Velký průlom udělal Gené v roce 1999, když si zajistil místo u týmu Minardi ve Formuli 1. Ve slabém týmu to pro něj byl těžký rok, ale po několika 9. a 8. místech dokázal při Grand Prix Evropy 1999 získat bod za 6. místo. Byly to první body pro Minardi od roku 1995. Ve stejném týmu pokračoval i v následující sezóně, ale bodový zisk už nedokázal zopakovat.