A Real Madrid heves érdeklődése ellenére Ballack 2002-ben a Bayern Münchent választotta, a világbajnokság után csatlakozott a bajor csapathoz 12.9 millió euró ellenében. Első szezonjában a Bayern 75 ponttal megnyerte a Bundesligát, és a német kupát is. A második szezonban azonban sem a bajnoki címvédés, sem a kupagyőzelem nem sikerült.