தைமூர் மற்றும் ஜென்னிஸ் கான் ஆகியோரின் வம்சத்தை சேர்ந்த பாபர் 16 ஆம் நூற்றாண்டில், பெர்கானாப் பள்ளத்தாக்கில் (நவீனகால உஸ்பெகிஸ்தான்) இருந்து கைபர் கணவாயைக் கடந்து வந்து முகலாய சாம்ராஜ்ஜியத்தை தோற்றுவித்தார், இவரின் மரபினர் தற்கால இந்தியா, ஆப்கானிஸ்தான், பாக்கிஸ்தான், வங்கதேசம் உள்ளிட்டப் பகுதிகளை ஆண்டனர். இந்த மொகலாயர்கள் பாரசீகமயமான மத்திய ஆசிய துருக்கியர்களிடமிருந்து (குறிப்பிடத்தக்க மங்கோலிய குருதிக் கலப்போடு) வந்தனர். முகலாயர் காலத்தில், உத்தரப்பிரதேசம் பேரரசின் மையப்பகுதியாக மாறியது. முகலாய பேரரசர்களான பாபர் மற்றும் ஹுமாயூன் ஆக்ராவில் இருந்து ஆட்சி செய்தனர். 1540-ல் ஆப்கானிஸ்தானைச் சேர்ந்த சேர் சா சூரி முகலாய அரசான உமான்யூனை தோற்கடித்தது உத்திரப்பிரதேசத்தின் ஆட்சியைக் கைப்பற்றினார். சேர் சா சூரி மற்றும் அவரது மகன் இஸ்லாம் ஷா ஆகியோர் உத்திரப் பிரதேசத்தை குவாலியரை தலைநகராக கொண்டு ஆட்சி செய்தனர். இஸ்லாம் ஷா சூரி இறந்த பிறகு, அவருடைய முதலமைச்சரான ஹெமு, உத்திரப்பிரதேசம், பீகார், மத்தியப் பிரதேசம், வங்காளத்தின் மேற்கு பகுதி ஆகியவற்றின் ஆட்சியாளராக ஆனார். தில்லியில் உள்ள புராணா கிலாவில் விக்ரமாதித்யன் என்ற பட்டத்துடன் முடிசூட்டிக் கொண்டார். ஹெமு இரண்டாம் பானிபட் போரில் இறந்த பின்னர், உத்தரப் பிரதேசம் அக்பர் ஆட்சியின் கீழ் வந்தது. அக்பர் ஆக்ரா மற்றும் ஃபதேபூர் சிக்ரி ஆகியவற்றிலிருந்து ஆட்சி செய்தார். 18 ஆம் நூற்றாண்டில், முகலாயர்களின் வலிமை குன்றிய காலகட்டத்தில், அதிகார வெற்றிடத்தை மராத்தியப் பேரரசு நிரப்பப்பியது. 18 ஆம் நூற்றாண்டின் மத்தியில், மராத்தா படைகள் உத்தரப்பிரதேசத்தின் மீது படையெடுத்தன, இதன் விளைவாக ரோகில்கண்டின் கட்டுப்பாட்டை ரோஹிலாக்கள் மராத்திய ஆட்சியாளர்களான ரகுநாத் ராவ் மற்றும் மல்கர் ராவ் ஓல்கர் ஆகியோரிடம் இழந்தனர். மராட்டிய தளபதி மகாதாஜி சிந்தியாவால் நஜீப்-உத்-துளையின் பேரனான குலாம் காடிர் 1788 திசம்பர் 18 அன்று தோற்கடிக்கப்பட்டு கைது செய்யப்பட்டதுடன் ரோஹிலாஸுக்கும் மராட்டியர்களுக்கும் இடையிலான மோதல் முடிவுக்கு வந்தது. 1803 ஆம் ஆண்டு இரண்டாம் ஆங்கில மராத்தா போரைத் தொடர்ந்து, பிரிட்டிஷ் கிழக்கிந்திய கம்பெனி மராட்டியப் பேரரசை தோற்கடித்தபின்னர் அப்பகுதியில் பெரும்பகுதி பிரித்தானிய ஆட்சியின் கீழ் வந்தது.