Lizarazu devient l'un des piliers de la meilleure défense du monde des années 1998 à 2000. Grâce à sa parfaite entente avec Zinédine Zidane sur le côté gauche, son apport offensif se montre également très précieux. Avec les Bleus, Bixente Lizarazu remporte la Coupe du monde 1998 et le championnat d'Europe des nations 2000. Selon le livre "Sciences Sociales Football Club", le nombre de bébés prénommés Bixente (de même que le nombre de bébés prénommés Zinédine et Lillian) a explosé après la Coupe du monde 1998, ce qui illustre l'impact de la victoire de France 98 sur la société française.