Nei successivi 100 anni il sito fu ricolonizzato dai popoli Nahua. Dopo che la Triplice alleanza azteca ebbe sconfitto i Tepanechi di Azcapotzalco, Xaltocan divenne sottomessa agli Aztechi, e fu obbligata a pagare tributi a Tenochtitlan, soprattutto sotto forma di coperte tessute. Nel 1521, durante la conquista spagnola, l'esercito di Hernán Cortés razziò Xaltocan bruciandola fino alle fondamenta.