Eine zweite Säuberungswelle setzte zu Beginn des Jahres 1948 ein. Sie war hauptsächlich gegen Juden in der Sowjetunion gerichtet, die als „wurzellose Kosmopoliten“ denunziert wurden. Die Kampagne führte zunächst zur Auflösung des Jüdischen Antifaschistischen Komitees und zur Hinrichtung jiddischer Intellektueller, bekannt als Nacht der ermordeten Dichter. Sie erreichte ihren Höhepunkt in der sogenannten Ärzteverschwörung und endete abrupt mit Stalins Tod im März 1953.