In 1617 bekeerde Johan Albrecht zich tot het protestantisme. In 1623 sloot hij samen met zijn broer Adolf Frederik I een verdedigingsalliantie met de Nedersaksische Staten. Beide broers waren officieel neutraal in de Dertigjarige Oorlog, maar steunden stiekem de protestantse Deense troepen onder leiding van koning Christiaan IV van Denemarken. Nadat de keizerlijke zijde in 1626 de Slag bij Lutter had gewonnen, werden Johan Albrecht II en Adolf Frederik I door de keizerlijke opperbevelhebber Johan t'Serclaes van Tilly als vijanden behandeld.