第一次バルカン戦争の勃発によりトリポリタニアから呼び戻されたムスタファ・ケマルは、ウィーンで目の治療を受け、11月24日にダーダネルス海峡地区混成部隊司令部の作戦課長に任命され、同部隊がボラユル軍団として再編された際も作戦課長の任務を継続した。1913年1月26日ので軍団主力のアリ・フェトヒ・ベイ指揮下の第27師団が、将軍の指揮するブルガリア第4軍隷下のゲオルギ・トドロフ将軍の指揮する第7リラ歩兵師団の前に敗北した。事件を契機にエンヴェル・ベイらが実権を握り、5月13日にロンドン条約が調印され、アドリアノープル（現 エディルネ）がブルガリア王国に割譲された。第二次バルカン戦争では、ボラユル軍団とともにブルガリア軍に対して攻勢に出て、7月15日にを、7月17日にを、7月18日にウズンキョプリュを、7月21日にはカラアーチとディメトカ（現 ）を経由してアドリアノープルを奪還した。ムスタファ・ケマルは、同日街に入り、8月10日に街を離れた。その後、10月27日にソフィア駐在武官に任命された。ソフィアでは、陸軍大臣となったコヴァチェフの娘ディミトリナ・「ミティ」・コヴァチェヴァ ( / "Dimitrina "Miti" Kovacheva") に接近した。1914年1月11日以降、ベオグラードとツェティニェの駐在武官も兼任した。