Во время взятия Праги (пригорода Варшавы) русскими войсками под командованием генерал-аншефа Александра Суворова Антоний Мадалинский был тяжело ранен, но успел с частью войск отступить в Новое Място. Мадалинский распустил свою бригаду, а сам укрылся в Галиции. В январе 1795 года он был арестован австрийцами и выдан Пруссии. До 1797 года находился в тюремном заключении в крепости Магдебург. В дальнейшем он не участвовал в борьбе за независимость Польши. После освобождения он проживал в своём поместье, не принимая никакого участия в политических делах.