W reprezentacji Francji Micoud zadebiutował 18 sierpnia 1999 roku w wygranym 1:0 wyjazdowym spotkaniu przeciwko Irlandii Północnej. Rok później razem z drużyną narodową Francuz sięgnął po mistrzostwo Europy. Na turnieju tym pełnił jednak rolę rezerwowego i wystąpił tylko w przegranym 2:3 meczu rundy grupowej z Holandią. Następnie Micoud znalazł się w kadrze reprezentacji swojego kraju na mistrzostwa świata 2002. „Trójkolorowi” na mundialu jednak zupełnie zawiedli i nie zdołali nawet przebrnąć przez rundę grupową. Po raz ostatni w kadrze wychowanek AS Cannes pojawił się w 2004 roku. Łącznie dla zespołu narodowego zaliczył siedemnaście występów i strzelił jedną bramkę. Przez wszystkie lata gry w reprezentacji Micoud pozostawał w cieniu Zinedine’a Zidane’a, który był jednym z najważniejszych graczy w drużynie i miał zapewnione miejsce w podstawowej jedenastce.