По време на Втората световна война става министър-председател на Правителството на Полша в изгнание и върховен главнокомандващ на Въоръжените сили на Полша и яростен защитник на полската кауза на дипломатическите събирания. Той подкрепя оправянето на отношенията между СССР и Полша, които се изострят след Съветско-германския договор и Нахлуването в Полша през 1939 г. Съветският лидер Йосиф Сталин обаче ги прекъсва поради искането на Сикорски за разследване на Катинското клане от Червения кръст.