В последующие годы Флакк, достигший вершины своей карьеры, отдалился от политики. После смерти Марка Эмилия Скавра (в 90 или 89 году до н. э.) он возглавил список сенаторов как старейший цензорий. Неучастие Луция Валерия в политической жизни обеспечило ему безопасность в условиях гражданской войны: в 88 году до н. э. Рим был взят армией мятежного консула Луция Корнелия Суллы, в 87 году до н. э. — армией Мария и Луция Корнелия Цинны. Сулла в эти годы находился на Балканах, воюя с Понтом и готовясь к решающей схватке с марианцами. В историографии есть мнение, что в сенате существовала влиятельная группа центристов, выступавшая за компромисс между враждующими «партиями». Возглавлял её Флакк, а входили в эту группу Луций Марций Филипп, Гней Корнелий Долабелла, Мамерк Эмилий Лепид Ливиан и другие нобили. Когда стало ясно, что открытый конфликт неизбежен, центристы один за другим перешли на сторону Суллы.