In der Saison 1986 konnte Prost seinen WM-Titel verteidigen. Eine Reglementänderung bezüglich des maximal zulässigen Benzinverbrauchs erforderte ab 1986 ein treibstoffsparendes Fahren. Dies erforderte eine treibstoffsparende Auslegung des Autos und ein zurückhaltendes und zugleich vorausschauendes Fahren der Piloten. Prost ging mit dieser Anforderung besser um als der für Lauda ins Team gekommene Keke Rosberg. Er siegte viermal – zweimal zu Beginn und zweimal am Ende der Saison –, wurde viermal Zweiter und dreimal Dritter. Die Entscheidung über die Weltmeisterschaft war bis zum letzten Saisonrennen in Adelaide offen. Prosts Konkurrenten waren die Williams-Piloten Nelson Piquet und Nigel Mansell, der vor dem Rennen die Fahrerwertung anführte. In der 64. Runde platzte bei einer Geschwindigkeit von 320 km/h ein Reifen an Mansells Williams; der Wagen wurde schwer beschädigt, und Mansell fiel aus. An Piquets Williams wurden daraufhin aus Sicherheitsgründen ebenfalls Reifen gewechselt. Prost wurde dadurch nach vorne gespült und gewann schließlich das Rennen und die Weltmeisterschaft mit zwei Punkten Vorsprung auf Mansell. Die Konstrukteursmeisterschaft hingegen ging mit 141 Punkten an das Williams-Team, dessen Fahrer insgesamt neun Siege erzielt hatten.