В войнах Шмалькальденской лиги против герцога Генриха Младшего Брауншвейг-Вольфенбюттельского Вильгельм участия не принимал. Растущая мощь противников лиги заставила Вильгельма осторожнее относиться к участию в военных действиях. В 1546 году он уклонился от участия в войне против императора. Также он выделил 600 всадников на императорскую службу. Благодаря такой политики он избежал императорского суда, который был устроен для других членов лиги.