Током свог постојања више пута је рушен и изнова обнављан. Његова историја може се пратити тек од XVII века. Османлије су га спалили крајем XVII века. Великим напорима јеромонаха Аксентија Теодоровића, свештеника Јована Поповића и кнезова Добросава и Бошка манастир је обновљен 1786. године. Како се манастир налазио у близини Цариградског друма У време Аустријско-турског рата, у Србији Кочине крајине, почетком 1788. капетан Коча Анђелковић, као један од вођа устанка, свој главни штаб је сместио у Јошаницу. На пролеће 1788. у јошаничкој клисури дошло је до окршаја између турске војске и устаника. Када се Коча повукао у дубину црновршког подгора, Турци су упали у манастир и запалили га. У противнападу Коча је успео да поврати манастир, али се касније истог лета, склонио из Србије, па су Турци Јошаницу још једном похарали и запалили. По завршетку рата, након Свиштовског мира 1791. године, почела је његова обнова. Обновитељи манастира, игуман Алексије и протопоп Јован Поповић, као и јошанички духовник Глигорије су учествовали у борбама Кочине крајине.