Tras su disolución fruto de las derrotas en 1987 en el conflicto libio-chadiano, muchos de ellos regresaron a sus países de origen y jugaron un rol importante en las rebeliones tuareg de los años 90 apoyadas mediante el aporte de armas y suministros a los rebeldes y la actuación de Gadafi como mediador en las conferencias de paz.. El antiguo combatiente de la Legión Islámica Iyad Ag Ghaly aprovechó su experiencia para fundar en Malí el grupo secesionista tuareg MNLA.