Từ ngày 02 tháng 02 đến ngày 26 tháng 02 năm 1953, Ủy ban Quản lý Di tích văn hóa Bắc Kinh đã khảo sát và lập bản đồ Lịch đại Đế Vương miếu, các cổng bài phường đã được phá bỏ sau khi khảo sát. Vào ngày 10 tháng 06, Ủy ban Quản lý công bố một quy hoạch. Trong cuộc Đại nhảy vọt năm 1958, các trụ sắt và đồng trong ngôi miếu đã được quyên góp để làm thép. Sau khi Đại Cách mạng Văn hóa nổ ra, vào năm 1966, tượng đài đang tháo dỡ trước ngôi miếu đã bị Hồng vệ binh phá hủy. Trong thời kỳ này, thần vị của các Hoàng đế, danh thần được thờ tự trong Đế Vương miếu bị phá hỏng phần lớn, chuyển thành băng ghế ngồi hoặc vật liệu gỗ sử dụng trong đời sống thường ngày. Năm 1976, động đất Đường Sơn gây ảnh hưởng khiến cổng miếu nghiêng đổ, chính điện, bốn gian bia và các công trình khác đều hư hại nặng. Trong suốt khoảng thời gian từ thời Trung Hoa Dân Quốc cho đến trước thời mở cửa Trung Quốc (1912 – 1978), Đế Vương miếu chịu nhiều hư hại vì các cuộc xung đột, chiến tranh và thiên tai; đồng thời ít nhận được sự bảo tồn.