Im Dorf bestand spätestens im 16. Jahrhundert ein Rittergut, das die Grundherrschaft über den Ort ausübte. Kleinliebenau lag im hochstiftlich-merseburgischen Amt Schkeuditz, das seit 1561 unter kursächsischer Hoheit stand und zwischen 1656/57 und 1738 zum Sekundogenitur-Fürstentum Sachsen-Merseburg gehörte. Nach den für das Königreich Sachsen verlorenen napoleonischen Kriegen und der im Wiener Kongress beschlossenen Teilung des Königreiches Sachsen kam Kleinliebenau im Mai 1815 (als im Vertrag genannter Grenzort) mit dem Westteil des Amts Schkeuditz an Preußen und wurde nach einer Verwaltungsreform dem 1816 gebildeten Landkreis Merseburg in der Provinz Sachsen angegliedert.