В мае — июле 1992 — начальник управления Межведомственной комиссии Единой системы управления воздушным движением. С июля 1992 года по июль 2000 года — 1-й заместитель главнокомандующего Военно-воздушными силами. В марте 1994 года и марте 1995 года выезжал в Таджикистан для координации действий авиации миротворческих сил, в мае 1995 года участвовал в планировании действий авиации в Чечне. С июля 2000 года генерал-полковник В. С. Кот — в запасе.