1939年のナチス・ドイツによるチェコスロバキア解体により、チェコはドイツによる保護領（ベーメン・メーレン保護領）となり、スロバキア部分にはヨゼフ・ティソを大統領とするスロバキア共和国（独立スロバキア）が建国された。日本はこの国家を承認し、日本とナチス・ドイツ、イタリア王国間で結ばれた三国条約にスロバキアも参加している。日本のスロバキア公使は在フィンランド公使であった昌谷忠が兼任している。しかし第二次世界大戦の敗北によってこの国家は消滅し、現在のスロバキアとは一切の承継関係を持っていない。戦後、1957年になりチェコスロバキアと日本の国交が再開された。