Under hans fravær havde yorkisterne vundet Slaget ved Northampton, men Somerset sluttede sig til Lancaster-hæren ved Pontefract i december 1460, erobrede en del af de York-hærens styrker ved Worksop den 21. december og deltog i Lancaster-sejren i Slaget ved Wakefield den 30. december. Han marcherede sydpå med Margrete og kæmpede i Det 2. slag ved St Albans (17. februar 1461). Denne anden sejr blev ikke fulgt op. Lancaster-styrkerne trak sig tilbage nordpå, og den 29. marts vandt Edvard 4. Slaget ved Towton (29. marts 1461). Somerset flygtede fra slagmarken og blev i juli samme år blev han sendt af Margrete til frankrig for at søge hjælp fra kon Karl 7. Karl døde inden deres ankomst, men Ludvig 11. hidkaldte Somerset til Tours og sendte ham tilbage i marts 1462 fuld af løfter om støtte, men med meget lidt andet.