En 1808, le roi danois Christian VII meurt d'un anévrisme cérébral au château de Rendsburg ; immédiatement après, Frédéric VI y est proclamé son successeur. Pendant les guerres napoleoniennes, en 1813/1814, la ville a été assiégée par des troupes suédoises et russes. En amont de la révolution de Mars, elle devint l'un des centres de la première guerre de Schleswig qui aurait duré jusqu'en 1851. Durant la guerre des Duchés (également appelée seconde guerre de Schleswig) qui oppose le Danemark au royaume de Prusse et l'empire d'Autriche en 1864, Rendsburg est finalement conquis par la coalition prusso-autrichienne et, après la guerre allemande de 1866, annexé à la province du Schleswig-Holstein.