Походила з козацько-старшинського роду Лисенків. Як одного з засновників роду історичні документи засвідчують Якова Лисенка (1-а половина XVII століття, брав активну участь у визвольній війні). Іван, син Якова, — відомий військовий і політичний діяч 2-ї половини XVII століття, був Чернігівським, пізніше Переяславським полковником, згодом — наказним гетьманом; 1695 року брав участь в Азовських походах. Його син Федір (прапрадід Софії) з 1741 року був генеральним суддею.