Para equilibrar os números de chineses e malaios étnicos, surgiu a proposta de unir a Federação da Malaia à colônia de Singapura e aos protetorados britânicos do norte da ilha de Bornéu: Brunei, Sabá e Sarawak, que eram muçulmanos e malaios. Apesar da oposição do governo da Indonésia, que tinha interesse em incorporar a porção setentrional de Bornéu, proclamou-se, em 16 de setembro de 1963, a criação do novo país, com o nome de Malásia, mas sem o Sultanato de Brunei. Descontente com a incorporação de Sabá e Sarawak, a Indonésia rompeu relações diplomáticas com o governo malaio e promoveu ações militares e de sabotagem, foi o chamado Confronto Indonésia-Malásia.