In den folgenden Jahren führte das Schiff zahlreiche Transporte von Militärmaterial zwischen Standorten auf dem Festland nach Madeira und auf die Azoren sowie von den Vereinigten Staaten nach Portugal durch, nahm an mehreren amphibischen Manövern teil und entsorgte alte Munition durch das Versenken im Meer. 1987 führte der Frachter eine humanitäre Hilfsmission nach Mosambik durch, bei der Lebensmittel, Kleidung, Medikamente etc. in das Land gebracht wurden. Nach dem Auslaufen von 25.000 Tonnen Rohöl durch ein Leck im spanischen Tanker "Aragon" beförderte das Schiff im April 1990 Material zur Beseitigung der Umweltverschmutzung. Während des Zweiten Golfkrieges führte die "São Miguel" zwischen dem 31. Oktober 1990 und dem 13. April 1991 militärische Nachschubtransporte für die Alliierten durch. Dabei transportierte sie auf zwei Fahrten Fahrzeuge, Munition, elektronisches Material und weitere Ausrüstung für die britischen Truppen im Irak von Großbritannien nach Saudi-Arabien. Die "São Miguel" war das einzige portugiesische Schiff, das an diesem Krieg teilnahm.