Након распада српског царства Котор се својевољно осамосталио, те је прихватио врховну власт Мађарске и Босне, a од 1420. постао је млетачки град. Власништво над Метохијом постало је главни циљ которских племића. Убрзо започиње отимање манастирских имања. Превлачки манастир и зетски митрополити представљали су највећу препреку остваривању млетачких освајачких намјера. Манастир је страдао 1420. године или након Фирентинске уније, 1439. године. Утицај превлачких монаха на деспота Ђурђа Бранковића у његовом ставу према сабору у Ферари, као и каснији манастирски отпор у спровођењу уније били су, несумњиво, главни разлози уништења манастира. Послије угушења Грбаљске побуне, 1452. године, Превлака је прешла у руке которске властеле. O овим тешким временима свједочи рушење храма светог архангела Михаила и, касније, подизање мање цркве унутар њега, од које се данас види дио олтарске апсиде. Како предање свједочи, превлачки калуђери су отровани, a