Durant sa formation, Gjoko Zajkov s'affirme comme l'un des espoirs de son pays au poste de défenseur, évoluant avec les sélections nationales dans toutes les catégories d'âge. Successivement, il participe ainsi aux éliminatoires de l'Euro des moins de 17 ans, puis à celles de l'Euro des moins de 19 ans, sans que son équipe ne parvienne à passer la première phase qualificative. Lors de cette deuxième campagne éliminatoire, la Macédoine est éliminée malgré deux victoires en trois matchs, contre le Monténégro et les Îles Féroé.