У 2015 році гравця запросили до національної збірної Японії, його навіть було включено до її заявки на кубок Азії з футболу 2015 року в Австралії, проте дебютувати за національну команду Наоміті вдалося лише наприкінці 2017 року на тогорічному Кубку Східної Азії.