בתגובה לפיגועים, תמך קנדי בהדחה האמריקנית של משטר הטליבאן באפגניסטן. קנדי התנגד למלחמת עיראק מתחילתה והיה בין עשרים ושלושה סנאטורים שהצביעו נגד ההחלטה לפלוש לעיראק באוקטובר 2002. עם התגברות ההתנגדות בעיראק לצבא האמריקני, טען קנדי שהמלחמה היא "וייטנאם של בוש". קנדי תמך בתקצוב רכבי HMMWV להגנה על החיילים.