В &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%90%D0%BD%D0%B3%D0%BB%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%202005/2006"&gt;сезоне 2005/06&lt;/a&gt; Парнаби наконец удалось обойтись без травм. Стюарт сыграл деятельную роль в достижении «Мидлсбро» полуфинала Кубка Англии и выходе в финал Кубка УЕФА, включая решающий гол в ворота «Штутгарта» на стадии 1/8 финала. В финальной встрече против «Севильи» в Эйндховене защитник появился в стартовом составе «речников» и провёл на поле все 90 минут. Всего по итогам сезона он сыграл 42 игры, записав на свой счет 4 забитых мяча.