Později byli nově příchozí ze všech kategorií „nechtěných“, nicméně i tak tvořili vzdělanci a političtí vězni až do skončení války nejpočetnější skupinu. Během druhé světové války se do Mauthausenu a jeho pobočných táborů dostaly velké skupiny španělských republikánů. Povětšinou se jednalo o bývalé republikánské vojáky či aktivisty, kteří utekli do Francie po Francově vítězství a byli zajati německou armádou v roce 1940 při francouzské porážce či o osoby odevzdané Němcům představiteli vichistického režimu. Největší z těchto skupin dorazila do Gusenu v lednu 1941. Začátkem roku 1941 přesunuli téměř všechny Poláky a Španěly, kromě malých skupin specialistů pracujících v kamenolomu, z Mauthausenu do Gusenu. Tábory začaly po začátku sovětsko-německé války v roce 1941 přijímat velké množství sovětských zajatců. Většinu z nich umístili do baráků oddělených od zbytku tábora. První skupiny určené pro plynové komory, postavené počátkem roku 1942, sestávaly hlavně ze sovětských válečných zajatců. V roce 1944 přivezli do tábora velkou skupinu maďarských a nizozemských Židů čítající zhruba 8000 lidí. Podobně, jako v případě dalších velkých skupin většinou vězňů umístěných do Mauthausen-Gusenu, zemřela většina z nich na následky těžké práce, špatných podmínek nebo po shození ze stěny mauthausenského kamenolomu, přezdívané dozorci SS a kápy „parašutistická stěna“ ("Fallschirmspringerwand"). Tyto vězně dozorci označovali jako „parašutisty.“