Com a invasão alemã da União Soviética em 22 de junho de 1941, Josef Stalin fez uma declaração pública no rádio pedindo uma política de terra arrasada nas áreas a serem abandonadas em 3 de julho. Cerca de 10.000 Irmãos da Floresta, que se organizaram em organizações da Omakaitse (Guarda Nacional) em todo o país, atacaram as forças do NKVD, batalhões de destruição e o 8º Exército (sob o comando do Major Ljubovtsev), matando 4.800 e capturando 14.000. A batalha de Tartu durou duas semanas e destruiu grande parte da cidade. Sob a liderança de Friedrich Kurg, os Irmãos da Floresta expulsaram os soviéticos de Tartu, atrás da linha formada pelos rios Pärnu e Emajõgi. Assim, eles garantiram o sul da Estônia permanecesse sob o controle nacional até 10 de julho. O NKVD matou 193 pessoas na prisão de Tartu em sua retirada em 8 de julho.