Amaro sloot zich aan bij het plan van Agua Prieta die Álvaro Obregón naar het presidentschap lanceerde, en werd benoemd tot divisiegeneraal, de hoogste rang in het Mexicaanse leger. Amaro vocht in 1923 tegen de De la Huertaopstand en wordt ook in verband gebracht met de moord op Pancho Villa datzelfde jaar. Obregóns opvolger benoemde Amaro in 1924 tot minister van oorlog. Amaro hervormde en moderniseerde in die periode het leger, en tijdens die periode speelde zich ook de Cristero-oorlog af, waarbij katholieke rebellen en het regeringsleger elkaar bevochten. Na Obregóns herverkiezing en moord in 1928 werd Amaro door sommigen naar voren geschoven als president, doch hij bedankte voor de eer. Amaro bleef minister van oorlog onder president Emilio Portes Gil maar trad in 1931 onder Pascual Ortiz Rubio af en werd directeur van de militaire academie.