4 Mart 1924 tarihinde TBMM'nin kabul ettiği "Hilafetin kaldırılması ve Osmanlı Hanedanı'nın sınır dışı edilmesi" kanunu gereğince başta babası Abdülmecid Efendi olmak üzere tüm aile üyeleriyle birlikte yurt dışına sürgün edildi. Sürgüne binbaşı rütbesinde gönderildi. Sürgün yıllarında İsviçre ve Nice’de yaşadı. Ayrıca 1925 yılında, Ömer Faruk Efendi'nin Arnavutluk'a hükümdar yapılması söz konusu oldu ise de, Ankara hükûmeti, başvekil Ahmed Zogoğlu aracılığıyla bu olasılığı engelledi. Türkiye'ye bir daha gelemedi ve 45 yıl sürgünde yaşadı. 28 Mart 1969 tarihinde Kahire'de vefat etti. Ancak ölümünden 5 yıl sonra Osmanlı Hanedanı'nın üyesi olan erkeklerinin ülkeye dönmelerine izin verildi. Yıllar sonra hükûmetin "sessizce defnedilmesi şartıyla" verdiği özel bir izinle, Ömer Faruk Efendi'nin naaşı Türkiye'ye getirildi ve 10 Mart 1977'de Cağaloğlu'ndaki II. Mahmud Türbesi'ne defnedildi.