19 ноября 1800 года Александр Дмитриевич Балашов был вновь принят на службу. 27 ноября стал Ревельским военным губернатором и шефом гарнизонного Маркловского (Ревельского) полка, получив задачу подготовить к обороне побережье Эстляндской губернии на случай нападения английского флота. 11 сентября 1802 уволен в отпуск, а 17 декабря назначен состоять по армии. 24 августа 1804 года назначен шефом Троицкого мушкетерского полка, который должен был отправиться из Крыма на Кавказ для войны с горскими народами. Не желая уезжать на Кавказскую войну, Балашов подал прошение об отставке «по домашним обстоятельствам», которое было удовлетворено 23 сентября.