ב-30 בדצמבר 1460, בשעה שמרגרט עצמה עסקה בגיוס תמיכה בסקוטלנד השיג מצביאה, הנרי בופורט, הדוכס השלישי מסאמרסט, ניצחון על בית יורק בקרב וייקפילד. ריצ'רד דוכס יורק נתפס, ראשו נערף והוקע מעל שער העיר יורק. ב-17 בפברואר 1461 ניצחו שוב כוחות המלכה את בית יורק בקרב סנט אולבנס השני. התוצאה החשובה ביותר של קרב זה הייתה שחרור המלך הנרי מכלאו. על אף שהנרי הבטיח חנינה לשני שומריו, ויליאם בונוויל ותומאס קיירל, ציוותה המלכה על הוצאתם המיידית להורג בעריפת-ראש. כחודש לאחר מכן, ב-29 במרץ הוכה צבא בית לנקסטר בקרב טאוטון על ידי בית יורק, בהובלת בנו של דוכס יורק, אדוארד, שהדיח את הנרי והוכתר כמלך אדוארד הרביעי. מרגרט נמלטה עם בנה לוויילס ולאחר מכן לסקוטלנד. על אף שאדוארד הבטיח לריצ'רד נוויל, רוזן ווריק, לשאת לאשה את בונה מסבויה, גיסתו של לואי האחד עשר, מלך צרפת, הוא נשא לאשת תחתיה את אליזבת וודוויל (ליידי גריי), דבר שהובילו לעימות עם מלך צרפת ועם ווריק, שנטש אותו לטובת בית לנקסטר. מרגרט השיאה את בנה אדוארד לבתו של ווריק, אן נוויל. אן והנסיך אדוארד התארסו רשמית בטירת אמבואז שבצרפת ונישאו ב-13 בדצמבר 1470 בקתדרלת אנז'ה. לאחר החתונה שלחה המלכה מרגרט את נוויל לאנגליה כדי שיסייע להשיב את בעלה, הנרי השישי, לכס המלוכה. רוזן ווריק הצליח במשימה זו אך נהרג בקרב בארנט מספר חודשים לאחר מכן על ידי כוחותיו של אדוארד הרביעי. עם הנרי השישי בשלטון יכלו אן, בעלה יורש העצר וחמותה המלכה לשוב בבטחה לאנגליה.