Certains aspects de la colonisation européenne de l'Amérique ou de l'Afrique ont été qualifiés de crimes contre l'humanité par de nombreux historiens. Ainsi selon Gilles Manceron, « la République (française) doit reconnaître que les crimes coloniaux sont bien des crimes contre l'humanité, au sens du premier texte international qui employait le terme, la déclaration du des gouvernements français, britannique et russe à propos des massacres dans l'empire ottoman contre les civils arméniens, qui parle de « crimes contre l'humanité et la civilisation ». Ou encore de la résolution des Nations unies du , qui dit que le « génocide bouleverse la conscience humaine » ».