בדצמבר 1991, מקסיקו הכירה בעצמאותה של אזרבייג 'ן לאחר התפרקות ברית המועצות. ב-14 בינואר 1992, שתי המדינות יצרו יחסים דיפלומטיים. בהתחלה, היחסים הדיפלומטיים בין שתי המדינות קוימו בשגרירויות הכבוד שלהם; מהשגרירות האזרית בוושינגטון די. סי., ארצות הברית, ומן את השגרירות המקסיקנית באנקרה, טורקיה. ב-2007, אזרבייג'ן פתחה שגרירות במקסיקו סיטי, ולאחר מכן פתחה גם כן מקסיקו שגרירות בבאקו ב-2014. ב-2011, הסנאט המקסיקני הכיר בטבח חוג'אלי.