Die deutschen Warenhäuser wurden ab 1933 boykottiert und 1938 „arisiert“. Zum 1. April 1937 übernahm der langjährige Prokurist der Firma, Fritz Richter, das Unternehmen. Arthur Knopf kam 1938 ins KZ Dachau, konnte aber 1939 in die Schweiz fliehen. Seine Schwester Betty wurde Mitte der 1920er-Jahre wegen Depression in die Irrenanstalt Illenau eingewiesen und 1940 im Rahmen des „Euthanasie“-Programms, der „Aktion T4“, der Nationalsozialisten ermordet. Am 27. November 1944 wurde das Freiburger Warenhaus bei der „Operation Tigerfish“, einem britischen Luftangriff, größtenteils zerstört.