Nedvěd a fost unul dintre cei zece jucători cu cel mai mare salariu din campionatul italian din 1999. A jucat în Supercupa Europei din 1999 împotriva lui Manchester United la începutul sezonului, câștigată de Lazio cu 1-0. Clubul a câștigat titlul în Serie A și Coppa Italia, Lazio reușind eventul în 2000, cu ajutorul lui Nedvěd. În 2000, el a câștigat Supercoppa Italiana cu Lazio pentru a doua oară. Alături de Siniša Mihajlović, Nedvěd a fost unul dintre cei doi jucători ai lui Lazio eliminați în sferturile Coppa Italia 2000, în meciul care a avut loc în decembrie, în urma căruia Lazio a fost eliminată de Udinese cu 5-3 la general.