Karel trpěl záchvaty šílenství a v těch obdobích se neukazoval na veřejnosti. Přes tento jeho handikap Alžběta záhy otěhotněla a opustila Paříž – odjela na venkov, do Fontainebleau. Právě tam se dověděla o masakru o Bartolomějské noci v srpnu roku 1572, kdy tisíce francouzských hugenotů zůstaly zabity na ulicích Paříže. Alžběta orodovala u krále a podařilo se jí zachránit životy alespoň cizozemců, především Němců. Jejich dcera Marie Alžběta se narodila dva měsíce po masakru.