En 1956, De Groot fut envoyé à Moscou comme délégué au congrès du Parti communiste de l'Union soviétique, mais il revint aux Pays-Bas, ignorant du discours prononcé à huis clos par Khrouchtchev au sujet des crimes de Staline. Considérant cette évolution comme une trahison des principes du léninisme, il écrivit ' ("La Réalité vivante du léninisme"), ouvrage publié à Amsterdam en 1957, mais cela n'empêcha pas l'organisation, fin 1957, d'une opposition, dirigée contre lui, qui voulait sérieusement démocratiser et déstaliniser le CPN et mettre au point l'autonomie et la survie de la confédération syndicaliste (, EVC). Toutefois, les opposants furent expulsés ou partirent de leur propre initiative et, à l'instigation de De Groot, Marcus Bakker écrivit un rapport, connu comme le « livre rouge », approuvé par le congrès du CPN en 1959, dans lequel ceux qui avaient siégé à la dernière direction illégale du parti étaient qualifiés de traîtres et d'agents britanniques. De Groot, dont la position au sein du CPN était devenue plus forte que jamais, même si le parti avait de nouveau perdu de nombreux membres et qu'il s'était isolé davantage, resserra les liens avec l'Union soviétique jusqu'à ce que la rupture entre l'Union soviétique et la république populaire de Chine conduisit à un refroidissement des relations entre le CPN et le PCUS, après quoi, en 1963, De Groot rompit brusquement le contact avec l'Union soviétique, cependant, sans choisir résolument pour le Parti communiste chinois. Dénonçant en même temps l'antisémitisme, De Groot critiqua les dirigeants soviétiques dans ' ("Les Années 1930"), ses Mémoires publiées entre 1963 et 1967. En 1962, il démissionna comme secrétaire politique, mais réussit à se faire nommer président du parti.