В связи с возросшей опасностью бомбардировки королевского замка 1 сентября Мосцицкий переехал в деревню Блота под Варшавой. В условиях быстрого продвижения немецких войск глава государства был вынужден 8 сентября переехать в город Олыка на Волыни. Далее 14 сентября он перенёс свою резиденцию в Залуч. 17 сентября после известия о вторжении РККА в Польшу было проведено совещание в городе Куты, на котором присутствовали Мосцицкий, Рыдз-Смиглый, Юзеф Бек и Складковский. На этом совещании было принято решение об эвакуации членов правительства в Румынию. Мосцицкий пересёк границу с Румынией 17 сентября 1939 года в 21.45. Там он был интернирован и 25 сентября передал должность президента генералу Болеславу Веняве-Длугошевскому. Однако с этим не согласились французские власти, потребовав передачи поста президента Владиславу Рачкевичу; Мосцицкий выполнил это условие.