Ο τάφος πήρε το όνομά του από την Κλυταιμνήστρα, σύζυγο του βασιλιά Αγαμέμνονα των Μυκηνών που ηγήθηκε της ελληνικής αποστολής κατά της Τροίας. Ομοίως, ορισμένοι μυκηναϊκοί τάφοι πήραν το όνομά τους από μυθικά πρόσωπα των τοπικών κυβερνητικών δυναστειών, όπως ο Ατρέας και ο Αίγισθος. Ο αρχαίος Έλληνας γεωγράφος Παυσανίας αναφέρθηκε στη θέση των τάφων της Κλυταιμνήστρας και του Αιγίσθου λίγο πιο μακριά από τα τείχη των Μυκηνών, καθώς δεν κρίθηκαν κατάλληλοι να ταφούν μέσα στα τείχη λόγω της δολοφονίας του βασιλιά Αγαμέμνονα. Ο αρχαιολόγος του 19ου αιώνα Ερρίκος Σλήμαν ακολούθησε αυτό το πέρασμα του Παυσανία και έψαξε στην περιοχή των Μυκηνών για τους τάφους τους.