Durante le Guerre balcaniche del 1912-1913, Thomson prestò servizio nuovamente come "attaché" militare questa volta in Grecia. Nel 1914, col grado di maggiore, venne prescelto inizialmente quale capo della nuova Gendarmeria Internazionale, una forza militare preposta a difendere la pace all'interno del nuovo Principato di Albania, ma il suo nome venne sostituito poi con quello del colonnello Wilhelm de Veere di cui poi divenne il vice. La sua scelta in quanto suddito olandese, ricadeva sul fatto che per espressa richiesta del principe Guglielmo di Wied i soldati del nuovo corpo d'ordine pubblico dovessero essere non albanesi e meglio ancora se provenienti dai Paesi Bassi in quanto egli stesso era un nipote della regina Guglielmina.