In 2018 kwam Fernández opnieuw uit in de Spaanse Moto3, waarin hij terugkeerde op een KTM. Hij won drie races op Valencia, Aragón en het Circuito de Albacete en behaalde vier andere podiumplaatsen. Met 209 punten werd hij overtuigend kampioen in de klasse. Daarnaast reed hij dat jaar in vier races in het wereldkampioenschap Moto3 op een KTM. In Catalonië, Aragón en Valencia nam hij deel met een wildcard, terwijl hij in Duitsland meedeed als vervanger van de geblesseerde Darryn Binder. Enkel in Aragón eindigde hij niet in de punten en een negende plaats in Duitsland was zijn beste klassering. Met 16 punten werd hij 28e in de eindstand.