Agordat hatte bis 1893 zum sudanesischen Mahdi-Reich gehört, ehe es in die italienische Kolonie Eritrea eingegliedert wurde. Die Stadt ist der westliche Endpunkt der Eisenbahnlinie nach Massaua am Roten Meer, die sowohl im Italienisch-Äthiopischen Krieg als auch im Zweiten Weltkrieg wichtige Nachschublinie war. Seit dem letzten Krieg zwischen Äthiopien und Eritrea 2000, bei dem Agordat von äthiopischen Truppen besetzt wurde, ist sie nur noch bedingt betriebsbereit.