Besonders zwischen 1815 und 1848 war die Kieler Universität zudem ein wichtiges Zentrum der deutschen Burschenschaftsbewegung und des Liberalismus. 1817 nahmen so auch Kieler Burschen der neu gegründeten Burschenschaft Teutonia zu Kiel am Wartburgfest teil, ihr Wahlspruch lautete „Teutonia sei’s Panier“. Um 1830 zählte die Universität über 400 Studenten. Zum Kreis der Lehrenden gehörten die Juristen Georg Christian Burchardi, Niels Nikolaus Falck, Johann Friedrich Kierulff und Eduard Osenbrüggen, die Historiker Johann Gustav Droysen und Georg Waitz, der Agrarhistoriker und Nationalökonom Georg Hanssen und der Philologe, Archäologe und Musikhistoriker Otto Jahn. Unter den Studenten waren damals Theodor Mommsen, Ludwig Ross und Theodor Storm. Während der Revolution von 1848 und dem anschließenden Dreijahreskrieg zwischen deutschen und dänischen Nationalliberalen um das Herzogtum Schleswig spielte die CAU ebenfalls eine wichtige Rolle. Dabei waren die Professoren und Studenten mehrheitlich (aber keineswegs ausschließlich) deutschgesinnt, weshalb unter patriotischen Dänen das folgende Bonmot kursierte: "„Lüge ist auch eine Wissenschaft, sprach der Teufel. Er studierte in Kiel.“"