En République démocratique du Congo, les Twa ont aussi payé un lourd tribut lors de la seconde guerre. Les forêts du Nord et Sud Kivu ont servi de refuge aux différents groupes armés qui se sont affrontés à partir de 1996 en RDC. Accusés de soutenir les mouvements Mayi-Mayi opérant dans les forêts, ils ont été victimes de plusieurs massacres et de viols. En effet, selon certaines superstitions et croyances locales, les relations sexuelles avec des femmes pygmées permettraient de guérir certaines maladies ou de rendre invincible. Par ailleurs, le viol a été utilisé, contre une arme de guerre et les femmes twa comme les femmes des autres communauté ont été particulièrement touchées.