その後、FIFAコンフェデレーションズカップ2003に出場したアルパイは、2003年10月のUEFA EURO 2004予選でのイングランド戦で相手のデビッド・ベッカムがPKを失敗した直後に挑発し、前半終了後も小競り合いを起こしたのを最後に代表から遠ざかっていたが、2005年9月3日にファティ・テリム新監督によって2006 FIFAワールドカップ・ヨーロッパ予選でのデンマーク戦で代表に呼び戻された。同大会プレーオフのスイス戦で4-2で勝利したものの、4-4のアウェーゴールによって2006 FIFAワールドカップ出場を逃すと、試合終了後に控室へ戻るトンネル内でメフメト・オズディレキ () 助監督が相手のヴァロン・ベーラミに足を掛けたのを皮切りに発生した乱闘に参加し、後にクラブで同僚となるマルコ・シュトレラーを蹴ったとしてFIFAから6試合の代表試合出場停止と1万5000スイス・フランの罰金の裁定を受けており、同試合が代表最後の試合となった。