Ob restavraciji kraljestva 1660, so nove oblasti Wilkinsu odvzele položaje, ki jih je zasedel pod Cromwellom, zavzel pa je druge položaje znotraj anglikanske cerkve: tako je postal prebendar Yorka in pastor-rektor Cranforda v Middlesexu. Leta 1661 je bil nato degradiran v pridigarja v Gray's Inn, prebival pa je pri svojem prijatelju Sethu Wardu. 1662 je postal vikar v Londonu v St Lawrence Jewry. Veliko škodo je utrpel v velikem londonskem požaru 1666, ko je zgorelo poslopje vikariata, z Wilkinsovo knjižnico in znanstvenimi instrumenti vred.