W latach 90. XX wieku, ze względu na konflikt czeczeńsko-rosyjski, do Pankisi przybyło 10 tysięcy uchodźców z Czeczenii. Utrzymanie uchodźców spadło niemal całkowicie na barki Kistów. Co więcej, wraz z uchodźcami, pojawili się także bojownicy czeczeńscy, którzy po klęsce w II wojnie czeczeńskiej uczynili z Pankisi bazę wypadową i rekrutacyjną. W wąwozie rezydował w szczególności czeczeński dowódca Rusłan Giełajew. Sytuacja w wąwozie stała się pretekstem do rosyjskich interwencji na terytorium Gruzji, a w rosyjskich bombardowaniach zginęła pewna ilość cywilów. Dopiero po 2003 r. nadzwyczajne środki bezpieczeństwa, podjęte przez rząd gruziński we współpracy z Amerykanami, doprowadziły do ustabilizowania sytuacji.