Изначально была образована 4 декабря 1992 года решением Верховного Совета Республики Таджикистан в качестве специального военизированного формирования под названием «Бригада специальных миссий», в составе Министерства внутренних дел Республики Таджикистан. С первых дней своего создания «Бригада специальных миссий» начала принимать участие в боях на стороне правительства в гражданской войне, которая началась в мае 1992 года. «Бригада специальных миссий» акцентировала своё внимание на охране высшего руководства республики, а также принимала активное участие в обратном завоевании у Объединённой таджикской оппозиции города Душанбе и его окрестности. «Бригада специальных миссий» поддерживалась ГРУ России, а в кадрах самой бригады было немало русскоязычных, включая рядовых бойцов. Главные места дислокации бойцов «Бригады специальных миссий» в годы гражданской войны находились в Чкаловске (сейчас Бустон), Калининабаде (сейчас Левакант) и Обигарме. Сама «Бригада специальных миссий» состояла из нескольких бригад и отрядов, самой главной и престижной из которых являлась «Первая бригада», которую в первые годы существования возглавлял полковник Махмуд Худойбердыев. Благодаря эффективным действиям и высокой степени профессионализма, бригада завоевала доверие у Эмомали Рахмонова и его приближённых, и начиная с 1993 года лично Эмомали Рахмонова помимо сотрудников ГРУ России охраняли бойцы «Бригады специальных миссий».