Les de St. Louis deviennent un dépôt de rassemblement pour les troupes occidentales, et en , le commandant du département du Missouri Henry Halleck approuve une invasion conjointe de l'ouest du Tennessee le long de la rivière Tennessee et de la rivière Cumberland. Les troupes de l'armée sous les ordres d'Ulysses S. Grant, avec l'escadre du fleuve Mississippi nouvellement construite commandée par l'amiral Andrew Hull Foote, capture le fort Henry et le fort Donelson, déstabilisant le périmètre défensif confédéré dans l'ouest. Après la bataille de Shiloh qui suit, l'armée fédérale pousse vers le nord du Mississippi, alors que la flotte de canonnière de déplace en aval du Mississippi avec les troupes fédérales en coopération, capturant systématiquement chacune des positions confédérées au nord de Vicksburg.