Posteriormente foi contratado como tenente-coronel de artilharia e designado para serviço como um inspetor de defesas costeiras. Em 1862 foi promovido a coronel e tornou-se chefe de artilharia do departamento da Carolina do Sul, Geórgia e Flórida sob o general John C. Pemberton. Foi capaz de afastar as tentativas de tiroteio da União para destruir estradas de ferro e outros pontos importantes na costa da Carolina, colocando sua artilharia pesada em carrinhos especiais para maior mobilidade. Em 30 de novembro de 1864, Gonzalez serviu como comandante de artilharia na Batalha de Honey Hill, a terceira batalha da Marcha para o Mar de Sherman travada em Savannah, Geórgia. Jefferson Davis, presidente dos Estados Confederados, recusou o pedido de promoção de Gonzalez a general seis vezes. As razões por trás da decisão de Davis eram que ele não gostava do general Beauregard, e González era um dos homens que o servira. Além disso, Davis não considerou que González era material de comando por causa de sua experiência com os fracassados flibusteiros cubanos e por causa de suas relações contenciosas com oficiais confederados em Richmond, Virgínia.