La Segunda Guerra Mundial también afectó a la ciudad y en 1942 ésta fue ocupada por el Imperio del Japón. Lae, Rabaul y Salamaua se convirtieron en las principales bases japonesas en Nueva Guinea. A mediados de 1943, después de las derrotas en la campaña Kokoda Track, la Batalla de Buna-Gona y en la Batalla de Wau, los japoneses se vieron obligados a retirarse de Lae, que fue eventualmente ocupada por los australianos, y Salamaua. Sin embargo, la campaña de Salamaua-Lae duró varias semanas con feroces combates, antes de que la ciudad cayera en manos aliadas el 16 de septiembre.