Évoluant le plus souvent au poste d'arrière gauche, Henrik Andersen joue 30 matches et marque 2 buts avec l'équipe du Danemark avec laquelle il remporte le Championnat d'Europe des Nations 1992. Sérieusement blessé au genou en demi-finale contre les Pays-Bas lors d'un choc avec Marco van Basten, il ne peut toutefois disputer la finale contre l'Allemagne.