Tuy nhiên, tổng thống Ngô Đình Diệm vẫn không an tâm về một tổ chức phần chính đảng, phần tôn giáo, từng một thời có lực lượng hùng hậu. Bị nghi kỵ, nhóm Dân Xã xoay sang ủng hộ chính phủ cũng bị truy bức. Nguyễn Bảo Toàn phải trốn sang Cao Miên rồi qua Mỹ. Quyền lãnh đạo trao về cho một nhân vật ôn hòa hơn là Phan Bá Cầm. Trong kỳ bầu cử ngày 30 tháng 8 năm 1959, nhóm này trúng cử được ba ghế trong số 123 ghế Quốc hội, làm một thiểu số nhỏ trong Quốc hội hoàn toàn bị tổng thống Diệm chi phối. Nhưng chỉ sau một năm, nhân Cuộc đảo chính tại Việt Nam Cộng hòa năm 1960, Phan Bá Cầm cũng bị bắt giam. Tháng 10 năm 1962, Nguyễn Bảo Toàn trở lại Việt Nam, nhưng bị mật vụ chính quyền bắt và thủ tiêu tại sông Nhà Bè. Hoạt động của Dân Xã hoàn toàn bị tê liệt.