Lorsque les tchetniks serbes et les partisans communistes de Tito (lui-même croate) s'organisèrent à leur tour et commencèrent les combats, le Reich estima que la sécurité de ces minorités allemandes n'était plus assurée et procéda à leur « rapatriement » pour les installer dans le Wartheland en Pologne occupée. De ce fait, l'État indépendant croate fut l'un des facteurs de la disparition de cette minorité de son territoire.