Während der ersten britischen Annexion Transvaals erwarb sich Joubert den Ruf eines konsequenten und unversöhnlichen Gegners der Besetzung. Er weigerte sich sein Amt unter der Besatzung weiter auszuüben. Statt einen einträglichen Posten anzunehmen, den man ihm angeboten hatte, übernahm er eine führende Rolle in der Opposition. Er war eine der Triebfedern der antibritischen Agitation, die schließlich zum Ersten Burenkrieg (1880/81) führte. Er wurde Oberbefehlshaber der Streitkräfte und Mitglied des Triumvirats, das die 1880 in Heidelberg gegründete provisorische Burenregierung führte.