Als im Zuge des Zweiten Weltkriegs die japanischen Truppen im Februar 1942 die britische Garnison in Singapur überrannten und Singapur besetzten, war Lim einer von vielen Bewohnern, der auf den Verdacht hin, dass er pro-kommunistisch und pro-britisch sei, die durch die Japaner gefoltert wurden. Noch lange Zeit nach dem Ende der Besatzung sagte Lim, dass jene welche die japanische Schreckensherrschaft in Singapur überlebt hatten "diese niemals vergessen werden". Lim sagte aber auch, dass – obgleich traumatisch und demütigend – diese einschneidende Entscheidung seine Generation entscheidend politisiert habe und zur singapurischen Grundhaltung beitrug "sein Schicksal niemals durch andere bestimmen zu lassen".