Säsongen 1968 körde han en Matra-Ford för Tyrrell och vann två race, däribland ett dimmigt och regnigt lopp på Nürburgring i Tyskland där han vann med fyra minuters marginal. Stewart slutade då tvåa i förarmästerskapet. Säsongen 1969 dominerade han totalt och tog sin första VM-titel och Matra sin första och enda konstruktörstitel. Han vann sex lopp och säkrade titeln med två race kvar att köra.