В начале восстания Богдана Хмельницкого Самуил Коморовский, вероятно, участвовал в битве под Корсунем в мае 1648 года в состав коронной армии в чине ротмистра казацкой хоругви. Осенью 1648 года во главе драгунской хоругви сражался против казаков на Волыни, в состав литовской армии Януша Радзивилла участвовал в осаде и взятии Пинска. Вместе с А. Павловским отличился в Лоевской битве 1649 года, удачно оценил обстановку и ударил с тыла на казацкие полки Михаила Кричевского.