ילדיו של אברבנאל ובני משפחותיהם התגוררו בסקופיה. ב-26 ביולי 1963 התחולל בסקופיה רעש אדמה עז. בנו של אברבנאל, ד"ר נסים ניצ'קו, בתו ד"ר רני (Reni) לוי אברבנאל וחתנו ד"ר סלבאטור לוי נהרגו ברעש. נכדתו רחל ניצלה משום שהתארחה בביתו של אברבנאל בביטולה. לאחר האסון שפקד אותם עזבו בני משפחת אברבנאל את ביטולה עם נכדתם ועלו לישראל. למרות גילו המתקדם, נאלץ אברבנאל לעבוד למחייתו כרופא מחליף בקופת חולים עד סוף שנות ה-70. ב-1981 הלכה לעולמה ברטה אברבנאל, וב-1984 הלך לעולמו חיים אברבנאל והוא בן 87 שנים.