Po wybuchu wojny secesyjnej w 1861 roku powtórnie wstąpił do armii, po stronie Unii, początkowo w stopniu pułkownika. Dowodził brygadą w I bitwie nad Bull Run. Awansował do rangi generała majora. Walczył między innymi w bitwie nad Antietam. W latach 1862-1863, po zakończonej niepowodzeniem kampanii półwyspowej gen. McClellana, był krótko dowódcą Armii Potomaku.