1559 wurde die Martinikerk Bischofskirche des Bistums Groningen. Nach der Einnahme der Stadt Groningen durch Moritz von Oranien am 22. Juli 1594 wurde das Bistum aufgelöst. Aus der Martinikerk wurden die Altäre und die Heiligenbilder entfernt; die Kirche wurde in eine reformierte Kirche umgewandelt. 1611 wurde der Kommandant des Staatenkastells Groningen, Johannes Corputius im Chor der Kirche beigesetzt. Corputius war Angehöriger des calvinistischen Glaubens und hatte für Moritz von Oranien und Wilhelm Ludwig von Nassau im Achtzigjährigen Krieg gekämpft.