Ο Μάρκες έκανε το ντεμπούτο του με την Εθνική Μεξικού στις 5 Φεβρουαρίου του 1997 σε ηλικία μόλις 17 ετών. Συμμετείχε στις αποστολές του Μεξικού για το Παγκόσμιο Κύπελλο του 2002 και το Κύπελλο Συνομοσπονδιών του 2005 και το 2006 ήταν ο αρχηγός της ομάδας του στο Παγκόσμιο Κύπελλο της Γερμανίας. Έφθασε μέχρι τα προημιτελικά της διοργάνωσης όπου το Μεξικό αποκλείστηκε από την Αργεντινή. Στο Παγκόσμιο Κύπελλο της Νοτίου Αφρικής πέτυχε το πρώτο γκολ του Μεξικού, ισοφαρίζοντας με 1-1 στον αγώνα ενάντια στους οικοδεσπότες. Στις 26 Μαρτίου 2011 συμπλήρωσε τις 100 συμμετοχές με την εθνική Μεξικού. Το 2014 στη Βραζιλία συμμετέχει σε τέταρτο συνεχόμενο Παγκόσμιο Κύπελλο. Το 2018 συμμετείχε σε δύο αγώνες της τελικής φάσης του Παγκοσμίου Κυπέλλου της Ρωσίας και έγινε ο τρίτος παίκτης στην ιστορία που κατάφερε κάτι τέτοιο.