Trong Chiến tranh thế giới thứ hai, ở Ba Lan bị chiếm đóng, Próchnik tiếp tục các hoạt động chính trị của mình, hỗ trợ một nhà in ấn ngầm do PPS trực thuộc ("Barykada Wolności"). Ông tham gia nhóm PPS cánh tả, Những người theo chủ nghĩa xã hội Ba Lan ("Polscy Socjaliści"), nhưng ông đã cố gắng hòa giải sự chia rẽ trong PPS và tham gia vào các cuộc đàm phán với PPS-WRN trung tâm hơn. Ông đã tham gia vào nỗ lực hợp tác ngầm để ghi lại tội ác của Đức Quốc xã ở Ba Lan, làm việc trong Cục Lịch sử Quân sự ngầm và đóng góp cho dự án "Kronika Okupacji". Ông chủ trương hợp tác với Liên Xô. Ông trở thành thành viên của Ủy ban Hiệp thương Chính trị. Ngày 22 tháng 5 năm 1942, ông chết vì một cơn đau tim.