Huang rejoint DeepMind en 2012 et est devenu un membre du projet AlphaGo en 2014. Il est l'un des premiers auteurs de l'article de journal sur AlphaGo en 2016 et un auteur majeur de l'article de journal  sur AlphaGo Zéro en 2017. Lors du match AlphaGo v. Lee Sedol et le Future of Go Submit, Aja Huang a placé des pierres sur le goban pour AlphaGo.