В 1535 году Альмагро, неудовлетворённый дележом и властью Писарро, отправился на юг во главе 570 испанцев и дошёл до 45-го градуса южной широты, но без особых успехов, и повернул назад. Тем временем, в отсутствие Франсиско Писарро и Альмагро, инки восстали и 200 тысяч повстанцев осадили испанцев в Куско. Кандия, со своими уже тремя пушками, отчаянно оборонялся у Храма Солнца, получив ранение в правую ногу. Испанцы, под командованием братьев Эрнандо, Гонсало и Хуана Писарро, оборонялись месяцами, пока с помощью подоспевшего Альмагро не нанесли инкам сокрушительное поражение.