Panenka edusti seuratasolla kotimaassaan vuosina 1967–1981 Bohemiansia. Vuosina 1981–1987 hän edusti Itävallassa Rapid Wieniä ja St. Pölteniä. Tšekkoslovakian maajoukkueessa Panenka pelasi vuosina 1973–1982 59 ottelua ja teki niissä 17 maalia. Hän edusti Tšekkoslovakiaa EM-kilpailuissa vuosina 1976 ja 1980 sekä MM-kilpailuissa vuonna 1982.