Bei Ausbruch des Sezessionskrieges gingen Doles und die meisten Mitglieder der "Baldwin Blues" zur Armee der Konföderierten. Er wurde als Captain aufgenommen, dem 4. Georgia Infanterie-Regiment zugeteilt und bei Norfolk (Virginia) stationiert. Im Mai 1862 beförderte man Doles zum Colonel des Regiments, das er während der Peninsula-Campaign (März bis Juli 1862) von nun an als Teil der Nord-Virginia-Armee führte. Am 1. Juli 1862, bei der Schlacht am Malvern Hill, wurde er verwundet.