Az Aspern-Esslingnél történt kudarcok után Napóleonnak több mint hat hétbe telt a tervezés és a felkészülés, mielőtt újabb kísérletet tett volna a Dunán való átkelésre. Június 30-tól július első napjáig a francia erőknek sikerült átkelni a Dunán és több mint 180 000 francia katona vonult át a Morva-mezőn az osztrákok felé. Károly 150 000 emberével fogadta a franciákat. Az ezt követő wagrami csatában – amely szintén két napig tartott – óriási győzelmet aratott az osztrákok felett. Napóleon tolóerővel, középen mérte az utolsó csapást az ellenségre és visszavonulásra kényszerítette Károlyt. Az osztrák veszteségek nagyon súlyosak voltak és jóval több mint 40 000 áldozatot követeltek. A franciák túlságosan kimerültek voltak ahhoz, hogy azonnal üldözőbe vegyék az ellenséget, de Napóleon végül utolérte Károlyt Znaimban és július 12-én fegyverszünetet írtak alá.