Thapa oli liittynyt Human Rights Watch-järjestöön vuonna 2004. Sille töitä tehdessään hän selvitteli Sri Lankan sisällissodan tapahtumia. Hänen tutkintansa osoittivat "systemaattisen epäonnistumisen" siviilien suojelemisessa konfliktin aikana. Thapan työ johti YK:n selvitykseen. Sri Lankan sisällissodan lisäksi Thapa tutki oman kotimaansa Nepalin pitkää sisällissotaa haastatellen satoja todistajia ja osoittaen laajat sotarikoksia ja muita väärinkäytöksiä. Selvitykset johtivat esimerkiksi Yhdysvaltojen vähentämään sotilasapuaan Nepaliin. Elokuussa 2017 Thapa oli Myanmarin ja Bangladeshin rajalla yhtenä ensimmäisistä Rohingyojen etnisen vainon tutkijana.