Nach dem Krieg kam er am 20. Juni 1809 als Stabskapitän in den Generalstab und von dort am 16. Dezember 1811 als Adjutant in die Westpreußische Brigade. Mitte Februar 1812 folgte seine Versetzung zur Oberschlesischen Brigade. Am 6. März 1813 kam Boyen dann in den Generalstab von Generalmajor von Zieten. Während der Befreiungskriege kämpfte er in den Schlachten bei Großgörschen, Dresden, Kulm, Leipzig sowie der Belagerung von Erfurt und den Gefechten bei Haynau und Nollendorf. Bei Großgörschen wurde Boyen verwundet und mit dem Eisernen Kreuz II. Klasse ausgezeichnet. Für Leipzig erhielt er das Kreuz I. Klasse, für Nollendorf den Orden des Heiligen Wladimir sowie am 17. März 1815 den Orden der Heiligen Anna II. Klasse.