С учреждением 1 января 1810 года Государственного совета Балашов вошёл в его состав, 25 июля 1810 года был назначен министром полиции, сохранив при этом должность военного губернатора Санкт-Петербурга и членство в Государственном совете. В должности министра полиции являлся одним из главных противников государственного секретаря Михаила Михайловича Сперанского. В этом же году А. Д. Балашов становится почётным мастером стула петербургской ложи Палестина и получает (без ритуального принятия) высшие степени в ложе Соединённые друзья, где также становится почётным членом. Борьба различных масонских систем и установление контроля над масонством также являлось элементом борьбы со Сперанским. 17 марта 1812 года после разговора с Александром I Сперанский был отстранён от должности. Вечером того же дня министр полиции Балашов лично арестовал Сперанского и вручил ему предписание незамедлительно покинуть столицу и отправиться в ссылку в Нижний Новгород. Через одиннадцать дней, 28 марта 1812 года, Балашов был освобождён со своих постов, передал дела С. К. Вязмитинову и отправился вместе с Александром I в Вильно для подготовки к надвигающейся войне с Наполеоном.