2 września 1939 r. miasto zajęły wojska niemieckie. Ani podczas ich bytności, ani po wycofaniu się i przed przybyciem wojsk radzieckich, nie doszło do żadnych incydentów wymierzonych przeciwko Żydom. 27 września, po wkroczeniu jednostek Armii Czerwonej, Jedwabne zostało zaanektowane przez Związek Radziecki. Działalność rozpoczęły wówczas polskie organizacje podziemne, a oddział partyzancki stacjonujący na uroczysku Kobielne uległ rozbiciu przez Rosjan. 22 czerwca 1941 Jedwabne zostało zajęte przez Niemców. 10 lipca 1941 miasto stało się miejscem mordu co najmniej 340 Żydów przez Polaków. Po wojnie aresztowano i skazano dziesięciu uczestników zbrodni. W 2001 na miejscu zbrodni odsłonięto pomnik, który zastąpił wcześniejsze upamiętnienie z błędnym napisem o sprawcach pogromu oraz liczbie ofiar.