Dopo la conquista ottomana di Costantinopoli il monastero, conosciuto dai Turchi come "Kızlar Kilisesi" (sign. "chiesa delle donne"), continuò ad essere abitato per un po'. Tra il 1486 e il 1491 il "Kapicibaşı". (ed in seguito gran visir) Koca Mustafa Pascià, giustiziato nel 1512, trasformò la chiesa in una moschea. Alcuni anni più tardi, l'edificio del monastero fu trasformato da suo genero Seih Çelebi Efendi in una Tekke per i dervisci dell'ordine degli "Halveti". Essi erano diretti in quel periodo dal maestro Sufi Sünbül Efendi. La sua türbe, una destinazione popolare per i pellegrini musulmani, si trova vicino alla moschea, la quale porta da allora anche il suo nome. Agli inizi del XVI secolo ci furono litigi tra il sultano Selim I e Seih Çelebi, dal momento che il sultano voleva abbattere parte del monastero per utilizzare i materiali nella costruzione del palazzo di Topkapi. Quest'ultimo morì nel 1559 e sia lui che sua moglie Safiye Hatun furono sepolti in una türbe nel cortile della moschea, vicino alla türbe di Mustafa Pascià. Alcuni sceicchi "Halveti" furono sepolti nel cimitero dietro la moschea.