Ses tactiques agressives, qui entraînent de lourdes pertes à un moment où la Confédération manque d'hommes, ont fait l'objet de critiques au cours des dernières années. Les campagnes du général de l'Union Ulysses S. Grant mettent à mal la Confédération en 1864 et en 1865. Malgré de lourdes pertes infligées à l'ennemi, Lee est incapable de changer le cours de la guerre. Il se rend à Grant à Appomattox le . Comme Lee a pris le commandement suprême des armées confédérées restantes, les autres forces confédérées capitulent rapidement après sa reddition. Lee appelle par la suite à la réconciliation entre le Nord et le Sud.