Do té doby byl Vilém oddaným příznivcem rodu Lancasterů. Nicméně v následujících dvou letech začal měnit názor. Stal se členem rady Richarda z Yorku v době, kdy Jindřich VI. procházel druhým obdobím záchvatu duševní poruchy. I když v první bitvě u St Albans stál na straně Lancasterů, po ní byl Yorkem jmenován velitelem hradu Windsor. Není zcela jasné, co ho přivedlo na stranu Yorků. Jako člen rodiny Neville měl pro to dobrý důvod, protože Richard z Yorku byl jeho švagr. Richard Neville, hrabě z Warwicku se v té době dostával na výsluní moci a Fauconberg s ním byl po následujících pět let v úzkém kontaktu.