Tijdens het Beleg van Constantinopel in 1453 werd de icoon van Theotokos Hodegetria naar de kerk gebracht om de verdedigers van de stad bij te staan in hun strijd. In de periode tussen 1495 en 1511 werd de kerk omgebouwd tot een moskee, de Kariye Camii, onder leiding van grootvizier Ali Atik Pasha. Een Mihrab werd in de apsis geplaatst en de klokkentoren werd afgebroken en vervangen door een Minaret. Uit een beschrijving van de kerk uit 1568 blijkt dat de kloosterpoort en de cisterne nog bestonden en de mozaïeken nog zichtbaar waren.