Последующая его работа в хорватской сборной не была столь успешной. Команда провалила отборочный турнир европейского чемпионата 2000 года, финишировав на неутешительном третьем месте в группе, позади сборных Югославии и Ирландии. Блажевич сохранил свой пост и начал строить новую команду, привлекая к играм молодых футболистов. Однако, отборочный турнир к чемпионату мира 2002 года сборная начала с двух ничьих, после чего осенью 2000 года тренер был вынужден подать в отставку.