ביולי 1920 כבשו הצרפתים את דמשק והחלו את המנדט הצרפתי בסוריה. כמו סורים רבים, קוותלי התנגד נחרצות לכיבוש זה ופעל לסכלו. הוא נידון למיתה, שלא בנוכחותו, בגין פעילותו האנטי-קולוניאלית, אולם עלה בידו לברוח לגרמניה. שם הפך לנציגה הבלתי רשמי של סוריה בהציגו את התביעה הסורית לעצמאות מלאה ולהפסקת המנדט הצרפתי בארצו. בשנת 1922 יסד את הקונגרס הסורי-פלסטיני בצוותא עם לאומנים סורים גולים, גוף שחרת על דגלו שחרור האזור משליטה אירופית זרה והקמתה של ממלכה ערבית גדולה בראשות השושלת ההאשמית מחצי האי ערב. בין האישים הבולטים בקונגרס היו המלך פייצל הראשון, אשר שלט בסוריה למן קריסת האימפריה העות'מאנית ועד להחלת המנדט הצרפתי, וכן אביו, שריף חוסיין, מנהיג המרד הערבי נגד הטורקים העות'מאנים בשנים 1916-1918. קוותלי נשלח על ידי יתר חברי הקונגרס לגייס כספים עבור פעילויותיהם באירופה, במזרח התיכון ובצפון אפריקה.