4月10日、駆逐艦2隻（秋雲、朧は）第五航空戦隊から外され、第27駆逐隊（時雨、白露、有明、夕暮）が五航戦に編入された。同時に、4月10日附の戦隊改編により第一航空艦隊の直衛に任ずる部隊として第十戦隊（司令官木村進少将・海兵40期）が編成される。本艦は4月15日附で夕雲型駆逐艦3隻（夕雲、巻雲、風雲）が所属する第10駆逐隊（司令阿部俊雄大佐・海兵46期、3月14日編制）に編入された。また、第10駆逐隊も第十戦隊に編入された。これまでの第一水雷戦隊（司令官大森仙太郎少将・海兵41期）に代わって機動部隊の直衛に就く第十戦隊（実際には第7駆逐隊《潮、曙、漣》のかわりに第4駆逐隊《嵐、野分、萩風、舞風》が所属）は6月5日のミッドウェー海戦が初陣となったが、海戦は惨敗する。「秋雲」は海戦直前に機動部隊を離れて補給部隊の護衛に回っていた。また直後のアリューシャン攻略作戦にも参加した。