שמואל הלר היה ילד בבואו לצפת עם הוריו, ישראל וחיה פייגא, ואחיו משה לייב. הוא התמיד בלימודי קודש והיה לרב, אך בבגרותו גם שימש לפרנסתו כשוחט, עיסוק שחדל לעסוק בו לאחר פגיעה אנושה בידו, ברעש האדמה הגדול שפקד את צפת ב-1837.