I 1976 kom Matsalu med på listen over vådområder af international betydning under den internationale konvention om beskyttelse af vådområder (Ramsar-konventionen). Matsalu naturreservat blev i 2003 tildelt af Europarådet i anerkendelse af parkens succes med at bevare mangfoldigheden af levesteder og de mange fuglearter og andre biom grupper i naturreservatet. Matsalu er det eneste naturreservat i Estland, der har det europæiske diplom, som blev forlænget med fem år i 2008.