Boateng verhuisde in augustus 2009 voor circa vijf miljoen pond sterling naar Portsmouth. Met Portsmouth stond hij op 15 mei 2010 in de finale van de strijd om de FA Cup. Daarin verloor de ploeg van trainer-coach Avram Grant met 1–0 van Chelsea door een treffer in de 59ste minuut van Didier Drogba. Uiteindelijk scoorde hij dat seizoen vijf keer in 27 wedstrijden, waarna hij vertrok.