De camí a Egipte, l'expedició de Bonaparte conquereix Malta el 9 de juny, expulsant l'orde Hospitalari. Desembarca a Alexandria l'1 de juliol de 1798, eludint temporalment la Royal Navy. Encara que els francesos van guanyar la decisiva Batalla de les Piràmides (amb un exèrcit de 25.000 soldats enfrontats a 100.000 de l'enemic), tota la flota francesa (a excepció de dues naus) va ser destruïda per l'almirall Nelson en la Batalla del Nil. Amb el seu exèrcit atrapat a Egipte, l'objectiu de Bonaparte d'enfortir la seva presència a la Mediterrània es va veure frustrat, si bé va aconseguir consolidar el seu poder a Egipte, no sense sufocar abans diverses revoltes populars. Bonaparte va ordenar que a Egipte la servitud i el feudalisme fossin abolits i els drets bàsics dels ciutadans garantits. Bonaparte va ser anomenat pels egipcis "soldà Kébira", el soldà de Foc. La situació va propiciar el desenvolupament d'importants estudis sobre l'antic Egipte, entre els quals destaca el descobriment de la pedra de Rosetta i la creació de l'Institut d'Egipte.