V prvních letech druhé světové války se ľudácký režim především díky hospodářské konjunktuře způsobené německou válečnou poptávkou těšil poměrně značné loajalitě většiny domácího obyvatelstva. Růst ekonomiky a možnost práce v Německu eliminovaly předválečnou nezaměstnanost a podpoře režimu nahrávalo i srovnání s nepříznivým osudem Poláků či Čechů. Do války na straně Třetí říše se slovenské oddíly poprvé zapojily během tažení proti Polsku, za což byly ke Slovensku opětovně připojeny dříve ztracené části Oravy a Spiše. V roce 1941 se slovenská armáda zúčastnila invaze do Sovětského svazu. Tehdy začal ve slovenské společnosti sílit odpor k pokračující válce a k nedemokratickému režimu, který zostřoval pronásledování svých odpůrců a v souladu s nacistickou ideologií přikročil k plošné perzekuci židovského a romského obyvatelstva. Během holocaustu, na kterém se Slovenská republika podílela vyvezením většiny slovenských židů do nacistických koncentračních táborů, bylo usmrceno přibližně 75 000 slovenských židů. Impulz pro aktivizaci místního odboje přinesly tvrdé německé porážky v roce 1943. Nespokojenost slovenské společnosti s fašistickým režimem a válkou vyvrcholila během Slovenského národního povstání – SNP, které na středním Slovensku vypuklo 29. srpna 1944. Jeho předčasné vypuknutí způsobené prozrazením, špatná organizace i vedení, nasazení elitních německých jednotek, a opoždění Karpatsko-dukelské operace přivodily porážku povstalců. Po obsazení Banské Bystrice, centra povstání, 27. října vydal velitel povstalců generál Rudolf Viest 28. října rozkaz k přechodu na partyzánský boj. Části partyzánů se podařilo ve slovenských horách přečkat zimu a někteří přešli na druhou stranu fronty.