На рубеже 1940-х — 1950-х годов Андарьёко-Суприяди якобы начал высказывать несогласие с политикой Сукарно на многих направлениях. Наибольшее неприятие у «главного помощника» будто бы вызвали итоги Гаагской конференции круглого стола, а также переход Индонезии в 1950 году от президентской к парламентской форме правления. После безуспешных попыток повлиять на внутриполитическую и внешнеполитическую линии президента Андарьёко отошёл от государственной деятельности и поселился в Семаранге, где какое-то время занимал должность в окружной администрации, а затем — до выхода на пенсию и начала занятий знахарством — работал управляющим одного из национализированных нидерландских предприятий. При этом он изредка продолжал-таки общаться с некоторыми государственными деятелями, а должность главного помощника президента официально сохранялась за ним до момента отставки Сукарно в 1967 году. Сухарто же, сменивший Сукарно на президентском посту, ничего не знал о тайной работе Суприяди-Андарьёко и, как и большинство людей, был совершенно уверен в гибели предводителя блитарского мятежа в 1945 году.