בשנת 1929, נבנה בית הכנסת הראשון בפננג. במהלך מלחמת העולם השנייה, פלשו היפנים למלזיה. הבריטים נסוגו מהארץ, ועמם מרבית היהודים. היהודים המעטים שנותרו במלזיה הוכרחו בידי היפנים ללבוש טלאי צהוב על בגדם, אולם מלבד זאת לא סבלו הרבה. בשנת 1943, הפכה פננג לבסיסה של קבוצת המונסון, שייטת צוללות של הקריגסמרינה, שלחמה בשיתוף פעולה עם היפנים. הגרמנים התעללו בתחילה ביהודים מקומיים, אולם הפסיקו בעקבות הוראה מהמושל היפני.