Гэта былі бядотныя гады для Англіі — спусташальная чума, з-за якой толькі ў Лондане загінула пятая частка насельніцтва, разбуральная вайна з Галандыяй, Вялікі лонданскі пажар. Але істотную частку сваіх навуковых адкрыццяў Ньютан зрабіў у самоце «чумных гадоў». З захавалых нататкаў відаць, што 23-гадовы Ньютан ужо вольна валодаў базавымі метадамі дыферэнцыяльнага і інтэгральнага вылічэнняў, уключаючы раскладанне функцый у шэрагі і тое, што пасля было названа формулай Ньютана-Лейбніца. Правёўшы шэраг дасціпных аптычных эксперыментаў, ён даказаў, што белы колер ёсць сумесь колераў спектру. Пазней Ньютан успамінаў аб гэтых гадах: