Officier de l'armée régulière U.S., Lee démissionne rapidement après la sécession, pour rejoindre la milice de Caroline du Sud, et pour lancer la demande historique à l'Union d'évacuer le Fort Sumter, qui signe le début de la guerre. Après avoir servi lors de la bataille des sept jours, la seconde bataille de Bull Run et à Antietam, il devient le chef de l'artillerie de John C. Pemberton lors de la campagne de Vicksburg, où il se distingue à Champion Hill. Capturé et échangé, Lee sert à Atlanta et lors de la campagne ratée de Franklin-Nashville, et finalement lors de la reddition avec Joseph E. Johnston en Caroline du Nord en . Il est plus tard le commandant en chef des "United Confederate Veterans".