Seine Karriere als Regisseur begann 1977 mit der Arbeit an dem Low-Budget-Film "Highway 101". Anschließend arbeitete er einige Jahre als Regisseur bei Fernsehserien. Anfang der 1980er-Jahre schaffte Howard den Durchbruch in Hollywood und führte seitdem Regie bei vielen beachteten Produktionen. 1986 gründete er zusammen mit dem Filmproduzenten Brian Grazer die Produktionsfirma Imagine Entertainment, mit der er fortan seine Filme produziert. Publikumserfolge und filmtechnische Glanzleistungen wie "Splash", "Willow" und "Backdraft" begründeten seinen aktuellen Ruf als großer Hollywood-Regisseur. Bisheriger Höhepunkt seiner Laufbahn war 2002 der Gewinn von zwei Oscars in den Kategorien „Beste Regie“ und „Bester Film“ für "A Beautiful Mind – Genie und Wahnsinn". Mit "The Missing" legte er einen künstlerisch beachtlichen Versuch einer Neusicht des Western-Genres vor, der zugleich realistisch und beunruhigend wirkt. Sein Bruder Clint Howard ist häufig in einer Nebenrolle in seinen Filmen zu sehen. 2008 zeichnete Howard für die Verfilmung von Peter Morgans Theaterstück "Frost/Nixon" verantwortlich mit Frank Langella in der Rolle des Richard Nixon und Michael Sheen als Fernsehmoderator David Frost. Das Drama brachte ihm erneut Regie-Nominierungen für den Golden Globe Award und Oscar ein. Weitere Filmprojekte folgten, darunter auch weitere Literaturverfilmungen.