Murphy wurde mit dem 14. Pick im NBA Draft 2001 von den Golden State Warriors gewählt. Nach einem langsamen Start, schien er sich gegen Ende seiner ersten Saison auf dem NBA Spielfeld immer besser zurechtzufinden. In seiner zweiten Saison stand er bereits in der Startaufstellung der Warriors und konnte seinen Schnitt auf 11,7 Punkte und 10,2 Rebounds pro Partie erhöhen. Er war einer von fünf Spielern, die in dieser Saison im Schnitt ein Double-Double erzielen konnten. Bei der Rookie Challenge war er im Team der Sophomores vertreten und am Ende der Saison belegte er bei der Wahl des Most Improved Players der NBA Platz zwei. In der folgenden, seiner dritten, Saison konnte er verletzungsbedingt nur an 28 Spielen seiner Mannschaft teilnehmen.