В 1945 Отто Шлинг вернулся в Чехословакию. Занимал различные посты в аппарате КПЧ, возглавлял партийную организацию в Брно. С 1946 — член ЦК КПЧ. В 1946—1950 был депутатом Учредительного и Национального собрания. Активно участвовал в февральском перевороте 1948, организовывал коммунистические формирования в Брно.