John Vaughn besuchte die öffentlichen Schulen seiner Heimat. In den Jahren 1847 und 1848 nahm er als Freiwilliger am Mexikanisch-Amerikanischen Krieg teil. Er stieg bis zum Hauptmann auf und marschierte mit seiner Einheit in Richtung Mexiko-Stadt. war aber an keinen Kampfhandlungen beteiligt. Zwischen 1850 und 1852 war er während des Goldrauschs in Kalifornien, wo er nach dem Edelmetall schürfte. Anschließend kehrte er nach Tennessee zurück. In Sweetwater erbaute er ein Hotel. Im Jahr 1856 wurde er Sheriff im Monroe County.