Député au congrès local, il a promulgué la constitution d'état de 1857. Les conservateurs ont occupé l'état en 1858 pendant la Guerre de Réforme et ont été détrônés par les libéraux en 1859 ; il a été alors nommé gouverneur temporaire. Il a occupé le poste de gouverneur constitutionnel le . Lors de l'Expédition du Mexique, le , la ville d'Aguascalientes est occupée par l'armée française et leurs alliés mexicains monarchiques. José María Chávez résiste à l'invasion et il visite plusieurs villes de frontière avec Zacatecas. Cependant il est défait et capturé par les Français dans la ville de Jerez. Il fut conduit devant le Conseil de guerre formé pour le juger et a été condamné à la mort. Malgré les demandes populaires pour le libérer, il fut exécuté le . Ses restes ont été transférés à Aguascalientes en et elles ont été déposées sur la place centrale de la ville.