Его обвиняли в причастности к взрыву во Всемирном торговом центре в Нью-Йорке в 1993 году (он является дядей Рамзи Юзефа, осуждённого за этот теракт). В 1996 году Халид Шейх Мохаммед был также обвинён в подготовке теракта на Филиппинах, в ходе которого террористы . Его также связывали с нападением 12 октября 2000 года на американский эсминец «Коул» (), попыткой взорвать гражданский авиалайнер с помощью бомбы, спрятанной в обуви и на Джербе (Тунис). Он пытался попасть в Чечню к Хаттабу, но не смог этого сделать. Сам Мохаммед в интервью корреспонденту телекомпании «Аль-Джазира» в сентябре 2002 года назвал себя главой военного комитета «Аль-Каиды». В этом интервью он заявил, что присутствовал на встрече руководства «Аль-Каиды», на которой принималось решение о проведении терактов 11 сентября 2001 года в США. ФБР внесло его в список наиболее разыскиваемых террористов и назначило награду в 25 миллионов долларов за любую информацию, ведущую к его поимке.