カイス族から支持を得たマルワーンは本拠地をダマスカスからメソポタミアのハッラーンに移すが、彼の決定はシリアの住民を失望させ、シリアで反乱が発生する。シリアでの反乱と同時期にハワーリジュ派の信徒が反乱を起こすが、シリアでの反乱に乗じたビザンツ帝国の軍隊はアナトリア半島の領土に侵入し、マラティヤなどの都市が破壊される。ホムス、パレスチナでの反乱を鎮圧したマルワーンはフワーリジュ派の攻撃に向かい、メソポタミア、ヒジャーズで勝利を収めた。また、パルミラ近郊のルサーファでウマイヤ家の人間が70,000の兵士を擁して起こした反乱も鎮圧し、30,000人の反徒を殺害したことが伝えられている。マルワーンはシリア、パレスチナに逃亡した反乱軍を追撃し、ホムス、バールベック、ダマスカス、エルサレムなどの都市の城壁を破壊した。ウマイヤ朝はシリア、メソポタミアで発生した反乱の鎮圧に成功し、748年までにエジプト、メソポタミア、アラビア半島南部の支配を回復する。マルワーンの即位前にマグリブでウマイヤ朝に対する反乱を起こしていたアブドゥッラフマーン・イブン・ハビーブは恭順の意を示し、マルワーンは彼をマグリブの総督に任命した。しかし、747年に東方のホラーサーン地方でアッバース家が指導する武装蜂起（アッバース革命）が勃発し、西方に向けて進軍を開始していた。