在2019-20赛季开始之前，萨内一再与德甲俱乐部拜仁慕尼黑传出联系，以取代后者已分别离队及退役的里贝里和罗本。时任拜仁主教练的科瓦奇在7月底接受德国电视二台的采访时也表示，他很有信心将得到萨内。尽管与德方的这项交易接近完成，萨内还是在8月初对阵利物浦的社区盾比赛中入选了首发阵容，并在开场约10分钟便遭遇。伤病使得他在赛季的大部分时间内都处于竞争出场的状态，同时他也中止了与拜仁的谈判，直至其伤势得以恢复。2020年6月，萨内表示拒绝与曼城主教练瓜迪奥拉续约，他原计划于赛季结束前的7月初离队，但由于冠状病毒大流行而被推迟至7月底。他也不再随曼城参加2020年8月复赛的2019-20赛季欧冠淘汰赛。