La seconda "chance" si manifestò nel 1799, quando Napoleone si assentò, impegnato nella Egitto, con la flotta distrutta ad Abukir. Subito Thugut riebbe il ministero degli esteri, ma non ebbe maggior fortuna. Per il comando degli eserciti imperiali, Thugut aveva pensato a due comandanti che si erano distinti nelle campagne dei Paesi Bassi austriaci del 1793-95: l'Arciduca Carlo per l'armata del Reno, il principe Federico d'Orange-Nassau per l'armata d'Italia. Quest'ultimo giunse in effetti a Padova ma qui improvvisamente morì, il 6 gennaio 1799, a causa di un'infezione. Ciò implicò il passaggio del comando al primo assistente, il meno brillante Michael Melas.