Ernst Lissauer stammte aus einer alteingesessenen Berliner Fabrikantenfamilie und war der Sohn von Hugo Lissauer und dessen Ehefrau Zerline Friedeberger. Seine Vorfahren gehörten bei der Revolution von 1848 zur "Berliner Bürgerwehr" und waren Mitbegründer der Berliner Reformgemeinde. Diese Vereinigung setzte sich für die vollständige Anpassung an die deutsche Kultur ein und vertrat die damit einhergehende Enthebraisierung des Judentums. Lissauer wurde in diesem Sinne erzogen, lehnte aber als 15-Jähriger den Wunsch der Eltern ab, sich christlich taufen zu lassen. Er begründete dies anfänglich damit, er wolle den Glauben nicht um gesellschaftlicher Vorteile willen wechseln. Später meinte er, er hätte einen Wechsel als „Verrat am Judentum“ empfunden. Trotz dieses Festhaltens am jüdischen Glauben war Lissauer ein Kind der wilhelminischen Zeit und ein glühender preußisch-deutscher Patriot.