Около 969 года император Никифор Фока (963—969) решил, что охрана и обслуживание старых зданий обходятся слишком дорого. Он построил вокруг нового дворца стену, отделив его от старых зданий и сделав кафизму (императорскую ложу на ипподроме) основным входом в дворцовый комплекс из города. Использовавшаяся прежде как главный вход была восстановлена при Комнинах и использовалась в церемониальных шествиях в сторону собора Святой Софии. После этого старый дворец окончательно пришёл в упадок, а новый просуществовал в хорошем состоянии до Четвёртого крестового похода, хотя Комнины предпочитали жить во Влахернском дворце, который при них был расширен и украшен. После разрушения Большого дворца в 1204 году крестоносцами и восстановления византийской монархии в Константинополе Палеологи также предпочли жить во Влахернах. Тем не менее, старый дворец использовался в церемониальных целях по некоторым случаям.