Další úder proti ON přišel v září 1941 s nástupem Reinharda Heydricha do úřadu říšského protektora. Ten nechal v rámci stanného práva pozatýkat stovky důstojníků bývalé čs. armády, z nichž velká část skončila na popravištích. Další údery přicházely v průběhu celého roku 1941. Díky neustálému zatýkání zbylo začátkem roku 1942 z ON pouze několik jedinců (např. škpt. Václav Morávek). Po atentátu na Heydricha při následných represích byli zatčeni další členové ON, čímž byla v podstatě završena likvidace druhé garnitury.