Mais la situation continue de se dégrader. Après la bataille de la mer des Philippines, et la prise de Saipan, le , le général Tojo est remplacé comme Premier ministre par le général Koiso, le maréchal Sugiyama revenant comme Ministre de la Guerre, tandis que l'amiral Shimada cède la place à l'amiral Yonai qui retrouve, comme Ministre de la Marine, le poste qu'il avait occupé de 1937 à 1939. Enfin, le , l'amiral Oikawa, qui a été Ministre de la Marine en 1940-1941, est nommé Chef de l'État-major Général de la Marine. Pendant toutes ces péripéties, le vice-amiral Itō a assuré la permanence du service.