Die "von-Trotha-Straße" in Oberhausen-Schwarze Heide wurde 1985 nach ihm benannt. Für Aufregung sorgte im Juni 2020 eine Meldung im Nachrichtenmagazin Der Spiegel, demnach die Straße nach dem preußischen General Lothar von Trotha (1848–1920) benannt sei, welcher für den Völkermord an den Herero und Nama verantwortlich war. Mit diesem ist Botho von Trotha jedoch nicht in direkter Linie verwandt.