Met die uitbreek van die Tweede Vryheidsoorlog (1899–1902) op 11 Oktober 1899, nadat hy reeds ’n welvarende regspraktyk opgebou het, is Beyers as gewone burger na die front opgeroep en het hy geveg in die vernaamste veldslae in Natal gedurende die eerste maande van die stryd. Nadat hy in Maart 1900 gekies is as assistent-veldkornet (die eerste rang bo gewone burger), het Beyers die aandag getrek van sy kommandant-generaal, genl. Louis Botha, nie alleen deur sy onverskrokkenheid en waagmoed te velde nie, veral in die veldslae by Donkerhoek of Diamond Hill (11 Junie 1900, naby Pretoria), Witpoort (16 Junie 1900) en Dalmanutha (21–27 Augustus 1900, naby Belfast), maar ook vanweë sy kragtige persoonlikheid en sy rondborstige en onverskrokke afkeer van onbevoegde offisiere. Ook het hy, hoewel net ’n assistent-veldkornet, die losbandige gees onder die burgers heftig gekritiseer, en was hy een van die eerstes wat op die herorganisasie van die krysmagte aangedring het.