Začiatkom 90. rokov poskytlo Letecké veliteľstvo niekoľko lietadiel CF-18 Hornet na operácie vo vojne v Perzskom zálive. Kanadské stíhačky vykonávali bojové letecké hliadky nad operáciami v Kuvajte a Iraku, uskutočnili niekoľko útokov na pozemné ciele a pri jednej príležitosti napadli irackú hliadkovú loď v Perzskom zálive. Koncom 90. rokov sa kanadské CF-18 Hornet zúčastnili operácie Spojenecká sila v Juhoslávii a začiatkom 21. storočia sa Letecké veliteľstvo Kanadských síl intenzívne zapojilo do vojny v Afganistane, pričom zabezpečovalo dopravu vojsk a materiálu do Kandaháru.