Pendant la Seconde Guerre mondiale, après le début de l'attaque de l'URSS par l'Allemagne, le mouvement fut interdit dans les territoires russes occupés par l'Axe. Cependant, de nombreux membres s’infiltrèrent dans les camps de formation de Zittenhorst et Wustrau, où des officiers russes prisonniers étaient formés pour administrer les territoires russes occupés. En , le général Andreï Vlassov invita des cadres du NTS au centre de formation de l'Armée de libération Russe, basé à Dabendorf, près de Zossen. À l'été 1944, la Gestapo, se méfiant de leur influence, mena des vagues d'arrestations de suspects (massives après l'attentat raté de juillet), dont le dirigeant du NTS, , déporté au camp de concentration de Sachsenhausen ; il ne fut libéré qu'en par demande de Vlassov. Après la guerre, Baïdalakov s'exilera aux États-Unis pour devenir professeur de russe à l'Université de Georgetown.