Сразу после нападения гитлеровских войск на СССР 22 июня 1941 года некоторые киевские «динамовцы» оказались в регулярных частях Красной армии (Клименко, Кузьменко, Трусевич, Комаров, Путистин — все зачислены в истребительный батальон Киевского укрепрайона), другие — поступили в подчинение украинского совета «Динамо». Некоторые футболисты были эвакуированы (Шидловский, Виньковатов, Лерман, Балакин, Глазков, Гребер, Фомин). Последним поездом накануне сдачи Киева отъехал в Москву Афанасьев, также до занятия Киева немцами город покинули Лившиц, Махиня, Лайко, Онищенко.