Im Jahr 1944 war von Thüngen in Berlin Inspekteur des Wehrersatzwesens. Am 20. Juli 1944 wurde er durch die Verschwörer zum Befehlshaber des Wehrkreises III (Berlin) ernannt und Nachfolger des festgenommenen Generals Joachim von Kortzfleisch. Er übernahm den Befehl über das Generalkommando.