L'année 2006 marque un tournant pour l'association. Le , au Sri-Lanka, 17 humanitaires salariés d'Action contre la faim sont assassinés par balles dans leurs bureaux. Leur travail dans le pays était lié à un programme ouvert par l'association un an auparavant, afin de venir en aide et d'accompagner les victimes du tsunami de 2004. Ces assassinats, liés aux affrontements entre les Tigres tamouls et les forces armées du gouvernement, lors de la guerre civile du Sri Lanka, constituent alors l'attaque la plus meurtrière envers des travailleurs humanitaires. L'association dénonce ce qu'elle appelle le massacre de Muttur et met en cause les forces de l'Armée sri-lankaise. À la suite de cet événement, Action contre la faim décide de fermer sa mission au Sri-Lanka. En 2019, les coupables du massacre de Muttur restent non-identifiés et par conséquent non-condamnés. Le devoir de reconnaissance et de justice de la part des autorités sri-lankaises vis-à-vis de cet événement est l'un des sujets prioritaires des missions de plaidoyer d'Action contre la faim.