Kroatia liittyi myös Bosnian sotaan, jossa Jugoslavian armeija ja serbimilitantit käyttivät samaa taktiikkaa kuin Kroatiassa. Bosnian kroaatit ja muslimit olivat alkujaan liittoutuneet yhteisen vihollisen alla, mutta pian he alkoivat sotia myös toisiaan vastaan. Bosnian kroaatit saivat tukea Zagrebista ja olivat vastuussa monista sotarikkomuksista.