Fernández begon zijn carrière bij Nacional. Nadat hij in 1935 met Uruguay de Zuid-Amerikaans voetbalkampioenschap (de huidige Copa América) won, maakte hij de overstap naar Europa, waar hij voor FC Barcelona ging spelen. Hij won er twee Catalaanse kampioenschappen en scoorde in La Liga 8 keer in 17 wedstrijden. Tijdens zijn passage bij Barcelona kwam hij ook drie keer uit voor het Catalaans voetbalelftal. Fernández sloot zijn spelerscarrière af bij Nacional.