Guevara 1962 Ekim ayında ortaya çıkan Küba Füze Krizi’ne neden olan Sovyet nükleer balistik füzelerinin Küba’ya getirilmesinde anahtar rol almıştır. Birkaç ay sonra İngiliz gazetesi ‘’Daily Worker’’ ile yaptığı görüşmede eğer füzeler Küba kontrolünde olsaydı başlıca ABD şehirlerine doğru bu füzeleri kullanacağını söylemiştir.