Z travnatého Wimbledonu odjel před zápasem druhého kola proti Francouzi Kennymu de Schepperovi v důsledku zranění levého kolena. O měsíc později však byla zveřejněna zpráva, že odstoupil poté, co obdržel informaci o pozitivním testu z mnichovského turnaje, kde byl v jeho těle detekován stimulans niketamid. Agentura AP pak citovala Mezinárodní tenisovou federaci: "„Podle nezávislé vyšetřovací komise si Čilič zakázaný stimulant vzal nevědomky v tabletách s glukózou. Neudělal to tedy proto, aby si pomohl k lepším výkonům“". Dne 16. září 2013 mu byl udělen devítiměsíční zákaz startu se zpětnou platností a vypršením k 1. únoru 2014. Tenista na událost reagoval slovy: "„Chtěl bych zdůraznit, že jsem nikdy úmyslně ani vědomě neužil zakázané látky. Jsem proti jakémukoli dopingu ve sportu“". Dané glukózové tablety měl zakoupit ve francouzské lékárně. Po odvolání ke sportovní arbitráži CAS v Lausanne mu byl trest snížen na čtyři měsíce s délkou trvání do 25. října 2013. V žebříčku ATP během inaktivity klesl na 47. příčku.