С началом очередной войны со Швецией Спренгтпортен вновь стал одной из ключевых фигур. В соответствии с составленным им планом боевых действий русская армия начала наступление и перешла границу. Одновременно он продолжал подчёркивать важность создания Финляндского государства. Ему было предложено участвовать в завоевании Финляндии в качестве военного, но он отверг это предложение. В начале войны он состоял дипломатическим советником при графе Буксгевдене, но затем их отношения расстроились, поскольку, если Спренгтпортен был сторонником создания финляндской автономии, то фон Буксгевден добивался присоединения Финляндии к России в качестве обычной провинции. Когда в Петербург прибыла депутация из Финляндии, Спренгтпортену удалось добиться того, чтобы депутации было сообщено о намерениях императора созвать сейм. План Спренгтпортена об организации временного управления Финляндией был рассмотрен комитетом, в который входили сам Спренгтпортен, военный министр Алексей Андреевич Аракчеев и главнокомандующий русскими войсками в Финляндии Богдан фон Кнорринг. Александр I одобрил план, однако уточнил, чтобы финляндские дела докладывались непосредственно ему. Спренгтпортена он назначил генерал-губернатором Финляндии, а статс-секретаря Михаила Сперанского — докладчиком по финляндским делам.