Напад сила Осовине на Краљевину Југославију, 6. априла 1941. године, затекао је Кардеља у Београду, где се налазио као делегат ЦК КПЈ, који је требало да сарађује са Покрајинским комитетом КПЈ за Србију. Одмах после напада, вратио се у Загреб, где је учествовао на седници ЦК КПЈ, одржаној 10. априла. Убрзо потом је прешао у Љубљану где је учествовао у оснивању Ослободилачког фронта Словеније (), када је изабран за потпредседника њеног Извршног одбора. Потом је учествовао на Мајском саветовању ЦК КПЈ у Загребу, а од септембра 1941. године, као представник Политбироа ЦК КПЈ при Централним комитетима КП Словеније и КП Хрвтаске, радио је на организовању оружане борбе, због чега је наизменично боравио у Љубљани и Загребу.