Il 28 giugno 2016, in seguito alla vittoria del "Leave" al Referendum sulla permanenza del Regno Unito nell'Unione europea, Corbyn è stato oggetto di una mozione di sfiducia non vincolante approvata da 172 parlamentari del suo partito, pari all'81% del totale. Il leader dei laburisti si è comunque rifiutato di dimettersi, sostenendo che tale atto tradirebbe l'ampio mandato ricevuto dalla base. A seguito di un altro round di primarie in cui ha dovuto affrontare il parlamentare gallese Owen Smith (che godeva del supporto di gran parte dei parlamentari laburisti), il 24 settembre 2016 Corbyn è stato rieletto leader con il 62% dei voti.