Између 1984. и 1986. Квачков је служио у Пскову, а између 1986. и 1989. био је шеф особља бригаде у оквиру "Групе совјетских снага у Немачкој". Године 1989. постао је командир 15. бригаде Спецнаца, која је била стационирана у "Војној области Туркестан" (а од 1992. у Узбекистану). Учествовао је у војним сукобима у Азербејџану (Рат за Нагорно-Карабах) и Таџикистану (Грађански рат у Таџикистану 1992).