Hij was aanvoerder tijdens de finale van de FA Cup van 1990. Crystal Palace moest zich − na het spelen van een replay − gewonnen geven tegen Manchester United. In de finale op zich hielden beide teams elkaar op 3-3, onder meer na twee doelpunten van Ian Wright (Palace) en Mark Hughes (Manchester United). Twee jaar na de bekerfinale was Palace een van de stichtende clubs van de Premier League, maar Thomas en zijn teamgenoten degradeerden al na één seizoen. Hij verliet de club ook na dat seizoen. Thomas werd opgenomen in de "Centenary XI" van Crystal Palace, het elftal van de eeuw van Crystal Palace.