Kaupunki on Ylä-Niilin osavaltion ja Malakalin piirikunnan keskus. Suurin osa asukkaista on dinkoja, nuereja ja šillukeja. Malakalissa on satama, lentokenttä ja yliopisto. Sudanin sisällissodan aikana siellä oli Sudanin armeijan varuskunta. Marraskuussa 2006 kaupungissa käytiin verinen yhteenotto Sudanin armeijan ja Sudanin kansan vapautusarmeijan välillä.