Terminate le guerre tra il governo centrale di Belgrado e le repubbliche separatiste di Slovenia, Croazia, Bosnia ed Erzegovina e Macedonia resesi via via indipendenti, la Repubblica Federale di Jugoslavia fu investita dal conflitto etnico nel Kosovo. Pavle che già da vescovo aveva denunciato la precaria situazione delle popolazioni cristiane in Kosovo decise di impegnarsi in prima persona per salvaguardare gli ultimi serbi rimasti a vivere nella provincia separatista. Nel 1999 spostò il patriarcato di Serbia da Belgrado in cui era stato trasferito negli anni trenta del XX secolo all'antica sede Peć per essere vicino ai pochi fedeli ortodossi rimasti a sopravvivere, dopo gli ultimi esodi, in una regione a stragrande maggioranza etnica albanese.