No ano de 2005, o Al Ahly disputou a Copa do Mundo de Clubes da FIFA, realizado no Japão. Na estreia, pelas quartas-de-final do torneio, foi derrotado pelo Al-Ittihad, da Arábia Saudita, por 1–0. Com esse resultado, o time egípcio foi para a disputa de 5º lugar, no qual enfrentou o Sydney FC, da Austrália. Neste jogo, o Al Ahly perdeu por 2–1, placar que deu ao time o 6º e último lugar no campeonato. Em 2006, teve uma nova chance na Copa do Mundo de Clubes novamente disputada no Japão, participando da semifinal e sendo eliminado pelo time do Internacional pelo placar de 2–1. Participou novamente da Copa do Mundo de Clubes da FIFA em 2008, mas foi eliminado nas quartas-de-finais pela equipe mexicana Pachuca. Em 2012, novamente como campeão africano, o Al-Ahly chegou à disputa da Copa do Mundo de Clubes da FIFA. Nas quartas-de-final, o time passou pelo atual campeão japonês, Sanfrecce Hiroshima, por 2–1, mas, após derrota por 1–0, foi eliminado nas semifinais pelo campeão sul-americano, Corinthians, dando, assim, adeus às possibilidades de título.Em 2013, disputou sua quinta participação na Copa do Mundo de Clubes da FIFA, mas acabou sendo eliminado nas quartas-de-finais como em 2005 e 2008, agora para o clube chinês o Guangzhou Evergrande. Na disputa pelo 5º lugar, foi goleado pelo Monterrey por 5–1, acabando em 6º lugar na competição.