Откако је дебитовао против Норвешке 2000. године постао је редован члан репрезентације. Емре је са Турском дошао до трећег места на Светском првенству 2002., а на Европском првенству 2008. је одиграо први меч, али је због повреде пропустио остале мечеве првенства на којем је Турска стигла до полуфинала. Укупно је одиграо 101 званичну утакмицу за репрезентацију Турске.