Le gouvernement hollandais récupère rapidement l'aéroport. Après la Proclamation de l'indépendance de l'Indonésie, les premiers vols commerciaux débutent depuis Biak, et plus précisément depuis l'aérodrome de Boroku qui dispose d'une piste de 2000 mètres. La base de Mokmer n'était plus utilisée, et ce jusqu'en 1951. Sur un décret du gouverneur de "Nieuw Guinea" (numéro 38/a.2/1935, en date du ), l'aérodrome de Boroku est fermé. Le gouvernement cherche alors un nouveau site pour un aéroport. Son choix se porte alors sur l'aérodrome de Mokmer.