На чолі Чорноморського козацького війська був завжди отаман. Спочатку, так само, як і на Запоріжжі, він мав найменування кошового отамана, і обирався самими козаками на козацькій раді. Але з 1797 року російський уряд заборонив козакам цю демократичну процедуру, та почав призначати отаманів над чорноморцями власноручно. Відтепер отаман почав називатися військовим. 1827 року уряд ще урізав козацькі права. Тепер отаманом усіх козацьких військ імперії вважався наслідник престолу з династії Романових, а справжній керівник над козацькою громадою мав титул наказного отамана, тобто «призначеного імператорським наказом». Таке становище над козаками зберігалося аж до революції 1917 року.