Nachdem England die Qualifikation für die EM 2008 verpasste und ihren Trainer Steve McClaren beurlaubt hatte, wurde Pearce Co-Trainer unter seinem Nachfolger Fabio Capello. Trotz dieser neuen Tätigkeit blieb er Trainer der U-21 und qualifizierte sich für die U-21-Fußball-Europameisterschaft 2009 in Schweden. Seine junge Mannschaft konnte das gute Ergebnis von 2007 noch einmal steigern und verlor erst die Finalpartie gegen Deutschland mit 0:4. Zwei Jahre später gelang mit der U-21-Fußball-Europameisterschaft 2011 in Dänemark die dritte Teilnahme in Folge. Der Erfolg blieb bei diesem Turnier jedoch aus, vielmehr scheiterte die Mannschaft bereits in der Vorrunde. Im Anschluss an dieses Turnier bot der Verband Stuart Pearce einen neuen Zweijahresvertrag an. Am 29. Februar 2012 betreute Pearce die A-Nationalmannschaft interimistisch für das Länderspiel gegen die Niederlande, nachdem Fabio Capello am Tag zuvor zurückgetreten war.