1818 kam das Gebiet des heutigen Distrikts Bagalkot als Ergebnis des Dritten Marathenkrieges unter britische Herrschaft. Es wurde als Teil des Distrikts Bijapur in die Provinz Bombay eingegliedert. Einige der Marathen-Königreiche blieben aber als nominell unabhängige Fürstenstaaten unter britischer Oberhoheit bestehen. Im Gebiet des heutigen Distrikts Bagalkot befanden sich die Fürstenstaaten Jamkhandi und Mudhol. Als nach der indischen Unabhängigkeit die Bundesstaaten durch den "States Reorganisation Act" nach den Sprachgrenzen neu formiert wurden, kam das Gebiet 1956 an den kannadasprachigen Bundesstaat Mysore (1973 umbenannt in Karnataka). Als eigenständiger Distrikt wurde der Distrikt Bagalkot 1997 aus dem Distrikt Bijapur gelöst.