Mest kendt i offentligheden er Seip nok for sin rolle under anden verdenskrig. Han blev efter besættelsen medlem af en midlertidig regering, men i 1941 blev han afsat fra sin universitetspost og arresteret. Han kom herefter til at sidde først i det norske fængsel Grini og senere i koncentrationslejren Sachsenhausen i Tyskland. Johan Bernhard Hjort og dennes familie fik imidlertid udvirket, at han kom ud herfra og i stedet blev civilinterneret i Tyskland. Hjort og Seip lagde derefter en stor indsats i at indsamle oplysninger om skandinaviske fanger i Tyskland, og disse oplysninger kom til at danne grundlag for den store aktion med at befri fangerne med de hvide busser.