Во время эфиопо-эритрейского конфликта (1998—2000) Эфиопия перенаправила большую часть своей торговли через порт Джибути. Хотя Джибути придерживалась нейтралитета, она разорвала отношения с Эритреей в ноябре 1998 года, возобновив их в 2000 году. В начале 2001 года президент Эритреи Исайяс Афеверки посетил Джибути, а президент Джибути Исмаил Омар Гелле осуществил ответ официальный визит в Асмэру в начале лета 2001 года. Исмаил Омар Гелле имеет тесные связи с правящим Революционно-демократическим фронтом эфиопских народов в Эфиопии, но старается поддерживать и развивать отношения с Эритреей.