À de nombreuses reprises la ville est victime de séismes. C'est par cette violence de la nature, dévastant la cité espagnole d'Antigua et l'ensevelissant sous les ruines d'un tremblement de terre, que la cité perd son statut : après le séisme de 1773, le gouvernement espagnol décide de déplacer la capitale dans un autre lieu. Elle conserve ainsi depuis son aspect de l'époque. En 1976, un nouveau séisme détruit aussi plusieurs églises.