Se programó un rodaje para el video musical de «Wish You Were Here» en agosto de 2001 con el director Phil Harder. Einziger anticipó que terminarían todo en un solo día, como había sido con los videos anteriores de Incubus. Aunque podría transmitirse desde el sitio web de la banda, debido a los recientes atentados del 11 de septiembre en los que las víctimas saltaban de las Torres Gemelas, el video original sería rechazado. Boyd comentó sobre la controversia del video: