Во время великого пожара Рима в 64 г. н.э. алтарь Геркулеса был разрушен. Позднее он был восстановлен и все ещё существовал в IV веке. Части алтаря, вероятно, сохранились благодаря тому, что на месте святилища была возведена церковь Санта-Мария-ин-Козмедин в VI веке.