In de 13e eeuw was een groot deel van Aargau en de oerkantons alsook Oostenrijk in handen van de Habsburgers. In 1315 leden de Oostenrijkse troepen een verpletterende nederlaag bij de Slag bij Morgarten waar de goed bewapende Oostenrijkse troepen in de pan werden gehakt door een leger van slecht bewapende, doch gemotiveerde verzetsstrijders uit de kantons Uri, Schwyz en Unterwalden. In 1351 vielen troepen uit Zürich Oost-Aargau binnen en vernielden de steden Baden en Siggenthal, alsook de kastelen Freudenau bij Untersiggenthal. Gecombineerde Franse en Engelse troepen verwoestten in 1375 steden, kloosters en kastelen in het Middenland. In Aargau, dat er vergeleken met de westelijke gebieden nog relatief goed vanaf kwam, werd de stad Lenzburg zwaar beschadigd en later weer opgebouwd. Na de Slag bij Sempach (1386) verzwakte de positie van de landadel aanzienlijk.