Im Zuge des Anschlusses von Österreich arbeitete er noch ab März 1938 in dem von Matthias Heinrich Göring geleiteten "Deutschen Institut für psychologische Forschung und Psychotherapie" mit und wurde im gleichen Jahr zudem mit der Leitung eines psychoanalytischen Arbeitskreises in Wien beauftragt. Kogerer, der 1934 ein Werk zur Psychotherapie für Studierende und Ärzte verfasst hatte, stellte 1938 fest, dass „[…] nunmehr endlich das ausgesprochen werden kann, was dem Kundigen längst bekannt war: nämlich, dass die Psychoanalyse Freuds spezifisch jüdische Psychologie ist und nur teilweise Geltung hat.“