Pela Seleção Senegalesa de Futebol, Cissokho fez sua estreia em 2002. Preterido para a Copa Africana de Nações realizada no mesmo ano, foi convocado para a Copa do Mundo sediada conjuntamente por Coreia do Sul e Japão, como terceiro goleiro - consequentemente, não entrou em campo nas cinco partidas disputadas pela seleção, na época treinada pelo francês Bruno Metsu.