1995'te Grigorovitch'in ayrılması ve Sovyet Sosyalist Cumhuriyetler Birliği'nin dağılmasından sonra kurum mali sorunlar yaşadı. Dans dünyasındaki üstünlüğü Mariinski Tiyatrosu'na geçmeye başladı. 2004 yılında sanat direktörü olarak Alexei Ratmansky'nin idaresindeki beş yılda Bolşoy Tiyatrosu yeni bir altın çağ yaşadı; ve güncel eserler ortaya koyup Bolşoy’un sadece bir klasik bale topluluğu olduğu imajını kırmak üzere çalışmalar yapıldı.