בתחילת מבצע עופרת יצוקה הביעה האגודה מחאה נגד הפגיעה באוכלוסייה אזרחית ברצועת עזה, וציינה: "ההתקפות הפסולות על אוכלוסייה אזרחית בישראל אינן יכולות לספק הצדקה כלשהי, מוסרית או חוקית, לפגיעה חסרת הבחנה באזרחים פלסטינים חפים מפשע". בהמשך המבצע הביעה האגודה מחאה על הפגיעה בבית חולים בעזה. עוד פרסמה האגודה מודעת מחאה בעיתון "הארץ" שיצאה נגד הרג ילדים.