באוקטובר 2011 מונה למפקד זרוע הים והחליף את אליעזר (צ'ייני) מרום בתפקיד. כמעט שנה לאחר כניסתו לתפקיד הוביל רוטברג את זרוע הים במהלך "מבצע עמוד ענן", בו פעלה זרוע הים ביחד עם כוחות נוספים על תקיפת מטרות בעומק שטח הרצועה בדגש על פגיעה במחסני אמל"ח, בכירי חמאס ותשתיות הארגון. בין היתר חיסלו לוחמי זרוע הים את פעיל הג'יהאד העולמי אחמד נאחל. הלחימה שיקפה את השילוביות של זרוע הים עם חיל האוויר ופיקוד דרום, והשפעת זרוע הים על הלחימה היבשתית התעצמה באופן משמעותי. במרץ 2014 פיקד על "מבצע חשיפה מלאה", במהלכו השתלטו ותפסו כוחות זרוע הים את ספינת הנשק "קלוס סי"(klos c), אשר הובילה משלוח אמצעי לחימה מאיראן לרצועת עזה. ביולי 2014 השתתפה זרוע הים במבצע צוק איתן בהובלתו כמפקד הזרוע, בו לקחה הזרוע חלק משמעותי בלחימה ותקפה מספר מטרות גדול משמעותית ממבצעי "עמוד ענן" ו"עופרת יצוקה". פעילות הזרוע כללה הפגזה מהים ופעולות של הקומנדו ימי, חיסול 100 מחבלים, תקיפת יעדי טרור, השמדת מחסני אמל"ח, הגנה על נכסים אסטרטגיים ועוד.