Doch die verantwortlichen Mitarbeiter vergrößerten oftmals die Not der Indianer und ihre oft ungerechten Entscheidungen führten zu Spannungen mit den Indianern in den geschaffenen Reservaten. So trug zum Beispiel der Indianeragent Thomas Jacob Galbraith wesentlich zum Ausbruch des Sioux-Aufstand 1862 in Minnesota bei. Die Probleme mit der BIA nahmen dermaßen zu, dass sich der Kongress 1867 gezwungen sah, eine Ermittlungskommission einzurichten, die wesentliche Verbesserungsvorschläge erarbeitete. Das BIA sollte als eigenes Ministerium geführt werden, die Angestellten durch vertrauenswürdigere Personen ersetzt werden. Die Ideen wurden aber nicht umgesetzt.