Tšekin maajoukkueessa Výborný pelasi ensimmäisen aikuisten arvoturnauksensa vuonna 1994. Seuraavan kauden hän pelasi Pohjois-Amerikassa ja palasi maajoukkueeseen vuonna 1996, jolloin Tšekki voitti maailmanmestaruuden. Vuonna 1997 Výborný oli voittamassa MM-pronssia.