Hancocks eneste væsentlige militære nederlag indtraf under Belejringen af Petersburg. Hans II Korps rykkede sydpå langs Weldon Railroad, hvor sporene blev revet op. Den 25. august angreb sydstaternes generalmajor Henry Heth Unionens stilling og løb den over ende i det Andet slag ved Reams's Station, hvilket ødelagde II korps og kostede mange tilfangetagne. Trods en senere sejr i Slaget ved Hatcher's Run bidrog ydmygelsen ved Reams's Station, sammen med effekten af hans sår fra Gettysburg til hans beslutning om at opgive sin kommando i felten i november. Han forlod II Korps efter et år hvor han havde lidt et tab på over 40,000, men havde opnået betydningsfulde militære sejre. Hans næste opgave blev at lede det ceremonielle First Veterans Corps. Han udførte flere rekrutteringsopgaver, kommanderede Middle Department, og afløste generalmajor Philip Sheridan som kommandant over styrkerne i den nu fredelige Shenandoah dal. Han blev forfremmet til midlertidig generalmajor i den regulære hær for sin indsats ved Spotsylvania med virkning fra 13. marts 1865.