Ante la situación creada en Rusia tras la "perestroika", Ziugánov ganó popularidad. En 1996, fue un firme candidato a la presidencia frente a Borís Yeltsin. Coincidiendo en algunos elementos con los nacionalistas rusos, atacó la infiltración de ideas occidentales en la sociedad rusa, y mostró su deseo de que Rusia volviera a convertirse en una gran nación. Ello lo ha llevado a mostrar su deseo de que comunistas, nacionalistas y ortodoxos trabajen juntos por la reconstrucción del país. En las elecciones del 16 de junio de ese mismo año consiguió el 32 % de votos, frente al 35 % de Borís Yeltsin.