На молодіжному рівні Анелька став грати за молодіжну збірну Франції до 20 років у 1997 році на Молодіжному чемпіонаті світу. 22 квітня 1998 року він перший раз виступив за національну збірну в матчі проти Швеції. Його першим головним турніром став Чемпіонат Європи 2000 року, в якому Франція перемогла. Також він був частиною команди, яка виграла Кубок Конфедерацій у 2001 році. Незважаючи на багатообіцяючий початок, Анелька втратив своє місце в національній команді і не заявлявся до 2007 року. Це пов'язано з тим, що він не часто виходив в основному складі команди на клубному рівні, в основному завдяки тому, що він часто їх міняв. Коли нападник Джібріль Сіссе був змушений пропустити Чемпіонат світу 2006 року з-за травми, нападник ліонського «Олімпіка» Сідней Гову був викликаний в ролі заміни Сіссе, а не Анелька.