Entre 1839 et 1884, le pays se trouva dans une situation très instable et souffrit d'une série de guerres civiles qui marquèrent son histoire et dont certaines favorisèrent des changements de régime, de nom ou de constitution. En 1854, un coup d'État politico-militaire porta José María Melo au pouvoir durant quelques mois. Après son renversement, les autorités entreprirent une politique de réduction des forces armées, prérequis important pour le fonctionnement fédéraliste qui fut instauré jusqu'en 1859, moment où se produisit la quatrième guerre civile à la suite d'une rébellion dans l'État de Cauca, qui mit à bas le gouvernement. Dès lors et jusqu'en 1876, sous la Constitution de Rionegro, qui favorisait l'autonomie des États et la création d'armées régionales en réaction à la faiblesse politique et militaire du gouvernement central, survinrent près de civiles régionales et une nationale (1876-1877). En 1884, les libéraux radicaux tentèrent, sans succès, de renverser le président Rafael Núñez. Au cours de ces guerres, le nom officiel du pays changea continuellement. Entre 1831 et 1858, le pays se nomma « république de Nouvelle-Grenade » (« "República de Nueva Granada" »), entre 1858 et 1861 « Confédération grenadine » (« "Confederación Granadina" »), de 1861 à 1886 « États-Unis de Colombie » (« "Estados Unidos de Colombia" »), avant la restauration de « république de Colombie » (« "República de Colombia" »), qui est encore la dénomination actuelle.