V roce 1986 propukla aféra Írán-Contras, která byla největším politickým skandálem ve Spojených státech v 80. letech. Bylo odhaleno, že Reaganova administrativa prodávala v rozporu s americkými zákony zbraně Íránu, který válčil proti Iráku v irácko–íránské válce, a z výtěžku tajně financovala protivládní povstalce v Nikaragui, známé jako Contras. Přestože Bush popřel, že by o těchto obchodech věděl, do svého deníku si tehdy poznamenal: „Jsem jedním z mála lidí, kteří znají všechny detaily té věci“. Jako prezident v roce 1992 omilostnil několik lidí zapletených do aféry Írán-Contras, včetně bývalého ministra obrany Caspara Weinbergera.