Po tej ostatniej został mianowany dowódcą Task Force 16, utworzonego wokół lotniskowca „Enterprise”. Na jego czele wziął udział w kampanii na Guadalcanalu, uczestnicząc w bitwach koło wschodnich Wysp Salomona oraz koło wysp Santa Cruz. Był ostatnim „nielotnikiem” prowadzącym w boju zespół lotniskowców US Navy. Po śmierci admirała Callaghana w pierwszej bitwie koło Guadalcanalu 13 listopada 1942 roku Thomas C. Kinkaid przejął dowodzenie siłami krążowników operujących w rejonie. Na początku 1943 roku objął dowództwo North Pacific Force, zastępując kontradmirała Roberta A. Theobalda, któremu zarzucano nieumiejętność współpracy z armią lądową. Admirał Kinkaid nawiązał ową współpracę, realizując powierzone mu zadanie odzyskania Aleutów. W czerwcu 1943 roku awansował do stopnia wiceadmirała ("Vice Admiral"), w listopadzie objął dowodzenie VII Flotą na południowo-zachodnim Pacyfiku, zastępując jej pierwszego dowódcę, admirała Arthura S. Carpendera.