Auch im Bergkarabachkrieg spielte Şuşa als Festungsstadt eine zentrale Rolle, da von hier aus die Hauptstadt der Karabach-Armenier, Stepanakert, beschossen werden konnte. Die an exponierter Lage befindliche Ghasantschezoz-Kathedrale spielte für das aserbaidschanische Militär eine wichtige Rolle als Lagerhaus für GRAD-Munition, mit der die hier befindlichen Raketenwerfer versorgt wurden. Am 9. Mai 1992 gelang es armenischen Truppen, die Stadt einzunehmen.