1204 wurde das Kloster von den Kreuzfahrern bei der Eroberung Konstantinopels und der Errichtung des Lateinischen Kaiserreichs zerstört. Die Mönche verließen das Kloster. 1293 erfolgte der Wiederaufbau, dem eine zweite Blüte in der Endphase des Byzantinischen Reichs folgte. Die Kirche erhielt ein neues Dach und das Kloster wurde durch eine starke Mauer eingefasst. Dank des Reliquienbesitzes war das Kloster beliebter Wallfahrtsort und fand rasch neue Mönche.