Im Jahr 1790 erhielt wieder Ball ein Kommando in der Royal Navy. Im Mai 1798 befehligte Ball HMS "Alexander" im Mittelmeer. Als Nelsons HMS "Vanguard" im Mai 1798 in einem schweren Sturm Vor- und Hauptmast verlor, schleppte Ball die "Vanguard" nach Sardinien. Unter Nelsons Kommando nahm Ball an der Seeschlacht bei Abukir teil. Die "Alexander" war das zweite Schiff, das das Feuer auf das französische Flaggschiff "L’Orient" eröffnete.