През Балканската война (1912 – 1913) с дивизията си генерал Бояджиев се сражава в Тракийския военен театър при Гечкенли, Бунархисар, Люлебургаз т.е. в пробива на османския център в Лозенградската и Люлебургазко-Бунархисарската операция и в безуспешния щурм на Чаталджа (октомври – ноември 1912 година). Пак при Чаталджа командва авангарда, който отразява турската контраофанзива през зимата на 1913 година. След неуспеха при Чаталджа е назначен за началник на авангардните дивизии на съединените 1–ва и 3–а армия.