Een laatste onafhankelijke periode was in de 13de eeuw. Dit was onder emir Musa ibn Mohammed ibn Nassir ibn Mahfuz (later ook emir van de taifa Santa María de Algarve), die zich op Niebla had teruggetrokken na de verovering van Sevilla door koning Ferdinand III in 1248. Hij legde een sterke verdedigingsgordel aan rond de stad. In 1262 verloor hij de taifa aan koning Alfons X en het koninkrijk Castilië na een beleg van negen maanden.