Entre os irmãos, destacaram-se Manuel Deodoro da Fonseca, generalíssimo, proclamador da República e primeiro presidente do Brasil; marechal Hermes Ernesto da Fonseca, que governou a Bahia e o Mato Grosso; e marechal-de-campo Severiano Martins da Fonseca, primeiro e único barão de Alagoas. Outros três irmãos, major Eduardo Emiliano, capitão Hypolito e alferes Afonso Aurélio, faleceram em combate, nas batalhas de Itororó (1868), Curupaiti (1866) e Curuzu (1866), respectivamente. O oitavo irmão, Pedro Paulino, foi precocemente reformado, como incapaz, no posto de tenente, sendo nomeado coronel honorário. João Severiano também era tio de Hermes Rodrigues da Fonseca, futuro presidente brasileiro.