W 1624 roku ludność miasta została zdziesiątkowana przez epidemię dżumy, w latach 1626–1635 ma miejsce okupacja szwedzka, która wyniszczyła miasto gospodarczo i była okresem grabieży dokonywanych przez okupanta. W 1657 roku do Braniewa wkroczyły wojska elektorskie, które zajęły miasto tytułem zabezpieczenia pożyczki zaciągniętej przez Polskę na prowadzenie wojny ze Szwedami, opuściły miasto w 1663 roku. W 1703 roku rozpoczęła się druga, sześcioletnia okupacja szwedzka.