Com o Golpe de Estado no Brasil em 1964, o CEB foi um dos principais pontos afetados dentro da UFG. Um inquérito produzido pelos militares afirmava que o Centro de Estudos Brasileiro era um espaço de "subversão" e, por isso, o instituto foi fechado. Como alternativa para os estudantes, foram criados os cursos de História e Geografia, e as atividades foram remanejadas para outras faculdades.