Vuonna 2005 Ahtisaari välitti neuvotteluita Acehin itsenäisyysliikkeen GAM:n ja Indonesian hallituksen välillä. GAM:n johtajille hän korosti neuvottelujen välittämisen ehtona, että nämä eivät voisi saavuttaa täyttä itsenäisyyttä. Kun ensimmäisissä Aceh-tapaamisissa oli alettu lukea julkilausumia, välittäjä piti osanottajille tiukan puhuttelun ja uhkasi lopettaa työnsä saman tien. Neuvottelut päättyivät lopulta rauhansopimukseen ja yli 30 vuotta kestäneiden viha­mielisyyksien raukeamiseen. Rauhansopimus allekirjoitettiin Helsingissä 15. elokuuta 2005.