Найбільше руїни Вавилона постраждали під час вторгнення коаліційних сил до Іраку 2003 року. Під час конфлікту місце розкопок було обрано для зведення військового табору Camp Alpha на 2000 солдат. Дії американських та польських військових призвели до пошкодження багатьох будівель, особливо Брами Іштар; окрім цього розкрадалися й деякі частини споруд, частіше всього цегла. Військова база проіснувала із вересня 2003 року до грудня 2004 року, американські військові вибачилися за пошкодження й виділили кошти на реставраційні роботи.