Mateen prese degli ostaggi dopo l'arrivo della polizia, successivamente scontrandosi. Alle 5:00 circa, la polizia sparò e uccise Mateen, ponendo fine all'attentato. Un totale di 49 persone morirono insieme a Mateen e altre 53 rimasero ferite. Si dice che Mateen abbia sparato almeno 110 colpi durante l'intero evento. L'attacco è stato l'episodio di violenza contro persone LGBT più mortale nella storia degli Stati Uniti e la sparatoria di massa più mortale per un singolo sicario negli Stati Uniti fino alla Strage di Las Vegas del 2017.