Le capitaine Calleja del Rey accompagne Juan Vicente de Güemes Padilla Horcasitas y Aguayo, comte de Revillagigedo en Nouvelle-Espagne en 1789, lorsque Güemes y prend ses fonctions de Vice-roi. Calleja devient commandant d'une brigade d'infanterie à San Luis Potosí. Sous le Vice-roi Miguel José de Azanza il combat avec force et cruauté pour soumettre les Indiens. Il combat également les flibustiers anglo-américains qui s'attaquaient au territoire espagnol lointain et bientôt abandonné du Texas. Parmi les officiers sous ses ordres, un certain Ignacio Allende deviendra plus tard un héros de la Guerre d'indépendance du Mexique.