Dopo un anno sabbatico e a distanza di cinque anni dalla sua precedente esperienza in Serie A, il 31 maggio 2019 diventa il nuovo allenatore dell', in sostituzione dell'esonerato Luciano Spalletti. Il debutto in nerazzurro è del 26 agosto seguente, in campionato, battendo per 4-0 a San Siro la squadra dei suoi esordi, il . L'arrivo sulla panchina interista di una storica ex "bandiera" juventina rinfocola immediatamente la più grande rivalità del calcio italiano e, nello specifico, divide nettamente gli animi della tifoseria nerazzurra; ciò nonostante, a Milano il tecnico è protagonista di un positivo avvio, rigenerando repentinamente un ambiente che, negli anni precedenti, raramente aveva saputo essere protagonista: vince le prime sei gare di campionato, stracittadina compresa, un filotto che in casa nerazzurra aveva l'unico precedente nella stagione 1966-1967 con Helenio Herrera in panchina.