Byen fikk en del skader på bygninger og tap i befolkningen under krigen, men ble i stor grad spart for effektene av den greske borgerkrigen (1946–1949). Kommuniststyrkene i og rundt byen var liten og løselig organisert, noe som førte til at de ikke var større kamper i området. Ved freden kunne Alexandroupoli vokse fra en by med 16 332 innbyggere i 1951 til en by med 57 812 innbyggere i 2011.