Несмотря на победу в войне, Болгария и её союзники не смогли поделить плоды победы. Тогда Болгария решила напасть на своих прежних союзников и начала в 1913 году Вторую Балканскую войну за раздел Македонии. Борис снова находился в действующей армии. Война кончилась для Болгарии катастрофой, так как большая часть армии пострадала от эпидемии холеры. Борис, наблюдавший всё это, по окончании войны стал убеждённым пацифистом.