Aileu war 1975 eines der Zentren der Unabhängigkeitspartei FRETILIN. Hier versammelten sich die FRETILIN-Führer nach dem Putschversuch der UDT am 11. August, um zum Gegenschlag auszuholen. Nach der indonesischen Invasion, wenige Monate später, flohen viele Bewohner der Stadt Aileu, die am 31. Dezember von den Indonesier besetzt wurde, in die Berge. Die Ortschaften der Region blieben mehrere Jahre unbewohnt. Zunächst waren nur die Umgebung der Stadt Aileus und die Überlandstraßen nach Dili, Gleno/Ermera und Maubisse besetzt. In Remexio entstand eine "base de apoio" in der die geflohene Zivilbevölkerung von der Widerstandsbewegung FALINTIL angesiedelt wurde. Ab September 1977 drang die indonesische Armee in den Westen Aileus vor und besetzte ihn vollständig bis Februar 1978. Zwischen Mai und Juni 1978 fiel auch der Osten Aileus unter indonesischer Kontrolle. Die Basis in Remexio wurde zerstört, die Menschen auseinandergetrieben oder gefangen genommen. Während der Besatzungszeit wurden Einwohner der Region um Maubisse in den damaligen Distrikt Aileu umgesiedelt. Es kam daher zu Spannungen zwischen Alteingesessenen und Neusiedlern. Die Situation war zudem explosiv, da die Bewohner Maubisse und Aileu bereits zuvor traditionell verfeindet waren.