По почетку операције Барбароса, Шернерова јединица је била распоређена на положаје у Арктичком сектору на источном фронту. Главни задатак те јединице је био да задржи под контролом комплекс фабрике никла у близини реке Печенга. Када су Сојвети извршили офанзиву на северни део фронта, Шернерова јединица је учествовала у одбрани. Постоје информације да је Шернер лично учествовао у блиској борби против совјетских војника. Током тих борби 6. планинска дивизија је имала велике губитке.