В начале июня 1918 года после свержения Чехословацким корпусом советской власти работы облдумы были возобновлены в форме частных совещаний, с согласия которых по решению председателя думы Ивана Александровича Якушева 30 июня 1918 года власть была передана Совету министров Временного Сибирского правительства во главе с Петром Васильевичем Вологодским. Совет министров в попытках подкрепить свою легитимность в условиях конфронтации с группой Дербера 15 августа 1918 года санкционировало созыв Сибирской областной думы, заседание которой состоялось в Томске. В состав думы было зарегистрировано 137 депутатов, однако 46 мандатов принадлежали Советам, запрещённым специальным постановлением правительства от 6 июля 1918 года. В ходе конфронтации уже с Советом министров Вологодского дума отказалась поддержать требование о включении в свой состав представителей от «цензовых элементов». В последствии несколько министров ВСП под угрозой расстрела подали в отставку, а Александр Ефремович Новосёлов был убит, здание думы было занято войсками, а некоторые депутаты, которые не успели скрыться, арестованы.