הקיסר אלכסנדר הראשון לא העריך את אושקוב. הוא מינה אותו לתפקיד משני בצי הבלטי ובשנת 1807 הוא עזב את השירות. במהלך מלחמת רוסיה–צרפת (1812) הוא התמנה למפקד צבא מתנדבים של מחוז טמבוב, אך סירב לאור מצב בריאותו.