Ахеджакова известна своей активной гражданской позицией, неизменно поддерживая президента Б. Н. Ельцина. Неоднократно выражала своё несогласие с последующей властью, в частности, выступала против суда над Михаилом Ходорковским и процесса по делу «ЮКОСа». В 1996 и 2003 году была среди деятелей культуры и науки, призвавших российские власти остановить войну в Чечне и перейти к переговорному процессу. На выборах традиционно голосовала за «Союз правых сил». В 2001 году подписала письмо в защиту телеканала НТВ.