Dal 1991 al 1992 ha fatto parte dell'Under-15-16 italiana, collezionando 7 presenze e due gol. Nel 1993 è la volta della chiamata con l'Under-18, con cui segna sei gol in 6 incontri disputati. Le ottime prestazioni sia con gli azzurrini che in campionato convincono nel 1995 Cesare Maldini a convocarlo con l'Under-21, con cui gioca da protagonista gli Europei di categoria di Spagna 1996, che vede gli azzurrini vittoriosi in finale proprio contro la Spagna. In questa finale, in cui gli azzurrini terminarono i tempi supplementari in 9 sul punteggio di 1 a 1, lo stesso Morfeo fu incaricato di battere il calcio di rigore decisivo, che insaccò vittoriosamente alle spalle del portiere iberico Mora. Nel febbraio 1996 viene convocato in nazionale maggiore dal tecnico Arrigo Sacchi per uno stage.