1807 begann Napoleon seine Invasion in Spanien. 1810 holte er dann auch Baraguey der dann dort erstmalig bei der Ciudad Rodrigo mitkämpfte. Im Russlandfeldzug 1812 kämpfte Baraguey u. a. bei Smolensk und Borodino. In der Schlacht bei Krasnoi musste er sich Mitte November mit einem Teil seiner Division dem überlegenen russischen Heer ergeben und fiel bei Napoleon in Ungande. In sehr untergeordneter Stellung nahm Baraguey noch an der Schlacht an der Beresina teil und kehrte nach Berlin zurück. Dort erkrankte er am entzündlichen Fieber (Typhus) und starb am 6. Januar 1813 daran. Einige zeitgenössische Quellen vermuten auch Suizid mittels Opium.