Der Bau der Berliner Mauer im August 1961 führte im Laufe der darauffolgenden Jahrzehnte zu erheblichen Beschädigungen an und vor allem in der Heilandskirche. Die Sperranlagen der DDR entlang der deutsch-deutschen Grenze verliefen direkt über das Kirchengelände. Der Campanile wurde zum Bestandteil der Sperrmauer gemacht, indem man die hohen Betonplatten an den Glockenturm ansetzte. Das Kirchengebäude stand nun im „Niemandsland“ Richtung West-Berlin. Dennoch fanden noch bis Heilig Abend 1961 regelmäßig Gottesdienste statt. Wenige Tage später wurde das Innere der Heilandskirche, die auf von DDR-Grenztruppen scharf bewachtem Gebiet stand, durch die Sicherheitsorgane verwüstet und so die weitere Nutzung unmöglich gemacht. Die Grenzbehörden schufen damit einen Vorwand, die Kirche vollständig abzuriegeln, um eventuelle Fluchtversuche aus diesem Grenzabschnitt zu verhindern.