Eugenie Niboyet, rozená Mouchon, se narodila 10. září 1796 ve francouzském Montpellier. Eugenie psala o svém rodinném zázemí v poslední části své knihy "Le vrai livre des femmes (Pravda o ženách)": „Pocházím z gramotné rodiny ze švýcarské Ženevy,“ napsala. Nejprve zdůraznila význam svého dědečka Pierra Mouchona, vzdělaného ženevského faráře, jenž byl přispěvatelem do "Encyklopedie" Denise Diderota a Jeana le Rond d'Alemberta. Teprve poté zmínila svého otce, který přišel do Francie studovat na lékařskou fakultu v Montpellier, a svou matku zmínila pouze větou: „Oženil se s dcerou faráře z Gar,“ což naznačovalo protestantský původ rodiny. Na začátku své knihy Eugénie zdůraznila důležitost původu své rodiny, vztah svého otce k novým myšlenkám francouzské revoluce což nakonec vedlo k odchodu rodiny do francouzského Cévennes z obav před represí. Její otec vychoval své tři syny v „úctě a lásce“ k Napoleonovi Bonaparte. Louis, pobočník francouzského generála Testea, zemřel v Rusku v bitvě u Borodina. Emile, zdravotník, byl zajat v německých Drážďanech. V době návratu Bourbonů na francouzský trůn žila rodina v Lyonu. Eugénie byla poznamenána na celý život zatčením některých rodinných příslušníků a návštěvami věznice. To jí nezabránilo tvrdit, že „během té doby bylo mým náboženstvím "Impérium", mým idolem byl Napoleon I.“