W sezonie zimowym 2016/2017 Eisenbichler powrócił do regularnych występów w Pucharze Świata. Rozpoczął go od 7. lokaty w Ruce, a w kolejnych startach zajmował głównie miejsca w pierwszej dziesiątce. 11 grudnia 2016 po raz pierwszy w karierze stanął na podium konkursu indywidualnego Pucharu Świata, zawody w Lillehammer kończąc na 3. miejscu. W styczniu 2017 najwyżej sklasyfikowany był na 4. pozycji, w zawodach w Garmisch-Partenkirchen w ramach 65. Turnieju Czterech Skoczni oraz w Zakopanem, a w lutym na 6. miejscu, w konkursie w Sapporo.