В первые дни войны Комаровский назначен начальником управления по строительству оборонительных сооружений Главного управления оборонительных работ НКВД СССР. 5 августа 1941 года бригадный инженер А. Н. Комаровский назначен начальником 5-го управления оборонительных работ, выполнявшего задачи по строительству оборонительных рубежей для Южного и Юго-Западного фронтов. Основные силы управления были направлены на строительство оборонительных рубежей под Харьковом. В октябре 1941 года на базе управления была сформирована 5-я сапёрная армия во главе с Комаровским, которая направлена на строительство Сталинградского оборонительного обвода.