কল্যাণ সিংহ- নেতৃত্বাধীন বিজেপি সরকার সুপ্রিম কোর্টকে আশ্বাস দেওয়ার পরেও 1992 সালে, আদভানির যাত্রা শেষ হওয়ার দু'বছর পরে, কল্যাণ সিংহ সরকারের কথিত জড়িত হয়ে বাবরি মসজিদ সাম্প্রদায়িক শক্তি দ্বারা ভেঙে ফেলা হয়েছিল। মসজিদ ভেঙে যাওয়ার আগে আদভানি উস্কানিমূলক বক্তৃতা দিয়েছেন বলে জানা গেছে। বাবরি মসজিদ মামলার অভিযুক্তদের মধ্যে আদভানিও ছিলেন। ২০২০ সালের ৩০ সেপ্টেম্বর সিবিআইয়ের বিশেষ আদালত আদভানিকে খালাস দেয় এবং তাকে সমস্ত অভিযোগ থেকে মুক্তি দেয়।