Hierop viel Frankrijk Mexico binnen in 1861, gesteund door Spanje en het Verenigd Koninkrijk. De Franse keizer Napoleon III had grotere plannen; hij wilde er een marionettenregering stichten. Toen de Britten en Spanjaarden hierachter kwamen, trokken ze zich terug. Na hevige gevechten werd de regering-Juárez gedwongen te vluchten naar het noorden van het land. Juárez leidde de Mexicaanse oppositie tegen de Fransen en hun marionettenregering van keizer Maximiliaan van Habsburg. Maximiliaan bood Juárez amnestie en de post van eerste minister aan, maar Juárez weigerde monarchie of een regering opgelegd door een vreemde mogendheid te accepteren. In 1865 vestigde hij zich in Paso del Norte (het huidige Ciudad Juárez), helemaal tegen de Amerikaanse grens. Hij weigerde echter het land te verlaten omdat hij zichzelf als de verpersoonlijking van de republiek beschouwde.