Abt Dominikus Tschudi veranlasste 1647 die Überführung der Reliquien des Katakombenheiligen Leontius von Rom nach Muri. Daraufhin war das Kloster ein viel besuchter Wallfahrtsort. Während des Dreissigjährigen Kriegs fanden wiederholt Mönche aus befreundeten süddeutschen Klöstern in Muri Zuflucht. 1656 wurde der Kirchenschatz während des Ersten Villmergerkriegs aus Angst vor Plünderungen vorübergehend nach Luzern gebracht. 1651 erwarb Tschudi für die Abtei die Herrschaft Klingenberg bei Homburg im Thurgau. Die Innerschweizer Schirmorte hatten ihn dazu aufgefordert, damit die zum Verkauf stehende Herrschaft in katholischen Händen blieb. Die Abtei, die nun dem Gerichtsherrenstand im Thurgau angehörte, musste zur Finanzierung der Transaktion eine Anleihe aufnehmen, deren Rückzahlung sich über mehrere Jahrzehnte erstreckte.