En mars 1998, commence la guerre entre la Yougoslavie et le Kosovo. Flora Brovina crée le Centre de santé destiné aux femmes et aux enfants. Il fournit une assistance, un abri et des services médicaux aux femmes et aux enfants qui ont fui les zones touchées par la guerre. Pendant toute la durée de la guerre, même pendant les bombardements, elle reste au centre avec ses collègues pour aider les femmes et les enfants qui sont sous leur protection. Elle assure les soins médicaux partout où on a besoin d'elle et met sur pied des hôpitaux de campagne pour soigner les blessés.