1996 yılında çıkan Antichrist Superstar ve onu takip eden Mechanical Animals ile büyük satış rakamlarına ulaşan grup, 1999'da gerçekleşen Columbine Lisesi katliamı sonrası grup ve verdiği mesajlar basın yayın organlarında tartışılmıştır. 2000'li yıllarda düşen satış rakamlarına rağmen Manson hâlen popüler kültürde önemli yer kaplamaktadır. Grup, 4 kez Grammy ödüllerine aday gösterilmiştir. VH1, Manson'ı "Hard Rock'ın En Önemli 100 Sanatçısı" lisesine dahil etmiştir. Grup, 2000 yılında Kerrang! Hall of Fame'e dahil edilmiştir. ABD'de grubun 6 albümü "top ten" listesine girmiş, bunların 2 tanesi 1 numarada yer almıştır. Marilyn Manson, dünya çapında 50 milyondan fazla albüm satmıştır.