В 1655 году во главе своего приказа под руководством воеводы И. В. Алферьева оборонял Могилёв от войск великого гетмана литовского Януша Радзивилла. Во время одной из вылазок, 6 февраля, захватил знамя польного гетмана литовского Винцента Гонсевского. Проявив поразительную стойкость, защитники Могилёва принудили Радзивилла снять осаду с города и отступить. За проявленное мужество Лопухин был пожалован почетным чином полковника. С этого же года служил в Посольском приказе. В 1657 году возглавил посольство в Польшу. В 1659 г. в качестве полковника и стрелецкого головы послан в Путивль. Участник Конотопской битвы 1659 года, после которой был пожалован серебряным ковшом, сороком соболей и 600 ефимками, а также придачами к поместному и денежному окладам. В 1662 г. «по указу великого Государя после действа ходил за образы к Предтече вместе с окольничим Данилой Степановичем Велико-Гагиным».