Fabian Lustenberger participe à l'Euro espoirs au Danemark avec la sélection suisse en 2011. Lustenberger fait figure de titulaire indiscutable au milieu de terrain et est un des leaders de l'équipe grâce à son expérience tout comme Yann Sommer. Il dispute toutes les rencontres lors de cet Euro en tant que titulaire et aide son équipe à atteindre la finale face à l'Espagne, sans avoir encaissé de buts.