Er kommandierte die NATO Stabilization Force in Bosnien und Herzegovina vom 23. Oktober 1998 bis zum Oktober 1999, gleichzeitig zu seinem Kommando über die Seventh United States Army. Während der Bombardierung der Bundesrepublik Jugoslawien befahl Meigs am 3. April 1999 die Zerstörung eines Teils der Belgrad-Bar Eisenbahnstrecke die auf einem kurzen Abschnitt über bosnischem Gebiet verkehrt.