Ederson pelasi viisi ottelua Brasilian alle 23-vuotiaiden jalkapallomaajoukkueessa. Brasilian A-maajoukkueeseen hänet valittiin ensimmäisen kerran MM-karsintaotteluun Uruguayta vastaan maaliskuussa 2017. Ensimmäisen A-maaottelunsa hän pelasi MM-karsintapelissä Chileä vastaan saman vuoden lokakuussa. Hän kuului Brasilian joukkueeseen MM-kilpailuissa 2018, muttei päässyt pelaamaan. Hän ei päässyt kentälle myöskään Brasilian voittaessa Copa Américan 2019.