Alaba trở về Bayern vào đầu mùa giải 2011–12 và bắt đầu có được vị trí chính thức. Ngày 23 tháng 10 năm 2011, anh có bàn thắng đầu tiên tại Bundesliga cho Bayern trong trận thua 1–2 trước Hannover 96. Anh có mặt trong trận bán kết UEFA Champions League với Real Madrid ngày 25 tháng 4 năm 2012 và chính là người sút thành công quả phạt đền đầu tiên trong loạt sút luân lưu mở ra chiến thắng chung cuộc cho Bayern. Tuy nhiên với chiếc thẻ vàng ngay đầu trận, anh đã không thể tham dự trận chung kết sau đó với Chelsea.