2つの原子炉はともにソビエト連邦時代に建設され1986年に原発事故を起こしたチェルノブイリ原発と同型であり、危険性が指摘されていた。リトアニアは欧州連合 (EU) との加盟交渉においてイグナリナ原発の2つの原子炉を2009年までに停止することで合意し、1号機を2004年末に、残る2号機を2009年12月31日に停止した。付近の敷地においてイグナリナ原発に代わる原子力発電所（ヴィサギナス原子力発電所）の建設が計画されており、2011年12月に日立製作所がリトアニアのエネルギー省と仮契約に調印した。