В первой игре Сити в сезоне 2018/19 Агуэро забил оба гола в матче Суперкубка Англии против «Челси», а первый гол стал для него 200-м за клуб. 19 августа 2018 года Агуэро оформил свой 9-й хет-трик в Премьер лиге в разгромной победе над «Хаддерсфилдом», закончившейся со счётом 6:1. 21 сентября Агуэро продлил контракт с клубом до 2021 года. 22 сентября, в своём 300-м матче за «Манчестер Сити», Агуэро забил первый гол в победном матче на выезде над «Кардифф Сити» со счётом 5:0.