Всего за сборную Германии Томас играл в течение 8 лет, провёл за это время 68 игр и забил 5 мячей. Дебют состоялся 10 октября 1990 года в товарищеском матче с национальной командой Швеции, закончившемся победой бундестим со счётом 3:1. Хельмер вышел в основном составе и провёл на поле весь матч. В 1996 году стал чемпионом Европы.