Van de 51 deelnemende landen aan de kwalificatie moesten 42 landen in een voorronde met een thuis- en uitwedstrijd zich plaatsen voor de groepsfase. Hierin speelden de 21 winnaars en de negen vrijgestelde landen (Congo-Kinshasa, Egypte, Ivoorkust, Kameroen, Marokko, Nigeria, Senegal, Tunesië en Zuid-Afrika; de vijf Afrikaanse deelnemers aan het WK 2002 plus de vier hoogst gerangschikte Afrikaanse teams op de FIFA-wereldranglijst). In vijf groepen van zes landen, waarvan de top drie zich plaatste voor de eindronde van de Afrika Cup (de vijf groepswinnaars plaatsten zich voor het WK). In de groep met Egypte plaatste ook de nummer vier zich omdat het automatische geplaatste Egypte als derde eindigde in zijn groep. Alleen de groepswinnaars plaatsten zich voor de eindronde van het wereldkampioenschap voetbal.