L'armata francese si scoraggiò, il generale Menou si ritirò con le sue truppe ad Alessandria, ove gl'inglesi lo assediarono. Il generale Lanusse, avendo tardato troppo nel farsi amputare la gamba colpita, morì la notte tra il 21 ed il 22 marzo; il generale inglese Abercromby decedette ad Abukir il 28 dello stesso mese. La sconfitta portò alla definitiva chiusura della Campagna francese in Egitto: l'armata francese non resistette che qualche mese all'assedio anglo-turco di Alessandria e dovette capitolare.