Vuosina 1789–1798 Morris asui Euroopassa ja toimi 1792–1794 Yhdysvaltain lähettiläänä Ranskassa. Hän vastusti Ranskan vallankumousta ja yritti auttaa kuningas Ludvig XVI:ta pakenemaan maasta, minkä seurauksena Ranskan vallankumoushallitus pyysi lopulta hänen kutsumistaan pois lähettilään paikalta. Vuosina 1800–1803 Morris oli senaattorina. Hän kuului vuoden 1812 sodan vastustajiin ja tuki eräiden jyrkkien federalistien suunnitelmaa erillisen pohjoisen konfederaation luomisesta. Hän myös johti 1810–1816 Erien kanavan rakentamisesta vastannutta toimikuntaa.