In 1933 werd ze naar het missiehospitaal gestuurd dat haar congregatie voor de Belgische regering in Belgisch-Congo had bemand. In de zomer van 1939 keerde ze terug naar België omdat ze tuberculose had opgelopen, enkele jaren voor het begin van de Tweede Wereldoorlog en de daaropvolgende Duitse inval in België. Haar vader wordt kort daarna gedood, waardoor zuster Xaverine zo'n haat jegens de Duitsers ontwikkelt dat ze betrokken raakt bij het Belgische verzet. Ze krijgt het gevoel dat ze de dictaten van haar geloof niet kan gehoorzamen en vraagt de Heilige Stoel om dispensatie van haar religieuze geloften - een zeer zeldzaam verzoek in haar tijd. Uiteindelijk werd dit verzoek ingewilligd en verliet ze de congregatie op 16 augustus 1944 vanuit hun klooster in Ukkel.