도쿠가와 사천왕의 한 사람인 이이 나오마사는 1600년 세키가하라 전투 후, 18만 석 오미 국 북동부를 하사 받는다. 그리고, 서군 지원관인 이시다 미쓰나리의 거성인 사와 산성에 입성했다. 그러나, 미쓰나리의 거성이였다는 사실을 싫어해, 성의 방어능력이 뛰어남에도 불구하고, 그와 상관없이, 호수 연안이 가까운 이소야마(현 마이바라시)로 거성을 옮길 계획을 세웠다. 그러나, 세키가하라 전투때 입은 부상으로 1602년 임종을 맞이한다. 이이 나오카쓰가 가독을 승계했지만, 아직 유아였기 때문에 정무를 담당할 수 없었다. 그래서, 나오마사 대의 가신이 선대의 유지를 받들어 1603년 비와 호에 떠있는 히코네 산(긴카메 산)에 히코네 성을 축성하게 되었다.