У збірній Бразилії Сержіньйо завжди залишався в тіні Роберто Карлоса. Влітку 1999 року, у відсутності останнього, Сержіньйо був включений до заявки збірної на розіграш Кубка Америки у Парагваї, здобувши того року титул континентального чемпіона, а через місяць — на Кубок конфедерацій у Мексиці, де разом з командою здобув «срібло» і забив у фіналі господарям турніру, що став його єдиним у кар'єрі.