3 kwietnia 1865, gdy wojska Unii zwyciężające na całym froncie, zagroziły zdobyciem Richmond, Davis z rządem uciekł do Danville w stanie Wirginia, następnie do Greensboro w Karolinie Północnej. 10 maja 1865 został ujęty w okolicach miejscowości Irwinsville w stanie Georgia. Został oskarżony o współudział w zabójstwie Lincolna i uwięziony w Forcie Monroe w Wirginii.