De laatste Mogolkeizer, Bahadur Shah Zafar II (regeerde 1837 - 1857), was op de hoogte van deze Britse plannen. Bahadur Zafar II werd pas op oudere leeftijd gekroond. In de traditie van zijn illustere voorouders was hij een groot patroon van kunsten en van het gematigde soefisme. Hoewel hij geen praktische politieke macht had vond aan zijn hof een culturele opbloei plaats. Aan dit alles kwam abrupt een einde met de opstand van 1857, waarbij de Indische opstandige soldaten Delhi innamen. De sepoys zagen de keizer als natuurlijke leider tegen de Britten en verzochten hem hen aan te voeren. Hoewel de bejaarde keizer niet veel ophad met de ongemanierde, ruige sepoys, zag hij een kans het voortbestaan van zijn dynastie te redden en stemde hij toe. Hij slaagde er echter niet in georganiseerd gezag over het opstandige gebied te vestigen. Zelfs het plunderen van de bazaars door de sepoys kon hij niet voorkomen. Toen de Britten Delhi innamen namen zij op vreselijke wijze wraak door de stad uit te moorden en hele wijken met de grond gelijk te maken. De meeste zoons en kleinzoons van de keizer werden zonder vorm van proces geëxecuteerd. Bahadur Zafar II zelf werd na een schijnproces verbannen naar Birma, waar hij zijn laatste jaren als gebroken man in gevangenschap sleet.