Noch im selben Jahr begleitete Habert freiwillig Napoleon auf dessen ägyptischer Expedition; dabei fungierte er als Aide-de-camp von General Jacques-François Menou. Er kämpfte unter anderem bei Abukir (25. Juli 1799) und Heliopolis (20. März 1800) und kehrte nach der Kapitulation von Alexandria (30. August 1801) wieder nach Frankreich zurück.