Setelah Perang Restorasi Portugal, pada masa kekuasaan Raja João IV, Dewan Perang memutuskan untuk menghancurkan reruntuhan biara di Berlenga Grande dan menggunakan batu-batunya untuk mendirikan benteng pertahanan yang dapat membantu melindungi permukiman-permukiman pesisir; Benteng São João Baptista das Berlengas kemudian dibangun. Pada tahun 1655, benteng ini sudah dapat menangkal serangan bajak laut Barbaria.