V sezoni 1997 je že dosegel pet zmag in se odlično boril z Jacquesom Villeneuveom v hitrejšem Williamsu, ki si je na začetku sezone nabral nekaj prednosti. Zopet je pokazal odlično vožnjo v dežju in še tretjič zmagal na Veliki nagradi Monaka, kjer je imel že po prvem krogu neverjetnih 7 sekund prednosti pred konkurenco. Vendar pa so bile vse te odlične vožnje pozabljene po zadnji dirki za Veliko nagrado Evrope v Jerezu. Spet je imel točko prednosti pred zadnjo dirko in spet je vodil v začetnem delu dirke. Kmalu po postankih pa ga je, tudi s pomočjo moštvenega kolege Heinza-Haralda Frentzna, Villeneuve ujel in poskušal prehiteti. Schumacher ga je poskušal zapreti, vendar je bilo za to že močno prepozno in je s prvo gumo zadel v stranico Villeneuveovega dirkalnika ter obtičal v pesku. Tako je postal prvak Villeneuve, na Schumacherja pa se je zlil plaz obtožb zaradi očitne nešportne poteze. Tudi FIA ga je kaznovala z odvzemom 2. mesta v prvenstvu, vendar pa je lahko obdržal točke in zmage.