Se cunosc, de asemenea, puține lucruri despre Sifnos în timpul stăpânirii otomane care a început în 1617. Se pare că, la fel ca în majoritatea insulelor Ciclade, stăpânirea otomană asupra insulei Sifnos a fost destul de slabă, constând în principal din colectarea de impozite, insularii administrându-și în mare măsură propriile afaceri. La începutul secolului al XVII-lea, Sifnos era un important centru comercial, iar din 1821 insula a jucat un rol important în Războiul de Independență al Greciei.