Su plena dedicación terminó efectivamente con el estallido de la Guerra Civil Inglesa en 1642 y la toma del Palacio Real e incautación de las casas del Rey en 1643. Su propiedad le fue devuelta más tarde (ca. 1646), pero Jones acabó sus días soltero, viviendo en Somerset House. Estuvo estrechamente involucrado en el diseño de Coleshill, en Berkshire, para la familia Pratt, que visitó con el joven aprendiz de arquitecto Roger Pratt, para fijar un nuevo sitio para la mansión propuesta. Murió el 21 de junio 1652 y posteriormente fue enterrado con sus padres en la iglesia galesa de St. Benet, en Londres. John Denham y después Christopher Wren le sucedieron en el cargo de agrimensor de obras del rey. Se le dedicó un monumento que también fue destruido en el gran incendio de 1666.