Les Jeux paralympiques n'ont pas été épargnés par les scandales et controverses. Le plus grand scandale ayant touché les Jeux est l'envoi par l'Espagne d'une équipe de basketball principalement composée d'athlètes non-handicapés à la compétition pour athlètes handicapés mentaux, aux Jeux d'été de 2000 à Sydney. Les Espagnols obtiennent la médaille d'or avant que la vérité ne soit révélée, et qu'il ne leur soit ordonné de rendre leurs médailles. Ce scandale amène le Comité international paralympique à suspendre toutes les épreuves pour athlètes handicapés mentaux jusqu'en 2012, le temps de mettre en place des procédures de vérification plus strictes.