In 1458 schonken de Turken het klooster terug aan de orthodoxe christenen. Uit die periode dateren de huidige kloostergang en de monnikenverblijven. Tijdens de Griekse Onafhankelijkheidsoorlog had het klooster veel te lijden, en werd uiteindelijk door de monniken verlaten in 1821. Eerst na 1890 werd de kerk gerestaureerd en werden de gehavende mozaïeken in eer hersteld. De oorspronkelijke marmeren vloeren en wandbekledingen zijn niet bewaard gebleven, en ook de mozaïeken hebben erg geleden, maar toch is de kerk van Dafní een hoogtepunt van Byzantijnse kunst.