但是斐迪南·玛利亚的成就很大程度上被他的儿子马克西米利安二世·伊曼纽尔（1679-1726）抹杀了。马克西米利安二世充满野心，一即位就重建一支八千人的常備軍，並将巴伐利亚选侯国拖入与奥斯曼帝国的战争中，證明自己是一個出色的統帥。他还在西班牙王位继承战中加入了法国一方，卻为此付出了巨大的代价。他的军队于1704年8月13日在靠近多瑙河畔赫希施泰特的地方战败（详见：布伦汉姆战役）；伊尔贝斯海姆条约的签署，使得巴伐利亚的领土在相当一段时间内被普法尔茨选侯国与奥地利瓜分，再受尽战火蹂躏后才通过于1714年签署的巴登条约归还给他；同时期发生的巴伐利亚农民暴动，或被称为"森德灵血腥圣诞节"，也于1706年被奥地利占领军镇压。