Після визволення Криму у середині квітня 1944 року продовжив роботу у газеті. Однак 18 травня, попри фронтові заслуги, Еміна разом з усім кримськотатарським народом депортували з Криму до Узбекистану. Сейтумер Емін потрапив у місто Бекабад. Працював на будівництві Фархадської ГЕС. Невдовзі з його ініціативи на будівництві організували відділ культури, керувати яким доручили теж йому. При центральному клубі створили театр-ансамбль. Вищу освіту здобув у Середньозійському університеті.