Garabaya bestritt 168 Länderspiele für die spanische Nationalmannschaft, bei denen er 318 Tore warf. Er gewann Gold bei der Weltmeisterschaft 2005 sowie Silber bei der Europameisterschaft 2006. Bei der Weltmeisterschaft 2007 in Deutschland schied er mit Spanien bereits im Viertelfinale gegen Deutschland aus und belegte am Ende nur einen enttäuschenden 7. Platz. Bei den Olympischen Spielen 2008 und der Weltmeisterschaft 2011 holte er mit der Nationalmannschaft jeweils die Bronzemedaille.