Ludington trat während des Sezessionskrieges in die US Army ein und wurde nach seiner Beförderung zum Hauptmann "(Captain)" am 1. November 1862 Assistent des Quartiermeisters der Freiwilligenverbände. Als Quartiermeister der zur Army of the Potomac gehörenden 2. Division nahm er an der Schlacht von Fredericksburg im Dezember 1862, an der Schlacht bei Chancellorsville im Mai 1863, an der Schlacht von Gettysburg im Juli 1863 sowie an der Schlacht in der Wilderness im Mai 1864. Den Posten des Quartiermeisters der 2. Division bekleidete er bis zum 1. Juli 1864 und nahm zuvor noch ab Juni 1864 an der frühen Phase der Belagerung von Petersburg teil. Für seine „treuen und verdienstvollen Dienste im Amt des Quartiermeisters während des Krieges“ wurde ihm am 13. März 1865 der Brevet-Rang eines Brigadegenerals der "Volunteer Army of the United States" verliehen.