1983 yılında Cobresal takımında profesyonel olan Zamorano, 29 maçta 35 gol atarak herkesin dikkatlerini üzerine çekti. Cobreandino ve St. Gallen takımlarında da yükselişini sürdürdü ve 1990 yılında İspanya'nın Sevilla FC takımına transfer oldu. Orada da kendini gösteren Zamorano, 1992 yılında Real Madrid'e transfer oldu. 1996 yılında Internazionale takımına giden Zamorano, Youri Djorkaeff, Diego Simeone, Javier Zanetti ve Ronaldo ile harika işler çıkarttı. 1998 yılında UEFA Kupası'nı kazandı. Zamorano, finalde 3-0 kazandıkları maçta açılış golünü attı. 2001 yılında Meksika takımı CF América'ya transfer oldu. 2003 yılında Colo-Colo takımında futbolu bıraktı.