1809 begann Canning eine Reihe von Kontroversen mit der Regierung, die berühmt werden sollten. Er stritt mit dem Minister für Krieg und die Kolonien, Lord Castlereagh, über die Entsendung von Truppen, die Canning Portugal versprochen hatte, die aber von Castlereagh nach Holland geschickt wurden (Walcheren-Expedition). Durch die Streitereien zwischen den beiden Männern, die jeweils einige Minister auf ihre Seite ziehen konnten, wurde die Regierung zunehmend handlungsunfähig. Portlands Gesundheitszustand verschlechterte sich ständig, sodass er nicht mehr die Führung innehatte. Im April drohte Canning Portland mit seinem Rücktritt, wenn Castlereagh nicht durch Lord Wellesley ersetzt würde. Portland sagte zu, diesen Wechsel bei passender Gelegenheit vorzunehmen, und hielt diese Übereinkunft geheim.