Par ailleurs, Joe Biden organise des auditions sur l'Irak. Il en conclut alors que les États-Unis mais soutient une opération menée dans le cadre de l'ONU. Comme l'extrême majorité du Congrès, il vote également en faveur du "Patriot Act" et, en octobre 2002, en faveur de la résolution autorisant le président George W. Bush à mener des opérations militaires à l'encontre de l'Irak. Il n'en devient pas moins l'un des plus virulents critiques de la gestion de l'après-guerre, proposant la prise en charge par la communauté internationale de l'occupation du pays, ainsi que la partition de l’Irak entre chiites, sunnites et Kurdes. L'historien Jean-Pierre Filiu estime que « la vision de l’Irak par Biden est définie par des critères strictement confessionnels, sans prise en compte du sentiment national irakien, ni des conséquences pour le reste du Moyen-Orient d’un éclatement du pays. [...] Dans un Irak encore largement multicommunautaire, surtout à Bagdad, le « "plan Biden »" aurait contribué, s’il avait été adopté, à accélérer le nettoyage ethnique perpétré par les milices confessionnelles. »