W 1998 roku Sono został selekcjonerem drużyny „Bafana Bafana” w miejsce Philippe Troussiera zwolnionego tuż przed Pucharem Narodów Afryki 1998. Zespół Jomo Sono doszedł do finału, gdzie dopiero zatrzymał go Egipt. Uznano to za niezwykły wyczyn biorąc pod uwagę że Sono prowadził kadrę od niedawna i nie miał wiele czasu na przygotowania do turnieju.