Im Juli 1966 erhielt Panggabean das neu geschaffene Amt des stellvertretenden Kommandeurs des Heeres, um Suharto zu entlasten. 1967 folgte die Beförderung zum Kommandeur des Heeres. In dieser Zeit wurden die Streitkräfte (ABRI) reorganisiert. Die Kommandanten der Teilstreitkräfte wurden in ihrem Status zu Stabschefs unterhalb des ABRI-Kommandeurs reduziert. 1969 wurde Panggabean als Heereschef von Umar Wirahadikusumah abgelöst und Kommandeur der Kopkamtib, der Geheimpolizei in der Neuen Ordnung. 1971 ordnete Suharto das Regierungskabinett neu und Panggabean wurde am 9. September zum Staatsminister, der den Präsidenten in Fragen der Verteidigung und Sicherheit unterstützen sollte. Parallel dazu blieb Panggabean stellvertretender ABRI-Kommandeur. Schließlich wurde Panggabean 1973 zum Verteidigungs- und Sicherheitsminister und Kommandeur der Streitkräfte. In dieser Funktion geriet er in Streit mit Außenminister Adam Malik über die Frage, wie Indonesien seine Außenpolitik in Südostasien weiter gestalten sollte. Malik präferierte die ASEAN als Mittel der wirtschaftlichen Kooperation, während Panggabean ihr auch eine sicherheitspolitische Funktion geben wollte. Panggabean wollte auch Truppen zur Unterstützung Südvietnams in den Vietnamkrieg schicken. Hier war er mit Malik einer Meinung. In die Amtszeit Panggabeans als ABRI-Chef fällt auch die Invasion und Besetzung Osttimors ab 1975.