На исходе Тридцатилетней войны Фрайбург пять раз подвергался осаде. За это время его население сократилось в 5-7 раз (до 2000 жителей). На рождество 1632 года Фрайбург осадил шведский генерал Густав Горн. Горожане капитулировали 30 декабря. В следующем году при приближении испанской армии шведы покинули город, но вернулись год спустя. На пасху 1638 года Фрайбург в течение 11 дней сопротивлялся армии принца Саксен-Веймарского. После взятия соседнего Брейзаха принц надеялся превратить Брейсгау в родовое владение (других земель у него не было), однако в 1639 году внезапно умер. Регион заняли французы, которых летом 1644 г. изгнал баварский генерал Мерси. После кровопролитного сражения французы вернулись и хозяйничали во Фрайбурге до июня 1648 года, когда был заключен Вестфальский мир.