Zu Beginn der &lt;a href="Skisprung-Weltcup%201998/99"&gt;Saison 1998/99&lt;/a&gt; konnte Duffner an seine alten Erfolge nicht mehr anknüpfen und beabsichtigte nach mehreren Wettbewerben, in denen er nach dem ersten Durchgang ausgeschieden war, bereits seinen Rücktritt vom Profiskispringen. Jedoch wurde er auf Initiative des Bundestrainers Reinhard Heß in das Aufgebot für die Nordischen Skiweltmeisterschaften 1999 in Ramsau aufgenommen. Trotz seines Sturzes im zweiten Durchgang erreichte er mit dem Team gemeinsam mit Dieter Thoma, Sven Hannawald und Martin Schmitt vor Japan und Österreich Platz eins. Anfang November 2002 brach sich Duffner im Trainingslager den linken Oberarm und startete erst spät in den Weltcup. In der Saison 2003/04 sprang er nur noch im Continental Cup. Am 22. März 2004 verabschiedete sich Christof Duffner mit einem Flug auf 191,5 m als Vorspringer bei der Skiflug-WM in Planica von seiner aktiven Laufbahn.