Η Άπτερα πολέμησε μαζί με τη Σπάρτη στον Χρεμωνίδειο Πόλεμο εναντίον των Μακεδόνων το 267 - 266 π.Χ. Οι εσωτερικές διαμάχες που βίωσε η Κρήτη τον 3ο αιώνα π.Χ., κυρίως μεταξύ της Κνωσού και της Γόρτυνας, οδήγησε την Άπτερα συμμαχήσει πιο συχνά με την Κνωσό. Μετά την καταστροφή του Λύττου από τον Κνωσό, κατά τη διάρκεια του Πολέμου της Λύττου το 220 π.Χ., οι σύμμαχοι της Κνωσού Άπτερα, Κυδωνία και Ελεύθερνα βρέθηκαν πολιορκημένοι από τους συμμάχους της Γόρτυνας (Λάππα και Πολυρρήνια) καθώς και από το στρατό του Φιλίππου Ε΄ της Μακεδονίας. Η Άπτερα καταλήγει στο στρατόπεδο της Γόρτυνας, η οποία στη συνέχεια έγινε η κύρια πόλη του νησιού.