При аббате Эдварде Ноуле (, 1306—1332), несмотря на финансовые трудности, началась масштабная перестройка церкви. Между 1298—1332 годами восточная половина выстроена в стиле украшенной готики. Тогда же перестроены клуатры, обеденная зала, королевская зала и королевская комната. Очевидно, Чёрная смерть не обошла монастырь стороной, и в 1353 году новый аббат Уильям Кок () получил от Урбана V буллу, разрешавшую назначить священнослужителей моложе положенного возраста взамен умерших. Вскоре после избрания аббатом преемника Кока Генри Шеллингфорда (), в 1365 году Эдуард III вмешался в управление монастырём и назначил для разрешения его финансовых трудностей 4-го барона Беркли. В конце XIV—начале XV веков аббаты Cernay и Daubeney поправили финансовое положение обители, подмяв под себя несколько местных приходов. Из-за этих затруднений почти столетие никакого строительства в монастыре не велось. К середине XV века были выстроены трансепт и центральная башня. Аббат Джон Ньюленд (,1481-1515), по прозвищу «Сердце с гвоздями» () из-за пристрастия к символу сердца, пронзённого тремя гвоздями, начал переделку нефа, но к ликвидации монастырей в 1539 году она не была завершена. Ньюланд также перестроил клуатры, верхнюю часть надвратных покоев, дормиторий, трапезную и квартиры приора (частично сохранившиеся до 1884 года, после чего встроенные в новое здание минстера).