Crespo se třikrát zúčastnil Mistrovství světa (1998, 2002, 2006). V červnu 2005 se v kvalifikaci na MS 2006 dvěma zásahy do sítě rivala z Brazílie stal nejlepším střelcem Argentinské reprezentace v kvalifikačních utkáních. Na Mistrovství světa 2006 v Německu se stal druhým nejlepším střelcem turnaje.