Collins trató de lograr un compromiso entre las facciones pro y antitratado, proponiendo una Constitución en la que no se mencionara al rey británico, pero cualquier modificación del Tratado fue vetada por los Británicos, al entender que se había negociado de buena fe. En abril de 1922, la ejecutiva del IRA se desvinculó de la autoridad del Dáil, afirmando que habían violado su juramento de la República Irlandesa. En julio, presionado por los británicos, Collins se vio obligado a atacar a un grupo de disidentes del IRA antitratado que habían ocupado Four Courts en Dublín, iniciándose de este modo la Guerra civil irlandesa. En ella se enfrentarían el recién formado Ejército Irlandés (compuesto por miembros del IRA protratado y nuevos reclutas, incluyendo veteranos irlandeses de la Primera Guerra Mundial) y los miembros antitratado del IRA (la gran mayoría de la organización), encabezados por Liam Lynch. Los Antitratadistas contaban con el apoyo de Éamon de Valera, antiguo presidente de la República. El gobierno del Estado Libre Irlandés consiguió finalmente derrotar a los antitratadistas en mayo de 1923, cuando el IRA solicitó un alto al fuego. La guerra civil costó más vidas que la guerra contra los ingleses y las atrocidades cometidas por ambos bandos llenaron de amargura la vida política irlandesa. Otro efecto de esta guerra fue la confirmación de la partición de Irlanda, ya que el IRA, dividido e inmerso en la contienda, no pudo llevar a cabo las operaciones planeadas en el Norte. Por si fuera poco, tras el asesinato de Michael Collins por Antitratadistas en agosto de 1922, la agresividad hacia el norte fue decayendo paulatinamente.