V roce 1864 na krátké období se státy spolku spojily během války proti Dánsku o území Šlesvicka a Holštýnska. Prusko pak chtělo území od Rakouského císařství odkoupit. Odmítnutá nabídka vznesená na svolaném sněmu byla příčinou zániku Německého spolku v roce 1866 po prusko-rakouské válce. Nástupcem Německého spolku byl Severoněmecký spolek pod vedením Pruska.