2003 ging Ngavirue mit 70 Jahren in den Ruhestand. Er war anschließend dennoch in verschiedenen Ämtern für die Regierung tätig. 2013 war er Mitglied der 4. Delimitation Commission of Namibia. Ab 2015 war Ngavirue Sondergesandter und Verhandlungsführer Namibias bei den Völkermord-Gesprächen zum Aufstand der Herero und Nama mit Deutschland.