1918 sandte das Nationalkomitee Manukian ins Gebiet Jerewan als bevollmächtigten Vertreter. Hierbei organisierte er die Verteidigung bei der Schlacht von Sardarapat, welche die türkische Attacke (das unter Missachtung des Waffenstillstands von Ersindschan erfolgte) auf das neu entstandene unabhängige Armenien bremste und das Vorschreiten nach Jerewan stoppte. Manukjan wurde am 15. November 1918 im fünfköpfigen Kabinett von Howhannes Katschasnuni zum ersten Innenminister Armeniens. Nach dem Tod des Ministers Chatschatur Kartschikian wurde Manukian am 15. November gleichzeitig zum Minister für Arbeit ernannt; beides blieb er bis zum 13. Dezember 1918.