Alt måtte så at sige skabes: Centralstyrelse, feltinstitutioner, ja selve felthæren. Med sikker hånd samlede Tscherning de spredte organer, der hidtil havde administreret hæren, til en enhed; han dannede et Krigsministerium, der hurtig funktionerede tilfredsstillende, han ordnede forplejnings-, sundheds- og trænvæsen så godt det lod sig gøre, han mobiliserede den endnu trofaste del af hæren, inddelte den i større troppeenheder, valgte med gennemgående heldigt blik førere for disse og gav hæren en overkommando. Hans fremgangsmåde herved er dog blevet stærkt kritiseret. Med rette har man dadlet, at han lagde større vægt på valget af stabschefen end af overgeneralen, men dette hang sammen med hans opfattelse af en konstitutionel krigsministers stilling: Tscherning ville selv være overfeltherre; derfor forbigik han den højt ansete, men selvbevidste general Christian Høegh-Guldberg og valgte oberst Hans Hedemann i den tro, at denne var villigere til at følge stabschefen, kaptajn Frederik Læssøe, der nød krigsministerens tillid. Som organisator fulgte Tscherning i hovedtrækkene sine tidligere fremsatte grundsætninger; dog opgav han folkevæbningen, hvorom kun nogle få og svage frikorps mindede. Mobiliseringen foregik rolig og uden overilelse, man nøjedes foreløbig med at stille de bestående afdelinger på krigsfod, og det hærkorps, der 9. april slog insurgenterne ved Bov, og som 14 dage senere kæmpede tappert ved Slesvig by, bestod udelukkende af linjetropper. I løbet af felttoget blev der imidlertid organiseret en del nye afdelinger, og da Tscherning 15. november 1848 trådte tilbage som krigsminister, havde han ikke blot formeret en brugelig felthær på 30.000 mand, men han havde tilvejebragt muligheden for en endnu videre udvikling, lige som han ved at indføre almindelig værnepligt havde sørget for, at hele nationens kraft kom forsvaret til gode.