1639 nahm er auf Seiten des Königs als Hauptmann an den Bischofskriegen teil und war auch im Bürgerkrieg Soldat auf Seiten der Parlamentskräfte. Er wurde mit der Verteidigung von Farnham Castle beauftragt, verließ den Ort aber, wobei sein benachbarter Besitz geplündert wurde und er von Royalisten gefangen genommen wurde. Er entging der Hinrichtung auf die Fürsprache von Sir John Denham hin, der die Begnadigung damit kommentierte, er wolle nicht selbst nach dem Tod von Withers als schlechtester Dichter Englands gelten. Trotz dieser Episode wurde er zum Major befördert und war bei der Belagerung von Gloucester (1643) und bei der Schlacht von Naseby (1645) dabei. 1643 wurde er seines Kommandos und seines Amtes als Friedensrichter enthoben wegen Angriffen auf Richard Onslow, den er für die Niederlage bei Farnham verantwortlich machte. Ab 1649 war er einer derjenigen, die den Nachlass von König Karl I. in Vorbereitung einer Versteigerung auflisten und abschätzen sollten. Zu Beginn der Stuart-Restauration (1660) war er drei Jahre inhaftiert.