Als Teil der Force C von Vizeadmiral Henry Pridham-Wippell war die "Malaya" am 9. Juli 1940 an der Seeschlacht bei Punta Stilo – dem ersten Aufeinandertreffen von Schlachtschiffen auf offener See seit der Skagerrakschlacht – beteiligt. Während der Schlacht, die unentschieden endete, wurden mehrere Schiffe auf beiden Seiten beschädigt, darunter auch die "Malaya", die bei einem italienischen Luftangriff Splitterschäden erlitt. Dabei wurde die Feuerleitung der schweren 102-mm-Flak zeitweise außer Gefecht gesetzt.