Zu Beginn der &lt;a href="Skilanglauf-Weltcup%202004/05"&gt;Weltcup-Saison 2004/05&lt;/a&gt; gelang Kožíšek in Kuusamo als 30. erstmals der Gewinn von Weltcup-Punkten. Obwohl er auch beim Sprint von Bern in die Punkteränge lief, blieb er vorerst Mitglied des B-Kaders. Anfang Januar gewann er das FIS-Rennen in Jablonec nad Nisou. Zurück im Weltcup gelang Kožíšek in Nové Město als 14. erstmals der Sprung in die Top 20 bei einem Einzelweltcup. Bei den Nordischen Skiweltmeisterschaften in Oberstdorf gewann er im Februar gemeinsam mit Martin Koukal im Teamsprint überraschend die Bronzemedaille. Zuvor war er im Sprintrennen nur auf Rang 38 gelaufen. Im Dezember 2005 lief Kožíšek in Nové Město als Achter des Sprints erstmals unter die besten zehn. Zuvor hatte er auch mit der Staffel in Beitostølen erstmals die Top 10 geknackt.