Efter Japans kapitulation upprättades en Krigsförbrytardomstol för Fjärran östern liknande den i Nürnberg, och också kejsaren riskerade att ställas inför rätta. Som hans närmaste man verkade nu Kido för att rädda kejsarens person och ära och framlade för domstolen de s.k. "Kidodagböckerna". Dessa dokument frikände kejsaren från ansvar i kriget, men skuldbelade å andra sidan många höga militärer vilket ledde till stark kritik från dessa, som i flera fall fälldes för krigsbrott av högsta klassen. Även Kido dömdes som krigsförbrytare av "klass A" till livstids fängelse, och han blev den siste att besitta sitt ämbete.