Na de oorlog eindigde de "convivencia" ("vreedzaam samenleven") tussen de religies op het Iberisch Schiereiland: het Alhambra-decreet in 1492 stelde dat joden katholiek moesten zijn. Zo niet, dan moesten ze Spanje verlaten. Na de opstand van Alpujjaras in 1501 moesten alle moslims in Granada ook katholiek worden en als ze weigerden, werden ze uit Spanje verbannen. Vanaf 1526 werd dit beleid in heel Spanje toegepast.