Müller debütierte 2014 für die österreichischen U-15-Junioren. Von September 2014 bis Mai 2015 spielte er für Österreichs U-16-Auswahl. Mit der U-17-Auswahl nahm er 2016 an der EM in Aserbaidschan teil. Im September 2016 debütierte er im U-18-Nationalteam.