La guerre finie, Émile Zátopek doit maintenant faire son service militaire pour son pays libéré. Il participe alors à divers championnats militaires nationaux et internationaux, à chaque fois en se faisant remarquer par son style, même s'il n'obtient que des accessits, et en améliorant certains records nationaux. Sélectionné par son pays pour les Championnats d'Europe de 1946 à Oslo, sa première grande course internationale, il doit affronter notamment le Finlandais Viljo Heino et se classe du , battant une nouvelle fois son record. Après une première victoire majeure au championnat inter-armée à Hanovre lors de laquelle le public hétéroclite s'enflamme à sa performance (il prend un à deux tours à tous les concurrents), il est promu lieutenant. Décidé à s'entrainer seul dans des conditions rudes, il améliore mois après mois ses records sur toutes les distances du fond. Il fait alors la rencontre de la lanceuse de javelot Dana qui deviendra sa femme. Il participe aux Jeux olympiques de Londres de 1948 remportant le premier titre olympique de son pays sur le et l'argent sur . Ces victoires déterminent le début de sa gloire et de sa domination pour 10 ans sur la discipline accumulant titres et tous les records du monde sur toutes les distances du au .