בשנת 1994 קיבלה דאגסטן חוקה, ולפיה היה לראש הרשות המבצעת גוף קולקטיבי בן 14 חברים, המורכב מנציגי העמים השונים המאכלסים את דאגסטן, שכונה "מועצת המדינה". בראש המועצה הועמד מגומדוב. מגומדוב הנהיג את דאגסטן בשנות העצמאות הראשונות, דרך משברים כמלחמת צ'צ'ניה הראשונה ומלחמת צ'צ'ניה השנייה. על אף שלא שימש בתפקיד "נשיא", ולכאורה היה חלק מגוף קולקטיבי, היה מגומדוב האיש החזק בדאגסטן. אחת מדרישות הקיצונים הצ'צ'נים שפלשו לדאגסטן בשנת 1999 באירוע שהצית את מלחמת צ'צ'ניה השנייה הייתה סילוקו של מגומדוב, שנחשב ל"פרו רוסי". במהלך השנים שמר מגומדוב על יחסים תקינים עם רוסיה, ועם נשיאיה בוריס ילצין וולדימיר פוטין.