Mặc dù thi đấu thành công tại các câu lạc bộ, Zola không thực sự tỏa sáng tại màu áo đội tuyển. Tại ĐTQG Ý, Zola phải cạnh tranh cùng một Roberto Baggio tài hoa, anh không gặp thời ở đội tuyển. Zola thi đấu cho đội tuyển quê nhà từ World Cup 1994, cũng thi đấu khá tốt trong trận đấu tứ kết với Nigeria. Tại Euro 1996, anh chơi trong 3 trận vòng bảng và bỏ lỡ 1 quả phạt đền trong trận gặp Đức, Ý bị loại từ vòng bảng. Zola ghi bàn thắng duy nhất trong trận gặp đội tuyển Anh tại vòng loại World Cup 1998 cho Ý ngay tại sân Wembley và đó là trận thắng cuối cùng của anh trong màu áo đội tuyển Ý.