Паллистер дебютировал за сборную Англии 27 апреля 1988 года в товарищеском матче против команды Венгрии. Он начал регулярно играть за сборную в квалификации на ЧМ-1994, куда англичане пробиться не смогли. В сезоне 1995/96 Паллистер пропустил несколько месяцев из-за травмы, и главный тренер «"трёх львов"» Терри Венейблс не взял его на домашний чемпионат Европы, вызвав в сборную молодого Сола Кэмпбелла.