2018 eröffnete Anderson mit dem Animationsfilm "Isle of Dogs – Ataris Reise" die 68. Internationalen Filmfestspiele Berlin, der in einem Japan der Zukunft angesiedelt ist. Der Film stellt den zwölfjährigen Pflegesohn eines korrupten Bürgermeisters in den Mittelpunkt, der sich auf die Reise zu einer riesigen Mülldeponie begibt, auf die durch einen Regierungserlass alle Hunde der Stadt verbannt wurden. "Isle of Dogs – Ataris Reise", mit u. a. Bryan Cranston, Edward Norton, Liev Schreiber, Bill Murray, Bob Balaban, Jeff Goldblum, Scarlett Johansson, Ken Watanabe, Greta Gerwig, Frances McDormand und Yoko Ono in Sprechrollen, brachte ihm auf der Berlinale den Preis für die beste Regie ein.