В национальных женских сборных СССР, СНГ и России Елена Чебукина (Овчинникова) выступала в 1983—1993 годах. В их составе неоднократно становилась чемпионкой и призёром крупнейших международных соревнований, в том числе Олимпийской чемпионкой 1988, чемпионкой мира 1990, 3-кратной чемпионкой Европы, двукратной победительницей Игр доброй воли. В 1985 в составе сборной мира принимала участие в «Гала-матче» ФИВБ против национальной команды Китая, а в 1989 и 1991 — ещё трижды в подобных матчах, но уже в составе сборной СССР в противостоянии сборной «Звёзды мира».