L'Utah choisit en 2005 le jeune meneur Deron Williams en troisième position de la Draft. La saison 2006 reste marquée par les nombreuses blessures des joueurs du Jazz, avec encore une fois Boozer qui ne joue que le dernier tiers de la saison, et Giriček; lui aussi souvent blessé. Le Jazz finit avec un bilan de 41 victoires pour autant de défaites. Cette même saison, le Jazz retire le maillot de Karl Malone.