I sovjettiden ble tolv fremmede fiskearter sluppet ut i vassdraget. Irrigasjonsprosjekter har gjort at de hydrologiske forholdene er blitt ugunstige for de naturlig forekommende fiskeartene, mens de innførte artene har hatt en fordel. De naturlige innsjøene har ikke lenger noen betydning for kommersielt fiske på grunn av økning i salinitet og forurensning. Tashutkul-reservoaret i Kasakhstan ble bygget for å skaffe vann til irrigasjon. Her ble det på 1980-tallet drevet omfattende fiske etter innførte arter som slangehodefisken "Channa argus warpachowskii", balkhasjabbor ("Perca schrenki") og gjørs ("Stizostedion lucioperca"). Etter Sovjetunionens fall ble det nesten slutt på fisket, og balkhasjabbor og suter er blitt mye sjeldnere.