In der aufkommenden typischen Guerillataktik organisierte er zwischen dem Tejo und Guadiana kleine Angriffe gegen die französische Besatzungsmacht unter Marschall Victor. Für seine Waffentaten wurde er am 28. Juli zum Generalmajor befördert. Die Centraljunta versuchte, sich bei der britischen Öffentlichkeit beliebt zu machen, und befahl der Armee von La Mancha, in die Offensive zu gehen. Die Spanier unter Cuesta wurden am 8. August in der Schlacht bei Almonacid besiegt. Am 12. August 1809 erlitt der Obergeneral Cuesta in Deleitosa einen Schlaganfall und wurde durch General Francisco de Eguía ersetzt, der Zayas im Kommando der Vorhut bestätigte. Zayas führte nach der Niederlage bei Ocaña (November 1809) die Reste des Heeres nach Andalusien zurück. Nach einer weiteren Niederlage bei Alcalá la Real zog sich Zayas nach Murcia zurück, wo er seine Truppen verstärkte und neu organisierte.