В составе сборной Бразилии Клебер дебютировал 31 октября 1990 года в матче со сборной мира, где он вышел на замену вместо Адилсона Батисты. 8 ноября того же года он сыграл в первом официальном матче за национальную команды против Чили. В том же году он попал в состав сборной на Кубок Америки, но на поле не выходил. Он провёл ещё 3 матча в 1991 году, после чего несколько лет не вызывался в стан национальной команды. Лишь 17 мая 1995 года игрок вышел в форме сборной в товарищеской игре с Израилем. Позже он ещё несколько раз выходил на поле в составе сборной. Последнюю встречу за Бразилию Клебер сыграл 8 октября 2000 года со сборной Венесуэлы на отборочном турнире к чемпионату мира, в которой его команда победила 6:0. Всего за сборную страны защитник сыграл 13 матчей (7 побед, 3 ничьих и 3 поражения), голов не забивал.