Nach Deutschland zurückgekehrt, wurde Müller im Oktober zum Abteilungschef im Allgemeinen Marine-Departement des Reichsmarineamtes ernannt und am 1. Oktober 1918 zum Kapitän zur See befördert. Nach dem Zusammenbruch des Kaiserreiches reichte Müller am 11. Januar 1919 seinen Abschied ein und zog zurück in seine Heimatstadt Blankenburg.