Ook werd Zátopková tweemaal Europees kampioene bij het speerwerpen. Haar eerste Europese titel won ze op de Europese kampioenschappen van 1954 in Bern. Met een beste poging van 52,91 bleef ze de Sovjet-Russische atletes Virve Roolaid (zilver; 49,94) en Nadezhda Konyayeva (brons; 49,49) voor.