Năm 1935, Aguinaldo tranh cử bất thành chức tổng thống Thịnh vượng chung Philippines trước Manuel Quezon. Sau khi Nhật Bản xâm chiếm Philippines năm 1941, ông cộng tác với những người lãnh đạo mới, còn lập một đài phát thanh kêu gọi quân Mỹ và Philippines tại Bataan đầu hàng. Ông bị bắt vì tội cộng tác với địch sau khi người Mỹ trở lại song sau đó được phóng thích trong một đợt đại xá.