Успешно действовал во время весеннего наступления Русской армии, за что был произведён в генерал-майоры. Участвовал в неудачной для белых Челябинской операции, смог сохранить боеспособность своих войск. За успешные бои на Тоболе в сентябре 1919 был награждён орденом Св. Георгия 4-й степени (11.09.1919). За боевые отличия Верховный правитель А. В. Колчак вручил Ижевской дивизии Георгиевское знамя, к знаменам ряда полков прикрепил Георгиевские кресты. Во время Великого Сибирского Ледяного похода командовал арьергардом 3-й армии, прикрывал отступление основных сил генерала В. О. Каппеля. Смог прорваться по льду р. Енисей к деревне Подпорожье, расположенной выше по течению на реке Кан, притоке Енисея, на 108 км ниже Красноярска, где соединился с основными силами белых, отступавших на восток. Когда после смерти Каппеля командование принял генерал С. Н. Войцеховский, Молчанов возглавил авангард белых войск.