John Souza, tak samo jak i niespokrewniony z nim Ed Souza, przez szereg lat grał w zespole Ponta Delgada S.C., zdobywając z tym klubem w 1947 U.S. Open Cup. W 1950 został powołany przed ówczesnego trenera Williama Jeffreya na mistrzostwa świata. Na mundialu rozegrał jeden mecz – przeciwko reprezentacji Anglii wygranym 1:0 (tzw. "Cud na trawie"). W 1951 trafił do New York German-Hungarians, z którym w tym samym roku sięgnął po dwa tytuły – U.S. Open Cup oraz U.S. Amateur Cup. Dwukrotnie uczestniczył na letnich igrzyskach olimpijskich – w 1948 oraz 1952.