Có tin cho rằng tướng Nguyễn Khánh, người tham gia lật đổ ông Dương Văn Minh trong cuộc đảo chính tháng Giêng năm 1964, đề nghị cho Ngô Đình Cẩn ra nước ngoài sống lưu vong với điều kiện ông Cẩn phải chuyển tiền vào tài khoản ngân hàng của mình ở Thụy Sĩ. Ông Cẩn phản đối đề nghị này, nói rằng mình không có tiền. Trong cuốn hồi ký của mình, Trần Văn Đôn cho rằng trước sau gì ông Khánh cũng sẽ xử tử ông Cẩn, vì ông Cẩn nắm trong tay thông tin về sự tham nhũng của các tướng lĩnh tham gia đảo chính. Dưới thời Tổng thống Ngô Đình Diệm, Nguyễn Khánh chỉ huy Quân đoàn II QLVNCH hoạt động ở Tây Nguyên dưới sự giám sát của Ngô Đình Cẩn. Mặc dù đã giúp bắt ông Cẩn nhưng Đại sứ Lodge khuyên Tướng Khánh nên tự kiềm chế và nhẹ tay với bản án vì sợ gây ra làn sóng phản đối trong giáo dân cũng như làm đảo lộn dư luận quốc tế với án tử hình.