Şükür is ook op interlandniveau de succesvolste Turk aller tijden. Şükür maakte in 1994 zijn debuut in het nationale team. Veel van zijn doelpunten zijn beslissend geweest. Zo heeft hij op het EK van 2000 de twee doelpunten gescoord tegen België, waardoor Turkije zich wist te kwalificeren voor de volgende ronde. Het bekendste is zijn snelste doelpunt op een WK eindronde ooit, tegen Zuid-Korea in 2002. Dit doelpunt werd al na 11 seconden gescoord. Het was tevens zijn enige doelpunt op het hele WK. Şükür staat ook op de lijst van de meest scorende schutters op internationaal niveau. Na Rüştü Reçber is hij de recordhouder meeste interlands met 112 optredens. Hierin wist hij 51 maal te scoren en is hij de meeste scorende Turkse spits ooit.