בהתחלה, איראן ביקשה להשיג תמיכה מהאלבנים על ידי לחימה במלחמת קוסובו, והיו דיווחים על לוחמים איראנים בקוסובו, כמו גם תקשורת איראנית שהפיצה באופן גלוי חדשות על אלבנים המודים על תמיכת איראן ורצון למדינה תיאוקרטית דומה, בדומה לטקטיקות אשר איראן צברה תמיכה מוצלחת מן הבוסניאקים במלחמת בוסניה. נשיא איראן מוחמד ח'אתמי אף תמך במוסלמים אלבנים במהלך הפצצת נאט"ו על יוגוסלביה בשנת 1999. עם זאת, היחסים התקררו כאשר אלבניה החליטה להישאר בממשל פרו-מערבי חילוני ומודרני, והכירה בקיומה של ישראל, במקום מודל תאוקרטיה אסלאמית שאיראן קיוותה.