1989 wurde er als Nachfolger von Rafik Nischanow erster Parteisekretär in Usbekistan. 1990 stieg er in das höchste politische Gremium der UdSSR auf; er wurde für die Zeit vom 14. Juli 1990 bis zum 24. August 1991 Vollmitglied im Politbüro der Kommunistischen Partei der Sowjetunion (KPdSU). Ab 24. März 1990 war er Präsident des Obersten Sowjets der Republik Usbekistan. In dieser Zeit war er ein aktiver Unterstützer der Unabhängigkeit aller Unionsrepubliken und deklarierte nach dem gescheiterten Augustputsch gegen Michail Gorbatschow am 31. August 1991 die Unabhängigkeit Usbekistans.