Il 22 luglio 2016, tramite la pagina ufficiale di Facebook, il Borussia Dortmund annuncia l'arrivo di André per una cifra che si aggira intorno ai 30 milioni di euro. La prima presenza con la nuova maglia la trova nella finale di Supercoppa di Germania persa 2-0 contro i rivali del Bayern Monaco. Il primo gol con la maglia giallonera arriva il 22 agosto nella partita di Coppa di Germania vinta 3-0 sul campo dell'Eintracht Trier. Il 27 settembre arriva il primo gol in Champions League nella partita pareggiata 2-2 in casa contro il Real Madrid, mentre il primo gol in Bundesliga arriva alla prima giornata dopo la sosta natalizia nella vittoria per 2-1 contro il Werder Brema in trasferta.