Vasele militare elene au efectuat misiuni de escortă în oceanele Indian, Atlantic, Arctic și în Marea Mediterană. Marina militară elenă a participat de asemenea la debarcările din Sicilia, Anzio și Normandia, ca și în luptele pentru eliberarea insulelor Dodecaneze. Un eveniment important în istoria Marinei Regale Elene a fost acceptarea alături de Royal Navy a capitulării Marinei italiene din septembrie 1943. Două dintre cele mai vestite vase de luptă elene din timpul războiului au fost distrugătoarele "Adrias" și "Vasilissa Olga". Flota comercială elenă a contribuit într-o proporție uriașă la efortul de război aliat încă din prima zi a războiului. Flota civilă de transport maritim a pierdut în timpul războiului peste 2.500 de oameni și peste 60% din tonaj.