Nacido en Varsovia de una familia de origen italiano, Fontana estudió Derecho en la Universidad de Varsovia y música con Józef Elsner en el liceo de la ciudad, junto con Chopin, a quien había conocido ya en su etapa de estudiante de secundaria. Fontana abandonó Varsovia en 1831, tras participar en el levantamiento polaco contra el dominio ruso y se estableció en Hamburgo, antes de convertirse en un pianista y maestro en París hacia 1832, donde volvería a coincidir con Chopin en el exilio.