Ussher vietti viimeiset kuusitoista vuotta elämästään Englannissa. Hän matkusti sinne vuonna 1640, mutta ei kyennyt palaamaan takaisin Irlannin kansannousun (1641), Englannin sisällissodan (1642) ja Oliver Cromwellin hallituksen vuoksi. Sisällissodassa hän oli kuninkaan puolella. Hän kuoli 75 vuoden ikäisenä vuonna 1656. Hänet haudattiin valtiollisilla hautajaisilla Westminster Abbeyhin, huolimatta rojalistisista sympatioistaan.