Con la Russia Nikiforov ha totalizzato 55 presenze segnando 6 reti e ha partecipato ai Mondiali del 1994 e del 2002, dove ha giocato da titolare tutte le partite della propria Nazionale, e all'Europeo del 1996, in cui ha disputato 2 partite. In tutte e tre le occasioni la Russia che è stata eliminata nella fase a gironi.