O’Higgins war ein starker Verfechter des Anglo-Irischen Vertrags, der letztlich zur Gründung des Irischen Freistaats führte. Als im August 1922 sowohl Michael Collins als auch Arthur Griffith kurz hintereinander starben, wurde Cosgrave dadurch sowohl Präsident des Dáil Éireann als auch Vorsitzender der Provisorischen Regierung von Südirland. Als am 6. Dezember 1922 der neue irischen Freistaat offiziell geschaffen wurde, war Cosgrave dessen erster Premierminister – der offizielle Titel war Präsident des Exekutivrates. O’Higgins wurde "Minister for Home Affairs", 1924 wurde das Amt in Justizminister umbenannt, und Vizepräsident. Diese beiden Ämter bekleidete er bis zu seinem Tod. Als Justizminister bemühte er sich, um Stabilität und vertrat eine harte Linie während des Irischen Bürgerkriegs. Unter anderem unterzeichnete er den Exekutionsbefehl für Rory O’Connor, der weniger als ein Jahr zuvor sein Trauzeuge gewesen war. Insgesamt kam es während des Bürgerkrieges zu 77 Hinrichtungen. Als Vergeltung wurde O’Higgins Vater ermordet. 1923 gründete O’Higgins die Garda Síochána als unbewaffnete Polizeitruppe, was in der damaligen Situation bemerkenswert ist.