Ursprünglich wurde Colimau 2000 während der indonesischen Besatzungszeit (1975–1999) als geheime Widerstandsbewegung in Untergrund gegründet. Ihre Wurzeln hat sie in der religiösen Gruppe Sagrada do Coração de Jesus (Heiliges Herz von Jesus), die Mitte der 1980er entstand. Gründer waren "Martinho Vidal" aus Hatu-Builico und zwölf weitere Personen. Mit der Zeit beteiligten sich drei Mitglieder am Widerstand gegen die Indonesier. Einer operierte vom Ort Colimau in Bobonaro aus, einer im Zentrum Osttimors und einer im Osten. Im Gegensatz zu anderen Gruppen, die traditionelle Magie betrieben, hatte die Gruppe sich für Jesus als Symbol entschieden. 1994/95 begann das indonesische, militärische Distriktkommando ("Kodim") von Bobonaro allgemein die Mitglieder des Widerstands als "Colimau" zu bezeichnen. In den 1990ern soll Martinho einen Traum gehabt haben, dass Osttimor im Jahr 2000 von den Indonesiern befreit werden würde. Tatsächlich geschah dies Ende 1999 mit der Intervention der internationalen Eingreiftruppe INTERFET. In einer Höhle namens "Ai Turi Laran", in den Außenbezirken Dilis, erklärte Martinho vor seinen zwölf Anhängern und lokalen Händlern seinen Traum zur Prophezeiung. Diese verbreitete sich schnell. Im November 1998 beteiligte sich die Gruppe zentral an einem sehr umstrittenen Angriff auf indonesisches Militär in Alas (Gemeinde Manufahi). Mehrere Waffen wurden dabei aus dem Hauptquartier des Subdistrikts ("Koramil") gestohlen. Colimau 2000 war Teil des Conselho Nacional de Resistência Timorense ("Nationalrat des timoresischen Widerstands CNRT"), trat aber im August 1999 aus diesem aus, was ihr eine legitimierte Beteiligung in Regierung und Verwaltung des nun unabhängigen Osttimors unmöglich macht. Das Mitglied im Ort Colimau kam bei der indonesischen Operation Donner dem Unabhängigkeitsreferendum ums Leben. Die anderen zerstreuten sich und flohen in die Berge oder nach Westtimor.