Iniciada la lucha por la Independencia, brindó su ayuda a dicha causa. Su posición en el arzobispado le permitió apoyar efectivamente a los patriotas, informándoles sobre los movimientos de los realistas e incluso apoyándolos materialmente. Fue uno de los firmantes de la Acta de la Independencia del Perú, el 15 de julio de 1821 y en premio a sus servicios, fue asociado a la Orden del Sol, el 12 de diciembre del mismo año.