Den 29 november 2010 meddelade Finlands bollförbund att Kanerva tillfälligt skulle ta över huvudansvaret för det finska fotbollslandslaget tills de hittat en permanent förbundskapten. Under Mixu Paatelainens tid som förbundskapten agerade Kanerva assisterande tränare. Då Paatelainen fick avgå efter att misslyckats med att kvalificera Finland för EM slutspelet 2016 blev Kanerva återigen tillförordnad förbundskapten. I december 2016 blev rollen som förbundskapten permanent för Kanerva. I november 2019 blev han historisk när Finland, för första gången någonsin, lyckades kvala till EM.