Vaikka armeija oli nimellisesti alisteinen keskuskomennolle, se toimi monissa tapauksissa huomattavan itsenäisesti. Sillä oli keskeinen rooli Mukdenin välikohtauksessa, sitä seuranneessa Mantšurian valtauksessa ja miehityksessä sekä toisessa Kiinan–Japanin sodassa. Halhin-Golin taisteluiden jälkeen se asetettiin suoraan Daihonein eli ylimmän sotaneuvoston hallintaan. Tyynenmeren sodan puhkeamisen jälkeen sen joukkoja ja kalustoa siirrettiin taistelemaan Yhdysvaltoja vastaan Tyynellemerelle. Guandong-armeija oli myös vastuussa monista pahimmista Japanin sotarikoksista, ja useita sen jäseniä tuomittiin kuolemaan Tokion kansainvälisessä sotarikostuomioistuimessa toisen maailmansodan jälkeen.