Varela, poseedor de tierras en Guandacol (provincia de La Rioja), combatió contra el gobierno de Juan Manuel de Rosas en la década de 1840. La persecución del gobernador de Buenos Aires le llevó al exilio en Chile, donde se unió al ejército de ese país en la Revolución de 1851; luego de la caída de Rosas, en 1852, retornó sumándose al ejército de la Confederación, donde ocupó el cargo de segundo jefe de la frontera en Río Cuarto.