Chef de corps du corps expéditionnaire libyen de l'armée de Mouammar Kadhafi, il participe aux opérations visant à maintenir la présence illégale de la Libye sur la bande d'Aouzou, à la frontière tchado-libyenne. Le président tchadien autoproclamé, Hissène Habré, transfuge du gouvernement d'unité nationale de Goukouni Oueddei, et soutenu par la France et les États-Unis, dirige 11 200 hommes contre 21 400 aux Libyens et à leurs alliés lors de l'opération Manta puis de l'opération Épervier. Ces derniers sont battus le au cours de la bataille de Ouadi Doum, et Khalifa Haftar est fait prisonnier à N'Djamena.