Церковь Востока отвергла Третий Вселенский собор и приняла учение сформированное Несторием и Феодором Мопсуестийским, из-за чего Ассирийскую церковь Востока часто именуют «несторианской». Первые попытки объединения с Церковью Востока начались в XIII веке католическими миссионерами. На Ферраро-Флорентийском соборе в 1445 году был принят декрет «Benedictus sit Deus» об объединении с несторианами Кипра. В 1551 году католикос в соответствии со сложившейся традицией наследования патриаршего престола от дяди к племяннику, назначил своим преемником ребёнка восьмилетнего возраста. В 1552 году в церкви Востока возник из-за недовольства нескольких епископов правилом наследования патриаршего престола. В результате этого патриархом был избран монах из монастыря Раббана Ормизда Иоанн (Юханнан) Сулака, который при поддержке францисканцев обратился в Рим для утверждения своего избрания. Папа Юлий III провозгласил епископа Сулаку «патриархом восточных сирийцев». Таким образом в церкви Востока появилась группа верующих, находящаяся в унии с Римско-католической церковью. В 1672 году последователи Сулаки отказались от унии с католиками, однако преемство рукоположений католиков-халдеев была продолжена. В 1830 году папа Пий VIII объединил различные группы ассирийских униатов в Халдейскую католическую церковь. Также деятельность католических миссионеров в Индии привела к унии части верующих Церкви Востока с Римом и образованию Сиро-малабарской католической церкви.