Ο ίδιος, συγκεντρώνοντας λάφυρα, σχημάτισε μια σεβαστή περιουσία και ενίσχυσε την προβολή του. Ήλεγξε εφημερίδες και μίσθωσε θιασάρχες επιθεωρήσεων, που προώθησαν την εικόνα του υπερ-ήρωα. Η τότε κυβέρνηση, το Διευθυντήριο, τού ανέθεσε μία αδύνατη αποστολή, ώστε να εξοντώσει την ανερχόμενη πολιτική του ισχύ. Η απόβαση 35.000 στρατιωτών στην αυτόνομη Αίγυπτο το θέρος του 1798, παρά τις πρόσκαιρες επιτυχίες, ήταν ουσιαστικά μία αποτυχία. Όταν η βρετανική μοίρα του Νέλσονα έκαψε τον γαλλικό στόλο της Μεσογείου στη Ναυμαχία του Νείλου, οι κατακτητές Γάλλοι βρέθηκαν πολιορκημένοι. Ο Ναπολέων, όπως έκανε και στην Ιταλία, απαντούσε στις εξεγέρσεις των ντόπιων με μετρημένη και ενίοτε αιματηρή καταστολή. Όταν η Οθωμανική Αυτοκρατορία κήρυξε τον πόλεμο, εισέβαλε στη Συρία για να ξεσηκώσει τους υπόδουλους Άραβες και Κόπτες. Το όλο εγχείρημα, που είχε ξεκινήσει με στόχο τις Βρετανικές Ινδίες, είχε αλλάξει τελείως σκοπό τον Ιανουάριο του 1799. Ταυτόχρονα, ο Β΄ Συνασπισμός εναντίον της Γαλλίας της επιτέθηκε, αρχίζοντας νέα σύρραξη στην Ευρώπη. Παραδόξως, η κρίση του νέου πολέμου πιθανόν εξασφάλισε στον Ναπολέοντα την ατιμωρησία, για την ουσιαστική αποτυχία της μεσανατολικής εκστρατείας. Στη Συρία επίσης απέτυχε. Η γενική εξέγερση δεν συνέβη. Συνεπικουρούμενοι από τον βρετανικό στόλο, οι Τούρκοι, παρά τις συνεχείς ήττες τους σε μάχες ανοικτών πεδίων, συγκράτησαν τους Γάλλους στο παλιό φρούριο του Άγιου Ιωάννη της Άκκρας. Ο Βοναπάρτης έλυσε την επιχείρηση και επέστρεψε στην Αίγυπτο, όπου απέκρουσε στον κόλπο του Αμπουκίρ την απόβαση μίας τουρκικής στρατιάς (Ναυμαχία του Νείλου). Αλλά αντιλήφθηκε ότι τα πάντα είχαν χαθεί. Εγκατέλειψε τον στρατό του, αφού διέθετε πολλούς οπαδούς στη Γαλλία, που ήλπιζαν να τους απαλλάξει από τους εχθρικούς στρατούς και το ημι-ανίκανο Διευθυντήριο, και διαφεύγοντας πάλι από τον Βρετανικό στόλο επέστρεψε στην Ευρώπη.