Dominația cavalerilor a luat sfârșit după ce Napoleon a capturat Malta în drumul său spre Egipt în timpul Războaielor Revoluției Franceze în 1798. De-a lungul anilor dinaintea cuceririi napoleoniene a insulei, puterea Cavalerilor a scăzut constant și Ordinul a devenit nepopular. Acest lucru a fost în jurul perioadei când valorile universale ale libertății și independenței au fost întrupate de către Revoluția Franceză. Atât persoane din interiorul Ordinului cât și din afara lui au apelat la Napoleon Bonaparte pentru îndepărtarea acestuia. Napoleon Bonaparte nu a ezitat. Flota sa a ajuns în 1798, în drum spre expediția din Egipt. Pentru a-i păcăli pe Cavaleri, Napoleon a cerut doar un port sigur pentru aprovizionarea navelor sale, după care a întors armele împotriva gazdelor lui odată aflat în siguranță în interiorul Vallettei. Marele Maestru a capitulat, iar Napoleon a intrat în Malta.