КМІС здійснює також власні наукові дослідження, пов’язані з вивченням рівня бідності, соціально-регіональним розподілом України, станом міжетнічних відносин і рівнем ксенофобії, рівнем здоров’я населення України (психічне здоров’я, здоров’я матерів і дітей, вплив Чорнобиля та ін.), оцінкою політичної ситуації.