Cruysia pidetään yhtenä Venäjän laivaston pääarkkitehdeista. 1700-luvun alussa Cruys osallistui suureen Pohjan sotaan. Hän komensi Itämeren laivastoa 1705 alkaen ja oli mukana suunnittelemassa Kronstadtin linnoitusta, joka oli tärkeä Ruotsia vastaan käydyn sodan aikana. Cruys johti Kronstadtin puolustusta, kun venäläiset torjuivat ruotsalaisten hyökkäyksen 1705. Hänestä tuli tsaarin 1698 perustaman telakkasatamakaupunki Taganrogin ensimmäinen venäläinen kuvernööri. Mustanmeren alueella Cruys osallistui myös vuosien 1710–1711 Venäjän–Turkin sodan vähäisiin meritaisteluihin. Sodan aikana hän teki myös ensimmäiset kartat Asovanmerestä ja Donista.