En 2016, la relation diplomatique entre les deux pays s'est complexifiée lorsque le Bangladesh a dénoncé les demandes consécutives de la Turquie de libérer plusieurs dirigeants du Jamaat-e-Islami bangladais qui ont été condamnés pour crimes de guerre pendant la guerre de libération du Bangladesh par le Tribunal pénal international au Bangladesh et finalement exécutés. À la suite de l'exécution du leader du Jamaat, Motiur Rahman Nizami, la Turquie a retiré son ambassadeur au Bangladesh. Cependant, après la condamnation par le Bangladesh de la tentative de coup d'État visant à renverser le gouvernement Erdogan, les relations ont commencé à s'améliorer. En conséquence, Ankara a envoyé un nouvel ambassadeur à Dacca. Après son arrivée, le nouvel ambassadeur turc a déclaré : . L'ambassadeur a commenté que les relations entre les deux pays sont devenues normales. Il a également exprimé la volonté de la Turquie d'aider le Bangladesh à contrôler le militantisme dans le pays.