בגלל היותו נרדף כ"יודו-קומוניסט" לא חזר למולדובה אלא הסתתר בבוקרשט הבירה, שם מונה במשרה חלקית כרב בשני בתי כנסת - בית הכנסת "ראשית דעת" ו"בית אל". בו זמנית לימד תלמוד בבית ספר יהודי. בינואר 1941 בימי מרד הלגיונרים נגד שותפם לשלטון, המרשל יון אנטונסקו נקלע למצבי סכנת חיים אך ניצל. אחרי שרומניה נכנסה למלחמה בברית עם גרמניה נגד ברית המועצות נאלץ הרב רוזן להסתתר שוב רוב הזמן פן יישלח לטרנסניסטריה בטענה שהוא פעיל שמאל.