Джафар Панагі народився 11 липня 1960 року в Східному Азербайджані (провінція Ірану), в місті Міан. У молодості знімав короткометражні стрічки, потім служив в армії, брав участь у ірано-іракській війні. Після служби вступив до університету, в цей же час зняв кілька документальних аматорських стрічок і працював асистентом режисера на зйомках деяких художніх фільмів, у тому числі фільму «Крізь оливи» Аббаса Кіаростамі, який вийшов на екрани 1994 року. Через рік Кіаростамі допоміг написати сценарій до фільму «Біла куля», режисером якого був Панагі.