1979年2月，中越战争爆发，中国人民解放军对越南进行自卫反击战，并在边境进行了持续十年的边境战斗。在中越战争中，陈伟文作为西沙群岛水警区训练科长正在西沙群岛的中建岛巡视，被任命为西沙前线指挥所的指挥员。1979年4月10日曾指挥驻岛守军缴获越南人民军海军三艘武装船只，俘虏越军24人。