McIntosh retourne dans l'armée du Potomac à temps pour être affecté à une brigade de la troisième division de cavalerie de brigadier général James H. Wilson lors de la bataille de la Wilderness. Au cours de cette bataille, il parvient à retenir un force d'infanterie largement plus importante pendant des heures. Il est encore à son commandement lors des opérations du major général Philip Sheridan, y compris au début de la campagne de la vallée de la Shenandoah. McIntosh perd une jambe à cause d'une blessure qu'il reçoit lors de la troisième bataille de Winchester, le . Plus tard, il obtient les brevets de promotion aux grades de major général des volontaires des États-Unis, de brigadier général de l'armée des États-Unis (armée régulière), et de major-général de l'armée des États-Unis.