В июне 1941 года Сергей Макогон был мобилизован в Красную армию, с сентября 1942 года начал принимать участие в боях Великой Отечественной войны. Воевал в составе 72-й гвардейской стрелковой дивизии на следующих фронтах: Сталинградском, Донском, 2-м Украинском. Летом 1945 года в составе 203-й стрелковой дивизии принимал участие в Советской-японской войне. Последней военной должностью которую он занимал была должность заместителя по политической части стрелкового полка. Был уволен в запас в 1946 году в звании майора