Першим поселенням на території Кодайри було село Оґава, яке в 1655–1658 роках заснував самурай Оґава Куробей. Після цього, у 1716–1736 роках, виникли сусідні села Онума, Нонака, Судзукі, Меґуріта та інші. 1889 року вони об'єдналися в село Кодайра . Після Великого кантоського землетрусу 1923 року розпочалось стрімке заселення району Кодайри за рахунок біженців зі столиці Токіо. 1944 року село отримало статус містечка, а 1962 року перетворилося на місто.