強森於中擊敗工黨籍的時任市長肯尼斯·李文斯頓當選大倫敦市長，因而辭去了國會議員的職務。他在首個任期內實行了禁止在公共交通工具內飲酒、支持金融業發展和建設公共交通設施（包括：新倫敦巴士、桑坦德自行車和泰晤士河纜車）。2012年5月，強森於2012年大伦敦市长選舉中再度擊敗昔日的競選對手肯尼斯·李文斯頓順利連任大倫敦市長，並於第二個任期內成功舉辦了倫敦奧運，他亦在2015年英國大選中當選為堊橋及南雷士廉選區的國會議員。2016年5月，強森卸任大倫敦市長後，在即將舉行的脫歐公投裡和同黨籍的時任英國首相大衛·卡麥隆等留歐派人士立場相左，支持脫離歐洲聯盟，進而成為英國政壇中脫歐派的領導人物之一。最終，6月23日舉行的公投結果顯示脫歐陣營獲得勝利，致使大衛·卡麥隆為負起政治責任而辭去了擔任六年多的首相職務。