Bei der U-17-EM 2016 in Aserbaidschan erreichte Yari Otto mit der DFB-Auswahl das Halbfinale. Er absolvierte alle fünf Spiele und erzielte dabei drei Tore, wodurch er gemeinsam mit seinem Teamkollegen Renat Dadashov Platz drei der Torschützenliste belegte. Am 12. Oktober 2018 spielte er mit der deutschen U-20 gegen die Niederlande und somit erstmals in einer Herren-Nationalmannschaft.