Durant el conflicte que enfrontà Pere II i Pere I de Castella, la Guerra dels dos Peres, nombrosos vassalls es passaren al bàndol castellà; aleshores, el rei concedí a l'abat fra Bernat Boix el privilegi del "crim de collera". Aquest castigava severament a qui capturara musulmans o cristians i els venguera com a esclaus. A efectes d'aquesta inestabilitat, es remodelà l'església primitiva després de patir els saquejos de tropes castellanes i es construeix el portal Nou. El 1366, l'abat Arnau d'Aranyó concedeix carta de poblament als veïns de la vall que havien lluitat en el bàndol castellà i els perdona a canvi d'una sèrie d'obligacions.