В следующем году колония Руанда-Урунди была освобождена от колониального владычества и разделилась на две части — Руанду и Бурунди. Правящая отныне в Руанде националистическая партия хуту — «Пармехуту» (во главе которой встал Грегуар Кайибанда) установила 1 июля как государственный праздник, названный «Днём спасения». Тогда же правительство хуту провело первые массовые репрессии против тутси, вынуждая множество из последних бежать в соседние страны. Именно из них позже на территории соседней Уганды был создан Руандийский Патриотический Фронт (РПФ), который развязал гражданскую войну. В 1964 году было официально запрещено создавать партии, которые продвигали бы интересы тутси, и введена 9 % квота на количество представителей этой национальности в учебных заведениях и на государственной службе. Ограничения коснулись и армии: тутси отныне не могли становится офицерами, а мужчинам-хуту было вновь запрещено вступать с женщинами-тутси в брак (бельгийцы и немцы не возражали против этого). В государственных (а нередко и в частных) СМИ силами пропаганды тутси выставлялись чуждым Руанде народом, который был ответственен за все беды страны. К этому же году по официальным данным около тутси эмигрировали за пределы страны из них не менее 200 тысяч в Бурунди, где установился дружественный им политический режим во главе с президентом-тутси. Оттуда вооружённые группировки беженцев устраивали нападения на приграничные районы, стремясь свергнуть режим «Пармехуту» и вернуться на родину.