Tras el "Anschluss" (la anexión de Austria a la Alemania nazi) el 12 de marzo de 1938, Wächter ocupó el cargo de comisario estatal en el "Ministerio de Liquidación" bajo el gobernador alemán de Austria, Arthur Seyss-Inquart, del 24 de mayo de 1938 al 30 de abril de 1939. El organismo gubernamental que dirigió, conocido como "Wächter-Kommission", fue responsable de la destitución y/o retiro obligatorio de todos los funcionarios austriacos que no se ajustaban al régimen nacionalsocialista. Debido al hecho de que la antigua burocracia austriaca era estrictamente antisemita, solo una pequeña fracción de los funcionarios fueron despedidos.