Il tramonto del Medioevo vide imporsi nella zona la sempre più inarrestabile potenza veneziana. La repubblica marinara strappò definitivamente le fortezze gemelle alle litigiose signorie della zona il 12 luglio 1405, dopo due brevi domini degli Scaligeri e dei Carraresi. La dominazione veneziana, avvenuta agli inizi del XV secolo e cessata solamente con la dominazione francese del 1796, portò nella regione nuove dinamiche di tensioni e guerre. Tra le vicende più disastrose per il borgo veneto vi fu l'unione della Serenissima alla Lega di Cambrai, avvenuta il 14 maggio 1509. La posizione strategica di Legnago sul fiume Adige e la presenza delle due possenti rocche rendevano la cittadina un punto nevralgico della guerra, nonché un epicentro della difesa dell'entroterra veneziano. Fu in quell'occasione che un nuovo strato di fortificazioni fu edificato per rinforzare le precedenti mura già esistenti dall'età medievale. L'intervento non fu sufficiente a risparmiare la fortezza dalla devastazione del conflitto. Nel 1517, Venezia, Spagna, Inghilterra e Francia firmarono un armistizio che pose fine a otto anni di sanguinosi scontri. in virtù di essa, Verona e il suo territorio - compreso Legnago - furono ceduti alla Francia che, a sua volta, li cedette nuovamente a Venezia.