Il échappe à la rafle des intellectuels arméniens de la capitale ottomane du 24 avril 1915 et vit alors en clandestinité, période durant laquelle il fait parvenir au journal "Hayastan" de Sofia des informations, des articles sur les exactions exercées envers les Arméniens ; il reconnaît alors le caractère singulier des atrocités qui sont en train d'avoir lieu par rapport aux vexations connues par les Arméniens avant le génocide. Les autorités ottomanes ne parvenant pas à le localiser, elles décident de la déportation de son père à Konya, d'où ce dernier finit éventuellement par s'échapper. Chavarche Missakian est dénoncé par un espion bulgare en tentant de gagner la Bulgarie et finit par se faire arrêter le 26 mars 1916, puis est emprisonné et torturé (il se jette du troisième étage de sa prison pour s'enfuir, sans succès). Il est condamné à mort mais sa peine est commuée à cinq ans de prison. Il est finalement libéré après l'armistice de Moudros.