Stefan Horngacher po zakończeniu kariery sportowej rozpoczął karierę trenerską. Po zakończeniu kariery zawodniczej zajął się szkoleniem i otrzymał posadę asystenta trenera reprezentacji Austrii. W sezonach &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20skokach%20narciarskich%202004/2005"&gt;2004/2005&lt;/a&gt; oraz &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20skokach%20narciarskich%202004/2005"&gt;2005/2006&lt;/a&gt; sprawował funkcję trenera kadry B polskiej reprezentacji. Na Mistrzostwach Świata Juniorów w Rovaniemi (2005) trenowana przez niego polska reprezentacja (Paweł Urbański, Wojciech Topór, Piotr Żyła i Kamil Stoch) wywalczyła srebrny medal w konkursie drużynowym. W 2006 został trenerem niemieckich juniorów. W 2008 był najpierw drugim trenerem kadry B Niemiec, a następnie jej głównym szkoleniowcem. Był także osobistym trenerem Martina Schmitta. Od sezonu 2011/2012 do sezonu 2015/2016 był drugim trenerem w drużynie Wernera Schustera (kadra A). 24 marca 2016 zarząd Polskiego Związku Narciarskiego mianował go na pierwszego trenera reprezentacji Polski, a jego kontrakt ma obowiązywać co najmniej do 1 maja 2018.