En la Campaña Overland de 1864, Johnson luchó bien en la batalla de Wilderness y cuando el teniente general James Longstreet fue gravemente herido allí, Robert E. Lee consideró a Johnson como comandante de cuerpo de reemplazo. Durante la batalla de Spotsylvania Court House, el 12 de mayo de 1864, en la sección "Bloody Angle" de la línea defensiva confederada "Mule Shoe", Johnson fue capturado junto con el general de brigada George H. Steuart, y la mayor parte de la división de Johnson. Fue encarcelado durante meses en Morris Island, frente a la costa de Charleston, Carolina del Sur, y fue canjeado el 3 de agosto de 1864. Fue enviado al oeste para unirse al ejército de Tennessee del teniente general John Bell Hood, donde comandó una división en el cuerpo del teniente general Stephen D. Lee. Durante la campaña de Franklin-Nashville, Johnson fue capturado de nuevo en la batalla de Nashville el 16 de diciembre de 1864. Volvió a pasar meses en un campo de prisioneros de guerra de la Unión en Johnson's Island, en el lago Erie. Al final de la guerra, Johnson fue trasladado a la antigua prisión del Capitolio en Washington, D.C., donde se le acusó de ser de alguna manera cómplice en el asesinato de Abraham Lincoln. La acusación no prosperó y fue puesto en libertad condicional el 22 de julio de 1865.