Toen de Duitsers op 10 mei 1940 Nederland binnenvielen, werd er in Scherpenzeel zwaar gevochten, waarbij ook de kerk drie keer werd geraakt. De gemeente kon daardoor niet samenkomen in de kerk. De Gereformeerde Gemeente bood haar kerk aan voor de diensten. De bezetting had gevolgen voor zowel de kerk als de gemeente. De avonddiensten werden vanwege de verduistering verzet naar de middag en ook de torenklok mocht niet geluid worden.