Walau bagaimanapun, empat dekad kemudian, Istana Gyeongbokgung dibakar ke tanah semasa pencerobohan Jepun di Korea 1592-1598. Istana diraja dipindahkan ke Istana Changdeokgung. Tapak istana Gyeongbokgung diabaikan selama tiga abad seterusnya.