Rond 1510 laat koning Johan van Denemarken een oorlogsvloot bouwen in Sonderborg. Tussen 1532-1549 zit koning Christiaan II van Denemarken gevangen in het slot aan de rivier. In 1590 verleent Johan van Sleeswijk-Holstein-Sonderburg marktrechten aan de stad. De stad was vaak een speelbal in het bezit van het Koninkrijk Denemarken of dan weer bij het Hertogdom Sleeswijk-Holstein, tijdens de Tweede Duits-Deense Oorlog in 1864, behoorde Sonderborg tot het Hertogdom Sleeswijk en maakte in die periode onderdeel van de Sleeswijk-Holsteinse kwestie. In 1920 keerde Sønderborg weer terug bij het Koninkrijk Denemarken.