À compter de 2003, l’EMF est à nouveau engagée dans une opération réelle. Elle prend part à l’Opération Enduring Freedom, et apporte sa contribution à la lutte contre le terrorisme en océan Indien. Sous le nom de code « Resolute Behaviour » l’EMF participe à l’Opération Enduring Freedom de à . Au cours de cette période, l’Euromarfor assume le commandement de la Combined Task Force 150 durant 12 mois. La durée significative de la mission et l’éloignement de la zone d’opération démontrent la volonté des nations de l’EMF de contribuer, au côté de la communauté internationale, à la lutte globale contre le terrorisme. Cette mission a par ailleurs permis de promouvoir l’Euromarfor, en démontrant sa capacité à participer et à commander une opération sur n’importe quelle mer du monde.