בתקופת אשיקאגה הייתה סונפו בירתו של שבט אימגאווה, אך לאחר שנחלו תבוסה בקרב אוקהאזמה כבש טקדה שינגן את האזור, וטוקוגאווה איאיאסו כבש אותו ממנו לאחר מכן. טויוטומי הידיושי, מאחד יפן, העניק את העיר לנקמורה קזוטאדה, אך לאחר קרב סקיגהארה כבש טוקוגאווה את סונפו מחדש, והעביר אותה לשליטתו של אחד מפקודיו, נאיטו נובונארי ב-1601. ב-1606 פרש טוקוגאווה מתפקיד השוגון ועבר להתגורר בסונפו, משם החזיק בהשפעה רבה על השוגון החדש טוקוגאווה הידטאדה, והעיר עברה להיות בשליטתו הישירה של השוגון.