Nykyisen Austinin alueella vaikuttaneita alkuperäisasukkaita olivat comanchet ja tonkawat, jotka metsästivät seuduilla biisoneja. Ensimmäiset kultaa etsineet espanjalaiset tutkijat saapuivat alueelle 1530-luvulla. Paikalliset intiaanit saivat maineen julmuudestaan ja heitä syytettiin jopa kannibalismista. Heidän maineensa takia alueelle ei tehty sen enempää tutkimusmatkoja, eikä alueelle saapunut siirtolaisia. Alue kuului kuitenkin muodollisesti Espanjaan aina vuoteen 1821 saakka, jolloin sen entinen siirtomaa Meksiko itsenäistyi. Meksikon alaiseen Texasiin alkoi saapua suuria määriä siirtolaisia. Yksi heidän perustamistaan asutuksista oli vuonna 1835 alkunsa saanut Waterloo-niminen kylä Coloradojoen pohjoisrannalla. Texasin tasavallan itsenäistyttyä tasavallan varapresidentti Mirabeau B. Lamar ehdotti Waterloota uuden tasavallan pääkaupungiksi. Sillä oli keskeinen sijainti, lauhkea sää ja esimerkiksi rannikosta poiketen se ei kärsinyt jatkuvista taudeista. Toinen vaihtoehto pääkaupungiksi oli Houston, mutta lopulta Lamarin ehdotus vei voiton. Waterloosta tehtiin Austin vuonna 1839 ja kaupunki nimettiin Texasin isänä tunnetun Stephen F. Austinin mukaan. Vuonna 1840 kaupungin asukasluku oli 856. Kun Texas liitettiin Yhdysvaltoihin vuonna 1845 Austinista tuli osavaltion pääkaupunki.