A causa de la Guerra de separació i pel fet que l'arxiu restava obert, es va perdre molta documentació i la que hi havia estava desorganitzada. Per aquest motiu, es va decidir crear per primer cop la figura d'arxiver. El 1647 es van elegir dos arxivers, que es renovaven cada any per altres arxivers, sempre de dos en dos. Els arxivers tenien l'ofici de notaris, metges i advocats principalment, i a part de la pròpia, feien també altres feines. Aviat es van començar a dir “secretaris-escrivans”. L'últim cop que trobem arxivers designats per la manera tradicional fou el 1695. Per altra banda, com que l'arxiu estava tancat i vigilat, cap al 1669 s'hi van començar a guardar altres objectes, costum que no s'ha perdut fins entrat el .