En octubre de 1641, después de una mala cosecha y un clima político amenazador, Phelim O'Neill impulsó la rebelión, esperando rectificar varias de las quejas de los terratenientes católicos irlandeses. Sin embargo, una vez que la rebelión estaba en proceso, el resentimiento de los nativos irlandeses del Ulster se desbordó causando ataques indiscriminados a la población de colonos, en lo que se conocería como la Rebelión irlandesa de 1641. Los católicos irlandeses atacaron las colonizaciones alrededor de la isla, pero especialmente en Ulster. Los escritores ingleses de la época estimaron que hubo sobre 100.000 víctimas protestantes y William Petty, en su investigación de 1650 calculó la muerte de alrededor de 30.000 personas. Sin embargo, investigaciones más recientes basadas en la revisión profunda de las declaraciones de los refugiados protestantes que fueron recolectadas en 1642, proponen la cifra de 4000 colonos asesinados directamente y sobre 12000 personas que pudieron haber fallecido de enfermedad o privación después de haber sido expulsados de sus tierras.