Im Sommer 1917 wurde Huebner mit seinem neuen Regiment, der 28th Infantry, als Teil der 1st Infantry Division nach Frankreich verschifft und kam im November 1917 bei Lunéville an die Front. Im März 1918 wurde er bei Toul verwundet, als ihn eine Maschinengewehrkugel an der Vorderseite seines Helmes traf, die Verwundung machte ihm für den Rest seines Lebens gesundheitliche Schwierigkeiten. In der Schlacht von Cantigny Ende Mai übernahm der im Rang eines Captain stehende Huebner temporär den Befehl über das 2. Bataillon seines Regiments, nachdem der kommandierende Offizier tödlich verwundet worden war. Nach dem Ende der Schlacht wurde er zum Major befördert und behielt sein Kommando. In der Schlacht um Soissons im Juli wurde er erneut verwundet, als ein Granatsplitter seine Stirn traf. Er nahm an der Schlacht von St. Mihiel im September teil und erhielt während der Maas-Argonnen-Offensive im Oktober die Beförderung zum Lieutenant Colonel und die Ernennung zum Regimentskommandeur der 28th Infantry. Für seinen Einsatz im Ersten Weltkrieg erhielt Huebner das Distinguished Service Cross mit Eichenlaubcluster, die Distinguished Service Medal, den Silver Star und zweimal das Purple Heart, neben ausländischen Auszeichnungen. Nach dem Krieg war er bis Sommer 1919 an der Rheinlandbesetzung im Bereich des Brückenkopfes Koblenz beteiligt.