Према новинама "Российская газета", Квачков је 1999. током НАТО бомбардовања СРЈ предочио Слободану Милошевићу свој план „алтернативног рата“. Према истом извору, Милошевић је похвалио план, али је ипак одлучио да не шири сукоб. Газета такође наводи да је Квачков творац плана да се минира коридор који су чеченски борци предвођени Шамилом Басајевим користили за излазак из опкољеног Грозног током Другог чеченског рата.