Po hołdzie pruskim i sekularyzacji Inflant (Łotwa i Estonia) ostały się głównie domy zakonne na terenie Rzeszy Niemieckiej, gdyż tu znajdowały się najliczniejsze baliwaty. Siedziba wielkich i niemieckich mistrzów została przeniesiona do zamku Mergentheim w Wirtembergii. W związku z przejściem części braci na luteranizm i kalwinizm zakon stał się wspólnotą trzech wyznań – przy czym jednak każdy wielki mistrz musiał być wyznania katolickiego.