Ещё одной частью оккупационного режима являлось Независимое государство Хорватия (НГХ) с установленным здесь, по сути, «квислинговским» режимом власти. В процессе раздела югославских земель НГХ получило весь Срем, а также Боснию и Герцеговину. Сама территория НГХ была разделена на немецкую (северо-восточную) и итальянскую (юго-западную) зоны военного контроля. Политика правивших в НГХ усташей была нацелена на построение этнического хорватского государства, в то время как хорваты представляли в нём немногим больше половины всего населения. Главным препятствием на пути достижения этой цели рассматривались сербы, составлявшие почти треть из более чем 6 млн жителей страны. Сразу после прихода усташей к власти начались активные антисербские действия: депортации, дискриминация, преследование и угрозы жизни сербского населения, вынуждающие его спасаться бегством из страны. С конца весны — начала лета 1941 года проводилась пропагандистская кампания, изображавшая сербов врагами хорватского народа. Были введены ограничения на их передвижение, место жительства, а также имущественные права. Практиковалось увольнение сербов со службы. Была запрещена кириллица, «сербско-православная вера» переименована в «греко-восточную». Оказывалось давление (в том числе законодательное) на православных для принуждения их к переходу в католическую веру. С конца апреля 1941 года вооружёнными группами усташей осуществлялись массовые убийства сербов в местах их компактного проживания. Была создана система концлагерей для сербов, евреев и цыган.