Chen Qi wurde im Oktober 2002 in die chinesische Nationalmannschaft berufen. Bei den Olympischen Sommerspielen 2004 in Athen gewann er die Goldmedaille im Doppel. Bei vier Weltmeisterschaften konnte er sich jeweils eine Goldmedaille sichern: Bei der Weltmeisterschaft 2006 in Bremen mit der Mannschaft, bei der Weltmeisterschaft 2007 in Zagreb im Doppel, bei der Weltmeisterschaft 2008 in Guangzhou erneut mit der Mannschaft und bei der Weltmeisterschaft 2009 in Yokohama erneut im Doppel. Bei der Weltmeisterschaft 2005 in Shanghai gewann Chen Qi die Bronzemedaille im Doppel. Im Einzel erreichte er dort den fünften Platz. 2005 und 2007 nahm er an den Asienmeisterschaften teil und erreichte jeweils im Team den ersten, Doppel den zweiten und Mixed den fünften Platz. 2007 wurde Chen Qi zudem Fünfter im Einzel.