Bereits 1170 fand die Kirche erste Erwähnung zusammen mit der Marienkirche. Zwischen 1227 und 1250 erfolgte der Bau einer spätromanischen, dreischiffigen Kirchenhalle mit vier Jochen und drei Apsiden. Sie war 29,80 m + 3 m lang und 21 m breit. Um 1290 entstand ein dreischiffiger, gotischer Hallenchor. St. Petri war die "Kaiserkirche" Lübecks. Gleichzeitig war die Petrikirche neben der Marienkirche die zweite Lübecker Marktkirche. Im 15. Jahrhundert erfolgte der Ausbau zur heutigen Erscheinung: Eine gotische, fünfschiffige Hallenkirche aus Backsteinen mit fünf Jochen. Damit wurde die Petrikirche eine der wenigen existierenden fünfschiffigen Kirchen. Im Osten befinden sich drei Apsiden, im Westen ein Einturm auf einem breiten Unterbau. Die Reformation hielt in Lübeck 1529/30 einzug, und die Petrikirche wurde evangelisch. Während des Luftangriffs auf Lübeck am Palmsonntag 1942 brannte die Petrikirche völlig aus. Das Dach, der Turmhelm und die reiche Innenausstattung wurden zerstört. Dazu gehörte auch der Orgelprospekt, geschaffen durch den Bildschnitzer Tönnies Evers den Jüngeren, oder die bedeutende Messinggrabplatte des Ratsherrn Johann Klingenberg.