しかしこの連邦は夏にイラクのクーデター（7月14日革命）で瓦解した。1958年7月上旬、フセイン国王とファイサル2世を両方打倒する陰謀が明るみに出た。ヨルダンにいた陰謀参加者の一人はエジプト人諜報員の参与があったと明かし、陰謀も中止されたと述べた。これに対しイラクはアラブ連合の圧力が迫るヨルダンへ軍を増派しようとしたが、7月14日、ヨルダンへ向かう予定だったイラク軍部隊は立ち寄ったバグダードでクーデターを行い共和国樹立を宣言、ファイサル2世と皇太叔父、その他王族は宮殿で射殺されイラク王国は滅亡した。首相ヌーリー・アッ＝サイードも逃亡に失敗し殺された。このクーデターに関し、エジプトやアラブ連合は積極的に関わっていなかったと見られている。しかしクーデター宣言後、アラブ連合はカーシムらのイラク新政府への支援を発表、これを承認し、シリア・ヨルダン間の国境を封鎖した。国境のシリア部隊には厳戒態勢が下された。