ב-26 בספטמבר 1940 הוקם "מרכז היהודים" כיודנרט ליהודי סלובקיה. ב-9 בספטמבר 1941 פורסמו חוקים אנטי-יהודיים והוחל בגירושם של יהודים, בהתחלה בעלי נתינות זרה. בפברואר 1942 נדרשו היהודים שנולדו בשנים 1897–1926 להירשם במשטרה לשם קביעת "כושר עבודתם". במרץ אותה שנה הוקמו חמישה מרכזי איסוף למגורשים ועד אוקטובר גורשו כ-58,000 מיהודי סלובקיה – בעיקר לאזורי לובלין שבפולין, משם הועברו למחנה ההשמדה אושוויץ. באוקטובר, עקב פעולת קבוצת העבודה, הופסקו השילוחים וחודשו רק בשנת 1944, לאחר המרד הסלובקי.