Ce jour-là, il sauve l’armée et change une déroute imminente en une savante retraite. Cependant, blessé d'un coup de feu au pied droit, il remet le 18 août le commandement au général Souham et demande un congé. Nommé commandant en chef de l’armée du Nord en Espagne et grand-croix de l'ordre de la Réunion en janvier et avril 1813, il participe à la déroute de Vitoria, qui commence le 21 juin, et fait retraite en France par Jaca et Oloron sans avoir eu aucun combat à livrer. Le 6 juillet, il reçoit le commandement de l’aile gauche de l’armée d'Espagne (comprenant l’armée du Nord) et de cette date jusqu’au 10 avril 1814, jour où le duc de Dalmatie livre la bataille de Toulouse, Clauzel a à faire face à une longue suite de combats qui s’achèvera avec la bataille d'Orthez le 27 février 1814. Lorsque Wellington communique à l'armée française l'abdication de l'Empereur, Clauzel opine le premier, dans une réunion de généraux, pour que l'on n’ait aucun égard à cette notification tant qu’elle ne serait pas faite par l’Empereur lui-même ou par l’intermédiaire de son major-général. Il est un des derniers à mettre bas les armes en 1814.