Indonesiens Diktator Suharto trat im Mai 1998 zurück und es begannen Verhandlungen zur Lösung des Osttimorkonflikts. Guterres wurde auf der "Nationalen Sonderkonferenz" vom 15. bis 20. August 1998 in Sydney zum Generalkoordinator des FRETILIN-Präsidialrats gewählt, dem nun höchsten Amt in der Partei. Stellvertreter wurden Marí Alkatiri für die "diplomatische Front" und Ma'huno für die "Front im Untergrund". Ma'huno war bereits 1995 durch eine Amnestie wieder freigelassen worden. Der CDF als Parteiorgan wurde abgeschafft. Am 30. August 1999 stimmten bei einem Referendum 78,5 % der Bevölkerung für die Unabhängigkeit Osttimors von Indonesien. Vor und nach dem Referendum kam es zu Massenmorden und Vertreibungen durch pro-indonesische Milizen und das indonesische Militär. Eine internationale Friedenstruppe unter australischer Führung landete und sorgte wieder für Ruhe und Ordnung. Osttimor kam unter UN-Verwaltung.