2012年9月26日，經過兩輪黨內投票，当选第25屆自由民主党总裁，成為首位回任的自民黨總裁。同年12月16日，自民黨在眾議院選舉大勝贏回執政權，確定將再次出任日本内阁总理大臣。26日，就任日本第96届内阁总理大臣。次年7月21日，安倍晉三領導的自民黨於參議院選舉中勝出，自民黨奪回參議院控制權。12月26日，安倍晋三执政一周年之际，参拜靖国神社。