Il est promu vice-amiral et rejoint la France pour prendre le commandement de la flotte de la Méditerranée en et reçoit la croix de la Légion d'honneur le suivant (). Il conçoit alors un plan de grande envergure pour permettre à la flotte impériale se rendre maître de la Manche et permettre l’invasion de l’Angleterre : il s'agit, en échappant au blocus de la Royal Navy, de faire converger l'escadre du Levant (basée à Toulon) et celle du Ponant (basée à Brest), renforcées d'escadres de l'Atlantique (Rochefort, Le Ferrol) et espagnoles (amiral Gravina), jusqu'en mer des Caraïbes y menacer les colonies anglaises des Antilles pour y attirer la "Royal Navy". Une fois celle-ci dans les Antilles, lui fausser compagnie en mettant cap sur le pas de Calais pour couvrir la traversée de la Grande Armée regroupée autour du camp de Boulogne. Mais, épuisé, il meurt à bord du navire amiral "le Bucentaure" en rade de Toulon, le après avoir prononcé ces dernières paroles : « "Un officier de mer doit mourir sous le pavillon de son vaisseau." ». Le ministre de la Marine et des Colonies Denis Decrès le remplacera par l'infortuné Villeneuve.