19 maja generał Bonaparte na czele Armii Wschodu udał się do Egiptu. Dyrektoriat planował w ten sposób otworzyć drogę do Indii, które następnie zamierzano opanować. Bonaparte 11 czerwca zajął Maltę, a 2 lipca wylądował w Aleksandrii. Egipt formalnie należał do Imperium Osmańskiego, ale w rzeczywistości rządziła nim kasta mameluków. 10 lipca Francuzi pokonali mameluków pod El-Ramanyah, 21 lipca w bitwie pod piramidami, a już 24 lipca generał Bonaparte wkroczył do Kairu. Na podbój Górnego Egiptu wysłał generała Desaixa. 1 sierpnia 1798 roku admirał Horatio Nelson zniszczył flotę Republiki pod Abukirem. Bonaparte i jego armia nie mieli możliwości powrotu do Francji. 9 września Turcja wypowiedziała Francji wojnę.