Under Estniska frihetskriget användes barrackerna som sjukhus. Från 1919 och framåt började man bygga om barrackerna till fängelse. Fängelset stod under justitiedepartementets administration. Fångar dömda för allvarligare brott överfördes hit från fängelserna i Lasnamäe och Vene tänav i innerstaden, samt länsfängelserna i övriga delar av landet. Flera nya byggnader uppfördes. Här kom också politiska fångar dömda för det kommunistiska kuppförsöket 1924 och fångar tillhörande vapsrörelsen att fängslas under mellankrigstiden.