Jelačić zog sich nun nach Hohenembs zurück; jede Vereinigung aber nach irgendeiner Seite hin war schon unmöglich. Er berief sofort einen Kriegsrat, der einstimmig für eine ehrenvolle Kapitulation entschied, auf welche auch am 14. November General Mathieu einging, worauf dem Feldmarschall-Leutnant Jelačić mit dem Rest seiner Truppen, 4.000 Mann, der freie Abzug nach Böhmen gestattet wurde, wo sie vom 4. bis 7. Dezember dem kaiserlichen Vorpostenkommandanten übergeben wurden. Diesen Misserfolgen ist die bald darauf ausgesprochene Versetzung in den Ruhestand Jelačić's zuzuschreiben; doch trat er im Jahre 1809 wieder in Aktivität und befehligte im Feldzug desselben Jahres eine Division, hielt Salzburg besetzt, lieferte am 25. Mai 1809 dem Vizekönig Beauharnais bei St. Michael ein unglückliches Treffen und bewerkstelligte die Vereinigung seiner restlichen Einheiten mit der Armee des Erzherzogs Johann in Graz. Schließlich führte er noch am 14. Juni zusammen mit Frimont den rechten Flügel in der Schlacht bei Raab.