Der in den Jahren 1639 bis 1656 (oder 1658) erbaute Gebäudekomplex, zu dem im Wesentlichen das Rote Fort und die Freitagsmoschee gehören, ist eine Gründung des Großmoguls Shah Jahan, dem auch das etwa gleichzeitig in Agra erbaute Taj Mahal zuzurechnen ist. Wenige Jahre nach Fertigstellung der Bauten in Delhi wurde Shah Jahan von seinem Sohn und Nachfolger Aurangzeb (reg. 1658–1707) im Roten Fort von Agra gefangengesetzt; dort starb er im Jahr 1666. Aurangzeb ergänzte noch einige Details der Anlagen von Delhi, hielt sich aber sonst als Bauherr zurück. Im Jahr 1737 eroberten die Armeen des persischen Herrschers Nadir Schah Delhi und plünderten die Mogulresidenz; dabei wurde unter anderem der legendäre Pfauenthron geraubt. Nach der dritten Schlacht von Panipat (1761) wurde Delhi mit dem Roten Fort von einer afghanischen Armee unter Ahmed Schah Durrani erneut geplündert. Die Briten zerstörten nach dem Sepoy-Aufstand (1857) Teile der Anlage und erbauten dort mehrgeschossige Kasernen.