W 1894 rozpoczął karierę polityczną, uzyskując miejsce w Zgromadzeniu Ustawodawczym Wiktorii. W 1897 został jednym z delegatów swojej kolonii do konstytuanty pracującej nad ustawą zasadniczą przyszłego Związku Australijskiego. Zajmował się w niej zwłaszcza kwestiami konstytucyjnych gwarancji wolności wyznania. Był także jednym z głównych orędowników przekazania rozwiązywania sporów zbiorowych między pracownikami a pracodawcami w gestię władz federalnych. Higgins nie był zadowolony z ostatecznego kształtu przyjętego przez konstytuantę projektu, dlatego przed referendum w 1899 namawiał do jego odrzucenia. Większość wyborców była jednak przeciwnego zdania – projekt uzyskał aprobatę, a Higgins stracił sporo swojej osobistej popularności. Pogrążył się jeszcze bardziej swoim sprzeciwem wobec II wojny burskiej, co również było niezgodne z poglądami większości. W efekcie w roku 1900 stracił miejsce w parlamencie Wiktorii.