開戦後、日本軍は各戦線でトミーガンを鹵獲した。1944年2月に作成された米軍装備に関する陸軍の資料中では、米軍が装備するサブマシンガン（日本陸軍では主に「機関短銃」と呼んだ）について、トンプソン機関短銃、ライジング機関短銃、M3機関短銃の3点が写真付きで紹介されている。また、日本陸軍では短機関銃を有する連合国軍部隊に対抗するべく、トミーガンなどの鹵獲短機関銃を装備した「自動小銃班」なる特設部隊が各地で編成されていたという。1943年に米陸軍省が作成した資料にも、ビルマ戦線にて日本軍が曳光弾を装填したトミーガンを用いて夜間の威力偵察を行っていた旨を記したものがある。シンガポール占領で英軍から鹵獲されたトミーガン600丁が、パレンバン作戦後に陸軍落下傘部隊に支給されたとも伝えられている。