Nella primavera del 1941 venne nominato da Adolf Hitler governatore del Protettorato di Boemia e Moravia, dove mise in atto sanguinose repressioni per annientare la resistenza antitedesca sviluppatasi sotto il suo predecessore Konstantin von Neurath, ma morì circa un anno dopo a causa delle ferite riportate in un attentato organizzato dai partigiani cecoslovacchi con il supporto dell'intelligence britannica.