Po studiu práv na Harvardově univerzitě, která ukončil 1929, a právnické praxi u různých soukromníků i státních institucí, vstoupil do vládních služeb v době prezidentství Franklina D. Roosevelta. V roce 1933 krátce pracoval na ministerstvu spravedlnosti, později na ministerstvu zemědělství a roku 1936 se svým mladším bratrem Donaldem Hissem nastoupil u ministra zahraničí USA. V letech 1939–1944 byl asistentem ministrova poradce pro dálněvýchodní záležitosti. V roce 1944 Alger Hiss dosáhl vrcholu své kariéry, když byl jmenován ředitelem Kanceláře pro politické záležitosti, která se věnovala plánování poválečných mezinárodních institucí. V této funkci se zúčastnil řady diplomatických jednání, včetně vytvoření OSN v Dumbarton Oaks, jaltské konference a předsedal konferenci v San Franciscu, kde byla podepsána Charta OSN. Na konferenci mj. sepsal memorandum, které odmítalo Stalinův návrh, aby každá ze sovětských republik měla v OSN svůj hlas. V roce 1947 odešel Hiss ze státní služby a stal se prezidentem Carnegieho nadace.