Roku 1910 se přestěhoval do Istanbulu. Když Turci zahájili arménskou genocidu (duben 1915) byl Komitas zatčen, stejně jako stovky dalších arménských intelektuálů. Sám se obětí teroru nestal, ale když se doslechl o masakrech, psychicky se zhroutil a už se nikdy plně neuzdravil. Roku 1919 opustil Osmanskou říši a dožil v Paříži, v psychiatrické léčebně.