Am 18. März 1913 fiel der griechische König Georg I. in Thessaloniki einem Attentat zum Opfer. Am 8. Juli erklärten Serbien, Montenegro, die Türkei, Rumänien und Griechenland Bulgarien (nach einem bulgarischen Angriff auf Serbien) den Krieg (Zweiten Balkankrieg), in dessen Verlauf die Bulgaren aus Thessaloniki vertrieben wurden. Im Frieden von Bukarest am 10. August 1913 wurden Thessaloniki und weitere Teile Makedoniens Griechenland zugesprochen. Im Ersten Weltkrieg landeten Mitte Oktober 1915 mit Unterstützung des griechischen Ministerpräsidenten Eleftherios Venizelos gegen den Willen des griechischen Königs aus dem Hause Sonderburg-Glücksburg alliierte Truppen in Thessaloniki, um die in Serbien stehenden Truppen der Mittelmächte (Österreich-Ungarn, Türkei, Deutschland, Bulgarien) anzugreifen (vgl. Salonikifront). Am 18. Oktober 1916 rief Venizelos in Thessaloniki eine Gegenregierung aus. Von 1916 bis 1918 befand sich in Thessaloniki das Hauptquartier der alliierten Besatzungstruppen (Orientarmee). Am 18. August 1917 zerstörte ein Großbrand nahezu das gesamte südliche Stadtzentrum. Der Wiederaufbau wurde von Ernest Hébrard geleitet, der zuvor mit der Orientarmee nach Thessaloniki gekommen war.