Lors de l'édition 2008-2009 de la Coupe d'Europe, il dispute les six rencontres de poule de son équipe, face à Montauban, Sale et Clermont, concédant une seule défaite face à ce dernier club. Il inscrit un essai, face aux Anglais de Sale. Il inscrit de nouveau un essai lors du quart de finale face aux Gallois des Ospreys lors de la victoire . La demi-finale oppose le Munster au Leinster Rugby à Croke Park. Les coéquipiers de Brian O'Driscoll s'imposent face aux joueurs du Munster. En Celtic League, le Munster termine à la première place avec quatorze victoire et quatre défaites. Paul O'Connell dispute sept de ces rencontres, inscrivant un essai.