Dans les Balkans occupés, les factions communistes et non communistes de la résistance en arrivent à s'affronter. Le Parti communiste de Grèce forme le Front de libération nationale (EAM) dont l'Armée populaire de libération nationale grecque (ELAS) est la branche armée : l'EAM-ELAS, de loin le mouvement le plus puissant de la résistance grecque, s'attaque aussi bien aux résistants anticommunistes qu'aux occupants. Josip Broz alias Tito, chef du Parti communiste de Yougoslavie clandestin, met sur pied les Partisans et entame le conflit contre les occupants, dans l'espoir de l'arrivée de l'Armée rouge. Les communistes yougoslaves se trouvent bientôt en conflit avec les Tchetniks, résistants nationalistes serbes. La guerre de résistance en Yougoslavie se double bientôt d'une véritable guerre civile : divers chefs tchetniks s'allient aux Italiens, puis aux Allemands, en privilégiant le combat contre les communistes. Fin 1943, Churchill décide de soutenir les Partisans, considérés comme plus fiables dans la lutte contre les nazis, au détriment des Tchetniks. L'organe de direction des Partisans, le Conseil antifasciste de libération nationale de Yougoslavie (AVNOJ), se proclame alors gouvernement légitime du pays. Dans l'Albanie annexée par l'Italie, Enver Hoxha organise une force de résistance et crée, en novembre 1941, le Parti communiste d'Albanie.