המכון עוסק בהיסטוריה של המדע והיסטוריה אינטלקטואלית, בעיקר אירופאית; פילוסופיה של המדע, בדגש על התקופות שלאחר המהפכה המדעית; אנתרופולוגיה של הידע; היסטוריה ופילוסופיה של הביולוגיה; היסטוריה של הטכנולוגיה; היסטוריה ופילוסופיה של המתמטיקה מהעת העתיקה ועד למודרנה; לימודי תרבות, בדגש על היבטים ביקורתיים של תרבות המערב; הסתכלות ביקורתית על מדע ויהדות, כולל בהקשר של החברה בישראל.