En 2016, Mikhail Goikhberg a fait équipe avec Stephen Simpson en tant que coéquipier. Conduisant à nouveau pour l'écurie JDC Miller Motorsports dans la catégorie Prototype Challenge du WeatherTech Sportscar Championship, le tandem remporta deux victoires, dont les 24 Heures de Daytona et le Grand Prix de Long Beach. Il termina la saison en position du classement des pilotes.