Von 1853 bis 1878 hielt er sich in Britisch-Indien auf. Er begann dort seine berufliche Laufbahn. Nach dem Sepoy-Aufstand im Jahr 1857/1858 wechselte die Verwaltung in Indien von der Gesellschaft direkt zum britischen Staat („the British Raj“). Dort stieg William James Herschel zu einem Sekretär der Finanzkammer („Board of Revenue“) auf, wurde dann im Jahr 1872 Beauftragter („Commissioner“) von Dakka und schließlich 1874 Beauftragter von Cooch Behar.