V roce 1788 Alexander McGillivray, známý také jako Hoboi-Hili-Miko (15. prosince 1750 – 17. února 1793), byl vzdělaný vůdce indánů Muscogee (Creek). On a indiánské kmeny Creek Indian se setkali s vůdci Georgie u Rock Landing. Setkání nevyústilo v mírovou smlouvu. To vedlo guvernéra Waltona k obavám, že „naše vyhlídky na mír ustupují před válkou.“ Walton napsal plukovníkovi Jaredu Irwinovi a vyjádřil své znepokojení i překvapení nad nedávným indiánským pleněním poblíž řeky Oconee River. Smlouva u Rock Landing nebyla podepsána, smlouvou „Treaty of New York (1790)“ postoupili zástupci Creek Indiánů značnou část svých loveckých areálů, včetně půdy táhnoucí se k řece Oconee, Spojeným státům. Během 80. let 20. století se Walton věnoval téměř výhradně státní politice Georgie. Pracoval nejen jako vrchní soudce, ale také jako komisař pro vyjednávání smlouvy s indiány Cherokee (1783), členem rady komisařů v Augustě (1784 a 1785) a komisařem pro urovnání sporu o hranice mezi Jižní Karolínou a Georgií (1786). V roce 1787 byl zvolen za delegáta na Filadelfském ústavním konventu, ale účast odmítl, protože jeho stávající závazky mu zabíraly veškerý čas. V roce 1789 byl prezidentským voličem a spolupracoval na vytvoření a přijetí nové ústavy. Walton byl zvolen do druhého období jako guvernér v roce 1789, ve funkci byl jeden rok. Během toho období, Georgia přijala novou ústavu, Walton přestěhoval úřady do Augusty a určil ji jako hlavní město. Když skončil v roce 1790 ve funkci guvernéra, pracoval až do své smrti jako vrchní soudce. Byl zakladatelem a správcem Akademie Richmond County v Augustě a vysoké školy Franklin College (nyní University of Georgia) v Athens v Georgii.