Der Konflikt zwischen Kaiser und Papst verhinderte auch ein gemeinsames Vorgehen gegen die Mongolengefahr. Batu, ein Enkel des Mongolenherrschers Dschingis Khan, hatte im Osten am 9. April 1241 bei Liegnitz (westlich von Breslau) und zwei Tage später bei Mohi zwei Erfolge gegen christliche Ritterheere aus der Region verbucht. Der Mongolensturm in Osteuropa löste intensive Endzeiterwartungen aus. Friedrich lehnte ein Eingreifen dort ab, angesichts seiner schlechten Erfahrungen beim Kreuzzug machte er einen Frieden mit dem Papst zur Voraussetzung. Nur der plötzliche Tod des Großkhans Ögödei verhinderte einen weiteren Vorstoß der Mongolen nach Europa.