Первый вызов в сборную Нидерландов Тиммер получил в феврале 2005 на товарищеский матч со сборной Турции, когда футболисту было уже 33 года. Его дебют состоялся 12 ноября 2005 в товарищеской встрече против сборной Италии (тогда итальянцы выиграли 3:1). Вратарь был заявлен на Чемпионат мира 2006 года и Чемпионат Европы 2008 года, но ни разу не выходил на поле. Всего Хенк Тиммер сыграл в составе сборной 7 матчей.