Murió el Artillero en Sierra Bermeja, el 17 de marzo de 1501, cuando sofocaba la rebelión de las Alpujarras de 1499. Fue enterrado primeramente en el convento malagueño de san Onofre que él fundara, y posteriormente trasladado a la fundación madrileña que con su segunda esposa había realizado, el convento de la Concepción Jerónima, donde residia doña Beatriz, y en la que también sería enterrada ella posteriormente.