Am 11. August 1945 wurde er von den stalinistischen Behörden verhaftet, im Gefängnis gefoltert und zu zehn Jahren Haft verurteilt. 1948 begann ein erneutes Gerichtsverfahren und 1952 erfolgte das Todesurteil. Als zusätzliche Schikane der Gefängnisverwaltung wurde Moczarski vom 2. März bis 11. November 1949 mit dem Kriegsverbrecher Jürgen Stroop, 1943 Befehlshaber der SS-, Polizei- und Wehrmachtseinheiten für die Niederschlagung des Aufstandes im Warschauer Ghetto, in einer Zelle des Gefängnisses in Mokotów untergebracht.