מועצת המומחים נבחרה וכונסה לראשונה ב־1983. מועצת המומחים הראשונה בחרה באייתוללה עט'מא חוסיין עלי מונתזרי כיורשו של ח'ומייני בתפקיד המנהיג העליון, בעקבות קרבתו הרבה לח'ומייני ותפקידו המכריע במהפכה האסלאמית של 1979. אולם בעקבות מכתב של ח'ומייני ב־1988 הוא הודח מתפקיד היורש. לאחר מותו של ח'ומייני ב־3 ביוני 1989, המועצה התכנסה ובחרה בעלי ח'מנאי לתפקיד המנהיג העליון. ברוב של שני שלישים נבחר ח'מנאי לתפקיד. ב־28 ביולי 1989 בוצעה שורה מקיפה של תיקונים לחוקה שאיפשרו לח'מנאי לתפוס את מקומו של ח'ומייני, למרות שלא היה בדרגה הדתית המתאימה.