El 20 de diciembre de 1989 cuando se inició la invasión de Panamá el director del instituto, Francisco Porras, y otras autoridades se encargaron de la seguridad de los estudiantes que se encontraban en los planteles. El ejército de Estados Unidos bombardeó y posteriormente atacó la base militar de Río Hato donde se encontraba el instituto, como parte de la operación causa justa. Posteriormente durante el gobierno del recién juramentado presidente de Panamá Guillermo Endara Galimany se ordena y se da paso al cierre y clausura del instituto militar general tomas herrera.