Sabbatai verfasste mehrere halachische Schriften und beschäftigte sich auch mit der Kabbala. Seine Talmud-Kommentare sind noch heute wichtiger Bestandteil des Talmudstudiums. Sein bekanntestes Werk ist "Sifte ha-Kohen" („Lippen des Priesters“), ein Kommentar zum Schulchan Aruch. Außerdem verfasste er eine Darstellung des Kosakenaufstands unter Chmielnicki.