Como entrenador, apodado «El Virrey», Bianchi inició entrenando en Francia al Reims y al Niza antes de llegar a Vélez Sársfield en 1993, donde el club vivió la etapa más exitosa en su historia, al obtener tres títulos locales (, y y ) y tres internacionales (Copa Libertadores 1994, Copa Intercontinental 1994 y Copa Interamericana 1996). En 1998 llegó al banco del Club Atlético Boca Juniors, donde permaneció en dos exitosas etapas (1998-2001 y 2003-2004), en las que el club ganó cuatro títulos locales (, y , y ) y cinco internacionales (Copas Libertadores 2000, 2001 y 2003, y Copas Intercontinentales 2000 y 2003). Debido a sus impresionantes éxitos en Argentina, en donde llevó a dos clubes a ser campeones del mundo, Bianchi es considerado uno de los mejores directores técnicos argentinos de todos los tiempos, además de ser el segundo más ganador de la era profesional, con 15 títulos (solo por detrás de Helenio Herrera con 16). Bianchi tendría una corta etapa como entrenador del Atlético de Madrid antes de volver a Boca en 2013, hasta su dimisión en 2014. Es el entrenador más exitoso en la historia del club "xeneize", con nueve títulos conseguidos.