Kris Trajanovski karierę międzynarodową rozpoczął w reprezentacji Australii U-20, będąc jej członkiem na młodzieżowych mistrzostwach świata 1991 w Portugalii, gdzie rozegrał cztery mecze. W dorosłej reprezentacji zadebiutował w 1996 roku i zdobył z nią mistrzostwo (1996) i wicemistrzostwo (1998) Pucharu Narodów Oceanii, a także w edycji 1996 z 7 golami był królem strzelców turnieju. Łącznie w latach 1996-1998 w reprezentacji rozegrał 16 meczów i strzelił 11 goli.