Im Frühjahr 2016 verpflichtete der ÖSV den Norweger Vegard Bitnes als neuen Trainer für das Frauen-Biathlonteam. Bitnes sollte mit Flunger zusammenarbeiten und – mit Blick auf die Heim-Weltmeisterschaften 2017 in Hochfilzen – insbesondere die läuferische Entwicklung der Sportlerinnen voranbringen. Flunger trennte sich kurz darauf vom Verband und gab als Grund an, sie und Bitnes (der auf geringere Intensität setzte) verfolgten unterschiedliche Trainingsphilosophien. Sie könne nicht „glaubwürdig etwas […] erzählen, hinter dem [sie] nicht stehen“ würde. Zusammen mit Alfred Eder baute Flunger die vom ÖSV unabhängige Trainingsgruppe „Biathlonschmiede“ auf, der sich insgesamt fünf Sportler anschlossen, darunter Lisa Hauser, Julia Schwaiger sowie Flungers Cousin und Alfred Eders Sohn Simon Eder. Hauser erreichte zu Saisonbeginn mehrere Top-Ten-Ergebnisse im Weltcup (die sie bei den Weltmeisterschaften in Hochfilzen nicht bestätigen konnte), Simon Eder gewann eine WM-Bronzemedaille im Massenstart sowie eine weitere mit der Staffel. Eder und Hauser feierten zudem gemeinsam in der Single-Mixed-Staffel zwei Weltcupsiege im März und November 2017. Während der zwei Jahre, in denen die "Biathlonschmiede" als unabhängige Trainingsgruppe existierte, kam es zu mehreren Unstimmigkeiten mit dem ÖSV, Flunger selbst sprach im Nachhinein von „verhärteten Fronten“.