Le conflit entre la municipalité et la Convention nationale cause de nombreux dégâts, notamment incendiaires, à l'Hôtel-Dieu. L'extrême pauvreté submerge les deux hôpitaux et la situation sanitaire en leur sein devient dramatique. Pour revenir à un fonctionnement normal, la municipalité décide de fusionner les deux établissements. Complexe, cette fusion met plusieurs années à se concrétiser, avec une première étape en 1796. Par la loi du 16 vendémiaire an V, les biens des deux institutions qui avaient été confisqués sont rendus et une administration commune est créée. Réellement active à partir du 28 ventôse an V, elle préside à la nouvelle institution baptisée "Hospices civils de Lyon".