2009 war bei Nenad Žugaj ein merklicher Formanstieg zu verzeichnen. Er wurde Sieger bei den Mittelmeer-Spielen in Pescara und besiegte dabei im Finale des Mittelgewichts den Olympiasieger von 2008 Andrea Minguzzi aus Italien. Bei der Weltmeisterschaft 2009 in Herning/Dänemark kam Nenad Žugaj zu Siegen über Artur Schahinjan aus Armenien und Antti Hakkala aus Finnland. Nach einer Niederlage gegen Habibollah Akhlagi aus dem Iran schied er aber aus und kam auf den 9. Platz.