Im September 1940 verweigerte er sich dem Widerstand, befürwortete die Zusammenarbeit mit Nazi-Deutschland und machte dies publik, vor allem in der von ihm selbst gegründeten Zeitung "Le Progrès de Bordeaux". Das Rathaus zeigte 1942 die antisemitische Wanderausstellung "Le Juif et la France (Der ewige Jude)". Während seiner Amtszeit zeigte Marquet keinerlei Bestrebungen zur Unterstützung jüdischer Bürger. In der Besatzungszeit wurden insgesamt 1.681 Juden in Bordeaux verhaftet. Ebenso gab es 1944 keine Einwände gegen die Deportation seines ehemaligen Stellvertreters Joseph Benzacar, der in Auschwitz umgebracht und nach dem später in Bordeaux eine Straße benannt wurde.