Várias ilhas que viram grandes combates, como em Iwo Jima, não eram habitadas ou tiveram suas populações civis evacuadas. Okinawa, em contraste, tinha uma considerável população de nativos e civis; arquivos do planejamento americano estipulavam que havia mais de 300 000 civis em Okinawa. De acordo com várias estimativas, até um-terço desta população morrera durante os combate, algo em torno de 30 000 a 100 000 fatalidades. O governo de Okinawa estimou que mais de 100 000 civis morreram, enquanto os americanos afirmam que 142 058 nativos foram mortos ou feridos, incluindo muitos atingidos por artilharia e aviões. Muitos também morreram com armas em mão, alistados a força no exército japonês. Durante a batalha, soldados americanos tinham dificuldade entre distinguir civis e combatentes. Se tornou comum para os americanos abrirem fogo contra casas okinawenses, como um homem de infantaria descreveu: "As vezes os que estavam lá dentro retornavam fogo, mas outras estavam ocupadas por civis – e nós não nos importávamos. Era terrível não poder distinguir entre combatentes e mulheres e crianças. Americanos sempre tiveram grande compaixão, especialmente por crianças. Agora nós disparávamos indiscriminadamente". Já que muitos residentes okinawenses fugiram para cavernas onde acabaram sendo sepultados, isso faz com que o real número de fatalidades civis seja desconhecido.