Khi xung đột hồ Khasan nổ ra, các đơn vị biên phòng, Sư đoàn bộ binh 40 và Quân đoàn súng trường 39 là những đơn vị trực tiếp tham chiến. Tuy giành được thắng lợi, đẩy lùi quân Nhật về bên kia biên giới, nhưng những tổn thất nặng nề cộng với chỉ huy yếu kém, bộ chỉ huy bị kỷ luật nặng nề. Ngày 31 tháng 8 năm 1938, Phương diện quân Viễn Đông bị giải thể theo quyết định của Hội đồng quân sự tối cao. Lực lượng Phương diện quân bị chia thành các Tập đoàn quân đặc biệt Cờ đỏ số 1 và số 2, trực thuộc trực tiếp Dân ủy Quốc phòng.