Во время начала гражданской войны в США Зейлин служил в гарнизоне в казармах морской пехоты, сначала в Филадельфии а затем в Вашингтоне. Пять дней спустя он получил постоянное звание майор. 21 июля 1861 года он командовал ротой морской пехоты в ходе первой битвы за Манассас, где был легко ранен.