1541-ben a törökök harc nélkül elfoglalták Budát, és a királyi templom megszűnt a keresztény istentisztelet helye lenni. A felső templomot 1686-ban Buda ostromában elpusztították, a romokat 1715-ben lebontották. Az alsó templom boltozata leesett, a belseje pedig szeméttel volt tele. A maradványokat két évszázadon át temették el az új barokk terasz alá.