Несмотря на снижение тиража, «Независимая газета» оставалась значимым изданием для образованной политизированной аудитории. В период Конституционного кризиса 1992—1993 годов Третьяков отступил от первоначалального формата, предоставив в обмен на финансирование площадку мнениям в пользу тех или иных политических сил. Газета вновь заявила о себе после введения предварительной цензуры СМИ в октябре 1993 года, выпустив номер с пустыми белыми полосами на месте снятых цензорами материалов. Последовавшая за кризисом политическая стабильность 1994—1995 годов лишила издание экономической состоятельности. Десятого декабря 1994 года газета впервые вышла с четырьмя полосами вместо восьми, а после номера от 23 мая 1995 года редакция была отправлена в бессрочный отпуск. Третьяков не мог выплатить зарплаты, а долг перед типографией достиг суммы 0,5-1 миллиарда рублей (от 108 до 216 тысяч долларов по курсу на конец года). Попытка Третьякова профинансировать «Независимую газету» через создание акционерного общества не увенчалась успехом.