Totti gjorde sin debut med seniorlaget i EM–kvalmatchen mot Schweiz den 10 oktober 1998. Han blev inbytt i 70:e minuten mot Alessandro del Piero och Italien vann matchen med 2–0. I Italiens kvalmatcher mot Danmark den 27 mars 1999 som slutade 2–1, mot Vitryssland den 31 mars 1999 som slutade 1–1 och mot Danmark på hemmaplan den 8 september 1999 som slutade 2–3 blev Totti inbytt i första och sista matcherna samt utbytt i den andra. Totti spelade i fyra av åtta EM–kvalmatcher och Italien vann gruppen och gick direkt till EM 2000.