Nel 1988, insieme all'altro tedesco Lothar Matthäus, Brehme è ceduto all'. Per bilanciare l'oneroso acquisto del connazionale, il suo cartellino viene valutato 1,8 miliardi di lire, una cifra relativamente bassa: ciò, unitamente a un suo litigio con il tecnico dei bavaresi Jupp Heynckes, alimenta qualche scetticismo nei suoi confronti, determinato da una generalizzata ma erronea convinzione che il Bayern Monaco volesse liberarsi di lui. Giovanni Trapattoni, allenatore del club milanese, crede però nella bontà dell'acquisto di Breheme, il cui dinamismo sarebbe servito a compensare la vocazione offensiva di Matthäus, e intuisce che il giocatore possa offrire prestazioni convincenti se impiegato sulla fascia sinistra: la sua ipotesi si rivela corretta, e Brehme risulta determinante per la vittoria dello scudetto del 1989 – anno in cui l'Inter ottiene 58 punti su 68, stabilendo un record –, in particolar modo per il suo contributo alla costruzione della manovra. La stagione seguente, mantenendo elevati standard di rendimento, conquista la Supercoppa italiana contro la . Nel 1991 vince la Coppa UEFA battendo in finale la .