Václav Němeček debutoval v národním dresu 27. dubna 1988 v domácím přátelském utkání proti SSSR, když nastoupil od začátku druhého poločasu za stavu 0:0. Utkání skončilo remízou 1:1. Poslední zápas, který odehrál v reprezentačním dresu, bylo semifinálové utkáni na ME 1996 proti Francii, které český tým rozhodl po bezgólové remíze až na penalty s poměrem 6:5.