После завершения спортивной карьере Матьяж Жупан перешёл на тренерскую работу. С 1996 года он занимал пост помощника главного тренера сборной Словении Хайнца Коха, а в 1999 году стал главным тренером команды. Под его руководством словенцы завоевали бронзу в командном турнире на Играх в Солт-Лейк-Сити, а Рок Бенкович стал чемпионом мира на нормальном трамплине в 2005 году.