Somalian alueelle perustettiin voimakas islamilainen Adalin sulttaanikunta, jonka afarilaishallitsija Ahmed al-Ghazi aloitti vuonna 1527 hyökkäyssodan Etiopian kristittyjä vastaan ja tuhosi kahdessa vuodessa Etiopian armeijan. Etiopialaiset kuitenkin kostivat portugalilaisten tukemana ja surmasivat vuonna 1543 al-Ghazin, mikä suisti sulttaanikunnan tuhoon. Samalla se kuitenkin mahdollisti pienempien afarilaissulttaanikuntien synnyn. Näihin kuuluvat Djiboutin nykyisen alueelle syntyneet Obockin ja Tadjouran sulttaanikunnat, joiden kanssa eurooppalaiset alkoivat käydä kauppaa etiopialaisesta kahvista ja parfyymeistä.