Aquilani debytoi Italian maajoukkueessa ystävyysottelussa Turkkia vastaan marraskuussa 2006. Vuonna 2008 Italian silloinen päävalmentaja Roberto Donadoni valitsi Aquilanin Italian EM-joukkueeseen vuoden 2008 kisoihin. Aquilani ei päässyt Marcello Lippin MM-joukkueeseen 2010 eikä Cesare Prandellin EM-joukkueeseen 2012. Aquilani esiintyi viimeisen kerran maajoukkuepaidassa marraskuussa 2014 ystävyysottelussa Albaniaa vastaan.