W reprezentacji Hiszpanii Manjarín zadebiutował 6 września 1995 roku w wygranym 6:0 domowym spotkaniu z Cyprem, rozegranym w ramach eliminacji do Mistrzostw Europy w Anglii. W 1996 roku został powołany przez Javiera Clemente do kadry na ten turniej. Tam wystąpił w trzech spotkaniach: dwóch grupowych zremisowanym 1:1 z Francją i wygranym 2:1 z Rumunią (w 11. minucie strzelił pierwszego gola dla Hiszpanów) oraz w ćwierćfinałowym z Anglią (0:0, karne 2:4). Karierę reprezentacyjną zakończył w 1997 roku. W kadrze narodowej wystąpił łącznie w 13 spotkaniach i zdobył 2 gole.