Vermutlich verbrachte vor dem Miguelistenkrieg das 7.500 Mann starke liberale Heer des Königs D. Pedro nach dessen Landung 1832 in Pampelido bei Porto hier seine erste Nacht. Es wurde hier von absolutistischen Truppen umstellt, und einige Gefechte trugen sich in der Gegend zu. Nach dem Sieg der Liberalen folgten einige Verwaltungsreformen, bei denen Custóias 1836 dem Kreis Bouças, dem heutigen Matosinhos, angegliedert wurde. Die Veränderungen der traditionell landwirtschaftlichen Gemeinde Custóias nahmen danach zu, insbesondere nach der Ankunft der Eisenbahn 1875. Die industrielle Entwicklung nahm in Custóias wie in der gesamten Region seither deutlichen Aufschwung. Heute gehört Custóias zur Metropolregion Porto gezählt.