1204年の十字軍によるコンスタンティノープルの陥落で、アルタはエピロス専制侯国の首都となった。エピロス専制侯国は、ドゥラキウムまで拡大し、その領域はギリシャ北西部やテッサリア地方、マケドニア北西部にまで及んだ。建国者であるミカエル1世コムネノス・ドゥーカス(1205-1215)は、東ローマ帝国のコムネノス家の親戚であった。その後アルタは、イタリアのオルシーニ家(1318-1337)、セルビア帝国(1337-1359)、アルバニアの豪族(1359-1416)による短期間の支配の後、イタリア人のカルロ2世・トッコおよびレオナルド3世トッコによって支配され、1449年にオスマン帝国に征服され、町はナルダ(Narda)と改名された。ナルダは1717年にヴェネツィア共和国に、1797年にフランスに占領されたが、1799年に再びオスマン帝国領となった。そして、1881年のベルリン条約で、ナルダ(アルタ)はオスマン帝国からギリシャ王国に割譲された。