Yliopiston päärakennus vaurioitui pahasti jatkosodan aikana helmikuun 1944 suurpommituksissa, kun siihen osui useita ilmapommeja. Rakennuksen vanhan puolen katto romahti ja tulipalo tuhosi suurimman osan sen alkuperäisestä sisustuksesta sekä yliopiston arkistosta. Erityisen pahasti kärsi vanha juhlasali. Edelfeltin ja Järnefeltin seinämaalaukset tuhoutuivat kokonaan ja samalla vahingoittui myös Wäinö Aaltosen suuri marmorireliefi "Vapauden jumalatar seppelöi nuoruuden", joka oli tilattu yliopiston 300-vuotisjuhliin vain neljä vuotta aiemmin. Juhlasalin vanhin taideteos, Ivan Martosin jo Turkuun toteuttama säilyi, sillä se oli siirretty juhlasalista konsistorin saliin vuonna 1932. Myös Turun akatemiasta perityt juhlasalin mahonkiovet ja kateederi sekä Venäjän keisarien muotokuvat saatiin pelastettua tulipalon alta.