Con la scusa di fornire appoggio a Junot un secondo esercito francese sotto il comando del maresciallo Murat venne stanziato in Spagna, andando ben presto a occupare le località chiave della nazione, compresa la capitale Madrid. Il paese si trovava in una situazione di profonda instabilità, dilaniato dalla lotta per il potere tra il re Carlo IV e il figlio, il futuro Ferdinando VII; approfittando della situazione, Napoleone obbligò i due sovrani ad abdicare il 6 maggio 1808 nei suoi confronti, e il 6 giugno seguente consegnò la corona di Spagna al fratello Giuseppe Bonaparte. Le prepotenze e le sopraffazioni da parte dei francesi avevano già provocato una grande sommossa a Madrid il 2 maggio, duramente repressa da Murat con cariche di cavalleria nelle strade e massiccio ricorso alla fucilazione di prigionieri; alla notizia dell'incoronazione di Giuseppe come nuovo re di Spagna, percepita come imposizione di un monarca straniero, tutta la nazione insorse contro i francesi, subito imitata anche dai portoghesi. Le truppe francesi si trovarono a sperimentare un nuovo tipo di guerra: se l'esercito regolare spagnolo era debole e disorganizzato, in tutte le regioni della Spagna e del Portogallo si svilupparono rapidamente bande di irregolari che adottavano contro gli occupanti tattiche di guerriglia. Impreparati a gestire un simile movimento di massa, i francesi reagirono adottando una tattica del terrore, radendo al suolo i villaggi sospettati di appoggiare i guerriglieri e condannando a morte qualsiasi irregolare catturato; inevitabilmente, anche i guerriglieri adottarono crudeli ritorsioni contro i reparti francesi isolati, e la guerra assunse ben presto un grado di barbarie ben superiore alla media dell'epoca.