French et un juriste nommé Nicholas Plunkett prirent alors le contrôle du Conseil Suprême, et essayèrent de promouvoir un meilleur traité de paix avec les Royalistes, en même temps qu'une poursuite plus vigoureuse de la guerre en Irlande. Un nouveau traité fut signé avec les Royalistes en 1648, et French joua un rôle prépondérant pour tenter de l'imposer auprès de la plus grande majorité possible des Confédérés. Pourtant les éléments catholiques les plus radicaux y demeurèrent hostiles. De toute façon, l'alliance Royalistes/Confédérés ne dura qu'à peine plus d'une année, puisque ces derniers furent écrasés par les Parlementaires lors de la conquête de l'Irlande, qui débuta en 1649. Les Parlementaires étaient très hostiles au clergé catholique, puisqu'ils exécutaient tous les prêtres qu'ils appréhendaient. Aussi French jugea plus prudent de quitter l'Irlande en 1651, et il passa le reste de sa vie sur le continent européen.