Залучався до складу молодіжної збірної Іраку. У 2000 році у складі збірної до 20 років Мохаммед забив 4 голи на молодіжному кубку Азії, в тому числі відзначився дублем у фіналі проти Японії (2:1), який приніс його команді золоті медалі. Цей результат дозволив іракцям поїхати на молодіжний чемпіонат світу 2001 року в Аргентині, де Емад забив 1 гол, але його команда не змогла вийти з групи.