Müller gilt seit Mai 1945 als verschollen. Nach den Angaben von sechs Zeugen, die 1961 von der westdeutschen Polizei vernommen wurden, wurde Müller zuletzt am 1. und 2. Mai 1945 – nach Hitlers Suizid – in der Reichskanzlei gesehen. Als wahrscheinlich gilt ein Tod Müllers beim Fall Berlins Anfang Mai 1945.