Il faut néanmoins attendre 1913 et le rattachement du sud de la Macédoine historique à la Grèce à l'issue des Guerres balkaniques pour que débutent durant l'été 1914 les premières fouilles archéologiques conduites par Charles Avezou et Charles Picard, aussitôt interrompues par la guerre. L'École française d'Athènes (EfA) les reprend en 1920 et les poursuit systématiquement jusqu'en 1938, avec une interruption entre 1924 et 1927. L'absence d'occupation urbaine après le fait de Philippes un site archéologique privilégié. L'aire urbaine antique demeure en effet une aire agricole inhabitée, préservée lors du repeuplement des villages contemporains de Lydia (à l'ouest) et Krénidès (anciennement Raktcha ou Rachtsa, à l'est) par des réfugiés grecs d’Asie mineure après l'échange de populations de 1922 (« Grande Catastrophe »).