Danau Kyzyltash adalah danau alami terbesar yang mampu menyediakan air pendingin ke reaktor; Danau itu cepat terkontaminasi melalui sistem open-cycle. Danau Karachay bahkan lebih dekat lagi, namun danau itu terlalu kecil untuk menyediakan air pendingin yang cukup. Danau Karachay kemudian ditunjuk sebagai tempat pembuangan sampah yang dekat dan mudah digunakan untuk sejumlah besar limbah radioaktif tingkat tinggi yang juga "panas" untuk disimpan di gudang penyimpanan bawah tanah di fasilitas tersebut. Rencana semula adalah menggunakan danau untuk menyimpan bahan radioaktif yang sangat tinggi sampai bisa dikembalikan ke tong penyimpanan beton bawah tanah milik Mayak, tapi ini terbukti tidak mungkin karena tingkat radioaktif yang mematikan. Danau ini digunakan untuk tujuan ini sampai Bencana Kyshtym pada tahun 1957, di mana tong-tong di bawah tanah meledak karena sistem pendinginan yang salah. Kejadian ini menyebabkan kontaminasi luas seluruh wilayah Mayak (dan juga petak besar wilayah di timur laut). Hal ini menyebabkan kehati-hatian lebih besar di antara pemerintah, karena khawatir mendapat perhatian internasional, dan menyebabkan tempat pembuangan sampah tersebar di berbagai wilayah (termasuk beberapa danau dan Sungai Techa, di mana banyak desa terbaring).