Les guerres civiles demeurent les plus nombreuses et les plus meurtrières, même si leur nombre et leur intensité diminuent progressivement durant la décennie : le pic est atteint en nombre en 1991, année où l' en recense trente-quatre. Leur nombre décroit jusqu'à vingt-trois en 1999. Une quinzaine de ces conflits durent huit ans ou plus, illustrant la difficulté de trouver des solutions aux questions ethniques à l'origine de la plupart d'entre eux : l'Afghanistan, le Sri Lanka, le Soudan, sont notamment dans ce cas. À l'opposé, le génocide des Tutsi au Rwanda en 1994 ne dure que cent jours mais cause la mort de rwandais selon l'ONU, ce qui en fait de loin le plus terrible massacre de population civile de cette décennie.