Když se Hitler snažil zahrnout Otu Habsburského do svých aktivit a zneužít ho pro své účely (pod zástěrkou domnělé podpory monarchistické idey), ten tuto nabídku striktně odmítl. Habsburk byl jako zástupce starobylého panovnického rodu a jako konzervativní křesťan a Evropan Hitlerovým odpůrcem a odmítal pochopitelně i připojení Rakouska k Německé říši. Během II. světové války se Otto Habsburský úspěšně zasadil alespoň o šetrné nakládání s Rakouskem u amerického prezidenta Roosevelta, který si jej velmi vážil. Dokonce i španělský diktátor Franco chtěl Otu, neboť jako Habsburk byl nejlepším možným nástupcem pro španělský trůn, ten ovšem tuto nabídku odmítl se slovy, že „"králové si navzájem svůj trůn nekradou""). Teprve v pozdějších letech se zasadil o sjednocení Evropy, ale již od roku 1936 byl členem Panevropské unie (PEU).