W 2003 roku Federer założył fundację pomagającą w edukacji chorym i biednym dzieciom z Tanzanii, Zimbabwe i Republiki Południowej Afryki i promującą sport wśród młodzieży. W ciągu 10 lat istnienia fundacja pomogła 86 tys. dzieci z problemami w edukacji. W marcu 2005 roku Federer wziął udział w pokazówce, która miała miejsce w Indian Wells. Celem tej imprezy było zgromadzenie środków na pomoc poszkodowanym po trzęsieniu ziemi z grudnia 2004 roku. Tegoż samego roku, w związku z huraganem Katrina jakie nawiedziło USA, Federer wystawił w aukcji swoją rakietę tenisową. Dochód z niej, w wysokości 40 000 $ przeznaczył ofiarom huraganu. Za swoją działalność w kwietniu 2006 roku Federer został ambasadorem dobrej woli UNICEF.