מרגריט נולדה ב-19 בינואר 1943 לברנהרד, נסיך ליפה-ביסטרפלד וליוליאנה, נסיכת הולנד, באוטווה, קנדה, לאחר שמשפחת המלוכה ההולנדית נמלטה לשם בעקבות כיבוש הולנד על ידי גרמניה במלחמת העולם השנייה, ונקראה על שם "Marguerite" פרח ממשפחת המורכבים שהיווה סמל להתנגדות לגרמניה הנאצית. בעת לידתה, המושל הכללי של קנדה הסדיר את קבלתו של חוק מיוחד, שהכיר בחדרי הנסיכה יוליאנה בבית החולים באוטווה כשטח הולנדי אקסטריטוריאלי – שלולא כן לא הייתה מרגריט יכולה להיכלל בסדר הירושה לכתר ההולנדי. ב-29 ביוני אותה שנה הוטבלה מרגריט, וסנדקיה היו נשיא ארצות הברית, פרנקלין דלאנו רוזוולט, המלכה מרי, ומרתה, נסיכת שוודיה. לאחר סיום המלחמה בשנת 1945 חזרו בני המשפחה להולנד, והתאחדו מחדש עם אביה ברנהרד, נסיך ליפה-ביסטרפלד.