Op dat moment provoceerden Tsjetjeense rebellen Rusland door terroristische bliksemacties in het grensgebied van Tsjetjenië en Dagestan; hierop werd maar zwak gereageerd en uiteindelijk kwam het tot een inval in Dagestan. Daarnaast deden zich in meerdere steden van Rusland flatbombardementen voor, die door Poetin werden toegeschreven aan Tsjetsjeense rebellen, iets wat door veel verslaggevers en wetenschappers wordt beschouwd als onmogelijk (de FSB werd door sommigen verantwoordelijk geacht), maar wat de Russische motivatie om in te grijpen versterkte. Het duo Jeltsin-Poetin stuurde in 1999 het leger wederom naar Tsjetsjenië en startte daarmee de Tweede Tsjetsjeense Oorlog. Uiteindelijk zou vrijwel heel Tsjetsjenië bezet worden, maar terroristische aanslagen van Tsjetsjeense separatisten onder leiding van de Ruslandhater en islamistische wahabist Sjamil Basajev bleven doorgaan. Sinds de executie van de door de Russische regering gesteunde president Achmat Kadyrov, heeft zijn controversiële zoon premier Ramzan Kadyrov het gebied echter steeds meer onafhankelijk gemaakt van Rusland en onder andere de Sharia ingevoerd. Zijn strijdkrachten (eerder bekendstaand als de Kadyrovtsy) worden echter verantwoordelijk gehouden voor het grootste deel van de misdaden tegen de menselijkheid in Tsjetsjenië.