Allerdings wurde ihm seine Liebe zur Wissenschaft als Forscher bald zum Verhängnis. Aufgrund von Vernachlässigung seiner Pflichten als Gendarm wurde er im November 1933 zu einer Disziplinarstrafe verurteilt, die sein Diensteinkommen für ein Jahr um 15 % mindern sollte. Dies wurde ihm jedoch vom Bundespräsidenten erlassen. Halaunbrenner gab zu, sich während seines Dienstes seiner Leidenschaft gewidmet zu haben, jedoch rechtfertigte er sich damit, dass er seine Freizeit lieber sinnvoll mit Wissenschaft nütze, im Gegensatz zu seinen Kollegen, die ihre Zeit lieber im Gasthaus verbrachten. Während seines Verfahrens klagte Halaunbrenner über das Unverständnis der anderen Gendarmeriefunktionäre über seine Forschungen sowie über die Feindseligkeit seiner Mitmenschen aufgrund seines jüdischen Glaubens. Als Beamter ging er auch gegen die verbotene nationalsozialistische und sozialdemokratische Partei vor und zog somit auch den Zorn der Bevölkerung auf sich. Besonders intensiv bekämpfte er die Nationalsozialisten, weshalb er sie auch zu Putzdiensten verpflichten ließ, um die von ihnen beschmutzten Objekte wieder zu säubern. Aufgrund seiner Feindlichkeit gegenüber den Nazis wurde er von etlichen Anhängern der Partei bedroht. Allerdings erhielt Halaunbrenner im Februar 1938 aus nicht bekannten Gründen einen Posten in der Nationalsozialistischen Hochburg Oberschützen. Halaunbrenner beklagte immer wieder seine Lage, in der er sich als Jude befand, so auch in einem Gespräch mit seinem Freund, dem Museumsleiter Alphons Barb, in dem er über Intrigen gegen sich berichtete und über Lügengeschichten, in denen er des Verkaufs von Gegenständen beschuldigt wurde. Letztendlich wurde Halaunbrenner auf Grund seines Glaubens am Tag des Anschlusses am 12. März 1938 von der SS verhaftet.