Efter den Osmanska erövringen av Konstantinopel år 1453 förlorade Konstantinopels Patriarkat sin katedral Hagia Sofia, som istället gjordes om till en moské. Runt år 1600 flyttade Patriarkatets säte istället till Sank Georgios kloster i fenerdisktriktet, som därefter blev centrum för stadens Grekiska kristna minoritet. Klostret renoverades och byggdes ut 1614 och enbart få spår finns kvar av den ursprungliga byggnaden. Kyrkan har sedan dess renoverats och byggts om flera gånger. Dess nuvarande utseende stammar i stor utsträckning från en restoration inledd år 1797.