I 2016 tok Dæhli sin første individuelle mesterskapsmedalje da han løp inn til sølvmedalje på langdistansen under europamesterskapet i tsjekkiske Jesenik. Samme år ble Magne Dæhli verdensmester i stafett under VM i Sverige. Dæhli løp siste etappe for norges lag og fikk gå ut i tet etter at Carl Godager Kaas og Olav Lundanes hadde skaffet ham et solid forsprang på de nærmeste konkurrentene.