La parte dell'IRA a favore del trattato divenne ben presto il nucleo del nuovo "Irish National Army" creato da Collins e Mulcahy. La pressione del governo britannico, che esigeva che il Governo Provvisorio ristabilisse la propria autorità e disarmasse i ribelli, e le tensioni tra le fazioni dell'IRA pro e contro il trattato, portarono ad una sanguinosa guerra civile in cui compagni che fino a qualche mese prima avevano combattuto fianco a fianco si spararono addosso e che finì con la sconfitta della fazione contraria al trattato. Circa 7-8.000 membri dell'esercito nazionale dello Stato Libero d'Irlanda erano ex volontari dell'IRA. Dall'altra parte, circa 15.000 uomini combatterono per la parte contraria al trattato. Il 24 maggio 1923 Frank Aiken, repubblicano del South Armagh e Capo di Stato Maggiore dell'IRA (anti-trattato), dichiarò un cessate-il-fuoco e ordinò a tutte le unità di mettere da parte armi e altro materiale bellico. Molti uomini dell'IRA abbandonarono completamente l'attività politica, ma una minoranza continuò ad insistere che il nuovo Stato Libero d'Irlanda, creato da un trattato "illegittimo", era uno Stato senza legittimazione. Essi affermavano che il loro "Esecutivo dell'IRA" era il vero governo dell'ancora esistente Repubblica Irlandese. L'IRA della guerra civile e le organizzazioni successive che hanno usato quel nome hanno tutte rivendicato la discendenza da quel gruppo, che viene trattato esaurientemente in "Irish Republican Army (1922-1969)".