Während der Luftangriffe des Zweiten Weltkrieges wurde das Kraftwerk aus einem Steuerungshochbunker der Bauart Winkel gefahren. Der Bunker steht heute unter Denkmalschutz. Der erste Tagesangriff durch 54 britische Bristol-Blenheim-Bomber auf die Kraftwerke Goldenberg und Fortuna am 12. August 1941 (zugleich mit Köln) galt zwar trotz des Verlustes von 12 Maschinen auf dem Rückflug als erfolgreich, die Schäden wurden aber bald repariert. 1942 wurde die Produktion des Goldenbergwerks durch den Luftangriff auf Köln 1942 wegen unterbrochener Leitungen eingeschränkt. Obwohl das Goldenbergwerk ein Rückgrat der Rüstungsindustrie war (1943 kam jede achte kWh der öffentlichen Versorgung aus dem Goldenbergwerk), blieb eine gezielte Bombardierung bis 1944 aus. Durch zwei gezielte Luftangriffe am 22. und 28. Oktober 1944 wurde das Kraftwerk zum größten Teil zerstört und ging für zwei Monate vom Netz. Es produzierte im Folgejahr 1945 nur noch 500.000 MWh.