Gedurende de landing van de Engelsen in Noord-Holland, in 1799, voerde Van Capellen het bevel op het linieschip "de Washington", waar zich ook Story aan boord bevond en werd, ten gevolge van de overgave van het eskader, door een krijgsraad, bij verstek, ter dood veroordeeld. Van die tijd af bleef hij in Engeland tot na de omwenteling van 1813, toen hij naar zijn vaderland terugkeerde en tot vice-admiraal benoemd werd, in welke hoedanigheid hij met het onder zijn bevelen staande smaldeel, de 26ste augustus 1816, samen met de Engelse admiraal Exmouth, Algiers hielp tuchtigen.