We wczesnym średniowieczu Kostrzyn należał do Wielkopolski. W 1232 książę wielkopolski Władysław Odonic nadał ziemię kostrzyńską templariuszom. W 1249 został stolicą kasztelanii kostrzyńskiej. Kostrzyn w 1261 określany był mianem miasteczka, w tym też roku miasto przeszło w ręce Brandenburczyków. Około 1300 przejęcie przez miasto prawa magdeburskiego. W 1319 wybuchła wojna o przynależność regionu, który zajął książę wołogoski Warcisław IV, po czym do 1323 w okolicach toczyły się walki pomorsko-saskie. W 1323 w mieście zawarty został pokój pomorsko-saski. Około 1324-1326 miasto zostało ponownie włączone do Brandenburgii, a od 1373 leżało w granicach Korony Czeskiej. W 1402 zawarto porozumienie w sprawie sprzedaży miasta Polsce, jednakże ostatecznie czescy Luksemburgowie sprzedali je jeszcze w tym samym roku Krzyżakom. Po wybuchu wojny trzynastoletniej w 1454 Krzyżacy sprzedali miasto z regionem Marchii Brandenburskiej, aby pozyskać środki na prowadzenie wojny z Polską.