Logo após a independência da Suécia um das providências a serem romadas era quem ficaria no lugar de Gustav Trolle como arcebispo. O desejo de Gustavo I era que Johannes Magnus fosse o substituto, mas o Papa Clemente VII recusou a proposta porque a igreja considerava Johannes um rebelde. O Papa ordenou que Gustav Trolle se tornasse novamente arcebispo. Então no dia 18 de fevereiro de 1527 dois bispos foram enforcados em Estocolmo depois de um julgamento. A partir daí começaram abalos entre a igreja católica e a Suécia, chegou ao ponto do Luteranismo tornar-se religião oficial. Nesta época o principal objetivo de Gustavo I era de que a população abandonasse o catolicismo, porém a população que era anti-protestante continuou com as antigas praticas religiosas. Entre 1525 e 1543 Ele enfrentou várias rebeliões, os camponeses o consideravam traidor. Os camponeses exigiam que as antigas crenças fossem restauradas a Suécia, mais de uma vez ameaçaram destruir Estocolmo. Outro problema era os inimigos, sendo que entre 1554 e 1557 ocorreu a II Guerra Russo-Sueca. Um ano mais tarde ocorreu a Guerra da Livônia, que envolveu praticamente todo o Norte da Europa. Esta guerra se estenderia desde 1558 até 1582. A Suécia adquiriu uma parte dos territórios conquistados (o norte da Estônia) segundo o Pacto de Wilno). Aos 64 anos Gustavo I morre e seu filho Érico XIV assume o trono com 27 anos. Seu objetivo era terminar os trabalhos que haviam se iniciado pelo pai.