Le , la hiérarchie catholique a tenu un synode à Kells et a presque unanimement convenu que la rébellion était une guerre juste. Ils ont rédigé un serment d'association confédéré en mai et l'avocat de Meath Nicholas Plunkett a encouragé les nobles catholiques à prêter serment. Après le déclenchement de la guerre civile anglaise, une assemblée a eu lieu à Kilkenny et le gouvernement provisoire de l'Irlande confédérée a été établi, qui a pris les armes avec les royalistes contre les parlementaires . Les royalistes ont été écrasés par Oliver Cromwell, qui s'est alors mis à mettre fin aux guerres confédérées irlandaises en s'engageant dans une conquête de l'Irlande incontestablement brutale; elle entraîna, au maximum, la mort de 40% de la population de l'île.