Malgrado l'esercito confederato ottenesse una vittoria in grado di dare morale nella prima Bull Run a Est, nel 1861, i problemi nel West presto si rivelarono gravi ai primi del 1862. I generali subordinati di Johnston persero Fort Henry il 6 febbraio 1862 e Fort Donelson il 16 febbraio 1862, ad opera del brigadier generale unionista Ulysses S. Grant. Johnston aveva errato nel suo giudizio che lo aveva portato alla scelta dei generali Tilghman e Floyd perché tenessero quelle posizioni tanto cruciali e per non aver operato ispezioni per verificare se le fortificazioni avessero difese adeguate. Tra l'altro il maggior generale unionista Don Carlos Buell catturò la vitale cittadina di Nashville (Tennessee). Il generale Pierre Gustave Toutant Beauregard fu inviato a Ovest per unirsi a Johnston ed essi organizzarono le loro forze a Corinth (Mississippi), pianificando di tendere un'imboscata alle forze di Grant a Pittsburg Landing (Tennessee).