I suoi oppositori gli impedirono di attuare diversi provvedimenti in favore del Sud. Sotto la sua presidenza venne ratificato, il 18 dicembre 1865, il "XIII emendamento della Costituzione degli Stati Uniti d'America", già approvato dal Congresso prima dell'assassinio di Lincoln, mentre nel 1866 il Congresso approvò il "Civil Rights Act (1866)", nonostante il veto di Johnson, che concedeva la cittadinanza statunitense ai neri emancipati. Il Congresso, poi, approvò nel 1867 il "Basic Reconstruction Act", una legge per la ricostruzione degli Stati del Sud, i quali, per essere riammessi nell'Unione, dovevano promulgare nuove costituzioni, convocare assemblee legislative elette a suffragio universale e ratificare il "XIII emendamento della Costituzione".