1938年3月にナチス党政権下のドイツがオーストリアを併合すると、クライスキーは9月にスウェーデンへ亡命し、第二次世界大戦下にストックホルム協同組合協会に勤務（1939年 - 1946年）、同地で社会福祉・中立外交を学ぶ。この時にドイツから逃れてきていたヴィリー・ブラントと知り合う。後に2人は、ほぼ同じ時期にドイツ語圏で社会民主主義政権を担うことになる。1942年、ヴェアラ・フースと結婚した。