L'Empereur Napoléon I abdique le 22 juin 1815. En août 1815 Boutin disparaît mystérieusement dans le djebel Ansériès (Syrie) au cours d'une excursion alors qu'il était sur le point de rentrer en France. Lady Stanhope obtient du pacha d'Acre la conduite d'une expédition punitive au cours de laquelle . Elle déclare plus tard son admiration pour le défunt explorateur dans une lettre qu'elle envoie au frère de la victime. Les circonstances exactes de sa mort restent inconnues, mais l'assassinat n'est guère douteux : son corps et celui de son domestique ayant été retrouvés mutilés.