Tahun 2006 yang lalu Persiba kembali berlaga di tingkat Divisi Satu Liga Indonesia dengan materi dan persiapan yang lebih matang, tetapi di tengah kompetisi pada tanggal 27 Mei 2006 Yogyakarta diguncang bencana alam gempa tektonik, sehingga dengan terpaksa Persiba mengundurkan diri. Begitupun dengan roda kompetisi Pengcab PSSI Kabupaten Bantul dengan terpaksa juga dihentikan.