В 2013 году в составе молодёжной сборной Франции Жан-Кристоф стал победителем молодёжного чемпионата мира в Турции. На турнире он сыграл в матчах против команд США, Испании, Узбекистана, Уругвая и дважды Ганы. В поединках против ганцев и турок Баэбек забил по голу.