У време Великог отаџбинског рата Совјетског Савеза против нацистичке Немачке и њених савезника, био је начелник штаба, а затим командант IV гардијског механизованог корпуса. Организаторске способности је показао у Стаљинградској бици, у борбама на југу Украјине, у јашко-кишњевској операцији која је совјетским трупама отворила пут на Балкан. Генерал Жданов учествовао је у ослобођењу Бугарске и Мађарске од Немаца.