En 1563, il n'obtient pas la chaire de philosophie, à laquelle il aspirait. Il donne sa démission de l'université, quitte Padoue et s'installe avec sa famille à Venise, où il exerce avec succès la profession de médecin. Il se lie à Astorre Baglioni, dont il devient le médecin et qu'il accompagne à Chypre ; Baglioni sera tué avec Marcantonio Bragadin lors du Siège de Famagouste à Chypre en 1571. Lors de cette dernière période de sa vie, Tomitano écrit de 1572 à 1576 une biographie de Baglioni en italien en huit livres qui ne sera pas publiée : quatre manuscrits en sont conservés et il a fait l'objet de publications partielles au . Les deux autres ouvrages de Tomitano sont en latin : un livre de médecine sur la syphilis "De morbo gallico" (le "mal français"), et un poème "Thétis" en 1574, composé à l'occasion du passage à Venise du roi de France Henri III , élu roi de Pologne l'année précédente, mais qui en était parti en catimini en passant par l'Autriche et l'Italie.