Болота в дельте Немана в 1993 году включены в список водно-болотных угодий, имеющих международное значение, и защищены Рамсарской конвенцией. В целях защиты дикой природы и содействия научным исследованиям в 1992 году был создан Региональный парк дельты Немана. Он занимает 239,5 км² и состоит из 14 заповедников и одного водоёма. Около 20 % территории парка покрыто водой. С 1999 года каждый октябрь Литовское общество орнитологов и администрация парка организуют наблюдение за птицами. Каждый год дельта затапливается, но самыми большими угрозами для неё являются загрязнение окружающей среды, развитие сельского хозяйства, рыболовства и туризма.