Bei einer weiteren Reorganisation der Kriegsmarine im besetzten Frankreich im Dezember 1940 wurde der Bereich des Marinebefehlshabers Bretagne aufgelöst, und er erhielt mit seinem Stab die neue Aufgabe als Marinebefehlshaber Westfrankreich mit Sitz in Royan. Der Bereich des Marinebefehlshabers Bretagne wurde aufgeteilt. Der Teil östlich von Cap Fréhel einschließlich Saint-Malo wurde dem Marinebefehlshaber Nordfrankreich zugeteilt, der Rest dem neuen Marinebefehlshaber Westfrankreich. Der bisherige Stab des Marinebefehlshabers Westfrankreich wurde aufgelöst. Das Stabsquartier verlegte mehrmals seinen Sitz, zunächst im März 1942 von Royan nach Nantes und im Frühjahr 1944 nach Erigné bei Angers. Nach der alliierten Landung in der Normandie wurde es im August kurzzeitig nach Royan zurückverlagert, bevor es in La Rochelle seinen endgültigen Sitz bis zum Kriegsende bezog.