Berger si trasferì quindi alla Ferrari dove si trovò come compagno di squadra Jean Alesi, con cui avrebbe corso per le successive cinque stagioni. I test invernali sulla F93 A furono deludenti e la vettura, oltre ad evidenziare vari problemi, fece registrare tempi molto più elevati rispetto alla concorrenza. I risultati nelle prime gare, infatti, si rivelarono deludenti con due sesti posti e tre ritiri, dovuti in larga misura all'inaffidabilità delle sospensioni attive montate sulla vettura. Al Gran Premio di Monaco, però, Berger riuscì a realizzare il secondo giro più veloce in assoluto in gara e stava duellando con Hill per la conquista della seconda posizione quando fu costretto al ritiro per una collisione con lo stesso pilota inglese. Al successivo appuntamento mondiale ottenne poi un quarto posto, nonostante avesse avuto problemi con i freni, i quali tendevano spesso a surriscaldarsi. Dopo alcune altre prestazioni deludenti l'austriaco riuscì a salire sul podio al Gran Premio d'Ungheria con un terzo posto, che sarebbe rimasto il suo miglior risultato nel 1993. Concluse la stagione con un quinto posto in Australia, terminando ottavo in classifica piloti con dodici punti conquistati.