Como primer ministro, Sztójay fue esencialmente un títere del Tercer Reich. Compuso su gabinete con fascistas como Béla Imrédy, legalizó el Partido de la Cruz Flechada (fascista) de Ferenc Szálasi, aumentó el número de tropas húngaras en el frente oriental, disolvió los sindicatos, encarceló adversarios políticos y desató una dura represión contra los políticos y activistas de izquierdas. Sztójay llevó a cabo por iniciativa propia persecuciones masivas de judíos, que se convirtieron a los dos meses en deportaciones a campos de concentración. Horthy pronto quedó horrorizado con las acciones de Sztójay y reclamó su destitución de la Presidencia del Gobierno, pero Adolf Hitler lo rechazó de plano. Sin darse por vencido, el regente utilizó su influencia para detener las deportaciones de judíos húngaros y para forzar la expulsión del gabinete de Imrédy el 7 de agosto. Poco después del cambio de bando de Rumanía, el 29 de agosto Horthy destituyó a Sztójay y formó un Consejo de Ministros fundamentalmente militar, presidido por el general Géza Lakatos. Sztójay había accedido a dimitir la tarde de 24, cuando se hallaba ingresado por enfermedad. Horthy lo sustituyó por Lakatos para tener al frente del Consejo de Ministros un presidente más favorable a los Aliados y menos filogermano, aunque la sustitución se anunció días más tarde. Sztójay no fue repuesto como primer ministro cuando los alemanes apartaron a Horthy del poder en octubre de 1944.