Stopford nahm als militärischer Sekretär Redvers Bullers, des Befehlshabers der Natal Field Force, am Zweiten Burenkrieg in Südafrika teil. Er konnte sich in mehreren Schlachten auszeichnen und wurde unter anderem mit der Aufnahme in den persönlichen Adelsstand als Knight Commander des Order of St. Michael and St. George sowie der Queen’s South Africa Medal mit sechs Spangen geehrt. Nach seiner Rückkehr ins Mutterland wurde er "Deputy Adjutant General" in Aldershot und 1902 leitender Stabsoffizier des I Army Corps im Rang eines Brigadier-General an gleicher Stelle. Von 1904 bis 1906 war er im Rang eines Major-General "Director-General of Military Training" im War Office, anschließend befehligte er bis 1909 den "London Disctrict". Danach trat er aus dem aktiven Dienst. Von 1912 bis 1914 war er Lieutenant des Tower of London.