Когда началась Гражданская война, Рейнолдс был назначен полковником 10-го Индианского добровольческого пехотного полка. Он также командовал Кэмп-Мортоном в Индианаполисе, где обучал новобранцев. Вскоре после этого он и его полк были отправлены в Западную Виргинию, где они сыграли решающую роль в отражении конфедератов под командованием Роберта Ли в сражении при Чит-Маунтин.