Avec la fin de l'influence bolivarienne au Pérou, José de La Mar reprend ses fonctions en tant que président constitutionnel du Pérou le . Pendant son mandat de deux ans, il eut à lutter contre les intrigues d'Agustín Gamarra, Antonio Gutiérrez de la Fuente et Andrés de Santa Cruz. Il promulgua la Constitution de 1828 et dut affronter deux guerres extérieures contre la Bolivie et la Grande Colombie.