Током Грађанског рата у БиХ школа је функционисала у знатно отежаним условима, наставнички кадар је био подложан честим промјенама (нарочито наставници страних језика, а присутан је био и дефицит ових кадрова) а често се мијењао и број и структура ученика (с обзиром на велике миграције становништва током рата). Присутан је био и проблем обезбјеђења огрева за ученике. Велики проблеми који су ометали редован ток функционисања ове јавне школске установе били су настављени чак и 10-ак година послије рата, у једном новом облику. Наиме од 1995. године смјештен је био велики број избјеглица у фискултурној сали и једном дијелу учионица школе, па је цјелокупан наставани процес, а нарочито настава физичког васпитања, био знатно отежана.