Zanardi aloitti karting-autoilun 13-vuotiaana. Vuoden 1987 135–kuutioisten kartingluokassa hän ajoi kaikissa viidessä kilpailussa voittoon ja vuotta myöhemmin hän aloitti Italian Formula 3 -sarjassa, minkä hän voitti 1990. Vuonna 1991 hän aloitti Formula 3000 -sarjassa ja hävisi mestaruuden viidellä pistellä Christian Fittipaldille. Hän voitti kauden aikana kolme kilpailua ja ajoi lisäksi kolme Formula 1 -sarjan osakilpailua Jordan-tallissa. 1993 Zanardi toimi Benettonin testikuljettajana ja ajoi kolme F1-kilpailua Minardi-tallissa. Kaudeksi 1993 Zanardi pääsi Lotus-talliin ja hän saavutti uransa ensimmäisen MM-pisteen Brasilian osakilpailussa. Auto oli kuitenkin melko kilpailukyvytön eikä Zanardi yltänyt huippusaavutuksiin. Hän loukkaantui Belgian GP:n harjoituksissa ja joutui olemaan sivussa loppukauden. Kaudeksi 1994 Zanardi palasi Lotukselle kesken kauden loukkaantuneen Pedro Lamyn tilalle. Lotus oli viimeistä vuottaan sarjassa ja oli vielä kilpailukyvyttömämpi kuin edelliskaudella. Zanardi ei saavuttanut yhtään MM-pistettä.