Durante la Guerra livonia el 18 de julio de 1558 Tartu fue conquistada por las tropas rusas, mientras que el resto de la diócesis fue conquistada durante 1558, por lo que la diócesis y el Obispado Principesco de Dorpat dejaron de existir. El último obispo en comunión con la Santa Sede fue Hermann Weiland, depuesto por los rusos el 23 de agosto de 1558, deportado a Rusia y fallecido en junio de 1563.