בסוף מאי 2010 ארגן ה-IHH, יחד עם תנועת Free Gaza את המשט לרצועת עזה שמטרתו המוצהרת הייתה לשבור את הסגר על רצועת עזה, שהוטל בעקבות חטיפת גלעד שליט בידי החמאס וההכרזה על הרצועה כ"יישות עוינת". בבוקר 31 במאי, לאחר שהחלו הספינות להתקרב לחופי עזה, השתלטו לוחמי שייטת 13 וחיל הים של צבא ההגנה לישראל על הספינות בעודן מחוץ למים הטריטוריאליים של ישראל. חלק מנוסעי הספינות, ובעיקר הפעילים באונייה הגדולה במשט, "מאווי מרמרה", תקפו את החיילים בסכינים ובאלות, לקחו חלק מהם בשבי, תוך פציעתם, ולדברי צה"ל אף פתחו בירי אש חיה לעבר הלוחמים. החיילים השיבו באש ובמהלך האירוע נהרגו כ-9 מהפעילים שהיו על הספינה, כ-20 מהם נפצעו, וכן נפצעו גם 10 מלוחמי השייטת. ביוני 2011 הודיע הארגון כי לא ישתתף במשט השני לעזה שתוכנן לאותו חודש.