Em 2001, no Jogos da Boa Vontade em Brisbane na Austrália, ela ganhou ouro nos aparelhos Bola, Maças e Corda, e prata na Individual Geral e Arco. Todavia, Kabaeva e a sua amiga Irina Tchachina deram positivo no teste antidoping por usarem diuréticos e tiveram as suas medalhas retiradas. A Irina Viner, a técnica russa principal, disse que as suas ginastas estavam tomando um suplemento alimentar chamado "Hyper" que contém diuréticos, os quais, de acordo com Viner, as ginastas estavam tomando para tensão pré-menstrual. Quando o estoque acabou antes do Goodwill Games, o time reabasteceu em uma farmácia local. De acordo com Viner, o suplemento vendido era falso e continha furosemide. A comissão avisou o Goodwill Games e a FIG, que anularam a pontuação Kabaeva e Tchachina. A FIG também anulou os seus resultados do Campeonato Mundial de Ginástica Rítmica de 2001 em Madrid. No fim, a ucraniana Tamara Yerofeeva foi declarada a campeã mundial de 2001.