Lee studerte ved Konkuk University i Seoul og startet hans profesjonelle karriere hos Anyang Cheetahs i K-League. Han deltok i mange av kvalifiseringskampene til fotball-VM 2002 og etablerte seg som et fotballnavn under turneringen. Etter fotball-VM på hjemmebane fulgte Lee treneren Guus Hiddink og lagkamerat Park Ji-sung til PSV Eindhoven i Nederland.