I de senere år er der gjort fund af store naturgasressourcer i departementet. Fundet af naturgasressourcerne faldt tidsmæssigt sammen med en gryende selvstændighedsbevægelse blandt primært højlandets befolkning af aymaraer og quechuaer. De potentielle indtægter fra udnyttelse af naturgassen skabte spændinger mellem centralregeringen, der ønskede at udnytte indtægterne til bl.a. højlandets befolkningsgrupper, hvorimod befolkningen i Santa Cruz ønskede indflydelse på udnyttelsen af ressourcerne og yderligere statslige investeringer i departementets infrastruktur. Konflikten, der ofte er benævnt Bolivias gaskrig medførte voldsomme spændinger i Bolivia, der dog blev dæmpet ved vedtagelse af forfatningen af 2009, der i et vist begrænset omfang imødekom Santa Cruz' ønske om større autonomi.