Johann Ernst Alemann war der älteste Sohn aus der zweiten Ehe des königlich-preußischen Domänenbeamten Anton Engelhard Alemann, Vogt zu Borgholzhausen. Johann Ernst sollte Kaufmann werden, trat aber 1702 in das preußische Dragonerregiment I ein. Mit diesem nahm er 1708 an der Schlacht bei Oudenaarde und 1709 an der Schlacht bei Malplaquet teil. Während des Großen Nordischen Krieges gehörte er zu den Belagerern Stralsunds. 1717 wurde er zum Leutnant, 1722 zum Stabshauptmann befördert und erhielt eine eigene Kompanie, mit der er 1725 bei der Teilung seines Regiments zum Dragonerregiment II kam. 1734 wurde er Major und 1741 wurde er von König Friedrich II. zum Oberstleutnant befördert. Ein Entlassungsgesuch wegen seiner Gichterkrankung lehnte der König ab.