Niewiele wiadomo o historii Tarahumara przed wylądowaniem Hiszpanów w Nowym Świecie. Właściwie wszystkie informacje pochodzą z relacji misji jezuickich w XVI i XVII wieku. Najstarsze znane znaleziska z gór Sierra Madre, gdzie obecnie zamieszkuje plemię Tarahumara, datowane są na 15 tys. lat. Należały one do prehistorycznej kultury Clovis, dawnych mieszkańców tych terenów. Pradawni Tarahumara byli kulturą plemienną rozbitą na mniejsze grupy. Ich gospodarka oparta była na uprawie kukurydzy i dyni oraz polowaniach. Tarahumara mieli styczność z misjonarzami jezuickimi. Pierwszy kontakt nastąpił w 1606 roku, a w 1632 roku misjonarze jezuiccy przybyli do wioski na stałe. Proces ewangelizacji nie spotkał się jednak z przychylnością ludności rdzennej. Wybuchły protesty, w wyniku których zginęło dwóch mnichów. Spowodowało to represje ze strony rządu Nowej Hiszpanii. W tym czasie wielu Indian uciekło z zamieszkiwanych wcześniej terenów i osiedliło się w górach obecnego stanu Chihuahua. Oprócz represji związanych z niechęcią Tarahumara do przyjęcia chrześcijaństwa, byli oni gnębieni przez Hiszpanów w inny sposób. Tereny, które zamieszkiwali, były bogate w miedź, przez co Tarahumara byli zmuszani do niewolniczej pracy w kopalniach i na innych polach ekspansywnej gospodarki prowadzonej w Nowym Świecie. Aby uniknąć katorżniczej pracy na polach i w kopalniach, uciekali w coraz to wyższe partie gór.