На присуждении магистерских степеней 26 июля 1573 года Юст Липсий произнёс «Речь о двойном согласии» ("Iusti Lipsi de duplici concordia oratio non prius édita"), опубликованную в Цюрихе в 1600 году. В первой части речи оратор говорил о согласии в университете, а во второй — в церкви. Здесь он проявил себя как ярый защитник Аугсбургского исповедания, позволив себе яркие инвективы против Римской церкви, именуя её «блудницей с наглой шайкой пурпуроносцев» ("Romana meretrix, cum illo impuro grege Purpuratoruni"). Профессор в красках описал Варфоломеевскую ночь, обвинив понтифика в подстрекательстве, а Лютера и Меланхтона воспевал как «божественных героев» ("divini heroes"), выводящих из «тьмы папских суеверий» к свету Евангелия. Впоследствии Липсий был вынужден отмежеваться от йенской речи, особенно после того, как она стала активно продаваться на Франкфуртской книжной ярмарке. Ян Моретус — наследник Плантена и друг Липсия — даже попытался скупить значительную часть тиража и уничтожить его. В 1613 году речь была занесена в «Индекс запрещённых книг» с пометкой, что она приписывалась Липсию ложно.