Amb el pretext que Godoy afavoria els anglesos, Napoleó va obligar Espanya, amb amenaces a executar els seus designis. Així va arrencar primer a Carles IV un conveni de neutralitat i després una nova aliança (1805) en la guerra de la Tercera Coalició, que va portar la derrota de la flota franco-espanyola en la batalla de Trafalgar (21 d'octubre de 1805) a mans britàniques. Godoy es va adonar que la seva privadesa arribava a la seva fi, mentre l'entorn del príncep hereu Ferran es van agrupar els descontentaments amb la política del favorit, que, en témer per la seva sort i la de Carles IV, va creure que, de moment, el millor era unir-se més estretament a l'emperador francès.