Když byl v roce 1679 odvolán dosavadní zahraniční ministr markýz de Pomponne, na jeho místo byl po návratu z Bavorska jmenován v únoru 1680 Charles Colbert. Jako ministr zahraničí musel akceptovat názory Ludvíka XIV., do jeho kompetencí navíc zasahovali další vlivní ministři, mimo jiné jeho bratr Jean-Baptiste a synovec Jean-Baptiste Colbert, markýz de Seignelay nebo ministr války markýz Louvois. Přesto patřil k významným strůjcům kontroverzní politiky "reunií" (připojování území na východní hranici Francie, která historicky spadala pod Francouzské království). Reunie vedly k válce (1683–1684), díky níž Francie získala Alsasko, Lucembursko a Štrasburk. Rostoucí moc Ludvíka XIV. o několik let později pod záminkou Falckého dědictví vedla ke vzniku široké protifrancouzské koalice a devítileté válce (1688–1697). Francie sice ještě počátkem 90. let slavila úspěchy na bitevních polích, ale kvůli finančním potížím začaly v roce 1696 probíhat separátní mírové rozhovory s Nizozemím. Charles Colbert jako ministr zahraničí připravil půdu pro mírová jednání, smlouva z Rijswijku byla ale uzavřena až v roce 1697. Charles Colbert de Croissy zemřel již v červenci 1696 na zámku ve Versailles. Za zásluhy získal Řád sv. Ducha a Řád sv. Michala.