En este periodo, la destrucción de los judíos se convirtió el objetivo más importante. En la primavera de 1943, tuvo lugar la Sonderaktion 1005, que consistió en la exhumación e incineración de los asesinados por los "Einsatzgruppen" en todo el frente oriental, y la cifra de judíos muertos había ascendido a 1,8 millones. En febrero de 1942 la Conferencia de Wannsee decidió el exterminio de los judíos, en lo que se conoció como la "solución final al problema judío". Entre el 19 de abril y el 16 de mayo de 1943 tuvo lugar la rebelión del gueto de Varsovia. En el verano de 1943 Himmler encargó que los judíos de los guetos de la Polonia ocupada fueran llevados a campos de las SS. El 21 de junio encargó que los judíos de Ostland fueran llevados a campos de concentración de las SS o deportados al este.