В годы Великой Отечественной войны Северный морской путь — важнейшая транспортная магистраль Советского Севера. По Северному морскому пути осуществлялась проводка боевых кораблей Тихоокеанского флота в Баренцево море. За четыре военных года судами Главсевморпути выполнен большой объём воинских и народно-хозяйственных перевозок. Через арктические порты Нарьян-Мар, Игарка, Дудинка, Диксон, Тикси флот снабжался каменным углём (Печорского и других арктических бассейнов), военная промышленность — никелем, медью, лесом. Перевозки нередко осуществлялись при противодействии авиации, подводных и надводных кораблей противника, в минированных прибрежных водах. Защиту арктических коммуникаций осуществлял Северный флот, судоходство обеспечивалось системой морских конвоев. В августе 1942 года ледокольные пароходы «Сибиряков», «Дежнёв» и береговая артиллерия порта Диксон дали героический отпор тяжёлому крейсеру «Адмирал Шеер». По Северному морскому пути прошли сотни судов, из них около 170 — в конвоях. Было перевезено свыше 4 млн т различных грузов. Большой вклад в развитие арктического транспортного флота внёс начальник Главсевморпути И. Д. Папанин. За самоотверженный труд в годы войны свыше ста работников Главсевморпути награждены орденами и медалями СССР.