Cuộc đảo chính lật đổ gia đình họ Ngô không đem lại sự ổn định tại miền Nam Việt Nam khi mà các tướng lĩnh Sài Gòn đầy tham vọng bước vào cuộc nội chiến tranh giành quyền lực chính trị. Dương Văn Minh bị chỉ trích là quá thân Pháp, thờ ơ trong việc điều hành đất nước, còn những nhân vật đứng đầu chính phủ như Thủ tướng Nguyễn Ngọc Thơ thì bị cáo buộc là "công cụ" của chính quyền quân sự. Ngày 30 tháng 1 năm 1964, Trung tướng Nguyễn Khánh dưới sự hỗ trợ của Hoa Kỳ đã tiến hành binh biến không đổ máu đoạt chính quyền. Nguyễn Khánh thế chỗ Dương Văn Minh làm chủ tịch Hội đồng Quân nhân Cách mạng, tuy nhiên vẫn giữ ông Minh làm quốc trưởng trên danh nghĩa do uy tín của ông này trong quân đội vẫn còn quá lớn. Sau cuộc chỉnh lý, Nguyễn Văn Thiệu trở thành Tham mưu trưởng liên quân. Tháng 8 năm 1964, cảm thấy đã đến lúc có thể nắm quyền hành tuyệt đối, Nguyễn Khánh ban bố tình trạng khẩn cấp trên phạm vi toàn quốc, ngăn cấm biểu tình, tái lập kiểm duyệt báo chí, tăng quyền hạn cho cảnh sát, cho phép họ có quyền khám xét và bắt bớ người tùy ý. Nguyễn Khánh ban hành Hiến chương Vũng Tàu – một hiến pháp trao cho ông ta quyền lực của tổng thống. Tuy nhiên, hành động này chỉ khiến Nguyễn Khánh thêm phần suy yếu khi rất đông sinh viên, tăng ni, Phật tử, và đối thủ chính trị đã xuống đường biểu tình phản đối hiến chương mới, kêu gọi chấm dứt tình trạng khẩn cấp và khôi phục lại chính phủ dân sự.