Formé à la Tahuici Academy, comme Sanchez, Juan Manuel Peña débute au poste de défenseur au sein du club bolivien de Blooming Santa Cruz avant d'effectuer le reste de sa carrière à l'étranger. Il joue deux ans en Colombie, au Santa Fe CD avant de partir en Espagne, où il passe quatorze ans : neuf ans au Real Valladolid, trois ans à Villarreal et deux ans au Celta Vigo. En 2010, il honore un dernier contrat avec le D.C. United aux États-Unis avant de terminer sa carrière. Avec 85 sélections en équipe nationale, Peña est l'un des joueurs les plus capés de l'histoire de la Bolivie. Il connaît sa première sélection à 18 ans, en 1991 et dispute avec la "" six Copa América, une phase finale de Coupe du monde (en 1994) et le premier tour de la Coupe des confédérations en 1999.