Am 1. Mai 1991 wurde Godderij zum Oberst befördert und fungierte als solcher bis April 1994 als Chef der Luftoperationen. Danach erfolgte am 7. April 1994 seiner Ernennung zum Kommandeur des Luftwaffenstützpunktes Twente und war in dieser Zeit auch Vertreter der Königlichen Luftwaffe im Hauptquartier der 5. Alliierten Taktischen Luftstreitkräfte "(5th Allied Tactical Air Force)" in Vicenza. Dabei befasste er sich insbesondere mit dem Einsatz der in Twente stationierten 315. Staffel während der "Operation Deny Flight", einer militärischen Operation der NATO während und nach dem Bosnienkrieg, die die Durchsetzung der Flugverbotszone über Bosnien-Herzegowina sowie den Schutz der Friedenstruppen der Vereinten Nationen zum Ziel hatte.