Tijdens de Slag bij Aspern-Eßling raakte hij door een kanonskogel gewond. Hierdoor verbrijzelde een van zijn knieschijven. Hierop werd een van de benen van Lannes geamputeerd en later ook zijn andere been. Hij stierf uiteindelijk op 31 mei aan zijn verwondingen. Zijn lichaam werd aanvankelijk ter ruste gelegd in de Hôtel des Invalides, maar een jaar later werd zijn lichaam overgebracht naar een tombe in het Panthéon in Parijs. Er is in Parijs ook een boulevard naar hem genoemd.