29 декабря 1941 года, после вступления США во Вторую мировую войну и вторжения Японии на Филиппины, Кабанатуан был оккупирован силами японской императорской армии. В 1942 году японцами был создан лагерь для военнопленных, в которым были размещены участники Батаанского марша смерти. 30 января 1945 года рейнджерами армии США и филиппинскими партизанами было совершено нападение на лагерь. Это событие вошло в историю как Рейд на Кабанатуан. В результате были освобождены 513 военнопленных. Собственно поселение было освобождёно 1 февраля 1945 года.