La sua ultima apparizione televisiva avvenne durante un’intervista in cui discuteva con l’amico e collega Neil deGrasse Tyson il proprio punto di vista sui concetti di tempo e spazio prima del Big Bang. Il giorno della sua morte la bandiera del Gonville and Caius College di Cambridge fu eretta a mezz'asta e un libro di condoglianze fu firmato da studenti e visitatori. Inoltre al termine dei Giochi paralimpici invernali 2018 tenuti a Pyeongchang, il presidente dell'IPC Andrew Parsons ha ricordato Hawking attraverso un discorso conclusivo. I suoi funerali, solennemente privati, si sono svolti il 31 marzo presso la Chiesa di Santa Maria Maggiore di Cambridge, chiesa del prestigioso ateneo dove ha insegnato per 50 anni, con rito anglicano nonostante l'ateismo del fisico; al funerale erano anche presenti gli attori Eddie Redmayne e Felicity Jones, che interpretarono rispettivamente i ruoli dello stesso Hawking e Jane Wilde nel film "La teoria del tutto". Il suo corpo è stato cremato e le ceneri sono state interrate nell'Abbazia di Westminster, vicino ai sepolcri di Isaac Newton e Charles Darwin.