Moubandje pelasi ensimmäisen maaottelunsa Sveitsin maajoukkueessa marraskuussa 2014 Liettuaa vastaan. Hän on pelannut kaikkiaan 21 ottelua Sveitsin maajoukkueessa. Moubandje valittiin vuoden 2016 EM–kilpailujen ja vuoden 2018 MM–kilpailujen Sveitsin maajoukkueeseen.