Netanya on nimetty amerikanjuutalaisen filantropi Nathan Strauksen mukaan. Kaupungin perustivat vuonna 1929 40 siirtolaista alueelle, jolla ei aikaisemmin sijainnut juutalaisia asutuskeskuksia. Kaupungin sijainti Tel Avivin ja Haifan välissä mahdollisti nopean talouskasvun ja kaupunki levisi ympäröivälle maaseudulle. Vuonna 1948 kaupungissa oli noin 8 500 asukasta ja vuonna 1968 jo 60 100. Islamilainen jihad -järjestö teki kaupungissa 22. tammikuuta 1995 pommi-iskun, jossa kuoli 18 ihmistä ja loukkaantui 50. Toisen intifadan aikana kaupungissa tehtiin useita iskuja, joista suurin oli itsemurhaisku Park Hotellilla, jossa kuoli 22 henkilöä ja haavoittui 140.