En novembre 2015, une écoute téléphonique entre deux voix attribuées à Soro et Djibrill Bassolé est diffusée. Elle montre l'implication supposée de Soro dans le coup d'État de septembre 2015 au Burkina Faso, aux côtés des putschistes, proches de Blaise Compaoré. La voix avoue aussi être à l'origine des exécutions des hommes politiques ivoiriens Désiré Tagro et Ibrahim Coulibaly. Soro nie toutefois l'authenticité de cette écoute. En janvier 2016, le Burkina Faso émet un mandat d'arrêt international à l'encontre de Soro pour son implication supposée dans le coup d'État de septembre.