1938年1月，吴溉之任八路军政治部组织部部长兼军法处处长。后改任中央军委总政治部直属工作部部长、锄奸部长等职。1945年4月，吴溉之出席了中国共产党第七次全国代表大会，并参加了代表资格审查小组的工作。