Nel 1996 in seguito ad un articolo del "San José Mercury", che lasciava intendere una complicità della CIA nell'epidemia del crack degli anni ottanta, la Waters chiese l'apertura di un'inchiesta, che non fu mai intrapresa a causa dello scarso numero di prove. La Waters si è schierata contro il colpo di Stato ad Haiti nel 2004 ed ha criticato il coinvolgimento degli Stati Uniti. In seguito si è schierata contro il conflitto in Iraq. Sempre nel 2004 è stata accusata di corruzione, ma si è sempre difesa dalle accuse.