Во второе плавание Джардин отправился уже как корабельный хирург. У побережья Цейлона «Брансуик» был захвачен французами (Британия и Франция находились в состоянии войны), и Джардин оказался в тюрьме на мысе Доброй Надежды. Всего он предпринял 6 путешествий на Дальний Восток, будучи на службе компании, пока не уволился в 1817 году.