W seniorskiej reprezentacji Salwadoru Hernández zadebiutował za kadencji meksykańskiego selekcjonera Carlosa de los Cobosa, 30 maja 2009 w zremisowanym 0:0 meczu towarzyskim z Jamajką. W 2011 roku został powołany na turniej Copa Centroamericana, gdzie pozostawał rezerwowym zawodnikiem swojej drużyny i wystąpił tylko w jednym meczu, zaś jego kadra zajęła ostatecznie czwarte miejsce. Kilka miesięcy później znalazł się w ogłoszonym przez Rubéna Israela w składzie na Złoty Puchar CONCACAF. Tam z kolei pełnił rolę podstawowego gracza i rozegrał wszystkie cztery spotkania, a Salwadorczycy odpadli z rozgrywek w ćwierćfinale.