בפרוץ מלחמת העולם השנייה מנתה הקהילה כ-2,000 נפשות. ב-10 בספטמבר 1939 נכבשה ויסוקה על ידי הוורמאכט. בית העלמין העתיק בן המאה ה-18 חולל ונהרס לחלוטין בידי הגרמנים. במהלך הקרבות לכיבוש העיר נחרב מבנה בית הכנסת. חלק מבני העיירה נמלטו ממנה. ב-12 בספטמבר רוכזו הגברים היהודים בכנסייה המקומית ולאחר שלושה ימים גורשו לגטו בזמברוב. במהלך הגירוש נורו למוות חלק מהגברים. מזמברוב הועברו המגורשים ללומז'ה. חלק מגברי הקהילה הצליחו להימלט מהמעצר בלומז'ה וחלקם גורשו למחנות ההשמדה. ב-26 בספטמבר 1939 הועברה ויסוקה מזובייצק לידי הצבא האדום מתוקף הסכם ריבנטרופ–מולוטוב. הסובייטים סייעו בשיקום העיירה וחלק מבני הקהילה שנמלטו ממנה שבו להתגורר בה. כשהחל מבצע ברברוסה התגוררו בוויסוקה 1,100 יהודים.