En France, lorsque la guerre de Succession d'Autriche éclate, La Bourdonnais propose au ministre de la Marine, Jean Frédéric Phélypeaux de Maurepas, de prendre la tête d'une escadre pour assurer la supériorité de la France sur l'océan Indien. Il se distingue le 6 juillet 1746, à la bataille de Négapatam, contre une escadre anglaise, supérieure en nombre, commandée par Lord Peyton. Cinq mois plus tard, il prend Madras, pratiquement sans combattre, et négocie une rançon avec le commandant anglais de la place. Cet épisode sera à l'origine de l'opposition qu'il aura avec le général Dupleix, partisan d'une destruction de la ville. Accusé d'entente avec l'ennemi, il est destitué de son poste de gouverneur général des Mascareignes et envoyé en mission en Martinique. Il rentre en Europe sous un faux nom, mais est reconnu et reste prisonnier quelque temps à Londres. Il obtient la permission de rentrer en France pour défendre son honneur, mais est rapidement embastillé sur ordre du Roi, en 1748. Il doit attendre 1751 pour être jugé, et profite de sa captivité pour rédiger ses "Mémoires". Innocenté, il meurt peu après sa libération, le 10 novembre 1753, à l'âge de 54 ans.