David Gloxins zweite Frau starb 1626. Nach der verlorenen Schlacht bei Lutter während des Dreißigjährigen Krieges flohen dänische Truppen nach Fehmarn, das eigentlich zu Schleswig-Holstein-Gottorf gehörte. Kaiserliche Truppen folgten im Herbst. David Gloxin als ältester Ratsherr wurde beauftragt, mit den Eindringlingen zu verhandeln, obwohl er eigentlich bettlägerig war. Er konnte die Besatzung nicht verhindern. Wegen seiner schweren Erkrankung verließ er die Insel und ließ sich bei seinen Söhnen in Lübeck gesundpflegen. Nachdem der dänische König Christian IV. die Insel im Frühling 1628 zurückerobert hatte, kehrte Gloxin heim. Dass er die Insel während der Besatzung verlassen hatte, wurde ihm teilweise übelgenommen. Ein Bauer, der ihn deswegen verklagt hatte, wurde aber zur Zahlung einer Entschädigungssumme verurteilt.