ソ連の崩壊後も、Be-12は独立したロシアで多数が運用された。予算不足により後継機の配備が遅れていることもあり、機体の経年数にも拘らず運用は続けられている。また、ウクライナでもBe-12を運用している。ウクライナ海軍航空隊に所属しているBe-12は、1 機が2007年9月に実施された大規模軍事演習「アルテーリヤ2007」(）に対潜攻撃機として参加している。この他、モルドヴァ空軍もBe-12を保有していたとされるが、実際に運用はされなかったものと見られている。