Seymour kemudian menjadi wakil komando Armada Channel dan kemudian Inspektur Laksamana dari Cadangan Angkatan Laut. Setelah itu ia menjadi Panglima Tertinggi, Pangkalan Tiongkok. Selama Pemberontakan Boxer, ia memimpin Ekspedisi Seymour yang terdiri dari 2.000 pelaut dan marinir dari kapal perang aliansi Barat dan Jepang untuk membebaskan Pengepungan Legasi Internasional di Peking. Namun ekspedisi ini dikalahkan oleh pasukan dinasti Qing Tiongkok dan para pemberontak Boxer sehingga harus kembali ke Tianjin. Meskipun misinya gagal, ketika Seymour tiba kembali di Portsmouth, dia dan orang-orangnya disambut oleh ribuan orang yang berjejer di pantai dan dermaga.