С падением Выговского Павел Ефремович получил под своё командование Миргородский полк в 1659 году. В 1660 году стал одновременно Гадячским и Миргородским полковником. В Чудновской кампании командовал Миргородским полком и находился в отряде наказного гетмана Тимофея Цецюры, который состоял под началом Василия Шереметева. Сражался в Любарской и Чудновской битвах. Под Чудновом Павел Ефремович попал в польский плен. Король Ян Казимир отпустил Апостола, но полководец Стефан Чарнецкий арестовал его и заключил в Дубенский замок, откуда Павел Ефремович бежал.