Auch Portugiesisch-Timor sollte in die Unabhängigkeit entlassen werden, doch aufgrund indonesischer Beeinflussung brach ein Bürgerkrieg aus. Die portugiesische Bevölkerung wurde evakuiert und die Kolonialverwaltung zog sich auf die kleine Insel Atauro vor der Hauptstadt Dili zurück. Die aus dem Bürgerkrieg siegreich hervorgegangene FRETILIN übernahm die Kontrolle. Da sich Gouverneur Mário Lemos Pires weigerte, ohne Anweisung aus Lissabon zurückzukehren und Indonesien mit der Besetzung der Grenzgebiete begann, rief die FRETILIN am 28. November 1975 einseitig die Unabhängigkeit Osttimors aus. Am 7. Dezember landeten indonesische Truppen in Dili und besetzen Osttimor nun offen. Gouverneur Lemos Pires verließ Atauro am Tag darauf am Bord eines portugiesischen Kriegsschiffes, womit die portugiesische Kolonialgeschichte in Südostasien endete.