Des études récentes de Federico Zeri et Bruno Zanardi, restaurateur de la Basilique d'Assise après le tremblement de terre de 1997, ont remis en question l'attribution à Giotto de l'ensemble du cycle, qui pourrait être l'œuvre de maîtres romains, dirigés par Pietro Cavallini, le seul grand peintre gothique qui étrangement ne serait pas présent sur le chantier d'Assise. Selon cette thèse, la main de Giotto n'est identifiée que dans les fresques de l'église inférieure, les seules qui montrent la même technique picturale que les fresques de la chapelle des Scrovegni à Padoue.