Cooper, ikinci sezonundan sonra haber programlarına geri dönmek için The Mole'dan ayrıldı. 2001'de CNN'e katıldı ve "İki sezon yeterliydi ve 11 Eylül oldu. Haberlere geri dönmem gerektiğini düşündüm." dedi. CNN'deki ilk pozisyonu Amerikan Sabahı programında Paula Zahn'ın yanında sunuculuktu. 2002 yılında CNN'in hafta sonu prime-time sunucusu oldu. 2002'den beri Times Meydanı'ndan CNN'in Yılbaşı gecesine özel programını sunuyor.