Nach dem Überfall der deutschen Wehrmacht auf Norwegen am 9. April 1940 wurde Øen kommissarischer Generalinspekteur der Heeresfliegertruppe und führte nach dem Fall von Südnorwegen eine Gruppe von Flugoffizieren nach Großbritannien, um von dort aus Flugeinsätze nach Nordnorwegen vorzubereiten. Auf seine Initiative hin beschloss die Exilregierung Norwegens in London die Einrichtung von "Little Norway", eines Rekrutierungs- und Ausbildungslager für die Luftstreitkräfte FTL "(Flyvåpnenes Treningsleir)" im kanadischen Toronto. Er wurde am 10. November 1940 als Major erster Chef der FTL bis zu seiner Ablösung durch Ole Reistad Anfang 1941. Dadurch gelang die Bereitstellung ausgebildeter Flieger für die Dienst bei den Alliierten. Danach wurde er Chef des Stabes des Gemeinsamen Luftstreitkräftekommando FFK "(Flyvåpnenes Felleskommando)", deren Kommandeur Hjalmar Riiser-Larsen war. Innerhalb des neu geschaffenen Oberkommandos der Streitkräfte in London wurde er im Februar 1942 Leiter des sogenannten Vierten Büros FO IV "(„fjerde kontor“)", das mit Operationen zur Rettung Norwegens betraut war. Dabei sicherte er die norwegischen Lufteinsätze und Flüge durch eine intensive Zusammenarbeit mit der britischen Sondereinsatztruppe SOE "(Special Operations Executive)", aber mit der norwegischen Widerstandsgruppe "Norwegian Independent Company No. 1" von Hauptmann Martin Linge sowie durch Kontakt zu Jens Christian Hauge, dem Leiter der militärischen Geheimorganisation Milorg. Im Februar 1945 besuchte er heimlich Norwegen, um mit Milorg die Befreiung von den deutschen Besatzungstruppen vorzubereiten.