Во время Тридцатилетней войны внук Адольфа I Готторпского герцог Фридрих III (1616—59) старался сохранить нейтралитет, но после поражения датского короля Кристиана IV при Луттере в 1626 году в герцогства вторглись императорские войска и опустошили их. Вскоре после вступления в управление герцогствами Фридрих III побудил шлезвиг-голштинских чинов отказаться от права избрания правителя и объявил с согласия Дании и германского императора преемство герцогской власти наследственным в его роде по праву первородства. В 1658 г. при заключении Роскилльского мира Фридрих III с помощью своего зятя шведского короля Карла X Густава добился признания освобождения Шлезвига от ленных отношений к Дании. Во время управления его сына Кристиана Альбрехта (1659—95) самостоятельность Шлезвига была подтверждена в Оливском мирном трактате 1660 года.