Осенью 1944 года войскам группы армий «Е» было приказано начать отвод войск из Греции и южных районов Югославии. В результате проводимой советскими войсками Белградской операции были перерезаны основные пути отхода группы армий «Е» вдоль реки Морава, а сама группа армий оказалось в окружении. В декабре 1944 года, совершив маневр через труднопроходимые, горные районы Черногории и Боснии немецкие войска вышли из окружения и были передислоцированы в Венгрию, а некоторые подразделения — в Австрию и на юг Германии. Группа армий «E» была объединена с остатками группы армий «F» генерал-фельдмаршала Максимилиана фон Вейхса, которая была расформирована 25 марта 1945 года.