Jackson 1862 elején végrehajtotta a Shenandoah-völgyi hadjáratot. Az első kernstowni ütközetben a hibás hírszerzési értesülések miatt elszenvedett vereségtől eltekintve Jackson lendületes és óvatos manőverezéssel három különböző uniós hadsereget vert meg és ezzel megakadályozta, hogy bármelyikük megerősítse a Potomac hadsereget a Virginia-félszigeti hadjáratban Richmond kapui előtt. Ezután három hadosztályával Lee tábornagy segítségére sietett. A hétnapos csata alatti teljesítménye gyenge volt és Lee haditerveit szinte egyetlen alkalommal sem tudta teljesíteni. Az észak-virginiai hadjáratban azonban Jackson csapatai előbb zsákmányul ejtették és elpusztították John Pope vezérőrnagy ellátóbázisát, majd a Virginiai hadsereg ismételt rohamainak ellenállva kimagasló teljesítményt nyújtottak a második Bull Run-i csatában. 1862 szeptemberében a Maryland hadjárat során előbb térdre kényszerítették a Harpers Ferryben állomásozó helyőrséget, majd a antietami csata vérzivatarában a balszárny védelmét bízták Jackson csapataira, ahol a súlyos támadások kis híján teljesen felőrölték ellenállásukat. A Fredericksburgnél decemberben megvívott csatában, Jackson hadtestének közepén több száz méter széles lyukat hagyott védtelenül, melyet egy lendületes északi támadás kihasznált és a déli veszteségek nagy részét a csatában ennek visszaverésekor szenvedték el.