Il miracolo avvenne il 30 dicembre 1230, quando un anziano prete di nome Uguccione, dopo aver celebrato la messa, non asciugò accuratamente il calice, ritrovandovi il giorno dopo del sangue vivo frutto dell'incarnazione divina. Il miracoloso sangue venne messo in un'ampolla di cristallo e divenne oggetto fin da allora della devozione popolare. L'atteggiamento della Chiesa fiorentina fu scettico sull'avvenimento, infatti il vescovo Ardingo Foraboschi, recatosi subito alla chiesa, tenne nel palazzo vescovile l'ampolla per un anno per i dovuti accertamenti e solo in seguito, per intercessione dei frati francescani la fece tornare al suo posto. Anche il pontefice ebbe una reazione tiepida, garantendo solo tardive indulgenze (nel 1257 e nel 1266), ben diversamente dall'atteggiamento tenuto nei confronti del miracolo di Bolsena del 1266. La diversa disposizione ha anche ragioni politiche: i miracoli eucaristici infatti contraddicevano le posizioni eretiche di Catari e Patarini che, sebbene a partire da diversi presupposti teologici, negavano la presenza reale del corpo e del sangue di Cristo nell'eucaristia; e se si considera che l'eresia catara aveva numerosi simpatizzanti tra le famiglie ghibelline, è ovvio che avvenimenti del genere fossero trattati per lo meno con scetticismo durante il massimo prestigio delle loro fazioni, prima del 1266 (battaglia di Benevento, 26 febbraio).