На початку сезону 1995/96 років Хованець був призначений тренером «Спарти». Під його керівництвом «Спарта» двічі (в 1996 і 1997 році) становилася чемпіоном Чехії. В 1998 році його було призначено головним тренером чеської національної збірної. Збірна винятково провела кваліфікаційний раунд Чемпіонату Європи 2000 року, вигравши всі матчі і першою посівши місце у фінальній частині змагань. В фінальному турнірі збірна потрапила до дуже важкої групи з Нідерландами і нещодавнім чемпіоном світу Францією. Вигравши лише один матч проти Данії, чеська збірна посіла в групі третє місце і не змогла вийти з групи і взяти участь в чвертьфіналах.