İstanbul'un fethinde II. Mehmed, donanmadan yararlandı. Karadeniz'de ve Akdeniz'de etkisi artan Osmanlı donanması, Mısır seferinde Osmanlı kuvvetlerine lojistik destek sağladı. 1538 yılında Preveze Deniz Muharebesi kazanıldı. Bundan sonra Cerbe Deniz Muharebesi de kazanıldı, Malta kuşatıldı ancak bir şey elde edilemedi. Osmanlı donanmasını büyütmek için birçok tersane kuruldu, ihtiyaç duyulan malzemeler Kocaeli'den, Biga'dan, Samsun'dan, Kastamonu'dan ve Aydın'dan getiriliyordu. Kaptan-ı Deryalara gelenek olarak Cezayir beylerbeyliği verilirdi. Tersane-i Amire'nin bulunduğu Kasımpaşa'nın inzibat sorumlusu donanmaydı. Gelibolu, Akdeniz adaları ve İzmir'in bazı yerleri Osmanlı kaptanlarına dirlik olarak verilirdi.