Sepeninggal Hideyoshi, putera Hideyoshi yang bernama Toyotomi Hideyori mewarisi kekuasaan sang ayah. Tokugawa Ieyasu memanfaatkan posisinya sebagai adipati bagi Hideyori untuk meraih sokongan politik dan tentera daripada daimyo-daimyo lain. Setelah mengalahkan puak-puak penyokong Hideyori dalam Pertempuran Sekigahara tahun 1600, Ieyasu diangkat sebagai shogun pada tahun 1603. Pemerintahan tentera yang didirikan oleh Ieyasu di Edo (kini Tokyo) dipanggil Keshogunan Tokugawa. Keshogunan Tokugawa curiga terhadap kegiatan mubaligh Katolik, oleh itu melarang segala hubungan dengan orang-orang Eropah. Hubungan perdagangan antarabangsa hanya terhad kepada pedagang Belanda di Pulau Dejima, Nagasaki. Pemerintah Tokugawa juga mengamalkan pelbagai dasar lain seperti undang-undang "buke shohatto" untuk mengendalikan daimyo di seluruh daerah. Pada tahun 1639, Keshogunan Tokugawa mula menguatkuasakan dasar "sakoku" ("negara tertutup") yang berlangsung selama dua setengah abad yang disebut zaman Edo. Walaupun pada zaman pemencilan, orang Jepun masih dapat mempelajari ilmu dari Dunia Barat. Di Jepun, ilmu daripada buku-buku Barat dipanggil "rangaku" (ilmu Belanda) ihsan hubungan orang Jepun dengan penduduk berbangsa Belanda di Dejima, Nagasaki. Pada zaman Edo, orang Jepun juga mula mengkaji negara Jepun lalu memberi istilah "kokugaku" kepada kajian negara Jepun.