Con la caduta del regime comunista, dal 1992 vengono ripresi i rapporti ufficiali con la Chiesa ortodossa e la Chiesa cattolica in Albania; viene restaurata con fondi provenienti dalle comunità italo-albanesi la chiesa greco-cattolica albanese di San Pietro in Elbasan, costruita dai monaci di Grottaferrata. Nei primi anni 2000 l'eparchia ha dato sostegno alla Chiesa cattolica in Kosovo colpita dalla guerra.