Первым же для клубов в чемпионатах России стал матч 4 мая 1996 года, который закончился со счетом 1:1 в присутствии 22 000 зрителей. В первых пятнадцати встречах российского периода «Зенит» одержал всего одну победу. При этом с 1998 по 2002 год включительно у железнодорожников длилась беспроигрышная серия (5 побед, 5 ничьих). С приходом в петербургский клуб Властимила Петржелы результаты клуба из «северной столицы» против железнодорожников улучшились, в 2003 году «Зенит» сумел прервать безвыигрышную серию выездных встреч, длившуюся 23 матча.