Участник Великой Отечественной войны с октября 1941 года. Участвовал в битве под Москвой, в составе 601-го мотострелкового полка, 82-й мотострелковой дивизии, Западного, а позднее 1-го Белорусского фронтов, с боями дошёл до Берлина. На завершающем этапе войны гвардии майор Шестаков командовал мотострелковым батальоном 20-й гвардейской механизированной бригады (8-й гвардейский механизированный корпус, 1-я гвардейская танковая армия, 1-й Белорусский фронт). Особо отличился при штурме столицы гитлеровского рейха в апреле 1945 года.