Delle quattro campane che ornavano originariamente il campanile solo una rimane ai nostri giorni. Il motivo risale all'assedio di Tolone, condotto da Napoleone Bonaparte nel 1793. Tutto il materiale metallico disponibile in Provenza fu requisito per essere fuso e utilizzato per la fabbricazione di armamenti. Le tre campane più piccole di Saint-Jean-de-Malte furono allora rimosse dal campanile e fuse. Solo la più pesante (1260 kg) fu lasciata al suo posto. Non ostante la vittoria di Bonaparte nell'assedio di Tolone, le tre campane mancanti non sono più ricomparse sul campanile della chiesa. La domenica 1º settembre 2013, in occasione della benedizione dei "calisson", le tre campane sono ricomparse. Gli Amici di Saint Jean de Malte hanno ottenuto dalla città di Tolone il dono di una parte dei cannoni in bronzo stoccato presso l'arsenale e la fonderia Paccard ha fuso tre nuove campane. Esse sono attualmente esposte nella chiesa in attesa del consolidamento del campanile che permetterà di rimetterle al loro posto.