В боях німецько-радянської війни з жовтня 1941 року. Брав участь у бойових діях на Південному, Північно-Західному, Брянському, Степовому, 2-му Українському фронтах. Брав участь у відвоюванні України, боях на території Угорщини, в боях за взяття Будапешта. До лютого 1945 року лейтенант Іван Нікульніков командував взводом управління 12-ї батареї 4-го дивізіону 109-ї гаубичної артилерійської бригади великої потужності 16-ї артилерійської дивізії прориву 7-ї гвардійської армії. Відзначився під час Будапештської операції. У ніч на 12 лютого 1945року він з гарматним розрахунком виконував бойове завдання з блокування оточеного угруповання противника. Прагнучи прорватися з оточення, противник потіснив передові стрілецькі підрозділи і обійшов артилеристів з флангів. Лейтенант Нікульніков організував кругову оборону і протягом ночі відбив чотири атаки, завдавши великої шкоди противнику в живій силі.