Auch mit der Nationalmannschaft feierte Prohaska Erfolge. Am 30. Oktober 1977 schoss er, mit seinem „Spitz von İzmir“ zum 1:0-Sieg, Österreich zur WM-Endrunde 1978 in Argentinien. Dort folgte das legendäre Wunder von Córdoba mit dem 3:2-Sieg über Deutschland. Auch an der WM 1982 in Spanien nahm er mit Österreich teil und spielte u. a. beim Nichtangriffspakt von Gijón. Außerdem wurde der routinierte Spieler in der jungen Mannschaft, die die WM-Qualifikation 1990 bestritt, eingesetzt.