La zona de Cajamarca ya había sido habitada en el pasado durante el imperio inca, cuando ya se consideraba como un centro poblado importante. En el valle de la actual Cajamarca se desarrolló la cultura Caxamarca, la cual pasó a ser parte integrante del imperio Inca antes de la llegada de los españoles. En 1532 se produjo en este lugar la captura del inca Atahualpa durante la conquista del Perú. En la época del Imperio Español mantuvo su categoría de villa hasta el 19 de diciembre de 1802, poco antes de la independencia, cuando empezó a ser considerada ciudad y recibió su escudo de armas.