Im September 1939 legte das Schiff ohne Passagiere im russischen Murmansk an, nachdem es aus der Karibik kommend die Dänemarkstraße in den Tagen vom 5. bis 9. September erfolgreich passiert hatte in dabei britischen Blockadeschiffen entgangen war. Am 1. Dezember 1939 verlegte es in den Sapadnaja Liza Fjord nordwestlich von Murmansk, wo die deutsche Kriegsmarine auf der Grundlage des Molotow-Ribbentrop-Pakts vom August 1939 ihre sogenannte Basis Nord einzurichten beabsichtigte; dort sollte die "Cordillera" erst einmal als Wohnschiff dienen. Am 8. Februar 1940 war sie dann wieder in Hamburg. Ab dem Zeitpunkt diente der ehemalige Ozeandampfer zunächst als Kasernenschiff in Wilhelmshaven und später in Swinemünde für die dortige Flakschule 1.