Am 5. März 1796 zum Feldmarschallleutnant befördert, wurde er der neuen Hauptarmee unter dem Erzherzog Karl unterstellt. Am 19. Juni schlug sein Korps den französischen General Jean-Baptiste Kléber auf dessen Rückzug von Düsseldorf in der Schlacht bei Kircheib (Gefecht bei Uckerath). Krays Truppen trugen im Verband des Feldzeugmeisters Wartensleben zwischen der Lahn und Sieg viel zu den Siegen Erzherzog Karls bei Amberg und in der Schlacht von Würzburg bei. Im Feldzug von 1797 kämpfte er unter dem Oberbefehl des Feldmarschalleutnants Baron Werneck mit weniger Glück bei Gießen, bei Wetzlar und vor Frankfurt am Main. In der Schlacht von Neuwied (18. April 1797) führten seine Truppen eine verzweifelte Abwehrschlacht gegen eine erdrückende Übermacht der Franzosen.