Frederiksberg werd opgericht toen koning Christiaan III van Denemarken 20 Nederlandse gezinnen uit Amager naar het gebied liet overbrengen, dat bekend werd als Ny Hollænderbyen ("Nieuwe Nederlandse stad") of Ny Amager. De bewoners van deze gemeenschap bouwden in 1653 een kleine houten kerk aan de andere kant van de straat van de huidige Frederiksberg Kerk, ongeveer daar waar tegenwoordig het Storm P. Museum staat. Het werd in 1658 neergebrand door de Zweedse troepen tijdens de aanval op Kopenhagen in de Tweede Noordelijke Oorlog. Na de oorlog vestigde de Nederlandse gemeenschap zich opnieuw in het gebied, maar getroffen door de diepe armoede werd een nieuwe kerk niet eerder dan in 1681 gebouwd.