Haziran 1942'de Heydrich, Çekoslovakya'nın sürgün ordusunun üyeleri Jozef Gabčík ve Jan Kubiš tarafından yönetilen Anthropoid Operasyonu'nda Prag'da öldürüldü. Her iki adam da Heydrich'i öldürme görevi için İngiliz Özel Harekat İdaresi tarafından eğitilmişti. İki cenaze töreni sırasında, baş yas tutan Himmler, Heydrich'in iki küçük oğlunun sorumluluğunu üstlendi ve Berlin'de methiye yaptı. 9 Haziran'da, Himmler ve Karl Hermann Frank ile yapılan tartışmalardan sonra Hitler, Heydrich'in ölümü için acımasız misillemeler emrini verdi. 13.000'den fazla insan tutuklandı ve Lidice köyü yerle bir edildi; erkek sakinleri ve Ležáky köyündeki tüm yetişkinler öldürüldü. En az 1.300 kişi idam mangaları tarafından idam edildi. Himmler, RSHA'nın liderliğini devraldı ve Heydrich'in onuruna verilen Aktion Reinhard'da (Reinhard Operasyonu) Yahudilerin öldürülme hızını artırdı. Aktion Reinhard kamplarının - üç imha kampı - Bełżec, Sobibór ve Treblinka'da inşa edilmesini emretti.