W 2007 roku Lee wystąpił z reprezentacją Korei Południowej U-20 na Mistrzostwach Świata U-20. W dorosłej reprezentacji zadebiutował 31 maja 2008 roku w zremisowanym 2:2 meczu eliminacji do Mistrzostw Świata w RPA z Jordanią. W 2009 roku awansował z Koreą na ten turniej.