Raúl organisierte ab Januar 1959 die völlige Umstrukturierung der bisherigen kubanischen Streitkräfte und die Umwandlung der Revolutionstruppen, deren getrennt operierende Einheiten während des Guerillakrieges teilweise ein hohes Maß an Autonomie hatten, in ein wirkungsvolles und zentral gelenktes Instrument des Staates. Im Zuge dieses Prozesses wurde das bisherige Verteidigungsministerium aufgelöst, und Raúl übernahm am 18. Oktober 1959 den Posten des Ministers der Revolutionären Streitkräfte an der Spitze des neu aufgebauten Ministeriums. Zu seinem Zuständigkeitsbereich gehörten auch die Militärindustrie, der Zivilschutz und die wenig später gebildeten Revolutionären Milizen. Auf Bitte Raúl Castros unterstützte die Sowjetunion diesen Reorganisationsprozess ab April 1959 durch die vor der Öffentlichkeit geheim gehaltene Entsendung von zunächst siebzehn spanischen Kommunisten, die an der sowjetischen Militärakademie ausgebildet worden waren, als bezahlte Berater. Das "MINFAR" (Ministerium der Revolutionären Streitkräfte) bewies in den nächsten Jahrzehnten seine Schlagkraft und Fähigkeit zur Abschreckung gegen bewaffnete Gegner von innen wie von außen und intervenierte darüber hinaus in zahlreichen Bürger- und internationalen Kriegen – mit dem Militäreinsatz in Angola als wichtigstem Beispiel.