Обвинялся рядом коммунистов в поддержке Кокандской автономии. Выступал за проведение мирных переговоров с басмачами, участие басмаческих курбаши в политической жизни советского Туркестана в обмен на отказ от вооружённой борьбы. Являлся одним из основных переговорщиков с авторитетным курбаши Мадамин-беком, завершившихся переходом последнего на сторону большевиков. Кроме того, по мнению Ходжаева, Советская власть должна была восстановить шариатские суды и отменить реквизиции зерна.