Po napadu na Jugoslavijo leta 1941 in njenem razpadu, je bil obsojen na hišni pripor v Rimu. Kljub temu pa ga je jugoslovanska vlada v izgnanstvu konec leta 1941 imenovala za veleposlanika pri Svetem sedežu. Kotnik je takrat vzdrževal stike z jugoslovansko vlado v izgnanstvu v Londonu ter z generalom Dražo Mihajlovićem, popolnoma pa se je oddaljil od Tita in njegovega gibanja.