Ðầu năm 1963, nhà thờ bắt đầu được khởi công xây dựng. Trong khi việc xây dựng đang tiến hành thì xảy ra cuộc đảo chánh ngày 1 tháng 11 năm 1963, tổng thống Ngô Đình Diệm bị sát hại và Tổng Giám mục Ngô Đình Thục lúc đó đang đi họp Công đồng Vatican II bên Roma, vì hoàn cảnh chính trị không trở về Việt Nam, việc xây dựng cũng bị chững lại.