Maan ruhtinaskuntien asema muodostui ensimmäiseksi itsenäisen Intian ongelmaksi. Mountbattenin tekemän sopimuksen mukaan ruhtinaskunnat saivat liittyä joko Intiaan tai Pakistaniin. Lähes kaikki halusivat liittyä Intiaan, mutta keskellä Intiaa sijaitseva mogulivallan jäänne Hyderabad kieltäytyi liittymästä Intiaan. Intiassa ei voitu hyväksyä sitä, että maan sisään jäisi puoliksi itsenäinen ja mahdollisesti vihamielinen valtio. Maan sisäministerinä ja Intian armeijan päällikkönä toiminut Vallabhbhai Patel lähetti armeijan ottamaan Hyderabad haltuunsa. Maan luoteisosassa sijainnut Kashmirin alue oli suurempi ongelma. Alueen väestöstä suurin osa oli muslimeja, mutta valtiota hallitsi hindumaharadža Hari Singh. Hän ei halunnut päättää liittyäkö Intiaan vai Pakistaniin. Päätöksen viipyessä pakistanilaiset valtasivat maan pääkaupungin Srinagarin, jolloin Hari pyysi viimein apuja Intiasta. Tilanne kärjistyi sodaksi intialaisten ja pakistanilaisten välille, kun Kashmiriin lähetettiin intialaisjoukkoja. Tilanne päättyi lopulta YK:n neuvottelemaan tulitaukoon, mutta Kashmirin konfliktiin ei saatu lopullista ratkaisua. Srinagar ja Kashmirin laakso jäivät intialaisten hallintaan, mutta Kashmirin länsiosa jäi pakistanilaisten haltuun.