Das MSHI befasst sich hauptsächlich mit der Region um den namensgebenden Vulkan Mount St. Helens, ist aber auch im Gifford Pinchot National Forest sowie in den südwestlichen Washingtoner Countys aktiv. Ziel ist es nach eigener Aussage, das „Verständnis bezüglich der Erde und die Verpflichtung ihr gegenüber mittels Wissenschaft, Bildung und Erkundung vulkanischer Landschaften voranzubringen.“ Das Institut strebt eine Aufklärung über die Geologie, Ökologie, Naturgeschichte und Biologie der lokalen Umwelt an sowie über den Ausbruch des Mount St. Helens 1980, dessen Folgen und die Wiederbesiedlung des Gebietes durch Flora und Fauna. Ein Hauptaugenmerk liegt auch darauf, bei Schülern Interesse an den sogenannten MINT-Fächern zu wecken.