După război, în cadrul comunității evreiești a existat mult interes și pregătire pentru viitoarea Conferință de Pace de la Paris, atât din partea unor grupuri care susținau, cât și a unora care se opuneau conceptului de patrie evreiască în Palestina. În martie 1919, când președintele Woodrow Wilson pleca la Conferință, Morgenthau se număra printre 31 de importanți evrei americani care au semnat o petiție anti-sionistă prezentată de congressmanul american Julius Kahn; el și mulți alți reprezentanți evrei au participat la Conferință. Morgenthau a fost consilier pentru Europa de Est și Orientul Mijlociu, iar mai târziu a lucrat cu organisme caritabile legate de război, inclusiv Comitetul de Ajutorare pentru Orientul Mijlociu, Comisia de Colonizare a Refugiaților Greci și Crucea Roșie Americană. În 1919, a condus misiunea de informare a guvernului Statelor Unite în Polonia, care a publicat Raportul Morgenthau. În 1933, a fost reprezentantul american la Conferința de la Geneva.