McKean commande à Jefferson City, Missouri, de décembre à . Il obtient ensuite une commandement divisionnaire dans l'armée du Tennessee le . Il combat lors de la bataille de Corinth au Mississippi les 3 et , et mène sa division jusqu'au . McKean commande ensuite de nombreux districts dans les départements tenus par l'Union tout au long de 1863, 1864, et jusqu'au . McKean est breveté major-général, le , pour son service de guerre, et quitte le service des volontaires, le .