Turneden sonra Corgan bir konsept albüm yaratma çalışmalarına başladı ve 1995'te double albüm Mellon Collie and the Infinite Sadness yayınlandı. Albüm listelere bir numaradan girdi ve Amerika'da dokuz platinyum plak aldı ve tüm zamanların en çok satan double albümü oldu. Albümün ilk single'ı Bullet with Butterfly Wings, 1997 Grammy Ödüllerinde en iyi hard rock şarkısı ödülü aldı ve "1979", "Tonight, Tonight", "Thirty-Three" single'ları Top 40 listelerinde yer aldılar. Albüme giremeyen şarkılar "The Aeroplane Flies High" adıyla 200,000 tane basılmış özel bir şekilde yayınlandı ancak talep üzerine Virgin Records albümden daha fazla bastı.