Rosnące wpływy Niemców na Węgrzech i w Rumunii (oba kraje stały się ostatecznie sojusznikami Hitlera w czerwcu i lipcu 1941, po zaatakowaniu przez Niemcy Związku Radzieckiego) spowodowały, że władze brytyjskie w 1941 zaoferowały polskiemu rządowi emigracyjnemu wywiezienie 500 najbardziej zagrożonych Polaków z Węgier i Rumunii na Cypr, który wtedy był kolonią brytyjską. Z możliwości tej skorzystał też Wańkowicz. Na Cyprze przebywał przez 9 miesięcy do 1942, kiedy to po zajęciu Krety przez Niemców został ewakuowany do Palestyny, wtedy również pod zarządem brytyjskim, gdzie przebywał przez dwa lata. W Palestynie zajmował się m.in. żywo go interesującą tematyką żydowską. W Tel Awiwie prowadził wykłady pt. „Narodziny syjonizmu”, a w 1943 wydał książkę "De Profundis". Była to pierwsza część z zamierzonego cyklu o historii i martyrologii Żydów. Do zbioru tego miały też wejść pozycje "Ziemia zanadto obiecana" oraz "Posłannictwo i obcość", nie udało się jednak Wańkowiczowi znaleźć na nie wydawcy. W tym samym roku Wańkowicz (pod pseudonimem Jerzy Łużyc) wydał w Palestynie kolejny zbiór reportaży poświęcony walkom żołnierzy polskich w 1939 pt. "Wrześniowym szlakiem". Po późniejszych uzupełnieniach książka ta stała się podstawą edycji tomu "Wrzesień żagwiący", wydanego w Londynie w 1947, zawierającego m.in. reportaże o obronie Westerplatte i Hubalczykach.