シーダークリークの戦いでアーリー軍が敗れた後で、ゴードンはリー軍に復帰し、戦争が終わるまで北バージニア軍の第2軍団を指揮した。この任務にあるときに、ピーターズバーグ包囲戦の前線を守り、1865年3月25日にはステッドマン砦の戦いを指揮した（ここでもまた足を負傷した）。アポマトックス・コートハウスでは、北バージニア軍として最後の突撃を指揮し、降伏の直前に前にあった塹壕と幾つかの大砲を捕獲した。1865年4月12日、ゴードンの南軍はユリシーズ・グラント中将の代理であるジョシュア・チェンバレン名誉少将に対して、正式に降伏した。