В мае 1992 года территория Шушинского района в ходе Карабахской войны перешла под контроль непризнанный армянской Нагорно-Карабахской Республики (см. Штурм Шуши). После этого на территории бывшего Шушинского района и части бывшего Лачинского района Азербайджанской ССР властями Нагорно-Карабахской Республики был образован Шушинский район НКР. В ходе вооружённого конфликта в Нагорном Карабахе в ноябре 2020 года город Шуша и пригородное село Карин так (Дашалты) были возвращены под контроль Азербайджана, а 1 декабря по условиям заявления о прекращении огня Азербайджану было возвращено село Кирсаван (Кёгнакенд).