Invasi Irak 2003 memancing keributan antara kedua negara. Mahathir mengkritik habis-habisan Presiden George W. Bush karena bertindak tanpa mandat PBB. Meski demikian, hubungan antara kedua negara tetap kuat. Sidang dengar pendapat subkomite DPR Amerika Serikat tahun 2003 (Serial No. 108–21) tentang kebijakan Amerika Serikat terhadap Asia Tenggara menyatakan bahwa, "Meski Perdana Menteri Mahathir kadang melontarkan pernyataan publik yang serampangan, kerja sama A.S.-Malaysia tetap kuat di berbagai bidang seperti pendidikan, perdagangan, hubungan militer, dan kontraterorisme."