С 21 декабря 1942 года полковник Шкурин допущен к и. д. командира дивизии (утвержден приказом НКО от 17.05.1943) и командовал ею до конца войны. Дивизия входила в состав 41-й, а с ноября 1942 года — 43-й армий Калининского (с 20 октября 1943 года — 1-го Прибалтийского) фронта и участвовала в оборонительных боях в районе города Демидов, в Духовщино-Демидовской наступательной операции и освобождении г. Демидов. За что Шкурин был награждён орденом Красного Знамени. Летом 1944 года части дивизии в составе войск 1-го Прибалтийского фронта принимали участие в освобождении Белоруссии, Витебско-Оршанской наступательной операции. За успешное выполнение заданий командования в этой операции дивизия получила наименование «Витебская», 13 её воинов были удостоены звания Героя Советского Союза, к присвоению звания Героя Советского Союза был представлен и сам комдив Шкурин и в мае 1945 г. — за действия по разгрому данцигской группировки противника , но награда для него была понижена до ордена Суворова 2-й степени. Осенью дивизия в составе 1-го, затем 92-го стрелковых корпусов 43-й армии успешно действовала в Рижской и Шяуляйской наступательных операциях. Её части прорвали оборону противника у города Бауска, затем наступали на рижском направлении и юго-западнее города Шяуляй. С выходом к Балтийскому морю южнее Кретинга они участвовали в блокировании либавской группировки противника. С ноября 1944 года дивизия находилась в обороне севернее и северо-восточнее Мемеля, в марте 1945 года участвовала в боях за овладение этой крепостью. За успешное выполнение заданий командования при овладении Мемелем она была награждена орденом Красного Знамени и её полкам было присвоено наименование «Клайпедских», а лично Шкурин награждён орденом Отечественной войны 1-й степени.