Fernando a fait partie de l'équipe du Brésil U20 victorieuse lors du championnat d'Amérique du Sud des moins de 20 ans en 2007. Il reçoit un carton rouge face au Chili lors du deuxième tour pour avoir insulté l'arbitre Albert Duarte, et est suspendu 1 an par la Confédération sud-américaine de football, ratant ainsi la Coupe du monde des moins de 20 ans 2007.