Ébranlée par la Seconde Guerre mondiale, qui divise sa parentèle en deux camps ennemis, Marguerite passe le conflit à Langenbourg, où elle ne subit guère de privations. La défaite de l'Allemagne et son occupation par les Alliés amènent de nouveaux bouleversements dans la vie de Marguerite et de Gottfried. Préservé des exactions soviétiques, qui causent la mort de plusieurs de ses cousins, le couple subit l'ostracisme de la famille royale britannique au moment du mariage du prince Philippe, petit frère de Marguerite, avec Élisabeth du Royaume-Uni (1947). Au fil des années, le couple est néanmoins réintégré dans la vie du gotha européen, comme l'illustrent son invitation et sa présence au couronnement d' (1953) ou au mariage de Juan Carlos et Sophie (1962).