V dobách druhé světové války (1939–1945) získalo Slovensko formální samostatnost jako Slovenská republika, neoficiálně Slovenský štát, fakticky však bylo satelitem nacistického Německa. Stát byl veden Jozefem Tisem. Slovenská armáda se zúčastnila útoku na Polsko a invaze do Sovětského svazu. Tisův režim také umožnil Němcům perzekuci židovské komunity, během války bylo zabito asi 70 tisíc slovenských Židů. V létě roku 1944 vypuklo na Slovensku proti fašistickému režimu Slovenské národní povstání (SNP). Hlavními veliteli povstání byli generálové Rudolf Viest a Ján Golian. Centrem povstaleckého území se stala Banská Bystrica. Po jejím obsazení německými silami 27. října 1944 přešla menší část povstalců se svými základnami v pohořích středního Slovenska k partyzánskému způsobu boje. Na následných represích vůči obyvatelstvu se vedle jednotek SS a Heimatschutzu podílely i Pohotovostní oddíly Hlinkovy gardy. Slovák Jozef Gabčík se naopak podílel na odbojové akci, při níž byl v Praze zlikvidován nacistický pohlavár Reinhard Heydrich. Slovenská republika zanikla na počátku května 1945, kdy slovenské území osvobodila Rudá armáda (spolu s armádou Rumunska a 1. československým armádním sborem).