Gregg palveli väliaikaisessa konfederaation kongressissa Manassassin eli Bull Runin ensimmäiseen taisteluun, jonka jälkeen hän palasi Texasiin ja muodosti 7. Texasin jalkaväkirykmentin. Gregg ja 7. Texasin jalkaväkirykmentti osallistuivat ensimmäiseen taisteluunsa Fort Donelsonissa 12.–16. helmikuuta 1862, missä he jäivät sotavangeiksi. Hänet lähetettiin Fort Warreniin Bostoniin, Massachusettsiin. Hän vapautui myöhemmin samana vuonna vankienvaihdossa, minkä jälkeen Gregg ylennettiin prikaatinkenraaliksi 29. elokuuta 1862 ja sijoitettiin Mississippin taistelunäyttämölle.