Die 3000 Meter bei den Hallenweltmeisterschaften des folgenden Jahres konnte Aouita für sich entscheiden. In der Freiluftsaison gelang es ihm beim ASV-Sportfest in Köln endlich, den Weltrekord von Henry Rono über 3000 Meter, den er mehrfach vergeblich attackiert hatte, zu brechen. Auch hier betrat er in 7:29,45 min als erster Mensch unter 7:30 Minuten Neuland. Mit Beginn der 1990er Jahre häuften sich allerdings die Verletzungen, und Aouita konnte nicht mehr an alte Zeiten anknüpfen. 1991 erreichte er bei den Weltmeisterschaften in Tokio lediglich einen 11. Platz über 1500 Meter. 1992 meldete er sich noch einmal mit einem Hallenweltrekord über 3000 Meter (7:36,66 min) zurück, der jedoch von der IAAF nicht anerkannt wurde, weil Aouita eine Bahnbegrenzungsmarke übertreten hatte. Weitere Comebackversuche 1993 und 1995 scheiterten.