Tras la guerra, Morgenthau participó en la Conferencia de Paz de París de 1919 como consejero para el Este de Europa y el Medio Oriente, y más tarde trabajó con organismos de caridad relacionados con la guerra, como el Comité de Socorro para Oriente Medio, la Comisión para el Asentamiento de Refugiados Griegos y la Cruz Roja de Estados Unidos. En 1919, encabezó la misión gubernamental a Polonia que produjo el llamado "Informe Morgenthau". En 1933, representó a los Estados Unidos en la Conferencia de Ginebra.