Er gründete daraufhin ein Wirtschaftsforschungsinstitut, das 1991 ein weiteres Reformprogramm entwickelte, welches jedoch nicht realisiert wurde. Nach dem Augustputsch, bei dem Jawlinski Boris Jelzin unterstützte, ernannte Gorbatschow Jawlinski zum stellvertretenden Ministerpräsidenten, der für Reformen der mittlerweile fast völlig zum Erliegen gekommenen Wirtschaft der Sowjetunion zuständig war. Seine Arbeitsgruppe erarbeitete ein Konzept für einen einheitlichen Wirtschaftsraum der früheren Sowjetrepubliken, das jedoch von Boris Jelzin abgelehnt wurde. Nach der endgültigen Auflösung der Sowjetunion trat Jawlinski aus der Regierung zurück.