Après le génocide de 1994 au Rwanda, Nantanyi a travaillé avec le Comité international de la Croix-Rouge (CICR), dans leur «Département de recherches», à Goma, en République démocratique du Congo et à Nairobi, au Kenya. En 1997, elle a été nommée chargée de projet au "Conseil flamand pour les réfugiés", basé à Bruxelles, en Belgique. En octobre 2003, elle a été nommée Ministre d'État chargée des affaires sociales au Ministère rwandais des collectivités locales, siégeant à ce titre jusqu'en septembre 2011.