Weens die lang afstand na die skool het hy eers op agtjarige leeftyd skool besoek wat hy iedere dag te perd moes doen tot en met st. 5. In die dae van die 1914-rebellie het dit soms broekskeur gegaan om die “kakies” te ontsnap wat gedurig op die loer was vir ryperde. In die jaar 1918, tydens die Spaanse Griep, het die skole op Parys gesluit en moes hy gaan boer vir sy vader. Daarna is hy na die Potchefstroom Gimnasium, vanwaar hy, ná sy matrikulasie, sy teologiese studie voltooi het met sy B.A.- en B.D.-graad op dieselfde dorp. Ná al die eksamens kom die moeilikhede: Dit was die Groot Depressie, nie net op ekonomiese gebied nie maar ook op kerklike terrein, want vakante gemeentes was net so skaars soos geld. In Malan se jaar was dit vyf studente wat gelyktydig hul studie voltooi het en toe was daar nog proponente van die vorige jaar wat op beroepe gewag het. En toe hy saam met sommige van sy klasmaats voor die Algemene Vergadering van die OVS in 1933 vir sy peremptoir-eksamen moes verskyn, het die masels hom platgetrek aan huis van sy oudste broer. Sy laaste ouer, naamlik sy moeder, het hom alreeds op 19-jarige leeftyd ontval.