Gebhard Truchseß von Waldburg (1547–1601) wurde 1577 zum Erzbischof von Köln gewählt. 1583 wurde er evangelisch. Sein Nachfolger, Ernst von Bayern (1554–1612), führte einen Krieg gegen ihn, den er 1589 gewann. In diesem Truchsessischen oder Kölnischen Krieg ging es darum, ob das Erzbistum Köln und damit auch das Vest katholisch blieb oder evangelisch wurde. Die Horneburg wurde von dem truchsessischen Obersten Engelbert von der Lippe am 31. Mai 1583 besetzt. Das Vest konnte aber zurückgewonnen werden. Ernst von Bayern hielt im Mai 1584 einen Landtag auf der Horneburg ab.