Am 16. September 1963 wurde eine neue Föderation unter dem Namen "Malaysia" gegründet, welche die Föderation Malaya, die britische Kronkolonie Singapur sowie die Protektorate Nordborneo (heute Sabah) und Sarawak umfasste. Die frühen Jahre waren durch territoriale Ansprüche der Nachbarn bestimmt, insbesondere durch die von Indonesien veranlasste Konfrontasi, durch das Ausscheiden Singapurs aus der Föderation im Jahre 1965 sowie durch den Nordborneo-Disput, in dem die Philippinen den Anspruch auf Sabah geltend machen wollen.