Lors du vaste remaniement ministériel du , il se convertit en homme fort du gouvernement puisqu'il redevient ministre de la Présidence, conserve sa vice-présidence et est nommé porte-parole du gouvernement. Dans ses nouvelles fonctions, il a dû affronter deux moments très difficiles du second mandat d'Aznar : la catastrophe du pétrolier "Prestige" au large de la Galice, et la participation de l'Espagne à la guerre d'Irak voulue par George W. Bush.