Der Dritte Koalitionskrieg stoppte seine Organisationspläne, ließ ihn aber dafür nach anderer Seite hin tätig sein, wobei sich sein sprichwörtlich gewordener Hass gegen Napoleon entwickelte. Nach der Schlacht von Austerlitz und der Niederlage Österreichs stand die Monarchie in größter Gefahr. Neue Mittel und Kräfte waren gesucht und Kaiser Franz fand in Baldacci den Mann seiner Idee. 1807 wurde er dann mit dem Kommandeurskreuz des Stefanordens ausgezeichnet.