La relativa libertà venne meno dopo la conquista angioina (Battaglia di Benevento (1266)). Francavilla divenne feudo dapprima dei Sangiorgio (1270), poi dei Sanseverino (1309). Sotto gli spagnoli venne data alla famiglia Hurtado de Mendoza la quale resse Francavilla fine alla fine della feudalità (1806). L'evento più drammatico in età moderna fu lo spaventoso terremoto del 1783 che distrusse completamente il paese. La ricostruzione fu motivo di controversie tra gli abitanti, c'era chi voleva riedificare il paese sulle macerie di quello andato perso e chi non approvava per paura questa idea, ma preferiva che il nuovo centro rinascesse nella pianura dello Ziopà ma così non fu. Dopo l'unificazione del Regno d'Italia, il paese assunse l'attuale denominazione, Francavilla Angitola.