Die nationalsozialistischen Behörden schlossen und enteigneten die Schulen. Der Bombenangriff am 27. November 1944 zerstörte das Gebäude an der Eisenbahnstraße, nicht aber den alten Klosterkomplex. Nach dem Krieg wurde der Besitz restituiert und das Gebäude an der Eisenbahnstraße bis 1968 neu errichtet. Im St.-Ursula-Gymnasium Freiburg im Breisgau und den St. Ursula-Schulen Freiburg, die heute der "Schulstiftung der Erzdiözese Freiburg" unterstehen, lebt die pädagogische Tätigkeit der Schwestern der "Gesellschaft der heiligen Ursula von Anne de Xainctonge" in Freiburg fort.