Der König und der Hofstaat siedelten von Edinburgh nach London um. Währenddessen kam es in Schottland zu religiös motivierten Unruhen, die sich gegen den englischen Einfluss richteten, woraufhin der König 1640 das Parlament einberief, um die Finanzierung des Kampfes gegen die schottische Kirche zu sichern. In England kam es zum Umsturz. König Karl I. geriet in schottische Gefangenschaft, doch er lehnte es ab, die presbyterianische Kirche in England einzuführen. Daher übergaben die Schotten ihren König an die Puritaner; er wurde 1649 hingerichtet. Daraufhin wurde in Schottland letztmals ein König gekrönt, nämlich Charles II. Infolgedessen besetzte Oliver Cromwell Schottland. 1660 sagte der zurückgekehrte König jedem Religionsfreiheit zu, woraufhin er in London wieder König beider Reiche wurde. Gegen die Wiedereinführung der Bistümer kam es jedoch in Schottland zu Aufständen. Die Verfolgung der Presbyterianer erreichte 1681 bis 1689 ihren Höhepunkt, König Jakob II. versuchte England zu rekatholisieren. Er wurde 1688 in der Glorreichen Revolution abgesetzt.