A Matsalu-öböl Európa egyik legjelentősebb vizes madárélőhelye, amely a kelet-atlanti madárvonulási útvonal menti elsődleges elhelyezkedésének köszönhető. Nagy számú vándormadár használja Matsalut pihenőhelyként. Minden tavasszal több mint kétmillió vízimadár halad át Matsalun, ebből körülbelül 1,6 milliót tesz ki a jegesrécék száma. Kiemelkedő fontossága miatt 1957 óta védett, 1994 óta rámszari terület 2015-ben pedig Európa Diplomával tüntették ki.