En esclatar l'aixecament de 1808 contra l'ocupació francesa d'Espanya, Fournás fou transferit a l'avantguarda de la línia del Fluvià, i l'any següent entrà a Girona per participar en la defensa del Setge de 1809, que patiria la ciutat del 2 de maig a l'11 de desembre. Aleshores, tenia el grau de tinent coronel. Sota les ordres d'Álvarez de Castro destacà a la defensa de la ciutat i obtingué el grau de brigadier. Rebé l'encàrrec de la defensa del castell de Montjuïc amb el general Guillermo Nash. Amb la capitulació de la plaça el 10 de desembre, fou enviat a França com a presoner de guerra. Després de diversos intents, aconseguí d'evadir-se a l'inici de 1814 i s'incorporà a l'avantguarda austríaca. Aviat, retornà a Espanya i el 1816 fou nomenat cap de la plana major de l'exèrcit expedicionari d'Amèrica, que havia de lluitar contra els independentistes de les colònies espanyoles al continent.