В 2008 году во время вооружённого конфликта в Южной Осетии Багапш был верховным главнокомандующим вооружёнными силами Республики Абхазия. В ходе этой войны Абхазия вела боевые действия на стороне Южной Осетии, и оттянув на себя часть грузинских войск. В ходе силовой операции 9—12 августа 2008 года Абхазия сумела восстановить свой контроль над территорией верхней части Кодорского ущелья, полностью очистив её от грузинских войск, полиции и представителей «правительства Абхазии в изгнании».