Al inicio del conflicto de Chile con España en 1865 fue comisionado por el gobierno, para buscar un acuerdo con el representante de dicho país. Propuso al diplomático español Salvador de Tavira un arreglo que concluyó con el «Tratado Covarrubias Taviria». El tratado fue desaprobado por la realeza española, desencadenando la guerra y el consecuente bombardeo de Valparaíso. El gobierno del Perú lo comisionó para conseguir apoyo, en plena guerra contra España.