Mursi menjadi Anggota Parlemen di Majelis Rakyat Mesir selama periode 2000-2005 dan seorang tokoh terkemuka di Ikhwanul Muslimin. Sejak 30 April 2011, dia menjabat Ketua Partai Kebebasan dan Keadilan (FJP), sebuah partai politik yang didirikan oleh Ikhwanul Muslimin setelah Revolusi Mesir 2011. Ia maju sebagai calon presiden dari FJP pada pemilu presiden Mei-Juni 2012.