У листопаді 1941 року старший лейтенант Н.І. Малишев був призначений командиром підводного човна «М-62». Під його командуванням човен брав участь в обороні Севастополя та Кавказу, звільненні Криму, здійснював бойові походи на комунікації противника, пошук і знищення кораблів противника. Підводний човен діяв у районах мису Тарханкут, мису Бургас, островів Фідонісі, Суліна-Констанца. Підводний човен неодноразово піддавався атакам ворожих судів, однак завдяки своєчасним діям М.І. Малишева, підводний човен завжди вдавалося вивести з-під удару.