Toisen maailmansodan aikana Italia oli akselivaltioiden puolella, ja Dodekanesialle sijoitettu Italian laivasto valtasi vuonna 1940 Kreetan. Kun Italia antautui vuonna 1943, Saksa miehitti Dodekanesian ja piti sitä hallinnassaan aina vuoteen 1945 saakka, vaikka saksalaiset vetäytyivät Manner-Kreikasta jo aikaisemmin. Saarella asunut ladinoa puhunut juutalaisväestö vietiin keskitysleireille. Sodan jälkeen saaret olivat jonkin aikaa brittien miehittäminä, kunnes ne liitettiin Kreikkaan vuonna 1947.