Након пораза на Криму, Шернеру је под команду дата Група армија Север, која је учествовала у одбрани балтичких земаља. Његова група армија је имала знатно мање војника од совјетских јединица, и Група армија Центар је од његових положаја била удаљена око 45 km. Шернер је проценио ситуацију, и видео да нема велике шансе да одбрани Естонију. У разговору са Хитлером је тражио да се повуче из Естоније и да се она препусти Русима, што је Хитлер одбио. Совјети су 14. септембра извршили напад са 130 дивизија. Шернер је молио да се одобри повлачење, што је Хитлер овај пут дозволио. Након полвачења из Естоније, ова Група армија је до краја рата остала блокирана у Курландском џепу.