С января 1944 года Петраковский находился на лечении по болезни, после выздоровления с марта состоял в резерве Ставки Верховного Главнокомандования и в мае того же года был направлен на учёбу в Высшую военную академию имени К. Е. Ворошилова. После её окончания в июне 1945 года был назначен на должность заместителя командующего 16-й армии Дальневосточного фронта. 5 августа армия была включена в состав 2-го Дальневосточного фронта, после чего во время советско-японской войны во взаимодействии с Северной Тихоокеанской военной флотилией принимала участие в боевых действиях в ходе Южно-Сахалинской и Курильской десантной операций.