In 1809 verkoos Napoleon hem tot gouverneur van Rome. Napoleon zette Le Marois in ter volbrenging van speciale missies. In 1811 stuurde hij de generaal erop uit om de kusten van Boulogne en de Nederlanden te inspecteren. Hij verkreeg een mobiele troepencolonne en had de opdracht om Belgisch-Nederlandse deserteurs op te sporen. Het jaar daarop sprak Le Marois zijn aversie uit tegen de campagne in Rusland en kwam hierdoor niet in aanmerking voor een militaire functie tijdens de veldtocht. Hij verkreeg wel het bevel over het kamp van Boulogne en diende de kusten te verdedigen tegen potentiële Britse aanvallen.