En 1790, ce couvent dit des Grands-Carmes fut fermé par la Convention, le couvent transformé en Manufacture de fusils; et les Carmes relogés chez ceux de la rue de Vaugirard. Jacques-Bruno-Joseph Housey, le procureur général, devenu le citoyen Housey, fit une déclaration de revenus et donna la recette de l'eau de mélisse à la Société des pharmaciens de Paris. Le monastère devient une prison, et près de 700 détenus y sont enfermés, dont Joséphine de Beauharnais, première épouse de l'empereur Napoléon Ier, mais aussi 115 prêtres réfractaires, qui seront assassinés dans le jardin du couvent le , en prélude de la Terreur révolutionnaire. Ce couvent sera démoli en 1811 lors de la création du marché couvert de la place Maubert inauguré en 1819 et de la rue des Carmes: « Le marché actuel de la place Maubert sera transféré sur l'emplacement de l'ancien couvent des carmes, près de cette place, et dont, à cet effet, nous faisons don à notre bonne ville de Paris » (article 5 du décret de Napoléon).