Le 5 mars 1939, Mera appuie de façon décisive le Conseil national de défense, qui rassemble toutes les organisations du Front populaire sous l'égide du colonel Segismundo Casado pour lutter contre les staliniens qui avec Juan Negrín veulent prendre le contrôle total des armées. Une fraction de trois des quatre corps d'armée défendant Madrid, dominés par le Parti communiste espagnol, se rebelle contre le Conseil national de défense ; la situation reste critique du 7 au 9 mars. Mera, à la tête de la division, quitte Guadalajara et sauve le Conseil après une semaine de combats acharnés (voir Offensive finale de la guerre d'Espagne). Par la suite, le Conseil veut négocier avec Franco, la situation militaire étant à leurs yeux désespérée après la défaite de l'Èbre et la perte de la Catalogne. Mera refuse d'être utilisé dans cette tâche, rejetant sa promotion au grade de colonel et l'appuyant avec une lettre de démission.