Pada tahun 1662, Koxinga, seorang loyalis dari Dinasti Ming, yang telah kehilangan kekuasaan di Tiongkok daratan pada tahun 1644, mengalahkan Belanda dan mendirikan basis operasi di pulau. Pasukannya dikalahkan oleh Dinasti Qing pada tahun 1683, dan sebagian Taiwan menjadi semakin terintegrasi dalam kekaisaran Qing. Setelah Perang Tiongkok-Jepang Pertama tahun 1895, Qing menyerahkan Pulau Taiwan berikut Penghu kepada Kekaisaran Jepang. Taiwan menghasilan beras dan gula untuk diekspor ke Kekaisaran Jepang, dan juga berperan sebagai basis untuk ekspansi kolonial Jepang ke Asia Tenggara dan Pasifik selama Perang Dunia II. Pendidikan kekaisaran Jepang diimplementasikan di Taiwan dan banyak orang Taiwan juga bertempur untuk Jepang selama perang tersebut.