В 1955 году Паган перешёл в клуб «Сантос». 20 ноября 1955 года он дебютировал в матче с «Гуарани» (5:0), где сразу же забил гол. В первый же год в команде он помог клубу выиграть чемпионат штата Сан-Паулу, первый подобный титул за 20 лет. Но в этот год форвард был дублёром Эмануэле Дел Веккио. Годом позже клуб повторил этот успех, а Паган стал лучшим бомбардиром команды, забив 34 мяча во всех турнирах, при этом Дел Веккио был переведён на левый фланг. В том же сезоне за клуб начал играть Пеле, он вместе с Пепе и Паганом составили линию нападения команды, названную «Линия трёх П» (). В 1957 году форвард также отличился высокой результативностью, забив 33 гола в 59 матчах. Всего за клуб он сыграл 345 игр и забил 159 голов, по другим данным 340 матчей и 157 голов. Паган выиграл с «Сантосом» шесть чемпионатов штата, один турнир Рио-Сан-Паулу, два розыгрыша Чаши Бразилии, Кубок Либертадорес и Межконтинентальный кубок. В розыгрыше последнего, правда, форвард на поле не выходил.