En automne 1918, une centaine de prisonniers allemands stationna toute une journée en gare de Melun-Ville. Durant cette saison, du fait d'un manque de charbon, le trafic n'est plus constitué que d'un seul aller-retour quotidien, au départ de Melun à , pour un retour à . À cause d'une pénurie de nouvelles pièces et de personnel, les locomotives sont en mauvais état et tombent fréquemment en panne durant leurs trajets. Durant le reste de l'année, la desserte est maintenue à deux trains quotidiens dans chaque sens. Le transport de marchandises est important et la sucrerie de Guignes a dû mettre huit wagons-tombereaux à la disposition de la SE. Au moment de l'armistice du, la ligne sort de la guerre affaiblie avec un matériel usé et endommagé.