Sous sa direction, le club andalou réalise les meilleures performances de son histoire, remportant cinq trophées en l'espace de quinze mois. Durant sa première saison, le Séville FC se classe du championnat d'Espagne et remporte la Coupe UEFA 2005-2006, battant les Anglais de Middlesbrough sur le score de 4-0 en finale. Trois mois plus tard, le club s'adjuge la Supercoupe de l'UEFA 2006 aux dépens du vainqueur de la Ligue des champions, le FC Barcelone. Atteint à la tête par un projectile durant le quart de finale retour de la Coupe d'Espagne 2007 opposant les deux clubs de Séville, Ramos est conduit à l'hôpital. En juin, le Séville FC remporte le trophée, disposant de Getafe en finale. Les sévillans atteignent de nouveau la finale de la Coupe UEFA, et l'emportent aux tirs au but devant l'Espanyol Barcelone. du championnat d'Espagne 2006-2007 derrière le Real Madrid et le FC Barcelone, le club andalou se qualifie pour le préliminaire de la Ligue des champions. En août, le FC Séville remporte la Supercoupe d'Espagne face au Real Madrid, et dispute l'édition 2007 de la Supercoupe de l'UEFA face au vainqueur de la Ligue des champions, le Milan AC, qui s'impose sur le score de 3-1.