Dalším zákonem upravujícím mj. ochranu Zlaté stoky je &lt;a href="Vodn%C3%AD%20z%C3%A1kon"&gt;zákon č. 254/2001 Sb., o vodách (vodní zákon)&lt;/a&gt;. Podle tohoto zákona např. musí ve stoce zůstávat minimální průtok zaručující mj. ekologické funkce toku, je zakázáno měnit směr, sklon a příční profil koryta, poškozovat břehy, cokoliv z koryta těžit. Podle zákona č.99/2004 o rybářství lze vykonávat rybářské právo pouze v rybářském revíru. Chytání ryb ve Zlaté stoce je tedy podle tohoto zákona považováno za přestupek. Žádný úsek Zlaté stoky není rybářským revírem. Podle tohoto zákona je možné hospodařit na Zlaté stoce pouze tak, aby nedošlo ke zhoršení jakosti vody, nebyla ohrožena ochrana ryb a jiných vodních organismů, případně zdrojů jejich potravy. Dále je mj. zakázáno poškozovat rybářské zařízení. Z mezinárodních úmluv je Třeboňsko a tedy i Zlatá stoka chráněna mj. Ramsarskou úmluvou.