Ганс-Йорг Бутт дебютував за збірну Німеччини 7 червня 2000 року в товариській грі проти збірної Ліхтенштейну. Він був третім воротарем збірної під час Чемпіонату Європи 2000, Чемпіонатів світу 2002 та 2010 років.