1965년 인도-파키스탄 전쟁 때 인도를 이끌었으며, "군인 만세! 농민 만세!(Jai Jawan Jai Kisan)"라는 슬로건을 앞세워 인기를 끌었다. 1966년 1월 10일 타슈켄트 선언으로 전쟁은 종식되었으나, 샤스트리는 다음 날 사망했다. 사인은 불명이며, 초기 심장마비로 알려졌으나 유족들은 이를 믿지 않았다. 생전 네루와 회의당의 충신이었으며, 네루는 그의 멘토이자 연못이었다. 당내 강력한 반발에도 불구하고, 네루와의 인연은 샤스트리가 총리직을 물려받는 데 결정적인 역할을 하였다.