La NPIC fu la prima, nel 1962, ad identificare la base missilistica dell'Unione Sovietica sull'isola Cubana. Sfruttando le immagini degli aerei ricognitori U-2 e i film dei contenitori espulsi dall'orbita dei satelliti Corona, gli analisti della NPIC hanno sviluppato le informazioni necessarie per informare i politici statunitensi e le operazioni durante la crisi dei missili cubani. La loro analisi ha attirato l'attenzione di tutto il mondo quando l'amministrazione Kennedy ha declassificato e reso pubblica una parte delle immagini raffiguranti i missili sovietici sul suolo cubano; Adlai Stevenson presentò le immagini al Consiglio di sicurezza delle Nazioni Unite il 25 ottobre 1962.