Aplikaci Threema používal ke komunikaci slovenský podnikatel Marian Kočner vyšetřovaný v případě vraždy Jána Kuciaka a Martiny Kušnírové. Policii se v tomto případě podařilo získat uloženou komunikaci z podnikatelova telefonu, nikoliv prolomit šifrování a provést odposlech aktivní komunikace.