Rouhaní asumió numerosas responsabilidades en relación con la guerra con Irak, como miembro del Consejo Superior de Defensa entre 1982 y 1988, secretario de la comandancia entre 1982 y 1985 y director del centro militar Jatam al-Anbiá' entre 1985 y 1987. Fue además comandante del sistema de defensa aérea de 1986 a 1991. Entre 1987 y 1988, era miembro y presidía el comité ejecutivo del Consejo Superior de Soporte Bélico. Entre 1988 y 1989, fue designado como secretario del vicecomandante en jefe de las fuerzas armadas iraníes.