Во время Первой мировой войны семья переехала в Лондон, где отец Фрэнсиса служил в военном министерстве. В 1918 году они вернулись в Ирландию, однако там началась сначала война за независимость, а затем гражданская война. Это вынудило их постоянно менять место жительства. Из-за частых переездов, начальное образование Фрэнсиса ограничилось лишь двумя годами в школе Дин Клоуз в Челтнеме. Отец Бэкона, человек строгих нравов и пуританской морали, воспитывал сына сурово. Как вспоминал сам художник впоследствии, он заставлял его кататься верхом, хотя знал, какой губительный эффект оказывает присутствие рядом с Бэконом, страдающим хронической астмой, лошадей и собак. В 1926 году отец изгнал Фрэнсиса из дома после того, как застал его наряжающимся в одежды матери. Бэкон переехал в Лондон, где жил на 3 фунта в неделю, посылаемые ему матерью, а также перебивался случайными заработками.