Palveltuaan lyhyen aikaa kenraali Joseph E. Johnstonin kenraali-adjutanttina Shenandoah Valleyssä Smith ylennettiin prikaatinkenraaliksi 17. kesäkuuta 1861, ja sai komentoonsa prikaatin Shenandoahin armeijasta, mitä hän komensi Bull Runin ensimmäisessä taistelussa 21. heinäkuuta. Hän haavoittui pahoin niskaan ja olkapäähän ja toipui komentamalla Keski- ja Itä-Floridan sotilashallintoa. Hän palasi palvelukseen lokakuussa kenraalimajurina ja Konfederaation Potomacin armeijan divisioonan komentajana Pohjois-Virginiaan.