Dopo la guerra c'è stato un grande interesse, all'interno della comunità ebraica, alla preparazione della prossima Conferenza di Pace di Parigi, da parte di gruppi sia favorevoli che contrari al concetto di una patria ebraica in Palestina. Nel marzo 1919, quando il Presidente Woodrow Wilson era in partenza per la conferenza, Morgenthau ed altri 31 importanti ebrei americani firmarono la petizione anti-sionista presentata al Congresso degli Stati Uniti da Julius Kahn; lui e molti altri rappresentanti ebraici parteciparono alla Conferenza. Morgenthau vi partecipò come consulente per quanto riguarda l'Europa dell'Est e il Medio Oriente e in seguito ha collaborò con Enti correlati alla guerra, tra cui il Comitato di Soccorso per il Medio Oriente, La Commissione dei rifugiati Greci e la Croce Rossa Americana. Nel 1919 ha diretto la Missione d'Inchiesta del Governo degli Stati Uniti in Polonia che generò la Relazione Morgenthau. Nel 1933, è stato il rappresentante Americano alla Conferenza di Ginevra.