Herttua Juhanan vanhemmat olivat kuningas Juhana III ja tämän toinen puoliso kuningatar Gunilla Bielke. Lapsesta saakka sairaalloiselle Juhanalle ei kaavailtu merkittävää asemaa, mutta hänelle annettiin yksivuotiaana vuonna 1590 isälleen aikanaan kuulunut Suomen herttuan arvo. Hän oli viimeinen tätä arvonimeä käyttänyt henkilö, mutta ei missään vaiheessa hallinnut Suomea läänityksenään. Hän sai samalla myös Ahvenanmaan ja Bråborgin kreivin arvon. Juhana menetti jo lapsena molemmat vanhempansa ja jäi valtataistelun jalkoihin. Kuninkaaksi tuli hänen setänsä Kaarle IX, joka näki hänessä mahdollisen kilpailijan, sillä Juhana oli kruununperimyksessä Kaarlea edellä. Vuoden 1604 Norrköpingin valtiopäivillä 15-vuotias Juhana painostettiin kieltäytymään kuninkuudesta ja myös luopumaan Suomen herttuan arvosta. Hänelle annettiin sen sijaan vähemmän tärkeä Itä-Götanmaan herttuakunta. Juhana vahvisti kieltäytymisensä Ruotsin kruunusta kun Kaarle IX:n kuoltua kuninkaaksi tuli vuonna 1611 tämän poika Kustaa II Aadolf.