Ein Jahr nach Boris’ Thronbesteigung wurde Aleksandar Stambolijski, Mitglied der Agrarischen Union, zum Ministerpräsidenten gewählt. Beim zahlenmäßig starken Bauernstand beliebt, zog er sich die Feindschaft der Mittelklasse und des Militärs zu. Bereits im April 1923 war Boris in die Verschwörungspläne gegen den Regierungschef eingeweiht. Nach dem Putsch vom 9. Juni 1923 vereidigte er die neue Regierung der Putschisten und nahm den „Rücktritt“ von Stambolijskis Kabinett entgegen. Infolge des Putsches kam es im September zu einer kommunistischen Erhebung, die als Septemberaufstand bekannt wurde. Am 16. April 1925 verübte die illegalisierte Kommunistische Partei in der orthodoxen Kathedrale von Sofia ein Attentat auf Zar Boris III. und die dort versammelten Regierungsmitglieder. Der König entging durch einen Zufall dem Bombenanschlag, jedoch kamen über 200 Kirchenbesucher ums Leben.