В 1896 году восстание, начатое революционной организацией «Катипунан», превратилось в Филиппинскую революцию. Рисаль ранее добровольно предложил испанским властям службу в качестве врача на Кубе. Генерал-губернатор Рамон Бланко разрешил ему отъезд на Кубу для борьбы жёлтой лихорадкой. Рисаль со своей гражданской женой Жозефиной покинули Дапитан 1 августа 1896 года с рекомендательным письмом от Бланко. Основной причиной отъезда стало то, что Рисаль знал о подготовке восстания, но считал его не только преждевременным, но и самоубийственным.