Como máximo representante del comunismo albanés, Hoxha participó en la reorganización de los partisanos albaneses junto al miliciano Mehmet Shehu. En colaboración con los yugoslavos, la milicia comunista llevó a cabo una guerra de guerrillas, con acciones destacadas como el sabotaje de todas las líneas de comunicación en junio de 1942. Las diferentes corrientes de resistencia —comunistas, nacionalistas y monárquicos— se unieron en septiembre dentro del Movimiento de Liberación Nacional ("Lëvizja Nacional Çlirimtare, "LANÇ). Si bien se trataba de un grupo independiente en sus orígenes, los comunistas acabaron tomando el control y por eso existieron dos organizaciones más: el nacionalista Frente Nacional ("Balli Kombëtar") y el monárquico Movimiento Legalista ("Legaliteti").