Политиката по отношение на завареното гръцко население, състоящо се предимно от Малоазийски преселници, обаче е коренно противоположна. Тя е в отговор на политиката на генерал Йоанис Метаксас, чиито диктаторски режим през 1936 г. забранява употребата на български език не само на публични места, но и като домашен. Местните българи без разлика на тяхната възраст са принуждавани да учат гръцки език и са подложени на жестоки репресии, а изявите на българско самосъзнание са абсолютно забранени. В резултат българската държава налага политика на жестоки репресии над местното гръцко население, затваряйки гръцки училища и забранявайки изучаването на гръцки език. Тази политика цели пълното експулсиране на гърците от региона. Гръцките кметове, учители и други официални лица са депортирани или избити. Българската власт конфискува цялата собственост на гръцкото население и я прехвърля на българското. Като последица от тези действия, гръцки партизани и цивилни организират Драмското въстание в края на септември 1941. Въстанието е потушено безкомпромисно, като 3000 въстаници (от които 1000 невъоръжени) са убити, а в следващите седмици българската армия убива 15 000 гърци, като в някои области са разстреляни цели села. Българската окупация е най-смъртоносна за гръцкото население – българската армия избива общо 40 000 гърци, докато Германия екзекутира 21 000, а Италия – 9000. Междувременно, започва заселване на тези територии с напусналото ги след Първата световна война българско население, както и с нови заселници от Старите земи.