Jonesin tärkein hanke hänen uransa loppuvaiheessa oli keskiaikaisen St Paulin katedraalin restaurointi 1633–1642. Hän kunnosti katedraalin goottilaisen kuorin, uusi romaanisten pää- ja sivulaivojen pinnat koruttomaan, klassiseen tyyliin ja rakensi kirkon länsipäätyyn valtavan korinttilaistyylisen portiikin. Valitettavasti katedraali tuhoutui Lontoon suuressa palossa 1666. Uusittu kirkko oli tehnyt suuren vaikutuksen sen jälleenrakennuksesta vastaavaan arkkitehtiin Christopher Wreniin. Jonesin vaikutus onkin nähtävissä Wrenin ensimmäisissä luonnoksissa uudesta St Paulin katedraalista ja muutamissa hänen suunnittelemissaan Lontoon kirkoissa.