Do archipelagu regularnie docierają huragany i cyklony tropikalne, przez które tutejsi mieszkańcy są zmuszani do ewakuacji na stały kontynent. Jednym z najgorszych huraganów w historii Florida Keys był huragan Georges, który w 1998 roku spowodował ogromne szkody i powodzie również na Karaibach oraz Missisipi. W 2005 roku archipelag nawiedziły huragany Katrina, Rita i Wilma, które również wyrządziły dużo szkód, mimo że nie przeszły bezpośrednio przez teren archipelagu. Najsilniejszym huraganem w historii archipelagu był huragan Labor Day (1935), który otrzymał piątą kategorię.