สาธารณรัฐบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาดำรงอยู่อย่างถูกต้องตามกฎหมายจนกระทั่งมีการร่วมลงนามในเอกสารแนบ 4 ของความตกลงเดย์ตัน (ซึ่งบรรจุรัฐธรรมนูญแห่งบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาไว้) เมื่อวันที่ 14 ธันวาคม ค.ศ. 1995 แต่เอกสารทางการอื่น ๆ เปิดเผยว่า รัฐนี้ดำรงอยู่จนถึงสิ้นปี ค.ศ. 1997 เมื่อขั้นตอนการดำเนินงานตามความตกลงเดย์ตันสิ้นสุดและรัฐธรรมนูญแห่งบอสเนียฯ มีผลบังคับตั้งแต่บัดนั้น ช่วงเวลาส่วนใหญ่ของสาธารณรัฐบอสเนียฯ ตกอยู่ในภาวะสงครามบอสเนีย ในขณะนั้น กลุ่มชาติพันธุ์หลักอื่น ๆ ในสาธารณรัฐบอสเนียฯ (ชาวบอสเนียเชื้อสายเซิร์บและชาวบอสเนียเชื้อสายโครแอต) จัดตั้งหน่วยการเมืองของกลุ่มตนขึ้น (ได้แก่สาธารณรัฐเซิร์ปสกาและสาธารณรัฐโครเอเชียแห่งเฮิร์ตเซก-บอสเนียตามลำดับ) ทำให้ชาวบอสนีแอกกลายเป็นกลุ่มชาติพันธุ์หลักที่เหลืออยู่ของสาธารณรัฐบอสเนียฯ