En 1204, la croisade s'empara de Constantinople, et les vainqueurs se partagèrent l'Empire byzantin. La souveraineté nominale sur les Cyclades échut aux Croisés, sauf Andros et Tinos qui furent (théoriquement) attribuées, la première à Venise, la seconde à l'empereur latin de Constantinople. Les îles ne purent cependant être occupées rapidement ; après quelques années, un accord fut finalement conclu entre l'Empereur latin et Venise, autorisant des citoyens vénitiens agissant à titre privé à les conquérir, à condition d'en faire hommage à l'Empereur. Cette nouvelle suscita des vocations. De nombreux aventuriers armèrent des flottes à leurs frais, dont un riche Vénitien résidant à Constantinople, Marco Sanudo, neveu du Doge Enrico Dandolo. Il s'empara sans coup férir de Naxos en 1205 et en 1207 il contrôlait ainsi la plupart des Cyclades, directement ou par l'intermédiaire de vassaux (dont le seul à être clairement attesté est Marino Dandolo, pour Andros). D'autres seigneuries furent créées durant la même période en mer Égée : les frères Andrea et Geremia Ghisi devinrent ainsi maîtres de Tinos, Mykonos et des Sporades mais ne dépendaient pas du duché. L'histoire particulière de chaque île est mal connue pour le , et certaines dynasties (Barozzi, Querini) que l'on pensait s'être installées dès la fondation du duché semblent n'avoir acquis leurs possessions qu'à partir du .