Nel 1806 la città venne nuovamente occupata dall'esercito francese a seguito delle tensioni nate in seno alla nascita della Terza Coalizione. Per calmare gli animi della popolazione il nuovo sovrano Giuseppe Bonaparte fece personalmente visita alla città, ma non fu sufficiente a far desistere le varie bande armate, che in breve tempo costrinsero i militi francesi alla fuga. Per ristabilire l'ordine venne inviato il generale Jean Reynier, che con un assedio di una settimana costrinse la città alla resa, annettendola di fatto al neonato Regno di Napoli.