После октября 1917 года Н. В. Мефодиев вернулся к врачебной практике. В 1918 году он вошёл в антибольшевистское Верховное управление Северной области (под председательством Н. В. Чайковского), а позднее, в октябре — в состав Временного правительства Северной области (ВПСО), в котором заведовал отделом торговли и промышленности.