Za A-mužstvo debutoval v priateľskom zápase 7. februára 2007 proti Poľsku, ktorý skončil 2 – 2. Svoj druhý zápas odohral v kvalifikácií na Majstrovstvá Európy 2008 proti Nemecku. Slovensko tento zápas prehralo 2 – 1 a Hamšík odohral celý zápas. Podľa neho Slovensko prehralo tento dôležitý zápas kvôli vlastným chybám.