Nel 2005 è ingaggiato dal Chievo Verona e, contrariamente alle aspettative generali, ottiene un prestigioso settimo posto e la qualificazione alla Coppa UEFA. In seguito allo scandalo del calcio italiano del 2006, però, il piazzamento viene corretto al quarto posto ed il Chievo Verona si vede qualificato al terzo turno della Champions League 2006-2007 contro il Levski Sofia. La sconfitta per (2-0) in Bulgaria e il pareggio per (2-2) in Italia condannano il Chievo Verona al ripescaggio in Coppa UEFA. I ragazzi di Pillon però non hanno fortuna e vengono eliminati dallo Sporting Braga senza accedere al tabellone principale (2-0 a Braga e 2-1 dts a Verona). In campionato non va meglio al tecnico trevigiano che, dopo aver conquistato un solo punto nelle prime sei giornate (1-1 con l'), viene sostituito sulla panchina gialloblù dall'ex Luigi Delneri.