У середині VIII століття долини навколо Манґлісі належали роду Джуаншеріані, одній з гілок династії Хосровідів, пізніше перейшли у власність роду Ліпарітіді. Під час турецької навали околиці селища були розорені, у них майже не залишилось осілого населення, натомість турки-сельджуки випасали тут худобу. В 1121 році на горі Дідгорі, що неподалік Манґлісі, сталася вирішальна битва між грузинським і турецьким військом, яка принесла перемогу корінному народові. Однак вільне життя тривало недовго. Вторгнення Тамерлана в Грузію надовго залишило манґліський край в руїнах. Ще у 1770 році Манґліська єпархія значилась у списку розорених.