Высшим достижением в составе «красных дьяволов» у Шмейхеля была победа в финальном матче Лиги чемпионов 1999 против мюнхенской «Баварии». Петер, несмотря на пропущенный быстрый гол, несколько раз выручал свою команду, а на последних минутах встречи даже вбежал в штрафную площадь противника и своими действиями помог сравнять счёт, что в конечном итоге принесло победу манкунианцам. После игры Петер Шмейхель и сэр Алекс Фергюсон вместе подняли Кубок Лиги Чемпионов.