Het Europees kampioenschap voetbal 2000, georganiseerd in België en Nederland, was het volgende doel van McCarthy: de loting was niet ongunstig met Joegoslavië, Kroatië, Macedonië en Malta. De Ieren wonnen van de acht wedstrijden er vijf en verloren er twee. In Skopje werd in oktober 1999 de laatste kwalificatiewedstrijd gespeeld tegen het Macedonisch elftal. Binnen twintig minuten had Quinn Ierland op voorsprong gezet, waarmee het zich virtueel geplaatst had; Goran Stavrevski maakte in de blessuretijd een gelijkmaker, echter, waardoor Ierland terugviel naar de tweede plaats en (voor de derde keer op rij) doorstroomde naar de play-offs. In november speelde het elftal tweemaal tegen Turkije: thuis werd met 1–1 gelijkgespeeld, uit met 0–0, waardoor de Turken op basis van de regels rond uitdoelpunten kwalificatie afdwongen. Bij het tweede duel raakte McCarthy's meest ervaren man, Tony Cascarino, betrokken bij een gevecht direct na afloop van de wedstrijd; de FAI tekende protest aan bij de UEFA, maar zonder resultaat.