Nel 1994, dopo l'inizio del genocidio, monsignor Nsengiyumva fece ripetuti appelli per fermare le uccisioni. Insieme al Comitato internazionale della Croce Rossa, cercò di assistere i molti sfollati di guerra all'interno e all'esterno della diocesi. Tuttavia, il 16 aprile pubblicò una lettera che alcuni interpretarono come un atto di appoggio al governo hutu contro la ribellione dei tutsi.