נהר הירדן הוא מקור מים נוסף לישראל ולפלסטינים. בעקבות החלטתה של מדינת ישראל על הקמת המוביל הארצי שיפנה חלק ממי נהר הירדן לטובתה, מדינות ערב השכנות לישראל תכננו לחסום את נהרות הבניאס, הדן והחצבני בעזרת סכרים שימנעו זרימת מים לנהר הירדן, ובכך לשתק את מקורות המים לכנרת. בסופו של דבר, הערבים לא מימשו את תוכניתם. בתקופה של טרום מלחמת ששת הימים (1967) התרחשה "המלחמה על המים" ומוביל המים הארצי היה מטרה לניסיון הפיגוע הראשון של ארגון טרור פלסטיני, פת"ח. מלחמה זו גרמה להעברת נקודת השאיבה של המוביל מהירדן ההררי לכנרת.