Durant les troubles qui mènent à l'indépendance de l'île, Dessalines, s'étant insurgé, devient lieutenant de Louverture, devenu gouverneur à vie, et combat à ses côtés lors de la Guerre des couteaux (1799-1800). Dessalines se retire au nord de l'île ; il réussit, avec l'aide du commandant du fort de la Crête-à-Pierrot, Louis Daure Lamartinière, et de la femme de celui-ci, Marie-Jeanne Lamartinière, à repousser momentanément Donatien-Marie-Joseph de Rochambeau dans le sanglant combat de la Crête-à-Pierrot, après le massacre des Blancs de Petite-Rivière de l'Artibonite et de Verrettes (mars 1802). Par la suite, après la mort du colonel Louis Daure Lamartinière en novembre 1802, sa veuve rejoindra Jean-Jacques Dessalines et deviendra, un temps, sa maîtresse. Après octobre 1802, il organise la mutinerie de l'armée saint-domingoise contre l'expédition napoléonienne. Il combat le général André Rigaud puis les forces françaises du général Charles Leclerc, beau-frère de Napoléon Bonaparte.