Coninghams Desert Air Force spielte eine wichtige Rolle in den Siegen bei Alam Halfa und in der Zweiten Schlacht von El Alamein im August und Oktober/November. Bereits vor der entscheidenden Zweiten Schlacht von El Alamein hatte Coningham einen Plan für die Verfolgung der geschlagenen Truppen der Achsenmächte ausgearbeitet, der nun als "Operation Buster" umgesetzt wurde. Ziel war es, den Gegner durch ständige Vorverlegung der Jagdstaffeln in Bewegung zu halten und letztlich den Entsatz von Malta durch einen für Ende November geplanten Geleitzug (Operation Stone Age) zu ermöglichen, indem dieser durch einen aus der Kyrenaika operierenden Jagdschirm geschützt wurde. Dies erwies sich als schwierig, zumal Montgomerys Bodentruppen nur zögerlich vorrückten und die Desert Air Force von Nachschubproblemen geplagt wurde. Anstatt Rommel zu verfolgen, baute Montgomery seine Truppen um Tobruk auf und erlaubte es Rommel, bei El Agheila eine Verteidigungsstellung zu beziehen. Im November 1942 erhielt Coningham seine Ernennung zum Knight Commander des Order of the Bath.