A Segunda Guerra Mundial começou em 1939, porém o "Queen Elizabeth" só retornou ao serviço em 1941. Ele voltou para a Frota do Mediterrâneo e cobriu a retirada das forças britânicas após a Batalha de Creta. A embarcação acabou seriamente danificada em dezembro do mesmo ano em um ataque italiano, precisando ser levada para os Estados Unidos a fim de ser concertada e só retornando ao serviço de junho de 1943. O "Queen Elizabeth" passou a integrar a Frota Doméstica e depois a Frota Oriental, participando de operações no Oceano Índico contra forças japonesas. A guerra terminou em agosto de 1945 e o navio foi tirado do serviço em junho de 1948, sendo desmontado.