La Turquie n'a jamais connu de son histoire de persécution des Juifs en tant que juifs, et elle sera l'un des rares pays à majorité musulmane à reconnaître Israël dès sa fondation. Si des milliers de Juifs ont trouvé asile en Turquie avant et pendant la guerre — en particulier des universitaires et des artistes, qui participèrent de façon décisive à la modernisation de la Turquie —, et si des milliers d'autres ont immigré clandestinement en Palestine (les chiffres varient de à ), grâce à une action conjointe des autorités turques et des organisations sionistes, certains épisodes ont donné à des interprétations divergentes et à des polémiques. Ainsi, en février 1942, les roumains du paquebot "Struma", qui espéraient passer en Palestine, périssent noyés dans la mer Noire lors du torpillage de leur navire "par erreur" par un sous-marin soviétique. Certains historiens font porter la responsabilité sur les autorités tant britanniques que turques, d'autres, essentiellement sur les autorités britanniques. La même tragédie se reproduira le 5 août 1944, sur le navire "Mefküre" battant pavillon turc et de la Croix-rouge, transportant plus de 300 réfugiés juifs roumains à travers la mer Noire et coulé par un sous-marin soviétique.