Pada tahun 2000, Nielsen bertugas memimpin pertandingan antara dan , serta antara dan pada Piala Eropa 2000 yang berlangsung di Belanda dan Belgia. Namun, Nielsen mengalami cedera kaki pada pertandingan antara Turki dan Belgia, sehingga harus digantikan oleh wasit pengganti Günter Benkö berkebangsaan Austria pada pertandingan tersebut, dan tidak dapat bertugas lagi pada turnamen tersebut. Pada tahun yang sama, Nielsen memimpin pertandingan final Piala Carlsberg 2000 yang diselenggarakan di Hong Kong, yang mempertemukan dan . Pada Piala Dunia 2002 yang berlangsung di Korea Selatan dan Jepang, Nielsen bertugas memimpin tiga pertandingan, termasuk pertandingan semifinal yang mempertemukan dan .