Per oltre 256 anni, le Indie Orientali Spagnole furono del Vicereame della Nuova Spagna, che era governato da Città del Messico dal 1565 al 1821. La Spagna prese diretto controllo delle isole dopo la Guerra d'indipendenza del Messico del 1821. Queste regioni furono governate da Madrid fino al 1898.