Poté se stal organizátorem a hlavním vedoucím ve II. ilegálním ústředí KSČ, které reálně existovalo od jara 1941 až do léta 1942. Toto vedení teprve po napadení SSSR Hitlerovským Německem navázalo spojení se složkami tehdejšího nekomunistického občanského protinacistického odboje. Nacistům se však na jaře a v létě roku 1942, především po atentátu na Heydricha a po něm bezprostředně následující druhé heydrichiádě, podařilo II. ilegální ústřední vedení KSČ zcela rozprášit.