ב-14 השנים מאז סיים את לימודי הרפואה, שימש פרנקופף כמורה לאנטומיה באוניברסיטת וינה, והתקדם במהירות בסולם האקדמי. הוא מונה לפרופסור בשנת 1926 באוניברסיטת וינה, והחל לנהל את המחלקה השנייה לאנטומיה שם ב-1933, אז גם החל לעבוד באינטנסיביות על הכנת אטלס אנטומי יחד עם צוות מאיירים. מ-1938 (מספר שבועות לאחר סיפוח אוסטריה לגרמניה הנאצית) שימש כדיקן בית הספר לרפואה, ומאוחר יותר (1943-1945) כנשיא האוניברסיטה.