Suivant le souhait de son père, Moritz Anton Kappeler rentre à Lucerne en 1710, où il assure la reprise de son cabinet médical. Entre 1712 et 1754, il fait office de médecin municipal. À partir de 1717, il est membre du Grand Conseil de Lucerne. Parallèlement à son activité médicale, il a plusieurs fois l'occasion de mettre en œuvre ses connaissances en ingénierie. Il accompagne les troupes lucernoises lors de la guerre du Toggenburg en tant qu'ingénieur. D'autre part, il enseigne les mathématiques et la géométrie à l'école d'artillerie. Il participe de façon déterminante à l'aménagement des eaux du Krienbach.