Отряд (с 1998 года отдел) участвовал в составе сводных групп спецназа в антитеррористических операциях на Северном Кавказе в ходе обеих чеченских войн. В 1995—1996 годах во время Первой чеченской войны отряд обеспечивал пропускной режим на блокпостах с Ингушетией. В сентябре 1999 года во время вторжения боевиков в Дагестан освобождал сёла Карамахи и Чабанмахи, захваченные боевиками. Зимой 1999—2000 годов вёл боевые действия в селе Горагорское Надтеречного района, а летом зачищал Гудермес; позже снабжал припасами десантников во время их разведывательных выходов вокруг сёл Хатуни, Сельментаузен, Агишты, Тевзана и Махкеты. В сентябре 2002 года совместно с 19-й мотострелковой дивизией вёл бои в ингушском селе Галашки против банды Руслана Гелаева. В республику вернулся осенью 2004 года.