W roku 1944 Kenney został mianowany dowódcą Amerykańskich Sił Powietrznych Dalekiego Wschodu, w skład których weszły V, XIII i VII Floty USAAF. Po wyzwoleniu Filipin podległe Kenneyowi lotnictwo brało udział w bojach o Iwo Jimę i Okinawę. Samoloty transportowe C-46 i C-47 podległej mu VII Floty były pierwszymi samolotami alianckimi, jakie lądowały w Japonii po podpisaniu przez nią aktu bezwarunkowej kapitulacji w dniu 2 września 1945 roku.