Der SMR wurde 1996 gegründet, um die muslimischen Organisationen des Landes zu vereinheitlichen. Schon wenige Jahre später richtete er internationale Konferenzen aus, wie zum Beispiel im Mai 1999 das internationale Forum "Die Zukunft der Muslime Russlands im neuen Jahrtausend", bei dem das "Komitee der Muslime Asiens in Kuwait" als Partner fungierte. In einer offiziellen Erklärung vom 20. März 2003 brachte der Muftirat seine Unterstützung für "die abgewogene Politik von Wladimir Wladimirowitsch Putin" zum Ausdruck, der die militärische Aktion der USA gegen den Irak einen "großen politischen Fehler" genannt und darauf bestanden hatte, dass die militärischen Aktivitäten möglichst früh eingestellt werden sollten.