באפריל 2012 לאחר שהצבא הדיח את הנשיא המכהן אמדו טומני טורה בשל חוסר רצונו להילחם במורדים בצפון המדינה נתבקש טראורה לשמש כנשיא הזמני שלה עד לבחירות. בחודש מאי ניצל מניסיון התנקשות לאחר שהמון זועם הכה אותו. בזמן כהונתו נלחם טראורה במורדים האיסלמיסטים וניהל יחד עם צרפת את מבצע סרוואל לכיבוש צפון מאלי מידי הקיצוניים.