Когда в США началась Гражданская война, Флойд сразу вернулся в Вирджинию и примкнул к южанам. Президент Конфедеративных Штатов Америки Джефферсон Дэвис назначил его командиром бригады в армии Конфедерации 23 мая 1861 года. Флойд с бригадой участвовал в локальных сражениях при , (10 сентября 1861 года, 1861) и . В декабре 1861 года бригада Флойда была передана в распоряжение генерала Альберта Джонстона в Теннеси. Бригада Флойда приняла участие битве при Форт-Донельдсон в феврале 1862 года, в поражении в которой для конфедератов он был признан частично виновным. Через две недели 11 марта 1862 года президент Конфедерации отстранил Флойда от командования бригадой.