西蒙··巴克纳生于肯塔基州曼福德维尔附近的家族庄园格伦莉莉，他的父母分别叫艾利特·哈兹维尔·巴克纳（）和伊丽莎白·安·巴克纳（），莫尔黑德则是母亲的娘家姓，西蒙是两人的第三个孩子，也是第二个儿子。父母是以“当时正处于权力高峰的南美军人和政治家西蒙·玻利瓦尔”来给自己的孩子取名。西蒙一直到9岁才开始上学，就读曼福德维尔一所私立学校。这一期间他最亲密的朋友是托马斯·J·伍德（），后者之后将成为北軍将军，两人将在内战期间的佩里维尔战役和奇卡莫加战役中成为对手。西蒙的父亲是钢铁工人，但哈特县没有足够的木材来维持炼铁炉的需要，全家因此于1838年迁居穆伦贝尔格县南部，并在此开办了一间炼铁厂。西蒙在格林维尔的学校就读，之后又进入霍普金斯的基督教县神学院。