בתום עונת 2000/2001, בה יובנטוס סיימה כסגנית האלופה פעם נוספת, הפעם לרומא, פוטר אנצ'לוטי מאימון יובנטוס, ואילו ליפי חזר לאימון יובנטוס לקדנציה נוספת. חזרה זו בישרה על תקופתו השנייה של ליפי ביובנטוס, אשר אופיינה באותו הקיץ במהפך אותו עבר הרכב הקבוצה: שניים מהשחקנים המרכזיים של הקבוצה, פיליפו אינזאגי וזינדין זידאן, נמכרו (כאשר מכירת זידאן היוותה בזמנו שיא כל הזמנים בהעברות), ואילו גם בפעם הזו צירפה יובנטוס כוכבים חדשים: ג'אנלואיג'י בופון (שיא העברות עולמי עבור שוער לאותה התקופה) מרסלו סאלאס, פאבל נדבד וליליאן תוראם בין היתר. ליפי הוביל את יובנטוס לזכייה בעוד שתי אליפויות ולהופעה נוספת בגמר ליגת האלופות, הפעם בגמר כל-איטלקי נגד היריבה מילאן בעונת 2002/2003. המשחק נגמר בתוצאה 0–0, אך יובנטוס הפסידה בפנדלים. מהגמר נעדר פאבל נדבד בשל צבירת כרטיסים צהובים, ורבים טוענים כי הופעתו של הצ'כי הייתה משנה את מהלך הגמר. עונה לאחר מכן סיימה יובנטוס במקום השלישי בסרייה א' ולאחריה עזב ליפי את יובנטוס והתמנה למאמן נבחרת איטליה.