1896年乙未戰爭，南投民軍群起抗日，4月20日，日軍遂圍剿林仔頭、田寮、萬丹等-{庄}-，廟身護廊遂罹兵燹。1901年，林仔-{庄}-簡正春首倡，-{庄}-民募款百餘元修復。1907年，林仔頭-{庄}-簡火、山腳-{庄}-簡耀宗二人為首，與兩-{庄}-庄民相議，再鳩資二百五十餘元修飾內部。1933年重修，添築本殿磚壁及改建兩廡，耗費日幣三千多元，並將廟名改稱「紫微宮」，取玄天上帝位居紫微垣之意。