Perus flag stammer fra tiden omkring uafhængighedskrigen mod Spanien i 1820'erne. Det første nationalflag blev skabt i 1820 da befrielseshelten José de San Martín marcherede fra Argentina via Chile til Peru med sin Andeshær. San Martín skabte et diagonalstribet flag i farverne rød og hvid, og med våbenskjoldet i midten. Farverne rød og hvid skal efter legenden have været motiveret af synet af en flamingoflok som lettede. I marts 1822 blev et andet flag taget i brug af uafhængighedstilhængere. Dette var vandret delt i rødt over hvidt over rødt og havde tegningen af en sol i midten. Solsymbolet har forankring i inkacivilisationens øverste guddom Inti, men er også et frihedssymbol som på omtrent samme tid blev indført i Argentinas og Uruguays flag.