Beneš sperava per la restaurazione dello stato cecoslovacco nella sua forma precedente agli Accordi di Monaco. Il governo in esilio, con Beneš come Presidente della Repubblica, fu istituito nel giugno 1940 nel Regno Unito, ad Aston Abbotts, e il 18 luglio 1940 fu riconosciuto dal governo inglese. In seguito, l'URSS (nell'estate del 1941) e gli USA (nell'inverno) riconobbero il governo in esilio. Nel 1942 il ripudio da parte degli Alleati degli Accordi di Monaco stabilì la continuità politica e legale della Prima Repubblica cecoslovacca e il riconoscimento de iure della presidenza de facto di Beneš. Il successo dell'Operazione Anthropoid, che causò il 27 maggio l'assassinio di alcuni dei principali uomini di Hitler, influenzò gli Alleati nel rifiuto degli Accordi di Monaco.