В дальнейшем история ойратов тесно связана с становлением Монгольской империи и ее завоеваниями. В 1256 году ойраты под руководством Бука-Тимура, присоединившись к Хулагу в составе левого крыла монгольской армии (джунгар) активно участвуют в Ближневосточном походе. Наиболее известным и влиятельным в то время ойратом был наместник Ирана, Аргун-ака. В 1296 году около 10 тысяч ойратов, кочевавших на землях государства Хулагуидов в Диярбакыре, прибыла в Египет. Они были хорошо приняты султаном Китбугой который являлся по происхождению ойратом. Пришедшие влиятельные ойраты получили икта и не являясь мусульманами в нарушение обычаев были возведены в ранг эмиров, что вызвало крайнее недовольство среди местных мусульманских эмиров.