Durante la posterior Crisis de los misiles de Cuba, Kennedy implantó restricciones en los viajes a Cuba el 8 de febrero de 1963, y se emitió las Regulaciones para el Control de los Recursos Cubanos (Cuban Assets Control Regulations en inglés) el 8 de julio de ese mismo año, bajo el Ley de Comercio con el Enemigo como respuesta al hospedaje de misiles en Cuba. Bajo esas medidas, los activos cubanos en Estados Unidos fueron congelados e inclusive el pago del arrendamiento de EE.UU. a Cuba por la base militar de Guantánamo ha sido embargado y permanece en "custodia" de un juez de EE.UU., que ha dispuesto de esos fondos como si fueran propiedad de EE.UU..