Paneira speelde 44 interlands voor Portugal van 1988 tot 1996. Een van zijn vier interlandgoals maakte hij tegen België op 15 februari 1989. Het betrof een gelijkspel in het kader van de kwalificatie voor het WK 1990 in Italië. De wedstrijd eindigde op 1–1 want Marc Van Der Linden wiste het doelpunt van Paneira, die in minuut 50 de netten liet trillen, in minuut 86 alsnog uit. Portugal mocht het WK overigens vergeten. Het land zou pas te Japan en Zuid-Korea 2002 opnieuw een plaats hebben tussen de grote jongens, de laatste kwalificatie dateerde toen van Mexico 1986. Paneira nam met Portugal wel deel aan EURO 1996 in Engeland, tevens zijn laatste werk voor Portugal. Paneira werd met Portugal eerste tijdens de groepsfase, met zeven punten. Dit was groep D met Kroatië als tweede gekwalificeerde land. De Kroaten telden zes punten.