Po podzimu 1997 odešel trénovat českou reprezentaci, kde působil do roku 2001, ve Spartě ho nahradil trenér Zdeněk Ščasný. Stal se prvním trenérem na světě, který se svým týmem ovládl kvalifikační cyklus (kvalifikaci na Euro 2000) s maximálním počtem bodů (tj. 30 bodů za 10 výher). Na samotném Euru 2000 ale český tým skončil v základní skupině na nepostupovém třetím místě. Poté, co byla reprezentace vyřazena Belgií v baráži o účast na fotbalovém mistrovství světa 2002, byl z funkce reprezentačního trenéra odvolán a nahradil ho Karel Brückner, dosavadní asistent.