Ernest Sugira a fait ses débuts pour le Rwanda à l'âge de 22 ans contre le Bénin en septembre 2013 pour le match de pour la Coupe du Monde de la FIFA 2014. Il a marqué son premier but international contre le Mozambique. Lors des qualifications à la Coupe d'Afrique des Nations 2017 à Maputo. En janvier 2016, il a disputé le CHAN 2016 au Rwanda et a marqué 3 buts en 4 matches. Il a conduit le Rwanda aux phases éliminatoires d'une compétition majeure pour la première fois de son histoire en marquant un doublé contre le Gabon. Il a finalement été nommé l'homme du match. Bien qu'il ait retrouvé le fond du filet alors que l'équipe du Rwanda jouait son match de quart de finale contre la RD Congo, cela n'a pas suffi car l'hôte a continué à perdre 2-1 en prolongation. Cependant, Ernest Sugira a été inclus dans l'équipe du tournoi.