Nenek moyang Xanana Gusmão berasal dari kelompok etnis Timor yaitu Galoli, Makasae, dan Midiki. Gusmão berulang kali menekankan bahwa, tidak seperti banyak pemimpin gerakan kemerdekaan, ia bukan berasal dari Portugis atau orang Timor yang mulia. Keluarganya adalah petani sederhana. Namun, orang tua Katoliknya, Antonia Hendrique Gusmão dan Manuel Gusmão, menerima pelatihan di sekolah-sekolah Katolik dan merupakan katekis. Ayahnya meninggal setelah penyakit dengan 83 tahun di Dili pada 24 Desember 1999. Laporan-laporan bahwa dia sudah dalam Krisis Timor Timur 1999 dibunuh, telah terbukti salah. Dari kakek keibuannya Xanana memiliki nama depan: "Kai Rala Alexandre Henriques". "Xanana" berasal dari pengucapan bagian tengah nama depan "Alexandre" dan terinspirasi oleh lagu "Get a job" oleh grup The Silhouettes dari tahun 1950-an.