Під час його правління тривала величезна за масштабом Друга конголезька війна. 1998 року колишні союзники Кабіли — Уганда та Руанда — виступили проти нього та підтримали нове повстання. Кабіла знайшов нових союзників в особі Зімбабве, Намібії та Анголи, і за допомогою їхніх військ утримав за собою південну та західну частини країни.