Due mesi più tardi, il 19 agosto, i "giallorossi" trionfarono per la prima volta anche in Supercoppa italiana, superando la di Roberto Mancini. Fu l'unico trofeo di quella stagione per Capello poiché nel campionato 2001-2002, pur guidando una squadra ulteriormente rinforzata dal talento del giovane Antonio Cassano, nonostante il simbolico "campione d'inverno" non riuscì a centrare il "bis" tricolore, vinto dalla Juventus, mentre in Champions League il club capitolino venne eliminato nella seconda fase a gironi. "Don Fabio" restò alla guida dei "giallorossi" per altre due stagioni, 2002-2003 e 2003-2004, raggiungendo la finale di Coppa Italia, persa contro il Milan, durante la prima, e il secondo posto in campionato, dietro agli stessi "rossoneri", durante la seconda.