Tras la conquista cristiana de la ciudad en 1236, la mezquita se convirtió en templo cristiano. Unos años más tarde, en 1272, tras una gran reorganización de la Diócesis cordobesa, se invirtieron diez maravedíes para la construcción de la nueva iglesia. En 1555 se erigió la torre campanario, uno de los elementos más destacables, gracias al arquitecto Hernán Ruiz II, denominado "el Joven".