W sezonie 2013 Cheetahs z Le Roux w składzie wypadli znacznie lepiej, niż rok wcześniej – w południowoafrykańskiej grupie zajęli miejsce drugie (za Blue Bulls) i awansowali do fazy pucharowej. W niej odpadli jednak w ćwierćfinale z Brumbies, późniejszymi finalistami, przegrywając 13:15. Sezon Super Rugby Le Roux zakończył poza niechlubną „najgorszą dwudziestką”, gdy chodzi o nieskuteczne szarże, co stanowiło stosunkowo dobry wynik. W kwietniu 2013 roku, w trakcie sezonu Super Rugby ogłoszono, że zawodnik przedłużył kontrakt z Cheetahs na sezony 2014 i 2015. Nowa umowa przewidywała również przenosiny z Griquas do Free State Cheetahs po zakończeniu rozgrywek Currie Cup w 2013 roku. Donoszono, że Willie otrzymywał wcześniej oferty z zespołów i , a także drużyn z Francji i Japonii. Z uwagi na obowiązki reprezentacyjne Le Roux w owym roku nie uczestniczył w barwach drużyny z Kimberley w zmaganiach ligowych. Mimo tego wziął udział w odbywającym się październiku 2013 roku dwumeczu barażowym z ekipą Pumas, który miał decydować o utrzymaniu się Griquas w wyższej grupie rozgrywek. W listopadzie, podczas pojedynku z drużyną Fidżi zadebiutował w barwach Barbarians, elitarnego klubu dla zaproszonych zawodników.