Jádro dnešní farnosti tvoří území v okolí Týnského chrámu východně od Staroměstského náměstí. První románský předchůdce dnešního kostela zasvěcený Panně Marii vzniká na začátku 12. století při špitále patřícího k Týnskému dvoru. První písemná zmínka se váže k roku 1135 a patronátní právo ke kostelu podle ní náleželo Vyšehradské kapitule. V průběhu 13. století se stává kostelem farním a záhy se řadí mezi nejvýznamnější farní osady, podle kterých se dělila Praha. Vzhledem k důležité poloze a postupné emancipaci farní obce, kterou tvořili nejbohatší občané, zejména kupci částečně německé národnosti, propuká na sklonku 13. století spor o podací právo ke kostelu mezi farníky a kapitulou, které je vyřešeno smírem až ve 20. letech 14. století. Kapitula sice měla i nadále rozhodovat o dosazování faráře střídavě s farníky, do dění kolem kostela však postupně zasahovat přestala. Již na přelomu 13. a 14. století nahradil románskou stavbu raně gotický trojlodní kostel. V polovině 14. století potom farníci přistoupili k zahájení novostavby dnešní vrcholně gotické monumentální baziliky, která se stala jedinečnou architektonickou dominantou Starého Města. Vzhledem k válečným událostem a celkové náročnosti projektu došlo k dokončení výstavby až na počátku 16. století.