Na een reorganisatie werd Hoke bevorderd tot luitenant-kolonel van het 33e regiment van North Carolina. Hij onderscheidde zich in de Slag bij New Bern in maart 1862 en nam daar het bevel toen zijn kolonel C. M. Avery gevangengenomen was. Hij leidde het 33e in de Schiereilandveldtocht als deel van de brigade van Lawrence O. Branch. Hoke werd bevorderd tot kolonel voor de Veldtocht in noordelijk Virginia en hij vocht in de Tweede Slag bij Bull Run. Hij nam deel aan de Marylandveldtocht en vocht in de Slag bij Antietam.