Vërlaci tuvo que afrontar la cada vez mayor resistencia albanesa contra los invasores. El 17 de mayo de 1941 salió ileso de un segundo atentado durante una visita oficial. Con cada vez menos apoyos, el 4 de diciembre presentó la dimisión y fue sustituido por Mustafa Kruja. Antes de que los partisanos tomasen el control de Albania pudo huir a la República Social Italiana, y de ahí marchó a Suiza para evitar un juicio por colaboracionismo. Falleció el 21 de diciembre de 1946 en Zúrich a los 68 años y fue enterrado en el cementerio protestante de Roma.