Lyypekki oli neutraali kolmikymmenvuotisen sodan aikana, mutta Ranskan vallankumoussotien ja Napoleonin sotien (1792–1815) aikana kaupungin talous tuhoutui, sillä se joutui kilpailevien suurvaltojen taloudellisten paineiden keskelle. Napoleon Bonaparte hajotti Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan vuonna 1806 ja liitti vuonna 1811 Lyypekin Ranskan ensimmäiseen keisarikuntaan. Lyypekki itsenäistyi vuonna 1813 ja vuonna 1815 Wienin kongressi vahvisti, että Lyypekki oli itsenäinen kaupunkivaltio.