Après le déclenchement de la seconde guerre mondiale en septembre 1939, il prit le commandement de la division d'infanterie de réserve pour superviser sa mobilisation. Cette division se vit par la suite assigner la tâche d'améliorer les défenses le long de la Dyle. Après plusieurs semaines, la division fut déplacée en protection du canal Albert. Il fut nommé chef d'état-major du roi Léopold III le . Durant les derniers moments de la bataille de la Lys, le 27 mai, il suggéra que le roi envoi un représentant aux allemands pour négocier un cessez-le-feu. Le roi suivi ce conseil et accepta finalement de se rendre aux allemands le lendemain matin. L'amiral britannique Roger Keyes félicita le Michiels pour sa haute moralité durant la campagne.