Callejón maakte in juli 2013 voor €10 miljoen de overstap naar SSC Napoli waar hij een vierjarig contract tekende. Op 25 augustus speelde Callejón zijn eerste wedstrijd in het shirt van SSC Napoli tegen Bologna FC 1909. Hij maakte de eerste treffer van de wedstrijd. De wedstrijd eindigde in een 3-0 zege voor SSC Napoli. Zijn eerste Europese doelpunt voor Napoli kwam in de groepsfase van de Champions League op 22 oktober 2013 tegen Olympique Marseille. Met Napoli won Callejón in dat seizoen de Coppa Italia. In &lt;a href="Coppa%20Italia%202019/20"&gt;2019/20&lt;/a&gt; won Callejón de Coppa nog eens. In de Supercoppa 2014 miste Callejón in de beslissende penaltyreeks een strafschop, maar Napoli kon na vier missers op negen pogingen van Juventus FC toch juichen. Callejón speelde meer dan 300 wedstrijden voor Napoli (alle competities) en vertok in augustus 2020 bij de club, nadat zijn contract was afgelopen en niet verlengd.