Nel corso della battaglia il porto di Diego Suarez, sulla punta settentrionale del Madagascar che era rimasto fedele al governo di Vichy, era stato occupato da una forza di spedizione britannica e l'ammiraglio Isoroku Yamamoto autorizzò un attacco alle numerose navi avversarie nella zona. L'operazione si svolse nella notte del 30-31 maggio e, al prezzo due sommergibili tascabili, Ishizaki poté segnalare il grave danneggiamento della nave da battaglia e la distruzione di una grossa petroliera. Nei mesi successivi Ishizaki e il resto dell'8ª Squadriglia si spostarono definitivamente nell'Oceano Indiano per dare la caccia ai mercantili alleati; tuttavia Ishizaki, che il 1º novembre 1942 fu promosso contrammiraglio, ebbe la formazione ridotta a una decina di battelli, molti dei quali rimasero lontani in riparazione sino ai primi mesi del 1943: tutto ciò si tradusse in appena otto navi da carico distrutte tra la metà del 1942 e l'inizio dell'anno successivo. La sua posizione inoltre lo rese responsabile giapponese dei pericolosi collegamenti via sommergibile con l'alleata Germania nazista, finalizzati allo scambio di tecnologie e materiali. Il 19 agosto 1943 Ishizaki fu richiamato in Giappone e gli fu accordato un periodo di riposo, rimanendo a disposizione dello stato maggiore generale che, il 20 ottobre 1943, lo nominò comandante dell'11ª Squadriglia sommergibili. Si trattava di un reparto logistico che si occupava di addestrare le nuove unità via via immesse in servizio, che guidò per oltre un anno.