Baier trat 1998 nach sechs Jahren als Bundestrainer zurück und wurde von seinem langjährigen Co-Trainer Frank Ullrich abgelöst. Im DSV übernahm er anschließend bis 2010 die Rolle des Technischen Leiters im Biathlon. Ab 2001 führte er zudem das Technische Komitee im Weltverband IBU ("Internationale Biathlon-Union"), dem er von 2000 bis 2010 angehörte und damit im Hintergrund für die Abläufe der internationalen Biathlonwettkämpfe zuständig war. 2004 löste er den wegen Bekanntwerdens seiner Stasi-Tätigkeit zurückgetretenen Karl-Heinz Wolf als Leiter der Weltmeisterschaften in Oberhof ab. Als Wettkampfleiter betreute Baier zudem regelmäßig die Weltcups in Ruhpolding und die dort stattfindende WM 2012, wechselte 2015 auf die Position des Wettkampfsekretärs und gab 2020 im Alter von 71 Jahren auch dieses Amt ab.