Encarregado pela Comuna de Paris, em Setembro de 1792, de por fim aos massacres de prisioneiros, vai desempenhar um papel controverso : acusado de dar-lhes maior amplitude, cobrindo-os sob um manto de legalidade, para uns, por outros é creditado como tendo « um papel providencial. » A porteridade vai conhecê-lo como o « "grande juiz da Abadia" », ou ainda como o « "chefe dos matadores" ». Presidente de um tribunal improvisado na Prisão da Abadia, ele relaxa a prisão do Marquês Charles François de Virot de Sombreuil, salvo por sua filha Marie-Maurille, a quem a lenda conferiu o título de heroína. Sobre este episódio, Jules Claretie relata de segunda mão este retrato feito por uma testemunha ocular : « Maillard era um homem jovem com cerca de trinta anos, moreno, grande, olhar soberbo, cabelos em rabo-de-cavalo. Ele vestia nesse dia (2 de Setembro de 1792) uma roupa cinza com bolsos largos .»