Margrethe II werd op 16 april 1940 in de Amalienborg te Kopenhagen geboren als eerste kind van kroonprins Frederik en kroonprinses Ingrid. De geboorte vond een week na de Duitse invasie van Denemarken plaats. Haar naam "Margrethe Alexandrine Þórhildur Ingrid" verwijst naar diverse familieleden: Margrethe naar haar grootmoeder aan moederszijde, Alexandrine naar haar grootmoeder aan vaderszijde en Ingrid naar haar moeder. De IJslandse naam "Þórhildur" ("Thorhildur", van Thor + "hildur" [strijd]) is gekozen omdat haar grootvader toen ook koning van IJsland was.