De Warenne werd gedwongen om terug te keren naar Schotland na de opstand van William Wallace door wie hij werd verslagen in de slag bij Stirling Bridge. Toch was hij in 1298 in staat om Berwick te heroveren en was hij een van de legeraanvoerders tijdens de Slag bij Falkirk waar Wallace werd verslagen. John de Warenne overleed in 1304 en werd bijgezet in de priorij van Lewes. Hij werd als graaf opgevolgd door zijn kleinzoon John.