Mooy három mérkőzést játszott az U17-es ausztrál válogatottban. Az U20-as csapattal részt vett a Terborg Toernooi nevű tornán Hollandiában, végül őt választották a sorozat legjobbjának. A 2009-es U20-as világbajnokságon is részt vett. Két mérkőzésen játszott a csoportkörben kiesett ausztrál válogatottban, és az utolsó meccsen gólt lőtt a brazilok ellen. 2008 és 2010 közt 10 mérkőzésen játszott a "Young Socceroosban", és 4 gólt lőtt. 2009 augusztusában bekerült a felnőtt válogatottba is, az Írország ellen 3-0-ra elvesztett mérkőzést a kispadról nézte végig.