Indiai tartózkodás után 1840-ben érkezett Kabulba. William Hay Macnaghten brit diplomata és gyarmati tisztviselő munkatársa lett, aki a brit kormány nevében Sudzsa al-Mulkot, Herát emírjét támogatta Doszt Mohammed kabuli kán ellenében. Conolly részt vett az Első angol–afgán háborúban. A buharai kánnak valószínűleg gyanúsnak tűnt Conolly kokandi működése, meghívta őt Buharába, ahová 1841-ben meg is érkezett. Itt raboskodott Charles Stoddart ezredes 1838 decembere óta. Conollyt először jól fogadták, de mivel a kán hiába várta Viktória királynő levelét, kémnek tartotta és elrendelte kivégzését. 1842. június 17-én Stoddarttal együtt lefejezték az Ark citadella előtti téren. 1843-ban Joseph Wolff zsidó származású keresztény hittérítő vállalkozott arra, hogy felkutassa az eltűnt katonatiszteket Buharában. A veszélyes vállalkozásból sikerült élve megmenekülnie. Magával hozta Conolly titkos naplóját, amit imakönyve lapjaira írt. Ma a British Libraryban látható.