2005-06 sezonu sırasında, Liverpool teknik direktörü Rafael Benítez, Cissé'yi birçok kez sağ kanatta oynatmıştı. 28 Aralık 2005'ten beri oynanan 15 maçta da gol atamayan Cissé, 19 Mart 2006 tarihinde yapılan Newcastle karşısında penaltıdan golünü atsa da gol sonrası yaptığı hareketlerden ötürü sarı kartla cezalandırıldı. Yaptığı bu hareketten sonra Cissé, Newcastle taraftardan özür diledi. Daha sonra Liverpool resmî web sitesinden; "Kaba olmak istememiştim, gol attıktan sonra sadece sevinmiştim. Eğer onlara karşı saygısızca davrandığımı düşünüyorlarsa, onlardan özür diliyorum." şeklinde bir açıklama yayınlandı. 2005 UEFA Süper Kupası'nda iki, 2006 FA Cup Finali'nda ise bir gol atmayı başardı. Liverpool, her iki kupada da şampiyonluğa ulaşan taraf oldu.