În al doilea său sezon la Bayern, a apărat în 24 de partide, devenind titularul postului de portar. În același an, Bayern München promova pe prima scenă a fotbalului german, iar Sepp Maier intra și în atenția echipei naționale de fotbal a Germaniei de Vest. Astfel, în 1966, el a fost selecționat în lotul deplasat de Germania de Vest pentru Campionatul Mondial de Fotbal care a avut loc în Anglia. El nu a evoluat însă, titularul cert fiind Hans Tilkowski. Germania a ajuns până în finală, iar Sepp Maier, făcând parte din lot, a devenit vice-campion mondial, fiindcă Germania a pierdut în finală împotriva Angliei.