Vào ngày 2 tháng 7, "Stockton" tham gia cùng lực lượng tấn công ngoài khơi Noemfoor, hoạt động trong cả vai trò bảo vệ lẫn hỗ trợ hỏa lực cho cuộc đổ bộ. Sau một tháng làm nhiệm vụ hộ tống và huấn luyện dọc theo bờ biển phía Bắc New Guinea, nó rời khu vực này vào ngày 22 tháng 8 để gia nhập Đệ Tam hạm đội cho cuộc tấn công lên quần đảo Palau. Nó hộ tống các tàu vận tải khi chúng tiếp cận Peleliu vào ngày 15 tháng 9, và tiếp tục bảo vệ chúng trong suốt cuộc đổ bộ cho đến khi lên đường quay trở về nhà vào ngày 14 tháng 10.