1966 року КПБ підтримала на етапі підготовки партизанську війну, розпочату групою під керівництвом Че Гевари в Болівії, в районі Ньянкауасу. Однак пізніше, після зустрічі лідера Компартії Монхе з командиром повстанців, на якій їм не вдалось дійти згоди з питання про керівництво герильєю, Компартія припинила матеріально-технічну допомогу Армії національного визволення, якою керував Че. Згодом Монхе був змушений емігрувати до СРСР, а пост генерального секретаря КПБ з кінця 1960-х до середини 1980-х років займав Колле Куето. Незважаючи на значну роботу зі збереження внутрішньопартійної єдності, неоднозначність в оцінках перспектив партизанського руху призвели до розмежування позицій всередині партії, ускладнили внутрішньопартійну роботу.