W reprezentacji Argentyny Husaín zadebiutował w 1997 roku. W 2002 roku Marcelo Bielsa powołał go do 23–osobowej kadry na mistrzostwa świata. Na turnieju tym Argentyńczycy nie zdołali wyjść ze swojej grupy, a sam Claudio nie wystąpił w żadnym ze spotkań. Po zakończeniu mundialu Daniel zdecydował się zakończyć reprezentacyjną karierę. Łącznie dla drużyny „Albicelestes” Husaín rozegrał czternaście meczów, w których strzelił jedną bramkę.