La "democracia jeffersoniana" es un término general y algunas facciones favorecieron algunas posiciones más que otras. Aunque tenían principios y creencias fundamentales sostenidas con vehemencia, los jeffersonianos tenían facciones que disputaban el verdadero significado de su credo. Por ejemplo, durante la Guerra de 1812 se hizo evidente que las unidades de milicias estatales independientes eran inadecuadas para llevar a cabo una guerra seria contra un país importante. El nuevo Secretario de Guerra John C. Calhoun, un jeffersoniano, propuso construir el Ejército. Con el apoyo de la mayoría de los republicanos en el Congreso, se salió con la suya. Sin embargo, la facción del "Viejo Republicano", afirmando ser fiel a los Principios del 98 de Jefferson, luchó contra él y redujo el tamaño del Ejército después de que España vendiera Florida a los Estados Unidos.