При очертаващия се конфликт с България в началото на 1913 година, Йованович като виенски посланик отново показва умереност. Макар и е против отстъпки на България в Македония, той не е съгласен с въвличането на Османската империя в сръбско-българския спор, тъй като това би отчуждило Сърбия от славянството и Европа. Заедно с Миленко Веснич се противопоставя на прекомерното отслабване на България, смятайки, че тя трябва да бъде превръщана в непримирим неприятел в бъдеще. След сръбската победа в Брегалнишката битка в [[Междусъюзническата войнаЙованович пише на Пашич: „Ако тази война задържи, и сърби и българи ще излязат ранени и отслабени“. Така Йованович иска балканско равновесие със Сърбия като негов стожер.