Das Land verfiel 1976 dennoch in einen 16-jährigen Bürgerkrieg zwischen FRELIMO und RENAMO, der fast zu einem wirtschaftlichen Zusammenbruch führte. Mosambik erhielt Unterstützung z. B. nach 1980 von Simbabwe (ehemals Rhodesien), das 10.000 Soldaten zur Sicherung des Beira-Korridors entsandte. Im Land befanden sich 1983 außerdem 750 Militärberater und Ausbilder aus Kuba, 600 aus der Sowjetunion und 100 aus der DDR. Ferner hielten sich im Land Entwicklungshelfer der DDR auf. Im Verlaufe des Anschlags von Unango im Jahre 1984 kamen einige von ihnen ums Leben. Die Friedensverhandlungen für Mosambik fanden vom Juli 1990 bis Oktober 1992 unter Leitung der katholischen Gemeinschaft Sant’Egidio in Rom statt. Aus der "Volksrepublik Mosambik" wurde im Dezember 1990 die "Republik Mosambik".