Même si les conditions de vie s'avèrent difficiles (Schumacher dort dans le van de l'équipe), il impressionne dès ses débuts en terminant sur le podium de ses trois premières courses et en s'affirmant face aux pilotes les plus expérimentés, comme Michael Bartels, et en faisant oublier Franck Schmilkler, le premier pilote de WTS. Il remporte sa première victoire au bout de cinq courses, lors d'une manche disputée sous la pluie où il lutte face à Heinz-Harald Frentzen. Avec un total de deux victoires, sept podiums, deux en douze courses, il est vice-champion d'Allemagne de Formule 3 1989, à égalité de points avec Frentzen, mais derrière l'Autrichien Karl Wendlinger. Paradoxalement, Weber est plutôt soulagé de voir son poulain échouer dans la quête du titre allemand : dans le cas contraire, il n’avait pas prévu d'évolution pour sa carrière. Pour autant, plus tôt dans l'année, Weber l'emmène assister à son tout premier Grand Prix de Formule 1, à Monaco, où la victoire se joue entre Ayrton Senna et Alain Prost. Schumacher est néanmoins déçu de cette expérience, voyant son compatriote Bernd Schneider, de cinq ans son aîné et ayant connu le succès en karting et en formules de promotion, échouer en pré-qualifications au volant de sa Zakspeed, alors qu'il le considère comme un .