Nel 1848 e nel 1849 fu uno dei capi dell'Insurrezione slovacca. Il 18 marzo 1848 si svolse nella sua parrocchia di Hlboké un'assemblea di patrioti slovacchi. Qui fu stilato un programma di incontri con lo scopo di elaborare un programma rivoluzionario nazionale. Seguì il 28 aprile una grande adunata nazionale a Brezová pod Bradlom, dove fu redatto il programma nazionale noto come petizione di Nitra ("Nitrianske žiadosti"). A maggio un'altra adunata nazionale a Liptovský Mikuláš approvò un nuovo programma del movimento nazionale, noto come Petizioni del popolo slovacco ("Žiadosti slovenského národa"), che traeva origine del programma regionale di Hurban. Hurban negli anni della rivoluzione scrisse le poesie patriottiche "Bije zvon slobody!" ("Batte la campana della libertà!") e "Bratia Slováci" ("Fratelli Slovacchi"). In questi anni fu anche presidente del Consiglio nazionale slovacco.