Daraufhin fungierte Rahmat zwischen 1962 und 1965 im Range eines Generalmajors "(Mayor Jenderal)" als Kommandeur des nunmehrigen Regionalen Militärkommandos KODAM VIII in Jawa Timur. In diese Zeit fiel der Putschversuch der Bewegung 30. September "(Gerakan September Tiga Puluh)", der die Massaker in Indonesien 1965–1966 auslöste. Einheiten des von ihm kommandierten KODAM VIII waren aktiv an der Niederschlagung des Putschversuchs, der Massaker sowie die Maßnahmen gegen die Kommunistische Partei Indonesiens PKI "(Partai Komunis Indonesia)" beteiligt. Anschließend wurde er Vizeminister für besondere Aufgaben sowie Kommandeur des Heeres und war in dieser Funktion maßgeblich an der Umsetzung des Supersemar-Dekrets "(Surat Perintah Sebelas Maret)" vom 11. März 1966 von Staatspräsident Sukarno beteiligt, das Generalleutnant Suharto die Ermächtigung gab, alle Maßnahmen zu ergreifen, um nach dem gescheiterten Putschversuch vom 30. September 1965 für Ordnung zu sorgen.