Uiteindelijk werden drie eenheden die van Mcdowell, John C. Frémont en Nathaniel P. Banks samengevoegd tot een nieuw leger, namelijk het Army of Virginia onder leiding van John Pope. McDowell voerde het III Corps van dit leger aan. Voor zijn acties bij Cedar Mountain werd McDowell gepromoveerd tot gebrevetteerd generaal-majoor in het reguliere leger. Kort daarop werd hij beschuldigd van insubordinatie tijdens de Tweede Slag bij Bull Run. Dankzij zijn getuigenis tegen generaal-majoor Fitz John Porter, die Pope eveneens had aangeklaagd, kwam Mcdowell er met een waarschuwing vanaf. De daaropvolgende twee jaar ontving hij echter geen commando meer.