Nel marzo del 1876 venne scoperto, grazie ad un'inchiesta della Camera dei rappresentanti, che il segretario alla Guerra William Worth Belknap stava ricevendo denaro grazie ad un'estorsione ai danni di un agente di commercio indiano, a cui consentiva di mantenere la posizione all'interno di Fort Sill. Belknap venne spinto alle dimissioni da Grant, così facendo fu assolto dalla messa in stato d'accusa iniziata dal Senato. I profitti erano stati fatti a spese dei nativi americani, che avrebbero dovuto ricevere cibo e vestiti dal governo. Alla fine di aprile il presidente si scagliò contro il tenente colonnello George Armstrong Custer, dopo che questi il mese precedente aveva testimoniato davanti a una commissione del Congresso contro il fratello di Grant, Orville, e lo stesso Belknap. Giravano voci che Custer avesse parlato con la stampa riguardo agli speculatori invischiati negli affari indiani. Custer si recò personalmente alla Casa Bianca per chiarire la questione, tuttavia Grant si rifiutò di vederlo per tre volte. Quando Custer lasciò Washington il 3 maggio per tornare a Fort Abraham Lincoln nel territorio del Dakota, era già stato rimosso dal comando generale e quindi gli fu impedita la partecipazione alla grande guerra Sioux, venendo sostituito da Alfred Terry. Tuttavia, su insistenza dello stesso Terry, Grant permise a Custer di partecipare alla campagna contro i Sioux, a condizione che non assumesse alcuna iniziativa personale. Egli però disobbedì e finì ucciso con tutti i suoi uomini del settimo cavalleria nella battaglia del Little Bighorn.