Il 25 marzo 1821, allo scoppio della Guerra d'indipendenza greca, Laskarina Bouboulina innalzò sul pennone dell"'Agamennone" la bandiera greca, ricalcata sul modello di quella della dinastia imperiale bizantina dei Comneni; il 15 aprile il popolo dell'isola si ribellò, scacciando gli ottomani e costituendo una forza navale con imbarcazioni provenienti da altre isole greche. La comandante greca, raccolta una squadra navale di otto navi, navigò fino a Nauplia, operando intorno alla città un blocco navale che condusse la fortezza alla resa il 28 ottobre 1822. Successivamente, Bouboulina prese parte al blocco navale e alla caduta delle piazzeforti di Monemvasia e Pilo, mentre suo figlio, Yiannis Yiannouzas, morì nella battaglia di Argo, a fronte di un numero soverchiante di truppe ottomane. Giunse in tempo per assistere alla caduta di Tripoli, l'23 settembre 1821; durante la resa della guarnigione ottomana, Bouboulina si distinse per aver messo in salvo i membri femminili della famiglia del sultano. Nella città appena conquistata, la patriota greca incontrò il generale Theodoros Kolokotronis, combinando con lui il matrimonio dei loro figli, Elena Bouboulina e Panos Kolokotronis, avvenuto l'anno seguente. Quando poi scoppiò una guerra civile all'interno del movimento insurrezionale, nel 1824 Laskarina fu imprigionata per i suoi legami famigliari con l'allora deposto e imprigionato Kolokotronis, mentre suo figlio Panos veniva assassinato a Tripoli per ordine del direttivo rivoluzionario. Liberata ai primi mesi del 1825, la donna ritornò a Spetses, vivendo in ristrettezze economiche, visto che aveva usato tutto il suo patrimonio per aiutare la causa patriottica.