Afectată de cutremurul din 1802, deși a fost renovată la 1840-1841, biserica s-a degradat treptat iar turnul construit de Constantin Duca s-a năruit astfel încât după Războiul de Independență biserica era o ruină și a fost demolată în 1903. În imediata vecinătate a mănăstirii, între 1894-1896, a fost construit Teatrul Național din Iași care s-a extins ulterior pe o parte a terenului fostei mănăstiri.