Během francouzsko-indiánské války byl Thomson politickým oponentem těch kdo nejednali korektně vůči domorodému obyvatelstvu, prezentovali se jako jediní vlastníci provincie Pensylvánie. V roce 1758 byl jako sekretář přítomen na jednání v Eastonu, v Pensylvánii, kde byla 14. ledna 1758 podepsán dokument The Treaty of Easton (Smlouva z Eastonu (1758), smlouva mezi domorodými indiánskými kmeny a britskými guvernéry. Na základě této zkušenosti Thomson napsal spis „An Enquiry into the Causes of the Alienation of the Delaware and Shawanese Indians from the British Interest (1759), popisující příčiny nespokojenosti indiánských kmenů z Delaware a Indiánů Shawanee s počínáním Velké Británie. V dokumentu obviňoval majitele půdy ze zapříčinění vzniku války. Byl spojencem Benjamina Franklina, ale oba muži se politicky rozešli během krize kolem Stamp Act (Kolkový zákon) v roce 1765. Thomson se stal ve Filadelfii vůdcem společnosti „Sons of Liberty“ (tajná revoluční organizace, která byla vytvořena ve třinácti amerických koloniích, aby prosazovala práva evropských kolonistů a bojovala proti daňové politice britské vlády).