21 жовтня, втім, президента Ндадайє та шістьох міністрів було вбито. Ці події стали початком громадянської війни, що виявилась дуже жорстокою та кривавою. Кінігі разом з іншими високопосадовцями сховались у французькому посольстві, де намагались перечекати хаос. 1 листопада Кінігі спробувала зібрати нову адміністрацію, фактично взявши на себе обов'язки президента. Її позицію підтримали колишні президенти П'єр Буйоя та Жан Батіст Багаза.