Die Karatschaier sind seit dem 15. Jahrhundert nachweisbar. Im 16. Jahrhundert kamen sie in den Einflussbereich des Krimkhanates und etwas später unter den Einfluss des Osmanischen Reiches. Ende des 17. Jahrhunderts wurden sie vor allem durch Krimtataren zum Islam bekehrt. Karatschai wurde im Jahr 1828 durch das russische Kaiserreich nach der 12-Stunden-Schlacht in der Nähe des Berges Hasauk erobert. Nach der Niederlage in der Schlacht akzeptierte der Herrscher von Karatschai, Fürst Islam Krymschamchalow, die Staatsbürgerschaft des russischen Kaiserreichs. Viele Karatschaier beteiligten sich danach aber im Kaukasuskrieg des 19. Jahrhunderts am Aufstand unter Imam Schamil, nach deren Ende nach Schätzungen die Mehrheit der Karatschaier ins Osmanische Reich flüchtete. Die Zurückgebliebenen wurden im Zarenreich einer weitgehenden Selbstverwaltung überlassen, weshalb diese teilweise loyal waren. Einige Karatschaier dienten im Ersten Weltkrieg in der Wilden Division.