В. фон Фалькенхаузен (1996) предполагает, что средневековая Марторана была средоточием палермской философской школы. В ходе Сицилийской вечерни 1282 года в Санта-Мария-дель-Аммиральо состоялось собрание сицилийской знати и духовенства, на котором было принято решение призвать на престол Сицилии Педро III Арагонского.