Nach der Befreiung des Landes wurde Hájíček Anfang des Jahres 1946 zurück nach Prag berufen, wo er zuerst im Generalstab der Armee arbeitete, bis er nach Tábor versetzt wurde, wo er der Befehlshaber für das Hinterland wurde. Bald wurden jedoch Zweifel über seine Person – wegen seiner bekannten prowestlichen Einstellung – und seine Tätigkeit in Istanbul gestreut. Bereits eine Woche nach der kommunistischen Machtübernahme 1948 erhielt Hájíček, inzwischen Oberst des Generalstabes, einen „Gesundheitsurlaub“, der im November 1948 in eine Versetzung in den Ruhestand abgeändert wurde. Nach weiteren Intrigen wurde er im Juni 1949 verhaftet und im Arbeitslager der Strafanstalt Mírov gefangen gehalten. Ein Jahr später wurde er zu elf Monaten Haft verurteilt, nach dieser Strafe kam er dann wieder in das Arbeitslager, aus dem er erst 1953 entlassen wurde.