След като новата власт забранява комунистическата партия, Готвалд емигрира в Съветския съюз през ноември 1938 г. Там той се противопоставя на партийната политика, подкрепяща пакта Рибентроп-Молотов от 1939 г. След германското нахлуване в СССР през юни 1941 г., съветското ръководство вижда фронта с фашисткия си враг като добра възможност да се наложи в Чехословакия, проявявайки интерес към подкрепяне на Готвалд след освобождаването на Чехословакия. През 1943 г. Готвалд постига съгласие с представители на Чехословашкото правителство в изгнание (по това време намиращо се в Лондон), както и с президента Едвард Бенеш, да обедини вътрешната и чуждестранната антифашистка съпротива под формата на т.нар. Национален фронт. Това помага на Готвалд да запази комунистическото влияние в следвоенна Чехословакия.