Будапешт продолжал искать сближения с Братиславой и в начале 1944 г. ему удалось подключить к секретным переговорам словацких военных. Однако, немецкая оккупация Венгрии в марте 1944 г. не позволило выработать ясное соглашение между Будапештом и Братиславой. В то же время, попытка словацких военных захватить власть и перевести Словакию на сторону Антигитлеровской коалиции в сентябре-октябре 1944 г. закончилась провалом. Тем не менее, путчисты, установив связь с венгерским правительством Гезы Лакатоша, помогли в конце сентября 1944 г. отправить в Москву венгерскую делегацию для заключения перемирия. Однако, поражение Словацкого национального восстания привело к полной оккупации Словакии войсками Германии. В то же время, в Венгрии, Берлин настоял на передаче власти лояльному националистическому правительству Ференца Салаши. Таким образом, взаимоотношения Словакии и Венгрии в конце 1944 г. перешли под контроль Германии и лишились самостоятельности. С другой стороны, Антигитлеровская коалиция, решив восстановить Чехословакию и ликвидировать независимую Словакию, сняла с повестки дня развитие словацко-венгерских межгосударственных отношений вплоть до 1993 г.