Mizuho Sakaguchi viene convocata dall'allora selezionatore della Nazionale giapponese Hiroshi Ohashi fin dal 2006 debuttando nel corso delle qualificazioni all'edizione 2007 del Campionato mondiale di calcio femminile, reinserendola in rosa come riserva nella formazione che conquista la fase finale in Cina. Successivamente viene inserita in rosa con regolarità, sia nei tornei continentali organizzati dall'Asian Football Confederation (AFC) che quattro anni più tardi come titolare nel suo secondo mondiale, Germania 2011, dove con le sue compagne conquista il suo primo titolo mondiale.