Es tenen molt poques dades de Goudimel, malgrat tot se sap que va rebre una sòlida instrucció musical i literària. Educat en la religió catòlica, passà a Roma, després d'haver sigut mestre de capella de Besançon i en la Ciutat Eterna fundà una escola de música. Tingué la glòria que Palestrina fou alumne seu. De retorn a França abjurà el catolicisme, i s'afilià a la Reforma, el que li fou fatal, doncs morí assassinat a Lió quan la cèlebre Massacre del dia de Sant Bartomeu, sent el seu cos llançat al Roine.