En el documento que dio a conocer con motivo de las elecciones de 1946 la Iglesia se pronunció inequívocamente contra la Unión Democrática, una coalición de partidos que era la principal rival de la que apoyaba la candidatura del general Juan Domingo Perón, quien aparecía como el continuador del gobierno militar y resultó elegido Presidente. Las relaciones siguieron afianzándose durante su gobierno hasta una época que los historiadores sitúan alrededor de 1950 en que se inició un período de paulatino enfriamiento hasta llegar en 1954 a una situación de abierto conflicto que se fue agudizando a medida que las partes asumían posiciones más duras y ejecutaban acciones más controversiales y terminó por constituirse en un factor importante en el derrocamiento del gobierno por un golpe de Estado el 16 de septiembre de 1955. Sobre esta última etapa se ha señalado que "no existe otro período de la historia de la Iglesia argentina que en los últimos años haya concitado tanta atención por parte de los historiadores como el conflicto desatado con el gobierno de Perón a partir de 1954."