Ben più deludente risultò l'andamento in campionato, circostanza aggravata dall'essere i campioni uscenti. Nel girone di andata, la formazione azzurra totalizzò soltanto 15 punti. L'inverno del 1991 fu inoltre movimentato dalle vicende dirigenziali, con Luciano Moggi che lasciò l'incarico della presidenza. Un'ulteriore tegola si abbatté sulla squadra quando Maradona, risultato positivo a controlli anti-doping effettuati al termine della gara con il , venne squalificato. Senza il suo uomo-chiave, il Napoli - che comunque fino al termine del torneo senza il suo asso non riportò alcuna sconfitta - si posizionò soltanto ottavo, mancando di un punto anche la zona della Coppa Uefa. L'addio forzato dell'asso argentino calò, di fatto, il sipario su un'epoca.