Tidak semua peperangan dimenangi oleh Napoleon. Meskipun di kawasan gurun, Napoleon berjaya mengalahkan tentara gabungan Uthmaniyah dan Mamluk dalam Pertempuran Piramid, tetapi beberapa hari kemudian, para tentera Perancis dikalahkan oleh tentera Inggeris di bawah pimpinan Laksamana Horatio Nelson di Teluk Aboukir. Tentera Horatio Nelson berhasil mengalahkan armada Perancis sekali lagi di pertempuran laut di Trafalgar antara tentera Perancis-Sepanyol yang dipimpin oleh Admiral Villeneuve dengan armada Inggeris yang dipimpin oleh Laksamana Nelson, meskipun Nelson maut dalam pertempuran ini.