За национальную сборную Фарерских островов Ян результативно дебютировал 8 августа 1990 года в товарищеском матче против сборной Исландии: он вышел на поле на 27-й минуте, заменив Абрахама Лёчина и на 63-й отметился голом. 12 сентября того же года Ян принял участие в отборочном матче на чемпионат Европы 1992 против сборной Австрии, который закончился первой победой в истории фарерской национальной команды. Он был основным защитником своей сборной на протяжении 7 лет. С 1997 года Ян стал реже вызываться в национальную команду. Свой последний матч за неё он провёл 26 апреля 2000 года, это была товарищеская встреча против сборной Лихтенштейна.