הצפיפות הרבה ותנאי התברואה הגרועים הקלו על התפשטות מגיפות. בין השנים 1348 (המגפה השחורה) ו-1666 (המגפה הגדולה) מתו כמחצית מתושבי העיר בשישה-עשר אירועים שונים של מגיפות. במהלך מגפה הגדולה עצמה בשנת 1665 נפטרו כ-100,000 תושבים (20% מתושבי העיר באותה עת).