Von der U-18 bis zur U-21 spielte Jan Morávek in den tschechischen Juniorenauswahlteams. Mit der U-20-Mannschaft nahm er an der Juniorenweltmeisterschaft 2009 teil und erreichte dort das Achtelfinale. Sein erstes Spiel für die A-Nationalmannschaft bestritt er am 3. März 2010 im Alter von 20 Jahren im Rahmen eines Freundschaftsspiels gegen Schottland.