El 21 de mayo de 2019, se hizo oficial su llegada al banquillo del Deportivo Alavés para sustituir a Abelardo. Continuó en el cargo durante buena parte de la temporada 2019-20 hasta el 5 de julio de 2020, cuando fue destituido dados los malos resultados cosechados por el Alavés (6 derrotas en los 7 últimos partidos).