En 1878, l'ambassadeur japonais en Russie, Takeaki Enomoto, a été reçu en audience officielle à Saint-Pétersbourg par le Roi de Perse Nasseredin Shah. Cependant, les relations diplomatiques officielles n'ont pas été établies avant 1926. Un traité d'amitié a été signé entre l'Iran et le Japon en 1939, et des relations cordiales ont été maintenues pendant la Deuxième Guerre mondiale jusqu'en 1942, quand les Alliés ont envahi la Perse. Les relations diplomatiques officielles ont été rétablies en 1953 après la signature du Traité de San Francisco (1951).