1 снежня 1912, пад час Першай балканскай вайны "Часовая камісія сканфедэраванх аб'яднанняў па барацьбе за незалежнасць" ("Komisja Tymczasowa Skonfederowanych Stronnictw Niepodległościowych") прызначыла Пілсудскага галоўным камендантам ваенных сіл. У 1913 годзе арганізаваў у Строжы, ля , курс афіцэрскай школы Стралецкага саюза. Ён быў там адным з выкладчыкаў, апублікаваўшы пазней (пад псеўданімам "Z. Mieczysławski") "Ваенную геаграфію Царства Польскага", у якой аналізаваў размяшчэнне царскіх войск на польскіх землях у перспектыве магчымых баявых дзеянняў.