Tra il 1986 e il 1996 Merckx è stato commissario tecnico della Nazionale belga per le prove mondiali e olimpiche su strada. Durante la sua gestione la rappresentativa ottenne due titoli iridati, nel 1990 con Rudy Dhaenens (un altro belga, Dirk De Wolf, fu secondo) e nel 1996 con Johan Museeuw. Dal 1998 al 2004 Merckx ha invece ricoperto la carica di responsabile finanziario per la Vlaanderen, formazione professionistica belga da lui patrocinata. Il 21 luglio 1996, in occasione della festa nazionale belga, è stato insignito del titolo di barone dal Re Alberto II: è in tal modo diventato il primo atleta in Belgio ad assumere un titolo nobiliare per meriti sportivi. Gli è stato inoltre assegnato dall'Unione Ciclistica Internazionale, nell'aprile 2000, il premio di Ciclista del secolo.