Generale comandante dell'Ejército de Chile, Baquedano partecipò alla Guerra del Pacifico (1879-1884) occupando la capitale peruviana Lima (1881) e venendo ricevuto trionfalmente al ritorno in patria. Non si schierò nella guerra civile scoppiata nel gennaio 1891 tra i liberali del presidente José Manuel Balmaceda Fernández e i conservatori guidati dal Congresso e dall'ammiraglio Jorge Montt Álvarez.