Nella primavera del 1799 scoppiò la seconda guerra di coalizione, a cui il Principe di Reuss partecipò combattendo la Battaglia di Zurigo del 4 giugno 1799. Reuss ricevette quindi il comando di 10 battaglioni e 20 squadroni, assieme a 8.200 uomini per contrapporsi al generale Oudinot i cui attacchi persistevano sul fronte tedesco. Negli scontri del 1800 il Principe fu presente nella Germania del sud e difese personalmente l'area del Tirolo.