1917 Bolşevik ihtilali sonrasında bütün Kafkasya'da ve bu arada Karaçay-Malkarda da 1918'de çok kısa bir süre bağımsızlık heyecanı yaşandı. Fakat bu heyecan Beyaz ordu tarafından kanla bastırıldı. Ardından Kızıl Ordu saldırısı başladı. 1920'de Beyaz ordu Kızıl ordu tarafından bölgeden atıldı ve Karaçay-Malkar da "Sovyet" sistemine dahil oldu. Ocak 1921'de kuruluşu onanan Rusya SFSC'ne (RSFSC) bağlı Dağlı ÖSSC içinde 'Karaçay' ve 'Balkar' ulusal okrugları da yer aldılar. Bu özerk cumhuriyetten ayrılan Karaçay okrugu, Ocak 1922'de kuruluşu onanan 'Karaçay-Çerkes Özerk Oblastı'(il) içinde yer aldı. Oblast 1926'da, merkezi Karaçayevsk kenti olan RSFSC'ne bağlı 'Karaçay Özerk Oblastı' ve merkezi Çerkessk olan 'Çerkes Ulusal Okrugu' biçiminde ikiye bölündü. 'Çerkes Ulusal Okrugu', 1928'de 'Çerkes Özerk Oblastı' yapıldı. Ağustos 1942'de Alman ordusu Karaçay topraklarına girdi ve bölgede beş ay kadar kaldı. Karaçay-Malkarlıllar da 1943 yılı sonlarına kadar Sovyetler'e karşı mücadelelerini sürdürdüler. Bu arada Kafkasya'daki Rus karşıtı hareketlere de önderlik ettiler. Bu mücadeleler sırasında büyük nüfus kayıplarına uğradılar.