Kuruluşundan, 2 Mayıs 2011'de Amerika Birleşik Devletleri'ne bağlı kuvvetler tarafından gerçekleştirilen harekât sonucunda öldürülmesine kadar liderliğini, kurucusu Usame bin Ladin'in yürüttüğü örgütün liderliğini günümüzde Usame bin Ladin'in iki yardımcısından biri olan Eymen ez-Zevahiri sürdürmektedir. Ez-Zevahiri, yayınladığı ses kaydında Taliban'ın yeni lideri Ahtar Mansur'a bağlılığını açıklamıştır.