Nach dem Erlangen der Souveränität Kroatiens erfolgte am 3. Juli 1992 die Wiederaufnahme in die FIFA. An der Qualifikation zur Weltmeisterschaft 1994 in den USA nahm die Mannschaft nicht teil, qualifizierte sich jedoch im Anschluss für die Teilnahme an der Europameisterschaft 1996 und qualifizierte sich für die Weltmeisterschaft 1998, bei der der dritte Platz belegt wurde und etablierte sich unter den europäischen Fußballnationen. Mit Ausnahme der Europameisterschaft 2000 und der Weltmeisterschaft 2010 gelang seit der Wiederaufnahme in die FIFA die Qualifikation zu jedem großen Turnier.