Albumet "Supercharger" släpptes år 2001, men försäljningssiffrorna var låga. En av orsakerna tros vara att albumet släpptes strax efter World Trade Centerkatastrofen. Musikvideon till "Crashing Around You" var bannlyst på MTV då den innehöll bilder av kollapsade byggnader. "Supercharger" mötte massiv kritik och turnén gick dåligt. Ahrue Luster hoppade av bandet efter turnén var avslutad. Phil Demmel, som tidigare spelat med Flynn i Vio-lence, blev ny medlem. Efter Phils inhopp blev bandet pånyttfött. Livealbumet "Hellalive" släpptes år 2003 och spelades in i Brixton Academy i London. Under hösten 2003 släpptes ett nytt studioalbum, "Through the Ashes of Empires", i Europa. Samma albumet släpptes i USA under våren 2004 och innehöll en extralåt. Albumet lät i musiken mer som debutalbumet "Burn My Eyes" och albumet blev mer hyllat än någonsin. Anhängarna sa att bandet hade kommit tillbaka musikaliskt och textmässigt tack vare låten "Imperium". 11 oktober 2005 släpptes dvd:n "Elegies". Dvd:n innehöll liveinspelningen från Brixton Academy i London och musikvideor till låtarna "The Blood, The Sweat, The Tears" från "Hellalive", "Imperium", "Days Turn Blue to Gray" från "Through the Ashes of Empires". På dvd:n finns även en dokumentär om hur nära bandet var att upplösas.