Bis dahin ein treuer Untertan Berns, betrachtete Meyer den Abwehrerfolg der französischen Revolutionsarmee in der Kanonade von Valmy (1792) als Gottesurteil. Dass die regimekritische Helvetische Gesellschaft ab 1795 in Aarau tagte, dürfte seinem Einfluss zuzuschreiben sein. Eine Schmutzkampagne der Ökonomischen Gesellschaft Bern gegen den "Atlas suisse" erbitterte ihn. 1798 beteiligte sich die Familie Meyer an der Helvetischen Revolution und trug massgeblich dazu bei, dass aus dem bernischen Unteraargau der selbständige Kanton Aargau entstand. Meyer vertrat diesen bis 1800 im Senat der Helvetischen Republik. Er gehörte der radikal demokratischen Partei der "Patrioten" an. Als die Schweiz 1799 zum Schlachtfeld der Grossmächte wurde, unterstützte er die Opfer der Kämpfe. So nahm er den späteren Gründer der Instrumentenbaufirma Kern als Waisenknaben in sein Haus auf. Er präsidierte den Senat in der für die Helvetische Republik kritischen Zeit nach dem Sieg der Österreicher in der Ersten Schlacht um Zürich und in der letzten Sitzung nach der Auflösung der gesetzgebenden Räte durch die putschenden "Republikaner".