В ночь поджога рейхстага, 28 февраля 1933 года, Клебер был арестован как видный коммунист, но вскоре благодаря хлопотам жены освобожден. После этого супруги с помощью родственников из промышленных кругов тайно бежали из Германии в Чехословакию, а оттуда — в швейцарский город Карона в кантоне Тичино. Однако швейцарские власти поставили условием пребывания Клебера в стране отказ от дальнейших публикаций. Пара жила на доходы от своего маленького хозяйства, а также на заработок Лизы Тецнер от преподавания в Базеле. В 1938 году Клебер, несогласный со сталинизмом, вышел из КПГ. Из-за тяжелых условий эмиграции, проблем со здоровьем и утраты своей многолетней мировоззренческой базы он испытал психический кризис. Чтобы занять себя, он помогал в работе жене, продолжающей писать детские книги.