1996年10月—1998年6月，黄莉新在南京大学哲学系马克思主义哲学专业研究生课程进修班学习。1996年12月，任江苏省防汛防旱指挥部办公室副主任、省水利厅工程管理处副处长。1997年6月，升任水利厅厅长助理、江苏省防汛防旱指挥部办公室常务副主任。因为在1998年抗洪救灾中表现突出，被中共江苏省委、省政府评为“长江防汛抗洪先进个人”。1998年9-12月间被派赴美国宾夕法尼亚大学沃顿商学院高级管理人才经济研究班培训。2000年5月，黄莉新跳级升任江苏省水利厅厅长、党组书记，兼省防汛防旱指挥部副指挥。