Durante la temporada 2009-10 bajo el nuevo entrenador Louis van Gaal, Lahm fue capaz de jugar en su posición preferida como lateral derecho. A pesar de algunas dificultades en los primeros partidos, jugó una de sus mejores temporadas, formando una excelente colaboración en la banda derecha con Arjen Robben, anotando un gol y dando 12 asistencias en todos sus partidos. Lahm también fue elegido como vicecapitán por van Gaal, y jugó el tiempo completo en todos los partidos oficiales y en la primera ronda la DFB-Pokal. Bayern ganó el doblete de la liga y la copa y llegó a la Final de la Liga de Campeones de la UEFA 2009-10, donde jugó los 90 minutos completos como lateral derecho.