Từ năm 1941 đến năm 1944, Đức Quốc xã tiến hành xâm lược Liên Xô, vì thế Litva Xô viết đã giải thể trên thực tế. Tuy nhiên, sau khi người Đức rút lui vào các năm 1944–1945, quyền lãnh đạo của Liên Xô lại được thiết lập và tồn tại cho đến năm 1990.