Durante la stagione 2001-2002 si alternano in panchina Roy Hodgson e Gian Piero Ventura (subentrato a metà stagione): in campionato l'Udinese raggiunge la salvezza con un quattordicesimo posto ottenuto in extremis. La stagione seguente vede il ritorno di Spalletti in panchina, che nelle stagioni 2002-2003 e 2003-2004 conduce il club al settimo posto per due anni consecutivi, centrando due volte la qualificazione alla Coppa UEFA e venendo eliminata al primo turno in entrambe le edizioni. Nell'estate del 2004 la società acquista dall'Empoli l'attaccante Antonio Di Natale, che diventerà capitano e bandiera della squadra.