В составе национальной сборной Ганы Джордан Айю дебютировал 5 сентября 2010 года в матче отборочного турнира к Кубку африканских наций 2012 против команды Свазиленда, выйдя на замену вместо своего брата Андре. Айю был включён в заявку сборной на Кубок африканских наций 2012. На турнире он сыграл в четырёх матчах, в том числе в полуфинале и матче за третье место. Сборная Ганы заняла четвёртое место и осталась без медалей.