По времето на цар Самуил Охрид е столица на Българското царство и престолен град на Българската патриаршия (X–XI век). Крепостта, която е строена по това време, носи и днес неговото име и все още се извисява над града. През есента на 1015 година император Василий II Българоубиец превзема града. Крепостта остава и след това под управлението на Иван Владислав – наследник на Гаврил Радомир, който е син на цар Самуил. От времето на византийското владичество от 1018 до 1767 година, градът е център на Охридската българска архиепископия. Смята се, че от 1205-1207 до 1215 година Охрид е в границите на българската държава, а през 1215 г. е завладян от епирския деспот Теодор Комнин Дука. След битката при Клокотница през 1230 година Охрид отново е включен в границите на България.