Первое здание церкви Святого Иоанна стояла на сегодняшней площади Johannisplatz в западной части старого города Геры и упоминалось около 1200 года как приходская церковь. Оно сгорело в 1450 году во время Саксонской братской войны. Новое здание было освящено в 1488 году: оно было разрушено во время Тридцатилетней войны, 14 апреля 1639 года — в результате крупного пожара. До постройки церкви Спасителя (1720) церковь Иоанна была единственной приходской церковью во всём городе: в её склепе располагалось фамильное захоронения членов династии Ройсс-Гера (Рейсс-Гера). 18 сентября 1780 года церковь вновь сгорела — она не восстанавливалась долгое время, несмотря на многочисленные планы и попытки финансирования. Так в 1824 году проекты восстановления были сорваны дефицитом городского бюджета в связи с Наполеоновскими войнами. В XX веке возникли планы открыть для широкой публики склеп Ройссов на месте старой церкви.