Nach der Auflösung des Frauen-Fortschrittsverband wurde Bajer 1904 wieder in der Dänischen Frauengesellschaft DK aktiv, wo sie 1904–1909 stellvertretende Vorsitzende des Kopenhagener Kreises und dann bis 1917 Vorstandsmitglied war. Seit 1905 saß sie im Vorstand der zugehörigen Hausfrauenvereinigung. Zuvor wurde sie auch Mitglied des Beirats von "Kvindernes Bygning" und war auch im Bereich des Tierschutzes aktiv. Politisch sympathisierte sie nach 1905 mit der radikalen Linken. Der Ausbruch des Ersten Weltkriegs 1914 erschütterte das Vertrauen der Pazifisten in internationale Solidarität und diplomatische Beilegung von Konflikten. Bajer trat der dänischen Frauenfriedenskette bei, einer Vereinigung, die aus dem Internationalen Friedenskongress der Frauen in Den Haag 1915 hervorging und die sich 1919 zur "Women’s International League for Peace and Freedom" (WILPF, Internationale Frauenliga für Frieden und Freiheit – IFFF) entwickelte.