Il restauro della chiesa fatiscente iniziò solo nel 1718 dopo la fine della rivolta di Rákóczi. Alla ricostruzione, che si protrasse fino al 1724 presero parte il costruttore Tomáš Tornyossy e lo scultore Šimon Griming. La navata e la facciata della chiesa furono modificate secondo lo stile barocco. Lo stile gotico rimase presente nella zona absidale originale e nei rilievi del portale gotico originale. Nel 1760 fu aggiunto un nuovo altare maggiore. La chiesa fu nuovamente distrutta da un incendio nel 1779 e la successiva ricostruzione durò quattro anni. In questo periodo, a causa dello scioglimento degli ordini mendicanti da parte dell'imperatore Giuseppe II, la chiesa fu confiscata ai francescani. Dopo l'erezione della diocesi di Košice nel 1804, il seminario diocesano sorse vicino alla chiesa, che divenne così la chiesa del seminario.