A chamada Segunda Guerra Civil Inglesa, que teve início em 1648 após a fuga de Carlos I da prisão, sugeriu a Cromwell que não seria possível obter um compromisso com o rei. Houve tentativas nesse sentido, inclusive com Cromwell se opondo aos que primeiro defenderam a deposição ou execução de Carlos I. Finalmente, o rei foi julgado, condenado à morte e decapitado, em janeiro de 1649.