На президентских выборах 2004 года Народная аграрная партия Украины поддержала кандидатуру премьер-министра Украины Виктора Януковича. Янукович получил голоса 10 969 579 избирателей или 39,32% в первом туре, победил во втором туре с 15 093 691 или 49,46%. 3 декабря 2004 года Верховный суд Украины признал не соответствующими реальному волеизъявлению избирателей объявленные результаты второго тура голосования и постановил повторить его 26 декабря. В «третьем туре» выборов за Януковича проголосовали уже 44,20% избирателей (Виктора Ющенко поддержали 51,99% избирателей) и Виктор Янукович проиграл выборы.