O Phanfone começou a afectar o Japão no final de 4 de outubro, enquanto debilitava-se. Reportaram-se marejadas altas e ventos de 140 quilómetros por hora no sul do Japão. Na base aérea de Kadena, o tufão matou a um piloto estadounidense e deixou a outros dois desaparecidos depois que fossem arrastados ao mar. Também se reportou que 10 pessoas resultaram lesionadas e para perto de 10 000 casas ficaram sem eletricidade. a 5 de outubro, o Phanfone também afectou ao Grande Prêmio do Japão de 2014, trazendo ventos fortes acompanhados de chuvas torrenciais os quais nublaron a visibilidade dos pilotos. Por estas razões, o evento suspendeu-se depois que ocorresse o acidente de Jules Bianchi que lhe custou a vida ao chocar contra um guindaste. Ao todo, onze pessoas faleceram enquanto vários foram lesionados no Japão.