ב-22 ביוני 1941 הפר אדולף היטלר את ברית האי-תוקפנות ופלש לברית המועצות. השטחים הסובייטיים שנכבשו בתחילת 1942, כולל בלארוס, אסטוניה, לטביה, ליטא, אוקראינה ומולדובה ורוב שטח רוסיה מערבית לקו לנינגרד-מוסקבה-רוסטוב, הכיל כ-4 מיליון יהודים, כולל מאות אלפים שברחו מפולין ב-1939 בעת כיבוש מערב פולין על ידי גרמניה. למרות התוהו ובוהו של הנסיגה הסובייטית, נעשה מאמץ לפנות יהודים שהיו מועסקים בתעשיות הצבאיות או היו בני משפחה של חיילים. מתוך 4 מיליון יהודים, כמיליון הצליחו לברוח מזרחה. שלושת המיליונים הנותרים נותרו לחסדיהם של הנאצים. למרות כפיפותם של כוחות היבשה הצבאיים של גרמניה לאדולף היטלר, לא סמך היינריך הימלר על הצבא שיסכים לביצוע הריגות בקנה מידה גדול של יהודים בשטחים הכבושים. משימה זו הוקצתה ליחידות SS שנקראו "איינזצגרופן" ("קבוצות משימה"), תחת פיקודו של ריינהרד היידריך. אלה היו בשימוש מוגבל בפולין בשנת 1939, אך עם הפלישה לברית המועצות אורגנו בקנה מידה גדול בהרבה. לדברי אוטו אולנדורף במשפטו לאחר המלחמה, "על האיינזצגרופן הוטלה המשימה להגן על עורפן של היחידות הצבאיות על ידי הריגת היהודים, הצוענים, הפקידים הקומוניסטים, הקומוניסטים הפעילים וכל האנשים שסיכנו את הביטחון". בפועל, הקורבנות שלהם היו כמעט כולם אזרחים יהודים חסרי הגנה (אף לא אחד מחברי האיינזצגרופן נהרג בפעולות אלה). ראול הילברג כותב כי חברי האיינזצגרופן היו אזרחים מן השורה; רובם הגדול היו אנשי מקצוע בעלי השכלה אקדמית. הם השתמשו בכישוריהם כדי להפוך לרוצחים יעילים, על פי מייקל ברנבאום. עד סוף 1941 הרגו האיינזצגרופן רק 15% מהיהודים בשטחים הסובייטיים הכבושים, ונדמה היה כי לא ניתן להשתמש בשיטות אלה כדי להרוג את כל יהודי אירופה. עוד לפני הפלישה לברית המועצות בוצעו ניסויים בהריגת יהודים בחלק האחורי של משאיות, באמצעות גז מפלט, וכשזה היה איטי מדי, נלקחו בחשבון בניסויים גזים קטלניים יותר. לשם הריגה בקנה מידה גדול בגז, היו דרושים אתרים קבועים. הוחלט - ככל הנראה על ידי היידריך ואייכמן - שיש להביא את היהודים למחנות שיוקמו במיוחד לשם כך.