Hij was de zoon van José Prieto Sotomayor en María del Carmen Vial y Santelices. Hij was de neef van Manuel Bulnes Prieto (1799-1866), zijn opvolger als president van de republiek. In 1805 nam hij dienst in het koloniale leger. In 1810 sloot hij zich aan bij het Chileense leger dat op dat moment tegen Spanje vocht voor haar onafhankelijkheid. Tijdens de Chileense Onafhankelijkheidsoorlog bereikte hij de rang van kapitein. In het conflict tussen de generaals Bernardo O'Higgins en José Miguel Carrera koos Prieto de zijde van de eerste. O'Higgins benoemde hem tot kwartiermeester-generaal van het zuidelijke leger.