Cottrer debuterte i verdenscupen på hjemmebane i Sappada i desember 1994. Hans første store internasjonale seier kom i 1997 da han vant den tradisjonsrike 5-mila i Holmenkollen. Samme år gikk han på det italienske stafettlaget som tok bronse under VM i Trondheim. Han gikk også på det italienske laget som tok sølv under OL i Salt Lake City 2002 og gull på hjemmebane i Torino 2006. Her tok han også bronse på 30 km jaktstart.