Причины, по которым Ларреа был включен в состав нового правительства, до сих пор окончательно не установлены. Впрочем, это касается и большей части других членов Первой хунты. Одним из факторов, повлиявших на принятие такого решения могла стать влиятельность Хуана Ларреа, как коммерсанта. Также, возможно, что Ларреа был введён в правительство для баланса между сторонниками , к которым относился бизнесмен, и приверженцами Карлоты Жоакины, инфанты испанской, желавшими провозгласить её монархом Рио-де-ла-Плата. Ларреа отказался от зарплаты члена хунты и собирал ресурсы к предстоящей войне за независимость. Вместе с он разработал новые законы, регулирующие предпринимательство в Аргентине. Ларреа также добился изгнания бывшего вице-короля Бальтасара Идальго де Сиснероса, и из соображений предосторожности подкупил капитана судна, на котором перевозили испанского наместника, чтобы корабль избегал любой суши на своем пути до достижения Канарских островов. Хуан поддержал смертный приговор Сантьяго де Линьерсу, попытавшемуся совершить . В хунте Ларреа стал сторонником Мариано Морено и вместе с ним оппонировал президенту правительства Корнелио Сааведра. Коммерсант проголосовал за включение в хунту депутатов из других городов, хотя поначалу был против этого предложения. Оно было задумано Сааведра для уменьшения влияния Морено в правительстве.