Pierwszy rok Negrina na fotelu premiera charakteryzował się głównie działaniami na rzecz likwidacji niezależnych ośrodków władzy i zwiększenia kontroli administracji rządowej nad heterogenicznym terytorium Republiki. Już pierwsze miesiące urzędowania przyniosły zorganizowane represje skierowane przeciw POUM, będące pokłosiem wcześniejszych „dni majowych w Barcelonie”. Aczkolwiek Negrín nie był ich inspiratorem, niemniej pozwolił komunistom na masowe aresztowania i eliminację politycznych przeciwników, a potem domagał się surowego ukarania represjonowanych jako zdrajców. Wsparł również PCE w konfrontacji z anarchistami, która latem 1937 roku doprowadziła do zbrojnej i niekiedy krwawej likwidacji anarchistycznych komun w Nowej Kastylii i Aragonii. Wprowadził też trybunały specjalne, organy które zdaniem niektórych członków jego rządu przypominały narzędzia faszystowskiego terroru. Przeniósł siedzibę rządu z Walencji do Barcelony, co pozwoliło mu lepiej kontrolować sytuację w Katalonii. Pełniąc nadal funkcję ministra finansów, z umiarkowanym skutkiem kontynuował wysiłki na rzecz uporządkowania gospodarki; w kwietniu 1938 inflacja wynosiła już 305% w stosunku do lipca 1936. Nie miał natomiast większego wpływu na generalnie niekorzystny przebieg walk na froncie; latem i jesienią 1937 Republika straciła enklawę północną, a wiosną 1938 jej terytorium zostało rozdzielone sięgającym Morza Śródziemnego klinem Nacjonalistów.