O’Higgins auttoi muotoilemaan Irlannin vapaavaltion perustuslain ja varmisti sen hyväksynnän parlamentissa Dáil Éireannissa. Hän perusti Garda Síochánain, Irlannin poliisivoimat, ja ajoi läpi alkoholin myyntiä rajoittaneen lain. Lisäksi hän edusti Irlannin vapaavaltiota Kansainliiton kokouksissa. O’Higgins sai IRA:n vihat päälleen pyrkiessään ankarin keinoin tukahduttamaan sen toiminnan Irlannin sisällissodan aikana 1922–1923 ja sen jälkeen. Vihaa herättivät erityisesti hänen antamansa määräykset yhteensä 77 vangiksi jääneen kapinallisen IRA-sotilaan teloittamiseen sisällissodan aikana. Yksi O’Higginsin määräyksellä teloitetuista oli Rory O’Connor, joka oli edellisenä vuonna toiminut bestmanina hänen häissään. Kolme IRA-miestä salamurhasi O’Higginsin vuonna 1927 hänen ollessaan matkalla kirkkoon.