Die thüringischen Staaten waren im 16. Jahrhundert eines der ersten protestantischen Gebiete der Welt, da der Reformator Martin Luther in Kurfürst Friedrich von Sachsen einen Förderer hatte. Zudem spielten sich die Hintergründe der Reformation teilweise in Thüringen ab: Luther absolvierte sein Theologiestudium an der Universität Erfurt, seine Familie selbst stammte aus Möhra, die Bibelübersetzung entstand in Teilen auf der Wartburg und der Bauernkrieg sowie der Schmalkaldische Krieg als Reformationsfolgen trugen sich zu größeren Teilen in Thüringen zu. Auch die reformatorische Täuferbewegung war in großen Teilen Thüringens verbreitet. Eines der Zentren der mitteldeutschen Täufer war die Stadt Mühlhausen, wo 1525 bereits Thomas Müntzer gewirkt hatte.