W późniejszych wiekach w obrębie Wzgórz Gilboa znajdowało się około piętnastu arabskich wiosek. Współczesne osadnictwo żydowskie rozpoczęło się w latach 20. XX wieku, jednak większość zakładanych osad rolniczych znajdowało się w położonej poniżej Dolinie Charod. Podczas arabskiego powstania w Palestynie (1936–1939) Wzgórza Gilboa służyły jako baza wypadowa do ataków na położone niżej żydowskie osiedla. Tutejsze wioski służyły jako bazy arabskich powstańców. Podczas I wojny izraelsko-arabskiej w 1948 roku Izraelczycy wysiedlili i zniszczyli większość tutejszych arabskich wiosek, przejmując kontrolę nad północną częścią wzgórz. Przez kolejne lata wzgórza stanowiły granicę (tzw. ) między Izraelem, a okupowanym przez Jordanię terytorium Samarii. Podczas wojny sześciodniowej w 1967 roku Izraelczycy zajęli całość Wzgórz Gilboa. Państwo Izrael przeprowadziło dużą akcję zalesiania wzgórz. Ortodoksyjni Żydzi założyli tutaj dwa kibuce: Ma’ale Gilboa oraz Meiraw (druga nazwa jest zapożyczeniem z Biblii, Merab była jedną z córek izraelskiego króla Saula – por. 2 Sm 21,8). Planowano założenie kolejnej kolonii, która miała nazywać się Mikal, w nawiązaniu do imienia kolejnej córki króla Saula (por. 2 Sm 3,14). Z planów zrezygnowano po gwałtownym sprzeciwie ekologów, którzy uważali, iż nowa osada przyczyni się do zniszczenia naturalnego piękna Wzgórz Gilboa. W wyniku Porozumienia z Oslo w 1993 roku utworzono Autonomię Palestyńską i Wzgórza Gilboa zaczęły ponownie pełnić funkcję wzgórz granicznych. Ze względów bezpieczeństwa w 2002 roku wybudowano mur bezpieczeństwa, oddzielający Izrael od terytoriów Autonomii Palestyńskiej.