В июне 1821 г., после поражения у Драгашан (см. Сражение при Драгашани) Ипсиланти направился к австрийской границе с целью через Триест добраться до восставшей уже Греции, но вместо обещанного транзита, Ипсиланти и его сопровождение были заключены австрийцами: провели 2 года в застенках замка Паланок в Мукачеве, а в 1823 году были переведены в крепость Терезин в Чехии. После изменения русской политики он был выпущен на свободу по ходатайству императора Николая I 22 ноября 1827 г., будучи уже тяжело больным. Поездка из Терезина в Вену в зимних условиях усугубила его и без того тяжёлое состояние. 19 января этерист Лассанис передал ему, что Иоанн Каподистрия направляется в Грецию, чтобы возглавить страну, и уже находится на Мальте. Александр успел прошептать «Слава тебе, Господи» и вскоре умер на руках своей возлюбленной княжны Констанции Разумовской.