Książę Finlandii od 1556. W 1562 poślubił starszą o 11 lat Katarzynę Jagiellonkę. Związek małżeński zawarty został w Wilnie. Postępowanie brata król Eryk XIV Waza uznał za zdradę i w 1563 uwięził go wraz z Katarzyną na zamku Gripsholm. W 1567 uwolnieni zostali przez Radę Królestwa. Następnie, przy poparciu możnych Jan obalił rządy brata i objął tron szwedzki. W 1570 pokojem w Szczecinie zakończył wojnę z Danią (północna wojna siedmioletnia); w walkach z Rosją 1572–1583 jego dowódcy zdobyli m.in. Narwę. W czasie elekcji 1573 roku był wysunięty jako kandydat do tronu polskiego. Ponownie kandydował w elekcji 1575 roku.