En 2006, la fédération décide de changer de sélectionneur et c'est José Rui qui est choisi pour prendre la suite d'Alexandre Alhinho. Sa mission est de qualifier les "Crioulos" pour la prochaine Coupe d'Afrique des nations au Ghana. Dès le début des éliminatoires, Rui décide d'intégrer à la sélection des joueurs d'origine cap-verdienne tels que Cecilio Lopes, Hernâni Borges, Dady, Guy Ramos ou Gilberto Reis, afin d'apporter un plus d'expérience à la sélection. Le Cap-Vert est placé dans le groupe 8, en compagnie de la Guinée, des "Fennecs" algériens et de la Gambie. Après deux journées disputées, Ricardo Rocha arrive à la tête de la sélection pour terminer la campagne de qualification. Le résultat final est décevant pour les Cap-verdiens puisqu'ils terminent à la dernière place de la poule, avec une seule victoire (face au premier de la poule, la Guinée, dont c'est la seule défaite des éliminatoires) et deux nuls (contre l'Algérie et la Gambie). Malgré cette élimination, la seule satisfaction de la sélection est d'avoir conservé son invincibilité à domicile.