После отъезда в Европу, Коста некоторое время не вызывался в состав сборной. Только в 2003 году Карлос Алберто Паррейра вызвал Эдуардо на Кубок конфедераций, однако на самом турнире он не играл. В преддверии турнира, 11 июня, Коста провёл товарищеский матч с Нигерией, где вышел на замену на 75-й минуте встречи. Эта игра стала последней для Косты в составе сборной Бразилии.