Under den amerikanske borgerkrig var floden til stadighed en barriere og forsvarslinie ved flytning af tropper. Det var især en vanskelig barriere for unionstropper i deres forsøg på at trænge ind i det sydlige Virginia. Kontrollen over floden skiftede adskillige gange i løbet af krigen. Betydningsfulde slag blev udkæmpet langs floden, herunder Slaget ved Fredericksburg og Slaget ved Rappahannock Station, som blev udkæmpet i 1862. Floden blev endelig omgået af Ulysses S. Grant i Overland-kampagnen i 1864, der endte med Unionens endelige sejr i krigen. I nogle dokumenter fra det 18. og 19. århundrede omtales Rappahannockfloden som "Hedgeman's River"; et kort fra 1736-1737 viser Rappahannock over udløbet af Rapidanfloden som "Cannon", og længere oppe som "Hedgeman's River."