Le , Maurice Bauyrou participe au ralliement de l'Oubangui-Chari, où il était inspecteur du service d'élevage, à la France libre. Il s'engage dans le de marche de l'Afrique-Équatoriale française (AEF), combat en Syrie, puis en Égypte et en Libye (bataille de Bir Hakeim). Grièvement blessé, il est hospitalisé, puis reprend en 1943 un commandement en Afrique équatoriale. Il participe aux liquidations des dernières poches allemandes en 1944-1945. Il est Compagnon de la Libération - décret du 28 mai 1945.