時代は下ってソ連にゴルバチョフが登場して、ペレストロイカ政策を推進すると、自由化の空気がエストニアにもおよび1988年には独立を目的とするエストニア人民戦線が設立される。さらに「ベルリンの壁崩壊」に象徴される東欧の民主化の波はエストニアはじめバルト3国にも波及し、1989年8月23日にはタリン、リガ、ヴィリニュスを「人間の鎖」で結ぶ運動（バルトの道）に100万人が参加、独立回復への気運は抑えがたいものになった。翌1990年5月12日にはタリンでバルト3国の首脳が集まり、3国はソ連編入前に存在した「3カ国会議」の復活を宣言。事実上の独立回復宣言となった。しかし、ソ連ゴルバチョフ大統領はそれを無効とした。1991年のソ連での連邦維持の投票はボイコット。8月19日の共産党保守派のクーデターを原因したソ連の体制の動揺直後の9月6日にはソ連が独立回復を承認。さらに国連に加盟。名実ともに独立した（エストニアの独立回復）。