El 21 de junio de 2016 la A. S. Roma ejerció su opción de compra, haciéndose con los servicios del jugador por 13 millones de euros. En su segunda temporada en el equipo italiano, la primera completa, El Shaarawy comenzó siendo titular; pero a la larga no tuvo tanta continuidad en el once inicial, ya que fue suplente en bastantes más ocasiones que entonces como en el curso anterior. Sin embargo, en la recta final de la Serie A fue una de las piezas clave para que su equipo obtuviera el subcampeonato.