Am 16. August 2004 wurde er mit einer Nachnominierung vom damaligen Bundestrainer Jürgen Klinsmann erstmals in die A-Nationalmannschaft Deutschlands eingeladen. Sein erstes Länderspiel absolvierte er am 18. August 2004, seinem 20. Geburtstag, im Ernst-Happel-Stadion in Wien gegen Österreich; er wurde in der 86. Minute für Andreas Hinkel eingewechselt. Sein erstes größeres Turnier war der FIFA-Konföderationen-Pokal 2005 in Deutschland, bei dem er als Stammspieler auf seiner Position als Innenverteidiger eingesetzt wurde. Nach Kritik an seiner Leistung im Eröffnungsspiel steigerte sich der damals 20-jährige Huth und schoss am 29. Juni 2005 im elften Länderspiel sein erstes Länderspieltor im Spiel um den dritten Platz gegen Mexiko im Leipziger Zentralstadion. Bei der Fußball-Weltmeisterschaft 2006 kam er im Vorrundenspiel gegen Ecuador zu einem Einsatz. Am 20. März 2008 wurde er erstmals nach der WM wieder von Joachim Löw für die Nationalmannschaft nominiert, musste allerdings wegen einer Verletzung absagen. Wiederum ein Jahr später, am 19. Mai 2009, wurde Huth für die Asien-Reise des DFB Ende Mai bis Anfang Juni einberufen. Grund dafür waren allerdings auch Ausfälle der etatmäßigen Innenverteidiger.