Zwischenzeitlich (19. April 1820) zum Major befördert, erhielt Brese 1827 durch den Generalinspekteur der preußischen Festungen, General der Infanterie Gustav von Rauch, erstmals den Auftrag zur selbständigen Planung der Festung Posen. Die Stadt Posen sollte dabei weniger gegen einen Feind von außen geschützt werden. Vielmehr war an die Errichtung von festen Stellungen gedacht, um die Provinzhauptstadt gegen mögliche polnische Aufstände zu sichern. Der von ihm am 21. Juni 1827 eingereichte Entwurf empfahl den Bau eines großen Sperrforts auf der die ganze Stadt beherrschenden, im Norden gelegenen Winiary–Höhe und einige vorgeschobene kleinere Werke. Mit Allerhöchster Kabinettsorder vom 14. April 1828 wurde die Errichtung von Fort Winiary genehmigt. Brese blieb im Kriegsministerium, nahm dabei aber weiterhin großen Anteil an der Durchführung der Arbeiten in Posen. Erst am 12. Mai 1832 erhielt er ein Truppenkommando als Inspekteur der brandenburgisch-pommerschen Festungsinspektion, der wenig später auch die Festung Posen unterstellt wurde. Es folgten die Beförderungen zum Oberstleutnant (30. März 1835), zum Oberst (30. März 1837) und zum Generalmajor (22. März 1843). Am 12. September 1841 wurde er zum Inspekteur der 2. Ingenieurinspektion ernannt und am 22. Mai 1842 übernahm er in gleicher Stellung die 1. Ingenieurinspektion. Dadurch erhielt er großen Einfluss auf die Arbeiten an den Festungen in Königsberg, Lötzen, Thorn, Stettin und weiterhin Posen.