Au cours de la Deuxième guerre macédonienne (200 à 197 av. J.-C.), Abydos fut assiégée par Philippe V de Macédoine . Au cours du siège, Marcus Aemilius Lepidus s’entendit avec Philippe V pour sommer la ville de se rendre au nom du Sénat de Rome; nombre de citoyens choisirent alors de se suicider plutôt que de se rendre. Faute de secours, la ville dut se rendre. L’occupation macédonienne devait continuer jusqu’à la fin de la guerre en 196 av. J.-C., avec la paix de Flaminus; Abydos, partiellement en ruines, était à ce moment pratiquement dépeuplée.