โอดะ โนบูนางะ ส่งฮาชิบะ ฮิเดโยชิ ยกทัพเข้ารุกรานภูมิภาคชูโงกุในค.ศ. 1578 โมริ เทรูโมโตะ รวมสรรพกำลังพลของ"ไดเมียว"แคว้นต่างๆในภูมิภาคชูโงกุเพื่อต้านทานการรุกรานของฮาชิบะ ฮิเดโยชิ การสู้รบกินเวลายืดเยื้อจนกระทั่งในค.ศ. 1582 เกิดเหตุการณ์ที่วัดฮนโน โอดะ โนบูนางะถูกลอบสังหาร เมื่อฮาชิบะ ฮิเดโยชิ กลายเป็นโทโยโตมิ ฮิเดโยชิผู้ปกครองประเทศญี่ปุ่นในทางพฤตินัยแล้ว โมริ เทรูโมโตะ จึงนำตระกูลโมริเข้าสวามิภักดิ์ต่อรัฐบาลโทโยโตมิ โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ แต่งตั้งให้อูกิตะ ฮิเดอิเอะ () เป็น"ไดเมียว"แห่งแคว้นบิเซ็ง (จังหวัดโอกายามะ) เพื่อคานอำนาจกับตระกูลโมริ ในค.ศ. 1589 โมริ เทรูโมโตะ สร้างปราสาทฮิโรชิมะเป็นฐานแห่งใหม่ของตระกูลโมริ ในยุทธการที่เซกิงาฮาระ โมริ เทรูโมโตะ และตระกูลโมริอยู่ฝ่ายตะวันตกของอิชิดะ มิตสึนาริ ซึ่งเป็นฝ่ายพ่ายแพ้ทำให้ตระกูลโมริถูกยึดดินแดนอันกว้างใหญ่ในภูมิภาคชูโงกุไปเกือบทั้งหมด เหลือเพียงแคว้นนางาโตะหรือแคว้นโชชู () ตระกูลโมริมีฐานใหม่ที่เมืองปราสาทฮางิ