1998'den 2005'e kadar Gerhard Schröder'in hükûmetinde Almanya Dışişleri Bakanı ve Başbakan Yardımcısı olarak görev yaptı. Fischer 1970'lerden itibaren Batı Alman Yeşiller Hareketi'nin önde gelen isimlerinden biri olmuştur. 1983'ten 1985'e kadar Yeşiller Partisi üyesi olarak Bundestag'da bulunmuştur. 27 Ekim 1998'de kurulan hükûmette Dışişleri Bakanı olmuştur. 1999'da Almanya'nın Kosova Savaşı'na katılmasını desteklemiştir. II. Dünya Savaşı'ndan bu yana Alman Ordusunun ilk kez aktif muharebe ve çatışmalara girmesi fikri, genellikle barışçı pasifist politikaları ve savaş karşıtlığıyla tanınan Yeşiller hareketinde ciddi tepkiler almıştır. Eylül 2006'dan 2007'ye kadar Princeton Üniversitesi'nde misafir öğretim üyeliği yapmıştır.