En 1809, l'Autriche, désireuse de venger les humiliations passées et profitant de la présence de Napoléon en Espagne, attaqua à nouveau la France par surprise dans le cadre de la Cinquième Coalition. Malgré quelques succès initiaux, l'issue de la confrontation se solda par un nouveau désastre à la Bataille de Wagram. Dans une situation désespérée et forcés de demander la paix, les Autrichiens se virent imposer de très dures conditions au Traité de Schönbrunn, dont notamment la perte de l'ensemble des territoires côtiers et, donc, de tout accès à la mer Adriatique. Ces territoires formèrent les Provinces Illyriennes et furent annexés par l'Empire français. Par conséquent, la totalité de la marine autrichienne fut cédée aux Français entre 1809 et 1814.