En 1941, la Yougoslavie est envahie et démembrée par l'Allemagne nazie et ses alliés. Ivan Šubašić rejoint le gouvernement yougoslave en exil, dont il devient ensuite le représentant aux États-Unis. Mais dès 1942, il rompt avec le gouvernement royal en exil, miné par les querelles entre Serbes et Croates. Il reste aux États-Unis, où il tisse des liens avec la classe politique américaine.