Viene convocato per giocare all'edizione 2005 della Confederations Cup e per merito delle sue parate il Giappone batterà per 1-0 la Grecia, campione d'Europa, ma a causa del pareggio per 2-2 contro il Brasile e della sconfitta per 2-1 contro il Messico, la squadra nipponica verrà eliminata dal girone. Giocherà ancora una volta come titolare al mondiale, Germania 2006 prendendo parte a tutte e tre le partite, il Giappone viene eliminato nel girone perdendo per 3-1 contro l'Australia e per 4-1 contro il Brasile, pareggerà per 0-0 contro la Croazia dove Kawaguchi parerà un rigore di Darijo Srna.