Đi đến vùng biển Philippines, "Charles J. Badger" bảo vệ cho các tàu vận chuyển trong cuộc đổ bộ ban đầu lên Dulag, Leyte vào ngày 20 tháng 10, đánh trả các cuộc không kích của Nhật Bản trong khi các tàu vận tải đang chất dỡ. Đêm trước khi diễn ra trận Hải chiến vịnh Leyte, nó hộ tống các tàu vận tải rỗng rút lui về New Guinea, nhưng đã cùng đoàn tàu vận tải chở lực lượng tăng viện quay trở lại Leyte vào giữa tháng 11. Sang tháng 12, nó trình diện tại vịnh Huon, New Guinea để tổng dượt cho cuộc đổ bộ tiếp theo lên vịnh Lingayen, Philippines, khi nó lên đường vào ngày 27 tháng 12.