Van 1996 tot 1998 speelde Prior voor Leicester City, waarmee hij de League Cup won in 1997. In de finale werd Middlesbrough verslagen over twee wedstrijden. Voor Prior was de League Cup het enige eremetaal van zijn loopbaan. Later was hij nog actief voor Derby County en Manchester City. Met die laatste club degradeerde Prior in 2001 uit de Premier League. Na de degradatie met Manchester City tekende Prior een contract bij de Welshe club Cardiff City, waarvoor hij vervolgens drie seizoenen uitkwam. In de laatste stadia van zijn carrière was hij opnieuw bij Southend United te vinden. In 2009 verhuisde hij naar Newcastle Jets uit Australië.