A la vez, Yuan trató de que sus subordinados no obtuviesen un poder excesivo que les permitiese enfrentarse a él. En la primavera de 1914, comenzó a recuperar poderes que había delegado en ellos. Relevó a Duan del Ministerio de Defensa el 31 de mayo de 1915, poco antes de comenzar la campaña a favor de su entronización como emperador. Duan se opuso al intento de Yuan de restaurar la monarquía en su persona. Al estallar revueltas opuestas a la maniobra de Yuan, Duan trató de mediar entre los rebeldes y aquel, como Yuan había hecho durante la Revolución de Xinhai; Duan impuso el mantenimiento de la república como condición para socorrer a Yuan, aceptó el puesto de jefe del Estado Mayor y, el 22 de abril de 1916, la presidencia del Gobierno. La amistad entre ambos no superó, sin embargo, el intento de establecer la monarquía, a pesar de conceder Yuan a Duan el cargo de primer ministro, ya que Yuan había reducido el poder del cargo al limitar el poder del Ministerio de Defensa —que ocupaba el propio Duan— sobre el Ejército. Las tensiones entre ambos solo acabaron al morir Yuan en junio de 1916. A la muerte de Yuan, el Ejército de Beiyang se disgregó en una serie de camarillas militares hostiles entre sí, de las que Duan encabezó la de Anhui.