La prima convocazione di Kahn in nazionale risale al Campionato mondiale di calcio 1994, chiamato come terzo portiere; nonostante la chiamata, non totalizzò nessuna presenza in quel mondiale. La sua prima presenza in campo è nell'amichevole del 23 giugno 1995 contro la Nazionale di calcio della Svizzera, dove la squadra tedesca vinse per 2-1, due mesi dopo il ricovero per l'infortunio ai legamenti del crociato. Come secondo portiere, Kahn si laureò campione d'Europa in occasione del Campionato europeo di calcio del 1996. Solo dopo il campionato mondiale di calcio del 1998, che coincise con il ritiro dal calcio del portiere titolare Andreas Köpke, Kahn divenne il numero uno della nazionale. Due anni dopo il Campionato europeo di calcio nel 2000, dove la nazionale tedesca si piazzò all'ultimo posto del suo girone, Kahn ricevette la fascia da capitano, succedendo all'attaccante Oliver Bierhoff.