Les troupes allemandes envahissent la Norvège en 1940. Après la prise de Trondheim au début de la campagne, les Allemands y établissent rapidement une base sous-marine nommée Dora, exploitant la protection naturelle apportée par le fjord. À cette époque, l'îlot de Munkholmen est équipé de batteries de défense antiaérienne. Une grande partie du fort sert d'entrepôt pour les munitions. La présence nazie dure jusqu'à la fin de la guerre en . On peut encore trouver des traces de cette occupation sur les niveaux supérieurs du fort.