Grazie alle sue numerose attività diplomatiche, Skouloudis, che era un liberale, prese parte al governo del conservatore Dīmītrios Rallīs nel 1897, ricoprendo la carica di "ministro degli esteri". Durante questa carica, si trovò protetto rispetto alla risposta diplomatica della Grecia, dopo la netta sconfitta dell'esercito greco nella prima battaglia della guerra greco-turca del 1897, per il fatto che questa portò una perdita minima del territorio greco, grazie agli sforzi diplomatici di Skouloudis.