Dopo aver disputato buona parte delle qualificazioni per gli Europei del 2000, è stato inserito dal CT José Antonio Camacho nella lista dei convocati per la fase finale in Belgio e Paesi Bassi. Nella manifestazione la Spagna è stata eliminata ai quarti di finale dalla e Raúl, titolare in tutte le 4 partite disputate dagli iberici, ha realizzato una sola rete nella fase a gironi contro la , sbagliando anche un rigore all'89º minuto del quarto di finale contro i francesi. Da quel momento ha deciso di non utilizzare più la maglia numero 10, optando per il numero 7 già utilizzato nel Real Madrid.