1648-ban a többnemzetiségű Nemzetközösséget számos konfliktus pusztította, amelyek során az ország elvesztette lakosságának több mint egyharmadát (több mint hárommillió embert). A zsidó veszteségeket százezrekben mérték. E nagyszabású atrocitások közül az első a Hmelnickij-felkelés volt, amelyben Bohdan Hmelnickij ukrán kozákjai zsidók és katolikus lengyelek tízezreit mészárolták le a lengyelek által megszállt Ukrajna keleti és déli területein. A halottak pontos száma nem ismert, de a zsidó lakosság számának csökkenését ebben az időszakban 100–200 000-re becsülik, amely magában foglalja az elvándorlást, a betegségek okozta halálozásokat és a rabszolgaságba került (az Oszmán Birodalomban) is. A zsidó közösség nagyon szenvedett az 1648-as ukrán kozákfelkelés során, amelyet elsősorban a lengyel nemesség és a földesurak ellen irányult. A lengyel szövetségeseknek tekintett zsidók szintén a lázadás áldozatai voltak, amelynek során mintegy 20%-ukat megölték.