Στις 16 Ιουνίου 1913 ξεσπάει ο Β΄ Βαλκανικός Πόλεμος μεταξύ Ελλάδας, Σερβίας, Τουρκίας και Βουλγαρίας. Συμμετείχε στη μάχη του Λαχανά, όπου μάλιστα εν μέσω εχθρικών πυρών οδήγησε τις πυροβολαρχίες μέσα από την περιοχή των συγκρούσεων με ελάχιστες απώλειες. Τις επόμενες μέρες θα αναλάβει το 9ο ευζωνικό τάγμα, το οποίο και θα οδηγήσει στο Μπέλες, όπου διεξήχθη νικηφόρα για τον ελληνικό στρατό μάχη. Στις 27 Ιουνίου καταλαμβάνει το Σιδηρόκαστρο και στις 10 Αυγούστου ο σύντομος αυτός πόλεμος έληξε. Ο Πάγκαλος, λόγω των διαφωνιών που αντιμετώπιζε με τον Χατζανέστη, μετατέθηκε στο 1/38 τάγμα ως υπασπιστής.