Under det tyske angrepet på Norge 9. april 1940 lå «Jupiter» i Bergen. Skipet ble rekvirert av den tyske okkupasjonsmakten og fra 16. april brukt som losjiskip for norske krigsfanger ved Eidsvågneset i Bergen, sammen med BDS' andre englandsbåt TS «Leda». I august 1940 ble «Jupiter» benyttet av tyskerne som troppetransportskip langs norskekysten, men skipet seilte med norsk besetning og norsk flagg. Etter den norske kapitulasjonen ble «Jupiter» satt inn i trafikk mellom Danmark og Oslo. I oktober 1944 ble skipet overtatt av tyskerne, og seilte med tysk mannskap og tysk flagg. Ved den tyske kapitulasjonen i mai 1945 lå «Jupiter» i København, og 15. juni ble skipet levert tilbake til Det Bergenske Dampskibsselskab. Hun gikk til Lindholmens Verkstad i Göteborg for reparasjon og ombygging, og i februar 1946 var skipet tilbake i ruten Bergen – Newcastle. I 1953 ble «Jupiter» erstattet i Englandsruten av det nybygde dampturbinskipet TS «Leda». Sommeren 1953 gikk «Jupiter» noen rundturer i hurtigruten. Fra april til august 1955 gikk hun som avløserskip i hurtigruten etter at DS «Nordstjernen» forliste i Raftsundet 22. september året før.