מוסווני היה מעורב במרד שהפיל את מנהיגי אוגנדה אידי אמין ומילטון אובוטה. מאמצע ועד סוף שנות ה-90, נחשב מוסווני על ידי המערב כחלק מדור חדש של מנהיגים אפריקאים. במהלך נשיאותו של מוסווני, אוגנדה חוותה יציבות יחסית וצמיחה כלכלית. תקופת הנשיאות שלו נפגעה, עם זאת, ממעורבות במלחמת האזרחים ברפובליקה הדמוקרטית של קונגו וקונפליקטים באזור האגמים הגדולים, המרד בצפון אוגנדה על ידי צבא ההתנגדות של האל אשר גרם למצב חירום הומניטרי קיצוני ומדיכוי של אופוזיציה פוליטית ותיקונים חוקתיים לתקופת הנשיאות (2005) והגבלת הגיל הנשיאותי (2017), מה שאפשר את ההרחבה של משך שלטונו. דבר זה הדאיג את המקומיים והזרים.