Nel 1995 fu convocato da Pupo Gimenez, CT della selezione olimpica, per prendere parte ai Giochi panamericani. Carlinhos Paulista debuttò il 2 marzo contro l' in occasione della Coppa Mercosur. Ai Giochi panamericani il difensore fu titolare della squadra per tre incontri. Il 20 dicembre 1995 fece il suo esordio in Nazionale maggiore, affrontando in amichevole a Manaus la : subentrò ad Alexandre Lopes al 64º minuto. Sempre con la selezione A, Carlinhos prese parte alla CONCACAF Gold Cup 1996, giocando al centro della difesa in tutti e quattro gli incontri, sempre da titolare. Partecipò poi, con la Nazionale olimpica, al Torneo Pre-Olimpico CONMEBOL del 1996, vincendolo.