Nel corso dell'operazione N i rapporti giapponesi non denunciarono alcuna perdita; da parte olandese non sono state rinvenute testimonianze di eventuali perdite inflitte all'attaccante né, tantomeno, si hanno dati precisi sulle vittime del KNIL. Nelle settimane immediatamente successive la 24ª Forza speciale di presidio si occupò di inviare distaccamenti nelle località appena ripulite dalla presenza olandese, allo scopo di farne avamposti per basi d'appoggio, di idrovolanti, di chiatte motorizzate: sessantasette uomini a Fakfak, settantanove a Ternate, settantasei a Boela, ottantasei a Babo; ai suoi ordini ebbe inoltre il presidio di Manokwari (che incrementò a 207 effettivi), di Sarmi (circa settanta uomini), Sorong e Hollandia. Già durante il 1942 l'Esercito imperiale rilevò comunque alcune di queste posizioni. A luglio un reparto assunse la difesa di Hollandia e, a dicembre, unità appartenenti alla 5ª Divisione fanteria occuparono Sarmi e Sorong. Il 1943 vide una sempre più cospicua presenza dell'arma nella Nuova guinea ex-olandese, i cui luoghi sperduti divennero sempre più importanti per l'Impero giapponese: Manokwari, ad esempio, divenne il fulcro logistico per la penisola di Vogelkop e lì si installarono i quartier generali della 2ª Armata e di una delle unità dipendenti, la 35ª Divisione; nel territorio di Hollandia furono messe in funzione tre piste aree e la frastagliata baia del paese evolse in un cruciale nodo marittimo; il 25 dicembre 1943, infine, la 36ª Divisione fanteria iniziò a trasferirsi sull'isola di Biak (ignorata dal contrammiraglio Fujita e indifesa) allo scopo di dotarla di un aeroporto e irrobustire la resistenza agli Alleati che, sotto la guida del generale MacArthur, stavano risalendo la costa settentrionale della Nuova Guinea dopo aver catturato Salamaua e Lae e aver eliminato la presenza nipponica nella Nuova Guinea orientale.