שפר ניהל קשרים הדוקים עם קציני צבא ואנשי עסקים תומכי ימין בצ'ילה. לאחר ההפיכה הצבאית ב-1973, החל שיתוף פעולה בין משטר פינושה לבין שפר. מאז 1976 פעל בכפר מתקן חקירות של שירותי הביטחון הצ'יליאנים (DINA), שבו עונו מתנגדי המשטר. דו"חות של האו"ם ושל אמנסטי שבדקו את הנושא וכן עדויות שונות, העלו כי חלק משיטות העינויים נעשו בהשראתו של יוזף מנגלה, ולא היו אלא ניסויים שנועדו לבחון את גבולות הסבל האנושי. העצורים נחקרו כשהם ערומים, למעט ברדסי עור שהודבקו לפניהם, הוזרקו להם סמים והשתמשו נגדם במכות חשמל. כלבים שהובאו למקום אומנו במיוחד כדי לתקוף את איברי מינם. חלק מהאסירים ששרדו לאחר שהותם במתקן החקירות, זיהו את שפר עצמו כאחד החוקרים, בהתבסס על המבטא הגרמני שלו ועינו התותבת. ממצאי אמנסטי בנושא פורסמו בשבועון הגרמני שטרן כבר ב-1980. בעקבות הפרסום הגיש שפר תביעת דיבה נגד המגזין. המשפט נמשך כ-20 שנה, ובפסק הדין נפסק לטובת המגזין.