Кад је извршен пуч 1966. године и Јакубу Говон дошао на власт, Муртала је размишљао да отцепи северну Нигерију, али је на крају одустао од те замисли. Нигеријски грађански рат одиграо се од 1967. до 1970. кад се Источна Нигерија отцепила, прогласивши се Републиком Бијафром. Мохамед се исказао у задњим фазама рата.