Sein erstes Länderspiel bestritt Jones 1998 gegen Südafrika. 2005 war er einer der ausschlaggebenden Spieler beim Gewinn des Grand Slam der Waliser bei den Six Nations. Nach dem Sieg im abschließenden Spiel gegen Irland, bei dem er 19 Punkte erzielte, wurde er zum Verbinder des gesamten Turniers gewählt. Im Oktober 2006 ernannte der damalige Nationaltrainer Gareth Jenkins Jones zum Kapitän; er sollte das Team zu einer erfolgreichen Weltmeisterschaft im darauf folgenden Jahr führen. Die Waliser schieden jedoch bei diesem Turnier bereits in der Vorrunde durch Niederlagen gegen Australien und Fidschi aus.