После смерти митрополита Петра (Могилы) 1 января 1647 года Луцкий иерарх Афанасий Пузына, приехавший на погребение митрополита, забрал при отъезде с собой Филипповича и после просьб братии разрешил ему вернуться в Брест, в монастырь. В связи с восстанием Хмельницкого в 1648 году против православных поднялась новая волна гонений. По доносу капитана королевской гвардии Шумского субботним днём А. Филиппович был арестован сразу после Божественной литургии в храме Рождества Богородицы по обвинению в сотрудничестве с Богданом Хмельницким, за «посылание каких-то писем и пороха казакам». В ответ на обвинения Афанасий потребовал свидетельств мытников: «Пусть они признают, если я когда-нибудь куда-то порох поставлял. А страницы писем, пусть мне тут доказательство какое-нибудь на это покажут, что их посылал, как рассказывает». Вскоре в брестском монастыре был проведён обыск, который, однако, не дал положительных результатов.