Nach dem Vollzug des Anschlusses wurde Żeligowski zum Generalleutnant befördert und setzte als solcher seinen Dienst in der polnischen Armee fort. Er diente als Inspekteur des Heeres und Kommandant des Militärdistrikts von Warschau. 1925 wurde er schließlich polnischer Verteidigungsminister. Anlässlich des Maiputsches von Piłsudski im Mai 1926 verlor er seinen Ministerposten zwar kurzzeitig, wurde indes schnell wieder zum Verteidigungsminister ernannt. Bald darauf gab er sein Amt jedoch auf und zog sich auf den Sitz seiner Familie in Andrzejewo nahe Wilna zurück.