Als philanthropische Organisation engagiert sich die Stiftung auch bei Naturkatastrophen wie den Wirbelstürmen in Ostpakistan in den 1960er Jahren, dem Erdbeben in Kaschmir und Belutschistan in den Jahren 2005 und 2008, den Überschwemmungen in Sindh und Punjab im Jahr 2010 und der Dürre in Thar im Jahr 2012. Die Stiftung hat auch verschiedene Krankenhäuser und medizinische Projekte finanziell unterstützt, darunter den Bau des Al Shifa Eye Trust Hospital in Rawalpindi und des Aga Khan University Hospital in Karatschi.