Pada masa perang Pasifik dia masuk Akademi Militer Breda di Bandung. Saat pendudukan Jepang dan masa-masa menjelang dan setelah Proklamasi, ia terlibat dalam gerakan pemuda. Mokoginta bergerilya di Jawa Barat saat terjadi perang Revolusi. Pada saat itu ia menjabat staf perwira pada Brigade III Divisi Siliwangi. Pada masa itu dia juga pernah menjadi ajudan Jenderal Oerip Soemohardjo. Setelah itu ia menjabat Komandan Polisi Militer Daerah Jawa, menggantikan Gatot Soebroto pada periode 1948-1950. Pada tahun 1949, ketika terjadi penyerahan kekuasaan dari Belanda ke Republik Indonesia, Mokoginta dipiliih sebagai perwira yg bertanggung jawab atas Daerah Teritorial Indonesia Timur. Penyerahan dilakukan secara langsung oleh Kolonel Schootborg, seorang perwira KNIL. Pada tanggal 20 Juni 1950 dibentuk tujuh Teritorium di seluruh Indonesia. Ia ditunjuk untuk memimpin Teritorium VII yang berkedudukan di Makassar dengan pangkat Letnan Kolonel. Teritorium VII/Indonesia Timur membawahi wilayah Sulawesi dan Maluku dan merupakan cikal bakal lahirnya &lt;a href="Kodam%20VII/Wirabuana"&gt;Kodam VII/Wirabuana&lt;/a&gt; (kini &lt;a href="Kodam%20XIV/Hasanuddin"&gt;Kodam XIV/Hasanuddin&lt;/a&gt;). Pada Agustus 1950 istilah Teritorium VII diubah menjadi Tentara dan Teritorium (TT) VII/Wirabuana. Pada saat itu Letkol A.Y. Mokoginta menyerahkan tongkat Komando kepada komandan baru A.E. Kawilarang.