Die Festung gehörte seit dem 12. Jahrhundert zum Königreich Aragonien und wurde von einem gleichnamigen Adelsgeschlecht verwaltet. Nach dem Tod von König Peter II. 1213 wurde die Situation der Burg im Albigenserkreuzzug zunehmend prekärer. Guillaume de Peyrepertuse schwor 1217 einen Treueeid an Simon de Montfort, wodurch die Burg unbehelligt blieb. Da er aber später die Katharer unterstützte und den Kreuzrittern Widerstand leistete, wurde die Burg 1240 belagert. Sie ging dann in den Besitz der französischen Krone über, möglicherweise nach Zahlung eines Kaufpreises an Aragon. Guillaume musste sich als „Verwirkter“ auf die Burg Puilaurens flüchten.