L'Angleterre n'étant plus menacée d'être envahie, Henri Ecochard intègre la division française libre et est envoyé en avril 1941 à Brazzaville au Congo pour y former des troupes coloniales. Puis il est envoyé en Syrie, où des troupes françaises au côté des Britanniques affrontent d'autres troupes françaises restées fidèles au régime de Vichy. Mais en raison des quatre longs mois de la traversée, Henri Ecochard n'arrive qu'à l’ultime fin de la campagne de Syrie. À Damas, il est affecté comme brigadier dans un régiment d’automitrailleuses des spahis marocains et rejoint l’Égypte. À ce poste, il affronte le corps expéditionnaire allemand en Afrique commandé par le général Rommel en participant successivement début 1942 à la bataille de Bir Hakeim en Libye, à la bataille d’El-Alamein, puis à la campagne de Tunisie sous les ordres du général Leclerc. Il effectue des raids sur les arrières de l'Afrikakorps afin de détruire leurs camions de ravitaillement.