Бергер је дебитовао за репрезентацију Чехословачке 23. марта 1993. против Кипра. Играо је за Чешку Републику на Европском првенству 1996. у Енглеској, с којом је био други на турниру. Одиграо је све мечеве своје репрезентације, а у финалу је постигао гол са пенала против Немачке којим је довео Чешку Републику у вођство, али је на крају Немачка славила захваљујући златном голу Оливера Бирхофа у продужецима.