Avec les U20, il prend part à la Coupe du monde de football des moins de 20 ans 2003 qui a lieu aux Emirats Arabes Unis. Classé deuxième du Groupe F derrière les Etats-Unis, le Paraguay atteint les huitièmes de finale de la compétition notamment grâce à sa solidité défensive (Silva garde ses cages inviolées face aux sud-coréens et aux allemands). Néanmoins, cela ne suffira pas face à l'Espagne, future finaliste de la compétition, qui élimine l"'Albiroja" sur le score de 0-1 grâce à un but signé de la Fuente, juste après l'heure de jeu.