Mặc dù vậy chính sách tôn giáo của Maximilian II, con trai và là người kế vị của Ferdinand, vẫn mang tính cách tương đối khoan dung trong khi cùng thời gian đó nhiều cuộc chiến tranh tôn giáo đang tàn phá nước Pháp. Ngược lại, con trai của Maximilian, Rudolf II, lại ngày càng rời bỏ thực tế thu mình trong dinh điện của mình tại Praha nên những xung đột về tôn giáo lại tiếp tục tăng lên. Cuộc Chiến tranh Köln đã bùng nổ khi vị tổng Giám mục ở đấy chuyển sang đạo Tin Lành và sự kháng cự chống lại chính sách cai trị mang tính Công giáo khắt khe của triều đại Habsburg Tây Ban Nha tại Hà Lan, lúc đấy thuộc trong lãnh địa của đế quốc La Mã thần thánh, ngày càng tăng cao.