I 1236 blev Šiauliai første gang nævnt i Sværdbroderordenens krønike om Slaget ved Saule. I begyndelsen af 1500-tallet blev Šiauliai-regionen etableret og omfattede Šiauliai kommune, Joniškis, Radviliškis og Meškuičiai, med Šiauliai som administrativt center, kaldet "Didieji Šiauliai". I 1589 fik Šiauliai byrettigheder.