Eugénie engagierte sich vor allem seit den 1860er Jahren immer mehr im politischen Geschäft. Ihr Standpunkt war entschieden konservativ, klerikal und autoritär. So befürwortete sie eine Allianz mit Österreich – mit dem österreichischen Botschafterpaar Fürst und Fürstin Metternich war sie eng befreundet – und trat energisch für die Erhaltung des Kirchenstaates unter französischer Protektion ein. Die Liberalisierung der kaiserlichen Regierung seit 1861 missfiel ihr, und sie suchte ihren Mann, der achtzehn Jahre älter als sie war, in neoabsolutistischer Richtung zu beeinflussen. Sie befürwortete die Französische Invasion in Mexiko 1862, durch die Ferdinand Maximilian Joseph von Österreich auf Betreiben Kaiser Napoleons III. 1864 als Kaiser von Mexiko inthronisiert wurde. Am 17. November 1869 weihte sie im Beisein vieler Fürsten und geladener Europäer den Suezkanal ein.