1806 beteiligte sich Sachsen an der Seite Preußens am Krieg gegen das napoleonische Frankreich. In der Doppelschlacht von Jena und Auerstedt im Oktober 1806 kämpften auch 22.000 sächsische Soldaten. Sie endete für Preußen und seine Verbündeten mit einer katastrophalen Niederlage. Sachsen kam kurzzeitig unter französische Besatzung. Im Zuge der Besatzung wurden in Stolpen Verteidigungsanlagen wiedererrichtet oder neu gebaut. Auch der Brunnen wurde wieder freigelegt. Nach dem gescheiterten Russlandfeldzug Napoleons, sprengte die französische Armee am 25. September 1813 umfangreiche Teile der Burganlage im Zuge ihres Rückzuges und verschüttete erneut den Brunnen.