Setelah empat tahun mengasingkan diri, Aflaq kembali ke Irak pada 1974, setahun sebelum Perang Saudara Lebanon pecah. Ia kembali ikut politik Irak. Ia menerbitkan beberapa karya pada masa itu, salah satu yang paling terkenal adalah "Perjuangan Melawan Distorsi Gerakan Revolusi Arab" pada 1975. Aflaq kembali meraih beberapa pengaruhnya saat ia berteman dengan Saddam Hussein, Presiden Irak dari 1979 sampai 2003. Pada Perang Iran-Irak, para pemimpin Iran menuduh Hussein di bawah kendali seorang Kristen, dan Aflaq sendiri dicap "kafir Kristen". Sepanjang masa jabatannya sebagai Sekretaris Jenderal di Irak, Aflaq diberi seluruh kehormatan sebagai pendiri gerakan Ba'ath, tetapi saat pembuatan kebijakan, ia diabaikan.