Úkolem Brueysovým bylo l) dopravit vojsko bezpečně do Egypta a při cestě zajistit obsazení Malty, 2)umožnit hladké vylodění vojska v Egyptě, 3) vrátit se s flotilou do bezpečných přístavů (francouzských, či La Valletta či Korfu). Prvé dva úkoly splnil Brueys dokonale. S návratem však nepochopitelně váhal. Britská flotila pod velením kontradmirála Horatio Nelsona pronásledovala Brueysovo loďstvo - 73 dní je hledala v Středozemním moři. Až 1. srpna 1798 se podařilo Nelsonovi dostihnout Francouze v zátoce abukirské nedaleko Alexandrie při ústí Nilu. Nelson okamžitě zahájil bitvu - Bitva u Abúkíru, která patří v dějinách námořní strategie k nejznámějším. Nelson postřehl chybné postavení za sebou zakotvených francouzských lodí. Brueys totiž očekával možnost útoku jen na pravoboku lodí, neboť lodě kotvily levobokem blízko břehu. Proto přemístil všechna děla na pravobok. Nelson však viděl i možnost útoku z levoboku (tedy mezi zakotvenou flotilou a pobřežím) a útočil z obou stran. Brueyes stál až do konce na palubě vlajkové lodi L’ Orient (120 děl) a zemřel na četná střelná poranění - dělová kule mu utrhla obě nohy. Krátce poté vybuchla i celá loď, když byl zasažen sklad střelného prachu. Bitva skončila totálním vítězstvím britské flotily.