นาซีได้เริ่มการบุกครองสหภาพโซเวียตในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1941 และนโยบายชาวยิวของพวกเขาได้ถูกเปลี่ยนจากการอพยพมาเป็นการกำจัดแทน เพื่อร่วมมือวางแผนการฆ่าล้างเผ่าพันธ์ุ ไฮดริช ซึ่งเป็นหัวหน้าของไอช์มัน ได้เป็นเจ้าภาพจัดงานประชุมข้าราชการระดับสูงของรัฐบาลในการประชุมที่วันเซ เมื่อวันที่ 20 มกราคม ค.ศ. 1942 ไอช์มันได้รวบรวมข้อมูลให้แก่เขา ได้เข้าร่วมการประชุมและจัดเตรียมทำรายงานในการประชุม ไอช์มันและลูกน้องของเขาต้องทำหน้าที่รับผิดชอบสำหรับการเนรเทศชาวยิวไปยังค่ายมรณะ ซึ่งเหยื่อทั้งหมดถูกรมควันด้วยแก๊สพิษจนตาย เมื่อเยอรมนีบุกครองฮังการีในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1944 และไอช์มันคอยควบคุมดูแลประชากรชาวยิวส่วนใหญ่ เหยื่อส่วนมากจะถูกส่งไปยังค่ายกักกันเอาช์วิทซ์ ซึ่งราวประมาณ 75 เปอร์เซ็นต์ล้วนถูกสังหารเมื่อเดินทางมาถึง เมื่อถึงเวลาที่การขนส่งได้หยุดลงในเดือนกรกฏาคม ค.ศ. 1944 จำนวนชาวยิว 437,000 คน จากจำนวนทั้งหมดในฮังการี 725,000 คน ต่างถูกสังหาร ดีเทอร์ วิสลีเซนีได้เป็นพยานในการพิจารณาคดีที่เนือร์นแบร์กได้กล่าวว่า ไอช์มันได้บอกกับเขาว่า "จะกระโดดโลดเต้นและหัวเราะไปด้วยในหลุมศพ เพราะความรู้สึกที่ว่าเขามีผู้คนจำนวนห้าล้านคน ในจิตสำนึกของเขา น่าจะเป็นที่มาของความพึงพอใจที่ไม่ธรรมดาสำหรับเขา"