Занепад імперії Каролінгів зробив можливим відновлення самостійності баварських герцогів і початок доби тзв. «нового герцогства». Кінець панування Каролінгів характеризувався посиленням самостійності окремих територій їхньої імперії. Цьому процесу сприяло, починаючи з близько 862 р., і посилення зовнішньої загрози у вигляді нападів угрів. Початком «нового герцогства» вважають 907 р. — рік загибелі маркграфа Люїтпольда І Баварського в битві з угорцями під Прессбургом (сьогодні: Братислава). Саме сходження його сина Арнульфа І на герцогський престол пов'язують з відновленням самостійності баварськох герцогів в так званому «новому герцогстві». Після перемоги в битві на річці Лех розпочинається друга хвиля баварської екпансії на схід, в ході якої до герцогства приєднуються землі сьогоднішньої Нижньої Австрії, Істрії та Крайни (Словенії). Проте початок конфлікту з династією Оттоніанів веде знову до посилення залежності герцогства від німецької королівської корони. В 976 р. від Баварії на користь новоствореного герцогства Каринтії відокремлюється південно-східна частина. В той же час правлячий на східних теренах герцогства в "Marcha Orientalis" ("Ostarrichi") рід Бабенбергів намагається все більше вести незалежну від баварських герцогів політику. Але починаючи з 1070 р., за часів правління Вельфів, влада баварських герцогів зазнає нового зеніту. Однак тривалий конфлікт між родами Штауфенів та Вельфів за владу на німецьких землях закінчується остаточно в 1180 р. перемогою Фрідріха І Барбаросси з роду Штауферів над Генріхом Левом з роду Вельфів і відокремленням від Баварського герцогства Штирії та маркграфства Істрії та остаточним занепадом «нового герцогства».