Neben seiner Tätigkeit als Dirigent trat Kajanus auch als Komponist hervor. Er nahm, ähnlich wie Jean Sibelius, finnische Volkssagen und Märchen als Grundlage und thematisches Material für seine sinfonischen Kompositionen. Im Jahr 1900 besuchte er mit seinem Orchester die Pariser Weltausstellung, nun wurde auch die westliche Musikwelt auf das neue musikalische Schaffen in Finnland aufmerksam. Er hinterließ sinfonische Werke, finnische Rhapsodien, Kantaten, Klaviermusik und Lieder.