1992 unterstützte er als stellvertretender Leiter für Kommunikation die erfolglose Wiederwahlkampagne Präsident George Bushs. Im Präsidentschaftswahlkampf 2000 gehörte er dann zum Stab von dessen Sohn George W. Bush, der ihn nach seinem Wahlsieg zum Pressesprecher ernannte. Die politische Kommunikation während der Terroranschläge am 11. September 2001 und zum darauf folgenden Krieg in Afghanistan seit 2001 waren seine Aufgabe; noch kurz vor seinem Ausscheiden nahm er als Pressesprecher zur Begründung für den Irakkrieg Stellung. Im November 2002 heiratete Fleischer, und im Mai 2003 gab er bekannt, das Amt aufzugeben, um mehr Zeit mit seiner Frau zu verbringen. Sein Nachfolger wurde Scott McClellan.