Aleksanterin kuoleman jälkeen sijaishallitsija Paulin kaudella maassa ryhdyttiin taas järjestämään vaaleja, ja talonpoikaispuolue sai Kroatian alueella ylivoimaisen kannatuksen vuosien 1935 ja 1939 parlamenttivaaleissa. Elokuussa 1939 Maček sai neuvoteltua pääministeri Dragiša Cvetkovićin kanssa kompromissin, jonka mukaan Kroatia saisi autonomian ja oman parlamentin sekä edustuksen Jugoslavian hallitukseen. Näin syntyi Jugoslavian kuningaskunnan sisällä autonominen Kroatian Banovina. Maček nimitettiin jo samassa kuussa Jugoslavian varapääministeriksi. Hallituksen jäsenenä hän hyväksyi vastentahtoisesti Jugoslavian liittymisen Antikomintern-sopimukseen 25. maaliskuuta 1941. Kun sotilasvallankaappaus kaksi päivää myöhemmin syrjäytti sijaishallitsija Paulin, Maček sai pitää ministerinpaikkansa myös uudessa hallituksessa. Saksan vallatessa Jugoslavian huhtikuussa 1941 Maček ei lähtenyt maanpakoon, mutta hän kieltäytyi tarjouksesta ryhtyä Saksan alaisen nukkehallituksen johtoon, ja vetäytyi julkisesta toiminnasta. Hän joutui olemaan syksystä 1941 seuraavaan kevääseen vangittuna ja sitten kotiarestissa aina toisen maailmansodan loppuun asti.