W reprezentacji Meksyku Pérez zadebiutował 17 listopada 1998 w wygranym 2:0 towarzyskim meczu z Salwadorem. W 2003 roku wystąpił z rodakami w Złotym Pucharze CONCACAF, który Meksyk wygrał (1:0 po dogrywce w finale z Brazylią). Natomiast w 2004 roku wystąpił z reprezentacją U-23 na Igrzyskach Olimpijskich w Atenach.