5. mája 1945 vypuklo Pražské povstanie. Moravec nasadol pred Kolowratským palácom vo Valdštejnskej ulici, kde malo sídlo jeho ministerstvo, do policajného kamiónu a odišiel na schôdzku K. H. Frankom. Na Malostranskom námestí sa ale nemecká kolóna dostala pod paľbu povstalcov, a tak sa kolóna vydala na Pražský hrad cez Klárov. Auto, v ktorom sedel Moravec, malo počas cesty problémy pre nedostatok paliva a tak šofér vystúpil, aby ho dolial z kanistra. V tom okamihu Moravec vytiahol z vrecka revolver a v kabíne auta sa zastrelil. Vodič mŕtvolu zaviezol do budovy biskupského gymnázia vo Winterovej ulici, kde sídlilo veliteľstvo pražskej poriadkovej polície. Na dvore gymnázia bolo telo pochované a 7. júna 1945 exhumované. Moravcov najmladší syn zahynul počas vojny pri spojeneckom bombardovaní, najstarší bol po vojne popravený pre účasť v jednotkách SS.