С 1 августа 1918 — уполномоченный ВЧК на Волге. После взятия Красной армией Казани в ноябре 1918 Карлсон был назначен председателем Казанской ГубЧК и занимал этот пост до июня 1919. Летом 1919 по обвинению во взяточничестве, вымогательстве, преступлениях по должности губернским ревтрибуналом были осуждены некоторые сотрудники ГубЧК, в том числе заведующий секретным отделом Э. Д. Лапинлауск и его заместительница М. Кангер — гражданская жена Карлсона. Вследствие этого председателем Казанской ГубЧК вместо Карлсона был назначен Ж. Ф. Девингталь.