El 21 de mayo de 2012 fue convocado de nueva cuenta por Luis Fernando Suárez para dos compromisos amistosos contra y , así como para las primeras dos fechas de las Eliminatorias para el Mundial de 2014 contra y . Mejía únicamente tuvo participación el 26 de mayo durante el amistoso en Dallas contra los "kiwis", el cual perdieron por 1-0. Tres años después, entró nuevamente en una convocatoria de la selección absoluta, en esa ocasión el técnico Jorge Luis Pinto lo convocó para una serie de amistosos contra (victoria de 2-0), (empate de 2-2) y (derrota de 1-0), disputados el 31 de mayo, el 6 y el 10 de junio de 2015 respectivamente. Mejía convenció al seleccionador colombiano, quien finalmente lo incluyó en la nómina definitiva para encarar la Copa de Oro 2015 y un amistoso previo contra . En esa competición tuvo actividad durante las derrotas de 2-1 y 1-0 contra y respectivamente.