Pierwszy prezydent kraju Sukarno starał się równoważyć wpływy wojska, islamistów i komunistów na sytuację w kraju. Nacjonalistyczne poglądy członków rządu doprowadziły do radykalizacji polityki zagranicznej kraju, który szybko wpadł w konflikt z Malezją ("Konfrontasi") względem której Indonezja zgłaszała pretensje terytorialne co do wyspy Borneo. Indonezja rozpoczęła też wspieranie lewicowej partyzantki walczącej na Borneo z rządem malezyjskim wspierając m.in. powstanie w Sarawaku oraz popierając antymalezyjską i antykolonialną rebelię w Brunei. Relacje z tym państwem uległy dalszemu pogorszeniu po tym, jak Indonezja wsparła nieudaną rewolucję w Brunei. Obawiając się zagrożenia ze strony Holandii, Wielkiej Brytanii lub Stanów Zjednoczonych Indonezja rozpoczęła proces zakupu broni z ZSRR. Zagrożenie ze strony Zachodu było na tyle prawdopodobne, że CIA wsparło rebelię, która wybuchła w 1958 roku. Choć została ona stłumiona do końca tego samego roku, to nieliczne oddziały partyzanckie działały do 1961. Gdy Komunistyczna Partia Indonezji zaczęła zdobywać coraz większe poparcie, aż w końcu zagroziła rządowi nacjonalistów, USA wycofało swoją pomoc względem Indonezji, a relacje z Zachodem uległy pogorszeniu.