Рамалью Эаниш окончил военное училище в 1956 году и в 1957 году получил звание младшего лейтенанта. В 1958 году, после короткой службы инструктором в артиллерийском училище в Мафре, Рамалью Эаниш был направлен в свою первую командировку («комиссию») в колонии — в португальский анклав Гоа на побережье Индии. В 1959 году в Индии ему было присвоено звание лейтенанта. В 1960 году Рамалью Эаниш был отозван в Португалию, а в декабре следующего года Гоа был захвачен индийской армией. Во время службы в Лиссабоне он отличился в армейских спортивных соревнованиях как легкоатлет. В 1961 году Рамалью Эаниш получил звание капитана, в 1962 году прошёл Курсы по подготовки специальных операций (). В том же году он был направлен в португальскую колонию Макао на побережье Китая. В 1964 году состоялась его третья (кратковременная) командировка, на этот раз в Мозамбик. В 1966 году Рамалью Эаниш был вновь направлен в Мозамбик, где уже шла война между португальской армией и освободительным движением ФРЕЛИМО. Там он занимался вопросами пропаганды, и впервые ощутил конфликт между официальными приказами и принципами человечности. Только в 1968 году он вернулся в Португалию и в 1969 году окончил Курсы подготовки инструкторов психологических акций в Институте передовых военных исследований (). Продолжая служить в армии, Рамалью Эаниш также окончил юридический факультет Лиссабонского университета по специальности политические науки и конституционное право, а также прошёл трёхлетний курс обучения в Высшем институте прикладной психологии ().