Under Grevefejden blev borgen belägrad av svenska trupper 1525–1526. Under det Nordiska sjuårskriget utgjorde Åhus och borgen samlingspunkt för den danska armén. Vid hertig Karls infall i Skåne 1569 klarade sig borgen från större förstörelse, däremot bestals och skövlades den tillhörande landegården i Gälltofta till grunden (landegården var borgens produktionsanläggning). Under senare delen av 1500-talet började kungamakten, i sina utgående brev, att benämna borgen som "Åhus slott" (den tidigare benämningen var som regel "Åhusgaard"). Ingen dokumentation finns kring borgens avveckling, men det skedde troligtvis omkring 1614, i samband med att Kristian IV beslutade om uppförandet av den nya fästningsstaden Kristianstad - borgen kom då troligtvis att användas som stenbrott, vilket även styrks av det arkeologiska fyndmaterialet från 2006 års utgrävning. Så sent som på 1620-talet fanns dock ännu ett större "stenhus" kvar på platsen för borgen. Med tiden täcktes borglämningen av flygsand och låg mer eller mindre dold fram till utgrävningen 1892–1893, som leddes av lektor Abraham Ahlén.