В 1989 году Мелес Зенауи стал руководителем Революционно-демократического фронта эфиопских народов (РДФЭН), созданного в результате объединения НФОТ, Национально-демократического движения Амхара, народно-демократической организации Оромо и Южноэфиопского народно-демократического движения. В мае 1991 года РДФЭН нанёс окончательное поражение правительственным войскам и сверг правительства Менгисту Хайле Мариама, завершив многолетнюю гражданскую войну.