Arajuuri fick göra sin debut i U21-landslaget hemma mot Polen 3 juni 2008. Arajuuri fanns med på den slutliga listan på spelare från vilken man valde truppen till U21-Europamästerskapet i fotboll 2009, men han petades i sista stund. Arajuuri blev senare uttagen till den trupp som mötte Nederländerna och Polen i kvalet till U21-EM 2011 (i Danmark).