En 2004, le nouvel entraîneur de Liverpool Rafael Benitez, qui remplace Gérard Houllier, déplace Jamie Carragher au centre permettant de le mettre en association avec Hyypiä. Lors de la saison 2004-2005, Liverpool remporte la Ligue des champions aux tirs au but face au Milan AC, après avoir remonté trois buts d'écarts. Le , Hyypiä prolonge son contrat jusqu'en 2008.