Perustuslaki rajoitti Serbian presidentin viran kahteen kauteen, joten Milošević otti tynkä-Jugoslavian (joka käsitti Serbian ja Montenegron) presidentinviran itselleen 23. heinäkuuta 1997. Kosovon albaaniseparatistien ja Serbian poliisin ja armeijan konfliktit aiemmin autonomisessa ja albaanien asuttamassa Kosovossa johtivat kiihtyviin sotatoimiin 1998 ja lopulta NATOn ilma-iskuihin Jugoslaviaa vastaan maalis-kesäkuussa 1999. Lopulta Serbian hallinto päätti vetää sotavoimansa maakunnasta. Yhdysvallat ja sen liittolaiset syyttivät yksipuolisesti Miloševićia Kosovon sodan aikana tehdyistä sotarikoksista ja rikoksista ihmiskuntaa vastaan ja häntä vastaan käytiin oikeutta Yhdistyneiden kansakuntien turvallisuusneuvoston sitä varten perustetussa Jugoslavia-sotarikostuomioistuimessa Haagissa, Alankomaissa aina hänen kuolemaansa saakka.