Im Vorfeld der Olympischen Spiele 2004 kam es zu einem Desaster für Thorpe. Als er am 27. März 2004 bei den australischen Trials beim Start über 400 m Freistil einen unglücklichen Fehlstart produzierte, schien es keine Möglichkeit mehr für ihn zu geben, bei den Olympischen Spielen in Athen zu starten und seinen Titel zu verteidigen. Ein Fehlstart bedeutet die sofortige Disqualifikation, und das internationale Reglement lässt keine weiteren Startversuche für Fehlstarter zu. Die nationalen Trials sind für alle australischen Schwimmer verbindlich, um sich für die Olympischen Spiele zu qualifizieren. Sein australischer Schwimmkollege Craig Stevens verzichtete daraufhin zu Gunsten seines Freundes auf seinen Start über 400 m Freistil in Athen. Diese Chance nutzte Thorpe, er wurde Olympiasieger und konnte sogar das „Rennen des Jahrhunderts“ über 200 m Freistil gegen Pieter van den Hoogenband und Michael Phelps für sich entscheiden.