Puis le soir du , au cours de la Seconde guerre des Margraves, l’abbaye Saint-Alban est pillée et incendiée par le margrave Albert de Brandebourg ; l’abbaye ne sera jamais reconstruite. Au milieu des ruines de la basilique ("ipsius templi quae superant ruderibus"), on édifie une chapelle, qui à son tour souffrira beaucoup des ravages de la guerre de Trente Ans avant d’être complètement détruite pendant le Siège de Mayence (1793). En 1802, l’abbaye de Saint-Alban est formellement dissoute par Napoléon.