Kučan patřil spolu s ministrem zahraničí Rupelem, premiérem Peterlem a předsedou parlamentu Bučarem k odpůrcům vypsání referenda o samostatnosti Slovinska. DEMOSu se však návrh podařilo v parlamentu prosadit a proběhlé referendum vyjádřilo vůli Slovinců opustit federaci. Navzdory původnímu nesouhlasu se všichni představitelé Slovinska cítili výsledky referenda vázáni a došlo k přípravám osamostatnění. Hrozbu oddělení Slovinska si uvědomovala také JNA, která zahájila odzbrojování složek slovinské policie a teritoriální obrany. Kučan společně s ministrem obrany Janšou však již v minulosti provedli kroky, kterými bylo přibližně třicet procent vojenského materiálu slovinské Teritoriální obrany uchráněno před vydáním Jugoslávské lidové armádě.