Le , lors d'un Nintendo Direct, Nintendo annonce la présentation du jeu à l'E3 2013 sous sa forme Nintendo 3DS et Wii U. Début juin, Sakurai confirme la diffusion d'une bande-annonce pendant le Nintendo Direct de l'E3 2013. À la suite de cette annonce, des images ont été postées régulièrement sur le site officiel et sur Miiverse, et les différents personnages ont été présentés via des cinématiques. Au cours de l'E3 2013, Sakurai affirme qu'aucun contenu additionnel n'est prévu à cette date, et que les deux jeux pourraient avoir des dates de sorties différentes du fait des limitations techniques rencontrées, notamment concernant l'ajout des Ice Climbers dans la version Nintendo 3DS. Ces limitations rendent impossible la transformation d'un personnage lors d'un combat, d'où la séparation des personnages Zelda et Sheik ou d'aller sur Miiverse ou le Navigateur Web pendant que le jeu est en cours d'utilisation. De même, la console redémarre lorsque le jeu est quitté. Ces derniers problèmes sont résolus sur New Nintendo 3DS du fait de sa nouvelle architecture, plus puissante.