I biancorossi ricominciano l'alternanza fra prima e seconda serie, durata fino ai primi anni duemila, in cui il Bari lancia ancora vari giocatori dal suo vivaio, ne scopre alcuni provenienti da altre formazioni minori e ne valorizza altri delle prime serie nazionali ed estere. Il primo periodo più lungo passato in Serie A di questo trascorso, è il triennio 1989-1992 con mister Gaetano Salvemini, che nel 1990 porta i galletti a vincere la Coppa Mitropa, primo e unico trofeo internazionale vinto dalla squadra, e a chiudere il massimo campionato al decimo posto in classifica; nella stagione 1991-1992, dopo pesanti investimenti effettuati dall'A.S. Bari per portare nel capoluogo atleti accreditati, i biancorossi retrocedono in Serie B (con Salvemini dimesso dopo le prime cinque giornate di campionato). Dopo quest'esperienza, negli anni successivi la proprietà biancorossa rinuncerà all'acquisto di calciatori molto accreditati. Nell'estate del 1990, anche in occasione dei mondiali di Calcio è stato inaugurato il nuovo stadio San Nicola di Bari.