Né à Guayaquil, Noboa obtient l'administration du revenu du tabac, se rend à Alcabalas et atteint le grand comptable du département de Guayas dans la Grande Colombie. Lorsqu'il est commissaire de la guerre et de la marine en 1824, il envoie des troupes sceller l'indépendance du Pérou et est décoré par le Congrès péruvien. Il sert ensuite la République de l’Équateur en tant que sénateur dans plusieurs assemblées législatives.