V srpnu 1997 byl zemským soudem v Berlíně odsouzen na šest a půl roku vězení za spoluvinu na usmrcení uprchlíků na vnitroněmecké hranici (konkrétně ve čtyřech případech). Krenz se proti rozsudku odvolal k Evropskému soudu pro lidská práva ve Štrasburku, jeho odvolání bylo v roce 2001 zamítnuto. Po odpykání tří let a jedenácti měsíců trestu byl podmínečně propuštěn na svobodu v prosinci 2003.