Dragan Stojković jugó con la selección de fútbol de Yugoslavia en 84 ocasiones y anotó 15 goles. Es el cuarto futbolista del país que más veces ha sido convocado. Debutó con la absoluta el 12 de noviembre de 1983 frente a . Consiguió convertirse en un miembro habitual y desde entonces fue convocado para dos Copas Mundiales de Fútbol (1990 y 1998) y dos Eurocopas (1984 y 2000). Su último partido internacional fue frente a , el 4 de julio de 2001.