כבר ב-1993 היו מגדלי התאומים יעד לטרור איסלאמי. ב-26 בפברואר 1993 הוביל רמזי יוסף מכונית מסחרית עמוסה חומרי נפץ לחניון התת-קרקעי בתחתית המגדלים ונמלט. המחבלים קיוו להביא לקריסתו של מגדל אחד שימחוץ את המגדל השני ולהרוג 250,000 איש, אולם התוכנית לא צלחה ו"רק" שישה בני אדם נהרגו וכאלף נפצעו. בסוף שנות התשעים רמז בן לאדן שפעולתו של יוסוף היא מקור השראה עבורו, והדבר אוזכר בתדריך שנתנו סוכנויות הביטחון לנשיא באוגוסט 2001.