Laveran wurde am 18. Juni 1845 als Sohn des Militärarztes und Professors an der École de Val-de-Grâce, Louis Théodore Laveran, und dessen Frau Marie-Louise Anselme Guénard de la Tour am heutigen Boulevard Saint-Michel in Paris geboren. 1863 wurde er an der Schule für Allgemeinmedizin in Straßburg eingeschrieben und wechselte 1866 an die allgemeinen Krankenhäuser in derselben Stadt. 1867 promovierte er über die "Regeneration der Nerven". 1870, während des Deutsch-Französischen Krieges, ging Laveran als medizinischer Offizier nach Metz. Er nahm an der Schlacht bei Gravelotte und dem Sieg in Metz teil.