Pérez 1991-ben került fel a Cruz Azul felnőtt csapatához, de csak 1993-ban mutatkozott be egy Atlas elleni 0-0-s mérkőzésen. A csapatnál töltött évei alatt 413 bajnoki mérkőzésen lépett pályára és két gólt is szerzett, 1997-ben pedig bajnoki címet ünnepelhetett. Később kölcsönben megfordult a Tigresben és a Jaguares de Chiapasban is. 2010-ben a Necaxához, egy évvel később a San Luishoz került, újabb két év múlva pedig a Pachucához, amellyel a 2016-os "Clausura" szezonban ismét bajnok lett. 2017-ben 44 évesen lépett pályára a FIFA-klubvilágbajnokságon, ezzel pedig a sorozat történetének legidősebb játékosává vált.