2016年6月30日、本人のTwitterでマンチェスター・ユナイテッド行きを発表。インテル時代の恩師、ジョゼ・モウリーニョと再会することになる。イブラヒモビッチ自身はこの移籍を、実現しないと言われていたが実現したという意味でフロイド・メイウェザー対マニー・パッキャオの「夢の対戦」と同じだと語った。背番号は、アヤックス、バルセロナ時代と同じ9番に決定した。2017年2月5日、プレミアリーグのレスター・シティ戦で今季15点目を決めて、リーグ最年長記録となる”35歳で15得点”を記録した。2月16日のヨーロッパリーグのラウンド32、サンティティエンヌ戦でマンチェスター・ユナイテッドでは初のハットトリックを達成した。しかし、4月20日のヨーロッパリーグ準々決勝のアンデルレヒト戦で膝を負傷し途中交代。診断の結果右膝前十字靭帯損傷と判明し手術を行った。負傷の影響で契約延長のオプションは消え、マンチェスター・ユナイテッドとの契約は満了した。