Ultima funcție pe care a îndeplinit-o a fost cea de ministru pentru problemele Ierusalimului în cadrul ANP, funcție pe care a exercitat-o din Ierusalimul de Est. Faisal Husseini a murit în 2001, într-o perioadă în care încerca să repare relațiile dintre guvernul kuweitian și OEP, rupte în 1991, în timpul războiului din Golf, când OEP l-a sprijinit public pe Saddam Husein.