Дебют Єспера за національну збірну відбувся одразу після його переходу в «Аякс» — 27 березня 1999 року у відбірковій грі до Євро-2000 проти збірної Італії. Єспер «відзначився» вже на першій хвилині, віддавши м'яч форварду італійців Філіппо Індзагі, який відкрив рахунок в матчі. Італія виграла з рахунком 2: 1. Незважаючи на невдалу першу гру, надалі Гронк'яер грав важливу роль в команді Бу Юганссона, взявши участь у трьох іграх на Євро-2000.