Вскоре, военные действия обернулись против бакинских войск, и 14 сентября Баку был захвачен Кавказской Исламской армией. За взятием Баку последовала трехдневная резня армян азербайджанцами с участием османской армии в качестве мести за мартовские события. Согласно британскому специалисту по исследованию геноцидов Дональду Блоксхэму, мало сомнений в намерении османской армии убивать всех армян, продолжая геноцид 1915 года, но предыстория резни очень запутана ввиду обоюдной резни в 1905 и массового уничтожения азербайджанцев в марте 1918. Согласно некоторым оценкам было убито 30 000 армян. Согласно американскому историку Фирузу Каземзаде, данные о количестве жертв были очень завышенными, учитывая то, что официальные данные специального Армянского исследовательского комитета не превышали 9 тысяч.