Passò in prima squadra dell'Atlético Nacional nel 1984, dopo aver giocato nel settore giovanile del club; tra gli anni 1980 e gli novanta vinse Libertadores, Coppa Interamericana e un campionato nazionale e andò vicino a disputarsi ai rigori la Coppa Intercontinentale 1989 contro il Milan; Fajardo però non partecipò a tale incontro. Lasciato l'Atlético, disputò la stagione 1995-1996 con l'Independiente Medellín e successivamente si ritirò.