המירוץ חווה טלטלה לאחר שהנשיא קנדי נרצח בנובמבר 1963, ובמקומו עלה סגן הנשיא לינדון ג'ונסון. גולדווטר החל לקבל דואר שבו נטען שיצר "אווירה של שנאה" והוא החל לשקול מחדש את ריצתו. גולדווטר חשש שהפסד לג'ונסון יפגע בתנועה השמרנית. כדרומי, משך ג'ונסון את הפרוטסטנטים הכפריים שקיווה גולדווטר למשוך מול קנדי, הצפוני והקתולי. התנועות למענו החליטו למלא את תיבות הדואר שלו במכתבי תמיכה. הם חששו מסירוב של גולדווטר לרוץ שיפגע במורל של הפעילים. לאחר סיום תקופת האבל על קנדי, החל גולדווטר לתקוף את הנשיא החדש, וטען שהוביל חוק למתן סיוע זר בערב חג המולד. גולדווטר המשיך להוביל, אולם זכה לתמיכה של 25% בלבד מול שאר הרפובליקנים. מטרתו של גולדווטר הייתה להשיג את המועמדות הרפובליקנית, גם שהיו לו סיכויים מועטים לנצח את הנשיא ג'ונסון, כדי להדיח את האגף המזרחי והליברלי מהשליטה במפלגה.