Ιστορικά, μέχρι και το τέλος της Τουρκοκρατίας ο Βαπτιστής δεν αναγνωριζόταν ως αυτόνομο χωριό, αλλά ως συνοικισμός των γειτονικών Χουλιαράδων. Όπως και τα υπόλοιπα 14 των Τζουμέρκων που βρίσκονταν στην αριστερή όχθη του Αράχθου, προσαρτήθηκε στην Ελλάδα κατά τη διάρκεια του Α΄ Βαλκανικού Πολέμου και στην απαρίθμηση που ακολούθησε από τις ελληνικές αρχές καταχωρήθηκε ως αυτοτελής οικισμός. Διοικητικά αποτέλεσε μέχρι το 1997 οικισμό της επαρχίας Δωδώνης. Αρχικά ανήκε στην κοινότητα Χουλιαράδων, από την οποία αργότερα αποσπάστηκε για να αποτελέσει έδρα ομώνυμης κοινότητας, ενώ στη συνέχεια υπήχθη στον δήμο Τζουμέρκων. Από το 2011 ανήκει στον καλλικρατικό δήμο Βορείων Τζουμέρκων. Οι λίγοι μόνιμοι κάτοικοί του, ασχολούνται κυρίως με την πτηνοτροφία.