Il 22 giugno 1941 i tedeschi invasero l'Unione Sovietica e gli stati baltici, immediatamente a ridosso del confine, furono tra i primi territori a essere interessati dagli scontri: come sopra affermato, essendo stata di recente sottoposta a repressioni, impedimenti e umiliazioni, la popolazione locale accolse con entusiasmo la Wehrmacht. In Lituania scoppiò una rivolta e fu istituito un governo provvisorio allo scopo di ripristinare l'indipendenza: mentre le forze tedesche si avvicinavano a Riga e Tallinn, si eseguirono altri tentativi di rimettere in funzione i governi nazionali e si confidava nella cooperazione dei nazisti. Tali speranze politiche presto svanirono e la cooperazione baltica divenne meno diretta o cessò del tutto. I tedeschi miravano ad annettere i territori baltici al Terzo Reich dopo aver effettuato una pulizia etnica: gli "elementi idonei" sarebbero stati assimilati, quelli "non adeguati" sterminati. Poiché risultò necessario supervisionare le regioni occupate con maggiore comodità, si decise di costituire il Reichskommissariat Ostland, una suddivisione amministrativa che accorpava gli stati baltici a gran parte della vecchia RSS Bielorussa: a controllo di essa di scelse di nominare Hinrich Lohse, un incallito burocrate. L'area baltica era l'unica regione orientale destinata a diventare direttamente parte del Terzo Reich.