Наступним міжнародним турніром для гравця став чемпіонат Європи 2000 року, він знову відзначився трьома м'ячами і став найкращим бомбардиром команди, причому одним з голів зрівняв рахунок у півфінальному матчі з Португалією. Франція перевела гру в овертайм і виграла після точного виконання пенальті Зінедіном Зіданом. Перемогу у фінальному матчі над Італією теж здобуто в додатковий час — разом з головною збірною країни з футболу Анрі отримав другу золоту медаль. Під час турніру футболіста тричі називали гравцем матчу, зокрема і в останній грі з італійцями.