La Universidad fue suprimida durante la breve ocupación napoleónica y restablecida por Sir Alexander Ball tras la rendición francesa debida al bloqueo británico (1800). A lo largo del dominio británico, la Universidad fue sometida a una serie de reformas en sus estatutos y reglamentaciones para ponerse en línea con las universidades del Reino Unido. El escudo actual y el lema "Ut Fructificemus Deo" fueron propuestos el 1 de marzo de 1923 por iniciativa del rector Profesor Sir Themistocles Zammit. En 1937, la Universidad obtuvo el derecho de utilizar la palabra "Royal" en su título, que usó hasta 1974, cuando Malta se convirtió en una república.