בשנת 1973, לאחר ההפיכה הצבאית והתחלת השלטון של אוגוסטו פינושה, האוניברסיטה הוכפפה למשטר הצבאי. השינוי המשמעותי השני הגיע ב-3 בינואר 1981, כאשר צו נוסף הורה לשנות את מבנה האוניברסיטה על מנת לרסן את העולם האקדמי שלכאורה התנגד למשטר הצבאי.