由於奧斯曼帝國軍的連捷勝利，奧地利當局於1538年將克羅地亞一分為二，分作平民區與駐軍區，後者由帝國政府派遣的軍事長官控制，居民都被武裝了起來、協助奧軍。1593年，奧斯曼在中敗於克羅地亞，這是前者近百年來的擴張戰爭中遭受到最慘重的失敗之一，兩國在邊境地帶的力量也轉為均勢。連年與奧地利的戰爭使鄂圖曼帝國的國勢趨弱，在1667至1698年的「大土耳其战争」期間，奧軍收復了斯拉沃尼亚和大部分原克羅地亞領土，但僅剩波士尼亞仍在鄂圖曼控制之下，這個結果進而造成現在波克兩國的邊界劃分。南方的達爾馬提亞也同樣在第5與中決定了其歸屬。與鄂圖曼的戰爭對克羅地亞的人口結構造成強烈的衝擊，許多克人移民到奧地利，現今奧國布爾根蘭州的克人即是當時移民者的後裔。為了取代這些逃亡的克人，哈布斯堡王室呼籲波士尼亞和塞爾維亞的東正教徒移入克國的駐軍區，特別是在1690和1737至1739年之間，塞爾維亞人遷入克國達到最高峰。在鄂圖曼撤軍後，這些居民並未離去，就成了日後克國境內的塞族聚集地——。