Nel 2007 è implicato nella vicenda di spionaggio che coinvolge Ferrari e McLaren; quest'ultima, per tale motivo, si vede annullare il punteggio ottenuto nel mondiale costruttori di quell'anno. Il tecnico viene accusato di aver versato un integratore nel serbatoio della F2007 di Kimi Räikkönen al Gran Premio di Monaco per provocare il grippaggio del motore, oltre all'aver passato i progetti della monoposto di Maranello a Mike Coughlan, capo progettista del team di Woking; quest'ultimo era stato scoperto da un negoziante britannico, al quale era stato chiesto di fotocopiare la documentazione rubata. Dopo la condanna, nonché una breve interdizione dall'ambiente della F1, nel 2010 Stepney inizia a collaborare con la squadra JRM Racing attiva nella categoria LMP1.