Parallèlement à son mandat de secrétaire départemental de la FEN de Seine-Maritime, François Malcourant est élu, au titre de la majorité fédérale, membre suppléant à la Commission administrative nationale de la Fédération de l'Éducation nationale de 1966 à 1969, dans la période même où sa tendance devient minoritaire dans son Syndicat. En 1967, il est membre, au titre de la majorité fédérale, de la commission d’études des problèmes de la vie fédérale mise en place par le congrès de décembre 1966. En 1968, secrétaire départemental de la FEN lors des évènements de mai, il s'oppose aux communistes «qui avaient la majorité au SNES, dirigeaient la section locale du SNESup et contrôlaient l’UNEF. Pour éviter l’UNEF locale opposée à la ligne de Jacques Sauvageot, il se tenait en relation avec un comité étudiant».