José Pedro Fuenzalida w barwach młodzieżówki uczestniczył w Młodzieżowych Mistrzostwach Ameryki Południowej w 2005 roku, jak również w Mistrzostwach Świata U-20 w 2005 roku. Na tej ostatniej imprezie wystąpił we wszystkich meczach kadry U-20, strzelając 2 gole w meczu fazy grupowej z Hondurasem. W dorosłej reprezentacji natomiast zadebiutował w 2008 roku. Brał udział w eliminacjach do MŚ 2010, w których rozegrał jeden mecz – 15 czerwca 2008 przeciwko Boliwii. Znalazł się w szerokiej kadrze reprezentacji Chile na Mundial 2010.