Al igual en los clubes, su carrera en la selección nacional estuvo condicionada por las lesiones, que limitaron sus presencias. A causa de una lesión sufrida a pocos días del inicio del Mundial de 1998, se perdió dicha competición a la cual había sido convocado como titular por Cesare Maldini. En su lugar atajó Pagliuca. Después del mundial, fue confirmado como titular por el nuevo entrenador, Dino Zoff, pero más tarde fue reemplazado por los emergentes Gianluigi Buffon y Francesco Toldo. Desconforme con la posibilidad de ir como tercer portero (detrás de Buffon y Toldo) a la Eurocopa 2000, Peruzzi prefirió negarse a la convocatoria de Zoff. Tampoco estuvo presente en el Mundial 2002.