A brit-amerikai háború (1812-1815) kezdetén Scott alezredesi rangban harcolt, 1812. október 13-án a Queenston Heights csatában fogságba esett, 1813. januárban szabadult fogolycsere útján. 1813. márciusban az amerikai hadsereg parancsnoka Henry Dearborn lett. Scott a nyilvánosság előtt is éles kritikával illette "gyengeelméjű" tiszttársait és az amerikai stratégia egészét, amelyet a Niagara-félszigeten folytattak 1813-ban. A Niagara-kampányban vereséget szenvedtek az amerikaiak a számszerűen kisebb létszámú brit seregtől (Stoney Creek és Beaver Dams csaták).