Донован был капитаном сборной США на групповом этапе Кубка конфедераций ФИФА в 2009 году, должность освободилась из-за травмы Карлоса Боканегры. Он забил пенальти в матче против Италии вскоре после того, как его команда была вынуждена играть вдесятером, он также забил в финальном матче против Бразилии, что не спасло его сборную от поражения (2:3 в пользу Селесао). 10 октября 2009 года Донован забил со свободного удара, чем принёс победу США со счётом 3:2 над Гондурасом в Сан-Педро-Сула, это был последний матч квалификации к чемпионату мира 2010.