בשנת 1923 החליטה ועדה בינלאומית כי הנחל עצמו יישאר בשטח המנדט הבריטי בעוד שהכפר והמערה יהיו בשטח המנדט הצרפתי (ובמשתמע, חלק מסוריה). מלחמת העצמאות קיבעה מצב זה, כאשר רק חלקו הדרומי של הנחל נותר בשליטה ישראלית. הסורים השתלטו על חלקו הצפוני של הנחל, שהוגדר בהסכם שביתת הנשק עם סוריה כאזור מפורז. בשנת 1964 ריכזה סוריה ציוד הנדסי כבד באזור, והחלה במפעל שמטרתו הטיית מסלול הנחל מזרחה על מנת למנוע ממימיו להגיע לישראל. ישראל התנגדה לפעולה זו, והמלחמה על המים החלה בגיזרה. אחד משיאיו היה פעולה גדולה של צה"ל ב-12 באוגוסט 1965 במהלכה הצליח צה"ל להשמיד את ציוד ההטיה, לאחר קרב בו הופעלו ארטילריה וטנקים. הסורים המשיכו במאמציהם, אך הצליחו לחפור רק חלק קטן מן התעלה. בליל ה-10 ביוני 1967, במסגרת מלחמת ששת הימים, נכבש האזור בידי כוחות מחטיבת גולני. בקרב שנערך במקום נהרגו 4 חיילים ונפצעו 12.