Ses intrigues en Castille l'amenèrent à se remarier en 1447 avec Jeanne Enriquez (la clause de 1441 aurait dû alors être annulée). En 1449 il s'installa durablement en Navarre avec sa nouvelle épouse et y reprit le pouvoir, ce qui envenima les relations entre père et fils jusqu'à déclencher une guerre civile. Charles IV dut prendre les armes contre son père pour défendre ses droits. Il fut vaincu à Aibar (1451), fait prisonnier, et ne sortit de prison qu'au prix d'une renonciation à ses droits en faveur de son père (1453). Entre-temps était né un compétiteur de Charles: Ferdinand d'Aragon, fils de Jeanne Enriquez, et donc demi-frère de Charles.