Bei Ausbruch des Sezessionskrieges meldete sich Fagan zum konföderierten Heer und wurde Kompaniechef. Diese Kompanie wurde später in das 1. Arkansas Infanterieregiment integriert und er selbst zum Kommandeur dieses 900 Mann starken Regiments ernannt. Das Regiment wurde bei Lynchburg, Virginia stationiert. Nach dem Unterstellungswechsel zum westlichen Kriegsschauplatz General Albert S. Johnstons gehörte es bei der Schlacht von Shiloh am 6. und 7. April 1862 zur ersten Angriffswelle. Kurze Zeit später war Fagan an Kampfhandlungen bei Farmington, Mississippi beteiligt und am 3. und 4. Oktober des gleichen Jahres an der Zweiten Schlacht um Corinth. Danach wurde er zum Kriegsschauplatz Trans-Mississippi versetzt, wo er mit dem 1. Arkansas Kavallerieregiment am 28. November 1862 an der Schlacht von Cane Hill und am 7. Dezember an der Schlacht bei Prairie Grove, beide im Washington County, Arkansas, teilnahm.