Pangeran Willem van Oranje menginvasi Inggris pada tanggal 5 November 1688. Invasi yang dikenal dengan sebutan Revolusi Mulia ini berujung pada pemakzulan Raja James II. Setahun sebelumnya, karena dilarang Raja James untuk mengunjungi Mary sesuai rencana pada musim semi tahun 1687, Anne pun menyurati Mary dan akhirnya menginsyafi bahwa Pangeran Willem berencana menginvasi Inggris. Atas saran suami-istri Churchill, Anne tidak berpihak kepada Raja James ketika Pangeran Willem mendarat di Inggris, dan malah menyurati Pangeran Willem pada tanggal 18 November untuk menyatakan persetujuannya terhadap tindakan abang iparnya itu. John Churchill menyeberang ke kubu Pangeran Willem pada tanggal 24 November, disusul Pangeran George pada malam tanggal yang sama. Sore hari berikutnya, Raja James II menurunkan titah untuk mengurung Sarah Churchill di Istana St James. Anne dan Sarah berhasil kabur dari Whitehall lewat tangga belakang, kemudian berlindung di rumah Uskup Compton. Keduanya menginap selama satu malam di rumah itu sebelum melanjutkan pelarian, dan akhirnya sampai di Nottingham pada tanggal 1 Desember. Dua minggu kemudian, dengan dikawal banyak orang, Anne tiba di Oxford dan berjumpa dengan Pangeran George dalam suasana gegap gempita. "Tolong aku Ya Allah! Anakku sendiri sudah meninggalkan aku," ratap Raja James ketika menyadari pembelotan putrinya pada tanggal 26 November. Pada tanggal 19 Desember, Anne kembali ke London, dan dikunjungi Pangeran Willem sebanyak satu kali. Raja James mengungsi ke Prancis pada tanggal 23 Desember. Anne tidak tampak prihatin mendengar kabar pelarian ayahnya, dan malah mengajak kawan-kawannya bermain kartu seperti yang biasa ia lakukan. Anne beralasan "sudah biasa bermain dan tidak pernah suka melakukan hal-hal yang tampak seperti pura-pura menahan diri".