По време на Войната в Босна и Херцеговина, в края на 1992 г., университетът е преименуван на "Sveučilište u Mostaru" (хърватски термин за университет) и хърватския език е възприет като официален. С разделянето на града по етнически признак, босненските професори напускат университета и създават нов със старото име – Мостарски университет „Джамал Биедич“. Тъй като сградите на първоначалния университет се намират в западен Мостар, под контрола на хърватите, новият университет използва тези сгради. Университетът „Джамал Биедич“ използва старите казарми на Югославската народна армия в източен Мостар, където е и кампуса му.