Достум је наставио да подржава просовјетски комунистички режим након повлачења Совјетског Савеза, али неколико месеци након распада СССР-а, свестан да комунисти више немају спољног савезника, постигао је договор са вођом муџахедина Ахмад-Ша Масудом у пролеће 1992. и стао на страну побуњеника. Тај потез приморао је комунистичког лидера Мохамеда Наџибулаха да поднесе оставку и означио је коначни крах режима. Достум је са својим људима ушао у Кабул, а затим помогао Масуду у новом сукобу против супарничког вође муџахедина Гулбудина Хекматјара .