Le sue tracce ricomparvero, infatti, ai prodomi della seconda guerra d'Italia, al fianco di Consalvo di Cordova, per la difesa delle isole dell'arcipelago greco, quali Corfù, Zante e Cefalonia, dagli assalti dei turchi. Proprio a Cefalonia, alla fine dell'anno 1500, Navarro utilizza le sue mine per attaccare, ed espugnare, la fortezza di San Giorgio. Questa sua specialità è stata messa in rilievo anche da Massimo D'Azeglio, che, a proposito della Disfida di Barletta, lo ricordava nei termini seguenti: «Nella turba che seguiva si notava dall'aspetto accigliato e robusto Pedro Navarro, inventore delle mine, usate con tanta fortuna all'espugnazione di Castel dell'Uovo». All'inizio del Cinquecento sempre al seguito del "Gran Capitano", infatti, dal mare alla terra ferma senza soluzione di continuità, volse alla conquista del Regno di Napoli.