Mitte der 1980er Jahre kehrte Navarro nach Mexiko zurück, wo er von nun an begann als Kameramann an Spielfilmproduktionen mitzuwirken. 1992 machte er die Bekanntschaft mit Regisseur Guillermo del Toro, der ihn für seinen Horrorfilm "Cronos" verpflichtete, für den der Kameramann ein Jahr später bei den Filmfestspielen von Cannes ausgezeichnet wurde. Ein Jahr später folgten erste Engagements in Hollywood. 1995 war Navarro für die Bilder von Robert Rodriguez' erfolgreichen Action-Thriller "Desperado" verantwortlich, den zweiten Teil der "El-Mariachi-Trilogie" des US-amerikanischen Regisseurs. Sowohl Del Toro als auch Rodriguez arbeiteten wiederholt mit dem Mexikaner zusammen. Der bisher größte Erfolg stellte sich 2006 mit Guillermo del Toros "Pans Labyrinth" ein. Das Fantasy-Drama, das 1944 in Spanien nach dem Bürgerkrieg spielt, war Erfolg bei Kritikern und Publikum beschieden und brachte Navarro bei der Oscarverleihung 2007 den Sieg in der Kategorie Beste Kamera ein, wo er gegen seinen favorisierten Landsmann Emmanuel Lubezki "(Children of Men)" triumphierte.