Juhanan isä oli Toscanan suurhettua, sittemmin pyhä saksalais-roomalainen keisari Leopold II. Hänen äitinsä oli Espanjan prinsessa Maria Ludovica. Juhana sai syyskuussa 1800 komentoonsa kenraali Moreauta vastaan asetetun itävaltalais-baijerilaisen armeijan, mutta kärsi tappion 3. joulukuuta Hohenlindenin taistelussa. Vuoden 1805 sodan aikana hän oli Tirolin alueen joukkojen komentajana. Vuoden 1809 sodan aikana Juhana saavutti Italiassa voiton Sacilen taistelussa 16. huhtikuuta ja eteni joukkoineen kohti Veronaa, mutta joutui perääntymään ja hävisi paluumatkalla 14. kesäkuuta Raabin taistelun. Hän yritti tuoda joukkonsa veljensä Kaarlen avuksi Wagramin taistelussa, mutta saapui paikalle liian myöhään ja itävaltalaiset kärsivät tappion. Vuonna 1815 Juhana komensi reservijoukkoja Reinin yläjuoksulla ja valtasi Hüningenin.