Bei den Olympischen Winterspielen 2006 konnte Omischl dem hohen Erwartungsdruck nicht standhalten; in der Qualifikation wurde er lediglich 20. und verpasste somit deutlich das Finale der besten zwölf. Zehn Tage später rehabilitierte er sich mit einem weiteren Weltcupsieg. Zwei weitere Weltcupsiege gelangen ihm in der Saison 2006/07, was wiederum für den Sieg in der Disziplinenwertung reichte. Hinzu kam der Gewinn der Bronzemedaille bei der Weltmeisterschaft 2007 in Madonna di Campiglio. Wie schon vier Jahre zuvor war Omischl in der Saison 2007/08 kaum zu schlagen. Von den neun ausgetragenen Weltcupspringen gewann er sechs, je einmal wurde er Zweiter und Dritter. Er sicherte sich dadurch mit großem Vorsprung die Disziplinenwertung und auch den Gesamtweltcup.