Ya en su quinta temporada en la NBA, Yao volvió a caer lesionado el 23 de diciembre de 2006 al intentar taponar un lanzamiento y se perdió 34 partidos. Hasta entonces estaba promediando 26.8 puntos, 9.7 rebotes y 2.3 tapones por encuentro, y era un claro candidato para el MVP de la temporada. Además, se perdió lo que sería su quinto All-Star Game.