בניגוד לפרסים, החלוקה הפנימית של הצבא המוקדונית הייתה יעילה מאוד. גם צבא זה חולק לפי מסגרת אזורית, אך הייתה חלוקה פנימית ביחידות גדולות וביחידות גדולות מאוד (כמו הפלנקס והפרשים הכבדים) לחלוקה האזורית הייתה חשיבות פחותת ערך ושאפו ליצור יחידות משנה בעלות גודל אחיד. כל החלקים של הצבא המוקדוני עברו אימונים מקיפים ושיתוף הפעולה בין חיל הפרשים לחיל הרגלים היה ברמה גבוהה מאוד. האמון תרם גם למשמעת הצבא. אלכסנדר היה בטוח בכך שפקודותיו יבוצעו כלשונן ואף היה בכוחו לעצור הסתערות של אחד החלקים על מנת להושיט עזרה לחלק אחר (כמו בקרב גאוגמלה) מה שלא היה נכון לרוב הצבאות בתקופה זו.