Οι περισσότεροι Ρώσοι στην Εσθονία είναι οι πρόσφατοι μετανάστες και οι απόγονοι τους, οι οποίοι εγκαταστάθηκαν κατά τη διάρκεια της Σοβιετικής κατοχής μεταξύ 1945 και 1991. Σύμφωνα με τους όρους του Συμφώνου Μολότοφ–Ρίμπεντροπ του 1939 η Σοβιετική Ένωση κατέλαβε και προσάρτησε τα Κράτη της Βαλτικής, το 1940. Οι αρχές πραγματοποίησαν καταστολή ενάντια σε πολλούς Ρώσους ακτιβιστές και Λευκούς πρόσφυγες στην Εσθονία. Πολλοί Ρώσοι συνελήφθησαν και εκτελέστηκαν από διαφορετικά Σοβιετικού πολεμικά δικαστήρια το 1940-1941. Αφού η Γερμανία επιτέθηκε στη Σοβιετική Ένωση το 1941, οι χώρες της Βαλτικής γρήγορα έπεσαν κάτω από γερμανικό έλεγχο. Πολλοί Ρώσοι, ειδικά μέλη του Κομμουνιστικού κόμματος που είχαν φτάσει στην περιοχή με την αρχική κατοχή και προσάρτηση, υποχώρησαν. Οι Ρώσοι αιχμάλωτοι των Γερμανών βασανίστηκαν σκληρά και πολλοί εκτελέστηκαν.