Nach dem Krieg kehrte er wieder an die Universität Münster zurück, wo er jedoch ein Jahr später am 11. März 1946 von der britischen Militärregierung aufgrund seiner Zugehörigkeiten zu den oben genannten NS-Organisationen seines Amtes als Oberarzt enthoben wurde. Im anschließenden Entnazifizierungsverfahren wurde Eickhoff entlastet, da er trotz seiner NS-Mitgliedschaften stets eine kritische Persönlichkeit gewesen und von seinen Kommilitonen und Kollegen wegen seiner furchtlosen Äußerungen und Taten bewundert worden sei. Im Verhör hatte Eickhoff zudem ausgesagt, an der Bildung einer eigenen Widerstandsgruppe beteiligt gewesen zu sein, die später zum Kreis der Attentäter des 20. Juli 1944 in Kontakt gestanden haben soll und die noch kurz vor Kriegsende Aktionen im Reservelazarett geplant habe, zu denen es offensichtlich jedoch nie gekommen war.