Наприкінці липня 2009 року після довгих переговорів з приводу обміну Златана Ібрагімовича  на Самюеля Ето'о, які провели Массімо Моратті і Жоан Лапорта, Самюель підписав контракт на 5 років з «Інтернаціонале», а Ібрагімович перейшов в «Барселону». При цьому «Барселона» ще й доплатила 46 мільйонів євро. 8 серпня відбувся дебют Ето'о за «Інтер» в матчі Суперкубку країни проти «Лаціо». У цьому поєдинку він забив свій перший гол за цей клуб, однак команда все рівно програла з рахунком 1:2. 29 жовтня відбулася гра з «Палермо», в якій Самюель забив два м'ячі у ворота суперника і тим самим приніс перемогу своєму клубу з рахунком 5:3. 24 березня, також забивши два м'ячі, він допомагає команді виграти у «Ліворно» — 3:0. Підсумком першого сезону в «Інтері» став клубний хет-трик: команда виграла чемпіонат Італії, Кубок Італії і Лігу чемпіонів. Ето'о при цьому виходив на поле в амплуа лівого крайнього півзахисника.