Martyn Rooney naît et grandit dans le quartier londonien de Thornton Heath. Découvrant l'athlétisme au lycée, il dispute rapidement des courses de demi-fond et de cross-country, puis se concentre sur la distance du 400 m après avoir été repéré pour ses talents de finisseur. Il fait ses débuts sur la scène internationale durant la saison 2005 en se classant deuxième du 400 m et premier du relais 4 × 400 m des Championnats d'Europe junior de Kaunas. Sélectionné dans l'équipe du relais 4 × 400 m des Championnats du monde d'Helsinki à seulement dix-huit ans, il permet au Royaume-Uni de se classer quatrième de la finale. En 2006, il concourt sous les couleurs de l'Angleterre lors des Jeux du Commonwealth de Melbourne. Il prend la cinquième place du 400 m et établit en 45 s 51 un nouveau record national junior, améliorant ainsi la performance de Roger Black datant de près de vingt ans. Il remporte ensuite deux médailles de bronze (400 m et 4 × 400 m) lors des Championnats du monde junior de Pékin.