Nel 1622 Borso risulta commendatario dell'Abbazia dei SS. Leonardo e Apollonio di Canossa; tre anni dopo, nel 1625 rinuncia all'abito religioso, lasciando la Badia di Pomposa e l'arcipretura di Bondeno. Borso si trasferì pertanto nei territori germanici e lì frequenterà accademie militari dell'esercito imperiale; nel 1632 Borso sarà al comando di un reggimento di fanteria nella Battaglia di Lützen in Sassonia-Anhalt, che vedrà contrapposte le truppe imperiali con l'esercito svedese di Re Gustavo II Adolfo di Svezia.