בשלטון, ה-YSP הוכה על ידי חטיבות פנימיות. בשנת 1980 הוחלף איסמעיל כנשיא דרום תימן על ידי עלי נסיר מוחמד, שהיה מנהיג מתון ופיוס יותר בהשוואה לשמאלנות הפרו-סובייטית של איסמעיל. הוא ביקש לשפר את היחסים עם שכנותיה הערביות של דרום תימן והמערב. הסכסוך בין שני הפלגים הוביל למלחמת האזרחים בדרום תימן בשנת 1986 שהובילה למותו של עבדול פתאח איסמעיל, אף שבעל בריתו עלי סאלם אל בייד השתלט על המפלגה, בעוד שהיידר אבו בכר אל-אטאס המתון יותר הפך לנשיא. אל-בייד ואל-אטאס היו תופסים תפקידים בממשלת תימן המאוחדת עד מלחמת האזרחים ב-1994. בחירות לפרלמנט התקיימו באוקטובר 1986, ואף על פי שה-YSP נותרה המפלגה החוקית היחידה, מועמדים עצמאיים הורשו להתמודד בבחירות וזכו ב-40 מתוך 111 המושבים, כאשר ה-YSP זכה ב-71 האחרים.