Soares beteiligte sich maßgeblich an dem Aufbau der Milizen, die im ganzen Land nach der Volksabstimmung über die Unabhängigkeit Osttimors vom 30. August 1999 Angst und Terror verbreiteten. Er wurde auch für einige Fälle unmittelbar verantwortlich gemacht, so für die Massaker in der Kirche von Liquiça von 6. April 1999, im Haus des Unabhängigkeitsführers Manuel Carrascalão vom 17. April 1999, in der Residenz des Bischofs Belo am 6. September 1999 und in einer Kirche in Suai am 6. September 1999. Im Zusammenhang mit diesen Fällen wurde ihm vorgeworfen, nichts zur Verhinderung dieser Verbrechen unternommen zu haben. Mit der Intervention (INTERFET) und Machtübernahme durch die Vereinten Nationen (UNTAET), die später Osttimor in die Unabhängigkeit führten, wurde Soares abgesetzt.