Після оголошення Французької імперії Жан-Батист Бруссьє підтримав Наполеона Бонапарта. Тому вже у 1805 році стає дивізійним генералом. У 1806 році знову відправляється до Італії, де воює з австрійськими військами. Бруссьє також брав участь у битві під Ваграмом. За свою звитягу в ній стає кавалером Ордену Почесного легіону та графом імперії.