Depois que Lincoln recebeu uma carta, na qual McClellan ofereceu aconselhamento político não solicitado, pedindo cautela nos esforços bélicos, o presidente destituiu-o do comando e nomeou Henry Wager Halleck em março de 1862. A carta indignou os radicais republicanos, que pressionaram o governo, e com êxito, John Pope foi nomeado chefe do Exército da Virgínia. Pope concordou com o desejo estratégico de Lincoln em se mover em direção à Richmond pelo norte, protegendo Washington de um possível ataque. Entretanto, a falta dos reforços solicitados por McClellan (agora à frente do Exército de Potomac) ocasionou a derrota de Pope na Segunda Batalha de Bull Run no verão de 1862, o que pela segunda vez forçou o Exército de Potomac a defender a capital. A guerra também usou de operações navais em 1862, quando o CSS "Virginia" (anteriormente o USS "Merrimack") causou avarias ou destruiu três embarcações da União em Norfolk (Virgínia), antes de ser danificado pelo USS "Monitor". Lincoln analisou criteriosamente as expedições e interrogou oficiais navais durante a Batalha de Hampton Roads.