De vlag van Zuid-Soedan werd aangenomen op 9 juli 2005, na het Akkoord van Naivasha, die de Tweede Soedanese Burgeroorlog beëindigde. Voorheen was de vlag in gebruik bij de Soedanese Volksbevrijdingsbeweging. Precies zes jaar later werd Zuid-Soedan onder deze vlag een onafhankelijke staat.