Według szacunków łączne skutki wcześniejszych powodzi oraz cyklonu Eline to blisko przesiedleńców lub bezdomnych, z czego około to dzieci poniżej 5. roku życia. Ostatecznie wcześniejsze powodzie i te spowodowane przez cyklon Eline doprowadziły do śmierci około 700 osób, z czego połowa w Chokwé. Straty oszacowane zostały na 500 mln USD (uwzględniając inflację, 2020: ok. 750 mln USD), a tempo wzrostu produktu krajowego brutto spadło z 10% do 2%. Cyklon i powodzie znacznie utrudniły postęp ekonomiczny, który miał miejsce w Mozambiku w latach 90. począwszy od końca wojny domowej.