Como líder Republicano Radical en el Senado durante la reconstrucción, 1865-1871, Sumner luchó para lograr la igualdad de derechos civiles y el voto a favor de los libertos (sobre la base de que "el consentimiento de los gobernados" era un principio básico del republicanismo americano), y bloquear a los ex confederados para que no fueran a revertir la victoria en la guerra de Secesión. Sumner, haciendo equipo con el líder de la Cámara Thaddeus Stevens, derrotó a Andrew Johnson, e impuso puntos de vista radicales sobre el Sur. En 1871, sin embargo, rompió con el presidente Ulysses Grant, a raíz de lo cual los partidarios de Grant en el Senado le quitaron la base del poder de Sumner, su presidencia del comité. Sumner, concluyendo que la corrupción de Grant ponía en peligro el éxito de las políticas de Reconstrucción, pidió un liderazgo nacional nuevo apoyando en las elecciones de 1872 al candidato liberal Horace Greeley y perdió su poder dentro del Partido Republicano.