Hughes dowodził „Larkiem” do lipca 1750, kiedy okręt został wycofany, a Hughes – przeniesiony na pół pensji. W styczniu 1756 przygotował do służby „Deal Castle”. W lipcu 1757 otrzymał powołanie na „Somerset” (64 działa), z którym dołączył do sił wiceadmirała Holburne'a pod Halifaxem. W 1758 „Somerset” wszedł w skład floty adm. Boscawena podczas zdobycia Louisbourga, a w 1759 – floty adm. Saundersa podczas zdobycia Quebecu. Saunders uczynił z okrętu Hughesa swój flagowiec i na nim wyruszył na czele części swej eskadry do Anglii. Gdy dowiedział się o wyjściu francuskiej floty na morze, pospieszył by wesprzeć siły brytyjskie, jednak nim nadciągnął, adm. Hawke zdążył już rozbić Francuzów w bitwie w zatoce Quiberon. W następnym roku, „Somerset”, dalej pod komendą Saundersa, popłynął na Morze Śródziemne. Tam we wrześniu 1762 Hughes otrzymał dowództwo liniowca „Blenheim”, na którym wrócił do Anglii w kwietniu 1763. Po kolejnym okresie oczekiwania w rezerwie ponownie służył na „Somerset”, dowodząc nim jako jednostką dozorową w Portsmouth. Wreszcie we wrześniu 1773 został mianowany głównodowodzącym eskadry brytyjskiej w Indiach Wschodnich jako komodor na okręcie „Salisbury”. Do domu wrócił w 1777, a 23 stycznia 1778 został awansowany na kontradmirała eskadry niebieskiej (najniższy stopień admiralski w ówczesnej Royal Navy).