Nazwę swoją przyjmuje poniżej małego miasta Oronoz - Mugairi (gmina Baztan) w prowincji Nawarra, rzeka właściwie powstała wskutek połączenia się kilku strumieni blisko wsi Erratzu. Za rzekę źródłową uważa się strumień Baztan, którego źródła znajdują się na północno-wschodnich zboczach szczytu Autza (1306 m n.p.m.). Bidasoa uchodzi do Zatoki Biskajskiej pomiędzy miejscowościami Hendaye (Francja) i Hondarribia (Hiszpania). Przed ujściem do oceanu, rzeka tworzy zatokę zwaną Txingudi położoną między tymi miastami a Irun. Zatoka ta o powierzchni 128 ha została wpisana w 2002 r. na listę obszarów chronionych Konwencją Ramsarską.