Po vypuknutí první světové války byl povolán do rakousko-uherské armády. Do československých legií v Rusku se přihlásil 15. srpna 1914 a po nezbytném výcviku byl zařazen v hodnosti kapitána do 1. střeleckého pluku. Již v srpnu roku 1914 (několik dní po zahájení první světové války) se z Čechů, žijících v Rusku zformovala vojenská jednotka dobrovolníků nazývaná Česká družina. Ta se později rozrostla i o válečné zajatce. Tato jednotka zpočátku čítala asi 720 dobrovolníků, byla to jakási předchůdkyně ruských československých legií a její členové si později začali říkat "Starodružiníci". Alois Janotka byl příslušníkem této České družiny. Když byl v bitvě u Zborova (1. – 2. července 1917) zraněn starodružiník plukovník Josef Boris Wuchterle, převzal po něm velení 10. roty III. praporu 1. československého střeleckého pluku právě Alois Janotka. V letech 1918 až 1920 působil Alois Janotka v čele úderných jednotek. S Josefem Mašínem bojovali společně v 1. československém střeleckém pluku v ruských legiích jak Alois Jantoka tak i Karel Teringl. (Alois Janotka byl Mašínovým velitelem v ruských legiích.) V legiích Alois Janotka aktivně působil od 1. září 1914 do 6. února 1920. Jako příslušník československých legií v Rusku končil opět u 1. střeleckého pluku ale již v hodnosti majora, definitivně byl demobilizován k 31. prosinci 1921.