В 1864 году Гундлах основал в Гаване первый кубинский музей естественной истории, которым сегодня управляет Кубинский институт книги. Во время кубинского восстания против Испании с 1868 по 1878 год Гундлаху пришлось прервать свою работу на Кубе. Поэтому в 1873 году он начал свои исследования в Пуэрто-Рико, а в 1878 году он представил первый обширный список пуэрто-риканской авифауны с 153 видами. Затем он проводил исследования по метаморфозу антильских листовых лягушек. В 1884 году он продолжил свою деятельность в качестве собирателя в восточной части Кубы. В 1887 году он совершил свою последнюю поездку в возрасте 76 лет.