Одночасно з науковою роботою Франклін вела активну громадську діяльність, спрямовану на захист миру, просування ідей ресурсозберігаючого суспільства і жіночої рівноправності; можливість займатися правозахисною і пацифістською діяльністю, за її словами, була однією з причин еміграції з післявоєнної Німеччини. У роки роботи в Торонтському університеті вона принципово відмовлялася вести дослідження або викладати матеріали, які можуть бути в подальшому використані у військових цілях. Як член Наукової ради Канади вона в 1970-і роки очолила дослідження зі збереження дикої природи і природних ресурсів, що зробили в подальшому вплив на екологічний рух. У співпраці з організацією «Канадський голос жінок» вона працювала над доповідями для парламенту про військові операції Канади і дослідженнями в галузі хімічної і біологічної зброї, а разом з колишнім сенатором Лоїс Вілсон — над висуненням жінок на керівні посади в канадських вузах і на нагородження Орденом Канади. У 1997 році, коли університет привласнював звання почесного доктора екс-президенту США Джорджу Бушу-старшому, Франклін, що називала війну 1990 року в Перській затоці «досконалим безумством», в повному академічному вбранні очолила демонстративний відхід із залу 27 викладачів вузу на знак протесту проти цього кроку. У 2001 році Франклін і ще три колишніх жінки-професори подали колективний позов проти Торонтського університету, звинувативши вуз в тому, що той протягом десятиліть платив співробітникам-жінкам менше, ніж чоловікам. В рамках досудової угоди університет виплатив компенсації більш ніж 60 колишнім викладачкам.