Før Vettels ankomst hadde Toro Rossos førere et gjennomsnittlig resultat på rundt 14.-plass i 2007-sesongen, og i de første fire løpene fikk også Vettel svake resultater, mens han gjorde seg kjent med sitt nye team og bil. I Japans Grand Prix på Fuji, som ble kjørt i kraftig regnvær, startet Vettel fra niende posisjon. Han kjørte seg imidlertid helt opp til tredje, bak Lewis Hamilton og Red Bull Racings Mark Webber, og så ut til å være på vei til ikke bare sin egen men også Toro Rossos første pallplassering. Men i en safety car-periode krasjet Vettel med Webber slik at begge to måtte bryte løpet. Vettel fikk først en gridstraff på ti plasser for neste løp, men straffen ble senere omgjort etter at en video på YouTube, tatt av en tilskuer, viste at krasjet kunne være forårsaket av Hamiltons oppførsel bak sikkerhetsbilen. Webber kritiserte også spesifikt Lewis Hamiltons uberegnelige oppførsel som en medvirkende faktor i krasjet. I Kinas Grand Prix en uke senere kom Vettel tilbake og tok fjerdeplassen under varierende værforhold etter å ha startet fra 17.-plass på griden. Han sikret seg fem mesterskapspoeng i det som var både hans og Toro Rossos beste løpsresultat i F1 noensinne.