Дебют Антона Ондруша в составе сборной Чехословакии состоялся 27 марта 1974 года в товарищеском матче против сборной ГДР в Дрездене, а 25 сентября, во встрече с тем же соперником, Ондруш забил свой первый гол за сборную. Антон Ондруш был капитаном сборной Чехословакии на победном чемпионате Европы-1976, в полуфинальном матче против сборной Нидерландов он открыл счёт, затем забил в собственные ворота, тем не менее, чехословакам удалось победить в дополнительное время со счётом 3:1. Финальный матч между Чехословакией и ФРГ завершился серией пенальти, Ондруш свою попытку, как и остальные чехословацкие футболисты, реализовал, войдя таким образом в число 9 футболистов, приянвших участие в первой послематчевой серии пенальти на крупном международном турнире. На чемпионате Европы-1980 Ондруш также провёл все встречи без замен, а матч за 3-е место против сборной Италии 21 июня стал для него последним в составе сборной Чехословакии. Всего за сборную Антон Ондруш провёл 58 матчей, 30 из которых — в качестве капитана, забил 9 мячей.