Em 1998, a sina vencedora do clube continuou e a fase espetacular de Felipe também. No ano do centenário do clube, o Vasco venceu o Campeonato Carioca de 1998 vencendo os dois turnos e posteriormente conquistou de maneira inédita a Copa Libertadores da América de 1998 sobre o Barcelona de Guayaquil. Na competição continental, Felipe brilhou e deu show a parte, como nas quartas de final diante do Grêmio, ocasião em que deu uma caneta em Ronaldinho Gaúcho e também nas semifinais diante do River Plate, fazendo o comentarista Walter Casagrande se derreter em elogios na transmissão da partida após o lateral aplicar uma caneta em Sorín: ""A técnica que tem o Felipe pra ser um lateral esquerdo, depois do Júnior eu acho que é o melhor lateral esquerdo técnico que o Brasil já teve"", pontuou. Ao fim da competição, foi eleito para o onze ideal da América do Sul pelo tradicional jornal uruguaio "El País". Classificado para o Mundial de Clubes de 1998 disputado no Japão, onde enfrentaria o Real Madrid, a equipe em si desprezou o Campeonato Brasileiro de 1998, poupando-se para a partida no fim do ano. Mesmo assim, Felipe foi premiado e eleito mais uma vez como o melhor lateral esquerdo do campeonato. O grande futebol demonstrado, lhe proporcionou sua primeira convocação para a Seleção Brasileira, pelo técnico Vanderlei Luxemburgo.