У XVII ст. євреї постраждали під час Визвольного повстання під проводом Богдана Хмельницького. У багатьох містах, особливо на Поділлі, Волині та Лівобережній Україні, єврейське населення було майже повністю винищене. За умовами Зборівського договору року особам, що сповідували юдаїзм, заборонялося мешкати в Гетьманщині. Під час Хмельниччини в Україні вперше відбувся найбільший спалах антисемітизму, викликаний боротьбою пригнобленого народу з шляхтою та євреями, які займали панівне становище в економіці Речі Посполитої. Єврейський літописець — очевидець Натан Ганновер у праці «Глибокий мул» оцінював кількість загиблих понад 100 000.