В сборной Нигерии Аводжоби выступал на протяжении более чем десяти лет, значительную часть времени в ранге её капитана. Со сборной он завоевал серебряные медали чемпионата Африки 1999 и 2003 годов и «бронзу» два года спустя и участвовал в ещё одном чемпионате мира в 2006 году. В 2007 году Аводжоби, незадолго до этого занявший со сборной Нигерии пятое место на чемпионате Африки, объявил, что уходит из сборной, чтобы уступить место молодым игрокам.