Pendant la guerre, des milliers de synagogues disparaissent dans les flammes allumées par les nazis ou les bombardements en Allemagne, en Pologne, en URSS et dans bien d'autres pays. Peu après l'invasion polonaise, la Grande synagogue de Dantzig l'est également, comme la synagogue de Gabin : le 21 septembre 1939, jour de Yom Kippour, peu après le début de l'invasion de la Pologne par les troupes nazies, les Allemands accompagnés des fascistes locaux, mettent le feu à la synagogue et à l'école talmudique. Un trésor artistique, cultuel et culturel qui avait survécu plus de 230 ans brûle en quelques minutes. Toute la population juive de Gabin est alors rassemblée sur la place du « Nouveau Marché » et lorsque les maisons près de la synagogue s'enflamment à leur tour, les Allemands forcent les Juifs à y pénétrer pour sauver les biens qui s'y trouvent, tandis que les troupes nazies hilares prennent des photos. Plusieurs personnes périssent dans les flammes. Le , la Grande synagogue de Varsovie est dynamitée par le "SS-Gruppenführer" Jürgen Stroop comme dernier acte de destruction du ghetto de Varsovie, et ne sera pas reconstruite après la Seconde Guerre mondiale.