Mit der irischen U-20 nahm Whelan an der Junioren-Fußballweltmeisterschaft 2003 teil. In der U-21-Nationalmannschaft bestritt er insgesamt vierzehn Länderspiele, in denen er zeitweise die Mannschaft als Kapitän anführte. Für die B-Auswahl der Nationalmannschaft debütierte Whelan am 20. November 2007 gegen Schottland. Im Mai 2008 feierte Whelan sein Debüt für die A-Nationalmannschaft gegen Serbien. Gegen Georgien gelang ihm sein erstes Tor für sein Heimatland.