Wilmanns nahm auch an der II. Orthografischen Konferenz teil, die 1901 in Berlin stattfand, und war neben Konrad Duden der einzige Experte, der schon bei der ersten Konferenz 1876 mitgewirkt hatte. Dabei hatte er wesentlichen Anteil am letztlich vereinbarten Regeltext und wurde damals vielfach als dessen Verfasser bezeichnet.