Nach dem Einmarsch der Nordarmee im Sechsten Koalitionskrieg 1813 verließ Friedrich Christian Boock sein Gut und stellte sich an die Spitze einer Kommission zur Einrichtung eines Magazins für Lebensmittel und Fourage in Eckernförde, wodurch Plünderungen vermieden werden sollten. Nach dem Kieler Frieden am 14. Januar 1814 verpachtete er das Gut Hohenlieth schließlich, das in der Nähe des Schlachtfeldes der Schlacht bei Sehestedt zwischen Dänen und Schweden sehr gelitten hatte und zog mit seiner Familie nach Schleswig und war hier ab 1815 als Justitiar tätig. F. C. Boock war zeitweise auch Ältermann der allgemeinen adeligen Schleswig-Holsteinischen Brandgilde und bekleidete das Amt eines Sekretärs, also Geschäftsverwalters, dieser Institution. Auch in dieser Funktion genoss er hohes Ansehen.