Die Burg entwickelte sich aus der Burg Knipens, deren Standort auf der Wurt „Mönkeberger Busch“ vermutet wird. Diese wurde 1433 der Häuptling Lubbe Onneken erheiratete und um 1438 zu seinem festen Sitz mit Steinhaus und Wassergraben ausbauen ließ. Nach seinem Tod 1477 erbte zunächst Iko und dann sein Vetter Fulf von Inhausen die Herrschaft einschließlich der Burg. In der Sächsischen Fehde wurde die Burg 1514 zerstört. Der Wiederaufbau als Schlossanlage wurde erst 1546 durch Fulfs Sohn Tido vollendet. Das Schloss bestand aus einem großen Vorburgring und der „Neuen Burg“, einem annähernd quadratischen, vierflügeligen Gebäudekomplex mit angesetztem, siebeneckigen Turm im Nordosten. Tido verlor die Burg im Folgejahr als Parteigänger des Schmalkaldischen Bunds, durfte sie aber zurückkaufen. Das daraufhin von Fräulein Maria von Jever angestrengte Gerichtsverfahren zog sich bis 1623 mit dem Ergebnis hin, dass das Schloss an ihren Rechtsnachfolger Graf Anton Günther von Oldenburg übergeben wurde. 1666/1667 wurde die Anlage zu einer modernen Festung von 350 × 300 m Größe mit vier Eckbastionen ausgebaut. Nach Anton Günthers Tod ging das Schloss über seinen unehelichen Sohn Anton I. von Aldenburg an das Haus Aldenburg-Bentinck. 1703/05 wurde das „alte Steinhaus“ auf dem alten Burgareal abgebrochen. Das Schlossgebäude wurde 1708 durch einen Brand zerstört und nicht wieder aufgebaut. 1744 wurde das Areal der Hauptburg eingeebnet und der innere Graben verfüllt. Das heutige Schloss Kniphausen entstand durch den Umbau des Marstalls in der Vorburg. Als Folge der napoleonischen Besetzung erlangte die Grafschaft Oldenburg die Herrschaft über Kniphausen. Zwischen 1832 und 1834 wurde die baufällige Burgmauer abgebrochen. 1862 erwarb Edzard von Knyphausen den Stammsitz seiner Vorfahren zurück.