มหาวิทยาลัยเอ็กซิเตอร์ มีจุดเริ่มต้นมาจากสถาบันการศึกษาที่เคยดำรงอยู่ในช่วงกลางของศตวรรษที่ 19 ในเอ็กซิเตอร์ และคอร์นวอลล์ โดยโรงเรียนศิลปะแห่งเอ็กซิเตอร์ และ โรงเรียนวิทยาศาสตร์แห่งเอ็กซิเตอร์ ได้ถูกก่อตั้งขึ้นในปีค.ศ. 1855 และ ค.ศ. 1863 ตามลำดับ เพื่อเป็นการเฉลิมฉลองให้กับพระราชกรณียกิจด้านการศึกษา และวิทยาศาสตร์ของเจ้าชายอัลเบิร์ต พระราชสวามี และทั้งได้รับแรงบันดาลใจมาจากนิทรรศการครั้งยิ่งใหญ่ในปีค.ศ. 1851 ก่อนที่จะย้ายที่ตั้งโรงเรียนมาอยู่ที่พิพิธภัณฑ์รอยัลอัลเบิร์ตเมมโมเรียล ในปีค.ศ. 1868 และต่อมาโรงเรียนได้รับความอุปถัมภ์จากมหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ ยกฐานะเป็น วิทยาลัยเทคนิคและอุดมศึกษาภาคพิเศษแห่งเอ็กซิเตอร์ (Exeter Technical and University Extension College)ในปีค.ศ. 1893 หลังจากนั้นในปีค.ศ. 1900ได้เปลี่ยนชื่อเป็น วิทยาลัยรอยัลอัลเบิร์ตเมมโมเรียล (Royal Albert Memorial College) และย้ายที่ตั้งวิทยาลัยมาอยู่ที่ Bradninch Place บนถนนแกนดี และเปลี่ยนชื่ออีกครั้งเป็น วิทยาลัยอุดมศึกษาแห่งภาคตะวันตกเฉียงใต้ของอังกฤษ (University College of the South West of England) ในปีค.ศ. 1922