Năm 1807, Công quốc Warszawa được thành lập trong vùng lãnh thổ bị chiếm lại, về cơ bản là một vệ tinh ngoài Pháp của Bonaparte. Dąbrowski trở nên bất mãn với Napoléon - người tặng ông các phần thưởng bằng tiền nhưng không phải vị trí nghiêm túc trong quân đội hay chính phủ. Ông cũng được tặng thưởng huân chương Virtuti Militari trong năm đó. Năm 1809, ông lên đường bảo vệ Ba Lan trước cuộc xâm lược của Áo dưới sự chỉ huy của Hoàng thân Józef Antoni Poniatowski. Gia nhập Quân độ của Công quốc Warszawa không lâu sau Trận Raszyn, ông tham gia vào giai đoạn đầu của cuộc tấn công vào Galicia và sau đó tổ chức bảo vệ Greater Poland. Tháng 6 năm 1812, Dąbrowski chỉ huy Sư đoàn Bộ binh số 17 (Ba Lan) trong Quân đoàn V thuộc Đại quân trong thời gian Chiến tranh Pháp-Nga (1812). Tuy nhiên, đến tháng 10, chiến tranh Pháp - Nga kết thúc, và lực lượng quân Pháp bị tiêu hao bởi một mùa đông khắc nghiệt đã phải lui quân. Tại Trận Berezina tàn khốc hồi tháng 11 cùng năm, Dąbrowski đã bị thương, khả năng lãnh đạo và chiến thuật của ông trong trận này cũng bị chỉ trích. Sau đợt tổ chức lại Grande Armée hồi tháng 3, ông chỉ huy Sư đoàn Bộ binh số 27 (Ba Lan) trong Quân đoàn VIII. Ông chỉ huy đơn vị này trong Trận Leipzig (1813) và sau đó, ngày 28 tháng 10, ông trở thành tổng tư lệnh của toàn bộ lực lượng Ba Lan còn lại trong quân đội Napoléon, tiếp nối Antoni Paweł Sułkowski.