У међувремену Агенција почиње да ради и за Владу Сједињених Америчких Држава. Њени су агенти деловали и у сузбијању разних покрета отпора, тако да их је тадашња Шпанска влада ангажовала приликом сузбијања револуције на Куби 1872. године. Пинкертонова детективска агенција ангажује се и у борби против синдиката тек формираног радничког покрета. Током великог штрајка на железници 1877. године ("Great Railroad Strike of 1877") ангажовање Пинкертонове детективске Агенције доводи до оштрих критика од старне припадника Радничког покрета. Пинкертон се бранио изјавама да је помагао радницима и синдикатима супротне стране. Један од најпознатијих случајева је разбијање организације Моли Мегвајерс. Један од Пинкертонових детектива, Џејмс Мек Парлан, успео је да се од 1873. до 1876. године инфилтрира међу чланове овог тајног удружења у Пенсилванији и прибави доказе који су довели до распада ове наводно терористичке организације.