Οι αθεϊστές συχνά κατηγορούνται για τα εγκλήματα που έχουν γίνει από αθεϊστικά καθεστώτα κατά την προσπάθειά τους να εξαλείψουν τη θρησκευτική πίστη. Τέτοια εγκλήματα εμπνευσμένα από την κρατική αθεϊστική πολιτική έχουν διαπραχθεί στη Γαλλία κατά τη διάρκεια της Περιόδου της Τρομοκρατίας, στη Σοβιετική Ένωση, την κομμουνιστική Κίνα, την Αλβανία και αλλού, όπου οι πιστοί υπέστησαν δήμευση της περιουσίας τους, εκτοπισμό, φυλάκιση και θάνατο και οι ναοί των τοπικών θρησκειών δημεύτηκαν και μετατράπηκαν σε κοσμικά κέντρα ή αποθήκες. Παράλληλα, τα καθεστώτα αυτά κατηγορούνται για τη συστηματική προώθηση των αθεϊστικών ιδεών μέσω των σχολικών προγραμμάτων και των Μέσων Επικοινωνίας.