Onmiddellijk na de Duitse inval in de Sovjet-Unie, in augustus 1941, werd deze republiek opgeheven en haar bevolking gedeporteerd naar Siberië en Kazachstan, zogenaamd omdat zij voorbereidingen zou hebben getroffen voor de ontvangst van de Duitse troepen. Dat was een logistieke onmogelijkheid en diende als voorwendsel. Tijdens de deportatie kwamen één op de vijf, honderdduizend in totaal, om. Nadat zij zich in de jaren vijftig weer vrij mochten vestigen, raakten Wolga-Duitsers verstrooid over de Sovjet-Unie en de jonge generatie mengde zich door huwelijken onder de Russen zodat hun cultuur en taal meer en meer naar de achtergrond gedrongen werden. Na hun officiële rehabilitatie in 1956 zouden pogingen om de Wolga-Duitse Autonome Socialistische Sovjetrepubliek opnieuw op te richten op niets uitlopen.