Rövid ideig Johnston főszárnysegédje volt a Shenandoah hadseregben, A Shenandoah-hadsereg ellen északi irányból a Patterson-féle hadsereg vonult fel, soraiban Kirby Smith egykori alakulatával, a 2. lovasezreddel, George H. Thomas ezredessel az élén. Június 17-én Kirby Smith-t előléptették dandártábornokká és a 4. dandár parancsnoka lett. Johnston és Barnard E. Bee után a harmadik a rangidősségi sorrendben, ami azt vonta maga után, hogy alá tartozott a Shenandoah hadsereg Bartow és Elzey ezrdesek dandárja alkotta szárnya. Július 21-én a Shenandoah hadsereg segítségére sietett a harcban álló P. G. T. Beauregard konföderációs Potomac hadseregének, s megvívta a háború első nagyobb ütközetét, a Bull Run-i csatát. Kirby Smith a harc zaját hallva leszállította az elöl utazó Elzey dandárt a vonatról és a küzdelem helyszíne felé sietett. Johnstonnál való jelentkezése után azt a parancsot kapta, hogy várjon, de emberei izgatottságát látva engedélyt kért, hogy a szorongatott konföderációs balszárny segítségére siessen. Johnston megadta az engedélyt, Kirby Smith pedig nem sokkal később harcba bocsátkozott, melyben súlyosan megsebesült a nyakán és vállán. Az időben jött segítségért őt is és a helyébe lépő Elzey-t is a „Manassas Blücherje” néven kezdték emlegetni.