Il quitte l'armée de Virginie du Nord avant la campagne de Richmond-Petersburg et assume le commandement du sous-district de Virginie du Nord, du district de la Géorgie, département de la Caroline du Sud, la Géorgie, la Floride, le , un poste qu'il occupe jusqu'à ce qu'il se rende à Kingston, en Géorgie, et est libéré sur parole à Resaca, Géorgie, le . Peu de temps après Wofford est gracié par le gouvernement des États-Unis le . Il commande le dernier groupe important de soldats confédérés à l'est du Mississippi lors de la reddition des troupes à l'Union.