Fernandez a İspanya millî takımına ilk kez 2004 Yaz Olimpiyatları'nda mücadele edicek kadroda çağrılmış ve turnuvada maç başına 10.6 dakika sahada kalarak 5.6 sayı ortalaması tutturarak oynadı. Bir sonraki yıl düzenlenen 2005 Avrupa Basketbol Şampiyonasında millî kadroya davet edildi ama istatistikleri kötüydü. İspanyol oyuncu turnuvada maç başına %31 şut yüzdesi maç başına 16 dakika sürede 2.7 sayı ortalaması ile oynadı. Fernandez millî takım formasıyla 3. kez 2006 FIBA Dünya Basketbol Şampiyonası'nda mücadele etti ve takımının önemli oyuncularından birisi oldu. Turnuvada maç başına 9.1 sayı 2.3 ribaund 1.4 top çalma istatistikleri ile mücadele ederek millî takımının altın madalya kazanmasında katkıda bulunmuştur.