Pyrintöön palattuaan Nikkilä jatkoi uraansa vuosi kerrallaan. Elokuussa 2013 Nikkilä teki jatkosopimuksen Pyrinnön kanssa. Pyrintö pelasi kaudella 2013–2014 ensimmäisenä suomalaisjoukkueena Baltian liigaa, jossa se sijoittui neljänneksi. Korisliigassa Pyrintö voitti runkosarjan uudella voittoennätyksellä ja saavutti kauden päätteeksi kolmannen Suomen mestaruutensa. Kesällä 2014 Nikkilä harjoitteli täysillä tavoiteltuaan pääsyä Suomen MM-kisajoukkueeseen. Kesän aikana Nikkilä mietti jatkoaan Pyrinnön Korisliiga-joukkueessa vielä yhden kauden ajan, mutta päätyi kuntouttamaan itseään kauden jo alettua: edelliskauden suuri ottelumäärä ja kesän rasitukset laittoivat isokokoisen ja 35-vuotiaan Nikkilän fyysisesti koville. Lokakuisessa radiohaastattelussa Nikkilä totesi tekevänsä päätöksen tulevasta viimeistään vuoden loppuun mennessä.