Equatoria se stala problémovou oblastí zmítanou ozbrojenými konflikty a náboženskými sváry mezi křesťanstvím a islámem v podstatě po celou druhou polovinu 20. století – jak za první tak druhé súdánské občanské války, během protiugandským bouřím jitřených povstaleckými skupinami jako např. "Boží armády odporu" či "Fronta západního břehu Nilu". V roce 2011 se stala jednou ze tří provincií Jižního Súdánu.