Bad Kissingen è menzionato per la prima volta nell'801 con il nome di Chizzicha, ed è diventato famoso per le sue sorgenti minerali, attestate dall'823. Nel 1279 Kissingen è menzionato come "oppidum" (città). Nel 1394 la città venne al Vescovato di Würzburg. Dal XVI secolo Kissingen si trovava reputazione come spa. Kissingen appartiene alla Baviera dal 1814. Il 10 luglio 1866 la città è stata sito di una battaglia tra le truppe prussiane e bavarese, durante la guerra austro-prussiana del 1866. La battaglia si è conclusa con la vittoria della Prussia. Nel XIX secolo, Kissingen è diventato un luogo alla moda in cui sovrani europei si sono trovati includerà l'imperatrice Elisabetta d'Austria (Sisi), lo zar Alessandro II e il re Ludwig II di Baviera, che ha rinominato nel 1883 Kissingen a "Bad Kissingen". Scrittori (Lev Tolstoj), compositori (Gioachino Rossini), (Cyrill Kistler) e artisti (Adolph von Menzel) sono stati anche tra gli ospiti illustri. Il Cancelliere tedesco Otto von Bismarck ha visitato molte volte le terme di Kissingen e nel 1874 nel corso del "Kulturkampf" ha sopravvissuto un tentativo di assassinio del cattolico Eduard Kullmann. Nel 1877 è stato scritto la dettatura di Kissingen (tedesco: "Kissinger Diktat"), in cui Bismarck ha spiegato i principi della sua politica estera. L'ex casa di Bismarck a Kissingen è ora il Museo Bismarck. Nel giugno 1911 il Ministro degli Esteri tedesco, Alfred von Kiderlen-Waechter, e l'ambasciatore francese Jules Cambon avevano negoziato a Bad Kissingen sul Marocco senza trovare una soluzione. Il fallimento dei negoziati porta alla Crisi di Agadir. Nel 1945 Bad Kissingen fu occupato dalle truppe americane senza combattere.