В 1649 году Анджей Фирлей был назначен коронным сенатом одним из трёх региментариев (командующих) польско-шляхетской армии в борьбе против восставших украинских казаков. В том же 1649 году участвовал в обороне Збаражского замка, осажденного казацко-татарской армией Богдана Хмельницкого и крымского хана Ислам III Герая.