En 1958 fue elegido presidente Arturo Frondizi (UCRI) en elecciones con el peronismo proscripto pero luego de realizar un pacto electoral con Perón, siendo derrocado por un nuevo golpe militar en 1962. El golpe esta vez tuvo la particularidad de que el poder fue asumido por el civil José María Guido, nombrado presidente por la Corte Suprema de Justicia ese mismo día tras el derrocamiento y arresto de Frondizi, alegando para su nombramiento un vacío de poder. A pesar de que formalmente Guido ejercía la presidencia, el verdadero poder material residía en la esfera militar. Durante su mandato se agudizaron los enfrentamientos entre dos facciones del Ejército Argentino, conocidas como Azules y Colorados, llegándose a enfrentamientos armados. La victoria del sector «azul» permitió al general Juan Carlos Onganía reunificar al Ejército.