À partir de 1938, à la suite des accords de Munich et à l'invasion du pays par les Allemands, elle subit le subit le sors de la franc-maçonnerie durant la Seconde Guerre mondiale et est mise en sommeil jusqu'à la fin de la guerre. Brièvement active après 1945, elle s'auto-dissout en 1951 à la suite de la prise de pouvoir par les communistes. Parmi les franc-maçons victimes du régime communiste il y a Jan Masaryk, le fils du premier president tchécoslovaque Tomáš Garrigue Masaryk, qui a été lui aussi un franc-maçon.