Након убиства антивладиног издавача и новинара Славка Ћурувије на Ускрс током НАТО бомбардовања СР Југославије, Ђинђић се, ради сопствене сигурности, привремено склонио у Црну Гору да би касније отишао у иностранство, наводно јер је био следећи на списку атентата Милошевићеве Службе државне безбедности. У септембру 1999. године, Ђинђић је проглашен за једног од најважнијих политичара на почетку 21. века у избору часописа Тајм. Након повратка у земљу у јулу 1999. године, Ђинђић је био оптужен за угрожавање државне безбедности. Суђење по овој оптужби је било затворено за јавност, а потом је и установљено да је било монтирано.