Decisa ad aprire un ciclo, la squadra si rinforzò con gli arrivi di Walter Samuel e Luís Figo per la stagione 2005-06: ad inaugurare l'annata fu la vittoria in Supercoppa italiana, ottenuta nei supplementari in casa della Juventus. L'Inter si candidò a principale concorrente dei bianconeri anche sul fronte nazionale, non riuscendo però a reggere il ritmo dei torinesi: la sconfitta riportata nel confronto diretto vanificò le già flebili speranze di rimonta. La delusione europea, con i nerazzurri eliminati dal Villarreal nei quarti di finale, spinse la società a dichiarare una possibile vendita del club; per la seconda stagione consecutiva i lombardi vinsero la Coppa Italia, sempre sconfiggendo la Roma. Il campionato si concluse nuovamente con il terzo posto, ma a ribaltare lo scenario concorse l'esplosione di "Calciopoli": il declassamento dei bianconeri e la penalità inflitta al Milan promossero i nerazzurri al primo posto, con la conseguente vittoria "sub iudice" dello Scudetto.