Воспитанник бразильского клуба «Баия», за который дебютировал в 2001 году. Через год перешёл в испанскую «Севилью», с которой за шесть сезонов выиграл два Кубка УЕФА (2005/06, 2006/07), Кубок (2006/07) и Суперкубок Испании (2007), а также Суперкубок УЕФА (2006). Летом 2008 года стал игроком «Барселоны», заключив с каталонским грандом пятилетний контракт. Трансфер бразильца обошёлся "«сине-гранатовым»" в €35,5 млн, а сам Дани стал самым дорогим защитником в истории клуба. В первый же сезон с новой командой сделал «золотой xет-трик», выиграв чемпионат Испании, Кубок Испании и Лигу чемпионов УЕФА. Позже к этим трофеям добавились Суперкубок Испании, Суперкубок УЕФА и чемпионат мира среди клубов. Всего же за восемь сезонов в составе «Барселоны» защитник завоевал 23 трофея. Летом 2016 года стал игроком туринского «Ювентуса», в составе которого стал чемпионом Италии и выиграл Кубок страны. В 2017 году бразилец перешёл в «Пари Сен-Жермен» в качестве свободного агента и уже в первом сезоне победил в составе клуба в Кубке страны. Он также выиграл Кубок лиги и Суперкубок Франции. 1 августа 2019 года подписал контракт на 3,5 года с бразильским «Сан-Паулу». В 2019 году стал лучшим игроком Кубка Америки в составе «Сан-Паулу». Чемпион Олимпийских игр 2020 года в Токио.