Тим часом між Василем II та його двоюрідними братами у Московії тривала довга міжусобна війна, під час якої обидві сторони шукали підтримки у Йони. У 1446 р. Дмитро Шемяка захопив владу в Москві і в обмін на допомогу пообіцяв Йоні, що він стане митрополитом Київським і всієї Руси і дозволить йому зайняти палац митрополита в Москві. Однак після того, як Василь II повернув свій престол у 1447 році, Йона був офіційно лише єпископом Рязані, а його ім’я було лише на третьому місці Лише в 1448 р. Собор єпископів Північно-СхідноїиРусі проголосивунаса митрополитом Київським і всієїиРусі. Це рішення не було одностайним-єпископи Твері та Новгорода (обидва міста були напівнезалежними від Москви) не підписали Хартії про його обраня.