C'est en 1859, qu'il présente au gouvernement péruvien un projet très ambitieux de construction d'une ligne de chemin de fer reliant la côte Pacifique (port de Callao) aux abondantes ressources de l'intérieur du pays (centre des mines de La Oroya). Mais le pays a alors d'autres préoccupations. Pendant le conflit armé avec l'Espagne, Ernest Malinowski est nommé ingénieur en chef du port de Callao près de Lima, où, avec Felipe Aranciba et José Cornelio Borda, il prépare un projet de fortification du port.