Der große Durchbruch gelang Joubert im Jahr 2004, als er als amtierender französischer Meister in Budapest Europameister wurde. Es war der erste Titel für Frankreich in der Herrenkonkurrenz seit 40 Jahren und das erste Mal seit 1996, dass kein Russe siegte. Bei der Weltmeisterschaft in Dortmund gewann Joubert mit Silber hinter Jewgeni Pljuschtschenko, den er bei der EM noch bezwungen hatte, seine erste WM-Medaille.