Sobre las causas de la no realización del proyecto también existen numerosas dudas: el proyecto fue aprobado por la Congregación Capitular de Tánger el 17 de octubre de 1893, pero quedó pendiente de la aprobación por parte de la Santa Sede, especialmente por unas reservas formuladas por la «grandeza y suntuosidad» del proyecto, no afín a la austeridad propia de la orden franciscana. Pero lo más probable fue la agitada situación política en Marruecos: en 1893 hubo una insurrección en Melilla (Guerra de Margallo) para evitar la fortificación de las Cábilas, que terminó con un acuerdo entre España y Marruecos firmado el 5 de marzo de 1894. Esta agitación política conllevó además una crisis económica que hizo especial mella en los negocios del marqués de Comillas, ya que Tabacos de Filipinas y la Compañía Trasatlántica estuvieron al borde de la quiebra.