Entre 1835-1838, Bory siège à la commission d’état-major et fait rééditer ses "Justifications" de 1815 sous le titre de "Mémoires" en 1838. Le , une commission d'exploration scientifique d'Algérie sur le modèle de celles qui furent mises en place en Égypte (1798) et en Morée (1829) est nommée pour l'Algérie, nouvellement conquise, mais non encore pacifiée. Bory de Saint-Vincent, qui en avait été l'un des promoteurs, en devient le président en tant que colonel d’état-major et se rend sur place, accompagné de ses collaborateurs, pour mener ses identifications, recherches, échantillonnages et autres explorations scientifiques. Il arrive dans les premiers jours de à Alger et visite d'autres villes de la côte. Il repart d’Algérie dans le premier trimestre de 1842.