En 1865 se inició el levantamiento armado, encabezado por el coronel Mariano Ignacio Prado, contra el presidente Juan Antonio Pezet en rechazo al claudicante tratado que este había firmado con el Almirante español José Manuel Pareja. En tal coyuntura, Isaac Recavarren retornó al servicio activo uniéndose al ejército restaurador, que a órdenes de Prado marchaba hacia Lima; tras la caída de la capital el 6 de noviembre de 1865, fue ascendido a Sargento Mayor de la Guardia Nacional. En el año siguiente, intervino en el Combate del 2 de mayo como subjefe de la batería "Maipú", por su conducta en aquella memorable acción para las armas de la República fue ascendido a Teniente Coronel.