Zu Beginn des Ersten Weltkrieges wurde Muckermann zunächst als Sanitäter an der Westfront eingesetzt, seit Ende 1914 als Feldgeistlicher an der Ostfront. Nach dem Kriegsende wurde er damit betraut, in Wilna eine Niederlassung seines Ordens aufzubauen. Nachdem die Rote Armee im Vorfeld des Polnisch-Sowjetischen Krieges Ende 1918 in Wilna eingefallen war, geriet Muckermann in russische Gefangenschaft, die er in Gefängnissen in Minsk und Smolensk verbrachte. In der Gefangenschaft lernte der sprachbegabte Muckermann vorzüglich Russisch. Im Dezember 1919 wurde er im Zuge eines Häftlingsaustausches (gegen Karl Radek) freigelassen. Seine Gefangenschaft war seine erste, prägende Erfahrung eines totalitären Regimes.