Рассчитывая решить испанскую проблему до вступления Австрии в войну, Наполеон 29 октября выступил в поход во главе прибывшей из Германии армии в 160 тыс. человек. 4 декабря французские войска вошли в Мадрид. 16 января англичане, отразив атаку Сульта под Ла-Коруньей, погрузились на корабли и покинули Испанию. 1 января 1809 года в Асторге Наполеон получил депеши о военных приготовлениях Австрии и об интригах в его правительстве со стороны сблизившихся Талейрана и Фуше (которые договорились в случае смерти Наполеона в Испании заменить его Мюратом). 17 января он выехал из Вальядолида в Париж. Несмотря на достигнутые успехи, завоевание Пиренеев не было закончено: испанцы продолжали партизанскую войну, английский контингент прикрывал Лиссабон, через три месяца англичане под командованием Уэлсли снова высадились на полуострове. Падение португальской и испанской династий привело к открытию обеих колониальных империй для британской торговли и пробило брешь в континентальной блокаде. Впервые война не приносила Наполеону доходы, а лишь требовала всё новых и новых расходов и солдат. Для покрытия расходов увеличивались косвенные налоги (на соль, продовольственные товары), что вызывало недовольство населения. На Святой Елене Наполеон говорил: «злополучная испанская война стала первопричиной несчастий».