Morton esteve no senado durante a Reconstrução dos Estados Unidos, apoiando os planos mais radicais e repressivos para punir os estados do sul. No início de seu mandato ele apoiou uma legislação para eliminar os governos civis no sul e implementar governos militares. Ele também apoiou uma legislação para anular as constituições dos ex-estados Confederados e impor novas. Entre outras coisas, ele apoiou tirar o direito de voto da maioria dos estados do sul e triplicar os impostos do algodão. Morton foi a favor do "impeachment" do Presidente Andrew Johnson por causa de seus visões "moderadas" sobre a reconstrução, abertamente expressando seu desapontamento quando o "impeachment" falhou. Apesar de em 1855 ele ter discursado contra o direito do voto aos negros, em 1870 Morton alterou completamente sua posição e apoiou o sufrágio de toda população negra. Ele disse, "Eu confesso, e faço isso sem constrangimentos, que fui educado pelos grandes eventos da guerra". Ele apoiou a ratificação da Décima Quinta Emenda, e quando os Democratas começaram a renunciar do senado durante o debate para impedir que o quórum fosse alcançado, Morton foi o articulador de uma manobra que manteve o projeto de lei em pauta e permitiu sua aprovação.