שעות ספורות לאחר הכרזת המלחמה של בריטניה על גרמניה ב-3 בספטמבר 1939, הודיע רוברט מנזייס שאוסטרליה נמצאת גם היא במצב מלחמה עם גרמניה. בחירתו של וינסטון צ'רצ'יל לתפקיד ראש ממשלת בריטניה במאי 1940, הובילה את ברוס לעימותים תכופים עם ממשלת בריטניה. צ'רצ'יל ראה עדיין בדומיניונים מושבות עצמאיות-למחצה של בריטניה הכפופות להוראות מלונדון, בעוד שברוס ראה באימפריה סוג של שותפות בינלאומית ובדומיניונים כבעלי זכויות שוות בקבלת החלטות. עיסוקה של בריטניה ב הדאיג את המדינאים האוסטרלים, עקב תשומת הלב הנמוכה למושבות במזרח הרחוק והסכנה של פלישה יפנית. לאחר שורה של תבוסות בזירת האוקיינוס השקט, במיוחד נפילתה של סינגפור, הצליחה ממשלת אוסטרליה לבסוף להכניס את ברוס לקבינט המלחמה ולמועצת המלחמה באוקיינוס השקט כנציג אוסטרליה והדומיניונים. עם זאת, היה ברוס מעורב עד מהרה בעימותים עם סגנון המנהיגות של צ'רצ'יל על רקע נטייתו של זה האחרון לקבל החלטות מבלי להיוועץ בקבינט. למורת רוחו, לא קיבל ברוס בדרך כלל את התכתובות של קבינט המלחמה ולא הוזמן לישיבות. עם החשש מפלישה יפנית לאוסטרליה במהלך 1942, התעמת ברוס מספר פעמים ישירות מול צ'רצ'יל בנוגע לענייני המזרח הרחוק ועל רקע חוסר השיתוף של ממשלות אוסטרליה ובריטניה בתהליכי קבלת ההחלטות. צ'רצ'יל הגיב לעימותים אלה עם ברוס בהדיפתו ובאי שיתופו בפעילות הממשלתית. אף על פי שכלפי חוץ נכנע צ'רצ'יל ללחץ שהופעל על ידי הדומיניונים לשיתופם בהחלטות, הוא דחק אותם לשוליים או התעלם מהם לחלוטין. ברוס המשיך להשלים עם מצב עניינים זה עד למאי 1944 כאשר גברה אכזבתו והוא התפטר מחברותו בקבינט המלחמה והמשיך לייצג את אוסטרליה בפורמים אחרים בלונדון. למרות מערכת היחסים הסוערת שלו עם צ'רצ'יל, זכה ברוס להתייחסות רצינית ביותר מצדם של חברי ממשלה אחרים, במיוחד מי שלימים היו ראשי ממשלה, קלמנט אטלי ואנתוני אידן ונחישותו לקדם את האינטרסים של הדומיניונים במהלך שנות המלחמה, זכתה לשבחים מצדו של ג'ון קרטין וראשי הממשלות של הדומיניונים האחרים.