Dari 1979 hingga 1997, Fandi membuat 101 penampilan untuk pasukan bola sepak kebangsaan Singapura, menjaringkan 55 gol dan mendapat tempat di Dewan Kemasyhuran Konfederasi Bola Sepak Asia. Beliau bermula sebagai kapten pasukan remaja kebangsaan yang memenangi Piala Lion City pada tahun 1976 dan 1977, kemudian menyertai pasukan senior kebangsaan dalam lawatan ke Rusia, di mana beliau bermain dalam dua perlawanan dan menjaringkan dua gol pada babak kedua. Kap senior pertamanya hadir pada usia 17 tahun, 3 bulan dan 23 hari, menjadikan beliau rakyat Singapura termuda antarabangsa penuh sehingga rekodnya dipecahkan oleh Hariss Harun pada tahun 2007. Walau bagaimanapun, dalam pertandingan antarabangsa pertamanya, Sukan SEA 1979, Fandi tidak menjaringkan gol dalam empat perlawanan. Beliau menjaringkan gol menentang India dan Korea Utara dalam kelayakan Sukan Olimpik, tetapi tidak menjaringkan gol dalam tiga perlawanan kelayakan Piala Dunia FIFA. Di Piala Ovaltine 1981, Fandi menjaringkan kesemua gol Singapura pada 3-2 kemenangan agregat seluruh Malaysia. Fandi menjaringkan gol kehilangan 1-2 kepada Thailand di Piala Raja 1981 dan hatrik menentang Filipina pada Sukan SEA 1981. Pada tahun 1992, Fandi menjaringkan dua gol menentang Nepal dan sekali menentang Thailand di Piala Raja, kemudian menjaringkan gol apabila Singapura menewaskan Malaysia 3-1 di Piala Ovaltine.