Während der Kertsch-Eltigener Operation setzten Schiffe der Flottille Landungstruppen der 56. Armee nordöstlich von Kertsch ab. Im Januar 1944 erfolgten drei weitere taktische Landungen an der Krimküste. Von November 1943 bis April 1944 erfüllte die Flottille Versorgungsaufgaben der Selbstständigen Küstenarmee im Kertscher Aufmarschgebiet. In der Schlacht um die Krim beförderte sie die Rückwärtigen Kräfte der Armee auf die Krim und setzte Landungstruppen an den Flanken des deutschen Gegners ab.