Het was eerst onderdeel van de Republiek Novgorod en daarna van Vladimir-Soezdal, tot in 1207 het vorstendom Rostov werd afgescheiden van Vladimir-Soezdal. In 1238 werd Beloozero de hoofdstad van het onafhankelijke vorstendom Belozersk. In 1352 werd de stad getroffen door een pestepidemie, waarnaar de stad werd verplaatst naar de monding van de Sjeksjarivier bij het dorp Krotsjino (op 20 kilometer van de huidige locatie) om van 1363 tot 1364 terug te worden verplaatst naar haar oorspronkelijke positie. In 1380 waren de inwoners van Beloozero onder de eersten die gehoor gaven aan de oproep van de Moskovische vorst Dimitri Donskoi om Mamai, een militaire bevelhebber van de Gouden Horde, terug te slaan. Bij de Slag op het Koelikovo-veld werden de Beloozerose troepen echter vernietigd en de prinsen van het vorstendom gedood.