南北戦争が始まると、第24ウィスコンシン義勇歩兵連隊に参加した。チカマウガの戦い、ストーンズリバーの戦い、第三次チャタヌーガの戦い、アトランタ方面作戦、第二次フランクリンの戦いに参加した功績により、わずか19歳で名誉大佐の地位を与えられ、少年大佐（The Boy Colonel）と呼ばれて有名になった。これらの功績により、1890年に名誉勲章を授与された。第三次チャタヌーガの戦いでのマッカーサーの活躍を歌った「オン・ウィスコンシン」という歌はウィスコンシン州の州歌になっており、ウィスコンシン大学マディソン校の校歌でもある。