1346 købte Den tyske Orden den danske konges besiddelser i det nordlige Estland, (Hertugdømmet Estland) og overdrog disse det følgende år til Den Liviske Orden at forvalte. Takke være dette blev ordenens magt i forhold til bispedømmerne i Livland væsentligt stærkere, og i det 14.–15. århundrede søgte ordenen gentagne gange at indkorporere Riga ærkebispesæde under sig eller reelt at forene ærkebispens besiddelser med ordenens egne. Samtidig mistede ordenen i slutningen af det 14. århundrede en væsentlig begrundelse for sin eksistens, idet det hidtil hedenske Litauen sammensluttedes med Polen i Krevo-unionen. Dette forbund vendte sig straks imod Den tyske Orden, hvorved dennes forbindelse med Den Liviske Orden hurtigt svækkedes, hvilket ikke direkte truede det polsk-litauiske forbund. Den Liviske Ordens voksende selvstændigheds viste sig også derved, at fra slutningen af det 14. århundrede udvalgtes på stedet to kandidater til ordensmesterembedet, og stormester kunne kun vælge mellem disse. Egentlig uafhængighed af stormesteren opnåede Den Liviske Orden i midten af det 15. århundrede, da man efter en intern konflikt i Den tyske Orden kun gav storgmesteren en kandidat at godkende. Samtidig forsøgte man at overtage Estland fra Den tyske Orden, hvilket officielt skete i 1459. Reelt forblev imidlertid højmeisteren nominelt herre over Estland indtil 1525, da Den tyske Ordens preussiske gren blev sekulariseret. Derefter blev Den Liviske Orden reelt totalt uafhængig. Officielt forblev ordenen dog en gren af Den tyske Orden og hørte nominelt under Den tyske Ordens administrator i Tyskland så længe, ordenen eksisterede.