El premio no le sirvió para aminorar las tensiones que tenía con el gobierno peronista. Según sus detractores, Juan Domingo Perón simpatizaba con el fascismo europeo, lo que lo enfrentaba con Houssay, un abierto defensor de la causa aliada durante la Segunda Guerra Mundial. Estas diferencias llevaron a que el médico fuera separado de su cargo en la UBA por más de una década tras firmar junto a Mariano Rafael Castex y otras personalidades destacadas una declaración a favor de los aliados bajo el lema "Democracia Efectiva y Solidaridad Americana". Recién pudo volver a dirigir el Instituto de Fisiología en 1955, cuando Perón fue derrocado a través de un golpe de Estado.