Il est sélectionné au par les Pacers de l'Indiana lors de la draft 1995. En 1999, après quatre années avec les Pacers, il signe en tant que  avec les Bulls de Chicago, dirigés alors par Tim Floyd, avec qui il reste quatre ans. Le 28 juillet 2003, Hoiberg rejoint les Timberwolves du Minnesota, dans un rôle de spécialiste du tir à trois points.