1938-ban hazahívták Japánba, és 1939 augusztusáig hadügyminiszterként ténykedhetett. Ezen időszak alatt Itagaki mindent megpróbált, hogy saját háborús elképzeléseit a kormányban véghez vigye. Így a Haszan-tónál bekövetkezett japán katonai vereség után igyekezett rábeszélni a császárt egy katonai ellencsapásra, sikertelenül. Mindvégig támogatta a Szovjetunió, Franciaország és Nagy-Britannia elleni háborús föllépést, és Japán feltétel nélküli szövetségét Németországgal és Olaszországgal. Amikor 1939. augusztus 23-án a Molotov–Ribbentrop-paktummal összeomlott az addigi japán külpolitikai koncepció, és a kormány lemondott, Itagaki is távozni kényszerült a hadügyminiszteri székből.