As relações entre Quirguistão e Tajiquistão foram tensas durante a Guerra Civil Tadjique. Os refugiados e combatentes anti-governo no Tajiquistão atravessaram várias vezes o Quirguistão, até mesmo tomando reféns. O Quirguistão tentou ajudar na negociação de um acordo entre as forças da oposição tajiques em outubro de 1992, mas sem sucesso. Askar Akayev se juntaria mais tarde aos presidentes Islam Karimov e Nursultan Nazarbayev para enviar uma força de intervenção conjunta para apoiar o presidente do Tajiquistão Emomalii Rahmon contra os insurgentes, mas o parlamento do Quirguistão atrasou a missão de seu pequeno contingente por vários meses até o final da primavera de 1993. Em meados de 1995, forças quirguízes tinham a responsabilidade de cerrar uma pequena porção da fronteira do Tajiquistão, perto de Panj, das forças rebeldes do Tajiquistão.