При отсутствии на первых Паралимпийских играх в 1960 в Риме, Япония сделала свой паралимпийский дебют, организовав в 1964 году игры в Токио. Страна участвовала в каждых последующих летних Паралимпийских играх, так и в каждых зимних Паралимпийских играх, начиная с первых 1976 года. Япония принимала Паралимпийские игры два раза, в Токио в 1964 и в Нагано в 1998 году.