22 października 2020 był w składzie orzekającym Trybunału Konstytucyjnego, w którym TK wydał wyrok o niezgodności z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej wykonywania aborcji z powodu ciężkiego i nieodwracalnego upośledzenia płodu albo nieuleczalnej choroby zagrażającej jego życiu. Brak złożenia przez Stelinę zdania odrębnego do wyroku TK, jak i późniejsze konsekwentne odmawianie komentarza co do roli, jaką pełnił w wydaniu tego wyroku, doprowadziło do licznych protestów nawołujących do usunięcia go z zajmowanego stanowiska na WPiA UG. Pod petycją o usunięcie prof. dr. hab. Jakuba Steliny, skierowaną do Rektora UG, podpisało się 3000 osób. Pod analogiczną petycją w obronie prof. Steliny podpisało się 400 osób. Wyrok Trybunału doprowadził do protestów przeciwko zmianie przepisów aborcyjnych.