然而在《訓政時期約法》施行後不久，中國便進入抗日戰爭時期。1932年上海發生一·二八事變時，為了躲避戰火，國民政府曾從南京遷都洛陽，並立洛陽為「行都」；1937年抗戰全面爆發，在淞滬會戰之後，由於南京淪陷在即，故國民政府於1937年11月21日宣布將所有中央政府機構由南京遷都重慶，而軍事作戰指揮中心則先移駐武漢，直至武汉会战後再移駐重慶。1940年9月6日，國民政府正式立重慶為「陪都」。直至抗戰勝利後的1946年5月5日，國民政府發布「還都令」，宣布同年5月5日「凱旋南京」。