ב-31 בינואר 1942 כוחות האימפריה היפנית כבשו את ג'והור באהרו במסגרת קרב מלאיה. הבריטים פוצצו את הגשר שקישר בין ג'והור באהרו ובין סינגפור בניסיון לעצור את התקדמות היפנים, אך היפנים הצליחו לצלוח את מצר ג'והור ולכבוש את סינגפור תוך זמן קצר. ג'והור באהרו שוחררה על ידי בעלות הברית ב-1945 כמו יתר חצי האי המלאי.