Одмах на почетку Другог светског рата, 4. септембра 1939. у луци Вилхелмсхафен је погођен у нападу британских авиона типа Бристол Бленхајм. Погинуло је 9 морнара и то су биле прве жртве Немачке морнарице у рату. Но крстарици тиме није била умањена борбена способност. У априлу 1940. брод је суделовао у освајању Норвешке у акцији код Осла заједно с тешким крстарицама "Блихер" и "Лицов", три торпиљаре и осам миноловаца као потпора десанту 2.000 војника. Када је "Блихер" потонуо погођен гранатама 280 -{mm}- топова обалних батерија и са два торпеда, "Лицов" и "Емден" су се повукли и из удаљености ушуткали норвешке топове. Тек тада је могао почети десант на копно. По завршетку освајања Норвешке и поправака, патролирао је у норвешким водама све до напада на СССР. Од 26. до 27. септембра 1941. ватром из својих топова потпомагао је освајање Балтичких отока испаливши на земаљске циљеве око 600 граната највећег калибра.