Entre 1990 e 2001, a economia cresceu devido ao contínuo investimento na reabilitação de infraestrutura, melhores incentivos para a produção e as exportações, a inflação reduziu-se e melhorou gradualmente a segurança interna. O envolvimento de Uganda na Segunda Guerra do Congo, a corrupção no governo e a ausência de reformas econômicas levantam dúvidas sobre a continuação de um forte crescimento da economia. Em 2000 Uganda qualificou-se para o programa de ajuda aos países pobres altamente endividados, recebendo o perdão de US$ 1,3 bilhões de sua dívida externa, e do Clube de Paris o perdão de outros 145 milhões de dólares.