Madriz fue presidente en dos ocasiones no consecutivas, pero en ambas tuvo que renunciar por golpes de estado instigados por militares. Es durante este período que se da el gobierno autoritario de Tomás Guardia, sea directamente o por medio de sus títeres. A pesar de su autoritarismo es durante la presidencia de Guardia y en parte gracias a las presiones hechas por Madriz, que se toman medidas sumamente progresistas para la época como son la abolición de la pena de muerte y la tortura. También sería durante este período que se libraría la muy trascendental Campaña Nacional de 1856-1857 liderada por Juan Rafael "Juanito" Mora Porras, considerada por muchos como la genuina "guerra de independiencia" costarricense puesto que la participación en el proceso de Independencia de Centroamérica fue virtualmente nulo por parte de Costa Rica y la lucha contra los filibusteros de William Walker en cambio inspiró los ánimos patrióticos.