Vanaf de 18e eeuw begon de slavenhandel en daarmee ook het aantal Afro-Mexicanen af te nemen. De invoer van slaven naar Mexico was nooit zo groot geweest als bijvoorbeeld in het Caribisch gebied, de Verenigde Staten of Brazilië, en bij het uitbreken van de onafhankelijkheidsoorlog in 1810 was ongeveer 0,3% van de bevolking slaaf. Hopend op gelijkheid tussen de rassen sloten veel Afro-Mexicanen zich aan bij de Mexicaanse Onafhankelijkheidsoorlog, en rassengelijkheid en afschaffing van de slavernij waren enkele van de politieke speerpunten van de onafhankelijkheidsstrijders. Enkele van de meest vooraanstaande onafhankelijkheidsstrijders waren van deels Afrikaanse afkomst, waaronder José María Morelos en Vicente Guerrero. Bij de proclamatie van de republiek in de Mexicaanse grondwet van 1824 werd de slavernij officieel afgeschaft. De laatste slaven werden vrijgelaten in 1829 in opdracht van Guerrero, die de eerste zwarte president van het land was geworden. Aangezien slavernij in Mexico verboden was, werd het land een aantrekkelijk vluchtoord voor slaven uit de Verenigde Staten, en ook veel Afro-Seminolen vluchtten naar Mexico. Het verbod op slavernij was een van de belangrijkste oorzaken van het uitbreken van de Texaanse Onafhankelijkheidsoorlog en later de Amerikaans-Mexicaanse Oorlog.