Duarte, eigentlich angestellt beim indonesischen Roten Kreuz, engagierte sich im Kampf gegen die indonesischen Invasoren. Er versorgte die Widerstandskämpfer mit Medikamenten. 1991 versteckte er, mit anderen zusammen, in seinem Wohnhaus in Taibesi-Culu Hun, im Osten der osttimoresischen Hauptstadt Dilis, zwölf Tage lang Xanana Gusmão, den Führer des militärischen Widerstands. Nach dem Santa-Cruz-Massaker an osttimoresischen Demonstranten durch das indonesische Militär, wurde Duarte verhaftet und außerhalb Dilis gefangen gehalten. Dabei wurde er auch Opfer von Folter. Auch zwei Söhne von Duarte beteiligten sich an der Demonstration, die in dem Massaker endete. Ende 1998 war Duarte wieder aus dem Gefängnis entlassen worden und begann gleich wieder von Häuserdächern aus Reden an die Bevölkerung zu halten. Am 30. August 1999 konnten die Osttimoresen in einem Referendum sich für die Unabhängigkeit von Indonesien aussprechen. In einer letzten Gewaltwelle überzogen Milizen und indonesische Sicherheitskräfte das Land nochmals mit Tod und Zerstörung. Duarte verschwand im September 1999 in diesen Wirren und kam dabei vermutlich ums Leben.