Τον Οκτώβριο του 1912 ζήτησε να καταταγεί σαν εθελοντής στρατιώτης στον ελληνικό στρατό, ώστε να πολεμήσει στον Βαλκανικό Πόλεμο. Έφυγε κρυφά από την Κύπρο καθώς ήταν σίγουρος ότι η οικογένεια του θα προσπαθούσε να τον αποτρέψει. Παρόλο που ακόμη και ο Ελευθέριος Βενιζέλος, με τον οποίο συναντήθηκαν στην Αθήνα για να του ζητήσει να τον στείλει σε μάχιμη μονάδα, προσπάθησε να τον πείσει να μείνει σε στρατιωτική υπηρεσία στην Αθήνα, ο Χριστόδουλος Σώζος αρνήθηκε και απαίτησε να πολεμήσει. Μάλιστα, πριν αναχωρήσει για τον πόλεμο, χαιρέτησε ξανά τον Ελευθέριο Βενιζέλο στο υπουργείο του. Ήταν στρατιώτης του Α΄ Πεζικού Συντάγματος και πολέμησε στη Θεσσαλία, στη Μακεδονία και στην Ήπειρο.