Le Gouvernement d'Union nationale de transition (GUNT), animé par Goukouni Oueddei, chassé du pouvoir par les forces d'Hissène Habré, se retire dans le nord du Tchad. Il est aidé par la Libye qui annexe depuis 1973 la bande d'Aozou. La guerre s'aggrave en 1983 et les forces libyennes occupent le nord du Tchad jusqu’à la contre-offensive des forces d'Habré qui aboutit en mars 1987 à la reconquête du nord avec le soutien de l’armée française (opération "Épervier"). Durant le conflit, les États-Unis auraient utilisé une base clandestine au Tchad pour entraîner des soldats libyens capturés et les organiser en force anti-Kadhafi. Ils auraient également fourni un soutien militaire et organisationnel à la DDS.