Joaquín kwam uit de jeugd van Betis en debuteerde op negentienjarige leeftijd voor het eerste elftal. Dat was in het seizoen 2000/01, toen de club uitkwam in de Segunda División A. In 2001 promoveerde de club naar de Primera División en Joaquín was in dat seizoen een van de grootste revelaties van "La Liga". Zijn goede prestaties leverden hem een plaats op in de selectie van het Spaans nationaal elftal voor het WK 2002. Joaquín speelde ook het WK goed, maar zijn gemiste strafschop in de kwartfinales tegen gastland Zuid-Korea betekende de uitschakeling voor Spanje. In 2004 nam hij ook deel aan het EK in Portugal. In 2005 won hij met Betis de Copa del Rey en kwalificeerde de club zich voor het eerst in de geschiedenis voor de Champions League.