Dobra gra zaowocowała transferem do Interu Mediolan. W Interze zadebiutował 18 listopada 1997 w przegranym 0-1 meczu z Piacenzą w Pucharze Włoch. Colonnese spędził w Interze trzy lata. Z Interem zdobył Puchar UEFA 1998, wicemistrzostwo Włoch 1998, ćwierćfinał Ligi Mistrzów 1999, gdzie Inter uległ późniejszemu zwycięzcy Manchesterowi United oraz finał Pucharu Włoch 2000. Ostatni raz w barwach "czarno-niebieskich" wystąpił 22 kwietnia 2000 w wygranym 3-0 meczu ligowym z AS Bari. W Interze rozegrał 80 spotkań (56 w lidze, 11 w europejskich pucharach i 13 w Pucharze Włoch) i strzelił 2 bramki w lidze.