1981年にムスリム同胞団に接近して政策を転換した。1983年には国政にシャリーア（イスラム法）を導入し、アディスアベバ合意に反して南部スーダン政府も解散させたことなどで南部の黒人（主にアニミズム、一部キリスト教徒）の反感を買い、第二次内戦を招いた。1985年にヌメイリはアズハリ政権時代に宗教的扇動者として訴えられ、背教者とされる判決を受けていたイスラム改革主義者のマフムード・ムハンマド・ターハーの処刑を認めた。4月6日ヌメイリーはスワル・アル＝ダハーブ将軍によるクーデターで失脚し、政治生命を絶たれエジプトに亡命、カイロのヘリオポリスで過ごした。政権は翌年選挙によりかつてクーデターを首謀したイスラーム主義者のサーディク・アル＝マフディーに移った。