Das Kloster Schäftlarn spielte eine geschichtliche Rolle bei der bayerischen Volkserhebung von 1705, als sich dort die Rebellen zum Marsch auf München trafen, als dessen Folge es zur Sendlinger Mordweihnacht kam. Der Klosterkomplex wurde 1702 bis 1760, die Kirche St. Georg zu Hohenschäftlarn 1729/30 letztmals neu erbaut. Wie alle bayerischen Klöster wurde Schäftlarn durch die Säkularisation aufgelöst. Die Gebäude wurden verkauft, u. a. wurden hier eine Steingutfabrik, eine Brauerei und ein Mineralbad betrieben. Die 1807 eröffnete Heilbadeanstalt nutzte die alkalischen Mineralquellen, die am Isarhang entspringen. Mehr als 300 Badegäste unterzogen sich jährlich einer Bade- und Trinkkur. 1845 erwarben die Englischen Fräulein das Klostergebäude samt Bad und führten den Badebetrieb weiter. Mit der Übergabe des Klosters an die Benediktiner im Jahr 1866 wurde das Bad mehrheitlich nur noch von Geistlichen genutzt. Das Bad wurde um 1890 geschlossen.