Er entwickelte Methoden für Erdbeben-sicheres Bauen in Japan. Mutō war geprägt vom großen Erdbeben in Tokio vom September 1923, bei dem er zwar außerhalb der Stadt weilte, die katastrophalen Zerstörungen aber noch am selben Tag zu Gesicht bekam. Danach legte er den Schwerpunkt seines Studiums auf das Bauingenieurwesen. So entwickelte er eine einfache aber genaue Methode (D-Methode), das Verhalten von Rahmen unter seitlichen Lasten (mit vorgegebenen Verteilungsfunktionen entsprechend der Simulation von Erdbeben) zu berechnen. 1933 wurde die Methode vom japanischen Institut für Architektur als Standard übernommen und sie fand auch weite Verbreitung im Ausland. Später entwickelte er Testmethoden und Meßverfahren für Laborsimulationen der Wirkung von Erdbeben auf Gebäude. 1952 installierte er einen Beschleunigungsmesser für große Amplituden (SMAC) in einer Anlage für Großversuche und 1961 folgte ein spezieller Analogcomputer (SERAC). Das statisch-dynamische Verhalten des Bauwerks wurde im nichtlinearen elastisch-plastischen Bereich modelliert.