הגרמנים הבהירו להורטי כי אם ברצונו שהונגריה תשמור על אוטונומיה, עליו לפטר את קאלאי ולמנות את דמה סטויאי כראש ממשלה. במקור תכננו הגרמנים לפרק את הצבא ההונגרי, אולם בסופו של דבר הוחלט להשאירו על כנו. הורטי עצמו המשיך להחזיק בתפקידיו, אולם איבד בפועל את כל סמכויותיו לטובת מיופה הכוח הגרמני אדמונד וזנמאייר. התפתחות זו הייתה טראגית ליהדות הונגריה. יהודי הונגריה, שסבלו מאוד תחת משטרו של הורטי, והיו כפופים לחקיקת חוקים אנטי-יהודיים ולמשלוח לעבודות כפייה, אך ברוב המקרים לא נרצחו בהמוניהם, נחשפו עתה למלוא מוראותיה של השואה. הגעתו להונגריה של אדולף אייכמן במרץ אותה שנה הביאה למשלוחם של למעלה מארבע מאות אלף יהודים הונגרים אל מחנה ההשמדה אושוויץ. ביולי הורה הורטי, תחת לחץ בינלאומי, על הפסקת המשלוחים. בשלב זה הייתה הונגריה כולה, פרט לבודפשט, "נקייה מיהודים". זמן קצר לאחר מכן יצאו הגרמנים למבצע פאנצרפאוסט, שלאחריו הודח הורטי ופרנץ סלשי מונה למחליפו.