Lodewijk XII zette Poncher in in diplomatieke missies, tijdens de Italiaanse oorlogen van Frankrijk. In 1503 werd Poncher kanselier van het hertogdom Milaan; later werd Poncher diplomaat in Italiaanse vorstendommen en verbleef hij nog maar weinig in Parijs. Lodewijk XII was onder de indruk van de welbespraaktheid van de jurist Poncher. Zo gaf Poncher juridisch en diplomatiek advies bij het huwelijkscontract van kroonprins Frans en prinses Claude. Koning Lodewijk XII beloonde Poncher met een belangrijk inkomen: de prebende van de rijke abdij van Fleury in Saint-Benoît-sur-Loire (1509). Poncher bemiddelde bij de paus voor de heiligverklaring van Franciscus van Paola. Hij ging op diplomatieke missie bij koning Jan III van Navarra. In 1516 schreef hij mee aan het vredesverdrag van Noyon. Kort nadien, in 1517, werd hij zaakgelastigde in Madrid. Met de rang van ambassadeur verbleef hij in 1518 aan het hof in Londen bij koning Hendrik VIII.