En la Revolución Chilena de 1851, él era el jefe de estado mayor del ejército rebelde General José María de la de Cruz, mientras que las tropas del gobierno estaban bajo el mando del General Manuel Bulnes, de los cuales el hijo de Manuel Baquedano fue ayudante personal. El ejército rebelde fue derrotado en la Batalla de Loncomilla, en diciembre de 1851. Allí, él y su hijo Eleuterio Baquedano, donde resultó herido y capturado en la batalla. Posteriormente fue indultado por el presidente Manuel Montt y reincorporado al servicio.