Okkupasjonen var hard for den greske befolkningen. Over 40 000 grekere døde bare i Athen av hungersnød, flere tusen andre døde av nasjonalsosialistiske represalier og landets økonomi lå i ruiner. Samtidig var den greske motstandsbevegelsen blant de mest effektive i det okkuperte Europa. Motstandsgruppene drev geriljakrig mot okkupasjonsmaktene og etablerte et spionasjenettverk. I slutten av 1943 oppsto det uenigheter mellom de forskjellige motstandsgruppene. Da de tyske styrkene trakk seg ut av fastlandet i oktober 1944 var Hellas i en tilstand av ekstrem politisk polarisering noe som førte til utbruddet av den greske borgerkrigen. Utbruddet av borgerkrigen førte til at flere nasjonalsosialistiske kollaboratører unnslapp straff (på grunn av deres anti-kommunistiske holdninger) og flere fikk ledende stillinger i etterkrigstidens Hellas.