Après l'échec de l'insurrection de 1803, son mari est arrêté, mais elle est autorisée à passer environ une semaine avec lui. Il a longtemps été affirmé qu'elle s'est effondrée et est morte sur le pas de sa porte après sa libération en . En fait, elle avait donné naissance à un fils à la maison, à la suite de laquelle son état de santé s'est aggravée et son audition s'est également détériorée. Son fils, Hugh décède aussi plus tard. Elle a été suivie par Drennan, qui s'inquiète qu'elle puisse succomber à la tuberculose en décembre. Holmes meurt le . Elle est enterrée avec ses parents dans le cimetière de l'église Saint-Pierre, Aungier Street, à Dublin. Une légende dit que le corps de son frère Robert a été enterré avec elle en secret, mais cela n'est pas confirmé. Un portrait de Holmes par Thomas Hickey est conservé par la prison de Kilmainham.