Après le pacte germano-soviétique et l'invasion conjointe de la Pologne en , l'Union soviétique signa un traité avec la Lituanie le , remit au pays la ville majoritairement polonaise et juive de Wilno (rebaptisée Vilnius), en échange de concessions militaires, annexant par la suite la Lituanie qui fut contrainte de céder après un ultimatum en . Quand les Pays baltes sont occupés par l'Union Soviétique en , la population juive a augmenté de façon considérable en raison de l'afflux de réfugiés venus de Pologne occupée. Le , soit deux jours après le début de l'opération "Barbarossa", les Allemands arrivent à Vilnius. L'invasion allemande, qui survient après une année d'occupation soviétique, aboutit à des déportations de masse à travers les pays baltes la semaine suivant le début de l'opération. Les nazis sont accueillis comme des libérateurs et reçoivent le soutien de la milice irrégulière lituanienne contre les forces soviétiques en retraite. Beaucoup de Lituaniens pensaient que l'Allemagne permettrait le rétablissement de l'indépendance du pays. Afin d'apaiser les Allemands, certaines personnes exprimèrent des sentiments antisémites significatifs. L'Allemagne nazie, qui s'était emparée des territoires lituaniens dès la première semaine de l'offensive, utilisa cette situation à son avantage et permit, dès les premiers jours, l'établissement d'un gouvernement provisoire lituanien du Front militant lituanien, avec pour Premier ministre Juozas Ambrazevičius. Pendant une brève période, il sembla que les Allemands allaient accorder à la Lituanie une autonomie significative, comparable à celle accordée à la République slovaque. Cependant, après environ un mois, privé par l'occupant nazi de tout pouvoir réel et donc réduit à un rôle de marionnettes, ce gouvernement s'auto-dissout le .