En tant que monastère, Gračanica est mentionné dans un « defter » (recensement) ottoman datant de 1560 ; en revanche, certaines tombes et une partie du konak situées à proximité de l'église remontent au . L'église actuelle quant à elle a été édifiée pour l'essentiel après le Second soulèvement serbe contre les Ottomans ; construite en pierres concassées sur le modèle des anciennes églises en bois, elle possédait à l'origine un toit recouvert de bardeaux. Cette église, située à l'emplacement de l'ancien monastère, est mentionnée pour la première fois par l'écrivain Joakim Vujić en 1826.