Вторая церковь над Гротом Благовещения была построена в эпоху крестоносцев после взятия Назарета Танкредом Тарентским в 1102 году. С XIII века она находилась под попечением монахов недавно созданного францисканского ордена. Эта церковь не была полностью закончена, в 1909 году археологические раскопки показали, что пять романских капителей, сделанных во Франции, так и не были водружены. После поражения крестоносцев в битве при Хаттине Назарет вернулся под мусульманское господство, но Саладин разрешил монахам-францисканцам остаться и совершать службы в церкви. Церковь была разрушена в 1260 году после взятия Назарета Бейбарсом I. В последующие века францисканцы несколько раз изгонялись и возвращались в Назарет в зависимости от политической ситуации.