Гиз не был среди главных зачинщиков Варфоломеевской ночи, но принял на себя убийство де Колиньи; однако, согласно некоторым свидетельствам, во время резни в своём дворце предоставил убежище от разъярённой толпы 20 гугенотам, а затем вывез из города собственную бабушку герцогиню Феррарскую, которая была протестанткой.