Argentiinan maajoukkueessa Pochettino pelasi urallaan 20 A-maaottelua onnistuen myös kahdesti maalinteossa. Hän oli mukana Marcelo Bielsan valmentamassa joukkueessa Copa Américassa 1999, kun Argentiina hävisi puolivälierissä Brasilialle 2–1 sekä MM-joukkueessa 2002, jolloin Argentiinan tie katkesi yllättäen jo alkulohkovaiheessa. Pochettino pelasi MM-kisoissa Argentiinan kaikki kolme ottelua alusta loppuun.