Francesco sperava di potersi distinguere in ambito militare come aveva fatto suo fratello Enrico durante la terza guerra civile di religione, vincendo nelle famose battaglie di Jarnac, in cui era rimasto ucciso il principe di Condé, e di Montcountour. Il suo lavoro di supporto all'esercito regio non fu ignorato, ma Francesco rimase comunque una figura politica sfocata al servizio di suo fratello il re.