År 1700 utbröt det stora nordiska kriget mellan Sverige och Ryssland. Kriget går i Finland under benämningen Stora ofreden. Tretton år efter att kriget hade börjat hade de ryska marktrupperna avancerat så långt som till Åbo. Följande sommar, år 1714, nådde den ryska flottan lika långt och skärgården, som ditintills hade varit skyddad av den svenska flottan, ockuperades likaså. Den södra skärgården tömdes på folk. Sammanlagt flydde tusentals personer till Sverige från Åland och den östra rikshalvan. I listor över vilka flyktingar som fått ekonomisk hjälp i Sverige omnämns endast en Nagufamilj, kyrkoherde Gustaf Salonius med hustru och nio barn. Det finns även uppgifter om att prästen på Själö samt de friskare patienterna på hospitalet där skulle ha flytt och att endast 15 intagna patienter av 80 skulle ha överlevt Stora ofreden. Av tingsprotokoll från tiden närmast freden 1721 framgår att många andra Nagubor vistats i Sverige, men troligen slagit sig ner i den svenska skärgården och där försörjt sig genom fiske och jakt, vilket skulle betyda att de aldrig upptogs i listor över flyktingar som fått hjälp. Tingsprotokollen återspeglar många tvister som uppstod när folk återvände till sina hem sju år senare. Till och med hela hus kunde ha flyttats till en granngård där gårdsfolket hade valt att stanna kvar. Under den ryska ockupationen tvångsutskrevs flera män till krigstjänst i den ryska armén. Från Nagu togs 16 man, varav ingen kom tillbaka. Återvändande tvångsvärvade soldater från grannsocknar kunde berätta att åtminstone fyra män från Nagu hade fått marschera vidare från S:t Petersburg till Moskva och Astrachan i Ryssland.