18 березня 1939 року на базі командування австрійських ВПС був створений 4-й повітряний флот, командувачем яким призначений Лера. Одночасно він став іменуватися «командувачем люфтваффе на Південному Сході». У квітні 1941 року разом з Куртом Штудентом забезпечував керівництво операцією по захопленню Криту. З початком Німецько-радянської війни флот Лера підтримував дії групи армій «Південь». У грудні 1941 року очолив 2-й повітряний флот, який був перекинутий на Балкани, при цьому Лер зберіг за собою посаду командувача на Південному Сході. 2 липня 1942 року одночасно став командувачем розгорнутою на Балканах 12-ю армією, яка перебувала в безпосередньому підпорядкуванні ОКВ — тобто в руках Лера сконцентрувалося керівництво всіма збройними силами на Балканах. 28 грудня 1942 року командування армії було переформовано в штаб групи армій «Е» (командування на Південному Сході) на чолі з Лером. В березні 1943 року командування флоту було розділено, сформований штаб нового 2-го повітряного флоту і командування люфтваффе на Південному Сході. Останню посаду зберіг за собою Лер. Під його керівництвом на території Балкан, перш за все в Югославії, здійснювався жорсткий окупаційний режим. У серпні 1944 року почав евакуацію. 1 жовтня радянські війська форсували Дунай і розбили 34-й армійський корпус, а 14 жовтня болгарські війська увійшли в Ниш, відрізавши Леру шлях до відступу. Лер провів складний маневр по важкодоступній місцевості біля Адріатичного узбережжя, зірвавши плани противника оточити його війська. 15 травня 1945 року добровільно здався югославській владі. 16 лютого 1947 року югославським військовим трибуналом в Белграді засуджений до страти. Розстріляний.