Le , la brillante carrière de la "Speedy" (en treize mois : capture de 53 navires, 122 canons et 534 prisonniers) se termina quand elle rencontra trois vaisseaux de ligne français commandés par l'amiral Charles Alexandre Léon Durand de Linois. Thomas Cochrane les attaqua, croyant avoir affaire à des navires espagnols de transport revenant d'Amérique latine. Lorsqu'il comprit son erreur, il était trop tard : de chasseur, il était devenu proie. Après un combat où il fit à nouveau preuve de ses capacités, Cochrane dut finalement se rendre. Sa bravoure lui valut le droit de conserver son épée, une fois prisonnier. Ce fut donc à bord du Desaix qu'il assista à la victoire de James Saumarez lors de la Bataille d'Algésiras. Cochrane fut échangé le contre un prisonnier français. Il fut alors traduit en cour martiale pour la perte de la "Speedy". Il fut acquitté avec les honneurs et promu au grade de « "post-captain" » (capitaine) le . Il demanda alors la promotion de son premier lieutenant William Parker. John Jervis, comte de St Vincent, "First Lord of the Admiralty", la lui refusa, prétextant le peu de pertes de la "Speedy". Comme à son habitude, Cochrane répondit de façon brusque et sans respect pour la hiérarchie, que les pertes sur le vaisseau amiral lors de la bataille du cap Saint-Vincent, qui avait valu son titre de comte à Jervis, avaient été inférieures à celle de la "Speedy", ce qui n'avait pas empêché que de grandes récompenses aient été distribuées. Par ailleurs, Thomas Cochrane avait été promu jeune. Il voyait alors d'autres officiers accéder au grade de « "post-captain" ». Or, plus anciens que lui, ils lui passaient devant dans la liste d'avancement. Tant qu'il était sans navire, il était en demi-solde. Il commença à croire que l'Amirauté, ou des personnes influentes à l'Amirauté, lui en voulaient personnellement. Après s'en être pris publiquement à Lord St Vincent, il s'attaqua à toute l'institution.