Только что назначенный губернатор испанской территории, покрывающей большую часть американского юго-запада, начал строительство Губернаторского дворца в 1610, хотя последнее исследование показало, что датой его основания нужно считать 1618 год. В последующие годы дворец переходил из рук в руки, как и территория самого Нью-Мексико: он видел восстание пуэбло в 1680 году, как и последующее отвоёвывание земель испанцами в 1693—1694, получение независимости Мексикой в 1821 году, и, наконец, перешёл во владение США в 1848 году.