Verheyen jugó 50 partidos internacionales, para la selección nacional belga y anotó 10 goles. Participó con la selección belga, en 2 ediciones de la Copa Mundial, que fueron en la cita de Francia 1998, donde su selección quedó eliminado, en la primera fase de aquel torneo y en la de Corea del Sur y Japón 2002, donde la selección belga quedó eliminada, en la fase de los Octavos de final, tras perder ante , que terminó siendo campeón invicto de aquel mundial.