За несколько дней пехотная часть, в которой служил Ян Фитцке, попадает в плен подразделений Красной Армии. Вместе с тысячами других польских офицеров он оказывается в лагере для военнопленных в Козельске на Смоленщине, откуда написал к родным в Краков в ноябре 1939 г. последнее письмо. В конце апреля 1940 года, во время ликвидации лагеря в Катынском лесу, Ян Фитцке был расстрелян (см. «Катынский расстрел»).