Након инвазија на Кореју 1592. и 1597. године, Јапан се поново поделио на два супарничка табора. Сукоб је достигао врхунац у бици код Секигахаре 1600. као резултат тога, Токугава Ијејасу је проглашен за шогуна 1603. Ову титулу су његови потомци носили два и по века. Најозбиљнији противник Токугаве, Тојотоми Хидејори, био је поражен после друге опсаде Осаке 1615. Претежно хришћанска побуна у Шимабари, на острву Кјушу, догодила се 1638. Угашена је после дуге и неочекивано тешке борбе, али се показала као једини истински изазов Токугавиној надмоћи.