Passato alla Red Bull nel 2007, Webber non ottenne risultati di rilievo nella prima parte di stagione, facendo segnare i primi punti solo nel Gran Premio degli Stati Uniti, settima gara in calendario. Nel rocambolesco Gran Premio d'Europa, caratterizzato dall'incertezza delle condizioni meteo, il pilota australiano chiuse la gara in terza posizione, conquistando il secondo podio in carriera. Anche nel Gran Premio del Giappone Webber, pur debilitato da una forte gastroenterite, sfruttò le avverse condizioni meteo per portarsi in seconda posizione, venendo però tamponato dietro alla safety car dal giovane Sebastian Vettel e dovendosi ritirare. Webber chiuse la stagione con dieci punti, che gli valsero la dodicesima posizione in classifica generale.