Thomas Helmer (s. 24. huhtikuuta 1965) on entinen saksalainen jalkapalloilija, jonka pelipaikka oli puolustaja. Helmer edusti urallaan viittä eri seuraa ja pelasi vuosina 1990–1998 Saksan maajoukkueessa 68 ottelua. Helmer voitti vuonna 1996 Euroopan mestaruuden. Hän oli EM-kisajoukkueessa myös Ruotsissa 1992. Hän oli mukana myös vuosien 1994 ja 1998 MM-kisoissa.