A principios del siglo XX, los armenios católicos del Imperio otomano sufrieron el mismo destino que el resto de la nación armenia con el genocidio perpetrado en el Estado turco desde 1915 a 1923. Cifras de la matanza y destrucción sobre la Iglesia católica armenia estimada en 100 000 personas antes del genocidio: 156 iglesias, 32 monasterios, 148 escuelas y 6 talleres destruidos, 270 sacerdotes y 300 religiosos muertos, junto a los obispos de Adana, Ancyra, Artvin, Bursa, Kayseri, Marasc y Trebisonda. La Iglesia armenia se dispersó entre los países vecinos como Siria, y en 1928 un sínodo realizado en Roma decidió trasladar el patriarcado a Beirut, manteniendo a Constantinopla como una arquidiócesis. La comunidad armeno-católica de Turquía se redujo a unos pocos cientos de fieles.