После реорганизации Потомакской армии а марте 1864 года Бакстер остался на должности командира бригады. Его бригаду передали 2-й дивизии V корпуса. Во время сражения в Глуши он был ранен в левую ногу. После выздоровления он участвовал в финальных боях осады Петерсберга в роли командира бригады 3-й дивизии V корпуса. 24 августа 1865 года Бакстер уволился из рядов добровольческой армии. 31 мая 1866 года президент Джонсон представил Бакстера к награде в виде временного звания генерал-майора. Сенат утвердил награждение 23 июля 1866 года.