V 2. polovině 30. let a během 40. let bylo hlavní aktivitou Agentury vyjednávání s Brity o rozsahu povolené židovské imigrace a boj proti nařízením omezujícím přistěhovalectví (MacDonaldova bílá kniha). V této době také Židovská agentura začala vyjednávat poprvé o možnosti rozdělení Palestiny na židovský a arabský stát. Roku 1931 byla pod pravomoc Židovské agentury postavena Hagana coby neoficiální židovská armáda v Palestině. Její význam rostl pak v průběhu arabského povstání v Palestině v letech 1936-1939. V roce 1938 založila Hagana organizaci pro ilegální imigraci Mosad le-alija Bet. Agentura také uzavřela alianci s židovskou odborovou centrálou Histadrut ohledně veřejných prací. Ve městě Rechovot zřídila Agentura zemědělskou výzkumnou stanici (později začleněnou do Hebrejské univerzity).