Im Zuge ihrer Sommeroffensive 1944 besetzte die Rote Armee wieder große Teile Litauens. Die Litauische Sozialistische Sowjetrepublik (LSSR) wurde wiederbegründet. Der Widerstand der sogenannten „Waldbrüder“ gegen die sowjetische Besatzung stand ohne ausländische Unterstützung auf verlorenem Posten und war ab 1948 auf einige wenige Partisanenverbände geschrumpft. Stalin ließ 1949 in einer dritten großen Deportationswelle Zehntausende „staatsfeindliche Elemente“ nach Sibirien deportieren, nachdem bereits 1940/41 und 1945/46 Verhaftungen und Deportationen in großem Stil durchgeführt worden waren. Viele der Deportierten starben in den Straflagern im Osten der Sowjetunion. Zu den Deportierten gehörten auch deutsche „Wolfskinder“, die im Verlauf der Kriegswirren vor dem Verhungern aus dem Königsberger Gebiet nach Litauen geflohen und oft bei Bauern untergekommen waren.