Em seguida, já com o prestígio recuperado, Eisenstein começa "Ivã, o Terrível" (sobre o czar Ivan IV), que deveria ter três partes. Rodado entre 1942 e 1944, o filme recebeu a aprovação de Stalin para a primeira parte, e rendeu ao realizador o Prêmio Stalin, em 1945. Na segunda parte, concluída em 1946, o czar Ivan não é mais descrito como um herói, mas como um tirano paranóico. A terceira parte, iniciada em 1946 e deixada inacabada, foi confiscada e parcialmente destruída. A segunda parte tem cenas coloridas (a celebração final), graças a uma recuperação de películas Agfacolor alemãs, após a derrota de Stalingrado. Quando Stalin descobre a segunda parte de Ivan, decide imediatamente proibi-la. Eisenstein é censurado pela forma como havia representado a guarda pessoal de Ivan. O filme havia sido considerado como uma crítica velada a Stalin e ao culto à personalidade. "Ivã, o Terrível " encerra a carreira de Eisenstein. O filme só foi lançado na União Soviética em 1958.