Contrairement au Tribunal pénal international pour le Rwanda créé en novembre 1994 après la fin du génocide des tutsis, le contexte de la naissance du TPIY est particulier en ce qu'il a été créé le 25 mai 1993 alors que le conflit était toujours en cours. Plus précisément, la juridiction est instituée près d'un an après le début du siège de Sarajevo et environ un an et demi avant la chute de Srebrenica, c'est-à-dire « en pleine période de purification ethnique ».