Najsilniejsza była marynarka wojenna, nadal jedna z największych na świecie – zarówno alianci, jak i hitlerowskie Niemcy nie chciały dopuścić, aby dostała się w ręce wroga lub działała na jego korzyść. Część okrętów marynarki Vichy zostało unieszkodliwionych przez Royal Navy podczas operacji Catapult w Mers el-Kebir i późniejszych incydentalnych starć w koloniach francuskich w Afryce (operacja Menace, ). Wojska Vichy stawiały opór aliantom zdobywającym kolonie francuskie: Syrię (operacja Exporter), Madagaskar (operacja Ironclad), Maroko i Algierię (operacja Torch). Chęć przejęcia francuskiej floty stała się jedną z przyczyn zajęcia Vichy przez wojska niemieckie w listopadzie 1942 roku. Zadanie to nie powiodło się – większość jednostek została zatopiona w Tulonie przez samych Francuzów, nieliczne zdołały uciec. Armia francuska w metropolii przestała istnieć, zaś w Algierii i koloniach przeszła stopniowo na stronę aliantów. Oficerowie i żołnierze Armii Rozejmowej w kraju stanowili trzon wiernej gen. Giraud’owi Organizacji Ruchu Oporu Armii, która w roku 1944 współtworzyła FFI. Niektórzy wstąpili jednak do nowo utworzonej kolaboracyjnej Milicji Francuskiej.