ב-1942, במהלך מלחמת העולם השנייה, כוחות האימפריה היפנית כבשו את ג'סלטון ביחד עם יתר בורנאו, כיבוש אשר במהלכו נהרסו חלקים נרחבים מהעיר. בזמן הכיבוש שם העיר שונה בחזרה לאפי. התושבים המקומיים ניסו למרוד ביפנים מספר פעמים ללא הצלחה. החלקים של העיר שנותרו על כנם כמעט הושמדו לחלוטין במהלך ההפצות של בעלות הברית בקרב בורנאו ב-1945.