Il 27 maggio 1960, le forze armate con un golpe rovesciarono il governo del Partito Democratico e Celâl Bayar venne arrestato insieme al primo ministro Adnan Menderes e ad altri membri del Partito Democratico e del governo. Essi vennero processati davanti ad un tribunale speciale, nominato dalla giunta militare, nell'isola di Yassıada nel Mar di Marmara a partire dal giugno dello stesso anno. Il ministro degli interni Namık Gedik sfuggì al processo suicidandosi immediatamente dopo l'arresto, lo stesso giorno del colpo di stato. Celâl Bayar con altri 15 membri del Partito Democratico vennero processati per alto tradimento e violazione della costituzione e condannato a morte dal Tribunale Superiore di Giustizia il 15 settembre 1961. La sentenza venne eseguita nel carcere di İmralı mediante impiccagione per il primo ministro Menderes, per il ministro degli Esteri Fatin Rüştü Zorlu e per il Ministro delle finanze Hasan Polatkan, mentre per Celâl Bayar e altri 12 membri del Partito Democratico la pena venne commutata nel carcere a vita. Celâl Bayar venne rinchiuso nel carcere di Kayseri, ma venne rilasciato il 7 novembre 1964 a causa delle cattive condizioni di salute.