Након убједљивих османских побједа, Хрватска се подијели на цивилне и војне територије, са подјелом формирнаом 1538. године. Војне територије ће постати познате као Хрватска војна крајина и била је под непосредном контролом монархије. Османска напредовања у Хрватској наставила су се до битке код Сиска (1593), која је била први убједљиви османски пораз, којом су границе стабилизоване. Током Великог турског рата (1683—1698), Славонија је поврћане, али западна Босна, која је прије османских освајања била у саставу Хрватске, остала је изван хрватске контроле. Данашња граница између Босне и Херцеговине и Републике Хрватске је настала из овог исхода. Јужна граница Далмације, слично је дефинисана Кандијским и Млетачко-турским ратом.