W 2000 roku wyścig o Grand Prix Malezji zamykał sezon, a wygrał go Michael Schumacher, który tym razem pracował już na własne konto. Wyścig ten nie był jednak tak emocjonujący jak w 1999 roku, gdyż losy tytułu mistrzowskiego zostały przesądzone podczas przedostatniej rundy w Japonii. Kolejny wyścig F1 na torze Sepang odbył się niecałe pięć miesięcy później, gdyż impreza ta została przesunięta na początek sezonu (tuż za Grand Prix Australii). Triumfatorem wyścigu w 2001 roku był ponownie starszy z braci Schumacherów. W kolejnych latach wygrywali tutaj Ralf Schumacher (Williams) i Kimi Räikkönen (McLaren), dla którego było to pierwsze zwycięstwo w karierze. W roku 2004 znowu najlepszy okazał się Michael Schumacher. W sezonie 2005 bezkonkurencyjnym okazał się Fernando Alonso, który odniósł tu swoje drugie zwycięstwo w karierze i objął prowadzenie w klasyfikacji generalnej mistrzostw. Renault odniosło jeszcze większy sukces rok później, zajmując dwa pierwsze miejsca. Szybszy od Alonso okazał się jednak Giancarlo Fisichella. W sezonie 2009 drugie z rzędu zwycięstwo dla nowego zespołu Brawn GP zdobył Jenson Button. Wyścig liczył 33 okrążenia, gdyż z powodu obfitych opadów deszczu sędziowie zostali zmuszeni do jego wcześniejszego zakończenia (zawodnikom przyznano jedynie połowę punktów).