Hamlin reste en Louisiane après la guerre, pendant les premiers jours de la reconstruction, mais il meurt de la fièvre jaune en 1867. Bien qu'il soit d'abord inhumé dans le cimetière de Girod Steet à La Nouvelle-Orléans, en Louisiane, il est inhumé trois mois plus tard, dans la parcelle de sa famille dans le cimetière de Mount Hope à Bangor, dans le Maine.