Bomer é bastante conhecido por sua luta contra a AIDS, em 2012 foi homenageado na cerimônia de gala Steve Chase Humanitarian Awards – onde assumiu ser homossexual e agradeceu ao marido e aos filhos por lhe "mostrarem o que é amor incondicional". Também em 2012, Bomer recebeu um Inspiration Award por seu trabalho no prêmio GLSEN Awards. Ele é ativista dos direitos LGBT. O ator é praticante de Meditação Transcendental desde dos 20 anos de idade. Em 2013, declarou seu apoio ao trabalho da Fundação David Lynch. Em junho de 2016, a organização de direitos humanos Human Rights Campaign, lançou um vídeo em homenagem às vítimas do tiroteio em uma discoteca LGBT de Orlando em 2016; no vídeo, Bomer e outros artistas contaram as histórias das pessoas que morreram no local.