Im Schleswig-Holsteinischen Feldzug übernahm er am 26. März 1848 das Kommando der preußischen Linienbrigade, wirkte an deren Spitze mit Auszeichnung in den Gefechten bei Schleswig und Düppel mit. Dafür wurde ihm der Orden Pour le Mérite verliehen. Nach Abschluss des Malmöer Waffenstillstands wurde Bonin zum Oberbefehlshaber des Schleswig-Holsteinischen Heeres ernannt, das er im Winter 1848/49 reorganisierte und ansehnlich verstärkte. An der Spitze desselben kämpfte er am 20. und 22. April 1849 siegreich bei Kolding, konnte aber Fredericia nicht einnehmen und wurde am 6. Juli zurückgeschlagen. Nach dem zweiten Waffenstillstand zwischen Preußen und Dänemark legte er im April 1850 sein Kommando nieder und ging in die Preußische Armee zurück.