O jornal, conhecido por sua linha editorial conservadora, tendente à direita política, notabilizou-se por seu apoio ao golpe de Estado de 1973, que depôs o presidente Salvador Allende. Conforme relatório da Comissão Church do Senado dos Estados Unidos, "El Mercurio", recebeu recursos da CIA, no início da década de 1970, para participar de um esquema de propaganda contra o governo Allende. Ainda segundo o relatório, o maior e provavelmente o mais importante apoio da CIA a uma organização de mídia no Chile foi dado a "El Mercurio", o maior jornal de Santiago, durante o governo Allende. Em 1971, os agentes da CIA concluíram que "El Mercurio", a mais importante publicação oposicionista, não sobreviveria por muito tempo, já que deixara de veicular anúncios do governo. Em 9 de setembro de 1971, foi autorizado pela agência um aporte de recursos no valor de USD 700,000 ao jornal. Outra remessa, no valor de USD 965,000, seria feita em 11 de abril de 1972. Um memorando da CIA destacava, entre os veículos por ela apoiados, "El Mercurio", em razão do seu importante papel nos eventos de 11 de setembro de 1973, que levariam ao golpe militar que depôs Allende.