После того как железная дорога в результате Иранской операции оказалась под контролем британских войск, в 1943 году Шариф-Эмами был на некоторое время арестован по обвинению в связях с Германией. Он содержался под стражей вместе со многими другими членами иранской элиты. После окончания Второй мировой войны был назначен генеральным директором Агентства по орошению.