A temporada começou com o Bayern vencendo a Supercopa da Alemanha no dia 14 de agosto de 2016. Já no dia 19 de agosto, na primeira rodada da Copa da Alemanha, o Bayern derrotou o Carl Zeiss Jena por 5–0 com um hat-trick de Lewandowski. O polônes abriu a temporada da Bundesliga com outro hat-trick, dessa vez na vitória por 6–0 sobre o Werder Bremen.