Οι διωγμοί που πραγματοποιήθηκαν κατά τη διάρκεια του Α' Παγκοσμίου πολέμου εναντίον του μικρασιατικού Ελληνισμού έπληξαν ιδιαίτερα τους Κυδωνιάτες. Οι ομαδικές εκτοπίσεις κατοίκων στο εσωτερικό της Μικράς Ασίας και η φυγή νέων κυρίως Κυδωνιατών το 1917 προς τη Λέσβο ανέκοψαν επί μήνες την ανάπτυξη της πόλης, στην οποία οι φυγάδες κάτοικοί της επανήλθαν μετά την ανακωχή της Κομπιέν στις 11ης Νοεμβρίου 1918.