Participó en las batallas de Wimpfen, en la que salvó a la Liga Católica de la derrota, y en la de Höchst, donde derrotó a las tropas protestantes de Ernesto de Mansfeld y de Cristián de Brunswick. Los restos de estos se refugiaron en Francia, pero a finales de agosto invadieron los Países Bajos Españoles por Henao. Fernández de Córdoba, encargado de la defensa general de Flandes mientras Ambrosio Spínola dirigía el asedio de Bergen op Zoom, les salió al paso y los batió en Fleurus el día 29. De 1621 a 1623 fue general del ejército español en el Palatinado y en Flandes, período en el cual derrotó a las tropas protestantes anglo-alemanas con sus dos victorias más destacadas en los asedios a las ciudades de Mannheim, Frankenthal y Heidelberg, conquistadas poco después de la victoria de Fleurus. Seguidamente fue lugarteniente de Spínola en el Sitio de Breda.