Zander Fagerson obtient des sélections dans les équipes écossaises de jeunes. Il dispute le championnat du monde junior, d'abord en 2014 où il dispute cinq rencontres, puis le tournoi des Six Nations des moins de 20 ans 2015 où il participe à l'ensemble des rencontres et inscrit un essai, puis lors de la même année, l'édition 2015 du mondial junior.