Na diverse clubs in zijn vaderland geleid te hebben, trad Aragonés in 2000 aan als bondscoach van het Boliviaans voetbalelftal. Hij had de selectie in totaal 22 duels onder zijn hoede en trad terug na de matig verlopen strijd om de Copa América 2001 in Colombia, waar "La Verde" drie nederlagen op rij leden. Hij werd opgevolgd door de Argentijn Jorge Habegger.