Em 29 de novembro de 1963, o Presidente Lyndon B. Johnson apontou Ford para a Comissão Warren, uma força-tarefa especial criada para investigar o assassinato do Presidente John F. Kennedy. Ford foi designado para preparar uma biografia do assassino acusado Lee Harvey Oswald. Ele e Earl Warren também entrevistaram Jack Ruby, o homem que matou Oswald. De acordo com um memorando do FBI de 1963, que foi liberado ao público em 2008, Ford esteve em contato direto com o FBI durante todo o seu tempo na Comissão Warren e transmitiu informações ao vice-diretor, Cartha DeLoach, sobre as atividades do painel. No prefácio de seu livro, "A Presidential Legacy and The Warren Commission", Ford defendeu o trabalho da comissão e reiterou seu apoio às suas conclusões.