Τον δέχθηκε στο επιτελείο του και στο Βατερλώ τού ανέθεσε την τακτική διοίκηση του στρατεύματος, κάτι για το οποίο θα μετάνιωνε πικρά. Μετά την ήττα, ο Νεΰ φαινόταν να έχει χάσει κάθε συναίσθηση των όσων συνέβαιναν γύρω του, αφού επέστρεψε στο Λουδοβίκο νομίζοντας ότι θα μπορούσε να δικαιολογήσει τη στάση του. Δικάστηκε με την κατηγορία της προδοσίας κατά του βασιλέα και εκτελέστηκε στις 7 Δεκεμβρίου 1815. Παρανοϊκά γενναίος και στο θάνατο, ο Νε αρνήθηκε να του δέσουν τα μάτια και έδωσε προσωπικά τη διαταγή στο εκτελεστικό απόσπασμα: «Άνδρες, σημαδέψτε στην καρδιά!». Ο Ναπολέων δεν παρέλειψε ν' αναφέρει ότι επρόκειτο για έναν «...γενναίο τρελό τον οποίον τελικά κανείς δεν έκλαψε»!