Beim ersten Weltcup der Saison 2016/17 in Ruka holte Niskanen über 15 km klassisch seinen zweiten Weltcupsieg. Es folgte der zehnte Platz bei der Weltcup Minitour in Lillehammer. Im Januar 2017 gewann er in Lahti über 15 km klassisch sein erstes Rennen im Scandinavian Cup. Im folgenden Monat wurde er beim Weltcup in Otepää Zweiter über 15 km klassisch. Beim Saisonhöhepunkt, den Weltmeisterschaften 2017 in Lahti, gewann er die Bronzemedaille zusammen mit Sami Jauhojärvi im Teamsprint und die Goldmedaille über 15 km klassisch. Zudem errang er mit der Staffel den fünften Platz. Zum Saisonende belegte er im 50 km Massenstartrennen in Oslo den zweiten Platz und erreichte den 14. Platz im Gesamtweltcup und den vierten Rang im Distanzweltcup. Zu Beginn der Saison 2017/18 errang er den sechsten Platz beim Ruka Triple. Dabei wurde er Dritter über 15 km klassisch. Es folgten sieben Top-Zehn-Platzierungen, darunter Platz drei in Lahti über 15 km klassisch und erreichte damit den 15. Platz im Gesamtweltcup und den 13. Rang im Distanzweltcup. Bei den Olympischen Winterspielen 2018 in Pyeongchang gewann er die Goldmedaille über 50 km im klassischen Stil. Im April 2018 wurde er im Taivalvaara finnischer Meister über 50 km klassisch.