Mycket anmärkningsvärt är, att Schleisner var en ivrig förkämpe för kontagionismen, vid en tidpunkt, då man annars höll på miasmateorin som orsak till de epidemiska sjukdomarna. Detta kom fram under koleraepidemin 1853, och hans skrift "Koleraens Optræden i Danmark", som han framlade på kolerakonferensen i Wien 1874, fick största uppmärksamhet och fick betydelse, även länge efter att hans teorier var erkända i utlandet. Han bekämpade även Carl Emil Fengers plan på att utrota sårinfektionerna genom att inrätta "blandade" avdelningar, och han tog konsekvenserna av sina ståndpunkter genom att inrätta epidemisjukhusen Øresunds- och Blegdamshospitalet. Han ordnade även medicinalstatistiken och sörjde för bättre tillgång till vaccination.