Полк был последний раз переименован в 1991 году, получив обозначение 107-го смешанного авиационного полка. Он участвовал в сражениях 1991 и 1992 годов войн в Хорватии и Боснии и Герцеговине. В апреле 1992 года после вывода ЮНА из Боснии и Герцеговины полк покинул аэродром Мостара и перелетел на авиабазу Голубовци в Черногории. В мае он был расформирован: его правопреемником де-факто стал 97-й вертолётный полк, куда был переведён личный состав, ранее ушедший в 722-ю противотанковую вертолётную эскадрилью.