拿破崙認為奧軍可能沿著施特勞賓的方向撤去，因而派遣馬塞納攻佔該地。卡爾大公率軍在雷根斯堡橫渡多瑙河，並留下六千人駐防堡壘以阻擋法軍追擊。由於沒有時間進行圍攻，拿破崙便命令讓·拉納元帥強攻城牆。下午五點，拉納在第二次嘗試進攻時成功攻佔該城，史稱雷根斯堡戰役。當奧軍安全地來到波希米亞時，拿破崙則是向維也納進軍。希勒率軍進行一系列阻滯行動，試圖為維也納保衛戰爭取時間。5月2日，雙方在韋爾斯短暫交火後，希勒在埃伯斯貝格的橋樑集結了四萬人。馬塞納在中發起代價高昂的進攻，並於5月3日攻克據點，迫使希勒延多瑙河的方向撤退。卡爾大公嘗試率軍前往保衛維也納，但拿破崙搶先於5月13日奪取了維也納。維也納駐軍撤往多瑙河北岸，並摧毀位於他們後方的橋樑。