1939/40 verließen – wie im Ribbentrop-Molotow-Pakt festgelegt – die deutschen Einwohner von Pernau die Stadt. 1940 wurde sie von der Roten Armee besetzt und Teil der Estnischen Sowjetrepublik. Im Juli 1941 erfolgte die Besetzung durch die deutsche Wehrmacht. Durch sowjetische Luftangriffe und mit Einrücken der Roten Armee im September 1944 wurde die Stadt weitgehend zerstört. Nach dem Krieg erfolgte die Restaurierung der alten Bausubstanz.