Cooper gab 2001 sein Nationalmannschaftsdebüt gegen Italien. Bei der WM 2003 war er die erste Wahl auf der Gedrängehalbposition. Beim Grand-Slam-Gewinn der Waliser bei den Six Nations 2005 wurde ihm jedoch Dwayne Peel vorgezogen. Ebenso erging es ihm bei der Tour der British and Irish Lions im selben Jahr. Er kam nur gegen Argentinien zu Beginn zu einem Einsatz bei einem offiziellen Spiel. Nach zwei Spielzeiten in England wechselte er zur Saison 2009/10 zurück nach Wales zu den Cardiff Blues.