Под влиянието на Германия във Франция навлиза протестантството. Френските протестанти се наричат "хугеноти", последователи на учението на Жан Калвин. Те са по-крайни от лутераните, които преобладават в Германия и предпочитат църковен ред, при който има повече демокрация и по-малка дистанция между висшите длъжности и вярващите. Протестантството се разпространява от 20-те години на XVI век, въпреки ожесточените опити на Франсоа I и Анри II да го ограничат. Обхваща периферни провинции като Нормандия, Бретан, Гюйен, Лангедок, Прованс и Дофине. Хугенотите имат свои замъци, цели райони са под контрола им и притежават значителна военна сила. След седем религиозни войни, (първата от 1562 – 1563 г., последната от 1579 – 1580 г.) хугенотите са смазани. Един от най-кървавите погроми над тях е Вартоломеевата нощ. На 24 август, деня на Свети Вартоломей, католиците изненадващо нападат протестантите и избиват около 3000 от тях, включително водача им Гаспар дьо Колини.