בשנת 1983, בעקבות מסקנות ועדת כהן על אירועי סברה ושתילה, ראש אמ"ן אלוף יהושע שגיא התפטר מתפקידו ובן טוב התמנה לממלא מקום ראש אמ"ן, עד למינויו לתפקיד של אלוף אהוד ברק. הוא המשיך כסגן ראש אמ"ן תחת האלופים אהוד ברק ואמנון ליפקין שחק.