Dal 1997 fino al febbraio del 2001 gioca nel Boca Juniors. Qui avviene la sua consacrazione: durante la Coppa Libertadores 2000 il Boca, guidato da Carlos Bianchi supera con i suoi gol i preliminari e, nella finale, batte ai rigori il Palmeiras. Quindi, nella Coppa Intercontinentale sigla la doppietta decisiva con cui il Boca batte 2-1 il e riceve il premio come miglior giocatore della manifestazione.