Durante la crisis de sucesión de 1580, la posición del antiguo castillo medieval recuperó importancia estratégica, en la primera línea de defensa "rayana" o fronteriza. Más tarde, durante la Guerra de Restauración de la independencia portuguesa, el rey Juan IV de Portugal(1640-1656) recompensó a Matías de Albuquerque por sus servicios concediéndole el título de Conde de Alegrete. En el mismo contexto, se dice que en 1662, con la plaza de Alegretuan de Ause guarnecida por dos compañías de infantería bajo el mando de "La Coste", rodeada por tropas españolas bajo el mando de D.Juan de Austria, ese gobernador de la plaza envió al comandante invasor dos botellas del vino generoso de la región, con una nota que decía que la guarnición portuguesa resistiría hasta la última gota de esa bebida que allí se producía. Frente a este gesto de galantería, se dice que el invasor levantó el asedio a la plaza, retirándose. A partir de 1664 sus defensas se modernizaron y reforzaron en puntos específicos, bajo la dirección del Marqués de Marialva. En ese momento, se erigió una campaña fortificada, ahora desaparecida, probablemente en la limpieza, ya que hoy en día no es posible identificar sus rastros. Todavía en ese siglo se creó el Marquesado de Alegrete (19 de agosto de 1687), siendo su primer titular D. Manuel Teles da Silva.