Mượn danh nghĩa cầu viện của vua Lê Chiêu Thống, quân Thanh ồ ạt tiến sang Bắc Hà. Đại tư mã Ngô Văn Sở sai Duy Cận viết thư cho Tôn Sĩ Nghị, cố gắng thuyết phục quân Thanh rút lui. Tôn thẳng thừng bác bỏ và tiếp tục tiến quân. Ngày 22 tháng 12 năm 1788, Nguyễn Huệ lên ngôi Hoàng đế, xưng hiệu là Quang Trung, sau đó dẫn quân ra bắc, đánh bại quân Thanh. Vua Lê Chiêu Thống một lần nữa phải đào vong và cuối cùng qua đời ở Trung Quốc. Nhà Hậu Lê kết thúc từ đó. Riêng Giám quốc Lê Duy Cận về sau không được sử sách nhắc đến, không rõ hành trạng của ông thế nào.