Po zakończeniu drugiej kadencji José Manuel Barroso powrócił do pracy naukowej w tym jako profesor Universidade Católica Portuguesa i Uniwersytetu Genewskiego. W lipcu 2016 został doradcą w londyńskim oddziale Goldman Sachs, zajmując się polityką banku wobec procesu opuszczenia Unii Europejskiej przez Wielką Brytanię. Objęcie tego stanowiska tuż po upływie 18 miesięcy od odejścia z Komisji Europejskiej, chociaż będące zgodne z formalnymi wymogami dotyczącymi unikania konfliktu interesów, skłoniło europejskiego rzecznika praw obywatelskich do podjęcia inicjatywy na rzecz zaostrzenia zasad podejmowania pracy przez członków KE po zakończeniu kadencji.