Oppgangsperioden sluttet imidlertid for en periode da først Christiansborg brant i 1794 og en bybrann herjet indre by året etter. I 1801 kom den britiske flåten, med Lord Nelson i spissen, for å avkreve Danmarks flåte, noe som også skadet deler av byen. Skadene hadde allikevel langt fra det omfang som den landsatte britiske hær gjorde under det engelske bombardementet av byen i 1807, 90 prosent av byens hus med halmtak brant ned da de britiske troppene brukte det nye våpenet – kruttdrevne raketter, såkalte Congreveraketter, som var ladet med fosfor. Her ble også Vor Frue kirke fra middelalderen helt ødelagt av engelske brannbomber og gikk opp i flammer. Det meste av Københavns indre bybilde er preget av gjenoppbyggingen etter dette bombardementet og de forutgående bybrannene.