Va ser el primer cordovès a assabentar-se de l'esclat de la Revolució de Maig — abans fins i tot que el governador Juan Gutiérrez de la Concha — i es va adherir immediatament al partit revolucionari. Un grup de notables el va convidar a participar en una reunió, on es va tractar el rebuig del reconeixement a l'autoritat de la Junta. Funes va ser l'únic que es va oposar als plans dels enemics de la Revolució. Va denunciar a la Primera Junta que el governador Concha, recolzat per l'exvirrei Santiago de Liniers, havien jurat al Consell de Regència, desconeixent la seva autoritat.