Hun var datter av grevskapet Gisselfeld Klosters femte besitter, Christian Conrad Sophus Danneskiold-Samsøe (1774–1823) og Johanne Henriette Valentine Kaas (1776–1843). Henriette Danneskjold-Samsøe var fra 1821–29 Gisselfelds tredje priorinne. 19. september 1829 giftet hun seg med Frederik Emil August av Slesvig-Holsten-Sønderborg-Augustenborg, bror til hertug Christian August av Augustenborg. Etter at ektemannen ble landsforvist pga. sin stillingtagen i Første slesvigske krig, levet paret først i Sydtyskland, deretter i England og til sist i Paris. Den 10. september 1858 avgikk hun her ved døden. Åtte år senere lot sønnen Frederik August hente moren hjem fra Paris og faren hjem fra Bayreuth. De ble bisatt i et kapell ved Krusendorf kirke.