L'Intruder entre en service opérationnel fin 1963 dans la US Navy, et en 1964 dans le US Marine Corps. Il est massivement utilisé pendant la guerre du Viêt Nam, pendant laquelle 62 appareils sont perdus dont 51 en combat, et participe également à la première guerre du Golfe. Près de 600 exemplaires sont construits en deux versions principales : la version initiale A-6A et la version A-6E avec une électronique améliorée.