Im Februar 1941 wurde El Agheila von britischen Teilen der Western Desert Force eingenommen, nachdem die italienische 10. Armee in der Operation Compass besiegt worden war. Die Briten blieben dort, während ein Großteil der übrigen Western Desert Force nach Griechenland verlegt wurde, um die dortige Invasion der Achsenmächte aufzuhalten. Dies gab dem Deutschen Afrikakorps unter Erwin Rommel die Gelegenheit einer Gegenoffensive, die damit endete, dass El Agheila im März von den Achsenmächten zurückerobert war und die Briten bis Tobruk und an die ägyptische Grenze zurückgeworfen wurde (Operation Sonnenblume). Rommel ließ die Befestigung der Stadt verstärken und nutzte sie als Ausgangsbasis für seine Operationen, insbesondere die Belagerung Tobruks. Nach dem Verlust Tobruks im Zuge der Operation Crusader im Dezember 1941, war El Agheila Rückzugsort des Afrikakorps, das auch gegen britische Angriffe verteidigt werden konnte.