In totale violazione del patto di non aggressione Molotov-Ribbentrop l'esercito della Germania nazista invase nel 1941 il territorio dell'Unione Sovietica. Al contrario di molte truppe sovietiche che vennero sopraffatte dall'effetto sorpresa dell'assalto, Bagramjan ed il suo comandante, il generale Michail Kirponos, erano preparati all'invasione nazista che reputavano inevitabile. Bagramjan era oltretutto convinto, a ragione e contrariamente dal suo comandante, che l'attacco avrebbe utilizzato la tecnica del "blitzkrieg" o "guerra lampo" già usata dai nazisti nell'invasione della Polonia nel 1939 e in Europa occidentale nel 1940. Per questo motivo già dall'inverno del 1939 Bagramjan si preparò all'invasione preparando un piano di battaglia per fronteggiare qualsiasi minaccia proveniente dall'Ucraina occidentale che, dopo diverse revisioni, venne ufficialmente approvato il 10 maggio 1940.