Loppuvuonna 1998 FSB:tä ja Putinia kohtasi skandaali, kun kuusi FSB:n työntekijää johtajanaan Aleksandr Litvinenko syyttivät tiedotustilaisuudessa FSB:tä rikollisesta toiminnasta, joka oli tapahtunut ennen Putinin aikaa. Putin tuli siihen tulokseen, että syytökset olivat perusteettomia ja erotti Litvinenkon ja tämän kumppanit. Putinin tapa hoitaa asia sekä hänen suorittamansa henkilöstönvähennykset FSB:ssä aiheuttivat kuitenkin närää Kremlissä, ja maan demokratian tilasta huolestunut Jeltsin piti Putinia osasyyllisenä tilanteeseen. Seuraavan vuoden alussa valtakunnansyyttäjä Skuratovia koskeneen skandaalin yhteydessä Jeltsin kuitenkin vakuuttui Putinin uskollisuudesta ja tehokkuudesta, ja hän ylensi Putinin turvallisuusneuvoston sihteeriksi. Putin jatkoi edelleen myös FSB:n johdossa. Putin osallistui kevään aikana esimerkiksi Tšetšenian pommiräjähdyksen tutkintaan ja Kosovon sodan rauhanvälitykseen. Hän myös antoi säännöllisesti haastatteluja tiedotusvälineille päivänpolttavista asioista ja korotti näin julkista profiiliaan.