Jakobsen absolvierte sein Debüt für die Färöer am 14. April 1989 gemeinsam mit Tummas Eli Hansen und Gunnar Mohr in einem Freundschaftsspiel gegen Kanada in Tórshavn. Das 1:0 war sogleich der erste Sieg der Färöer seit dem Beitritt zur FIFA. Jakobsen war während der ersten Jahre Kapitän des Teams, vor allem während seines historischen Sieges über Österreich im Jahr 1990. Sein letztes internationales Spiel war ein WM-Qualifikationsspiel am 8. September 1993 gegen Rumänien, welches in Toftir mit 0:4 verloren wurde. Er absolvierte insgesamt 25 Länderspiele für sein Heimatland.