1938年（昭和13年）11月海軍少将、海軍兵学校教頭兼監事長。1941年（昭和16年）8月、重巡洋艦「利根」、「筑摩」からなる第8戦隊司令官。第8戦隊は真珠湾攻撃、ミッドウェー海戦に参加した。1942年（昭和17年）7月、戦艦「比叡」、「霧島」からなる第11戦隊司令官。第二次ソロモン海戦において、機動部隊の前衛部隊指揮官を務めたが、夜戦に備えて前進命令が出たにも関わらず命令に従わずに督戦され、また南太平洋海戦でも敵から遠ざかる避退行動を続けて督戦命令を受けるなど、消極的な指揮が問題となった。1942年（昭和17年）11月1日海軍中将に昇進し、1942年11月12日～15日にソロモン海で行われた第三次ソロモン海戦において第11戦隊を中心とする挺身攻撃隊を率いたが、指揮下の戦艦2隻を喪失し、責任を問われる形で予備役に編入された。航空母艦「信濃」の艦長でもある阿部俊雄少将は弟にあたる。