В конце 2000 года по рекомендации Казаченка главный тренер «Зенита» Юрий Морозов пригласил Кержакова в «Зенит», где он дебютировал 10 марта 2001 года в матче 1-го тура чемпионата России с «Ротором» в Волгограде (0:0) — вышел в основном составе и отыграл 90 минут. Первый гол за «Зенит» забил в своём 13-м матче — в ворота московского «Спартака» (2:1) 30 июня 2001 года, сравняв счёт.