Les affrontements meurtriers qui éclatent alors entre la Serbie et ces deux États sont les premiers en Europe depuis 1945 entre des États s'affirmant souverains. D'autres conflits suivent dans l'ex-Yougoslavie qui ne connaît pas la paix de toute la décennie 1990. Ils placent la communauté internationale face à des questions complexes de formation de nouveaux États, de droit à l'auto-détermination et de droit des minorités. Le souvenir de 1914 et l'horreur des massacres montrés par les médias conduisent la CEE et l'ONU à intervenir, initialement sans grand effet, conduisant les États-Unis à s'impliquer. Ces conflits contribuent à modeler le monde de l'après guerre froide : les États-Unis se lancent sous la présidence de Bill Clinton dans une politique extérieure très interventionniste et l'OTAN se transforme pour être capable de conduire des opérations extérieures. L'OTAN intervient sous mandat de l'ONU en Bosnie-Herzégovine à partir de 1993. Puis l'OTAN intervient dans la guerre du Kosovo en bombardant la Serbie sans mandat de l'ONU puis en déployant sur le terrain la KFOR, force multinationale sous mandat de l'ONU.