Lors de la saison 2006-2007, sur sa lancée de l'exercice précédent et la victoire en Coupe du monde, Totti remporte le trophée du meilleur buteur européen. Il inscrit 32 buts au total et le titre de meilleur buteur de Serie A avec 26 unités, le tiers de son équipe. La bonne saison reste entachée par la défaite 7-1 à Old Trafford contre Manchester United en quart de finale de Ligue des champions. L'AS Rome termine deuxième du championnat et remporte la Coupe d'Italie, après deux échecs consécutifs en finale contre l'Inter Milan. La Roma prend sa revanche en triomphant de ces mêmes intéristes grâce à une victoire 6-2 à l'Olimpico. La défaite 2-1 à San Siro confirme l'avantage pris à l'aller. Totti, blessé et resté sur le banc, soulève pour la première fois de sa carrière le trophée le 17 mai 2007.