Во время Революции 1848—1849 годов в Германии Шаппер вернулся на родину и стал во главе коммунистического рабочего союза в Кёльне, а также принимал участие в деятельности газеты «Neue Rheinische Zeitung». За эту деятельность был арестован и отдан под суд, однако присяжные его оправдали. После окончательного подавления революции вновь уехал в британскую столицу.