Semasa sesi kelayakan bahagian ketiga di Grand Prix Monaco, Pérez mengalami kemalangan yang dashyat selepas keluar dari seksyen terowong litar. Sesi tersebut digantung, dan marshal serta kakitangan perubatan membantu Pérez keluar dari kereta beliau. Seorang jurucakap pasukan Sauber mengesahkan bahawa Pérez sedar dan boleh bercakap selepas kemalangan itu, dan beliau dibawa ke pusat perubatan di litar. Beliau tidak mengambil bahagian dalam perlumbaan atas sebab perubatan. Pérez tidak mengambil bahagian dalam perlumbaan pada hari berikutnya, dan Kobayashi sahajalah yang mewakili Sauber untuk hari tersebut. Selepas mengambil bahagian dalam sesi latihan pertama di Grand Prix Kanada, Pérez merasakan yang beliau belum pulih sepenuhnya dan memutuskan untuk tidak mengambil bahagian dalam mana-mana sesi selanjutnya. Beliau telah digantikan oleh Pedro de la Rosa. Beliau kembali untuk berlumba di Valencia bagi Grand Prix Eropah, dan mendapat tempat kesebelas selepas melakukan hanya satu perhentian pit. Pérez mendapat tempat ketujuh di Grand Prix British dan kesebelas di Jerman. Selepas mendapat tempat ke-15 di Hungary, bersara di Belgium, diikuti oleh kegagalan kotak gear semasa berada di tempat ketujuh di Itali, beliau mendapat satu mata di Singapura, selepas dipotong oleh Felipe Massa. Di Jepun, beliau mendapat tempat kelapan dan mendapat empat mata kejuaraan. Di Korea, beliau gagal untuk mendapat sebarang mata selepas mendapat tempat ke-16. Beliau memperoleh satu mata di India, selepas mendapat tempat kesepuluh. Di Abu Dhabi, beliau memulakan dan menamatkan perlumbaan di tempat kesebelas.