Een van de verklaringen is gebaseerd op de uitbarsting van een vulkaan ter hoogte van Santorini tussen 1600 en 1500 voor Christus. Deze uitbarsting zou te vergelijken zijn met die van de Krakatau en zou een nucleaire winter hebben kunnen veroorzaken, wat de vermelde duisternis zou kunnen verklaren. De as zou het mineraal cinnaber, dat het giftige kwik bevat, in het water hebben kunnen doen belanden. Het heeft een bloedrode kleur en zou de dieren in het water vergiftigen. Een andere verklaring is, dat het water zou zijn roodgekleurd door rode algen, zoals de cyanobacterie "Planktothrix rubescens", die bij algenbloei het water rood kleurt.