Da krigen i 1848 begyndte, var Kæsemodels sundhed nogenlunde genoprettet og han androg da om atter at måtte træde i aktiv tjeneste i Hæren. Hans første ansættelse blev som befalingsmand på linjeskibet "Dronning Marie", der efter slaget ved Bov var blevet indrettet til at optage krigsfanger, men snart blev han udnævnt til kommandør for 3. Reservebataljon, i hvilken egenskab han kom til at tage virksom del i operationerne mod fjenden; navnlig den 29. juni ved Haderslev, hvor han havde kommandoen over en styrke bestående af to kompagnier af 3. Reservebataljon, to kompagnier af 8. Linjebataljon, en deling dragoner og otte espingoler. For sit forhold i denne dags fægtning blev Kæsemodel meget rosende fremhævet og kort efter udnævntes han til Ridder af Dannebrog. Den 7. september 1848 fik han oberstløjtnants karakter og blev udnævnt til højstbefalende over den militærstyrke, der i anledning af slaveopstanden afsendtes til Dansk Vestindien. Som næstkommanderende havde han Theodor Faaborg. Det følgende år kaldtes han dog tilbage derfra, og umiddelbart efter sin ankomst hertil i begyndelsen af juni afgik han til det nørrejyske armeekorps, til hvis disposition han foreløbigt blev stillet. Først i anledning af udfaldet fra Fredericia den 6. juli fik han kommando, nemlig under oberstløjtnant Niels la Cours sygdom, som kommandør for 6. Reservebataljon. Med to kompagnier af denne bataljon rykkede han klokken omtrent 4½ om morgenen frem over Kolding-dæmningen til angreb på redouterne vest derfor, hvilke hidtil havde været uberørte af den store kamp. Her fandt Kæsemodel heltedøde,n idet en spidskugle gik tværs igennem brystet. Han udåndede ti minutter efter ved fuld bevidsthed midt imellem sit mandskab, som han energisk tilråbte: "Bryd Jer ikke om mig! Fremad, løs paa Fjenden for Konge og Fædreland!". En hilsen til hans hustru og stedsønner var hans sidste ord.