In der Saison 2016 dominierte Kipruto die Weltspitze im Hindernislauf klar. So siegte er unter anderem beim Qatar Athletic Super Grand Prix in Doha, bei der Golden Gala in Rom, beim British Athletics Birmingham Grand Prix und beim Herculis in Monaco. Den bis dahin größten Erfolg seiner Karriere feierte er mit dem Gewinn der Goldmedaille bei den Olympischen Spielen in Rio de Janeiro, wo er seiner Favoritenrolle gerecht wurde und in olympischer Rekordzeit von 8:03,28 min im Finale den US-Amerikaner Evan Jager (8:04,28 min) und den Franzosen Mahiedine Mekhissi (8:11,52 min) hinter sich ließ. Bei den Weltmeisterschaften 2017 in London gewann er vor Soufiane el-Bakkali und Evan Jager in 8:14,12 min die Goldmedaille.