In 49 v.Chr. stak Caesar de Rubicon over, samen met zijn Dertiende Legioen, om te vechten voor zijn recht een tweede maal mee te doen aan de verkiezingen tot consul. De conservatieven, nu geleid door Pompeius, verlieten Rome en vluchtten naar Griekenland -- met onder hen Cato, gezworen vijand van Caesar. Het leger der Optimaten werd door Caesar verslagen in de Slag bij Pharsalus (in 48 v.Chr.) en Pompeius zelf werd een tijdje later gedood bij aankomst in Egypte waar hij hulp had verwacht. Cato en Metellus Scipio waren nog niet aan de overgave toe en vluchtten naar de provincie Africa om vanuit Utica weerstand te blijven bieden. Vanwege zijn verblijf in deze stad wordt Cato soms aangeduid als Cato Uticensis (Cato van Utica). Caesar achtervolgde hen en in 46 v.Chr. versloeg hij hun leger in de Slag bij Thapsus.