Mutschmann est encore commissaire à la défense du Reich en 1939 et est donc en grande partie responsable de la mise en œuvre du programme d'euthanasie T4 en Saxe au centre de mise à mort de Pirna-Sonnenstein. Il dirige également le Volkssturm dans le Gau, où il envoie des milliers de garçons au front. Après les raids aériens sur Dresde en février 1945, le bureau du Gauleiter déménage au poste de commandement provisoire de Lockwitzgrund près de Dresde. En mars 1945, un nouveau adoint lui est affecté, l'ancien dirigeant de Gauredner et Saxon SA, Korvettenkäpitän Werner Vogelsang .