Anche se dopo la fuga del re Ferdinando IV il principe ereditario Francesco, cui era stata data la reggenza, si accordò con i francesi per la cessione delle piazzaforte di Gaeta, insieme a quelle di Napoli e Pescara, il governatore principe di Luigi d'Assia-Philippsthal rifiutò di consegnare la fortezza; egli fece rispondere a Massena che: «Gaeta non è Ulm e il principe di Assia non è il generale Mack» Ebbe quindi inizio un lungo assedio durante il quale la guarnigione dimostrò una fiera resistenza e Massena ebbe gran parte della responsabilità se il suo "esercito napoletano" restò impegnato in questo assedio per i successivi cinque mesi. Questo impedì a Massena di spedire rinforzi per reprimere la sollevazione scoppiata in Calabria il che permise agli inglesi di sbarcare nella piana di Sant'Eufemia e di ottenere la vittoria nella battaglia di Maida. Comunque i britannici non riuscirono a mettere a frutto questa vittoria o a inviare rinforzi agli assediati e di conseguenza, dopo che Philippsthal (gravemente ferito mentre sulle mura incoraggiava i suoi soldati) il 10 luglio fu evacuato da una fregata inglese e il comando passò al colonnello Holtz, la città venne catturata il 18 luglio 1806 quando l'artiglieria francese riuscì ad aprire una breccia nelle sue difese.