במהלך ניקוי בסגל, זניט איבדה רבים משחקניה הטובים, אך הצטרפו אליה שחקנים שהיוו חלק מהסגל שזכה בתואר הלאומי הראשון של הקבוצה: הגביע הסובייטי בכדורגל 1944: בוריס לוין-קוגן, ניקולאי סמירנוב, בוריס צ'וצ'לוב, אלכסיי יבלוצ'קין, לאוניד איוואנוב (שבהמשך הפך לאחד השוערים הטובים אך אז, ב-2 במאי 1939, עלה לראשונה בגיל 17 והיה השוער הצעיר ביותר בהרכב הקבוצה הבוגרת של זניט), ויקטור בודרוב, ניקולאי קופוס, יבגני אודינצוב (שהיה שחקן זניט הראשון להבקיע שלושער) ואחרים. זניט פתחה את עונת 1941 בהנהגת מאמן חדש, קונסטנטין למשב בן ה-33, שלא נחשב למאמן כשרוני במיוחד. עם זאת, בתחילת קיץ 1941, הקבוצה התחדשה לגמרי ובצעדיה הראשונים לזכייה בתארים לאומיים התחילה בניצחון סנסציוני ב-17 ביוני 1941 על ספרטק מוסקבה החזקה. המשחק ההוא היה המשחק האחרון של זניט ערב מלחמת המולדת הגדולה: ב-22 ביוני 1941 החלה הפלישה הנאצית לברית המועצות והמשחק המתוכנן בין זניט לספרטק חרקוב באותו היום בוטל.