Estland debuterte i mesterskapssammenheng med kvalifiseringen til EM i 1997. Ettersom Estland ble plassert i klasse B, måtte de først rykke opp før de kunne spille om kvalifisering til et sluttspill. Estland tapte imidlertid klart i sin gruppe i klasse B. I neste kvalifisering vant Estland sin første kvalifiseringsseier hjemme mot Litauen, men det ble ikke flere poeng. I de neste kvalifiseringene har Estland kommet sist eller nest sist. Også i kvalifiseringen til EM i 2009 endte Estland på sisteplass i sin gruppe.