SS tiếp quản Carlshof vào ngày 11 tháng 2 năm 1941, sử dụng các tòa nhà làm bệnh viện quân sự và doanh trại cho một đơn vị SS của Wolfsschanze. Wilhelmsdorf trở thành sân bay phục vụ tổng hành dinh của Hitler và là nơi xảy ra vụ tai nạn máy bay của Fritz Todt vào ngày 8 tháng 2 năm 1942. Các nạn nhân của vụ tai nạn được đặt trong nhà nguyện Carlshof cũ. Claus von Stauffenberg đã sử dụng sân bay trong âm mưu ngày 20 tháng 7 cho chuyến bay của ông xuất phát từ Berlin và bay về Berlin. Hitler và các nhân viên chính phủ Đức bị thương do bom của Stauffenberg đã được điều trị trong bệnh viện quân sự Carlshof; Rudolf Schmundt, Günther Korten và Heinz Brandt đã chết tại đây. Vào tháng 9 và tháng 10 năm 1944, 5 lần chụp ảnh X-quang hộp sọ của Hitler đã được thực hiện tại bệnh viện Carlshof.