На працягу першых гадоў праўлення Отана ад яго імя правілі баварскія рэгенты і былі вельмі непапулярнымі сярод грэкаў, аднак заклалі асновы грэчаскай адміністрацыі, арміі, судовай сістэмы і сістэмы адукацыі. Яны правілі да 1937 года, калі былі адкліканы па патрабаванню Брытаніі і Францыі, і Отан прызначыў грэчаскіх міністраў, але чыноўнікі з Баварыі па-ранейшаму складалі большасць адміністрацыі і арміі Грэцыі. Пасля паўстання ў Афінах у верасні 1843 года, якое ўспыхнула ў выніку незадаволенасці дзеяннямі караля, была створана канстытуцыя і двухпалатны парламент. Улада перайшла да палітыкаў, большасць якіх складалі камандзіры ў вайне за незалежнасць. У грэчаскай палітыцы 19 стагоддзя дамінавала нацыянальнае пытанне: была распаўсюджана «Вялікая ідэя» () па вызваленні ўсіх грэкаў і аднаўленні дзяржавы з усіма грэчаскімі землямі і сталіцай у Канстанцінопалі. Яна падтрымлівалася амаль бесперапыннымі паўстаннямі супраць асманаў на ўсіх грэкамоўных тэрыторыях, уключаючы Крыт, Фесалію і Македонію. Новае пакаленне грэчаскіх палітыкаў усё больш нецярпіма ставілася да ўмяшання караля Отана ў справы ўрада. У 1862 годзе кароль адхіліў прэм'ер-міністра, былога адмірала Канстантынаса Канарыса, найбольш уплывовага палітыка таго перыяду, што выклікала ваенны мяцеж, які вымусіў Отана прыняць непазбежнае рашэнне пакінуць краіну.