Była jedną z córek-bliźniaczek lekarki żydowskiego pochodzenia oraz nauczyciela, pochodzącego z Górnej Austrii. Po rozpadzie małżeństwa rodziców, córki pozostały z matką. Po Anschlussie Austrii i dojściu nazistów do władzy była represjonowana. Na podstawie ustaw norymberskich Ilse Aichinger została uznana za „mieszańca ("mischlinga") I stopnia”, a jej matka za Żydówkę czystej krwi. Matura w 1939 roku. W lipcu 1939 roku siostra-bliźniaczka Ilse, Helga wyjechała z jednym z ostatnich Kindertransportów do Londynu. Wybuch wojny nie pozwolił pozostałym członkom rodziny na dołączenie do niej. Babka Ilse oraz młodsze rodzeństwo jej matki zostali deportowani do Mińska i zamordowani w obozie zagłady w Małym Trościeńcu. Status mieszańca pozwolił Ilse, a także jej matce (jako osobie „pozostającej z nią we wspólnym gospodarstwie domowym”) na pozostanie w Wiedniu, jednak nie mogła podjąć studiów oraz została objęta nakazem pracy.