A pesar de la ansiada paz, aumentaron las tensiones entre Francia y la mayoría de los aliados de la Primera Coalición, ya sea por separado o conjuntamente. Fernando IV de Nápoles se negó a pagar el tributo acordado a Francia, y sus súbditos siguieron esta negativa con una rebelión. Los franceses invadieron Nápoles y establecieron la República Partenopea. Un levantamiento republicano en los cantones suizos, alentado por la República Francesa que ofreció apoyo militar, condujo al derrocamiento de la Confederación Suiza y al establecimiento de la República Helvética. En su camino a Egipto en la primavera de 1798, Napoleón se detuvo en la isla de Malta y expulsó a los Hospitalarios de sus posesiones. Esto enfureció a Pablo, Zar de Rusia, quien era el jefe honorario de la Orden. La ocupación francesa de Malta enfureció a los británicos, que se dedicaron a expulsar a la guarnición francesa en La Valeta. El Directorio francés estaba convencido de que los austríacos estaban conspirando para iniciar otra guerra. De hecho, cuanto más débil parecía la República Francesa, más seriamente los austríacos, los napolitanos, los rusos y los británicos discutían esta posibilidad.