Foi eleito membro do parlamento do Transvaal em 1897, em representação do distrito de Vryheid. Dois anos mais tarde, Botha combateu na Segunda Guerra Anglo-Boer, inicialmente sob o comando de Lucas Meyer no norte do Natal, e depois como general comandante das forças boer no norte do Natal, condição em que demonstrou uma impressionante capacidade táctica na Batalha de Colenso e depois na Batalha de Spioen Kop.