En 1947, durante la guerra civil paraguaya vuelven a tomar el poder, aliados a Higinio Morínigo, quien cae al año siguiente. A partir de aquel año, impulsa al exilio a líderes de la oposición, y el partido se convierte en el único partido legal y por tanto la única organización que podía presentar candidatos en cualquier proceso electoral. Sin embargo, nuevamente la polarización política se evidencia en la tensión entre tradicionales y militantes.