歴史の皮肉がミストラスに襲いかかる。既に衰えたミストラスにとどめを刺したのは、1821年に始まるギリシア独立戦争であった。1825年、オスマン朝アルバニア軍団の司令官イブラーヒーム・パシャ（エジプト太守ムハンマド・アリーの息子）はギリシア軍に猛攻を加え、ミストラスを占領しこれを灰燼に帰せしめた。ミストラスの都市機能はこの時、事実上終焉を迎えた。さらに、ギリシア独立後の1834年、新国王オソン1世はミストラスの「死滅都市」宣言を発し、新たにスパルタ市の建造に着手する。住民は次々にスパルタに移住し、新たな都市の建設には廃墟となったミストラス建造物の建材が再利用された。ミストラスが建設された時とは逆の事が行われたのである。なお留まっていた住民は旧来の城郭地区ではなくその外側（かつての「外市街」を含む）に新たなミストラス村を建設しそこに居住することとなった。