Après la dissolution de l'Union soviétique, le club est intégré dans la nouvelle troisième division russe en 1992, dont il est relégué l'année suivante. Jonglant entre la troisième et la quatrième division au cours des années 1990, le "Zénith" est finalement relégué en dehors des championnats professionnelles à l'issue de la saison 1999.