Nachdem Balliol 1292 zum schottischen König erklärt worden war, hatte Cheyne erhebliche politische Bedeutung. 1295 besiegelte er mit den Vertrag von Paris, so dass er wahrscheinlich dem zwölfköpfigen Staatsrat angehörte, der faktisch John Balliol als König entmachtet hatte. Am 23. Februar 1296 nahm er an der Parlamentsversammlung teil, die das Bündnis mit Frankreich bestätigte. Das Bündnis mit Frankreich kam einer Kriegserklärung an England gleich. Nachdem der englische König Eduard I. in einem kurzen Feldzug Schottland geschlagen und besetzt hatte, war Cheyne einer der drei Bischöfe, die von den insgesamt zwölf schottischen Bischöfen dem englischen König als neuen Oberherrn huldigten.