כיבוש דנמרק על ידי גרמניה הנאצית ב-9 באפריל 1940 קטע את הקשר בין שתי הארצות. ב-10 באפריל קבע האלת'ינגי כי הוא מקבל לידיו את השליטה בענייני החוץ של איסלנד ובוחר מושל זמני, סוון ביירנסון, שהיה לאחר מכן לנשיאה הנבחר הראשון של איסלנד. במהלך השנה הראשונה של המלחמה בחרה איסלנד במדיניות של נייטרליות, ופעלה נגד כוחות שני הצדדים אם אלו הפרו את ריבונותה. ב-10 במאי 1940 פלשו כוחות בריטים לנמל רייקיאוויק, וכבשו את האי, מחשש שייפול לידי הגרמנים. הכיבוש הבריטי נמשך במהלך כל המלחמה. ממשלת איסלנד מחתה, אך לא התנגדה לכוחות הפולשים. ביום הפלישה הקריא ראש הממשלה הרמן יונסון נאום ברדיו בו קרא לאיסלנדים להתייחס אל הפולשים כאורחיהם.