Fontes spielte für die U-17-Auswahl Uruguays. Er war auch Mitglied der uruguayischen U-20-Nationalmannschaft. Fontes gehörte den Aufgeboten bei der U-20-Südamerikameisterschaft 2007 und bei der U-20-Weltmeisterschaft 2007 an. Im WM-Turnier kam er nicht zum Einsatz.