Un cop rendit el Palau de la Generalitat, Pérez fou jutjat en un consell de guerra i condemnat a mort, però la pena li fou commutada. La victòria del Front d'Esquerres i del Front Popular a les eleccions generals espanyoles de 1936 va fer que fos indultat i alliberat. Recuperà el seu càrrec de cap de Mossos d'Esquadra i fou un dels oficials que contribuí a sufocar la revolta militar del general Manuel Goded Llopis el juliol de 1936 a Barcelona, en dirigir l'atac i la presa de l'edifici de la Capitania General de Catalunya.