MacDonald testificó en el infructuoso juicio Irving contra Lipstadt y otros por difamación interpuesto por el negacionista del Holocausto David Irving contra la historiadora estadounidense Deborah Lipstadt, siendo el único testigo de Irving que habló en su favor voluntariamente. Irving dijo que MacDonald tendría que estar en el estrado durante tres días, pero su testimonio sólo duró unas horas. MacDonald fue preguntado por Irving, que actuó como su propio abogado defensor, si él (Irving) era un antisemita, idea que MacDonald rechazó: "He tenido bastantes discusiones con usted y casi nunca ha mencionado a los judíos, nunca en el sentido negativo general". El demandante le preguntó si "percibía que la comunidad judía trabajaba de cierta manera para suprimir un determinado libro" y respondió afirmativamente asegurando que había "varias tácticas que las organizaciones judías han utilizado". Se citó a MacDonald diciendo que era un "agnóstico" respecto al Holocausto, aunque negó la exactitud de la cita.