Od 17. století až do roku 1899 byl Yap španělskou kolonií ve Filipínském generálním kapitanátu. Španělé využívali Yap jako vězení pro ty, které zajali během Filipínské revoluce. Po porážce ve španělsko-americké válce v roce 1898 a následné ztrátě Filipín, Španělsko prodalo ostrovy a další drobné pacifické državy Německu.