Nach dem Referendum von 1999, bei dem sich die Bevölkerung für die Unabhängigkeit von Indonesien aussprach, kam es landesweit zu Gewaltausbrüchen durch pro-indonesischen Milizen. In Aileu waren die Zerstörungen besonders schlimm in den damaligen Subdistrikten Liquidoe und Laulara. Auch die Hauptstadt Aileu wurde schwer in Mitleidenschaft gezogen. Nur wenige Gebäude blieben unzerstört. Wasser- und Stromversorgung war im gesamten Distrikt Aileu zerstört und etwa 5000 Menschen waren nach Westtimor geflohen. Schließlich wurde die internationale Eingreiftruppe INTERFET entsandt und Osttimor unter UN-Verwaltung gestellt. Kämpfer der osttimoresischen Widerstandsbewegung FALINTIL wurden in der Stadt Aileu bis Februar 2001 kaserniert. Danach begannen 600 der Kämpfer mit einer Ausbildung zu Soldaten der neuen Verteidigungskräfte Osttimors (F-FDTL).