Уильям Сэнкрофт родился в поместье Уффорд Холл рядом с деревней Фрессингфилд, графство Саффолк. Первоначально обучался в школе в Бери-Сент-Эдмундс, а затем Эммануэль Колледж в Кэмбридже с сентября 1633 года. В 1641 году получил степень магистра искусств, пытался продолжить обучение, но был изгнан из колледжда за отказ принять Ингейджмент. Жил за границей до реставрации власти Стюартов, после чего вернулся и был избран одним из университетских проповедников. В 1663 году был номинанирован на должность декана в Йорке, а в 1664 году избран деканом собора Святого Павла. После великого лондонского пожара внёс 1400 £ на восстановление здания.