Kaudella 2016–2017 Takanashi voitti kahdesti Lillehammerissa, Nižni Tagilin toisen kilpailun, kahdesti Oberstdorfissa, Râșnovin toisen kilpailun, kahdesti Hinzenbachissa ja Pyeongchangin toisen kilpailun. Sapporossa, Zaōssa, Râșnovissa, Pyeongchangissa ja Oslossa hän oli kussakin kerran toinen sekä Nižni Tagilin ensimmäisen kilpailun kolmas. Maailmancupin kokonaisvoiton hän varmisti kauden kolmanneksi viimeisessä kilpailussa. Lahden MM-kilpailuissa hän saavutti pronssia normaalimäessä ja sekajoukkuemäessä.