S koncem tzv. studené války se v důsledku změn na mezinárodní scéně změnily i cíle CIA; dnes bojuje proti teroristickým útokům. Z důvodu špatné spolupráce mezi CIA, FBI a NSA se nezabránilo útokům z 11. září 2001, ale od útoků se spolupráce zlepšila. Na tajném programu CIA, který zahrnoval únosy a mučení lidí podezřelých z terorismu, se podílela i ČR. Od roku 2012 se CIA angažuje v občanské válce v Sýrii a při pokusu o svržení syrské vlády vycvičila a vyzbrojila přibližně 10 000 protivládních povstalců.