Im Mai 2003 nahm Pirker mit der österreichischen U-17-Auswahl an der U-17-Europameisterschaft 2003 in Portugal teil. Dabei schaffte er es mit seinem Heimatland als Zweiter der Gruppe A ins nachfolgende Halbfinale und unterlag in diesem den gleichaltrigen Spaniern mit 2:5. Im anschließenden Spiel um Platz drei steuerte Pirker in der 53. Spielminute den Siegestreffer zum 1:0-Erfolg über England bei. In dem von Ernst Weber trainierten 18-Mann-Kader war Pirker der jüngste Akteur der Österreicher. Darüber, dass Pirker auch in der erfolgreichen Qualifikation zur U-17-EM im Einsatz war, liegen keine gesicherten Informationen vor. Als einige Jahre vor der Heim-EM die Österreichischen Future- und Challenge-Teams ausgerufen wurden, war Pirker einer der Spieler des Challenge-Teams, das aus 16- bis 19-jährigen Spielern zusammengesetzt wurde. Mit ebendieser Mannschaft nahm er unter anderem im Dezember 2004 an einem dreitägigen Trainingslehrgang in Reichenau an der Rax teil. Während in dieser Zeit gleich mehrere GAK-Akteure der A-Nationalmannschaft angehörten, standen mit Dominic Hassler (Future-Team) und Daniel Pirker nur zwei Spieler des Grazer AKs im "Future Team" und im "Team Challenge 2008".