Em julho de 1940, Golikov foi nomeado chefe da Diretoria Principal de Inteligência, apesar de não ter experiência prévia em coleta de informações. Stalin sabia de seu mal preparo para o posto, e durante a 18ª conferência do partido, em fevereiro de 1941, ele disse que Golikov "como agente de inteligência é inexperiente, ingênuo: um agente de inteligência deve ser como o diabo, acreditando em ninguém, nem nele mesmo". Cinco dos antecessores de Golikov haviam sido ou estavam prestes a ser mortos; seu antecessor imediato, Ivan Proskurov, foi culpado pelo fiasco da guerra finlandesa, embora seja mais provável que ele tenha sido demitido por ter sido muito franco sobre o mau estado de preparação das forças armadas soviéticas. Golikov, portanto, tinha um poderoso incentivo para dizer a Stalin apenas o que ele queria ouvir, e Stalin se recusou a acreditar que Hitler quebraria o pacto de não-agressão que haviam negociado em 1939. Desde o início de 1941, a inteligência soviética recebia múltiplas advertências, de dentro da Alemanha e de autoridades britânicas e americanas, sobre o risco de uma invasão alemã. Em 20 de março, Golikov assinou um relatório amplamente distribuído a respeito da inteligência naquele momento, que começava com a observação: "A maioria dos relatórios de agentes sobre a possibilidade de guerra com a URSS na primavera de 1941 vem de fontes anglo-americanas, cujo objetivo é, sem dúvida, piorar as relações entre a URSS e a Alemanha". Ainda em maio, embora soubesse e dissesse a seus superiores que o número de divisões alemãs na fronteira da URSS tinha aumentado de 70 para 107, Golikov previu que as próximas operações militares da Alemanha seriam contra o Reino Unido, em Gibraltar, no norte da África e no Oriente Próximo.