בראשית כהונתו עסק ספיר בפיתוח המשק, אולם בהמשך נאלץ להתמודד עם המיתון שפרץ ב-1966. המיתון פרץ ממספר סיבות: סיום השילומים מגרמניה; השלמת העבודות הציבוריות הגדולות, כמו נמל אשדוד והמוביל הארצי; הפסקת גלי העלייה הגדולים; עלייה בצריכה הפרטית לנפש ללא עלייה מקבילה בתוצר. ב-14 בפברואר 1966 הוצג תקציב המדינה בכנסת (שנת התקציב בישראל התחילה בתקופה זו ב-1 באפריל), ובמהלך הישיבה הודיע ראש הממשלה לוי אשכול על המיתון באופן רשמי. הבעיות שעמדו על הפרק ערב הכניסה למיתון היו הגירעון הלאומי המצטבר, עליית השכר במשק והגדלת תקציב הביטחון הנדרשת. על מנת לפתור את הבעיות, יזמו אשכול וספיר מדיניות שכללה מחד העלאת מסים ומאידך קיצוץ בתקציב הממשלה (ספיר הציג זאת בכנסת: ). צעדים נוספים שנקט ספיר במסגרת המיתון היו צמצום תקציבי הפיתוח, הפחתת אשראי וקיצוץ בייבוא חומרי גלם.