В начале 1659 года Ян Фредерик Сапега стал служить в дивизии под командованием великого гетмана коронного Станислава Потоцкого «Реверы». Весной 1659 года вместе с Яном Собеским занимался строительством укреплений Львова. В ноябре 1659 года во главе польского отряда участвовал в битве под Хмельником, пытаясь предотвратить разгром сторонников низложенного гетмана Ивана Выговского. В 1660 году участвовал в битвах с русско-казацкими войсками под Любаром (16-26 сентября 1660 г.), Чудновом (27 сентября — 4 ноября 1660 г. и Слободищем (7-8 октября 1660 г).