Durante la ocupación alemana y soviética de Polonia, Baczyński siguió cooperando con la prensa clandestina de izquierda, sobre todo con las publicaciones "Płomienie" ("llamas") y "Droga" ("caminos"). Compaginaba sus trabajos y obras con su clandestina educación en la Universidad de Varsovia, estudiando posteriormente en la Escuela de Suboficiales de la Armia Krajowa. Tomó varios puestos de trabajo y en 1943 se unió al "Batallón Zoska", renunciando a sus estudios para comprometerse activamente con la resistencia polaca. En su apartamento ocultó varias piezas de armamento, incluyendo metralletas y granadas.