Kaudet 2000–2003 eivät sujuneet suunnitelmien mukaan. Kaudella 2000 hän jatkoi Jordanilla, mutta tuloksena oli vain kaksi palkintosijoitusta ja vain 11 pistettä kauden lopuksi. Kesken kauden 2001 hän vaihtoi tallia Jordanista Prostiin. Prostilla Frentzen ajoi vain viisi kilpailua, eikä hän saavuttanut yhtään pistettä tallissa. Kauden päätteeksi oli tallinvaihto taas edessä. Tällä kertaa hän siirtyi Arrows-talliin. Kausi 2002 ei sujunut Arrowsilla kovinkaan hyvin. Hän ajoi kahdesti kuudenneksi, mutta talli meni kesken kauden konkurssiin. Frentzen siirtyi Sauber-talliin, jossa hän ajoi kauden 2002 toiseksi viimeisen kilpailun ja lisäksi kauden 2003. Kauden 2003 ainoa suurempi saavutus Frentzeniltä oli Yhdysvaltain GP:n kolmas sija. Kausi jäi Frentzenin F1-uran viimeiseksi.