עם פרוץ מלחמת העצמאות כנגד הבריטים גייסה המושבה וירג'יניה שתי פלוגות רובאיות לטובת הצבא הקונטיננטלי. מורגן, שכבר שירת כקצין במיליציה של וירג'יניה, נבחר לפקד על אחת מהן בדרגת קפטן. מורגן ואנשיו, שהצטיינו כצלפים בשל הרובים המדויקים בעלי הקנה המחורק שהיו ברשותם, התמחו בטקטיקות גרילה והסבו אבדות רבות לצבא הבריטי בכל עימות שבו לחמו. במהלך המלחמה לחם מורגן בראש חטיבתו בקרב סרטוגה בהמשך פיקד מורגן, שהיה נתון בעצמו לפיקודו של הגנרל נתנאל גרין, על כוחות הצבא הקונטיננטלי בקרב קאופנס, שנחשב לאחד המוצלחים שניהל הצבא במלחמה. לאחר המלחמה שירת במיליציה שהקים הנשיא ג'ורג' וושינגטון, ולחם לדיכוי מרד הוויסקי.