V roce 1962 odešel učit na Univerzitu Britské Kolumbie. Ve stejném roce kanadská hokejová reprezentace neuspěla na mistrovství světa v ledním hokeji 1962, když v utkání o titul prohrála se Švédskem. Bauer vystoupil s prohlášením, že evropské týmy se rychle zlepšují a už je neudržitelná dosavadní praxe, kdy Kanadu na vrcholných mezinárodních akcích reprezentuje klub, který vyhrál Allanův pohár. Kanadská amatérská hokejová asociace Bauerovy argumenty přijala a pověřila ho sestavením stálého reprezentačního týmu vybraného z nejlepších amatérských (převážně univerzitních) hokejistů celé Kanady. S mužstvem, jehož základ tvořili jeho svěřenci z Univerzity Britské Kolumbie, se Bauer poprvé představil na olympiádě 1964 v Innsbrucku. Jako manažer vedl spolu s trenérem Jackie McLeodem Kanaďany na mistrovství světa v ledním hokeji 1965, mistrovství světa v ledním hokeji 1966, mistrovství světa v ledním hokeji 1967 a mistrovství světa v ledním hokeji 1969 a olympiádě 1968, nejlepším umístěním byl zisk bronzových medailí v letech 1966, 1967 a 1968. Také se svým týmem vyhrál Turnaj ke 100 letům Kanady 1967. Řada Bauerových odchovanců se později prosadila v NHL, jako Fran Huck, Seth Martin nebo Marshall Johnston. V sedmdesátých letech působil Bauer jako trenér v Japonsku a Rakousku, byl také vedoucím kanadského týmu na olympiádě 1980.