Nekounam participó en la fase de clasificación de la Copa del Mundo de 2002, pero se quedó a las puertas de disputar la fase final, tras perder la repesca internacional frente a Irlanda por un global de 2-1. En cambio, para la siguiente Copa Mundial en Alemania sí lograron clasificar, en la que apareció en dos de los tres partidos de la fase de grupos, ya que fue suspendido para el último partido contra Angola por acumulación de tarjetas amarillas.