В июле 1941 года полковник Куропатенко назначен начальником штаба 271-й стрелковой дивизии ОрВО, формировавшейся в городе Мценск. В августе месяце она убыла на Южный фронт, где в составе 51-й армии вела бои на Перекопском перешейке, затем участвовала в обороне Крымского полуострова. В ноябре 1941 года временно командовал этой дивизией. В том же месяце дивизия в составе этой же армии была эвакуирована на Таманский полуостров и включена в состав войск Закавказского фронта. В период с 6 декабря 1941 года по 8 января 1942 года временно командовал 157-й стрелковой дивизией 51-й армии Закавказского (с января 1942 года — Кавказского) фронта. Части дивизии под его командованием активно действовали в Керченско-Феодосийской десантной операции и при освобождении города Керчь. К исходу 2 января 1942 года она совместно с основными силами армии вышла на линию Киет, Покровка, Коктебель. В феврале 1942 года полковник Куропатенко был переведен на должность начальника оперативного отдела (он же заместитель начальника штаба) 44-й армии Крымского фронта. Зимой и весной 1942 года ее войска вели боевые действия за удержание Керченского полуострова. С апреля командовал 404-й стрелковой дивизией этой же армии. После разгрома Крымского фронта в мае месяце полевое управление 44-й армии вместе с ее частями вошло в состав Северо-Кавказского фронта и было сосредоточено сначала в городе Тихорецк, а затем в городе Махачкала. В июне 1942 года вновь был утвержден командиром 157-й стрелковой дивизии в составе этой же 44-й армии Закавказского фронта. Сформировал ее и летом 1942 года участвовал в боях на реке Дон. В конце июля южнее станции Цимлянская в течение двух суток дивизия вела бои в окружении, после прорыва к своим войскам она действовала в составе 64-й армии.