Als der Kaiser 1546 gegen den Schmalkaldischen Bund in den Krieg zog ernannte der Kaiser fünf Heerführer, einer davon war Georg von Hegnenberg-Dux. Bei der siegreichen Schlacht bei Mühlberg an der Elbe (1547) kommandierte der Hegnenberger ein Regiment. Im gleichen Jahr ernannte der Bayernherzog den kaiserlichen Kriegsoberst Georg von Hegnenberg-Dux zum Statthalter der am besten ausgebauten Festung Ingolstadt. Damit hatte dieser die „vorzüglichste Militär- und Ehrenstelle in Bayern“ inne. Später war er auch Pfleger in Abensberg. Als Altersruhesitz erwarb er das Schloss Dolling bei Ingolstadt.