Remportant le dernier championnat de deuxième division de l'ère soviétique, le Rotor est intégré directement dans la nouvelle première division lors de la réorganisation du football russe après la fin de l'Union soviétique. Il se démarque comme un des principaux clubs russes des années 1990, terminant trois fois sur le podium entre 1993 et 1997 et atteignant la finale de la Coupe de Russie en 1995. Il effectue également plusieurs parcours en coupe d'Europe, disputant notamment une finale perdue de Coupe Intertoto en 1996. Les performances de l'équipe déclinent à partir de 1999 et il est finalement relégué de la première division à l'issue de la 2004.