Rouhaní asumió la dirección de las negociaciones con las potencias occidentales después de 14 años como secretario del Consejo Superior de Seguridad Nacional de Irán, tras la crisis desatada por la revelación por círculos de oposición iraníes en el exilio de la existencia en Natanz y Arak de instalaciones nucleares no declaradas previamente al Organismo Internacional de Energía Atómica (OIEA), todo ello en el contexto internacional posterior a los atentados del 11 de septiembre de 2001 y a la subsiguiente invasión militar de dos países vecinos de Irán por los ejércitos de los Estados Unidos de América y sus aliados, Afganistán —desde el otoño de 2001— e Irak —desde la primavera de 2003—. En septiembre de 2003, la AIEA emitió por consenso una resolución que llamaba a Irán a acelerar su cooperación incrementando la transparencia y concediento a los inspectores del Organismo «acceso irrestricto» «en todos los lugares que el Organismo considere necesarios», entre debates en la opinión pública estadounidense sobre un posible ataque militar a Irán por Washington, cuya administración había catalogado a Teherán dentro de un «Eje del Mal».