Лончар је са репрезентацијом СР Југославије освојио златне медаље на Европском првенству 1997. и на Светском првенству 1998. Такође је освојио и сребрну медаљу на Олимпијским играма 1996. и бронзану медаљу на Европском првенству 1999.