Seit 1901 stand Schtschussew im Dienst der Kanzlei des Oberprokurors des Heiligsten regierenden Synods. Eine seiner ersten selbständigen Arbeiten war die Projektierung der Ikonostase der Uspenski-Kathedrale des Kiewer Höhlenklosters. Schtschussews programmatisches Werk in dieser Zeit war die Erlöser-Verklärungs-Kirche, die im Auftrage des Zuckerfabrikanten und Mäzens Pawel Iwanowitsch Charitonenko auf dessen Landsitz Nataljewka bei Charkow nach Schtschussews Plänen von Alexei Michailowitsch Ruchljadew gebaut und als Ikonenmuseum eingerichtet wurde. Die skulpturelle Innenausstattung übernahmen Sergei Timofejewitsch Konjonkow und Alexander Terentjewitsch Matwejew, während das Mosaik auf der Eingangswand nach einer Zeichnung von Nicholas Roerich ausgeführt wurde. 1902 baute Schtschussew in St. Petersburg für den Künstler und Restaurator Graf Juri Alexandrowitsch Olssuwjew dessen Villa an der Fontanka um. Olssuwjew war Vorsitzender des Komitees für die Errichtung der Kirche des Sergius von Radonesch zum Gedenken an die Schlacht auf dem Kulikowo Pole und beauftragte Schtschussew mit dem Projekt, der es 1911 abschloss. Die Kirche wurde 1913–1917 gebaut. Der Bauabschluss wurde durch die Oktoberrevolution und den Russischen Bürgerkrieg verhindert, so dass die Kirche dann geschlossen war und verfiel. Die für die Kirche von Wladimir Alexejewitsch Komarowski und Dmitri Semjonowitsch Stellezki angefertigten Ikonen waren spurlos verschwunden.