10 июня 2014 года Мосул был оккупирован «Исламским государством». 2 февраля 2015 года «Исламское государство» разрушило часовую башню церкви. 24 марта 2016 года начата операция по освобождению Мосула. СМИ сообщали, что 24 апреля 2016 года «Исламское государство» взорвало церковь Чудотворной Девы, но позднее это сообщение было опровергнуто. 10 июля 2017 года Мосул был освобождён. После освобождения по найденным предметам и надписям было установлено, что подвал церкви использовался в качестве штаб-квартиры и тренировочного лагеря для вновь зачисленных членов «Исламского государства». Дети и женщины содержались в церкви в течение неопределенного времени в период оккупации.