Infolge der Machtübernahme der Nationalsozialisten wurde Schäffer aus dem Staatsdienst entlassen und am 26. Juni 1933 verhaftet. Nach seiner Freilassung 1934 wurde er als Rechtsanwalt zugelassen. Nach dem Attentat vom 20. Juli 1944 wurde er im Rahmen der Aktion Gitter erneut verhaftet und in das Konzentrationslager Dachau eingeliefert.