Quatremère de Quincy oli maineikas tiedemies, kun häntä Ranskan vallankumouksen neljäntenä vuonna syytettiin osallisuudesta rojalistien kapinaan 13. päivänä vendemiaire-kuuta (5. lokakuuta 1796). Hänet tuomittiin kuolemaan, mutta armahdettiin jonkin ajan päästä. Seuraavana vuonna hänet valittiin Viidensadan neuvostoon Seinen departementista, mutta hänen oli paettava Saksaan osallistuttuaan uudelleen rojalistien toimintaan. Ranskan olojen rauhoituttua hän palasi ja hänet nimitettiin vuonna 1800 Seinen neuvoston pääsihteeriksi.