Após a invasão latina e a restauração do Império Bizantino, entre 1286 e 1304, a imperatriz Teodora, esposa de , erigiu ao sul da primeira a Igreja de Prodromo, que fora dedicada a São João Batista (). A imperatriz também restaurou o convento, que por esse tempo tinha sido possivelmente abandonado. De acordo com seu "tipicon", à época o convento recebeu um total de 50 mulheres e também um xeno () para leigas com 15 leitos. Durante o , foram adicionados ao edifício um exonártex e um pareclésio, uma capela lateral característica da arquitetura bizantina. Sua última menção antes da Queda de Constantinopla deu-se num relato de um viajante russo à cidade. Após 1453, foi possivelmente usado como cemitério.