1988 wechselte Karin Krüger ins Halbschwergewicht, die Gewichtsklasse bis 72 Kilogramm. 1989 und 1990 wurde sie im Halbschwergewicht Deutsche Meisterin. Bei den Europameisterschaften 1990 in Frankfurt am Main bezwang sie im Halbfinale die Französin Laetitia Meignan und im Finale Jelena Besowa aus der Sowjetunion. Damit war Krüger zwölf Jahre nach ihrem ersten Titelgewinn zum zweiten Mal Europameisterin. Bei den Weltmeisterschaften 1991 in Barcelona belegte Krüger den siebten Platz. Bei den Deutschen Meisterschaften 1992 belegte Krüger den dritten Platz hinter Regina Schüttenhelm und Astrid Beckhaus. Anderthalb Monate nach den Deutschen Meisterschaften fanden in Paris die Europameisterschaften 1992 statt. Karin Krüger unterlag im Achtelfinale der Belgierin Ulla Werbrouck. Nach zwei Siegen in der Hoffnungsrunde bezwang sie im Kampf um Bronze die Britin Josie Horton. Für die olympische Premiere des Frauenjudo bei den Olympischen Spielen 1992 in Barcelona wurde nicht Karin Krüger, sondern die deutsche Meisterin Regina Schüttenhelm nominiert.