Revanchistischen Plänen bezüglich Sparta stand er zunächst zögerlich gegenüber. Um 395 v. Chr. wendete sich jedoch das Blatt: Athen verbündete sich mit Korinth, Theben und Argos und versuchte mit persischer Hilfe, die Vormachtstellung Spartas im griechischen Raum zu beenden. Zu Beginn des Korinthischen Krieges gewann Thrasybulos seine Stellung als Stratege zurück. Er organisierte den Wiederaufbau der zerstörten Langen Mauern zwischen Athen und Piräus. Nach den zwei verlorenen Schlachten von Nemea und von Koroneia musste er seinen Posten jedoch an Konon abgeben. Dessen Sieg in der Schlacht von Knidos beendete Spartas Träume von der Vormacht im östlichen Mittelmeer.