W 2007 roku Pérez triumfował również ze swoją ekipą w najbardziej prestiżowych rozgrywkach północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharze Mistrzów CONCACAF, a także wygrał SuperLigę i zajął drugie miejsce w superpucharze Ameryki Południowej – Recopa Sudamericana. Wziął także udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, podczas których Pachuca zajęła szóste miejsce. W 2008 roku, wciąż w roli głębokiego rezerwowego, ponownie wygrał ze swoim zespołem północnoamerykański Puchar Mistrzów oraz wystąpił na Klubowych Mistrzostwach Świata – tym razem jego drużyna spisała się lepiej niż poprzednio, zajmując czwartą lokatę. Bezpośrednio po tym wywalczył sobie pewne miejsce na środku obrony i w sezonie Clausura 2009 zdobył z Pachucą wicemistrzostwo kraju oraz zajął drugie miejsce w rozgrywkach kwalifikacyjnych do Copa Libertadores – InterLidze. Premierowego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej strzelił natomiast 31 lipca 2009 w wygranej 3:1 konfrontacji z Querétaro.