El 7 de abril de 2008, se anunció que Čech se sometería a una cirugía de emergencia en su barbilla y labios luego de un choque accidental con Tal Ben Haim durante el entrenamiento. Čech recibió 50 puntadas en su boca y barbilla y terminó perdiéndose 22 partidos en total debido a lesiones. Regresó a las canchas el 14 de abril, en un encuentro como local ante el Wigan Athletic, en donde el Chelsea empató a un gol. Čech también estuvo presente en la final de la Liga de Campeones ante el Manchester United, en donde el Chelsea fue derrotado en penales.