Альфредо Кесада дебютировал в составе сборной Перу 27 июля 1971 года в матче товарищеском матче со сборной Парагвая, завершившимся нулевой ничьей. В 1975 году Кесада принял участие в победном для его сборной Кубке Америки, сыграв во всех матчах турнира. В 1978 году Кесада принял участие в чемпионате мира, на котором сыграл в двух матчах, причём последний матч со сборной Аргентины 21 июня 1978 года, который перуанцы проиграли со счётом 0:6, оказался последним для Кесады в составе сборной. Всего же за сборную Альфредо Кесада сыграл 50 официальных матчей, в которых забил 1 гол.