Karjakin ha imparato a giocare a scacchi a cinque anni ed è diventato Maestro Internazionale a undici. Ha vinto il campionato europeo giovanile U10 nel 1999 e nel 2001 ha vinto il campionato mondiale U12, ma ha attirato su di sé l'attenzione internazionale quando fu scelto come secondo ufficiale dal suo connazionale ed amico Ruslan Ponomarёv durante la finale del Campionato del mondo di scacchi FIDE 2002, benché avesse solo 12 anni appena compiuti. Ottenendo norme valide per il titolo di Grande Maestro il mese successivo nel torneo Aeroflot di Mosca e successivamente nel Torneo di Alushta del maggio 2002 e nel Torneo internazionale di Sudak nell'agosto dello stesso anno, ha superato il precedente record di Bu Xiangzhi ed è diventato l'allora più giovane Grande Maestro della storia degli scacchi, all'età di 12 anni ed esattamente 7 mesi.