Martín Rodríguez fue convocado en 2009 por Diego Aguirre a la selección sub-20 de Uruguay para disputar el Campeonato Sudamericano 2009 donde Uruguay conseguiría quedar en tercer lugar, también fue convocado para disputar el Mundial sub-20 donde Uruguay caería frente a Brasil en octavos de final por 1-3. Nuevamente fue convocado por Juan Verzeri en 2011 a la selección sub-22 de Uruguay para disputar los Juegos Panamericanos donde Uruguay se quedaría con la medalla de bronce tras vencer a Costa Rica por 2-1.