Fokker C.XI принят на вооружение в 1938 году. Большинство самолётов несли службу не на кораблях, а в Голландской Ост-Индии (Голландские колониальные владения на островах Малайского архипелага и в западной части острова Новая Гвинея). Службу на корабле нёс лишь один самолёт, он базировался на лёгком крейсере «Де Рёйтер». Одна машина находилась в метрополии и с началом Голландской операции, начатой частями Вермахта, была эвакуирована в Англию. В дальнейшем она также была перебазирована на остров Ява. В ходе оборонительного сражения в Ост-Индии от вторжения со стороны Японии Fokker C.XI интенсивно использовались в качестве разведчиков, в этих полётах были потеряны все машины.