Kurz danach dankte er, tief betroffen vom Tod seines ältesten Sohns Ala-ud-din, zugunsten seines zweiten Sohns Mehmed ab, der zu der Zeit zwölf Jahre alt war. Aber der Angriff der christlichen Mächte – in Verletzung des geschlossenen Vertrages – überforderte den unerfahrenen jungen Herrscher, so dass Murad von seinem Ruhestand in Magnesia zurückkehrte, seine Feinde in der Schlacht bei Warna (10. November 1444) vernichtend schlug, und sich wiederum nach Magnesia zurückzog. Ein Aufstand der Janitscharen veranlasste ihn, wieder die Macht zu übernehmen. Mehrere Jahre seines Lebens verbrachte er noch auf Kriegszügen in Europa, wobei er in Kosovo auf dem Amselfeld abermals Hunyadi besiegte (17.–19. Oktober 1448). Als die Lage auf dem Balkan stabilisiert war, wandte er sich nach Osten und besiegte Timurs Sohn Schāh Ruch und die Emirate von Karaman und Çorum-Amasya. Er starb 1451 in Adrianopel und wurde in Bursa beigesetzt.