Après l'occupation soviétique consécutive au pacte Hitler-Staline, certains membres radicaux du « "Yiddishland révolutionnaire" », qui avaient quitté le « "Bund" » pour devenir communistes staliniens, ont collaboré avec le NKVD dans la « chasse aux réactionnaires », terme vague incluant des fermiers qualifiés de « "koulaks" », les curés, les anciens fonctionnaires de l'état lituanien, les notables. Il s'agissait pour ces communistes de « lutte des classes », mais les populations lituaniennes se mirent à considérer tous les Juifs sans distinction comme des vecteurs du stalinisme et constituèrent des groupes de partisans anticommunistes qui, lors de l'invasion allemande, se livrèrent à des pogroms. Lors de celui de Kaunas, furent massacrés : le nombre exact des victimes est connu avec précision grâce au Rapport Jäger qui comptabilisa la totalité des Juifs assassinés en Lituanie.