Nadat de "Allians för Sverige" in 2006 de Zweedse parlementsverkiezingen won, werd Björklund minister van Onderwijs in de regering van premier Fredrik Reinfeldt. Vanaf 2010 was hij tevens vicepremier. Onder Björklunds leiding verloren de liberalen bij de verkiezingen van 2010 vier zetels en bij de verkiezingen van 2014 nog eens vijf. Met het aantreden van het kabinet-Löfven I in oktober 2014 belandde de partij weer in de oppositie en kwam er een einde aan Björklunds ministerschap. Hij bleef tot 2019 wel actief als partijleider en parlementslid. In 2020 werd hij benoemd als de Zweedse ambassadeur in Italië.