На следующий день после проведения референдума о статусе Крыма российская сторона стала предпринимать активные действия, 19 марта 2014 года штаб базы и причал 5-го военного городка перешли под контроль РФ. Ворота штаба возле контрольно-пропускного пункта были снесены бульдозером. Данное событие вынудило ряд кораблей ВМС Украины выйти на середину Донузлава с целью предотвращения захвата.