McLarnova dominacija se je nadaljevala tudi v sezoni 1989, borba Prosta in Senne pa ju je porinila v serijo trčenj. Obojestransko občudovanje se je spremenilo v močno sovraštvo, ko je Francoz brazilskega moštevega kolego obtožil "nevarne vožnje" in več kot pravične pozornosti s strani McLarna in Honde. Sezona se je končala, kot so se bali mnogi strokovnjaki. Na Veliki nagradi Japonske je v 46. krogu Senna napadel v šikani. Prost je Brazilca zaprl in oba McLarna, ujeta skupaj, sta zdrsnila na pomožno cesto. Prost je misleč, da je naslov že njegov, izstopil iz dirkalnika. Delavci ob progi so porinili dirkalnik Senne vzvratno nazaj na stezo, da so lahko ločili oba dirkalnika. Tako je bil na nevarnem mestu in so ga ponovno porinili naprej. Ob tem, ko so ga porivali, je Senni uspelo ponovno zagnati dirkalnik, nato je obvozil šikano in nadaljeval z dirko. Nos dirkalnika je bil poškodovan, zato je zapeljal v bokse na menjavo, vrnil pa se se je le pet sekund za vodilnim Alessandrom Nanninijem. V 50. krogu je pred šikano Senna uspel prehiteti Nanninija in tudi zmagati. Toda na podelitvi pokalov, se je na najvišji stopnički pojavil Nannini, saj so komisarji diskvalificirali Senno, ker je obvozil šikano. McLaren se je na odločitev pritožil, toda razsodišče FIE ni le podprlo odločitve komisarjev, ampak je tudi kaznovalo Senno s 100,000 dolarji in šestmesečno prepovedjo dirkanja. Tako je Prost v konstroveznih okolišlinah osvojil svoj tretji naslov in se na hitro preselil k Ferrariju.