Po opublikowaniu w 1926 r. dekretu rządu E. Callesa nakazującego księżom opuszczenie parafii i przeniesienie do miast został zmuszony do opuszczenia swojej parafii. Pełniąc swój apostolat nie angażował się politycznie i nie popierał zbrojnego powstania "christeros". 12 stycznia 1927 wydany został nakaz aresztowania Rodryga Aguilar Alemana za to iż mimo dekretu zawieszającego publiczne pełnienie kultu dalej realizował posługę kapłańską. W październiku następnego roku znalazł się w tajnym seminarium w Ejutla i tam 27 tegoż miesiąca aresztowany został przez oddział wojska wysłany w tym celu. Poddany został torturom. Następnego dnia przed żołnierzami uczestniczącymi w egzekucji wzniósł okrzyk: