Paintsil az U21-es ghánai válogatottal részt vett a 2001-es ifjúsági vb-n. A felnőtt válogatott tagjaként a 2002-es, 2006-os és 2008-as afrikai nemzetek kupáján, valamint a 2006-os és a 2010-es labdarúgó-világbajnokságon.