Brad Miller nacque a Kendallville, Indiana dove frequentò la East Noble High School. Dopo essersi diplomato al Maine Central Institute, frequentò l'Università Purdue, situata a West Lafayette dove fece parte della squadra di pallacanestro, i Boilermakers, per quattro stagioni. Durante la sua carriera alla Purdue, divenne uno dei soli cinque giocatori a registrare almeno 800 rimbalzi e il primo giocatore nella storia della scuola a registrare almeno 1.500 punti, 800 rimbalzi e 250 assist. Successivamente si dichiarò eleggibile al Draft NBA 1998 dove non venne scelto da nessuna squadra.