Однако в Палате общин он пробыл недолго и уже в 1805 году в чине генерал-лейтенанта был назначен вице-губернатором и главнокомандующим войск Ямайки. В апреле 1808 года он подал в отставку с этого поста в связи с состоянием здоровья: влажный и жаркий климат Вест-Индии значительно повлиял на его организм и даже на психику. В 1809 году Кут был назначен заместителем командующего Голландской экспедицией Джона Питта. Экспедиция закончилась провалом, а поведение Кута, как писали очевидцы, было настолько эксцентричным, что ему больше никогда не доверяли серьезные командные должности.