Ze was ook actief betrokken bij de verdediging van Zaragoza tijdens het tweede beleg, maar ditmaal viel de stad in de handen van de Fransen en werd Agustina gevangengenomen. Nadat ze was vrijgelaten nam ze nog aan diverse gevechten deel tijdens de oorlog, waaronder het Franse beleg van Tarragona en de slag bij Vitoria, waar ze haar militaire carrière afsloot.