1861. április 25-én Thomas a reguláris hadseregben alezredese lett és felváltotta a leszerelő Robert E. Lee-t, majd május 3-án ezredesi rangot kapva Albert Sidney Johnston helyébe lépett és átvette a Pennsylvania állambeli Carlisle Barracks kaszárnyában állomásozó 2. reguláris lovasezred parancsnokságát. Thomas részt vett a Manassas hadjáratban, de nem részt vett az 1861. július 21-én vívott első Bull Run-i csatában, mert Robert Patterson vezérőrnagy hadseregében szolgált George Cadwallader hadosztályának dandárparancsnokaként a Shenandoah-völgyben. Winfield Scott vezénylő tábornok utasította Pattersont, hogy keljen át a Potomac-folyón és nyomuljon dél felé. Patterson a williamsporti átkelés után július 2-án Hoke's Runnál Cadwallader két dandárja, a Thomas vezette első és a John J. Abercrombie ezredes vezette második megütközött Thomas J. Jackson dandártábornok dandárjával. A kétszeres létszámfölényben levő északi csapatokat Jackson csak rövid ideig tudta feltartóztatni apró összecsapás során, majd Joseph E. Johnstontól kapott utasításainak megfelelően visszavonult dél felé. Mindkét oldal pár tucat katonája elvesztésével fizetett és másnap Patterson elfoglalta Martinsburgöt, de utána majdnem két hétig tétlenkedett és csak július 15-én indult Bunker Hill elfoglalására. A Bunker Hill körül vívott járőrharcok után nem nyomult tovább Winchesterig, hogy ütközetet vállaljon Johnston hadseregével, hanem Charles Town értintésével Harper's Ferry-ig vonult vissza. Ezáltal lehetővé tette, hogy Johnston jó döntést hozva P. G. T. Beauregard segítségére sietve kiharcolja a győzelmet Bull Runnál a Konföderáció számára.