Denne tilsidesættelse krænkede dybt den ærekære mand og har utvivlsomt bidraget sit til, at Baudissin, der 1846 var blevet oberstløjtnant og kommandør for 16. bataljon, 1848 stillede sit ansete navn og sin store indflydelse til rådighed for oprørets ledere. Det var væsentlig ved hans hjælp, at Rendsborg Fæstning så let faldt i prinsen af Nørs hænder. Til belønning avancerede Baudissin hurtigt op til de højeste grader i insurgentarmeen og betroedes under den treårige krig vigtige kommandostillinger.