Bei Beginn der japanischen Invasion der Philippinen lag die "Peary" zu Reparaturen im Stützpunkt Cavite in der Manilabucht nach einer Kollision mit dem Schwesterschiff "Pillsbury". Als am 10. Dezember japanische Bomber den amerikanischen Stützpunkt angegriffen, erhielt der nicht einsatzbereite Zerstörer an seiner Pier einen Treffer mittschiffs, der acht Besatzungsmitglieder tötete und zahlreiche andere, darunter auch den Kommandanten, verwundete. Die nicht beschädigte "Pillsbury", die auf der anderen Seite des Piers lag, half dem Schwesterschiff mit einer Eimerkette beim Löschen des Feuers und übernahm die Verletzten der "Peary". Da es inzwischen in vielen Bereichen der Marinewerft brannte und Vorräte zu explodieren drohten, nahm die "Pillsbury" Fahrt auf, um den Werfthafen zu verlassen. Der inzwischen eingetroffenen Minensucher "Whippoorwill" konnte die nicht fahrbereite "Peary" aus dem brennenden Werftgelände schleppen und mit ihren Schläuchen die Feuer auf dem Zerstörer löschen, der in einer naheliegenden Bucht verankert wurde.