В кандидатской диссертации выступил автором концепции (вслед за И. И. Смирновым и А. Н. Гробовским), отрицающей реальность существования правительства «Избранной рады», считающей сведения о ней политическим мифом. В работах 2001—2014 годов предложил новый взгляд на Ливонскую войну (1558—1583): подверг критике концепцию войны за выход России к Балтийскому морю (считал, что со стороны России война шла за земли и города). Предложил трактовать Ливонскую войну как конструкт, созданный в XIX веке Н. М. Карамзиным и последующими историографами. Вместо этого термина предложил ввести понятие «Балтийские войны», под которыми следует понимать серию локальных конфликтов за обладание Прибалтикой во второй половине XVI века.