Clarke bestritt sechs Spiele für Schottland. Sein Debüt für die "Tartan Army" gab er unter Trainer Andy Roxburgh am 9. September 1987 im Hampden Park beim 2:0-Sieg gegen Ungarn. 1987/88 folgten vier weitere Einsätze im blauen Dress, darunter zwei Qualifikationsspiele zur Europameisterschaft. Sein Comebackspiel unter Trainer Craig Brown sechs Jahre später ging am 27. Mai 1994 in Utrecht gegen die Niederlande 1:3 verloren. Es war gleichzeitig Clarkes letzter Einsatz für Schottland.