במהלך חודש אפריל 2011 התקיימו דיונים פנימיים בחוג היועצים הפנימי של הנשיא בנוגע לפעולה צבאית אמריקאית (של יחידת אריות הים) במתחם בפקיסטן בו התברר כי אוסאמה בן לאדן שוהה. קלינטון נמנתה בין אלו המצדדים בפשיטה בפקיסטן, בטענה שהחשיבות בתפיסת בן-לאדן והעמדתו לדין גוברת על הפגיעה שעלולה להיגרם ליחסי ארצות הברית–פקיסטן בעקבות הפרת הריבונות הפקיסטנית. לאחר ביצוע מבצע חנית נפטון ב-2 במאי, במהלכו חוסל בן-לאדן, מילאה קלינטון תפקיד מרכזי בהחלטת הממשל שלא לשחרר תצלום הגופה המושחתת של בן-לאדן. במהלך הדיונים הפנימיים הנוכחות הצבאית של ארצות הברית בעיראק במהלך 2011, טענה קלינטון כי יש לשמור על כוח שיורי בן 10,000-20,000 חיילים אמריקאים שם.