Nach einer vorübergehenden Tätigkeit als Leiter der Außenstelle der Botschaft in Indonesien in Aceh, wo er zugleich Koordinator der Humanitären Hilfe für die Opfer des Tsunami vom 26. Dezember 2004 war, war er zwischen 2005 und 2006 stellvertretender Leiter des Arbeitsstabs Post-tsunami-Hilfe im Auswärtigen Amt in Berlin. Daraufhin war Haupt von 2006 bis 2008 im Auswärtigen Amt Leiter des Referats für Konventionelle Rüstungskontrolle und Abrüstung sowie im Anschluss bis 2012 Gesandter an der Ständigen Vertretung beim Europarat in Straßburg.