Ab 1415 stand Affoltern unter der Herrschaft und Verwaltung Zürichs. In Affoltern am Albis wirkte ab 1517 der reformorientierte Leutpriester Jakob Näf. Er war verantwortlich dafür, dass 1526 die Messe abgeschafft wurde. 1528 beteiligte er sich an den Berner Glaubensgesprächen. Eine erste Auseinandersetzung in Kappel konnte durch Vermittlung durch die neutralen Orte verhindert werden und endete mit dem Ersten Kappeler Landfrieden. Der zweite Kappelerkrieg im Jahre 1531 endete jedoch mit einer Niederlage der reformierten Orte. Zusammen mit Ulrich Zwingli kam Pfarrer Jakob Näf in der Schlacht um.