Essendo emofiliaco, da bambino von Hagens passò sei mesi in ospedale. Sembra che sia stato questo periodo di terapia ad avergli stimolato l'interesse verso le scienze mediche, che incominciò a studiare nel 1965 all'Università di Jena. Durante gli anni all'università, il giovane Gunther ha cominciato a porsi domande sul comunismo e sul socialismo, allargando le proprie conoscenze politiche attraverso fonti di informazione non comuniste. Partecipò, inoltre, alle proteste studentesche contro l'invasione della Cecoslovacchia da parte delle truppe del Patto di Varsavia. A gennaio del 1969 si spostò attraverso la Bulgaria e l'Ungheria fino al confine cecoslovacco con l'Austria, che tentò di oltrepassare l'8 gennaio dello stesso anno. Dopo aver fallito fece altri tentativi, ma fu arrestato e condannato a due anni di prigione.