Après la chute du Front populaire, Serge Lefranc continue son action politique. En 1939, il organise plusieurs missions humanitaires dans le village de Neuvy-en-Beauce où, entre le et le , des réfugiés espagnols fuyant l'effondrement de la Seconde République espagnole devant les troupes de Franco, s'étaient établis. Il prend lui-même en charge et accueil à Saclas, avec l'aide de sa sœur, deux jeunes espagnols de 15 ans dont un avait perdu une jambe lors de la Bataille de Teruel. Lefranc prend également partie contre le socialiste Léon Blum qui refuse d'envoyer des armes et des vivres aux républicains espagnols.