Juantorena, som nå fikk tilnavnet "El Caballo" (hesten), fortsatte å løpe i mange år, men nådde aldri opp på samme nivå som i 1976 og 1977. Han kom på fjerdeplass på 400 meter under Sommer-OL 1980 i Moskva. I VM 1983 pådro han seg en stygg ankelskade da han tråkket på lista i semifinalen på 800 meter. Dette ble hans siste deltakelse i et ordinært, internasjonalt mesterskap, fordi Cuba boikottet Sommer-OL 1984 i Los Angeles. Det ble imidlertid arrangert "erstatningsleker" av de landene som boikottet OL (dette skjedde også i 1980), og i disse delte Juantorena seieren på 800 meter med polakken Ryszard Ostrowski.