Im zweiten Senat Diepgen war er von 1986 bis 1989 als Innensenator tätig. Er löste am 17. April 1986 Heinrich Lummer ab. In der Zeit als Senator entließ er den sozialdemokratischen Polizeipräsidenten Klaus Hübner, um auf die Polizei einen direkteren Einfluss nehmen zu können. Er wurde massiv wegen der Polizei-Großeinsätze während des Ronald-Reagan-Besuches im Juni 1987, bei dem er ganz Kreuzberg 36 absperren und in der Tauentzienstraße hunderte Demonstranten über Stunden einkesseln ließ, der Einkesselung eines Großteils einer Demonstration gegen das Welttreffen der Studentenorganisation CARP (Collegiate Association for the Research of Principles) der Mun-Sekte und der Polizeieinsätze während der Tagung des Internationalen Währungsfonds (IWF) und der Weltbank im September 1988 kritisiert. Aussagen wie „am Tatort muss die Pressefreiheit schon mal zurücktreten“ waren Anlass für Kritik durch Opposition und Medien. In der Zeit als Innensenator überstand er drei Misstrauensanträge. Einer davon bezog sich auf den Berliner-Verfassungsschutzskandal, bei dem das Sicherheitsorgan heimlich Dossiers über Journalisten und SPD-Abgeordnete angelegt hatte. Auch Mitglieder der Alternativen Liste Westberlin wurden in seiner Amtszeit vom Berliner Verfassungsschutz beobachtet. Von Wilhelm Kewenig wurde als Reaktion auf den 1. Mai 1987 die Polizei Spezialeinheit Einheit für besondere Lagen und einsatzbezogenes Training ins Leben gerufen, die durch ihre rücksichtslose Vorgehensweise im Kontext vieler Einsätze immer wieder in die Schlagzeilen geriet.