מנובמבר 1941 היה חיל המשלוח מעורב במערכה בצפון אפריקה. כחלק ממבצע צלבן, חיילי צבא ניו זילנד שיחררו את העיר טוברוק ממצור ממושך של קורפוס אפריקה. לאחר המצור עמדה ממשלת ניו זילנד על כך שהדיוויזיה תיסוג לסוריה כדי להתאושש, 879 חיילים נהרגו ו-1700 נפצעו במבצע צלבן, הקרב עם האבדות הרבות ביותר מבין אלה שהדיוויזיה השתתפה בהם במלחמה. ביוני 1942 קורפוס אפריקה לכד את טוברוק וחיל המשלוח הניו זילנדי נקרא לשוב מסוריה. התקדמות הקורפוס נבלמה בקרב אל-עלמיין הראשון, בו תפסו הכוחות הניו זילנדים את רכס רוויסאת (Ruweisat Ridge) במתקפה לילית מוצלחת. אבדות כבדות נגרמו לשתי הבריגדות הניו זילנדיות שהשתתפו בקרב, כאשר הם תקפו את השריון הגרמני וכמה אלפי חיילים נפלו בשבי. בקרב זה זכה צ'ארלס אפהם בצלב הוויקטוריה השני שלו. הקרבות שלאחר מכן, כולל קרב אל-עלמיין השני הסתיימו בנסיגה גרמנית כוללת מהגזרה. ב-13 במאיר 1943 הסתיימה המערכה בצפון אפריקה עם כניעתם של 275,000 חיילי מדינות הציר בתוניסיה. יומיים לאחר מכן הדיוויזה הניו זילנדית החלה לנוע חזרה לכוון מצריים וב-1 ביוני התמקמה הדיוויזיה במעדי (Maadi) ובחלואן שבמצרים בכוננות ליציאה לאירופה. סך כול האבדות של צבא ניו זילנד מאז נובמבר 1941 היו 2989 הרוגים, 7000 פצועים ו-4041 שבויים. הכוחות הניו זילנדים הועברו מאוחר יותר באותה שנה לאיטליה והשתתפו בכיבושה מידי הגרמנים.