Toen Bonaparte in 1796 het bevel over de Franse troepen in Italië kreeg, volgde Junot hem naar Italië, waar hij in de rangen steeg tot kolonel. Junot volgde Bonaparte ook naar Egypte, waar hij promotie kreeg tot brigadegeneraal en gevangengenomen werd door de Britten. Bij Lonato in Italië raakte hij zwaargewond aan zijn hoofd. Door deze hoofdwond werd zijn karakter steeds meer onvoorspelbaar en labiel. Junot kreeg zware psychische problemen die uiteindelijk zijn dood zouden veroorzaken.