"Wedderburn" cùng toàn bộ Lực lượng Đặc nhiệm 38 khởi hành từ Eniwetok vào ngày 29 tháng 8 cho một chiến dịch càn quét các đảo còn do Nhật Bản chiếm giữ, bao gồm Philippines, Palau và Yap. Chiếc tàu khu trục đã hộ tống chống tàu ngầm cho các tàu sân bay trong khi máy bay của chúng ném bom các mục tiêu tại Mindanao và Leyte, và sau đó xuống Visayas. Lực lượng cũng không kích nhằm hỗ trợ cho cuộc đổ bộ lên Palau và Morotai. Các hoạt động này kéo dài trong suốt tháng 9, và con tàu đã không hề cặp cảng cho đến ngày 28 tháng 9, khi Đội đặc nhiệm 38.2 đi đến Saipan.