Od sezonu 1997 zostaje oficjalnym kierowcą testowym Scuderia Ferrari. Powrócił do ścigania w sezonie 1999 ponownie reprezentując barwy Minardi. Jego partnerem został Hiszpan Marc Gené. Ogólnie w tym sezonie Badoer spisywał się lepiej niż Gene, regularnie plasując się przed kolegą z zespołu w kwalifikacjach i zajmując porównywalne miejsca w ukończonych wyścigach (warto też zaznaczyć, że Badoer częściej był zmuszony do wycofania się z wyścigu w wyniku usterek, a Gene własnych błędów). W Grand Prix Europy Badoer jedyny raz w swojej karierze miał szanse na zdobycz punktową. Po bardzo dobrej jeździe i doskonałej strategii doboru opon podczas opadów deszczu Włoch znajdował się na wysokim czwartym miejscu (wtedy dawało ono 3 punkty) wyprzedzając takich kierowców jak Mika Häkkinen, Eddie Irvine czy Jacques Villeneuve. Jednak na zaledwie 12 okrążeń przed metą w jego samochodzie zepsuła się skrzynia biegów. Po awarii Badoer nie mógł powstrzymać łez klęcząc przed swoim bolidem, aż do interwencji porządkowych. Natomiast na miejsce w punktowanej szóstce awansował Gene i to on zdobył jedyny w tamtym sezonie punkt dla Minardi. Kiedy Michael Schumacher złamał nogę na torze Silverstone, Badoer miał nadzieję, że zajmie jego miejsce. Szefostwo Ferrari zdecydowało się jednak na ściągnięcie Miki Salo, co zostało ostro skrytykowane przez ich byłego kierowcę, Jeana Alesi'ego. Sam Badoer także nie krył rozczarowania tą decyzją.