In 1814 werd hij door prins Christiaan Frederik uitgenodigd om deel te nemen aan de vergadering van notabelen. Na de Noorse onafhankelijkheidsverklaring in mei van dat jaar werd hij het hoofd van de nieuwe Noorse generale staf en werd hij majoor-generaal. Door de Vrede van Kiel kwam het nieuwe land in oorlog met Zweden. Ondanks de defensieve plannen van Sejersted viel Noorwegen ten prooi aan de Zweden. Na de Conventie van Moss werd de Unie tussen Zweden en Noorwegen een feit. Hij bleef dienen in het leger en werd zelfs nog luitenant-generaal. Hij overleed ongehuwd en zonder kinderen in Trondheim in 1823.