Nach dem Krieg kam Zollikofer zur Leibkompanie und ab dem 3. November 1809 erhielt er eine Zulage von 20 Talern als deren Führer. Am 4. Juni 1811 wurde er Rittmeister und Kompaniechef. Während der Befreiungskriege kämpfte Zollikofer in den Schlachten bei Großgörschen, Bautzen, Dresden, Leipzig, Brienne, Paris sowie in den Gefechten bei Haynau und Fère-Champenoise. Am 17. Mai 1813 wurde er Major und am 17. Oktober 1815 Oberstleutnant. In Leipzig erhielt er das Eiserne Kreuz II. Klasse und den Orden des Heiligen Wladimir IV. Klasse.