Etliche Episoden, die überwiegend zu den ersten drei Staffeln gehören, spielen vor dem Hintergrund des Kalten Krieges. In ihnen geht es um die Befreiung von Dissidenten und anderen Personen aus staatlicher Haft, um die Konfrontation MacGyvers mit Geheimdiensten des Ostblocks, darunter KGB und GRU, und um die Inbesitznahme von Geheiminformationen auf Mikrofilm. Betreffende Episoden spielen in Bulgarien, Ungarn, der Tschechoslowakei, der DDR, der Sowjetunion und Afghanistan. MacGyvers Auftrag in der Episode "GX-1" (Staffel 3) etwa ist es, das Wrack eines, mit geheimer Technologie an Bord abgestürzten US-Flugzeugs in der DDR zu finden und zu zerstören. In den Episoden "Ein Akt der Menschlichkeit" und "Die Mauer" aus der sechsten Staffel spiegelt sich das Ende des Kalten Krieges beziehungsweise der Fall des Eisernen Vorhangs. In der letztgenannten holt MacGyver eine Frau in die Vereinigten Staaten und zu ihrem Großvater, der vor dem Mauerfall über die deutsch-deutsche Grenze geflüchtet war und von deren Großvater einige Ex-Stasi-Mitarbeiter noch Gold zurückhaben wollen.