2015. április 22-én debütált a Nueva Chicago ellen Pablo Pérez cseréjeként a 77. percben a Boca Juniors színeiben. 2016 nyarán az argentin klub 6.5 millió euróért megvette a Juventustól Carlos Tévezt, de ezt a pénzt nem látták, mivel 3.5 millióért két évre kölcsönadták Guido Vadalát, továbbá fejenként egy millióért három középpályás elővásárlási jogát szerezték meg Bentancurét, Franco Cristaldóé és Adrián Cubasét. Mindhárman a 2017–18-as szezonban csatlakozhatnak majd az olaszokhoz, ha a torinóiak érvényesítik vásárlási jogukat. 2017. április 4-én a Juventus hivatalos oldalán jelentette be, hogy a 19 esztendős Bentancur átment az orvosi vizsgálatokon, így hamarosan aláírhat a torinói klubhoz.