Nach einem Jahr an der University of Arizona entschloss sich Ayton, ins Profilager zu wechseln und für das Draft-Verfahren der NBA im Juni 2018 anzumelden. Dort wurde er an erster Position von den Phoenix Suns ausgewählt. Im Spieljahr 2018/19 wurde er in 71 Begegnungen eingesetzt und kam auf Durchschnittswerte von 16,3 Punkten sowie 10,3 Rebounds. Ende Oktober 2019 wurde Ayton wegen eines Verstoßes gegen die Dopingbestimmungen der NBA für 25 Spiele gesperrt, nachdem Spuren eines unzulässigen harntreibenden Mittels festgestellt worden waren. Mitte Dezember 2019 lief seine Sperre aus, in seinem ersten Spiel zog sich der Bahamaer eine Knöchelverletzung zu und verpasste deshalb die folgenden fünf Partien.