劉玉章抵臺後，1953年任中部防守區司令官，1954年在黃埔官校同期同學胡璉之後出任金防部司令官，經歷九三砲戰。依砲戰戰訓，領導金門挖山洞、掘戰壕、鑿地道，積極建築防禦工事；並開辟太武山登山公路。地下化的金門，对后来八二三砲戰起了作用。