Als Aufseher der Erzbergwerke war Wrotham mit der Verschiffung des Erzes vertraut, weshalb ihn der König ab 1204 zusammen mit Reginald of Cornhill, dem Sheriff von Kent, mit dem Aufbau einer königlichen Flotte betraute. Bislang hatte der König im Kriegsfall auf die Schiffe der Cinque Ports zurückgegriffen, doch nach dem Verlust der Normandie erforderte der andauernde Krieg mit Frankreich eine ständige Kriegsflotte, um französische Angriffe auf die südenglische Küste abwehren zu können. 1205 wurde Wrotham der Hauptverantwortliche für den Bau der Flotte, die er aus den Erträgen der Zinnminen finanzierte. Für den geplanten Feldzug von 1205 und für die Expedition von 1206 nach Südwestfrankreich war er die Bereitstellung von Schiffen verantwortlich. Während des Feldzugs von 1206 war er der Hauptverantwortliche und Kommandant der Schiffe der Cinque Ports. Der König ernannte ihn zum Sheriff von Southampton, so dass er den Hafen des nahe gelegenen Portsmouth für die königliche Marine ausbauen konnte. Unter ihm wurde Portsmouth zum Hauptstützpunkt der Flotte. Wrotham war für die Bezahlung der Schiffsbesatzungen zuständig und übernahm die Ladung von gekaperten feindlichen Schiffen. Um 1208 hatte er die Aufgaben inne, die später, ab etwa 1400, als Aufgaben des Lord High Admiral galten. Den Befehl über die königlichen Flotte übernahm jedoch William Longespée, der Halbbruder des Königs.