Totti debuterede for "Gli' Azzuri" (da. De Azurblå) i en kvalifikationskamp til EM 2000 mod Schweiz den 10. oktober 1998. Han blev udtaget til truppen der skulle til EM i Holland/Belgien. Italien nåede frem til finalen hvor Frankrig ventede. Totti og Co. tabte finalen 2-1 til Frankrig på trods af at have været kommet foran 1-0. Trods nederlaget blev Totti udnævnt til Man of the Match og blev af mange anset for at være turneringens bedste spiller.