У час вайны Расіі з Рэччу Паспалітай 1654—67 з 6 лютага да 1 мая 1655 года Магілёўскі замак вытрымаў аблогу казацкіх войск, ад падкопаў замкавы вал моцна пацярпеў. У 1655—1660 замак аднавілі і рэканструявалі: з трох бакоў пабудавалі бастыёны, на дзядзінцы — разнастайныя гаспадарчыя пабудовы (пазней двойчы гарэлі). Бастыённыя ўмацаванні замка ў пачатку 19 стагоддзя знівеліраваны.