Foran 1999-sesongen skiftet Ralf Schumacher til laget Williams-Supertec og havnet på podiet tre ganger. Med den nye kraftigere BMW motoren var sesongen, 2000 for mange en skuffelse ettersom Schumacher ikke greide mer enn å kopiere antallet podium fra året før. 2001 sesongen var bedre, med tre seiere, i San Marinos Grand Prix, Canadas Grand Prix og på hjemmebane i Tysklands Grand Prix. I 2002-sesongen vant Ralf Malaysia Grand Prix i en sesong der storebror Michael og Ferrari regjerte pallen fullstendig. 2003-sesongen var den beste sesongen til Ralf Schumacher som vant to løp og endte på en femteplass i sammendraget. Med resultatene til lagkameraten Juan Pablo Montoya var dette også en bra sesong for Williams, som ble nummer to i konstruktørmesterskapet for andre gang på rad. 2004-sesongen var tøff for Schumacher. I USAs Grand Prix punkterte han i 290 km/t og gikk rett i en murvegg. Dermed var han ute av Formel 1 for flesteparten av de gjenstående løpene.