Anh được gọi vào đội tuyển ở Cúp bóng đá châu Phi 2006, chỉ được ngồi dự bị ở trận đấu đầu tiên. Adebayor tuyên bố sẽ rời khỏi giải đấu và trở về nhà, mặc dù sau đó anh đã trở lại tập luyện cùng đội bóng. Togo đã bị loại sau khi để thua cả ba trận. Anh đã bị loại khỏi đội tuyển Togo sau khi có hành động đòi hỏi khoản tiền thưởng từ đội tuyển. Tuy nhiên, Adebayor đã được gọi trở lại vào tháng 9 năm 2007.