Als lagune ontvangt het Meer van Tunis zowel zeewater als water van omliggende zoutvlakten. Het is een goede broedplaats voor verschillende watervogels en een overwinteringsgebied voor migrerende soorten zoals de fuut, de slobeend en de flamingo. Het meer heeft een seizoensgebonden algenbedekking en bevat meer dan 138 soorten waterfauna. Het is sinds 2013 een Ramsargebied.