Durante o seu mandato, escapou por um pouco de ser assassinado por Enver Paxá, líder da Revolta Basmachi. Com a rerganização da Ásia Central soviética na nova República Socialista Soviética Usbeque (RSS Usbeque) e a purga dos suspeitos de serem nacionalistas, entre 1923 e 1924, Khodzhayev tornou-se presidente do Comité Revolucionário e primeiro-ministro da RSS Usbeque a 5 de dezembro de 1924. A 17 de fevereiro de 1925 assumiu a presidência do Conselho de Comissários do Povo da RSS Usbeque e a 21 de maio do mesmo ano tornou-se membro do pela RSS Usbeque, quando esta foi formalmente aceite como membro da União Soviética. Porém, Khodzhayev opôs-se ao controlo apertado de Estaline sobre o seu país, especialmente na tema da monocultura de algodão.