In seguito alla crisi di Timor Est del 1999, dopo il referendum per l'indipendenza dall'Indonesia, la popolazione civile subì violenti attacchi e repressioni da parte delle milizie filo-indonesiane. Le Nazioni Unite istituirono una forza d'interdizione, denominata Forza Internazionale per Timor Est ("International Force for East Timor", INTERFET), composta per la maggior parte da personale militare australiano e dispiegata a Timor Est per ristabilire l'ordine pubblico e mantenere la pace. Il 25 ottobre 1999 il controllo del paese passò all'Amministrazione Transitoria delle Nazioni Unite a Timor Est ("United Nations Transitional Administration in East Timor", UNTAET) che, tra i suoi primi atti, diede vita alle Sezioni speciali della corte del distretto di Dili, tribunale misto consistente in camere speciali costituite da due giudici internazionali e uno locale, col mandato di perseguire i responsabili dei gravi crimini commessi tra il 1º gennaio e il 25 ottobre 1999, con riferimento ai crimini di genocidio, secondo la definizione della "Convenzione", crimini di guerra, crimini contro l'umanità e altri reati, e con il supporto di una Unità per Gravi Reati ("Serious Crimes Unit", SCU).