Setelah pensiun dari bermain, Sabella menjadi pelatih dan memulai hubungan panjang dengan rekan senegara dan teman dekatnya Daniel Passarella, berkhidmat sebagai asisten manajer ketika Passarella menangani , klub Italia Parma, , klub Meksiko, Monterrey dan Corinthians di Brasil. Kedua-duanya akhirnya kembali ke River Plate, tetapi kemudian Sabella menjadi pelatih Estudiantes sendiri, memenangkan kejuaraan Apertura Divisi Utama Argentina dan Piala Libertadores 2009. Sabella mengundurkan diri dari Estudiantes pada Februari 2011 dan kemudian diangkat sebagai pelatih tim nasional Argentina, melatih mereka hingga ke Final Piala Dunia FIFA 2014 melawan , di mana mereka kalah 1-0 pada masa perpanjangan waktu. Sabella menjadwalkan pengunduran dirinya selepas tamatnya Piala Dunia.