Вскоре после выборов сменил Амира Переца на посту министра обороны в составе кабинета Ольмерта. Эхуд Барак, как министр обороны руководил операцией «Литой свинец» по нанесению удара инфраструктурам ХАМАСА в секторе Газа вследствие ракетного обстрела Сдерота и Западного Негева. На выборах 10 февраля 2009 г. партия Авода получила только 13 мандатов, вместо 19 в Кнессете предыдущего созыва и Эхуд Барак объявил о намерении оставаться в оппозиции и пытаться восстановить доверие к партии на следующих выборах, однако в марте принял предложение Биньямина Нетаньяху занять пост министра обороны в его правительстве.