Lors de la saison 2009, il s'aligne dans toutes les disciplines avant de se reconcentrer sur les disciplines de vitesse. Il prend la sixième place de la descente de Lake Louise puis est tout proche de son premier podium avec une quatrième place au super G de Beaver Creek à 11/100 de seconde de la troisième place détenue par Michael Walchhofer. Il parvient à monter sur un podium en même temps que son premier succès en coupe du monde lors de la descente de Bormio la « Pista Stelvio » le devant les Autrichiens Klaus Kröll et Walchhofer. bénéficiant du dossard 1, Innerhofer a su profiter de la visibilité correcte et s'éviter les pièges du verglas sur la piste pour devenir le premier Italien de l'histoire à remporter l'une des descentes les plus périlleuses de ski alpin. Au mois de janvier 2009, il réalise trois bonnes performances, tout d'abord avec la descente la « Lauberhorn » de Wengen () puis le super de G () et la descente la « Streif » () de Kitzbühel. Il se présente ainsi comme l'un des favoris de la descente fort de son cinquième rang au classement de la discipline en coupe du monde des championnats du monde qui se déroulent à Val d'Isère en février 2009.