Die &lt;a href="Skilanglauf-Weltcup%202004/05"&gt;Saison 2004/05&lt;/a&gt; begann für Kowalczyk wiederum erfolgreich, sie holte etliche Punkte für den Gesamtweltcup und gewann ein FIS-Rennen. Auch bei der Winter-Universiade im Januar 2005 in Innsbruck nahm sie erfolgreich teil und siegte über 15 Kilometer, was ihren ersten großen internationalen Titel bedeutete. In guter Form trat sie bei der Ski-WM 2005 an und fuhr als Vierte an der Bronzemedaille über 30 Kilometer klassisch nur wenige Sekunden vorbei. Auch in den weiteren Weltcupwettbewerben platzierte sie sich gut, diese Ergebnisse wurden von der FIS jedoch alle aberkannt, da bei der Polin im Juni 2005 festgestellt wurde, dass sie im Januar des Jahres das Dopingmittel Dexamethason eingenommen hatte. Infolgedessen annullierte der Ski-Verband sämtliche Resultate Kowalczyks rückwirkend seit Ende Januar 2005, auch die Weltmeisterschaftsergebnisse. Dazu verurteilte er sie zu einer zweijährigen Doping-Sperre, die jedoch kurz darauf verkürzt wurde, weil das Mittel entweder unabsichtlich eingenommen wurde oder die Leistung nicht steigerte. So konnte sie bereits im Dezember 2005 wieder international an den Start gehen.