El 1097 fou ocupada pels croats (primera croada, setge de Nicea) i va quedar en mans de l'Imperi Romà d'Orient. Després de la caiguda de Constantinoble en mans dels llatins (1204), el 1205 Teodor I Làscaris, proclamat emperador, la va fixar com a residència i capital de l'imperi (ara conegut com a "Imperi de Nicea"). El 1259, Miquel VIII Paleòleg va usurpar el tron a Joan IV Ducas Làscaris i el 1261 va reconquerir Constantinoble.