Im April 1659 setzte ihn die englische Armee ab, löste das Protektorat auf und stellte das Rumpfparlament wieder her. Im Mai nahm Algernon Sidney seinen Parlamentssitz wieder ein und saß wieder im Staatsrat, wo er bemüht war, die militärische Gewalt wieder unter die zivile zu stellen. Während die Restauration der Stuarts in England langsam um sich griff, beauftragte ihn das Parlament im Juni 1659 eine Auslandsdelegation anzuführen, die nach englischen Vorstellungen den Frieden zwischen dem König von Schweden und dem König von Dänemark im "Ersten Nordischen Krieg" vermitteln sollte. Zu dieser Zeit kontrollierten die Dänen die beiden Seiten der Meeresenge, die den Atlantischen Ozean mit der Ostsee verband. Sie erhoben außergewöhnlich hohe Steuern auf Schiffe, die diese Meeresenge passieren mussten. Der Vertrag von Kopenhagen vom 16. Juni 1660 sah am Ende vor, dass Schweden seine Seite des Wasserweges vollständig kontrollierte und die Ostsee allen Nationen frei offenstand außer in den Zeiten des Krieges. Als Zeichen seiner Wertschätzung kehrte er reich beschenkt am 28. Juni 1660 aus Schweden nach Kopenhagen zurück, von wo aus er sich in Hamburg niederließ, um die Ereignisse in England abzuwarten.