Davis insista également pour que tous les territoires de la Confédération soient défendus avec la même priorité. Cette stratégie dispersa les ressources du Sud qui fut incapable de s'opposer aux offensives de l'Union. Il commit d'autres erreurs stratégiques, autorisant par exemple Lee à attaquer le Nord en 1862 et 1863, alors que la situation des Confédérés sur le théâtre occidental était très délicate. Le , Lee fut battu à la bataille de Gettysburg ; Vicksburg tomba le lendemain, et le Nord prit alors le contrôle du Mississippi et coupa la Confédération en deux. À Vicksburg, le manque de coordination des troupes sur les deux rives du fleuve était essentiellement liée à l'incapacité de Davis à créer un état-major cohérent ou à contraindre des officiers comme les généraux Edmund Kirby Smith, Earl Van Dorn et Theophilus H. Holmes à opérer de manière coordonnée.