Hlouch inizialmente prestò servizio come parroco e professore di teologia a Olomouc e in altri luoghi prima di essere nominato vescovo di České Budějovice dopo uno scontro tra l'autorità papale e le autorità di occupazione naziste su chi avrebbe assunto la sede episcopale. Entrò in diocesi in un momento in cui i comunisti stavano consolidando il loro controllo sulla Cecoslovacchia. Questo spinse Hlouch e altri vescovi come Josef Beran a esprimersi contro la repressione comunista. Hlouch fu posto agli arresti domiciliari e successivamente esiliato dalla sua diocesi. Con la liberalizzazione politica avviata dalla Primavera di Praga gli fu consentito di tornare in diocesi.