Panis ajoi vuoden 1997 Kanadan GP:ssä päin betoniseinää Prost-autollaan. Hän pääsi ajamaan tallissa vielä kauden kolmessa viimeisessä kisassa, mutta kaudet 1998 ja 1999 sujuivat niin Panisilta kuin koko tallilta heikosti. Panisin manageri kuoli 1999 ja tilalle tuli suomalainen Keke Rosberg. Rosbergin manageroimana Panis sai paikan McLarenin testikuljettajana kaudelle 2000. McLarenilla Panis todisti nopeutensa olevan tallella ja palasi F1-sarjaan 2001, mutta tällä kertaa BARille, jossa hän ajoi keskinkertaisella menestyksellä kaudet 2001–2002.