Construite entre 1866 et 1887, l’église s’élève sur la structure préexistante d’une église et d’un monastère byzantins construits au . L’ensemble, dédié à Sainte-Marie-Peribleptos (en grec : Μονὴ τῆς Θεοτòκου τῆς Περιβλὲπτου, "Monì tis Theotókou tis Perivléptou") était l’un des plus importants monastères orthodoxes de Constantinople . Après la conquête ottomane de la cité en 1453, il fut remis à la communauté arménienne de celle-ci et devint alors le siège du patriarche arménien de Constantinople .