Sous la présidence de Lincoln, le gouvernement fédéral vit son influence économique s'étendre à d'autres secteurs, en particulier celui de la finance avec la mise en place, via le "National Banking Act", d'un système de banques nationales qui permit la création d'un vaste réseau financier à travers le pays ainsi que l'instauration d'une monnaie nationale. En 1862, soutenu par Lincoln, le Congrès donna naissance au département de l'Agriculture. Toujours en 1862, le président envoya le général John Pope réprimer l'insurrection des Sioux dans le Minnesota. S'étant vu soumettre 303 ordres d'exécution de Dakotas accusés d'avoir tué des colons innocents, Lincoln étudia les dossiers au cas par cas et approuva la peine de mort pour 39 d'entre eux (dont un fut ultérieurement gracié). Lors de son mandat, Lincoln ne négligea pas la politique indienne qu'il avait d'ailleurs prévue de réformer à l'échelle fédérale.