La quinta edizione della cronometro maschile Junior dei campionati europei di ciclismo su strada si è svolta il 1º luglio 2009 in Belgio nei dintorni di Hooglede, su un percorso di 28,1 km. La medaglia d'oro è stata vinta dal britannico Joseph Perrett con il tempo di 34'58" alla media di 48,21 km/h, argento al lussemburghese Bob Jungels e a completare il podio il francese Kevin Labèque.