Avec la sécularisation commença le déclin de l'évêché. Dès 1795, l'Autriche prit possession d'une partie du trésor de la cathédrale pour financer la guerre contre la France. L'abbaye de Constance, possession séculière du prince-évêque, fut confisquée en 1802 au profit du margraviat de Bade, et quelques années plus tard, Constance lui fut également cédée. Ainsi les bâtiments sacrés et le trésor de la cathédrale passèrent dans les mains badoises. Le théologien Ignaz Heinrich von Wessenberg, vicaire général de l'évêché et un partisan du joséphisme fut élu vicaire capitulaire à la mort de l'évêque Charles-Théodore de Dalberg. Le pape Pie VII s'opposa aux plans de Wessenberg pour la création d'une Église catholique nationale allemande, et ne reconnut pas le vote. Peu après, l'évêché fut dissous par le pape, qui fonda le diocèse de Fribourg. Sous la protection du gouvernement, Wessenberg accomplit sa tâche jusqu'à l'occupation du nouveau siège épiscopal en 1827. Sa résidence fut construite presque en face de la cathédrale ; en 1860, la ville permit à ses citoyens d'honneur d'être enterrés dans le bas-côté nord.