Nel 1526 arrivarono i conquistadores spagnoli, guidati da Francisco Pizarro, diretti inizialmente a Cuzco. Al loro arrivo gli spagnoli trovarono una società dilaniata dalla guerra civile. L'anno seguente, mentre Atahualpa cercava di ripristinare l'unità dello stato, gli spagnoli animati da intenti di conquista, si stabilirono in un forte a Cajamarca. Qui il 16 novembre 1532 avvenne l'incontro con l'imperatore Inca, nella Battaglia di Cajamarca, dove gli spagnoli presero di sorpresa gli Inca disarmati: Atahualpa venne catturato e minacciato di morte, ma si salvò momentaneamente promettendo di riempire d'oro gli spagnoli in cambio della vita. Successivamente gli spagnoli uccisero ugualmente Atahualpa, fuggirono dal forte cannoneggiando gli assedianti che li avevano circondati.