Meredith og hans Hoosierskæmpede under Northern Virginia-kampagnen ved det Andet slag ved Bull Run, hvor hans hest blev skudt væk under ham og maste ham, så han brækkede adskillige ribben. På grund af denne skade, og forbi han tog på orlov i Washington D.C. deltog han ikke i Slaget ved Antietam i september, hvilket indbragte ham en reprimande fra sin overordnede John Gibbon. En måned senere blev Meredith forfremmet til brigadegeneral og erstattede Gibbon, der blev forfremmet til en anden division, som chef for Iron Brigade – selv om Gibbon havde advaret mod det. I november førte Meredith brigaden i kamp for første gang i Slaget ved Fredericksburg, hvor han pådrog sig divisionschefen Abner Doubledays vrede, og han blev midlertidig erstattet af oberst Lysander Cutler.