הלפרן תמך בצד העות'מאני בראשית מלחמת העולם הראשונה; בנוסף, גויס בנו לצבא העות'מאני, ונפל בקרב בפאתי עזה בשנת 1917. בעקבות יחסם הקשה של השלטונות העות'מאניים ליישוב היהודי ורדיפתם את הציונות בשנות המלחמה, וגם בעקבות הטבח ההמוני בארמנים בפיקודו של ג'מאל פאשה, השליט הטורקי במזרח הקרוב, שינה הלפרן את עמדתו ועבר לתמוך בבריטים. הלפרן עמד לצד אנשי מחתרת ניל"י בתקופת גילויה בתשרי תרע"ז ספטמבר 1917, כנגד עמדת רוב היישוב אז. הוא נתן מקלט בצריפו ליוסף לישנסקי כשנמלט למטולה מפני הבולשת הטורקית ואנשי "השומר", שרדפו אחריו וניסו להתנקש בחייו.