Silva teki maajoukkuedebyyttinsä Uruguayn maajoukkueessa elokuussa 2009 ystävyysottelussa Algeriaa vastaan. Hänet valittiin myös jalkapallon MM-kisoihin 2010. Martín Silva pelasi uransa toisen maaottelun lähes neljä vuotta maajoukkuedebyyttinsä jälkeen, vuoden 2013 Maanosaliittojen cupin ottelussa Tahitia vastaan.