Il bilancio della società andava sempre più in passivo (anche a causa di un varco aperto nelle recinzioni dello stadio, usato spesso per non pagare il biglietto) e nell'estate del 1940 la dirigenza fu costretta a vendere molti degli atleti maggiormente valutati; tra i vari acquisti entrava a far parte del Bari il portiere Leonardo Costagliola. Nel 1941 la squadra retrocedette, chiudendo il periodo finora più lungo dei galletti in Serie A: sei anni. Il Bari risalì in prima serie l’anno dopo, conquistando il primo posto in Serie B; nel ‘43 cadde però di nuovo in seconda serie, agli spareggi. Molti pensarono a una congiura contro i "galletti" (a fine stagione lasciò Maestrelli).