1 września 1939 wybuchła II wojna światowa, podczas której na terenie diecezji, zniszczeń odniosło wiele świątyń i obiektów sakralnych. Po zakończeniu wojny w 1945 i zdobytym przez Armię Czerwoną Gdańsku, nastąpiły masowe wyjazdy Niemców oraz przyjazdy polskich przymusowych wysiedleńców z Kresów Wschodnich i Polski Centralnej. 27 grudnia 1956 do RFN wyjechał również biskup Karol Maria Splett, który został 2 lutego 1946 skazany przez władze Polski Ludowej na 8 lat więzienia oraz konfiskatę mienia i osadzony w Zakładzie Karnym we Wronkach, a następnie internowany w klasztorach: w Borku Starym (od sierpnia 1953) i Dukli (od grudnia 1953 do grudnia 1956).