Η πόλη ιδρύθηκε το 1876, και πήρε το όνομα του Λοουρένσο Μάρκες (Lourenço Marques), Πορτογάλου εμπόρου που ήταν ο πρώτος Ευρωπαίος που εξερεύνησε την περιοχή το 1544. Η κατασκευή ενός σιδηροδρόμου προς την Πρετόρια της Νοτίου Αφρικής το 1895 προκάλεσε αύξηση του πληθυσμού της πόλης. Το 1898, η Λοουρένσο Μάρκες έγινε πρωτεύουσα της Μοζαμβίκης. Κατά τον Δεύτερο Πόλεμο των Μπόερς, ο Ουίνστον Τσώρτσιλ, μετά τη σύλληψή του από τους Μπόερς, έκανε μια τολμηρή απόδραση στη Λοουρένσο Μάρκες, ξεφεύγοντας από τους φρουρούς. Μετά την ανεξαρτησία της χώρας από την Πορτογαλία, η πόλη έλαβε το όνομα Μαπούτο στις 3 Φεβρουαρίου 1976. Το όνομα Μαπούτο έλκει μάλλον την καταγωγή του από έναν παλιό, άγριο ηγέτη φυλής, τον Μαπούτα, ο οποίος ηγεμόνευε στην περιοχή κάποτε.