Tra il 1581 e il 1640, sotto la dinastia asburgica, il regno fu in unione personale con le corone di Aragona e di Castiglia, costituendo la cosiddetta "Unione Iberica". L'Unione cessò di esistere quando la nobiltà portoghese si oppose alle politiche centraliste del "valido" Olivares, eleggendo come proprio re Giovanni IV di Braganza, in opposizione a Filippo III d'Asburgo, dando il via alla Guerra di Restaurazione Portoghese, che si concluse soltanto nel 1668 con il Trattato di Lisbona, il quale riconobbe l'indipendenza del Portogallo.