Noen få år senere begynte greske, nasjonalistiske motstandsgrupper å ta form. Selv om deres energi i de første årene var rettet mot å støtte grekerne i frigjøringskrigen mot Det osmanske rike, vendte den seg snart mot britene også. Ved 1848 var motstandsbevegelsen fått styrke og det var stridigheter med den britiske hæren i Argostoli og Lixouri som førte til en del lempelser på gjeldende lovverk og til ytringsfrihet i pressen. Forening med Hellas ble nå erklært som en målsetning og ved 1850 førte en politisk rastløshet til ytterligere sammenstøt med britene. Kefallinia var sammen med de andre joniske øyene ført tilbake til hellas i 1864, offisielt som en vennlig gestus da den englandsvennlige prins Vilhelm av Danmark ble kong Georg I av Hellas.