Louis-Eugène Cavaignac wurde als Sohn des Politikers Jean-Baptiste Cavaignac geboren und trat nach der Beendigung seiner militärischen Studien 1824 in das 2. Genieregiment ein, wo er 1828 zum Capitaine befördert wurde. In dieser Eigenschaft nahm er an der Morea-Expedition teil. Ab 1832 zeichnete er sich in Kämpfen gegen Abd el-Kader in Algerien aus und wurde 1844 zum Général de brigade befördert.