La guerra que estalló en 1876 fue vista como una cruzada, como una batalla entre el bien y el mal en donde los conservadores marchaban a la guerra defendiendo su religión y su patria. De allí que Arbeláez recibiera críticas de la facción más conservadora de la Iglesia por intentar evitar que la guerra se convirtiera en asunto de fe. De todas formas sus intentos fueron en vano y el ejército conservador fue derrotado por una coalición de fuerzas entre los Estados liberales.