La sfârșitul regimului condus de Antonín Novotný, în perioada cunoscută sub numele de Primăvara de la Praga, Svoboda a fost ales președinte al Cehoslovaciei la 30 martie 1968, la recomandarea noului prim-secretar Alexander Dubček. El a fost un candidat acceptabil atât pentru cehi, cât și pentru slovaci, iar în calitate de erou de război și de victimă a epurărilor de la începutul anilor 1950 s-a bucurat de o stimă foarte mare în rândul populației.