През втората половина на 16 век развитието на Цесис е в застой заради избухналата Ливонска война. През 1577 г. градът е превзет от войските на Иван Грозни, който разпорежда сриването на замъка и града около него. Местна легенда разказва, че обитателите на замъка напълнили мазите му с барут и се взривили в западната кула, за да не попаднат в плен.