Entre los franceses y los austríacos, Baviera estaba ahora en mala situación. Antes de la muerte de Carlos Teodoro (16 de febrero de 1799) los austriacos ocuparon de nuevo el país, en preparación de reanudar la guerra contra Francia. Maximiliano IV José (de Zweibrücken), el nuevo elector, sucedió en una herencia difícil. A pesar de sus propias simpatías, y las de su todo-poderoso ministro Maximilian von Montgelas, eran ante todo francesas antes que austriacas, las finanzas del estado bávaro, y el hecho que las tropas bávaras estaban dispersas y desorganizadas, lo puso indefenso en manos de Austria; el 2 de diciembre de 1800 el ejército bávaro estuvo involucrado en la derrota austriaca de Hohenlinden, y Moreau una vez más ocupó Múnich. Por el Tratado de Lunéville (9 de febrero de 1801) Baviera perdió el Palatinado y los ducados de Zweibrücken y Jülich.