Nella stagione successiva passa in Serie A; comprato inizialmente dal , il suo cartellino è subito ceduto al . Debutta in Serie A il 29 agosto 1993: a 20 anni diviene il perno del centrocampo azzurro: il tecnico Marcello Lippi lo utilizza per esprimere la sua tattica fatta di verticalizzazioni e gioco veloce. Pecchia comprende questo modulo e, grazie a una buona visione di gioco e duttilità tattica, s'impone come uno dei migliori talenti italiani dell'epoca.