Während des Krieges übte er sein 1860 angetretenes Amt als Richter aus. Nach dem Krieg war er eine der treibenden Kräfte auf dem verfassungsgebenden Kongress im Oktober 1865. Diese Versammlung annullierte den Sezessionsbeschluss von 1861 und verabschiedete eine neue Verfassung. Im November 1865 wurde er zum Gouverneur von Georgia gewählt. Dieses Amt hatte er bis 1868 inne. Bei seinem Amtsantritt war der Staat Georgia kriegsbedingt tief verschuldet und nahezu bankrott. Innerhalb von zwei Jahren gelang ihm eine deutliche Verbesserung auf diesem Gebiet. Dann allerdings legte er sich mit der Bundesregierung in Washington an. Er lehnte den 14. Verfassungszusatz ab, der den früheren Sklaven die Bürgerrechte verlieh, und bekämpfte das Rekonstruktionsgesetz der Bundesregierung.