Botha dilahirkan di sebuah kawasan ladang di Paul Roux, Negara Bebas Oranye. Ayahnya yang juga bernama Pieter, merupakan seorang tentera yang pernah menentang pihak British sewaktu Perang Boer Kedua (1899–1902). Pada 1934, P.W. Botha telah memasuki Grey University College (kini University of the Free State) di Bloemfontein untuk mempelajari bidang undang-undang. Namun, beliau telah meninggalkan alam universiti pada usia 20 tahun untuk menyertai arena politik. Pekerjaan politiknya yang pertama dalam Parti Kebangsaan ialah sebagai pengelola politik "political organiser" di wilayah bersebelahan iaitu Cape Province.