Il 17 maggio seguente, ha prolungato il contratto con il Milan firmando un accordo quinquennale fino al 30 giugno 2016. Il 6 agosto 2011 ha vinto la Supercoppa italiana con il Milan battendo l'Inter a Pechino per 2-1. Il 13 settembre seguente ha segnato la sua prima rete in Champions League, realizzando nei minuti di recupero con un colpo di testa su calcio d'angolo il gol che ha determinato il 2-2 finale al Camp Nou contro il Barcellona nella prima giornata della fase a gironi. Il 27 novembre 2011 ha indossato per la prima volta la fascia di capitano del Milan in occasione della partita casalinga contro il Chievo; nel corso della gara ha anche segnato la prima rete dell'incontro con un tiro dal limite dell'area su assist di Boateng. Il 24 marzo 2012, durante la gara di campionato contro la Roma, è stato costretto a lasciare il campo a causa di una lesione muscolare al bicipite femorale della coscia destra che gli ha causato circa due mesi di stop.