Los más antiguos pobladores fueron los chichimeco-tlaxcaltecas, que apenas formaban una humilde congregación de indígenas en el área. El auge vino después de la conquista española. Durante la etapa virreinal tuvo alguna importancia como granero y estación de tránsito en el camino real de Veracruz a México y a Puebla, donde las diligencias y arrias que lo transitaban hacían relevos de los animales para continuar el tardado viaje. Fue alcaldía mayor de Tepeaca y residía ahí el teniente del alcalde mayor. Hubo también una receptoría de alcabalas y pulques, fielato de tabacos y residía regularmente un visitador con su resguardo de la renta del tabaco para evitar los contrabandos. Los indígenas fueron gobernados por su ayuntamiento y gobierno propios. Los españoles que radicaban contribuían con dos compañías para el Regimiento de Infantería que formaban parte de las Milicias de Córdova. En lo eclesiástico fue parroquia y vicaría foránea. En la independencia San Andrés sufrió sitios, asaltos y saqueos. Fue cuartel de operaciones de algunas tropas de Morelos. Conquistada la autonomía nacional continuo dependiendo del departamento de Tepeaca como cabecera de un partido que llevaba su nombre. Pero en 1850 pasó al distrito de Tehuacán y al finalizar el siglo XIX era ya cabecera de un distrito con una población de , pero en 1890 se había reducido a , continuando la merma en 1900 a y en 1930 a . Se le dio el nombre de Ciudad Serdán, en memoria de Aquiles Serdán, por un decreto de la legislatura de Puebla.