Jón Arnar Magnússon (s. 28. heinäkuuta 1969 Selfoss) on islantilainen entinen yleisurheilija, joka kilpaili moniotteluissa. Hän edusti seuratasolla Ungmennasamband Skagafjarðaria. Jón Arnarin parhaat saavutukset tulivat sisäradoilla kilpailtavasta seitsenottelusta, jossa hän voitti MM-kisoista hopeaa vuonna 2001 ja pronssia vuonna 1997 sekä EM-kilpailuista pronssia vuoden 1996 kisoissa. Hän osallistui kymmenottelussa olympialaisiin kolmesti vuosina 1996–2004. Jón Arnar sijoittui kahdenneksitoista Atlantan kisoissa 1996, mutta joutui keskeyttämään kilpailunsa vuosina 2000 ja 2004.