İmparatorluk hanedanı olma yetkilerini kaybetmekle beraber Dükas sülalesi Bizans içinde önemini korumaya devam etmiş ve daha sonraki hanedanlara çok yakın olmuştur. 1204'te Dördüncü Haçlı Seferi sırasında Venedikli ve Latin Haçlıların Konstantinopolis'e ikinci hücümlarından kısa süre önce V. Aleksios Murtzuphlos bir darbe ile II. İsaakios ve oğlu IV. Aleksios'u tahttan indirmiş; fakat şehri Haçlı istilasından kurtaramamıştır. Sonra İznik İmparatoru olan III. İoannis Dukas Vatatzes bu devletin arazilerini genişletmiş ve Haçlı Latinleri Konstantinopolis'ten atacak kadar güçlendirmiştir. Bundan bir yüzyıl sonraysa Bizans imparatorları olan V. İoannis ile VI. İoannis arasında süren iç savaşta Mihail Dükas önemli rol oynamış ve onun torunu olan Mihail Dükas ise Osmanlıların İstanbul'u fethi ile Bizans İmparatorluğu'na son vermesi hakkında çok değerli bir tarih yazmıştır. Diğer taraftan diğer önemli Bizans aileleri ile evlenen Dükas'lar imparatorluğun imtiyazlı taşra eyaletlerinin hükümdarlığını yapmışlardır. Bunların başında Epir Despotluğu ve Selanik hükümdarlığı yapmış olan "İoannis Dükas" gelir. Ayrıca Teselya'da hüküm süren bir Dükas sülalesi dalı da bulunmuştur.