Na Norimberskom procese bol Karl Dönitz odsúdený na 10 rokov väzenia v spandauskej väznici, za sprisahanie s cieľom páchať zločiny proti mieru, za porušovanie ľudských práv, plánovanie a vedenie agresívnej vojny, vojnových zločinov a zločinov proti ľudskosti. Ďalším dôvodom jeho odsúdenia bolo pravdepodobne aj to, že bol poslednou hlavou Tretej ríše. Bolo mu vyčítané aj vedenie neobmedzenej ponorkovej vojny a vydanie známeho rozkazu číslo 154 (Rozkaz Laconia). V rozkaze Laconia zakázal poskytovanie akejkoľvek pomoci posádkam potopených lodí. Bolo to po takzvanom incidente Laconia, keď 13. septembra 1942 ponorka U-156 najprv potopila osobnú loď RMS Laconia, ale po tom, čo jej posádka zistila, že loď bola plná talianskych vojnových zajatcov, pokúsila sa poskytnúť pomoc stroskotancom, pri čom však bola napadnutá americkým lietadlom. Chester Nimitz prehlásil, že neobmedzenú ponorkovú vojnu viedli Spojené štáty americké v Tichom oceáne od prvého dňa, keď vstúpili do vojny. Karl Dönitz bol v bode obžaloby vedenia neobmedzenej ponorkovej vojny oslobodený.