Myöhemmällä keskiajalla saari oli osan aikaa Venetsian vallassa, kunnes joutui Osmanien valtakunnalle. Aíginalla oli merkittävä rooli Kreikan vapaussodassa osmaneja vastaan vuodesta 1821. Aíginan kaupunki toimi itsenäistyneen Kreikan väliaikaisena pääkaupunkina vuosina 1827–1829.