Balkanin sotien (1912–1913) seurauksena Makedonia jaettiin Serbian, Kreikan ja Bulgarian kesken, mutta VMRO jatkoi toimintaansa. Vähitellen sen harjoittama umpimähkäinen terrori alkoi vieroittaa sen kannattajia sekä Makedoniassa että Bulgariassa. Vuonna 1923 Todor Aleksandrovin johtama VMRO:n bulgarialainen siipi onnistui murhaamaan Bulgarian pääministeri Aleksandăr Stambolijskin. Aleksandrov itse murhattiin seuraavana vuonna ja häntä seurasivat organisaation johdossa Aleksandăr Protogerov sekä Ivan Mihailov. Vuonna 1934 Bulgarian hallitus kielsi Bulgarian VMRO:n toiminnan ja vangitsi tai karkotti sen johtajat.