Aristagoras menjabat sebagai deputi gubernur Miletos, sebuah kota di pesisir barat Anatolia sekitar tahun 500 SM. Dia adalah putra Molpagoras, dan menantu (sekaligus keponakan) Histiaios, yang ditunjuk sebagai tiran Miletos oleh Kekaisaran Persia. Aristagorasn menguasai Mietos ketika Histiaios ditahan oleh kaisar Persia Darius I di Susa. Aristagoras adalah dalang utama dalam Pemberontakan Ionia, ketika polis-polis Yunani Yunani Ionia di pesisir timur Laut Aigea bersatu melawan kekuasaan Persia.