В администрации кроме самого Комарова очень большое влияние имел его первый заместитель Юрий Бергер, которого нередко считали «настоящим» главой области, виновником многих скандалов и непопулярных решений. В мае 1996 года, накануне президентских и областных выборов, Евгений Комаров предпочёл отправить своего первого заместителя в отставку «по состоянию здоровья», были сменены и несколько глав местных администраций.