Al producirse la invasión de la Alemania nazi a la Unión Soviética el coronel Judiakov se encontraba como Jefe de Estado Mayor de la Fuerza Aérea del Distrito Militar Especial Oeste. Participó en la Batalla de Moscú, ya en el puesto de Comandante de la Fuerza Aérea del Frente Oeste (al mando de Gueorgui Zhukov).