En 1959, une révolte se produisit à Lhassa. Tsarong avait été nommé pour ses compétences diplomatiques pour diriger une délégation pour négocier avec les autorités chinoises à Lhassa mais avant que les négociations puissent être finalisées, les palais du Potala et du Norbulingka furent bombardés. Plusieurs centaines de Tibétains périrent dans l'assaut et Tsarong et un nombre d'autres dignitaires importants furent faits prisonniers pendant les combats. Peu après sa capture, le , il mourut dans une prison militaire chinoise à Lhassa. Après avoir été arrêté, Tsarong fut emprisonné dans la maison Taring. Pendant 3 mois, il partagea une cellule avec d'autres détenus, ses jambes étaient enchaînées. Le matin de son procès, on le trouva mort. Selon les Chinois, il se serait suicidé, la famille n'y a pas cru, évoquant son courage. Selon Geshe Wangyal, il fut contraint de marcher autour du Jokhang, sans repos ni nourriture, tout en étant soumis à de lourdes flagellations par des soldats chinois. Ses serviteurs ont été forcés de prendre part au passage à tabac de leur maître. Ceux qui refusaient étaient emprisonnés ou exécutés. Après plusieurs jours de telles tortures, sa langue a été coupée.