Na mocy postanowień konferencji berlińskiej (1884–1885), przesądzającej o podziale Afryki pomiędzy europejskie mocarstwa kolonialne, terytoria współczesnych Rwandy i Burundi zostały przyznane Cesarstwu Niemieckiemu. W 1890 roku oba istniejące tam królestwa stały się formalnie częścią kolonii Niemiecka Afryka Wschodnia. Początek obecności militarnej Niemiec na terytorium Burundi datowany jest jednak dopiero na rok 1896, kiedy to we wsi Usumbura (Bużumbura, późniejsza stolica kraju), ustanowiony został niemiecki posterunek wojskowy. W 1899 roku terytoria obu królestw weszły w skład nowo utworzonego dystryktu o nazwie Ruanda-Urundi – administrowanego przez wojsko oraz pozostającego częścią Niemieckiej Afryki Wschodniej. Niemieckie rządy w Burundi zakończyła I wojna światowa. W 1916 roku kolonia została zajęta przez wojska belgijskie. Do 1923 roku Ruanda-Urundi pozostawała formalnie pod wojskową okupacją. Później, na mocy postanowień traktatu wersalskiego, kolonię przekształcono w terytorium mandatowe Ligi Narodów, administrowane przez Belgię. Po zakończeniu II wojny światowej Ruanda-Urundi została przekształcona w terytorium powiernicze ONZ, pozostające nadal pod władzą Belgii.