Tra i gemellaggi oggi sciolti si ricordano quello con la Fiorentina (1979-1988) per l'acquisto da parte dell'Inter dell'ex viola Nicola Berti; con il Cagliari (1989-1997) per vari contrasti, tra cui l'amicizia tra sardi e atalantini allora vigente; con la Sampdoria (1982-1992), per aver sconfitto i nerazzurri nello scontro diretto nella stagione 1990-91, spegnendo le speranze nerazzurre di vincere lo scudetto, senza scemare però in una rivalità sentita; con il (1980-1994), persosi nel tempo e mutato in una dura rivalità poi scemata in una sorta di tregua; con il Borussia Dortmund (1993), spentosi per la mancanza di incontri, e soprattutto con il Verona (1985-2001), a causa di dissidi con il direttivo della curva gialloblù.. In passato sono esistiti rapporti di amicizia o rispetto anche con le tifoserie di Udinese (1980-1996), Torino (1980-1982), Cremonese, Furth, Lione, Sturm Graz, Catania (2007-2011).