Ab 1940 stellte Klaus Bonhoeffer systematisch Kontakte zu mehreren Widerstandsgruppen gegen das NS-Regime her. Durch seinen Bruder Dietrich hatte er Kontakt zum kirchlichen Widerstand und über seine Schwäger Justus Delbrück, Hans von Dohnanyi und Rüdiger Schleicher zahlreiche Kontakte zum militärischen Widerstand gegen Hitler, vor allem zum Kreis um Wilhelm Canaris im &lt;a href="Abwehr%20%28Nachrichtendienst%29"&gt;Amt Ausland/Abwehr&lt;/a&gt; des Oberkommandos der Wehrmacht. Über einen Vetter seiner Frau, Ernst von Harnack, hatte Bonhoeffer auch Verbindungen zum sozialdemokratischen Widerstand. Seinen Mitarbeiter Otto John, den späteren ersten Präsidenten des Bundesamtes für Verfassungsschutz in der Bundesrepublik Deutschland, führte er an den Widerstand heran. Seine Reisemöglichkeiten nutzte er auch für den Widerstand. In die Attentats- und Umsturzpläne des 20. Juli 1944 war er eingeweiht.