Zodra Duitsland Nederland binnenviel in mei 1940, beval De Dageraad uit voorzorg al haar lokale afdelingen om zichzelf onmiddellijk op te heffen en hun archieven te vernietigen, terwijl de uitgave van "De Vrijdenker" onmiddellijk werd gestopt en de abonnementslijst vernietigd. Het bestuur bleef in het geheim bijeenkomen, maar de vereniging was effectief verdwenen.