21 жовтня 2014 року він був запрошений на посаду головного тренера національної збірної Киргизстану. 2 червня 2017 року Крестінін став головним тренером клубу «Дордой» до кінця 2018 року, зберігаючи при цьому роботу у національній збірній. Як тренер збірної Киргизстану, Крестінін вивів команду вперше в історії на Кубок Азії 2019 року.