Em 2008, a pedido de Oscar Tabárez, assumiu a Seleção Uruguaia de Futebol Sub-20. Foi terceiro colocado no Sul-Americano, garantindo classificação para a Copa do Mundo FIFA Sub-20 de 2009, no Egito, chegando até as oitavas-de-final. Além disso, trabalhou em conjunto com o técnico da seleção principal, ajudando a lançar várias promessas. Passaram pela seleção de Aguirre nomes como Nicolás Lodeiro, Abel Hernández, Jonathan Urretaviscaya, Sebastian Coates e Santiago García.