Ved krigens udbrud marcherede han med bataljonen til Slesvig og deltog i træfningen ved Bov og i slaget ved Slesvig. Krabbe blev 1848 major og kommandør for Garnisonsbataljonen i København, overtog 1849 kommandoen over 9. Linjebataljon og deltog i slaget ved Kolding, træfningen ved Gudsø.