W 1939 zgłosił się na ochotnika podczas kampanii wrześniowej. Jako sierżant został dowódcą plutonu przeciwpancernego. Podczas bitwy pod Bzurą dostał się do niemieckiej niewoli. Stefan Podolski przebywał w obozach jenieckich Dulag Kunau i Stalag VIII C. Po wyzwoleniu tego obozu w lutym 1945 roku wstąpił do Ludowego Wojska Polskiego, biorąc udział w walkach na terenie Brandenburgii. Za zasługi został awansowany do stopnia starszego chorążego.