במאה ה-16 התיישבו באי פליטים מאלבניה, שנמלטו מעושק השלטון העות'מאני, והפכו את הנמל למרכז סחר עשיר ולצומת המסחר הראשי בים האגאי. באי היה צי סוחר של 160 ספינות, שהביא עושר רב לבעליו. בתקופת המלחמות הנפוליאוניות שברו סוחרי הידרה את המצור הבריטי וסיפקו סחורות לצרפת. במאה ה-18 זכה האי לאוטונומיה, ובמקום תשלום מיסים סיפק מלחים לצי העות'מאני. אוכלוסיית הידרה תפחה ל-40,000 ערב מלחמת העצמאות של יוון ב-1821. בזמן המלחמה הפכו ספינות האי למשחתות. מפקד צי המרד – אנדריאס מיאוליס – היה בן הידרה.