Durant l'opération "Liberté irakienne" qui entraîne la chute du régime dictatorial de Saddam Hussein, le musée archéologique de Mossoul, comme celui de Bagdad, est victime de pillages et beaucoup d'objets sont perdus ou détruits. Mossoul passe sous le contrôle des peshmergas kurdes qui, bien qu'ils ne la revendiquent pas comme partie de leur région autonome du Kurdistan, s'y maintiennent jusqu'en 2005 comme alliés des Américains puis du gouvernement provisoire irakien. Le , les troupes américaines ouvrent le feu sur des manifestants dénonçant leur présence en Irak : la fusillade fait au moins dix victimes. Trois mois plus tard, en juillet 2003, les deux fils de Saddam Hussein, Oudaï et Qoussaï sont tués à Mossoul lors d'une opération commando des forces spéciales.