Francuski garnizon kilkuset żołnierzy przejął fort 12 czerwca. Podczas późniejszego powstania Maltańczyków przeciw Francuzom, powstańcy maltańscy zbudowali Baterię Għargħar oraz Baterię Sqaq Cappara, aby ostrzeliwać Fort Manoel. Maltańczycy atakowali fort wielokrotnie, Francuzi w odwecie co najmniej raz. 12 września 1799 roku grupa francuskich żołnierzy z Fortu Manoel próbowała zniszczyć powstańcze stanowisko działa w San Ġwann, lecz zostali oni odparci przez powstańców.