En 2001, le nombre de prisonniers à Abou-Ghraib était estimé à , dont un grand nombre de Kurdes irakiens, de chiites, ainsi que d'Irakiens d'origine iranienne. Certains d'entre eux étaient détenus depuis 1980, année marquant le début de la première guerre du Golfe, opposant l'Irak à l'Iran. La plupart des détenus n'avaient jamais été inculpés ou condamnés et étaient maintenus en isolement. Des indications non confirmées évoquent des essais d'armes chimiques et bactériologiques réalisés sur ces derniers dans le cadre du programme d'armement irakien. Au printemps 2002, un agrandissement du complexe pénitentiaire fut entrepris, visant à porter de quatre à six le nombre de blocs de cellules. Mais la prison fut abandonnée avant le début de la troisième guerre du Golfe, en 2003. Après une amnistie générale en et la libération de la plupart des détenus, les forces de sécurité irakiennes détruisirent la quasi-totalité des documents de la prison, qui fut par la suite entièrement pillée et en partie incendiée.