Im Herbst 1937 wurde er beim Infanterie-Regiment Nr. 71 in Erfurt Soldat. Noch vor seiner Entlassung brach der Zweite Weltkrieg aus. Klaus-Erich Boerner war in Frankreich und Russland, zuletzt in Stalingrad. Am 31. Januar 1943 geriet er in Gefangenschaft; seitdem wurde er vermisst. Am 1. August 1950 wurde Klaus-Erich Boerner vom Amtsgericht seiner Heimatstadt für tot erklärt.