Противоречия между региональными властями и новыми центральными властями Грузии достигли высокого уровня и вылились в ожесточённое противостояние. Масштабный вооружённый конфликт в автономной республике был предотвращён в результате переговоров между Россией и Грузией. В Аджарию отправился секретарь Совета Безопасности России Игорь Иванов. В ночь с 5 на 6 мая 2004 года Аслан Абашидзе вместе с сыном Георгием покинули Аджарию, вылетев с секретарём Совета Безопасности России в Москву. Аджарский кризис завершился полным подчинением автономии столичным властям.