В силу своего местоположения между озёр Новые Троки ещё в средние века столкнулись с проблемой расширения территории для развития города и в XVI веке окончательно потеряли политическое и экономическое значение. Во время нашествия русских войск на Вильну (1655) город был разграблен и сожжён, а замки разрушены. В XIX веке Новые Троки были обычным уездным городом — административным центром Трокского уезда Виленской губернии. В 1897 году в городе жило 3 240 человек. После Первой мировой войны Троки оказались в составе Срединной Литвы, затем в составе Польской Республики, с 1939 года — в пределах Литовской Республики.