Opillisesti Johannes Paavali II oli enemmän säilyttäjä kuin uudistaja. Huolimatta ulkoisista paineista hän pitäytyi kristinuskon perinteisessä tulkinnassa. Paavin politiikka oli yhdistelmä edistyksellistä suhtautumista sosiaalisiin uudistuksiin ja äärikonservatiivista moraalioppia. Paavi vastusti leppymättä naispappeutta, ehkäisyä, homoseksuaalisuutta, geenimanipulaatiota, vapautuksen teologiaa, aborttia, eutanasiaa, pappien avio-oikeutta, transsukupuolisia, Irakin sotaa ja kuolemanrangaistusta. Hän kannatti radikaaleja toimia köyhyyden poistamiseksi, muun muassa köyhien maiden velkojen anteeksiantamista. Hän yritti saada maininnan kristinuskosta EU:n perustuslakiin. Kristinuskon nykysuunnalle tyypillisesti suuri osa paavin ja eurooppalaisen maallisen maailman ristiriidoista koski seksuaalimoraaliin liittyviä kysymyksiä.