Ein weiterer Ort Pyli entwickelte sich im Mittelalter um die byzantinische Burg Peripatos, die zwischen dem 9. und 11. Jahrhundert erbaut wurde. Die Burg verfiele im Laufe der weiteren Entwicklung und wurde, als der Johanniterorden Kos besetzte, wieder aufgebaut. Nach der Revolution 1821 wurde das "alte Dorf Pyli" ("Palio Pyli"), das wie die ganze Insel Kos inzwischen dem Osmanischen Reich angehörte, von dem osmanischen Behörden entvölkert und wurde 1830, nach dem Ausbruch von Cholera endgültig aufgegeben. Die griechischen Einwohner gründeten das neue "Pyli" (), auch vereinfacht "Unten" ("Kato" / ) genannt. Seit dem 7. Mai 1912 war Pyli, wie der Rest der Insel Kos, von Italien besetzt und wurde am 7. März 1948 Griechenland angegliedert.