Mất các thuộc địa là một trong những lý do góp phần chấm dứt liên minh cá nhân với Tây Ban Nha. Năm 1640, João IV được tuyên bố là Vua Bồ Đào Nha và Chiến tranh phục hồi Bồ Đào Nha bắt đầu. Ngay cả trước khi có nghị quyết cuối cùng của chiến tranh, vương thất đã thành lập Hội đồng hải ngoại, được hình thành vào năm 1642 theo mô hình tồn tại ngắn ngủi của Hội đồng Ấn (1604 –1614), và được thành lập năm 1643, đây là cơ quan quản lý của hầu hết người Bồ Đào Nha ở nước ngoài đế quốc. Các trường hợp ngoại lệ là Bắc Phi, Madeira và Azores. Tất cả các thư từ liên quan đến sở hữu ở nước ngoài đã được chuyển qua hội đồng. Khi tòa án Bồ Đào Nha chạy trốn sang Brasil vào năm 1807, sau cuộc xâm lược của Napoléon ở Iberia, Brasil đã bị loại khỏi khu vực tài phán của hội đồng. Nó đưa ra các khuyến nghị liên quan đến nhân sự cho các cơ quan hành chính, tài khóa và quân sự, cũng như các giám mục của các giáo phận hải ngoại. Một thành viên nổi tiếng của thế kỷ 17 là Salvador de Sá.