1931年9月，奉天事變，日軍進佔東北，10月馮占海被吉林省臨時政府任命為吉林地區警備司令兼第一旅旅長。1932年1月與李杜等組織吉林自衛軍（後改吉林抗日義勇軍）反抗日軍，任副總司令兼右路總指揮，6月任總指揮。1933年1月張學良任命其為第六十三軍軍長兼第九十一師師長。不久參加熱河戰役失敗，投奔馮玉祥的察哈尔民众抗日同盟军任第四路總指揮。後轉投何應欽，1935年晉升國民革命軍中將。