Le War Office rappelle Nugent pour superviser la levée des Buckinghamshire Volunteers en mars 1794. Il commande le régiment sous Ralph Abercromby dans les actions de St. Andria et Thuyl sur la rivière Waal et a participé à la retraite désastreuse du Rhin . Promu général de division le mai 1796, il devient capitaine du château de St Mawes le 5 novembre 1796 et occupe ce poste jusqu'à sa mort. Il est ensuite commandant du district nord de l'Irlande en 1798, poste dans lequel il joue un rôle important dans l'apaisement des habitants de Belfast pendant la rébellion irlandaise cette année-là, et est devenu adjudant-général en Irlande en août 1799. Il est député de Charleville à la dernière Chambre des communes irlandaise avant les Actes de l'Union 1800 .