Von 1936 bis 1937 befehligte Godwin-Austen das 2. Bataillon der "Duke of Cornwall’s Light Infantry", anschließend wurde er Leiter der britischen Militärmission im Königreich Ägypten. Im Dezember 1938 wurde ihm der Befehl über die im Nahen Osten stationierte "14th Infantry Brigade" übertragen, mit der er an der Niederschlagung des Arabischen Aufstands im Völkerbundsmandat für Palästina beteiligt war. Wenige Tage vor dem Ausbruch des Zweiten Weltkriegs wurde er im August 1939 als Nachfolger von Bernard Montgomery Kommandeur der übergeordneten 8th Infantry Division. Nach der Auflösung der Division im Februar 1940 wurde er mit der Aufstellung der "2nd (African) Division" (später "12th (East African) Division") beauftragt, deren Hauptkomponente die King’s African Rifles waren und die von Britisch-Ostafrika aus am Ostafrikafeldzug von 1940 bis 1941 teilnahm. Bevor er sein Kommando formell antrat, erhielt er im August 1940 nach Britisch-Somaliland beordert, das zu dieser Zeit von den überlegenen Kräften der Italiener angegriffen wurde, und sorgte für einen planmäßigen Rückzug nach Berbera, von wo die Truppen nach Aden evakuiert wurden. Premierminister Winston Churchill war über diese fast kampflose Aufgabe einer Kolonie – die Verluste der Briten waren zahlenmäßig gering – erbost und fasste eine Abneigung gegen Godwin-Austen, den er suspendieren und vor eine Untersuchungskommission stellen lassen wollte. Dies wurde durch Intervention Archibald Wavells, des damaligen Oberbefehlshabers im Nahen Osten, abgewendet. Godwin-Austen übernahm die "2nd (African) Division" im September 1940 und führte sie unter dem Oberbefehl von Alan Cunningham im Februar 1941 über die Grenze Italienisch-Somalilands. Nach dem Abschluss der Hauptoperationen in Ostafrika übergab er im August 1941 den Befehl an seinen Nachfolger Charles Christopher Fowkes.