Когда в 1992 году страна распалась и югославское национальное первенство прекратило своё существование, «Борац» начал выступать в новообразованном первенстве Республики Сербской, где был безоговорочным лидером: в период 1993—2001 годов выиграл все восемь розыгрышей чемпионата, в общей сложности двенадцать раз становился обладателем Кубка Республики Сербской (в 1995 году турнир не проводился по причине боевых действий в республике). Впоследствии присоединился к единой лиге Боснии и Герцеговины, где тоже выступал успешно: в период 2012—2015 трижды подряд завоёвывал титул чемпиона страны, пять раз побеждал на Кубке Боснии и Герцеговины.