Trotzdem geriet er in den Folgejahren zusehends mit den Behörden und der NS-Zensur in Konflikt. Im Juli 1937 lieferte Werner noch einen „Münchener Sonderbericht“ für die DAZ ab, in dem er sich streng an die vom Reichsministerium für Volksaufklärung und Propaganda gemachten Auflagen hinsichtlich der Berichterstattung über die „Große Deutsche Kunstausstellung 1937“ sowie die berüchtigte Ausstellung „Entartete Kunst“ hielt. Nichtsdestotrotz musste Werner 1938 die Redaktion der DAZ verlassen. Fortan konzentrierte er sich vornehmlich auf seine Arbeit für die "die neue linie". Der 1940 fertiggestellte Band "Die deutsche Plastik der Gegenwart", der im Berliner Rembrandt-Verlag erscheinen sollte, wurde aber verboten und eingestampft, da er neben von den Nationalsozialisten offiziell anerkannten Werken wie der Bronzeplastik "Der Führer" von Fritz Klimsch auch Skulpturen des ebenfalls als sog. „Halbjude“ geltenden Adolf von Hildebrand sowie erneut von Ernst Barlach behandelte und positiv bewertete.