У 1905 — командир міноносця № 253 Чорноморського флоту, Севастополь. Після цусімської поразки Шмідт організував «Союз офіцерів — друзів народу», від імені якого розіслав відозву, що закликала командирів кораблів підтримати революцію. Був тимчасово відправлений до Ізмаїлу. Восени повернувся до Севастополя, де розпочав активну агітаторську діяльність, брав участь у мітингах і маніфестаціях. Ведучи пропаганду серед матросів і офіцерів, Шмідт називав себе позапартійним соціалістом, засуджував соціал-демократів — за їх недостатньо уважне ставлення до вимог селянства, а соціалістів-революціонерів — за терор, до якого він відносився безумовно негативно; стояв за Засновницькі збори, вибрані загальними виборами; відстоював конституційну монархію. 20 жовтня 1905 року, під час похоронів в Севастополі мирних громадян, убитих під час демонстрації, він виголосив політичну промову, що дала йому широку популярність. 20.10.(02.09)1905 Шмідта було заарештовано, але 04.11.1905 відпущено під тиском громадськості. Шмідта було обрано «довічним депутатом» Севастопольської Ради робітничих, матроських і солдатських депутатів. Після звільнення продовжував активну політичну діяльність. 11.11.1905 Шмідта було відправлено у відставку у званні капітана 2-го рангу.