תפנית במדיניות מול הרומאים חלה כאשר אלכסנדר ינאי עלה לשלטון. הוא לא חידש את הברית עם רומא, ואף להפך נראה שהצטרף אל הברית הנגדית, ויצר קשרים עם הפרתים, ועם מיתרידטס השישי, מלך פונטוס, אויבם של הרומאים. על פי הכללים הדיפלומטיים, אי חידוש הברית התפרש ברומי כצעד עוין. נראה שעשה זאת עקב התפוררותה של האימפריה הסלאוקית והפחד מפני כוחה המתעצם של רומא במזרח, ובשל הניצול הכלכלי שלה. רפפורט אף מעיר שמדיניות הכיבושים שלו והריסת ערים הלניסטיות עמדה בניגוד גמור למדיניות הרומית. גם יורשיו של ינאי, שלומציון, הורקנוס השני ואריסטובולוס השני לא טרחו לחדש את הברית עם רומא, דבר שהיה להם לרועץ כאשר פומפיוס במסגרת מסע כיבושיו במהלך מלחמת מיתרידטס הראשונה הגיע לשערי הארץ (63 לפנה"ס). אף שהחשמונאים ביקשו את התערבותו, פומפיוס התייחס אליהם באופן קשוח ועוין, קיצץ בסמכויות השלטון ובגודל המדינה, והפך את ממלכת החשמונאים למדינה וסאלית.