Роден е през 1769 година в град Кавала (или в малкото населено място село Мусратлъ от района на околията) в семейството на албанци. По сведения на негови съвременници, той владеел свободно само албански. Баща му умира, когато Мохамед е малък и той е отгледан в семейството на чичо си. Като младеж се занимава с търговия на тютюн и взема участие в събирането на данъци. Когато става на 30 години, османските власти обявяват набор на войски за овладяване на положението в Египет след френската инвазия там. Мохамед Али е определен за командир на отряд от 300 албанци