En 1808, Stevenson se convirtió en secretario privado de Manuel Ruiz Urriés de Castilla, presidente y capitán general de Quito, en donde, en el estallido de la Guerra de la Independencia de Ecuador, se unió a los insurgentes. En diciembre de 1810 fue nombrado gobernador de Esmeraldas con el título de teniente coronel. En 1818, Lord Cochrane llegó a América del Sur y, al convertirse en ciudadano chileno, tomó el mando de la marina chilena en la Guerra de la Independencia de Chile. Stevenson se convirtió en su secretario y participó en muchas de sus operaciones navales.