К началу Отечественной войны 1812 года полковник Книпер был шефом 2-го егерского полка и командовал 3-й бригадой 21-й пехотной дивизии, во Втором сражении при Полоцке был ранен и вынужден был оставить армию. Вернулся в строй осенью 1813 года и во время Заграничных походов 1813 и 1814 годов сражался в Саксонии, за боевые отличия был произведён в генерал-майоры. После Битвы народов был переброшен на север Европы и освобождал от французов Голландию и Бельгию, захватил Роттердам и Амстердам, затем был начальником Льежской области.