Portugal befand sich durch seine Allianz mit Großbritannien außenpolitisch in einer äußerst prekären Situation gegenüber dem revolutionären Frankreich. Aus Angst, die revolutionären Ideen könnten nach Brasilien übergreifen, beteiligte es sich am Krieg gegen Frankreich (1793), stand jedoch ab 1795 mit Großbritannien als letztem Verbündeten auf dem Kontinent allein. Spanien nutzte diese Schwäche und eroberte 1801 im sogenannten „Orangen-Krieg“ (Guerra de Las Naranjas) Teile Portugals (spanisches Ultimatum, spanische Besetzung des Alentejo, Abtretung der Stadt Olivença an Spanien im Frieden von Badajoz). Lucien Bonaparte und Manuel de Godoy erpressten eine hohe Entschädigung, die in ihre eigenen Taschen wanderte. Dafür ignorierten sie die Wünsche Napoleons und verzichteten auf die Besetzung mehrerer portugiesischer Provinzen. Napoleon war außer sich vor Wut, nannte seinen Bruder einen Schurken und Dieb und prophezeite der spanischen Monarchie ein bitteres Ende. 1806 erklärte Napoleon in Berlin die Kontinentalsperre gegen Großbritannien. Portugal konnte napoleonischem Drängen, seine Häfen gegenüber britischen Schiffen zu verschließen und sich der Kontinentalblockade anzuschließen, nicht nachgeben, da es zu sehr vom britischen Handel abhängig war. Das französische Drängen wurde nach Napoleons Niederlage in der Seeschlacht von Trafalgar (1805) immer stärker. 1806 stellte Napoleon Portugal ein Ultimatum. Entweder das Land erkläre den Briten den Krieg, oder Frankreich erkläre Portugal den Krieg. 1807 musste Spanien im Vertrag von Fontainebleau den Franzosen Durchmarschrechte zugestehen. Napoleon gelang es so, Portugal zu besetzen, General Junot eroberte Lissabon. Die königliche Familie floh nach Brasilien, Rio de Janeiro wurde neuer Regierungssitz.