Головний військовий конфлікт, в якому брала участь Данія під час його правління, була Північна семирічна війна 1563–1570 років. Фредерік робив невдалі спроби завоювати Швецію, якою правив його двоюрідний брат, король Еріком XIV. Конфлікт розвинувся у надзвичайно виснажливу війну, що повністю розорила деякі області Скандинавії. Король особисто вів у бій свою армію, але без особливого результату, що призвело до погіршення його відносин зі знаттю. Однак заворушення у Швеції та участь в управлінні Данією талановитого державного діяча Педера Оксі дозволили поліпшити стан справ. Війна закінчилася відновленням статус-кво-анте-белюм, що дало можливість Данії «зберегти обличчя», але також показало обмеженість данської військової сили.