Königin Margarete und die ihr verbundene Hofpartei organisierten den Widerstand des Hauses Lancaster, während ihr Mann Heinrich VI. York zu seinem Nachfolger ernannte. Im Dezember 1460 zogen York und Edmund dem Heer der Königin entgegen und wurden bei Sandal Castle am 21. Dezember von überlegenen Truppen überrascht. Eine vereinbarte Waffenruhe über die Weihnachtsfeiertage wurde vonseiten der Lancasteranhänger am 30. Dezember gebrochen, als eine Abteilung Yorkisten Lebensmittel akquirierte. York und Edmund eilten den bedrängten Soldaten zur Hilfe, und es kam zur Schlacht von Wakefield, in der die vollkommen überraschten Yorkisten von den Lancasters vernichtend geschlagen werden. York fiel, Edmund wurde gefangen genommen und auf Befehl Lord Cliffords sofort exekutiert. Einige Erzählungen besagen, Clifford habe Edmund eigenhändig umgebracht, um so den Tod seines Vaters fünf Jahre zuvor in der ersten Schlacht von St Albans (an der Edmund aber nicht beteiligt war) zu rächen. Edmunds Kopf wurde wie der seines Vaters und dessen Schwagers Richard Neville, dem Grafen von Salisbury, in York am Mickelgate-Tor auf Pfählen zur Schau gestellt.