С 18 марта по 31 мая 1916 года корабль проходил ходовые испытания, после чего начался период боевой подготовки. 15 июля 1916 года «Байерн» вступил в строй и был включён в состав 3-й эскадры линкоров Флота открытого моря. С 7 по 16 августа временно назначался флагманским кораблём флота. Ввиду ремонта линейных крейсеров после Ютландского сражения временно был приписан к 1-й разведывательной группе. Также в её состав временно были включены самые быстроходные линкоры — «Маркграф» и «Гроссер Курфюрст». В составе 1-й разведгруппы линкор участвовал в выходе флота с 18 по 20 августа 1916 года.