25 июня в Каунас прибыл командир айнзацгруппы А бригадефюрер СС Вальтер Шталекер. Он стимулировал лидеров националистов начать еврейский погром. С 25 по 29 июня литовские националисты во главе с Альгирдасом Климайтисом устроили в Каунасе массовую бойню евреев, во время которой погибло около 4000 человек. 4 и 6 июля тысячи евреев были убиты в девятом форте Каунасской крепости. Под Вильнюсом начались массовые расстрелы в Понарах. 29 октября произошло ещё одно крупное массовое убийство в Каунасе — в девятом форте было расстреляно 9200 евреев, в том числе 2007 мужчин, 2920 женщин и 4273 ребёнка.