I løpet av krigen ankom nye fanger av alle kategorier, men høyt utdannede og såkalte politiske fanger forble de største gruppene helt til leirens fanger ble befridd. Også en større grupper med spanske republikanere ble overført til Mauthausen og dens underleirer. De fleste av disse var tidligere republikanske soldater og aktivister, som hadde flyktet til Frankrike etter Francos seier, hvor de så ble tatt til fange, enten av tyske styrker etter Frankrikes kapitulasjon i 1940, eller ble overlevert tyske soldater av Vichy-regimet. Den største av disse gruppene ankom Gusen i januar 1941. Tidlig i 1941 ble nesten alle polakker og spanjoler, med unntak av en liten gruppe spesialister som arbeidet i steinbruddets steinknuseverk, overført fra Mauthausen til Gusen. Etter at Tysklands invasjon av Sovjetunionen ble påbegynt våren 1941, ankom et større antall sovjetiske krigsfanger. De fleste av disse ble holdt i egne brakker, separert fra resten av leiren. De sovjetiske krigsfangene utgjorde den største andelen av de som ble gasset i de nylig bygde gasskamrene tidlig i 1942. I 1944 ble en større gruppe ungarske og nederlandske jøder, til sammen 8 000, overført til leiren. De fleste av disse døde i leiren som følge av hardt fysisk arbeid, dårlige sanitærforhold eller ved at de ble henrettet.