Majd Zico lett a japán válogatott szövetségi kapitánya, s az ő támadó stílusú csapatában Nakamura alapember lett középső középpályásként. 2000-ben meg is nyerték az Ázsia-kupát, Kínát verve a döntőben 3:1-re. A torna legértékesebb futballistájának Nakamurát választották. A 2006-os vb-n is ott volt, a japán válogatott nyitómeccsén ő lőtte a gólt Ausztrália ellen a 3-1-re elvesztett mérkőzésen. Majd Nakamuráék 0-0-t játszottak a horvátokkal és 4-1-re kikaptak a braziloktól. Így - noha Nakamura mindhárom meccset végigjátszotta - Japán a csoport negyedik, utolsó helyén végzett egy ponttal, és kiesett.