В 1811 году его направили для обучения рекрут. Командуя рекрутской бригадой, во время Отечественной войны он наблюдал за Волоколамской и Ржевской дорогами. Исполняя эту миссию, Жемчужников с июня по октябрь находился в Твери. Затем прибыл к действующей армии и участвовал в сражениях при блокаде Шпандау, при Лютцене, Бауцене, Лейпциге, Магдебурге и Гамбурге. Был награждён орденами Св. Анны 1-й степени, Св. Георгия 3-й степени (28 января 1814 г. — за действия против частей маршала Даву под Гамбургом), Красного орла. Получил чин генерал-майора. В 1814 году, состоя при начальнике 7-й пехотной дивизии, находился в действующей армии вплоть до взятия Парижа; в 1815 году — при появлении во Франции Наполеона, участвовал в походе для участия в Бельгийской кампании.