В 1565 году он был воеводой в Рыльске. В 1570 году был наместником в том же городе и отсюда уведомлял царя о движении крымских татар на южнорусские области. Когда царь выступил против татар, в походе принимал участие и Нагой. В 1572 году во время нашествия Девлет-Гирея он был вторым осадным воеводой на Земском дворе в Москве. В 1573 году участвовал в походе царских воевод на Лифляндию. В 1581 году занимал очень видное место в чине свадьбы царя и своей племянницы, Марии Нагой. В 1584—90 годах исполнял обязанности первого воеводы в Васильгороде.