Sovieticii au preluat controlul asupra vieții politice, economice și culturale a celor trei state. Noile guverne au introdus rapid politici diverse de sovietizare: naționalizarea întreprinderilor private, introducerea reformei agrare în pregătirea colectivizării agriculturii sau scoaterea în afara legii a organizațiilor politice, culturale și religioase. Viața economică a fost perturbată și nivelul de trai a scăzut. Activiștii politici și alte persoane etichetate ca „dușmani ai poporului” au fost arestați și închiși. În iunie 1941, 17.000 de lituanieni au fost deportați în timpul primei deportări. Represiunile au fost întrerupte de declanșarea invaziei Germaniei naziste. După doar o săptămână, Lituania a fost ocupată de Germania nazistă. Chiar dacă a început, germanii au fost întâmpinați ca eliberatori de dominația sovietică, lituanienii au fost deziluzionați de regimul nazist. Dar chiar și în condițiile în care lituanienii au organizat rezistența împotriva ocupantului german, Uniune Sovietică a rămas „inamicul public numărul 1”.