Em 2003, tornou-se um proeminente crítico da Invasão do Iraque em 2003 liderada pelos EUA. Ele mandou o ex-Pró-Núncio Apostólico para os Estados Unidos Cardeal Pío Laghi para conversar com o presidente americano George W. Bush para expressar a oposição à guerra. João Paulo II disse que cabe para as Nações Unidas resolver os conflitos internacionais por meio da diplomacia e que uma agressão unilateral é um crime contra a paz e uma violação do direito internacional.