Dua bulan setelah SBY menjabat, gempa bumi dan tsunami Samudra Hindia 2004 melanda Aceh dan negara-negara lain di sepanjang garis pantai Samudra Hindia. Tiga bulan kemudian, gempa susulan memicu tsunami di Pulau Nias. Pada tahun 2006, Gunung Merapi meletus dan disusul gempa bumi di Yogyakarta.