La &lt;a href="Campeonato%20de%20Primera%20Divisi%C3%B3n%202000/01%20%28Argentina%29"&gt;temporada 2000/01&lt;/a&gt; arrancó, con José Luis Chilavert como único sobreviviente del gran equipo que fuera campeón de América y del mundo en 1994, sin embargo el arquero paraguayo jugó apenas 8 partidos en , dado que luego de una asamblea de socios, en la que participó como tal, pidió que se lo deje en libertad de acción para continuar su carrera en el Racing Estrasburgo, francés, y pese a que ningún hincha quería la partida del ídolo indiscutido de la era dorada, y uno de los más importantes de toda la historia del club, la deuda que se tenía con el jugador y sus deseos, hicieron que su pedido fuera satisfecho. En dicho torneo el equipo salió sexto y en la copa Mercosur, en donde jugaron por única vez juntos los hermanos Sergio y Rolando Zárate, fue eliminado en primera fase.