Після Євро 2000, в липні 2000 року перейшов до клубу Першого англійського дивізіону «Вотфорд». Головний тренер «Вотфорду» Грегем Тейлор ініціював перехід Аллана за рекордні для клубу 2,5 мільйони £. Після трьох сезонів у команді, в 2003 році повернувся в Данію, де підписав контракт з клубу Данської Суперліги «Герфельге» ролі гравця/помічника головного тренера. Після провальної першої частини сезону 2003/04 років головний тренер «Герфельге» Джонні Петерсен був звільнений, а Нільсен став граючим головним тренером клубу, при цьому асистентом головного тренера став земляк Аллана з Есб'єрга Мікаель Шенберг. Команді все ж вдалося завершити чемпіонат над самісінькою зоною вильоту в турнірній таблиці та зберегти місце в еліті данського футболу на наступний сезон.