צ'רלטון לא הצליח להצעיד את אירלנד להעפלה ליורו 1992, על אף שהנבחרת לא הפסידה אף משחק במשך כל טורניר המוקדמות. הנבחרת העפילה לטורניר מונדיאל 1994 בארצות הברית, וגברה 0-1 על איטליה במשחקה הראשון. במשחק הבא, מול נבחרת מקסיקו, נקלע צ'רלטון לעימות עם השופט שמנע את הכנסתו למגרש של ג'ון אולדרידג'. אירלנד הפסידה במשחק בתוצאה 2-1, וצ'רלטון ספג קנס והושעה מהמשחק הבא בטורניר בעקבות התקרית. הנבחרת סיימה בתיקו ללא שערים עם והעפילה לסיבוב השני, שם הפסידה 2-0 להולנד.