Unterstützer des englisch-schottischen Königs Jakob II. und Jakob VII. beschädigten Raphoe Castle 1689 im Krieg der zwei Könige. Ein Jahrhundert später, 1789, wurde die Burg erneut angegriffen, diesmal von den United Irishmen, von denen drei in der Rebellion von 1798 getötet wurden. 1838 wurde die Burg durch eine Feuersbrunst zerstört.