On ne sait pas exactement quand a débuté l'activité militaire de Jose Domingo Restrepo. Il est rapporté que pendant les périodes de guerre, de nombreuses églises furent profanées, comme celle de Sonsón qui fut durant huit jours transformée en caserne par le général José Domingo Restrepo, selon P. Daniel F. Sanchez. Les animaux mangeaient le maïs et la canne à sucre dans les bénitiers, les soldats entreposaient leur nourriture dans les niches, dormaient avec leurs femmes sur les autels et jouaient aux dés et aux cartes. L'orgue fut en partie détruit, les cloches ont été l'objet d'amusement et les missels se trouvant dans le chœur ont été déchirés. Il n’est pas certain que le Général Restrepo ait participé à la Guerre civile colombienne (1876-1877) opposant conservateurs dirigeant les États d'Antioquia et de Tolima, aux libéraux qui en sortirent finalement vainqueurs. Au cours de ce conflit, l'État d'Antioquia perdit 20000 de ses fils. Les libéraux prirent le pouvoir dans ce même État le . Mécontents d'avoir perdu le pouvoir et désireux de le reprendre, les conservateurs menèrent une révolution armée dans l'État d'Antioquia en . Elle prit fin au milieu du mois de février 1879 dans l'ultime et cruel combat de Salamina, à l'issue duquel les conservateurs se rendirent. Plus de la moitié des combattants y succombèrent.