체코슬로바키아에서 자토페크는 영웅 대접을 받았으며 공산당에서도 영향력 있는 인물이 되었다. 그러나 당내 민주화 세력을 지지했기 때문에 프라하의 봄 이후 각종 직위를 박탈당하고 우라늄 광산에서 강제 노동을 하게 되는 처벌을 받았다. 자토페크는 오랜 병치레 끝에 프라하에서 78세의 나이로 사망하였다. 그의 사후 피에르 드 쿠베르탱 메달이 그에게 수여되었다.