También retrató a Manuel Godoy, el hombre más poderoso de España tras el rey en estos años. En 1794, cuando era duque de Alcudia, había pintado un pequeño boceto ecuestre de él. En 1801 aparece representado en la cumbre de su poder, tras haber vencido en la guerra de las Naranjas —la bandera portuguesa testimonia su victoria—, y lo pinta en campaña como generalísimo del ejército y «Príncipe de la paz», pomposos títulos otorgados a resultas de su actuación en la guerra contra Francia. El "Retrato de Manuel Godoy" muestra una caracterización psicológica incisiva. Figura como un arrogante militar que descansa de la batalla en posición relajada, rodeado de caballos y con un fálico bastón de mando entre sus piernas. No parece destilar mucha simpatía por el personaje y a esta interpretación se suma el que Goya podría ser partidario en esta época del príncipe de Asturias, que luego reinaría como Fernando VII, entonces enfrentado al favorito del rey.