Касније се повезао са покретом за независност. Цанков се у почетку противио априлском устанку, али је убрзо променио мишљење и почео да буде активан у подршци независности. Током кратког периода руске администрације у Бугарској био је заменик Најдена Герова у гувернерству Свиштова. Водећа личност у напорима ка независности, постао је поштован као глас умереног либерализма, пошто је био спреман да сарађује са конзервативцима након 1879.