I progressi nell'organizzazione e nella percezione del movimento olimpico raggiunti con le ultime edizioni delle Olimpiadi furono interrotti dallo scoppio della prima guerra mondiale nel 1914 e il CIO di conseguenza si vide costretto ad annullare i Giochi della VI Olimpiade assegnati a Berlino per il 1916. All'età di 51 anni, de Coubertin si arruolò nell'esercito francese, senza tuttavia essere inviato al fronte nonostante le sue ripetute richieste; viaggiò per il Sud della Francia occupandosi di fare campagna di reclutamento, dall'agosto 1914 all'ottobre 1915 scrisse una relazione sulla strutturazione della propaganda nazionale per Théophile Delcassé e dal gennaio 1916 fu assegnato alla "Maison de la presse" al Quai d'Orsay, istituita da Philippe Berthelot, dove scrisse bollettini e articoli di propaganda soprattutto per l'America Latina. Con il protrarsi della guerra, nel 1915 de Coubertin decise di spostare la sede del Comitato Olimpico Internazionale dalla sua abitazione parigina a Losanna, in Svizzera, così da rendere il movimento olimpico più neutrale e internazionale, promuovendo anche l'istituzione di un archivio olimpico e di un museo dedicato ai Giochi olimpici. Dopo aver pensato di dimettersi nel 1914, a venti anni dal primo congresso olimpico, de Coubertin non ritenne opportuno lasciare la presidenza del CIO durante il conflitto e, impegnato nel servizio militare, affidò "pro tempore" a Godefroy de Blonay la presidenza dell'organizzazione dal 1° gennaio 1916 al 5 aprile 1919.