Inför folkomröstningen om Storbritanniens medlemskap i EU 2016 förespråkade Sunak ett utträde ur EU (Brexit). Samma år skrev han en rapport som rekommenderade grundandet av frihamnar efter Brexit, för den Thatcheristiska tankesmedjan 'Centre for Policy Studies'. Han blev omvald i parlamentsvalet 2017 med en utökad majoritet av 23,108 röster (40.5%).