Trzecim turniejem, w którym uczestniczył Muslera jako reprezentant Urugwaju, był rozgrywany w Brazylii towarzyski Puchar Konfederacji. Kiedy rozpoczęły się te rozgrywki, podopieczni trenera Tabáreza byli w połowie eliminacji do Mundialu 2014, które nie układały się dla nich pomyślnie. Wysoko przegrali z Kolumbią (0:4), Argentyną (0:3), Boliwią (1:4) i Chile (0:2), i nadal nie mogli być pewni udziału w kolejnych mistrzostwach świata. Równie słabo wiodło im się w meczach towarzyskich; zresztą w 2012 zanotowali tylko dwa zwycięstwa, aż pięć remisów i trzy porażki. Mimo to, Muslera nadal był podstawowym bramkarzem reprezentacji, co więcej od marca 2011 do czerwca 2013 zagrał we wszystkich meczach kadry przez pełne dziewięćdziesiąt minut. Dopiero w spotkaniu z Tahiti (8:0), zamykającym gry grupowe Pucharu Konfederacji, Tabárez dał szansę jego starszemu o trzy lata zmiennikowi, Martínowi Silvie.