В конце 1917 года наступила разруха экономики. Предприятия Йиндржишека прекратили работу из-за нехватки материалов, спроса на продукцию тоже не было. 1918 год начался Январским восстанием, затем Киев временно заняли большевики. Масарик заключил договоры о нейтралитете Чехословацкого корпуса с Центральной радой и с большевиками, и 22 февраля покинул Киев. В марте город заняли немцы, с ними появились агенты австрийской полиции, разыскивающие чешских активистов. В списке предателей Австро-Венгрии был и Йиндржишек. От арестов спасло только то, что немецкие власти не давали австрийцам полной свободы действий. В марте 1918 — начале 1919 года Йиндржишек пытался спасти свои предприятия, выступал в качестве общественного консула, защищая чехов-старожилов.