In der Edo-Zeit und dem Tokugawa-Shogunat war Japan ein isoliertes Land ohne Außenhandel und die Gegend des Hafens bestand aus Fischerdörfern. Der Harris-Vertrag von 1858 legte Kanagawa als offenen Hafen fest. Der Hafen von Yokohama wurde am 2. Juni 1859 formell für den Außenhandel geöffnet. Der Hafen wuchs während der Meiji- und Taisho-Periode schnell als Zentrum für den Export von Rohseide und den Import von Technologie. Der Hafen von Yokohama wurde zum ersten Einfallstor für fremde Einflüsse nach Japan. Hier gab es die erste Tageszeitung und die ersten Gasstraßenlaternen. In Yokohama siedelten sich aufgrund des Hafens früh Ausländer (Koreaner, Chinesen und Westler) an. Im Jahr 1923 zerstörte das große Kanto-Erdbeben einen Großteil des Hafens von Yokohama und der Stadt. Nach dem Erdbeben kam es zu Pogromen gegen die koreanische Minderheit, der vorgeworfen wurde, das Erdbeben mit schwarzer Magie ausgelöst zu haben. Nach dem Wiederaufbau wurde der Hafen im Zweiten Weltkrieg erneut zerstört. Nach dem Zweiten Weltkrieg bildet der Hafen einen Stützpunkt der US-Amerikaner und heute noch werden Teile des Hafens von der United States Forces Japan genutzt.