Musim Sauber mengalami kemunduran. Heidfeld berhasil meraih P2 di Malaysia dalam kondisi hujan lebat. Namun sampai pertengahan musim, baik Heidfeld dan Kubica gagal membawa Sauber berprestasi seperti musim 2008, yang dinilai sebagai akibat dari kesalahan tim dalam memahami dampak regulasi baru. Kebangkitan Sauber kemudian diawali di Belgia saat Kubica dan Heidfeld berhasil finish P4 dan P5. Kemudian di Brazil, Kubica kembali tampil cemerlang dengan menduduki P2 saat lomba. Sauber mengakhiri musim 2009 dengan berada di P6 klasemen dengan 36 poin.