So kam es, dass dieser nach dem gewonnenen Bürgerkrieg im April 1861 Zaragoza zum Kriegsminister ernannte. Doch schon im Oktober des gleichen Jahres legte Zaragoza sein neues Amt nieder, um den Oberbefehl über die Truppen im Osten zu übernehmen – die Französische Intervention in Mexiko kündigte sich an. Im Januar 1862 starb seine Frau.