1998 gewann Ninomiya die japanischen Meisterschaften gegen Masae Ueno. Bei den Asienspielen 1998 in Bangkok gewann sie eine Bronzemedaille im Schwergewicht. 1999 gewann sie zunächst das internationale Turnier von Fukuoka in der offenen Klasse. Im Februar siegte sie im Schwergewichtsfinale des "Tournoi de Paris" gegen Daima Beltrán. Im Oktober 1999 bei den Weltmeisterschaften in Birmingham unterlag sie im Schwergewichts-Viertelfinale der Britin Karina Bryant. Mit zwei Siegen in der Hoffnungsrunde erreichte sie den Kampf um eine Bronzemedaille, den sie gegen Christine Cicot gewann. In der offenen Klasse gewann sie im Viertelfinale gegen Françoise Harteveld und im Halbfinale gegen die Bulgarin Zwetana Bosilowa. Das Finale verlor sie gegen Daima Beltrán. Damit hatte sie wie zwei Jahre zuvor Silber und Bronze gewonnen, wobei sie in ihren beiden Gewichtsklassen je einmal das Weltmeisterschaftsfinale erreichte.