Jones 164-szer szerepelt az amerikai válogatottban (15 gól és 22 gólpassz fűződik a nevéhez), amivel ő tartja hazája rekordját. Először a nemzeti tizenegyben 1992. szeptember 3-án, Kanada ellen játszott. Szerepelt az 1994-es, 1998-as és a 2002-es labdarúgó VB-n is. 1992-ben a barcelonai olimpián is részt vett.