З грудня 1961 року В. О. Архипов продовжує військову службу на Північному флоті вже у якості начальника штабу 69-ї бригади підводних човнів. 1 жовтня 1962 року, під час так званої Карибської кризи в рамках секретної операції Генерального штабу Збройних сил СРСР «Анадир», підпорядкована Архипову бригада човнів була направлена до кубинського узбережжя. За цих напружених військово-політичних обставин командування операції не отримало чітких вказівок щодо можливого застосування атомної зброї. За день до відбуття В. О. Архипов спробував спеціально уточнити у заступника Головнокомандувача ВМФ адмірала В. О. Фокіна цілі та засоби операції: