בנוסף שיחק אהרוני בנבחרת הנוער של ישראל באליפות אירופה ב-1992 ובנבחרת העתודה באליפות אירופה ב-1994, בשני המקרים סיים עם הנבחרת במקום החמישי. ב-1997 שיחק עם נבחרת ישראל באליפות אירופה שנערכה בספרד, אותה סיימה הנבחרת במקום התשיעי.