El Parlamento se constituyó en Asamblea Constituyente y redactó una nueva Constitución que entró en vigor el 8 de septiembre de 1967, la cual declaró a Obote, Presidente de Uganda por un período de 5 años. Su gobierno fue acusado de autoritario y corrupto. Implementó la persecución de algunas minorías étnicas y llevó a cabo una sangrienta represión contra cualquier tipo de disidencia. Decidió distanciarse del Reino Unido y condenó el apartheid de Sudáfrica y Rodesia (actual Zimbabue). En 1971 fue derrocado por el golpe militar dirigido por su propio colaborador, Idi Amin.