Franz Epp var født i München som sønn av kunstmaleren Rudolf Epp og Katharina Streibel. Han gikk på skole i Augsburg, og gikk etter abitur på krigsskolen i München hvor han ble uteksaminert i 1898 som "oberleutnant". Han deltok som frivillig i Kina i årene 1900–1901 under bokseropprøret, og deretter i perioden 1904 til 1906 som kompanisjef for 1. Feldsregiment under den blodige knusingen av Herero-oppstanden i Tysk Sydvest-Afrika. Mot slutten av denne perioden ble han forfremmet til hauptmann. Da han kom tilbake til Tyskland, tjenestegjorde han som kompanisjef og i stabsfunksjoner ved ulike avdelinger.