Sau khi Liên Xô sụp đổ, các nhà phát triển tên lửa Soyuz, cùng với ngành vũ trụ Nga, muốn củng cố mạng lưới các nhà thầu phụ bên trong lãnh thổ Liên Bang Nga. Để đạt được điều đó, TsSKB-Progress đã lập ra kế hoạch mang tên "Rus", phát triển một phiên bản mới của Soyuz. Đó là tên lửa Soyuz-2, với các thành phần và chi tiết được sản xuất hoàn toàn ở Nga và một số cải tiến kĩ thuật, nổi bật là động cơ tầng thứ 3 hoàn toàn mới - RD-0124 - và hệ thống điều khiển chuyến bay kĩ thuật số (digital flight control system), thay cho hệ thống điều khiển khiển kĩ thuật tương tự (analog flight control system). Tuy nhiên những khó khăn về tài chính buộc các nhà phát triển phải chia dự án Soyuz-2 ra các giai đoạn: Soyuz-2.1a và Soyuz-2.1b. Soyuz-2.1a được phóng thử thành công vào tháng 11 năm 2004. Soyuz-2.1b được phát triển từ Soyuz-2.1a, và là phiên bản được nâng cấp đầy đủ với động cơ tầng thứ ba hoàn toàn mới. Soyuz-2.1b được phóng thành công vào tháng 12 năm 2006 từ bãi phóng Baikonur.Vào tháng 7 năm 1996, Starsem, một công ty hợp tác giữa châu Âu và Nga được lập ra để cung cấp các dịch vụ phóng Soyuz thương mại. Công ty này được Nga sở hữu 50% và châu Âu sở hữu 50%. Sự thành lập của Starsem tạo ra một nguồn tài chính mới cho dự án nâng cấp Soyuz, đưa tới việc chế tạo ra một phiên bản Soyuz ít tham vọng hơn, Soyuz-Fregat, gồm một tên lửa Soyuz-U được sửa đổi một chút cộng thêm tầng phía trên Fregat. Phiên bản Soyuz-FG sau này cũng được sử dụng để gắn thêm tầng trên Fregat. Soyuz-Fregat được coi là một bước chuyển tiếp lên Soyuz 2 và được phóng lên lần đầu vào năm 2000.