Mit seiner Ernennung zum Vorsitzenden der beiden Kommissionen war Nie Rongzhen nun für das chinesische Raketenprogramm, die Entwicklung der chinesischen Atombombe und das Satellitenprogramm zuständig. Als er im September 1959 zum stellvertretenden Vorsitzenden der Zentralen Militärkommission ernannt wurde, war auch dort sein Hauptaufgabenfeld die Entwicklung moderner Waffen. Nach dem Abzug der sowjetischen Berater im Sommer 1960 gestaltete sich dies ausgesprochen schwierig. In mehreren Eingaben an das Zentralkomitee der KPCh sowie an Mao Zedong und Zhou Enlai persönlich betonte Nie Rongzhen, dass sich China primär aus eigener Kraft emporarbeiten sollte, sich aber auch um auswärtige Hilfe bemühen und die erzielten Ergebnisse der kapitalistischen Länder studieren sollte. Mit dieser Ansicht war Nie Rongzhen keineswegs allein. Im Juli 1962 hatte Deng Xiaoping, damals Generalsekretär des Politbüros der KPCh, konstatiert, dass es keine Rolle spiele, ob Katzen weiß oder schwarz wären; solange sie Mäuse fingen, wären es alle gute Katzen. Liu Shaoqi, Präsident der Volksrepublik China, hatte sich ähnlich geäußert. Am Ende blieb man dann aber doch bei der Autarkie, insbesondere nachdem die Volksbefreiungsarmee unter Lin Biao im Herbst 1962 den Indisch-Chinesischen Grenzkrieg gewonnen und am 16. Oktober 1964 die erste chinesische Atombombe gezündet hatte.