Когда началась война, Дауэс собрал роту в округе Жюно, был избран её капитаном, а 5 мая 1861 года его формально утвердили в этом звании. 16 июля 1861 года его рота стала ротой К в составе 6-го Висконсинского полка. Полк почти год простоял в Северной Вирджинии, не участвуя в боевых действиях. В июне 1862 года Дауэс получил звание майора. Он участвовал во втором сражении при Булл-Ран и в сражении при Энтитеме. После ранения подполковника Брэгга при Энтитеме Дауэс принял командование полком. В марте 1863 года он получил звание подполковника. В мае полковник Брэгг снова был ранен, и Дауэс возглавил полк. Он оставался во главе полка к началу Геттисбергской кампании.