A partire dal 1501, in conseguenza delle Guerre d'Italia che stravolsero la geopolitica europea, Napoli perse la sua indipendenza. Dopo la marcia su Napoli di Carlo VIII di Francia e la nuova occupazione francese, nel maggio del 1503 passò sotto la dominazione spagnola, e per oltre due secoli il regno fu governato da un viceré per conto di Madrid. Il lungo dominio spagnolo viene generalmente considerato dalla storiografia, specie di stampo crociano, un periodo oscuro e di regresso. In effetti però, la città in questo periodo non cadrà mai in una condizione provinciale (le dimensioni "monstre", la vivacità interculturale e l'anticurialismo della Napoli spagnola), divenendo uno dei massimi centri dell'Impero; chiamata a contrastare tra l'altro l'espansionismo dell'Impero ottomano nel Mediterraneo centro-occidentale e ancor più importante a fungere da retrovia dell'azione spagnola nella valle padana.