Under 2. verdenskrig invaderede japanerne Malaya og Straits Settlements ved landstigning på Kelantan den 8. december 1941, og den 16. december faldt Penang som den første Straits Settlement i japanske hænder. Malacca faldt den 15. januar, og Singapore faldt den 15. februar, efter Slaget om Singapore. Straits Settlements, sammen med resten af Malayahalvøen, forblev under japansk besættelse indtil august 1945.