La giurisdizione dei tribunali è stata limitata ai fatti avvenuti dal 1999 e non dei fatti avvenuti in precedenza durante l'occupazione indonesiana di Timor Est. Nel 1975 il regime di Suharto, già autore tra il 1965 e il 1966 di una serie di massacri anticomunisti nel suo paese, invase l'ex-colonia portoghese provocando la morte di decine di migliaia di persone. Due risoluzioni delle Nazioni Unite del 1975 e del 1978 condannarono l'Indonesia per l'invasione. Secondo la Commissione per l'accettazione, la verità e la riconciliazione di Timor Est ("Comissão de Acolhimento, Verdade e Reconciliação de Timor Leste", CAVR), dal 1974 e durante l'occupazione indonesiana terminata nel 1999 sono state uccise più di persone. Secondo altre stime il numero di caduti arriverebbe a persone che, in rapporto alla popolazione di Timor Est, rappresenta la più alta percentuale di vittime di un popolo a partire dall'Olocausto. La situazione di Timor Est giunse all'attenzione internazionale solo il 12 novembre 1991, quando più di 250 giovani furono uccisi durante il massacro al cimitero di Dili. In tal senso da più parti è stata avanzata la richiesta di istituire un tribunale internazionale indipendente per perseguire i responsabili e stabilire la verità su quei fatti per i quali, secondo alcuni osservatori, si può parlare di genocidio nei confronti della popolazione di Timor Est.