Al Gran Premio del Giappone, a Suzuka, le Ferrari partirono in prima fila mentre le Renault in terza. Schumacher, al comando sin dai primi giri con Alonso secondo, subì la rottura del motore al 37º giro e fu costretto al ritiro, regalando così la vittoria al rivale. Visto il distacco accumulatosi nei confronti dello spagnolo, Schumacher dichiarò che la Ferrari avrebbe puntato al titolo costruttori, visto che ormai quello piloti era perso; infatti per vincere l'ottavo titolo mondiale sarebbe servita una vittoria nell'ultimo Gran Premio in Brasile e un ritiro o un arrivo fuori dai punti di Alonso. Disputò l'ultima gara prima del ritiro il 22 ottobre 2006, sul circuito di Interlagos. Prima della gara, durante la cerimonia, l'ex calciatore brasiliano Pelé gli donò un trofeo alla carriera. Inoltre la BMW-Sauber, come tributo nei suoi confronti, presentò sull'alettone posteriore la scritta "Thanks Michael" ("Grazie Michael") in omaggio al pilota tedesco.