Начало 2013 года пропустил из-за травмы, а летом был далёк от своей лучшей формы. По окончании сезона Якуб решился на очередные перемены: наконец переключился на бег на 1500 метров и перешёл к тренеру Иржи Секвенту (за карьеру он довольно часто менял наставников: в разные годы его тренировали Ян Шкрабал, Йозеф Ведра и Далибор Купка). Смена специализации пошла ему на пользу. Он несколько раз обновил рекорды страны на 1500 метров на открытом воздухе и в помещении. Перед родными трибунами выиграл зимний чемпионат Европы 2015 года, завоевал серебро чемпионата мира в залах. Благодаря этим успехам стал одним из сильнейших средневиков в Старом Свете.