En 2013, se convirtió en la primera mujer en el comité directivo de la PFA (Professional Footballers' Association). Tras la mala actuación de Inglaterra en la Eurocopa, Hope Powell fue destituida de su puesto como entrenadora y Mark Sampson ocupó el rol. Estando lesionada, Stoney no fue convocada para el equipo y fue informada de que dejaría de ser la capitana de la selección.