1958年にシリアとエジプトがアラブ連合共和国を結成した時に、赤・白・黒で緑の星が二つある現在と同じデザインのものが使われた（二つの星はエジプトとシリアを意味する）。1961年にアラブ連合共和国を離脱した際に、古いデザインに戻ったが、1963年にバアス党のクーデターでまた赤・白・黒の水平三色旗に戻った。この時には星は3つとなった（同時期にバアス党が政権を奪取したイラクの国旗と同様のデザインであり、当初はイラク・シリア・エジプトによる汎アラブ国家建設の構想もあったとされるが、実現しなかった）。