Pero lo más fatídico para Prusia fue la actitud del rey hacia el ejército y la policía. El ejército fue el verdadero fundamento del estado prusiano, una verdad que Federico Guillermo I y Federico el Grande habían comprendido plenamente. El ejército había sido el primer cuidado de éstos y su eficiencia había sido mantenida por la constante supervisión de su personal. Federico Guillermo, a quien no gustaban los asuntos militares, puso su autoridad como "Kriegsherr" (Señor de la Guerra) en manos de una comisión dependiente de un supremo colegio de guerra, bajo la dirección del Duque de Brunswick y del General Wichard Joachim Heinrich von Möllendorf. Esto fue el comienzo del proceso que terminó en 1806, en la Batalla de Jena.