De acuerdo con Hernán Cortés, militares de Coixtlahuaca se rindieron a los españoles en septiembre de 1520. Coixtlahuaca fue incorporado en el Virreinato de Nueva España como el municipio de San Juan Bautista Coixtlahuaca, de la provincia de Oaxaca, y posteriormente con la Independencia y la creación de un México Independiente, siguió siendo un municipio, ahora en el Estado de Oaxaca, que futuramente sería un pueblo lleno de cultura y riqueza arquitectónica, tierra de mezcal y pulque, casa de la primera iglesia de la ruta dominicana. También acreedora del primer pan de huevo de la región, fruto de la combinación de la cultura nativa y española.