1991 begann der Bürgerkrieg in Somalia und mit ihm weit verbreitete Hungersnot und Krankheiten, auf die MSF ab 1992 mit Hilfseinsätzen reagierte. 1993 kam es zu einer scharfen Verurteilung der Vorgehensweise der Vereinten Nationen in Somalia, da humanitäre Prinzipien verletzt wurden; allerdings stellten Freiwillige weiterhin Gesundheits- und Nahrungsversorgung zur Verfügung. Aber auch nach dem Rückzug der UN-Mission "UNOSOM II" im Jahr 1995 setzte sich die Gewalt in Somalia ungehindert fort, und "Ärzte ohne Grenzen" gehörte zu den wenigen Organisationen, die Zivilisten, welche Kampfhandlungen zum Opfer fielen, halfen, indem sie Kliniken und Krankenhäuser betrieben. Nach 22 Jahren gab die Organisation im August 2013 den Rückzug aus dem Bürgerkriegsland bekannt, nachdem ihre Mitarbeiter wiederholt zum Ziel von Anschlägen und Entführungen geworden waren.