В 1902 году Кондратович был назначен в распоряжение командующего войсками Квантунской области (потом наместника его императорского величества на Дальнем Востоке) Е. И. Алексеева, а в 1904 году — командующим 9-й Восточно-Сибирской стрелковой бригадой, развёрнутой затем в дивизию, и с ней в составе Южного отряда генерала барона Штакельберга принял участие во всех боях русско-японской войны, начиная с Вафангоу.