De største baggara-stammer blev tildelt "hawakir" (forleninger) af Darfurs sultaner, af fur-afstamning, i 1750’erne; denne forbindelse kan være grunden til at de fire største baggara-stammer i Darfur -- Rizeigat, Habbaniya, Beni Halba og Ta’isha – kun har været meget lidt involveret i Darfur-konflikten. Derimod har mange baggara været stærkt involveret i andre konflikter i både Sudan og i Tchad. I 1985 begyndte Sudans regering bl.a. at bevæbne medlemmer Rizeigat fra det sydlige Darfur Missiriya og Hawazma fra naboregionen Kordofan, som dannede militsgrupper som skulle bekæmpe Sudan People's Liberation Army i forbindelse med 2. sudanske borgerkrig. I Darfur blev en ny Benni Halba militisgruppe dannet på regeringens initiativ i 1990-91, ligeledes som led led i kampen mod SPLA. I midten af 1990’erne har de fleste baggara-grupper imidlertid indgået forskellige fredsaftaler med SPLA, og baggara lederne udtalte efterfølgende, at de ikke havde nogen interesser i at deltage i denne konflikt.