В 1945 г. был в составе американских делегаций на конференции в Ялте и Потсдамской конференции. В том же году назначен в штаб генерала Л. Д. Клея — главы администрации американской зоны оккупации послевоенной Германии. В 1946 г. вызван в Вашингтон и назначен начальником Управления по делам военных преступников в министерстве обороны США. В 1947 г. Маркус демобилизовался из армии в звании полковника. Награждён американскими и английскими орденами.