לאחר מותו של אדמירל מינאיצ'י קוגה קיבל טויודה את הפיקוד על הצי היפני המשולב ב-3 במאי 1944. בחודש יוני של אותה שנה הגה תוכנית מבצעית בשם "מבצע א-גו" שהתממשה בתבוסה מכרעת של הצי הקיסרי תחת פיקודו של אדמירל ג'יסאבורו אוזאווה בקרב ים הפיליפינים. לאחריה הגה את תוכנית "שו-גו," שהתממשה גם היא בתבוסה יפנית בקרב מצר סוריגאו. טויודה היה מודע לעובדה ששתי התוכניות היוו הימור, אך מכיוון שהדלק והאספקה של הצי הקיסרי אזלו והלכו, הוא חש שסיכויי ההצלחה עולים על הסיכון באובדן צי, שעמד בלאו הכי להפוך לחסר תועלת תוך זמן קצר. על אף התבוסות המשיך טויודה באותה אסטרטגיה, כשאישר את מבצע טן-גו בה שלח את אוניית המערכה יאמטו למשימת התאבדות לאוקינאווה.