Frick lämnade Prag den 27 april 1945 och begav sig till Kempfenhausen i södra Bayern. Den 1 maj tågade amerikanska trupper in i München; dagen därpå överlämnade sig Frick. Han fördes till krigsfångelägret Camp Ashcan i Mondorf-les-Bains i Luxemburg, där även bland andra Hermann Göring, Joachim von Ribbentrop, Wilhelm Keitel och Alfred Jodl internerades. I november 1945 ställdes Frick och 21 andra politiker och militärer inför rätta inför den internationella militärtribunalen i Nürnberg. Frick anklagades enligt samtliga fyra åtalspunkter: 1) planerande av anfallskrig 2) brott mot freden 3) krigsförbrytelser och 4) brott mot mänskligheten. Frick var som inrikesminister bland annat ansvarig för germaniseringen av ockuperade territorier och massmordet på fysiskt och psykiskt funktionshindrade inom ramen för Aktion T4, Nazitysklands eutanasiprogram. I egenskap av riksprotektor för Böhmen-Mähren hade han låtit deportera tjeckiska judar till koncentrationsläger.