В качестве офицера артиллерийского полка дивизии СС «Райх», отвечавшего за автомобильную технику, Скорцени принимал участие во французской кампании, захвате Югославии, а затем и в боях 1941 года на территории Советского Союза. В августе 1941 заболел дизентерией, отправлен в госпиталь, там ему был вручён Железный крест 2 класса. В декабре 1941 года, когда началось контрнаступление Красной Армии под Москвой, Скорцени весьма удачно, как он вспоминал в своих мемуарах, «свалил жестокий приступ воспаления жёлчного пузыря». Он был отправлен на лечение в родную Вену. На этом фронтовая карьера Скорцени благополучно для него завершилась.