La manière dont Pirenne a participé à la résistance en Belgique n'est pas connue. Ce que l'on sait, c'est que Pirenne fut interrogé par l'occupant allemand le et que cela fut suivi de son arrestation. L'armée d'occupation avait ordonné que les professeurs en grève à l'université de Gand continuent d'enseigner. Pierre, le fils d'Henri Pirenne a été tué au combat à la Bataille de l'Yser en 1914. Alors qu'il est interrogé, l'officier allemand demande à Pirenne pourquoi il persiste à répondre en français alors qu'il parle un excellent allemand et qu'il a fait des études doctorales à Leipzig et Berlin. Pirenne répond : « J'ai oublié l'allemand depuis le », date de l'invasion allemande.