Im Sommer 2010 schied Clendening altersbedingt aus dem NTDP aus und schrieb sich anschließend an der Boston University ein, wobei er auch die Möglichkeit gehabt hätte, in die Ontario Hockey League zu den London Knights zu wechseln, die in der "Priority Selection" gedraftet hatten. An der "BU" belegte er den Studiengang "Management Studies" und spielte parallel dazu für die "Terriers" in der Hockey East. Bereits als Freshman kam der Verteidiger auf 26 Scorerpunkte in 39 Spielen und wurde infolgedessen ins "All-Rookie Team" der Hockey East gewählt. Zudem generierten seine Leistungen ausreichend Aufmerksamkeit der National Hockey League (NHL), sodass er im anschließenden NHL Entry Draft 2011 an 36. Position von den Chicago Blackhawks ausgewählt wurde. In seiner zweiten und letzten Saison in Boston wurde er ins "First All-Star Team" gewählt und vertrat die U20-Nationalmannschaft seines Heimatlandes bei der Weltmeisterschaft 2012, bei der das Team den siebten Platz belegte.