À la signature de l'armistice, il est basé en Méditerranée et rejoint Toulon après Mers-el Kébir. Le , sous les ordres du contre-amiral Bourragué, il quitte le port varois avec la "Gloire" et le "Montcalm" et franchit le détroit de Gibraltar, sans réaction de la part des Britanniques, ce qui vaudra à l'amiral commandant la base navale de Gibraltar d'être relevé de ses fonctions. La division de croiseurs fait escale à Casablanca pour faire le plein de mazout et continue jusqu'à Dakar où elle arrive le . Elle quitte Dakar le en direction de Libreville au Gabon mais est bloquée par des navires britanniques dont le HMAS "Australia". Le "Georges Leygues" accompagné du "Montcalm" retourne alors sur Dakar, sans la "Gloire", victime d'une avarie de machine, que les croiseurs anglais contraindront à gagner Casablanca. Les deux croiseurs participeront à la défense du port contre l'attaque des Britanniques et des Forces françaises libres du 23 au pour prendre la ville, lors de la bataille de Dakar. Le "Georges Leygues" touche 2 fois le HMAS "Australia" et évite les attaques par torpilles de l'aéronavale britannique.