In 1999 keerde Inslee terug in het federale Huis van Afgevaardigden, nadat hij bij de congresverkiezingen van 1998 de zittende Republikein Rick White had weten te verslaan. Dit keer werd hij vertegenwoordiger van het 1e district van de staat Washington, destijds vooral bestaande uit het noorden van de stad Seattle en omliggende voorsteden. Inslee werd zesmaal herkozen en behield zijn functie tot 2012. In deze periode zette hij zich sterk in voor milieu en klimaat. Hij was een fel criticus van de inval in Irak, maar gaf in 2011 wel steun aan de Amerikaanse interventie in de Libische burgeroorlog. Ook was hij een prominent voorstander van Obamacare en tevens lid van de New Democrat Coalition. Hij stapte in 2012 op om zich te concentreren op de gouverneursverkiezingen in zijn thuisstaat.