Jak-40:n toistaiseksi pahin onnettomuus tapahtui 28. elokuuta 1993 Tadžikistanin Horugissa, kun Tadžikistanin sisällissodassa naisia, lapsia ja militantteja kuljettaneen Tajik Airin Jak-40:n lentoonlähtö epäonnistui. Kone kulki yli kiitotien pään suurella nopeudella, osui maapenkkaan ja betonirakennukseen ja päätyi jokeen. Koneessa oli kolme tonnia ylikuormaa. Miehistö pakotettiin ottamaan koneeseen liikaa matkustajia, ja lopulta 28-paikkaisessa koneessa oli yhteensä 86 ihmistä, joista vain neljä selvisi onnettomuudesta. Se on myös pahin Tadžikistanin alueella tapahtunut lento-onnettomuus.