1861, als Virginia den Konföderierten Staaten von Amerika beitrat, brannten die Werftangestellten die Anlage nieder. Kurze Zeit darauf übernahmen die Konföderierten die Werft und bauten aus dem nicht komplett verbrannten Schiff USS "Merrimack" die "CSS Virginia", die wenig später an der Schlacht von Hampton Roads teilnahm. Als die Konföderierten die Werft im Mai 1862 wieder verließen, brannten sie die Werft ein weiteres Mal nieder.