Mimo stosunkowo masywnej konstrukcji bazylejskie trzęsienie ziemi 18 października 1356 zniszczyło pięć wież, różne części sklepienia i część krypty. Pod nadzorem mistrza budowlanego Jana z Gmünd z rodziny Parlerów po raz kolejny odbudowano zniszczony kościół. Formy gotyckie pojawiły się jedynie w odbudowywanych górnych partiach chóru, pozostałe części budowli odnowiono zaś z pozostawieniem dawnych form romańskich. Już w 1363 można było ponownie poświęcić główny ołtarz. W 1421 Ulrich von Ensingen, budowniczy wież katedralnych w Ulm i Strasburgu, rozpoczął rozbudowę północnej "wieży św. Jerzego"; prace ukończono w 1429. Południowa wieża św. Marcina ("Martinsturm") została ukończona 23 lipca 1500 przez Hansa z Nußdorf ("Hans von Nußdorf"). Wraz z tą datą oficjalnie uznano katedrę za ukończoną. W XV w. powstały także krużganki wielki i mały (→ krużganek).