Fernández disputó 12 partidos con la selección de fútbol de Chile, de los cuales 9 fueron partidos oficiales y 3 amistosos. Fue nominado por el entrenador Francisco Platko para integrar la nómina del Campeonato Sudamericano 1942, donde realizó su debut el 10 de enero de 1942 en la contundente derrota 6:1 ante Uruguay.