Após aposentar-se da ciência, Horácio continuou militando no PCB até o último dia de sua vida. Na tumultuada cisão que se deu no Partido, no X Congresso em 1992, o professor Horácio Macedo, juntamente com o arquiteto Oscar Niemeyer, o cartunista Ziraldo, o livreiro Raimundo Jinkings, a jornalista e poeta Ana Montenegro, o bancário Ivan Pinheiro, entre outros, liderou os artistas, intelectuais e trabalhadores que buscavam manter erguida a bandeira comunista e fazer uma análise marxista da crise no Leste Europeu. Asseguraram a existência do "Partidão", disputando, na justiça, o uso do nome e da marca. Foi eleito, então, presidente Nacional do PCB, integrando o Comitê Central até sua morte.