Im April desselben Jahres wurde St. Clair ausgesandt, um Fort Ticonderoga zu verteidigen. Unglücklicherweise konnte seine kleine Garnison John Burgoynes Streitmacht des Saratoga-Feldzuges nicht widerstehen. Er war gezwungen, sich nach der Schlacht von Ticonderoga am 5. Juli 1777 zurückzuziehen. Er konnte seine Truppen geordnet zurückführen und den Widerstand fortsetzen. 1778 stand er wegen des Verlustes von Fort Ticonderoga vor einem Kriegsgericht. Er wurde vollständig freigesprochen und kehrte in den Dienst zurück. St. Clair war in Yorktown, als Charles Cornwallis kapitulierte.