Il rinnovamento della vita universitaria dopo la fine della seconda guerra mondiale fu interrotto dal colpo di Stato del 1948 e dal successivo governo comunista. La percentuale di studenti espulsi in varie facoltà variava dal 5% della Facoltà di Scienze della Formazione al 46% della Facoltà di Giurisprudenza, che fu completamente chiusa nel 1950. Nel 1946 fu creata la Facoltà di Scienze della Formazione, nel 1952 quella di Farmacia, chiusa poi nel 1960. Nel 1953, la Facoltà di Scienze della Formazione (fondata nel 1946) fu separata dall'università. Nell'agosto del 1960, un decreto governativo abolì la facoltà farmaceutica e l'università fu intitolata all'anatomista, neurofisiologo e biologo Jan Evangelista Purkyně.