W seniorskiej reprezentacji Meksyku Muñoz zadebiutował 17 stycznia 1987 w wygranym 3:1 meczu towarzyskim z Salwadorem. Cztery lata później został powołany przez selekcjonera Manuela Lapuente na Złoty Puchar CONCACAF, gdzie rozegrał dwa spotkania i zajął ze swoją kadrą narodową trzecie miejsce. W 1992 roku wystąpił w czterech meczach wchodzących w skład eliminacji do Mistrzostw Świata 1994, na które jego ekipa się ostatecznie zakwalifikowała. W 1993 roku wziął za to udział w turnieju Copa América. Meksykanie debiutowali wówczas w tych rozgrywkach i z Muñozem w składzie doszli aż do finału, przegrywając w nim 1:2 z Argentyną. Sam zawodnik nie rozegrał na tym turnieju ani jednego spotkania i bilans reprezentacyjny zakończył z 20 spotkaniami na koncie bez zdobytej bramki.