A raíz de la remodelación del sector, la Corporación de Mejoramiento Urbano (CORMU, que hoy ya no existe) anunció en 1967 la demolición del viejo edificio del Hospital San Borja, lo que significa asimismo la eliminación de su capilla. Sin embargo, las religiosas y los médicos, así como la escuela de Arquitectura de la Universidad de Chile se movilizaron y consiguieron apoyos que permitieron suspender la decisión de demoler el templo. Finalmente, fue traspasada a Carabineros de Chile después de que el entonces ministro de Salud, Winston Chinchón Bunting, mayor de Sanidad, informara de la situación al jefe del Servicio Religioso de la institución uniformada, teniente coronel (capellán) Luis Alberto Fajardo Pincheira, quien realizó las gestiones necesarias para lograr la cesión de la iglesia. CORMU entregó el templo el 19 de noviembre de 1975 y el 23 de abril del año siguiente se produjo su recepción oficial por parte de Carabineros en una ceremonia presidida por el entonces director institucional, general César Mendoza, miembro de la Junta Militar que en 1973 había derrocado al socialista Salvador Allende.