Ein großer Brand 1580, vier Pestepidemien und einige Sturmfluten – die schlimmste davon die Burchardiflut am 11./12. Oktober 1634 (das Wasser stand ) – beschleunigten den Niedergang der Handelsstadt. Eine weitere Pestepidemie im Jahr 1659 kostete ein Drittel der Stadtbewohner das Leben. Die Einquartierung von Soldaten in den Kriegen des 17. Jahrhunderts beraubte die Bürger ihres Wohlstands. Noch etwa 2000 Menschen lebten zu diesem Zeitpunkt in Ribe, eine Zahl, die sich auch bis Anfang des 19. Jahrhunderts kaum änderte. Als unbedeutende Stadt erlebte sie die Besatzung durch napoleonische Truppen 1808 sowie den Dreijährigen Krieg um Schleswig 1848–1851 und den Deutsch-Dänischen Krieg von 1864.