В 1974 г. П. П. Исаков становится директором ВНИИТрансмаш, работая там до 1987 г. Там же в 1986 он создаёт роботизированные комплексы «Клин-1» и «Клин-2», не имеющие аналогов в мировой практике. Эти комплексы работали на ликвидации последствий Чернобыльской аварии.