Stündlich besteht mit den Regionalzügen der Werdenfelsbahn eine Verbindung nach München über Garmisch-Partenkirchen, Weilheim in Oberbayern und Tutzing. Zweistündlich verkehrt ein Regionalzug von München Hauptbahnhof nach Innsbruck Hauptbahnhof über Seefeld in Tirol, Reith, Leithen, Hochzirl und Innsbruck Westbahnhof. Seit Januar 2010 ist er außerdem ICE-Halt. Nach einer zwischenzeitlichen Einstellung der Verbindungen 2018 verkehren inzwischen nur noch sonntags jeweils ein Zugpaar des ICE "Karwendel" nach Dortmund bzw. Innsbruck. Der Bahnhof wurde für die Alpine Skiweltmeisterschaft 2011 modernisiert, mit einer Unterführung versehen und erhielt 76 cm hohe Bahnsteige. Damit wurde auch eine mobile Einstiegshilfe für die ICE-Züge hinfällig. Das Empfangsgebäude wurde an eine Gesellschaft verkauft, die es zu einem "Bürgerbahnhof" umgestalten wollte. 2012 übernahm die ortsansässige Familie Schwind mit der Schwind GmbH den Gesamtkomplex und vereinte dort in drei Gebäuden Bahnhof, Bistro, Ärztehaus, Apotheke, Bike-Shop und das Zoll-Ski-Team.