Последним «испытанием» для театра было наводнение в августе 2002 года, когда уровень воды в Эльбе поднялся выше нормального на 9,40 метра, ущерб составил 27 млн евро. После трехмесячных восстановительных работ театр вновь был открыт для зрителей. Открытие театрального сезона состоялось, вместо запланированного 13 августа, только 9 ноября показом балета «"Иллюзии как Лебединое озеро"». После объединения Германии Дрезденская опера официально стала называться «"Саксонской государственной оперой"» ().