Durant la Segona Coalició, Franz Josef va comandar la reserva austríaca a la Batalla de Trebbia el 1799. A l'agost d'aquell mateix any va ser ascendit al grau de tinent general. Entre novembre i desembre se li va encomanar 8.000 soldats amb els quals va perpetar l'exitós setge de Cuneo. El 3 de desembre de 1800 va dirigir una divisió de cavalleria de 5.109 homes a la Batalla de Hohenlinden.