En 1972, la pintura del segle XV "Virgen de Belén" va desaparèixer de l'església. En 2002, després de l'inici un projecte de restauració de l'estructura, es van trobar diverses pintures murals, entre elles una de mitjans del de la Batalla de Lepanto. En el 2004, el "World Monuments Fund" (WMF) va declarar l'Església San José patrimoni mundial. Això va ajudar a la millora de la seva conservació per l'augment de donacions d'organitzacions sense finalitats de lucre, del Govern i de residents de Puerto Rico donat que WMF, al seu programa "World Monuments Watch", fomenta el suport comunitari per a la protecció de llocs en perill d'extinció.