Franz Ott studierte in Prag 1930 bis 1935 Theologie. 1935/36 arbeitete er als Kaplan, 1936/37 leistete er in der Tschechoslowakei seinen Wehrdienst ab. 1938 meldete er sich zum Sudetendeutschen Freikorps, später wurde er Mitglied der SA in Rothau. 1940 löste er sich von seinem kirchlichen Dienstherren und wurde Mitarbeiter beim nationalsozialistischen „Gaustudentenführer“ in Prag. 1942 bis 1945 war er Soldat in der Wehrmacht. Noch kurz vor Kriegsende hielt er in Lazaretten nationalsozialistische Durchhaltereden.