V Paříži se dostal do střetu s Benešem ohledně orientace naší nově vytvářené armády, což bylo důležité urychleně vyřešit, neboť probíhal vojenský konflikt s Maďarskem. Beneš, který preferoval orientaci na Francii, uzavřel s francouzskou vládou již v lednu dohodu o vyslání vojenské mise. Štefánik byl naproti tomu zastáncem italské orientace - na Slovensku již v té době byl Československý armádní sbor legionářů z Itálie, jehož velitelský sbor tvořili z velké části Italové.