Na 1795 kreeg hij een betrekking aan de pas opgerichte École Polytechnique in Parijs, dankzij de invloed van de meetkundige Gaspard Monge, de stichter van deze school. In 1798 was hij - met Monge - een van de vele geleerden die de Franse militaire expeditie onder leiding van generaal Napoleon Bonaparte naar Egypte vergezelden (zie Expeditie van Napoleon naar Egypte). Hij gaf er de allereerste krant in Egypte uit en werd secretaris van het Institut d'Egypte, dat het wetenschappelijk onderzoek aldaar coördineerde. Hij vervulde ook bestuurlijke opdrachten in Egypte. Later zou hij een inleiding schrijven voor de Description de l'Egypte, het monumentale werk dat de resultaten van het onderzoek omvatte.