Die Partei wurde am 18. August 1990 in Sarajevo gegründet. Sie ist ein Ableger der Hrvatska demokratska zajednica in Kroatien und stand lange unter starkem Einfluss der Mutterpartei. Programmatisch setzte sie sich für das Recht des kroatischen Volkes auf Selbstbestimmung bis hin zur Sezession ein. Mit finanzieller Hilfe der kroatischen Diaspora und des Staates Kroatien gelang es ihren Vertretern zeitweise, einen Parallelstaat Herceg-Bosna zu etablieren. Nach dem Krieg 1992 bis 1995 durchlief die HDZBiH zahlreiche innere Konflikte, die regelmäßig zum Weggang bzw. zum Ausschluss von Reformkräften führten.