V roce 1639 byl kostel při obléhání Prahy Švédy vypálen, jiné zdroje uvádějí rok 1603. Poté byl v letech 1659 až 1677 za přispění majitele panství Maxmiliána Valentina z Martinic obnoven. Joannis Kohn jej ve svém díle zmiňuje již v souvislosti s rokem 1656. Co se barokní přestavby kostela týče, šlo například o plastické ozdoby v presbytáři chrámu či obraz Panny Marie na oltáři.