Il établit en début de saison 2008 en 2 min 15 s 7 la meilleure performance de l'année en salle sur 1 000 mètres. Figurant parmi les favoris des Championnats du monde en salle de Valence, le , Abubaker Kaki parvient à monter sur la plus haute marche du podium du 800 mètres et réalise un nouveau record personnel sur la distance en 1 min 44 s 81, devançant notamment le Sud-africain Mbulaeni Mulaudzi et le Bahreïnien Youssef Saad Kamel. Avec cette victoire, le Soudanais devient à 18 ans et 269 jours le plus jeune champion du monde d'athlétisme masculin en salle. Le , Kaki remporte le meeting des Bislett Games d'Oslo, deuxième étape de la Golden League 2008. Il établit à cette occasion un nouveau record du monde junior du 800 mètres en 1 min 42 s 69, améliorant de près d'une seconde la précédente meilleure marque mondiale détenu par le Kényan Japheth Kimutai depuis l'année 1997. Le , à Bydgoszcz, Abubaker Kaki devient champion du monde junior du 800 mètres en 1 min 45 s 60. Sélectionné pour les Jeux olympiques de Pékin, il quitte la compétition au stade des demi-finales.