やがて 太閤検地で隠し田が発覚したことで柳生家は累代の所領が没収され、兄と叔父たちは他家に仕えて柳生庄を離れたが、若年の利厳は弟・権衛門と共に柳生庄に残った。慶長2年（1597年）兄久三郎が朝鮮蔚山で戦死し、宗厳の嫡孫となる。22歳となった慶長5年（1600年）には関ヶ原の役があり、叔父・宗矩の活躍によって所領が取り戻されるが、その間も石舟斎は利厳を手元から離すことを許さず、修業に専念させていたと伝わる。