Но наиболее заметный след в истории оставила его внешняя политика. Его глубокая приверженность католической религии предопределила внешнеполитический союз с Францией, но тем не менее Фердинанд Мария опасался вступать в открытую конфронтацию с Габсбургами и именно этим объяснялось его решение не выдвигать свою кандидатуру на выборах императора Священной Римской империи в 1657 году после смерти Фердинанда III. В 1663 году Фердинанд Мария даже поддержал Габсбургов в их конфликте с Османской империей (впрочем, небольшой вспомогательный корпус на помощь императору Леопольду I прислала тогда и Франция). Во время франко-голландской войны 1672—1678 годов Бавария держалась официального нейтралитета.