1831-ben az egyetemet a novemberi felkelés kudarca után bezárták, és 1857-ben az "Orvosi és Sebészeti Akadémia" néven részben újra megnyitották. 1862-ben új jogi és igazgatási, filozófiai és történelmi, valamint matematikai és fizikai karok nyíltak meg. Ezek kibővítése után Józef Mianowski lett az egyetem rektora. 1863-ban az egyetemet ismét bezárták, miután a januári felkelés kudarcot vallott. Az egyetemet 1870-ben nyitották meg mint "varsói császári egyetemet" orosz tanítási nyelvvel.