Pepe, chociaż jest Brazylijczykiem, nigdy nie grał w reprezentacji tego kraju. Natomiast, w 2007 roku, po otrzymaniu portugalskiego obywatelstwa, zadebiutował w barwach Portugalii. Zagrał na EURO 2008, zdobył dwie bramki w meczu z Turcją, w tym jedną nieuznaną. Został nominowany do nagrody FIFA World Player w 2008 roku.