Rimasto in nerazzurro dopo l'arrivo del connazionale José Mourinho in panchina, contribuì alla vittoria del torneo 2008-09 con 22 presenze e un gol. L'ultima gara disputata in carriera fu contro l'Atalanta il 31 maggio 2009 vestendo anche la fascia di capitano, prima di abbandonare il terreno a causa di un infortunio.