Авария на АЭС может произойти тремя возможными вариантами: пожар на Южно-Украинской АЭС с повреждением атомного реактора («малая проблема»), взрыв одного атомного реактора на Чернобыльской АЭС (исторический вариант) или взрыв трёх атомных реакторов на ней же («крупная проблема»). Также аварии, при надлежащем финансировании промышленности и инфраструктуры, можно избежать. После катастрофы, задача игрока — ликвидировать её последствия (историческим вариантом, построив бетонный саркофаг, или альтернативно-историческим, расширив зону отчуждения и эвакуировав оттуда население), не допустив при этом больших человеческих потерь и паники, за которые отвечают отдельные механики. Принятые действия могут как способствовать этому, так и усугублять ситуацию (например, если игрок проигнорирует требование Горбачёва и откажется засекречивать факт аварии, то это усилит панику и вызовет недовольство союзного Центра, который сократит финансирование республики). При успешной ликвидации, игроку выводиться обзорное событие, информирующее его о последствиях принятых им решений, в случае провала — ему придётся уйти в отставку и игра завершиться.