1848 brach der Bürgerkrieg im Herzogtum Schleswig aus. Eckernförde geriet schnell unter die Kontrolle der Schleswig-Holsteiner. Am 5. April 1849 wurde Eckernförde im Schleswig-Holsteinischen Krieg Ziel eines dänischen Landungsversuches. Dieses Gefecht bei Eckernförde leitete zugleich die zweite Phase des "Dreijährigen Krieges" ein. Dabei wurden das dänische Linienschiff "Christian VIII." und die Fregatte "Gefion" von den Strandbatterien der Aufständischen beschossen, wobei das Linienschiff explodierte, die Fregatte sich ergeben musste und von den Schleswig-Holsteinern übernommen wurde. Der deutschen Öffentlichkeit wurden vor allem der coburgische Herzog Ernst II. als ranghöchster Kommandant und Eduard Julius Jungmann aufgrund ihrer militärischen Leistungen bekannt. Nach der Niederlage der schleswig-holsteinischen Aufständischen 1850 wurde der Gesamtstaat unter der dänischen Krone wiederhergestellt.