Von 1999 bis 2005 war Haavisto in verschiedenen Aufgabenbereichen für die Vereinten Nationen tätig. Er leitete das UN-Umweltprogramm (UNEP) in Kosovo, Afghanistan, Irak, Liberia, Palästina und Sudan. Er koordinierte UNEP Untersuchungen wegen der in den Kriegen im ehemaligen Jugoslawien eingesetzten Uranmunition im Kosovo, in Montenegro, Serbien und Bosnien-Herzegowina und nahm an den Untersuchungen der Vereinten Nationen beim Baia-Mare-Dammbruch in Baia Mare, Rumänien, teil.