Po válce se Kastner přestěhoval do britské mandátní Palestiny a po vzniku Izraele se stal mluvčím na ministerstvu obchodu a průmyslu. V roce 1952 byl v pamfletu psaném amatérským novinářem Malki'elem Gruenwaldem obviněn z kolaborace s nacisty. Obvinění pramenilo z části z Kastnerova vztahu s Eichmannem a plukovníkem SS Kurtem Becherem, z části též z jeho výpovědi v Norimberském procesu, díky níž se Becher vyhnul obvinění z válečných zločinů. Gruenwald byl u soudu obviněn z urážky na cti. Jeho právnímu zástupci se však podařilo proces obrátit proti Kastnerovi (proto je znám jako Kastnerův proces). Rozsudek nakonec padl v červnu 1955 a předsedající soudce Binjamin Halevy v něm Kastnera obvinil ze „zaprodání duše ďáblu“. Soudce dále prohlásil, že záchranou Židů v tzv. Kastnerově vlaku a nevarováním ostatních, že jejich tzv. „přesídlení“ je ve skutečnosti deportací do plynových komor, Kastner obětoval většinu Židů, aby zachránil pár vybraných. Generální prokurátor Chajim Kohen se proti rozsudku odvolal. Verdikt soudu však nakonec vedl k pádu izraelské vlády.