Po rezygnacji Zbigniewa Krzyżanowskiego w kwietniu 2003 objął ponownie funkcję szkoleniowca reprezentacji Polski, z którą awansował na mistrzostwa Europy w Turcji, gdzie drużyna narodowa zdobyła złoty medal. Prowadzona przez niego reprezentacja powtórzyła ten sukces na odbywających się w 2005 mistrzostwach Europy w Chorwacji. Sukcesy w rozgrywkach kontynentalnych nie szły jednak w parze z osiągnięciami w innych turniejach międzynarodowych. 1 września 2006, po słabych występach w Grand Prix, Andrzej Niemczyk podał się do dymisji. Kilka dni wcześniej usunął z kadry jedną z jej najlepszych zawodniczek Małgorzatę Glinkę.