Miasto zostało założone przez książąt Zähringen w 1120 roku. W roku 1200 rozpoczęto budowę katedry. Zmarł ostatni z rodu Zähringen – Bertold V. W roku 1303 pojawiła się pierwsza wzmianka o najstarszym fryburskim ratuszu "Gerichtslaube". W roku 1368 mieszkańcy Fryburga za cenę 15 tysięcy marek kupili ochronę przez dom Habsburgów. W 1415 w mieście schronił się antypapież Jan XXIII. W roku 1457 Albrecht VI Habsburg (zwany Rozrzutnym) założył uniwersytet. Od 28 września 1497 roku do 4 września 1498 odbywał się we Fryburgu Reichstag. W trakcie wojny trzydziestoletniej miasto było wielokrotnie zdobywane i niszczone. W 1632 Fryburg zajęli Szwedzi, w 1633 Hiszpanie, w 1634 ponownie Szwedzi, a w 1638 Francuzi. W 1644 została stoczona tu krwawa bitwa pomiędzy Francją a Bawarią. W roku 1677 wojska francuskie podbiły miasto i zamieniły w fortecę. W latach 1679–1697 Fryburg znajdował się pod panowaniem Francji, następnie od roku 1698 we władaniu austriackim. Francuzi zdobywali Fryburg ponownie w 1713, 1744 i 1796, jednakże zwracali miasto Austrii po traktatach pokojowych w 1714 i 1745, natomiast w 1796 stracili je po kontrofensywie austriackiej. W 1805 decyzją Napoleona Bonaparte Fryburg został stolicą Bryzgowii i przyłączony do Wielkiego Księstwa Badenii. W roku 1821 Fryburg został siedzibą Archidiecezji fryburskiej. W latach 1848 i 1849 był ośrodkiem rewolucji, a miasto okupowały wojska pruskie. W 1871 miasto znalazło się w granicach Niemiec. W roku 1944 miasto ucierpiało znacznie podczas nalotu bombowego. Została zniszczona cała starówka. Ostała się tylko katedra – punkt orientacyjny miasta.