第二次世界大戦後、大統領に復帰し、1945年、領内のドイツ系及びハンガリー系住民に対し、チェコスロバキア国籍を剥奪のうえ、私有財産を没収し、国家収用する旨の指令を発した（ベネシュ布告）。その後、次第にチェコスロヴァキア共産党およびソ連の圧力が強まり、1948年2月の政変によって実質的に権限を喪失し、6月7日に辞職。同年9月、ボヘミアのセジモヴォ・ウースチーで死去した。