La progresión de esa generación se vio frenada por la anexión del país a la Alemania nazi y la consecuente incorporación al sistema de ligas germano (Gauliga). El equipo perdió a más de la mitad de su plantilla y a casi toda su directiva por dos razones: por un lado, el reclutamiento forzoso de jugadores en el ejército, y por el otro la expulsión de todos los judíos de la entidad, entre los que se encontraba el presidente Michl Schwarz, que se exilió en Suiza. Aunque el club compitió al comienzo de la temporada 1938-39 como "Sportklub Ostmark" por obligación de las autoridades, consiguió meses después que se restableciera su nombre original. Sus actuaciones en Gauliga no fueron demasiado buenas y a pesar de mantenerse siempre en la máxima categoría, su mejor puesto hasta 1945 fue solo una quinta plaza. En enero de 1939, el delantero Matthias Sindelar murió en extrañas circunstancias, poco antes de que se negara a jugar con los alemanes. Y durante el conflicto perdieron la vida los internacionales Karl Gall y Franz Riegler.