Éder juga membantu Timnas Portugal menjuarai Kejuaraan Eropa UEFA 2016 yang digelar di Perancis, serta mencatatkan namanya ke dalam papan skor di waktu Injury Time setelah bermain imbang di waktu normal saat babak final yang mempertemukan tuan rumah Perancis melawan Portugal. Berkat gol semata wayangnya itu Portugal keluar sebagai juara.