יונאי המשיך לכהן בתפקיד שר הימייה בממשלותיהם של הנסיך היגשיקוני ושל קיג'ורו שידהרה מאוגוסט 1945, ופיקח על פירוק הצי הקיסרי היפני. הוא אף מילא תפקיד חשוב בבית הדין הבינלאומי הצבאי למזרח הרחוק, כשעבד עם הנאשמים העיקריים, בעיקר הידקי טוג'ו, על עדותם כך שלא תפליל את הקיסר. לאחר המלחמה הקדיש יונאי את זמנו לשיקום המדינה.