Come noto dal 20 dicembre 2015, il successore di Guardiola per la stagione seguente è Carlo Ancelotti, che firma un contratto triennale. Il tecnico italiano inizia la sua esperienza a Monaco vincendo la Supercoppa di Germania (2-0 sul Borussia Dortmund), ed in seguito conduce i suoi sino ai quarti di finale di Champions League, dove l'eliminazione giunge per mano del , e alla semifinale di Coppa di Germania, dove i bavaresi cadono contro il Borussia Dortmund. Il quinto titolo tedesco consecutivo è ottenuto con tre giornate di anticipo grazie ad un 6-0 contro il . La stagione 2017-2018 inizia con la vittoria della Supercoppa di Germania ai tiri di rigore contro il Borussia Dortmund, ma il 28 settembre Ancelotti è esonerato in seguito ad un avvio non brillante in campionato ed alla sconfitta per 3-0 patita contro il nella fase a gironi di Champions League. All'allenatore reggiano subentra qualche giorno più tardi il rientrante Jupp Heynckes, che il 7 aprile 2018 conduce i suoi alla vittoria del ventottesimo titolo nazionale, il sesto consecutivo: decisiva è la vittoria per 4-1 in casa dell'. In Champions League è ancora il di Zinédine Zidane ad eliminare i bavaresi, stavolta in semifinale, mentre in Coppa di Germania il Bayern arriva in finale, dove è sconfitto clamorosamente per 3-1 dall' allenato da Niko Kovač.