El 1931, en ser proclamada, la República, es trobava destinat a Mallorca: va substituir el destituït general López Ochoa com a capità general de Catalunya o cap de la IV Divisió. Durant aquest comandament es distingí per l'acatament a l'autoritat civil, pel respecte al règim democràtic i per la prudència amb què actuà en les tensions entre alguns sectors militars i la nova administració catalana. En produir-se els esdeveniments del 6 d'octubre de 1934, en què el president Companys declarà l'estat català dins d'una república federal espanyola, Batet no va posar les seves tropes a les ordres de la Generalitat. En comptes d'això, es posà en contacte amb el president del govern espanyol Lerroux, el qual li respongué que declarés l'estat de guerra. Després de diferents disturbis amb el resultat de 3 morts, el comandant Fernández Unzué prengué la Plaça de Sant Jaume. Allí va parlamentar amb Enric Pérez i Farràs, el cap dels Mossos d'Esquadra, exigint que abandonessin les armes: aquest no va cedir, i tot d'una hom va disparar contra l'exèrcit espanyol. Aquest respongué disparant els canons contra el Palau de la Generalitat. Després de cinc hores de resistència Lluís Companys es rendí, i llur govern i comandaments foren fets presoners.