Nel 2000 diventa titolare della nazionale A, scendendo in campo in sette delle otto partite di qualificazione ai Mondiali 2002. Nelle qualificazioni segna anche due gol (nei match casalinghi contro la Lettonia e San Marino). Prende parte alla fase finale dei Mondiali nippo-coreani, venendo eliminato con la Croazia al primo turno. Gioca 57 minuti della seconda partita contro l'Italia ed entra al 52º minuto della terza sfida contro l'Ecuador. Dopo quel Mondiale scende in campo con la nazionale soltanto in un'amichevole e in due match di qualificazione a Euro 2004 prima di essere escluso dalle convocazioni per più di tre anni, sino al gennaio 2006. L'occasione del ritorno è la Carlsberg Cup disputata a Hong Kong, ma Vugrinec non viene poi inserito nella lista dei convocati della Croazia per i Mondiali 2006.