Il n'y a dès lors plus de menace stratégique, mais les campagnes autour de Nantes restent en état d'insurrection ou d'insubordination, l'armée de Charette étant encore intacte ; les troupes républicaines interviennent de façon violente (colonnes infernales) sous le commandement de Turreau (décembre 1793-mai 1794). Après la chute de Robespierre (juillet 1794), les choses changent nettement. Une étape importante, liée à la volonté de pacification de Hoche et de Canclaux, est le Traité de La Jaunaye () signé avec Charette et Sapinaud ; la signature a lieu tout près de Nantes, dans un manoir de la commune insurgée de Saint-Sébastien. On assiste ensuite à un épisode surprenant : Charette défilant en ville est acclamé par la population. Mais la paix ne va pas durer : Charette reprend les armes en juin, au moment du débarquement de Quiberon. Privé de tout appui extérieur après l'échec de Quiberon, il est traqué, arrêté en mars 1796 à Saint-Sulpice-le-Verdon, près de Rocheservière en Vendée, et ramené à Nantes pour être fusillé (et non pas guillotiné) le sur la place Viarme, où Cathelineau était mort en 1793.