בשנת 1561, אסטוניה הצפונית נמסרה לשליטה שוודית, בעקבות מלחמת ליבוניה, אולם כעבור 12 שנים חזרה רוסיה הצארית וכבשה אותה במהלך המלחמה הרוסית-שוודית (1590–1595). בשנת 1625, אסטוניה היבשתית כולה הייתה תחת שליטת שוודיה, ובשנת 1721 הביסה רוסיה את שוודיה במלחמת הצפון הגדולה, ובעקבות כך עברה אסטוניה לשליטת האימפריה הרוסית.