A 2003. március 20-án megkezdett amerikaiak által vezetett koalíciós támadás elsöpörte a Huszein-kormányzatot. Bagdad eleste után al-Dúri elbujdosott, így ő volt a legjelentősebb, a Huszein-rezsimben politikai pozíciót betöltő személy, akinek sikerült elrejtőznie és elkerülnie a letartóztatást. Arcképe szerepelt az amerikai által kiadott, körözött személyek arcképével megjelent kártyajátékokon. Kivégzéséig Huszein maradt az illegalitásba vonuló Baasz Párt "de jure" vezetője, de a tényleges vezetés Huszein letartóztatása és bebörtönzése miatt már ekkor al-Dúrira hárult. 2007. január 3-án, néhány nappal mentora kivégzése után hivatalosan is átvette a párt irányítását. Amerikai illetékesek feltételezése szerint al-Dúrinek nagy szerepe volt az amerikai kormányzat által támogatott új iraki kormány elleni támadásokban, zavarkeltésekben, amely az egész régiót destabilizálta. Al-Dúri vezetése alatt a Baasz Párt egy platformra került az olyan iszlám fundamentalista szervezetekkel, mint az Al-Kaida helyi sejtje, vagy az Iraki Iszlám Állam Abu Abdullah al-Rásid al-Bagdadi vezetésével, amelyből később kinőtte magát az Iraki és Levantei Iszlám Állam (ISIS) nevű terrorszervezet.