במרוצת השנתיים שלאחר הקרב שופצה המצודה בסיוע של כ-500 עבדים, תותחיה הכבדים הוצבו במפלס השלישי העליון ומבנים חדשים הוקמו בתוך המצודה. מפרץ צ'ארלסטון הפך לפרצה בהסגר הצפוני על נמלי הדרום ועל כן חודשו מאמצי האיחוד לאכוף את ההסגר תוך השתלטות על המצודה. מאמצי צבא האיחוד לכיבושה של המצודה החלו ב-7 באפריל כאשר שייטת ההסגר הדרום אטלנטי, בפיקודו של האדמירל סמואל דו פורט, תקפה את כוחות הקונפדרציה במפרץ ובמצודה באש תותחים אך מתקפה זו נכשלה. פשיטה של סירות תוכננה לביצוע בלילה שבין ה-8 וה-9 באפריל, בפיקוד הגנרל קווינסי גילמור מצבא האיחוד והאדמירל ג'ון דהלגרן מצי האיחוד, אולם עקב חוסר שיתוף פעולה הולם בין הכוחות ובעיקר בין המפקדים הפעולה נכשלה. מגיני המבצר התפנו רק עם התקרבות צבאו של ויליאם שרמן, שנע דרך מדינות הדרום במה שנקרא "הצעדה אל הים"; שרמן נע צפונה מסוואנה, אשר בג'ורג'יה, ומגיני המצודה נאלצו לנטוש אותה, כמו גם את אזור מפרץ צ'ארלסטון, ב-17 בפברואר 1865 וב-22 באפריל הונף שנית דגל האיחוד מעל חומות המצודה.