После сильнейшего землетрясения и огромного цунами между 1628 и 1500 годами до н. э. вследствие мощного извержения вулкана на острове Санторин дворец был разрушен. В 1450 году до н. э. пожар окончательно уничтожил Кносский дворец. Причём в это же время пожары уничтожили и другие похожие дворцы на Крите (Фест, Закрос и др.). Причина этих пожаров до настоящего времени не ясна. Территория дворца больше не заселялась, но Кносс продолжал оставаться значительным городом-государством вплоть до ранневизантийского периода.