W latach 1942–1944 zaangażował się w pracę w Polskim Komitecie Opieki w Stanisławowie, który stanowił lokalną strukturę ogólnokrajowej Rady Głównej Opiekuńczej, i został jego przewodniczącym. Po powrocie Sowietów Komitet nie zaprzestał działalności i nadal niósł pomoc Polakom, szczególnie uciekinierom ze wsi, którzy masowo chronili się w mieście przed ukraińskimi pogromami. 5 stycznia 1945 Bujalski został aresztowany przez NKWD i osadzony w miejscowym więzieniu. Kontakt z nim urwał się w marcu. Polski Czerwony Krzyż w piśmie z 23 grudnia 1959 podał jako datę jego śmierci 12 marca 1945. Według relacji współwięźniów, którzy przeżyli, zmarł w więzieniu na skutek chorób. Symboliczny grób Bolesława Bujalskiego znajduje się na Starym Cmentarzu w Jaśle przy ul. Zielonej.