С началом Второй мировой войны фюрер сконцентрировался на внешней политике и боевых действиях. Гесс, не принимавший участия в этом, вскоре стал отдаляться от Гитлера, и Борман заменил заместителя фюрера во многих из его обязанностей. Гесс был обеспокоен возможностью войны на два фронта с началом вторжения в СССР и 10 мая 1941 года в одиночку вылетел в Великобританию для мирных переговоров, по прибытии был арестован и провёл остаток войны в заключении. В 1946 году на Нюрнбергском процессе бывший заместитель фюрера за военные преступления был приговорён к пожизненному заключению. Гитлер расценил поступок Гесса как личное предательство и заочно приговорил его к смертной казни. 12 мая пост заместителя фюрера был упразднён, его функции переданы Партийной канцелярии. В новой должности Борман утверждал назначение на партийные должности и был подотчётен лишь Гитлеру. Указом фюрера от 29 мая 1941 года Мартин Борман был наделён полномочиями рейхсминистра и тем самым вошёл в состав имперского правительства и совета министров обороны империи.