Планування і керівництво початком Східно-Прусської операції здійснював особисто Сталін, Василевський в цей час був зайнятий в Прибалтиці. 18 лютого 1945 року прийшла звістка про загибель командувача 3-го Білоруського фронту Черняховського. У зв'язку з цим Сталін швидко прийняв рішення призначити Василевського командувачем 3-м Білоруським фронтом, а також ввести Василевського до складу Ставки Верховного Головнокомандування. На посаді командувача фронтом Василевський керував штурмом Кенігсберга.