Im Jahr 1993 eskalierte der kroatisch-bosniakische Krieg und die Kroatische Gemeinschaft Herceg-Bosna wurde zur Kroatischen Republik Hergeg-Bosna (HR HB) ausgerufen. Die Sicherheitsdienste der HR HB wurden in die Ministerien für Verteidigung und Innere Angelegenheiten integriert. Das Verteidigungsministerium hatte einen Sicherheitssektor unter der Leitung des Assistenten des für Sicherheit zuständigen Verteidigungsministers. Der Sektor bestand lediglich formal aus der Abteilung des SIS und der Abteilung für Militärpolizei (die diesem jedoch tatsächlich nicht unterstellt war).