W 1991 roku Garuda Indonesia zakupiły 13 maszyn McDonnell Douglas MD-11, W 1994 weszły w posiadanie trzech Boeingów 747-400 (dwa prosto od producenta, a jeden od brazylijskich linii Varig) i Airbusa A330-300. W tym czasie linie odnotowały dwie katastrofy lotnicze - na lotnisku w japońskim mieście Fukuoka podczas startu rozbił się DC-10, a zaledwie rok później w mieście Medan w wyniku największej katastrofy w historii Indonezji życie straciły 234 osoby. Również w 1997 roku, z powodu azjatyckiego kryzysu finansowego Garuda Indonesia zostały zmuszone do redukcji połączeń, co zbiegło się z wydarzeniami kolejnych lat, kiedy ruch turystyczny do krajów azjatyckich znacznie zmalał, przez takie wydarzenia jak: ataki na World Trade Center w 2001, zamachy bombowe na Bali w 2002 czy trzęsienie ziemi na Oceanie Indyjskim w 2004.