Auch noch nach der Flucht nach Varennes blieb er ein Anhänger einer konstitutionellen Monarchie. Er verband sich mit Guillaume Thomas François Raynal. Ludwig XVI. setzte immer stärker sein Vertrauen in Malouet. Im Jahr 1792 konnte er nur mit Mühe dem Septembermassaker entkommen und floh nach England. Dort veröffentlichte er eine Schrift zur Verteidigung des Königs. Sein Angebot, zur Verteidigung Ludwig XVI. zurückzukehren, blieb. Im Exil veröffentlichte er seine Briefe über die Revolution.