Dopo lo scoppio della seconda guerra mondiale, il 19 febbraio 1940 l"Admiral Hipper" effettuò una missione di caccia ai convogli nemici insieme alle incrociatori da battaglia "Gneisenau" e "Scharnhorst" nel Mare del Nord; nessuna nave nemica venne intercettata, ma la "Admiral Hipper" riscontrò alcuni problemi con le caldaie. La nave partecipò poi alle Operazioni Weserübung e Juno. L'incrociatore pesante prese il mare nel settembre 1940 per una missione contro il traffico mercantile nemico, ma rientrò subito ad Amburgo a causa di un guasto all'apparato motore. Salpò nuovamente nel dicembre 1940, affondando alcune navi mercantili, per rientrare poi alla base di Kiel, riprendendo il mare il 1º febbraio 1941 per una analoga missione terminata nel porto francese di Brest a causa di un nuovo guasto all'apparato motore. La nave salpò poi per rientrare in Germania entrando in un cantiere navale per le opportune revisioni e riparazioni. Completate le prove in mare e il periodo di addestramento, nel marzo 1942 l'incrociatore di trasferì a Trondheim, in Norvegia. Ai primi di luglio l"Admiral Hipper" partecipò alle operazioni di contrasto al convoglio PQ-17. Il 26 luglio lasciò l'incrociatore promosso Fregattenkapitän assumendo l'incarico di comandante del reparto prove siluri e mine presso il Torpedoversuchsanstalt di Eckernförde.