На следующий год он участвовал в кампании на Полуострове и в Семидневной битве. 29 июня 1862 года в бою у Саваж-Стейшн был смертельно ранен его командир, бригадный генерал Ричард Гриффин, в результате Барксдейл принял командование бригадой и в бою за Малверн-Хилл вел её в отчаянную, хотя и дорогостоящую и безрезультатную атаку на позиции противника. Бригада стала известна как «Миссисипская бригада Барксдейла». 12 августа 1862 года он был повышен до бригадного генерала.