Od początku 2001 Nowak cierpiał na chorobę układu nerwowego ALS, objawiającą się zwiotczeniem i stopniowym zanikiem mięśni; pod koniec życia poruszał się na wózku inwalidzkim. Podejmowane próby leczenia w Niemczech, Holandii i USA nie przyniosły skutku. Z pomocą klubu VfL Wolfsburg w 2002 zorganizowano Fundację Krzysztofa Nowaka, zajmującą się pomocą choremu oraz problematyką choroby ALS (w radzie fundacji zasiadł m.in. dawny zawodnik VfL Wolfsburg, Roy Präger). W 2002 piłkarz był gościem reprezentacji Polski występującej na mistrzostwach świata w Korei i Japonii, a rok później został uroczyście pożegnany przez VfL Wolfsburg (21 stycznia 2003 odbył się mecz benefisowy dla niego, w którym zagrały zespoły VfL Wolfsburg i Bayernu Monachium). Zmarł 26 maja 2005. 4 czerwca 2005 został pochowany na Cmentarzu Leśnym w Wolfsburgu. Wśród kibiców klubu z Wolfsburga zyskał przydomek „Numer 10 serc”.