Pada September 1939, Perang Dunia II bermula dengan Pencerobohan Poland. Lütjens menerima Pingat Semat Iron Cross Kelas 2 (1939) tiga hari kemudian. Kejayaannya memimpin operasi kapal pembinasa di Laut Utara pada musim sejuk, 1939–40, mengurniakan beliau Pingat Semat Iron Cross Kelas 1. Pada 1 Januari 1940, beliau dinaikkan pangkat ke "Vizeadmiral" (Laksamana Madya). Pada April 1940 beliau diberi memerintah buat sementara seluruh armada permukaan Jerman semasa fasa awal pendaratan Operasi Weserübung, iaitu pencerobohan ke atas Denmark dan Norway. Untuk kejayaan ini beliau di kurniakan pingat Knight Cross of the Iron Cross.