Після початку другої світової війни він командував оперативною групою в армії «Помор'я» і брав участь у битві при Бзурі. 27 вересня 1939 року він очолив підпільну військову організацію «Служба перемозі Польщі», яка стала першою підпільною організацією в окупованій Польщі. Потім став командувачем львівського відділення Союзу збройної боротьби (територія Львівської області була окупована СРСР). У березні 1940 року його заарештували співробітники НКВС під час спроби перетнути німецько-радянську лінію розмежування з документами на ім'я Тадеуша Мірового. Його відправили до трудового табору поблизу Воркути, а після виявлення його справжньої особи до в'язниці НКВС на Луб'янці. Після звільнення в серпні 1941 року він став на службу в армію Андерса в СРСР командиром 6-ї львівської піхотної дивізії.