Tahun 1989, Mueller mula berkerja juruanalisi di syarikat penerbangan Jerman iaitu Lufthansa. Selepas dinaikan pangkat, beliau meniggalkan Lufthansa dan meyertai syarikat Belgium Sabena pada 1999 sebagai ketua pegawai eksekutif. Syarikat berkenan menhadapi persaingan sengit dengan Swissair dan Mueller menberhentikan perkerja penerbangan berkenan untuk kekal berdaya saing. Selepas Serangan 11 September 2001, kemesorotan indusrti penerbangan dan syarikat berkenaan muflis pada 2001. Beliau kemudian berkerja di DHL Express.