В октябре 1946 года возглавил командование Демократической Армии во время гражданской войны в стране (1946—1949 гг.). С 24 декабря 1947 по 7 февраля 1949 года был председателем и министром обороны Временного демократического правительства Греции. Несмотря на это, как и на предшествовавшее назначение Вафиадиса во главе коммунистических партизанских отрядов в июле 1946 года, его разногласия с генсеком компартии Никосом Захариадисом нарастали, особенно в вопросе военной доктрины, и после августа 1948 года Вафиадиса оттесняли от командования. В октябре 1950 года, уже в эмиграции, его исключили из Компартии.