Wiosną 1933 został pozbawiony profesury na Akademii w Dreźnie (podobnie jak np. Paul Klee) i członkostwa w Akademii oraz objął go zakaz wystawiania. Zdecydował się na przeprowadzkę do posiadłości pierwszego męża Marty, pałacu Randegg w pobliżu Singen. W 1936 przeniósł się z rodziną (żoną Martą oraz dziećmi: Nelly, Ursusem i Janem) do nowego domu w Hemmenhofen (część Gaienhofen). Wybór spośród jego dzieł prezentowano na wystawie sztuki zdegenerowanej. W utrzymaniu się rodziny w okresie hitlerowskim pomogły zakupy obrazów, dokonywane przez przyjaciół. Pod koniec II wojny światowej Otto Dix został jeszcze wcielony do Volkssturmu i trafił do francuskiej niewoli, w której przebywał do 1946. Od 1947 do 1966 corocznie podejmował wyjazdy twórcze do Drezna. Do lat 50. XX wieku odmawiał propozycji angażu jako wykładowca przez uczelnie z Niemieckiej Republiki Demokratycznej i Republiki Federalnej Niemiec. Później stał się członkiem zrzeszeń zarówno zachodnio-, jak i wschodnioniemieckich oraz wznowił wystawianie. Zmarł na zawał serca w szpitalu w Singen.