Après la fin de l'Union soviétique en 1991, le Torpedo est intégré directement au sein de la première division russe et remporte notamment la première édition de la Coupe de Russie en 1993. Enchaînant par la suite les périodes entre le haut et de bas de classement, le club est finalement relégué pour la première fois de son histoire à l'issue de la saison 2006. Il connaît par la suite de multiples problèmes financiers, qui l'amènent notamment à perdre son statut professionnel pour un temps en 2009 et à évoluer principalement dans les échelons inférieurs depuis lors, malgré un bref retour dans l'élite lors de la saison 2014-2015. Il évolue actuellement en deuxième division russe depuis la saison 2019-2020.