Enyeama 2002 óta tagja a nigériai válogatottnak. Ott volt a 2002-es világbajnokságon is Ike Shorunmu cseréjeként. Egy mérkőzésen, az angolok ellen játszott, ahol nem kapott gólt. Miután Shorunmu visszavonult, Enyeama lett a válogatott első számú kapusa. Ott volt a 2004-es, a 2006-os, a 2008-as és a 2010-es afrikai nemzetek kupáján is. Behívót kapott a 2010-es világbajnokságra is.