Ян Пека родился 27 июля 1894 года. Начинал играть в хоккей в 1912 году в Карлине, с 1914 года играл за команду «Спарта» (Прага). С 1927 года выступал за хоккейный клуб ЛТЦ Прага. Участник международных соревнований по хоккею. Бронзовый медалист чемпионата мира по хоккею 1920 года (в рамках летних Олимпийских игр 1920 года в Антверпене) и мирового чемпионата 1933 года, который проходил в Праге. Чемпион Европы 1925, 1929 и 1933 годов. Серебряный призёр чемпионатов Европы по хоккею с шайбой 1913, 1926 и 1936 годов, бронзовый призёр чемпионатов Европы 1931, 1934 и 1935 годов. Также является 4-кратным обладателем Кубка Шпенглера.