Roku 1878 se v souladu s Berlínským kongresem, resp. jeho politickými závěry, stalo město, spolu s celou Bosnou a Hercegovinou, součástí Rakousko-Uherska. Příchodu rakouské armády místní obyvatelstvo vzdorovalo, někdy i se zbraní v ruce. Mnozí Zvorničané bojovali proti Rakušanům v Tuzle, kde rovněž vypukly ozbrojené střety. Rakousko-uherská správa zavedla evropské vzdělání (první gymnázium bylo otevřeno v roce 1886 a pomohla s rozvojem infrastruktury, převážně cest a železnic. Vznikly nové budovy v evropském stylu, mezi které patří např. současná radnice, knihovna, dům důstojníků, vojenská nemocnice, četnická stanice, několik základních škol a náboženských objektů, kostelů apod.