A kormányzat a sztálinista túlkapásokat – Vorosilov tanácsára – igyekezett Péter Gábor nyakába varrni és a börtönben önkritikát írattak vele korábbi munkájáról, de figyelmeztették, hogy ne próbálja másra kenni a felelősséget. Péter ennek megfelelően azt írta, hogy a pártvezetésnek nem volt tudomása a vallomások erőszakos kikényszerítéséről. Később makacskodott, a kihallgatásokon Rákosit okolta (erről nem vettek fel jegyzőkönyvet), sőt egy ideig éhségsztrájkolt is, mert nem engedélyeztek találkozót feleségével. 1955 nyarán Rákosi helyzete ismét megerősödött, sikerült leváltatnia Nagy Imrét és bizalmasát, Hegedüs Andrást ültetnie a kormányfői székbe. Ezzel párhuzamosan Péter Gábor ügyében perújrafelvételt rendeltek el, hogy őt tegyék felelőssé a magyar-jugoszláv viszony megrontásáért is. 1956 elején a Szovjetunióban a XX. pártkongresszus elítélte a sztálinizmust és ezzel megroppant Rákosi politikai támogatottsága. Péter Gábor július elején „Mi az igazság?” címmel újabb feljegyzést írt, amelyben az ÁVH túlkapásaiért a volt pártfőtitkárt hibáztatta. A feljegyzést a szovjet nagykövethez, Andropovhoz is eljuttatta. Rákosit július 18-án leváltották, helyére Gerő Ernő került. Októberben letartóztatták Farkas Mihályt és ügyében többször kihallgatták Péter Gábort is, aki – az új pártvezetés szándéka szerint – lelkesen vallott a volt hadügyminiszter ellen. Kihallgatásait az október 23-i forradalom félbeszakította. November 3-án a Gyűjtőfogházból 800 foglyot szabadon bocsátottak; Péter Gábort csak egy újságíró látogatta meg. Éjjel a forradalmárok kivitték a siralomházba, de november 4-én reggel a bevonuló szovjet csapatok kiszabadították.