Fredrik II:n haave Itämeren herruudesta johti Ruotsia vastaan vuosina 1563–1570 käytyyn Pohjoismaiden seitsenvuotiseen sotaan, jossa Fredrik yritti palauttaa Kalmarin unionin ja vallata serkkunsa Eerik XIV:n hallitseman Ruotsin Tanskan alaisuuteen. Fredrikin itsensä johtamat sotajoukot menestyivät kuitenkin heikosti, ja vain Ruotsin sisäiset levottomuudet estivät Tanskan nöyryyttämisen. Rauhansopimuksessa asiat palautettiin sotaa edeltäneeseen tilaan.