Nell'autunno 2001 mentre partecipava all'esercitazione "Saif Sareea II" in Oman si verificò l'attentato terroristico al World Trade Center trasformando l'esercitazione in una missione di guerra. La "Illustrious" rimase in Medio Oriente, mentre altri elementi della sua task force rientrarono nel Regno Unito per riallestimenti. La "Illustrious" aveva imbarcato a bordo squadre di Royal Marines pronte per possibili operazioni in Afghanistan, che però non si verificarono fino a quando non venne sostituita dalla "Ocean" all'inizio del 2002. La "Illustrious" aveva comunque fornito un contributo di valore alle opzioni britanniche nel conflitto, fornendo un punto di lancio per le forze terrestri se questo si fosse reso necessario.