בשנות ה-60 של המאה ה-19 סבלה המדינה מפלישה צבאית נוספת, הפעם מצרפת. הסיבה לפלישה הייתה הרצון להקים אימפריה צרפתית בראשותו של הארכי-דוכס פרדיננד מקסימיליאן מאוסטריה באמריקה הצפונית. הפולשים הסתמכו על תמיכת הכנסייה והשמרנים (בעיקר מקרב הקריאולים - צאצאי צרפתים וספרדים באמריקה). אימפריה שנייה זו קרסה לאחר מלחמה שניהל נגדה העם המקסיקני בראשותו של בניטו חוארס, בן שבט הזאפוטק. את התמיכה הלוגיסטית והדיפלומטית העניקה ארצות הברית, בשל דוקטרינת מונרו (התנגדות לפלישה אירופאית לאמריקה). המנהיג הצבאי היה הגנרל פורפיריו דיאס, גם הוא אינדיאני במוצאו.