Jan Hendrik Kruger se ouers was Johannes Christiaan Kruger en Johanna Maria Snyman. Hy het 'n broer gehad wat ook predikant geword het, Gert Hendrik Jacobus, wat getroud was met Christina Kruger en wie se seun Gerrit ook tot die bediening toegetree het. Ds. Kruger het sy eerste onderwys op sy ouerplaas, Beschuitfontein, en op Venterstad ontvang en matriek in 1899 geslaag. Sy ouers het vanaf 1895 op Heidelberg in die ZAR gewoon en met die uitbreek van die Tweede Vryheidsoorlog het hy by die Boeremagte aangesluit. (Volgens ’n ander bron was hy op Burgersdorp met die uitbreek van die oorlog en het vriende hom deur die Grootrivier help kom om hierdie doel te bereik.) Hy het deelgeneem aan die veldslae van Colenso en Ladysmith en op 24 Januarie 1900 by die Slag van Spioenkop in Natal gewond. Nadat hy herstel het, het hy by die magte van genl. Christiaan de Wet aangesluit, maar in die verwarring tydens die Slag van Sandrivier (of by Zandfontein) is hy gevang en moes twee jaar as banneling op Ceylon deurbring.