В 1248 году Людовик IX организует 7-й крестовый поход согласно своей клятве, данной им во время болезни. Маргарита сопровождала мужа в этом походе. После краткой остановки на Кипре экспедиция достигла в июне 1249 года Египта. После взятия крестоносцами Дамьетты король передал управление городом своей беременной жене, а сам с войском ушёл к Каиру. После понесённого французами сокрушительного поражения в битве при Эль-Мансуре в апреле 1250 года Людовик попадает в плен к арабам. Руководители сопровождавших крестоносцев генуэзских и пизанских флотилий, узнав об этом разгроме, собирались срочно покинуть Дамьетту. В этой обстановке королева Маргарита проявила выдержку и мужество. Перед самыми родами она заставила поклясться приставленного к ней рыцаря-телохранителя, что тот отсечёт королеве голову в случае неминуемого пленения её сарацинами. На следующий же день после рождения ею сына Иоанна Тристана Маргарита призывает командиров флотов к своей кровати, рядом с которой стоит колыбель с новорожденным, и убеждает их остаться. Маргарита также составляет план спасения французских пленников во главе с королём, согласно которому в обмен на 400 тысяч ливров и возвращение Дамьетты уцелевшие воины и сам Людовик 6 мая 1250 года получают свободу.