In 1989, op het 10e Congres van de KDP, werd Barzanî verkozen tot lid van het Centraal Comité van de partij. Hij werd vervolgens herkozen op het 11e Congres in 1993, waarbij hij ook lid werd van het Politiek Bureau. Na de Eerste Golfoorlog van 1991 nam hij deel aan de onderhandelingen met de Iraakse regering. In 1996 werd hij aangesteld tot vicepremier voor de delen van Iraaks Koerdistan die onder controle stonden van de KDP. In 2005 verzoenden de twee voornaamste partijen van Iraaks Koerdistan, de KDP en de PUK, zich met elkaar en vormden de Koerdische Regionale Regering; bij de hierop volgende verkiezingen werd Barzanî verkozen. Vervolgens werd hij in 2006 aangeduid als eerste minister van de Koerdische Regionale Regering. Zijn ambtstermijn zou normaal gezien aflopen in 2008, maar na een akkoord tussen de partijen van de meerderheid werd zijn termijn verlengd tot de verkiezingen van 2009.