Zur &lt;a href="Snooker-Saison%201998/99"&gt;Saison 1998/99&lt;/a&gt; gelang Leo Fernandez die Rückkehr auf die Main Tour. Dort erreichte er bei den Irish Open 1998 die Runde der letzten 48 und bei den Scottish Open 1999 die Runde der letzten 32. Im April 1999 erreichte Fernandez, nachdem er unter anderem Neil Robertson und Paul Davies besiegt hatte, durch einen 10:5-Sieg gegen Brian Morgan erstmals die Hauptrunde der Weltmeisterschaft. In der ersten Runde verlor er jedoch mit 3:10 gegen den Engländer Ronnie O’Sullivan.