En 1999, como preludio de la campaña militar de la OTAN, Milutinović fue el líder del grupo de negociación del gobierno yugoslavo en la Conferencia de Rambouillet. Aunque gozaba de relativa independencia, su política estuvo marcada por las directrices de Milošević, que en julio de 1997 se había convertido en Presidente de la República Federal Yugoslava.