Не маючи у своєму активні жоного матчу за національну команду, Нельсон був включений у заявку на домашній Кубок Америки 1999 року, де 29 червня 1999 року в матчі-відкриття дебютував у складі національної збірної Парагваю в грі проти збірної Болівії (0:0). Через три дні зіграв і у другому матчі на турнірі проти Японії (4:0), після чого в рамках турніру більше на поле не виходив, а його збірна вилетіла в чвертьфіналі.