Тем не менее, король относился к нему подозрительно и враждебно; только война с Русским государством заставила Сигизмунда вновь обратиться к Жолкевскому. Сам Жолкевский был против этой войны, считая, что она не соответствует интересам Речи Посполитой, но принял в ней участие, после того как его миролюбивые доклады королю не имели успеха. Разбив в 1610 году при Клушине войска князя Дмитрия Шуйского, он подступил к Москве, где в это время был свергнут царь Василий ІV Шуйский. После переговоров с боярами, результатом которых стало избрание на московский престол королевича Владислава, польское войско было впущено в Москву.