1653年、長兄テオドジオの薨去により王太子（ブラジル公）となり、1656年に父王の崩御を受けて13歳で王位に即いた。アフォンソは3歳のときに小児麻痺で左半身が麻痺しており、これが精神を不安定にしていた。そのため彼は統治に興味がなく、即位後も1662年まで6年間母親が摂政として政務を執っていた。その後ポルトガルは、1663年6月8日の、1665年6月17日のでスペイン軍を破り、1668年2月13日にスペインから独立の承認を得てポルトガル王政復古戦争を終結させた。海外では、1658年にスリランカにあった植民地をオランダ共和国に征服されて失い、1661年6月23日には姉カタリナ（英語名：キャサリン）がイングランド王チャールズ2世と結婚したため、持参金としてボンベイとタンジールを割譲された。オランダとの関係は1661年にイングランドによって調停され、ポルトガルはスリランカを放棄する代わりにブラジルを獲得することに同意し、を終結させた（ハーグ条約参照）。