15 апреля Павелич прибыл в Загреб, где 16 апреля сформировал правительство НГХ, став одновременно его председателем и министром иностранных дел. Первым законом, принятым в НГХ, стал Закон о гражданстве 30 апреля 1941 года, затем приняты законы, в соответствии с которыми все граждане-неарийцы (к арийцам были причислены и хорваты) объявлены вне закона, только ариец мог стать гражданином НГХ, остальные считались «принадлежащими к государству». В тот же день приняты Законы о расовой принадлежности и о защите арийской крови и чести хорватского народа, запрещавшие межнациональные браки. Закон о защите национальной арийской культуры хорватского народа 4 июня 1941 года запрещал «неарийцам какое-либо участие в работе общественных, молодёжных, спортивных и культурных организаций и учреждений хорватского народа, а также в литературной и журналистской деятельности, в сфере живописи, музыки, архитектуры, театра, кино». В НГХ широко применялись этнические чистки, сопровождавшиеся геноцидом сербов. В сентябре 1942 года посетил Германию, где получил разрешение Гитлера на дальнейшее усиление режима личной власти, после чего провёл реорганизацию правительства, уволив Кватерников. 15 июня 1941 года Хорватия присоединилась к Тройственному, 26 июня — к Антикоминтерновскому пакту. 14 декабря 1941 года объявил войну Великобритании и США.