На Балтике офицеры-кадеты оттачивали на "U-6" и её сестрах навыки, востребованные ими в дальнейшем в Битве за Атлантику, а некоторые из её походов заводили её даже на советскую территорию, во время Операции «Барбаросса», однако, в отличие от её сестер, "U-6" так и не нашла ни одной цели для атаки. Летом 1944 года, в связи с нехваткой топлива и общей репутацией субмарин типа II, опустившейся до полной катастрофы благодаря большому количеству фатальных инцидентов, "U-6" была выведена со службы и поставлена на хранение в Готенхафене с сильно обрезанной командой (для поддержания в рабочем состоянии). Там она и оставалась вплоть до мая 1945 года, когда инженерная команда подорвала её с целью недопущения захвата противником.