El 22 de septiembre, tras derrotar al Deportivo Alavés (2-0) en la quinta jornada, consiguió situar al Athletic Club como líder de Primera División con once puntos. El último entrenador que había llevado al club a liderar la clasificación, sin incluir la primera jornada, fue Jupp Heynckes en 1993.El 31 de mayo de 2020, con el equipo vizcaíno en 10º puesto en la Liga y clasificado para la final de la Copa del Rey, extendió su contrato con el club por una temporada más.El equipo rojiblanco regresó a la competición a mediados de junio, después de más de dos meses de inactividad por la pandemia del coronavirus, para disputar las últimas once jornadas de Liga. A pesar de llegar con opciones de clasificarse para la Liga Europa a la jornada 37, dichas opciones se disiparon tras una derrota en San Mamés ante el CD Leganés (0-2).