尖閣諸島中国漁船衝突事件の対応を巡り内閣官房長官の仙谷と国土交通大臣の馬淵澄夫に対する問責決議が参院で可決されるなど政局は混乱。これを受けた内閣改造により、2011年1月14日に菅第2次改造内閣が成立。3月11日には東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）が発生し、政権は震災復興と福島原発事故の対応に追われた。