Em 1979, ainda como um jogador ativo, Villar formou-se em Direito, e que praticou a atividade durante os anos seguintes, que acumulou com vários postos nas hierarquias do futebol, ele foi um dos fundadores da Real Federação Espanhola de Futebol em 1978. Aonde já trabalhou sob o comando do presidente José Luis Roca, Villar foi eleito seu sucessor em 1988, e ficou no cargo por duas décadas seguintes, sendo responsável pelo título da Espanha no Campeonato Europeu de Futebol de 2008.Villar também ocupou vários cargos da UEFA e também da FIFA, a ser nomeado vice-presidente das organizações, respectivamente em 1992 e 2002. Após a saída controversa da Espanha na Copa do Mundo FIFA de 2002 que ele deixou o cargo no último, mas foi imediatamente chamado, entre outros, para a presidência do Comité de Árbitros (também nesse ano, ele foi nomeado para essa posição na UEFA). Villar levou a mal sucedida Espanha e Portugal 2018 Copa do mundo lance. em 16 de fevereiro de 2012, ele foi eleito para seu sétimo mandato à frente da Federação Espanhola de Futebol, permanecendo no cargo até 2016. Ele se tornou presidente interino da UEFA após o Michel Platini ser suspenso do cargo.