La llegada del nuevo siglo significó el final del dominio de los equipos de Budapest en la Nemzeti Bajnokság y la emergencia de nuevos equipos. Durante la década de 2000, seis campeonatos fueron ganados por clubes no pertenecientes a Budapest, mientras que los otros cuatro se fueron a la capital. En 2000 el Zalaegerszegi TE ganó el título. y debutó en la ronda previa de la Champions League derrotando al Manchester United FC por 1-0 en el Estadio Ferenc Puskás, a pesar de caer eliminado en el partido de vuelta. En la segunda mitad de la década reinó el Debreceni VSC, haciéndose con cinco campeonatos ligueros, tres de ellos consecutivos.