戦中にリンカーンが将軍を選ぶ条件（特に民主党員のジョージ・マクレランの選択）や、南部州を合衆国に戻すための努力に反対することが多かった。1864年には独自のレコンストラクション計画を成立させたが、リンカーンがそれに拒否権を使い、1865年に暗殺された時にはリンカーンの政策が実行されていた。急進派共和党は奴隷の無償解放を推進したが、リンカーンは合衆国に忠実だった奴隷所有者にはその補償を望んだ。戦後、急進派共和党は解放奴隷に選挙権を確保するなど公民権を要求した。レコンストラクション法を提案し、元アメリカ連合国支持者の参政権と選挙権を制限した。アンドリュー・ジョンソン大統領とも激しく戦った。ジョンソンの権限を弱め、弾劾によって大統領の座から追おうとしたが、1票差で実現しなかった。民主党からは活発に対抗され、共和党中道派やリベラル派からも反対されることが多かった。