Cependant, ses débuts se sont vus menacés lorsque le 4 août 1809, en pleine Guerre de l’Indépendance et pendant le deuxième Siège de la ville par les troupes françaises, les bombardements finirent par enterrer cette récente création. À la fin du conflit commence une longue période de reconstruction, qui, tout en supposant une augmentation des fonds, marquera l’affirmation d’un des traits particuliers de la Bibliothèque: son caractère ambulant. Pendant le et une bonne partie du elle n’aura pas d’emplacement fixe.