Rappelé à l'armée peu après, sa division et celle de Morand sont temporairement placées sous les ordres du maréchal Lannes et participent à ce titre à la bataille d'Abensberg. Le 22 avril, tandis que Davout fait face à l'archiduc Charles près du village d'Eckmühl, Napoléon, arrivant du sud, engage les divisions Morand et Gudin avec mission de tourner l'aile gauche autrichienne. Après avoir franchi un cours d'eau, la division du corps repousse une brigade autrichienne et occupe le village de Rogging ; un bataillon du de ligne de la division Gudin contribue également à la prise du village d'Eckmühl. À la suite de cette victoire, qui vaut à Davout son titre de prince, les troupes du corps se lancent à la poursuite des Autrichiens en retraite sur Ratisbonne et, cette forteresse prise, se rassemblent autour de Vienne. Au juin 1809, la division Gudin est forte de hommes répartis en trois brigades sous les ordres des généraux Leclerc des Essarts, Boyer de Rébeval et Duppelin. Le 30 juin, la division du général Gudin enlève une tête de pont autrichienne sise sur plusieurs îles du Danube en avant de Presbourg, infligeant pertes à ses adversaires.