Надежда Александровна научила читать Варлама уже в три года, а в 1914 году он поступил в Вологодскую мужскую гимназию имени Александра I Благословенного. В 1918 году, с началом Гражданской войны и иностранной интервенции на севере России, для семьи началось трудное время: прекратились все полагавшиеся Тихону Шаламову выплаты, квартира Шаламовых была ограблена, а позднее и уплотнена, Варламу приходилось даже продавать испечённые матерью пирожки на рыночной площади. В начале 1920-х Тихон Шаламов ослеп, хотя продолжал выступать с проповедями до закрытия церквей в 1930 году, и Варлам служил ему поводырём. Гимназия после революции закрылась, и Варлам доучивался в Единой трудовой школе № 6 II ступени, которую окончил в 1923 году. Школьный совет ходатайствовал перед о том, чтобы Шаламов в числе лучших выпускников был командирован для поступления в вуз, но, по воспоминаниям писателя, заведующий показал Шаламову и его слепому отцу фигу со словами: «Вот именно потому, что у тебя хорошие способности — ты и не будешь учиться в высшем учебном заведении — в вузе советском».