Sia in Portogallo che in Spagna, Senna fu rallentato da problemi di consumo, mentre il suo compagno di squadra, primo in entrambe le occasioni, riconquistò la testa della classifica. Sul Circuito di Estoril si mise in luce Capelli, alla guida dell'innovativa March 881 progettata da Adrian Newey; il pilota italiano, infatti, si qualificò in terza posizione, alle spalle di Senna e Prost (per la seconda e ultima volta nel 1988 più veloce del compagno di squadra). Durante il primo giro i piloti della McLaren si contesero la prima posizione: Prost ebbe la meglio, conducendo poi la gara fino al termine, nonostante una manovra piuttosto decisa del brasiliano, che scartò improvvisamente verso il rivale mentre questi lo stava superando sul rettilineo dei box. Senna cominciò subito ad avere problemi di consumo, che gli imposero di rallentare: il pilota brasiliano fu sopravanzato da Capelli e Berger, cominciando poi un lungo duello con Mansell, che si concluse con un tamponamento da parte dell'inglese. Prost contenne agevolmente il rimontante Capelli, conquistando la quinta vittoria stagionale davanti al pilota milanese; terzo giunse Boutsen, davanti a Warwick, Alboreto e Senna. Il Gran Premio di Spagna si svolse in modo simile, anche se questa volta fu Senna a conquistare la pole position; il brasiliano partì però male, perdendo la posizione a favore di Prost (che non cedette più il comando della gara) e Mansell. Senna fu poi costretto a rallentare per il ripetersi dei problemi di consumo già verificatisi nella gara precedente, dovendo difendersi dall'attacco di Patrese e Capelli. Quest'ultimo ebbe la meglio su entrambi i rivali, ma fu costretto ad abbandonare la gara per un problema tecnico. Dietro a Prost e Mansell, al suo secondo e ultimo arrivo stagionale, sempre in seconda posizione, chiuse quindi Nannini, che aveva sopravanzato sia Senna che Patrese, giunti al traguardo alle sue spalle. L'ultimo punto a disposizione fu conquistato da Berger.