בעונת כבר היה ג'ונסטון לשחקן הרכב קבוע. הוא סייע לקבוצתו להתקדם באותה עונה עד לחצי גמר גביע אירופה למחזיקות גביע, כשכבש פעמיים במהלך הטורניר, כולל במשחק הראשון של חצי הגמר מול מ.ט.ק. בודפשט. הגעתו של המאמן ג'וק סטיין לקבוצה ב-1965 הפכה אותה מיד לקבוצה הבכירה בסקוטלנד, ולאחת מהקבוצות הטובות באירופה באותן שנים. בתחילת דרכו של סטיין הוא החליט שלא להכליל את ג'ונסטון כשחקן הרכב קבוע, ואף הותיר אותו מחוץ להרכב בגמר הגביע של 1965, שבסיומו זכתה הקבוצה בתואר. לקראת עונת ג'ונסטון הצליח להרשים את סטיין ולסלול את מקומו להרכב הראשון של הקבוצה. במקביל לזכייה בגביע הליגה הסקוטית, היה ג'ונסטון שותף לזכייתה הראשונה של סלטיק באליפות סקוטלנד לאחר 12 שנים, עם 32 הופעות ליגה ותשעה שערים, ולהעפלתה פעם נוספת לחצי גמר גביע המחזיקות, שם הודחה על ידי ליברפול. בעונת העפילה הקבוצה בפעם השנייה בתולדותיה לגמר גביע אירופה לאלופות, אך נוצחה בהארכה על ידי פיינורד. כמו בגמר האלופות הקודם, גם הפעם נכלל ג'ונסטון בהרכב הפותח של קבוצתו.