Godoy musste das erschöpfte Spanien 1803 durch einen weiteren ungünstigen Vertrag mit Frankreich zum Krieg gegen Großbritannien verpflichten, in dem am 22. Juli bei Kap Finisterre und am 20. Oktober 1805 bei Trafalgar die spanische Flotte zerstört wurde. In der Bevölkerung regte sich Protest gegen Godoy, dessen geheime Diplomatie Kontakte zu Frankreichs Gegner Preußen anknüpfte. Diese Pläne wurden jedoch obsolet, als Preußen 1806 gegen Napoleon unterlag. Als sich Godoy am 27. Oktober 1807 mit Frankreich im Vertrag von Fontainebleau gegen Portugal verbündete – er selbst wollte im Süden des Landes souveräner Prinz der Algarve werden – und Napoleon seine Truppen einrücken ließ, kam es am 18. März 1808 in Aranjuez zu einer Volkserhebung. Godoy wurde gestürzt und nur durch Eingreifen eines französischen Generals davor bewahrt, gelyncht zu werden. Der König dankte am 19. März zu Gunsten seines Sohnes Ferdinand ab. Als Ferdinand VII. hielt dieser zwar am 24. März 1808 seinen Einzug in Madrid, doch sein Vater musste in einem Schreiben an Napoleon seine Thronentsagung als erzwungen zurücknehmen. Der Kaiser zitierte die Königsfamilie nach Bayonne, wo Ferdinand am 5. Mai zu Gunsten seines Vaters auf die Krone verzichtete. Karl trat seine Rechte sogleich an Napoleon ab. Dieser wiederum ernannte seinen Bruder Joseph Bonaparte am 6. Juli 1808 zum König von Spanien.