La première partie de la saison 2008-2009 est plutôt mitigée pour Lizeroux dont la préparation est axée sur les championnats du monde à domicile. C'est en fait le que Lizeroux franchit le cap décisif dans sa carrière, en remportant la première victoire de sa carrière en coupe du monde lors du slalom de Kitzbühel se disputant pour la première fois depuis 3 ans et la victoire de Jean-Pierre Vidal sur la mythique Ganslern. Septième de la première manche, le français décide de prendre tous les risques et remporte la course devant son compatriote Jean-Baptiste Grange et l'Italien Patrick Thaler. Lors des championnats du monde à Val d'Isère que Lizeroux aborde en pleine confiance parmi les principaux outsiders du slalom disputé sur la très sélective face de Bellevarde, il prend tout d'abord au terme d'une grosse remontée () la médaille d'argent en super-combiné, 9 dixièmes derrière le champion du monde Aksel Lund Svindal ce qui est son premier podium dans cette discipline. Puis le dernier jour de compétition, dans une ambiance surchauffée, le Français, malgré une grosse faute sur le haut du second tracé, s'empare de la médaille d'argent du slalom à 31 centièmes de l'autrichien Manfred Pranger. Lizeroux galvanisé par cet exploit finit la saison sur les chapeaux de roues en reprenant la compétition par un podium en terminant du super combiné de Sestrière derrière Romed Baumann. Il remporte la semaine suivante son en coupe du monde lors du slalom de Kranjska Gora devant Giuliano Razzoli et son grand ami Felix Neureuther. Il conclut sa saison par un nouveau podium obtenant la du slalom des finales à Åre derrière Mario Matt et accompagné sur le podium par son compatriote vainqueur du classement du slalom le même jour Jean-Baptiste Grange. Lizeroux termine la saison au du classement du slalom.