Fred VanVleets Vater wurde im Jahr 1999 bei einem Drogendeal erschossen, als Fred fünf Jahre alt war. Sein Stiefvater wollte vermeiden, dass er wie sein Vater endete und schirmte ihn von schlechten Einflüssen ab, in dem er ihm nicht erlaubte, bestimmte Viertel in der Stadt zu betreten. Er fokussierte Fred auf den Basketballsport und trainierte diesen und seine drei Brüder in seiner Kindheit. VanVleet spielte in seiner Jugend erfolgreich für die "Auburn High School" in seiner Heimatstadt Rockford, Illinois und entschied sich danach für die Wichita State University aufzulaufen. Für die "Shockers" spielte er alle vier Jahre. Bereits in seinem Sophomore-Jahr für Wichita feierte er seinen Durchbruch und kam durchschnittlich auf 11,6 Punkte, 4,5 Rebounds, 5,2 Assists und 1,9 Steals pro Spiel. Mit seinem Team blieb er in dieser Saison in allen 31 Spielen siegreich. Er wurde mit dem Award zum Spieler des Jahres in der Missouri Valley Conference ausgezeichnet und ins All-MVC-Team gewählt. Diese Zahlen blieben auch in den folgenden zwei Jahren annähernd konstant. In seinem Senior-Jahr wurde er zum zweiten Mal zum Spieler des Jahres in der MVC gewählt. Außerdem kam er zum dritten Mal in Folge ins All-Conference-Team. Nach vier Jahren am College meldete er sich für den NBA-Draft 2016 an.