A 2000–01-es szezonban a csapatkapitányi karszalagot Robbie Fowlerrel megosztva viselte, amíg az elsőszámú kapitány, Jamie Redknapp hosszútávú sérüléssel bajlódott. A szezon során Hyypiä és Fowler történelmi háromszoros győzelemre vezette a csapatot: Ligakupa, FA-kupa és UEFA-kupa. Ezek mellett a 2001-es UEFA Szuperkupát is elhódították. Ebben az évben Hyypiä lett hazájában az év sportszemélyisége, valamint bekerült az UEFA Év Csapatába is.