1544年，马克西米利安来到他伯父查理五世的布鲁塞尔皇宫，开始受到西班牙天主教的影响，跟随查理五世参加了1544年对法国的战争和1546年至1547年的施马尔卡尔登战争，这是查理五世与新教派诸侯的施马尔卡尔登联盟之间的一场战争，查理五世为了捍卫天主教的利益，极力阻止对新教的认可。随后马克西米利安开始参与帝国的管理事务。