Do Jeruzaléma se Bohemund dostal až 21. prosince 1099 jako čestný doprovod nového papežského legáta, kdy byl už Jeruzalém v křižáckých rukách. Navštívil zde svatá místa a vykonal očistnou koupel v Jordánu. Zúčastnil se také slavnostního vzdávání holdu křižáckých vůdců novému jeruzalémskému patriarchovi, kterým se prohlásil Daimbert z Pisy. Ten naopak křižákům, kteří mu složili hold, potvrdil jejich tituly a zisky dobyté na Východě. Poté Bohemund odjel zpět do Antiochie.