Revenu à Paris avec Joseph Bonaparte, il y demeure peu de temps, parce que, attaché à l'état-major de l'armée d'Orient, il doit s'embarquer le 30 floréal pour la campagne d'Égypte. Le 3 thermidor, il est à la bataille des Pyramides et devient aide de camp du général Berthier, et le 24 du même mois, le général en chef le nomme capitaine sur le champ de bataille, au combat de Salahieh, où il a été blessé. Pendant l'expédition de Syrie, il entre un des premiers dans la place de Jaffa prise d'assaut. Il assiste aux différents assauts de Saint-Jean-d'Acre, et pénètre dans la ville avec le général Lannes. Lors du dernier assaut, il est grièvement blessé dans la batterie, au moment où il rend compte au général en chef d'une mission qu'il venait de remplir sur la brèche. Blessé grièvement en cette occasion, on le croit perdu sans ressource (l'artère carotide avait été lésée par une balle), mais Larrey parvient à le sauver au grand étonnement des gens de l'art. Le général en chef donne au capitaine Arrighi un sabre d'honneur.