I slutet av samma år mottog Piccolomini under ärkehertig Leopold Vilhelm befälet i Böhmen mot svenskarna. Sedermera förlorade han och ärkehertigen slaget vid Wolfenbüttel, 1641 och slaget vid Leipzig, 1642, varefter båda lade ned sitt befäl. 1644–1647 förde Piccolomini befälet över spanjorerna i deras strider mot fransmännen i Nederländerna, men 1648 återgick han i kejserlig tjänst som högste befälhavare i Tyskland och deltog i, då han överföll svenskar och fransmän vid Dachau, den sista drabbningen i det långa kriget. Som kejsarens "principalkommissarie" deltog han 1649–1650 i fredsexekutionskonventet i Nürnberg