Во время Отечественной войны 1812 года Набоков был в чине полковника лейб-гвардии Семёновского полка и был в Бородинском сражении. В Заграничных походах отличился в сражении под Кульмом, за что был произведён в генерал-майоры и назначен шефом Севского пехотного полка, в сражении при Бар-сюр-Об был тяжело ранен пулей в голову.