Chiamato alle armi nel maggio 1916, viene destinato al 7º Reggimento Bersaglieri, in volontaria sostituzione di un padre di famiglia. Divenuto caporale, viene scelto per la scuola allievi ufficiali e trasferito al 120º Reggimento fanteria, dove assume il comando di un plotone e nel settembre 1917 viene inviato in zona di guerra, nel Carso. Il 26 ottobre 1917, presso il cosiddetto ponte dell'Osteria vicino a Gorizia, mentre la maggior parte delle truppe fugge dopo la rotta di Caporetto, Zaffiri conduce esemplarmente il plotone al suo comando nonostante il pesante fuoco nemico: ferito una prima volta da schegge di granata, mantiene il comando fino a quando viene nuovamente ferito in modo grave alla gamba destra. Portato all'ospedale di Udine, viene fatto prigioniero il 30 ottobre. Attraverso dolorosi trasferimenti, viene internato nel campo di prigionia di Mauthausen che diventerà tristemente famoso vent'anni dopo. Subisce otto interventi chirurgici (che gli procureranno un'anchilosi permanente della gamba destra ma gli salveranno l'arto) e sopravvive a stento alle durissime condizioni del campo.