לאחר הפלישה הנאצית לברית המועצות וכיבוש ליטא, התפנה, יחד עם כל צוערי בית הספר לקצינים, לעיר נובוקוזנצק שבמחוז קמרובו. בתום הלימודים בתחילת 1942 הוענקה לו דרגת סגן ויחד עם שאר הבוגרים נשלח לשרת בדיוויזיית חיל רגלים ה-16, אשר הורכבה מיוצאי ליטא. וילנסקי החל את שירותו בדיוויזיה כמפקד מחלקה, אך מהר מאוד קוּדַם לתפקיד מפקד פלוגה ובתחילת 1943 – לתפקיד קצין אג"ם גדודי.