Sommeren 1984 ble Matthäus kjøpt av Bayern München, hvor han ble vesttysk ligamester tre sesonger på rad, og var en av ligaens mest målfarlige midtbanespillere. I sin fjerde sesong på Olympiastadion, ble Matthäus og Bayern «bare» nummer tre, og etter denne sesongen flyttet Matthäus til Italia og Internazionale, hvor han ble lagkamerat med sin landsmann Andreas Brehme, og senere også Jürgen Klinsmann. På landslaget tapte Matthäus nok en VM-finale i 1986, mens man ble slått ut i semifinalen i EM på hjemmebane i 1988.