22 августа 725 года город был разграблен арабами. После разгрома арабской армии в битве при Пуатье, в 733 году майордом Карл Мартелл подчинил себе Бургундию, раздав захваченные владения своим приближенным: Отён, ставший столицей графства Отён, получил во владение Тьерри (Теодерик) I. Впоследствии это графство стало ядром образованного в 918 году герцогства Бургундия. Некоторое время город был столицей герцогства, но потом столицу перенесли в Дижон. В 1379 году город был разрушен англичанами. В 1482 году вместе с герцогством вошёл в состав Франции.