Suomen sodan aikana von Hertzen toimi Uudenmaan jääkäripataljoonan komentajana ja hän onnistui saamaan Siikajoen taistelun kääntymään ruotsalaisille voitokkaaksi. Von Hertzen oli mukana myös Ruonan, Salmin ja Oravaisten taisteluissa ja hänet ylennettiin everstiluutnantiksi 1809. Hän palasi Suomeen Kainuun sopimuksen jälkeen ja erosi palveluksesta vuonna 1810. Eron yhteydessä von Hertzen ylennettiin everstiksi. Hän kieltäytyi vuonna 1812 tarjotusta upseerinvakanssista kun Venäjän keisari Aleksanteri I perusti uusia suomalaisia joukko-osastoja.