Năm 1945, nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa ra đời, rồi không lâu sau đó, quốc gia này phải đương đầu với Liên hiệp Pháp trong cuộc chiến tranh Đông Dương ác liệt vào cuối năm 1946. Thời điểm này cũng mở đầu giai đoạn suy thoái trầm trọng của quần thể di tích Cố đô Huế, khi chiến lược "tiêu thổ kháng chiến" được Việt Minh thực hiện cộng với những trận chiến giành giật địa bàn ác liệt trong hai cuộc chiến tranh, đã biến nhiều công trình cổ ở Huế thành phế tích, trong đó có đàn Nam Giao triều Nguyễn. Khu rừng thông bị chặt trụi hoặc đốn ngã, các tòa nhà Thần trù, Quan cư, Binh xá... và vòng tường ngoài bị phá hủy. Thỉnh thoảng, nơi này vụt có chút sinh khí khi các đoàn thể Hướng đạo, Gia đình Phật tử hoặc các lớp sinh viên, học sinh đến du ngoạn, dựng lều, nổi lửa trại, bày trò chơi. Cũng có vài ký giả, văn nghệ sĩ, nhà giáo, nhà nghiên cứu ghé tới đây quan sát thực địa như trường hợp Huỳnh Hữu Hiến viết bài "Đàn Nam Giao" in trên tập san Lành Mạnh số 64 năm 1962, Bửu Kế soạn bài "Lễ tế Giao" đăng tạp chí Đại học số 37 và 38 năm 1964, Lê Văn Hoàng thực hiện luận văn cao học "Sự tích đàn Nam Giao" năm 1972.