A cidade foi parcialmente destruída durante a Guerra Civil do Chade, entre 1965 e 1979, principalmente na Primeira Batalha de Jamena. Como efeitos do conflito, a cidade foi ocupada, na Segunda Batalha de Jamena, por forças estrangeiras durante a intervenção na Líbia de 1980-81, como parte do conflito Líbio-Chadiano, sendo governada pelo Governo de Unidade Nacional de Transição (GUNT). Um período de turbulência na cidade seguiu-se pela tentativa frustrada de golpe do primeiro-ministro do norte, Hissène Habré, contra o presidente sulista Félix Malloum. Enquanto Malloum e o exército nacional leal a ele foram derrotados, a intervenção líbia e de outras facções do norte rivais à Habré complicou a situação, levando a uma nova destruição de Jamena em 1980. Jamena foi dividida em setores controlados por vários senhores da guerra, com a maior parte citadina dominada por Goukouni Oueddei.