Сезон 2001 года был для клуба очень тяжёлым. В чемпионате дела складывались неудачно, по ходу сезона команду покинул Гаджиев, которого временно заменял Александр Маркаров, а завершал сезон украинский специалист Леонид Ткаченко. По ходу сезона случилась трагедия в матче с участием «Анжи». 18 августа махачкалинцы принимали ЦСКА, во втором тайме, на 75-й минуте, произошло роковое столкновение головами нападающего «Анжи» Будуна Будунова и вратаря ЦСКА Сергея Перхуна. Игрок дагестанской команды получил сотрясение мозга и выбыл до конца сезона, частично потеряв память. Вратарь армейцев с тяжёлой травмой головы был доставлен в республиканскую больницу, в последующем перевезён в Москву, где 28 августа, не приходя в сознание, скончался. в итоге команда заняла только 13-е место в чемпионате России.