La saison 1996 est nettement plus probante pour le club, qui se place comme un concurrent direct au titre de champion et se place même en première position pendant une partie de l'exercice. Il échoue cependant dans la dernière ligne droite, concédant deux défaites et un match nul lors des cinq dernières journées pour finalement se classer troisième derrière le Spartak Moscou et l'Alania Vladikavkaz. Le Rotor dispute en parallèle la Coupe Intertoto à l'été de la même année, atteignant la finale de la compétition avant d'être vaincu