Kirkollisen työnsä lisäksi Amnell teki merkittävän poliittisen uran, ollen sillä saralla suomalaisista merkittävimpiä vapaudenajalla. Hän toimi valtiopäivillä Turun hiippakunnan alaosan papiston edustajana vuosina 1734, 1738-1739, 1740-1743 sekä 1743-1743. Poliittisesti hän lukeutui myssypuolueeseen ja otti kantaa sen mukaisesti. Hän oli kolmilla eri valtiopäivillä jäsenenä merkittävässä salaisessa valiokunnassa. Vuonna 1738 hän kuului maan puolustusta ja turvallisuutta käsitelleeseen deputaatioon. Tämä antoi hallitukselle valtuutuksen aloittaa olosuhteiden salliessa hyökkäyssota Venäjää vastaan, Amnellin ollessa deputaation ainoa suunnitelmaa vastustava jäsen. Vuonna 1741 salaisen valiokunnan tehtyä päätöksen aloittaa sota myöntyi Amnell päätökseen todeten kuitenkin pelkäänsä, että sota sujuisi huonosti ja juuri Suomi joutuisi kärsijäksi.