После начала Польской кампании Штреккенабах возглавил айнзацгруппу 1, сформированной в августе 1939 года в Вене и следовавшей за 14-й армией генерала-полковника Листа. 6 сентября 1939 года подразделение покинуло Вену и уже на следующий день достигла Кракова. 20 ноября 1939 года айнзацгруппа была распущена. С 1 ноября 1939 года был руководителем полиции безопасности и СД в польском генерал-губернаторстве. На этой должности был ответственным за так называемые акции умиротворения, в ходе которых 3500 мужчин и несколько сотен женщин польского сопротивления были осуждены и повешены. В конце мая 1940 года Штреккенбах сообщил, что «вынесения приговоров» практически завершены. Кроме того, он также участвовал в «очищении от поляков и евреев» восточных немецких провинций. В рамках программы переселения до 17 декабря 1939 года около 88 000 человек были депортированы из западных польских областей в генерал-губернаторство.