במהלך המתקפה הכימית בע'וטה באוגוסט 2013, קידם קרי מהלך צבאי נגד משטרו של בשאר אל-אסד, נוכח "שימוש אכזרי ובוטה בנשק כימי" שנעשה על ידי השלטנות הסורים. במסיבת עיתונאים שנערכה ב-26 באוגוסט ציין קרי כי אין בכלל ספק שמתקפה כימית "בלתי נסלחת" התרחשה ב-21 באוגוסט וכי הממשל האמריקאי סבור שמשטר אסד ביצע את המתקפה. בהמשך הוביל יחד עם שר החוץ הרוסי סרגיי לברוב את פירוק הנשק הכימי בסוריה.