Na afloop van het seizoen 1998/99 werd Vanderhaeghe door bondscoach Georges Leekens geselecteerd voor de Kirin Cup. Op 30 mei 1999 maakte hij tegen Peru zijn officieel debuut voor de Rode Duivels. Enkele maanden later werd Leekens opgevolgd door Robert Waseige. Ook onder de nieuwe bondscoach was Vanderhaeghe een vaste waarde als verdedigende middenvelder. Een jaar na zijn debuut mocht hij ook deelnemen aan Euro 2000. Op het EK, dat door België en Nederland georganiseerd werd, startte Vanderhaeghe elke wedstrijd in de basis. De Duivels werden echter al in de eerste ronde uitgeschakeld.