Armeija syrjäytti Mursin vallasta 3. heinäkuuta 2013. Väliaikaisesti valtaan tuli Egyptin perustuslakituomioistuimen puheenjohtaja Adli Mansur. Vallankaappauksen jälkeen Mursi vangittiin syytettynä oppositioaktivistien murhiin yllyttämisestä presidenttinä sekä vankilapakojen järjestämisestä ja poliisien murhista vuoden 2011 kansannousun aikaan.