斯特拉斯堡大学前身是成立于1538年的德意志，后者于1566年升为学术院，1621年改建为大学。1681年，随着斯特拉斯堡市的主權由神圣罗马帝国移交给法蘭西王國，斯特拉斯堡大学开始由法兰西管辖。在法国大革命、普法戰爭、第一次世界大战后，斯特拉斯堡大学的管辖权曾多次变更。第二次世界大战结束后，斯特拉斯堡大学管辖权被重新交还给法兰西共和国。受1968年“五月风暴”运动影响，斯特拉斯堡大学在1971年拆分为斯特拉斯堡第一大学、斯特拉斯堡第二大学、斯特拉斯堡第三大学三所大学。2009年1月1日，三所大学重新合并为斯特拉斯堡大学。