Sau khi từ chối ký hợp đồng với Plzeň vào tháng 11 năm 2011, Pilař được cho là đã nhận lời đồng ý gia nhập câu lạc bộ VfL Wolfsburg của Đức. Tháng 11 năm 2012, có thông tin cho hay Pilař sẽ gia nhập VfL Wolfsburg vào mùa hè nhưng ở tại Cộng hòa Séc để tập luyện hướng tới Giải vô địch bóng đá châu Âu 2012.