Murphy viene scelto con la chiamata numero 14 del primo giro dai Golden State Warriors. La prima stagione non lo vede esprimersi a grandissimi livelli, anche se lascia intravedere buone qualità, soprattutto verso il finale di stagione. La stagione successiva, infatti, viene da lui conclusa con una "doppia doppia" di media (11,7 punti e 10,2 rimbalzi), che lo aiuta a classificarsi al secondo posto delle votazioni per il NBA Most Improved Player Award. Inoltre, parte nel quintetto base della squadra "sophomore" alla Rookie Challenge in occasione dell'All-Star Weekend 2003. Nel corso della stagione, tra l'altro, una delle sue caratteristiche a Notre Dame, ovvero il tiro da tre, non viene sfruttata - 14 i tiri totali, 5 mandati a bersaglio.