Припремајући Србију за одбрану Карађорђе је 1813. обновио звање главнокомандујућег, односно главног команданта. Том приликом је и Илија Барјактаровић добио ово звање. Заповедао је југоисточним фронтом, чије је седиште било у Делиграду. За њега се не може рећи да је био изразит јунак, попут неких других српских војвода. Мада, и он се борио са Турцима у биткама на Чегру 1809. године и оној последњој 1813. на Делиграду, као командант југоисточне устаничке војске. Међутим, Илија је у другом смислу био значајна личност. Обављао је многе управне и судске послове, а такође је био права личност за решавање многих послова у међународним односима.