Пален, однако, в скором времени отправил императору ходатайство о прощении для Чичагова, к тому времени тяжело заболевшего в равелине, доложив, что тот раскаивается в своём поступке. Император принял это прошение и в июле 1799 года приказал освободить Чичагова, сказав при встрече: «Позабудем, что произошло, и останемся друзьями». Император при этом также разрешил ему жениться и 2 июля того же года вновь принял его на службу во флот в звании контр-адмирала, восстановив и в должности командира экспедиции к берегам Англии. Чичагов с вверенной ему эскадрой и десантными войсками в скором времени вышел из Кронштадта и направился к острову Тексель, а в 1800 году возвратился в Санкт-Петербург, став начальником защиты Кронштадта. За участие в Голландской экспедиции английский король Георг III наградил его драгоценной шпагой, украшенной бриллиантами.