Ook tijdens de Tweede Wereldoorlog werd de abdij niet gespaard, ondanks de inspanning van vele monniken. Op 15 februari 1944, toen de Slag om Monte Cassino tussen de goed ingegraven Duitsers en de oprukkende geallieerden in alle hevigheid woedde, meende het geallieerde opperbevel (ten onrechte) dat de Duitsers zich ook in het klooster verschanst hadden en dat platbombarderen onvermijdelijk was. In dit gebouw van rust, vrede en gebed hadden honderden mensen een schuilplaats gevonden. Binnen drie uur tijd zou dit hun laatste rustplaats worden. Veel van de kunstschatten waren echter tijdig in veiligheid gebracht. Er werd nog een lange tijd in de ruïnes van de abdij gevochten. Na lange tijd werd het veroverd door Poolse soldaten.