À propos du Génocide des Tutsi au Rwanda, Filip Reyntjens a progressivement modifié ses positions, atténuant ses critiques contre la France, et insistant davantage sur les responsabilités du Front patriotique rwandais, dont il avait d'ailleurs dénoncé les crimes dès 1995. Filip Reyntjens a qualifié Paul Kagame de « plus grand criminel en fonction ». Tout en critiquant certains aspects du livre de Pierre Péan, il considère que son enquête sur les réseaux pro-FPR en France et en Belgique est sérieuse et tout à fait intéressante.