&lt;a href="%D0%A4%D0%9A%20%C2%AB%D0%91%D0%B0%D0%B2%D0%B0%D1%80%D0%B8%D1%8F%C2%BB%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202012/2013"&gt;Сезон 2012/13&lt;/a&gt; стал для команды Нойера более успешным. «Бавария» одержала победу в Бундеслиге с рекордным отрывом в 25 очков от идущей второй дортмундской «Боруссии», благодаря чему Мануэль впервые стал чемпионом страны. За тот сезон в чемпионате он пропустил 18 мячей, а также 18 раз оставил свои ворота «сухими» — оба этих результата стали рекордными. Выступление мюнхенского клуба в Лиге чемпионов аналогично завершилось удачным образом. «Бавария» дошла до финала этого турнира, где впервые в истории встречались две немецкие команды. Соперником «баварцев» стала «Боруссия», практически весь матч прошёл с равным счётом, однако гол Арьена Роббена на последних минутах игры установил итоговый счёт — 2:1 в пользу «Баварии». Нойер сыграл одну из ключевых ролей в том матче, он даже смог принять участие в первом забитом мяче своей команды: именно после его передачи на Франка Рибери началась атака команды, в итоге завершившаяся голом. Спустя неделю после финала Лиги чемпионов «Бавария» одержала победу и в Кубке Германии и тем самым выиграла «требл». В том году Мануэль был впервые признан лучшим вратарём мира по версии МФФИИС. После окончания сезона тренер Хайнкес объявил о завершении карьеры, на его должность был назначен Пеп Гвардиола.