В течение III века до н. э. Клазомены последовательно принадлежали Лисимаху, Селевкидам и Атталидам. По Апамейскому миру 188 года до н. э. Клазомены получили независимость. Во время Первой Митридатовой войны Клазомены были целью набегов пиратов, союзников Митридата VI, царя Понта. В римский период пришёл в упадок.