Ο πληθυσμός μειώθηκε δραματικά μετά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο εξαιτίας της πείνας, των εκτελέσεων και των μετατοπίσεων. Η Κεντρική Μακεδονία, συμπεριλαμβανομένης της Θεσσαλονίκης, βρισκόταν υπό γερμανική κατοχή ενώ η Ανατολική Μακεδονία υπό βουλγαρική κατοχή. Οι συνολικοί θάνατοι πολιτών στη Μακεδονία υπολογίζονται περίπου στους 400.000, ανάμεσα σε αυτούς 55.000 Έλληνες Εβραίοι. Η περιοχή επηρεάστηκε επίσης πληθυσμιακά και αργότερα εξαιτίας του Ελληνικού Εμφυλίου Πολέμου.