En 1798, Napoléon Bonaparte débarque à Alexandrie avec environ hommes et entreprend la conquête de l'Égypte. Mourad Bey rassemble ses cavaliers et tente de l'arrêter à Chebreiss, puis à la bataille des Pyramides. À chaque fois, les mamelouks se heurtent à la discipline et la puissance de feu des Français, formés en carré, et essuient de lourdes pertes. Mourad et le reste de ses troupes s'enfuient en Haute-Égypte. Bonaparte ordonne au général Desaix de les poursuivre, tandis que lui-même entre au Caire et soumet la population. Cependant, la destruction de la flotte française à Aboukir compromet la situation, car il ne peut plus, dès lors, compter sur des renforts venus de France. Il décide donc d'utiliser au mieux les ressources que lui offre l'Égypte, et en , décrète que tous les mamelouks âgés de huit à seize ans, ainsi que leurs esclaves de la même tranche d'âge, doivent être incorporés dans l'armée française. Après sa victoire d'Aboukir en 1799, jugeant la situation opportune à un coup d'État à Paris, Bonaparte laisse le commandement de l'armée d'Orient au général Kléber et revient en France accompagné d'une partie de son état-major.