Die Uetterodts hatten 1442 die Scharfenburg und zugehörige Orte gekauft, doch 1446 verwüstete der Sächsische Bruderkrieg auch diese Besitzungen, die Scharfenburg wurde belagert und war danach eine Ruine, daher errichtete man in der Ortslage ein „Festes Haus“ als neuen Amts- und Wohnsitz. Der wangenheimsche Anteil am Dorf Schönau wurde 1840 an das Herzogtum Sachsen-Coburg und Gotha abgetreten. Die ütterodtschen Orte wurden schon 1837 direkt dem Herzogtum unterstellt. Eine Verwaltungsreform führte 1869 zur Schaffung des Amtsgerichtsbezirkes Thal, dieses umfasste die wangenheimschen, uetterodtschen und hopfgartenschen Splitterbesitzungen und Exklaven im Westen des Herzogtums. Von 1918 bis 1920 gehörte das Amt Thal und somit auch Schönau zum Freistaat Gotha. Ab 1922 gehörte Schönau zum Landkreis Eisenach. Am 7. April 1945 wurde der Ort zum Ende des Zweiten Weltkrieges durch US-amerikanische Truppen besetzt, welche am 3. Juni 1945 durch die sowjetische Besatzungsmacht abgelöst wurde. Schönau wurde Teil der Sowjetischen Besatzungszone und später der DDR. Am 1. Juli 1950 wurde die bis dahin selbständige Gemeinde Deubach nach Schönau eingemeindet; das nördlich gelegene Kahlenberg lehnte die Eingemeindung erfolgreich ab. Ab 1961 wurde auch in Schönau die Landwirtschaft kollektiviert. Neben der Agrargenossenschaft gibt es seit den 1990er Jahren wieder landwirtschaftliche Einzelunternehmen.