Zico aloitti valmennusuransa Kashima Antlersissa kaudella 1999, muttei onnistunut nostamaan seuraa menestykseen. Miehen nimi Japanissa kuitenkin tunnettiin ja MM-kisojen 2002 jälkeen hän seurasi ranskalaista Philippe Troussieria Japanin maajoukkueen päävalmentajana.