V současné době nejsou náboženské občanské války příliš časté, často se navíc kombinují s národnostními nebo mocenskými válkami. Příkladem náboženských občanských válek mohou být husitské války v českých zemích v 15. století, hugenotské války ve Francii (mezi katolíky a protestanty 1562–1598), povstání kristerů v Mexiku (povstání křesťanů proti radikálně ateistické vládě 1926–1929) či Libanonská občanská válka mezi maronitskými křesťany a sunnitskými muslimy v letech 1975 až 1990.