Sau khi phát hành, "Genie in a Bottle" nhận được những phản ứng tích cực từ các nhà phê bình âm nhạc, trong đó họ đánh giá cao chất giọng của Aguilera thể hiện trong bài hát cũng như nội dung lời bài hát của nó. Ngoài ra, "Genie in a Bottle" còn giúp Aguilera nhận được một đề cử giải Grammy cho Trình diễn giọng pop nữ xuất sắc nhất tại lễ trao giải thường niên lần thứ 42. Nó cũng gặt hái những thành công vượt trội về mặt thương mại, đứng đầu các bảng xếp hạng ở Áo, Bỉ (Flanders), Đan Mạch, Tây Ban Nha, Thụy Sĩ và Vương quốc Anh, và lọt vào top 5 ở hầu hết những thị trường nó xuất hiện, bao gồm Úc, Canada, Pháp, Đức, Ireland, Ý, Hà Lan, New Zealand và Thụy Điển. Tại Hoa Kỳ, bài hát đạt vị trí số một trên bảng xếp hạng "Billboard" Hot 100 trong năm tuần liên tiếp, và trở thành một trong những đĩa đơn trụ vững ở ngôi vị quán quân lâu nhất năm tại đây. Tính đến nay, "Genie in a Bottle" đã bán được hơn 7 triệu bản trên toàn cầu, trở thành một trong những đĩa đơn bán chạy nhất mọi thời đại.