בשנת 2002 החלה המטבעה לשקול עיצוב חדש של הניקל לכבוד יובל ה-200 למשלחת לואיס וקלארק שעתיד היה לחול ב-2004. הקונגרס אישר שינוי של העיצוב לזמן מוגבל של שנתיים (2004–2005) וקבע כי משנת 2006 תוחזר אחוזת מונטיצ'לו לצד הערך. בשנת 2004 הונפקו שני מטבעות לציון 200 שנה לרכישת לואיזיאנה ולמשלחת לואיס וקלארק. צד הנושא עם דיוקנו של ג'פרסון נשמר בשני המטבעות. צד הערך של המטבע הראשון שהונפק עוצב על ידי נורמן נמת בהשראת מדליות השלום האינדיאניות, בעוד צד הערך של המטבע השני עוצב על ידי אל מלצקי ונשא תמונת סירה הדומה לזו שבה השתמשו במסע. בשנת 2005 הונפקו שני מטבעות נוספים, הפעם עם דיוקן שונה של ג'פרסון בצד הנושא. דיוקן זה עוצב על ידי ג'ו פיצג'רלד בהתבסס על פסלו של אודון. לצד הדיוקן הופיעה המילה Liberty – חירות – כפי שנכתבה בכתב היד של ג'פרסון בטיוטת הכרזת העצמאות של ארצות הברית. צד הערך של המטבע הראשון שהונפק בשנה זו עוצב על ידי ג'יימי פרנקי ונשא תמונת ביזון אמריקאי, ואילו בצד הערך של המטבע השני נשקף נוף של אוקיינוס עם המילים "" – "אוקיינוס בנוף! הו! השמחה!" – אשר נלקחו מיומנו של ויליאם קלארק.