La seva construcció fou iniciada a finals del , té el seu origen en un cenobi visigot establert al voltant del sepulcre de l'eremita Aemilianus (Emilià, en castellà també Millán), mort l'any 574. En el decurs dels segles següents i fins i tot el sofreix diferents modificacions a conseqüència del canvi de vida eremítica a la cenobítica i posterior monàstica, distingint-se en ells l'estil mossàrab i el romànic. La seva importància no és únicament artística i religiosa, sinó també lingüística i literària. Aquí un monjo va escriure les "Glosas Emilianenses" que eren anotacions explicatives en els marges d'unes pàgines escrites en llatí, les esmentades anotacions estaven escrites en romanç o en un precastellà poc evolucionat respecte del llatí. En aquest monestir també apareixen al seu torn les primeres anotacions escrites en basc, pel que s'ha considerat el bressol dels esmentats romanços hispans i del basc. Aquí també va habitar el monjo i primer poeta de nom conegut en castellà, Gonzalo de Berceo.