Mit Beginn des Zweiten Weltkriegs wurde die "Schwerin" vorübergehend an die Kriegsmarine abgegeben, kehrte aber bald auf die Linie zurück. Während der Besetzung Dänemarks durch die Wehrmacht am 9. April 1940 wurden von der "Mecklenburg" und der "Schwerin" Teile der ersten Invasionstruppen nach Gedser übergesetzt, wobei die "Mecklenburg" als planmäßige Fähre mit getarnten Soldaten eintraf.