1944-ben bombatalálat elpusztította Békésy laboratóriumát, műszereit és feljegyzéseit. Budapest ostromakor, majd az utána következő nehéz időben a kutatás gyakorlatilag lehetetlenné vált. 1946-ban fizetetlen kutatói szabadságot vett ki és Svédországba, a Karolinska Intézetbe utazott, hogy a füllel kapcsolatos munkáját folytathassa. A következő évben (budapesti munkáltatójának engedélyével) itt fogadta el az amerikai Harvard Egyetem meghívását. Szabadságának lejártakor kérte annak meghosszabbítását, amit 1948-ban elutasítottak. Békésy nem tért vissza Magyarországra, gyakorlatilag emigrált (1949-ben akadémiai tagságát megszüntették) és a Harvardon maradt a következő 16 évben.