第五舰队沿千島群島——日本本土东部海域——小笠原诸岛（小笠原群岛、火山列岛等）一线展开。随着阿留申群島戰役的开展，日军一度前进至基斯卡島，因此小笠原诸岛的防卫转交予横须贺镇守府负责。1943年美军开始发起反击，第五舰队频繁在阿留申群岛一带与美军交手。同年8月5日，第五舰队与第十二航空艦隊联合组成東北方面艦隊。