Flotila vznikla v listopadu roku 1722 v Astrachani z příkazu cara Petra Velikého jako součást carského námořnictva. Její vybudování a následné velení svěřil car generál admirálovi Fjodoru Apraxinovi. Flotila sehrála významnou roli v rusko-perské válce v letech 1722–1723 a v rusko-perské válce v letech 1804–1813, když napomohlo carské armádě dobýt města Derbent a Baku. Na základě smlouvy z karabašského Gulistánu z roku 1813 zůstala Kaspická flotila jedinou vojenskou flotilou ve vodách Kaspického moře. V roce 1867 se její hlavní základnou stalo Baku.