Dunstaffnage vio acción durante la Guerra Civil, participando contra el ejército de Montrose en 1644. El castillo fue incendiado por tropas reales, tras el fracaso del levantamiento del noveno conde de Argyll en 1685, contra el católico Jacobo VII. Durante los levantamientos jacobitas de 1715 y 1745, el castillo estuvo ocupado por tropas del gobierno. Flora MacDonald, quien ayudó al príncipe Carlos a escapar de Escocia, fue encarcelada aquí brevemente mientras estaba de paso hacia su prisión en Londres.