אבתכאר הייתה האישה הראשונה ששימשה כסגנית נשיא איראן עם עליית הרפורמיסטים לשלטון. יחד עם זהרה שוג'אעי, היא השתתפה בממשלה הראשונה מאז המהפכה האסלאמית. היא תוארה כצד שמאל בבריתו של מוחמד ח'אתמי. אבתכאר עמדה בראש המחלקה לאיכות הסביבה במשך שמונה שנים, והציגה שינויים מבניים, ארגוניים וכיוונים חדשים ומקוריים המאפשרים להנדס מחדש של הגוף הממשלתי. במהלך כהונתה שופרה המודעות הסביבתית, ורמת התמיכה באקטיביזם חברתי כלפי איכות הסביבה עלתה.