W 1942 Filipiny dostały się pod okupację japońską. Główną siłą oporu wobec najeźdźców był – związany z Komunistyczną Partią Filipin – Hukbalahap. W 1946 Filipiny uzyskały niepodległość. Po zakończeniu wojny, w 1948 wybuchło powstanie chłopskie zorganizowane przez partyzantów Hukbong, w dużej mierze wywodzących się z ruchu oporu w czasie okupacji. Powstanie zostało stłumione na początku lat 50. Głównym celem powstańców była reforma rolna i zerwanie stosunków z USA, których Filipiny były niegdyś kolonią. W 1962 roku Filipiny poparły rebelię w Brunei oraz udzieliły schronienia jej przywódcom. Wynikało to z filipińskich pretensji do tego regionu oraz niechęci do włączenia Brunei w skład Malezji. W 1965 roku dyktatorskie rządy wprowadził Ferdinand Marcos. Nieudolne i skorumpowane rządy stały się przyczyną licznych wystąpień, strajków oraz kampanii partyzanckich przygotowanych przez lewicową Nową Armię Ludową oraz separatystyczny Narodowy Front Wyzwolenia Moro i Islamski Front Wyzwolenia Moro. Konflikt partyzancki zapoczątkowany w 1969 roku i trwający do dziś pochłonął około 40 tysięcy ofiar. W 1986 w kraju dokonał się pokojowy przewrót, w wyniku którego obalona została dyktatura Marcosa (rządził od 1965), a władzę objęła Corazon Aquino, zwyciężczyni wyborów prezydenckich. W latach 1992–1998 na stanowisku szefa państwa zasiadał Fidel Ramos. W 1998 odbyły się kolejne wybory prezydenckie, wygrane przez Josepha Estradę. W styczniu 2001 Estrada został pozbawiony urzędu w wyniku oskarżenia o malwersacje finansowe. Jego miejsce zajęła wiceprezydent Gloria Macapagal-Arroyo, która wygrała wybory również w 2004. W 2010 na stanowisku zastąpił ją Benigno Aquino III. W 2016 wybory wygrał Rodrigo Duterte, który zaczął swoje rządy 30 czerwca.