Người Mông Cổ chinh phục Samarkand vào năm 1220. Mặc dù Thành Cát Tư Hãn "không làm phiền người dân của thành phố theo bất kỳ cách nào", theo Juvaini, ông đã giết tất cả những người tị nạn trong thành và trong các nhà thờ Hồi giáo, cướp phá thành phố hoàn toàn và cưỡng ép 30.000 người đàn ông trẻ cùng với 30.000 thợ thủ công. Samarkand phải chịu ít nhất một đợt cướp phá khác của Mông Cổ từ Khan Baraq để có được kho báu mà ông ta cần để trả cho một đội quân. Nơi đây vẫn là một phần của hãn quốc Sát Hợp Đài (một trong bốn vương quốc thuộc đế quốc Mông Cổ) cho đến năm 1370.