Dans les années 1680, il prend part à diverses expéditions sous les ordres de l'amiral Duquesne contre les barbaresques. Il se signale d'abord à l'attaque de Tripoli de Barbarie en 1681, et les deux années suivantes au bombardement d'Alger, au cours duquel il commande une galiote à bombes avec beaucoup de bravoure, et enfin lors de l'expédition punitive contre Gênes en 1684. Il est nommé commissaire d'artillerie en 1684 et capitaine de vaisseau en 1685. Le maréchal d'Estrées ayant été envoyé contre Tripoli en 1685, Pointis a une nouvelle occasion d'augmenter sa réputation. Il brave le feu ennemi pour aller sonder l'entrée du port, ce qui facilite le rapprochement des vaisseaux français et l'établissement de nouvelles batteries. L'escadre part ensuite punir Tunis. Il est nommé commissaire général de l'artillerie de la marine en 1687.