Simonenko ble valgt som det ukrainske kommunistiske partiets presidentkandidat til det ukrainske presidentvalg i 1999. Han gikk til andre valgomgang, der han tapte for Leonid Kutsjma. Ved presidentvalget i oktober 2004 fikk Simonenko 5 % av stemmene og ble slått ut i første valgomgang. Simonenko var kandidat til presidentvalget i Ukraina i 17. januar 2010, men fikk denne gang bare 3,6 % av stemmene.