Κατά τους ιστορικούς χρόνους, η Λιβαδειά ήταν περίφημη για το πανάρχαιο Μαντείο του Τροφωνίου, το οποίο είχαν επισκεφθεί και συμβουλευθεί ο Κροίσος, ο Μαρδόνιος, ο Αιμίλιος Παύλος κ.ά. Πήρε μέρος στο κοινό των Βοιωτών, έχοντας κοινό νόμισμα και ακολούθησε την τύχη των άλλων βοιωτικών πόλεων. Το 395 π.Χ. λεηλατήθηκε από τον Λύσανδρο, λίγο πριν από τη Μάχη της Αλιάρτου και το 86 π.Χ. όπου συνέβη η κατάληψη και λεηλασία του ναού του Τροφωνίου από τον Αρχέλαο, στρατηγό του Μιθριδάτη, πριν τη Μάχη της Χαιρώνειας μεταξύ αυτού και των Ρωμαίων υπό τον Σύλλα. Παρά ταύτα γνώρισε όμως ιδιαίτερη ακμή κατά τον 2ο μ.Χ. αιώνα λόγω των πολλών ιερών και ναών της.