В составе сборной Чехии Якуб Шиндел принимал участие в юниорских чемпионатах мира 2003 и 2004 годов, на последнем из которых он вместе с командой завоевал бронзовые награды, а также в первенствах мира среди молодёжи 2004 и 2006 годов. Также Якуб призывался под знамёна сборной для участия в матчах Еврохоккейтура в сезоне &lt;a href="%D0%A5%D0%BE%D0%BA%D0%BA%D0%B5%D0%B9%D0%BD%D1%8B%D0%B9%20%D0%95%D0%B2%D1%80%D0%BE%D1%82%D1%83%D1%80%202007/2008"&gt;2007/08&lt;/a&gt;.