לאחר הפרישה מהכדורגל עסק בפוליטיקה, אחר כך עבר ליפן על מנת לעזור לבנות את ה-“J League”, ולבסוף חזר לברזיל ועזר לאמן את הנבחרת הלאומית. זיקו כבש 826 שערים ב-1180 משחקים. לאחר שאימן את נבחרת יפן והוביל אותה להעפלה למונדיאל 2006, ולזכייה בגביע אסיה בשנת 2004. לאחר מכן התמנה למאמנה של פנרבחצ'ה הטורקית והוביל אותה לזכייה באליפות טורקיה ולרבע גמר ליגת האלופות בעונת 2006/2007. בשנת 2008 הוא מונה למאמנה של בוניודקור, והוביל אותה לזכייה באליפות ליגת העל האוזבקית לשנת 2008. ב-2009 עבר לאמן את צסק"א מוסקבה. בשנת 2009 התמנה זיקו למאמנה של אולימפיאקוס היוונית, כשהוא חותם על חוזה לשנתיים. בתחילת שנת 2010 זיקו פוטר וב-2011 החל לאמן את נבחרת עיראק. לאחר שנתיים מוצלחות בעיראק, הפך זיקו למאמנה של אל גראפה מליגת העל הקטארית. בשנת 2014 חתם זיקו בגואה מליגת ה-ISL ההודית כמאמן הראשון של הקבוצה החדשה.