Нес-Ціона зазнавала нападів арабських збройних сил під час арабського повстання 1936–1939 рр. та арабо-ізраїльської війни 1948 року. Віддалені села Кфар-Ахарон і Тірат-Шалом (зараз — частина Нес-Ціони) вели постійну перестрілку з арабськими селами та (зараз — західна частина міста Реховот). Щоб боротися з цією загрозою, більшість молоді Нес-Ціони вступила до лав Хагани. 15 травня 1948 року з села Сарафанд були евакуйовані його арабські мешканці, а 19 травня села Аль-Кубайба і Зарнука були захоплені . Більшу частину території покинутих арабами прилеглих сіл додали до Нес-Ціони, тим самим збільшивши її площу з 8 до 15 км2 одразу після війни.