Pe 1 iunie 2009, Vicente del Bosque l-a convocat pe Villa la Cupa Confederațiilor FIFA 2009. înainte de această competiție a marcat al doilea hat-trick într-un meci cu naționala Azerbaijanului, la aproape un an de la hat-trickul reușit în fața Rusiei la Euro 2008. A debutat la Cupa Confederațiilor cu un gol, ultimul din cele cinci marcate în poarta Noii Zeelande, iar în următorul meci a marcat un gol decisiv în fața unui Irak defensiv. A ratat un penalty în meciul cu Africa de Sud, dar în același minut s-a revanșat marcând și aducând-o pe Spania în avantaj, egalând recordul de cele mai multe meciuri consecutive câștigate de la Pablo Hernández încoace. Deși a fost ultimul său gol marcat la această competiție, a primit Gheata de Bronz și a fost ales în echipa turneului.