ഈ കാലങ്ങളിൽ കേന്ദ്ര മന്ത്രിസഭയെ വിമർശിക്കുവാൻ മോദി ശ്രമിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു. 2006 ലെ മുംബൈ ബോംബ് സ്ഫോടനത്തെത്തുടർന്ന്, തീവ്രവാദം തടയുന്നതിനുള്ള നിയമം നടപ്പിലാക്കുമ്പോൾ സംസ്ഥാനങ്ങൾക്ക് കൂടുതൽ അധികാരം വേണമെന്ന് മോദി നിരന്തരമായി ആവശ്യപ്പെട്ടു. 2001 ൽ നടന്ന പാർലിമെന്റാക്രമണത്തിലെ മുഖ്യപ്രതി അഫ്സൽ ഗുരുവിനെ ഉടനടി വധശിക്ഷക്കു വിധേയനാക്കണമെന്ന് മോദി കേന്ദ്ര സർക്കാരിനോടാവശ്യപ്പെട്ടു. 2008 നവംബറിലെ മുംബൈ ഭീകരാക്രമണ പരമ്പരയെത്തുടർന്ന് 1600 കിലോമീറ്ററോളം വരുന്ന ഗുജറാത്തിന്റെ കടൽതീരത്തെ സുരക്ഷ ശക്തമാക്കുന്നതിനായി മോദി ഉന്നതതലയോഗം വിളിച്ചുകൂട്ടുകയും, ഇതിന്റെ ഫലമായി കേന്ദ്രത്തിൽ നിന്നും 30 ഓളം വരുന്ന നിരീക്ഷണ ബോട്ടുകൾ ഗുജറാത്തിന്റെ സുരക്ഷക്കായി ലഭിക്കുകയും ചെയ്തു.