El siglo XVII fue un período muy difícil en la historia de Vawkavysk, en particular, y para la República de las Dos Naciones en general. La región se convirtió en escenario de numerosas guerras. Fue durante este período cuando la República emprendió numerosas campañas hacia mediados del siglo XVII, conocidas como El Diluvio, la cual consistió en rebeliones e invasiones durante las Guerras del Norte contra Rusia y Suecia. Tras la revuelta popular dirigida por Bogdán Jmelnitski en Ucrania, la rebelión dejó en evidencia la rivalidad entre Rusia y la República por sobre el control hegemónico de Ucrania y sobre las tierras eslavas orientales en general. En octubre de 1653, el ruso Zemsky Sobor declaró la guerra a la República y en junio de 1654, el ejército del Zar Alejo I de Rusia invadió la mitad oriental de Polonia-Lituania, dando inicio a la Guerra ruso-polaca (1654-1667). Durante este período, Vawkavysk fue conquistada dos veces por las tropas rusas en 1655 y 1662, y quedó gravemente dañada.