Germano spillede på klubplan primært hos hovedstadsklubberne Atlético og Benfica. Tiden hos Benfica blev særdeles succesfuld. Her var han med til at vinde hele fire portugisiske mesterskaber, to pokaltitler, samt Mesterholdenes Europa Cup i både 1961 og 1962. Han spillede i begge finalesejrene, over henholdsvis FC Barcelona og Real Madrid.