Comandò le truppe a Blackburn's Ford, poi prestò servizio sotto il brigadier generale Pierre G. T. Beauregard alla prima battaglia di Bull Run. Il suo servizio a Bull Run impressionò in tal modo i suoi superiori che fu promosso brigadier generale. Early combatté sotto il generale Joseph E. Johnston nell'Armata della Virginia Settentrionale e fu ferito ad una spalla a Williamsburg. Rimase però sul campo finché non fu portato via in ospedale. Dopo un breve ricovero tornò sul campo per comandare una brigata nella battaglia di Malvern Hill.