I mars 1996 ble nasjonale valg avholdt for første gang siden statskuppet i 1989, og al-Turabi ble valgt til et sete i den sudanske nasjonalforsamlingen. Etter krangler og politisk rivalisering med den sittende presidenten Omar al-Bashir i 1999, ble Al-Turabi fengslet. Han ble løslatt i oktober 2003. Han ble fengslet igjen i mars 2004, og løslatt i juni 2005. I 2004 ble det funnet en forbindelse mellom al-Turabi og en islamistisk opprørsgruppe som var involvert i Darfur-konflikten. Al-Turabi har benektet disse påstandene.