Politiken i kolonierna präglades i samma tid av att lokalbefolkningen behandlades sämre. 1904 startade Hereroupproret i Tyska Sydvästafrika vilket slutade i Folkmordet på herero- och namafolken sedan Lothar von Trotha drivit ut dem i öknen där 80 000 hereros dog och 10 000 namas. I Tyska östafrika skedde 1905-1906 Maji-Maji-upproret där 100 000 av ursprungsbefolkningen beräknas ha dött. Dessa händelser drev fram en debatt hemma i Tyskland om den tyska kolonialpolitiken och 1907 nyval till riksdagen handlade om koloniernas framtid. Det ledde till att förhållandena i kolonierna förbättrades.