Первый матч за сборную Сергей Макаров провёл 4 июня 2005 года в Таллине — это была игра Евролиги против сборной Эстонии, завершившаяся победой россиян со счётом 3:2. В 2005 году Макаров стал чемпионом Евролиги и вошёл в заявку сборной России на чемпионат Европы в Риме и Белграде. Игра связующего российской команды на европейском первенстве была удостоена высоких оценок; в пятой партии полуфинального матча на его подачах сборной России удалось выиграть матч у Испании, проигрывая со счётом 9:13, а в финале он вышел в стартовом составе сборной, уступившей в равной борьбе титул чемпионов Европы команде Италии.