Llegó al puesto de seleccionador de en septiembre de 1998, dirigiendo al combinado nacional en la Eurocopa de 2000 y el Mundial de 2002, tras el cual renunció al cargo. Durante su estancia como seleccionador español cuajó buenos resultados, llevando a la selección española a practicar un muy buen juego y llegando hasta los cuartos de final en el Mundial de Corea y Japón de 2002, donde la selección de Corea de Sur eliminó a la española en la tanda de penaltis tras una polémica actuación arbitral. Pese a ello, obtuvo el mejor resultado de la selección en una cita mundialista en la época moderna: un 5º puesto, que fue superado en el Mundial de 2010.