In 1546 brak de Schmalkaldische Oorlog uit tussen keizer Karel V en het Schmalkadische Verbond. De bond leed een vernietigende nederlaag in de Slag bij Mühlberg. Als lid van de bond werd Wolfgang door de keizer in de rijksban gedaan wegens landvredebreuk. Hij vluchtte naar de Harz en zijn vorstendom werd door keizerlijke troepen bezet. In 1552, na het sluiten van de Vrede van Passau, kreeg hij zijn gebieden weer terug.