In der Nacht vom 8. auf den 9. Mai 1585 drangen 40 Fußsoldaten im Verlauf des Truchsessischen Kriegs an der Gartenmauer des Klosters in die Stadt ein und konnten durch gewaltsames Öffnen des Rheintors 1750 Soldaten des Grafen Adolf von Neuenahr Einlass in die Stadt ermöglichen. Die Truppe ging mit brutaler Gewalt gegen Widerstand vor und plünderte die Stadt. Der Bürgermeister und andere sich wehrende Bürger wurden getötet. Ein Jahr später erstürmte der Spanier Alexander Farnese im Kampf gegen die Niederländer Neuss und brannte Teile von Kloster und Kirche nieder.