В следующем сезоне «Милан» проиграл «Ювентусу» матч за Суперкубок Италии 2003 года, а в Межконтинентальном кубке уступил «Бока Хуниорс» по пенальти. Тем не менее Неста сумел выиграть Суперкубок УЕФА 2003 с «Миланом», обыграв «Порту». ​​В том сезоне он завоевал свой второй скудетто, в ходе чемпионата «Милан» установил рекорд Италии по набранным очкам (82). «Милан» выбыл в четвертьфинале Лиги чемпионов и в полуфинале Кубка Италии (уступил будущему победителю — «Лацио»). Неста забил гол в матче четвертьфинала кубка против «Ромы». Защитник третий сезон подряд был включён в команду года УЕФА.