Après les attentats du 13 novembre 2015 à Paris, il critique à plusieurs reprises les services de sécurité belges qu'il considère n'être pas au niveau. Dans une lettre d'excuses adressée à l'administrateur général de la Sûreté de l'état en Belgique, Jean-Francois Mouchel, chef de la DGSE, explique qu'Alain Chouet ne fait plus partie des services depuis quatorze années et n'a donc plus accès aux informations classifiées. Il ajoute que