Pada abad ke-16, pedagang dan mubaligh Eropah tiba di Jepun buat julung kalinya, lalu memulakan zaman "Nanban" ("orang gasar selatan") yang melihatkan pertukaran perdagangan dan budaya yang aktif antara Jepun dan rantau Barat. Pada masa yang sama, Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi, dan Tokugawa Ieyasu, mengenakan kawalan yang makin kuat terhadap neger-negeri berperang di Jepun. Akhirnya, Tokugawa menyatukan semula Jepun dengan menewaskan musuhnya di Pertempuran Sekigahara pada tahun 1600, memindahkan ibu negara ke Edo (sekarang Tokyo) lalu menubuhkan era shogun Tokugawa.