Der Legende nach wurden Staat und Stadt durch den ersten Häuptling Moussakala gegründet, einem Sao, welcher zusammen mit 24 anderen Häuptlingen auf der Suche nach Land zum Siedeln in die Region kam. Der Name der Stadt, Makari bedeutet Hirse in der Sprache der Mpade. Im 15. Jahrhundert wurde Makari zum Sultanat und hat seitdem 30 Sultane gesehen. Als das Sultanat Makari Kanem-Bornu im 16. Jahrhundert tributpflichtig wurde, setzte auch die Islamisierung der Gesellschaft Makaris ein. Unter der deutschen Kolonialverwaltung im Kamerun war Makari die Hauptstadt Kotokos, verlor diesen Status jedoch an Goulfey, nachdem Kamerun im Ersten Weltkrieg an die Franzosen fiel.