Розпочав тренерську кар'єру відразу ж по завершенні кар'єри гравця, 1982 року, очоливши тренерський штаб молодіжної збірної Франції, яку через два роки привів до золотих медалей на Олімпіаді в Лос-Анджелесі. В тому ж році Анрі Мішель замінив Мішеля Ідальго на посаді головного тренера збірної Франції, з якою виграв 1985 року Кубок Артеміо Франкі та здобув бронзові медалі чемпіонату світу 1986 у Мексиці, але через два роки Франція не змогла кваліфікуватися на чемпіонат Європи, а потім зіграла внічию 1:1 зі збірною Кіпру в кваліфікації до чемпіонату світу 1990 року, після якої Мішель був звільнений.