Mellan 1990 och 1999 spelade McAllister 57 matcher och gjorde 5 mål för det skotska landslaget. Han var uttagen i den skotska truppen till VM 1990 i Italien men fick ingen speltid. Han deltog även i kvalet till fotbolls-VM 1994, dit Skottland misslyckades med att kvalificera sig. McAllister deltog i två europamästerskap, EM 1992 i Sverige och EM 1996 i England, den senare som lagkapten. Han ledde Skottland till kvalifikation till VM 1998 i Frankrike, men missade slutspelet på grund av skada. I april 1999 avslutade McAllister sin landslagskarriär efter kritik från media och delar av skotska fans, som veckan innan hade buat ut honom under en hemmamatch mot Tjeckien.