Jafar ditangkap pada 4 Mei 2002 di Surabaya saat ia dalam perjalanan dari Ambon. Pada Oktober 2002, Laskar Jihad Ahlussunnah wal Jamaah resmi dibubarkan oleh staf dan dewan pembina FKAWJ (Forum Komunikasi Ahlussunnah wal Jama'ah), setelah rapat maraton sejak tanggal 3—7 Oktober 2002. Ja'far Umar Thalib tidak setuju, karena masih berurusan dengan Pengadilan Negeri Jakarta Timur untuk kasus makar, menghasut, dan menghina Presiden Megawati Sukarnoputri. Namun, Ja'far terpaksa mengumumkan pembubarannya ketika dikonfirmasi wartawan beberapa saat setelah terjadinya peristiwa bom Bali I, yakni tanggal 16 Oktober 2002. Ja'far tampaknya masih memerlukan pasukan untuk melakukan demonstrasi sehingga bisa menekan pemerintah, dalam hal ini Pengadilan Negeri Jakarta Timur, agar tidak memberatkan hukumannya. Kendati demikian ternyata dengan bubarnya Laskar Jihad, Ja'far Umar Thalib justru divonis bebas. Menurut majelis hakim, Ja'far tidak terbukti menghina Presiden Presiden Megawati Sukarnoputri, menghasut massa, dan mengobarkan rasa permusuhan dalam ceramahnya Masjid Al-Fatah Ambon, Maluku, 26 April 2002. Sehingga tanggal 30 Januari 2003 adalah hari kebebasannya.