Ad aprile 2013 Phipps firmò un accordo biennale con la "franchise" di Sydney degli Waratahs a partire dalla stagione successiva; al primo anno nella sua nuova squadra si laureò campione del Super Rugby, che coincise anche con la prima conquista assoluta del titolo da parte della formazione australiana; del dicembre 2014 è il prolungamento dell'impegno a giocare in patria ed essere disponibile per la Nazionale fino a tutto il 2017.