Während der Eroberung der Philippinen im Zweiten Weltkrieg wurde Fort Drum von den Japanern bombardiert und beschossen, ohne dass der Betonmantel durchschlagen wurde. Mit seiner Artillerie unterstützte es die US-Verteidigung, da die Geschütze jedoch vorwiegend gegen Seeziele ausgerichtet waren, konnte es nur wenig ausrichten. Nach der Kapitulation von Corregidor ergab sich auch Fort Drum am 6. Mai 1942 und wurde anschließend von japanischen Truppen besetzt. Bei der Rückeroberung der Philippinen 1945 wurde Fort Drum – diesmal von der US-Luftwaffe – erneut bombardiert. US-Pioniere konnten am 13. April 1945 die Betonoberfläche der Insel besetzen und die japanische Besatzung im Inneren des Forts einsperren. Da die Japaner nicht kapitulierten, pumpten die Amerikaner Benzin durch die Lüftungsöffnungen und brachten es anschließend zur Explosion. Fort Drum brannte aus und glühte drei Tage lang. Damit war der letzte japanische Widerstand in der Manilabucht beendet. Die Ruine von Fort Drum mit ihren funktionsunfähigen Geschütztürmen liegt weiterhin am Eingang der Bucht von Manila.