Od pierwszych dni istnienia NDH trwało ludobójstwo, którego ofiarami padli głównie prawosławni Serbowie oraz Żydzi i Romowie. W trakcie masowych eksterminacji na terenie NDH, m.in. w obozach koncentracyjnych w Jasenovacu, zginęło ponad 350 tysięcy ludzi, z czego prawie 300 tysięcy było Serbami.