No dia 1 de fevereiro de 2016, o Manchester City confirmou a contratação de Guardiola para as próximas três temporadas, substituindo Manuel Pellegrini a partir de 1 de julho 2016. Em sua primeira temporada, não conquistou nenhum campeonato e apresentou números abaixo da média. Na temporada seguinte, trouxe grandes reforços ao clube como o meia português Bernardo Silva, o goleiro brasileiro Ederson e o lateral Kyle Walker, iniciando uma reformulação no elenco. Conquistou seu primeiro título na Inglaterra ao bater o Arsenal na final da Copa da Liga Inglesa. Na Premier League de 2017–18, bateu um recorde que nenhum clube havia alcançado em 130 anos no país, ao conquistar a incrível marca de 100 pontos. Iniciou a temporada 2018–19 com o título da Supercopa da Inglaterra ao derrotar o Chelsea por 2 a 0. Novamente conquistou a Copa da Liga Inglesa ao bater o Chelsea nos pênaltis. Na Premier League, travou uma disputa intensa com o Liverpool, conquistando o bicampeonato com 98 pontos, um a mais que o Liverpool. No dia 18 de maio de 2019, conquistou a Copa da Inglaterra após golear o Watford na final por 6 a 0, conquistando uma inédita tríplice coroa nacional.