Město bylo osadníky pojmenováno podle Arthura Wellesleyho, 1. vévody z Wellingtonu a vítěze bitvy u Waterloo, jehož titul pochází z městečka v anglickém Somersetu. Maorský název pro město Wellington zní "Te Whanga-nui-a-Tara", což v překladu znamená „velký přístav Tary“ podle jednoho z prvních domorodých obyvatel tohoto území. Lze se také setkat s názvem "Pōneke" nebo "Te Upoko-o-te-Ika-a-Māui", „Hlava Máuiho ryby“, tradičním označením nejjižnější části Severního ostrova. To se váže k legendě, podle které byl celý Severní ostrov vyloven z vody polobohem Máuim.