Lukiolaisena Kekkonen liittyi Kajaanin suojeluskuntaan ja osallistui Suomen sisällissotaan Kajaanin sissirykmentin mukana valkoisen hallituksen joukoissa. Hän osallistui muun muassa Kuopion, Varkauden, Mouhun ja Viipurin taisteluihin sekä johti Haminassa yhdeksän punaisen teloittamista.