Ketika Kirgistan menjadi negara independen pada 1991 setelah Pembubaran Uni Soviet, negara ini mewarisi bagian dengan perbatasan antara Uni Soviet dan Tiongkok. Kedua negara menyepakati perbatasan mereka pada 1996. Proses pengesahan perbatasan terhambat oleh elemen-elemen pihak oposisi dari kesepakatan perbatasan yang dipimpin oleh oposisi Kirgistan yaitu sebagai bagian dari aksi lebih luas melawan mantan Presiden Askar Akayev yang memuncak pada Revolusi Tulip 2005. Perjanjian perbatasan difinalisasi pada 2009, ketika Tiongkok menyerahkan bagian dari Khan Tengri sementara itu Kirgistan menyerahkan Uzengi-Kush, area pegungungan yang berada di selatan wilayah Issky Kul.