Som Hitlers personliga sändebud i Ungern var Veesenmayer den högste tyske ämbetsmannen i landet. Veesenmayer använde sin höga position för att öva påtryckningar på den ungerska regeringen i judefrågan. Mellan den 14 maj och den 8 juli 1944 deporterades 437 402 judiska män, kvinnor och barn från Ungern till Auschwitz. Veesenmayer var väl införstådd med Operation Panzerfaust och förmådde Horthy att underteckna sin abdikation samt utnämningen av pilkorsledaren Ferenc Szálasi till premiärminister.