Esterházy Antal földesúr Rákóczi fejedelmet támogatta a szabadságharc alatt, és feladta családja türelmetlen valláspolitikáját is; a református egyház és így a kollégium egy rövid időre lélegzethez jutott. 1707-ben azonban a császáriak felégették a várost, a tűzvészben az iskola épülete is elpusztult.