In Grecia, nel 1821 inizia la rivolta contro i turchi, proclamata ufficialmente dal metropolita di Patrasso, Germanos. Il governo turco reagì e, come esempio pubblico, il giorno di Pasqua del 1821, fece impiccare il patriarca di Costantinopoli Gregorio V al portone principale della residenza patriarcale. Numerosi altri membri del clero greco furono messi a morte nelle province. La mancanza di comunicazione con il Patriarcato di Costantinopoli spinse i vescovi della Grecia liberata, nel 1833, a proclamarsi autocefali. Il regime ecclesiastico adottato in Grecia era modellato su quello della Russia: il Santo Sinodo doveva governare la chiesa sotto stretto controllo governativo. Nel 1850 il patriarcato di Costantinopoli dovette riconoscere il fatto compiuto, e accordò l'autocefalia alla nuova Chiesa di Grecia.