Als Nichte des mehrmaligen Olympiateilnehmers und WM-Medaillengewinners Alfred Eder kam Flunger früh mit dem Biathlonsport in Kontakt. Sie besuchte die nordische Skihauptschule und die Höhere Internatsschule in Saalfelden und gehörte während ihrer Schulzeit dem Biathlon-Landeskader an. In mehreren Rennen des Europacups der Juniorinnen platzierte sie sich unter den besten Zehn und startete 2002 sowie 2003 bei den Juniorenweltmeisterschaften. Bei ihrer zweiten Teilnahme erreichte sie als 28. des 12,5-Kilometer-Einzelrennens ihr bestes Resultat.