Inzwischen entwickelte sich die uneinnehmbar scheinende Katharerfestung Montségur zum Hauptzentrum ("caput") und letzten großen Refugium der verfolgten französischen Katharer. Hier befand sich auch ihre Kirchenleitung. 1243 begannen Truppen des französischen Königs mit der Belagerung der Burg. Zwar hatten die Katharer zuvor ihre Kirchengelder noch nach Italien schaffen lassen, ein Asylangebot italienischer Katharer aber abgelehnt. Im März 1244 kapitulierten die Verteidiger Montségurs. Ca. 200 Katharer wurden am 16. März 1244 in den Palisaden der Festung verbrannt. Der Fall von Montségur bedeutete das Ende der katharischen Kirchenorganisation in Frankreich.