V A týmu Dánska zažil debut 5. října 1983 v utkání s Polskem (prohra 0:1). Na EURU 1992 ve Švédsku získal s týmem zlaté medaile, Dánsko porazilo ve finále Německo 2:0 a Vilfort vstřelil druhý gól dánského týmu. Celkem odehrál v dánském národním A-týmu 77 zápasů a vstřelil 14 gólů.