Ως Πατριάρχης υποστήριξε τη μετανάστευση των Ελλήνων στην Αίγυπτο με την παράλληλη εύνοια του αναμορφωτή της χώρας Μωχάμετ Άλη. Τον Οκτώβριο του 1819, όντας άρρωστος, πήγε στην Πάτμο για να αναρρώσει. Εκεί μυήθηκε στη Φιλική Εταιρεία. Μετά την κήρυξη της Επανάστασης ύψωσε στην Πάτμο τη σημαία της ανεξαρτησίας, στις 12 Απριλίου 1821, εκφωνώντας φλογερό λόγο για να εμψυχώσει τους Πάτμιους για τον υπέρ πατρίδος Αγώνα. Παρέμεινε δε στην Πάτμο καθόλη τη διάρκεια του εθνικού αγώνα.