I bavaresi si riprendono però presto: arrivano al primo posto in Bundesliga nella seconda parte di ottobre, e si qualificano poi al secondo turno a gironi della Champions League insieme allo Sparta Praga. Il 27 novembre conquistano anche la seconda coppa Intercontinentale, sconfiggendo a Tokyo il Boca Juniors grazie ad un gol segnato nei supplementari di Samuel Kuffour.