Pierwszy raz Gestapo aresztowało go w ramach akcji AB 10 listopada 1939, jednak został zwolniony 4 kwietnia 1940 dzięki działaniom Jerzego Potockiego, dawnego adiutanta Józefa Piłsudskiego i senatora. Ponownie został aresztowany 12 lipca 1940 w grupie 70 adwokatów w związku z odmową wydalenia z palestry warszawskiej adwokatów pochodzenia żydowskiego. Niemcy zażądali od jego ojca, jako byłego Prezydenta RP, aby podpisał oświadczenie o konstytucyjnej nielegalności polskiego Rządu na uchodźstwie, w zamian obiecując zwolnienie syna. Wojciechowski odmówił.