Nach dem Ausbruch des Chinesischen Bürgerkriegs im Oktober 1911 wurde die "Leipzig" erneut nach Hankau am Jangtse zur Unterstützung der dort stationierten Kanonenboote "Vaterland" und "Tiger" beordert. Die Lage für die Ausländer war sehr angespannt. Es wurden internationale Truppen an Land eingesetzt, deren deutschen Anteil der Erste Offizier der "Leipzig", Kapitänleutnant Rebensburg, kommandierte. Während des Einsatzes wurden Frauen und Kinder vorsorglich nach Shanghai evakuiert. Der deutsche Geschwaderchef, Konteradmiral Günther von Krosigk traf auf der "Iltis" ein. Ebenso wurde auch das Torpedoboot "S 90" zur Unterstützung herangezogen. Da ein japanischer Admiral vor Ort die Maßnahmen leitete, fuhr von Krosigk auch wegen des fallenden Wasserstandes im November auf der "Leipzig" nach Shanghai zurück, wo man mit der "Gneisenau" zusammentraf. Bis August 1912 pendelte die "Leipzig" mehrfach zwischen Tsingtau und den Unruheherden am Jangtse, ehe wieder normale Besuchsreisen aufgenommen werden konnten. Sie war an den Trauerfeierlichkeiten für den verstorbenen japanischen Kaiser Mutsuhito beteiligt und im Juli und August 1913 Zeuge schwerer Kämpfe der kaiserlichen und republikanischen Truppen im Raum Nanking. Im September und Oktober erfolgte eine Grundreparatur des seit sechs Jahren in Ostasien eingesetzten Kreuzers in Tsingtau.