У НАТО бомбардовању Југославије 1999. године, мост је гађан 12 пута. 23. априла 1999. године са више директних погодака, мост је коначно срушен. Тада је пресечен железнички саобраћај између Суботице и Београда. Привремени друмско-железнички мост поред Жежељевог моста, изграђен 2000. године, замењивао је недостатак Жежељевог моста. Током бомбардовања, Нови Сад је остао без сва три велика моста преко Дунава (Мост Слободе, Варадински мост и Жежељев мост).