Accortosi che le promesse inglesi di un governo autonomo non venivano mantenute, i Boeri si ribellarono al giogo britannico, creando, nel dicembre del 1880 un governo insurrezionale con a capo un triumvirato formato da Paul Kruger, Petrus Jacobus Joubert e, appunto, Pretorius. Con la cosiddetta Prima guerra boera i boeri del Transvaal riacquistarono l'indipendenza e Pretorius, come membro della Troika, fu uno dei firmatari della Convenzione di Pretoria (agosto 1881), rimanendo componente di quest'organismo, sino all'elezione di Kruger come presidente nel maggio 1883, data nella quale egli si ritirò in via definitiva dalla politica e in generale dalla vita pubblica.