Fie Woller gewann bei der U-17-Europameisterschaft 2009 sowie bei der U-19-Europameisterschaft 2011 die Goldmedaille. Bei der U-19-EM 2011 wurde sie zusätzlich in das All-Star-Team gewählt. Woller bestritt bislang 63 Länderspiele für die dänische A-Nationalmannschaft, in denen sie 113 Treffer erzielte. Sie gehörte dem dänischen Aufgebot bei der Europameisterschaft 2016, bei der Weltmeisterschaft 2017 und bei der Europameisterschaft 2018 an.