1941年（昭和16年）11月4日、衣笠丸は日本海軍に再度徴傭され、11月10日付で特設運送船として入籍。11月5日から11月20日まで、日本鋼管鶴見造船所で艤装工事が行われた。太平洋戦争開戦後は1942年（昭和17年）4月まではミンダナオ島攻略戦、アンダマン諸島攻略戦に参加。5月から6月にかけてはアリューシャン方面の戦いに転じ、キスカ島攻略戦に加わった。その後は日本と南方各地を往復する輸送船として行動した。1943年（昭和18年）11月16日、国際汽船が戦時統合により大阪商船に吸収合併されたことにより、衣笠丸も大阪商船に移籍する。昭和18年7月から運航を開始したヒ船団にもしばしば加入した。