Dada su fácil victoria sobre el ejército de Pedro el Ermitaño, Kilij Arslan no consideró la segunda incursión, dirigida por diversos nobles de Europa occidental, como una verdadera amenaza. Retomó su guerra contra los danisméndidas, y se encontraba lejos de Nicea cuando estos nuevos cruzados la asediaron en mayo de 1097. Se desplazó rápidamente hacia su capital y la encontró rodeada por el ejército cruzado, siendo derrotado cuando se enfrentó con ellos el 21 de mayo. La ciudad terminó rindiéndose ante el Imperio bizantino, y su mujer e hijos fueron capturados. Cuando los cruzados enviaron a la sultana a Constantinopla, se encontraron con la sorpresa de que fue enviada de vuelta con su marido ese mismo año sin exigir ninguna recompensa, y dada la relación personal entre Kilij Arslan y Alejo Comneno.