Formé en Pologne dès l'âge de douze ans, car poussé par son frère pour allier sport et études à Mrzeżyno au bord de la mer Baltique, à trente kilomètres de chez lui, Grzegorz Krychowiak rejoint en 2006 les Girondins de Bordeaux, repéré par l'ancien marine et blanc Philippe Goubet lors d’un match amical France - Pologne des moins de seize ans à Strasbourg. Il participe durant le mois de juillet 2007 à la Coupe du monde des moins de vingt ans avec la Pologne. Il est d'ailleurs le plus jeune joueur de sa sélection. Il se révèle notamment lors d'un match contre le Brésil où il inscrit un coup franc des trente mètres, seul but du match. Son équipe est finalement éliminée lors des huitièmes de finale par l'Argentine.