Исаксон прави дебюта си за националния отбор в приятелски мач срещу Швейцария през 2002 г. След контузията на Магнус Хедман, Исаксон се утвърждава като титулярен вратар на отбора, като играе във всичките мачове на Евро 2004. Участва и в 3 от мачовете на отбора на Световното първенство през 2006, но получава контузия, която му попречва а играе и в 1/8-финалите. Участва и на Евро 2008, но Швеция отпада в груповата фаза. Участва и на Евро 2012, но отново отпада в груповата фаза.