O museu é localizado na Basílica do Crucifixo que era antiguamente a primeira Catedral de Amalfi. A sua origem remonta ao ano 596. Em 1100 foi construida a nova Catedral de Amalfi ao lado da Basílica do Crucifixo; a partir desse momento e por 400 anos, as duas igrejas formaram uma única nova igreja que foi caracterizada pelo estilo românico. Durante o período barroco estes edifícios sagrados foram renovados com mármores e estuques e restaurados novamente en duas distintas igrejas.