Во время Гражданской войны в последние дни Гетманата (декабрь 1918 года) записался добровольцем (по иным сведениям был мобилизован) в офицерские дружины для защиты Киева от войск Директории. В феврале 1919 года Булгаков был мобилизован как военный врач в армию Украинской Народной Республики. Затем, по своим воспоминаниям, работал врачом Красного Креста. После взятия Киева Добровольческой армией в августе 1919 года ушёл в Вооружённые силы Юга России и был назначен военным врачом в 3-й Терский казачий полк, в рядах которого принимал участие в боевых действиях на Северном Кавказе против восставших горских племён. Печатался в газетах («Грядущие перспективы»). Во время отступления Добровольческой армии в начале 1920 года был болен тифом и поэтому вынужденно не покинул страну. После выздоровления, во Владикавказе, появились его первые драматургические опыты, — двоюродному брату он писал 1 февраля 1921 года: «Я запоздал на 4 года с тем, что я должен был давно начать делать — писать».