В 2006 году Фернандес вновь был включен в заявку сборной на чемпионат мира. Из 9 матчей турнира Габриэль появлялся на площадке только в 6, проводя на площадке в среднем чуть менее 10 минут и набирая по 2,5 очка за матч. Аргентинская сборная не сумела повторить свои достижения предыдущего мирового первенства и осталась вне пьедестала, заняв четвёртое место.