Kort voor de uitbraak van de Filipijnse Revolutie werd Lukban tijdens een zakenreis naar Manilla door de Spanjaarden gearresteerd en gevangengezet in Bilibid Prison. Na zijn vrijlating in januari 1897 sloot Lukan zich net als zijn broer Justo aan bij revolutionaire beweging. Lukban viel op tijdens de gevechten, onder meer bij Talisay en Mount Puray, en werd opgenomen in de staf van generaal Emilio Aguinaldo. Zodoende was Lukban aanwezig bij het ondertekening van het Pact van Biak-na-Bato. Samen met Emilio Aguinaldo en andere Filipijnse leiders vertrok hij naar Hongkong, waar ze in vrijwillige ballingschap leefden.