После Манассаса Поуп был отправлен далеко от Восточного театра военных действий - в Миннесоту, где командовал вооружёнными силами США в Дакотской войне 1862 года с индейцами. Он был назначен руководителем департамента штата Миссури в 1865 году и был видным активистом во время реконструкции в Атланте. Впоследствии активно участвовал в Индейских войнах, особенно против апачей и сиу.