В 1903—1905 годах должность командира Сибирского флотского экипажа занимал капитан 1-го ранга Я. И. Подъяпольский. С началом войны Сибирская флотилия сразу же лишилась своей основной боевой силы — канонерских лодок, которые в это время находились в портах Китая и Кореи: «Кореец» был взорван экипажем после боя у Чемульпо; «Гиляк» и «Бобр» остались в Порт-Артуре и перешли под командование местного морского командования — активно участвовали в обороне крепости и погибли ко времени сдачи Порт-Артура японцам; «Сивуч», стоящий в Инкоу отступал вверх по реке Ляохэ, пока не был взорван экипажем в районе города Санчахэ; «Манджур» был интернирован до конца войны китайскими властями в Шанхае. Так же флотилия лишилась минных крейсеров «Всадник», «Гайдамак», крейсера 2-го ранга «Забияка», транспортов «Ангара», «Ермак», нескольких портовых судов и шхун, которые оказались в Порт-Артуре. Крейсер 2-го ранга «Лена» (бывший пароход Доброфлота «Херсон») был организационно включён в состав Владивостокского отряда крейсеров. Таким образом, в распоряжении командования Сибирской флотилии остался оборонительный отряд Владивостока, состоявший из двух отделений «номерных» миноносцев (1-е отделение: № 201, № 202, № 203, № 204, № 205; 2-е отделение: № 206, № 208, № 209, № 210, № 211) и отряд транспортов — «Алеут» (флагман, флаг начальника отряда), «Камчадал», «Якут», «Тунгус» и ледокол «Надёжный», который обслуживал корабли флота в зимний период.