Il confine emerse per la prima volta durante la spartizione dell'Africa, un periodo di intensa competizione tra le potenze europee nel tardo XIX secolo per il controllo dei territori in Africa. Il processo culminò nella Conferenza di Berlino del 1884, attraverso il quale le nazioni europee interessate concordarono le loro rispettive rivendicazioni territoriali e le regole degli impegni futuri. Come risultato di ciò, la Francia ottenne il controllo dell'alta valle del fiume Niger (più o meno equivalente alle aree attuali del Mali e del Niger). La Francia iniziò ad occupare l'area del moderno Mali (allora spesso indicato come il Sudan francese) durante gli anni 1880-90, occupando in seguito il territorio del moderno Niger entro il 1900. Queste aree caddero sotto il controllo della colonia federale dell'Africa Occidentale Francese ("Afrique occidentale française", abbreviato AOF). Le divisioni interne di questo sistema politico subirono diversi cambiamenti; quelli che adesso sono Mali, Niger e Burkina Faso furono inizialmente uniti come l'Alto Senegal e Niger, con il Niger classificato come territorio militare, governato dalla città di Zinder. Quello che adesso è il confine Mali-Niger fu inizialmente delimitato dai Comandanti di Gao e Niamey il 26 agosto 1909. Sembra che per circa un anno dal 1910-11 la città di Gao sia stata inclusa nel Niger. Il territorio militare del Niger fu diviso dall'Alto Senegal e dal Niger nel 1911, diventando una colonia separata nel 1922. Il confine Mali-Niger fu ulteriormente delimitato nel 1928-29 e nel 1937-1938, essendo finalizzato tramite una convenzione a Niamey il 3 aprile 1939.