Nach dem Rücktritt Denvers musste er das Amt des Gouverneurs bis zur Ankunft von dessen Nachfolger Samuel Medary übernehmen. Das waren etwa zwei Monate. Danach war er wieder bis 1860 Staatssekretär. Seine Zeit in Kansas war nicht einfach. Im Vorfeld des Bürgerkrieges stritten sich beide Parteien um die Zulassung der Sklaverei in dem Gebiet. Dabei kam es zu militanten Ausschreitungen. Schon lange vor dem offiziellen Ausbruch des Bürgerkrieges herrschte in Kansas Kriegszustand. In Kansas warf man Walsh vor, dass er nur der Handlanger der Bundesregierung in Washington sei und sich nicht um die Belange des Territoriums kümmere. Im Juni 1860 trat er von dem Amt des Staatssekretärs zurück.