Vuonna 1945 Schirach kätkeytyi ensin liittoutuneilta, ja hänen arveltiin kuolleen. Jonkin ajan kuluttua hän kuitenkin antautui liittoutuneiden vangiksi. Hänet asetettiin syytteeseen Nürnbergin oikeudenkäynnissä. Tuomioistuimessa Schirach kiisti tienneensä keskitysleireistä ja sanoutui irti Hitleristä. Hän kuitenkin myönsi, että Hitler oli antanut hänelle Wienin aluejohtajan aseman tehtävänään ajaa juutalaiset ja tšekkoslovakialaiset pois kaupungista, ja että hän oli osallistunut suunnitelmiin kuljettaa Wienin juutalaiset itäisille alueille.