Salisbury skiftede sin troskab til Richard, hertug af York, der gjorde ham til Lord Chancellor i 1455. Dette gjorde det muligt for Salisbury at fremme medlemmerne af sit følges interesser mod Percy-familien, for eksempel indgav Thomas de la More et andragende mod Lord Egremont, som de la More hævdede havde truet med at dræbe ham år tilbage. Da kong Henrik 6. forsøgte at hævde sin uafhængighed og afskedige York som rigsforstander, sluttede Salisbury sig til hans side og kæmpede i Det 1. slag ved St. Albans, idet han hævdede, at han handlede i selvforsvar. I 1458 deltog han i The Love Day, et forsøg på forsoning, der blev afholdt i London. Efter Slaget på Blore Heath, hvor han var særdeles succesfuld, flygtede Salisbury til Calais, idet han specifikt var udelukket fra en kongelig benådning. Han blev dræbt den 30./31. december 1460 natten efter Slaget ved Wakefield.