El 2 de agosto de 1809 los franceses volvieron a abandonar el Sitio, tras la derrota en Talavera, y regresaron el día 15, tras la victoria del Puente del Arzobispo. El Marqués de Varese aprisionó al alcalde, acusado de fiel a la causa española, y ocupó su cargo. Con el paso del tiempo, la situación fue empeorando debido a la presión que ejercían las guerrillas y, de hecho, la guarnición francesa levantó un muro en torno a la Casa de Oficios para protegerse de sus asaltos. Finalmente, el 7 de noviembre de 1812 abandonaron definitivamente el Sitio. Pasada la contienda, el nuevo monarca reinstauró el orden preconstitucional y la celebración de las jornadas de primavera en 1815, y en los años siguientes la población se recuperó progresivamente y vio cómo se reparaban los daños producidos durante la guerra. El 8 de diciembre de 1829, el Sitio fue escenario de la boda entre Fernando VII y María Cristina de Borbón.