Sin embargo, la mayoría de las tropas de línea eran chilotes y valdivianos y desconfiaban de los milicianos chilenos después de la muerte del jefe Juan Tomás de Vergara por fuego amigo; muchos de los primeros reclamaban a sus oficiales poder volver a sus casas. Para ellos su misión era reconquistar Concepción, lo que se había conseguido, no avanzar sobre Santiago, además la sorpresa patriota en Yerbas Buenas el 27 de abril había mermado su moral. Finalmente, los contingentes se negaron a cruzar el río Maule. La desconfianza de chilotes y valdivianos se mostró correcta, tras iniciar la retirada al sur, la mayoría de los milicianos desertaron y se pasaron al ejército rebelde de la Junta de Santiago. En junio Justis volvió a la isla, donde se dedica a reunir y enviar dinero y refuerzos. En septiembre llegan algunos enviados del virrey a ayudarlo en la labor. En noviembre zarpó de Callao a San Carlos el bergantín "Potrillo" con el sargento mayor Ramón Jiménez Navía para recaudar 8.000 pesos que llevó a Arauco y dar órdenes de organizar un nuevo batallón. En aquel mes los realistas se había apoderado de la cuenca del Biobío y la zona de Arauco, restablecido las comunicaciones con Valdivia y Chiloé y aislar a Carrera en Concepción.