Kurz nach seinem Abitur 1940 wurde Peter Hermes zum Reichsarbeitsdienst in Ostpreußen verpflichtet. Von September 1940 bis März 1941 studierte er Rechtswissenschaften und Volkswirtschaft in München und von April bis Juli 1941 in Wien. Er engagierte sich in katholischen Studentengemeinden. Im September 1941 wurde er als 19-Jähriger einberufen und als Flaksoldat in Rendsburg in Holstein eingesetzt. Es folgten Verwendungen in Wien und ab Sommer 1942 in Nordfrankreich. Im Winter 1942/43 wurde Hermes nach Russland verlegt. 1944 wurde er wegen Beteiligung seines Vaters am Widerstand und dessen Nähe zu dem Kreis der Attentäter vom 20. Juli 1944 in ein Strafbataillon versetzt und geriet 1945 in sowjetische Kriegsgefangenschaft. Nach Kriegsende wurde sein Vater Andreas Hermes als Gründungsvorsitzender der CDU in der Sowjetischen Besatzungszone mit der Möglichkeit der Entlassung des Sohnes von den Sowjets bedrängt, die CDU auf die politische Linie der sogenannten Blockparteien zu führen. Andreas Hermes beugte sich diesem Druck der Sowjets nicht und übersiedelte in den Westen; sein Sohn Peter Hermes verblieb bis 1950 in sowjetischer Kriegsgefangenschaft in verschiedenen russischen Lagern.