一方、日本軍の台湾防空体制は手薄だった。日中戦争勃発間もない1937年8月に大本営から台湾の防空が下令されて戦闘機1個中隊・高射砲2個中隊が展開したものの、翌1938年11月には警戒態勢が緩和された。太平洋戦争開始後もフィリピン攻略が終わると台湾は後方拠点となったため、防衛戦力はほとんど置かれなかった。1943年3月に中国大陸での連合国航空部隊の活動活発化に対抗して日本陸軍の飛行第54戦隊の1個中隊が台湾へ進出したが、この唯一の戦闘機隊もパレンバン油田の防空のため同年9月に転進してしまった。教育航空部隊は多数が存在し、の新竹海軍航空隊だけで定数105機の九六式陸上攻撃機を保有した。対空警戒レーダーとしては大屯山に超短波警戒機乙が一応配備されていたが、低空目標の探知は困難であった。