Efter fredslutningen forfremmedes Wilster 1851 til oberstløjtnant og 1858 til oberst og kammerherre, hvorefter han i 1860 blev kommandør for 2. Infanteribrigade og kommandant i Slesvig by. Samme år fik han Kommandørkorset af Dannebrog af 1. grad, og i 1863 tillagdes der ham generalmajors karakter. Ved Hærens mobilisering samme efterår blev Wilster ansat som kommandør for 4. Infanteribrigade, der besatte Dannevirkestillingens højre fløj. Ved krigens udbrud 1864 var Wilster kommandør for hærens højre fløj, til begge sider af Frederiksstad, men kom ikke i kamp.