En 1989, le club est rebaptisé Montpellier Hérault Sport Club (MHSC) à la suite du soutien financier du Conseil général de l'Hérault et à celui accru de la ville de Montpellier. Il affiche ses ambitions en recrutant Aimé Jacquet, triple champion de France avec les Girondins de Bordeaux, comme entraîneur ainsi que le meilleur joueur sud-américain de l'année, Carlos Valderrama, un tandem victorieux du championnat d'Europe espoirs 1988 qu'est Éric Cantona et Stéphane Paille, Wilbert Suvrijn, champion d'Europe avec les Pays-Bas, ainsi que Daniel Xuereb et Vincent Guérin. La saison se révèle cependant chaotique, le club est englué dans les dernières places du championnat et un incident de vestiaire oppose Éric Cantona et Jean-Claude Lemoult à la suite d'une défaite à Lille. Au printemps, alors que le club est lanterne rouge, Aimé Jacquet est remercié et Louis Nicollin rappelle Michel Mézy qui redonne vie au groupe et convainc Laurent Blanc de reculer au poste de libéro aux côtés de Julio César. Le club termine finalement la saison treizième et, en coupe de France, écrit une des plus belles pages de son histoire. Après avoir éliminé successivement le FC Istres, le CS Louhans-Cuiseaux, le FC Nantes et l'Olympique avignonnais, les Pailladins battent en demi-finale l'AS Saint-Étienne à Geoffroy-Guichard grâce à un but d'Éric Cantona. En finale, le club est opposé au Matra Racing et au bout d'un match tendu, les Héraultais s'imposent en prolongations grâce à un but de Laurent Blanc sur coup franc et un but de Kader Ferhaoui. Quatre jours après, Michel Mézy quitte cependant le club et rejoint le Nîmes Olympique.