En 1546, Paul a treize ans quand son père meurt, laissant la famille dans une situation financière difficile. Au déclenchement de la Guerre de Smalkalde, ils s'enfuient à Magdebourg et en 1547 à Brunswick. En juillet, à la fin de la guerre, il peuvent retourner à Wittemberg, bien que dans une relative pauvreté. Sur les conseils de Mélanchthon, Luther part pour l'Université de Wittemberg pour y étudier la médecine.