Po zakończeniu wojny, w 1945 powrócił do Pragi i został zatwierdzony na zajmowanym dotychczas stanowisku przez Zgromadzenie Narodowe. 19 czerwca 1946 został ponownie wybrany na stanowisko prezydenta Republiki. Na mocy jego dekretów pozbawiono obywatelstwa i mienia Niemców oraz Węgrów wysiedlanych z Czechosłowacji. Po zamachu stanu w lutym 1948 zaakceptował nowy skład rządu, przedstawiony przez Klementa Gottwalda. W maju 1948 nie podpisał nowej konstytucji, 7 czerwca zaś złożył urząd i wycofał z życia publicznego.