Militant antifasciste durant l'entre-deux-guerres, il s'engage contre les attitudes pro-franquistes de l'église catholique durant la guerre d'Espagne. Ses positions sur le sujet font scandale en Slovénie et lui valent d'être publiquement condamné par l'évêque de Ljubljana, Gregorij Rožman. Kocbek devient alors l'une des personnalités les plus en vue de la gauche chrétienne slovène. Durant la Seconde Guerre mondiale, alors que la Yougoslavie est envahie et démembrée par l'Allemagne nazie et ses alliés, il rejoint la résistance en co-fondant le Front de libération, la branche slovène des Partisans, aux côtés des communistes. En , il devient membre du Comité national de libération de la Yougoslavie, le gouvernement provisoire proclamé par les Partisans, dans lequel il détient le portefeuille de l'éducation.