1329 entstand ungefähr an der Stelle des heutigen Turms die kleine Kirche des Heiligen Johannes Klimakos (auf Russisch "Iwan (Lestwitschnik)", daher die spätere Bezeichnung des Glockenturms und auch des Iwanplatzes, auf dem die Kirche stand). Sie existierte bis zum Anfang des 16. Jahrhunderts, als sie, inzwischen baufällig, abgetragen wurde. Gleichzeitig ließ Großfürst Iwan III., unter dem der Kreml zu großen Teilen seine heutige Gestalt erhielt, den Glockenturm in den Jahren 1505–1508 von einem unbekannten italienischen Architekten bauen. Nach Fertigstellung wurde in dessen Basisteil der Altar der alten Johannes-Kirche (heute entwidmet) untergebracht. Anfangs nur etwa 60 Meter hoch, erhielt der Turm seine heutige Gestalt im Jahr 1600, als der oberste der drei Ränge auf Anweisung von Zar Boris Godunow auf die heutige Höhe aufgestockt wurde. Auch die beiden an den Turm nördlich anliegenden Bauten entstanden nachträglich: Das ebenfalls von einem Zwiebelturm gekrönte "Uspenski-Glockengestühl" wurde 1531–1543 anfangs als Kirche erbaut, und der angrenzende "Philaret-Anbau" mit seinem originellen gotisch ornamentierten Zeltdach stammt ursprünglich aus dem Jahr 1624. Beide Anbauten wurden im Krieg gegen Napoléon von 1812 vollständig zerstört und noch in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts weitgehend originalgetreu wiederhergestellt.