В началото на XIII век абатство Фонфроад се оказва в центъра на борбата на Католическата църква с движението на катарите, които в Южна Франция били известни и като албигойци. По време на религиозните походи и войни против албигойците, абатството твърдо стои на страната на римския папа. През 1202 г. един от монасите на Фонфроад, Пиер де Кастелно, е назначен за папски легат. През 1208 г. той е убит след среща с графа на Тулуза – Раймонд VI, който покровителва катарите. Това убийство става непосредствен повод за обявяване от папа Инокентий III на Албигойския кръстоносен поход.