니콜라이 2세가 1917년 2월 혁명으로 인해 퇴위를 하자, 니콜라이 2세의 가족은 그에 따라 체포되었다. 그들은 1917년의 겨울에 토볼스크에서 망명생활을 했다. 토볼스크에 억류되어 있을 때, 알렉세이는 그의 일기장에 얼마나 그가 지루한지에 대해 불평했고 또 신에게 그에게 자비를 내려줄 것을 기도했다. 알렉세이 황태자는 가끔 그의 의사의 아들인 콜랴와 부엌 소년인 레오니드 세드네브와 함께 노는 것만이 허용되었다. 시간이 흐르고, 알렉세이 황태자는 꼭 일부러 스스로를 다치게 하고 싶어하는 유혹에 빠진 것 같았다. 시베리아에 있었을때 그는 감옥의 지하 계단 아래로 썰매를 탔고 사타구니를 다쳤다. 혈우병을 가진 그에게 출혈은 매우 치명적이었고 그는 스스로 움직일 수 없을 지경이 되었다.