Koukalin uran suurin saavutus on 50 kilometrin vapaan hiihtotavan maailmanmestaruus Val di Fiemmestä 2003. Hän oli noin 15 sekuntia hopeamitalisti Anders Södergreniä nopeampi ja lähes 45 sekuntia pronssille yltänyttä Jörgen Brinkiä nopeampi. Samoissa kisoissa hän sijoittui sprintissä viidenneksi, takaa-ajossa kuudenneksi ja oli seitsemänneksi sijoittuneen viestijoukkueen jäsen. Seuraavissa MM-kilpailuissa Oberstdorfissa hän sai sprinttiviestin pronssia yhdessä Dušan Kožíšekin kanssa. Liberecin MM-kilpailuissa 2009 hän oli 50 kilometrillä seitsemäs ja yhdistelmäkilpailussa yhdeksäs.