W 1996 r. zdecydował się reprezentować Austrię, przez co nie mógł startować w &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20biegach%20narciarskich%201996/1997"&gt;sezonie 1996/1997&lt;/a&gt;, mistrzostwach świata w Trondheim jak i na igrzyskach w Nagano w 1998 r. Ponowne starty zaczął w &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20biegach%20narciarskich%201997/1998"&gt;sezonie 1997/1998&lt;/a&gt;. Podczas mistrzostw świata w Ramsau w 1999 r. Botwinow zdobył wraz z Markusem Gandlerem, Aloisem Stadloberem i Christianem Hoffmannem złoty medal w sztafecie 4x10 km oraz brązowy w biegu na 50 km techniką klasyczną. Na mistrzostwach świata w Lahti i mistrzostwach świata w Val di Fiemme w 2003 r. zajmował poza pierwszą dziesiątką. Zdobył za to srebrny medal w biegu na 30 km stylem dowolnym podczas igrzysk w Salt Lake City, przegrywając jedynie z kolegą z reprezentacji - Christianem Hoffmannem. Na mistrzostwach świata w Oberstdorfie zajął 5 miejsce w biegu łączonym na 30 km oraz w biegu na 50 km technika klasyczną, a w sztafecie był piąty. Swój ostatni medal w karierze Botwinow wywalczył na igrzyskach olimpijskich w Turynie zajmując trzecie miejsce w biegu na 50 km techniką dowolną. Wystąpił ponadto na mistrzostwach świata w Sapporo. Nie były to dla niego udane mistrzostwa, bowiem w biegu na 15 km techniką dowolną, do którego został zgłoszony ostatecznie nie wystartował, a biegu na 50 km techniką klasyczną nie ukończył.