Tháng 7 và tháng 8 năm 1938 trong vị trí Tư lệnh Phương diện quân Viễn Đông, ông đã không thực sự quyết đoán với việc chỉ huy lực lượng Xô viết đối phó với quân đội Nhật hoàng trong Trận Hồ Khasan ở biên giới Liên Xô và Triều Tiên (lúc này do Nhật Bản kiểm soát). Vì sai lầm này ông bị cách chức và ngày 22 tháng 10 năm 1938, Vasily Blyukher bị mật vụ NKVD của Stalin bắt và vu cáo với tội danh làm gián điệp cho người Nhật. Trong thời gian Đại thanh trừng, Blyukher bị giam tại Trại giam Lefortovo ở Moskva, ông bị tra tấn dã man và qua đời tại đây ngày 9 tháng 11 năm 1938. Năm 1956, Blyukher được minh oan và phục hồi danh dự.