Il resta à son poste jusqu'au début de la guerre d'indépendance. Son Académie continua, elle, à fonctionner jusqu'au massacre de la population de Kydonies par les Ottomans le . Les cours de l'Académie, mais sans Theóphilos Kaíris se poursuivirent sur Psara où s'étaient réfugiés les survivants, au moins jusqu'au massacre de Psara en . Kaíris, lui, était de plus en plus impliqué dans la guerre d'indépendance.