Il conflitto segnò tuttavia gli eventi dei mesi successivi: il 9 ottobre ebbe inizio lo smantellamento del GAZ n°51 che fu evacuato a Novosibirsk, dove i treni con il materiale ed il personale arrivarono a partire dal mese successivo; l’ultimo convoglio arrivò alla fine di gennaio del 1942. La ricostruzione si rivelò lenta e complessa e richiese un impegno considerevole in termini di organizzazione, che Polikarpov riuscì a condurre con grande perseveranza. Con lo spostamento del GAZ n°51, in seno al gruppo di lavoro di Polikarpov avvenne anche l’avvicendamento di Michail Jangel', sostituito da Aleksandr Vasil’evič Potopalov, ingegnere che alla metà degli anni settanta sarebbe divenuto capo progettista per il programma spaziale sovietico Buran.