Током рата у Ираку, пустиња је служила као главна линија снадбјевања ирачких побуњеника, док је ирачки дио пустиње постао првенствено тврђава сунитских побуњеника који су дјеловали у покрајини Анбар, дјелимично након заузимања Фалуџе током операције Фантомски бијес. Серија војних операција је била релативно неефикасна у уклањању побуњеничког присуства у пустињи. Међутим, како су побуњеници почели да преузимају контролу над околним подручјима значај сиријске пустиње као оперативног центра временом је умањена. До септембра 2006. побуњеници су стекли контролу над готово цијелом покрајином Анбар и премјестили су већину својих снага, опреме, као и лидере даље на исток до градова под побуњеничкон у близини ријеке Еуфрат, али Сиријска пустиња је остала једно од главних путева за трговину оружјем.