Stridigheter med nabolandet Aserbajdsjan om enklaven Nagorno-Karabakh har fortsatt. 10. desember 1991 sluttet befolkningen seg til løsrivelse fra Aserbajdsjan i en folkeavstemning som angivelig ble boikottet av den muslimske befolkningen, som i begynnelsen av 90-tallet utgjorde ca. 1/4 av del befolkningen. Et sovjetisk forslag om økt selvstyre ble avvist av begge parter, og full krig brøt ut med armensk militær seier. I februar 1992 massakrerte armenske soldater 613 sivile aserier, inkludert 108 kvinner og 63 barn, i byen Khojali i det som senere ble omtalt som Khojalymassakren. Etter russisk-initierte forhandlinger inngikk partene 12. mai 1994 en uoffisiell våpenhvile som fortsatt er i kraft. Situasjonen mellom de to landene er imidlertid svært spent.