В ходе Гражданской войны в Грузии в 1993 году Сенаки стал зоной активных боевых действий. 25 октября 1993 года в город вошли российские части. 30 октября он снова оказался в руках сторонников свергнутого президента Звиада Гамсахурдии. После бомбардировок российской авиации 3 ноября город был освобождён.