Шишков участвовал во многих сражениях войны шестой коалиции: битвах при Дрездене, при Лейпциге, в осадах крепостей, при взятии Парижа; был награждён — за Бородино 21 октября 1812 года орденом Св. Владимира с бантом; за Лейпциг 20 февраля 1814 года золотой шпагой с надписью «за храбрость» и в мае 1814 года прусским орденом «Pour le Mérite».