Aluksi Yhdysvallat epäonnistui Osama bin Ladenin kiinniotossa ja joutui mm. Afganistanissa vaikeaan sotaan 2000-luvulla. Yhdysvaltojen sotilaallinen toiminta Irakissa toi al-Qaidalle lisää tukijoita ja kannatusta. Al-Qaida paheksuu vääränlaisen islamin uskon harjoittamista myös läntisen maailman vaikutusta. Järjestö vastustaa välillä väkivaltaisesti muita islamin harjoittajia, jotka ryhmän mukaan tulkitaan harhauskoisiksi. Ryhmittymä on tappanut tuhansia arabeja sekä sunni että shia ryhmittymistä esimerkiksi Irakissa.