Keluarganya memainkan peranan penting dalam masyarakat Afrikaner; datuknya seorang paderi yang pernah terlibat dalam Perang Boer Pertama serta pernah bertanding sebagai calon dalam Parti Kebangsaan sebanyak dua kali. Bapa saudaranya, J. G. Strijdom, Perdana Menteri Afrika Selatan antara 1954 dan 1958. Ayahnya, Jan de Klerk, seorang senator serta setiausaha dalam cawangan Transvaal Parti Kebangsaan selama 15 tahun. Dalam persekitaran inilah Frederik didedahkan kepada ehwal politik sejak kecil.