В начальный период Великой Отечественной войны под руководством Зубкова осуществлялась постановка минных заграждений, конвоирование транспортов, артиллерийская поддержка войск. Участвовал в обороне Одессы и Севастополя. Экипаж крейсера «Красный Крым» особо отличился во время Керченско-Феодосийской операции, получив почётное звание «Гвардейский». Участвовал также в битве за Кавказ.