Nach 2001 wurde diese beeindruckende Siegesserie unterbrochen. Der Verein driftete ins Mittelmaß des russischen Fußballs. Spartak beendete die folgende Spielzeit 2002 als Dritter. In der Gruppenphase der &lt;a href="UEFA%20Champions%20League%202002/03"&gt;UEFA Champions League 2002/03&lt;/a&gt; wurden alle sechs Partien mit einem Torergebnis von 1:18 verloren. Die Saison 2003 wurde Spartak sogar nur Zehnter. Am 15. Juni 2003 gewann Spartak das Finale des russischen Pokals im hauptstädtischen Lokomotive-Stadion mit 1:0 gegen den FK Rostow. Kurze Zeit später wurde der langjährige Trainer Oleg Romanzew nach anhaltender Erfolglosigkeit seines Amtes enthoben, nachdem er zuvor bereits das Präsidentenamt verloren hatte. Neuer Trainer wurde Andrei Tschernyschow.