Im Jahr 1901 veröffentlichte Wilson sein fünfbändiges Geschichtswerk "A History of the American People". Im Abschnitt über die Rekonstruktionszeit nach dem Amerikanischen Bürgerkrieg zeigte er großes Verständnis für den 1865–75 aktiven Ku-Klux-Klan und äußerte sich abfällig über Schwarze: