Попытка физического уничтожения сербов вылилась в вооружённое сопротивление. В результате правительство Независимого государства Хорватия фактически никогда не контролировало значительную часть собственной территории; весь период его существования в стране шла гражданская война с партизанскими формированиями коммунистов и четников с одной стороны, и формированиями НГХ и немецко-итальянскими войсками — с другой.