Epukiro wurde 1902 als katholische Mission gegründet, die die gleichnamige 30.000 Hektar große Farm erwarb. Namensgebend für die Farm war das gleichnamige Rivier. 1904 eröffneten die Oblaten der Unbefleckten Jungfrau Maria die Missionsstation. Sie wurde nur ein Jahr später im Rahmen des Völkermordes an den Herero und Nama zerstört. 1905 wurde in Epukiro ein Postamt eröffnet.