Nel 2016-17, allenati da Marco Giampaolo, i genovesi chiudono in decima posizione.. Anche nella stagione successiva, sempre allenata da Giampaolo, arriverà al 10º posto, nonostante una prima parte di campionato condotta sempre nelle zone europee. Nella stagione 2018-2019, la squadra cercherà fino all'ultimo di guadagnarsi un posto nelle coppe europee, non riuscendoci e terminando la stagione al 9º posto. Riesce, però, a togliersi la soddisfazione di avere un proprio giocatore, Fabio Quagliarella, a vincere la classifica dei marcatori con 26 reti. Al termine della stagione Giampaolo lascia la squadra genovese, dopo 3 anni di buon calcio e il merito di aver lanciato molti giocatori come: Lucas Torreira, Bruno Fernandes, Patrick Schick, Milan Škriniar, Luis Muriel, Duván Zapata e Dennis Praet.