Lors de sa déposition au Congrès, Sheridan encourage la chasse et l'abattage en masse des bisons des Grandes Plaines afin de priver les indiens de leur principale source de nourriture. Des chasseurs professionnels, braconnant sur les terres indiennes tueront plus de 4 millions de bisons jusqu'en 1874. Sheridan s’en félicite en ces termes : « Let them kill, skin and sell until the buffalo is exterminated. » (« Au nom de la paix, laissez-les tuer, dépouiller et vendre les bisons jusqu'à leur extermination. »). Lorsque l'assemblée législative du Texas envisage de rendre hors la loi la chasse aux bisons sur les terres tribales, Sheridan, en personne, s'y oppose à Austin. Il suggère plutôt que le législatif offre une médaille au chasseur, portant sur une face un bison mort et sur l'autre un Indien dépité. Le département de Sheridan mène successivement les guerres de Red River, d'Ute, et celle des Black Hills, qui se termine par la mort de son ami personnel et subordonné, le lieutenant-colonel George Armstrong Custer. Les raids indiens diminuent dans certains endroits pendant les années 1870. Ils redoublent et prennent au contraire de l'ampleur dans les grandes plaines, la région des Black Hills et l'Arizona. Au début des années 1880, Sheridan est pourtant nommé Commanding General of the United States Army.