В декабре 1990 года, по приглашению Анатолия Лысенко, перешёл в образованную незадолго до этого Всероссийскую государственную телевизионную и радиовещательную компанию (ВГТРК). Здесь был назначен директором телеканала «РТВ» (позже переименованного в «РТР»), который предстояло организовать. При непосредственном участии Сергея Подгорбунского были разработаны административная структура телеканала и принципы оплаты труда его сотрудников, сформирована программная сетка и согласованы условия вещания на второй программе ЦТ. Регулярное вещание началось . В июле того же года, вместе с Павлом Корчагиным и Оганесом Соболевым, участвовал в переговорах и принимал решение о приобретении телесериала «Санта-Барбара» — самого длинного телесериала, транслировавшегося в России. Во время августовского путча координировал возобновление вещания отключённого ГКЧП телеканала на регионы. Вновь организовывал его вещание во время событий 3—4 октября 1993 года в Москве, после отключения телецентра «Останкино» «РТР» был единственным центральным телеканалом, оставшимся в эфире и освещавшим происходящее. В одном из интервью вспоминал, что для минимизации жертв среди населения во время танкового обстрела Дома Советов России (Белого дома) единолично принимал решение о времени начала ретрансляции эфира телеканала CNN. В дальнейшем совмещал должность заместителя генерального директора ВГТРК, отвечал за творческие вопросы. Покинул компанию в марте 1996 года, спустя месяц после назначения Эдуарда Сагалаева председателем ВГТРК. Впоследствии стал соавтором открытого письма (опубликовано «Новой газетой» ) о якобы злоупотреблениях и недостатках в работе нового руководства компании. После этого заявления Э. Сагалаев добровольно ушёл в отставку, однако изложенные в письме факты были признаны Судебной палатой по информационным спорам при Президенте Российской Федерации недостоверными.