Innocenci X va lamentar que esclatés la revolta el 1640 que va portar el país a separar-se de la Corona d'Espanya i recuperar la independència. El 1648 el Pontífex es va negar a reconèixer el títol de Joan de Bragança, que s'havia proclamat rei de Portugal. Inicialment no va confirmar els nomenaments episcopals fets pel monarca per a la seva consideració cap a Espanya. Només més tard va signar les butlles de confirmació.