Benigno lahir di Murcia, sekarang bagian dari Concepcion, Tarlac dari pasangan Servillano "Mianong" Aquino, seorang jenderal dalam Revolusi Filipina yang kemudian menjabat sebagai anggota Kongres Malolos, dan Guadalupe Quiambao. Ia memiliki dua saudara, yang bernama Gonzalo Aquino (kelahiran 1893) dan Amando Aquino (kelahiran 1896), dan seorang saudara tiri, Herminio Aquino (kelahiran 1949). Ia masuk ke Colegio de San Juan de Letran di Manila dan kemudian di Universitas Santo Tomas dimana ia meraih gelar hukumnya pada 1913.