Nach der Landung der Alliierten in der Normandie brachten die deutschen Besatzer aus Sicherheitsgründen und in großer Eile 1.500 Gefangene aus dem Polizeigefängnis in Scheveningen in das KZ Herzogenbusch. In Herzogenbusch wurden die Gefangenen, die meist wegen ihrer Tätigkeit im Widerstand verhaftet worden waren, im sogenannten "SD-Lager" streng isoliert. Ende Juli oder im August 1944 wurde Deppner zum KZ Herzogenbusch geschickt, um den sogenannten "Niedermachungsbefehl" – gemeint ist der Terror- und Sabotageerlass Hitlers vom 30. Juli 1944 – auszuführen. Deppner war im Gegensatz zu seinem Vorgesetzten Schöngarth mit den Strukturen des niederländischen Widerstands vertraut. Im August und September 1944 wurden 450 Häftlinge, meist aus der Spitze des Widerstandes, ohne Prozess ermordet. Deppner selbst befahl, ihnen Genickschüsse zu geben.