ระหว่างที่ทรงราชย์ พระเจ้าวิลเฮ็ล์มที่ 1 ทรงเป็นผู้บัญชาการสูงสุดแห่งกองทัพปรัสเซียในสงครามชเลสวิชครั้งที่สองกับประเทศเดนมาร์กในปีค.ศ. 1864 และสงครามออสเตรีย-ปรัสเซียในปีค.ศ. 1866 ในช่วงปลายสงครามครั้งหลังนี้ พระองค์ถึงกับคิดจะยกทัพไปกรุงเวียนนาแล้วผนวกออสเตรียให้รู้แล้วรู้รอด แต่ความคิดดังกล่าวถูกคัดค้านโดยบิสมาร์คและมกุฎราชกุมารฟรีดริช บิสมาร์คต้องการจบสงครามโดยเร็ว และยังต้องการรักษาไมตรีกับออสเตรียไว้เผื่อจะได้เป็นพันธมิตรกันในอนาคต บิสมาร์คขู่ว่าจะลาออกถ้าทรงยืนกรานจะยกทัพไปตีเวียนนา พระองค์จึงต้องยอมบิสมาร์ค