Da von Anfang an die ägyptische Seite dominierte und die wichtigsten Politikbereiche bestimmte, wuchs die Unzufriedenheit in Syrien. Hinzu traten wirtschaftliche Probleme. Ein Putsch syrischer Offiziere im September 1961 bedeutete schließlich das Ende der Vereinigten Arabischen Republik von syrischer Seite. Nach einem weiteren Putsch im Mai 1963 erlangte die Baath-Partei, die jedoch weiterhin zerstritten war, zum ersten Mal die Macht in Syrien.