V roce 1838 byl Charles Wilkes povolán do vedení dlouho připravované expedice do Jižního oceánu, nazvané United States South Seas Exploring Expedition. V té době byl stále pouhým poručíkem a neměl žádné zkušenosti s tak velkou výpravou, avšak několik zkušenějších důstojníků před ním účast odmítlo. Wilkes svou malou zkušenost s mořeplavbou vyvažoval dobrým vzděláním a vědeckými schopnostmi.