Franklin wilde graag naar zee, maar zijn vader was het daar in het begin niet mee eens. Toch was Franklin vastbesloten. Met tegenzin stond zijn vader hem toe om een proefreis met een koopvaardijschip te maken. Franklin werd daardoor nog zekerder van zijn zaak. Daarom regelde zijn vader een functie voor zijn veertienjarige zoon bij de koninklijke marine, op het schip HMS "Polyphemus". Franklin was aanwezig bij diverse reizen en zeeslagen. Dit was onder andere bij de zeeslag bij Kopenhagen in 1801, een expeditie met zijn oom kapitein Matthew Flinders op HMS Investigator, om de kust van Australië te ontdekken, de terugkeer naar de Napoleontische oorlog (Derde Coalitieoorlog, 1803-1805), en dienend op HMS Bellorophon ten tijde van de zeeslag bij Trafalgar in 1805. In december 1814 werd hij gewond voorafgaand aan de slag bij New Orleans (1815).