Nasledujúca sezóna bola sklamaním. Lysacek utrpel mnoho zranení, vrátane zlomeniny rebra, čo malo za následok výpadok niekoľkých tréningov. Po útoku na Národné obchodné centrum 11. septembra 2001 Americká krasokorčuliarska asociácia zrušila Juniorskú Grand Prix konajúcu sa v Arizone a neposlala svojich juniorských korčuliarov na okruh Juniorskej Grand Prix. Lysacek stratil motiváciu, na Americkom šampionáte sa umiestnil na 12. mieste a nebol vybratý pre Juniorský svetový tím.