Çek Cumhuriyeti'nin Avrupa ikincisi olan kadrosu, 1997 FIFA Konfederasyonlar Kupası'nda ise üçüncülüğü elde etti. 1998 FIFA Dünya Kupası elemelerinde başarısız olan takımın teknik direktörü Dušan Uhrin gönderildikten sonra başa geçen Jozef Chovanec döneminde, elemelerde sadece 5 gol yiyerek katıldığı 2000 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda Hollandave Fransa karşısında aldığı iki mağlubiyete karşılık sadece Danimarka karşısında kazanınca, grubu 3. sırada tamamlayarak kupadan elendi. Kasım 2001'deki 2002 FIFA Dünya Kupası elemeleri play-off maçında Belçika'ya kaybedilmesi üzerine görevden alınan Chovanec'in yerine göreve başlayan Karel Brückner yönetiminde yeniden yapılanmaya giden Çek Cumhuriyeti, Pavel Nedvěd, Jan Koller, Tomáš Rosický, Milan Baroš, Marek Jankulovski ve Tomáš Galásek gibi isimlerle 2002 ile 2003 yıllarında 19 maç devam eden bir yenilmezlik serisi yakaladı ve bu maçlarda 53 gol kaydetti. Bu seri, 31 Mart 2004'te İrlanda Cumhuriyeti ile oynanan hazırlık maçında bozuldu. 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda Hollanda, Almanya ve Letonya'yı yenerek grup lideri olarak çeyrek finale çıktıktan sonra Danimarka'yı 3-0'la geçti. Yarı finalde ise turnuvayı şampiyon olarak bitirecek olan Yunanistan karşısına çıkan Çek Cumhuriyeti, uzatmalara kalan maçın 105+1. dakikasında yediği golle, gümüş gol kuralı uyarınca maçı 1-0 kaybetti.