První písemná zmínka pochází z roku 1227, kdy je zmiňován panský dvůr. Objevují se však i domněnky o dřívější existenci v 9. či 10. století, přičemž se mělo jednat o slovanskou ves. Prvním známým držitelem byl klášter svatého Jiří na Pražském hradě benediktinského řádu. Později byla roku 1526 připojena k nedalekému všebořickému panství. Poblíž vsi stávalo na vrchu jihovýchodně, směrem na Chuderov, popraviště, kde byly vykonány poslední hrdelní tresty začátkem 17. století. Následně zde byl vztyčen železný kříž. Od roku 1754 ves spadala pod nově vzniklé všebořickobřeznické panství. Během sedmileté války na zdejším panském dvoře přespal 28. října 1756 pruský král Fridrich Veliký, jenž další den pokračoval s vojskem k Lovosicím, kde se střetl s armádou Habsburské monarchie. Koncem 18. století, konkrétně roku 1794 byl panský dvůr rozdělen. Během nedaleké bitvy u Chlumce byla ves roku 1813 obsazena ruskými jednotkami, přičemž obyvatelé se ukryli do blízkých lesů. Až zhruba do roku 1848 měly Božtěšice výhradně zemědělský charakter, pěstovala se zelenina i ovoce. V rámci industrializace nedalekého Ústí však začalo stále více přibývat nových obyvatel pracujících v nově vzniklých průmyslových závodech. Kromě rychlého nárůstu obyvatel v této době byla obec spojena s vedlejšími Skoroticemi. Toto spojení trvalo mezi lety 1853 až 1896. Součástí města Ústí nad Labem jsou Božtěšice od roku 1981. V roce 1984 byl vypracován Miroslavem Fibigerem územní projekt pro oblast Skorotic a Božtěšic v rámci kterého mělo na místě vyrůst nové panelové sídliště obsahující 2500 bytů. K realizaci však nedošlo a od konce 90. let je volná plocha zastavována individuální výstavbou rodinných domů.