Vào thế kỷ 13, trong cuộc Thập tự chinh lần thứ 4, người Ý bắt đầu xâm lược nhiều phần của Dodecanese, dưới danh nghĩa chính thức của đế quốc Nicea; Cộng hòa Venezia (Querini, Cornaro) và Cộng hòa Genova (Vignoli), mỗi gia đình chiếm giữ một số đảo trong một thời gian ngắn, trong khi thầy tu Basil Cả cai quản Patmos và Leros. Cuối cùng, đến thế kỷ 14, thời kỳ Đông La Mã đi đến hồi kết và các đảo về tay lực lượng Hiệp sĩ Cứu tế: Rhodes bị xâm chiếm vào năm 1309, và các đảo còn lại dần bị chiếm vào các thập niên kế tiếp. Các Hiệp sĩ đã biến Rhodes thành thành trì của họ, biến kinh thành thành một thành phố Trung cổ vĩ đại với một pháo đài hùng vĩ, các pháo đài và thành trì nằm rải rác tại các đảo còn lại.