La sconfitta di Novara e l'abdicazione di Carlo Alberto resero poi sempre più difficile la situazione toscana: il 27 marzo, mentre Montanelli era invitato a Parigi in missione diplomatica, Guerrazzi assunse una specie di dittatura e la mantenne per quindici giorni durante i quali cercò di accordarsi con i moderati e con il ministero inglese a Firenze, nel tentativo di richiamare il granduca ed evitare l'invasione austriaca. La sua azione di governo apparve però incerta e ambigua, se non contraddittoria; anche Mazzini cercò quindi di convincerlo alla proclamazione della repubblica e dell'unione della Toscana con Roma, ma Guerrazzi rimase della sua idea. Il 12 aprile 1849 scoppiò così una sommossa popolare e, quando le squadre dei livornesi su cui poggiava il suo potere a Firenze furono assalite e cacciate dalla città, il Municipio di Firenze, retto dai moderati, prese il potere in nome del granduca creando una commissione provvisoria di governo, la quale sciolse l'Assemblea convocata dal Guerrazzi - che, ormai sopraffatto, fu nuovamente imprigionato con l'accusa di lesa maestà. Il primo processo si concluse il 1º luglio del 1853 con la condanna del Guerrazzi a quindici anni di reclusione; dopo un mese la pena gli fu convertita in esilio da scontare in Corsica.