Efter Berlinmurens fall arbetade organisationen även med att bevaka och förbättra situationen för de mänskliga rättigheterna i fd Jugoslavien under 1990-talets konflikter. År 2009 bytte Svenska Helsingforskommittén namn till Civil Rights Defenders. I samband med namnbytet utökade organisationen sitt fokus och började arbeta i flera andra regioner i världen med det främsta uppdraget att stödja lokala människorättsgrupper i repressiva länder. De arbetar även med att bevaka läget för de mänskliga rättigheterna i Sverige.