Po osamosvojitvi Hrvaške v devetdesetih letih je bila nogometna zveza ustanovljena in se pridružila mednarodnim združenjem. Hrvaški internacionalci iz ekipe, ki je leta 1987 zmagala na svetovnem mladinskem prvenstvu FIFA, so dosegli več uspeha in ustvarili zlato generacijo, ki je na svetovnem nogometnem prvenstvu 1998 osvojila tretje mesto. Od takrat Hrvaška še naprej daje vrhunske igralce. Na novejšem Euru 2008 so v šokantni zmagi slavno premagali bronasto Nemčijo s FIFA-inega svetovnega pokala leta 2006 z 2:1, a so v četrtfinalu izstopili iz turnirskega strela zaradi enajstmetrovke.