24 вересня 1941 Гейдріх отримав своє останнє звання обергрупенфюрера СС і з початком війни з СРСР організував і керував діяльністю айнзатцгруп СС, які ліквідовували євреїв, циган, комуністів і потенційних ворогів на території СРСР і на командування якими він призначив керівників управлінь РЗГА. 27 вересня 1941 Гейдріх був призначений заступником імперського протектора Богемії і Моравії, зберігши за собою посаду шефа поліції безпеки і СД (офіційна назва посади шефа РЗГА). 27 травня 1942 року, під час поїздки на аеродром, був обстріляний англійськими диверсантами як головна ціль операції «Антропоїд». Помер від ран 4 червня 1942 року і був урочисто похований у Берліні.