Na Segunda Batalha de Bull Run protegeu o ataque pesado da infantaria de Longstreet, expulsou do campo a cavalaria da União sob John Buford e seguiu no encalço dos federais até a conclusão da campanha na Batalha de Chantilly. Destacou-se também na subseqüente Campanha de Maryland. Em Dezembro daquele ano, as suas baterias tiveram participação importante na Batalha de Fredericksburg. Stuart sucedeu temporariamente Stonewall Jackson, mortalmente ferido na Batalha de Chancellorsville, na liderança do famoso II Corpo de Infantaria do Exército da Virgínia do Norte.