En 1989, Lioudmila Alexeïeva rejoint à nouveau le Groupe Helsinki de Moscou, relancé après sa dissolution en 1981. En 1993, après la dislocation de l'Union soviétique, elle revient en Russie, et devient présidente du Groupe en 1996. En 2000, Lioudmila Alexeïeva rejoint une commission mise en place pour conseiller le président de la Fédération de Russie, Vladimir Poutine, sur les questions de droits humains, un choix qui entraîne des critiques de certains autres militants des droits de l'homme en Russie.