太平洋戦争緒戦では第十二航空戦隊の「神川丸」、「山陽丸」とともに馬来部隊の第二航空部隊を編成し、マレー半島への上陸作戦に参加した。その任務は船団の護衛、泊地の警戒および陸戦の支援であった。「相良丸」は12月3日（または2日）に三亜を出撃して12月5日にプロコンドル島に到着し、同島に水上機基地を設営した。その水上機は船団の対潜直衛やシンゴラでの陸戦支援などに従事した。「相良丸」は12月8日にはパンジャン島へ移動し、翌日にはリエム湾へ移動。12月10日にシンゴラ近海に到着後は、シンゴラを拠点として引き続き対潜哨戒に従事し、1942年（昭和17年）1月26日にはアナンバス諸島に移動してパレンバン攻撃支援などを行った。2月21日付で第一南遣艦隊（小沢治三郎中将・海軍兵学校37期）主力部隊に編入され、昭南（シンガポール）に進出して昭南近海やマラッカ海峡方面で艦載機による対潜哨戒、機雷および水中障害物の捜索を行う。3月9日にはペナンに到着して水上機基地設営の後、スマトラ島北部、アンダマン諸島方面の作戦に協力。一連の作戦が一段落した6月14日、ケッペル港第三船渠に入渠して福井静夫技術少佐の考案による迷彩塗装が施された。整備終了後は再びマラッカ海峡、アンダマン諸島方面での対潜哨戒に従事した。この後、12月1日付で特設運送艦に類別変更される事が内定したため、搭載航空機を東印部隊に移管した。