Obwohl die Pinckneys ursprünglich geplant hatten, in England zu bleiben, bis ihre Söhne die Schule beendet hatten, mussten sie ihre Pläne ändern, als der Siebenjährige Krieg in Nordamerika ausbrach. Im Mai 1758 kehrten Pinckney, Eliza und Harriot nach South Carolina zurück, während ihre Söhne weiterhin in England zur Schule gingen. Trotz ihrer Loyalität zu England war Eliza empört zu sehen, wie wenig das Mutterland seine Kolonien in Kriegszeiten schützte. Sie und ihr Mann planten ihre Landgüter zu verkaufen und ihr Geld in einem sichereren Land anzulegen. Nur kurze Zeit später infizierte sich Pinckney mit Malaria und starb am 12. Juli. Trotz der Erschütterung über den Tod ihres Mannes nach vierzehn Jahren Ehe und dem Schmerz über die Trennung von ihren Söhnen nahm Eliza ihre Arbeit auf den Plantagen wieder auf, die in ihrer Abwesenheit schlecht bewirtschaftet worden waren. Zusätzlich leitete sie ein kleines Krankenhaus, als während des Krieges die Pocken ausbrachen und verlor laut eigenen Angaben nur einen von fünfzehn Patienten.