Schmeichel 1991-ben került a Unitedhez mindössze 550 ezer angol fontért. Alex Ferguson az évszázad üzletének nevezte 2000-ben. Ő volt a kezdő kapusa az 1992-es Európa-bajnok dán csodacsapatnak, ebben az évben el is nyerte a "Világ legjobb kapusa" címet. Az 1992–1993-as bajnoki évben 22 gól nélküli mérkőzéssel abszolválta a bajnokságot, ami nagyban hozzásegítette a Unitedet a bajnoki cím megszerzéséhez. 1994 januárjában mégis veszélybe került manchesteri pályafutása, amikor a United félidőben 3–0-ra vezetett a Liverpool FC ellen, azonban a végeredmény mégis 3–3 lett, köszönhetően Schmeichel potyáinak, amiért Alex Ferguson nyilvánosan kritizálta is. Schmeichel ezáltal az eladás közelébe került, azonban pár nappal később bocsánatot kért az egész csapattól és az edzői stábtól, s így Ferguson eltekintett az eladásától.