Sophia Alexeievna, qui s'était entichée de Chéine, lui accorda le titre de boyard. Il fut gouverneur militaire à Tobolsk et à Koursk de 1680 à 1684. Plus tard il figura parmi les chefs militaires des campagnes de Crimée (1687-1689) et d'Azov (1695 - 1696). Au cours de la deuxième campagne d'Azov en 1696, Chéine était le Commandant en chef des forces terrestres russes. Il se vit octroyé par le tsar le titre de "Généralissime", en reconnaissance de ses exploits militaires.