Efter första världskriget, då han som tysk medborgare en kort period var vid det tyska flygvapnet, blev han lärare på konstskolan Bauhaus och från 1931 på Konstakademin i Düsseldorf. Efter nazisternas makttillträde 1933 började en officiell förföljelse av Klee. En monografi över honom brändes under bokbålen runt om i landet. Den statliga myndigheten Reichskulturkammer stämplade hans konst som degenererad. Han fick yrkesförbud som konstnär, berövades sin högskollärartjänst och 102 konstverk av honom beslagtogs på tyska museer. År 1937 medtogs några av dessa på den propagandistiska konstutställningen "Entartete Kunst" i München. Efter närmare tre decennier i Tyskland, återvände således Paul Klee till Bern i Schweiz, men kort innan de schweiziska myndigheterna beviljade honom det medborgarskap han ansökt om, dog han i Muralto-Locarno 1940.