Казаки Уйской крепости примкнули к восстанию в 1774 году. Некоторые казаки с отрядами атамана И.Н.Грязнова участвовали в боях под Челябинском. Карательные команды использовали крепость как опорную базу в военных операциях в восточной части Оренбургской губернии. Какое-то время в крепости находился корпус генерала И.А.Деколонга, преследовавший войско Е.И.Пугачева и нанесший ему поражение в сражении под крепостью Троицкой.