1 września 1941 roku został mianowany Komendantem Okręgu Nowogródek ZWZ. Pozostał nim do 1944 roku. Od wiosny 1944 roku nadzorował powstanie pięciu zgrupowań partyzanckich (o sile do około 8 tysięcy żołnierzy). Był przeciwny akcji „Burza”, a szczególnie operacji „Ostra Brama” i ujawnianiu się przed Armią Czerwoną. W związku z tym został odwołany z funkcji komendanta w dniu 12 czerwca 1944 roku (w praktyce kierował okręgiem do 26 czerwca, ponieważ jego następca, Adam Szydłowski „Poleszuk” przybył do komendy okręgu dopiero 25 czerwca), a Okręg Nowogródzki został przemianowany na podokręg i podporządkowany przez dowódcę AK gen. Tadeusza „Bora” Komorowskiego Okręgowi Wileńsko-Nowogródzkiemu, dowodzonemu przez Aleksandra Krzyżanowskiego „Wilka”. Został dowódcą Zgrupowania „Zachód” Okręgu Nowogródek AK, które – prawdopodobnie wbrew rozkazom – nie wzięło udziału w operacji „Ostra Brama”. Po dramatycznych próbach dowództwa okręgu nawiązania współpracy z Armią Czerwoną, zakończonych aresztowaniami i obławą sowiecką na polskie siły, Szlaski, po aresztowaniu jego następcy został ponownie komendantem podokręgu na parę dni (w dniach 17–19 lipca 1944 roku). W związku z niemożnością utrzymania się w lesie 19 lipca podjął decyzję o rozwiązaniu i rozproszeniu ocalałych oddziałów, przekazał dowództwo podokręgu mjr. Stanisławowi Sędziakowi, a sam z oficerami 3 i 7 batalionów 77 pułku piechoty AK (m.in. z por. Bojomirem Tworzyańskim (swoim szwagrem) i Bolesławem Piaseckim) podjął próbę przebicia się na zachód. Losy tej grupy do października 1944 roku są niejasne. W październiku 1944 roku Szlaski otrzymał od Bolesława Piaseckiego (najprawdopodobniej w imieniu Witolda Bieńkowskiego) propozycję objęcia kierownictwa akcji wojskowej w tworzonej Polskiej Organizacji Niepodległościowej. Prace organizacyjne zostały przerwane przez aresztowania Piaseckiego i innych członków tej organizacji.