A Mexikói függetlenségi háborút követően mindkét Kalifornia Mexikó része lett 1822-ben. 1836 és 1838 között a Californio függetlenségi mozgalom következtében Juan Bautista Alvarado lett Alta-Kalifornia elnöke. Ennek ellenére Alvarado megegyezett a mexikói kormánnyal, hogy ő lesz a terület kormányzója és feloszlatja a Californio függetlenségi mozgalmat. Ennek köszönhetően a mexikói fennhatóság 1846-ig tartott a területen.