Первую рукопись Кузнецов принёс в редакцию журнала «Юность» в 1965 году. Он надеялся, что на волне «оттепели» роман будет опубликован полностью, однако его заставили сократить текст. В частности, были убраны как «антисоветчина» главы книг о взрыве советскими войсками при отступлении главной улицы Киева — Крещатика, и Киево-Печерской Лавры, информация о Куренёвской трагедии 13 марта 1961 года. По воспоминаниям писателя, «рукопись была нарасхват, все читали, восторженно отзывались в личном разговоре, а официально они выдвигали убийственную критику». В конечном итоге рукопись без ряда глав дошла до ЦК КПСС, где её лично прочёл главный идеолог СССР Михаил Суслов, которому она понравилась, но, так как читал он без некоторых разделов, то эти разделы были также убраны. Дополнительным аргументом к разрешению отправки в печать «Бабьего Яра» было то, что роман якобы опровергал нашумевшее в своё время стихотворение Евгения Евтушенко «Над Бабьим Яром памятника нет…» Сам же Кузнецов уверял, что это не было его целью, а хотел лишь рассказать о Бабьем Яре куда больше и во всех аспектах.