قوای مسلح جمهوری آذربایجان در تاریخ ۲۶ ژوئن ۱۹۱۸، بعد از تشکیل کشور جمهوری خلق آذربایجان تأسیس شد. تا پیش از شکل‌گیری وزارت دفاع خسروبیگ سلطانف به صورت دوفاکتو وزیر دفاع بود. زمانی‌که وزارت دفاع به صورت رسمی آغاز به کار کرد، صمدبیگ مهماندارف وزیر شد. اولین فرمانده کل قوا نیز حبیب‌بیگ صمدوف بود. ارتش سرخ شوروی در ۲۸ آوریل ۱۹۲۰ به جمهوری خلق آذربایجان حمله کرد. در این زمان اغلب سربازان ارتش درحال نبرد با ارمنیان در قره‌باغ بودند. در حمله شوروی، حدود ۲۰ تا ۳۰ هزار سرباز جمهوری خلق آذربایجان کشته شدند و نهایتاً روس‌ها به پیروزی رسیدند. دولت بلشویک شوروی بعد فتح، قوای مسلح را منحل و ۱۵ تن از ژنرال‌ها (از مجموع ۲۱ ژنرال) را اعدام کرد.