Haziran-Ağustos 1920'de Rusya Komünist Partisi (Bolşevik)'ne katılmasıyla Eylül 1920'de Buhara Sovyet Halk Cumhuriyeti'nin başına getirildi. Bu dönemde Basmacı Ayaklanması lideri Enver Paşa tarafından suikastten kurtuldu. Sovyet Orta Asyası'nın tekrar şekillenmesi üzerine Hocayev, yeni oluşturulan Özbekistan Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'ne girdi ve 1923-1924 arasında Özbek milliyetçilerinin temizlenmesinden sonra 5 Kasım 1924 tarihinde Özbek SSC'nin Devrimci Komitesi'nin başkanı oldu. 17 Ocak 1925 tarihinde Halk Komiserliği Konseyi'nin başkanı oldu. 21 Mayıs 1925 tarihinde Özbekistan SSC Merkezi Yürütme Komitesi başkanı oldu ve Özbekistan SSC, resmen SSCB'nin federal bir parçası haline geldi.