Aangezien het volgende toernooi in Nederland zou worden gespeeld, was Oranje automatisch gekwalificeerd. Herenigd met Rijkaard, ditmaal als coach, verstevigde Kluivert zijn positie als eerste spits met tien goals in de voorbereiding. In een opvallende oefenwedstrijd tegen medeorganisator België scoorde hij driemaal. Bij een van zijn goals legde hij de bal stil op enkele centimeters van de doellijn, wierp een sarcastische blik achterom naar Lorenzo Staelens en tikte de bal vervolgens in het lege doel. Een half jaar later scoorde hij nog twee treffers tegen de Belgen. Op het EK in eigen land werd Oranje groepswinnaar, Kluivert scoorde twee goals in deze fase. Hij opende de score tegen Denemarken en tekende de eerste gelijkmaker aan tegen de uiteindelijke winnaar Frankrijk. Oranje won alle drie de groepswedstrijden. Vervolgens werd Joegoslavië aan de kant gezet (6-1), Kluivert maakte een hattrick. In de halve finale was Italië de tegenstander. Oranje wist ondanks vele mogelijkheden en een man meer niet te scoren. Ook twee uitgelezen kansen vanaf 11 meter werden niet verzilverd. Nadat Frank de Boer de eerste keer faalde, hielp Kluivert de tweede penalty om zeep door op de paal te schieten. In de strafschoppenserie schoot hij wel raak, maar het was al te laat. Zijn ploeggenoten misten allemaal, en Italië ging naar de finale. De topscorerstitel (gedeeld met Savo Miloševic nadat Kluivert toegaf dat een van zijn genoteerde goals eigenlijk een eigen doelpunt van Dejan Govedarica was) van het toernooi was hierdoor niet meer dan een troostprijs.