Op 26 maart 1999 vertrok het schip vanuit Norfolk naar de Ionische Zee. Daar nam het deel aan Operatie Allied Force - de NAVO-bombardementen op Joegoslavië - die meer dan twee maanden duurde. Hierna voer de Theodore Roosevelt door naar de Golfregio voor "Southern Watch". Op 24 september keerde het schip terug naar de thuishaven in de VS.