13 января 1945 года войска 1-го Прибалтийского, 2-го и 3-го Белорусских фронтов начали решительное наступление в рамках Восточно-Прусской операции. Из-за плохих погодных условий наземным войскам приходилось прорывать вражескую оборону без поддержки штурмовой авиации. 14 января 1945 года противник крупными силами перешёл в контратаку в районе населённого пункта Тутшен. Несмотря на нелётную погоду Михаил Тихонович поднял 4 Ил-2 в воздух и лично повёл их на штурмовку немецких войск. Группа сделала 8 заходов на цель и вынудила немцев отступить с большими потерями. Лично гвардии майор Путилин в ходе боя уничтожил 1 вражеский танк и 2 автомашины с пехотой. В ходе дальнейшего наступления лётчики эскадрильи Путилина осуществляли воздушное прикрытие подразделений 2-го гвардейского танкового корпуса, действовавших в тылу и на фланге немецких войск. Только 18 января 1945 года Михаил Тихонович трижды водил шестёрки Ил-2 на штурмовку узлов сопротивления неприятеля, препятствовавших продвижению танкистов к Кёнигсбергу. В конце марта 1945 года эскадрилья гвардии майора М. Т. Путилина участвовала в ликвидации окружённой юго-западнее Кёнигсберга группировки немецко-фашистских войск. Во время Кёнигсбергской операции эскадрилье Путилина была поставлена задача по уничтожению долговременных оборонительных сооружений немцев в Кёнигсберге и подавлению узлов сопротивления неприятеля в городе. В период штурма столицы Восточной Пруссии гвардии майор Путилин лично уничтожил 3 танка, 1 самоходную артиллерийскую установку и 7 автомашин с войсками и грузами, подавил огонь артиллерийской и зенитной батарей, истребил до 70 солдат и офицеров вермахта. После взятия Кёнигсберга Михаил Тихонович руководил действиями эскадрильи во время ликвидации Земландской группировки противника и несколько раз лично водил группы самолётов на штурмовку немецких укреплений на Земландском полуострове.