À l’issue de l'élection présidentielle de 2010, qui devait se tenir en 2005 mais qu'il a repoussée à plusieurs reprises, il est donné battu par Alassane Ouattara par la Commission électorale indépendante ; refusant de quitter le pouvoir, il est déclaré vainqueur par le Conseil constitutionnel et officiellement investi pour un second mandat. Cette situation entraîne une crise politico-militaire de plusieurs mois alors que la victoire de son adversaire est reconnue par la quasi-totalité de la communauté internationale. Il est finalement arrêté le 11 avril 2011 par les forces d'Alassane Ouattara.