Sự nghiệp thi đấu quốc tế của Essien bắt đầu từ đội tuyển U-17 Ghana và được chọn tham dự Giải vô địch bóng đá U-17 thế giới 1999 tại New Zealand, nơi U-17 Ghana đã giành huy chương đồng. Năm 2001, anh là thành viên đội tuyển U-20 Ghana dự Giải vô địch bóng đá U-20 thế giới tại Argentina và thi đấu rất thành công với vị trí á quân chung cuộc. Năm 2002, anh cùng Ghana tham dự Cúp bóng đá châu Phi 2002 và có trận đấu đầu tiên với Maroc ngày 21 tháng 1.