24. marts 1999 deltog NATO i den første større konflikt i alliancens historie, da NATO styrker gik ind i Kosovokrigen med en 11 uger lang luftkampagne mod dele af det daværende Jugoslavien (nuværende Serbien). En formel krigserklæring fandt aldrig sted. De serbiske jugoslaver kaldte Kosovokrigen for militær aggression og imod FN-charteret.