Menyusul terjadinya konfrontasi antara Indonesia dan Malaysia, Presiden Soekarno membentuk Komando Operasi Tertinggi (KOTI). Soerjo diangkat sebagai Kepala Seksi Anggaran KOTI pada bulan Juli 1963. Setelah Soekarno digulingkan oleh Soeharto, KOTI direorganisasi oleh Soeharto menjadi KOTI Gaya Baru. Soerjo kemudian ditunjuk oleh Soeharto pada tanggal 22 November 1965 sebagai Ketua Gabungan 6 (G-6) dengan lingkup bidang Keuangan di KOTI Gaya Baru.