Quando o Exército Vermelho se aproximou de Berlim em 1945, Klopfer fugiu da cidade. Foi capturado e detido e foi acusado e crimes de guerra, mas foi libertado por falta de provas. Depois da guerra tornou-se conselheiro de impostos na cidade de Ulm (Baden-Württemberg) em 1952, e recuperou a sua licença de advogado em 1956. Foi o último participante da Conferência de Wannsee a morrer, em 1987.