Sur piste, Werknesh Kidane remporte la médaille d'argent du 10 000 mètres lors des Championnats du monde 2003 de Paris-Saint-Denis, s'inclinant face à sa compatriote Berhane Adere. Elle termine au pied du podium des Jeux olympiques de 2004, puis sixième des Championnats du monde 2005.