Iñárritu und Arriaga stellten 2006 ihren dritten, gemeinsamen Film, "Babel", fertig. Das Werk vollendet mit "Amores Perros" und "21 Gramm" eine Trilogie über die Themen Gewalt und Tod. Allerdings kam es während der Dreharbeiten zum Zerwürfnis zwischen Arriaga und Iñárritu; Arriaga musste daraufhin den Dreharbeiten fernbleiben und durfte auch an der Premiere auf den Filmfestspielen von Cannes nicht teilnehmen. Der Film brachte Arriaga 2007 eine Oscar-Nominierung in der Kategorie Bestes Originaldrehbuch ein.