Ein erstes Mal wurde die Mariasteiner Musiksammlung 1798 durch die Besetzung und Plünderung des Klosters durch französische Revolutionstruppen und durch die Errichtung der Helvetischen Republik in Mitleidenschaft gezogen. So fehlten nach der Aufhebung des Klosters zwischen 1798 und 1802 in der Mariasteiner Musiksammlung die 22 in den Haushaltsbüchern der Abtei dokumentierten Notenkäufe von Werken des fränkischen Benediktinerpaters Johann Valentin Rathgeber (1682–1750). Dieser Verlust ist durch den "Catalogus Musici Chori Beinwilensis ad Petram B. M. Virginis" dokumentiert: Das handschriftliche Bestandsverzeichnis der Mariasteiner Musiksammlung aus dem Jahre 1816 wurde durch die Konventualen Trupert Fehr (1784–1820) und Ignaz Stork (1799–1855) in der Amtszeit des Abtes Placidus Ackermann (1765–1841) angelegt. Neben den Verlusten aus den Revolutionswirren zwischen 1798 und 1802 ist der "Catalogus" aber auch Zeugnis des Neuaufbaus der Mariasteiner Musiksammlung nach 1804.