1949年11月,任135师政治部副主任、主任。主要在广西参与清匪反霸斗争1951年11月任135师副政委并兼任中共广东省南海县委第一书记。1952年9月赴朝参加抗美援朝战争。1955年3月任135师政委。1956年入解放军政治学院学习。1957年任134师政委。1960年3月入高等军事学院学习。1963年任四十二军政治部主任、副政委、政委；1968年7月广州军区政治部主任兼广东省革命委员会副主任；1970年4月湖南省革命委员会副主任兼任广州军区副政委兼湖南省军区第一政委、1970年11月任中共湖南省委书记（时湖南省委第一书记为华国锋）。1972年10月因涉嫌九一三事件而被中共中央政治局停止其省委书记职务。。1973年3月调任兰州军区副政委（任期1973年7月－1979年2月）。湖南省委于1982年发出23号文件，认为卜占亚在湖南工作期间有错误，但不是参与反革命阴谋活动的问题，经中央批准同意撤销中央1973年12号文件，原结论予以否定。1983年8月离职休养。