Ondanks haar Spaanse afkomst was de als ambitieus, eigenzinnig en meedogenloos omschreven Marie Louise de drijvende kracht achter het beleid van haar echtgenoot tijdens de Portugese Revolutie tegen Spanje in 1640. Ook zou ze degene geweest zijn die haar echtgenoot overtuigde om de Portugese troon te aanvaarden, toen bleek dat de revolutie in het voordeel van de Portugezen kantelde. Toen men haar waarschuwde voor de gevaren om als Spaanse koningin te worden van een land dat de Spaanse invloed wilde indammen, zou ze geantwoord hebben met de volgende uitspraak: "Liever een dag koningin, dan voor de rest van mijn leven hertogin". Nadat in 1641 een moordcomplot tegen Johan IV werd ontdekt, zou Marie Louise deel uitgemaakt hebben van de "Corte" die verschillende betrokken edelen liet executeren.