Meksikon maajoukkueessa Márquez oli pitkään yksi joukkueen kantavista voimista. Maajoukkueuran parhaita saavutuksia ovat vuosien 2002, 2006, 2010, 2014 ja 2018 MM-kilpailuihin selviämisen lisäksi Maanosaliittojen cupin voitto vuodelta 1999 ja Gold Cupin voitto vuodelta 2003. Hän pelasi maajoukkueessa 147 ottelua ja teki niissä 17 maalia.