In den 1880er und 1890er Jahren wurde der gesamte Türkisch-Ägyptische Sudan von der islamischen, antikolonialen Mahdi-Bewegung erfasst, die ihre Wurzeln und ihren Haupteinfluss naturgemäß im islamischen Norden hatte. Der Südsudan bildete den südlichsten Ausläufer des Herrschaftsgebiets der Mahdisten, das Kalifat von Omdurman jedoch, dass das gefestigte Staatsgebiet der Mahdisten umfasste, endete an der Nordgrenze des Südsudan, der damit weitgehend sich selbst überlassen blieb – abgesehen von den Aktionen der Sklavenjäger, da im Kalifat der Sklavenhandel wieder erlaubt war. Mit der Schlacht von Omdurman endete endgültig 1898 der Türkisch-Ägyptische Sudan als Kolonialmacht des Südsudan. An seine Stelle trat die britische Kolonialherrschaft.