1645 bis 1648 eroberten die Türken fast die gesamte Insel und verleibten sie als "Girit" (osmanisch گريد) dem Osmanischen Reich ein, nur Candia hielt einer Belagerung bis 1669 stand. Zahlreiche Aufstände der Bevölkerung im 19. Jahrhundert gegen die osmanische Oberhoheit wurden blutig niedergeschlagen. Von 1830 bis 1840 stand Kreta formal unter der Verwaltung des Walis von Ägypten Muhammad Ali Pascha. 1898 erzwang die Intervention Frankreichs, Russlands und des Vereinigten Königreichs eine fast vollständige Autonomie Kretas unter der Oberhoheit der Hohen Pforte. Durch den Vertrag von London von 1913 wurde Kreta schließlich Teil des griechischen Staates, im Vertrag von Lausanne 1923 wurde ein umfassender Bevölkerungsaustausch vereinbart. Rund 50.000 Türken mussten die Insel verlassen, viele Griechen aus Kleinasien siedelten auf Kreta.