Nama Kali Angke diberikan setelah terjadinya peristiwa pembantaian etnis Tionghoa selama tiga hari oleh VOC di Batavia pada tanggal 9 Oktober 1740. "Angke" sendiri sebenarnya berasal dari dialek Hokkian, yang berarti Kali Merah. Dikatakan akibat peristiwa tersebut warna sungai berubah menjadi merah oleh darah etnis Tionghoa. Sejak itu namanya berubah menjadi Kali Angke.