A su vez, con la llegada de tropas realistas enviadas por el virrey del Perú, José Fernando de Abascal y Sousa (1806-1816), se inició la Guerra de la Independencia. Con el apoyo de adherentes locales a la causa realista, lograron controlar gradualmente el sur del país, mientras los desencuentros entre los partidarios de Carrera y de O'Higgins aumentaban, minando su capacidad de resistencia. Finalmente, los realistas derrotaron completamente a las tropas patriotas en la batalla de Rancagua, el 2 de octubre de 1814.