Em 1871 pintou o "Juramento da Princesa Regente", no ano seguinte foi nomeado comendador da Ordem da Rosa, e em 1875 iniciou os esboços para uma outra grande obra histórica, a "Batalha dos Guararapes", aceitando um projeto que fora recusado por Pedro Américo, que preferiu trabalhar sobre a "Batalha de Avaí". Como fizera antes, deslocou-se à região onde ocorrera o conflito para conceber a composição com maior verdade. As duas batalhas foram expostas no Salão de 1879, recebendo ambos os artistas o Grande Prêmio e o título de dignitários da Ordem da Rosa, mas desencadearam a maior polêmica estética que até então se travou no Brasil. Enquanto uns reconheciam as suas habilidades superlativas, saudando-os como gênios e heróis, outros os acusavam de plágio e de passadismo. Ao mesmo tempo, formaram-se dois partidos, um apoiando Meirelles e outro Américo, na disputa sobre qual das batalhas era mais perfeita. O público leigo também se engajou e a discussão tomou os jornais e revistas durante meses, mas a despeito de receber muito aplauso, as também numerosas críticas o abateram profundamente, jogando-o num estado de melancolia que, entre altos e baixos, aparentemente o acompanharia até o final da vida.