Amikor I. Habsburg Ferdinándot 1526. december 17-én királlyá koronázták, a Pálffyak mögött már sikerek álltak. A két magyar király közti vetélkedés, Szapolyai János és I. Ferdinánd belháborújához vezetett. Ferdinánd a Pálffyakra és más Habsburg-hű főnemesekre támaszkodva legyőzte és Lengyelországba űzte János királyt. Ott Szapolyai a lengyel uralkodótól kapott sereget Ferdinánd legyűrésére, de biztosra akart menni, ezért a törökkel is szövetkezett. Nehéz harcok után Váradon titkos békét kötöttek és kettéosztották az országot. A család nélkül maradt idős Szapolyai János vállalta, hogy halála után az egész ország Ferdinándé legyen.