Ondanks Bairam Khans goede zorgen werd het eerste gevaar bijna fataal. Vanuit het zuidoosten drong een leger geleid door Hemu Hindustan binnen. Deze Hemu was door Adil Shah, die zelf weinig interesse voor staatszaken had, tot zijn vizier benoemd. Hemu was een hindoe van lage kaste die normaal geen direct gevaar voor de sultan kon vormen. Hij was echter kundig in het bestuur en de politieke intrige, en hoewel hij zelf niet met een zwaard overweg kon was hij een sluw militair strateeg. Richting hindoes presenteerde hij zich als bevrijder, en naar de Afghaanse elite als nieuwe sultan. Achtereenvolgens nam hij Gwalior, Agra, en Delhi in. In de laatste stad liet hij zich tot koning kronen. Bairam Khan en Akbar trokken hem tegemoet en het kwam tot een treffen in de tweede slag bij Panipat (5 november 1556). Hoewel Hemu de overmacht had werd hij tijdens de slag in het oog getroffen en halfdood door de Mogols weggedragen. Zijn leger raakte daarop in paniek en vluchtte van het slagveld. Bairam Khan vroeg Akbar ter plekke Hemu te executeren. Mogelijk voerde Akbar inderdaad deze symbolische taak uit, maar in een andere versie van het verhaal weigerde de jonge vorst een ongewapend man te doden, omdat hij daar geen eer in zag.