Stauning'in ikinci hükûmet kabinesi, Danimarka’nın Nazi işgali olan Weserübung Harekâtı sırasında, 9 Nisan 1940’da başladı. Kabine, Thorvald Stauning III. Kabinesi olarak adlandırılan tüm siyasi partileri içerecek şekilde genişletildi. Nazi işgal altındaki ülkelerin diğer pek çok hükümetinin aksine, Danimarka Kralı X. Christian ve hükûmeti orduya ve deniz kuvvetlerine savaşmayı bırakmalarını emretti ve işgal altındaki ülkelerinde kalmayı seçtiler. Nazi yıllarının Danimarka'da Hitler'in kontrolü altındaki diğer ülkelere göre daha yumuşak olmasına katkıda bulunduğuna inanılıyor. Stauning, 1942'de, Nazi egemen bir Avrupa'da sosyal demokrasinin geleceği konusunda derin bir depresyondan dolayı öldü.