高等軍事研究院の卒業生は1989年12月のパナマ侵攻（ジャスト・コーズ作戦）で最初の活躍を見せた。計画作成の中心となった卒業生7名は「精緻な戦闘予行を作り上げ、一撃で50コ目標を同時に打撃するような複雑な計画を首尾良く実行した。」第10代研究院長ケビン・ベンソン大佐は「陸軍と高等軍事研究院は戦闘の試練に直面したが、高度な教育を受けた卒業生は見事にその試験に合格した。」と述べた。パナマ侵攻の後、陸軍指導部は研究院に新たな任務を与えた。1990年代初頭、陸軍指導部は研究院に対して陸軍のドクトリンの策定を支援するように求めた。1990年-1993年、トーマス・E・ミッチェル中将、ジェームズ・マクドナー大佐（第5代院長）及び高等軍事研究院の構成員はチームを組み、陸軍のドクトリン教範100-5「作戦」を改訂した。