Im Thüringer Grafenkrieg eroberten die Erfurter die Burg. Danach tobte 1446 und 1451 der Sächsische Bruderkrieg. Die Burganlage Altenberga wurde zerstört. Diese Ereignisse hatten auch ökonomische Änderungen zur Folge. Die Versorgung der Burganlage entfiel, so dass der Landadel wirksamer werden konnte und musste. In der Mitte des 15. Jahrhunderts wurde der Bau des Schlosses Altenberga errichtet. Dieser Bau war der Vorgängerbau des heutigen Herrenhauses. 1675 wurde das Gebäude umgebaut und aufgestockt. Es konnten im Ergebnis der besseren Bodenbewirtschaftung die Stall- und Scheunengebäude erweitert oder neu gebaut werden.