Im Jahr 1916 scheiterte die Labor-Regierung, nachdem Fishers Nachfolger, Billy Hughes, versucht hatte, die allgemeine Wehrpflicht in Australien einzuführen. Cook wurde Hughes's Stellvertreter in der neuen "Nationalist Party of Australia" und gleichzeitig Marineminister in Hughes's Regierung. Die Nationalisten hatten 1917 und 1919 bei den Wahlen großen Erfolg. Für Australien nahm Cook an der Pariser Friedenskonferenz 1919 teil. Dort verteidigte er die australische Politik, nur weiße Einwanderer ins Land zu lassen, und bemühte sich um die Annexion von Deutsch-Neuguinea, welches später unter japanisches und australisches Mandat gestellt wurde. In der Legislaturperiode 1920/21 war er Finanzminister.