Durante il periodo coloniale britannico la Marina Militare inglese aveva sede presso la Base Navale di Sembawang che si affaccia sullo Stretto; presso quella base fecero sosta, il 2 dicembre 1941, la corazzata britannica Prince of Wales e l'incrociatore Repulse pochi giorni prima di essere affondate dalla Marina Imperiale Giapponese il 10 di quello stesso mese circa 150 chilometri al largo di Pekan, in Malesia. Sempre le acque dello Stretto di Johor furono teatro di aspri combattimenti navali fra le forze britanniche e giapponesi durante la battaglia di Singapore che, nel 1942, si concluse con la presa della città da parte dei nipponici.