Am 21. Juni 2005 befand ihn eine Geschworenen-Jury des Totschlags an den drei Bürgerrechtsaktivisten Michael Schwerner, Andrew Goodman und James Earl Chaney im Mississippi-Bürgerrechtsaktivistenmord im Jahr 1964 für schuldig. Am 23. Juni wurde er zu dreimal 20 Jahren Haft verurteilt. Beim ersten Prozess 1967 hatte die rein weiße Jury Killen freigesprochen und sieben Mitangeklagte für schuldig befunden, doch verbüßte keiner von ihnen eine Haftstrafe von mehr als sechs Jahren. Bezüglich Killen hatte die Jury auch im Jahr 1967 mit 11:1 für „schuldig“ gestimmt, doch die einzige für Killen Stimmende hatte geäußert, sie könne keinen Prediger verurteilen.