Die Vorfahren Alexander Van der Bellens väterlicherseits wanderten um 1700 oder 1763 aus Holland in das Russische Kaiserreich aus. Während des Russischen Bürgerkrieges floh ein Teil der Familie – nachweislich vor dem Sommer 1919 – vor den Bolschewiki ins unabhängig gewordene Estland. Zuvor hatte der Großvater Aleksander von der Bellen noch als Leiter einer bürgerlichen Lokalregierung in Pskow amtiert. Die Familie änderte in dieser Zeit mit Berufung auf ihre niederländischen Wurzeln ihren Namen von „von der Bellen“ in „Van der Bellen“. 1931 heiratete Van der Bellens Vater, der ebenfalls Alexander hieß und Bankkaufmann war, in Kihelkonna auf Saaremaa Alma Sieboldt. 1934 wurde er zudem estnischer Staatsbürger. Im Juni 1940 wurde Estland in Folge des Hitler-Stalin-Pakts durch die Sowjetunion besetzt und anschließend annektiert. Daraufhin übersiedelten im Februar oder März 1941 Van der Bellens Vater mit seiner Frau Alma sowie Van der Bellens älterer Schwester Vivian-Diana wie viele Deutsch-Balten ins nationalsozialistische Deutsche Reich, wo sie gemäß den Vereinbarungen des Deutsch-Sowjetischen Grenz- und Freundschaftsvertrags als sogenannte Volksdeutsche aufgenommen wurden. Van der Bellens Vater hatte aufgrund seiner Herkunft und als internationaler Bankmanager Repressionen des Sowjet-Geheimdiensts NKWD zu befürchten.