En række historikere har kritiseret kanonlisten. Kritikken går blandt andet på at listen indeholder væsentlige mangler, såsom f.eks. udeladelsen af holocaust og den russiske revolution. Desuden har historikeren Bernard Eric Jensen udtalt, at historiekanonen bærer præg af politisk retning, eftersom at der ingen steder markeres, at Danmark er blevet et samfund, der kan betegnes som et flerkulturelt samfund, og at der i stedet for at fremhæve Danmarks indtræden i EF i 1973 vælges energikrisen samme år.".