Неста выиграл свой третий Суперкубок УЕФА в августе 2007 года, когда «Милан» победил «Севилью» со счётом 3:1. Защитник внёс свой вклад в победу, не дав «Севилье» сравнять счёт при минимальном преимуществе «Милана». После ошибки Дженнаро Гаттузо мяч оказался у Фредерика Кануте, он пасом вывел на пустые ворота Ренато, но удар бразильца заблокировал Неста. Алессандро продлил контракт с «Миланом» до 2011 года. 15 сентября 2007 года Неста забил гол в матче с «Сиеной», соперники разошлись вничью 1:1. Затем он забил важный гол за «Милан» в ворота «Бока Хуниорс» в финале Клубного чемпионата мира 2007 года, «россонери» победили со счётом 4:2. Однако «Милан» в том сезоне больше трофеев не выиграл, заняв пятое место в Серии А и выбыв на ранних стадиях из Лиги чемпионов и Кубка Италии.