За время работы в подразделении «Альфа» Гусев руководил им во время ряда спецопераций. Так, он был старшим группы во время теракта в Будёновске, когда «Альфа», освобождая заложников, потеряла трёх человек убитыми (14—19 июня 1995 года), операции по освобождению заложников в автобусе в Махачкале (20 сентября 1995 года), в операции в Москве на Васильевском спуске по освобождению корейских заложников в автобусе (14 октября 1995 года) и во время теракта в Кизляре, когда его бойцы проводили разведку боем на юго-восточной окраине села Первомайского (9—18 января 1996 года). Также руководил руководил группой в аэропортах «Внуково», «Домодедово» и «Шереметьево-1», где группа освобождала захваченные террористами самолёты, и обезвреживанием террориста у шведского посольства в Москве (погибший полковник А. Н. Савельев, участвовавший в операции в Шереметьево, был заместителем Гусева).