מבחינת ממצאים ארכאולוגים מתקופת העת העתיקה, נמצא מקדש אש זורואסטרי מהתקופה האחמנית. מחוז לוגר היה חלק ממחוז קאבול עד שנת 1964, אולם באותה שנה הוא קיבל מעמד של מחוז נפרד. בעבר, לוגר היה ידוע בשם מחוז לוי-גר. במהלך הפלישה הסובייטית לאפגניסטן היה המחוז מרכז לאימון כוחות מוג'אהדין נגד הצבא האדום. המחוז נפל בשנת 1995 לכוחות הטליבאן שהכריזו על הקמת האמירות האסלאמית של אפגניסטן ושימש להעברת נשק מפקיסטן אל ארגוני הטרור באפגניסטן. עם תחילתה של מלחמת אפגניסטן (2001–2014), כוח הסיוע הביטחוני הבינלאומי כבש מחדש את המחוז בשנת 2001 והסדיר את משטר הממשלה האפגנית. כיום המחוז נמצא במאבק כוחות בין הממשלה האפגנית והטליבאן.