Ngày 27 tháng 4 năm 1962, Pliyev được thăng cấp Đại tướng. Vào tháng 6, quân đội của ông đã tham gia trấn áp các cuộc bạo động ở Novocherkassk. Trong Cuộc khủng hoảng tên lửa Cuba, ông là chỉ huy của Nhóm lực lượng Liên Xô trong Chiến dịch Anadyr ở Cuba từ tháng 7 năm 1962 đến tháng 5 năm 1963. Sau khi trở về từ Cuba, ông lại nắm quyền chỉ huy Quân khu Bắc Kavkaz.