Pedro de Estopiñán había nacido hacia 1470 en la ciudad de Jerez de la Frontera que estaba en la jurisdicción del entonces Reino de Sevilla, el cual era uno de los tres cristianos de Andalucía, y que a su vez formaba parte de la Corona de Castilla. Era hijo del hidalgo Ramón Estopiñán y Vargas (n. Reino de Aragón, ca. 1450), jurado de Jerez de la Frontera, y de su esposa desde 1470, Mayor de Virués (n. Jerez de La Frontera, ca. 1450), de noble alcurnia. Fueron sus hermanos Francisco y Bartolomé de Estopiñán quien participara en la Guerra de Granada entre 1482 y 1492, y junto a Alonso Fernández de Lugo, en la conquista de las islas Canarias en 1495.