В 2008 году «Динамо» продолжило прогрессировать — итогом стало 3-е место и возможность принять участие в Лиге чемпионов. Это была вторая бронзовая медаль чемпионата России для Колодина. Также в этом сезоне прошёл чемпионат Европы, оказавшийся удачным для сборной России, которая вышла в полуфинал. Колодин сыграл важную роль в успехе команды — он был основным центральным защитником сборной и провёл 4 матча. После Евро трансферная цена на Дениса, по мнению авторитетного немецкого ресурса Transfermarkt выросла почти на 1 млн евро, причём остальные центральные защитники сборной России в цене упали. В целом удачный для Колодина сезон был испорчен первой в профессиональной карьере серьёзной травмой — 27 сентября, в матче 23-го тура чемпионата России с «Крыльями Советов», защитник самарцев О Бом Сок нанёс Денису серьёзную травму голеностопа. Россиянину потребовалась операция и длительное восстановление. Травма была столь серьёзной, что Денис думал и о завершении карьеры. Однако неудачи в концовке сезона не повлияли на общую оценку игры Колодина — он в 3-й раз подряд был включён в список 33 лучших футболистов чемпионата России и вернул себе первое место на своей позиции. Итоговые показатели сезона — 22 матча и один забитый мяч в ворота ЦСКА.