Konfliktit ja sekavuus syventyivät Makedoniassa 1800-luvun loppuvuosikymmeninä, ja Serbia, Kreikka ja Bulgaria alkoivat kukin tavoitella Makedonian hallintaa joko kokonaan tai osittain. Vuonna 1893 perustettu Makedonian vallankumousliike (IMRO) julisti Makedonian itsenäiseksi 20. heinäkuuta 1903, mutta kapina kukistettiin nopeasti. Ristiriitaisista intresseistään huolimatta Serbia, Montenegro, Kreikka ja Bulgaria tekivät vuonna 1912 joukon salaisia kahdenvälisiä sopimuksia, joiden tarkoituksena oli karkottaa osmanit Euroopasta. Niinpä vuosina 1912–1913 käytyjen Balkanin sotien ja Osmanien valtakunnan hajoamisen jälkeen Makedonian laajempi alue jaettiin Kreikan, Bulgarian ja Serbian kesken.