Nach dem Tod ihres Vaters setzten Gnaeus und sein Bruder Sextus den Widerstand gegen Caesar in der Provinz Africa fort. Zusammen mit Metellus Scipio, dem jüngeren Cato und anderen Senatoren bereiteten sie sich auf den Kampf gegen Caesar und seine Armee vor. Caesar gewann die erste Schlacht bei Thapsus im Jahr 46 v. Chr. gegen Metellus Scipio und Cato, der daraufhin Selbstmord beging. Gnaeus floh erneut, diesmal auf die Balearen, wo er mit Sextus zusammentraf. Zusammen mit Titus Labienus, einem ehemaligen Legaten Caesars, der zu Beginn des Bürgerkriegs die Seiten gewechselt hatte, setzten die Brüder nach Hispanien über, wo sie eine neue Armee aufstellten. Caesar und seine Legionen folgten ihnen und trafen am 17. März 45 v. Chr. in der Schlacht von Munda mit ihnen zusammen. Beide Armeen waren stark und wurden von fähigen Generalen geführt. Vermutlich brachte eine Kavallerieattacke Caesar den Sieg. Titus Labienus und etwa 30.000 seiner Männer starben in der Schlacht und auf der Flucht vom Schlachtfeld.