Nella stagione 2009-2010 i "colchoneros", allenati da Abel Resino e poi dall'11ª giornata da Quique Sánchez Flores, terminano la stagione al nono posto. In Coppa del Re l'Atlético Madrid perde in finale col Siviglia. In Champions League l'Atlético viene eliminato già alla fase a gironi, piazzandosi terzo. In virtù di tale classificazione viene ammesso alla fase a eliminazione diretta dell'Europa League, vincendo per la prima volta nella sua storia tale trofeo, battendo in finale gli inglesi del ai tempi supplementari. I "Rojiblancos" tornano così a vincere un trofeo europeo dopo 48 anni.