Затем Кьесе работал в качестве тренера. В 1991 году возглавлял сборную Парагвая на Кубке Америки, в 1996 году привёл «Серро Портеньо» к чемпионскому титулу в Парагвае. Много раз возглавлял «Олимпию». В основном работал с парагвайскими командами, а в 1999 году тренировал клуб своего старшего брата, получившего мексиканское гражданство, «Америку».