Nel 2001 la squadra di San Pietroburgo si piazzò terza in campionato e nel 2002 decima in campionato e fu finalista della Coppa di Russia. Nel 2003, sotto la guida del nuovo tecnico Vlastimil Petržela, si classificò seconda in Prem'er-Liga e si aggiudicò anche la prima e unica edizione della Coppa del campionato russo.