Повернувся в політику в 1978 році, вів переговори із аятолою Хомейні про повернення в Іран, організував ісламські спілки вчителів, інженерів та лікарів. Після перемоги Ісламської революції був призначений Хомейні главою тимчасового уряду, проте практично зразу не знайшов з ним спільної мови у питанні подальшого розвитку Ірану. Зокрема Базарган був проти зміни назви країни на «Ісламську Республіку Іран», страти колишнього глави уряду Аміра-Аббаса Говейди, створення ісламських революційних трибуналів. Вперше подав у відставку в березні 1979 року, яка не була прийнята Хомейні. Остаточно залишив пост глави уряду в листопаді, коли радикально налаштовані студенти захопили посольство США в Тегерані і взяли в заручники його співробітників, назвавши це «найпринизливішою подією за час його прем'єрства».