С началом Гражданской войны вступил в Добровольческую армию, был зачислен в Корниловский ударный полк. Участвовал в 1-м Кубанском походе: с 12 февраля 1918 года — в должности командира 3-го батальона Корниловского полка, с 28 марта — в должности командира 1-го батальона и помощника командира полка. Был ранен при штурме Екатеринодара. С 12 июня 1918 года назначен командиром Корниловского полка (в момент назначения находился в госпитале в Новочеркасске и принял полк только 15 июля). Командовал Корниловским полком во время 2-го Кубанского похода. Убит 31 октября 1918 года в боях под Ставрополем. Через несколько дней после взятия города Добровольческой армией тело полковника Индейкина было найдено и похоронено в братской могиле на городском кладбище Ставрополя.