Kromě Turků ohrožovali Trenčín a Trenčínský hrad i protihabsburští povstalci. Uherská šlechta, která vojensky povstala proti císaři měla zájem ovládat toto významné strategické místo. Protihabsburská stavovská povstání byla často podporována samotnými Turky, kteří využívali rozpory mezi svými nepřáteli. V roce 1604 se hradu i města zmocnila hajducká vojska Štěpána Bočkaje a napáchala obrovské škody, za což nechal Štefan Illésházy popravit kapitána rabujících hajduků Belošiče. V roce 1619 ovládla město vojska Gabriela Bethlena. Bethlen však byl z Trenčína vytlačen po porážce českých stavů. V roce 1622 byla dokonce v Trenčíně 3 měsíce uherská královská koruna, kterou se Bethlen zavázal po uzavření míru vrátit císaři. V letech 1644 - 1645 zasáhlo oblast Trenčína povstání Juraje I. Rákociho. Ten přešel v Trenčíně přes Váh a pokračoval se svým vojskem na Moravu jako spojenec Švédů. Význam vojenské posádky ve městě se ukázal v letech 1678 - 1683 kdy zabránil tomu, aby se ho zmocnila vojska Imricha Thökölyho. Ta však zpustošila široké okolí. Nejnebezpečnější pro město Trenčín i pro hrad však bylo povstání Františka II. Rákociho. Rákociho vojska obsadila 14. února 1704 předměstí i město a císařská posádka se stáhla do hradu. V květnu 1704 však před císařským generálem Ričanem, který táhl z Moravy, unikla do okolí města. Město i hrad byly obsazeny císařskými vojsky a ta odolávala blokádě povstaleckých vojsk více než čtyři roky. Do města se uchýlilo i množství lidí z okolí. Kurucká blokáda skončila v létě roku 1708, kdy Rákocziho vojska utrpěla v bitvě u Trenčína porážku. Trenčín se stal cílem povstalců díky své strategické poloze ve vztahu ke strategii Františka II. Rákociho. Ten chtěl dobýt Trenčín jako opěrný bod na cestě do Slezska. Slezsko byla bohatá provincie patřící nepříteli a proto měla být cílem Rákociho plenění. Současně chtěl tak zajistit pruskému následníkovi trůnu Fridrichovi Vilémovi uherský trůn.