Po zajęciu Czechosłowacji przez Niemców w 1939 roku samoloty Aero A-38 zostały przejęte przez Luftwaffe. Według nie potwierdzonych danych jeden z nich uczestniczył w transporcie wojsk w ramach operacji „Weserübung” w Norwegii w 1940 roku. Dalsze losy tych samolotów nie są znane.