Met Southampton haalde Higginbotham de FA Cup-finale van 2003, maar Southampton verloor van Arsenal met 1–0 (doelpunt van Robert Pirès). Higginbotham begon op de bank, Michael Svensson mocht de wedstrijd naast Claus Lundekvam aanvatten. Na de degradatie van Southampton in 2005 wees hij een nieuw contract af en Southampton plaatste hem in augustus 2006 in de etalage.