В 1910 году был избран митрополитом Смирнским и находился на кафедре в течение всех лет Балканских войн (1912—1913). С началом Первой мировой войны патриархат был вынужден официально провозгласить, что Православие находится в гонении и в знак протеста закрыть все церкви. Озираясь на первоначально нейтральную Грецию, турки действовали против греческого населения не так откровенно, как против армянского: за годы войны из 2,5 млн греческих жителей империи репрессиям подверглись 1,5 млн, из которых половина погибла.