Argentiinan maajoukkueessa Riquelme on pelannut vuodesta 1997. Samana vuonna hän oli voittamassa alle 20-vuotiaiden maailmanmestaruutta. Vuoden 2006 syksyllä Riquelme ilmoitti päätöksestään vetäytyä Argentiinan maajoukkueesta vedoten hänen äitinsä heikentyneeseen terveydentilaan. Riquelme palasi kuitenkin maajoukkueeseen vuoden 2007 Etelä-Amerikan mestaruusturnausta, Copa Américaa varten. Hän kuului jokaisessa ottelussa Argentiinan kokoonpanoon ja teki viisi maalia ollen näin kisojen toiseksi paras maalintekijä kuusi maalia tehneen Robinhon jälkeen. Hän kuului joukkueen kokoonpanoon myös vuoden 1999 Copa Américassa sekä vuoden 2006 MM-kilpailuissa. Maaliskuussa 2009 saatiin Riquelmen maajoukkueuralle uusi käänne, kun Argentiinan päävalmentaja Diego Maradona päätti jättää Riquelmen pois joukkueen kokoonpanosta ystävyysottelussa Ranskaa vastaan, jonka jälkeen Riquelme ilmoitti että hän ei ole maajoukkueen käytettävissä niin kauan kuin Maradona jatkaa maajoukkueen valmentajana.