Для завершения среднего образования 16-летнего Джона было решено отправить на третий курс Академии Филлипса в Эксетере; в своих мемуарах он писал, что главной ценностью этой школы стало то, что она «научила его учиться». Принудительное изучение латыни дисциплинировало мышление и развивало память. Насыщенная интеллектуальная среда и конкуренция между учениками, собранными со всей Америки, сильно стимулировали Джона. Здесь же парень возглавил школьный дискуссионный клуб и получил две награды за сочинения. Школьная администрация приглашала знаменитостей, чтобы учащиеся получали наглядный пример: юный Джон слушал чтение стихов Роберта Фроста и рассказ о покорении Южного полюса норвежца Амундсена. Выпускная работа об англо-американских отношениях принесла Фэрбэнку награду Брайса-Брукса, а статья о его успехах с фотографией даже появилась в газете «New York Times». Присуждённая стипендия позволила Джону летом 1925 года совершить вместе с матерью путешествие в Англию, Шотландию и Францию. По совету отца, Джон поступил в университет Висконсин-Мэдисон, где получал высшие оценки и стал одним из претендентов на должность главы студенческого союза. Его также приняли в братство , что стимулировало интерес к социальной стороне жизни, а не науке. Однако Фэрбэнк стремился к академической, а не политической карьере, и принял решение перевестись в Гарвардский университет.