Il termine flottiglia può anche essere impiegato in ambito non militare, ma sempre in ambito nautico per riferirsi ad una piccola flotta di navi, ovvero ad gruppo di imbarcazioni con caratteristiche simili che navigano insieme o che condividono proprietà, base, sponsor, obiettivo o marchio; come, ad esempio, nel caso di una regata velica (anche non competitiva) o della Freedom Flotilla.