בספטמבר 2007, בעקבות הצלחתו עם הנבחרת עד גיל 19, קודם ניופליאס לתפקיד מאמן נבחרת יוון עד גיל 21. הוא קיבל את הנבחרת לאחר שני משחקים במוקדמות אליפות אירופה 2009, ופתח עם שני ניצחונות חוץ במסגרת הקמפיין, אך בסיום שלב הבתים לא הצליח להתקדם עם יוון לשלב הבא, לאחר שנבחרתו סיימה שלישית, אחרי איטליה וקרואטיה. ניופליאס פתח עם הנבחרת את קמפיין מוקדמות אליפות אירופה 2011, והוביל אותה להצלחה עם ארבעה ניצחונות, תיקו והפסד בודד, אך שני מחזורים לסיום שלב הבתים עזב את הנבחרת כדי לקבל את הצעתה של פנאתינאיקוס.