塞伊內起義並未解決蘇瓦烏基地區民族混居導致的族群衝突，波蘭與立陶宛雙方都抱怨彼此的鎮壓手段。1920年，兩族群衝突加劇，在波蘭－立陶宛戰爭期間爆發數次小型衝突；塞伊內則在兩國間多次易手，直到1920年10月兩國簽訂《》，塞伊內的主權才正式劃歸波蘭。1919年的塞伊內起義也破壞波蘭國家元首約瑟夫·畢蘇斯基的計畫，他原本計畫，以親波蘭政權取代既有政權，並促成波蘭、立陶宛組成聯邦國家（海間聯邦）。塞伊內起義爆發，促使立陶宛情報部門加強調查境內波蘭勢力的活動跡象，進而破獲政變陰謀、阻止政變、逮捕親波蘭人士。塞伊內起義與上述後續事件都讓更加緊繃。