Han var tillfälligt kommendant för Carlstens fästning 1810 för att 1811 bli chef för Värmlands fältjägarkår. Holmstedt befordrades till överstelöjtnant och sekundchef för det nu utökade regementet, Värmlands fältjägarregemente. Under 1813 deltog regementet i strider på kontinenten under Sjätte koalitionskriget. Slutligen utnämndes han till överste och chef för regementet den 20 augusti 1813. Holmstedt, som blivit riddare av Svärdsorden den 3 juli 1890, adlades den 14 mars 1815. Han fick avsked den 13 februari 1816 och dog 1819. Johan Jakob Holmstedt dog ogift och slöt därmed sin adlig ätt. Hans vapensköld krossades vid hans begravning av överste Otto Fredrik Påhlman.