Trong thời nội chiến hai miền, 20.000 hiện vật của bảo tàng được di chuyển an toàn đến Busan để tránh bị phá hủy. Khi bảo tàng được đưa trở lại Seoul sau chiến tranh, chúng được lưu giữ ở cả cung Cảnh Phúc (경복궁 Gyeongbokgung) và cung Đức Thọ (덕수궁 Deoksugung). Năm 1972, bảo tàng lại một lần nữa di chuyển đến một tòa nhà mới xây trong khuôn viên cung Cảnh Phúc (경복궁Gyeongbokgung). Lần di chuyển tiếp theo là năm 1986, đến Jungangcheong – tòa nhà tổng hợp của chính quyền bảo hộ Nhật Bản trước đây, đến năm 1995 khi tòa nhà này bị phá bỏ. Tháng 12 năm 1996, bảo tàng được mở cửa cho công chúng tại một nơi tạm thời – Sảnh giáo dục xã hội được cải tạo lại.