Τον Δεκέμβριο του 1823 ο Μαυροκορδάτος πήγε πάλι στο Μεσολόγγι ως Διευθυντής, τακτοποίησε τα πράγματα, έβαλε τις βάσεις για την ένδοξη άμυνα της δεύτερης πολιορκίας και τέλος προσείλκυσε τον Μπάυρον καθώς και τα βλέμματα όλης της Ευρώπης στον τόπο, όπου η τραγωδία θα κορυφωνόταν με την Έξοδο. Ο ηρωϊκός θάνατος του Μάρκου Μπότσαρη και ο ξαφνικός του Μπάυρον στέρησαν τον Μαυροκορδάτο από δύο πολύτιμα στηρίγματα. Την περίοδο αυτή μαίνονταν στην Πελοπόννησο οι εμφύλιοι πόλεμοι. Ο Μαυροκορδάτος ανήκε στην κυβερνητική παράταξη, η οποία επικράτησε τελικά, έμεινε όμως αμέτοχος και μάλιστα προστάτεψε τους αντικυβερνητικούς Ανδρέα Ζαΐμη, Λόντο και Νικηταρά που κατέφυγαν στο Μεσολόγγι.