Obama führte die von seinem Vorgänger begonnenen Drohnenangriffe in Pakistan und Afghanistan fort und ließ mutmaßliche Terroristen im Grenzgebiet beider Staaten vermehrt durch unbemannte Luftfahrzeuge (Drohnen) aufspüren und gezielt töten. Die völkerrechtliche Basis dafür ist umstritten. Obama verfolgte in Afghanistan und Pakistan grundsätzlich eine harte Gangart. So nahm die Anzahl der US-Drohnenangriffe in Pakistan seit Beginn seiner Amtszeit massiv zu. Die Zahl der Angriffe mit unbemannten Flugobjekten hat sich im Vergleich zum letzten Amtsjahr von Bush unter der Regierung Obama vervielfacht. Wurden in den acht Jahren der Amtszeit von George W. Bush in Pakistan bei Drohnenangriffen insgesamt 340 Personen getötet, so waren allein in den ersten zwei Jahren der Amtszeit von Barack Obama bis zu 1.718 Personen durch Drohnenangriffe gezielt getötet worden. Laut Angaben der Huffington Post wurden bis Ende Januar 2014 über 2400 Menschen Opfer der Drohnen-Angriffe unter Präsident Obama.