Enrôlé dans l'Armée polonaise au moment de l'invasion de la Pologne en 1939, Lokajski sert comme commandant de peloton dans le Régiment d'Infanterie polonais. Après la bataille de Brest-Litovsk il est fait prisonnier de guerre par les Soviétiques, mais il réussit à s'échapper pour Varsovie, ce qui très certainement lui épargne le sort des autres officiers polonais, assassinés pas les Soviétiques pendant le massacre de Katyń. A Varsovie, il retrouve sa famille et ouvre un magasin de photographie. À la même époque il travaille comme professeur dans une des universités clandestines qui enseignaient secrètement à Varsovie. Après que son frère, Józef Lokajski, soit tué par les Allemands, Eugeniusz reprend du service dans une unité de l'Armia Krajowa, où il sert comme responsable du transport des armes et des munitions. Là, il sert avec distinction et on le connaît sous le nom de lieutenant "Brok".