В 1991 году Мюйрсепп дебютировал в составе молодёжной сборной СССР на чемпионате Европы среди молодёжных команд (до 16 лет). Также включался в молодёжную команду Эстонии до 22 лет. В 1995-2005 и 2007 годах выступал за сборную Эстонии. Наибольшее количество очков (41) набрал в матче против сборной Исландии осенью 1998 года в квалификационном раунде к Евробаскету 1999. Мюйрсепп выступал за сборную Эстонии на Евробаскете 2001 года.