1962 sandte Kennedy Militäreinheiten an die University of Mississippi, damit sich der schwarze Student James Meredith dort immatrikulieren konnte. 1963 gab Mississippi als letzter US-Bundesstaat die Rassentrennung im Bildungssystem auf und erlaubte die Integration. Während des Stand in the Schoolhouse Door befahl Kennedy der Nationalgarde am 11. Juni 1963, Gouverneur George Wallace daran zu hindern, die University of Alabama weiterhin für afroamerikanische Studenten zu sperren. Am gleichen Abend hielt er eine Fernsehansprache zu den Bürgerrechten, deren Ideen die Grundlage des Civil Rights Act von 1964 bildeten. Kennedys Sicherheitsbedenken hinsichtlich des Marsches auf Washington für Arbeit und Freiheit bewahrheiteten sich nicht und er empfing die Redner am 28. August 1963 nach der Veranstaltung im Weißen Haus.