しかしその後、ソビエト連邦の崩壊やMANPADSの普及により、MANPADSがテロに利用される恐れが増大した。1994年にはルワンダ政府専用機のダッソー ファルコン 50がMANPADSによって撃墜され、ルワンダ大統領ジュベナール・ハビャリマナと便乗していたブルンジ大統領シプリアン・ンタリャミラが共に死亡する事件が発生し（ハビャリマナとンタリャミラ両大統領暗殺事件）、この事件を直接のきっかけとして史上有数のジェノサイドが引き起こされた。また、2002年には、エル・アル航空機が9K32で攻撃されるという事件が発生した（エル・アル航空機は赤外線シーカーへの欺瞞装置を備えていたため、この攻撃は失敗した; ）。これを受けて、2003年の第29回主要国首脳会議において、「交通保安及び携帯式地対空ミサイル（MANPADS）の管理強化」に関する行動計画が採択された。