Zahraničněpoliticky se nový režim dostal téměř ihned do konfliktu s USA (viz Americká rukojmí v Íránu), dosavadním nejužším spojencem, a se sousedním Irákem ovládaným světskou stranou Baas Saddáma Husajna. V roce 1980 překročila irácká armáda hranice Íránu a začala íránsko-irácká válka, jež trvala osm let a stála zhruba milion lidských životů. Vnější ohrožení Chomejnímu a jeho okolí umožnilo ještě více omezit svobodu ve vnitropolitickém smyslu – popravy byly na denním pořádku. Sestřelení íránského civilního letadla Iran Air 655 křižníkem USS "Vincennes" v roce 1988 dále vyostřilo vztahy se Spojenými státy.