ב-30 באוגוסט 1944 בעקבות חדירת הצבא האדום לשטח הונגריה המזרחית, הוקמה הארמייה השלישית בפעם השנייה. באוקטובר 1944 השתתפה הארמייה במתקפת נגד מוצלחת, שביצעו כוחות הונגריים וגרמניים תחת פיקוד גנרל מקסימיליאן פרטר-פיקו, באזור העיר דברצן. מתקפה במהלכה ספגה החזית האוקראינית השנייה אבדות כבדות. הארמייה לקחה חלק פעיל במהלך קרב דברצן ובקרבות על דרכי הגישה לעיר בודפשט. היא הושמדה בין 16 באפריל ל-25 באפריל על ידי הארמייה ה-46 הסובייטית בדרכה לברטיסלאבה. כוחות קטנים של הארמייה נמלטו לדרום-מערב אוסטריה ורשמית הארמייה התקיימה עד 8 במאי 1945.