Vláda Konštantína IX. bola pre Byzantskú ríšu významným obdobím, v ktorom sa objavilo alebo naplno prepuklo viacero problémov. Jedným z nich bola absencia potomka - legitímneho dediča macedónskej dynastie, čo sa však Monomachovi pre Zoein vysoký vek už napraviť nepodarilo. Na východe sa objavil nový byzantský protivník - Seldžuci a na Sicílii sa začala rodiť moc normanskej Sicílie. Na potrebu vojenských reforiem Monomachos nereagoval, ba čo viac, znížil financovanie armády, čo viedlo k jej oslabeniu. V ríši za jeho vlády takisto vyeskaloval dlho trvajúci spor medzi Východom reprezentovaným konštantínopolským patriarchom a Západom, reprezentovaným pápežom. Hoci sa Monomachos snažil situáciu urovnať, spor už vyriešiť nestihol a medzi cirkvami sa na tisíc rokov rokov natiahla opona, ktorá neskôr viedla k IV. križiackej výprave. I z týchto dôvodov súdobí historici Monomacha zväčša kritizujú a v ich postoji často pokračujú i novodobí historici.