Filoteo Bryennios había nacido en Constantinopla en 1833 en el seno de una familia humilde. Apoyado por el metropolitano de Cízico ingresó en el seminario patriarcal de la Isla de Chalce. Al terminar su formación, fue ordenado diácono y se trasladó a Alemania (1856) donde asistió a clases de teología y filosofía en las universidades de Leipzig, Berlín y Múnich. Allí entró en contacto con la moderna investigación occidental. En 1861 regresó a Constantinopla como profesor de historia eclesiástica y exégesis en la misma escuela donde había estudiado. Dos años después, fue ordenado presbítero y honrado con el título de «Archimandrita del trono ecuménico de Constantinopla». En 1867, se hizo cargo de la dirección del prestigioso Colegio ortodoxo griego, una institución varias veces centenaria donde estudiaban tradicionalmente los hijos de las familias ortodoxas griegas. Dicho colegio, también llamado «Gran Escuela de la Nación», estaba situado en el Fanar, el sector griego de Estambul, junto al Cuerno de Oro. Tras la Caída de Constantinopla en 1453, la mermada población griega y la sede del Patriarcado ortodoxo griego de Constantinopla se habían ubicado en ese barrio a instancias del propio sultán. Un año después, en 1454, Mateo Kamariotis había fundado el colegio.