De plus, deux autres courants accentuèrent les dissensions : d'abord le mécontentement croissant des "tozama daimyō" (les seigneurs exilés), soutenu par une partie de la classe des "kuge" autour de l'empereur, ensuite le sentiment anti-occidental grandissant face à l'arrivée du commodore Perry et aux traités inégaux. Le premier venait des seigneurs ayant combattu contre les forces de Tokugawa à Sekigahara (vers l'an 1600) et qui avaient ensuite été exilés définitivement loin des positions décisives pendant le shogunat. Le second s'exprime par la devise "Sonnō jōi" (« révérer l'empereur, expulser les barbares »). Le moment décisif du "bakumatsu" eut lieu pendant la guerre de Boshin à la bataille de Toba-Fushimi, où les forces du shogunat furent vaincues.