W kampanii wrześniowej 1939 dowodził plutonem działek w 31 pułku piechoty. W Bełżcu dostał się do niewoli sowieckiej. Udało mu się uniknąć Katynia bowiem ukrył swój stopień oficerski, przyłączył się do grupy lwowiaków, których odsyłano do domu aby zdążyli wziąć udział w "głosowaniu, iż chcą dobrowolnie przyłączyć ziemie wschodnie Rzeczypospolitej do sowieckiej ojczyzny". Wkrótce udało mu się w Przemyślu przekroczyć granicę i dotrzeć do siostry, która mieszkała w Sędzicach k. Sieradza. Nawiązuje kontakt z por. Marcinem Stacheckim – komendantem Obwodu ZWZ, który zaprzysięga go nadając mu pseudonim "Szkolny" i mianuje komendantem IV Rejonu (gminy: Bartochów, Wróblew, Gruszczyce). W grudniu 1942 r. mianowano go zastępcą komendanta sieradzkiego Obwodu ZWZ-AK, a po zawieszeniu w czynnościach komendanta Obwodu – por. Czesława Dłubały, z dniem 1 XI 1943 r obejmuje jego funkcję. Przypadkowo aresztowany 16 X 1943 r. w leśniczówce Andrzejów k. Zduńskiej Woli, ucieka szczęśliwie z aresztu w Korczewie. Latem 1944 r. Obwód sieradzki realizował przygotowanie Akcji "Burza". Ustalono punkty zborne dla plutonów, przygotowano miejsca dla spodziewanych zrzutów broni, wzmożono obserwację sieradzkiego poligonu niemieckich wojsk pancernych. Szczepaniak wówczas przebywał w gajówce Smok, a po aresztowaniu gajowego Tomczyka przeniósł się do schronu leśnego w gminie Gruszczyce, gdzie przebywał wraz z pocztem ochronnym do wejścia Sowietów do Sieradza, co nastąpiło w dniu 23 I 1945 r. Pod koniec okupacji niemieckiej został awansowany do stopnia kapitana.