En septembre, avec le reste du corps du lieutenant général James Longstreet, Robertson et la brigade du Texas sont déplacés vers le Tennessee pour renforcer l'armée du Tennessee, combattant avec distinction à Chickamauga. Cependant, la performance de Robertson lors de la campagne du Tennessee de l'est suscite la colère de Longstreet et du commandant de division Micah Jenkins. Longstreet dépose des accusations officielles en cour martiale contre le général Robertson, alléguant de défaillance en service et l'accusant de remarques pessimistes. Peu de temps avant, Robertson avait rejoint les autres brigadiers de la division en soutenant Evander M. Law contre le protégé de Longstreet, Jenkins en tant que commandant de division, ce qui a sans doute influencé Longstreet, qui avait un âpre différend avec Law. Robertson est réprimandé, remplacé en tant que commandant de la brigade du Texas, et transféré au Texas, où il commande les forces de réserve de l'État jusqu'à la fin de la guerre.