En el año 85 a. C., el general romano Cayo Flavio Fimbria destruyó y saqueó Troya durante la guerra contra Mitrídates, que había combatido la dominación romana en Oriente. Posteriormente el emperador Augusto reconstruyó el templo de Atenea. Julio César, después de la batalla de Farsalia, visitó, en el año 48 a. C., la ciudad de Ilium, que él consideraba patria de sus antepasados. Aumentó el territorio de la ciudad y la liberó de tributos. En esa misma época se acuñó por vez primera moneda con la imagen de Eneas huyendo de Troya con su padre Anquises en brazos y el mítico Paladio. Según cuenta Suetonio, Julio César meditaba trasladar su residencia a Ilium.