À sa première saison complète en 1999, Hernández termine cinquième parmi les lanceurs de l'Américaine avec 17 victoires en saison régulière, contre neuf défaites. En première ronde des séries éliminatoires, il limite les Rangers du Texas à seulement deux coups sûrs et aucun point en huit manches pour une nouvelle victoire en matchs d'après-saison. Il effectue par la suite deux départs en Série de championnat face aux Red Sox de Boston. Lanceur partant des Yankees lors du premier match de la série, il accorde trois points, dont deux mérités en huit manches, mais n'est pas impliqué dans la décision dans le match remporté en Manches supplémentaires par New York. Il est partant du cinquième match, les Yankees n'ayant besoin que d'une victoire à Fenway Park pour éliminer leurs rivaux et accéder de nouveau à la Série mondiale. Le droitier ne donne qu'un point en sept manches dans une victoire de 6-1 de son équipe. Avec une moyenne de points mérités de 1,80 et 13 retraits sur des prises en 15 manches au monticule contre Boston, Orlando Hernández est nommé joueur par excellence de la Série de championnat, un honneur que son demi-frère avait reçu deux ans plus tôt dans la Série de championnat de la Ligue nationale avec les Marlins. Cinq jours après l'élimination des Sox, Orlando est de retour au monticule pour lancer au Turner Field d'Atlanta la Série mondiale 1999. Il retire 10 frappeurs adverses sur des prises en sept manches et n'alloue qu'un point aux Braves pour une nouvelle victoire. Les Yankees gagnent la finale dans le minimum de quatre matchs.