1792 fanden seine Fähigkeiten Verwendung im dritten Mysore-Krieg bei der Belagerung von Shrirangapattana, als Cornwallis ihn aufgrund seiner militärischen und Sprachkenntnisse als Verbindungsmann zwischen dem Nizam von Hyderabad und den Kompanietruppen einsetzte. Seit dieser Zeit stand Malcolm nicht der aktiven Truppe zur Verfügung, sondern war nur noch in Stäben und diplomatischen Missionen oder unter eigenem Kommando tätig. Zur Herstellung seiner Gesundheit kehrte er 1794 nach England zurück, wo er seine Eltern zum letzten Mal lebend antraf.