Il clan ha poi combattuto dalla parte dei giacobiti fra il 1745 ed il 1746 con tre reggimenti provenienti dai MacDonald di Clanranald, dal clan MacDonnel di Glengarry, i MacDonald di Keppoch ed i MacDonald di Glencoe; combatterono nella battaglia di Prestonpans, nella battaglia di Falkirk e nella battaglia di Culloden. Alcuni dei MacDonald furono uccisi a Culloden, sebbene molti di loro avessero abbandonato il campo di battaglia.