В 1993 году Сайнс стал главным тренером сборной Испании, которую возглавлял до 2000 года. На этом посту он сменил Антонио Диаса-Мигеля, бывшего национальным тренером 27 лет, после серьёзной неудачи сборной на Олимпийских играх в Барселоне. Под руководством Сайнса сборная один раз становилась призёром континентального первенства, завоевав серебряные медали на чемпионате Европы 1999 года, а также заняла пятое место на чемпионате мира за год до этого.