Māris Verpakovskis zadebiutował w reprezentacji Łotwy w 1999 roku. Występował w eliminacjach do Mistrzostw Europy 2000 i Mistrzostw Świata 2002, jednak bez powodzenia. W 2003 Verpakovskis był współautorem największego sukcesu łotewskiego futbolu, jakim był awans do Mistrzostw Europy 2004. Był on najskuteczniejszym strzelcem eliminacji z 6 golami w 10 meczach. Zdobywał również bramki w barażach przeciwko Turcji. Na turnieju w Portugalii jego drużyna odpadła po fazie grupowej, a Verpakovskis był autorem jedynego, historycznego gola, którego zdobył w przegranym 1:2 meczu z Czechami. Po turnieju dalej jest podstawowym napastnikiem swojej drużyny narodowej, z którą jednak nie zdołał awansować do Mistrzostw Świata 2006. Do tej pory Verpakovskis rozegrał w reprezentacji Łotwy 80 meczów i zdobył 26 bramek.