A sus 50 años de edad (2002) el partido político de Nueva Fuerza Republicana (NFR) liderado por ex militar y político Manfred Reyes Villa, la invitó a participar en las elecciones, en ellas Flores salió ganadora ocupando el cargo de senadora de su país representando en el congreso nacional boliviano al Departamento de La Paz. Se separó de su partido tras la guerra de Gas ocurrida en 2003, durante el segundo gobierno del presidente Gonzalo Sánchez de Lozada, este evento también supuso la formación del "Grupo Transversal", un conjunto de senadores que habían renunciado a sus respectivos partidos políticos después de que se produjera la masacre de octubre. Flores contribuyó a denunciar varios hechos de nepotismo en el congreso boliviano. Ocupó el cargo senatorial hasta el año 2005.