Israel besvarede angrebene ved dels at isolere Gaza med en blokade, dels ved at dræbe nogle af Hamas' ledere, arrestere aktivister og foretage flere direkte militære operationer. Hamas' første leder, Ahmad Yassin, blev dræbt ved et israelsk attentat i 2004, og hans efterfølger Abdel Aziz al-Rantissi snere samme år. Også den senere leder Khaled Mishaal blev forsøgt dræbt af israelske agenter i ved et attentatforsøg i Amman i 1997. I 2000-tallet har Hamas' militære aktivitet først og fremmest bestået i raketangreb fra Gaza imod Israel. Målene har mest været i det sydlige Israel, men også storbyerne Tel Aviv og Jerusalem er blevet ramt. Raketbeskydningen mod civile mål i Israel har ført til flere israelske militære aktioner imod Gaza, hvoraf de største har været Israel-Gaza-konflikten 2008-2009, en israelsk offensiv mod Gaza i 2012, der førte til en syv dage lang krig, hvor 170 palæstinensere og seks israelere mistede livet, Gazakrigen i 2014 med 2145 døde palæstinensere, 66 israelske soldater og seks civile israelere, og senest Gaza-krigen i 2021.