Lors des combats de la libération de Marseille (), les locaux sont très endommagés, en particulier le bâtiment de recherche, construit en 1932 et inauguré en 1934, qui est en partie incendié. En le médecin colonel Jean Vialard-Goudou, héros de Bir-Hakeim, et désigné pour réorganiser l'école qui se réinstalle dans des locaux rénovés, le .