Po wybuchu w 1899 II wojny burskiej, wspólnie z Transwalem, walczył przeciw najazdowi brytyjskiemu. Po zajęciu przez Brytyjczyków Oranii prezydent przeniósł swój rząd na emigrację do innych państw burskich. W kwietniu 1902 roku wziął udział w rozmowach pokojowych w Klerksdorp, ale z powodu choroby nie podpisał Traktatu z Vereeniging w Pretorii 31 maja, w czym zastąpił go Christiaan Rudolf de Wet. Traktat zakończył istnienie niepodległej Oranii.