6 марта 2014 года Рефат Чубаров призвал жителей АРК бойкотировать «крымский референдум», поскольку решение о его проведении "«было принято неправовым способом»". Выступая в эфире «Громадского ТВ», Чубаров заявил, что, согласно решению Меджлиса крымскотатарского народа, крымские татары не признаю́т и не призна́ют никакого референдума в условиях оккупации. 15 марта 2014 года на интернет-сайте Меджлиса крымскотатарского народа Чубаров ещё раз высказал свою точку зрения по поводу «крымского референдума», упомянув что "«16 марта 2014 года в Крыму будет не референдум, а клоунада и цирк, которые будут проходить под прикрытием вооруженных солдат.»".