Prenant part à la campagne de Syrie en , Bavière est nommé chef d’État-major du territoire sud Syrie au mois de juillet, prend le commandement provisoire du BM 11 en , et reçoit l'ordre de tenir un poste avancé à Djeraboub (Libye) en . Nommé chef d’État-major de la 2e BFL en , il se met en évidence aux combats d’El Alamein, puis aux combats de Tunisie en mai et au sein de la DFL. Promu lieutenant-colonel, il joue un rôle déterminant dans la victoire de Takrouna, lui valant une nouvelle citation à l’ordre de l’Armée. En 1944, il participe à la campagne d’Italie et au débarquement de Provence. Il est nommé commandant de la BFL en . Il participe à la victoire dans le secteur de Sélestat et sur l'Ill, au moment de la contre-attaque allemande sur Strasbourg. Après la guerre Bavière est commissaire à la reconstruction de 1948 à 1956.