Die Abkehr von der Kirche, seine klaren Reden für die Republik und seine offene Kritik des Papsttums machten ihn aber zum Angriffsobjekt der wiederauflebenden Royalisten in der Normandie. Pouqueville musste sich erneut verstecken – vermutlich in Caen –, bis die royalistischen Truppen, die von Charettes Chouans-Banden verstärkt worden waren, bei Quiberon in der Emigrantenschlacht durch die Republikanische Armee unter Lazare Hoche und später bei der Belagerung von Toulon und in Paris durch Napoleon Bonaparte geschlagen worden waren.