No início da Primeira Guerra Mundial em 1914, Njegovan estava no comando da 1ª Esquadra da marinha, que tinha Pola como sua base. Nessa função, participou do Bombardeio de Ancona em maio de 1915. Ele assumiu o comando da Marinha Austro-Húngara em 1917 depois da morte do almirante Anton Haus, também tendo sido nomeado chefe da Estação Naval no Ministério da Guerra. Durante seu tempo à frente da marinha ele supervisionou a expansão do porto de Cátaro para uso de u-boots, porém foi forçado a se aposentar em fevereiro de 1918 depois de vários motins na frota. Ele morreu na Iugoslávia em julho de 1930.