Na guerra de Antônio contra o Senado (41-40 a.C.), Fúrnio contou a Cícero sobre os movimentos e sentimentos das legiões romanas e de seus comandantes na Gália e na Hispânia, mas estas cartas se perderam. Fúrnio se aliou a Lúcio Antônio e defendeu Sentino, na Úmbria, contra Otaviano e compartilhou das mazelas da chamada "Fome de Perúsia". No fim, ele foi um dos três oficiais encarregados por Lúcio Antônio de negociar a rendição de Perúsia; sua recepção por Augusto foi tão calorosa que gerou suspeitas entre os aliados de Marco Antônio sobre sua lealadade.