Pour lutter contre les dégâts des inondations fréquentes et de la glace, un mur et une jetée de protection sont édifiés en 1898. Cette jetée, la jetée MacKay, deviendra la Cité-du-Havre avec l'expo 67. C'est à partir de cette même année que le port commence à adopter sa configuration actuelle avec l’édification de quais en béton, de hangars en acier et de bassins.