לפפלוגלר 277 הופעות בקבוצה הבכירה של באיירן מינכן, ו-36 שערים, על אף תפקודו כשחקן הגנה. פפלוגלר שיחק בגמר גביע אירופה לאלופות 1987, בו הפסידה באיירן מינכן לפורטו.