Iniesta, İspanya'nın genç yaş kategorilerinde de forma giydi. İspanya formasını ise ilk kez; 27 Mayıs 2006 tarihinde 0-0 biten maçta Rusya karşısında giydi. ise 2006 FIFA Dünya Kupası'nda yer aldı. Bu turnuvada sadece bir maç yapabildi ve İspanya, son 16 turunda kupaya veda etti. İspanya forması altındaki ilk golünü ise; 7 Şubat 2007 tarihinde İngiltere karşısında attı ve maçın 1-0 bitmesini sağladı. 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda ise millî formayla hem şampiyonluk yaşadı, hem de yılın takımında yer aldı. 2009 FIFA Konfederasyonlar Kupası öncesinde yaşadığı sakatlık nedeniyle bu turnuva için kadroya girmeyi başaramadı. 2010 FIFA Dünya Kupası'nda ise finalde uzatmaların 117. dakikasında gol atarak millî takım formasıyla ilk FIFA Dünya Kupası'nı kazandı ve maçın yıldızı seçilip yılın takımında yer aldı. Attığı golden sonra formasını çıkararak iç tişörtündeki yazıyı kameralara gösterdi ve bu hareketi nedeniyle sarı kart gördü. Iniesta'nın tişörtünde, "Dani Jarque siempre con nosotros" (Dani Jarque her zaman bizimle) yazıyordu ve bu yazıyı 9 Ağustos 2009 tarihinde geçirdiği kalp krizi nedeniyle hayatını kaybeden eski Espanyol futbolcusu Daniel Jarque'ye hitap etti. 2012 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda ise millî formayla 2. kez Avrupa şampiyonluğu yaşadı ve turnuvanın en iyi oyuncusu seçildi. Iniesta, millî takım formasını şu ana kadar 102 kez giydi ve 12 gol attı.