Haupteinsatzzweck der ersten Marschflugkörper-U-Boote waren überraschende, taktische Angriffe auf Landziele. So nahmen die Japaner nach dem ersten Angriff der "Barb" an, Opfer einer Fliegerstaffel geworden zu sein. In der kurzen Einsatzzeit der SSG(N) der US Navy wurden sie hauptsächlich eingesetzt, um zur Politik der Abschreckung beizutragen. So fuhr die "Tunny" 1958 eine Abschreckungspatrouille im Pazifik, um Flugzeugträger zu ersetzen, die auf Grund der Libanonkrise ins Mittelmeer abgezogen worden waren. Zwischen 1959 und 1964 wurden solche Patrouillen im Nordpazifik ein Standard-Einsatz für die US-Boote, die 41 solche Fahrten absolvierten. Neben den Flugzeugträgern übernahmen ab 1964 dann die Raketen-U-Boote diese Rolle von den Marschflugkörper-Booten.