עם חזרתו לאתונה בשנת 399 לפנה"ס, הוגלה בגלל פעילות מדינית שנגדה את הדמוקרטיה. בשנת 396 לפנה"ס התגייס לצבאו של המלך אגסילאוס, בעת מלחמת ספרטה - פרס. פרוץ המלחמה הקורינתית מנעה את המשך הפעילות של הצבא הספרטני על אדמת פרס. יחד עם המלך שב ליוון והשתתף בקרב קורונאה בשנת 394 לפנה"ס. אגסילאוס הפך לפטרונו ובזכותו זכה קסנפון לאחוזה בסקילוס . בשנת 386 לפנה"ס האישומים נגדו בוטלו באופן רשמי על סמך מסמכי "שלום המלך" (שלום אנטלקידס). הוא העדיף שלא לחזור ושני בניו התחנכו בספרטה. בשנת 371 לפנה"ס, בעקבות קרב לאוקטרה, עזב קסנופון לקורינתוס.