In den 1700er-Jahren betrieben Akadier Landwirtschaft in der Gegend und nannten den Ort "Blanchard's Village". Im Rahmen des Siebenjährigen Krieges in Nordamerika kam es am 4. September 1755 zur Battle of Petitcodiac und Britische Einheiten zerstörten im Rahmen einer Strafexpedition die Siedlungen der Akadier. Neue Siedler wanderten 1765 über Pennsylvania aus Deutschland ein. Der Ort wurde zu Ehren des Lord bzw. Earl of Hillsborough, der auch unter dem Namen Wills Hill, 1. Marquess of Downshire mit dem Zusatz "Secretary of State and Lord Commissioner of Trade and Plantations" bekannt ist, in "Hillsborough" umbenannt. Lebensgrundlage der Einwohner waren zunächst die Holzwirtschaft und der Schiffbau, später auch der Abbau von Gips aus Bergwerken. Nach der Inbetriebnahme der Intercolonial Railway im Jahr 1876 konnten diverse Güter außer auf dem Seeweg nun auch auf dem Schienenweg transportiert werden. Im November 1966 erhielt Hillsborough den administrativen Status "Village", ähnlich einer Village in den Vereinigten Staaten.