Після цієї події історичні згадки про Манґліський собор зникають. Лише в XI столітті з'являються свідоцтва про перебудову храму. Тоді в соборі поміняли купол, споруду оздобили ззовні каменем, а зсередини розписали. До XV сторіччя про собор нічого не було відомо, а в 1441 році в одному з історичних документів цар Олександр I згадує собор вже під новою назвою як присвячений Діві Марії. У цей період (найвірогідніше наприкінці XIV століття) Манґліська єпархія втратила самостійність і була приєднана до Тбіліської. Однак наприкінці XVII — початку XVIII століть Манґліський собор відзначений як царський храм, тобто на той час манґліський єпископ був багатим та шанованим церковним ієрархом. Втім, благополуччя собору тривало недовго. В ході Російсько-Кавказької війни в 1824 році його було пошкоджено і пограбовано. У покинутій споруді під час негоди переховувались пастухи з вівцями і розпалювали в ній багаття. Стіни храму були геть закопчені, фрески і розписи знищені. Командування російським військом замість ремонту наказало збудувати нову церкву поряд з собором, будівельним матеріалом для якої слугувало каміння з інших зруйнованих грузинських храмів. 1850 року розпочато реставрацію Манґліського собору через те, що до Манґлісі приїхав на відпочинок митрополит Ісидор, який цікавився відновленням християнських святинь на Кавказі. З перервами реставраційні роботи тривали до 1862 року. Після цього собор до 1884 року залишався полковою церквою Еріванського полку. Слід зазначити, що проведена реставрація відновила храм лише функціонально, однак багато історичних написів і деталей оздоблення під час робіт було втрачено. Ще одна реставрація відбулась у 1953—1956 роках. Тоді були відновлено дах, очищено і укріплено фрески, а частину їх зрізано для колекції Грузинського художнього музею.