На самом почетку своје морнаричке каријере служио је на наколико бродова попут „USS President“ (где је служио под командом комодора Џона Роџерса (1772–1838) који је извојевао победу над британским бродом „HMS Little Belt“, нешто мало пре званичног избијања рата из 1812. Остало је забележено да је Пери био на истом броду током напада на „HMS Belvidera“ када је Роџерс испалио прво ђуле на непријатељски брод што је резултирало експлозијом топа које је усмртило и ранило бројне морнаре, укључујући Роџерса и Перија. Пери је нешто касније прекомандован на брод „USS United States“ али пошто је брод био усидрен у Њу Лондону у Конетикату мало је праве борбе у рату видео. Након потписивања мира, споразумом из Гента, Пери је служио на разним бродовима у Медитерану. Служио је под комодором Вилијамом Бејнбриџом током Другог берберског рата а након те обавезе прекомандован је на брод „HMS Cyane“ где је патролирао обалама Либерије у периоду 1819–1820. године. Након тога добија задатак да сузбије пиратство и трговину робовима у Западној Индији. У истом периоду, кад је његов брод допловио у Русију, Пери је добио понуду да буде део руске царске морнарице, што је одбио.