El govern civil continuà des de 1972 a 1977 sota Zulfikar Ali Bhutto, fins que fou deposat pel general Muhammad Zia-ul-Haq, que es convertí en el tercer president militar del país. Les obsoletes polítiques seculars del Pakistan es canviaren pel nou codi legal islàmic, la xaria, que augmentava les influències religioses sobre la societat civil i els militars. Amb la mort de Zia-ul-Haq el 1988, Benazir Bhutto, filla de Zulfikar Ali Bhutto, va ser elegida com a primera ministra, i fou la primera dona (i fins ara l'única) a ocupar aquest càrrec. Durant la dècada següent, alternà el poder amb Nawaz Sharif, mentre la situació política i econòmica del país empitjorava. Les tensions militars en el conflicte de Kargil amb l'Índia foren seguides pel cop d'estat de 1999, en el qual el general Pervez Musharraf assumí els poders executius.