Στα κατοπινά χρόνια η μονή έγινε μετόχι του μοναστηριού της Καισαριανής. Ο ναός έπαθε μεγάλες ζημιές, όταν στην Επανάσταση το 1827 δέχτηκε κανονιοβολισμούς από την έγκλειστη στην Ακρόπολη τουρκική δύναμη. Σχεδόν ολόκληρη η βορειοανατολική πλευρά, καθώς και μεγάλο τμήμα του τρούλου είχαν καταρρεύσει. Αλλά το υπόλοιπο κτίριο βρισκόταν σε καλή κατάσταση.