Kun 1830-luku alkoi, Meksikon hallituksen yhteistyöhalu Austinin kanssa aleni merkittävästi. Texasilaiset olivat kyllästyneet hallituksen määräämiin lakeihin ja erimielisyydet lisääntyivät. Lopulta hallitus kieltäytyi ottamasta Texasiin uusia Yhdysvalloista saapuvia siirtolaisia. Austinin anoessa lupaa itsenäisen siirtokunnan perustamiseen, hänet vangittiin. Päästyään vapaaksi syyskuussa 1835 hänet nimitettiin Texasin armeijan komentajaksi. Texasin vallankumouksen alkaessa Austin johti armeijaansa Bexarin piirityksessä.