Im Verlauf des Deutsch-Dänischen Kriegs beriefen ihn die Bundeskommissare in die am 18. Januar 1864 konstituierte holsteinische Regierung. Am 14. Januar 1865 wurde er zum Landdrost der Herrschaft Pinneberg ernannt, nachdem der Landdrost Ludwig Nicolaus von Scheele abgesetzt worden war. Er nahm dieses Amt bis April 1867 wahr und zog sich dann zurück, als der Kreis Pinneberg als preußischer Landkreis neu gebildet wurde. Erster Landrat des neuen Landkreises wurde am 9. April 1868 Adolf von Moltke. Baudissin wurde 1868 als preußischer Regierungsrat nach Stettin versetzt und hier auf seinen Antrag hin 1872 entlassen, als ihm durch den Tod seines Vaters der Besitz des Gutes Borstel zufiel.