Der Überfall der deutschen Wehrmacht auf Norwegen am 9. April 1940 leitete die größte Krise seit dem Ende der Union von Dänemark-Norwegen 1814 ein. Nach dem von der Regierung geforderten Rücktritt des langjährigen Kommandierenden Generals Generalleutnant Kristian Laake wurde Ruge am 11. April 1940 dessen Nachfolger. 1940 wurde ihm das Großkreuz des Sankt-Olav-Ordens verliehen. Als Kommandierender General und als daraus am 18. Mai 1940 hervorgehender Oberbefehlshaber der norwegischen Streitkräfte "(Forsvarssjef)" versuchte er seine in der Zwischenkriegszeit entwickelte Verteidigungsplanung umzusetzen. Zahlreiche Offiziere in der Militärführung beabsichtigten eine frühzeitige Kapitulation gegenüber der deutschen Wehrmacht, während er in der Aufrechterhaltung der weiteren Verteidigung ein politisches und militärisches Ziel sah, um den Gang der Regierung Norwegens ins Exil nach London zu ermöglichen, zum anderen aber auch um die nationale Selbstachtung aufrechtzuerhalten und den Empfang alliierter Hilfe zu ermöglichen. Es gelang trotz deutscher Überlegenheit den militärischen Widerstand 62 Tage aufrechtzuerhalten, wenngleich es zu einem fast fünfjährigen Exil von König Haakon VII. und der Regierung kam. Er selbst geriet am 9. Juni 1940 in deutsche Kriegsgefangenschaft, die er zunächst in der Festung Königstein in Sachsen, später in Polen sowie zuletzt im Stammlager III A in Luckenwalde verbrachte. Dort wurde er am 22. April 1945 von der Roten Armee befreit.