第二次世界大戦中の1942年に、大聖堂はナチスの親衛隊大将・警察大将でベーメン・メーレン保護領副総督を務めていたラインハルト・ハイドリヒの暗殺作戦（エンスラポイド作戦）を決行したチェコとスロヴァキアの愛国者達の最後の舞台となった。6月18日に、激しい銃撃戦の後、彼らは捕まる事を避けて自決した。現在、教会内には国家的英雄とされる彼らのために設けられた博物館がある。ナチス側はハイドリヒの代理であったカール・フォン・フィッシャー＝トロイエンフェルト親衛隊中将が追撃隊の指揮を執る熱の入れようであった。