Termin Holocaust, po raz pierwszy użyty w 1895 r. do określenia masakry ormiańskich chrześcijan (1894–1896), pochodzi z łaciny kościelnej: słowo "holocaustum" jest adaptacją greckiego "holókauston", rodzaj nijaki imiesłowu "holókaustos" („spalony w całości”), od czasownika "holo-kautóo" („spalam ofiarę w całości”). Pierwotnie był to termin religijny oznaczający ofiarę całopalną, w tym znaczeniu może być stosowane również dziś. Pochodzący z hebrajskiego termin Szoa (hebr. שואה – "całkowita zagłada", "zniszczenie" – transkrypcja angielska: Shoah) nie odwołuje się do pozytywnego, religijnego znaczenia całopalenia. W Polsce używa się ponadto terminu Zagłada.