Podczas II wojny światowej, we wrześniu 1939 Białystok został zajęty przez Związek Radziecki. 22 czerwca 1941 Niemcy zaatakowały ZSRR i 27 czerwca w godzinach porannych zajęły miasto. Tego samego dnia niemieccy policjanci z 309. batalionu policji i pododdział żołnierzy Wehrmachtu z 350. pułku piechoty zapędzili do synagogi 800 Żydów i podpalili budynek. Do próbujących ratować się ucieczką strzelano z broni maszynowej, a ogień z płonącej synagogi przeniósł się również na sąsiednie budynki.