Aguerre spielte zudem für die uruguayische A-Nationalmannschaft. Mit dieser nahm er an der Südamerikameisterschaft 1922 teil. Im Verlaufe des Turniers bestritt er vier Spiele. Im selben Jahr zählte er auch bei der Copa Lipton, der Copa Newton sowie bei der Copa Gran Premio de Honor Uruguayo zum uruguayischen Team. Insgesamt absolvierte er von seinem Debüt am 23. September 1922 bis zu seinem letzten Einsatz für die "Celeste" am 10. August 1924 neun Länderspiele. Einen Treffer erzielte er dabei nicht.