Han var søn af Johannes Christian Lütken. Under påvirkning af Carsten Hauch og Japetus Steenstrup var allerede i Sorø hans interesse for naturhistorie blevet vakt, og under vejledning af den sidstnævnte, der var blevet ansat som professor ved Københavns Universitet, fortsatte han, efter 1844 at være blevet student, disse studier. En afbrydelse heri kom dog 1848 ved hans frivillige deltagelse i krigen, hvorfra han vendte hjem som premierløjtnant.