До 2013 року в країні не було жодного національного парку. Національний парк Орхей заснований в 2013 році і займає приблизно 1% території країни. Діє також 5 заповідників, 41 ландшафтний парк, три угіддя конвенції Рамсар, і інші охоронні території. У червоній книзі Молдови знаходяться види під загрозою знищення.