Nach der Deutschen Wiedervereinigung trat Kirchner ab der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%201990/91"&gt;Saison 1990/91&lt;/a&gt; für das gesamtdeutsche Biathlon-Team an, das zunächst von Kurt Hinze betreut wurde und in dem sich Kirchner als stärkster Sportler erwies. Mit zwei Siegen in den 20-Kilometer-Rennen von Oberhof und am Osloer Holmenkollen belegte er am Ende des Winters hinter dem Russen Sergei Tschepikow Rang zwei im Weltcupgesamtklassement. Bei den Weltmeisterschaften von Lahti im Februar 1991 verteidigte er vor Frank Luck seinen Titel im Sprint und gewann wenige Tage später zwei weitere Goldmedaillen im Einzelwettkampf sowie in der Staffel (mit Ricco Groß, Luck sowie Fritz Fischer). Nach Waleri Medwedzew 1986 sowie Frank-Peter Roetsch 1987 wurde Kirchner damit zum dritten Biathleten, dem es gelang, bei einer Weltmeisterschaft drei Titel zu gewinnen.