Im Dezember wurde Shoup Stabschef der 2. US-Marineinfanteriedivision und konnte sich erneut während der Schlacht um Saipan (15. Juni bis 9. Juli 1944) und um Tinian (24. Juli bis 1. August 1944) beweisen. Im darauffolgenden Oktober kehrte er in die Vereinigten Staaten zurück und arbeitete als Logistikoffizier der Planungs- und Taktikabteilung im Hauptquartier des Marine Corps in Washington, D.C.