W reprezentacji Egiptu Ali zadebiutował 14 listopada 1999 roku w wygranym 1:0 towarzyskim spotkaniu z Namibią. W 2000 roku rozegrał 3 spotkania w Pucharze Narodów Afryki: z Zambią (2:0), z Burkina Faso (4:2 i gol) oraz w ćwierćfinale z Tunezją (0:1). W 2004 roku podczas Pucharu Narodów Afryki był rezerwowym i nie rozegrał żadnego spotkania. Z kolei w 2006 roku był w kadrze Egiptu na Puchar Narodów Afryki 2006. Wywalczył z nim mistrzostwo Afryki, a jego dorobek na tym turnieju to 2 mecze: ćwierćfinał z Demokratyczną Republiką Konga (4:1) i finał z Wybrzeżem Kości Słoniowej (0:0, k. 4:2). Od 1999 do 2006 roku rozegrał w kadrze narodowej 42 mecze, w których strzelił 10 goli.