Sus éxitos iniciales al año siguiente fueron interrumpidos por las "Preliminares de Leoben", y se procuró para sí mismo una misión en Italia para conocer al general Bonaparte, quien hizo lo posible por atraer al brillante joven general desde los campos casi rivales de Alemania. Nombrado provisionalmente comandante del «Ejército de Inglaterra», Desaix fue transferido seguidamente por Bonaparte a la fuerza expedicionaria preparada para ir a Egipto. Fue su división la que rompió el frente de ataque de los mamelucos en la Batalla de las Pirámides, y coronó su reputación por sus victorias sobre Murad Bey, en el Alto Egipto. Entre los «fellahen» adquirió el significativo nombre de «El Sultán Justo».