W reprezentacji Serbii Kežman zadebiutował 25 maja 2000 w wygranym 2:0 towarzyskim meczu z Chinami i jeszcze tym samym roku wziął udział w mistrzostwach Europy. Na turnieju tym Jugosłowianie zostali wyeliminowani w ćwierćfinale przez Holandię, z którą przegrali 1:6. Następnie Kežman był członkiem drużyny, która występowała już jako reprezentacja Serbii i Czarnogóry. W 2006 razem z nią wystąpił na mistrzostwach świata, na których podopieczni Iliji Petkovica odpadli już w rundzie grupowej. Łącznie dla zespołu narodowego Kežman rozegrał 49 meczów i strzelił 17 bramek.