Durante l'assedio di Genova del 1800 la chiesa fu espropriata dal governo napoleonico e trasformata in scuderia. Ma già nel 1804 i De Fornari ottennero di poterla riaprire al culto, e godette di un discreto benessere fin verso la metà del secolo quando, venute meno le fortune economiche dei De Fornari diminuirono le entrate dell'abbazia, che sopravvisse comunque dignitosamente fino al 1880 sotto la guida dell'ultimo abate, Francesco Poggi. Mancato questi nel giugno di quell'anno, la chiesa fu chiusa al culto fino al 1888, quando fu acquistata dalle monache clarisse, che abitarono l'attiguo convento per circa quarant'anni.