Efter krigen (10. august 1852 i Garnisons Kirke) indgik Aarøe ægteskab med frøken Anne Christine Struch fra Trondhjem, som døde i 1878, og han gjorde nu tjeneste i forskellige stillinger, således var han fra 1855-57 vagtmesterløjtnant i Nyborg, hvorefter han blev ansat ved 16. bataljon i København. Da krigen udbrød 1864, var han endnu premierløjtnant, men erholdt et kompagni ved 17. regiment, hvormed han deltog i Dybbøls forsvar indtil slutningen af marts. Da besluttede overkommandoen at virkeliggøre et af ham i 1863 indsendt forslag om under en eventuel krig at oprette et strejfkorps, der ved landgange på den af fjenden besatte kyststrækning kunne tilføje denne så stor skade som muligt. Korpset, som i begyndelsen havde en styrke på 180 mand fodfolk og 22 ryttere, udførte flere ekspeditioner, der bragte Aarøes navn på alles læber (en beretning om korpsets virksomhed findes i "Militært Tidsskrift" 13. årgang). Under våbenhvilen voksede korpsets styrke til o. 600 mand og 3 landgangskanoner, ligesom også dampskibet "Jylland" blev stillet til dets rådighed; der næredes store forventninger til det, da krigen udbrød på ny, men skønt det ikke manglede Aarøe på foretagelsesånd og hans underordnede med tillid så op til ham, nåede han kun et ringe resultat. Krigsbestyrelsen påskønnede dog hans virksomhed, og kongen benådede ham i november 1864 med Sølvkorset, ligesom han også dekoreredes med Sværdordenens ridderkors.