O rio foi assim chamado no decorrer da Expedição de Lewis e Clark à costa do Pacifico Noroeste. Em julho de 1805, Meriwether Lewis, em Three Forks, deu nome aos três ramais que davam nascimento ao rio Missouri: o ramal de leste foi nomeado em homenagem a Albert Gallatin, secretário do Tesouro dos E.U.A. (1801-14); o do oeste, em homenagem ao presidente Thomas Jefferson (1743—1826) e o ramal central do secretario de Estado James Madison (1751—1836), que seria sucessor do presidente Jefferson.