El règim dictatorial s'esfondra al mateix temps que l'exèrcit ruandès, derrotat pels rebels del Front Patriòtic Ruandès que van entrar a la capital Kigali el 4 de juliol de 1994. El 17 de juliol de 1994, el FPR controlava la major part del país, posant fi al genocidi tutsi i 18 de juliol va declarar un alto el foc unilateral, posant fi a la Guerra Civil ruandesa. La majoria dels membres del govern provisional van fugir, igual que els principals responsables militars.