В национальной сборной Нидерландов Ян дебютировал 10 ноября 1982 года в матче против сборной Франции. В 1988 году Ваутерс стал победителем чемпионата Европы, который проходил в Германии. В финальном матче нидерландцы одолели сборную СССР со счётом 2:0. Ваутерс участвовал во всех матчах турнира, в том числе и в финальном матче.