Republica Macedonia a rămas pașnică pe timpul Războaielor Iugoslave de la începutul anilor '90. Câteva schimbări minore au fost acceptate în ceea ce privea frontiera cu Iugoslavia, pentru a evita conflicte. Cu toate acestea, Republica a fost destabilizată de Războiul din Kosovo din 1999, când aproximativ 360.000 de albanezi din Kosovo s-au refugiat în Macedonia. Deși au plecat după terminarea războiului, la scurt timp după aceea, radicali albanezi din interiorul Macedoniei și din afara ei au luat armele, cerând autonomie sau independență pentru zonele din Republica Macedonia locuite de albanezi.