Luego de la salida de Bolívar del Perú y la guerra que él mismo impulsó contra el Perú como presidente de la Gran Colombia, el Congreso del Perú expidió una ley del 10 de julio de 1828 restituyendo la Universidad de San Antonio Abad al Seminario de San Antonio Abad con carácter de universidad pública. El Colegio consideró esto un despojo.