В 2015 году в составе молодёжной сборной Португалии Жуан Мариу завоевал серебряные медали молодёжного чемпионата Европы в Чехии. На турнире он сыграл в матчах против сборных Англии, Италии, Германии и дважды Швеции. В поединках против англичан и немцев Жуан Мариу забил по голу.