В сезоне 2006/07 Флавиу выиграл свой второй египетский чемпионский титул и стал лучшим бомбардиром первенства (17 голов). В 2007 году он выиграл в составе «Аль-Ахли» ещё три кубковых трофея: Кубок и Суперкубок Египта и Суперкубок КАФ. А вот выиграть третью подряд Лигу чемпионов КАФ «Аль-Ахли» не сумел, уступив в финале тунисскому «Этуаль дю Сахель» (0:0; 1:3). В 2008 году «Аль-Ахли» и один из лучших его игроков Флавиу в очередной раз выиграли чемпионат, Кубок и Суперкубок Египта и Лигу чемпионов КАФ. На Кубке африканских наций 2008 Ангола вышла из группы, а в четвертьфинале уступила египтянам (1:2), в составе которых было большое количество товарищей Флавиу по «Аль-Ахли»; Флавиу носил на турнире капитанскую повязку и забил 1 гол, дважды отличился его напарник по атаке Манушу из «Манчестер Юнайтед». Наконец, в декабре 2008 года Флавиу принял участие в своём третьем клубном чемпионате мира. На этот раз, как и в 2005 году, египтянам не удалось выйти в полуфинал.