Smith wurde im Juni 1861 im Stab der Shenandoah-Armee unter dem Kommando Brigadegeneral Johnstons eingesetzt. Er wurde am 17. Juni zum Brigadekommandeur ernannt und zum Brigadegeneral befördert. Smith führte die Brigade in der ersten Schlacht am Bull Run, in deren Verlauf er schwer verwundet wurde. Am 11. Oktober kehrte Smith in den Dienst zurück und wurde am 11. Oktober 1861 zum Generalmajor des regulären Heeres befördert. Vom 22. Oktober 1861 bis zum 22. Februar 1862 führte er eine Division der Potomac-Armee.