Bei der Auflösung des Marinesicherungsregiments wurde am 1. Oktober 2001 das Marinesicherungsbataillon 1 (MSichBtl 1) in Glückstadt als letzter verbleibender Sicherungsverband der Marine der MSFltl unterstellt. Anlässlich der Reorganisation der Bundeswehr war vorgesehen, die Sicherungskräfte der Marine ganz aufzulösen. Als nach den Terroranschlägen am 11. September 2001 die Bundeswehr zur Sicherung von Einrichtungen der US-Streitkräfte in Deutschland eingesetzt wurde, entstand zusätzlicher Bedarf an Sicherungskräften. Statt der Außerdienststellung erfolgte ein zeitweiliger Aufwuchs des MSichBtl 1 auf sieben Kompanien. Bei der Absicherung der Marinebasis für die Operation Enduring Freedom in Dschibuti wurde deutlich, dass auch für Sicherungsaufgaben im Ausland eigene Sicherungskräfte der Marine benötigt werden. Deshalb wurde das MSichBtl 1 am 1. April 2005 in den Verband Marineschutzkräfte überführt. Eine Kompanie wurde als Boardingkompanie dem SEK M unterstellt.