במהלך מלחמת העולם השנייה שימש הנסון כראש ממשלה בראשות ממשלת אחדות לאומית שכללה את כל הפלגים הפוליטיים פרט לקומוניסטים. בתקופה זו הכריזה שוודיה על נייטרליות, וסחרה עם שני הצדדים. נטען כי הסחר עם גרמניה במיוחד סחר הברזל, סייע מאוד למאמץ המלחמתי הגרמני. יתרה מכך, עם הפלישה הנאצית לברית המועצות בשנת 1941 הסכימה שוודיה להעניק ויתורים מסוימים להיטלר, בתחום הלוגיסטי, כגון מעבר חיילים גרמנים בסקנדינביה, בין פינלנד, נורווגיה ודנמרק. עם זאת היה זה הנסון שאישר לדיפלומט הגרמני, חסיד אומות העולם גאורג פרדיננד דוקוויץ כי אם יימלטו יהודי דנמרק לשוודיה, ייקלטו שם במעמד של פליטים ולא יוסגרו לידי הנאצים. הבטחה זו איפשרה את הצלתם של מרבית יהודי דנמרק, כ-7,200 יהודים.