V posledních dvou letech druhé světové války de facto Smutný zastával funkci kancléře. Po konci války se oficiálně kancléřem prezidenta republiky stal. Smutný se stal Benešovým přítelem i v jeho soukromém životě a byl tak u všech událostí, které Beneš prožil. Včetně tzv. únorové krize vlády a následného komunistického převratu. Když Beneš 2. června 1948 ze své funkce odstoupil, Smutný ještě několik měsíců sloužil u Klementa Gottwalda jako jakýsi špeh vznikajícího třetího odboje. Ovšem komunisté na to přišli a zbavili ho postu kancléře, Smutný s celou svou rodinou se poté nechal ilegálně převézt přes hranice kvůli hrozícímu zatčení a uvěznění státní policií.