Als Preußen im Oktober 1806 seine Niederlage von Jena und Auerstedt erlebte, versetzte Dohna-Schlohbitten Danzig und Graudenz in den Verteidigungszustand. Er setzte für Westpreußen durch, dass sich dort die Behörden verpflichteten, nichts gegen die Besatzer zu unternehmen, solange diese die Provinz in ihrer Gewalt hatten. Als die Franzosen hierfür eine Geisel als Pfand forderten, meldete sich Dohna-Schlobitten als Freiwilliger, um einem von den Eroberern hierfür ausgewählten Älteren dieses Schicksal zu ersparen und erlebte er einige Wochen französische Geiselhaft.