Enrique de Navarra, apoyado militarmente por el Palatinado y Dinamarca, se convenció de que solo una victoria decisiva sobre los Guisa podría devolverle su lugar en la sucesión. El conflicto se agudizó a raíz de la ejecución de María Estuardo en febrero de 1587. Decidido a acabar con Inglaterra, Felipe II necesitaba una Francia pacificada para emprender su campaña contra Isabel Tudor. Sin embargo, las fuerzas católicas dirigidas por los favoritos del Rey fueron derrotadas, y la Liga exigió la entrada en vigor de lo acordado en Nemours, así como la publicación de las disposiciones conciliares de Trento, la introducción de la Inquisición y la confiscación de bienes de los protestantes para sufragar la guerra. Los enfrentamientos entre católicos y hugonotes se endurecieron con la alianza entre los protestantes y los rebeldes neerlandeses alzados contra España, y la de los católicos de la Liga con Felipe II de España. Despreciado por España y por la Liga, Enrique III fue incapaz de mantener su autoridad y debió huir de París tras el Día de las barricadas, el 12 de mayo de 1588. Guisa se hizo con el control de la capital, apoyado por la población. Finalmente, Enrique III aceptó las exigencias de la Liga (5 de julio de 1588) a cambio de que rompiera de inmediato su alianza con España. El acta de Unión publicada el 21 de julio amnistiaba a los participantes en el "Día de las barricadas", reconocía al Cardenal de Borbón como heredero del reino, nombraba a Guisa teniente general y concedía tierras y beneficios al clan y sus partidarios.