Bien que d'après le pacte germano-soviétique, la ville fasse partie de la zone d'occupation soviétique, les Allemands attaquent la ville dès le déclenchement de la guerre. Le , de nombreux Juifs de Zambrów sont tués dans le raid aérien allemand sur la ville. Après de très violents combats contre l'armée polonaise, du 10 au , la Wehrmacht entre à Zambrów et commence immédiatement à procéder à des exécutions. Près de sont fusillés avant que l'armée allemande remette la ville aux soviétiques. Sous l'administration soviétique, de grands changements sont introduits affectant la vie juive. Toutes les activités de nature politique ou sioniste sont interdites et les entreprises privées sont confisquées. De nombreux réfugiés arrivent d'Ostrów Mazowiecka, située à seulement de Zambrów mais sous contrôle allemand et reçoivent de l'assistance de la communauté juive locale. Un grand nombre de ces réfugiés sont exilés au fin fond de l'Union soviétique. Au printemps 1941, les jeunes Juifs sont enrôlés dans l'armée soviétique.