Ved tilbagekomsten til England blev ekspeditionen køligt modtaget af det etablerede geografiske selskab i London, som var fornærmet over, at ekspeditionen var kommet dets egen Discovery-ekspedition i forkøbet. Der blev også fremsat kritik af Borchgrevinks lederegenskaber og det begrænsede videnskabelige udbytte af ekspeditionen. Til trods for sin banebrydende virksomhed i Antarktis opnåede Borchgrevink aldrig samme heltestatus som Scott og Shackleton, og Southern Cross-ekspeditionen blev snart overskygget af dramatikken, som omgav disse og andre af tidens opdagelsesrejsende. Roald Amundsen anerkendte imidlertid, at Borchgrevinks ekspedition havde overvundet de største forhindringer for at tage sig frem på det antarktiske kontinent og dermed åbnet vejen for efterfølgende ekspeditioner.