Recibió su educación primaria en escuelas privadas, donde por su temperamento bullicioso entró en conflicto repetidamente con la imperfecta disciplina. Se escapó varias veces, siempre con la intención de hacerse a la mar, y por fin, en septiembre de 1806, su padre consiguió para él un puesto a bordo de la fragata "«Impérieuse»", comandada por Lord Cochrane (posteriormente décimo conde de Dundonald). Durante sus dos años y medio de servicio bajo las órdenes de Cochrane, el joven guardiamarina fue testigo de más de cincuenta acciones, y adquirió mucha experiencia de servicio en las costas de España en la primera etapa de la Guerra de la Independencia. El servicio de la "«Impérieuse»" bajo la dirección de Cochrane fue peculiarmente activo y brillante, no solo por sus episodios casi diarios de inutilización de buques de cabotaje o de corsarios, asaltando baterías y destruyendo estaciones telegráficas, sino también por la defensa del castillo de la Trinidad en noviembre de 1808, y por el ataque a la flota francesa en Aix Roads, en abril de 1809. La audacia y el juicio de su comandante eran rasgos que Marryat reproduciría posteriormente en el capitán Savage del "«Diomede»" en "Peter Simple" y en el capitán M. de "The King's Own (Propiedad del rey)". En junio, la "«Impérieuse»" navegó con la flota en la Expedición Walcheren, de la que, en octubre, Marryat quedó excluido por un fuerte ataque de fiebre. Antes de abandonar el buque había forjado una amistad que duraría toda la vida con Sir Charles Napier y Houston Stewart. El tiempo de Marryat a bordo de la "«Impérieuse»" incluyó acciones en la Gironda, el rescate de otro guardamarina que se había caído por la borda y la captura de numerosos barcos en la costa mediterránea de España.