In der Zwischenkriegszeit absolvierte Stopford von 1923 bis 1924 das Staff College Camberley, wo er kurz vor dem Beginn des Zweiten Weltkriegs als Ausbilder tätig war. Beim Westfeldzug und dem Rückzug nach Dünkirchen 1940 befehligte er die "17th Infantry Brigade" der "5th Infantry Division" und wurde im Januar des folgenden Jahres Kommandeur der wieder aufgestellten "56th Infantry Division". Im Oktober 1941 wurde er zum Kommandanten des Staff College ernannt und übernahm im November 1942 die Führung des "XII Corps" in Großbritannien. Im Herbst 1943 wurde er nach Indien versetzt, wo er als Nachfolger Philip Christisons den Befehl über das XXXIII Corps der indischen Armee erhielt. Mit diesem führte er im Frühjahr 1944 die Entsatzbemühungen in der Schlacht von Kohima, die Teil der japanischen Operation U-gō war. Diese letzte japanische Offensive auf dem Kriegsschauplatz Burma-Indien scheiterte im Juni 1944. Stopfords Korps nahm auch an den folgenden Operationen zu Rückeroberung Burmas 1944/45 teil. Ende Mai 1945, nach der Eroberung Ranguns, wurde aus seinem Hauptquartier die 12. Armee neu aufgestellt, mit der Stopford die restlichen Operationen des Krieges in Burma führte, während die 14. Armee für den geplanten Angriff auf die Malaiische Halbinsel ("Operation Zipper") bereitgestellt wurde. Stopfords Armee vereitelte unter anderem den japanischen Ausbruchsversuch durch das Pegu-Joma.