Στο δεύτερο μισό του 19ου αιώνα εμφανίζεται διαμάχη Σέρβων και Βουλγάρων μοναχών για την ηγουμενία της Μονής. Μετά ξεσπά νέα μακροχρόνια διαμάχη για την οριοθέτηση της μονής και εκείνη την περίοδο εμφανίστηκαν σοβαρά οικονομικά προβλήματα που λύθηκαν με την βοήθεια της Σερβίας. Το 1860 ο μητροπολίτης Βελιγραδίου Μιχαήλ κατάφερε να κατευνάσει την διαμάχη με τους Βούλγαρους μοναχούς, κυρίως μετά το Συνέδριο του Βερολίνου το 1878. Η διένεξη με τους Βούλγαρους μοναχούς για την ηγουμενία της Μονής λύθηκε τελικά μετά την επίσκεψη του βασιλιά της Σερβίας, Αλεξάνδρου Ομπρένοβιτς στη Μονή Χιλανδαρίου το 1896.Την ίδια περίοδο ο μοναχός τσεχικής καταγωγής Σάββας ο Χιλανδαρινός τιμήθηκε με το μετάλλιο τιμής του Αγίου Σάββα για την μεγάλη του προσφορά στην οργάνωση και τακτοποίηση της βιβλιοθήκης της Μονής. Το σερβικό κράτος εξώφλησε όλα τα χρέη της Μονής και από τότε ξεκίνησαν να έρχονται και πάλι Σέρβοι για να μονάσουν στην Μονή.