Après les évènements de 2002, le département, comme tous ceux du nord du pays, a été placé sous l'administration du MPCI puis des Forces nouvelles de Côte d'Ivoire et se trouvait de fait sous l'autorité unique d'un « commandant de zone », dit « com-zone ». Ce dernier est désigné par le secrétaire général des Forces nouvelles de Côte d'Ivoire et actuel premier ministre, Guillaume Soro, originaire du nord du pays, comme pour chacun des 10 secteurs de la zone nord ivoirienne, le département de Boundiali étant désignée depuis 2006 sous le terme de « Zone no 9 ». Depuis 2007, il s'agit de Gaoussou Koné, alias Jah Gao, qui a succédé à Touré Moussa, démis de ses fonctions. Cette autorité existe toujours en 2008 et cohabite avec les fonctionnaires de l'état, préfet et sous-préfets, revenus dans la région à la suite des accords de Ouagadougou.