La pretemporada de la campaña 2010/11 comenzó con polémica para los jugadores iraníes. Tanto Nekounam como Masoud se retrasaron cuatro días en su reincorporación al equipo tras el parón veraniego, produciendo malestar tanto en el club como en la afición, hecho por el cual se disculparon públicamente. Junto a su compatriota se ausentó durante el mes de enero para disputar con su selección nacional la XV edición de la Copa Asiática, por lo que se ausentó durante cinco partidos de competición, el último debido a las molestias que arrastraba en la rodilla derecha. El 20 de febrero de 2011, en el segundo partido tras su regreso desde Catar, el cual también significaba el debut del nuevo entrenador José Luis Mendilibar, anotó dos goles en el 4-0 frente al R. C. D. Espanyol. Acabó la temporada con seis goles en veintiséis partidos y el club evitó en la última jornada de nuevo el descenso. A finales de mayo de 2011, junto con su compatriota Masoud, renovó con Osasuna hasta 2014, con una cláusula de rescisión de dos millones y medio de euros.