Drei Jahre nach dem Disput nahm Kairānawī zusammen mit Wazīr Khan und anderen Gelehrten an dem Indischen Aufstand teil. Nach Alavi spielte er eine führende Rolle unter den Aufständischen seines Heimatortes Kairana. Nach dem Scheitern des Aufstandes wurde auf seine Ergreifung eine Belohnung von 1000 Rupien ausgesetzt. Nach einer arabischen Quelle verkleidete er sich zunächst eine Zeitlang als einfacher Bauer, um seinen Häschern zu entkommen, und floh dann über den Jemen nach Mekka. Sein umfassender Besitz wurde im Januar 1864 konfisziert und auf einer Auktion versteigert.