Sungai ini tampil menonjol dalam sejarah negara-negara yang dilaluinya, terutama Rwanda. Pada tahun 1894, pria berkebangsaan Jerman Gustav Adolf von Götzen melintasi Kagera di Air Terjun Rusumo, memulai era kolonial Rwanda; dan pada 1916, selama Perang Dunia I, Belgia mengalahkan Jerman, memasuki Rwanda dengan rute yang sama. Sungai ini mendapat ketenaran internasional pada tahun 1994 karena mengangkut mayat-mayat dari Genosida Rwanda ke Danau Victoria, menyebabkan keadaan darurat diumumkan di daerah-daerah Uganda, tempat mayat-mayat ini akhirnya hanyut.