Promu colonel début 1941, puis général de brigade en , le général Kœnig commande les Français libres lors de la bataille de Bir Hakeim ( au ), et lors de la seconde bataille d'El Alamein. Il est le général en chef des Forces françaises de l'intérieur (FFI) en 1944. Promu général de corps d'armée en , il est nommé gouverneur militaire de Paris le , peu avant la libération de la ville.