Ankarheim deltog i under kriget deltog han 1788 som flaggmajor, samt var tygmästare på Sveaborg 1789. Han deltog vid Första slaget vid Svensksund den 24 augusti, 1789. 1790 verkade han som flaggkapten och deltog som sådan under Slaget vid Fredrikshamn, och erhöll för detta Fredrikshamnsmedaljen.