Вновь в Красную Армию П. К. Прилепа был призван Благодарненским районным военкоматом 22 июля 1941 года. Окончил кавалерийскую школу младших лейтенантов. Затем служил в запасном кавалерийском полку. В боях с немецко-фашистскими захватчиками лейтенант П. К. Прилепа с 3 августа 1943 года на Юго-Западном фронте (с 20 октября 1943 года — 3-й Украинский фронт) в должности командира 1-й стрелковой роты 1-го стрелкового батальона 1118-го стрелкового полка 333-й стрелковой дивизии 12-й армии. Боевое крещение принял в ходе Донбасской стратегической наступательной операции. В составе своего подразделения освобождал города Павлодар и Синельниково, форсировал Днепр, участвовал в боях за плацдарм в районе Войсковое — Петро-Свистуново — Вовниги.