Vid Jakob II:s tronbestigning 1685 nådde han på grund av sina vänskapliga förbindelser med denne en betydelsefull ställning, som han utnyttjade till förmån för den religiösa toleransen. Efter den "Ärorika revolutionen" 1688 miste han sitt inflytande och anklagades för delaktighet i jakobitiska stämplingar, dock utan att fällas. Ekonomiska bekymmer, sjukdom och problem i Pennsylvania där Penn åter vistades 1688-1701, förmörkade även de senare delen av hans liv.