Во время войны Речи Посполитой с Россией 1654—1667 годов на занятых российскими войсками территориях уния оказалась под запретом. После Андрусовского перемирия 1667 года правящие круги Речи Посполитой резко усилили поддержку унии. Ещё в большей степени росту её привлекательности в глазах шляхты способствовало подчинение Киевской православной митрополии Московскому патриархату в 1688 году, что означало потерю самостоятельности православной церкви Речи Посполитой и полное её подчинение интересам России, противника в недавней войне. Особенно поддержка униатской церкви и одновременно давление на православную со стороны центральной власти возросла в правление Яна Собесского. В 1692 году уния принята Перемышльской епархией, в 1700 — Львовской, в 1702 — Луцкой. В это же время униатское население Речи Посполитой превысило православное.