Überfälle im Bauernkrieg und der Übertritt zahlreicher adliger Familien der Umgebung zur Reformation trugen zum Niedergang des Klosters bei. Zu den letzten Äbtissinnen zählten Walpurga von Hardheim, die 1519 und 1526 Dorfordnungen erließ und im Bauernkrieg die Bauern von der Zerstörung des Klosters abhalten konnte, sowie Cäcilia Rüdt von Collenberg, die beim Aufkommen der Reformation als weltlich gesinnte Äbtissin auffiel. 1552 wurde das Kloster im Markgräflerkrieg von marodierenden Soldaten heimgesucht. Die kriegerischen Zeiten und die fortschreitende Reformation ließen es an Neueintritten mangeln. Als Äbtissin Amalia Schelmin von Bergen 1561 starb, gab es nur noch zwei Klosterfrauen. Das Kloster wurde 1568 schließlich aufgelöst und an die Mainzer Hofkammer übertragen.