La guerra civil que enfrentó a diversos clanes provocó la devastación de una gran parte de Tayikistán, provocando la huida en masa de unos 70000 habitantes que se trasladaron a Afganistán. Ante esta situación de barbarie y desastre, el presidente Nabijew se vio obligado a renunciar a su cargo en 1992, por lo que Dusambé quedó bajo el control de las guerrillas islamistas.