Erst mit 18 Jahren begann er mit dem Radsport, in dem er rasch erste Erfolge erzielte. Im Alter von 23 Jahren gewann MacIntyre die "Tour of the North" in Irland. Nach einer dreijährigen Pause gab er 2000 ein Comeback und gewann seitdem jährlich mindestens einen schottischen Meistertitel in den unterschiedlichsten Mannschafts- und Einzeldisziplinen. Im Jahr 2002 gehörte er zum schottischen Team bei den Commonwealth Games. Insgesamt gewann MacIntyre 13 schottische und drei britische Meistertitel.