Englannin EM-kilpailuissa 1996 Portugali voitti alkulohkon otteluissa Turkin ja Kroatian sekä pelasi tasapelin Tanskan kanssa. Puolivälierässä se hävisi Tšekille 0–1. Belgian ja Alankomaiden EM-kisoissa 2000 Portugali selviytyi välieriin. Se voitti alkulohkossa Englannin 3–2, Romanian 1–0 ja Saksan Sérgio Conceiçãon hattutempun myötä 3–0. Puolivälieräottelussa Portugali voitti Turkin 2–0 Nuno Gomesin tehtyä molemmat maalit. Välieräkamppailussa Portugali hävisi – samoin kuin 16 vuotta aiemmin – tulevalle mestarille Ranskalle jatkoajan jälkeen, tällä kertaa maalein 1–2. Japanin ja Etelä-Korean MM-kilpailuissa 2002 Portugali putosi jatkosta alkulohkon otteluiden jälkeen. Se voitti Puolan 4–0, mutta hävisi Yhdysvalloille ja Etelä-Korealle.