Пробыв в Египте некоторое время, Шарбоннель заболел и отплыл на корабле на Мальту. Однако корабль был захвачен берберскими пиратами, вассалами Османской империи, с которой Франция находилась в состоянии войны. Через некоторое время Шарбоннель, однако, смог вернутся во Францию. В 1805—1807 годах он в составе армии отличился в боях при Йене и при Эйлау, за что возведен в бароны империи в 1808 году. В 1809 году сражался при Экмюле и при Эсслинге. После заключения мира с Австрией, Шарбоннель, совместно с генералом Пернети был членом комиссии по демаркации австро-баварской границы.