Auch im griechischen Bürgerkrieg (1946–1949) war Naoussa Schauplatz von bewaffneten Auseinandersetzungen zwischen den kommunistisch kontrollierten Aufständischen und der regulären griechischen Armee unter Kontrolle der rechtsgerichteten Zentralregierung in Athen. Am 10. August 1947 wurde die Stadt von 500 Aufständischen angegriffen und zeitweilig besetzt, musste anschließend wieder geräumt werden. 200 Häuser wurden im Rahmen der Kämpfe durch Feuer zerstört, einschließlich einer Kirche.