В 1940 году Набутов вернулся в «Динамо», где отыграл ещё один, предвоенный сезон. Ещё до Великой Отечественной войны окончил с отличием Ленинградский электротехнический институт. С началом Великой Отечественной войны ушёл на фронт, командовал бронекатером, воевал на Ораниенбаумском плацдарме. 31 мая 1942 года участвовал в «блокадном матче» между «Динамо» и командой Металлического завода, проходившем на стадионе «Динамо».