След разгрома във войната Йордан Гюрков учи търговия във Виена. Участва в дейността на Съюза на македонските студентски дружества в чужбина. Прекъсва следването си и става активен член на ВМРО и за кратко е четник при Дончо Христов. След убийството на Тодор Александров през 1924 година Йордан Гюрков участва в организирането на Горноджумайските събития. По предложение на Иван Михайлов Йордан Гюрков, Панчо Михайлов и Петър Шанданов съставят организационен съд на ВМРО. Делегат е на конгреса в Сърбиново и е избран за резервен член на ЦК на ВМРО. По време на Петричкия инцидент през октомври 1925 година в качеството си на временен пълномощник на ЦК за Петрички окръг е изпратен в града да координира местната отбрана. Участва и на конгреса в Крупник от 1928 година, като е избран за окръжен пълномощник на Централния комитет за Пиринска Македония. Гюрков поддържа международните контакти на ВМРО. След разцеплението на ВМРО застава на страната на Иван Михайлов.