Il 18 novembre del 1919, Tõnisson divenne Primo ministro dell'Estonia. Già il giorno successivo, il governo decise, che l'Estonia avrebbe iniziato a condurre le negoziazioni di pace con la Russia e il 2 febbraio 1918, fu firmato il Trattato di Tartu, mettendo così fine alla sanguinosa Guerra d'indipendenza estone. Con il trattato l'Estonia e l'RSS Russa divennero le prime nazioni a riconoscere l'indipendenza reciproca. Numerosi paesi confinanti con la Russia, ed anche i paesi occidentali reagirono negativamente alla decisione dell'Estonia di siglare un trattato di pace con la Russia sovietica.