Po anšlusu Rakouska v roce 1938 se Oberth zapojil do práce pro německé letectvo, ale jako cizímu státnímu příslušníkovi mu byl svěřen jen podružný úkol: vyvinout čerpadlo pro dálkovou raketu. V červenci 1940 byl přeložen na vysokou školu technickou do Drážďan. V německém raketovém výzkumu měl roli spíše teoretickou a popularizační. Chtěl se vrátit domů do Rumunska. Německé velení mu z obavy, že by mohl prozradit informace o stavu raketového výzkumu bránilo v odjezdu z Německa a gestapo mu hrozilo internací v koncentračním táboře. Oberth pod nátlakem přijal německé občanství, což mu umožnilo pokračovat na vývoji raket ve vojenském výzkumném středisku v Peenemünde. V prosinci 1943 pak byl přeložen do Reinsdorfu u Wittenbergu, kde měl pro firmu vyrábějící výbušniny vyvinout dálkově řízenou protiletadlovou raketu na tuhá paliva, Také jeho myšlenku orbitální sluneční elektrárny chtěli nacisté zneužít pro válečné účely.