Durante la Guerra fría el PCJ se caracterizó siempre por su independencia ideológica en comparación con otros partidos comunistas, generalmente subordinados a la Unión Soviética. Fue notable también su oposición a la intervenciones soviéticas en Checoslovaquía (1968) y Afganistán (1979). Y aunque los comunistas japoneses no tomaron partido durante la ruptura sino-soviética en 1965, dentro del partido esta ruptura desencadenó numerosos conflictos que afectaron a su eficacia y rendimiento.