En 1557, el rey Felipe II de España le designó Virrey de Sicilia, una posición que mantuvo hasta 1564. Durante ese periodo, participó a la campaña de asedio de la ciudad de Trípoli, actualmente en Libia, en la que se enfrentó a Dragut, un pirata turco y almirante otomano. La flota, que contaba con naves de España, Génova, La Toscana, la Orden de Malta y los Estados Papales fue destruida casi en su totalidad durante la Batalla de Los Gelves.