Ο ναός της Αφαίας ήταν ιδιαίτερα γνωστός από την αρχαιότητα για τα αετώματα, τα οποία κοσμούσαν και τις δύο στενές πλευρές του ναού. Τα γλυπτά των αετωμάτων ήταν πολύχρωμα και ήταν φτιαγμένα από παριανό μάρμαρο, με θεματολογία παρμένη από τον Τρωικό Πόλεμο, στον οποίο συμμετείχαν ντόπιοι πολεμιστές και απόγονοι του βασιλιά του ησιού Αιακού (Αίας ο Τελαμώνιος, Τεύκρος, Αχιλλέας), αλλά και από την πρώτη εκστρατεία εναντίον του Λαομέδοντα της Τροίας με αρχηγό τον Ηρακλή, όπου συμμετείχε ο γιος του Αιακού, Τελαμών. Κεντρική φιγούρα είναι η θεά Αθηνά: στο εσωτερικό του ναού, στο σηκό, φυλασσόταν το χρυσελεφάντινο άγαλμα της θεάς, για την προστασία του οποίου προστέθηκαν κιγκλιδώματα τόσο στον πρόναο όσο και στον οπισθόδομο.