Nel 1828 scoppiò una guerra con il Perù e l'Esercito grancolombiano venne chiamato a difendere la sovranità della nazione. La guerra durò fino al 1829 con una vittoria navale peruviana, ma i colombiani furono vittoriosi sulla terraferma con lo schiacciamento della forza d'invasione peruviana nella battaglia di Tarqui. La guerra finì in una situazione di stallo.