Shaked posteriorment deixà els escacs de competició, encara que romangué actiu en escacs ràpids per internet. La seva darrera competició seriosa fou el Campionat del món d'escacs de 1999 (FIDE), i ja havia decidit deixar escacs abans d'aquell torneig a causa de la manca de motivació i la incertesa econòmica que implicava ser un jugador d'escacs professional.