1990年，大部分成员是图西族难民的反叛组织卢旺达爱国阵线从该国北部入侵，引发了卢旺达内战，任何一方都无法在战争中取得决定性的优势，但到了1992年，哈比亚利马纳的权威已遭削弱，大规模的示威活动迫使他和国内反对派结盟，并于1993年和卢旺达爱国阵线签订了《阿鲁沙协定》。1994年4月6日，朱韦纳尔·哈比亚利马纳和西普里安·恩塔里亚米拉乘坐的专机在基加利机场附近被导弹击落，两人当场死亡，内战双方也随即重燃战火。这起击落事件也成为几个小时后爆发的卢旺达种族灭绝的导火索，在短短的约100天时间里，临时政府通过周密计划，杀害了50至100万图西族人和政治上较为温和的胡图族人，此外还有许多不是直接目标的特瓦族人被杀。图西族领导的卢旺达爱国阵线重新启动了攻势，有条不紊地夺取国家的控制权，到7月中旬时已控制全国。国际社会对这场种族灭绝的反应有限，联合国维和部队已是不堪重负，各个大国又不愿施以援手。等到卢旺达爱国阵线占领全国时，已有约200万胡图族人因担心受到报复而逃往邻国，其中又以扎伊尔最多。此外，由卢旺达爱国阵线领导的军队还是第一和第二次刚果战争中的主要交战方之一。之后，卢旺达开始进入一段和解和公正时期，卢旺达问题国际刑事法庭和名为“”的传统乡村法院系统相继建立。进入21世纪后，卢旺达的经济、游客人数以及人类发展指数都得到迅猛增长，贫困率从2006年的57%下降到2011年的45%，预期寿命也从2000年的46.6岁增长到2015年的59.7岁。