Во время гражданской войны в Сьерра-Леоне (1991—2002) Бангура решительно выступала против зверств, совершаемых против гражданского населения Объединённым революционным фронтом (ОРФ), и на неё неоднократно предпринимались покушения со стороны бойцов этой организации. Она также высказывалась против коррупции в правительстве президента Ахмада Теджана Каббы и насильственных действий, совершаемых против гражданских лиц правительственными солдатами. В июне 1997 года, когда боевые действия охватили всю страну, Зайнаб Бангура покинула Сьерра-Леоне на рыбацкой лодке и направилась в соседнюю Гвинею. В 2009 году Зайнаб Бангура направилась в священный город Мекку в Саудовской Аравии, чтобы принять участие в хадже.