В конфликте «демократов» с «красно-коричневыми» он занял позицию защитника советского коммунизма, охарактеризовав советский период как вершину российской истории. Поражение ГКЧП Зиновьев назвал исторической трагедией и негативно оценил распад СССР; о Ельцине и российских реформаторах неоднократно отзывался уничижительно, использовал крайне резкие выражения («идиоты», «подонки», «кретины», «ельциноиды» и т. д.), требуя к ним карательных мер. На вручении в Риме итальянской литературной премии «Тевере» в 1992 году отрицал возможность успеха российских реформ, считая, что они приведут только к катастрофе. Тогда же назвал Сталина единственным великим политиком в истории России, что, по замечанию К. Крылова, вовсе не было похвалой, но шокировало публику. В ряде выступлений утверждал, что Россия никогда не станет западной страной; называл российский режим «колониальной демократией», а западнизацию — особой формой колонизации, нацеленной на разгром и распад России в интересах Запада. После очередного интервью (1994) в газете «Завтра», где Зиновьев открыто призывал к свержению антинародного режима «предателей и коллаборационистов», против его интервьюера Владимира Бондаренко было возбуждено уголовное дело. Зиновьеву пришлось давать разъяснения, что его слова выражали позицию учёного, а не политика.