Республика принимала ключевое участие в кровопролитной боснийской войне и оставалась самопровозглашённой и непризнанной до ноября 1995 года, когда под давлением НАТО и ООН были заключены Дейтонские соглашения и создано общее, имеющее как признаки федерации, так и признаки конфедерации, государство Босния и Герцеговина в составе двух образований — Республики Сербской и Федерации Боснии и Герцеговины. Территориальное разделение двух образований предусматривало две части Республики Сербской, которые соединялись районом Брчко (согласно соглашениям в Дейтоне граница в этом районе, примерно поровну разделённом между Республикой Сербской (северная часть) и Федерацией Боснии и Герцеговины, должна определиться в будущем (не позже, чем через год после подписания соглашения), но вопреки этому округ был выведен в самостоятельную административную единицу). В то же время Республика Сербская является звеном, отделяющим Федерацию Босния и Герцеговина от двух хорватских районов, и обязана обеспечивать беспрепятственный проход по специальному коридору, проходящему по её территории.