Au sein de cette formation, il commande la réserve de cavalerie (c'est-à-dire les deux régiments de carabiniers et six régiments de grosse cavalerie) sous Ney le , sous Lecourbe en puis sous Baraguey d'Hilliers en . Dans l'intervalle, il participe à plusieurs affrontements dans le secteur de Mannheim et de Philippsburg. La même année, sous les ordres du général Moreau, il commande la division de cavalerie de réserve composée des deux régiments de carabiniers, de trois régiments de grosse cavalerie et du régiment de hussards. D'Hautpoul et ses cavaliers se distinguent dès l'ouverture des hostilités contre le Saint-Empire à Engen le 1800, à Moesskirch les 4 et 5 et Biberach le 9. Le 19 juin a lieu la bataille d'Höchstädt durant laquelle les deux cavaleries, française et autrichienne, se livre un combat acharné : la grosse cavalerie de d'Hautpoul ( et carabiniers, , et de cavalerie), malgré deux charges vigoureuses, est contre-chargée à chaque fois par les escadrons adverses, mais l'intervention du hussards jette le trouble chez les Impériaux et emporte la décision. Le général s'illustre enfin à Hohenlinden le .