גרמניה מחזיקה שגרירות בג'קרטה ואילו אינדונזיה מחזיקה בגרמניה שגרירות בברלין. בראשית המאה ה-21, היחסים הדו-צדדיים בין שתי המדינות בולטים כיוון ששניהם משפיעים השפעה גאופוליטית משמעותית בכל אזור, גרמניה היא הכלכלה הגדולה ביותר באיחוד האירופי, ואינדונזיה היא הכלכלה הגדולה ביותר באיגוד מדינות דרום-מזרח אסיה. שתי המדינות הודאגו קשות מסיוע בינלאומי וכן מהתגובה ההומניטרית לצונאמי באוקיינוס ההודי בדצמבר 2004 שגבה את חייהם של 540 גרמנים ואלפים רבים נוספים נפצעו. שתי המדינות הן חברות ב-G-20.