Bei Ausbruch des Bürgerkrieges wurde in Charleston das 1. Infanterieregiment aufgestellt, in das Capers eintrat und gleich zu Beginn zum Major befördert wurde. Nach einigen kleineren Einsätzen wurde sein Regiment dem Kommando von General Beauregard unterstellt, mit dem er am 12. und 13. April am Angriff auf Fort Sumter teilnahm, woraufhin er zum stellvertretenden Regimentskommandeur ernannt und sein Regiment ins Heer der Konföderierten übernommen wurde. Eingesetzt wurde es zunächst hauptsächlich zur Sicherung der Umgebung. Am 6. Mai 1863 verließ das Regiment South Carolina in Richtung Jackson, Mississippi; acht Tage später wurde Capers bei der Schlacht von Jackson verwundet. Nach seiner Genesung wurde er im August als Brigadekommandeur zur Unterstützung von General Bragg in Marsch gesetzt und kämpfte in der Schlacht am Chickamauga vom 19. und 20. September 1863, in der Capers erneut verwundet wurde.