1988 wechselte er ins Außenressort und war somit Islands außenpolitischer Vertreter in der Zeit des Zusammenbruchs der Sowjetunion. Bereits vor der politischen Wende in Osteuropa hatte Jón Baldvin großes Interesse für diese Region gezeigt und mehrere Reisen in Länder des „Ostblocks“ unternommen. Er unterstützte offen die Emanzipation der osteuropäischen Nationen, auch derer innerhalb der Sowjetunion, von der Moskauer Zentralmacht. Das in dieser Frage forsche Auftreten Jón Baldvins gegenüber der Sowjetunion unter Gorbatschow wurde mitunter als undiplomatisch und den eigenen Interessen zuwiderlaufend kritisiert. So äußerte etwa Bundesaußenminister Genscher (wie Jón Baldvin später berichtete), eine Außenpolitik wie die Islands könne die deutsche Wiedervereinigung gefährden. Der außenpolitischen Linie folgend war Island das erste Land, das die Unabhängigkeitserklärung der baltischen Staaten anerkannte, während die anderen westlichen Staaten aus Rücksicht auf Gorbatschow, der in diesen Tagen durch den „Augustputsch“ entmachtet worden war, eine abwartende Haltung einnahmen.