2008-2009 sezonunda Makarova, ilk kez ISU Junior Grand Prix yarışmalarına katıldı. İlk yarışması olan 2008-2009 ISU Junior Grand Prix'nin Madrid ayağında kısa programı ilk sırada bitirdi. Serbest programda ise sekizinci sırada yer alan sporcu genel toplamda dörcüncü (4) oldu. Sheffield'da yapılan yarışmada ise kısa programı üçüncü (3), serbesti dördüncü bitirdi ve genel toplamda dördüncü sırada yer aldı. 2009 Rusya Gençler Şampiyonasında beşinci sırada yer aldı.