5 sierpnia 1944, w czasie rzezi Woli, zginął proboszcz parafii św. Jana Klimaka archimandryta Teofan (Protasiewicz) oraz jeden z jej kapłanów, ks. Antoni Kaliszewicz razem z rodziną. Oddziały niemieckie zamordowały również dzieci z prawosławnego sierocińca prowadzonego przez parafię, jego pracowników i kilkadziesiąt osób ukrywających się w dolnej części cerkwi: członków chóru parafialnego, kilkanaścioro prawosławnych wiernych oraz grupę mieszkańców domów w najbliższej okolicy. Zbiorowy grób dzieci i personelu sierocińca znajduje się przy cerkwi od strony ulicy Wolskiej.