Während des Kubanischen Unabhängigkeitskrieges ging er als Leutnant nach Kuba, wo er am 23. November 1896 verwundet wurde. Nach seiner Rückkehr nach Spanien wurde er Hauptmann an der Escuela Superior de Guerra („Höhere Schule für Kriegsführung“) in Madrid. Im Jahr 1911 ging er nach Melilla, einer historischen spanischen Hochburg in Nordafrika seit 1497, wo er sich seinem Vater, Oberst Francisco Gómez Jordana, anschloss. Der jüngere Gómez-Jordana wurde 1912 Oberstleutnant und 1915 Oberst.