Söderskärin luonnonsuojelualue on osa Söderskärin ja Långörenin saaristo -nimistä Natura-2000 -luonnonsuojelualuetta, sen osa-alue. Alueeseen kuuluvat Söderskärin saaret vesialueineen ja lähisaarineen. Söderskärin luonnonsuojeluealue perustettiin 1930 Uudenmaan lääninhallituksen päätöksellä. Söderskärin luonnonsuojelaluen on myös lintujensuojelualue Ramsarin sopimuksen mukaan.