Nach der Rückkehr nach England übernahm Clery 1888 die Stelle als Kommandant des Staff College, die er für die nächsten fünf Jahre innehatte. Im Dezember 1894 wurde er zum Major-General befördert und übernahm bald darauf den Befehl über eine Infanteriebrigade in Aldershot. Von 1896 bis 1899 amtierte er als "Deputy Adjutant-General to the Forces" im Hauptquartier der Army. In letzterem Jahr ging er als Kommandeur der "2nd Infantry Division" nach Südafrika, die als Teil der Natal Field Force unter Redvers Buller eingesetzt wurde und unter anderem in den Schlachten von Colenso, Spion Kop und Tugela Heights kämpfte. Im Oktober 1900 kehrte er unerwartet nach England zurück und trat vier Monate später aus gesundheitlichen Gründen aus dem aktiven Dienst.