У 1804 році його батько проголосив про створення Австрійської імперії, прагнучи залишатися рівним за рангом з Наполеоном, який став у тому ж році спадковим імператором французів. Після поразки у війні третьої коаліції, захоплення Відня та підписання Пресбурзького миру, більшість німецьких держав об'єднались у Рейнський союз (1806). Через місяць Священна Римська імперія перестала існувати. Франц II тепер іменувався імператором Австрії.