Sein gleichnamiger Sohn, Marcus Aemilius Scaurus III. begleitete seinen Halbbruder Sextus Pompeius auf der Flucht nach dessen Niederlage gegen Agrippa in der Seeschlacht von Mylae (36 v. Chr.), verriet ihn jedoch 35 v. Chr. an Marcus Antonius. Nach der Schlacht bei Actium, an der er an Antonius’ Seite teilnahm, begnadigte Octavian ihn auf Bitten seiner Mutter Mucia Tertia. Dessen Sohn war Mamercus Aemilius Scaurus, mit dem die Familie ausstarb.