Après les évènements de 2002, la ville, comme toutes les localités du nord du pays, a été placée sous l'administration du MPCI puis des Forces nouvelles de Côte d'Ivoire et se trouvait de fait sous l'autorité unique d'un « commandant de zone » ( « com-zone » ). Ce « commandant de zone » est désigné par le secrétaire général des Forces nouvelles de Côte d'Ivoire, Guillaume Soro, comme pour chacun des dix (10) secteurs de la zone nord ivoirienne, Mankono étant désignée depuis 2006 sous le terme de "Zone no 4". Actuellement, il s'agit de Capi Bakayogo. Cette autorité existe toujours en 2008 et cohabite avec les fonctionnaires de l'état, préfet et sous-préfet, revenus dans la région.