Dès la prise de Constantinople en 1453, le sultan considéra le patriarche œcuménique de l’Église orthodoxe comme le dirigeant du « "milliyet-i Rum" » ou « "millet des Romains" », en fait les sujets de l'Empire romain d'Orient (ou Empire byzantin) qu'il avait conquis. Ce milliyet incluait tous les orthodoxes de l'Empire ottoman, dont les Grecs, comme ceux résidant dans le duché de Naxos. Le patriarche était responsable devant le sultan du bon comportement de ceux-ci. En échange, il lui était laissé de larges pouvoirs sur la communauté grecque ainsi que les privilèges qu’il avait obtenus sous l’Empire byzantin. Il contrôlait aussi bien les tribunaux, les écoles que les églises. La hiérarchie orthodoxe assuma rapidement le rôle de véritables chefs des villages. Le but des Ottomans, en favorisant la religion orthodoxe, était aussi politique. En effet, ainsi, ils creusaient le fossé entre les Églises orthodoxe et catholique afin d’éviter une résistance commune de toute la chrétienté.