La carriera di Pablo Crer inizia nel settore giovanile e poi nella prima squadra del ; nel 2006 è finalista al campionato sudamericano Under-19, nel 2008 vince il campionato sudamericano Under-21 e quello Under-19 e nel 2009 si classifica al terzo posto sia al campionato mondiale Under-21 che a quello Under-19. Nel 2010 viene ingaggiato dal e debutta in nazionale maggiore, disputando la finale della Coppa Panamericana.