Le deuxième grand unificateur du Japon est Toyotomi Hideyoshi. Il va se débarrasser de tous les autres prétendants au pouvoir suprême notamment Akechi Mitsuhide qu'il bat à la bataille de Yamazaki. Il reprend l'unification du Japon qui est finalement achevée en 1590 et expulse les chrétiens. Toyotomi Hideyoshi entreprend alors la conquête de la Corée. Il parvient à débarquer par surprise mais sa flotte est détruite par les navires coréens, les bateaux-tortues, menés par l'amiral coréen Yi Sun-sin et équipés de canons dont les navires japonais étaient dépourvus. Sur terre, les Japonais sont battus et Hideyoshi meurt en 1598.