In totaal speelde Pirès 79 maal voor het Frans voetbalelftal waarin hij veertien maal scoorde. Pirès werd met deze ploeg wereldkampioen in 1998. Pirès won met Frankrijk ook het Europees kampioenschap in 2000 en won daarna tweemaal de Confederations Cup in 2001 en 2003. Voor het wereldkampioenschap van 2006 in Duitsland werd hij niet geselecteerd door een meningsverschil met toenmalig bondscoach Raymond Domenech. Dit tot grote verontwaardiging van de meeste supporters van de Franse nationale ploeg. Hij nam met Frankrijk ook deel aan de Olympische Spelen van 1996 in Atlanta, Verenigde Staten.