Ab 1800 leistete Graindorge in Aachen, wo er garnisoniert war, sowie anschließend ab 1803 im Lager bei Saint-Omer bedeutende Dienste. Nachdem er am 11. Dezember 1803 zum Mitglied sowie am 14. Juni 1804 zum Offizier der Ehrenlegion ernannt und am 1. Februar 1805 zum Brigadegeneral vorgerückt war, erschien er erst wieder während der Kriege gegen Österreich und Preußen an der Front. Während der letzten Monate des Jahres 1805 befehligte er eine Brigade der 2. Division des von Marschall Jean Lannes kommandierten 5. Korps der Grande Armée und kämpfte am 11. November 1805 bei Dürnstein mit, geriet hier aber in Gefangenschaft. Nach seiner Freilassung nahm er am 10. Oktober 1806 am Gefecht bei Saalfeld teil. In der Schlacht bei Jena und Auerstedt (14. Oktober 1806) wurde er verwundet, focht aber wieder am 26. Dezember 1806 bei Pułtusk mit. Im folgenden Jahr attackierte er am 16. Februar auf Order des Oberbefehlshabers, General Savary, eine russische Division bei Ostrolenka, schlug sie und brachte ihr bedeutende Verluste an Soldaten und Geschützen bei.