Já na presidência de Floriano Peixoto, da mesma forma que a política interna, a chancelaria teria uma característica de instabilidade, cabendo a seis pessoas: Fernando Lobo Leite Pereira (1891-1892); Serzedelo Correia (1892); Antônio Francisco de Paula Souza (1892-1893); Felisbelo Firmo de Oliveira Freire (1893); João Filipe Pereira (1893); e Alexandre Cassiano do Nascimento (1893-1894). O período de 1891 a 1894 é marcado por uma "republicanização" através do corte de despesas, com enfoque nos consulados e com o fechamento ou unificação de algumas legações. A política exterior é caracterizada por um pan-americanismo como antítese ao europeísmo monárquico. As relações com os EUA são marcadas por um novo acordo aduaneiro e pelo recebimento de auxílio militar contra a Revolta da Armada e há uma crescente desconfiança com relação à Argentina, devido ao rearmamento naval, querelas comerciais e tarifárias e uma campanha difamatória por parte dos argentinos com relação às questões sanitárias no Brasil.