В XVI и XVII веках Голуэй оставался по большей части лояльным к английской короне, даже во время гэльского возрождения, в первую очередь, по экономическим причинам. Тем не менее, к 1642 году город был в союзе с Ирландской католической конфедерацией во время Войны трех королевств. Во время английского завоевания Ирландии войска Кромвеля захватили город после девятимесячной осады. В конце XVI века город поддержал якобитов в Войне двух королей и был захвачен войсками Вильгельма III после очень короткой осады вскоре после битвы при Огриме в 1691 году. Торговые династии Голуэя были уничтожены, и, придя в ещё больший упадок во время Великого голода, город частично восстановил своё прежнее значение только в конце XX века.