Die Jahre der Zweiten Intifada von 2000 bis 2005 brachten schwere Einbußen, die Auslastung des Gästehauses lag oft unter 20 %. Die österreichischen Diözesen verdoppelten in diesen Jahren die Sammelergebnisse aus der Palmsonntagskollekte, um „ihr Haus im Orient“ offen halten zu können.