Между тем сам Томас главным образом надеялся заполучить пост опекуна Эдуарда VI, что позволило бы ему на равных разделить власть с лордом-протектором. Он даже предпринял поиск прецедентов в истории, и ему удалось выяснить, что подобное разделение должностей существовало в период правления малолетнего короля Генриха VI. Но в марте, месяц спустя после коронации, Сомерсет назначил на этот пост себя. Сеймур был столь разъярён, что, невзирая на обязанности лорда-адмирала, не принял участие в осенней кампании 1547 года против Шотландии, оставаясь в Лондоне. Отныне он был намерен блокировать любое продвижение своего брата, одновременно продолжая добиваться усиления собственного влияния. В соратники он выбрал Генри Грея, маркиза Дорсета, с которым начал устанавливать контакты ещё с января 1547 года через посредничество сэра Джона Харингтона. Маркиз не только был членом королевской семьи (его женой была племянница Генриха VIII), но и разделял неприязнь Сеймура в отношении протектора. Дорсет был оскорблён тем, что Сомерсет не воспринимал его всерьёз и препятствовал его возвышению, и Сеймуру было об этом известно. С этого времени Томас был вовлечён в серию интриг, направленных против лорда-протектора Англии, власти и влиянию которого он завидовал.