В начале XIII века сложился набор практик в отношении ересей, имеющих в своей основе указания выдающихся святых, например, Франциска Ассизского и святого Доминика, монашеские уставы и римское право. На основе этих трёх источников были сформулированы правила "исследования" () или инквизиции, предписанные 3 каноном Четвёртого Латеранского собора 1215 года. В начале эта обязанность была возложена на епископов, а с 1231 года борьбой с ересью занимались преимущественно специально обученные монахи-доминиканцы, напрямую подчинённые папе. Согласно французскому инквизитору середины XIII века Бернару Ги, задачей инквизиции являлось «уничтожение ереси, которая не может быть уничтожена, пока не уничтожены еретики, которые в свою очередь не могут быть уничтожены, пока не уничтожены их слушатели, почитатели и защитники… Для уничтожения еретиков есть два пути: либо они отвернутся от ереси к истинной католической вере согласно книге Притч „Коснись нечестивых несчастие — и нет их“ (); либо же через посредство земного суда они будут телесно сожжены». Инквизиция активно действовала в ряде стран Европы, прежде всего там, где была сильная поддержка со стороны гражданской власти. Альбигойский крестовый поход 1209—1229 годов был частью усилий католической церкви по подавлению ереси катаров. В катарах церковь видела продолжателей манихейства в силу общей убеждённости в том, что материя является злом. В отличие от многих других ересей, возникавших ранее, эта была не только полностью оппозиционна христианской церкви, но и отрицала важные общественные институты брака и клятвы. Многочисленны были и доктринальные отклонения от христианского вероучения.