Podczas wojen napoleońskich Tyrol stał się częścią Bawarii, sprzymierzonej wówczas z Francją. Walczył jednak o niepodległość odnosząc istotne sukcesy, czego przykładem jest zwycięstwo pod Bergisel, gdzie pospolite ruszenie mieszkańców Tyrolu zwyciężyło połączone wojska bawarsko-francuskie. Ostatecznie po kongresie wiedeńskim Tyrol i Innsbruck zostały uznane częścią Austrii. W czasie II wojny światowej Innsbruck przetrwał 21 nalotów bombowych (w latach 1943–1945), które spowodowały w mieście duże zniszczenia.