Nel 1837 si è laureato in Medicina all'Università degli Studi di Pavia, ma si è poi progressivamente dedicato all'agronomia. Luogotenente di Cattaneo durante le Cinque giornate, Cantoni è emigrato, al termine delle vicende del '48, in Svizzera, dove più tardi, nel liceo del Canton Ticino a Lugano, avrebbe insegnato chimica e scienze naturali. Tornato in patria alla fine degli anni Cinquanta, dal 1861 è stato chiamato a dirigere la scuola agricola creata, da un'associazione di comuni lombardi, a Corte Palasio, nei pressi di Lodi: tale esperienza, tuttavia, si sarebbe conclusa un lustro più tardi, a causa dei conflitti con i promotori dell'iniziativa, poco propensi ad investire in strumenti didattico-scientifici. In seguito ha insegnato Agronomia presso il Regio Istituto Tecnico di Torino (1866-1870), fino a quando la Provincia di Milano non ha fondato la Scuola superiore di agricoltura di Milano, seconda sola a quella creata, prima del '48, da Cosimo Ridolfi a Pisa.