Durante la Segunda Guerra Mundial, Kirkenes fue capturado por los alemanes y se convirtió en una base Militar de la Marina alemana. Fue una de las zonas más bombardeadas durante la guerra (según se informa, en segundo lugar después de Malta), con 320 ataques aéreos y más de mil bombas. Solo 13 casas quedaron en octubre de 1944. La ciudad fue liberada por el 14.º Ejército soviético al mando del Teniente General Vladimir Shcherbakov, el 25 de octubre de 1944 (véase Operación Petsamo-Kirkenes).