Sowohl im Truchsessischen wie im Dreißigjährigen Krieg kam es zu Zerstörungen und Brandschatzungen am Stift und an der Stiftskirche, unter anderem ging dabei die Adelheid-Reliquie verloren. Anfang der 1640er Jahre wurden die Kriegsschäden behoben, zerstörte Teile von Kirche und Stift wiederaufgebaut.