Ο Μπέιντεν-Πάουελ κατατάχθηκε στη θέση του υπολοχαγού της Σκωτικής Φυλακής στις 29 Ιουλίου 1882, και υπηρέτησε στο Σύνταγμα Καμηλών κατά τη διάρκεια της Εκστρατείας του Νείλου (1884-85) σε Αίγυπτο και Σουδάν. Ο προβιβασμός στη θέση του λοχαγού ακολούθησε στις 5 Φεβρουαρίου 1896, και σε αυτή του ταγματάρχη στις 24 Ιουνίου 1899. Υπηρέτησε στο 1ο τάγμα του συντάγματός του στη Νότια Αφρική κατά τη διάρκεια του Δευτέρου Πολέμου των Μπόερς, και ήταν παρών στις μάχες των Μπέλμοντ (23 Νοεμβρίου 1899), Μόντερ Ρίβερ (28 Νοεμβρίου 1899) και Μαγκερσφοντάιν (11 Δεκεμβρίου 1899). Ήταν μέλος της Επικουρικής Φάλαγγας η οποία τον Μάιο του 1900 ενίσχυσε την πολιορκία του Μέιφεκινγκ, με τον μεγαλύτερο αδελφό του να είναι επικεφαλής. Ένα μήνα μετά το τέλος του πολέμου στα τέλη του Μαΐου 1902, ο Μπέιντεν Πάουελ επέστρεψε στην πατρίδα του μαζί με το σύνταγμά του με το πλοίο "SS Tagus".