Vor dem Einmarsch der deutschen Wehrmacht am 10. Mai 1940 wurde van Andel wieder in den aktiven militärischen Dienst zurückbeordert und übernahm von Generalmajor Godfried van Voorst tot Voorst den Posten als Kommandeur der Festung Holland, die die Städte Leiden, Den Haag, Rotterdam, Dordrecht und Utrecht umschloss und als letzte Verteidigungslinie der niederländischen Streitkräfte vorgesehen war. Diese Funktion hatte er bis zur Gesamtkapitulation der niederländischen Streitkräfte am 14. Mai 1940 inne. Am 15. Juli 1940 trat er endgültig in den Ruhestand.