Kolejny spadek do drugiej ligi nastąpił w sezonie 2001, kiedy zespół po raz pierwszy w swojej historii zajął ostatnie miejsce w tabeli, przegrywając piętnaście z osiemnastu możliwych spotkań. Zawodnicy tego klubu nie poddawali się jednak w swoich pierwszoligowych dążeniach i już w sezonie 2002 zajęli pierwsze miejsce w tabeli 1.Deild, wyprzedzając kolejny klub o czternaście punktów. Triumf nie potrwał jednak długo, sezon 2003 był ostatnim, jaki klub ten rozegrał w Formuladeildin aż do roku 2009. FS Vágar zajął ponownie ostatnie miejsce w tabeli, nie przegrywając jedynie pięciu spotkań na osiemnaście.