През 1925 година, по време на Петричкия инцидент, Зисо Попов е комендант на четите по левия бряг на Струма и има заслуга за отблъскването на гръцките войски. Делегат е на окръжния конгрес на ВМРО в Банско на 11 – 12 януари 1926 година и подкрепя въоръжената разправа с левицата в организацията, а през 1931 година е избран за член на окръжното ръководство.