Nach der Oktoberrevolution und dem Beginn des russischen Bürgerkriegs, schloss sich Kotowski den lokalen Kommunisten des Rumtscherod an und galt zunächst als Unterstützer der Linken Sozialrevolutionäre, bevor er sich den Bolschewiki zuwandte. 1918 übernahm er in Tiraspol die Führung über die Revolutionstruppen und trug maßgeblich zur Machtübernahme der Bolschewiki in der südöstlichen Ukraine bei. Kotowski unterhielt auch weiterhin Kontakte in seine inzwischen von Rumänien annektierte moldauische Heimat. 1920 kämpfte er schließlich im polnisch-sowjetischen Krieg gegen die Truppen Józef Piłsudskis.