Birleşik orduyu taşıyan gemiler MÖ 499 yılının baharında denize açıldılar. Fakat Nakşa'yı kuşatmalarına karşın sefer başarısızlıkla sonuçlandı. Dört ay süren Nakşa Kuşatması, bu sürenin sonunda maddi kaynakların tükenmesi nedeniyle kaldırılmak zorunda kalındı. Donanma ve ordu çaresiz olarak Önasya kıyılarına geri döndüler. Bu durumda, Pers Sarayı'nın Aristagoras'ı görevden alması kaçınılmaz gibi görünmektedir. Sarsıntıda gördüğü durumunu düzeltmek için yaptığı güçlü hamlenin başarısızlıkla sonuçlanması Aristagoras'ı, sarsıntıda gördüğü durumunu bıçak sırtına getirmesiyle sonuçlanmıştı. Pers Sarayı'ndaki itibar ve güven kaybını gidermek için yapabileceği hiçbir şey yoktu. Kendi halkına yöneldi ve Pers boyunduruğuna karşı duyulan hoşnutsuzluğu körükleyerek yeniden bir güç oluşturmayı denedi. Herodot her ne kadar ayaklanmayı Aristagoras ve Histiaeus'un kişisel ihtiraslarına bağlıyorsa da, İyonya'nın iç dinamiklerinin ayaklanmak için olgunlaşmış olduğu açıktır. Herodot, bu koşulları olgunlaştıran ilk etmenin Pers Sarayı tarafından atanan yöneticilere karşı duyulan hoşnutsuz olarak gösterir. Bu yüzden Aristagoras'ın girişimleri, bir kuru ot yığınına düşen kıvılcım gibi hızla yayılan etkilerle ayaklanmayı ateşlemiştir. Hemen her kent devletinde tiranlık yerine demokrasi hükûmet şekline geçilerek ayaklanma başlatılmış oldu. Diğer ifadeyle İyonlar, Pers Sarayı tarafından atanmış tiranları yönetimden uzaklaştırarak siyasi erki ele geçirmişlerdir.