Während des zweiten Koalitionskrieges gegen Frankreich war Major Pompei Kommandeur eines kurpfalz-bayerischen Feldbataillons im 11. Füsilier-Regiment und unterstand als englische Subsidientruppe dem Oberbefehl von Oberst Carl Philipp von Wrede. Während des Feldzuges fand er wiederholt Gelegenheit sich auszuzeichnen. In der Schlacht bei Meßkirch (5. Mai 1800) konnte Pompei mit seiner Einheit erfolgreich den Rückzug der österreichischen Truppen über die Donau decken. Im folgenden Gefecht bei Memmingen (10. Mai 1800) wurde Pompei verwundet. Generalmajor von Wrede berichtet an den Kurfürsten, dass Pompei sich besonders hervorgetan hatte und schlug ihn zur Beförderung zum Oberstleutnant vor. Diese erfolgte am 26. Mai 1800 mit gleichzeitiger Ernennung zum Kommandeur des Grenadier-Bataillons. Mit Armeebefehl vom 14. Januar 1805 erhielt der Oberstleutnant des 2. Linieninfanterie-Regiments Kurprinz Vincenz Graf von Pompei, für seine mit Auszeichnung geleisteten Dienste im Feldzug von 1800, das Kurpfalz-bayerische Militär-Ehrenzeichen.