Nel 1906, su richiesta del Kaiser Guglielmo II, Roosevelt convinse la Francia a partecipare alla conferenza di Algeciras, nel tentativo di risolvere la prima crisi marocchina. Dopo aver firmato l"entente cordiale" con la Gran Bretagna, la Francia aveva cercato di affermare il proprio dominio sul Marocco e una crisi era iniziata quando la Germania aveva protestato. Chiedendo a Roosevelt di convocare una conferenza internazionale sul Marocco, Guglielmo II voleva mettere alla prova la nuova alleanza franco-britannica, frenare l'espansione francese e potenzialmente coinvolgere gli Stati Uniti in un'alleanza contro Francia e Gran Bretagna. Il senatore Augustus Octavius Bacon presentò una risoluzione contraria al coinvolgimento degli Stati Uniti negli affari europei, ma il segretario di Stato Root e gli alleati dell'amministrazione come il senatore Lodge contribuirono a sconfiggere la risoluzione di Bacon. La conferenza si tenne nella città di Algeciras, in Spagna, e parteciparono 13 nazioni. La questione chiave era il controllo delle forze di polizia nelle città marocchine e la Germania, con una debole delegazione diplomatica, si trovava in una netta minoranza. Nella speranza di evitare un'espansione del potere tedesco in Nordafrica, Roosevelt appoggiò segretamente la Francia e collaborò strettamente con l'ambasciatore francese. Un accordo tra le potenze, raggiunto il 7 aprile 1906, ridusse leggermente l'influenza francese riaffermando l'indipendenza del Sultano del Marocco e l'indipendenza economica e la libertà di operazioni di tutte le potenze europee all'interno del paese. La Germania non ottenne nulla di importante, ma fu rabbonita e smise di minacciare una guerra.