In de Eerste Slag bij Bull Run (juli 1861) bracht Johnston troepen uit de Shenandoah Vallei om die samen te voegen met die van P.G.T. Beauregard, maar hij liet de leiding van de veldslag over aan die jongere generaal, omdat hij terrein niet goed kende. Desondanks wist hij toch publiek krediet te krijgen voor zijn aandeel in de Zuidelijke overwinning.