Новый президент Ибрагим Маинассара, при котором в 1998 году Амаду были предъявлены обвинения в подготовке государственного переворота, которые не удалось довести до суда, в 1999 году был свергнут и убит в ходе очередного переворота. На последовавших президентских выборах победил председатель НДОР Танджа Мамаду, а сама партия заняла первое место по числу мандатов в парламенте и образовала коалицию со сторонниками Усмана, что позволило Амаду (возглавившему НДОР вместо Мамаду) занять пост премьер-министра. В 2007 году после обвинений в коррупции он был смещён в результате вотума недоверия и заменен на Сейни Умару, к которому перешёл и пост председателя НДОР. В 2008 году Амаду был арестован, но в следующем году бежал во Францию, куда получил разрешение выехать на лечение. После того, как в 2010 году Мамаду был свергнут в ходе очередного переворота, Амаду вернулся на родину и создал новую партию, «Нигерское демократическое движение», от которой в 2011 году баллотировался в президенты, но занял третье место и поддержал победившего Иссуфу, после чего был избран председателем Национального собрания. В 2013 году объявил о переходе в оппозицию, а в 2014 году по обвинению в нелегальном ввозе детей-рабов из Нигерии смещён с поста и бежал в Буркина-Фасо. В 2015 году вернулся для участия в очередных президентских выборах, но был арестован непосредственно в аэропорту Ниамея по прибытии. Находясь под арестом, был, тем не менее, допущен к участию в выборах 2016 года, на которых занял второе место с 18 % голосов и вышел во второй тур вместе с действующим президентом Усманом, но вошёл в коалицию с занявшим третье место Умару, призвав к бойкоту выборов, что сделало предрешённой победу Усмана. Вскоре был выпущен на лечение во Францию и вновь эмигрировал. В 2017 году заочно приговорён в Нигере к году тюрьмы.