1987-ben Senna még közelebb került a világbajnoksághoz. A Lotus versenyautója az egy évvel korábbi Honda turbómotort kapta, miután a Renault úgy döntött, hogy kilép a Formula–1-ből. Csapattársa a japán Nakadzsima Szatoru lett. Gyengébb kezdés után Senna két versenyt nyert meg egymás után: Monacóban, majd Detroitban. Ebben az évben a Lotus-Honda 99T hol jobban, hol kevésbé jól szerepelt az akkor domináns Williams-Hondához képest, amit az 1986-os évadhoz hasonlóan Nelson Piquet és Nigel Mansell vezetett. A Lotus 99T a javított kiadása ellenére (egy nagyon innovatív és aktív felfüggesztést használtak) gyengébbnek bizonyult a Williams FW11B-hez képest. A két csapat közötti különbség nyilvánvaló volt, az 1987-es brit nagydíjon, Silverstone-ban Mansell és Piquet lekörözte az azonos motorral ellátott Lotusokat. Mexikóban egy pördülés után Senna elveszítette esélyeit a világbajnoki címet illetően, így a verseny Nelson Piquet és Nigel Mansell között dőlt el.