Il 30 agosto 1999, in seguito alle forti pressioni internazionali, fu indetto un referendum per l'indipendenza, sotto il controllo di osservatori internazionali facenti parte della missione UNAMET, promosso dal Consiglio di sicurezza delle Nazioni Unite: vinse nettamente (78,5%) la fazione indipendentista, ma nel paese si scatenò un'ondata di violenza che s'interruppe solo con un intervento di "peacekeeping" dell'INTERFET, un corpo di spedizione militare inviato dalle Nazioni Unite; Timor Est divenne a tutti gli effetti uno stato indipendente solo il 20 maggio 2002. Nello stesso anno fu eletto Capo dello Stato Xanana Gusmão, leader del movimento di guerriglia indipendentista FALINTIL, braccio armato del partito che raccoglieva la maggioranza degl'indipendentisti, il FRETILIN. Sciolto il FRETILIN, fu costituito un esercito nazionale regolare, il FDTL ("Forças de Defesa de Timor-Leste" = Forza di Difesa di Timor Est), dal quale rimasero in gran parte esclusi i guerriglieri indipendentisti, mentre vi furono cooptati anche poliziotti che erano già stati al servizio dell'Indonesia.