战争以巴拉圭的彻底失败而告终。巴拉圭在常规战争中失败后，进行了旷日持久的游击抵抗，这是一项灾难性的战略，导致巴拉圭军队和许多平民在战争伤亡、饥饿和疾病中遭到进一步的打击。游击战持续了14个月，直到1870年3月1日，弗朗西斯科·索拉诺·洛佩斯总统在赛罗考拉战役中被巴西军队杀死。阿根廷和巴西军队占领巴拉圭直到1876年。据估计，巴拉圭的总损失在2.1万到20万人之间。巴拉圭花了几十年的时间才从混乱和人口损失中恢复过来。