La vie au Temple est compliquée : les deux valets du roi se prêtent leur linge de maison et partagent le même lit. Le , au beau milieu de la nuit, il est conduit à l'hôtel de ville pour être interrogé par la Commune. À l'issue de l'interrogatoire, Chamilly se voit signifier qu'il ne peut pas retourner auprès du roi, n'étant pas un membre de sa famille ; il est alors transféré à la prison de La Force. Début septembre, il faillit être égorgé et échappe de peu aux massacres. Curieusement, il est « acquitté » par le peuple qui le porte en triomphe chez lui le 2 septembre.