בית הכנסת חרב ושוקם מספר פעמים ברעש של 1837 ובשיטפון של 1934. בעקבות מאורעות תרצ"ו-תרצ"ט (המרד הערבי הגדול) התעכבה מלאכת השיקום של בית הכנסת. בסיון תש"ה (1945) התכנסו ראשי הקהילה הספרדית בעיר, בראשות הרב יעקב חי זריהן, והקימו את הוועד להקמה מחדש של בית הכנסת. בתמוז אותה שנה הופץ כרוז אשר כותרתו הייתה "מה נורא המקום הזה, אין זה כי אם בית אלקים". בעקבות זאת תרמו 228 משפחות מטבריה סכום כולל של 1228 לירות א"י, ובראשית תש"י (1950) הושלמה הבניה ובית הכנסת נחנך.