ב-1830 תמך במרד הפולני יחד עם רבי יצחק מאיר אלתר. עקב כך נאלץ לברוח לברודי שהייתה תחת שלטון אוסטריה. בעקבות כישלון המרד השמידו חסידיו את כרוזי התמיכה ורבי מנחם מנדל שינה את שם משפחתו מהלפרין למורגנשטרן. בהמשך הצליח לחזור לקוצק.