Dans les milieux proches du pouvoir, les oppositions à Nithard ne manquent pas. La noblesse espagnole s'oppose à la promotion d'un homme qu'elle considère comme un parvenu. La conjoncture politique de l'époque, où la position de ministre-favori est sujette à de nombreuses critiques, sa faible extraction, son ambition affichée et ses liens privilégiés avec la reine lui valent des critiques nombreuses. Son principal opposant est Juan José d'Autriche : âgé de 36 ans, fils bâtard de d'Espagne reconnu par son père, il a participé aux guerres en Italie, en Catalogne, dans les Flandres et au Portugal ; il espère obtenir une reconnaissance de la reine, mais celle-ci intrigue pour le faire envoyer en exil. En réaction, il rejoint l’opposition au gouvernement de la régente qui fait assassiner l’un de ses serviteurs. Juan José d'Autriche prend alors la tête d'un soulèvement en Aragon et en Catalogne en 1669 et obtient le renvoi de Nithard en 1669, mais doit toutefois se contenter de la vice-royauté d’Aragon.