W trakcie operacji „Pustynna Burza” w Iraku w 1991 roku Stratofortressy zrzuciły około trzydziestu procent (pod względem łącznego wagomiaru) bomb zrzuconych przez całą koalicję (w toku działań bojowych stracono jedną maszynę, lecz nie w wyniku działań nieprzyjaciela). Zastosowano je bojowo również w operacji bombardowania Jugosławii przez NATO w 1999 („Allied Force”), w operacji w Afganistanie („Enduring Freedom”, 2001), a także w drugiej wojnie irackiej („Iraqi Freedom”) w 2003 roku. B-52 zwalczały także cele związane z tzw. Państwem Islamskim w Iraku i Syrii w ramach operacji "Inherent Resolve" od 2016 roku.