Po bitvě na Bílé hoře byl kostel částečně opraven, ale zůstal bez faráře. Později byl opraven, aby v něm mohly být slouženy bohoslužby, ale už v roce 1631 Sasové vyplenili Zbraslavský klášter a vsi, které k němu náležely. V roce 1639 si v modřanském kostele zřídili skladiště zbraní a vojenského materiálu Švédové generála Banéra. Po uzavření Vestfálského míru v roce 1648 kostel opravili a rozšířili zbraslavští cisterciáci, čímž stavba dostala svou nynější podobu.