Després va exercir com a Vicepresident de l ' 11 de març de 1984 a l'any 2005. Va ser el responsable de política i afers exteriors, com a Vicepresident. Khaddam també va ser cap mediador durant la Guerra Civil del Líban, rebent de manera no oficial el títol de "Alt Comissionat" o "Padrí" del Líban.