Под руководством Иванковича олимпийская сборная Ирана выиграла футбольный турнир на Азиатских играх 2002 года, проходивших в корейском Пусане. Он продолжал возглавлять национальную сборную Ирана до конца 2002 года, когда был заменён на Хомаюна Шахрохи. К этому времени Иванкович приобрёл популярность в Иране и местная общественность требовала продления с ним контракта, но Федерация футбола Ирана неохотно вела с Иванковичем переговоры. Наконец 3 октября 2003 он вернулся на пост главного тренера сборной Ирана. Вместе с ней Иванкович выиграл бронзу Кубка Азии 2004 года. На этом турнире его подопечные уступили лишь китайцам, хозяевам турнира, и то по пенальти и в очень спорном по судейским решениям матче. Иванкович также сумел вывести сборную Ирана на чемпионат мира по футболу 2006, что стало для неё всего третьим появлением на мировом первенстве (после турниров 1978 и 1998 годов). Несмотря на все эти успехи иранское правительство желало заменить Иванковича на местного тренера. Так, Министерство по физической культуре Ирана пыталось поменять наставника национальной сборной перед чемпионатом мира 2006, но встретило сопротивление со стороны Федерации футбола Ирана, и сборную на мировое первенство повёз Иванкович.