В итоге группировке военных под руководством Сухарто удалось совершить контрпереворот: подавив Движение 30 сентября, они фактически взяли Сукарно под свой контроль и приступили к постепенной узурпации государственной власти. В середине октября Сухарто, занявшим должность главкома сухопутных войск, было учреждено Оперативное командование по восстановлению безопасности и порядка — (), наделённое фактически неограниченными сыскными и карательными полномочиями. Становление нового режима сопровождалось жёстким подавлением политических противников армии, прежде всего компартии и союзных ей организаций: против них была развёрнута масштабная кампания террора. В результате репрессий и массовых внесудебных убийств инакомыслящих, продолжавшихся более двух лет, погибло, по разным данным, от 500 тысяч до 2 миллионов человек, не менее 600 тысяч было подвергнуто тюремному заключению.