Entgegen der mit Lancaster getroffenen Vereinbarung weigerte sich die Franzosen danach, die Burgen zurückzugeben. Daraufhin widerrief der englische König am 20. Juni 1294 seine Hommage für seine französischen Besitzungen, worauf es zum offenen Krieg mit Frankreich kam. Am 1. Juli 1294 ernannte Eduard I. seinen Neffen Johann von der Bretagne zum neuen Lieutenant von Aquitanien, während St John das Amt des Seneschall von Aquitanien übernehmen sollte. In dieser Funktion sollte er als Hauptberater von Johann von der Bretagne dienen. Im Oktober 1294 brach er mit einer Flotte und mit Truppen von Portsmouth aus nach Südwestfrankreich aus. Dort eroberten sie einige kleinere Städte, doch die Eroberung von Bordeaux scheiterte. Daraufhin teilte sich die englische Streitmacht. Während ein Teil der Armee die Garonne hinaufsegelte, segelte St John mit einem Teil der Armee nach Süden, wo er am 1. Januar 1295 Bayonne erobern konnte. Dort ließ er die Mitglieder des Stadtrats, die die Franzosen unterstützt hatten, verhaften und nach England bringen. Gegen diese englischen Angriffe unternahmen die Franzosen 1295 Gegenangriffe unter Karl von Valois und 1296 unter Robert II. d'Artois. Die Engländer konnten nur den südlichen Teil von Aquitanien mit Bayonne halten. St John oblag dabei die Verteidigung und Versorgung der verbliebenen Städte und Burgen.