Dari tahun 1962 hingga 1965 Fakih menjadi Wakil Ketua I Muhammadiyah di bawah Ahmad Badawi, sekaligus menjadi penasihat untuk para pemimpin agama muda. Setelah gagalnya Gerakan 30 September, yang diikuti pembantaian ribuan orang komunis dan Soekarno digantikan oleh Soeharto sebagai presiden, Fakih dan beberapa anggota Muhammadiyah lainnya meminta izin untuk membentuk kembali Masyumi; namun, izin ini tidak diberikan.