След приемането на решението за влизане в строй, от 14 до 25 май 1985 г., е преведен за модернизация в Лонг Бийч. Отново е въведен в строй на 10 май 1986 г. От Лонг Бийч отплава за плаване. Намира се на него от 10 септември до 19 декември 1986 г., преминавайки през Пърл Харбър, Сидни, Диего Гарсия, Суецкия канал, Истамбул, Лисабон, Панамския канал и след това се завръща в Лонг Бийч. От 27 юли 1987 г. до 19 януари 1988 г се намира в поход през Арабско море и Персийския залив. В периода 1988—1990-е години линкорът участва в маневрите „Rimpac-88“ и „Rimpac-90“, по време на които нанася визити във Ванкувър и Пусан. От 17 януари до 28 февруари 1991 г. взема участие в бойните действия срещу Ирак. На обратния път за САЩ посещава австралийските Пърт и Хобарт. През май 1991 г., след пристигането си в САЩ, посещава Сиатъл, Ванкувър и Сан Франциско. На 7 декември 1991 г. се намира в Пърл Харбър на мемориалните мероприятия по повод 50-а годишнина от атаката на Япония над Пърл Харбър. На 31 март 1992 г. линкорът е изваден от състава на флота и се остава в Бремъртън. На 23 май 1998 г. преминава в Пърл Харбър и е поставен на вечна стоянка при остров Форд. От 29 януари 1999 г. „Мисури“ е открит за посещения.