In 2019 reed Fernández zijn eerste volledige seizoen in het wereldkampioenschap Moto2, waarin hij aanbleef bij het team van Pons op een Kalex. Hij moest de tweede race in Argentinië en de derde race in Texas missen vanwege een polsbreuk die hij opliep tijdens de trainingen in Argentinië. In de twee races na zijn terugkeer in Spanje en Frankrijk behaalde hij zijn eerste podiumplaatsen met twee derde plekken. In de race in Catalonië behaalde hij voor het eerst pole position, maar hij eindigde de race als vierde. In de TT Assen behaalde hij zijn eerste Grand Prix-overwinning.