Utnevnelsen av høyremannen Ljungberg til forsvarsminister i 1939 var et forsøk på å dempe kritikken fra offiserene. Han opplevde de dramatiske dagene i 1940 med det tyske angrepet på Norge som ansvarlig statsråd. Ljungbergs opptreden i tiden rundt det tyske angrepet ble kritisert av Undersøkelseskommisjonen av 1945. Særlig ble han tillagt mye av ansvaret for at mobiliseringsordren 9. april var så uklar. Han ble med regjeringen til Storbritannia, satt som forsvarsminister frem til oktober 1941, da han ble permittert og Oscar Torp ble konstituert som statsråd, siden utnevnt formelt. Ljungberg fungerte siden som statsråd i noen uker fra februar til mars 1942, hvorpå Torp kom tilbake. Ljungberg ble generalmajor og representant for Forsvarsdepartementet i USA fra 1942 til 1943, militærattaché i Canada 1943 til 1944 og i USA 1944 til 1945. Han trådte ut av aktiv tjeneste i 1946 og fikk avskjed i nåde i 1949.