با آغاز جنگ داخلی ، اسلوکوم در ۲۱ ماه مه ۱۸۶۱ با درجه سرهنگی به فرماندهی هنگ بیست و هفتم نیویورک برگزیده شد. در نخستین نبرد بول ران ، هنگ خود را تحت فرماندهی ژنرال دیوید هانتر رهبری کرد. وی در طول نبرد به سختی زخمی شد و به مدت یک سال از خدمت نظامی و حضور در میدان نبرد به دور ماند. اسلوکوم در نهم آگوست ۱۸۶۱ به درجه سرتیپی و در ماه جولای ۱۸۶۲ به درجه سرلشکری ارتقا یافت. وی پس از بهبودی به میدان نبرد بازگشت و در کمپین پنین‌سولا و جنگ‌های هفت روزه حضور یافت. اسلوکوم در دومین نبرد بول ران نقش بزرگی ایفا کرد و نیروهای ژنرال جان پوپ را که با آشفتگی در برابر نیروهای جنوبی به عقب رانده شده بودند را پوشش داد. وی در خلال کمپین مریلند در منطقه ساوت مانتین به نبرد پرداخت و در هنگام نبرد آنتی تام فرماندهی یکی از نیروهای ذخیره ارتش اتحادیه را برعهده داشت که هرگز وارد میدان نبرد نشد. پس از نبرد آنتی تام ، اسلوکوم به فرماندهی لشکر هفتم ارتش پوتوماک برگزیده شد و به سمت فردریکزبرگ حرکت کرد. اما به مانند آنتی تام ، در طی نبرد نبرد فردریکزبرگ به عنوان یکی از فرمانده هان نیروهای ذخیره تنها دنبال کننده و تماشاگر میدان نبرد بود. سپس در برخلاف جنگ‌های گذشته ، وی در طی نبرد چنسلورزویل جنگ خونینی را تجربه کرد و در طی این نبرد نیروهای بسیاری را از دست داد. پس از نبرد خونین چنسلورزویل ، اسلوکوم فرماندهی نیروهایش را طی نبرد گتیسبرگ برعهده گرفت. جایی که عملکرد و فرماندهی اش به دلیل نداشتن سرعت کافی و جابجایی کند نیروهایش در طی این نبرد سرنوشت ساز بسیار مورد انتقاد و سرزنش دیگر فرمانده هان ارتش اتحادیه واقع شد.