La Roma inició la campaña 2008-09 sin la presencia de Totti que se resintió de su lesión después de un choque con Maicon durante la final de la supercopa. Reapareció nuevamente el 16 de noviembre de 2008 para disputar el derbi romano ante la Lazio, asistiendo a Júlio Baptista para que marcara el gol de la victoria. En total disputó veinticuatro encuentros y marcó trece goles en la liga, incluido su gol #178 para igualar a Giampiero Boniperti en la decimosexta posición de los máximos goleadores históricos de la Serie A.