Morales gehörte der uruguayischen U-20-Nationalmannschaft an, die 1975 an der Junioren-Südamerikameisterschaft in Peru teilnahm und den Titel gewann. Im Verlaufe des Turniers wurde er von Trainer Walter Brienza in sechs Spielen eingesetzt. Dabei erzielte er einen Treffer. Er war auch Mitglied der A-Nationalmannschaft Uruguays, für die er zwischen dem 4. Juni 1975 und dem 18. Juli 1980 15 Länderspiele absolvierte und ein Länderspieltor schoss. Mit der Celeste nahm er unter Trainer Juan Alberto Schiaffino an der Copa América 1975 teil und gewann im selben Jahr und erneut 1977 mit Uruguay die Copa Juan Pinto Durán. Auch bei der Copa del Atlántico 1976 und im Rahmen der Qualifikation für die Weltmeisterschaft 1978 kam er zum Zug.