1941年9月、空母「蒼龍」に配属となり、零戦の慣熟・編隊空戦・洋上航法と、対米開戦直前の猛訓練に励んだ。1941年11月18日「蒼龍」は佐伯湾を抜錨、択捉島単冠湾で空母6隻を中心とする第1機動部隊を編成し26日ハワイに向けて出発した。12月8日真珠湾攻撃に、飯田房太大尉率いる第2次攻撃隊制空隊の小隊長として参加。米戦闘機は上がってこなかったので、ベローズ・カネオヘ各飛行場を銃撃した。飯田が自爆戦死した後、中隊を率いての帰路途中P-36の編隊と遭遇、藤田は1機を撃墜し初撃墜を記録した。ハワイからの帰路ウェーク島攻撃に参加。1942年（昭和17年）2月にダーウィン空襲、4月にはインド洋に進出してセイロン沖海戦に参加した。