Następnie włoski piłkarz na ponad trzy lata rozstał się z zespołem narodowym, do którego powrócił dopiero na eliminacje do Euro 2008. 17 listopada 2007 roku w 92. minucie pojedynku ze Szkocją strzelił zwycięskiego gola na 2:1 i tym samym zapewnił Włochom awans do mistrzostw Europy. Na turnieju w Austrii i Szwajcarii podopieczni Roberto Donadoniego zostali jednak wyeliminowani w ćwierćfinale, kiedy to przegrali po serii rzutów karnych z późniejszymi mistrzami Europy – Hiszpanami. Wcześniej w spotkaniu rundy grupowej z Rumunią Panucci zdobył jedynego gola dla reprezentacji swojego kraju, a mecz zakończył się remisem 1:1. Następnie Włoch postanowił zakończyć reprezentacyjną karierę, a dla „Squadra Azzura” rozegrał łącznie 57 pojedynków i zdobył cztery bramki.