Osmanien vallattua kaupungin sinne muutti huomattava joukko turkkilaisia siirtolaisia, mutta muuten kaupunki ei kasvanut juurikaan 1500- ja 1600-lukujen aikana. Paikalliset kääntyivät kuitenkin ajan kuluessa enenevissä määrin islamin uskoon. Vuonna 1530 muslimit muodostivat noin 30 % kaupungin asukkaista ja vuonna 1643 jo 80 %. Vuosina 1606 ja 1614 kaupungissa vierailleet katolilaiset piispat Mario Bizzi ja Pietro Masarechi kuvailivat kaupungin koostuvat 8 600 talosta ja Masarechi mainitsi paikallisten puhuvat albaniaa. Prizren kärsi huomattavia tuhoja itävaltalaiskenraali Piccolominin joukkojen vallatessa sen talvella vuonna 1689-90 suuren Turkin sodan aikana. Itävaltalaisten sittemmin vetäytyessä pohjoiseen heitä seurasi suuri osa Kosovon serbiväestöstä ja sama toistui Itävallan–Turkin sodan aikana vuonna 1737. Vuonna 1843 eyaletien uudistusten yhteydessä Prizrenistä tuli oman alueensa hallinnollinen pääkaupunki Skopjen sijaan ja tämä johti kaupungin kasvuun. Johann Georg von Hahn kuvaili Prizreniä vuonna 1865 "Albanian suurimmaksi kaupungiksi". Vuosina 1878-1881 Prizrenin liiga oli albanialainen liike, joka pyrki turhaan pitämään neljä albanialaista eyaletia koossa ja estämään niiden liitokset Serbiaan ja Kreikkaan.