Die französische Revolution und die folgenden Revolutionskriege veränderten auch sein Leben. Beeinflusst von den revolutionären Ideen gab er seine Lieblingsbeschäftigung auf und trat am 1. Mai 1793 als Freiwilliger in das 2. Bataillon von Ariege ein. Im selben Jahr nahm an der Belagerung von Toulon und Lyon teil und stieg bis zum Capitaine der Artillerie auf. Sein Kommandant war Napoleon Bonaparte, der bald auf seine besonderen Fähigkeiten aufmerksam wurde. Er setzte Bacler als Zeichner ein, zuständig für die kartographische Darstellung der Geländeaufklärung. Mit dieser Kernaufgabe wurde Bacler für fast zwei Jahrzehnte lang einer der engsten Mitarbeiter und Vertrauten Napoleons.