Rotan begon zijn carrière bij Dnipro Dnipropetrovsk. In zijn eerste periode bij de club uit Dnjepropetrovsk speelde hij 105 wedstrijden en wist hij elf keer te scoren. In 2005 ondertekende hij een contract bij FC Dynamo Kiev. Met deze club werd hij in 2007 kampioen van Oekraïne. Tevens won hij met de club uit Kiev twee keer de Oekraïense beker en twee keer de Oekraïense supercup. In 2008 keerde hij terug bij Dnipro Dnipropetrovsk. Hij speelde meer dan 200 competitiewedstrijden voor de club en verloor in 2015 de finale UEFA Europa League. Medio 2017 ging hij voor Slavia Praag on Tsjechië spelen maar hij maakte het seizoen 2017/18 af bij Dynamo Kiev.