Estas tendencias le hicieron simpatizar con los Covenanters durante las Guerras de los Obispos y se mostró como un decidido partidario de la paz. Pembroke sirvió como comisionado de Carlos en las negociaciones con los Escoceses en Berwick y Ripon, donde varios de los Escoceses, en particular, el Conde de Rothes, creía que Pembroke era secretamente favorable a la posición escocesa. Pembroke, sin embargo, continuó siendo leal a Carlos, pese a que, junto con Henry Rich, conde de Holland y William Cecil, conde de Salisbury, instó al rey a aceptar los términos Escoceses. El rey, sin embargo, ordenó a Pembroke regresar a Londres para comenzar a reunir fondos para proseguir la guerra.