Comme son époux, elle devient l’objet d’enquêtes judiciaires mais aucune d'entre elles n’aboutit à une condamnation criminelle. Ainsi, il lui est reproché son obstruction dans l’enquête sur la mort du conseiller présidentiel Vince Foster. Une autre affaire hante également sa carrière politique : le scandale du Whitewater. Hillary Clinton est accusée d’avoir utilisé des informations obtenues dans le cadre de son cabinet d’avocats à Little Rock, afin de s’enrichir personnellement par l’intermédiaire d’amis, en achetant des terrains sur les rives de la rivière Whitewater dans l’Arkansas. Elle a dû déposer sous serment, dans le cadre de cette affaire, devant la Justice le .