À partir de 1992, quand la guerre civile éclate en Algérie, la petite Église catholique algérienne, composée largement de coopérants et de travailleurs étrangers, est menacée. En Europe, on lui conseille souvent d'abandonner les lieux. Pierre Claverie s'y oppose fermement : s'il n'a jamais pu obtenir la nationalité algérienne, il se considère comme un Algérien et refuse d'abandonner un peuple auquel son destin est indissolublement lié. Au long de la crise, il refuse également de se taire, et n'hésite pas à critiquer publiquement, quand cela lui paraît nécessaire, le Front islamique du salut (FIS) ou le gouvernement algérien.