Mais alors que la saison 2001-2002 tire à sa fin, la Lazio, colossalement endettée à la suite de ses nombreuses acquisitions de joueurs dans les années 1990, se voit contrainte de vendre ses meilleurs éléments. Nesta rejoint alors la Lombardie et le club de l'AC Milan, où évolue Paolo Maldini, qui le présente déjà comme son héritier.