Nijerya formasıyla; 4'ü 1998 FIFA Dünya Kupası olmak üzere 37 maça çıkan Babangida, toplamda 5 gol kaydetti. 1996 Yaz Olimpiyatları'nda altın madalyanın sahibi oldu. 2002'de millî takımı bırakmasının ardından, 2004 Afrika Uluslar Kupası hazırlıkları için Portekiz'e çağrılsa da forma şansı bulamadı. 2004'te futbolu bırakma kararı aldı.