Während der Schlacht um Lübeck 1806 traten die Bürgerkompanien nicht in Erscheinung; mit dem anschließenden Beginn der französischen Besatzungsherrschaft hörten sie zu faktisch existieren auf und wurden im Zuge der Eingliederung Lübecks ins Kaiserreich Frankreich im Februar 1811 auch formell aufgelöst. Nach Wiedererlangung der Unabhängigkeit 1813 wurden die Bürgerkompanien nicht wieder aufgestellt; an ihre Stelle trat die Bürgergarde.