Il est transféré dans l'armée de la James et prend le commandement d'une division de renforts envoyés par le département de Virginie-Occidentale, affecté au XXIVe corps. Il est promu de brigadier général en et breveté major-général pour son service à la bataille de fort Gregg le . Ses troupes sont parmi celles qui sont directement responsables d'avoir coupé la ligne de retraite de Robert E. Lee à Appomattox Court House. À la suite de la reddition confédérée à Appomattox, Harris sert dans la commission militaire qui juge conspirateurs contre Lincoln. Après le procès, le général Harris écrit deux livres sur les preuves et les procédures du procès : "Assassination of Lincoln: A History of the Great Conspiracy, Trial of the Conspirators by a Military Commission, and a Review of the Trial of John H. Surratt", 1892; et plus tard "Rome's Responsibility for the Assassination of Abraham Lincoln", 1897.