Пожар 1748 года вновь повредил Никольский храм: сгорела кровля купола и трапезной, в интерьере огонь истребил иконы, ризницу и святые престолы. Прихожане сразу же взялись за восстановление храма, и уже в сентябре 1749 года епископ Феофилакт (Губанов) освятил придельный алтарь во имя великомученика Димитрия Солунского в трапезной. В 1768 году вокруг храма была устроена каменная ограда. В 1788 году в главном храме был обновлён иконостас и расписаны стены, в 1816-1819 годах подобные работы были проведены в Димитриевском приделе. В XVII и XVIII веках храм был одним из самых богатых в городе. В 1830 году купец Алексей Самуилович Мещеряков устроил в храме придел в честь своего митрополита Алексия, освящённый 27 сентября 1831 года. В 1831 году, во время эпидемии холеры, прославилась особо чтимая Толгской иконы Божией Матери, икону носили по улицам и домам горожан. В 1836 году на деньги купцов Лялиных в храме в честь этой иконы был сооружён правый придел. Придел разместили на месте Димитриевского, который был отнесен влево, для чего пробили капитальную стену. В 1839 году те же купцы Ляпины пожертвовали средства на очередное обновление главного иконостаса; в 1864 году была переписана настенная живопись. Последний перед революцией ремонт был проведён в 1900 году: обрели новый вид иконостасы и фрески, во всём храме появилось водяное отопление.