Wieża Klesza była istotnym elementem fortyfikacji Braniewa i razem z innymi obiektami niejednokrotnie stanowiła o skutecznej obronie podczas oblegania miasta, m.in. podczas wojny trzynastoletniej w 1455 przez Krzyżaków, a w 1461 i 1462 przez wojska polskie, czy podczas wojny popiej w 1478 miasto oblegane było znów przez Polaków.