Le , Ranjith est nommé à Djakarta comme nonce apostolique en Indonésie et au Timor oriental avec le titre d'archevêque titulaire de Umbriatico. Durant cette charge, il s'est impliqué auprès des communautés catholiques de Banda Aceh et de l'île de Nias lors du séisme et le tsunami de décembre 2004 et. Mais dès le il est rappelé à Rome par Benoît XVI qui fait de lui le secrétaire de la Congrégation pour le culte divin et la discipline des sacrements. Il y œuvre aux côtés du cardinal Francis Arinze dans le champ liturgique, veillant à la bonne réception du motu proprio "Summorum Pontificum".