Een ander heet hangijzer van het kabinet was de inzet van Nederlandse troepen in VN-verband in Bosnië dat door het vorige kabinet was besloten. Dit bataljon van Nederlandse militairen, beter bekend als Dutchbat was te licht bewapend uitgezonden en had met vage toezeggingen van de VN luchtsteun ter beschikking gekregen. Dutchbat had als missie om een zogenoemde "safe area" of "veilige haven" te beschermen in het plaatsje Potočari in de buurt van Srebrenica. Op 11 juli 1995 viel de "safe area" nadat Dutchbat de onder andere de eerder beloofde luchtsteun niet ontving. De Val van Srebrenica leed tot de deportatie en genocide van meer dan 7000 moslimjongens en mannen door Bosnisch-Servische troepen onder de leiding van de opperbevelhebber van de Bosnisch-Servische troepen generaal Ratko Mladić. De verantwoordelijkheid en gevolgen van de Val van Srebrenica leid tot jaren van onderzoeken en rechtszaken. Op 10 april 2002 verscheen het eindrapport van het NIOD Instituut voor Oorlogs-, Holocaust- en Genocidestudies over de rol die Dutchbat had gehad bij de Val van Srebrenica. Naar aanleiding van de resultaten hiervan diende het kabinet-Kok II op 16 april 2002 zijn ontslag in. Een dag later werd er door de Tweede Kamer een parlementaire enquêtecommissie ingesteld die de Nederlandse verantwoording bij de Val van Srebrenica verder moest onderzoeken.