В 2003 году Мурильо принял участие в Кубке Конфедераций. На турнире он сыграл во встречах против сборной Новой Зеландии и Камеруна. Колумбийцы заняли четвёртое место. В том же году Элькин участвовал в розыгрыше Золотого кубка КОНКАКАФ. На турнире он принял участие в одной встрече против сборной Бразилии.