Großmogul Shah Jahan (reg. 1627 bis 1658/59) ließ das Rote Fort als kaiserliche Residenz in der von ihm neu gegründeten Hauptstadt Shahjahanabad von den Architekten Hamid und Ahmad errichten. Die Grundsteinlegung erfolgte am 9. Muharram 1048 (23. Mai 1638). Die eigentlichen Bauarbeiten begannen ein Jahr später und wurden 1648 abgeschlossen. Shah Jahans Nachfolger Aurangzeb (reg. 1658 bis 1707) ließ zu Beginn seiner Regierungszeit die beiden Eingangstore der Festung durch Vorwerke verstärken und erweiterte den Palastbereich um eine Moschee. 1737 eroberten die Armeen des persischen Nadir Schah Delhi und plünderten die Mogulresidenz. Dabei wurde unter anderem der legendäre Pfauenthron geraubt. Nach der dritten Schlacht von Panipat 1761 wurde Delhi mit dem Roten Fort erneut erobert und geplündert, diesmal von einer afghanischen Armee unter Ahmed Schah Durrani. Nach der Niederschlagung des Indischen Aufstandes von 1857 und der Absetzung des letzten Großmoguls, Bahadur Shah II., übernahm 1858 die britische Armee das Fort und zerstörte einige der Pavillons und Gärten, um eine Garnison einrichten zu können. Das gesamte Mobiliar der Residenz wurde zerstört oder entwendet. Später wurden Teile der Anlage und der Gärten unter Lord Curzon (Vizekönig von 1899 bis 1905) restauriert. Anlässlich seiner Proklamation zum Kaiser von Indien auf dem Delhi Durbar 1911 residierte König Georg V. mit Gattin Maria von Teck im Roten Fort.