بتأجج الصراع بين الخليفة عبد الله التعايشي والأشراف حول الزعامة، فأمر الخليفة بأجراء تحريات حول مزاعم بإتصالات لأبي قرجة معهم، لتتم إدانته ومعاقبته بالنفي إلى الرجاف بجنوب السودان. وبقي بسجن الرجاف حتى أفرجت عنه القوات البجيكية التي توغلت في أراضي السودان انطلاقاَ من الكونغو البلجيكي إبان معركة كرري وهزيمة الأنصار فيها على يد الجنرال البريطاني كتشنر في سنة 1898. بعد تحريره من السجن، توجه أبو قرجة إلى دارفور لينضم إلى الأمير خالد زقل هناك وبقى فيها ثمان سنوات حظي خلالها باحترام السلطان علي دينار، حاكم درفور آنذاك.