После роспуска Думы в июне 1907 года арестован по делу социал-демократической фракции. 4 декабря того же года Особым присутствием Сената осуждён по 100 статье и первой части 102 статьи Уголовного Уложения на 4 года каторжных работ, позднее по болезни каторга была заменена 6 годами тюрьмы. Отбывал в Николаеве (1908—1909) и Вильно (1911—1913). Заболел острым психическим расстройством, находился на излечении в больнице близ Вильно. В 1913 году родители Махарадзе подали на высочайшее имя прошение о его помиловании в связи с умопомешательством, однако положительного ответа не последовало. В том же году освобождён из тюрьмы после окончания срока и сослан в село Тасеево Канского уезда Енисейской губернии. Там занимался сельским хозяйством. Два с половиной года был старостой сообщества ссыльнопоселенцев. В 1916 примкнул к циммервальдскому движению. В начале 1917 нелегально выехал в Иркутск.