ב-23 ביוני 2016 חתמו סנטוס וחימנס בהוואנה על הסכם הפסקת אש. על פי ההסכם יתפרקו 7,000 לוחמי FARC מנשקם ויעבירו אותו לידי האו"ם. ב-26 בספטמבר חתמו סנטוס וחימנס על הסכם שלום בטקס חגיגי בעיר קרטחנה. חימנס התנצל במעמד זה על כל הכאב שגרם ארגונו. אולם במשאל העם על הסכם השלום הקולומביאני, שנערך ב-2 באוקטובר, נדחה ההסכם ברוב זעום, כיוון שנתפס כמקל מדי עם המורדים. בתגובה לתוצאות המשאל אמר חימנס כי הארגון ממשיך לרצות בשלום למרות דחיית ההסכם. ב-24 בנובמבר חתמו סנטוס וחימנס בבירה בוגוטה על הסכם שלום חדש, הכולל שינויים שהציעו מתנגדי ההסכם הקודם.