Le numéro un de la Draft 1999 de la NBA, Elton Brand, est devenu le leader des Bulls. Kukoč apporte encore 10 points mais il fait ensuite partie d'un échange entre trois franchises, les Bulls, les Warriors de Golden State et les Sixers de Philadelphie qu'il rejoint en février. Malgré quelques bonnes performances, 23 points, 4 balles volées, 3 passes et 4 rebonds en 22 minutes pour sa première rencontre sous ses nouvelles couleurs, où un triple double en mars, 19 points, 10 rebonds et 10 passes, il ne parvient pas à convaincre son nouvel entraîneur Larry Brown, qui le cantonne sur le banc.