В 1992 г. Кэри возглавила как художественный руководитель Американский консерваторский театр (А. К. Т.) в Сан-Франциско. Её первой задачей стала масштабная реставрация исторического здания театра, повреждённого землетрясением 1989 года и непригодного к использованию; эта задача была успешно решена, и в 1996 году театр вернулся в своё постоянное помещение. Как режиссёр Перлофф осуществила на сцене руководимого ею театра множество постановок, включая мировую премьеру пьесы Пинтера «Празднование»; в собственной постановке Перлофф была представлена на сцене А. К. Т. и её пьеса «Родосский колосс». Кроме того, в 1993 г. Перлофф выступила режиссёром мировой премьеры оперы Стива Райха и Берил Корот «Пещера»; на сцене своего театра она также сотрудничает с авангардными музыкантами (в том числе с Кронос-квартетом) и видеохудожниками.