Eto'o fez parte das seleções que venceram em 2000 e 2002 a Copa das Nações Africanas, e foi medalhista de ouro nos Jogos Olímpicos de 2000. Na Copa das Confederações de 2003, em que Camarões terminou como vice-campeão, ele marcou seu único gol na fase de grupos no jogo em que o Brasil perdeu de 1 a 0 no dia 19 de junho. Camarões foi eliminado nas quartas-de-final da Copa das Nações Africanas de 2006, após Eto'o perder o pênalti decisivo na disputa de pênaltis que foi vencida pela Costa do Marfim por 12 a 11 após um empate em 1 a 1 no tempo normal, mas mesmo assim, Eto'o terminou como o artilheiro do torneio com cinco gols. Ele perdeu um treino da equipe antes as quartas-de-finais para participar da cerimônia de entrega de prêmio de Futebolista Africano do Ano em Togo.