בשנים אחרונות התגלע מתח בין עקרון השלמות הטריטוריאלית לבין המושג התערבות הומניטרית מכוח סעיף 73b של מגילת היסוד של האומות המאוחדות, המחייב את החותמות "לפתח שלטון עצמי, לתת יחס נאות לשאיפותיהם המדיניות של העמים, ולסייע להם בפיתוח מוסדותיהם המדיניים העצמאיים, בהתאם לנסיבות המיוחדות של כל טריטוריה ותושביה והשלבים השונים של התקדמותה." עקרונות השלמות הטריטוריאלית וההתערבות ההומניטרית באו לידי קונפליקט במלחמת קוסובו.