15 июля 1939 года на судно пришёл секретный приказ командования военно-морских сил следовать в Восточную гавань Свинемюнде, для доставки в Мемель (ныне Клайпеда) подразделения «трудовой армии». После этого, 12 сентября 1939 года «Берлин» взял курс на Данциг, чтобы там использоваться по новому назначению. Всю Вторую мировую войну, до 31 января 1945 года пароход прошёл в качестве госпитального судна. В январе 1945 года пароход «Берлин» под большой охраной подошёл к Либаве (ныне Лиепая) для эвакуации части войск из окружённой немецкой курляндской группировки.