로마가 에메르송을 세리에 A 경쟁 구단인 유벤투스가 아니라 레알 마드리드로 매각을 원해 장기간의 이적 논쟁이 벌어졌지만, 결국 에메르송은 자신이 원하는 대로 유벤투스가 €12M에 마테오 브리기 (€16M에 책정되었다.) 를 얹어 영입했고, 로마 시절 감독이었던 파비오 카펠로를 따라갔다. 더 나아가서, €4M의 금액이 요원들 호주머니에 들어갔고, 에메르송의 몸값은 합해 €32M으로 책정되었다. 에메르송은 유벤투스에서 2004-05 시즌과 2005-06 시즌에 2년 연속으로 세리에 A 우승을 차지했지만, 구단이 2006년 이탈리아 축구 스캔들에 연루되면서 두 번의 우승 모두 박탈당했다.