1571 wurde die Burg zum Sitz der Familie MacNamara (Mac Conmara), der Earls of West Clancullen. "Donnchadh Mac Conmara" war ein Führer der irischen Rebellion 1641 und Knappogue Castle blieb während der gesamten irischen Konföderationskriege der 1640er-Jahre in Händen der MacNamaras. Nach der Rückeroberung Irlands (1649–1653) wurde es in Übereinstimmung mit dem "Advenutrers’ Act" konfisziert und sein neuer Besitzer war der Parlamentarist Arthur Smith.