Joaquim Marques Lisboa era filho de Francisco Marques Lisboa e de sua esposa Eufrásia Joaquina de Azevedo Lima. Era o décimo filho da numerosa prole do casal, sendo um de seus irmãos Henrique Marques de Oliveira Lisboa, que no posto de Tenente Coronel, combateu os Farroupilhas em Laguna. Marques Lisboa nasceu num meio que lhe seria muito propício a vida relacionada com as lides marinheiras. Bastante jovem, em 1813, e em companhia dos pais, faria a sua primeira viagem por mar, para o Rio de Janeiro onde, após o regresso de seu pai, ficou aos cuidados de sua irmã, Maria Eufrásia, e de seu marido, José Antônio Lisboa, até a conclusão do curso primário, no colégio do Professor Carvalho.