W reprezentacji Peru Mendoza zadebiutował w 1999 roku. W swojej karierze brał udział w nieudanych dla Peru eliminacjach do MŚ 2002 oraz MŚ 2006. W swojej karierze jak dotąd dwa razy wystąpił w turnieju o mistrzostwo Ameryki Południowej. Pierwszym z nich był to turniej Copa América 1999. Wystąpił tam jednak tylko w jednym grupowym meczu,a Peru odpadło już w ćwierćfinale. Natomiast w 2004 roku wystąpił w Copa América 2004, ale tam był już podstawowym zawodnikiem drużyny, nie zdobył jednak gola i ponownie z drużyną narodową odpadł już w ćwierćfinale.