Najstarsze świadectwa zamieszkania tego terenu datowane są na czasy neolitu. Na pobliskim wzgórzu Rubin prawdopodobnie znajdowała się mityczna słowiańska osada Wogastisburg, gdzie w 631 lub 632 roku odbyła się bitwa pomiędzy królem Dagobertem I a słowiańskim wodzem Samonem. Pierwsza pisemna wzmianka o miejscowości pochodzi z 1369 roku. 11 listopada 1575 roku Podbořany otrzymały prawa miejskie.