Après la reconquête de Constantinople en 1261, le mégaduc devient de nouveau le chef de la marine byzantine et c'est un poste de haut rang (le  rang après celui d’empereur), entre celui de protovestiaire et celui de protostrataire. Il est parfois conféré à des étrangers au service de l’empire, le plus connu d’entre eux étant l’Italien Licario qui reprend de nombreuses îles de la mer Égée pour le compte de l’empereur Michel VIII ; Roger de Flor, le chef de la compagnie catalane, occupe aussi ce poste au début du . À partir du milieu du , le poste est parfois conféré en même temps que celui de "mesazon" (le chef du secrétariat impérial). Alexis Apokaukos est de ceux-là et fait partie des leaders du gouvernement impérial lors de la guerre civile de 1341-1347 comme soutien de Jean V Paléologue contre Jean VI Cantacuzène (1347 – 1354). Le dernier et peut-être le plus connu des mégaducs et mésazons est Lucas Notaras, qui sert Constantin XI Paléologue jusqu’à la chute de Constantinople.