Bieg na dystansie 3000 metrów z przeszkodami mężczyzn był jedną z konkurencji rozgrywanych podczas IX mistrzostw Europy w Atenach. Biegi eliminacyjne zostały rozegrane 18 września, a bieg finałowy 20 września 1969 roku. Zwycięzcą tej konkurencji został reprezentant Bułgarii Michaił Żelew. W rywalizacji wzięło udział dziewiętnastu zawodników z jedenastu reprezentacji.