Im Rahmen der Maßnahmen nach dem Putschversuch in der Türkei gingen Polizei und Staatsanwaltschaft im Oktober 2016 gegen die Zeitung Cumhuriyet vor und verhafteten zwölf Angestellte, darunter neben Musa Kart auch deren Chefredakteur Murat Sabuncu. Der Vorwurf lautete, sie hätten durch ihre Arbeit die Terrororganisation PKK sowie die Gülen-Bewegung, der die Verantwortung für den Putschversuch in der Türkei 2016 zugeschrieben wird, unterstützt. Kurz vor der eigentlichen Verhaftung interviewt, äußerte Kart:„Das kann man der Welt nicht erklären. Ich werde verhaftet, weil ich Cartoons zeichne, nur wegen Cartoons. Ich denke jeder wird in der Lage sein, das zueinander ins Verhältnis zu setzen“Kart wurde zur Untersuchungshaft in das Gefängnis Silivri gebracht. Er teilte die Zelle mit dem Journalist Kadri Gürsel und dem Publizisten Turhan Günay, die beide ebenfalls für Cumhuriyet tätig waren.