Ogromny wpływ tragedii z 11 września w Stanach Zjednoczonych, Stephen zdecydował, że chce założyć rodzinę i 18 października 2001 poślubił amerykańską artystkę performatywną i redaktorkę magazynu Lucy Sexton, z którą ma córkę Annabel Clare (ur. 2003). Mimo to nadal nazywał siebie gejem.