Lee marylandi offenzívája során, a Potomac folyón való átkelés után Hunton dandárjának irányítását ideiglenes jelleggel Richard B. Garnettre bízta és Hunton visszaminősült ezredparancsnokká. Alakulata Longstreet szárnyával együtt Frederick elfoglalása után Boonsboróba menetelt, majd Hagerstownban megkapta a parancsot, hogy a Potomac hadsereg támadását elhárítandó erőltetett menetben térjen vissza Boonsboróba, hogy a South Mountain dombság átkelőhelyét védelmezze. Az erőltetett menet kimerítette az alakulatot és a South Mountain-i ütközetben a szövetségi erők sikerrel törtek át a hágókon. Lee visszavonult a Potomacen szabadon maradt gázlók közül ahhoz, ahol szétforgácsolt erői koncentrálása sikerrel kecsegtetett, majd úgy döntött, hogy Antietamnél csatát kínál fel.