Mit dem Kriegsausbruch in Slowenien und Kroatien 1991 wurde die Situation auch in Bosnien und Herzegowina immer kritischer. Im Mai 1992 nahm die Jugoslawische Volksarmee die Stadt unter Artilleriebeschuss; Bosniaken und bosnische Kroaten schlossen sich zur Verteidigung der Stadt zusammen. Kurz nach dem Angriff der JNA kam es auch zum Ausbruch des kroatisch-bosniakischen Krieges im Mai 1992. Dieser wird auch als „Krieg im Krieg“ zwischen Bosniaken bezeichnet, da beide Seiten davor ein gemeinsames Verteidigungsabkommen hatten. Die Stadt stand von Mai 1992 bis Juli 1993 unter kroatischem Beschuss. Im Juli 1993 fielen Soldaten und Einheiten des HVO in Bugojno ein und verübten an der muslimischen Bevölkerung des Stadtteils Vrbanja ein Massaker. An dieses Verbrechen erinnert jedes Jahr am 17. Juli ein Gedenkgottesdienst im selbigen Stadtteil. Nach der Befreiungsoffensive nahmen bosnisch-herzegowinische Regierungstruppen mehrere kroatische Soldaten und bewaffnete Zivilisten fest. Man brachte die gefangenen Kroaten in neun Gefangenenlager, die meisten wurden im Sportstadion der Stadt gefoltert und getötet. Außerdem wurde ein Großteil der hinterbliebenen kroatischen Zivilbevölkerung von Anhängern der ABiH getötet.