Le théâtre est le monument emblématique du site archéologique de Sabratha, mais sa conservation est menacée : les pierres locales, de médiocre qualité, ne sont pas protégées par un enduit comme durant l'Antiquité et sont exposées à la corrosion des vents et des embruns chargés de sel, tandis que le tourisme à la fin du suscite le risque de vandalisme. Plus grave, la détérioration de la situation politique libyenne depuis 2011 suscite en 2014 l'inquiétude de l'UNESCO, face aux risques de trafic illicite d'objets du patrimoine archéologique. Plus récemment en 2015, le chef du service des Antiquités libyennes Ahmed Hassan s'alarme de possibles pillages et saccages des antiquités comme en Irak et en Syrie. Pour ces raisons, l'ensemble du site de Sabratha et son théâtre ont été inscrits le sur la liste du patrimoine mondial en péril.