Finalmente, transcurridos varios meses, Honecker abandona la embajada chilena, siendo extraditado a su salida en 1992, tras la desintegración soviética. Estuvo preso entre 1992 y 1993 en la cárcel de Berlín-Moabit donde redactó sus memorias políticas. Fue procesado por la muerte de las 192 personas que murieron intentando cruzar el Muro de Berlín durante su mandato, pero debido a su grave estado de salud fue liberado y emigró a Chile, país del cual había acogido durante los años setenta y ochenta a centenares de chilenos, exiliados por el dictadura militar de Augusto Pinochet, donde residía su hija Sonja.