Da es Clausewitz 1812 moralisch nicht möglich war, Napoleon in seinem Krieg gegen Russland zu unterstützen, verließ er die Armee und trat in russische Dienste. Seinem Freund August Neidhardt von Gneisenau hinterließ er eine patriotische Denkschrift, welche erst in den 1930er Jahren entdeckt und unter dem Titel "Bekenntnisschrift von 1812" veröffentlicht wurde. Er nahm an allen wichtigen Schlachten teil und übernahm bei der Konvention von Tauroggen eine wichtige Vermittlerrolle. Der preußische König Friedrich Wilhelm III. weigerte sich anschließend, den „Fahnenflüchtigen“ wieder in preußische Dienste zu übernehmen. So machte Clausewitz die Befreiungskriege als Stabschef eines russischen Korps mit, bis es ihm im April 1814 erlaubt wurde, als Oberst nach Preußen zurückzukehren. Für seinen Einsatz in der Schlacht von Borodino 1812 wurde er 1819 mit dem Goldenen Schwert für Tapferkeit ausgezeichnet.