Szeptycki schloss sich nun der Narodowa-Demokracja-Bewegung an und stellte sich offen gegen Piłsudskis Politik. Von Juni bis Dezember 1923 war er im Koalitions-Kabinett von Wincenty Witos "Minister in Militärangelegenheiten" (Minister spraw wojskowych); während dieser Zeit forderte er Piłsudski zu einem Duell, das von jenem aber abgelehnt wurde, da gemäß Ehrenkodex der Rangniedere nicht den Ranghöheren fordern könne. Nach dem erfolgreichen Maiputsch Piłsudskis im Jahr 1926 wurde Szeptycki aus seinen öffentlichen Ämtern entlassen. Szeptycki zog sich nun auf seinen Besitz nach Korczyna zurück.