Duncker tillhörde en gammal tysk krigarsläkt, som redan under 1600-talet omtalas i Finland. Han blev 1789 fänrik vid Savolaxbrigaden och deltog i Ryska kriget 1788-90. Han blev 1804 kapten vid brigadens jägarregemente, Savolax fotjägarregemente. Under kriget 1808-09 utmärkte sig Duncker bland annat i slaget vid Pulkkila den 2 maj och i slaget vid Virta bro den 27 oktober 1808.