Formé au Bayer Leverkusen, en 2009, il rejoint le FC Sankt Pauli, un club aux valeurs politiques de solidarité et d'antifascisme qui sont plus en adéquation avec sa philosophie. En trois saisons et 71 matchs avec les "Braun-Weiß", il marquera 12 buts, essentiellement en 2.Bundesliga. En 2013, Deniz Naki signe à Gençlerbirliği, un club de la capitale Ankara. Alors que la guerre en Syrie fait rage, durant la bataille de Kobanê, il affiche à plusieurs reprises son soutien aux combattants des YPG (les Unités de Protection du Peuple liées au PKK) qui résistent aux troupes de Daesh.