Kauden 1989–1990 ainoat arvokilpailut olivat lentomäen MM-kilpailut, jotka saatiin järjestettyä pahasta lumipulasta huolimatta. Kunkin kilpailijan kolmesta hypystä laskettiin lopputuloksiin kaksi parasta. Nikkolan hyppyjen pituudet olivat 160, 165 ja 131 metriä, ja hän sijoittui kuudenneksi Matti Nykäsen tuodessa Suomeen MM-hopeaa. Seuraavat maailmancupin kilpailut olivat Lahdessa Salpauselän Kisoissa, joissa Nikkola sijoittui kolmanneksi niin suur- kuin normaalimäessäkin. Örnsköldsvikissä Nikkola oli kuudes ja Sollefteåssa Tšekkoslovakian Pavel Plocin takana toinen. Raufossissa hypättiin lumipulan vaivaaman Holmenkollenin normaalimäen varakisa, jossa Nikkola sijoittui neljänneksi. Holmenkollenin suurmäen kilpailua, jossa Nikkola jäi 29:nneksi, ei päästy hyppäämään riittävän normaaleissa oloissa eikä sitä laskettu mukaan maailmancupin pisteisiin. Maailmancup päättyi Planicaan ja Nikkola varmisti cupvoittonsa sijoittumalla ensimmäisessä kilpailussa toiseksi Italian Roberto Ceconin jälkeen. Kauden päätöskilpailun Nikkola voitti viiden pisteen erolla Länsi-Saksan Dieter Thomaan. Nikkola keräsi maailmancupissa 287 pistettä, toiseksi sijoittunut Itävallan Ernst Vettori 239 ja saman maan Andreas Felder 236 pistettä.