Після капітуляції Німеччини Шелленберг деякий час жив на віллі Бернадота в Швеції. Проте вже в червні 1945 року союзне командування домоглося його видачі як військового злочинця. Як обвинувачений притягнутий до суду Міжнародного військового трибуналу в Нюрнберзі за справою Вільгельмштрассе. У ході судового розгляду з нього були зняті всі звинувачення, окрім членства в злочинних організаціях, а також причетності до розстрілів військовополонених.