La défaite militaire de la Grèce face à la Turquie et les troubles politiques qu'elle occasionne bouleversent cependant la vie de Marguerite et de sa famille. En , Constantin abandonne définitivement le trône au profit de son fils aîné, . Un mois plus tard, le prince André est arrêté avant d'être jugé par un tribunal militaire, qui le déclare responsable de la défaite de la Sakarya. Sauvé de l'exécution par l'intervention des chancelleries étrangères, le prince est condamné au bannissement et à la dégradation. Après une brève halte à Corfou, où est organisée la destruction des papiers de la famille, le prince et ses proches quittent précipitamment la Grèce à bord du HMS "Calypso" début .