Перша згадка про Хомутов — 29 березня 1252 року, коли Бедрих Начерадув з Хомутова пожертвував містечко Тевтонському ордену, який 1254 року встановив тут свій комтур. У 2-й половині XIV століття дерев'яні стіни було замінено кам'яними мурами. 1396 року командир (комтур) Альбрехт з Дубе надав місту печатку з гербом. Тевтонський орден займав Хомутов до 1411 року, коли після Грюнвальдської битви місто (за винятком патронату над церквою) забрав король Вацлав IV. 16-го березня 1421 року Хомутов був завойований і розграбований гуситами. Потім в місті чергувалися власники; останніми з них були Гасиштейншти з Лобковиц, які в Хомутові, як одному з перших міст у Чехії, проводили жорстку рекатолизацію (1589 року тут був заснований Хомутовський єзуїтський колегіум).