На охлаждение канадско-израильских отношений повлиял и скандал 1997 года, когда агенты «Моссада» использовали фальшивые канадские паспорта при организации покушения на лидера «Хамаса» Халеда Машаля в Иордании. Этот шаг привёл ко временному отзыву канадского посла из Израиля. В то же время, уже в 2000 году с государственным визитом в Израиле побывал премьер-министр Канады Жан Кретьен. В 2000-х годах, после наступления кризиса в израильско-палестинском мирном процессе и начала интифады Аль-Аксы, сначала либеральное правительство Пола Мартина, а затем, в гораздо большей степени, консервативный кабинет Стивена Харпера вновь сдвинули канадские внешнеполитические приоритеты в сторону поддержки Израиля. Характерным примером этого сдвига стало голосование в Генеральной Ассамблее ООН в июле 2004 года по резолюции об израильском разделительном барьере. В то время как 150 государств проголосовали за резолюцию, требующую от Израиля выполнения недавнего решения Международного суда ООН, признававшего строительство стены незаконным, канадский представитель был одним из десяти воздержавшихся (США и Австралия голосовали против резолюции, все остальные западные страны — за неё). После победы «Хамаса» на палестинских выборах в 2006 году Канада стала первой страной, приостановившей экономическую помощь Палестинской национальной администрации. В этом же году из 16 резолюций Генеральной Ассамблеи ООН в поддержку палестинцев Канада поддержала только половину, по остальным воздержавшись или проголосовав против, тогда как большинство западноевропейских стран и Япония поддержали 13 и ни разу не голосовали против.