Крупнейшими природными озёрами страны являются (, ) площадью 5,25 км², расположенное у северо-восточного подножия горного массива рядом с городом Коньиц, и (, ) площадью 0,26 км², между горами и . В верховьях Неретвы заболоченные озёра () и Свитавско образуют птичий заповедник (, ). Озеро Бардача (, ) — комплекс из 11 водоёмов на юге страны, вблизи границы с Хорватией, который считается природным парком (III категория согласно IUCN) и охраняется Рамсарской конвенцией.