Forces de l'exèrcit dels Estats Units, encapçalades pel coronel Mateo Marina Bogdanos, van entrar en el recinte el 16 d'abril, i van iniciar una recerca el 21 d'aquest mateix mes. El resultat de la recerca va indicar que malgrat les afirmacions en sentit contrari, les forces nord-americanes no havien saquejat l'edifici i que va haver-hi tres robatoris per part de tres grups diferents durant els quatre dies que va romandre sense funcionaris. Encara que el personal del museu havia establert un pla d'emmagatzematge per evitar robatoris i danys -també utilitzat durant la Guerra Iran-Iraq i durant la primera Guerra del Golf-, molts objectes de grans proporcions com a estàtues, esteles i frisos s'havian deixat en les galeries públiques, protegits amb escuma i envoltats de sacs de sorra. En total, quaranta peces van ser robades d'aquestes galeries, la majoria de les quals es trobaven entre les més valuoses. A partir de 2005, es van poder recuperar tretze objectes, incloent les tres més valuoses: el Gerro sagrat de Warka -encara que trencat en 14 peces, el mateix estat en el qual va ser descobert quan es va excavar-, la Dama de Warka i l'Estàtua de Bassetki.