Lors de la Serie A 2016-2017, le 11 septembre, alors que son équipe est menée 1-2, il entre à la et permet à la Roma de s'imposer 3-2. Il offre d'abord une passe décisive à Edin Džeko à la , puis en inscrivant le but de la victoire sur pénalty à la . Le 20 octobre 2016, Totti atteint la barre des cent apparitions en Europe, sur un match de Ligue Europa contre l'Austria Vienne. Totti offre deux passes décisives à son équipe en ayant joué les 90 minutes entières (3-3). Il prend sa retraite le au Stadio Olimpico pour le dernier match de la saison de l'AS Roma face à Gênes sous l'ovation du public et des joueurs qui l'acclament en héros. Il est considéré comme l'une des plus grandes légendes du football et comme l'emblème et l'âme de l'AS Roma.