L'Atalanta gli offre il primo contratto d'allenatore degli Allievi. Vince lo scudetto di categoria (1991-1992). La stagione successiva passa alla squadra Primavera, vincendo campionato di categoria (0-3, 3-0 in doppia finale con la Lazio) e Torneo di Viareggio (0-0, 2-0 al Milan in finale). In Coppa Italia è sconfitto dall'Udinese (3-2 ai supplementari al Friuli, andata 1-1). Nell'autunno del 1993 ha una breve parentesi sulla panchina della prima squadra bergamasca: dopo l'esonero di Guidolin la squadra è affidata a Prandelli che, essendo senza patentino, è affiancato da Andrea Valdinoci; la squadra a fine campionato è penultima e retrocede.