Die Kämpfe dauerten weiter an, ohne dass sich noch große Kräfteverschiebungen oder eine entscheidende Schlacht ergaben. Noch im Mai 1648 kam es bei Augsburg zur letzten großen Feldschlacht zwischen französisch-schwedischen und kaiserlich-bayerischen Heeren. Die kaiserlich-bayerischen Truppen verloren in einem Rückzugsgefecht ihren Tross und ihren Befehlshaber Peter Melander von Holzappel, konnten sich aber in guter Ordnung nach Augsburg zurückziehen. Durch Verluste und Desertationen geschwächt, mussten die Verbündeten in der Folge die Verteidigungslinie am Lech aufgeben und sich bis an den Inn zurückziehen. Das ermöglichte eine weitere Verwüstung Kurbayerns. Ein kleines schwedisches Heer drang danach in Böhmen ein, wo es im Juli 1648 handstreichartig die Prager Kleinseite einnahm und anschließend zusammen mit nachrückenden Verstärkungen die Alt- und Neustadt belagerte. In der Zwischenzeit drängten Kaiserliche und Bayern unter Befehl des zurückberufenen Piccolomini die gegnerischen Heere wieder langsam aus Bayern heraus und errangen noch einen kleineren Sieg in der Schlacht bei Dachau. Im Süden Böhmens sammelten die Kaiserlichen Entsatztruppen für das belagerte Prag. Zu einer entscheidenden Schlacht um das Schicksal der Stadt, in der der Konflikt 30 Jahre vorher seinen Anfang genommen hatte, sollte es aber nicht mehr kommen. Anfang November 1648 brachen die Schweden die Belagerung ab, kurz vor Eintreffen des kaiserlichen Entsatzheeres, das schon die Kunde vom am 24. Oktober abgeschlossenen Westfälischen Frieden mitbrachte.