Начавшаяся в 1494 война с французами на несколько лет разлучила супругов. В 1496 Федериго стал королём Неаполя и в 1498 Изабелла торжественно вступила в освобождённую столицу, где воссоединилась с мужем. Но уже в 1501 Федериго был отстранен от власти королём Франции Людовиком XII и собственным двоюродным дядей Фердинандом II Арагонским, поделившими Неаполитанское королевство. Королевская семья бежала на Искью, где Федериго сдался Людовику и был увезен во Францию. Старший сын и наследник, Ферранте, герцог Калабрийский, был захвачен арагонцами и отправлен в Испанию.