San Francisco ha demostrado su durabilidad sobreviviendo a varios terremotos y sismos, hasta antes de 1983, esta iglesia contenía uno de los mayores tesoros en orfebrería, arquitectura, mobiliario en pan de oro, pinturas y hasta bibliografía, por desgracia hubo varias perdidas de estas joyas, por el Terremoto de Popayán de 1983, que devastó el campanario y debilito su estructura, por lo que la mayor parte de lienzos y otros ornamentos fueron trasladados al Museo Arquidiocesano de Arte Religioso, para permitir su conservación. El gobierno de España coopero ampliamente en la restauración del templo, incluso fue visitado por el Príncipe de Asturias, Felipe de Borbón y Grecia, el 8 de agosto de 1998, a su llegada a Popayán.