Yekini jogou na Seleção Nigeriana entre 1984 e 1998. Foi dele o primeiro gol nigeriano em Copas, cuja comemoração resultou num dos momentos mais marcantes do torneio, ao chorar dentro do gol búlgaro. No mesmo ano, conquistou a Copa Africana de Nações, sendo inclusive o artilheiro, com cinco gols, e levando o prêmio de melhor jogador.