No São Paulo, foi muito útil na marcação, apesar de limitado tecnicamente. Em sua nova passagem pelo São Paulo, foi bicampeão da Copa Libertadores da América (1992 e 1993) e ganhou o Mundial Interclubes (1992). Já era um ídolo, mas, a partir daquele momento, lembrou os grandes deuses da raça tricolor, como Armando Renganeschi, Pablo Forlán, Chicão e Darío Pereyra. Pintado encerrou a carreira no .