Verksamheten upphörde i och med Tysklands invasion av Nederländerna 1940 och återupptogs ej under återstoden av andra världskriget, men formellt sett fortsatte domstolen att existera. Efter krigsslutet stod det klart att Nationernas förbund skulle upplösas och helt ersättas av Förenta nationerna. Samtliga domare i Fasta mellanfolkliga domstolen avgick från sina ämbeten i oktober 1945 och domstolen själv upphörde den 18 april 1946. Domstolens efterföljare är Internationella domstolen i Haag, vars domstolsstadga kom att baseras på Fasta mellanfolkliga domstolens stadga.