Pada permulaan Perang Kongo Kedua, Nkunda bergabung dan menjadi mayor dalam Perhimpunan Kongo untuk Demokrasi (RDC), berjuang di pihak pasukan-pasukan Rwanda, Uganda, Burundi, dan yang beraliansi dengan pihak Tutsi {kaum Tutsi adalah sebuah kelompok relatif kecil dalam RDC, yang jumlahnya sekitar setengah hingga satu juta, tetapi secara militer signifikan). Pada Mei 2002, ia dituduh membantai 160 orang di Kisangani, sehingga Komisioner Hak-hak Asasi Manusia PBB Mary Robinson menyerukan agar ia ditangkap setelah menculik dan memukuli dua penyelidik PBB oleh pasukan-pasukannya.