В підсумку Краньчари допомогли «картатим» вийти до фінальної частини чемпіонату світу 2006 року у Німеччині, де збірна несподівано провалилась, не здобувши жодної перемоги в групі. Після цього Златко змушений був покинути посаду, але це завадило Ніко продовжувати регулярно виступати за збірну, пробиваючись з нею на два наступні чемпіонати Європи (2008 року в Австрії та Швейцарії та 2012 року в Польщі та Україні). Причому у відбірковому турнірі до Євро-2012 Ніко став найкращим бомбардиром своєї збірної, забивши чотири м'ячі.