Первые этапы действительно не принесли Нойнер призовых мест, однако позволили набрать существенное количество призовых очков как в общем зачёте Кубка мира, так и в отдельных его дисциплинах. Начиная с этапа в словенской Поклюке, результаты Нойнер существенно улучшились: ей удалось несколько раз финишировать в тройке сильнейших как в личных, так и в командных гонках. Первой индивидуальной победой Магдалены в сезоне 2007/2008 гг. стала победа в гонке с общего старта на домашнем этапе в Оберхофе, где она с весьма значительным преимуществом финишировала с флагом Германии в руках. Продолжилась череда побед и на чемпионате мира, проходившем в этом сезоне в шведском Эстерсунде. Даже несмотря на то, что начало мирового биатлонного форума было для Нойнер обескураживающим — в день своего рождения, уверенно лидируя в спринтерской гонке, она допустила три промаха на заключительном огневом рубеже и в итоге оказалась далеко за чертой призёров, в дальнейшем ей удалось одержать победу в гонке с общего старта, а также внести свой значительный вклад в победу сборных команд Германии в женской и смешанной эстафетах. Таким образом, второй для себя чемпионат мира в карьере Нойнер завершила уже в ранге шестикратной чемпионки мира. Удачное выступление на этапе в Ханты-Мансийске позволило Нойнер возглавить общий зачёт Кубка мира, а также досрочно одержать победу в розыгрыше Малого Кубка мира по результатам гонок с общего старта. Несмотря на посредственные результаты, показанные Нойнер в заключительных гонках на этапе в норвежском Хольменколлене, ей удалось одержать победу не только в розыгрыше Малого Кубка мира по результатам спринтерских гонок, но и победу в общем зачёте, поскольку её главные соперницы Андреа Хенкель и Сандрин Байи выступили ещё хуже.