Во время первой Епископской войны Фердинандо Ферфакс командовал полком в королевской армии; затем, с началом Гражданской войны в Англии в 1642 году, он стал командующим парламентскими силами в Йоркшире, а Уильям Кавендиш, герцог Ньюкасл, был его противником. Военные действия начались после отказа от договора о нейтралитете, заключенного Ферфаксом с роялистами. Сначала Ферфакс не добился успеха. Он был изгнан из Йорка, где он осаждал роялистов, в Селби; затем в 1643 году в Лидс; и после отбивания атаки в этом месте он был полностью разбит 30 июня 1643 года в битве при Адуолтон-Муре. Ферфакс бежал в Халл, который успешно защищал от герцога Ньюкасла со 2 сентября по 11 октября 1643 года, и с помощью блестящей вылазки добился снятия осады. Фердинандо Ферфакс одержал победу при Селби 11 апреля 1644 года и, присоединившись к шотландцам, осадил Йорк, после чего присутствовал в битве при Марстон-Муре (2 июля 1644 года), где командовал пехотой и был разбит. Впоследствии, в июле 1644 года, он был назначен губернатором Йорка и обвинен в дальнейшем сокращении подконтрольного ему округа. В декабре 1644 года он взял город Понтефракт, но не сумел овладеть замком.