В июне 1918 года, в дни мятежа белочехов в Петропавловске и свержения Советов тайной организацией офицеров во главе с В.И. Волковым, Кариму Сутюшеву вначале удавалось скрыться от ареста, но 5 июня по доносу провокатора он был схвачен, судим 9 июня 1918 года в числе 22 большевиков-совдеповцев (в т.ч. с Исидором Дубыниным и Настей Прокопичевой), и на следующий день расстрелян вместе с ними на месте известном как Пятый лог (по другим данным — был забит до смерти).