A estreia na temporada de Zapata na Serie A aconteceu no dia 7 de outubro, em casa, contra o Chievo. No entanto, Zapata não seria titular até Musacchio ter sofrido uma lesão contra o Betis no dia 8 de novembro. Musacchio ficou fora de cinco jogos devido a lesão, mas não voltou a ser titular após se recuperar. Zapata foi titular na vitória do time sobre a Sampdoria, na Copa da Itália, e na derrota da Supercopa para a Juventus em 2019. Terminou a temporada com 20 jogos disputados em todas as competições, tendo o seu contrato não renovado pelo clube.