L'US Navy redoute une possible perte du bâtiment et lance une opération de recherche. L'USS "Scorpion" et son équipage sont déclarés « présumés perdus » le . Son nom est retiré du Naval Vessel Register le . Les recherches se poursuivent avec une équipe de mathématiciens conduite par le John Piña Craven, responsable de la Division des projets spéciaux de l'US Navy. Ils emploient des méthodes de recherche fondées sur le théorème de Bayes, développées initialement pendant les opérations de recherche de la bombe à hydrogène perdue au large de Palomares, en Espagne, en à la suite de la dislocation en vol d'un B-52.