Mens Lees hær blev fastholdt i Belejringen af Petersburg vendte Hampton i januar 1865 tilbage til South Carolina for at rekruttere nye soldater. Han blev forfremmet til generalløjtnant den 14. februar 1865, men overgav sig til sidst til Unionen sammen med general Joseph E. Johnstons Army of Tennessee ved Bennett Place i Durham, North Carolina. Hampton var tøvende overfor at overgive sig, og var nær kommet i slagsmål med unionens brigadegeneral Judson Kilpatrick på Bennett Farm. Hans hjem, Millwood, i nærheden af Columbia, South Carolina, var blevet brændt af generalmajor William T. Shermans unionssoldater, en stor del af hans formue var gået til at forsyne hans soldater og hans mange slaver havde fået deres frihed. Forståeligt nok var han en bitter mand, og han blev sammen med general Jubal A. Early en af de første fortalere for "Lost Cause" bevægelsen. Hampton var især vred over, at der kom sorte Unionstropper og besatte hans hjemstat.