Λόγω της στρατηγικής της θέσης, το μοναστήρι έπαιξε σημαντικό ρόλο στην Επανάσταση του '21 ως ορμητήριο των Ελλήνων αγωνιστών, μέχρι τον Αύγουστο του 1825 οπότε και καταστράφηκε από τους Τούρκους. Στο καθολικό της μονής, στις 24 Μαρτίου 1821, ο Επίσκοπος Σαλώνων Ησαΐας, ο οπλαρχηγός Πανουργιάς και οι προεστοί της Άμφισσας (Σάλωνα) κήρυξαν την επανάσταση (βλ. Η επανάσταση Σαλώνων 1821).