В сезоне 2002/03 «Милан» под руководством ещё одного бывшего полузащитника клуба Карло Анчелотти в шестой раз стал победителем Лиги чемпионов победив в финале «Ювентус». В сезоне 2004/2005 «Милан» вышел в Стамбульский финал Лиги чемпионов, где в легендарном матче против «Ливерпуля», ведя 3:0, в итоге позволил английскому клубу сравнять счёт и проиграл в серии пенальти. Реванш удалось взять два года спустя в Афинах. Успех команды строился не только на высококлассном звёздном составе и тренерской работе, но и на деятельности бельгийского врача Жан-Пьера Меерсемана — сторонника гомеопатии, сотрудничавшего с клубом с 1998 года и являвшегося его главным врачом с 2002 по 2012 годы — работу обеспечивала созданная Меерсеманом лаборатория «MilanLab».