El 8 de junio de 1880 sería nombrado 1er. Jefe del Regimiento 3° de Línea. Debido a la remoción del Coronel don Ricardo Castro de este cuerpo dada su mala actuación en la Batalla de Arica, donde don José Antonio Gutiérrez fue en realidad el verdadero Jefe del regimiento."Don José Antonio Gutiérrez, teniente coronel de Ejército, tenía el comando del 2º Batallón del 3º de línea; y fue, en esa jornada, el real y verdadero jefe de su regimiento, porque en verdad, como luego lo veremos, don Ricardo Castro, brilló por su ausencia"(Asalto y toma de Arica 7 de junio de 1880. Nicanor Molinare)Durante la Campaña de Lima se encontró en los siguientes hechos de armas: Sorpresa de El Manzano el 27 de diciembre de 1880 a las órdenes de don Orozimbo Barboza; Reconocimiento y Hecho de Armas del Valle de Até el 9 de enero de 1881 a las órdenes del mismo Jefe. En las Batallas de Chorrillos y Miraflores los días 13 y 15 de enero de 1881 respectivamente, a las órdenes del General en Jefe don Manuel Baquedano.