הביבליותקה אינה מחולקת בכתבי היד, אולם נוהגים לחלק אותה לשלושה ספרים. חלק מהספר השלישי, שנקטע פתאום בסיפור של תסאוס, אבד. בפני פוטיוס עמד החיבור השלם, מאחר שהוא מציין ב"תיאור הספרים שנקראו" שהחיבור כלל סיפורים של גיבורי מלחמת טרויה והנוסטוי (השירה האפית היוונית "שובם של היוונים"), שחסרים בכתבי היד ששרדו.