Zunächst wurde Schmalensee am 8. Mai 1810 mit der Führung des Westpreußischen Grenadier-Bataillons beauftragt und am 9. Juni 1810 zum Bataillonskommandeur ernannt. Am 1. Oktober 1811 wurde er vom Bataillon zum Regimentskommandeur ad Interim ernannt. Während Napoleons Russlandfeldzuges von 1812 fungierte er ab dem 28. März 1812 als Führer des 5. mobilen Infanterie-Regiments. Mit diesem Verband kämpfte er im Gefecht bei Thomsdorf. Am 4. März 1813 wurde das Regiment aufgelöst und Schmalensee kam wieder zum 1. Westpreußischen Infanterie-Regiment. Für den Feldzug erhielt er am 26. März 1813 den Roten Adlerorden III. Klasse. Am 5. Juni 1813 wurde er Oberstleutnant und zum Regimentskommandeur ernannt. Im Vorfeld der Befreiungskriege wurde er am 4. September 1813 Brigadekommandeur im II. Armee-Korps ad Interim. Im Krieg kämpfte er in den Schlachten bei Großgörschen, Bautzen, Dresden, Kulm und Leipzig. Für Großgörschen erhielt Schmalensee das Eiserne Kreuz II. Klasse und für Bautzen den russischen Orden der Heiligen Anna II. Klasse. Am 8. Dezember 1813 wurde er Oberst, aber am 20. September 1814 erhielt er seinen Abschied als Generalmajor mit 800 Taler Pension. Er starb am 26. April 1826 in Neubrandenburg in Mecklenburg.