Po zakończeniu kariery piłkarskiej zajął się szkoleniem młodzieży w Osasunie. W sezonie 2004/05 prowadził Polideportivo Ejido, by następnie powrócić do Osasuny i objąć zespół rezerw. 4 czerwca 2007 został trenerem Legii Warszawa. Wraz z klubem zdobył Puchar Polski oraz Superpuchar Ekstraklasy. Przed Mistrzostwami Europy 2008 dołączył do sztabu szkoleniowego reprezentacji, gdzie objął funkcję asystenta ówczesnego selekcjonera Leo Beenhakkera. 14 marca 2010 został zwolniony z Legii. Od 29 października do 10 grudnia 2010 pracował w Polonii Bytom. 10 marca 2011 podpisał kontrakt z Zagłębiem Lubin, gdzie na stanowisku pierwszego trenera zastąpił Marka Bajora. Jeszcze w tym samym roku został zwolniony z powodu słabych wyników drużyny w rundzie jesiennej i zastąpiony przez Pavla Hapala. 30 maja 2012 Urban ponownie objął Legię Warszawa. W sezonie 2012/13 sięgnął z zespołem po mistrzostwo oraz Puchar Polski. 19 grudnia 2013 został zwolniony z klubu za porozumieniem stron. Działacze zwolnienie Urbana, którzy tłumaczyli swoją decyzję rozbieżną wizją budowy zespołu. 3 lipca 2014 Urban został oficjalnie nowym szkoleniowcem Osasuny Pampeluna. Zadaniem polskiego trenera był powrót z drużyną do Primera División. 28 lutego 2015 został zwolniony ze stanowiska trenera Osasuny Pampeluny, ze względu na rozczarowujące wyniki drużyny pod jego wodzą. W momencie jego odejścia klub znajdował się na 16. miejscu w tabeli Segunda División. 12 października 2015 został trenerem Lecha Poznań, natomiast współpracę z klubem z Wielkopolski zakończył 29 sierpnia 2016. 5 stycznia 2017 został trenerem Śląska Wrocław, podpisując kontrakt na 1,5 roku. 19 lutego 2018 został zwolniony z funkcji trenera Śląska Wrocław.