Come peraltro detto subito dopo l'elezione, Mohamud si è concentrato in primis sul problema della sicurezza, senz'altro il più grave del paese, martoriato dalla guerra civile dal 1991. Per questo Mohamud ha proseguito nell'azione di contrasto ai terroristi islamici di Al-Shabaab, legati ad Al-Qaida e presenti in alcune regioni centro-meridionali dello stato. Già il suo predecessore Sheikh Sharif Sheikh Ahmed aveva ottenuto importantissimi risultati grazie alla missione militare dell'Unione Africana, denominata AMISOM, e all'appoggio del Kenya nell'Operazione Linda Nchi. Entrambe le missioni erano riuscite a sottrarre numerose città agli Shabaab e a ridimensionarne la forza militare.