Nykyiset acehilaiset polveutuvat todennäköisesti malajilaisista, joita alkoi muuttaa suuressa mittakaavassa Acehin alueelle noin 3 000 vuotta sitten. Alueelle perustettiin ensin hinduvaltioita, mutta sittemmin alueelle levisi islaminusko, luultavasti 1200- tai 1300-luvuilla. Islamin myötä alueelle perustettiin voimakas Acehin sulttaanikunta, joka ulotti valtansa Etelä-Thai­maahan saakka. Aceh säilyi pitkään itsenäisenä senkin jälkeen, kun Hollanti alkoi vallata Indonesian muita alueita. Aceh joutui hollantilaisten vallan alle vasta 1800-luvulla. Toisessa maailmansodassa acehilaiset muodostivat sissijoukkoja taistellakseen Japania vastaan, ja sodan jälkeen he alkoivat kannattaa Indonesian itsenäisyyttä ja sotivat hollantilaisia vastaan vuosina 1945–1949. Indonesian itsenäistyttyä ongelmia tuli kuitenkin, kun acehilaiset kokivat vallan keskittyneen liiaksi Jaavalle. Vuonna 1953 Daud Beureueh julisti Acehin itsenäiseksi islamilaiseksi valtioksi, mutta julistusta seurasi sota, ja vuonna 1959 solmitussa aselevossa sovittiin autonomiasta Indonesian sisällä. Ongelmia tuli jälleen 1970-luvulla. kun hallitus alkoi käyttää alueen luonnonvaroja hyväkseen yksipuolisesti. Alueella perustettiin Vapaa Aceh -liike ja Aceh julistettiin jälleen itsenäiseksi vuonna 1976. Seuraavan kahden vuosikymmenen ajan alueella käytiin kiivaita taisteluita, ja vuoteen 1998 oli kuollut 2 000 henkilöä. Suharton kukistuminen vuonna 1998 helpotti tilannetta, mutta armeijan sodan aikaisien joukkomurhien paljastuminen kiristi tilannetta pian uudestaan. Vuonna 2001 Acehille annettiin lisää vapauksia, joihin kuului muun muassa šarialain käyttöönotto alueella. Tapaninpäivän tsunami teki laajaa vahinkoa Acehissa tappaen noin 168 000 paikallista.