菲利佩·路易斯職業生涯的第一個歐冠比賽是在2013–14年歐洲冠軍聯賽。他協助床單軍團("Colchoneros")在G組以小組首名出線。更在小組賽第四輪主場對陣屆奧超冠軍奧地利維也納中射入一球，協助球隊在該場比賽中大勝對手4:0。在13-14球季中，他與米蘭達等人組成超級防線，在38場只失26球的情況下，協助馬德里體育會重奪久違了18年的冠軍寶座，同時也打破巴塞隆拿和皇家馬德里近九年的冠軍壟斷值得注意的是，他在這季的歐冠中首發參加了10場比賽，包括在里斯本光明球場舉行的歐冠決賽，他在下半場83分鐘因為受傷被迫退下火線，球隊在下半場補時階段被迫和1:1，在加時賽最終以1:4不敵同城死敵皇家馬德里，失落歐冠錦標。