Politisch war St. André ein Parteigänger Robespierres. Er gehörte der Fraktion der Montagnards an und stimmte zusammen mit diesen für die Todesstrafe für Ludwig XVI. 1793 bis 1794 war er außerdem gewähltes Mitglied des Wohlfahrtsausschusses (frz. "Comité de salut public", „Ausschuss der öffentlichen Wohlfahrt und der allgemeinen Verteidigung“). In dieser Funktion war er der Volks-Repräsentant bei der Nordarmee. Nach den militärischen Misserfolgen der Revolutionsarmee im Juli 1793 bei Mainz betraute man ihn mit der Aufgabe, die Lage bei der Armee im Norden zu stabilisieren. Außerdem wurde er mit der Reorganisation der Militärhäfen in Brest und Cherbourg beauftragt. Als Marinekommissar des Wohlfahrtsausschusses nahm er Ende Mai/Anfang Juni 1794 an der Sicherung eines Lebensmittelkonvois teil, bei der es zur Seeschlacht am 13. Prairial zwischen französischen und britischen Schiffen kam, bei der er leicht verwundet wurde. Die französischen Schiffe sollten einem amerikanischen Konvoi unter Konteradmiral Pierre Jean Van Stabel sicheres Geleit geben. Weitere Aufgaben führten St. André nach Toulon und Marseille. Dem Umstand, dass er deshalb am 9. Thermidor nicht in Paris weilte, verdankte er als Parteigänger Robespierres wahrscheinlich sein Leben: Er entging so der Säuberungswelle zum Ende der Terrorherrschaft und musste nicht das Schicksal Robespierres und seiner Gefolgsleute teilen, die beinahe ausnahmslos unter der Guillotine endeten. Stattdessen wurde er am 28. Mai 1795 verhaftet. Während dieser Gefangenschaft entstand sein Porträt von der Hand des berühmten französischen Malers Jacques-Louis David.