Όταν η Αθήνα έγινε η επίσημη πρωτεύουσα της Ελλάδας το 1834, η έκδοση του σχετικού βασιλικού διατάγματος έγινε σε αυτό το ναό, που ήταν ο τόπος δημόσιας προσέλευσης των Αθηναίων. Χρησιμοποιήθηκε ως τόπος ταφής για τους μη Ορθόδοξους Ευρωπαίους κατά τον 19ο αιώνα, μεταξύ των οποίων βρισκόταν και πολλοί φιλέλληνες που έδωσαν τη ζωή τους στον αγώνα της Ελληνικής Επανάστασης (1821-1830). Μεταξύ αυτών που ετάφησαν στο χώρο ήταν ο Τζων Τουέντελ "(John Tweddel)", φίλος του λόρδου Έλγιν, ενώ οι ανασκαφές ανακάλυψαν μια πλάκα από τον τάφο του Τζωρτζ Γουώτσον "(George Watson)" με ένα επιτάφιο επίγραμμα στα Λατινικά από τον Λόρδο Βύρωνα. Στο χώρο αυτό έγινε ο 1834 η επίσημη υποδοχή, του πρώτου βασιλιά των Ελλήνων, Όθωνα. Ο Όθωνας διέταξε το κτήριο να χρησιμοποιηθεί ως μουσείο, κάτι που συνέχισε να υπάρχει έως το 1934, όταν μετετράπη ξανά σε αρχαίο μνημείο. Έτσι επιτράπησαν εκτεταμένες αρχαιολογικές έρευνες στο χώρο.