Следующий раз до четвертьфинала Большого шлема Матковский добирается в мае 2016 года на Открытом чемпионате Франции в альянсе с Леандром Паесом. На Олимпийских играх в Рио-де-Жанейро Матковский выступил с Лукашом Куботом и их пара проиграла во втором раунде. В октябре на турнире в Токио Марцин выиграл первый за два года титул АТП, сделав эту победу в альянсе с испанцем Марселем Гранольерсом. По итогам 2016 года Матковский 14-й сезон подряд занял место в Топ-100 мирового парного рейтинга.