Tammikuussa 1943 Kinkaid nimitettiin Pohjois-Tyynenmeren ryhmän komentajaksi. Hän suunnitteli ja toteutti Aleuttien takaisinvaltauksen, joka huipentui Attun taisteluun toukokuussa 1943. Kinkaid sai kesäkuussa 1943 ylennyksen vara-amiraaliksi. Marraskuussa 1943 hän siirtyi takaisin eteläiselle Tyynellemerelle Yhdysvaltain 7. laivaston komentajaksi, missä asemassa hän oli koko lopun sodan ajan. Kinkaidin laivasto tuki Filippiinien valtausta ja sodan loppuvaiheessa Borneon valtausta. Se pelasti tilanteen Leytenlahden taistelussa lokakuussa 1944, kun amiraali William F. Halseyn 3. laivasto jätti San Bernardinon salmen suojattomaksi. Kinkaid ylennettiin amiraaliksi huhtikuussa 1945. Sodan päätyttyä hänen laivastonsa tuki vielä operaatioita Kiinan ja Korean rannikoilla. Vuosina 1946–1950 Kinkaid oli Yhdysvaltain itäisen rannikkopuolustuksen komentajana. Eläkevuosinaan hän oli aktiivinen kansallisista turvallisuusharjoituksista ja sotamuistomerkeistä vastanneissa komissioissa.