Alopaeus opiskeli Turussa ja valmistui Turun palon jälkeen 1830 filosofian kandidaatiksi Helsingissä. Pappisvihkimyksen 1840 jälkeen hän toimi Juvan kirkkoherrana vuodesta 1846 ja lääninrovastina vuodesta 1869.. Hän sai teologian kunniatohtorin arvon 1864. Alopaeus oli Tammikuun valiokunnan jäsen vuonna 1862 ja pappisäädyssä edustaja valtiopäivillä 1863–1864, 1867 ja 1872.