В марте 1990 года был избран народным депутатом РСФСР (по Лужскому территориальному округу № 142) и депутатом Леноблсовета; на первой сессии Леноблсовета в апреле 1990 подавляющим большинством голосов был избран его председателем и занимал этот пост по октябрь 1991 года. Под руководством Ю. Ф. Ярова Леноблсовет проявлял политическую лояльность по отношению к руководству РСФСР. В августе 1991 года Ю. Ф. Яров был заочно включён в состав Ленинградского Комитета по чрезвычайному положению, однако отмежевался от путчистов и высказал поддержку российским властям; Леноблсовет совместно с Ленсоветом приняли участие в организации сопротивления перевороту.