Конец медленной деградации государства положила монгольская империя Юань, совершившая несколько вторжений в Паган. В 1277 году бирманцы потерпели первое крупное поражение от монгольских войск, а в 1287 году Паган был окончательно разгромлен и распался на части. Захватив Паган, юаньские войска посадили на трон правителя-марионетку и покинули Мьянму, оставив там гарнизоны. Вскоре шанские войска изгнали завоевателей из долины Иравади, но Паганское царство уже не возродилось. Правда, в течение многих лет паганский престол ещё существовал, и его последовательно занимали князья из ближайших владений, на которые распалась страна. К 1369 году относится последнее эпиграфическое упоминание о паганском царе. Постепенно Паган был покинут жителями.