La Parroquia de San Sebastián, ubicada en la ciudad de Antigua Guatemala, formó parte de la Arquidiócesis de Guatemala. y junto con las parroquias de Candelaria y de Los Remedios, fue una de las tres que rigieron sobre la antigua ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala. La estructura fue dañada por los Terremotos de Santa Marta pero se conservó relativamente en buen estado y funcionó como parroquia provisional tras el traslado de la parroquia original a la Nueva Guatemala de la Asunción en 1776. En 1804 la parroquia se fusionó con las de Candelaria y de Los Remedios y se formó la Parroquia de San José, que funciona desde entonces en una porción de las ruinas Catedral de Santiago de Antigua Guatemala. El templo de San Sebastián fue dañados por nuevos sismos en la segunda mitad del siglo y fue definitivamente abandonado en 1874.