A partir de 1961, intensificou-se, com o apoio das forças norte-vietnamitas, a atividade da guerrilha no Vietname do Sul, dirigida pelo "Viet Cong", braço armado da Frente de Libertação Nacional. A intolerância, especialmente pelas perseguições aos budistas, e o fracasso da política de Diem fizeram crescer a impopularidade do regime, gerando revoltas, que contaram com o apoio dos comunistas do Norte. Em novembro de 1963, Diem foi deposto por um golpe militar e assassinado. Vários golpes de Estado se sucederam e ditaduras militares efêmeras ocuparam o poder até que em 1967 o general Nguyen Van Thieu, que já governava à frente de um Comitê Nacional de Liderança, foi eleito presidente. No Vietnã do Norte, em 1969, com a morte de Hô Chi Minh, Pham Van Dong tornou-se primeiro-ministro e Lê Duan, secretário-geral do Partido dos Trabalhadores (comunista).