2003 року очолив еквадорський «Аукас», а через рік національну збірну Еквадору, змінивши на цій посаді Ернана Гомеса. З ним команда вдруге в своїй історії пробилася на чемпіонат світу. На мундіалі в Німеччина Еквадор вийшов з групи, але програв у 1/8 фіналу Англії. Наступного року на Кубку Америки еквадорці виступили погано, програвши всі три матчі. Але Луїс Суарес не покинув команду, пообіцявши покращити результати. У відбірковому циклі на Чемпіонат світу 2010 року Еквадор програв три стартові матчі з загальним рахунком 1:11. Після цього Суареса звільнили і він повернувся в «Депортіво Перейра».