Costacurta saltò la Supercoppa UEFA 2003, vinta dal Milan contro il . Nel mese di dicembre annunciò che la squalifica nell'Intercontinentale 1994 non avrebbe influito sulla sua futura partecipazione alla Coppa Intercontinentale 2003: complice l'infortunio di Nesta, fu schierato titolare. Il match terminò col risultato di 1-1, e così furono i rigori a dare la vittoria ai sudamericani per 3-1, con l'ultimo tiro rossonero fallito proprio da Costacurta, il cui "penalty" fu smorzato dal terreno e parato da Roberto Abbondanzieri. In compenso, il 2 maggio 2004 vinse il suo settimo scudetto a due giornate dal termine del campionato grazie allo 1-0 contro la Roma.