Giovanni che, con i suoi genitori, Branai e Maria Zardari, e i suoi fratelli, Alfonso e Ferdinando, e le sue sorelle, Isabella, Giovanna e Camilla, viveva a Napoli fu coinvolto nella crisi della dinastia aragonese (seconda congiura dei baroni dal 1485 al 1486). Il 7 settembre 1499 Giovanna III lascia Napoli e si recò in Spagna presso il fratello Ferdinando. La figlia Giovanna IV, nel marzo del 1500 si trovava ancora a Napoli come si deduce da una lettera, scritta da Giovanna III alla figlia, datata 26 marzo del 1500. L'ambasciatore Thomas Bradley che visitò le due regine nella loro residenza di Reyalls (Valencia) il 23 giugno del 1505 osservò e segnalò il privilegio che era riservata a Branai e alla sua famiglia (moglie, due maschi e tre femmine) che assisteva all'udienza. La notizia sembra rispondere alla verità, perché nel marzo del 1502 il maggiore dei maschi, Giovanni, si trovava a Palermo. Nel Regno di Napoli era già in corso la guerra fra spagnoli e francesi, e Giovanni raggiunse il Gran Capitano.