I 1945 deltok Berija i Jaltakonferansen med Stalin, som introduserte Berija til USAs president Franklin D. Roosevelt som «vår Himmler». Etter andre verdenskrigs slutt organiserte han sovjetisk overtakelse av statsinstitusjonene i Øst-Europa. Berijas hensynsløshet i tjenesten og evne til å få resultater kulminerte med overoppsynet med det sovjetiske prosjektet for utvikling av en atombombe.