Nach dem Staatsstreich des 18. Fructidor V (4. September 1797) kehrte Drouet erneut nach Frankreich zurück. Er gründete im Sommer 1799 den neojakobinischen „Manegeklub“, als dessen erster „Regulator“ er fungierte. Von 1802 bis 1814 amtierte er als Unterpräfekt von Sainte-Menehould. Nach der Rückkehr der Bourbonen lebte Jean-Baptiste Drouet unter falschen Namen und im Verborgenen in Mâcon. Dort verstarb er am 10. April 1824.