Lincoln kemudian menunjuk Mayor Jenderal Henry W. Halleck sebagai komandan jenderal menggantikan McClellan pada 23 Juli 1862. McClellan diminta untuk memperkuat pasukan di selatan. Lincoln dan Halleck menunjuk Mayor Jenderal John Pope untuk memimpin pasukan Virginia di daerah Washington. Jenderal Lee bergerak cepat dan berhasil memenangkan Pertempuran Bull Run Kedua di bulan Agustus dan membantai pasukan Pope. Kekalahan Pope akhirnya membuat Lincoln terpaksa meminta McClellan untuk mempertahankan Washington.