В 1902 году направлен на Эскадру Тихого океана с назначением младшим штурманским офицером крейсера «Диана» в Порт-Артуре. Участник русско-японской войны. В первом же сражении этой войны, при нападении японского флота на Порт-Артур в ночь на 27 января 1904 года получил контузию с разрывом барабанной перепонки правого уха, но остался в строю. С 17 февраля 1904 — вахтенный начальник крейсера «Диана», исполнял должность старшего штурманского офицера. 11 апреля 1904 года переведён на миноносец «Боевой». На его борту участвовал во многих боевых операциях (только с 20 мая по 14 июля 1904 года миноносец совершил 13 выходов в море) и в ряде боёв с японскими кораблями, неоднократно проявлял доблесть в бою. Так, когда 10 июня 1904 года «Боевой» в бою с японскими кораблями получил два прямых попадания и его командир капитан 2-го ранга Е П. Елисеева получил ранение, мичман Дудоров принял на себя временное командование кораблем. 23 июля 1904 года в бухте Тахэ «Боевой» был торпедирован минными катерами и получил прямое попадание торпеды по левому борту в районе носовой кочегарки, мичман Дудоров отлично действовал в борьбе за живучесть корабля, в результате тяжело повреждённый миноносец остался на плаву и до конца боя вёл огонь по противнику.