Nach der Rückkehr nach St. Petersburg 1848 wurde Goschkewitsch 1850 Beamter für besondere Aufgaben im Asien-Departement des Außenministeriums. 1852 nahm er als Dolmetscher und Berater auf der Fregatte "Pallada" an der Mission Jewfimi Wassiljewitsch Putjatins nach Japan teil. Am war er an der Unterzeichnung des Vertrags von Shimoda beteiligt. Im Juli 1855 verließ er Japan auf der Brigg "Greta", auf der er in Hongkong aufgrund des noch andauernden Krimkrieges in britische Gefangenschaft geriet. In der Gefangenschaft erstellte er mit Hilfe des Japaners Tazibana-no Koossai (1820–1885, nach der Taufe Wladimir Iossifowitsch Jamatow) das erste Japanisch-Russisch-Wörterbuch. Als Goschkewitsch nach Ende des Krimkrieges 1856 nach St. Petersburg zurückkam, erhielt er die Medaille zur Erinnerung an den Krieg 1853–1856. 1857 wurde ihm der Orden der Heiligen Anna II. Klasse mit Krone verliehen mit zusätzlich 500 Rubel in Silber. Sein Japanisch-Russisch-Wörterbuch wurde gedruckt, und er wurde zum Kaiserlich Russischen Konsul in Japan ernannt. 1858 erhielt er den ungeteilten Demidow-Preis.