חייליו נותרו נאמנים לקיסר במהלך מלחמת האזרחים, והם השתתפו בקרב דירכיום (48 לפנה"ס) ובקרב פרסלוס (48 לפנה"ס). בתום הניצחון המכריע על כוחותיו של פומפיוס בקרב פרסלוס, נשלחו חיילי הלגיון השלושה עשר חזרה לאיטליה. בשנת 46 לפנה"ס הם נקראו חזרה לשירות והשתתפו בקרב תאפסוס ובקרב מונדה (45 לפנה"ס). לאחר קרב מונדה, פיזר קיסר את הלגיון והעניק לאנשיו אדמות באיטליה.