Fue hijo de Juan Jaime de Montferrato y Juana de Saboya. Bonifacio llegó al gobierno durante el tormentoso periodo de la Guerra de Ferrara (1482-1484), en la que se vio involucrado su hermano Guillermo, al que sucedió en el gobierno. El conflicto en el frente oriental se resolvió casi de inmediato y Bonifacio solo tuvo que hacer frente al avance de la Casa de Saboya, con la que concertó un tratado de no beligerancia al concertar el matrimonio del duque Carlos I de Saboya con su sobrina Bianca (hija de Guillermo).