In 1567 trok Vargas onder Alva naar de Spaanse Nederlanden om de opstand te bedwingen. Hij toonde moed in de campagnes tegen Willem van Oranje en Lodewijk van Nassau, onder meer in het beleg van Groningen en in de Slag bij Jemmingen. Toen het na Oranjes eerste invasie kalmer werd, keerde hij weer naar Spanje. Hij greep naast enkele promoties en was in april 1574 terug in de Nederlanden, net op tijd voor de Spaanse zege in de Slag op de Mookerheide. Onder de nieuwe landvoogd Requesens maakte hij verder carrière, hoewel hij voor Alva steeds een bijzondere trouw voelde. Hij kreeg een zitje in de Oorlogsraad en werd kapitein-generaal van de lichte cavalerie, zijn eerste grote commando.