Базіліка грала значную ролю ў гісторыі Венецыянскай рэспублікі. Па традыцыі глава рэспублікі станавіўся перад гараджанамі, і яго публічна абвяшчалі дожам з прэгалы — правай кафедры, адмыслова ўладкаванай для гэтай мэты. Нягледзячы на тое, што базіліка да 1807 года была толькі палацавай капэлай, у ёй праходзілі значныя афіцыйныя цырымоніі (блаславенне войска перад вайной, у тым ліку перад чацвёртым крыжовым паходам, дэманстрацыя захопленых у ворагаў сцягоў). У базіліцы адбылася пакаянная сустрэча Фрыдрыха Барбаросы з Папам Аляксандрам III. Сабор цалкам знаходзіўся ў юрысдыкцыі дожаў і меў уласны клір, незалежны ад мясцовага епіскапа. У 1807 годзе па загаду Напалеона ў сабор Сан Марка з цэрквы Сан-П'етра дзі Кастэла была перанесена кафедра патрыярха Венецыі (тытул належыць біскупу Венецыі з 1451 года), і храм стаў кафедральным саборам Венецыі.