Im Jahr 2001 gab Mauricio Molina sein Länderspieldebüt für die Kolumbianische Fußballnationalmannschaft. Mit der Nationalmannschaft gewann er den Copa América 2001 im eigenen Land. Am 17. Juli 2003 erzielte er im Rahmen des CONCACAF Gold Cup 2003 sein erstes Länderspieltor beim 1:1 gegen Guatemala.