Kun Yhdysvaltain sisällissota puhkesi, Buford palasi itään asemapaikastaan Utahista. Hänet muistettiin miehenä, joka ajoi itsensä koville, ja tämä saattoi vaikuttaa hänen menestykseensä. Hänellä oli sukulaisia, jotka taistelivat etelän puolella, ja saatuaan tarjouksen tehtävistä konfederaation armeijassa hän legendan mukaan rypisti sen ja heitti sen maahan julistaen, että ”eläisi ja kuolisi Unionin lipun alla”. Marraskuussa 1861 hänet nimitettiin avustavaksi tarkastaja-kenraaliksi majurin arvoisena ja heinäkuussa 1862, palveltuaan useita kuukausia Washingtonin puolustuksessa, hän kohosi vapaaehtoisten prikaatinkenraaliksi. Vuonna 1862 hän sai ensimmäisen komennuksensa kenraalimajuri John Popen alaisena, komentajaksi II armeijakunnan ratsuväenprikaatiin unionin Virginian armeijassa, joka taisteli kunniakkaasti toisessa Bull Runissa. Buford henkilökohtaisesti johti hyökkäystä taistelun lopussa, mutta haavoittui nilkkaan osuneesta luodista. Haava oli kipeä, mutta ei vakava, vaikkakin jotkin etelän sanomalehdet ilmoittivat hänen kuolleen. Hän palasi aktiivipalvelukseen ja palveli ratsuväenkomentajana kenraalimajurien George B. McClellanin ja Ambrose Burnsiden alaisina. Komennukseen ei kuulunut muuta kuin esikuntatehtäviä ja hän halusi kenttäkomennukselle. McClellanin Maryland-kampanjassa hän jälleen palveli Potomacin armeijan ratsuväenkomentajana South Mountainin ja Antietamin taisteluissa, korvaten prikaatinkenraali George Stonemanin McClellanin esikunnasta. Kenraalimajuri Joseph Hookerin alaisena kuitenkin Buford sai vakinaisen ratsuväen reserviprikaatin 1. ratsuväendivisioonasta Potomacin armeijasta.