Jihoněmecké tažení na hlavním bojišti nebylo šťastné. Již v květnu Napoleon obsadil Vídeň. Krátce nato byl sice poražen v bitvě u Aspern, ale 5. a 6. července 1809 porazil Rakušany v rozhodující bitvě u Wagramu. Znojemské příměří ukončilo mírová jednání a 12. července 1809 se Rakousko vzdalo Tyrolska. Hlavní odpovědný ministr Stadion byl nahrazen Metternichem.