W 2006 roku zdobył złoty medal Mistrzostw Europy. Rok później, podczas mistrzostw Świata w Niemczech Francja nie wywalczyła medalu, ale Karabatić otrzymał nagrodę dla najlepszego lewego rozgrywającego turnieju. W 2008 roku został wybrany MVP Mistrzostw Europy, rozgrywanych w Norwegii, a Francja zdobyła brązowy medal. Został uznany najlepszym piłkarzem ręcznym na świecie roku 2007.