Zespół powstał w 2001 r. z inicjatywy frontmana, Gerarda Waya i byłego perkusisty Matta Pelissiera. Kiedy doszło do zamachów, które miały miejsce 11 września 2001 roku, Way zdecydował się na zmiany w swoim życiu. Pomimo że był dobrze wykształconym rysownikiem komiksów i miał też realne szanse na podpisanie kontraktu z Cartoon Network na wydanie własnej kreskówki ("The Breakfast Monkey"), postanowił poświęcić się muzyce. Razem z Mattem Pelissierem napisał piosenkę „Skylines and Turnstiles”, gdzie inspiracją do niej była tragedia z 11 września. Następnie poprosili ich wspólnego przyjaciela, Raya Toro, by do nich dołączył, gdyż Way nie był w stanie jednocześnie grać na gitarze i śpiewać.