Играя заметную роль в центральноазиатском регионе, Каримов оказал влияние на прекращение гражданской войны в Таджикистане. Так, в 1992 г. «для восстановления конституционного строя» в соседней республике Каримов направил туда 50-тысячный контингент, в том числе 15-ю бригаду спецназа ГРУ под командованием полковника Владимира Квачкова (в 1992 году бригада была передана Узбекистану). По утверждению некоторых аналитиков, Каримов способствовал продвижению малоизвестного на тот момент политика Эмомали Рахмонова на пост председателя Верховного Совета Таджикистана, а потом и на пост президента страны.