Nach dem „Anschluss“ Österreichs an Nazideutschland 1938 weigerte sich Camillo Wiethe, sich von seiner Ehefrau Eugenie scheiden zu lassen, die nach den Nürnberger Gesetzen als Jüdin galt. Er musste infolgedessen seine Lehrbefugnis zurücklegen und wurde 1940 von der Universität Wien vertrieben. Nur seine unbezahlte Lehrtätigkeit an der Staatsakademie für Musik und darstellende Kunst, wo er das Nebenfach Physiologie und Psychologie des Gesangsapparates unterrichtete, konnte er in der Nazizeit noch fortsetzen. Bis zum Ende des Zweiten Weltkriegs beschränkte er sich auf die Arbeit in seiner privaten Praxis in der Reichsratsstraße.