En 1485, durante la Guerra de Granada, los Reyes Católicos toman Ronda y su alfoz, incluidos los pueblos del valle del Genal. Algatocín entonces contaba con una población de 26 vecinos. El 13 de mayo de 1498, las poblaciones de Gaucín, Benarrabá y Algatocín pasan a ser de señorío, conformando el señorío de Gaucín, propiedad de don Juan Alonso Pérez de Guzmán, duque de Medina Sidonia. A comienzos de 1500 se produce el alzamiento de los mudéjares de la sierra de Ronda y Villaluenga dentro de la rebelión de las Alpujarras. El 20 de junio de 1501 fueron vencidos los mudéjares rebeldes de Sierra Bermeja. Su expulsión, en los casos de no conversión, provocó una leve disminución en la población de Algatocín y la desaparición de Benamahabú. A principios del siglo XVI se comienzan a crear las parroquias. En 1560 los 100 habitantes con los que contaba Algatocín eran moriscos, en esa época el Tribunal de la Inquisición comienza a realizar juicios, siendo procesados: Francisco Martín, Francisco Martín Abenacaide y Juana Gómez. En 1570, como consecuencia de la rebelión de las Alpujarras, se produce la rebelión de los moriscos de la serranía de Ronda. En el mes de mayo, Pedro Bermúdez de Santis, capitán de la guarnición de Ronda, intentó acabar con el levantamiento pero fracasa. Durante el verano se produce la quema de la iglesia por parte de los sublevados, la cual no será reparada hasta 1604. La rebelión fue sofocada por Luis Ponce de León, duque de Arcos entre mediados de septiembre hasta mediados de diciembre de ese año, terminando con la rendición de los moriscos y su agrupamiento en presidios. En enero los moriscos algatocineños fueron enviados a la ciudad sevillana de Carmona.