Malgrado l'età avanzata, nel 1560 prese parte alla Battaglia di Djerba contro i turchi che si concluse con un tremendo disastro. Dopo una battaglia in mare, i soldati sopravvissuti allo scontro si rifugiarono in un vicino forte ove erano destinati a finire i loro giorni abbandonati. Quando Giovanni Andrea Doria scappò con l'ausilio di un piccolo vascello, Sande divenne comandante delle forze presenti nel forte, che venne presto attaccato dalla forze combinate di Piyale Pascià e di Turgut Reis. Dopo un assedio della durata di tre mesi, la guarnigione si arrese e i 5000 soldati divennero prigionieri e lo stesso Alvaro de Sande venne portato a Istanbul. Dopo 5 anni Sande pagò la somma di 60.000 scudi e venne rilasciato col permesso di tornare in Spagna. Egli combatté nuovamente contro i turchi nell'Assedio di Malta del 1565.