আব্দুল মুক্তাদির ১৯৭১ সালের ২৫ মার্চ অপারেশন সার্চলাইটের সময় পাকিস্তান সেনাবাহিনী কর্তৃক ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় গণহত্যায় নিহত হন। প্রতিবেদনে বলা হয়, তিনি তাঁর তিন মাসের গর্ভবতী স্ত্রীর সাথে ফজরের নামাজ পড়ার জন্য প্রস্তুত হচ্ছিলেন, সেই সময় কেউ তার ফ্ল্যাটের নিচের তলার দরজায় কড়া নাড়ে। যে দরজা খোলে, লোকেরা তাকে ধরে ফেলে এবং তার ১২ নম্বর ফুলার রোডের বাসায় দিকে গুলি করে। তারপরে তিনি এবং তাঁর স্ত্রী দৌড়ে একই ফ্ল্যাটের তৃতীয় তলায় ডাঃ সৈয়দ আলী নকীর বাসায় আশ্রয় নেন। সারারাত তারা ভয়াবহ গর্জন ও ভীতির মাঝে জেগে ছিলেন। জানালা দিয়ে বাইরে অন্ধকার মাঝে মাঝে জানালা দিয়ে আগুনের ফুলকি দেখা যাচ্ছে, সৈন্যদের গাড়ির আওয়াজ, মানুষের চিৎকার শােনা যাচ্ছিল।