Jelikož se Indonésie nachází na okrajích Pacifické, Eurasijské a Australské tektonické desky, vzniklo na jejím území mnoho sopek, z nichž je přibližně 130 aktivních, a dochází zde k častým zemětřesením. Výbuchy sopek Tambora a Krakatoa v 19. století jsou známy pro svou devastující sílu. Exploze supervulkánu Toba před asi 70 tisíci lety byla jednou z největších známých sopečných erupcí a katastrofou s globálními dopady. Mezi poslední významné přírodní katastrofy patří zemětřesení a následné tsunami v roce 2004, které si vyžádalo přes 230 tisíc obětí (z toho téměř 168 tisíc v samotné Indonésii) a zemětřesení u města Yogyakarta v roce 2006. Sopečný popel má na druhou stranou pozitivní vliv na úrodnost půdy a umožňuje nadprůměrně vysoké zalidnění.