1698 musste schließlich ein Armen- und Krankenhaus errichtet werden, um die Not in der Stadt zu lindern. Doch in den Jahren 1704/1705 sowie 1742 wurde sie im Rahmen des Spanischen bzw. des Österreichischen Erbfolgekriegs erneut mehrfach von österreichischen Truppen besetzt. Neben den militärischen Einschränkungen hatte dies vor allem beide Male hohe Abgabenverpflichtungen zur Folge. 1705 beteiligten sich außerdem viele Bewohner der Stadt an einem bayerischen Volksaufstand gegen die österreichischen Besatzertruppen Josephs I., welcher in der Sendlinger Mordweihnacht endete und auch Menschenleben unter den Beteiligten aus Aibling forderte.