Sein erstes Länderspiel für Brasilien bestritt Juan am 15. Juli 2001 gegen Peru während der Copa América 2001. Dies war zugleich das erste internationale Turnier für Juan im Dress der "Seleção". Schon zuvor durchlief er einige Jugendmannschaften des Verbands. Kurz vor der Fußball-Weltmeisterschaft 2002 in Japan und Südkorea erfuhr er von seiner Nichtnominierung für das Team der brasilianischen Nationalmannschaft, welche das Turnier als Weltmeister beenden konnte.