Die Burg Bischofstein scheint 1356 im Erdbeben von Basel beschädigt worden zu sein. Ältere Berichte sprechen von einer Reparatur und Nutzung der Burg bis ins 15. Jahrhundert, aber diese Annahme scheint gemäss Meyer aus einer Fehldatierung des Fundmaterials zu resultieren: Glasfunde wurden von den Ausgräbern 1937/38 zu jung datiert. So ist anzunehmen, dass die Eptinger dieser Festung bei den Reparaturarbeiten keine Priorität zuwiesen und sie zerfallen liessen.