1940 wurde die "Prins Christian" als Reserveschiff für die Linie Gedser – Warnemünde wieder nach Gedser verlegt. Beim deutschen Überfall auf Dänemark am 9. April 1940 befand sie sich allerdings gerade zu Inspektionen in der Marinewerft (Orlogsværftet) in Kopenhagen, wo sie von den deutschen Besatzern beschlagnahmt wurde. Sie wurde zurück nach Gedser beordert, wo die 1922 in Dienst gestellte "Danmark" ebenfalls von der Wehrmacht erbeutet worden war, und brachte dann, ebenso wie die "Danmark" und die beiden deutschen Fährschiffe "Schwerin" und "Mecklenburg", im Pendelverkehr weitere Truppen von Warnemünde nach Gedser.