Il generale Boudet venne accolto a Parigi come un eroe e venne creato subito comandante della 1ª divisione di fanteria del corpo d'armata al comando del generale Claude-Victor Perrin (26 ottobre 1803) nei Paesi Bassi del nord. Egli si spostò dunque sotto il comando del generale Auguste Frédéric Louis Viesse de Marmont, e passò al campo di Utrecht il 5 febbraio 1804. Prese parte alla campagna del 1805 sotto il comando del generale Marmont prima di essere inviato all'Armata d'Italia nel 1806. Nel 1807 venne trasferito in Germania dove prese parte all'assedio di Colbert sotto il comando di Gioacchino Murat e, dopo il Trattato di Tilsit, alla presa di Stralsund. Al suo ritorno in servizio attivo, Napoleone lo nominò conte dell'Impero nel 1808 e gli concesse terre e rendite per 30.000 franchi nella Pomerania svedese. Partecipò alla campagna contro gli austriaci del 1809 a capo della 4ª divisione del IV corpo d'armata al comando del maresciallo Masséna. Il generale Boudet assistette alla cattura di Vienna dove ebbe modo di distinguersi nella fiera difesa del villaggio di Essling (21–22 maggio 1809), trasformando un semplice granaio in un bunker inespugnabile. Come ammise lo stesso Napoleone, fu grazie alla mirabile condotta del generale Boudet che i francesi riuscirono a vincere ad Aspern. Perse la sua artiglieria nella Battaglia di Wagram il 6 luglio. Morì il 14 settembre, poco dopo un'umiliante punto della situazione con Napoleone, probabilmente suicidatosi per il disonore o morto di crepacuore.