Бабкин специализируется на истории православной церкви и взаимоотношениях между нею и государством. Он является автором нескольких десятков статей и двух монографий: «Духовенство Русской православной церкви и свержение монархии (начало XX века — конец 1917 года)» (2007) и «Священство и Царство (Россия, начало XX века — 1918 год). Исследования и материалы» (в литературе встречается мнение о том, что вторая книга — всего лишь дополненное переиздание первой). В своих трудах историк развивает мысль о том, что русское православное духовенство в начале XX века было автономным субъектом политики: представители высшей иерархии осознанно и последовательно стремились минимизировать вмешательство императора в церковные дела и десакрализовать его образ, работая, таким образом, «по существу, на революцию». Именно мгновенная поддержка большинством епископата новой власти в марте 1917 года, по мнению Бабкина, сделала революцию необратимой и укрепила республиканский строй. Православные иерархи быстро добились своих целей — восстановили свою автономию от государства и в конце 1917 года осуществили реставрацию русского патриаршества. С июля 1917 года из-за роста антиклерикализма и внутреннего институционального кризиса политические позиции церкви смещались вправо, но она всё же осталась, по его мнению, нейтральной во время захвата власти большевиками. Только в 1918 году, когда последние начали угрожать интересам епископской корпорации, церковные иерархи снова ушли в оппозицию.