Fue capturado en la Batalla de Gettysburg (1863), con el rango de coronel, y enviado a la Libby Prison para oficiales de la Unión en Richmond, Virginia. Liberado en 1864, ese año publicó un libro narrando el cruel tratamiento que recibió en la prisión confederada. Su hermano, Adolfo Fernández Cavada, también fue oficial del Ejército de la Unión en la guerra civil.