Na de val van het West-Romeinse Rijk werd Massilia achtereenvolgens bezet door de Visigoten, Bourgondiërs en Franken. In de 7e en 8e eeuw had de stad veel te lijden van islamitische piraten. In de middeleeuwen heersten de hertogen van Bourgondië, het Heilige Roomse Rijk en de hertogen van Anjou. In 1480 kwam de stad definitief in Franse handen. In 1720 was er een grote pestuitbraak in Marseille en omgeving, de laatste van zijn soort in West-Europa. In de stad stierf de helft van de bevolking. In de 19e eeuw werd Marseille, zoals de stad toen genoemd werd, en de omliggende Provence een geliefd oord voor kunstenaars en intellectuelen. Het toerisme kwam op. De stad groeide flink, onder andere omdat ze de belangrijkste toegang was tot Frankrijks Noord-Afrikaanse koloniën.