Судьба партии резко изменилась после начала Второй мировой войны и вторжения стран Оси в Югославию в 1941 году, в результате которого территория страны была оккупирована. На территории бывшей бановины немецкие и итальянские оккупанты при поддержке усташей создали Независимое государство Хорватия, во главе которого формально стоял итальянский принц Томислав II, но фактически руководил глава хорватских националистов фашистского толка Анте Павелич. Усташский фашистский режим начал террор против сербского, цыганского населения Хорватии и всех антифашистских сил, включая КПХ. Многие её ведущие деятели были убиты или арестованы. 22 июня 1941 года в Югославии началось национально-освободительное восстание, в котором приняли участие и хорваты, представляемые в руководстве АВНОЮ членом КПХ Владимиром Бакаричем.