עם פרוץ מלחמת העצמאות היוונית נמנעו תושבי כיוס מהצטרפות למרד כנגד העות'מאנים, אך במרץ 1822 כמה מאות לוחמים מהאי הסמוך סאמוס נחתו בכיוס ופתחו בהתקפה על הכוחות העות'מאנים באי. בשלב זה הצטרפו תושבי כיוס ללחימה והעות'מאנים הנחיתו כוחות גדולים באי ופעלו לדיכוי המרד. הכוחות העות'מאנים ביצעו את טבח כיוס אשר במהלכו נרצחו 42,000 מתושבי כיוס, 50,000 נמכרו לעבדות ו-23,000 הוגלו ממנו. לאחר דיכוי המרד הוחל בשיקום תשתיות האי וחל גידול מסוים בכמות האוכלוסין, אך ב-1881 אירעה רעידת אדמה בעוצמה של 6.5 בסולם ריכטר אשר גבתה אלפי קורבנות, שמספרם מוערך בין 5,500 ל-10,000 נפשות.