Fou seleccionat per la Copa d'Àfrica de 2006, on va ser suplent en el primer partit després d'una baralla a l'autocar amb l'entrenador. Adebayor va amenaçar inicialment de deixar el campionat, però més tard es tornava a entrenar amb l'equip. Togo fou eliminada després de perdre tots tres partits i en mig de la polèmica per les primes dels jugadors. Malgrat tot, Adebayor va tornar a l'equip el setembre del 2007.