En mayo del 2016 Santos corrió en la reunión de Doha por la Liga de Diamante y se ubicó octavo con un registro de 46,53 s. Posteriormente participó en el campeonato iberoamericano en el que fue segundo con una marca de 45,58 s, pese a que era el favorito de la prueba. El resultado lo atribuyó a las lesiones que le impidieron un buen desempeño.Pese a todo, conservó su optimismo para su segunda presentación en , en esta ocasión realizados en Río de Janeiro, y en los que fue el de la delegación dominicana.En este evento no logró alcanzar la final de los 400 m como lo había hecho en el 2012 y terminó en las semifinales. Acabó la temporada en la reunión de Bruselas donde se adjudicó el primer puesto con un registro de 45,02 s.