Nella stagione 2000-2001 Berretta e l'allenatore Gianfranco Bellotto hanno un'animosa discussione in allenamento e il giocatore viene messo fuori rosa e di lì a breve ceduto all'Atalanta. A Bergamo segna 5 gol totali prima dell'approdo nella stagione 2003-2004 all'Ancona, neopromosso in Serie A. Berretta segna anche un gol con i biancorossi, poi la squadra retrocede.