15 ноября 2003 года в товарищеском матче против сборной Чехии Бернье дебютировал за сборную Канады. Первым крупным международным турниром для Патриса стал Золотой кубок КОНКАКАФ 2005, где он принял участие в матчах против команд Коста-Рики, США и Кубы.