Arrivé dans l'île Lobau le , il expulse l'ennemi des plaines d'Essling le 5 et prend position sur la Nesselbach. Le , jour de la bataille de Wagram, il paralyse par des charges multiples les tentatives de la cavalerie autrichienne pour se rapprocher du Danube. C'est dans l'un de ces combats qu'à la tête du de chasseurs, il met en déroute un régiment de dragons dont le colonel, enlevé par lui de son cheval, est fait prisonnier. Balayant ensuite la route de la Taya, il refoule l'ennemi sur les hauteurs de Znaïm et, comme à Tilsitt, y reçoit les premières propositions d'un armistice qui amène la conclusion du traité de Schönbrunn (). Les hostilités ayant cessé, le général Pajol est appelé à prendre le commandement de la cavalerie qui se trouve à Dantzig et sur la ligne de la Vistule. Trois mois après, il obtient un congé.