Antara tahun 1993 dan 1996, Inzaghi melakukan 14 kemunculan untuk pasukan bawah-21 Itali dengan menjaringkan tiga gol kesemuanya. Beliau sebahagian daripada skuad bawah-21 Itali yang menjuarai Kejohanan Bola Sepak bawah-21 UEFA 1994. Inzaghi membuat debut untuk pasukan senior Itali pada Tournoi de France, menentang Brazil pada 8 Jun 1997 di bawah bekas pengurus bawah-21, Cesare Maldini dan Inzaghi melakukan hantaran kepada Alessandro Del Piero untuk menjaringkan gol. Perlawanan berkesudahan Itali seri 3-3. Beliau menjaringkan gol untuk pasukan kebangsaan Itali pada 18 November 1998 dalam perlawanan persahabatan yang berkesudahan seri 2-2 bertemu Sepanyol. Sejak itu, beliau menjaringkan 25 gol dalam 57 kemunculan. Beliau turut dipanggil bagi mewakili Itali dalam kejohanan Piala Dunia 1998, Euro 2000, Piala Dunia 2002 dan Piala Dunia 2006.