Tijdens het indoorseizoen van 2016 liet Kszczot zijn vorm zien door het klassement van de IAAF World Indoor Tour, een reeks prestigieuze indoorwedstrijden, te winnen en een beste jaarprestatie van 1.45,63 neer te zetten. Desondanks besloot hij niet aan de WK indoor mee te doen. De extra tijd die door deze beslissing vrijkwam om zich voor te bereiden op het baanseizoen gebruikte hij goed: hij verdedigde zijn titel uit 2014 met succes tijdens de EK van Amsterdam.Minder goed verging het hem daarna op de Olympische Spelen van Rio de Janeiro, want op de 800 m eindigde hij, net als vier jaar eerder in Londen, als derde in zijn halve finale, die overigens door de latere kampioen David Rudisha werd gewonnen.