Van 1530 af bekeerde een kwart van de bevolking zich tot de protestante godsdienst zoals die door Calvijn gepredikt werd. De calvinisten vormen dus een minderheid in de stad. In 1560 liepen de spanningen tussen de katholieken en de protestanten hoog op. De slachtpartij van Vassy in 1561 vormde het begin van de eerste godsdienstoorlog. Op 19 april 1562 bezetten de protestanten het stadhuis en joegen ze de baljuw en de katholieke gemeenteraadsleden weg. Het parlement van Normandië week uit naar Louviers. De katholieken namen Fort Saint-Catherine in, dat op een heuvel de stad domineerde. Beide kampen stonden elkaar naar het leven. De protestanten riepen de hulp in van de Engelse koningin Elizabeth I. Engelse troepen landden in Le Havre om de protestanten te helpen. Op 26 oktober 1562 namen troepen van de Franse koning Rouen in. Gedurende drie dagen plunderden ze de stad. Na het nieuws over het bloedbad van de Bartholomeusnacht in augustus 1572 doken veel protestanten onder; ze lieten zich vrijwillig opsluiten in de gevangenis om te ontsnappen aan de volkswoede. Een opgehitste menigte drong echter de gevangenis binnen en maakte alle protestanten af.