Der Zweite Weltkrieg setzte Qantas wegen seiner Spezialisierung auf internationale und regionale Flüge in Nordaustralien stark zu: Darwin wurde 1942 von den Japanern bombardiert und in der Schlacht um Singapur wurde die Hälfte der Qantas-Flotte zerstört. Zudem wurden die meisten Maschinen für Transport- und Versorgungsflüge des Militärs benötigt, vor allem in Neuguinea. 1943 konnte Qantas Empire Airways allerdings die Route ins restliche Commonwealth wieder anbieten: Anstatt über das nach wie vor japanisch besetzte Südostasien zu fliegen, führte die Verbindung nun von Perth nach Colombo. Diese Non-Stop-Flüge dauerten 27 Stunden und stellten damit einen Langzeitrekord für regelmäßige Passagierrouten dar.