В 2004 году начались работы по реконструкции портовых сооружений и железнодорожных путей. На переправу прибыл железнодорожный паром «Анненков». Судно постройки 1984 года было переоборудовано из сухогруза типа «Славутич» на судоремонтном заводе «Южный Севастополь». В ноябре 2004 года, в преддверии второго тура президентских выборов на Украине, состоялась церемония открытия железнодорожного сообщения через Керченский пролив. Президент России Владимир Путин и президент Украины Леонид Кучма подписали положение о совместной эксплуатации железнодорожно-паромной переправы, после чего железнодорожное сообщение через Керченский пролив было восстановлено, но только для перевозки грузов. Вскоре к работе на переправе подключился второй железнодорожный паром — «Петровск» — он был переведён в Керчь с паромных линий Каспийского моря.