2007. március 24-én debütált a bosnyák válogatottban a Norvégia elleni Európa-bajnoki selejtező-mérkőzésen. Ibišević a 11 kezdőjátékos közt szerepelt. 2007. október 13-án a Görögország elleni athéni meccsre is behívták. Ezen a meccsen meglőtte első válogatott gólját, csapata második és egyben utolsó találatát szerezte, 3–2-re kikaptak. Részt vett a válogatott 2010-es világbajnoki selejtezőin is.