Вновь в Красную Армию В. Н. Завгородний был призван Ямским районным военкоматом Сталинской области в августе 1941 года. Воевал командиром стрелкового отделения 161-го стрелкового полка 95-й стрелковой дивизии. Участвовал в обороне Одессы и Крыма. В конце 1941 года попал в плен, но к весне 1942 года во время Керченско-Феодосийской десантной операции был освобождён войсками Красной Армии. После непродолжительной проверки в Керченских спецлагерях НКВД Василий Никифорович был направлен на офицерские курсы. В апреле 1943 года лейтенант В. Н. Завгородний получил назначение на должность командира стрелкового взвода 185-го гвардейского стрелкового полка 60-й гвардейской стрелковой дивизии 1-й гвардейской армии Юго-Западного фронта. Участвовал в боях на изюмском плацдарме. Во время Изюм-Барвенковской операции взвод гвардии лейтенанта Завгороднего, действуя смело и напористо, сумел глубоко вклиниться во вражескую оборону, но его наступательный порыв не смогли поддержать другие соединения. 18 июля 1943 года Василий Никифорович был ранен и эвакуирован в медсанбат.