На тренерском поприще Матошич работал со сплитскими клубами «Хайдук» и «Сплит» и со сборной Туниса. В качестве тренера «Хайдука» его наивысшим результатом было 3-е место в чемпионате Югославии 1960/61. В качестве тренера сборной Туниса занял 3-е место на Кубке африканских наций 1962. Также Фране некоторое время занимал посты технического директора и президента «Хайдука».