下関条約（日清講和条約）調印後の台湾平定（乙未戦争）では、高温という脚気が発生しやすい条件の下、内地から白米が十分に送られても副食が貧弱であったため、脚気が流行した。しかも、1895年（明治28年）9月18日付けの『時事新報』で、石神亨海軍軍医が同紙に掲載されていた石黒の談話文「脚気をせん滅するのは、はなはだ困難である」（9月6日付け）を批判し、さらに11月3日と5日付けの同紙には、斎藤有記海軍軍医による陸軍衛生当局を批判する文が掲載された。両名とも、麦飯を給与しない陸軍衛生当局を厳しく批判していた。しかし、11月に「台湾戍兵（じゅへい）の衛生について意見」という石黒の意見書が陸軍中枢に提出されており、同書で石黒は兵食の基本（白米飯）を変えてはならないとした。そうした結果、かつて遼東半島で麦飯給与に動いた土岐が台湾に着任し（1896年（明治29年）1月16日）、独断で麦飯給与に踏み切るまで、脚気の流行が鎮まる兆候がなかった。ただし、その越権行為は明白な軍規違反であり、土岐（陸軍軍医総監・序列第三位）は帰京（即日休職）を命じられ、5年後そのまま予備役に編入された（軍法会議などで公になると、石黒（同・序列第一位）の統率責任と軍規違反の経緯などが問われかねなかった）。