L'església sobrevisqué fins al , quan fou abandonada. Fou saquejada pels mateixos romans d'Orient i després pels croats en el que es denominà el saqueig de Constantinoble el 1204, durant els saqueigs se'n portaren escultures i altres elements arquitectònics de l'edifici que més endavant serien reutilitzats. Algunes peces de Sant Polieucte es reutilitzaren en el monestir de Crist Pantocràtor (la moderna mesquita Zeyrek); altres peces, com els capitells, arribaren a llocs tan remots com Venècia, Barcelona i Viena, inclosos els anomenats "Pilastri Acritani" ('pilars d'Acre') que ara es troben a la basílica de Sant Marc a Venècia.