I detta syfte insände han till kungliga rådet Nils Gyldenstolpe en skrivelse att överlämnas till kungen. I samma brev kritiserade han även myndigförklarandet av den unge Karl XII. För detta häktades han och dömdes den 20 juli 1698 till döden och avsattes från sitt ämbete. Straffet omvandlades till en livstids dom och Boëthius blev förd till Nöteborg i Finland. Under Stora ofreden blev staden invaderad av ryssarna som erbjöd honom beskydd, men han tackade nej med motiveringen "Jag är en fånge av Sverige", han blev då förd till Viborg. 1704 beslöt kungen att försätta honom på fri fot, men han betackade sig och skrev ett långt brev till kungen klagade på "detta förbannade fransöska väsende och souveraineté, de kalla" och hotade kungen med Guds tuktan och ett blodigt slut. Den 10 augusti 1705 förflyttades han till Danvikens hospital där han blev kvar året ut. Han benådades slutligen 1710 vid 63 års ålder.