Fue ascendido a coronel, y se le encomendó el Estado Mayor General. En tal calidad se sumó al Ejército del Norte, que invadió el actual territorio ecuatoriano, durante la guerra contra la Gran Colombia. Colaboró siempre al lado del presidente José de La Mar y luchó en la batalla del Portete de Tarqui (27 de febrero de 1829). Luego siguió al presidente La Mar al cuartel general establecido en Piura, donde ambos fueron apresados el 7 de junio de 1829, durante el golpe de estado dirigido por el general Agustín Gamarra. Junto con La Mar y ocho esclavos negros fue desterrado a Costa Rica. En Costa Rica contrajo matrimonio con doña Rosalía Escalante y Nava, hija de don Manuel García Escalante y doña Manuela de Nava López del Corral, quien era nieta materna del gobernador español don José Joaquín de Nava y Cabezudo.