Inmediatamente después de la conquista otomana de Constantinopla en 1453, la iglesia se convirtió en una mezquita, mientras que los edificios del monasterio se utilizaron como zauía, madrasa e imaret para la cercana mezquita de Fatih, que entonces estaba en construcción. El nombre turco de la mezquita («la mezquita del antiguo comedor») hace referencia a esto.