Αργότερα, κατά την εκστρατεία του Μεγάλου Αλεξάνδρου, ο Μαζαίος, που ήταν τότε στρατηγός στη Βαβυλώνα, καθυστέρησε την κατασκευή δύο μεγάλων γεφυρών στον Ευφράτη, γεγονός που καθυστέρησε την πορεία του Αλεξάνδρου και του στρατού του προς τα ανατολικά. Μετά την ήττα του περσικού στρατού στα Γαυγάμηλα, ο Μαζαίος υπεχώρησε με τα υπολείμματα των δυνάμεών του στη Βαβυλώνα. Και όταν έφθασε εκεί ο Μέγας Αλέξανδρος, ο Μαζαίος άνοιξε τις πύλες και του παρέδωσε την πόλη. Για την πράξη του αυτή, ο Αλέξανδρος τον αντάμειψε διορίζοντάς τον σατράπη της Βαβυλώνας.