Whelan est titulaire dans l’équipe d’Irlande qui participe au Championnat d'Europe de football 1988 disputé en Allemagne. L’équipe réalise l’exploit de battre l’équipe d'Angleterre de football sur le score de 1 à 0. Whelan marque le but irlandais lors du match nul 1-1 contre l’URSS. L'équipe d'Irlande est finalement éliminée dès le premier tour après une défaite contre les Pays-Bas.