Michele perse dunque il padre, che non aveva quasi conosciuto, a soli 12 anni, ma subito dopo la sua influenza e il suo potere a corte cominciarono a farsi notare. Con il violentissimo scoppio della Seconda guerra del nord la Polonia concluse l'epoca del Diluvio ma in un modo molto tragico. Nel 1655 infatti l'immenso esercito svedese del re Carlo X Gustavo di Zweibrucken-Cleeburg si unì sia con l'esercito del Brandeburgo che con il potentissimo esercito Russo dello zar Alessio Romanov, per scongiurare la legittima ascesa al trono di Svezia da parte del re di Polonia Giovanni II Casimiro Vasa. Quest'ultimo, in un primo momento fu deciso a riprendersi il trono della propria famiglia creando un'egemonia Vasa, ma l'immenso potere navale e militare che invase la Confederazione lo mise presto in seria difficoltà. La Polonia, non essendo pronta per un conflitto di tale portata, cercò solo di evitare l'avanzata della coalizione che giungeva da diverse direzioni: ovest (Germania), est (Russia) e nord (Svezia). Per il suo esercito non vi era via di scampo e presto Varsavia passò in mano agli svedesi. La corte fu così obbligata a spostarsi, e con lei tutti i ministri e i nobili.