Benannt wurde der Ort nach William Harris Wharton und John Austin Wharton, zwei Brüdern, die während der texanischen Revolution eine entscheidende Bedeutung erlangten. Aufgrund des fruchtbaren Bodens ließen sich Siedler in der Gegend nieder und betrieben Landwirtschaft. Im Jahr 1846 wurde Wharton zur Provinzhauptstadt bestimmt.