Mutiu Adepoju bestritt insgesamt 49 Spiele für die nigerianische Fußballnationalmannschaft, mit ihr nahm er an den Fußball-Weltmeisterschaften 1994, 1998 und 2002 teil. Er war zudem Teil des Aufgebotes bei der Fußball-Afrikameisterschaft 1992 und dem Konföderationen-Pokal 1995.