Tim Ganassi pindah memakai mesin Honda untuk musim 2006 dan ketika Dixon bermitra dengan pembalap Inggris Dan Wheldon, pemenang Indianapolis 500 2005 sekaligus merupakan juara bertahan musim sebelumnya. Sebelum musim IRL dimulai, mereka berhasil bergabung sebagai tim satu mobil (dengan pembalap NASCAR Casey Mears) untuk memenangkan lomba ketahanan Daytona 24 Jam. Dixon kembali berhasil menang di lomba Grand Prix Indy di Watkins Glen dan menjadi pembalap pertama yang memenangkan perlombaan IRL dalam kondisi basah. Dalam lomba di Nashville Superspeedway, ia memenangkan Gibson Guitar Trophy dengan keunggulan selisih tipis atas rekan setimnya Wheldon. Dixon finis keempat dalam klasemen, menyelesaikan total 2504 lap dari kemungkinan 2510 lap serta menjadi satu-satunya pembalap yang mampu masuk finis secara utuh dalam setiap lomba. Di klasemen akhir ia hanya tertinggal 15 poin di belakang Sam Hornish Jr. dan Wheldon.