自由アチェ運動（以下GAM）は1976年にアチェ州のインドネシアからの独立を目的として結成され、アチェではGAMとインドネシア政府・国軍との紛争が継続していた。2001年8月にはアチェ州に対する特別自治法「ナングロ・アチェ・ダルサラム州特別自治法」（2001年法律第18号）が制定されたものの、この法律はGAMとインドネシア政府の紛争を終わらせることはできなかった。2002年12月には一旦停戦合意が締結されたものの、このときは軍の不満を抑えることができず、メガワティ政権は2003年6月に軍事非常事態を宣言し、紛争が継続することとなった。だが、2004年12月26日のスマトラ沖地震でアチェ州が地震と津波により甚大な被害を受けたことが和平の切っ掛けとなった。このときアチェ州では約17万人の死者が発生しており、国際社会からの復興支援のためにインドネシア政府とスウェーデンに亡命していたGAM上層部は非公式にだが停戦に合意した。フィンランドのNGO (CMI) 代表でフィンランド前大統領（当時）のマルティ・アハティサーリが仲介者となり、ヘルシンキで和平交渉が行われた。ユドヨノ大統領は和平交渉中の2005年2月以降、軍や警察の要職に自身の元部下や国立士官学校の同期を据え、軍を掌握することで和平に対する軍人の不満を抑え込んだ。