Meksikon maajoukkueessa Arellano pelasi 70 ottelua ja teki seitsemän maalia vuosina 1996–2004 ja 2006. Hän oli mukana MM-kilpailuissa 1998, 2002 ja 2006, CONCACAF Gold Cupissa 2000 ja 2003, Copa Américassa 2001 ja 2004, Maanosaliittojen cupissa 1999 sekä olympialaisissa 1996. Näissä turnauksissa Arellano saavutti Maanosaliittojen cupin voiton 1999, Copa América -hopeaa 2001 sekä CONCACAF Gold Cupin voiton 2003.