Dem Vormarsch der Alliierten im November 1944 entzog sich Wagner durch Flucht über den Rhein. Bis zum Schluss versuchte er, ihnen militärischen Widerstand entgegenzusetzen. Er errichtete zuerst in Baden-Baden einen Befehlsstand und kehrte während der Ardennenoffensive sogar nochmals ins Elsass zurück. Als „Reichsverteidigungskommissar für den Verteidigungsbezirk Baden und Elsaß“ mobilisierte er bis Kriegsende 22 Bataillone des Volkssturms und ließ Flugblätter verbreiten, die zu Sabotageakten in bereits von den Alliierten besetzten Gebieten aufriefen. Allen führenden Männern der „Bewegung“ drohte er mit der Todesstrafe, wenn sie versuchen sollten, zu fliehen. Noch am 31. März 1945 drohte er allen „verbrecherischen Elementen“ mit Standgerichten, wenn sie bei „Annäherung des Feindes weiße Fahnen zeigen würden“. Die Städte in Baden wies er an, dem Prinzip der Verbrannten Erde folgend, ihre Infrastruktureinrichtungen zu zerstören, um den Vormarsch der Alliierten zu behindern.