У 1940 році Марлі покинула Францію, переїхавши до Португалії, а потім до Аргентини, де в 1942 році вона возз'єдналася зі своїм чоловіком, який був залучений до французького Руху опору, через що йому довелося емігрувати. Пара залишилася там кілька років, де Флоранс Марлі знялася в декількох іспаномовних фільмах. Повернувшись у післявоєнні роки до Франції, Марлі знялася в головній ролі у фільмі Рене Клемана «Прокляті» (1947), який отримав премію за найкращий пригодницький фільм на 3-му Каннському кінофестивалі. У 1948 році акторка знялася у фільмі чехословацького режисера Отакара Ваври «Кракатит», знятого за однойменним романом Карела Чапека.