הכיבוש המוסלמי של ירושלים הותיר את מבני הדת הנוצריים ללא פגע, אך החל מאירוע זה ועד תום התקופה התחולל תהליך של הרס ועזובה שהותיר את העיר ומוסדותיה הנוצריים במצב קשה. כנסיות ומנזרים שנהרסו במהלך כיבוש ירושלים בידי הפרסים ולא נכללו במפעל השיקום של מתודיוס לא שוקמו. עיקר ההרס והנזק נגרם לאורך התקופה כתוצאה מפעולות עוינות של מוסלמים שכללו מעשי שוד, הרס בידי השלטונות, ולעיתים מעשי רצח ופרעות. עזובה של המוסדות הואצה על ידי מיסים כבדים שהוטלו על מוסדות הדת. מנזרים ששכנו מחוץ להגנת חומות ירושלים הותקפו על ידי שבטי בדואים שלעיתים אף העזו לחדור אל תוך החומות.