Am 7. Dezember begannen die Indonesier mit der Operation Seroja. Indonesische Truppen griffen Dili offen an. Die Stadt wurde in den frühen Morgenstunden durch Kriegsschiffe der indonesischen Marine beschossen, dann landeten Fallschirmjäger und Boote an den Stränden. Auf der Werft Dilis kam es zu öffentlichen Hinrichtungen. Mit Hilfe der portugiesischen Korvetten João Roby und Afonso Cerqueira verließ Gouverneur Pires am 8. Dezember mit den letzten Angehörigen der Kolonialverwaltung seinen Zufluchtsort auf Atauro. Am 30. Dezember landeten die Indonesier auch auf Atauro, wo kurz darauf in einer offiziellen Zeremonie das letzte Symbol des Machtanspruchs Portugals über seine Kolonie eingeholt worden war; die letzte portugiesische Flagge über der Kolonie, die Gouverneur Pires zurückgelassen hatte.