החל מ-1775 עמד בראש הצבא הקונטיננטלי המורד, במלחמת העצמאות של ארצות הברית. המושבות החלו להילחם לאחר קרבות לקסינגטון וקונקורד ליד בוסטון באפריל 1775. בקונגרס הקונטיננטלי השני, הופיע וושינגטון בלבוש צבאי וסימן את מוכנותו למלחמה. הייתה לו היוקרה, הניסיון, הכריזמה והכוח הצבאי. וירג'יניה הייתה המושבה הגדולה ביותר, וניו אינגלנד - שם החלו הקרבות - נזקקה לתמיכת הדרום. וושינגטון לא ביקש את התפקיד, אולם הוצע בידי ג'ון אדמס ממסצ'וסטס, שמינה אותו לגנרל ולמפקד העליון של הצבא הקונטיננטלי. בניגוד לבריטים, שהחליפו מספר פעמים את המפקד העליון של כוחותיהם במלחמה, וושינגטון הנהיג את הצבא הקונטיננטלי מראשיתה של המערכה ועד לסיומה לאחר הניצחון הגדול ביורקטאון. במהלך תקופה זו התמודד עם קשיים עצומים, שנבעו בעיקר מחוסר מקצועיותו של הצבא הקונטיננטלי על חייליו וקציניו, ומהיעדרה של ממשלה ריכוזית חזקה שתוכל לכפות את סמכותה בכל הקשור לכינון הצבא. כך קרה, שהמושבות האמריקאיות, שבשלב מוקדם זה של עצמאות עדיין תפקדו במידה רבה כיחידות נפרדות, לא ניאותו להעמיד את כוח האדם והמשאבים הכלכליים הדרושים למלחמה באימפריה העצומה של בריטניה ובצבאה המקצועי. וושינגטון עשה ככל יכולתו על מנת להחדיר משמעת ומקצועיות בצבא החדש, וחזר והפציר בנציגי הקונגרס הקונטיננטלי וכן בראשי הממשל ב-13 המדינות המייסדות להקצות את המשאבים הדרושים לצבא. אף שקיבל מספר לא מבוטל של החלטות טקטיות שגויות, ואף נחל מפלות צבאיות לא פשוטות כגון התבוסה בניו יורק, הנכס העיקרי של וושינגטון היה קור רוחו, שבא לידי ביטוי בעצבי ברזל ובשליטה עצמית אובססיבית כמעט, גם ברגעים הקשים ביותר. וושינגטון נסמך רבות על חבורה צעירה של קצינים אמריקאים שהיו למעשה חובבים מוכשרים ובעלי כושר למידה מהיר, וביניהם ניתן למנות בייחוד את נתנאל גרין מרוד איילנד והנרי נוקס ממסצ'וסטס (נוקס שרת לאחר מכן כקצין הבכיר של הצבא וכמזכיר המלחמה בקבינט של וושינגטון).