Brian Hunter débute dans le baseball majeur le 31 mai 1991 avec les Braves d'Atlanta. Il fait partie de l'équipe des Braves qui atteint les Séries mondiales en 1991 et 1992, deux finales qui se terminent sur des défaites. Il frappe contre John Smiley un coup de circuit de deux points dès la première manche de la Série de championnat 1991 de la Ligue nationale, un match que les Braves remportent 4-0 sur les Pirates de Pittsburgh et qui propulse l'équipe en grande finale. Il frappe plus tard un circuit face aux Twins du Minnesota dans le match de la Série mondiale 1991.