Avec l'Argentine, Saviola s'illustre à la pointe de l'équipe lors de la Coupe du monde U20 2001 et reçoit le Ballon d'or Adidas du meilleur joueur et le Soulier d'or du meilleur buteur de la compétition. Il met ensuite son talent au service de l'équipe A et dispute la Copa América 2004, achevée en deuxième position par l"'Albiceleste", avant d'obtenir la médaille d'or des Jeux olympiques d'Athènes 2004. Après avoir été finaliste de la Coupe des confédérations 2005, il dispute ses derniers matches avec la sélection nationale durant la Coupe du monde 2006.