С 1992 года Махмуд Худойбердыев являлся заместителем военного комиссара Хатлонского областного военного комиссариата. В это время в Таджикистане развернулась гражданская война. Его оплотом был город Курган-Тюбе. Худойбердыев стал командиром спецгруппы в составе 201-й мотострелковой дивизии в г. Курган-Тюбе.