El Ejército Imperial Japonés también participó en la ejecución y el trato duro de los militares y prisioneros de guerra aliados. Los experimentos biológicos fueron realizados por la Unidad 731 sobre prisioneros de guerra y civiles; esto incluyó el uso de armas biológicas y químicas autorizadas por el propio Emperador Shōwa. Según el "Simposio Internacional sobre los Crímenes de Guerra Bacteriológica de 2002", el número de personas asesinadas en el Lejano Oriente asiático a causa de la guerra bacteriológica japonesa y de experimentos humanos se estimó en unos 580.000. Los miembros de la Unidad 731, incluyendo el Teniente General Shirō Ishii, recibieron inmunidad del General MacArthur a cambio de datos de guerra bacteriológica basados en experimentos humanos. El acuerdo se cerró en 1948. El Ejército Imperial Japonés usaba frecuentemente armas químicas. Sin embargo, por temor a las represalias, esas armas nunca se utilizaron contra los occidentales, sino contra otros asiáticos considerados "inferiores" por la propaganda imperial. Por ejemplo, el Emperador autorizó el uso de gases tóxicos en 375 ocasiones distintas durante la Batalla de Wuhan de agosto a octubre de 1938.