Присутствовал 20 мая 1918 года на Съезде делегатов всех частей Чехословацкого корпуса в Челябинске. Вошёл в образованный тогда Военный Совет из трёх лиц для координации действий разрозненных групп корпуса и установления связи с местными антибольшевистскими организациями. Во время мятежа чехословацкого корпуса (май 1918 года) принял командование эшелонами, сосредоточенными в районе Пензы, став командующим одной из самых крупных групп Чехословацкого корпуса из 8 тысяч человек — Пензенской, сосредоточенной на момент начала боевых действий в районе городов Сердобск — Балашов — Пенза. Выступил против большевиков в Пензе 28 мая 1918 года, затем двинул свои силы на Сызрань. Участвовал в свержении советской власти в Самаре 8 июня 1918 года. При его активной помощи взята Уфа. Организатор успешного продвижения антибольшевистских войск на Симбирск. В начале июля 1918 года снова прибыл в Самару в чине полковника на посту начальника 1-й Чехословацкой дивизии. Приказом от 17 июля 1918 года Чечек был назначен Главнокомандующим всеми войсками Народной армии КОМУЧа и мобилизованными частями Оренбургского и Уральского казачьих войск. С середины июля 1918 — командующий Поволжским фронтом Народной армии КОМУЧа. Генерал-майор (2 сентября 1918 года), один из лидеров Чехословацкого национального совета в Сибири в 1918—1920 годах.