Gestapon johtaja Müller katosi keväällä 1945 Berliinin pommituksissa. Heinrich Himmler saatiin kiinni, ja hän teki itsemurhan. Useimmat Gestapon johtohahmot pidätettiin Saksan hävittyä sodan. Adolf Eichmann pakeni mutta joutui myöhemmin kiinni Etelä-Amerikassa. Nürnbergin oikeudenkäyntien (marraskuusta 1945 lokakuuhun 1946) osana käytiin Gestapoa koskeva alaoikeudenkäynti. Gestapo tuomittiin 30. syyskuuta 1946 rikolliseksi organisaatioksi ja syylliseksi rikoksiin ihmisyyttä vastaan. Kaikki Gestapon poliisit ja johtavat hallintovirkamiehet todettiin yhteisvastuullisesti syyllisiksi. Alemmat toimistotyöntekijät ja avustajat sekä kaikki Gestapon palveluksesta ennen 1. joulukuuta 1939 poistuneet jäivät tuomion ulkopuolelle. Moni Gestapoon liitetty natsivastaaja kuten Göring tuomittiin kuolemaan. Useimmat keskeiset virkamiehet suorittivat enintään kolmen vuoden tuomion. Suurin osa Gestapon arkistoista oli tuhoutunut, joten Gestapon poliiseja oli vaikea saada syytteeseen sodan jälkeisissä "Entnazifizierung"-prosesseissa. Gestapon ilmiantajia tuomittiin yhteensä 603. Itä-Saksassa entiset gestapolaiset siivottiin tehokkaammin kuin Länsi-Saksassa, missä arviolta puolet Gestapon poliiseista sijoittui uudelleen julkishallinnon virkoihin.