Der Krieg gegen Schottland nahm Seymours Aufmerksamkeit weiterhin in Anspruch. Nach wie vor plante er Maria Stuart mit Eduard zu verheiraten und auf diese Weise Schottland unter englische Kontrolle zu bringen. Anders als bei anderen Feldzügen hatte er diesmal vor, in Schottland eine englische Basis zu errichten und von dort aus die Loyalität der Schotten zu gewinnen. Im Jahr 1547 führte er eine 19.000 Mann starke Armee in die Schlacht bei Pinkie Cleugh und brachte den Schotten am 10. September eine empfindliche Niederlage bei. Doch die von den Engländern errichteten Garnisonen wurden im Juni 1548 von französischen Truppen angegriffen, die in Leith landeten und der Königinmutter Marie de Guise zu Hilfe kamen. Gleichzeitig flammten in Frankreich wieder Kämpfe um Calais und Boulogne auf, was die englischen Truppen in Atem hielt.