Op de wereldkampioenschappen kortebaanzwemmen 2006 in Shanghai, China sleepte Marin de zilveren medaille in de wacht op de 400 meter wisselslag. Tijdens de Europese kampioenschappen zwemmen 2006 in Boedapest veroverde de Italiaan de zilveren medaille op de 400 meter wisselslag. Op de 200 meter rugslag kwalificeerde hij zich als zevende voor de finale, maar hij besloot om deze finale aan zich voorbij te laten gaan. Op de Europese kampioenschappen kortebaanzwemmen 2006 in Helsinki veroverde Marin de Europese titel op de 400 meter wisselslag, daarnaast eindigde hij als zevende op de 200 meter rugslag en als elfde op de 1500 meter vrije slag.