Nello stesso anno ha debuttato nella categoria Under-21, con la quale ha disputato due partite di qualificazione all'Europeo di categoria del 2011. Nella partita di debutto, contro Malta, Črnčič è entrato nel secondo tempo ed ha segnato il gol vittoria; ha disputato anche la partita seguente contro la Francia, da titolare. Complessivamente ha giocato 5 partite in Under-19 e 14 nell'Under-21.