25 липня 1896 Олександр Самсонов призначений на посаду начальника Єлисаветградського кавалерійського військового училища, яким командував до 31 березня 1904 року. Під час російсько-японської війни командував спочатку Уссурійською кінною бригадою, а потім — Сибірською козачою дивізією. Брав участь, зокрема, в битві при Ляояні і Мукденській битві. Заслужив репутацію енергійного впевненого командира, однак критикувалися його стратегічні здібності.