Em 637, pouco tempo depois da captura de Jerusalém pelos exércitos islâmicos, Omar, o segundo califa, visitou Belém e prometeu que a Basílica da Natividade seria preservada para o uso dos cristãos. Uma mesquita dedicada a Omar foi construída sobre o local da cidade onde ele orou, nas proximidades da igreja. Belém passou então para o controle dos califados islâmicos dos Omíadas, no , e dos Abássidas, no . Um geógrafo persa registrou, no meio deste século, que uma igreja muito bem preservada e extremamente venerada existia na cidade. Em 985, o geógrafo árabe Mocadaci visitou a cidade, e referiu-se à sua igreja como "Basílica de Constantino, à qual não existe igual em qualquer outro lugar do país." Em 1009, durante o reinado do sexto califa fatímida, Aláqueme Biamir Alá, a Basílica da Natividade foi demolida, sob suas ordens; sua reconstrução foi autorizada por seu sucessor, Ali Azair, como forma de consertar as relações entre os fatímidas e o Império Bizantino