A 17 anni, Jovanka si unì ai partigiani jugoslavi e fu assegnata alla "Prva ženska partizanska četa" (Prima Brigata Partigiana Femminile), dove si distinse presto per essere una tiratrice eccellente. Dopo che la brigata fu sciolta venne riassegnata al Primo Sede dove lavorò come infermiera. Fu sul campo di battaglia a Drvar, nell'estate del 1944, durante il raid tedesco con il nome in codice Operazione Rösselsprung, che Jovanka si prodigò nell'evacuazione dei feriti. Fu lì che vide Tito per la prima volta. Continuò a lavorare come infermiera fino alla fine della guerra, raggiungendo il grado di capitano nella Quarta brigata della Lika. Fu ferita più volte durante il conflitto.