在随后接近10年的武装冲突中，这一地区所有的共和国逐渐完成独立过程。其中最惨烈的事件发生于波士尼亚战争。长久的战争导致联合国军事介入。1995年，北约地面和空中部队对波斯尼亚和黑塞哥维那的塞族武装发动地面和空中攻击。1999年北约轰炸南斯拉夫（包括科索沃），南斯拉夫解体分裂战争正式结束。