Durant la campagne de 1968, McCarthy rencontre un certain succès. Robert Kennedy décide alors d'entrer dans la course. À la suite du retrait de la candidature de Johnson, son vice-président, Hubert Humphrey, fait son entrée à son tour dans la course. Malgré son soutien envers Kennedy en privé, McGovern reste neutre en public puisque Humphrey et McCarthy sont tous deux issus du Minnesota, état voisin du Dakota du Sud. McGovern fait donc des apparitions pour chacun des trois alors que ceux-ci font campagne au Dakota du Sud. La primaire dans cet état donne la victoire à Kennedy qui remporte également la primaire californienne cette même nuit. McGovern parle avec Kennedy au téléphone seulement quelques minutes avant que celui-ci soit assassiné à son tour à Los Angeles, quelques années seulement après l'assassinat de son frère. Cet événement laisse McGovern dans une lourde détresse émotionnelle.