Unter Trainer Glenn Hoddle kam er bei der WM 1998 in Frankreich wie auch bei der EM 2000 in den Niederlanden und Belgien unter Kevin Keegan jeweils in nur einem Spiel zum Einsatz. Beim Gruppenspiel bei der Europameisterschaft gegen Portugal schoss er dabei sein letztes von insgesamt drei Toren. Sein letztes Länderspiel bestritt er im Jahr 2001 unter Sven-Göran Eriksson, der ihn im Vorfeld der Qualifikationsspiele zur WM 2002 in Japan und Südkorea testete. Eriksson informierte McManaman anschließend per Nachricht über den Anrufbeantworter, dass er nicht für den Kader für die Weltmeisterschaft berücksichtigt werde, was Unverständnis bei McManaman hervorrief. Auch öffentliche Appelle von Spielern wie Zidane und Hierro sollten an dieser Entscheidung nichts ändern und McManamans Länderspielkarriere war nach 37 Einsätzen beendet.