Im Oktober 2011 kehrte Magalhães nach Osttimor zurück und schloss sich dem Wahlkampfteam von Taur Matan Ruak an bei den Präsidentschaftswahlen in Osttimor 2012. In dem Team war er zunächst Vize-Chef für soziopolitische Forschung und Kommunikation und wurde später zum offiziellen Sprecher Taur Matan Ruaks ernannt. Nach der erfolgreichen Wahl Taur Matan Ruaks, wurde Magalhães zu seinem Repräsentanten ernennt, der für eine erfolgreiche Amtsübergabe sorgen sollte. Am Tag der Vereidigung Taur Matan Ruaks am 20. Mai 2012 wurde Magalhães zu seinem Stabschef. Er gehörte damit zu den jüngsten Personen in Osttimor mit einem Amt im Ministerrang.