Später, während des Argentinisch-Brasilianischen Krieges (1825–1828), wurde die Stadt zu einem Marinestützpunkt, da der wichtigste sichere argentinische Hafen, die Mündung des Río de la Plata, von brasilianischen Schiffen blockiert war. Die brasilianischen Truppen versuchten Carmen de Patagones einzunehmen, wurden aber am 7. März 1827 von bewaffneten Einwohnern zurückgeschlagen; an dieses Datum wird noch heute mit einem Fest in der Stadt erinnert. Die Stadt bewahrt zwei kaiserliche brasilianische Flaggen, die während der Schlacht erbeutet wurden, in der zentralen Kathedrale auf, die an der Stelle des ursprünglichen Forts steht, wo die Schlacht stattfand.