V klasickém starověku význam města upadl, patřilo pod spartský vliv. V 6 stol. se město nazývalo "Zonklos", ale ve stejné době bylo vypleněno Avary a Slovany. Od té doby se nazývá "Navarino", od řeckých slov "Neo Avarin, tedy nové Avarovo". Takto se město jmenovalo i za benátské nadvlády, kdy se význam zvýšil a pokračoval i během turecké správy. Turecký cestovatel Evlija Čelebi v 16. století ve svých cestopisech uváděl, že město má pěkné velké náměstí, kde se scházejí obyvatelé a hrají různé stolní hry a celé město je ve stínu stromů a keřů. V 19. století, během Řecké války za nezávislost, město osvobodili řečtí revolucionáři, bratři Jeorgakis a Nikolaos Ikonomidisové. Podařilo se jim to nicméně jen na krátkou dobu; brzy jej obsadil Ibrahim Paša a v konečné námořní bitvě u Navarina byli Turci zničení společnými silami některých evropských mocností. Po osvobození byl městu vrácen starověký název Pylos.