Op 25 december 2005 raakte bekend dat Toppmöller de nieuwe bondscoach werd van Georgië. Hij volgde er de Fransman Alain Giresse op, die Georgië niet had kunnen plaatsen voor het WK 2006. Toppmöller had even weinig succes voor het EK 2008: in een kwalificatiegroep met Faeröer, Frankrijk, Italië, Litouwen, Oekraïne en Schotland eindigde Georgië voorlaatste met slechts tien punten uit twaalf wedstrijden. Op 2 april 2008 kwam er een einde aan de samenwerking.