1996 kandidierte er bei den Präsidentschaftswahlen und erreichte im ersten Wahlgang mit 14,5 % der Stimmen den dritten Platz. Im zweiten Wahlgang rief er zur Wahl von Boris Jelzin auf, der ihn zwischenzeitlich zum Sekretär des Sicherheitsrates der Russischen Föderation ernannt hatte. In dieser Funktion handelte er auch im August 1996 das Friedensabkommen von Chassawjurt aus, mit dem der Erste Tschetschenienkrieg beendet wurde (hierfür erhielt er 1998 den Hessischen Friedenspreis). Bereits im Oktober 1996 entließ ihn Jelzin nach einem Streit mit Innenminister Anatoli Kulikow. Im Mai 1998 wurde Lebed zum Gouverneur der Region Krasnojarsk gewählt. Er bekleidete dieses Amt, bis er beim Absturz eines Hubschraubers Mi-8 tödlich verunglückte.