Nach der US-Invasion im Irak ab 2003 wurden die Christen in Mossul und zunehmend auch in der Ninive-Ebene zum Ziel islamistischer terroristischer Gruppen. Bei der Wahl zur irakischen Nationalversammlung am 30. Januar 2005 erhielt der säkular ausgerichtete schiitische Bagdader Iyad Allawi mit 3080 Stimmen (31 %) die meisten Stimmen in Bagdida. Es folgten die assyrische Liste Nahrain mit 2664 Stimmen (27 %), die Assyrische Demokratische Bewegung mit 2466 Stimmen (25 %) und die Kurdistan-Allianz mit 744 Stimmen (7 %). Da bei dieser Wahl die meisten Assyrer an der Stimmabgabe gehindert wurden, gab es in Baghdida gegen die Ergebnisse Proteste. Am 22. November 2006 wurde Isoh Majeed Hadaya, der Vorsitzende der Versammlung der Syriakischen Unabhängigen Sammlungsbewegung (SIMA, heute Syriakische Sammlungsbewegung), in Baghdida ermordet. Studenten aus Baghdida wurden an der Universität Mossul von Polizisten schikaniert, insbesondere wurden Studentinnen belästigt und zum Tragen islamisch konformer Kleidung gezwungen. Am 2. Mai 2010 war ein Konvoi von Bussen mit Studenten aus Baghdida auf dem Weg nach Mossul Ziel eines Bombenanschlags, bei dem eine Person starb und über hundert verletzt wurden. Das irakische Bildungsministerium begann in dieser Zeit in Baghdida mit dem Bau einer Niederlassung der Universität Mossul, die 2014 zur Universität al-Hamdaniya wurde, um den Studierenden der drei Distrikte al-Hamdaniya (mit dem Distriktzentrum Baghdida), Tel Kaif und Schaichān zu dienen.