Vuonna 1941 Stahlecker määrättiin Einsatzgruppe A:n komentajaksi. Hänen osastonsa suoritti partisaanien ja niin sanottujen ei-toivottujen väestöryhmien vastaisia toimia rintamalinjan takana. Loppuvuoteen 1941 mennessä yksikkö oli tappanut 249 420 juutalaista. Myöhemmin Einsatzgruppe A:ta ja siihen kuuluneita yksiköitä syytettiin Nürnbergin oikeudenkäynnissä rikoksista ihmisyyttä vastaan.