Houghton esiintyi ensimmäisen kerran Englannin maajoukkueessa maaliskuussa 2007. Loukkaantumisten vuoksi hän ei päässyt mukaan vuoden 2007 MM-kisoihin eikä vuoden 2009 EM-kisoihin. Vuoden 2011 MM-kisoissa hän pääsi vaihtopelaajana kentälle tappiolliseen puolivälieräotteluun Ranskaa vastaan. Lontoon olympialaisissa 2012 Houghton pelasi alusta loppuun Ison-Britannian joukkueen kaikki neljä ottelua ja teki niissä kolme maalia. Vuoden 2013 EM-kisoissa hän kuului avauskokoonpanoon Englannin jokaisessa kolmessa ottelussa ja pelasi kahdessa niistä täydet minuutit. Vuoden 2015 MM-kisoissa hän pelasi Englannin kapteenina täyden ajan kaikissa joukkueensa otteluissa ja teki maalin neljännesvälieräottelussa Norjaa vastaan. Vuoden 2017 EM-kisoissa hän oli edelleen joukkueen kapteeni ja pelasi täydet minuutit neljässä ottelussa ja oli vaihdossa vain merkityksettömässä alkulohkon viimeisessä ottelussa. MM-kilpailuissa 2019 hän pelasi kapteenina kaikki seitsemän ottelua alusta loppuun ja teki maalin neljännesvälieräottelussa Kamerunia vastaan.