1670-ben Patakon robbant ki a Wesselényi-összeesküvés felkelése, melynek leverése után császári katonaság szállta meg a várat. 1683-ban Thököly kurucai felszabadították a várost, de 1685-ben a császáriak ostrommal ismét elfoglalták. 1694-ben II. Rákóczi Ferenc feleségével ide költözött, majd 1697-ben a hegyaljai felkelés idejénrövid időre Tokaji Ferenc felkelőinek kezére került az erősség. 1702-ben a császáriak a külső várat felrobbantották és a Vörös-torony egyes részeit megrongálták. 1703-ban foglalták el Patakot Rákóczi kurucai, és ekkor leégett a fényes várkastély. A vezérlő fejedelem 1708-ban ide hívatta össze az országgyűlést. A Rákóczi-szabadságharc leverése után osztrák-német eredetű birtokosok – 1700-tól a Trautsohn, 1808-tól a Bretzenheim, és 1875-től a Windisch-grätz családok tulajdona lett, akik a várkastélyt a 18–19. században erősen átépítették.