Durant la Guerra Romano-Síria entre Roma i el selèucida Antíoc III el gran, Cnidos va ser aliada de Roma. El 163 aC, van enviar ajut a Calynda revoltada contra Caunus. Quan es va formar la província d'Àsia l'any 129 aC en va formar part, però era una ciutat lliure dins de la província, segons assegura Plini el Vell. Abans del 67 aC, va ser atacada i presa pels pirates cilicis, com també ho van ser Colofó, Samos i altres llocs, però a partir d'aquesta data Pompeu va assegurar-hi la tranquil·litat amb diverses mesures militars i polítiques, especialment l'assentament dels pirates en terres permanents.