Debutta con il nuovo club il 16 settembre 2000 in Coppa Italia, in occasione del pareggio casalingo (0-0) contro la . Il 24 febbraio 2001, in campionato, realizza le prime reti con il Brescia nel 2-2 esterno contro la . Il successivo 1º aprile, contro la Juventus, segna uno dei suoi gol più belli: Andrea Pirlo lo lancia con un preciso passaggio da centrocampo, e lui salta Edwin van der Sar con uno stop a seguire per poi insaccare a porta vuota, fissando il punteggio sul definitivo 1-1; il risultato allontanerà i torinesi dal vertice della classifica, guidata fino alla fine dalla . Con 10 reti in campionato Baggio conduce la sua squadra all'8º posto — il miglior piazzamento mai ottenuto dal Brescia in Serie A — e alla qualificazione alla Coppa Intertoto, poi persa in finale contro il l'estate seguente, nonostante un doppio pareggio (0-0 al Parco dei Principi, 1-1 al Rigamonti), in virtù del gol siglato fuori casa dai parigini nella gara di ritorno (inutile il pari di Baggio su rigore). Inserito fra i 50 pretendenti per il Pallone d'oro 2001, giunge 25º nella classifica finale.