Keskipäivällä 7. kesäkuuta 1692 Port Royal tuhoutui lähes kokonaan maanjäristyksessä, jossa noin kaksi kolmasosaa kaupungista vajosi mereen. Arviolta noin 2 000 asukkaista kuoli mullistuksen yhteydessä ja noin 3 000 seuranneina päivinä. Port Royal pysyi tärkeänä tukikohtana kuninkaalliselle laivastolle ja sieltä käsin operoitiin iskuja Espanjan omistuksia vastaan muun muassa sodassa Jenkinsin korvasta.