1992 виступав за збірну СНД, у складі якої взяв участь у чемпіонаті Європи 1992 року у Швеції. Після створення окремих збірних в усіх республіках, Онопко прийняв пропозицію Федерації футболу Росії приєднатися до збірної цієї країни, до збірної України його не запрошували .