タジキスタン国立公園は1992年7月20日にタジキスタン政府により国立公園に指定された。この公園はもともと、タジク・ソビエト社会主義共和国時代の1991年にアンヴァール・ブズルコフ (Anvar Buzurukov) 監修のもと、国内初の自然保護区であるに続く国内2番目の自然保護区として設立された。当初、タジキスタン国立公園はパミール自然保護区と呼ばれていたが、独立後に起こったタジキスタン内戦とその後の国内派閥争いにより公園の名称が変更になった。しかし、専門家の助けを借りることにより、UNESCOの自然遺産候補登録の際にはパミール人という民族名に囚われることなく、パミール高原という正しい地理名称を元にした「タジキスタン国立公園 - パミールの山々」（Tajikistan National Park - Mountains of the Pamirs）という名称で登録されることとなった。タジキスタン国立公園は2010年に世界遺産候補リストに登録され、公園設立後21年目の2013年6月21日、カンボジアで開催された世界遺産委員会登録会議において、タジキスタン初の自然遺産に登録された。