La jumătatea anilor '90, Constantin Popescu a revenit în postura de antrenor, de data aceasta secund. Alături de principalul Cornel Bădulescu, el a pregătit echipa României care s-a clasat pe locul cinci la Campionatul European din 1996. Peste patru ani, împreună cu antrenorul principal Dumitru Muși, el a fost antrenorul secund al echipei României care s-a clasat pe locul patru la Campionatul European din 2000.