Son concours s'avéra très précieux en Irlande durant la conquête cromwellienne de l'Irlande. Nommé grand maître de l'artillerie, il rassembla bientôt un corps d'infanterie et de cavaliers, et repoussa les rebelles dans Kilkenny, où ils se rendirent. Il persuada aussi la garnison royaliste de Cork, une troupe où il avait servi au début de la guerre, de se ranger du côté des Parlementaires. Le à la bataille de Macroom, il défit complètement une force irlandaise qui s'avançait pour secourir Cork, puis, en se joignant à Cromwell, il aida celui-ci à prendre la place. Lors du départ de Cromwell pour l'Écosse, il coopéra avec Henry Ireton, qu'il rejoignit au siège de Limerick. En 1651 à la bataille de Knocknaclashy, il défit une force irlandaise, sous les ordres de Lord Muskerry, qui s'avançait pour prêter main-forte à Limerick. Ce fut la dernière bataille des Guerres confédérées irlandaises, qui s'achevèrent par la prise de la ville.