Bysantin keisarit suosivat Athoksen luostareita lahjoituksin. 1300-luvulla alueella kehittyi hesykasmi, myöhäisemmän bysanttilaisen teologian keskeisin virtaus, joka on vaikuttanut paljon koko ortodoksiseen maailmaan. Athoksen itsehallinnollinen asema säilyi osmanivallan aikana ja se oli tuolloin merkittävä kreikankielisen koulutuksen keskus. Kreikan vapaustaistelun aikana Athoksella tingittiin kahdesti naisia koskevasta kiellosta tulla alueelle: vuoden 1770 kapinan ja vuonna 1821 alkaneen Kreikan vapaussodan aikana luostari antoi suojan pakolaisille, joihin kuului myös naisia ja tyttöjä.