El arzobispo regresó en 1897 y el mismo año se incororó al colegio el sacerdote Ignacio Prado. Debido a la debilidad en que se encontraba la Iglesia Católica tras la reforma liberal, era difícil para el clero secular hacerse cargo del colegio, situación que se agravó con los terremoto de 1917-18 que destruyeron la Catedral y el colegio. Y, por si fuera poco, a los problemas del colegio se sumó la crisis social y económica de Guatemala que lllevó al derrocamiento de Manuel Estrada Cabrera en 1920.