La carriera di Nikolaj Apalikov inizia a livello giovanile nella sua città natale, Orsk, e poi nell', in seguito . Dal 2000 viene promosso in prima squadra, vincendo due edizioni consecutive della Coppa di Russia e disputando la finale della Top Teams Cup 2000-01 e la final-four della Coppa CEV 2003-04, nella quale si classifica terzo. Nel 2005 esordisce in nazionale, con la quale disputa la finale del campionato europeo, persa contro l'Italia padrona di casa.