Formatosi a livello giovanile con , nel 2011 Etzebeth entrò a far parte della prima squadra, ma non scese mai in campo. Lo stesso anno vinse la Varsity Cup, competizione universitaria sudafricana, con le Ikey Tigers, rappresentativa dell'Università di Città del Capo. Prima ancora di esordire con la squadra provinciale, fu incluso nella rosa della franchigia degli , con cui debuttò durante il Super Rugby 2012. Nella stessa annata giocò il suo primo incontro di Currie Cup con Western Province, aggiudicandosi la competizione. Divenuto stabilmente titolare in entrambe le formazioni, mancò tutto il Super Rugby 2014 a causa di un infortunio al piede subito in nazionale. Ritornò in tempo per vincere la Currie Cup 2014, della quale giocò, però, solo la prima giornata. Nell'estate 2015, firmò un contratto annuale con la squadra giapponese degli NTT-Docomo Red Hurricanes per disputare la Top League. Tornato in Sudafrica per il Super Rugby 2016, militò per altri quattro anni negli Stomers; saltò, però, tutta la stagione 2018 del Super Rugby a causa di una combinazione di infortuni. A partire dall'annata 2019-2020 gioca in Top 14 con il , club con il quale ha sottoscritto un contratto biennale.