1805年、南ドイツに駐屯するラトゥール騎兵連隊（Latour-Chevauxlegers-Regiment）及びハンガリー驃騎兵旅団の司令官に就任。フェルディナント・カール大公の率いる師団がウルム戦役で敗走すると、これに従ってボヘミアに退避した。退却戦の殿軍を務めたシャルル＝アランは戦闘で重傷を負い、短期間フランス軍の捕虜となった。プレスブルクの和約締結後の1806年2月1日、シャルル＝アランは軍の実務から退いた。1807年9月2日、名誉的な陸軍中将の肩書を与えられた。1815年のドイツ解放戦争後、正式にオーストリア軍を退役した。