Встал на сторону Василия II в его войне с Дмитрием Шемякой. Первым из Шуйских признал власть московского князя, заключив в 1448 году соглашение с Василием: Иван оказывался от претензий на Суздальско-Нижегородское княжество, должен был вернуть все ярлыки, полученные его предками от ханов, и переходил на службу в Москву. Взамен великий князь жаловал Ивану в «вотчину» Городецкий удел (его центром после нашествия Едигея стал Юрьевец) и признавал его права на отцовское наследство в суздальской земле.