W 1998 jako szef dyplomacji poparł interwencję wojsk NATO w Kosowie, co wywołało oburzenie w środowisku politycznym Zielonych, ze względu na pacyfistyczne nastawienie tej partii do wszelkich konfliktów. Podobna sytuacja miała miejsce po zamachach na Waszyngton i Nowy Jork 11 września 2001, kiedy to doszło do ataku na Afganistan. Sprzeciwił się natomiast interwencji wojsk międzynarodowych w Iraku w 2003 r. Krytycy polityki Fischera uważali, że jego działania mijały się z pierwotnymi celami partii Zielonych, a wielu działaczy na znak protestu opuściło szeregi partii.