Επανιδρύθηκε μετά την Άλωση Κωνσταντινουπόλεως "(ως συνέχεια της Οικουμενικής Πατριαρχικής Σχολής που ιδρύθηκε τον 4ο αιώνα από τον Μεγάλο Κωνσταντίνο)" από τον Πατριάρχη Γεννάδιο Σχολάριο στις 6 Ιανουαρίου 1454, ο οποίος κάλεσε τον Θεσσαλονικέα φιλόσοφο Ματθαίο Καμαριώτη και του ανέθεσε την ανασυγκρότηση της διαλυμένης Πατριαρχικής Ακαδημίας. Αποτελεί ουσιαστικά την ιστορική συνέχεια της "Πατριαρχικής Σχολής" ή "Πατριαρχικής Ακαδημίας" ή "Μεγάλου Βήματος" που ιδρύθηκε τον 9ο αιώνα.