Осенью 1939 года в эти края пришли советские войска. Хрептович-Бутенев с женой были арестованы. В 1940 г. на время судебного процесса Хрептович-Бутенев был переведён в Минск. Его жена, работавшая в музыкальной школе Новогрудка, была арестована и с партией ссыльных поляков отправлена под конвоем в Казахстан. Пока она писала письма на имя Сталина с просьбами сообщить о судьбе мужа, тот содержался в тюрьме г. Барановичи. В июне 1941 г. она преподавала музыку в Актюбинском строительном техникуме.