W reprezentacji Brazylii Cléber zadebiutował 8 listopada 1990 w meczu z reprezentacją Chile. W następnym roku uczestniczył w Copa América 1991, na których Brazylia zajęła drugie miejsce. Podczas tych mistrzostw był rezerwowym i nie wystąpił w żadnym spotkaniu. W następnych latach był sporadycznie powoływany do reprezentacji. Ostatni, jedenasty raz w reprezentacji zagrał 8 października 2000 w wygranym 6-0 meczu z reprezentacją Wenezueli w eliminacjach Mistrzostwa Świata 2002.