Il terremoto del 26 settembre 1997 causò profonde lesioni alla basilica superiore, con il crollo della volta in due punti (che provocò la morte di due frati e di due anziani coniugi, ricordati con un'iscrizione nel pavimento all'ingresso della basilica) e ingenti danni al timpano sud del transetto: 130 metri quadrati di affreschi medievali furono ridotti in frammenti. In particolare crollò parte degli affreschi sulla volta della prima campata: il "San Girolamo" (attribuito da alcuni a Giotto giovane), dove erano raffigurati i "Quattro Dottori della Chiesa"; la figura di "San Matteo", sulla volta raffigurante i "Quattro evangelisti" di Cimabue; inoltre, la volta stellata, ridipinta nell'Ottocento. Sull'arco di controfacciata e sul costolone, anch'essi crollati, rovinarono a terra otto figure di santi e altre decorazioni. La basilica rimase chiusa per due anni per i necessari lavori di restauro.