Maaliskuussa 1918 Prigorovski määrättiin Rautuun lähetettyjen venäläisjoukkojen komentajaksi. Mukana oli myös suomalaisia punakaartin yksiköitä, joilla oli oma ylipäällikkö, mutta Prigorovskia pidetään koko operaation todellisena johtajana. Raudussa käydyt taistelut olivat sisällissodan kiivaimpia yhdessä Tampereen ja Viipurin taistelujen ohella. Ne huipentuivat 4.–5. huhtikuuta, jolloin 2 000 valkoista hyökkäsi Raudun asemalle linnoittautuneita pariatuhatta punaista vastaa. Aikaisin 5. päivän aamuna punaiset yrittivät murtautua saartorenkaasta ulos, mutta joutuivat lopulta valkoisten konekiväärien ristituleen ns. Kuolemanlaaksossa. Tulituksessa kaatui ainakin 400 punakaartilaista ja venäläistä. Prigorovski räjäytti itsensä kranaatilla välttääkseen valkoisten vangiksi joutumisen. Vuonna 1968 Raudun nykyisellä rautatieasemalla paljastettiin Raudun taistelun muistolaatta, jossa on myös Prigorovskin nimi.