Pierwszy sukces w karierze Wout Van Aert osiągnął w 2012 roku, kiedy zdobył srebrny medal w kategorii juniorów podczas przełajowych mistrzostw świata w Koksijde. Rok później, w kategorii U-23, zajął trzecie miejsce na mistrzostwach świata w Louisville, a podczas rozgrywanych w 2014 roku mistrzostw świata w Hoogerheide był najlepszy. W kategorii elite pierwszy medal zdobył na mistrzostwach świata w Taborze, gdzie był drugi, przegrywając tylko z Mathieu van der Poelem z Holandii. Na mistrzostwach świata w Zolder w 2016 roku zwyciężył, wyprzedzając Holendra Larsa van der Haara i swego rodaka, Kevina Pauwelsa. Ponadto w &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20kolarstwie%20prze%C5%82ajowym%202015/2016"&gt;sezonie 2015/2016&lt;/a&gt; zwyciężył w klasyfikacji generalnej Pucharu Świata w kolarstwie przełajowym.