Zwischen 1010 und 1018 gab es unter der Führung von Melo da Bari mehrmals Aufstände gegen die byzantinische Herrschaft. 1063 erließ Trani die "Ordinamenta et consuetudo maris" (‚Regeln und Bräuche für das Meer‘), in denen erstmals für den Raum, der nicht unter byzantinischer Herrschaft stand, eine Art Seerecht kodifiziert wurde. Mit der Eroberung Süditaliens durch die Normannen und nach 50 Tagen Belagerung durch Robert Guiscard wurde Trani 1073 Teil des Normannenreichs. Seit dem frühen Mittelalter entwickelte sich Trani zu einem der wichtigsten Häfen Süditaliens für den Handel mit dem Orient. Die Hoch- und Blütezeit Tranis lag in der Zeit der Kreuzzüge im 12. und 13. Jahrhundert, als Kreuzfahrer und Kaufleute vor allem von Bari und Trani aus in das Heilige Land fuhren. Friedrich II. förderte den Deutschen Ritterorden und die Judengemeinde. Vom allgemeinen Niedergang unter den Anjou war Trani weniger betroffen, da der Hafen weiter gefördert wurde, der aber auch der Grund für einen jahrelangen Krieg mit Venedig war. Nachdem Trani unter der Herrschaft verschiedener Adelshäuser stand, geriet es von 1495 bis 1509 unter venezianische Herrschaft. König Ferdinand II. von Neapel hatte die Stadt an die Serenissima verpfändet, um damit einen Feldzug gegen die Franzosen zu finanzieren. Zu den verpfändeten Städten gehörten neben Trani auch Otranto, Monopoli und Polignano. Im 17. Jh. wurde eine Universität für juristische Studien eingerichtet. Einen Rückschlag in der Entwicklung stellte die Brandschatzung durch französische Truppen 1799 dar.