Toen later dat jaar de Romeinse generaal Pompeius het rijk van de Seleuciden aan zich onderworpen had, probeerden Hyrkanus en Aristobulus beide bij hem in de gunst te komen. Pompeius gaf de broers de opdracht zich met elkaar te verzoenen, maar Aristobulus wilde de loop der gebeurtenissen niet afwachten en riep een leger samen om tegen Hyrkanus ten strijde te trekken. Pompeius meende dat Aristobulus het op hem gemunt had. Hij versloeg de Joodse legers en nam hun vestingsteden in. Hij nam Aristobulus gevangen en nam Jeruzalem in (63 v.Chr.). Zo kwam er een einde aan de zelfstandige Joodse staat.