Nach dem Frieden von Tilsit wurde Malachowski am 27. Februar 1809 dem Leib-Ulanen-Regiment aggregiert. Im Jahr 1809 schloss er sich kurzzeitig der Schwarzen Schar des Herzogs Friedrich Wilhelm von Braunschweig-Oels an. Er erhielt am 24. April 1809 seine Demission mit der Erlaubnis in fremde Dienste zu gehen, wurde aber am 5. Juli 1809 als Premierleutnant in das Schlesischen Ulanen-Regiment versetzt. Dort stieg er am 24. Dezember 1812 zum Stabsrittmeister auf. Am 10. März 1813 wurde er in die Adjutantur versetzt. Während der Befreiungskriege kämpfte Malachowski in den Schlachten bei Großgörschen und Bautzen. Bei Kulm wurde er verwundet und mit dem Eisernen Kreuz II. Klasse ausgezeichnet. Malachowski kämpfte außerdem bei Leipzig, Laon, Paris, Bunzlau, Haynau, Breslau, Dresden, Liebertwolkwitz, Tauche, Neuilly, Sezanne, Pontavert und Claye. Zwischenzeitlich hatte man ihn am 14. November 1813 zum Rittmeister in der Adjutantur befördert und am 24. Mai 1814 dem Schlesische Ulanen-Regiment aggregiert. Am 17. März 1815 erhielt er den Orden des Heiligen Wladimir IV. Klasse. Nach seiner Beförderung zum Major erfolgte am 30. März 1815 seine Kommandierung zur Dienstleistung als Flügeladjutant von König Friedrich Wilhelm III. Außerdem wurde er am 27. April 1815 dem Garde-Husaren-Regiment aggregiert.