Το 1222, μετά από πρόσκληση του Αυτοκράτορα Ιωάννη Δούκα Βατάτζη, χειροτονήθηκε παρά τη θέλησή του Πατριάρχης στη Νίκαια της Βιθυνίας, όπου είχε μεταφερθεί η πρωτεύουσα της Αυτοκρατορίας. Ως Πατριάρχης, ο Γερμανός ανέπτυξε σημαντική δραστηριότητα σε θέματα που απασχολούσαν Εκκλησία και Πολιτεία εκείνα τα χρόνια της κατάληψης της Πόλης από τους Φράγκους και αποδείχθηκε πολύτιμος σύμμαχος του Βατάτζη. Διευθέτησε το ζήτημα της ρήξης μεταξύ των αρχιερέων της Εκκλησίας της Ηπείρου και του Οικουμενικού Πατριαρχείου, το οποίο είχε δημιουργηθεί λόγω των χειροτονιών και των τάσεων αυτονόμησης που είχε αναπτύξει ο αρχιεπίσκοπος Αχρίδος Δημήτριος Χωματηνός. Μετά την Μάχη της Κλοκοτνίτσας (1230), οι αρχιερείς της Ηπείρου άρχισαν να χάνουν έδαφος και το 1232 ο Γερμανός κατόρθωσε να επαναφέρει τις επαρχίες του Δεσποτάτου της Ηπείρου στη δικαιοδοσία του Πατριαρχείου, υποστηρίζοντας έτσι και τις αξιώσεις του Βατάτζη επί της κληρονομικής διαδοχής των Αυτοκρατόρων του Βυζαντίου. Το 1233 έστειλε στην Άρτα ως έξαρχο των Αγκύρας Χριστοφόρο και το 1238 περιόδευσε στην Ήπειρο.