Nach dem Beginn der Reformation zerfielen die Kantone in ein reformiertes und ein katholisches Lager: Während sich die grossen Städte Zürich, Bern und Basel der Reformation anschlossen, bildeten die Waldstätte mit Luzern und Zug als «Fünf Orte» einen eigenen konfessionell-politischen Block und gingen darüber hinaus ein Defensivbündnis mit dem Reich ein; dagegen schloss Zürich ein vorübergehendes «Burgrecht» mit reformierten Städten in Süddeutschland, die ausserhalb der Eidgenossenschaft lagen. Zwischen den beiden konfessionellen Gruppen kam es wiederholt zu militärischen Konflikten, so im Ersten (1529) und Zweiten Kappelerkrieg (1531) und im Ersten 1656 und Zweiten Villmergerkrieg 1712 (Reformation und Gegenreformation in der Schweiz; 1519–1712). Auch das Beitrittsgesuch der reformierten Freien Reichsstadt Strassburg wurde nach seinem Eingang 1584 von den katholischen Ständen verschleppt, um nicht in die Minderheit zu geraten.