Monaster Narodzenia Matki Bożej został ufundowany na pamiątkę bitwy na Kulikowym Polu. Według niektórych źródeł początkowo miał swoją siedzibę w obrębie moskiewskiego Kremla, a dopiero później, w 1484, został przeniesiony na obecne miejsce. Główny sobór monasterski został wzniesiony w latach 1501–1505. W 1547 sobór został zniszczony przez pożar, jednak szybko doszło do jego odbudowy. Z polecenia cara Iwana IV Groźnego dobudowano drugi ołtarz św. Mikołaja, a następnie także refektarz. Kolejne dwa ołtarze, Zstąpienia Świętego Ducha i św. Dymitra z Rostowa, dobudowano do soboru w latach 1814 i 1820. Osobną świątynię pod wezwaniem św. Jana Teologa ufundowała na terenie monasteru księżnia Fotinia Łobanowa-Rostowska w latach 1676–1687; kaplica grobowa rodziny Łobanowów-Rostowskich istniała w klasztorze od lat 70. XVII w.. W 1671 cały kompleks zabudowań został otoczony murem z czterema basztami; w 1882 mur ten został rozebrany i zastąpiony nowym, w którym wykorzystano elementy starszego.