Come vescovo, prestò grande attenzione alla formazione dei giovani sacerdoti e all'educazione cattolica e nel 1947 aprì il liceo vescovile a Brno. Dopo il colpo di stato del 1948 monsignor Skoupý, come altri chierici, fu vittima della repressione da parte della leadership comunista dello Stato. Nel 1950 fu internato illegalmente e gli fu impedito di esercitare il ministero episcopale. Nel 1953 fu posto in completo isolamento e fino al 1963 fu tenuto in luoghi segreti e gli fu impedito qualsiasi contatto con il mondo esterno. Nel 1963 fu scarcerato ma continuò a vivere sotto la supervisione della Státní bezpečnost nella casa della carità di Žernůvka, vicino a Tišnov. Tra il 1953 e il 1968 la diocesi fu amministrata dal vicario capitolare Josef Kratochvíl. Nel 1968, con la temporanea liberalizzazione politica della Primavera di Praga, riuscì a tornare al ministero attivo. Celebrò il suo ritorno in diocesi con una celebre santa messa il 22 giugno. Lo stesso anno si recò a Roma dove incontrò papa Paolo VI. Nel 1970 visitò di nuovo il pontefice e gli regalò un piccolo altare con i patroni cechi e moravi. All'inizio degli anni '70 le sue attività furono nuovamente limitate dalle autorità statali.