Stian Eckhoff gikk på gull-laget til Norge i stafetten i VM 2005. Hans siste sesong som aktiv var sesongen 2008/2009. Han vant to renn i verdenscupen, begge sprint i Östersund, henholdsvis i 2004 og 2005. Som aktiv representerte han Fossum IL i Akershus.