En 1808 fue arrestado por el general francés Miollis, junto con su secretario Antonio Beramendi y Freyre, por sus protestas contra los atropellos franceses de Bayona, y por no jurar fidelidad y obediencia a José Bonaparte como rey de España. Ambos sufrieron un encarcelamiento de más de cinco años en varias prisiones francesas. Acabada la Guerra de la Independencia, alcanzaron la libertad. Falleció en Roma en 1824.