Succesvoller was Banks bij de reconstructie van Louisiana. Allereerst verzachtte hij een aantal maatregelen die zijn voorganger had getroffen. Verder leidde Banks het herstel van het burgerbestuur van de staat, in de aanloop naar de normalisatie na afloop van de oorlog. In 1864 organiseerde hij verkiezingen, waarna een staatsbestuur aantrad dat de noordelijken welgezind was. Daarna lobbyde hij vruchteloos voor de opname in het Congres van de vertegenwoordigers van Louisiana.