Au début du , l'Empire byzantin organise le Sud de la Crimée en thème de Cherson. En 1204, alors que Constantinople, capitale byzantine, tombe entre les mains des croisés occidentaux, les Vénitiens s'emparent des ports de Cembalo, Caulita, Lousta, Soldaïa et Caffa (Théodosie). Le thème lui-même échoit à l'empire grec de Trébizonde, qui reconquiert les ports et les concède aux Génois, les rivaux des Vénitiens. Une principauté de Théodoros quasi indépendante apparaît au dans l'ancien thème et subsiste jusqu'à la conquête ottomane en 1475. Le Nord de la péninsule, soumis aux Tatars, fait désormais partie du khanat de Crimée, allié et vassal de l'Empire ottoman. Le commerce des esclaves russes ou ukrainiens était une source majeure de revenus pour les Tatars de Crimée et la noblesse nogaïe. Pendant la peste noire , en 1347 et 1348, la Crimée perdra une grande partie de sa population d'origine Grecque, vu que les Grecs étaient situés au sud de la péninsule, là ou à l'époque il y avait les grands ports. Après le passage de la peste, les Slaves et les Tatars deviennent majoritaires dans la péninsule.