1991 wurde die "Invincible" im Zweiten Golfkrieg eingesetzt. Im Verlauf der 1990er-Jahre kamen die Einheiten vorwiegend im Mittelmeer zum Einsatz, wo sie unter anderem die Durchsetzung der Flugverbotszone über Bosnien in der Operation Deny Flight unterstützten. Nach 2000 dienten die Einheiten schließlich auch im Afghanistan- und Irakkrieg. Multinationale Verbände unter Beteiligung eines Trägers der "Invincible"-Klasse waren keine Seltenheit. 2007 war die Royal Navy gezwungen, vorübergehend Harrier anderer Streitkräfte, darunter der USA, zu Trainingszwecken auf der "Illustrious" einzusetzen. Nach einer Reduzierung der eigenen Flotte und der Ausweitung des Einsatzes der Harrier in Afghanistan standen nicht mehr genug Maschinen für die Flugzeugträger zur Verfügung.