Am 13. August 1939, kurz vor dem Beginn des Zweiten Weltkriegs, befand sich die "Pelikan" wieder in Tiko, aber ihr gelang noch die Heimreise. Am 30. August traf sie in Hamburg ein, wo sie dann zunächst festlag. Am 20. März 1940 – im Zuge der Vorbereitungen zur Besetzung von Dänemark und Norwegen (Unternehmen Weserübung) – wurde sie von der Kriegsmarinedienststelle Hamburg erfasst und dem Torpedoversuchskommando in Kiel als sogenanntes Torpedoklarmachschiff zugewiesen. Am 20. April 1940 lief sie, gemeinsam mit der "Palime" und gesichert von der 1. Schnellboot-Flottille, mit einer Ladung Geschütze für die in Norwegen gelandeten Heerestruppen von Cuxhaven nach Stavanger, wo sie am folgenden Tag eintraf. Am 24. April liefen die beiden Schiffe zurück nach Hamburg, um am 28. April erneut mit Heeresnachschub von Cuxhaven nach Stavanger zu fahren, diesmal von vier Booten der 2. Schnellboot-Flottille begleitet. Ein dritter Nachschubtransport der beiden Schiffe nach Stavanger folgte am 7.–9. Mai, der Rückmarsch am 13.–14. Mai. Danach wurde die "Pelikan" am 6. Juni 1940 der HAPAG zur technischen Betreuung übergeben, diente jedoch weiter beim Torpedoversuchskommando, sowohl in Kiel als auch in Gotenhafen. Am 23. April 1941 wurde sie, zur Vermeidung von Verwechslungen mit dem bei der Hafenschutzflottille Brest in Dienst gestellten Flakschiff "Pelikan", in "Pelikan II" umbenannt.