Năm 1987 Silvio Berlusconi đã đưa van Basten về với A. C. Milan, và sau đó thì 2 người đồng hương là Ruud Gullit và Frank Rijkaard cũng đến đây cùng ông vào năm 1988. Trong mùa giải đầu tiên của ông, Milan đã giành scudetto đầu tiên của họ sau 8 năm nhưng van Basten chỉ ra sân 11 trận vì chấn thương mắt cá. Bất chấp những chấn thương đó, Basten đã tham gia Euro 1988 và ghi được 5 bàn trong đó có 1 hat-trick trong trận gặp Anh, 1 bàn trong trận bán kết gặp Tây Đức và một trong trận chung kết gặp Liên Xô. Ông và Gulit đã ghi 2 bàn đem lại chiến thắng 2-0 và bước lên ngôi vô địch Châu Âu. Ông cũng là vua phá lưới của giải năm đó, và đoạt luôn danh hiệu cầu thủ hay nhất châu Âu.