Con la declaración de guerra de Alemania en agosto de 1914 se cancelaron todos los programas de formación en la academia naval y se omitió el habitual y obligatorio examen de oficial. Todos los tripulantes que ingresaron el año anterior fueron destinados a diversos buques de la marina. Lindemann fue asignado como oficial de telegrafía, primero en el acorazado SMS "Lothringen" y después en el SMS "Bayern". A bordo del segundo tomó parte en la operación Albión entre septiembre y octubre de 1917, una misión destinada a capturar varias islas del mar Báltico que pertenecían a Rusia pero que se vio malograda porque el 12 de octubre de 1917 el poderoso acorazado "Bayern" impactó contra una mina marina y sufrió daños considerables. Tras la rendición alemana en noviembre de 1918 todos los grandes buques de la Flota de Alta Mar fueron internados en el fondeadero británico de Scapa Flow. Lindemann fue allí como parte de la tripulación indispensable del "Bayern", pero regresó a Alemania el 12 de enero de 1919 y no estuvo presente en el hundimiento deliberado de toda la flota alemana que se produjo el 21 de junio de ese año.