ב-2 בנובמבר 1964 נכנס אלעזר לתפקידו כאלוף פיקוד הצפון. בתקופה זו הייתה מתיחות רבה עם סוריה ותקריות שנודעו כמלחמה על המים, על רקע ניסיונות סוריה להטות את מקורות נהר הירדן ולמנוע מישראל את השימוש במוביל הארצי. התקריות היו מלוות בהפגזות מסיביות של יישובי אצבע הגליל. אמרה המיוחסת לאלעזר מאותה תקופה היא "אם חיי היישובים שלנו יהיו בלתי-נסבלים, יהיו בלתי-נסבלים גם החיים ממזרח לגבול".