Subotić zagrał również w dwóch meczach reprezentacji USA U-20, z Argentyną oraz Gwatemalą. Na więcej nie pozwoliła mu postawa trenera Thomasa Rongena, który skrytykował młodego piłkarza za transfer do niemieckiego klubu FSV Mainz i nie powołał go na nadchodzące Mistrzostwa Świata U-20 2007.