Nel luglio 2006, dopo che Peter Bonde lascia la panchina della nazionale di calcio femminile della Danimarca per assumere l'incarico di assistente di Morten Olsen nella nazionale maschile, la federazione danese ("Dansk Boldspil Union" - DBU) ne affida la guida a Heiner-Møller. Il nuovo commissario tecnico riesce far raggiungere alle ragazze il primo posto nel gruppo 4 alle qualificazioni, zona UEFA per il Mondiale di Cina 2007. Qui le danesi, inserite nel gruppo D con , le padrone di casa della e la , riescono a superare solo le oceaniane, chiudendo il girone al terzo posto con una vittoria e due sconfitte e venendo così eliminate dal torneo. Heiner-Møller continua a rimanere il CT della nazionale femminile per gli anni successivi, riuscendo a centrare la qualificazione ai due Europei di Finlandia 2009 e Svezia 2013, fallendo tuttavia quello al Mondiale di Germania 2011 e alle Olimpiadi di Londra 2012. Se in Finlanda la squadra viene nuovamente eliminata alla fase a gironi, quattro anni più tardi la Danimarca offre una prestazione più convincente; dopo essere ripescata come tra le migliori terze, dopo aver superato la ai tiri di rigore giunge in semifinale dove trova la a negargli, sempre ai rigori, l'accesso alla finale. Dopo il termine dell'Europeo 2013 si dimette per assumere un incarico dirigenziale, quello di CEO dello sviluppo degli allenatori nazionali e dei direttori sportivi all'interno del Team Danmark, e organizzazione che sostiene e finanzia lo sport d'élite in Danimarca.