2014년 FIFA 월드컵이 끝난 후 알베르토 자케로니의 후임으로 일본 국가대표팀의 새 감독으로 부임했다. 하지만 2015년 AFC 아시안컵 대회를 치르기도 전에 레알 사라고사 재임 중 승부조작을 했다는 의혹이 제기되면서 흔들렸고, 아시안컵 대회 중에도 스페인 법원에서는 그를 수사하겠다고 압박했다. 2015년 AFC 아시안컵에 출전한 일본은 아랍에미리트와의 8강전에서 승부차기 끝에 패해 탈락하고 만다. 2015년 1월 스페인 검찰은 2011년에 있었던 레알 사라고사와 레반테의 경기에서 승부조작을 벌인 혐의로 아기레를 기소 대상에 포함시켰다. 결국 2015년 2월 3일 일본 축구 협회는 스페인 법원의 출두 요청 등으로 인한 국가대표팀의 혼선 방지를 위해 아기레를 대표팀 감독에서 해임했다. 그의 후임으로는 2014년 FIFA 월드컵 알제리 대표팀 감독이었던 바히드 할릴호지치가 선임되었다.