Durante la seconda guerra mondiale, truppe malgasce combatterono in Francia, Siria e Marocco. Quando la Francia cadde in mano ai tedeschi, il Madagascar passò sotto il controllo del governo di Vichy; alcuni vertici del NSDAP progettavano di deportare tutti gli ebrei europei in Madagascar. Nel 1942 l'isola fu occupata dai britannici, i quali, dopo la firma dell'armistizio, garantirono il mantenimento della sovranità francese sull'intera isola, affidandone l'amministrazione al generale della Francia Libera Paul Legentilhomme.