Wówczas pogłębiła się wzajemna niechęć zawodowego oficera wywiadu austriackiego Zagórskiego z pozbawionym wykształcenia wojskowego, obdarzonym szerszą wizją polityczną Piłsudskim. Od czerwca 1916 do lipca 1917 Zagórski był dowódcą 3 pułku piechoty II Brygady Legionów. Wówczas doszło do kryzysu przysięgowego, podczas którego Zagórski opowiedział się za złożeniem przysięgi i zachęcał do tego. Po latach w zmienionej konfiguracji społeczno-politycznej znaleźli się tacy, którzy twierdzili nawet, że idącym na internowanie w Szczypiornie Polakom Zagórski wygrażał: – „Szaleńcy! Wy zdechniecie!”. W odpowiedzi idące boso ponoć kolumny ryknęły mu "Pierwszą Brygadę", a piątą strofę "Nie chcemy dziś od was uznania..." kończąc słowami „j–ł was pies”. Od lipca 1917 do lutego 1918 dowódca pułku artylerii Polskiego Korpusu Posiłkowego. Po przebiciu się II Brygady pod Rarańczą – usunięty z Legionów za działanie na szkodę armii austriackiej i internowany w Huszt (ob. Chust), później oddany pod sąd wojskowy. Jako główny oskarżony odizolowany od pozostałych Legionistów i szczególnie szykanowany. Uniknął kary śmierci dzięki cesarskiej abolicji.