מקיין הצביע נגד החלטה משנת 1983, שאפשרה לנשיא רייגן להציב את כוחות חיל הנחתים של ארצות הברית כחלק מהכוח הרב-לאומי בלבנון, בטענה כי הוא "אינו צופה יעדים בר השגה בלבנון". לאחר הפיגועים בבסיסי הכוח הרב-לאומי בביירות, עמדתו של מקיין נגד מפלגתו ונשיאו זכתה לחשיפה תקשורתית לאומית, והחלה לבנות את המוניטין שלו כמעיין פוליטיקאי עצמאי. מקיין תמך בקבוצת השמרנים הצעירים של ניוט גינגריץ' בכמה ממאבקיהם נגד הנהגת המפלגה הדמוקרטית בבית הנבחרים, אך סירב להצטרף לאגודת ההזדמנות השמרנית של גינגריץ'. מקיין חש חיבה אישית ליושב ראש בית הנבחרים של ארצות הברית, טיפ אוניל, וניהל מספר מערכות יחסים טובות עם דמוקרטים אחדים בבית הנבחרים, בהם פול סיימון ומו יודול . מקיין נבחר בקלות מחדש לבית הנבחרים ב-1984, ללא התנגדות משמעותית מצד הרפובליקנים, ובבחירות הכלליות הביס את המועמד הדמוקרטי הארי וו. בראון כשהוא סוחף 78% מהקולות בעוד בראון זכה רק ל-22%. במהלך מסע הבחירות שלו באריזונה, הדגיש מקיין רק לעיתים רחוקות את שירותו בווייטנאם ואת חוויותיו מהשבי בהאנוי.