Am 16. Januar 2003 übernahm Jones den Posten des Kommandeurs des US European Command "(USEUCOM)" und den des Supreme Allied Commander Europe "(SACEUR)" einen Tag darauf. Während dieser Zeit führte die NATO die International Security Assistance Force (ISAF) in Afghanistan im Kampf gegen die Taliban, dabei waren Jones als EUCOM-Kommandeur ebenfalls die US-Truppen der Operation Enduring Freedom in Afghanistan unterstellt.