در ۱۲۵۴، هنری سوم در صدد حمله به پادشاهی سیسیلی و گرفتن آنجا برای دومین پسرش ادموند برآمد. او برای انجام این کار به حمایت بارون‌ها نیاز داشت و مجبور به کمک گرفتن از آنان شد. بارون‌ها که هنری را دنباله‌روی پدرش جان می‌دیدند مصمم به کنترل قدرت مطلق پادشاه شدند و در ۱۲۵۸ مفادنامهٔ آکسفورد را که اختیارات پادشاه را محدود و ادارهٔ امور دولتی را به یک شورای بارونی می‌سپارد به هنری سوم تقدیم داشتند. اما مخالفت هنری با این مفادنامه و تلاش او برای اعادهٔ قدرت پادشاهیش منجر به شورش بارون‌ها به رهبری سیمون دو مانفور علیه او شد و جنگی داخلی معروف به دومین نبرد بارون‌ها آغاز گردید. آنها بسیاری از مناطق جنوب شرقی انگلستان را به تصرف خود درآوردند و در نبرد لوئس (۱۲۶۴) موفق به دستگیری هنری سوم شدند. اما یک سال بعد در نبرد ایوشام (۱۲۶۵) از نیروهای شاهزاده ادوارد شکست خوردند، سیمون دو مانفور کشته شد و هنری سوم بار دیگر به قدرت بازگشت. در ۱۲۶۶ توافقنامه‌ای به نام قرارداد کنیلورث نوشته شد که مورد قبول هنری نیز واقع گردید، هرچند که این قرارداد نیز او را به رعایت مفاد منشور کبیر فرا می‌خواند. شورش‌ها و مقاومت سازمان‌یافته علیه هنری سوم در سال ۱۲۶۷ پایان یافت و او تا پایان عمرش تقریباً دوران آرامی را سپری کرد.