W marcu 2011 roku, Mustafina zdobyła dwa złote medale na poręczach i równoważni na Pucharze Świata w Paryżu oraz srebrny medal w skoku, po czym wzięła udział w Mistrzostwach Europy w Berlinie, gdzie zakwalifikowała się pierwsza w wieloboju z wynikiem 59.750, pierwsza na równoważni i poręczach, druga na ćwiczeniach wolnych i trzecia w skoku. Podczas pierwszej rotacji w finale wieloboju indywidualnego, Alija doznała kontuzji przedniego wiązadła krzyżowego podczas skoku. Kilka dni później, przeszła operację w Straubingu.