Καθώς άρχιζε η Τουρκική εισβολή στην Ευρώπη, η Κροατία έγινε πάλι για μια ακόμη φορά μια μεθοριακή περιοχή μεταξύ δύο μεγάλων δυνάμεων στα Βαλκάνια. Οι Κροατικές στρατιωτικές δυνάμεις πολέμησαν σε πολλές μάχες υπό τη διοίκηση του Ιταλού Φραγκισκανού αδελφού ιερέα Ιωάννη Καπιστράνο, του Ούγγρου Αρχιστράτηγου Ιωάννη Ουνιάδη και του Ούγγρου Βασιλιά Ματθία Κορβίνου, όπως τη μακρά εκστρατεία του Ουνιάδη (1443–1444), τη Μάχη της Βάρνας (1444), τη δεύτερη μάχη του Κοσσυφοπεδίου (1448) και συνέβαλαν στις Χριστιανικές νίκες επί των Οθωμανών στην πολιορκία του Βελιγραδίου (1456) και την πολιορκία του Γιάιτσε (1463). Εκείνη την εποχή υπέστησαν μεγάλη ήττα στη Μάχη της Κρμπάβα (Λίκα, Κροατία) το 1493 και σταδιακά έχασαν σημαντικά εδάφη προς την Οθωμανική Αυτοκρατορία. Ο Πάπας Λέων Ι΄ ονόμασε την Κροατία "προπύργιο του Χριστιανισμού (Antemurale Christianitatis)" το 1519, δεδομένου ότι πολλοί Κροάτες στρατιώτες συνέβαλαν σημαντικά στον αγώνα κατά των Οθωμανών Τούρκων. Ανάμεσά τους ήταν ο μπαν Πέταρ Μπερίσλαβιτς, που πέτυχε μια νίκη στη Ντούμπιτσα, στον ποταμό Ούνα το 1513, ο καπετάνιος του Σένι και πρίγκιπας του Κλις Πέταρ Κρούζιτς, που υπερασπίστηκε το Φρούριο του Κλις επί 25 σχεδόν χρόνια, ο καπετάνιος Νίκολα Γιούρισιτς που αποκρούσθηκε από σαφώς υπέρτερη Τουρκική δύναμη καθ΄ οδόν προς τη Βιέννη το 1532, ή ο μπαν Νικόλα Σούμπιτς Ζρίνσκι, που βοήθησε να σωθεί η Πέστη από την άλωση το 1542 και πολέμησε στη Μάχη του Σίγκετβαρ το 1566. Κατά την Οθωμανική κατάκτηση δεκάδες χιλιάδες Κροατών μεταφέρθηκαν στην Τουρκία, όπου έγιναν σκλάβοι.