L'8 luglio 2016 l'Inter lo acquista a titolo definitivo in cambio di Cristiano Biraghi e del prestito annuale di Rey Manaj, ma viene deciso che rimarrà a Pescara ancora per un anno in prestito. Il 21 agosto 2016, nella gara di esordio della Serie A 2016-2017, segna il secondo dei due gol con cui il Pescara pareggia 2-2 contro il Napoli. Con il ritorno di mister Zdeněk Zeman, il 19 febbraio 2017 Caprari segna la sua prima doppietta in Serie A nella vittoria interna per 5-0 contro il Genoa. Termina la stagione con 9 goal in 35 gare.