В январе 1968 Гортон стал премьер-министром, сменив на посту пропавшего без вести Гарольда Холта. Его стиль руководства привлекал к нему сторонников среди избирателей, но в то же время создавал сильных врагов, в том числе среди членов либеральной партии, лидером которой он являлся. В 1971 году в результате правительственного кризиса и вызова Малколма Фрейзера (тогдашнего министра обороны) Гортон оставил пост премьер-министра, а в 1975 году покинул парламент.