Про те, що групи НКВС сформовані для участі не в навчальних зборах, а у військовій операції, стало зрозуміло 15 вересня, за два дні до початку вторгнення, коли на адресу заступника наркома внутрішніх справ СРСР Всеволода Меркулова, Сєрова й Цанави надійшла директива Берії "«Про завдання оперативних груп НКВС при вступі радянських військ на територію Західної України і Західної Білорусі»". В ній було визначено і мету їх створення: "«з просуванням (…) військ і зайняттям тих чи інших міст будуть створюватися тимчасові управління (тимчасові органи влади), до складу яких ввійдуть керівники опергрупи НКВС»". Було поставлено цілі: "«опергрупи НКВС, по мірі просування військових частин повинні створювати на зайнятій території в усіх значних населених пунктах апарат НКВС за рахунок виділення зі складу основної групи НКВС невеликих груп, (…) разом з невеликим загоном червоноармійців-прикордонників виділена група працівників повинна стати ядром майбутніх органів НКВС»". Сформульовано в директиві й конкретні завдання, які повинні виконувати новостворені органи НКВС. Серед інших це, зокрема: