La période médiévale d'Alexandrie reste, jusqu'à ce jour, peu étudiée. La ville a été décrite par les auteurs contemporains arabes. Le grand Maïmonide y fit une apparition avant de se rendre au Caire et Saladin y fonda un "waqf", une fondation de main morte, au : le document de fondation, l'un des plus anciens de son genre, fut retrouvé il y a peu de temps dans des archives de la ville, qui se trouvent désormais au Caire. Alexandrie fut investie par les forces de la cinquième croisade (1217–1221) et fut pillée lors de la Croisade d'Alexandrie (1365).