Avant de s'embarquer pour la péninsule, McClellan fit manœuvrer l'Armée du Potomac jusqu'à Centerville pour une marche d'entraînement. Il put alors constater que les forces et les positions de Johnston avaient été beaucoup plus faibles que ce qu'il avait estimé, et les critiques ne tardèrent pas à pleuvoir. Le , Lincoln releva McClellan de son poste de général-en-chef des armées de l'Union, officiellement pour qu'il puisse se concentrer exclusivement sur la campagne à venir. Lincoln et Stanton, son ministre de la Guerre, assistés par un collège d'officiers, assumeraient le commandement en chef pendant les quatre mois suivants. L'Armée du Potomac commença à embarquer pour Fort Monroe le . Ce départ s'accompagnait d'une nouvelle préoccupation : les premiers cuirassés avaient livré combat les 8 et précédents, lors d'une confrontation indécise entre le et le à Hampton Roads. Le commandement de l'Union pensait que ses transports de troupes pourraient être attaqués par ce nouveau type de vaisseau pendant leur trajet. La U.S. Navy ne put rassurer McClellan quant à la sécurité de la navigation sur la James River ou sur la York River, et l'idée d'une opération amphibie contre Yorktown fut donc abandonnée. L'ordre de remonter la péninsule fut donné le . Le 5, McClellan fut informé que Lincoln venait d'annuler le mouvement du corps du major-général Irvin McDowell vers Fort Monroe, une décision prise en raison de la campagne de Johnston dans la vallée de la Shenandoah et, surtout, parce que McClellan n'avait pas laissé, pour protéger Washington, le nombre d'hommes sur lequel il s'était engagé auprès du président. McClellan protesta vigoureusement, expliquant à qui voulait l'entendre qu'il allait devoir mener une campagne d'envergure sans disposer des ressources qui lui avaient été promises, mais il finit par se mettre en mouvement malgré tout.