Nella prime fasi della seconda guerra mondiale venne usata con la sua nave sorella, la "Strasbourg", per scortare convogli come parte della Force de Raid. Dopo il collasso della Francia venne ormeggiata a Mers-El-Kebir, insieme alla "Strasbourg"; il 3 luglio 1940 fu una dei principali obiettivi della Distruzione della flotta francese a Mers-el-Kébir da parte dei britannici. Il "Dunkerque" venne pesantemente danneggiato; tre mesi più tardi subì ulteriori danni inflitti dalla "Ark Royal".