Op 20 juli 1940, in de periode na de machtsovername door de Duitsers na de geslaagde Duitse aanval op Nederland, werd Rost van Tonningen door Seyss-Inquart benoemd tot liquidatie-commissaris van alle socialistische en marxistische organisaties, waaronder met name de SDAP en de daarbij aangesloten vakbonden, de CPN en de RSAP. De CPN moest geliquideerd worden, terwijl de SDAP gelijkgeschakeld moest worden, dat wil zeggen 'omgebouwd' tot een op nationaalsocialistische leest geschoeide vakbeweging. Dit lukte niet, onder meer doordat SDAP zelf het grootste deel van de partijadministratie had vernietigd. Ook weigerde het partijbestuur zijn medewerking. Tijdens gewestelijke bijeenkomsten werd namens het bestuur van de SDAP meegedeeld dat niet met de Duitsers meegewerkt zou worden. Als reactie daarop probeerde Rost van Tonningen de gewestelijke besturen voor zich te winnen. Uiteindelijk lukte hem dit bij Tjerk van der Zee, die vooral bevreesd was voor zijn inkomen, zoals hij (in Rost van Tonningens aanwezigheid) tegen een gewestelijke SDAP-bestuurder fluisterde: 'ik doe het waarachtig ook niet voor mijn plezier'. Bij verschillende andere verenigingen (Bond van Sociaal-Democratische Vrouwenclubs en de AJC) waren Rost van Tonningens pogingen tot nazificatie even weinig succesvol.