Tuż przed kapitulacją stolicy, 27 września 1939, otrzymał nominację na naczelnika Szarych Szeregów i był nim aż do aresztowania. Pod koniec września 1939 roku wziął udział w spotkaniu instruktorów harcerskich, na którym postanowiono o przejściu harcerstwa do podziemia. Wywarł duży wpływ na program wychowawczy i plany działania tajnej organizacji. Wprowadził w Szarych Szeregach zasadę „wychowania przez walkę” w ramach programu „Dziś, jutro, pojutrze”. W marcu 1943 brał udział w przygotowaniach odbicia z rąk Gestapo Janka Bytnara „Rudego” („Akcja pod Arsenałem”).