Tijdens de Meidagen van 1937 woedden er felle straatgevechten tussen de communisten en de politie aan de ene kant en de anarchisten aan de andere kant. Deze miniburgeroorlog was niet meer dan een afrekening van de politie met de anarchisten. Berneri werd samen met zijn vriend Barbieri, eveneens een gekend anarchist, door politiemensen en leden van de PSUC (pro-Moskoucommunisten) doodgeschoten. Volgens sommige bronnen verliet Berneri net het Telefoongebouw in Barcelona, dat al sinds de staatsgreep in handen was van de anarchisten.