Vanaf de dood van Banckert in 1647 fungeerde hij feitelijk als commandeur; vanaf 1 mei 1652 tijdens de Eerste Engels-Nederlandse Oorlog werd dit geformaliseerd tot de tijdelijke rang van schout-bij-nacht. Hij vocht in de Slag bij Dover, de Slag bij de Singels, de Driedaagse Zeeslag en de Zeeslag bij Nieuwpoort. In de afsluitende Slag bij Ter Heijde (1653) zonk zijn schip en hijzelf, zwaargewond geraakt, werd voor drie maanden krijgsgevangen, tot december opgesloten in Londen. Op 14 maart 1654 werd hij vast tot schout-bij-nacht benoemd. In 1659, tijdens de Vierde Noordse Oorlog, was Kees Evertsen onderbevelhebber onder Michiel de Ruyter en heroverde Nyborg op de Zweden. Tot juni 1660 bleef hij in de Oostzee. Van midden 1661 tot januari 1663 was hij "Derde Persoon" (derde in bevelshiërarchie) onder De Ruyter in de Middellandse Zeevloot tijdens diens acties tegen Tunis en Algiers. Kees Evertsen was een huisvriend van De Ruyter.