Toen het duidelijk werd dat Napoleon Bonaparte een invasie voor Engeland aan het voorbereiden was, kreeg Moore de leiding over het kustgebied van Dover tot aan Romney Marsh. Hij voerde een geheel nieuwe wijze van militaire training in die leidde tot het instellen van de eerste Britse regimenten met lichte infanterie. Moore vestigde in die tijd een reputatie van bevelhebber en opleider met buitengewoon veel aandacht voor de omstandigheden van zijn mannen. Onder zijn leiding werden aan de kust verschillende Martellotorens gebouwd. In 1804 werd John Moore in de adelstand verheven en benoemd tot luitenant-generaal. Vier jaar later was hij kortstondig actief in Scandinavië. Onenigheid met koning Gustaaf IV Adolf van Zweden leidde al snel tot zijn vertrek. Moore werd naar Spanje gestuurd om daar Arthur Wellesley terzijde te staan. Toen Napoleon met 200.000 soldaten Spanje binnenviel wist Moore deze troepen deels terug te slaan naar het noorden. Zijn leger werd ten slotte verslagen en moest zich terugtrekken op de kust. Luitenant-generaal Moore raakte daarbij dodelijk gewond gedurende de Slag bij A Coruña, en overleed aldaar. Moore werd ter plaatse begraven. Zijn graf is daar te bezichtigen