Zunächst regierte Michael in Nikaia (Nicäa), bis er seinen Regierungssitz nach der Befreiung Konstantinopels vom lateinischen Kaiser Balduin II. 1261 in die einstige Hauptstadt des Byzantinischen Reiches verlegte. Den offiziellen Kaiser Johannes, der sich noch in Nikaia aufhielt, ließ er blenden und auf eine Insel im Marmarameer verbannen.