22 июля 2002 года заменил Сюй Гэньбао на посту главного тренера «Шанхай Шэньхуа» — он был отправлен в отставку за провал первой части сезона 2002 года. Однако, У Цзиньгую не удалось справиться с поставленной задачей и команда финишировала 12-й. В новом сезоне У привёл «Шанхай» к первым за восемь лет золотым медалям Лиги Цзя-А 2003 года. К удивлению многих, впоследствии он покинул команду и принял решение стать помощником главного тренера сборной КНР Ари Хана. Работа в сборной была достаточно плодотворной — команда смола удачно выступить на Кубке Азии 2004 года, заняв второе место. Однако, после окончания турнира Ари Хан оставил свой пост, а У вернулся в «Шанхай Шэньхуа», опять начав работать в качестве помощника главного тренера. Перед началом сезона 2006 года в Суперлиге У Цзиньгуй вновь стал главным тренером команды, сменив в этом качестве Валерия Непомнящего, а команда по итогам сезона завоевала серебряные медали чемпионата.