W eliminacjach do Pucharu Narodów Afryki 2012 wzięły udział 44 afrykańskie reprezentacje państwowe. W kwalifikacjach nie grali gospodarze: Gabon i Gwinea Równikowa. Pierwotnie nie miało grać także Togo, które zdyskwalifikowano w 2010 roku z udziału w dwóch kolejnych edycjach turnieju (jako karę za rezygnację z udziału w PNA 2010). Tamtejszy związek odwołał się jednak od decyzji CAF do Sportowego Sądu Arbitrażowego i udało mu się wygrać. Reprezentację Toga dokooptowano ostatecznie do Grupy K. 30 czerwca, po słabym wyniku Nigerii na Mundialu, prezydent tego kraju, Goodluck Jonathan zawiesił reprezentację na dwa lata, co oznaczało, iż Nigeria nie zagra w eliminacjach i w grupie B będą rywalizowały tylko trzy zespoły. Jednak 5 lipca, pod wpływem gróźb ze strony FIFA, Jonathan odwołał swoją decyzję. Przed rozpoczęciem rozgrywek wycofała się jeszcze Mauretania.