Le lac Chichoj est situé à moins de deux kilomètres de la faille de Chixoy-Polochic, une faille majeure de la limite de plaque entre l'Amérique du Nord et les Caraïbes. Cette faille est l'aléa sismique le plus important pour la ville de San Cristóbal Verapaz, laquelle se trouve enserrée dans vaste réseau de plus petites failles sismogènes. Parmi les derniers tremblements de terre ayant affecté le lac, on peut noter un séisme de magnitude 4,1 en 2006 sur la faille de Polochic, et un séisme de magnitude 4,8 en sur une faille secondaire, au nord-ouest du lac. Les sédiments du lac ont enregistré les effets des séismes passés, tel que le séisme majeur de magnitude 7,8 du 4 février 1978, sur la faille de Motagua,  ainsi qu'une série de séismes majeurs (MMI &gt; 7) le long de la faille de Polochic entre 850 et 1450 EC . Le lac est une source de danger en cas de tremblements de terre. Les marais qui entourent le lac sont de plus en plus fréquemment remblayés et urbanisés. Ils sont sensibles à l'amplification des ondes sismiques (changement de leur fréquence et de leur intensité), à la réverbération des ondes sismiques sur l'encaissant rocheux (allongement de la durée des secousses), à la liquéfaction des sols (enfoncement du bâti), mais aussi à l'inondation des terres basses par débordement du lac. De tels débordement peuvent résulter du déclenchement de glissements de terrain sous-lacustres, comme de la mise en résonance du lac (phénomène de seiche).