Sztálin halálát követően az egyetem ismét nevet változtatott 1956-tól neve "Vilnuisi Vincas Kapsukas Állami Egyetem" lett. A korábban a Szovjetunió különböző helyeiről érkezett nem megfelelően képzett oktatók nagy részét a Szibériából visszatérő litván tudósokkal és oktatókkal cserélték le. Ez a folyamat nagyon hamar megszakadt 1956-ban Mindenszentek napján az egyetemi diákság és pár oktató a magyar forradalom mellett szimpátiatüntetést rendezett. Ennek következményeként az egyetem rektorát J. Bulovast elbocsátották, a Litván-irodalom és a Litván-történelem tanszékeket bezárták. 1958-ban Jonas Kubilius (matematikus) lett az egyetem rektora, aki Litvánia függetlenségének visszaszerzéséig, 1990-ig, 32 éven át vezette az egyetemet.