Когда 12 октября 1999 года Шариф отправил в отставку командующего армией Первеза Мушаррафа и попытался не впустить его на территорию страны, Мушарраф произвёл военный переворот, сместив Шарифа, арестовав его и приговорив к пожизненному заключению. Впрочем, приговор был заменён высылкой в Саудовскую Аравию. В 2002 году Наваз Шариф уступил председательство в партии своему брату Шахбазу Шарифу.