Después de Colombia ganar la Copa América 2001, tuvo derecho a jugar la Copa FIFA Confederaciones 2003 celebrada en Francia. Colombia alcanzó el cuarto puesto, y Yepes logró marcar su primer gol con la selección Colombia ante la Nueva Zelanda en la fase de grupos, siendo este un golazo de chilena, en donde el resultado final del partido fue a favor del combinado cafetero por 3-1. También estuvo presente en el partido ante Camerún donde falleció Marc-Vivien Foé.