2001 erhielt Boiko mit der russischen Equipe Silber bei den Weltmeisterschaften. 2002 fanden die Europameisterschaften in Moskau statt, Boiko erfocht sowohl im Einzel als auch mit der Mannschaft die Bronzemedaille. Erfolgreicher war sie bei den Weltmeisterschaften, die anderthalb Monate später in Lissabon ausgetragen wurden. Swetlana Boiko siegte im Einzelfinale gegen ihre Mannschaftskameradin Jekaterina Juschewa, beide gehörten auch zur siegreichen Mannschaft. 2003 erfocht Boiko bei den Europameisterschaften erneut zwei Bronzemedaillen. Bei den Weltmeisterschaften unterlag die russische Equipe im Finale gegen die Polinnen. Im Finale der Europameisterschaften 2004 unterlag Boiko der Rumänin Laura Badea-Cârlescu, im Mannschaftswettbewerb siegten ebenfalls die Rumäninnen vor den Russinnen. Beim olympischen Fechtturnier in Athen stand nur der Einzelwettbewerb auf dem Programm, Boiko schied im Achtelfinale aus und belegte den elften Platz.