Vuonna 2000 Annu Mäkelä hyppäsi Suomen mestariksi niin hallikisoissa Kuopiossa tuloksella 378 kuin Kalevan kisoissa Lahdessakin lukemin 395. Hän hyppäsi tuona vuonna naisten Suomen ennätyksen sekä hallissa Jyväskylässä tuloksella 410 että ulkoradoilla Tampereella ylitettyään 412 – molemmat ennätykset syntyivät 19-vuotiaiden SM-kilpailuissa. Nuorten MM-kilpailuissa Santiago de Chilessä hän jäi karsinnassa ilman tulosta, mutta sijoittui Euroopan Cupin 1. divisioonan kilpailussa Norjan Bærumissa toiseksi hypättyään 405 ja voitti Suomi–Ruotsi-maaottelun Helsingissä tuloksella 390.