18 июля 1936 года, на следующий день после начала военного выступления, националисты заняли Кадис и освободили Варелу из заключения. Уже в августе он руководил наступлением войск националистов в Андалузии, благодаря которому республиканские войска были вынуждены снять осаду Кордовы. Между Кордовой и занятыми националистами ещё в июле Севильей и Гранадой была установлена прямая связь. В конце сентября войска под его командованием заняли Толедо, освободив из окружения оборонявшихся в местном Алькасаре националистов во главе с полковником Хосе Москардо. 30 сентября 1936 года Варела участвовал в совещании восьми ведущих военных лидеров националистов, на котором Франсиско Франко был избран единоличным военно-политическим вождём (каудильо), поддержал кандидатуру Франко.