У 2008 році Малафєєв завоював бронзові медалі чемпіонату Європи, проте жодної хвилини на турнірі йому зіграти не довелось: у всіх матчах збірної ворота захищав Ігор Акінфєєв. 29 березня 2011 в товариському матчі проти збірної Катару вийшов на поле у ​​другому таймі, замінивши Сергія Рижикова, і зберіг ворота у недоторканності, неодноразово рятуючи команду від неминучого гола. 7 червня в матчі проти Камеруну вивів команду з капітанською пов'язкою і відстояв на нуль. У зв'язку з травмою основного воротаря збірної Ігоря Акінфєєва став у ворота на заключні матчі відбіркового етапу Євро-2012, де у всіх всі чотирьох матчах, що залишилися, не пропустив жодного м'яча.