Après la croisade et la chute de Constantinople en 1204, Philippes est incluse dans l'éphémère royaume de Thessalonique créé par les croisés, qui est conquis entre 1215 et 1224 par le despote d'Épire Théodore Comnène Doukas, puis occupé vers 1246 par l'empereur de Nicée Jean III Doukas Vatatzès.