После начала активной фазы распада Югославии партия стала активно выступать за создание независимого сербского государства на территории Боснии и Герцеговины; в настоящее время партия считает себя создателем Республики Сербской по воле сербов Боснии и Герцеговины. На первых многопартийных выборах 1990 года партия получила 71 место в Скупщине Боснии и Герцеговины из 240. Позднее партия разделилась на две части — СДС в Республике Сербской и СДС в Республике Сербская Краина (после операции «Буря» в 1995 году РСК прекратила своё существование). СДС активно участвовала в Боснийской войне и осуществляла управление Республикой Сербской.