У вересні 1991 року НФШ вступив у конфлікт із чеченцями-аккінцями, які тоді почали повертатися у Дагестан після депортації 1944-го року. 17 вересня фронт разом з Ісламською партією відродження виставив вимогу про скасування Закону "Про реабілітацію репресованих народів" та постанови дагестанського парламенту про відновлення Аухівського району. Незважаючи на мобілізацію озброєних прихильників Фронту та чеченців-аккінців, конфлікт був розв’язаний мирно.