Seu grupo foi o primeiro a chamar-se "sandinistas", e também foi o primeiro a aceitar uma aliança com o FSLN, grupo que viria a se tornar mais popularmente identificado pelo nome. Depois do triunfo da Revolução Sandinista foi-lhe concedido o título honorário de Comandante Guerrilheiro e o grau militar de Comandante da Brigada no incipiente Exército Popular Sandinista (EPS) e serviu por um tempo como Vice-Ministro da Defesa e Chefe Nacional das Milícias Populares Sandinistas (MPS). No final de 1982, alguns anos depois da vitória revolucionária, Pastora ficou desiludido com o governo da FSLN, e formou a Aliança Revolucionária Democrática (ARDE) com o objetivo de confrontar os "pseudo-sandinistas" política e militarmente.