Незадолго до конституционного кризиса, весной 1993 года занимался переводом специальных, армейских и иных силовых структур в оперативное подчинение силам, лояльным президенту России. В частности, под кураторство самого Барсукова перешли Президентский полк, 27-я мотострелковая бригада, части бывшего оперативно-технического управления КГБ, бывших 5-го и 9-го управлений КГБ, а также группы «Альфа» и «Вымпел».