Den antiroyalistischen Staatsstreich vom 4. September 1797 verurteilte Émery nicht, was ihm erneut heftige Kritik aus Teilen des Klerus eintrug. In den folgenden Jahren relativer Ruhe und persönlicher Zurückgezogenheit schrieb er mehrere Abhandlungen über Philosophen des 17. und 18. Jahrhunderts und deren Stellung zum Christentum.