Die philippinische Präsidentin Corazon Aquino erklärte am 11. August 1988 das Riff und die Umgebung zum Nationalpark "Tubbataha Reef National Marine Park". Damit wurden die kommerzielle Fischerei und das Sammeln von Korallen verboten, was sich allerdings erst zögerlich, dann Februar 2000 durch die Gründung einer dauerhaften Rangerstation auf einer südlichen Sandbank im nördlichen Atoll fast komplett und flächendeckend durchsetzen ließ. 1993 wurde der Nationalpark von der UNESCO zum Weltnaturerbe erklärt. Das bis jetzt geschützte Gebiet erstreckt sich von 8°44' – 8°57' Nord und 119°48' – 120°03'. Anfang 2005 wurde das nordwestlich liegende Jessie-Beazley-Riff mit einem Durchmesser von 500 m und einer bei Flut 10 m langen und 1 m hohen Sandbank eingegliedert. Nachdem zuvor Fischen und Ankern immer noch erlaubt waren, wurde das Schutzgebiet am 23. August 2010 nach den Richtlinien des Republikgesetzes 7586, in Abstimmung mit der UNESCO, neu eingestuft und seitdem als "Tubbataha Reef Natural Park" ausgewiesen und zur "no-take-zone" erklärt. Der "Tubbataha Reefs Natural Park" gehört zu den sechs Naturschutzgebieten der Philippinen, die als Ramsar-Gebiete ausgewiesen wurden.