Lee rindió su ejército de Virginia el 9 de abril de 1865, en el Appomattox Court House. En un gesto poco común y que mostraba el respeto de Grant por Lee, y en anticipación a la vuelta de los estados confederados a la Unión, a Lee se le permitió mantener la posesión de su sable de oficial y su caballo, "Traveller". El 14 de abril de 1865 Lincoln fue asesinado de un disparo en la cabeza que le descerrajó un simpatizante del sur. Andrew Johnson se convirtió en presidente. Doce días después, el 26 de abril, Johnston rindió sus tropas a Sherman en Durham, Carolina del Norte. El 23 de junio Stand Watie firmó un tratado de alto el fuego con representantes de la Unión, convirtiéndose en el último general confederado en ser vencido. La última unidad naval de la confederación en rendirse fue el CSS "Shenandoah", el 4 de noviembre de 1865, en Liverpool, Inglaterra.