Савонарола, утрачивая влияние, оказывается в тюрьме; герцог обращается к религии. В Италию вступают французские войска, и Леонардо ждут новые испытания. Он поступает на службу к Чезаре Борджа; здесь — вновь размышляет о власти, церкви, опасности знаний. Неожиданные опасности таят и конфликты с соперниками: Микеланджело и Рафаэлем.