Byla založena symbolicky v den 15. výročí teroristických útoků na World Trade Center v New Yorku z 11. září 2001, které navždy změnily svět a vnímání teroristických hrozeb. Její vznik byl oznámen 12. 9. 2016 na tiskové konferenci, které se účastnili mimo jiné předsedkyně správní rady nadace Mgr. Eva Vošická a členové správní rady Gen. Ing. Andor Šándor (v záloze) a Jaroslav Bašta. Zástupci Nadace na tiskové konferenci uvedli, že Nadace 11. září hodlá svým dílem a v rámci svých možností přispět k širšímu porozumění problematice terorismu a ke zmírňování jeho dopadů, a to především prostřednictvím osvěty a vzdělávání. Mezi plány Nadace patří mimo jiné spolupráce s odborníky, jako jsou bývalí příslušníci zpravodajských, policejních a diplomatických služeb, či představitelé akademických kruhů.