I 1198 oppfordret han til et fjerde korstog. Han henvendte seg til riddere og adelsmenn i Europa og ikke til kongene, da han foretrakk at Richard Løvehjerte, Filip II av Frankrike og hans tyske fiender ikke deltok. Lite skjedde før i 1200, da et korstog ble organisert fra Champagne. Republikken Venezia omdirigerte dette, og sørget for at Zara ble plyndret i 1202 og Konstantinopel i 1204. Innocens var så misfornøyd at han ekskommuniserte korsfarerne allerede ved utreisen. Som et resultat av korstoget ble det etablert et latinsk kongedømme i Konstantinopel, og det ble en viss kommunikasjon mellom øst- og vestkirken.