A hadászatilag, vagy a hadi felvonulás számára fontos útvonalban fekvő településeket (Baja, Kalocsa stb.) a törökök megszállták. A fontos utakon kívül eső nagyobb településeket khász városokká nyilvánították (Kecskemét, Kiskunhalas, Kunszentmiklós), amelyek közvetlenül a szultáni kincstárnak fizették az évi kétszeri adót, és nagymértékben hozzájárultak a hadtáp pótlásához. Mivel a szabad beköltözést nem gátolták, a szövetséges városok (Kecskemét, Nagykőrös, Cegléd) lélekszáma növekedett. A mezővárosok az elnéptelenedett falvak határait intenzív állattartással hasznosították. A 15 éves háború (1591–1606) hadszíntérré, felvonulási területté változtatta az Alföldet. A törökökkel szövetséges krími tatárok a kiskun településeket olykor évtizedekre, nemegyszer örökre elpusztították. A felszabadító háborúktól is ez a terület szenvedett a legtöbbet. Buda visszafoglalása után a volt hódoltsági területeken a magyar rendi viszonyok váltak uralkodóvá.