Además de los restos arqueológicos, el sitio cuenta con un bosque natural que tiene un ecosistema complejo que depende de la presencia cercana del agua dulce del lago Butrinto y del canal Vivari que desagua el lago en el mar Jónico. El lago Butrinto es en realidad una laguna tectónica de 1.600 ha, y conforma el núcleo del sitio Ramsar n.º 1.290, 13.500 ha protegidas desde el 28 de marzo de 2003. La laguna está rodeada por colinas cubiertas de bosques. Tiene una altitud que va desde el nivel del mar hasta los 845 metros. El sitio se completa con una serie de marismas de agua dulce y salada. Butrinto sostiene un gran número de plantas y animales consideradas en peligro nacional o internacionalmente, como zarapito fino, tortuga boba, tortuga laúd y foca monje mediterránea. La zona es también importante terreno de desove, fuente de alimentación y ruta de migración del peces. Las principales actividades son la pesca, la cría del mejillón, la ganadería, los viñedos y el turismo cultural.