A l'octubre de 1956, Mikoian va ser enviat a Hongria per reunir informació sobre la crisi causada per la revolució contra el govern. Juntament amb Mikhaïl Suslov, Mikoian es mogué en un transport blindat de personal per Budapest, a causa dels tiroteigs pels carrers. Envià un telegrama a Moscou, informant de les seves impressions de la situació: "Tenim la impressió que especialment Ernő Gerő, però també la resta de camarades, estan exagerant la força de l'oponent i subestimant la seva pròpia força". Mikoian s'oposà enèrgicament a la decisió de Khrusxov i del Politburó a emprar tropes soviètiques, creient que destruiria la reputació internacional de la Unió Soviètica, aconsellant en canvi que s'apliqués una "intimidació militar" i una pressió econòmica.