1998年、17歳で長野オリンピックに出場。ショートプログラムで4位につけたものの、自身の演技が終わった後に「さっとシャワーを浴びて髪を乾かしもせず」他の選手の演技を見ていたことがもとでひどい風邪をひいてしまった。翌日のフリースケーティングには高熱を出したまま臨んで5位となり、総合順位は5位だった。フリーの際、ミーシンは得点の発表が終わるのを待たずヤグディンをキス・アンド・クライに置き去りにして立ち去った。以後、ヤグディンはミーシンのもとを離れる事を考え続けることとなる。五輪直後の世界選手権には、ヤグディンの回想によると当初ロシアスケート連盟は、長野オリンピック金メダリストイリヤ・クーリックとエフゲニー・プルシェンコの派遣を予定していたが、クーリックが世界選手権出場を辞退したためヤグディンが出場することになった。なお『International Figure Skating』2001年11/12月号と、『Blades on Ice』2003年11/12月号によると、世界選手権への派遣が予定されていた選手は、当初からその年のロシア選手権1位のクーリックと2位のヤグディンで、補欠は3位のプルシェンコだった。ヤグディンはここで初めての世界チャンピオンに輝いた。世界選手権の後、チャンピオンズ・オン・アイスのツアーに参加し、ニューヨークに滞在しているとき、ミーシンがやってきて会談を持ち、別離が決まった。新しいコーチを探していたところ、クーリックのプロ転向によりタチアナ・タラソワのもとに男子の有力選手がいなくなったため、彼女に指導を申し込んで1998年夏の終わりにアメリカへ練習拠点を移した。それから2002年ソルトレークシティオリンピックまで、ヤグディンはプルシェンコとハイレベルな接戦を繰り返し、世界選手権を3連覇（1998年～2000年）などの輝かしい実績を残す。