W czasie pierwszej kadencji prezydenta George’a W. Busha (2001-2005) przewodniczył Prezydenckiej Radzie ds. Wywiadu. Poparł inwazję na Afganistan w 2001 jako „bezpośrednią odpowiedź” na terroryzm. Był jednak głównym, wśród członków Partii Republikańskiej, krytykiem amerykańskiej polityki zagranicznej wobec reżimu Saddama Husajna w Iraku. Publicznie skrytykował decyzję o interwencji w Iraku w 2003 roku, mimo to, jak stwierdził, wciąż pozostawał „sympatykiem” administracji Busha Jr. Następnie sprzeciwiał się również zbyt pochopnemu wycofaniu wojsk z Iraku – przed ustanowieniem w tym kraju stabilnej władzy – uważając taki ruch za potencjalnie katastrofalny w skutkach dla regionu jak i poza nim..