Für Japan nahm Fukufuji im Juniorenbereich an der U18-Junioren-B-Weltmeisterschaft 2000 sowie der U20-Junioren-C-Weltmeisterschaft 2000 und den U20-Weltmeisterschaften der Division II 2001 und 2002 teil. Im Seniorenbereich stand er im Aufgebot seines Landes bei den Weltmeisterschaften der Top-Division 2001, 2002 und 2004 sowie den Weltmeisterschaften der Division I 2010, 2013, 2014, 2015, 2016 und 2017. 2010, 2014 und 2017 wurde er jeweils zum besten Torwart des Turniers gekürt, 2014 auch zum besten Spieler seiner Mannschaft, die nur knapp den Aufstieg in die Top-Division verpasste, gewählt. Zudem vertrat er Japan bei den Winter-Asienspielen 2011, bei denen er mit seiner Mannschaft die Silbermedaille hinter Kasachstan gewann, und 2017, als die Mannschaft aus dem Land der aufgehenden Sonne hinter Kasachstan und Südkorea Bronze holte. Zudem wurde er 2011 zum besten Torwart des Turniers ernannt. Auch bei den Qualifikationsturnieren für die Olympischen Winterspiele in Sotschi 2014 und in Pyeongchang 2018.