Ranskan maajoukkueessa Ajinça on voittanut Euroopan mestaruuden Sloveniasta 2013. Hänet nimettiin myös Ranskan EM-joukkueeseen vuonna 2015, mutta Pelicans kielsi loukkaantumisesta kärsineen ranskalaisen osallistumisen turnaukseen varotoimenpiteenä, ja hänen tilalleen joukkueeseen nostettiin Mouhammadou Jaiteh.