Le 11th Alabama Infantry est d'abord engagé dans un combat à la bataille de Seven Pines. Pendant la bataille de sept jours, après avoir combattu lors de la bataille de Gaines Mill, Sanders est gravement blessé à la jambe par un éclat d'obus lors de la bataille de Glendale (Frayser's Farm), le , dans le comté de Henrico, en Virginie. Néanmoins, il reprend le commande du régiment le comme il est l'officier le plus ancien en activité. Il est de nouveau blessé à la deuxième bataille de Bull Run le . Sanders est officiellement promu colonel après la bataille d'Antietam (Sharpsburg, Maryland), le , où son visage est blessé par des pierres projetées par l'explosion d'un obus.