Das Kriegsministerium stellte am 26. Juni 1862 die Virginia-Armee aus den Korps der Generalmajore Frémont, Banks und McDowell auf. Oberbefehlshaber war Generalmajor John Pope. Für die Niederlage in der Zweiten Schlacht am Bull Run wurden Pope und McDowell verantwortlich gemacht. Letzter wurde am 5. September 1862 seines Kommandos enthoben. Einer militärgerichtlichen Verurteilung entging McDowell nur dadurch, dass er gegen Generalmajor Fitz-John Porter als Zeuge aussagte, den General Pope wegen Gehorsamsverweigerung angeklagt hatte. Er selbst wurde von einer politisch beeinflussten Jury ebenso wie Pope freigesprochen und in die Führerreserve verbannt. Nach fast zweijähriger militärischer Untätigkeit wurde McDowell am 21. Mai 1864 zum Befehlshaber des Wehrbereiches Pazifik, ab 27. Juni 1865 Wehrbereich Kalifornien, ernannt. Am 13. März 1865 wurde im der Brevet-Rang Brigadegeneral für seine Leistungen während der Schlacht am Cedar Mountain verliehen.