Im März 1946 kehrte Nostitz nach Deutschland zurück, wo er in den folgenden Jahren bei seinen Eltern wohnte, die sich in Bayern niedergelassen hatten. Nostitz' Entnazifizierungsverfahren im Jahr 1947 vor der Spruchkammer Wolfratshausen endet mit der Einstufung in die Gruppe V „Entlasteter“ sowie mit der ausdrücklichen Erklärung, dass Nostitz trotz seiner Mitgliedschaft in der NSDAP sowie seiner Mitgliedschaft in der SS – der er als förderndes Mitglied angehörte – und im NSKK erwiesenermaßen ein Gegner des NS-Regimes gewesen sei und sich aktiv am Widerstand beteiligt habe. So bestätigten unter anderem die Witwen Helmuth von Moltkes, Adams von Trott zu Solzs und anderer führender Mitglieder des Umsturzversuches vom 20. Juli 1944, dass Nostitz den Männern des 20. Julis aus der Schweiz Informationen über die außenpolitischen Entwicklungen zugespielt habe. Weitere Zeugen, wie der Schweizer Carl Jacob Burckhardt und der spätere Bundestagspräsident Eugen Gerstenmaier, bestätigten zudem die menschliche, den politischen Zielen der NS-Regierung zuwiderlaufende, Haltung, die Nostitz auf seinen Auslandsposten an den Tag gelegt habe: So habe er die Pässe von aus Deutschland in die Schweiz geflohenen Juden am Genfer Konsulat verlängert – obwohl dies durch die Durchführungsbestimmungen zu den Nürnberger Rassengesetzen verboten war – und ihnen so Schwierigkeiten mit den Schweizer Behörden erspart.