Allein in den drei Monaten zwischen dem 12. Juli und dem 7. Oktober 2001 kam Morales zu insgesamt neun Länderspieleinsätzen und nahm unter anderem auch an den Spielen um die Copa América teil, wo er nur das Vorrundengruppenspiel gegen Paraguay (0:0) verpasste. Mexiko qualifizierte sich in diesem Turnier für das Finale, in dem „El Tri“ dem Gastgeber Kolumbien mit 0:1 unterlag.