Die zwei wichtigsten Themen in Auberts Œuvre waren geschichtlicher und religiöser Natur. Mit seinem Werk „Les noyades de Nantes en 1793“ schildert er die Auswüchse der Schreckensherrschaft von Jean-Baptiste Carrier während des Aufstands der Vendée. Mit seinen religiösen Bilder erzählt er u. a. die Wunder Jesu; z. B. das Wunder der Brotvermehrung in „Multiplication des pains“.