Sílva spillede mellem 1994 og 2005 49 kampe for Uruguays landshold, hvori han scorede 14 mål. Han deltog ved VM i 2002 i Sydkorea og Japan. Her spillede alle uruguayanernes tre kampe i turneringen, men kunne ikke forhindre, at holdet blev slået ud efter det indledende gruppespil. Han var med landsholdet også med til at vinde bronze ved Copa América i 2004 og var også en del af truppen til Confederations Cup 1997.