Макгоуэн родился в семье ирландского происхождения в южнокаролинском округе Лоренс. Его отец был крупным фермером, и согласное его воле Макгоуэн стал изучать право. В 1841 году он окончил Южнокаролинский Колледж, где был членом студенческого Клариософического Общества. После колледжа он изучал право в Аббвиле и был допущен к юридической практике. В предвоенные годы он работал партнёром Томаса Перрина, а также принимал участие в политической жизни штата. Когда началась война с Мексикой, он добровольцем вступил в армию, где стал рядовым южнокаролинского полка "Palmetto Regiment". Он был отмечен за храбрость во время сражений под Мехико, дослужился до звания капитана, и был квартирмейстером, офицером штаба при генерале Китмане, а также при штабе генералов Уорта и Твиггса. Макгоуэн был адъютантом-добровольцем при Китмане во время штурма Чапультепека.