Vuonna 1989 Serbian presidentiksi valittu Slobodan Milošević otti autonomiset Kosovon ja Vojvodinan suoraan hallintoon, mikä sai albaanit ryhtymään vaatimaan eroa Serbiasta. Vuosina 1991–1992 Slovenia, Kroatia, Bosnia ja Hertsegovina ja Makedonia erosivat Jugoslaviasta, johon jäljelle jääneet osavaltiot Serbia ja Montenegro julistivat uuden valtion, Jugoslavian liittotasavallan. Bosnian sota päättyi 1995 Daytonin sopimukseen. Miloševićista tuli 1997 Jugoslavian presidentti ja hän pysyi vallassa huolimatta siitä että hänen Serbian sosialistisella puolueellaan ei ollut enemmistöä liittovaltion- tai Serbian parlamenteissa, mutta se piti silti hallussaan kaikki merkittävät tehtävät.