מפקדת "אלון" היא מפקדת הקורונה הלאומית לקטיעת שרשרת ההדבקה, מפקדה משימתית בהובלת פיקוד העורף, גופים נוספים בצה"ל ובשיתוף משרד הביטחון, משרד הבריאות, גופי הביטחון השונים והרשויות המקומיות.