הפארק הלאומי החל דרכו כשמורת הציפורים "ואיקה" בשנת 1910. בדצמבר 1993 הוכרז על הקמת הפארק הלאומי וילסאנדי". בשנת 1997 זכה הפארק כשמורת טבע בעלת חשיבות בינלאומית בהתאם לאמנת רמסר לשימור ולפיתוח בר-קיימא של בתי גידול לחים.