En el 21 de mayo de 1787, William Samuel Johnson , hijo del Dr. Samuel Johnson, fue elegido por unanimidad Presidente de la Universidad de Columbia. Antes de desempeñarse en la universidad, Johnson había participado en el Primer Congreso Continental, y había sido elegido como delegado a la Convención Constituyente. Durante un período en la década de 1790, con la ciudad de Nueva York como la capital federal y estatal, y en el país sucesivos gobiernos federalistas, hicieron que Columbia reviviera y prosperara bajo los auspicios de federalistas como Hamilton y Jay. Tanto el presidente George Washington y el vicepresidente John Adams asistieron al comienzo de la Universidad el 6 de mayo de 1789, como un tributo de honor a los numerosos alumnos de la escuela que había participado en la Revolución Americana.