לאחר שהשיגה רצף תוצאות חלש מאוד תחת המאמן אנריקה מסה בבית הגמר של מוקדמות מונדיאל 2002, הגיע לנבחרת המאמן חבייר אגירה. הגעתו של המאמן החדש סימנה הפסקה בדרכו הבינלאומית של פארדו. הוא לא רשם ולו הופעה אחת במשך קרוב לשנתיים, והחמיץ את טורנירי קופה אמריקה 2001, בו הגיעה מקסיקו לגמר, גביע הזהב 2002, וכן את הטורניר החשוב ביותר, מונדיאל 2002, אליו הצליחה לבסוף מקסיקו להעפיל.