Sin embargo la política oficial era apoyar al Humanismo y se permitió que ocupara la cátedra de matemáticas del Collège de France (1551), gracias en parte a la protección del cardenal de Lorena. En este cargo se preocupó de introducir algunas mejoras en la enseñanza y prosiguió con su empeño de publicar nuevas gramáticas; si ya había publicado una "Grammatica latina" (1548) imprimió ahora una "Grammatica Graeca" (1560) y una "Grammaire Française" (1562) y en este último año a Carlos IX un plan para reformar la Universidad. Con todo, y dando de nuevo una muestra de la libertad e independencia de su juicio, tras el Coloquio de Poissy (1561) en que protestantes y católicos trataron de hallar un acuerdo, Ramus apoyó al calvinista Teodoro de Beza contra su protector el Cardenal de Lorena y abjuró de la fe católica para seguir la protestante. Esto le valió abandonar otra vez la cátedra universitaria y huir de París al año siguiente. Regresó en 1563 con la Paz de Ambroise y reanudó la enseñanza, si bien en 1567 tuvo que marcharse a causa de las guerras de religión otra vez. En 1568 está en Alemania, y en Suiza estuvo como profesor en Heidelberg, Ginebra y Lausana. La paz de Saint-Germain (1570) le llevó otra vez a París, a la cátedra y rectorado del Colegio de Presles, dentro de la universidad, a lo que se opusieron fuertemente los jesuitas desde su Colegio de Clermont. Allí, en Presles, le alcanzó la muerte en la famosa Matanza de San Bartolomé (1572), en la que miles de protestantes franceses fueron cruelmente perseguidos y asesinados por calles, plazas y casas. Su cuerpo fue arrastrado y arrojado al Sena.