С 2006 года играет в составе национальной сборной Швеции. Дебютировал в сборной 23 января 2006 года в товарищеском матче с командой Иордании. Был включён в заявку на чемпионат Европы 2008 года, но на поле не выходил. В отборочном турнире к чемпионату мира 2010 был дублёром Улофа Мельберга и Даниеля Майсторовича и не играл. 7 сентября 2010 года в отборочном матче чемпионата Европы 2012 против Сан-Марино Мельберг был удалён с поля на 33-й минуте игры. После перерыва матча Эрик Хамрен выпустил на поле Гранквиста, и через 6 минут Гранквист забил гол ударом головой, замкнув подачу с углового. Гранквист отыграл 2 следующих отборочных матча, заменяя дисквалифицированного Мельберга. В первом из этих матчей, 12 октября 2010 года против Нидерландов, Гранквист вновь забил гол ударом головой, на этот раз замкнув навес со штрафного. Когда срок дисквалификации Улофа Мельберга закончился, Мельберг вернулся в стартовый состав сборной, а Гранквист вернулся на скамейку запасных.