Brinkema presiderade i rättegången mot ”11 september”- konspiratören Zacarias Moussaoui. När hon frågade om de videoband som visar förhör av Abu Zubaydah, förnekade regeringen deras existens. När hon dömde Moussaoui till livstids fängelse, sade hon till honom ”att han skulle dö med ett kvidande." Hon sade vidare: "Du kom hit för att bli en martyr och att dö i en stor krevad av ära, men för att parafrasera poeten T S Eliot, kommer du istället att dö med ett kvidande. Resten av ditt liv kommer du att tillbringa i fängelse." Moussaoui började svara, men Brinkema fortsatte: "Du kommer aldrig mer att få en chans att föra din talan", sade hon," och det är ett lämpligt och rättvis slut." Den 2 april 2009 betonade Brinkema vikten av att terrorister i fånglägret på Guantanamo Bay skulle kunna åtalas i det civila rättssystemet.