Über den Kult, dem der Tempel geweiht war, lassen sich keine gesicherten Aussagen machen. Rudolf Heberdey und Adolf Wilhelm schlugen Athena vor, Gough wegen der maritimen Darstellungen auf dem Fries Poseidon. Hild und Hellenkemper hielten Zeus für möglich, auch der Kaiserkult wurde ins Spiel gebracht. Der türkische Archäologe Deniz Kaplan vermutet, dass der Bau von Archelaos aus Dankbarkeit für Kaiser Augustus errichtet wurde und der erwähnte Seethiasos eine Erinnerung an dessen Sieg in der Seeschlacht bei Actium symbolisiert.