В конце января-феврале 1992 года Шахин Мусаев, находясь на должности заместителя министра обороны Азербайджана, фактически взял на себя обязанности тогдашнего министра обороны Таджеддина Мехтиева, который большую часть своего времени находился в Нагорном Карабахе, лично руководя операцией в Дашалты (окрестности Шуши), завершившейся неудачей, когда множество азербайджанских солдат попало в засаду и были убиты. Кроме того, в течение нескольких недель были потеряно несколько деревень, имевших стратегическое значение: Киркиджан, Малыбейли, Ашагы Кушчулар, Юхары Кушчулар и Карадаглы, перешли под контроль армянских войск. 17 февраля 1992 года после захвата армянами села Карадаглы Ходжавендского района, в результате чего погибло более 70 мирных азербайджанцев, и незадолго до Ходжалинской резни Мехтиев был официально снят с поста министра обороны. Его на этом посту ненадолго сменил занимавший тогда должность начальника Генерального штаба Вооружённых сил Азербайджана Мусаев, а затем Министерство обороны возглавил Тахир Алиев.