Als Verkehrsminister war er Mitte 2002 mit einem Pilotenstreik konfrontiert worden, als Innenminister hatte er einen Krieg gegen die Drogenmafia begonnen und Anfang Dezember 2002 versprochen, auch dem Aufstand in den muslimischen Südprovinzen innerhalb eines Jahres ein Ende zu bereiten. Nachdem stattdessen die stärker auch terroristisch aktiv werdenden Rebellen 2004 (angeblich) erklärt hatten, innerhalb von 1000 Tagen den Thaksin Rachaniwet (den südlichsten Palast des thailändischen Königs) in der Provinz Narathiwat einzunehmen, wurde Wan Noor und Armeechef Chaiyasit Shinawatra, Thaksins Cousin, von Thaksin Tatenlosigkeit vorgeworfen. Obwohl Wan Noors Lobby sich für wirtschaftliche Hebung der vernachlässigten Südprovinzen und die Einführung der Scharia auf lokaler Ebene bemüht hatte, so schwieg er beim Polizei-Massaker von Tak Bai (2004), da er bereits im März 2004 als Innenminister abgelöst und zum Vizepremier ohne Geschäftsbereich bestimmt worden war. Von Oktober 2004 bis März 2005 war Wan Noor im Rahmen einer erneuten Kabinettsumbildung Landwirtschaftsminister, nach der (durch die eskalierende Thaksin-Politik verursachten) Wahlniederlage der Wahdah-Fraktion verzichtete er auf ein neues Ministeramt. Danach beaufsichtigte er als Sondergesandter die thailändische Hilfe für Opfer des Erdbebens in Pakistan.