Vinta la Supercoppa di Francia travolgendo per 5-1 il Lorient, nel 2002-2003 il Lione fece registrare in campionato larghe affermazioni contro Sedan e Bastia, ma crollò sino al 10º posto a causa degli impegni in Champions League, dove la squadra si piazzò nuovamente terza nel girone di prima fase, retrocedendo in Coppa UEFA, dove fu eliminato dal Denizlispor. Le cose non andarono meglio in Coppa di Francia, così la squadra si concentrò sul campionato, iniziando un recupero di posizioni che la condusse in vetta a sei giornate dal termine. Malgrado la concorrenza di agguerrite rivali come Monaco e Marsiglia, il Lione ottenne cinque 5 risultati utili di fila e vinse la Ligue 1 con una giornata di anticipo, rendendo ininfluente la sconfitta all'ultima giornata contro il Guingamp (1-4). I festeggiamenti per il secondo titolo di fila furono funestati dalla morte di Marc-Vivien Foé, centrocampista del Lione che morì per un attacco di cuore durante il match di Confederations Cup tra e del 26 giugno 2003, disputata proprio allo Stade de Gerland. La maglia numero 17 di Foé fu ritirata dal club per omaggiare la sua memoria.