Šestnáctého dubna 1941 přešel se svolením presidenta republiky do služby v Cizinecké legii Svobodných Francouzů. Zde převzal funkci velitele roty u II. praporu 13. půlbrigády, s nímž se v roce 1941 zúčastnil bezpečnostních operací v Sýrii. V roce 1942 se jednotka přesunula na severoafrické bojiště, kde se Wagner vyznamenal během bitvy o Bir Hakim v níž rota pod jeho velením provedla několik úspěšných lokálních protiútoků, kterými odlehčila tlaku na obklíčený perimetr. Po skončení bitvy a reformování francouzských sil v ní zúčastněných se stal zástupcem velitele II. praporu 13. půlbrigády, a v této funkci se zapojil do bitvy u El Alameinu, kde byl 24. října 1942 vážně raněn během bojů o návrší El Himemait.