Fernandes spielte am 4. Dezember 2012 bei der 1:2-Niederlage gegen die Türkei erstmals für die portugiesische U19-Nationalmannschaft. Am 21. Mai 2014 debütierte er beim 2:0-Sieg gegen Mexiko für die U20-Auswahl, für die er zwei Tage später beim 3:1-Sieg gegen Chile sein erstes Tor erzielte. Sein erstes Spiel für die U21-Nationalmannschaft absolvierte er am 13. November 2014 bei der 1:3-Niederlage gegen England. Mit dem Team nahm er im Juni 2015 an der U21-Europameisterschaft in Tschechien teil. Fernandes kam im Turnier fünfmal zum Einsatz und verlor mit seiner Mannschaft das Finale gegen Schweden im Elfmeterschießen. Für die Olympischen Sommerspiele 2016 in Rio de Janeiro wurde er in den portugiesischen Kader berufen. Im Turnier kam Fernandes dreimal zum Einsatz und erreichte mit der Mannschaft das Viertelfinale.