Начавшаяся в 1999 году Вторая чеченская война, в отличие от первой, где канал занимал скорее антивоенную позицию, освещалась в эфире РТР уже только с официальной государственной точки зрения, с одобрением действий российской армии. В межвоенный период чеченские события на канале также подавались необъективно, в связи с чем в июле 1998 года вещание РТР на территории республики на некоторое время было приостановлено. При освещении парламентских и президентских выборов 1999—2000 годов канал поначалу пытался придерживаться более объективной линии, нежели на ОРТ, но постепенно в тоне подачи новостей стал переходить к открытой поддержке кандидатуры Путина.