Ступањем њеног супруга на француски престо, Маргарета је постала краљица Француске, чега ће бити лишена 1599. године. Њен брак, који је требало да прослави помирење католика и хугенота, је био угрожен Вартоломејском ноћи и наставком верских сукоба који су уследили. У сукобу између Анрија III и незадовољника, она је стала на страну Франсое, војводе од Анжуа, њеног млађег брата, а то је изазвало дубоку одбојност краља против ње.