Estonia została oficjalnie włączona do ZSRR 6 sierpnia 1940 roku. Po tygodniu „Kalev” i „Lembit” zostały włączone do Bałtyckiej Floty Czerwonej. Część estońskiej załogi zwolniono 21 września, zaś do końca 1940 roku pozostawiono jedynie dowódców działów i bosmanów, w celu szkolenia nowej załogi. Obsługa nowoczesnych okrętów Estońskich wymagała dużej wiedzy od załogantów. W wyniku obsługi przez niedoświadczonych radzieckich marynarzy okręty często musiały trafiać do remontu. Po wybuchu Wielkiej Wojny Ojczyźnianej okręty rozpoczęły stawianie min. „Kalev” przeprowadził jeden niezbyt udany patrol, zaś podczas wykonywania drugiego zatonął. „Lembit” wykonał podczas wojny łącznie 7 patroli.