Dne 20. června 1990 vyhlásil Uzbekistán svou státní suverenitu, zůstával však nadále součástí federace Sovětského svazu. Plnou nezávislost vyhlásil 31. srpna 1991, po neúspěšném pokusu konzervativních komunistů o puč v Moskvě. Hned po vzniku se Uzbekistán stal členem Společenství nezávislých států. V čele republiky stanul generální tajemník místní komunistické strany Islam Karimov. Volby, které ho do křesla vynesly, byly označeny za nedemokratické. Hned po zvolení Karimov podporoval protiruské nálady v zemi; i kvůli tomu vypukly etnické nepokoje (v tomto období opustilo Uzbekistán na 2 milióny Rusů). V roce 1992 zakázal všechny opoziční strany a některé jejich vůdce poslal do vězení za protistátní aktivity.