Дебатируя о якобинцах в Конвенте, он выступил против Бийо-Варенна и получил поддержку большинства. 26 декабря 1794 года Тальен официально женился на Терезе Кабаррюс. Активно участвовал в подавлении восстания парижских санкюлотов 1—4 прериаля III года (май 1795 года), после чего снова вошёл в состав Комитета общественного спасения, где оставался до жерминаля VI года (весны 1798 г.). В июле 1795 г. в качестве чрезвычайного комиссара при генерале Гоше участвовал в уничтожении роялистского десанта, высадившегося на полуострове Киберон, где велел расстреливать пленных. После подавления роялистского мятежа 13 вандемьера в Париже вступил в конфликт с прежними союзниками — бывшими жирондистами; был назначен членом Комиссии пяти «для принятия мер общественного спасения». 23 вандемьера IV года (15 октября 1794 г.) был избран в Совет пятисот, где видной роли не играл. Вообще при Директории его политический вес постепенно упал; левые ставили ему в вину террор после термидора, правые — жестокость по отношению к роялистам. В 1795 г. от него ушла жена — сначала к Баррасу, потом к финансисту Уврару. В 1798 году принял участие в Египетском походе, в Каире стал членом новой академии — созданного Бонапартом Египетского института (отделение политической экономии) и выпускал газету «Египетская декада» ("Décade Égyptienne"). После отъезда Бонапарта генерал Мену потребовал и от Тальена покинуть Египет. Судно, на котором плыл последний, было захвачено англичанами, и Тальен оказался в плену в Англии, где нашёл восторженный прием со стороны партии вигов. Его принял их лидер Чарлз Джеймс Фокс, а герцогиня Девонширская подарила ему свой портрет, украшенный бриллиантами (портрет он оставил себе, а бриллианты вернул).