La pérdida de su único acceso al mar Báltico fue un duro golpe para la economía lituana. Por Klaipėda pasaba entre el 70 % y el 80 % del comercio internacional. La región, que representaba tan solo el 5 % del territorio lituano, albergaba, aun así, un tercio de su industria. Lituania perdió también sus fuertes inversiones en las infraestructuras del puerto. Alrededor de 10 000 refugiados, la mayor parte judíos, abandonaron la región y buscaron asilo y apoyo del Gobierno lituano. Los lituanos no tenían claro el destino de su país: entre marzo y abril, se retiró un quinto de los depósitos acumulados en bancos e instituciones crediticias. Tras la pérdida de Klaipėda, Lituania cayó dentro de la esfera de influencia de Alemania, especialmente en lo concerniente al comercio. A finales del año 1939, tres cuartas partes de las exportaciones lituanas iban destinadas a Alemania, mientras que el 86 % de las importaciones procedían de allí. Alemania y la Unión Soviética firmaron el Pacto Ribbentrop-Mólotov en 1939, lo que supuso la división de la Europa oriental en sendas esferas de influencia. Lituania se le asignó, en un principio, a Alemania. Los nazis llegaron incluso a sugerir una alianza militar germanolituana contra Polonia y prometieron devolver la región de Vilna, pero Lituania se ciñó a su política de estricta neutralidad.