Im Jahr 1348 erreichte die Pest die Iberische Halbinsel. Mit dem Auftreten der Pest eskalierten die bereits vorhandenen antijüdischen Einstellungen; sie steigerten sich zu den sogenannten Pestpogromen an Spaniern jüdischen Glaubens. Calatayud und Saragossa waren die einzigen Städte Spaniens ohne Pogrome. Im „Krieg der beiden Peter“ wurde Calatayud durch kastilische Truppen belagert und schließlich eingenommen (1362). Im Jahr 1461 schworen in der Stadt die Cortes von Aragonien auf Veranlassung von König Johann II., dessen Sohn Ferdinand, den späteren Katholischen König, als Thronfolger anzuerkennen und ihm zu folgen. Gut 20 Jahre später (1483) wurde in Calatayud die Aufgabe der letzten Widerstandskämpfer und die Eingliederung Gran Canarias in das spanische (kastilische) Reich besiegelt.