Sammer valittiin Euroopan parhaaksi jalkapalloilijaksi vuonna 1996, samana vuonna, kun hän oli johdattamassa maataan Euroopan mestaruuteen. Sammer pelasi urallaan yhteensä 74 maaottelua, 23 DDR:n maajoukkueessa ja 51 Saksan maajoukkueessa. Hän esiintyi arvokisoissa kolme kertaa, EM-kisoissa vuosina 1992 ja 1996 sekä MM-kisoissa vuonna 1994. Sammer joutui lopettamaan uransa vuonna 1998 polvivamman vuoksi.