Il club tornò a giocare in campionato nel 1947, nella prima divisione Oberliga Nord, retrocedendo. Nel 1949, però, tornò in prima serie. La seconda apparizione dell'Hannover 96 in una finale nazionale è del 1954, quando sconfisse sonoramente il per 5-1. La squadra sconfitta comprendeva cinque giocatori della nazionale tedesca che avrebbe vinto sorprendentemente i Mondiali di calcio 1954 in quello che è stato definito il Miracolo di Berna.