Habert war der Sohn des Buchhändlers Henri Habert. Im Herbst 1792 meldete sich Habert freiwillig zur Armee und kämpfte im ersten Koalitionskrieg. Er wurde sehr schnell befördert und konnte bereits 1798 im Rang eines Capitaine unter Führung von General Lazare Hoche in Irland die Society of United Irishmen in ihren Bestrebungen nach Unabhängigkeit unterstützen (→Irische Rebellion von 1798). Dabei geriet Habert in britische Gefangenschaft und konnte erst mehreren Wochen intensiver Verhandlungen wieder nach Frankreich zurückkehren.