1956년, 야스쿠니 신사는 일본 후생노동성과 신사에 합사된 전범들에 대한 신상정보를 공유하는 것을 허가하였다. 이로 인해 전쟁이 끝났음에도 불구하고 아직 신사에 안치되지 못했던 일본군 전사자들이 1959년 4월까지 모두 함께 합사되었다. 다만 극동국제군사재판에 기소된 주요 전범들은 전쟁이 끝난 직후 모두 신사에서 퇴출되었는데, 얼마 지나지 않아 일본 정부는 일종의 '예우' 차원에서 그들을 곧 다시 신사에 돌려놓을 방안을 궁리하기 시작했다. 이후 1951년에 있었던 샌프란시스코 조약에서 일본이 국제 무대로 되돌아오는 데 성공하자, 일본 정부는 지방의 군소 신사들에 다시 일부 전범들을 다시 모시는 것을 허락하였다. 1958년, 마지막 전범이 가출옥허가를 받아 감옥에서 빠져나오기 전까지 야스쿠니 신사에는 단 한 명의 전범도 없었으나, 전범들이 다 풀려나자 후생노동성은 1959년부터 B급과 C급 전범들, 즉 침략전쟁을 직접적으로 기획, 시작, 수행하지 않은 자들을 점차 다시 신사 내에 들여놓기 시작하였다. 14명의 A급 전범들, 특히 태평양 전쟁을 시작한 도조 히데키 수상을 포함한 일본군의 핵심 수뇌부들에 대한 명단이 1966년에 신사에 전달되었고, 신사는 1970년대까지 이들을 신사 내에 들여놓을 것인지에 대한 결정을 미루었다. 이와 같은 조치는 당시의 최고 제관이었던 후지마로 쓰쿠바가 1978년에 죽을 때까지 이 결정을 유보했기 때문이었는데, 그의 뒤를 이어 최고 제관에 오른 나가요시 마쓰다이라는 비밀리에 A급 전범들을 1978년에 몰래 합사하게 된다. 이 사실을 알게 된 히로히토 천황은 이에 유감을 표시했고, 이후 신사 참배를 거부하였다. A급 전범의 합사 사실은 1979년에 대중들에게 알려졌으나, 이에 대한 논의는 제대로 이루어지지 못하였다. 1975년 이후 천황 부부는 단 한번도 야스쿠니 신사를 참배한 적이 없다. 이후 혼덴지의 주지승이 교황 요한 바오로 2세에게 A, B, C급 전범들 1,618명들을 위해 미사를 열어달라고 말했고, 교황은 이에 답하여 성 베드로 대성당에서 1980년에 미사를 열어 그들을 추모하는 일이 있었다. 게다가 야스쿠니 신사의 웹사이트와 박물관은 미국이 일본 제국이 진주만을 공격할 수 밖에 없도록 '압박했다'라는 주장, 그리고 일본은 대동아공영권을 위해 온 아시아를 침략했다는 주장을 펼치며, 세계 대전의 책임을 다른 곳으로 돌리려 하는 모습을 보이고 있기에 주변국 간의 갈등이 더더욱 심해지고 있는 형편이다.