Während des Ersten Tschetschenienkrieges trat Jawlinski mehrfach gegen Jelzins Politik auf und versuchte mit Rebellenchef Dschochar Dudajew zu verhandeln. Im Jahr 2001 stellte er fest, im Grunde seines Herzens sei Putin ein Sowjetmensch und damit in guter Gesellschaft; alle Regierungschefs bis dann waren ehemalige Mitglieder des Zentralkomitees der KPdSU gewesen oder aber hohe Funktionäre des Geheimdienstes KGB: Das Unglück, das die Russen heimgesucht hatte, komme nicht von der NATO, nicht von den Amerikanern oder „den Juden“. Es rühre von der eigenen Politischen Elite her.