L'Église est fondée en 1922, après la dissolution de l'Empire autro-hongrois. Pendant la Seconde Guerre mondiale, elle s'opposa aux nazis. Après le coup d'état communiste de 1948 en Tchécoslovaquie, l'Église luthérienne perdit le contrôle de ses écoles et de ses services sociaux ; nombre de ses périodiques cessèrent de paraître et une partie de son clergé fut persécuté. Jusqu'en 1989, l'Église vécut sous le strict contrôle de l'État, jusqu'en 1993 quand le Synode adopta une nouvelle constitution.