Junto a este gobierno oficial ruso, existe otro autoproclamado independiente que no es reconocido por ningún estado. En 1997 Aslán Masjádov fue elegido presidente para reemplazar a Dudáyev por cuatro años en elecciones generales, cuando los separatistas controlaban el país. Tras el comienzo de la Segunda guerra chechena su poder quedó limitado, ya que ni siquiera podía controlar a la parte de las fuerzas guerrilleras dirigidas por el fundamentalista islámico Shamil Basáyev, cuyos seguidores han realizado ataques terroristas en Moscú, Beslán (Osetia), Ingushetia, Daguestán y otros lugares. Masjádov fue muerto en marzo de 2005 por tropas rusas que intentaban capturarlo, siendo sucedido en el cargo por Sheikh Abdul Halim. El 17 de junio de 2006 Sheikh Abdul Halim Saduláyev murió en una batalla en Argún, siendo sucedido en el cargo por el entonces vicepresidente Dokú Umárov. El 7 de julio de 2006 los rusos anunciaron que habían dado muerte a Basáyev.