Nach seiner Rückkehr nach Dänemark nahm Eske Bille an der Krönung Christians III. teil und wurde dabei auch zum Ritter geschlagen. Damit wurde er zu einer führenden Persönlichkeiten des Reiches. Während der häufigen Abwesenheit des Königs wirkte er im Schloss Kopenhagen als dessen Statthalter. 1538 nahm er an einem Fürstentreffen in Braunschweig teil und wurde zusammen mit Peder Svave zu Verhandlungen zum französischen König Franz I. entsandt. 1541 führte er die dänische Verhandlungsdelegation an, die den Bündnisvertrag von Fontainebleau mit Franz I. aushandelte. Er wurde noch mit weiteren diplomatischen Missionen betraut. 1547 wurde er mit vielen Reichsräten nach Deutschland entsandt, um im schmalkaldischen Krieg zu vermitteln. Im gleichen Jahr wurde er Reichshofmeister. Am Ende seines Lebens trat er zum lutherischen Glauben über.