Tomoki Iwata spielte fünfmal in der U18 und siebenmal in der U19–Nationalmannschaft. Seit 2019 spielt er für die japanische Fußballnationalmannschaft. Sein Länderspieldebüt gab er am 21. Juni 2019 eine einem Spiel der Copa América gegen Uruguay in der Arena do Grêmio in Porto Alegre.