Dopo la difficile stagione precedente, per l'annata 2012-2013 la società venne interamente rinnovata: i nuovi dirigenti Daniele Pradè ed Eduardo Macía affidarono a Vincenzo Montella la panchina viola, acquistando molti giocatori tra cui Borja Valero, Alberto Aquilani, Juan Cuadrado e David Pizarro. La squadra ebbe un buon inizio di campionato, stazionando fin dall'inizio nelle prime posizioni della classifica; nonostante un periodo di flessione a gennaio, grazie soprattutto a una buona capacità offensiva, il club lottò con il Milan fino all'ultima giornata per l'ammissione alla Champions League, sfumata per due punti con il quarto posto finale, qualificandosi per l'Europa League. In Coppa Italia i viola superarono Novara, e , venendo eliminati dalla Roma ai quarti di finale. Nella stagione 2013-2014 la Fiorentina ottenne nuovamente il quarto posto finale, grazie anche alle reti di Giuseppe Rossi; ritorna in finale di Coppa Italia dopo tredici anni, mentre il cammino in Europa League s'interrompe agli ottavi di finale per mano della Juventus.. Il 14 aprile 2014 la Fiorentina festeggio le 1000 vittorie nella massima serie. Anche il campionato 2014-2015 vide i Viola terminare al quarto posto mentre nell'Europa League, dopo aver eliminato fra le altre Tottenham, e , raggiunsero le semifinali, dove furono estromessi dai detentori del Siviglia.