Vuonna 2007 Batistasta tuli Argentiinan alle 20-vuotiaiden maajoukkueen päävalmentaja. Hän johdatti Argentiinan olympiakultaan Pekingin olympialaisissa 2008. Diego Maradonan sopimuksen päätyttyä 2010 MM-kisojen jälkeen Batista nimitettiin A-maajoukkueen väliaikaiseksi päävalmentajaksi 2010 loppuun asti. Batistan johdolla Argentiina voitti muun muassa maailmanmestari Espanjan 4–1. Marraskuussa hänen sopimuksensa pidennettiin MM-kisoihin 2014 saakka. Batistan ensimmäinen todellinen koetus päävalmentajana, eli Argentiinan isännöimä Copa América 2011 sujui kuitenkin kehnosti. Batista sai turnauksen aikana kovaa kritiikkiä vaisujen esitysten vuoksi ja lopulta isäntien tie päättyi puolivälierätappioon Uruguaylle. Tappion jälkeen Batistan kerrottiin saavan jatkaa tehtävässään. Viikkoa myöhemmin liitto tuli kuitenkin toisiin ajatuksiin ja Batista sai potkut tehtävistään.