Poprzednik Metrofana Józef II zmarł podczas obrad soboru florenckiego 10 czerwca 1439 r. Papież Eugeniusz IV dążył do mianowania nowego patriarchy, przedstawiciele Kościoła bizantyńskiego oparli się jednak tym naciskom i 26 lipca delegacja grecka opuściła Florencję. Metrofan, metropolita Kyzikos, został patriarchą 4 lub 5 maja 1440 r. z racji swego zaangażowania na rzecz unii florenckiej. Jego wybór został uznany za tryumf unionistów.