Auch nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs 1945 verbesserten sich die Beziehungen nicht. Portugal war 1949 Mitbegründer der NATO, dem geopolitischen Gegenspieler der UdSSR. Seit 1951 gehörte die Sowjetunion zudem zu den aktivsten Gegnern der portugiesischen Überseepolitik in den Versammlungen der UNO, wo Portugal sich zunehmend isolierte, insbesondere nach dem 1961 ausgebrochenen Portugiesischen Kolonialkrieg. Die sowjetische Unterstützung der Unabhängigkeitsbewegungen in den Portugiesischen Kolonien, insbesondere in Angola, aber auch in Mosambik und Guinea-Bissau, sorgten für weitere Spannungen zwischen Portugal und der UdSSR.