Kun muut neuvostotasavallat laativat itsenäisyyttä koskevat vaatimukset 1988 ja 1989, alkoi myös Turkmenistanin johto kritisoida Moskovan pölitiikkaa hyväksikäyttävänä ja turkmeenien hyvinvointia vahingoittavana. Turkmenistan ilmoitti suvereniteettinsa elokuussa 1990 korkeimman neuvoston yksimielisellä äänestyksellä. Neuvostoliiton vallankaappausyrityksen jälkeen vuonna 1991, Turkmenistanin kommunistisen puolueen johtaja Saparmurat Nijazov kehotti järjestämään kansanäänestyksen Turkmenistanin itsenäisyydestä. Äänestyksen tulos oli 94 prosenttia itsenäisyyden puolesta. Tasavallan korkein neuvosto julisti Turkmenistanin itsenäiseksi ja Turkmenistanin tasavallan perustetuksi 27. lokakuuta 1991.