Freese debuttò nella MLB nella giornata inaugurale della stagione, il 7 aprile 2009 al Busch Stadium di St. Louis, contro i Pittsburgh Pirates. Giocò durante la stagione d'esordio 17 partite in Major e 64 in Minor League. Nel 2011 fu colpito da un lancio e si fratturò la mano destra, perdendo 51 partite. Nel post-stagione dei Cardinals fu uno dei giocatori determinanti per la conquista delle World Series 2011, fu nominato prima MVP della National League Championship Series e poi MVP delle World Series, ricevendo inoltre il Babe Ruth Award.