Po agresji sowieckiej na Polskę 18 września 1939 schronił się na neutralnej Litwie. Tam starał się pomagać uchodźcom z Rzeczypospolitej. Po inwazji Armii Czerwonej na kraje bałtyckie w czerwcu 1940 i aneksji Litwy przez ZSRR został aresztowany przez NKWD. Jak pisał biograf Prystora, Jacek Piotrowski: