לוי לינקולן נולד בהינגהאם, מסצ'וסטס לאנוך ורייצ'ל (לבית פירינג) לינקולן. בתחילה שלח אותו אביו להתלמד אצל נפח מקומי, אך הנער לא גילה עניין בעיסוק זה ונטייתו הברורה לקריאה הובילה אותו בסופו של דבר ללימודים בקולג' הרווארד. ב-1772 הוא סיים את לימודיו בהרווארד והחל ללמוד משפטים בהדרכתו של ג'וזף האולי מנורת'האמפטון. כאשר הגיעו לנורת'האמפטון החדשות על קרבות לקסינגטון וקונקורד, הוא התנדב לשירות צבאי, אך שירת זמן קצר בלבד. הוא צעד עם המיליציה המקומית לקיימברידג', שם המילציה השתתפה במצור על בוסטון.