Die Palästinenser lehnen den Anspruch Israels auf Ostjerusalem strikt ab und bestehen auf der Kontrolle des gesamten Stadtteils einschließlich des Tempelbergs. Sie berufen sich dabei auf verschiedene Resolutionen der Vereinten Nationen, die den Rückzug Israels aus besetzten Gebieten fordern und die Annexion Ostjerusalems durch Israel für völkerrechtswidrig erklärt haben. Jahrelang war Faisal Husaini im Orienthaus der Jerusalemer Vertreter der PLO und wurde als heimlicher Bürgermeister Ostjerusalems angesehen. Nach Husainis Tod im Jahr 2001 wurde das Orienthaus geschlossen. Der Präsident der palästinensischen Autonomiebehörde Mahmud Abbas lehnt Verhandlungen über eine zukünftige Lösung der Verwaltung Ostjerusalems seit 2008 kategorisch ab, solange Israel an Siedlungsprojekten in Ostjerusalem und im Westjordanland festhält. Doch schon seit dem Fatah-Hamas-Konflikt im Jahr 2006 verfügen die Palästinenser nicht mehr über einheitliche Forderungen bezüglich Ostjerusalems. Die von der Fatah kontrollierte Autonomiebehörde beansprucht in Friedensverhandlungen meist nur Ostjerusalem als Hauptstadt eines zukünftigen Palästinenserstaates, wenngleich ihre Charta eine „Ausrottung jeder ökonomischen und politischen zionistischen Existenz“ und „einen souveränen Staat auf dem Boden ganz Palästinas, mit Jerusalem als Hauptstadt.“ (Artikel 12 und 13) fordert. Die radikalislamische Hamas, die 2006 von einer relativen Mehrheit der Palästinenser gewählt wurde und über die Mehrheit der Parlamentssitze verfügt, erkennt Israel nicht an und fordert die Errichtung eines Gottesstaats auf dem Boden des heutigen Israels mit ganz Jerusalem als Hauptstadt. Finanziell und ideologisch unterstützt wird die Hamas von Syrien und Iran, die die Belange Jerusalems für ihre kontroverse Außenpolitik verwenden. So werden in regelmäßigen Abständen Kundgebungen und Gedenktage (wie der Al-Quds-Tag) abgehalten, die an „das Ziel erinnern, Jerusalem zu befreien“.