Po wybuchu rewolucji październikowej zakładał tajną organizację „Młodych Bucharyjczyków” („młodobucharców”). Dążyli do obalenia emiratu Buchary i połączenia się z bolszewikami z Taszkentu. Plan zakończył się niepowodzeniem, gdyż emir Muhammed Alim Chan w 1918 roku stłumił opozycję. Xoʻjayev uciekł wówczas do Taszkentu, gdzie powstała Turkiestańska Autonomiczna Socjalistyczna Republika Radziecka. Nawiązał też kontakt z Leninem. Wrócił do Buchary wraz z oddziałami Armii Czerwonej w 1920 roku, które obaliły emirat. Zasiadał we władzach Bucharskiej Ludowej Republiki Radzieckiej, a w latach 1921–1925 był Przewodniczącym Rady Ludowej. Przeżył zamach przygotowany przez basmaczy inspirowanych przez tureckiego dowódcę İsmaila Envera. W 1925 roku Bucharska LRR została włączona w skład Uzbeckiej SRR. Xoʻjayev został przewodniczącym rady komisarzy ludowych, a następnie przewodniczącym centralnego komitetu wykonawczego tej republiki.