NDH:n hallinto ja Bleiburgin murhenäytelmä aiheuttivat Jugoslaviassa kitkaa kansallisuuksien välille. Jugoslavian hajoamissotien alkaessa vuonna 1991 monissa serbeissä heräsi pelko historian toistumisesta. Serbialainen propaganda yritti samaistaa nykyisen Kroatian ja NDH:n väittämällä niiden valtiosymboleja identtisiksi. Asiaa lähtivät länsimediassa toistamaan myös monet asioihin perehtymättömät journalistit.