Mutō kehrte 1922 nach Japan zurück und war dort bis 1925 Vizestabschef im Generalstab, bevor er für ein Jahr Mitglied im Obersten Kriegsrat wurde. Im Anschluss hieran war er kurzzeitig Kommandeur des Verteidigungskommando Tokio, bevor er vom 28. Juli 1926 bis zum 26. August 1927 Oberbefehlshaber der Kwantung-Armee in der Mandschurei wurde. Hiernach war er bis zum 26. Mai 1932 "Generalinspekteur der Militärausbildung" und kehrte im Anschluss in die Mandschurei zurück, wo er bis zu seinem Tod Oberbefehlshaber der Armee des nach der japanischen Besetzung der Mandschurei gegründeten Marionettenstaats Mandschukuo wurde. Parallel hierzu war er erneut Oberbefehlshaber der Kwantung-Armee und Generalgouverneur des Pachtgebiet Kwantung. Als Generalbevollmächtigter des Tennō Hirohito unterzeichnete er das Japan-Mandschukuo-Protokoll von 1932. 1933 überwachte er die japanische "Operation Nekka", die das Ziel hatte die chinesische Provinz Rehe als Teil von Mandschukuo zu erobern. Im Zuge dieser Operation erfolgte seine Beförderung zum Feldmarschall.