Des changements importants ont lieu à la fin du mois de septembre : la formation de l'Armée de l'Ouest, regroupant sous le commandement de Léchelle l'Armée de La Rochelle et l'Armée de Mayence, ainsi que les forces de l'Armée de Brest opérant en Loire-Inférieure. Canclaux est privé de son commandement, qui passe à Rossignol. Cette armée réorganisée remporte une victoire importante à Cholet (17 octobre), les Vendéens de l'Armée du Haut-Poitou s'engagent alors au nord de la Loire dans la Virée de Galerne et sont écrasés le 23 décembre à Savenay. Des forces militaires vendéennes, il ne reste plus que l'Armée de Charette contre laquelle des opérations sont engagées au début de 1794.