Di bawah Kekhalifahan Umayyah, kota ini menjadi pusat dari salah satu distrik di mana Arab Suriah dibagi, Jund Qinnasrin. Kota ini berulang kali diserang dan dirampok oleh Bizantium selama tahap terakhir dari Peperangan Romawi Timur-Arab, di 966, 998 dan 1030, dan kemudian dihancurkan oleh Seljuk Turki menjelang akhir abad ke-11. Qinnasrin tidak pernah pulih dari kehancuran yang terakhir, dan masih ada hanya sebagai gudang dan caravansarai sebelum akhirnya ditinggalkan.