В начале &lt;a href="%D0%A4%D0%9A%20%C2%AB%D0%91%D0%B0%D0%B2%D0%B0%D1%80%D0%B8%D1%8F%C2%BB%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202019/2020"&gt;сезона 2019/20&lt;/a&gt; Нойер и его команда проиграли «Боруссии Дортмунд» со счётом 2:0 в матче за Суперкубок Германии. В ноябре, после поражения от «Айнтрахта» со счётом 1:5, главный тренер Ковач был уволен, причина увольнения была в неудовлетворительных результатах команды. После увольнения Ковача тренером команды стал его ассистент, Ханс-Дитер Флик. Под руководством Флика «Бавария» улучшила свои результаты, а Нойер смог набрать хорошую форму и провести серию удачных игр. В мае 2020 года он продлил свой контракт с «Баварией» до 2023 года. По окончании сезона Нойер в составе «Баварии» во второй раз выиграл Лигу чемпионов: он не пропустил ни одного мяча в финале турнира против «Пари Сен-Жермен», благодаря чему немецкий клуб одержал минимальную победу — 1:0. Помимо этого, «Бавария» в очередной раз выиграла Бундеслигу и Кубок Германии, Нойер во второй раз за карьеру стал обладателем «требла». Он стал первым вратарём в истории, который достиг подобного результата. Удачную игру Нойера отмечали одной из ключевых причин успешно проведённого сезона, а также то, что ему удалось вернуться к статусу одного из лучших голкиперов мира после предыдущих невыразительных сезонов, которые стали такими из-за травм и ошибок.