Als Louisiana die USA verließ, schloss Liddell sich der Konföderierten Armee an und erhielt ein Kommando. Er begann als Stabsoffizier seines Freundes William J. Hardee und Albert Sidney Johnston. Später kommandierte er die Arkansas Brigade in Patrick Cleburnes Division der Army of Tennessee (zwischen 1862 und 1863). In dieser Funktion nahm er an den Schlachten von Perryville und Stones River teil. In Stones River verlor er seinen sechzehnjährigen Sohn Willie Liddell, der in der Schlacht fiel.