Le début de l'année 2013 voit Morgan Kneisky briller de nouveau sur les anneaux boisés chers aux pistards. Il décroche en effet le titre de champion de France de l'américaine sur le Vélodrome couvert régional Jean Stablinski de Roubaix en janvier ainsi qu'un second maillot arc-en-ciel aux mondiaux de Minsk en Biélorussie en mars (avec Vivien Brisse). Le même mois, il termine à la deuxième place lors de la course scratch et de la course aux points du Grand Prix des vélodromes romands à Aigle (Vaud). Par la suite, il monte sur le podium du critérium de la ville de Calais en finissant troisième derrière les sprinteurs Arnaud Démare et Adrien Petit (mais devant Thomas Voeckler) en mai et s'adjuge la huitième place du classement général de la Ronde de l'Oise en juin. Un mois plus tard Morgan Kneisky monte sur le podium du Grand Prix Fénioux grâce à sa seconde place obtenue lors de la course aux points. Associé à son complice de l'équipe de France Vivien Brisse, il remporte une seconde fois les Quatre jours de Grenoble en fin de saison. Les duettistes français s'imposent in-extrémis grâce à un tour d'avance pris à moins de dix minutes de l'arrivée sur la paire espagnole constituée de David Muntaner et Albert Torres et l'équipe belge composée d'Iljo Keisse et Jasper De Buyst en tête du classement jusque-là. À cette occasion Morgan Kneisky rejoint Bernard Thévenet, Charly Mottet et Gilbert Duclos-Lassalle au palmarès des doubles vainqueurs de l'épreuve grenobloise. Kneisky et Brisse se classent également quatrième des Six jours de Gand et cinquième des Quatre jours de Zurich durant l'hiver.