Napoleon sau đó chiếm bán đảo Iberia, hi vọng mở rộng Hệ thống Lục địa, nhằm bóp nghẹt thương mại của Anh với châu Âu đại lục và đưa anh trai ông Joseph Bonaparte làm vua Tây Ban Nha vào năm 1808. Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha nổi dậy chống lại ông với sự ủng hộ của Anh. Chiến tranh Bán đảo kéo dài 6 năm, đây là một cuộc chiến tranh du kích và kết thúc với chiến thắng của những đội quân hợp tác chống lại Napoleon. Hệ thống Lục địa đã gây ra xung đột ngoại giao kéo dài giữa Pháp và các nước bị chiếm đóng, đặc biệt là Đế quốc Nga. Người Nga không chịu đựng được những hậu quả kinh tế từ việc suy giảm thương mại và thường thay can thiệp vào Hệ thống Lục địa của Pháp. Pháp mở một cuộc xâm lược lớn vào Nga trong mùa hè năm 1812. Cuộc chiến đã phá hủy nhiều thành phố của Nga, nhưng không mang lại thắng lợi quyết định mà Napoleon mong muốn. Đội quân chủ lực của Napoleon Grande Armée bị đánh bại hoàn toàn, mở ra một loạt các cuộc chiến mới chống lại Napoleon. Năm 1813, Phổ và Áo gia nhập lực lượng Nga trong " Chiến tranh của Liên minh thứ sáu" chống lại Pháp. Trận chiến kết thúc khi quân đội Liên minh thứ sáu với số lượng lớn đã đánh bại Napoleon tại Trận Leipzig vào tháng 10 năm 1813, nhưng chiến thắng chiến thuật của ông tại Trận Hanau đã giúp quân đội của ông kịp thời trở về Pháp. Quân Liên minh thứ sáu sau đó đã tấn công nước Pháp và chiếm được Paris vào mùa xuân năm 1814, ép Napoleon phải thoái vị trong tháng 4. Ông bị lưu đày tới đảo Elba phía bờ biển của Tuscany và Triều đại Bourbon trở lại ngôi vương. Napoleon bí mật rời khỏi Elba trong tháng 2 năm 1815 và nắm quyền cai trị nước Pháp một lần nữa. Liên Minh hốt hoảng thành lập Liên minh thứ bảy và đã đánh bại ông trong Trận Waterloo vào tháng 6. Nước Anh đã lưu đày ông tới hòn đảo Saint Helena tại Nam Đại Tây Dương, ông sống tại đây trong sáu năm đến khi qua đời vào năm 1821.