V prvi in drugi balkanski vojni se je do 306 prostovoljcev iz Velesa borilo na bolgarski strani proti Osmanom in Srbom. Po koncu druge balkanske vojne je ozemlje današnje Severne Makedonije pripadlo Kraljevini Srbiji. Večina muslimanskega in bolgarskega prebivalstva je bila tedaj izgnana. Med prvo in znova med drugo svetovno vojno je ozemlje Velesa okupirala Bolgarija. Partizanske enote so mesto osvobodile 9. novembra 1944.