Als Inquisitor hatte Ferrer am 6. Juni 1242 die Exkommunikation über Graf Raimund VII. von Toulouse ausgesprochen, als dieser sich gegen die französische Krone und die kirchliche Obrigkeit zu einem Aufstand erhoben hatte. Der Bannspruch wurde nur kurz darauf von Erzbischof Pierre Amiel, der erneut nach Carcassonne hatte fliehen müssen, erneuert, wobei dem Grafen nun auch eine Beteiligung an dem Mord an den Inquisitoren von Toulouse, Guillaume Arnaud und Étienne de Saint-Thibéry, vom 28. Mai in Avignonet zur Last gelegt worden war. Ferrer war mit der gerichtlichen Untersuchung des Attentats beauftragt wurden und hatte dafür einstweilen auch den Richterposten in Toulouse in Vertretung für die Mordopfer übernommen. Auf dem Konzil von Béziers im April 1243 war er von Graf Raimund VII. ob seiner vermeintlichen Amtsmissbräuche scharf angegriffen wurden. Auf dem Konzil war wahrscheinlich der Beschluss zum Feldzug gegen den Montségur gefasst wurden, auf dem die Attentäter von Avignonet ihren Unterschlupf hatten. Nach dem Fall des Montségur am 16. März 1244 hatte Ferrer achtzehn der überlebenden Verteidiger, darunter den ehemaligen Burgherren Raymond de Péreille, einem Verhör unterzogen, deren aktenkundig gemachten Aussagen alle erhalten sind und die damit die wichtigste Quelle über die Ereignisse auf dem Montségur vor seinem Ende darstellen.