Auf die Hauptgegenstände dieser Naturlehre wird in den Kapiteln "Quae doctrina usitate nuncupatur Physica?" (Welcher gelehrte Gebrauch wird von der Naturlehre gemacht?, Sp. 182ff) und "Quis est finis et Usus physices?" (Was ist Zweck und Nutzen der Naturphilosophien, Sp. 189ff) eingegangen. Der Himmel, die beständigen Gründe für die Bewegung von Sonne und Mond, den "stellae errantes" und dem Tierkreis stehen im Vordergrund. Aber auch die Materie unterhalb des Himmels, die sublunare Welt bis hin zum Menschen, ist nach Melanchthon unter dessen Einfluss. So führt er in dieser Schrift eine große Hitze auf das Zusammentreffen der "trockenen" Planeten Saturn und Mars mit den "trockenen" Tierkreiszeichen Löwe und Widder zurück (Sp. 182) und folgt damit dem antiken Naturforscher Claudius Ptolemäus. Dem antiken Naturphilosophen Thales von Milet schreibt er zu, den Einfluss eines Kometen auf die Attische Seuche untersucht zu haben (Sp. 185). Für die Medizin stellt Melanchthon besonders den praktischen Bezug her. Am Beispiel "pleuritis" (Seitenstechen, erwähnt bei Isidor von Sevilla: "Etymologiae", 4,6,8 und Caelius Aurelianus: "De morbis acutis et chronicis", 2,16,100) schildert er die Heilmittel des Arztes, wie Einschneiden der Vene zum Blutabfluss und Gabe von Pharmaka (Sp. 185). Aber auch Ruhe und Zurückhaltung von Schädigendem kann zur Heilung führen. Hier beruft sich der Autor auf Aulus Cornelius Celsus (Sp. 190).