После Октябрьской революции Макаренко состоял членом Комиссии по изучению племенного состава России, созданной при Академии наук, в 1927—1928 гг. избирался депутатом Ленсовета. А. А. Макаренко до конца вёл научную работу в Государственном музее этнографии в Ленинграде.