All'inizio della stagione 2001-2002 vinse la sua seconda Supercoppa italiana contro la Fiorentina, sconfitta dalla Roma per 3-0. In questa stagione e in quella successiva, anche a causa di problemi fisici, fu meno incisivo, e nel gennaio 2003 venne ceduto in prestito all'. Non fu una cessione a malincuore per il presidente Sensi, che pochi mesi dopo si riferirà all'attaccante argentino come a una «fregatura» data all'Inter. Batistuta restò all'Inter fino alla fine della stagione, collezionando 12 presenze e segnando 2 gol contro e : quest'ultima rete fu, per il giocatore, la numero 200 nei campionati italiani. Batistuta, che aveva accettato il trasferimento all'Inter anche in virtù dell'intercessione di Massimo Moratti, esprimerà "a posteriori" il proprio rammarico per non aver potuto dare un contributo più sostanzioso alla causa nerazzurra.