Durante seus últimos anos, o Bispado de Dorpat teve uma disputa com a Moscóvia, a qual tornou-se mais tarde o principal pretexto para a Guerra da Livônia. O Tsar Ivan, o Terrível ordenou que o bispado pagasse um pesado tributo de 40.000 talers. Ivan insistia que Dorpat era a antiga fortaleza russa de "Yuryev" (referindo-se ao termo ruteno da área após a conquista pelo príncipe Jaroslau I, o Sábio, 1030–61(?)). Os governantes de Dorpat tentaram negociar uma quantia a ser paga menor na intenção de ganhar tempo nas negociações, mas Ivan expulsou os diplomatas e iniciou a guerra. Em 1558 Dorpat (Tartu) foi conquistada pelas tropas russas e o Bispado de Dorpat deixou de existir.