Am 17. Juni 1958 gab der Tschechoslowake sein Nationalmannschaftsdebüt im Weltmeisterschaftsspiel gegen Nordirland (1:2 nach Verlängerung). Außerdem stand er bei der Europameisterschaft 1960 (zwei Spiele für den EM-Dritten) sowie der Weltmeisterschaft (kein Einsatz für den Vizeweltmeister) zwei Jahre später im kader der Nationalmannschaft. Am 3. November 1963 bestritt Buberník im Freundschaftsspiel gegen Jugoslawien sein letztes Länderspiel. Insgesamt bestritt er 23 Spiele für die Nationalmannschaft, in denen er fünf Tore – alle während der Europameisterschaftsqualifikation für 1960, siehe dazu Liste der Torschützenkönige der Fußball-Europameisterschaften der Männer – erzielte.