К началу Отечественной войны 1812 года генерал-майор Шепелев находился в отставке и вскоре после начала вторжения Наполеона был зачислен на строевую службу по кавалерии. После Бородинского сражения командовал гвардейской кавалерийской бригадой, во главе которой с отличием сражался при Тарутино, Малоярославце и под Красным, за взятие Кенигсберга был произведён в генерал-лейтенанты. Во время Заграничного похода 1813 года сражался в Польше и Германии, был при блокаде Гамбурга. В 1815 году командовал 2-й гусарской дивизией и принял участие в кампании Ста дней.