En 1809, malgré une santé toujours chancelante, il sert son pays. Il prépare cette campagne sans prendre de repos. Le 20 avril, il entre dans Ratisbonne, que les Autrichiens doivent évacuer le 23. À Essling et à Wagram, il démontre encore ses qualités. Le 31 juillet, après le départ de l'archiduc Charles, Liechtenstein prend le commandement général de l'armée autrichienne. Il signe la paix de Schönbrunn, le , jour anniversaire de la paix de Westphalie, aux côtés de Champagny.