"Einsatzgruppen"'in kökenleri, Mart 1938'de Avusturya'daki "Anschluss"'un ardından Heydrich tarafından geçici olarak oluşturulan "Einsatzkommando"'ya dayanıyordu. Ekim 1938'de Südetler'e iki "Einsatzgruppen" birimi konuşlandırıldı. Münih Antlaşması nedeniyle askerî harekâtın gerekli olmadığı anlaşılınca, "Einsatzgruppen" hükümet evraklarına ve polis belgelerine el koymakla görevlendirildi. Hükümet binalarına güvenlik sağladılar, kıdemli devlet memurlarını sorguladılar ve 10,000 kadar Çek komünisti ve Alman vatandaşını tutukladılar. "Einsatzgruppen" ayrıca Wehrmacht birliklerini takip etti ve potansiyel partizanları öldürdü. 1939'da Çekoslovakya'nın işgali için de benzer birimler kullanıldı.