Yohann Ploquin commence le handball à La Rochelle à l'Aunis Handball puis rejoint à 18 ans les Girondins de Bordeaux. Après 2 saisons sur les bords de la Gironde, il rejoint le Spacer's Toulouse où il évolue pendant dix saisons. En 2001, il y connait sa première sélection en équipe de France et participe à plusieurs compétitions internationales, notamment devenant champion d'Europe en 2006 et terminant à la du Championnat du monde 2007. En 2008, Ploquin et Toulouse n’arrivent pas à trouver un pu trouver un terrain d'entente et les deux parties se séparent.