Götze bermain untuk Borussia Dortmund antara tahun 2009 dan 2013, memenangkan gelar juara Bundesliga pada musim 2010–2011 dan dobel Bundesliga dan DFB-Pokal pada musim 2011–2012, serta menjadi anggota tim yang mencapai babak Final Liga Champions UEFA 2013. Pada bulan April 2013, Bayern München memborong Götze dengan harga €37 juta, menjadikannya pemain Jerman termahal kedua pada saat itu, setelah Mesut Özil. Dia bermain bersama Bayern München selama tiga musim, memenangkan tiga gelar juara liga, dua gelar juara DFB-Pokal, dan menjuarai masing-masing satu edisi Piala Dunia Antarklub FIFA dan Piala Super UEFA. Dia kemudian kembali ke Dortmund pada tahun 2016 dan memenangkan DFB-Pokal pada tahun berikutnya.