Бригадир је постао 1902. године, а 1910. је командовао Првом црногорском дивизијом. Од 1905. је члан Државног ратног савета, а пуну афирмацију достигао је у балканским ратовима. У Првом балканском рату Јанко Вукотић командовао је Источним одредом, посебно се истакавши у операцијама у Новопазарском санџаку и Метохији, па је убрзо постао начелник штаба Врховне црногорске команде. У Другом балканском рату предводио је Црногорску дивизију у оквиру Прве српске армије против бугарских снага. Црногорска дивизија освојила је положаје на линији Пасаџиково-Калиманци и успешно садејствовала јединицама Српске војске у Брегалничкој бици, прихватајући одлучујућу борбу против Бугара.