Za sprawą jego starań Wszechrosyjski Centralny Komitet Wykonawczy wyraził aprobatę dla rozpędzenia Zgromadzenia Konstytucyjnego. Był jednym ze zwolenników podpisania pokoju z Państwami Centralnymi (traktat brzeski) w marcu 1918. 4 lipca 1918 r. na polecenie Lenina przekazał lokalnym władzom bolszewickim na Uralu, że mają wolną rękę w postępowaniu wobec zdetronizowanego cara Mikołaja II i jego rodziny, przetrzymywanej w Jekaterynburgu. Oznaczało to faktycznie przyzwolenie na zabójstwo Romanowów; wcześniejszy plan bolszewików, by przeprowadzić pokazowy proces Mikołaja, stał się niemożliwy z powodu buntu Korpusu Czechosłowackiego i sukcesów sił kontrrewolucyjnych na Uralu. Rodzina carska została rozstrzelana 17 lipca 1918. Również 4 lipca 1918 r. Swierdłow, jako przewodniczący WCIK, przewodniczył na V Wszechrosyjskim Zjeździe Rad. Po wybuchu w Moskwie powstania lewicowych eserowców był jednym z przywódców jego tłumienia. 2 września 1918 r., kilka dni po zamachu na Lenina, WCIK na wniosek Swierdłowa przyjął rezolucję, w której zapowiadano politykę czerwonego terroru "przeciwko burżuazji i jej agentom". Swierdłow odmówił przeprowadzenia wyborów tymczasowego przewodniczącego Rady Komisarzy Ludowych i podczas choroby Lenina sam go zastępował, prowadząc posiedzenia Komitetu Centralnego partii bolszewickiej oraz Rady Komisarzy Ludowych. Brał udział w przygotowaniach do I kongresu Kominternu, w organizacji zjazdów rad robotniczych Łotwy, Litwy i Białorusi oraz w organizacji III zjazdu rad Ukrainy.