Det slutliga genombrottet för bandet kom med deras tredje album, sångerskan Kim Hill hade vid det laget ersatts av sångerskan/rapparen Stacy Ferguson (Fergie) Den första singeln "Where Is The Love?", med gästsångaren Justin Timberlake blev etta på Storbritanniens lista. Den blev även en topp10-hit i USA och i Sverige fick den höga listplaceringar. Låten skrevs som en reaktion på terrordåden den 11 september 2001 Även andrasingeln "Shut Up" gick bra. Låten, som är upptempo, handlar om ett relationsdrama. Förutom Justin Timberlake gästar Papa Roach, Macy Gray, Wyclef Jean, Mos Def, De La Soul och Travis Barker (från Blink 182) på skivan "Elephunk". Black Eyed Peas var även med på klimatkonserten Live Earth.