Gibraltarinlahtea on käytetty kauppaliikenteessä jo ainakin 3 000 vuoden ajan. Foinikialaisilla oli todennäköisesti asutuskeskus Gibraltarin lähellä, ja roomalaiset perustivat Portus Alban kaupungin nykyisen Algecirasin paikalle. Myöhemmin maurit ja espanjalaiset perustivat lahden rannoille asutuskeskuksia, kuten vahvasti linnoitetun Gibraltarin, joka siirtyi 1704 Englannille. Lahdella on käyty sen historian aikana monia meritaisteluita, joista merkittävimmät ovat olleet vuoden 1607 Gibraltarin taistelu ja vuoden 1801 Algecirasin taistelu. Toisen maailmansodan aikana italialaiset pyrkivät upottamaan Algecirasilta ammutuilla sukellustorpedoilla brittiläisiä sotalaivoja, jotka olivat ankkuroituneena Gibraltarin satamaan.