Nach der Besetzung Norwegens durch die deutsche Wehrmacht wurde die "Bali" im Juli 1940 von der Kriegsmarine beschlagnahmt. Sie wurde umgebaut, mit zehn kleinen Motorpinassen zum Minenräumen und mehreren Flugabwehrkanonen ausgestattet und am 26. März 1941 unter der Bezeichnung "MRS 3" und ihrem bisherigen Namen als sogenanntes Minenräumschiff, eigentlich als Mutterschiff von zehn Minenräumpinassen, im Befehlsbereich des Admirals der norwegischen Nordküste in Dienst gestellt. Das Schiff führte selbst keine Minenräumarbeiten aus, sondern setzte zu diesem Zweck die kleinen, auf Deck mitgeführten Pinassen aus, für deren Besatzungen es als Wohnschiff diente. Neben Minenräumaufgaben wurde die "Bali" auch zum Geleitschutz in Nordnorwegen eingesetzt. Dabei entging sie am 7. November 1941 einem Torpedoangriff des britischen U-Boots "Trident" nördlich des Laksefjords bei , östlich des Nordkaps.