Nel 1862 Missori ritornò al fianco di Garibaldi con l'incarico di reclutare uomini a Reggio Calabria, Catanzaro e Cosenza, per poter creare un nuovo esercito garibaldino con cui conquistare Roma. L'impresa si risolse nella Giornata dell'Aspromonte in cui si ebbe lo scontro con i Bersaglieri. Subito prima di questa sfortunata spedizione, il 3 luglio 1862, su proposta dello stesso Garibaldi, fu iniziato in Massoneria nella Loggia "I Rigeneratori del 12 gennaro 1848 al 1860 Garibaldini" di Palermo. Nel 1866 combatté come comandante delle "Guide" del Corpo Volontari Italiani di Giuseppe Garibaldi nella battaglia di Bezzecca e l'anno successivo, nel 1867, fu a Monterotondo e Mentana.