На посту министра по делам индейцев, совместно с П. Трюдо, в 1969 г. выдвинул законопроект о полном уравнивании прав индейцев с другими гражданами Канады, однако проект был отвергнут самими индейцами как попытка «культурной ассимиляции». Жан Кретьен стал первым франкоканадцем на посту министра финансов. Будучи министром правосудия он выступал от лица сторонников федерации на квебекском референдуме о независимости 1980 года, а также работал над новой конституцией и хартией прав и свобод. В 1986 году после второго подряд поражения на выборах на пост главы либеральной партии Кретьен временно ушёл из политики.