Hij bracht zijn jeugd door aan het Zweedse koninklijk hof, waar hij bevriend geraakte met de latere koning Erik XIV van Zweden. In 1563 verklaarde Erik XIV de oorlog aan koning Frederik II van Denemarken, de gezamenlijke neef van Erik en Magnus. Deze oorlog werd de Zevenjarige Oorlog genoemd aangezien ze tot in 1570 duurde. In 1566 raakte Magnus betrokken bij de oorlog toen hij benoemd werd tot opperbevelhebber van het Zweedse leger. Magnus was echter onsuccesvol in deze functie, waardoor Erik XIV hem wilde ontslaan. Om dit te vermijden, besloot hij samen te werken met Eriks halfbroers Johan en Karel en op 29 september 1568 veroverden ze de stad Stockholm om Erik XIV van de troon te stoten. Op 4 juli 1568 huwde hij met Eriks halfzus Sophia van Zweden.