През следващите шест века Египет се управлява от мюсюлмански наместници, номинирани от халифата, като Кайро става седалище на Фатимидския халифат. Друга ислямска династия, Аюбидите, с родоначалник Салах ад-Дин, управлява от Дамаск и по време на войните от Петия кръстоносен поход привлича на своя страна мамелюците – елитни бойци, съставени от немюсюлмани-роби, които през 1252 г. извършват военен преврат. С края на династията на Аюбидите в Сирия след монголските нашествия, властта в Египет е поета от военната каста на мамелюците, а след разрушаването на Багдад и падането на Дамаск център на исляма става Кайро.