W aptece im. T. Kościuszki, którą objął w Tarnowie jego ojciec (również w konspiracji, ps. „Zbudowski”), Jerzy Pertkiewicz pracował jako laborant; miejsce to stanowiło konspiracyjny punkt kontaktowy i miejsce kolportażu prasy podziemnej. Ojciec i syn gromadzili też w swojej aptece, a następnie przekazywali do innych konspiracyjnych punktów, środki medyczne i opatrunki niezbędne w związku ze zbliżającą się akcją pod kryptonimem „Burza”. Po jej rozpoczęciu Pertkiewicz trafił do 16 pułku piechoty Armii Krajowej, gdzie był dowódcą plutonu 3. kompanii strzeleckiej „Regina” w batalionie „Barbara”. Latem i jesienią 1944 uczestniczył w operacjach partyzanckich w ramach akcji „Burza” (i w późniejszych działaniach na mniejszą skalę określanych kryptonimem „Deszcz”) w obwodzie tarnowskim, walczył w okolicach wsi Jamna, Joniny, Machowa, Podlesie, Polichty, Rzepiennik Strzyżewski, Zalasowa, Żurowa. 17 października 1944, na wniosek lekarza batalionowego, zwolniony z 16 pułku piechoty AK, a dwa miesiące później, w grudniu promowany do stopnia podporucznika przez komendanta krakowskiego okręgu AK, na wniosek dowódcy inspektoratu tarnowskiego „Mirosława” – Stefana Musiałka-Łowickiego.