Tras la independencia del Imperio Mexicano del Reino de España, perdió su importancia como parte del sistema de comercio atlántico español, aunque continuó como puerto de salida hacia el propio puerto de Veracruz, Nueva Orleans, y Las Antillas. Durante la primera mitad del siglo XIX, Alvarado fue constante blanco de invasiones y conflictos armados que entorpecieron su recuperación. En la segunda mitad del siglo XIX, Alvarado recuperó parte de su antiguo esplendor al declararse Puerto de Altura y al desarrollarse la navegación de vapor a través de su complejo sistema fluvial y lagunar.