Vào những năm 1990, một đội quân phiến quân do Paul Kagame lãnh đạo, cũng là một người tị nạn ở Uganda, đã phát động một cuộc nội chiến kéo dài bốn năm mà đỉnh điểm là cuộc diệt chủng Rwandan năm 1994, trong đó khoảng 500.000 đến 1.000.000 Tutsi và người Hutu ôn hòa về chính trị đã bị giết bởi Hutu cực đoan. Chiến tranh đã kết thúc khi lực lượng của Kagame chiếm lấy toàn bộ đất nước, cho phép hàng ngàn người Tutsi lưu vong, bao gồm Museminali, trở về quê hương.