Am 31. Dezember 1585 wurde Gilles de Souvré in den Orden vom Heiligen Geist aufgenommen. Am 29. Oktober 1587 kämpfte er im Rahmen des Achten Hugenottenkrieg in der Schlacht von Coutras gegen die Hugenotten unter Heinrich von Navarra. Es gelang ihm, in der Auseinandersetzung mit der Katholischen Liga die Stadt Tours loyal zum König zu halten. Im Jahr darauf, 1588, wurde er zum Gouverneur und Lieutenant-géneral der Touraine ernannt.