В 1809 году его корпус был переведён в Португалию и вскоре был вовлечен в Пиренейскую войну. Полк принимал участие в битве при Ла-Альбуэра, битве при Арройо-дос-Молиносе и битве при Витории. Летом 1813 года Шерер был взят в плен в битве при Майя и выслан во Францию, где он оставался в течение двух лет, живя в основном в Байонне.