1915年6月7日，中、俄、蒙在恰克图签定《恰克图协定》，将此声明具体化。据此，同年6月9日，外蒙古宣布取消“独立的大蒙古国與共戴年號”。中华民国大总统袁世凯册封第八世哲布尊丹巴为“呼图克图汗”，并赦免独立运动人士。外蒙古取消独立，实行自治。此时外蒙古上层的僧俗两派斗争趋于白热化，哲布尊丹巴呼图克图派人毒死了“外务大臣”杭达多尔济与赛音诺颜部亲王那木囊苏伦，压制了世俗王公的势力。