Jeszcze w czasie studiów publicznie występował przeciwko antysemityzmowi (getto ławkowe), miał też wśród przyjaciół wielu Żydów. Po rozpoczęciu okupacji niemieckiej Kanabus z żoną udzielał pomocy znajomym Żydom, m.in. wyrabiając fałszywe dokumenty i ukrywając zbiegów z getta. Jeszcze przed zamknięciem getta Kanabus otrzymał od lekarza Ludwiga Koenigsteina prośbę o przeprowadzenie zabiegu rekonstrukcji napletka, ukrywającego obrzezanie. Pomimo braku doświadczenia oraz stosownej literatury Kanabus wymyślił sposób przeprowadzenia zabiegu i zrealizował go z sukcesem, a następnie powtórzył go u innych znajomych. Pacjentom, u których zabieg nie był możliwy, wystawiał sfałszowane zaświadczenia o wykonaniu obrzezania z przyczyn medycznych, podpisując je nazwiskiem swojego dawnego, zmarłego już wykładowcy. Kolejne operacje przeprowadzał również w następnych latach, także po likwidacji getta. Zajmował się także innymi zabiegami, które miały pomóc w ukryciu żydowskiego pochodzenia, tj. operacjami plastycznymi ukrywającymi semickie cechy wyglądu, m.in. skracania nosa. W wielu zabiegach asystowała mu żona, która dopiero w okresie okupacji nabyła niezbędne umiejętności anestezjologiczne.