Vooruitlopend op Eurojust ging op 1 maart 2001 Pro-Eurojust van start. De gebeurtenissen van 11 september 2001 hebben de blik van de organisatie op internationaal vlak ruimer gemaakt. In juni 2002 was de opzet van de huidige organisatie afgerond en in 2003 betrok het een tijdelijke locatie in Den Haag.