Am 11. September 2001 wurde das World Trade Center (WTC) durch einen Terroranschlag nie dagewesenen Ausmaßes zerstört. Der Komplex war bereits 1993 durch einen Bombenanschlag in der Tiefgarage des Komplexes erschüttert worden (mit sechs Toten und hunderten Verletzten). Es dauerte bis Mai 2002, bis die Aufräumarbeiten am sogenannten "Ground Zero", dem Areal, auf dem das WTC gestanden hatte, beendet werden konnten. Auf "Ground Zero" wurde von 2006 bis 2014 das 541 Meter hohe One World Trade Center gebaut, das seit seiner Vollendung das höchste Bauwerk der USA ist. Ebenfalls wurde eine Gedenkstätte errichtet, die im Mai 2014 eröffnet wurde. Ein neuer Bahnhof am World Trade Center wurde im Februar 2014 teileröffnet. Am 3. März 2016 wurde die "Oculus" genannte Haupthalle des Bahnhofs eröffnet. Seit den Anschlägen gilt für ganz New York permanent eine erhöhte Alarmbereitschaft; die Polizeipräsenz wurde noch einmal massiv erhöht. Die Lebenshaltungskosten in Manhattan sind seit 2001 massiv gestiegen; sie gelten als die mit weitem Abstand höchsten in den USA. Ende des Jahres 2002 kamen mehr Touristen nach New York als in den Jahren vor den Terroranschlägen.