В 2000 году просил службы у архиепископа Викентия (Мораря), который направил его на строительство монастыря в урочище Ганина Яма, являющееся местом погребения расстрелянной царской семьи. 23 сентября 2000 года, вскоре после канонизации Николая II, патриарх Алексий II посетил это урочище и благословил учреждение там монастыря Святых Царственных Страстотерпцев. По словам Сергия, патриарх персонально отметил его деятельность, а затем 25 сентября 2000 года освятил и храм в колонии. Первым священноархимандритом монастыря стал архиепископ Викентий. Он благословил Сергия стать первым игуменом монастыря, который находился в этой должности со дня учреждения монастыря 27 декабря по 20 апреля 2005 года, и поручил ему организацию строительных работ. Строительством занималось строительное управление Уральской горно-металлургической компании (УГМК) под руководством её директора и жертвователя монастыря Андрея Козицына.