กองกำลังยูโกสลาเวีย (, ВЈ, "Vojska Jugoslavije, VJ") ได้แปรสภาพมาจาก กองทัพประชาชนยูโกสลาเวีย (JNA), โดยเปลี่ยนชื่อประเทศเป็น"สหพันธ์สาธารณรัฐ" ในช่วงเวลาดังกล่าวได้มีการจำกัดกำลังพลของทั้งสามเหล่าทัพระหว่างสงครามยูโกสลาเวีย. เมื่อปี ค.ศ. 2003 ได้มีการแก้ไขรัฐธรรมนูญ และเปลี่ยนชื่อประเทศเป็น "เซอร์เบียและมอนเตเนโกร", โดยได้ยกสถานะเป็น "กองทัพเซอร์เบียและมอนเตเนโกร". ช่วงเวลานั้นต้องเผชิญปัญหาของกบฎกลุ่มต่างๆที่สู้รบในระหว่างสงครามคอซอวอ เช่น กองกำลังปลดปล่อยคอซอวอ และ Liberation Army of Preševo, Medveđa and Bujanovac รวมถึง Preševo Valley conflict, และ การเผชิญหน้ากับกองกำลังนาโตในระหว่างปฏิบัติการโจมตีทางอากาศ.