Les premières courses de la saison 2013 donnent des signes encourageants dans l'optique des Championnats du monde, il réalise plusieurs top 10 dont une quatrième place à Telluride. Néanmoins, Jean-Frédéric Chapuis se montre moins à l'aise dans les manches suivantes et ne se présente qu'en tant q'outsider aux mondiaux de Voss. Dès les qualifications, il devient un prétendant au podium avec le deuxième temps des engagés, ensuite, il conserve sa place jusqu'en finale durant laquelle il profite de la sortie de piste du Finlandais Jouni Pellinen pour s'envoler vers le titre de champion du monde devant son compatriote Bastien Midol. Une semaine plus tard, lors de la dernière manche de la saison disputée à Åre, il s'impose pour la première fois en Coupe du monde après avoir terminé troisième la veille.