弗吉尼亚州加入邦联后迁都里士满，本杰明认为该城离北方太近，但反对意见未获采纳。他与小舅朱尔斯·圣马丁（）前往新首都，内战期间两人住在一起，估计圣马丁是靠姐夫打通关系得以进入战争部工作。邦联战争部长是亚拉巴马州的勒罗伊·沃克（），但身为战争英雄和前美国战争部长的戴维斯自认更有资格执掌该部并下达命令。邦联军队赢得第一次馬納沙斯之役后未能扩大战果进攻哥伦比亚特区，媒体对沃克口诛笔伐。沃克九月辞职参军，军衔准将，戴维斯任命本杰明继任。巴特勒称，戴维斯此时认为本杰明是手下最有能力的官员，几乎任何职位都能胜任。本杰明担任战争部长的同时继续代理总检察长位置直到1861年11月15日。