В начале XVII века к архипелагу стали проявлять интерес голландцы, и поэтому в середине XVII века в борьбу за архипелаг включились власти империи Мин. С 1626 по 1658 года архипелагом управлял Чжэн Чжилун (ставший командующим китайским флотом). В 1661 году сын Чжэн Чжилуна Чжэн Чэнгун прогнал голландцев с островов, и они вошли в состав государства семьи Чжэн. В 1683 году после битвы за архипелаг Пэнху государство семьи Чжэн сдалось Цинской империи, и эти острова стали частью провинции Фуцзянь. В 1727 году здесь был образован Пэнхуский комиссариат (澎湖廳), подчинённый Тайваньской управе (台灣府). В 1885 году в ходе франко-китайской войны острова были захвачены французскими войсками, и возвращены Цинской империи в соответствии с условиями завершившего войну мирного договора. В 1887 году остров Тайвань был выделен в отдельную провинцию, и острова перешли в её состав.