В 1986 году произошла Авария на Чернобыльской АЭС, которая вскрыла неготовность войск Гражданской обороны СССР к оперативным действиям по ликвидации масштабных техногенных и природных катастроф. В СССР главной задачей Гражданской обороны всегда являлась подготовка к действиям на случай масштабной войны с применением ядерного оружия. Хотя такое положение дел сложилось задолго до Алтунина и на самом высшем уровне — он был обвинён в выявленных недостатках Гражданской обороны, в июле 1986 снят с должности и назначен военным инспектором-советником в Группе генеральных инспекторов Министерства Обороны СССР.