Im Luftangriff auf Lübeck 1942 wurde das Museum und damit auch ein großer Teil seines wissenschaftlichen Lebenswerks völlig zerstört. Nach Kriegsende 1945 begann Benick mit dem Wiederaufbau der Sammlungen, auch mit Hilfe befreundeter naturkundlicher Museen und Sammlungen. Seine Hoffnung auf einen raschen Wiederaufbau des Museums erfüllte sich aber nicht. Die Ruine des neugotischen Baus wurde abgerissen, und das neue Museum für Natur und Umwelt Lübeck konnte erst in den 1960er Jahren unter Gotthilft von Studnitz eröffnet werden.