Hoffenheim-pestinsä jälkeen Flick toimi Red Bull Salzburgin apuvalmentajana. Elokuussa 2006 Flickistä tuli Joachim Löwin apuvalmentaja Saksan jalkapallomaajoukkueen valmennustiimiin. Flick toimi Löwin apuvalmentajana kahdeksan vuoden ajan ja oli ensin häviämässä arvokisafinaalia Espanjalle, EM-kilpailuissa 2008 ja myöhemmin voittamassa maailmanmestaruuden Saksalle MM-kilpailuissa 2014. MM-kisojen 2014 jälkeen Flick jätti tehtävänsä apuvalmentajana ja siirtyi Saksan jalkapalloliiton urheilutoimenjohtajaksi. Flick erosi tehtävästään tammikuussa 2017.