Erst ca. 1077 gründete Reinfried, der zum Invasionsheer unter Wilhelm dem Eroberer gehört hatte, ein neues benediktinisches Kloster. Ca. 1220 begannen die Baumaßnahmen; dabei wurde die Abtei etwas südlicher als der Vorgängerbau wieder aufgebaut. Trotz seiner früheren Bedeutung und seiner architektonischen Pracht spielte Whitby nun aber keine besondere Rolle mehr. Während der englischen Reformation im 16. Jahrhundert unter Heinrich VIII. wurde das Kloster aufgelöst und das Gebäude dem Verfall überlassen. Nachdem 1763 das Langhaus und 1830 der Vierungsturm eingestürzt waren, wurde im Ersten Weltkrieg die West-Fassade durch Granattreffer deutscher Schlachtkreuzer beim Raid auf Scarborough, Hartlepool und Whitby zerstört. 1921 wurde die Fassade jedoch originalgetreu rekonstruiert. Von der Kirche stehen heute noch der Chor, die Querschiffe, teilweise das nördliche Seitenschiff des Langhauses und die bereits erwähnte West-Fassade.