En 1809, Skrzynecki, devenu sous-officier, participe en 1809 à la guerre de la Cinquième coalition contre l'Autriche, marquée par la bataille de Wagram. En Pologne, les Autrichiens sont vaincus lors de la bataille de Raszyn (19 avril1809). Skrzynecki est alors promu lieutenant (il reçoit aussi la croix de chevalier de l'ordre de Virtuti Militari). Il est pendant quelques mois aide de camp du général Dombrowski, puis est promu capitaine et affecté au 16° Régiment d'infanterie.