Po návratu do vlasti v srpnu 1945 byl v hodnosti majora přeložen jako válečný invalida do výslužby, vzhledem ke zraněním utrpěným během bitvy o Británii. Navrátil se poté do Chocně, kde před válkou působil. Zalétal ještě nové letadlo firmy Beneš-Mráz, ale dále létat nesměl. Náčelník Okresní vojenské správy ve Vysokém Mýtě Koukalovi odmítl udělit povolení k létání vzhledem k jeho nevyhovujícímu zdravotnímu stavu. Koukal se už ke kariéře pilota, při níž létal na 55 typech letadel, nikdy nevrátil. Po převratu v únoru 1948 byl vystaven perzekuci ze strany představitelů komunistického režimu, podobně jako mnozí další českoslovenští váleční letci.