Muzeum Etnograficzne powstało w 1901 poprzez wyodrębnienie Działu Etnografii z Muzeum Narodowego w Belgradzie. Koncepcję muzeum opracował historyk Stojan Novaković, sekretarz Serbskiego Towarzystwa Naukowego. Pierwszą stałą wystawę otwarto 20 września 1904, z okazji 100-lecia powstania serbskiego. W czasie I wojny światowej zniszczonych zostało wiele eksponatów muzealnych, ucierpiała również biblioteka. Po wojnie wznowiono prace terenowe, w celu pozyskania zabytków i uzupełnienia zbiorów. W 1920 otwarto ponownie bibliotekę. Do wybuchu II wojny światowej sporządzono na nowo inwentarz muzealny, a także utworzono nowe działy: folkloru muzycznego i ilustracji. W czasie II wojny światowej eksponaty zabezpieczono i wywieziono. Po II wojnie światowej siedzibą muzeum został budynek Giełdy Papierów Wartościowych w Belgradzie.