Durante el inicio de la Segunda Guerra Mundial, estuvo destinado en la Home Fleet, en aguas metropolitanas británicas. Tras unas breves obras en las que se desembarcó la artillería secundaria, fue destinado, en junio de 1940, a la Fuerza H, con base en Gibraltar. El 3 de julio participó en la llamada Batalla de Mers el-Kebir, hundiendo junto con otras unidades británicas varios navíos franceses ahí anclados, entre ellos los acorazados Provence, Bretagne y Strasbourg. En septiembre de ese mismo año regresó a la Home Fleet, participando en la infructuosa caza del "Scharnhorst" y el "Gneisenau" en el marco de la Operación Berlín a cargo del almirante Günther Lutjens, en marzo de 1941. El 12 de mayo de 1941, el vice-almirante Lancelot Ernest Holland asume el comando del escuadrón de cruceros de batalla. El capitán Ralph Kerr era el comandante del "HMS Hood" desde febrero de ese mismo año.