Jelentős mértékben az ő szervezőmunkájának köszönhető, hogy a sebtében régi sorezredekből, nemzetőrökből, honvédekből egybegyűjtött magyar haderő szeptember 29-én Pákozdnál megállította az országba betört horvát csapatokat. Belátva, hogy nem tud egyezségre jutni a királlyal, Batthyány október 2-án lemondott megbízatásáról, és hozzájárult utódja, a buzgón királyhű Vay Miklós kinevezéséhez. Egyszersmind lemondott országgyűlési mandátumáról is.