Præsident Thomas Jefferson sammensatte en gruppe, som kaldtes Opdagelseskorpset, anført af Meriwether Lewis og William Clark (normalt kaldet Lewis og Clark-ekspeditionen) med henblik på at udforske den nyerhvervede region. I 1817 blev en pelshandelspost oprettet i det nuværende Fort Pierre, hvilket var begyndelsen på amerikanske bosættelser i området. Gennem meget af det 19. århundrede øgede USA's hær sin tilstedeværelse på samme tidspunkt som Lewis og Clarks samt Joseph Niccolets opdagelsesrejser blev gennemført. I 1855 købte USA's hær Fort Pierre, men det blev forladt det efterfølgende år til fordel for Fort Randall længere mod syd. Bosættelserne tog i denne tid til og i 1858 overgav stammen Yankton Sioux ved en traktat det meste af det nuværende østlige South Dakota til USA.