Junto com muitos dos crimes cometidos por sua quadrilha, De Pedis também tem sido associado ao desaparecimento de Emanuela Orlandi, cujo caso tem sido relacionado com o atentado contra o papa João Paulo II. Em 2 de fevereiro de 1990, ele foi emboscado e assassinado por seus antigos colegas na Via del Pellegrino perto do Campo de Fiori. Ele foi enterrado na Basílica de Santo Apolinário, em Roma. O enterro incomum foi ligado ao caso de sequestro de Emanuela Orlandi e o túmulo foi aberto para uma investigação em 2012. Em junho de 2012, o cadáver de De Pedis foi finalmente removido da igreja, cremado e as cinzas dissolvidas no mar.