Han stod bag opførelsen af Fort Donelson på Cumberlandfloden i Tennessee og blev forfremmet til brigadegeneral den 24. januar 1862, få dage før Slaget ved Fort Donelson. Han havde kommandoen over en fløj af hæren ved Donelson, men blev i praksis overskygget af den mere politisk drevne brigadegeneral Gideon J. Pillow, som førte venstre fløj i et voldsomt angreb i et forsøg på at bryde ud og undslippe fra det omringede fort. Fortet og dets hær overgav sig til generalmajor Ulysses S. Grant den 16. februar 1862, men Johnson kunne gå uhindret ud gennem de hullede Unionslinier og undgik tilfangetagelse.