В начале сезона 2016/17 новый главный тренер команды Петер Бос включил ван де Бека в состав «Аякса» на квалификационный матч Лиги чемпионов против греческого клуба ПАОК. Это произошло по нескольким причинам: Бос был впечатлён выступлением игрока на предсезонном турнире в Австрии, а также в связи с тем, что основные игроки команды Неманья Гудель и Ришедли Базур не могли принять участие в этом матче. 26 июля ван де Бек вышел в основном составе матча против греческого клуба, однако команды не смогли выявить победителя — 1:1. В ноябре полузащитник был включен в «команду недели» в Лиге Европы за свою игру в матче против «Панатинаикоса». В финале турнира против английского «Манчестер Юнайтед» ван де Бек заменил Лассе Шёне на 70-й минуте матча. «Аякс» проиграл со счётом 2:0.