Im Oktober 1999 wurde die Existenz des de facto unabhängigen Staates mit dem Einmarsch russischer Truppen im Zweiten Tschetschenienkrieg beendet. Die Rebellenbewegung in Tschetschenien hielt allerdings noch an dem Terminus "Tschetschenische Republik Itschkerien" fest – im Gegensatz zur von Moskau gestützten Regierung unter Achmad Kadyrow, welche lediglich den Begriff Tschetschenische Republik verwendete. Der Gegenpräsident war Aslan Maschadow, der 2005 von russischen Spezialeinheiten in Tschetschenien getötet wurde. Sein Nachfolger Scheich Abdul Halim Sadulajew verbündete sich mit dschihadistischen Gruppierungen im gesamten Nordkaukasus und schloss sich der Kaukasischen Front an. Er wurde durch russische Truppen während einer Operation in seiner Heimatstadt Argun getötet. Als sein Nachfolger galt zunächst der Feldkommandant der Rebellen Doku Umarow. Mit dessen Ausrufung des Kaukasus-Emirats im Oktober 2007 galt die Republik Itschkerien als aufgelöst.