4 апреля 1940 года "U-1" вновь вышла в боевой поход для поддержки сил вторжения в операции «Везерюбунг» (вторжение в Норвегию). Совместно с "U-4" она должна была составлять Четвертую Группу, однако в связи с возникшими техническими проблемами вынуждена была вернуться в порт и вновь вышла в море 6 апреля, и, вероятно, в тот же день подорвалась на мине к западу от Гельголанда. Её потеря не была замечена вплоть до 21 апреля. Все 24 члена экипажа погибли.