W 1946 w Grecji wybuchła wojna domowa, w trakcie której kontynuował działalność polityczną jako zwolennik lewicy, przez co w ciągu trzech lat został kilkakrotnie aresztowany i poddany okrutnym torturom. W końcu został zesłany na wyspy Ikaria oraz Makronisos, gdzie prawie zakatowano go na śmierć. Prócz tego dwa razy zakopano go żywcem. Do końca wojny w 1948 roku wiele czasu zmuszony był żyć w ukryciu, jednocześnie starając się przez cały jej okres kontynuować i rozwijać swoją działalność związaną z muzyką i komponowaniem; zainteresował się muzyką ludową oraz popularną muzyką grecką – rebetiko. Wtedy, na Makronisos, powstała też jego pierwsza symfonia. Pomimo represji, jakich doznał wskutek swych lewicowych poglądów, po odzyskaniu wolności dążył do godzenia wrogich sobie stron konfliktu.