28 вересня 1939 р., згідно з пактом Молотова-Ріббентропа німці передали Білгорай радянській владі. Того ж дня Сталін обміняв Закерзоння на Литву, внаслідок чого Червона Армія незабаром покинула місто і воно ввійшло до складу Генеральної Губернії. Під час німецької окупації в околицях міста діяли численні партизанські загони. 24 липня 1944 р. після нетривалих боїв в місто ввійшла Червона армія. Внаслідок бойових дій під час Другої світової війни місто зазнало значних втрат: близько 80 % будинків було зруйновано, чисельність населення зменшилась майже вдвічі.