1963年7月，肯尼迪在越南面临了一个「吴廷琰危机」。南越是個佛教徒為主的國家，但南越領導人吴廷琰篤信天主教，對佛教歧視且迫害，屠殺了信奉佛教的示威者，引爆了佛教徒危機，怨聲載道。楊文明等將軍们發動了1963年政變殺死了吴廷琰，由楊文明取而代之。而美國政府同意政變的行動。肯尼迪同意了对吴廷琰政权的推翻，其中一个原因就是他担心吴廷琰可能会和中立政府（包括共产主义者在内）谈判，类似的事曾经在1962年在老挝发生过。国务卿迪安·腊斯克曾经说过，“对中立的妥协……就等于投降。”