Nach Angaben seiner Schwester soll Francis bereits im Alter von fünf Jahren beschlossen haben, zur See zu fahren. Der Vater ermöglichte ihm eine astronomische Ausbildung, die für die Seefahrt als notwendig galt, und 1789 stach Francis Beaufort mit vierzehn Jahren als Kadett auf einem Handelsschiff der "East India Company" in See. Die "Vansittart" sollte eine Meerenge vor Sumatra vermessen, wo bereits mehrere Schiffe der Gesellschaft in schlecht kartierten Untiefen gesunken waren. Aber auch Beauforts Schiff ging hier unter, und die Besatzung musste sich auf ein Riff vor einer winzigen Insel in der Javasee flüchten. Sie schlug sich zu einer holländischen Siedlung durch, wo zwei britische Klipper sie an Bord nahmen. Ein Jahr nach der Abreise traf Beaufort wieder in England ein und trat in die Kriegsmarine ein. Am „Glorreichen 1. Juni“ 1794 nahm er an der Seeschlacht gegen die französische Flotte teil, wurde beim Entern eines spanischen Schiffs durch Säbel verwundet und im Gesicht von einer Gewehrkugel getroffen.