Obwohl Lepidus nichts nachgewiesen werden konnte, musste er Anfang 41 v. Chr. auf Gallia Narbonensis und Spanien verzichten. Im Perusinischen Krieg, den Octavian gegen Marcus Antonius’ Bruder Lucius führte, spielte Lepidus als Unterfeldherr des Caesarerben eine unglückliche Rolle. Nach der Kapitulation des in Perusia eingeschlossenen Lucius Antonius (Ende Februar 40 v. Chr.) suchte Octavian angesichts mit Marcus Antonius und dessen Generälen, aber auch mit Sextus Pompeius drohenden Konflikten, seinen als wankelmütig geltenden Triumviratskollegen Lepidus loszuwerden. Deshalb trat Octavian sechs Legionen, die er als wenig loyal einschätzte, an Lepidus ab und schickte ihn mit dieser Heeresmacht nach Afrika. Ein Parteigänger von Antonius, Titus Sextius verwaltete damals die afrikanischen Provinzen, übergab sie aber Lepidus bei dessen Ankunft zusammen mit vier Legionen.