Największy sukces w karierze Franz Gerger osiągnął w 1896 roku, kiedy zdobył brązowy medal w wyścigu za startu zatrzymanego zawodowców podczas torowych mistrzostw świata w Kopenhadze. W zawodach tych wyprzedzili go jedynie dwaj Brytyjczycy: Arthur Chase oraz Jack Stocks. W tej samej konkurencji Gerger zdobył również złoty medal na rozgrywanych rok później mistrzostwach Europy. Startował również w wyścigach szosowych, zajmując między innymi trzecie miejsce w wyścigu Wiedeń - Berlin w 1893 roku i Mediolan - Monachium rok później. Nigdy nie wystartował na igrzyskach olimpijskich.