Bis ins 19. Jahrhundert war die Stadt ein wichtiger Stützpunkt für die tunesischen Korsaren, die auch den See von Bizerte, eine Salzwasser-Lagune, als Rückzugsgebiet nutzten. 1881 wurde Bizerte von Frankreich besetzt und zu einem wichtigen Militärstützpunkt ausgebaut. Von Dezember 1920 bis Oktober 1924 war das sogenannte Russische Geschwader, der Rest der Kaiserlich Russischen Schwarzmeerflotte, der im Russischen Bürgerkrieg auf der Seite der Weißen Armee des Generals Pjotr Nikolajewitsch Wrangel gestanden hatte, in Bizerte interniert. Im Zweiten Weltkrieg kam es im Rahmen des Tunesienfeldzugs (1943) zu heftigen Kämpfen zwischen deutschen und US-amerikanischen Truppen um Bizerte. Auch nach der Unabhängigkeit Tunesiens blieb der Militärstützpunkt zunächst in französischem Besitz. Im Juli 1961 verlangte Präsident Habib Bourguiba den Abzug der Franzosen und ließ die Flottenbasis von tunesischen Truppen umstellen. Der französische Präsident Charles de Gaulle schickte daraufhin Einheiten, die in dreitägigen Kämpfen (über 600 Tote, zu 95 % Tunesier) das gesamte Stadtgebiet besetzten (sogenannte "Bizerte-Krise"). Ende September kam es zu einer tunesisch-französischen Übereinkunft, aber erst am 15. Oktober 1963 verließ der letzte französische Soldat die Stadt.