Po sezóně 2006–07 se Udinese a Sampdoria nedokázali dohodnut o budoucnosti Quagliarelly, a tak dne 21. června 2007 proběhla slepé aukce. V aukci nabídla Sampdoria 6,5 milionu eur, ale útočníka získalo Udinese, které zaplatilo 7,15 milionu eur.. V Udinese začal sezónu 2007–2008 pomalu a v prvních 11 zápasech se prosadil jen jednou. Brzy se však stal členem základní sestavy a spolu s Antoniem Di Natale vytvořili nebezpečnou útočnou dvojici, v sezóně 2007/08 zaznamenal celkem 12 gólů. To vedlo k tomu, že si Quagliarella zajistil místo v italském výběru na Euro 2008. Fabio pokračoval ve skvělé formě v Udinese, v sezóně 2008/09 a dosáhl 21 vstřelených branek ve všech soutěžích, včetně osmi gólů v Poháru UEFA, kde Udinese dosáhlo čtvrtfinále.