Im März 2015 verpflichtete der Svenska Fotbollförbundet Gustafsson als Trainer des jüngeren Jahrgangs der schwedischen U-21-Auswahlmannschaft vor. Bis zum Sommer betreute er die Nachwuchsmannschaft, die nach dem überraschenden Titelgewinn bei der U-21-Europameisterschaft 2015 unter Trainer Håkan Ericson in die Qualifikation für den folgenden Wettbewerb ging. Gustafsson schloss sich unterdessen im Januar 2016 als Trainerassistent von Andreas Alm dem Personal des AIK an.