Während der folgenden Saisonvorbereitung erspielte sich Hanifin direkt einen Stammplatz im Team und gehörte somit seit Beginn der Saison 2015/16 zum NHL-Aufgebot der Hurricanes. Nach seiner ersten NHL-Saison nahm er mit der Nationalmannschaft der USA zudem an der Weltmeisterschaft 2016 teil, bei der er mit dem Team den vierten Platz belegte. Während der Saison 2017/18 vertrat er die Hurricanes erstmals beim NHL All-Star Game. Im Juni 2018 wurde Hanifin allerdings samt Elias Lindholm an die Calgary Flames abgegeben, die dafür Dougie Hamilton, Micheal Ferland und Adam Fox nach Carolina schickten. Ende August 2018 unterzeichnete er einen neuen Sechsjahresvertrag in Calgary, der ihm ein durchschnittliches Jahresgehalt von 4,95 Millionen US-Dollar einbringen soll.