Resté sous les murs de Valence, Moncey n'est pas plus heureux dans son attaque contre Saragosse, défendue par le général Palafox. Il se distingue néanmoins d'une manière particulière lors de ce siège où il faillit être tué par un moine. Après la bataille de Tudela, perdue par les Espagnols, le maréchal Moncey commande le d'armée employé au second siège et à la prise de la ville de Saragosse. La garnison espagnole de Palafox se compose de 35 à de troupes réglées, environ bien armés et la totalité de la population. Le maréchal fait ouvrir les tranchées mais, rappelé en France, il doit remettre son commandement au général Junot le 2 janvier 1809. En août de la même année, l'Angleterre ayant porté la guerre sur les côtes de la Hollande, Moncey est envoyé en Flandre pour prendre le commandement de l'armée d'observation qui établit ses cantonnements dans le pays d'Hulst, d'Axel et de Cadzand. Il y fait face aux Anglais qui débarquent à Walcheren.