En 1984, il remporte la médaille d'argent du 200 mètres lors des Jeux olympiques de Los Angeles derrière son compatriote Carl Lewis. Il établit à cette occasion le meilleur temps de sa carrière sur la distance en 19 s 96. L'année suivante, il réalise le doublé 100/200 m lors des Championnats des États-Unis d'Indianapolis en respectivement 10 s 11 et 20 s 11. Lors de cette même saison 1985, Kirk Baptiste remporte l'épreuve du relais 4 × 100 mètres de la Coupe du monde des nations de Canberra aux côtés de ses coéquipiers Harvey Glance, Calvin Smith et Dwayne Evans.