Boyle est envoyé au large de Texel et de La Corogne pour la protection des paquets anglais, où il détruit plusieurs chaloupes. Peu de temps après son retour chez lui, il reçoit l'ordre de reprendre le "Kangourou". Il capture un corsaire français de huit canons et 48 hommes, et le lougre espagnol de 14 canons "Purísima Concepción" . Peu de temps avant l'expédition française en Irlande pour soutenir les patriotes irlandais, le "Kangourou" est entraîné par le mauvais temps dans la baie de Bantry et rencontre une flotte française, que Boyle croyait composée de dix-neuf à vingt-deux voiles . Il est promu capitaine le 30 juin 1797. Boyle est nommé au au début de 1798, et sert au large de Cherbourg, Saint-Malo et l'île de Has, jusqu'en mars 1799, date à laquelle il est obligé de quitter le commandement de son navire en raison d'une blessure qu'il a subie en naviguant vers Lisbonne . En juin 1799, il est nommé commandant du HMS Cormorant de 24 canons et, après avoir conduit un convoi à Lisbonne et à Gibraltar, il rejoignit l'escadron de Lord Keith à Livourne. Le 20 mai 1800, le "Cormorant est" détruit au large de Damiette en raison de cartes de navigation défectueuses. Contrairement aux usages de la guerre, le capitaine Boyle est resté enfermé pendant près de trois mois. Ayant recouvré sa liberté, il est acquitté pour la perte de son navire.