Van 1992 tot en met 2002 speelde De Goeij 31 interlands voor het Nederlands voetbalelftal. Hij zat bij de selectie van het Nederlands elftal tijdens het WK 1994, het WK 1998, het EK 1996 en het EK 2000. Tijdens het WK in de Verenigde Staten was hij eerste keus van bondscoach Dick Advocaat en speelde hij alle wedstrijden mee. Nederland verloor in de kwartfinale van Brazilië met 3-2. Branco maakte vanuit een vrije trap de 3-2. Sinds 1995 was Edwin van der Sar eerste keeper.