Von Stechow war ab 1936 als Vizekonsul in Sydney und kehrte 1938 ins Auswärtige Amt nach Berlin zurück. Er wurde noch zum Legationsrat in der politischen Abteilung des Außenministeriums befördert. Am 1. August 1937 trat er der NSDAP bei. In der Zeit des Nationalsozialismus schuf Stechow mit dem Gesandten Fritz von Twardowski (1890–1970, bis 1943 Leiter der kulturpolitischen Abteilung des AA), Dr. Max Schaefer-Rümelin (1889–1966) sowie Werner Zschintzsch (1888–1953), Rudolf Mentzel (1900–1987) und Herbert Scurla (1905–1981) aus dem Reichsministerium für Wissenschaft, Erziehung und Volksbildung die Institution der "Deutschen Wissenschaftlichen Institute im Ausland". Die Unruhen in der Tschechoslowakei 1938 wurden von der volksdeutschen Mittelstelle koordiniert. Eine Woche vor dem Münchner Abkommen, wurde von Stechow am 22. September 1938 im Auswärtigen Amt von der Volksdeutschen Mittelstelle mitgeteilt, dass eine Anordnung von Adolf Hitler vorliege, wonach ein Freikorps Gebiete in der „Tschechei“ besetzten werde, in welchen sich keine Truppen der Československá armáda befinden. Von Stechow verhandelte mit der Gestapo über Geiselerschießungen tschechoslowakischer Bürger.