A la muerte de su amigo y compañero David Livingstone, John Kirk se dedicó a continuar su proyecto de acabar con el comercio de esclavos en África Oriental. Durante años negoció con el sultán Barghash ibn Said de Zanzíbar, ganándose su confianza y prometiéndole la ayuda británica para enriquecer su reino en África Oriental mediante el comercio legítimo. El sultán emitió dos decretos limitando el comercio de esclavos en 1873 y 1886, aunque no erradicó por completo la esclavitud. Por desgracia, tras la Conferencia de Berlín el gobierno británico nombró a John Kirk cónsul en Zanzíbar para que presionara al sultán. John se mostró muy incómodo en su nueva posición, defendiendo los intereses británicos en el "Reparto de África". (referencia: Ferguson, N. Empire : How Britain Made the Modern World. p.236)