לאחר מסע האלף בראשות גריבלדי הודח פרנצ'סקו השני, מלך שתי הסיציליות מהשלטון, וממלכת שתי הסיציליות אוחדה עם ממלכת סרדיניה, והוקמה ממלכת איטליה. בעקבות כך ברחו פרנצ'סקו ומריה איזבלה יחד עם שאר המשפחה לרומא, ובהמשך עברו להתגורר בצרפת. בשנת 1892 מת בעלה פרנצ'סקו, רוזן טראפאני בפריז, וב-14 ביולי 1901 מתה מריה איזבלה בביתה בלוצרן שבשווייץ.