Kylmän sodan lopussa ja sen päätyttyä Amnestyn toiminta on hankaloitunut huomattavasti. Esimerkiksi Irakissa Amnesty ei pystynyt Saddam Husseinin valtakaudella julkaisemaan teloitettujen aktivistien nimiä, koska se olisi asettanut heidän sukulaisensa riskialttiiksi. Vaikka Amnesty julkaisi useita raportteja Irakin hälyttävästä ihmisoikeustilanteesta, länsimaat eivät olleet halukkaita puuttumaan asiaan. Tilanne kuitenkin muuttui radikaalisti, kun Irak valtasi Kuwaitin itselleen. Kuwaitin valtauksen jälkeen Amnesty julkaisi kuwaitilaisen sairaanhoitajan haastattelun, jossa tämä kertoi irakilaisten sotilaiden tappaneen satoja vastasyntyneitä lapsia kuwaitilaisessa sairaalassa. Haastateltu sairaanhoitaja paljastui myöhemmin Human Rights Watch -järjestön tutkimuksissa Yhdysvaltain Kuwaitin-suurlähettilään tyttäreksi, joka oli liioitellut tarinaansa selvästi. Amnesty reagoi tapaukseen hitaasti ja Yhdysvaltain hallitus onnistui käyttämään todistajaa tekosyynä hyökkäykselle Irakia vastaan.