През 46 пр.н.е. той е легат с Квинт Педий на Юлий Цезар в Испания. Остава там до победата в битката при Мунда (17 март 45 пр.н.е.) и е оставен като генерал да обсажда Мунда. Той има победа и се връща през септември в Рим, къето е награден с получаване на службата суфектконсул за последните три месеца на 45 пр.н.е. На 13 октомври Фабий има право да празнува своя триумф над Испания.