У другій половині сезону 1997/98 Хаві поповнив склад «Алавеса», проте форвард далеко не відразу пробився в основний склад. Після вдалого виступу за «Нумансію» на правах оренди, Хаві протягом двох сезонів був основним нападником і одним з лідерів команди, яка виступала у Ла Лізі. У сезоні 2000/01 він у складі «Алавеса» дістався до фіналу кубка УЄФА і забив в ньому два голи, але його клуб все-таки поступився «Ліверпулю» з рахунком 5:4. Цей сезон був найкращим у кар'єрі форварда — у 42 матчах в усіх турнірах Морено забив 28 голів.