Déby intentó reconciliar a los grupos rebeldes y reintrodujo el sistema multipartidista. Por medio de un referéndum los chadianos aprobaron una nueva constitución y en 1996, Déby ganó las elecciones presidenciales. En 2001 ganó de nuevo para un periodo de cinco años. La explotación del petróleo comenzó en el 2001, trayendo consigo esperanzas de que Chad tendría oportunidad de alcanzar la paz y prosperidad. Sin embargo, los conflictos internos empeoraron y una nueva guerra civil estalló. Unilateralmente, Déby modificó la constitución para abolir el máximo de dos periodos para cada presidente, lo que ocasionó controversia entre los civiles y los partidos de oposición. De esta forma, en 2006 Déby ganó por tercera vez las elecciones presidenciales. En 2006 y en 2008 los rebeldes intentaron tomar de manera violenta la capital del país, sin éxito. La violencia étnica en el este de Chad había ido en aumento; los miembros del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados adviertieron que un genocidio similar al que ocurre en Darfur puede presentarse en Chad.