L'imperatore decise che tutti i napoletani dell'esercito francese sarebbero dovuti partire per l'invasione del Regno borbonico, che iniziò il 9 febbraio 1806 ad opera dell'armata del generale francese Andrea Massena. Giunto a Napoli (conquistata il 14 febbraio) nel maggio del 1806, Filangieri fu chiamato con il grado di capitano a far parte dello Stato Maggiore del generale Mathieu Dumas. Immediatamente spedito al fronte, fu chiamato a partecipare all'assedio di Gaeta che terminò il 18 luglio del 1806. Anche in questa circostanza Filangieri si distinse per le sue doti militari conseguendo la Legion d'onore.