בעונת הבקיע פאולר את שני השערים הראשונים בקריירה שלו בליגת האלופות, במשחק במסגרת שלב הבתים בו הפסידה קבוצתו 3-2 לגאלאטסראיי. בשלב חצי הגמר של הטורניר, נגד צ'לסי, נכנס פאולר כמחליף מספר דקות לפני סיום ההארכה, לפני שליברפול ניצחה בדו-קרב בעיטות עונשין ועלתה לגמר. על אף שלא נכלל בסגל למשחק הגמר, זכה פאולר יחד עם קבוצתו במדליית הכסף של הטורניר מאחר שערך הופעות במסגרתו במהלך העונה. פאולר כיהן במספר משחקים כקפטן של ליברפול; הוא שיחק את משחקו האחרון במדי הקבוצה ב-13 במאי 2007, וזכה לקימת כבוד כאשר הוחלף. ביולי 2007 הפך פאולר לשחקן חופשי, לאחר שהבקיע 183 שערים ב-369 משחקים בכל המסגרות עבור ליברפול.