"Zagadka Kaspara Hausera" uchodzi za jeden z najważniejszych filmów w dorobku Wernera Herzoga. Amerykański krytyk Roger Ebert, umieścił "Zagadkę..." w swojej książce "Great Movies", jako jeden z najlepszych filmów jakie jego zdaniem kiedykolwiek powstały. Film otrzymał Grand Prix Jury, Nagrodę Jury Ekumenicznego oraz Nagrodę FIPRESCI na 28. MFF w Cannes. Reżyser Ingmar Bergman umieścił "Zagadkę Kaspara Hausera" na swojej liście najważniejszych filmów jakie kiedykolwiek widział. Bergman mówił: „Gdybym miał wymienić 10 najważniejszych filmów obejrzanych w życiu, znalazłaby się wśród nich "Zagadka Kaspara Hausera", film niezwykle mądry, głęboki i piękny”.