Розвиток міста був спочатку уповільнений внаслідок зміни торгової кон'юнктури в Європі та звуження столичних функцій міста після Люблінської унії 1569 року, а згодом перерваний через війни серед. 17 ст. Після захоплення міста російськими військами (1655) воно було пограбоване й розорене, розпочалася епідемія чуми. Великі втрати Вільнюс зазнав під час Північної війни та епідемії чуми 1710–11, пожеж 1748 і 1749 років. Місто не раз відновлювалося, прибували нові мешканці. У 2-й пол. 18 ст. внаслідок культивування ідей Просвітництва, реформи університету, розвитку книговидання Вільнюс перетворився на значний культурний центр регіону. Населення міста брало активну участь у міщанському русі Речі Посполитої під час 4-літнього сейму. У 1794 році Вільнюс був центром повстання у ВКЛ. Міщани організовували загони національної гвардії та протистояли російським військам.