Yhtenä Tšekkoslovakian kommunistipuolueen johtajista Gottwald valittiin maaliskuussa 1945 Edvard Benešin johtamaan pakolaishallitukseen, joka sai maan johtoonsa sen vapauduttua natsimiehityksestä. Eri puolueiden yhteistyö päättyi helmikuussa 1948 hallituksen ei-kommunististen jäsenten eroon. Tällöin kommunistit tekivät Gottwaldin johtamina ns. Prahan kaappauksen eli Tšekkoslovakian vallankaappauksen 1948. Toukokuussa uudet vallanpitäjät hyväksyivät uuden perustuslain. Presidentti Benešiä painostettiin hyväksymään uusi lainsäädäntö, mutta hän kieltäytyi ja hänet erotettiin presidentin virasta 7. kesäkuuta 1948. Kesäkuun 14. päivä kommunistit valitsivat Gottwaldin Tšekkoslovakian presidentiksi.