베를린에서 2006년 FIFA 월드컵 결승전을 치르기 전, 지단은 대회 최우수 선수로 골든볼을 받았다. 그는 이미 2005-06 시즌을 끝으로 레알 마드리드 계약이 만료되면서 은퇴할 의사를 밝혔기에 축구계는 지단의 경력 마지막을 장식할 순간을 두 번째 FIFA 월드컵 결승전으로 보았다. 경기 시작 7분 만에 지단은 페널티킥으로 프랑스가 앞서나가게 되었고, 그는 펠레, 파울 브라이트너, 바바에 이어 두 번의 FIFA 월드컵 결승전에서 득점을 기록한 4번째 선수가 되었고, 바바, 펠레, 그리고 제프 허스트와 함께 3골로 FIFA 월드컵 결승전에서 가장 많은 골을 기록한 선수가 되었다. 그는 연장 전반에 또다시 득점할 수 있었지만, 이번에는 그가 머리로 넣으려 한 공이 이탈리아의 수문장 잔루이지 부폰에 막혔다. 이후 지단은 110분에 마르코 마테라치의 가슴을 가격해 퇴장당했고, 그 없이 진행된 승부차기에서 이탈리아에 3-5로 졌다. 지단의 행위는 세계 언론 1면을 장식했는데, 프랑스의 "르 피가로"지는 그의 박치기가 "혐오스러웠다"고 평했고, "레키프"지 1면은 "영원히 우리의 본보기 대상이 되었던 당신에 대해 우리 아이들에게 무엇이라 말하면 좋을까요? ... 어떻게 당신과 같은 분에게 이런 일이 있을 수 있습니까?"라고 질문을 던졌다.