En el año 2013, durante el sexenio de Enrique Peña Nieto, Zerón dejó la administración local en el Estado de México, para ingresar a la dirección de la Agencia de Investigación Criminal (AIC), bajo el mando de la Procuraduría General de la República, que en ese momento estaba bajo el mando de Jesús Murillo Karam. Zerón estuvo en la dirección de la AIC hasta septiembre de 2016, fecha en que dimitió por los cuestionamientos de su función durante las investigaciones en el caso de la Desaparición forzada de Iguala de 2014.