Pierre Alexandre Auber kam als Angehöriger der Verwaltung der französischen Armee, die in die Halbinsel einmarschierte, nach Spanien und wurde 1808 in der Schlacht bei Bailén gefangen genommen. Als Pedro Alejandro Auber studierte er 1811 bis 1812 in Madrid Botanik, Zoologie und Mineralogie. Er absolvierte ein Medizinstudium am Königlichen Krankenhaus von Madrid und arbeitete zwischen 1812 und 1823 im Bereich der Feldlazarette. 1818 wurde er Mitglied der königlichen Akademie der Medizin zu Madrid. Auber lebte zeitweilig in La Coruna und verheiratete sich mit Walda de Noya. 1825 wurde seine Tochter, die Schriftstellerin Virginia Felicia Auber de Noya, geboren. Aus politischen Gründen übersiedelte er auf die Kanarischen Inseln, wo er als Professor der Mathematik in La Orotava auf der Insel Teneriffa wirkte.