In der Zeit des Nationalsozialismus entzogen sich vor allem jüngere jüdische Bürger durch Auswanderung weiteren Verfolgungen. Die verbliebenen zwölf Juden wurden im Zuge der Wagner-Bürckel-Aktion am 22. Oktober 1940 nach Gurs deportiert, wo eine Frau starb. Die anderen wurden 1942 nach Auschwitz verschleppt und fanden dort sehr wahrscheinlich ausnahmslos den Tod. Alfred Abraham Kirchhausen, Kriegsversehrter und Träger des Eisernen Kreuzes I. Klasse und bis 1939 Inhaber der Schluchterner Zigarrenfabrik mit zwanzig Beschäftigten, wurde von Darmstadt aus nach Theresienstadt deportiert. Er überlebte und kehrte 1945 nach Schluchtern zurück, wo er 1949 starb und auf dem Jüdischen Friedhof begraben wurde. Von den Ausgewanderten kam nur David Kirchhausen 1956 wieder nach Schluchtern zurück. Er starb 1969 und wurde ebenfalls auf dem Jüdischen Friedhof bestattet.