Nijerya'nın, politik nedenlerden dolay katılmadığı 1996 Afrika Uluslar Kupası ile elemeleri geçemediği 1998 Afrika Uluslar Kupası'nda oynama şansı bulamayan Babangida, yalnızca 2000 Afrika Uluslar Kupası'nda forma giyebildi. Güney Afrika'ya attığı iki golle takımının finale yükselmesini sağladı; fakat takımının, finalde Kamerun'a penaltılar sonucu kaybetmesine engel olamadı. Babangida, turnuva boyunca beş maçta forma giydi.