Durante la Guerra de la Independencia, desempeñó un papel importante. Las tropas francesas la ocuparon comandadas por el general Godinot, quien la asaltó el 15 de marzo de 1810. Le ofrecieron resistencia los guerrilleros Mena, Villalobos y Aróstegui. En 1812 los franceses se retiraron tras ser vencidos en la Batalla de los Arapiles. En 1814 Fernando VII retornó al poder y con él, llegó el absolutismo y la derogación de las Cortes de Cádiz de 1812. En este contexto tuvo lugar la matanza de los "Coloraos", acaecida en 1824, cuando un grupo de soldados liberales provenientes de Gibraltar, apodados así por el tono de sus casacas, desembarcaron con ánimo de proclamar la libertad y restituir la Constitución existente, intento que resultó en un fracaso y 22 de ellos fueron fusilados. Años más tarde, se levantó un monumento en la plaza de la Constitución en honor a estos caídos. De 1824 a 1826 estuvo desterrado en Almería Narciso Heredia, el Conde de Ofalia, diplomático y político español cesado en su cargo de Ministro de Estado, cuyo padre era el I Conde de Heredia-Spínola, el administrador general de Rentas Reales de la provincia.