Im Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher sprach Frank während der Beweisführung ein berühmt gewordenes Schuldbekenntnis: „Wir haben den Kampf gegen das Judentum jahrelang geführt und wir haben uns in Äußerungen ergangen, die furchtbar sind […] Tausend Jahre werden vergehen, um diese Schuld von Deutschland wegzunehmen.“ Diese Aussage rief bei den Mitangeklagten, insbesondere bei Göring, Empörung hervor. Im „Schlusswort“ vom 31. August 1946 nahm Frank diesen Satz allerdings wieder zurück: „Die riesigen Massenverbrechen entsetzlichster Art, die […] an Deutschen verübt wurden und noch verübt werden, haben jede nur mögliche Schuld unseres Volkes schon heute restlos getilgt.“ Dennoch erregte dieses Schlusswort in der deutschen Öffentlichkeit großes Aufsehen. Dabei hatte Frank es zum großen Teil gar nicht selbst verfasst. Der Bochumer evangelische Pfarrer Paul Bischoff (1892–1973) war nämlich 1946 nach Nürnberg gereist, um die Hauptkriegsverbrecher zur Buße zu bewegen. Während die anderen Angeklagten nicht oder ablehnend reagierten, übernahm Frank große Teile des ihnen von Bischoff zugeleiteten Bußtextes in sein Schlusswort, wobei er die theologisch entscheidenden Passagen allerdings wegließ und die eigentliche Schuld auf Hitler schob. Dennoch machte dieses Schlusswort in der Öffentlichkeit bei vielen den Eindruck, als habe Frank seine Taten bereut.