С 1905 по 1910 год Водопьянов продолжал службу в 5-м казачьем полку. 26 сентября 1913 года он был уволен со службы в чине войскового старшины — был признан неспособным к воинской службе по состоянию физического здоровья. С 1913 по 1918 год Вениамин Петрович состоял офицером-воспитателем Нижегородского кадетского корпуса. Написал военно-исторического труд об история 6-го полка, описывающий походы русской армии в Хиву, Бухару, Коканд. Книга была рекомендована к публикации, но, в связи со сменой власти, увидела свет уже в конце XX века — данный труд до сих пор активно используется при восстановлении истории казачьих частей. Книга также интересна тем, что включает рассказы о повседневном быте казаков. В 1918 году, во время вооруженной борьбы казаков против большевистских сил, некий «есаул В. Водопьянов» возглавлял третью сотню Сибирского 1-го казачьего Ермака Тимофеева полка. После Гражданской войны Водопьянов жил в Ашхабаде, где и скончался в 1943 году; был похоронен там же.