Trotz Unterstützung aus Deutschland erlangte die DNSAP bei der Wahl zum Folketing 1939 lediglich drei von 148 Mandaten. Nach der deutschen Besetzung Dänemarks im April 1940 hoffte Clausen, bald die Regierung des Landes übernehmen zu können. Zwar wurden er und seine Partei weiterhin von deutscher Seite unterstützt, andererseits unterließ die deutsche Führung zu große Eingriffe in die dänische Innenpolitik, um den Widerstand der Bevölkerung nicht anzufachen. So ließ die Besatzungsmacht 1943 eine verhältnismäßig freie Wahl zum Folketing zu. Diese wurde für die DNSAP zu einem Fiasko, während die demokratischen Parteien bei extrem hoher Wahlbeteiligung die volle Unterstützung der Wählerschaft erhielten. Innerhalb der Partei hielt man Clausen danach nicht mehr für geeignet.