Naybet was 16 jaar lang een Marokkaanse international en maakte op 9 augustus 1990 zijn debuut in een 0-0 vriendschappelijke gelijkspel tegen Tunesië. Hij speelde vervolgens voor zijn land twee WK’S. Hij speelde twee wedstrijden op het WK van 1994 en drie op het WK van 1998. Naybet speelde alle zes de wedstrijden op de Afrika Cup 2004 en hielp zo de Atlas Lions de bij het halen van de finale.