W reprezentacji Belgii De Vlieger zadebiutował w 1999 roku. W 2000 roku wraz z drużyną narodową pojechał na mistrzostwa Europy, na których "Czerwone Diabły" zostały wyeliminowane już w pierwszej fazie turnieju. Następnie Geert wziął udział w Mistrzostwach Świata 2002. Na tej imprezie Belgowie zajęli drugie miejsce w swojej grupie i awansowali do 1/8 finału. W tej fazie turnieju zespół Roberta Waseige przegrał 2:0 z późniejszymi zwycięzcami mundialu - Brazylijczykami. De Vlieger na boiskach Korei Południowej i Japonii był podstawowym golkiperem w kadrze i zagrał we wszystkich czterech spotkaniach. Łącznie dla drużyny narodowej zaliczył 43 występy.