Dopo il genocidio subito dai Tutsi, comunque, il Fronte Patriottico Ruandese riuscì a conquistare il potere in Ruanda, costringendo oltre due milioni di ruandesi di etnia Hutu a fuggire nel confinante Zaire, dove ottennero l'appoggio del presidente Mobutu. Alcuni rifugiati Hutu fondarono in Zaire delle armate, che svolgevano operazioni di guerriglia ai danni dei Tutsi. Il Ruanda, il Burundi e l'Uganda, anche per difendere la minoranza dei Tutsi congolesi Banyamulenge, che era perseguitata dai guerriglieri Hutu favorevoli a Mobutu, invasero lo Zaire appoggiando la guerra di liberazione contro Mobutu guidata da Laurent-Désiré Kabila.