1102 oder 1103 erscheint erstmals der Name "Brattelo" als Hof des Klosters St. Alban in Basel und 1250 fand die Kirche von "Bratelle" in einem Basler Dokument Erwähnung. Während fast 200 Jahren war Pratteln im Besitz der Familie Eptinger. Beim grossen Basler Erdbeben von 1356 wurden die Burgen der Eptinger auf Madeln und im Dorf zerstört. 1476 erhielt das Dorf vom deutschen Kaiser Friedrich III. eine immerwährende Steuerfreiheit und das Recht, jährlich vom 1. bis 3. Oktober einen Markt abzuhalten.