Новый &lt;a href="%D0%A4%D0%9A%20%C2%AB%D0%91%D0%B0%D0%B2%D0%B0%D1%80%D0%B8%D1%8F%C2%BB%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202015/2016"&gt;сезон 2015/16&lt;/a&gt; начался для Мануэля с матча за Суперкубок Германии против «Вольфсбурга». Основное и дополнительное время не выявило победителя, из-за чего игра перешла к серии пенальти. Нойер не смог отразить ни одного из пяти ударов противника, а у «Баварии» свой удар не реализовал Хаби Алонсо, из-за чего трофей достался «Вольфсбургу». В апреле, по ходу того сезона, Нойер продлил свой контракт с «Баварией» до 2021 года. Впоследствии в составе своей команды он в очередной раз выиграл Бундеслигу и Кубок Германии, в Лиге чемпионов «Бавария» выбыла на стадии полуфинала, уступив путёвку в финал испанскому «Атлетико Мадрид».