После возвращения на родину, в 1989 году Дени создал службу акушерства и гинекологии в Лемере, Заир (так до 1997 года называлась ДРК). Помощь подвергшимся насилию женщинам в массовом порядке начал оказывать с 1994 года, когда в Заир начали — вследствие начавшегося в Руанде геноцида — проникать вооружённые группы хуту. В 1996 году, после начала вооружённого конфликта в Киву, повстанцы-противники диктатуры Мобуту разрушили больницу в Лемере и убили 35 пациентов в своих кроватях. Дени был обвинён в шпионаже, и бежал в багажнике автомобиля в Букаву, где из палаток создал новую больницу с родильным отделением и операционной. Однако в 1998 году все было снова разрушено. В то же время, с момента начала войны и массовых изнасилований, помимо оказания медицинской помощи, Муквеге начал активную кампанию в СМИ, направленную на борьбу с насилием в отношении женщин в ДРК всеми возможными способами, в том числе путём расширения присутствия там миротворцев ООН и дачей многочисленных интервью. На фоне конфликта в 1998 году Муквеге с международной помощью построил госпиталь Панзи в Букаву, став его главным менеджером и хирургом. По некоторым данным, с этого времени и до 2013 года, Муквеге и его коллеги сделали операции более чем 40 тысячам женщин и девочек. На 2013 год госпиталь Панзи является центром практики для , имеет четыре отделения: акушерство и гинекология, педиатрия, хирургия, внутренние болезни, в которых работают 398 сотрудников. Госпиталь располагает годовым бюджетом в размере 3,2 млн долларов США и имеет 450 коек, из которых 250 — зарезервированы для жертв сексуального насилия, причём пациенты, не могущие позволить оплатить услуги, лечатся бесплатно.