2000 nahm Queally an den Sommerspielen in Sydney teil, wo er im Teamsprint mit Chris Hoy und Craig MacLean die Silbermedaille gewann. Im 1000-Meter-Zeitfahren gewann er mit einer Zeit von 1:01,609 Minuten, die einen Olympischen Rekord darstellte, die Goldmedaille. Bei den Weltmeisterschaften im selben Jahr wurde Queally erneut mit Hoy und MacLean Zweiter im Teamsprint, im Zeitfahren wurde er Dritter. 2001 wurde er bei den Weltmeisterschaften mit der britischen Mannschaft (Hoy, MacLean) Dritter im Teamsprint.