На 15 април 1918 г. линкорът облизва грунта в устието на река Яде, но без съществени повреди по корпуса. От 23 до 24 април участва в последния боен поход на флота до парала на Ставангер в Норвегия. От 23 септември 1918 г. „Байерн“ е флагмански кораб на 2-ра ескадра. На 21 ноември 1918 г., според условията на примирието с Антантата, преминава в Скапа Флоу и е интерниран. На 21 юни 1919 г., заедно с другите кораби на германската флота, е самопотопен. Както и останалите потънали в Скапа Флоу кораби, е продаден на фирма за скрап. Линкорът лежи нагоре с кила на дълбочина около . Първият опит за изваждането му, на 18 юли 1934 г., е неуспешен – оставайки на повърхността за 30 минути, корабът отново отива под водата. Окончателно „Байерн“ е изваден едва на 1 септември 1934 г. Той е отбуксиран в Розайт и разкомплетован за метал в течението на 1935 г.