Pamuk je zbog svojih izjava da je nad Jermenima u Turskoj izvršen pogrom (tzv. "Genocid nad Jermenima") i da se slično dešava i sa Kurdima danas došao u sukob sa turskom državom. Protiv njega je podignuta optužnica, a nacionalistički i fundamentalistički krugovi su ga optužili za izdaju. Sudski proces je, pod pritiskom svetske javnosti, okončan oslobađajućom presudom. Njegova izjava zbog koje je protiv njega podignuta optužnica glasi: