Nel 1979, l'HSCA (comitato per le indagini sugli omicidi), che aveva riaperto le indagini sull'assassinio del presidente Kennedy, dichiarò che Hoover « [...] non aveva indagato adeguatamente sulla possibile cospirazione tesa all'uccisione del presidente». L'HSCA aggiunse che Hoover « [...] fu restio nel comunicare le informazioni in suo possesso agli altri organismi e dipartimenti». In conseguenza di ciò abbondano le teorie cospirative relativamente alla negligenza di Hoover nello svolgimento delle sue funzioni relativamente all'omicidio Kennedy.