Solo nel 2006, sei anni dopo il suo ultimo film "Pene d'amor perdute" (a parte il corto "Listening" del 2003), Branagh torna dietro la macchina da presa, stavolta con produzioni indipendenti, con due film: "As You Like It - Come vi piace", basato sull'omonima opera di William Shakespeare, e "Il flauto magico" quest'ultimo tratto dal singspiel mozartiano del diciottesimo secolo. Entrambi i film ottengono scarsi risultati commerciali e vengono quasi ignorati dalla critica. Nel 2007 realizza il remake del celebre film "Gli insospettabili" (1972), con protagonisti Michael Caine (nella parte che fu di Laurence Olivier) e Jude Law. Si tratta di una commedia nera, grottesca, oltreché del primo tentativo di Branagh dai tempi di "Frankenstein" di staccarsi dai suoi film solitamente basati su opere di Shakespeare. Presentato alla Mostra del Cinema di Venezia, non viene generalmente considerato all'altezza del capostipite, anche se non manca chi apprezza l'opera.