Frente a la ciudad de Ambon, en la bahía del mismo nombre, los holandeses crearon una base militar cuya guarnición consistía en soldados indonesios del Real Ejército de las Indias Orientales o KNIL ("Koninklijk Nederlandsch-Indisch Leger"), a las órdenes de oficiales holandeses. En 1941, durante la Segunda Guerra Mundial, los ejércitos australianos y holandeses decidieron reforzar la base aérea por temor a que pudiese ser tomada por lo japoneses que desde allí alcanzarían fácilmente Australia. La base y la ciudad fueron efectivamente atacadas por los japoneses en 1942, en lo que se conoce como la Batalla de Ambon; tras la toma, las tropas japonesas ejecutaron sumariamente a 300 prisioneros de guerra holandeses (mayoritariamente indonesios) y australianos. Este episodio trágico fue uno de los crímenes de guerra del Imperio del Japón que fueron juzgados en 1946 por tribunales aliados.