W 1989 roku władzę w wyniku zamachu stanu przejęła Rewolucyjna Rada Ocalenia Narodowego, na czele której stanął Umar al-Baszir. W 1993 roku Rada została rozwiązana, zaś al-Baszir objął stanowisko prezydenta Sudanu. Od tamtej pory wygrywał wszystkie kolejne wybory prezydenckie (1996, 2000, 2010 i 2015), natomiast jego partia – Kongres Narodowy, umocniła się jako dominująca siła polityczna w państwie. Od 1999 roku w kraju obowiązywał stan wyjątkowy. W roku 2005 zawarto pokój z południem, znosząc obowiązywanie w nim szariatu i zgadzając się na referendum niepodległościowe w roku 2011, w efekcie którego Południe 9 lipca 2011 ogłosiło niepodległość. Stosunki z Sudanem Południowym układały się niepomyślnie, a przyczyną konfliktu była nieuregulowana granica wzdłuż pól roponośnych. W związku z tym dochodziło do walk granicznych, a 11 kwietnia 2012 Sudan ogłosił stan wojny z Sudanem Południowym. Od 2003 roku rząd sudański musi zmagać się z konfliktem w Darfurze, gdzie doszło do walk pomiędzy arabskimi koczownikami i murzyńskimi rolnikami, przy czym al-Baszir zdecydował się popierać tych pierwszych.