Prieto war 2007 Mitglied der uruguayischen U-20-Auswahl. Mit dieser nahm er an der U-20-Weltmeisterschaft 2007 in Kanada teil und kam in den beiden Begegnungen gegen Spanien und Sambia zum Einsatz. Er gehörte überdies dem uruguayischen Aufgebot an, das bei den Panamerikanischen Spielen 2011 die Bronzemedaille gewann.