В ході Каргільського конфлікту стосунки між Мушаррафом і тодішнім прем'єром Шарифом стали дуже напруженими. Дипломатичні кроки прем'єра Мушарраф його товариші по службі і прихильники розцінювали як капітулянтські. До того ж, Шариф не дуже прагнув забезпечити політичне прикриття військовим і заявив, що ті діяли за власною ініціативою. Відступ пакистанців виявився кровопролитним і посилив ворожість між генералитетом і прем'єр-міністром.