En los años de Derg, el ETAF se vio envuelto en la guerra civil. El ETAF desempeñó un papel crítico en el esfuerzo de guerra de Derg en el norte. Fue el principal obstáculo que enfrentaron los rebeldes para lograr la victoria total. Sin embargo, a fines de la década de 1980, muchos en la fuerza aérea comenzaron a cuestionar el enjuiciamiento de la guerra. Tras el fallido golpe de estado de 1989, en el que participaron los principales líderes del ETAF, su alto mando fue diezmado con arrestos y ejecuciones. Como resultado, ETAF sufría de baja moral y serias grietas internas. Los pilotos desertaron en número creciente a países vecinos. La situación en el terreno también se estaba volviendo desesperada. Finalmente, las fuerzas del Frente Democrático Revolucionario del Pueblo Etíope (EPRDF) invadieron el ejército de Derg y tomaron el control del país en 1991.