11 июня 1861 года Бартон уволился из армии США и вступил в армию КША, где был назначен подполковником в 3-й арканзасский пехотный полк. Вместе с этим полком он участвовал в сражениях в Западной Вирджинии и, в частности, в сражении при Чит-Маунтин. Зимой он участвовал в экспедиции в Ромни в качестве инженера отряда Томаса Джексона. Он произвел настолько хорошее впечатление на Джексона, что тот рекомендовал повысить его до бригадного генерала. Это назначение было утверждено только 11 марта 1862 года.