ఇందిరా గాంధీ హత్య తరువాత ముఖర్జీ కాంగ్రెస్ పార్టీకి దూరమయ్యాడు. ఇందిర కుమారుడు రాజీవ్ గాంధీ కంటే రాజకీయాల్లో ముఖర్జీ ఎక్కువ అనుభవం కలిగి ఉన్నప్పటికీ రాజీవ్ గాంధీ పార్టీపై పట్టు సాధించాడు. ముఖర్జీ క్యాబినెట్లో తన స్థానాన్ని కోల్పోయాడు. పశ్చిమ బెంగాల్ ప్రదేశ్ కాంగ్రెస్ కమిటీని నిర్వహించడానికి పంపబడ్డాడు. తనను తాను ఇందిరాగాంధీ వారసుడిగా భావించాడు. పార్టీ లోని రాజీవ్ గాంధీ వ్యతిరేకులతో జట్టు కట్టినందున ముఖర్జీ పార్టీ నుండి బహిష్కృతుడయ్యాడు.