Pretoria anlades 1855 på mark, som inköpts från boerledaren Marthinius Pretorius (född 1819, död 1901) och uppkallades efter dennes fader, Andries Pretorius (född 1799, död 1853), en av ledarna för boernas "stora uttåg" ("groote trek"). Pretoria blev 1860 Transvaals huvudstad, men först 1864 säte för dess regering. I Pretoria undertecknades 31 maj 1902 den överenskommelse med boerledarna, som avslutade boerkriget.