Těkavé produkty štěpení, například vzácné plyny, odcházejí z roztavených solí aktivního jádra samy nebo za pomoci jednoduchých technických prostředků. Především je třeba zdůraznit trvalé odstraňování 135xenonu z reaktoru. Radioaktivní 135xenon tvoří při provozu reaktoru jeden z nejčastějších produktů štěpení a velmi silně absorbuje tepelné neutrony, tento jev se nazývá "otrava reaktoru". Vzhledem k tomu, že vzniká ještě nějaký čas i po odstavení reaktoru, dočasně, v řádu hodin, zamezuje novému najetí na výkon. Tento problém, který nastává u běžných jaderných elektráren při každém odstavení z plného výkonu, se např. bezprostředně podílel i na černobylské havárii. Kontinuálním odstraňováním xenonu je u MSR tomuto jevu zamezeno. Odseparovaný 135xenon se s poločasem rozpadu 9 hodin mění na radioaktivní 135cesium s dlouhým poločasem rozpadu, které proto musí být uskladněno v úložišti radioaktivního odpadu.