In der Nacht des 28. auf den 29. Mai 1242, die Nacht von Christi Himmelfahrt, war ein Trupp von Faydits, die vom Montségur gekommen waren, in die Gemächer der Inquisitoren eingedrungen, die mit Äxten noch im Schlaf niedergemetzelt wurden. Neben Guillaume Arnaud und Étienne de Saint-Thibéry wurden der Dominikanerprior, zwei weitere Dominikaner und ein Franziskaner, der Archidiakon von Lézat, dessen Schreiber, ein Notar und zwei Amtsdiener getötet. Die Attentäter, zu denen auch jene drei Faydits gehörten, die Guillaume Arnaud noch wenige Monate zuvor auf den Scheiterhaufen verurteilt hatte, hatten nach der Tat unter anderem die von den Opfern mitgeführten Prozessakten gestohlen, weshalb die Amtstätigkeit Guillaume Arnauds heute nur noch unvollständig nachzuverfolgen ist. Der Mord an ihm und seinem Amtskollegen hatte im Jahr darauf den Anstoß zur Belagerung des Montségur gegeben.