De drang naar onafhankelijkheid en de propaganda van de geheime genootschappen hadden succes. In 1821 brak de opstand tegen de Turken uit. Maar al spoedig begon de tegenslag en wel door de komst van Ibrahim Pasja, de veldheer van Mehmed Ali van Egypte, die de sultan te hulp snelde. Met meedogenloze wreedheid onderwierp hij verscheidene eilanden: op Chios werden 23.000 mensen vermoord "("le massacre de Scio")". Hij veroverde de Peloponnesos en drong door tot Midden-Griekenland. In 1826 vielen Athene en de sterke vesting Messolongion (nu Mesolongi) hem in handen. De Griekse opstand was in bloed gesmoord, het land verwoest. De Grieken slachtten op hun beurt ook volledige Turkse dorpen af.