Ab Oktober 1938 führte er den III. Sturmbann der 4. SS-Totenkopf-Standarte „Ostmark“ in Berlin-Adlershof, die den Kern der im Sommer 1939 aufgestellten SS-Heimwehr Danzig bildete und ebenfalls von Goetze kommandiert wurde. Vorgeblich als Touristen begaben sich Goetze und die ihm unterstehenden SS-Männer im Juni 1939 nach Danzig, wo die Einheit durch einheimische Freiwillige ergänzt wurde. Mit Beginn des Zweiten Weltkrieges wurde die SS-Heimwehr bei dem Gefecht um das polnische Postamt in Danzig, beim Kampf um die Westerplatte und um Gdingen eingesetzt. Als Kommandeur des 3. SS-Regiments der SS-Division Totenkopf im Rang eines Standartenführers nahm er am Westfeldzug teil und fiel am 27. Mai 1940 in Le Paradis. Niels Weise sieht in Goetzes Kriegstod auch einen Auslöser für das Massaker von Le Paradis. Goetze wurde auf der Kriegsgräberstätte in Bourdon beigesetzt.