Вучић је имао улогу у пропаганди Милошевићевог режима за време рата на Косову и Метохији када су вршени притисци на медије путем кривичних прогона и застрашивања, поготово независних новинара који су писали о злочинима над албанским цивилима, као што су Дејан Анастасијевић и Славко Ћурувија. Влада је донела Уредбу о посебним мерама у условима претње оружаним нападима НАТО-а, за време чијег важења је укинут програм Радио Индекса, а затим и Радио Сенте, Кикинде, ТВ Пирота и Радио Ситија у Нишу. Са кабловских мрежа су скинути сви страни ТВ канали, а земаљским радијским и телевизијским станицама забрањено је реемитовање страних сервиса на српском језику. Након почетка НАТО бомбардовања, Вучић је позвао на састанак уреднике београдских медија на којем је саопштено да је неопходно да се током извештавања употребљавају искључиво ставови и терминологија режима. Уредници су били у обавези да доставе министарству копије текстова, а дозвољено је било преносити само вести домаћих медија који су били под строгом цензуром. Вучић је изјавио за лист "Аргумент" да ће се „кад тад осветити Славку Ћурувији”, новинару и оснивачу неких од угашених листова. Ћурувија је убијен 11. априла 1999, а његова невенчана супруга изјавила је 15 година касније да је Вучић био умешан у убиство и да је био, „не само креатор закона о информисању већ и праксе прогона новинара”. Након што је одбијен захтев да РТС реемитује шест сати програма страних медија током дана за време бомбардовања Југославије, НАТО је прогласио зграду РТС-а легитимном метом сматрајући га делом „ратне машинерије”, који спроводи пропаганду и не извештава адекватно о збивањима у рату. Зграда је бомбардована 23. априла и живот је изгубило 16 радника ове медијске куће, а још 16 је повређено.