Obranie represyjnego kierunku nie oznaczało rezygnacji z perswazji. Na początku XIII wieku papież Innocenty III zlecił intensyfikację działań misyjnych w południowej Francji, powierzając je cystersom. Udzielił też poparcia misji św. Dominika Guzmana w tym regionie. Jego następca, Honoriusz III, w 1216 oficjalnie zatwierdził nowy zakon dominikanów, którego głównym zadaniem była walka z herezjami. Misje te dały jednak jedynie połowiczne efekty. Kiedy 15 stycznia 1208 roku rycerze Rajmunda VI, hrabiego Tuluzy, zabili Piotra de Castelnau, Innocenty III odebrał to jako prowokację i ogłosił krucjatę w Langwedocji. Trwające (z przerwami) przez 20 lat (1209–1229) wyprawy krzyżowe do Langwedocji, naznaczone okrucieństwem krzyżowców (liczne masakry, m.in. rzeź Béziers w 1209), doprowadziły do podporządkowania tego regionu monarchii francuskiej (traktat z Paryża w 1229), popierającej zdecydowane kroki przeciwko herezji.