Во второй раз Вена была взята в мае 1809 года, причём только после сильного обстрела современного Старого города. Наполеон унизил императора Франца II и вновь поселился в Шёнбрунне. Вскоре Наполеон потерпел своё первое крупное поражение в Асперн-Эсслингской битве, но уже спустя шесть недель победил в Ваграмской битве. Французские офицеры сопровождали гроб с останками Йозефа Гайдна. 15 августа 1809 года французский император отметил в Вене своё 40-летие, в его честь в Вене звонили колокола во всех церквях. В общем Наполеон пробыл в Вене во время второй оккупации города около пяти месяцев.