Finalmente, Roberto ritrova fiducia in sé ed ottiene la sua prima storica convocazione in nazionale maggiore, e qualche anno dopo diventa la stella della selezione azzurra per la Mondiale del 1994. Il suo rapporto con il CT Arrigo Sacchi è però complicato, per via dello scarso rendimento della squadra nella fase a gironi del torneo, in cui l'Italia perde a sorpresa la gara d'esordio con l' (1-0), sconfigge di misura la e raccoglie un deludente pareggio con il (1-1). Nella fase ad eliminazione diretta, Roberto riuscirà poi a sbloccarsi, segnando una doppietta contro agli ottavi (2-1) e un gol per partita contro la ai quarti e in semifinale, anch'esse battute 2-1, ma in quest'ultimo incontro si infortuna lievemente. L'allenatore deciderà comunque di puntare su Roberto che, fatalmente, perderà la finale proprio contro il Brasile sbagliando l'ultimo calcio di rigore. L'errore tormenterà a lungo Roberto, fino a giungere nel 2000, dove rimane senza squadra, con la fama di essere un giocatore ingestibile e ormai sul viale del tramonto. Baggio, però, sogna di partecipare all'ultimo Mondiale della sua vita, che si terrà nel 2002 in Corea del Sud e Giappone.