В 1982 году поступил в Высшее пограничное военно-политическое училище КГБ имени К. Е. Ворошилова, и после его окончания в 1986 году начал служить в группе «А» («Альфа»). Служил под началом генерал-майора Виктора Карпухина, и по словам сослуживца полковника Юрия Торшина, во время службы они «с завистью глядели на участников штурма дворца Амина — кавалеров боевых орденов». В составе мотоманевренной группы, действовавшей под прикрытием оперативных подразделений пограничных войск, Матовников принял участие в войне в Афганистане, где решал специфические задачи в интересах КГБ, в том числе занимался перехватыванием караваном с оружием и наркотиками в районе границы с Туркменской и Таджикской ССР.