Le 25 février 1807, Freire de Andrade est promu maréchal de camp, et nommé le jour même gouverneur des Armes de la Région Militaire de Porto, une division territoriale militaire stratégique connue à l'époque sous le nom de Parti de Porto ("Partido do Porto"). Au moment de l'invasion et à l'occupation du Portugal par les forces françaises commandées par le général Jean-Andoche Junot, les Portugais reçoivent l'ordre du prince régent Jean VI de ne pas résister frontalement à l'agresseur. N'étant d'aucune utilité à son poste, Freire de Andrade demande au Conseil de Régence son retrait de la vie militaire, qu'il obtient. Il se retire alors à Coimbra avec son cousin D. Miguel Pereira Forjaz, tout en restant attentif à la suite des évènements.