Kodiak és la terra ancestral dels Sugpiaq, una nació Alutiiq de natius d'Alaska. El territori va ser explorat el 1763 pel comerciant de pells rus Stepan Glotov. Va ser el primer lloc d'Alaska on s'establí una ocupació permanent russa a la badia Three Saints, per iniciativa de Grigori Xélikhov, el 1784. Actualment s'hi ha desenvolupat la vila d'Old Harbor. La colònia es va traslladar on actualment és la localitat de Kodiak el 1792, i va esdevenir el centre del comerç de pells rus amb els natius d'Alaska. El 1912 el volcà Novarupta tingué una erupció al continent però va arribar a l'illa cendra volcànica, que va causar una gran devastació. El 1964 un fort terratrèmol i el subseqüent tsunami van afectar l'illa.