続くフメリニツキーの乱にも参戦、1648年5月16日のジョーウチ・ヴォーディの戦いで多くのポーランド貴族と同じくボフダン・フメリニツキーの捕虜になったが、すぐに身代金が支払われて解放された。その後はの守備についたが、要塞が9月26日に降伏したことでチャルニェツキは再び捕虜になり、が締結された後の1649年秋に解放された。以降大ヘトマンミコワイ・ポトツキのフサリアのポルチュニク、ポトツキの部下として軍事裁判官を務めるなどした後、新王ヤン2世カジミェシュに謁見した。1651年にはとに参加した。チャルニェツキはの（旗手）に叙され、1652年1月にはセイムへの軍人代表に選出された。ナギェルスキによると、チャルニェツキはセイムから戻ってくるとき、におけるを目撃し、以降共和国の敵との妥協が難しいと考えるようになったという。一方、ポトホロデツキは歴史家のヴォイチェフ・ヤツェク・ドゥウゴウェンツキ（Wojciech Jacek Długołęcki）がチャルニェツキによる目撃を疑問視していることを挙げ、彼がバティーフにいた確固とした証拠はないと結論付けた。いずれにしても、虐殺は両軍の敵意と憎しみを増す結果になり、チャルニェツキはバティーフの戦い直後に書いた手紙でもし十分な軍事力があったら、ほとんどのルーシ人を生かさないだろうと述べた。