La victoire de Napoléon Bonaparte sur les armées prussienne et saxonne coalisées à la Bataille d'Iéna () fut suivie de la mise à sac de la ville et de son université. Il s’y forma par la suite un foyer de résistance farouche contre l’occupant français et son administration. Il recrutait surtout parmi les étudiants, qui en 1813 s'enrôlèrent en masse dans le corps-franc de Lützow.