Rajavin johdolla perustettiin vuonna 1987 MEK:n aseellinen siipi, kansallinen vapautusarmeija (NLA), joka alkoi toimia Irakista käsin diktaattori Saddam Husseinin hallinnon suojeluksessa. Rajavin päämajana Irakissa toimi Ashrafin leiri. NLA:n taistelijat osallistuivat Irakin–Iranin sotaan Irakin puolella. Sodan ollessa päättymäisillään Rajavi määräsi heinäkuussa 1988 NLA:n suuren hyökkäyksen Iraniin, mutta huonosti suunniteltu operaatio päättyi katastrofaaliseen tappioon. Pienimuotoisemmat iskut rajan yli Iranin puolelle jatkuivat silti sodan jälkeenkin aina 2000-luvun alkuun saakka.