Im Ergebnis der Schlacht von Pelagonia war die epirotisch-fränkische Allianz zerfallen. Für kurze Zeit konnte Johannes Palaiologos sogar die epirotische Hauptstadt Arta einnehmen. Aber die Macht des Despoten von Epirus war nicht endgültig gebrochen, denn Michael II. hatte den größten Teil seiner Truppen gerettet und seine albanischen und walachischen Verbündeten hielten treu zu ihm. In seinen gut verwalteten und wohlhabenden Kernprovinzen Epirus, Akarnanien und Thessalien war er als Herrscher unumstritten und bald schon regte sich Widerstand gegen die Palaiologen. Wohl bis Ende 1260 hatte Michael II. sein ganzes Land inklusive der thessalischen Besitzungen zurückgewonnen und auch Manfred konnte die ihm übereigneten albanischen Städte wieder einnehmen. Für eine Offensive in die makedonischen und thrakischen Provinzen des Kaisers war Michael aber zu schwach, so dass Nicäa nun darangehen konnte, Konstantinopel von den Lateinern zurückzuerobern, was dann im Juli 1261 auch geschah.