Ο Χανς-Ντίτριχ Γκένσερ μεγάλωσε σε ένα ημι-αστικό και συντηρητικό περιβάλλον. Ο πατέρας του, Κουρτ Γκένσερ (†1937), ήταν νομικός σύμβουλος του τοπικού αγροτικού συνεταιρισμού και η μητέρα του, Χίλντε Κράιμε (†1988), κόρη αγροτών. Ήταν μαθητής στο κρατικό γυμνάσιο – λύκειο του Χάλλε, όπου είχε εγκατασταθεί η οικογένειά του από το 1933. To 1943 συμμετείχε στο σώμα βοηθών αεράμυνας ("Flakhelfer" - ειδικού σώματος αποτελούμενου κυρίως από τελειόφοιτους μαθητές σχολείων που δημιουργήθηκε στη Γερμανία κατά τα τελευταία δύο έτη του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου για την επάνδρωση των επίγειων αντιαεροπορικών συστημάτων), ολοκλήρωσε τη στρατιωτική του εκπαίδευση στο Χαρτς ("Harz") και τοποθετήθηκε από τον Οκτώβριο έως τον Νοέμβριο του 1944 στην Υπηρεσία Εργασίας του Ράιχ ("Reichsarbeitsdienst – RAD"), στα Όρη Μεταλλεύματος ("Erzgebirge"). Επίσης, το 1944 και σε ηλικία 17 ετών ο Χανς-Ντίτριχ Γκένσερ έγινε μέλος του Εθνικοσοσιαλιστικού Γερμανικού Εργατικού Κόμματος ("Nationalsozialistische Deutsche Arbeiterpartei - NSDP", με αριθμό μητρώου μέλους 10123636), αν και, όπως έχει δηλώσει, αυτό έγινε βάσει ομαδικής αίτησης, την οποία ο ίδιος αγνοούσε. Θέλοντας να γίνει έφεδρος αξιωματικός και για να αποφύγει, όπως έχει επίσης ο ίδιος δηλώσει, μια πιθανή αναγκαστική στρατολόγηση στο ένοπλο σώμα των SS (Waffen – SS), εντάχθηκε τον Ιανουάριο του 1945 οικειοθελώς στις γερμανικές ένοπλες δυνάμεις (Βέρμαχτ) για να αναλάβει υπηρεσία στον πόλεμο και τοποθετήθηκε αρχικά στο σώμα μηχανικών στρατού στο Βίτενμπεργκ ("Wittenberg"). Λίγο πριν τη λήξη του πολέμου το Μάιο του 1945 και όντας υποδεκανέας στη «Στρατιά Βενκ», που ενεπλάκη στη Μάχη του Βερολίνου, αιχμαλωτίστηκε και κρατήθηκε ως αιχμάλωτος πολέμου πρώτα υπό αμερικανική και στη συνέχεια υπό βρετανική στρατιωτική διοίκηση.