1943年（昭和18年）2月26日、戦列に復帰したサンフランシスコは PW2211船団を護衛し、南太平洋に向かった。3月20日にヌメアに到着した後、5日後にエファテ島に向かい、4月中に真珠湾に帰投した。サンフランシスコはアリューシャン方面の戦いに投入されることとなり、北太平洋部隊の第16任務部隊に合流。月末にアラスカに到着すると、サンフランシスコはアダック島を拠点に行動し、5月のアッツ島の戦いおよび7月のキスカ島奪還では護衛、海上封鎖、対地砲撃をおこなった。