Após 1580, ele também passou a ostentar o título Senescal ("Truchseß") de Waldburg e presidente da Imperial Câmara Judicial. Carlos serviu a seu irmão, Gebardo, Senescal de Waldburg, como administrador e estatuder de Bonn, após 1582, e como seu general durante a Guerra de Colônia (1582–1589). Com a derrota, ambos migraram para Estrasburgo, onde Carlos morreu, em 1593.