1661年4月，鄭成功以「大明招討大將軍」的名義，率兩萬五千名將士及數百艘戰艦進軍臺灣，经熱蘭遮城之戰，迫使荷蘭東印度公司在1662年2月1日簽約投降。鄭成功在台湾设承天府，试图反清复明，但不久即去世。鄭經繼位后由于担心统治的正当性不足，于1663年从金门迎大明寧靖王朱術桂到台灣，并将台湾改称为东宁，名分上仍奉明朝为正朔，并于1665年在台南设孔庙。