En 1896, Stéphanos Dragoúmis, en concurrence avec Georgios Theotokis pour la succession de Trikoupis à la tête du parti ne parvint pas à s'imposer. Il le quitta donc. Il fut élu député « indépendant » d'Attique-Béotie de 1899 à 1909. Il forma un groupe parlementaire d'indépendants très opposés à Theotokis. Certains trouvaient que sa réforme militaire l'empêchait de s'occuper des problèmes économiques et sociaux du pays. D'autres, comme Stéphanos Dragoúmis la trouvait insuffisante face aux dangers turc et bulgare. De plus, on lui reprochait d'être trop proche du palais royal, surtout du diadoque (prince-héritier) Constantin discrédité par sa défaite lors de la guerre gréco-turque de 1897. Stéphanos Dragoúmis devint Premier Ministre en 1910, après le « coup de Goudi ». Il fut député de Thessalonique après la conquête de la ville lors des guerres balkaniques et jusqu'à sa mort en 1923. La figure paternelle, que Íon Dragoúmis admirait, pesa d'un poids très lourd dans sa psychologie et il eut des difficultés à s'en détacher.