Le 3 novembre 2006, Brook Jacoby est engagé comme instructeur des frappeurs des Reds de Cincinnati. Il a notamment sous son aile le joueur par excellence de la saison 2010 dans la Ligue nationale, Joey Votto, et le gagnant du Bâton d'argent Brandon Phillips. Il est en poste de la saison 2007 à la saison 2013. La fin de cette dernière campagne est décevante pour Cincinnati, dont la défaite lors du match de meilleur deuxième scelle l'élimination. Le directeur-gérant Walt Jocketty indique au gérant des Reds Dusty Baker son intention de congédier Jacoby. « Congédie-moi plutôt », réplique Baker à son patron. Jocketty licencie les deux hommes.