После Евро-96 Аллан перешёл в английский «Тоттенхэм Хотспур», сумма трансфера составила £1.65 млн. За команду Нильсен провел более 100 матчей и помог ей выиграть Кубок английской лиги в 1999 году. В 2000 году он на правах краткосрочной аренды выступал за «Вулверхэмптон Уондерерс». После Евро-2000 Аллан перешёл в клуб Чемпионшипа «Уотфорд», сумма трансфера составила £2.5 млн. Он быстро стал одним из лидеров команды. За клуб Нильсен провел 100 матчей после чего вернулся на родину, где закончил карьеру в клубе «Херфёльге» в 2004 году.