日本が経済大国として復興して以降は、戦時中から繋がりがあった事もあり、ODAなどを通じてアフリカでは例外的に緊密な関係を維持し続けてきた。日本の累積援助額は1000億円を超え、アメリカ合衆国、フランス、ドイツ、韓国などに次ぐ主要なマダガスカル援助国である。しかし、2009年3月には軍に全権を委任されるというマダガスカル憲法に則らない形でアンドリー・ラジョエリナが新大統領に就任すると（マダガスカル・クーデター）、日本政府外務省は「一般市民を巻き添えにし、不法に政権交代が行われた事に強い懸念を抱き、民主主義的方法で武力手段に到らず問題を解決し、一般市民の安全を祈る」と発表、日本は新規の二国間の経済協力を停止して援助も滞った。2014年1月には民主的な選挙を経て新大統領にヘリー・ラジャオナリマンピアニナが就任すると日本は経済援助を再開し、また彼は2017年に訪日して当時総理大臣であった安倍晋三と首脳会談を実施し「自由で開かれたインド太平洋戦略」いついての協力が話し合われている。2019年には、民主的な選挙を経て再び大統領となったアンドリー・ラジョエリナも訪日して首脳会談を実施し、前政権を引き継いで経済・安全保障分野での協力関係が示された。なお、マダガスカルは安保理改革に賛成の立場を取る国である。