A série segue um grupo de jovens recrutas do FBI, novos agentes estagiários ("NAT", em inglês); cada um tem uma razão específica para a adesão. Flashbacks detalham suas vidas anteriores, enquanto os recrutas batalham seus caminhos através de treinamento na academia em Quantico, Virginia. No entanto, a série revela em uma reviravolta em flash forward que um dos recrutas, após se formar na academia, será suspeito de planear o maior ataque terrorista em Nova York desde os ataques de 11 de Setembro, em 2001.