In die teater van Mosambiek was die Portugese Vloot se grootste operasionele fokus op die Nyasameer, in 'n poging om FRELIMO-infiltrasies van hul basisse in Tanzanië af te weer en om saam te werk met die weermag van Malawi. Hierdie missie is gedoen deur die Nyasa Flotilla, hoofsaaklik vanaf die Metangula-vlootbasis, en deur eenhede mariniers. Die oprigting van die Nyasa-flottielje was moontlik deur die organisering van ingewikkelde logistieke operasies om altesaam 12 patrollie- en landingsvaartuie vanaf die kushawe van Nacala na die Nyasa-meer te vervoer, met 'n roete van ongeveer 750 km oor land. In die omvang van die samewerking met die buurman Malawi was die Portugese Vloot diep betrokke by die organisasie van sy vlootmagte en het hy van die Nyassa Flotilla-bote aan hulle oorgedra. Die vloot het ook gefokus op die voorsiening van die Portugese magte wat in Noord-Mosambiek opereer, en hulle per see verbind met die belangrikste logistieke sentrums in Lourenço Marques en Beira. Met die aanvang van die bou van die Cahora Bassa-dam en die verspreiding van die FRELIMO-guerrilla's na die Tete-streek, in die vroeë 1970's, het die Vloot 'n deel van sy poging op die Zambezirivier gerig.