Boyle voyagea en France et en Italie, et prit part aux guerres des évêques contre les Écossais en rentrant chez lui. Il retourna en Irlande au début de la Rébellion irlandaise de 1641, et se battit avec ses frères contre les rebelles irlandais à la bataille de Liscarroll en . Mais Boyle et les Anglais se retrouvèrent vulnérables en Irlande au moment du déclenchement de la Première Révolution anglaise. Bien qu'à l'origine il fût sous le commandement du royaliste marquis d'Ormonde, qui devint plus tard James Butler, d'Ormonde, Lord Broghill consentit à servir sous les ordres des commissaires parlementaires à Cork contre la Confédération irlandaise. Boyle se battit avec les Parlementaires jusqu'à l'exécution du roi Charles. Il se retira alors des affaires publiques et s'installa dans sa résidence de Marston Magna dans le Somersetshire.