În ceea ce a devenit cunoscut sub numele de "Revoluția glorioasă", cumnatul Annei, William de Orania, a invadat Anglia la 5 noiembrie 1688 într-o acțiune care în cele din urmă l-a detronat pe regele Iacob. După ce Iacob i-a interzis Annei să-i facă Mariei o vizită plănuită în primăvara anului 1687, Anna a corespondat cu sora ei și era la curent cu planurile lui William de a invada Anglia. La sfatul familiei Churchill, ea a refuzat să ia partea lui Iacob și la 18 noiembrie i-a scris lui William declarându-i aprobarea pentru acțiunile sale. Churchill l-a abandonat pe nepopularul rege la 24 noiembrie. A doua zi, Iacob a ordonat ca Sarah Churchill să fie arestată și adusă la palatul St James. Anna și Sarah au părăsit Whitehall pe scara de serviciu și au petrecut o noapte în casa episcopului Londrei.