La ciudad también sufrió el ataque de la escuadra anglo-holandesa bajo el mando del almirante Charles Howard y de las tropas del Robert Devereux, II conde de Essex, con el apoyo de las Provincias Unidas de los Países Bajos, en 1596, durante el cual fue tomada y saqueada, motivo para su posterior fortificación. En el saqueo se respetó la integridad de los gaditanos; Los ingleses pidieron rescate por la mayoría de la población escogiendo rehenes entre los ciudadanos más señalados. En 1625, la expedición de Cádiz bajo el mando de lord Wimbledon fue repelida a pesar de su superioridad militar. En marzo de 1671, un tornado de magnitud F4 (vientos de hasta 420 kilómetros-hora) en la escala Fujita causó varios muertos y ahogados. En 1702 la bahía de Cádiz fue espectadora de nuevas batallas navales. El príncipe de Darmstadt, en nombre del pretendiente austriaco, asalta Rota y El Puerto. En 1717, debido a la dificultad de la navegación por el Guadalquivir debido al cierre de la barra de Sanlúcar de Barrameda, se trasladó a Cádiz la Casa de Contratación arrebatándole a Sevilla el monopolio comercial con América (ya en 1680 se había convertido en cabecera de comercio), lo que junto con la política liberalizadora de los primeros Borbones favoreció la formación de una burguesía gaditana, epicentro de una ciudad cosmopolita, . Así, la Compañía Gaditana de Negros operó hasta finales del siglo XIX y la burguesía gaditana se opuso con fuerza al abolicionismo.