Le nouveau président choisit de la faire présider par Earl Warren, le "chief justice", juriste éminemment respecté et président de la Cour suprême, la plus haute juridiction aux États-Unis. Dans un premier temps, Earl Warren, toutefois refusa de prendre la tête de la commission car il énonçait le principe de droit qu'un membre du pouvoir judiciaire ne pouvait être au mis au service du pouvoir exécutif. Ce ne fut que sous la pression du président Lyndon Johnson, qui évoqua les tensions internationales et les risques de guerre résultant du décès son prédécesseur, que le président de la Cour suprême accepta de présider la commission. Les autres membres de la commission furent choisi parmi les représentants des partis républicains et démocrates, dans les deux chambres (Sénat et Chambre des représentants). S'ajouta le diplomate John J. McCloy, ancien président de la Banque mondiale et l'ancien directeur de la CIA limogé par John F Kennedy en novembre 1961, Allen Dulles à la suite de l'échec retentissant de l'invasion de la Baie des Cochons en avril 1961.