30 ноября 1888 года мексиканский политик Матиас Ромеро и министр иностранных дел Японии Муцу Мунэмицу подписали Договор о дружбе, торговле и судоходстве. Этот договор подтверждал дипломатическое признание обеих стран, их право на осуществление коммерческих отношений друг с другом. Кроме того, этот договор должен был стать первым для дальнейшего расширения торгово-экономических отношений между странами. В мае 1942 года Мексика объявила войну Странам «оси», которые включали и Японию, тем самым вступил во Вторую мировую войну на стороне Антигитлеровской коалиции. Мексиканское авиационное подразделение 201st Fighter Squadron сражалось против японских пилотов в Битве за Лусон на Филиппинах. Спустя несколько лет после окончания Второй мировой войны мексикано-японские отношения были восстановлены.