51 страна подала заявки на участие в Кубке африканских наций 2004 года, претендуя на 16 мест в финальном турнире. (действующий чемпион) и (хозяин турнира) получили путёвки автоматически, а остальные 49 стран разыграли 14 путёвок в 13 отборочных группах (13 победителей групп и лучшая из команд, занявших вторые места).