War Thibaudeau beim Prairialaufstand vom 20. Mai 1795 und bei der royalistischen Erhebung vom 13. Vendémiaire (5. Oktober 1795) den Auswüchsen republikanischer Anarchie entgegengetreten, so tat er dies nun nicht minder in Bezug auf die royalistischen Intrigen von Tallien, Fréron und anderen früheren Jakobinern, welche die Vollendung und Einführung der Konstitution vom Jahr III (nach dem Revolutionskalender) zu hindern suchten. Er war so populär geworden, dass ihn gleichzeitig 32 Départements in den Rat der Fünfhundert wählten, dessen Präsident er am 20. Februar 1796 für einen Monat wurde. Doch sein Bestreben, die blutigen Revolutionsgesetze vollends aufzuheben, sein offenes Auftreten auf der Rednertribüne gegen die Intrigen der Jakobiner, gegen die Diebstähle der Agenten der Direktorialregierung, namentlich gegen die Operationen der Kompanie Dijon, sein Widerstreben gegen jeden Staatsstreich machten ihn des Royalismus verdächtig. Das Direktorium setzte ihn nach dem Staatsstreich des 18. Fructidor V (4. September 1797) auf die Deportationsliste. Den Bemühungen einiger seiner Freunde, namentlich Boulays de la Meurthe, gelang es jedoch, ihn zu rehabilitieren. Thibaudeau blieb Mitglied des Rats der Fünfhundert bis zum Mai 1799, wo keine der Neuwahlen auf ihn fiel.