Allo scoppiare della Guerra di secessione americana resta con l'Unione e viene messo a capo del 17º Fanteria con il grado di colonnello, prende parte alla Prima battaglia di Bull Run nella quale viene ferito nel tentativo di riorganizzare le truppe. Promosso general maggiore viene messo a capo del III corpo d'armata del Potomac, combatte nella Campagna di Peninsula, alla battaglia di Williamsburg e altre ancora. Tuttavia nel corso degli scontri emerge la sua estrema cautela nel comandare gli uomini, e nonostante il suo innegabile coraggio viene allontanato dalla prima linea e destinato a un incarico a Washington.