Trois mois plus tard, le 11 mai 2020, le championnat reprend, le Barça perd la tête de la Liga et finit à 5 points du Réal Madrid, champion. Lors des 11 derniers matchs de la saison disputés à huis clos, Griezmann enchaine deux matchs sur le banc dont un contre son ancien club l'Atlético où il ne joue qu'une seule minute, ce qui désole son ancien entraineur Diego Simeone. Sur cette dernière partie de saison, il ne marque qu'un seul but : contre Villarreal juste avant la mi-temps sur une passe de Messi. Il finit donc la saison de Liga avec seulement 9 buts et 4 passes décisives, sa pire saison sur le plan comptable depuis 7 ans. Après avoir battu le Napoli (3-1) au match retour du huitième de finale de la Ligue des champions, Griezmann et le Barça se qualifient pour le « Final 8 » qui se déroule à Lisbonne. Le Bayern se dresse alors face au FC Barcelone en quart de finale : menés 4-1 à la mi-temps, et malgré l'entrée de Griezmann, les Barcelonais subissent une défaite historique (8-2) avec une défense à coté de la plaque, une attaque cadenassée et un coach sans idées, ils sortent terrassés et la tête plus que basse de la compétition européenne. Pour sa première saison à Barcelone, l'équipe ne remporte aucun trophée, fait très rare dans le club barcelonais. Griezmann inscrit 15 buts toute compétitions confondues, ce qui en fait le meilleur buteur de la saison pour son club derrière Messi et Suarez. Il peine cependant à développer son jeu, pas forcément aidé par l'arrêt de 3 mois causé par la pandémie ainsi que la crise administrative que traverse le club avec le BarçaGate, mais également polluée par des rumeurs de la presse française accusant Messi de le boycotter.