Im Zuge des Kulturabkommens zwischen Deutschland und Polen 1997/99 wurde die Stadt Dresden für das Kraszewski-Museum verantwortlich; es ist seither Teil der Museen der Stadt Dresden. Im Jahr 2000 erfolgte eine Aktualisierung der Ausstellung und damit einhergehend die Renovierung des Gebäudes, das am 17. Juni 2001 wiedereröffnet wurde. Damit wurde gleichzeitig die ganzjährige Öffnung des Museums ermöglicht. Bedingt durch seine Lage am Prießnitzufer war das Museum vom Hochwasser 2002 betroffen. Der entstandene Schaden in Höhe von 60.000 Euro konnte bis Anfang 2003 beseitigt werden; anschließend eröffnete das Museum erneut.