Efter felthærens opløsning blev Wörishöffer kommandør for 6. reservebataljon samt kommandant i landskabet Ejdersted, der var erklæret i belejringstilstand, men ansattes allerede samme efterår med oberstløjtnants rang som kommandør for holstenske forbundskontingents 2. bataljon, der i 1852 blev optaget i den danske hær som 16. bataljon og forlagdes til København. Han beholdt denne kommando efter at være blevet oberst i 1860, men udnævntes ved mobiliseringen 1863 til chef for 3. infanteribrigade, skønt general de Meza, der var udset til overgeneral, gerne ville have haft ham til stabschef. Sin brigade førte Wörishöffer med anerkendt dygtighed, navnlig under Dybbøls belejring. Her viste han sig, som så ofte før, som den kække Soldat, den erfarne, omsigtsfulde fører, der selv under de vanskeligste Situationer kunne skaffe sig lydighed. Under slaget den 18. april viste Wörishöffer, hvis brigade havde besat Dybbølstillingens venstre fløj, en udmærket holdning, hvorfor han, der i marts havde fået Kommandørkorset, i juli blev generalmajor og kort efter erholdt befalingen over 3. division efter general P.F. Steinmann, hvilken stilling han dog måtte fratræde ved krigens ophør.