El 4 de octubre de 2011 fue anunciado como nuevo seleccionador de Islandia. Bajo su mando, la selección llegó a disputar una serie de play-offs ante Croacia para acceder a la Copa del Mundo de 2014, pero finalmente los croatas se quedaron con el cupo. En la Euro 2016, la Islandia de Lagerbäck avanzó hasta los cuartos de final, una verdadera hazaña para el fútbol del país del norte de Europa.