Перед началом сезона 2011/12 Легисамон подписал контракт с «Лионом», к которому присоединился после окончания чемпионата мира. В том же сезоне команда покинула высший дивизион и последующие два сезона Хуан Мануэль вместе с командой боролся за выход возвращение в Топ 14. Первая попытка была неудачной, но в сезоне 2013/14 «Волки» удерживали первую строчку в Про Д2 на протяжении 29 туров из 30 и заработали повышение. Надолго в элите «Лион» не задержался и уже в следующем году вылетел, однако уже через несколько месяцев Легисамон подписал контракт с новой аргентинской франшизой Супер Регби, к которой и присоединился в сезоне 2016 года.