Po aneksji Austrii przez Rzeszę Niemiecką w marcu 1938 roku Thomas uciekła przez Czechosłowację, Węgry, Jugosławię i Włochy do Francji. Dwa lata później została internowana w obozie dla kobiet w Paryżu, a wkrótce potem w obozie Gurs, z którego udało jej się uciec i we wrześniu 1940 roku wyjechać do Stanów Zjednoczonych. Wyjazd do USA umożliwił jej pisarz Hermann Kesten (1900–1996), który wystarał się o wizę dla pisarki. W USA Thomas utrzymywała się z tantiem za jej utwory wydane zagranicą. W 1942 roku została sekretarką europejskiego oddziału "Free World Association" i pracowała dla magazynu „Free World”. W USA wydała kolejne powieści, bazujące na doświadczeniach na wygnaniu, "Reisen Sie ab, Mademoiselle!" (1944) i "Ein Fenster zum East River" (1945).