בדרשה ביולי 2005 גינה את הפיגועים בלונדון ואת הפיגועים בשארם א-שייח, אך נמנע מלגנות את הפיגועים בישראל. משרד החוץ הגיש מחאה. דברים אלו עוררו מחלוקת חריפה אחרי תקופה שבה היחסים בין ישראל לוותיקן היו תקינים. המחלוקת יושבה אחר זמן קצר וראש הממשלה שרון שלח לאפיפיור מכתב שבו כינה אותו "ידיד ישראל". בכיר בוותיקן צוטט כאומר כי "שני הצדדים עשו טעויות". בינתיים עורר רושם ביקורו של בנדיקטוס בבית כנסת בגרמניה.