1661年から「抗清復明」の旗印を掲げた鄭成功の攻撃を受け、翌1662年には最後の本拠地要塞であるゼーランディア城も陥落したために、進出開始から38年で台湾から駆逐され、鄭氏政権の幕開けとなった（ゼーランディア城包囲戦）。1662年に東インド会社を台湾から駆逐した鄭成功は、台湾独自の政権を打ち立てて台湾開発を促進する基礎を築いたことから、台湾人の精神的支柱「開発始祖」「民族の英雄」と評価されている。