No ano seguinte, chegaria ao clube trazido pelas mãos de Waldemar de Brito, o menino Pelé de 15 anos, que posteriormente se tornaria o maior ídolo da história do clube. O primeiro título oficial de Pelé no Santos, aconteceu em 1958, quando o clube conquistou o seu quarto Campeonato Paulista, ali começava a história do camisa 10 pelo clube praiano. Ao lado de Pepe, Coutinho e Dorval, Pelé formou um ataque poderoso no Santos, com destaque para as duas conquistas da Copa Intercontinental e da Copa Libertadores da América, vencidas nos anos de 1962 e 1963 e também das cinco Taças Brasil conquistadas consecutivamente de 1961 a 1965, a década de 1960 é considerada a mais vitoriosa do Santos, ao todo foram 23 títulos oficiais conquistados nessa época. Ainda nessa década, no ano de 1969, o Santos ficou famoso por ter sido o time que parou a guerra, fato que ocorreu graças a uma excursão do clube no continente africano, em que o time paralisou os conflitos entre República do Congo e República Democrática do Congo e também a Guerra de Biafra, na Nigéria, para que as pessoas pudessem ver o Santos jogar.