El fundador i líder de l'organització fou, durant molts anys, un antic contractista d'obres, provinent d'una influent família de l'Aràbia Saudita, Ossama bin Laden. Durant anys, es va estendre, principalment a través de rumors d'Internet, que Ossama bin Laden era mort, fet que no fou confirmat fins que els Estats Units van llançar l'Operació Neptú. No obstant això, es creu que Bin Laden al passat ja no dirigia directament els organitzadors, i que s'havia fet càrrec d'aquesta funció Ayman al-Zawahirí, que és, possiblement, també el cap ideològic de la xarxa des de llavors.