2003-04シーズンには下部組織からMFアンドレス・イニエスタが昇格し、退団したコクーに代わってコンビを組むことが多くなった。2004年夏にはチームの第2キャプテンに就任した。同年夏にはMFデコが加入し、イニエスタを含めた中盤の3人は抜群のコンビネーションを発揮し、2004-05シーズンのリーグ優勝に貢献した。2005年12月2日、練習中にグラウンドのぬかるみに足を取られて転倒し、左膝前十字靭帯を断裂する重傷を負った。手術では形成による靭帯の再生処置が施され、5ヶ月間のリハビリに取り組んだ。2006年4月のカディスCF戦でデコに代わって途中出場し、10分間プレーした。UEFAチャンピオンズリーグ決勝にも出場し、チームはリーグ戦とUEFAチャンピオンズリーグの2冠を達成したが、シャビ自身にとっては不完全燃焼のシーズンであった。