南京陥落後は1939年ごろからダグラス DC-2 36号（大達機、操縦士：衣復恩、副操縦士：楊辛癸）機械員として輸送任務に就いていたが、1941年、重慶（昆明飛行場とも）にて修理不可能だった航空機を修理したことから航空委員会に呼び戻され、飛行工程師。同年、重慶爆撃（成都とも）で爆弾が防空洞を直撃し妻子が亡くなった。当時、孫はラングーンで勤務していたが、電報を受け取ると帰国し、操縦士の衣復恩とともに金鉄男のもとを訪れて金より遺品を見せられた。甥の金正平によれば、孫は遺品を見たあと無言で玄関を飛び出し、衣復恩と肩を抱きかかえて号泣していたという。