Em 2003, foi convocado pela Seleção Brasileira Sub-20 para a disputa do Mundial da categoria. Os brasileiros conquistaram o título vencendo a Espanha por 1–0 na final, em 19 de dezembro de 2003. Daniel Alves foi um dos destaques da Seleção Brasileira no torneio, e terminou sendo eleito o terceiro melhor jogador da competição.