Ab der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202012/13"&gt;Saison 2012/13&lt;/a&gt; war Eckhoff ein fester Bestandteil der norwegischen Weltcupmannschaft. Anfangs erreichte sie jedoch nur in wenigen Rennen die Punkteränge, beim Sprint in Oberhof verfehlte sie sogar einen Platz unter den besten 60 Athletinnen, um sich für das Verfolgungsrennen zu qualifizieren. In der Folge wurde sie auch nicht für die Biathlon-Weltmeisterschaften 2013 in Nové Město na Moravě eingesetzt, die für die norwegische Damenmannschaft mit Staffel- und Mixedstaffelgold sowie jeweils zwei Gold- und Silbermedaillen in Einzelrennen durch Tora Berger sehr erfolgreich verliefen. Eckhoff musste stattdessen im IBU-Cup in Martell in Südtirol starten. Mit einem siebten Platz im Sprint und einem sechsten Platz im Verfolgungsrennen erreichte sie dort gute Platzierungen, obwohl sie im Verfolgungsrennen nach sieben Schießfehlern mehr als einen Kilometer zusätzliche Laufstrecke in der Strafrunde absolvieren musste. Den Rest des Winters startete sie wieder im Weltcup, beendete jedes Einzelrennen in den Punkterängen und erreichte drei weitere Top-10-Platzierungen. Beim Weltcup in Sotschi, der als Vorbereitung auf die Olympischen Winterspiele im folgenden Jahr veranstaltet wurde, ging sie zum ersten Mal mit der norwegischen Mannschaft im Weltcup bei einem Staffelrennen an den Start. Gemeinsam mit Hilde Fenne, Ann Kristin Flatland und Tora Berger erreichte sie den dritten Platz und sicherte sich damit ihre erste Podiumsplatzierung im Weltcup. Die Saison schloss sie als 29. der Gesamtwertung ab.