Als man im Dezember 1821 plante, die Erste Griechische Nationalversammlung in Sofiko abzuhalten, verhinderten dies die Einwohner, da sie Repressalien durch die türkischen Behörden fürchteten. Am 14. Juli 1823 wurde Sofiko das Hauptquartier der Revolutionsregierung, bis man sie am 16. August 1823 auf die Insel Salamis verlegte. Während des griechischen Bürgerkriegs kam es zwischen Panoutsos Notaras und Ioannis Notaras zu Streitigkeiten, wer Sofia Rendi zur Frau erhalten sollte. Hierbei kam es im Sommer 1826 zur Inhaftierung von Sotirakis Notaras, dem Vater von Ioannis, in Sofiko. Deshalb sammelte Ioannis Notaras 2000 Soldaten und belagerte den Ort acht Tage lang. Als er ihn schließlich erobert hatte, zerstörte er die Häuser und verbrannte die Kiefern, aus denen die Bewohner Harz gewannen. Am 28. November 1826 begab sich eine Gesandtschaft nach Hydra und bat um Unterstützung beim Wiederaufbau des Orts.