El 26 de febrero de 1918, la Checa realizó su primer ajusticiamiento ilegal, el de una pareja de extorsionistas. Uno de ellos se había hecho pasar por chequista, razón por la que Dzerzhinski permitió su muerte. El permiso de ejecución, firmado por la presidencia colegiada de la Checa, se había realizado sin juzgar a las víctimas. El asesinato produjo tensión en el Gobierno ya que el organismo estaba teóricamente limitado a la realización de investigación; Steinberg protestó en vano ante Lenin, que aceptó el hecho como necesario. Aunque según un portavoz de la Checa durante los seis primeros meses de su existencia solo veintidós personas murieron por su acción, esto se debió más a la oposición de los socialrevolucionarios que a la moderación de Dzerzhinski. La necesidad de aprobar por unanimidad las condenas a muerte y la constante oposición de los socialrevolucionarios de izquierda limitó el número de víctimas hasta su expulsión del organismo en julio de 1918.