Brał udział w starciach w okolicach Eggmühl i w czasie marszu na Wiedeń. Jego korpus prowadził armię francuską przez Dunaj i walczył razem z Masseną w straszliwej bitwie pod Aspern. 22 maja 1809 r. został zmuszony do odwrotu, podczas którego usiadł na chwilę pogrążając się w ponurych myślach. Wtedy otrzymał śmiertelną ranę: wystrzelony pocisk rykoszetował i trafił go w skrzyżowane nogi, które zostały potem amputowane, lecz mimo prób ratowania zmarł od ran 31 maja w Wiedniu. Zaraz po operacji odwiedził go Napoleon, który objął go i płakał, mimo że bitwa toczyła się tuż obok. Kiedy Lannes umierał, powiedział do swego ukochanego cesarza i przyjaciela: "Panie, za kilka godzin stracisz jedyną osobę, która cię kocha". Jego najstarszy syn został mianowany Parem Francji przez Ludwika XVIII.