L'ufficio di eparca continuò fino agli inizi del XIII secolo, mantenendo le sue funzioni e il suo prestigio relativamente immutate. È possibile che tale carica sia sopravvissuta anche durante l'impero latino costituito in seguito alla cattura di Costantinopoli nella quarta crociata del 1204, venendo denominato con il termine latino di "castellanus" della città. In seguito alla riconquista bizantina le mansioni dell'ufficio di eparca vennero assunte nel corso della dinastia dei Paleologi (1261–1453) da numerosi funzionari di livello inferiore, i "kephalatikeuontes" (sing. "kephalatikeuōn", κεφαλατικεύων), ciascuno dei quali posto a sovrintendere un distretto urbano della metropoli, che aveva subito un forte calo demografico.