В ряды Рабоче-крестьянской Красной Армии Б. Г. Комаров был призван Невьянским районным военкоматом в ноябре 1942 года. После краткосрочного курса военной подготовки его направили под Сталинград. Боевой путь красноармеец Комаров начал автоматчиком на Юго-Западном фронте в феврале 1943 года. Участвовал в операции «Скачок». 19 февраля был тяжело ранен, некоторое время лечился в госпитале. После возвращения в строй был зачислен рядовым бойцом в 266-й гвардейский стрелковый полк 88-й гвардейской стрелковой дивизии. Сражаясь на 3-м Украинском фронте, принимал участие в освобождении Правобережной Украины. После выхода к низовьям Днестра дивизия в составе 8-й гвардейской армии была переброшена под Ковель, на 1-й Белорусский фронт. Летом 1944 года в ходе Люблин-Брестской операции стратегического плана «Багратион» передовые части армии вышли к Висле южнее Варшавы и захватили плацдарм на левом берегу реки у села Магнушев (Magnuszew). Здесь, в южном секторе обороны плацдарма, снайпер Борис Комаров впервые продемонстрировал своё воинское мастерство.