Apoyó el golpe de Estado del coronel Segismundo Casado el 5 de marzo de 1939 y la formación del Consejo Nacional de Defensa, en protesta por lo que él interpretó como hegemonía estalinista en el alto mando. Aunque el gobierno de Negrín abandona España al día siguiente, la situación del recién formado Consejo es crítica en Madrid durante los días 7, 8 y 9, ante la reacción de parte de los tres Cuerpos del Ejército (integrados por oficiales, soldados y milicianos comunistas) que defienden la capital. Pero entonces Mera lanzó su IV Cuerpo de Ejército desde Guadalajara y logró salvar al Consejo después de una serie de encarnizados combates por las carreteras de acceso y las mismas calles de Madrid. Hay quienes piensan que la derrota de las tropas comunistas, afligidas por la huida del gobierno y de los dirigentes del PCE, permitió al bando franquista entrar fácilmente en Madrid, encarcelando y fusilando a muchos republicanos. Una vez terminado el golpe, Mera fue despreciado y marginado por el entorno de Casado, aglutinando este todo el poder para negociar con Burgos la entrega del poder a Franco.