Nach dem Abzug der Sowjetunion diente er der damaligen afghanischen Luftwaffe als Stützpunkt, bis es den Taliban-Milizen gelang, weite Teile des Landes unter ihre Kontrolle zu bringen. Ende der neunziger Jahre kämpften auf dem Gelände Taliban-Einheiten gegen Einheiten der Nationalen Islamischen Vereinigten Front zur Rettung Afghanistans, besser bekannt als Nordallianz. Im damaligen Bürgerkrieg verlief die Kriegsfront zeitweise in der Gegend. Bei diesen Kämpfen wurden viele Gebäude der Basis zerstört oder stark beschädigt. Auch viele der damals auf dem Gelände noch vorhandenen Flugzeuge, die überwiegend sowjetischer Bauart waren, wurden dabei zerstört. Im Oktober und November 2001 bombardierten die Vereinigten Staaten verbliebene militärische Ziele auf dem Gelände. Dies geschah im Rahmen der damals groß angelegten Luftangriffe der USA auf die Stellungen der Taliban.