В феврале 2003 года Ларс Лагербек и Томми Сёдерберг включили Майсторовича в состав сборной Швеции (составленной только из футболистов скандинавских клубов) на товарищеский турнир «Кубок короля Таиланда». Первая игра этого турнира, 16 февраля 2003 года с Катаром, стала для Майсторовича дебютной в сборной, Даниель провёл на поле все 90 минут. 11 октября 2006 года впервые сыграл в отборочном матче, Швеция в гостях победила Исландию со счётом 2:1, Майсторович вышел на замену на 90-й минуте игры вместо Юхана Эльмандера. В отборочном турнире к чемпионату Европы 2008 сыграл в четырёх матчах (против Исландии, Северной Ирландии, Лихтенштейна и Латвии). На Евро-2008 был в заявке, но не выходил на поле, будучи дублёром Улофа Мельберга и Петтера Ханссона.