I 1758 ble han generalmajor og sjef for ekspedisjonen, som gikk mot Ny-Frankrike i Nord-Amerika. Amherst inntok samme året festningen Louisbourg og ble så øverstkommanderende for hele den britiske armeen i Nord-Amerika. Han inntok selv Fort Ticonderoga i 1759, mens James Wolfe erobret Quebec. I 1760 erobret han Montréal, som overgav seg for den samlede britiske hæren. Amherst ble utnevnt til generalguvernør i Britisk Nord-Amerika. I årene etter kom Amherst i strid med de franskvennlige indianerstammene (pontiackrigen), men han undervurderte fienden og fikk utrettet lite.