En el 2007 obtuvo el bicampeonato al ganar la Liga italiana. En la Liga de Campeones de la UEFA quedó eliminado en octavos de final por el Valencia CF. En el partido de vuelta, jugado el 5 de marzo, luego de una pelea entre jugadores de ambos equipo, Burdisso sufrió una fractura de tabique nasal provocado por un golpe del español David Navarro. Finalmente la UEFA lo sancionó junto a otros jugadores que también intervinieron en la pelea.