В мае 1918 года назначен начальником штаба советской милиции, а позднее — председателем чрезвычайной комиссии Ижевска. ЧК выявила попытку организации восстания на Ижевском заводе и одновременно в Перми, и арестовала несколько десятков заговорщиков. Во время антибольшевистского восстания рабочих Ижевска Бабушкину с группой красноармейцев удалось вырваться из окружения и уйти. Его отряд, предпринявший через несколько дней попытку прорваться в Ижевск, был разбит в неравном бою. Бабушкин был захвачен в плен, заключён в заводскую башню и там казнён.