Selon l'étude menée par Nafeez Mosaddeq Ahmed, le GIA aurait vu sa création instrumentalisée par le régime algérien pour discréditer les milieux islamistes et contrôler la population qui avait porté le FIS au pouvoir en . Un courant dissident, à la suite de l'affaire de l'assassinat des moines du monastère de Tibhirine, impute désormais les manœuvres terroristes du GIA à des membres violents du FLN dans le but de mobiliser l'opinion internationale en faveur du gouvernement algérien.