Peucer przede wszystkim studiował nauki przyrodnicze u takich sław jak Erasmus Reinhold, Jakub Milicki i Jerzy Joachim Retyk. W wolnych chwilach korzystał również z wykładów literatury antycznej, historii oraz z filozofii i teologii. W efekcie 1 września 1545 r. był już magistrem siedmiu sztuk wyzwolonych, opanowując trivium i quadrivium. Docelowo myślał o ukończeniu studiów medycznych. Na skutek wojny szmalkaldzkiej musiał przenieść się na uczelnię we Frankfurcie nad Odrą. Jednak już w następnym roku powrócił do Wittenbergi i został przyjęty do grona nauczycieli wydziału filozoficznego.