Un alt principiu călăuzitor al Junilor Turci a fost transformarea societății otomane într-una în care religia să nu mai joace un rol important. Prin structura ultraseculară și materialistă, știința era menită să înlocuiască religia. Junii Turci au fost obligați foarte repede să recunoască dificultatea diseminării unei asemenea atitudini și au început să sugereze că Islamul este în esență materialist. O asemenea încercare a intelectualilor musulmani, la fel cu încercările de mai târziu de conciliere a islamului cu socialismul, s-a dovedit o întreprindere foarte dificilă. Deși o serie de foști membri ai CUP au continuat eforturile în această direcție după revoluția din 1908, ei au fost acuzați dur de liderii religioși (Ulama) că încearcă să „schimbe islamul într-o altă formă și să creeze o nouă religie pe care să o numească tot islam”