Trong suốt thời kỳ hình thành và phát triển, đặc biệt là giai đoạn chiến tranh Lạnh, sự can thiệp vào nội bộ chính trị nhiều quốc gia của chính phủ Mỹ nới chung và CIA nói riêng luôn là những đề tài gây nhiều tranh cãi. Bên cạnh những chỉ trích về việc can thiệp vào nội tình của những quốc gia khác, hệ thống tình báo Mỹ và đặc biệt là CIA cũng bị chỉ trích vì những chiến dịch tốn kém, không hiệu quả. Việc công bố những tài liệu liên quan đến CIA trên trang Wikileaks, những vụ bê bối gián điệp cũng như việc Edward Snowden, một nhân viên CIA và NSA, công bố chương trình do thám toàn cầu của CIA và NSA đã khiến cho CIA cũng như cả hệ thống tình báo Mỹ bị nhiều phản đối từ những công dân và cả những chính trị gia về tình trạng vi phạm nhân quyền, tính hiệu quả trong cuộc chiến chống khủng bố... Tuy nhiên, vẫn có nhiều chính trị gia đánh giá cao hoạt động của hệ thống tình báo Hoa Kỳ với một số kết quả tích cực trong cuộc chiến chống khủng bố, tình báo mạng... hay một số thành tựu trong chiến tranh thế giới II, hay vào giai đoạn chiến tranh Lạnh như chiến tranh Triều Tiên, thành công ngoại giao với Trung Quốc, cắt giảm vũ khí hạt nhân, thống nhất nước Đức, Liên Xô sụp đổ...