Tijdens de Perzische Oorlogen stuurde de "polis" acht schepen naar de slag bij Artemision, 800 mannen naar Plataeae en 10 schepen naar Salamis. Bij het einde van de oorlog allieerde Salamis zich met Sparta en trad toe tot de Peloponnesische Bond, tegen Athene en de Delische Bond. Epidaurus nam deel aan de «affaire van Corcyra» en voorzag triremen voor Korinthe. Daarop vormde Epidaurus een pijnpunt in de spanningen tussen Athene en Sparta.