Początki nowosybirskiego ogrodu zoologicznego są związane z działalnością oświatowo-kulturalną miejscowej społeczności. W 1933 powstała mała placówka związana z kilkoma szkołami technicznymi w mieście. W 1937 liczyła ona 50 gatunków ptaków i 35 innych gatunków, głównie z terenów obwodu nowosybirskiego. Jeszcze w tym samym roku rada miejska w planie generalnym dla miasta przewidziała budowę, na bazie dotychczasowej placówki, ogrodu zoologicznego z prawdziwego zdarzenia i przeznaczyła na jego powstanie ok. 70 hektarów oraz rozpoczęła gromadzenie funduszy. Atak Niemiec na ZSRR w 1941 sprawił, że projekt ten nie został zrealizowany. Jednak do miasta, obok wielkiego przemysłu i kolekcji muzealnych, ewakuowano także zwierzęta z objętych wojną ogrodów zoologicznych. Wojenne zoo zyskało na wielkiej popularności wśród mieszkańców miasta. Dlatego po zakończeniu wojny decyzją Rady Miasta Nowosybirska oraz Sowieckiej Rady Ministrów powołano do życia Ogród zoologiczny w Nowosybirsku. Było to pierwsze zoo na Syberii i jedyne w tym czasie znajdujące się na wschód od Uralu. Zajmowało powierzchnię 0,84 hektara i pod jego opieką znajdowały się 34 gatunki ssaków i 20 gatunków ptaków. Od samego początku baza lokalowa zoo była niesatysfakcjonująca. W 1949 podjęto decyzję o budowie nowego zoo, ale nie została ona zrealizowana. Mimo to powoli rozbudowywano istniejący ogród zoologiczny.