В 1442—1452 годах митрополит Исидор был во Флоренции, Сиене, Киеве, Риме, Константинополе, опять в Риме, откуда 20 мая 1452 года отбыл с отрядом римских солдат в Константинополь. В 1453 году он участвовал в обороне Константинополя, был взят турками в плен, продан в рабство, бежал, и в 1458 году, став титулярным латинским патриархом Константинополя, поставил митрополитом Киевским, Галицким и всея Руси своего бывшего протодиакона Григория (Болгарина). Исидор осуществлял управление православными епархиями Константинопольской патриархии не из захваченного турками Константинополя, а из Рима, где и скончался 27 апреля 1463 года. Григорий Болгарин не был допущен к управлению подвластными Москве епископиями и в течение 15 лет управлял лишь епархиями Литвы. В 1470 году статус Григория был подтверждён вселенским патриархом Константинополя Дионисием I. В том же году новгородцы сочли нужным отправить кандидата на место умершего архиепископа Ионы Феофила на поставление в сан не к московскому митрополиту, а к киевскому, что стало одной из причин первого похода Ивана III на Новгород (1471).