С 1990 года Черчесов начал привлекаться в сборную СССР. Принял участие в нескольких отборочных матчах к Евро-1992, в том числе сумел отстоять на ноль ключевой матч со сборной Италии. Однако в финальной части турнира (где сборная выступала под флагом СНГ) Станислав не провёл ни одного матча и был дублёром Дмитрия Харина. В этом же качестве он принимал участие на чемпионате мира в США, где сыграл лишь в третьем матче группового этапа со сборной Камеруна, завершившимся победой россиян со счётом 6:1. Оба турнира закончились для сборной неудачно.