En 2005 il fut candidat indépendant à l'élection présidentielle croate. Au cours de la campagne électorale il déclara être en contact avec général fugitif Ante Gotovina. Une enquête montra par la suite que ses propos étaient en fait complètement dénués de fondement. Ljubo Ćesić finit sixième au premier tour avec 1,85 % des suffrages exprimés et quitta le HDZ définitivement.