Z chwilą wybuchu II wojny światowej Biłgoraj został zbombardowany, a wielu jego żydowskich mieszkańców uciekło (najprawdopodobniej wraz z Armią Czerwoną, która przez kilka dni stacjonowała w Biłgoraju a potem oddała go po wycofaniu się na mocy porozumienia Niemcom). Mordechaj wraz z rodziną i innymi uciekinierami udał się do Porycza, kilka kilometrów na północ od miejscowości Sokal (obecna Ukraina), a potem do rodzinnego domu żony w Berezanach (Ukraina). W tym czasie bełscy chasydzi w Izraelu, Anglii oraz USA zorganizowali przeniesienie rabina Bełzu do Sokala, a następnie do Przemyślan (Ukraina), gdzie przebywał przez niemal rok. Po agresji Niemiec na ZSRR (Operacji Barbarossa) 22 czerwca 1941, Sokal będący na linii frontu, został zdobyty przez Niemców już pierwszego dnia. Przemyślany zostały zdobyte 1 lipca. Rabin ukrył się i uniknął niemieckich patrolu, lecz nie mógł uciec bez swojego brata. Mordechaj wysłał swoją żonę i córkę do domu ojca w Kobryniu, podczas gdy żona Aharona i jego pięcioro dzieci pozostało w Przemyślanach pod opieką jednego z chasydów. Wszyscy zostali potem zamordowani przez hitlerowców.