Král Garcia II. uzavřel proti Portugalcům roku 1641 spojenectví s Holanďany, ale Bitva u Mbwily 29. října 1665 rozhodla o porážce Konžského království. Král (mwenekongo) Antonio v bitvě padl a říše se zmocnili Portugalci. Mezi domorodými vládci z klanů Kinlaza a Kimpanzu vypukl boj o moc, který trval až do roku 1716. Roku 1704 vypuklo proti Portugalcům a jejich chráněnci, mwenekongovi Pedrovi IV. povstání, do jehož čela se postavila Beatriz Kimpa Vita. Byla to kněžka synkretického kultu, čerpajícího z křesťanství i z tradičních afrických náboženství. Kimpa Vita tvrdila, že je posedlá svatým Antonínem, který ji přislíbil vítězství nad bílými otrokáři. Hlásala také, že Kristus byl Afričan. Podařilo se jí obsadit staré hlavní město São Salvador, ale roku 1706 byla poražena a popravena králem Pedrem, jehož podporovali Portugalci. Kongo se v následujících letech stalo málo významným a jen formálně nezávislým státečkem. V průběhu 18. a 19. stol. se "mwenekongové" stali loutkovými a nakonec pouze zcela formálními panovníky. V roce 1885 Berlínská konference rozdělila oblast mezi evropské mocnosti. V portugalském záboru na severu dnešní Angoly „vládl“ poslední "mwenekongo" až do roku 1914, přestože se jednalo o čistě formální titul. Definitivní zánik Konžské říše nastal roku 1914, kdy po porážce domorodého povstání Portugalci titul "mwenekongo" zrušili.