Auch in den folgenden beiden Spielzeiten gehörte Higgins zu den Top-Favoriten auf der Tour. Fast durchgehend stand er wieder mindestens im Viertelfinale, auch wenn die Finalteilnahmen und -siege numerisch abnahmen. Immerhin gewann er drei beziehungsweise zwei Turniere pro Saison. Dabei waren die Turniersiege bei den Welsh Open 2000 und der UK Championship 2000 am wichtigsten. Hatte er bei letzterem Turnier ein Jahr zuvor seinen Wunsch nach einer Titelverteidigung immerhin erst im Halbfinale aufgeben müssen, so war beim Masters bereits jeweils nach einer Auftaktniederlage im Achtelfinale Schluss. Derweil unterlag er bei der Snookerweltmeisterschaft 2000 wie schon im Vorjahr im Halbfinale Mark Williams, der diesmal Weltmeister wurde. Bei der Weltmeisterschaft 2001 stand Higgins schließlich zum zweiten Mal im WM-Finale, unterlag aber Ronnie O’Sullivan. Nach seiner anfänglichen Dominanz waren es nun die beiden anderen Mitglieder der „goldenen Generation“, die das wichtigste Snookerturnier gewannen. Higgins hatte zudem während der Saison 1999/2000 zwei Mal ein Maximum Break gespielt. In den folgenden Saisons folgten regelmäßig weitere 147er-Breaks. Auch der Weltrangliste überholten die beiden Higgins, der Mitte 2001 somit auf Platz 3 zu finden war.