נוייר תפס במהרה את אפודת השוער הראשון של באיירן מינכן, וכבר בתחילת עונתו הראשונה בקבוצה, 2011/2012, שבר את שיאו של אוליבר קאן כאשר לא ספג שער במדי באיירן מינכן מעל לאלף דקות בכל המסגרות. עם זאת, עונה זו הסתיימה עבור נוייר ובאיירן מינכן במפח נפש, כשהקבוצה סיימה שנייה בכל המסגרות. בבונדסליגה איבדה באיירן מינכן את האליפות לבורוסיה דורטמונד, על אף שנוייר ספג רק 22 שערי ליגה. בגמר הגביע הגרמני הפסידו נוייר ובאיירן מינכן גם כן לבורוסיה דורטמונד בתוצאה 2–5. בליגת האלופות נוייר ובאיירן מינכן עברו את ריאל מדריד בחצי הגמר לאחר ניצחון בפנדלים, בו נוייר עצר בעיטות של כריסטיאנו רונאלדו וקאקה, והטעה את סרחיו ראמוס שבעט את הפנדל האחרון של ריאל מדריד מעל השער. בגמר ליגת האלופות 2012 שנערך באליאנץ ארנה, נוייר ובאיירן מינכן הפסידו לצ'לסי בפנדלים, וסיימו עונה ללא אף תואר.