In den folgenden Jahrzehnten durchlitt Dithmarschen mehrere Kriege und Sturmfluten, die die Landschaft stark in Mitleidenschaft zogen. Im Dreißigjährigen Krieg bekämpften sich vor allem schwedische und kaiserliche Truppen, während im nordischen Krieg schwedische und herzogliche Truppen auf dänische stießen. Während die Burchardiflut 1634 vor allem Nordfriesland traf und in Dithmarschen weniger schwere Verwüstungen anrichtete, litt die Landschaft vor allem unter der Weihnachtsflut von 1717.