Током Бечког рата (1683-1699) целокупно подручје Метохије је било захваћено ратним вихором. На вест о приближавању хабзбуршке војске, православни Срби са тог подручја су се одметнули од турске власти и пристали су уз аустријску војску. Српски патријарх Арсеније III је 1690. године дошао у тек ослобођени Призрен ради саветовања са аустријским војсковођама и устаничким првацима. Иако је хришћанска војска тада заузела велики део Призренског санџака, турска војска је током 1690. године успела да поврати власт у тој области. Тада је дошло до велике одмазде над хришћанским становништвом, чиме је изазвана Велика сеоба Срба, током које је знатан део српског становништва напустио подручје Призренског санџака. Слично се поновило за време Аустријско-турског рата (1737-1739), када су многи метохијски Срби избегли зајено са српским патријархом Арсенијем IV. Истовремено са одливом српског становништва, на подрућју Призренског санџака се одвијао стални прилив Албанаца чиме је дошло до великих промена у етничкој структури те области.