כאשר התקיפה גרמניה את ברית המועצות ב-22 ביוני 1941, הגיעו שיקורסקי וסטלין לידי הבנה: שיקורסקי חתם עם השגריר הרוסי בלונדון, איוואן מייסקי, על הסכם צבאי, שלפיו ישתפו החיילים הפולנים המצויים בשטחה של ברית המועצות פעולה עם הצבא האדום בהדיפת התוקף. ברית זו אינה מובנת מאליה ואפשר שהיא מנוגדת לחלוטין לנטיות לבם של שיקורסקי וסטלין כאחד, שהרי טרם הפלישה הגרמנית לברית המועצות, כבשה ברית המועצות כשליש משטחה של פולין על פי נספח סודי להסכם ריבנטרופ–מולוטוב, וכי גורלם של עשרות אלפים אזרחים וקצינים שנפלו בידי הצבא האדום הפולש היה לוט בערפל (ובדיעבד הסתבר כי נרצחו בידי הנ.ק.ו.ד. באירוע המכונה טבח יער קאטין). יתירה מזאת, סטלין לא מוכן היה לוותר על חלקי פולין שנפלו בידיו ב-1939, בעוד שיקורסקי לא היה מוכן אף הוא להסכים לכל שינוי מן הגבול שהיה ערב המלחמה. עם זאת, הצורך הדוחק במלחמה כנגד האויב המשותף, אשר בשעה זו כבש את פולין כולה, וחלקים נרחבים בברית המועצות, תוך שהוא משליט בהם משטר טרור ברוטאלי וטובח באכזריות בתושביהם, גבר על חילוקי הדעות הפוליטיים, אם כי אלו עמדו ברקע היחסים עד לסיומם הטראגי.