במשך אלפי שנים סביבת ביסמרק הייתה מיושבת על ידי עמים אינדיאנים. משלחת לואיס וקלארק, משלחת חקר אירופאית, עברה בסביבת העיר בתחילת המאה ה-19. ההתיישבות האירופאית הראשונה הוקמה בשנת 1872. פתיחת קווי רכבת וגילוי זהב פיתחו רבות את העיר. בשנת 1883 ביסמרק הפכה לבירת טריטוריית דקוטה, ובשנת 1889, עם צירוף דקוטה הצפונית לאיחוד, ביסמרק הפכה לבירת המדינה החדשה.