כעיר הבירה, צמחה אוכלוסיית בלומפונטיין במהרה. בשנת 1890 נבנתה מסילת רכבת שחיברה את בלומפונטיין לקייפטאון. שנים אחדות לאחר מכן עזרה מאוד מסילה זו לבריטים לכבוש את העיר במלחמת הבורים השנייה, לאחר שב-1899 נכשלה ועידת בלומפונטיין שהתקיימה בעיר בניסיון למנוע את המלחמה. הוועידה הייתה הניסיון האחרון למנוע את המלחמה ולאחר שלא הצליחה החלה המלחמה בין האימפריה הבריטית לטרנסוואל ולאחר מכן גם מדינת אורנג' החופשית. ב-12 במרץ 1900 כבשו הבריטים את העיר וכלאו את הבורים במחנות ריכוז, כולל נשים וילדים. כיום יש אנדרטה בפאתי העיר לזכר 45,000 נשים וילדים שמתו במחנות אלו.