Αυτές οι πολιτικές που υιοθετήθηκαν από το ΣΚΣ δημιούργησαν μια κακή σχέση με τους Ριζοσπάστες, χαρακτηριστικό που κορυφώθηκε μεταξύ του 1993 και του 1998, όταν τα δύο κόμματα είχαν πλήρως χωρίσει και ο ηγέτης του ΣΡΚ Βόισλαβ Σέσελι ακόμη και φυλακίστηκε για κάποιο χρονικό διάστημα. Σε αυτή την κρίσιμη περίοδο το ΣΚΣ αποχώρησε από το συνασπισμό με τους Ριζοσπάστες και επίσημα εναντιώθηκε στη Σερβοβοσνιακή κυβέρνηση του Ράντοβαν Κάρατζιτς, ψηφίζοντας οικονομικές κυρώσεις εναντίον του, καθώς ο Κάρατζιτς ήταν αντίθετος στις ειρηνευτικές πρωτοβουλίες και το κόμμα επέκρινε τον εθνικισμό που έκανε διακρίσεις στη διοίκηση του Κάρατζιτς. Το 1995 ο Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς υπέγραψε τη Συμφωνία του Ντέιτον εξ ονόματος των Σέρβων της Βοσνίας για να τερματίσει τον Πόλεμο της Βοσνίας και αυτό εξόργισε τους εθνικιστές του ΣΚΣ και της Σερβίας - οι σχέσεις μεταξύ του Μιλόσεβιτς και του Ραντοβάν Κάρατζιτς και άλλων Σερβοβόσνιων πολιτικών είχαν ήδη ψυχρανθεί τότε. Για την υπογραφή της Συμφωνίας του Ντέιτον ο Σέσελι χαρακτήρισε τον Μιλόσεβιτς ως το "χειρότερο προδότη στη Σερβική ιστορία".