V roce 1866 se kaple stala svědkem bitvy u Trutnova, válečného konfliktu prusko-rakouské války. Na Jánský vrch tehdy zaútočilo na 1100 pruských vojáků snažících se prolomit odpor rakouských vojáků, kteří se skryli v Jánské kapli. Po odmítnutí výzvy se vzdát pokračovaly boje i uvnitř kaple. Dodnes jsou ve zdech vidět díry po zásahu střel. Ačkoliv tento střet v místě Jánské kaple vyhráli pruští vojáci, bitva u Trutnova se stala jedinou vítěznou bitvou prusko-rakouské války.