W październiku 2001 Tom Ridge zrezygnował z funkcji gubernatora i został doradcą prezydenta USA ds. bezpieczeństwa krajowego (2001-2003). 24 stycznia 2003 został pierwszym sekretarzem bezpieczeństwa krajowego, stanowiska utworzonego jako odpowiedź na zamachy terrorystyczne z 11 września 2001. W listopadzie 2004 przedstawił swoją rezygnację prezydentowi George’owi W. Bushowi, motywując to sprawami rodzinnymi. Stanowisko sekretarza zajmował do 1 lutego 2005.