Le , il devient à Hoogerheide, aux Pays-Bas, champion du monde de cyclo-cross pour sa première participation avec les élites. Il devance tous les favoris, y compris le champion sortant Lars Boom. Par la suite, il participe à des courses sur route. Il remporte quelques victoires : le prologue des Boucles de la Mayenne, les et du Tour Alsace et la de la Mi-août bretonne. Le , lors de l'élection du sportif belge de l'année, il annonce son souhait de continuer le cyclo-cross jusqu'aux mondiaux 2012, avant d'envisager par la suite une carrière sur route. La saison 2009-2010 est moins bonne pour le Belge, même s'il remporte quatre manches de la Coupe du monde, il doit céder son titre mondial au Tchèque Zdeněk Štybar sans être en mesure de peser sur la course. En 2010-2011, il s'adjuge pour la première fois la Coupe du monde et devient le champion de Belgique. Son rival Sven Nys a abandonné la course. Niels Albert termine par la suite seulement du mondial, la faute à un mauvais départ et une crevaison.