Już w 1939 powstały pierwsze organizacje ruchu oporu: Centrum Polityczne - PÚ (organizacja stworzona przez polityków różnych partii politycznych), Komitet Petycyjny „Pozostaniemy wierni” - PVVZ (organizacja lewicowa utworzona jeszcze przed rozpoczęciem pełnej okupacji), Obrona Narodu - ON (organizacja stworzona przez żołnierzy byłej Armii Czechosłowackiej). W maju 1940 wszystkie trzy grupy weszły w skład Centralnego Komitetu Krajowego Ruchu Oporu (ÚVOD), który został rozbity w roku 1942. ÚVOD został zastąpiony przez Przygotowawczy Komitet Narodowo-Rewolucyjny, w którego skład weszła także Komunistyczna Partia Czechosłowacji (KSČ), która uaktywniła się po ataku Rzeszy na Związek Radziecki. Oprócz nich ruch oporu na terenie Protektoratu tworzyły Rada Trzech (R3), Brygada Wywiadu (ZB) i wiele innych organizacji o charakterze lokalnym.