I maj 1940 invaderede Tyskland Holland, og regeringen indledte jødeforfølgelserne på baggrund af den nye antisemitiske lovgivning fulgt af obligatorisk registrering og raceadskillelse snart efter. Frank-søstrene var begge gode i skolen og havde mange venner, men efter indførelsen af de nye regler, blev de flyttet til en jødisk folkeskole, hvor Anne blev ven med Jacqueline van Maarsen. I april 1941 forsøgte Otto Frank ihærdigt at undgå beslaglæggelse af "Pectacon". Han overførte sin andel i virksomheden til den ikke-jødiske Johannes Kleiman og trak sig som direktør. Firmaet blev overført til "Gies and Company", ledet af Jan Gies. I december 1941 gjorde Frank noget lignende for at redde "Opekta". Forretningerne fortsatte under ikke-jødisk ledelse, men Frank sad tilbage med kun en minimal indkomst for sig og sin familie. To gange prøvede familien at få visum til USA, men det mislykkedes; anden gang gik ansøgningen tabt under det tyske bombeangreb på Rotterdam i 1940.