Впрочем, уже через 9 дней страна была оккупирована войсками индонезийского диктатора Сухарто, и отступивший в горные местности ФРЕТИЛИН возглавил сопротивление оккупации, осуществлявшееся его военизированным крылом — Вооружёнными силами национального освобождения (ФАЛИНТИЛ). Между 1975 и 1978 годами силы ФРЕТИЛИН/ФАЛИНТИЛ контролировали большинство внутренних районов страны, взяв под защиту значительное количество населения, превращённого индонезийской армией в беженцев. Однако внутри самой организации наблюдались трения: Лобату, сменивший Амарала в роли президента Восточного Тимора, за ведение переговоров с индонезийцами обвинил своего предшественника в измене и арестовал. В 1975—1977 г. Лобату и его сторонники находились в тренировочных лагерях на территории Кампучии, где их боевой подготовкой занимались «красные кхмеры».