Na de Tweede politionele actie (19 december 1948 - 5 januari 1949) leidde de diplomatie met de Republiek Indonesië tot blijvende resultaten: de Renville-overeenkomst (17 januari 1948), de Van Roijen-Roem-verklaring (7 mei 1949), de Nederlands-Indonesische rondetafelconferentie (23 augustus - 2 november 1949) en ten slotte de overdracht van de soevereiniteit op 27 december 1949. Gerbrandy bleef voorstander van zelfstandigheid voor de Zuid-Molukken en steunde de Republiek der Zuid-Molukken.