En 1887 recibe un encargo con el que alcanzaría fama mundial. En Santiago se construía, bajo el lápiz del arquitecto francés Víctor H. Villeneuve, el nuevo edificio para la Biblioteca del Instituto Nacional en la Alameda de las Delicias, y sería el mismo Pedro Lira quien, en una carta al Ministro de Obras Públicas, solicitara que le asignasen las labores de decoración del Salón de Lectura incluidos en el proyecto. El ilustre Gabriel René Moreno, bibliotecario del Instituto, le encarga la confección de seis cuadros con temáticas históricas; cuatro retratos pequeños representando a distintas personalidades y dos cuadros centrales: "El descubrimiento de América" y "La fundación de Santiago. Sería esta última la que ganara la segunda medalla en la Exposición Universal de París, realizada en 1889 (obra actualmente en el Museo Histórico Nacional). Su reconocimiento internacional lo convierte rápidamente una autoridad del arte en Chile, participando en diversas actividades de reflexión y crítica a través de diarios y revistas.