W 1886 Miles zastąpił generała George’a Crooka w przeciągającej się kampanii przeciwko przywódcy Apaczów, Geronimo. Apackich zwiadowców Crooka zastąpił białymi tropicielami i po przebyciu ponad 3 tys. mil w Górach Sierra Madre wynegocjował ostatecznie poddanie się Geronima i doprowadził do jego zesłania najpierw na Florydę, a następnie do Fort Sill na Terytorium Indiańskim (dzisiejsza Oklahoma). W 1890 jego próba zaprowadzenia porządku w ogarniętych buntowniczym ruchem religijnym Tańca Ducha rezerwatach Siuksów doprowadziła najpierw do zamordowania wodza Siedzącego Byka (ang. "Sitting Bull") 16 grudnia, a następnie do masakry grupy wodza Wielkiej Stopy (ang. "Big Foot") nad strumieniem Wounded Knee 29 grudnia przez 7 Pułk Kawalerii pułkownika Jamesa Forsytha. Zdaniem Milesa wszyscy tubylczy Amerykanie powinni uznać władzę Stanów Zjednoczonych, a jego celem – skutecznie zrealizowanym bądź przez sam pokaz, bądź przez bezwzględne użycie siły militarnej – było poddanie buntujących się uczestników religii Tańca Ducha kontroli wojska.