Arkeologi har påvist bosetning i faraoisk tid i oldtidens Egypt og under styret til Aleksander den store var byen kjent som Amonia. Under det ptolemeiske kongedømme og senere under det bysantinske rike fikk byen navnet Paraitónion (koinégresk: Παραιτόνιον), og under Romerriket ble stedsnavnet latinisert til Paraetonium. Som en britisk militærbase under den andre verdenskrig ble det utkjempet flere slag i dens omgivelser da det tyske afrikakorpset forsøkte å erobre dens havn. Etter slaget ved Mersa Matruh ble byen tatt av tyskerne, men ble gjenerobret i det påfølgende andre slaget om El Alamein oktober-november 1942.