Nach der Rückeroberung von Konstantinopel 1261 führte Johannes Palaiologos einen langwierigen Feldzug gegen das wiedererstarkte Epirus, dessen Herrscher Michael II. schließlich im Sommer 1263/1264 die Oberhoheit des wiedererrichteten Byzantinischen Reiches anerkennen musste. Anschließend bekämpfte er die türkische Bedrohung in Kleinasien und festigte die kaiserliche Herrschaft über das Mäandertal. Nach 1267 kehrte Johannes nach Europa auf seine Ländereien in Strymon zurück. Er stellte nach dem Tod Michaels II. von Epirus die Kontrolle der Zentralregierung über die Klöster im östlichen Thessalien wieder her; das von Piraten heimgesuchte Xeropotamu-Kloster auf dem Athos ließ er erneuern.