На летних Олимпийских играх 2000 года в Сиднее Борисенко вновь выступил в двух дисциплинах. На 50-метровке вольным стилем казахстанский пловец показал результат 23,46 и выиграл свой заплыв, но в итоговом зачёте он остался лишь на 40-м месте. В кролевой эстафете 4×100 метров сборная Казахстана показала худший результат среди всех сборных и заняла итоговое 21-е место.