אף על פי שטורקיה ופולין נהנות מיחסים טובים, מאז סוף המאה ה-20, היחסים בין המדינות לפעמים מתוחים. פולין הייתה אחת המדינות העיקריות שגינו את הפלישה הטורקית של קפריסין ואישרה את עמדתה עבור קפריסין מאוחדת. יתר על כן, בשנת 2005, פולין הכירה רשמית ברצח העם הארמני, ואילצה את טורקיה לסגור את שגרירתה למשך חודש והפכה את היחסים ביניהן למעט חמוצים.