Fergana byla založena v roce 1876 jako posádkové město Ruského impéria a koloniální přívěsek městu Margilan, vzdálenému 22 km na severozápad, které podle legendy založil již Alexandr Veliký. Původně byla pojmenována Nový Margilan. V roce 1907 bylo město na počest prvního ruského vojenského guvernéra Ferganské kotliny generála Michaila Skobeljeva přejmenováno na Skobeljev. V roce 1924, když bolševici opětovně dobyli oblast, kterou dosud drželi vzbouření basmači, byl Skobeljev přejmenován podle provincie, jejímž byl střediskem, na Ferganu.