В 1812 году Франтишек Ксаверий Неселовский поддержал вторжение Наполеона в Россию и был включен им в состав Военного комитета в Вильнюсе. Позднее в звании бригадного генерала был назначен инспектором пехоты армии и посполитого рушения Великого княжества Литовского. Вместе с разбитой наполеоновской армией бежал за границу. Участник военных кампаний 1812, 1813 и 1814 годов. После амнистии в 1814 году вернулся в Белоруссию, продал свои имения и уехал в Польшу.