동부 지역에서 남군이 북군과 피 흘리는 교착 상태를 지속하는 동안, 서부 지역에서는 북군이 큰 승리를 거두고 있었다. 당초 남군이 스프링필드 근처의 윌슨 크릭 전투에서 승리를 거두었음에도 불구하고, 미주리 주에서 남군의 반란은 1863년까지 연방 정부를 힘들게 했다. 페리빌 전투 이후 남군은 켄터키에서도 쫓겨났으며, 결과적으로 북군의 큰 승리가 되었다. 링컨은 한때 켄터키에 관해 “나는 켄터키를 잃는 것이 전쟁 자체를 지는 것이라고 생각한다”라고 편지를 썼다. 미시시피 주 빅스버그의 함락으로 북군은 미시시피 강을 지배했고, 남군의 영토를 2개로 분할했다. 윌리엄 셔먼이 채터누가와 애틀랜타에 승리를 거두자 남군은 셔먼 군의 조지아와 남북 캐롤라이나의 파괴할 병력을 거의 남기지 못해다. 1862년 이른바 다코타 전쟁이 미네소타에서 발발하였다.