Ağustos ayında Lee, İkinci Bull Run Savaşı'nda (İkinci Manassas) savaştı ve John Pope'un Virginia Ordusunu yendi. Papa komuta görevinden alındı ve ordusu McClellan'ın ordusuyla birleşti. Konfederasyonlar daha sonra Avrupa'nın tanınmasını ve savaşın sona ermesini umarak Maryland'i işgal etti. İki ordu 17 Eylül'de Antietam'da bir araya geldi. Bu, Amerikan tarihinin en kanlı günüydü. Birlik zaferi, Abraham Lincoln'ün 1 Ocak 1863 itibarıyla eyaletlerdeki tüm kölelerin hala isyanda olduğunu ilan eden Kurtuluş Bildirgesi'ni yayınlamasına izin verdi. Bu aslında köleliği sona erdirmedi, ancak savaşa anlamlı bir neden vermeye hizmet etti ve herhangi bir Avrupa müdahalesi olasılığını engelledi. * İkinci Bull Run (ya da İkinci Manassas) Çatışması'nda Konfederasyon güçlerinin yeni bir zafer kazanmasından sonra Lee, Potomac Nehri'ni aştı ve Maryland'ı işgal etti. McClellan, Lee'nin ordusunu ikiye böldüğünü ve elindeki asker sayısının kendi emrindekilerin çok altında olduğunu öğrenmesine karşın, yine çekingen davrandı. 17 Eylül 1862'de Birlik ve Konfederasyon Orduları, Maryland'ın Sharpsburg kenti yakınındaki Antietam Çayı kıyısında bir kez daha karşılaştılar ve savaştaki en kanlı gün yaşandı: taraflar 4.000'i aşan ölü ve 18.000 yaralı verdiler. McClellan, sayı üstünlüğüne karşın, Lee'nin hatlarını kırmayı ya da saldırıyı sürdürmeyi başaramadı ve böylece Lee, ordusunu dağılmadan Potomac'ın gerisine çekebildi.