在落实《凡尔赛条约》的谈判过程中，舰队仍然维持扣押状态。罗伊特推断英国方面将于1919年6月21日，即谈判到期而无法达成协议的情况下会强占德国军舰，却不知截止日期已被延长至6月23日。为了防止这种情况，他决定第一时间凿沉己方舰只。6月21日上午，英国舰队离开斯卡帕湾进行训练演习；罗伊特于11:20在埃姆登号上向全体德国军舰下达了自沉命令。埃姆登号的自沉是在所有其余舰只之后才启动；然而由于埃姆登号的锚泊点紧邻海岸，英国人得以及时将其搁滩而避免沉没。在此之后，舰只被封存并拖曳至罗塞斯。1920年3月11日，埃姆登号被授予法国海军，但与其它作为的巡洋舰不同，她因进水和搁滩严重受损，法国人无法将其投入现役。相反，它被用作测试爆炸物的标靶，并最终于1926年在卡昂拆解报废。