Im März 1940 wurde die "Tübingen" für das Unternehmen "Weserübung" als Transporter der 1. Seetransportstaffel zugeteilt. Sie verließ am 6. April mit Truppen und Ladung Stettin und traf am Abend des 9. April mit den Transportern "Mendoza" (5193 BRT) und "Tijuca" (5943 BRT) in Stavanger ein. Nach einigen weiteren Fahrten wurde das Schiff der Reederei zurückgegeben. Mitte August wurde die "Tübingen" als Transporter "R 39" für das Unternehmen "Seelöwe" erfasst. Ab Dezember 1940 war die "Tübingen" wieder an der norwegischen Küste als Transporter im Einsatz.