5月27日、バッショーは2回目の哨戒でダバオおよびハルマヘラ島近海に向かった。6月1日にミルン湾、6月3日にゼーアドラー湾に寄港して整備の後、哨区に到着。この頃、アメリカ軍はマリアナ諸島攻略作戦を行いつつあり、リンガ泊地に在泊中の日本艦隊が出撃してくることが予想された。そこで、司令部では多数の潜水艦をもって予想進路上に潜水艦を配置して動向を監視していた。バッショーはブリーム ("USS Bream, SS-243") およびフラウンダー ("USS Flounder, SS-251") とともにハルマヘラ島近海に配備されたが、担当海域を日本艦隊が通過することはなかった。6月25日未明、バッショーはの地点でハルマヘラ島の泊地に入りつつあった輸送船団を発見し、魚雷を6本発射して3つの爆発を確認するも「7,500トン級輸送船の撃破」という評価にとどめた。実際には、2本が陸軍輸送船山宮丸（山下汽船、6,440トン）に命中し、山宮丸は航行不能ののち沈没した。7月16日、バッショーは50日間の行動を終えてゼーアドラー湾に帰投した。