Embora há um antigo assentamento chamado Parolíonto em torno da cidade moderna, Sultanköy foi fundada no pelos turcos do Irã e foi chamada Sultanşah, vindo a receber posteriormente o sufixo "köy". O assentamento sofreu durante os últimos anos do Império Otomano, tendo sido ocupado pelos russos na Guerra russo-turca de 1877-1878, pelos búlgaros na Primeira Guerra Balcânica e pelos gregos na Primeira Guerra Mundial. Em 1999, foi declarada como sede dum distrito.