Agrippa liet de basilica bouwen ter ere van zijn overwinningen zee op Sextus Pompeius (Naulochus, 36 v.Chr.) en op Marcus Antonius (Actium, 31 v.Chr.). Agrippa wijdde het gebouw vervolgens aan Neptunus, de zeegod waar Sextus Pompeius beweerde van af te stammen.