После победы, одержанной британским флотом при Абукире, Томас Харди был назначен 4 августа 1798 года командиром 74-пушечного корабля «Вэйнгард» (). В июне 1799 года назначен командиром 80-пушечного корабля «Фудройянт» (), на котором участвовал в высадке морского десанта в Неаполе и перевозке короля Фердинанда IV с семейством в герцогство Тосканское. 13 октября того же года назначен командиром 32-пушечного фрегата «Принсесс Шарлотт» (), на котором вернулся в Англию.