Con il colpo di Stato del 28 maggio 1926 veniva instaurata la "Seconda Repubblica", poi diventata "Estado Novo" nel 1933. Comandata da António de Oliveira Salazar, il quale trasformò il Portogallo in uno Stato parafascista, ideologicamente vicino all'Asse, anche se non partecipò alla Seconda Guerra Mondiale, restando apparentemente neutrale ma concedendo anzi passivamente ai Giapponesi di occupare Timor Est e Macao e attivamente agli Alleati l'uso di alcune basi militari nelle Azzorre. In seguito questa forma di governo si evolse in una sorta di stato autoritario monopartitico. Come avvenne anche per la vicina Spagna alla fine del secondo conflitto mondiale, le potenze vincitrici non promossero nessun processo di democratizzazione, lasciando proseguire il regime dittatoriale fino oltre la morte dello stesso Salazar. Nel 1961 l'esercito portoghese fu impegnato in un'azione armata nella colonia di Goa, contro l'invasione indiana. Il risultato fu un'umiliante sconfitta per l'esercito portoghese. In questa occasione venne persa la colonia indiana detenuta da oltre quattro secoli. Movimenti d'indipendenza diventarono attivi anche nell'Africa portoghese, dando avvio alla guerra coloniale portoghese. Il Portogallo, in questo periodo, non fu isolato diplomaticamente, dato che fu membro fondatore della NATO, della OECD e dell'EFTA.