1999年1月，新任印尼總統哈比比突然改变对东帝汶的政策，同意給予東帝汶「特別自治地位」，哈比比还宣布如果东帝汶不愿接受自治，可以允许东帝汶独立。5月5日，印尼、葡萄牙和聯合國簽署「前途自決協議」。6月11日，聯合國安理會透過決議，成立聯合國駐東帝汶特派團，負責東帝汶過渡初期工作。8月30日，東帝汶在聯合國主持下舉行全民公決，78.5%的居民支持脫離印尼。投票後，親印尼派在東帝汶發起暴亂和襲擊。9月20日，聯合國多國部隊，正式進駐東帝汶，與印尼駐軍進行權力移交。10月，印度尼西亚共和国人民协商会议透過決議正式批准東帝汶脫離印尼。聯合國安理會透過第1272號決議，由聯合國建立「聯合國東帝汶過渡行政當局」負責東帝汶過渡時期的日常行政。