26 июня 1650 года Кромвель был назначен парламентом главнокомандующим всей армией. Прежде всего он жестоко подавил восстания в Ирландии и Шотландии. Ещё в 1649 году его армия оккупировала Ирландию, причём завоевание сопровождалось немалыми жестокостями. Так, при штурме 10 сентября крепости Дрогеда все 2800 её защитников были по его приказу преданы мечу. Согласно принятому парламентом в 1652 году «Акту об обустройстве Ирландии», значительная часть земель местных собственников была конфискована и роздана английским офицерам и солдатам.