Năm 1918 Berzarin gia nhập Hồng quân và chiến đấu chống lại quân Đồng minh can thiệp vào cuộc Nội chiến Nga ở Arkhangelsk. Từ năm 1921 đến năm 1923, ông được huấn luyện quân sự tại các Khóa học Chỉ huy Leningrad, khóa học súng máy "Vystrel" và một khóa học chỉ huy tại Quân khu Siberia. Năm 1922, ông trở thành thành viên của Komsomol. Năm 1923, ông được bổ nhiệm đến Siberia.