In de slipstream van de verkiezingsoverwinning van president Richard Nixon werd Lott ook gekozen in het Huis van Afgevaardigden. Hij was pas de tweede Republikein die gekozen werd in het Congres namens de staat Mississippi sinds de Reconstructie. Tijdens de impeachmentprocedure tegen president Nixon stemde Lott tegen alle drie de voorstellen die moesten leiden tot zijn gedwongen aftreden. Nadat er echter transcripten van gesprekken vrijkwamen waaruit bleek dat Nixon nauw betrokken was geweest bij de inbraak in het Democratische hoofdkwartier liet Lott weten voor een volgend impeachmentvoorstel te stemmen. Lott was populair bij zijn kiezers. Dat blijkt uit het feit dat hij zesmaal herkozen werd. Hij bracht het tot positie van de Republikeinse Whip. Deze functie vervulde hij van 1981 tot 1991.