W marcu 1792 Marat ożenił się z Simone Évrard, którą poznał w redakcji swojej gazety. Trzy miesiące później zbyt aktywne nawoływanie do republiki zmusiło go do ponownego ukrywania się. Nie brał udziału w szturmie na Tuileries, choć zasługuje na miano jednego z ideowych ojców tego wydarzenia. We wrześniu 1792 został wybrany deputowanym do Konwentu, choć nadal nie był zrzeszony na stałe w żadnym popularnym klubie. Inspirował i pochwalał masakry więźniów w dniach 2-7 września 1792. Nie porzucił działalności dziennikarskiej – zmienił tylko nazwę gazety na „Dziennik republiki francuskiej”. Zadziwił czytelników swoją spokojną postawą w czasie procesu króla, gdy Robespierre i Saint-Just atakowali Ludwika XVI, Marat ogłosił go winnym jedynie zaakceptowania antyludowej konstytucji z 1791 roku i choć domagał się jego śmierci, z szacunkiem raportował jego obronę przed Konwentem. W czasie sporu Góry z Żyrondą Marat obok Robespierre’a i Dantona należał do sztandarowych postaci tego pierwszego obozu. W czasie gdy ukrywał się przed prześladowaniami w kanałach Paryża, nabawił się choroby skóry. Oskarżany przez żyrondystów o działanie swoją ultraradykalną publicystyką na szkodę narodu, został nawet postawiony przed Trybunałem Rewolucyjnym, gdzie jednak uzyskał wyrok uniewinniający. Był to szczytowy moment popularności Marata, który został z gmachu Trybunału wyniesiony na rękach rozentuzjazmowanego tłumu.