Trước tình thế này, Marie phải chọn chồng cho mình, và thông qua các cố vấn đáng tin cậy, bà đã chọn Archduke Maximilian của Áo, vị Hoàng đế tương lai của Thánh chế La Mã, và cũng là người đồng trị vì với Marie ở Bourgogne. Hôn lễ của hai người diễn ra ở Ghent, vào ngày 19 tháng 8 cùng năm. Việc Marie được cưới vào nhà Habusburg, đã chính thức khơi mào nên cuộc tranh chấp tới 2 thế kỉ giữa Pháp và Habsburg (Tây Ban Nha lẫn Thánh chế La Mã), dẫn đến Chiến tranh Kế vị Tây Ban Nha. Kết hôn hơn 5 năm, Marie qua đời trong một tai nạn khi đang cưỡi ngựa, bà gãy cột sống và qua đời ngay ngày hôm sau.