4月上旬までに、日本軍は当初の攻略目標をすべて占領。4月10日附連合艦隊第二段階作戦第一期兵力部署発動により、それまで南遣艦隊（第一南遣艦隊）に編入されていた他部隊・艦艇は新たな部隊や任地に転じていった。鳥海・由良・龍驤・第三水雷戦隊・第七戦隊はそれぞれ内地へ帰投。4月12日、第一南遣艦隊旗艦（南西方面艦隊所属）は「鳥海」から「香椎」に移った。4月22日、横須賀に帰投し、5月には機銃の追加を行った。6月1日時点で、第四戦隊は第1小隊（愛宕、鳥海）、第2小隊（摩耶、高雄）という編制だった。第2小隊（摩耶、高雄）は空母2隻（龍驤、隼鷹）と共にアリューシャン方面作戦に参加しており、ミッドウェー作戦には加わっていない。