En 1990 es va unir al Front Patriòtic Ruandès (RPF) després que fos assassinat el seu germà, coronel de les Forces Ruandeses de Defensa. En aquell temps el FPR preparava la invasió de Ruanda des d'Uganda, començant la Guerra Civil ruandesa. Bizimungu vivia exiliat a Bèlgica, servint com a oficial d'informació del partit. En 1993 va ajudar a negociar els acords d'Arusha.