Tras la conovocatoria a elecciones del dictador Lanusse para marzo de 1973 (y proscripta la candidatura de Perón por los militares), un sector del sindicalismo encabezado por Lorenzo Miguel y Rucci, impulsó la candidatura de Cafiero a Presidente por el justicialismo. Finalmente el candidato por el que se inclinó Perón fue Héctor Cámpora, al parecer molesto por el acercamiento de Cafiero al gobierno militar de entonces. En sus "Memorias", Cafiero interpreta que fue víctima de una operación de prensa de los militares que lo terminó perjudicando. En 1973 fue nombrado presidente de la Caja Nacional de Ahorro y Seguro. Fue más tarde secretario de Comercio de la Nación. Durante la presidencia de María Estela Martínez de Perón, fue interventor federal de la Provincia de Mendoza entre agosto de 1974 y mayo de 1975, Ministro de Economía de la Nación (1975-1976) y finalmente Embajador ante la Santa Sede en 1976, cargo al que debió renunciar debido al golpe militar de marzo de ese año. Al regresar a la Argentina fue encarcelado durante nueve meses por la dictadura militar, siendo acusado por el robo de un piano marca Pleyel que era propiedad de la Provincia de Mendoza, siendo luego sobreseído. La denuncia dio lugar a un mito aún vigente, pese a que el piano aún se encuentra en la Secretaría de Cultura de dicha provincia y es utilizado habitualmente en el Teatro Independencia.