Nel 1996, dopo la direzione delle semifinali agli Europei under 21 a Barcellona, seppur vistosamente ingrassato fu designato per la gara del Campionato europeo di calcio in Inghilterra tra Bulgaria-Romania, annullando un gol regolare ai rumeni, e l'anno successivo pose termine alla sua carriera sui campi dirigendo l'andata dello spareggio per l'accesso ai mondiali tra Russia-Italia: Mikkelsen, infatti, non resistette al calo di motivazioni personali, concomitanti anche con l'ascesa del connazionale Kim Milton Nielsen, che gli venne preferito sulla scena internazionale.