Tuvo un destacado papel en la Guerra de las Escuelas, especialmente en la Batalla de La Garrapata. El 22 de marzo de 1879, fue elegido por el Congreso Federal como uno de los ocho "generales en disponibilidad", entre quienes debía elegirse el . Entres los demás candidatos también se listaban a destacados militares como Santos Acosta y Gabriel Vargas Santos, todos reconocidos líderes militares del país. Ese año también se postula como candidato a la presidencia estatal de Tolima, enfrentándose al conservador Didacio R. Delgado, quien tras perder las elecciones invade a Tolima desde Cundinamarca para tomar el poder por la fuerza. Santos es electo y se posesiona el 16 de diciembre de 1879 en Ambalema aduciendo que el orden público estaba turbado y por eso podría posesionarse en otra ciudad distinta a la capital estatal.