Fra 1992 til 1994 var Kussa viseutenriksminister. I 1994 omorganiserte Gadafi etterretningstjenesten, og Kussa ble satt til å lede tjenesten. Kussa er også kreditert for bortvisningen av Abu Nidal fra Libya, med attest som en hensynsløs morder og terrorist som Gaddafi hadde latt bo i Libya i 1986, samme år som USA lanserte Operation El Dorado Canyon mot Libya for landets tilknytning til terrorisme. I 2001 hadde han en nøkkelrolle i forhandlingene om Libyas erstatning til ofrene for Lockerbie-saken.