그럼에도 불구하고 1999년 5월에 삼프도리아는 세리에 A에서 강등당하여 2002년때까지 세리에 B에 있었다. 이기간에 삼프도리아는 이탈리아의 석유 사업가 리카르도 가로네에게 인수됐다. 가로네의 매우 중요했던 초기의 두 번의 선택은 클럽에 새로운 자본을 유입시킨것과 왈테르 노벨리노를 새 감독으로 임명한것이였다. 2003년에 팀의 승리 보증표 프란체스코 플라키의 활약으로 승격에 성공했고 승격후 첫 시즌을 8위로 마감했다. 세리에 A 2004-05시즌에는 시즌 막판 경기에서 우디네세 칼초에게 챔피언스 리그 진출권을 내줬고 5위로 시즌을 마쳤다. 이 다음해는 불행한 시작을 알렸다. 노벨리노는 한 시즌 더 연장 계약을 맺었고 그 시즌을 9위로 마쳤다. 당시 세리에 A에서는 8위권 팀 이후로는 UEFA 진출권을 주지 않았다. 그래서 삼프도리아는 결과적으로 인터토토컵에 참가했다. 노벨리노 감독은 삼프도리아와 작별하였고 왈테르 마차리가 재빨리 그의 빈 자리를 채웠다.