Divenuto quindi tester Williams nel 2001, Gené ha sostituito Ralf Schumacher nel 2003 per il Gran Premio d'Italia, in cui ottiene un lodevole quinto posto. Lo spagnolo disputò alcune gare anche nel 2004, ma senza ottenere buoni risultati, visto che la Williams non era molto competitiva in quelle gare e aveva anche numerosi problemi tecnici.