Das Museum verfügt weiterhin über umfangreiche Sammlungen zur Stadt- und Universitätsgeschichte, darunter Stadt- und Landschaftsansichten, Professorenbildnisse, Stammbuchblätter, Ansichten und Modelle Jenaer Gebäude, Exponate zur Schlacht von 1806 sowie eine Kunstsammlung vom Mittelalter bis zur Gegenwart. Für wissenschaftliche Zwecke hält das Haus eine Bibliothek bereit.