Voortaan gaf Heydrich leiding aan een georganiseerde massamoord. In datzelfde jaar werd hij ook plaatsvervangend "Reichsprotektor" van Bohemen en Moravië waar hij de falende Konstantin von Neurath verving. Zijn doortastend optreden tegen het Tsjechische verzet was zeer doeltreffend, een kleine 400 actieve verzetsstrijders werden door Heydrich gelijk geëlimineerd en niet alleen een groot deel van de oppositie verdween achter de tralies maar ook zwarthandelaren, illegale slagers en profiteurs werden hard aangepakt, onder deze laatste categorie vielen de meeste doodvonnissen en hierbij werd geen onderscheid gemaakt tussen Duitsers of Tsjechen. Daarna werden door hem de prijzen voor de eerste levensbehoeften als voedsel en schoenen verlaagd en werd werken extra beloond en de sociale voorzieningen flink verbeterd. Dit systeem van straf en beloning werkte zeer goed waardoor de rust in het land terugkeerde. Dit werd door de regering in ballingschap onder leiding van president Benis met grote tegenzin waargenomen en na een opmerking van Winston Churchill dat het Tsjechische verzet wel erg rustig was geworden besloot Benis om in actie te komen. Daarop werd besloten dat Heydrich, die inmiddels door de geallieerden werd bestempeld als een 'bijzonder gevaarlijk man', geliquideerd moest worden. Voor Heydrich lonkte ondertussen weer een nieuwe post: er waren door insiders, werkend in het Hradschin paleis, geruchten dat hij naar Frankrijk gestuurd zou worden om het verzet daar in de kiem te smoren. De door Rudolf Hrubec getrainde Tsjechische soldaat Jan Kubiš en de Slowaakse soldaat Jozef Gabčík, die via SOE (Special Operations Executive) vanuit Engeland waren uitgezonden, kregen in Operatie Anthropoid de opdracht om Heydrich te vermoorden in de hoop hiermee in Tsjechië grootschalige represailles tegen de bevolking uit te lokken en hiermee het verzet tegen de Duitsers te heractiveren.