Han oversatte Aristoteles' «Politikken» i 1548, som han senere kom til å bygge på. Etter plyndringen av Roma i 1527 flyttet han til Napoli. I I 1533 og 1534 skrev han til Erasmus fra Roma om forskjellene mellom Erasmus' greske nytestamente (textus receptus) og Codex Vaticanus Graece 1209. Han er kjent som Bartolomé de las Casas' motstander i Valladolid-disputten i 1550 omkring rettferdiggjørelsen av den spanske erobring av Vestindia. Sepúlveda forsvarte det spanske imperiets rett til erobring, kolonisering og omvendelse av den nye verdens innfødte, med utgangspunkt i naturrettsfilosofi.