V roku 2013 Najvyšší súd Slovenskej republiky potvrdil názor ochranárov, že dodatočné stavebné povolenie hovorí o inom projekte ako to z roku 1986. K projektu mali byť opäť prizvaní aj ochranári. Podľa Juraja Rizmana z Greenpeace Slovensko rozhodnutie malo znamenať prerušenie stavebných prác. Slovenské elektrárne však stavbu neprerušili; podľa ich názoru môžu pokračovať, lebo súd stavebné povolenie nezrušil. Celkové náklady na stavbu sa v lete 2013 odhadovali už na 3,7 miliardy €, o 700 miliónov viac než pôvodné plány. Zdraženie spôsobili bezpečnostné opatrenia po havárii v jadrovej elektrárni Fukušima. Výstavba mala v tomto období približne štvorročný časový sklz.