Nell'annata seguente sigla 17 reti, arrivando in seconda posizione nella classifica marcatori, davanti a Diego Armando Maradona (16) e dietro al solo Marco van Basten (19). Il campionato è chiuso a metà classifica, ma i viola giungono in finale di Coppa UEFA, dove si arrendono alla : lo 0-0 nella gara di ritorno, giocata sul campo neutro di Avellino, non permette loro di ribaltare l'1-3 patito all'andata a Torino. Nel torneo continentale Baggio segna un solo gol, seppur decisivo: un rigore che consente alla Fiorentina di sconfiggere la agli ottavi di finale (1-0). Alla fine dell'anno riceve il Trofeo Bravo, premio assegnato dalla rivista "Guerin Sportivo" al miglior giovane sotto i 23 anni partecipante alle coppe europee, unico riconoscimento personale vinto con la Fiorentina.