SEAL Team 6 được thành lập sau thất bại trong Chiến dịch Eagle Claw. Sau thất bại đó, theo đề nghị của Đại tá Charles Beckwith, tư lệnh Lực lượng Delta., Bộ Tư lệnh Chiến dịch Đặc biệt Liên quân (Joint Special Operations Command), và một đơn vị Navy SEAL chuyên công tác chống khủng bố sẽ được thành lập để thực hiện nhiệm vụ trên biển, phối hợp với Delta. Một sĩ quan SEAL là Trung tá Richard Marcinko, tư lệnh SEAL Đội 2, đã nhận lấy trọng trách đó theo lệnh của Tham mưu trưởng Hải quân, và thành công đề xuất việc thành lập một đơn vị chống khủng bố chuyên biệt của Hải quân. Richard Marcinko cũng là một trong 2 sĩ quan Hải quân cho một ban lãnh đạo tác chiến của Hội đồng Tham mưu trưởng Liên quân Hoa Kỳ Đội Tác chiến Chống Khủng bố (Terrorist Action Team), có nhiệm vụ lên kế hoạch giải cứu con tin Mỹ ở Iran. Khi đó, có hai đơn vị SEAL, SEAL Đội 1 ở Coronado, California và SEAL Đội 2 ở Virginia Beach, Virginia. Trước khi Chiến dịch Eagle Claw diễn ra, cả 2 đơn vị đã bắt đầu công tác đào tạo chống khủng bố. Toàn bộ 12 trung đội (platoon) của SEAL Đội 1 đã hoàn thành công tác đào tạo chống khủng bố trước khi Chiến dịch Eagle Claw diễn ra. SEAL Đội 2 dành ra 2 trung đội đảm nhiệm công tác chống khủng bố, gọi là Mobility 6. Tháng 10/1980, SEAL Đội 6 được thành lập và Mobility 6 bị giải tán. Marcinko tuyển người từ các đội SEAL, các Đội Bộc phá Người nhái (Underwater Demolition Team), và Đội Thuyền Đặc biệt (Special Boat Team), và đặc biệt là nhiều người từ Mobility 6 thuộc SEAL Đội 2 do Marcinko lãnh đạo và đã được đào tạo chống khủng bố, nhờ thế SEAL Đội 6 được tuyên bố sẵn sàng chiến đấu chỉ sau 6 tháng.