Quando la città di Nea Alikarnassos è stata fondata nel 1925, gli abitanti e rifugiati di Alicarnasso, decisero di fondare un club che rappresentasse la comunità. Il nome è un omaggio allo storico Erodoto (), originario proprio di Alicarnasso. Assunse la denominazione di "Podosferikos Athlitikos Syllogos Alikarnassou Irodotos" (o P.A.S.A. Irodotos) dall'allora presidente della comunità, Michalis Eleftheriadis e da altre figure di spicco della comunità dei rifugiati. Nei suoi primi anni, e fino alla fine dell'occupazione tedesca di Creta, l'Irodotos giocava sporadicamente, ha iniziato a riprendere in pieno le attività nel 1948.