Konrad Wilczynski bestritt für die österreichische Männer-Handballnationalmannschaft 136 Länderspiele und erzielte dabei 578 Tore. Er nahm für das Nationalteam an der Handball-Europameisterschaft 2010, Handball-Europameisterschaft 2014 sowie der Handball-Weltmeisterschaft der Männer 2011 teil. 2014 beendete Wilczynski seine Nationalteamkarriere.