Från sommaren 2000 behövde Barak hantera en rad kriser. Tre partier lämnade hans koalition i juli 2000, vilket innebar att han därefter ledde en minoritetsregering. Senare samma månad klarade han med smal marginal en misstroendeomröstning i Knesset. I september 2000 utbröt våldsamheter på Västbanken och i Gaza, kallade Al-Aqsa-intifadan, vilket innebar att det var tveksamt om fredssamtalen kunde fortsätta. Barak möttes med Arafat men det eldupphörsavtal som slöts mellan dem ignorerades av de flesta inblandade. När striderna fortsatte tillkännagav Barak en timeout i fredsprocessen i syfte att blidka den växande israeliska oppositionen mot Baraks regering.