Nachdem Trainer Schmidt im Sommer 2014 den Klub verlassen hatte, blieb Hinteregger auch unter Adi Hütter Stammspieler. In der &lt;a href="%C3%96sterreichische%20Fu%C3%9Fballmeisterschaft%202014/15"&gt;Saison 2014/15&lt;/a&gt; verteidigten die Salzburger als erst dritter Klub die beiden nationalen Titel aus Meisterschaft und Cup. International war im Sechzehntelfinale der Europa League gegen den spanischen Vertreter FC Villarreal Endstation; zuvor war man in den Play-offs zur Champions League an Malmö FF gescheitert. In der Saison 2015/16 scheiterte Hinteregger mit seiner Mannschaft zu Beginn in der dritten Qualifikationsrunde zur UEFA Champions League erneut an Malmö. Der neue Trainer Peter Zeidler, der im Sommer auf Adi Hütter gefolgt war, strich Hinteregger nach dessen Kritik an seinen Mitspielern und am Verein für das Spiel gegen FK Austria Wien aus dem Mannschaftskader. Verletzungsbedingt kam Hinteregger ab August 2015 nur zu vier Einsätzen im Punktspielbetrieb und zu einer Partie im ÖFB-Pokal. Aufgrund der bevorstehenden EM-Endrunde 2016 in Frankreich entschloss er sich zu einem Vereinswechsel.