Il crescente antisemitismo e l'Anschluss costrinsero la Zuckerkandl a rifugiarsi a Parigi nel 1938, granzie anche all'aiuto di Géraldy. A Parigi la donna mantenne stretti rapporti con altri rifugiati austriaci, tra cui Franz Werfel, e la sua posizione privilegiata dopo aver ottenuto la Legione d'onore l'evitò l'arresto dopo l'occupazione nazistra della Francia nel 1940. Non riuscendo ad emigrare negli Stati Uniti, Berta e il figlio si rifugiarono ad Algeri, dove la Zuckerkandl continuò con la sua attività anti-nazzista via radio. Nel 1945, al termine della guerra, tornò a Parigi, dove morì dopo pochi mesi.