В день її 16-річчя Київ окупували німецькі війська. Софії довелося копати протитанкові рови на вулиці Горького (сучасна вулиця Антоновича), окопи в районі села Віта-Поштова, а коли фронт вже проходив по Голосіївському лісі, вивозити на підводах поранених і надавати їм допомогу. 3 вересня 1941 з Києва йшов один з останніх ешелонів з евакуйованими, в якому мала їхати і сім'я Бойко, проте місця для них там не виявилося.