In seiner zweiten Saison bei Partizan Belgrad schaffte Jokanović den Sprung in die Fußballnationalmannschaft Jugoslawiens und absolvierte unter Nationaltrainer Ivica Osim am 27. Februar 1991 in einem Freundschaftsspiel gegen die Türkei sein erstes Länderspiel für sein Heimatland, als er in der 80. Spielminute für Željko Petrović auf den Rasen kam. Davor hatte er bereits zwei Jahre lang in der jugoslawischen U-21-Nationalmannschaft gespielt. Im Laufe des Jahres setzte ihn Osim in insgesamt sechs Länderspielen ein, darunter drei Freundschaftsspiele, ein Einsatz im "Pier-Cesare-Baretti-Gedenkturnier", sowie zwei Qualifikationsspiele zur EM 1992. Durch die beiden letzten EM-Quali-Siege gegen die Färöer und Österreich hatte sich Jugoslawien sportlich für die Endrunde in Schweden qualifiziert, wurde aber noch vor Antritt von der UEFA ausgeschlossen, da der Staat gerade mitten im Zerfall war und keine Mannschaft das zerfallene Jugoslawien repräsentieren konnte.