En 1992, à l'âge de 47 ans, il entame sa carrière d'entraîneur en Argentine, au Deportivo Espanol puis au Gimnasia Jujuy. Après une année en Espagne à Valladolid puis quelques années sabbatiques, Ferraro se voit confier le poste de sélectionneur de l'équipe d'Argentine des moins de 20 ans qu'il dirige lors de la Coupe du monde des moins de 20 ans 2005. Après des débuts difficiles dans la compétition, dont une défaite face aux États-Unis, l'équipe emmenée par Ferraro et composée de futurs grands joueurs comme Lionel Messi ou Sergio Agüero accède aux phases finales de la compétition à la suite de victoires contre l'Égypte et l'Allemagne. La sélection remporte ensuite ses matchs contre la Colombie puis l'Espagne avant d'éliminer le champion en titre de la catégorie, le Brésil par 2 buts à 1. Face au Nigéria lors de la finale de la compétition, l'Argentine l'emporte grâce à deux buts de Lionel Messi qui termine Ballon d'or de la compétition et meilleur buteur devant Fernando Llorente.