На президентских выборах 1996 года Проханов поддерживает кандидатуру кандидата от КПРФ Геннадия Зюганова. В 1997 году становится соучредителем Агентства патриотической информации. Дважды — в 1997 и 1999 годах подвергался нападениям неизвестных.