30 октября объявленный вне закона, Понтекулан искал убежища в Цюрихе, где зарабатывал на жизнь столярной работой. В декабре 1794 года вернулся во Францию. Избранный в совет пятисот, Понтекулан защищал там свободу печати; после открытия заговора Бабефа старался помешать реакции. Его оппозиция перевороту 18 фрюктидора привела к новому изгнанию, из которого он возвратился лишь 18 брюмера.