Die Bedeutung Krakaus nahm aber ab, beschleunigt durch die Plünderung während der schwedischen Invasionen 1655 und 1702 und durch die Pest, die 20.000 Opfer forderte. Ende des 17. Jahrhunderts und im 18. Jahrhundert lag Krakau abseits der polnischen Politik, die nun in Warschau ihren Mittelpunkt hatte. 1778 wurden in Krakau ohne die Vorstädte 8.894 Einwohner gezählt und 1782 insgesamt 9.193 Einwohner. Die Vorstädte (u. a. Kazimierz, Stradom, Kleparz, Garbary) wurden im Jahr 1792 vom Vierjährigen Sejm nach Krakau eingemeindet.