1999年5月、インドネシア、ポルトガルと国連、東ティモールの住民投票実施の枠組みに関する合意文書に調印（ニューヨーク合意）。6月、国際連合東ティモール・ミッション（UNAMET）が派遣される。8月30日、独立に関する住民投票が行われた（投票率98.6%）。9月4日に発表された投票結果では、自治拒否78.5%で、特別自治権提案が拒否されたことで独立が事実上決定。9月7日、インドネシア治安当局は東ティモールに非常事態宣言を発令し、国軍5,500人を増兵しインドネシア併合維持派の武装勢力（民兵）を使って破壊と虐殺を行う。9月12日、インドネシアが国連平和維持軍の受け入れを容認し、オーストラリア軍を主力とする多国籍軍（東ティモール国際軍、INTERFET）が派遣された（東ティモール紛争）。その結果、暴力行為は収拾したが、多くの難民が西ティモールに逃れ、あるいは強制的に連れ去られたりした。10月には、国際連合東ティモール暫定行政機構（UNTAET）が設立、2002年の独立まで率いた。