Chelsea'nin Corinthians arasındaki FIFA Kulüpler Dünya Kupası karşılaşmasındaki maçı Chelsea 1-0 kaybetti, Torres bu maçta birkaç gol pozisyonu kaçırdı ve vasat oynayanlar arasında yer aldı. Ayrıca Chelsea 19 Aralık Günü bir alt ligden Leeds United ile İngiltere FA Cup'ta 5-1 mağlup etti ve Torres 83. dakikada gol atmayı başardı. 23 Aralık 2012'de Lig'de Aston Villa'yı Chelsea 8-0 mağlup etmiştir, ve Torres henüz 1. dakikada kafa vuruşu ile topu ağlara gönderdi. İlerleyen dakikalarda Torres'in yerine Rafael Benítez oyuna Oscar'ı almıştır ve Oscar'da ilerleyen dakikalarda gol atma başarısı göstermiştir. 26 Aralıkta ise Chelsea, Norwich City FC deplasmanında Juan Mata'nın attığı golle 1-0 maçı kazanarak 3 puan kazandı. Torres bu maç iyi performans gösteremese de Chelsea maçı kazandı. UEFA Avrupa Ligi'nde Steaua București'ye karşı attığı gol ile toplam 7 farklı organizasyonda gol atma başarısını göstererek bir sezonda en çok kupada gol atan futbolcu olarak tarihe geçti. 15 Mayıs 2013'te Johan Cruyff Arena'da oynan 2013 UEFA Avrupa Ligi Finali'nde Benfica'ya karşı 60. dakikada gol attı. Maç 2-1 Chelsea zaferiyle sonuçlandı ve kariyerinde ilk kez bir takımla UEFA Avrupa Ligi'ni kazandı.