7 Temmuz 1999'da, Roma'daki mil koşusunda, 3:43,13 saniyelik derecesiyle dünya rekoru kıran Faslı Hicham El Guerrouj'un ardından ikinci oldu. Yarışı 3:43,40 saniyede tamamlayan Ngeny, bu derecesiyle Nurettin Morceli'ye ait önceki dünya rekoru olan 3:44.39 saniyeyi de geride bırakmıştı. 24 Ağustos 1999'da, ilk kez katıldığı Dünya Atletizm Şampiyonası'ndaki 1500 metre yarışında 3:28,73'lük derecesiyle gümüş madalya kazandı. Yarışın birincisi ise 3:27,65 saniyelik derecesiyle El Guerrouj idi. 5 Eylül 1999'da, İtalya'nın Rieti şehrinde yapılan 1000 metre yarışını şimdiki dünya rekoru olan 2:11,96 saniyede tamamlayarak birincilik elde etti. Önceki rekor ise 1981 yılında, 2:12,18 saniyelik derecesiyle Sebastian Coe tarafından elde edilmişti.