Шестилетнее пребывание архимандрита Порфирия в Иерусалиме во главе первой Русской духовной миссии оборвала начавшаяся в октябре 1853 года русско-турецкая война: 8 мая 1854 года он выехал из Иерусалима. Вывез с Ближнего Востока в Россию обширную коллекцию древних книг и рукописей, в том числе так называемое Евангелие Успенского, Порфирианский кодекс, Кодекс 080, а также несколько икон доиконоборческой эпохи из Синайского монастыря Святой Екатерины, которые завещал церковно-археологическому кабинету Киевской духовной академии (с 1940 года иконы находятся в собрании Киевского музея западного и восточного искусства имени Богдана и Варвары Ханенко).