Lors de l'invasion des Philippines par l'Empire du Japon, il accompagne le président Quezon à Corregidor, puis dirige la résistance à Mindanao. Capturé par les Japonais en 1942, il est libéré pour prendre en charge le ministère des finances du gouvernement collaborateur philippin dirigé par José P. Laurel. Il maintient cependant ses contacts avec la résistance philippine. Lors de la libération des Philippines, il est arrêté par les Alliés et accusé de collaboration, mais libéré et blanchi par Douglas MacArthur.