Од краја 12. века Нормани и Млечани. Падом Цариграда 1204. године у Четвртом крсташком рату острва запоседају делом Латини, а делом Млечани. Међутим, Византија под Палеолозима враћа власт на већини острва крајем 13. века. Нека острва (Хиос) су дуго била под Ђеновом. Међутим, од краја 15. до краја 16. века сва острва потпадају под Отоманско царство. У вишевековној турској владавини она ће као трговачка и поморства стецишта стећи елементе аутономије, која ће омогућити очување грчке свести и православља.