הר אתוס אסור לנשים ולכל בעל חיים ממין נקבה, אם כי יש האומרים שהאיסור אינו חל על תרנגולות מטילות שכן ביציהן משמשות בהכנת הצבע לאיקונות. עוד התגלע ויכוח בקרב הנזירים בשנות הארבעים של המאה ה-20 בדבר השאלה האם חתולות יכולות לשהות בתחומי המדינה. בעבר נתנו הנזירים מקלט לנשים בשתי הזדמנויות – האחת בעת מרד אורלוב ב-1770 והשנייה בעת מלחמת העצמאות היוונית ב-1821. מקרה ידוע נוסף של נוכחות אישה בהר אתוס הוא של אליס ביפלאקו, "מיס יוון" בשנת 1929, שהתחפשה לגבר והסתננה להר אתוס. המקרה התפרסם בכתבת טיים מגזין ב-13 ביולי 1953 תחת הכותרת "The Climax of Sin" ("פסגת החטא").