דוגמה מודרנית אחרת לחילופי אוכלוסין בפועל (אף כי מידת התכנון כאן, כמו גם במקרה הודו ופקיסטן, הייתה מעטה) התרחשה בקפריסין, אחרי הפלישה הטורקית. קפריסין קיבלה עצמאות מידי בריטניה ב-1960 לפי הסכם לחלוקת השלטון בין הקהילה היוונית לקהילה הטורקית באי. הפיכה צבאית שביצעו קפריסאים-יוונים, בעידודו של השלטון הצבאי ששלט אז ביוון, כיוונה לאחד את קפריסין עם יוון, אך הצבא הטורקי פלש ב-1974 לצפון קפריסין ויצר חיץ בין האזור שבו הייתה מרוכזת האוכלוסייה הטורקית ליתר חלקי האי. 200 אלף קפריסאים-יוונים שהתגוררו בצפון האי נמלטו או גורשו אל דרום האי, שעדיין נשלט בידי הממשלה הקפריסאית-יוונית, ובמקביל נמלטו או גורשו 60 אלף קפריסאים-טורקים לצפונו. ההפרדה בין הקהילות הפכה לכמעט מלאה, למעט שני כפרים הנמצאים בשטח המפורז בין חלקי האי.