Er war der Sohn von Increase Mather, Neffe von Samuel Mather und Enkel von John Cotton und Richard Mather, die ihrerseits zu den führenden Köpfen der zweiten bzw. ersten Puritanergeneration in Boston gehörten, und so verwundert es nicht, dass er in ihre Fußstapfen trat. Mit nur zwölf Jahren begann er, in Harvard auf das Priesteramt zu studieren; sein Vater war der Präsident des College. Seinen Bachelor erhielt er mit fünfzehn Jahren, mit achtzehn den Master. 1680 hielt er vor der Gemeinde seines Vaters in der Bostoner Old North Church seine erste Predigt. 1685 übernahm er die Kanzel dieser Kirche vollends. In die Politik der Kolonien mischte er sich 1688 ein; nach der Absetzung König James II. war er einer der Rädelsführer einer erfolgreichen Revolte gegen Edmund Andros, den königlichen Statthalter in den neuenglischen Kolonien.