ביולי 1739, במהלך המלחמה העות'מאנית-רוסית (1735–1739) הטילו העות'מאנים מצור על בלגרד ולאחר 51 ימים כבשו אותה מחדש. ב-1785 פרצה שרפה בבלגרד אשר במהלכה נשרף כליל בית הכנסת ונפגעה קשות השכונה היהודית. מפסקי רבנים העוסקים בהתרת עגונות וכן מתיעוד פעולות של גמילות חסדים בקהילות, עולה כי מניין הנפגעים בשרפה היה גדול. ב-15 בספטמבר 1789, במהלך המלחמה ההבסבורגית-עות'מאנית (1788–1791) הטיל צבא ממלכת הבסבורג בפיקוד ארנסט גדעון פון לאודון מצור על בלגרד וב-8 באוקטובר כבשו אותה. חלק מבני הקהילה עזבו ביחד עם העות'מאנים הנסוגים. חלק נמלטו לכפרי הסביבה, נלכדו ונשבו על ידי הצבא האוסטרי. חלק מהנשבים הוצאו להורג משום שנחשדו בריגול לטובת העות'מאנים וחלקם נאסרו. ב-1792, קיבלו העות'מאנים את החזקה על בלגרד מחדש ללא קרב, במסגרת ההסכמים שסיימו את המלחמה. עם שובם לשלטון של העות'מאנים, הורה הוואלי המקומי לאסור את הרב הראשי עזריאל יחיאל מגריסו ושבעת חברי בית הדין הרבני. הרב מגריסו נפטר בכלאו. ב-1794 פרצה בבלגרד מגפת דבר ממנה מתו 4,470 מתושבי בלגרד, בכללם כמה עשרות יהודים ובכללם הרב יהושע רפאל מגריסו, רבה הראשי של הקהילה, בנו של עזריאל יחיאל מגריסו. ב-1795 פרעו בבלגרד כוחות יניצ'רים שלא שבעו נחת מהשלטון המקומי. נרצחו תושבים טורקים ויהודים, אך בעיקר סרבים, וכך גם ב-1804 כאשר כוחות דאחיה רצחו עשרות נכבדים סרביים. אירוע זה הצית את המהפכה הסרבית.