Lorsque débute la guerre du Pacifique, le commandant en chef de la , le vice-amiral Kondō exerce également le commandement de la Division de croiseurs, dont fait partie l"Atago" qui va ainsi participer aux débarquements en Malaisie et au nord des Philippines, dans le golfe de Lingayen, au nord de Luçon, en . L"Atago" va ensuite gagner les Palaus, en , puis les Célèbes, pour assurer la couverture éloignée du bombardement de Port-Darwin par les porte-avions du vice-amiral Chūichi Nagumo, le , puis celle de l'occupation d'Ambon. Fin février, il participe à l'attaque du trafic allié quittant Java, et coule à cette occasion de petits bâtiments (, ) du Commandement Américain-Britannique-Hollandais-Australien (l"ABDACOM").