Nach 813 wechselte die Herrschaft über das Thema mehrfach zwischen dem Bulgarischen und Byzantinischen Reich. Nach der erfolgreichen Unterwerfung des ersten bulgarischen Reichs wurde die Region erneut in das byzantinische Verwaltungssystem integriert. Dabei grenzte Makedonien an die 1018 geschaffenen Themata Bulgarien im Westen und Paristrion im Norden. Im Osten grenzte es an das Thema Thrakien und im Süden an Strymon. 1204 wurde Adrianopel von den Kreuzfahrern erobert, fiel jedoch kurz danach erneut in bulgarische Hände. Nach der Wiederherstellung des bulgarischen Reiches im Jahre 1187 bis zum Auftreten der osmanischen Türken wechselte die Herrschaft über das Gebiet häufig zwischen Bulgaren und Byzantinern.