Pohjois-Virginian sotaretkellä Barksdalen prikaati sijoitettiin Harpers Ferryyn, eikä se ottanut osaa toiseen Bull Runin taisteluun. Maryland-sotaretkellä hänen prikaatinsa annettiin kenraalimajuri Lafayette McLawsin divisioonaan kenraaliluutnantti James Longstreetin 1. armeijakuntaan Pohjois-Virginian armeijaan. Se oli yksi prikaateista, joka hyökkäsi Maryland Heightsiin ja johti unionin armeijan antautumiseen Harpers Ferryssä. Antietamin taistelussa McLawsin divisioona puolusti West Woodsia kenraalimajuri John Sedgwickin divisioonan hyökkäystä vastaan, ja pelasti konfederaation vasemman sivustan. Fredericksburgin taistelussa Barksdalen prikaati puolusti joenylityspaikkoja unionin joukoilta, jotka yrittivät ylittää Rappahannock-joen tähdäten jalkaväkeen ja insinööreihin rakennuksista, jotka unionin tykistö oli jauhanut raunioiksi.