Johnson Hagood besuchte zunächst die Richmond Academy in Augusta (Georgia) und absolvierte danach im Jahr 1847 die „Citadel“ Militärakademie in Georgia als bester seiner Klasse. Er studierte Jura und wurde im Jahr 1850 als Anwalt zugelassen, doch zog er das Leben auf einer Plantage dem Beruf des Juristen vor. Hagood war auch in der Nationalgarde aktiv, wo er dem Generalstab angehörte. Außerdem war er 14 Jahre lang Vorsitzender des Besucherausschusses der Citadel Militärakademie. Während des Bürgerkriegs stieg er bis zum Brigadegeneral in der Armee der Konföderation auf. Sein erstes Kommando hatte er als Oberst inne. Er kommandierte die "1st South Carolina Volunteers". Er nahm am Angriff auf Fort Sumter und der Zweiten Schlacht von Bull Run teil. Im Juli 1862 wurde er Brigadegeneral.