しかし、無神論者でありながらもフリーメイソンだったカリェスは教会を敵視して反カトリック主義の方針を鮮明（1917年の憲法でメキシコではカトリック教会の権限が縮小され、国家が教会に超越する体制が作られていた）にしてクリステロ戦争を引き起こし、この事件は流血沙汰となった（後にカトリック教会は犠牲者25人を列聖した）。