Toutefois, ses opinions politiques le desservent auprès de l'Empereur et les relations entre les deux hommes restent tendues. Tenu à l'écart des titres, pensions ou dotations, le vainqueur de Fleurus est employé sur des théâtres d'opérations éloignés. D'abord chef d'état-major du roi Joseph à Naples, Jourdan est nommé major général de l'armée d'Espagne en 1808 mais son autorité se révèle rapidement contestée. Présent à la bataille de Talavera en 1809, puis à celle de Vitoria en 1813, il est rendu responsable de cette défaite par Napoléon et tombe en disgrâce. Après la chute de l'Empire, il mène une belle carrière au service des Bourbons et devient gouverneur des Invalides jusqu'à sa mort, en 1833.