С сентября 1941 года — на фронтах Великой Отечественной войны. В 1942 году окончил курсы командного состава береговой обороны Главной военно-морской базы Черноморского флота. К ноябрю 1943 года лейтенант Пётр Дейкало командовал ротой автоматчиков 386-го отдельного батальона морской пехоты Новороссийской военно-морской базы Черноморского флота. Отличился во время высадки советских войск на Керченский полуостров в ходе Керченско-Эльтигенской десантной операции.