De partij werd inmiddels gedomineerd door meer hervormingsgezinde leden die lid waren geworden na de Tweede Wereldoorlog. Ook was Novotný niet geliefd bij de Slowaakse partijleden door zijn ongevoelig gedrag ten opzichte van Slowaken en werd in de maatschappij de roep om hervormingen steeds groter. Op 5 januari 1968 werd Novotný weggestemd, en Alexander Dubček als partijsecretaris gekozen. In maart van dat jaar werd hij ook gedwongen af te zien van zijn presidentschap en in mei moest hij al zijn functies neerleggen en werd hij geroyeerd als lid van de KSČ. Zelfs Sovjetleider Leonid Brezjnev, van wie Novotný een groot aanhanger was, bleek niet bereid hem de hand boven het hoofd te houden. Zo begon de Praagse Lente.