1996 року його було призначено головним тренером збірної Данії після відставки Ріхарда Мьоллера Нільсена, під чиїм керівництвом збірна виграла чемпіонаті Європи 1992, але після цього показувала дуже скромні результати. Бу Юганссон запропонував команді більш атакувальний стиль гри, зумів відродити команду й вивести її до фінальної частини чемпіонату світу 1998 у Франції, який став одним з найгучніших успіхів данців на міжнародній арені. Незважаючи на програш на груповому етапі, господарям і майбутнім переможцям турніру — збірній Франції, данці вийшли з групи до ⅛ фіналу, де продемонстрували видовищний і результативний футбол; вони перемогли збірну Нігерії з рахунком 4:1, але в чвертьфіналі поступилися 2:3 майбутнім срібним медалістам турніру — збірній Бразилії.