Alaba regresó al Bayern al comienzo de la temporada 2011-12, donde se convirtió en miembro habitual del primer equipo. El 23 de octubre de 2011 anotó su primer gol en la Bundesliga en la derrota por 1-2 ante el Hannover 96. El 20 de diciembre fue nombrado futbolista austríaco del año por primera vez. Durante la segunda mitad de la Bundesliga 2011-12 se estableció como titular del Bayern. El 25 de abril de 2012 jugó el partido de vuelta de la semifinal de la Liga de Campeones de la UEFA 2011-12 contra el Real Madrid, y anotó el primer gol de la tanda penaltis que ganó el Bayern por 3-1, pasando de esta manera a la final, sin embargo al ser amonestado no pudo jugar en la final por estar sancionado.