El comienzo de la Operación Barbarroja sorprendió a la NKVD, cuyas cárceles en territorios anexionados por la Unión Soviética, a raíz del Pacto Mólotov-Ribbentrop, estaban atestadas de presos políticos. En el este de la Polonia ocupada, la NKVD fue encargada de evacuar y liquidar a más de 140.000 presos (orden de evacuación para la NKVD No. 00803). En Ucrania y Bielorrusia Occidental 60.000 personas se vieron obligadas a iniciar la evacuación a pie. Según los informes oficiales soviéticos más de 9.800 prisioneros fueron ejecutados en las cárceles, 1.443 fueron ejecutados durante la evacuación, 59 fueron asesinados por tratar de escapar, 23 murieron a consecuencia de las bombas alemanas y 1.057 murieron por otras causas.