ก่อนกรุงแตก พ.ศ. 2310 วัดไชยวัฒนารามถูกแปลงเป็นค่ายตั้งรับศึก หลังการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง วัดไชยวัฒนารามได้ถูกปล่อยทิ้งให้ร้างเรื่อยมา บางครั้งมีผู้ร้ายเข้าไปลักลอบขุดหาสมบัติ เศียรพระพุทธรูปถูกตัดขโมย มีการรื้ออิฐที่พระอุโบสถ และกำแพงวัดไปขาย แต่ในปี พ.ศ. 2530 กรมศิลปากรจึงได้เข้ามาอนุรักษ์จนแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2535