El rápido aumento de la población en la capital generó problemas de vivienda e higiene a gran escala: en 1871, una epidemia de fiebre amarilla —probablemente a consecuencia de la guerra— causó la muerte en Buenos Aires de alrededor de 14 000 personas. El gobierno nacional en pleno huyó de la ciudad, por lo que la lucha contra la peste debió ser llevada adelante por una comisión; esta dispuso la creación del Cementerio de la Chacarita, y en los años siguientes se crearon las primeras redes de aguas corrientes y de cloacas de la ciudad.