En 1810, après la paix, il remplit la mission de tracer les limites entre l'Autriche et la Bavière, et reçoit à cette occasion la grand-croix de Maximilien-Joseph de Bavière. Commandant de l’artillerie à Hambourg, il y est remplacé le par Baltus de Pouilly. Il passe ensuite à la Grande Armée pour participer à la campagne de Russie en 1812. Le , il prend la tête de la division Compans avec 30 pièces d'artillerie et longe un bois en tournant la position de l'ennemi. Il a l'honneur de commencer la bataille de la Moskova et de contribuer à la prise des redoutes russes par un feu habilement dirigé. Le 25 du même mois, ce général prend le commandement de l'artillerie des réserves de cavalerie et la ramène presque entière jusqu'au-delà de la Bérézina. De nombreux hommes et chevaux tombent cependant victimes du froid. Le , Pernety obtient le commandement en second de l'artillerie de la Grande Armée. Il rend à ce titre d'importants services aux batailles de Lützen et de Bautzen, si bien qu'il reçoit le la grand-croix de l'ordre de la Réunion. Les batailles de Dresde, de Leipzig et de Hanau lui permettent de se distinguer à nouveau.