1795年から1822年まで、植民エリアの変化に伴い、街の所有者も何度か変わった。1795年にフランスに譲渡され、1801年にハイチ革命で（解放）奴隷により占領され、1802年にフランスが再占領し、1809年にはスペインが再占領した。1821年にサントドミンゴは、ハイチ人により征服され、その2ヶ月後に独立国家であるスペイン・ハイチ共和国の首都となった。これらの結果、街や植民エリアのスペイン人の人口は激減した。