Під час Релігійних воєн XVI століття Орлеан був одним з центрів поширення кальвінізму, але після подій Варфоломіївської ночі 1572 року, коли в місті було вбито близько 1 тис. гугенотів, посилився вплив католиків. 1560 року в місті було скликано Генеральні штати — вперше після 76-річної перерви.