Ende der 1970er-Jahre trat Havránek in den Dienst des Landesverbandes. Für diesen betreute er die Olympia-Auswahlmannschaft bei den vom Boykott etlicher westlicher Staaten geprägten Olympischen Sommerspielen 1980. Durch einen 1:0-Endspielerfolg über die DDR-Olympiamannschaft gewann er mit der Tschechoslowakei die Goldmedaille. Wenig später übernahm er die A-Nationalmannschaft auch offiziell, verpasste mit ihr aber hinter Rumänien und Schweden deutlich die Qualifikation zur Europameisterschaftsendrunde 1984. Anschließend übernahm Josef Masopust den Trainerposten, Havránek ging als Trainer von AEL Limassol erneut nach Zypern. Im Alter von 63 Jahren beendete er dort seine Trainerkarriere.