Το καλοκαίρι του 2007 κλήθηκε από τον Παναγιώτη Γιαννάκη στην προετοιμασία της Εθνικής Ανδρών για το Ευρωμπάσκετ της Ισπανίας και το τουρνουά Ακρόπολις και παρότι δεν επιλέχθηκε στην τελική δωδεκάδα βρισκόταν στα άμεσα πλάνα για την επόμενη γενιά των διεθνών. Το 2009 κατέκτησε το χάλκινο μετάλλιο στο Ευρωμπάσκετ της Πολωνίας. Επίσης έχει συμμετάσχει στα Μουντομπάσκετ 2010, στα Ευρωμπάσκετ του 2011, 2013 και 2015 και στο Προολυμπιακό τουρνουά το 2016 στο Τορίνο. Με την Εθνική ομάδα ο Περπέρογλου έχει αγωνιστεί σε 68 αγώνες με 344 πόντους (μ.ο: 5.06)