Релиз третьего студийного альбома "Beautiful Garbage" состоялся 1 октября 2001 года. Вышедший спустя три недели после терактов 11 сентября в Нью-Йорке, альбом сильно пострадал из-за отсутствия рекламной кампании в США. В музыкальном отношении "Beautiful Garbage" был задуман, как едкая сатира на культ гламура и современную поп-культуру. Тексты песен "Beautiful Garbage" отличаются большей открытостью и отражают личные переживания Ширли Мэнсон, хотя некоторые треки имеют ярко выраженный иронический и пародийный характер. Но альбом получил довольно противоречивые отзывы от музыкальных критиков. Тем не менее "Beautiful Garbage" занял первое место Top Electronic Albums, а в конце 2001 года диск был включён в список «10 лучших альбомов года» журнала "Rolling Stone".