במהלך מלחמת ליבוניה המסדר ספג תבוסות קשות. המגיסטר של המסדר החליט על פיזורו. על חלק מהשטחים שהיו בשליטת המסדר הוא הקים את דוכסות קורלנד וסמיגליה. השטחים הצפוניים הועברו לשליטת שוודיה ודנמרק. יתר השטחים סופחו על ידי הדוכסות הגדולה של ליטא.