Након немачког напада на Пољску у септембру 1939. западну Галицију су окупирали Немци. Совјетске снаге су запоселе источну Галицију, док су 1. новембра Украјинској ССР прикључили град Пшемисл и крајеве источно од реке Сан. Ова подела сфера интереса у Галицији је спроведена по одредбама Пакта Рибентроп-Молотов. Од 1941. до 1944. цела Галиција је под немачком окупацијом, формално прикључена Генералом губернаторству. Совјети су уочи евакуације Галиције масовно ликвидирали групе својих политичких противника, да би затим нацисти на овом подручју предузели мере за гетоизацију и ликвидацију локалних Јевреја. Већина галицијских Јевреја убијена је у логору Белзец. С обзиром на аустроугарске традиције ове области, Немци нису спроводили терор према локалном пољском и украјинском становништву. Током рата постојали су мањи оружани сукоби између герилских снага Организације украјинских националиста, Армије крајове и Совјетских партизана. Неки галицијски Словени су се придружили немачкој СС дивизији Галиција.