Musim 1989, Prost melanjutkan pertarungannya dengan Senna untuk perebutan gelar juara dunia. Mereka lantas bersaing ketat sampai akhir musim, dengan puncak pertarungan di GP Jepang 1989. Prost dan Senna bertarung secara kuat di balapan ini, dan bahkan mereka sampai bersenggolan dan kemudian terhempas saat masuk chicane. Senna yang berhasil kembali masuk ke trek dan kemudian menyalip Alessandro Nannini memenangi lomba, tetapi kemudian di diskualifikasi akibat insiden melawan Prost tadi dan dengan ditambah alasan bahwa Senna memotong chicane. Prost akhirnya dinyatakan sebagai juara dunia secara kontroversial setelah Ayrton Senna hanya dikenai denda akibat ulahnya tersebut. Setelah kejadian tersebut, Prost memiliki keyakinan bahwa Honda dan Ron Dennis melihat Ayrton Senna sebagai masa depan tim. Dengan melihat kejadian di Suzuka, Prost ingat bahwa dia hanya memiliki satu mobil dengan maksimal empat atau lima mekanik, sementara rekan setimnya yaitu Arton Senna diberikan dua mobil dan 20 orang mekanik di sekelilingnya. Sebagai hasilnya, Prost mengumumkan sejak jauh-jauh hari di Juli 1989 bahwa ia akan mengundurkan diri dari McLaren dan Sang Professor ini akan segera bergabung dengan Scuderia Ferrari.