Pagán aide les Giants à remporter la Série mondiale 2012. En saison régulière, il dispute 154 des 162 matchs de l'équipe et frappe pour ,288 avec une moyenne de présence sur les buts de ,338. Il est installé début août au premier rang de l'alignement des frappeurs du club. Pagan mène le baseball majeur en 2012 avec 15 triples, il réussit un sommet personnel de 38 doubles et vole 29 buts en 36 tentatives. Il termine la saison avec ses plus grands nombres de coups sûrs (174) et de points marqués (95) en une année et il produit 56 points. Ses 15 triples sont un nouveau record de la franchise des Giants depuis leur déménagement de New York à San Francisco en 1958; il bat le record de 12 par Willie Mays en 1960. Ce dernier détient toujours le record de franchise pour ses 20 triples avec les Giants de New York en 1957.