В сборной Германии Йохен Шёпс дебютировал в 2003 году. В том же году он в составе немецкой сборной принял участие в чемпионате Европы. Сборная Германии была близка к попаданию в полуфинал, но пропустив вперед сборные Италии и Франции немцы сыграли в турнире за 5-е место, по итогам которого заняли итоговое 7-е место. В 2006 году сборная Германии пробилась на чемпионат мира, проходивший в Японии. По итогам первого группового турнира немецкая сборная смогла пробиться в следующий раунд, но там в группе немцы заняли 6-е место из 8-ми участников, а затем по результатам классификационного раунда заняли итоговое 9-е место. В 2008 году Йохен Шёпс дебютировал на летних Олимпийских играх в Пекине. На групповом этапе немецкая сборная не смогла показать высокий результат, что не позволило им пробиться в четвертьфинал, а Шёпс с 89 очками стал лучшим бомбардиром своей команды.