Het gebouw stamt oorspronkelijk uit de 13e eeuw en is tussen 1765 en 1778 ingrijpend verbouwd door architect Jacques François Blondel om daarna dienst te doen als militair gebouw. In de 19e eeuw moesten de militairen het gebouw delen met een café, dat later overdekt werd. Het in 1803 opgerichte schilderijenmuseum van de stad Straatsburg werd in 1869 in de Aubette ondergebracht. Op 24 augustus 1870 (een maand voor het Beleg van Straatsburg) brandde het gebouw echter geheel uit, waarbij ook de stedelijke schilderijenverzameling in vlammen op ging. Alleen de buitenmuren bleven bewaard. Van 1873 tot 1885 werd de Aubette onder leiding van stadsarchitect Conrath herbouwd, waarbij het huidige mansardedak werd aangebracht. Omdat ervan werd uitgegaan dat in het gebouw een concertzaal zou komen, werd de gevel in die periode versierd met componistenbeelden, van onder anderen Händel, Gluck, Mozart, Mendelssohn en Meyerbeer. Op de begane grond kwamen winkels.