Pro evakuaci Východního Pruska a Pobaltí byly klíčové přístavy Pilava (dnešní ruský Baltijsk) a Libava (dnešní lotyšská Liepāja). První lodě (Robert Ley, Pretoria a Ubena) vyrazily z Pilavy (dnes ruský Baltijsk) 25. ledna 1945 s 7 100 uprchlíky na palubě. Další lodě následovaly 28. ledna s 62 000 lidmi. Ve stejnou dobu vyrazil i lehký křižník Emden s nevelkým počtem uprchlíků, ale s rakví polního maršála von Hindenburga, jehož tělo bylo uloženo v památníku bitvu u Tannenbergu poblíž Hohensteinu. Naloďování uprchlíků bylo často narušováno leteckými údery sovětského letectva, a to do takové míry, že mezi 8. a 28. březnem bylo prakticky zastavené. Sovětská armáda tvořena 3. běloruským frontem zahájila 3. dubna 1945 rozsáhlou ofenzivu s cílem dobýt centrum Východního Pruska město Königsberg (dnešní ruský Kaliningrad). Obrana byla prolomena 9. dubna a den na to město padlo. Rudá armáda postupovala dále na východ na Sambijský poloostrov, a odřízla odřízla Pilavu. Pár dní na to, 16. dubna 1945, se stala druhá největší námořní katastrofa v dějinách (první je výše zmíněné potopení lodě Wilhelm Gustloff). Dopravní loď Gyoa, převážející od začátku operace uprchlíky z Východního Pruska do Danzigu, byla torpédována sovětskou ponorkou L-3 a potopila se s 6 000–7 000 lidmi na palubě. Poslední konvoj vyrazil z Pilavy 24. dubna 1945 s 19 200 lidmi na palubě. Následně němečtí vojáci celý přístav vyhodili do povětří. Rudá armáda vstoupila do Pilavy den poté. Poslední den války v devět večer vyrazil v Libavy úplně poslední evakuační konvoj skládající se z 65 malých lodí, převážejících 15 000 uprchlíků. Do cílového přístavu v Německu se většina z nich dostala bez úhony.