Dopo la vittoria alla Battaglia di Hastings Guglielmo prese il trono come Guglielmo I d'Inghilterra e nel 1070 chiamò Thomas perché sostituisse Ealdred, Arcivescovo di York quale, appunto, arcivescovo di York. Venne nominato il 23 maggio e probabilmente consacrato il 25 dicembre. La sua elevazione era stata una scelta strana per Guglielmo giacché egli era uso a promuovere nobili o monaci normanni mentre era ancora Duca di Normandia, tale scelta però era più aderente agli usi inglesi che, prima della Conquista, erano soliti elevare nelle gerarchie uomini che erano stati nel seguito clericale regio, così com'era stato Thomas per Guglielmo. Poco dopo la sua elezione sorse una disputa con la sede arcivescovile di Canterbury che reclamava il primato quale sede di maggior importanza. L'arcivescovo Lanfranco di Canterbury chiese a Thomas di scrivere un giuramento nel quale prometteva solennemente obbedienza a lui e ad ogni futuro arcivescovo, Tommaso rifiutò e Lanfranco rifiutò di consacrarlo e d'altro canto Tommaso ribatté nuovamente che la richiesta di Lanfranco era inusuale giacché non era mai stata chiesto ai suoi predecessori un tale giuramento. Guglielmo, che voleva rendere chiare le linee d'autorità clericali perché fossero in accordo con quelle secolari appoggiò Lanfranco e alla fine Tommaso cedette giurando però in forma orale e senza mettere nulla per iscritto e nemmeno promettendo obbedienza ai futuri arcivescovi. Benché per ora vi fosse stato un accordo questi non furono che i primi suoni della lunga disputa che vide coinvolte le due sedi arcivescovili rispetto alla giurisdizione che la prima voleva avere sulla seconda.