På 1980-tallet, mens begge land fortsatt var en del av Sovjetunionen, oppstod det en bevegelse som krevde at Nagorno-Karabakh, som var en del av den aserbajdsjanske sovjetrepublikk, skulle under armensk styre. I 1988 erklærte Nagorno-Karabakh autonome oblast tilslutning til den armenske sovjetrepublikken (dette ble ikke anerkjent av den sovjetiske eller aserbajdsanske regjering). Dette ble etterfulgt av et utbrudd av etnisk vold mellom armenere og aserbajdsjanere i regionen. I 1991, etter Sovjetunionens oppløsning, ble Armenia og Aserbajdsjan selvstendige stater. Nagorno-Karabakh ble, i tråd med den gamle Sovjetrepublikkens grenser, en del av Aserbajdsjan. Dette ble møtt av at de armenske separatistene i Nagorno-Karabakh erklærte området uavhengig som Republikken Artsakh og Armenia grep inn militært for å støtte løsrivelsen. Dette førte til Nagorno-Karabakh-krigen. Denne krigen førte til at Armenia okkuperte Nagorno-Karabakh, og samt sju andre aserbajdsjanske distrikter som til sammen utgjorde ca 20% av Aserbajdsjans territorium, som siden har vært kontrollert av Republikken Artsakh. I 1994 signerte Armenia og Aserbajdsjan en avtale om våpenhvile, fremforhandlet av Russland, etter en krig som hadde pågått siden 1988.