Slovakian talous kasvoi ennen vuotta 1943, mutta pikku hiljaa se alkoi kärsiä sen sitoutuneisuudesta Saksaan, mikä johti osaltaan Tison kasvavaan vastustukseen. Slovakian kansannousu alkoi elokuussa 1944 ja Tiso asettui saksalaisten puolelle kapinoivia slovakialaisia vastaan. Syksyyn mennessä hänen valtansa oli pääasiassa saksalaisten armeijan osastojen varassa. 3. huhtikuuta 1945 Tiso pakeni Itävaltaan Kremsmünsterin benediktiläiseen luostariin. Amerikkalaiset ottivat hänet kiinni kesäkuussa ja hänet luovutettiin Tšekkoslovakiaan syyskuussa 1945. Saman vuoden joulukuun alussa Bratislavassa aloitettiin julkinen oikeudenkäynti sodan ajan Slovakian johtajia vastaan. Tiso sai kuolemantuomion presidentti Benešin hylätessä hänen valituksensa ja pääministeri Klement Gottwaldin hallituksen vahvistaessa tuomion. Tuomio annettiin maanpetoksesta ja rikoksista ihmisyyttä vastaan sekä valtion varojen luvuttamisesta miehittäjälle. Tiso hirtettiin Bratislavassa 18. huhtikuuta 1947.