Nigerian jalkapallomaajoukkueessa Kanu pelasi 86 maaottelua ja teki niissä 13 maalia. Debyyttinsä hän teki vuonna 1994 Ruotsia vastaan. Hän oli myös voittamassa olympiakultaa Nigerian joukkueessa vuoden 1996 kesäolympialaisissa. MM-kilpailuissa 1998 hän pelasi Nigerian neljästä ottelusta kahdessa avauskokoonpanossa ja tuli kerran vaihdosta kentälle. Vuoden 2002 MM-kilpailuissa hän pelasi yhdessä ottelussa avauksessa ja tuli yhdessä ottelussa vaihtopelaajana kentälle.