در جریان اعتراضات پس از کودتای ۲۰۱۳ علیه محمد مرسی که به اعتراض گسترده اخوان المسلمین مصرو تحصن آن‌ها در مسجد رابعه عدویه در قاهره و چندین نقطه دیگر در مصر انجامید، محمد بدیع در جمع هواداران اخوان المسلمین مصرظاهر شد و دستگیری محمد مرسی را محکوم کرد. او در در پیام هفتگی خود در ۲۵ ژوئیه گفت که به خدا سرنگون کردن محمد مرسی به دست ژنرال عبدالفتاح سیسی، مانند این است که کعبه را با تبر ویران کنید. دولت موقت مورد حمایت نظامیان حکم جلب او را به اتهام دست داشتن و تحریک به کشتن مخالفان محمد مرسی در ۱۰ ژوئیه ۲۰۱۳ صادر کرد. از آن لحظه او در خفا به سر برد، اما هر از گاهی در جمع هوادارانش ظاهر می‌شد. او نهایتاً در روز ۲۰ اوت ۲۰۱۳، در آپارتمانی در شهرک نصر قاهره دستگیر شد. پس از دستگیری وی بارها به همراه محمد مرسی در دادگاه ظاهر شد و مشروعیت دادگاه را زیر سؤال برد. در سال ۲۰۱۴ دادگاهی بدوی در مصر وی را به همراه ۶۸۲ نفر از اعضای اخوان المسلمین به اعدام محکوم کرد.