En la temporada 1999-00 la Lazio obtuvo la Supercopa de Europa al derrotar por 1:0 al Manchester United, con Nedvěd en el campo de juego hasta el minuto 66, momento en el cual fue sustituido por Simone Inzaghi. En Italia el equipo "biancocelesti" logró el doblete, obtuvo los títulos de la liga con setenta y dos puntos y la Copa Italia venciendo en la final al Inter de Milán por 2:1 con un gol de Nedvěd en el encuentro de ida. Esa misma temporada la Lazio participó en la Liga de Campeones de la UEFA 1999-2000 y formó parte del grupo A junto con el Dinamo de Kiev, Bayer Leverkusen y N. K. Maribor. Al finalizar la ronda de grupos la escuadra romana ocupó el primer lugar con catorce puntos. Logrando de esta manera avanzar a los octavos de final siendo agrupados junto con el Chelsea F. C., Feyenoord Rotterdam y Olympique de Marsella. Nuevamente la Lazio ocupó el primer lugar de su grupo, esta vez con once puntos y enfrentó en los cuartos de final al Valencia C. F. siendo eliminados por marcador global de 5:3.