29 évesen 1993-ban mutatkozott be a német válogatottban. Az 1996-os Európa-bajnokság Angliában volt pályafutásának első nemzetközi tornája. Ennek ellenére a német csapat egyik vezéregyénisége volt Matthias Sammer és Thomas Helmer mellett, amelyen végül Európa-bajnok lett a csapattal és Eilts-t pedig a torna hivatalos legjobb csapatába is beválasztották. 1997-ig 31 alkalommal szerepelt a válogatottban.