Setelah Resimen Massachusetts ke-21 dipindahkan ke Virginia Utara pada Juli 1862. Resimen ke-21 bergabung dengan Tentara Potomac dan mengambil bagian dalam beberapa pertempuran terbesar dalam sejarah Perang Saudara Amerika di antaranya: Bull Run Kedua, Antietam, dan Fredericksburg. Resimen ke-21 menderita korban terburuk selama Pertempuran Chantilly 1 September 1862. Di tengah kebingungan karena pertempuran berlangsung saat turunnya badai di hutan lebat, Clark terpisah dari resimennya dan mengembara di daerah pedesaan Virginia selama empat hari sebelum berhasil menemukan kembali tentaranya. Sementara sedang hilang, Clark didaftar sebagai salah satu korban tewas. Sebuah surat kabar di Amherst menerbitkan obituari untuknya dengan judul, "Seorang Lagi Pahlawan Gugur" ("Another Hero Gone").