Nach den Anschlägen des 11. September 2001 in den USA kooperierte Musharraf eng mit dem US-amerikanischen Präsidenten George W. Bush im so genannten Krieg gegen den Terror und galt seitdem als einer der engsten Verbündeten der USA im Kampf gegen den Terrorismus, weshalb er im eigenen Land teilweise als „Busharraf“ verspottet wird. Wegen der gespannten innenpolitischen Lage und wegen seiner Regierungskoalition mit gemäßigten Islamisten zögerte er dennoch lange, entschieden gegen die Milizen im Grenzgebiet zu Afghanistan (Taliban, al-Qaida) und gegen islamische Religionsschulen vorzugehen.