Als Hannover Truppen für den ersten schleswigschen Krieg bereitstellte, wurde Wissell zunächst nicht berücksichtigt. Als der Kommandeur der Artillerie (vier Batterien) des X. Armee-Korps krankheitsbedingt ausfiel, erhielt der zum Oberstleutnant beförderte Wissel nun diese Position. Die Provisorische Regierung von Schleswig-Holstein bot ihm die Übernahme des Kriegsdepartement an, was sich aber aufgrund der fehlenden Zustimmung seines Königs nicht realisieren ließ. Im Frühjahr 1850 begannen die Verhandlungen wegen seines Eintrittes in schleswig-holsteinische Dienste von neuem und am 7. Juli genehmigte der König dann doch das Abschiedsgesuch. Wissell wechselte in die Schleswig-Holsteinische Armee und war zunächst als Oberst und später als Generalmajor Kommandeur der Artilleriebrigade. Als solcher kämpfte er 1850 in der Schlacht bei Idstedt und dem Angriff auf Friedrichstadt. Beide Angriff endeten mit Niederlagen und am 1. Februar 1851 übernahmen Kommissare aus Österreich, Preußen und Dänemark die Regierung. Wissell wurde aufgefordert seinen Abschied zu nehmen, was er aber verweigerte. Die Armee wurde am 1. April 1851 aufgelöst; Wissell erhielt ein achtmonatliches Gehalt zugesandt, Pension bekam er aber nicht.