La dépouille du président américain Warren G. Harding (1865-1923) fut déposée à l'hôtel de ville de San Francisco : ce dernier était mort d'une attaque cardiaque au Palace Hotel le . Joe DiMaggio et Marilyn Monroe se sont mariés dans le bâtiment en 1954. En , des étudiants avaient choisi de se réunir sous la coupole pour protester contre le House Un-American Activities Committee ; ils en furent délogés par la police. Le maire George Moscone (1929-1978) et le superviseur Harvey Milk (1930-1978) ont été assassinés dans l'hôtel de ville le , par Dan White (1946-1985). Le tremblement de terre de 1989 à Loma Prieta en octobre 1989 endommagea la structure du bâtiment et le dome se décala de 102 mm de sa base. Depuis, des travaux ont été réalisés afin de renforcer l'édifice et de le rendre résistant aux séismes.