Kiko Fábregas debütierte bereits 1996 in der spanischen Nationalmannschaft. Bei der Weltmeisterschaft 1998 in Utrecht belegten die Spanier in der Vorrunde den zweiten Platz hinter den Australiern. Mit einem 3:0-Sieg im Halbfinale gegen die deutsche Mannschaft erreichten die Spanier das Finale, das sie mit 2:3 nach Verlängerung gegen die Niederländer verloren. Im Jahr darauf erreichten die Spanier den fünften Platz bei der Europameisterschaft 1999. Bei den Olympischen Spielen 2000 in Sydney belegten die Spanier den neunten Platz.