יפן השתתפה לראשונה במשחקים הפאראלימפיים כמארחת המשחקים באולימפיאדת הנכים טוקיו (1964) ומשתתפת במשחקי הקיץ הפאראלימפיים מאז בקביעות. במשחקי החורף משתתפת יפן מאז שהחלו המשחקים באולימפיאדת הנכים אורנסקולדויק (1976), והיא ארחה את המשחקים פעם אחת באולימפיאדת הנכים נאגנו (1998).