Emir Kujović est appelé pour la première fois en novembre 2015 avec la Suède pour les matchs éliminatoires de l'Euro 2016̟ contre le Danemark. Le 11 mai 2016, il est dans la sélection definitive de la Suède pour l'Euro 2016̟ en France. Lors de ce tournoi, la Suède est éliminée en phase de groupes après des défaites contre l'Italie (0-1), la Belgique (0-1) et un match nul contre l'Irlande (1-1). Néanmoins, il ne participera à aucun match lors de cette compétition.