После Евро-96 Микаэль перешёл в немецкий «Кайзерслаутерн». Сумма трансфера составила 1,35 млн. датских крон. Шёнберг стал важной частью команды. Он забил первый гол в первом же матче сезона против чемпиона - «Баварии» и помог клубу победить. В первом же сезоне Микаэль помог выиграть «Кайзерслаутерну» Бундеслигу. В сезоне 1998/1999 Шёнберг получил тяжёлую травму, в столкновении с вратарём «Бохума» Томасом Эрнстом он сломал голень. После семи месяцев восстановления Микаэль вернулся на поле. В сезоне 1999/2000 в матче против «Фрайбурга», Шёнберг встал в ворота команды после травм двух вратарей. Он отразил опасный удар Левана Кобиашвили во втором тайме, а конце матча смог отразить пенальти и помог своей команде выиграть. В том же году Микаэль вновь получил травму, после которой долго восстанавливался. В конце сезона он принял решение завершить карьеру. Руководство клуба предложило ему административную должность.