Republiken Dubrovniks ekonomiska uppgång betingade myndigheterna att vidta åtgärder för uppförandet av en större och mer enhetlig byggnad som skulle kunna tjäna som tullhus och lagerlokal. Att det fanns idéer för en ny byggnad framgår av det styrande rådets protokoll från år 1513. Republikens chefsarkitekt Paskoje Miličević gavs uppdraget att rita en ny byggnad men avled innan den hunnit färdigställas. Till skillnad från många andra byggnader förblev Sponzapalatset intakt efter den stora jordbävningen år 1667.