In der Zeit des Nationalsozialismus wurden die Messehallen häufig für messefremde Zwecke missbraucht. Bereits kurz nach der Machtergreifung sprach hier Adolf Hitler am 19. Februar 1933 auf einer Wahlkundgebung der NSDAP. Vom 22. bis 30. April 1933 fand hier die „Deutsche Woche“ unter dem Titel „Denk deutsch – kauf deutsch“ statt. Es folgten Messen, die die Vorstellungen der Nationalsozialisten von einer „gesunden Rasse“ spiegelten. Im Oktober 1939 internierte die Wehrmacht in den Messehallen polnische Kriegsgefangene, im Mai 1940 folgten französische. Ab Mai 1940 wurden die Hallen als Zwischenlager für Juden sowie Sinti und Roma genutzt, die von Köln aus nach Polen deportiert wurden. Außerdem wurden dort Zwangsversteigerungen von jüdischem Eigentum vorgenommen, das die Deportierten in ihren Wohnungen zurücklassen mussten. Das Mahnmal zum Messelager am Fuß des Messeturms erinnert an die Zweckentfremdung des Messegeländes während des Nationalsozialismus. Im November 1941 war das Deutzer Messegelände zu einem Sammel- und Auffanglager umfunktioniert worden. Im Juni 1942 wurde der Messebetrieb komplett eingestellt. Der Initiator der Messe, Konrad Adenauer, wird am 23. August 1944 von der Gestapo im Zusammenhang mit Verdächtigungen wegen des Hitler-Attentats verhaftet und in das „Arbeitserziehungslager Messe Köln“ gebracht, am 25. September 1944 wird er in das Zuchthaus Brauweiler überführt, dort am 26. November 1944 entlassen.