In der Sowjetunion trat Panndorf zunächst wieder seine Arbeit als Meister bei „Ordshonikidse“ an. Unmittelbar nach dem Überfall Deutschlands auf die Sowjetunion erklärte er sich bereit, den Widerstandskampf gegen den Nationalsozialismus in Deutschland aufzunehmen. Während des Krieges bestand für ausgewählte deutsche Emigranten die Möglichkeit als Fallschirmspringer, Partisane oder Angehöriger von bestimmten Sonderformationen im Hinterland des Kriegsgegners zum Einsatz zu kommen. Für diese gefahrvollen Aufgaben kamen nur verdiente Parteikader in Frage. Panndorf war einer von etwa 50 deutschen Emigranten, die in solchen militärischen Strukturen der Sowjetunion eingebunden waren.