31 октября 2004 года Александр Яковенко участвовал в выборах президента Украины, на которых за него проголосовали 218 214 избирателей (0,78 % голосов, седьмое место из 24). После своего поражения на выборах Александр Яковенко ушёл на задний план украинской политики.