테러와의 전쟁 중, 이라크 전쟁과 아프가니스탄 전쟁을 통해 각군의 통합작전능력, 군사첩보 상호운영능력이 향상되어 합동전력사령부의 필요성이 줄어들었고, 오래 지속되는 전쟁 탓에 국가예산이 부족해졌다. 2010년 8월 9일, 미국의 국방부 장관 로버트 게이츠는 합동전력사령부를 폐지하므로서 1,000억 미국 달러를 절약하겠다고 발표하였다.