Depois dos jogos de Sydney, não mais a atleta nortenha conseguiu medalhar em grandes competições internacionais. Os Europeus de Munique, em 2002 e os Mundiais de Paris, em 2003, acabaram em desistência nos 10000 metros. Na capital alemã, as lesões acabaram por impedir um desfecho melhor, com o abandono à passagem da meia légua, devido a problemas gástricos. No dia seguinte, não recuperada do problema, a atleta também desistiu de participar nos 5000 metros. Um ano depois, foi o tendão de Aquiles a condicionar a prova da fundista, que desistiu à passagem da 11.ª volta da prova. Em 2004 deu-se a quinta participação de Fernanda Ribeiro nos Jogos Olímpicos. Não houve desta vez espaço para um brilharete e a possibilidade de conquista de uma medalha era já pouco mais que um sonho distante. Foi sem surpresa que se deu a desistência nos 10000 metros em Atenas, quando ia completamente afastada dos lugares da frente (16º Lugar a sete voltas do final), naquela que foi a despedida da campeã olímpica das provas de pista, ao mais alto nível. Pouco tempo depois da despedida olímpica, Fernanda Ribeiro transferiu-se para o Valencia Terra i Mar. Esta que foi a sua primeira aventura no estrangeiro, durou até 2008, ano em que a equipa espanhola se sagrou campeã da Europa de corta-mato, por clubes, no sector feminino. Como individual, e já com 39 anos, a portuguesa apostou na maratona, depois de falhar o acesso à sua sexta participação nas Olimpíadas.. A aposta não deu os frutos pretendidos, pois nos Europeus de Barcelona, em 2010, a campeã portuguesa não aguentou o elevado ritmo da prova e foi forçada a abandonar.