Julia Ciupka debütierte in der deutschen U-16 Jugendnationalmannschaft am 6. April 2007 im Spiel gegen die Niederlande (Endstand: 1:2) in St. Cugat (Spanien). Sie belegte im Jahr 2009 den 2. Platz bei der U18-Europameisterschaft in Nivelles (Belgien). Ihr erstes A-Länderspiel bestritt sie am 22. Januar 2016 bei der Hallen-Europameisterschaft in Minsk (Weißrussland), bei der Deutschland unter Trainer Aditya Pasarakonda den vierten Platz belegte. 2018 war sie mit der Nationalmannschaft Fünfte bei der Weltmeisterschaft in London. 2019 folgte die Silbermedaille bei der Europameisterschaft in Antwerpen. Zwei Jahre später erreichte sie mit der deutschen Mannschaft auch bei der Europameisterschaft 2021 in Amsterdam den zweiten Platz hinter den Niederländerinnen. Bei den Olympischen Spielen in Tokio belegte die deutsche Mannschaft den zweiten Platz in der Vorrunde. Im Viertelfinale schieden die Deutschen mit 0:3 gegen die Argentinierinnen aus.