Al març de 1944 va ser nomenat Delegat del Govern Provisional de la República Francesa davant del general Eisenhower, comandant suprem Aliat. Kœnig també va ser nomenat Comandant Suprem de les Forces Franceses al Regne Unit i Comandant de les Forces Franceses de l'Interior (FFI), i, després de la Invasió, Comandant de les Forces Franceses a França. Promogut a General de Cos d'Exèrcit el 28 de juny de 1944, el 25 d'agost va ser nomenat Governador Militar de París, tot just després de l'alliberament de la ciutat, càrrec que ocuparia fins al final de la guerra.