Di bawah bimbingan jurulatih baru Alfio Basile, Zanetti telah dipanggil untuk menghadapi perlawanan persahabatan menentang Perancis pada 7 Februari 2007. Beliau beraksi dengan cemerlang dan membantu Javier Saviola untuk menjaringkan gol tunggal permainan sekali gus membantu Argentina meraih kemenangan pertama di bawah kendalian Basile. Pada tahun yang sama, Zanetti menjadi naib kapten Argentina untuk kejohanan Copa América 2007 dan pasukannya telah mara ke final sebelum tunduk kepada Brazil.