Die Beziehungen waren mehrmals unterbrochen, so zwischen 1728 und 1732 (Zwist zwischen dem absolutistischen König João V. und Papst Benedikt XIII.), von 1760 bis 1770 (aufklärerische Maßnahmen durch Premierminister Marquês de Pombal), von 1834 bis 1841 (anti-klerikale Maßnahmen in der Liberalen Revolution in Portugal und im folgenden Miguelistenkrieg), und schließlich von 1911 bis 1918 (anti-klerikale Maßnahmen nach Ausrufung der Ersten Portugiesischen Republik).