Перейшовши з ЮНА, де він дослужився до чину майора і посади начальника артилерії бригади, дислокованої у м. Кнін, Атіф Дудакович стає спершу начальником штабу ТО муніципалітету Біхач, а згодом командувачем Другої боснійсько-хорватської піхотної бригади. Пізніше був підвищений до командувача П'ятого корпусу Армії Республіки Боснії і Герцеговини під час Боснійської війни. Підрозділи під його командуванням зняли блокаду з Біхача, завдали поразки підрозділам Народної оборони Західної Боснії під командуванням Фікрета Абдича і розбили частини війська Республіки Сербської у районі Боснійської Країни. Після війни був командувачем Спільного командування Армії Федерації Боснії і Герцеговини. Після звинувачення спочатку сербських, а потім і хорватських ЗМІ у тому, що він, ще бувши офіцером ЮНА, протягом війни у Хорватії та воєнних дій на території БіГ начебто віддавав накази палити села, Атіф Дудакович спростував згадані звинувачення, заявивши, що боснійці стали «розмінною монетою» у сербсько-хорватських відносинах і що самосуд у ЗМІ є продовженням сербської і хорватської агресії супроти Боснії і Герцеговини.