Sau khi được sửa chữa, "Emden" tham gia các hoạt động rải mìn tại Bắc Hải trong thời gian còn lại của năm 1939. Trong Chiến dịch Weserübung, cuộc tấn công để chiếm đóng Na Uy, "Emden" nằm trong thành phần Đội đặc nhiệm 5 bất hạnh được giao nhiệm vụ chiếm Oslo. Soái hạm của hải đội, tàu tuần dương hạng nặng "Blücher" bị các khẩu đội pháo phòng thủ duyên hải của pháo đài Oscarsborg đánh chìm trên trong vũng biển Oslofjord, trong khi chiếc "Lützow" (nguyên là thiết giáp hạm bỏ túi "Deutschland") bị hư hại nặng do trúng một quả ngư lôi phóng từ một tàu ngầm Anh ngoài khơi bờ biển Đan Mạch trên đường quay trở về Đức.