Události této války se zásadně dotkly i Šamira ve funkci ministra zahraničních věcí. Izraelské armádě se podařilo dosáhnout odchodu OOP ze země, avšak proizraelsky smýšlející zvolený libanonský maronitský prezident a vůdce křesťanské Falangy Bašír Džamáíl zahynul při pumovém atentátu prosyrského disidenta. Izraelská armáda následně umožnila falangistům vstoupit do uprchlického tábora v Sabře a Šatíle. Izraelci předpokládali, že „křesťanští falangisté provádějí vyčišťovací operace, aby se zbavili podezřelých hnízd palestinských bojovníků.“ Namísto toho falangisté v táboře zmasakrovali několik set palestinských Arabů. Na nátlak veřejnosti byla za účelem prošetření masakru ustanovena Kahanova vyšetřovací komise. Její závěry prokázaly, že hlavní vinu na masakru mají jednotky falangistů, izraelskou armádu ale označila nepřímo zodpovědnou.