Josef Stalin 1927 yılında yapılan 15. Kongre ile parti içinde izlemekte olduğu siyasi hatta muhalefet eden son muhalefeti de tasfiye ettikten sonra 1929 yılıyla beraber NEP politikasından çıkarak hızlı sanayileşme ve kolektivizasyona ağırlık vermeye başlar. Tomski, beraber hareket ettiği Nikolay Buharin ve Aleksey İvanoviç Rikov gibi daha ılımlı bir geçişi öngörmektedir. Bu siyasi hatta muhalefet eden Tomski sağ politikalarından ötürü Merkez Komitede suçlanır ve tasfiye edilir. Özeleştiri veren Tomski görece kimya sanayisiyle ilgili önemsiz bir göreve atanır ve sendikal görevlerinden alınır. 1930 yılında yapılan 16. Kongre sonrasında Politbüro’ya yeniden seçilmese de 1934 yılındaki bir sonraki kongreye kadar Merkez Komite üyesi olmaya devam eder.