Первый воздушный бой Сергей Павлович Шпуняков провёл 20 апреля 1943 года, на «Малой земле» под Новороссийском, за спасение в этом бою его подбитого Як-1 был награждён орденом Красной Звезды. После этого случая получив новую машину Як-3, в первом же бою он сбил вражеский самолёт. В районе города Большой Токмак в составе группы из четырёх «Яков» Шпуняков сбил два бомбардировщика в одном бою.