Pärnu foi fundada em 1251 pelos Cavaleiros Teutônicos, que iniciaram a construção de um fortaleza nas proximidades, em 1265. A cidade, então conhecida pelo nome alemão de Pernau, foi uma integrante da Liga Hanseática e foi um importante porto para a Livônia. O Reino da Polônia controlou a cidade entre 1560 - 1617. Em 1609 houve uma batalha entre os exércitos poloneses e suecos próxima da cidade. Os suecos controlaram a cidade durante a Guerra da Livônia, no século XVI, mas ela foi anexada Império Russo em 1721, através do Tratado de Nystad como consequência da Grande Guerra do Norte.