Como parte de la Joint Force Harrier (Fuerza Conjunta de Harriers), el escuadrón opera aviones Harriers Flota Aérea de la Royal Navy, los cuales fueron adaptados para despegue desde los portaaviones de la misma. Las operaciones que llevó a cabo en esta época incluyen: el Bombardeo de la OTAN sobre Yugoslavia en Kosovo, en 1999; la Operación Palliser en Sierra Leona, en 2000; y la Operación Telic sobre Irak, en el 2003. En agosto de 2004, se anunció que 6 aviones Harriers serían desplegados en Afganistán, en apoyo de las fuerzas de la OTAN.