Portugal lutava desde 1640 uma guerra contra a Espanha para restaurar sua independência depois de uma união dinástica entre as duas coroas ocorrida em 1580. Portugal recebia ajuda da França, porém acabou abandonado por seu aliado em 1659 após o Tratado dos Pireneus. As negociações de Portugal para o casamento de Carlos com Catarina de Bragança começaram durante o reinado de seu pai e, depois da Restauração, a rainha Luísa de Gusmão como regente reabriu as discussões que resultaram em uma aliança com a Inglaterra. Um tratado de casamento foi assinado em 23 de junho de 1661, com o dote de Catarina dando aos ingleses Tânger no norte da África e as sete ilhas de Bombaim na Ásia, privilégios comerciais no Brasil e nas Índias, liberdade religiosa e comercial em Portugal e dois milhões de coroas portuguesas; enquanto Portugal conseguiu apoio militar e naval contra a Espanha e liberdade religiosa para Catarina na Inglaterra. Ela viajou para Portsmouth entre os dias 13 e 14 de maio de 1662, porém foi visitada por Carlos apenas no dia 20. Os dois se casaram no dia seguinte em duas cerimônias – uma católica realizada em segredo e depois uma anglicana em público.