Када је Наполеон 1814. прогнан у Елбу, Ламарк му је остао одан, а током рата Седме коалиције, служио је у царској војсци. Док је Наполеон марширао на Белгију како би се сукобио са британским и пруским војскама, Ламарк је заповедао дивизијом од десет хиљада људи против устанка ројалиста у Вандеји под генералом Кануелом. Ламаркуе је у бици код Рошсервера победио устанике, али победа је поништена Наполеоновим поразом у бици код Ватерлоа. Наполеон је касније похвалио Ламаркове напоре: "Ламарк, кога сам послао тамо на врхунцу кризе, чинио је чуда, па чак и надмашио моје наде."