Kaarle Teodor menetti suuren osan valtakunnastaan Ranskan vallankumoussodissa vuodesta 1792 alkaen. Kun Jean-Victor Moreaun komentama Ranskan armeija vuonna 1795 hyökkäsi Baijeriin ja marssi Müncheniin saakka, Kaarle Teodor pakeni Saksiin ja nimitti asioita hoitamaan valtionhoitajakunnan, joka syyskuussa 1796 solmi raskaan aselevon Moreaun kanssa. Kaarle Teodor pysyi nimellisenä hallitsijana kolme vuotta myöhemmin tapahtuneeseen kuolemaansa asti. Hänen sukuhaaransa sammui hänen kuollessaan, jolloin Baijerin ja Pfalzin vaaliruhtinaaksi tuli lapsettomana kuolleen Kaarle II Augustin nuorempi veli Maksimilian IV Joosef.