1686 wurde Thököly wieder aus seinem Verlies entlassen und mit einer kleinen Armee nach Siebenbürgen geschickt, wo er aber wie auch in einer zweiten Unternehmung im Jahre 1688 scheiterte. Daraufhin wurden die Türken erneut misstrauisch und ließen ihn wieder gefangen nehmen. Am 21. August 1689 jedoch entsandten ihn die Türken erneut mit 16.000 Mann nach Siebenbürgen und im September des gleichen Jahres schlug er die vereinten Truppen von General Donatus Heißler und Michael Teleki in Zernyest. (Graf Teleki wurde im Kampf getötet, Heißler geriet dabei in Thökölys Gefangenschaft). Nach diesem grandiosen Sieg wurde Thököly durch den Landtag in Kereszténysziget zum Fürsten von Siebenbürgen gewählt, er konnte aber seine Stellung nur mit äußersten Schwierigkeiten gegen die kaiserlichen Armeen verteidigen. 1691 verließ er Siebenbürgen. Dann kämpfte er weiter zusammen mit den allmählich nach Süden zurückgedrängten Türken gegen die habsburgischen Truppen und war in der Tat ein tapferer (aber aufgrund der historischen Umstände vergeblich kämpfender) Soldat in diesen Kämpfen. Er führte eine türkische Kavallerieeinheit beispielsweise in der Schlacht bei Slankamen (1691) und wurde vor allem als türkischer Kommandant in der "Schlacht bei Zenta" (1697) an der Theiß bekannt.