Zunehmende Bedeutung gewann Darwin im Verlauf des Zweiten Weltkriegs, als es wegen einer befürchteten japanischen Invasion bis auf 2000 Einwohner evakuiert und eine Besatzung von 32.000 alliierten Soldaten in Darwin stationiert wurde. Am 19. Februar 1942 wurde die Stadt von insgesamt 188 japanischen Flugzeugen bombardiert, die neben den Treibstofflagern der Stadt auch die Gegend um den Hafen fast vollständig zerstörten. Der Luftangriff auf Darwin kostete mindestens 243 Zivilisten und Soldaten das Leben. Das Bombardement war seit Staatsgründung der erste Angriff auf australisches Gebiet. Vier von den sechs Flugzeugträgern und die ihnen zugeordneten Bomberstaffeln waren bereits am Angriff auf Pearl Harbor beteiligt. Sie warfen über Darwin bedeutend mehr Bomben ab als über Pearl Harbor, obwohl dem Angriff militärisch weit weniger Bedeutung beigemessen wurde. Es wurden an diesem Tag acht Kriegsschiffe der Alliierten versenkt. Die Leitung der Zivilverteidigung und der militärischen Verteidigung brach zusammen, weil die Vorbereitungen auf einen möglichen Angriff sträflich vernachlässigt worden waren. Viele weitere Luftangriffe folgten, worunter die am 28. März und 16. Juni 1942 sowie am 2. Mai 1943 die bedeutendsten waren.