Kao odlučan protivnik nacizma i Adolfa Hitlera, bio je mišljenja da crkva ne reaguje zbog čega je bio ogorčen. Zahtevao je njenu veću ulogu u kritici nacionalsocijalističkog režima. Nije podržavao antisemitsku politiku. Iz potrebe za otporu nacizmu, zajedno sa još nekoliko uglednih crkvenih zvaničnika, osnovao je Ispovedajuću crkvu (-{"Bekennende Kirche"}-). Pomagao je Židovima da odu iz Nemačke. Nacisti su mu zabranili da propoveda, kasnije da podučava, a na kraju i svaki javni rad. Organizovao je predavanja za pastore Ispovedajuće crkve, a povezao se i sa pripadnicima nemačke obaveštajne službe (-{"Abwehra"}-) koji su hteli da zbace nacistički režim. Nakon što je Julska zavera 1944. godine propala, zatvoren je i premeštan po raznim koncentracionim logorima, završivši u Flosenburgu, gde je pogubljen vešanjem u zoru 9. aprila 1945. godine, tri nedelje pre oslobođenja grada. S njim je pogubljen i njegov brat Klaus te dvojica njegovih šuraka. Heroj je nemačkog otpora nacizmu, kao i Sofija Šol. Do njega je doveo trag novca upotrebljenog za spas Židova.