В Третьем рейхе многие жители Нойбабельсберга, имевшие еврейское происхождение, были вынуждены покинуть свои дома и отправиться в эмиграцию. Освободившиеся дома продавались ниже их реальной стоимости или передавались национал-социалистическим организациям. На вилле изгнанного режиссёра киностудии UFA Альфреда Цейслера поселились Марика Рёкк и Георг Якоби. На виллу банкира Якоба Гольдшмидта въехал учебный центр женской организации НСДАП. Последние еврейские жители Нойбабельсберга были депортированы гестапо из дома престарелых в концентрационный лагерь в январе 1943 года. До конца войны в 1945 году избежали депортации только брат Карла Либкнехта Отто и его супруга-еврейка. В 1944 году на вилле Тресков заговорщики собирали бомбу для покушения на Гитлера в Вольфшанце.