Im 16. Jahrhundert war Baar von den religiösen Unruhen, welche durch die Reformation ausgelöst wurden, geprägt. Im Jahre 1526 kaufte sich Baar vom Kloster Kappel los. Drei Jahre später kam es zum ersten Kappelerkrieg zwischen den evangelischen und katholischen Orten in der Schweiz. Der Konflikt wurde mit einer Milchsuppe („Kappeler Milchsuppe“) geschlichtet. Rund zwei Jahre später brach der Konflikt aber erneut aus und es kam zum zweiten Kappelerkrieg. Während der erste Krieg friedlich verlief kam es beim zweiten zu kriegerischen Handlungen. Am 11. Oktober 1531 fiel Ulrich Zwingli, der Anführer der Reformierten, in der Schlacht bei Kappel und 24. Oktober kam es zur entscheidenden Schlacht am Gubel, in der die Katholiken siegten. Knapp einen Monat später kam es zum Friedensvertrag zwischen den Oppositionellen. Bis heute erinnert in Deinikon das dortige Friedenskreuz.