Vers 1630 le sultan Mourad IV y fit construire une forteresse qui fut, ainsi que la ville, très endommagée par les Russes en 1854, pendant la guerre de Crimée. Babadag devînt roumaine à l'issue de la guerre russo-turque de 1877-1878 et fut, pendant la Première guerre mondiale, occupée par les troupes allemandes puis placée entre mars et octobre 1918 sous condominium germano-austro-hongrois. Comme toutes les villes roumaines, Babadag subit les régimes dictatoriaux carliste, fasciste et communiste de février 1938 à décembre 1989, mais connaît à nouveau la démocratie depuis la chute de la dictature en 1990.