פארק אוורגליידס נפגע באופן ישיר מסופות ההוריקן קתרינה, וילמה וריטה ב-2005. הסערות הללו מהוות חלק טבעי במערכת האקולוגית של הפארק; פגיעתו של הוריקן דונה בשנות ה-60 הותירה במנגרובים רק "עשבים מתים עומדים" על שטח שרוחבו כמה קילומטרים, אך בשלושים השנים לאחר מכן השתקם האזור לחלוטין. כצפוי, הנזק הכבד ביותר במהלך סופות ההוריקן של 2005 נגרם למבנים. ב-2009 נפגעו מרכז המבקרים והאכסניה בפלמינגו באופן בלתי ניתן לתיקון מרוחות במהירות 201 קילומטרים בשעה ומנחשולי ים בגובה 2.4 מטרים. האכסניה במקום פעלה במשך 50 שנה עד שנהרסה ואין כוונה לבנותה מחדש. ב-2017 נפגע אתר פלמינגו שוב, והפעם מהוריקן אירמה.