Период владавине Бајазита II (владао: 1481-1512) био је период консолидације након брзих освајања његовог претходника, а територија царства је незнатно проширене. Бајазит 1484. године покреће кампању против Молдавије, која постаје њихов вазал, и припаја важне стратешке луке Килију и Акерман. Главне млетачке луке у Грчкој и Албанији освојене су током рата 1499-1503, од којих су најзначајније Модон, Корон, и Драч. Међутим, до краја његове владавине, османска територија на истоку била је под претњом од новооснованог Сафавидског царства.