Главни догађај његове владавине био је аустро-турски рат у Мађарској (1593—1606). Османски порази у рату су изазвали султана Мехмеда да и сам преузме личну команду над војском, он је био један од првих султана који се прикључио бици, пратећи Сулејмана I. Османлије су освојиле Егер 1596. год. Након саслушања приступа Хабзбурга, Мехмед је хтео да отпусти војску и врати је у Истанбулу. Међутим, Османлије су коначно одлучиле да се суоче са непријатељима и победиле Хабзбуршке и Трансилванијске снаге у бици код Кересзтеса (позната у турској и као Битка код Хаџова), током које је Султан морао да се повуче бежећи из поља у пола битке. По повратку у Истанбул, Мехмед је рекао својим везирима да ће поново отићи у војни поход. Следеће године, млетачки бајло је у Истанбулу приметио да су лекари изјавили да Султан не може да иде у рат због његовог лошег здравственог стања, а разлог тога је највероватније што му се нешто налазило у јелу и пићу.