Munculnya gerakan terorisme di Indonesia semenjak awal periode Reformasi, seperti kasus bom Mataram dan Poso serta bom malam Natal 2000, Bom Bali 2002, Bom Bali 2005, Bom McDonald's Makassar 2002, Bom Palu 2005, Bom Solo 2011, bom Vihara Ekayana di Jakarta (2013), bom Medan 2016, bom Samarinda 2016, Bom Singkawang 2016, dan sebagainya dikaitkan dengan Jamaah Islamiyah dan ormas-ormas Islam lain seperti Jamaah Ansharut Tauhid (JAT). Meskipun banyak pihak yang menolak kaitan antara Islam dan terorisme, atau mencoba memberikan bukti terorisme yang dilakukan non-muslim, hal tersebut tidak mencegah timbulnya Islamofobia di Indonesia. Misalnya di Bali, munculnya sentimen terhadap Islam paska Bom Bali menyebabkan terjadinya pengawasan ketat terhadap pendatang, penolakan RUU APP, penolakan pembangunan mushola dan masjid, penolakan pendirian bank syariah, sertifikasi halal, dan penolakan pemakaian jilbab.