Nach seinem Rücktritt wandte er sich den Konföderierten zu und wurde am 24. Februar 1861 in Montgomery (Alabama) zum Präsidenten der Verfassunggebenden Versammlung des neuen Staatenbundes gewählt. Am 13. Februar 1862 wurde er Brigadegeneral und am 9. September 1863 Generalmajor. Seine Brigade spielte eine wichtige Rolle im Kampf um Crampton Gap während der Schlacht am South Mountain am 14. September 1862. Am 20. April 1864 wurde er bei Macon von Unionstruppen gefangen genommen und als Kriegsgefangener inhaftiert. Er starb vier Jahre später in New York und wurde in Athens beigesetzt.