Signe de la faveur royale , en 1499 et 1500, il est certainement à Milan dans la suite de Louis XII après la conquête, avec un artiste tourangeau : Jean Poyer. Il y rencontre François II Gonzague et Léonard de Vinci. Il fournit un portrait au premier et a des échanges artistiques avec le second, qui note dans un carnet . François Gonzague lui commande visiblement aussi un portrait du cardinal d'Amboise et un retable de dévotion à Saint Jean-Baptiste. Selon Jean Lemaire de Belges, Perréal a accompagné Louis XII pour y représenter les victoires du roi. Rien de ce qu'il a pu réaliser dans cette optique ne nous est parvenu.