Наступного року Мігель поїхав з командою на домашній Кубок Америки 1999 року. На турнірі він забив три м'ячі, двічі вразивши ворота збірної Японії (4:0) і один раз відзначився у матчі чвертьфіналу проти Уругваю (1:1). Втім в цій же грі з уругвайцями саме Бенітес став єдиним гравцем, що не реалізував післяматчевий пенальті, через що парагвайці покинули турнір.