Город расположен на побережье Атлантического океана в южной части полуострова Рас-Нуадибу юго-западнее Нуадибу. Населённый пункт был образован испанскими властями в 1920 году после договора 1912 года о разграничении полуострова с Францией. С 1924 года Агуэра стала административно относиться к испанскому владению Рио-де-Оро. После эпохи колониализма Западная Сахара стала местом территориального конфликта. 20 декабря 1975 года мавританские войска оккупировали испанскую часть Рас-Нуадибу, однако в 1979 году вывели войска со спорных территорий. Тем не менее, на город претендуют Марокко и организация Полисарио.