Pucharze Kontynentalnym. Na stałe do PŚ w biegach powróciła w &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20biegach%20narciarskich%201999/2000"&gt;sezonie 1999/2000&lt;/a&gt; zajmując 16 miejsce w klasyfikacji generalnej. W 2001 r. na mistrzostwach świata w Lahti zdobyła wraz z Anitą Moen, Bente Skari i Elin Nilsen srebrny medal w sztafecie 4x5 km. Norweżki w składzie Pedersen, Moen, Skari oraz Marit Bjørgen powtórzyły wynik z Lahti podczas igrzysk olimpijskich w Salt Lake City. Igrzyska te były debiutem dla Pedersen chociaż miała już wtedy 37 lat. Na mistrzostwach świata w Val di Fiemme Hilde zdobyła aż trzy medale: razem z Bjørgen, Moen i Vibeke Skofterud srebrny w sztafecie 4x5 km oraz brązowe w biegu na 10 km techniką klasyczną oraz w sprincie stylem dowolnym. Ostatnimi i zarazem najbardziej udanymi mistrzostwami świata w jej karierze były mistrzostwa w Oberstdorfie rozgrywane w 2005 r. Razem z Marit Bjørgen zdobyła złoty medal w sprincie drużynowym techniką dowolną oraz złoty medal w sztafecie 4x5 km. Norweżki biegły w składzie Pedersen, Bjørgen, Skofterud i Kristin Størmer Steira. Na igrzyskach olimpijskich w Turynie zdobyła brązowy medal w biegu na 10 km stylem klasycznym.