Um 1200 wurden die Tore des Augustaions während der Revolte des Gegenkaisers Johannes Komnenos zerstört. Im 13. Jahrhundert wurde im Zuge der Plünderung von Konstantinopel (1204) im Vierten Kreuzzug durch die Kreuzfahrer das Augustaion geplündert und weitgehend verwüstet. Nach der Rückeroberung von Konstantinopel 1261 wurde das Augustaion als Vorhof der Hagia Sophia eingegliedert. Nach einem Sturm im Jahr 1316 ordnete Kaiser Andronikos II. eine Restaurierung des Platzes und der Justinian-Säule an.