В чемпионате России по футболу 2001 года Перхун изначально был резервным вратарём при наличии Андрея Новосадова и Вениамина Мандрыкина, плюс против него говорило отсутствие практики на протяжении более чем полугода. Первые два тура он провёл в дублирующем составе, не пропустив ни одного мяча, в то время как основной состав проиграл 0:2 и 0:3 соответственно. В 3-м туре против московского «Спартака» состоялся дебют Перхуна, который обернулся поражением 0:1. Этот же неудовлетворительный результат был и в 4-м туре против «Торпедо», однако вины Перхуна в пропущенных голах не было. Из-за ОРЗ Сергей снова сел на скамейку запасных, уступив место Андрею Новосадову, однако после его травмы стал основным вратарём: в 7-м туре против «Зенита» Перхун заменил Новосадова в перерыве и отыграл «на ноль».