Die Geschichte Lihulas war im 16. Jahrhundert von schweren kriegerischen Auseinandersetzungen und zahlreichen wechselnden Herrschern geprägt. Der Livländische Krieg hinterließ tiefe Spuren. 1563 und 1570 eroberten die Schweden die Siedlung, zwischen 1563 und der Mitte der 1570er Jahre gehörte sie abwechselnd örtlichen Magnaten und dänischen Truppen, 1575/76 war sie erneut dänisch, dann von 1576 bis 1581 russisch.