Згідно з легендами, недалеко від Ґірґи знаходилось стародавнє місто Тініс, де, згідно зі ствердженнями староєгипетського історика Манефона, відбулося об'єднання Нижнього Єгипту близько 3100 року до нашої ери. За часів османського правління в Ґірґи перебував незалежний вілаєт, який проіснував тут до середини XVIII століття, коли стався спалах епідемії холери. Холера практично спустошила місто, а залишки населення розбіглися. Новим засновником міста вважається шейх Ес-Саюти, який заснував на місці міста релігійне училище і побудував мечеть (мечеть Ес-Саюти). Населення міста збільшилась ще, коли Франція спробувала зафоювати Єгипет, під час Єгипетського походу. Французи обрали Ґірґу базою для своїх військ через те, що тут була мала чисельність населення і майже повністю відсутній опір. Після відходу французьких військ, за правління Мухаммеда Алі, Ґірґа стала центром одного з семи адміністративних районів Єгипту, в межах від Асьют до Асуана. У 1960 Ґірґа увійшла до складу губернаторства Сохаг.