En 2000 fue nombrado seleccionador de , a la que clasificó para jugar la Copa del Mundo de 2002. En dicho torneo, Turquía consiguió la mejor clasificación de la historia del país al finalizar en tercer lugar. Güneş recibió el trofeo de Entrenador UEFA del año en 2002. El gran papel realizado por Turquía en la cita mundialista revirtió positivamente en el entrenador, que entonces recibió numerosas propuestas de clubes de alto nivel en Grecia, Brasil y España. Finalmente Güneş decidió continuar al mando de la selección, pero Turquía no logró clasificarse para disputar la Eurocopa 2004, un golpe muy duro después del éxito mundialista. El técnico pagó los platos rotos y fue destituido.