1940年5月10日，纳粹德国入侵荷兰。德国人在阿姆斯特丹建立了纳粹政权并开始迫害犹太人。一些市民冒着极大的风险庇护犹太人，但最终超过十万荷兰籍犹太人被关进集中营。其中最著名的受害者，就是死在贝尔根-贝尔森集中营的安妮·弗兰克。只有5000名左右的荷兰籍犹太人幸免于难。二战末期，阿姆斯特丹与其他地区的通讯完全中断，食品和燃料也极度短缺。许多市民涌入农村避难。狗、猫、生甜菜以及郁金香球根都被人们当作食物充饥。阿姆斯特丹的许多树木被市民砍伐当作柴火；犹太人的房子也被拆掉，其中的木料也被一抢而空。