Het heiligdom van Delphi werd door een raad van amphictionen bestuurd, door wie grof wangedrag met een Heilige Oorlog werd gestraft. Door de Derde Heilige Oorlog (355–346 v.Chr.) verwierf Philippus II van Macedonië niet alleen invloed op het orakel zelf, maar daarmee ook op de rest van Griekenland. Delphi ging er in de volgende eeuwen sterk op achteruit, onder meer door invallen en plunderingen van barbaren, maar het beleefde een hernieuwde bloei tijdens de overheersing door de Romeinen, vooral door de belangstelling van keizers als Hadrianus, die filhellenist was, maar het orakel werd in 390 na Chr. door de fanatieke christelijke keizer Theodosius I definitief gesloten. Dat was in overeenstemming met zijn politiek om alle voorchristelijke praktijken uit te roeien.