W okresie wojny trzynastoletniej z zakonem krzyżackim (1454–1466) miasto ponosi szereg ofiar finansowych i materialnych. W kwietniu 1455 w czasie ataku wojsk krzyżackich zostało w zupełności spalone Nowe Miasto wraz z przedmieściem. W 1525 po hołdzie krakowskim Braniewo zostało przekazane Polsce przez Albrechta, a w roku następnym ponownie przekazane biskupowi warmińskiemu Maurycemu Ferberowi.