Am 21. Juli 1941 stürmten Männer der Gestapo Innsbruck und SS-Männer das Kloster. Gegen die letzten verbliebenen Mönche wurde ein Gauverweis ausgesprochen. Sie mussten das Deutsche Reich verlassen. Ihnen wurde vorgeworfen, sich gegen den «Anschluss» Österreichs an Nazideutschland gewehrt zu haben. Der Zuger Rechtsanwalts Paul Aschwanden hörte davon und schrieb am 12. August 1941 einen Brief an den katholischen Bundesrat Philipp Etter. Darin machte er die Landesregierung auf eine einmalige Chance aufmerksam, die sterblichen Überreste des berühmten Komponisten in dessen Heimat zurückzuholen. Nach einigem diplomatischem Schriftverkehr willigte schliesslich Berlin der Heimschaffung zu. Am Freitag, dem 14. August 1942, wurde Zwyssig um 16 Uhr exhumiert und in die Schweiz überführt. Am 18. November 1943, dem 89. Todestag Zwyssigs, fand der feierliche Akt zur zweiten Beisetzung des Komponisten des Schweizerpsalms in seinem Geburtsort Bauen statt.