हंटिंगटन ने 1993 में "फ़ॉरेन अफ़ेयर्स" पत्रिका में प्रकाशित अपने लेख "द क्लैश ऑफ सिविलाइजेशन?" से अंतर्राष्ट्रीय संबंध सिद्धांतकारों के बीच एक बड़ी बहस भड़काई। अपने लेख में उन्होंने यह तर्क दिया कि, सोवियत संघ के पतन के बाद, इस्लाम दुनिया पर पश्चिमी देशों के प्रभुत्व को क़ायम रखने में सबसे बड़ी बाधा बन जाएगा। उनके मुताबिक़ पश्चिम का अगला बड़ा युद्ध इसलिए अनिवार्य रूप से इस्लाम के साथ होगा। शीतयुद्ध के बाद की भू-राजनीति और "अस्थिरता की अनिवार्यता" का इसका वर्णन उनके शिष्य फ्रांसिस फुकुयामा के प्रभावशाली सिद्धांत इतिहास का अंत (जिसके अनुसार पश्चिमी उदारवादी लोकतंत्र की उत्पत्ति मनुष्य के राजनैतिक विकास की चरम सीमा है) के ठीक उलट है।