Pudil ma za sobą występy w młodzieżowych reprezentacjach Czech. Dla drużyny U-19 rozegrał osiem, a dla zespołu U-21 szesnaście meczów. W dorosłej kadrze zadebiutował 7 lutego 2007 roku w zwycięskim 2:0 pojedynku z Belgią. Pierwszą bramkę dla drużyny narodowej strzelił 21 listopada tego samego roku w wygranym 2:0 spotkaniu przeciwko Cyprowi. 14 maja 2008 roku Karel Brückner powołał go do kadry na mistrzostwa Europy. 20 maja poinformowano, że z powodu kontuzji ręki Pudil nie zagra jednak na Euro. W jego miejsce do drużyny powołany został Rudolf Skácel.