Na ME 2000 se Chorvatsko vůbec neprobojovalo, a tak Šukerovou derniérou s reprezentací bylo MS 2002 v Koreji a Japonsku, kde však odehrál pouze 64 minut v zápase s Mexikem. Tak skončila jedna kapitola Chorvatské reprezentační historie, protože odešel střelecký rekordman (45 branek, 69 zápasů) a největší fotbalová hvězda samostatného Chorvatska. Šuker dokonce zaznamenal i dva starty za bývalou Jugoslávii, v jejímž dresu se ještě v roce 1991 jednou trefil.