Organizacija je dobila novi život u egzilu, osnivajući Nacionalni savet otpora Irana i nastavljajući da vrši nasilne napade u Iranu. Godine 1983. stali su na stranu Sadama Huseina protiv iranskih oružanih snaga u iransko-iračkom ratu, što je ogromna većina Iranaca smatrala izdajom i koja je poništila žalbu MEK-a u svojoj domovini.  Godine 1986. IRI je zatražio od Francuske da protera MEK iz Pariza, tako da je ostao u Iraku gde se borio protiv Irana tokom iransko-iračkog rata uz vojsku Sadama Huseina, i pomogao Sadamovoj republikanskoj gardi u suzbijanju pobuna protiv Sadama na nacionalnom nivou 1991. godine. 2002. godine, MEK je 111 o iranskom tajnom nuklearnom programu, a 2003. godine, nakon okupacije Iraka od strane SAD-a i koalicionih snaga, MEK je potpisao sporazum o prekidu sukoba sa SAD i spustio oružje u logor Ašraf.