Суть найбільш поширеною версією теорії змови полягає в тому, що вибухи житлових будинків у вересні 1999 року були організовані російською владою, в тому числі особисто прем'єр-міністром Володимиром Путіним, а також Федеральною службою безпеки. Прихильники цієї версії вважають, що вибухи були вигідні чинній владі і, навпаки, не вигідні бойовикам. Також стверджується, що саме після вибухів Володимир Путін зміг забезпечити собі підвищення рейтингу і, як наслідок, перемогу на президентських виборах 2000 року. Серед причин, за якими влада могла піти на такий крок, прихильниками теорії змови також називалися бажання посилити роль ФСБ у політичному житті Росії, а також необхідність виправдати Другу чеченську війну.