W 1562 wybuchła we Francji wojna domowa o podłożu religijnym. Coligny niechętnie przyłączył się do walki. Po śmierci księcia Condé stał się głównym przywódcą hugenotów. Pomimo klęski pod Moncontour (1569) udało mu się odtworzyć armię protestancką na południu kraju i dojść z nią do górnego odcinka Sekwany. Dzięki temu hugenotom udało się doprowadzić do zawarcia korzystnego dla nich porozumienia pokojowego w Saint-Germain (1570).