Las tendencias continuaron con la llegada de Napoleón en 1812. Los polacos continuaron ocupando los más importantes cargos del gobierno lituano de Vilna, y, tras la restauración del gobierno ruso, las políticas del gobierno central apenas cambiaron. Jan Śniadecki, que fue promovido en los tiempos de Napoleón al rango de Ministro de Educación y Cultos, salvó su rectorado gracias a la protección de Czartoryski. Como el plan de Alejandro de separar definitivamente a Lituania de Polonia mediante la restauración del Gran Ducado se hizo evidente, Sniadecki, respaldado por Czartoryski, que fingía ser leal al zar, hizo el esfuerzo en última instancia de polonizar a la joven generación de lituanos educándoles como polacos que se unirían a los rangos de la lucha por una Polonia independiente y homogénea.