W reprezentacji Republiki Południowej Afryki Molefe zadebiutował 13 marca 2001 roku w zremisowanym 1:1 spotkaniu przeciwko Mauritiusowi. W 2002 roku Jomo Sono powołał go do 23–osobowej kadry RPA na mistrzostwa świata. Na mundialu w Korei Południowej i Japonii popularni „Bafana Bafana” zajęli trzecie miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju. Na mistrzostwach Molefe pełnił rolę rezerwowego i wystąpił tylko w przegranym 2:3 pojedynku z Hiszpanią, kiedy to w 80. minucie zmienił Lucasa Radebe. Ostatni mecz w kadrze rozegrał w czerwcu 2004 roku. Łącznie dla drużyny narodowej zanotował 20 występów.