Nach dem Ende des Bürgerkrieges trat Magruder in die Dienste Maximilians während des Zweiten Kaiserreichs von Mexiko. Nachdem 1867 die Herrschaft Maximilians zusammengebrochen war, begab sich Magruder zurück in die Vereinigten Staaten und ließ sich in Houston in Texas nieder, wo er 1871 verstarb.