In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts wurde Hela durch den Ersten Nordischen Krieg in Mitleidenschaft gezogen. 1572 brannte Alt-Hela vermutlich ganz ab und wurde nicht mehr aufgebaut. Die Ruinen von Alt-Hela lagen zwei Kilometer nordwestlich vom Ort, sind heute aber nicht mehr auffindbar. Im März 1577 wurde Hela vom polnischen Oberst Ernst von Weiher überfallen und gezwungen, dem polnischen König Stephan zu huldigen. Auch im 17. Jahrhundert geriet Hela verschiedentlich in Bedrängnis. So erschien im September 1626 der schwedische Admiral Carl Carlsson Gyllenhielm mit einer Kriegsflotte vor Hela und verlangte vom Magistrat, den Untertaneneid für Gustav Adolf zu leistem.