W okresie przegotowań do wojny z Rosją (1812) Garczyński sprawnie zorganizował dostawy żywności dla wielonarodowej Wielkiej Armii. Po klęsce Napoleona zajmował się ewakuacją urzędów i pomocą dla uchodźców z Warszawy, Lublina, Siedlec, Poznania i Bydgoszczy. Gdy armia rosyjska w 1813 wkraczała na tereny Księstwa Warszawskiego, polski rząd i wojsko opuściły Warszawę. Wtedy rekrutacja żołnierzy do odtworzonej armii polskiej odbywała się tylko z ziem departamentów poznańskiego, krakowskiego, radomskiego i kaliskiego, bo sześć pozostałych zajęli Rosjanie. Garczyński po raz kolejny wykazał się zmysłem organizacyjnym i pobór żołnierza najlepiej przebiegł właśnie w departamencie kaliskim, pod zarządem prefekta i gen. Benedykta Łączyńskiego, dowódcy wojskowego departamentu. Garczyński sformował też uzbrojone w kosy oddziały gwardii narodowej. Po przegranej bitwie pod Kaliszem (13 lutego 1813) Garczyński znowu zajął się ewakuacją władz polskich i francuskich z terenów podległego sobie departamentu w kierunku Krakowa, gdzie przebywali polscy ministrowie i naczelne dowództwo armii. Tam ponownie dał się poznać jako sprawny organizator dowozu żywności i zaopatrzenia dla wojska. Następnie wraz z siłami polskimi, dowodzonym przez księcia Józefa Poniatowskiego, udał się do Niemiec. Rozstrzygającą bitwę pod Lipskiem (16–19 października 1813) przeczekał w niedalekim Dreźnie, gdzie jednak padł ofiarą epidemii tyfusu.