El 1998, Stipe va publicar una col·lecció anomenada "Two Times Intro: On the Road with Patti Smith". El 2006, Stipe va publicar un EP que contenia sis versions diferents de la cançó "In The Sun" de Joseph Arthur per als damnificats de l'Huracà Katrina. Una versió, gravada en col·laboració amb Chris Martin de Coldplay, va arribar al número u a les llistes de singles canadenques. També el 2006, Stipe va aparèixer a la cançó "Broken Promise" al disc de Placebo "Meds". Continuant amb obres fora de R.E.M. el 2006, Stipe va cantar la cançó "L'Hôtel" al disc d'homenatge a Serge Gainsbourg titulat "Monsieur Gainsbourg Revisited" i va aparèixer a la cançó "Dancing on the Lip of a Volcano" del disc de New York Dolls "One Day It Will Please Us to Remember Even This". Va gravar una cançó amb Miguel Bosé al disc "Papito" "Lo que ves es lo que hay".