Золотая эра клуба приходится на 1960-е годы. В то время за команду выступали знаменитые португальские футболисты мозамбикского происхождения Мариу Колуна и обладатель «Золотого Мяча» 1965 года Эйсебио. В 1961 году «Бенфика» прерывает доминирование мадридского «Реала» в Европе, побеждая в Кубке чемпионов, где в финале была обыграна «Барселона» со счётом 3:2. В 1962 году в финале Кубка чемпионов оказывается повержен уже мадридский «Реал» — 5:3 (решающим оказался дубль Эйсебио). Затем «Бенфика» трижды доходила до финала Кубка чемпионов, где последовательно уступала «Милану» в 1963, «Интернационале» в 1965 и «Манчестер Юнайтед» в 1968 годах. Также в 1960-е годы клуб выиграл 8 чемпионских титулов и 3 Кубка Португалии.