De videoclip van "Freak on a Leash" is geregisseerd door Todd McFarlane en bevat zowel animatie als livebeelden. De clip begint met een geanimeerd deel waarin een aantal kinderen (inclusief de leden van Korn als kinderen) aan het hinkelen zijn op een klif en achterna worden gezeten door een politie-agent. De agent vuurt per ongeluk een kogel af, die uit de geanimeerde wereld ontsnapt naar de echte wereld. De kogel richt veel schade aan en mist ternauwernood een aantal mensen. De kogel vliegt dan in een poster van Korn en vliegt rond de bandleden, die het nummer live spelen, voordat het via dezelfde weg weer teruggaat naar de geanimeerde wereld. Aan het eind van de video wordt de kogel gevangen door een meisje, dat het teruggeeft aan de agent. De clip won in 1999 twee MTV Video Music Awards in de categorieën "Best Editing" en "Best Rock Video". Daarnaast won het in 2000 een Grammy Award in de categorie Best Short Form Music Video.