Am 3. Januar 1964 kehrte Mann ist Außenministerium zurück und übernahm von Edwin M. Martin erneut die Funktion als Assistant Secretary of State für interamerikanische Angelegenheiten, während Fulton Freeman neuer Botschafter in Mexiko wurde. Seine Ernennung, die erste die US-Präsident Lyndon B. Johnson nach dem Attentat auf John F. Kennedy vorgenommen hatte, wurde als Zeichen für eine stärkere diplomatische Ausrichtung auf Lateinamerika angesehen. Gleichzeitig fungierte er als Sonderberater des neuen Präsidenten Johnson.