A seguito dell'intervento russo nella Guerra in difesa della Costituzione (1792) Kołłątaj si schierò attivamente con Tadeusz Kościuszko e contro la Confederazione di Targowica conducendo al contempo le proprie idee su posizioni più radicali. Fuggito da Varsavia in seguito alla caduta del sobborgo di Praga, verrà catturato ed incarcerato.