Джустиниани был женат на Магдалине Банка, которая родила ему двух дочерей. Он умер около 1554 года в Генуе и был похоронен в церкви Санта-Мария-ди-Кастелло. Его могила была разрушена во время французской бомбардировки города в 1684 году.