Cuando Arsuzi dejó el partido en 1939 después de que su líder popular muriera y el partido cayera en un desarreglo, él fundó el efímero Partido Nacional Árabe en 1939 y después lo disolvió ese mismo año. El 29 de noviembre de 1940, Arsuzi fundó el Partido Baath Árabe. Un significante conflicto y momento crucial en el desarrollo del baazismo ocurrió cuando los movimientos de Arsuzi y Aflaq discutieron sobre el asunto del golpe de Estado de 1941 por Rashid Alí Al-Gaylani y la subsiguiente Guerra anglo-iraquí. El movimiento de Aflaq apoyó al gobierno de Al-Gaylani y a la guerra del gobierno iraquí contra los británicos, y organizó voluntarios para ir a Iraq y pelear al lado del gobierno iraquí. Sin embargo, Arsuzi se opuso al gobierno de Al-Gaylani, considerando que el golpe fue pobremente planeado y fallido. En este punto, el partido de Arsuzi perdió militantes y el apoyo fue transferido al movimiento de Aflaq.