Al-Zawahiri anses ha spelat en framträdande roll som inspiratör av terrorattackerna i USA den 11 september 2001. Den 10 oktober 2001 togs han upp på Federal Bureau of Investigations lista över de mest eftertraktade terroristerna, vilken gjordes offentlig av USA:s dåvarande president George W. Bush. FBI-efterlysingen beror på hans inblandning i bombdåd mot USA:s ambassader i Dar es Salaam och Nairobi 7 augusti 1998.