Bei der U-21 EM-Qualifikation 1996–1998 nahm die bosnisch-herzegowinische U-21 Fußballnationalmannschaft zum ersten Mal bei einer Qualifikation teil. Den ersten Sieg in der Geschichte der bosnischen U-21 Nationalmannschaft schaffte man gegen Kroatien mit einem Ergebnis von 3:1. Man belegte jedoch den 5. Platz in der Gruppe und schied aus.