1992 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Данії. Того ж року був включений до заявки данців на чемпіонат Європи у Швеції, де вони здобули титул континентальних чемпіонів, утім Петер Нільсен залишався резервним гравцем і на поле не виходив.