אחרי הרצח קורנליה חזרה לרומא אולם סקסטוס הצטרף למתנגדיו של קיסר באפריקה, מרקוס פורקיוס קאטו ואחיו הבכור גנאיוס פומפיוס. קיסר הביס את קאטו בקרב תאפסוס בשנת 46 לפנה"ס ואת האחים פומפיוס בקרב מונדה בשנת 45 לפנה"ס. גנאיוס פומפיוס הוצא להורג אולם סקסטוס הצליח להימלט ומצא מקלט בסיציליה.