Η βάση εξουσίας του στην κεντρική Αλβανία αποδυναμώθηκε τον Νοέμβριο του 1914 από μια εξέγερση μουσουλμάνων ανταρτών που στράφηκαν εναντίον του, αλλά κατάφερε, με ιταλική υποστήριξη, να παραμείνει στην πόλη του Δυρραχίου. Όταν οι σερβικές δυνάμεις εισέβαλαν στην Αλβανία στα μέσα Ιουνίου του 1915, καταλαμβάνοντας ταχέως το Πόγραδετς, το Ελμπασάν, τα Τίρανα και την Καβάγια, ο Τοπτάνι ορίστηκε κυβερνήτης της κεντρικής Αλβανίας από το Δυρράχιο, αν και η διακυβέρνησή του δεν ήταν σταθερή εξαιτίας του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου. Στα τέλη του 1914, ο Εσάντ συμφώνησε κρυφά με την ελληνική κυβέρνηση να υποστηρίξει την προσάρτηση των νότιων επαρχιών, γνωστών στους Έλληνες ως Βόρεια Ήπειρος, στο Βασίλειο της Ελλάδας. Κήρυξε σύντομα τον πόλεμο στην Αυστροουγγαρία για να δείξει την στήριξη του στην Αντάντ και ωφελήθηκε σε σημαντικό βαθμό από την κατάσταση, φορολογώντας όλες τις παραδόσεις των Συμμάχων που στέλνονταν στους Σέρβους. Όταν οι Αυστροουγγρικές δυνάμεις προέλασαν στην κεντρική και βόρεια Αλβανία κατά την άνοιξη του 1916, ο Τοπτάνι διέφυγε στη Θεσσαλονίκη και από εκεί πήγε στη Γαλλία, για να εκπροσωπήσει την Αλβανία στη Διάσκεψη Ειρήνης του Παρισιού.