בשנת 1996 עבר באסלר לבאיירן מינכן, עמה זכה בשתי אליפויות ובגביע אחד. באסלר הבקיע בקאמפ נואו את שער היתרון של באיירן מינכן בדקה השישית של גמר ליגת האלופות בשנת 1999 נגד מנצ'סטר יונייטד. יתרון זה החזיק מעמד 85 דקות, עד המהפך אותו ביצעה יונייטד בתוספת הזמן, שהקנה לה את הגביע.