10 czerwca 1940 roku, w momencie ataku Włoch na Francję, okręt nadal znajdował się w składzie 31 eskadry okrętów podwodnych 3. Flotylli w Mesynie (wraz z siostrzanymi „Vettor Pisani”, „Marcantonio Colonna” i „Giovanni Bausan”). Dowództwo jednostki sprawował kmdr ppor. (wł. "capitano di corvetta") Antonio Cuzzaniti. W drugiej połowie lipca „Des Geneys” oraz „Naiade”, „Balilla” i „Dessiè” operowały na południe od Krety. Kolejny rejs bojowy okręt przeprowadził od 17 sierpnia do 4 września 1940 roku, także patrolując wody u wybrzeży Krety. Podczas tej misji, 3 września 1940 roku przechwycił brytyjską formację Floty Śródziemnomorskiej, ale mimo podjętych wysiłków nie był w stanie nawiązać kontaktu z jednostkami wroga. We wrześniu ze względu na zużycie „Des Geneys”, „Vettor Pisani” i „Giovanni Bausan” zostały przeniesione do Szkoły Okrętów Podwodnych w Poli. Od 21 września 1940 roku do 28 maja 1942 roku przeprowadził 139 rejsów szkoleniowych. 16 stycznia 1942 roku, wracając z ćwiczeń, zderzył się w Poli podczas manewru cumowania z torpedowcem „Rosolino Pilo”.