Az államosítás után a Junkers fő profilja a harci repülőgépek készítése lett. A legsikeresebb és legismertebb terméke a Ju 87 "Stuka" zuhanóbombázó volt, amely a földi csapatok támogatására terveztek és jelentősen hozzájárult a Blitzkrieg kezdeti sikereihez. Pontos bombatámadásaival egyfajta légi tüzérség szerepét töltötte be, amely lépést tudott tartani a gyorsan előrenyomuló tankhadosztályokkal. A háború későbbi szakaszában nagykaliberű gépágyúval szerelték fel és tankelhárító szerepkörben is alkalmazták. A Dunkerque-nél és Sztálingrádnál vijjogva lecsapó Stukák a német hadigépezet egyik szimbólumává váltak.