W tych trudnych warunkach nie mogąc samemu dać sobie rady z najeźdźcami 31 sierpnia 1559 roku Gotthard Kettler postanowił podporządkować się jednej ze stron walczących o Dominium Maris Baltici. Powrócił do sojuszu z królem polskim i oddał rządzone przez siebie ziemie pod opiekę Wielkiego Księstwa Litewskiego. 2 sierpnia 1560 roku po klęsce w bitwie pod Ermes która była dla niego katastrofą przystąpił do rozwiązywania struktur zakonnych i zrezygnował z dalszego przewodzenia zgromadzeniu krzyżackiemu w Inflantach.