El primer edificio fue construido entre 1147 y las primeras décadas del siglo XIII en estilo Románico tardío. En aquel tiempo, las reliquias de San Vicente de Huesca (patrón de Lisboa) se llevaron a la catedral desde el sur del país. A finales del siglo XIII, el rey Dionisio I de Portugal construyó un convento gótico y su sucesor, Alfonso IV convirtió la capilla principal en panteón real para sí y su familia. En 1498, la reina Leonor fundó la "Misericórdia" de Lisboa en una de las capillas del convento de la catedral. La "Misericórdia" es una institución caritativa católica que luego se expandió por otras ciudades y que fue muy importante en Portugal y en sus colonias.