В январе 1943 года Перекрестов был назначен на должность командира 16-го стрелкового корпуса (18-я армия). Этот корпус под его командованием принимал участие в Краснодарской наступательной операции и десантной операции у Мысхако под Новороссийском. Особенно отличился в апреле 1943 года при отражении попытки немецкого командования силами двух дивизий при массированной поддержке авиации уничтожить плацдарм и сбросить советские войска в море — за 8 суток боёв наступавшие дивизии понесли большие потери и противник отказался от дальнейшего наступления, линия фронта на участке обороны корпуса была полностью удержана.