1944年（昭和19年）6月中旬、あ号作戦にともなうマリアナ沖海戦で主力空母3隻（大鳳、翔鶴、飛鷹）や大量の艦上機と搭乗員を失い、サイパン島守備隊も玉砕した（サイパン島の戦い）。第二航空戦隊は解隊され、一航戦は雲龍型航空母艦で再編、空母瑞鶴は三航戦に、空母隼鷹は四航戦に、空母龍鳳は一航戦を経て四航戦に編入された。その後練成した航空機も台湾沖航空戦で消耗し、機動部隊の前衛であった第二遊撃部隊（指揮官志摩清英第五艦隊司令長官）も残敵掃討に駆り出されて別行動となった。10月中旬の捷一号作戦にともなうレイテ沖海戦では第三航空戦隊の空母4隻（瑞鶴、瑞鳳、千代田、千歳）を失いながらもアメリカ機動部隊の誘引に成功した。しかし誘引が遅れたことで第一遊撃部隊（指揮官栗田健男第二艦隊司令長官）は米機動部隊の空襲に晒され損害を被り、第一遊撃部隊第三部隊（指揮官西村祥治第二戦隊司令官）との連携も不可能となり、第三部隊は単独で突入し全滅。第一遊撃部隊は第二遊撃部隊（指揮官志摩清英第五艦隊司令長官）と共にレイテ島突入を断念した。