З початком у 1648 році Визвольної війни українського народу Богун став одним із сподвижників гетьмана Богдана Хмельницького і, згідно з «Реєстром Війська Запорізького 1649 року», значився серед козаків Чигиринського полку, в його сотні був записаний «кадровий резерв» Хмельницького як прості козаки (зокрема серед них Михайло Криса, який був серед заручників у поляків у битві під Жовтими водами). Треба додати, що народна дума згадує про нього як одного із чотирьох керівників повстання, які перед самим початком війни прибули на Низ (серед них ще Максим Кривоніс, Мартин Пушкар та Михайло Борохович). Згодом, 1650 року, за добрі організаторські здібності та військовий талант Богуна призначили кальницьким полковником.