Im 1792 ausgebrochenen Koalitionskrieg gegen das revolutionäre Frankreich ging die Grafschaft Nizza und damit der Kriegshafen Villefranche schnell verloren. Das Regiment "La Marina" kämpfte auf dem Festland bis 1796 unter dem Kommando des Heeres mit Auszeichnung. Ein erster französischer Invasionsversuch auf Sardinien scheiterte Anfang 1793 in Cagliari am Widerstand der Einheimischen und an einem Sturm, ein zweiter Versuch kurz darauf im Gefecht bei La Maddalena, in dem der Bootsmann Domenico Millelire den feindlichen Verband, dem auch Napoleon Bonaparte angehörte, fast im Alleingang vertrieb. Weniger Glück hatte man im Gegenzug bei der Teilnahme an der erfolglosen Belagerung von Toulon, bei der die Fregatte "San Vittorio" und dann auch das Beuteschiff "Alceste" verloren gingen. Nachdem Napoleon auf seinem Italienfeldzug 1796 erstmals die Festlandbesitzungen erobert hatte, zogen sich die Savoyer 1799 nach Sardinien zurück, das sie weiterhin kontrollierten. Der dort verbliebene Rest der Marine und einige hinzugekaufte Schiffe setzten unter Giorgio Des Geneys den Kampf gegen die Korsaren fort, die 1798 Carloforte überfallen hatten. Erwähnenswert ist ein Vorstoß nach Tunis mit der Eroberung von zwei Piratenschiffen (1804, auf dem Rückweg), die Vereitelung einer Landung bei Orosei (1806) und vor allem das kleine, aber sehr heftige Gefecht bei Capo Malfatano (Teulada), wo am 28. Juli 1811 zwei weitere tunesische Schiffe erobert wurden.