In seine erste Saison als Profi startete Yan Bingtao mit Auftaktniederlagen in den Qualifikationsturnieren zu den Indian Open 2016 und den World Open 2016. Beim Riga Masters 2016 schaffte er es in die Hauptrunde und zog anschließend mit Siegen gegen Fraser Patrick und Martin Gould zum ersten Mal ins Achtelfinale eines Weltranglistenturniers ein, in dem er sich jedoch Anthony McGill mit 0:4 geschlagen geben musste. Beim Paul Hunter Classic 2016 in Fürth erreichte er ebenfalls die Runde der letzten 16 und unterlag Dominic Dale mit 1:4. Nur wenig später folgte bei den English Open das dritte Achtelfinale, nachdem er unter anderem den Weltranglistenachten Mark Allen besiegt hatte. Bei den Northern Ireland Open 2016 scheiterte er erneut im Achtelfinale, diesmal an Anthony Hamilton. Im Februar 2017 erreichte er beim German Masters nach Siegen gegen Dominic Dale und Michael Holt erstmals bei einem Ranglistenturnier das Viertelfinale, das er nach einem zwischenzeitlichen 2:2-Gleichstand jedoch mit 2:5 gegen den Engländer Stuart Bingham verlor. Wenig später gelangte er bei den Welsh Open ins Achtelfinale, nachdem er unter anderem gegen den amtierenden Weltmeister Mark Selby gewonnen hatte. In der Qualifikation zur Weltmeisterschaft 2017 besiegte er Sam Craigie, Mark Davis und Alexander Ursenbacher. Mit 17 Jahren und 58 Tagen war er nach Luca Brecel (2012) der zweitjüngste Spieler, der sich für die Endrunde in Sheffield qualifizierte. Im Crucible Theatre verlor er jedoch sein Erstrundenmatch mit 8:10 gegen Shaun Murphy. Durch das Erreichen der WM-Endrunde konnte er sich in der Weltrangliste erneut verbessern, sodass er am Saisonende den 56. Platz belegte. Als bestplatzierter Tourneuling wurde er als Rookie of the Year ausgezeichnet.