Più tardi, il Grande Sejm del 1788-1792 introdusse alcune riforme, tra cui un pianificato aumento delle truppe dell'esercito allo scopo di difendere i confini della nazione. Kościuszko percepì la possibilità di tornare al servizio militare e trascorse un po' di tempo a Varsavia, tra coloro che erano impegnati nei dibattiti politici al di fuori del Grande Sejm. Inoltre, si preoccupò di presentare una propria proposta di organizzazione dell'organigramma militare sul modello del meccanismo americano. Man mano che la pressione politica cresceva per allestire l'esercito e gli alleati politici di Kościuszko acquisivano influenza sul re, il combattente tornato dall'America fece nuovamente domanda per una commissione e il 12 ottobre 1789 fu nominato a capo di una di esse in qualità di maggior generale, ma, con suo sgomento, nell'esercito del Regno di Polonia (si ricordi che egli era di etnia lituana). Questi iniziò a percepire l'alto stipendio di 12.000 złoty all'anno, ponendo fine alle sue difficoltà finanziarie. Il 1º febbraio 1790 si presentò in servizio a Włocławek, e dopo pochi giorni scrisse in una lettera, definendo gli abitanti locali "pigri" e "indolenti", in contrasto con i "lituani buoni e parsimoniosi". Nella stessa lettera, Kosciuszko pregò il generale Franciszek Ksawery Niesiołowski di essere trasferito nell'esercito del Granducato di Lituania, ma i suoi desideri non si trasformarono in realtà. Intorno all'estate, comandò alcune unità di fanteria e cavalleria nella regione tra i fiumi Bug e la Vistola. Nell'agosto 1790 fu assegnato di stanza in Volinia, più precisamente vicino a Starokostjantyniv. Il principe Józef Poniatowski, nipote del monarca, riconobbe la superiore esperienza di Kościuszko e lo nominò suo secondo in comando, lasciandolo agire in sua vece quando era assente.