Во второй половине 1980-х годов Немцов стал принимать участие в экологическом движении. На фоне произошедшей на Чернобыльской АЭС аварии в области появилась организация «За ядерную безопасность», которая выступала против строительства Горьковской атомной станции теплоснабжения. Его мать Дина Яковлевна Немцова, будучи детским врачом, принимала участие в сборе подписей против атомного проекта в области, а следом за ней в борьбу против возведения Горьковской АСТ включился и Немцов, будучи физиком. В 1988 году им была опубликована статья под названием «Почему я против АСТ» в газете «Горьковский рабочий». Станция в конечном итоге не была построена.