W momencie wybuchu II wojny światowej okręt pełnił służbę na Morzu Śródziemnym, wchodząc w skład 19. dywizjonu 1. Flotylli okrętów podwodnych w Tulonie. Dowódcą jednostki był w tym okresie kpt. mar. A.J.M. Blachere. W czerwcu 1940 roku okręt był remontowany w Tulonie. Po zawarciu zawieszenia broni między Francją a Niemcami „Naïade” znalazła się pod kontrolą rządu Vichy (rozbrojona w Tulonie). 27 listopada 1942 roku, podczas ataku Niemców na Tulon, okręt został samozatopiony. Jednostka została później podniesiona przez Włochów, lecz 24 listopada 1943 roku została ponownie zatopiona przez amerykańskie samoloty.