В 1637 году Ян Потоцкий участвовал в подавлении казацко-крестьянского восстания на Украине под предводительством Павлюка, а в 1638 году принимал участие в боях с казацкими повстанческими отрядами под командованием Якова Острянина и Дмитра Гуни. Вместе со своими братьями в 1651 году он участвовал в качестве хорунжего земли бельской в военных действиях польских войск на Волыни. 28-30 июня 1651 года в битве под Берестечком был тяжело ранен. Сеймик Краковского воеводства рекомендовал наградить Яна и его брата Ежи за заслуги и ранение в сражении под Берестечком.