В следующем году Уокер был избран полковником 4-го Канзасского кавалерийского полка, который участвовал во всех кампаниях во время Гражданская война в Канзасе. Уокер присутствовал при осаде Лоренса и форта Сондерс, командовал силами свободного штата 16 августа 1856 года в битве при форте Титус, которая окончилась победой противников рабства. В октябре 1857 года Уокер стал шерифом округа Дуглас и служил до января 1862 года.