Après que l'urgence a été levée, il remporte le siège de la circonscription Muzaffarpur dans l'Etat du Bihar en 1977, et est nommé Ministre des industries. Durant son mandat comme Ministre de l'Union, il ordonne aux multinationales américaines IBM et Coca-Cola de quitter le pays. Pendant son mandat de Ministre des chemins de fer de 1989 à 1990, il s'engage dans le projet de chemin de fer de Konkan. Il est enfin Ministre de la Défense dans le Gouvernement d'Alliance Démocratique Nationale (ADN) entre 1998 et 2004, lorsque la guerre du Kargil éclate entre l'Inde et le Pakistan et que l'Inde effectue ses essais nucléaires à Pokharan. Malgré son statut de vétéran socialiste, Fernandes a été poursuivi par diverses controverses comme le scandale des missiles Barak, et le scandale Tehelka.