Assieme a figure come Kōji Wakamatsu, Nagisa Ōshima, Genpei Akasegawa e Seijun Suzuki formò quindi la "generazione dell'avanguardia", capace di rompere i tabù sociali che da sempre circondavano la società giapponese. A partire dagli anni settanta si concentrò prevalentemente sulla produzione di cortometraggi, continuando ad incrociare avanguardia, sperimentazione e video arte. Nel 1971 e 1988 realizzò comunque due lungometraggi, intitolati rispettivamente "Pandemonio" e "Dogura Magura". Un importante dibattito con Ōshima, nato dalla partecipazione di Matsumoto in un film sperimentale per Expo 1970, ebbe un impatto tale da ispirare le future generazioni di artisti. Tra gli ultimi lavori di Matsumoto si segnalarono "Song of the Stones", "For the Damaged Right Eye", "Delay Exposure" e "Sign".