Bauer kam als Adjutantmajor in das 2. hessisch-französische Regiment und wurde Anfang März 1808 Hauptmann und Adjutantmajor im westfälischen 4. Linien-Infanterie-Regiment. Das Regiment kämpfte für Napoleon in Spanien. Bauer führte das Regiment September und Oktober 1809 in Spanien und dann die aus dem 2. und 4. Regiment bestehende Brigade. Er kämpfte bei der Belagerung von Gerona auf den strategisch wichtigen Montjuy. Am 11. Februar 1811 kam er als Bataillonschef in das 1. Linien-Infanterie-Regiment. Am 20. September 1811 wurde er für den Feldzug mit dem Ritterkreuz des Ordens der Westphälischen Krone ausgezeichnet. Er nahm 1812 mit der Division Grandjean an Napoleons Russlandfeldzug teil und kämpfte mit dem X. Armeekorps unter Jacques MacDonald in Litauen. Er rettete sich auf dem Rückzug nach Danzig und nahm an der Verteidigung der Stadt teil. Am 11. Juni 1813 wurde er Ritter der Ehrenlegion.