В 1999 году Грисалис был включен в заявку сборной Колумбии на участие в Кубке Америки. В 2001 году он во второй раз отправился на турнир. В матче группового этапа против сборной Венесуэлы Фредди забил гол и помог команде начать турнир с победы. Грисалис в составе национальной команды выиграл Кубок Америки.