Även om konfederationen vann flera segrar tidigt i inbördeskriget skulle detta visa sig vara kortvarigt. Till havs kunde man inte mäta sig med den överlägsna unionsflottan, som upprätthöll en sjöblockad mot större delen av sydstaternas kuster. Sydstatsarméernas invasion av nordstaterna i augusti 1862 misslyckades fullständigt och man led svårt av brist på manskap och förnödenheter. Nordstaterna lyckades å sin sida med sin strategi att splittra sydstaterna i två delar längs med Mississippifloden, den så kallade Anakondaplanen, i och med slaget vid Vicksburg sommaren 1863. Samtidigt skakades konfederationen inrikespolitiskt då flera delstatsguvernörer gjorde motstånd mot sin egen regering; man kritiserade Jefferson Davis för att överge konfederationens frihetsideal och inkräkta på "delstaternas rättigheter" när man utökade centralmaktens befogenheter för att bedriva kriget. Exempelvis Georgias guvernör Joseph E. Brown riktade skarp kritik mot sydstatsregeringen för införandet av värnplikt, konfiskeringen av boskap och tvångsrekryteringen av slavar till den gemensamma krigsmakten. Även andra guvernörer insisterade på att män från deras delstater endast skulle behöva strida för att försvara sin egen delstat, inte någon annan del av konfederationen.