בשנת 490 לפנה"ס נחת כוח פרסי תחת פיקודם של דאטיס וארטפרנס במפרץ מרתון במטרה להעניש את העיר אתונה שתמכה במרד האיוני. האתונאים מינו את קאלימאכוס ל"פולימארכוס" (ביוונית: πολέμαρχος, מושל לימי מלחמה) והוא יצא עם 10,000 לוחמים לעצור את הפרסים. יחד עמו חלקו את הפיקוד עוד 10 סטרטגוס ביניהם מילטיאדס, תמיסטוקלס, ואריסטידס. פלטיאה הקטנה שלחה לעזרת אתונה עוד 1,000 לוחמים.