Нечай входив до складу радикально налаштованого старшинського угруповування разом з Кривоносом, Гладким та Мозирею. З новим гетьманом — Богданом Хмельницьким — мав часті суперечки. З початком національно-визвольної війни брав участь у здобутті козаками Кодака, у битві під Жовтими Водами, у битві під Корсунем, здобув Бродівський замок. Організував Брацлавський полк. Потім став одним із соратників Максима Кривоноса, відзначився в боях на Вінниччині, під Меджибожем. Як брацлавський полковник брав участь: у битві під Старокостянтиновом: зокрема, перед 10 вересня 1648 його загін взяв місто, 14 вересня відбив штурм війська Речі Посполитої; битві під Пилявцями, в облозі Львова та Замостя. Після повернення до Києва з волі Б. Хмельницького Нечай командував київським гарнізоном, вів переговори з дипломатами Речі Посполитої у Києві та Переяславі (поч. 1649 р.; зокрема, 22 (12) березня 1649 з Шаргорода написав листа до реґіментаря Станіслава Лянцкоронського, в якому застерігав його від виправи в сторону демаркаційної лінії). Його полк облягав Збараж, відіграв значну роль у Зборівській битві. 1650 року: