Во время борьбы за независимость Ирландии здание четырёх судов серьёзно пострадало в ходе боевых действий. Во время Пасхального восстания оно было занято батальоном повстанцев под командованием Неда Дейли, после чего подверглось бомбардировке британской артиллерии, во время которой центр Дублина был частично разрушен. Ещё больший урон зданию был нанесён во время гражданской войны. 14 апреля 1922 оно было занято частями республиканцев во главе с Рори О’Коннором. После нескольких месяцев противостояния, части Временного правительства Ирландии по приказу командующего Майкла Коллинза атаковали здание, что привело к неделе боевых действий в Дублине. В ходе обстрела 29 июня историческое здание было разрушено. 30 июня уже при сдаче защитников здания в его западном крыле произошёл мощный взрыв, уничтоживший Национальный архив Ирландии, расположенный в задней части здания. В результате этого взрыва погибли ценные архивные документы почти за тысячу лет. По поводу причин взрыва нет единого мнения. Есть оценки, что архив был заминирован и подорван республиканцами. Сторонники республиканцев, в частности будущий премьер-министр Ирландии Шон Лемасс, отрицали преднамеренный характер взрыва, утверждая, что они использовали архив как хранилище боеприпасов, а взрыв был вызван их случайной детонацией.