Кад је почео Балкански рат, Глишић је напустио Италију и вратио се у Србију, где је ступио у Другу армију Степе Степановића, с којом је учествовао у опсади Једрена. Министар просвете откупио је јуна 1914. године неколико Малишиних ратних слика, које су послате српским гимназијама у "унутрашњости Србије". У истој Другој армији служио је Глишић и у Првом светском рату, када је насликао неколико драгоцених предела и призора из ровова. Стигао је Малиша и на Мачков камен, где су се водиле величанствене борбе. Умро је Глишић од пегавог тифуса у Нишу, у који је стигао после одбране Београда. У јесен 1916. године болестан је заостао после повлачења војске, и умро пре новембра 1916. године. Некролог изузетно талентованом сликару, који је умро за време епидемије пегавог тифуса и великих штрапаца, су објавиле "Београдске новине" 3. новембра 1916. године. Исте "Београдске новине" су 15. децембра 1916. године, о његовој смрти објавиле и сећање Јураја Оршића-Салветићког.