Hohlbaums 1939 abgesetzter Kollege Arnold Jirásek übernahm nach dem Ausbruch des Prager Aufstands am 5. Mai 1945 die Deutsche Chirurgische Klinik, was Hohlbaum, im Dezember 1944 zum Mitglied der "Deutschen Akademie der Wissenschaften und Künste in Prag" ernannt, ohne Protest akzeptierte. Wie in allen anderen nun den Tschechen gehörenden Kliniken und Instituten übergab man die deutschen Ärzte den tschechischen Organen. Der letzte Rektor der Deutschen Universität Prag, der Neuropsychiater und SS-Untersturmführer Kurt Albrecht, wurde in seiner Klinik niedergeschlagen und erhängt. Hohlbaum wurde in das Gefängnis Pankrác und dann zu Feldarbeiten in das Internierungslager Klecany nördlich von Prag verbracht. Dort warf ihm ein Wachposten eine Sprengkapsel vor die Füße. Die Explosion verletzte den linken Unterschenkel schwer. Auf einem Ackerwagen wurde Hohlbaum in die Chirurgie des Allgemeinen Krankenhauses in Prag gebracht. Nach neuesten Erkenntnissen war die Behandlung korrekt. Nach sechs Wochen im Prager Krankenhaus "Královské Vinohrady" ließ Hohlbaum sich in das noch bestehende Abwicklungslazarett verlegen.