Les manuscrits restent en possession du monastère jusqu'à l'arrivée des troupes françaises à Lisbonne en . Le général Jean-Andoche Junot s'en empare et les rapporte à Paris. En 1814, le gouvernement portugais réclame les manuscrits restés en possession de la veuve du général. Celle-ci réclame pour leur restitution. Le gouvernement de Louis XVIII le récupère finalement pour la somme de et le restitue au Portugal.