Theodor Dosuzkov conserve ses activités et exerce clandestinement, tout en formant de jeunes psychanalystes. Ainsi, grâce à son action, les activités liées à la psychanalyse peuvent reprendre dès 1946, après l'interruption due à la guerre. Dosuzkov recrée à Prague une Société pour l'étude de la psychanalyse, dont il prend la présidence. Il est nommé psychanalyste didacticien par l'Association psychanalytique internationale. Le coup de Prague en février 1948 et l'instauration d'un régime dirigé par le Parti communiste tchécoslovaque, suivis de la condamnation de la psychanalyse comme « science bourgeoise » par Jdanov, provoquent l'interdiction, puis la dissolution de la Société pour l'étude de la psychanalyse en 1952. Theodor Dosuzkov est à nouveau obligé d'exercer clandestinement. Il ne peut reprendre ses activités officiellement qu'après la libéralisation qui accompagne le Printemps de Prague en 1968. Il est membre direct de l'Association psychanalytique internationale, et participe aux congrès de l'association. Il meurt accidentellement, sans que les circonstances de son décès aient reçu une explication.