Ná byna drie jaar diens as hulpprediker is aan hom in Julie 1916 die leerstoel in die wysbegeerte aan die Victoria-kollege aangebied as opvolger van prof. Thomas Walker in wie se plek hy tevore reeds waargeneem het. Terselfdertyd is hy as predikant na die gemeente Philippolis beroep. Onder invloed van professore en studente kies hy aanvanklik die professoraat, maar ná 'n feile innerlike stryd neem hy die beroep na Philippolis aan. Dr. Muller, sy vrou, hul seuntjie, Christof, en dr. Muller se moeder (sy vader is op dr. Muller se verjaardag in 1915 oorlede), het in Oktober 1916 na Philippolis vertrek waar hy op 14 Oktober 1916 deur ds. J.D. Kestell as leraar bevestig is. Op kerklike en politieke gebied was dit 'n moeilike tyd in die Vrystaat se geskiedenis. Dit was die gevolg van die Rebellie, wat in talle gemeentes aanleiding gegee het tot 'n dreigende skeuring. Philippolis was geen uitsondering nie.