Seinen Militärdienst im Zweiten Weltkrieg leistete Heuer im Pferdelazarett in Dresden-Klotzsche. Im August 1944 heiratete er Annemarie Stauß, Tochter des Juristen und Vizepräsidenten des Sächsischen Staatsrechnungshofes a. D. Christian Gottlieb Stauß. Bei der Zerstörung seines Ateliers am Antonsplatz durch den Bombenangriff auf Dresden am 13. Februar 1945 verlor der Künstler den Großteil seines Frühwerkes. Während eines Militärtransportes nach Skandinavien geriet Heuer in französische Kriegsgefangenschaft.