Davila a avut, încă de la sosire, mari probleme de sănătate. Din cauza primei lui locuințe întunecoase și umede, de pe cheiul gârlei, Dâmbovița, tânărul a făcut reumatism și, cu timpul, acesta a dus la pareza unui braț pe care l-a ținut adesea îndoit la spate. În 1865, după ce a inspectat închisoarea de la Telega și a consultat deopotrivă soldați și pușcăriași, a făcut tifos. În timpul Războiului de Independență din 1877 a făcut un antrax infecțios în regiunea cefei, care a trebuit să fie operat de urgență. De asemenea, a avut o furunculoză generală și crize de sciatică, ceea ce l-a determinat să umble în baston.