Reyes studeerde aanvankelijk rechten, maar stopte met die studie om zich aan te sluiten bij het leger. Hij vocht aan republikeinse zijde tijdens de Franse interventie in Mexico en steunde in 1876 het plan van Tuxtepec van Porfirio Díaz, die daarbij de macht greep. In 1885 werd hij benoemd tot generaal en aangewezen als gouverneur van de noordelijke deelstaat Nuevo León. Reyes gold als Díaz' "proconsul van het noorden". Hij zorgde ervoor dat Díaz wil in het noorden van het land naar de letter werd uitgevoerd, hoewel hij ook een aantal progressieve hervormingen doorvoerde, waaronder vernieuwingen in het onderwijs en een wet die werknemers die tijdens hun werk gewond raakten een schadevergoeding toekende. Reyes gold als een van de naaste vertrouwelingen van Díaz maar was een verklaard vijand van de "científicos", Díaz groep van positivistische adviseurs. Van 1900 tot 1902 diende hij als minister van oorlog en marine onder Díaz.