Arménské síly obsadily Agdam v červenci 1993 během první války v Náhorním Karabachu. Ázerbájdžánské obyvatelstvo bylo z města vyhnáno. Arméni, aby odradili Ázerbájdžánce od návratu, zničili většinu města. Během arménské okupace bylo město opakovaně vypleněno, vše cenné bylo vyvezeno do Arménie a domy rozebrány na stavební materiál. V rámci dohody, která ukončila válku v Náhorním Karabachu v roce 2020, byly ruiny města a celý agdamský rajón dne 20. listopadu 2020 vráceny pod ázerbájdžánskou kontrolu.