La gravité de la situation après la chute de Missolonghi avait montré la nécessité de réunir une nouvelle assemblée nationale. Il ne restait alors pratiquement plus à la Grèce que le nord-est du Péloponnèse autour de l'Argolide et Nauplie, ainsi que les îles d'armateurs. En , une assemblée réunie à Épidaure élit un nouveau gouvernement provisoire, remettant la poursuite des discussions à septembre. Cependant la reprise de l'assemblée fut ajournée, bien qu'elle soit convoquée par deux fois, à Poros, sans succès. En novembre, le gouvernement quitta Nauplie, ravagée par une épidémie, pour Égine où l'assemblée fut à nouveau convoquée, à nouveau sans succès. La principale raison était que Kolokotrónis refusait de se rendre dans une île. Il avait, lors de son séjour forcé sur Hydra en 1824, fait le serment de ne plus jamais poser le pied sur une île. Des troubles, suscités par ses fidèles, commencèrent en Corinthie. Le gouvernement réussit à calmer la situation, mais les troubles avaient désorganisé les troupes qui essayaient alors de briser le siège d'Athènes. En , deux assemblées nationales se réunirent : une de 90 délégués à Ermioni à la pointe de l'Argolide autour de Kolokotrónis, et une à Égine de cinquante délégués fidèles au gouvernement. Le spectre de la guerre civile faisait sa réapparition.