An der École speciales des langues orientales war Jaubert Schüler von Silvestre de Sacy, einer seiner Mitschüler war Étienne Marc Quatremère. Im Alter von 18 Jahren begleitete er Napoléon Bonaparte auf dessen ägyptischen Feldzug als Dolmetscher und wurde bald darauf auch dessen Sekretärdolmetscher. In dieser Stellung übersetzte er dessen Proklamationen und Korrespondenzen mit den Stammesführern in die Landessprache.