Johnston palasi Texasin armeijaan Meksikon-USA:n sodan aikana kenraali Zachary Taylorin alaiseksi everstiksi 1. Texasin kiväärivapaaehtoisiin. Hänen vapaaehtoisensa palvelussopimus päättyi juuri ennen Monterreyn taistelua. Johnston onnistui saamaan muutamia vapaaehtoisia jäämään ja taistelemaan kun taas hän itse palveli tarkastaja-kenraalina vapaaehtoisjoukossa ja osallistui Monterreyn ja Buena Vistan taisteluihin. Johnston jäi plantaasilleen, kunnes USA:n silloinen presidentti Taylor nimitti hänet Yhdysvaltain armeijaan majuriksi ja kassanhoitajaksi joulukuussa 1849. Hän palveli tuossa asemassa yli viisi vuotta, teki kuusi matkaa ja matkusti yli 4.000 mailia vuosittain intiaanien rajaseudulle Texasissa. Hän palveli Texasin rajaseudulla ja muualla lännessä. 1855 presidentti Franklin Pierce nimitti hänet everstiksi 2. USA:n ratsuväkeen (yksikkö joka edelsi modernia 5. ratsuväkeä), uuteen yksikköön, jonka hän organisoi. Johtohahmona Utahin sodassa hän johti USA:n joukkoja, jotka pystyttivät ei-mormonien hallinnon entiseen mormonien territorioon. Hän sai ylennyksen prikaatinkenraaliksi 1857 palveluksestaan Utahissa. Hän oli 1860 Kentuckyssä 21. joulukuuta saakka, jolloin hän purjehti Kaliforniaan ja otti komentoonsa rannikkopuolustusalueen.