Війна в Косово у 1999 році призвела до внутрішнього розколу партії. Парламентська фракція у другій палаті підтримала втручання НАТО, в той час як фракція у першій палаті була проти інтервенції. У 2003 році Зелені ліві майже одностайно виступили проти війни в Іраку.