Бобан отличался жесткостью в борьбе с внешними и внутренними врагами. По его приказу был уничтожен его главный политический соперник Блаж Кралевич, лидер Хорватских оборонительных сил. После окончания войны под давлением правительства США и папы римского Иоанна Павла II Мате Бобан ушёл из политики. 4 июля 1997 года Бобан перенес инсульт, а через 3 дня скончался в одной из больниц Мостара. Похороны Бобана прошли без участия иностранных гостей, однако явились важным событием для хорватской общины Боснии, правых политических сил Хорватии и его соратников (Гойко Шушак и другие).