В 1990-91 финансовом году EgyptAir объявил об убытках в сумме 33 млн долл., этот год был отмечен Войной в Персидском заливе, в результате чего увеличилась стоимость топлива и страхования, а поток туристов на Средний Восток уменьшился (кроме того, EgyptAir вывозил граждан Египта из Кувейта и Ирака во время кризиса). Однако перевозчик быстро вернул свои позиции, получив эквивалентную прибыль за первые шесть месяцев 1992-93 финансового года, так как поток туристов резко возрос. EgyptAir приобрёл новую партию самолётов, что обошлось компании в 2.4 млрд долл. и потребовало переподготовки более 300 пилотов.