La saison suivante, Stoudemire fut gravement blessé au genou et Johnson et Quentin Richardson furent échangés. On ne s’attendait pas à ce que les Suns continuent sur la route du succès, l’équipe a compilé un bilan de 54-28 et a remporté le titre de division. Le 2 janvier 2006, Nash a enregistré 28 points, 5 rebonds et 22 passes décisives dans une défaite 140-133 en prolongation contre les Knicks de New York. Nash a été élu pour la première fois titulaire lors du NBA All-Star Game 2006. Dans le dernier match de la saison, Nash a enregistré un triple-double de 16 points, 10 rebonds et 12 passes décisives dans une victoire 106-96 contre les Trail Blazers de Portland. À l'issue de la saison, il garde son titre de MVP et réussit même à être le meilleur passeur de la NBA, avec une moyenne de 10,5 passes décisives par match. Il améliore également sa moyenne de points, qui passe de 15,5 à 18,8 points par match. Il réalise également une saison exceptionnelle au tir, puisqu'il intègre le club du 50-40-90, avec 50% au tir, 40% à trois points et 90% aux lancers-francs. Au premier tour des playoffs 2006, Phoenix a surmonté un déficit de 3-1 contre les Lakers de Los Angeles et a remporté la série 4-3. Les Clippers de Los Angeles étaient leurs adversaires en demi-finales de conférence, et les Suns ont encore besoin de sept matchs pour remporter la série. Toutefois, pour la deuxième année consécutive, les Suns se sont inclinés en finale de conférence, cette fois-ci devant l’ancienne équipe de Nash, les Mavericks de Dallas.