Карло Балабио родился 14 апреля 1759 года в богатой семье банкира Адама Балабио. Балабио учился в колледже Монца, и изучал право в университете Павии, где высшее юридическое образование. До поступления на военную службу он был адвокатом и занимался торговлей. После французского вторжения в 1796 году за свой счёт сформировал кавалерийский отряд. Менее чем за четыре месяца он был повышен до капитана, а затем до шефа эскадрона. К началу Войны Второй коалиции Балабио был кавалерийским офицером в армии Цизальпинской республики, созданной французами в северной Италии. Во время итальянской кампании Балабио исполнял обязанности адъютанта генералов Моро и Жубера. После гибели Жубера в битве при Нови, войска отступили на соединение с Массена и участвовали в обороне Генуи. Балабио хорошо проявил себя во время осады, и был повышен в звании до полковника.