Ab dem September 1944 stieß Stern wieder zur kämpfenden Truppe und nahm als Angehöriger der 3. Ukrainischen Front unter Armeegeneral Tolbuchin wohl nicht zuletzt wegen seiner Herkunft an der Wiener Operation teil. Entgegen der sowjetischen Linie sprach sich Stern gegen eine Reaktivierung von Karl Renner als Regierungschef aus, dem er als Stabsoffizier der 9. Gardearmee begegnet war. Er sah sich damit auf einer Linie mit führenden Köpfen der KPÖ wie zum Beispiel Koplenig. Als Offizier gehorchte Stern aber den Befehlen, die durch seinen Vorgesetzten, General Sheltow, durchgesetzt wurden und Renner mit der Regierungsbildung beauftragten. Im September 1945 wurde Stern demobilisiert, blieb aber Mitarbeiter der sowjetischen Kontrollkommission. Er setzte sich vehement für eine Vereinigung von SPÖ und KPÖ ein, welche aber von führenden Köpfen der KPÖ wie Fischer politisch nicht gewollt wurde. Ab dem Sommersemester 1946 gab Stern Gastvorlesungen an der Wiener Universität. Bedingt durch Arbeitsüberlastung und eine zunehmende Kriminalisierung seiner Person in Österreich, einhergehend mit antisemitischen Ausfällen und tätlichen Angriffen, beendete Stern seine Vorlesungstätigkeit mit dem Sommersemester 1947 zunächst. Er blieb jedoch Gastprofessor an der Wiener Hochschule für Welthandel und arbeitete an einem Forschungsauftrag der Akademie der Wissenschaften der Sowjetunion. Eine Berufung als Professor nach Halle (Saale) veränderte diese Situation.