К своему третьему сезону в клубе Мохаммед Салах получил статус одного из самых перспективных египетских игроков, а также одной из звёзд «Мокавлуна». В сравнении с предыдущими сезонами он окреп физически и изменился в лучшую сторону. Из-за трагедии в Порт-Саиде зимой чемпионат Египта вновь был приостановлен. Ещё в августе 2011 года на молодёжном чемпионате мира один из скаутов швейцарского клуба «Базель» приметил Мохаммеда Салаха, выступавшего за сборную Египта до 20 лет, он отмечал его скорость и впечатляющую технику работы с мячом, а также слабость в завершении атак. Игра Салаха на том турнире привлекла и «Ньюкасл Юнайтед», «сороки» даже сделали конкретное предложение об аренде, однако в итоге переход не состоялся. В услугах молодого египтянина всё так же были заинтересованы и местные клубы, однако он хотел уехать в Европу. В начале 2012 года инициативу по переходу игрока захватил «Базель», видевший в Салахе замену Джердану Шакири, который должен был покинуть команду летом. Вскоре молодёжная сборная Египта организовала с «Базелем» товарищеский матч для поддержания формы, в нём принял участие и Мохаммед: он вышел на поле со скамейки запасных и забил гол. После этой игры руководство «Базеля» окончательно убедилось в необходимости совершения трансфера. В итоге 10 апреля 2012 года клубы объявили о переходе Салаха в «Базель» за два с половиной миллиона евро.