Élie Ducommun s'engage très tôt par son action et par ses écrits pour une paix fondée sur la démocratie et la liberté ainsi que pour le règlement des conflits par le droit et l'arbitrage. Après s'être joint à un comité genevois en faveur de la paix en 1862, il organise en 1867 le Congrès de la paix et de la liberté à Genève, avec Giuseppe Garibaldi, Pierre Jolissaint et James Fazy. Il participe en 1868 à la fondation de l'association pacifiste qui en résulte, la Ligue de la Paix et de la Liberté, dont il assume la vice-présidence durant 25 ans. Il est le rédacteur de son bulletin, "Les États-Unis d'Europe", entre 1868 et 1870. En 1891, le troisième congrès pour la paix à Rome décide d'instituer à Berne un Bureau international de la paix, dont la mission est de coordonner les activités de toutes les organisations affiliées. Dès le début du et particulièrement après 1870 apparaissent en effet de nombreuses associations locales et nationales à vocation pacifiste et internationale et un organe de communication entre les organisations devient nécessaire pour leur permettre de mieux coordonner leurs actions. Élie Ducommun assume bénévolement la direction du siège du Bureau international à Berne dès 1891 et jusqu'à sa mort en qualité de secrétaire général. Il publie à ce titre de nombreuses contributions pour les sociétés de la paix et les congrès internationaux, par exemple de la propagande en faveur de la Conférence de la Haye en 1899, rédige des prises de position sur les persécutions des Arméniens en Turquie et des pétitions au Conseil fédéral suisse et au président des États-Unis pour une médiation dans la guerre des Boers.