Siendo capitán de navío, Vago se desempeñó como director del Arsenal Naval de Buenos Aires hasta septiembre de 1955. En ese destino, participó en la conspiración que derivó en el fallido intento de golpe de estado y posterior bombardeo sobre Plaza de Mayo El 18 de septiembre de ese mismo año, Alberto Vago fue relevado de su puesto por parte de las autoridades de la Armada que aun respondían al peronismo, tras la rebelión militar iniciada dos días antes. Sin embargo, la plana mayor del arsenal siguió respondiendo a Vago y no a su nuevo jefe, Dionisio Fernández. Vagó continuó formando parte de la rebelión y manteniendo contacto con sus antiguos subordinados plegados a la misma. El capitán de navío Fernández fue desplazado por la mañana del día 20 de septiembre y Vago volvió a su antiguo puesto.