Cuando Tom Ridge anunció su decisión de renunciar como Secretario de Seguridad Nacional, la primera opción de Bush para reemplazarlo fue Bernard Kerik, quien ejercía como Comisionado de la Policía de la Ciudad de Nueva York durante los atentados del 11 de septiembre. La nominación de Kerik trajo controversia cuando se descubrió que él había contratado a un trabajador indocumentado como niñera y ama de llaves. Después de una semana, Kerik retiró su nominación y Bush postuló a Michael Chertoff.