In Spagna continuò i propri studi all'Università di Alcalá. Egli mantenne la propria fede cattolica sino al 1567. Dopo il massacro della Notte di san Bartolomeo del 1572 passò alla fazione calvinista. Rimase comunque in Spagna sino al 1596, quando tornò nel sud dei Paesi Bassi. I suoi interessi nella Repubblica delle Sette Province Unite erano molto forti e tesi a difendere la sorella, Maria di Nassau, contro il fratellastro Maurizio di Nassau, che contestava i diritti di Filippo Guglielmo sulla baronia e sulla città di Breda.