Iniciada en 1648, la conquista de Creta por el Imperio Otomano terminó en 1669 con el fin del sitio de Candía. El período otomano en la historia de la isla estuvo marcado por insurrecciones. En 1821, Grecia se levantó contra los ocupantes otomanos, y Creta participó en la guerra de independencia. Pero en 1830, al final de la guerra, la gran isla no era parte del nuevo estado griego. El Protocolo de Londres del 7 de febrero concede la isla a Mehmet Alí de Egipto, por los servicios prestados al Imperio Otomano durante la guerra de independencia en el Peloponeso. Mehmet Ali nombró a Mustapha Naili Pasha como gobernador de la isla.