Die britische Politik gegenüber Ungarn war jedoch noch härter als gegenüber Österreich und so gehörte Leeper gemeinsam mit Charles Hardinge, Arthur Balfour und Robert Cecil zu jener Gruppe, die eine britische Unterstützung der ersten ungarischen Regierung unter Mihály Károlyi verhinderte. Leeper vertrat dabei die Meinung, dass trotz drastischen Versorgungsengpässen und der Gefahr einer bolschewistischen Machtübernahme zuerst den ehemaligen Verbündeten, etwa Rumänien und der Tschechoslowakei geholfen werden müsse, wo die humanitäre Situation ähnlich schlecht war. Die Verhandlungen zum späteren Vertrag von Trianon zogen sich in die Länge, die Regierung Károlyi wurde gestürzt und in Ungarn kamen Ende März 1919 tatsächlich die Kommunisten unter Béla Kun an die Macht. Aufgrund der Angst, diese kommunistische ungarische Regierung könnte sich mit den Bolschewisten in der Sowjetrussland verbünden und so die territoriale Aufteilung verhindern, veranlasste nun Rumänien und die Tschechoslowakei dazu Ungarn anzugreifen. Im April 1919 brach der Ungarisch-Rumänische Krieg aus, der mit einer Besetzung Budapests durch rumänische Truppen und dem Sturz von Béla Kun endete. Erst danach konnte die alliierte Aufteilungsplan in die Tat umgesetzt werden.