Urodził się w Augustowie, w rodzinie nauczycielskiej. Jego rodzice byli pierwszymi nauczycielami (1919 r.) w Szkole Powszechnej w Augustowie. Ojciec – Hieronim Jonkajtys został aresztowany w październiku 1939 i zamordowany przez NKWD (w tym czasie Augustów był już pod okupacją sowiecką). Wcześniej – we wrześniu 1939 w walkach z Sowietami zginął starszy brat Mariana – Bronisław, podchorąży Wojska Polskiego.