Nach dem Kriegsende gehörte Černý zum Kreis linksorientierter antistalinistischer Intellektueller, die sich zu Diskussionen trafen und sich dabei selbst "Velká rada" (Großer Rat) nannten und verschiedene Wege der Entwicklung der Wirtschaft suchten, die sich von den Vorstellungen der Kommunisten stark unterschieden. Einige von ihnen vertraten vor dem Zweiten Weltkrieg darüber hinaus kritische Haltung zu den gegen angebliche Trotzkisten gerichteten Moskauer Prozessen in der Sowjetunion. Dadurch gerieten sie nach der kommunistischen Machtergreifung in der Tschechoslowakei in eine Liste trotzkistischer Elemente, die im Sekretariat der tschechoslowakischen kommunistischen Partei und später in der Kommission für Parteikontrolle (KSK) geführt wurde.