La Guerra de la Independencia supuso un importante momento en la provincia ya que la costa se convirtió en elemento esencial en muchos aspectos. En 1810 Andalucía fue invadida por lo que la Junta Suprema de Sevilla debió trasladarse a Ayamonte. El conflicto fue permanente en la zona, sobre todo por las numerosas escaramuzas del ejército español a cargo de las tropas de militares como Francisco Copons y Navia, Francisco Ballesteros, Luis Lacy o José de Zayas. El Puerto de Huelva permitió además abastecer la ciudad de Cádiz durante el asedio y el desembarco de tropas. Ese mismo año los puertos de Huelva y de Moguer fueron atacados por el Duque de Aremberg en un episodio que supuso numerosas bajas y la captura de un convoy de abastecimiento a Cádiz, ataque al que se le sumó otro más, en el mes de octubre, al pequeño destacamento español en Huelva.