Il 9 giugno 1809, venne nominato comandante di una spedizione di 264 navi da guerra e 352 trasporti con 44.000 uomini da destinare all'isola di Walcheren per distruggere l'arsenale francese presso lo Scheldt. Strachan non era adatto a quella posizione, mancando sia di esperienza che di temperamento per un'operazione così complessa. Inoltre le sue relazioni col comandante dell'armata di terra, lord Chatham, iniziarono ben presto a peggiorare per le reciproche ambizioni e l'ambiziosa Spedizione di Walcheren finì per essere abbandonata, avendo ottenuto solo la cattura di Vlissingen, nei Paesi Bassi. Chatham presentò le sue memorie personali sull'operazione a re Giorgio III del Regno Unito nel 1810, accusando Strachan del fallimento della spedizione. Strachan si difese dichiarando che le navi avevano fatto tutto quanto richiesto loro. Divenne ad ogni modo il capro espiatorio di questo fallimento e non ottenne più altre assegnazioni di comando.