Sua filosofia moral é definida em seu livro didático da faculdade, "Elementa Philosophica," como "a arte de perseguir nossa maior felicidade pela prática da virtude". Foi promovida pelo presidente da Yale Thomas Clap, Benjamin Franklin e pelo reitor William Smith, na The Academy and College of Philadelphia, e ensinou no King's College (atual Universidade Columbia), que Johnson fundou em 1754. Foi influente em sua época: estimou-se que cerca de metade dos estudantes universitários americanos entre 1743 e 1776 e mais da metade dos homens que contribuíram para a "Declaração de Independência" ou a debateram estavam conectados à filosofia moral do idealismo prático americano de Johnson. Três membros do Comitê de Cinco que editaram a "Declaração de Independência" estavam estreitamente ligados a Johnson: seu parceiro educacional, promotor, amigo e editor Benjamin Franklin da Pensilvânia, seu aluno do King's College Robert R. Livingston de Nova York e o protegido legal de seu filho William Samuel Johnson e tesoureiro da Yale Roger Sherman, de Connecticut. O filho de Johnson, William Samuel Johnson, foi o Presidente do Comitê de Estilo que escreveu a Constituição dos EUA: edições em uma versão preliminar são de seu punho na Biblioteca do Congresso.