Karierę reprezentacyjną rozpoczął 20 września 1995 w meczu przeciwko reprezentacji Paragwaju, przegranym 1:2. Uczestnik Igrzysk Olimpijskich 1996, podczas których zagrał w 3 spotkaniach: z Brazylią, Węgrami oraz Nigerią. W tym samym roku wziął udział w Pucharze Azji, w których zagrał w dwóch spotkaniach z Chinami i Kuwejtem. Był ważnym zawodnikiem reprezentacji podczas eliminacji do Mistrzostw Świata 1998, zakończonych awansem do turnieju. Po otrzymaniu powołania na turniej finałowy zagrał w trzech meczach grupowych z Argentyną, Chorwacją i Jamajką. Powołany był także na Copa América 1999, gdzie wystąpił w trzech spotkaniach fazy grupowej z Peru, Paragwajem i Boliwią. Po raz ostatni w reprezentacji zagrał 24 marca 2001 w meczu przeciwko Francji, przegranym 0:5. Łącznie Shōji Jō w latach 1995–2001 wystąpił w 35 spotkaniach, w których strzelił 7 bramek.