Kroatian maajoukkueessa Modrić debytoi vuonna 2006. Hän oli mukana Kroatian joukkueessa vuosien 2006, 2014 ja 2018 MM-kisoissa sekä vuosien 2008, 2012 ja 2016 EM-kisoissa. Vuoden 2008 EM-kilpailuissa hänet valittiin turnauksen tähdistökentälliseen toisena kroatialaispelaajana legendaarisen Davor Šukerin jälkeen. Vuoden 2018 MM-kilpailuissa hän voitti hopeaa Kroatian joukkueessa ja hänet valittiin turnauksen parhaaksi pelaajaksi.