西元1661年，鄭成功率軍攻臺擊敗荷蘭人，建立臺灣首度的漢人政權，設有一府二縣，即承天府與天興、萬年兩縣，以新港溪（今之鹽水溪）為二縣分界，嘉義隸屬天興縣。西元1683年，清帝國領有臺灣。清治康熙二十三年設臺灣府統三縣，即分鄭治時代的萬年縣為臺灣、鳳山兩縣，改天興縣為諸羅縣，縣署設於佳里興（今之臺南市佳里區）。康熙四十三年（1704年），縣治自佳里興遷移諸羅山（即今嘉義市），諸羅知縣宋永清以木柵為城，而自嘉義以北至今日的臺北（臺北市、新北市、基隆市）為止，皆屬於當時諸羅縣的管轄範圍內。雍正元年（1723年），知縣孫魯改建土城堡，並重設護城河。雍正五年（1727年），知縣劉良璧重建門樓，砌水洞，各置砲座，並命四門為：東曰「襟山」，西曰「帶海」，南曰「崇陽」，北曰「拱辰」。雍正十二年（1734年），知縣陸鴻於土城外植刺竹護城益固。乾隆五十一年（1786年），林爽文反清之役爆發，林及其軍隊圍攻諸羅城十月，城內人民協助清軍有功，清國乃本「嘉其死守城池之忠義」之旨，翌年11月初3日下詔，易稱「諸羅」為「嘉義」。林爽文事件後，重修諸羅縣城不但加高加厚，且城身內外包覆三合土。光緒四年（1878年），嘉義知縣單瑞龍改以磚石砌城，而後又有王得祿義捐整建城垣，並修築月城及砲窩。光緒十一年（1885年），臺灣奉准正式建省，十三年，分全臺為三府一直隸州十一縣三廳，嘉義縣屬於臺南府，縣治仍設於嘉義城。