Alle elezioni del 1984 i sandinisti si aggiudicarono i due terzi dei seggi dell'Assemblea nazionale e uno dei membri della Direzione del partito, Daniel Ortega, assunse la carica di presidente del Nicaragua. Ebbe allora inizio una sanguinosa guerra civile alimentata dai "contras", un gruppo paramilitare sostenuto dagli Stati Uniti, sullo sfondo della quale maturò la sconfitta elettorale dei sandinisti del 1990, che portò al potere la coalizione conservatrice guidata da Violeta Chamorro, lasciando al FSLN il ruolo di principale forza di opposizione.