Til tross for de vanskelige to forrige sesongene var Panis i betrakting som fører for Williams for 2000-sesongen, men han avslo for i stedet å være testkjører for McLaren. Dette hjalp Panis til å få vist seg fram for andre toppteam i F1, og for 2001-sesongen ble han fører for British American Racing (BAR). BAR var imidlertid ikke det toppteamet han hadde håpet på, og han endte på fjortendeplass i mesterskapet begge sesongene han var der, med totalt 8 poeng. Hans høyeste plassering for BAR var fjerdeplassen i Brasil i 2001. Han avsluttet også debutløpet for BAR-teamet i Australia på fjerdeplass, men fikk en 20-sekunders tidsstraff for brudd på gulflagg-reglene og havnet med det på syvendeplass. På grunn av dette oppnådde også Kimi Räikkönen å score sitt første poeng i F1.