1894年、アントニオはフィリピンに帰国し、マニラ市立研究所所長となった。マニラでは兄のフアンとフェンシング道場を開いた。在欧時代にはアントニオは、他のフィリピン人留学生のようにフィリピンは独立革命よりも穏健な改革の方が好ましいと考えていた。しかし、アンドレス・ボニファシオらの独立運動カティプナンが1896年8月に情報をリークされると、ルナ兄弟は逮捕されフォートサンチャゴに収監されると、革命運動に関わるようになった。一ヶ月後、ホセ・リサールと兄フアンは釈放されたが、アントニオは翌1897年、スペインに国外追放され、カルセル・モデロ・デ・マドリッドに収監された。兄フアンはスペイン王妃にアントニオの釈放を嘆願するなどし、その尽力でアントニオの軍事最高法廷でも裁判は却下され、釈放された。アントニオはフィリピン独立革命の第一段階がに終わったことの失敗を後悔し、アギナルドの帰りを待って合流し、第二革命を準備した。後にリエージュ要塞将校となったの下でアントニオはゲリラ戦や要塞戦術など軍事戦術を学んだ。