De plotselinge dood van zijn zoon Jozef Ferdinand (1692-1699), die door Karel II van Spanje tot erfgenaam was gekozen, maakte een voorlopig einde aan zijn ambitieuze plannen om de heerschappij van het Huis Wittelsbach uit te breiden. Het feit dat Karel vervolgens bij testament Filips V, een kleinzoon van Lodewijk XIV, tot erfgenaam benoemde, leidde in 1701 tot de Spaanse Successieoorlog. Max Emanuel keerde in dat jaar terug naar Beieren en koos in de oorlog de zijde van de Franse koning, daar hij hoopte zo de hem reeds eerder beloofde soevereiniteit over de Zuidelijke Nederlanden te verkrijgen en eventueel de Habsburgers van de keizerstroon te kunnen stoten. Na de Frans-Beierse nederlaag in de Slag bij Blenheim moest hij in 1704 zijn land echter verlaten. Hij werd in 1706 samen met zijn broer Jozef Clemens in de rijksban gedaan.