A zuglói szakasz átépítését 1940. május 1-jén kezdték meg az ideiglenes vágányok lefektetésével. Ekkor szűnt meg az Egressy úti és a Besenyői úti halálsorompó. Az Egressy úti és Mogyoródi úti vasúti hidak elkészültét 1943-ban jelentette be a Fővárosi Közmunkák Tanácsa. A Thököly út környezetében a töltés egy kisebb szakaszát is elkezdték megépíteni, azonban a sorompófelszámolási program Magyarországnak a második világháborúban való fokozódó részvétele miatt lényegében leállt. A félkész földművet Budapest 1944-'45-ös ostroma idején megrongálták, nagy részét elhordták védvonalak építéséhez. A sorompófelszámolási program folytatására csak a háború vége után került sor.