Bieg na dystansie 5000 metrów mężczyzn był jedną z konkurencji rozgrywanych podczas IV Mistrzostw Europy w Brukseli. Biegi eliminacyjne zostały rozegrane 24 sierpnia, a bieg finałowy 26 sierpnia 1950 roku. Zwycięzcą tej konkurencji został reprezentant Czechosłowacji Emil Zátopek. W rywalizacji wzięło udział szesnastu zawodników z jedenastu reprezentacji.