В начале XIX века йен­ские сту­ден­ты бы­ли в пер­вых ря­дах бор­ьбы за ос­во­бо­ж­де­ние Германии от на­по­ле­о­нов­ских войск. С Йенским университетом была свя­за­на дея­тель­ность И. Г. Фихте, Ф. Шеллинга, Ф. Шил­ле­ра, братьев А. Шле­геля и Ф. Шлегеля, Л. Оке­на. В 1801-1806 годах курс фи­ло­со­фии в нём чи­тал Г. В. Ф. Ге­гель. Затем в университете ра­бо­та­ли ма­те­ма­тик и философ Г. Фре­ге, ис­то­рик И. Г. Дрой­зен, био­лог Э. Геккель.