Након пада Владе Мохамеда Наџибула у априлу 1992. године, различите муџахединске фракције ушле су у град и формирале Владу према Пешаварским споразумима, али странка Гулбудина Хекматјара је одбила да потпише споразуме и започела је гранатирање града ради власти, што је убрзо ескалирало у сукоб пуних размера. Ово је означило почетак мрачног периода града, најмање 30.000 цивила убијено је у периоду који се локално назива „ратови у Кабулу”. Око 80 процената града је девастирано и уништено до 1996. године. Стари град и западна подручја били су међу најтеже погођеним. Један Аналитичар Њујорк Тајмса рекао је 1996. године да је град био девастиранији од Сарајева, који је на сличан начин оштећен током рата у БиХ. Град је претрпео велико бомбардовање између супарничких страна које се појачало 1992. године. Његов географски положај у уској долини учинио га је лаком метом од ракета испаљених од стране милиција које су се бациле у околне планине. У року од две године, већина инфраструктуре је уништена, велики део грађана Кабула отишао је у друге делове државе или у иностранство, а струје и воде није било у граду. Крајем 1994. године привремено је заустављено бомбардовање престонице. Након тога судови су почели поново да раде, како би осудили злочине који су почињени током рата. Дана 27. септембра 1996. године талибанска милиција заузела је Кабул и основала Исламски Емират Авганистана, где је наметнут строги облик шеријата, ограничавајући жене на раду и у образовању.