У 1511 році переніс тяжку хворобу — англійську пітницю, наслідки якої відчувались надалі. Перебування Еразма в Льовені зробило його мішенню для критики з боку кіл, ворожих до принципів літературних реформ, яким він присвятив своє життя. Відчуваючи утиски, він знайшов притулок в Базелі, де завдяки швейцарській гостинності отримав змогу вільно висловлюватися, й де його оточували вірні друзі. Протягом довгих років він плідно співпрацював із визначним видавцем Фробеном (разом з іншим відомим вченим Сигізмундом Геленієм). У Базель, до Еразма, стікалися прихильники із усіх кутків Європи.