Après une brillante carrière de lycéen qui lui vaut d’être élu 2 fois meilleur joueur de l’année de l’État du Dakota du Sud ainsi qu’une reconnaissance au niveau national, Mike Miller s’inscrit à l’Université de Floride. Il ne reste que 2 années en NCAA, le temps pour lui d’emmener les Gators à une finale à quatre en 2000. Reconnu comme un des arrières les plus prometteurs du championnat universitaire, Mike Miller décide d’anticiper son entrée chez les professionnels en s’inscrivant à la draft de 2000. En 2 années passées en Floride, le jeune joueur a tourné à 13 points, 6 rebonds et 2,3 passes par match.