Dopo le elezioni legislative del 2006, tuttavia, la coalizione di partiti chiamata Alleanza per la Svezia mise in discussione il progetto. Il 1º ottobre di quell'anno, alcuni rappresentanti governativi dichiararono che erano in procinto di accantonare il Citybanan in favore della costruzione di un terzo binario lungo la città. Nonostante ciò, nel dicembre del 2006 un esperto incaricato dal Governo raccomandò di costruire il Citybanan a seguito di una nuova valutazione del progetto. La decisione finale fu approvata definitivamente nel maggio 2007.