Kể từ đầu những năm 1990, khu vực được bảo vệ đã bị ảnh hưởng bởi bất ổn chính trị trong khu vực Hồ Lớn. Nạn diệt chủng Rwanda diễn ra, hàng ngàn người tị nạn chạy trốn đến khu vực Kivu và sự hiện diện của quân đội gia tăng. Nội chiến Congo thứ nhất và thứ hai tiếp tục diễn ra khiến khu vực tiếp tục rơi vào tình trạng bất ổn. Các cuộc tuần tra chống săn bắn trộm bên trong vườn quốc gia đã bị cản trở, động vật hoang dã và thậm chí cả nhân viên vườn quốc gia bị giết hại. Khoảng 850.000 người tị nạn sống quanh vườn quốc gia vào năm 1994, trong đó có tới 40.000 người vào vườn quốc gia mỗi ngày để kiếm củi và thức ăn, và nạn phá rừng bao trùm trên một khu vực rộng lớn. Cũng trong năm, vườn quốc gia đã bị liệt vào Danh sách di sản thế giới bị đe dọa. Năm 1996, vườn quốc gia tiếp tục được công nhận là Vùng đất ngập nước có tầm quan trọng quốc tế theo Công ước Ramsar.