Op 1 juli 2010 wees de Griekse voetbalbond Fernando Santos aan als nieuwe bondscoach van Griekenland voor de daaropvolgende twee jaar. Hij trad aan als opvolger van Otto Rehhagel, die bijna tien jaar de leiding had gehad bij de Griekse nationale A-ploeg. Het Europees kampioenschap voetbal 2012 in Oekraïne en Polen was Santos' eerste grote toernooi, nadat hij kwalificatie met zijn selectie had weten af te dwingen. Griekenland speelde in de groepsfase tegen Polen, Rusland en Tsjechië. Na een gelijkspel tegen Polen (1–1) en een nederlaag tegen Tsjechië (1–2) won Griekenland op zaterdag 16 juni het afsluitende groepsduel van Rusland met 1–0. Dankzij de treffer van aanvoerder Giorgos Karagounis, op slag van rust, plaatste Santos' ploeg zich verrassend voor de tweede ronde, samen met groepswinnaar Tsjechië. Santos zwaaide af bij de Grieken na het WK voetbal 2014 in Brazilië en trad daarna aan als bondscoach van zijn vaderland Portugal, als opvolger van de weggestuurde Paulo Bento. Met Portugal werd hij Europees kampioen door op 10 juli 2016 Frankrijk met 1–0 te verslaan in de finale. Op 9 juni 2019 wist Santos met zijn ploeg de UEFA Nations League te winnen door Nederland met 1–0 in de finale te verslaan.