多瑙河艦隊（）是納粹德國海軍曾存在過的一支艦隊。原為奧地利共和國自奧匈帝國海軍繼承來的小型艦隊，後於1938年德奧合併時為德國所取得，其母港為林茨。在一般行政上，多瑙河艦隊隸屬於海軍總司令部直接管轄，在軍事指揮上則由波羅的海海軍軍區負責。