In 1994 werd Gazprom gedeeltelijk geprivatiseerd, waarbij Vjachirev ervoor zorgde dat de Gazprom managers zo'n 30% van de aandelen in handen kregen. De overheid had een groter belang, maar had nauwelijks bemoeienis met de bedrijfsvoering. Hij kon Gazprom besturen alsof het zijn eigen bedrijf was. Hij sluisde miljarden weg naar zichzelf en zijn familie, zo werden diverse gasvelden, met een waarde van US$ 185 miljoen, doorgesluisd naar Sibneftegaz, een onderneming in handen van familieleden van Vjahirev. Tijdens de Russische presidentsverkiezingen van 1996 steunde hij Boris Jeltsin. In 1998 werd hij aangeklaagd door premier Sergej Kiriejenko voor 2,5 miljard aan achterstallige belastingen, maar Kiriejenko kwam in conflict met een andere oligarch (Berezovski), die ervoor zorgde dat hij werd vervangen als premier. In 2000 steunde hij Vladimir Poetin in de Russische presidentsverkiezingen van 2000. In 2001 werd hij echter afgezet door president Poetin, die zich dat jaar begon bezig te houden met het bedrijf, en werd vervangen door Poetins vertrouweling Aleksej Miller. In 2004 werd zijn vermogen geschat op US$ 1,2 miljard door het Amerikaanse zakenblad Forbes.