В 1459 году в Ковентри Уэллс принёс присягу Ланкастерам. 23 сентября того же года он участвовал в битве при Блор-Хиф и был взят в плен войсками Йорков, однако вскоре освобождён. 17 февраля 1461 года Лайонел и его старший сын вместе с армией Маргариты Анжуйской участвовали в победоносной битве при Сент-Олбансе. Месяц спустя, 29 марта, Уэллс вновь со старшим сыном принял участие в битве при Таутоне, в которой и был убит. 21 декабря 1461 года Лайонелл посмертно был осуждён парламентом, лишён всех владений, титулов и наград. Он был похоронен рядом с первой женой в приходской церкви , Йоркшир.