Eppu Väänänen startet für den Verein "Sotkamon Jymy". Seinen internationalen Einstand gab er bei den Biathlon-Juniorenweltmeisterschaften 2006 in Presque Isle, wo er 70. des Einzels und 27. des Sprints wurde, sich im Verfolgungsrennen bis auf den 14. Rang verbesserte und mit der Staffel auf Platz fünf kam. Ein Jahr später wurde er in Martell 27. des Einzels, 32. des Sprints, 25. der Verfolgung sowie 14. mit der finnischen Staffel. Seine dritten Junioren-Weltmeisterschaften lief Väänänen 2008 in Ruhpolding. In Deutschland lief er auf die Plätze 61 im Einzel, 36 im Sprint, 50 in der Verfolgung und sechs mit der Staffel. Im Jahr darauf nahm Väänänen in Canmore letztmals an einer Junioren-WM teil und erreichte die Plätze zehn im Einzel, 27 im Sprint, 23 in der Verfolgung und 16 mit der Staffel. Im weiteren Verlauf des Jahres nahm er auch an den Rollski-Juniorenrennen der Sommerbiathlon-Weltmeisterschaften 2009 in Oberhof teil und wurde 22. des Sprints und 24. der Verfolgung.