Участник Великой Отечественной войны с первого дня. К началу войны полки дивизии были рассредоточены по полевым аэродромам и не понесли потерь от ударов немецкой авиации, организованно вступив в бой. Сам генерал Захаров вылетел на истребителе И-16 для прикрытия Минска и в небе над городом сбил 2 немецких бомбардировщика. В дальнейшем воевал в составе ВВС Западного фронта, участвовал в Белостокско-Минском и Смоленском оборонительных сражениях, в оборонительном этапе битвы за Москву.