Nel luglio successivo, come da accordi precedenti, approda sulla panchina dell'Inter. Grazie anche ai gol del nuovo acquisto Ronaldo, la formazione milanese contende il primato alla in campionato: il duello culmina nello scontro diretto di Torino del 26 aprile 1998, vinto dai bianconeri tra le polemiche di parte interista; in particolare lo stesso Simoni viene espulso per essere entrato nel terreno di gioco e avere ingiuriato l'arbitro Piero Ceccarini, accusato di non avere accordato un calcio di rigore per un contatto in area tra Mark Iuliano e Ronaldo. Concluso il torneo al secondo posto, i nerazzurri si rifanno in Europa vincendo la Coppa UEFA, grazie al successo per 3-0 nella finale del Parco dei Principi di Parigi sui connazionali della .