Ved mobiliseringen i 1863 blev Faaborg kommandør for 4. Infanteriregiment og erholdt i december obersts karakter. I marts 1864 fik han befalingen over 4. Brigade og deltog som dens chef i Dybbøls forsvar, særlig i fægtningen 17. marts. Efter våbenhvilens slutning besatte brigaden nordlandet på Als med 6. og Kær Halvø med 4. Regiment. Imod det sidste punkt rettede preusserne 29. juni om morgenen deres angreb, og det faldt således i oberst Faaborgs lod at gøre de første forsøg på at afværge det. Med stor energi og uforfærdethed kastede han sig imod fjenden; først såredes han i låret, men vedblev dog til hest at føre kommandoen; så fik han et strejfskud i foden og til sidst et skud gennem brystet. Han faldt i fangenskab og udåndede to dage senere på et preussisk feltlazaret i Øster Snogbæk. Han jordedes på Dalum Kirkegård, og kammerater rejste ham der en mindesten. 1849 var han blevet Ridder af Dannebrog og 1858 Dannebrogsmand.