Bochotnica narażona jest na wystąpienie powodzi w wyniku przyboru wody w Wiśle. Duże prawdopodobieństwo wystąpienia powodzi znacznych rozmiarów występuje na terenach zalewowych doliny Wisły, w których osiedlili się ludzie. Chroniący miejscowość wał przeciwpowodziowy, stworzony w 1968, jest niski i mało zagęszczony. Ryzyko wystąpienia powodzi wzrasta, gdy wysoka fala powodziowa z kulminacją utrzymuje się przez szereg dni (tak było m.in. w 1997 i 2010). Trudne do przewidzenia są też powodzie i podtopienia wywołane wodami opadowymi i roztopowymi na mniejszych rzekach powiatu puławskiego, np. przepływającej przez Bochotnicę Bystrej. Podtopienia te mają charakter lokalny i nie wpływają jednak w istotny sposób na stan wody w rzece głównej – Wiśle. Po II wojnie światowej wojsko zbudowało drogę strategiczną, prowadzącą od wału do Wisły i dalej, po drugiej stronie rzeki.