1773年に発生した大規模な農民の反乱「プガチョフの乱」では鎮圧に活躍した。その後、「急接近した2人が極秘裏に結婚し、エカチェリーナが46歳の時（1775年）に2人の間には実娘が産まれた。ポチョムキナ（チョムキナ）は後に将軍と結婚し、その末裔は現在も実在している。」などの説があり、かなり信憑性の高い史料であるエカチェリーナとポチョムキンが交わした1162通もの往復書簡からもそういう事実があった可能性が窺えるが、真相は今も研究が続いている。2人に男女の関係がなくなった後も「妻と夫」であり続け、エカチェリーナの男性の趣味を知り尽くしたポチョムキンが、選りすぐった愛人を女帝の閨房に送り込んでいたという。