Le 20 septembre 1796, il passe avec son grade à l'armée de Sambre-et-Meuse. Le 23 décembre 1798, Margaron devient chef de brigade du de cavalerie (futur régiment de cuirassiers), qui sert alors sur le front italien. Son régiment sert tout d'abord à la bataille de la Trebbia, du 17 au 20 juin 1799, où il fait partie de la division du général Montrichard. Le 19 juin, l'attaque de cette division est repoussée. Le 15 août, au cours de la bataille de Novi, les hommes de Margaron font partie de la réserve de cavalerie du général Antoine Richepanse. Durant le combat, cette dernière effectue deux contre-charges sur les troupes autrichiennes formant l'aile droite du dispositif allié. Margaron est blessé par une balle lors de cet engagement. Peu après, à la bataille de Genola, il a la jambe droite cassée en remplissant une mission du général en chef Championnet.