21 kwietnia cesarz otrzymał depeszę od Davouta informującą o poważnych walkach pod Teugen-Hausen. Davout utrzymał pozycję, ale nawet z przysłanymi przez Napoleona posiłkami około 36 000 Francuzów musiało odpierać 75 000 Austriaków. Kiedy cesarz ostatecznie zrozumiał, że Karol nie wycofuje się na wschód, przeformował skrzydła swojej armii do operacji, która przeszła do historii jako „Manewr Landshucki”. Wszystkie siły francuskie, z wyjątkiem 20 000 Bessieres'a, który ścigał Hillera, zostały rzucone na Eckmühl w kolejnej próbie pokonania przeciwnika i odciążenia otoczonych ludzi Davouta. 22 kwietnia Karol zostawił 40 000 wojska pod dowództwem Rosenburga i Hohenzollerna celem atakowania Davouta i Lefebvre’a, podczas gdy dwa korpusy Kollowrata i Lichtensteina miały ruszyć na Abbach i obsadzić brzeg rzeki. Jednak o godz. 13.30 dał się słyszeć odgłos dział z południa - to Napoleon nadciągał. Davout natychmiast wydał rozkaz do ataku na całej linii mimo przewagi przeciwnika; 10. lekki pułk piechoty zdobył wioskę Leuchling i zajął las pod Unter-Leuchling, a napoleońskie posiłki błyskawicznie pokonały austriackie lewe skrzydło. Bitwa pod Eckmühl zakończyła się zdecydowanym zwycięstwem Francuzów, a Karol musiał wycofać się na drugi brzeg Dunaju. Napoleon rzucił teraz Massenę w celu przechwycenia miejscowości Straubing na wschodzie, podczas gdy reszta armii ścigała główne siły Austriaków. Francuzi wygrali bitwę o Ratyzbonę po heroicznej szarży prowadzonej przez marszałka Lannesa, ale większość armii austriackiej zdołała ujść do Czech. Teraz cesarz zwrócił się w stronę Wiednia, staczając szereg bitew z siłami Hillera (np. Bitwa pod Ebersbergiem w dniu 3 maja). W dziesięć dni później stolica Austrii, po raz drugi w ciągu czterech lat, wpadła w ręce Napoleona.