En 1570, durante el Asedio de Famagusta resultaron dañadas las dos torres. En 1571, tras la conquista de la ciudad, la catedral se transformó en mezquita. De acuerdo con la tradición iconoclasta del Islam sunita, las representaciones humanas del interior del templo fueron destruidas. Más tarde, la mezquita se coronó con un minarete. Desde entonces hasta la llegada de los británicos a Chipre en 1878, la entrada al edificio estuvo prohibida a los cristianos.