В 1991 году Вегерле получил американское гражданство, после того, как женился на американке. 30 мая 1992 года в матче против сборной Ирландии он дебютировал за сборную США. За национальную команду Вегерле выступал на Кубке конфедераций 1992 и Золотом кубке КОНКАКАФ 1993. 8 января 1994 года Рой получил травму колена, но успел восстановится к домашнем чемпионату мира, и стал одним из ключевых футболистов турнира. Он принял участие во всех матчах соревнования против сборных Швейцарии, Румынии, Колумбии и Бразилии.