ボスニア・ヘルツェゴビナ紛争時、ズヴォルニクはスルプスカ共和国軍の支配下に置かれ、ズヴォルニクのボシュニャク人の住民のほとんどが町を去ることを余儀なくされた。また、ボスニア政府やクロアチア人勢力の支配下となった地域から、多くのセルビア人がズヴォルニクに流入した。紛争初期、ズヴォルニクおよびその周辺ではいくつかの大量虐殺が発生した。ズヴォルニク郊外のカラカイ（）やチェロペク（Čelopek）には強制収容所が置かれ、数百人にのぼるボシュニャク人が殺害された。スレブレニツァの虐殺の被害者が埋められた集団埋設地が、ズヴォルニクの南のリプリェ（Liplje）で見つかっている。紛争後、町の人口はほとんどセルビア人のみとなった。国際社会の支援により、脱出した難民の帰還が進められているものの、その進みはきわめて遅く、困難なものとなっている。また、紛争中にズヴォルニクに流入したセルビア人の多くが、紛争前の故郷に帰ることもできていない。紛争中、特にトゥズラやサラエヴォからのセルビア人人口の流入によって、町の人口は2倍近くになった。