Kroatian A-maajoukkueessa Badelj teki ensiesiintymisensä toukokuussa 2010. Hän oli mukana EM-kilpailuissa 2012 ja MM-kilpailuissa 2014 mutta ei saanut peliaikaa. EM-kilpailuissa 2016 hän pelasi Kroatian kaikki neljä ottelua alusta loppuun. MM-kilpailuissa 2018 hän saavutti Kroatian joukkueessa hopeaa ja pelasi kokonaan yhden alkulohko-ottelun sekä tuli vaihtopelaajana kentälle kahden jatko-ottelun lopussa.