Στις 27 Μαΐου 1942, ο Χίμλερ διέταξε τον Γκέμπχαρντ να μεταφερθεί στην Πράγα για να εξετάσει τον Ράινχαρντ Χάιντριχ, ο οποίος είχε τραυματιστεί από χειροβομβίδα κατά τη διάρκεια της Επιχείρησης Ανθρωποειδών νωρίτερα εκείνη την ημέρα. Ο Χάιντριχ ήταν ο SS- "Obergruppenführer", επικεφαλής της αστυνομίας, και ο ενεργός προστάτης του Ράιχ του προτεκτοράτου της Βοημίας και της Μοραβίας. Όταν ο Χάιντριχ εμφάνισε πυρετό μετά από χειρουργική επέμβαση για τις εκτεταμένες πληγές του, ο Τέοντορ Μορέλ, προσωπικός ιατρός του Χίτλερ, πρότεινε στον Γκέμπχαρντ να θεραπεύσει τον Χάιντριχ με σουλφοναμίδη (ένα πρώιμο αντιβιοτικό), αλλά εκείνος αρνήθηκε τη συμβουλή του, αναμένοντας ότι ο Χάιντριχ θα ανακάμψει χωρίς αντιβιοτική θεραπεία. Τελικά πέθανε από σήψη στις 4 Ιουνίου 1942, οκτώ ημέρες μετά την επίθεση. Η άρνηση του Γκέμπχαρντ να συνταγογραφήσει σουλφοναμίδη συνέβαλε στο θάνατο του Χάιντριχ και είχε πολλές ατυχείς συνέπειες για τους κρατουμένους των στρατοπέδων συγκέντρωσης, στους οποίους αργότερα εκτέλεσε ιατρικά πειράματα.