Da krigen kom i 1940 var sykehuset nesten ferdig. Søstrene fant raskt ut at sykehuset måtte tas i bruk jo fortere jo bedre. Derfor ble flyttingen organisert om morgenen 9. april. Utvaskingen startet umiddelbart og de fikk sykehuset i stand samtidig som de siste arbeiderne gjorde seg ferdig med bygget. Flyttelasset gikk fra Fosswinkels gate til Haraldsplass – og det gikk raskt. I juni var innflyttingen over og 20. november 1940 fant den formelle overleveringen av bygget sted. Fullt belegg var det før den tid. I juli 1941 ble sykehuset overtatt av tyskerne til militært bruk og forbeholdt deres pasienter. Norske pasienter ble igjen henvist til Fosswinkels gate, mens personalet beholdt Søsterhjemmet, og bodde der krigen igjennom.