Durante la última fase de la invasión japonesa de Filipinas, su brigada desembarcó en Cebú en marzo de 1942 y en Mindanao el mes siguiente. Como comandante de las fuerzas del ejército en Cebú tras la invasión de Filipinas en 1942, Kawaguchi protestó enérgicamente contra las ejecuciones de oficiales del gobierno filipino y miembros de la corte suprema ordenadas por las autoridades japonesas, en particular por el coronel Masanobu Tsuji. En su opinión, "disparar a sangre fría a un oponente vencido era una violación del código del Bushido-" Sus protestas le ganaron la enemistad de Tsuji, que usó su cualquier oportunidad que se le presentó para asignar a Kawaguchi a zonas del frente en las que tuviera pocas oportunidades de regresar con vida.