Po upadku miasta klasztor pozostał w rękach jego greckich mieszkańców. Pod koniec XVI lub w pierwszej połowie XVII wieku zabudowania klasztorne przekazano miejscowej społeczności ormiańskiej, która licznie zamieszkiwała tę część miasta. Do 1641 roku mieściła się tu ormiańska katedra, w której rezydował Ormiański patriarcha Konstantynopola. Świątynię całkowicie przebudowano w XIX wieku, w dalszym ciągu pozostaje ona we władaniu wspólnoty ormiańskiej.