En 1568, il combat contre son propre parent, Dietz von Schönberg, qui avait pris parti pour les huguenots. Il est vainqueur du prince d'Orange en . Après le siège de Moncontour, il est nommé colonel des Bandes noires, puis maréchal de camp, ce qui le fait devenir sujet du roi de France. La date de sa conversion au catholicisme n'est pas connue. Il est envoyé ensuite en mission en Saxe, puis auprès de Guillaume de Hesse-Cassel qui sympathisait avec les huguenots. Schomberg est en Allemagne pendant la nuit de la Saint-Barthélemy. Schomberg déclare qu'il "a enterré Guillaume (de Hesse) avec le cœur sous les fleurs de lys", scellant sa réconciliation avec le roi de France.