Hän organisoi Cobbin legioonan myöhäiskesällä 1861 ja nimitettiin everstiksi konfederaation armeijaan 28. elokuuta 1861. Legioona sijoitettiin Pohjois-Virginian armeijaan. Se kärsi raskaita menetyksiä Maryland-sotaretkellä 1862. Hänet ylennettiin prikaatinkenraaliksi 1. marraskuuta 1862, mutta konfederaation kongressi ei vahvistanut ylennystä. Fredericksburgin taistelussa hän haavoittui kuolettavasti unionin tykinammuksesta, joka iskeytyi sisään Stephensin taloon Sunken Roadin lähellä Marye's Heightsissä. Hän vuoti kuiviin valtimon revettyä 13. joulukuuta 1862. Jotkut veteraanit todistivat myöhemmin että vamma saattoi aiheutui kiväärinluodista ja ampuja oli etelävaltioiden sotilas. Hänet on haudattu Oconee Hillin hautausmaahan Athensiin Georgiaan.