Turun palon jälkeen Turun akatemia siirtyi Helsinkiin. 1800-luvun suomalaista filosofiaa hallitsi hegeliläisyys. Filosofian professorina toimi J. V. Snellmanin jälkeen Thiodolf Rein, joka perusti Suomen filosofisen yhdistyksen vuonna 1873. Hänen seuraajakseen siirtyi vuonna 1905 uuskantilainen Arvi Grotenfelt. Vuonna 1906 oppituoli jaettiin (uudelleen) teoreettiseen ja käytännölliseen filosofiaan.