Санта Круз је за репрезентацију Парагваја дебитовао против Боливије 29. јуна 1999. на Копа Америци. Играо је за Парагвај на Светском првенству 2002, 2006. и 2010. Са Парагвајем је на Светском првенству 2002. дошао до осмине финала, а 2010. до четвртфинала првенства. Године 2011. на Копа Америци је са Парагвајем заузео друго место.