В начале своего правления князь Ян Зембицкий на стороне Тевтонского ордена участвовал в войне с Польшей и Литвой (1409—1411). Участие князя Зембицкого в это войне было ограниченным, особенно после битвы под Тухолей 4 ноября 1410 года, во время которой Ян вместе с другими дворянами и рыцарями бежал с поля боя.