El 16 de enero de 1819, la fortaleza rechazó el ataque de la escuadra libertadora del almirante Lord Thomas Cochrane durante el gobierno del virrey Joaquín de la Pezuela. Ese intento infructuoso obligó al general José de San Martín a entrar a la capital por Pisco y no por el Callao. Una vez declarada la independencia, se ordenó el sitio del fortín, que se hallaba bajo dominio español al mando del general José de La Mar. El 19 de septiembre de 1821, al ver la escasez de alimentos y la amenaza de epidemia que sufrían sus tropas, La Mar decidió entregar la plaza y unirse a las fuerzas independentistas. San Martín entonces renombró la fortaleza bautizándola como «Castillo de la Independencia».