A munkácsi vár fontos szerepet játszott II. Rákóczi Ferenc szabadságharcában is. A fejedelem 1703. június 16-án a Vereckei-hágón át érkezett Lengyelországból Magyarországra. Csapatai 1703. június 24-én foglalták el Munkácsot, a várat birtokba venni azonban akkor még nem tudták, noha a Munkács környéki ruszinok végig kitartóan segítették. A vár ostroma 1703 novemberében kezdődött és 1704. február 16-án a kuruc sereg győzelmével ért véget. Rákóczi azonnal beköltözött és innen irányította szabadságharcát, melynek ez igen fontos támaszpontja volt, stratégiai fekvéséből adódóan. Ezért utasítást adott Demoiseaux brigadéros hadmérnöknek, hogy készítsen tervet a vár korszerű kibővítésére és átépítésére. 1705-ben hozzálátott a vár megerősítéséhez, a munkálatok, melynek nagy részét Bereg megyei magyar és ruszin jobbágyok végezték, egészen 1710-ig tartottak. Az építkezéseket először De La Mothe hadmérnöki ezredes felügyelte, majd 1708-tól De la Faux hadmérnök vette át. A vár mellett, a Latorca bal partján lévő malmot a fejedelem 1706-ban pénzverdévé alakíttatta át, amely egészen 1713-ig működött.