Albánia 1912-es függetlenné válását követően Peqin az Esat Toptani vezette ellenkormányt támogatta, és a Közép-albániai Köztársaság része lett. Miután a nagyhatalmak által kijelölt Vilmos fejedelem lett az ország uralkodója, az ellene kirobbant közép-albániai felkeléshez 1914 nyarán Peqin is csatlakozott. A második világháborúban súlyos károkat szenvedett a település, amelynek határában a megszálló olaszok internálótábort létesítettek.