Malczewski s-a născut în Radom, parte a Poloniei Congresului, controlată de către Imperiul Rus. În copilărie și primii ani ai adolescenței a fost foarte mult influențat de tatăl său Julian, un patriot polonez și activist social care l-a introdus în lumea literaturii romantice inspirată de Revolta din Noiembrie. De asemenea, dragostea față de frumusețea peisajului polonez și a folclorului au fost trezite în el de unchiul său, Feliks Karczewski unchiul său, care îl invita și pe viitorul romancier Adolf Dygasiński la moșia sa, pentru lărgirea viziunii tânărului Jacek.