La quinta edizione della gara in linea maschile Junior dei campionati europei di ciclismo su strada si è svolta il 4 luglio 2009 con partenza da Oostende ed arrivo a Hooglede in Belgio, su un percorso totale di 135,3 km. La medaglia d'oro è stata vinta dall'italiano Luca Wackermann con il tempo di 3h10'30" alla media di 42,61 km/h, argento all'olandese Barry Markus e a completare il podio il francese Arnaud Démare terzo.