Ranskan maajoukkueessa Deschamps pelasi 103 ottelua ja teki niissä neljä maalia. Hän edusti Ranskaa MM-kisoissa vuonna 1998 sekä EM-kisoissa vuosina 1992, 1996 ja 2000. Deschamps toimi Ranskan kapteenina maan voittaessa mestaruuden vuoden 1998 MM-kotikisoissa ja vuoden 2000 EM-kisoissa.