Friedrich Ferdinand Illmer war im Jahr 1657 Medizinstudent in Wien. Am 12. August 1658 erfolgte seine Repetition an der Medizinischen Fakultät in Wien. Anschließend wurde er Feldmedicus. Am 8. August 1661 trat er die Vertretung von Paul de Sorbait als Professor institutionum an der Medizinischen Fakultät in Wien an und wurde schließlich im Dezember 1662 Professor institutionum. Am 28. April 1664 wurde er zum Consiliarius des Collegium rationum des Konsistoriums der Universität Wien berufen. Im Jahr 1667 wurde Illmer Prokurator der ungarischen Nation der Universität Wien. Während der Pest in Wien 1679 war Illmer Pestarzt und übernahm im folgenden Winter das 1. Dekanat an der Medizinischen Fakultät in Wien. 1681 wurde er zum Ritter in den alten ungarischen Ritterstand mit Prädikat von und zu Wartenberg geschlagen. Es folgte die Berufung als kaiserlicher Leibmedicus im Jahr 1681/82, sowie 1682 als erster theoretischer Professor der Medizinischen Fakultät und 1683 als praktischer Professor.