El desastroso desarrollo de esta guerra para Prusia obligó a la corte y a los políticos destacados a huir hacia Königsberg. Durante la huida, Stein se aseguró de que los fondos del Estado no se perdieran. Tras la derrota en la Batalla de Jena, que demostró el desmoronamiento estructural del gobierno y el ejército, Prusia se vio forzada a introducir cambios. En Königsberg, Stein recomendó continuar la guerra a toda costa. Además criticó duramente la debilidad del liderazgo civil y militar demostrado durante la guerra, criticando incluso el estilo de gobierno del monarca. Por esta razón, recomendó reformas fundamentales en la estructura del Estado para crear una base estable con la cual poder continuar los esfuerzos bélicos. Entre sus recomendaciones figuraban algunas que él había sugerido aún antes del estallido de la guerra, como su crítica del sistema absolutista de gabinete. En su lugar, Stein recomendó que los ministerios del Estado fuesen puestos en manos de hombres capacitados y responsables, que trabajasen junto con el monarca.