19 мая 1798 года французский флот отплыл из Тулона, сопровождая экспедиционные силы численностью 30 тысяч человек, которые возглавлял генерал Наполеон Бонапарт. Войска отправлялись в Египет с целью усиления французского влияния в Азии и попытки заключения мира с Великобританией после начала в 1792 году революционных войн. Двигаясь в юго-восточном направлении, флот усиливался транспортами из портов Италии. 9 июня 1798 года в 5:30 он подошёл к Валлетте. Мальта в то время была под властью ордена святого Иоанна, старинного и влиятельного ордена, который потерял многие свои ценности во время Великой французской революции.