Οταν η δεύτερη και τελευταία κατά το νόμο θητεία του Μιλόσεβιτς ως Πρόεδρου της Σερβίας έληξε το 1997, έσπευσε και εξελέγη πρόεδρος της Γιουγκοσλαβίας το 1997. Με την ανάληψη των καθηκόντων του ο Μιλόσεβιτς απέκτησε άμεσο έλεγχο των Γιουγκοσλαβικών στρατιωτικών και αστυνομικών δυνάμεων και τις διέταξε να συλλάβουν τους αυτονομιστές του Κοσσυφοπεδίου . Η σύγκρουση κλιμακώθηκε από το 1998 έως το 1999 και έγινε γνωστή ως Πόλεμος του Κοσσυφοπεδίου.