B германо-российском музее ежегодно проходят от двух до трёх выставок на площади в 100 м². Основное внимание временных выставок сосредоточено на воспоминаниях о войне и на теме германо-советских отношений. Часть временных выставок уже была представлена в других немецких, российских и украинских городах. К каждой временной выставке музей публикует каталоги на русском и немецком языках. а также учреждает научные заседания, конференции и учебные поездки. В 2011 году по поручению федерального правительства Германии музей организовал памятный день к дате 70-летия нападения на Советский Союз (Операция Барбаросса).