År 1876 använde USA:s armé fortet som utgångspunkt för Custers expedition under det stora Black Hills-kriget mot Siouxerna 1876–1877, vilket resulterade i Custers nederlag vid Slaget vid Little Bighorn. Arméns målsättning var att tvinga tillbaka de indianstammar som inte skrivit under avtal till sina respektive reservat. Custer och omkring halva regementet återvände inte till Fort Lincoln utan stupade.