Kaudella 2007–2008 Mäkäräinen oli ampumahiihdon maailmancupissa kahdesti palkintokorokkeella. Hän oli toinen sprinttikilpailussa Slovenian Pokljukassa ja kolmas takaa-ajokilpailussa Saksan Ruhpoldingissa. Kaudella 2008–2009 hän sijoittui Anterselvassa toiseksi takaa-ajokilpailussa ja yhteislähdössä. Kaudella 2009–2010 Mäkäräinen oli kolmas Östersundin sprintissä.