В 2010 году нападающая дебютировала в сборной США. Морган была самой молодой из футболисток, включённых в заявку сборной на чемпионат мира 2011 года, где американки заняли второе место. В 2012 году Алекс стала олимпийской чемпионкой. Закончив год с 28 голами и 21 результативной передачей, Морган стала первой после Мии Хэмм американкой, превысившей отметку в 20 голов и 20 голевых передач в календарном году. В 2018 году Морган вновь была названа футболисткой года в США. Вместе со своей национальной сборной американка выиграла трофеи чемпионатов мира 2015 и 2019 года. На турнире в 2019 году Морган стала обладательницей «Серебряной бутсы».