Neskôr sídlil v Aquilei uzurpátor Eugenius, ktorý v 4. storočí uzurpoval moc cisárovi Valentinianovi II. Valentiniana zabil veliteľ rímskych vojsk Frank Arbogastes a na trón dosadil Eugenia. Ich vládu ukončila porážka východným cisárom Theodosiom pri Aquilei. Mesto dvakrát obliehal aj vizigótsky kráľ Alarich I., ktorý neskôr dobyl Rím. V polovici 5. storočia Huni pod vedením Atilu po bitke na Katalaunských poliach vytiahli proti Itálii a vyplienili celý jej sever. V roku 452 po trojmesačnom neúspešnom obliehaní náhodnou strelou prelomili časť hradieb a zničili mnohé budovy mesta. Vypálili a ťažko poškodili veľký kresťanský komplex, fórum, hipodróm aj kúpele. Časť obyvateľstva utiekla na lagúny, kde vznikli osady, neskôr spojené v mesto Benátky. Mnohé stavby po odchode nájazdníkov opravili a život mesta sa z veľkej časti obnovil. Rozpad ríše a časté nájazdy znamenali postupný úpadok kedysi prosperujúceho mesta, ktoré v 6. stor. ovládali Ostrogóti, Východorímska ríša (Byzancia) a napokon Longobardi. Odchod pro-byzantského aquileiského patriarchu Paulinusa do Grada znamenal zánik mesta. Neudržiavaný prístav bol zanesený bahnom, čím sa stal nepoužiteľný, rovnako schátralo rímske fórum.