במלחמת יום הכיפורים ליווה את סגן הרמטכ"ל, האלוף ישראל טל, ורשם בדקדקנות את האירועים במוצב הפיקוד העליון. הטקסט המלא של מחברותיו אלה מוצג באתר האינטרנט של ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון. בתחילת המלחמה נעדר בנו, סגן , שהיה קצין תצפית קדמי במוצב החרמון. לאחר כיבושו מחדש של החרמון חקר אילון את אחד השבויים הסורים, וזה הוביל אותו אל גופת בנו. בעקבות זאת עסק אילון באיתורם של נעדרי צה"ל נוספים. היה עוזר הנספח הצבאי בארצות הברית ואחר הדריך במכללה לביטחון לאומי.