במרץ 1862 השלימו בלקנאפ והרגימנט שלו את ההכנות לפעולה מבצעית. הם הועברו באמצעות אניית קיטור מסנט לואיס אל החזית בקרב שילה. בהגיעם לנקודת הנחיתה בפיטסבורג ב-6 באפריל הם הצטרפו לארמיית טנסי בפיקודו של גנרל יוליסס סימפסון גרנט. בלקנאפ ואנשיו צוו לצאת לחזית ולשרת תחת מייג'ור גנרל בנג'מין פרנטיס בקן הצרעות. בלקנאפ וחייליו חסרי הניסיון אולצו להילחם כמו צבא סדיר בתוך השורות המדולדלות של פרנטיס. בלקנאפ נלחם בגבורה, נפצע קלות וסוסו נורה ונהרג כשהוא רכוב עליו. לאחר קרב שילה שירת בלקנאפ כמפקד בפועל של הרגימנט במצור על קורינת'. קולונל יו ת. רייד, מפקד הרגימנט נפצע קשות בצווארו בשילה והוצא משירות פעיל. רייד ציין שבקרב שילה, בלקנאפ "היה תמיד במקום הנכון ובזמן הנכון, מוביל ומעודד את הקצינים ואת החיילים בקור רוח של איש צבא ותיק. בקורינת', צוין בלקנאפ על "גבורתו הבולטת לעין". לאחר קרב זה ביצעו בלקנאפ וחייליו תפקידי שמירה זמניים. ב-20 באוגוסט הוא קודם באופן רשמי מדרגת מייג'ור לדרגת לוטננט קולונל. ב-3 ביוני 1863 הוא קודם שוב לדרגת קולונל. המבצע הצבאי הבולט שלו היה במצור על ויקסבורג שהסתיים ב-4 ביולי אותה שנה. ב-24 בדצמבר פיקד בלקנאפ על הרגימנט ה-11 בנוסף לרגימנט שלו כאשר אלו תגברו את רדבון, מיסיסיפי, מדרום לויקסבורג. ב-26 בפברואר 1864 הוא מונה כקצין משטרה צבאית בקנטון, מיסיסיפי.