リーは中佐に昇進し、選りすぐりの竜騎兵を集めた中隊（リー軍団と呼ばれた）を率いて南部戦線を転戦した。この戦線でリーは勝ち戦でも負け戦でも目立った働きをした。例えばキャムデンの戦い、ギルフォード郡庁舎の戦い、ユートースプリングスの戦いである。リーはヨークタウンの戦いにおけるチャールズ・コーンウォリスの降伏にも立ち会い、その後健康上の理由で退役した。