Nel 2001 Burti venne promosso titolare in Jaguar, per sostituire il ritirato Johnny Herbert, ma vi rimase solo per le prime quattro gare, ottenendo come miglior risultato un ottavo posto in Australia, per poi passare in Prost al posto di Gastón Mazzacane, che non stava ottenendo prestazioni soddisfacenti. Con il team francese Burti non conquistò punti e fu protagonista di due incidenti spettacolari. Il primo avvenne sulla pista di Hockenheim: Burti, partito nelle ultime file dello schieramento, poco dopo il via della gara tamponò violentemente la Ferrari di Michael Schumacher (che procedeva lentamente a causa di un guasto meccanico): la sua vettura decollò, si girò a mezz'aria e ricadde pesantemente in mezzo alla pista. Sia Burti che Schumacher uscirono comunque completamente illesi dalla carambola. Il secondo incidente capitò due settimane più tardi, al Gran Premio del Belgio, a Spa-Francorchamps: al quinto giro, Burti, in lotta con Irvine, tentò un sorpasso ai danni del nordirlandese alla curva "Blanchimont". Quest'ultimo, non credendo possibile un attacco del brasiliano in quel punto della pista, chiuse la traiettoria arrivando al contatto con il pilota della Prost, che perse l'alettone e non fu più in grado di controllare la propria vettura, schiantandosi a 250 chilometri orari contro le barriere di protezione. La sua monoposto venne distrutta quasi completamente, ad eccezione dell'abitacolo, ma Burti riportò solamente una commozione cerebrale. Le conseguenze furono quindi meno gravi del previsto, però la carriera di Burti in Formula 1 terminò in quel momento.