Al gauw brak er een nieuwe epidemie uit, mogelijk buiktyfus, en op 1 augustus stierf de kerkgezant Adhemar van Le Puy. In september schreef men een brief aan paus Urbanus II om hem het leiderschap van de kruistocht op zich te laten nemen, maar deze weigerde. Tot aan het einde van 1098 werd de omgeving van de stad ingenomen door de kruisvaarders, al werden er geen extra paarden gevonden en wilde de moslimboeren hen niet voeden. De soldaten werden ongeduldig en stierven van de honger, en dreigden zonder hun leiders verder te trekken naar Jeruzalem. In november gaf Raymond dan toch toe en liet de stad aan Bohemund. Bij de aanvang van 1099 werd de mars op Jeruzalem voortgezet. Bohemund van Taranto bleef in de stad achter als de eerste prins van Antiochië. Het grootste deel van de kruisvaarders verliet de streek om naar Jeruzalem te gaan en daar het Beleg van Jeruzalem te beginnen.