Debido a su importancia para las aves acuáticas, la Mar Chica ha sido declarada sitio Ramsar (enero de 2005, nº. 1484. BirdLife International la ha catalogado como IBA MA006. También está incluida en la lista de Sitios de Interés Biológico y Ecológico (SIBE). La laguna es objeto de numerosas investigaciones debido a su importancia biológica, entre ellos estudios por el Instituto del Agua de Granada y estudios de impacto ambiental debido a su similitud con lagunas mediterráneas de la costa española.