Isaias cresceu em Asmara e se formou no rince Makonnen High School em 1965. As boas notas que ele classificou nos Exames de Certificado de Licença de Escola Geral permitiram que ele fosse admitido no Colégio de Engenharia altamente competitivo da Universidade Haile Selassie I (atual Universidade de Addis Ababa), em Addis Ababa, Etiópia. No entanto, um ano depois, ele interrompeu seus estudos para se juntar à Guerra de Independência da Eritreia.