Nach dem Tode von Alexandros Koumoundouros wurde er der prominenteste Vertreter des konservativen politischen Spektrums. 1885 wurde er erstmals Ministerpräsident bis 1886. Seine zweite Amtszeit endete 1892 nach 2 Jahren, weil der damalige griechische König Georg I. das Vertrauen entzog. 1895 gewann er die Wahlen zum griechischen Parlament und wurde erneut Ministerpräsident. Im April 1897 brach unter seiner Regierung der Türkisch-Griechische Krieg aus, welcher Ende April 1897 mit einer schweren Niederlage Griechenlands endete. Deligiannis trat daraufhin am 30. April 1897 zurück. Zwischen Dezember 1902 und Juni 1903 sowie zwischen Dezember 1904 und Juni 1905 war er erneut Ministerpräsident. Seine fünfte und letzte Amtszeit als Ministerpräsident endete mit seiner Ermordung am 13. Juni 1905 vor dem griechischen Parlament.