A Baviera foi premiada com a província Austríaca do Tirol como uma recompensa, mas o conflito irrompeu em uma rebelião completa sob Andreas Hofer, em 1809, que só pode ser derrubada com assistência francesa. Quando a Áustria atacou Baviera, mais uma vez, em 1809, o exército de Napoleão estava concentrado na Espanha, e foram as tropas da Confederação do Reno, predominantemente da Baviera, que lideraram o início da campanha contra a Áustria. Na Batalha de Wagram, a contribuição das forças bávaras foi decisivo para o resultado.