Sie überstand die großen Erdbeben des 17. Jahrhunderts, bis sie während der britischen Invasion der Philippinen 1762, einem kurzen Kapitel des Siebenjährigen Krieges, zerstört wurde. 1852 wieder aufgebaut und komplettiert, überstand sie die großen Erdbeben von 1863 und 1880 nahezu unbeschadet, bis sie 1944 beim Bombardement Manilas durch die USAAF zerstört wurde. Es blieben nur die westliche Fassade und der Glockenturm stehen. Ihr Wiederaufbau erfolgte in den 1950er Jahren, konnte jedoch erst 1984 abgeschlossen werden.