Si bien estos cuerpos trataron de ser bien organizados las rebeliones internas como la de Los Polkos y la falta de apoyo de varios gobernadores estatales (ya que el 22 de agosto de 1846 había sido restaurada la República Federal) y el mismo Juan Álvarez, impidió crear un cuerpo bien entrenado, numeroso y abastecido, siendo derrotado el “Ejército del Norte” en la primera fase de la guerra, el del Este fue diezmado en Cerro Gordo y el del sur debió reunirse con el del Norte para defender el centro del país, donde el Ejército del Este bajo el mando del Gral. Manuel María Lombardini enfrentó la mayoría de las batallas del valle de México con una intervención mínima de las fuerzas del Sur, de último momento varias fuerzas de Guardia Nacional como el Regimiento de Toluca o de Tlaxcala fueron enviados por sus gobernadores para combatir en el Molino del Rey y Chapultepec, inscritas en el rápidamente formado “Ejército del Centro” bajo el mando del Gral. Nicolás Bravo.