Nach dem Sieg der Schmalkaldischen Truppen und der Vertreibung des Herzogs Heinrich des Jüngeren wurde im Jahr 1542 im Lande erstmals die Reformation eingeführt. Als der Herzog 1547 nach dem Sieg Karls des V. über die Schmalkaldischen Truppen wieder zurückkehren konnte war, ordnete er die Rückkehr zum katholischen Glauben an. Erst sein Sohn Herzogs Julius (1568–1589) führte 1568 die Reformation endgültig ein. Nach dem Vorbild von 1542 wurde das Fürstentum wieder in fünf Generalsuperintendenturen eingeteilt (Wolfenbüttel, Helmstedt, Gandersheim, Alfeld und Bockenem). Diese Kirchenbezirke waren weiter in Spezialsuperintendenturen unterteilt. Die Amts- und Gerichtsbezirke Liebenburg (in dem Salzgitter lag) und Lutter am Barenberge gehörten zur Spezialsuperintendentur Salzgitter/Salzliebenhalle, die wiederum im Gebiet der Generalsuperintendentur Gandersheim lag.