Paisley werd door het Britse leger opgeroepen en sloot zich aan bij de Royal Artillery. Hij bracht tijd door in verschillende kampen in Groot-Brittannië en nam tussendoor met Liverpool deel aan vriendschappelijke toernooien en wedstrijden als de Liverpool Senior Cup. Door zijn voetbalkwaliteiten ontsnapte Paisley aan een stationering in het Verre Oosten. In augustus 1941 vertrok hij met een troepenschip naar Egypte. Daar maakte hij deel uit van het Achtste Leger dat via Operatie Crusader erin slaagde om het belegerde Tobroek te ontzetten. In 1942 nam Paisley ook deel aan de Tweede Slag bij El Alamein. In 1943 trok hij met Achtste Leger naar Sicilië en zo naar Italië. Daar vernam hij het nieuws dat zijn 15-jarige broer Allen was gestorven aan roodvonk en difterie. In juni 1944 nam Paisley deel aan de bevrijding van Rome. Nadien verkaste zijn regiment naar Florence, waar het zich vestigde in het toenmalig stadion van Fiorentina. In 1945 keerde hij terug naar Engeland. Daar leerde hij zijn echtgenote Jessie kennen. Ze kregen samen twee zonen en een dochter: Robert, Graham en Christine.