Nach Seizingers Rücktritt fiel Ertl die Rolle der Teamleaderin zu, der sie sich jedoch nicht gewachsen fühlte. Siege bei Weltcuprennen blieben in der Saison 1998/99 aus, die Weltmeisterschaft 1999 endete mit zwei fünften Plätzen eher enttäuschend. Verletzungsbedingt musste sie die Saison Ende Februar abbrechen. Erneute Knieprobleme und der daraus resultierende Trainingsrückstand wirkten sich negativ auf den Verlauf der Saison 1999/2000 aus. Zudem hatte Ertl Mühe bei der Umstellung auf die Carvingtechnik, die sich damals im Skiweltcup durchzusetzen begann.