Beim Unternehmen Weserübung, der Besetzung von Dänemark und Norwegen, flogen sechs Ju 90 in der &lt;a href="Transportgeschwader%204"&gt;4./KGr. z. b. V. 105&lt;/a&gt; als Transporter. Drei Ju 90 mit ihren Lufthansa-Besatzungen wurden im Mai 1941 zur Luftwaffe abkommandiert und flogen Transporte während der deutschen Unterstützung des irakischen Aufstands gegen die britische Besatzungsmacht. Zwei Flugzeuge wurden als Schleppflugzeuge für den Lastensegler Me 321 eingesetzt. Im Februar 1942 wurden alle verfügbaren Ju 90 zusammengezogen, um im Nordabschnitt der Ostfront Versorgungsflüge, u. a. für Demjansk, durchzuführen. Im November 1942 wurden die Ju 90 zu Versorgungsflügen im Mittelmeer eingesetzt, bevor sie im Januar 1943 zur Stalingradversorgung an die Ostfront verlegt wurden. Danach wurden die Ju 90 im Rahmen der Lufttransportstaffel (LTS) 290 im Mittelmeerraum verwendet. Nach dem Verlust von Nordafrika wurde die Staffel im Juli 1943 nach Mühldorf am Inn verlegt. Kurze Zeit später erfolgte die Umbenennung in LTS 5, da keine Ju 290 mehr vorhanden waren. Im Frühjahr 1944 flog die LTS 5 bei der Evakuierung der Krim ihre Einsätze. Im September 1944 wurde sie dem TG 4 angegliedert und half bei der Räumung von Griechenland im September und Oktober 1944. Die letzten Flugzeuge wurden bei Kriegsende zerstört.