Se utilizó de nuevo en la campaña de la OTAN de 1999 contra la República Federal de Yugoslavia en la Operación Fuerza Aliada,Sea Harriers, que operaba desde el HMS Invincible, patrullaba frecuentemente el espacio aéreo para mantener a los MiG de Yugoslavia en tierra. También fueron enviados a Sierra Leona a bordo del HMS Illustrious en 2000, que era parte de un convoy de la Royal Navy para suministrar y reforzar las fuerzas de intervención británicas en la región.