המדיניות של מצרים בסודאן היא לטובת סודאן מאוחדת. כיוון שכך, מצרים לא הייתה מעורבת ישירות בתהליך השלום בסודאן שהתארח בקניה בחסות הרשות הבין - ממשלתית לפיתוח (IGAD) וזה העניק לעמי דרום סודאן את הזכות לפרוש ולהקים מדינה עצמאית בשנת 2011 לאחר מלחמת האזרחים הסודאנית הארוכה שנמשכה במצטבר למעלה מ-40 שנה והרגה למעלה משני מיליון איש.