Bourgeois was van 1902 tot 1904 voorzitter van de Kamer van Afgevaardigden "(Président de la Chambre des Députés)". In 1905 verving hij de duc d'Audiffret-Pasquier als senator voor het departement Marne. Van 14 maart tot 25 oktober 1906 was hij minister van Buitenlandse Zaken in het radicale kabinet-Sarrien. Tijdens deze periode vond de Internationale conventie te Algeciras plaats en werd de Eerste Marokkaanse Crisis tussen Frankrijk en Duitsland vreedzaam opgelost. Van 14 januari 1911 tot 21 januari 1913 was hij minister van Arbeid en Sociale Voorzieningen en maakte zich sterk voor de invoering van een pensioen voor arbeiders.