Nach dem Tod ihres Mannes, der im Oktober 1991 Präsident der Tschetschenischen Republik Itschkerien geworden war, im Ersten Tschetschenienkrieg am 21. April 1996 versuchte Dudajewa Tschetschenien zu verlassen und in die Türkei zu fliegen. Auf dem Flughafen Naltschik wurde sie festgenommen und von einem jungen Offizier verhört, der sich als Oberst Alexander Wolkow vorstellte und den sie später im Fernsehen als Alexander Walterowitsch Litwinenko wiedererkannte. Achmed Chalidowitsch Sakajew konnte bestätigen, dass Litwinenko unter dem Namen Wolkow Dudajewa verhört hatte. Als am 28. Mai 1996 der russische Präsident Boris Nikolajewitsch Jelzin sich im Kreml mit den Führern der tschetschenischen Separatisten traf, sagte er ihnen die Freilassung Dudajewas zu. Darauf kehrte sie nach Tschetschenien zurück und wurde Mitarbeiterin des Kulturministeriums der Tschetschenischen Republik Itschkerien.