Guinea-Bissausta tehdyistä uudistuksista huolimatta maa säilyi yhtenä maailman köyhimmistä. Sitä vaivasivat myös alirahoitettu hallintokoneisto ja korruptio. Maa liittyi vuonna 1997 Länsi-Afrikan talousyhteisöön ja otti samana vuonna käyttöön CFA-frangin, mikä kärjisti lopulta taloudellista ja poliittista epävakautta. Tilanne kärjistyi vuonna 1998, kun Vieira erotti asevoimien komentajan Ansumane Manén. Siitä alkoi 11 kuukautta kestänyt sisällissota. Vieiran uskottiin voittavan konfliktin nopeasti, mutta lopulta hän joutui eristäytymään Bissauhun ja lähtemään toukokuussa 1999 maanpakoon. Seuraavana vuonna järjestettiin vapaina ja reiluina pidetyt vaalit, joissa oppositiojohtaja Kumba Ialá nousi presidentiksi.