Vermutlich befand sich die Burg von Anfang an in Besitz der Grafen von Schwarzburg. 1275 ging sie in den Besitz der Blankenburger Linie über. Ein großer Ausbauschub fällt in die Mitte des 14. Jahrhunderts, als Graf Günther VVVIII. kaiserlicher Hofmeister und Hofrichter war und seine Familie einen Höhepunkt ihrer Bedeutung erlebte. Dennoch war Burg Ehrenstein wahrscheinlich immer nur kurzzeitig der Wohnort des jeweiligen Fürsten, sie diente als Grenzfeste gegen die Grafen von Gleichen. Im Rahmen des Schwarzburgischen Hauskriegs und des Sächsischen Bruderkriegs wurde die Burg 1448 belagert und eingenommen. Vermutlich handelte es sich dabei um den einzigen Kriegsakt, der sich auf der Burg abspielte. Unter Wolf I. gab es in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts noch ein paar Umbauten, bevor die Burg 1587 verpfändet wurde und ab diesem Zeitpunkt zusehends verfiel.