Jeho snahou bylo zabránit šíření protestantismu ve Francii. Vůči hugenotům byly používány represe různého druhu. V té době vznikly v obyvatelstvu dva velké tábory, stranící buď katolíkům, nebo hugenotům, jež podporovaly významné šlechtické rody, bojující ovšem o reálnou politickou moc v zemi i provinciích. Rozštěpení společnosti bylo stále silnější a kulminovalo třináct let po Jindřichově smrti masakrem hugenotů, tzv. Bartolomějskou nocí.