Vào ngày 16 tháng 2 năm 2017, Ibrahimović đã lập hat-trick đầu tiên cho Manchester United trong chiến thắng 3–0 trước Saint-Étienne ở vòng 32 đội tại Europa League. Vào ngày 19 tháng 2, anh ra sân lần đầu tiên tại Cúp FA ở phút thứ 62 và ghi bàn thắng trong chiến thắng 2–1 trước Blackburn Rovers tại Ewood Park. Chính xác một tuần sau khi ra mắt Cúp FA, Ibrahimović ghi hai bàn thắng, một cú đá phạt và một cú đánh đầu trong trận chung kết Cúp EFL năm 2017. Qua đó giúp United giành danh hiệu này lần thứ 5 trong lịch sử và riêng cá nhân anh cũng giành được danh hiệu thứ hai cùng với Quỷ Đỏ. Vào ngày 7 tháng 3, Ibrahimović đã bị treo giò ba trận đấu bởi FA vì hành vi bạo lực đối với cầu thủ Tyrone Mings của Bournemouth trong trận hòa 1-1 tại Old Trafford khoảng ba ngày trước đó. Sau đó vào ngày 13 tháng 4, Ibrahimović được đưa vào danh sách rút gọn gồm 6 cầu thủ cho Giải thưởng cầu thủ PFA của năm. Vào ngày 20 tháng 4, Ibrahimović bị chấn thương dây chằng nghiêm trọng ở đầu gối phải trong trận tứ kết Europa League trước Anderlecht ở Old Trafford. Một số nguồn tin cho biết rằng chấn thương đó khiến cho Ibrahimović có thể nghĩ đến hết mùa giải 2016–17. Anh quyết định không chấp nhận bất kỳ khoản lương nào từ câu lạc bộ trong khi anh chưa lấy lại được sức khỏe.