Johnson-Thompson voitti kultaa alle 18-vuotiaiden MM-kilpailuiden 2009 seitsenottelussa. Kaksi seuraavaa kautta menivät kuitenkin pilalle polvivamman vuoksi. Alle 20-vuotiaiden MM-kilpailuissa 2012 Johnson-Thompson säästi voimiaan Lontoon olympialaisia varten ja osallistui vain pituushyppyyn ja 100 metrin aitajuoksuun. Pituushypyssä Johnson-Thompson voitti kultaa tuulituloksella 681.