Ponownie w reprezentacji Holandii zagrał dnia 15 listopada 2006 roku na Amsterdam Arena w Amsterdamie w zremisowanym 1:1 meczu towarzyskim z reprezentacją Anglii, na który został powołany w zastępstwie kontuzjowanego Wesleya Sneijdera. Zagrał w 6 meczach eliminacyjnych do mistrzostw Europy 2008. Było wiele wątpliwości co do jego pozycji w drużynie, szczególnie gdy selekcjoner Marco van Basten faworyzował takich graczy jak Rafael van der Vaart, Wesley Sneijder czy Robin van Persie. Ostatni mecz w reprezentacji Holandii rozegrał dnia 28 marca 2008 roku na Ernst-Happel-Stadion w Wiedniu w wygranym 3:4 meczu towarzyskim z reprezentacją Austrii, w których Seedorf wszedł w 46. minucie za Demy de Zeeuwa. Dnia 13 maja 2008 roku ogłosił, że nie weźmie udziału w mistrzostwach Europy 2008 w Austrii i Szwajcarii z powodu narastającego konfliktu z Marco van Bastenem.