Nella stagione 1998-1999 la squadra si classifica quinta in campionato. Questa è l'ultima stagione di Zeman sulla panchina giallorossa: viene infatti sostituito, l'anno seguente, da Fabio Capello. Proprio in questa stagione, precisamente il 31 ottobre 1998, Totti eredita la fascia di capitano da Aldair.