Nel 1809 la Baviera si trovò di nuovo a combattere al fianco della Francia contro l'Austria - nonché contro gli insorti tirolesi, capeggiati da Andreas Hofer. Gli insorti tirolesi ebbero inizialmente dei successi importanti, ma i francesi sconfissero pesantemente gli austriaci a Wagram, alle porte di Vienna. L'Austria dovette cedere Salisburgo alla Baviera. L'anno seguente, Andreas Hofer fu fucilato a Mantova. Nel 1810 (Trattato di Parigi) ci furono altri aggiustamenti territoriali: il Trentino passava all'Italia, Ratisbona, Bayreuth e altri territori alla Baviera.