Брав участь в чемпіонаті світу з футболу 2002 року в Південній Кореї та Японії. Чилаверт зробив свій внесок в потрапляння збірної на чемпіонат світу, забивши на етапі відбірного турніру чотири голи. У першому матчі групового етапу проти збірної ПАР Чилаверт сидів на лаві запасних, оскільки був дискваліфікований рішенням ФІФА за плювок в обличчя бразильця Роберта Карлоса після гри Бразилія—Парагвай на етапі відбірного турніру. Збірна Парагваю вийшла з групи, але програла збірній Німеччині з рахунком 0:1, пропустивши м'яч за дві хвилини до закінчення основного часу.