I forbindelse med Novemberrevolutionen blev han i München i slutningen af 1918 medlem af Det Revolutionære Arbejderråd og støttede efter afsættelsen af kongen og dannelsen af en demokratisk rådsrepublik i Bayern. Efter mordet på Bayerns ministerpræsident Kurt Eisner (1867-1918), var han fra den 7. april 1919 sammen med blandt andre Ernst Toller og Gustav Landauer anfører i den første fase af dannelsen af Den bayerske rådsrepublik. Den 13. april 1919 blev Erich Mühsam sammen med andre medlemmer af rådsrepublikkens centralråd anholdt og fængslet..Efter at rådsrepublikken den 2. maj 1919 blev nedkæmpet af Reichswehr og det højrenationalistiske frikorpsforbund, dømte man Mühsam som „et drivende element“ til 15 års fængsel.