Quando a Berlino nel 1848 le rivolte culminarono nelle barricate, Humboldt si sente sentimentalmente legato ai rivoluzionari. Alle esequie in onore dei "Märzgefallenen" ("caduti di marzo") Humboldt era presente. Nel 1857 si impegnò per l'abolizione della seconda servitù della gleba in Prussia. Alexander von Humboldt morì all'età di 89 anni a Berlino il 6 maggio 1859, proprio mentre stava terminando pacificamente l'opera "Il cosmo". Alexander von Humboldt stesso definì così la morte: "La morte è la fine di quella condizione di noia che chiamiamo vita". Non aveva alcun congiunto. Dopo l'imponente funerale di Stato a cui parteciparono decine di migliaia di persone, venne sepolto nella tomba di famiglia degli Humboldt nel parco dello Schloss Tegel a Berlino.