17 красавіка 1944 года 61-я армія была падпарадкавана 1-му Беларускаму фронту і пачала падрыхтоўку да аперацыі «Баграціён». У ліпені-жніўні 1944 года С. А. Панамароў удзельнічаў у Люблін-Брэсцкай аперацыі, вызваляў гарады Столін і Пінск. У канцы ліпеня 1944 года 61-я армія была выведзена ў рэзерв Стаўкі Вярхоўнага Галоўнакамандавання і 13 верасня ўключылася ў ў складзе 3-га Прыбалтыйскага фронту. З 17 кастрычніка 1944 года армія дзейнічала на 1-м Прыбалтыйскім фронце і ўдзельнічала ў блакадзе групы армій «Поўнач» на Курляндском паўвостраве. 25 снежня 1944 года яна зноў вярнулася на 1-ы Беларускі фронт і была ўведзена на .