הדיונים על יישום המעבר הבטוח נמשכו מספר שנים. בהסכם וואי, שנחתם ב-23 באוקטובר 1998, סוכם כי "השיחות על המעבר הבטוח יחודשו ויעשה מאמץ לסיימן, לגבי הנתיב הדרומי, תוך שבוע מכניסת ההסכם לתוקף". בהסכם שארם, שנחתם ב-4 בספטמבר 1999, סוכם בין השאר גם על הקמת המעבר הבטוח וב-6 באוקטובר 1999 נחתם "פרוטוקול המעבר הבטוח" בין ישראל והרשות הפלסטינית, שבעקבותיו נפתח המעבר ב-26 באוקטובר. המעבר הבטוח פעל למשך שנה, עד לפרוץ האינתיפאדה השנייה. הנסיעה בו הייתה על גבי כבישים ישראליים לאורך 47 קילומטרים בין מחסום ארז בעזה לבין מחסום תרקומיא באזור יהודה. במסגרת יישומו הייתה אמורה להתפרס מערכות של מצלמות בצידי הכבישים, כחלק ממערך צפייה ושליטה ומרכז בקרה ראשי בבית דגן ומרכז גיבוי בקרית גת. ביוני 2001 זכתה חברת סימנס במכרז להקמתו. לאחר סגירתו תושבי עזה שעברו באמצעותו ליהודה ושומרון, הוכרזו על ידי מדינת ישראל כשוהים לא חוקיים