Während der französischen Belagerung 1807 nutzte preußisches Militär die Trinitatiskirche als Lazarett, während das damals siegreiche französische Militär die Große Kirche ab 1812 als Bekleidungsmagazin. und während der russischen Belagerung 1813 ebenfalls als Lazarett nutzte. Ab 1814 mietete der preußische Militärfiskus das Klostergebäude, das weiter als Lazarett diente, weshalb die Stadt Danzig, die von jeher Eigentümerin geblieben war, den Klosterbau 1828 für 19.000 Taler an den Militärfiskus verkaufte. und während der russischen Belagerung 1813 ebenfalls als Lazarett nutzte. 1817 wurde die Bibliothek organisatorisch vom Gymnasium getrennt und zog 1821 in die als nunmehr öffentliche Bibliothek eingerichtete Jacobikirche. Das Lazarett zog 1844 in einen 1838–1844 errichteten Neubau um, der nach dessen Schließung ab 1920 bis 1939 als polnisches Postamt in Danzig diente. Das Militär richtete ein Montierungsmagazin ein.