Po napaści Niemiec na ZSRR duża część wykładowców i słuchaczy brała udział w działaniach wojennych, m.in. na półwyspie Apszerońskim i w desancie na Iran oraz we Flocie Czarnomorskiej. Szkoła stała się bazą dla innych szkół wojskowych, przeniesionych z terenów bądź zajętych przez Niemców, bądź zagrożonych zajęciem, m.in. z zablokowanego Leningradu.