Nel 1864-66 la città subì le conseguenze della ribellione musulmana. La città e tutto il resto del bacino dell'Ili furono conquistati dai russi nel 1871, quando il Kashgar era governato da Yakub Beg. Tornò poi alla Cina grazie al trattato di San Pietroburgo (1881), dopo di che molti uiguri (circa 45.000 persone) e Dungani (circa 4,6mila) si trasferirono nei possedimenti russi (l'attuale Kazakistan sud-orientale e il Kirghizistan settentrionale).