В феврале 1920 года в Одессе была установлена власть большевиков, а в октябре 1921 года специальная комиссия изъяла имевшиеся у церкви метрические книги, которые велись с 1820 года. Начавшийся голод послужил поводом для изъятия 3 мая 1922 года комиссией губисполкома церковных ценностей из евангелическо-лютеранского прихода Св. Павла (общий вес серебряных изделий составил 2 фунта 70 золотников). В годы сталинских репрессий, когда жертвами становились священники и верующие всех религиозных конфессий СССР, пострадала и лютеранская община Одессы. Фридрих Мерц, служивший викарием в Одессе в 1916—1919 годах, погиб в 1931 году в Соловецких лагерях. Последний пастор Одесского прихода Карл Карлович Фогель был арестован 4 июля 1937 года и расстрелян 27 октября в том же году, а церковный регент и органист, профессор Одесской консерватории и концертмейстер Одесского оперного театра Теофил Данилович Рихтер (отец выдающегося советского пианиста XX столетия Святослава Рихтера) был расстрелян вместе с другими 23 членами «немецкой» церкви в октябре 1941 года, незадолго до вступления немецко-румынских войск в Одессу.