A finales del siglo VIII, una epidemia de peste diezmó la población de Mar Saba, un gran terremoto desmoronó la vida monástica poco después y un ataque de unos salteadores beduinos causó una masacre de monjes y la destrucción de parte del monasterio en el año 796 La victoria de Saladino en la Batalla de los Cuernos de Hattin en 1187 y la consecuente conquista árabe de Palestina desencadenó una nueva matanza de los monjes de Mar Saba, así como serios daños a los edificios con la excepción de la iglesia y la tumba de San Sabas. Hacia 1440, el monasterio fue abandonado por los monjes para evitar los continuos saqueos de tribus nómadas, exilio que duraría aproximadamente un siglo. Hacia el año 1540, el monje superior Joaquín rehabitó el monasterio junto con otros cincuenta monjes griegos. El dominio otomano trajo consigo una serie de órdenes de protección por parte de los sultanes Suleiman I, Selim II, Mehmed III y Ahmed I. Agobiados por las deudas, los monjes de Mar Saba intentaron vender el monasterio a la comunidad cristiana armenia local, aunque fue finalmente el Patriarcado Ortodoxo de Jerusalén quien lo adquirió en 1625. Los siglos XVIII y XIX se caracterizaron por frecuentes saqueos y matanzas beduinas y por una pérdida progresiva de la vida cultural del monasterio. En 1965, el Papa Pablo VI devolvió al monasterio las reliquias de San Sabas, que habían sido llevadas a Venecia en época de las Cruzadas.