兩國議會的矛盾在1688年的光荣革命中也再度顯露出來。英格蘭國會支持玛丽二世取代其父詹姆斯為英格蘭女王，但反對她的丈夫威廉三世加冕為英格蘭國王，與玛丽共治英格蘭（國會最後只因瑪麗的執意要求，以及威廉以返回荷蘭作脅，才承認威廉為英格蘭國王）；相反蘇格蘭國會則一直支持信奉歸正宗的威廉加冕為蘇格蘭國王。儘管蘇格蘭國會與威廉在保留主教制和法案委員會等事宜上曾一度僵持，但威廉最後因1689年詹姆斯黨叛亂而退讓。