Từ 1562 tới 1598 là khoảng thời gian Chiến tranh tôn giáo với 8 cuộc xung đột liên tiếp. Ngày 24 tháng 8 năm 1572, dưới thời Charles IX, đã xảy ra vụ Thảm sát Ngày lễ Thánh Barthélemy. Những người Công giáo tàn sát những người Kháng Cách khắp Paris với số nạn nhân trong khoảng 2 ngàn tới 10 ngàn người. Giáo hội Pháp, đặc biệt ở Paris, nổi dậy chống lại vua Henri III vào năm 1588. Ngày 2 tháng 8 năm 1589, Henri III bị ám sát, Henri de Navarre trở thành vua Henri IV của Pháp năm 1589. Paris, mặc dù đổ nát và hoang tàn đã không mở cửa cho nhà vua cho tới tận 1594. Năm 1610, một kẻ cuồng tín ám sát Henri IV trên phố Ferronnerie, Paris.