Eguren a 2001-es Copa América során, egy Bolívia elleni mérkőzésen debütált az uruguayi válogatottban. Első gólját 2008. május 28-án szerezte, egy Norvégia elleni barátságos meccsen. Részt vett a 2010-es világbajnokságon, ahol két percet kapott a franciák elleni csoportmeccsen, és a Hollandia elleni elődöntőben is lehetőséghez jutott.