Pocos meses después de producirse la Revolución de mayo de 1810, donde las Provincias Unidas del Río de la Plata comienzan a emanciparse de España, el 7 de agosto el Fuerte de San José es arrasado por tehuelches. A fines de ese año la Primera Junta de Gobierno de Buenos Aires toma el control de Carmen de Patagones, pero en abril de 1812 los realistas reconquistan la población hasta el 13 de diciembre de 1814, fecha en que pasa a depender definitivamente de las Provincias Unidas del Río de la Plata.