Aktiivijalkapalloilijan uransa lopetettuaan Vogts alkoi valmentaa Saksan U-20 maajoukkuetta. Vuonna 1986 hänestä tuli aikuisten maajoukkueen apuvalmentaja. Vuonna 1990 hänet ylennettiin päävalmentajaksi, ja hän joutui lopettamaan U-20 -joukkueen valmentamisen. Maajoukkueen hän johti vuoden 1996 Euroopan mestariksi. Saksan hävittyä Kroatialle vuoden 1998 maailmanmestaruuskilpailuiden puolivälierissä, Vogts lopetti valmentajan tehtävät.