Trotzdem bewahrte sich die pakistanische Staatsführung unter Muhammed Ayub Khan ein anhaltendes Misstrauen oder Unbehagen gegenüber der Sprachsituation im Land. Anstrengungen wurden unternommen, die beiden geografisch getrennten Landesteile sprachlich einander anzunähern. Die intellektuelle Führungsschicht Ostpakistans wurde aufgefordert, Lehnwörter aus den Sprachen Westpakistans und aus dem Persischen und Arabischen zu übernehmen. Die Gleichberechtigung des Bengalischen erfolgte nur zögerlich und halbherzig. Hinzu kam die wirtschaftliche und politische Benachteiligung Ostpakistans zugunsten des Westteils. Im Indisch-pakistanischen Krieg von 1965 fühlte sich Ostpakistan von Westpakistan im Stich gelassen. Die militärische Führung Pakistans konzentrierte sich praktisch ausschließlich auf die Verteidigung des westlichen Territoriums. Insgesamt erwiesen sich die Maßnahmen der pakistanischen Führung als unzureichend, die innere Spaltung des Landes vertiefte sich eher, und die bengalische Autonomiebewegung gewann immer weiter an Auftrieb.