Pada pertengahan abad ke-12, arah angin dalam Perang Salib mulai berubah. Dunia Islam semakin bersatu di bawah pimpinan tokoh-tokoh yang cakap memimpin semacam Saladin. Selisih pendapat muncul di antara faksi-faksi Kristen di Tanah Suci sehubungan dengan Tanah Suci itu sendiri. Kesatria Kenisah kadang-kadang bersitegang dengan dua tarekat militer lainnya, yakni Kesatria Penyantun dan Kesatria Teuton. Silang sengketa antarkawan sekubu selama berpuluh-puluh tahun membuat pihak Kristen menjadi lemah, baik di bidang politik maupun di bidang militer. Setelah Kesatria Kenisah dikerahkan dalam beberapa kali aksi militer yang berakhir dengan kekalahan di pihak Kristen, antara lain Pertempuran Hittin, Yerusalem akhirnya kembali jatuh ke tangan bala tentara Muslim yang dipimpin oleh Saladin pada tahun 1187. Kaisar Romawi Suci, Friedrich II, berhasil merebut kembali kota Yerusalem dari tangan kaum Muslim dalam Perang Salib VI pada tahun 1229, tanpa pengerahan Kesatria Kenisah, tapi hanya sanggup menguasai kota itu selama satu dasawarsa lebih beberapa tahun. Pada tahun 1244, wangsa Al-Ayyubi bersama para prajurit bayaran Khawarizmi berhasil merebut kembali kota Yerusalem. Semenjak saat itu, kota Yerusalem lepas dari kekuasaan bangsa Eropa sampai akhirnya direbut oleh bangsa Inggris dari Kekaisaran Turki Utsmaniyah pada tahun 1917, dalam Perang Dunia I.