Gdy w 1806 roku Królestwo Prus padało pod ciosami napoleońskiej Wielkiej Armii, na terenie Wielkopolski – zagarniętej przez Prusy w wyniku rozbiorów – wybuchło powstanie. Przybyły do Wielkopolski gen. J. H. Dąbrowski wspólnie z dawnym konfederatem barskim gen. Pawłem Skórzewskim poczęli organizować na terenie ówczesnego departamentu kaliskiego wojsko polskie. Rafał Zajączek w tym czasie otrzymał stanowisko rotmistrza kawalerii powstającej Legii Kaliskiej, a 21 listopada 1806 roku został szefem szwadronu 4pułku strzelców konnych. Służąc na tym stanowisku, 9 października 1809 roku otrzymał stopień majora.