Po ogłoszeniu niepodległości przez Azerbejdżan w 1991, wybuchł konflikt z Armenią o Górski Karabach. Ówczesny prezydent Əbülfəz Elçibəy mianował Əliyeva w 1992 zastępcą przewodniczącego Rady Najwyższej Azerbejdżanu, aby w ten sposób opanować chaos i wzmocnić rządy. Sytuacja jednak pogarszała się i rok później Elçibəy musiał uciekać ze stolicy, a Əliyev zastąpił go na stanowisku, obejmując równocześnie przywództwo w Radzie Najwyższej. Əliyeva w Baku witały tłumy, na ulicach wisiały transparenty z jego portretami i podpisem „Dam Wam to, czego chcecie”.