בובולינה נולדה בכלא בקונסטנטינופול. היא הייתה בתם של קפטן סטבריאנוס פינוטסיס (Stavrianos Pinotsis) ורעייתו סבקו (Sveko). פינוטסיס נאסר על ידי העות'מאנים משום שנטל חלק במרד אורלוב הכושל נגד השלטון העות'מאני בשנים 1769–1770. אביה מת זמן קצר אחר כך, ואמה חזרה יחד אתה אל הידרה שבקבוצת האיים הסארוניים. ארבע שנים אחר כך, כשנישאה אמה לדמטריוס לאזארו-אורלוף, הם עברו אל האי ספצס. לבובולינה היו שמונה אחים למחצה.