Claudine Müller startet für den Club BSC Old Boys Basel, wo sie von Christian Oberer trainiert wird. Ihre Lieblingsdisziplinen sind der 100-Meter-Hürdenlauf und der Weitsprung, ihre schwächste Disziplin ist der 800-Meter-Lauf. Ihren ersten Titel gewann Claudine Müller bei den Schweizer Hallenmeisterschaften 2004 im Fünfkampf. 2005 verteidigte sie diesen Titel und wurde zudem im Freien Schweizer Meisterin im Weitsprung. 2006 gewann sie die Schweizer Hallenmeisterschaften im Fünfkampf zum dritten Mal in Folge. 2007 war ein zehnter Platz bei der Sommer-Universiade in Bangkok ihr bestes Ergebnis. 2008 wurde sie Schweizer Hallenmeisterin im 60-Meter-Hürdenlauf. 2009 gewann sie zum insgesamt vierten Mal die Schweizer Hallenmeisterschaften im Fünfkampf. Im Freien steigerte sie ihre Bestleistung im Siebenkampf beim Mehrkampf-Meeting Götzis auf 5879 Punkte und blieb damit nur 13 Punkte unter der Norm für die Weltmeisterschaften in Berlin. Im August gewann sie bei den Schweizer Mehrkampfmeisterschaften in Aarau zum ersten Mal den Titel im Siebenkampf. Nach diesen Erfolgen wurde sie zur Basler Sportlerin des Jahres 2009 gekürt.