В этом звании он командовал силами Юга в битве у Пи-Ридж (штат Арканзас). Поражение Конфедератов в этой битве позволило Союзу получить контроль над всем штатом Миссури. Неумелые действия Ван Дорна во второй битве за Коринф, штат Миссисипи, в октябре 1862 года привели к ещё одной победе Севера. Примечательно, что в этом сражении войсками Союза командовал сокурсник Ван Дорна в Вест-Пойнте, Уильям Старк Роузкранс.