Kotimaan kentillä Stoilov luotsasi Levskin mestariksi liigassa ja cupissa kahdesti. Hän toimi kesäkuussa 2007 myös lyhyen aikaa Bulgarian maajoukkueen valmentajana luotsaten joukkuetta kahdessa EM2008-karsintaottelussa Valko-Venäjää vastaan. Molemmat ottelut päättyivät Bulgarian voittoon.