בתחילת 1943 הייתה מוסאשי לאוניית הדגל של הצי המשולב והיאמטו עגנה למשך שארית השנה ולמשך רוב 1944 בבסיסי הצי היפני בטרוּק (אחד מאיי מיקרונזיה) ובקוּרֶה, כתגובה לאיומי הצי האמריקאי. על אף נוכחותה בקרב ים הפיליפינים ביוני 1944 לא מילאה היאמטו כל תפקיד בקרב. הפעם היחידה שבה ירתה בתותחיה הראשיים לעבר מטרות שטח של האויב הייתה באוקטובר 1944, כשנשלחה להתעמת עם כוחות אמריקאיים שפלשו לפיליפינים במהלך קרב מפרץ לייטה.