К началу Первой мировой войны Багдадская железная дорога была построена только частично. На севере рельсы были проложены до Рас-эль-Айна (за время войны до Нусайбина), на юге — от Багдада до Самарры. На строительстве отдельных участков Багдадской железной дороги были задействованы армянские рабочие бригады. В 1915 году они были полностью уничтожены младотурками. Вегнер стал очевидцем геноцида армян и сделал сотни фотографий. В настоящее время они являются одними из основных фотографических свидетельств геноцида. Эта деятельность вызвала недовольство турецких властей, и по их требованию Вегнер был арестован и выслан в Германию. Некоторые фотографии были конфискованы и уничтожены, однако он смог вывезти множество негативов, спрятав их в поясном ремне.