В Восточную войну 1853—1855 гг. Петр Петрович Ковалевский командовал 13-й пехотной дивизией; удачно защищал Ахалцых; блестяще действовал в составе корпуса князя Андроникова, когда тот 14 ноября 1854 года разбил турок под Суфлисом, и был произведён в генерал-лейтенанты; осаждал Ардаган и командовал частью главных сил Кавказской армии при штурме Карса 17 сентября 1855 г., при этом атакуя Шорахские укрепления он получил рану, от которой и умер 21 сентября. Уже после смерти, 5 октября, Высочайшим приказом был награждён орденом Белого орла с мечами.