Po rozpadzie Związku Radzieckiego starał się przywrócić Iranowi dawną pozycję mocarstwa regionalnego, stać się rozjemcą w potencjalnych konfliktach między nowo powstałymi państwami, prowadzić politykę poszanowania granic i regionalnej współpracy. Iran przyczynił się w tym czasie do ożywienia działalności Organizacji Współpracy Gospodarczej, łączącej azjatyckie muzułmańskie państwa niearabskie. W polityce wobec krajów powstałych po rozpadzie ZSRR w okresie sprawowania obowiązków ministra spraw zagranicznych przez Welajatiego nie kierowano się względami religijnymi, lecz pragmatycznymi. Iran utrzymywał dobre relacje z chrześcijańską Armenią przeciwko szyickiemu Azerbejdżanowi, wobec faktu, że kraj ten zbliżył się do Stanów Zjednoczonych i Turcji. Iran brał udział w próbach rozwiązania konfliktów i ustabilizowaniu sytuacji w Górskim Karabachu i w Tadżykistanie.