การสังหารหมู่วันเซนต์บาโทโลมิวที่เริ่มขึ้นสองวันต่อมาทำให้พระราชินีแคทเธอรีนทรงเสียชื่อเสียงตั้งแต่บัดนั้น แต่ไม่มีเหตุผลใดๆ ที่ไม่สนับสนุนว่าทรงมีส่วนในการตัดสินใจเมื่อในวันที่ 23 สิงหาคมเมื่อพระเจ้าชาลส์ทรงพระสุรเสียงดังลั่นว่า “ฆ่ามันให้หมด!, ฆ่ามันให้หมด!” !" พระราชินีแคทเธอรีนและที่ปรึกษาคาดการณ์ล่วงหน้าว่ากลุ่มอูเกอโนท์จะลุกขึ้นต่อต้านเพื่อเป็นการแก้แค้นในการที่นายพลโคลิญญีถูกลอบยิง จึงแทนที่จะรอให้ถูกก็มีคำสั่งให้สังหารผู้นำของอูเกอโนท์หลายคนที่ขณะนั้นยังพำนักอยู่ในปารีสหลังจากการแต่งงาน