Dopo la conquista del prestigioso trofeo, però, Hitzfeld lascia. La squadra viene affidata a Nevio Scala, e intanto Jürgen Kohler viene nominato calciatore dell'anno. In questa stagione i Campioni d'Europa perdono la doppia sfida col Barcellona valida per la Supercoppa UEFA, e finiscono solo decimi in campionato, tuttavia sono protagonisti di una buona prova nella Champions League: inizialmente vincono un gruppo contenente anche il e raggiungono in seguito la semifinale, dove sono eliminati dai futuri campioni del Real Madrid. Ad ogni modo questa stagione sarà ricordata principalmente per la vittoria della Coppa Intercontinentale: a Tokyo i tedeschi sconfiggono infatti 2-0 il Cruzeiro grazie alle reti di Michael Zorc e Heiko Herrlich; i nero-gialli diventano così Campioni del Mondo.