En enero de 1810 la Junta fue remplazada por el Consejo de Regencia de España e Indias. Los franceses, con José al frente, procedieron a invadir Andalucía y alcanzaron la bahía de Cádiz el 5 de febrero. La defensa de la isla de León contaba con un ejército español de 14 000 hombres, una división anglo-lusa de 5000 hombres y una milicia gaditana de 8000 hombres, así como la asistencia de una escuadra naval inglesa y otra española. En abril el general Joaquín Blake fue nombrado comandante en jefe del ejército aliado que defendía Cádiz y en julio la Regencia creó un Estado Mayor General con él como jefe para proporcionar al mando de todos los ejércitos españoles la información necesaria para sus decisiones, para detallar y transmitir las órdenes, y para vigilar su cumplimiento. Ante la imposibilidad de tomar la isla de León, los franceses decidieron someterla a sitio y, mientras tanto, expulsar a los ingleses de la península. Tras tomar Ciudad Rodrigo, los franceses entraron en Portugal, por tercera vez, en agosto de 1810. Wellington, en previsión de la invasión francesa, había hecho construir una serie de fortificaciones para proteger Lisboa, las Líneas de Torres Vedras, y había evacuado y desnudado el área delante de las líneas de todo aquello que pudiera ser consumido o usado por los franceses. Las fortificaciones estaban guarnecidas por tropas portuguesas, inglesas, y también españolas: una división al mando de la Romana, y tras ellas Wellington dispuso fuerzas de reserva para reforzar cualquier punto de las líneas que fuera atacado por los franceses. Los franceses avanzaron hasta las líneas, pero no pudieron superarlas, y con sus líneas de abastecimiento hostigadas por guerrilleros y ejércitos regulares, se vieron forzados a retirarse en noviembre de 1810, perseguidos por los anglo-lusos mientras que los españoles se reintegraban en el Ejército de Extremadura.