W pierwszej reprezentacji Stanów Zjednoczonych Kljestan zadebiutował 2 czerwca 2007 roku w wygranym 4:1 towarzyskim meczu z Chinami. 24 stycznia 2009 roku strzelił 3 gole w sparingu ze Szwecją (3:2). W tym samym roku został powołany przez selekcjonera Boba Bradleya do kadry na Puchar Konfederacji. W meczu z Brazylią (0:3) otrzymał czerwoną kartkę za faul. Wystąpił w finale przeciwko tej samej drużynie, gdzie Stany Zjednoczone przegrały 2:3.