A vinda para os Açores (1582) do rei D. António altera temporariamente esta situação, mas a derrota que as forças luso-francesas comandadas por Filippo Strozzi sofrem na Batalha Naval de Vila Franca, no dia 26 de Julho de 1582, coloca São Miguel definitivamente na posse de Filipe II. Por ordem real, o capitão do donatário Rui Gonçalves da Câmara embarca na esquadra castelhana encarregada de proceder à ocupação dos Açores, que zarpou de Lisboa a 23 de Junho de 1583, não sem que antes, por carta régia de 17 de Junho de 1583, fosse feito conde de Vila Franca em prémio da sua colaboração com o partido filipino.