В начале 1992 года усилилось противостояние государственных структур и властей с демократическими силами Таджикистана. Обществом «Лали Бадахшан» был организован митинг на площади перед президентским дворцом. В мае 1992 года в Таджикистане началась гражданская война. В результате дальнейших трагических событий и прихода к власти в 1993 году нового руководства, большинство оппозиционных к прежним властям партий и движений, среди которых был и «Растохез», были вынуждены прекратить свою деятельность. Новое, неокоммунистическое руководство Таджикистана обвинили «Растохез» в разжигании гражданской войны. Многие руководители и сторонники движения были арестованы или были вынуждены бежать из страны. Новое руководство считало движение частью исламистской оппозиции, хотя это отрицали лидеры и сторонники движения, подчеркивая дух секуляризма и либерал-демократии в среде участников движения.