Sani Bečirovič war ein fester Bestandteil der slowenischen Nationalmannschaft und spielte auch in allen Nachwuchsmannschaften Sloweniens eine führende Rolle. Zum ersten Mal konnte er dabei 1998 bei der U18-Europameisterschaft auf sich aufmerksam machen, als er mit 28,1 Punkten und 3,8 Assists pro Spiel zum MVP des Turniers gewählt wurde. 2005 belegte er bei der Europameisterschaft in Serbien mit seiner Mannschaft den sechsten Platz. Er gehörte bei den Weltmeisterschaften 2006 (12. Platz) und 2010 (8. Platz) sowie beim Olympia-Qualifikationsturnier 2008 der slowenischen Auswahl an.