Im Zweiten Weltkrieg stand Ikaria erst unter italienischer, später unter deutscher Besatzung. Durch Kampfhandlungen und Repressionen erlitt die Inselbevölkerung sehr hohe Verluste, sowohl an Menschenleben als auch an Wirtschaftsgut. Allein im Dorf "Karavostomos" sollen über 100 Menschen verhungert sein. Den Entbehrungen des Weltkriegs folgten unmittelbar die des griechischen Bürgerkrieges zwischen Nationalisten und Kommunisten (1946–1948). Die neue griechische Regierung, gebildet aus den siegreichen Nationalisten, benutzte die ausgezehrte Insel als Exil-Ort zur Unterbringung von bis zu 13.000 Kommunisten in Verbannungslagern.