Provinsen Santa Fe drabbades mycket hårt av de inbördeskrigen som härjade i Argentina efter 1820. Befolkningstillväxten låg under denna tidsperiod på en låg nivå, och Rosario var en liten bosättning på vägen mellan staden Santa Fe och Buenos Aires. År 1823 nedgraderades stadens status till "by". Charles Darwin reste igenom området 1832 och beskrev Rosario som en "stor stad" med omkring 2 000 invånare. 1841 stängdes dess hamn ned från internationell handel genom ett påbud av Caudillo och guvernör av Buenos Aires, Juan Manuel de Rosas som förbjöd icke-argentinska fartyg att segla på Paranáfloden och andra floder i Paraguay.