Nacque a Smirne, ma i suoi genitori erano nativi di Chio, Grecia. Suo fratello maggiore era Dimitris Orphanides, professore di medicina. Dopo lo scoppio della rivoluzione greca, la sua famiglia fu costretta a trasferirsi prima a Nauplia, in Tino e infine a Siro, dove anche finì gli studi liceali. Nel 1835 si trasferì ad Atene dove venne nominato scrittore ministeriale presso il Ministero degli Interni greco, dove iniziò a scrivere satira politica. Tuttavia, poiché egli criticava la reggenza bavarese con le sue opere, fu licenziato dal Ministero ed è stato condannato per la durata di 3 giorni. Nel 1844 dopo l'intervento del primo ministro greco, Ioannis Kolettis, che lo cacciò da Atene, si trasferi a Parigi, e si occupò di botanica, dove nella quale prese la borsa di studio sotto gli insegnanti Adrien-Henri de Jussieu, Adolphe-Théodore Brongniart, Joseph Decaisne e Achille Richard.