Katanec valmensi Slovenian alle 21-vuotiaiden maajoukkuetta vuosina 1996–1998 ja Goricaa vuonna 1998. Slovenian maajoukkueen päävalmentajaksi hän siirtyi vuonna 1998. Katanec johdatti Slovenian vuoden 2000 EM-kisoihin ja vuoden 2002 MM-kisoihin. Hän jätti tehtävänsä vuonna 2002 riitaannuttuaan joukkueen tähtipelaajan Zlatko Zahovičin kanssa. Vuosina 2002–2003 Katanec valmensi kreikkalaista Olympiakosia. Makedonian maajoukkueen päävalmentajaksi hänet nimitettiin vuonna 2006.