Со времени постройки в первой трети XVII в. Цитадель выполняла функции польского форпоста, собственнического замочка, а в 1669—1708 годах — официальной резиденции гетманов Демьяна Игнатовича, Ивана Самойловича и Ивана Мазепы. В ноябре 1708 года, во время Батуринской резни это место было эпицентром боевых действий, показали остатки масштабных разрушений и многочисленные захоронения жертв.