Na het uitbreken van de Burgeroorlog in 1861 werd Hatch overgeplaatst en werd hij bevorderd tot brigadier-generaal. Hij vocht in verschillende slagen, onder andere als brigadecommandant in de Tweede Slag bij Bull Run in 1862. Hij geraakte er gewond, maar herstelde volledig. Daarna streed hij in de staat Maryland, maar geraakte ook daar gewond en was buiten strijd tot 1863. Daarna was hij commandant van eenheden in Zuidelijke staten zoals Georgia en South Carolina en was in 1865 betrokken bij de inname van havenstad Charleston.