Op 4 februari won Wüst haar eerste Wereldbekerwedstrijd van het seizoen, een 1500 meter in Turijn, voor Anni Friesinger en Cindy Klassen. Haar tijd van 1.55,01 was ook een verbetering van het oude baanrecord van Klassen (1.55,27). Tijdens het WK Allround van 2007 in Heerenveen behaalde Wüst de gouden medaille, voor Anni Friesinger. Ze behaalde medailles op alle vier de afstanden en reed persoonlijke records op zowel de 500 als de 3000 meter. Tijdens de finale van de Wereldbeker schaatsen 2006-2007 in Calgary won Wüst op 2 maart 2007 de 1000 meter voor dames in de nieuwe Nederlandse recordtijd van 1.13,83. Een dag later scherpte ze haar Nederlands record op de 1500 meter aan tot 1.52,38. Met haar zege op de 1500 meter was ze de derde Nederlandse vrouw die de wereldbeker won, na Yvonne van Gennip (twee keer) en Tonny de Jong. Op de eerste dag van het WK Afstanden (8 maart) in Salt Lake City pakte Wüst de titel op de 1500 m. Tijdens hetzelfde toernooi werd Wüst ook kampioen op de 1000 meter. Samen met haar ploeggenoten Renate Groenewold en Paulien van Deutekom werd ze tweede op de ploegenachtervolging.