К началу Великой Отечественной войны фонд музея насчитывал 2,5 миллиона различных экземпляров, включая коллекцию 500 тысяч чешуекрылых. Перед войной музей не был эвакуирован и после занятия Киева немцами, приказом рейхскомисара Украины от 7 декабря 1942 года, он вошёл в новосозданное Краевое управление архивов, библиотек и музеев при рейхскомиссаре Украины. В 1943 году начался вывоз коллекции музея в Германию, в частности коллекция бабочек была отправлена в Кёнигсберг.