Aubins Euphorie für den Krieg dauerte bis in die ersten Wochen des Unternehmens Barbarossa 1941, wie der Überfall auf die Sowjetunion bezeichnet wurde. Im Herbst 1944 wurde er zu Schanzarbeiten zwangsverpflichtet. Trotz wachsender Zweifel &lt;a href="Schlacht%20von%20Stalingrad"&gt;seit den Kriegsereignissen im Winter 1942/43&lt;/a&gt; kämpfte Aubin nach der Interpretation von Mühle in loyaler Pflichterfüllung als Volkssturmmann in der Schlacht um Breslau. Am 17. Februar 1945 wurde er dort am Arm leicht verwundet und nach Berlin ausgeflogen. Von dort kam er am 20. März 1945 nach Freiburg, wo die Schwiegermutter zuvor schon Ehefrau und Tochter aufgenommen hatte. Aubin war bis zum Kriegsende nicht in der Lage, seine „ideologische Verblendung“, so sein Biograph Eduard Mühle, sowie den eigenen Anteil an der Katastrophe kritisch zu hinterfragen.