Để con trai Ferdinando I lên ngôi thuận lợi, Alfonso nhượng lại các đảo Sicilia, Sardegna và quần đảo Baleares cho anh trai mình là Juan II của Aragon. Ferdinando về mặt văn hóa đã hoàn toàn là người Ý, tiếp tục công việc xây dựng phát triển và bảo trợ của cha mình. Triều đại Alfonso và Ferdinando được đặc trưng bởi việc mở rộng chu vi thành phố và xây dựng bức tường thành hùng vĩ. Tuy nhiên sự ưa chuộng của dân chúng đối với những vị quân chủ Aragon cuối cùng rất khan hiếm thể hiện qua các triều đại ngắn ngủi của Fernando II và Federico nhà Aragon. Các cuộc chiến tranh Ý nổ ra làm đảo lộn địa chính trị châu Âu và vương quốc Napoli mất đi độc lập. Năm 1495 vua Charles VIII của Pháp hành quân và chiếm đóng được Napoli. Tuy nhiên, tình trạng này không tồn tại lâu khi người dân Napoli hân hoan chào đón quân Tây Ban Nha giành được thành phố từ tay người Pháp trong trận Garigliano năm 1503. Vua Fernando II của Aragon tuyên bố sáp nhập Napoli vào vương quốc hợp nhất giữa Castilla với Aragon và biến nó thành một thuộc quốc trung thành, mở ra chế độ phó vương tại Napoli.