До літа підводний човен проходив планові ремонтні роботи, екіпаж відпочивав та готувався до нового походу. 3 червня, коли в Західній Європі точилися важкі бої, армія Франції була практично розгромлена, а союзники з превеликими труднощами проводили евакуацію експедиційних та французьких військ з плацдарму в Дюнкерку, U-47 вийшов з Кіля в океан.