Нуну начал свою карьеру в «Витории», играл за неё до 1996 года. Затем перешёл в испанский «Депортиво», за этот клуб провёл шесть сезонов, половину из которых отыграл на правах аренды в других испанских клубах: «Мерида» и «Осасуна». После «Депортиво» Нуну перебрался в «Порту», где иногда заменял Витора Баию. В 2004 году вышел на замену в дополнительное время в Межконтинентальном кубке и помог «Порту» одолеть «Онсе Кальдас» в серии пенальти. В 2005 году был продан московскому «Динамо». После неудачного сезона в «Динамо» Нуну перешёл в португальский «Авеш». После того как «Авеш» покинул высший дивизион, он вернулся в «Порту».