その後、スペイン領内では停滞が続いていたが、フランス革命の影響を受けて1791年にサン＝ドマングで起きていたハイチ革命の波及や、フランス革命戦争最中の1795年にバーゼルの和約が結ばれた結果、イスパニョーラ島全島がフランス領（＝サン・ドマング領）となるが、幾度かの変遷を経て1801年にサン・ドマングの軍人トゥーサン・ルーヴェルチュールの攻撃により最終的に占領され、黒人奴隷が解放された。トゥーサンはイスパニョーラ総督として島を統治するつもりでいたが、ナポレオン軍の侵攻により、トゥーサンが捕らえられ、獄死すると、ハイチ革命の新指導者デサリーヌは1804年にフランス軍を破ってハイチと改名し、サン＝ドマングと共にサント・ドミンゴもハイチの一部として独立した（ハイチはアラワク族の言葉で山がちな土地を意味する）。