ניקולאי עלה לשלטון ב־1 בנובמבר 1894, וזמן קצר לאחר מכן נישא לנסיכה אליקס (ששינתה את שמה לאחר מכן ל"אלכסנדרה פיודרובנה"). היו להם חמישה ילדים: אולגה, טטיאנה, מריה, אנסטסיה, ואלכסיי. כמו כל הצארים בני משפחת רומנוב נחשב לשליט בחסד האל. בחגיגות הכתרתו במוסקבה ב-1896, נרמסו אנשים רבים למוות בעת שניסו לקבל מתנות מהצאר החדש. לניקולאי נודע על האסון מאוחר יותר באותו יום, והוא ביקש לבטל את כל החגיגות, אך שוכנע שלא לעשות זאת על ידי קרוביו ויועציו. רבים ראו את האסון כסימן רע. האירוסין שלו לנסיכה אליקס הקדימו אך במעט את מות אביו, והחתונה שלו הייתה זמן קצר לאחר הלוויה. ניקולאי, אדם חלש ורדוף אמונות תפלות, שראה בכל האסונות האלה אותות מבשרי רע, עמד בפני המשימה הקשה של שלטון באימפריה הרוסית בזמן של מהומה רבתי.