Magalhães sempre escreveu e pregou contra a rebelião armada, mas foi falsamente acusado de promover a rebelião Cristeira na sua região. Preso em 21 de Maio de 1927 enquanto se dirigia para celebrar a Missa numa fazenda, deu aos seus assassinos seus bens, e sem julgamento, foi martirizado quatro dias depois com outros católicos em Colotlán, Jalisco.