Kuningas hallitsi maata yksinvaltaisesti. Kuninkaan ja parlamentin välit kiristyivät 1640-luvulla niin, että osapuolet alkoivat koota aseistusta toisiaan vastaan. Cromwell oli alun perin parlamenttiedustaja, joka kokosi sisällissodan alussa "rautakylki"-joukot, jotka muodostivat perustan sisällissodassa ratkaisevassa roolissa olleelle ”uuden mallin armeijalle” ("New Model Army"). Kaarle I menetti valtansa lopullisesti 1648 ja seuraavana vuonna parlamentti lakkautti monarkian. Vuonna 1649 Cromwell johti menestyksekkään sotaretken Irlantiin estääkseen Kaarle I:n valtaa tavoitellutta poikaa Kaarle II:sta saamasta siellä jalansijaa. Irlannin vastarinta murskattiin säälimättömästi ja Droghedassa ja Wexfordissa tehtiin joukkomurhat. Irlanti jaettiin lahjamaina Cromwellin sotapäälliköille ja sotilaille ja iirinkielinen kantaväestö ajettiin Connaughtiin ("to Hell or Connaught"). Kaarle II asettui Skotlantiin, jossa hän voitti Cromwellin joukot vuonna 1651. Tunkeuduttuaan Englantiin Kaarle II:n joukot kuitenkin murskattiin ja hän pakeni Ranskaan.