תקופתו כשר הביטחון הייתה תקופה של פיגועים קשים, והסלמה במלחמה שבין מדינת ישראל ובין הפלסטינים, המכונה "האינתיפאדה השנייה". שרון עלה לשלטון על רקע ציפיות לנקיטת קו תקיף. ישיבת מפלגת העבודה בממשלה, ובמיוחד ישיבתם של פרס ובן-אליעזר בתיקי מפתח, סייעו לשרון למנוע מתקפות על צעדיו בזירה הבינלאומית ומחוגי השמאל. בן אליעזר ופרס גם הצטרפו לשרון בהתנגדותו לבניית גדר הפרדה לאורך מרחב התפר בין ישראל לגדה המערבית. כלפי מפלגתו הציג עצמו שרון כמי שרוצה לנקוט בצעדים כגון "גירוש ערפאת" אך נבלם על ידי אנשי השמאל בממשלתו. ההסלמה הגיעה לשיאה בפיגוע במלון פארק ובמבצע חומת מגן שבא בעקבותיו באפריל 2002. כשר ביטחון החליט בן-אליעזר לפתוח בשורה של פעולות צבאיות, בהן נכללו כניסות ל"שטח A", שאליו ישראל מנועה מלהיכנס על פי הסכמי אוסלו. כמו כן החליט לפגוע ב-22 ביולי 2002 בסלאח שחאדה, ממנהיגי החמאס, בהפצצת ביתו בלב שכונת מגורים, באמצעות פצצה במשקל טון שהושלכה ממטוס F-16. בפעולה זו נהרגו מלבד שחאדה גם עוזרו ועוד 14 אנשים, ובהם אשתו ואחת מבנותיו, וכן נשים וילדים, ונפצעו עשרות אזרחים שהיו בקרבת מקום. הריגתו של שחאדה פתחה שרשרת סיכולים ממוקדים של מפקדי החמאס ובכיריו, צעדים שעוררו מחלוקת בקהילה הישראלית והבינלאומית.