In den Rennen des Jahres 2016 war Sauber das schwächste der drei Ferrari-Kundenteams. Beim Großen Preis von Monaco kollidierten beide Sauber-Piloten miteinander. Nasr wurde in der zweiten Rennhälfte von der Teamleitung über Funk aufgefordert, den hinter ihm liegenden Ericsson nach der "Sainte Devote" vorbeizulassen. Nasr leistete keine Folge. Ericsson griff Nasr in der "Rascasse" an und kollidierte mit ihm. Beide Fahrer gaben das Rennen kurz darauf nach einem Reparaturstopp auf. Als Strafe für die Verursachung dieser Kollision wurde Ericsson beim folgenden Rennen um drei Startplätze zurückversetzt und erhielt außerdem zwei Strafpunkte. Nachdem Manor beim Großen Preis von Österreich den ersten WM-Punkt erzielt hatte, rutschte Sauber als nunmehr einziges punkteloses Team in der Zwischenwertung auf den letzten Platz der Konstrukteursmeisterschaft ab. Erst beim vorletzten Saisonrennen in Brasilien, das mit zahlreichen wetterbedingten Safety-Car-Phasen und zwei Unterbrechungen einen außergewöhnlichen Verlauf nahm, fuhr Sauber zwei Meisterschaftspunkte ein. Nasr, der zwischenzeitlich bis auf Platz sechs vorgerückt war, kam letztlich als Neunter ins Ziel. Weitere Punkte kamen im letzten Saisonrennen nicht hinzu. Das Team schloss die Saison vor Manor auf Platz zehn der Konstrukteursmeisterschaft ab. Mit Ablauf dieser Saison endete die Unterstützung des bisherigen Sponsors Banco do Brasil.