Похорон відбувся 11 жовтня на старовинному протестантському кладовищі громади Святої Трійці одного з центральних районів Берліна - Кройцберзі. У 1945 році при штурмі Берліна це кладовище постраждало від вуличних боїв й у надгробок Івана Проханова потрапила куля. У повоєнний час серед віруючих неодноразово обговорювалося питання про перепоховання Проханова у СРСР, проте ці плани не були реалізовані. У 2010-х роках, за непідтвердженими даними з соцмереж, на ділянці кладовища, де розташовувалася могила Івана Проханова було прокладено швидкісний автобан.