В 1967 году спортсмен женился. С женой имеют двух детей: дочь Сабрину и сына Акселя, который также стал профессиональным велогонщиком и завоевал бронзовую медаль на летних Олимпийских играх 2004 года в Афинах. Эдди за 40 лет до этого на своей единственной Олимпиаде-1964 завоевать награду не удалось (в то время профессиональные гонщики не допускались до Олимпиад, Меркс стартовал на ней в юном для шоссейного велоспорта 19-летнем возрасте).