Em detrimento do acordo de cessar-fogo, os combates no país se intensificaram em maio e no dia 25 desse mês mais de 100 pessoas foram executadas no "Massacre de Houla", perpetrado durante uma ofensiva militar do governo sírio. Segundo a ONU, a maior parte das vítimas eram civis que teriam sido sumariamente executado pelas forças de Bashar al-Assad. Estes eventos acabaram por colocar a já tensa paz em risco. Rupert Colville, porta-voz do Alto Comissariado das Nações Unidas para os Direitos Humanos, disse que acredita "que menos de 20 dos 108 assassinatos podem ter sido provocados por disparos de artilharia e tanques. A maioria das vítimas foram executadas de forma sumária em dois incidentes diferentes que foram executados, segundo os moradores, por milicianos favoráveis ao regime". O governo, por sua vez, negou responsabilidade e culpou "grupos terroristas" pelo incidente. Em 29 de maio, Kofi Annan viajou até à Síria para apelar a ambos os lados e evitar o rompimento total do cessar-fogo.