2 липня 2016 року директор «Боруссії» Ханс-Йоахім Ватцке повідомив, що німецький клуб прийняв пропозицію про трансфер Мхітаряна в англійський клуб «Манчестер Юнайтед». 6 липня «МЮ» оголосив про перехід Мхітаряна. Вірменський півзахисник підписав з англійським клубом чотирирічний контракт. Сума трансферу склала, за деякими даними, 26,3 млн фунтів . 7 серпня 2016 року Мхітарян дебютував у складі «Юнайтед», вийшовши на останніх хвилинах переможного матчу за Суперкубок Англії проти «Лестер Сіті».