Духовное управление мусульман Закавказья в 1989—1990 годах оказалось в сложном положении в связи с вооружёнными столкновениями между азербайджанцами-мусульманами и немусульманами (преимущественно армянами) в Баку, Сумгаите и Нагорном Карабахе. Председатель Духовного управления мусульман Закавказья Аллахшукюр Пашазаде стал единственным из мусульманских лидеров, который выступил против советской власти и в знак протеста против действий властей даже сложил с себя мандат депутата Верховного совета СССР.