En 1998, c'est un athlète avec un nouveau look qui ressurgit. Lors d'un stage au Japon, Fernandes se rase les cheveux, signe d'humilité au pays du Soleil-Levant. Endurci par un long travail, il intègre pour la première fois l'équipe de France lors des Championnats du monde par équipes. À Minsk, avec Yacine Douma et Larbi Benboudaoud entre autres, il décroche la première médaille internationale, en bronze. Trois ans après ces Mondiaux, le sociétaire de l'USO émerge véritablement au haut niveau. En février 2001, il remporte le Tournoi de Paris. Trois mois plus tard, toujours sur les tatamis du Palais Omnisports de Paris-Bercy, il accroche la troisième place des Championnats d'Europe. Il est ensuite gêné plusieurs mois par une pubalgie, ne se soigne pas bien et traverse l'année 2002 en boitillant, ratant le billet pour les championnats continentaux 2003.