Marie Augusta Klumpke kam 1859 als Kind deutschstämmiger Eltern in San Francisco zur Welt. Ihr Vater Johan Gerard Klumpke (1825–1917), der ursprünglich zur Zeit des Goldrausches nach Kalifornien kam und dort ein Vermögen mit Immobilien machte und ihre Mutter, die Malerin Dorothea Mathilda Klumpke, geborene Tolle († Mai 1922) heirateten 1855.