Am 21. Mai 1989 wurde er zum chaldäischen Patriarchen von Babylon mit Sitz in Bagdad gewählt. In seiner Amtszeit verbesserten sich die Beziehungen zur nicht-katholischen Schwesterkirche (Assyrische Kirche des Ostens) erheblich. In seinen letzten Lebensjahren weilte der Patriarch, aus Gesundheitsgründen, häufig im Ausland, so auch während des zweiten Golfkrieges (1991) und der amerikanischen Invasion (2003). Seine scharfe Kritik am westlichen Embargo gegen den Irak stieß im Ausland auf Unverständnis.