Una de les seves decisions més importants va ser no concedir l'indult a l'independentista filipí José Rizal, segellant la seva mort. El procés de detenció i judici el va trobar ja iniciat pel seu predecessor en el càrrec, el general Blanco, a qui més tard Polavieja criticaria en la seva correspondència amb la península. S'ha esmentat que en aquesta decisió —considerada per alguns com el seu principal error a les illes, en el context de la Revolució filipina— van poder influir les relacions de Rizal amb la maçoneria, cap a la qual Polavieja manifestava un profund desgrat. En concret Polavieja acusava a aquesta maçoneria de tenir un paper influent en els processos d'emancipació i independentisme de les colònies espanyoles, hipòtesi refutada per altres autors; d'altra banda també s'ha afirmat la possibilitat que el general Polavieja arribés a desaconsellar l'execució de Rizal. Les dures actuacions de Polavieja tant a Cuba com a Filipines van ser criticades pel maçó Miguel Villalba Hervás.