Po vypuknutí druhé světové války na počátku září 1939 se Beginovi podařilo pro sebe a manželku zajistit výjezdní víza, díky nimž se chtěli dostat nejprve do Rumunska a posléze lodí do britské mandátní Palestiny. To se však nezdařilo, a tak odešli do Vilny (dnešní Vilnius v Litvě), toho času již obsazené Rudou armádou na základě paktu Ribbentrop–Molotov. Tam žili téměř rok, načež byl Begin, coby sionistický vůdce, zatčen sovětskou tajnou službou NKVD a umístěn ve věznici Lukiškės. Sověti jej obvinili z toho, že je „agentem britského imperialismu“ a 1. dubna 1941 byl jakožto „element nebezpečný pro společnost“ odsouzen k osmi letům odnětí svobody, které si měl odpykat v gulagu. Ještě před jeho transferem jej 20letá manželka ve vězení navštěvovala a tajně mu pašovala balíčky s oblečením. Na jednom z propašovaných kapesníků mu skrze vyšitou šifru dala vědět, že odjíždí do mandátní Palestiny.