Королевство Джодхпур оставалось независимым до тех пор, пока не было аннексировано Империей Великих Моголов в 1581 году после смерти Чандрасена Ратхора (1562—1581). Оно оставалось под прямым контролем Великих Моголов, пока Удай Сингх не был восстановлен на троне в качестве вассала и не получил титул раджи в 1583 году. В конце XVII века он находился под строгим контролем императора Великих Моголов Аурангзеба, но правящему дому Ратхор было разрешено оставаться полуавтономным на своей территории. В это время Дургадас Ратхор (1638—1718) боролся за сохранение династии Ратхор и освободил Марвар от Империи Великих Моголов после 31 года войны. В конце XVIII и начале XIX веков королевство было захвачено маратхами из династии Шинде и Холкар. Марвар был финансово разорен из-за тяжелой дани, взимаемой Маратхами, и его некогда знаменитая армия теперь поредела из-за внутренних войн и восстаний местной знати, заставляя своих правителей просить британцев о помощи. Британцы не играли никакой роли в делах государства до 6 января 1818 года, когда раджа Ман Сингх (1803—1843) вступил в субсидиарный союз с Британской Ост-Индской компанией, после чего раджи Марвара (или Джодхпура) продолжали править княжеским государством. Во время Сипайского восстания 1857 года раджпутская знать под командованием Такура Кушала Сингха Ратхора возглавила восстание против раджи Тахта Сингха и англичан, однако восстание было подавлено британской армией под командованием полковника Холмса после осады форта Тхакурс в Ауве. Армии княжества Джодхпур сражались в Первую Мировую войну на стороне Великобритании. Индийцы активно воевали в Афганистане и на Ближнем Востоке и одержали ряд побед для Британской империи. Джодхпурские уланы при поддержке майсурских улан разбили большое войско турок и немцев в битве при Хайфе (1918). Среди других сражений, в которых они участвовали, были сражения в Суэце, Газе, долине реки Иордан, Абу-Теллуле и Мегиддо.