In mehr als 100 Kurz-, Dokumentar- und Langfilmen war sie für den Ton verantwortlich. Mehrmals gewann Isabel Muñoz Cota den bedeutenden mexikanischen Filmpreis Ariel für den besten Ton. Der Langfilm "Una película de policías" von Alonso Ruizpalacios, an dem sie als Tonmeisterin mitgearbeitet hatte, lief im Wettbewerb um den Goldenen Bären bei den Internationalen Filmfestspielen Berlin 2021. Bereits 2018 war der Film "Museo", ebenfalls von Alonso Ruizpalacios, bei dem Isabel Muñoz Cota für den Sound verantwortlich war, ein Wettbewerbsfilm der Berlinale.