ヴィシー政権成立後の1940年6月25日に陸軍総司令官に就任し、そして同年9月6日には陸軍大臣に任命され1941年8月11日までその職にあった。アンツィジェールは陸軍大臣としてドイツに対しては「講和会議の開始前」に戦争捕虜の解放や、休戦協定の軍事事項の緩和、イギリスからの植民地防衛の為の諸政策、自立したフランス軍の増強の交渉を進め、かつての同盟国であったイギリスに対してはメルセルケビール海戦の報復として1940年9月24日と25日に3度に渡りジブラルタルに空襲を仕掛け、イタリアに対しては政府を代弁する形でフランスはイタリアを勝者とは見ていないと説明するなどヴィシー政権の微妙な立場を確保・維持・発展させるため多方面に活動した。国内にあっては当初、ピエール＝エティエンヌ・フランダン（） 副首相とフランソワ・ダルラン海軍大臣との三頭政治を組織し、のちにはフィリップ・ペタン主席に解任されたピエール・ラヴァル元副首相の復権に尽力した。