L'endemà passat d'haver esclatat la Guerra Civil Espanyola li va ser assignat el comandament del creuer Libertad, dirigint poc després, a l'agost de 1936, l'agrupació naval republicana que es va encarregar del desembarcament a Porto Cristo (Mallorca). El 2 de setembre d'aquest any va ser nomenat Almirall en Cap de la flota republicana, a qual va manar sense molta fortuna donada la ineficàcia amb la qual va actuar sota el seu comandament. El president Azaña reconeixia en les seves memòries la ineficàcia de l'Armada republicana, especialment en el fet de guanyar la guerra. Buiza seria rellevat del comandament de la flota un any més tard, a causa del desafortunat combat naval de cap Sersell, enfront de les costes d'Algèria, en la qual la Flota republicana va tenir una decebedora actuació contra el creuer Baleares, que va poder escapar enfront d'una clara superioritat republicana. Conseqüència d'aquest relleu, el 25 d'octubre va ser substituït en el comandament de la flota pel capità de navili (ascendit a Almirall) Luis González Ubieta, mentre que Buiza va ocupar successivament els càrrecs de cap de l'Estat Major de Marina, cap de la Junta de Recompenses i cap de la Secció de Personal, fins que, el 22 de gener de 1939, va ser designat de nou cap de la flota republicana. En aquest moment l'ofensiva de Catalunya estava arribant a la seva fi i, abans de partir cap a Cartagena per fer-se càrrec de la flota, Buiza havia disposat la marxa a França de la seva esposa, Maravillas, i les seves dues filles, però el 26 de gener, poc després de donar a llum i el mateix dia que les tropes franquistes obstaculitzen a la ciutat, la seva dona es va suïcidar a Barcelona.