5 июня 2014 года Nintendo сообщила, что Ивата не будет присутствовать на E3 2014 по состоянию здоровья. Позже, 24 июня, Ивата опубликовал публичное сообщение для акционеров о том, что на прошлой неделе ему была сделана операция по удалению опухоли в желчном протоке, которая была обнаружена во время регулярного врачебного осмотра. Позже, 29 октября, было объявлено, что после успешной операции Ивата вернулся на работу в октябре. За это время Ивата заметно потерял в весе, но при этом он отметил, что в результате почувствовал себя здоровее. 5 ноября Ивата впервые после перерыва выступил перед публикой на анонсе Nintendo Direct, но в ходе выступления выглядел «измождённым и бледным». 28 января 2015 года Ивата слёг с высокой температурой, вызвав предположения, что у него грипп; соответственно, была отложена встреча с акционерами. После участия 26 июня в другом собрании акционеров Ивата внезапно заболел и был госпитализирован. Несмотря на госпитализацию, Ивата продолжал работать, используя ноутбук в постели, и предоставил обратную связь по "Pokémon Go" Цунэкадзу Исихаре. 11 июля, в возрасте 55 лет, он скончался из-за осложнений от опухоли. Официальное объявление о его смерти было сделано Nintendo на следующий день.