En 2001, le Cameroun participe à la Coupe des confédérations en tant que champion continental. Eto'o participe aux trois rencontres de groupe mais ne marque pas. Son équipe ne se qualifie pas, après deux défaites 2-0 contre le Brésil et le Japon avant de sauver l'honneur sur le même score contre le Canada. Eto'o fait partie de l'équipe-type du tournoi.