I årene etter Maraton, og i oppløpet til den andre persiske invasjonen ble han den meste framstående politikeren i Athen. Han fortsatte å fremme en sterk, athensk marine, og i 483 f.Kr. overtalte han athenerne til å bygge en flåte på 200 triremer. Disse kom til å vise seg som avgjørende i den kommende konflikten med Perserriket. I løpet av den andre invasjonen var han den som kommanderte den greske allierte flåtestyrken i slagene ved Artemision og Salamis, og den avgjørende greske seirene der var vendepunktet i invasjonen som ble avsluttet året etter ved det persiske nederlaget på land i slaget ved Plataiai.