O treinamento marcial de Filipe foi realizado por seu governador, Juan de Zúñiga, um nobre castelhano que serviu como "comendador" de Castela. As lições práticas de guerra foram supervisionadas pelo duque de Alba durante as guerras italianas. Filipe esteve presente no cerco de Perpignan em 1542, mas não viu ação, pois o exército espanhol de Alba derrotou decisivamente as forças francesas sitiantes sob o delfim da França. No caminho de volta a Castela, Filipe recebeu o juramento de lealdade das Cortes Aragonesas em Monzón. Seu treinamento político havia começado um ano antes, sob seu pai, que havia achado seu filho estudioso, grave e prudente além de seus anos, e decidiu treinar e iniciá-lo no governo dos reinos espanhóis. As interações do rei-imperador com seu filho durante sua estada em Castela o convenceram da precocidade de Filipe na condição de estadista, então ele decidiu deixar em suas mãos a regência dos reinos espanhóis em 1543. Filipe, que havia sido nomeado duque de Milão em 1540, começou a governar o mais extenso império do mundo aos dezesseis anos.