Junya Ito maakte op 12 december 2017 zijn debuut in het Japans voetbalelftal tijdens een wedstrijd om het Oost-Aziatisch kampioenschap voetbal 2017 tegen Noord-Korea. Op 11 september 2018 scoorde hij zijn eerste interlandgoal in de wedstrijd om de Kirin Cup tegen Costa Rica. Ito zat ook in de selectie van Japan dat uitkwam op het Aziatisch kampioenschap voetbal 2019, hier schopte hij het met zijn land tot in de finale, deze werd echter met 1-3 verloren tegen Qatar. Ito mocht in deze finale in de 84ste minuut invallen.