Urodził się w rodzinie Zdzisława i Marii z Pogorskich. Wykształcenie średnie otrzymał we Lwowie i w gimnazjum jezuickim w Kalsburgu k. Wiednia, gdzie w 1913 uzyskał świadectwo dojrzałości. Studiował prawo na Uniwersytecie Wiedeńskim (1913–1914). W latach 1916–1918 służył w stopniu porucznika kawalerii w armii austriackiej. Ciężko ranny dostał się do niewoli rosyjskiej i przebywał w różnych obozach jenieckich na terenie Rosji. Po wybuchu rewolucji uciekł z niewoli w 1918. Następnie został adiutantem gen. T. Rozwadowskiego i uczestniczył w formowaniu polskich sił zbrojnych. Po wyjeździe Rozwadowskiego do Paryża Obertyński wstąpił do seminarium duchownego w Krakowie. Studiował w jezuickim Canisianum w Innsbrucku oraz teologię w Rzymie. Święcenia diakonatu, a następnie kapłańskie przyjął w 1922.