Erst durch die Verhaftung des OPEC-Attentäters und RZ-Mitglieds Hans-Joachim Klein 1998 erfuhren die Ermittler etwas über deren interne Strukturen. 1999 wurde deshalb Rudolf Schindler festgenommen. Ab 2001 wurden Schindler und andere Personen (darunter der ehemalige Leiter des Akademischen Auslandsamtes der TU Berlin Matthias Borgmann sowie die Mehringhof-Aktivisten Harald Glöde und Axel Haug) in Berlin wegen Gründung einer terroristischen Vereinigung nach § 129a StGB angeklagt. 2004 wurde Schindler gemeinsam mit seiner Frau Sabine Eckle zu drei Jahren und neun Monaten Haft verurteilt; das ehemalige Mitglied Tarek Mousli trat im Prozess als Kronzeuge auf und erhielt Haftverschonung.