Schmeichel gewann bereits in seinem ersten Jahr mit Brøndby die dänische Meisterschaft und in dieser Zeit debütierte er im Mai 1987 unter Sepp Piontek als dänischer Nationaltorhüter – nur ein Jahr später entwickelte er sich bereits zum Stammkeeper bei der Euro 1988 in Deutschland. Insgesamt errang Schmeichel vier Ligatitel in fünf Jahren und auf dem Höhepunkt seiner dänischen Vereinskarriere stand er 1991 im Halbfinale des UEFA-Pokals, das gegen den AS Rom nur knapp durch ein „Last-Minute-Tor“ von Rudi Völler verloren ging.