El capitán británico Walter Laurie, que había sido derrotado en "Old North Bridge", dijo luego que «metió al sinvergüenza con otro rebelde en un agujero, y allí él y sus principios sediciosos pueden permanecer». En una carta a John Adams, Benjamin Hichborn describe el daño que el teniente británico James Drew, de la balandra Escorpión, infligió al cuerpo de Warren dos días después de la Batalla de Bunker Hill: «En un día o dos después, Drew siguió hablando el Hill volvió a abrir la tierra que se arrojó sobre Doctr: Warren, le escupió en la cara y le cortó la cabeza y cometió todos los actos de violencia contra su cuerpo». Su cuerpo fue exhumado diez meses después de su muerte por sus hermanos y Paul Revere, quien identificó los restos por el diente artificial que había colocado en la mandíbula. Su cuerpo fue colocado en el "Granary Burying Ground" y más tarde (en 1825) en "St. Paul's Church" antes de ser trasladado en 1855 a la bóveda de su familia en "Forest Hills Cemetery".