Après la dissolution de l'Union soviétique, le club est directement promu dans la nouvelle deuxième division russe en 1992, où il termine successivement dixième puis sixième du groupe Ouest, lui permettant d'être maintenu lors du passage du championnat à une poule unique en 1994. Ses performances retombent cependant nettement cette année-là, malgré les performances du jeune Dmitri Viazmikine qui inscrit 24 buts lors de l'exercice, ce qui amène finalement à sa relégation en troisième division en 1995. Malgré cette descente les résultats restent toujours aussi décevants et le Torpedo enchaîne alors une deuxième relégation d'affilée et tombe dans la quatrième division pour la première fois de son histoire.