Kirchner ist seit 2000 zudem selbständig tätig und hat diverse Unternehmen gegründet und aufgebaut, wie z. B. eine deutsch-indische Beratungs-GmbH in Bremen und eine Consulting Private Limited in Mumbai sowie eine Wissensmanagement-GmbH. Von 2002 bis 2006 war er als unabhängiger Völkerrechtsberater für das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) tätig und nahm als Mitglied der Deutschen Delegation an diversen Konferenzen der Vereinten Nationen (UNICPOLOS IV und VI, CBD), von OSPAR (Ausschüsse: ICG-MPA, MASH, BDC) und HELCOM (Ausschüsse: HABITAT, MARITIME) sowie der DFG-Senatskommission für Ozeanographie teil. Zudem ist er Mitglied der Geschäftsleitung der 2005 gemeinsam mit seiner Frau gegründeten MLS LEGAL GmbH - Rechtsanwalts- und Fachanwaltsgesellschaft in Bremen und Berlin. In 2010 übernahm er die in Bremen ansässige Kirchner Galabau GmbH - Garten- und Landschaftsbau, die 1966 von seinem Vater Gerd Kirchner gegründet wurde und der er als geschäftsführender Gesellschafter vorsteht. Zudem ist er geschäftsführender Gesellschafter der 2014 gegründeten Hugo Grotius gGmbH - gemeinnützige Gesellschaft zur Förderung der Rechtswissenschaften.