1 września 1939 roku, po zaatakowaniu Polski przez Niemcy, prezydent RP Mościcki mianował Śmigłego-Rydza Wodzem Naczelnym i wyznaczył, w myśl art. 24 ust. 1 konstytucji kwietniowej "następcą prezydenta RP na wypadek opróżnienia się urzędu przed zawarciem pokoju". Prezydent wezwał także obywateli do skupienia się wokół Naczelnego Wodza i armii: Ze względu na przewagę wojsk niemieckich, popełnione błędy w dowodzeniu oraz agresję 17 września wojsk radzieckich, 18 września 1939 marszałek Edward Śmigły-Rydz przekroczył granicę z Rumunią, krótko po północy przejeżdżając samochodem most graniczny na rzece Czeremosz. Następnego dnia został internowany. 27 października 1939 zrzekł się pełnionych funkcji Naczelnego Wodza i Generalnego Inspektora Sił Zbrojnych. Później przedostał się na Węgry. Pod fałszywym nazwiskiem udało mu się dotrzeć do Polski 27 października 1941. Edward Śmigły-Rydz zmarł w nocy z 1 na 2 grudnia 1941 roku w Warszawie, prawdopodobnie na zawał mięśnia sercowego. 6 grudnia pochowano go na warszawskich Powązkach. Grób (kwatera 139-IV-1) oznaczony został nazwiskiem „Adam Zawisza”.