Vuonna 1993 Maria Mutola voitti hallimaailmanmestaruuden Toronton MM-hallikisoista sekä ulkoratojen mestaruuden Stuttgartin MM-kisoissa. Hän uusi hallimaailmanmestaruutensa 1995 Barcelonassa ja lähti ennakkosuosikkina myös Göteborgin ulkoratojen MM-kisoihin, missä kuitenkin joutui diskvalifioiduksi alkuerissä. Atlantan 1996 olympialaisista hän toi maalleen ensimmäisen olympiamitalin, väriltään pronssisen. Pariisin MM-hallikisoissa 1997 Mutola voitti kolmannen peräkkäisen hallimaailmanmestaruutensa. Samana vuonna Ateenan ulkoratojen MM-kisoissa hän saavutti pronssia. Vuonna 1999 Mutola saavutti 800 metrillä MM-hopeaa sekä Maebashin hallikisoista että Sevillan ulkoratojen kisoista. Maebashissa hänet voitti Ludmila Formanova ajalla 1.56,90, joka on MM-hallikilpailujen ennätys.