Im Herbst 1854 legte er an der Ludwigs-Universität in Gießen den anatomischen Teil der Staatsprüfung für Wundärzte ab. Dabei blieben seine Wissbegier und seine außergewöhnliche Begabung für die medizinische Präparation auch Theodor von Bischoff nicht verborgen. Vor dem Hintergrund des damaligen Krimkrieges (1853–56) beabsichtigte Rüdinger, dem Russischen Reich seine Dienste als Militärarzt anzubieten. Nach dem Besuch mehrerer Gießener Kliniken im Winter 1854/55 meldete er sich hier mangels entsprechender Schulzeugnisse als vermeintlich „Fremder“ zum Doktorexamen. Tatsächlich gelang es ihm, am 12. April 1855 in Gießen ohne das Vorliegen einer gedruckten Dissertation zum "Doctor medicinae extraneus" in Medizin, Chirurgie und Geburtshilfe promoviert zu werden. Seinen ursprünglichen Plan, nach Russland auszuwandern, verwarf er jedoch, da von Bischoff ihm eine Stelle als sein Privatassistent offerierte.