Morgan taisteli Yhdysvaltain vapaussodassa siirtokuntien joukoissa. Vapaussodan alkaessa Morganista tehtiin virginialaisen kivääriyksikön kapteeni. Morgan osallistui kenraali Benedict Arnoldin johtamaan epäonnistuneeseen Québecin hyökkäykseen joulukuussa 1975, jossa hän jäi brittijoukkojen vangiksi. Morgan vapautettiin loppuvuodesta 1776 ja syyskuussa 1777 hän osallistui kenraali Horatio Gatesin joukoissa voitokkaisiin Saratogan taisteluihin.