היוזמה להקמת המסילה באה מצידו של קיסר אתיופיה מנליק השני, אשר היה מודע לבידודה של האימפריה האתיופית ולהיעדר גישה בינה לבין נמל ימי. ב-11 בפברואר 1893 שכר הקיסר את שירותיו של ידידו ואיש סודו, המהנדס השווייצרי אלפרד אילג (Alfred Ilg), על-מנת שזה יתכנן מסילת רכבת שלה שלושה קטעים: הראשון מהעיר ג'יבוטי להרר שבמזרח אתיופיה, השני מהרר אל אנטוטו, בירת אתיופיה באותה עת, והשלישי מאנטוטו עד לנילוס הלבן. לשם כך הקים אילג ב-9 במרץ 1894 את "החברה הקיסרית האתיופית" (Compagnie Impériale Ethiopienne, ראשי תיבות .C.I.E), חברה פרטית שלה הון בן שני מיליון פרנקים צרפתים. בינתיים הסתיימה המלחמה האיטלקית-אתיופית הראשונה בקרב עדווה שנערך ב-1 במרץ 1896, ואתיופיה הדפה את הצבא האיטלקי שפלש לתיגראי שבתחומיה. דרישת האיטלקים שנתמכה על ידי מעצמות אירופיות אחרות, לפיה, בהתאם להסכם אוצ'ילי מ-1889, על אתיופיה לנהל את יחסי החוץ שלה באמצעות איטליה, ירדה מן הפרק, ואתיופיה חיזקה את ריבונותה ואת עצמאותה הפוליטית. הניצחון במלחמה הביא את שלטונות האימפריה הצרפתית ששלטה בג'יבוטי לאשר את הקמת המסילה בשטחים שהיו נתונים לשליטתה בג'יבוטי. אישור זה ניתן ב-27 באפריל 1894, והמכשול המדיני להקמת המסילה הוסר. ב-7 באוגוסט 1896 הוקמה חברה נוספת - "החברה הקיסרית למסילות ברזל של אתיופיה" (Compagnie Impériale des Chemins de fer Ethiopiens). על חברה זו הוטל להוציא את המיזם לפועל.