Malgré ce succès, il quitte le Costa Rica et s'engage avec la sélection du voisin Honduras après le Mondial. Très critiqué là-bas, il enchaîne quelques contre-performances, notamment une élimination dès le de la Gold Cup 2015. Mais il se reprend en emmenant l'équipe olympique dans le dernier carré des JO de 2016 à Rio de Janeiro puis en s'octroyant la Copa Centroamericana 2017 (son troisième trophée dans ce tournoi régional). Cependant il échoue à qualifier l'équipe nationale à la Coupe du monde 2018, en Russie, puisque le Honduras est éliminé par l'Australie en barrage inter-continental (0-0 puis 1-3).