Восени 1941 року Рейх вжив радикальних кроків у протектораті. Керманича SS Рейнхарда Гейдріха було призначено заступником рейхпротектора Богемії і Моравії. Прем'єр-міністра Алоїза Еліаша було заарештовано, а потім розстріляно, чеський уряд реорганізовано і всі чеські культурні установи було закрито. Гестапо розпочало арешти і страти. Було організовано висилку євреїв до концтаборів, місто Терешин було перетворено на гетто. 4 червня 1942 Гейдріх помер від поранення під час Операції Антропоїд. Наступник Гейдріха, генерал-полковник Курт Далюге, розпочав масові арешти, страти і руйнування селищ Лідице і Лежакі. 1943 року допомога вермахту була збільшена. Під головуванням Карла Германна Франка, німецького державного міністра Богемії і Моравії, приблизно 350 000 чеських робітників було відіслано до Рейху. В межах протекторату всю невійськову промисловість було заборонено. Більшість чехів підкорились і лише в останні місяці війни вступили до руху опору.