Su liderazgo se mostró fatídico. Su antipatía por la democracia y el "librepensamiento anticlerical checo" le convirtió en un peón clave para Hitler que trataba de desmembrar la república para absorber posteriormente sus territorios. Los fiscales de Núremberg acusaron a "la jefatura del partido del padre Hlinka" de estar a sueldo de los nacionalsocialistas. Hlinka murió en 1938, antes de poder comprobar que su actuación en la política checoslovaca ayudó a Hitler a comenzar la guerra.