Basajev tunnusti 2. marraskuuta 2002 osuutensa Dubrovka-teatterin kaappaukseen Moskovassa, ja vuonna 2004 häntä syytettiin 90 uhria vaatineesta iskusta Venäjän Ingušian tasavaltaan. Hän esiintyy iskusta tehdyllä videolla johtamassa 570 militantin joukkoa.