Nel settembre del 2003 Federer lanciò una linea di cosmetici e fragranze chiamata "RF Cosmetics". Nel dicembre dello stesso anno creò l'omonima fondazione, con lo scopo di aiutare i bambini disagiati, principalmente in Sud Africa. Si fece inoltre promotore fra i tennisti di un'iniziativa per aiutare le persone colpite dallo tsunami nell'Oceano Indiano, organizzando delle partite di beneficenza i cui fondi sono poi stati devoluti all'UNICEF. Il 3 aprile 2006 fu nominato ambasciatore dell'UNICEF, mentre in dicembre fece il suo primo viaggio in qualità di Goodwill Ambassador dell'UNICEF, visitando i bambini delle città indiane del Tamil Nadu, in una regione completamente devastata dal maremoto del 2004. In occasione della giornata mondiale per la lotta all'AIDS del 2007 prestò la sua immagine per un video volto a sensibilizzare l'opinione pubblica sul problema della trasmissione del virus dalle madri ai neonati.