Веднага след като прекратява активната си кариера, става помощник-треньор на Трабзонспор – отбора, където завършва кариерата си, а година по-късно сам го поема. През лятото на 1989 г. застава начело на Болюспор, чийто тим води в продължение на три години. В рамките на сезон 1992/93 е треньор на Истанбулспор. След това се завръща в Трабзонспор. Между 1994 и 1996 г. извежда отбора до второто място в крайното класиране. От 1997 до 1998 менажира Анталияспор. През 2000 г., след две години извън футбола, Гюнеш е назначен за национален селекционер. Успява успешно да класира отбора на Световното първенство през 2002 г., където печели бронзов медал, което е най-големия успех в историята на турския футбол. След като националния отбор пропуска Евро 2004, Гюнеш е уволнен. На следващата година се завръща начело на Трабзонспор, но е уволнен поради слаби резултати. Две години по-късно поема корейския ФК Сеул, но не успява да го направи шампион. Между сезон 2008/09 и 2009/10 се завръща в Турция и за пореден път поема Трабзонспор, с който отбор печели сребърен медал от първенството през 2011 г. След това за един сезон, между 2014 и 2015 г. е треньор на Бурсаспор, като в първенството отборът завършва на 6-о място, а в турнира за Купата на Турция играе финал. След този успешен сезон поема Бешикташ, като още в първия си сезон начело, извежда отбора до първата му титла от 2009 г.