Stewart joue 55 parties en 2012 comme substitut à Russell Martin. En 2013, il entre en jeu dans 109 matchs des Yankees. C'est la première fois dans les majeures qu'il est le principal receveur utilisé par son club. En 165 parties en deux ans à son second séjour à New York, Stewart frappe pour ,221 avec 5 circuits et 38 points produits. En 2012, il participe pour la première fois à un match de séries éliminatoires lorsqu'il joue deux manches derrière le marbre dans le et dernier match de la Série de championnat de la Ligue américaine qui confirme l'élimination des Yankees.