I 1542 begyndte en officiel forbindelse mellem Viglius og Nederlandene. På kejserens opfordring blev han medlem af rådet for Mechlin, og nogle år senere præsident for dette organ. Andre ansvarlige stillinger blev betroet ham, og han blev snart en af de mest betroede blandt ministre for Karl V, som han ledsagede under krigen mod det Schmalkaldiske forbund i 1546. Hans hurtige stigning i kejserens anseelse var sandsynligvis på grund af hans enorme lager af læring, som var nyttigt til at hævde de kejserlige rettigheder, hvor tvister opstod mellem imperiet og godser.