In augustus 1919 ging het lokale bestuur van Nagorno-Karabach, de "Karabach Nationale Raad", een tijdelijk akkoord aan waarmee het Azerbeidzjaanse gezag erkend werd op de voorwaarde dat de definitieve status van Nagorno-Karabach in de Vredesconferentie van Parijs zou beslist worden. Het vredesakkoord duurde echter niet lang en het etnisch conflict barstte los. Op 5 juni 1919 werden zeshonderd Armeniërs van de dorpen rondom Şuşa gedood door Azerbeidzjaanse en Koerdische guerrillastrijders. Sultanov betoogde dat deze guerrillastrijders niet onder zijn controle en gezag waren. Het conflict escaleerde een Armeense opstand, die weer later teruggedrongen werd door het Azerbeidzjaanse leger. In in de nacht van 21 op 22 maart 1920 vielen de Armeniërs van Karabach de Azerbeidzjaanse garnizoenen aan in Şuşa, Xankəndi en Askeran. Op dat moment vierden de Azerbeidzjanen de traditionele feestdag Novruz Bayram. De Armeense verrassingsaanval werd tegelijkertijd gecoördineerd met een groot aanval op de grenzen van Azerbeidzjan door Armenië. De verrassingsaanval in Karabach werd echter geen succes en naar aanleiding hiervan viel het Azerbeidzjaanse leger de Armeniërs in Şuşa aan, wat uiteindelijk leidde tot de Armeense pogrom van maart 1920. Bij de pogrom kwamen volgens verschillende bronnen tussen de 500 en 20.000 Armenen om het leven. Tevens werden de Armeense wijken van de stad verwoest. De Russische dichter Nadezjda Mandelstam die na het bloedbad in 1920 de stad had bezocht, schreef dat er behalve moslims geen enkele Armenen meer waren.