Во время переворота 18 фрюктидора (4 сентября) 1797 дом Дюпонов был осаждён толпой; вновь избежав смерти, Дюпон вместе со всей семьёй бежал в США. Он достаточно быстро вошёл в круг американских политиков, примкнув к сторонникам Томаса Джефферсона. В 1802—1803, во время президентства Джефферсона, Дюпон был одним из организаторов покупки Луизианы у французского государства.