Johnston wechselte noch während seiner aktiven NHL-Zeit direkt in die Cheftrainerposition bei den California Golden Seals, als Fred Glover während der Saison 1973/74 entlassen wurde. Er betreute das Team für die letzten 21 Saisonspiele, von denen er nur zwei gewann, bevor er bereits nach 48 Spielen der folgenden Spielzeit 1974/75 ebenfalls entlassen und durch Bill McCreary ersetzt wurde. Anschließend kehrte Johnston an seine Alma Mater zurück und war von 1975 bis 1981 als Cheftrainer an der University of Denver tätig, während er parallel dazu als Nationaltrainer des "Team Canada" bei den Weltmeisterschaften 1978 und 1979 fungierte. Dabei gewann er mit der Mannschaft 1978 eine Bronzemedaille, der bei der Weltmeisterschaft 1982 in gleicher Funktion eine weitere folgen sollte.