В период советского наступления на Польшу в 1939 году, иешива была ликвидирована, а ученики, по совету раввина Шкопа, бежали в Вильно. Сам Шкоп был недостаточно здоров для путешествия и остался в Гродно, где вскоре скончался и был похоронен на занеманском еврейском кладбище.