Le déclin de la marine impériale de Napoléon, après la défaite de Trafalgar et le blocus continental, réduisent drastiquement la demande de conserves pour les voyages au long cours et pour les guerres. La concurrence des Britanniques, favorisés par un accès à un fer-blanc de meilleure qualité et moins coûteux, finit par ruiner Appert. En 1814, lors de la première invasion par la Sixième Coalition, sa fabrique de conserves de Massy est saccagée et un an plus tard, elle est transformée en hôpital par les Anglais. Ayant besoin de recréer une usine, en 1817 il obtient du Ministère de l'intérieur gratuitement un local dans l'hospice des Quinze-Vingts où il reprend ses recherches et ses fabrications de conserves en fer-blanc mais l'absence de gisement d'étain en France rend cet acier très cher. Grâce à l'aide de Claude Berthollet, il poursuit d'autres recherches sur la dépuration de la gélatine pour la clarification des vins, sur les tablettes de jus de viande et de bouillons de légumes.