Avendo poi disatteso le promesse di partecipazione alle crociate, fu scomunicato dal nuovo papa Gregorio IX, ma nel 1228 guidò una spedizione in Terrasanta e con un accordo diplomatico ottenne la restituzione di Gerusalemme (quinta crociata). Nuovamente scomunicato (1239) e poi deposto (1245) da papa Innocenzo IV, fu duramente sconfitto dai comuni nella battaglia di Parma del 1248 e nella battaglia di Fossalta del 1249. Morì dopo aver designato come erede il figlio Corrado IV di Svevia re dei Romani.