Con la Lazio su rendimiento también fue de alto nivel. En el club "biancoceleste" permaneció durante siete años, con más de docientos partidos a sus espaldas y consiguiendo dos trofeos: la Supercopa de Italia 2000 contra el Inter (4-3) y la contra la Juventus (2-0 y 2-2 en las dos finales). Defendiendo el arco de la Lazio —en algunas ocasiones con la cinta de capitán— disputó la Liga de Campeones de la UEFA en tres oportunidades y, en el campeonato local, consiguió en dos ocasiones el tercer puesto y un cuarto puesto. Con respecto al equipo de la Lazio del año 2001, según Peruzzi «el equipo más fuerte» de ese entonces, el portero declaró: «Eramos un equipo que podía lograr muchísimo, pero conseguimos muy pocos resultados».