Zijn presidentschap had ook zijn rumoerige momenten en Jeltsin stuurde meerdere keren het gehele kabinet naar huis. Hij organiseerde een referendum in april 1993. Hij kreeg voldoende steun voor zijn persoon en economische beleid, maar het volk ging niet mee in vervroegde verkiezingen van de volksvertegenwoordigers. De spraakmakendste daarvan was de Russische constitutionele crisis van 1993, toen Jeltsin de Staatsdoema liet ontbinden en deze weigerde hiermee akkoord te gaan en opriep tot een staatsgreep tegen hem. Jeltsin zette tanks in die het Witte Huis beschoten, waarbij veel doden vielen. De leiders werden opgepakt en berecht. De Russische Doema verleende hen later gratie.