Venetsialaiset pitivät Mystrasta vallassaan vuoteen 1715, jolloin se päätyi jälleen osmaneille. Venäläiset polttivat kaupungin vuonna 1770 ja albanialaiset vuonna 1780. Osmanit hallitsivat kaupungissa aina vuonna 1821 alkaneeseen Kreikan vapaussotaan asti. Vapaussodan alettua Mystras oli yksi ensimmäisiä turkkilaisvallan alta vapautettuja linnoituksia. Ibrahim Pasha kuitenkin tuhosi kaupunkia vielä vuonna 1825. Mystras hylättiin vuonna 1834 kuningas kuningas Oton annettua määräyksen Spártin kaupungin perustamisesta antiikin Spartan paikalle.