Nach der Selbstkrönung Napoleons zum Kaiser 1804 benötigte dieser wieder einen fähigen Polizeiminister und richtete daher das Polizeiministerium erneut ein. Die Ungeschicklichkeit seiner Nachfolger in der Polizeiverwaltung verschaffte Fouché am 10. Juli 1804 wiederum den Ministerposten. 1808 wurde er zum Grafen des Kaiserreichs und nach der erfolgreichen Verteidigung Antwerpens 1809 zum Herzog von Otranto mit einer beträchtlichen Ausstattung an Gütern ernannt. Da er sich den unaufhörlichen Eroberungskriegen des Kaisers widersetzte und auf eigene Faust geheime Unterhandlungen mit England führte, fiel er bei Napoleon in Ungnade und wurde am 3. Juni 1810 erneut abgesetzt.