Seger blev uttagen till Europamästerskapet i fotboll för damer 2009. I öppningsmatchen mot Ryssland gjorde hon det tredje målet i matchen, som slutade 3–0. I den andra matchen mot Italien gjorde hon också ett mål som dock blev bortdömt. Hon utsågs däremot till matchens spelare. Efter EM tog Seger över som landslagets lagkapten efter Victoria Sandell Svensson, något som var bestämt redan två år tidigare.