В разгар Гражданской войны М. Н. Назаршоева должны были направить в качестве главы делегации на переговоры с оппозицией, однако 10 марта 1994 года он был убит в результате террористического акта: "Убийство накануне переговоров. 10 марта 1994 года возле своего дома был жестоко убит вице-премьер Таджикистана Моеншо Назаршоев. СМИ тогда говорили о том, что он должен был возглавить правительственную делегацию на первом раунде меж таджикских переговоров в Москве (апрель 1994 года). В этом контексте смерть вице-премьера была расценена как попытка сорвать мирный процесс."