Juncker oli euroryhmän ensimmäinen puheenjohtajana vuosina 2005–2013. Hän oli avainasemassa, kun euromaat neuvottelivat Kreikan, Portugalin ja Irlannin pelastuspaketeista eurokriisin aikana. Junckerin seuraajaksi euroryhmän johtoon valittiin 21. tammikuuta 2013 Alankomaiden valtiovarainministeri Jeroen Dijsselbloem.