En 1999, se fue al Panathinaikos BC y ganó la Euroliga en el año 2000, . Después jugó para el Iraklis BC (2000-01), el Near East BC (2001-02), y el Maroussi BC. Con este último equipo quedó en segundo lugar en la temporada regular de la liga griega y también fue finalista de la copa en 2006. Karagoutis también ha jugado para la Selección de baloncesto de Grecia en el y en el Eurobasket 1999, en ambos con el mismo resultado, la cuarta plaza.