Orjakaupan merkitys alkoi taantua monien maiden kieltäessä orjuuden. Quitangonha oli myös alkanut ajautua kohti konfliktia Portugalin kanssa. Jännitteitä oli lisännyt esimerkiksi Quitangonhan vaikutusvallan leviäminen rannikkoa pitkin mantereella Nacalan ja Condúcian välillä. Portugali halusi puolestaan vakiinnuttaa valtansa alueella etenkin Berliinin konferenssin jälkeen vuosina 1884–1885. Quitangonhan ja Portugalin suhteet kuumenivat avoimiin yhteenottoihin vuosisadan lopulla. Quitangonha kukistui lopulta 1900-luvun alussa yhtenä viimeisistä itsenäisistä alueista Portugalin Mosambikissa. Sen viimeiseksi itsenäisyyden merkiksi jäi šeikki Mahmud Amadin hyökkäys Mossuriliin vuosina 1903–1904.