Los antecedentes del Ministerio se encuentran en 1863, cuando, terminada la Guerra de las Soberanías, la Convención de Rionegro expidió la ley 23 del 11 de mayo de 1863, mediante la cual se reorganizaron las Secretarías de Estado en 4: Interior y Relaciones Exteriores, Guerra y Marina, Hacienda y Fomento y Tesoro y Crédito Nacional. La Secretaría de Hacienda y Fomento fue organizada en tres secciones: La primera compuesta por los departamentos de Comercio, Obras Públicas, Fomento e Instrucción Superior, la segunda compuesta por el de Hacienda y el Tercero por el Contabilidad.