Narodila se 24. července 1901 na zámku Konopiště v Čechách. Měla dva mladší bratry, Maxmiliána (Maximilian; 29. září 1902 Vídeň – 8. leden 1962 Vídeň) a Arnošta (Ernest; 27. květen 1904 Konopiště – 5. březen 1954 Štýrský Hradec). Kvůli morganatickému sňatku rodičů byli všichni sourozenci vyloučeni z následnictví na trůn. Většinu svého dětství strávila na zámku Konopiště obklopená milující rodinou. Žofiin otec velice miloval lov a zasloužil se o to, že Žofie skolila svého prvního jelena už ve třech letech. Roku 1914 spolu se svými sourozenci nečekaně osiřela v důsledku atentátu na její rodiče spáchaného Gavrilo Principem v Sarajevu. O smrti rodičů se dozvěděla na zámku Chlum u Třeboně. Do konce 1. světové války bydlela se svými sourozenci na Konopišti, kde se o ně starali a vychovávali je matčina sestra Marie Jindřiška Chotková (1880–1964) a Otto Lev Stanovský (1882–1945), později Jaroslav kníže Thun-Hohenstein (1864–1929). Roku 1916 jí byl udělen titul kněžna a přiznáno oslovení Jasnost.