El 12 de enero de 1947 Morínigo realizó un autogolpe al colocar a miembros de la Asociación Nacional Republicana (Partido Colorado) en los puestos de ministros de su gobierno, con lo cual se relegó a los militares, y también a otros partidos políticos. Esto, fue el detonante para el inicio de la segunda guerra civil paraguaya que enfrentó a dicho partido contra liberales, febreristas, comunistas e independientes; y que se inició formalmente el 8 de marzo de 1947 con la insurrección de los militares de la Primera División de Concepción. Finalmente, luego de varios meses de batallas, con ayuda de Juan Domingo Peron, al contar con mejores recursos y con la participación del campesinado colorado a su favor (entre otros motivos), le permitieron ganar la contienda, que terminó formalmente el mismo año, en fecha 20 de agosto.