In Augustus 1942 tydens Case Blue, die Duitse offensief in die suide van Rusland, word hy aangestel as bevelvoerder van Army Group B. In 1944 het Weichs opdrag gegee om Army F in die Balkan, wat toesig hou oor die Duitse toevlug van Griekeland en die grootste deel van Joego-Slawië. Tydens die Neurenberg-verhore is Weichs aangekla vir oorlogsmisdade wat op die Balkan gepleeg is en daar is beplan om hom deel te maak van die Amerikaanse leër se gyselaarsverhoor. Hy is weens 'mediese redes' uit die proses verwyder, sonder dat hy veroordeel of gevonnis is.