Ese mismo año, William Wallace había sido nombrado Guardián tras la muerte de Moray en la batalla de Stirling Bridge. El principal desafío que se le presentaba a Wallace era reunir un ejército nacional que pudiera hacer frente a la invasión planeada por Eduardo I, ansioso por lograr la revancha tras la derrota de Stirling Bridge. Para asegurar la caballería, la línea más débil de las tropas escocesas, Wallace dependía de las más importantes familias nobiliarias, entre ellos los Comyn. El 22 de julio, en la Batalla de Falkirk, el ejército de Wallace fue derrotado por los ingleses, que consiguieron aplastar la caballería ligera escocesa con su caballería pesada. Es posible que el propio Comyn estuviese presente en la batalla, aunque no hay evidencia conclusiva. Las principales crónicas escocesas, las de John Barbour y Juan de Fordun, fueron compuestas varias décadas después de los hechos y de que los Comyn fueran expulsados de Escocia. Según la crónica de Fordun, John y sus hombres huyeron del campo de batalla, traicionando a Wallace al que, al decir del cronista, odiaban profundamente. Por su parte, la crónica inglesa de Lanercost, sólo menciona la incapacidad de la caballería escocesa, sin hacer mención alguna a los Comyn. Poco después de la muerte de Wallace, Comyn sería nombrado Guardián, por lo que parece poco probable que la traición hubiese sido muy evidente.