Мигель дебютировал в сборной Мексики в феврале 1999 года в матче против сборной Аргентины. Первым официальным для него турниром стал Кубок Америки по футболу 1999, где он забил один мяч и вместе с командой занял третье место на турнире. Следующим соревнованием стал Кубок конфедераций 1999, в финале которого Сепеде удалось забить два мяча в ворота сборной Бразилии, позволив этим сборной Мексики стать обладателем трофея. Матч закончился со счётом 4:3. Вместе со сборной, полузащитник выходил и в финал Кубка Америки 2001, но там мексиканцы со счётом 0:1 потерпели поражение от сборной Колумбии. В 2003 году Мигель Сепеда, вместе со сборной, стал обладателем Золотого кубка КОНКАКАФ 2003.