Ο μουσουλμανικός πληθυσμός του έφυγε, εκτός από κάποιους αιχμάλωτους αξιωματούχους. Οι οχυρώσεις, τα άδεια σπίτια και η ασφάλεια που προσέφερε οδήγησαν το Ναύπλιο να γίνει δέκτης μεγάλου αριθμού προσφύγων, ιδίως μετά την απόβαση του Ιμπραήμ Πασά και την πτώση του Μεσολογγίου το 1826, οδηγώντας το σε κατάσταση υπερπληθυσμού. Ο μεγάλος πληθυσμός, οι κακές συνθήκες υγιεινής, το κοντινό έλος, η έλλειψη πόσιμου νερού συνέβαλαν στην εμφάνιση επιδημιών πανώλης και ελονοσίας. Οι πρόσφυγες αποχώρησαν από το Ναύπλιο τα επόμενα χρόνια και το 1829, το Ναύπλιο αριθμούσε 5.550 κατοίκους, σύμφωνα με στοιχεία γαλλικής αποστολής, ενώ το 1853 3.435 κατοίκους.