Udział w rządzie doprowadził do podziałów w partii. W 1999 roku partia musiała zdecydować o poparciu Niemiec interwencji NATO w Kosowie. Było to sprzeczne z programowym pacyfizmem partii. Inną ważną decyzją była decyzja o likwidacji elektrowni atomowych. Było to zgodne z długofalowym programem partii, ale proces zamykania elektrowni był długotrwały, co rozczarowało wielu działaczy i skłoniło ich do odejścia.