Desde ese año hasta 2014, fue muy beligerante contra la versión oficial de los atentados yihadistas del 11 M, desarrollando y apoyando las teorías de la conspiración del 11M, a pesar de que en su mismo periódico "El Mundo", el 12 de marzo de 2004, un día después de los atentados yihadistas, publicó la noticia de la reivindicacion por Al Quaeda de la autoría del atentado . También, El Mundo publicó el 19 de octubre de 2003 la amenaza directa y personal de Bin Laden a España . También era conocida en los ámbitos periodísticos la certera nota informativa del Centro Nacional de Inteligencia (CNI) de 6 de noviembre de 2003 (Documento C/ 15697) en la que alertaba de atentados yihadistas en España