Logo após a Proclamação da República, Rio Claro voltou a ser domínio de São João Marcos por um breve período, em 1891, e Santo Antônio de Capivary, distrito criado e anexado ao município em 1892, é transferida para Angra dos Reis. Essa mudança não durou nem um mês e a autonomia de Rio Claro foi restabelecida. Entretanto, o município atravessou toda a República Velha em grave situação econômico-financeira, assim como vários outros municípios do estado do Rio de Janeiro. O governo fluminense começou, então, a tentar soluções para substituição da monocultura cafeeira com a implementação de algumas medidas que nortearam a economia fluminense na direção da policultura.