Тренерской работой Зауи занялся во Франции. Вернувшись на родину, специалист возглавлял молодежную сборную страны и клуб "Абиджан Спорт". Затем он являлся техническим директором любительского футбола во Франции. В августе 2010 года тренер сменил шведа Свена-Ёрана Эрикссона на посту наставника сборной Кот-д’Ивуара. В 2012 году Зауи вывел ивуарийцев в финал Кубка африканских наций, в котором они в затяжной серии пенальти уступили сборной Замбии (0:0, 7:8). После турнира тренер был отправлен в отставку, а на его место пришел француз Сабри Лямуши. В мае 2015 года специалист возглавил сборную Нигера. На этой должности он пробыл четыре года. В сентябре 2019 года Франсуа Зауи стал наставником сборной ЦАР. В 2020 году параллельно возглавил гвинейский клуб «Калум Стар», и пригласил в команду 32-летнего буркинийского нападающего «Виты» Ахмеда Туре.