Із проголошенням незалежності України (1991) в Конотопському краєзнавчому музеї неминуче постало питання із частковою реекспозицією — у 1990-ті роки було організовано нову постійну виставку «Наші духовні обереги», було віддано шану тим подіям національної історії та її особистостям, чиї імена лише поверталися до культурної спадщини України після років замовчувань або фальсифікацій у радянський час. Так експозиція відділу історичного минулого була доповнена схемою Конотопської битви 1659 року, портретами І. Виговського та Г. Гуляницького, в одному із залів були розміщені планшети з матеріалами про засновників музею О. M. Лазаревського та С. І. Пономарьова.