Elle semble avoir été détruite à nouveau en 1009 par Al-Hakim bi-Amr Allah. Les croisés ayant reconquis la ville après le siège de Jérusalem en 1099, ils construisirent un petit oratoire au milieu des ruines entre 1102 et 1106. Le croisé Bartolf de Nangis semble la décrire dans sa chronique "Gesta Francorum Iherusalem expugnantium", et son état de ruine est confirmé par Sæwulf.