イザベル・マリアは1828年、ミゲルを支持する絶対主義者とマリア2世を支持する自由主義者の間でポルトガル内戦が始まった直後に、摂政を退いた。この内戦で勝利したのは自由主義陣営だった。イザベル・マリアは信仰に傾倒する後半生を送り、1876年に未婚のままリスボン郊外のベンフィカ（現在はリスボン市域内）で死んだ。