El 1170 va ser greument afectada per un terratrèmol. Jerusalem va caure el 1187 però Trípoli es va mantenir un segle més. El 1289 fou conquerida pel soldà mameluc egipci Qalawun al-Alfi, capitulant el 26 d'abril; fou destruïda pels mamelucs, però es va reconstruir una mica més a l'interior, a la vora de "Mons Peregrinus". L'antiga ciutat va restar com a barri portuari amb el nom d'El Mina. Botrys, Bukaya o el Djabal al-Nusariyya foren alguns dels llocs que van dependre de Trípoli al .