В 1600 году Отомо Ёсимунэ поддержал Исиду Мицунари в его противостоянии с Токугавой Иэясу. После победы Токугавы Иэясу над Исидой Мицунари в битве при Сэкигахаре он лишился своих владений на острове Кюсю и был отправлен в изгнание.