参謀総長として活躍していたエイタンであったが、1982年、内戦状態にあったレバノンにイスラエル軍が侵攻した際（ガリラヤの平和作戦）、パレスチナ人に恨みを持っていたキリスト教マロン派の民兵たちを、イスラエル軍が意図的にパレスチナ難民のキャンプに解き放ち、パレスチナ難民の大虐殺を行うという事件が起きた（サブラー・シャティーラ事件）。国際社会は虐殺を傍観していたイスラエルを激しく非難し、当初事件について「イスラエル軍の手は汚れていない」などと言ってのけていたアリエル・シャロン国防相は辞任に追い込まれる。エイタンも責任を取らされ、連座する形で参謀総長を辞任。軍人としての人生を絶たれた。