В начале 1941 года началась переброска части соединений германской авиации на Средиземноморский театр военных действий. Первая авиагруппа, вооружённая Bf-109Е, появилась на Сицилии в феврале 1941 года. Позже было переброшено ещё несколько групп, в том числе и новейших Bf-109F, для поддержки операций в Северной Африке и воздушного наступления на Мальту. Ещё более 120 истребителей было выделено в состав авиационной группировки для агрессии против Югославии и Греции. В ходе скоротечной Балканской кампании люфтваффе сразу завоевали господство в воздухе — противостоящие им югославская, греческая и британская авиации были уничтожены в течение нескольких дней. Примечательно, что в составе югославских ВВС находилась эскадрилья, вооружённая экспортными модификациями Bf-109Е, принявшая участие в обороне Белграда. В очном противостоянии победу одержали более опытные немецкие истребители, имевшие к тому же численное превосходство. Несмотря на то, что югославская королевская авиация была уничтожена за считанные дни, 10 самолётов Messerschmitt Bf.109 всё же в руки югославских партизан во время войны.