Krátce po dokončení studia se Jean de Carro vrátil do Ženevy, kde již ale vládl duch nové francouzské republiky. Místo kariéry v rodné Ženevě se před Napoleonovou expanzí uchýlil do Vídně. Skoro tři roky pracoval v různých nemocnicích a v roce 1796 si otevřel lékařskou praxi. To bylo dovoleno pouze těm lékařům, kteří se po studiích v zahraničí podrobili přísným zkouškám na některé domácí univerzitě. Jean de Carro složil tyto zkoušky dne 15. května 1795 na univerzitě Vídeňské. Jako mladý lékař s bezvadným společenským vystupováním, dokonalou znalostí angličtiny (jeho mateřština byla francouzština), ačkoliv neznal perfektně německy, získal brzy cenné známosti v diplomatických kruzích a vytvořil si široký okruh vlivných pacientů.