Englannin maajoukkueessa Heskey pelasi ensimmäisen kerran vuonna 1999 ystävyysottelussa Unkaria vastaan. Hän oli joukkueessa myös 2000 EM-kisoissa ja Sven-Göran Erikssonin, joka peluutti häntä laiturina, aikana 2002 MM-kisoissa. Kaikkiaan Heskey pelasi 62 maaottelua ja teki niissä seitsemän maalia.