Przez niemal tysiąclecie miejscowość była siedzibą i bastionem oporu imamów, głównie zajdytów (odmiana szyizmu). Trudno dostępne położenie Szahary zapewniało jej izolację. Po raz pierwszy i jedyny Szahara została zdobyta przez Turków osmańskich w 1587 roku, w trakcie pierwszej okupacji Jemenu przez Imperium Osmańskie. Imam Kasim ibn Muhammad odbił miasteczko w czerwcu 1602 roku i uczynił je swoją stolicą. Stało się ono głównym centrum nauczania zajdyckiego. W marcu 1608 roku imam zawarł z Turkami 10-letni traktat pokojowy, na mocy którego przyznano mu Szaharę i inne zdobyte przez niego miejscowości. Ofensywa imama przeciwko Turkom, po jego śmierci kontynuowana przez jego syna, skończyła się wyzwoleniem kraju w 1635 roku. Podczas drugiej okupacji Jemenu w XIX i XX wieku Turcy znów próbowali zdobyć Szaharę, jednak bezskutecznie. W trakcie wojny domowej w latach 60. XX wieku miasteczko stało się jednym z ostatnich bastionów oporu imama i sił rojalistów. Szahara została wówczas zbombardowana przez wspierające republikanów lotnictwo egipskie.