Болтон відомий своїми консервативними поглядами на зовнішню політику. Він є прихильником жорсткої лінії по відношенню до країн так званої «осі зла»: Північної Кореї, Ірану і Куби, а також по відношенню до Росії і її союзників. Зокрема, у 2002 він пред'явив звинувачення керівництву Куби і особисто Фідель Кастро в експорті біологічної зброї в «країни-ізгої». У 2003 став активним прихильником вторгнення до Іраку. У травні 2007 Болтон виступив із закликом до адміністрації президента США якомога швидше провести військову операцію і щодо Ірану.