Najlepsze wyniki osiągnął jednak w &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20skokach%20narciarskich%201996/1997"&gt;sezonie 1996/1997&lt;/a&gt;. Rywalizację rozpoczął od zajęcia czwartego i dziesiątego miejsca w dwóch pierwszych konkursach w norweskim Lillehammer. Następne starty miały miejsce w Ruce w dniach 7 i 8 grudnia 1996. Udział w pierwszych zawodach zakończył już na pierwszej serii, zajmując ostatecznie 39. miejsce. Jednak w drugim konkursie zaprezentował się znacznie lepiej, zwyciężając z wyraźną przewagą nad Norwegiem Lasse Ottesenem i Takanobu Okabe z Japonii. W dwunastu kolejnych startach Peterka nie opuszczał czołowej dziesiątki zawodów, z czego dziesięciokrotnie stawał na podium. W czeskim Harrachovie zajął drugie miejsce 14 grudnia, a następnego dnia był najlepszy. Zwyciężył także w klasyfikacji końcowej 45. edycji Turnieju Czterech Skoczni po tym, jak był siódmy w Oberstdorfie, pierwszy w Garmisch-Partenkirchen, drugi w Innsbrucku oraz trzeci w Bischofshofen. Wygrał także oba konkursy w szwajcarskim Engelbergu w dniach 11 i 12 stycznia, w Willingen był trzeci i piąty, a na początku lutego zajął trzecie i pierwsze miejsce podczas lotów w Tauplitz. Mimo znakomitej formy prezentowanej w zawodach PŚ, na mistrzostwach świata w Trondheim w 1997 roku Słoweniec zawiódł. W indywidualnych startach był trzynasty na dużej skoczni, a na normalnej zajął dopiero 31. miejsce. W konkursie drużynowym Słoweńcy z Peterką w składzie zajęli szóste miejsce. Pierwszy konkurs PŚ po mistrzostwach Primož zakończył na 44. miejscu. W pozostałych konkursach pierwszej edycji Turnieju Nordyckiego spisywał się lepiej, zajmując kolejno trzecie miejsce w Kuopio, pierwsze w Falun i szesnaste w Oslo. W klasyfikacji końcowej zajął szóstą pozycję. Na zakończenie sezonu w Planicy 22 i 23 marca 1997 roku był czwarty oraz drugi w lotach. Ostatecznie triumfował w klasyfikacji generalnej zarówno Pucharu Świata w skokach jak i w lotach, zdobył ponadto Puchar KOP.