Pada masa revolusi kemerdekaan (1945-1949), bersama KH Yusuf Taujiri dan KH Mustofa Kamil, ia memimpin pasukan Hizbullah untuk melawan agresi Belanda yang ingin kembali menjajah RI. Sempat ditangkap Belanda (1948) dan mendekam di penjara, ia baru dibebaskan setelah pengakuan kedaulatan (1950).