Во время работы в Японии Кондер спроектировал свыше пятидесяти зданий, однако большинство из них не сохранилось до настоящего времени. Одной из первых его работ было превращение района Маруноути в современный деловой район в лондонском стиле. Именно Кондер спроектировал Рокумэйкан, ставший символом вестернизации в период Мэйдзи. В 1880-х годах он осуществил дизайн проекта православного Воскресенского собора в Токио (1891 год, перестроен после землетрясения в 1923 г. с изменениями по проекту Синъитиро Окады). По его проектам строились Имперский музей в Уэно, здание Министерства флота и др.