Quando os sarracenos queimaram a Abadia de Farfa, em 898, um grupo de refugiados se instalou em Roma e alguns deles permaneceram na cidade mesmo depois que o abade Ratfredo (r. 934–936) reconstruiu o complexo. Por conta disto, no final do século X, a abadia era proprietária de igrejas, casas, moinhos de vento e vinhedos em Roma. Uma bula do imperador do Sacro Império Romano-Germânico, Otão III, de 998, atesta a posse de três igrejas: "Santa Maria", "San Benedetto" e o oratório de "San Salvatore". Quando eles cederam as propriedades para a família Médici em 1480, "Santa Maria" foi rededicada como "San Luigi dei Francesi". Depois disto, o cardeal Giulio di Giuliano de' Medici encarregou Jean de Chenevière de construir uma nova igreja para a comunidade francesa em 1518, mas a construção foi interrompida quando Roma foi saqueada em 1527 e a obra só se completaria em 1589, sob o comando de Domenico Fontana. O interior foi restaurado por Antoine Dérizet entre 1749 e 1756.