Reelegido para la Convención Nacional por el departamento de Loir y Cher, Chabot votó a favor de la ejecución de Luis XVI, oponiéndose además a la persecución de los autores de las masacres de septiembre, debido a que entre ellos había varios participantes en la Batalla de Jemappes. En marzo de 1793, Chabot se trasladó a Aveyron como uno de los dos representantes en misión del departamento de Aveyron y de Tarn, siendo el otro Jean-Baptiste Bô. Como primera intervención, Chabot y Bô crearon una comisión especial para el reclutamiento militar de la región. Varios días después, crearon un impuesto de guerra para los aristócratas y los burgueses acaudalados. En un intento por contener posibles revueltas urbanas, ambos procedieron a suspender el sistema democrático, reservándose el derecho a suspender y deponer a oficiales carentes de “celo civil”. Las medidas tomadas contra las iglesias locales y el levantamiento de las restricciones a la búsqueda e incautación gubernamental provocaron la impopularidad tanto de Chabot como de Bô. El 5 de mayo de 1793, Chabot y Bô abandonaron su comisión en Aveyron, siendo el primero reasignado a Toulouse, donde llevó a cabo una administración similar.