I 1940, etter utbruddet av andre verdenskrig, ble Litauen okkupert og annektert av Sovjetunionen i overensstemmelse med Molotov–Ribbentrop-pakten. Etter Tysklands angrep på Sovjetunionen i 1941 trakk de sovjetiske styrkene seg tilbake og landet ble okkupert av tyskerne. Under den tyske okkupasjonen ble om lag 190 000 eller 91 % av de litauiske jødene drept, noe som utgjorde et av de verste dødstallene under Holocaust. Etter tilbaketrekningen av Tysklands okkupasjonsstyrker ble Litauen i 1944 igjen okkupert av Sovjetunionen og lagt inn i unionen som den litauiske sosialistiske sovjetrepublikk.