Am „Roten Sonntag“, dem 24. April 1915, wurde Melkon Gürdjian zusammen mit anderen prominenten Intellektuellen und Persönlichkeiten der Armenier in Istanbul erst zu unbekannten Zielen innerhalb der osmanischen Türkei deportiert und schließlich im Zuge des Völkermords an den Armeniern in den Randbezirken von Ankara von türkischen Gendarmen getötet.