Samen met de voormalige premier Joseph Cook nam Hughes in 1919 deel aan de Parijse Vredesconferentie. Hij verbleef daarom 16 maanden buiten Australië. Tijdens de conferentie was hij een van de sterkste bepleiters voor hoge schadevergoedingen die de Duitsers moesten betalen. Tijdens de conferentie lag hij veelal overhoop met de Amerikaanse president Woodrow Wilson. Hughes was samen met de Zuid-Afrikaanse premier Jan Smuts erg bezorgd over de Apan opkomst in Azië. Na het uitbreken van de Eerste Wereldoorlog hadden Australië en Nieuw-Zeeland meteen alle Duitse koloniën in de regio bezet. Tijdens de conferentie kreeg Hughes het voor elkaar dat Duits Nieuw-Guinea een mandaatgebied werd onder Australisch gezag. Bij de vorming van de Volkerenbond slaagde hij er in Australië een onafhankelijke positie te geven. Verder haalde het een voorste van de Japanners om in het verdrag een passage op te nemen over rassengelijkheid het niet, met name door het lobbywerk van de Australische premier.