Nach der Niederschlagung des ungarischen Volksaufstandes im November 1956 durch sowjetische Truppen ergriff Pertini eindeutig für die Ungarn Partei und berief sich dabei auf das Selbstbestimmungsrecht der Völker, die Souveränität der Staaten und die demokratische Legalität. Er trat gegen jede Art von Kolonialismus ein – sowohl in der offenen französischen Variante in Indochina als auch in der verbrämten Variante Italiens in Somalia. Er verurteilte Korruption sowohl im italienischen Staat als auch in seiner Partei und nahm in ihr eine unabhängige Position ein, die ihm über die Parteigrenzen hinweg hohes Ansehen einbrachte. Gleichzeitig trat er für die Einheit seiner Partei über die Vielfalt der verschiedenen Flügel ein. Er gehörte zu den energischen Verfechtern eines Atomwaffenverbots in Italien.