La saison 2018-2019 est l'une des plus mauvaises de l'histoire du club en liga. Le 10 décembre 2018, L'entraîneur Javier Calleja est limogé à la suite d'une série de mauvais résultats, remplacé par Luis García Plaza, avant d'être réintégré moins de cinquante jours plus tard, le 29 janvier 2019 . Longtemps en lutte pour éviter la relégation, Villarreal se maintien finalement en terminant à la quatorzième place du championnat d'Espagne. La saison suivante (2019-2020) le club se classe à la cinquième place grâce à une belle série de résultats durant la période de reprise du championnat suite à l'interruption des compétitions due à la pandémie de Covid-19.