Am „Roten Sonntag“, dem 24. April 1915, dem eigentlichen Beginn des staatlich organisierten Völkermordes an den Armeniern im Osmanischen Reich, wurde er in Konstantinopel mit einigen Hundert weiteren armenischen Intellektuellen verhaftet und nach Çankırı (östlich von Ankara) deportiert. Während fast alle anderen Deportierten dort ermordet wurden, ordnete Innenminister Talaat Pascha die Rückkehr von acht Häftlingen, darunter Komitas, an. Vermutlich hatten der US-amerikanische Botschafter Henry Morgenthau und der Dichter Mehmet Emin Yurdakul für Komitas interveniert. Doch bei seiner Rückkehr fand er seine persönlichen Arbeitsunterlagen, darunter ein Teil seiner wertvollen Sammlung von Liedern, verwüstet vor. Was erhalten blieb, befand sich in chaotischem Zustand.