Entre 1925 e 1930 foi a capital da República Socialista Soviética Usbeque, até ser substituída por Tasquente. Durante a Segunda Guerra Mundial, depois da Alemanha ter invadido a União Soviética, muitos cidadãos de Samarcanda foram enviados para Smolensk para lá combaterem. Muitos deles foram pelos nazis. Na mesma altura, milhares de refugiados das regiões ocidentais da União Soviética fugiram para Samarcanda, que foi um dos principais destinos de fuga de civis na República Soviética Usbeque e do resto da União Soviética.