Pendant la période qui suivit la campagne perse, Abydos vécut sous un régime démocratique. La chose devait changer lorsqu’elle abandonna la ligue athénienne en 411 av. J.-C, et s’unit à Sparte contre Athènes. Une expédition commandée par Dercylidas arriva à Abydos; ce dernier fut nommé "harmost" (commandant et gouverneur) de la ville dont le régime devint oligarchique. Les efforts des Athéniens pour reprendre la ville furent vains et Dercylidas tout comme son successeur Anaxibius demeurèrent en poste jusque vers 389/388 av. J.-C. lorsque ce dernier fut tué dans une embuscade tendue par le général athénien Iphicratès . À l’issue de la Guerre de Corinthe qui opposa Sparte à une coalition de quatre États alliés (Thèbes, Athènes, Corinthe, et Argos) de 395 à 387 av. J.-C. Abydos fut annexée à l’Empire perse et intégrée à la satrapie de Phrygie hellespontine. Durant cette période, la ville fut gouvernée par des hommes forts comme Philiscus en 368, Iphiadès en 360 av. J.-C. qui agirent comme « tyrans » et développèrent les relations avec les autres satrapes de la région.