Filip II yritti vielä vaihtaa komentajiaan ja välillä käskynhaltijana oli hänen velipuolensa, Lepanton taistelun voittaja Don Juan d’Austria. Hän ei saanut aikaan kahtena käskynhaltijavuotenaan mitään ja Filip II jätti hänet lopulta ilman käyttövaroja ja ohjeistusta. Vuonna 1579 nimitettiin uusi käskynhaltija Alessandro Farnese. Hän kylvi menestyksellä epäsopua etelän katolisten ja pohjoisten maakuntien protestanttien välille. Etelän maakunnat julistivat 1579, että ne vannovat uskollisuutta Filipille. Näistä maakunnista syntyi myöhemmin Belgia. Pohjoisen maakunnat julistivat Utrechtin unionin, mikä käytännössä merkitsi itsenäisten Alankomaiden syntyä. Leppymätön Filip II julisti Vilhelm Oranialaisen lainsuojattomaksi ja tämän murhaajalle 20 000 guldenin palkkion ja aatelisarvon.