Полгода спустя в Греции началась полномасштабная гражданская война между королевским националистическим правительством и коммунистическими силами. Наполеон Зервас занял однозначную антикоммунистическую позицию. 23 февраля 1947 он был назначен министром общественного порядка в кабинете Максимоса. На этом посту Зервас провёл реформу жандармерии, организовал массовые аресты членов и сочувствующих КПГ, способствовал формированию правых военизированных ополчений — Подразделений сельской безопасности (МАИ), Подразделений выборочного преследования (МАД) и других аналогичных структур. Их задачей являлось содействие правительственным силам в войне против коммунистической ДАГ. В МАИ, МАД и другие антикоммунистические отряды вступили многие активисты ЭДЕС (например, Аристидес Краниас и Костас Вурлакис).