La bandiera precedente era un tricolore a bande verticali con i classici colori panafricani (rosso, giallo e verde) e con una "R" nera al centro della banda gialla; questo per distinguerla da quella della Guinea. La lettera, oltre ad essere l'iniziale del nome dello stato, non fa escludere un riferimento al referendum del 1961 che determinò il suo assetto repubblicano. La bandiera fu cambiata perché associata alle brutalità del genocidio ruandese.