Bei Ausbruch der Schleswig-Holsteinischen Erhebung ab dem Frühjahr 1848 ernannte Kriegsminister Anton Frederik Tscherning den relativ jungen Oberst zum General und bald darauf zum Generalmajor. Er erhielt das Oberkommando über die dänische Armee, wobei General Læssøe als Generalstabschef amtierte. Hedemann und Læssøe pflegten ein gutes Verhältnis, obwohl Hedemann häufig aus der Situation heraus und ohne Rücksprache mit Læssøe oder Tscherning Entscheidungen traf. Dieses Vorgehen bewährte sich allerdings bei den Gefechten bei Bau und bei Schleswig am 9. und 23. April. Hedemanns Beziehung zu Kriegsminister Tscherning war allerdings problematisch, da dieser sich schwer tat, Hedemann einen weiten Entscheidungsspielraum einzuräumen.