5月15日、伊41は呉を出港してアドミラルティ諸島方面に進出。6月15日、あ号作戦に参加してグアム島南方沖のC散開線に移動して潜航待機する。24日午前、伊41はグアム島に残留する搭乗員の救出のため、潜航してアプラ港近海に到着。日没後に浮上し、大発2隻に分乗してやってきた搭乗員ほか106名を収容した。30日に輸送人員を大分に上陸させ、7月1日に呉に帰投した。8月5日、艦長が近藤文武少佐（海兵62期）に交代となる。