El 16 de abril de 2016 a las 18:58 horas un terremoto de magnitud 7,8 con epicentro cerca de la ciudad de Pedernales, entre Cojimíes y Pedernales asoló la provincia, dejando como resultado cientos de víctimas fatales, miles de heridos y cuantiosos daños estructurales y económicos valorados por sobre los 2000 millones de dólares; siendo considerada la peor catástrofe del país en 60 años y la peor de la provincia en toda su historia. El sismo destruyó sus ciudades principales (Portoviejo, Manta, Bahía y Pedernales), así como otras localidades muy turísticas tales como Jama, Jipijapa, Montecristi, Calceta, El Carmen, Jaramijó, Rocafuerte, Tosagua, Chone y Flavio Alfaro. Sin embargo las dos localidades más afectadas por el sismo fueron Pedernales y Canoa, ubicadas muy cerca del epicentro, donde los daños y pérdidas suman más del 70% del total.