Mikołajczak war Sohn des Landarbeiters und späteren Bahnarbeiters Wincenty Mikołajczak und seiner Frau Agnieszka, geborene Jarke. Er besuchte in Rogoźno und Międzychód die Schule und absolvierte eine Ausbildung am Lehrerseminar in Rogoźno. Nach dem Militärdienst und dem Besuch einer Kadettenanstalt in Posen begann er 1938 als Lehrer in dem Dorf Rudna im Powiat Międzychodzki zu arbeiten. Dort wurde er auch Mitglied der Lehrergewerkschaft Związek Nauczycielstwa Polskiego. Im Rahmen der Mobilmachung unmittelbar vor dem deutschen Überfall auf Polen wurde Mikołajczak zum polnischen Militär eingezogen und kämpfte im September in der Schlacht an der Bzura. Er geriet in deutsche Kriegsgefangenschaft. Nach vorübergehender Flucht wurde er wieder aufgegriffen und in das Fort VII in Posen verbracht. Am 15. Oktober 1939 deportierten ihn die Deutschen in das KZ Buchenwald.