Situace pokračovala i v 90. letech, kdy byla fakticky omezena kosovská autonomie. Zastaveny byly četné investiční projekty, které se snažily metropoli ekonomicky slabého Kosova posunout na roveň ostatních republik. Jugoslávie. Uplatněna byla naopak přímá správa srbských úřadů. Ty v duchu obrody pravoslavné identity Srbů v 90. letech nechaly zbudovat pravoslavný chrám, který však nikdy nebyl dokončen. Chrám měl vzniknout v rámci zamýšleného kampusu vysokých škol, byl jedinou větší investicí ve městě ve své době. V letech 1997–1999, během postupné eskalace kosovské války bylo město nicméně do značné míry ušetřeno ničení infrastruktury a domů, nicméně v Prištině i v jejím okolí docházelo k násilnostem mezi jednotlivými etnickými skupinami ve velké míře.