La pel·lícula se centra principalment en la investigació que es realitza per un fiscal de Nova Orleans (Jim Garrison, representat per Kevin Costner) sobre sospitosos de l'assassinat de John F. Kennedy (inclosos anti-castristes cubans) i a partir de les errades i buits que es troben en la investigació de la "Comissió Warren" (investigació oficial sobre l'assassinat de JFK). El judici al que porta a un dels sospitosos, Clay Shaw (representat per Tommy Lee Jones) l'acaba perdent, ja que aquest és considerat pel tribunal popular com a innocent (donant per segur que no té res a veure amb la CIA), però el mateix tribunal troba que és clar que darrere de l'assassinat de JFK hi ha una conspiració d'Estat.