Der gebürtige Engländer Mugabi war für den englischen und ugandischen Fußballverband spielberechtigt. Im August 2016 erhielt er seine erste Einladung in die ugandische Nationalmannschaft für das Freundschaftsspiel gegen Kenia und das Qualifikationsspiels für den anstehenden Afrikanischen Nationen-Pokal 2017 gegen die Komoren. Mugabi wurde jedoch die Anreise von seiner Vereinsmannschaft Yeovil Town verweigert. Als Grund wurde die Kurzfristige Bekanntgabe der Einberufung angegeben.