Le reliquat de l'armée d'Early est définitivement battu lors de la bataille de Waynesboro, le . Une nouvelle défaite sudiste intervient encore lors de la bataille de Fort Stedman, le , portant un coup dévastateur pour l'armée de Lee, préfigurant la chute de Petersburg les 2 et 3 avril. Les troupes nordistes lancent un assaut final sur les tranchées de la ville. En dépit d'une défense héroïque des confédérés, Lee est obligé, sous la pression yankee, de retirer ses forces de Petersburg puis de Richmond, la capitale sudiste, désormais sans défense, abandonnée et incendiée. Il prend la direction de l'ouest afin d'essayer de rejoindre les unités commandées par le général Joseph E. Johnston en Caroline du Nord. Encerclé de nouveau, conscient de l'impossibilité de renverser le cours des événements, Lee résiste à l'appel de certains de ses officiers de mener une guérilla dans les montagnes. Il décide de capituler à Appomattox (Virginie) le .