Тридцатилетняя война оказала большое влияние на жизнь принца Мейнрада. С 17 лет он служил в баварской армии. Под командованием имперского фельдмаршала Тилли сражался в битве при Луттере (1626). Позднее под началом командующего Католической лиги Готфрида Паппенгейма воевал против восставших протестантов в Австрии. Затем Мейнрад стал влиятельным советником герцога, затем курфюрста Баварии Максимилиана.