З 15 жовтня 1939 року — начальник штабу 5-го армійського корпусу, з яким брав участь у Французькій кампанії. З 25 жовтня 1940 року — командир 5-ї піхотної дивізії (з листопада 1941 року — легка піхотна дивізія, потім — єгерська). Учасник німецько-радянської війни. Відзначився під час наступу під Москвою. З 5 січня 1943 року — начальник дивізійних навчальних курсів у Берліні. З 1 липня 1943 року — командир 5-го армійського корпусу, з яким бився на Кубані і в Криму. З 1 травня 1944 року — командувач 17-ю армією, яка з великими труднощами відбивала атаки більш чисельних радянських військ. 9 травня Альмендінгер був змушений здати Севастополь. До 12 травня, коли Кримська операція радянських військ завершилась, 17-та армія втратила майже 100 000 осіб (включаючи понад 61 000 полонених). 25 липня 1944 року зарахований у резерв ОКГ і до кінця війни не отримав призначення. 16 травня 1945 року взятий у полон американськими військами. 22 грудня 1947 року звільнений з полону і того ж дня офіційно звільнений у відставку.