В 1953 году были установлены дипломатические отношения между странами. У Индонезии есть посольство в Бразилиа, а Бразилия имеет посольство в Джакарте. В 1975 году двусторонние отношения стали довольно напряжёнными из-за вторжения Индонезии в Восточный Тимор. В 1999 году Восточный Тимор обрёл независимость и бразильско-индонезийские отношения улучшились, поскольку Бразилия дружески относится к Восточному Тимору из-за общей истории бывших португальских колоний и так как оба государства являются португалоязычными.