Después del triunfo de los Aliados, Naumann fue juzgado en Núremberg. Durante el proceso declaró que no consideraba sus acciones durante su mando como agente de Einsatzgruppe B injustas. Cuando se le preguntó en el estrado de los testigos si apreció algo moralmente incorrecto en las órdenes del Führer, respondió específicamente que él «consideró que las órdenes eran correctas porque eran parte de nuestro objetivo de la guerra y, por lo tanto, era necesario.»