W 2001 roku dos Santos otrzymał japońskie obywatelstwo. W reprezentacji Japonii zadebiutował 21 marca 2002 roku w wygranym 1:0 towarzyskim spotkaniu z Ukrainą. W 2002 roku znalazł się w kadrze na Mistrzostwa Świata 2002. Na tym turnieju, którego współgospodarzem była Japonia, wystąpił we dwóch spotkaniach: grupowym zremisowanym 2:2 z Belgią i w 1/8 finału przegranym 0:1 z Turcją. W 2004 roku znalazł się w kadrze Zico na Puchar Azji 2004 i powtórzył sukces sprzed 4 lat. W 2006 roku Zico powołał dos Santosa na Mistrzostwa Świata w Niemczech. Tam był podstawowym zawodnikiem drużyny Nipponu i wystąpił we wszystkich meczach: przegranym 1:3 z Australią, zremisowanym 0:0 z Chorwacją i przegranym 1:4 z Brazylią (zaliczył asystę przy golu Keiji Tamady).