Im Zuge der Auflösung der Sowjetunion 1991 erklärte die ehemalige Moldauische Sowjetrepublik ihre staatliche Unabhängigkeit. Eine Vereinigung mit Rumänien wurde öffentlich debattiert. Im östlichen Landesteil, Transnistrien, in dessen Einflussbereich auch Bender lag, war man aber zunächst noch an einem Verbleib bei der Sowjetunion interessiert und versuchte nach deren endgültigem Zusammenbruch eine Loslösung vom unabhängigen Moldau zu erreichen. Hintergrund waren auch unterschiedliche demographische Verhältnisse in Transnistrien und dem Rest Moldaus. Es kam 1992 zu einem offenen Konflikt zwischen Transnistrien und Moldau, bei dem Moldau mit Waffengewalt versuchte, die Kontrolle über Transnistrien zu erlangen. Die Auseinandersetzung ging letzten Endes zu Gunsten Transnistriens aus. Vom 19. bis 22. Juli 1992 war Bender Schauplatz intensiver Gefechte, bei denen – je nach Schätzung – zwischen knapp 100 und über 400 Menschen ums Leben kamen. Kurzzeitig flohen fast 100.000 Menschen aus der Stadt. Bender konnte kurzzeitig von moldauischen Truppen eingenommen werden, konnte aber letztlich von transnistrischen Einheiten zurückerobert werden. Sofort nach den Gefechten um Bender endete der bewaffnete Kampf um Transnistrien und beide Seiten verständigten sich auf einen Waffenstillstand. Unmittelbar um die Stadt verläuft die transnistrisch-moldauische Kontrolllinie.