In den Jahren nach der Auflösung der UdSSR blieb die FNPR grundsätzlich funktionierend, auch wenn es einige Jahre dauerte, bis Konzepte für die Werbung von Mitgliedschaften auf freiwilliger Basis entwickelt wurden. Im Zuge der Reformen des Arbeitsgesetzes der russischen Regierung unter Boris Jelzin im Jahr 1992 kam es zu weitreichenden Konflikten zwischen der FNPR-Leitung und den Mitgliedern, die gegenüber den Privatisierungen der russischen Wirtschaft eine ablehnende Haltung einnahmen. Die Aktionen und Kampagnen der FNPR, welche diese Haltung aufgriffen, blieben allerdings weitgehend ohne Resonanz. Die konfliktreiche Beziehung zwischen Leitungsebene der Föderation und ihren Mitgliedern zeigte sich auch im Vorfeld und bei der Russischen Verfassungskrise 1993. Die FNPR entwickelte sich von ihrer Position der „kritischen Opposition“ hin zu „Verteidigern des Weißen Hauses.“ Im Zuge der Krise wurden Bankkonten des Gewerkschaftsbundes gesperrt und Telefonanschlüsse stillgelegt. In der Konsequenz wurde Michail Shmakov als Vorstand gewählt, der bis heute im Amt ist.