В мае 1990 года Вазген Манукян был избран депутатом Верховного Совета (ВС) Армении, в августе того же года ВС назначил его председателем Совета Министров Армении (премьер-министром). Это был тяжелый период: быстрыми темпами шел развал СССР, началась политическая и экономическая блокада Армении с северного направления.