Продвижение войск противника вглубь территории страны нарушило систему базирования Балтийского флота и резко сократило его возможности. Флоту пришлось действовать на нескольких разобщенных направлениях в условиях господства авиации противника и постоянно наращиваемой минной опасности. Обороняя передовые базы и проводя активные боевые действия на морских сообщениях в Балтийском море, флот был вынужден в то же время обеспечивать чрезвычайно уязвимую, находившуюся под фланговыми ударами противника на всем протяжении коммуникацию Кронштадт — Таллин — Ханко — Моонзундские острова. Флот принимал участие в проведения Моонзундской оборонительной операции. Одновременно флот выделил силы и средства для обороны Ленинграда. За счет сил флота были сформированы Чудская, Ладожская, Онежская озерные военные флотилии и Ильменский отряд кораблей. Упорной обороной военно-морских баз Лиепаи, Ханко, Таллина, островов Моонзундского архипелага Балтийский флот на длительное время приковал к себе крупные силы противника, что ослабило его натиск на Ленинград. В августе 1941 года с аэродромов острова Эзель дальние бомбардировщики ВВС Балтийского флота нанесли первые удары по Берлину. Только в 1941 году корабли и самолеты Балтийского флота поставили 12047 мин.