Отношения с Египтом неуклонно ухудшались после прихода к власти в Судане Совета командования революции национального спасения. Омар аль-Башир был убежден, что Египет поддерживает оппозиционных политиков Судана, некоторые из которых, включая Ахмеда Али аль-Миргани, получили политическое убежище в этой стране. Египет разрешил оппозиционной суданской партии Национальный демократический альянс действовать на своей территории. Ахмед Али аль-Миргани и другие египетские оппозиционные лидеры, в том числе Джафар Нимейри, регулярно критиковали правительство Судана находясь в Каире. Совет командования революции национального спасения считал, что можно предоставлять убежище исламским активистам, против которых в Египте заведены уголовные дела, а также финансировать деятельность Национального исламского фронта на территории Египта для осуществления нападений на противников суданского режима. В начале 1990 года египетское правительство пригласило высокопоставленную делегацию Народной армии освобождения Судана в Каир, что серьёзно накалило отношения с Суданом. В 1990 году Хосни Мубарак обвинял Судан в размещении иракских ракет на своей территории и намерении атаковать Асуанскую плотину, что было категорически опровергнуто Советом командования революции национального спасения. В 1991 году Судан отказался присоединиться к арабской коалиции и воевать против Ирака, что было резко негативно встречено властями Египта. В 1991 года Египет не возвращал своего посла в Хартум и открыто предоставлял финансовую поддержку оппозиционным группам на территории Судана.