Na zajętych terenach, niezależnie od władz PKWN działała Armia Czerwona i służby bezpieczeństwa ZSRR (NKWD, Smiersz). Zgodnie z umową zawartą przez PKWN z rządem ZSRR żołnierze i funkcjonariusze radzieccy pozostawali poza zasięgiem polskiego prawa, zaś NKWD aresztowało osoby związane z Armią Krajową i innymi organizacjami niepodległościowymi oraz polskim rządem na uchodźstwie, organizowało ich wywózki do łagrów na terenie ZSRR oraz współdziałało z „ludowymi” władzami, nadzorując je poprzez sieć tzw. doradców. NKWD miało sieć własnych obozów. Przypuszcza się, że w tego typu obozach w latach 1944–1950 zginęło około 25 tysięcy osób. W lipcu 1945 NKWD aresztowało ok. 2000 osób w okolicach Gib podczas tzw. obławy augustowskiej, 600 z nich nie powróciło; nie odnaleziono także ich grobów. Wiele z nich zostało zamordowanych i pochowanych w tajemnicy. Ciała wielu z nich odnaleziono dopiero po 1989 roku. W Rzeszowskiem w 1944 roku wśród bagien Kraskowa Włodawskiego zorganizowano obozy koncentracyjne dla oficerów Armii Krajowej i działaczy polskich z okresu okupacji niemieckiej. Pod Siedlcami w miejscowości Kruślin NKWD zorganizowało obóz koncentracyjny dla aresztowanych działaczy polskich, których umieszczono w dołach o głębokości 8 m i powierzchni 2 na 2 m, gdzie woda sięgała do kolan.