Pocházel z původně obchodnické rodiny připomínané od 15. století, která od roku 1544 užívala titul barona. Thomasův otec Philip Wharton, 4. baron Wharton (1613–1695), byl aktivním účastníkem revoluce a později předákem whigů. Thomas studoval soukromě a poté na protestantské akademii v Caen (1663–1664), následně absolvoval kavalírskou cestu (1664–1666), během níž navštívil Francii, Itálii, německé státy a Nizozemsko. Jako stoupenec whigů se uplatnil v Dolní sněmovně (1673–1681, 1685–1687, 1689–1695), mezitím začal zastávat funkce ve správě hrabství Buckinghamshire. Po roce 1679 patřil k předním oponentům nástupnictví Jakuba II. a tuto politickou linii sledoval i za jeho vlády (Thomasův otec tehdy pobýval v exilu v Nizozemí a Thomas je považován za jednoho z možných autorů tzv. zvacího dopisu pro Viléma Oranžského). Na počátku Slavné revoluce byl jedním z prvních, kdo se v Exeteru k Vilémovi Oranžskému připojil.