Коли Мальдіні тільки виповнилося 19, він уже був запрошений до збірної своєї країни, де й зіграв свій перший матч 31 березня 1988 в матчі проти збірної Югославії, який завершився з рахунком 1:1. Завершив кар'єру в збірній у 2002 році після чемпіонату світу з футболу в Японії та Кореї.