15 июля 2009 года Дуйкович был назначен тренером молодёжной сборной Сербии. Целью его работы являлось попадание на чемпионат Европы в Дании. 5 сентября 2009 его путь тренера молодёжной сборной начался с домашнего поражения от Словакии со счётом 1:2. Несмотря на дальнейшие победы над Норвегией и Кипром, в Сербии были недовольны работой Дуйковича, а поражение от Хорватии со счётом 1:3 в гостях породило разговоры об отставке.