In 1812, tijdens Napoleons veldtocht naar Rusland, probeerde Claude François de Malet de macht in Frankrijk te grijpen. Fouché werd verdacht van betrokkenheid bij de poging tot staatsgreep. Hij bleek onschuldig, maar Napoleon bleef argwanend en stuurde hem weg uit Parijs om gouverneur van de Illyrische Provincies te worden. Fouché was echter maar een maand gouverneur van dit gebied; in augustus 1813 verklaarde Oostenrijk de oorlog aan Frankrijk en bezette de Illyrische Provincies.