Theodora lebte in unruhigen Zeiten; die Herrschaft ihres Mannes war keineswegs gesichert. Nach der Ermordung seines Vaters, Michael I. Komnenos Dukas Angelos des ersten Despoten von Epirus (1204–1214), im Jahre 1214 musste er sechzehn Jahre im Exil verbringen, da sein Onkel, Theodoros I. Komnenos Dukas Angelos die Herrschaft über Epirus an sich gerissen hatte. Dieser eroberte 1224 in Abwesenheit des jugendlichen Königs, Demetrius von Montferrat, das von den Kreuzfahrern unter Bonifatius I. von Montferrat 1205 geschaffene Königreich Thessaloniki, ließ sich – in übersteigerter Selbsteinschätzung – 1226 zum Kaiser von Byzanz im Exil krönen, in der Hoffnung, das 1204 vom Vierten Kreuzzug zerschlagene Byzantinische Reich wieder aufzurichten. Michael II. verdankte seine Herrschaft schließlich zwei Umständen: der vernichtenden Niederlage die sein Onkel, Kaiser Theodoros I. Angelos 1230 in der Schlacht von Klokotniza an der Mariza gegen den bulgarischen Zaren Iwan Assen II. (1218–1241) erlitt und dabei in bulgarische Gefangenschaft geriet. Erst dadurch hatte Michael II. die Möglichkeit, in das von seinem Vater Michael I. Komnenos Dukas Angelos 1204 geschaffene Despotat Epirus zurückkehren zu können, außerdem der 1230/31 geschlossenen Ehe mit Theodora, da deren Familie im Herrschaftsgebiet von Epirus über eine beachtliche Hausmacht verfügte und es ihm dadurch erleichterte, sich dort als Herrscher durchzusetzen.