Certains articles s'opposaient aux intérêts de l'Église catholique, comme ceux sur la laïcité de l'éducation, la suppression des privilèges institutionnels, et l'aliénation de biens immobiliers par l'Église. Le Parti Conservateur s'est opposé à la promulgation de la nouvelle constitution par le Parti Libéral. En conséquence, la guerre de réforme a commencé, la lutte entre libéraux et conservateurs s'est prolongés par la deuxième intervention française et par l'établissement du Second Empire mexicain. Dix ans plus tard, quand la République est restaurée, la Constitution est entrée en vigueur sur tout le territoire national.