Classificado para a Copa Intercontinental de 1995 contra o Ajax, o time empatou por 0 a 0 contra os neerlandeses, mas perdeu nos pênaltis por 4 a 3. Entretanto, já no ano seguinte, o clube deu mais uma conquista a sua torcida: o segundo Campeonato Brasileiro, conquistado após derrota em São Paulo contra a Portuguesa de Desportos por 2 a 0 e vitória pelo mesmo placar em Porto Alegre, com um gol de Ailton, nos minutos finais de partida. Também em 1996, o "Tricolor" venceu a Recopa Sul-Americana, ganhando do Independiente por 4 a 1. No ano seguinte, o título mais importante foi a Copa do Brasil, vencida contra o Flamengo (0 a 0 em casa e 2 a 2 fora). Em 1999, as conquistas foram a Copa Sul e o Campeonato Gaúcho.