Bernt Michael Holmboe 1795 yılında Vang beldesinde, Jens Holmboe (1746-1823) ile Cathrine Holst (1763-1823)'un çocuğu olarak dünyaya geldi. Dokuz kardeşiyle birlikte Eidsberg'de büyüyen Holmboe'nin, en büyük erkek kardeşi Christopher Andreas Holmboe tanımış bir filologdu. Küçük yaşlarda eğitimini evinde sürdüren Holmboe, 1810'da orta öğretimini tamamlaması için Christiania Katedral Okulu'na gönderildi. Burada ders programının dışında bazı matematik dersleri aldı. Norveç tarihindeki çalkantılı yıllardan olan 1814'te Frederick Kraliyet Üniversitesi'ne kaydoldu. 1397'den beri Danimarka'nın yönetiminde olan Norveç, 1814 Ocak ayında yapılan Kiel Antlaşması'yla İsveçlilerin kontrolüne girmişti. İsveç, Norveç'in 17 Mayıs Anayasası ile bağımsızlığını ilan etmesinin ardından, bu duruma 1814 yazında başlattığı askeri operasyonla karşılık verdi. Holmboe İsveç birliklerinin ülkedeki varlığına karşı çıkan öğrenci grubunun sözcülüğünü yapmaktaydı. 1813 yılında kurulmuş olan üniversitenin sadece 17 öğrencisinin bulunması, o dönemlerde öğrenci grubundan çıkan herhangi bir sesin anında dikkat çekmesine yol açıyordu.