Hij vertrok op 19 juli 1923 uit Wenen om naar het Kaiser Wilhelminstituut ("Deutschen Forschungsanstalt für Psychiatrie"), opgericht door Emil Kraepelin in München te gaan. In München was de naoorlogse situatie ernstiger dan in Wenen, waarbij de maatschappelijke ontwrichting en de inflatie Mokichi hinderden bij het uitvoeren van zijn onderzoeken. Zo had hij onder andere moeite met het zoeken van een verblijfplaats wegens de stijgende huur en bedwantsen in de bedden van kamers die hij probeerde, waardoor hij vaak rondliep in München en tijdelijk ook verbleef bij Marie Hillebrand, een vrouw die onderdak bood aan Japanse studenten bij tijden van beproeving. In augustus 1923 kreeg hij het nieuws te horen dat zijn vader (Moriya Kujimaro) overleden was en op 3 september 1923 las hij in de krant het nieuws over de aardbeving van Kanto. Zijn bezorgdheid verhinderde hem te eten, slapen of werken. Op 13 september kreeg hij een telegram uit Kobe van Nakamura Kenkichi dat bevestigde dat Mokichi's familie en vrienden ongedeerd waren. In plaats van terug te keren naar Japan om Kiichi te helpen in het ziekenhuis besloot Mokichi om in München te blijven om te studeren aan het Kaiser Wilhelminstituut, omdat dit instituut op het vlak van psychiatrie een van de belangrijkste plekken was en omdat Kraepelins theorieën dominant waren in de Japanse psychiatrie. Mokichi zou de eerste Japanse student worden in het naoorlogse München. Hij moest echter alles opnieuw leren dat hij al geleerd had en stuitte op anti-Japanse reacties bij het ontmoeten van Kraepelin. Hij deed onderzoek onder Walter Spielmeyer over hindernissen in het menselijk cerebellum en over de hersenschors van gedomesticeerde konijnen.