Als Anfang 40 v. Chr. Lucius Antonius, der Bruder des Triumvirn Marcus Antonius, den Perusinischen Krieg gegen Octavian verloren hatte, versöhnte sich Domitius Ahenobarbus mit Marcus Antonius, wobei Gaius Asinius Pollio als Vermittler fungierte. Antonius demonstrierte sogleich sein Vertrauen zu Domitius Ahenobarbus, indem er mit nur fünf Schiffen zu dessen Geschwader stieß, und er wurde tatsächlich freundlich empfangen. Der einstige Gegner der Triumvirn brachte Antonius daraufhin zu einem Küstenort, der wahrscheinlich in Epirus lag, und unterstellte ihm dort auch seine Landtruppen. Nun prägte Domitius Ahenobarbus statt seiner bisherigen eigenständigen Münzen solche mit dem Kopf des Antonius, um diesen als seinen neuen Herrn zu feiern. Octavian blieb ihm aber weiterhin feindlich gesinnt, beschuldigte ihn, wie oben gesagt, einer der Mörder Caesars zu sein, und war ihm besonders auch wegen der durch ihn zuletzt erlittenen militärischen Niederlagen gram. Als in Brundisium über eine erneute Annäherung der Triumvirn verhandelt wurde (Herbst 40 v. Chr.), äußerte der Erbe Caesars seinen Unmut über Antonius’ Friedensschluss mit Domitius Ahenobarbus, der daher als Statthalter Bithyniens weggelobt wurde, aber zumindest seine Verurteilung durch die Lex Pedia aufgehoben sah.