Presidenttinä toimiessaan Bendjedid supisti valtion osuutta maan taloudesta ja helpotti hallituksen harjoittamaa kansalaisten valvontaa. Talouden kärsittyä öljyn hinnan romahduksesta 1980-luvun lopulla alkoi hallinnon sisällä kehittyä jännitettä Bendjedidin liberaalin talouspolitiikan kannattajien ja valtionjohtoiseen politiikkaan paluuta kannattaneiden välille. Lokakuussa 1988 nuoriso nousi vastustamaan hallituksen tiukkaa politiikkaa huutaen Benjedidin vastaisia iskulauseita. Tämä johti pian laajoihin mellakoihin, jotka levisivät Oraniin, Annabaan ja muihin kaupunkeihin. Satoja ihmisiä kuoli hallituksen ryhdyttyä tukahduttamaan levottomuuksia kovin ottein. Tällöin Bendjedid alkoi valmistella siirtymistä monipuoluejärjestelmään. Vuonna 1991 armeija syrjäytti Bendjedidin ja keskeytti vaalien järjestämisen estääkseen islamistista Front Islamique du Salut -puoluetta (FIS) pääsemästä valtaan. Tästä sai alkunsa pitkä ja verinen Algerian sisällissota.