Die Hamburger Sturmflut 1962 suchte auch Uetersen heim. Schon am 12. Februar fegte ein schwerer Orkan der Stärke 12 mit starken Regenschauern über die Stadt, entwurzelte Bäume und deckte ganze Dächer von Wohnblocks ab. Herumfliegende Dachziegel beschädigten parkende Autos. Nach ersten Schätzungen lag der Sachschaden bei rund 150.000 DM. Von der Elbe wurde das Wasser in der Nacht vom 16. zum 17. Februar mit einer Flutwelle in die Pinnau gedrückt, der Fluss wurde zum reißenden Strom und überflutete von Stichhafen über die Klosterwiesen aus die Uetersener Innen- und Altstadt sowie die historische Klosteranlage. Mehr als 50 Schweine ertranken dabei in den Fluten. Ab Mitternacht bis vier Uhr morgens erreichte das Hochwasser den höchsten Stand von 4,09 Meter über Normalnull und es kam zum Stromausfall in der Stadt. In Uetersener Rathaus wurde ein Katastropheneinsatzstab eingerichtet, und im Krankenhaus wurde der Betrieb mit Notstromaggregaten aufrechterhalten. Helfer von den umliegenden Feuerwehren, eine Staffel des Fluganwärterregiments vom Fliegerhorst Uetersen und dem Ortsverband des Bundesluftschutzverbands sowie unzählige freiwillige Helfer waren bis zum 28. Februar im Einsatz. In der Nähe des Werksgelände von Harles und Jentzsch war der Pinnaudeich auf vier bis fünf Meter Breite gebrochen. Mehrere Tage lang schleppten dort Freiwillige und Soldaten bis zur Erschöpfung Sandsäcke, rammten Pfähle ein und legten Faschinen, um das Loch wieder zu schließen. Nach ersten Schätzungen lag der entstandene Schaden bei 7,2 Millionen D-Mark. Im gegenüber liegenden Moorrege trat die Pinnau ebenfalls über die Ufer und überschwemmte Teile der Gemeinde; einige Gebäude und landwirtschaftliche Flächen standen unter Wasser.