Portugalin maajoukkueessa Couto pelasi vuosina 1990–2004 110 ottelua ja teki niissä 8 maalia. Couto ehti olla kärkipaikalla eniten Portugalille maaotteluita pelanneena pelaajana, kunnes Luis Figo ohitti hänet kesällä 2005. Hän edusti Portugalia EM-kisoissa vuosina 1996, 2000 ja 2004 sekä MM-kisoissa vuonna 2002. MM-kisoissa hän pelasi joukkueen kapteenina kaikki kolme ottelua alusta loppuun. Couto oli myös voittamassa Portugalin riveissä nuorten maailmanmestaruutta vuonna 1989.