Il 22 maggio 2018 firma un contratto biennale con il Borussia Dortmund, con cui vince la Supercoppa di Germania 2019 contro il Bayern Monaco. Il 13 dicembre 2020, malgrado il superamento del girone di Champions con il primo posto, Favre viene esonerato dopo la sconfitta per 5-1 subita in casa contro lo , con la squadra al quinto posto.