Im Herbst 1863 wurde Ewell wieder verwundet, dieses Mal aber leichter, und so war es ihm 1864 möglich, sein Korps in die Schlacht in der Wilderness zu führen. Nach der Schlacht bei Spotsylvania Court House wurde Ewell von Lee offiziell wegen „gesundheitlicher Probleme“ von seinen Pflichten als Kommandierender General entbunden und als Befehlshaber des ruhigeren Wehrbereichs Richmond eingesetzt. In Wirklichkeit jedoch war Lee mit Ewells Leistungen unzufrieden. Ewells Bemühungen, wieder als Kommandierender General des II. Korps eingesetzt zu werden, scheiterten an Lees Widerstand. Das Kommando des Wehrbereichs Richmond behielt er bis zum Fall der Stadt. Auf dem Rückzug nach Westen wurde er während der Gefechte am Saylor’s Creek mit seinen Truppen vom Rest der Nord-Virginia-Armee abgeschnitten und gefangen genommen und nach Fort Warren gebracht, von wo er erst im Sommer 1865 entlassen wurde.