Nella seconda metà dell'XI secolo fu metropolita di Efeso Michele Doukas, che dopo aver abdicato come imperatore bizantino, si fece monaco e venne eletto alla sede efesina nel 1078; due anni dopo la città fu conquistata dai Turchi Selgiuchidi e Michele fece ritornò a Costantinopoli dove visse il resto della sua vita. In seguito alla conquista crociata di Costantinopoli (1204), la metropoli efesina entrò a far parte dell'impero di Nicea. Non sono tuttavia noti arcivescovi latini di Efeso per il XIII secolo. Le trattative per una unione tra la Chiesa cattolica e le Chiese ortodosse, avviate dall'imperatore di Nicea Teodoro I Lascaris (1205-1222), videro un valente oppositore nel metropolita Nicola Mesarite (ante 1213 - post 1216).