Yordan Santa Cruz dispute avec l'équipe de Cuba U-20 le championnat de la CONCACAF en 2013, tournoi où les Cubains se hissent à la quatrième place, ce qui leur permet de prendre part à la Coupe du monde des moins de 20 ans, organisée en Turquie la même année. Lors du mondial junior, il joue deux matchs, contre le Nigeria et le Portugal.