Musharraf pyrki virallistamaan asemansa valtionpäämiehenä vuonna 2002 ja hän voitti ylivoimaisesti kansanäänestyksen, joka antoi hänelle vielä viisi vuotta aikaa maan presidenttinä. Myös perustuslaki palautettiin. Hänen hallintonsa ei ollut radikaalimpien islamistijärjestöjen mieleen Yhdysvaltoja tukevan politiikan johdosta. Musharraf joutui murhayritysten kohteeksi ja Pakistanissa tehtiin monia terrori-iskuja. Pakistanin sisäinen tilanne oli menossa yhä levottomampaan suuntaan ja Musharraf ilmoitti vuonna 2004, että siviilihallintoon ei vielä siirrytä sillä maa on liian hauras. Sekasortoa pahensi kymmeniä tuhansia kuolonuhreja aiheuttanut Kashmirin maanjäristys vuonna 2005.