Ha partecipato alle finali del Campionato mondiale di calcio Under-20 2007, svoltosi in Canada arrivando primi nel gruppo F, avanti alla Nigeria, alla Costa Rica e alla Scozia: nella fase a gironi di quel torneo, Makino ha giocato solo le prime due partite. Agli ottavi di finale contro la Repubblica Ceca, Makino ha segnato il momentaneo 1-0 al 23’; la partita è terminata in parità (2-2) sia nei minuti regolamentari che nei supplementari e, nei calci di rigore sono stati gli europei ad essere i vincitori (3-4 d.c.r.) grazie agli errori di Yasuda e Morishima: nella serie dai tiri dal dischetto, Makino ha realizzato il secondo gol valido per i nipponici.