W 1997 roku nasilił się konflikt pomiędzy Federalną Republiką Jugosławii a Kosowem. W 1997 roku Armia Wyzwolenia Kosowa (alb. "Ushtria Çlirimtare e Kosovës"; UÇK) dokonywała ataków zbrojnych na siły serbskie. W tym samym czasie wojska Jugosławii dokonywały czystek etnicznych w Kosowie. 6 lutego 1999 roku w Rambouillet pod Paryżem odbyły się rozmowy pomiędzy przedstawicielami Kosowa i rządu Federalnej Republiki Jugosławii. Podczas rozmów prowadzonych przez Grupę Kontaktową miano przedyskutować plan pokojowy, zapewniający między innymi przyznanie autonomii, a następnie niepodległości Kosowa w ciągu kilku lat. Przedstawiciele Federalnej Republiki Jugosławii odrzucili plan, określany przez nich jako zamach na suwerenność państwa. Przedstawiciele Kosowa podpisali porozumienie 23 lutego. W odpowiedzi Serbowie rozpoczęli kolejne ataki na Albańczyków. 24 marca siły NATO w ramach operacji Allied Force zaatakowały Federalną Republikę Jugosławii. W odpowiedzi Milošević wykorzystał interwencję NATO jako pretekst do zwiększenia polityki czystek etnicznych. 27 maja Milošević został oskarżony przez Międzynarodowy Trybunał Karny dla byłej Jugosławii za zbrodniarza wojennego, odpowiedzialnego za zbrodnie w Kosowie. 10 czerwca dowódcy Armii Jugosłowiańskiej podpisali dokument, zobowiązujący Federalną Republikę Jugosławii do natychmiastowego wycofania swoich sił z Kosowa. Interwencja wojsk NATO chwilowo zwiększyła popularność Miloševicia.