Zaginął 20 września 2002 r. w Osetii Północnej podczas kręcenia filmu "Łącznik" w Przełęczy Karmadońskiej na skutek zejścia lawiny. Ze zboczy oderwał się lodowiec i zsunął się 33 km w dół wąwozu. Tragedia wydarzyła się już po drugim dniu pracy na planie. Ciała Siergieja Bodrowa nigdy nie odnaleziono. Miał żonę Swietłanę oraz dwójkę dzieci. Śmierć bożyszcza młodego pokolenia została uznana przez Rosjan za najważniejsze wydarzenie 2002 r. po ataku terrorystycznym na Dubrowce, gdzie zginęło 165 osób.