В 2016 году Кон Ю пережил новый подъём после череды успешных работ. Его первым фильмом в 2016 году стала мелодрама «Мужчина и женщина» со знаменитой актрисой Чон До Ён. Затем последовал зомби-блокбастер «Поезд в Пусан». Премьера фильма состоялась на 69-м Каннском кинофестивале вне конкурсной программы, в рамках «Полуночных показов» ("Midnight Screenings"), и была встречена бурными аплодисментами. «Поезд в Пусан» стал самым кассовым фильмом года в Южной Корее, который посмотрело свыше 11 миллионов зрителей. Он также стал самым успешным южнокорейским фильмом за всю историю в Малайзии, Гонконге и Сингапуре. 24 ноября 2016 года «Поезд в Пусан» вышел в прокат и в России. Затем Кон Ю исполнил одну из главных ролей в драме «Секретный агент», который повествует о корейских борцах за независимость во время японской оккупации. Фильм посмотрело свыше 7 миллионов зрителей.