Mary Beale wurde als zweites Kind des puritanischen Pastors John Cradock (1595–1652) aus Barrow und seiner Frau Dorothy Brunton (oder Brinton) († 1643) geboren. Mary Beales genaues Geburtsdatum ist nicht überliefert, als Datum ihrer Taufe ist aber der 16. März 1633 bekannt. Ihr Vater war Hobbykünstler und Mitglied der Painter-Stainer's Company. Er ließ ihr vermutlich eine Ausbildung in Malerei zukommen. Bereits 1658, mit etwa 25 Jahren, hatte sich Mary Beale einen Ruf als Malerin erarbeitet, denn in Sir William Sanderson’s "The Most Excellent Art of Painting" aus demselben Jahr findet sie als eine von drei Malerinnen Erwähnung. Mit ihrem Ehemann Charles Beale lebte sie zunächst in Covent Garden in London, ab zirka 1660 dann in Hind Court in der Londoner Fleet Street, nachdem Charles dort den Posten seines Vaters als "Deputy Clerk" im Patentamt übernommen hatte. Mit den inzwischen geborenen Söhnen Bartholomew und Charles zogen sie um 1664 aufgrund der grassierenden Pest jedoch aufs Land, nach Allbrook in Hampshire.