Niepowodzenie "Reichu" (2001), odczytywanego jako niezamierzona parodia poprzednich filmów Pasikowskiego, skłoniło reżysera do okresowego wycofania się z reżyserii filmów kinowych. W latach 2004–2008 Pasikowski odpowiadał za reżyserię serialu telewizyjnego "Glina", współtworzył również scenariusz do "Katynia" (2007) Andrzeja Wajdy oraz "Hansa Klossa. Stawki większej niż śmierć" (2012) Patryka Vegi. Do głównego nurtu kina powrócił za sprawą skandalizującego dreszczowca "Pokłosie" (2011), którego bohaterowie – dwaj bracia – odkrywają tajemnicę mordu dokonanego przed laty na Żydach w prowincjonalnej miejscowości. "Pokłosie" oskarżano o rażącą jednoznaczność oraz kiczowaty finał, jednak film zwrócił uwagę na nagłośniony już przedtem przypadek pogromu w Jedwabnem. "Jack Strong" (2014), uwiarygodniona przez rolę Marcina Dorocińskiego biografia Ryszarda Kuklińskiego, która została utrzymana w tonacji dreszczowca politycznego, zapewniła Pasikowskiemu kolejną nagrodę za reżyserię.