År 1965 tog istället general Suharto makten under kuppartade former med förevändningen att krossa ett kommunistlett försök till maktövertagande. En maktkamp inleddes som slutade med att Sukarno 11 mars 1966 deklarerade undantagstillstånd och skrev över större delen av sina befogenheter på Suharto, även om Sukarno formellt kvarstod som president till 1967. Ett blodigt massmord på påstådda kommunister och kommunistsympatisörer startade. Antikommunistiska organisationer och individer, i synnerhet muslimer, uppmuntrades att deltaga i mördandet av alla som misstänktes för att vara PKI-sympatisörer. Indonesier av kinesiskt ursprung föll också offer, Massakern i Indonesien 1965–1966 blev en av 1900-talets värsta massakrer. Det dödades mellan 100 000 och 2 miljoner människor; uppgifterna varierar.