1807 kam Quesnel in den Stab von General Andoche Junot und half mit, Napoleons Interessen in Spanien durchzusetzen. Er war an der Niederschlagung des Aufstands in Madrid (2. Mai 1808) beteiligt und kämpfte bei La Coruña (16. Januar 1809). Unter Führung von Maréchal Nicolas Jean-de-Dieu Soult kämpfte er Oporto (12. Mai 1809) und war bei der Belagerung von Figueres (→Castell de Sant Ferran) beteiligt.