21 czerwca 1995 Helmer w wygranym 2:0 towarzyskim pojedynku z Włochami strzelił pierwszego gola w drużynie narodowej. W 1996 ponownie wziął udział w Mistrzostwach Europy. Tym razem zagrał na nich we wszystkich meczach swojej drużyny: z Czechami (2:0), Rosją (3:0), Włochami (0:0), Chorwacją (2:1), Anglią (1:1, 7:6 w rzutach karnych) oraz w finale z Czechami (1:1, 2:1 po dogrywce). Reprezentacja Niemiec została zwycięzcą tamtego turnieju.