Vuonna 1793 Villeneuve tapasi ensimmäisen kerran Napoleonin, ja hänet nimitettiin uudestaan laivaston palvelukseen. Hänet korotettiin amiraalistoon nuoremmaksi komentajaksi. Hänen laivastonsa purjehti Irlannin aluevesien tuntumassa odottaen invaasiokäskyä laivastoineen. Käskyä ei kuitenkaan koskaan tullut ja hänet siirrettiin Ranskan aluevesirajojen tuntumasta Egyptiin, jossa hän sai komennettavakseen 80-kanuunaisen ”Le Guillaume Tellin” lähellä Ranskan silloista rajaa. Brittiläisen laivaston hyökätessä Niilille ranskalaiset kärsivät Niilillä tappion brittiläisiä vastaan, mutta Villeneuven onnistui paeta laivansa kanssa vahingoittumattomana.