У липні 2012 року Джонатан був орендований на сезон валлійським клубом «Суонсі Сіті», з яким виграв Кубок англійської ліги, зробивши дубль у фінальному матчі проти «Бредфорд Сіті» (5:0). Влітку 2013 року валлійський клуб продовжив оренду гравця ще на один ігровий рік. Відіграв за валійську команду 71 матч в національному чемпіонаті.