Сезон 2012/13 для «Бенфіки» виявився без жодного трофею — у чемпіонаті вони поступились одним очком «Порту», а у національному кубку у фіналі програли «Віторії» (Гімарайнш). Також у тому сезоні Сальвіо зіграв свій другий поспіль, та третій за кар'єру, фінальний матч Ліги Європи, цього разу відігравши усі 90 хвилин. Але і тут лісабонці не змогли здобути трофей, поступившись англійському «Челсі» (1:2) — на 93-й хвилині переможний гол забив Бранислав Іванович.