Η Φατμά Αλιγιέ αφιερώθηκε επίσης στη φιλανθρωπία. Μετά τον Ελληνοτουρκικό Πόλεμο, ίδρυσε το 1897 έναν φιλανθρωπικό οργανισμό, τον "Nisvan-ı Osmaniye İmdat Cemiyeti" ("Οργανισμό Οθωμανών Γυναικών για Βοήθεια") με στόχο την υποστήριξη σε οικογένειες στρατιωτών. Ήταν ένας από τους πρώτους οργανισμούς γυναικών στη χώρα. Για τις ανθρωπιστικές της προσπάθειες, της απονεμήθηκε το Τάγμα Φιλανθρωπίας (Şefkat Nişanı) από τον Σουλτάνο Αμπντούλ Χαμίντ ΙΙ το 1899.