Het station werd voornamelijk bekend tussen 1945 en 1989 door de locatie aan de Duits-Duitse grens tussen West-Duitsland (BRD) en Oost-Duitsland (DDR). Helmstedt lag aan een van de weinige spoorlijnen die wel de grens doorkruiste en was van groot belang voor het transitverkeer naar West-Berlijn (ook vanuit Nederland). Grenscontroles vonden zowel in Helmstedt als in het eerstvolgende station in de DDR, Marienborn, plaats. Hierdoor moesten de transittreinen twee keer in korte tijd stoppen. Later was ook het wisselen van locomotief nodig omdat in de BRD de lijnen waren geëlektrificeerd, terwijl in de DDR nog met diesellocomotieven werd gereden.