Nach dem Militärputsch 1963 und der Machtübernahme der Baathpartei wurde al-Azma aus allen politischen Ämtern entlassen. Der Revolutionäre Kommandorat verbot ihm durch Entziehung der Bürgerrechte jede weitere politische Tätigkeit. Baschir al-Azma war weiterhin in Syrien als Arzt tätig. 1991 veröffentlichte er seine Memoiren unter dem Titel "Die Generation der Niederlage zwischen Union und Sezession".