachtbefehlshaber durch Lothar Rendulic abgelöst, dessen Truppen sich zuvor aus Finnland hatten zurückziehen müssen. Im Januar 1945 wurde er in die Führerreserve versetzt und geriet bei Kriegsende in britische Kriegsgefangenschaft.