Face a esta constelação, Jonas Savimbi fez uma aliança com a FNLA; juntos, os dois movimentos declararam, na mesma data, a independência de Angola no Huambo e formaram um governo alternativo com sede nesta cidade. Porém, as forças conjuntas do MPLA e de Cuba conquistaram rapidamente a parte maior da metade austral de Angola. O governo FNLA/UNITA, que não havia sido reconhecido por nenhum país, dissolveu-se rapidamente. A FNLA retirou-se por completo do território angolano e desistiu de qualquer oposição armada contra o MPLA. Em contrapartida, Jonas Savimbi decidiu não abandonar a luta e, a partir de bases no Leste e Sudeste de Angola, começou de imediato uma guerra de guerrilha contra do governo do MPLA - desencadeando assim uma guerra civil que só terminaria com a sua morte.