Il 13 giugno l'arciduca Giovanni raggiunse Raab dove il giorno dopo fu attaccato dall'Armata d'Italia guidata dal viceré Eugenio; la battaglia di Raab si concluse con la vittoria francese e gli austriaci ripiegarono ancora verso Komaron e Presburgo, mentre il 28 giugno Napoleone, che necessitava di rinforzi dopo il fallimento di Essling, comunicò al viceré che l'Armata d'Italia sarebbe passata alle dipendenze dirette della Grande Armata e che avrebbe dovuto raggiungere al più presto Vienna per il raggruppamento generale. Il ruolo dell'Armata d'Italia fu molto importante anche nella grande battaglia finale di Wagram del 5 e 6 luglio 1809; organizzate in due corpi d'armata le truppe del viceré dopo qualche segno di debolezza nei confusi combattimenti del 5 luglio, sferrarono il giorno seguente l'attacco finale al centro dello schieramento austriaco. L'assalto, a cui presero parte tre divisioni francesi dell'armata guidate dal generale Macdonald, contribuì alla vittoria di Napoleone; nella battaglia l'Armata d'Italia, costituita da 20.300 soldati, subì 6.350 perdite.