Lorsque la guerre de Sécession éclate, Roddey, qui n'a pas soutenu la sécession, cherche à rester en dehors du conflit. Après la chute de fort Henry, au Tennessee, aux mains d'Ulysses S. Grant, en , cependant, les canonnières de l'Union sont en mesure de naviguer aussi loin que Florence, en Alabama, où les eaux peu profondes à Muscle Shoals  les stoppent. Plutôt que de laisser son bateau à vapeur être saisi et utilisé par l'ennemi, Roddey le brûle. Il lève alors une compagnie de cavalerie, qu'il mène lors de la bataille de Shiloh en .