В 1992 году в составе сборной Нигерии Джонатан поехал на Кубок африканских наций в Сенегал. На турнире он был запасным и не сыграл ни минуты, но несмотря на это он стал обладателем бронзовой медали. 17 июня 1995 года в матче против сборной Колумбии он дебютировал за национальную сборную. 24 июня того же года в поединке против сборной Мексики Акпобори забил свой первый гол за команду. В 1996 году он был включен в расширенный список кандидатом на поездку в Атланту на Олимпийские игры, но был исключен из заявки. Та же ситуация повторилась и в 1998 году перед поездкой на чемпионат мира во Францию.