En 1821, entró en el servicio militar, en 1822 fue teniente de infantería en la campaña del Sur y participó en Perú en las Batalla de Junín y Batalla de Ayacucho contra los realistas. En 1828 fue acusado de conspiración, y encarcelado en Bogotá. Tomás Herrera se fugó, pero fue capturado de nuevo y condenado a muerte, pero se le conmutó la pena por la de destierro por su hoja de servicios militares. Cumplida la pena, regresó a Panamá en 1830 y participó en la lucha contra el coronel venezolano Juan Eligio Alzuru. Cuando Alzuru fue fusilado, Tomás Herrera fue nombrado coronel graduado y Comandante General del Istmo de Panamá. Peleó en el Cauca en la revolución de 1840 pero el Istmo no quería entrar en ese conflicto, entonces, se creó una junta popular reunida en Panamá el 18 de noviembre de 1840, para la separación de Panamá de la República de la Nueva Granada, bajo el nombre de Estado Libre del Istmo. La nación duró 13 meses, porque después de meses de negociación el gobierno de Bogotá logra convencer al coronel Herrera de reintegrar al istmo bajo el acuerdo de no emprender castigo contra los secesionistas istmeños. Haciendo caso omiso a lo acordado, una vez reintegrado el istmo, el coronel Herrera fue desterrado y borrado del escalafón militar. Durante su corto gobierno, la situación del Istmo mejoró se iniciaron las relaciones exteriores con Costa Rica (país que había reconocido a Panamá como una nación independiente), se organizó la economía, se crearon instituciones públicas, mejoraron las condiciones de salud y educación.