En 1987, un golpe de estado, dirigido por el oficial tutsi Pierre Buyoya, derrocó al régimen de Jean-Baptiste Bagaza, luego de once años de gobierno autoritario. Buyoya intentó implementar una serie de reformas que garantizaran la pacificación del país y evitaran que Burundi cayera en un conflicto étnico violento similar al que estaba sucediendo en la vecina Ruanda. En lugar de ayudar al problema, estas reformas sirvieron para inflamar las tensiones étnicas a medida que creció la esperanza entre la población hutu de que el monopolio tutsi estaba llegando a su fin. Buyoya y otros líderes políticos firmaron la «Carta de la Unidad Nacional» en 1991, la cual ofrecía una transición hacia una democracia no racial, en la que todos los partidos políticos existentes deberían aceptar las normativas del documento para poder registrarse y presentarse en los comicios. La Carta se sometió a un referéndum público que resultó en su aprobación, para luego proceder a redactarse una nueva constitución, convirtiendo a Burundi en una república presidencial con un y una Asamblea Nacional elegida mediante representación proporcional. Algunos grupos de oposición hutu resolvieron apoyar las reformas de Buyoya y cooperar con el Frente para la Democracia en Burundi (FRODEBU), partido socialdemócrata recientemente fundado que era liderado mayormente por hutus. Otros sectores más radicales, sin embargo, decidieron continuar los actos de insurgencia contra el estado, y lo seguirían haciendo aún después de la jura del gobierno democrático.