После этого и до 566 года он был главнокомандующим (в ранге "magister militum") в действиях против персов в Лазике, а позже во Фракии. На этих должностях он играл важную роль в качестве посредника в отношениях Империи с Аварами. В 554—556 годах он принимал участие на последних победоносных этапах Лазской войны, в начале в качестве заместителя "magister militum per Armeniam" (командующего войсками в Армении) Мартина и в конечном итоге в качестве его преемника. В этом статусе в 558 году он и принял первое посольство аваров в Империи и сопроводил его в Константинополь. Изгнанные из Империи и направившиеся в украинские степи, авары наносили поражение одному врагу за другим и в конечном счёте достигли северного берега Дуная в 561/562 гг. Здесь они потребовали права поселиться в пределах империи в Малой Скифии. Здесь Юстин сыграл ключевую роль, предупредив императора об аварском вторжении. Вследствие этого, посольство аваров в Константинополе было задержано до тех пор, пока придунайские оборонительные сооружения "limes" не были приведены в полную готовность. Теперь, когда Юстин удерживал позиции на реке, авары удовлетворились ежегодной данью Византии и покинули пределы Империи с миром на несколько лет.