Marraskuussa 2014 Mechá Baždarević valittiin Bosnia ja Hertsegovinan maajoukkueen päävalmentajaksi. Baždarevićin johdolla Bosnia ja Hertsegovina aloitti karsinnat EM-kisoihin 2016 heikosti häviämällä Kyprokselle 1–2. Tappiota seurasivat tasapelit Walesin ja Belgian kanssa sekä murskatappio Israelille 3–0. Lopuista karsintaotteluista sisuuntunut Bosnia ja Hertsegovina hävisi ainoastaan yhden Belgialle ja nousi karsintalohkonsa kolmantena mukaan jatkokarsintoihin. Historiallinen EM-lopputurnauspaikka jäi lopulta haaveeksi, kun Irlanti voitti toisen jatkokarsintaottelun kyseenalaisen rangaistuspotkumaalin siivittämänä 2–0. MM2018-karsinnoissa Bosnia jäi karsintalohkonsa kolmanneksi, kahden pisteen päähän Kreikasta, eikä selvinnyt lopputurnaukseen. Karsintojen jälkeen Baždarević jätti tehtävänsä.