1 марта 2009 года Рио вышел на поле в финале Кубка футбольной лиги, «Манчестер Юнайтед» переиграл «Тоттенхэм» в серии послематчевых пенальти. В конце сезона «"красные дьяволы"» обеспечили себе третий чемпионский титул за три года и снова вышли в финал Лиги чемпионов. Фердинанд был включён в «команду года» в Премьер-лиге трижды подряд. 27 мая он сыграл 90 минут в финальном лигочемпионском матче против «Барселоны» на Олимпийском стадионе Рима. Каталонцы оказались сильнее — 2:0, и «Манчестер Юнайтед» не смог защитить главный клубный трофей Европы.