Koen Naert nimmt seit 2008 an Läufen im Erwachsenenbereich teil. Ein Jahr später nahm er an den Leichtathletik-Junioreneuropameisterschaften 2009 im litauischen Kaunas teil, wo er über 10.000 Meter auf den siebten Platz lief. Zwei Jahre später trat er erneut bei den Junioreneuropameisterschaften in Ostrava an und wurde über die gleiche Distanz mit einer Zeit von 29:18,73 min Sechster.