El 1959 l'illa va passar a ser una província espanyola ultramarina, similar a les províncies metropolitanes. Per la llei de 30 de juliol de 1959, es va convertir a la província de Fernando Poo, a la Regió Equatorial Espanyola, iniciada formalment el 20 d'agost de 1959. El 15 de desembre de 1963 es va aprovar el plebiscit sobre l'autonomia que va instaurar la regió autònoma de Guinea Equatorial l'1 de gener de 1964. L'illa va ser usada com a base per a vols cap a Biafra durant la Guerra civil nigeriana. El 12 d'octubre de 1968 l'illa i el territori continental van accedir a la independència com Guinea Equatorial.