Ранее Шарнер привлекался в сборные до 19 лет и до 21 года. Дебют в основной сборной состоялся в 2002 году, всего за сборную он провёл 40 игр. Часто Пауль вступал в пререкания с Австрийским футбольным союзом, который неоднократно отстраняла его от игр за сборную из-за грубого поведения. В 2008 году Пауль проявил интерес к возвращению в сборную незадолго до начала Чемпионата Европы, но даже личная беседа с Йозефом Хикерсбергером, главным тренером сборной, не позволила ему попасть в заявку на чемпионат Европы. Только в августе месяце Шарнер вернулся в сборную, которой руководил Карел Брюкнер.