El castell va ser atacat novament el 1494 per l'exèrcit de Carles VIII de França, en el curs de la Primera Guerra de Nàpols, i novament atacat el 1503 per les tropes de Pere Navarro, sota les ordres de Gonzalo Fernández de Córdoba, durant la Segona Guerra de Nàpols (1501-1504). Llavors, Nàpols va quedar novament annexionada a la Corona d'Aragó, aquest cop com a virregnat, i el castell perdé la condició de residència reial.