Во время индонезийско-малайзийской конфронтации президент Сукарно создал Верховное оперативное командование, ВОК (), которое подчинялось ему непосредственно. Судармоно был назначен на должность заместеля начальника пятого управления ВОК и включен в состав Объединённого оперативного центра Командования. К его ведению относились вопросы, связанные с подготовкой и проведением операций особой важности.