7 августа 1942 года Рупертус командовал десантом во время битвы за Тулаги, Гавуту и Танамбого, которая произошла на Соломоновых островах на начальном этапе битвы за Гуадалканал. В июле 1943 года он становится командиром 1-ой дивизией морской пехоты. Уильям Рупертус руководил дивизией во время битвы за мыс Глостер и в битве за Пелелиу.