In seine Regierungszeit fallen die Hyperinflation und eine schwere Krise zwischen Bayern und dem Reich: Im Herbst 1923 rief die Reichsregierung unter Kanzler Stresemann das Ende des passiven Widerstandes gegen die Ruhrbesetzung aus. Dies nahm die bayerische Staatsregierung unter Knillings Führung zum Anlass, den Ausnahmezustand auszurufen und Gustav Ritter von Kahr zum Generalstaatskommissar mit diktatorischen Vollmachten zu ernennen, was den offenen Bruch mit dem Deutschen Reich bedeutete. In der Folge kam es im November 1923 zum Hitler-Ludendorff-Putsch, der diese Situation ebenfalls ausnutzen wollte, aber scheiterte.