С 1991 по 2016 годы председателем партии являлся Ш.Д. Шабдолов. Во времена гражданской войны партия поддерживала правительство Республики Таджикистан в вооружённой войне против сторонников радикального ислама. В постсоветское время бывшие члены КПТ покинули ряды партии по разным причинам, некоторые, продолжили свою карьеру в рядах правящей левоцентристской политической партии, Народной Демократической Партии Таджикистана (НДПТ) (), которая поддерживает действующего президента Эмомали Рахмона. В июле 2016 года новым главой партии был избран Исмоил Талбаков, ранее дважды принимавший участие в выборах президента Таджикистана, однако он скончался в декабре того же года.