En 1932, il est nommé à Damas pour deux ans ; puis en 1934 à Alep où il reste jusqu’en 1939. Durant ces treize années, il enseigne la philosophie et inspecte les établissements d’enseignement syriens. En 1939, Jean Gaulmier est mobilisé sur place. Démobilisé en 1941, il se rallie à la France libre, qu'il renseigne sur ce qui se passe à Alep, avant la campagne de Syrie. Il assiste ainsi au passage des avions allemands envoyés soutenir la révolte irakienne contre les Anglais.