Auf die knappe Annahme der Masseneinwanderungsinitiative am 9. Februar 2014 folgte eine längere innen- und aussenpolitische Krise. Die Initiative verlangte die Zuwanderung in die Schweiz durch Kontingente zu regeln, womit das Weiterbestehen der bilateralen Abkommen mit der EU infrage gestellt wurde. Die Schweiz weigerte sich darauf mit Verweis auf die Abstimmung, die Personenfreizügigkeit auf das neue EU-Mitglied Kroatien auszuweiten, worauf die EU die Verhandlungen mit der Schweiz über die Teilnahme am Forschungsprogramm Horizon 2020 und den Studentenaustausch Erasmus+ sistierte. Die Schweiz wurde damit in diesen Programmen als Drittstaat behandelt. Erst Ende 2016 einigten sich die Parteien gegen den heftigen Widerstand der SVP auf eine Umsetzung der Initiative, die mit dem Freizügigkeitsabkommen kompatibel war. Diese Umsetzung im Sinne einer Stellenmeldepflicht wurde von der EU akzeptiert und die Schweiz dehnte per 1. Januar 2017 die Personenfreizügigkeit auf Kroatien aus. Mit der im August 2018 eingereichten «Begrenzungsinitiative» griff die SVP die bilateralen Abkommen mit der EU erstmals direkt an. Im September 2020 lehnte das Volk die Initiative klar mit 61,7 % Nein-Stimmen ab.