Les Spurs, après les échecs des négociations des années précédentes, le recrutement depuis deux saisons Fabricio Oberto et Matt Bonner, et leurs incertitudes concernant la complicité entre Tim Duncan et Scola, décident d'échanger leur droit avec le club des Rockets de Houston. Cette négociation inclut le transfert du grec Vasílios Spanoúlis (désirant rentrer en Grèce, il ne joue finalement pas avec les Spurs), la session d'un deuxième tour de et un complément sous forme d'argent contre Scola et Jackie Butler. Peu après, le club de Houston réussit ses négociations et Scola rejoint enfin la ligue américaine : ils lui offrent un contrat de trois ans et 9,3 millions de dollars, permettant à celui-ci de racheter le reste de son contrat pour 3,2 millions dollars, Houston payant pour sa part les , somme maximum autorisée par la NBA dans le cadre d'un . Avec leurs deux vedettes Tracy McGrady et Yao Ming, et avec le renfort de Steve Francis, ancien 2 de la Draft 1999 de la NBA et joueur des Rockets, il rejoint ainsi une franchise qui se positionne comme l'une des favorites de la Conférence Ouest pour la saison 2007-2008.