בנובמבר 1994, לאחר ניסיון כושל להסתער על גרוזני, בירת צ'צ'ניה, יאבלינסקי ועמיתיו בסיעת "יאבלוקו" נסעו לצ'צ'ניה תוך ניסיון לנהל משא ומתן עם ג'וחר דודייב, הם הציעו את עצמם כבני ערובה תמורת חיילים שבויים שנשבו על ידי הכוחות הצ'צ'ניים. יאבלינסקי ובני בריתו נקטו עמדה חריפה נגד המלחמה, בניגוד לרוב צירי הדומה שתמכו בפעולות הממשלה. מאוחר יותר יאבלינסקי ומפלגת יאבלוקו פעלו להדיח את הנשיא ילצין בעקבות פעולותיו במלחמת צ'צ'ניה הראשונה.