Las Marismas del Ampurdán son uno de los espacios naturales de Cataluña y de España en la que hay una mayor variedad de especies animales. Las aves hacen de las Marismas su refugio y lugar de descanso. Hay más de trescientas especies, muchas de ellas protegidas. Constituyen el principal atractivo faunístico. Se han citado 329 especies, 82 de ellas nidifican de forma regular. Las especies vinculadas a ambientes acuáticos son las más abundantes.