Al , el temple va ser transformat en una església ortodoxa, dedicada a sant Jordi, i emprat com a lloc de sepultura per als no ortodoxos europeus del , entre els quals molts filohel·lènics que varen donar llurs vides per la Guerra d'independència de Grècia (1821-1830). Entre aquells que van ser-hi enterrats es troba John Tweddel, amic de lord Elgin. El 1834 el primer rei de Grècia, Otó I, fou oficialment acollit en aquest lloc. Otó I ordenà que l'edifici fos convertit en museu, estatus que tingué fins al 1934, data en què tornà a ser un monument, i a partir de la qual s'hi començaren recerques arqueològiques.