Lebed oli kesäkuusta 1992 Moldovaan sijoitetun Venäjän 14. armeijan komentaja Moldovaan kuuluvassa Transnistriassa. Vuonna 1993 hän kieltäytyi tukemasta Jeltsiniä tai Jeltsinin vastustajia, arvosteli kollegaansa, puolustusministeri Pavel Gratševia armeijan tilasta ja Jeltsiniä Tšetšenian operaatiosta 1994, jonka jälkeen Jeltsin määräsi hänet eläkkeelle asevoimista 1995.