В 2012 году Шамс Бадран опубликовал в газете «Аль-Масри аль-Яум» открытое письмо к «Братьям-мусульманам», в котором писал, что в юности разделял их убеждения и состоял в их организации и вовсе не является врагом исламского движения. В революциях «Арабской весны» он отмечал тенденцию повсеместного перехода власти от коррумпированных режимов, не заботившихся о широких слоях населения, к имевшим широкую поддержку низов исламским организациям, говорил о замене «демократии» на «народовластие», о том, что ислам остался последней надеждой для бедных. Бадран призывал «Братьев-мусульман» использовать их потенциал и дух ислама для подъёма благосостояния всего египетского народа и не бояться повышать ради этого налоги, приводя в пример Швецию. Он прогнозировал переход власти к исламским организациям сначала в Сирии и Иордании, затем в Северной Африке, Йемене и в странах Персидского залива. На это доктор Мохаммед Имад аль-Дин, один из лидеров Партии свободы и справедливости, заявил, что ассоциация «Братьев-мусульман» в прошлом не прибегала к насилию и не нуждается в советах Бадрана. А Ахмед Сейф аль-Ислам аль-Банна, сын Хасана аль-Банны, и вовсе обвинил Бадрана в том, что он косвенно подстрекал египтян к выступлениям против президента Мухаммеда Мурси. Шамс эд-Дин Бадран не стал продолжать полемику с новыми правителями страны и не отреагировал на их свержение в 2013 году.