Године 1998. поново су уведене санкције СР Југославији, овога пута од стране ЕУ и САД, због оптужби за прогон Албанаца са Косова и Метохије и прекомерну употребу силе током рата у овој покрајини.. Од ових санкција убрзо је била изузета Црна Гора, зато што је њен тадашњи режим одржавао добре односе са западом. Иако је рат на Косову и Метохији завршен јуна 1999, ове санкције су укинуте тек након одласка Слободана Милошевића са власти, октобра 2000. године.