Le « Puma », comme on l’appelle, arrive à la Juventus Turin en 2004 dans les bagages de Fabio Capello. Emerson inscrit un but face au Werder de Brême en huitième de finale retour de Ligue des Champions 2005-2006, qui qualifie in extremis les "bianconeri" pour le tour suivant. La Juve de Cappelo, dont Emerson est un joueur essentiel, remporte les "scudetti" 2005 et 2006, des titres qui sont révoqués à la suite du "Calciopoli". Le club est relégué en Serie B et le Brésilien est vendu au Real Madrid.