Шхерний флот брав активну участь у Російсько-шведській війні (1808-1809), але без особливого успіху. Росія атакувала шведські сили у Фінляндії взимку, коли крига зробив участь військово-морських сил у бойових діях неможливим. Свеаборг, наріжний камінь в обороні Фінляндії, був втрачений на ранньому етапі разом з більшою частиною Фінської ескадри. Війна закінчилася мирним договором, за яким Швеція відмовилась від прав на Фінляндію.