Alexander II. von Pappenheim war der Sohn von Heinrich Burghard I. von Pappenheim und seiner Gemahlin Anna von Hürnheim und ursprünglich evangelisch getauft. Dennoch trat er zum katholischen Glauben über und war ein Verfechter desselbigen. Er war mit Margaretha von Syrgenstein vermählt. Alexander besuchte die Universitäten in Freiburg, Ingolstadt und Löwen. Zusammen mit seinem Bruder Heinrich XIII. unternahm er mehrere Reisen durch Flandern, Holland und Seeland. Bei Ausbruch des Schmalkaldischen Krieges befand sich Alexander II. in England, vermutlich in Oxford. 1547 nahm er an den Begräbnisfeierlichkeiten von König Franz I. in Paris teil und kehrte danach nach Brüssel zurück. In der Folge begleitete er Karl V. auf seiner Huldigungsreise durch die Niederlande und weiter nach Augsburg, wo das Augsburger Interim verkündet wurde. Vom Jahr 1552 an diente Alexander II. in mehreren Feldzügen in Frankreich, Belgien und Ungarn. Im Jahr 1555 führte ihn sein Weg zurück nach Brüssel, wo er die Abdankung Karls V. miterlebte. Im Jahre 1563 pilgerte er in das Heilige Land. Alexander und sein Vetter Philipp von Pappenheim bauten das 1572 abgebrannte Kollegiatstift in Grönenbach wieder auf. Am 30. Mai 1577 schloss Alexander mit seinem, zum reformierten Glauben konvertierten, Vetter Philipp von Pappenheim einen Vertrag über die Ausgaben des Kollegiatstifts zu Grönenbach. 1589 kaufte Alexander von Pappenheim eine Orgel für die Stiftskirche St. Philipp und Jakob in Grönenbach. Ab 1590 hatte Alexander II. das Seniorat des Hauses Pappenheim inne. Mit seinem Tod 1612 ging es an seinen Vetter Philipp von Pappenheim über, wobei die Pflichten bereits ab 1607, aufgrund seines Alters, dem Landgrafen von Stühlingen Maximilian von Pappenheim übertragen waren. Am 31. Januar 1595 erwarb er das Schloss Hetzlinshofen von den Edlen von Stebenhabern. Noch im Jahre 1598 nahm Alexander an einem Feldzug gegen die Türken teil um die Festung Gran zu erobern.