Suomen sodan käynnistyessä 1808 venäläiset joukot saapuivat myös Vaasaan. Venäjän armeijan ylipäällikkö kreivi Buxhoevden antoi hovioikeudelle käskyn jatkaa toimintaa keskeytyksettä. Hovioikeuden jäsenet vannoivat uskollisuudenvalan keisarille lukuun ottamatta kanneviskaali Anders Johan Bergwaldia, joka vangittiin ja tuomittiin kuolemaan mutta sittemmin armahdettiin. Hovioikeus jäi osin kuitenkin sodan jalkoihin, kun venäläiset sotilaat surmasivat vahtimestari Abraham Wilénin. Tuolloinen hovioikeuden presidentti Reuterholm siirtyi tapauksen jälkeen sivuun tehtävästään.