Крепость Ираклион всё ещё держалась, поэтому войскам Османской империи пришлось в 1667 и 1668 годах постепенно сжимать кольцо осады. Оборонявшийся гарнизон был утомлён и пал духом: ожидавшаяся из Франции помощь так и не пришла, а прочие союзники постоянно отвлекались на решение вопросов, связанных с первенством среди командиров кораблей объединённого христианского флота. Лишь весной 1669 года французские войска прибыли на Крит, но турки оказали решительное сопротивление атакам на их позиции с моря, и обе стороны понесли значительные потери. Через полтора месяца нерешительных действий французы лишились желания сражаться и уплыли домой. Командовавшему венецианским гарнизоном Франческо Морозини не оставалось ничего иного, как капитулировать после двадцатилетней осады.