روابط در اوایل سال ۲۰۰۰ پس از آغاز انتفاضه دوم بدتر شد. در ۲۲ اکتبر ۲۰۰۰، رئیس‌جمهور بن علی اعلام کرد که پس از «خشونت در مناطق تحت کنترل فلسطین» همه روابط دیپلماتیک خود را با اسرائیل قطع خواهد کرد. اسرائیل از تصمیم تونس در قطع روابط و بستن دفاتر نماینده در تل آویو و تونس ناامید شد. وزارت امور خارجه اسرائیل گفت: «به نظر می‌رسد که تونس تصمیم گرفته‌است که از نقش بالقوه خود به عنوان پلی برای گفتگو بین اسرائیل و همسایگان خود صرف نظر کند، در نتیجه به تلاش حیاتی برای ارتقای صلح منطقه آسیب می‌رساند.»