Dal Gran Premio d'Ungheria Vettel sostituisce Scott Speed alla Toro Rosso. Durante il Gran Premio del Giappone, sul circuito del Fuji, è tra i candidati al podio, sotto una pioggia torrenziale, prima di venire coinvolto in un incidente con il pilota della Red Bull Mark Webber. La dinamica dell'incidente, accaduto in regime di safety car, non venne chiarita dalle immagini televisive; successivamente, un video diffuso su YouTube dimostrerà che il tamponamento di Vettel con Webber era stato causato da un brusco rallentamento del leader della gara Lewis Hamilton, che comunque non è stato punito dalla FIA. Sebastian rientra in lacrime ai box, ma avrà occasione di rifarsi già durante il gran premio seguente in Cina, in cui ottiene un eccezionale quarto posto. In virtù di questi risultati Vettel viene confermato dalla Toro Rosso per il 2008.