In der Zeit der stalinistischen gewaltsamen Zwangskollektivierung der Landwirtschaft 1929–33 und der großen Terror-Säuberung 1936–38 kam es in den Berggebieten der Karatschaier, wie auch in den Berggebieten Kabardino-Balkariens und Tschetscheno-Inguschetiens zu so breiten Widerständen, dass die Kollektivierung zeitweilig abgebrochen werden musste. Im Zweiten Weltkrieg war das Siedlungsgebiet der Karatschaier vom Juli 1942 (Unternehmen Edelweiß) bis Januar 1943 (Nordkaukasische Operation) zeitweilig von der Wehrmacht besetzt. Aufgrund ihres Widerstandes gegen die 1943 wiedereinrückende Rote Armee wurden sie auf Befehl Josef Stalins unter dem Vorwurf der Kollaboration mit der Wehrmacht vollständig mit allen Männern, Frauen, Kindern und Alten vom 2. bis 22. November 1943 von NKWD-Einheiten verhaftet und nach Mittelasien verbannt, wobei sehr viele Deportierte umkamen. Der Hintergrund des Kollaborationsvorwurfes an eine ganze Ethnie wird seit langem diskutiert. Zwar existierte ein selbsterklärtes „Karatschaisches Nationalkomitee“ unter Kadi Bairamukow, das offen mit den Deutschen kollaborierte, aber dessen Unterstützung in der Bevölkerung war wahrscheinlich viel geringer, als der Name vermuten lässt. Viele Fachhistoriker gehen deshalb davon aus, dass schon die Widerstände vor dem Weltkrieg, Probleme beim Erreichen der Freiwilligen-Quoten für die Rote Armee und schließlich Widerstände gegen die Wiedereinführung stalinistischer Maßnahmen 1943 eher die Ursache der Deportation mit ihren großen Opferzahlen war, als die offiziell angeführte Kollaboration, an der sich nur eine Minderheit beteiligte. Nikita Chruschtschow rehabilitierte die Karatschaier 1957 und sie durften zurückkehren.