Иако је претходно најавио да ће се повући из репрезентације након Свјетског првенства 2014, промијенио је одлуку и, под новим селектором — Антониом Контеом, вратио се у репрезентацију. На дан 10. октобра, стартовао је утакмицу другог кола квалификација за Европско првенство 2016, у побједи 2:1 против Азербејџана, чиме је, са 113 наступа, престигао Зофа. На утакмици, асистирао је Ђорђу Кјелинију из корнера за водећи гол. У августу 2015, позван је за утакмице квалификација против Малте и Бугарске. Играо је у побједи 1:0 против Малте, поставши тако први италијански фудбалер који је из МЛС лиге наступио за репрезентацију. Утакмица против Малте била је његова последња утакмица за репрезентацију. Укупно, наступио је на четири утакмице под вођством Контеа, док се Италија пласирала на првенство побједом 3:1 против Азербејџана. На дан 23. маја 2016, Пирло и други италијански фудбалер из МЛС лиге — Ђовинко, нису се нашли на скраћеном списку од 30 играча за Европско првенство. Након своје одлуке, Конте је изјавио: „када донесете одређени избор да играте у одређеним лигама, радите то узимајући у обзир посљедице са фудбалске тачке гледишта“. У одговору на Контеов коментар, Пирло је за "Скај спорт" изјавио: „разговарао сам са Контеом и нема разочарења са моје стране, он зна шта треба да ради и шта не треба. Имали смо расправу током сезоне и обје стране су донијеле своје одлуке. Он је тренер и његово је право да доноси одлуке и да одлучи ко је најбољи за њега. Надам се да ће Италија освојити првенство, иако су неке друге репрезентације фаворити, као Њемачка, Шпанија и Француска.