Kausi 1999 oli sen puoliväliin asti jälleen mestaruustaistoa Häkkisen ja Schumacherin välillä. Britannian GP:ssä tilanne kuitenkin muuttui, kun Schumacher loukkaantui ulosajossa, ja Ferrarin kakkoskuljettaja Eddie Irvine aloitti taistelunsa mestaruudesta Häkkisen kanssa. Vaikka Häkkinen hallitsi aika-ajoja suvereenisti starttaamalla paalulta 11:ssä kauden 17:stä osakilpailusta, tuli mestaruustaistosta tiukka Häkkisen keskeytettyä omaan ajovirheeseen molemmissa Italiassa ajetuissa osakilpailuissa, Imolassa ja Monzassa, ja tallin tehdessä virheitä – muun muassa Britannian GP:ssä – kun Häkkisen kilpailu jäi kesken renkaan irrottua. Kauden toiseksi viimeisen kilpailun, Malesian GP:n, jälkeen Häkkinen ehdittiin kuitenkin jo julistaa maailmanmestariksi, kun Ferrari-tallin kaksoisvoitto hylättiin sääntöjenvastaisen ilmanohjaimen vuoksi ja kolmanneksi sijoittunut Häkkinen nostettiin voittajaksi. Tulokset palautettiin kuitenkin ennalleen, joten Irvine johti MM-sarjaa ennen viimeistä kilpailua, ja Häkkiseltä vaadittiin mestaruuteen voitto kauden päättävästä Japanin GP:stä. Sen Häkkinen myös teki ja voitti uransa toisen mestaruuden.