Van der Sar var med i Nederlands tropp foran 1994-VM, men fikk ikke spilletid. Han måtte vente til den 7. juni 1995 før han fikk sin internasjonale debut, mot . Han stod i mål i tre store turneringer på rad der laget tapte etter straffesparkkonkurranse: EM i 1996, VM i 1998 og EM i 2000. Ettersom Nederland feilet med å kvalifisere seg til VM i 2002, måtte Van der Sar vente i fire år for sin neste internasjonale turnering.