Krabbe blev indskibet for som kommandør for 9. Linjebataljon at deltage i udfaldet fra Fredericia, hvor han blev dødeligt såret af et skud i højre lår på forskansningerne øst for Treldevejen i slaget ved den 6. juli 1849. Han døde fire dage senere på Billeshave Lazaret. Han blev begravet på Middelfart Kirkegård.