Als Napoleon 1798 seinen Feldzug nach Ägypten plante, meldete sich Molette dazu freiwillig. Er kämpfte bei den Pyramiden (21. Juli 1798), vor Abukir (25. Juli 1799) und Akkon (März/April 1799). Er konnte sich wiederum durch Tapferkeit auszeichnen und wurde auch mehrfach verwundet.