המשא ומתן בניהול פוטיאטין החל מיד עם הגעתו לחופי יפן. פוטיאטין שלח מסר של שלום לשלטונות היפנים, ואף נפגש עם מושל נגאסאקי בתחילת ספטמבר ומסר לו מכתב בקשה רשמי בנושא הסחר והיחסים בין המדינות. מותו של השוגון ה-12, אייאושי (Ieyoshi) ותהליך בחירת מחליפו עיכבו את מתן התשובה היפנית בשלושה חודשים. לאחר שהמתין כשלושה חודשים לתשובה היפנית החליט פוטיאטין להפליג לשאנגחאי וחזר ליפן בדצמבר 1853 והצליח לקיים פגישה ראשונה עם משלחת יפנית. בראשית ינואר 1854 החל משא ומתן שמטרתו הייתה לפתוח את נמלי יפן בפני צי הסוחר הרוסי ולהגיע להסכם ידידות ומסחר בין המדינות. המגעים בין הצדדים לא הביאו לתוצאה הרצויה לרוסים, ובעקבות כך עזב ופוטיאטין את יפן והפליג לעבר מנילה (בשמה הקודם Hamilton), משם שיגר דיווח למשרד החוץ הרוסי על הבטחה שקיבל משלטונות יפן, כי בעתיד, אם תחליט יפן לפתוח את נמליה לסחר בינלאומי, רוסיה תהיה המדינה הראשונה לקבל מעמד זה. לנוכח המצב הבינלאומי והמלחמה בקרים, החליט פוטיאטין לחזור לרוסיה.