El año 1865, su padre el coronel Mariano Ignacio Prado, era prefecto de Arequipa, después de haber desempeñado igual cargo en Tacna. Por aquel entonces, el país se hallaba inmerso en un conflicto diplomático con España que había desembocado en la ocupación por parte de una escuadra española de las islas Chincha. El Perú no disponía de una fuerza naval lo suficientemente potente como para enfrentarse a los buques españoles y los nuevos barcos encargados tardarían aún mucho en llegar. El gobierno se vio forzado a firmar el 2 de febrero el Tratado Vivanco-Pareja por el que España desocuparía las islas y, a cambio, recibiría tres millones de pesos como compensación por los gastos generados. El malestar generado por la duración del conflicto y la actitud del gobierno, que la opinión pública consideraba débil, se recrudeció. El tratado fue considerado una humillación. El día 28 el coronel Prado se sublevó e inició una campaña militar, en la que participaría Leoncio, que culminó con la toma de Lima el 6 de noviembre del mismo año.