Boateng 2002-ben 5 millió font ellenében a Middlesbrough-hoz igazolt. A &lt;a href="2002%E2%80%932003-as%20angol%20labdar%C3%BAg%C3%B3-bajnoks%C3%A1g%20%28els%C5%91%20oszt%C3%A1ly%29"&gt;2002/03-as idény&lt;/a&gt; első meccsén, a Southampton ellen debütált. Hamar bekerült a kezdőbe és ő lett a Boro első számú védekező középpályása. 2004-ben megnyerte csapatával a Ligakupát. 2004. október 2-án a Blackburn Rovers ellen megszerezte első gólját a vörös mezeseknél, nem sokkal később azonban eltört az egyik lábujja, ami miatt nyolc hétig nem játszhatott. Ez a Middlesbrough formáján is meglátszott, a negyedikről a tizenegyedik helyre zuhant a gárda. Felépülése után UEFA-kupa-indulást érő helyhez segítette a klubot. A csapat végül bejutott a döntőbe, melyet elveszített a Sevilla ellen.