Nacque nel 1951 nel Sud Sudan, all'interno dei territori dell'etnia Dinka. Alla fine degli anni '60 aderì al gruppo separatista ribelle di Anya-Nya che partecipava alla Prima guerra civile sudanese. Nel 1972, quando il conflitto si concluse con gli Accordi di Addis Abeba, Salva Kiir era riuscito a diventare un ufficiale di basso rango.