Efter Tysklands kapitulation i maj 1945 anslöt sig Schäfer till en Wehrmachtenhet och skaffade sig falska identitetshandlingar; han antog det fingerade namnet "Dr. Ernst Schleiffer". Efter en kortare tid i ett amerikanskt krigsfångeläger bosatte han sig i Sauerland och arbetade i färg- och lackbranschen. År 1949 flyttade han till Köln, där han greps i april 1951. I juni samma år dömdes Schäfer av en domstol i Bielefeld till ett år och nio månaders fängelse för sitt medlemskap i Gestapo och Sicherheitsdienst. Dessa två organisationer hade av Internationella militärtribunalen i Nürnberg förklarats som brottsliga.