El 7 de febrero de 2013, el entrenador Jafet Soto entregó la lista de convocados de la Selección Sub-20 de Costa Rica, en la que apareció Jean Carlo Agüero para enfrentar el Campeonato de la Concacaf de la categoría. El defensor quedó en la suplencia en los dos duelos de la fase de grupos contra Haití (victoria 1-0) y Estados Unidos (derrota 1-0). Hizo su debut el 26 de febrero, por los cuartos de final ante Cuba en el Estadio Olímpico de la BUAP. Agüero fue titular con la dorsal «19» y su escuadra fue eliminada con cifras de 2-1. Debido a esto, se quedó sin la posibilidad de ir al Mundial de Turquía.