In 1916 werd Natera in Querétaro gearresteerd, maar werd niet schuldig bevonden en kon weer een functie in het Mexicaanse leger krijgen. In de jaren 20 bevocht hij de De la Huerta-opstand en de Cristero-oorlog met het regeringsleger en klom hij op tot generaal. Van 1940 tot 1944 was hij voor een tweede keer gouverneur van Zacatecas. Hij overleed in 1951.