Kelahiran Islam pada teluk bertentangan dengan sebelah Laut Merah Somalia bermakna para pedagang Somali, pelaut dan ekspatriat yang hidup di Semenanjung Arab beransur-asur di bawah pengaruh agama baru menerusi rakan dagang Arab Muslim mereka. Dengan perpindahan dan pelarian keluarga-keluarga Muslim dari dunia Islam ke Somalia pada awal abad-abad Islam dan penukaran agama bagi populasi Somali oleh sarjana Muslim pada abad-abad berikutnya, bandar-negara purba akhirnya menjadi Mogadishu, Berbera, Zeila, Barawa dan Merka yang Islam, yang menjadi sebagian daripada tamadun Berber. Bandaraya Mogadishu telah menjadi semakini dikenali sebagai "Bandaraya Islam", dan kawalan terhadap perdagangan emas Afrika Timur untuk beberapa abad. Di dalam Zaman Pertengahan, beberapa Empayar Somali telah mendominasi kawasan dagangan termasuklah Negara Ajuuraan, yang telah berjaya di dalam bidang hidraulik kejuruteraan dan bangunan-bangunan kubu, Sultan Adal, yang mana jeneral Ahmed Gurey telah menjadi komander Afrika di dalam sejarah untuk menggunakan peperangan meriam terhadap benua yang mana penaklukan Empayar Ethiopian, dan Dinasti Gobroon Adal , yang mana dominasi ketenteraan memaksa gobernor Omani empire di utara bandaraya Lamu untuk membayar ufti kepada Somali Sultan Ahmed Yusuf. Pada akhir Abad ke-19, Persidangan Berlin sudah berakhir, Empayar-empayar Europah belayar dengan tentera mereka dengan tentera ke Semenanjung Afrika. Imperial telah liang liuk membayangi terhadap Somalia telah mencemaskan pemimpin Dervish Muhammad Abdullah Hassan, yang telah mengumpulkan orang Somali dari merentasi Tanjung Afrika dan telah memulakan satu daripada perang penentangan koloni yang sangat lama.