Il 12 giugno 2013 firma un contratto biennale con la Roma, divenendo il nuovo allenatore della squadra. In campionato infila una striscia iniziale di dieci vittorie consecutive, che porta i capitolini al comando del torneo. La sconfitta per 3-0 con la Juventus, issatasi in vetta, costringe i giallorossi al secondo posto al termine del girone di andata. Durante il resto del campionato, la Roma colleziona altri risultati positivi ma le speranze per lo scudetto si esauriscono nelle ultime giornate a causa di tre k.o. consecutivi. Con 85 punti all'attivo, viene stabilito il record capitolino in massima serie. Concluso il campionato, rinnova l'accordo con la società sino al 30 giugno 2018.