I juli 1811 ble han kalt til tjeneste som kommandant ved Fort Knox i Indiana-territoriet. Den forrige kommandanten hadde flyktet. Taylor gjenopprettet ro og orden ved forlegningen og ble berømmet av militærguvernør William Henry Harrison. Taylor ledet forsvaret av Fort Harrison i Indiana-territoriet mot et indianerangrep under 1812-krigen, der amerikanerne var i konflikt med britene og deres indianske allierte. Taylor fikk stor anerkjennelse for dette, og ble midlertidig utnevnt til major. Senere samme år deltok han i generalmajor Samuel Hopkins' felttog, først i Indiana-territoriet, deretter til slagmarken ved Tippecanoe. Under et hevntokt for Tippecanoe måtte styrken gjøre retrett for indianere. Taylor tok med seg familien til Fort Knox etter at voldelighetene tok slutt. Våren 1814 ble han kalt tilbake i tjeneste under brigadegeneral Benjamin Howard. I oktober det året ledet han byggingen av Fort Johnson, hærens siste fotfeste i den øvre delen av Mississippi-dalen. Ved Howards død noen uker senere ble Taylor beordret til å forlate fortet og gjøre retrett til Saint Louis. Han gikk tilbake til grad av kaptein da krigen endte i 1815, men ble utnevnt til major allerede samme år.