Amalia Regina versuchte, ihrem Sohn das väterliche Erbe so gut zu verwalten und zu behüten, wie es nur ging. Dies war keine leichte Aufgabe, insbesondere angesichts des wütenden Spanischen Erbfolgekrieges zwischen Bayern und Frankreich gegen Österreich. Johann Georgs Mutter gilt aber bis heute als Wohltäterin Ortenburgs. So gelang ihr während ihrer kurzen Vormundschaft, den seit 1698 andauernden Streit zwischen dem Grafengeschlecht und den Untertanen der Grafschaft beizulegen. Ebenso führte sie 1703 die allgemeine Schulpflicht und die Konfirmation ein. Des Weiteren ließ Amalia Regina das Schulhaus von 1573 sanieren und die Kirche 1706 umgestalten.