1572년 프랑스에서 성 바르톨로메오 축일의 학살이 일어나 수많은 위그노가 학살당하자 그레고리오 13세는 테 데움 미사를 봉헌하고 기념 메달을 주조하고 로마에서 3일간 축하연을 벌이기도 하였다. 하지만 일각에서는 당시 음모에 대해 교황이 전혀 사실을 몰랐으며, 단지 위그노파가 반역을 도모하다가 진압당해 실패한 것으로 오해한 것이라고 주장하기도 한다. 바티칸의 살라 레지아 궁전에는 조르조 바사리의 당시 사건을 묘사한 세 점의 프레스코화가 그려져 있으며, 그레고리오 13세 때에 발행된 기념 메달의 앞면에는 교황의 초상이 있고, 뒷면에는 천사가 손에 든 칼로 꾸짖는 장면과 함께 라틴어로 ‘위그노 학살’(UGONOTTORUM STRAGES)이라는 글자가 새겨져 있다.