В 1891 году крейсер принял активное участие в гражданской войне между сторонниками Конгресса с одной стороны и сторонниками президента Хосе Мануэля Балмаседы с другой, став самым сильным боевым кораблем конгрессионалистов. 19 и 21 августа 1891 года крейсер «Эсмеральда» вёл огонь по берегу, обеспечивая высадку войск конгресса, деморализовав огнём своих тяжелых орудий правительственные войска.