Zum Auftakt der Saison 2020/21 entschied Hannighofer zwei Rennen im Europacup für sich und wurde Mitte Dezember erstmals in seiner Laufbahn für den Weltcup (in Innsbruck-Igls) nominiert. Bei seinem Debüt in der höchsten Rennserie des internationalen Bobsports belegte er Platz vier im Zweierbob, einen Tag später erreichte er in der gleichen Disziplin zeitgleich mit Johannes Lochner den dritten Rang. Im Januar 2021 wurde er mit Anschieber Christian Röder Zweierbob-Juniorenweltmeister, wobei er den Schweizer Michael Vogt um drei Zehntelsekunden schlug. Mit seinem Juniorentitel qualifizierte sich Hannighofer für die Weltmeisterschaft 2021 in Altenberg. Erneut mit Röder als Anschieber fuhr er bei der WM auf den dritten Rang hinter Francesco Friedrich und Lochner und komplettierte damit einen deutschen Dreifachsieg.