Shojaei maakte zijn debuut in het Iraans voetbalelftal op 17 november 2004. Op die dag werd een WK-kwalificatieduel tegen Laos met 7–0 gewonnen. De middenvelder mocht in de tweede helft invallen. Zijn eerste interlanddoelpunt maakte Shojaei op 28 maart 2009, toen hij in een met 1–2 verloren interland tegen Saoedi-Arabië de score opende. Met Iran nam Shojaei deel aan de Aziatische kampioenschappen in 2011 en in in 2015. In het laatstgenoemde toernooi maakte hij op 11 januari 2015 in de eerste groepswedstrijd tegen Bahrein het beslissende doelpunt (2–0 in de 71ste minuut, 2–0 winst).