Molte delle recenti controversie sono collegate alle organizzazioni terroriste o a errori nelle operazioni. Negli anni novanta, il coinvolgimento dell'FBI negli incidenti di Ruby Ridge e nell'Assedio di Waco fece insorgere una forte protesta verso la gestione tattica. Nelle Olimpiadi di Atlanta del 1996, l'FBI fu criticato per le sue indagini sul bombardamento del Centennial Olympic Park. È stata recentemente sanata una disputa con le organizzazioni dei media riguardo a Richard Jewell che al tempo era una guardia di sicurezza privata, dato che il suo nome era trapelato nel corso delle indagini. Negli anni novanta si scoprì che l'unità dell'FBI preposta alle impronte digitali aveva spesso fatto un lavoro scadente. In alcuni casi i tecnici, ottenute prove che scagionavano un sospetto, avevano invece riferito che queste ne provavano la colpevolezza. Molti casi dovettero essere riaperti dopo la verifica di questi errori.