С национал-социализмом изначально сложились самые натянутые отношения и немецкие епископы запретили католикам вступать в нацистскую партию, но после прихода Гитлера запрет был снят. В 1937 году папа Пий XI в энциклике «Mit brennender Sorge» выступил с осуждением нацизма и указаниями на то, что антисемитизм несовместим с христианством. Во время Второй мировой Католическая церковь была вынуждена придерживаться частичного нейтралитета для сохранения жизней верующих масс и своей независимости. Множество католических священников и монахов прошли через нацистские концлагеря, часть из них погибла, некоторые из них впоследствии канонизированы (Максимилиан Кольбе, Эдит Штайн, Тит Брандсма и др.). Различные католические организации спасли от смерти тысячи людей «неарийской» национальности и антифашистов. В зданиях Ватикана, имевших экстерриториальный статус, было предоставлено убежище ряду преследуемых лиц. В Италии Католическая церковь первоначально противостояла фашистам в лице союза Белой розы. Однако в Германии по сообщениям некоторых СМИ Католическая церковь использовала труд советских пленных. В Германии из 13 млн иностранных граждан, ввезенных для принудительных работ, 6 тысяч работали в католических заведениях, где условия были лучше, чем в других местах. В Хорватии католические священники и монахи приняли широкое участие в геноциде сербов, а архиепископ Степинац поддержал режим хорватских усташей.