Бойното кръщене на Йожен е във Вандея, където се сражава при Киберон. По-късно участва в Италианската кампания на Наполеон от 1796 – 1797 и в Наполеоновия поход в Египет, където участва в обсадата на Акра (1799). По време на консулството на Бонапарт Йожен е капитан на хусарите в консулската гвардия. По време на войната с четвъртата коалиция Йожен командва френски войски в Италия, където търпи поражение от австрийците през 1809 г., а по-късно войските му участват в битката при Ваграм. В руската кампания от 1812 г. частите на Йожен се сражават при Бородино и Малоярославец. След като Наполеон и Мюра напускат бойното поле, Йожен успешно връща частите си в Германия през 1813 г., където се бие при Лютцен. По-късно Наполеон го отзовава в Италия, където му поверява съпротивата срещу австрийците. След абдикацията на Наполеон през 1814 г. по силата на договора от Фонтенбло Йожен се отказва от правата си в Италия срещу сумата от 5 млн. франка, които предава на тъста си, баварския крал. След това Йожен се оттегля в Мюнхен и по настояване на баварския крал той повече не се замесва със семейство Бонапарт и Франция.