לפני המלחמה היו בשווינציאן כ-9,000 תושבים, מתוכם שליש יהודים. הגטו הוקם זמן קצר לאחר שגרמניה הנאצית תקפה את ברית המועצות ב-22 ביוני 1941. בסוף ספטמבר 1941 הועברו 1,000 עד אלפיים מיהודי שווינציאן לצריפים של שטחי אימונים צבאיים לשעבר ליד שוונצ'יונייליאי. גם שם נאספו יהודים מיישובים סמוכים אחרים. יהודים אלה נטבחו ב-9–10 באוקטובר על ידי נאצים וליטאים מיחידת רצח ליטאיות בשם Ypatingasis būrys . בדו"ח יגר נמנו 3,726 מקרי מוות בעיר (1,169 גברים, 1,840 נשים, 717 ילדים).