Am 14. Mai 2018 teilte Kaisa Mäkäräinen mit einem Instagram-Video mit, dass sie auch in der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202018/19"&gt;Saison 2018/19&lt;/a&gt; im Weltcup an den Start gehen werde. Bei den ersten beiden Stationen auf der Pokljuka und in Hochfilzen konnte sie mit drei Siegen und einem zweiten Platz an die erfolgreiche Vorsaison anknüpfen und in der Gesamtwertung hinter Dorothea Wierer den zweiten Platz belegen. Dann trat in Nové Město na Moravě eine starke Verschlechterung der Schießergebnisse ein, die dazu führte, dass Mäkäräinen mehrfach außerhalb der Punkteränge landete und auch Anfang Januar 2019 keinen Platz unter den besten 20 mehr erreichen konnte. Erst in Antholz änderte sich dies mit einem zweiten Platz im Sprint, beim Weltcup in Soldier Hollow wurde sie Zweite im Sprint und Dritte in der Verfolgung. Sie beendete die Saison auf Rang sieben der Gesamtweltcupwertung und konnte sich zum ersten Mal seit der Saison &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202009/10"&gt;2009/10&lt;/a&gt; nicht unter den Top 5 der Gesamtwertung platzieren. Bei den Weltmeisterschaften 2019 im schwedischen Östersund gewann sie – zum ersten Mal seit den Weltmeisterschaften 2013 – keine Medaille.