Für die frühe Geschichte gibt es die Theorie, dass sich an der Stelle des heutigen Archipels eine einzige, große Insel befand, der "Proto-Krakatau". Im Jahre 535 n. Chr. soll er explodiert sein. Dieser Ausbruch könnte zur Klimaanomalie 536–550 geführt haben. Spätestens seit diesem Ereignis gab es ein Archipel, bestehend aus den Inseln Sertung, Panjang und eine große, Krakatau genannte Insel mit den drei Vulkankegeln Perboewetan, Danan und Rakata. Der Vulkan schlief viele Jahrhunderte lang. Erst 1530 brach der kleinste der drei Kegel, der Perboewatan aus und vernichtete alles Leben auf der Insel. Wieder folgte eine lange Zeit der Ruhe und Urwald breitete sich auf der Insel aus. Die Bewohner glaubten schon, der Vulkan wäre endgültig erloschen.