In de finale van de Champions League 2000-2001 tegen Valencia CF startte Zickler op de bank maar viel hij in de verlengingen in. De match eindigde met penalty's en Zickler trapte een van de penalty's raak. In zijn periode in de Bundesliga brak hij het record van de best scorende wisselspeler aller tijden. In de 102 wedstrijden dat hij op de bank startte scoorde hij 18 goals. Toch werd zijn periode bij Bayern gekenmerkt door veel blessureleed. In 2002 werd in zijn rechterscheenbeen een tumor verwijderd. Hierdoor miste hij het WK. In de daarop volgende seizoenen herviel hij meermaals in dezelfde scheenbeenblessure en net voordat hij terug bij het eerste elftal van Bayern zou gaan aansluiten brak hij voor de derde keer zijn scheenbeen in een wedstrijd met de amateurs van Bayern. Er werd voor het einde van zijn carrière gevreesd.