В этой должности он встретил начало Великой Отечественной войны. Участвовал в Белостокско-Минском оборонительном сражении, в котором дивизия с боями отходила на Кобрин и Бобруйск. В начале июля 1941 года её отвели в ближний тыл на пополнение, в том же месяце дивизия передана в 21-й стрелковый корпус 21-й армии, в августе — в 67-й стрелковый корпус. В начале июля командир 42-й стрелковой дивизии генерал-майор И. С. Лазаренко был арестован и полковник М. Е. Козырь принял на себя исполнение обязанностей командира дивизии. В составе Западного, Центрального и Брянского фронтов дивизия участвовала в Гомельской оборонительной операции и в Смоленском сражении. В начале сентября 1941 года вместе с 21-й армией дивизия была передана на Юго-Западный фронт, где буквально через несколько дней попала в Киевский котёл. В окружении М. Е. Козырь сумел сохранить управление дивизией, которая с боем и с потерями в конце сентября прорвалась через линию фронта к своим в районе города Прилуки.