V roku 2003 sa Ján Pavol II. stal prominentným kritikom americkej invázie do Iraku. Poslal svojho „ministra mieru“, Pío kardinála Laghiho na rozhovory s prezidentom Spojených štátov Georgeom Bushom, aby vyjadril svoj odpor voči tejto vojne. Ján Pavol II. povedal, že to musí byť na pleciach OSN, ako vyriešiť medzinárodný konflikt diplomatickou cestou, a že jednostranná agresia je zločin voči mieru a porušenie medzinárodného práva.