Через два роки після його виходу у відставку в 1853 році почалася Кримська війна, і Кочетков знову вступив на дійсну службу за призовом для захисту Севастополя в , і тут провів два роки, беручи участь у вилазках добровольців, причому на корніловському бастіоні бомбою, що розірвалася «закиданий землею і дрібними осколками і камінням, що пошкодили йому спину» . У 1856 році, особисто покійним Государем Імператором Олександром II, він був переведений до , а потім, в 1862 році, зарахований до почесної , і тут підвищений до унтер-офіцера.