Persianlahden sodan aikana Johannes Paavali II syytti Yhdysvaltoja maailmanpoliittisten ongelmien kärjistämisestä ja liian herkästä aseilla ongelmiin vastaamisesta. Samoihin aikoihin katolisen kirkon sisällä vaadittiin paikoin liberaalimpaa linjaa muun muassa seksuaalimoraalia koskeviin kysymyksissä. Paavin vuonna 1993 julkaisema kiertokirje "Veritatis splendor" (suom. "Loistava totuus") esitteli paavin eettisiä näkemyksiä, ja 1995 julkaistu "Evangelium vitae" (suom. "Elämän ilosanoma") käsitteli ihmiselämän arvokkuutta, aborttia ja eutanasiaa. Huolimatta liberaalia linjaa kannattavien henkilöiden painostuksesta Johannes Paavali II säilytti kirkon perinteisen tulkinnan. Vuonna 1994 Time-lehti valitsi Johannes Paavali II:n vuoden mieheksi.