Toisessa buurisodassa Blakeneyn vastuulla oli huhtikuusta 1899 tammikuuhun 1900 3. kuumailmapallo-osasto. Hän otti myös osaa operaatioihin Kapmaassa ja Oranjejoen siirtomaassa. Hänet ylennettiin kapteeniksi 1. heinäkuuta 1902.