À la suite du coup de force du 9 mars par lequel les Japonais s'emparent directement de l'Indochine, et alors que le roi Sisavang Vong et le prince héritier proclament leur loyauté à la France, Phetsarath prend soin de ne pas s'opposer aux Japonais et profite de leur soutien à la fois pour préparer son pays à l'indépendance et pour s'opposer aux cadres annamites de l'administration qui revendiquent eux aussi l'appui nippon. En , Phetsarath demeure chef du gouvernement lorsque les Japonais forcent le roi à proclamer l'indépendance du Laos.