Under den 1. slesvigske krig deltog han som kompagnichef i udfaldet fra Fredericia 6. juli 1849 og slaget ved Isted 25. juli 1850. I årene 1851-54 ledede Klingsey de rekognosceringsarbejder, der i Sønderjylland udførtes af officerer i hæren, og som senere blev bearbejdet af generalstaben og udgivet under titlen: "Kort i 1:120000 over Slesvigs Fastland og Als". I 1864 kommanderede han 13. infanteriregiment, der hørte til Fredericias besætning under bombardementet 20.-21. marts. 1850 blev han Ridder af Dannebrog og 1867 Dannebrogsmand.