En 1955 de Morais fue elegido delegado a la Asamblea Federal de Pernambuco, donde jugó un papel decisivo en la creación del nuevo (BANDEPE). El Golpe de Estado en Brasil de 1964, que derrocó al gobierno de João Goulart, llevó a la detención de políticos y activistas de izquierda, entre los cuales se encontraban el propio Clodomir y su gran amigo Paulo Freire. p. 135 «"Clodomir, mi compañero de armas, mi amigo"»&lt;/ref&gt; De Morais se ganó un lugar de honor en el puesto 12 de entre 100 agitadores en la "Lista de la Junta", quienes tuvieron sus derechos civiles suspendidos por 10 años. Durante su cautiverio, Clodomir, siempre buen narrador, escribió una serie de historias sobre el 'Brasil profundo'. La Embajada de Chile en Río de Janeiro le concedió asilo a Clodomir, oportunidad en la que fue obligado a exiliarse durante 15 años.