در سال ۴۳۰ قبل از میلاد، ارتش اسپارتا برای دومین بار آتیکا را غارت کرد، اما پریکلس دلسرد نشد و از تجدید نظر در استراتژی اولیه خودداری کرد. او که مایل نبود با ارتش اسپارت درگیر جنگ شود، مجدداً یک لشکر دریایی را برای غارت سواحل پلوپونز رهبری کرد و این بار ۱۰۰ کشتی آتنی را با خود برد. به گفته پلوتارک، درست قبل از حرکت کشتی‌ها، خورشید گرفتگی ملوانان را به وحشت انداخت، اما پریکلس از دانش نجومی که از آناکساگوراس کسب کرده بود، برای آرام‌کردن آن‌ها استفاده کرد. در تابستان همان سال طاعون همه‌گیر شد و آتن را فرا گرفت. ماهیت دقیق بیماری نامشخص است. برخی به تیفوس یا تب تیفوئید مشکوک هستند، با این حال دربارهٔ اسم واقعی بیماری اختلاف نظر زیادی وجود دارد. در هر صورت، وضعیت اسفناک ناشی از این همه‌گیری در شهر، موج جدیدی از هیاهوی عمومی را برانگیخت و پریکلس مجبور شد در آخرین سخنرانی احساسی‌اش از خود دفاع کند، که گزارش آن را توسیدید ارائه داده‌است. این نطق مهمی است، که فضایل پریکلس و همچنین تلخ‌کامی او، نسبت به ناسپاسی همشهریانش، را آشکار می‌کند. به‌طور موقت، او موفق شد نارضایتی مردم را تقلیل دهد و چالش موجود را از بین ببرد، اما تلاش نهایی دشمنان داخلی برای تضعیف او به نتیجه نرسید. آن‌ها موفق شدند او را از ژنرالی محروم کنند و به مبلغی بین ۱۵ تا ۵۰ تالنت جریمه‌اش کردند. در منابع باستان از کلئون، قهرمان برجسته و پویای صحنهٔ سیاسی آتن در طول جنگ، به عنوان دادستان عمومی در دادگاه پریکلس نام برده شده.