Im Februar 1914 wurde er Oberstabsarzt der Schutztruppe und Medizinalreferent beim Gouvernement von Kamerun. In dieser Funktion nahm er nach Ausbruch des Ersten Weltkriegs an den Kämpfen in Neu-Kamerun teil. Als die militärische Lage in Kamerun aussichtslos wurde, trat die deutsche Schutztruppe in die neutrale Spanische Kolonie Rio Muni über und wurde zunächst dort interniert. Später überführte man die Europäer weiter nach Spanien. Als Arzt erhielt Werner später die Gelegenheit, in die Niederlande weiter zu reisen. Von dort gelangte er zurück nach Deutschland und schloss er sich erneut den deutschen Sanitätstruppen an.