Am 14. Oktober 2019 wurde er von der spanischen Justiz wegen „Aufruhr“ und Veruntreuung öffentlicher Mittel im Rahmen der Strafverfahren infolge der Katalonien-Krise zu 13 Jahren Haft verurteilt. Der Europäische Gerichtshof urteilte im Dezember 2019, dass Junqueras freigelassen werden solle, da er schon mit der Wahl zum Abgeordneten des Europäischen Parlaments über parlamentarische Immunität verfüge, nicht erst ab Amtsantritt.