Molina speelde in totaal acht interlands voor Bolivia in de periode 1991-1993. Onder leiding van bondscoach Ramiro Blacutt maakte hij zijn debuut op 14 juni 1991 in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Paraguay (0-1), net als Julio César Baldivieso, José Luis Medrano, Eduardo Jiguchi en Juan Berthy Suárez. Molina nam met Bolivia deel aan de strijd om de Copa América 1991.