В начальном периоде Северной Войны (1655—1660) между Швецией и Данией фон Шак участия принять не успел, в июне же 1658 года он был послан в Кронборг для инспекции тамошней крепости. Через два месяца, после возобновления военных действий и высадки шведской армии у Корсёра, фон Шак становится комендантом осаждённого Копенгагена и организует его оборону. После того, как под его руководством был отбит штурм города шведами 11 февраля 1659 года, Ганс фон Шак был возведён в фельдмаршалы. После снятия осады с Копенгагена он руководит находившимися в столице войсками, отправленными на остров Фюн для освобождения его от шведских войск. 1 октября соединённый голландско-датский флот с отрядами фон Шака отплявает в Киль, который достигает через 12 дней. Через неделю фон Шак встречается с фельдмаршалом Эрнстом фон Эберштейном, с войсками которого он должен был взаимодействовать на Фюне. 31 октября отряд фон Шака высаживается на острове. 9 ноября он вступает в Оденсе, через два дня встречается с войсками фон Эберштейна. Однако налаженного взаимодействия между ними не получилось, так как оба датских военачальника испытывали неприязнь и недоверие друг к другу. Тем не менее, 14 ноября 1659 года, в сражении при Нюборге, шведские войска были разбиты. Несмотря на то, что фон Шак предлагал иные стратегические планы военных действий на Фюне, победа под Нюборгом являлась одним из крупнейших его военных успехов. В январе 1660 года он был послан в Шлезвиг-Гольштейн с задачей овладеть оттуда Бременом, однако этот план в последний момент был отложен. В апреле того же года, при морской переправе с острова Фемарн на Зеландию его корабль был захвачен шведским крейсером и фельдмаршал попадает в плен, однако при заключении Копенгагенского мирного договора он был освобождён.