Зрэшты, ужо праз 9 дзён краіна была акупавана войскамі інданезійскага дыктатара Сухарта, і ФРЭТЫЛІН узначаліў супраціў акупацыі, які ажыццяўляўся яго ваенізаваным крылом — Узброенымі сіламі нацыянальнага вызвалення (ФАЛІНТЫЛ). Паміж 1975 і 1978 гг. сілы ФРЭТЫЛІН/ФАЛІНТЫЛ кантралявалі большасць унутраных раёнаў краіны, узяўшы пад абарону значную колькасць насельніцтва, пераўтворанага інданезійскім войскам ва ўцекачоў.