Juanín García hat 206 Länderspiele für die spanische Nationalmannschaft bestritten und ist mit 822 Toren spanischer Rekordtorschütze. Bei der Weltmeisterschaft 2005 in Tunesien wurde er mit Spanien Weltmeister. Außerdem holte er bei der Europameisterschaft 2006 in der Schweiz Silber. Bei der Handballweltmeisterschaft 2007 in Deutschland schied er mit Spanien bereits im Viertelfinale gegen Deutschland aus und belegte einen siebten Platz. Bei den Olympischen Spielen 2008 und der Weltmeisterschaft 2011 gewann er mit dem Nationalteam die Bronzemedaille.