Лише у 594 році до н. е. за амністією, яку оголосив Солон, зміг повернутися до Афін. Невдовзі став одним з лідерів аристократів. Водночас очолив афінські війська під час Першої Священної війни проти міста Кірри. Оскільки війна ця почалася ще 595 році до н. е., то висловлюється думка, що Алкмеон спочатку брав у ній участь на чолі власного загону в війську Клісфена, тирана Сікіону. Саме за звитягу Алкмеон отримав прощення, а потім вже офіційно очолював афінян у наступні роки війни.