Reiner est né à Žatec, en royaume de Bohême, dans une famille juive. Son père, Josef, était cantor à la synagogue de Žatec. Karel étudie le droit et obtient son doctorat en 1934. En 1929, il étudie aussi la composition en privé avec Alois Hába et compose "Fantaisie pour piano à quarts de ton". En 1931, il obtient son diplôme de l'école de maître de composition avec une "Suite pour orchestre" après avoir été l'élève de Josef Suk. Il est aussi un pianiste de concert qui collabore avec le théâtre d'Emil František Burian de 1934 à 1938. Pendant la Seconde Guerre mondiale, il est emprisonné dans les camps de concentration allemands. D'abord, dans celui de Theresienstadt (il y est déporté le ), il participe aux activités musicales et crée la musique de scène pour la pièce "Esther" mise en scène par . Le , il est déporté à Auschwitz-Birkenau, puis à Landsberg et, enfin, à , camp annexe de celui de Dachau. Après la Marche de la mort et la libération, il retourne à Prague, où il retrouve son épouse Hana, qui a aussi survécu aux camps de concentration. Après la guerre, il a du mal à obtenir sa citoyenneté tchèque, même s'il s'est toujours considéré comme tchèque à l'âge adulte, et non comme juif ni allemand. Il recommence à participer à la vie musicale, mais peu après le Coup de Prague en 1948, il est accusé de formalisme. Reiner devient membre du Parti communiste tchécoslovaque en 1948, mais le quitte en 1969. Il meurt à Prague en 1979.