Wegen der Unruhen des Schmalkaldischen und Deutschen Bauernkriegs wurden die Franziskaner 1548 vom Kloster abgezogen. Von da an lebten bis 1643 aus der Reichsstadt geflohene Franziskanerinnen in dem Konventsgebäude. 1649 zog wieder ein Franziskanerkonvent mit zwölf Brüdern in die alten Klostergebäude ein. Die Ordensbrüder wirkten nun seelsorgerisch in der Pfarrei. Im gleichen Jahr zogen die Franziskanerinnen, die sich kurze Zeit mit den Brüdern das Gebäude teilten, in das Franziskanerinnenklosters St. Anna gegenüber.