Under Revolusjonskrigene erobret franske tropper byen. Sammen med alle områdene vest for Rhinen ble den innlemmet i Frankrike i 20 år. Fra 1816 hørte Mainz til storhertugdømmet Hessen, men hadde mistet sin tidligere betydning som fyrstelig residensby. Dette førte til at den videre byutviklingen i stor grad stagnerte. Dessuten spilte Mainz en viktig rolle som festningsby mot naboen i sørvest og var omgitt av festningsanlegg som var til hinder for videre vekst. Først i 1872, etter erobringen av Alsace-Lorraine under Den fransk-prøyssiske krigen, ble festningsanleggene utvidet slik at byen igjen fikk rom til å vokse.