O quartel-general operacional da Área de Comando Nordeste, um edifício de concreto reforçado conhecido por "Edifício 81", foi concluído em Maio de 1942. Localizado em Green Street, Townsville, na base de Castle Hill, tinha o seu topo construído como se de uma casa urbana se tratasse, para que a sua identificação por aeronaves inimigas fosse mais difícil. Neste mesmo mês, a Área de Comando Oriental foi formada, tomando o controlo das unidades de Nova Gales do Sul e do sul de Queensland da Área de Comando do Sul e da Área de Comando Nordeste. Isto deixou a Área de Comando Nordeste a comandar os esquadrões 24, 33 e 76, além do Quartel-General do Sector de Caça N.º 3, em Townsville, o Esquadrão N.º 100 em Cairns, o Esquadrão N.º 32 na Ilha Horn e os esquadrões 11, 20 e 75, juntamente com o Quartel-general do Sector de Caça N.º 4, em Port Moresby. Os japoneses atacaram Townsville quatro vezes entre o dia 25 e o dia 31 de Julho; a maior parte das bombas lançadas caíram no mar ou nas encostas, tendo atingido uma criança. As fronteiras da Área de Comando Nordeste foram redefinidas no dia 19 de Agosto: uma porção de Queensland foi transferida para a Área de Comando Noroeste. Lukis entregou o comando da área ao Capitão de Grupo (mais tarde Comodoro do ar) Harry Cobby no dia 25 de Agosto. No final do mês, o quartel-general contava com um efectivo de 684 elementos. O Esquadrão N.º 75, reabastecido e reequipado depois da sua defesa de Port Moresby, e o Esquadrão N.º 76, enviado para norte desde Townsville e que também operava aviões P-40 Kittyhawk, desempenharam um papel que os comandantes do Exército Australiano descreveram como "decisivo" na Batalha da Baía Milne na Nova Guiné, durante Agosto e Setembro de 1942. Durante a batalha, Cobby exerceu o comando de todas as unidades da RAAF na Área de Comando Nordeste, enquanto os esforços eram coordenados em terra pelo Capitão de Grupo Bill Garing.