Si consolida poi a livello mondiale con "Mysterious Skin" del 2004 difficile resoconto di una storia di vita vissuta e in un certo senso stroncata dalla piaga della pedofilia, subita dai due giovani protagonisti durante l'infanzia, i quali risultano essere caratterialmente all'apice, come in "The Living End", è il film più serio realistico e "posato" dell'autore nippo-americano, anche sicuramente in termini di budget e qualità di produzione, scelta di materiali e finezza di pellicola. Nel 2007 dirige "Smiley Faces", che si rivela essere un film completamente diverso dai precedenti, privo di ogni qualsivoglia segno di violenza, furia omicida o torbidi accostamenti sessuali; incentrandosi totalmente su un prodotto di commedia, mantenendo sempre uno stile univoco e originale. Nel 2010 dirige "Kaboom", vincendo la "Queer Palm" al Festival di Cannes 2010.