Na sejmie 1653 roku wyznaczony z Koła Poselskiego komisarzem do zapłaty wojsku Wielkiego Księstwa Litewskiego. W 1653 roku został wojewodą smoleńskim, pomimo sprzeciwów hetmana Radziwiłła. Wojna polsko-rosyjska 1654-1667 rozpoczęła się dla niego nieszczęśliwie - Rosjanie szybko podeszli pod Smoleńsk i zdobyli go po krótkim oblężeniu. Stało się to przyczyną kierowania w stronę wojewody oskarżeń o zdradę i w końcu - postawienia w stan oskarżenia przed sąd sejmowy. Na skutek wstawiennictwa hetmana Pawła Jana Sapiehy i króla rozprawę jednak odłożono, a Obuchowiczowi dano szansę wykazania się w boju. Był uczestnikiem konfederacji tyszowieckiej w 1655 roku. Brał udział w oblężeniu Warszawy. Na czele jednego z pułków dywizji sapieżyńskiej podszedł pod Brześć, ale rozchorował się i wkrótce zmarł. Został zrehabilitowany już w 1658 roku.