ערב מלחמת סין–יפן השנייה, ב-1931, מנה הצבא הקיסרי 198,880 חיילים ב-17 דיוויזיות. תקרית מוקדן, שארעה באותה שנה, הייתה פעולה עצמאית של כוחות יפנים במנצ'וריה, שפעלו ללא אישור הממשלה בטוקיו, והדגימה את עצמאות הצבא בשטח. תקרית זו, ומספר אירועים דומים נוספים הובילו לפלישת הצבא הקיסרי למנצ'וריה, ולפרוץ המלחמה ב-1937. הממשלה האזרחית, שצפתה בחוסר אונים בכוחות הצבא במנצ'וריה גוררים את יפן וסין למלחמה, נאלצו להשלים עם העובדות שקבעו החיילים בשטח. עם זאת, השפעתו של הצבא הקיסרי על הקיסר הירוהיטו החל להחלש, ואת מקומו תפס הצי הקיסרי היפני. עם זאת, בשנה הראשונה למלחמה בסין גדל הצבא הקיסרי ל-24 דיוויזיות, ושנה לאחר מכן הגיע לסדר גודל של 34 דיוויזיות.