Druhá světová válka začala 1. března 1939. Jednotky Sboru ochrany hranic bojovaly proti Němcům v bitvě u Węgierské Górky. Po sovětské invazi 17. září 1939, kdy měl Sbor sílu 25 praporů, nemohl účinně bránit východní hranici. Vrchní velitel, maršál Edward Śmigły-Rydz, proto nařídil stažení jednotek a nevstupování do bojů se Sověty. Přesto však k několika bitvám došlo, a sice u měst Šack (28. září) a Wytyczno (1. října).