Wkrótce potem doszło do wielkiego konfliktu między Osmanami a turkmeńską konfederacją plemienną Ak Kojunlu, która pod wodzą Uzun Hasana wyrosła na wielka potęgę opanowując znaczne połacie ziem w Azerbejdżanie, Iraku i Iranie. Ponieważ konflikt ten toczyć się miał u granic mameluckich, Kajtbaj musiał podjąć decyzję po której stronie się opowie. Z pewnością już wówczas nie chciał wzmacniać potęgi tureckiej, jednak agresywna polityka Uzun Hasana uniemożliwiała porozumienie. W listopadzie 1472 wojska Hasana przekroczyły Eufrat i zajęły mamelucką twierdzę w Malakiji szykując sobie lepsze pozycje do walki z Turkami. Początkowo też pokonali dwukrotnie siły Osmanów. Przeciw Hasanowi wysłał Kajtbaj swego zaufanego przyjaciela Jaszbega. Ten zdołał wyprzeć oddziały Ak Kojunlu za Eufrat i odzyskać pozycje mameluckie nad prawym brzegiem rzeki (kwiecień 1473). W tym samym czasie przybyło do Kairu poselstwo tureckie z prośbą o przyjaźń przeciw wspólnemu wrogowi. Pokazano Kajtbajowi listy Uzun Hasana do władców chrześcijańskich wzywające do wspólnego ataku przeciw Turkom i Mamelukom. To wystarczyło aby Kajtbaj zgodził się ogłosić neutralność i choć nie wsparł Osmanów armią licząc na długą walkę między swymi sąsiadami, pozwolił swobodnie maszerować armii tureckiej wzdłuż swych ziem przygranicznych nad Eufratem. Konflikt turecko-turkmeński okazał się jednak znacznie krótszy niż mógł przypuszczać Kajtbaj. 11 sierpnia 1473 roku Mehmed II Zdobywca rozgromił w wielkiej bitwie pod Başkentem armię Uzun Hasana dzięki swej przewadze w artylerii i broni palnej. Wprawdzie Turcy nie ruszyli dalej na wschód i wkrótce podpisali z Uzun Hasanem dość wspaniałomyślny pokój, to jednak przewaga armii tureckiej była niekwestionowana.