2001 schied Esther San Miguel bei den Europameisterschaften in Paris frühzeitig aus. Bei den Weltmeisterschaften 2001 in München erreichte sie den siebten Platz. Nachdem sie 2002 international nicht angetreten war, siegte sie Anfang 2003 bei den Weltcup-Turnieren in Rotterdam und Minsk. Bei den Weltmeisterschaften 2003 in Osaka bezwang sie im Viertelfinale die Niederländerin Claudia Zwiers und verlor das Halbfinale gegen Noriko Anno. Im Kampf um eine Bronzemedaille besiegte sie Céline Lebrun. 2004 bei den Europameisterschaften in Bukarest besiegte sie im Viertelfinale die Polin Barbara Wojcicka. Nach ihrer Halbfinalniederlage gegen die Deutsche Jenny Karl gewann sie den Kampf um Bronze gegen die Weißrussin Sviatlana Tsimashenka. Bei den Olympischen Spielen in Athen schied sie im ersten Kampf gegen die Britin Rachel Wilding aus.