Ministre de la Marine du au , il prend lui-même la tête de la flotte qui partie de Brest, et tente en vain de ravitailler l'Expédition d'Égypte. Il fait réintégrer dans la marine Nicolas Baudin avec le grade de capitaine de vaisseau, il sera son chef d'état-major. Masséna, assiégé dans Gênes, avait besoin de secours ; Bruix court à Brest où la flotte française était bloquée par les Anglais. Il s'embarque sur "L'Océan" avec Nicolas Baudin et profite d'un coup de vent qui disperse les vaisseaux ennemis, va ravitailler Gênes, rallie à son retour les Espagnols, et rentre avec eux dans le port de Brest. Après cette expédition hardie, Bruix rendit le portefeuille de la marine et prit le commandement de la flotte assemblée à l'île d'Aix, dans l'embouchure de la Charente, et qui devait faire voile pour l'Espagne. Mais l'ennemi renforça la croisière; l'amiral tomba malade, et la paix d'Amiens vint empêcher la flotte de sortir.