哈里斯要求日本派出一位與他關係平等的外交使節，才願意將美國總統富蘭克林·皮爾斯寫的信件交給德川幕府，雙方為此僵局一段時間，經過長達18個月的交涉，最後雙方達成協議。哈里斯同意德川幕府以家臣來做為使者。1857年12月7日哈里斯獲得許可登江戶城覲見江戶幕府第十三代將軍德川家定。1858年7月29日順利與日本簽訂《美日修好通商條約》，此條約對後來西方國家造成日本經濟、政治深遠的影響。1861年哈里斯離開日本。當時，一位日本使節Moriyama寫信給他：在哈里斯留日期間，日本當時的社會風貌給予他深刻的印象，他曾寫道：據說，哈里斯在日本期間，曾經與一名叫做Okichi（お吉）的藝妓捲入關係。當哈里斯離開日本後，這位17歲的藝妓被放逐，不久就自盡了。但講談社百科全書則指出哈里斯在雇用她三天後就將她解雇了。