Na de overgave werd MacArthur benoemd tot Supreme Commander of the Allied Powers voor het toezien op de bezetting van Japan. Onder MacArthur kreeg Japan een nieuwe grondwet en werden landhervormingen doorgezet. Ondanks oproepen van geallieerde leiders om keizer Hirohito te berechten hield MacArthur hem aan als staatshoofd, zij het zonder politieke bevoegdheden. MacArthur was verantwoordelijk voor het bevestigen en uitvoeren van de vonnissen van het Proces van Tokio. Hij ontsloeg Shiro Ishii, het hoofd van Eenheid 731, die onderzoek naar biologische wapens door middel van experimenten op mensen uitvoerde, van vervolging, in ruil voor gegevens over die wapens. MacArthur gaf de macht over aan de Japanse regering in 1949, maar bleef in Japan tot 11 april 1951.