Vztahy s Japonskem se prudce zhoršily poté co v Japonsku převzal moc Hidejoši Tojotomi, který roku 1592 vyhlásil cílem své vlády dobytí Číny. Následovaly dvě japonské invaze do Koreje (Imdžinská válka) ve kterých útočníci bojovali se spojenými korejsko-mingskými vojsky. Boje probíhaly zprvu se střídavými úspěchy v Koreji a okolních vodách, nakonec rozhodující bitvy vyhráli spojenci. Po Hidejošiho smrti roku 1598 japonská armáda vyklidila zbylé pevnosti a stáhla se do vlasti. Nicméně vítězství přišlo Čínu draho – náklady na válku dosáhly enormních 26 miliónů liangů stříbra.