В битве при Йене 14 октября 1806 года Маргарон руководил одной из двух лёгких кавалерийских бригад 4-го корпуса Сульта. Его бригада состояла из 8-го гусарского и 22-го шассёрского полков. В Йене Сульт атаковал 5 тыс. пруссаков под командованием Фридриха Якоба фон Хольцендорфа, защищавшего северный фланг. Застигнутый врасплох атакой французов на его левый фланг, Хольцендорф начал организованно отступать под прикрытием своей кавалерии. Лёгкая кавалерия Сульта прорвалась через заслон прусской кавалерии и лёгкой пехоты и атаковала одну из отступающих прусских колонн, захватив 400 человек, шесть артиллерийских орудий и два знамени. Развернув свои войска возле деревни Нерквиц, Хольцендорф обнаружил, что французская пехота окружает его левый фланг, в то время как кавалерия Сульта атакует с фронта. Прусские войска дрогнули; позже его кавалерия смогла сплотиться, но пехота бежала с поля боя. Бригада Маргарона сражалась в битве при Любеке 6-7 ноября 1806 года.