מקורותיו של בית בורבון בממלכת שתי הסיציליות נמצאים בממלכת סיציליה במאה ה-13, כאשר שארל הראשון, מלך נאפולי וסיציליה לבית קאפה (אשר ממנו יצאה שושלת בורבון) הומלך למלך נאפולי לאחר שניצח בקרב בנוונטו את המלך מנפרד מבית הוהנשטאופן. אך עם זאת לאחר המרד הסיציליאנים הווספארים גורשו הקפטיאנים מסיציליה, ובמקומם הומלכו מלכי אראגון כמלכי סיציליה.