Pesantren ini popular kerana diasaskan oleh tokoh Jemaah Islamiah iaitu Abu Bakar Basyir. Abu Bakar ialah pemimpin Jemaah Islamiah (JI), pertubuhan yang didakwa mendalangi puluhan letupan bom di seluruh Indonesia sejak akhir 1990-an, termasuk Pengeboman Bali 2002 dan Pengeboman JW Marriott 2003.