Zrzucenie bomb atomowych było przedmiotem długotrwałej, szerokiej debaty i kontrowersji. Krótko po ataku na Hiroszimę i Nagasaki badanie opinii publicznej wykazało, że około 85 procent Amerykanów pochwalało użycie broni jądrowej, a pokolenie wojenne wierzyło, że ocaliło ono miliony istnień ludzkich. Jednak wraz z upływem czasu fala krytyki narastała. Wśród argumentów przeciw decyzji o zrzuceniu bomb atomowych wymienia się ten, że Japonia i tak musiałaby skapitulować, i że ataki miały ostrzec Związek Radziecki i jednocześnie usprawiedliwić kosztowne prace Projektu Manhattan. W roku 1994 aż 55 procent Amerykanów uważało, że decyzja o zbombardowaniu Hiroszimy i Nagasaki była słuszna. W roku 1947 Radhabinod Pal, jeden z sędziów Międzynarodowego Trybunału Wojskowego dla Dalekiego Wschodu stwierdził, że japońscy przywódcy nie planowali okrucieństw, i że decyzja o ataku atomowym była jaskrawym przykładem wydania bezpośredniego rozkazu popełnienia „masowej zbrodni” w czasie wojny na Pacyfiku. Od tego czasu naukowcy japońscy, jak na przykład Yuki Tanaka czy Tsuyoshi Hasegawa, twierdzą, że użycie tych bomb było niemoralne i stanowiło zbrodnię wojenną, z czym zgadzało się wielu amerykańskich naukowców – na przykład brytyjski fizyk, laureat nagrody Nobla Patrick Maynard Stuart Blackett – który uważał, że bomba atomowa zrzucona na Nagasaki miała przyćmić sukcesy Armii Czerwonej. Tymczasem prezydent Truman, a ostatnio historycy, jak choćby Paul Fussell, stwierdzali, że ataki na Hiroszimę i Nagasaki były usprawiedliwione, bo przekonały Japończyków o konieczności poddania się.