Direkt efter andra världskrigets utbrott användes Hampdens för spaningsflygningar över tyska kusten för att övervaka tyska flottans rörelser. Den 4 september 1939 genomfördes första anfallet, mot tyska slagskepp i närheten av Wilhelmshaven. Trots att Hampden med tidens mått var både snabbt och lättmanövrerbart för ett bombflygplan var den ingen match för tyska jaktflygplan som Bf 109 och Bf 110 och RAF slutade snart att använda Hampdens i dagsljus. Däremot genomförde den flera viktiga nattliga uppdrag. Den 19 mars 1940 genomförde Hampdens den första bombningen av Tyskland när flygstationen i Hörnum på Sylt förstördes. Efter Tysklands invasion av Norge genomförde Hampdens omfattande minutläggning i Nordsjön och Norska havet med minimala förluster. Den 12 augusti 1940 genomförde en division Hampdens ett vågat låghöjdsanfall mot Dortmund-Ems-kanalen för vilket löjtnant Roderick Learoyd erhöll Viktoriakorset. Den 25 augusti genomförde flera divisioner med bland annat Hampdens det första bombanfallet mot Berlin. Trots att man opererade i skydd av mörkret drabbades Hampdens av svåra förluster, nästan hälften av alla Hampdens gick förlorade, och började därför dras tillbaka från bombrollen under 1942. Det sista bombanfallet med Hampdens genomfördes mot Wilhelmshaven natten mot 15 september 1942. I stället konverterades många Hampdens till torpedflygplan och fördes över till RAF Costal Command för att skydda konvojerna till och från Murmansk och Archangelsk mot tyska stridsfartyg. I september 1942 baserades No.144 Squadron (RAF) och No.455 Squadron (RAAF) i Severomorsk för att skydda konvojen PQ 18 (operation Orator).