Potlačenie povstania a prechod frontu výrazne poznačil aj železničnú sieť, ktorá sa stala nefunkčnou. Odstrelené boli mnohé mosty, viadukty i tunely, poškodené boli trate, budovy i zabezpečenie a časť techniky bola ukoristená a odvezená zväčša do ZSSR. Po skončení II. svetovej vojny bolo obnovené Česko-slovensko a s ním aj podnik ČSD. Prioritou sa stala urýchlená obnova poškodenej siete, jej zfunkčnenie a zkapacitnenie hlavných tratí. Od roku 1946 slovenské železnice spravovala Prevádzková správa Povereníctva dopravy a verejných prác. Najdôležitejšie opravy boli dokončené už v roku 1947, čím sa zjednodušila preprava surovín, stavebnín, paliva i potravín na hlavných dopravných ťahoch. Už v roku 1948 však do života ľudí a spoločnosti zasiahol komunistický prevrat, ktorý nasmeroval ČSR k východnému susedovi a jednoznačnej hospodárskej spolupráci. K 1. januáru 1949 prešli pod štát zostávajúce súkromné železnice a postupne narastalo zaťaženie severnej trasy cez Žilinu po prechod v Čiernej nad Tisou. Popri ukončení zdvojkoľajnenia tejto trasy sa začala jej elektrifikácia a súčasne sa vybudovaním úseku popod Sorošku vytvorila južná transverzála Košice – Zvolen, ktorá prevzala časť zaťaženia. Dokončená bola tiež trať do Banskej Štiavnice a trať do baní v Malých Stracinách pri Veľkom Krtíši.