Die Quellen in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts sprechen von kaum etwas anderem als Krieg. Alle tauglichen Männer wurden in den Dienst der bayerischen Truppen des Kurfürsten Maximilian II. Emanuels eingezogen, der mit Frankreich gegen das Kaiserreich und Österreich paktierte. Die Stadt wurde mit Zwangsanleihen überhäuft, um ihren Beitrag zu den enormen Kriegskosten zu leisten. 1704 wurde Bayern nach der Zweiten Schlacht bei Höchstädt von österreichischen Truppen besetzt. In Burghausen zog eine österreichische Garnison ein. Die Steuern, nun für die österreichische Seite, wurden abermals extrem hoch angesetzt und stellten sich als nicht mehr bezahlbar heraus. Die Burghauser Bürger mussten ihr Vermögen abgeben und wurden entwaffnet. Schlimmer noch als die Stadtbevölkerung traf es aber die Bauern der Umgebung und des Rentamts. Als schließlich Tausende junge Männer für die österreichischen Truppen rekrutiert werden sollten, brach 1705 ein Bauernaufstand los, der bis 1706 andauerte und auch in der Umgebung Burghausens tobte. Burghausen war bayernweit die letzte Stadt, die sich noch in den Händen der Landesdefension befand, als auch sie am 18. Januar 1706 kapitulieren musste.