Eurooppalaiset löysivät Rarotongan verrattain myöhään. Ensimmäiset saaren nähneet olivat luultavasti HMS Bountyn kapinoitsijat vuonna 1789. Ensimmäinen saarella vieraillut eurooppalainen oli todennäköisesti Philip Goodenough vuonna 1814. Hän etsi saarelta santelipuuta ja otti useaan otteeseen yhteen paikallisten kanssa. Kun useat hänen miehistöstään olivat saaneet surmansa hän joutui lähtemään saarelta. Vuonna 1821 Cookinsaarille saapui London Missionary Society lähetyssaarnaaja John Williams, joka käännytti saarelaisia menestyksekkäästi yhdessä Seurasaarilta peräisin olleen apulaisensa Papeihan kanssa. Rarotongaan hän saapui kuitenkin vasta vuonna 1823 vietettyään aikaa useilla muilla saarilla. Käännytys Rarotongallakin oli menestyksekästä, vaikkakin Williams sai surmansa Vanuatulla vuonna 1839. Hänet korvattiin muiden lähetyssaarnaajien taholta nopeasti. Lähetyssaarnaajat käänsivät raamatun maorin kielelle ja perustivat Arorangin kylän eräänlaiseksi mallikyläksi. Lähetyssaarnaajat kannustivat käännynnäisiä muuttamaan pois kotiseuduiltaan rikkoakseen näiden siteet pakanoihin. Lähetyssaarnaajat toivat saarelle muillakin Tyynenmeren saarilla tuhoa aiheuttaneet taudit ja noin kaksi vuosikymmentä lähetyssaarnaajien tulon jälkeen asukasmäärä oli puolittunut. Lähetyssaarnaajat yrittivät pitää muut eurooppalaiset poissa saarelta, mutta silloin tällöin siellä vieraili valaanpyytäjiä ja kauppiaita. Lähetyssaarnaajia alkoi myös huolestuttamaan Ranska, joka oli valloittanut Tahitin vuonna 1843. Tästä syystä he painostivat paikallisen päällikkö Makea Takaun pyytämään brittien suojelusta vuonna 1865. Ensimmäiseen pyyntöön ei suostuttu mutta useiden pyyntöjen jälkeen Cookinsaarista tuli brittien protektoraatti ja Rarotongasta alueen keskus.