Il 1º luglio 2004 Alan Smith firmò un contratto di cinque anni con il Manchester United, che lo acquistò dal Leeds per circa 10 milioni di euro più il cartellino del centrocampista Danny Pugh. Al suo esordio con i "Red Devils", nel Community Shield contro l'Arsenal, Smith andò subito a segno, ma lo United perse la partita per 1-3. Chiuse la sua prima annata segnando nove gol in 41 presenze tra campionato e coppe.