Kondogbia durchlief von der U-16 an jede Jugendnationalmannschaft Frankreichs. Am häufigsten – jeweils 12-mal – lief er für die U-18 und die U-19 auf. Im Jahr 2012 stand er im französischen Aufgebot bei der U-19-EM. Im Sommer 2013 bestritt er mit der U-20-Nationalelf die WM in der Türkei, bei der die Mannschaft schließlich den Titel holte. Am 14. August 2013 wurde er im Alter von 20 Jahren zum A-Nationalspieler, als er gegen Belgien auf dem Platz stand. Wenig später wurde er erstmals für die U-21-Nationalmannschaft nominiert.