В декабре 1861 года, Эббот стал подполковником 7-го Нью-Гемпширского пехотного полка и участвовал в сражении при Порт-Ройале, битве на утесе св. Джона, битве за форт Пуласки и втором сражении за форт Вагнер. В ноябре 1863 он стал полковником полка и руководил им во время сражения при Оласти и Бермудской кампании в Виргинии.