Hoeneß también jugó 35 veces con . Fue uno de los seis jugadores del Bayern que ganaron la Eurocopa 1972 y la Copa Mundial de Fútbol de 1974. En la final de dicho mundial, cometió un penalti sobre Johann Cruyff durante los primeros minutos de partido que permitió adelantarse a los . En la final de la Eurocopa 1976 en Belgrado contra la República Socialista de Checoslovaquia, erró la pena máxima decisiva de la tanda de penaltis, lanzando el balón por encima del larguero.