Besonders die finanziellen und strukturellen Reformen der israelischen Armee während seiner Amtszeit sind hervorzuheben. Wichtigstes Ereignis seiner Amtszeit ist jedoch der Ausbruch der Zweiten Intifada. Die harten taktischen Maßnahmen, die Mofaz traf, provozierten den Widerspruch der internationalen Gemeinschaft, wurden von der israelischen Öffentlichkeit aber als gerechtfertigte Antwort auf den Terror gewertet. Diskussionen entstanden besonders über die Offensive in Dschenin, befristete Einmärsche in den Gazastreifen und die Isolierung Jassir Arafats.