Terminant cinquième du championnat en 1988, le club participe à nouveau à la Coupe UEFA l'année suivante, atteignant cette fois le deuxième tour après avoir éliminé l'IFK Göteborg avant d'être vaincu par l'Étoile rouge de Belgrade. Par la suite en championnat, le Žalgiris se place en quatrième position à la fin de la saison 1989. Cette saison s'avère être la dernière du club dans le championnat soviétique, en effet, dans le contexte des débuts de la dissolution de l'Union soviétique et de la déclaration d'indépendance de la Lituanie au mois de , le club se retire alors de toutes les compétitions soviétiques pour prendre alors part aux championnats lituaniens.