Der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202015/16"&gt;Winter 2015/16&lt;/a&gt; brachte jedoch einen Rückschlag in dieser Entwicklung. Von Anfang an konnte Eder nicht an die Leistungen des Vorjahres anknüpfen. Wegen körperlicher Probleme beendete sie zwei Rennen vorzeitig und bei zwei weiteren ging sie nicht an den Start. Nach dem Verfolgungsrennen bei der WM 2016 in Oslo beendete sie sowohl die Titelkämpfe als auch ihre Saison vorzeitig, um ihren körperlichen Problemen auf den Grund zu gehen. Bei ihr wurde kurze Zeit später Pfeiffer-Drüsenfieber festgestellt.