עם כישלון קשר העשרים ביולי הושם קנריס במעצר, אך לא הוצא להורג עד 9 באפריל 1945, חודש לפני תבוסתו הסופית של הרייך השלישי. ידידו של קנריס, הגנרל וילהלם קייטל, התערב למענו ומנע את העמדתו לדין בפני "בית הדין העממי" שהיה פוסק גזרי דין מוות מהירים. נקבע כי יישפט בבית משפט של האס אס בהליך מקוצר, אך גם הליך זה השתהה. בסופו של דבר נשפט והוצא להורג יחד עם הנס אוסטר במחנה הריכוז פלוסנבירג. באותו היום הוצאו להורג גם בונהופר ודוהנאני. זמן רב לא היה גורלו ידוע, עד שבשנת 1955 העיד קצין דני בשם לונדינג, שהיה אסיר בפלוסנבירג, כי ראה אותו נגרר עירום אל הגרדום.