С 30 августа 1805 Компан занимает пост начальника штаба 5-го корпуса маршала Ланна, в составе Великой армии (бывшей Армии Берегов Океана). Он участвует и получает ранение в сражении при Аустерлице. 13 декабря 1805, его переводят в 4-й корпус и назначают командиром бригады. В кампаниях 1806—07 он то занимает штабные должности, то рискует жизнью на полях сражений. Так 27 сентября 1806 его определили начальником штаба 4-го корпуса маршала Сульта, а уже 14 октября он вёл солдат в атаку против войск князя Гогенлоэ под Йеной. Административный дар и штабное мышление Компана привлекают внимание «железного маршала» Даву, который в октябре 1808 делает его начальником штаба своей Рейнской армии в Германии, которая 1 апреля 1809 года была преобразована 3-й армейский корпус Армии Германии. 19 апреля 1811, в преддверии Русского похода, все тот же Даву назначает Компана командиром 5-й дивизии Эльбского обсервационного корпуса, который с 1 апреля 1812 стал носить название 1-го корпуса Великой армии.