Het huidige museum dankt zijn ontstaan aan een tijdelijke tentoonstelling die in 1897 haar deuren opende als koloniaal luik van de Wereldtentoonstelling in Brussel. De drijvende kracht achter dit initiatief was koning Leopold II. Voor deze tentoonstelling werd in 1897 in opdracht van Leopold II het Paleis der Koloniën of Koloniënpaleis gebouwd (in 2018 hernoemd tot 'Afrikapaleis'). Tevens werden ook 3 tijdelijke Congolese dorpen gebouwd, waar 267 Congolezen gedurende de dag verbleven. Leopold II had deze Congolezen naar België gehaald om bezoekers het dagelijks leven in de Belgische koloniën te tonen. Dit project (door latere commentatoren afkeurend een "menselijke dierentuin" genoemd) liep echter uit de hand en zeven Congolezen stierven in de koude winter. Een jaar na de tentoonstelling kreeg dit tijdelijk evenement een permanent karakter en ontstond het 'Musée du Congo', dat naast een museale ook een wetenschappelijke opdracht vervulde. De collecties groeiden zo snel aan dat Leopold II reeds in 1902 besliste om een groter museum te laten bouwen.