Lors de la Deuxième guerre du Congo, la ville et le district ont été le théâtre de nombreux combats. La localité a été le théâtre de sanglants affrontements durant l'été 2003 entre les ethnies Lendu et Hema perpétrés par l'Union des patriotes congolais ainsi que les généraux rebelles Nkundabatware et Mutebusi du Rassemblement congolais pour la démocratie (RCD).De nombreuses pertes civiles ont été causées par ce conflit . En juin 2003, une force européenne sous commandement français, l'opération Artémis s'est déployée à Bunia afin de sécuriser l'aéroport (code AITA : BUX) et le centre ville. Cette opération a vu le déploiement de plus de provenant d'une dizaine de pays.