1936 wurde das 75. Schuljubiläum gefeiert. Im Jahr 1937 wurde die Schule in der „Reichskriegshafen-Stadt“ Kiel – im Rahmen der allgemeinen Propaganda und Kriegs-Mobilisierungsideologie der NS-Zeit – in "Admiral-Graf-Spee-Schule" umbenannt, zu Ehren des Vizeadmirals und von den Nationalsozialisten heroisierten „Seehelden“ Graf Spee, der während des Ersten Weltkriegs, im Dezember 1914 in der Seeschlacht bei den Falklandinseln gefallen war. Ebenfalls im Jahr 1937 wurde die Schule zur „Oberschule neuer Art“ umgewandelt; außerdem wurde der Schüler-Ruderclub "AEGIR" verboten. Während des Zweiten Weltkriegs entstand 1941 infolge der Luftangriffe auf deutsche Städte ein Bombenschaden am Altbauflügel. Im Rahmen der Erweiterten Kinderlandverschickung wurden dann Schüler der Schule in verschiedene Ostseebäder evakuiert, und zwar 1941 in das auf der Insel Usedom gelegene Seebad Bansin in der damaligen Provinz Pommern und 1944 in das ostholsteinische Seebad Grömitz an der Lübecker Bucht. Als 1945 ein umfangreicher Bombenschaden am Neubauflügel entstand, musste die Schule geschlossen werden.