Penjara itu tidak musnah semasa pengeboman Tokyo pada Perang Dunia II, dan pasukan penjajah Sekutu mengambil alihnya semasa pendudukan Jepun untuk menempatkan suspek penjenayah perang ketika mereka menunggu perbicaraan di hadapan Tribunal Ketenteraan Antarabangsa untuk Timur Jauh. Setelah tamat perbicaraan, Penjara Sugamo digunakan untuk memenjarakan beberapa orang yang disabitkan bersalah dan menjadi lokasi pelaksanaan tujuh tahanan yang dijatuhkan hukuman mati dengan digantung pada 23 Disember 1948.