Este convento fue propiedad de la Orden Carmelita hasta 1863 cuando el gobierno expulsó a la comunidad religiosa, extinguiéndola de Popayán, además confiscó el monasterio convirtiéndolo en bien del estado, no fue sino hasta 1870 cuando se vuelve un colegio para hombres y otro para mujeres por separado, sin embargo esto cambio al ceder la escuela a la Orden Marista lo que hizo que la institución sea destinada solo para varones, esto fue así hasta el año 1952 cuando el convento se hace un bachillerato para damas a cargo de las Monjas Franciscanas que duró hasta 1983 debido al sismo que sacudió la ciudad que debilitó las estructuras del edificio, por lo que fue entregado para su restauración a la Universidad del Cauca que la convirtió en su Facultad de Ciencias Humanas y Sociales siéndolo hasta la actualidad.