У жовтня 2003 року Мутті став головним тренером команди Серії Б «Мессіна», з якою у першому ж сезоні зайняв 3-тє місце та вийшов до Серії А. У елітному дивізіоні в сезоні &lt;a href="%D0%86%D1%82%D0%B0%D0%BB%D1%96%D0%B9%D1%81%D1%8C%D0%BA%D0%B0%20%D0%A1%D0%B5%D1%80%D1%96%D1%8F%20A%202004%E2%80%932005"&gt;2004/05&lt;/a&gt; клуб сенсаційно зайняв 7-ме місце, що стало найкращим результатом за всю історію клубу і не змогла зіграти в Кубку Інтертото тільки через те, що не отримала ліцензування від УЄФА. Втім наступний сезон виявився для команди провальним, через що він був звільнений з посади 26 березня 2006 року, а команда вже без Мутті змогла зберегти місце в еліті лише через Кальчополі і виключення «Ювентуса».