W reprezentacji Belgii Peeters zadebiutował 4 września 1999 roku w meczu przeciwko Holandii. W 2000 roku wraz z drużyną narodową pojechał na mistrzostwa Europy, na których „Czerwone Diabły” zostały wyeliminowane już w pierwszej fazie turnieju. W 2002 roku wychowanek Unionu Overpelt-Lommel wziął udział w mistrzostwach świata. Na tej imprezie Belgowie zajęli drugie miejsce w swojej grupie i awansowali do 1/8 finału. W tej fazie turnieju zespół Roberta Waseige przegrał 2:0 z późniejszymi zwycięzcami mundialu – Brazylijczykami. Peeters na boiskach Korei Południowej i Japonii zagrał w trzech spotkaniach. Łącznie dla drużyny narodowej zaliczył siedemnaście występów. Ostatni reprezentacyjny występ Peeters zaliczył 21 sierpnia 2002 roku w pojedynku z Polską.