10 maja 1945 przyjechał do Pragi i objął oficjalnie urząd wicepremiera w rządzie premiera Zdenka Fierlingera. Został też przewodniczącym Frontu Narodowego Czechów i Słowaków. Po zwycięstwie Komunistycznej Partii Czechosłowacji w wyborach parlamentarnych w 1946 Gottwald objął urząd premiera. W lutym 1948 doprowadził do przejęcia władzy dyktatorskiej przez komunistów przy zachowaniu fasady systemu wielopartyjnego. 14 czerwca 1948, po rezygnacji Edvarda Beneša, został prezydentem Czechosłowacji.