Popow wurde 1996 beim Klub Tschernomorez aus seiner Heimatstadt Noworossijsk Profi. Er wurde sofort Stammspieler der zweiten Mannschaft in der 3. Liga, kam aber auch zu zwei Einsätzen in der Obersten Liga 1996. 1997 spielte er bei 3.-Ligisten Kuban. 1998 ging er wieder zurück zu Tschernomorez in die höchste russische Spielklasse, wo er jedoch eher Ergänzungsspieler als Star blieb. Erst durch den Verkauf der alten Leistungsträger der Clubs um die Jahrtausendwende rückte er zum Schlüsselspieler auf, was die Aufmerksamkeit der großen Moskauer Clubs auf ihn zog, und schließlich zur Saison 2001 zu ZSKA Moskau wechselte.