Через травму Гаеля Кліши та перехід Ешлі Коула, який був відсутнім у команді через тривалу процедуру переходу в «Челсі», Гойт розпочав сезон 2006/07 років у «Арсеналі» тимчасово основним лівим захисником, вийшовши у стартовому складі в поєдинках проти з «Динамо» (Загреб) та «Астон Вілли», хоча, як очікувалося, це було тимчасовим явищем. Після одужання Гаеля Кліши Джастін повернувся на рідну для себе позицію правого захисника, оскільки основний на цій позиції Еммануель Ебуе отримав травму. Гойт забив свій перший м'яч за «Арсенал» 2 січня 2007 року в переможному (4:0) поєдинку проти «Чарльтон Атлетік», й, таким чином, став першим англійцем, який відзначався голом на новому клубному стадіоні лондонців «Емірейтс». Загалом у сезоні зіграв 36 матчів, в тому числі й вийшов у стартовому складі Фіналу Кубка Футбольної ліги, в якому «Арсенал» з рахунком 1:2 поступився «Челсі».