Området erövrades av Filip II av Makedonien, sedan av romarna på 100-talet. Efter dem kom bysanterna och mellan 836 och 852 bulgarerna. Islam kom till Kotjan mellan 700-talet och 1000-talet från Arabien. Efter detta kontrollerades området av Bysantinska riket och Andra bulgariska kungariket. På 1400-talet tog turkarna över Kotjan och byggde en stor moské. Kotjan stannade inom Osmanska riket till 1912. Efter Första Balkankriget förblev Kotjan en del av Bulgarien.