オランダが依存していたイギリス軍はシンガポールの戦いで日本軍に敗北し、蘭印政府軍の敗北は確定した。2月19日、既にアンボンを占拠した日本側の東方支隊はティモール島に上陸し、クパン近くの西ティモールに特殊落下傘部隊を降下させた。そして12月には侵攻してきた連合軍を追い出すためにポルトガル領ティモールのディリ地域に上陸した。2月27日、日本阻止を目的とした連合軍海軍の抵抗は、ジャワ海域の戦いでの敗北で一掃された。1942年2月28日から3月1日にかけて、日本軍はジャワ島北海岸沿いの4地点に一斉上陸した。最も激しい戦闘が、アンボン、ティモール、カリマンタン、ジャワ海域での侵攻地点で行われた。バリのようにオランダ軍がいない場所では戦闘が行われなかった。3月9日、オランダ軍司令官は総督のと共に降伏した。