1799 führte er in der Donau-Armee Jourdans ein 8.000 Mann starkes Korps, mit welchem er gegen 30.000 Österreicher das Gefecht bei Stockach bestand. Schwerverwundet kehrte er nach Paris zurück und erhielt den Oberbefehl über die Direktorialgarde, an deren Spitze er am 18. Brumaire (9. November 1799) zusammen mit Leclerc in den Rat der Fünfhundert eindrang und den bedrohten Präsidenten Lucien Bonaparte befreite. Bonaparte, dem er treu anhing, übertrug ihm hierauf das Kommando der 17. Militärdivision und ernannte ihn 1800 zum Prätor im Senat, welche Würde er bis zur Restauration behielt. Am 19. Mai 1804 zum Marschall (Maréchal d’Empire) ernannt, befehligte Lefèbvre 1806 bei Jena die Infanterie der Kaiserlichen Garde. Nach der Schlacht bei Eylau übertrug ihm Napoleon die Leitung der Belagerung von Danzig und erhob ihn nach der Einnahme der Stadt (26. Mai 1807) zum Herzog von Danzig (Duc de Dantzig).