Ο ισχυρός σεισμός του 1999 δημιούργησε μεγάλες ρωγμές στους τοίχους της Μόνης. Ο αρχαιολογικός χώρος έκλεισε για το κοινό, καθώς εκτελούνται συστηματικές εργασίες. Η υποστύλωση του καθολικού της μονής Δαφνίου υπήρξε το πρωταρχικό μέλημα. Προς το παρόν ο ναός υποστηρίζεται από μεταλλικά στηρίγματα σύγχρονης σχεδίασης και τεχνολογίας σχεδόν σε ολόκληρο το ύψος του εσωτερικά και εξωτερικά. Παράλληλα, διενεργούνται μελέτες που θα επιτρέψουν την οριστική απομάκρυνση των μεταλλικών υποστυλώσεων και την αρχιτεκτονική αποκατάσταση και ανάδειξη του μνημείου. Στο εσωτερικό του ναού πραγματοποιείται συντήρηση του ψηφιδωτού διακόσμου, ενώ έχει προγραμματιστεί μελέτη μέσω ανασκαφικής έρευνας σε διάφορα σημεία της μονής, η δημιουργία μουσείου, η αναστήλωση και η ανάδειξη οικοδομημάτων γύρω από το καθολικό και η διαμόρφωση και η προστασία του περιβάλλοντος χώρου.