Vahanian s-a născut la Marsilia, Franța, într-o familie de refugiați ai Genocidului Armean. El a obținut bacalaureatul francez (baccalauréat) în 1945 la Liceul de la Valence și a absolvit apoi Facultatea de Teologie Protestantă din Paris, obținând un masterat în teologie în 1950 la Princeton Theological Seminary și un doctorat în 1958 la aceeași instituție de învățământ. Teza sa de disertație a purtat titlul „Protestantism and the Arts”.