У війні зі Швецією 1595 року були повернуті втрачені під час Лівонської війни 1558—1583 років міста на узбережжі Фінської затоки — Ям, Івангород, Копор'є і на Карельському перешийку — Корела. Посилення закріпачення і феодального гніту за Годунова викликало ряд селянських повстань, які на початку XVII століття призвели до вибуху селянської війни, очоленої Іваном Болотниковим.