Nachdem Brandenburg-Preußen zu Beginn des Dreißigjährigen Krieges auf Seiten der aufständischen Böhmen und der protestantischen Reichsstände gestanden hatte, bewirkte Schwarzenberg 1626 den Übergang auf die kaiserliche Seite, was aber nicht die ersehnte Erleichterung von den Kriegslasten brachte. In Zusammenarbeit mit Sachsen versuchte Brandenburg eine dritte Partei, die der Reichsverfassung, auf dem Leipziger Konvent zu bilden, die aber sofort wieder zerbrach, nachdem ein kaiserliches Heer Magdeburg zerstörte. Als das Heer Gustav Adolfs von Schweden nach der Landung auf Usedom auch Brandenburg besetzte, wechselte der Kurfürst gemeinsam mit Sachsen nochmals die Seiten. Im Prager Frieden von 1635 wechselte Brandenburg wiederum die Seiten, da sich das Kriegsglück mittlerweile wieder gegen die Schweden gewandt hatte. Dann wurde das Land abermals von den Schweden besetzt. Da die Mark in dieser Zeit abwechselnd von den kaiserlichen Truppen oder den Schweden beherrscht wurde, floh der Kurfürst zum Ende seiner Regierungszeit, unter Zurücklassung eines Statthalters, häufig in sein Herzogtum Preußen (u. a. von 1627 bis 1630) und in seine Rheinprovinzen. Durch die Flucht des Kurfürsten war die Kurmark jeder Willkür durch äußere Mächte preisgegeben.