Après l'écrasement du Printemps de Prague, il n'a plus le droit d'enseigner à partir de 1971 et est cantonné jusqu'en 1983 à des activités de recherche à l'institut de la langue tchèque (Ústav pro jazyk český) de l'Académie tchécoslovaque des sciences. Il parvient à organiser avec le soutien de la branche française de la de 1986 à 1989 une « université clandestine » à son domicile en invitant des intellectuels et universitaires français, et en éditant avec sa femme Jana Jelínková des samizdats. Ils publient environ 120 titres de livres et 110 numéros de magazines et organisent quelque 32 cours clandestins.