В июле 1941 года назначен начальником оперативного отделения штаба 260-й стрелковой дивизии (г. Кимры). Принимал участие в боях Великой Отечественной войны с августа 1941 года, когда дивизия прибыла в состав 50-й армии Брянского фронта. Участвовал в Рославльско-Новозыбковской наступательной операции в сентябре 1941 года. В начале Московской битвя, в ходе Орловско-Брянской операции, дивизия попала в окружение под Брянском, но вместе с основными силами 50-й армии с боем прорвалась из него в октябре 1941 года. В этих боях майор Д. С. Мальков стал начальником штаба дивизии. После прорыва из-за больших потерь дивизия была расформирована.