В феврале 1942 года назначен заместителем командира 5-й гвардейской стрелковой дивизии, которая на завершающем этапе Ржевско-Вяземской наступательной операции освободила город Юхнов (5.03.1942). В мае 1942 года назначен командиром 100-й стрелковой дивизии, формирующейся в Архангельском военном округе. В июле 1942 года дивизия вошла в состав 40-й армии Воронежского фронта (в ноябре передана в 60-ю армию этого фронта). Генерал-майор (20.12.1942). В январе-феврале 1943 года дивизия под командованием Ф. И. Перхоровича участвовала в Воронежско-Касторненской и Харьковской наступательных операциях, приняв участие в освобождении Воронежа и Харькова, а также освободив города Короча, Шебекино, Лебедин. В марте 1943 года дивизия с тяжелыми боями отходила по рубежам в Харьковской оборонительной операции, и несмотря на понесённые потери, не допустив прорыва своего фронта.