Tahun berikutnya ia pindah ke tim Jordan, berpasangan dengan adik Michael Schumacher, Ralf, yang juga merupakan mantan juara Formula Nippon. Dan pada musim pertamanya dengan tim berpulas kuning itu, Giancarlo mencatatkan 20 poin dan berada di posisi tujuh klasemen pembalap. Podium pertama Fisi diraih di GP Kanada, dan ia juga sempat memimpin balapan di Jerman sebelum kegagalan mekanis memupus harapannya menjadi juara. Ia kemudian kembali beraksi dengan mengantungi P2 di Belgia yang basah, di belakang sang master hujan, Michael Schumacher. Berbekal penampilan menawan tersebut, seusai lomba Flavio Briatore langsung mengontrak Fisico untuk membalap bersama tim Benetton Formula di musim 1998.