Bij de Duitse topclub had Jancker de meest succesvolle periode uit zijn loopbaan. Hij won vier keer de Bundesliga en één keer de Champions League. Samen met de Braziliaan Giovane Élber vormde Jancker een gevreesd duo in de spits. Hij scoorde vaak en dat viel ook de toenmalige Duitse bondscoach, Erich Ribbeck, op. Hij selecteerde Jancker dan ook voor Euro 2000.