Отношения между Кенией и Суданом напряжённые. Кения, как и другие страны региона Великих озёр (Бурунди, Демократическая Республика Конго, Руанда, Танзания, Уганда) открыто поддерживала Народную армию освобождения Судана, которая в настоящее время является правящей партией Южного Судана. Кения принимала беженцев из региона; также, по некоторым данным, поставляла повстанцам вооружение в ходе первой суданской гражданской войны. Поддержка НАОД извне негативно повлияла на отношения в целом между Суданом и странами региона, в том числе и на кенийско-суданские отношения.