2015年7月22日，河南省纪委宣布其因涉嫌严重违纪接受组织调查。这是中共十八大以来，河南被查处的第四位现职市委书记，之前落马的三位市委书记分别是：安阳原市委书记张笑东、驻马店原市委书记刘国庆和开封原市委书记祁金立。杨树平担任三门峡市委书记期间与时任市委副书记、市长赵海燕（女，在杨树平落马后接替其职务，2016年7月落马）长期不合，杨在落马前还曾与赵互相向上级纪检机关举报对方。