После падения правительства Наджибуллы в 1992 году характер гражданской войны в Афганистане значительно изменился. В условиях фактического отсутствия центральной власти самолёты национальных ВВС приходили в негодность из-за нехватки запчастей и низкого уровня техобслуживания. Однако занявшее Кабул в 1996 году движение Талибан получило некоторое число боеспособных самолётов, включая Су-22. Они использовались для бомбардировок позиций Северного Альянса до 2001 года. В ходе воздушных боёв между авиацией противоборствующих сторон Су-20/22 сбили не менее одного МиГ-21 при потере пяти самолётов. Все оставшиеся самолёты были уничтожены на аэродромах американской авиацией в ходе операции «Несокрушимая свобода» (2001).