Baía, ilk profesyonel maçına Vítoria de Guimarães karşısında çıktı ve birinci kaleciliği sonraki 7 yılda da kimseye kaptırmadı. Bu süre içinde takımla 5 lig ve 2 Taça de Portugal kazanan kaleci, toplamda 116 gol yiyerek kalesinde sezon başına ortalama 16.5 gol gördü. 1994-95 sezonu sonrası ESM Yılın Takımı'na seçilen ve 1995 yılında IFFHS Yılın En İyi Kalecisi listesinde 6. sırada, sonraki yıl ise aynı listede 5. sırada bulunan Baía, 1994-1996 yılları arasında dünya çapında en iyi kaleciler arasına girmeyi başardı. 1996 Avrupa Futbol Şampiyonası kadrosuna dahil edilen kaleci, turnuvanın ardından o zamana kadar bir kaleciye verilen en yüksek bedel karşılığında İspanya takımı Barcelona'ya transfer oldu.