Toisaalta alueella joutuivat juutalaiset kuten saksalaisten hallitsemilla alueilla vainon kohteeksi. Ensimmäiset juutalaisten tuhoamiset tapahtuivat Odessaa vallattaessa syksyllä 1941. Uhreja miehitysaikana oli kaikkiaan 200 000. Transnistrian kuvernoraattiin perustettiin kaksi keskitysleiriä ja useita ghettoja, joista romanialaiset hallintoviranomaiset käyttivät nimitystä siirtokunnat.