Los habitantes de las islas participaron activamente en la guerra de independencia de 1821 y la aparición de líderes en la lucha como Lykourgos Logothetis, Kanaris y Papanikolis provocó represalias por parte de las autoridades turcas. Las matanzas de Quíos en 1822 y Psara en 1824 atrajeron la atención de las potencias europeas que ayudaron a la causa griega.