Habib Habibou porte pour la première fois le maillot de l'équipe de République centrafricaine de football à l'occasion d'une rencontre éliminatoire pour la Coupe d'Afrique des nations, disputée le à Kinshasa contre la République démocratique du Congo. Il est titularisé en attaque mais son équipe s'incline sur le score de quatre buts à un. Deux ans plus tard il est de nouveau sélectionné pour un match face au Rwanda dans le cadre des éliminatoires de la CAN 2019.Durant le match il marque son premier but avec "Les Fauves". La rencontre se termine (2-2), ce qui élimine les deux équipes et qualifie la Guinée et la Côte d'Ivoire pour la compétition.