В составе сборной России Роман Яковлев беспрерывно выступал до 2002 года, выиграл бронзу на чемпионате Европы-2001 в Остраве, а в 2002 году стал победителем Мировой лиги и серебряным призёром чемпионата мира. В 2003 году привлекался в сборную для участия на европейском первенстве в Германии, где она заняла третье место.