Während des englischen Bürgerkriegs war Burke Unterstützer von Karl I. und stand damit im Widerspruch zu Oliver Cromwell. Dieser Konflikt führte 1645 zur Beschlagnahmung von Somerhill House durch das Parlament. Er kämpfte an der Seite von James Butler, 1. Duke of Ormonde in den Jahren der irischen Konföderationskriege und war Kommandant der siegreichen royalistischen Truppen in der Schlacht von Tecroghan. 1646 wurde ihm der irische Titel "Marquess of Clanricarde" verliehen.