Того ж року Міллер приєднався до «Ліверпуля» як директор скаутського відділу за часів тренерства Жерара Ульє. Однак, коли Рафаель Бенітес був призначений новим менеджером «Ліверпуля» у 2004 році, він реорганізував систему скаутінгу і Міллер був переведений на посаду першого тренера команди, допомагаючи клубу виграти Лігу чемпіонів та Суперкубок УЄФА у 2005 році, а також Кубок і Суперкубок Англії в 2006 році.