Au cours du Moyen Âge, Phères prend le nom de Velestíno (Βελεστίνο) qu'elle garde à l'époque ottomane ; les ruines des temples de la source d'Hypérie servent à la construction d'une mosquée. Phères est le lieu de naissance du lettré, humaniste et révolutionnaire grec Rigas. Ce fut aussi le lieu d'une bataille de la Guerre gréco-turque de 1897 et d'affrontements entre les troupes allemandes d'occupation et la Résistance grecque durant la Seconde guerre mondiale.