La Marina dispone di una flotta d'alto mare. Ha partecipato ampiamente alla lotta al terrorismo prendendo parte, oltre che con il battaglione San Marco, con le sue unità navali alle operazioni Active Endeavour nel Mediterraneo, Antica Babilonia nel Golfo Persico, Enduring Freedom nel Golfo Persico e nell'oceano Indiano e partecipando alla lotta alla pirateria ed in difesa dei traffici marittimi e della libertà di navigazione nella zona del corno d'Africa e del Golfo di Aden contro le incursioni dei pirati somali, fornendo anche i nuclei militari di protezione da imbarcare nelle navi civili italiane per garantirne la sicurezza. Tutte le principali unità della Marina Militare hanno preso parte a queste missioni, svolte sotto l'egida della UE come l'operazione Atalanta o come l'operazione Ocean Shield della NATO, e tuttora vengono dispiegate unità navali a questo scopo.