Zwolniony do rezerwy w 1921 roku, otrzymał gospodarstwo rolne na Wołyniu (we wsi Karczunek). Z początkiem grudnia 1931 r. oddał ziemię w dzierżawę i wstąpił do Straży Granicznej. Służbę pełnił na granicy polsko-rumuńskiej (placówka „Uścieryki”), a od lutego 1939 r. na granicy polsko-niemieckiej (placówka „Jamielnik”). Za pracę w dziele odzyskania niepodległości Marian Jakubowski został, na mocy zarządzenia prezydenta Rzeczypospolitej Ignacego Mościckiego z dnia 16 marca 1937 roku, odznaczony Medalem Niepodległości. 1 września 1939 r. razem z obsadą swej placówki przez 11 godzin odpierał ataki Niemców. Następnie w ramach Armii „Pomorze” walczył nad Bzurą i w obronie Warszawy. Członek konspiracji od 1940 roku - początkowo w oddziałach samoobrony, potem w strukturach Związku Walki Zbrojnej i Armii Krajowej (w tym w szeregach 27 Wołyńskiej Dywizji Piechoty AK). Po wojnie otrzymał gospodarstwo rolne we wsi Widzino koło Słupska. Prześladowany przez aparat bezpieczeństwa za swą działalność w Polskim Stronnictwie Ludowym. Pochowany na cmentarzu parafialnym w Kobylnicy (kwatera: A, rząd: 09, miejsce: 10).