McKinlay speelde 29 interlands in het Schots voetbalelftal en maakte vier doelpunten. De flankspeler was international als speler van Dundee United en Blackburn Rovers. Zijn periode als international was gelijklopend met die van zijn naamgenoot Tosh McKinlay (Thomas McKinlay). Billy en Tosh zijn geen familie, maar simpelweg tijdgenoten van elkaar. Met Schotland waren Billy en Tosh McKinlay actief op Euro 1996 – de poule met Nederland, tegen wie 0–0 gelijk werd gespeeld op 10 juni 1996 – en het WK 1998 in Frankrijk.