พ.ศ. 2556 จตุพรได้ตัดสินใจออกจากการทำหน้าที่เป็นผู้ฝึกสอนทีมทีทีเอ็ม เอฟซี เพื่อรับใช้ชาติด้วยการทำหน้าที่เป็นหัวหน้าผู้ฝึกสอนฟุตบอลหญิงทีมชาติไทยในการแข่งเอเอฟเอฟวีเมนส์แชมเปียนชิพ 2013 ที่ย่างกุ้ง ประเทศพม่า รวมถึงในการแข่งฟุตบอลในซีเกมส์ 2013 ที่ประเทศพม่า โดยในรอบรองชนะเลิศทีมของเขาเป็นฝ่ายเสมอทีมชาติพม่าที่ 2-2 และได้มีการยิงจุดโทษเพื่อหาทีมชนะ ซึ่งนักฟุตบอลไทยเป็นฝ่ายยิงได้แม่นกว่า ด้วยผลการแข่งรวม 11-10 ส่งผลให้ทีมชาติไทยผ่านเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศ และในรอบชิงนี้ เขาได้ใช้ระบบ 4-4-2 ที่ซึ่งทีมชาติไทยเป็นฝ่ายชนะทีมชาติเวียดนามที่ 2-1 ส่งผลให้ทีมชาติไทยรับรางวัลเหรียญทองได้สำเร็จ