Nei primi mesi di guerra Gotō fu presente alla rapida occupazione di Guam (10 dicembre 1941) e coprì a distanza il secondo attacco all'Isola di Wake (20-23 dicembre). In seguito protesse le spedizioni che si conclusero con la presa di Rabaul (gennaio 1942) e l'invasione di Lae-Salamaua in Nuova Guinea (marzo). A fine aprile, nel quadro dell'operazione Mo, fu investito del comando in mare delle varie formazioni inviate a occupare Tulagi, le isole Louisiade e Port Moresby, aggregando alla 6ª Divisione la portaerei leggera "Shoho": partecipò dunque alla complessa battaglia del Mar dei Coralli (4-8 maggio 1942), nel corso della quale la portaerei fu affondata. Rimase dunque di stanza nel settore delle isole Salomone-arcipelago di Bismarck e nella notte tra l'8 e il 9 agosto, al comando del viceammiraglio Gun'ichi Mikawa, combatté nella vittoriosa battaglia dell'isola di Savo contro la flotta statunitense che aveva appena aggredito Guadalcanal. Il giorno seguente perse però il "Kako" a causa del subitaneo attacco di un sommergibile. Dopo una marginale partecipazione alla battaglia delle Salomone Orientali, in ottobre salpò da Rabaul per bombardare nella notte tra l'11 e il 12 Henderson Field e coprire lo sbarco massiccio di rifornimenti. La 6ª Divisione, appoggiata da due cacciatorpediniere, fu invece inopinatamente contrastata dalla Task force 64 del contrammiraglio Norman Scott che le inflisse una pesante sconfitta. Gotō stesso rimase gravemente ferito e spirò la mattina del 12 ottobre sull"'Aoba" che, molto danneggiato, stava tornando a Rabaul: fu sepolto in mare e promosso postumo viceammiraglio.