Kaksi vuorokautta ennen Saksan hyökkäystä Neuvostoliittoon Hruštšov oli Stalin määräyksestä Moskovassa ilman muita työtehtäviä kuin osallistua johtajan alkoholin täyttämiin illallisiin. Lupaa kotiinlähtöön ei annettu. Kun hän viimein pääsi Kiovaan 22. kesäkuuta 1941, tuli ilmoitus, että Saksa on käynnistänyt suurhyökkäyksen. Kaikesta huolimatta Hruštšov oli toiveikas. Saksan hyökättyä Neuvostoliittoon Hruštšov toimi kenraaliluutnantin arvoisena poliittisena upseerina. Tässä roolissa hän loi suhteita Neuvostoliiton armeijan kenraaleihin kuten seuraajaansa ja syrjäyttäjäänsä Leonid Brežneviin, joka toimi samanarvoisena poliittisena upseerina.