Po balkánskych vojnách (1912 – 1913) sa Skopje stáva súčasťou Srbska a po ukončení 1. svetovej vojny kráľovstva Srbov, Chorvátov a Slovincov. V roku 1929 sa kráľovstvo premenovalo na Juhosláviu, no už počas 2. svetovej vojny bola veľká časť územia Vardaru, teda dnešného Severného Macedónska pripojená k Bulharsku. Po skončení vojny sa Skopje stalo hlavným mestom Macedónskej socialistickej republiky, čo podnietilo jeho veľký rozvoj.