En el siglo XVIII, los Qing fueron a la guerra contra el Kanato de Zungaria. Urumqi fue tomado por los Qing en 1755, y los zúngaros de la región fueron eliminados en el genocidio de Zungaria. Un escritor, Wei Yuan, describió la desolación resultante en lo que se convirtió en el norte de Xinjiang como "una llanura vacía por mil "li", sin rastro de hombres". Se construyó un fuerte (ya sea en 1755 o 1758 dependiendo de las fuentes), y los Qing establecieron guarniciones de banderas manchúes y mongolas y tropas chinas Han en Urumqi. Después de 1759, el gobierno Qing estableció granjas estatales en las áreas poco pobladas de los alrededores de Urumqi, donde había tierras fértiles y bien regadas. Los soldados manchúes también construyeron un templo con una pared roja dedicada a Guandi en la montaña de Pingding con vista a Urumqi, que le dio a la ciudad su apodo de «Templo Rojo».