1939年に第二次世界大戦が勃発し、迫り来るナチス・ドイツに脅威に対抗するため、新たに海軍部隊（Naval Corps）として復活させた。新生海軍の整備は1940年5月のドイツ軍侵攻に辛うじて間に合った。海軍部隊の将兵の多くは漁民や商船員と共にイギリスに脱出し、ドイツ占領軍と戦うための準備をする。イギリス海軍はこの機会にベルギー人船員達を別々のグループに分けて徴募した。1940年から1946年までイギリス海軍ベルギー部隊を編成し2隻のコルベット「バターカップ（Buttercup）」、「ゴデチア（Godetia）」と、3隻の掃海艇「プロンティス（Phrontis）」、「エレクトラ（Electra）」、「カーノット（Kernot）」に乗り込ませた。戦後の1946年にイギリスは再建されるベルギー海軍基幹の為に艦艇を乗員と共に無償供与した。