Muffat kuoli kymmenen henkeä vaatineessa helikopterionnettomuudessa Argentiinan La Riojan maakunnassa 9. maaliskuuta 2015. Onnettomuudessa kuolivat myös ranskalainen kilpapurjehtija Florence Arthaud ja nyrkkeilyn olympiamitalisti Alexis Vastine. Urheilijat olivat kuvaamassa selviytymisaiheista televisio-ohjelmaa.