22 listopada 1798 roku neapolitańskie wojska pod komendą austriackiego generała Karla Macka von Leibericha rozpoczęły ofensywę na Rzym, który zajęły 27 listopada. 5 grudnia generał Jean-Étienne Championnet pokonał Neapolitańczyków pod Civita Castellana. 14 grudnia odzyskał Rzym, 31 grudnia zdobył Gaetę, a 23 stycznia 1799 roku Neapol. Trzy dni później utworzył tam Republikę Partenopejską. Zajęto także sardyński Piemont. Tymczasem po zwycięstwach pod Sedimanem 7 października 1798 roku i pod Asuanem 1 lutego 1799 roku, generał Desaix zajął cały Górny Egipt. Bonaparte chcąc ubiec Turków, 10 lutego ruszył na wyprawę do Syrii. Zajął tureckie twierdze w El-Arich, Gazie i Jafie. 19 marca rozpoczął oblężenie Akki. Wysłaną na odsiecz armię osmańską rozbił pod górą Tabor, 16 kwietnia. Armię francuską zaczęła nawiedzać dżuma. Wobec tego 17 maja Bonaparte zwinął oblężenie i powrócił do Kairu. Gdy do wojny przystąpiła Austria, wznowione zostały walki lądowe. 25 marca arcyksiążę Karl pokonał napierającą armię generała Jourdana pod Stockach, czym zmusił ponownie Francuzów do wycofania się na linię Renu. Skierował następnie swą armię do Helwecji, gdzie w bitwie pod Zurychem pokonał wojska francuskie w dniach 4–7 czerwca. Wkrótce jednak otrzymał rozkaz odwrotu i wycofał się do Niemiec. Austriacy zostawili Helwecję Rosjanom.