ב-1918 הקים את צבא האסלאם שנועד לנצל את יציאתה של רוסיה מהמערכה בקווקז ולכבוש שטחים באזור ארמניה, גאורגיה ואזרבייג'ן. הוא ביצע צעד זה למרות התנגדותה של גרמניה והקים את הכוח הצבאי ללא קצינים או יועצים גרמנים לראשונה מזה שנים. צבא האסלאם לחם נגד כוחות משולבים של הצבא הלבן, בריטים, אזרים וארמנים וזכה להישגים בקרבות, אולם בהפסקת האש של מודרוס הוא פורק יחד עם כל הצבא, ונסוג מהשטחים שכבש. לחימתו באויבי הקומוניסטים סייעה לאנוור ליצור קשר עם אנשי ממשל סובייטים, עובדה שהועילה לו מאוחר יותר.