Il club fu fondato da partigiani jugoslavi (da qui l'origine del nome). Nei suoi 75 anni di attività la squadra ha disputato 75 campionati nella SuperLiga (prima chiamata Prva Liga di Jugoslavia), conquistando 27 campionati nazionali, 16 coppe nazionali, una supercoppa nazionali, una Mitropa Cup, una Uhrencup e un Torneo di Viareggio. Grandi sono state le vittorie e ugualmente importanti le occasioni mancate per un soffio: una finale di Coppa dei Campioni nel 1966 persa con il Real Madrid per 2-1, sette volte finalista nelle coppe nazionali (1948, 1959, 1960, 1979, 1993, 1996, 1999) e undici volte è riuscito ad andare oltre la fase a gironi (sedicesimi, ottavi, quarti) nelle coppe europee (UEFA Champions League e Coppa UEFA). Il Partizan partecipò alla primissima edizione della Coppa Campioni nel 1955 giocando la prima partita del torneo contro lo Sporting Lisbona finita per 3-3. Divenne anche il primo club dell'est europeo ad avere giocato una finale di Coppa dei Campioni, dopo avere eliminato il Manchester United nelle semifinali del torneo. Negli ultimi anni la squadra ha partecipato alla Champions League dell'anno 2003-2004 inserita nel girone con Real Madrid, Porto e Olympique Marsiglia dopo avere eliminato nell'ultimo turno di qualificazione il Newcastle United. Il Partizan partecipò anche all'edizione 2004-2005 della Coppa UEFA raggiungendo gli ottavi di finale dove venne eliminato dal , campione in quell'edizione, per un risultato complessivo di 3-1 (1-1 andata; 0-2 ritorno).