Schon Lucas David berichtete von großen Seuchen, bei denen die alten Prussen „das Ire gantz vorliessen“ und in die Wälder flüchteten. Pestepidemien gab es in den Jahren 1398, 1405 und 1416. 1352 starben bei der Pest in Königsberg 5.078 Menschen. 1529 forderte der Englische Schweiß in Königsberg und Ostpreußen 25.000 Tote. 1549 starben bei der Pest in Königsberg und Ostpreußen 15.000 Menschen. Trotzdem kam das Herzogtum Preußen im 16. und 17. Jahrhundert zu Ruhe und Wohlstand. Brachte schon der sog. Tatarensturm in den Jahren 1656/57 große Not, war die Pest zu Beginn des 18. Jahrhunderts die größte Heimsuchung. In den kalten und langen Wintern von 1706 bis 1708 war die Wintersaat erfroren, was zu Teuerung und Hungersnot führte und die Ausbreitung der Pest begünstigte. Der noch strengere Winter 1708/09 steigerte das Unglück. Die erste Schreckensbotschaft kam aus Pillupönen. Nach einer neuerlichen Missernte im Sommer 1709 breitete sich die Epidemie schnell aus. Unzureichende Isolierungsmaßnahmen, Unsauberkeit, Gleichgültigkeit und Aberglaube der Bevölkerung trugen dazu bei.