在16世紀，至少有兩位科隆總主教改宗新教。第一位Hermann von Wied 在改宗後辭去總主教職務。但是格布哈特·特鲁赫泽斯·冯·瓦尔德堡在1582年改宗加爾文派後，試圖進行世俗化，這導致科隆戰爭，巴伐利亞軍隊安排一位巴伐利亞王子Ernst擔任總主教，這是德國的反宗教改革第一個重大勝利。從此直到18世紀中葉，總教區受到統治巴伐利亞的維特爾斯巴赫家族的強烈影響。由於這一時期，總主教也經常領有明斯特和列日這兩個采邑主教區，成為德國西北部最有實力的諸侯之一。