В 1879—1898 годах миссию иезуитов возглавлял Валантен Гарнье. Ко времени назначения он имел десятилетний опыт пребывания в Китае, и с 1875 года возглавлял район Нанкин — Нинбо — Янчжоу, наиболее антихристиански настроенный, в котором было меньше всего новообращённых. Здесь священники очень строго подходили к желающим принять крещение, Благодаря попечению сестринств удалось добиться не менее 300 крещений в миссионерской больнице, но более трети обращённых умирали. Гарнье упоминал, что только «старые христиане» и семейное воспитание способствуют укоренению в вере. Иезуитская школа в Шанхае была популярна даже в среде протестантов, особенно уроки риторики, декламации и театра. В школах для девочек был высок процент некрещёных учениц. Епископ также наладил издание еженедельной газеты на китайском языке, более 900 подписчиков которой были нехристианами. Открылась и первая наркологическая клиника для курильщиков опиума; более того, миссионеры отказывались крестить наркоманов. Новая волна антимиссионерского движения началась в 1884 году после аннексии французами Вьетнама и франко-китайской войны. 10 октября произошёл погром в Сюйчжоу, когда была разграблена миссионерская станция. Это привело к тому, что западные правительства стали провозглашать протекцию над священнослужителями своей страны. В 1888 году Италия объявила миссионеров под опекой правительства, а в 1902 году взяла на себя всю полноту ответственности за миссионерскую деятельность. В 1891 году правительство Германии взяло немецких миссионеров под свою опеку. Это в ещё большей степени убеждало китайские власти в империалистической сущности миссионерской деятельности.