Sin embargo, los gobiernos de las repúblicas de Asia Central desconfiaban del Islam en la esfera política. Sus temores de influencia indebida se justificaron pronto por el estallido de la Guerra civil tayika en 1992, entre el gobierno tayiko y una coalición de opositores liderados por un grupo islamista radical llamado el Partido del Renacimiento Islámico de Tayikistán. La guerra civil, que duró hasta 1997, demostró a las otras antiguas repúblicas soviéticas los peligros que representaban los grupos de oposición islámica. La toma de control de Afganistán en 1996 por los talibanes subrayó aún más esa amenaza.