Після вторгнення СРСР до Польщі на початку Другої світової війни органи НКВС СРСР закрили польські школи у м. Львові та не давали працювати сестрам-черницям. "Марія Антоніна" переїхала разом зі своїми черницями до Микуличина в грудні 1939 р. (або лютому 1940 р.). Радянська влада здійснювала напади на католицький монастир у Микуличині, потім влада СРСР націоналізувала його та вислала з нього черниць; їм було заборонено дотримуватися своїх релігійних звичок. Львів був захоплений Третім Рейхом у червні 1941 р., як початок реалізації плану «Барбароса». Через рік монахиня "Кратохвіль" була заарештована Гестапо 9 липня 1942 р. разом із шістьма іншими монахинями та кинута до в'язниці в м. Станіславові (нинішнє м. Івано-Франківськ), столиці «монашої католицької провінції» з численним польсько-єврейським населенням, захопленим у гето Станіславова. Черниць тримали в камері з десятками інших жінок. Сестра "Кратохвіль" виступала проти жорстокого поводження з єврейськими жінками-в'язнями в установі Гестапо, ким керував один з організаторів Голокосту "хауптштурмфюрер СС" Ганс Крюгер. Як покарання за «зухвалість», "Кратохвіль" зазнала жорстокого побиття. Повернувшись до тюремної камери вся закривавлена, вона вже не могла лежати на спині. Шість сестер-черниць були звільнені наприкінці вересня 1942 р., після тижнів допитів. "Марія Антоніна" померла від поранень 2 жовтня 1942 р. у лікарні за п'ять днів після звільнення з в'язниці. Похована на кладовищі Сапежинських у Станіславові. Сестра "Кратохвіль" була оголошена на 3-й міжнародній зустрічі "Шалом" покровителькою цього заходу, що відбувся в Сальвадорі в серпні 2000 р.. Про її життя у 2001 р. вийшла коротка книга.