ジョン・クリフォード・ペンバートン（、1814年8月10日-1881年7月13日）は、アメリカ陸軍の職業軍人であり、セミノール戦争で戦い、米墨戦争では功績を挙げた。南北戦争の時は南軍の将軍として従軍し、1863年夏のビックスバーグの包囲戦で敗北し降伏したことで知られている。戦後は農業に就いた。