За националния отбор на Югославия Зебец има 65 вача и 17 гола. На Олимпиадата в Хелзинки през 1952-ра печели сребърен медал и става голмайстор на турнира със седем попадения. На Световните първенства в Швейцария и Швеция той е един от основните футболисти в отбора, като през 1958 е и капитан. На Евро 1960 печели бронзов медал.