خاض غونيش تجربة تدريبية ناجحة بعد اعتزاله اللعب وبدأها مع نادي السابق طرابزون سبور عام 1988، ثم درب أندية بولو سبور وإسطنبول سبور وساكاريا سبور وبورصا سبور. وكانت له محطة خارج البلاد مع نادي سول الكوري الجنوبي. وفي عام 2000 تولى تدريب المنتخب التركي وقاده لإحراز المركز الثالث في كأس العالم 2002 التي أقيمت في كوريا الجنوبية واليابان بعد فوزه مباراة تحديد المركزين الثالث والرابع على منتخب 3-2. ويعتبر هذا الإنجاز هو الأفضل في تاريخ المنتخب التركي. كما قاد المنتخب لإحراز المركز الثالث في بطولة كأس القارات 2003 بعد فوزه على منتخب 2-1.