L'Organisation Badr intervient également dès 2012 aux côtés du régime syrien lors de la guerre civile syrienne. Les premiers combattants envoyés en Syrie intègrent la Brigade Abou al-Fadl al-Abbas. En 2013, le Badr affirme avoir envoyé combattants en Syrie. Le groupe prend part à la défense de la mosquée de Sayyida Zeinab, à la bataille d'Alep, à l'offensive qui brise le siège de Nobl et Zahraa et à la deuxième bataille de Palmyre.