W 1988 rząd Islamskiej Republiki Iranu czuł się poważnie zagrożony. W końcu lipca 1988 wojska irackie rozpoczęły nowe działania ofensywne w toczącej się od ośmiu lat wojnie między obydwoma państwami. Ataki Irakijczyków zostały powstrzymane, jednak 26 lipca wojska irańskie zaatakowała Narodowa Armia Wyzwolenia - zbrojne skrzydło organizacji Ludowych Mudżahedinów. Ogłosiła ona marsz na Teheran, jednak już po trzech dniach została rozbita. Rząd irański uznał jednak, że znajduje się w sytuacji poważnego zagrożenia, a w stolicy mogło działać jeszcze wielu sympatyków Mudżahedinów. W związku z tym postanowił ostatecznie zniszczyć organizację, zabijając związane z nią osoby, które przebywały w irańskich więzieniach. Większość członków i sympatyków Mudżahedinów Ludowych znajdowała się w zakładach karnych od 1981. Część Mudżahedinów została stracona z wyroku Trybunału Rewolucyjnego już w latach 1981-1988. Rząd mógł również podejrzewać, że więźniowie polityczni szykują ucieczkę z przepełnionych zakładów karnych lub nawet dążyć do jak najszybszego zwolnienia miejsc w więzieniach. Istnieje również pogląd, iż masowa egzekucja więźniów politycznych została zaplanowana przez Ruhollaha Chomejniego znacznie wcześniej i nie miała związku z ostatnimi wydarzeniami w Iranie, które potraktowano jedynie jako pretekst. Prawdziwym zaś celem byłoby ponowne obudzenie w elicie władzy rewolucyjnej bezwzględności i zintegrowanie jej poczuciem uczestnictwa w radykalnym akcie.