Als Norwegen am 9. April 1940 von der Wehrmacht besetzt wurde, befand sich das Schiff für seine jährliche Wartung in der Werft in Trondheim. Während des Kriegs war Tromsø der nördlichste Hurtigruten-Anlaufpunkt. Die Provinz Finnmark konnte nur noch per Kutter erreicht werden. Am 9. Dezember 1941 wurde die "Kong Harald" im Rahmen der Operasjon Anklet (englisch Operation Kitbag), einem von britischen Kommandos durchgeführten Luftangriff auf Florø, bei Lødingen von britischen Kriegsschiffen aufgebracht. Eine Prisenmannschaft kam an Bord der "Kong Harald" und wollte diese nach Großbritannien bringen. Da das Schiff aber nicht ausreichend Kohle für eine so lange Überfahrt geladen hatte, blieb es in Norwegen.