1795 erhielt er als Reichsfeldzeugmeister den Oberbefehl über die österreichische und die Reichsarmee am Mittel- und Niederrhein. Als im Herbst Jourdan bei Düsseldorf und Pichegru bei Mannheim über den Rhein drangen, warf sich Clerfait auf erstern, schlug ihn am 10. Oktober bei Höchst am Main und warf ihn über den Rhein zurück. Danach eilte er nach Mainz, das von 70.000 Franzosen eingeschlossen war, eroberte die für unüberwindlich gehaltenen Mainzer Linien und trieb den Feind über Ingelheim gegen Bingen und über Oppenheim bis Alzey zurück. Am 10. November 1795 siegte Clerfait in der Schlacht von Pfeddersheim nochmalig über Pichegru und rückte hinter dem Pfrimm-Abschnitt vor. Nach einmonatiger Belagerung ergab sich am 22. November Mannheim dem General Latour, die 10 000 Mann starke französische Garnison unter General Montaigu kapitulierte. Auf einen Winterfeldzug nicht eingerichtet, schloss Clerfait am 21. Dezember einen Waffenstillstand und kehrte im Januar 1796 nach Wien zurück.