Tyrkerne landsatte en stor militær styrke på øya få å slå ned opprøret. Det ble utført med nådeløs brutalitet som ikke skilte mellom hva som var målrettet, opprørere eller ikke. Alle grekere uansett alder, kjønn og samfunnsbakgrunn ble inkludert i opprøret. Den tyrkiske massakren involverte å forvise, drepe eller gjøre folk til slaver bestående av fem sjettedeler av den greske befolkningen som da utgjorde rundt 120 000 innbyggere. Khíosmassakren fjernet hele landsbyer og berørte Mastichochoria, Μαστιχοχώρια, gresk for «mastik-landsbyene» sør på øya. De tyrkiske troppene drepte og ødela etter hvert som de for fram. De som var for gamle eller for unge for å løpe i dekning i fjellene ble drept i sine hjem. Lik lå i stabler i gatene. Hvor tyrkerne ikke fant kristne å drepe, ødela og brent de kristne bygninger, gårder, kirker og klostre. Unge kvinner ble imidlertid sendt til det greske fastlandet grunnet deres verdi som slaver. Rundt 2000 kvinner, barn og prester søkte tilflukt i det gamle bysantinske klosteret Nea Moni, men dørene til klosteret ble slått inn og alle innenfor ble enten drept eller brent levende da bygningen ble satt i brann. Deres hodeskaller og beinrester er stilt ut i klosteret.