Bei den Weltmeisterschaften 1997 in Athen konnte Masterkowa nicht an ihre Leistungen anknüpfen. Eine Achillessehnenverletzung zwang sie zur Aufgabe des 1500-Meter-Vorlaufs. Die darauffolgende Saison hingegen war wieder sehr erfolgreich: Bei den Europameisterschaften 1998 in Budapest gewann sie das 1500-Meter-Rennen. Bei den Weltmeisterschaften 1999 in Sevilla wurde sie Dritte über 800 Meter sowie Weltmeisterin über 1500 Meter. Nachdem die Olympischen Spiele 2000 in Sydney für sie enttäuschend verlaufen waren, erklärte sie am Ende der Saison ihren Rücktritt vom Spitzensport.