После провозглашения независимости в 1992 году, флаг, утверждённый 7 марта того же года Республики Босния и Герцеговина представлял собой белое полотнище с синими полосами по бокам и с помещённым в центр гербом Республики Босния и Герцеговина — синим щитом с шестью золотыми лилиями и диагональной белой полосой. Однако уже 4 мая того же года полосы были убраны. Во время Боснийской войны этот флаг использовался боснийскими мусульманами и правительством РБиГ на контролируемых территориях. Какое-то время использовался зелёно-красно-синий триколор, символизировавший соответственно боснийцев, сербов и хорватов.