В начале 2000-х гг. возникла идея открытия в музее экспозиции, посвящённой ветеранам локальных войн (во многом в связи с соседством музея с обелиском 30-летия Победы и памятников, посвящённым участникам локальных войн в Афганистане и Чечне). Было налажено сотрудничество с ветеранами локальных войн, матерями и вдовами погибших ульяновцев, ветеранскими организациями (например, «Боевое братство»), что позволило начать комплектование фондов музея необходимыми для этого материалами. Самым значительным проектом по данной теме было открытие в мае 2006 г. выставки «Время выбрало нас» об ульяновцах-участниках войн в Афганистане и Чечне.