Das Dominion bestand aus einem sehr großen Gebiet zwischen dem Delaware River im Süden und der Penobscot Bay im Norden, das die heutigen US-Bundesstaaten Maine, New Hampshire, Vermont, Massachusetts, Rhode Island, Connecticut, New York und New Jersey umfasste. Es war damit deutlich zu groß, um von einem einzigen Gouverneur verwaltet zu werden, was jedoch nicht geändert wurde. Gouverneur Andros war extrem unbeliebt und wurde von den meisten politischen Fraktionen sogar als Bedrohung angesehen. Nachdem die Nachricht der Glorious Revolution 1689 Boston erreichte, war bekannt, dass Jakob II. – der Andros als Gouverneur eingesetzt hatte – vor allem aufgrund seiner engen Beziehungen zur Römisch-katholischen Kirche gestürzt worden war. Die anti-katholischen Puritaner warfen Andros und seine führenden Beamten daraufhin während des Bostoner Aufstands 1689 ins Gefängnis. Im Zuge der Leisler’s Rebellion in New York City wurde der Vizegouverneur Francis Nicholson entmachtet, was zu einem ethnischen Krieg zwischen den alteingesessenen holländischen Siedlern und englischen Neuankömmlingen führte.