Многие жители Здолбунова еврейского происхождения погибли в Холокосте. В конце 1943 года город стал убежищем для поляков, спасавшихся от Волынской резни. Благодаря защите немецкой администрации УПА не напала на город. 3 февраля 1944 года в Здолбунов вошла Советская армия.