Im 15. und 16. Jahrhunderts, besonders unter Erzbischof Jasper Linde, wurde die Ronneburg durch große, gegen Feuerwaffen bestimmte Rundtürme verstärkt. Während des Livländischen Kriegs stand die Burg zunächst 1556 unter Besatzung des Deutschen Ordens, dann 1577 bis 1582 unter Besatzung von russischen Truppen. Nachdem die Burg schließlich Besitz von Polen-Litauen wurde, verlor sie gegenüber der Burg Wenden an Bedeutung. Im Zweiten Nordischen Krieg zwischen Polen, Schweden und Litauen wurde die Burg zerstört. Unter schwedischer Besatzung wurden die Festungswerke 1683 geschleift und verfielen.