Ses détracteurs remettent cette image en cause notamment à la suite de certaines exactions et massacres qui ont marqué l'histoire de l'armée, dont ceux de la guerre de 1948, de Qibya, de Kafr Qassem, de prisonniers de guerre, de Sabra et Chatila, ainsi que, à la suite d'opérations controversées, comme la bataille de Jénine, l'opération Plomb durci ou l'abordage de la flottille pour Gaza. Certains de ces événements suscitèrent des bouleversements dans la société israélienne, en particulier le massacre de Sabra et Chatila qui – bien que directement perpétré par des milices chrétiennes libanaises – donna lieu à des manifestations historiques en Israël (( à . La commission d'enquête israélienne conclut à la « responsabilité indirecte » de l'armée et à la « responsabilité personnelle » d'Ariel Sharon, alors ministre de la Défense, dont elle recommande la démission, beaucoup le considérant comme un criminel de guerre. D'autres actions sont mises en lumière à la suite de leur publication sur les réseaux sociaux : la mort de quatre enfants jouant sur une plage bombardée à Gaza en 2014 par l'armée d'Israël, et ce, alors qu'il n'y avait aucun objectif militaire à cette action, suscite un tollé planétaire. L'enquête officielle n'a toujours pas défini les responsabilités des individus concernés au sein de l'armée, en raison notamment du manque d'inspecteurs, le bureau investiguant sur de nombreuses autres tueries au cours de l'opération Bordure protectrice.