Le traité a nécessité sept années de négociations au sein de la FAO. Une tentative précédente de mettre en place un accord international était le IU (International Undertaking on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture). Cependant le IU reposait sur le principe selon lequel les ressources génétiques étaient patrimoine commun de l'humanité. La Convention sur la diversité biologique (1993) ayant amené les ressources génétiques sous la juridiction des gouvernements nationaux, l'IU s'est révélé obsolète.