В 1918 році Ферганська область стала одним з центрів басмацтва, яких тут очолювали Мадамін-бек і Хал-Ходжа. У 1919 році радянська влада трималася лише в містах. До 1920 року область була місцем боротьби військ Туркестанської АРСР, яка створила Ферганський фронт, басмачів, Селянської армії Фергани. У вересні дві останні групи оголосили про створення Тимчасового автономного уряду Фергани. Лише у 1920 році владу захопила Туркестанська АРСР. Втім боротьба з басмацтвом тривала до 1930-х років.