V sezóně 2002 získal Fisichella jen 7 bodů, jelikož Jordan s motory Honda nebyl příliš konkurenceschopný a zlaté časy Frentzena byly nenávratně pryč. Honda přestala Jordanu dodávat motory a pro rok 2003 se stal dodavatelem Ford. Fisichella u týmu zůstal. Stále se však tým nedokázal vyhrabat z chvostu pole. Přesto dokázal Giancarlo poprvé zvítězit. Bylo to v Brazílii, kde se spustil obrovský liják. Závod musel být po kolizi Alonsa s Webberem zastaven a vítězem byl vyhlášen Kimi Räikkönen na McLarenu. Po neshodách, které kolo se vlastně bude počítat jako poslední, byl ale nakonec označen jako vítěz Fisichella a trofej pro vítěze dostal až v dalším závodě v Imole. Ital však dokázal bodovat už jen jednou v sezóně,když skončil sedmý na okruhu Indianapolis.