Die Weltmeisterschaft 1999 fand erneut in den Five-Nations-Ländern statt und wieder besaß Schottland Heimvorteil im Murrayfield Stadium. Nach der Startniederlage gegen Südafrika folgten Siege über Uruguay und Spanien. Als Gruppenzweite mussten die Schotten daraufhin die Hoffnungsrunde bestreiten, in der sie sich mit 35:20 gegen Samoa durchsetzten. Wie schon vier Jahre zuvor scheiterten sie im Viertelfinale an den Neuseeländern, denen sie 18:30 unterlagen. Beim Six Nations 2000, der Erstaustragung des erweiterten jährlichen Turniers, konnten die Titelverteidiger nicht überzeugen. Sie verloren die ersten vier Spiele, einschließlich des Eröffnungsspieles gegen die erstmals teilnehmenden Italiener. Andererseits verhinderten sie im letzten Spiel den sicher geglaubten Grand Slam der Engländer. Im Rahmen der End-of-year Internationals 2002 gelang ein überraschend deutlicher 21:6-Heimsieg über Südafrika.