Иако је познато да су у том подручју постајала насеља још у камено доба прво стално насеље основали су Римљани. Познато је било као Клаусентум и представљало је значајну трговачку луку за велике римске градове Винчестер и Солсбери. Англо-саксонци су померили центар града на данашњу позицију, а у ињихово доба град је био значајна лука. Насељае које је било познато као Хамвик, па Хамтун, па Хемптон. Претпосзтавља се да је ту 1014. викиншки краљ Кнут Велики победио англо-саксонског краља Етелреда Неспремнога и да је ту Кнут ту крунисан. Након норманског освајања Енглеске 1066. Саутемптон је постао велика транзитна лука између Винчестера и Нормандије. До краја 13. века Саутемптон је постао водећа лука и посебно је био значајан за трговину вуном. Ту је 1417. изграђено огромно складиште вуне за средњовековну трговину вуном са Фландријом и Италијом. За време средњег века градња бродова је постала веома важна индустрија и остала је важна вековима.