No comando do III corpo do Exército da Virgínia do general John Pope participou da 2ª Batalha de Bull Run, uma nova derrota dos Federais. Durante a maior parte do dia, Pope conseguiu colocar no campo de batalha apenas 32 mil dos seus soldados. McDowell, a frente de 20 mil homens desperdiçou o tempo em manobras fúteis, conseguindo engajar as suas tropas apenas em escaramuças marginais, já depois do sol ter se posto. Seguiu-se uma investigação que eximiu tanto o Pope quanto McDowell de responsabilidade. McDowell envolveu-se em mais uma controvérsia,  servindo como testemunha de acusação no infame julgamento que condenou Fitz John Porter, o comandante do V Corpo, acusado de deslealdade, desobediência e má conduta em face ao inimigo naquela mesma batalha. Porter, a frente de 10 mil homens recebeu de Pope o comando de atacar o flanco direito do corpo confederado de Stonewall Jackson. A ordem não foi cumprida, selando, na versão do Pope, o desastre que se seguiu. Porter foi condenado, e “para sempre desqualificado de deter qualquer posição de confiança e lucro no governo dos Estados Unidos”. Anos depois da guerra, em 1886, os efeitos da condenação foram revertidos pelo Congresso, já que uma nova investigação provou a alegação de Porter: que a ordem do Pope era impossível de ser cumprida, pois o flanco direito de Jackson estava protegido pelas tropas recém chegadas de James Longstreet.