A apărut în curând o mișcare de rezistență. La 22 iunie 1941 s-a înființat primul detașament de partizani lângă Sisak, ea fiind prima unitate militară formată de o mișcare de rezistență în Europa ocupată de naziști. Aceasta a declanșat începutul mișcării partizane iugoslave, o grupare de rezistență comunistă, multi-etnică, condusă de Josip Broz Tito. Mișcarea s-a extins cu repeziciune și la Conferința de la Teheran din decembrie 1943, partizanii au fost recunoscuți de Aliați. Cu susținerea Aliaților în termeni de logistică, echipament, pregătire și acoperire aeriană, și cu ajutorul soldaților sovietici care au luat parte la Ofensiva Belgradului din 1944, partizanii au recâștigat controlul asupra Iugoslaviei și asupra regiunilor de frontieră ale Italiei și Austriei până în mai 1945. Aspirațiile politice ale mișcării s-au reflectat în (Consiliul Național Anti-Fascist de Eliberare Populară din Croația), care s-a dezvoltat în 1943 ca purtător al statalității Croației și transformat apoi în parlamentul Croației în 1945, și de AVNOJ—organismul omolog la nivelul Iugoslaviei.