Efter Österrikes anslutning till Tredje riket 1938 och den därpå följande omorganisationen omvandlades Niederösterreich till Reichsgau "Niederdonau" som utvidgades med norra Burgenland och – efter ockupationen av Tjeckoslovakien – södra Mähren, medan kommunerna kring staden Wien införlivades med Wien. Krems utnämndes till Niederdonaus huvudstad. I området mellan Allentsteig och Döllersheim i nordvästra Niederösterreich tvångsförflyttades människorna för att skapa plats åt det tredje rikets största militära övningsområde. Till Wienerbäckenet förflyttades viktig krigsindustri som till exempel flygplanstillverkning. I anslutning till fabrikerna upprättades arbetsläger. Industriorterna bombarderades intensivt av de allierade under åren 1943-45 med stora förstörelser till följd.