১৯৯৬ থেকে ২০০১ সাল পর্যন্ত আফগানিস্তানের প্রায় তিন-চতুর্থাংশ অঞ্চল তালেবানের নিয়ন্ত্রণে ছিল এবং তারা সেখানে ইসলামি আইন (শরিয়ত) প্রণয়ন করেছিলো। ১৯৯৪ সালে আফগান গৃহযুদ্ধের অন্যতম প্রধান দল হিসেবে তালেবানের আবির্ভাব ঘটে। এই দলটি মূলত পূর্ব ও দক্ষিণ আফগানিস্তানের পশতুন এলাকার ছাত্রদের (তালিব) নিয়ে গঠিত হয় যারা ঐতিহ্যবাহী ইসলামি বিদ্যালয়ে শিক্ষা লাভ করেছিলো এবং সোভিয়েত–আফগান যুদ্ধের সময় যুদ্ধ করেছিলো। মোহাম্মদ ওমরের নেতৃত্বে, এই আন্দোলন আফগানিস্তানের বেশিরভাগ অংশে ছড়িয়ে পড়ে। ১৯৯৬ সালে আফগানিস্তান ইসলামি আমিরাত প্রতিষ্ঠিত হয় এবং আফগান রাজধানী কান্দাহারে স্থানান্তরিত হয়। ১১ সেপ্টেম্বরের হামলার পর ২০০১ সালের ডিসেম্বরে আফগানিস্তানে যুক্তরাষ্ট্রের নেতৃত্বে আক্রমণের পর ক্ষমতাচ্যুত না হওয়া পর্যন্ত দেশের বেশিরভাগ অংশ তালেবানের নিয়ন্ত্রণে ছিল। তালেবান সরকারকে আনুষ্ঠানিক স্বীকৃতি দিয়েছিলো মাত্র তিনটি দেশ: পাকিস্তান, সৌদি আরব এবং সংযুক্ত আরব আমিরাত। পরে এই দলটি আফগানিস্তান যুদ্ধে যুক্তরাষ্ট্র সমর্থিত কারজাই প্রশাসন এবং ন্যাটো নেতৃত্বাধীন আন্তর্জাতিক নিরাপত্তা সহায়তা বাহিনীর (আইএসএএফ) বিরুদ্ধে লড়াই করার জন্য একটি বিদ্রোহ আন্দোলন হিসেবে পুনরায় একত্রিত হয়।