Вясною 1992 пачалася вайна ў Босніі і Герцагавіне, і рэгулярная харвацкая армія і добраахвотніцкія падраздзяленні актыўна перакідваліся ў Боснію. Харвацкія сілы размяшчаліся на тэрыторыях са значным працэнтам харвацкага насельніцтва і прымалі шырокі ўдзел у баявых дзеяннях супраць баснійскіх сербаў і югаслаўскай арміі, найбольш вядомым прыкладам стаў удзел у баях у Пасавіне і ў Герцагавіне. Харвацкі Генштаб актыўна дапамагаў ствараць баснійскім харватам свае ўзброеныя структуры. На думку расійскага даследчыка Іонава, Генштаб арміі баснійскіх харватаў папросту стаў «філіялам» Генштаба Харватыі.