Na domácí půdě se do boje proti nacistické okupaci zapojily tisíce občanů. Nekomunistickou odbojovou činnost koordinovaly například organizace Obrana národa, Petiční výbor Věrni zůstaneme a Politické ústředí, které v roce 1940 založily Ústřední vedení odboje domácího (ÚVOD). O rok později vznikl Ústřední národní revoluční výbor coby orgán společného komunistického a nekomunistického odboje. Nástupem zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha však došlo k výraznému zostření situace v Protektorátu, velkou část odboje se podařilo nacistům zlikvidovat a začalo být krutě postihováno vše, co by mohlo být považováno za činnost „proti Říši“. Další tisíce lidí byly odesílány do koncentračních táborů. V reakci na to se podařilo v rámci Operace Anthropoid zorganizovat výsadek československých vojáků, kteří dne 27. května 1942 provedli úspěšný atentát na zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha. Ten zemřel o osm dní později a stal se tak vůbec nejvýše postaveným nacistickým politikem, který byl během války zabit ve spolupráci se silami protinacistického odboje. Nacisté následně rozpoutali vlnu represí, z nichž nejvýraznějšími bylo vypálení vesnice Lidice a osady Ležáky včetně likvidace většiny jejich obyvatel – v důsledku toho však vlády Velké Británie a Francie uznaly mnichovskou dohodu za neplatnou od samého počátku a tím plně legalizovaly jak zahraniční československou vládu, tak jakýkoliv odboj.