Будаўніцтва і эксплуатацыя воднага шляху прадугледжвае змяненне гідрамарфалагічных умоў ўсяго рэгіёна Палесся, што прывядзе да дэградацыі каштоўных тэрыторый водна-балотных угоддзяў, якія знаходзяцца пад нацыянальнай і міжнароднай абаронай як арэал пасялення каштоўных відаў, і шэрагу уразлівых прыродных тэрыторый Украіны. Многія часткі Палесся маюць міжнароднае значэнне як выключныя помнікі прыроды, якія атрымалі статус біясферных запаведнікаў ЮНЕСКА, аб'ектаў, якія знаходзяцца пад абаронай Рамсарскай канвенцыі. У сувязі з тым, што водны шлях E40 - трансгранічны праект, на яго распаўсюджваюцца міжнародныя канвенцыі, ратыфікаваныя Украінай (у прыватнасці Канвенцыя Эспа, Орхуская канвенцыя), у адпаведнасці з якімі Ацэнка ўздзеяння на навакольнае асяроддзе (АУНА) павінна праводзіцца ў адзіным пакеце ва ўсіх трох краінах.