Ларрей почав свою кар'єру в 1787 році як Королівський морський хірург на фрегаті "Vigilante" в Ірландському морі. Повернувшись в Париж у наступному році, він виграв конкурс на посаду допоміжного персоналу в Домі Інвалідів. У 1792 році він став хірургом у Рейнській армії. Саме там він створив перші евакуаційні бригади, з якими особисто вивозив з поля бою поранених з метою надання їм швидкої хірургічної допомоги. У битві при Сьєрра-Негра в Іспанії в 1794 році він ампутував за один день кінцівки не менше ніж у 200 поранених. Його вважали хорошим хірургом у той час, коли анестезії не існувало, тому що він міг ампутувати кінцівку менш ніж за хвилину. У той час ампутація була єдиним засобом профілактики гнійних ускладнень у той час коли асептики і антисептики в сучасному вигляді не існувало. У 1796 році він відповідав за огляд таборів і лікарень Італійської армії, а потім призначений головним хірургом Єгипетського походу Наполеона. У битві при Абукірі він врятував генерала Жана Фуджера під гарматним вогнем ворога, прооперувавши тому поранене плече. Під час облоги Александрії Ларрей знайшов засіб для приготування здорової їжі для поранених, і для цієї мети він вбив своїх коней. Забальзамував тіло генерала Жана-Батиста Клебера, убитого в Каїрі 14 червня 1800 року. Існує припущення, що першій опис лептоспірозу під назвою «жовта гарячка» () Ларрей зробив при облозі Каїра у 1798 році