Das Flurstück Kösen erscheint schriftlich erstmals 1040 als „Kusenti“. Es liegt dem Wort wohl eine alte Bezeichnung für einen Flussabschnitt der Saale zugrunde (ungefähr *"Kusantia" ‚die Wallende‘). Die ersten Siedler kamen im Hochmittelalter in die Gegend, um für das Kloster Pforta ein Vorwerk zu betreiben, welches in Urkunden als „Cusne“ bezeichnet wird. Mit dem Bau der Steinbrücke über die Saale nahm auch die Via Regia den kürzeren Verlauf über Kösen. Nach der Säkularisation des Klosters Pforta im Jahr 1540 gehörte Kösen von 1543 bis 1815 zum kursächsischen Amt Pforta. Bis zum 18. Jahrhundert war der Ort für die Flößerei auf der Saale von gewisser Bedeutung. Die ab 1730 begonnene Salzgewinnung wurde um 1857 unrentabel, als in Staßfurt Salz günstiger gewonnen werden konnte. So blieb Kösen nur die Entwicklung in touristische Richtung. Die Schlacht bei Jena und Auerstedt fand 1806 teilweise in den an Thüringen angrenzenden Gemarkungen im Kösener Ortsteil Hassenhausen statt.