Gereja Ganjuran didirkan pada tanggal 16 April 1924 oleh keluarga Schmutzer, yang memiliki sebuah pabrik gula di wilayah itu. Dari jumlah 25 orang Katolik di Ganjuran pada tahun 1922, pada tahun 2011 sudah ada 8.000. Gedung gereja sudah banyak diubah, termasuk dibangun ulang setelah Gempa bumi Yogyakarta 2006. Banyak orang sudah menulis tentang desainnya yang beraliran Jawa, dan gereja ini terus memasuki budaya Jawa dalam liturgi.