По окончании Семилетней войны и до конца XIX века Сент-Джонс, как и весь Ньюфаундленд, постепенно увеличивал численность населения, росла экономика (прежде всего рыболовство, также важную роль играли заготовка древесины и обслуживание судов британского флота). В ходе Войны за независимость США и Англо-американской войны 1812 года город служил базой для британских кораблей, осуществлявших блокаду США. Сент-Джонс сильно пострадал от нескольких пожаров, крупнейшим из которых стал Великий пожар 1892 года.