Museo esittelee sekä Kreikan siviili- että sotilasmerenkulun historiaa ja teknistä kehitystä antiikin ajalta, bysanttilaiselta keskiajalta, Kreikan vapaussodan ajalta ja maailmansotien ajalta nykypäiviin saakka. Museon kokoelmiin kuuluu muun muassa aluksia ja niiden osia sekä pienoismalleja, maalauksia, valokuvia ja karttoja. Museon kirjastossa on suuri määrä merenkulkuun liittyviä teoksia.