Однако ситуация в республики резко обостряется в связи со и начавшимися 27 февраля в Сумгаите беспорядками на этнической почве. На состоявшемся 9 марта совещании в ЦК КПСС были заслушаны сообщения как Багирова, так и Первого секретаря ЦК Компартии Армянской ССР К. С. Демирчяна о складывающей в обоих республиках обстановке. Багиров участвовал в работе мартовских пленума Сумгаитского горкома партии и сессии Сумгаитского городского Совета народных депутатов XVIII созыва, освободивших от должности, в связи с событиями в Сумгаите, тогдашних Первого секретаря Сумгаитского горкома партии и председателя горисполкома . Однако в конце мая Багиров был снят с должности.