Jan Rüdiger legte im Juni 1985 am Gymnasium Bramfeld in Hamburg das Abitur ab und studierte von 1985 bis 1993 in Hamburg, in Sheffield (Wintersemester 1987/88) und Toulouse (Wintersemester 1989/90) Geschichte mit den Nebenfächern Britische Literatur und Kultur sowie Okzitanistik. 1992 folgte in Hamburg der Magister mit einer Arbeit über Toulouse im Albigenserkrieg. 1998 wurde er an der Universität Basel bei Achatz von Müller promoviert mit einer Arbeit über die Formen der Wahrnehmung von Aristokraten und Poeten im tolosanischen Okzitanien um 1200. Von 1996 bis 2001 hatte Rüdiger Lehraufträge an der Universität Rostock, der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, der Universität Hamburg und der Universität Basel. Von 2001 bis 2008 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für vergleichende Geschichte Europas im Mittelalter der Humboldt-Universität zu Berlin. Dort erfolgte 2007 auch seine Habilitation mit einer von Michael Borgolte betreuten Arbeit über die Polygynie und politische Kultur in Europa vom 9. bis zum 13. Jahrhundert. In den Jahren 2007 und 2009 war er Gastwissenschaftler an der Syddansk Universitet in Odense.