Най-важната част от задачите на Замир като ръководител на Мосад са операциите, последвали атентата срещу израелските спортисти на олимпиадата в Мюнхен от 1972 г. При неговото ръководство Мосад организира емиграцията на евреи от Сирия и Ирак, както и оказва подкрепа на кюрдските бунтовници в Ирак и на християнските милиции в Судан. Замир лично посещава многократно двете страни за да ръководи операциите на израелските служби на място.