Capucho verkaste naar een andere topclub, FC Porto, in 1997. Hier werd hij uiteindelijk een van de belangrijkste spelers van het elftal. Capucho speelde 188 competitiewedstrijden voor Porto, waarin hij 32 maal scoorde. De buitenspeler werd met Porto drie maal Portugees landskampioen: in 1998, 1999 en 2003. De grootste triomf uit zijn loopbaan was het winnen van de &lt;a href="UEFA%20Cup%202002/03"&gt;UEFA Cup 2002/03&lt;/a&gt; in de finale tegen het Schotse Celtic FC. De erg spannende finale werd pas in een beslissende plooi gelegd na verlenging. Capucho, die de eerste 90 minuten volmaakte, maakte die verlenging maar voor ongeveer de helft mee want hij werd door coach José Mourinho vervangen door Marco Ferreira na 98 minuten. Capucho zag vervolgens hoe zijn Braziliaanse spitsbroeder Derlei in de 115e minuut instond voor de 2–3 winning goal.