Johan var till skillnad från sin bror religiöst orienterad och ekonomiskt sinnad. Han införde reformationen i sitt markgrevskap vid tillträdet. 1538 gick han med i Schmalkaldiska förbundet men tvingades genom sin släkts politiska band att i det Schmalkaldiska kriget ändå gå med på kejsaren Karl V:s sida. Från kejsaren erhöll han en försäkran om religionsfrihet i Neumark.