Во время Второй мировой войны принц Эрнст Август Ганноверский участвовал в войне Третьего Рейха против Советского Союза. До января 1942 года в чине обер-лейтенанта служил в штабе генерал-полковника Эриха Гёпнера. Был серьёзно ранен под Харьковом весной 1943 года. После заговора против Гитлера 20 июля 1944 года он был арестован и провёл несколько недель в берлинской штаб-квартире гестапо на Принц-Альбрехт-Штрассе. В конце войны принц с семьёй бежал от наступающей Красной Армии в в окрестностях Ганновера.