1847 kehrte Mommsen nach Deutschland zurück, musste vorerst aber wieder als Lehrer arbeiten. Während der Märzrevolution von 1848 wurde er Journalist in Rendsburg und vertrat energisch seine liberalen Überzeugungen. Im Herbst dieses Jahres erhielt er einen Ruf als außerordentlicher Professor für Rechtswissenschaft nach Leipzig und konnte so endlich die wissenschaftliche Laufbahn einschlagen. Er begann eine umfangreiche Publikationstätigkeit, blieb aber auch politisch aktiv, zusammen mit seinen Freunden und Professorenkollegen Moriz Haupt und Otto Jahn. Wegen ihrer Beteiligung am sächsischen Maiaufstand 1849 wurden die drei angeklagt und 1851 aus dem Hochschuldienst entlassen.