Einde 1913 het dr. Muller toe wel ingestem om die eerste hulpprediker vir die studente te word. Die kerkraad was tevrede met sy werk en die studente het hom goed ontvang. Binne ’n jaar of wat het egter ’n nuwe situasie vir die kerkraad ontstaan nadat ernstige verskille oor Suid-Afrika se deelname aan die Eerste Wêreldoorlog tot die Maritz-rebellie aanleiding gegee het. In die CJV-saal, waarin hy dienste vir studente gehou het, het dr. Muller in die nuwe gees van nasionalisme van die reël afgewyk en ’n preek in Afrikaans gelewer. Ook het sekere van sy politieke uitlatings die kerkraad en gemeente in beroering gebring. Op 17 Oktober 1914 dien hy sy bedanking in. Op ’n spesiale kerkraadsvergadering is ’n kompromis bereik, waarna hy sy bedanking teruggetrek en onderneem het om nie weer in Afrikaans te preek nie, hoewel hy toegelaat is om Afrikaans te gebruik wanneer hy met kleiner groepies ontmoet. Dat Stellenbosch graag Hollands wou bly, blyk ook daaruit dat die kerkraad hom uitgespreek het teen ’n beskrywingspunt op die Sinode om die Bybel in Afrikaans te vertaal. Intussen het dr. Muller sy werk met groot welslae voorgesit. In 1916 het hy ’n beroep na die NG gemeente Philippolis aangeneem sodat die kerkraad opnuut na ’n hulpprediker moes soek.