Le 15 novembre 2015, deux jours après les attentats qui ont ensanglanté Paris, "Libération" publie une tribune intitulée « Nous sommes unis », lancée par l'association Coexister et co-signée notamment par Jean-Louis Bianco et Nicolas Cadène à titre personnel. Le 27 novembre 2015, Isabelle Kersimon, auteure de "Islamophobie, la contre-enquête", reproche aux responsables de l'Observatoire d'avoir co-signé cet appel notamment en raison de certains co-signataires. Aux côtés de responsables de cultes, du président du Conseil économique, social et environnemental, du syndicaliste Laurent Berger (secrétaire général de la CFDT), d'un ancien grand maître du Grand Orient de France ou encore de la présidente de la Commission nationale consultative des droits de l'homme, elle critique la présence du Collectif contre l’islamophobie en France (CCIF), de l'association Coexister, présentée comme proche des Frères musulmans, de Youssef Himmat, président de la FEMYSO (Forum of European Muslim Youth and Student Organisations), organisme basé à Bruxelles et directement créé par les Frères musulmans, de Nabil Ennasri président du Collectif des musulmans de France présenté comme proche du Qatar et de Médine, rappeur auteur d'une chanson intitulée "Don’t laïk" (sur laquelle il s'est ensuite expliqué lors d'une émission d"'Arrêt sur images"). Cette chanson comporte notamment les paroles suivantes : « Crucifions les laïcards comme à Golgotha / Le polygame vaut bien mieux que l'ami Strauss-Kahn ». Questionné à ce sujet sur France Culture le 5 février, Jean-Louis Bianco explique qu'il ne croit pas que cette chanson soit un « appel à la haine » et que "«" Charlie Hebdo dit bien pire (...) pour les catholiques, pour les musulmans, pour les intégristes et ils ont bien le droit de le dire, on est dans un régime de libertés ».