Fou fundada el 1857 com a fortalesa russa a les terres dels circassians. Fou una posició estratègica important durant la Guerra del Caucas de 1858-1863. Rebé l'estatut de ciutat el 1870. S'hi van trobar restes d'un enterrament reial de l'edat de bronze de l'anomenada Cultura de Maikop el 1897. El 1911 s'hi van trobar als voltants de la ciutat dipòsits de petroli. Des del 1936, Maikop fou el centre administratiu del Districte Autònom Adigué de la Unió Soviètica. Maikop fou ocupada pel Tercer Reich des d'octubre de 1942 a gener de 1943, quan fou alliberada pel Front Transcaucasià de l'Exèrcit Roig.