Größte Schwierigkeiten gab es bezüglich eines Übereinkommens mit der polnischen Exilregierung, da diese die Anerkennung der Integrität der Republik Polen innerhalb der alten Grenzen einforderte. Da Moskau diesbezügliche Erörterungen ablehnte, wurde diese Frage auf britischen Druck hin offiziell mit Stillschweigen übergangen und unter Vorbehalt am 14. August 1941 ein polnisch-sowjetisches Militärabkommen unterzeichnet. Das Verhältnis zwischen der polnischen Exilregierung und Moskau erkaltete jedoch immer mehr, da die Freilassung von polnischen Kriegsgefangenen kaum Fortschritte machte und sich Moskau weigerte, die Zuständigkeit der polnischen Regierung auf Bürger der annektierten polnischen Gebiete anzuerkennen, da den dortigen Einwohnern die sowjetische Staatsbürgerschaft aufgezwungen wurde und diese somit Sowjetbürger waren. Als nicht eine der rund 50 offiziellen Anfragen an die Sowjetregierung bezüglich der polnischen Militärgefangenen beantwortet wurde und nach der Entdeckung der Massengräber von Katyn die polnische Regierung eine Untersuchung durch das Internationale Komitee vom Roten Kreuz (IKRK) forderte, brach Moskau die Beziehung zu der polnischen Regierung unter dem Vorwurf ab, dass diese in Kontakt mit der Hitlerregierung stehe und sich einer faschistischen Verleumdungskampagne angeschlossen habe.