Le , Heinz Reinefarth est affecté comme chef de la SS et de la police du Reichsgau Wartheland (Reichsgau Wartheland, voïvodie polonaise de Grande-Pologne annexée par l'Allemagne en 1939). A ce poste, il est alors responsable de la répression organisée contre les Polonais et autres nationalités privées de tous droits par l'Allemagne. Après le déclenchement de l'insurrection de Varsovie, Reinefarth reçoit l'ordre d'organiser une unité militaire à partir de la 16e compagnie de police et d'autres unités de sécurité plus petites ; et se dirige vers Varsovie. À son arrivée, ses forces sont incluses dans le groupe de corps d'armée (korpsgruppe) Von Dem Bach du général Erich von dem Bach qui a reçu l'ordre d'Himmler de réprimer la rébellion. Dès le , le groupe Reinefarth participe aux combats dans la région de Wola. En quelques jours, ses soldats et ceux d'Oskar Dirlewanger (36e Division SS) exécutent environ 40 000 habitants civils de Varsovie dans ce que l'on appelle aujourd'hui le Massacre de Wola. Celui-ci a été principalement perpétré par des éléments du groupe de combat (kampfgruppe) Reinefarth qui ont assailli la zone tenue par les insurgés de l'ouest.