W 1570 był gospodarzem wielkiego kongresu pokojowego w Szczecinie, który zakończył I wojnę północną z udziałem Polski, Danii, miast hanzeatyckich, Szwecji i Rosji; skutecznie wystąpił w imieniu cesarza jako pośrednik w rokowaniach. Jednak koszty kongresu i krach finansowy spowodowany bankructwem w 1572 wielkiego domu bankowego Loitzów zrujnowały księstwo. . Mimo to w latach 1575-1577 Jan Fryderyk m.in. przebudował w renesansowym stylu Zamek Książąt Pomorskich w Szczecinie i Słupsku. .