F-16 har också spelat en aktiv roll under striderna på Balkan. Under Bosnienkriget användes F-16 för patrulleringar av flygförbudszonen, och i en luftstrid i februari 1984 sköts sammanlagt fyra J-1 Jastreb ner. Under Operation Allied Force, flygkriget mot Serbien 1999, utgjorde 180 F-16 från sju olika NATO-länder stommen i insatsen. Flygplanen stod för 7500 uppdrag, och erhöll två bekräftade luftsegrar, bägge mot MiG-29. Den ena segern erhölls av en nederländsk pilot.