Dwukrotnie pełnił wówczas funkcję kapelana papieskich oddziałów zaciężnych złożonych z jego rodaków podczas wypraw do Włoch (w 1515 brał udział w bitwie pod Marignano). Nastawiło go to krytycznie do papiestwa oraz do możnych szwajcarskich, którzy trudnili się werbunkiem. Zwalczał kondotierską służbę Szwajcarów, uważał ją bowiem za szkodliwą, niemoralną i poniżającą dla obywateli kantonów szwajcarskich. Jego stanowisko wywołało wrogość w Glarusie, dlatego w 1516 został duszpasterzem w centrum pielgrzymkowym w Einsiedeln. Tam miał możliwość głoszenia kazań wielu pielgrzymom, jak i wspaniałe warunki do nauki w klasztorze. Zwingli datował potem swoje ewangelickie rozumienie Pisma Świętego na okres przejścia do Einsiedeln. Jego problemy w Glarusie nadały tym pracom znaczenie bardziej niż akademickie.