Первым поселением на территории Кодайры было село Огава, который в 1655 — 1658 годах основал самурай Огава Куробей. После этого, в 1716 — 1736 годах возникли соседние села Онума, Нонака, Судзуки, Мегурита и другие. В 1889 году они объединились в село Кодайра. После Великого землетрясения Канто 1923 года началось стремительное заселение района Кодайры за счет беженцев из столицы Токио. В 1944 году село получило статус посёлка, а в 1962 превратилось в город.