Podczas II wojny światowej, w grudniu 1942 roku, zaciągnął się do piechoty morskiej. Brał udział w wojnie na Pacyfiku, w walkach o Peleliu i Okinawę. Podczas ciężkich starć na Peleliu oraz w trwającej blisko trzy miesiące kampanii na Okinawie, Eugene Sledge nie został nawet ranny, mimo poniesionych bardzo dużych strat w jednostce. Zwolniony ze służby w lutym 1946 roku wrócił do Alabamy.