La deuxième année de la guerre (430) voit une nouvelle invasion lacédémonienne de l'Attique ; la population athénienne, entassée dans la ville et derrière les Longs Murs, connaît alors une épidémie dévastatrice appelée peste d'Athènes (peut-être le typhus), qui tue Périclès et contamine Thucydide, qui en réchappe (§ 47-70). Diverses opérations occupent l'année suivante (429) à Platées, en Thrace, en Acarnanie et en Macédoine, jusqu'aux deux victoires navales athéniennes à Patras et Naupacte qui montrent la supériorité intacte d'Athènes sur mer (§ 71-103).