L'église Sainte-Marie-la-Couronnée fut la seule église à ne pas être saccagée par les troupes anglaises lors de l'occupation de la ville en 1704. Toutefois, lors du siège de Gibraltar entre 1779 et 1783 par les Espagnols et les Français, la cathédrale subit de nombreux dégâts si bien qu'un quart du bâtiment dut être démolit.