Nel novembre 1943, venne quindi promosso capitano di corvetta e assegnato alla guida di uno squadrone del 301° "Kokutai" (gruppo aereo), comandato dal capitano di fregata Katsutoshi Yagi; inizialmente equipaggiato con i nuovi caccia J2M "Jack", il gruppo ritornò presto agli Zero nella versione aggiornata A6M5 e, basato nella madrepatria alla base aerea di Yokosuka, venne impegnato nel 1944 in difesa delle Isole Marianne e di Iwo Jima. Iyozō Fujita prese parte anche a queste difficili battaglie, partecipando a numerosi scontri aerei contro le soverchianti forze aeree americane e ottenendo nuove vittorie.