Nach dem Tod seines Bruders Anne de Joyeuse in der Schlacht von Coutras, befahl Papst Sixtus V. die Entbindung Antoines von seinen Gelübden als Hospitalier und brachte ihn in das weltliche Leben zurück, um das Erlöschen seiner Familie zu verhindern. Antoine wurde der zweite "Herzog von Joyeuse" von 1590 bis 1592 und wurde sodann zum Oberbefehlshaber der katholischen Armeen im Midi.