Den ursprungliga 49ers-logotypen var en guldgrävare från Guldrushen i Kalifornien, klädd i rutiga byxor och röd tröja och avfyrande två pistoler, där röken från den ena formade ordet "Forty-Niners". Från 1962 har klubbens logotyp varit det ikoniska "SF" i mitten av en röd oval och sedan dess har mindre modifieringar, såsom en svart yttre kant på ovalen 1989 och en guldtrim på ovalens insida som lades till 1996.