В 1938 году призван в ряды Красной Армии. Участник советско-финской войны 1939—1940 годов. В боях Великой Отечественной войны с июня 1941 года. Боевой путь Николай Исаенко начал у стен Ленинграда. Он участвовал в танковых десантах у Пулковских высот, на дальних и ближних подступах к городу; охранял дорогу, проложенную по льду Ладожского озера, участвовал в прорыве блокады.