Os antigos aliados EPRDF e PFDJ (ex-EPLF) lideraram seus países Etiópia e Eritréia, respectivamente, na Guerra Eritreia-Etíope de 1998. A guerra foi travada na região disputada de Badme. Durante o curso da guerra, alguns comandantes e pilotos do antigo exército e da força aérea foram chamados ao dever. Após o fim da guerra, a Comissão das Fronteiras Eritreia-Etiópia, um órgão fundado pela ONU, estabeleceu que a região de Badme tinha de fato pertencido à Eritréia. Embora os dois países estejam agora em paz, a Etiópia rejeitou os resultados da decisão do tribunal internacional e continua a ocupar Badme. A maioria dos observadores concorda que a rejeição da Etiópia ao direito internacional, juntamente com o elevado número de soldados mantidos na fronteira por cada lado, significa que os dois países ainda estão efetivamente em conflito. Após os ataques de 11 de setembro de 2001, o exército etíope começou a treinar com a Força Tarefa Conjunta Combinada dos EUA sediada no Chifre da África. A Etiópia permitiu que os EUA estacionassem assessores militares em seu território, esse esforço resultou que em 2003 fosse formando um batalhão antiterrorismo etíope de elite.