Gli Asburgo impugnarono la decisione del defunto re (il quale apparteneva al loro casato) facendo scoppiare una guerra di successione. Clemente XI si mantenne fedele alla parte franco-spagnola, in continuità con la politica del suo predecessore. Giuseppe I d'Asburgo ordinò al suo esercito di invadere i territori pontifici: vennero occupati il Bolognese e la Romagna (1708). Clemente XI invocò l'intervento della Francia, ma i transalpini non vollero aprire un nuovo fronte di guerra. Il pontefice fu costretto a trattare la pace e dovette accettare, in un protocollo segreto, di riconoscere il fratello dell'imperatore, l'arciduca Carlo VI d'Asburgo, come re di Spagna (15 gennaio 1709).