Landet hadde en pause på hele 16 år. Malta prøvde å få delta i 1990, men Den europeiske kringkastingsunion hadde satt et tak på 22 deltakere. Året etter sto Nederland over konkurransen, og dermed ble det plass til Malta. Returen ble en suksess, og Malta endte opp i topp ti åtte år på rad. I 1998 var Malta nær ved å vinne, men ble slått på målstreken av Israel og Storbritannia. Også i 2002 var Malta nær ved å vinne, men tapte for Latvia da de siste poengene kom inn. Malta fikk en ny andreplass i 2005.