În 15 martie 1938, la două zile după anexarea Austriei de către Germania lui Hitler, Heilig a fost arestat și deportat la sfârșitul lunii martie împreună cu alți opozanți naziști proeminenți în lagărul de concentrare Dachau. În calitate de antifascist activ și bine cunoscut ar fi urmat să aibă o șansă mică de supraviețuire, dar nu a fost tratat mai rău decât ceilalți prizonieri. Se pare că gardienii SS nu știau că el era unul dintre cei mai căutați oameni. Probabil că o mare parte a actelor sale fuseseră pierdute. În septembrie 1938 a fost transferat în lagărul de concentrare de la Buchenwald.