Po erygowaniu w 1870 przez sułtana Abdülaziza Egzarchatu Bułgarskiego, 15 października 1872 został powołany pierwszy bułgarski metropolita eparchii w Sofii – Melecjusz. Zastąpił on, kojarzącego się ze zwierzchnictwem greckim, dotychczasowego biskupa Doroteusza, powołanego przez patriarchę Konstantynopola. Z powodu podejrzeń o pomoc powstańcom został zmuszony do opuszczenia Sofii, przebywał przez krótki okres w Stambule, a po ogłoszeniu autonomii Księstwa Bułgarii powrócił do Sofii. W 1883 z powodu konfliktu politycznego z władzami został zmuszony do opuszczenia Sofii. Początkowo przebywał w klasztorze rylskim, następnie przeniósł się do Kiustendiłu, a w 1891 w celu leczenia do Kairu, gdzie zmarł. 26 stycznia 1892 nowym metropolitą został Parteniusz. W 1944 metropolita Sofii Stefan został wybrany przewodniczącym Świętego Synodu, a w 1945 Egzarchą Bułgarii. W 1948 na wniosek władz komunistycznych przeszedł w stan spoczynku. Po śmierci Stefana Synod postanowił podnieść egzarchat do rangi Patriarchatu. Patriarchą Bułgarii i metropolitą Sofii został wybrany Cyryl. Od tego czasu te dwa urzędy zostały połączone.