İkinci Koalisyon Savaşı (1799–1802), imparatorluk ve müttefik kuvvetlerinin Napolyon Bonapart tarafından mağlup edilmesiyle sonuçlandı; Lunéville (1801), Amiens (1802) antlaşmaları ve 1803 İlhakı ile Kutsal Roma Cermen İmparatorluğu topraklarının büyük bölümünü hanedan devletlerine devredildi; seküler kilise arazileri ve imparatorluk şehirlerinin büyük bölümü siyasi ve yasal sahneden uzaklaştı, bu bölgelerde yaşayan halk yeni düklere ve krallara bağlandı. Bu devirde özellikle Württemberg ve Baden topraklarını genişletti. 1806'da Prusya'nın işgali ve Prusya ile Rusya'nın Jena-Auerstedt Muharebesi'ndeki yenilgileri sonrası Napolyon, imparatorluğu Pressburg Barışı'nı kabul etmeye zorladı. Bu antlaşma ile imparator Kutsal Roma Cermen İmparatorluğu'nu sona erdirmiş oldu.