Авиакомпания была основана в 1927 году под именем "Аеропут", а в 1947 её переименовали в "Jугословенски Аеротранспорт". В 1980-х была одной из крупнейших авиакомпаний Европы. Однако ситуация драматически ухудшилась, когда в начале 1990-х ООН ввела санкции, означавшие для компании приостановку международных рейсов. Во время натовских бомбардировок Югославии 9 авиалайнеров компании были эвакуированы в Румынию. Сегодня JAT вновь производит рейсы в города Европы и поддерживает партнёрство с некоторыми авиакомпаниями, в том числе Люфтганзой.