Saat Jenderal Lee bergerak ke utara menuju Maryland, pasukan McClellan mencegatnya dan terlibat dalam Pertempuran Antietam (7 September 1862). McClellan sudah berhasil membuat pasukan Lee kocar-kacir. Namun karena menolak memakai kekuatan penuh dan menyimpan sekitar sepertiga pasukannya, Jenderal Lee jadi mempunyai kesempatan untuk mundur ke arah Virginia. Lincoln yang merasa seharusnya Jenderal Lee bisa ditangkap dan memberikan kemenangan sempurna untuk pihak Utara, akhirnya memutuskan untuk membebastugaskan McClellan dari medan perang. Apalagi ini adalah kesalahan kedua yang sama seperti yang dilakukannya dulu di Kampanye Peninsula.