Bei der Agitation für die Kärntner Volksabstimmung 1920 warf er noch einmal das ganze Gewicht seiner Persönlichkeit in die Waagschale. Als dem politischen Flüchtling 1926 die Rückkehr ins Gailtal gestattet wurde, stand der gescheiterte Mann im 66. Lebensjahr. Franz Grafenauer starb in seiner Heimat am 13. Dezember 1935 im Alter von 75 Jahren an einem Nierenleiden.