L'annuncio dell'ottobre 2008 di un rifacimento dei primi due "Pikmin" su Wii con l'utilizzo dei sensori di movimento, fece sorgere dei dubbi sul fatto che un nuovo titolo fosse in sviluppo. Comunque, in una subito successiva intervista a IGN, si chiarì che il rifacimento di "Pikmin" e "Pikmin 2" per la serie New Play Control! era slegato dallo sviluppo di "Pikmin 3". Il gioco non fu mostrato alle E3 2009, 2010 e 2011, ma Miyamoto confermò nel giugno 2010 che il gioco era ancora in fase di sviluppo. All'Electronic Entertainment Expo 2011, durante la tavola rotonda di Miyamoto, egli dichiarò che lo sviluppo era stato spostato su Wii U, il successore del Wii. Riteneva che la grafica HD e il controller basato sul touch screen sarebbero stati meglio per il gioco. La presentazione del gioco fu confermata per l'E3 2012.