Οι Μακεδόνες έλαβαν μέρος στην Ελληνική Επανάσταση του 1821. Η εξέγερση απλώθηκε στη Θάσο, στον Άθω, στη Χαλκιδική και στην Ημαθία, αλλά σύντομα πνίγηκε στο αίμα. Η συμμετοχή της Μακεδονίας στην Ελληνική Επανάσταση του 1821 ήταν αθρόα και καθοριστική για την τύχη της, γεγονός που αποτυπώνεται Α΄ Εθνοσυνέλευση της Επιδαύρου, όπου ο πληρεξούσιος Μακεδονίας Ιωάννης Σκανδαλίδης ο Μακεδών κατατάσσεται στο Α΄ κλήρο πληρεξουσίων και ορίζεται ο πρώτος Γραμματέας του Βουλευτικού. Κατά τη διάρκεια του 19ου αι. οι Μακεδόνες πήραν τα όπλα αρκετές φορές για να αποτινάξουν τον τουρκικό ζυγό (με σημαντικότερες το 1854 και το 1877), χωρίς όμως αποτέλεσμα. Την ίδια εποχή η οθωμανική διοίκηση σκλήρυνε τη στάση της απέναντι στο ελληνικό στοιχείο. Παράλληλα, η γενικότερη παρακμή της οικονομίας και η αποσύνθεση της δημόσιας διοίκησης είχε ως αποτέλεσμα να επιδεινωθούν οι συνθήκες διαβίωσης των χριστιανών (και ιδιαίτερα των Ελλήνων) της Μακεδονίας.