Крупным мероприятием протектора стало поначалу успешное продолжение войны с Шотландией . Он вновь лично возглавил поход своего войска в Лотиан и 10 сентября 1547 года разбил в битве при Пинки шотландского регента графа Аррана, после чего расставил по Шотландии гарнизоны вплоть до Данди. Однако завоевать всю страну англичанам так и не удалось, а шотландцы обновили Старый союз с Францией, отправив в Париж свою малолетнюю королеву Марию Стюарт, помолвленную с дофином, будущим Франциском II. Французы прислали подкрепление шотландцам, оборонявшим Эдинбург, а содержание больших гарнизонов за Твидом дорого обходилось королевской казне. В августе 1549 года Франция атаковала Булонь, что заставило регента отвести войска из Шотландии. Уже после падения Сомерсета в 1550 году война закончилась Булонским миром.