Після поразки республіканців на виборах в Конгрес 7 листопада 2006 президент Джордж Вокер Буш прийняв відставку непопулярного через війну в Іраку міністра оборони Доналда Рамсфельда. 8 листопада 2006 він висунув кандидатуру Гейтса на посаду міністра оборони США. У грудні кандидатуру Гейтса схвалив Конгрес США, і він приступив до керівництва Пентагоном, прийнявши у спадок від попередника дві війни, в Афганістані і в Іраку.