В ноябре 1997 года Ожегов был призван в Российскую Армию. Принял присягу в учебной части под Самарой, после чего там же прошел начальную подготовку. Срочную воинскую службу проходил в составе 6-й мотострелковой роты 506-го гвардейского мотострелкового полка 27-й гв. мотострелковой дивизии Приволжского военного округа, дислоцированной в поселке Тоцкое-2 Оренбургской области. Осенью 1999 года в составе своего полка, Сергей Анатольевич был направлен в командировку на Северный Кавказ, в ходе которой он принимал участие в проведении контртеррористической операции в Чеченской республике.