1949年10月1日，陈云出席中华人民共和国开国大典。10月19日，在中央人民政府委员会第三次会议上，被任命为政务院副总理兼财政经济委员会主任、重工业部部长。11月，主持政务院财经委员会会议，研究稳定市场物价，并支援朝鲜战争、以及重大城市的供给。1950年2月，主持全国财政会议，研究克服财政经济困难的政策和措施，次月政务院通过其起草的《关于统一财政经济工作的决定》；到四五月间，中国大陆财政经济工作统一，财政收支接近平衡，金融物价趋于稳定。5月8日至26日，陈云主持北京、上海等七大城市为主的工商局长会议，研究商品滞销问题。会后开始调整工商业，调整国营与私营企业关系。6月4日，因任弼时病重，中共中央书记处决定，陈云参加中共中央书记处工作，并与毛泽东、刘少奇、朱德、周恩来组成中共七届三中全会主席团。同年10月，任弼时逝世后，陈云正式担任中共中央书记处书记。1950年11月15日至27日，陈云主持第二次全国财政会议，因朝鲜战争爆发，财经工作重心从稳定市场调整为国防，并提高农业经济的主导地位。