Während Napoleons Aufenthalt in Warschau 1807 hatte Flahaut mit Anna Poniatowski, Gräfin Potocka ein Verhältnis gehabt, das die Gräfin durch einen Umzug nach Paris weiterzuführen gedachte. Doch Flahaut war inzwischen eine Beziehung mit Hortense de Beauharnais eingegangen, der Stieftochter und Schwägerin Napoleons und von 1806 bis 1810 Königin von Holland. Ihrer beider Sohn war der am 21. Oktober 1811 geborene Charles Auguste Louis Joseph Demorny, der spätere Herzog von Morny, durch seine Mutter also Halbbruder des dreieinhalb Jahre älteren späteren Kaisers Napoleon III. Flahaut kämpfte mit Auszeichnung im Russlandfeldzug von 1812, wurde 1813 Brigadegeneral, Napoleons Adjutant und 1813, nach der Völkerschlacht bei Leipzig, Divisionsgeneral und auch mit der Grafenwürde belohnt. In der Schlacht bei Hanau zeichnete er sich durch eine verzweifelte Tapferkeit aus und wurde von Napoleon mit der Rolle eines Unterhändlers bei den Verbündeten beauftragt.