In dieser Situation wurden auch in Petersburg bereits Intrigen gegen Uschakow gesponnen. Die noch nicht erfolgte Eroberung Maltas, sein Verhalten gegenüber der französischen Besatzung von Korfu und die Klage wegen der Gründung der Republik der sieben Ionischen Inseln schwächten Uschakows Position erheblich. Außerdem verließen die Türken auf Anraten der Briten die gemeinsame Flotte und kehrten in die Türkei zurück. Nachdem eine russische Armee aus dem Heer von General Suworow von den Franzosen zerschlagen worden war, rief Zar Paul I. die russische Mittelmeerflotte zurück. Am 31. Dezember 1799 verließ Uschakow Neapel und erreichte, unterbrochen von einer notwendigen Reparatur seiner Schiffe auf Korfu, am 6. November 1800 den Hafen von Sewastopol. Uschakow wurde umgehend nach Petersburg beordert, um sich wegen der Anschuldigungen gegen ihn zu verantworten. Mit der Ermordung von Zar Paul I. am 6. April 1801 änderten sich jedoch die russischen Interessen. Der neue Zar Alexander I. dachte an ein Bündnis mit Napoleon. Dabei störte ein erfolgreicher Kämpfer gegen die Franzosen wie Uschakow. Er erhielt das unbedeutende Kommando über den Galeerenverband der Baltischen Flotte. Enttäuscht nahm Admiral Uschakow am 30. Dezember 1806 seinen Abschied. Im Vaterländischen Krieg von 1812 stellte sich Uschakow jedoch erneut zur Verfügung. Eine schwere Krankheit zwang ihn jedoch zur Aufgabe aller militärischen Aktivitäten.