Para la Copa Mundial Sub-20 de 2007 cuya sede fue organizada en Canadá, el centrocampista quedó incluido en la lista final para disputar la competencia, igualmente del director técnico Geovanni Alfaro. El 1 de julio fue el debut de los costarricenses en el Royal Athletic Park de Victoria, Columbia Británica, escenario donde tuvo como adversario a Nigeria. Por su parte, Pérez participó 81' minutos, salió de cambio por Marlon Camble y el marcador fue con derrota de 1-0. Tres días después se desarrolló el compromiso contra Japón en el mismo estadio, lugar en el cual se presentó la nueva pérdida de 0-1. La tercera fecha del torneo fue el 7 de julio ante Escocia en el Estadio Swangard de Burnaby. A diferencia de los partidos anteriores, Luis Stewart permaneció en el banquillo mientras que sus compañeros Pablo Herrera y Jonathan McDonald marcaron los tantos para la única victoria con cifras de 1-2. El rendimiento mostrado por su selección le permitió colocarse como tercero del grupo F, y en la tabla acumulada de los otros países que obtuvieron el mismo puesto, no logró la clasificación a la siguiente fase.