Nach dem Ende seiner Amtszeit als Innenminister wurde Suwanalijew Gouverneur des Gebiets Naryn und bekleidete dieses Amt bis ins Jahr 2010, ehe er seine Kandidatur bei der Präsidentschaftswahl 2011 ankündigte. Bei der Wahl am 30. Oktober 2011 erhielt Suwanalijew 16.143 Stimmen und damit 0,88 % der abgegebenen Stimmen. Wahlsieger und damit neuer Präsident Kirgisistans wurde der Sozialdemokrat Almasbek Atambajew. Nach der Wahl bezeichnete Suwanalijew den neuen Präsidenten Atambajew als „inkompetent“ und nannte ihn einen „Populist“. In den folgenden Jahren unterstützte Suwanalijew mehrere oppositionelle Bewegungen und organisierte Demonstrationen gegen Atambajew und die sozialdemokratische Regierung. Bei der Präsidentschaftswahl 2017 kandidierte Atambajew gemäß der kirgisischen Verfassung nicht erneut, sein Nachfolger wurde der sozialdemokratische Kandidat Sooronbai Dscheenbekow.