Dopo che la Germania nazista ruppe il trattato tedesco-sovietico e attaccò l'URSS e la Kresy polacca occupata dai sovietici, Boy rimase a Leopoli. La città fu conquistata la notte del 4 luglio 1941, fu arrestato e portato sulle colline di Wulka dove fu assassinato con l'accusa di essere "una spia sovietica", insieme ad altri 45 professori, artisti e intellettuali polacchi in quello che divenne noto come il massacro dei professori di Leopoli.