Vuonna 1825 Venäjän poliittinen ilmapiiri muuttui täysin, kun taantumuksellinen Nikolai I asui valtaan. Tämä muutti myös Czartoryskin elämän. Vuonna 1830 puhkesi Puolan kapina, ja kenraali Józef Chłopicki julistautui maan diktaattoriksi. Muutaman kuukauden päästä demokraattisempi suunta valitsi hänen tilalleen Czartoryskin maan johtajaksi. Venäjä kukisti kapinan aseellisesti kesällä 1831. Czartoryski pakeni maasta ja sai poissaolevana kuolemantuomion. Ulkomailta käsin hän kävi kampanjaa Puolan itsenäisyyden hyväksi. Kodikseen hän hankki Hôtel Lambert -nimisen talon Pariisista. Hän pyrki tekemään siitä puolalaisen kulttuurikeskuksen, jossa varsinkin pianisti Frédéric Chopinin sävellykset ja esitykset saivat suurta suosiota.