Etter Nazi-Tyskland erklærte Sovjetunionen krig i 1941 iverksatte Sovjetunionen en ny storstilt runde med etniske deporteringer. Den første berørte gruppen var sovjetiske tyskere mellom september 1941 og februar 1942: mennesker – over 70 % av hele det sovjetisk-tyske samfunnet – ble deportert til Kasakhstan og Sibir i masseoperasjoner. En ny runde med massedeporteringer fant sted mellom november 1943 og mai 1944 hvori sovjetmyndigheter fordrev seks etniske grupper (balkarer, tsjetsjenere, krimtaterer, ingusjetere, karatsjaier og kalmukker), totalt . Det eksisterte også mindre operasjoner som involverte etnisk rensing av diaspora-minoriteter under og etter andre verdenskrig, hvori titusener av krim-bulgarere, grekere, iranere, hemshiler, kurdere og meskhetiske tyrkere ble deportert fra grenseområdene ved Svartehavet og Transkaukasia.