В апреле 1650 года Ян Кароль Потоцкий вернулся из плена на родину, где стал ротмистром казацкой хоругви из 100 всадников. Его хоругвь входила в состав полка воеводы подольского Станислава Реверы Потоцкого. Зимой-весной 1651 года Ян Кароль Потоцкий участвовал в экспедиции на Украину польской армии под командованием гетмана польного коронного Мартына Калиновского. Затем он участвовал в битвах с казаками под Берестечком и Белой Церковью. На сеймике во Владимире 11 июня 1652 года волынские шляхтичи рекомендовали наградить его за военные заслуги. На генеральном сеймике русских земель 8 марта 1653 года он был избран послом (депутатом) на сейм от Брацлавского воеводства. В 1654 году он получил должность подчашего подольского.