Die Kirchengemeinde Kusterdingen umfasst den Hauptort der Gemeinde Kusterdingen. Eine Kirche und Pfarrei wurde in Kusterdingen bereits 1275 erwähnt. 1455 wird die Kirche Zu Unserer Lieben Frau bezeichnet. Der Kirchensatz gelangte von den Pflumen 1455 an das Tübinger Spital, dem die Kirche 1485 inkorporiert wurde. Die Reformation wurde 1534 eingeführt. Die heutige Marienkirche wurde 1506/07 erbaut. Sie besitzt eine Deckenmalerei aus der Erbauungszeit. Nach Erdbebenschäden wurde 1954/55 die Kirche renoviert und um ein nördliches Seitenschiff erweitert (Architekten Heinz Klatte/Entwurf und Manfred Wizgall/Ausführung). Von der Innenausstattung ist das Kruzifix von 1590 sowie der Taufstein von 1521 hervorzuheben. Der hölzerne Altarkruzifixus (1953) von Martin Scheible befindet sich seit 2001 in der Sakristei, die Gesamtverglasung (1955, Antikglas) von Rudolf Yelin d. J. wurde 2001 von Bernhard Huber ungegenständlich, in zurückhaltender Farbgebung und mit Linienraster in Bleiglastechnik ersetzt. Der Architekt Ludger Schmidt schuf 2001 in Bezug zum Terroranschlag vom 11. September 2001 das Altarkreuz (gerissener Muschelkalkblock, zusammengehalten durch eine nicht veredelte Stahlklammer).