Die einschiffige Kirche wurde bald zu klein. So wurde 872 unter König Alfons III. mit einem größeren dreischiffigen Bauwerk begonnen. Am 10. August 997 zerstörte Almansor, der große Heerführer des Kalifen von Córdoba, die Stadt und die Kathedrale. (Das Grab des Jakobus wurde allerdings nicht beschädigt.) Die Glocken der Kathedrale wurden von versklavten Christen in das 1000 Kilometer entfernte Córdoba geschleppt. (Nach der Eroberung Córdobas am 29. Juni 1236 durch kastilische Truppen ließ man sie durch maurische Sklaven wieder nach Santiago zurückbringen.) Erst unter Alfons VI. wurde die Kirche neu aufgebaut. Die Arbeiten begannen nach verschiedenen Quellen entweder 1075 oder 1078. Um diese Zeit wurde Santiago de Compostela neben Rom und Jerusalem zum bedeutendsten Wallfahrtsort der Christenheit.