Samana vuonna Mikojan lähetettiin Unkariin. Hänen tehtävänään oli tutkia Unkarin kansannousun aiheuttamaa tilannetta. Omana mielipiteenään hän totesi neuvostojohdolle, että kansannousuun ei saa puuttua. Hänen mukaansa kansannousun tukahduttaminen pilaisi Neuvostoliiton maineen maailmalla. Mikojanin mielipidettä ei otettu huomioon ja neuvostojoukot lähetettiin kukistamaan kansannousu.