Sin embargo, las buenas relaciones entre Rusia y Estados Unidos comenzaron a deteriorarse en 2003 a causa de la Invasión de Irak de 2003. Rusia hizo una declaración conjunta junto con Francia y Alemania condenando la intervención y el unilateralismo de los Estados Unidos, proponiendo la vía diplomática para resolver el conflicto. Estas relaciones se dañarían todavía más con la incorporación en la OTAN en marzo de 2004 del Grupo de Vilna. Estonia, Letonia y Lituania habían sido parte de la URSS y ahora quedaban bajo la órbita de Occidente pese a las promesas en 1991 de que no serían incorporados. Hasta su cese en 2016, el principal asesor de Putin en relaciones con los Estados Unidos fue Serguéi Ivanov, de quien además se dijo que podría ser su sucesor.