Peter Ernst von Metzenhausen war mit Margarethe von der Horst verheiratet. Ihre Söhne waren Amtsträger des Deutschen Ordens: Johann Heinrich von Metzenhausen († 1700) war Landkomtur von Luxemburg. Sein Bruder Johann Wilhelm wurde 1668 in den Deutschen Orden aufgeschworen und wirkte in der Ballei Koblenz. Als Vizeoberst mit 200 Söldnern trug er dazu bei, der Belagerung von Candia entgegenzuwirken. 1679 wurde er Komtur zu Koblenz, 1697 war er ältester Balleikapitular und starb im Jahr 1700 in Koblenz.