Hovedopgaven er rekognoscering, men opgaver som angreb på fjendtlige skibe, sabotageaktioner på faste installationer. Egentlige kampopgaver forekommer også. Herudover udgør Frømandskorpset sammen med Jægerkorpset og Politiets Aktionsstyrke Danmarks antiterrorberedskab. Korpset støtter desuden det øvrige politi med opklaring af kriminalsager, der kræver højt specialiseret dykning. Tilsvarende ydes assistance til eksempelvis miljømyndigheder, der kan have nytte af korpsets færdigheder, fx ved inspektion af undervandsinstallationer. Korpset har i starten af 2000'erne sammen med Jægerkorpset været indsat hemmeligt i krigene i Afghanistan og Irak samt som indsatsstyrke til sikring af handelsskibe ved Afrikas Horn i Operation Ocean Shield.