ב-1944, עם נפילת של ממשלתו הידקי טוג'ו, נבחר קויסו למלא את תפקיד ראש ממשלת יפן למרות התחרות הקשה מצד אנשי צבא ותיקים. בזמן כהונתו הובסו הכוחות היפניים פעמים רבות על ידי כוחות צבא ארצות הברית. למשך זמן מה, שקל קויסו להשלים עם בעלות הברית, אך הוא לא הצליח למצוא נוסחה להסכם שתשביע את רצון שני הצדדים. הלחימה נמשכה, וקויסו ניסה להרחיב את כוחו בהשתלטות על תפקיד שר המלחמה, אך נכשל בכך מפני ששמו היה רשום ברשימה של גנרלים לא פעילים. קויסו התפטר באפריל 1945 כאשר כוחות ארצות הברית כבשו את אוקינאווה. לאחר המלחמה הוא נתפס על ידי בעלות הברית ונשפט על ידי בית הדין הבינלאומי הצבאי למזרח הרחוק על פשעי מלחמה. הוא נמצא אשם ונידון למאסר עולם.