在前1650年或前1628年、前1500年、前1450年（仍在争议），距离克里特岛约70公里的火山岛锡拉（Thera），圣托里尼火山群岛最大的岛屿喷发了。这可能是人类有记录的历史上最大的火山喷发（米诺斯火山爆发），超过1815年坦博拉火山喷发。这次喷发可以从降落到东克里特、埃及、爱琴海和东地中海的火山灰辨认出来。散发出的二氧化硫和尘云可能摧毁了数个人类定居点，引起了大气降温（火山冬天）和接连几年的坏收成。根據古氣象學家從格陵蘭的冰層包含的硫酸雨粒、以及北美洲樹木化石的年輪距離研究顯示，這段降溫期有可能長達十年。剧烈的喷发还导致了火山的坍塌，继而引起了巨大的海啸，将沿岸的居民点一扫而光。一些考古学家认为米诺斯人因此丧失了对宗教，对祭司影响自然的能力的信任，从而导致了文明的衰落。