Общеевропейская революция 1848 года снова пробудила в нём кипучую деятельность; во время мартовского восстания в Вене он явился главным организатором сопротивления правительственным войскам; а по заключении венцами капитуляции успел бежать в Венгрию, где Лайош Кошут поручил ему главное начальство над Трансильванией. Здесь Бем выказал снова замечательную энергию и предприимчивость как в организации военных сил, так и в борьбе против австрийских и русских войск, пока русскому генералу Лидерсу, не удалось наконец совершенно разбить его под Сегешваром и Германштадтом (июль 1849).