На 11 септември 1885 г. Христо Попов е преназначен за командир на 1-ви пехотен софийски полк. През Сръбско-българската война (1885) с полка си участва в боевете на Сливнишката позиция. На 7 ноември е назначен за командващ на отряд на крайния ляв фланг и при Гълъбовци възпрепятства Моравската и Шумадийската дивизии при обхода им на левия фланг. Заедно с отряда си участва в боевете при Гургулят, Бански дол и Пирот (14-15 ноември). Награден е с военен орден „За храброст“ III степен.