La nouvelle saison débute par le Trophée des champions face à l'Olympique Lyonnais, le à la Red Bull Arena située à Harrison, près de New York. Les deux équipes font match nul un partout et les Montpelliérains s'inclinent lors de la séance des tirs au but. Rémy Cabella inscrit son premier but de la saison 2012-2013 en Ligue 1, lors d'un déplacement sur la pelouse du FC Sochaux, le . Il débute en même temps que son club formateur en Ligue des champions, le face à Arsenal FC. Il est une nouvelle fois nommé pour le Trophée UNFP du meilleur espoir de Ligue 1, il joue trente-et-un matchs en marquant sept buts et délivrant six passes décisives en Ligue 1. En Ligue des champions, il a joué les six matchs de poule et délivré une passe décisive. Il est élu meilleur joueur du Montpellier Hérault Sport Club par les supporters du club.