רדיפה אתנית היא רדיפה המבוססת על מוצא אתני. זוהי רדיפה דומה לרדיפה על רקע גזעני (על בסיס גזע). רצח העם ברואנדה של הטוטסי על ידי הוטו נמצא בקטגוריה זו. הכיבוש היפני בסין גרם למותם של מיליוני אנשים, בעיקר איכרים שנרצחו לאחר פשיטת דוליטל בתחילת מלחמת העולם השנייה.