В октябре 2001 года бывший сотрудник Госдепаратамента США назвал Боснию «безопасной гаванью» для террористов и заявил, что бывшие власти в Сараеве защищали их, а некоторые из экстремистов имели связи с Усамой. После окончания войны на территории Боснии осталось более 1000 исламских добровольцев, которым было предоставлено гражданство. По некоторым сведениям, Усама бен Ладен и сам получил его и в 1993 году встречался с президентом Алией Изетбеговичем. Через свои компании в Судане Усама бен Ладен финансировал небольшие группы бойцов из арабских стран, прибывавшие в Боснию. В состав одной из них входил Карим Саид Атмани, обвинённый американскими властями в подделке документов для нескольких алжирцев, планировавших взрывы на территории Соединённых Штатов. К 1998 году в Албании было арестовано и выслано в Египет четверо членов ЕИД. В марте 2002 года во время процесса над экс-президентом Югославии Слободаном Милошевичем, проходившего в рамках Международного трибунала по бывшей Югославии, обвиняемый заявил, что «Аль-Каида» помогала мусульманским бойцам в Косове, Боснии и Чечне.