Na vier jaar parlementslid te zijn geweest, werd Sabuni in 2006 minister in de Zweedse coalitieregering die na de verkiezingen van dat jaar werd gevormd onder leiding van premier Fredrik Reinfeldt. Ze werd verantwoordelijk voor Integratie en Gendergelijkheid, twee onderwerpen waar ze zich al eerder op geprofileerd had. Eerder dat jaar had ze gepleit voor verplichte gynaecologische onderzoeken voor schoolmeisjes om genitale verminking op te kunnen sporen en te voorkomen. Ook pleitte ze ervoor om een hoofddoekverbod in te stellen voor meisjes onder de 15 jaar en om eerwraak als een onafhankelijke categorie op te nemen in het Zweedse wetboek van strafrecht. Sabuni stelde dat praktiserende moslims die volgens de Koran leven "hun eigen kansen beperken".