Syyskuun 11. päivän terrori-iskujen jälkeen Musharraf toimi läheisesti Yhdysvaltain presidentin George W. Bushin kanssa sodassa terrorismia vastaan. Neuvotteluissa ulkoministeri Colin Powellin kanssa Pakistan luovutti Yhdysvaltain käyttöön kolme lentotukikohtaa Afganistanin kampanjaa varten.