Am 25. Juni 1864 wurde er Oberstleutnant und am 31. Dezember 1864 mit dem Ritterkreuz des Königlichen Hausordens von Hohenzollern ausgezeichnet. Anlässlich des Krieges gegen Österreich erhielt Scheffler am 14. Juni 1866 für die Dauer des mobilen Verhältnisses das Kommando über das 1. Westpreußische Grenadier-Regiment Nr. 6. Während der Schlacht bei Nachod erlitt er durch einen Schuss in den rechten Oberarm eine Verwundung, verblieb aber bei seiner Truppe. Anschließend kämpfte Scheffler bei Schweinschädel und Königgrätz. Nach Kriegsende ernannte man ihn am 17. September 1866 zum Regimentskommandeur. In dieser Eigenschaft wurde Scheffler am 20. September 1866 zum Oberst befördert und für seine Leistungen mit dem Kronenorden II. Klasse mit Schwertern ausgezeichnet. Am 9. Januar 1868 folgte seine Versetzung nach Altenburg und die Ernennung zum Kommandeur des 7. Thüringischen Infanterie-Regiments Nr. 96. Mit Beginn des Krieges gegen Frankreich hatte Scheffler für die Dauer des mobilen Verhältnisses das Kommando über die 16. Infanterie-Brigade. Er führte den Großverband in den Kämpfen bei Beaumont, Sedan und vor Paris.