Im September 1798 kommandierte Kray am Kriegsschauplatz in Norditalien zunächst eine Division in Friaul, erhielt jedoch als ältester General bis zum Eintreffen des Generals der Kavallerie Freiherr von Melas den Oberbefehl. Ende März 1799 eröffnete die französische Italienarmee unter General Scherer ihren Angriff in der Lombardei. Im Treffen bei Pastrengo (26. März) geschlagen, konnten gleichzeitig andere Truppenteile Krays alle französischen Angriffe bei Verona und Legnago zurückweisen und am 5. April die Schlacht bei Magnano siegreich bestehen und die Festung Mantua einschließen.