בסתיו 1861 עם תחילת מלחמת האזרחים האמריקנית ניתנה לפיליפ הוראה לעבור לצריף ג'פרסון ליד סנט לואיס במדינת מיזורי כקצין בארמיית חיל רגלים ה-13. בדצמבר הפך פיליפ לראש הנציבות הראשית של צבא דרום-מערב מיזורי ומאוחר יותר שכנע את הממונים עליו למנות אותו לגנרל פיקוד רובע המדינה. בינואר 1862, תחת פיקודו של מייג'ור גנרל סמואל קורטיס לחם פיליפ בקרב פיה רידגא על גבול מיזורי-ארקנסו. בזמן קצר התברר לפיליפ כי קצינים למעשה בוזזים רכוש כחפצים אישיים וסוסים מהאנשים בשטחים הכבושים. אחר כך, בעת פיליפ סירב לשלם לקצינים על הרכוש שגנבו, הגנרל קורטיס הורה עליו לקנות מהם, על כך הגיב פיליפ: "אין כל סמכות המסוגלת להכריח אותי לבזות או לגנוב". קורטיס רצה לעצור את פיליפ על אי ציות אך הממונה על המערכה המדינית, הנרי האלק הורה להמשיך בתפעול רגיל. מכאן והאלה פיליפ עבד דה פקטו תחת הוראותיו של האלק ולא קורטיס. באפריל השתתף במצור על קורינת' ותמך במחלקת הנדסה טופוגרפית.