Einen großen Leistungssprung vollzog Malsiner im Sommer 2019. So erreichte sie beim Auftaktspringen der Sommertournee im Rahmen des Alpencups in Klingenthal als Achte erstmals die Top 10. Wenige Tage später gewann sie beide Wettbewerbe von der Pöhlbachschanze in Pöhla. Nachdem sie auch bei der dritten Station in Bischofsgrün starke Ergebnisse erzielen konnte, gewann Malsiner die Tournee-Gesamtwertung vor ihren Teamkolleginnen Annika Sieff und Daniela Dejori. Am 13. Dezember 2019 debütierte Malsiner in Notodden im Continental Cup. Dabei gelang ihr auf Anhieb der erste Sieg vom Tveitanbakken vor den beiden zweitplatzierten Kristina Prokopjewa und Sophie Sorschag. Bei den Olympischen Jugend-Winterspielen 2020 in Lausanne belegte Malsiner sowohl im Einzel als auch im Mixed-Teamspringen den neunten Rang. Darüber hinaus gewann sie im Nordic-Mixed-Team, einer Mischung aus Sporttreibenden der drei nordischen Disziplinen, Bronze. Wenige Wochen später versuchte sich Malsiner in Hinzenbach erstmals im Weltcup, verpasste allerdings die Qualifikation für den Wettbewerb. Nachdem sie mit dem Team in Ljubno Sechste wurde, debütierte sie tags darauf bei einem Einzelspringen des Weltcups und belegte Rang 36. Bei den Nordischen Junioren-Skiweltmeisterschaften 2020 in Oberwiesenthal sprang Malsiner auf den 24. Platz von der Normalschanze, ehe sie gemeinsam mit Martina Ambrosi, Annika Sieff und Lara Malsiner im Team Sechste sowie im Mixed-Team Achte wurde. Den Winter schloss sie auf dem 14. Platz der Continental-Cup-Gesamtwertung ab.