I 1627 tog hun ophold hos sin bror Eskil Gøye til Brandholm, men allerede året efter opfordrede hendes ynglingsbror, Falk Gøye til Hvidkilde, hende til at flytte til hans hjem. Han var nygift med Karen Bille, og parret ønskede at dele deres hjem med Anne. Falk Gøye døde 1653, men Anne forblev hos sin svigerinde. Under svenskekrigene opholdt de to sig hos Karens datter, Susanne Gøye og dennes mand Preben Brahe på Næsbyholm. Efter fredsslutningen 1660, hvor så meget havde forandret sig, besluttede Anne Gøye sig for første gang at danne sit eget hjem. Hun bosatte sig i Næstved, men efter 13 år flyttede hun 1673 på stærk opfordring af Susanne Gøye og Preben Brahe til deres gård i Odense, det senere Odense Adelige Jomfrukloster. Her var Anne Gøye nær ved brordatteren, da parret ejede det nærliggende Hvedholm. Under et ophold her døde hun 1681. Hendes lig blev ført til Gøyernes gravsted i Sorø Klosterkirke.