El mando de la PM tradicionalmente estuvo ligado al extinto Gobierno del Distrito Federal y luego a la Alcaldía Metropolitana de Caracas. Por los homicidios ocurridos en y alrededor de Puente Llaguno durante el golpe de estado del 11 de abril de 2002 fueron detenidos ocho funcionarios de la Policía Metropolitana, los comisarios Henry Vivas y Lázaro Forero y el entonces secretario de Seguridad de la Alcaldía Metropolitana de Caracas Iván Simonovis. Posteriormente el mando fue transferido en 2008 al ejecutivo nacional acatando órdenes del Ministerio del Poder Popular para las Relaciones del Interior y Justicia, Ministerio del Poder Popular para la Defensa (Fuerza Armada), Ministerio Público (Físcalia General), Cuerpo de Investigaciones Científicas, Penales y Criminalísticas (CICPC).