Il 2011 vede Fisichella impegnato sia nella Le Mans Series e che nella Intercontinental Le Mans Cup nella categoria GTE Pro. Guida, in coppia con Gianmaria Bruni, la nuova Ferrari 458 GTC della AF Corse. Alla prima gara stagionale, la 12 Ore di Sebring valida per l'Intercontinental Le Mans Cup, ottiene il quinto posto guidando la F430 GTC, della stagione precedente, che nelle gare successive verrà sostituita dalla 458 GTC. Alla 6 Ore di Le Castellet della Le Mans Series è secondo. A maggio partecipa alla 1000 km di Spa, valevole per entrambi i campionati, e centra la prima vittoria stagionale. Alla 24 Ore di Le Mans, terza prova dell'Intercontinental Le Mans Cup, Fisichella e Bruni vengono affiancanti da Vilander e arrivano al traguardo tredicesimi assoluti e secondi classe. Arriva secondo alla 6 Ore di Imola e vince la 6 Ore di Silverstone, valide per l'Intercontinental Le Mans Cup e Le Mans Series e si ritira per problemi meccanici alla 6 Ore dell'Estoril, ultima prova della Le Mans Series. Nelle ultima due gare dell'Intercontinental Le Mans Cup vince la Petit Le Mans e arriva quinto alla 6 Ore di Zhuhai. Fisichella e Bruni vincono il titolo piloti della Le Mans Series nella categoria GTE Pro. Nella stessa categoria e in entrambi i campionati, la Ferrari vince il titolo costruttori e l'AF Corse il campionato a squadre.