Con el estallido de la Guerra Civil Costarricense luego de las elecciones de 1948 en las que Otilio Ulate fue el supuesto ganador, se dividió al país en dos bandos; opositores y partidarios del gobierno. La comunidad judía era vista como partidaria del gobierno, mientras que los alemanes e italianos eran abrumadoramente anticalderonistas debido a las persecuciones. Tras el triunfo de las fuerzas rebeldes se prendió fuego a la Sinagoga de San José, pero no se produjeron más ataques antisemitas en parte debido a la oposición del caudillo victorioso José Figueres.