במשך השנים עלה לדיון ציבורי דבר חוקיות המועצה והדבר גרם לדיון משפטי בנוגע לחוקתיות של מועצת השורא, הדיון המרכזי בנוגע למועצת השורא היה אמור להתקיים ב-2 בדצמבר 2012 על ידי בית המשפט החוקתי הגבוהה אשר היה אמור להכריז אם לבטל את המועצה או להכשיר את הקמתה, אך בית המשפט דחה את פסק הדין בתגובה למחאות ההמוניות כנגד צעדיו של הנשיא מורסי לאחר פיטורי התובע הכללי, זאת לאחר ההכרזה החוקתית של הנשיא מוחמד מורסי שפורסמה בנובמבר 2012 אשר מונעת את פירוקה של מועצת השורא על ידי הרשות השופטת, בכך מנע מורסי מבית המשפט לבטל את המעמד של מועצת השורא. בית המשפט החוקתי הגבוהה החליט להפנות את התביעה לבית הנציבות של המדינה, שהוא המועצה המייעצת והסמכות הבכירה של בית המשפט החוקתי הגבוה. ב-15 בינואר 2013 מועצת המנהלים של בית הנציבות החלה לבחון את התביעה, ב-10 בפברואר 2013 לאחר שעורכי דין הגישו את המסמכים הדרושים, מועצת המנהלים יצרה דו"ח על המעמד החוקי של חוק הבחירות והחוקית של מועצת השורא. הדו"ח התקבל ב-22 באפריל 2013. ההחלטה הסופית של בית הנציבות היא שהקמתה של מועצת השורא היא בניגוד לחוקה. ביולי 2013 במקביל להפיכה הצבאית התפטרו 30 חברים ממועצת השורא, ב-5 ביולי 2013 פורקה מועצת השורא ובוטל הבית העליון בפרלמנט.