V tureckých záznamech bylo evidováno pod poturčeným názvem "Ürgüp". Součástí srbského království se město stalo v roce 1878 po připojení okolí Niše a okolí k Srbsku. V roce 2018 získalo Prokuplje statut města. Od 20. let 20. století má vlastní železnici (1925), kanalizaci i nemocnici. Za druhé světové války bylo město okupováno nejprve německým vojskem (10. dubna 1941 po prohrané dubnové válce) a o rok později jej okupovala bulharská armáda. Z Prokuplje byli původem bojovníci tzv. toplického oddílu partyzánské armády. Dne 3. září 1944 bylo osvobozeno. Během bomabardování Jugoslávie v roce 1999 letectvem NATO byly zasaženy místní kasárny.