Malhotra edusti Kanadan nuorten maajoukkuetta kahdessa arvoturnauksessa: 1998 ja 2000. Jälkimmäisessä turnauksessa Kanada voitti pronssia ja Malhotra toimi joukkueen kapteenina. Malhotra pystyi osallistumaan turnaukseen, kun hänen NHL-joukkueensa New York Rangers oli suostunut lainaamaan Malhotran Kanadan maajoukkueelle.