Na temporada de 2009-10, o Magic teve um início forte, vencendo 17 de seus primeiros 21 jogos e estabelecendo um recorde da franquia. Em 21 de janeiro de 2010, Howard foi nomeado o pivô titular da Conferência Leste no All-Star Game da NBA de 2010. O Magic completou a temporada regular com 59 vitórias e seu terceiro título consecutivo da divisão. A sequência de playoffs do Magic resultou em outra participação nas finais da Conferência Leste, onde perderam em seis jogos para os Celtics. Howard ganhou o prêmio de Jogador Defensivo do Ano pelo segundo ano consecutivo. Ele se tornou o primeiro jogador na história da NBA a liderar a liga em bloqueios e rebotes na mesma temporada duas vezes - e por dois anos consecutivos.