Beim Ausbruch des Sezessionskrieges war er in Minnesota stationiert, nahm am Shenandoah-Feldzug sowie als Kommandeur einer Einheit am Gefecht am Hoke Run teil. Während des Halbinsel-Feldzuges zwischen März und August 1862 diente er als Brigadegeneral der Freiwilligentruppen und war nach einer Verwundung in der Schlacht von Seven Pines im Juni 1862 an der Schlacht am Malvern Hill im Juli 1862 sowie an verschiedenen Gefechten während des Rückzugs nach Harrison’s Landing beteiligt. Zwischen 1862 und 1863 gehörte er zu den Verteidigern von Washington, D.C., ehe er im Mai 1864 Kommandant von Depots in Fredericksburg wurde. Kurz darauf nahm er im Juni 1864 teil an der Verteidigung gegen die konföderierten Truppen von General Wade Hampton III., die sogenannte "Hampton’s Legion". Nachdem er kurz vor dem Ende des Bürgerkrieges den Brevet-Rang eines Brigadegenerals erhielt, quittierte er am 12. Juni 1865 seinen aktiven Militärdienst. Danach war er einige Zeit an einem Militärgericht tätig.