SOE-organisationen blev skabt ved en sammenlægning af tre hemmelige tjenester. Straks efter at Tyskland annekterede Østrig (Anschluss) i marts 1938, etablerede udenrigsministeret en propagandaorganisation under navnet "Department EH" (efter Electra House, dens hovedkvarter). Den blev styret af den canadiske avismagnat sir Campbell Stuart. Samme måned etablerede Secret Intelligence Service (SIS, også kendt som MI6) en sektion med betegnelsen "Section D" under major Lawrence Grand til at undersøge brugen af sabotage, propaganda og andre ukonventionelle måder at svække fjenden på. I efteråret samme år dannede krigsministeriet en afdeling, som angiveligt skulle undersøge guerillakrigsførsel, og som blev kendt som "GS (R)". Afdelingen blev ledet af major J. C. Holland. GS (R) blev omdøbt til MI R i begyndelsen af 1939.