Semenya karsiutui 800 metrin välierissä Pekingin MM-kilpailuissa 2015. Saman vuoden Brazzavillen Afrikan kisoissa hän voitti kultaa 800 metrillä ajalla 2.00,97 ja sijoittui kahdeksanneksi 1 500 metrillä. Hän voitti Durbanissa 2016 Afrikan-mestaruuden 800 metrillä ajalla 1.58,20, 1 500 metrillä ennätyksellään 4.01,99 ja 4 × 400 metrin viestijuoksussa.