A Segunda Guerra Mundial começou com o bombardeio de Westerplatte em 1 de Setembro de 1939. Gauleiter Forster entrou residência do Alto Comissário e ordenou-lhe para deixar a cidade dentro de duas horas, e da Cidade Livre foi formalmente incorporada no recém-formado "Reichsgau" de Danzigue-Prússia Ocidental. Empregados civis dos Correios poloneses tinham recebido treinamento militar e estavam na posse de um esconderijo de armas na maioria pistolas, três metralhadoras leves, e algumas granadas de mão e foram, portanto, capazes de defender os correios polaco durante quinze horas. Após a sua rendição, eles foram julgados e executados. (A sentença foi oficialmente revogada por um tribunal alemão como ilegal em 1998). As forças militares polonesas na cidade resistiram até 7 de setembro. Até 4.500 membros da minoria polaca foram presos e muitos deles executados. Na cidade centenas de prisioneiros poloneses foram submetidos a execuções e experimentos cruéis dos nazistas, que incluíam a castração de homens e esterilização de mulheres consideradas perigosas para a "pureza da raça nórdica" e decapitação pela guilhotina O Sistema Judicial foi um dos principais instrumentos da política de extermínio para com os poloneses levados pela Alemanha Nazista na cidade e vereditos foram motivadas por declarações de que os polacos são subumanos até o final da Segunda Guerra Mundial, quase toda a cidade havia sido reduzida a ruínas. Em 30 de março de 1945, a cidade foi tomada pelo Exército Vermelho. Estima-se que quase todos os habitantes de antes da guerra estavam mortos ou tinham fugido. Um certo número de habitantes da cidade pereceram quando o navio de treinamento militar "Wilhelm Gustloff" utilizado para a evacuação foi afundado. Tinha até 10.000 refugiados a bordo no momento, incluindo cerca de 1.000 soldados e marinheiros gravemente feridos.