W roku 1529 Turcy dotarli do centrum Europy Środkowej, oblężenie Wiednia zostało jednak odparte. W ten sposób została powstrzymana ekspansja Osmanów wzdłuż Dunaju. Ostateczne rozstrzygnięcia miały miejsce w XVII wieku, kiedy Turcy zostali pokonani w bitwie pod Wiedniem (1683) przez wojska pod dowództwem Jana III Sobieskiego, zaś od bitwy pod Nagyharsány (1687) zaczęli tracić terytorium i panowanie. Wskutek wycofywania się Turków wzrosła w tym okresie rola Austro-Węgier. Oprócz austriackich w rejonie Dolnego Dunaju nadal widoczne były jednak wpływy imperium osmańskiego, aż do ostatecznej straty obszarów na Bałkanach po wojnach rosyjsko-tureckich (1768–1774) oraz I i II wojnie bałkańskiej w latach 1912–1913. Dunaj w tym czasie stanowił nie tylko oś militarną i gospodarczą, ale także polityczną, kulturalną i religijną granicę między Wschodem a Zachodem.