שרלוט בונה (בצרפתית: Charlotte Bonnet; נולדה ב-14 בפברואר 1995) היא שחיינית צרפתייה, בעלת מדליית ארד אולימפית (לודון 2012) ומדליית ארד מאליפות העולם (ברצלונה 2013) במשחה שליחות 4x200 חופשי ואלופת אירופה (קופנהגן 2017 וגלאזגו 2018) במשחה ל-200 מטר חופשי.