Após a derrota naval persa em Salamina, ancorou em Cime o resto de sua frota durante o inverno. Até 480 a.C. Cime havia sido a principal base naval da frota real persa. Relatos posteriores do envolvimento de Cime com a Revolta Jônica, que desencadeou as Guerras Persas, confirmam sua lealdade à causa greco-jônica. Durante este período, segundo Heródoto, Dario, o Grande pôde, graças ao tamanho do exército persa, lançar um ataque devastador, em três frentes, sobre as cidades jônicas. O terceiro exército, enviado rumo ao norte para conquistar Sárdis, estava sob o comando de seu afilhado, Otanes, que rapidamente capturou Cime e Clazômenas durante o processo. Relatos posteriores, no entanto, revelam como Sandoces, suposto governador jônico de Cime e um grego, segundo Heródoto, teria ajudado a confiscar (e, segundo algumas versões, comandá-los em combate) uma frota de quinze navios para serem utilizados na grande expedição de Xerxes contra a Grécia continental, em 480 a.C. Cime também teria sido o porto no qual os sobreviventes da Batalha de Salamina passaram o inverno, o que indica sua posição de potência marítima da época, e de uma possessão preciosa para o Império Aquemênida.