Daendels studierte Rechtswissenschaften an der Universität Harderwijk. Er nahm als Anhänger der Patrioten an den 1787 in den Niederlanden ausgebrochenen Unruhen Anteil, musste daher, als die Sache der Patrioten unterlag, fliehen und unternahm in Dünkirchen glückliche Handelsspekulationen. 1793 leistete er als Oberstleutnant dem General Dumouriez bei dessen Zug gegen Holland bedeutende Dienste, wurde 1794 Brigadegeneral, nahm bei dem neuen Zug gegen Holland unter Jean-Charles Pichegru (1795) die Insel Bommel und das Fort St. Andreas, trat nach der Proklamation der Batavischen Republik als Divisionsgeneral in deren Dienste und übte bei den Regierungs- und Verfassungsveränderungen einen bedeutenden Einfluss aus. Als Gegner der demokratischen Partei, die am Ruder war, ging er nach Paris und wurde von hier vom französischen Direktorium wieder nach Holland gesandt, um für die Aristokratie eine neue Revolution einzuleiten, was ihm auch gelang. Mit dem General Brune operierte er 1799 in Nordholland mit Erfolg gegen die Engländer und Russen, worüber er in seinem „Rapport des opérations du lieutenant-général Daendels, depuis le 22 août jusqu'à la capitulation de l'armée anglaise et russe, le 18 octobre 1799“ berichtete.