После оккупации и ликвидации армии Карел Павлик сотрудничал с подпольной организацией «За родину» (), которая переправляла чешских кадровых военных на Запад. Переехав в Прагу, он вступил в организацию «» (), готовившую вооруженное восстание против оккупантов. В 1942 году, после покушения на Гейдриха, гестапо арестовало Павлика. При аресте он оказал вооруженное сопротивление. Был приговорен к смерти, но казнь заменили заключением в концлагерь (по некоторым данным, за Павлика ходатайствовали офицеры немецкого 84-го полка, с которым он воевал в 1939 году). 26 января 1943 года охранник концлагеря Маутхаузен застрелил Павлика за неподчинение.