A causa dels fets del sis d'octubre fou exclòs del Comitè Central de Milícies Antifeixistes de Catalunya i no va intervenir en el front d'Aragó, però Estat Català va participar activament en la resta dels fronts de guerra, creà les seves pròpies tropes per lluitar; foren especialment lloats el Regiment Pirinenc núm. 1 de Catalunya, la Columna Volant Catalana i participaren en el cos expedicionari que intentà recuperar Mallorca, que havia caigut en mans feixistes. Durant els anys de la guerra, Estat Català, disconforme amb la situació revolucionària del país i a fi de poder encaminar-lo cap a la independència, intentarà obtenir el poder de la Generalitat amb un complot contra el seu president que serà descobert. Endemés, va patir fortes tensions internes.