En 1820, una revolución ocurrida en Oporto exigió la vuelta de la familia real portuguesa a la metrópoli. Juan VI y Carlota Joaquina regresaron a Portugal al año siguiente, pero su hijo y heredero Pedro de Braganza no sólo decidió quedarse en Brasil, sino que en 1822 proclamaba la independencia de dicho país asumiendo el trono como emperador Pedro I de Brasil. El rey Juan VI falleció súbitamente en marzo de 1826. Hay quienes creen que fue envenenado, sospechándose de la reina Carlota Joaquina o de su hijo Miguel, en una conspiración para ocupar el trono.