Na een verblijf van vier jaar in zijn vaderland, keerde hij in 1607 terug naar de Nederlanden, en bleef er wonen gedurende het Twaalfjarig Bestand waarin hij geen militaire functies had. Toen de strijd met de Spanjaarden weer oplaaiden (in 1621), trok hij weer ten strijde en toonde zich een bekwaam commandant van de Engelse troepen (in dienst van de Republiek) tijdens de strijd om Bergen op Zoom in 1622, en die om Breda in 1625. Zijn dapperheid werd in Den Haag geprezen, en de Venetiaanse ambassadeur aldaar omschreef Morgan als een van de meest vakkundige officieren van de Nederlandse Opstand.