Nel gennaio del 1692 Abigail Williams e Betty Parris furono colpite da una malattia simile a quella dei bambini Goodwin e Mather divenne una figura significativa nell'ambito dei processi alle streghe di Salem. Pur non avendo mai presieduto la giuria, Mather esercitò una grande influenza sullo svolgimento dei processi. Il 31 maggio 1692 spedì ai giudici una lettera, "Return of the Several Ministers", in cui consigliava di limitare l'uso delle prove basate su sogni o visioni e raccomandava la liberazione dei rei confessi.