Il 15 giugno 1988, il Consiglio supremo dell'Armenia sovietica votò per accogliere il Nagorno-Karabakh in Armenia. Il 17 giugno 1988, il Soviet Supremo dell'Azerbaigian rifiutò di trasferire l'area in Armenia, affermando che faceva parte dell'Azerbaigian. I membri principali del Comitato Karabakh, un gruppo di intellettuali che guidavano le dimostrazioni, furono arrestati nel dicembre 1988, e furono liberati nel maggio 1989. Il 1º dicembre 1989, il Consiglio supremo armeno sovietico e il Consiglio supremo del NKAO dichiararono l'unificazione delle due entità (օրենք «Հայկական ԽՍՀ-ի և Լեռնային Ղարաբաղի վերամիավորման մասին»). Nel gennaio 1990, un altro pogrom ebbe luogo contro gli armeni, questa volta a Baku. Nel frattempo, la gran parte degli azeri dell'Armenia e degli armeni dell'Azerbaigian lasciarono le proprie case e si trasferirono nei rispettivi paesi.