Itävalta liitettiin Saksaan maaliskuussa 1938, ja tämä johti välittömästi spontaaneihin juutalaisvainoihin. Pitkään epäröityään Freud suostui lähtemään maanpakoon. Ulkomaalaiset tukijat ryh­tyi­vät Marie Bonaparten ja Ernest Jonesin johdolla auttamaan Freudin per­het­tä pois maasta. Anna Freud pidätettiin, ja hän oli joutua keskitysleirille.