После смерти Вратислава II осталось двое сыновей, один из которых, Максимилиан (ок. 1575—1593), избрал духовную карьеру и умер во время обучения в Риме. Второй сын, Ян V из Пернштейна (1561—1597), пытаясь расплатиться с долгами отца, распродал часть фамильных имений и погиб в бою во время Тринадцатилетней войны с Турцией. Яну V наследовал его сын Вратислав Эусебий (1594—1631), погибший в Тридцатилетней войне в возрасте 37 лет неженатым и бездетным. Согласно последней воле Вратислава, его владения унаследовала его сестра Фребония из Пернштейна (1596—1646).