La injustificable agresión británica a cuatro fragatas españolas en el cabo de Santa María provocó de nuevo la guerra con el Reino Unido, y a petición propia Valdés se hizo cargo del mando del "Neptuno", ahora perteneciente a la escuadra del teniente general Domingo Pérez de Grandallana, que se armaba en Ferrol a fines de 1804. Mientras se alistaban estas fuerzas, sin cesar en el mando de su buque tomó el de las fuerzas sutiles con base en la Graña; con ellas salió a la mar varias veces, sosteniendo combate con los buques enemigos bloqueadores, siempre en apoyo del comercio de cabotaje como era la misión de estas fuerzas.