В 364 году до н. э. в черноморские проливы прибыла фиванская эскадра под командованием Эпаминонда, и Византий вышел из Второго афинского морского союза, решив в дальнейшем опираться на поддержку влиятельных Фив (из союза вышли также Хиос, Родос и Митилена). Однако Афины выслали к непокорному городу большой флот под командованием Тимофея и силой вернули Византий в лоно союза. С тех пор отношения Афин и Византия перестали быть дружественными, афинянам приходилось регулярно посылать в проливы свои военные суда для охраны морских караванов с зерном (о напряжённых отношениях между бывшими союзниками говорит тот факт, что даже военный флот Афин перебазировался из гавани Византия в порт Иерон на азиатском берегу Босфора). Формально находясь в составе Афинского союза, Византий проводил профиванскую политику и даже после крушения фиванской гегемонии всячески пытался помочь Фивам (во время Третьей Священной войны Византий финансировал беотийцев в их борьбе с фокидянами).