En mayo de 1996 Bonaly se rompió el tendón de Aquiles practicando acrobacias, lesión que la apartó de la competición durante la siguiente temporada. La federación francesa inicialmente decidió no convocarla para el Europeo de 1997 de París, considerando que estaba en baja forma, pero finalmente Bonaly participó, quedando en novena posición. No fue incluida en el equipo de dos femenino para el Mundial, posiciones que recayeron en Vanessa Gusmeroli y Laetitia Hubert.