John of Strathbogie war ein Sohn von David of Strathbogie, 8. Earl of Atholl und von dessen Frau "Forueleth". Sein Vater starb 1270 als Kreuzfahrer vor Tunis. In zweiter Ehe hatte sein Vater "Isabella Chilham" geheiratet. Sie war die Erbin von Ländereien in Kent und eine Urenkelin des englischen Königs Johann Ohneland. Nach dem Tod von Johns Vater heiratete sie in zweiter Ehe Alexander de Balliol aus "Cavers", der auch die Vormundschaft über den minderjährigen John übernahm. John of Strathbogie wurde wahrscheinlich vor 1284 volljährig und übernahm das Erbe seines Vaters, wozu Atholl in den Highlands sowie Strathbogie in Aberdeenshire gehörten, sowie der Titel Earl of Atholl.