עם פרוץ מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939 היה פאג'ט מפקד המכללה הצבאית בקיימברלי. בסוף נובמבר של אותה שנה הוא הועבר לפקד על הדיוויזיה ה-18 אשר הוצבה בעתודה. הוא פיקד על הדיוויזיה במהלך המערכה בנורווגיה, ועל כך הועלה לדרגת לוטננט גנרל והוענקה לו דרגת עמית במסדר האמבט. הוא ויתר על התפקיד באמצע מאי 1940. ב-15 בפברואר 1941 הוא מונה למפקד הפיקוד הדרום-מזרחי (כיום נקרא פיקוד אלדרשוט). בדצמבר של אותה שנה הוא הועלה לדרגת גנרל ומונה למפקד הכוחות הבריטיים במולדת (GHQ Home Forces). במסגרת תפקידו זה הוא היה אחראי על שתי משימות עיקריות: לפקח על האימון והציוד של הכוחות העומדים להישלח לחזית, ולדאוג להגן על בריטניה עצמה מפני פלישת אויב אפשרית. ביוני 1943 הוא מונה למפקד קבוצת הארמיות ה-21 אשר כללה את הארמייה הבריטית השנייה ומהארמייה הקנדית הראשונה. בדצמבר של אותה שנה הוא הוחלף בברנרד מונטגומרי. בינואר 1944 הוא מונה למפקד פיקוד המזרח התיכון במקום הנרי מייטלנד וילסון. עיקר תפקידו היה לשלוט בכוחות היבשה הבריטיים, ולתאם עם כוחות הצי וחיל האוויר, על מנת להגן על האינטרסים הבריטיים במזרח התיכון ואזור מזרח הים התיכון.