Fils de Pierre Bayen et de Françoise Legentil, il en est le septième et dernier enfant. Il est élève en pharmacie à Reims puis à Paris et commence une carrière militaire qui durera 42 années. Il suit comme pharmacien en chef l'expédition de Minorque en 1756, puis passe à l'armée d'Allemagne pendant la guerre de Sept Ans et y rend de grands services en créant pour ainsi dire la pharmacie militaire. Durant cette guerre, il rencontre Parmentier jeune pharmacien militaire sous ses ordres et il remarque les nombreuses qualités de celui-ci avec lequel il va créer une longue amitié. Reçu apothicaire en 1766 et membre du Collège de pharmacie, il devient inspecteur général du Service de santé en 1796.