Округ Не-Персе был образован 4 февраля 1864 года. Название округу было дано по индейскому племени не-персе, жившему на территории округа. Первыми белыми людьми, прошедшими землями округа, были Мериуэзер Льюис и Уильям Кларк в рамках своей экспедиции.