Κατά τη διάρκεια του πολέμου του Κοσσυφοπεδίου το 1999, η κυβέρνηση της Δημοκρατίας της Μακεδονίας διατήρησε μια θέση υπέρ του ΝΑΤΟ. Η πλειοψηφία του πληθυσμού της Δημοκρατίας της Μακεδονίας επέκρινε την κυβερνητική στάση και αντιτάχθηκε στην επέμβαση του ΝΑΤΟ στο Κοσσυφοπέδιο εξαιτίας των φόβων για το αλυτρωτισμό από τους Αλβανούς της χώρας, την ασταθή οικονομία, τη διακοπή του εμπορίου από τον πόλεμο και τη σλαβική αλληλεγγύη με τους Σέρβους. Ο πρωθυπουργός Λιούμπτσο Γκεοργκιέβσκι δήλωσε κατά τη διάρκεια του πολέμου ότι το αντινατοϊκό συναίσθημα ήταν η «δεύτερη μεγαλύτερη απειλή» για τη χώρα μετά την άφιξη Αλβανών προσφύγων από το Κοσσυφοπέδιο. Ο αλβανικός πληθυσμός της χώρας στήριξε το ΝΑΤΟ και την παρέμβασή του για να βοηθήσει τους Αλβανούς του Κοσσυφοπεδίου.