Il 2009 vede importanti cambiamenti dal punto di vista organizzativo: vengono aperti i cantieri per la realizzazione del nuovo palazzo del cinema, quindi viene spostato l'ingresso dell'ex Palazzo del casinò sul lato Darsena. La sala PalaLido (già PalaGalileo) cambia di nuovo nome in "Sala Darsena". Viene anche aperta una nuova tensostruttura, di fronte alla scalinata del Casinò, che prende il nome di "Sala Perla 2". Viene inoltre creata la sezione competitiva "Controcampo italiano". La giuria, presieduta da Ang Lee, vincitore di due Leoni nel giro di tre anni, assegna il Leone d'oro al film israeliano "Lebanon".