Von 1886 bis 1890 war er Primat der Armenier in Ägypten. Zurück in Konstantinopel wurde Matheos Izmirlian im Jahre 1894 zum armenischen Patriarchen von Konstantinopel gewählt. Sein Drängen auf demokratische Reformen und die Wahrung der Rechte der Armenier im Osmanischen Reich sowie sein Protest gegen die Massaker an den Armeniern 1894–1896 brachten ihm den Titel „Eiserner Patriarch“ (arm. Երկաթյա պատրիարք "Yergatya Badryark") ein.