Schukows nächster Einsatz erfolgte bei Jelnja. In diesem Gebiet hatte er eine Gegenoffensive vorgeschlagen, als bei Woronesch eine Krise auftrat, die beinahe zum Zerwürfnis mit Stalin führte. Laut Dimitri Wolkogonow entgegnete ihm Stalin: . Beleidigt bat Schukow um seine Abberufung als Generalstabschef. Er wurde Kommandeur der Reservefront. Die Offensive bei Jelnja gilt als erste erfolgreiche Offensive seitens der Roten Armee. Schukow wurde nach längeren Kämpfen im Rahmen der Kesselschlacht bei Smolensk kurz vor der Einschließung und Vernichtung seiner Kräfte abberufen. Im September 1941 kommandierte er die Leningrader Front und organisierte die Verteidigung der Stadt, die zu diesem Zeitpunkt kein deutsches Angriffsziel mehr war. Dabei scheute sich Schukow nicht, Befehle aufzuheben, die von Stalin persönlich autorisiert waren. So waren zum Beispiel die Schiffe der Baltischen Rotbannerflotte zur Selbstversenkung vorbereitet worden, damit sie nicht den Deutschen in die Hände fallen sollten. Schukow forderte dagegen: „Wenn diese Schiffe sinken, dann nur im Kampf“. Am 17. September 1941 erließ Schukow den Kampfbefehl der Leningrader Front, nach dem alle Kommandeure, Politkommissare und Soldaten erschossen werden sollten, die die Kampflinie ohne schriftliche Genehmigung des Militärsowjets der Front verließen.