Bei Ausbruch des Amerikanischen Bürgerkrieges 1861 wurde Blunt zum Lieutenant Colonel des 2. Kansas Freiwilligenregiments, einem Teil von James Lanes Kansas-Brigade, ernannt. Im April 1862 wurde Blunt zum Brigadegeneral der Freiwilligen ernannt und man gab ihm das Kommando über das Department und Army of Kansas. Blunts Truppen wurden bei der Ersten Schlacht von Newtonia geschlagen, so dass die Army of Kansas in die Army of the Frontier als 1. Division einging. Blunt führte seine Division aus Cherokee und Freiwilligen aus Kansas in der Schlacht bei Old Fort Wayne zum Sieg. Im Dezember 1862 schloss sich Blunts Division die 2. Division unter Francis J. Herron an. Die kombinierten Truppen trafen die Konföderierten unter Thomas C. Hindman in der Schlacht bei Prairie Grove. Obwohl taktisch ein Unentschieden, war die Schlacht ein strategischer Sieg für die Union.