Günther nahm mit der U-16-, U-18- und U-20-Nationalmannschaft in den Jahren 2004, 2006 bzw. 2008 an den Basketball-Europameisterschaften teil. Am 1. Juli 2009 erfolgte durch Bundestrainer Dirk Bauermann die Nominierung für die A-Nationalmannschaft, Günther bestritt sein erstes A-Länderspiel am 7. August 2009 gegen die Niederlande. Am 1. September 2009 brach er sich in einem Vorbereitungsspiel gegen Slowenien einen Mittelfußknochen und fiel für die Europameisterschaft in Polen aus. Für die Basketball-Weltmeisterschaft 2010 in der Türkei wurde Per Günther von Bundestrainer Dirk Bauermann in den Kader berufen. Günther nahm anschließend auch an der EM 2013 teil. Im Sommer 2014 verzichtete er aufgrund von Knieproblemen auf Einsätze für die Nationalmannschaft und auch 2015 sagte er wegen körperlicher Beschwerden ab. Auch in den folgenden Jahren war er nicht mehr Mitglied der DBB-Auswahl.