1568 kämpfte er bei der "Combat du Levée" nahe Saumur, in der Sébastien de Luxembourg, Vicomte de Martigues und Gouverneur der Bretagne, die Protestanten unter Andelot und La Noue schlug. In der Schlacht bei Jarnac vom 13. März 1569 kommandierte Malicorne eine Schwadron Lanzen. Am 3. Oktober 1569 kommandierte er in der Schlacht bei Moncontour unter Gui de Daillon, Comte du Lude und Gouverneur des Poitou, die Kavallerie der königlichen Armee. Im Oktober 1570 reiste er als Gesandter Caterina de’ Medici s nach Spanien, um König Philipp II. die Glückwünsche Frankreichs zu seiner Hochzeit mit Anna von Österreich zu überbringen. 1572 kämpfte seine Kompanie im Poitou, um den Comte du Lude als Gouverneur des Poitou zu unterstützen. Am 4. September 1572 befahl Karl IX. Gui du Lude, den Protestanten entgegenzutreten, falls sie sich erheben sollten, und zu diesem Zweck alle Truppen zu sammeln, die er zusammenstellen könne. Seine Unterkommandeure waren Lansac, La Fayette, Malicorne, Vassé, La Vauguyon, der Comte de Ventadour etc.