W reprezentacji RPA Khumalo zadebiutował 11 marca 2008 roku w wygranym 2:1 towarzyskim spotkaniu z Zimbabwe. W 2009 roku selekcjoner Joel Santana powołał go na Puchar Konfederacji 2009, w którym zawodnik był rezerwowym. Z RPA zajął na tym turnieju 4. miejsce.Podczas Mistrzostw Świata 2010 strzelił gola dla swojego kraju w grupowym meczu z Francją.