У сезоні 2006/07 років Флавіу виграв свій другий єгипетський чемпіонський титул і став найкращим бомбардиром першості (17 голів). У 2007 році він виграв у складі «Аль-Аглі» ще три кубкових трофея: Кубок і Суперкубок Єгипту і Суперкубок КАФ. А ось виграти третю поспіль Лігу чемпіонів КАФ «Аль-Аглі» не зумів, поступившись у фіналі туніському «Етуаль дю Сахель» (0:0; 1:3). У 2008 році «Аль-Аглі» і один з найкращих його гравців Флавіу в черговий раз виграли чемпіонат, Кубок і Суперкубок Єгипту, а також Лігу чемпіонів КАФ. На Кубку африканських націй 2008 Ангола вийшла з групи, а в чвертьфіналі поступилася єгиптянам (1:2), в складі яких була велика кількість товаришів Флавіу по «Аль-Аглі»; Флавіу носив на турнірі капітанську пов'язку і відзначився 1 голом, двічі відзначився його партнер по атаці Манушу з «Манчестер Юнайтед». Нарешті, в грудні 2008 року Флавіу взяв участь в своєму третьому клубному чемпіонаті світу. На цей раз, як і в 2005 році, єгиптянам не вдалося вийти в півфінал.