Juusten kävi Viipurin latinakoulun. Vanhemmat, porvari Pietari Juusten ja hänen vaimonsa Anna, omistivat talon Viipurissa dominikaaniluostarin lähellä, kadulla, joka kaupungin Neuvostoliitolle luovuttamiseen saakka kantoi nimeä Juusteninkatu. Juustenin isä kuoli 1530 ja äiti muutama vuosi myöhemmin. Orvoksi jäätyään Juusten siirtyi 1536 jatkamaan koulunkäyntiä Turkuun, missä opettajana oli Wittenbergissä opiskellut Thomas Keijoi. Parin vuoden opiskelun jälkeen Juusten pääsi piispa Martti Skytten esilukijaksi (lector mensae) ja Turun koulun apuopettajaksi. Piispa Skytte vihki Juustenin papiksi vuonna 1540, jo ennen säädettyä 24 vuoden ikää, jotta tätä ei otettaisi valtion palvelukseen. Juusten lähetettiin vuonna 1541 hoitamaan Viipurin koulun rehtorin tointa. Vuonna 1543 hänet lähetettiin Saksaan Wittenbergin yliopistoon, missä hän kuunteli muun muassa Martti Lutherin, Philipp Melanchthonin ja Johannes Bugenhagenin luentoja. Kolmen vuoden kuluttua opiskelun keskeytti Schmalkaldenin sota. Juusten vietti talven muun muassa Magdeburgissa, mahdollisesti Melanchthonin seurassa, ja matkusti keväällä 1547 Rostockin kautta Königsbergiin ja kuunteli siellä kesän yliopiston professoreiden luentoja. Syksyllä Juusten palasi Suomeen.