Nella stagione seguente Kipketer rimase lontano dalle competizioni a causa della malaria. Il 1998 fu comunque un anno importante per lui, perché diventò cittadino danese a tutti gli effetti. Tornò alle gare nel 1999, vincendo prima l'argento ai mondiali indoor, e poi il terzo titolo mondiale consecutivo alla rassegna iridata di Siviglia.