Günter Hagedorn arbeitete neben seiner Tätigkeit als Bundesliga-Headcoach auch als Honorartrainer des Deutschen Basketball Bundes (DBB), in der Funktion eines Assistenztrainers, mit den für den Herrenbereich verantwortlichen Bundestrainern Yakovos Bilek (bis 1968), Miloslav Kriz (1968 bis 1971) und Theodor „Torry“ Schober (1971 und 1972) zusammen. Zu seinen Hauptaufgaben gehörte in dieser Zeit auch das Stützpunkttraining der Spieler des vom Trainerrat des DBB, unter Leitung des Sportwartes Anton Kartak, zusammengestellten fünfzigköpfigen „Olympiakaders 1972“ in den Leistungszentren Köln und Heidelberg. Mit Miloslav Kriz bereitete er die Nationalmannschaften auf die Europameisterschaften 1969 und 1971 in Deutschland vor. 1969 konnte sich das „A-Team“ des DBB in Saloniki nicht für die FIBA-Europameisterschaft qualifizieren. 1971 entfiel die Qualifikation, da der DBB turnierausrichtender Gastgeber der Europameisterschaft 1971 war. Hagedorn war bei beiden FIBA-Turnieren Assistent des jeweils gesamtverantwortlichen Bundestrainers „an der Linie“.