Idea NIE narodziła się w drugiej połowie 1943 w Polsce jako rozwinięcie instrukcji Rządu RP na uchodźstwie z 27 września 1943, przewidującej zachowanie konspiracji cywilnej w przypadku nienawiązania stosunków z ZSRR. Autorami koncepcji organizacyjnej i pierwszej wersji statutu byli wysocy oficerowie Armii Krajowej. Sama koncepcja NIE była konkretyzowana przy okazji wymiany depesz pomiędzy Komendantem Głównym AK gen. Tadeuszem Komorowskim, a Naczelnym Wodzem gen. Kazimierzem Sosnkowskim, dotyczących Akcji Burza.