O "Bayern" foi comissionado na Frota de Alto-Mar no meio da guerra e teve uma carreira curta. Sua primeira operação ocorreu entre os dias 18 e 19 de agosto de 1916 quando participou de uma incursão no Mar do Norte que acabou abortada. Depois disso o navio participou em 12 de outubro de 1917 da Operação Albion no Golfo de Riga, porém ele bateu em uma mina e precisou recuar e passar por reparos. A embarcação foi internada junto com a maior parte da Frota de Alto-Mar em Scapa Flow na Escócia pela Marinha Real Britânica ao fim da guerra. O contra-almirante Ludwig von Reuter ordenou que todos os navios fossem deliberadamente afundados em 21 de junho de 1919 para que não fossem tomados pelos Aliados. O "Bayern" afundou às 14h30min, sendo levantado em setembro de 1934 e desmontado.