После массовых беспорядков в Кишинёве в апреле 2009 года Сергей Мокану был арестован 8 апреля 2009 года около 10:30 по обвинению в организации общественных беспорядков. Сергей Мокану заявил, что предъявленные ему обвинения являются политическим заказом со стороны президента Воронина. Дело Сергей Мокану было отправлено в Европейский суд по правам человека. 31 июля 2009 года Сергей Мокану был освобождён из под ареста.