Niloottiset kansat saapuivat 1000-luvun alussa Bahr al Ghazaljoesta lounaaseen sijaitseville alueille. 1500-luvulla he levittäytyivät dinkojen nykyisille asuinalueille. Tällöin alkoi myös eri dinkaryhmien eriytyminen. 1820-luvulla Etelä-Sudanin väestö pieneni tuntuvasti orjakaupan ja kulkutautien takia. Orjakauppiaat saapuivat dinkojen alueelle 1840- ja 1850-luvuilla. Vuodesta 1882 Sudania hallitsivat Iso-Britannia ja tämän alusmaa Egypti. Ensimmäinen Sudanin sisällissota alkoi vuonna 1955. Sen syyt juontuivat arabien hallitsevasta asemasta Sudanin yhteiskunnassa. Ensimmäinen sisällissota loppui vuonna 1972, kun Etelä-Sudanille annettiin autonomia. Vuonna 1983 Sudanin hallitus yritti vähentää dinkojen vaikutusvaltaa Etelä-Sudanissa jakamalla alueen kolmeen hallintoalueeseen. Tämä ja šarialain käyttöönotto samana vuonna johtivat uuteen sisällissotaan. Etelä-Sudanin sissiliikkeet toimivat paljolti dinkojen tuella. Etelän sissiliikkeet syyttivät vuonna 1988 Sudanin hallitusta dinkojen kansanmurhan yrityksestä. Myöhemmin Etelä-Sudanista tuli autonominen osa Sudania ja kansanäänestyksen myötä myös itsenäinen valtio 9.7.2011.