Nel 1982 la Thiokol (che in quel momento controllava il 40% del mercato dei propellenti solidi per razzi e presentava un ritmo di crescita pari al 20% annuo) fu assorbita dalla Morton Industries, una compagnia che operava nel settore chimico e intendeva diversificare le proprie attività, e dalla fusione delle due società nacque la Morton Thiokol. Nel 1986 lo Space Shuttle Challenger esplose in volo subito dopo il lancio, causando la morte di sette astronauti e l'inchiesta tecnica stabilì che il disastro era stato provocato da un malfunzionamento dei booster progettati e costruiti dalla Morton Thiokol, che prima del lancio erano stati sottoposti a temperature inferiori rispetto a quelle minime di progetto. Gli ingegneri della Morton Thiokol non erano stati consultati dai responsabili della NASA prima del lancio, per cui non avevano colpe nella tragedia, tuttavia furono riscontrati altri problemi di progettazione nei booster e l'immagine dell'azienda ne uscì incrinata. Nel 1987 un'esplosione in un impianto della società provocò la morte di cinque dipendenti. Nel 1989 la NASA preferì assegnare alla Lockheed il contratto di costruzione dei nuovi booster per gli Space Shuttle. Questa circostanza convinse Charles S. Locke, presidente della società, dell'opportunità di scindere la divisione Thiokol che tornò ad essere indipendente il 1º luglio di quello stesso anno.