Di Grand Prix Jepun 2009, Kobayashi mengambil bahagian dalam sesi latihan bebas pertama dan kedua. Beliau mengantikan Timo Glock, yang sakit. Glock sempat pulih untuk mengambil bahagian dalam sesi latihan bebas ketiga dan pusingan kelayakan, namun cedera selepas mengalami kemalangan pada sesi kelayakan bahagian ketiga. Toyota meminta Fédération Internationale de l'Automobile (FIA) untuk membenarkan Kobayashi mengantikan Glock untuk perlumbaan tersebut, tetapi ditolak kerana beliau sekurang-kurangnya perlu mengambil bahagian dalam sebuah sesi pada hari Sabtu untuk berlumba.