In 1546 brak de Schmalkaldische Oorlog uit tussen de katholieke keizer Karel V en een aantal protestantse rijksvorsten die zich hadden verenigd in het Schmalkaldisch Verbond. Wolfgang van Anhalt steunde de protestanten en werd door de keizer in de rijksban gedaan. Na de nederlaag van het verbond in 1547 bezetten keizerlijke troepen het vorstendom Anhalt-Köthen. In 1552 kreeg Wolfgang zijn gebieden weer terug toen de Vrede van Passau gesloten werd. Door de Godsdienstvrede van Augsburg in 1555 kregen de Duitse vorsten het recht om zelf het heersende geloof in hun gebieden te bepalen.