Ottokar trabalhou algum tempo no Museu Nacional de Praga em 1868 organizando a coleção de Sternberg e em 1869 acompanhou Jan Krejčí às minas de carvão das montanhas Krkonoše. Mesmo participando de expedições científicas, ele continuou a cursar medicina, sendo interno do hospital militar em 1872, formando-se em agosto de 1873 como clínico geral. Entretanto, Ottokar não se afastou da geologia quando ainda era estudante e depois de se formar foi auxiliado por Kořistka a obter um cargo no Instituto Geológico Imperial, em Viena para trabalhar na Exposição Universal, apresentando as reservas minerais da Áustria.