Reprezentacyjną karierę Boateng rozpoczął od występów w młodzieżowej reprezentacji Ghany U-17. W 2001 roku natomiast wystąpił z kadrą U-21 na Młodzieżowych Mistrzostwach Świata w Argentynie. Zagrał na nich we wszystkich meczach Ghany, także w przegranym 0:3 finale z Argentyną. Na turnieju grał dobrze i został wybrany do Najlepszej Jedenastki, a srebrny medal był także jedną z przyczyn do wybrania go w 2001 roku Najlepszym Młodym Piłkarzem Afryki.