Somersets främsta tillgång var hans tveklösa skicklighet som soldat, vilken han hade bevisat i kriget mot Skottland och under försvaret av Boulogne-sur-Mer år 1546. Hans främsta intresse som Lord Protector var därför kriget mot Skottland. Efter en förkrossande seger i Slaget vid Pinkie Cleugh i september 1547 lät han befalla att ett nätverk av engelska garnisoner skulle sträcka sig ända till Dundee. Dessa framgångar följdes dock av problem med att bestämma hur krigföringen skulle fortsätta, då hans dröm om att kunna förena kungarikena genom erövringskrig blev allt mer orealistisk. Skottarna fick till stånd en allians med Frankrike, som skickade styrkor för att försvara Edinburgh år 1548. Den skotske kungen Jakob V av Skottland skickade sin dotter Maria Stuart till Frankrike där hon trolovades med den franske kronprinsen. Detta drag satte stopp för alla planer att gifta bort henne med Edvard VI. De garnisoner Somerset lämnat i Skottland visade sig vara nära att knäcka statsfinanserna. Ett franskt anfall mot Boulogne i augusti år 1549 tvingade till slut Somerset att inleda en reträtt från Skottland.