水族館は、ジェノヴァ出身のクリストファー・コロンブスの新大陸発見から500年を記念して開催された、1992年のジェノヴァ国際博覧会に合わせて建設された。海へ出航する準備をしている船のようにも見える建物は、ジェノヴァの建築家である、レンゾ・ピアノ・ビルディング・ワークショップのレンゾ・ピアノが設計した。内装デザインと1992年オープン当時の展示は、デザインチーム、を率いるピーター・シャーメイエフが設計した。1998年、水族館はもともとあった建物と遊歩道でつながるの船の展示棟を追加した。