1959 studierte Sanders zunächst ein Jahr Psychologie am Brooklyn College der City University of New York, bevor er zur University of Chicago wechselte und dort Soziologie, Geschichte und Psychologie belegte. Sanders schreibt allerdings in seiner Autobiographie "Outsider in the House", dass er den regulären Unterricht an der Uni stark vernachlässigte, stattdessen – autodidaktisch – die Werke von Jefferson, Lincoln, Marx, Friedrich Engels, Trotzki, Debs und Freud verschlang. „I read everything I could get my hands on—except what I was required to read for class.“ (deutsch: „Ich las alles, was immer ich in die Hand bekommen konnte – außer den Büchern, die für den Unterricht erforderlich waren.“) Er begeisterte sich für den Sozialismus, trat der Young People’s Socialist League, der Jugendorganisation der Sozialistischen Partei der USA bei, wurde beim Congress of Racial Equality (CORE) aktiv, war einer der Initiatoren des Student Nonviolent Coordinating Committee und organisierte 1962 ein Sit-in gegen die Rassentrennung in den zur Universität gehörenden Studentenwohnheimen. 1963 nahm er am Marsch auf Washington für Arbeit und Freiheit teil. Sein Studium finanzierte er mit Teilzeitjobs, Zuschüssen und Darlehen. 1964 schloss er dieses mit einem Bachelor of Arts in Politikwissenschaft ab.