Првих година након повратка Захаријадис, је упркос неслагањима са Маркосом ипак инсталирао њега за команданта свих партизанских јединица у јулу 1946. године. Сарадња између њих наставила се и наредне године кад је Маркос у новембру 1947. прогласио Привремену демократску владу Грчке у којој је преузео функцију председника владе и министра одбране. Њихово неслагање око темељних питања војничке доктрине и даљег облика борбе грчких партизанских јединица, поновно је кулминисало у последњој години Грчког грађанског рата. Маркос је углавном био за агресивнији приступ, партизанских јединица, њихову већу мобилност и желео наставак борби, док је Захаријадис био за тражење неког мирног решења, са владом у Атини и Британцима и изградњу "народне демократије", да се прекину даље патње народа и бораца. Због тога је Захаријадис сменио Маркоса са свих руководећих положаја у августу 1948. а од јануара 1949. и са свих војних функција.