2003年，他支持美國進軍伊拉克。2002年，布林肯被任命為美國參議院外交委員會的參謀長，任期至2008年為止。布林肯在當時協助時任外交關係委員會參議員喬·拜登制定方針，奠定了拜登對美國進軍伊拉克的支持，並將拜登投票支持進軍伊拉克定性為「對實現艱困民主的一票」。在美國入侵和佔領伊拉克的數年間，布林肯協助拜登在參議院中提出了一項提案，建議在伊拉克建立按種族或宗派劃分的三個獨立地區。然則，該提議在國內以及總統喬治·沃克·布希的反對下遭到大比數反對。