Bei den Leichtathletik-Hallenweltmeisterschaften 2018 in Birmingham gewann Johnson-Thompson am 2. März die Goldmedaille im Fünfkampf. Ihren nächsten Sieg feierte sie im April im Siebenkampf bei den Commonwealth Games im australischen Gold Coast. Im August steigerte sie bei den Europameisterschaften in Berlin ihre persönliche Bestleistung auf 6759 Punkte und sicherte sich so die Silbermedaille hinter der Belgierin Nafissatou Thiam. Bei den Leichtathletik-Halleneuropameisterschaften 2019 in Glasgow sicherte sich Johnson-Thompson ihren zweiten Hallen-EM-Titel im Fünfkampf. Sie hatte mit 4983 Punkten über 250 Punkte Vorsprung auf ihre Landfrau Niamh Emerson. Anfang Oktober siegte Johnson-Thompson bei den Weltmeisterschaften in Doha mit neuem britischen Rekord von 6981 Punkten und verbesserte damit die Bestmarke von Jessica Ennis-Hill um knappe dreißig Punkte. Mit Bestleistungen über die Hürden, im Kugelstoßen und Speerwurf sowie über 800 Meter setzte sie sich überraschend klar gegen die Favoritin Nafissatou Thiam aus Belgien durch und steht mit ihrer Leistung auf Rang sechs der ewigen Weltbestenliste. 2021 reiste sie trotz großen Trainingsrückstand zu den Olympischen Sommerspielen in Tokio und wurde dort im 200-Meter-Lauf disqualifiziert und verzichtete daraufhin auf ein Antreten am zweiten Wettkampftag.