隣国ルワンダとは言語・社会構造・民族構成・地形などがほぼ共通しており、兄弟国と言っていい。さらにベルギーの信託統治下において、この2国はルアンダ＝ウルンディとして同一の植民地を形成していた。このため独立時には国際連合が統合したままのルアンダ＝ウルンディの独立を目指したものの、両国の強い反対を受けて分離独立を承認することとなった。独立後、両国間の関係は独立以降1980年代末までは非常に険悪なものとなっていた。これは、ブルンジが王政が崩壊したあともツチが社会の中心となっていたのに対し、ルワンダは独立直前の革命によってツチの国王や社会上層を排除してフツ中心の社会を作り上げたためである。その後、1993年のフツ主導政権の成立によって両国関係は好転したものの、翌1994年4月にはブルンジのンタリャミラ大統領が便乗したルワンダ大統領機が撃墜されるハビャリマナとンタリャミラ両大統領暗殺事件が起こった。この混乱によってルワンダではツチが政権を握ったが、1996年にブルンジでツチのブヨヤ政権が成立すると関係は再び好転し、1996年の第一次コンゴ戦争および1998年から2003年の第二次コンゴ戦争においてブルンジはいずれもルワンダ・ウガンダ連合に支持を与えてコンゴ民主共和国政府と対立した。