לפני בחירתו לנשיא תמך ביל קלינטון (בריאיון לעיתון Middle East Insight) בהכרה בירושלים כבירת ישראל הבלתי מחולקת ובמרץ 1994 התנגד ממשלו באו"ם להצעת החלטה בנושא גינוי הטבח בחברון בשל סיבה זו. ב-23 באוקטובר 1995 הועבר בארצות הברית חוק המכיר בירושלים כבירת ישראל ומחייב את הממשל להעביר את השגרירות האמריקאית בישראל אליה עד 1999 (ביצוע החוק נדחה כל פעם בחצי שנה והתבצע רק ב-2018 על ידי דונלד טראמפ). במקביל ניהל הממשל האמריקאי מדיניות חצויה (בהתאם למדיניות המעורפלת של ישראל בשנים אלו) לגבי האוריינט האוס שמצד אחד שלל רשמית קיום מרכז פעילות של הרשות הפלסטינית בירושלים ומצד שני פקידיו ביקרו תדיר במקום.