В 1987 году у Чикирёва случился конфликт с 1-м секретарём МГК КПСС Б. Н. Ельциным. На XIX конференции КПСС выступил с резкой критикой Ельцина, который к тому моменту уже был отставлен со своего поста. В конце 1988 года на заводской партийной конференции работа Н. С. Чикирёва была подвергнута резкой критике; вскрылись многочисленные факты приписок, были выявлены огромные задолженности завода. Накануне конференции Н. С. Чикирёв подал заявление с просьбой освободить его от руководства заводом по состоянию здоровья.