Эдмунд Ружицкий родился 13 января 1827 года в деревне Агатьевка, (Волынская губерния, Юго-Западный край, Российская империя) в семье Кароля и Марии Ружицких. Кароль Ружицкий поддержал восстание 1830—1831 годов и стал его активным участником. Поэтому его семья была взята под особый надзор русской администрацией. После неудачной попытки выкрасть из семьи Эдмунда и его брата Станислава, Мария с детьми скрылась в Австрийской Галиции. Однако в 1840 году Ружицкие были выданы русским властям и Эдмунд направлен в Санкт-Петербург под опеку брата императора Николая I — Великого князя Михаила Павловича, который направил 13-летнего Ружицкого в военную академию.