En 1899, Frances Macdonald rejoint MacNair à Liverpool où ils se marient. Le couple continue à peindre des aquarelles, et conçoit des décorations intérieures. Ils exposent un cabinet d´écriture à la Première exposition internationale d'art décoratif moderne de Turin en 1902. Ils exposent également à Liverpool, Londres, Vienne et Dresde au début des années 1900. À la suite de la fermeture de l´école en 1905, et à la faillite de la famille MacNair, le couple retourne à Glasgow en 1909. La carrière de MacNair décline à partir de cette période, et on ne lui connait, a priori, plus aucune œuvre postérieure à 1911.