In vorkolonialen Zeiten wurde das Gebiet der heutigen Gemeinde von den Huilliche und den Chono bewohnt, da dort aufgrund der Meerenge ein guter Übergang zur Insel Quinchao möglich war. Auch der Name Dalcahue stammt aus der Sprache der Ureinwohner, dem Mapudungun. Dort bedeutet "Dalkawe" so viel wie „Ort der Dalcas“, die zum Überfahren auf die Insel Quinchao genutzt wurden. Während einer Expedition von Martín Ruiz de Gamboa 1567 gründete er auch das Dorf Tenaún, das heute an der nördlichen Grenze in der Kommune liegt. In der kolonialen Zeit der Spanier entwickelte sich Dalcahue zu einer gemischten Stadt mit Spaniern und Ureinwohnern. Demzufolge fiel es der Armee der chilenischen Patrioten auch nach der Unabhängigkeitserklärung 1810 schwer, die Insel Chiloé einzunehmen. 1858 wurde der Bau der Kirche begonnen. Während des Erdbebens von 1960 wurden große Teile der am Meer liegenden Orte zerstört und in der Folgezeit wieder aufgebaut.