Regresó rápidamente a Mendoza, donde firmó un tratado de paz con el gobernador, general Rudecindo Alvarado. Pero Moyano se negó a aceptar el tratado y enfrentó a Aldao en la batalla de Pilar, el 22 de septiembre de 1829. Al comenzar la batalla, los oficiales unitarios ejecutaron a Francisco Aldao, enviado por el general a pactar la paz. La victoria quedó del lado de José Félix Aldao, pero al enterarse de la muerte de su hermano, mandó fusilar a casi todos los oficiales rendidos. Entre ellos murió Francisco Laprida, el que había sido presidente del Congreso de Tucumán, el día de la jura de la Independencia argentina; también Moyano fue fusilado.