Алонсо начал карьеру в главной команде своего родного региона Гипускоа — «Реал Сосьедаде», дебютировав за клуб в 1999 году. В &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%98%D1%81%D0%BF%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%202000/2001"&gt;сезоне 2000/01&lt;/a&gt; Хаби на правах аренды перешёл в клуб второго дивизиона «Эйбар» на полгода. Вернувшись из аренды, Алонсо стал игроком основы. В &lt;a href="%D0%A7%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%B0%D1%82%20%D0%98%D1%81%D0%BF%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B8%20%D0%BF%D0%BE%20%D1%84%D1%83%D1%82%D0%B1%D0%BE%D0%BB%D1%83%202001/2002"&gt;сезоне 2001/02&lt;/a&gt; баск забил свой первый гол. В следующем сезоне Алонсо сыграл ключевую роль в завоевании серебряных медалей чемпионата, благодаря чему клуб сумел квалифицироваться в Лигу чемпионов. Сезон 2003/04 стал для Хаби последним в составе «Сосьедада». Летом 2004 года Алонсо перешёл в «Ливерпуль» за 10,5 млн £. В первом своём сезоне в составе «красных» испанец выиграл Лигу чемпионов. В сезоне 2005/06 Хаби завоевал ещё два трофея: суперкубок Европы и кубок Англии. В последующие три сезона на «Энфилде» испанец выиграл суперкубок Англии, а также дошёл до финала Лиги чемпионов и завоевал серебряные медали чемпионата Англии. В летнее трансферное окно 2009 года Алонсо за 30 млн € перешёл в мадридский «Реал», где стал обладателем Лиги чемпионов, чемпионата и суперкубка Испании, а также двукратным победителем кубка Испании. В 2014 году, после пяти лет проведённых в составе «Реала», Хаби перешёл в мюнхенскую «Баварию», подписав двухлетний контракт.