Para além destes conceitos habituais, as mulheres timorenses também enfrentaram a violência doméstica. Casos de estupro e escravidão sexual foram alegadamente cometidos por milícias timorenses pró-integração durante a crise de setembro de 1999 em Timor-Leste. Uma das organizações que promovem a capacitação e igualdade do género para as mulheres de Timor-Leste é o Fundo de Desenvolvimento das Nações Unidas para a mulher (UNIFEM). Em 2010, foi aprovada uma lei que torna a violência doméstica um crime público, mas a prática continuou a prevalecer, no entanto. Num Inquérito Demográfico e de Saúde realizado entre 2009-10, mostrou que 36% das mulheres casadas relataram ter sofrido violência física, psicológica ou sexual por seu marido ou parceiro, mas apenas 24% relataram discutir este assunto com ninguém e apenas 4% responderam que procuraram a ajuda da polícia. De acordo com a mesma pesquisa, 71% dos homens acreditam que a negligência nos cuidados das crianças justifica o marido agredir a esposa, enquanto 72% das mulheres acreditam que é justificado um marido bater na sua esposa se ela sair de casa sem informá-lo.