Au cours de la saison 2008-2009, il remporte avec l'Inter Milan un troisième sacre consécutif, en inscrivant un total record pour lui de vingt-cinq buts en trente-cinq match de Série A, ce qui lui permet d'être convoité par les plus grands clubs européens. À cette époque, il est également le joueur le mieux payé au monde avec un salaire annuel de 12 millions d'euros. Le , alors que son coéquipier Mario Balotelli (dix-huit ans et huit mois) est victime de cris racistes de la part des tifosi de la Juventus de Turin et lui confie son envie de pleurer, il lui répond de façon sèche mais encourageante : . Plus tard, Mario Balotelli dira que c'était la bonne réponse, puisqu'il marqua ce jour là (Zlatan étant l'avant-dernier passeur).