Le , Otto Merz conduit le comte Alexander von Boos-Waldeck dans la troisième voiture du cortège ouvert par François-Ferdinand à Sarajevo. Il se peut qu'il ait été un témoin privilégié de l'assassinat de l'archiduc par Gavrilo Princip. D'après l'histoire racontée plus tard, Merz réagit rapidement dès le premier coup de feu transportant l'archiduc jusqu'à la maison la plus proche. Toutefois, il y a eu ce jour là deux tentatives d'assassinat visant l'archiduc. La première émanait de Nedeljko Čabrinović, au passage du cortège celui-ci envoie une bombe à retardement de dix secondes sur la voiture du monarque. Quand le chauffeur de François-Ferdinand voit que quelque chose leur est lancé dessus, il accélère évitant tout dégât, tandis que la bombe roule sous les roues de la deuxième voiture, blessant sérieusement Von Boos-Waldeck, l'employeur de Merz et Eric von Merizzi. Ce n'est que plus tard dans la journée que Princip croise le cortège et fait feu sur l'archiduc et son épouse, les tuant tous deux. Indépendamment de la véracité de l'histoire, il semblerait qu'il ait été doté d'une grande force physique et qu'il ait pu arracher à mains nues des éléments de la carrosserie endommagée de sa Mercedes en 1929.