豊臣秀吉による海賊停止令を経て江戸時代には水軍勢力が排除され、廻船商人らによる西廻り航路の一部（関門海峡～大坂）として、瀬戸内海は流通の主役の務めを果たした。幕末には、長崎港発の外国船が瀬戸内海を経由して横浜港へ航海していた。1864年（元治元年）には下関砲台の外国船砲撃事件により瀬戸内海が封鎖され、これを原因として馬関戦争（長州藩の砲台と英仏蘭米艦隊との戦い）が起きている。