Po zhruba dvaceti letech polské samostatnosti následovala okupace nacistickým Německem po vypuknutí druhé světové války v září 1939. Dne 1. září 1939 proběhlo první bombardování města Luftwaffe. Státní správa a vojenské velení byly evakuovány z Varšavy v noci z 6. na 7. září 1939. Tehdejší primátor Varšavy Stefan Starzyński vystoupil ostře proti evakuaci a přislíbil, že bude město bráněno vlastními prostředky před postupující německou, případně sovětskou armádou. Německé vojsko obklíčilo Varšavu 14. září 1939 a dne 28. září téhož roku město padlo do německých rukou. Následně byla ve městě podepsána smlouva o přátelství, spolupráci a vymezení demarkační linie mezi nacistickým Německem a SSSR. Varšava se nacházela přesně na hranici mezi oběma zónami; německou a sovětskou.