У Другу світову війну під час очоленої Третім рейхом вторгнення у Югославію у квітні 1941 року, корабель був флагманом 1-го Дивізіону моніторів, і разом з іншим югославським монітором «Сава» виставив міни на Дунаї поблизу кордону з Румунією впродовж перших днів вторгнення. Кораблі відбили декілька атак "німецької авіації", проте вимушені були відступити до Белграда. Там "«Вардар»" був затоплений екіпажем 11 квітня. Частина членів екіпажу загинула, коли підірваний міст упав на буксир, який перевозив їх після залишення монітора. Дехто з членів екіпажу намагався приєднатися до підрозділів флоту на узбережжі Адріатики, проте більшість здалася 14 квітня німецьким військам у Сараєві. Тих, кому вдалося досягти Которської затоки, полонили солдати італійського XVII корпусу 17 квітня.