Im Jahr 1630 wurde er Obrist in kaiserlichen Diensten und Kommandeur eines Kürassierregiments unter Feldmarschall Pappenheim. Im Dienste von Tilly war Bönnighausen 1630/31 maßgeblich an der Belagerung und Eroberung von Magdeburg beteiligt. Im Dezember 1630 lag er mit 500 Kavalleristen und 600 Infanteristen im Dorf Salbke vor Magdeburg. Bei den Plünderungen der Stadt raubte er sich ein großes Vermögen zusammen.