В сентябре 2000 года Бабаян перешёл на «Первый канал» (ОРТ) и стал политическим обозревателем программ «Новости» и «Время». Один из первых репортажей Бабаяна на ОРТ был посвящён церемонии закрытия летних Олимпийских игр 2000 года в Сиднее. В марте 2003 года был в числе журналистов телеканала, освещавших Иракскую войну: делал материалы из Багдада.