בשנת 1979 הצטרף לצבא ההתנגדות העממי (NRA) ובמשך שנים לקח חלק כלוחם גרילה כנגד הממשלה של נשיא אוגנדה דאז, מילטון אובוטה, במלחמת האזרחים האוגנדית. ב-27 ביולי 1985 הודח אובוטה בהפיכה צבאית בראשותו של טיטו אוקלו ולאחר כשישה חודשים הצליח ה-NRA להשתלט על אוגנדה ומנהיגה יוורי מוסווני היה לנשיא אוגנדה. באותה שנה קגאמה כבן טוטסי סייע להקים ביחד עם חברו הקרוב Fred Rwigema את החזית הפטריוטית הרואנדית (RPF) אשר הייתה מורכבת בעיקר מרואנדים בני הטוטסי שהוגלו מארצם, ואשר נלחמו בשורות ה-NRA. גם ה-RPF התפתח ובוסס ברואנדה. ב-1986 היה קגאמה לראש המודיעין הצבאי של ה NRA, ונחשב לאחד מבעלי בריתו הקרובים ביותר של יוורי מוסווני. בנוסף הוא הצטרף לצבא הרשמי של אוגנדה. במהלך 1990 קיבל קגאמה הכשרה צבאית מצבא ארצות הברית ב-Fort Leavenworth, במסגרת חיזוק הקשרים של ה-RPF עם צבא ארצות הברית וצבא בריטניה אשר סיפקו אימונים ותמיכה לוגיסטית ל-RPF.