Згодом Йоганн знову боровся проти Бонапарта, беручи участь у битвах при Асперні та під Ваграмом. Після перемирення у Зноймо та відставки Карла Тешенського очолив австрійську армію. Підписував Шенбруннський мир. Після цього подав у відставку та присвятив себе державним справам.