All'inizio della Decade tragica rimase agli ordini di Victoriano Huerta per attaccare la Ciudadela. Distaccatosi da Huerta, riuscì a scappare in Guatemala e di lì negli Stati Uniti, da dove tornò nel Paese per allinearsi al costituzionalismo, a maggio. All'inizio combatté nel nord, ma dopo Venustiano Carranza lo inviò nel sud-est, designandolo comandante militare di Veracruz. Al comando della Prima Divisione dell'Oriente dell'Esercito Costituzionalista prese, tra altre piazze, Ozuluama, Tantoyuca, Tamiahua e Tuxpan, dove stabilì la Capitale del Governo Rivoluzionario Locale, impose una tassa a tutte le proprietà dei messicani e anche alle società petrolifere, che lamentarono dell'estorsione davanti a Carranza. Fu promosso brigadiere generale per l'opposizione che assunse davanti all'Ammiraglio Frank Friday Fletcher riguardo al problema dei pozzi petroliferi, dove sequestrò familiari degli stranieri per negoziare con loro. Fu chiamato da Carranza per subire la corte marziale, ma riuscì ad essere perdonato. Altri importanti combattimenti avvennero a Valles, Huejutla, Cazones, Tecolutla, Gutiérrez Zamora, Papantla, Misantla e Xalapa. Nel 1914 fu nominato Governatore di Veracruz, carica che occupò fino 1916. Alla fine del 1914, contribuì, insieme ad Isidro Fabela al ritiro dal porto di Veracruz e all'evacuazione delle truppe statunitensi: entrambi fecero discorsi incandescenti. Come governatore, Aguilar firmò importanti e rivoluzionarie leggi statali, come le leggi sul lavoro e il commercio marittimo.