Nach dem Rücktritt von Präsident Pasteur Bizimungu, im Bürgerkrieg ein Gefolgsmann Kagames, wurde Kagame am 17. April 2000 vom Parlament mit großer Mehrheit zum Staatspräsidenten gewählt; das Amt hatte er seit dem 24. März 2000 bereits interimistisch ausgeübt. Bei den Präsidentenwahlen im August 2003 wurde Paul Kagame mit 94 % der Stimmen im Amt bestätigt. Die Opposition unter der Führung von Faustin Twagiramungu, der selbst den Völkermord von 1994 nur durch Zufall überlebt hatte, warf ihm Wahlbetrug vor und erkannte die Wahl nicht an.