ב-6 באפריל 1941, במהלך מלחמת העולם השנייה, פלשה גרמניה הנאצית ליוגוסלביה. באותו היום נערכה הפצצה כבדה על בלגרד ובית הכנסת נפגע. ב-1944 פוצץ המבנה על ידי חיילי הצבא הגרמני הנסוג. לאחר המלחמה שוקם מבנה בית הכנסת והוסב לגלריה לאמנות.