学問の世界に戻ったデュボイスはアメリカ歴史協会（AHA）に提出した1910年の論文の主題であったリコンストラクションに関する研究を再開できるようになった。1935年、彼は最高傑作（magnum opus）となる『"Black Reconstruction in America"』を出版した。この本は歴史学者デーヴィッド・レヴァリング・ルイスの言葉を借りるなら「野蛮な敵意の中から突然公民権を認められた黒人は、賞賛すべき意思（volition ）と知性（intelligence ）そして同様に3世紀にわたる隷属による怠惰（indolence）と無知蒙昧（ignorance）を示した」。デュボイスは黒人たちが如何に南北戦争とリコンストラクションにおける中心となる人々であったか、また彼らが白人政治家たちとどのように同盟を結んだかを記録した。彼はこの黒人と白人の連合政府が南部に公教育を確立し、そして多くが必要とした社会福祉計画を確立したという証拠を出した。この本はまた、黒人の解放－これがリコンストラクションの最重要点－がアメリカ社会の根本的な再編を促した経緯を明らかにし、同様になぜ、どのようにアメリカがリコンストラクションの余波の中で黒人の公民権を支持し続けることに失敗したのかも明らかにした。