Im Bosnienkrieg wurde Ljubuški zwar im Frühjahr 1992 insgesamt dreimal von Flugzeugen der Jugoslawischen Volksarmee bombardiert, blieb vom weiteren Kriegsgeschehen aber weitestgehend verschont. Nachdem der Kroatische Verteidigungsrat (HVO) im Spätsommer 1992 seine Gebiete gefestigt hatte, wurde auch Ljubuški Teil der neu ausgerufenen Republik Herceg-Bosna. Als 1993 der bosniakisch-kroatische Konflikt eskalierte, wurde auch ein großer Teil der Bosniaken aus Ljubuški vom HVO vertrieben. Laut der Zeugenaussage eines vertriebenen Bosniaken haben sich allerdings kroatische Bewohner dieser Vertreibung ihrer bosniakischen Nachbarn widersetzt. Später wurden in den Häusern und Wohnungen der Vertriebenen nicht selten andere Flüchtlinge, meist Kroaten aus Zentralbosnien, untergebracht.