L’attention de Kennedy fut rapidement monopolisée dès le début de son mandat par les événements de la guerre froide, le fiasco de la Baie des Cochons et la situation en Asie du Sud-Est. Comme l’expliqua son frère Robert, la priorité de l’administration était à ce moment de . Les militants du mouvement, surtout ceux qui se trouvaient en terrain hostile dans le Sud, considéraient Kennedy comme un homme tiède, en particulier dans le cas des "Freedom Riders" qui organisaient des voyages en autobus dans le Sud et qui furent victimes à plusieurs reprises de violences commises par la population blanche, notamment par les forces de l’ordre. Kennedy assigna des marshals fédéraux à la protection des "Freedom Riders" plutôt que de faire appel à l’armée ou aux agents du FBI qui se montraient souvent peu coopératifs. Robert Kennedy, s’exprimant au nom du président, exhorta les "Freedom Riders" à . Kennedy craignait en effet que l’envoi de troupes fédérales dans le Sud ne réveille les ayant suivi la guerre de Sécession parmi les Blancs conservateurs. Déçu par les prises de position de Kennedy au sujet de la ségrégation, Martin Luther King et ses associés produisirent en 1962 un document appelant le président à marcher dans les pas d’Abraham Lincoln en publiant un ordre exécutif qui ressemblerait à une « deuxième proclamation d’émancipation » et marquerait un progrès significatif dans la lutte pour les droits civiques. Kennedy refusa de donner suite à la démarche.