Während des Zweiten Nordischen Krieges floh er nach Stralsund. Im Exil verfasste er 1659 das „Himmlische Lust-Gärtlein“, das er 1661 in Greifswald drucken ließ, eine Sammlung von Gebeten und Kirchenliedern. Der fünfte Teil "Suscitabulum musicum" ("Musikalisches Weckerlein.") enthält elf von ihm selbst verfasste Lieder, von denen er die meisten selbst vertonte. Neun wurden in das Nürnberger Gesangbuch von 1677 aufgenommen. Johann Sebastian Bach schuf mehrere Sätze zu Choralstrophen Flittners (BWV 259, BWV 361, BWV 473). Vier waren noch im 19. Jahrhundert in Pommern in Gebrauch.