En 1939, lors de écrasement de la Pologne par l'Allemagne nazie et par l'URSS stalinienne, et selon les dispositions du pacte germano-soviétique, la partie orientale est annexée par l’Union soviétique. La partie occidentale est rattachée au Gouvernement général sous le nom de district de Galicie. Des unités nazies spécialisés (les "Einsatzgruppen") procèdent à une liquidation systématique, sans précédent dans l’histoire, de la nombreuse population juive au travers de fusillades, puis dans un deuxième temps au moyen de camions à gaz itinérants, avant la mise en place définitive des camps d'extermination (voir Shoah en Pologne). Dans la partie orientale soviétique, les juifs ne sont pas inquiétés, mais de nombreux Polonais sont déportés par les Soviétiques.