众多克里特人参加了开始于1821年的希腊独立战争。这场基督徒组织的暴动遭到了奥斯曼政权的激烈对抗，战争中处死了一些身为暴动头目的主教。1821—1828年间，该岛都是战争的中心。现在估算当时约有45%的岛民是穆斯林，其中又有一些是皈依基督教的秘密基督徒。许多人因动乱而逃离该岛。到了1900年，只有11%的岛民仍为穆斯林。他们常被称做“土耳其人”，即使他们之间语言、文化甚至祖先都不相同。这些剩下的穆斯林在1924年的希腊土耳其人口互换事件中被迫离开。