A német válogatottban 2001. augusztus 15-én debütált egy Magyarország elleni barátságos mérkőzésen. A 2001/2002-es szezonban 25 mérkőzést játszott a Bundesligában, háromszor is pályán volt a Bajnokok Ligájában és nyolcszor az UEFA-kupában. Az UEFA-kupa döntőjéban, amelyben a Dortmund 3-2-re kikapott a Feyenoordtól, Metzelder nem játszott, mert az elődöntőben megkapta második sárga lapját, és így a döntőre eltiltásban részesült. A szezon után Metzeldert nevezték a német válogatott keretébe a 2002-es labdarúgó-világbajnokságra, amelyen mind a hét mérkőzést teljesítette.