Вплоть до Мексиканской войны за независимость Санта-Фе оставался тихим провинциальным городом без особых событий, за исключением периода 1680—1692 годов, когда в восставшие пуэбло вырезали множество испанских поселенцев, включая женщин и детей, вынудив немногих уцелевших горожан бежать на юг. Территория была возвращена под испанский контроль Диего де Варгасом в 1692 году. В 1824 году статус города как столицы провинции Санта-Фе-де-Нуэво-Мексико был закреплён в Конституции 1824 года.