La stagione si apre con la mancata riconferma di Vincenzo Guerini, nonostante la salvezza ottenuta nel campionato 1997-1998; al suo posto viene assunto come nuovo allenatore Giuseppe Materazzi, reduce da tre esoneri consecutivi. La rosa viene sensibilmente ringiovanita, attraverso le cessioni di alcuni giocatori anziani (Marco Rossi, Scienza, Valoti, Bordin, Murgita) e l'innesto di diversi nuovi elementi, tra cui Alessandro Lucarelli e Simone Inzaghi, prodotti del vivaio rientrati dai prestiti in Serie C. Viene inoltre acquistato Ruggiero Rizzitelli, di rientro in Italia dopo due stagioni nel Bayern Monaco.