На всём протяжении турецкого периода в Болгарии существовали отряды гайдуков, нападавшие на турок. В конце XVI века их отряды выросли с нескольких десятков до 600 человек. В 1595 году гайдуки даже захватили Софию. Особенно активны гайдуки были в западных районах Болгарии рядом с горами. Ответные экспедиции турецких карателей заканчивались казнью гайдуков и насильственной исламизацией близлежащих деревень. Во время австро-турецкой войны, начавшейся в 1593 году, по Балканам прокатилась волна восстаний. В ходе Первого Тырновского восстания, вспыхнувшего в 1598 году, Шишман III, якобы потомок династии Шишмановичей, провозгласил себя в Тырнове царём. Преследуя цель завоевать Балканы, Австрия в XVII веке направила миссионеров для обращения болгар в католицизм. В конце XVII века вспыхнуло Второе тырновское восстание во главе с Ростиславом — потомком болгарского царя Ивана Срацимира. Снаряжённая для войны армия разгромила Тырнов, истребив две трети горожан. Раненый Ростислав укрылся в Рильском монастыре, откуда в 1689 году выехал в Москву. В 1688 году произошло Чипровское восстание, после подавления которого началась самая большая волна болгарской эмиграции в Валахию, Трансильванию, Венгрию и Молдову. С турецким игом связано появление в Болгарии легенды о «дядо Иване», который должен освободить христиан от турок.