El 29 de septiembre de 1717, ocurrió el terremoto de san Miguel que dejó inhabitable el edificio del colegio de San Lucas; el sismo partió la torre y destruyó la portada dejando a esta última a dos tercios de su altura. El maestro mayor de obras de la ciudad, Diego de Porres comprobó los daños que tenía la edificación y calculó que se necesitarían entre cinco mil y seis mil pesos para repararla. Tres años después, los jesuitas ya habían reconstruido el edificio y, de acuerdo al Maestro mayor de obras, estaba mucho más bello que la construcción original. Pero el 4 de marzo de 1751, el terremoto de San Casimiro dañó completamente el cimborrio de la iglesia., obligando nuevamente a los jesuitas a solicitar la ayuda de los fieles de la comunidad para rehacer el edificio, que nuevamente quedó catalogado como uno de los más hermosos de toda Guatemala.