Uscito dal sistema giovanile del Gimnasia La Plata insieme al gemello Guillermo, Barros Schelotto ha seguito la carriera del fratello nel Boca Juniors (vinse 3 campionati argentini e il "double" Copa Libertadores-Coppa Intercontinentale nel 2000), prima di trasferirsi con il compagno di squadra Martín Palermo al Villarreal. In Spagna Gustavo non riuscì a sfondare, quindi tornò in Argentina firmando con il Racing Club di Avellaneda, dove vinse il campionato Apertura 2001 e rimase fino al 2002. Nel 2004 tornò brevemente al Gimnasia, per poi cercare fortuna in Perù all'Alianza Lima e nel Puerto Rico Islanders, dove si è ritirato nel 2006.