После завершения игровой карьеры Нисимура стал тренером в клубе «Мацусита» в 1991 году. В 1999 году он стал главным тренером . Он руководил командой на молодежном чемпионате мира 2001 года в Аргентине, где сборная заняла последнее место в группе. И уже в сентябре Нисимура перешел на работу в «Сересо Осака». В декабре он сменил в тренерском кресле , и привел клуб к финалу Кубка Императора. В октябре 2003 года он был уволен. В 2004 году он подписал контракт с «Киото Санга», но был уволен уже в июне. После долгого перерыва Нисимура тренировал клуб региональной лиги «» с 2014 по 2016 год.