Em 1830 e novamente em 1866-1869 a cidade de Bali atuou no abastecimento de rebeldes, como ancoradouro para navios de soldados vindos da Grécia e como rota de fuga de muitos que queriam ir para o continente; neste levantes os mosteiros locais, entre eles o Atáli, tiveram importante participação. A repressão turca foi severa: barcos que atracassem e/ou zarpassem de Bali eram afundados, a região foi atacada e o mosteiro de Atáli foi destruído. Em 1900 foi oficialmente declarado que o mosteiro iriam interromper suas operação, no entanto, o mesmo continuou a ser habitado até 1945 quando ficou completamente deserto. Em 1970 com a construção da estrada que liga Retimno com Heraclião, o mosteiro foi interligado nesta rota. Em 1985 Ântimo Siro (Anthimos Syros), o último bispo de Retimno, foi ao monastério e iniciou um programa de restauração do complexo monástico.