W reprezentacji swojego kraju Báez zadebiutował w 1995 roku. W 2002 roku szkoleniowiec Paragwajczyków - Cesare Maldini powołał go do 23-osobowej kadry na Mistrzostwa Świata. Na turnieju tym ekipa „Guarani” dotarła do 1/8 finału, gdzie przegrała z Niemcami 0:1. Na boiskach Korei Południowej i Japonii Báez pełnił rolę rezerwowego i nie wystąpił w ani jednym spotkaniu. Łącznie dla drużyny narodowej zaliczył 26 występów i strzelił trzy gole.