Da oprøret udbrød kort derefter, var der blandt generalerne kun en eneste, der øjeblikkelig attråede kommando under den unge, nys udnævnte general Hans Hedemann, og denne ene var Wedell-Wedellsborg. Han fik sit ønske opfyldt og blev chef for kavaleriet i det nørrejyske armékorps. Ankommet til Kolding før Hedemann tøvede han ikke, men rykkede straks ind i Sønderjylland, hvorved det lykkedes at få de allerede til Aabenraa fremtrængte insurgenter til atter at forlade denne by. Denne heldige begyndelse af krigen gjorde et overmåde godt indtryk på nationen. Krigsminister A.F. Tscherning skrev fra København til Wedell-Wedellsborg: "Deres raske Adfærd har intet ladet tilbage at ønske; Deres Navn klinger godt her i Byen hos Folket som hos Kongen." Men hans iver og energi blev dog hæmmet af Tscherning, der forbød videre fremrykning mod syd. Efter kampen ved Bov, hvori Wedell-Wedellsborg deltog som rytterfører, blev han designeret til chef for et højre flankekorps i den nordvestlige del af Sønderjylland, men udfaldet af slaget ved Slesvig kuldkastede denne plan, og det blev hans opgave, medens hærens hovedstyrke gik til Als, at føre et mindre korps, bestående navnlig af kavaleri, tilbage over Kongeåen og til Fyn.