Republik Bosnia dan Herzegovina wujud secara sah sehingga Annex 4 dalam Persetujuan Dayton yang mana mengandungi Perlembagaan Bosnia dan Herzegovina ditandatangani bersama pada 14 Disember 1995, tetapi dokumen-dokumen rasmi mendedahkan negara ini wujud sehingga akhir tahun 1997 apabila pelaksanaan dalam Persetujuan Dayton diselesaikan dan berkuatkuasakan. Kebanyakan zaaman ini dipenuhi oleh Perang Bosnia, yang mana majoriti penduduk daripada dua per tiga etnik utama di Bosnia dan Herzegovina, iatu (Serb Bosnia dan Croat Bosnia), masing-masing mewujudkan entiti seperti Republika Srpska dan Herzeg-Bosnia, yang mana tidak sah dari segi undang-undang dan pemisahan maka tidak diiktiraf oleh komuniti antarabangsa. Peristiwa-peristiwa ini secara tidak rasminya dianggap oleh para nasionalis sebagai bukti bahawa republik ini hanya diwakili oleh penduduk Bosniak, secara rasminya majlis kepresidenan dan kerajaan republik masih terdiri daripada Bosniak, Serb Bosnia, dan Croat Bosnia. Bagaimanapun berdasarkan Persetujuan Washington pada tahun 1994, Bosniak disertai oleh Croat Bosnia di Herzeg-Bosnia, yang mana dibubarkan berdasarkan persetujuan ini, bagi menyokong Republik dengan penubuhan Persekutuan Bosnia dan Herzegovina. Pada tahun 1995, Perjanjian Damai Dayton menyatukan Persekutuan Bosnia dan Herzegovina dengan entiti Serb, Republika Srpska, bermula pada titik ini secara rasminya diakui sebagai entiti politik negeri tanpa hak untuk memisahkan diri, ke dalam negara Bosnia dan Herzegovina.