El templo sobrevivió de forma admirable al Terremoto de Popayán de 1983, siendo afectada mayormente la torre que sufrió fisuras, la estructura del techo y la hermosa portada barroca que perdió varias piedras y lozas por el descuido y el saqueo, aunque ya fueron restituidos y restaurados todos estos elementos, devolviéndole a Santo Domingo su belleza de antaño.