Mentrestant, Napoleó va haver d'enfrontar-se a una sublevació a la colònia de Saint-Domingue (actualment, la República d'Haití). Una força expedicionària a les ordres del seu cunyat Charles Leclerc havia intentat reconquerir el territori i restablir-hi l'esclavitud. Però una epidèmia de febre groga i una resistència ferotge dels haitians van destruir l'exèrcit francès. Napoleó necessitava estar en pau amb el Regne Unit per poder implementar el Tractat de Sant Ildefons i prendre possessió de la Louisiana. Si no, la Louisiana esdevindria una presa fàcil per al Regne Unit o, fins i tot, per als Estats Units. Però a l'inici del 1803 la guerra entre França i el Regne Unit semblava inevitable. L'11 de març del 1803, Napoleó començava a preparar-se per envair la Gran Bretanya.