周佛海在寧漢分裂時，支持汪精衛为首的武漢政府。1926年，擔任中央軍事政治學校武汉分校祕書長兼政治部主任。蔣介石清黨後，周佛海改投靠蔣介石。1927年，任南京中央陆军军官学校总教官。