Er war Secretary des "Council of Safety" von 1777 bis 1778 und des "Council of State" von 1778 bis 1784, zudem Secretary of State von 1778 bis 1781. In den Jahren 1781 und 1782 führte er gemeinsam mit Ira Allen die Verhandlungen mit der Britischen Krone zum Gefangenenaustausch in Skenesborough. Ebenso wie die Verhandlungen mit General Frederick Haldimand, durch welche die Operationen der Gegenseite gelähmt wurden und die Nordgrenze gegen Invasionen während der letzten drei Jahre im Siebenjährigen Krieg in Nordamerika geschützt wurde. Fay diente im zweiten Regiment der Miliz von Vermont zuletzt im Rang eines Colonels. Er nahm gemeinsam mit seinem Vater und vier seiner sechs Brüder an der Schlacht von Bennington teil. Sein ältester Bruder John war der erste Gefallene in dieser Schlacht.