Entre 1846 et 1849, la Californie est un territoire inorganisé pris au Mexique et placé par les États-Unis sous l'autorité d'un gouverneur militaire. Des immigrants américains, étrangers aux pratiques économiques locales, s'installent en nombre et empiètent sur des terres indiennes. Après la découverte d'or se développe une forme de travail forcé dont les indigènes, bientôt submergés par la Ruée vers l'or, sont les premières victimes. Les tensions sont vives et certains mineurs sont déterminés à venger dans le sang toute rébellion. En réaction au meurtre de deux Blancs par des Pomos et des Wappos qu'ils exploitaient près de Clear Lake en décembre 1849, des milices autoproclamées ("vigilantes") et l'armée elle-même se livrent à des massacres sans discernement : les autorités ferment les yeux. La législation du nouvel État californien, qui vient de se doter d'une convention, prive rapidement les Indiens de nombreux droits, à tel point que le kidnapping d'enfants ou encore la séparation forcée des hommes et des femmes deviennent des actes courants presque impossibles à punir. Le mot « extermination » se lit dans la presse. Selon le premier gouverneur civil Peter Burnett, pionnier euro-américain hostile à la présence des Noirs et des Chinois en Californie, . Des opérations des milices anti-indiennes sont financées. Le gouvernement fédéral est impuissant. Des traités signés avec 119 tribus pour les rendre propriétaires de réserves censées les protéger sont rejetés par le Congrès, qui préfère en 1853 autoriser cinq petites « réserves militaires » au statut légal ambigu : les Amérindiens y sont toujours menacés de mort, par la faim et par les crimes racistes. Durant la guerre de Sécession et les années qui suivent, des milliers de Californiens engagés dans l'armée poursuivent l'élimination de groupes d'Indiens hostiles ou supposés tels. La guerre des Modocs de 1872-1873 est leur dernière grande campagne.