Після мобілізації у вересні 1941 року рота була переформована в інженерно-саперний батальйон. У новому складі переходить Іранський кордон і зупиняється у місті Мешхед, де займається бойовою підготовкою. З 1 листопада 1942 року батальйон брав участь в інженерному забезпеченні бойових дій в районі Туапсе у складі 128 Туркестанської гірськострілецької дивізії. З січня 1943 р. воював у боях за визволення Тамані і Кубані, станцій Ставропольська та Тригорівська.