Kennedy kuoli lento-onnettomuudessa 16. heinäkuuta 1999 vaimonsa Carolyn Bessette Kennedyn ja tämän siskon Laurenin kanssa Kennedyn ohjaaman pienkoneen syöksyttyä yölennolla Atlantin valtamereen. Onnettomuuden syynä pidetään Kennedyn vähäistä lentokokemusta, hän ei myöskään ollut suorittanut mittarilentokurssiaan loppuun.