Az 1940-es években a jobboldali sajtó követelte az Opera igazgatóságától, hogy a régi bérletes közönséget „arányosítsa”, azaz szorítsa ki a zsidó abonátusokat a színházból. Az igazgatóság e nyomásnak igyekezett ellenállni: ez természetesen csak annyira – és addig – volt lehetséges, amíg az általános politikai helyzet megengedte. 1939. július 1-jén az Operaházban is végrehajtották a zsidótörvényt, „arányosították” az együttest. 11 énekkari és 6 zenekari tagnak, 4 táncosnak, több énekesnek; összesen 37 operaházi tagnak kellett távoznia. Egyes prominens, zsidónak minősülő tagok föllépését azonban egészen a németek bevonulásáig engedélyezték. Márkus az 1943/44-es évadig vezette az intézményt. Utóda Lukács Miklós lett. A nyilasok hatalomátvétele után a vezetőséget menesztették. Az Opera tovább játszott Sámy Zoltán (korábban zenekari tag) igazgatásával, majd a nyilasokat evakuáló vonat elindulása után igazgató nélkül, főképpen azért, hogy a műsorszolgáltatásra hivatkozva a zenekari tagokat mentesíthessék az esetleges behívástól. Karácsonykor, az ostrom kezdetén azután bezárták a Operaházat.