Da ein Studium an der Universität von Odessa wegen der Quote für Juden nicht in Frage kam, ging Babel nach Kiew an das Institut für Ökonomie und Finanzen. Hier traf er Jewgenija Gronfein, seine zukünftige Frau. 1916 schloss Babel sein Studium ab und zog nach Petrograd (heute: "Sankt Petersburg"), das nicht zum Ansiedlungsrayon () gehörte, in dem Juden sich in Russland niederlassen durften. In der Stadt lernte er den Schriftsteller Maxim Gorki kennen, der einige der Kurzgeschichten Babels in seinem Magazin Letopis () veröffentlichte. Gorki gab dem angehenden Schriftsteller den Rat, sich mehr Lebenserfahrung zu verschaffen. Später schrieb Babel in seiner Autobiografie: „[…] Ich verdanke alles diesem Zusammentreffen und spreche auch heute noch Alexej Maximowitsch's Namen mit Liebe und Bewunderung aus.[…]“. Eine seiner bekanntesten autobiographischen Erzählungen mit dem Titel "Die Geschichte meines Taubenhauses" () widmete er Gorki. Die Geschichte "Das Badezimmerfenster" erschien den russischen Zensoren obszön, und Babel wurde für die daraus entstehende Verletzung des Artikel 1001 des Kriminalgesetzbuches bestraft.