In 1893 werd Komura zaakgelastigde van Japan te Peking tijdens de Qing-dynastie in China. In die functie bracht hij aan de Chinese regering de Japanse intentie over om troepen naar Korea te sturen volgens het Verdrag van Tientsin om de Donghak boerenopstand neer te slaan. Dit leidde tot de Eerste Chinees-Japanse Oorlog. In die oorlog werd Komura burgerlijk bestuurder over de gebieden die Japan in Mantsjoerije had bezet. Hij onderhandelde mee het Verdrag van Shimonoseki.