در ۱۱ سپتامبر ۲۰۱۲، کنسولگری آمریکا در بنغازی، لیبی مورد حمله قرار گرفت که منجر به مرگ کریستوفر استیونز سفیر آمریکا و سه آمریکایی دیگر شد. حمله و سؤالات پیرامون امنیت کنسولگری آمریکا و توضیحات متغیر در پی آن در خصوص آنچه رخ داد، در آمریکا از نظر سیاسی مجادله‌برانگیز شد. کلینتون در ۱۵ اکتبر گفت او در خصوص مسئلهٔ قصورهای امنیتی مسئولیت می‌پذیرد، با این وجود توضیحات متفاوت ناشی از گیجی اجتناب ناپذیر مه جنگ در پی حوادث این چنینی بوده‌است. در ۱۹ دسامبر هیئتی به رهبری تامس آر. پیکرینگ و مایک مولن گزارش خود را در این خصوص منتشر کرد. این گزارش شدیداً از مسئولین وزارت امور خارجه در واشینگتن به دلیل بی‌توجهی به درخواست برای نگهبانان بیشتر و ارتقای امنیتی و قصور در تأمین رویه‌های امنیتی در محیطی که امنیتش در حال کاهش بود، انتقاد کرد. انتقادات متمرکز بر دفتر امنیت دیپلماتیک و دفتر امور خاور نزدیک بود، چهار مسئول وزارت خارجه در سطح دستیار وزیر و پایین‌تر در نتیجهٔ آن از مقام خود برکنار شدند. کلینتون گفت نتایج این گزارش را می‌پذیرد و این که تغییراتی برای پیاده‌سازی پیشنهادها در دست اقدام است. کلینتون در ۲۳ ژانویه ۲۰۱۳ در برابر کنگره در خصوص حملهٔ بنغازی شهادت داد. او از اقداماتش در پاسخ به واقعه دفاع کرد و با وجود پذیرش مسئولیت رسمی، گفت از قبل هیچ نقش مستقیمی در مباحثات خاص در خصوص امنیت کنسولگری نداشته‌است. جمهوریخواهان کنگره او را در موارد متعدد مورد چالش قرار دادند که گاهی باعث پاسخ‌های احساسی یا عصبی از سوی او شد.