L'entraineur de Corinthians Vanderlei Luxemburgo remplace Zagallo. Luxemburgo réalise un mandat discuté. En s'appuyant sur un Rivaldo en pleine forme, il remporte la Copa América 1999 au Paraguay avec une certaine facilité - l'Argentine (2-1), le Mexique (2-0) puis l'Uruguay (3-0) sont battus successivement lors du tour final - puis atteint la finale de la Coupe des confédérations, perdue face au Mexique (4-3). Il est par contre sorti dès les quarts de finale des Jeux de Sydney avec la sélection olympique, à laquelle il a refusé de convier l'inoxydable Romário, et peine lors des qualifications à la Coupe du monde 2002. Visé par des problèmes extra-sportifs qui achèvent de saper son autorité, il est finalement licencié en . Il est remplacé par Émerson Leão, qui n'améliore pas les résultats lors des matchs de qualifications et est éliminé en demi-finale de la Coupe des confédérations 2001 par la France, lors d'un duel de sélections "bis".