Definitivně se pak rozhodl zanechat studia lékařství a na podzim 1918 nastoupil na Filosofickou fakultu ku studiu biologie, zoologie a dalších příbuzných oborů. Přechodně bydlel u strýce Kamila Hilberta. Záhy po vzniku Československa roku 1918 se Purkyně, i přes své protiválečné smýšlení, spolu s přítelem Karlem Konrádem, přihlásili do nově vzniklé Československé armády a v hodnosti vojínů odešli bojovat v Maďarsko-československé válce proti Maďarské republice rad na jižní slovenské hranici. Purkyně se účastnil bojů o Hlohovec, v armádě platil za spolehlivého a zkušeného vojáka. Posléze se začátkem roku 1919 rozhodl z fronty odejít, na což měl jako dobrovolník nárok, ale poté, co jej velitel pro jeho zkušenosti a uplatnění ze služby neuvolnil, rozhodl se přesto bojiště opustit, de facto dezertovat. Šlechtický titul, který nosil, s novou československou legislativou úředně zanikl.