Kărdžalin alue kuului aikaisemmin Traakian maakuntaan, joka oli osa Osmanien valtakuntaa. Bulgarialaiset valtasivat alueen vuonna 1912 ensimmäisen Balkanin sodan aikana. Vuonna 1913 alue liitettiin Momtšilgradin alueeseen. Momtšilgradin alue liitettiin Stara Zagoran alueeseen 1934. Vuonna 1950 alue liitettiin juuri perustettuun Haskovon alueeseen. Vuonna 1959 alueesta muodostettiin oma alue, ja alue nimettiin Kărdžalin kaupungin mukaan. Vuonna 1989 alue liitettiin jälleen Haskovon alueeseen. Vuonna 1999 Bulgarian alue muutoksessa Kărdžalin alue muodostettiin uudelleen, mutta alueen rajat poikkeavat hieman vuonna 1959 perustetusta alueesta.