В 1917 году военные действия на Кавказском театре военных действий носили вялотекущий характер, а войска фронта под действием большевистской революционной пропаганды стремительно теряли боеспособность и дисциплинированность. В конечном итоге, большевикам удалось развалить Кавказский фронт. В соответствии с приказом главнокомандующего Кавказским фронтом генерала М. А. Пржевальского от 26.12.1917 г., Назарбеков был назначен командующим отдельным Армянским армейским корпусом. После образования Республики Армении Фома Назарбеков продолжал службу в армии, не состоял ни в одной партии и прилагал огромные усилия по созданию регулярной армянской армии. В 1918—1920 годах — главнокомандующий войсками страны. В 1918 году в Кара-Килисском, Баш-Абаранском и Сардарапатском сражениях армянские войска нанесли сокрушительное поражение турецким оккупантам и остановили продвижение противника вглубь Первой Республики, хотя к этому времени турки захватили большую её часть — часть Западной Армении. В победоносной Ванадзорской битве Назарбеков лично командовал войсками.