Za málo schopných Pyrrhových nástupců moc království zvolna upadala. V roce 231 př. n. l. byla královská vláda odstraněna a nahrazena federativním spolkem épeirských obcí, jež ustavily vlastní sněm ("synedrion"). Některé regiony na jihu se však připojily k aitólskému spolku. Épeiros musel navíc čelit vzrůstajícímu ohrožení ze strany římské republiky, která na přelomu 3. a 2. století př. n. l. svedla sérii vítězných válek s Makedonií. V prvních dvou konfliktech zachovával spolek neutralitu, nicméně během třetí makedonské války (171 až 168 př. n. l.) Molossové podpořili makedonského krále Persea, zatímco Chaonové a Thespróti se vyslovili pro Římany. Následky této rozpolcenosti se ukázaly být katastrofální. Poté, co římské vojsko v čele s Luciem Aemiliem Paullem Persea porazilo a zajalo, proniklo do Épeiru a zpustošilo zde na 70 měst a vesnic. Přitom bylo zotročeno 150 000 Épeirotů, údajně jako trest za Pyrrhův vpád do Itálie. Celá země byla tak těžce poničena, že trvalo dalších 500 let, než se z tohoto úderu plně vzpamatovala.