Guardiola holte mit Spanien 1992 Olympia-Gold. Am 14. Oktober 1992 gab er beim 0:0 im WM-Qualifikationsspiel gegen Nordirland seinen Einstand in der A-Nationalmannschaft. Er nahm an der Weltmeisterschaft 1994 und der Europameisterschaft 2000 teil. Die Weltmeisterschaften 1998 und 2002 verpasste er wegen einer Knieverletzung. Sein letztes Länderspiel bestritt Guardiola am 14. November 2001 gegen Mexiko (1:0). In 47 Einsätzen erzielte er fünf Tore.