היווצרותו של מצר פנמה היה אולי האירוע הגאולוגי החשוב ביותר שהתרחש ב-60 מיליון השנים האחרונות. מצר היבשה שנוצר לפני כשלושה מיליוני שנים, כתוצאה מפעילות געשית שיצרה גשר יבשתי בין אמריקה הצפונית לדרומה, תרם בין היתר יצירתו של זרם הגולף והשפיע על עולם החי בההחלפה האמריקנית הגדולה אשר במסגרתה התאפשר ליצורים המבודדים של אמריקה הדרומית להגר לאמריקה הצפונית, ולהפך.