Після початку Операції «Барбаросса» Томас неодноразово бував з інспекційними поїздками на Східному фронті, після чого заявив Вальтеру фон Браухічу про неприпустимість потурання масовим убивствам мирного населення, що відбуваються на окупованих територіях військовослужбовцями Вермахту і військ СС, на що генерал-фельдмаршал відповів, що обов'язок німецького солдата — підкорятися фюреру.