У јуну 2008. прелази у Интер из Милана, с којим потписује трогодишњи уговор. У прва три месеца у Интеру освојио је један трофеј, Суперкуп Италије, а своју прву сезону у Италији завршио освојивши Серију А. Његова друга сезона у Интеру претворила се у исписивање историје не само миланских црно-плавих већ и читавог италијанског фудбала. Након што је на старту сезоне Интер остао без трофеја у Суперкупу Италије уследио је бриљантан наставак и нарочито крај сезоне. Интер је предвођен Морињом успео да оствари оно што ниједан италијански клуб није до тада урадио. Освојена је трострука круна, одн. како то Италијани кажу "триплета". Након освајања нове титуле првака Италије, освојен је и трофеј у националном купу, а све је зачињено освајањем титуле првака Европе, укупно треће у клупској историји али прве након пуних 45 година чекања. Након освајања титуле првака Европе, Морињо је напустио Интер.