A Baviera se le otorgó la provincia austríaca de Tirol como recompensa, pero los disturbios estallaron en una rebelión en toda regla bajo el mando de Andreas Hofer en 1809, que solo pudo ser aplastada con la ayuda francesa. Cuando Austria atacó Baviera una vez más en 1809, el ejército de Napoleón estaba concentrado en España, y fueron las tropas de la Confederación del Rin, predominantemente bávaras, las que encabezaron la campaña temprana contra Austria. En la Batalla de Wagram, la contribución de las fuerzas bávaras fue decisiva para el resultado.