Халіл Мустафаєв народився у селі Ай-Василь (нині — частина Ялти) Кримської АРСР. Після депортації у 1944 році опинився у Кагановичбадському районі Таджицької РСР. Через смерть батьків виховувався людьми різних національностей, певний час був волоцюгою. З 1948 по 1956 рік був під опікою музикантів духового оркестра військової частини, що базувалася у місті Курган-Тюбе. Навчання в школі розпочав лише у віці 13 років, закінчив у 1956 році. У 1961 році став випускником енергетичного факультету Сталінабадського політехнічного інституту. З 1961 по 1968 рік працював майстром, начальником цеху, а потім і заступником головного енергетика заводу «Таджиктекстильмаш». З 1968 по 1991 рік — молодший, а згодом старший науковий співробітник, завідувач сектору Інституту економіки АН Таджицької РСР. Кандидат економічних наук.