1996 erhielt das Institut den Auftrag, das Massaker von Srebrenica und die Rolle der niederländischen Blauhelm-Soldaten und die ihres Kommandanten Thomas Karremans, darin zu untersuchen. Der 2002 veröffentlichte Bericht führte zum Rücktritt des Kabinetts Kok. 1998 wurde der allgemeine Forschungszeitraum schließlich auf die Jahre 1914 (Ausbruch des Ersten Weltkriegs) bis Ende des 20. Jahrhunderts ausgeweitet. Am 1. Januar 1999 wurde das Institut vom Ministerium für Kultur, Bildung und Wissenschaften abgespalten und der Königlich-Niederländischen Akademie der Wissenschaften angeschlossen. Im Zuge dessen erhielt es auch seinen heutigen Namen.