Akcja zaczyna się w 1204 r., w trakcie IV wyprawy krzyżowej. W czasie gdy krzyżowcy plądrują Konstantynopol, Baudolino ratuje życie Niketasowi Choniatesowi, bizantyjskiemu historykowi, a następnie opowiada mu o swym dzieciństwie, o tym, jak dostał się na dwór cesarza, i tym, jak umierający biskup Otton powierzył mu misję, aby wysłać Fryderyka Barbarossę na wschód do legendarnego królestwa Księdza Jana. Opowiada także o wielu przygodach (mniej lub bardziej związanych z Księdzem Janem i jego królestwem). Jego opowieść kończy się w momencie powrotu do Konstantynopola z wyprawy, której celem było legendarne królestwo. Dopiero wtedy pojął rzeczy, których wcześniej nie rozumiał.