Ramos-Horta est né en 1949 à Dili, capitale du Timor oriental, d'une mère timoraise et d'un père portugais exilé au Timor portugais sous la dictature de Salazar. Il a fait ses études dans une mission catholique dans le petit village de Soibada, choisi plus tard par Fretilin comme quartier général après l'invasion indonésienne. Sur ses onze frères et sœurs, quatre ont été tués par l'armée indonésienne.