Il matrimonio del figlio maggiore Francesco, duca di Calabria, con l'arciduchessa Maria Clementina d'Austria nel 1797, offrì a Maria Carolina una breve tregua di guerra, che aveva influito molto sulla sua salute. Il 20 maggio 1798, Maria Carolina entrò in un'alleanza segreta difensiva con l'impero austriaco, in risposta all'occupazione francese degli Stati pontifici, che condividevano il confine con il regno di Napoli. A seguito della vittoria britannica nella battaglia del Nilo, la sovrana decise di aderire alla Seconda Coalizione contro la Francia. Nella reggia di Caserta si tennero riunioni del consiglio di guerra, che comprendono la regina, il re, il generale Mack (comandante dell'esercito, nominato dagli austriaci), l'ambasciatore inglese Sir William Hamilton e l'ammiraglio Nelson, vincitore del Nilo. Il consiglio prese la decisione di promuovere un intervento militare contro la Repubblica Romana, uno stato fantoccio francese.