V říjnu 2000 byl jmenován velitelem záložní posádky Expedice 7. Po havárii Columbie v únoru 2003 byly posádky několikrát reorganizovány, nakonec byl Krikaljov určen velitelem Expedice 11. K šestému letu odstartoval 15. dubna 2005 v Sojuzu TMA-6, přistál 10. října 2005 po 179 dnech letu.