18世紀に入ると、オスマン帝国と戦端を開く実力を蓄えたロシア帝国は、同じ正教徒の国であるモルダヴィアに対して正教徒の保護を名目に領有権を主張し始め、ピョートル1世は1711年にオスマン帝国に宣戦布告してモルダヴィアを一時占領した（この時オスマン帝国は、大北方戦争に参戦していた）。このときモルダヴィア公ディミトリエ・カンテミールがロシアに抵抗せず降伏したことに脅威を感じたオスマン帝国は、1711年プルート川においてロシア軍を撃退し（プルート川の戦い）、モルダヴィアを奪い返した（プルト条約）。これ以降モルダヴィア公をオスマン中央政府に仕えるギリシャ人官僚（ファナリオティス）から選んで任命するようになり、1822年までファナリオティス支配が続く。その後も続くオスマン帝国の衰退の結果、モルダヴィア公国北部のブコヴィナ地方はオーストリア帝国に、北東部のベッサラビア地方は1812年ロシアに割譲された。