בתחרות שנערכה בריימס שבצרפת ב-25 ביולי 2006 זכה מגידי במדליית כסף בריצת 3000 מכשולים בשיא ישראלי חדש של 8:28.38 דקות. שבועיים לאחר מכן, באליפות אירופה שנערכה בגטבורג שבשוודיה, סיים מגידי במקום 11 בריצת 3000 מטר מכשולים בתוצאה של 8:52.69 דקות ובכך היה לאצן הישראלי הראשון שמעפיל לגמר אליפות אירופה. בשלב חצי הגמר, ב-9 באוגוסט, הוא קבע שיא ישראלי חדש של 8:25.04 דקות ועלה מהמקום השלישי.