Alors que son frère réussit à fonder le Pakistan avec la Ligue musulmane le 14 août 1947, Fatima visite une camp de réfugiés dans le Cachemire. La partition des Indes a en effet créé des violences et des mouvements massifs de population puis les deux pays s'affrontent lors Première guerre indo-pakistanaise sur la question du Cachemire. Elle accompagne ensuite son frère dans sa maladie et ils se retirent à Quetta pour y cherche du calme. Muhammad Ali meurt le 11 septembre 1948 d'une pneumonie. Alors qu'une journée de deuil est décrétée au Pakistan comme en Inde, ses obsèques nationales réunissent un million de personnes à Karachi.