탈레반 정권은 극단적 이슬람 근본주의 정책으로 점차 미국을 비롯한 서방 국가들과 적대적 관계에 놓였다. 2001년 9월 11일 9·11 테러 이후 미국은 테러와의 전쟁을 선포하였고 오사마 빈 라덴의 제거를 명분으로 아프가니스탄 전쟁이 일어났다. 2001년 11월 북부 동맹은 카불을 점령하였고 정권을 잃은 탈레반은 다시 이전의 게릴라전으로 복귀하였다. 탈레반과의 전쟁은 2018년 11월 현재까지 계속되고 있다. 2018년 7월 미국은 전쟁 종식을 위해 비밀리에 탈레반과 접촉하였다고 한다. 2021년 8월 15일, 탈레반에게 카불이 함락되어 탈레반 통치하에 들어서게 되었다.