В 2009 году Ханссон стал жертвой двух скандалов: сначала на Кубке конфедераций 2009 года в финале он не засчитал гол бразильца Кака в ворота сборной США, и только победа бразильцев 3:2 спасла его от массовых нападок болельщиков. А затем самый крупный скандал в его карьере грянул 18 ноября 2009 года во время стыковых матчей зоны УЕФА на первенство мира в ЮАР. В матче Франция—Ирландия он не увидел того, как Тьерри Анри подыгрывает себе рукой и отдает пас на Вильяма Галласа, который находился ещё и в офсайде: это позволило французам забить гол в ворота ирландцев и выйти на чемпионат мира. Эти кадры обошли весь мир, и на каждом видеоповторе было ясно видно, что Анри сыграл рукой. Ханссон даже не подумал отменять гол, несмотря на протесты ирландцев. Этот скандал стал поводом к дискуссиям по поводу использования в футболе видеоповторов, а Ирландия подала протест ФИФА с требованием переиграть матч, однако ей отказали. Сам Ханссон только после просмотра видеозаписи матча признался, что совершил роковую ошибку. Тем не менее, ему доверили обслуживать матч московского ЦСКА и стамбульского «Бешикташа», который завершился победой «армейцев» со счётом 2:1 и их выходом в 1/8 финала Лиги чемпионов 2009—2010.