ב-6 באפריל 1994 הופל מטוסו הפרטי של הבירימנה ליד נמל התעופה הבינלאומי קיגאלי והוא נהרג. יחד איתו מצאו את מותם גם סיפריאן נטריאמירה, נשיא בורונדי, הרמטכ"ל של צבא רואנדה ועוד רבים אחרים. המטוס התרסק בשטח בית הנשיא. תקרית זו היוותה את יריית הפתיחה של רצח העם ברואנדה.