En febrero de 2009, el técnico de la selección Sub-20, Emilio Umanzor, lo incluyó en la nómina de 20 jugadores convocados para disputar el Campeonato Sub-20 de la Concacaf de 2009 que otorgaba la clasificación a la Copa Mundial Sub-20 de 2009. Debutaron el 6 de marzo de 2009 ante El Salvador y el partido quedó empatado a dos goles. En el segundo compromiso del grupo, disputado el 8 de marzo, la selección se midió ante Estados Unidos y volvió a empatar, en esa ocasión a cero goles. El 10 de marzo, Mejía volvió a participar con su selección durante el partido en que los "catrachos" se impusieron por 4-0 ante Jamaica y consiguieron clasificar al mundial. En el juego de semifinales, disputado el 13 de marzo, la selección se enfrentó a Costa Rica y empató a cero goles, pero cayó derrotada por 4-2 en la tanda de penales. Finalmente, el 15 de marzo la selección se adjudicó el tercer puesto del campeonato tras vencer a la anfitriona, Trinidad y Tobago, con marcador de 2-1. El 1 de junio se anunció su convocatoria para el Mundial de Egipto, pero nada más disputó dos partidos: la victoria de 3-0 sobre Hungría y la derrota de 2-0 contra Sudáfrica.