Im Zuge von militärischen Auseinandersetzung wegen der Verhängung der Reichsacht über Magdeburg drangen Magdeburg belagernde Truppen 1547 in Rottersdorf ein. Am 28. Mai 1547 wurde von den Magdeburger Stadtmauern aus Feuer in Rottersdorf beobachtet. Diese Zerstörungen und die große Belagerung Magdeburgs in den Jahren 1550 und 1551 während des Schmalkaldischen Kriegs dürfte Rottersdorf so vollständig verwüstet haben, dass eine Wiedererrichtung nicht erfolgte.