Das Hauptaugenmerk der oströmischen Politik lag allerdings nicht auf dem Westen, sondern auf dem Osten, wo die Römer bereits seit drei Jahrhunderten dem mächtigen persischen Sassanidenreich gegenüberstanden. Justinians erster Perserkrieg war dabei ein Erbe aus der Regierungszeit seines Vorgängers Justin I.; seit 526 wurde gekämpft. In Mesopotamien konnte Belisar 530/531 als neuer "magister militum per Orientem" erste Erfolge erzielen (Schlacht bei Dara), musste aber auch Niederlagen erleiden (wie 531 in der Schlacht von Callinicum). Den Sieg bei Dara ließ der Kaiser unter anderem durch die Errichtung eines heute verlorenen Reiterstandbildes feiern; die von seinem damaligen "praefectus praetorio" Flavius Iulianus verfasste Inschrift ist überliefert (Anthol. Palat. 16,63); sie preist den Kaiser dafür, die „Meder [d. h. hier die Perser] niedergemacht“ zu haben. 531 ließ Justinian eine große Siegesfeier abhalten, um sich der Erfolge über Perser und Protobulgaren zu rühmen. In Wahrheit aber endete der Krieg ohne einen eindeutigen Sieger. Mit dem neuen sassanidischen Großkönig Chosrau I. schloss Justinian Ende 532 ein von recht hohen (aber einmaligen) Zahlungen an die Perser begleitetes Abkommen, den „Ewigen Frieden“. Diese Ruhe im Osten machte Justinians anschließende Westpolitik erst möglich, da die Ressourcen Ostroms bereits stark beansprucht waren.