En 1999, il réalise une année pleine de promesses en remportant un deuxième Open du pays de Galles, ainsi qu'un sixième tournoi de classement en Thaïlande. En fin de saison, Williams atteint la finale du championnat du monde et s'incline contre Stephen Hendry (18-11). Il échoue ensuite en finale du Grand Prix, avant de remporter le championnat du Royaume-Uni en fin d'année.