Sein nächstes Kommando war das des "XIII Corps" (vormals "Western Desert Force", nun Teil der Eighth Army) in Nordafrika, welches er im September 1941 von Noel Beresford-Peirse übernahm. Während der im November 1941 begonnenen Operation Crusader äußerte er deutlichen Protest über den Entschluss des Oberbefehlshabers Cunningham, die Offensive ohne Erreichen des Ziels der Aufhebung der Belagerung von Tobruk einzustellen. Cunningham wurde noch im November 1941 abgelöst und die Offensive unter seinem Nachfolger Claude Auchinleck erfolgreich bis zur Befreiung von Tobruk und weiter bis nach El Agheila geführt. Im Januar 1942 wurde Godwin-Austens Korps von Gegenangriffen der Panzerarmee Afrika bedroht. Er konsultierte mit seinem neuen Vorgesetzten, General Neil Ritchie, und bat ihn um eine Genehmigung zum Rückzug aus Bengasi, die dieser auch erteilte. Wenig später änderte Ritchie unter dem Einfluss Churchills seine Meinung und stellte Godwin-Austen somit bloß. Es folgten weitere für Godwin-Austen kaum akzeptable Entscheidungen Ritchies und nach dem Verlust Bengasis Ende Januar richtete Godwin-Austen am 2. Februar ein Ablösungsgesuch an Auchinleck, das dieser zögernd annahm.