উত্তর নোয়াখালী জেলার রায়গঞ্জ থানার অধীনে থাকা অঞ্চলগুলোতে ১৯৪৬ খ্রিস্টাব্দের ১০ অক্টোবর গণহত্যা শুরু হয়। এই গণহত্যাকে "মুসলিম উচ্ছৃঙ্খল জনতার সংগঠিত ক্রোধ" হিসেবে আখ্যায়িত করা হয়েছিল। এই হত্যাকাণ্ডের ঢেউ শীঘ্রই প্রতিবেশী থানার রায়পুর, লক্ষ্মীপুর, বেগমগঞ্জ, নোয়াখালীর সন্দ্বীপ এবং ত্রিপুরা জেলার ফরিদগঞ্জ, হাজীগঞ্জ, চাঁদপুর, লাকসাম এবং চৌদ্দগ্রাম ছড়িয়ে পরে। এই ভয়াবহ হত্যাকাণ্ডের জন্য হতাহতের সংখ্যা সঠিকভাবে নির্ণয় করা যায় না। তবে, সরকারি মতে, এই হত্যাকাণ্ডে ২০০-৩০০ জন মারা যায়। নোয়াখালীতে দাঙ্গা বন্ধ হওয়ার পরে, মুসলিম লীগ দাবি করেছিল যে এই সংঘর্ষে কেবল ৫০০ হিন্দু মারা গিয়েছিল, কিন্তু বেঁচে থাকা ব্যক্তিরা মনে করেন যে ৫০,০০০ এরও বেশি হিন্দু নিহত হয়েছিল। কেউ কেউ দাবি করেন এর ফলে নোয়াখালীতে হিন্দু জনসংখ্যা প্রায় ধ্বংস হয়ে গিয়েছিল। ফ্রান্সিস টুকারের মতে, হিন্দু সংবাদমাধ্যম বিশৃঙ্খলার মারাত্মক অতিরঞ্জিত সংবাদ প্রকাশ করেছিল। তবে নিরপেক্ষ এবং ব্যাপকভাবে গৃহীত মতানুযায়ী মৃত্যুর সংখ্যা ছিল প্রায় ৫০০০-এর কাছাকাছি।