Sepeninggal Hideyoshi, putra Hideyoshi yang bernama Toyotomi Hideyori mewarisi kekuasaan sang ayah. Tokugawa Ieyasu memanfaatkan posisinya sebagai adipati bagi Hideyori untuk mengumpulkan dukungan politik dan militer dari daimyo-daimyo lain. Setelah mengalahkan klan-klan pendukung Hideyori dalam Pertempuran Sekigahara tahun 1600, Ieyasu diangkat sebagai shogun pada tahun 1603. Pemerintahan militer yang didirikan Ieyasu di Edo (kini Tokyo) disebut Keshogunan Tokugawa. Keshogunan Tokugawa curiga terhadap kegiatan misionaris Katolik, dan melarang segala hubungan dengan orang-orang Eropa. Hubungan perdagangan dibatasi hanya dengan pedagang Belanda di Pulau Dejima, Nagasaki. Pemerintah Tokugawa juga menjalankan berbagai kebijakan seperti undang-undang "buke shohatto" untuk mengendalikan daimyo di daerah. Pada tahun 1639, Keshogunan Tokugawa mulai menjalankan kebijakan "sakoku" ("negara tertutup") yang berlangsung selama dua setengah abad yang disebut periode Edo. Walaupun menjalani periode isolasi, orang Jepang terus mempelajari ilmu-ilmu dari Dunia Barat. Di Jepang, ilmu dari buku-buku Barat disebut "rangaku" (ilmu belanda) karena berasal dari kontak orang Jepang dengan enklave orang Belanda di Dejima, Nagasaki. Pada periode Edo, orang Jepang juga memulai studi tentang Jepang, dan menamakan "studi nasional" tentang Jepang sebagai "kokugaku".