במהלך מהפכת אוקטובר היו מלחי הצי בין התומכים המובהקים של הבולשביקים, ירייה של סיירת של הצי הייתה לסימן לתחילת המתקפה על ארמון החורף. מלחי הצי השתתפו במספר קרבות בזמן מלחמת האזרחים ברוסיה אל מול הצבא הלבן והכוחות הזרים שפלשו לרוסיה. במהלך פברואר–מרץ ואפריל 1918 ספינות הצי הועברו מבסיסים בטאלין והלסינקי, אשר הרוסים עמדו להתפנות מהם, לקרונשטאדט במבצע שכונה מסע הקרח של הצי הבלטי. אולם היחסים עם השלטון הסובייטי חוו מורדות לאורך השנים, ששיאן היו במרד קרונשטאדט בשנת 1921.