In der Vorbereitung auf die nächste Saison trainierte sie in der „Biathlonschmiede“ gemeinsam u. a. mit Simon Eder, Julia Schwaiger und Dunja Zdouc, betreut wurden diese Athleten von Eders Vater, Alfred Eder, sowie Sandra Flunger. Grund für die Gründung einer vom ÖSV unabhängigen Trainingsgruppe war unter anderem die Tatsache, dass mit dem Norweger Vegard Bitnes im Sommer vor der Heim-WM ein neuer Trainer verpflichtet wurde und die langjährige Trainerin von Hauser und mehreren österreichischen Biathletinnen, Sandra Flunger, nicht mehr berücksichtigt wurde. Im ersten Rennen der Saison, der Single-Mixed-Staffel im schwedischen Östersund belegte sie erneut gemeinsam mit Simon Eder den zweiten Platz. Bis zum Jahreswechsel erreichte sie in mehr als der Hälfte aller Rennen eine Top-10-Platzierung. Ab dem Jänner 2017 wurde Lisa Hauser jedoch von Erkrankungen geplagt, bei den Titelkämpfen im heimischen Hochfilzen lief sie die schlechtesten Rennen des Winters, die österreichische Damenstaffel wurde nach einem Fehler am Schießstand durch Julia Schwaiger disqualifiziert. Kurze Zeit darauf gewann sie im finnischen Kontiolahti ihr erstes Weltcuprennen, in der Single-Mixed-Staffel ging sie wieder mit Simon Eder an den Start, die österreichische Mannschaft konnte sich aber in diesem Rennen gegen die Konkurrenz durchsetzen und gewann das Rennen vor Susan Dunklee und Lowell Bailey aus den Vereinigten Staaten und Laura Dahlmeier und Roman Rees aus Deutschland.