Каримов также критиковался за расстрел демонстрантов в ходе подавления беспорядков в Андижане в мае 2005 года. США подвергли критике правительство Узбекистана за убийства демонстрантов. Европейский союз решительно осудил применявшиеся при подавлении методы, охарактеризовав произошедшее как «чрезмерное, непропорциональное и неразборчивое применение силы», подчеркнув препятствование тщательному расследованию происшествия властями Узбекистана. По решению Европейского союза в октябре 2005 года в Узбекистан были наложены международно-правовые санкции в виде тотального эмбарго на продажу вооружений, а также запрет на въезд и на получение европейской визы ряду должностных лиц Узбекистана для въезда на территории стран ЕС. Из-за этого решения ряд стран перестали экспортировать вооружение в Узбекистан, а большинству должностным лицам Узбекистана стало невозможным или трудным въезд на территорию ЕС. Спустя четыре года эмбарго на экспорт вооружений и некоторые другие ограничения в отношении Узбекистана были сняты в октябре 2009 года во время встречи министров иностранных дел стран ЕС в Люксембурге. По их мнению, «такое решение принято для того, чтобы поощрить узбекские власти к улучшению ситуации с правами человека в стране». Решение об отмене эмбарго резко критиковали международные правозащитные организации, включая Human Rights Watch и Amnesty International.