En 2005-2006, il améliore sa fiche avec 81 points en 55 matchs. Les Olympiques sont menés par Claude Giroux qui score 103 points. Ils parviennent en demi-finale de la Coupe du Président. Après une quatrième place de la Division Est en saison régulières, ils passent les obstacles dressés par les Voltigeurs de Drummondville, les Saguenéens de Chicoutimi mais pas les Wildcats de Moncton, futurs vainqueurs qui remportent la série en cinq matchs. Krejčí caracole en tête des compteurs de son équipe avec 10 buts et 32 points en 17 matchs. Il est le quatrième pointeur de la ligue dans un classement mené par les 55 points par Aleksandr Radoulov. Il participe à son deuxième mondial junior. Il termine premier pointeur de sa sélection avec 6 points en autant de parties devançant son ancien coéquipier Petr Pohl qui évolue dorénavant au Titan d'Acadie-Bathurst après avoir été échangé. Mais les deux joueurs sont alignés sur le même trio. Le joueur des Olympiques s'offre un triplé lors de la victoire 5-3 face aux Slovaques. L'intégralité de ses points sont inscrits en phase de poule avant que les Américains ne battent l'équipe en quart de finale 2-1. Puis la Suède prend la cinquième place aux Tchèques 3-1.