První branku vstřelil do Mexické brány (2:0) 20. ledna 1993. Utkání bylo také jeho první s kapitánskou páskou. Opět se dostal do nominace na MS 1994 konané ve Spojených státech. Je nedílnou součástí týmu který se dostal do finále, kde podlehli Brazílii až na penalty. Další turnaj ME 1996 se Itálii nepovedl a po třech utkání nepřešli přes základní skupinu. Po skončení kariéry Baresiho se "Paolo" stává novým kapitánem reprezentace. Od roku 1996 trénuje jeho otec Cesare Maldini. Pod vedením svého otce se účastnil svého třetího MS, které se konalo ve Francii. Porážka ve čtvrtfinále s domácí Francii na penalty.