Ben più complessa si rivelò la gestione dei domini turchi in Europa. La Serbia era in rivolta sin dal 1804 (vedi Prima rivolta serba), appoggiata dallo Zar Alessandro I che aveva avviato nel 1806 una nuova guerra contro la Sublime Porta quando Selim III, allora alleato di Napoleone, aveva attaccato i Principati danubiani e bloccato i Dardanelli alle navi russe. Nel biennio 1809-1810 l'avanzata occidentale russa venne contenuta in Bessarabia (nel Caucaso, buona parte della Georgia era stata conquistata dal 1807) ma, una volta al comando del generale Kutuzov (1811), le truppe zariste martellarono ripetutamente la Dobruja sino a costringere Mahmud a firmare il Trattato di Bucarest che ratificava l'ingerenza di Mosca sul Danubio. Il contestuale avvio della Campagna di Russia da parte di Napoleone costrinse lo Zar a ritirare precipitosamente le sue truppe dai Balcani, lasciando Mahmud libero di concentrarsi sulla repressione della rivolta serba. Entro il 1813, gli ottomani agli ordini del gran visir Hursid Pascià riconquistarono le terre che si erano liberate. Numerosi principi e capi della rivolta fuggirono in Austria (es. Karađorđe Petrović), mentre altri passarono tra le file dei nuovi alleati del sultano (es. Miloš Obrenović). Già nel 1814, il ribelle Hadži Prodan Gligorijević organizzò una nuova sommossa che venne però brutalmente repressa dal gran visir. Le continue vessazioni degli ottomani esacerbarono però la situazione, sino a che non fu lo stesso Obrenović a mettersi a capo della Seconda rivolta serba a causa della quale Mahmud venne costretto a riconoscere l'esistenza del Principato di Serbia (1816) retto da Obrenović (1817).