Erste internationale Erfahrungen sammelte Agnė Šerkšnienė beim Europäischen Olympischen Jugendfestival (EYOF) 2005 in Lignano, bei dem sie im 400-Meter-Lauf in 55,66 s den fünften Platz belegte. Anschließend nahm sie an den Junioreneuropameisterschaften in Kaunas teil und schied dort mit 57,48 s in der ersten Runde aus. Zwei Jahre später erreichte sie bei den Junioreneuropameisterschaften in Hengelo in 54,00 s Rang sechs über 400 Meter und konnte ihren Vorlauf über 200 Meter nicht beenden. 2009 nahm sie mit der litauischen 4-mal-400-Meter-Staffel an den Halleneuropameisterschaften in Turin teil und belegte dort in 3:43,42 min den sechsten Platz. Anschließend wurde sie bei den U23-Europameisterschaften in Kaunas in 52,81 s Fünfte.