Fue destacado a nivel continental durante la década de 1960 en la Copa Mundial de Fútbol de 1966, la Copa América 1967 (donde integró el equipo ideal, disputó ser el mejor jugador del torneo y fue llamado por la prensa uruguaya el "Garrincha Chileno") y la Copa Libertadores 1970 (donde fue parte del equipo ideal). Llegó a ser nominado al Balón de Oro Global por FIFA en los años 1967 y 1970. Pedro Araya también es considerado uno de los máximos ídolos y referentes del club Universidad de Chie. En dicho equipo jugó durante 11 temporadas, en las que ganó cinco Campeonatos Nacionales, dos Torneos Metropolitano, una Copa Francisco Candelori y fue semifinalista de Copa Libertadores. En el extranjero, defendió en México al San Luis Fútbol Club y al Atlas de Guadalajara, equipo en el que se retiró en 1978, además en ambos clubes mexicanos es considerado ídolo.