Nachtigal besuchte das Katharineum in Lübeck. Er trat am 13. Juni 1843 als Füsilier in das kombinierte lübeck.-brem. Bataillon ein und wurde bis 1. November 1847 zur Ausbildung an die Militärschule Oldenburg kommandiert. Anschließend zum Sekondeleutnant befördert, nahm Nachtigal 1848 mit seinem Bataillon an den Kämpfen in Schleswig und Holstein teil. Bis Februar 1865 stieg er zum Major auf und war vom 19. März 1865 bis 27. Juni 1866 als Bevollmächtigter für die 2. Division des X. deutschen Bundeskorps bei der Bundesmilitärkommission in Frankfurt am Main tätig. Am 6. Juli 1866 zum 2. Stabsoffizier des Füsilierbataillons Bremen ernannt, nahm Nachtigal bei der Oldenburgisch-Hanseatischen Brigade während des Deutschen Krieges am Mainfeldzug teil. Er machte die Gefechte bei Werbach und Gerchsheim sowie die Beschießung von Würzburg mit und wurde für seine Leistungen mit dem Kronenorden III. Klasse mit Schwertern ausgezeichnet.