После разрушения сарацинами территория города была заброшена, и поселение сместилось к востоку — в район современного Неттуно. В эпоху Возрождения близ Анцио были построены виллы семейств Альдобрандини (во Фраскати) и Боргезе. Около 1479 года в Анцио на развалинах дворца Нерона была найдена впоследствии знаменитая статуя Аполлона, которая в 1506 году по приказу папы Юлия II была установлена в ватиканском саду Бельведер. Папа Иннокентий XII в 1698 году начал строительство нового порта к востоку от археологической зоны. Во время Второй мировой войны в районе Анцио происходила высадка союзников с целью взятия Рима (см. Анцио-Неттунская операция).