Sedan Georg von Hertling blivit rikskansler och de borgerliga majoritetspartierna uttalat önskan om att bli företrädda i ministären, utsågs Payer till ställföreträdande rikskansler (oktober 1917), och han bibehöll denna post även i ministären Max av Baden till revolutionen 9 november 1918. I nationalförsamlingen var Payer ordförande i Deutsche Demokratische Partei, men nedlade denna befattning i juni 1919 i samband med söndringen inom partiet i frågan, huruvida fredstraktaten skulle i oförändrad form undertecknas eller ej (Payer förordade dess undertecknande för att avvärja en fientlig invasion och riksenhetens sprängning). Av ålders- och hälsoskäl drog sig Payer 1920 tillbaka från det politiska livet. Hans memoarer, "Von Bethmann-Hollweg bis Ebert" (1923), hade stor historisk betydelse som skildring av Max av Badens kanslerstid och partiförhandlingarna om Versaillesfredens undertecknande.