Baptista nåede i sin tid som landsholdsspiller at spille 47 kampe og score 5 mål for Brasiliens landshold, som han debuterede for den 4. juni 2001 i en Confederations Cup-kamp mod Japan. Han har siden da været med til at vinde Copa América i både 2004 og 2007 og Confederations Cup i både 2005 og 2009. Derudover var han også med i truppen til Confederations Cup 2001 og VM i 2010.