Las siguientes temporadas de esa década, pese a contar con grandes jugadores como Juninho (campeón de la Copa Confederaciones con su Selección siendo jugador del Atlético, cuya prometedora carrera fue truncada tras una brutal entrada de Míchel Salgado) o Vieri (quien se alzaría con un trofeo Pichichi y marcaría un espectacular y muy recordado pseudo gol olímpico en Copa de la UEFA), no aportaron más títulos a las vitrinas del Club. Solo se alcanzarían dos semifinales europeas (eliminado el equipo en 1998 por la Lazio y en 1999 por el campeón Parma) y se jugaría una final más en 1999, de Copa del Rey, en la que los rojiblancos fueron goleados por el Valencia. Esa misma temporada, se produjo una curiosa ironía atendiendo a lo que estaba por suceder en la siguiente: el Atlético de Madrid "B" finalizó subcampeón de Segunda División, su mejor puesto histórico, no siendo posible su ascenso por tratarse del filial de un club cuyo primer equipo ya jugaba en Primera División.