Med 2. verdenskrigs udbrud begyndte briterne på ny at forstærke sin kontrol over landet. De, som sympatiserede med aksemagterne, blev afskedede eller sat i fængsel, og der blev udøvet et omfattende pres for, at Egypten i det mindste ville holde sig neutralt under krigen. At briterne atter indsatte militær i landet fik mange til at se aksemagterne som en løsning, og kong Farouk selv havde velkendte sympatier for Tyskland og Italien som en modvægt mod det Britiske imperum. Samtidig profiterede den egyptiske overklasse stærkt på krigen, mens de store masser blev ramt af fattigdom og lidelser. Under felttoget i Nordafrika underkastedes Egypten det britiske militærs behov; den mislykkede italienske invasion i 1940 blev efterfulgt af Afrikakorpsets fremrykninger i 1942 helt frem til byen El Alamein 24 mil vest for Kairo.