Во время Реконструкции в окрестностях города начали прокладывать железнодорожные пути. Сотрудник железнодорожной компании Пит Бойль назвал новую станцию близ "Хилсборо" именем своей возлюбленной — "Хелена". Через некоторое время этим именем стал называться весь город (city). Первым мэром "Хелены" стал железнодорожный агент М. Уильямс. На рубеже XIX—XX веков в городе был восстановлен сталелитейный завод, построены хлопковая фабрика, и несколько угольных шахт. В 1895 году значительная часть Хелены была уничтожена пожаром.