Nel 1993 Hajdari si è laureato in Filosofia, e nel 1995 di nuovo in Giurisprudenza, all'Università di Tirana. Nel 1993 fino al 1994 ha studiato inglese e filosofia negli Stati Uniti d'America. Nel 1996 ha studiato politica della difesa e della sicurezza a Garmisch-Partenkirchen in Germania. È stato uno dei leader del movimento degli studenti che ha rovesciato il comunismo in Albania, portando al crollo del Partito del Lavoro d'Albania, nel dicembre 1990. È stato, brevemente, il primo leader del Partito Democratico d'Albania. È rimasto in quella posizione fino a quando, all'inizio del 1991, è stato sostituito da Sali Berisha, che poi è diventato il primo ministro dell'Albania. Hajdari è stato uno stretto collaboratore di Berisha, e provenivano dallo stesso distretto di Tropojë.