После успеха в баскской команде Лопес вернулся в стан "летучих мышей". Футболист закрепился в основе «Валенсии» и вместе с клубом добрался до финала Лиги чемпионов в 2000 году. К тому времени Херард стал считаться одним из ведущих испанских футболистов. Ему поступили предложения от «Интернационале», «Милана» и «Манчестер Юнайтед», но сам футболист принял решение продолжить карьеру в «Барселоне». Сумма сделки между «Валенсией» и «Барселоной» составила 15 миллионов фунтов стерлингов.