Au début de la guerre de Sécession, il conseille le président nouvellement élu, Abraham Lincoln et élabore le « Plan Anaconda » : un blocus fluvial et maritime destiné à étouffer la Confédération, peu industrialisée et très dépendante de son commerce extérieur. Il ne participe cependant pas à la guerre, il souffre de nombreux problèmes de santé et est mis à la retraite à 75 ans, après avoir été l'officier supérieur le plus avancé en âge de l'histoire des États-Unis.