Declarada la guerra entre Perú y la Gran Colombia, quiso prevenir la amenaza que veía asomar tras el creciente ascenso de Gamarra, pero sin lograrlo. Y cuando La Mar fue depuesto por Gamarra, Luna Pizarro marchó voluntariamente por tercera vez al destierro a Chile, para no otorgar su acatamiento al golpe de estado, mostrándose coherente con su prédica política.