Verso la fine del 1353 gli ecclesienti si rivoltarono contro il governo aragonese e si schierarono dalla parte di Mariano IV di Arborea, il quale aveva iniziato le ostilità contro i regnicoli; durante l'occupazione degli Arborea la città subì un vasto incendio che provocò gravi danni. Dopo la pace di Sanluri del 1355 la città ritornò in mano aragonese ma nel 1365, con la ripresa del conflitto tra il giudicato di Arborea e il regno di Sardegna, Villa di Chiesa fu riconquistata da Mariano. Rimase in mano arborense fino al 1388 quando, a seguito del trattato tra Eleonora d'Arborea e Giovanni I di Aragona, fu restituita agli aragonesi. Nel 1391 la città si rivoltò nuovamente contro gli aragonesi, accogliendo fra le sue mura le armate giudicali di Brancaleone Doria. Venne ripresa definitivamente dagli iberici nell'estate del 1409.