Stojković reçoit 84 sélections avec la Yougoslavie et marque 15 buts en faveur de cette équipe. Il participe à l'Euro 84 et à la Coupe du monde 1990 avec l'ancienne Yougoslavie et à la Coupe du monde 1998 et l'Euro 2000 avec la République fédérale de Yougoslavie (future Serbie-et-Monténégro).