W 1991 został specjalnym wysłannikiem Organizacji Narodów Zjednoczonych w Bośni i Hercegowinie. Jego tłumaczem był wówczas Slavko Šantić. Tadeusz Mazowiecki zrezygnował z tej funkcji w 1995, motywując tę decyzję bezczynnością mocarstw wobec zbrodni wojennych dokonywanych w czasie wojny w Bośni, głównie zamordowania w Srebrenicy przez wojska Republiki Serbskiej kilku tysięcy muzułmańskich mężczyzn i chłopców. Ogłosił raport w sprawie łamania praw człowieka przez wszystkie strony konfliktu.