Con la Repubblica Cisalpina, a Bergamo ci fu un fiorire di carceri: nel convento di Sant'Agata i detenuti in attesa di giudizio, in piazza Vecchia quelli condannati e il convento di San Francesco, venne adibito a carcere per i detenuti politici, che causa la forte repressione, e la diffusione del pauperismo, erano numerosi. Manterrà la stessa destinazione durante l'occupazione austriaca, con l'aggiunta di vani per la carcerazione delle prostitute, per poi necessitare di locali adibiti ad ospedale causa il forte contagio della sifilide. Nel 1814 avvenne la demolizione della chiesa. Con l'annessione di Bergamo al Piemonte del 1859, venne data libertà ai prigionieri politici e gli altri vennero lentamente trasferiti in Sant'Agata, risulta infatti documentato carcere fino alla fine del XIX secolo. Le continue manutenzioni, e i cambiamenti strutturali per rendere i locali idonei a uso di carcere, finirono per trasformare quello che era un convento francescano.