1795年第三次瓜分波兰以后，维尔纽斯被俄国吞并，成为维尔那省的首府。俄国占领期间拆毁了城墙，到1805年，已经只剩下黎明门一座城门。1812年，拿破仑在远征莫斯科途中，占领了该市。1831年十一月起义以后，维尔纽斯大学被关闭，俄国人的镇压阻止了该市的发展。1863年一月起义期间，市内发生了激烈的战斗， 被人称“刽子手”的米哈伊·姆拉约夫残酷地镇压下去。起义之后所有公民自由被取消，波兰语和立陶宛语被禁止使用。