После битвы при Ипсе в 301 году до н. э. Фокея отошла к Лисимаху. После смерти Лисимаха в битве при Курупедионе в 281 году до н. э. отошла государству Селевкидов. В ходе Антиоховой войны в битве при Магнезии в 190 году до н. э. Антиох III Великий потерпел поражение от Римской республики и Пергамского царства. Претор Луций Эмилий Регилл в 189 году до н. э. захватил Фокею. Фокея была захвачена и разграблена. По Апамейскому миру 188 года до н. э. Рим сохранил законы и границы Фокеи, но под господством Пергама, который достиг в этот период расцвета. Период закончился со смертью Аттала III, царя Пергама в 138—133 годах до н. э., который завещал своё царство Риму. В ходе войны Римской республики против Аристоника Пергамского (133—129 до н. э.) Фокея поддержала претендента на престол, но избежала жестокого наказания благодаря заступничеству Массалии. После этой войны Фокея вошла в римскую провинцию. В римский период Фокея была торговым городом. Монеты Фокеи имели хождение до позднеримского периода, но к этому времени гавани Фокеи были занесены илом и жители постепенно покинули город.