1689, nach dem Aussterben des lauenburgischen Herzogsgeschlechtes, begann eine wechselvolle Phase in der Geschichte der Stadt Mölln, die nun den unterschiedlichsten Herren unterstand: 1689–1705 dem Herzog von Lüneburg-Celle, 1705–1803 dem Kurfürst von Hannover (der auch König von Großbritannien war), 1803–1813 dem französischen Kaiser Napoleon, so dass ab 1810 statt eines Bürgermeisters ein Maire in Mölln regierte. Nach den Befreiungskriegen gehörte die Stadt 1813–1815 wieder zu Hannover, danach 14 Monate lang erstmals zu Preußen, da Hannover das Herzogtum Lauenburg vertraglich im Tausch gegen Ostfriesland an Preußen abgetreten hatte. Doch auch diese Herrschaft war nur eine Übergangsregelung. Durch einen groß angelegten Tauschhandel, bei dem Preußen Schwedisch-Vorpommern und Rügen erhielt, fiel Mölln dann 1816 über Schweden an den dänischen König, der Holstein und Lauenburg in Form einer Personalunion regierte. Der von den Dänen zugelassene Bau und Anschluss an die Lübeck-Büchener Eisenbahn gab der Stadt 1851 neue Entwicklungsmöglichkeiten. 1864 kam die Stadt durch den preußisch-österreichischen Sieg über Dänemark unter deren Doppelherrschaft. Im August 1865 verzichtete Österreich in der Gasteiner Konvention zugunsten des Königs von Preußen gegen eine Entschädigung von 1.875.000 Talern auf das Herzogtum, das 1867 in der preußischen Provinz Schleswig-Holstein aufging. Seit 1949 gehört die Stadt zum Bundesland Schleswig-Holstein.