Fin da giovanissimo aderì alla Filikí Etería, la società segreta patriottica greca che si batteva per l'indipendenza della penisola ellenica dal giogo ottomano; nel 1821, allo scoppio della Guerra d'indipendenza greca, Mavrokordatos accorse in Grecia, distinguendosi durante l'assedio di Missolungi. In seguito divenne uno dei membri dell'Assemblea nazionale di Epidauro, riunitasi nel dicembre di quell'anno. Il risultato di tale assemblea fu, il 1º gennaio 1822, la proclamazione dell'indipendenza della Grecia e la promulgazione della Costituzione greca del 1822 per il governo del paese. Promotore di tale carta costituzionale fu il rivoluzionario Vincenzo Gallina, con la collaborazione di Theodoros Negri e del trentenne Alexandros, a cui fu affidato il primo Consiglio esecutivo. Uno dei suoi primi gesti fu quello di trasferirsi con il governo a Missolungi, allestendone le difese per sostenere il secondo assedio, resistendo fino all'11 gennaio 1823, quando le forze turche si ritirarono con perdite pesanti. Dimessosi dal governo per l'ostilità verso gli altri capi rivoluzionari, favorevoli alla Russia, che lui invece avversava, dal 1825 combatté nella Grecia occidentale contro le forze di Ibrāhīm Pascià. Nel frattempo, la necessità di dare un più coeso ordinamento direttivo ai ribelli greci, portò l'Assemblea Nazionale greca, riunita a Nauplia, il 18 aprile 1828, a proclamare la Prima Repubblica ellenica, con presidente il conte Giovanni Capodistria.