Girkin war im Ersten und Zweiten Tschetschenienkrieg tätig. Er war auch während des Transnistrienkonflikts und auf dem Balkan im Einsatz, wo er als Freiwilliger auf serbischer Seite im Bosnien-Krieg kämpfte. Girkin werden zahlreiche Kriegsverbrechen vorgeworfen. Beispielsweise soll er am Višegrad-Massaker beteiligt gewesen sein, bei dem 3000 bosnische Zivilisten ermordet wurden. Bei einer Veranstaltung der Zeitung "Nesawissimaja Gaseta" Anfang Juni 2013 in Moskau hielt er laut Tagungsstenogramm einen Vortrag über Strategien militärischer Aktionen außerhalb der russischen Landesgrenzen, bei denen er nicht großangelegte Militärmanöver, sondern „spezielle Präventivoperationen“, wie den Mord gegnerischer Anführer, die auch „außerhalb legaler Methoden“ lägen, propagiert habe.