אוניברסיטת הנילוס העליון נוסדה בשנת 1991. במהלך מלחמת האזרחים הסודאנית השנייה, הועברו מספר פקולטות לח'רטום מטעמי בטיחות הצוות והסטודנטים. לאחר ההכרזה של מדינת דרום סודאן, חזרו הפקולטות לקמפוס הראשי בעיר מלאקל.