Kurz vor Beginn der nächsten Offensive ging Menodoros Anfang 36 v. Chr. mit sieben Schiffen wieder zu Sextus Pompeius über. Dieser schien ihm aber nicht mehr zu trauen, und im Sommer des gleichen Jahres sandte er ihn mit nur sieben Schiffen zur Aufklärung gegen die erneut anrückenden Flotten Octavians, was Menorodos prompt nutzte, um erneut überzulaufen. Bei der entscheidenden Seeschlacht von Naulochoi kämpfte Menodoros vermutlich unter dem Kommando des Marcus Vipsanius Agrippa. Im folgenden Jahr begleitete er Octavian nach Illyrien und Pannonien, wo er bei der Belagerung von Siscia bei einem Schiffskampf auf der Save getötet wurde.