Dal 1996 al 2000 il Mali manca la qualificazione a tre edizioni consecutive della Coppa d'Africa (1996, 1998 e 2000), ma ottiene il terzo posto al mondiale Under-20 del 1999 in Nigeria, torneo che vede emergere giovani talenti quali Seydou Keita (eletto miglior giocatore del torneo) e Mahamadou Dissa (capocannoniere della manifestazione).