W czasie wielkiej wojny z zakonem krzyżackim w latach 1409–1410, zamek bydgoski był terenem zaciętych walk. Pod koniec sierpnia 1409 roku, na skutek nieudanego wypadu pod Świecie, znaczna część załogi zamku została wzięta do niewoli, a pozostali obrońcy, nie widząc możliwości obrony, oddali twierdzę bez walki w ręce wojsk zakonnych. Odbicia zamku z rąk krzyżackich dokonał Władysław Jagiełło, szturmując go w ciągu 8 dni, od 28 września do 6 października 1409 roku. Tutaj właśnie król podpisał rozejm z wielkim mistrzem krzyżackim Ulrichem von Jungingen, który obowiązywał do 24 czerwca 1410. W roku następnym, po wygaśnięciu tego rozejmu, armia Jagiełły i księcia Witolda rozegrały słynną kampanię, w której złamały potęgę militarną państwa zakonnego pod Grunwaldem. Jesienią 1409 remont zamku nadzorował osobiście król Władysław Jagiełło.