Життя В. П. Науменка було тісно пов'язане з українським національним рухом. На початку 1870-х він став членом київської «Старої громади», з 1875 року — її скарбником, з 1876 року увійшов до складу так званої групи дванадцяти — тих членів «Старої громади», які після видання Емського указу прийняли рішення перенести свою діяльність за кордон. Науменко редагував матеріали перед їхнім відправленням за кордон до Михайла Драгоманова, який займався питаннями друку цих матеріалів у женевській друкарні. З початку 1900-х років Науменко фактично очолював «Стару громаду». Він також активно працював у Південно-Західному відділі Російського географічного товариства, створеному 1873 року за ініціативи членів «Старої громади». У 1906—1910 роках Науменко був активним членом київської «Просвіти». 1902 року придбав на своє ім'я ділянку землі, на якій знаходилася могила Тараса Шевченка, і взяв на себе всі клопоти з упорядкування і догляду за нею.