Nazwa alei poświęcona jest obecnie papieżowi Janowi Pawłowi II. Pierwotna nazwa nadana po włączeniu Nowej Huty do Krakowa to ul. Wojewódzka, natomiast początkowy odcinek nosił nazwę ul. Wieczysta. W czasach PRL odcinek od skrzyżowania z ul. J. Meissnera do Placu Centralnego nosił nazwę Al. Planu 6-Letniego, natomiast odcinek od Placu Centralnego do skrzyżowania z ul. Bulwarową do 1975 r. był częścią ul. Igołomskiej, a później był ul. Rewolucji Kubańskiej.