Az egyházmegye utolsó, mondhatni középkori püspöke Paksy Balázs (1525–1526) volt, aki sok más püspökkel együtt a mohácsi csatában esett el. A püspökséget ekkor sokáig nem töltötték be, birtokai világiak kezébe kerültek. Buda 1541-es eleste után Győr stratégiai szerepe megnőtt, hiszen a Bécs elleni támadás fő akadálya lett, ezért 1552-től a püspökvárat királyi helyőrség foglalta el. Emiatt a győri püspök tartózkodási helye a Győr melletti Kesző vára, illetve a Fertő melletti Rákos vagy Szombathely lett.