Naville war als Rechtsmediziner an der Aufklärung des Massakers von Katyn beteiligt. Mit Billigung der schweizerischen Behörden und des Internationalen Komitees vom Roten Kreuz (IKRK) nahm er auf Einladung der deutschen Besatzer an der Reise einer internationalen Ärztekommission nach Katyn teil, die dort Ende April 1943 Opfer des Massakers obduzierte. Dem deutschen Oberstleutnant Rudolf-Christoph von Gersdorff, der die Dienstaufsicht über die Exhumierungen im Wald von Katyn führte, erklärte Naville, er habe an der sowjetischen Täterschaft keinerlei Zweifel.