Nach Ausbruch des Zweiten Italienisch-Libyschen Krieges im Januar 1922 war es Ghislanzoni, der sich für den Schutz der Ausgrabungsstätte einsetzte, wofür er Ende 1922 mit der Erinnerungsmedaille an den Libyschen Krieg ausgezeichnet wurde. Ende 1922 war es auch, als er – nach dem Tod des Gouverneurs und der neuen politischen Lage in Rom – den politischen Rückhalt für seine Tätigkeit in Kyrene verlor. Im Dezember 1923 wurde er von Gaspare Oliviero, der seine Arbeit vorher kritisiert hatte, als Soprintendente abgelöst. Bei der Entscheidung spielte auch ein abwertendes Urteil von Carlo Anti über Ghislanzoni ein gewichtiges Wort mit. Auch später kam es mit dem Faschisten Anti immer wieder zu Spannungen, die wohl eher politischer als beruflicher Natur waren.