これ以降も銕胤は、文久3年4月13日の幕府刺客による清河八郎の暗殺、翌4月14日の浪士組の責任者高橋泥舟・山岡鉄舟・松岡万らの罷免、それにつづく浪士組の改組縮小による新徴組の発足、また、攘夷決行予定日の5月10日の横浜港での様相、同日以降の馬関海峡封鎖と外国船に対する砲撃、5月20日の朔平門外の変、7月上旬の薩英戦争、8月16日の長門国小郡における幕府問責使中根市之丞の殺害事件、公武合体派によって三条実美ら尊王攘夷派公家や長州藩の勢力が京都より追い出された八月十八日の政変、8月から9月にかけて大和国で起こった尊攘派初の対幕府武力蜂起である天誅組の変（大和五条の変）、10月に但馬国で平野国臣らが起こした生野の変などといった一連の出来事について、元治元年（1864年）に入ってからは、上総国における真忠組の蜂起、上野国赤城山への浪士結集の流言、長州征討か攘夷かをめぐっての京都政局の動揺、水戸天狗党による筑波山挙兵（天狗党の乱）の経緯、京都市中の張り紙、天誅組浪士の処刑、水戸藩内の党争、会津藩の京内での孤立、長州勢の大量上京、横浜でのコレラ流行といった諸事件・諸事象について、精力的な探索活動をおこない、場合によっては考察をくわえながら、それを「風雲秘密探偵録」としてまとめ、久保田藩当局に報告している。しかし、元治元年7月の禁門の変をきっかけに報告書提出は停止され、藩内の勤王派は国家老渋江厚光の罷免や嫡子延胤の遠慮処分など、その多くが処罰され、冷遇された。