St. Clair byl členem Pennsylvania Council of Censors (Pensylvánské rady cenzorů) v roce 1783 a byl zvolen delegátem Konfederačního kongresu, kde pracoval od 2. listopadu 1785 do 28. listopadu 1787. Počátkem roku 1786 vypukla rebelie vedená Danielem Shaysem, veteránem americké revoluční války. Vzpoura vypukla jako spor o půdu a výši daní. K urovnání konfliktu byl vyzván i konfederační Kongres, který v té době jistým způsobem fungoval jako federální vláda. Dne 2. února 1787 se delegáti Kongresu konečně shromáždili do usnášeníschopného počtu a a zvolili St. Claira na jednoleté funkční období svým předsedou. Kongres přijal jeho nejdůležitější právní předpis, Northwest Ordinance. Filadelfský ústavní konvent v roce 1787 navrhl ústavu Spojených států, čímž došlo ke zrušení konfederačního Kongresu (1788).