Jones participe aux séries éliminatoires à sa dernière année chez les Mets. Lanceur partant du quatrième match des Séries de divisions le 8 octobre 2000, il réussit un match complet et un blanchissage dans la victoire de 4-0 qui permet à New York d'accéder à la ronde suivante. Jones lance un match d'un seul coup sûr face aux Giants : le seul qu'il accorde est un double à Jeff Kent en cinquième manche. C'est le premier match d'un seul coup sûr réussi en éliminatoires depuis celui de Jim Lonborg des Red Sox de Boston dans le deuxième match de la Série mondiale 1967 contre Saint-Louis et Jones est à ce moment l'un des quatre lanceurs de l'histoire à avoir accordé zéro ou un seul coup sûr dans un blanchissage en éliminatoires avec Claude Passeau (1945), Don Larsen et Lonborg (Roger Clemens aura un match d'un coup sûr six jours plus tard). C'est la meilleure performance en éliminatoires d'un lanceur des Mets depuis un match de deux coups sûrs par Jim Matlack dans la Série de championnat 1973 de la Ligue nationale et ce sera la meilleure performance de l'histoire en Séries de divisions jusqu'au match sans coup sûr de Roy Halladay pour Philadelphie en 2010. Jones amorce plus tard la quatrième partie de la Série mondiale 2000 pour son équipe mais est le lanceur perdant face aux Yankees de New York, qui ultimement remporteront cette finale.