Slovenian maajoukkueessa Knavs pelasi vuosina 1998–2006 yhteensä 65 A-maaottelua ja teki niissä kolme maalia. EM-kilpailuissa 2000 hän pelasi yhdessä ottelussa avauskokoonpanossa ja pääsi yhdessä vaihtopelaajana kentälle. MM-kilpailuissa 2002 hän pelasi avauskokoonpanossa kahdessa ottelussa.