Nella stagione 1981-1982 il Genoa, grazie al pareggio con il per 2-2 all'ultima giornata, si salvò dalla retrocessione ai danni del Milan: questo sancì il gemellaggio con i partenopei, anche se un'amicizia era già nata quando il Genoa giocò un'amichevole con la squadra napoletana durante una epidemia di colera che colpì Napoli. Dopo una retrocessione in seconda serie nel 1984, il Genoa passò i cinque anni seguenti in cadetteria, risalendo in prima serie nel 1989. Due anni dopo, nella stagione 1990-1991, il Genoa raggiunse un ottimo quarto posto: poté così partecipare l'anno seguente alla Coppa UEFA, da cui però fu eliminata dall'Ajax in semifinale. Questo fu l'inizio di una fase calante, culminata nel 1995 con l'ennesima retrocessione in Serie B. Se si esclude la vittoria del Torneo Anglo-Italiano, i dieci anni seguenti furono terribili per i "rossoblù", con alcune retrocessioni sventate, una su tutte quella del 2003, anno in cui il Genoa fu ripescato per un illecito sportivo del Catania. Nella stagione 2004-2005 il Genoa raggiunse il primo posto della Serie B, ma la promozione in massima serie fu annullata a causa di un tentativo di corruzione ai danni del Venezia e i liguri furono così retrocessi in terza serie.