Şampiyonadan sonra takımdan ayrılan Michels, ikinci kez Almanya'nın yolunu tutarak Bayer 04 Leverkusen'in başına geçti. Ancak geçirdiği kötü sezonun ardından görevi bırakarak, 26 Eylül 1990 tarihinde dördüncü ve son kez millî takıma döndü. İsveç'te düzenlenen 1992 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda yarı finalde Danimarka'ya penaltılarla kaybedilmesinden sonra millî takıma ve teknik direktörlüğe kesin olarak veda etti.