2001年に発生したアメリカ炭疽菌事件の犯行に使用された炭疽菌株は、当施設で保管されていたものだったとされている。犯行は当時炭疽菌ワクチン開発チームのリーダーだったブルース・イビンズによるものとされ、訴追される前に自殺して事件は終結した（詳細はリンク先を参照）。事件の捜査の過程で重要参考人としてが名指しされ、後に不当に犯人扱いされたとして司法省を相手に訴訟を起こし勝利した。しかし、アメリカのSeed誌とイギリスのオブザーバー誌の合同調査によって、高レベルのセキュリティ・クリアランスを持つハットフィルの履歴書に多くの虚偽が含まれていることが発覚し、フォート・デトリックの採用選考の杜撰さが明らかになった。