Durante l'autunno 2000, il centrocampista ed alcuni compagni di squadra vengono accusati di aver pilotato il risultato della gara di Coppa Italia con la Pistoiese. Le accuse furono però ritenute prive di fondamento ed alle persone coinvolte venne riconosciuta l'assoluzione. Soltanto 12 anni più tardi, Doni ammise che la partita fu effettivamente pilotata. La stagione 2001-02 risultò la migliore per lui in A, con 16 realizzazioni all'attivo. Il 23 settembre 2001, una rete su punizione valse la vittoria contro l'Hellas Verona permettendo ai nerazzurri di muovere la classifica (dopo 3 sconfitte consecutive). Due mesi più tardi, il 25 novembre, mise invece a referto una decisiva doppietta contro il Piacenza.