גמסחורדיה הוחלף על ידי מועצה צבאית המורכבת ממתנגדיו, ראש הממשלה תנגיז סיגואה, מפקד המשמר הלאומי הגאורגי תנגיז קיטובאני ומפקד המיליציות ג'אבא יוסליאני. השלושה הקימו ממשלה זמנית והורו על הדחתו הרשמית מתפקיד הנשיא. הממשלה הזמנית הכריזה כי היא "מועצת המדינה" ומינתה את יריבו הוותיק אדוארד שוורדנדזה ליושב ראשה במרץ 1992. חילופי המשטר התבצעו ללא משאל עם או בחירות. שוורדנדזה שלט כנשיא דה פקטו עד לבחירות לנשיאות בנובמבר 1995. הדחתו של גמסחורדיה היוותה למעשה חלק ממלחמת האזרחים של גאורגיה, עימות אלים שנמשך עד לשנת 1993, וכלל, פרט לעימות בין הזוויאדיסטים, תומכי גמסחורדיה, ותומכי המשטר החדש, גם עימותים בין המשטר הגאורגי המרכזי ובין המיעוטים האתניים באבחזיה ובדרום אוסטיה שהביאו בסופו של דבר לפרישתם דה פקטו של שני המחוזות מגאורגיה.