1630年、伯母のネーデルラント総督イサベルから後継者に指名されたため、フェルナンドはネーデルラントへ移った。三十年戦争では同族のオーストリア・ハプスブルク家を助けて1634年に母方の従兄で姉マリア・アナの夫フェルディナントとドイツで合流、ネルトリンゲンの戦いでスウェーデン・ハイルブロン同盟に勝利してネーデルラントへ出向したが、オランダとの八十年戦争及びフランスとのフランス・スペイン戦争（西仏戦争）ではオランダ・フランスの攻勢に押されてブレダを始めとする幾つかの拠点を失った。フランドル戦線からポルトガルの独立運動（ポルトガル王政復古戦争）を鎮圧するための部隊を引き抜かれたことも痛手となった。