Kesällä 1998 Lemerre nousi Ranskan A-maajoukkueen päävalmentajaksi maailmanmestarivalmentaja Aimé Jacquet'n lähdön jälkeen. Lemerren johdolla Ranskan kultajoukkue jatkoi menestyskulkuaan kaatamalla Italian jatkoajalla 2–1 EM-finaalissa 2000.