1月23日，武漢市疫情防控指揮部宣布暫停所有大眾運輸，市民無特殊原因不得離開，約有470多名臺灣人滯留當地。其後中央流行疫情指揮中心疫情等級提升到第二級，由衛生福利部部長陳時中擔任指揮官。疾病管制署也從人流、政府防治措施和民眾行為模式預測第二波疫情高峰發生在歐洲。1月28日，臺灣出現首宗本土病例家戶感染個案。1月30日，世界衛生組織宣布疫情構成「國際關注的突發公共衛生事件」。2月3日，在多個國家紛紛啟動武漢市的「撤僑」程-{}-序後，首架搭載247名臺灣籍居民和大陸配偶的包機抵達臺灣，但這次包機也引發政治爭議。