В 2003 году Дауда Диаките был основным голкипером молодёжной сборной Буркина-Фасо, участвовавшей в чемпионате мира. На этом турнире буркинийцы выиграли свою группу, но на стадии 1/8 финала были выбиты канадцами. В том же году дебютировал в составе основной сборной Буркина-Фасо.