Nel 2009 ha fondato la compagnia teatrale indipendente Proton Theatre assieme alla produttrice Dóra Büki. Come direttore artistico della compagnia, Mundruczó ha messo in scena diverse opere, tra cui: "Ghiaccio" (2006) di Vladimir Sorokin; "Frankenstein-project" (2007), da Mary Shelley, da cui ha tratto il suo film ""; "È difficile essere un dio" (2010) dei fratelli Strugackij; e "Vergogna" (2012) di J. M. Coetzee, a cui si è ispirato per "White God - Sinfonia per Hagen". Nel 2020 ha diretto il suo primo film in lingua inglese, "Pieces of a Woman", in concorso alla 77ª Mostra del cinema di Venezia.