1939年にドイツがポーランドに侵攻して第二次世界大戦が勃発した後、ドイツはヨーロッパ全域に勢力を拡張しギリシアも1941年4月にはドイツ・イタリアの占領下に置かれた。イギリス首相ウィンストン・チャーチルはその地理的重要性からクレタ島を重視し、その確保に多大な関心を示した。クレタ島にはイギリス軍・オーストラリア軍・ニュージーランド軍が派遣され、ドイツ軍の侵攻に備えた。ドイツ軍は5月に大規模な空挺作戦によってクレタ島を攻撃し占領したが、大きな損失を出した（クレタ島の戦い）。クレタ島には10,000人を超えるギリシア軍もいたが無力であり、ドイツ軍の侵攻に対してほとんど役割を果たさなかった。占領された後、クレタ島ではレジスタンスが組織され、ギリシア本土の抵抗組織から代表が送り込まれた。クレタ島で活動したのはクレタ民族組織（EOK）と民族解放戦線（EAM）であり、山間部でドイツ軍と戦った。第二次世界大戦の間、クレタ島は多くの人口を失い、村落のうち6分の5が破壊され、ハニアとイラクリオンも戦災を受けた。