Die im Rahmen des Deutschen Krieges am 10. Mai 1866 angeordnete Mobilmachung wurde erst am 22. Juni abgeschlossen, zu diesem Zeitpunkt befand sich die preußische Armee bereits fast in Böhmen. Dieser Krieg verlief für die Armee sehr unglücklich. Der bayerische Oberbefehlshaber Prinz Karl, dem auch die süddeutschen Bundestruppen unterstanden, erfuhr, als er dem Königreich Hannover zur Hilfe eilte, in Meiningen von der Kapitulation der Hannoveraner nach der Schlacht bei Langensalza. Da die Preußen rasch vordrangen, war eine Vereinigung mit einem weiter westlich liegenden Bundeskorps unter Prinz Alexander von Hessen nicht möglich, worauf sich die bayerischen Truppen nach Kissingen zurückzogen. Nach heftigen Kämpfen wich die bayerische Armee nach Schweinfurt und Würzburg (hier konnten lediglich die Festung Marienberg und ein Stadtviertel gehalten werden) zurück. Am 1. August besetzte ein preußisches Reservekorps Nürnberg.