1999 erreichte Novák mit der tschechischen Nationalmannschaft erstmals wieder seit der Trennung von der Slowakei die Qualifikation für eine Endrunde der Basketball-Europameisterschaft. Bei der EM-Endrunde 1999 qualifizierte man sich nach zwei überraschenden Auftaktsiegen mit jeweils mehr als zehn Punkten Unterschied gegen Litauen und Griechenland vorzeitig für die Zwischenrunde, verlor das abschließende Vorrundenspiel gegen Deutschland. So nahm man nur einen Sieg mit in die Zwischenrunde, in der es dann deutliche Niederlagen gab, einzig das abschließende Spiel gegen die Türkische Basketballnationalmannschaft konnte mit einer Fünfpunkt-Niederlage erträglich gestaltet werden. Novák war bei der Zwischenrundenniederlage gegen Kroatien mit 13 Punkten Topscorer seiner Mannschaft, die die Finalspiele um die Medaillen verpasste.