À la formation du congrès provincial de la Géorgie, Walton est élu secrétaire et président du Conseil de la Sûreté. En 1776 il est élu au congrès continental, où il signe la Déclaration d'indépendance des États-Unis en tant que représentant de la Géorgie. Il passe plusieurs des années suivantes à s'occuper de la défense de son état, et dans une bataille politique malpropre avec Button Gwinnett, un autre signataire de la Géorgie. En 1778, Walton est nommé colonel du premier régiment de la milice de la Géorgie. Il est blessé dans la bataille de Savannah et fait prisonnier. Il gagne sa liberté en 1779 par un échange de prisonniers et est élu peu après gouverneur de la Géorgie, un poste qu'il tiendra pendant seulement deux mois. Le conflit politique a coloré toute la carrière de Walton. Il a été allié avec le général Lachlan McIntosh dans une lutte féroce contre Gwinnett pour la domination politique de l'État. Walton est licencié de son poste à plusieurs occasions, accusé d'activités criminelles, dans une bataille interminable entre deux factions du mouvement patriotique en Géorgie.