1940 nach dem Anschluss Litauens an die Sowjetunion wechselte Mikėnas an das Kunstinstitut in Vilnius (bis 1941). Während des Deutsch-Sowjetischen Krieges lehrte er an der Kunstakademie der UdSSR in Leningrad. Nach dem Kriege kehrte er als Professor nach Kaunas zurück an das Institut für dekorative und angewandte Kunst (1946–1951). Einer seiner Schüler war Konstantinas Bogdanas. 1946 schuf Mikėnas die Bronze-Skulpturen "Der Sturm" und "Der Sieg" für Meltschakows "Ehrenmal der 1200 Gardisten" der 11. Gardearmee für die Gefallenen des Sturms auf Königsberg im späteren Kaliningrad am Gwardeiski Prospekt sowie die Reliefs für den Obelisken. Darauf schuf er das Bronze-Denkmal für die litauische Partisanin Marytė Melnikaitė in Zarasai (1947–1955).