В конце 1999 года Атта, аш-Шеххи, Бахаджи, аш-Шибх и ещё один участник будущих терактов 11 сентября Зияд Джаррах решили направиться в Чечню для участия в войне на стороне боевиков, однако в последний момент были убеждены одним из членов «Аль-Каиды» уехать вместо этого в Афганистан, куда они направились на две недели в конце ноября. 29 ноября Мухаммед самолётом Turkish Airlines прибыл из Гамбурга в Стамбул, оттуда рейсом этой же авиакомпании в пакистанский Карачи. По прибытии они, будучи образованными, имеющими опыт проживания на Западе и умеющими говорить на английском, были отобраны заместителем бен Ладена для участия в «плане с самолётами». Близ Кандагара с ними встретился сам глава «Аль-Каиды», потребовавший клятвы верности и готовности пожертвовать жизнью, на что они согласились, после чего были направлены к Абу Хафсу и обратно в Карачи к Халиду Шейху Мохаммеду для подробного инструктажа. После этого проходил обучение в лагерях «Аль-Каиды» в Афганистане. 24 февраля вылетел из Карачи в Стамбул, откуда прибыл в Гамбург. Сразу после возвращения в Германию вместе с аш-Шеххи и Джаррахом подал заявление об утере паспорта с целью скрыть факт въезда в Афганистан.