Certaines îles, qui connurent de grandes batailles, comme Iwo Jima, étaient inhabitées ou préalablement évacuées. Okinawa, en revanche, possède une importante population civile. L’armée américaine a estimé lors de la planification de l'opération que la population civile d’Okinawa s'élevait à . Selon diverses estimations, entre le dixième et le tiers a disparu pendant la bataille, soit à . L'estimation de la préfecture d'Okinawa est de plus de , tandis que le décompte officiel de l'armée américaine pour la campagne de est un total de civiles, y compris les victimes des tirs d'artillerie et des attaques aériennes et les enrôlés de force. Au cours de la bataille, les soldats américains ont éprouvé des difficultés à distinguer civils et soldats. Ouvrir le feu sur des maisons était monnaie courante, comme le relate un fantassin : . De nombreux habitants d'Okinawa ont fui vers les grottes où ils ont été ensevelis par la suite. Le nombre exact de victimes civiles ne sera probablement jamais connu.