Johan Runesson hadde en suksessfull juniorkarriere der han blant annet vant tre gull under Junior-VM på hjemmebane i Göteborg i 2008. Totalt tok han syv medaljer på sine tre deltagelser i juniorverdensmesterskap. Som senior er hans beste enkeltresultat 2.-plass på verdenscupløp mellomdistanse i New Zealand i 2013. Under VM i Estland i 2017 ble han nummer fire på mellomdistansen. Han løp første etappe på Sveriges lag som tok bronse på stafetten. Laget bestod ellers av William Lind og Gustav Bergman.