Trước khi rời khỏi thủ đô sau khi Quốc hội giải tán cuộc họp vào tháng 3 năm 1865, Stevens đã gặp riêng Lincoln và thúc giục vị tổng thống ép chặt miền Nam về mặt quân sự, dù chiến tranh đã sắp kết thúc. Lincoln trả lời "Stevens à, đây là một con lợn thật lớn mà chúng ta đang cố gắng bắt và giữ yên khi bắt được. Chúng ta phải cẩn thận để nó không tuột khỏi tầm tay." Đây là lần cuối cùng Stevens gặp mặt Lincoln; Stevens ra đi với ấn tượng nghe được "một ẩn dụ giản dị nhưng không chắc chắn để lại một dấu vết gì trong chính sách của Lincoln". Vào tối ngày 14 tháng 4 năm 1865, Lincoln bị người ủng hộ miền Nam là John Wilkes Booth ám sát. Stevens không tham gia các lễ nghi khi tàu tang của Lincoln dừng lại tại Lancaster; lúc đó ông được cho là đang đau ốm. Trefousse thì đưa giả thuyết rằng ông có lẽ đã tránh các lễ nghi vì các lý do khác. Theo nhà viết tiểu sử về Lincoln là Carl Sandburg, Stevens đã đứng tại một cầu đường sắt và giở mũ chào.