A mediados de septiembre de 1905, se mudó a San Petersburgo y comenzó a trabajar en una empresa eléctrica de capital alemán. En octubre de 1905, fundó junto con Máximo Gorki, "Novaia Zhizn" ("La nueva vida"), un diario bolchevique permitido por las autoridades. Se hallaba ausente del sóviet cuando la policía detuvo a sus miembros el 3 de diciembre. Fue uno de los tres delegados bolcheviques del comité ejecutivo que trató con los mencheviques la reunificación del partido y que condujo al IV Congreso del POSDR que se celebró en la primavera de 1906 en Estocolmo. Durante este año, Krasin continuó en paralelo con su actividad legal y con la revolucionaria: mientras trabajaba en la electrificación de varios distritos de la capital rusa, organizó la publicación de varios periódicos del partido —tolerados por las autoridades—, el paso de los delegados del congreso a Suecia y la entrega de armas a los socialrevolucionarios para el atraco del Banco Moscovita de Crédito Mercantil Mutuo, del que obtuvo parte del botín para las arcas del partido. En el congreso, fue uno de los pocos representantes bolcheviques elegidos para el nuevo comité central, de mayoría menchevique. A pesar de esto, continuó colaborando con Lenin, que mantuvo una fracción propia dentro del partido a pesar de las conclusiones del congreso e ingresó en el «centro bolchevique», una especie de comité central paralelo. Al mismo tiempo y junto a Bogdánov, era responsable de actividades clandestinas prácticamente terroristas para mejorar la financiación del partido, a espaldas tanto del comité central como del centro bolchevique. En preparación para un nuevo levantamiento popular y a pesar del triunfo de la reacción zarista, los grupos clandestinos dirigidos por Krasin llevaron a cabo una serie de asaltos y robos de bancos y colaboraron en otros con la Organización de Combate SR.