El presidente de las Cortes, el sevillano Diego Martínez Barrio, era la persona que debía sustituir a Azaña según la Constitución. Sin embargo, decidió no asumir el puesto no solo porque la dimisión del Presidente debía ser presentada formalmente ante las Cortes, sino porque la situación política en la zona que todavía controlaba el bando republicano era cada vez más confusa. El 4 de marzo estalló una sublevación en Cartagena en contra de Negrín y el retorno a España conllevaba un serio riesgo. Al día siguiente tuvo lugar el golpe de Estado de Casado. El 31 de marzo, durante una nueva reunión de la Diputación Permanente celebrada en París un día antes del final oficial de la guerra, se materializó el enfrentamiento entre los dos dirigentes. Negrín expuso sus actividades desde la salida de Cataluña y dijo que se consideraba todavía jefe de gobierno pese a la dimisión del Presidente que le había designado, basándose en que su mandato había sido ratificado por las Cortes, y acusaba a Martínez Barrio de haber apoyado a los «traidores» que seguían al coronel Casado. Hubo un tenso enfrentamiento entre Martínez Barrio, Luis Araquistáin y Pasionaria. La Diputación consideraba que el Gobierno ya no existía. La reunión terminó con la tensa aprobación de un texto acordado según el cual la diputación se consideraba a sí misma plenamente legítima y afirmaba que no podía tener efecto la dimisión del Gobierno por no existir las instituciones ante las que debía ser presentada. No obstante, en una nueva reunión de la diputación celebrada el 27 de junio de 1939 en París, se pidió expresamente a Negrín que cesase como jefe del gobierno.