Su política con los africanos nativos, a la que llamó "Sistema Leutwein", fue una mezcla de diplomacia, "divide y vencerás" y coerción militar. Su relación con las tribus indígenas Namaqua y Herero era, en el mejor de los casos, tenue. Por el contrario, los colonos alemanes lo criticaban a menudo por ser demasiado indulgente con los africanos. En 1904, un levantamiento de los Herero fue el comienzo del fin de su liderazgo colonial. Poco después, el káiser Guillermo II reemplazó a Leutwein con el notorio general Lothar von Trotha. En mayo de 1904 admitió que los alemanes no habían hecho prisionero a ningún herero, tras una investigación del diputado socialdemócrata del Reichstag August Bebel.