V březnu 2013 oznámil, že má v úmyslu zůstat u McLarenu. Jeho novým týmovým kolegou se stal Sergio Pérez. Button kritizoval Pérezův styl závodění. Do Grand Prix Austrálie se kvalifikoval na desátém místě a závod dokončil na devátém místě. Po závodě přiznal, že nechápe, jak špatně se auto v závodě chovalo. V Malajsii startoval sedmý, ale těsně před koncem závodu odstoupil. Buttonovým nejlepším výsledkem bylo čtvrté místo při posledním závodě Grand Prix Brazílie. Skončil na 9. místě se 73 body.