Una vegada penjades les botes, Jan Urban comença la seua trajectòria com a entrenador. El 2004 torna a l'Osasuna com a tècnic del juvenil primer i com a part del primer equip després. El 2007 fitxa com a entrenador del Legia Varsòvia. A més a més, durant l'Eurocopa 2008 va formar part del cos tècnic de l'equip polonès.