Les limites du rôle politique de l'Alliance sont toutefois mises en évidence durant la période de fortes tensions de la guerre froide de 1958 à 1963 où les décisions les plus importantes sont prises par les États-Unis, parfois en y associant les Britanniques et les Français en particulier sur la question de Berlin, les autres membres de l'OTAN étant le plus souvent simplement informés. Par exemple, lors de sa session de , le CAN « s’associe aux vues exprimées par les États-Unis, la France et le Royaume-Uni au sujet de Berlin et du droit des Occidentaux d’y demeurer ».