История старейшей лютеранской церкви в России и её общины начинается во второй половине XVI века. Ливонская война (1558—1583) послужила одним из факторов, весьма увеличивших число протестантов в России. Около трех тысяч пленных, захваченных уже в первый год после взятия Дерпта, было отправлено в Россию. Вместе с ними в 1558 году прибыл и первый лютеранский проповедник Тиман Бракель, ставший пастором в 1560—1565 годах первой созданной общине. Пленные лифляндцы поселились на берегу реки Яуза на окраине Москвы, где община проводила совместные молитвы, но отдельного помещения изначально не имела. Затем в 1575—1576 годах в Старой Немецкой слободе была возведена небольшая деревянная лютеранская церковь, без колокольни и колоколов, но уже в 1580 году по приказу Ивана Грозного церковь и дома иностранцев были разрушены опричниками, а их жители изгнаны на улицу. Это была месть царя лифляндцам за переход короля Ливонии Магнуса на сторону противника России — Стефана Батория, короля польского, под предлогом спекуляции иностранцами водкой. В 1584 году за городом была возведена новая церковь.