All'inizio del XX secolo gli armeno-cattolici dell'impero ottomano subirono la medesima sorte della nazione armena con il genocidio perpetrato dall'esercito turco. Incerte le cifre del massacro e della distruzione: 156 chiese, 32 conventi, 148 scuole e 6 seminari distrutti, 270 religiose e 300 preti uccisi. Nel 1928 un sinodo di vescovi armeni operò per la ricostruzione della Chiesa. Miglior sorte ebbero le comunità armeno-cattoliche di Leopoli, della Romania e della Russia, che furono però anch'esse travolte, dopo il 1922, dalla politica religiosa dell'Unione sovietica.