Po wybuchu wojny secesyjnej został mianowany głównym dowódcą armii Alabamy, jednak wkrótce zrezygnował z tej funkcji. Od 1862 roku pracował na rzecz ponownego przyłączenia Alabamy do Unii, a następnie doradzał Abrahamowi Lincolnowi odnośnie do stanu Alabama w procesie rekonstrukcji Stanów Zjednoczonych.