Первым полноценным крупным турниром для Рауль стал чемпионат мира 1998 года, где он отметился голом в ворота сборной Нигерии, но испанская сборная не смогла преодолеть групповой этап. По итогам Евро-2000 Рауль вошёл в символическую сборную турнира, однако там же он совершил один из самых роковых промахов в своей карьере: в четвертьфинальном матче против сборной Франции при счёте 1:2 испанец отправился исполнять пенальти и пробил намного выше ворот, после чего «красная фурия» покинула турнир. На дальневосточном «мундиале» Рауль отметился тремя голами на групповом этапе и помог команде выйти в плей-офф турнира. Из-за травмы он был вынужден пропустить четвертьфинальный матч против хозяев турнира сборной Южной Кореи, который испанцы проиграли в серии пенальти при спорном судействе.