Omahan kaupungin lähialueen alkuperäisasukkaita eli intiaaneja olivat omahat, otoet ja missourit. Nykyisen kaupungin seutu kuului omahien alueeseen. Meriwether Lewis ja William Clark kävivät alueella tutkimusretkellään Yhdysvaltojen ostamalle Louisianan alueelle vuonna 1804. Manuel Lisa perusti puolestaan seudulle turkiskauppa-aseman vuoden 1812 sodan aikana. Talvella 1846–1847 mormonit perustivat sittemmin Omahaan liitetyn Florencen hieman nykyisestä keskustasta pohjoiseen. Monet mormoneista kuolivat ankaran talven aikana, mutta sittemmin paikka oli pysähdyspaikka länteen edelleen kohti Utahia matkustaville mormoneille. Suuri joukko siirtolaisia kulki Omahan kautta myös Kalifornian kultaryntäyksen aikana.