Die mächtigste Stellung nahm nun die Militärzentralkanzlei unter Karl Ludwig von Grünne ein, unter dessen Einfluss das Kriegsministerium mehr und mehr Kompetenzen verlor und 1853 schließlich ganz aufgelöst wurde. An seine Stelle trat das Armeeoberkommando unter Erzherzog Wilhelm, das zwar viele Kompetenzen akkumulierte, aber dennoch zur Ineffizienz neigte. Dies wurde im Krieg gegen Sardinien und Frankreich (→ "Sardinischer Krieg") offenbar, und als Folge wurde das Armeeoberkommando im Oktober 1859 aufgelöst und durch ein neues Kriegsministerium ersetzt. Der neue Kriegsminister besaß umfassende Vollmachten und neben dem Chef der Militärkanzlei und den Kommandierenden Generalen ein Immediatsrecht. Da ihm auch der Generalquartiermeisterstab untergeordnet wurde, lenkte er fortan die Verwaltung, Organisation und Operationen des Militärs.