Chrám bol pôvodne vybudovaný mimo mesta za hradbami v južnej časti Zlatého rohu pri Adrianopolskej (Edirnskej) bráne. Pre túto polohu dostal názov Chóra (v krajine, na vidieku, na poliach). Počiatky chrámu sú nejasné. Niektoré zdroje uvádzajú prvú výstavbu už v 5. storočí, iné sa viac prikláňajú až k neskoršiemu obdobiu 6. či 7. storočia. V období obrazoborectva sa miestni mnísi prikláňali na stranu ikonofilov, čím sa dostali do nemilosti obrazoboreckých cisárov. Za vlády Komnénovcov v 11. storočí bol kláštor obnovený svokrou Alexia I. Máriou Dukovou. Máriin vnuk sebastokrator Izák Komnénos (brat cisára Jána II.) nechal kostol prestavať na baziliku s kupolou a pôdorysom vpísaného kríža s veľkou apsidou. Počas IV. križiackej výpravy bol chrám poškodený, po znovu dobytí mesta Nicejským cisárstvom bol však vďaka mecenášstvu Theodora Metochita obnovený v duchu palaiologovskej renesancie. Metochites nechal postaviť nový exonartex, ktorý má dekoratívne priečelie s odstupňovanými arkádami, a pristavaná bola aj kaplnka parekklésion. V palaiologovskom období bol chrám s monastierom jedným z hlavných centier vzdelanosti v Konštantínopole i vtedajšej Byzantskej ríši. Vlastnil rozsiahlu knižnicu a poskytoval aj vedľajšie služby ako napr. zdravotnú starostlivosť, či vzdelanie. Sultán Bajazid II. chrám premenil na mešitu. V dôsledku odporu moslimov ku obrazom a modlám boli následne v 17. a 19. storočí miestne umelecké diela ukryté a odhalené až v 20. storočí.