Kompleks szpitala został uszkodzony podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939. Przed budynkiem szpitala powstał wtedy prowizoryczny cmentarz; groby zaczęto usuwać na rozkaz władz niemieckich w listopadzie 1939. W czasie okupacji niemieckiej szpital stanowił schronienie dla żołnierzy Państwa Podziemnego oraz niósł pomoc prześladowanej ludności żydowskiej. Na terenie szpitala odbywało się także tajne nauczanie studentów medycyny. W czasie powstania warszawskiego 25 sierpnia 1944 żołnierze RONA w czasie pacyfikacji Ochoty bili i mordowali pacjentów i personel szpitala. W wyniku działań wojennych szpital poniósł znaczne straty w wyposażeniu, zaopatrzeniu, w budynkach oraz personelu.