Pályafutását a Nacionalban kezdte, ahol 1992 és 1995 között játszott. Első évében bajnoki címet ünnepelhetett, középpályásként 63 bajnokin tizenötször volt eredményes a klub színeiben. 1996-ban az olasz élvonalbeli Cagliari igazolta le. A szardíniai klub 1997-ben kiesett a másodosztályba, majd egy év elteltével sikerült visszajutniuk a Seria A-ba. Az 1999–2000-es idény végén a Cagliari ismét búcsúzott az első osztálytól, O'Neill pedig a Juventushoz szerződött. A torinói csapattal bajnoki ezüstérmet szerzett a 2000–2001-es bajnokság végén, igaz nem számított alapembernek. 2003 januárjában a Juventus megszerezte Davide Baioccót a Perugiától, az üzlet részeként pedig O'Neill ellentétes utat járt be. Fél év után visszatért az akkor a Seria B-s Cagliarihoz.