Bonaparte le remarque et le fait désigner comme commandant en chef de la flotte destinée à transporter l'expédition d’Égypte avec le grade de vice-amiral et pavillon sur le vaisseau "l'Orient". Il réussit à tromper les Anglais qui voulaient lui disputer le passage, il réussit à atteindre Malte sans encombre puis Alexandrie, le .