Kiir là một người Dinka nhưng thuộc về một thị tốc khác so với tổng thống Miền Nam Sudan tiền nhiệm là John Garang. Vào cuối những năm 1960, Kiir gia nhập lực lượng của người Anyanya trong Nội chiến Sudan lần 1. Vào năm 1972, sau khi ký kết thảo thuận Addis Ababa, ông trở thành một sĩ quan cấp thấp. Năm 1983, khi Garang tổ chức binh biến, ông đã được cử đến để dập tắt đội quân này, Kiir và các lãnh đạo Miền Nam khác sau đó đã gia nhập quân nổi dậy Phong trào Giải phóng Nhân dân Sudan (SPLM) trong cuộc Nội chiến Sudan lần 2. Garang chỉ có một đội quân nhỏ và ít kinh nghiệm và họ đã đặt tin tưởng vào những người Anyanya vốn có kinh nghiệm chiến trường, trong đó có Kiir.