Нубар-паша принимал руководящее участие в оказании помощи армянам, прибывавшим в полунезависимый Египет из деспотической Турции, содействовал развитию армянской периодической печати, организации армянских школ, центров культуры и просвещения во многих армянских общинах. В 1878 году Нубар-паша разработал и направил Берлинскому конгрессу свою программу улучшения положения армян Османской империи (в соавторстве с архиепископом Мкртичем Хримяном), но она не была представлена конгрессу. Программа Нубар-паши исходила из того, что западные армяне не претендуют на политическую независимость, но стремятся приобрести гражданские свободы и права, обеспечивающие их безопасность, честь их жён и дочерей, неприкосновенность имущества. Автор программы считал, что все предшествовавшие попытки реформ не имели успеха, потому что осуществлялись турецкими чиновниками, которые руководствовались религиозным фанатизмом и личными интересами. Для обеспечения успеха реформ Нубар-паша считал необходимым иметь пост общего правителя, который должен занимать армянин, утверждаемый султаном и пользующийся покровительством европейских государств. Реформы предполагалось осуществить в трёх сферах: