Évariste Ndayishimiye nasceu em 1968 em Giheta, Província de Gitega no Burundi. É tido como um católico "fervoroso". Ele começou os seus estudos de direito na Universidade de Bujumbura, onde ainda estudava em 1995, quando estudantes hútus foram massacrados como parte da violência interétnica que acompanhou a Guerra Civil do Burundi (1993–2005). Fugiu e juntou-se ao rebelde moderado Conselho Nacional para a Defesa da Democracia – Forças para a Defesa da Democracia, que obteve seu apoio predominantemente por étnicos Hútus. Subindo na hierarquia do grupo durante a guerra civil, ele presidiu milícias e atividades militares, ganhando o apelido de "Neva".