В 1917 году Константин Треффнер, двоюродный брат Хуго Треффнера, стал директором школы. Во время германской оккупации Эстонии в 1918 году школа перешла на преподавание на эстонском языке. В том же году гимназия Хуго Треффнера была объединена с Александровской гимназией Тарту, а в феврале 1919 года школа переехала в новое здание, где она и находится по сей день. Во время слияния школа приобрела инвентарь и библиотеку Александровской гимназии. В годы Эстонской освободительной войны 230 учащихся гимназии Хуго Треффнера были призваны в армию, семеро из них погибли в боях.