Квалификациите за Евро 1996 са първите, в които Словения взима участие. Отборът е воден от Зденко Верденик и попада в група с Хърватия, Украйна, Литва и Естония, като записва общо 3 победи и 11 точки от 10 изиграни двубоя. Квалификациите за световното първенство във Франция през 1998 г. завършват доста по-лошо и отбора остава на последно място в квалификационната група с едва една спечелена точка. Вследствие на слабото представяне Зденек Верденик е уволнен и на неговия пост идва отново Боян Прашникар. Товашният треньор на Марибор изкарва 5 мача преди да напусне и да бъде наследен от Сречко Катанец.