Il Palazzo fu ulteriormente danneggiato dalle incursioni aeree. Durante l'assedio di Berlino del 1945, divenne l'obiettivo principale dell'Armata Rossa, per una ragione simbolica. Il 30 aprile del 1945 l'Armata Rossa conquistò il Reichstag e i sergenti Meliton Kantaria e Michail Egorov innalzarono sul tetto dell'edificio la bandiera rossa della vittoria. La famosa foto scattata dal fotografo di guerra ucraino Evgenij Chaldej, che fissa l'istante in cui il soldato dell'Armata Rossa Abdulkhakim Ismailov sventola una bandiera rossa dell'Unione Sovietica su una delle torri del palazzo, non fu scattata effettivamente il 30 aprile 1945, ma la scena venne ricreata dal fotografo il 2 maggio seguente con dei soldati sovietici presenti casualmente sul posto in quel momento.