Seit 2005 spielte sie auch in den deutschen Nationalmannschaften der verschiedenen Altersklassen, 2007 war sie Dritte der U18-Europameisterschaft. 2008 gewann Franzisca Hauke mit der deutschen Mannschaft die U21-Europameisterschaft. Nachdem sie am 5. Februar 2011 in der A-Nationalmannschaft debütierte, gewann sie 2012 den Titel bei der Europameisterschaft im Hallenhockey. Bei der Europameisterschaft 2013 gewann sie mit der deutschen Mannschaft durch Penaltyschießen über England auch den Titel im Freien. Nach einem zweiten Platz bei der Hallenweltmeisterschaft 2015 erreichte Franzisca Hauke mit der deutschen Nationalmannschaft durch einen Sieg über Spanien den dritten Platz bei der Europameisterschaft 2015. Bei den Olympischen Spielen 2016 in Rio de Janeiro gewann sie mit der deutschen Mannschaft das Spiel um die Bronzemedaille gegen Neuseeland. Für den Gewinn der Bronzemedaille bei den Olympischen Sommerspielen 2016 in Rio de Janeiro erhielt sie am 1. November 2016 das Silberne Lorbeerblatt.