У 2010 році Кранчар очолив збірну Чорногорії. Але після гарного старту національної команди в кваліфікації на вихід на чемпіонат Європи, коли за два матчі до кінця відбіркового циклу Чорногорія займала друге місце в групі, 8 вересня 2011 року він був звільнений. Деян Савичевич, президент Федерації футболу Чорногорії, сказав на це: «У Кранчара була проблема, яку ми ретельно намагалися приховувати. Ця проблема пов'язана з алкоголем». Сам Кранчар спростував слова Деяна.