קלאודיוס מינה אותו ללגאטוס בגרמאניה. בשנת 50, במהלך כהונתו, פלשו בני שבט הכאטים לגרמניה עילית למטרות שוד. פומפוניוס שלח נגדם צבאות עזר וחילות פרשים מקרב בעלות הברית. החיילים תקפו את הכאטים משני כיוונים והכו בהם מכה ניצחת. בין השבויים גילו להפתעתם כמה ניצולים מהתבוסה של וארוס שנפלו בשבי הגרמאנים 40 שנה קודם לכן. על השגו זה נתכבד פומפוניוס בתהלוכת ניצחון.