Namun, periode ini ditandai dengan kekerasan komunal intern. Kekerasan ini merebah ke seluruh wilayah Punjab, Delhi, Bengal dan bagian lainnya di India. Nehru melakukan wisata bersama dengan para pemimpin Pakistan untuk mendorong perdamaian dan ketenangan para pengungsi yang marah dan kecewa. Nehru akan bekerja dengan Maulana Azad dan pemimpin Muslim lainnya untuk menjaga dan mendorong umat Islam untuk tetap di India. Kekerasan pada waktu itu sangat memengaruhi Nehru yang menyerukan gencatan senjata dan intervensi PBB untuk menghentikan Perang India-Pakistan 1947. Khawatir dengan akan terjadinya pembalasan komunal, Nehru mulai ragu-ragu dalam mendukung aneksasi Negara Hyderabad.