Найвідомішою в історії острова Кокос стала так звана легенда про «Скарб Ліми», що стосується часів війни за незалежність Перу. У ті часи, під час наступу генерала Хосе де Сан-Мартіна, в головному порту колонії, Каяо, скупчилися цінності знатних іспанських біженців, які було вирішено разом із державними й церковними цінностями відправити до метрополії. Серед іншого називається статуя Святої Діви з немовлям в руках, розміром у зріст людини, відлита із золота. Завдання доручили англійському капітану Вільяму Скотту Томпсону, чиє судно «Мері-Дір» ("Mary Dear" — «Дорога Мері») у той час стояло на якорі в порту Каяо. Іспанці обіцяли корсарові велику винагороду, нібито приховавши при цьому, що саме вони вантажать на судно. Офіційно було оголошено, що йдеться про державні документи, до яких була приставлена численна іспанська охорона. Але обхитрити Томпсона не вдалося. Пізно вночі охорону було знищено, якірний канат обрубано, і бриг вийшов у відкрите море. Вранці втікачів спохопилися й за ними було надіслано військовий корабель. Наздогнати судно Томпсона йому вдалося в бухті Вейфер острова Кокос, проте скарбів у трюмах уже не було.