海恩姆斯向加拿大官员透露了自己的说法仅两天后，林肯总统就遭到刺杀，这一事件让美国联邦政府更为急切地想要逮捕布莱克本，把暗杀和邦联总统杰佛逊·戴维斯及其身在加拿大的手下联系起来。美国军事司法局下令以谋杀未遂的罪名逮捕布莱克本，但由于他身在加拿大，不属该局司法管辖范围，因此这一逮捕也无法执行。不过随后百慕大发现的衣服和床单促使加拿大政府采取行动，布莱克本于1865年5月19日被捕，控罪是违反加拿大在内战期间的中立性。他被关押等待受审时的保释金定为8000加拿大元。1865年10月，多伦多的一家法院判决布莱克本罪名不成立，理由是那些衣裤都是运到新斯科舍的，已经不在该院的管辖范围。另一项串谋杀人的指控也予以撤消，因为布莱克本的律师向法院指出，这样的指控只有在他的当事人试图谋杀一位国家元首时才能成立。布莱克本自己没有出庭作证，只在多年后谈及这一阴谋时谴责称这样的指控对于情报工作人员来说实在太荒谬了。