Die Eroberung Konstantinopels infolge des Vierten Kreuzzuges führte zur Aufteilung des Byzantinischen Reiches. Die Republik Venedig erhob Ansprüche auf die südliche Ägäis. Im Jahr 1207 gründete Marco Sanudo das Herzogtum von Naxos und übergab die Inseln Thira und Thirasia dem Venezianer Giacomo I. Barozzi zum Lehen. Nach der Rückeroberung Konstantinopels gelangten die Inseln von 1265 bis 1296 nochmals in den byzantinischen Einflussbereich. Danach wurde Giacomo II. Barozzi Herr von Santorini. Die Venezianer etablierten ein Feudalsystem und errichteten befestigte Siedlungen in Ia, Pyrgos, Emborio und Akrotiri. Der ebenfalls befestigte "Skaros-Felsen" nördlich des heutigen Fira wurde Hauptstadt und Sitz eines römisch-katholischen Bistums im Herzogtum Archipelagos. Die Feudalherren selbst lebten in den turmähnlichen "Goulades", die als Turmburgen und als Lager der landwirtschaftlichen Erzeugnisse dienten.