Mukabalisa décide de s'investir dans la politique en 2000, après le génocide et la période de transition qui a suivi puis l'arrivée de Paul Kagame à la présidence de la République. Elle a dit que les années passées dans un pays où «les droits de l'homme ont été sérieusement endommagés» l'ont décidée à lutter contre l'injustice. Elle se présente au nom du Parti libéral, qui n'est pas le parti au pouvoir, le Front patriotique rwandais, mais qui soutient pour autant Paul Kagame. Elle est élue député aux élections législatives d'. Elle siège à l'assemblée de 2003 à 2008. De 2011 à 2013, elle est sénatrice. Elle revient ensuite comme député lors des élections législatives de 2013 et, candidate à la présidence de l'Assemblée malgré le peu de sièges détenus par son parti, y est plébiscitée avec 78 voix sur 80.