Slovakian juutalaisten asema huononi Münchenin sopimuksen jälkeen vuonna 1938 ja 2. marraskuuta Tšekkoslovakia luovutti suuria alueita Unkarille. Näillä alueilla asui noin 45 000 juutalaista. 14. maaliskuuta 1939 Slovakia julistautui itsenäiseksi. Maa oli natsi-Saksan läheinen liittolainen ja ensimmäiset juutalaisten vastaiset lait tulivat voimaan 18. huhtikuuta 1939. Saman vuoden loppuun mennessä juutalaiset työntekijät olivat kiellettyjä hallinnon ja armeijan viroissa ja he eivät voineet käyttää julkisia rakennuksia tai perustaa yrityksiä. Slovakian juutalaisia alettiin pakkosiirtää natsi-Saksan keskitysleireille vuonna 1942 ja toisen maailmansodan holokaustin aikana surmansa sai arviolta 100 000 Slovakian juutalaista. Monet juutalaiset ottivat osaa Slovakian kansannousuun vuonna 1944 ja toisen maailmansodan päätyttyä sionistinen liike elpyi. Vuosien 1948 ja 1949 välillä yli 11 000 Slovakian juutalaista muutti ulkomaille ja heistä suuri osa Israeliin.