Johnson remplace Tony Perez comme gérant des Reds de Cincinnati le 25 mai 1993. Après une cinquième place dans la division Ouest cette saison-là, les Reds passent à la division Centrale nouvellement créée en 1994. Le club est en première place de cette division lorsque la grève des joueurs met un terme à la saison. En 1995, les Reds remportent le championnat de la section Centrale et accèdent aux séries éliminatoires. Ce sera leur dernière participation aux matchs d'après-saison jusqu'en 2010. Les Reds balaient les Dodgers de Los Angeles en 3 parties dans la Série de division de la Ligue nationale, mais perdent en 4 parties consécutives la Série de championnat face aux futurs champions du monde, les Braves d'Atlanta.