À partir de 1644, la basilique fut reconstruite en style baroque d'après les plans de Domenico Sciassia. Rn 1679, à la suite d'une visite de l'empereur Léopold et de son entourage, une épidémie de peste a éclaté faisant plus de de victimes. Pendant la Grande guerre turque, en 1683, on craint une nouvelle invasion ottomane, mais celle-ci ne se produit pas.