В 2001 году его имя было в центре скандала, связанного с банкротством компании-партнёра ФИФА ISL/ISMM. В 2015 году, накануне выборов президента ФИФА, против Йозефа Блаттера ряд СМИ высказали претензии в связи с коррупционным скандалом в руководстве федерации.