Sin embargo, el panislamismo izquierdista de Burhanuddin, bajo el cual el PAS buscó mayores lazos entre los pueblos musulmanes de Malaya y el archipiélago de Indonesia, pronto llevó al partido a una brecha . El enfrentamiento entre Indonesia y Malasia ("Konfrontasi") de 1963-66 convirtió a la opinión popular malaya en contra de Indonesia. Los ataques del PAS contra el gobierno de la Alianza de Tunku Abdul Rahman por buscar ayuda occidental durante el enfrentamiento y el continuo apoyo del partido al panislamismo del sudeste asiático provocaron la pérdida de apoyo en las elecciones de 1964. La cohorte parlamentaria del partido se redujo a nueve, y perdió el gobierno estatal de Terengganu. El partido se volvió más marginado el año siguiente, cuando Burhanuddin fue detenido sin juicio bajo la Ley de Seguridad Interna por acusaciones de que había colaborado con Indonesia.