Niki Rüttimann begann im Alter von 14 Jahren mit dem Radsport. 1979 wurde er Schweizer Junioren-Meister im Strassenrennen, 1980 sowie 1981 nationaler Vize-Meister der Bergmeisterschaft. 1982 gewann Rüttimann den "Grand Prix Guillaume Tell", und im Jahr darauf erzielte er einen seiner grössten Erfolge, als er Vize-Weltmeister der Amateure im Strassenrennen wurde, hinter dem Deutschen Uwe Raab. Im selben Jahr gewann er auch die "Ostschweizer Rundfahrt".