Lemerre jatkoi sopimuksensa loppuun asti luotsaten Tunisiaa vielä vuoden 2008 Afrikan-kisoissa. Urakka alkoi heti MM-kisojen jälkeen 3. syyskuuta 2006, jolloin Tunisia kohtasi vierasottelussa Mauritiusin. Ottelu päättyi 0-0, eikä toinen karsintaottelu Sudania vastaan ollut tuloksellisesti, kuin hieman parempi. Tunisia voitti ottelun 1-0 Richard Gastin Ladon omalla maalilla ottelun loppuhetkillä. Vasta seuraavan vuoden puolella maaliskuussa 2007 Tunisia otti selkeän 0-3 voiton jo ennakkoon heikompaa Seychellesiä vastaan. Myös maiden seuraava kohtaaminen oli yhtä murskaavaa Tunisian voittaessa Seychellesit 4-0. 16. kesäkuuta 2007 Tunisia kohtasi vielä toiseksi viimeisessä ottelussa Mauritiusin, jonka se voitti 2-0. Tunisia johti karsintalohkoaan pisteen erolla Sudaniin, jota vastaan se pelasi viimeisen karsintaottelunsa vieraskentällä. Ennen viimeistä ottelua Tunisian jalkapalloliitto oli harkitsemassa palkata brasiliaisen Jorvan Vieiran uudeksi valmentajaksi, joka johdatti Irakin vuoden 2007 Aasian mestariksi. Sopimus ei kuitenkaan koskaan toteutunut ja Lemerre jatkoi sopimuksensa loppuun. Viimeisessä Afrikan-mestaruuskarsinta ottelussa 9. syyskuuta 2007 Tunisia kuitenkin kärsi niukan 3-2 tappion ja jäi karsintalohkon toiseksi. Siitä huolimatta se selvitti tiensä Afrikan-kisoihin.