海峡内には島が点在しており、、、、など、その多くは火山を起源に持つ。しかしながら、中でも最も有名な火山島はクラカタウで、1883年に爆発的噴火した記録が残っている。その時の噴火で、海峡内の島々およびその近くのジャワ島とスマトラ島の周辺地域は、主に激しい軽石の雨と火山の崩壊が引き起こした巨大な津波のため、壊滅的被害を受けた。この時の噴火により、スンダ海峡の地形は劇的に変化し、18–21 km3ほどのイグニンブライトが火山の周囲の面積にして約110万 km2に堆積した。それ以来、住民が元の居住地に再び戻ることのなかった地域（現在はウジュン・クロン国立公園に編入されているジャワ島の沿岸地域など）もあるものの、海岸線の大部分は現在では非常に人口が密集した地域になっている。クラカタウ火山の現存する独立峰であるのほかに、クラカタウ群島は、、および1927年に元のクラカタウ火山の破砕された残存部から現れた最も新しいアナク・クラカタウ島から構成されている。