При участии Эрнуфа, в том же году произведённого в дивизионные генералы, новый главнокомандующий, Жан-Батист Журдан, своевременно обнаружил движение войск принца Иосии Кобургского, старого соратника Суворова, за лесом Ваттиньи. Принц Кобургский был атакован Журданом в битве при Ваттиньи и вынужден был отступить через реку Самбр и, позднее, снять осаду Мобежа. Поскольку Журдан не смог организовать активное преследование противника, он и Эрнуф были сняты со своих должностей и отозваны Комитетом общественного спасения. Эрнуф был арестован по подозрению в контрреволюции, но был восстановлен в звании в конце эпохи террора, после падения якобинской диктатуры. После этого он был назначен начальником штаба Мозельской (активный участник битвы при Флерюсе), а затем Самбро-Мааской армии. Эрнуф также занимал несколько административных должностей, в том числе участвовал в разработке военных топографических карт.