За репрезентацију Југославије је играо на шест утакмица и постигао један гол. Дебитовао је 29. октобра 1986. на утакмици против Турске у квалификацијама за одлазак на Европско првенство у Немачкој. Једини погодак у дресу државног тима Михајловић је постигао у сусрету против Швајцарске, одиграном у Луцерну 24. августа 1988. године. У тој утакмици Југословени су победили са 2:0. Последњи меч за Југославију је одиграо 13. децембра 1989. у Лондону против Енглеске.