En el contexto de la reciente derrota republicana en Santander, al crearse el 24 de agosto de 1937 el Consejo Soberano de Asturias y León es nombrado presidente del mismo. Al frente de este "cantón" independiente destituyó al general Gamir Ulibarri como comandante del Ejército del Norte, y nombró al coronel Adolfo Prada como comandante del mismo. El historiador británico Hugh Thomas decía de ella que "la política practicada por la «República de Asturias» era la más adecuada para «fabricar fascistas»". El coronel Prada informó al presidente Azaña de la pésima situación de la retaguardia republicana y de las políticas de Belarmino Tomás, quién se negaba a aceptar la existencia de una quinta columna que actuase. Permaneció en Gijón, sede del Consejo Soberano, hasta que el 20 de octubre la derrota en Asturias se hizo inevitable, cuando Tomás y otros líderes obreros emprendieron la huida. Tras la caída del Frente Norte se trasladó a la Zona Centro, donde pasó a desempeñar el cargo de Comisario General de Aire (por ende, de las Fuerzas Aéreas republicanas). Desde este cargo, en el que mostró poco efectividad, tuvo numerosos enfrentamientos con los pilotos españoles y los asesores soviéticos.