Ağustos 1939'da "Schleswig-Holstein", Ağustos 1914'te "Magdeburg"'un batırılışını anmak üzere Baltık Denizi'nde sefere çıktı. Turun sonunda gemi, Danzig'de, Westerplatte kalesinde yer alan bir Polonya askeri deposunun karşısına çekildi. 1 Ekim 1939 sabahı saat 04.07'de "Schleswig-Holstein" Westerplatte Muharebesi'ni ve II. Dünya Savaşı'nı başlatan ilk mermiyi attı. Bir grup deniz piyadesi kaleye saldırıya geçti. Westerplatte kalesi saldırıya yedi gün dayanabildi. Westerplatte Muharebesi boyunca "Schleswig-Holstein" kara birliklerine deniz topçusu desteği sağladı. Operasyon boyunca "Schlesien" eğitim görevine devam etti; ancak kısa bir süreliğine U-Bootlar için buzkıran görevi üstlendi.