Впоследствии перешёл на службу в группу специального назначения «Вымпел» Центра специального назначения Федеральной службы безопасности РФ, командовал одним из её подразделений. Неоднократно принимал участие в контртеррористических операциях. Так, в начале июня 2010 года его подразделение участвовало в ликвидации вооружённого сепаратистского бандформирования, подозревавшегося в причастности к террористическим актам на станциях Московского метрополитена «Лубянка» и «Парк культуры», произошедшим за несколько месяцев до того. Террористы были ликвидированы в районе населённого пункта Какамахи Карабудахтентского района Республики Дагестан, при этом погиб один из бойцов подразделения Прусакова, старший лейтенант Илья Владимирович Шанский.