בדיוק 60 שנה לאחר טקס תחילת הבנייה של הפנטגון, ב-11 בספטמבר 2001, השתלטו חמישה מחבלים מארגון אל-קאעידה על מטוס בואינג 757 בטיסה 77 של אמריקן איירליינס, שהיה בדרכו מנמל התעופה הבינלאומי וושינגטון דאלס לנמל התעופה הבינלאומי לוס אנג'לס. החוטפים ריסקו את המטוס אל תוך צידו המערבי של הפנטגון בשעה 9:37, זמן מקומי. התקפה זו הייתה חלק מסדרת פיגועים שהתרחשו באותו יום. בהתרסקות נהרגו 64 נוסעי המטוס (כולל חמשת החוטפים) ועוד 125 מעובדי הפנטגון. 106 בני אדם נפצעו.