Gagra však byla obnovena, jakmile začalo na Kavkaz expandovat Ruské impérium, jež na začátku 19. století anektovalo celou Gruzii. Oficiálně byla oblast Rusy ovládnuta v roce 1801, ale jejich přítomnost v Gagře nebyla žádná až do roku 1830, kdy sem byla lodí ze Suchumi poslána výprava pod velením generála Hesseho, kterou hned po příjezdu přivítala střelba zdejších obyvatel, kteří neuznávali ruskou nadvládu, a jejich spojenců z Čerkeska. Protože Gagra byla na jediné pozemní cestě směrem na čerkeské území, dostali za úkol zde vybudovat opevnění. Toto ruské opevnění ale čelilo velkým problémům se zásobováním kvůli nepříznivému větru na moři, nemocem, jež během tří let snížily počet vojáků z 650 na 100, a neustálým útokům, kdykoliv by vyšli z pevnosti ven, a tak bylo už v roce 1853 na začátku Krymské války zrušeno a zbořeno. V Gagře byla po skončení Krymské války zřízena vojenská nemocnice, močály obklopující město byly vysušeny a město začalo připomínat lázně s tržnicí, kam Abchazové chodili prodávat své zemědělské produkty. Avšak obyvatel ve městě žilo stále pořád málo. V roce 1866, kdy Rusové provedli sčítání lidu, žilo v Gagře pouhých 616 obyvatel, většinou abchazské národnosti, které doplňovali ruští armádní činitelé. Nově budované město ale utrpělo značné škody během Rusko-turecké války v letech 1877 až 1878. Turci tehdy přepadli a srovnali se zemí celé město. Obyvatelé museli opět uprchnout, mnozí zdejší Abchazové emigrovali do Turecka, mnozí i proti své vůli. Rusko nakonec válku vyhrálo a Gagra pozbyla svůj význam a stala se pouhou vesnicí.