Op 17 juli werd er een banket georganiseerd in het restaurant "La Bombilla" ter ere van de aanstaande president. Ondanks een waarschuwing van zijn secretaris besloot hij naar het banket toe te gaan. Tijdens het banket werd hij benaderd door een man die hem het begin van een portret liet zien. Het portret vertoonde een goede gelijkenis, en Obregón gaf de man te kennen dat hij het portret mocht afmaken. In plaats daarvan trok de man een pistool en schoot vijf of zes keer op Obregón. Deze was vrijwel op slag dood. De dader, de rooms-katholieke extremist José de León Toral, werd gearresteerd en op 9 februari 1929 voor een vuurpeloton geëxecuteerd. De moord wordt gezien als een van de kritieke momenten in de Cristero-oorlog.