Nooij devient un entraîneur au service de la fédération des Pays-Bas de football. Il entraîne le EVC 1913, puis aux États-Unis et au Kazakhstan et est le sélectionneur du Burkina Faso des moins de 20 ans, avec qui il fait la Coupe du monde de football des moins de 20 ans 2003, où le Burkina Faso est éliminé en huitièmes-de-finale. En 2004, il est temporairement entraîneur adjoint au FC Volendam.