Su compromiso con las instituciones de la República española, le empujó a presidir personalmente, sin nombrar un delegado, el primer Tribunal Especial aprobado por el gobierno después de que se produjera por motivos políticos una matanza de presos en la cárcel Modelo de Madrid el 23 de agosto de 1936. Con esta decisión el Presidente del Tribunal Supremo logró salvar la vida a un considerable número de opositores al bando republicano, sin embargo la decisión de presidir el Tribunal Especial fue una de las causas por las que fue estigmatizado después del triunfo del bando nacionalista. Mariano Gómez González también rechazó la oferta de encabezar de un gobierno alternativo en Madrid después de que se trasladara el gobierno republicano a Valencia. En el mes de noviembre de aquel año, se inició el traslado del Tribunal Supremo a la capital levantina debido a los avances del bando sublevado aunque se mantuvo una sección delegada en Madrid. En el mes de octubre de 1937 el Tribunal Supremo junto al gobierno y el grueso de la administración fueron evacuados de nuevo, en esta ocasión a Barcelona. El Gobierno de Burgos creó en el mes de agosto de 1937 su propio Tribunal Supremo, nombrando un año después como presidente al jurista Felipe Clemente de Diego que continuó como presidente al finalizar la Guerra Civil. En el mes de enero de 1939, al producirse la ocupación de Barcelona por el bando sublevado, Mariano Gómez González tuvo que exiliarse en Francia y posteriormente en Buenos Aires, ciudad en la que falleció en 1951.