Дипломатическую карьеру Даниэль Аялон начал в 1991 году с поста заместителя консула Израиля в Панаме. В 1993 году назначен управляющим канцелярией посла Израиля в ООН. С 2002 по 2007 год Даниэль Аялон — посол Израиля в США. Это были годы самого разгара интифады Аль-Аксы, вторжения сил коалиции в Ирак, и Второй ливанской войны. Однако именно в этот период отношения между Израилем и США были самыми наилучшими, а стратегические, политические и экономические связи укреплены и расширены.