Wilna wurde am 24. Juni 1941 im Rahmen des Unternehmens Barbarossa von den Deutschen besetzt. Mit dem Beginn der Massenerschießungen in Ponary im Juli 1941 wurde Anna Borkowska bei der Rettung der Juden aktiv. Sie versuchte, die Unterstützung der römisch-katholischen Kirche Wilnas zu bekommen, die diese jedoch aus Angst vor den deutschen Besetzern ablehnte. Auf eigene Initiative nahm sie 17 Mitglieder des Hashomer Hatzair auf, die hinter den Klostermauern einen sicheren Ort fanden und ihre politischen Aktivitäten fortsetzen konnten. Unter ihnen befand sich Abba Kovner, der dort seinen berühmten Weckruf zur Revolution schrieb. Abba Kovner erfasste die volle Bedeutung der Morde in Ponary und verstand, dass sie Teil eines systematischen Plans waren, alle Juden Europas zu ermorden. Als die Pioniere sich entschlossen, die Sicherheit des Klosters aufzugeben und ins Ghetto zurückzukehren, um die Widerstandsbewegung aufzubauen, versuchte Anna Borkowska, sie davon abzuhalten, jedoch hatte sie keinen Erfolg.