Por el segundo semestre, Bianchi se hace con el enganche brasileño Pedro Iarley, proveniente de aquel Paysandú que sorprendió al entrenador argentino cuando ganó en La Bombonera. A pesar de la marcha de Ibarra y Delgado, el equipo gana el de punta a punta, consagrándose un par de fechas antes en cancha de Racing. En vísperas de reeditar un año perfecto, Bianchi volvió a preparar un equipo competitivo en Yokohama ante el Milan de Carlo Ancelotti, liderados por Andriy Shevchenko y Andrea Pirlo. Los italianos golpearon primero con un gol de Jon Dahl Tomasson, pero el xeneize empata rápidamente a través de Matías Donnet. En otro planteo táctico perfecto de Bianchi, Boca fuerza a los penales, una especialidad durante el ciclo del "Virrey". Roberto Abbondanzieri se luce en la tanda, atajando a Pirlo y a Alessandro Costacurta, sumado a un penal errado por Clarence Seedorf. Raúl Cascini anota el definitivo y le da la tercera Copa Intercontinental a Boca, quien se convierte en el equipo con más campeonatos mundiales junto a Real Madrid, Peñarol, Nacional y Milan. Bianchi se convierte en el entrenador más ganador de la historia de la Copa Libertadores, con 4 ediciones ganadas (1994, 2000, 2001 2003).