Im September 1805, nach einer Kurzinstandsetzung in Portsmouth, wurde Kapitän Harvey durch Kapitän Sir Edward Berry ersetzt, der zuvor Nelsons Flaggschiff, die "HMS Vanguard", in der Seeschlacht bei Abukir kommandiert hatte. Die "Agamemnon" segelte somit am 3. Oktober 1805 mit neuem Kommandanten nach Cádiz, um hier Villeneuves Flotte einer Blockade zu unterziehen. Auf dem Weg dorthin geriet das Schiff allerdings in den Focus eines französischen Geschwaders, bestehend aus sechs Linienschiffen und einigen kleineren Seglern, die sofort die Verfolgung aufnahmen. Die "Agamemnon" konnte jedoch entkommen und erreichte am 13. Oktober 1805 das Blockadegeschwader von Nelson.