하지만, 도시 국가들은 자신들끼리의 의견 충돌이 잦았다. 대표적인 예로는 구엘프와 기벨린가 있다. 구엘프 세력은 교황의 우위를 지지했고, 기벨린 세력은 황제의 지위를 지지했다. 도시 국가들은 자신들끼리 전쟁 또한 자주 벌였다. 르네상스 시기에, 이탈리아는 외국의 정복자들에게서 더욱 더 매력적인 곳이 되었다. 일부 도시 국가들이 자신들의 이웃 국가들 사이에 분쟁에 도움을 청하자, 프랑스 왕국의 샤를 8세가 1494년에 이탈리아로 진군하였다. 샤를 8세는 곧 철군하였으나, 그는 이탈리아의 도시 국가들이 서로 연합하지 않으면, 외국 세력에게 정복될수 있음을 보여줬다. 이탈리아 전쟁 이후, 에스파냐는 무력으로 이탈리아 지역 일부를 합병하였다. 베네치아, 밀라노 그리고 일부 도시 국가들은 이 시기의 위대했던 과거의 일부를 유지하는데 그쳤지만, 사보이 공국은 사나운 외국의 지도자들을 격퇴해내고, 알프스 지역을 사수했다.