Ngày 15 tháng 11 năm 1946, Bộ Quốc gia Giáo dục tổ chức khai giảng khóa đầu tiên. Cuộc kháng chiến toàn quốc bùng nổ, Trường Đại học Y Dược của nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa tản cư đến vùng tự do Chiêm Hóa, Tuyên Quang.