Las islas luego pasaron a dominio ptolemaico. Durante la Guerra de Cremónides, se establecieron guarniciones de mercenarios en algunas islas, entre ellas las de Santorini, Andros y Ceos. Pero, derrotados en la Batalla de Andros, en algún momento entre 258 y 245 a. C., los Ptolomeos las cedieron a la Macedonia gobernada por Antígono II Gónatas. Sin embargo, debido a la revuelta de Alejandro, hijo del historiador Crátero, los macedonios no fueron capaces de ejercer el control completo sobre el archipiélago, que entró en un período de inestabilidad. Antígono III Dosón puso las islas bajo control macedónico cuando atacó Caria o cuando destruyó las fuerzas espartanas en Selasia en 222 a. C. Demetrio de Faros asoló el archipiélago y fue expulsado del archipiélago por los rodios.