Nach seiner Heimkehr heiratete Bligh am 4. Februar 1781 auf der Isle of Man Elizabeth Betham, die Tochter eines Zolleinnehmers. Im selben Jahr wurde er zum Leutnant befördert. Als solcher nahm er in den folgenden zwei Jahren am Seekrieg gegen die Niederlande, Frankreich und Spanien teil, die alle die USA in ihrem Unabhängigkeitskrieg mit Großbritannien unterstützten. Bligh kämpfte im Sommer 1781 in der Schlacht auf der Doggerbank und 1782 bei der Verteidigung von Gibraltar. Nach dem Frieden von Paris 1783 nahm er seinen Abschied von der Marine und befehligte vier Jahre lang ein Handelsschiff, das im Rum- und Zuckerhandel zwischen England und Westindien verkehrte. Dabei lernte er Fletcher Christian kennen, den späteren 2. Offizier der "Bounty" und Anführer der Meuterer. Beide verband anfangs eine enge Freundschaft.