La temporada 2002-03 supone la última de Allen con los Bucks. La franquicia de Wisconsin lo traspasó junto a Kevin Ollie, Ronald Murray y una 1.ª ronda condicionada del draft de 2003 a Seattle SuperSonics a cambio de Gary Payton y Desmond Mason. Tras el cambio, el juego de Allen incluso incrementó de nivel, siendo nombrado para el 2º Mejor Quinteto de la NBA en 2005. Por primera vez después de tres años consecutivos, se perdía el All-Star.