1989 wurde Linke in die Fußballolympiaauswahl der DDR berufen, mit der er mehrere Testspiele bestritt. Noch vor Beginn der Qualifikationsspiele für Olympia 1992 wurde die Mannschaft im Zuge der deutschen Wiedervereinigung zurückgezogen. Sein Debüt in der A-Nationalmannschaft gab Linke am 15. November 1997 beim 3:0-Erfolg gegen Südafrika. Mit der Nationalelf, für die er 43-mal spielte, nahm er an der Europameisterschaft 2000 und der Weltmeisterschaft 2002 teil. 2002 wurde er mit dem deutschen Team Vize-Weltmeister und erzielte am 1. Juni 2002 beim 8:0 im der Gruppe E gegen Saudi-Arabien sein einziges Tor. Im Juli 2002 trat er aus der Nationalmannschaft zurück, erklärte jedoch, im Notfall zur Verfügung zu stehen. Völler nominierte Linke aufgrund von Personalproblemen für das EM-Qualifikationsspiel im September 2002 in Kaunas gegen Litauen; am 7. September 2002 kam er in jenem Spiel zum Einsatz. Nach dem Spiel sagte er „Das kann mein letztes Spiel gewesen sein“ und fügte hinzu „Wenn die anderen Verteidiger wieder fit sind, dann war es mein letztes Länderspiel.“ Am 16. August 2004 erhielt er von Jürgen Klinsmann, der auf Rudi Völler gefolgt war, eine Einladung für die Nationalmannschaft, als er nachträglich für das Freundschaftsspiel im Ernst-Happel-Stadion in Wien gegen Österreich nominiert wurde. Linke stand am 18. August 2004 in besagtem Spiel in der Anfangself und wurde auch nicht ausgewechselt.