Vilnius havde aldrig haft en egentlig jødisk ghetto, bortset fra nogle meget begrænsede bosætnings- og rejserestriktioner i middelalderen. Gebietskommissar for Vilnius, Hans Christian Hingst, og Vilnius litauiske borgmester, Karolis Dabulevičius (1941 - 1944), besluttede at placere den jødiske ghetto for Vilnius' rige jøder i slumboligerne i Vilnius gamle bydel, der havde mange fattige jødiske beboere. For at få et påskud for at rydde boligerne, gennemførtes en naziiscenesat provokation den 31. august 1941. På ordre fra SS Einsatzgruppe 9 brød to civilklædte litauiske nazikollaboratører ind i et jødisk hjem på hjørnet af gaderne Stikliu og Didžioji og affyrede skud fra et vindue mod tyske soldater på gaden. Umiddelbart efter blev to jøder beskyldt for attentatet og skudt ned af tyske soldater. Samme dag ransagedes Stikliu gatve og Mėsinių gatve af den litauiske milits og jøder blev tæsket. Om natten og næste dag blev jødiske mænd, kvinder og børn i nabolaget drevet ud af deres lejligheder, tilbageholdt i Lukiškės fængslet, og efterfølgende bragt til Paneriai, hvor mellem 5.000 og 10.000 blev myrdet fra den 1. september til den 3. september, herunder ti medlemmer af Judenrat.