1999 gründete Araújo von Lissabon aus, die Partido Nasionalista Timorense, die sich im Unabhängigkeitsreferendum in Osttimor für eine Autonomielösung innerhalb Indonesiens aussprach. Die Bevölkerung Osttimors sprach sich aber für die Unabhängigkeit aus. Im Nationalen Übergangsrat (National Consultative Council NCC) stand die PNT in Opposition gegen die UNTAET und den timoresischen Dachverband des Widerstands CNRT. Im ersten Parlament Osttimors gewann die PNT zwei Sitze, bei den Parlamentswahlen am 30. Juni 2007 scheiterte sie an der 3 %-Hürde. Araújo trat für die PNT bei den Präsidentschaftswahlen 2012 an und erhielt 1,35 % der Stimmen.