Po przegranych przez konserwatystów wyborach 2001 r. Portillo wystartował w wyborach na lidera partii. Wygrał dwie pierwsze tury głosowania, ale podczas trzeciej tury zajął ostatnie, trzecie miejsce, przegrywając z drugim Iainem Duncanem Smithem różnicą jednego głosu. Kiedy Smith został nowym liderem, Portillo powrócił do tylnych ław parlamentu. W 2003 r. głosował za poparciem interwencji w Iraku. W 2005 r. zrezygnował ze startu w wyborach parlamentarnych. Obecnie jest członkiem Międzynarodowej Komisji ds. Osób Zaginionych w byłej Jugosławii.