Το Σεπτέμβριο του 1965 κατασκευάστηκε νέος αεροσταθμός σε νέα τοποθεσία (τρέχουσα τοποθεσία). Στη περίοδο μεταξύ 1968 και 1973, ο αεροσταθμός επεκτάθηκε, με την κατασκευή ενός δευτέρου ορόφου και του πρώτου ανισόπεδου κόμβου στον αυτοκινητόδρομο. Ο πύργος ελέγχου καταστράφηκε από τον σεισμό της Θεσσαλονίκης το 1978, και για αυτό το λόγο κατασκευάστηκε ένας νέος σε τοποθεσία διαφορετική από τον κύριο αεροσταθμό. Η επόμενη επέκταση του αεροσταθμού έλαβε χώρα σε δύο στάδια, με τα έργα να ξεκινούν το 1991 και το 1993 αντίστοιχα. Ο Δήμος Θεσσαλονίκης, ως Πολιτιστική Πρωτεύουσα της Ευρώπης το 1997, ανέλαβε έργα για την αισθητική αναβάθμιση, ανακαίνιση, εκσυγχρονισμό και αναδιοργάνωση των χώρων του αερολιμένα.