10 июля 1941 года подполковник Синицын назначен начальником штаба 278-й стрелковой дивизии, формировавшейся в ОрВО. После завершения формирования она вошла в состав 50-й армии Брянского фронта. В начале сентября переведен командиром 853-го стрелкового полка этой дивизии. В ходе Орловско-Брянской оборонительной операции 13 октября, прикрывая остатками двух полков дивизии переправу в районе Гутовского завода и отход ее основных сил, попал в окружение. Лишь 6 ноября ему удалось с группой из 38 бойцов и командиров с оружием и документами выйти к своим войскам в районе Тулы. После проверки 11 января 1942 года был назначен начальником штаба 19-й стрелковой дивизии, с которой участвовал в битве под Москвой.