Lors de la saison 1998-1999, Sven Fischer remporte son plus grand nombre de victoire avec six unités, dont deux à Osrblie, une à Lake Placid et trois à Oslo, où le l'individuel et la mass start comptent pour les Championnats du monde, où il est aussi médaille de bronze à la poursuite à Kontiolahti. Avec ses deux seuls titres mondiaux en individuel, il est récompensé alors par son deuxième classement général de la Coupe du monde.