Mengele pakeni toisen maailmansodan jälkeen Saksasta Etelä-Amerikkaan, jossa hän vietti loppuelämänsä. Hänen Auschwitzitssa tekemänsä rikokset pystyttiin dokumentoimaan laajasti ennen Nürnbergin sotarikosoikeudenkäyntejä ja muita sodanjälkeisiä oikeudenkäyntejä, joissa käsiteltiin saksalaisten toisessa maailmansodassa tekemiä rikoksia. Länsi-Saksan viranomaiset antoivat Mengelestä pidätysmääräyksen vuonna 1959 ja luovuttamispyynnön seuraavana vuonna. Mengeleä ei kuitenkaan koskaan otettu kiinni eikä tuomittu rikoksistaan. Mengelen ja hänen kollegoidensa tekojen seurauksena kehitettiin Nürnbergin säännöstö, joka on ihmisillä tehtäviä lääketieteellisiä kokeita koskeva eettisten periaatteiden säännöstö.