Opět si svým chováním vysloužila Kalvínovu chválu (10. května 1563) a byla jednou z nejčastěji se opakujících osob v jeho korespondenci. Kalvín opakovaně uznává její zásah do evangelické kauzy, a jeden z jeho posledních spisů ve francouzském jazyce, vyslán z jeho smrtelného lože (4. dubna 1564), je určen jí. Zatímco Renata nerušeně pokračovala ve druhé náboženské válce, ve třetí hrad už nebyl respektován jako azyl pro její souvěrce. Na druhou stranu se jí podařilo řadu z nich zachránit během Bartolomějské noci. Ji osobně nechali v té době v klidu, Kateřina Medicejská se ji stále snažila přestěhovat, tento požadavek byl však ignorován.