1992 und 1993 war Senna gegen die überlegenen Autos des Williams-Teams chancenlos, das 1992 mit Mansell und 1993 mit Prost Weltmeister wurde. Da sich Honda nach der Saison 1992 aus der Formel 1 zurückzog, musste McLaren im folgenden Jahr mit den unterlegenen Ford-Kundenmotoren antreten. Prost unterschrieb bei Williams einen Vertrag, der ihm zusicherte, dass Senna nicht sein Teamkollege wurde. Da dieser für 1993 kein Cockpit eines guten Teams mehr in Aussicht hatte, willigte er ein, für eine Million Dollar pro Rennen für McLaren an den Start zu gehen. Erst zu Saisonmitte unterschrieb Senna einen Vertrag für den Rest der Saison und stand damit für Testfahrten zur Verfügung. Der Große Preis von Europa in Donington Park wurde 1993 zu einem der besten Rennen in der Karriere Sennas: In strömenden Regen überholte er bereits in der ersten Runde vier Gegner, so dass er als Führender aus dieser Runde zurückkam. Statt wie die meisten anderen Fahrer die Reifen wegen des ständig wechselnden Wetters bis zu siebenmal zu wechseln, wechselte er sie lediglich viermal und gewann das Rennen mit deutlichem Vorsprung. Beim Großen Preis von Australien kam es in Adelaide zu einer versöhnlichen Geste zwischen Senna und Prost, der seine Karriere beendete: Der siegreiche Brasilianer bat seinen zweitplatzierten Rivalen zu sich auf die oberste Stufe des Siegerpodests.