בעקבות ירי טילי סקאד לכיוון תל אביב, נוסייבה החל לעבוד עם תנועת "שלום עכשיו". הוא נעצר בידי ישראל והושם תחת מעצר מנהלי ב-29 בינואר 1991, בעקבות האשמה על היותו סוכן עיראקי. עובדי ציבור בריטים ואמריקאים חקרו את העניין והממשל האמריקאי הוציא בקשה להעמידו לדין או שיכירו במעצרו כמעצר פוליטי. אמנסטי אינטרנשיונל הכיר בו כאסיר מצפון. פלסטינים ראו במעצרו אזהרה פוליטית, שישראל אינה מתכוונת להתדיין עם אף מנהיג פלסטיני, לא משנה כמה מתון הוא. לדוגמה, סאיב עריקאת מאוניברסיטת א-נג'אח אמר: "זהו מסר אלינו הפלסטינים המתונים. המסר הוא: 'אתם יכולים לשכוח ממשא ומתן אחרי המלחמה כי אנחנו הולכים לדאוג שלא יהיה אף אחד לשאת ולתת איתו'". הוא שוחרר ללא אישום אחרי סיום מלחמת המפרץ, לאחר 90 ימים של מאסר בכלא רמלה.