Kun Britannia vuonna 1877 miehitti Transvaalin, Krugerista tuli maan itsenäisyyspyrkimysten keskushahmo. Hän neuvotteli Lontoossa vuosina 1877 ja 1878 tuloksetta kahdesti Benjamin Disraelin hallituksen kanssa ja ohjasi buurit passiiviseen vastarintaan. Kun myöskään Britannian hallituksen vaihtuminen vuonna 1880 ei muuttanut tilannetta, Transvaal nousi joulukuussa 1880 aseelliseen kapinaan. Kruger, Marthinus Pretorius ja Piet Joubert muodostivat triumviraatiksi kutsutun väliaikaisen hallinnon, joka johti Transvaalia ensimmäisen buurisodan ajan ja pari vuotta sen jälkeen. Sodassa saavutettujen voittojen jälkeen Kruger sai neuvoteltua Britannian kanssa rauhan, joka palautti Transvaalille rajoitetun itsenäisyyden Britannian suojeluksessa.