Alle elezioni amministrative successive il PRC si presenta in più occasioni in coalizioni e liste unitarie della sinistra alternative al centrosinistra. A Roma si sceglie di sostenere la candidatura di Stefano Fassina assieme a SI, Possibile e il neonato Partito Comunista Italiano (PCI) nella lista Sinistra per Roma che ottiene il 4,5%. A Napoli invece sono SI e Possibile ad aggregarsi alla coalizione che aveva già sostenuto Luigi De Magistris e che si rivela nuovamente vincente. La lista unitaria Napoli in Comune ottiene il 5,3% ed elegge 5 consiglieri. A Torino la coalizione unitaria a sostegno di Giorgio Airaudo si attesta al 3,7%, riuscendo a eleggere il candidato sindaco. Per la prima volta il PRC non prende parte alle elezioni comunali di Bologna, dove abbandona il progetto unitario di Coalizione Civica (7,1%) contestando a SI il tentativo di prendere in ostaggio il percorso elettorale, mentre a Milano prende parte alla lista Milano in Comune che sostiene Basilio Rizzo, mentre Sinistra Italiana farà parte di una lista all'interno della coalizione di centrosinistra. In autunno Rifondazione sostiene il «no» al referendum costituzionale. La sinistra si ritrova nuovamente unita all'interno del Comitato per il «no», che trova i suoi portavoce in Anna Falcone e Tomaso Montanari. La vittoria del «no» al referendum (59,1%) ha come conseguenze le dimissioni del governo Renzi, la nascita del governo Gentiloni e l'inizio di un nuovo dialogo tra le forze di sinistra in vista della fine della legislatura e delle successive elezioni politiche. Nel frattempo anche Essere Comunisti abbandona Rifondazione per aderire a Sinistra Italiana.