Alla fine del XVI secolo, con Filippo II al potere, scoppiò la sanguinaria ribellione dei "moriscos" (musulmani convertiti al cristianesimo) e fu costretto a intervenire il fratellastro di Filippo II, don Giovanni d'Austria, vincitore di Lepanto, che operò una repressione durissima: il capo degli insorti Abén Humeya (1520-1569), il cui nome cristiano era Fernando de Córdoba y Válor mentre quello arabo era Muḥammad ibn Umayya, fu tradito e assassinato da Abén Abó (Ibn ˁAbbād o Ibn ʿAbbās) che, a sua volta, fu decapitato dai cristiani che esposero la sua testa sulla Porta Reale. I "moriscos" vennero definitivamente espulsi dal suo regno da Filippo III e ci fu un periodo di grave crisi dell'economia nazionale (originata dallo sfacelo del settore agricolo). Nei secoli XVII secolo e XVIII secolo vi fu invece un periodo di grande splendore dovuto all'oro e all'argento delle Americhe e vennero avviate e completate le costruzioni delle grandi opere del Barocco e del periodo successivo