Ende April bis Oktober 2006 erschütterten die schwersten Unruhen seit der Unabhängigkeit die Hauptstadt und das Land, nachdem 600 Soldaten der Streitkräfte aufgrund von Missständen desertiert waren. Zusätzlich bekämpften sich Jugendbanden aus dem West- und dem Ostteil des Landes. Zwischen den Rebellen, loyalen Soldaten und der Polizei kam es zu Schießereien. Am 25. Mai wurden mindestens acht Polizisten durch meuternde Soldaten erschossen und 25 weitere Menschen verletzt. Tausende Häuser wurden niedergebrannt, mindestens 45 Menschen starben. Schließlich musste Premierminister Alkatiri zurücktreten. Auch der Einsatz einer internationalen Interventionstruppe (ISF) konnte zuerst nicht für Ruhe sorgen. Ab dem 13. September gab es eine neue Polizeimission der Vereinten Nationen. Die UN-Mission (UNMIT) begann mit bis zu 1.600 Polizisten für Ruhe und Ordnung zu sorgen. Ein Großteil der Einwohner Dilis musste in Flüchtlingslagern und Kirchen Zuflucht suchen. Zeitweise lebten landesweit 100.000 Menschen in Notzeltlagern der Regierung. Anfang 2008 waren es allein in Dili noch 23.000. Schließlich stellte die Regierung die Lebensmittelhilfen für die Flüchtlinge ein und bot jeder rückkehrenden Familie 1.500 bis 4.500 US-Dollar an. Langsam nahm die Zahl der Flüchtlinge ab. Seit Ende 2007 funktionierte die Stromversorgung der Hauptstadt wieder verhältnismäßig reibungslos. Ende Dezember 2012 endeten die Mandate von UNMIT und ISF. Die letzten ausländischen Soldaten und Polizisten zogen ab.