Με την ένωση με την Ελλάδα η Θεσσαλία χωρίστηκε σε τέσσερις νομούς : Νομός Λάρισας, Νομός Μαγνησίας, Νομός Καρδίτσας και Νομός Τρικάλων. Όταν ξέσπασε ο Ελληνοτουρκικός πόλεμος του 1897 η Θεσσαλία δέχτηκε επίθεση από τους Οθωμανούς, είχαν κάποια κέρδη μετά το τέλος του πολέμου αλλά ελάχιστα. Τις πρώτες δεκαετίες της Ελληνικής κυβέρνησης κυριαρχούσε το αγροτικό ζήτημα, η περιοχή ήταν χωρισμένη σε τσιφλίκια που οι ιδιοκτήτες είχαν απόλυτη εξουσία στους αγρότες που τα καλλιεργούσαν, δεν υπήρχε καμιά διαφορά από την Οθωμανική διακυβέρνηση. Η ένταση έφτασε στο αποκορύφωμα με την Εξέγερση του Κιλελέρ (1910) αλλά το πρόβλημα άρχισε να λύνεται όταν έκανε ο Ελευθέριος Βενιζέλος αναδιανομή της γης.