Kariyerinde ilk kez, 2009-10 sezonunda, Evra 38 lig maçında da yer aldı. Sezon 2009 FA Community Shield'de Chelsea'ya penaltılarda kaybettikleri maçta penaltıyı kaçırınca, kendisi için kötü başlamıştı ve medyada bazılar bunu "berbat" bulmuştu. Rio Ferdinand, Gary Neville ve Ryan Giggs'in sakatlıklarında dolayı takıma bazı maçlarda kaptanlık yapmıştı ve Manchester United kariyerinde ilk kez pazubandını VfL Wolfsburg'a karşı 3-1 kazandıkları Şampiyonlar Ligi galibiyetinde giydi. Aralık 2009'da, Evra diğer üç Manchester United oyuncusuyla birlikte FIFPro World XI'de yer aldı. Bir sonraki ay, UEFA Yılın Takımı'nda yer aldı. 28 Şubat 2010'da, Evra Aston Villa karşısında 2-1 kazandıkları 2010 Football League Cup Finali'nde Manchester United'a kaptanlık yaptı. Ligkupası şampiyonluğu Evra'nı dördüncü şampiyonluğu olduğu kadar kaptan olarak ilk şampiyonluğuydu. Ayrıca Eric Cantona'dan sonra büyük bir turnuva şampiyonluğunda Manchester United'a kaptanlık yapan ikinci Fransız oldu. Lig devam ederken, Manchester United şampiyonluğu Chelsea'a kaptırdı. Şampiyonlar Ligi'nde Almanya şampiyonu Bayern Münih'e çeyrek finalde elendi.