Yahaghi avait déjà démissionné de la station de radio d'État lorsque la révolution islamique a éclaté en 1979. Il ouvre alors son propre studio d'enregistrement à Téhéran. Cependant de nombreux amis et collègues de Yahaghi quittent pour toujours le pays après la révolution. Lui-même décide de rester. Sa femme, Homeyra, l'une des chanteuses les plus célèbres d'Iran, s'installe définitivement aux États-Unis sans lui. Les révolutionnaires en effet avaient proscrit le chant féminin en solo. Elles ne pouvaient plus que jouer des instruments de musique ou bien chanter dans des chœurs. Yahaghi a été arrêté, interrogé par le nouveau régime, puis libéré. Pendant les années 1980 avec la guerre entre l'Iran et l'Irak, il a été invité par le régime à composer de la musique, surtout patriotique, mais a refusé. Il ne lui a pas été tenu rigueur, puisque après sa mort, certains de ses instruments de musique, son matériel d'enregistrement et d'autres accessoires ont été affectés comme bien national et historique.