La CAN 2013 intervient alors qu'une guerre se déroule sur le territoire du Mali. Le Mali apparaît comme un favori de son groupe avec le Ghana et outsider de la compétition. Pour cette CAN, l'équipe du Mali déplore notamment l'absence du joueur de Fulham Mahamadou Diarra, blessé au genou ou de Bakaye Traoré de l’AC Milan, victime de son très faible temps de jeu avec le club lombard. La sélection enregistre le retour de Mohamed Sissoko du PSG. Sambou Yatabaré déserte la sélection après deux matchs du premier tour, faute de temps de jeu. Le Mali se qualifie néanmoins pour le second et élimine, à nouveau, le pays organisateur (l'Afrique du Sud) aux tirs au but. À nouveau, le Mali est défait en demi-finale par le Nigéria, futur vainqueur (4-1) avant de s'imposer, encore, contre le Ghana sur le score de 3 buts à 1.