Nel 1582, la conversione al protestantesimo di Gebhard Truchsess von Waldburg, arcivescovo di Colonia, portò ad una guerra tra Gebhard, che si rifiutava di lasciare la carica di arcivescovo, ed Ernesto di Baviera, che era stato eletto suo successore. Gebhard tentò di convertire l'arcidiocesi al luteranesimo con l'aiuto della bella contessa Agnese di Mansfeld-Eisleben. Giacomo III combatté in questa guerra sotto il generale della Spagna, Alessandro Farnese, duca di Parma. In seguito combatté sempre per la fazione cattolica agli ordini del duca Carlo III di Lorena.