Во время Отечественной войны 1812 года генерал-лейтенант Багговут был шефом 4-го егерского полка и командовал 2-м пехотным корпусом в 1-й Западной армии. Блестяще проявил себя в Бородинском сражении, где после смертельного ранения генерала Н. А. Тучкова принял на себя командование левым флангом русских войск. В Тарутинском бою возглавил атаку на французские позиции и был убит.