Durante la I Guerra Mundial Francisco José sirvió en la Marina Imperial Alemana ("Kaiserliche Marine") como segundo oficial de torpedos del crucerlo ligero "SMS Emden" en la Batalla de las Cocos. El "SMS Emden" tuvo un extraordinario récord de capturas de navíos británicos, y como consecuencia a todos aquellos que sirvieron en él, incluyendo a Francisco José, se les concedió el derecho de añadir el nombre de su navío al final de sus apellidos. Debido a que Alemania había convertido sus títulos nobiliarios en apellidos en 1919, pasó a nombrarse Francisco José Príncipe de Hohenzollern-Emden (en alemán "Franz Joseph Prinz von Hohenzollern-Emden").