Током Другом свјетског рата манастир је, заједно са већином храмова Епархије Горњокарловачке, опљачкан, запаљен и порушен. Свештенство, монаштво и верни народ прогањани су и убијани на најсвирепији начин. Епископија горњокарловачка препуна је српских јама, стратишта и губилишта из тог времена. Недалеко од манастира у Доњем Будачком налази се масовна гробница у месту Иванић Јарак са 380 православних Срба које су тада убили Хрвати усташе.