Güney Sudan Silahlı Kuvvetleri, Güney Sudan'ı iç ve dış tehditlere karşı korumak için kurulmuştur. Temeli Birinci Sudan İç Savaşı ve İkinci Sudan İç Savaşı'na dayanmaktadır. Önceden "Sudan Halk Kurtuluş Ordusu" adıyla Sudan hükûmetine karşı silahlı mücadele veren milis ordu, Güney Sudan'ın bağımsız olmasıyla "Güney Sudan Silahlı Kuvvetleri" adını almış ve tanınmıştır.