После освобождения Крыма в середине апреля 1944 года продолжил работу в газете. Однако 18 мая, несмотря на фронтовые заслуги, Эмина вместе со всем крымскотатарским народом депортировали из Крыма в Узбекистан. Сеитумер Эмин попал в город Бекабад. Работал на строительстве Фархадской ГЭС. Вскоре по его инициативе на стройке организовали отдел культуры, которым было поручено руководить Сеитумеру Эминову. При центральном клубе создали театр-ансамбль. Высшее образование получил в Среднеазиатском университете.