После победы Виктора Ющенко на президентских выборах в 2004 году Порошенко был назначен секретарём Совета национальной безопасности и обороны Украины. Во время политического кризиса на Украине в сентябре 2005 года, начавшегося из-за публичных взаимных обвинений украинских политиков в коррупции, Порошенко был уволен президентом, который в то же время отправил в отставку весь кабинет министров во главе с премьер-министром Юлией Тимошенко — главным политическим соперником Порошенко после Оранжевой революции.