Mallorca'daki başarıları onun 1999'da Valencia'ya transfer olmasını sağladı. 2000 UEFA Şampiyonlar Ligi Finali'nde Real Madrid'e, bir sonraki yıl ise Bayern Münih'e kaybetti. Yine de bu kayıplar onun Inter ile anlaşmasının önüne geçemedi. Ancak Inter, 2002-03 UEFA Şampiyonlar Ligi'nin yarı finalinde bu kez de Milan'a elenince Cúper, bu sefer küme düşmeme mücadelesi veren Mallorca'ya gitti. Kariyerinde düşüş başlayan Cúper, sonraki çalıştırdığı takımlarda pek fazla başarı elde edemedi. Bu süreçte elde ettiği tek başarı Yunanistan'da Aris Thessaloniki takımıyla Kipello Ellados'da finalistlikti. Tekrar İspanya'ya dönen Cúper, Racing Santander'da sadece beş ay görevini yapabildi, Aralık 2011'de Orduspor'la anlaştı. 13.04.2013 tarihinde Orduspor yönetimi tarafından görevine son verildi. Uluslararası Futbol Federasyon İstatistik ve Tarih Kurumunun dünyanın en iyi teknik direktörleri sıralamasında yirmi ikinci (22.) sırada yer alır.. Mart 2015 tarihinde Mısır millî futbol takımının başına geçti. 2017 Afrika Uluslar Kupa'sında takımı final oynasa da Kamerun'a karşı 2 - 1 kaybettiler.