Tra gli allenatori degli anni 2000 si ricordano Alberto Cavasin, tecnico dei giallorossi dal 1999 al 2001, artefice di due salvezze consecutive in Serie A nel Salento e vincitore della Panchina d'oro nella stagione 1999-2000, prima dell'esonero. Al suo posto arrivò Delio Rossi, che dopo una sola stagione in B riportò il Lecce in massima serie. Nella stagione 2004-2005 arrivò a Lecce Zdeněk Zeman, che portò nel Salento gol e spettacolo. Il Lecce raggiunse una tranquilla salvezza, realizzando 66 gol (secondo miglior attacco del campionato dopo quello della ) e subendo ben 73 gol. Per la prima volta nella storia della Serie A la squadra con la peggior difesa non retrocesse. Nel 2005-2006 si alternarono sulla panchina del Lecce tre allenatori, l'ultimo dei quali, il salentino Roberto Rizzo, aveva militato nel Lecce da calciatore e aveva portato la formazione Primavera dei giallorossi alla vittoria, tra l'altro, di due 2 campionati, 2 Coppe Italia e 1 Supercoppa di Lega.