La caleta de pescadores fue fundada en los años 1960 por unas pocas familias originarias de la zona norte del país, mientras que la parte oriental, villa Huaquén, tiene su origen en la hacienda del mismo nombre (34713 hectáreas), en el valle homónimo (ubicado entre los valles de Quilimarí y Longotoma). Pertenecía a los padres mercedarios, que llegaron a esta zona junto con la expedición conquistadora que partió desde el Perú. Entre 1969 y 1970, en el contexto del proceso de reforma agraria iniciado por el gobierno de Eduardo Frei Montalva y acelerada bajo el de Salvador Allende, esta hacienda fue expropiada, transformándose en "asentamiento campesino". Después del golpe de Estado de septiembre de 1973 encabezado por el general Augusto Pinochet, la dictadura militar ordenó que las unidades productivas provenientes de la reforma agraria debían asociarse y, además, pagar al fisco el 10% del valor total de las tierras. Se constituye entonces la Sociedad Agrícola Ganadera Huaquén Limitada, la que en 1994, por falta de acuerdo entre los socios, optó por dividir el predio entre sus miembros. Como resultado de este trato, la hacienda se reprivatizó y los exasentados obtuvieron las parcelas que hoy día forman el barrio Villa Huaquén de Los Molles. Una actividad económica importante fue durante mucho tiempo la floricultura, especialmente el cultivo de claveles, que en los últimos años ha ido disminuyendo en favor de la fabricación de productos agroalimentarios locales y de la artesanía, ocupaciones que han pasado a conformar el centro de la economía local.