마지막 공화정 내전 기간에 지휘관들은 그들이 원하는데로 그들만의 군단을 창설하고 군단 번호를 매겼다. 이 시기에 두 개의 군단을 하나의 조직으로 통합한 "게미나" (Gemina, 쌍둥이) 군단들이 많이 만들어졌다 (이러한 관행은 이후에 공식화되었고 레가투스 한 명과 둑스 6명의 지휘하에 놓였다). 마르쿠스 안토니우스와 내전을 마친, 아우구스투스에겐 일부는 군단 번호가 2개인채 (예시로 여러 개의 10군단들), 대략 50여 개의 군단이 남겨졌다. 정치적, 경제적 이유로, 아우구스투스는 군단의 수를 28개로 줄였다 (3개의 군단이 게르만족에게 전멸당한 토이토부르크 숲 전투 이후에는 25개로 줄어들었다).