Avant sa récupération par l'US Navy, la base est utilisée à deux reprises pour d'autres missions. En 1964, lors de l'ouragan Dora, près d'une centaine de résidents de la région sont hébergées dans la base. En outre, pendant la Crise des missiles de Cuba, un bataillon de transport avec 1100 soldats et 70 petits bateaux armés prennent position dans la base de Kings Bay en octobre 1962.