У овом рату Такасуги и његов "Кихеитаи" имали су главну улогу јер се његова јединица показала супериорном наспрам традиционалне самурајске војске. Серијом кратких и брзих напада уз помоћ снага Кидо Такајошија, Такасуги је осигурао победу у марту 1865. године. Постао је главни човек политике Чошу хана настављајући да доприноси на пољу увоза оружја и подизању трупа. Ове реформе показаће се успешним за Чошу на чак четири фронта које су водили против шогуната током тз. „Другог похода на Чошу“, 1866. године а чију победу је на два фронта лично Кихеитаи заслужан. Такасуги је успео да од мале јединице направи једнако разорну војску која може парирати професионалној самурајској великог броја људи. Победом над снагама Токугава шогуната, војска Бакуфуа била дикредитована па остали окрузи верни влади окрећу се против и приступају округу Чошу што ће временом довести до свргавања феудалне владавине и Меиџи обнове.