Au Japon, sous le déluge, s'il prend le dessus sur Robert Kubica dans le dernier virage (en dépassant à l'extérieur de la piste puisque Kubica l'a poussé à sortir) au terme d'une lutte acharnée sur 5 virages, pour terminer sixième, il ne peut plus mathématiquement espérer conquérir le titre mondial tandis que Lewis Hamilton est en tête du championnat. En Chine, il termine troisième. Alors que son coéquipier Kimi Räikkönen aborde la dernière manche du championnat avec sept points de retard sur Hamilton et trois sur Alonso, Massa, parti de la pole position, se laisse dépasser par son coéquipier Räikkönen à la faveur des derniers arrêts-ravitaillements pour lui permettre de devenir champion du monde. Auteur de six pole positions et trois victoires, Felipe Massa termine quatrième du championnat du monde avec 94 points. Il prolonge son contrat avec la Scuderia Ferrari jusqu'en 2010.