Op 10 juli 2007 verloor Sjachtar Donetsk na een strafschoppenreeks de Oekraïense supercup van Dynamo Kiev. Fernandinho benutte zijn penalty. Hij had een groot aandeel bij het heroveren van het Oekraïense landskampioenschap: hij was in 29 wedstrijden bij achttien doelpunten betrokken. Sjachtar won de dubbel, want ook de Oekraïense beker werd gewonnen door Dynamo Kiev met 2–0 te verslaan. Op 15 juli 2008 won Sjachtar opnieuw van Dinamo Kiev. Na een 1–1 stand na de verlenging benutte Fernandinho Sjachtar's beslissende penalty in de strafschoppenreeks. Op 9 december won Sjachtar Donetsk met 2–3 van FC Barcelona in de Champions League. Fernandinho scoorde een doelpunt in deze wedstrijd. Deze winst was niet goed genoeg om te kwalificeren voor de knock-outfase van de Champions League, maar Sjachtar mocht wel instromen in de knock-outfase van de UEFA Cup. Hierin scoorde Fernandinho in de zestiende finale tegen Tottenham Hotspur, in de achtste finale tegen CSKA Moskou, in de kwartfinale tegen Olympique Marseille en in de halve finale tegen Dynamo Kiev. In de finale werd na een verlenging Werder Bremen verslagen. Dit betekende voor Sjachtar de eerste internationale prijs in haar clubgeschiedenis. Fernandinho speelde de volledige finale. In de Premjer Liha eindigde Sjachtar tweede achter Dinamo Kiev. In de finale van de finale van de Oekraïense beker werd Fernandinho in de 57e minuut van het veld gestuurd met een directe rode kaart. Vorskla Poltava bleek met 1–0 te sterk.