Sota els auspicis de mantenir una política d'equilibri promoguda per Anglaterra, que ja s'havia buscat aliats, es donà a la zona una forta oposició al rei francès i es veié amb simpatia la candidatura de l'arxiduc Carles d'Àustria (Carles III) proposat pels aliats. Josep Moragues, juntament amb altres patriotes catalans, fou un dels signants del pacte dels Vigatans a la capella de Sant Sebastià el 17 de maig del 1705, que havia de portar al pacte de Gènova, el compromís dels catalans d'aportar sis mil homes armats quan els anglesos tornessin a desembarcar a Barcelona (1705) i es van armar diverses companyies de miquelets comandades per Josep Moragues i Mas. D'aquesta manera els Vigatans prenien una posició contrària a la dels filipistes, coneguts com a botiflers, i el conflicte bèl·lic esclatà. Moragues es destacà en la lluita en diferents indrets i anà agafant un considerable prestigi com a cabdill de grups armats, comandant la companyia de miquelets que actuaren obertament controlant les comunicacions des de l'interior fins a Barcelona derrotant les tropes borbòniques al combat del Congost.