La mort prématurée de Ii Naomasa en 1602 est souvent attribuée à la blessure qu'il a reçue à Sekigahara. Il était très apprécié du shogun Ieyasu, aussi n'est-il pas étonnant que ses fils Naotsugu et Naotaka le remplacent. Les Ii restèrent très influents pendant toute l'époque d'Edo, malgré le fait que Naotsugu se soit attiré les foudres du shogun en refusant de participer à une campagne visant à prendre le fief de Toyotomi, à Osaka.