Скоро след завършване на шампионата на Европа през 1996 г., когато Българският футболен съюз уволнява треньора на отбора Димитър Пенев, Стоичков еднолично протестира срещу тази несправедлива, според него, санкция и цяла година игнорира призивите към него за участие в отбора. Много авторитетни хора в България призовават тогава да се заеме непримирима позиция към бунтаря, макар и да е велик. Но приемникът на Пенев – Христо Бонев – проявява търпимост.