Sous l'Empire, toutes les autorités de la cité dépendent du pouvoir central. En 1800, la ville est divisée en trois circonscriptions avec trois maires nommés : Parent, Saint-Rousset et Bernard-Charpieu. Réunifiée en 1805, elle est alors dirigée par Fay de Sathonay ; à qui succède André d'Albon. L'archevêque, oncle de l'empereur, est Joseph Fesch. La presse, comme tous les clubs et sociétés de notables, est surveillée. La seule ébauche de contestation vient des catholiques, qui utilisent pour faire passer informations et libelles le secret des congrégations et réactivent les réseaux contre-révolutionnaires mis en place par Linsolas. Ils seront mis au jour en 1811. La grande masse de la population est favorable à l'empereur, comme le prouve l'accueil enthousiaste qui lui est réservé durant les Cent jours, ainsi qu'il l'écrit à son épouse Marie-Louise d’Autriche. Cet attachement est lié également au fait que lors de la campagne de 1814, à la suite de la bataille de Limonest menée par le général Augereau, ce dernier évite de s'enfermer dans Lyon ; la ville échappe ainsi aux bombardements et pillages qui auraient immanquablement suivi.