Theodor von Schön wurde als drittes von sechs Geschwistern einer alten Domänenpächterfamilie geboren. Seine Mutter war Johanna Dorothea geb. Dallmer aus Plicken in der Nähe von Memel (gestorben am 22. Oktober 1815 in Obstainen) und sein Vater Johann Theodor von Schön (1744–1796), Amtsrat in Schreitlaucken. Sein Großvater Gottfried Theodor von Schön (1704–1770) war bereits Kriegsrat und Domänenpächter des Guts Schreitlaucken in der Nähe von Heydekrug. Zu seinen Vorfahren väterlicherseits gehören auch Johannes Schön, der bei der Belagerung von Kaunas durch den Deutschen Orden 1362 fiel, und Hans Schön, der in der Schlacht bei Tannenberg (1410) fiel.