Henry, Ağustos 1999'da Juventus'tan Arsenal'e 10 milyon £ karşılığında anlaştı ve eski teknik direktörü Arsène Wenger'le yeniden aynı çatı altına geldi. Futbolcu, Arsenal'da zamanla uluslararası bir yıldız konumuna yükselecekti. Transferi Arsenal'da herhangi bir tartışmaya yol açmadı. Henry'nin yeteneklerine o daha çocukken şahit olan Wenger, onun transfer ücreti değerinde bir futbolcu olduğunu bildiği için transfer konusunda ikna olmuştu. Kendisi, Real Madrid'e transfer olan Nicolas Anelka'nın yerine, onunla eş değer bir futbolcu olarak, transfer edilmişti. Monaco forması giydiğinde kanatta oynayan futbolcu, hocasının onu hücum hattına koymasıyla kendini göstermeye başladı ve kısa sürede Wenger'e ayak uydurdu. Buna rağmen, hızlı ve fiziksel açıdan sert olan İngiltere futbolu karşısında, yeteneklerini sergilerken ilk sekiz maçında uyum sağlayamayacağına dair birtakım kuşkular uyandırsa da, İngiltere'deki birkaç farklı bir şekilde geçen aydan sonra Henry, iyi bir forvet olmak için çalışmıştır. Hakkındaki bu şüpheleri, ilk sezonu olan 1999-2000 sezonundaki maçlarda etkili olup toplamda 26 gol atarak dağıttı. Arsenal, sezonu Manchester United'ın arkasında ikinci olarak bitirdi ve 2000 UEFA Kupası Finali'nde Galatasaray'a kaybetti.