Затем Муньос работал в «Гранаде», «Эркулесе» и «Лас-Пальмасе», который он довёл до финала кубка Испании в 1978 году, но там команда уступила «Барселоне» со счетом 1:3. В 1982 году Муньос возглавил сборную Испании, которая неудачно выступила на чемпионате мира. В первый же свой крупный турнир со времени назначения Муньоса сборная дошла до финала чемпионата Европы, где проиграла сборной Франции, ведомой Мишелем Платини, во многом благодаря голу, пропущенному из-за ошибки Луиса Арконады. Затем Испания проиграла в четвертьфинале чемпионата мира 1986 года по пенальти бельгийцам. На Евро-1988 команда «провалилась», не сумев выйти из группы, после чего Муньос подал в отставку.