Na de eerste Europese successen viel het team internationaal wat terug. Onder José Mourinho herleefde het team. In 2003 won de club de UEFA Cup met een 3-2-overwinning op het Schotse Celtic FC. In de weg naar de finale versloeg Porto onder andere Panathinaikos FC en SS Lazio. Een jaar later trad FC Porto aan in de UEFA Champions League. Het eindigde als tweede in groep F, achter Real Madrid, maar voor Olympique de Marseille en Partizan Belgrado. In de achtste finale won het verrassend van Manchester United, in de kwartfinale won het van Olympique Lyonnais en in de halve finale won het van Deportivo La Coruña. De finale van de UEFA Champions League van 2004 werd in de Veltins-Arena gespeeld in het Duitse Gelsenkirchen. Het speelde tegen AS Monaco. Porto won vrij makkelijk met 0-3. Na dit succes vertrok Mourinho naar het Engelse Chelsea FC.