Podczas oblężenia Petersburga Alexander zaadaptował swą artylerię do wojny pozycyjnej, m.in. eksperymentując z różnymi typami moździerzy. Był przekonany, że unioniści drążą tunele pod szańcami konfederatów, ale nim zdołał cokolwiek uczynić w tej sprawie został ranny w ramię. Wyjeżdżając na leczenie do Georgii poinformował gen. Lee o swych podejrzeniach, skutkiem czego konfederaci podjęli bez powodzenia kilka prób wykrycia tych tuneli. Wybuch miny 30 lipca zaskoczył konfederatów, ale atakujący wyłom unioniści ponieśli klęskę. Alexander wrócił do armii w lutym 1865 roku; zawiadywał stanowiskami obrony Richmondu nad rzeką James. Wycofał się wraz z armią Roberta Lee.