Het programma heeft doorheen de jaren verscheidene wijzigingen ondergaan. Zo werd de K4, die in 1979 zowel voor mannen als voor vrouwen op het programma stond, na deze eerste editie nooit meer opgevoerd op de Middellandse Zeespelen. In 1991, toen kanovaren terugkeerde op het programma, mochten vrouwen niet deelnemen, terwijl dit in 1979 wel nog mocht. Ook in 1993 waren er geen onderdelen voor vrouwen. In 1997 konden er voor het laatst medailles gewonnen worden in het onderdeel kanovaren; sindsdien staan er enkel kajakwedstrijden op het programma.