Po návratu do vlasti působil major Černý na velitelství 12. tankové brigády v Českém Krumlově. V roce 1947 nastoupil jako posluchač na Vysokou školu válečnou, kterou však musel po únorovém převratu 1948 opustit. Krátce působil u 29. pěšího pluku v Jindřichově Hradci. V červenci 1948 byl krátce zatčen a poté byl propuštěn z armády. V dubnu 1949 byl opět zatčen a vyslýchán. Okamžitě po svém propuštění utíká do Západního Německa. Po pobytu v utečeneckém táboře nastoupil v září 1949 u americké zpravodajské jednotky 946th Signal Service Company. V rámci plnění zpravodajských úkolů u Česko-Bavorské hranice dopravoval kurýry a agenty chodce. Zde se také setkal s Josefem Hasilem. V roce 1952 se z pověření generála Sergeje Ingra stal velitelem Československé strážní roty (4091st Labor Service Company (Guard) – Czechoslovak) zformované v rámci Americké armády v Západním Německu. Tato jednotka měla vytvořit zárodek budoucí Československé exilové armády na západě. Jednotku vedl až do jejího rozpuštění v roce 1964. Od roku 1965 pak velel i nově zformovanému útvaru 4222nd Civilian Labor Group (Guard). Koncem roku 1979 odešel do výslužby a usadil se v Norimberku. Československo navštívil krátce v létě 1990. Zemřel 5. dubna 1991 v Norimberku, kde je i pochován. Krátce po své smrti byl v Československu rehabilitován a povýšen do hodnosti plukovníka "in memoriam".