За време његовог руководства, под слоганом „"Социјализам са људским лицем"”, Чехословачка је укинула цензуру на медије и дошло је до либерализације чехословачког друштва, што је дало потпору такозваном Новом таласу у чекословачкој филмографији. Међутим, он је био под притиском стаљинистичких гласова унутар партије, као и совјетског руководства, који нису подржавали правац у коме се земља кретала и бојали су се да Чехословачка може ослабити везе са Совјетским Савезом и постати у већој мери западњачки настројена. Као резултат тога, на земљу су извршиле инвазију друге земље Варшавског пакта 20. и 21. августа 1968. године, чиме је ефективно окончан процес познат као Прашко прољеће. Дупчек је поднео оствку у априлу 1969 и наслиједио га је Густав Хусак, који је иницирао "нормализацију". Дубчек је избачен из Комунистичке партије 1970. године.