En 1940, lorsque le noviciat est envahi et que tout le monde y est arrêté, Grégoire s'échappe. Il va à Jarocin et participe au ministère religieux clandestin. Il crée un journal "Pour vous, la Pologne". Cependant, les nazis découvrent son groupe, et les membres sont capturés. Il est ensuite capturé avec des membres qui avaient réussi à s'échapper, mais il demande à être le seul jugé responsable et à prendre tout le blâme dans l'espoir de libérer certains des membres. Il est torturé et emprisonné au Fort VII, puis transféré à Dresde en 1943, où il est guillotiné le 5 mai 1943, après avoir secrètement écrit une lettre à sa famille. Son corps est jeté dans une tombe sans nom.