En 1997, Feyenoord finit second derrière le PSV Eindhoven et connait une saison 1997-1998 décevante en championnat finissant pour la première saison en poste de Leo Beenhakker. C'est lors de cette saison que Feyenoord bat la Juventus Turin en Ligue des Champions 2 à 0, dans un match aujourd'hui considéré comme l'un des plus beaux de l'histoire du club. Pour la saison 1998-1999, l'équipe menée par Beenhakker remporte le championnat avec 15 points d'avance sur Willem II. Julio Cruz est le meilleur buteur du club en championnat avec 15 buts et Jon Dahl Tomasson le meilleur buteur sur l'ensemble de la saison avec 16 buts. À l'issue de la saison 1999-2000 où Feyenoord finit , Beenhakker donne sa démission ne se sentant plus d'entraîner l'équipe. Bert van Marwijk le remplace et l'équipe réalise une bonne première saison sous ses ordres, finissant lors de la saison 2000-2001. La saison 2001-2002 débute avec le départ de Jerzy Dudek pour Liverpool FC et l'arrivée de Pierre van Hooijdonk accompagné de Shinji Ono. L'équipe menée par ces deux derniers et d'autres joueurs clés comme Kees van Wonderen, Christian Gyan, Paul Bosvelt, et Robin van Persie remporte, lors d'une finale disputée à De Kuip, la Coupe de l'UEFA face au Borussia Dortmund avec un doublé de van Hooijdonk et un but de Tomasson. L'équipe concentrée sur la coupe d'Europe délaisse le championnat où elle finit .