İki ülke arasındaki bir diğer gerilim dönemi de 1968 yılındaki Prag Baharı ile yaşandı. 5 Ocak 1968 tarihinde başlayan Prag Baharı Çekoslovakya'nın politik olarak liberalleşmeye çalıştğı bir dönemdi. Çekoslovakya Komünist Partisi Genel Sekreteri , partinin kontrolünü Alexander Dubček'e kaptırdı, 15 Ocak günü de genel sekreterliği Dubček'e devretti. 22 Mart 1968 tarihinde ise, Novotný cumhurbaşkanlığından istifa edip yerini 'ya bıraktı. Svoboda başlangıçta reformlardan yana bir politika izledi.