Mladou republiku však po válce čekala celá řada dalších problémů – v krizi bylo převážně na zemědělství založené hospodářství. Spojené státy americké neměly do roku 1780 vlastní banky, měnu a finanční systém, prudce rostla inflace a dluhy soukromníků i státu. Ochromen byl i obchod s Anglií a navíc většina států v Evropě odmítala uznat USA za samostatný stát. 4. března 1789 byla vyhlášena Ústava Spojených států amerických, která byla nejpokrokovější ústavou své doby. On sám předsedal v roce 1787 Ústavnímu konventu, který na vypracování Ústavy USA pracoval. Tato Ústava uzákonila republikánskou formu vlády a napomohla upevnění státního zřízení v USA. Přesto docházelo na půdě Kongresu k neustálým sporům a třenicím mezi jednotlivými státy unie a až po mnoha jednáních bylo dohodnuto místo, které se stane hlavním městem USA a sídlem vrcholných orgánů správy a prezidenta – tím městem se stal nakonec New York. 4. února 1789 ho volitelé v jednotlivých státech jednomyslně zvolili do úřadu prezidenta, tyto hlasy pak byly sečteny na společné schůzi komor Kongresu dne 6. dubna 1789. 30. dubna 1789 byl v newyorské Federal Hall slavnostně uveden do úřadu. Viceprezidentem byl zvolen John Adams (pozdější druhý prezident USA) a jedním z ministrů – ministrem zahraničí – se stal Thomas Jefferson (třetí prezident USA). Tentýž rok, 14. července, přišla z Paříže radostná zpráva o vypuknutí Velké francouzské revoluce, která byla tou americkou zčásti inspirována. Ve Francouzské revoluci se angažoval i jeho velmi dobrý přítel a spolubojovník z dob americké revoluce markýz La Fayette.