Een veelbesproken feit was dat Joschka Fischer als minister van Buitenlandse zaken voor het eerst na de Tweede Wereldoorlog Duitse soldaten in een oorlog stuurde. Het ging om de Kosovo-oorlog die op 24 maart 1999 begon. Gezien het feit dat Bündnis 90/Die Grünen altijd een pacifistische partij was geweest, had de partijbasis veel kritiek op dit besluit. Fischer verdedigde zich met de zin "„Wir haben immer gesagt: ‚Nie wieder Krieg!‘ Aber wir haben auch immer gesagt: ‚Nie wieder Auschwitz!‘"" (Wij hebben altijd gezegd: ,Nooit meer oorlog!' maar wij hebben ook altijd gezegd: ,Nooit meer Auschwitz!')