В годы сталинских репрессий против сибирского и алтайского крестьянства 1928—1934 годов в Колпашевский район на спецпереселение высылали раскулаченные крестьянские семьи. В 1934—1953 район являлся частью системы ГУЛАГ, здесь располагались концлагеря, расстрельные и иные места уничтожения людей, спецкомендатуры Сибирского управления лагерей ОГПУ/НКВД СССР (Сиблаг). Во многом благодаря высокообразованным политическим ссыльным и спецпереселенцам уровень образованности населения района в 1928—1953 гг. был выше, чем в среднем по стране. В предвоенные годы в рамках ГУЛАГа район получил сильное развитие: оживились речные и иные перевозки, появилось авиасообщение с Томском и Новосибирском, увеличилось производство продукции и лесозаготовки, осуществляемые силами репрессированных и инфраструктурой их содержания.