Emerton gewann mit der australischen U-17- und U-20-Nationalmannschaft jeweils die Ozeanienmeisterschaft der entsprechenden Altersklasse. Zudem nahm er an der U-17-Weltmeisterschaft 1995 in Ecuador und den U-20-Weltmeisterschaften 1997 in Malaysia und 1999 in Nigeria teil. Bei den Olympischen Spielen 2000 in Sydney führte er die australische Olympiaauswahl als Kapitän an. Emerton erhielt im zweiten Spiel gegen die nigerianische Mannschaft die rote Karte und Australien schied nach drei Niederlagen in der Vorrunde aus.