Mit dem Bürgerkrieg in der Elfenbeinküste kam es zur wohl schwersten außenpolitischen Krise des Landes. Burkina Faso wurde von der Elfenbeinküste beschuldigt, die Rebellen zu unterstützen, und wollte seinerseits ein militärisches Eingreifen nicht ausschließen, um den etwa zwei Millionen Burkinern oder Burkinischstämmigen beizustehen, die bei den Unruhen Zielscheibe von Gewalt wurden. Die Normalisierung der Beziehung und die Vermittlung des Vertrags von Ouagadougou zur Beendigung des Bürgerkriegs gelten als Erfolg der Diplomatie Burkina Fasos und Compaorés.