Im Jahr 1705 machte ihn der Kurfürst zum General der Kavallerie und Kriegsminister. Er wurde außerdem mit den auswärtigen Angelegenheiten im neu gebildeten Geheimen Kabinett beauftragt. Im Frieden von Altranstädt 1706 verlangte Karl XII. Flemmings Auslieferung, denn er habe Güter in Pommern und sei somit schwedischer Untertan. Flemming befreite seinen Kurfürsten aus dieser Zwickmühle, indem er nach Preußen abreiste – sein Titel als Erblandmarschall von Hinterpommern kam ihm nun zupass, denn er konnte sich so in Preußen jederzeit frei bewegen. Als die Schweden aus Polen abgezogen waren (Karl XII. wandte sich gegen Russland und wurde 1709 bei Poltawa geschlagen), holte August der Starke (nun erneut König von Polen) Flemming 1707 als Gouverneur der Residenz Dresden zurück.