Dari tahun 2000 sehingga 2005, beliau ialah Ahli Parlimen Mesir. Beliau Kemudian menjadi Pengerusi Parti Kebebasan dan Keadilan (FJP), sebuah parti politik yang berpaksikan kepada Islam, di mana awalnya sangat berkait rapat dengan gerakan Ikhwanul Muslimin. Gerakan Ikhwanul Muslimin dilihat kembali rancak selepas Revolusi Mesir 2011 sehingga mencapai kemenangan dalam pilihan raya parlimen Mesir 2011–2012. Beliau juga dicalonkan sebagai calon FJP pada [[pilihan raya presiden Mesir 2012&lt;/a&gt;]. Morsi sebelum ini telah mendapat pendidikan Islam secara tulen di selatan [[California]], Amerika Syarikat.