La Haute-Navarre sera dès 1512 à jamais perdue pour les rois de Navarre. Lors de la conquête de la Navarre par les Castillans, ces derniers, exaspérés par la résistance des Bas-Navarrais, quittent ce territoire. La Basse-Navarre devient de fait le dernier territoire navarrais, dirigé par la maison d'Albret. Henri III de Bourbon, roi de Navarre, dont la mère Jeanne d'Albret était protestante, devient Henri IV, roi de « France et de Navarre », un seul souverain pour deux royaumes distincts.