Filipe Nyusi (que se pronuncia /Nhússi/ segundo as regras da ortografia e da fonética portuguesas) nasceu em Namau, no distrito de Mueda na província de Cabo Delgado. Os pais eram veteranos do movimento de libertação FRELIMO. Durante o início da Guerra da Independência de Moçambique, os pais refugiaram-se na vizinha Tanzânia, onde foi educado na escola primária da Frelimo em Tunduru. Nyusi frequentou o ensinou secundário na escola da Frelimo em Mariri, em Cabo Delgado, e na Escola Secundária Samora Machel na Beira. Em 1973, e com 14 anos, juntou-se à Frelimo, recebendo formação política e militar na Tanzânia. Em 1990 concluiu o curso de engenharia mecânica na ex-Academia Militar de Brno (actual Universidade de Defesa), na Checoslováquia, tendo também frequentado uma pós-graduação na Universidade de Manchester em Inglaterra.