במהלך שירותו של הנקוק בפלורידה, הסתיימה המלחמה עם השבטים האינדיאנים באזור. הוא היה אחראי בעיקר על האספקה במהלך הקרבות. כשהמצב בפלורידה החל להירגע, הועבר הנקוק לקנזס. הוא שירת במערב במהלך העימותים שכונו "קנזס המדממת", ובטריטוריית יוטה. לאחר שפתר את העימותים עם המורמונים ביוטה, הוא הוצב בדרום קליפורניה בנובמבר 1858. הוא נשאר שם עד לפרוץ מלחמת האזרחים ב-1861, בתור סרן ואחראי על האספקה תחת פיקודו של אלברט סידני ג'ונסטון, גנרל מצבא הקונפדרציה לעתיד. הנקוק התחבר עם כמה קצינים דרומיים בקליפורניה. כשהמלחמה פרצה, הדרומיים עזבו את האזור והצטרפו לצבא הקונפדרציה, כשהנקוק נשאר לשרת את ארצות הברית.