En 1992, à la suite de la libéralisation du système politique guinéen et l’instauration du multipartisme, Sékou Koureissy Condé rentre en Guinée pour fonder son parti politique, l’Alliance pour le Renouveau National (ARENA). Fortement attaché aux valeurs du vivre-ensemble, de la tolérance, et de la paix, il est surpris à sa rentrée en Guinée de retrouver son pays divisé par les considérations ethniques, et il décèle dans le multipartisme un risque d’aggravation de ces tensions. Le parti politique qu’il fonde se donne alors pour mission principale de prôner la réconciliation et l’unité nationale. Après une entrée à l’Assemblée Nationale en 1995 en tant que porte-parole du PDG-RDA, auquel son parti s'est allié, il devient successivement Conseiller de Buro Diallo, Président de l'Assemblée, et Chef de la Division de la Coopération Internationale. En 1997, il est ensuite nommé Ministre de la Sécurité par le Président Lansana Conté. Son mandat se déroule dans un contexte régional troublé par la guerre civile au Liberia et au Sierra Leone, deux pays frontaliers de la Guinée. À la tête du Ministère de la Sécurité, Sékou Koureissy Condé a promu l'usage de la dissuasion en lieu et place de la répression dans l'objectif d'assurer la sécurité de son pays. En 2000, il est démis de ses fonctions et est forcé à s'exiler à la suite de « l'affaire Alpha Condé ».