A principios de 1938 cayó enfermo, víctima de una grave úlcera, y, todavía convaleciente, fue testigo de los graves bombarderos de Barcelona de marzo. El 7 de abril, aún enfermo en cama, fue nombrado Subsecretario de Aviación. En octubre fue ascendido a Coronel, en reconocimiento a sus servicios y su carrera militar. Un mes más tarde hubo de hacerse cargo de las FARE, de forma accidental, mientras Hidalgo de Cisneros realizaba un viaje a la URSS para adquirir material bélico. Con la Derrota republicana en Cataluña, pasó a Francia aunque volvió a la zona Centro-sur, reclamado por el Presidente Negrín. Dado que era plenamente consciente de la conspiración del Coronel Casado, ordenó concentrar en Monóvar todos los Douglas DC-2 y demás aparatos de transporte, para tenerlos bajo su control directo y evitar que cayeran en manos de los alzados. Cuando se produjo el Golpe de Estado de Casado, no lo apoyó pero en cambio sí consiguió evacuar a numerosos republicanos comprometidos.