Tras el Terremoto de 1939, la arquitectura al interior del recinto se ve gravemente afectada, algunos mausoleos que resistieron el sismo fueron el de Francisco Ramírez Ham y Sabina Navarrete, quien fuera dueña de un burdel en la ciudad. Los fallecidos del terremoto fueron cuantiosos, la gran mayoría no fue identificada y tuvo que ser enterrada en una fosa común en las inmediaciones del cementerio. En 1972, Helga Yufer crea la escultura "En memoria de los fallecidos en el terremoto del año 39" en recuerdo a las víctimas.