Ο Μουτούσης, αρχικά αξιωματικός του Μηχανικού, υπήρξε από τους πρώτους έξι Έλληνες αξιωματικούς που εστάλησαν το 1912 στη Γαλλία για αεροπορική εκπαίδευση ώστε να στελεχώσουν την νεοσύστατη Αεροπορική Υπηρεσία Στρατού. Κατά τους Βαλκανικούς Πολέμους (1912 - 1913) εκτέλεσε αποστολές αναγνώρισης και βομβαρδισμού εναντίον τουρκικών θέσεων στο Μακεδονικό μέτωπο. Τον Δεκέμβριο του 1912, τοποθετήθηκε στο μέτωπο Ηπείρου όπου εκτέλεσε με επιτυχία αρκετές αποστολές στους τομείς Ιωαννίνων και Μπιζανίου κατά την ομώνυμη μάχη.