Kort na zijn terugkeer in Chili brak de burgeroorlog uit tussen aanhangers van president José Manuel Balmaceda en de aanhangers van het parlement. Errázuriz koos de zijde van het parlement en werd in de tegenregering te Iquique opgenomen als minister van Justitie en Onderwijs (1891). Na de val van Balmaceda werd hij minister van Buitenlandse Zaken in het kabinet van Ramón Barros Luco (1892-1893). In 1893 was hij enige tijd minister van Oorlog en Marine.