No está claro cómo llegó Marco a la prisión genovesa, donde se relata que en 1298 conoció a «Rusticiaus» de Pisa. En la primera mitad del en su obra "Imago Mundi seu Chronica", el fraile dominico Jacopo d'Acqui afirmó que Marco fue hecho prisionero en 1296 tras una batalla marítima entre mercaderes genoveses y venecianos en las cercanías de Layas, aunque la fecha real de la batalla corresponde a 1294, el año anterior a la llegada de Marco a Venecia. De Giambattista Ramusio, en el , procede la versión que sitúa el origen del encarcelamiento en la batalla naval de Curzola, la gran derrota veneciana que tuvo lugar en septiembre de 1298, aunque la fecha deja escaso margen para que fuera trasladado a Génova, conociera a Rustichello y ambos comenzaran a redactar su libro. Quizá resultó capturado en algún otro enfrentamiento de menor importancia en torno a esas fechas, pero en cualquier caso debió ser liberado tras la ratificación del tratado de paz entre Génova y Venecia en julio de 1299.