Fonseca ist seit 1992 Nationalspieler Costa Ricas. Mit inzwischen 47 Treffer ist er der erfolgreichste Torschütze in der Geschichte der Nationalmannschaft. Mit seinem bisher letztem Erfolg, dem 47. Treffer, konnte er zudem das 1000. Tor seit bestehen der costa-ricanischen Auswahl erzielen. 2002 gehörte er zum Kader für die Fußball-Weltmeisterschaft in Japen und Südkorea. Im Vorrundenauftaktspiel stand er dabei in der Startelf seiner Mannschaft, welches man 2:0 gegen China gewinnen konnte. Allerdings konnte Fonseca wenig überzeugen und wurde kurz nach der Halbzeit ausgewechselt. Zudem verpasste er das zweite Gruppenspiel und war nur Zuschauer. In der entscheidenden Partie um den Einzug ins Achtelfinale wechselte ihn Trainer Alexandre Guimarães erst in der 65. Minute gegen Mauricio Solís ein. Trotzdem ging das Spiel gegen den späteren Weltmeister Brasilien mit 2:5 verloren und die Mannschaft schied auf Grund des schlechteren Torverhältnisses aus. Für die Fußball-Weltmeisterschaft 2006 wurde Fonseca nicht mehr berücksichtigt.