Після повернення в Османську імперію 1901 року, був заарештований і відправлений у пустелю Феццан. Там приєднався до місцевого суфійського ордену. Після молодотурецької революції повернувся до Стамбула, видавав низку журналів, найвідоміший з яких ісламістський журнал «Ittihad-ı Islam». В опублікованих у цьому журналі статтях критикувався націоналізм. На думку Філібелі, Османська імперія протягом тривалого часу змогла об'єднати мусульман оскільки туркам не властивий націоналізм. Він писав: «Історичний борг турків — трудитися для блага мусульман. Якщо турки перестануть робити це, турецьку ідентичність буде зруйновано».