במאי 2020 הודיע יו"ר מפלגת ש"ס, אריה דרעי, כי החליט להציב את אביטן כמועמדו לתפקיד השר לשירותי דת בממשלת ישראל השלושים וחמש. ב-17 במאי 2020 הושבעה ממשלת ישראל ה-35 ואביטן התמנה לשר לשירותי דת. בנובמבר 2020 הכריז אביטן כי יותר מ-30 מיליון ש"ח יועברו למועצות הדתיות ברחבי המדינה. החלטה הזו הייתה ניסיון לתמוך כלכלית במועצות הדתיות שמ-2018 נמצאות במשבר תקציבי שהעמיק עם התפרצות נגיף הקורונה בישראל. מלבד אביטן גם שר הפנים דרעי וכן סגן שר האוצר יצחק כהן לקחו חלק ביוזמה להעברת התקציבים.