עם חלוקת האימפריה הרומית עבר אזור הים האגאי לידי האימפריה הביזנטית אשר איבדה אותו לטובת האימפריה העות'מאנית בסוף ימי הביניים. האזור היה תחת שליטתה עד עצמאותה של יוון בתחילת המאה ה-19.