Bubulina s-a născut într-o închisoare din Constantinopol; ea provine din comunitatea arvanită (albaneză) de pe insula Hydra. Era fiica lui Stavrianos Pinotsis, un căpitan din insula Hydra, și al soției acestuia, Skevo. Otomanii îl închiseseră pe Pinotsis pentru participarea sa la Revolta Orlov din 1769-1770 împotriva dominației otomane. Ea s-a născut în timpul uneia dintre vizitele mamei ei la închisoare. Tatăl ei a murit curând după acel moment, iar mama și copilul s-au întors în insula Hydra. Ele s-au mutat în insula Spetses patru ani mai târziu, când mama ei s-a căsătorit cu Dimitrios Lazarou-Orlof. Bouboulina a avut opt frați vitregi.