V Anglii a Skotsku se Jakub pokoušel zavést náboženskou toleranci, čímž pomohl katolické menšině, ale zneklidnil náboženské a politické špičky. Mezitím Vilém Oranžský, který budoval protestantskou alianci proti katolické Francii, lobboval u anglické politické elity, aby Jakuba nahradili Vilémovou manželkou Marií, která byla Jakubovou dcerou a nejbližší následnicí trůnu, ale nesetkal se s úspěchem. Poté se v roce 1688 Jakubově druhé manželce Marii Modenské narodil syn (Jakub František Stuart) a přinesl tak vyhlídku katolického následníka na anglickém trůnu. Politické mínění v Anglii se změnilo a Vilém a Marie byli pozváni, aby Jakuba nahradili. 4. listopadu 1688 připlouvá Vilém do Torbay v Anglii, kde se druhého dne vyloďuje na břeh. Jakub prchá do Francie. V únoru 1689 je tato „Slavná revoluce“ (Glorious Revolution) formálně potvrzena oficiální výměnou panovníka, ale mnoho katolíků i nadále podporuje Jakuba jako legitimního panovníka.