Au début des années 1860, la crise au Kansas incita Gilpin à rejoindre le parti républicain, le mettant ainsi en désaccord avec de nombreux citoyens du Missouri. Son alignement politique avec le nouveau gouvernement du président américain Abraham Lincoln fut récompensé en 1861 lorsque ce dernier le nomma gouverneur du nouveau territoire du Colorado. Son choix par rapport au favori local William Larimer surprit beaucoup de gens et fut motivé en partie par le fait que Gilpin était soutenu par le gouverneur du Missouri, un État esclavagiste que Lincoln souhaitait conserver au sein de l'Union.