החיל הוקם בשם "חיל האוויר של אלסקה" ב-15 בינואר 1942 במטרה לנהל את בניית כוחות חילות האוויר של צבא ארצות הברית באלסקה. ב-5 בפברואר 1942 שונה שמו ל"חיל האוויר ה-11". החיל השתתף בקרב על האיים האלאוטיים שנכבשו על ידי האימפריה היפנית. במהלך הקרב ביצעו מטוסי החיל 297 גיחות והטילו כ-3,662 טון פצצות. החיל השמיד 60 מטוסי אויב, משחתת אחת, צוללת אחת ושבע ספינות נושאות גייסות. בהמשך המלחמה הפציץ החיל את מתקני הצבא היפניים באיים הקוריליים הצפוניים. בתום המלחמה אורגן מחדש החיל כפיקוד האווירי של אלסקה ומפקדתו התמקמה בבסיס חיל האוויר אלמנדורף שבאנקורג'.