Dopo la fine del ciclo di Capello, la carriera di Baresi si prolungò di una sola stagione, tribolata per il Milan, passato da Óscar Tabárez al rientrante Arrigo Sacchi. Il 19 gennaio 1997 il difensore giocò la sua 700ª partita con il Milan ed annunciò il suo ritiro dal calcio giocato al termine dell'annata 1996-1997. Il 1º giugno 1997, all'età di 37 anni, disputò la sua ultima partita in maglia rossonera (Milan-Cagliari 0-1). Per la prima volta nella storia del calcio italiano la società decise di ritirare la maglia "numero sei" da lui indossata.