Vuodesta 1818 alkaen Sahlbergista tuli Carl Niclas Helleniuksen jälkeen talousopin ja luonnonhistorian vakinainen professori. Turun palon jälkeen (1827) luonnonhistoriallisten kokoelmien jäännökset vietiin Helsinkiin, minne yliopistokin siirrettiin. Lopulta yliopistosta tuli Helsingin yliopisto. Vanha talousopin ja luonnonhistorian professuuri nimettiin uudelleen eläin- ja kasvitieteen professuuriksi vuonna 1828. Sahlberg korvasi tuhoutuneet kokoelmat ja oli mukana perustamassa kasvitieteellistä puutarhaa Helsinkiin.