Ernest Courtot de Cissey diende in Algerije, een toenmalige Franse kolonie. In 1849 werd hij "chef d'escradon" in Algerije en in 1850 luitenant-kolonel. Vervolgens nam hij deel aan de Krimoorlog (Rusland). Vanwege zijn dapperheid bij de Slag bij Inkerman, nabij Sebastopol, werd hij in 1854 bevorderd tot brigadegeneraal. In 1863 werd hij bevorderd tot divisie-generaal.