Am 11. Februar 2008 erhob die US-Regierung gegen Chalid und fünf andere Personen (Mohammed al-Kahtani, Ramzi Binalshibh, Ali Abdel Asis Ali, Mustafa Ahmed al-Hausaui und Walid bin Attasch) Anklage. Chalid wurde unter anderem beschuldigt, maßgeblich für die Anschläge vom 11. September 2001 verantwortlich zu sein. Das Verfahren sollte vor einem als Militärkommission bezeichneten Sondergericht am US-Gefangenenlager Guantanamo Bay stattfinden. Gegen Chalid und die anderen Angeklagten wurde die Verhängung der Todesstrafe beantragt.