De Annakerk werd voor de laatste keer gereconstrueerd tussen 1786 en 1788 in opdracht van koning Stanislaus August Poniatowski. In 1786 werden vier evangelistenbeelden van Jacopo Monaldi geplaatst. Tijdens de Opstand van Warschau in 1794, die als deel werd beschouwd van de nationale Opstand van Kościuszko in 1794, werd bisschop Józef Kossakowski, die als verrader van de natie werd beschouwd, voor de kerk geëxecuteerd (opgehangen onder groot applaus van de inwoners van Warschau). In 1832 werd er een kapel gebouwd door Marconi, die nu gewijd is aan de moord van Jozef Stalin op 20.000 Poolse officieren in de Tweede Wereldoorlog bij Katyn. De kerk was licht beschadigd tijdens het Duitse bombardement op Warschau in 1939 (alleen het dak en de torentjes werden verwoest door brand en gereconstrueerd door architect Beata Trylińska). Het dak werd later tijdens de Opstand van Warschau in 1944 door de Duitse Wehrmacht verwoest. De kerk werd tussen 1946 en 1962 herbouwd.