Nonostante l'adozione di tutti questi accorgimenti, la peste continuò a ripresentarsi e a mietere vittime. Notevoli epidemie si registrarono nel territorio milanese nel biennio 1576-1577, a San Cristóbal de La Laguna del 1582, nell'Italia settentrionale nel 1630 (raccontata anche da Alessandro Manzoni nei "Promessi Sposi") e a Siviglia tra il 1647 e il 1652. Nel 1661 l'Impero ottomano fu pesantemente colpito mentre, tra il 1663 e il 1664 un'epidemia si propagò nella repubblica olandese uccidendo persone nella sola Amsterdam. La grande peste di Londra colpì la capitale britannica tra il 1665 e il 1666, causando la morte di un numero di persone compreso tra i e , vale a dire più di un quinto dell'intera popolazione della città. L'ultima grande epidemia, e una delle più devastanti che abbia afflitto una grande città, fu quella che interessò Marsiglia nel 1720 arrivando a uccidere quasi il 50% di tutta la popolazione cittadina, a cui si dovettero aggiungere le vittime residenti nelle zone limitrofe.