カラジッチは1992年12月17日にはスルプスカ共和国の大統領、12月20日には軍の最高司令官となり、ボスニアの多くの地域で、セルビア人以外の民族であるイスラム系ボスニア人（ボシュニャク人）やボスニア系クロアチア人の殺害を指示したとされている。特に1995年7月にスレブレニツァで起きたボシュニャク人に対する民族浄化（スレブレニツァの虐殺）を指揮したとされている。