Han spelade över 30 matcher för landslaget, varav fyra vid fotbolls-VM 1998 i Frankrike. Han deltog även i Afrikanska mästerskapet två gånger samt vann Olympiska spelen 1996 med Nigeria. Babangida gjorde sin landslagsdebut 1994. Han tappade sin ordinarie plats i truppen strax före fotbolls-VM 2002. Efter att inte ha spelat i landslaget på två år, blev Babangida återinkallad inför Afrikanska mästerskapet 2004 i Tunisien. Han fick dock ingen plats i den slutgiltiga truppen.