Les événements de la fin du voient la ville changer de mains plusieurs fois en quelques décennies : la révolte de Nicéphore Bryenne contre Michel VII Doukas y est défaite par une flotte impériale ; les Turcs s’en emparent brièvement en 1080-1081, puis de nouveau en 1112. Geoffroi de Villehardouin décrit la ville en 1206 comme une forteresse ruinée que les croisés entreprennent de relever : au la presqu’île a cessé d’avoir un rôle stratégique au profit de , dont les fortifications sont en meilleur état, tandis que le site côtier d’Artakè (Erdek), sur un éperon rocheux barré à l’ouest de la ville, simple faubourg au , finit par supplanter, comme principal établissement à l’époque mésobyzantine, le centre antique de Cyzique, ruiné et devenu une réserve de pierres à bâtir.