הנסיך אישטוואן באטורי היה הנסיך החזק הראשון של טרנסילבניה העצמאית, קתולי הונגרי שלימים התמנה למלך בשם סטפאן באטורי בפולין, התחייב לשמור על החירות הדתית שהוענקה על ידי צו טורדה, אך פירש חובה זו במובן המוגבל יותר ויותר. בתקופה האחרונה של שלטון באטורי הצטרפה טרנסילבניה תחת ז'יגמונד באטורי, נסיך האימפריה הרומית הקדושה – כצד במלחמה הארוכה, שהחלה כברית נוצרית נגד הטורקים והפכה לעימות בן ארבעה צדדים שכלל את טרנסילבניה, הבסבורגים, העות'מאנים, והוויווד של ולאכיה, מיכאי האמיץ. לאחר 1601 הנסיכות לתקופה קצרה הייתה תחת שלטונו של רודולף הראשון שיזם את הגרמניזציה של האוכלוסייה, וכדי להחזיר לעצמה את הנסיכות לקתוליות פעל למען הרפורמציה הנגדית. בשנים 1604–1606 הוביל האציל ההונגרי אישטוואן בוצ'קאי מרד מוצלח נגד השלטון האוסטרי. בוצ'קאי נבחר לנסיך טרנסילבניה ב-5 באפריל 1603 ולנסיך הונגריה כעבור חודשיים. הוא השיג את שלום וינה בשנת 1606. בשלום וינה השיג בוקסקאי חירות דתית ואוטונומיה פוליטית, החזרת כל האחוזות שהוחרמו, ביטול כל פסקי הדין ה"לא צודקים" וחנינה רטרואקטיבית מוחלטת לכל ההונגרים בהונגריה המלכותית, וכן הכרה בטרנסילבניה כעצמאית ובו כנסיך ריבוני של הנסיכות המורחבת של טרנסילבניה. על ידי חוזה וינה (1606) הובטחה זכותם של טרנסילבניה לבחור נסיכים עצמאיים משלה, אך גיירג' קגלביץ', שהיה המפקד הכללי, גנרל, סגן באן קרואטיה, סלאבוניה ודלמטיה, היה מאז 1602 ברון בטרנסילבניה. היה זה הסכם שלום קשה ומסובך מאוד אחרי מלחמה ארוכה.