С началом войны полк под его командованием в составе бригады Северного, а с августа 1941 года — Ленинградского фронтов вплоть до декабря 1941 года участвовал в обороне полуострова Ханко. Затем он был эвакуирован морским транспортом в Ленинград и в составе бригады находился в подчинении командующего войсками фронта. В боях подполковник Никоноров показал себя смелым, храбрым офицером, в сложной обстановке умело руководил боевыми действиями полка. За боевые отличия на полуострове Ханко он был награжден орденом Красной Звезды. В марте 1942 года на базе бригады была сформирована 136-я стрелковая дивизия, а полковник Никоноров назначен в ней командиром 269-го стрелкового полка. Дивизия находилась в резерве 23-й армии Ленинградского фронта и дислоцировалась в районе Нижние Осельки, Верхние и Нижние Станки, Левашево, Осиновая Роща. С мая 1942 года исполнял должность заместителя командира 291-й стрелковой дивизии, которая занимала оборону на Выборгском шоссе в районе ст. Белоостров. В июле назначен комендантом 14-го укрепленного района. Формировал его и участвовал с ним в боях в составе войск 55-й армии Ленинградского фронта (в районе Колпино). В феврале 1943 года отличился в Красноборско-Смердынской наступательной операции.