Sisällissodan alussa Sedgwick palveli everstinä ja avustavana tarkastajakenraalina Washingtonin sotilashallinnossa. Hän menetti ensimmäisen Bull Runin taistelun, koska toipui kolerasta. Hänet ylennettiin prikaatinkenraaliksi 31. elokuuta 1861, jolloin hän komensi 2. prikaatia kenraalimajuri Samuel P. Heintzelmanin divisioonassa Potomacin armeijassa, sitten omaa divisioonaansa, mikä liitettiin 2. divisioonaksi II armeijakuntaan Virginian niemimaan sotaretkelle. Virginiassa hän taisteli Yorktownissa ja Seven Pinesissa ja haavoittui käteen ja jalkaan Glendalen taistelussa. Hänet ylennettiin kenraalimajuriksi 4. heinäkuuta 1862.