После неудачи покушения на Гитлера 20 июля 1944 года и обнаружения в сентябре 1944 года секретных документов Абвера, касающихся заговора, Бонхёффера обвинили в связях с заговорщиками. Его перевели из военной тюрьмы Тегель в Берлине, где он находился в течение 18 месяцев, в подвал домашней тюрьмы Главного управления имперской безопасности, тюрьмы строгого режима гестапо. В феврале 1945 года его тайно перевели в концлагерь Бухенвальд и, наконец, в концлагерь Флоссенбюрг.