Přestože pozice protestantismu byly v českých zemích silné, nepřičítali protestanti v Čechách chystané válce zprvu valný význam. Ještě lhostejnější byli protestanti na Moravě. Císařská strana se navíc snažila zakrýt náboženský charakter války tím, že se jejím spojencem stal protestantský vévoda Mořic Saský. Teprve po vypuknutí šmalkaldské války roku 1546 se mezi stavy českých zemí začala šířit obava, že se válečné tažení může obrátit i proti české reformaci.