Pe 18 noiembrie 2015, Handanovic și-a anunțat retragerea din echipa națională după ce Slovenia nu a reușit să se califice la Campionatul European din 2016, după ce a fost învinsă în play-off de Ucraina. Handanović s-a retras de la națională după 11 ani cu 81 de selecții pentru Slovenia, fiind portarul cu cele mai multe selecții și totodată cel de-al doilea cel mai convocat jucător din istoria naționalei Sloveniei.