Felgyógyulása után Ambrose Burnside parancsnoksága alatt vett részt az első fredericksburgi csatában (1862). Burnside frontálisan megtámadta a magaslaton elhelyezkedő, tüzérséggel ellátott fredericksburgi erőd védőit, vagy hat rohamot vezényelt, Hooker V. hadtestének bevetésére is sor került, iszonyatos vérfürdőt rendezett a déliek tüzérsége az északiak tömött soraiban. Ezek után nem csoda, hogy Hooker nyíltan bírálta az Unió vezénylő parancsnokait. Ki is nevezték őt hadseregparancsnoknak, az ő parancsnoksága alatt folyt le a chancellorsville-i csata (1863. április 30-május 6.), amely Robert E. Lee tábornok fényes győzelmével végződött, Lee legyőzte a nagyobb létszámú, jobban felfegyverzett északiakat. Hooker egyáltalán nem tudta követni ellenfele csapatainak mozgását, igaz, erről gondoskodott is Lee tábornok és altábornagya Stonewall Jackson. Ez a csata mutatta meg, nem minden a túlerő, igen kiváló parancsnokok is kellenek. Hookert leváltották, George G. Meade nyerte meg az unionistáknak a gettysburgi csatát (1863. július 1-3).