Die Stadt wurde am 17. Mai 1742 von Gouverneur José Antonio Manso de Velasco gegründet. Dem Nationalhelden im Unabhängigkeitskrieg Manuel Rodríguez Erdoíza (1785–1818) wurde in der Stadt ein Monument gesetzt. Am 12. Februar 1817 eroberte er San Fernando von den Spaniern. Am selben Tag fand auch die berühmte Schlacht von Chacabuco statt, allerdings rund 50 km nördlich ohne seine Beteiligung.