La intervención INTERFET liderada por Australia en Timor Oriental en septiembre de 1999 marcó lo más cercano a entrar en combate de los "F-111" australianos. Aviones "F-111" de los No. 1 y No. 6 Squadron fueron desplegados a la RAAF Base Tindal, Territorio del Norte, el 28 de agosto, para apoyar a las fuerzas internacionales, y permanecieron allí hasta el 17 de diciembre de 1999. Fue un esfuerzo máximo para la No. 82 Wing, y hasta 10 "F-111C" estuvieron disponibles en Tindal; el compromiso del No. 1 Squadron alcanzó un máximo de seis aviones y alrededor de 100 integrantes. El No. 75 Squadron también mantuvo 12 "F/A-18" en su base de Tindal para apoyar a INTERFET si fuera necesario. Desde el 20 de septiembre, cuando la INTERFET comenzó a llegar a Timor Oriental, los "F-111" se mantuvieron en un nivel alto de disponibilidad para realizar vuelos de reconocimiento o ataques aéreos si la situación se deterioraba. Para esta última misión, se mantenían disponibles en todo momento dos "F-111" armados con bombas rellenas de hormigón equipadas con kits de guiado de precisión. Sin embargo, INTERFET no encontró una resistencia significativa, y las operaciones de los "F-111" se limitaron a misiones de reconocimiento realizadas por "RF-111C" desde el 5 de noviembre. Cada una de estas salidas se realizó después de que el Gobierno indonesio lo aprobara, y normalmente se centraban en puentes e instalaciones de comunicaciones. El último vuelo de "RF-111C" sobre Timor Oriental tuvo lugar el 9 de diciembre. Los juegos de guerra lograrían que los "F-111" tuvieran un éxito completo si fuera necesario un ataque contra el cuartel general indonesio, cerca de la capital.