15 октября 2010 года Скапаротти принял на себя командование 1 корпусом на объединённой базе Льюис-Маккорд в (штат Вашингтон). Одновременно, с 11 июля 2011 года по 12 июня 2012 года он занимал должность командующего Объединенного командования Международных сил содействия безопасности и заместителя командующего Силами США в Афганистане. 1 мая 2012 года Скапаротти принимал на авиабазе «Баграм» президента США Барака Обаму, прилетевшего для встречи с президентом Афганистана Хамидом Карзаем в Кабуле. В это время Скапаротти был вторым по важности командиром американских войск в Афганистане. При нём, войска НАТО, достигшие пика численности в 140 тысяч, включая 100 тысяч американцев, в ходе продолжавшейся операции «Несокрушимая свобода» нанесли ряд тяжелых поражений талибам, но не закрепили успех и атаки боевиков возобновились после вывода большинства войск НАТО в 2014 году. По мнению Скапаротти, самым главным препятствием на пути установления долговременного мира в Афганистане являются военизированные формирования, сформированные по этническим и племенным принципам, члены которых не доверяют людям, имеющим другое происхождение.