Il presidente Ruggeri cerca allora di far fare il salto di qualità alla squadra, cedendo qualche giovane a squadre economicamente più forti (Pelizzoli alla Roma campione d'Italia in carica, Cristian Zenoni e Massimo Donati al Milan), ma acquistando giocatori di fama, tra i quali Gianni Comandini il cui acquisto, con 30 miliardi di lire, era all'epoca il più costoso della storia atalantina. Ma i nuovi non si amalgamano e la stagione termina con un nono posto, pur con un punto in più di quella precedente. Tra le note liete della stagione c'è Cristiano Doni, già titolare fin dalla stagione con Mutti, ma autore nel corso della Serie A 2001-2002 di 16 reti in 30 presenze, grazie alle quali viene convocato poi per i Mondiali di Corea-Giappone del 2002, nei quali gioca anche una partita da titolare.