Pada ketika ini juga, Tentera Udara Indonesia juga telah terlibat dalam konfrontasi menentang Persekutuan Malaysian (disokong oleh United Kingdom) di sepanjang sempadan Kalimantan, Selat Melaka dan berhampiran sempadan Singapura. Bagaimanapun, Indonesia kehilangan lebih banyak pesawat berbanding konflik di Papua.