Monet kyproslaiset kaupungit, joissa enemmistö asukkaista oli kreikkalaisia, liittyivät Joonian kapinaan vuosina 499–498 eaa. Persian valtaa vastaan. Ainoastaan Amathus pysyi Persian puolella, samoin alun perin myös Salamis. Salamiissa vallan kaapannut Onesilos kuitenkin ryhtyi kapinan johtajaksi. Persialaiset hyökkäsivät saarelle kukistaakseen kapinan. Ratkaiseva taistelu käytiin Salamiin kaupungin läheisellä tasangolla. Onesilos surmattiin, ja persialaiset valtasivat kapinoineet kaupungit takaisin vuonna 498 eaa., viimeisinä Pafoksen ja Soloin. Näin saari palasi Dareioksen vallan alle, ja otti osaa Kserkseen sotaretkeen Kreikkaa vastaan 150 laivalla persialaissodissa vuonna 480 eaa.