Su dominio terminó cuando Napoleón conquistó las islas en 1798. La ocupación francesa fue impopular, sin embargo, debido a su negativa actitud hacia la religión. Los malteses se rebelaron contra ellos, y los franceses fueron forzados a retirarse tras de las fortificaciones. El Reino Unido de Gran Bretaña, junto con el Reino de las Dos Sicilias, envió municiones y ayuda. Los británicos también enviaron su flota, que impuso un bloqueo a las islas. Las aisladas fuerzas francesas, bajo el general Claude-Henri Belgrande de Vaubois se rindieron en 1800, y los británicos tomaron el control de las islas, convirtiéndose en un protectorado y fue presentado por varios líderes malteses a Sir Alexander Ball.