4 сентября 1797 года произошёл переворот 18 Фруктидора, во время которого была свергнута фракция роялистов. В это время обнаружилась измена Пишегрю, и он был выслан из Франции. Из-за общеизвестной дружбы с предателем Гош осудил Сальма как «мерзкого шпиона Пишегрю» и уволил его из армии. 9 ноября 1798 года, после более чем года принудительной отставки, благодаря вмешательству Клебера он снова вернулся в армию для участия в Египтском походе. Однако Сальм пропустил отплытие в Анконе и в результате присоединился к Римской армии под командованием Жана Этьена Шампионне. В то время дивизия Гийома Филибера Дюэма в 3-4 тыс. человек находилась неподалёку от Анконы. Перед угрозой нападения неаполитанской армии Шампионне покинул Рим 27 ноября. Однако неаполитанская армия быстро распалась, и 15 декабря французы захватили Рим, а 23 января 1799 года и Неаполь. Вскоре после этого Шампионне вступил в спор с агентами французского правительства, 28 февраля был отстранён от командования и помещён под арест. На посту командующего армией его заменил Макдональд.