Le premier mai 1686, Antonio Giannettini quitte ses fonctions à la San Marco pour prendre sa place en tant que maître de chapelle à la cour de François II, duc de Modène : ses honoraires pour ses services à la cour de Modène sont de 396 lires italiennes (une somme considérable pour l'époque). Pour la cour, il écrit neuf oratorios, d'autres œuvres sacrées, des cantates et des serenate. Avec le déclenchement de la guerre de succession d'Espagne, Modène est occupée par les français et en 1702, il fuit à Bologne avec le duc Renaud de Modène (successeur de François II). Après la guerre, en 1707 , il est retourne à Modène, où il continue son travail en tant que directeur de la chapelle, mais sans recevoir le salaire élevé de ses années passées. En , il décide d'accompagner sa fille Marie Catherine à Munich, ville où elle est active en tant que chanteuse à la cour bavaroise et où peu de temps après meurt de compositeur.