Nel frattempo, la presa di coscienza e la capacità organizzativa degli indigeni brasiliani si rafforzava e cerca a una maggiore libertà in relazione alla posizione del governo, percepita come paternalista e assistenzialista, e considerata forse più nociva che benefica. Alcuni dirigenti come Marçal de Souza, Ailton Krenak, Mário Juruna, Marcos Terena e Raoni, cominciano a mettersi in luce a livello nazionale e internazionale, e aprivano canali di comunicazione con altri movimenti sociali, ma si trovavano ancora in posizione abbastanza disorganizzata tra di loro. Per risolvere questo problema, durante l'Accampamento Terra Livre del 2005, fu creata la Articulação dos Povos Indígenas do Brasil (APIB), aggregando una serie di associazioni regionali, cercando di unificare la lista di rivendicazioni e la politica del movimento indigenista. La APIB conquistò una credibilità e rappresentatività e si è resa famosa per le sue posizioni in difesa dei diritti indigeni del paese. Una delle sue azioni più note fu la partecipazione al Vertice di popoli, realizzato a Rio de Janeiro nel 2012, parallelamente alla Conferenza delle Nazioni Unite sullo Sviluppo sostenibile. Secondo il politologo Bruno Lima Rocha, la APIB "eleva lo status di questa lotta, dal momento che generando auto-rappresentatività, va oltre la condizione di tutela e di delega indiretta attraverso le istituzioni come il Conselho Indigenista Missionário e le contraddizioni permanenti della Fondazione Nazionale dell'Indigeno (Fundação Nacional do Índio)".