Thomas Berthold oli Saksan jalkapallomaajoukkueen vakiopelaajia vuosina 1985–1994. Hänelle kertyi 62 maaottelua ja yksi maaottelumaali. Berthold osallistui Saksan paidassa kolmiin MM-kisoihin (1986, 1990 ja 1994) ja kaksiin EM-kisoihin (1988 ja 1992). Hän voitti maailmanmestaruuden vuonna 1990, MM-hopeaa vuonna 1986 ja EM-hopeaa vuonna 1992. Berthold päätti maajoukkueuransa Yhdysvaltain MM-kisoihin vuonna 1994.