Гевара је практично био архитекта добрих односа између СССР и Кубе. Као такав, он је одиграо кључну улогу у доношењу совјетских нуклеарних ракетних глава на Кубу у октобру 1962, што је ускоро довело до тзв. Кубанске ракетне кризе, која је довела до ивице нуклеарног рата између СССР и САД. У интервјуу са британским новинаром часописа „Дејли воркер”, неколико дана по завршетку кризе, Гевара је и даље био, као и Кастро, бесан због, како се чинило, издаје коју је СССР починио над Кубом, тврдећи да би ракете, да су биле под кубанском контролом, сигурно испалили. Сем Расел, репортер који је овом приликом причао са Че Геваром, објаснио је да је од Че Геваре изашао са „помешаним утисцима”, описујући га као „ човека топлог карактера”, „очигледно високе интелигенције”, који се, међутим, „понашао као лудак кад је говорио о пројектилима”.