לוב של קדאפי הואשמה על ידי הרשויות באלג'יריה במעורבות בעיצומה של מלחמת האזרחים האלג'יראית (1991–2002) שגרמה למלחמה הרסנית ולמותם של 200,000 אלג'יראים. לוב, יחד עם איראן, ערב הסעודית, סודאן ומרוקו, היו מעורבים בתמיכה בקבוצה האסלאמית המזוינת ובקבוצות מיליטנטיות אחרות איסלאמיסטיות.