Unmittelbar nach Beginn der Besatzung verboten die Deutschen alle kommunistischen Parteien, ein Schritt, den die damalige Führung der CPN frühzeitig vorausgesehen hatte. Die Partei war fortan als erste niederländische Widerstandsorganisation aus dem Untergrund tätig. Bemerkenswerteste Aktion in der frühen Phase der Besatzung war die Auslösung des Amsterdamer Februarstreiks von 1941, die die CPN für sich reklamierte. In Folge des deutschen Überfalls auf die Sowjetunion im Juni desselben Jahres, bemühte sich die CPN um eine Annäherung an andere, meist sozialdemokratisch geprägte Widerstandsgruppen. 1943 schloss sie sich kurz vor Ausbruch des April-Mai-Streiks dem sogenannten Raad van Verzet (Widerstandsrat) an, der die Deutschen aktiver und gewaltbereiter als in der Vergangenheit bekämpfte.