Bien que s'étant classé seulement cinquième de la zone 4 en 1959, le Spartak profite de l'expansion de la première division de 12 à 22 équipes pour faire son retour dans l'élite lors de la saison 1960. Ses résultats y sont cependant une nouvelle très médiocres, avec deux places de vingtième d'affilée en 1960 puis 1961 avant de terminer bon dernier en 1962. Cette dernière année est par ailleurs marquée par un nouveau changement de nom, le club à partir de cette date le nom "Žalgiris", en référence à la bataille de Žalgiris de 1410.