Durante la intervención francesa en México, Sonora fue invadido por tropas francesas como parte de su esfuerzo para instalar una monarquía en México bajo Maximiliano I. El puerto de Guaymas fue atacado por fuerzas bajo Armando Castagny, lo que forzó a las fuerzas mexicanas al mando de Pesqueira y el General Patoni a retirarse al norte de la ciudad. Las tropas francesas atacaron a los mexicanos de nuevo en un lugar llamado La Pasión, resultando nuevamente en la derrota de la resistencia mexicana. Los franceses no fueron derrotados en el estado hasta la Batalla de Guadalupe de Ures en 1866 por Pesqueira, Jesús García Morales y Ángel Martínez. Poco después de esto, se escribió la constitución actual del estado en 1873, y su capital sería movida permanentemente a Hermosillo.