После скандалов, связанных со слиянием с TWA и терактами 11 сентября 2001 года, компания в течение нескольких лет терпела убытки. В 2003 году компания была на грани банкротства и начала переговоры с рядом компаний Уолл-стрит о получении финансирования по схеме . В это время наблюдалось падение котировок акций управляющего холдинга AMR Corp. В том же году авиакомпанию возглавил Эдвард Бренан, благодаря которому "American" смогли выйти из кризиса. 20 июля 2005 года, впервые за 17 отчётных кварталов, "American" объявила о получении прибыли в размере 58 млн долларов за второй квартал 2005 года.