מלחמת האזרחים המתמשכת, שראשיתה עוד בשנת 1983, הובילה לכך שכ-4 מיליון איש נאלצו לעזוב את בתיהם שבדרום המדינה. חלקם ברחו לערים דרומיות יותר, כג'ובה; אחרים צעדו צפונה לח'רטום, וכמה מהם צעדו אף עד אתיופיה, קניה, אוגנדה, מצרים ומדינות שכנות אחרות. בשל המחסור במזון ובתעסוקה, תת-תזונה ורעב נעשו נפוצים. חוסר השקעת הכספים בדרום גרם למה שארגונים הומניטריים כינו "דור אבוד" - דור שלא זכה לקבל חינוך, שירותי בריאות בסיסיים, ויש לו סיכוי נמוך להשיג עבודה בסודאן. שיחות השלום בין המורדים בדרום סודאן לבין הממשלה הביאו להסכם בינואר 2005 לפיו הכנסות המדינה – בפרט כסף מנפט – יחולקו בין הממשלה לקבוצות המורדים בדרום, וכי הדרום יזכה לאוטונומיה למשך שש שנים, ולאחר מכן ייערך משאל עם שבו יחליטו התושבים אם ברצונם להישאר חלק מסודאן או להפוך למדינה עצמאית. המשאל על עצמאות הדרום נערך במהלך ינואר 2011 והמשתתפים בו הצביעו כמעט פה-אחד להיפרד מסודאן. ב-9 ביולי 2011 הכריזה דרום סודאן על עצמאותה.