Die um 1388 am Jakobsweg erbaute Kapelle, bis 1818 zur Konstanzer Pfarrei St. Stephan gehörend, wurde in Verbindung mit der Sage eines Kreuzesfrevels im 15. Jahrhundert zum Wallfahrtsort. 1460 erfolgte die Errichtung einer Kaplaneipfründe. Im Zuge der Reformation wurde um 1527 das «Wunderkreuz» entfernt. Nach der Rückkehr zum alten Glauben im Jahr 1548 entwickelte sich Bernrain zu einem Zentrum der Gegenreformation. 1647 wurde das aus dem 14. Jahrhundert stammende, im Frauenkloster St. Katharina in Litzelstetten bei Konstanz verwahrte Kreuz zurückgeführt. Nach der zweiten, erst auf starken Druck des Bischofs von Konstanz und des Deutschen Ordens im Jahr 1664 erfolgten Rückführung des während des Ersten Villmergerkriegs in Sicherheit gebrachten Kreuzes wurden Prozessionen und Gottesdienste wieder aufgenommen. 1831 bis 1903 war die Kapelle katholische Pfarrkirche von Emmishofen.