Dưới thời kỳ Sudan thuộc Anh-Ai Cập, hầu hết Equatoria trở thành một trong 8 tỉnh của thuộc địa này. Bang Bahr al Ghazal được chia tách từ Equatoria năm 1948. Năm 1976, được chia thành hai bang là Đông Equatoria và Tây Equatoria. Khu vực này từng phải hứng chịu nhiều khó khăn từ cả hai cuộc nội chiến, Nội chiến Sudan lần thứ nhất và Nội chiến Sudan lần thứ hai cũng như quân nổi dậy chống Ugandan có trụ sở tại Sudan, như Đội quân Kháng chiến của Chúa và Mặt trận Bờ Tây sông Nin.