כאשר פרצה מלחמת העולם השנייה לא גויס דיפרה לצבא צרפת מסיבות בריאות, אך בקיץ 1940, לאחר נפילת צרפת, נענה לקריאתו של הגנרל דה גול, הצטרף לצבא צרפת החופשית ותרם חלקו להעברת אפריקה המשוונית הצרפתית לשלטון צרפת החופשית. דיפרה השתתף בשנת 1941 במערכה בסוריה ובלבנון ונפצע בקרב.