דניאל דפו נולד בלונדון בשם דניאל פו (Daniel Foe), אביו היה סוחר נרות וקצב. הוא שינה את שמו לדפו רק ב-1695, כיוון שמשמעות המילה Foe באנגלית היא אויב. בשנות ילדותו היה עד למאורעות כמו מגפת הדבר שפרצה ב-1665, והשרפה הגדולה של לונדון בשנת 1666. הוא השתייך לכנסייה "נון-קונפורמיסטית" אשר חבריה לא קיבלו על עצמם את מרותה של הכנסייה האנגליקנית. אביו רצה שיהיה כומר, אך הוא נמשך יותר לעולם המסחר.