Imidlertid kom Best og Heydrich i tiltagende grad på kant med hinanden, hovedsagelig på grund af jalousi. Best var simpelthen blevet for dygtig. Midt i 1940 besluttede Best at forlade RSHA. I første omgang søgte han ind i hæren og fik et par måneders militær uddannelse. Derefter fik han stillingen som chef for den civile tyske forvaltning i den besatte del af Frankrig. Her fik han mulighed for at afprøve den ”opsynsforvaltning”, som han også senere praktiserede i Danmark. Best var stærkt involveret i arrestationen af de franske jøder og deres deportation til bl.a. Auschwitz. Han var ikke tilfreds med stillingen i Paris, fordi den ikke var selvstændig, men underlagt den militære øverstbefalende. Desuden havde han kompetencestridigheder med den stedlige SS- og politichef. Efter Heydrichs død i juni 1942 blev Best forbigået ved besættelsen af stillingen som chef for RSHA. Stillingen gik til Ernst Kaltenbrunner, som efter krigen blev dødsdømt ved den store krigsforbryderproces i Nürnberg. Best tog mod et tilbud om at indtræde i udenrigstjenesten med henblik på at blive gesandt.