Die Erschütterungen beim Franzoseneinfall 1798 hat das Stift zwar überstanden, aber nicht ohne massive Einbussen. Schwerer als der Verlust eines grossen Teils des Kirchenschatzes und die finanzielle Belastung durch Kriegssteuern wog die Auflösung der Feudalrechte durch die Revolution. Dadurch verlor das Stift seine Besitzungen und die damit verbundenen Einkünfte. Seit dem Wessenberg-Konkordat von 1806, einer Übereinkunft zwischen dem Kanton Luzern und der Regierung des Bistums Konstanz, sind die 18 Chorherrenpfründen für betagte Geistliche der deutschsprachigen Bistümer der Schweiz reserviert. Es wurden entsprechend Reformen des Stifts notwendig, die unter dem Stiftspropst Franz Bernhard Göldlin von Tiefenau durchgeführt wurde.