Temendo le conseguenze di indipendenza sia per le colonie che per la madre patria, Johnson cercò di evitare l'estremismo e di raggiungere un compromesso sulle differenze politiche. Infatti, respinse la sua elezione al Primo congresso continentale, una mossa fortemente criticata dai patrioti che lo rimossero dal comando delle milizie. Fu fortemente criticato anche quando, cercando di porre fine ai combattimenti dopo Lexington e Concord, visitò personalmente il generale britannico Thomas Gage. Questa visita gli costò l'arresto, ma le accuse furono infine rigettate.