В последните години от съществуването на Второто българско царство тук се премества Иван Шишман след като изоставя Търново. Турците безуспешно обсаждат крепостта през 1393 г., но не успяват да я превземат, тъй като не разполагат с флот. Две години по-късно (1395) я превземат с измама, служейки си с български кораби. Това се случва след битката при Ровине между султан Баязид I и влашкия войвода Мирчо Стари, когато идващият насам султан поискал от васала си Шишман кораби, за да се прехвърли отсам Дунава. След като Шишман изпълнява искането му и Баязид стъпва на българския бряг, той влиза в крепостта и заповядва да отсекат главата на българския цар, след което Никопол е превърнат в областен център на санджак – Никополски санджак.