Omstreeks 1542 werd een nieuwe kadedijk aangelegd ter beteugeling van de Dollardvloeden. Deze dijk volgde het tracé van de oeverwallen langs de Munter Ae tussen Woldendorp en 't Waar. Het dorp is aan die dijk ontstaan; de oudste boerderijen staan zijdelings tegen de dijk. Omstreeks 1573, enkele jaren na de Allerheiligenvloed werd deze waterkering uitgebouwd tot een zeedijk. Johan Rengers van ten Post noemt dorp het rond 1582 een "vledder" (moeras) "in de uterdycken achter Wagenborgen in den Dullert gelegen", dat na de Allerheiligenvloed van 1570 door de Oldambtsters succesvol herbedijkt is. Door oorlogshandelingen raakte deze dijk omstreeks 1589 in ongerede. Op de plek van de belangrijkste sluizen bij Nijezijl (vermoedelijk bij het huidige dorp) en Zwaagsterzijl werden na 1580 schansen gebouwd, die met Spaansgezinde troepen werden voorzien. Deze Nijezijl is mogelijk identiek aan de "Waghenborgerzijl", genoemd in 1580. Na de Reductie van 1594 werden de dijken weer hersteld. In 1626, 1666 en 1701 volgden nieuwe inpolderingen.