Le contre-amiral McMorris succède, en , au vice-amiral Spruance comme chef d'état-major du Commandant-en-Chef de la Flotte du Pacifique, et conseiller personnel de l'amiral Nimitz. Il gardera cette position pendant la campagne des îles Salomon en 1943, l'offensive des forces navales américaines dans le Pacifique central (Îles Gilbert et Marshall, îles Mariannes, îles Carolines occidentales, les Philippines) en 1944, Iwo-Jima et Okinawa en 1945, jusqu'à l'occupaton du Japon. Son action sera récompensée par une étoile d'or au lieu d'une seconde "Navy Distinguished Service Medal" .