В 2000 году Исагирре принял участие в Олимпийских играх в Сиднее. 30 мая того же года в товарищеском матче против сборной Канады он дебютировал за сборную Гондураса. В 2001 году Хуниор принял участие в Кубке Америки. На турнире он сыграл в поединках против сборных Уругвая и Бразилии. В поединке против Уругвая он забил свой дебютный гол за национальную команду.