V roce 1940 vstoupil Kavtaradze opět do KSSS a o rok později se stal asistentem ministra zahraničí SSSR Molotova, který ho pověřil vedením oddělení pro Blízký východ. V roce 1943 se stal zástupcem ministra zahraničí. Tato funkce mu umožnila účast na důležitých spojeneckých konferencích (Jalta, Postupim). V roce 1944 byl Kavtaradze odeslán na cestu do Íránu, aby zajistil pro SSSR podíl na zdejším ropném průmyslu.