Po několika měsících strávených v Egyptě u Kleopatry se Caesar v roce 47 př. n. l. obrátil do Malé Asie proti pontskému králi Farnakovi II., který přepadl tamější římské provincie. Po krátkém, pětidenním tažení byl Farnakés poražen v bitvě u Zely. Senátu poslal poté Caesar stručný komentář svého vítězství: "„Veni, vidi, vici“" („Přišel jsem, viděl jsem, zvítězil jsem“). Odtud se vypravil do Afriky, aby se vypořádal se zbývajícími Pompeiovými straníky. V bitvě u Thapsu v roce 46 př. n. l. rychle přemohl republikánské vojsko vedené Metellem Scipionem (který v bitvě padl) a Catonem mladším. Po této vojenské katastrofě spáchal Cato v Utice sebevraždu. Království Numidie, jež podporovalo pompeiovce, bylo Caesarem přeměněno v římskou provincii. Nicméně Pompeiovi synové, Gnaeus Pompeius a Sextus Pompeius, spolu s Titem Labienem, bývalým Caesarovým legátem z dob galských válek, unikli do Hispánie. Po krátkém pobytu v Římě se je Caesar vydal stíhat a v březnu roku 45 př. n. l. je porazil v bitvě u Mundy. Republikáni resp. pompeiovci byli definitivně poraženi, pročež republika fakticky dospěla ke svému zániku.