ต่อมาในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง นาซีเยอรมนีเข้ายึดครองเนเธอร์แลนด์เมื่อวันที่ 10 พฤษภาคม ค.ศ. 1940 เกิดการสู้รบอย่างหนักจนกองทัพเนเธอร์แลนด์ยอมจำนนในอีก 5 วันต่อมา ผลจากการสู้รบคือรอตเทอร์ดามได้รับความเสียหายอย่างหนักโดยเฉพาะจากปฏิบัติการรอตเทอร์ดามบลิทซ์ กองทัพอากาศเยอรมันโจมตีใจกลางเมือง พลเรือนกว่า 80,000 คนไร้ที่อยู่อาศัยและกว่า 900 คนต้องสังเวยชีวิต รอตเทอร์ดามถูกปลดแอกโดยกองทัพสัมพันธมิตรในปี ค.ศ. 1945 ก่อนสงครามโลกครั้งที่สองสิ้นสุดไม่นาน