வாஜ்பாய் அரசின் ஆட்சிக்காலத்தில், பொக்ரான்-II என்ற பெயரில் மே 1998 இல் ஐந்து அணு வெடிப்புச் சோதனைகள் நிகழ்த்தப்பட்டது மட்டுமின்றி பல முக்கிய ஏவுகணைகளும் சோதனை செய்யப்பட்டது. வாஜ்பாய் அரசு, இந்தியக் கட்டுப்பாட்டில் உள்ள கஷ்மீரை ஆக்கிரமத்த பாகிஸ்தான் ராணுவத்தை வெளியேற்ற அனைத்து வழிகளையும் கையாள இந்திய ராணுவத்திற்கு உத்தரவிட்டது. இதுவே தற்போது கார்கில் போர் என்று அறியப்படுகிறது. பாகிஸ்தானின் ஊடுருவலை காலதாமதமாகக் கண்டறிந்தமைக்காக அரசின் உளவுப் பிரிவு விமர்சிக்கப்பட்டாலும், அதன் பின்னர் அரசு எடுத்த உறுதியான நடவடிக்கைகளும் அதில் ராணுவம் கண்ட வெற்றியும் வாஜ்பாய் அரசுக்குப் புகழ் சேர்த்தது. இந்திய நாடாளுமன்றத்தின் மீது 2001 இல் தீவிரவாதத் தாக்குதல்கள் நடத்தப்பட்டபோது, வாஜ்பாய் அரசு, ராணுவத்தை இந்திய-பாகிஸ்தான் எல்லையில் குவித்தது.