Im mittleren Tennessee standen sich nach der Schlacht am "Stones River" die Cumberland-Armee Generalmajor William Rosecrans’ und die konföderierte Tennessee-Armee Braggs nahezu tatenlos bis Mitte Juni gegenüber. Als Rosecrans mit dem Anmarsch begann, wich Bragg mit der Tennessee-Armee nach Chattanooga aus. Rosecrans erreichte das Cumberland Plateau nach zwei Monaten. Im September kam es zur Schlacht am Chickamauga. Rosecrans konnte die erreichten Stellungen nicht halten und musste ausweichen. Bragg verfolgte die geschlagene Armee nicht und belagerte Chattanooga. Diese Fehler führten auf beiden Seiten zu erheblichen Personalveränderungen. Generalmajor George Henry Thomas ersetzte Rosecrans, Grant wurde am 17. Oktober Oberbefehlshaber des neugeschaffenen Territorialkommandos Mississippi, das den gesamten westlichen Kriegsschauplatz abdeckte. Grant griff in einer konzertierten Aktion bei Chattanooga Ende November Braggs Tennessee-Armee an und eroberte die Höhenzüge südlich des Tennessees. Bragg wich nach Süden aus und gab sein Kommando zurück. Sein Nachfolger wurde General Joseph E. Johnston.