Lors des Mondiaux 2016 qui se déroulent dans son pays à Holmenkollen, Eckhoff décroche la médaille de bronze en relais mixte, l'or dans le sprint puis dans le relais féminin. Elle arrête sa saison sur ces championnats et ne participe pas à la dernière étape de la Coupe du monde à Khanty-Mansiïsk. En 2017, après un début de saison et des Championnats du monde sans podium, elle réagit pour finir deuxième du sprint de Pyeongchang et première du sprint de Kontiolahti et de la mass start d'Oslo.