Президентский институт был создан 28 ноября 1966 года, когда военный деятель Мишель Мичомберо в ходе военного переворота объявил Бурунди республикой, а себя назначил первым президентом. Первая конституция, в которой были закреплены полномочия и обязанности президента, была конституция 1974 года, которую приняли только в 1976 году. Конституция создавала однопартийное государство во главе с президентом Мичомберо и Союзом за национальный прогресс. Однако политическая нестабильность в стране продолжалась. В 1987 году в Бурунди случился военный переворот, в ходе которого Пьер Буйоя захватил президентскую власть. В 1992 году он ввёл новую конституцию, которая установила многопартийные выборы в стране. Из-за неоднозначного отношения к изменениям в 1993 году в Бурунди началась гражданская война, которая завершилась в 1996 году, когда Пьер Буйоя вновь стал президентом страны и добился примирения между противоборствующими сторонами, после чего начал переход к демократии.