През ноември 1907 година Козма Погончев заедно с други учители е арестуван и затворен в Битолския затвор, в резултат на афера от намерени негови писма в убития войвода Кузо Попдинов. Амнистиран е и е освободен след Младотурската революция от юли 1908 година. Продължава с учителската си дейност в Костурско до началото на Балканскатата война през октомври 1912 година.