Anfang der 1990er machte er Schlagzeilen durch seine radikale Kritik der amerikanischen Präsenz in Saudi-Arabien während des Golfkrieges. Analysten sehen diese Radikalisierung als politischen Zug, um die tunesische Regierung mit ihrer Unterstützung der anti-irakischen Allianz zu Sturz zu bringen – ursprünglich lehnte "Ennahda" das Regime Saddam Husseins als unislamisch ab. Ghannouchi rief in seinen folgenden Reden und Schriften Muslime weltweit zum Kampf gegen die saudische Regierung auf, die sich mit ihrer Einladung der Amerikaner in das Land der heiligen Stätten des Islams aus Sicht der Islamisten als „unislamisch“ disqualifiziert hatte. Kritiker werfen Ghannouchi die Anwendung des Takfir vor, was den Kampf gegen des Unglaubens bezichtigte Staaten legitimiere. In den folgenden beiden Jahren erhob das Regime Vorwürfe gegen Ghannouchi, indem es ihn mit aufgedeckten Terrorplänen Ennahdas in Tunesien in Verbindung brachte. Ghannouchi erwirkte gerichtlich mehrfach von verschiedenen britischen Zeitungen die Feststellung, dass ihm als in London lebendem Ex-Führer der "Ennahda" keine Beteiligung oder Mitwisserschaft an derartigen Terrorplänen nachzuweisen sei.