Toutefois, malgré cette victoire législative, la traite négrière depuis Le Havre, comme depuis tous les autres ports négriers français, s’interrompt brusquement grâce à la révolte des esclaves à Saint-Domingue en 1791. En effet, l’hyper-concentration des intérêts havrais sur cette île, notamment dans la ville de Cap-Français, explique la dépendance du port envers la . Trois ans plus tard, cette révolte amène la Convention, alors dirigée par la Montagnards, à accorder la liberté générale à tous les Noirs et métis des colonies. Huit ans plus tard, le rétablissement de l’esclavage et de la traite par Napoléon en 1802 ne permet pas de rétablir la domination française sur Saint-Domingue, qui déclare son indépendance en 1804. Les maisons de négoces traditionnelles du Havre arrêtent alors définitivement toute activité négrière. La traite ne reprendra depuis Le Havre qu’à partir de la chute de l’Empire en 1815, et sera le fait d’autres armateurs, récemment installés dans ce port.