Während des Schmalkaldischen Kriegs zog Kurfürst Johann Friedrich I. von Sachsen im Jahre 1547 mit 4.000 Mann Kavallerie und 22.000 Mann Infanterie durch Fulda. Er forderte von Fürstabt Philipp 30.000 Gulden. Um einer Plünderung zu entgehen, zahlte der Fürstabt. Johann Friedrich nahm das Geld und überließ die Stadt dennoch seinen Soldaten zur Plünderung. Auch ließ er die Kranken seines Heers in Fulda zurück, was nach der Pestepidemie von 1544 erneut zu Krankheit und Tod innerhalb der Bevölkerung führte.