Al successivo Draft I Wolves ottengono la quinta scelta assoluta, che si rivelerà poi essere il playmaker Kris Dunn da Providence ma l'acquisto più importante riguarda lo staff: già dal 20 aprile 2016 viene annunciato come nuovo allenatore e general manager Tom Thibodeau, reduce da un'esperienza di cinque anni con i Chicago Bulls senza mai mancare l'accesso ai playoff. Durante la regular season saranno decisive le prestazioni di Wiggins, LaVine e Towns a occupare il ruolo di leader dopo il ritiro definitivo di Kevin Garnett, tutti con più di venti punti a partita di media (prima volta nella storia della franchigia per tre giocatori, e record NBA per tre compagni sotto i 22 anni di età). La stagione terminerà con un record di 31 vittorie e 51 sconfitte, migliore stagione dalla partenza di Kevin Love.