79 kez millî takımlara çağrılan Enver Cenk Şahin, 2013 yılında Türkiye'de organize edilen 2013 FIFA 20 Yaş Altı Dünya Kupası'nda Türkiye U-20 formasıyla, El Salvador U-20 takımını 3-0 mağlup ettikleri maçta 2 gol kaydetmiş, bir de asist yapmıştır. Son olarak Türkiye 21 yaş altı millî futbol takımı forması giydi.