Vuonna 1986 kanadalainen Ben Johnson alkoi voittaa Lewisin toistuvasti 100 metrin kilpailuissa. Lewis ei koskaan hyväksynyt Johnsonin uutta vauhtia, vaan vihjaili sen johtuneen dopingin käytöstä. Rooman maailmanmestaruuskilpailuissa 1987 Lewis otti 100 metrillä hopeaa ennätyksellään 9,93, mutta Johnson rikkoi maailmanennätyksen 10 sadasosaa nopeammalla ajalla. Seuraavana vuonna Soulin olympialaisissa Johnson voitti jälleen, ja Lewis jäi taas hopealle ennätyksellään 9,92. Johnson jäi kuitenkin kiinni dopingtestissä, joten Lewis julistettiin olympiavoittajaksi, maailmanmestariksi edellisen vuoden 100 metrillä, sekä maailmanennätysmieheksi. Lewis voitti 100 metrin voittojensa lisäksi Roomassa pituushypyn ja pikaviestin maailmanmestaruuden, Soulissa pituushypyn olympiakultamitalin, ja otti 200 metrillä olympiahopeaa.