Eberhards Großvater Ulrich II. von Kapellen († 1301) war für seine Unterstützung in der Schlacht bei Dürnkrut und Jedenspeigen von König Rudolf I. von Habsburg zum Landrichter ob der Enns ernannt worden. Ulrich II. konnte in Folge zahlreiche Besitzungen vor allem im Mühlviertel und in Gumpendorf am Wienfluss erwerben. Eberhards Vater Hans von Kapellen († 1354) vermehrte den Familienbesitz und schlug seinen Hauptwohnsitz in der Burg Mitterberg auf, wo Eberhard zusammen mit seinem Bruder Ulrich und seiner Schwester Anna aufgewachsen sein dürfte.