С началом Крымской войны в чине поручика вступил в действующую армию. 23 октября 1853 года отличился при атаке укреплений противника в битве при Ольтенице, за что был награжден 12 декабря орденом Св. Анны 4 степени с надписью "За храбрость". За отличие в сражении на Инкерманских высотах (24 октября 1854) был произведен в штабс-капитаны. С 22 января 1855 состоял в составе севастопольского гарнизона при обороне Севастополя, где находился вплоть до занятия города союзными войсками 30 августа 1855 года. К этому периоду относятся полученные Алексеем Семёновичем за боевое отличие орден Св. Анны 3-й степени с мечами и бантом (1855) и чин капитана (1856).