Vào ngày 30 tháng 9 năm 1965, sáu sĩ quan cấp cao nhất của quân đội đã bị giết trong một hành động (thường được gọi là "cuộc đảo chính cố ý") do cái gọi là Phong trào 30 tháng 9, một nhóm từ trong các lực lượng vũ trang khởi xướng. Trong vòng vài giờ, Thiếu tướng Suharto đã huy động các lực lượng dưới sự chỉ huy của ông và kiểm soát Jakarta. Các nhà hoạt động chống cộng, ban đầu theo sau sự dẫn dắt của quân đội, đã tiến hành một cuộc thanh trừng bạo lực vào cộng sản trên khắp đất nước, giết chết khoảng nửa triệu người và triệt bỏ Đảng PKI, điều mà tới nay vẫn bị đổ lỗi là do cuộc khủng hoảng.