La división de Hill no estuvo comprometida en la batalla de Fredericksburg. En este punto, los conflictos con Lee comenzaron a surgir. En la reorganización del Ejército del Norte de Virginia después de la muerte de Stonewall Jackson, Hill no fue nombrado para un comando de cuerpo. Ya había sido separado del ejército de Lee y enviado a su estado natal para reclutar tropas. Durante la campaña de Gettysburg dirigió las tropas de la reserva confederada que protegían Richmond, y resistió con éxito un avance a medias de las fuerzas de la Unión bajo John A. Dix y Erasmus Keyes a finales de junio. En 1863, fue enviado al recién reorganizado Ejército de Tennessee del general Braxton Bragg, con un ascenso provisional a teniente general, para comandar uno de sus cuerpos. Hill había servido a las órdenes de Bragg en México y al principio estaba contento de haberse reunido con un viejo amigo, pero los sentimientos afectuosos no duraron mucho. En la sangrienta y confusa victoria en Chickamauga, las fuerzas de Hill vieron algunos de los combates más intensos. Después, Hill se unió a varios otros generales condenando abiertamente el fracaso de Bragg para explotar la victoria. El presidente Jefferson Davis vino a resolver personalmente esta disputa, a favor de Bragg, y en detrimento de esos generales molestos. El Ejército de Tennessee fue reorganizado de nuevo, y Hill se quedó sin mando. Davis entonces se negó a confirmar el ascenso de Hill, degradándolo efectivamente a General de División. Debido a esto, Hill vio menos lucha durante el resto de la guerra.