Im Verlauf des dreizehnjährigen Preußischen Städtekriegs verlor der Deutsche Orden die Stadt im Jahr 1465 als seinen letzten Stützpunkt am Westufer der Weichsel. Neuenburg wurde später Teil der Woiwodschaft Pommerellen des autonomen Preußen Königlichen Anteils, das sich freiwillig der polnischen Krone unterstellt und so eine Zweiteilung Preußens herbeigeführt hatte. Die Reformation fasste früh in Neuenburg Fuß, konfessionelle Streitigkeiten blieben der evangelischen Gemeinde jedoch vorläufig erspart, da der Inhaber der Starostei evangelisch war. Nach der Wegnahme der Klosterkirche wurde die Gemeinde bis 1772 durch den Prediger von Nebrau betreut. Um 1570 gab es in dem Marktflecken 121 Wohnhäuser, sieben Kneipen, zehn Schuhmacher, elf Schneider, fünf Bäcker und einige Dutzend Handwerker. Auf der Weichsel waren ein Weichselkahn und ein Leichter in Betrieb. Auf der Schlossfreiheit gab es elf Fischer, 20 Gärtner, eine Kornmühle, eine Schneidemühle und einen Gasthof. Im Rahmen der ersten polnischen Teilung 1772 kam Neuenburg an das Königreich Preußen.