У середині вересня 1939 року німці окупували Белз, але вже 26 вересня 1939 року відступили і передали місто Червоній армії, оскільки за пактом Ріббентропа-Молотова Закерзоння належало до радянської зони впливу. Однак Сталін обміняв Закерзоння на Литву і на початку жовтня СРСР передав Белз німцям, південніше міста проліг кордон. До літа 1941 року лівим (північним) берегом річки Солокії проходив кордон між гітлерівським Райхом та СРСР. Більшість євреїв покинули Белз до німецького вторгнення. Однак до травня 1942 року в Белзі ще налічувалося близько 1 540 євреїв, більшість з яких були біженці з інших містечок Польщі. 2 червня 1942 року близько 1 000 євреїв перевели до Грубешева, а звідти — в концентраційний табір Собібор. Решту 504 перевели до Грубешева у вересні того ж року, після того, як вони стали вже непотрібні для збору врожаю.