В 1975 году, в связи с началом войны в Ливане Богословский институт вынужденно эвакуировался в Салоники. В 1978 году для была создана специальная Синодальная комиссия по надзору за институтом. Институт оставался за границей до 1979 года, после чего смог снова возвратиться на свои земли.