После победы Бабура при Панипате Шер-хан поступил к нему на службу и вскоре вернул себе отцовский джагир. После смерти Бахар-хана Лохани в 1529 году Шер-хан становится опекуном его малолетнего сына и наследника Джалал-хана, сосредоточив тем самым в своих руках власть над Бихаром. Воспользовавшись династическим кризисом, последовавшим за смертью Бабура в 1530 году, Шер-шах начал вести собственную политическую игру. В год смерти Бабура Шер-хан захватил крепость Чунар, в которой хранилась казна свергнутой династии Лоди (около 900 000 рупий), однако уже в 1531 году новый падишах Хумаюн осадил Чунар и заставил Шер-хана капитулировать.