Pérez war auch Mitglied der uruguayischen A-Nationalmannschaft. Insgesamt absolvierte er von seinem Debüt am 2. November 1921 bis zu seinem letzten Spiel für die "Celeste" am 31. August 1924 sechs Länderspiele. Einen Treffer erzielte er nicht. Pérez nahm mit der Nationalelf an den Südamerikameisterschaften 1921 (kein Einsatz) und 1923 teil. 1923 gewann er mit Uruguay den Titel und trug dazu in drei Begegnungen aktiv bei.