La , adoptada durante las Guerras Napoleónicas, y la Guerra anglo-estadounidense de 1812 redujeron sensiblemente la actividad portuaria de Boston. Aunque la actividad comercial internacional en el puerto volvió tras el fin de aquellos conflictos, los comerciantes ya habían encontrado otras alternativas para sus inversiones de capital. La industria manufacturera fue un componente esencial de la economía de la ciudad y, a mediados de los años 1800, este sector industrial alcanzó al comercio internacional en cuanto a importancia económica. Hasta comienzos de los años 1900, Boston se mantuvo como uno de los centros nacionales de la manufactura y alcanzó notoriedad por su producción de prendas y otros artículos de cuero. La red de pequeños ríos que rodeaban la ciudad y la conectaban con las regiones circundantes provocaron una mayor facilidad en el envío de bienes y provocó la construcción de molinos y fábricas. Más tarde, las comunicaciones se mejoraron con la implantación de un sistema de ferrocarril que facilitó la industria y el comercio en la región. A mediados del siglo XIX, Boston experimentó un florecimiento cultural. Logró cierta notoriedad por su extraordinaria cultura literaria y el lujoso mecenazgo artístico. También se convirtió en el epicentro del movimiento abolicionista. La ciudad reaccionó enérgicamente ante la Ley de esclavos fugitivos de 1850, que contribuyó al intento del presidente Franklin Pierce de hacer de Boston un ejemplo tras el caso del esclavo fugitivo Anthony Burns.