Pérez war auch Mitglied der A-Nationalmannschaft Uruguays, für die er zwischen dem 8. März 1959 und dem 2. Februar 1967 29 Länderspiele absolvierte. Dabei schoss er sechs Länderspieltore. Mit der Celeste nahm er 1959 in Argentinien an der ersten und auch in Ecuador bei der zweiten Ausspielung der Südamerikameisterschaft teil. In Ecuador trug er in vier Begegnungen (ein Tor) zum Titelgewinn der Uruguayer bei. Auch an der Weltmeisterschaft 1962 wirkte er auf uruguayischer Seite mit. Dort kam er in allen drei Gruppenspielen Uruguays zum Einsatz. Als Teil des Aufgebots bei der WM vier Jahre später war er in allen vier Spielen am Vordringen ins Viertelfinale und dem dortigen Scheitern an der bundesrepublikanischen Elf beteiligt. Bei den Südamerikameisterschaften 1967 feierte er sodann den Gewinn eines weiteren Südamerikameistertitels. Im Verlaufe des Wettbewerbs bestritt er vier Partien, erzielte abermals einen Treffer und lief dort beim das Turnier entscheidenden letzten Spiels der Veranstaltung, dass mit dem 1:0-Sieg über Argentinien endete, auch letztmals in seiner Karriere für sein Heimatland auf.