Neben den jahrhundertealten Geschichtsdenkmälern ist Ebeltoft mit zwei herausragenden Sehenswürdigkeiten von landesweiter kultureller Bedeutung in der Region vertreten. Im Glasmuseum am Hafen sind neben internationalen Exponaten auch die zahlreichen Werke Ebeltofter Glaskünstler ausgestellt. Die Glasbläserei ist eine Besonderheit der Stadt, die deshalb auch als „Hauptstadt des Glases“ bezeichnet wird. Im Museumshafen liegt die historische Fregatte "Jylland", das längste erhaltene Schiff seiner Art. Die Fregatte nahm während des Deutsch-Dänischen Krieges am 9. Mai 1864 am Seegefecht vor Helgoland teil, das trotz eines taktischen Erfolgs der dänischen Flotte den preußischen Sieg nicht verhindern konnte. Sie ist nun, komplett restauriert und mit einer Besatzung aus Wachsfiguren ausgestattet, in Ebeltoft zu besichtigen.