2 октября 2012 года Рибери забил гол в матче против белорусского БАТЭ, который завершился сенсационным поражением немецкого клуба со счётом 1:3. 7 ноября 2012 года Рибери отдал голевую передачу в матче против «Лилля» (6:1). 23 апреля 2013 года в первом полуфинале Лиги чемпионов УЕФА «Бавария» одержала победу со счётом 4:0 над «Барселоной». 1 мая в ответном матче Рибери принял участие в двух голах команды. Сначала на 72-й минуте после его прострела срезал мяч в свои ворота защитник каталонского клуба Жерар Пике, а через четыре минуты Томас Мюллер забил после его навеса. «Бавария» выиграла на Камп Ноу 3:0 и вышла в финал. 25 мая 2013 года в составе клуба Рибери стал победителем Лиги чемпионов УЕФА, выиграв у дортмундской «Боруссии» в финале со счётом 2:1. В этом матче на 88-й минуте Франк отдал голевую передачу Арьену Роббену, забившему победный мяч.