Brał również udział w Pucharze Narodów Afryki w 2008 i 2010 roku. W turnieju, który odbył się w Ghanie (2008) dotarł z reprezentacją do ćwierćfinału, natomiast w wygranym 2:0 meczu fazy grupowej z Beninem strzelił gola. Dwa lata później w Angoli kadra Nigerii zajęła trzecie miejsce, a Mikel w serii rzutów karnych ćwierćfinałowego meczu z Zambią zdobył bramkę. Kontuzja wykluczyła go z występu w mistrzostwach świata w Republice Południowej Afryki (2010). W roku 2013 wygrał Puchar Narodów Afryki, pokonując w finale reprezentację Burkina Faso 1-0.