W połowie 1998 roku został zawodnikiem FK Priština. Po sezonie 1998/99, z powodu wybuchu wojny domowej w Kosowie, jego klub opuścił system ligowy Jugosławii, przenosząc się do Superliga e Kosovës. W sezonie 1999/00 Munishi wywalczył z tym zespołem tytuł mistrza kraju. Następnie był graczem KF Besiana, z którą zdobył w sezonie 2001/02 mistrzostwo, Puchar i Superpuchar Kosowa, a także dwukrotnie uzyskał tytuł króla strzelców tamtejszej ekstraklasy (2000/01, 2001/02). W 2003 roku przeniósł się do KF Kosova i wywalczył z tym klubem krajowy puchar. Od sezonu 2004/05 występował on kolejno w KF Flamurtari, KF KEK-u, KF Gjilani, KF Hysi (król strzelców ligi 2006/07) oraz w macierzystej KF Prishtina, w barwach której w sierpniu 2008 roku oficjalnie zakończył karierę po zdobyciu tytułu mistrzowskiego.