W XV wieku ze względu na rozwój gospodarczy Krupnik stał się centrum eparchii Krupniszkiej. W XVII wieku nastąpiła islamizacja osady, ale jej mieszkańcy zachowali język bułgarski. Neofit Riłski i Stefan Strezow opisywali wieś. W czasie wojen bałkańskich odbyła się bitwa pod Krupnikiem.