Hi ha moltes teories sobre el seu origen, tot i que la més acceptada és que els ikwerres tenen un origen igbo. Podrien ser descendents de migrants igbos de les zones d'Awka i d'orlu que van anar direcció el sud. Historiadors igbos diuen que els ikwerres són part dels igbos meridionals. Amada, un historiador igbo, diu que la teoria de l'origen igbo té suports entre els mateixos ikwerres, que s'afirmen descendents d'una migració des d'Arochukwu Igbo encapçalats pel seu líder, Okpo Nwagidi. Abans de la Guerra de Biafra, hi havia veus dissidents que afirmaven que els ikwerres podrien provenir de fora d'igboland, com podria ser el Regne de Benín. Quan Port Harcourt va ser conquerit per les forces de Nigèria durant la Guerra de Biafra i els igbos d'akltres zones d'Igboland en van fugir, un informe de les Nacions Unides afirmà que els ikwerres van afirmar que ells no eren igbos per conveniència. Els ikwerres són reconeguts com un grup separat a la Constitució de Nigèria de 1979.