Именно в английской команде Дудек добился самого большого успеха за всю свою карьеру. Он выиграл с командой несколько титулов, но особняком стоит победа в Лиге Чемпионов в 2005 году в Стамбуле. Поляк стал героем матча, спас свою команду после двух подряд ударов Андрея Шевченко в упор на последних минутах дополнительного времени, а также сумел отразить удар украинца в серии одиннадцатиметровых ударов. Этот сэйв поляка принёс «Ливерпулю» победу в турнире. После прихода в команду испанца Пепе Рейны, Дудек потерял своё место в «основе». Из-за недостатка игровой практики Ежи принял решение покинуть стан мерсисайдцев и попрощался с клубом и его поклонниками в последнем домашнем матче чемпионата против «Чарльтона». У него были варианты как остаться в Премьер-лиге, так и перебраться в Испанию. Он выбрал вариант с испанским клубом «Реал Мадрид».