În anul 1453, după cucerirea Constantinopolului de către turcii otomani conduși de sultanul Mahomed al II-lea, Hagia Irene a fost închisă între zidurile viitorului Palat Topkapî și a fost transformată într-un depozit de arme pentru ieniceri. În anul 1846, Ahmed Fethi Pașa a transformat depozitul într-un muzeu de arme.