בעונת 2002/2003 יצר מלדיני יחד עם קאפו, אלסנדרו נסטה ואלסנדרו קוסטקורטה רביעיית הגנה שעוד תיחשב לאחת מן הטובות בהיסטוריה. את אותה עונה סיים מלדיני עם זכייה בליגה האיטלקית ובפעם הראשונה בקריירה גם בגביע האיטלקי. מלדיני ערך את הופעתו ה-500 בליגה האיטלקית ב-15 במרץ 2003, וזכה בליגת האלופות פעם נוספת באותה עונה. בפעם הראשונה בהיסטוריה הגמר היה כל-איטלקי: מילאן התמודדה מול יובנטוס, שאותה ניצחה 3-2 בפנדלים לאחר שלא הובקעו שערים לאורך 120 דקות. מלדיני זכה לראשונה בליגת האלופות בתור קפטן בדומה לאביו, אשר זכה גם הוא 40 שנים קודם לכן בליגת האלופות כקפטן מילאן, גם כן על אדמת אנגליה. מלדיני זכה בתואר שחקן המשחק, ובפעם הראשונה בקריירה שלו הוא זכה למקום בנבחרת השנה של אופ"א, והגיע בפעם השנייה בקריירה שלו למקום השלישי בפרס כדור הזהב.