Haushofer ei hyväksynyt kansallissosialistien sisä- ja ulkopolitiikkaa ja lopullisesti hänen ja Adolf Hitlerin väliset suhteet katkesivat syksyllä 1938. Haushofer piti uransa suurimpana saavutuksena Neuvostoliiton ja Saksan välistä Molotov–Ribbentrop-sopimusta. Myös Saksan ulkopuolella hänet nähtiin sopimuksen ”henkisenä isänä”. Haushofer oli kuitenkin todellisuudessa koko sodan ajan poliittisen päätöksenteon ulkopuolella ja keskittyi kirjalliseen toimintaan.