Die Franzosenkriege forderten auch St. Sebald am Heiligenstein einiges ab. Im Rahmen des Zweiten Koalitionskrieges gewährte man der Gemeinde Gaflenz 1801 ein Darlehen von 200 Gulden aus der Kirchenkassa des Heiligensteins, um die von der französischen Besatzung geforderte Kontribution zu begleichen. 1806 kamen während des Dritten Koalitionskriegs französische Soldaten auf den Heiligenstein und zogen die Kirche stark in Mitleidenschaft. 1810 musste das gesamte Kirchensilber an sie abgeliefert werden. Die Kriegsschäden wurden in den Jahren 1811 und 1812 beseitigt. Die Ausbesserungsarbeiten fanden 1813 mit dem Kauf der 600 kg schweren Glocke ihren Abschluss. In der folgenden Zeit geriet die Kirche etwas in Vergessenheit, 1832 wurde die alte Orgel aus der Pfarrkirche Weyer installiert, 1841 deren Gehäuse restauriert und bis 1843 das Wallfahrtswesen durch den Gaflenzer Pfarrer Constantin Zwirtmayr (1830–1856) wieder belebt. Im gleichen Zeitraum wurde auch das Kircheninnere renoviert.