Gbowee oli 17-vuotias, kun Liberian sisällissota syttyi pääkaupungissa Monroviassa. Hänestä tuli sodan aikana traumaterapeutti ja teki paljon töitä Charles Taylorin joukossa taistelleiden lapsisotilaiden kanssa. Gbowee muodosti kymmenien naisten kanssa 2002 ryhmän, jonka tavoitteena oli lopettaa sota. Gboween järjestämä Women of Liberia Mass Action for Peace aloitti kokoontumalla Monrovian toreilla laulaen ja rukoillen. Naisten määrä kasvoi liikkeessä pian, ja presidentti Taylor lupautui tapaamaan heidät ja lupasi heille rauhanneuvotteluiden aloittamisen. Gboween ryhmä seurasi neuvotteluita Ghanassa, mutta viikkojen tuloksettomien neuvotteluiden jälkeen naiset muodostivat piirin sen rakennuksen ympärillä, jossa neuvotteluita käytiin. Lopulta he onnistuivat painostamaan sodan osapuolet rauhaan.