Markwart stand in dänischen Diensten und wurde von König Christian IV. von Dänemark als Reiterführer und Kommissar für ganz Niedersachsen eingesetzt. Insofern spielte er eine Schlüsselrolle im Niedersächsisch-Dänischen Krieg (1625–1629), als einer der Hauptauseinandersetzungen des Dreißigjährigen Krieges. Unterstützt von England und den Generalstaaten trat Christian IV. 1625 in seiner Eigenschaft als Oberster des Niedersächsischen Reichskreises in den Krieg ein. In der entscheidenden Schlacht bei Lutter am Barenberge am 27. August 1626 wurden die dänischen Truppen Christians IV. unter der Führung des Obersten Markwart von Pentz vom Feldherrn Tilly vernichtend geschlagen. Markwart wurde dabei schwer verletzt und erlag schließlich seinen Verletzungen am 27. Februar 1627 in Wolfenbüttel.