След нахлуването в Югославия през април 1941 г., университетът продължава да функционира под окупационните власти на Италия и Германия, въпреки многобройните проблеми и вмешателство в автономната му работа. Няколко професори са арестувани и депортирани в концлагери, а голям брой студенти се присъединяват към Освободителния фронт на Словения или към Словенското домобранство.