Vuoden 2010 Isner aloitti osallistumalla Heineken Openiin Aucklandissa. Sijoittamattomana hän voitti Guillermo García-Lópezin 4–6, 7–6(3), 6–2, seitsemänneksi sijoitetun Juan Mónacon 5–7, 6–4, 6–3, ykköseksi sijoitetun Tommy Robredon 7–6(5), 3–6, 6–4 ja kahdeksanneksi sijoitetun Albert Montañésin 6–2, 7–6(5) ja pääsi toisen kerran urallaan ATP-finaaliin. Finaalissa Isner voitti Arnaud Clémentin 6–3, 5–7, 7–6(2). Aucklandin voitto oli Isnerin ensimmäinen ATP-turnausvoitto. Turnauksen jälkeen Isner lahjoitti 5 000 dollaria Haitin maanjäristyksen avustustyöhön.