נולד בוורשה שבפולין לרב חיים יואל הוטנר סוחר אמיד ולמדן ליטאי , ולחנה שהגיעה ממשפחה של חסידי גור. למד והתחנך בישיבת סלובודקה בעיר קובנה בליטא, היה תלמיד של "הסבא מסלבודקה" והוכר כ"עילוי". ב-1925 נשלח לחזק את הישיבה אשר הוקמה בארץ ישראל, בעיר חברון. בשהותו בארץ ישראל התוודע לרב הראשי של ארץ ישראל באותם ימים, הרב אברהם יצחק הכהן קוק, שהשפיע על דרכו הרעיונית והרוחנית. במכתב לרב צבי יהודה קוק הוא כותב כי כעבור ארבעים שנה מאז שלמד אצל הרב קוק האב הוא מבין עד כמה הוא תלמיד שלו. בחורף תרפ"ט (חודשים מספר לפני הטבח בחברון) חזר לוורשה ולמד במשך זמן קצר פילוסופיה באוניברסיטת ברלין. שם הכיר את הרב מנחם מנדל שניאורסון והרב יוסף דוב סולובייצ'יק ושמר על קשרים איתם גם לאחר מכן.