Nilsson startet karrieren i Landskrona BoIS, men ble hentet til Malmö FF, hvor han i 1988 ble svensk mester 1988. Samme år deltok har i OL, hvor Sverige endte på en femteplass. Nilsson forlot etter dette Malmö FF, for å spille i Sporting de Gijón. Han slo også gjennom på landslaget, og deltok for Sverige i VM i 1990 og EM i 1992.