W 1789 roku wstąpił do armii francuskiej, w latach 1792–1797 walczył w szeregach Armii Renu. W październiku 1797, w stopniu kapitana, został adiutantem generała Desaix, z którym brał udział w wyprawie do Egiptu, gdzie m.in. walczył w bitwie pod piramidami. Po powrocie z Egiptu, gdy gen. Desaix (jeden z przyjaciół Napoleona Bonaparte) zginął w bitwie pod Marengo 14 czerwca 1800, Savary został adiutantem samego Bonaparte, który wówczas piastował urząd Pierwszego Konsula. W tym samym roku został dowódcą żandarmerii Gwardii. Od tego czasu Savary na polecenie Napoleona wykonywał wiele poufnych misji wojskowych i dyplomatycznych.