סלע המחלוקת העיקרי היה הדרישה של הכנסייה הגולה מכנסיית מוסקבה להכיר במשפחת רומנוב כבעלת זכות שלטונית ולגנות את רצח משפחת הצאר. בשנת 2000 התכנס סינוד הכנסייה הרוסית והחליט להפוך לקדושים את הצאר ומשפחתו. כן הביעה הכנסייה הגולה חשש מנטיית פטריארכיית מוסקבה לאקומניות (הבנה בין-כנסייתית, בעיקר עם הקתולים).