Après la dissolution de l'Union soviétique et la mise en place du championnat russe, le Lokomotiv, notamment incarné par son entraîneur emblématique Iouri Siomine en poste pendant plus de vingt ans sur plusieurs passages depuis 1986, devient rapidement une des équipes les plus importantes du football russe, notamment dans la coupe qu'elle remporte quatre fois entre 1996 et 2001. Habitué du podium de la fin des années 1990 au début des années 2000, il remporte le championnat russe à deux reprises en 2002 puis en 2004. Le départ de Siomine en 2005 et des troubles en interne amène le club à connaître une période de creux au cours des années 2000 et 2010, malgré deux victoires en coupe, qui s'achève avec l'arrivée du président Ilia Gerkous et le retour de Siomine au poste d'entraîneur à partir de la saison 2016-2017, qui s'accompagne de deux nouvelles coupes en 2017 et 2019 ainsi que d'un troisième titre de champion en 2018.