Након завршетка Хладног рата, Мобуту је схватио да више није тако користан као западни савезник те је започео кораке у смеру номиналне демократизације земље. Међутим, здравствени проблеми изазвани раком простате су до средине 1990-их почели да утичу на његову способност управљања земљом. Кључни догађај је, пак, било стајање на страну Хутуа у грађанском рату у Руанди, а касније помагање избеглих Хутуа у нападима на нову тутсијевску владу Руанде, као и на локалне Тутсије, Бањамуленге. То је био повод за побуну у којој су на страну Тутсија стале владе Руанде, Бурундија, а касније и Анголе и Уганде те започеле инвазију источног дела Заира. Тиме је почео Први конгоански рат у коме је Савез демократских снага за ослобођење Конга (АФДЛ) на челу с Лораном Кабилом заузела велике делове источног Заира и започела напредовање према западу.