L'accord avec les Britanniques prévoyait que la flotte de Seniavine rejoindrait directement Saint-Pétersbourg mais, le , une tempête la contraint à pénétrer dans le Tage et jeter l'ancre dans le port de Lisbonne. Cette escale forcée coïncide avec la première invasion française du Portugal : le , l'armée française du général Jean-Andoche Junot met en fuite les Portugais à Abrantes. Le , Jean VI de Portugal quitte Lisbonne pour le Brésil en laissant la ville aux mains des Français tandis que la Royal Navy établit un blocus du port. Elle intercepte les navires russes considérés comme ennemis.