Mexikó és Közép-Amerika csarnoka a múzeum első emeletén, a világ madarainak csarnoka és a dél-amerikai népek csarnoka között egyetlen szintet elfoglaló terem. A látogató az egykoron Mezoamerikában élő prekolumbiánus civilizációk átfogó régészeti bemutatásával találkozik, köztük a maja civilizációval, az olmékokkal, a zapotékokkal és az aztékokkal. Mivel ezek a civilizációk nem hagytak hátra írásos emlékeket, és a nyugati civilizációval sem volt kapcsolatuk, a tárlat átfogó célja, hogy összeszedje mindazt az ismeretet róluk, ami a fennmaradt régiségekből megfejthető. A múzeum már nyitásától kezdve bemutatta a prekolumbiánus műtárgyakat, nem sokkal azután, hogy régészek felfedezték a prokolumbiánus civilizációkat; a témának szentelt első kiállítóterem már 1899-ben megnyílt. A gyűjtemény növekedésével a csarnok nagyszabású felújításokon esett át, először 1944-ben, majd 1970-ben, amikor jelen formája kialakult. Említésre méltó kiállítási tárgy az olmék civilizáció emléke, a Kunz-fejsze, továbbá a Monte Albán régészeti ásatási helyszín 104-es sírjának másolata, melyet eredetileg az 1939-es New York-i világkiállításon mutattak be.