Una volta che il Mississippi fu sotto al controllo dell'Unione, a seguito della presa di Vicksburg e di Port Hudson, le operazioni navali sul fiume cessarono. Durante questo periodo di relativa calma, il 13 luglio 1863 la "Baron DeKalb" (ex "Saint Louis") fu affondata sullo Yazoo da due mine confederate. Gran parte del Mississippi River Squadron, comprese le cinque rimanenti cannoniere classe City, prese parte alla fallimentare campagna del Red River, dove si rischiò di perdere le navi per il calo del livello dei fiumi. Questa fu la loro ultima azione significativa. Tutte e cinque le cannoniere classe City sopravvissute furono vendute e demolite poco dopo la fine della guerra.