През 1977 г. е арестуван след протестите в Наджаф, но е освободен по-късно, поради огромната му популярност. При освобождаването му обаче, е поставен под домашен арест. През 1980 г., след като пише в подкрепа на Ислямската революция в Иран, Садр отново е в затвора, измъчван и екзекутиран от режима на Саддам Хюсеин. Преди това е принуден да гледа мъченията и екзекуцията на сестра си, Амина ал-Садр. Твърди се, че Садр е убит с железен пирон изкован в главата му и след това запален. Погребан е във Вади-ус-Салаам, Наджаф.