В марте 1862 года он попробовал сбежать из подчинения штата в федеральное подчинение: «Сиклс напрямую обратился к президенту с докладом о готовности поступить на федеральную службу. Губернатор штата Нью-Йорк, где была набрана бригада, немедленно потребовал вернуть её в контингент войск штата, однако Сиклс уже закусил удила и не желал ничего слушать. Вместо того, чтобы выполнить приказ, он провел перекличку на гласисе форта, находившегося под федеральной юрисдикцией, и без лишних споров увел своих парней в Вашингтон. Но авантюра Сиклса не осталась без последствий. Губернатор устроил скандал, и после долгих препирательств „Превосходная“ вернулась в подчинение штата Нью-Йорк». В итоге он был вынужден оставить бригаду, однако начал активно лоббировать свои интересы в правительстве и в итоге добился своего восстановления в звании 24 мая 1862 года. Из-за этих событий он пропустил первые сражения кампании на полуострове, где его бригада хорошо проявила себя в сражении при Вильямсберге. Несмотря на отсутствие военного опыта, он смог неплохо командовать так называемой «Эксельсиорской бригадой» Потомакской армии в сражении при Севен-Пайнс и в последовавшей Семидневной битве. В августе его отправили в Нью-Йорк, чтобы он использовал своё политическое влияние для набора новых рекрутов, и из-за этого пропустил Второе сражение при Бул-Ране. Так как III корпус, в котором он служил, был оставлен оборонять Вашингтон во время Мерилендской кампании, из-за чего Сиклс не участвовал так же и в Энтитемском сражении. В эти же дни он был назначен командиром дивизии (вместо Хукера, который стал командиром I корпуса).