Nel corso degli anni ottanta la guerra Iran-Iraq ebbe importanti riflessi sulla Siria, che prese posizione a favore dell'Iran. Ciò contribuì non poco a isolarla nel mondo arabo, dove prevalente era la preoccupazione per il rafforzamento della rivoluzione islamica iraniana. Paradossalmente anche al-Asad dovette fare i conti con la crescita dell'integralismo islamico. I Fratelli Musulmani organizzarono vere e proprie insurrezioni di massa contro il regime laico del Ba'th, stroncate da al-Asad con una spietata repressione culminata nel massacro di Hama del 1982 (circa 30.000 morti).