Omar al-Bashirs regime er blevet karakteriseret som et brutalt diktatur. Grunden er, at han kort efter sin magtovertagelse forbød alle politiske partier og forfulgte og henrettede politiske modstandere. Desuden krævede han, at Sharia-lovgivning blev indført i hele landet, selvom det stred mod den kristne minoritet i Sydsudans ønsker. Denne beslutning førte til den 2. sudanske borgerkrig, hvor mere end 2 millioner mennesker døde. Det menes også, at han er stærkt medvirkende til folkedrabet i Darfur (hvor omkring 400.000 hidtil er blevet dræbt).