V zimním semestru 1947/48 začal na Cyrilometodějské teologické fakultě vyučovat československé církevní dějiny. Po komunistickém puči v roce 1948 však bylo kroměřížské Arcibiskupské gymnázium a seminář uzavřeno, uzavřen byl taktéž kroměřížský zámek, kde dr. Zuber působil jako knihovník. Roku 1952 musel ukončit i svou činnost v arcibiskupském archivu a přešel do Zemědělsko-lesnického archivu ve slezském Javorníku. Před tímto přechodem také pracoval jako brigádník v ostravské Nové huti. Do roku 1960 měl ve správě archivní fondy vratislavské arcidiecéze, které jako první zinventarizoval a popsal jako spoluautor "Průvodce po archivních fondech Státního archivu v Opavě" zveřejněného v roce 1961. V roce 1950 se stal zaměstnancem pobočky šumperského Okresního archivu v Jeseníku, kde vydržel až do svého odchodu do důchodu v roce 1977. Byl také obviněn ze špionáže pro Vatikán. V šedesátých letech vypracoval kandidátskou práci "Osídlení Jesenicka do počátku XV. století", která vyšla i tiskem, ale později za normalizace mu nebylo režimem umožněno kandidátský titul obhájit. V téže době věnoval badatelské úsilí např. působení piaristů na Moravě a či osobě Karla Ditterse z Dittersdorfu. Mezi jeho největší díla patří kniha "Osudy moravské církve v 18. století", jejíž první svazek vyšel již v roce 1987. PhDr. Rudolf Zuber zemřel 29. října 1995 v Jeseníku ve věku 82 let.