В связи с постоянным ростом христианского населения Керчи после присоединения Крыма к Российской империи раннесредневековых храмов уже недоставало. Сначала была построена ещё один церковь, а затем было принято решение об расширении храма Иоанна Предтечи. К августу 1803 года соорудили трёхнефную западную пристройку с хорами и колокольней. К 1835 году была возведена северная прямоугольная пристройка с пилястрами и фронтоном. В начале 1840-х годов церковь опять реконструировали, при этом старую колокольню заменил притвор, а вместо неё по проекту Александра Дигби возвели новую двухъярусную колокольню расположенную с западного фасада первоначального храма.