После подписания перемирия с Финляндией Ладожское озеро снова оказалось целиком в пределах СССР. В таких условиях сохранение военной флотилии на Ладоге было признано излишним, и 4 ноября 1944 года она была расформирована. Корабли с экипажами ушли на Балтику и в составе Балтийского флота участвовали в боевых действиях, в том числе в Моонзундской десантной операции.