V roce 1923 byl z iniciativy Louitzena Brouwera jmenován profesorem matematiky na Amsterdamské univerzitě poté, co tuto stejnou nabídku odmítl Hermann Weyl. Tam pracoval až do roku 1945. Poté se usadil v Blaricumu, kde se stal plně přijímaným členem komunity, jelikož to byl na první pohled muž několika slov, bez pozorovatelných politických názorů. Ve skutečnosti však skrýval značné množství frustrace vyplývající z katastrofálního průběhu první světové války. Stejně jako spousta jiných německých a rakouských bývalých vojáků byl i Weitzenböck nepřítel Francie. Po rakouském „Anschlussu“ v roce 1938 začal dokonce soukromě hovořit o schválení Hitlerovi politiky. Kvůli tomu byl v květnu 1945 vyloučen z Královské nizozemské akademie věd, ve které byl již od května 1924. Následně se Weitzenböck stal členem Národního socialistického hnutí v Nizozemsku.