Seit dem 15. September 2008 war Gnininvi Minister für Industrie, Handwerk und Technologie in der Regierung Gilbert Houngbos. Um seine Partei angesichts der Präsidentschaftswahl in Togo 2010 aus der Regierungsverantwortung zu nehmen trat Gnininvi, gemeinsam mit einem weiteren Minister der CDPA, im September 2009 von seinem Ministeramt zurück.