Während des Zweiten Weltkrieges wurde die Stadt am 15. September 1939 zunächst komplett von deutschen Truppen besetzt. Nach dem sowjetischen Einmarschs am 17. September 1939 und der damit begonnenen Besetzung Ostpolens zogen sich am 28. September 1939 gemäß dem Grenz- und Freundschaftsvertrag die deutschen Truppen hinter den San zurück, welcher fortan die Grenzlinie der deutsch-sowjetischen Interessensphäre bildete. Dabei wurde die Stadt geteilt: alle Gebiete nördlich des San kamen faktisch unter Verwaltung des Deutschen Reichs innerhalb des neugegründeten Generalgouvernements, der Rest der Stadt wurde der Roten Armee übergeben. Vor der Übergabe verübte eine Einsatzgruppe eine Massenerschießung an Juden. Daran nahmen auch Soldaten der Wehrmacht teil, obwohl der Oberbefehlshaber des Heeres von Brauchitsch dies in einem Befehl vom 24. September 1939 verboten hatte. Innerhalb der Sowjetunion wurde der nun "Peremyschl" (Перемышль) genannte Ort südlich des San zur Hauptstadt eines gleichnamigen "Ujesd Peremyschl". Nach einer Verwaltungsreform wurde der Ort ab dem 10. Januar 1940 dann zum Hauptort des "Rajons Peremyschl".