Аятола особисто керував політикою країни, призначаючи членів Ради з нагляду за здійсненням конституції. Розв'язана за сприяння США Ірано-іракська війна (1980—1988) виснажила країну, але водночас ще більш згуртувала прихильників Хомейні. Ірану врешті-решт довелося підписати резолюцію № 598 Ради Безпеки ООН про припинення вогню в липні 1987 й погодитися з умовами мирного договору, що максимально враховував інтереси Іраку.