Durante el siglo XVI, no menos que tres Arzobispos de Colonia se convirtieron al Protestantismo. Los dos primeros, Hermann von Wied y Salentin von Isenburg-Grenzau, renunciaron al Arzobispado al convertirse, pero Gebhard Truchsess von Waldburg, al convertirse al Calvinismo en 1582, intentó secularizar el Arzobispado. Esto resultó en la Guerra de Colonia en la que un ejército bávaro instaló al Príncipe bávaro Ernesto de Baviera como Arzobispo - el primer éxito de la Contrarreforma en Alemania. Desde entonces hasta mediados del siglo XVIII, el Arzobispado fue una segundogenitura de los gobernantes de Baviera. Como el Arzobispo en este periodo ostentaba habitualmente también el Obispado de Münster (y a menudo también el Obispado de Lieja), era uno de los príncipes más importantes del noroeste alemán.