Se basant sur cette tradition, en 1088, Christodoulos de Patmos fait construire avec l'argent de l'empereur byzantin Alexis Comnène le monastère de Saint-Jean-le-Théologien, à l'emplacement du temple d'Artémis. Les documents montrent que, suite aux raids maritimes arabes, l'île était très faiblement peuplée à l'époque. Le monastère se développe rapidement, au point que les revenus de ses productions agricoles lui permettent de constituer une importante bibliothèque (qui reste très difficile d'accès aux profanes) ; en 1138 les habitants de l'île sont autorisés à s'installer autour du mur d'enceinte du monastère : c'est ainsi qu'est créé le village de Patmos (Chora).