Macedonia a rămas liniștită de-a lungul Războaielor Iugoslave din anii 1990. S-au convenit câteva rectificări minore de frontieră cu Iugoslavia pentru a rezolva problemele cu linia de demarcație între cele două țări. Cu toate acestea, țara a fost grav destabilizată de Războiul din Kosovo din 1999, când aproximativ 360.000 de etnici albanezi s-au refugiat din Kosovo în Macedonia. Deși aceștia au plecat la scurt timp după război, naționaliștii albanezi de ambele părți ale frontierei au pus mâna pe arme la scurt timp, cerând autonomie sau independență pentru zonele Macedoniei populate majoritar de albanezi.