אובדן המושבות נמנה עם הסיבות ששמו קץ לאיחוד עם ספרד. בשנת 1640 הוכתר ז'ואאו הרביעי כמלך פורטוגל, ופרצה מלחמת השבת הכתר הפורטוגזי. ב-1668 הכירה ספרד בכך שלא ניתן להשיב את האיחוד האיברי, ובתמורה מסרה פורטוגל לספרד את ההיאחזות במובלעת המרוקאית סאוטה.