Op 23 januari 2003 vertrok de Kitty Hawk opnieuw uit Yokosuka voor een geplande oefenmissie. Korte tijd later werd het schip naar de Golfregio gestuurd in het kader van de strijd tegen terrorisme. De Kitty Hawk nam er vanuit de Perzische Golf deel aan operaties als Southern Watch en Operatie Iraqi Freedom. Op 6 mei keerde het schip terug naar Japan waar het meteen het droogdok in ging voor onderhoud.