Voor het seizoen neemt het JVC-bestuur met de aanstelling van Dhr. H.Zuidema haar eerste hoofdtrainer aan. In het seizoen 1939/40 stond JVC met nog één wedstrijd te gaan op de derde plaats, maar kon de competitie niet meer afwerken in verband met de moeilijke reisgelegenheden nadat Duitsland inviel in Nederland op 10 mei 1940 en daarmee de Tweede Wereldoorlog inleidde. Tussen oktober 1941 en augustus 1945 werd de clubnaam op last van de Duitsers kortstondig gewijzigd naar "Voetbalvereeniging Koegras". Na de bevrijding kreeg de club zijn oude naam weer terug en die heeft het sindsdien behouden. Na beëindiging van de oorlog, kon men het heugelijke feit memoreren dat er onder de leden van JVC gedurende de oorlogsjaren geen personen zijn gesneuveld, ondanks het verzetswerk van enkele leden en de aanwezigheid van onderduikers.