Вторая гражданская война в Судане закончилась в январе 2005 года. К этому времени городу был нанесен значительный физический урон от безнадзорности и повреждений, а также произошла большая потеря населения. В апреле 2006 года президент Южного Судана, Салва Киир, назвал Монгалла в числе других портов Нила, которые должны быть восстановлены в первую очередь. Он предупредил, что это потребует гораздо больших расходов, чем имеется средств, поэтому работы должна была быть приоритетными.