Katanec pelasi Jugoslavian maajoukkueessa vuosina 1983–1990 31 ottelua ja teki niissä 5 maalia. Hän edusti Jugoslaviaa vuoden 1984 EM-kisoissa ja vuoden 1990 MM-kisoissa. Katanec oli myös voittamassa Jugoslavian riveissä olympiapronssia vuoden 1984 kesäolympialaisissa. Slovenian maajoukkueessa hän pelasi vuonna 1994 viisi ottelua ja teki niissä yhden maalin.