En 1928, au moment où Yrigoyen entama son second mandat présidentiel, succédant à Marcelo T. de Alvear, également issu de l’UCR, Jauretche entra dans la fonction publique, quoique pour peu de temps ; deux années plus tard, l’armée exécuta le premier coup d’État de la période constitutionnelle en Argentine, coup de force qui sera le point de départ de la dénommée "Décennie infâme", période de restauration conservatrice marquée notamment par une fraude électorale systématique. Jauretche combattit les militaires insurgés d’abord par les armes, puis déploya contre eux une intense activité politique. En 1933, dans la province de Corrientes, à Paso de los Libres, il prit part au soulèvement (avorté) des colonels Roberto Bosch et Gregorio Pomar, qui ne s’étaient pas impliqués dans le putsch de septembre 1930. Incarcéré après la défaite du soulèvement, il écrivit en prison sa version des événements sous la forme d’un ensemble de poèmes "gauchesques", qu’il intitula "El Paso de los Libres" et fera paraître en 1934, doté d’un prologue de l’écrivain Jorge Luis Borges ― de qui du reste, pour des raisons politiques, il s’éloignera de plus en plus par la suite.