ב-1940 פלשו הגרמנים לבלגיה. הטירה שבה זיטה גרה כמעט והופצצה בידי מפציצי הלופטוואפה, והיא נמלטה עם משפחתה לספרד, ומשם לפורטוגל. ממשלת ארצות הברית העניקה להם אשרת כניסה, והמשפחה עברה לניו יורק ומשם ללונג איילנד. זיטה התיישבה בסופו של דבר בקוויבק שבקנדה. ב-1941 היטלר ביטל באופן אישי את אזרחותה ואת אזרחות ילדיה, והם נותרו חסרי כל אזרחות. עובדה זו ניתקה את זיטה ממקורות ההכנסה שלה באירופה, ולאורך כל מלחמת העולם השנייה הא נאלצה לחיות בצמצום. בניה השתתפו במאמץ המלחמתי לצד בעלות הברית. אוטו עמד בקשר עם נשיא ארצות הברית פרנקלין דלאנו רוזוולט וניסה לדאוג לעתידה של אוסטריה לאחר המלחמה. רוברט היה נציג בית הבסבורג בלונדון. פליקס וקרל לודוויג התגייסו לצבא ארצות הברית. רודולף הבריח את הגבול לאוסטריה בימים האחרונים של המלחמה כדי לסייע בארגון התנגדות לשלטון הנאצי. זיטה עצמה העבירה את השנתיים שלאחר סיום המלחמה באיסוף תרומות בקנדה וארצות הברית עבור אוסטריה והונגריה שניזוקו קשה במלחמה.