Nel 1994 scende di nuovo in Serie C1 con il Bologna, vincendo il campionato. La stagione successiva vince il torneo cadetto nel finale: il cosiddetto "Torneo dei Bar", 6 vittorie nelle ultime sei partite. Il campionato 1996-1997 vede la migliore prestazione dei felsinei dalla fine degli anni 1960, col 7º posto in campionato e la semifinale di Coppa uefa persa a 5 minuti dalla fine. L'ultimo anno in Emilia lo vede da un lato legato alla querelle con Roberto Baggio (lasciato in panchina nella sfida contro la Juventus, il "Divin Codino" abbandonò offeso il ritiro), e dall'altro a capo di una squadra che con merito ottiene la qualificazione all'Intertoto, facendo dello stesso Baggio il miglior cannoniere italiano dell'anno. Ciò nonostante la società rossoblu pensa ugualmente alla sua sostituzione, e di conseguenza nel 1998 il tecnico passa in B al Napoli, dov'è esonerato a 3 giornate dalla fine del campionato. Nella stagione 1999-2000 subentra sulla panchina del Cagliari alla 5ª giornata ma non può evitare la retrocessione in B dei sardi.