Esordisce il 31 agosto 1997 nella sconfitta esterna con l' (4-2), segnando su rigore il secondo gol dei felsinei. Quella nel Bologna è la stagione del record personale di marcature per Baggio, con 22 gol segnati in 30 partite: un bottino che contribuisce alla qualificazione del Bologna alla Coppa Intertoto e che vale al giocatore la convocazione per il Mondiale di Francia. Baggio viene inoltre nominato capitano della squadra, indossando la fascia per qualche incontro prima di cederla a Giancarlo Marocchi.