Het einde van islamitische invloed viel vrijwel samen met de eenwording van Spanje, waarbij Portugal (voorlopig) zelfstandig bleef. Van 1580 tot 1640 maakte Portugal deel uit van het Spaanse koninkrijk. Vanaf het einde van de 15e eeuw waren Spanje en Portugal de eerste Europese mogendheden die in het kielzog van ontdekkingsreizigers enorme koloniale rijken veroverden, vooral in de pas ontdekte Nieuwe Wereld, maar ook in Afrika en Oost-Azië. De expansie na 1492 ging gepaard met een enorme godsdienstijver, die niet alleen tot uiting kwam in de verdrijving van de laatste resten islamitische invloed van het Iberisch Schiereiland, maar ook in het bekeren of verdrijven van de Joden en in het ontwikkelen van missionaire activiteiten in de koloniën. Het in de 16e eeuw opkomende protestantisme werd harder en effectiever onderdrukt dan elders in Europa, wat leidde tot een Zwarte legende waarin de Spaanse Inquisitie een kwalijke rol speelt. De opbrengsten uit de koloniën waren aanzienlijk, maar droegen weinig bij aan de eigen ontwikkeling. De strijd tegen het Ottomaanse Rijk, dat in de 16e eeuw op zijn hoogtepunt was, vergde veel inspanning, evenals de Italiaanse Oorlogen tegen Frankrijk en de inmenging in de Hugenotenoorlogen in Frankrijk, de Spaans-Engelse Oorlog (1585-1604) en het bestrijden van de Nederlandse opstandelingen, die gedeeltelijk godsdienstig gemotiveerd waren.