Kirkollisissa toimissaan Gennadios kannatti aiemmin idän ja lännen kirkkojen yhdistymistä ja hyväksyi yhdistymisen Firenzen kirkolliskokouksessa. Konstantinopoliin palattuaan hän kuitenkin muutti mieltään. Kirkkojen yhdistyminen raukesi Konstantinopolin valtauksen myötä. Vuosi valtauksen jälkeen Gennadioksesta tuli Konstantinopolin patriarkka. Näin hän oli ensimmäinen tässä virassa osmaanien vallan alla toiminut.