1960年代後半になると、軍事独裁への批判などから反政府運動が高まった。その結果アイユーブ・ハーンは失脚するが、引き続きが実権を握ったため軍政は続いた。1970年11月、東パキスタンを大規模なサイクロンが襲い、30～50万人もの死者を出す大惨事となった。この際西パキスタンによる災害救助の動きが極めて鈍かったことから東パキスタンでは政権不信が爆発し、同年12月～翌1971年1月に実施されたパキスタン初の普通選挙でムジブル・ラフマン率いるアワミ連盟が東パキスタンにて地滑り的圧勝を収め（169議席中167議席）、国会全体（313議席）でも単独過半数を制した。ところがヤヒヤー・ハーンがこの結果を認めない姿勢を見せたため、東パキスタン（ベンガル地方）で反政府運動が高まった。政府がこれに対し武力鎮圧を図ったことから、パキスタンは内戦状態に陥り（バングラデシュ独立戦争）、更にインドによる軍事介入を招いて第3次印パ戦争が勃発した。この争いはインドの軍事的勝利で終結し、同年12月に東パキスタンはバングラデシュとして独立を果たした。（その後のバングラデシュについては、バングラデシュの歴史を参照のこと。）この敗戦の責を負って、ヤヒヤー・ハーン政権は崩壊し、民主化が図られた。また、1972年7月2日、パキスタンはインドとシムラー協定を結び、カシミール地方における両国の暫定的な勢力範囲を確認した。