С началом Второй интифады, активно поддержанной ХАМАС, группировка стала главной мишенью Израильских сил безопасности. Сила организации и её способность организовать сложные и смертоносные теракты стали неожиданностью для многих аналитиков. Несколько ячеек Бригад «Изз ад-Дин аль-Кассам» действовали на Западном берегу реки Иордан, однако, в ходе многочисленных операций Армии обороны Израиля, почти все они к 2004 году были ликвидированы. Вместе с тем, в секторе Газа, который является оплотом Хамаса, группировке удалось сохранить силовой контроль.