Свій перший гол у Руні забив у першому турі Прем'єр-ліги, в матчі проти «Евертона» на «Гудісон Парк». 14 вересня 2005 року в першому матчі групового етапу Ліги чемпіонів проти іспанського «Вільярреала» (завершився з рахунком 0:0) суддя вилучив Руні за саркастичні оплески на його адресу після жовтої картки. «Манчестер Юнайтед» вдало виступив у Кубку Футбольної ліги, і 26 лютого 2006 року вийшов у фінал, де зустрівся з «Віганом». У цій грі Руні зробив «дубль» і був визнаний найкращим гравцем матчу. «Юнайтед» виграв з рахунком 4:0, а Руні здобув першу у своїй кар'єрі професійну медаль. Перемога в Кубку Футбольної ліги стала єдиним трофеєм «Юнайтед» у сезоні. У Прем'єр-лізі чемпіонський титул знову завоював лондонський «Челсі», а «Манчестер Юнайтед» посів 2-ге місце. У Кубку Англії «Юнайтед» вилетів від «Ліверпуля» в п'ятому раунді, а в Лізі чемпіонів вперше за 11 років не зміг вийти з групи. У цьому сезоні Руні забив за «Манчестер Юнайтед» 16 голів у чемпіонаті і 19 — у всіх турнірах.