בשנת 614 פלשו הפרסים לארץ ישראל, שלטו באזור לתקופה קצרה ונסוגו ממנו. על פי פרופסור מאיר בן דב החריב הצבא הפרסי באופן שיטתי את מנזרי מדבר יהודה למעט בודדים. במחקר מאוחר יותר של פרופסור יזהר הירשפלד נטען כי לקביעתו של פרופסור בן דב אין ביסוס, והרס המנזרים לא בוצע על ידי הצבא הפרסי עצמו אלא על ידי שבטים נודדים שנעו עמו, או על ידי אוכלוסיות מקומיות, ששדדו את המנזרים ויושביהם. פשיטות שבחלק מהמנזרים אף הגיעו לידי טבח יושביהם.