לאחר ניסיון ההפיכה הצבאית בטורקיה ב-15 ביולי 2016, היה אזטורק בין 2,839 אנשי הצבא שנעצרו ב-16 ביולי בידי ממשלת ארדואן. הוא אף נחשד כמי שהוביל את הקשר, ועל פי כלי תקשורת התומכים בארדואן הוא אף הורה למורדים: "תפסו את ארדואן חי או מת". עם זאת, השתתפותו במרד אינה וודאית. עוד לפני כן הוא נחשד שתכנן הפיכה במדינה, והואשם בכך שהוא שומר על קשר עם פטהוללה גולן השוהה בגלות בארצות הברית. על פי סוכנות הידיעות הטורקית "אנדאלו", אזטורק הודה בתכנון ההפיכה, בעוד דיווחים אחרים טענו שהוא הכחיש כל קשר אליה וטען כי: "איני האדם שתכנן או עומד מאחורי ניסיון ההפיכה שהתרחשה בסוף השבוע, ואיני יודע מי עשה זאת". על פי ערוצי הטלוויזיה הפרטיים "האברטורק" ו-NTV, אזטורק טען שכאשר פרץ המרד הוא שהה באחד מבסיסי חיל האוויר עקב ביקור אצל אחד מנכדיו, וכשנודע לו על פרוץ המרד הצליח להניא חלק מהקושרים מלקחת בו חלק ואף להציל שני קצינים בכירים הנאמנים למשטר שהוחזקו שם.