Der Markgräflerkrieg in der Mitte des 15. Jahrhunderts vernichtete das Dorf Dimbach und ließ die Propstei veröden. Das Gotteshaus wurde in der Folgezeit kaum benutzt. Diese Umstände führten im Jahr 1491 zur Auflösung der Propstei; nun übernahm das Kloster Schwarzach die Verwaltung im Ort. Der Niedergang von Dorf und Kirche endeten erst mit dem Jahr 1593. Abt Johannes Burckhardt begann eine umfassende Renovierung des Kirchengebäudes, die 1611/1612 beendet war. Die Erneuerung des Turmhelms schloss sich im Jahr 1617 an. Bischof Julius Echter von Mespelbrunn wandelte Dimbach wieder in eine Filiale von Gerlachshausen um.