Il s’en revint à Buenos Aires en compagnie du même Rivadavia et, tout en appuyant la présidence de celui-ci dans la presse, exerça comme chef de cabinet du ministère de l’intérieur. Le président le dépêcha à la Province Orientale, où il exigea du congrès de Florida acte de soumission complète au gouvernement national, moyennant quoi des renforts seraient envoyés audit congrès pour l’assister dans sa guerre contre l'empire du Brésil. Les efforts de Núñez eurent pour effet que le Congrès oriental et le gouvernement provisoire de la province décidèrent d’inclure en leur sein plusieurs politiciens unitaires, partisans de Rivadavia.