No entanto, a estadia do Gil Vicente no Campeonato de Portugal foi curta e durou apenas uma temporada, uma vez que, em 2016, o Tribunal Administrativo do Círculo de Lisboa anulou o acórdão do Conselho de Justiça da Federação Portuguesa de Futebol relativo ao famoso «caso Mateus» e, no ano seguinte, os gilistas chegaram a um princípio de acordo com o Belenenses sobre o mesmo, o que permitiu a subida administrativa do clube à Primeira Liga em 2019/20, temporada em que ficou em 10º lugar na Liga NOS.