Anne erlebte es seit etwa 1450 als persönliche Tragödie, dass im Zuge der wachsenden Streitigkeiten zwischen den Häusern Lancaster und York die Familie Neville in zwei Lager gespalten wurde. Sie und ihr von Thomas of Woodstock, dem Stammvater der fünften Erblinie Eduards III., abstammender Mann hielten zu König Heinrich VI. aus dem Hause Lancaster, während ihre Schwester Cecily den Vertreter der zweiten und vierten Erblinie, Richard Plantagenet, 3. Duke of York, geheiratet hatte und auch Salisbury sich verstärkt mit ihm verbündete. Zum Ausbruch der Rosenkriege 1455 kämpfte ihr ältester Sohn Humphrey in der Ersten Schlacht von St Albans gegen ihren Schwager York und ihren Neffen Warwick.