Après les succès portés par l'armée russe contre les membres de son groupe à l'issue de la Seconde guerre de Tchétchénie, il se rend aux autorités en 2001 pour bénéficier d'une amnistie, mais reprend les armes six mois plus tard. Après un court séjour en Afghanistan au cours duquel il est soupçonné d'avoir entretenu des liens avec la direction centrale de la nébuleuse d'Al-Qaïda, il revient au Daguestan et se range sous les ordres de l'"émir" de la jamaat de Khassaviourt, Rappani Khalilov. En 2005, Vagabov rejoint les rangs de Sharia Jamaat, milice islamiste fondée par Rasul Maksharipov.