Retournant dans l'armée de Lee après la défaite d'Early lors de la bataille de Cedar Creek, Gordon commande le deuxième corps de l'armée de Virginie du Nord jusqu'à la fin de la guerre. Dans ce poste, il défend la ligne lors du siège de Petersburg et commande l'attaque contre le fort Stedman le (où il est une nouvelle fois blessé, à la jambe). À Appomattox Court House, il mène ses hommes lors de la dernière charge de l'armée de Virginie du Nord, capturant les tranchées et plusieurs pièces d'artillerie sur son front juste avant la reddition. Le , les troupes confédérées de Gordon se rendent officiellement au brevet major général Joshua L. Chamberlain, agissant pour le lieutenant général Ulysses S. Grant, détaillé précisément par Chamberlain :