バルト諸国占領が始まった1939年、バルト・ドイツ人はエストニアを離れることになり、ヴァルターやその兄でタルトゥ大学助教授のヴィルヘルム・アンダーソンもドイツへ向かうことになった。以前から体調を崩していた兄ヴィルヘルムは1940年3月にポーランドのメーゼリッツ、今でいうルブシュ県の病院で死去したが、ヴァルターはドイツに到着して同年にケーニヒスベルク大学の教授に就任した。1945年、ケーニヒスベルクの戦いにより市街地のほとんどが破壊され、ヴァルター自身も蔵書を全て失った。同年、彼はキール大学の教授に就任した。また、1950年には渡米しての教授スティス・トンプソンの下で数カ月間客員研究員として滞在した。1953年にキール大学を退職した彼は名誉教授となったが、1962年8月23日にキールで死去した。