Door blessures en schorsingen geteisterd moest AZ eind april 2005 een beroep doen op de toen twintigjarige Vlaar, in de halve finale in de UEFA Cup tegen Sporting Lissabon. Kort daarvoor maakte Vlaar zijn competitiedebuut in het eerste elftal van de club, in een wedstrijd tegen RKC Waalwijk. Vlaar maakte in de paar wedstrijden tot het eind van het seizoen genoeg indruk om opgeroepen te worden door Marco van Basten voor Oranje. Later dat jaar nam hij deel aan het WK onder 20 van 2005 in Nederland. Op 8 oktober 2005, enkele maanden na zijn debuut als profvoetballer, maakte Vlaar zijn debuut in het Nederlands elftal als invaller in een uitwedstrijd tegen Tsjechië.