Taylor verlegte daraufhin seine Streitmacht nach Saltillo und später Monterrey, wobei er zwei Regimenter zum Schutz der Straße zwischen Monterrey und Saltillo gegen hinter den Linien operierende mexikanische Kavallerie einteilte. Da Taylor die Übergriffe seiner Truppe gegen die Zivilbevölkerung nicht in den Griff bekam, wobei die Texas Rangers am schlimmsten wüteten und am 28. März ein Massaker an 24 Mexikanern verübten, unterstützten viele Mexikaner Guerillaoperationen. Das Verhältnis zu Polk wurde noch feindseliger, da Taylor dem Weißen Haus vorwarf Verstärkungen vorenthalten zu haben, weil es ihn als potenziellen Präsidentschaftskandidaten der Whigs fürchtete. Ihm wurde ein Vorrücken auf San Luis Potosí zugestanden, aber als im Mai die Verpflichtungszeit vieler Freiwilligen ablief, war er zur Untätigkeit verdammt. Im Juli wurde ein Großteil der noch übrigen „Army of Occupation“ Scott zur Verstärkung für den Feldzug gegen "Mexico City" zugeteilt. Frustriert wie der Großteil seiner restlichen Streitkräfte bat Taylor kurz nach Scotts Einnahme von "Mexiko City", die seinen eigenen Ruhm für einige Zeit überstrahlte, im Oktober um einen sechsmonatigen Heimaturlaub. Anfang Dezember kam er in New Orleans an, wo seine Ankunft als großes Ereignis gefeiert wurde. Wenige Tage später war er in Cypress Grove und seine Karriere als Feldkommandeur zu Ende. Der Biograph K. Jack Bauer sieht Taylors Ruf als großen Militärführer als unverdient an, da sein Erfolg im Wesentlichen darauf beruht habe, dass die gegnerischen Befehlshaber über noch weniger taktische Fähigkeiten verfügten als er. Zudem habe er von hervorragend ausgebildeten und selbstbewussten Untergebenen profitiert sowie im Feld den Instinkt missen lassen, mit vernichtenden Schlägen einen vollständigen Sieg zu sichern.