1704 wurde Straubing von den Österreichern besetzt (Spanischer Erbfolgekrieg). Aufgrund eines Gelübdes zur Abwehrung der Kriegsgefahr wurde 1709 die sogenannte "Dreifaltigkeitssäule" aufgestellt. Auch 1742 und 1743 überstand die Stadt Belagerungen durch österreichische Truppen (Österreichischer Erbfolgekrieg). Die daraus resultierende Wirtschaftskrise gipfelte im Bankrott der Stadt und dem großen Stadtbrand von 1780, der weite Teile der nördlich des Stadtplatzes gelegenen Quartiere in Schutt und Asche legte. In diese Zeit fällt auch das Wirken des Bildhauers und Stuckateurs Mathias Obermayr, der zahlreiche Hausfassaden und vielen Kirchen in Stadt und Umkreis einen letzten unverwechselbaren Rokokoglanz verlieh. Nach der Säkularisation verlor Straubing weitgehend seine politische Bedeutung als Regierungs- und Verwaltungssitz – die Stellung als wichtigster Markt- und Handelsplatz im Gäuboden zwischen Regensburg und Passau blieb aber weitestgehend erhalten.