Po upadku jakobinów, z którymi był związany, znalazł się chwilowo w więzieniu, a potem przez kilkanaście miesięcy pozostawał bez przydziału. Dopiero lider Dyrektoriatu Paul Barras, który pamiętał Napoleona z okresu oblężenia Tulonu, powołał go do objęcia dowództwa nad oddziałami broniącymi Republiki w czasie rojalistycznego powstania 13 Vendémiaire (5 października 1795 roku). Pozwoliło to Napoleonowi kolejny raz wykazać się skutecznością, przez zastosowanie w walkach ulicznych artylerii. Po tym wydarzeniu został mianowany dowódcą wojsk wewnętrznych i generałem dywizji. 9 marca 1796 roku, mając 27 lat, poślubił owdowiałą arystokratkę Józefinę de Beauharnais, która po śmierci swojego męża była kochanką Barrasa i kilku innych wpływowych polityków. To wówczas zmienił nazwisko, nadając mu francuską pisownię i wymowę. Kilka dni po ślubie z Józefiną, Napoleon objął dowództwo nad wojskami francuskimi walczącymi z Austriakami na terytorium północnej Italii i spekulowano, że stało się tak dzięki znajomościom Józefiny.