Идрис Деби родился 18 июня 1952 года в деревне Бердоба на северо-востоке Чада. По этнической принадлежности — загава. Деби поступил на военную службу. В 1976 году он прошёл обучение во Франции и получил диплом лётчика, а в 1978 году вернулся в Чад, где шла Гражданская война. Позднее он присоединился к повстанческой группировке Вооружённые силы Севера под руководством Хиссена Хабре. В 1982 году он помог Хиссену Хабре свергнуть президента Гукуни Уэддея. Занимал при режиме Хабре высшие посты в армии и тайной полиции DDS.