По избијању рата у Хрватској, Милан Мојсиловић добија прве ратне дужности на Банији. Крај 1991. дочекује у бригади ЈНА у Петрињи као командир тенковског вода. Наредног пролећа, почетком рата у Босни и Херцеговини, ратује у Посавини у околини Дервенте у оквиру борбене групе Школског центра ОМЈ. Током мартовских и априлских борби његово борбено возило је два пута погођено.. Након повлачења ЈНА из Босне и Херцеговине у мају 1991. и до почетка рата на Косову обављао је низ командних и наставних дужности у јединицама Војске Југославије у Србији. Од марта до јуна 1999. ратује на Косову као начелник одељења за оперативне послове 243. механизоване бригаде у Урошевцу.