Bei der Erstürmung Magdeburgs im Dreißigjährigen Krieg am 10. Mai 1631 brannte die Kirche nieder. Noch 1642 wird sie als Ruine geführt. 1663 wurde der Chor wieder errichtet und eine hölzerne Decke in Form eines Gewölbes eingezogen. Erst 61 Jahre nach der Zerstörung fand dann 1692 der erste Gottesdienst statt. Ein ursprünglich nördlich der Kirche gelegener Kreuzgang verfiel und wurde dann als Friedhof genutzt. Hiervon zeugt die noch bis nach dem Zweiten Weltkrieg vorhandene Straßenbenennung Friedhof.