הזרוע הצבאית של האס אס, ואפן אס אס, התפתחה להיות צבא גרמני שני, בנוסף לוורמאכט, הצבא הגרמני. לוואפן אס אס יצאו מוניטין של לוחמים פאנאטיים ואכזריים מאד; יחידות ואפן אס אס סייעו בחיסול ההתנגדות היהודית במרד גטו ורשה באפריל 1943 ורצחו שבויי מלחמה אמריקניים במחנה ליד העיר מלמדי (Malmedy) במהלך קרב הארדנים ב-1944.