Акалічнасці смерці Дзяконскага невядомыя. Пасля ўварвання савецкіх войскаў на тэрыторыю Заходняй Беларусі ў верасні 1939 года паэт быў арыштаваны і перавезены ў Мінск, дзе перабываў прынамсі да сакавіка 1940 года. Далейшы яго лёс невядомы. Жонка Дзяконскага выехала ў Варшаву.