Сезар Белли дебютировал за сборную Бразилии 3 февраля 1998 года, выйдя на 83-й минуте матча со сборной Ямайки вместо Гонсалвеса. Игра проходила в рамках Золотого Кубка КОНКАКАФ, в котором Бразилия заняла второе место. В 1999 году он выиграл Кубок Америки по футболу 1999 года, но не участвовал ни в одной игре. Последний матч в сборной Сезар Белли сыграл 30 июля 1999 года против Новой Зеландии на Кубке конфедераций, на котором Бразилия заняла второе место. Два года спустя он был снова вызван в сборную на Кубок конфедераций, но не сыграл ни одной игры, в итоге число его матчей за сборную остановилось на восьми.