Tras el fin de la Segunda Guerra Mundial, Koiso fue arrestado por las potencias de ocupación aliadas y fue juzgado por el Tribunal Penal Militar Internacional para el Lejano Oriente por crímenes de guerra. Tras una condena como criminal de guerra de clase A, se le dio una sentencia de prisión perpetua. El Tribunal citó específicamente el rol decisivo de Koiso en el inicio de las guerras contra China y los aliados: "Además, a pesar del hecho de que Kuniaki Koiso no fue directamente responsable por los crímenes de guerra cometidos por el ejército japonés, no tomó ninguna medida para evitarlos o castigar a los perpetradores cuando, como Primer Ministro, estaba en su poder hacerlo así." Koiso murió en la prisión de Sugamo en 1950.