Коли у 1939 році почалася війна з Німеччиною, він командував 25-ю піхотною дивізією в армії «Познань» генерала Тадеуша Кутшеби. У перших числах вересня 1939 року дивізія брала участь у боях у Великопольщі, звідки їй довелося вийти разом з рештою частин армії. З 9 вересня вона брала участь у битві на Бзурі. Потім, 21 вересня, після важких боїв у Кампіноському лісі він прорвався до Варшави. Захищав західну частину Варшава до капітуляції 28 вересня. Під час капітуляції столиці Альтер мав можливість втекти літаком за кордон, але він залишився зі своїми солдатами до кінця.