Đi đến Xưởng hải quân New York vào tháng 9, "Jack W. Wilke" trải qua ba tháng được đại tu để chuẩn bị cho vai trò mới như một tàu thử nghiệm chống tàu ngầm. Nó quay trở lại khu vực Florida vào ngày 7 tháng 1, 1946 và hoạt động tại vùng biển Key West. Trong suốt gần mười lăm năm tiếp theo, nó tiến hành thử nghiệm thiết bị âm thanh và chiến thuật chống tàu ngầm ngoài khơi Key West và tại Tây Ấn, đồng thời vẫn đảm nhiệm những vai trò thường xuyên của hạm đội. Khi lực lượng theo phe Fidel Castro giành được chính quyền tại Cuba vào ngày 1 tháng 1, 1959, con tàu đã đi đến Havana để bảo vệ cho tính mạng và tài sản của công dân Hoa Kỳ. Sau đó nó còn có chuyến viếng thăm thiện chí đến Panama vào tháng 10.