Die Kirche hat alle kriegerischen Auseinandersetzungen überstanden. In der Schlacht bei Lübeck zu Beginn der Lübecker Franzosenzeit erhielt sie zwar 1806 den Treffer einer Haubitzgranate ins Gewölbe. Dieser Blindgänger zündete jedoch nicht. Eine Kanonenkugel im Mauerwerk beim Nordportal erinnert heute an diese Beinahekatastrophe. Beim Luftangriff auf Lübeck im März 1942 blieb die Kirche trotz schwerer Schäden in der näheren Umgebung (Wahmstraße und Krähenstraße) von größeren Schäden verschont – allerdings wurden durch die Druckwelle einer Luftmine alle Fenster und damit die Glasmalereien, auch die neueren von Curt Stoermer, zerstört. Insgesamt jedoch gibt sie ähnlich wie die Jakobikirche innen einen weitgehend von Kriegszerstörungen unbeeinträchtigten Gesamteindruck.