В то же время два представителя транспортной компании Корнелиуса Вандербильта решили с помощью Уокера завладеть имуществом компании в Никарагуа, предложив ему взамен финансовую помощь и доставку новых рекрутов из США. Уокер помог в захвате компании, чем привёл Вандербильта в ярость, и он добился отмены признания американским правительством правящего в Никарагуа режима. Кроме того, при поддержке Вандербильта против Уокера начала войну коалиция государств Центральной Америки под руководством Коста-Рики. Уокер продержался до 1 мая 1857 года, после чего сдался американцам и был возвращён в США.