Som president overtok Mursi makten 30. juni 2012 etter Mohamed Hussein Tantawi, som hadde styrt landet som "de facto" statsoverhode som leder for Det øverste militærrådet siden Den egyptiske revolusjonen i 2011, og 26. juli utnevnte han Heshām Qandīl til landets nye statsminister. Maktovergangen fra et militært styre til et sivilt foregikk fredelig, men Det militære øversterådet forsøkte i forkant å begrense presidentens makt over militæret gjennom en grunnlovsendring. Mursi fikk imidlertid grunnlovsendringen opphevet i august og beordret samtidig Mohamed Hussein Tantawi og en annen toppgeneral, Sami Enan, til å gå av med pensjon. Avgjørelsen ble tatt i samråd med generalene, men ble tolket som et grep for å bekrefte de sivile myndighetenes makt og fornye militæret. Kort tid senere ble ytterligere 70 generaler avskjediget.