در تاریخ ۶ اکتبر ۲۰۱۷ بایرن رسماً اعلام کرد که یوپ هاینکس را به عنوان جانشین آنچلوتی برگزیده است. سرانجام پس از مطرح شدن نام چندین مربی بزرگ، مدیران بایرن تصمیم گرفتند بار دیگر به یوپ هاینکس اعتماد کنند؛ کسی که فصل ۲۰۱۲–۱۳ بایرن را به همه جام‌های ممکن رساند و سه‌گانه‌ای تاریخی را برای این تیم به ثبت رساند. وی بعد از رسمی شدن انتقالش به بایرن مونیخ گفت: «این برای من بازگشت نیست بلکه حرکتی دوستانه محسوب می‌شود. به بایرن مونیخ بیش از حد مدیونم. رابطه‌ی من و بایرن مونیخ، رابطه عاشق و معشوق است.» هاینکس بازگشت بسیار موفقی به بایرن مونیخ داشت و موفق شد قهرمانی بوندسلیگا را بدست آورد اما در لیگ قهرمانان با حذف در مرحله نیمه نهایی، از راه‌یابی به فینال رقابت‌ها بازماندند.