В 1998—2001 годы — чрезвычайный и Полномочный посол Союзной Республики Югославии в Российской Федерации. На этом посту он сменил Данило Марковича — одного из ближайших соратников Слободана Милошевича. По оценкам Живадина Йовановича, бывшего министром иностранных дел Югославии в 1998—2000 годах, Борислав Милошевич сделал большой вклад в развитие отношений России и Югославии. Во время Косовского кризиса он трезво оценивал возможные действия российской дипломатии и делал точные и лишенные эмоциональной окраски оценки российской политики на Балканах и реакции на происходящие события. Также, по мнению Йовановича, среди заслуг Борислава Милошевича подписание соглашения о беспошлинной торговле между РФ и СРЮ, благодаря чему сербские компании получили доступ на российский рынок.