Im Jahr 1329 kam die Burg Murach an die Linie Pfalz-Neuburg der Wittelsbacher und 1353 an Kaiser Karl IV. von Luxemburg als König von Böhmen. Während der Hussitenkriege wurde Murach 1428 und 1433 nach der Schlacht bei Taus erfolglos von beutesuchenden Söldnern der Hussiten belagert. Während des Dreißigjährigen Krieges kam die Burg 1628 an das Kurfürstentum Bayern und wurde 1633 zusammen mit der Oberpfalz, dem ehemaligen Nordgau (Bayern) dem Kurfürstentum Bayern einverleibt. Als einer der Pfleger auf Burg Obermurach ist ein Christoph Gottfried Freiherr von und zu Murach nachweisbar. Seine Tochter Eva Sophia war Ehefrau des Carl Siegmund Graf und Herr von Aufseß.