Isaksson toimi pitkään Ruotsin maajoukkueen ykkösmaalivahtina. Hän on kuulunut Ruotsin joukkueeseen vuoden 2002 MM-kisoissa, vuoden 2004 EM-kisoissa, vuoden 2006 MM-kisoissa, vuoden 2008 EM-kisoissa ja vuoden 2012 EM-kisoissa. Kaikkiaan hän pelasi 133 maaottelua vuosina 2002–2016.