Verso la metà del IX secolo, la principessa Tecla, figlia maggiore dell'imperatore Teofilo fece ampliare un piccolo oratorio, esistente a 150 m ad est della chiesa di Santa Maria delle Blacherne, dedicata alla santa sua omonima. Nel 1059, su questo sito, l'imperatore Isacco I Comneno fece costruire una grande chiesa in ringraziamento per essere sopravvissuto ad un incidente di caccia. La chiesa era famosa per la sua bellezza, e Anna Comnena scrisse che sua madre, Anna Dalassena, vi andava spesso a pregare. Dopo la caduta di Costantinopoli, l'edificio venne gravemente danneggiato dal terremoto del 1509, che distrusse la cupola. Subito dopo, il "Kapicibaşi" (e dopo Gran Visir) Koca Mustafa Pascià, condannato a morte nel 1512, riparò i danni e convertì la chiesa in una moschea. Verso la fine del XIX secolo, un hammam, posto a 150 m a sud dell'edificio apparteneva alla fondazione che gestiva la moschea. Nel 1692, Şatir Hasan Ağa fece costruire una fontana di fronte alla moschea. Nel 1729, durante il grande incendio di Balat, l'edificio venne gravemente danneggiato e poi restaurato alcuni anni dopo. Nuovamente danneggiata dal terremoto del 1894, che distrusse il minareto, la moschea venne riaperta al culto nel 1906. L'ultimo restauro venne eseguito nel 1922. In quella occasione, un fonte battesimale cristiano in marmo venne trasferito ai Musei archeologici di Istanbul. All'interno dell'abside sud dell'edificio si trova la tomba di Hazreti Cabir Ibn Abdallah-ül-Ensamı, uno dei compagni di Eyüp, caduto nelle vicinanze nel 678 durante il primo assedio arabo di Costantinopoli.