Como mayor general Hill luchó en las batallas de los siete días, convirtiéndose en un componente muy importante para el comando del general Thomas "Stonewall" Jackson. También participó en la Batalla de Cedar Mountain y del Segundo Bull Run. También participó en la captura de Harper's Ferry y además jugó un papel crítico en la Batalla de Antietam, en la que su división llegó al campo en un momento crítico para rechazar un asalto de la Unión. Después de la batalla de Chancellorsville, donde fue herido, Hill tuvo el mando temporal del II Cuerpo después de la muerte de Stonewall Jackson.