Манастир је током ратова који су се одвијали на територији Србије страдао. По завршетку Аустријско-турског рата и потписивању Свиштовског мира (1791), приступило се обнови Раковице уз велику подршку кнеза Милоша Обреновића, који је посебно ценио улогу манастира у народном животу. Његово нарочито старање о овој светињи је било подстакнуто и тиме што је његов син Тодор био сахрањен овде. Током 1822. године финансирао је изградњу троспратних манастирских келија са великом трпезаријом и кнежевим конаком. О манастиру су се касније старали кнез Михаило и Томанија Обреновић, супруга Јефрема Обреновића, која је заједно са мужем и децом и сахрањена у припрати цркве, а насупрот њихове породичне гробнице почива Миливоје Блазнавац, муж Јефремове унуке Катарине. У манастиру је сахрањен и јунак Првог српског устанка Васа Чарапић. Црква је обновљена тек 1861-1862. године када је дозидана у горњем делу, изнад кордонског венца. Манастир Раковица је одлуком Патријарха Германа 1959. године претворен у женски манастир. Бивши српски патријарх Димитрије сахрањен је у овом манастиру 1930. године, а српски патријарх Павле сахранњен је у манастиру Раковица 19. новембра 2009. године по сопственој жељи.