Nel 1932 l'azienda è stata acquistata dalla Robert Bosch GmbH e dal 1936 si specializzò anche nella produzione di motori aeronautici. Nel Marzo del 1933 Hugo Junkers fu definitivamente espropriato ed estromesso dalla sua azienda per iniziativa del commissario all'aviazione Herrmann Goering. Goering giudicava Junkers "politicamente inaffidabile". Il nome Junkers è ben noto in associazione ai velivoli prodotti per la Luftwaffe e la Deutsche Luft Hansa (DLH) nel periodo antecedente e durante tutta la seconda guerra mondiale. I velivoli progettati sono stati determinanti in molte campagne, come gli sbarchi di truppe aviotrasportate su Creta (si veda Battaglia di Creta) con lo &lt;a href="Junkers%20Ju%2052"&gt;Ju 52/3m&lt;/a&gt; "Tante Ju", o i massicci bombardamenti (Guernica ad esempio) condotti dagli Ju 87 Stuka durante la guerra civile spagnola.