Le tremblement de terre du 26 septembre 1997 a causé de profonds dommages à la basilique supérieure, avec l'effondrement de la voûte à deux endroits (qui a causé la mort de quatre personnes commémorée par une inscription dans le sol à l'entrée de la basilique) et d'importants dommages au tympan sud du transept : 130 mètres carrés de fresques médiévales ont été réduits en fragments. La basilique a été fermée pendant deux ans pour permettre les travaux de restauration. Le tremblement de terre a provoqué l'effondrement d'une partie des fresques de la voûte de la première travée dont : le "Saint Jérôme" (attribué par certains au jeune Giotto), où étaient représentés les quatre docteurs de l'Église, la figure de saint Matthieu, sur la voûte représentant les quatre évangélistes de Cimabue, ainsi que la voûte étoilée, repeinte au .