Nhận thức được tầm quan trọng của chiến dịch đánh chiếm Đông Ấn Hà Lan Bộ tổng tư lệnh Nhật Bản đã điều động lực lượng phối hợp hải, lực, không quân lớn nhất so với tất cả các chiến dịch khác ở Đông Nam Á. Nếu như các chiến dịch đánh chiếm Mã Lai, Singapore, Miến Điện và Philippines đều giao cho tư lệnh tập đoàn quân cấp trung tướng hoặc đại tướng thì chiến dịch Đông Ấn Hà Lan do đích thân thống chế tư lệnh Đạo quân Phương Nam Hisaichi Terauchi trực tiếp nắm quyền chỉ huy với bộ tổng tư lệnh đặt tại Sài Gòn, Đông Dương. Trong các mục tiêu của Đạo quân Phương Nam, đây cũng là chiến dịch mà vấn đề hậu cần cũng như chiến lược phức tạp nhất.