Les différences d'appréciation entre le journal et cette formation politique sont cependant apparues au cours des deux dernières décennies, la plus flagrante ayant concerné leurs positions sur la guerre en Irak en 2003. En 1990 déjà, lors de la première guerre contre l'Irak, le journal défendait une ligne très anti-irakienne, à l'opposée de celle de Jean-Marie Le Pen. Elles peuvent cependant apparaître comme le reflet de la coexistence, au sein du FN de courants divers de la droite et de l'extrême droite françaises. Lors de la scission de Bruno Mégret en 1998, le journal a refusé de prendre parti, entraînant un appel au boycott de la part de Jean-Marie Le Pen.