Napoleon trok in de (tegen)aanval, en versloeg de Pruisen bij Jena en Auerstedt in oktober 1806. Franse troepen bezetten grote delen van Pruisen en trokken Berlijn binnen op 25 oktober 1806. De Fransen rukten op tot Oost-Pruisen en de Russische grens, waar ze een onbeslist gevecht tegen de Russen leverden in de Slag bij Eylau in februari 1807. Russische troepen trachtten opnieuw de Fransen te verdrijven, maar werden opnieuw verslagen bij Friedland (het huidige Pravdinsk) op 14 juni 1807. Drie dagen later vroegen de Russen een wapenstilstand aan. Frankrijk sloot een vrede met Rusland en dwong Pruisen de helft van zijn gebied op te geven ten voordele van Frankrijk. De resterende gebieden werden opnieuw onafhankelijk. Jérôme Bonaparte werd koning van Westfalen en het nieuwe hertogdom Warschau. Napoleon controleerde nu geheel West- en Centraal-Europa.