De retour à Strasbourg, il achète le château d'Ittenwiller à Saint-Pierre. Sous la Terreur, il comparaît pas moins de sept fois devant le Comité de salut public. Il compose alors des pièces révolutionnaires : "La Prise de Toulon", "Hymne de Pleyel chanté au Temple de la Raison", "Hymne à l'Être Suprême" et "La Révolution du ou le Tocsin allégorique", toutes en l'an II. Cette dernière œuvre, pour l'anniversaire de la Journée du 10 août 1792, est composée en quelque sorte le fusil sur la tempe après un travail de sept jours et sept nuits, avec deux gendarmes à la porte et le librettiste lui donnant ses instructions. Les Républicains enthousiastes l'inscrivent au tableau d'honneur des artistes révolutionnaires. Il a probablement contribué à la musique de "La Marseillaise", bien que la paternité exacte de la mélodie de l'hymne national français reste toujours discutée.