Ihr Anspruch auf das spanische Erbe ging auf Kaiser Leopold I. über. Da von Margarita Teresa im Gegensatz zu ihrer mit König Ludwig XIV. von Frankreich verheirateten Halbschwester María Teresa (1638–1683) kein Verzicht auf das spanische Erbe gefordert worden war, begründete Leopold I. später im Rahmen des Spanischen Erbfolgekrieges mit dieser Ehe seinen Anspruch auf Spanien.