W reprezentacji Beninu Koukou zadebiutował w 2008 roku. W 2008 roku był rezerwowym zawodnikiem w Pucharze Narodów Afryki i nie rozegrał tam żadnego meczu. W 2010 roku w Pucharze Narodów Afryki 2010 grał w podstawowym składzie i wystąpił w 3 meczach: z Mozambikiem (2:2), Nigerią (0:1) i z Egiptem (0:2).