En Nouvelle-Angleterre, les premiers puritains arrivent en 1620, ce sont les "pères pèlerins", d'abord brièvement réfugiés aux Pays-Bas. Ce sont des anglicans de théologie calviniste. À la suite la restauration catholique de en Angleterre, ils sont plus de à émigrer entre 1630 et 1640. Soucieux d'établir dans leur colonie du Massachusetts une communauté qui respecte leurs principes religieux, ils sont peu tolérants de certains courants hétérodoxes qui leur semblent remettre en cause ce projet politique. Les quakers sont expulsés et la quaker Mary Dyer est même exécutée à Boston en 1660 (et le procès des Sorcières de Salem constituera un moment de paranoïa puritaine). Les dissidents, comme le théologien baptiste Roger Williams, partent pour fonder de nouvelles colonies comme le Rhode Island (ses textes fondateurs mettent en avant la Séparation de l’Église et de l’État, et le pluralisme religieux), ou encore le Connecticut. Boston est l'une des capitales intellectuelles des colonies anglaises, des théologiens de renom comme Increase Mather sont formés à Harvard, université fondée par les puritains en 1636.