Il rejoint l'organisation des Giants de San Francisco en 2000. Après trois années à diriger des clubs de ligues mineures, il rejoint le personnel d'instructeurs du club majeur, dont il est le receveur dans l'enclos de relève de 2003 à 2014. Hayes est membre du club lors de leurs trois victoires en Série mondiale : celles de 2010, 2012 et 2014. À la suite du départ de l'instructeur de troisième but Tim Flannery après les séries éliminatoires de 2014, les Giants font passer Roberto Kelly du premier but à l'ancien poste de Flannery, et Hayes s'installe comme instructeur au premier coussin.