Nach einer kurzen reformatorischen Zwischenzeit zwischen 1529 und dem verlorenen zweiten Kappelerkrieg 1531 war die Bevölkerung des Städtchens Mellingen bis ins 19. Jahrhundert geschlossen römisch-katholisch. Erst durch die Industrialisierung kamen im Laufe des 19. Jahrhunderts Reformierte nach Mellingen, die 1894 eine reformierte Kirchgenossenschaft gründeten. Auch die reformierten Gläubigen aus den Nachbargemeinden Nieder- und Oberrohrdorf, Stetten, Niederwil, Wohlenschwil und Büblikon schlossen sich der Genossenschaft an, die im April 1907 sowohl den Entscheid für einen Bauplatz als auch für ein konkretes Projekt zum Bau einer Kirche gefällt hatte. Mit Unterstützung der Reformationskollekte von 1908, durch die die Kirchgemeinde über 37'000 Franken erhielt, wurde Ende 1909 mit den Bauarbeiten begonnen. Am 4. September 1910 wurde die vom Ennetbadener Architekten Eugen Schneider erbaute Kirche eingeweiht.