In de daaropvolgende Russisch-Poolse oorlog (1654-1667) slaagde Jan II er in 1660 in het verwoeste grondgebied van het groothertogdom Litouwen van de Russische troepen te bevrijden. Tegen de achtergrond van hernieuwde gevechten met de Kozakken en Krim-Tataren in het zuiden van het koninkrijk en van een binnenlandse opstand van de adel, werd hij in 1667 echter met het Verdrag van Andrussowo gedwongen te verzaken aan grote delen van het huidige West-Rusland met Smolensk en Oost-Oekraïne met Kiev tot aan de Dnjepr.