Die Regierung unter Marí Alkatiri (FRETILIN) musste zurücktreten, und Ramos-Horta übernahm bis zu seiner Wahl zum Präsidenten 2007 das Amt des Premierministers. Eine von Australien geführte internationale Militärmission und eine UN-Mission sorgten seitdem für Recht und Ordnung im Land. Reinado war aufgrund des Vorwurfes des unerlaubten Waffenbesitzes zeitweise in Untersuchungshaft, konnte aber mit 56 Anhängern aus dem Gefängnis fliehen und versteckte sich danach in den Bergen im Westen des Landes. Ein Zugriffsversuch im März 2007 durch australische Spezialeinheiten in Same misslang. Hatte Reinado während der Unruhen noch Ramos-Horta und Xanana Gusmão, dem damaligen Präsidenten, sein Vertrauen ausgesprochen, drohte er in den letzten Monaten vor dem Attentat immer wieder mit Bürgerkrieg und Angriffen auf die Landeshauptstadt Dili, falls sie nicht zurücktreten würden. Die internationalen Truppen bezeichnete Reinado als Besatzer. Am 3. Dezember begann in Dili am Distriktgericht die Verhandlung gegen Reinado in seiner Abwesenheit. Gleichzeitig gab Reinado widersprüchliche Erklärungen in einem Interview ab, ob und unter welchen Bedingungen er sich dem Verfahren stellen würde. In einem Interview, das auch über YouTube verbreitet wurde, beschuldigte Reinado zudem Xanana Gusmão, der inzwischen Premierminister geworden war, Hauptverantwortlicher für die Unruhen von 2006 zu sein. Die oppositionelle FRETILIN nutzte dies, um den Rücktritt Gusmãos zu fordern. Mehrere Verhandlungen und Treffen zwischen Reinado und Präsident Ramos-Horta blieben erfolglos. Das letzte Treffen fand am 13. Januar statt, bei dem Reinado sich erneut weigerte, seine Waffen abzugeben. Er bestand darauf, ein Recht auf Selbstverteidigung zu haben. Von diesem letzten Gespräch machte Reinado heimlich eine Aufnahme. Die Bänder gelangten im August 2008 an die Öffentlichkeit.