В 2004 году Перротта перешёл в «Рому», которую только что начал тренировать Чезаре Пранделли, которого ещё до первой игры сезона сменил Руди Фёллер, которого в свою очередь сменил Луиджи Дельнери всего после пяти матчей. Таким образом Перротта продолжил играть под руководством Дельнери, с которым он уже сотрудничал в предыдущие три года в «Кьево». Он стал игроком основного состава и продолжил успешно играть в «Роме» и после прихода Лучано Спаллетти на должность главного тренера в 2005 году. Выступлениями в &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%98%D1%82%D0%B0%D0%BB%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%202005/2006"&gt;сезоне 2005/06&lt;/a&gt; Перротта добился вызова на чемпионат мира 2006 года в Германии. 17 мая 2007 года забивает решающий гол в финальном раунде Кубка Италии против «Интера». За весь сезон забил рекордные для себя 13 голов. В следующем сезоне выигрывает Суперкубок Италии, снова в матче против «Интера», при этом получает красную карточку ещё до того, как выйти на поле. 24 мая 2008 года выигрывает ещё один Кубок Италии, забив победный гол, и снова в матче с «Интером».