На посту командира дивизии проявил себя с самой лучшей стороны, поэтому в июле 1943 года дивизия была обращена на формирование на её основе 11-го смешанного авиационного корпуса (в сентябре 1944 года преобразован в 14-й истребительный авиационный корпус), а генерал-майор авиации С. П. Данилов был назначен его командиром и возглавлял корпус до последнего дня войны. Корпус действовал в составе 15-й воздушной армии на Брянском, Прибалтийском, 2-м Прибалтийском, Ленинградском фронтах. Участвовал в Курской битве, в Брянской, Ленинградско-Новгородской, Режицко-Двинской, Прибалтийской наступательных операциях, а с конца 1944 года в блокаде Курляндской группировки немецких войск. Несмотря на свои высокие должности, за время своего участия в Великой Отечественной войне генерал Данилов совершил 112 боевых вылетов, принял участие в 23 воздушных боях, лично сбив 2 и в группе 1 вражеских самолёта.