В начале 1995 года между движением и партией ДВР возникли противоречия по вопросу о войне в Чечне. В то время как ДВР во главе с Е. Гайдаром заняла резко антивоенную позицию, большинство руководства движения и часть его региональных организаций поддержали президента России Б. Ельцина. Во многом из-за этих разногласий сопредседатель Движения В. Давыдкин и член Политсовета движения Алексей Александров покинули парламентскую фракцию «Выбор России», контролируемую партией ДВР. После этого Политсовет движения решил разрешить депутатам-членам Движения состоять в любых фракциях при условии, если они будут по-прежнему придерживаться позиций «Выбора России».