בשנים 1980 עד 2003 פעלה חטיבה מרחבית בשם חטיבת אילת תחת עוצבת אדום. החלטה על הקמת היחידה מחדש התקבלה ב-2011 בעקבות ההפיכה במצרים והפיגוע בכביש 12, אולם היא הוקפאה בתחילת 2012, לבסוף החטיבה הוקמה ב-26 בדצמבר 2012.