Margaron nahm an der Schlacht bei Austerlitz (2. Dezember 1805) teil und wurde dabei verwundet. Er kehrte zurück nach Frankreich und war offiziell bis 11. April 1806 dienstunfähig. Aber erst am 28. Juli desselben Jahres kehrte er in den Generalstab der Grande Armée zurück. Am 14. Oktober kämpfte seine Kavallerie unter Marschall Soult in der Schlacht bei Jena.