Jansen berpindah ke FC Bayern Munich pada Julai 2007 dengan bayaran 10 juta euro. Berikutan perpindahannya ke Munich, Jansen membuat debut untuk Bayern pada perlawanan persahabatan menentang FC Schaffhausen dari Switzerland. Beliau menggantikan Philipp Lahm pada minit ke-46. Beliau menjaringkan gol pertamanya untuk Bayern ketika membelasah FC 07 Albstadt 13-0. Jansen membuat debut rasmi untuk Bayern pada perlawanan pembukaan musim 2007-08 menentang Hansa Rostock, Bayern menang 3-0. Beliua akhirnya mengalami kecederaan buku lali dan menyebabkan tidak beraksi selama tiga bulan pada musim pertamanya untuk Bayern. Pada musim keduanya, Jansen hanya duduk di bangku simpanan pada dua perlawanan liga selepas Jürgen Klinsmann mengkritik aksi Jansen di Euro 2008. Beliau telah membuat 17 perlawanan liga, sepuluh perlawanan UEFA dan tiga kemunculan Piala DFB untuk Bayern Munich.