جان در سال ۱۸۴۷ در اوج قحطی ایرلند بزرگ در منطقه Annaghdown در Galway متولد شد، پدرش ویلیام کلنسی Carraghy, JJ کشاورز بود. او در دانشکده باروری پاکساز، Athlone و در کالج تازه تأسیس و غیر فرقه ای کوئین در Galway تحصیل کرده بود، و همچنین در سال ۱۸۶۸ مدرک کارشناسی ارشد کلاسیک باستان کسب کرد. او در هر دو مؤسسه هم دورهٔ TP O'Connor بود که بعدها در مجلس هم قطار شدند.