לאחר כניעתה של יפן, פרש טוגו מהחיים הפוליטיים ועבר לגור במעון הקיץ שלו בקרוזיווה שבמחוז נאגנו. זמן קצר לאחר מכן, בהוראת המפקד העליון של כוחות הברית, הוא נעצר ביחד עם שאר חברי הממשל היפני בזמן המלחמה, באשמת ביצוע פשעי מלחמה והוחזק בכלא סוגמו. סניגורו בעת משפטו בפני בית הדין הבינלאומי הצבאי למזרח הרחוק היה הרושיקו נישי, מי שהיה סגנו בעת כהונתו הראשונה כשר החוץ. ב-4 בנובמבר 1948, גזר בית המשפט על טוגו 20 שנות מאסר. בשנותיו האחרונות סבל טוגו מטרשת עורקים. הוא נפטר ב-23 בספטמבר 1950 מדלקת כיס המרה בעודו במאסר.