1996-ban Aranylabdát kapott, amiért az Európa-bajnokságot nyert német válogatottnak a vezéregyénisége volt. Sammer 74 válogatottsággal vonult vissza, melyek közül 23 alkalommal az NDK-ban játszott, a többi 51 alkalommal az újraegyesített Németország színeiben lépett pályára. Az NDK legutolsó gólja is Sammer nevéhez fűződik.