Lors de la révolution de mars 1848, il aide le général commandant en chef Radetzky à battre les forces rebelles à Milan. Quand le gouvernement libéral de Wessenberg démissionne en octobre sous la pression d'une révolte démocratique, un conseil de famille Habsbourg décide de nommer Schwarzenberg ministre des Affaires étrangères, en reconnaissance de son rôle en tant que proche conseiller de Radetzky, et aussi grâce à sa position de beau-frère du maréchal de Windischgrätz qui avait réprimé la révolution à Prague et à Vienne. Il est aussi ministre-président de l'Autriche en , et peut remplacer l'empereur (le 2 décembre, Ferdinand est contraint d'abdiquer en faveur de son neveu, l'archiduc François-Joseph) dans certaines de ses fonctions en son absence.