Pierwszy sezon w nowym zespole był najgorszym w karierze Francuza w Formule 1. Ani on, ani jego kolega z zespołu, Nick Heidfeld, jadąc w słabym samochodzie z zawodnymi silnikami Peugeota, nie potrafili wywalczyć żadnego punktu. Sezon 2001 Alesi zaczynał również w Proście, zdobywając w 12 wyścigach cztery punkty. Po Grand Prix Niemiec, w którym wywalczył punkt za szóste miejsce, przeszedł do zespołu Jordan w miejsce zwolnione przez Heinza-Haralda Frentzena. W tym zespole wywalczył jeszcze punkt w Grand Prix Belgii, a po ostatnim wyścigu sezonu, Grand Prix Japonii, postanowił zakończyć karierę w Formule 1 i spróbować swych sił w niemieckiej serii wyścigowej DTM.