Nach dem erfolgreichen Unabhängigkeitsreferendum in Osttimor 1999 und der letzten indonesischen Gewaltwelle begann im Oktober 1999 die Re-Organisation der Pfadfinderbewegung. Ziel war die Vereinigung der katholischen Pfadfinder mit den Pfadfindern, die zuvor zum indonesischen Verband gehört hatten. Beim nationalen Jamboree am 2. Dezember 2005 in der Kirche von Balide wurde die UNE-TL als nationaler Verband geschaffen. Mit der Regierungsresolution 25/2015 vom 29. Juli 2015 erfolgte die staatliche Anerkennung der UNE-TL als einziger nationaler Vertreter der Pfadfinderbewegung in Osttimor.