С января по август 1943 года гвардии капитан С.С. Ахунджанов служил комендантом полевого управления штаба 3-й гвардейской армии в составе Юго-Западного фронта и принял непосредственное участие в боях при освобождении станиц Морозовск-Саливановск, Ильино, Первомайск, а также городов Глубокий, Каменск, Ворошиловград, Лисичанск (в ходе Ворошиловградской наступательной операции).