Với hai phim rotoscope "Waking Life" và "A Scanner Darkly", bên cạnh tác phẩm hài giải thích quần chúng như "School of Rock" và bản làm lại của "Bad News Bears", Linklater dần được nhiều người ghi nhận hơn. Năm 2003, ông viết kịch bản và chỉ đạo với Rodney Rothman tập thí điểm cho một chương trình của HBO có tên "$5.15/hr", nói về những nhân viên nhà hàng đạt mức lương tối thiểu. Năm 2004, phim "Before Sunset" của Linklater đem về cho ông một đề cử Oscar ở hạng mục Kịch bản chuyển thể xuất sắc nhất. Bộ phim "Fast Food Nation" (2006) là một bản chuyển thể từ cuốn sách bán chạy cùng tên, với nội dung tìm hiểu về ảnh hưởng của ngành công nghiệp đồ ăn nhanh lên toàn cầu và địa phương. Phim đã xuất sắc lọt vào vòng tranh cử Cành cọ Vàng tại Liên hoan phim Cannes 2006, trước khi được phát hành chiếu rạp lần lượt tại Bắc Mỹ vào ngày 17 tháng 11 năm 2006 và tại châu Âu vào ngày 23 tháng 3 năm 2007. Năm 2013, "Before Midnight" – bộ phim cuối cùng trong chuỗi bộ ba tác phẩm "Before..." của Linklater đem về thêm cho ông một đề cử Oscar cho kịch bản chuyển thể xuất sắc nhất.