Il 6 novembre 1993 è stato nominato segretario della nunziatura apostolica in Bosnia-Erzegovina. Nel paese era allora in corso un sanguinoso conflitto. Vista la tragica situazione, il 10 settembre 1994 è entrato a servizio nella sezione per gli affari generali della Segreteria di Stato della Santa Sede e ha ripreso la collaborazione con Radio Vaticana. Il 1º ottobre 1995 ha riassunto l'incarico di segretario della nunziatura apostolica in Bosnia-Erzegovina. Il 15 aprile 1997 è stato nominato cappellano di Sua Santità.