En el II Congreso del Partido Obrero Socialdemócrata de Rusia sufrió una gran desilusión cuando Plejánov, que le había animado a no dimitir de la junta editorial de "Iskra", respaldó la maniobra de Lenin para expulsar al resto de redactores. El congreso supuso la ruptura entre ambos y el fin de la subordinación de Axelrod a Plejánov. A partir de comienzos de 1904, Axelrod mantuvo su propia línea política.