Hösten 1939 ockuperades östra Polen i Polsk-sovjetiska kriget 1939. Polsk lokalbefolkning i Białowieżaskogen deporterades till avlägsna delar i Sovjetunionen och ersattes med sovjetiska skogsarbetare. År 1941 ockuperade tyskarna skogen och då fördrevs även ryssarna. Hermann Göring planerade att upprätta världens största jaktreservat på platsen. Från och med juli 1941 blev skogen ett tillhåll för polska och sovjetiska partisaner. De tyska nazisterna organiserade massavrättningar. Ett fåtal gravar finns bevarade i skogen efter dem som mördades av Gestapo. I juli 1944 återtogs området av Röda armén. När Wehrmacht-trupperna retirerade, förstördes den historiska jaktstugan i Białowieża.