Le , il est victime d'une attaque cérébrale et subit une intervention chirurgicale. S'il avait été contraint d'abandonner son siège, son remplaçant au Sénat des États-Unis aurait alors été désigné par Mike Rounds, le gouverneur du Dakota du Sud et membre du Parti républicain, lequel aurait fait basculer la majorité politique issue des élections de 2006. En effet, le Sénat se serait trouvé avec un nombre égal de sénateurs républicains et démocrates. La Constitution des États-Unis attribue en cas d'égalité une voix prépondérante au vice-président, en l'occurrence Dick Cheney. Johnson poursuit cependant son mandat et se voit largement réélu en avec 62,5 % des voix face à Joel Dykstra (37,5 %), dans un contexte de vague électorale portée par le choix de Barack Obama pour la présidence des États-Unis.