Paavilainen astui Suomen armeijan palvelukseen aliupseeriksi ylennettynä Saksassa 11. helmikuuta 1918 ja saapui Suomeen (Vaasaan) 25. helmikuuta 1918 jääkärien pääjoukon mukana. Hänet sijoitettiin Suomen valkoiseen armeijaan joukkueenjohtajaksi 1. Jääkärirykmentin 3. jääkäripataljoonan 1. komppaniaan. Hän osallistui sisällissodan taisteluihin Tampereella ja Viipurissa. Käymissään taisteluissa hän haavoittui lievästi Tampereella 4. huhtikuuta 1918.