Pendant la Konfrontasi, il agit en tant qu'agent de liaison militaire entre les gouvernements britannique et australien. Ouvertement sceptique quant au cessez-le-feu annoncé par le président Soekarno le , il soutient les demandes de renforts des Britanniques aux forces armées australiennes de Bornéo. Vers la fin de l'année, il préconise le bombardement des bases aériennes indonésiennes avec les bombardiers Canberra de Malaisie ; il exige lors de cette opération la mise à l'écart des Forces aériennes britanniques. Bien que l'Australie ait finalement déployé des bataillons du Royal Australian Regiment à partir de , l'estimation optimiste de Scherger concernant la rapidité et le niveau de préparation de son gouvernement à engager des troupes est sous-estimée par les Britanniques.