В 2001 году был вызван сначала в молодёжную сборную России, а затем и в первую, в составе которой сыграл два матча на чемпионате мира 2002 года и два матча на чемпионате Европы 2004 года. 25 мая 2012 года после 6-летнего перерыва Марат появился на поле в товарищеском матче против сборной Уругвая (1:1), проведённой в рамках подготовки России к Чемпионату Европы 2012 года. На Евро дебютировал в матче против сборной Польши, заменив на 79-й минуте Алана Дзагоева (1:1). В следующем поединке против сборной Греции Дик Адвокат выпустил Марата в конце матча вместо Александра Анюкова, в надежде усилить атаку сборной России (поражение 0:1).