Der Ortsname, der in schriftlichen Aufzeichnungen erstmals 1142 auftaucht, ist slawischen Ursprungs. Die deutsche Besiedelung hat spätestens im 12. Jahrhundert begonnen, denn aus dieser Zeit stammt die Dorfkirche. Neben der Landwirtschaft waren die südlich des Ortes gelegenen Steinbrüche von großer Bedeutung. Sowohl das Kloster in Plötzky, wie die Pfarrkirche in Leitzkau als auch die Burg in Gommern wurden mit Bruchsteinen aus Dannigkow errichtet. Bis 1808 gehörte der Ort zum kursächsischen Amt Gommern, das eine Enklave im Magdeburgischen bildete. Danach war Dannigkow für sechs Jahre Teil des französischen Brückenkopfes östlich der Elbe, nachdem Sachsen das Amt Gommern an das Königreich Westphalen abgetreten hatte. Während der Befreiungskriege gegen Napoleon war das Dorf am 5. April 1813 einer der Schauplätze der Ehleschlacht. Nach erbittertem Kampf um jedes Haus konnten die verbündeten preußisch-russischen Truppen die im Ort verschanzten Franzosen vertreiben und so für einen ersten Erfolg im Kampf um die Befreiung von der napoleonischen Herrschaft sorgen. An das Gefecht erinnert noch heute ein Gedenkstein vor dem Dannigkower Rathaus. Im Roman „Der Katzensteg“ von Hermann Sudermann wird im II., VI. und VII. Kapitel Dannigkow als Ort und Kirche genannt, wo sich preußische Freiwillige vor der Schlacht zusammenfanden und sich gegenseitig Treue schworen.