Czarniecki otti osaa vuonna 1648 syttyneen pitkällisen kasakkakapinan kukistamiseen, jolloin hän joutui vihollisten vangiksi kahdeksi vuodeksi. Päästyään vapaaksi hän jatkoi joukkojen johtamista kasakoita vastaan menestyksekkäästi. Ruotsin kuningas Kaarle X Kustaa hyökkäsi Puolaan Pohjan sodan seurauksena ja Czarniecki kutsuttiin puolustamaan maata. Hän johti Krakovan puolustusta 1655, mutta joutui perääntymään ja Varsovan taistelussa 1656 Puolan armeija lyötiin täysin. Czarniecki jatkoi taistelua ruotsalaisia vastaan johtamalla pientä tataariarmeijaa ja onnistui luopulta työntämään ruotsalaiset maasta. Tämän jälkeen Czarnieckin joukot siirtyivät auttamaan Tanskaa.