Il successivo campionato di Serie A (1987-88) si concluse con una bella salvezza conquistata dal gruppo che era stato affidato al tecnico Giuseppe Materazzi. La squadra si classificò al 13º posto grazie anche alla vittoria per 2-0 sul Torino nell'ultima giornata, con una doppietta del difensore Mario Faccenda. Quella stagione sarà anche ricordata per il gol che Carlos Dunga (capitano del Brasile ai Mondiali di Francia '98) segnò da centrocampo nella porta di Walter Zenga nella partita Pisa-Inter vinta per 2 a 1. Fu inoltre conquistata di nuovo la Coppa Mitropa: il 30 maggio 1988 all'Arena Garibaldi, ancora una volta una squadra ungherese, il Váci Izzó uscì sconfitta nella finale finita 3 a 0, regalando così il secondo trofeo internazionale alla bacheca nerazzurra.