Considéré comme une valeur sure du sport automobile japonais, Yuji Ide est choisi, début 2006, à 31 ans, pour débuter en Formule 1 au sein de la nouvelle écurie japonaise Super Aguri F1, créée en un temps record par l'ancien pilote japonais Aguri Suzuki, avec le soutien de Honda. Au volant d'une monoplace qui date de 2002 (Super Aguri ayant racheté les anciennes monoplaces de la défunte écurie Arrows), Ide est logiquement réduit à se battre en fond de grille. Toutefois, l'important écart de performance avec son coéquipier Takuma Satō, son manque de maîtrise en piste et le fait de mal parler l'anglais lui valent d'être rapidement contesté. Les critiques culminent à l'issue du Grand Prix de Saint-Marin où il provoque la violente sortie de piste du pilote Midland F1 Racing Christijan Albers après une mauvaise manœuvre. Plusieurs figures emblématiques de la Formule 1, dont Stirling Moss, demandent la suspension de sa superlicence. Quelques jours avant le Grand Prix d'Europe, suivant les recommandations de la FIA, son employeur le remplace par Franck Montagny puis, le , la FIA annonce qu'elle suspend la superlicence de Ide jusqu'à la fin de la saison.