אביה יצא למסע הצלב הרביעי לפני לידתה, ואמה הצטרפה אליו שנתיים לאחר מכן. אחרי מות אמה ב- 1204 ומות אביה בשנה שלאחריה, מרגריט ואחותה הבכורה ז'אן הועברו להשגחתו של דודן, פיליפ מנאמור עד 1208 כאשר העביר אותן לחצרו של פיליפ השני, מלך צרפת.