Pierre Dugua de Mons explore les environs en 1604 mais fonde la première colonie de l'Acadie à l'île Sainte-Croix. À la suite de l'échec de la colonie, Pierre Dugua de Mons construit l'Habitation de Port-Royal en 1605. En 1613, Samuel Argall, venant de Virginie, attaque et détruit Port-Royal. En 1621, le roi James accorde l'Acadie, qu'il renomme Nouvelle-Écosse, à William Alexander. En 1622, ce dernier envoie un bateau et quelques colons pour construire le fort Anne. L'Acadie retourne à la France en 1629. Charles de Menou d'Aulnay déplace des colons de La Hève vers Port-Royal entre 1632 et 1634. Sedgwick prend Port-Royal en 1654 mais elle est retournée à la France en 1667. Port-Royal est à nouveau prise en 1680 mais retournée à la France, probablement au cours de la même année. William Phips prend Port-Royal en 1690 mais elle est rendue aux Français peu après. Le Massachusetts tente de prendre Port-Royal en 1707, sans succès. Francis Nicholson parvient à prendre la ville en 1710, qu'il renomme Annapolis Royal. En 1711, un détachement parti du fort Anne se fait prendre en embuscade durant la bataille de Bloody Creek, faisant 30 morts. Un groupe d'Amérindiens menés par le prêtre Le Loutre attaque Annapolis Royal en 1744. Halifax remplace Annapolis Royal à titre de capitale provinciale en 1749. En 1755, environ des environs sont déportés par les Britanniques, alors que leurs maisons et fermes sont incendiés. En 1760, 45 Planters arrivent de Boston à bord de la "Charming Molly". Environ , dont plusieurs Noirs, arrivent en ville entre 1783 et 1785. Annapolis Royal devient le terminus du chemin de fer Windsor &amp; Annapolis en 1869, contribuant à la prospérité de la ville. Le chemin de fer est allongé vers Digby en 1891, mettant un frein à la croissance économique. L'Habitation de Port-Royal est reconstruite en 1939. L'usine marémotrice, la première en Amérique du Nord, est inaugurée en 1984 sur la chaussée.