Seit 1909 betreute Lino Vaccari, der bereits mit Chanoux zusammengearbeitet und sich eine genaue Kenntnis der Flora im Aostatal erworben hatte, den Pflanzenpark mit der Unterstützung des Mauritiusordens und der "Società Italiana di Scienze Naturali". Nach Schäden durch eine Überschwemmung eines Bergbachs führten besonders die schweren Gebirgskämpfe von 1940 auf dem Kleinen Sankt Bernhard und den umliegenden Höhen während der Schlacht in den Westalpen im Zweiten Weltkrieg zur Zerstörung des Alpengartens und der dazu gehörenden wissenschaftlichen Dokumentation so wie auch des Hospizgebäudes. Seit der im Frieden von Paris 1947 vereinbarten Verschiebung der Landesgrenze zwischen Frankreich und Italien am Sankt Bernhardpass liegen das Hospiz und der Alpengarten auf dem Gebiet der savoyischen Gemeinde Seez; das Areal des botanischen Gartens gehört jedoch weiterhin der italienischen Gemeinde La Thuile. 1978 hat die "Société de la flore valdôtaine" den seit dem Weltkrieg verwüsteten und danach verwilderten Garten zusammen mit der " Société d’Histoire Naturelle de la Savoie" und unterstützt von den Gemeinden La Thuile und Seez neu angelegt.