La versión oficial del ejército indonesio, fue que el PKI estuvo detrás del golpe de estado y utilizó a oficiales descontentos para llevarlo a cabo. Se inició una violenta purga anticomunista en gran parte del país y el PKI fue declarado ilegal. A finales de 1965 unidades militares y grupos de musulmanes, sobre todo en el campo, comenzaron a realizar matanzas de comunistas y de aquellos que los apoyaban. Las estimaciones del número de muertes oscilan entre 500 000 y un millón. El PKI fue declarado ilegal el 13 de marzo de 1966 y el gobierno arrestó a cientos de miles de personas acusadas de estar involucradas en el intento de golpe de Estado. Los últimos de estos prisioneros todavía no han sido liberados y siguen produciéndose ejecuciones periódicas; la más reciente de ellas tuvo lugar en 1990; de todos estos detenidos, sólo 800 fueron juzgados.