Von 1914 bis 1917 war Boettrich Mitglied der deutschen Militärmission im Osmanischen Reich. In Friedenszeiten war er als osmanischer Oberstleutnant zunächst Chef der Eisenbahn-Abteilung im osmanischen Generalstab, im Krieg dann Chef des Feldeisenbahnwesens. Er unterzeichnete am 16. Oktober 1915 einen Befehl, der die Entlassung und darauf folgende Deportation Tausender beim Bau der Bagdadbahn eingesetzten Armenier genehmigte, und der damit zum Völkermord an den Armeniern beitrug. Dieser Befehl erfolgte gegen den Widerstand der deutschen Bahngesellschaft.