Подальший розвиток пресвітеріанства пов'язано з іменем Ендрю Мелвілла (1542—1622), який відстоював позицію повної незалежності церкви від держави та посилення автономії парафіяльних церков. Під його впливом було прийнято нову «"Книгу послуху"», у шотландській церкві були створені пресвітерії — спеціальні органи церковного самоврядування на рівні парафій, що включали пасторів, богословів і пресвітерів (авторитетні та благочестивих парафіян, що обирались довічно). Державу було відсторонено від участі у призначенні духовенства. Боротьба між адептами «чистого пресвітеріанства» і прихильниками збереження єпископального устрою велась протягом кінця XVI—першої половини XVII століть і завершилась лише після Англійської революції ліквідацією єпископату. "«Вестмінстерська сповідь»", прийнята 1647 року, зафіксувала основні догмати пресвітеріанства. Після Славної революції 1688 року Акт про віротерпимість (1690) утвердив пресвітеріанство як державну релігію Шотландії.