1946 fut une année de préparation pour Zàtopek en vue des championnats d'Europe 1946. Ce fut aussi une année où il fait descendre beaucoup de records de Tchécoslovaquie. Zàtopek bat celui du en le portant à , celui du descend à puis à et celui du tombe à . Cependant, même s'il bat des records, Emil Zàtopek ne parvint pas toujours à vaincre, et il le fut entre autres par un Suédois nommé Sundin et par le Néerlandais Willem Slijkhuis. Aux championnats de Tchécoslovaquie, il remporte son second titre sur en à Prague le 10 août. Les championnats d'Europe se rapprochaient et Zàtopek, toujours à l'armée, dut solliciter une permission pour pouvoir se rendre à Oslo, lieu des championnats. Il ne le fait cependant pas, préférant aider l'armée tchécoslovaque en pleine réorganisation et il est donc envoyé en Norvège contre son gré. C'est là son premier voyage en dehors de la Tchécoslovaquie. Lors des championnats d'Europe, il retrouva Slijkhuis et put faire connaissance avec Gaston Reiff et Viljo Heino, à l'époque détenteur du record du monde du . Ce dernier impressionne Zàtopek en gagnant le avec le temps de . Cependant, Zàtopek est inquiet, nerveux, et sa joie habituelle n'est pas au rendez-vous, peut-être du fait que la Tchécoslovaquie, après la domination nazie, traverse une nouvelle crise politique avec l'arrivée du communisme au pouvoir. Zàtopek dispute le et le favori, Sydney Wooderson, reste à l'arrière dès le départ de la course, ce qui étonne Zàtopek et le pousse à rejoindre la tête de course où est placé Slijkhuis. Wooderson effectue alors une remontée spectaculaire et Zàtopek, surpris, ne peut que le laisser passer. Ce dernier finit de la course et améliore tout de même son record personnel et le record de Tchécoslovaquie de .