Дальнейшее развитие города приостановила русско-польская война 1654—1667 годов. Большая часть Литвы была оккупирована, и в Кедайняе были начаты переговоры между Янушем Радзивиллом и представителями шведского короля Карла Х Густава, закончившиеся 17 августа 1655 года разрывом унии с Польшей и договором об унии Великого княжества Литовского с Швецией (Кейданская уния).