Хартумская епархия была основана в 1908 году. Паству епархии составили православные греки, переехавшие в Судан в начале XX века и в 1910 году устроившие православный храм в Хартуме. После введения шариатского закона в Судане в 1983 году разразилась затяжная гражданская война, большинство европейцев покинули страну, и паства митрополии почти исчезла. После обретения Южным Суданом независимости в 2011 году его территория вошла в состав Кампальской митрополии.