Vapaussodan aikana Morgan kärsi terveysongelmista ja erosi terveydellisten syiden vuoksi armeijasta vuonna 1779. Vallankumouksellisten kärsittyä murskatappion Camdenin taistelussa vuonna 1780 Morgan kuitenkin liittyi uudelleen kenraali Gatesin joukkoihin. Samalla Morganista tehtiin prikaatikenraali ja hänen komentoonsa annettiin oma armeijakunta. Prikaatikenraalina Morgan saavutti sotilasuransa suurimman voiton tammikuussa 1781, kun hän onnistui yllätyshyökkäyksen avulla lyömään eversti Banastre Tarletonin joukot Cowpensin taistelussa.