Pangkalan ini didirikan bersama sama dengan Pangkalan Utama TNI Angkatan Laut V atau (Lantamal V Surabaya), sejak zaman penjajahan Belanda tahun 1878 sesuai yang tertulis pada Gedung Sambu atau gedung Gajah Mada. Pangkalan ini digunakan oleh Belanda sebagai Pangkalan Angkatan Laut. Sesuai denga hasil persetujuan KMB, maka pada tanggal 28 Desember 1949 Pangkalan Angkatan Laut tersebut diserahkan Koninklijke Marine kepada TNI Angkatan Laut. Penyerahannya dilakukan oleh Komandan Militer Commandeur Beckering Vinkers kepada Kepala Staf Angkatan Laut Kolonel R. Soebijakto dalam sebuah upacara militer di Dermaga Ujung, Surabaya. Peristiwa tersebut merupakan awal dari pembentukan Pangkalan TNI AL di Surabaya.