Il 30 gennaio 1994 divenne Capo dello Stato il generale Liamine Zéroual, già ministro della difesa dal luglio 1993, che favorì la riconciliazione, ottenuta anche grazie alla mediazione della Comunità di Sant'Egidio, che il 14 gennaio 1995 fece approvare un accordo fra tutti i partiti di opposizione laici e islamici, a cui aderì anche il FIS e a cui il governo rispose con un atto politico: l'indizione delle prime elezioni presidenziali pluraliste. Zéroual vinse le elezioni presidenziali del 16 novembre 1995 con il 61,0% dei voti; Mahfoud Nahnah, il candidato islamista moderato (MSP, in arabo HaMaS) ottiene il 25,3%, il candidato laicista (RCD) Saïd Saadi il 9,6%, un secondo candidato islamista (PRA) il 3,8%. Votò il 75% degli elettori, nonostante i tre partiti principali del 1992 avessero diffuso appelli all'astensione e il GIA minacce di morte. Tuttavia, i colloqui di pacificazione avviati da Zéroual con il FIS portarono alla rottura del GIA con l'AIS; e quindi anche fra il 1994 e il 1998 il paese fu scosso da numerosi attentati terroristici, la maggior parte dei quali indirizzati dal GIA contro gli stessi algerini: furono sterminati interi villaggi, soprattutto intorno ad Algeri, e uccisi, tra l'altro, molti dei pochi preti e monaci cattolici, ma anche svariati dirigenti dell'AIS. Le elezioni parlamentari del 5 giugno 1997 videro la vittoria di un nuovo partito pro-militari (RND) che ottenne 156 seggi su 380 (MSP e FLN più di 60 ciascuno): i massacri del GIA fallirono il loro obiettivo politico e anzi favorirono la scissione fra GIA e GSPC nel 1998 e il cessate il fuoco unilaterale proclamato dall'AIS il 24 settembre 1997. Un governo di coalizione fu formato dai tre partiti principali sotto la guida del capo del RND Ahmed Ouyahia.