Die nach dem 11. September 2001 von den USA geforderte Auslieferung Osama bin Ladens lehnte Omar in einem Telefoninterview als „unislamisch“ ab und machte die vergangene US-amerikanische Außenpolitik für die Terroranschläge verantwortlich. Nach dem Sturz der Taliban Ende 2001 war Omar auf der Flucht. Auf seine Ergreifung setzte die US-Regierung ein Kopfgeld in Höhe von 10 Millionen Dollar aus. Er soll sich zu dieser Zeit in Kandahar unter dem Schutz eines lokalen Stammesführers befunden haben. Danach wurde er Anführer der militanten Organisation Quetta Shura, die sich aus den Resten der gestürzten Taliban-Regierung bildete.