La administración del thema fue variando a lo largo de los siglos. Durante los siglos XI y XII, el término "Macedonia" se consideraba sinónimo de Tracia, lo que explica el por qué la dinastía macedónica (867-1057) se conoce como tal a pesar de originarse en Tracia. Durante este periodo, el thema contenía las ciudades de , Heraclea, Rodosto, entre otras. Tras la Cuarta cruzada y el Saqueo de Constantinopla en 1204, el thema cayó bajo control de Bonifacio de Montferrato. El dominio latino fue breve, pues Macedonia fue tomada en 1222 por Teodoro Comneno, quien a su vez fue derrotado por Juan III Vatatzés dos décadas después. Macedonia se mantuvo bajo control imperial hasta 1346, cuando Esteban Uroš IV Dušan estableció el Imperio serbio. Sin embargo, los serbios fueron rápidamente derrotados por el creciente Imperio otomano, que anexaron toda Macedonia tras la Batalla de Kosovo de 1389.