Н. М. Печёнкин принимал участие в организации и проведении археологических исследований Изборской крепости, Новгородского детинца, Гремячей башни Псковского Кремля. В 1912—1913 годах занимался поиском места Шелонской битвы (в 1471 году) между москвичами и новгородцами на реке Шелони близ озера Ильмень. В 1912 году в качестве представителя ИРВИО участвовал в XIV международном конгрессе антропологии и археографии, состоявшегося в Женеве. В 1914 году Н. М. Печёнкин, уже как состоявшийся учёный-археолог, был избран в Совет ИРВИО. За активную научно-исследовательскую работу он был награждён серебряным Знаком ИРВИО.