As relações entre a Indonésia e Brunei foram estabelecidas desde o século XIV ou talvez antes. O poema javanês Nagarakretagama datado de 1365 CE menciona "Barune" (Brunei) no canto 14 como um dos estados vassalos estrangeiros do Império de Majapait. Durante a era colonial europeia, a Indonésia ficou sob posse holandesa como Índias Orientais Neerlandesas, enquanto Brunei, juntamente com Cingapura e Malásia, ficaram sob o domínio do Império Britânico. Na década de 1960, a Indonésia e o Brunei indiretamente trancaram a tensão militar através do Konfrontasi, onde a Indonésia se posicionou contra a formação da Malásia e despachou tropas infiltradas em Sarawak, Bornéu do Norte, incluindo Brunei. A República da Indonésia estabeleceu relações diplomáticas com o Brunei Darussalam em 1 de janeiro de 1984.