В марте 2005 года был назначен на должность министра оборонной промышленности Пакистана. В мае 2005 года подписал меморандум о развитии сотрудничества в оборонной области с представителем Великобритании Кевином Теббитом. 23 мая 2006 года был снят с должности министра оборонной промышленности и назначен губернатором провинции Хайбер-Пахтунхва. Находясь на этой должности сумел заключить перемирие с представителями радикального движения Техрик-е Талибан Пакистан. В июле 2007 года произошел крупный вооружённый конфликт между правительством Пакистана и радикальными элементами в мечети Лас-Масджид. После этого в провинции Хайбер-Пахтунхва конфликт вспыхнул с новой силой и Али Джан Оракзай был отправлен в отставку 7 января 2008 года.