Ende 1797 begannen für Ganteaume einige Monate Patrouillendienst an den Küsten Frankreichs, er konnte aber im Mai des darauffolgenden Jahres als Stabschef bei Admiral François-Paul Brueys d’Aigalliers reüssieren. Als Napoleon Bonaparte 1798 seinen Feldzug nach Ägypten plante, nahm auch Ganteaume unter Brueys d’Aigalliers' Führung daran teil. In der Seeschlacht bei Abukir (1./2. August 1798) konnte sich Ganteaume ebenso auszeichnen, wie bei den Kämpfen vor Jaffa (März 1799) und Akkon (März/Mai 1799).