פופוביץ' שימש כעוזרו של המאמן ג'ורג' קארל בנבחרת ארצות הברית באליפות העולם בכדורסל בשנת 2002 שהתקיימה באינדיאנפוליס בה אכזבה הנבחרת ולמרות יתרון הביתיות סיימה במקום השביעי בלבד. באולימפיאדת אתונה שהתקיימה בשנת 2004 שימש כעוזרו של המאמן לארי בראון, אך הנבחרת אכזבה שוב כאשר לראשונה מאז החלו לייצג אותה שחקני ליגת ה-NBA לא זכתה במדליית הזהב אלא במדליית ארד בלבד.