В то же время в самой Шотландии началась гражданская война между ковенантерами и роялистами. Успехи последних, возглавляемых Джеймсом Грэмом, 1-м маркизом Монтрозом, заставили Ливена направить часть своей армии из Англии в Шотландию. Этот отряд возглавил Уильям Бейли. По прибытии в Шотландию генерал смог не допустить наступления роялистов в центральные регионы страны и вынудил Монтроза отступить на север. В апреле 1645 года армии Бейли почти удалось захватить роялистов врасплох у Данди, однако Монтрозу удалось уйти в горы. Затем Бейли разделил свои войска, пытаясь зажать роялистов между двумя парламентскими армиями. Однако в битве при Олдерне 9 мая 1645 года Монтроз разбил корпус Джона Урри, а два месяца спустя, 2 июля 1645 года в битве при Алфорде нанес поражение и самому Уильяму Бейли.