Nach ihrer Rückkehr blieben Sacajawea und Charbonneau bei den Hidatsa. Auf Einladung von Clark ging Sacajawea etwa drei Jahre später nach St. Louis. Dort sorgte Clark dafür, dass sie ein Stück Land bekam und er übernahm die Kosten für die Ausbildung von Jean Baptiste. 1812 bekam Sacajawea eine Tochter namens Lisette. Sacajawea starb im Dezember 1812 im Fort Manuel Lisa, vermutlich an Fleckfieber. Da Charbonneau auf Handelsreise war und das Gerücht aufkam, er wäre von Indianern getötet worden, übernahm William Clark 1813 die Vormundschaft für beide Kinder. Über Lisette gibt es keine weiteren Informationen, sie starb vermutlich im Kindesalter. Charbonneau kehrte vier Jahre später aus der Wildnis zurück. Dank Clark erhielt Jean Baptiste eine hervorragende Ausbildung. Er lebte jahrelang in Europa und besuchte Afrika. Er starb unter ungeklärten Umständen während des kalifornischen Goldrausches.