En 2014, il chute lors de Gand-Wevelgem, ce qui lui provoque une fracture à une clavicule avec arrachement ligamentaire. Il doit subir une opération chirurgicale. Malgré cette blessure, Greipel obtient seize victoires lors de la saison, étant le coureur le plus victorieux sur le plan quantitatif de la saison sur l'ensemble des courses de l'UCI World Tour et des circuits continentaux. Cependant, au niveau World Tour, Greipel est moins victorieux que d'autres sprinteurs tels Marcel Kittel ou Nacer Bouhanni. À la fin de la saison 2014, le contrat qui le lie à son employeur est prolongé pour l'année suivante.