Théodore Edmond Dupuis est le fils de Jean Edmond Dupuis et de Rose Nicole Vaquerie, fille du maire d'Harfleur. Il entre à l'École navale en 1851, en sort aspirant en 1853 et prend part à la bataille de Bomarsund l'année suivante. Il participe à la Guerre de Crimée jusqu'au siège de Sébastopol, passant enseigne de vaisseau en 1857, puis à la Campagne d'Italie, assistant au blocus de Venise.