Como técnico, destacou-se pelo Blooming, onde teve 4 passagens e foi bicampeão boliviano em 1998 e 1999. Comandou também Real Santa Cruz, The Strongest (onde foi campeão nacional em 1993), Oriente Petrolero e Bolívar, além da Seleção Boliviana (pela qual defendeu entre 1977 e 1981, com 31 partidas e 15 gols, tendo participado da Copa América de 1979), onde foi auxiliar-técnico em 2 períodos, além de ter sido o treinador do selecionado entre 2000 e 2001, comandando "La Verde" na Copa América disputada na Colômbia. Desde 2011, quando saiu do Blooming, Aragonés permanece desempregado.