A final teria um gosto de revanche para a torcida "bostera": seria contra o Santos, quarenta anos depois deste clube ter vencido o torneio sobre o Boca, ganhando a taça na Bombonera. Em seu estádio, o Boca venceu por 2 x 0, e venceria também no Brasil, ganhando por 3 x 1. "Guille", que não jogou a partida de volta, acumulava sua terceira Libertadores. Novamente, a atenção dada à competição desviou as atenções ao campeonato nacional; o time foi vice no Clausura 2003, quatro pontos atrás do River. Ao contrário de 2001, o segundo semestre na Argentina foi valorizado, com a equipe sagrando-se vencedora do Apertura 2003. Assim como 2000, o Boca encerrou o ano com uma tríplice coroa, desta vez com Guillermo em campo no título da Copa Intercontinental de 2003. A taça veio após vitória nos pênaltis sobre o favorito Milan.