Sconfiggendo per 3-2 lo , nel giugno 2016 la Guinea-Bissau ottenne per la prima volta nella sua storia la qualificazione a una fase finale della Coppa d'Africa (edizione 2017), grazie ai 10 punti in 6 partite ottenuti in un girone con , Zambia e . Grazie a questo risultato, nel novembre 2016 raggiunse la sua posizione più alta della sua storia nella classifica mondiale della FIFA, il 68º posto. Debuttò nella fase finale della competizione continentale pareggiando per 1-1 contro i padroni di casa del , prima di subire due sconfitte contro (2-1) e (2-0), che ne decretarono l'eliminazione.