Aubameyang a fost invitat să joace pentru Italia U-19, după un sezon bun cu Dijon, el debutând însă pentru Franța U-21 în februarie 2009 într-un meci amical împotriva Tunisiei. El a fost selectat pentru naționala Gabonului pe 25 martie 2009 și și-a făcut debutul pentru echipă. El a marcat primul său gol într-o victorie 3-2 în Maroc. Aubameyang a fost un membru cheie al lotului Gabonului care a ajuns în sferturile de finală de la Cupa Africii pe Națiuni 2012 fiind co-gazda competiției. El a marcat 3 goluri în total, la finalul turneului fiind unul dintre marcatorii de top. El a câștigat de asemenea un titlu de "Omul Meciului".