Atahualpa oli inkahallitsija Huayna Capacin nuorempi poika. Hänen äitinsä oli prinsessa, mutta ei Huayna Capacin virallinen vaimo, joten Atahualpa ei ollut perinteiden mukaan laillinen perijä, mutta hän on ilmeisesti ollut isänsä suosikki. Huayna Capacin kuoltua 1527 tai 1528 inkavaltakunta jaettiin kahtia. Atahualpan velipuoli Huascar hallitsi Cuzcon aluetta ja Atahualpa pohjoisia osia Quitosta.. He joutuivat kuitenkin pian sotaan keskenään. Atahualpa voitti ja tapatti veljensä vuonna 1532.