1919年7月7日一1924年4月任俄罗斯苏维埃联邦社会主义共和国武装力量总司令。制定的对邓尼金白军进攻作战计划，托洛茨基反对，但列宁支持，该作战计划导致1919年8月的南方面军大溃败。此后还参与制定反击尤登尼奇进攻彼得格勒的作战、苏波战争、对弗兰格尔战役。1920年11月大规模内战结束后，参与指挥肃清、布哈拉和费尔干纳的最后的反苏俄叛乱。