Franz V. starb 1875 in Wien. Er vererbte den Titel und sein Vermögen jedoch nicht an seine Nichte, Erzherzogin Marie Therese, die mit dem späteren König Ludwig III. von Bayern verheiratet war, sondern bot Erzherzog Karl Ludwig, einem jüngeren Bruder von Kaiser Franz Joseph I. an, einen von dessen beiden Söhnen als Erben seiner böhmischen Güter und als Prätendent für Modena einzusetzen – unter der Bedingung, dass dieser den Namen „Österreich-Este“ annehmen sollte, obgleich er nicht aus diesem Zweig stammte. So trug ab 1875 dessen Sohn, Erzherzog Franz Ferdinand von Österreich-Este (geboren 1863), den Namen. Nach dem Tod des Kronprinzen Rudolf wurde Franz Ferdinand 1896 außerdem Thronfolger von Österreich-Ungarn. Nach der Ermordung Franz Ferdinands im Jahr 1914 ging der Name „Österreich-Este“ auf seinen Großneffen Erzherzog Robert (geboren 1915), den Sohn des späteren Kaisers Karl I. über. Roberts Mutter, Zita von Bourbon-Parma, Tochter des Herzogs Robert I. von Parma, war eine Urenkelin von Maria Theresia von Savoyen, Herzogin von Parma und Lucca, Tochter von Maria Theresia von Österreich-Este, Königin von Sardinien, die ihrerseits Tochter von Maria Beatrice d’Este und Erzherzog Ferdinand, den Begründern der Linie Österreich-Este war. So ist in weiblicher Linie zumindest eine direkte Abstammung gegeben.