À la suite du fort Donelson, McArthur est promu au brigadier général le , et mène la deuxième brigade de la deuxième division de l'armée du Tennessee lors de la bataille de Shiloh. Les membres de sa brigade portent la casquette écossaise et sont donc surnommés la . McArthur est blessé à la tête de sa brigade dans une percée face à un encerclement confédéré le premier jour de Shiloh. Il mène sa brigade durant le siège de Corinth.