Under felttoget i Hertugdømmerne 1700 blev Krag, der bl.a. med stor bravour anførte stormkolonnen ved Frederiksstads indtagelse 13. april, udnævnt til brigader, 1703 til generalmajor, hvornæst han fratrådte regimentet, 1709 til Hvid Ridder, 1710 til generalløjtnant. De følgende år deltog han i felttogene i Nordtyskland og udmærkede sig navnlig i slaget ved Gadebusch 20. december 1712 ved de anstrengelser, han gjorde for at afværge nederlaget. Da Magnus Stenbock derefter truede Danmark, fik Krag kommandoen i Fredericia. Faren var dog snart overstået, og Krag tog så endnu 1713 af helbredshensyn sin afsked af krigstjenesten, hvorefter han udnævntes til gehejmeråd og stiftamtmand over Viborg Stift. I denne stilling virkede han i ti år indtil sin død, 20. juli 1723 på Katholm.