À partir de 1812, il est à la tête de la police prussienne en tant que conseiller d'État privé. Déjà à cette époque, il est largement responsable de la persécution du mouvement national et libéral en Prusse. Il fait démanteler le Tugendbund et participe à l'arrestation de Justus von Gruner. Pendant les guerres de libération, Wittgenstein perd temporairement son influence politique.