3 marca 1994 został mianowany dyrektorem FSK (od 3 kwietnia 1995 – Federalna Służba Bezpieczeństwa). Pełniąc tę funkcję w latach 1994–1995 kierował działaniami kontrwywiadowczymi w ramach rosyjskiej akcji zbrojnej w Czeczenii. W czerwcu 1995 kierował sztabem kryzysowym w trakcie szturmu grupy czeczeńskich partyzantów pod wodzą Szamila Basajewa na Budionnowsk. Próba odbicia porwanych przez komando Basajewa zakładników zakończyła się śmiercią kilkudziesięciu z nich. W wyniku nieudanej akcji w Budionnowsku, Stiepaszyn wraz z szefami pozostałych rosyjskich resortów siłowych stracił stanowisko.