אייזנר שותף ב-76 משחקי נבחרת, קלע במדיה 605 נקודות בממוצע של 7.9 נקודות למשחק. העפיל עם הנבחרת לשתי אליפויות אירופה (1973, 1975), וכן במשחקי אסיה 1974 במסגרתה זכתה ישראל במדליית הזהב.