Khi xảy ra vụ khủng hoảng do Liên Xô ra tối hậu thư đòi rút quân đội chiếm đóng Đồng Minh khỏi Tây Berlin vào năm 1961, "J. Douglas Blackwood" lại được cho nhập biên chế trở lại vào ngày 2 tháng 10, 1961 dưới quyền chỉ huy của Hạm trưởng, Trung tá Hải quân John Joseph Grelis III. Sau khi huấn luyện ôn tập tại khu vực biển Caribe, nó hoạt động tuần tra tại vùng biển Đại Tây Dương suốt mùa Hè năm 1962; rồi lại được cho xuất biên chế vào ngày 1 tháng 8, 1962 và quay lại trạng thái phục vụ trong thành phần dự bị. Nó tiếp tục nhiệm vụ huấn luyện tại Philadelphia cho đến năm 1967; và trong giai đoạn từ tháng 1, 1969 đến tháng 1, 1970 nó đảm trách vai trò huấn luyện dự bị tại Quân khu 3 Hải quân ở Whitestone, Queens, New York.