Gemäß den Absprachen, die das nationalsozialistische Deutsche Reich und die Sowjetunion am 24. August 1939 im Deutsch-sowjetischen Nichtangriffspakt fixiert hatten, geriet das westliche Polen nach dem Überfall auf Polen unter deutsche Herrschaft, während das östliche Polen einschließlich Galiziens durch die Sowjetunion besetzt wurde. Menten wurde als verdächtiger Ausländer sowie als mutmaßlicher Spion für die Deutschen im Gefängnis von Stryj interniert. Nach seiner Entlassung wohnte er bis Ende 1939 in Lemberg. Weil Menten und seine Frau ihre niederländische Staatsbürgerschaft nicht aufgegeben hatten, konnten sie nach Krakau, dem Regierungssitz des Generalgouvernements, ausreisen und sich dort niederlassen. Nach dem deutschen Einmarsch in die Sowjetunion 1941 nahm Menten sein Haus und Grundstück in Sopot wieder in Besitz.