Isänmaanrakkaus ei estänyt von Galenia jatkamasta kritiikkiään kansallissosialistisia vallanpitäjiä kohtaan. 9. kesäkuuta 1939 hän kirjoitti Hitlerille kirjeen, jossa hän valitti tämän käyttävän vuonna 1933 säädettyä n.k. valtiopäivätalonpalo-asetusta (joka rajoitti kansalaisvapauksia helmikuussa 1933 tapahtuneen valtiopäivätalon tuhopolton jälkeen) väärin Saksan katolilaisten vainoamiseksi. Heinäkuussa 1943 hän valitti itäeurooppalaisten sotavankien huonoa kohtelua ja ennen kaikkea sitä, että naispuolisia pakkotyöläisiä oli pakotettu tekemään raskaudenkeskeytys. Lisäksi hän yritti saada Saksan valtakunnanhallitusta kumoamaan kiellon, jonka mukaan puolalaisilla pakkotyöläisillä ei ollut oikeutta saada sielunhoitoa omalla äidinkielellään.