De eilanden werden ernstig getroffen door de gevolgen van zeebeving in de Indische Oceaan in 2004 bij Sumatra in Indonesië. De vloedgolven die het land bereikten bij de Phi Phi-eilanden, varieerden in hoogte van 3 tot 6,5 meter en veroorzaakten zeer grote schade. Van de 10.000 mensen die op dat moment volgens schattingen op de eilanden aanwezig waren, kwamen er meer dan 1000 om. Het grootste deel van de infrastructuur werd verwoest, maar inmiddels is vrijwel alles weer hersteld.