Vanden Borre teki debyyttinsä Belgian maajoukkueessa 28. huhtikuuta 2004 ystävyysottelussa Turkkia vastaan. Kentälle hän pääsi 90. minuutilla Eric Deflandren tilalle. Hän kuului neljänneksi sijoittuneeseen Belgian joukkueeseen Pekingin olympialaisissa 2008. Hän pelasi yhden ottelun MM-kilpailuissa 2014. Hän on edustanut maajoukkuetta vuosien 2006 ja 2010 MM-kilpailujen sekä 2008, 2012 ja 2016 EM-kilpailujen karsinnoissa.