In der &lt;a href="Alpiner%20Skiweltcup%201996/97"&gt;Saison 1996/97&lt;/a&gt; startete Magoni fast nur noch im Slalom, fand wieder zu ihrer alten Form zurück und konnte ihre bisherigen Ergebnisse sogar noch deutlich überbieten. Am 4. Januar 1997 erreichte sie im Slalom von Maribor mit Rang drei erstmals das Podest, am 2. Februar fuhr sie in Laax auf den zweiten Platz. Höhepunkt der Saison war die Weltmeisterschaft in Sestriere, wo Magoni hinter ihrer Landsfrau Deborah Compagnoni die Silbermedaille im Slalom gewann. Im Weltcup fuhr sie am 7. März in Mammoth Mountain ebenfalls auf das Podest und feierte im Slalom von Vail am 16. März 1997 ihren ersten und einzigen Weltcupsieg. Zum Abschluss dieser für sie erfolgreichsten Saison wurde sie noch Italienische Slalommeisterin.