Ο Βέρνερ ήταν παραγωγικός σκόρερ με τις νεανικές ομάδες, όπου σκόραρε 34 φορές σε 48 εμφανίσεις. Πραγματοποίησε το ντεμπούτο του με την εθνική ομάδα το 2017 και την ίδια χρονιά βοήθησε τη Γερμανία να κατακτήσει το κύπελλο συνομοσπονδιών το 2017, όπου με τρια γκολ κατέκτησε το χρυσό παπούτσι του τουρνουά.