Durante este nuevo período en el gobierno, Indira se centró en reprimir el nacionalismo sij en el Panyab. Este movimiento quería un estado confesional Sij y buscaba independizar el Panyab para conseguirlo. El gobierno de Indira reprimió los intentos de llevar a cabo la separación del Panyab, dejando un saldo de cientos de muertes civiles y ordenó la ejecución de la "Operación Estrella Azul", la cual se saldó con la muerte de Jarnail Singh Bhindranwale, líder sij que había sido una de las figuras centrales del movimiento separatista. Estas acciones generaron un gran descontento entre la minoría sij en India pero fortaleció su popularidad entre varios segmentos de la sociedad del país, lo que le permitió ganar las elecciones de 1984. Tres meses después, cuando iba camino a una entrevista con el actor Peter Ustinov, fue asesinada por dos de sus guardaespaldas, que le asestaron 31 impactos de bala. Los guardaespaldas formaban parte de la minoría sijs y fueron abatidos poco después.