Letztendlich brachte erst der Einmarsch österreichischer Truppen im Januar 1791 die Wende und das Ende der Rebellion. Im Frühjahr 1791 kehrten die kurmainzischen Truppen als offizielle Sieger der Reichsexekution nach Mainz zurück. Dort musste Hatzfeld feststellen, dass der neue kurfürstliche Hofkanzler Franz Joseph von Albini Macht und Einfluss der Familien Coudenhove und Hatzfeld inzwischen gebrochen hatte. Hatzfelds Ruf als Truppenführer hatte großen Schaden genommen und die Kosten für die Reichsexekution waren inzwischen so hoch, dass es unwahrscheinlich war, dass Lüttich sie jemals zurückerstatten konnte. Bei Ausbruch des Krieges mit Frankreich führte ein innenpolitischer Streit um das Kommando der Feldtruppen im Kampf gegen Frankreich beinahe zur Entlassung Hatzfelds und der Ausweisung des Freiherrn vom Stein. Enttäuscht reiste Hatzfeld daraufhin nach Luxemburg in der Hoffnung dort das Kommando über ein Regiment der Armee des Herzogs von Braunschweig übernehmen zu können. Dort erfuhr er von der Niederlage der Mainzer Truppen vor Speyer am 30. September 1792 und eilte zurück nach Mainz. Bei der Belagerung von Mainz durch General Custine übernahm er die Verteidigung des strategisch bedeutsamen Abschnittes der Karlsschanze. Die Festung Mainz selbst galt damals als stärkste Festung des Reiches, doch war die Besatzung nach ihrer Niederlage in Speyer derart unterbemannt, dass sie nur einen Bruchteil der notwendigen Infanteristen und Artilleristen hatte. Unter diesem Eindruck sah Hatzfeld keine andere Möglichkeit, als nach einem französischen Ultimatum für die Übergabe der Stadt zu plädieren. Hinterher sollte sich herausstellen, dass Custine weder die Mittel noch die geeigneten Truppen besessen hatte, um Mainz zu nehmen.