Ερχόμενος σε επαφή με τον Γεωργάκη Ολύμπιο, έγινε μέλος της Φιλικής Εταιρείας και συμμετείχε στην προετοιμασία της Ελληνικής Επανάστασης του 1821. Στην Επανάσταση του 1821, συνεργάστηκε με το Τούντορ Βλαντιμιρέσκου, στο σώμα του αδελφού του Δημήτριου. Όταν ο Αλέξανδρος Υψηλάντης πέρασε τον Προύθο, ο Βαντιμιρέσκου έστειλε τον Παύλο Μακεντόνσκι να συναντήσει τον Υψηλάντη, προκειμένου να εξακριβωθεί εάν η επανάσταση θα υποστηρίζονταν από τη Ρωσία. Ο Παύλος Μακεντόνσκι δεν έλαβε κάποια θετική πληροφορία από τον Υψηλάντη και μετέφερε την αμφιβολία στο Βλαντιμιρέσκου, ο οποίος επιδίωξε τελικά να συναντηθεί με τον Υψηλάντη. Υπό τη διοίκηση του αδελφού του Δημητρίου Μακεντόσνκι, ο Παύλος Μακεντόνσκι έλαβε μέρος, μεταξύ άλλων, στη Μάχη του Δραγατσανίου στις 7 Ιουνίου 1821. Συμμετείχε σε πολλές μάχες και ήταν από τους τελευταίους οπλαρχηγούς που σταμάτησαν της εχθροπραξίες εναντίον των Οθωμανών. Μετά την ήττα των επαναστατών στη Μολδοβλαχία, ο Παύλος Μακεντόνσκι, κατάφερε να γλιτώσει από τη δίωξη που του επεφύλασσαν οι πανδούροι, προσπαθώντας να διαφύγει στην Αυστρουγγαρία και ζητώντας άσυλο. Βοήθησε μάλιστα, να διαφύγει και ο αδελφός του Δημήτριος. Τα δυο αδέρφια κατέληξαν τελικά μέσω Τρανσυλβανίας με πλαστά διαβατήρια στο Χοτύν της Βεσσαραβίας "(σήμερα στην Ουκρανία)", στις 14 Σεπτεμβρίου 1821. Εκεί, θεωρήθηκαν επικίνδυνοι από τη Ρωσία και τέθηκαν υπό περιορισμό έως τις 21 Μαρτίου 1823.