Die Brücke ist nach dem ehemaligen indonesischen Präsidenten Bacharuddin Jusuf Habibie benannt, der das Unabhängigkeitsreferendum im indonesisch besetzten Osttimor ermöglichte. Die Namenswahl führte zu Protesten aus der Bevölkerung, da Habibies Rolle sehr ambivalent angesehen wird. Habibie hatte sich unter internationalem Druck für das Referendum entschieden, verhinderte aber die Entsendung einer UN-Schutztruppe. Nach dem Erfolg der Unabhängigkeitsbewegung führte die indonesische Armee eine Strafaktion gegen die Osttimoresen durch, die das Land verwüstete und etwa 1500 bis 2000 Menschen das Leben kostete. Durch den Verlust Osttimors musste Habibie schließlich auf eine Wiederwahl als indonesischer Präsident verzichten. Habibie verstarb wenig später nach der Einweihung der Brücke.