Ferito nella Battaglia di Hondschoote mentre dava l'assalto ai trinceramenti nemici, fu chiamato da Lazare Carnot a sostituire il generale Jean Nicolas Houchard nel comando delle armate delle Ardenne e del Nord e riportò il 16 ottobre 1793 una brillante vittoria sulle truppe austriache del principe di Coburgo a Wattignies. Oppostosi al piano del Comitato di Salute Pubblica, che voleva riprendere l'iniziativa contro gli austriaci, Jourdan fu da questo richiamato a Parigi.