Sapieha var militær kommandant for de polsk-litauiske styrker i den polsk-svenske krig i 1600–11, hvor han bragte et privat regiment af 100 kosakker, og befalede højrefløjen, der bestod af 400 kongelige husarer og 700 beredne kosakker, fra den polske hær under slaget ved Kirkholm i 1605. Han deltog også i den polsk-moskovitiske krig i 1605-1618, hvor han stod i spidsen for den mislykkede belejringen af Troitse-Sergijeva lavra i 1608 og kæmpede senere mod de anti-polske moskovitiske styrker i nærheden af Moskva, ledet af Prokopij Ljapunov. Han døde pludseligt den 15. oktober under belejringen af Kreml.