In der Waffen-SS wurde Künsberg zunächst als Kompaniechef und Abteilungsführer eines Panzerregiments eingesetzt. Anfang 1944 kam er mit Diphtherie und Paratyphus in das Lazarett von Tarnopol. Das Auswärtige Amt teilte ihn zwar am 24. Mai 1944 dem Generalkonsulat in Tirana zu, doch die Waffen-SS zog ihn zur 8. SS-Kavallerie-Division „Florian Geyer“ ein. Diese Einheit wurde im Januar 1945 bei der Schlacht um Budapest fast vollständig aufgerieben. Im Allgemeinen wird daher angenommen, dass Künsberg zwischen dem 11. und dem 14. Februar 1945 in oder bei Budapest getötet wurde. Nach einer mündlichen Auskunft des Hausarchivs der Freiherren von Künsberg wurde Eberhard von Künsberg noch einmal im April 1945 in Pommern gesehen. Er gilt als vermisst und wurde 1949 für tot erklärt.