Lončar edusti maajoukkuetasolla Jugoslaviaa, jonka paidassa hän voitti vuoden 1996 olympialaisista hopeaa. EM-kilpailuista hän voitti kultaa vuonna 1997 ja pronssia vuonna 1999. Lončar oli myös mukana voittamassa vuoden 1998 maailmanmestaruutta.