In Bubendorf wurden in der näheren Umgebung des Sappetengeländes keltische und alamannische Gräber entdeckt. Aus der Römerzeit haben sich Gemäuer, Reste einer römischen Strasse und einer Brücke erhalten. In einer Urkunde vom 13. Jahrhundert ist vermerkt, dass Bubendorf dem Grafen von Frohburg gehörte und 1399 zur Dompropstei Basel kam. Das Schloss Wildenstein gründeten die Eptinger im 13. Jahrhundert; es wurde beim grossen Basler Erdbeben 1356 beschädigt. Darauf wechselte es verschiedene Male den Besitzer, kam schliesslich an den Basler Henman Sevogel, der 1444 in der Schlacht bei St. Jakob an der Birs als Anführer der Baselbieter fiel. Heute gehört das Schloss mit dem dazugehörigen Bauernhof dem Kanton Basel-Landschaft. Der Hof wird schon seit einigen Jahren von David Sprunger gepflegt und bewirtschaftet. Ebenfalls eine Gründung der Eptinger war die Burg Gutenfels an der Gemeindegrenze zu Arboldswil. Zwischen 1220 und 1250 gebaut, wurde sie im Basler Erdbeben vollständig zerstört. Sie wurde um 1970 ausgegraben und wird in diesem Zustand erhalten.