Nach dem 16. Jahrhundert wurde die Mariä-Verkündigungs-Kathedrale noch mehrmals in Mitleidenschaft gezogen: So wurde ein Großteil der Kirchenschätze von den polnisch-litauischen Interventen während der sogenannten Smuta Anfang des 17. Jahrhunderts geraubt. 1737 ereignete sich im Kreml eine besonders verheerende Feuersbrunst (der sogenannte „Dreifaltigkeitsbrand“) und beschädigte neben anderen Bauwerken der Festung auch die Verkündigungskathedrale. Die nachfolgenden Restaurierungsarbeiten unter Beteiligung des renommierten Stadtbaumeisters Matwei Kasakow wurden während des Krieges gegen Napoléon 1812 teilweise wieder zunichtegemacht, als die Kathedrale von den französischen Besatzern als Kaserne genutzt und größtenteils ausgeraubt wurde. Es folgten Wiederaufbauarbeiten in den Jahren 1815–1820. Weitere größere Umbauten an der Verkündigungskathedrale gab es in den 1840er-Jahren, als sie bei der Errichtung der neuen Zarenresidenz mit dieser durch einen Übergang verbunden wurde, sowie in den 1880er-Jahren.