Томаш Шимкович выступал за молодёжную сборную Австрии по футболу (до 21 лет). Он принимал участие в успешном для сборной Чемпионате мира по футболу среди молодёжных команд 2007 года, где команда Австрии дошла до 1/2 финала и уступила в матче за 3-е место.