Guarín maakte deel uit van de Colombiaanse selectie die in 2005 deelnam aan het wereldkampioenschap voetbal onder 20 in Nederland. Daar verloor de ploeg van bondscoach Eduardo Lara in de achtste finales van de latere kampioen Argentinië (2–1). Guarín maakte op 24 mei 2006 zijn debuut in het Colombiaans voetbalelftal, in een oefeninterland tegen Ecuador. Met Colombia nam hij deel aan de Copa América 2011. Bondscoach José Pékerman nam hem mee naar het WK 2014 in Brazilië.