1927年3月24日，北伐期间进入南京城的國民革命軍进行一系列激烈的排外活动，針對外国的領事館、企業、教會、學校和住宅區進行攻击、焚烧和抢劫，文怀恩也在此之中遭到殺害。戴安邦将他葬于清凉山西南，1929年立碑，今已无存。