Когда началась Перестройка, в Спорткомитете подали идею о реорганизации, необходимой для предотвращения развала системы национального футбола: в августе 1987 года управление футбола объединили с управлением хоккея в единое управление при Спорткомитете СССР, и Колоскова назначили на этот пост, несмотря на его возражения. Накануне решающих матчей хоккейного турнира зимних Олимпийских игр 1988 года Колосков по итогам работы комплексных научных групп решил предоставить команде больше времени для отдыха и уговорил тренировавших сборную Виктора Тихонова и Владимира Юрзинова отвезти команду в горы, чтобы та зарядилась положительными эмоциями: решение оправдало себя, и сборная СССР гарантировала себе золотые медали благодаря крупным победам над Швецией и Канадой. Футбольная же команда выиграла летние Игры в Сеуле, переиграв в финале Бразилию в дополнительное время со счётом 2:1, а также стала серебряным призёром чемпионата Европы в ФРГ, уступив Нидерландам в финале со счётом 0:2. За успехи сборной Колосков был награждён орденом Дружбы народов и вошёл в состав коллегии Госкомспорта СССР. По словам Колоскова, для него это был лучший год в его профессиональной деятельности. В те же годы Колосков занялся вопросами проведения так называемых «коммерческих игр», когда Федерация футбола СССР за участие сборной в товарищеских турнирах или выставочных матчах получала крупную сумму денег, выделяя до половины из неё в качестве премиальных для игроков.