1939年にはハイリゲンバイルは12,000人ほどの人口を数えた。第二次世界大戦の独ソ戦末期にはハイリゲンバイルは東プロイセン攻勢の激戦地となった。1944年冬から1945年1月にかけて、東プロイセン各地からの避難民がハイリゲンバイルから凍るヴィストゥラ潟を渡ってピラウ（現在のバルチースク）へ向かった。1945年1月、ハイリゲンバイルは赤軍に包囲され両軍の戦闘が始まった。ドイツ軍は街に残った民間人を包囲前に脱出させることに失敗しており、結果として市民多数も犠牲になった。に残ったドイツ国防軍第4軍は3月29日に最終的に降伏し、近郊のバルガ城もハイリゲンバイルの街並みも完全に破壊された。ハイリゲンバイル郡には戦前53,000人がいたが、その20%は死亡し、その他の人々も収容所での飢餓や病気、強姦、流刑などの被害にあった。