След разгорама на Кралство Югославия и Кралство Гърция от страна на войските на Нацистка Германия през април 1941 година по време на Втората световна война, в огромната си част македонската емиграция в България подкрепя присъединяването на страната към Оста и влизането във владеене на Вардарска Македония и част от Егейска Македония. С нейна помощ в новоприсъединените части набързо са сформирани комитети, с помощта на които българската администрация по-лесно и бързо да нормализира областите след края на военните действия в тях. До края на войната връзките между емиграцията и местното население е много силно, като се организират редица чествания на исторически събития и личности, емиграцията изпраща хуманитарни помощи на бедстващи села и върши други подобни акции. Изключение правят голяма част от комунистическите дейци, които след нападението над СССР активизират въоръжената съпротива в цялата страна. Нейни представители се включват в комунистическата съпротива във Вардарска Македония, а след Деветосептемврийския преврат от 1944 година заемат ръководни позиции в управлението на България и във всички македонски емигрантски организации в страната.