Grecia desde los años 1890 había comenzado a actuar allí en secreto. De nuevo, como durante la guerra de independencia o la guerra de Crimea, bandas autoproclamadas «combatientes por la libertad», "Makedonomakhoi", tomaron las armas para reclamar la unión de Macedonia al reino griego. El primer pretexto había sido la creación de un exarcado ortodoxo en Bulgaria que era parte de la competencia del Patriarcado de Constantinopla. De esta forma los "Exarquistas" eran pues búlgaros y los "Patriarquistas", griegos. El conflicto era religioso y político, con el único objetivo de obtener el control de la región. Las diversas bandas y ejércitos se organizaron. La Organización Revolucionaria Macedónica fue fundada en 1893 y fue sostenida por los búlgaros. La "Ethniki Etairia", (Sociedad nacional), griega, ayudaba a Makedonomakhoi. El gobierno de Atenas les aportó una ayuda más o menos directa: Financiamiento vía sus agentes consulares, concretado por sus consejeros militares. Los cretenses participaron también en las operaciones de guerrilla (en su novela "Alexis Zorba", Nikos Kazantzakis evoca las matanzas de sus héroes). Los partidarios de la unión con Grecia aumentaron poco a poco su influencia y se encontraron en posición de fuerza, lo que preparó la anexión a Grecia en el momento de las guerras balcánicas de 1912-1913.