Während Spaak sich ab 1936 für die Neutralitätspolitik Belgiens einsetzte und damit sein Land aus dem drohenden Krieg herauszuhalten suchte, sah er sich nach dem deutschen Angriff auf Belgien und Frankreich gegenüber Frankreich und Großbritannien zu gegenseitiger militärischer Unterstützung verpflichtet. Beim deutschen Angriff im Frühjahr 1940 hielt die belgische Armee entlang des belgisch-französischen Grenzflusses mit britisch-französischer Unterstützung stand und ermöglichte den britisch-französischen Streitkräften den Abzug von Dünkirchen. Bis zuletzt bemühte sich Spaak, den belgischen König Leopold III. zu einer Flucht ins unbesetzte Ausland zu überreden, der König widersetzte sich jedoch. In Überschreitung seiner verfassungsmäßigen Rechte erteilte der belgische König Leopold III. der Armee den Befehl zur Feuereinstellung und unterzeichnete die Kapitulation gegenüber den deutschen Generälen. Von seinem Londoner Exil aus unterstützte Spaak eine Politik der regionalen Kooperation und gemeinsamen Sicherheit und damit auch die 1944 begründete Zollunion zwischen Belgien, den Niederlanden und Luxemburg, die der Grundstein der Zusammenarbeit der Benelux-Staaten wurde.