Během vyplenění Říma (Sacco di Roma) roku 1527 byl nakrátko uvězněn, ale podařilo se mu prchnout do Mantovy, kde vstoupil do řádu salvatoriánů. Po třech letech se přestěhoval do kláštera v Candianě nedaleko Padovy, kde se v oboru miniaturní malby stal žákem Girolama dai Libri. Poté se svolením papeže znovu vstoupil do služby kardinála Grimaniho, pak legáta Uffizia di Nostra Donna ve městě Perugia. Uffiziův komentář k Pavlově listu Římanům iluminoval, a to mezi lety 1535-1539. Pro kardinála Alessandra Farneseho z Říma Clovio devět let vytvářel knihu 26 miniaturních obrazů (datována 1546), proslulé "Farneseho hodinky".