Mit der Invasion der USA in Irak ab 2003 kam es auch in Mossul zu starken Christenverfolgungen. Im Juni 2004 gab es ein Bombenattentat auf den Erzbischofssitz, und am 7. Dezember 2004 drangen bewaffnete Männer in die Kirche ein, warfen die Anwesenden hinaus und brachten Sprengsätze in der Kirche und im Erzbischofssitz an, mit denen sie die Gebäude schwer beschädigten und drei Menschen verletzten. 2008 wurden der Erzbischof Paulos Faraj Rahho und seine drei Begleiter von Terroristen ermordet. Immer mehr Christen, darunter sehr viele Chaldäer, verließen die Stadt Mossul. Als der Daesch (IS) am 4. Juni 2014 Mossul angriff, lebten von etwa 60.000 Christen vor US-Invasion 2003 noch rund 30.000 in der Stadt. Von diesen blieb nach der Eroberung der Stadt durch Daesch am 10. Juni 2014 niemand. Die meisten christlichen Flüchtlinge aus Mossul kamen in die überwiegend christliche Stadt Ankawa im Norden der kurdischen Metropole Erbil, wo viele in der Chaldäischen Kathedrale St. Josef Unterkunft fanden. Erzbischof Emil Shimoun Nona emigrierte nach Australien, und der Bischofssitz war vakant.