L'anno dopo, comunque, i "rossoblù" tornarono in B classificandosi secondi alle spalle dello Spezia e nel campionato seguente, reso particolare per la presenza della retrocessa per via di Calciopoli, tornò in A assieme a essa e al Napoli. Nella stagione 2008-2009 i "rossoblù" si classificarono con 68 punti al quinto posto, che garantiva l'accesso all'Europa League, tornando nelle competizioni continentali dopo diciotto anni. La stagione seguente il Genoa non superò la fase a gironi della seconda competizione europea ma, per la prima volta nella storia, la formazione "Primavera" del "Grifone" vinse il Campionato Primavera.