Sein erstes Spiel für die Schweiz absolvierte Peter Guggisberg an der U18-Weltmeisterschaft 2003. Im darauffolgenden Jahr gehörte an der U20-Weltmeisterschaft 2004 zum Kader der Schweizer U20-Nationalmannschaft. Mit der Schweizer Herren-Auswahl nahm er an der Weltmeisterschaft 2008 in der Top-Division teil.