Jacek Bayer to wychowanek Jagiellonii Białystok, który na czas służby wojskowej zasilił szeregi białostockiej Gwardii. Wrócił do zespołu wiosną 1986 roku, jako najlepszy snajper III ligi mazursko-mazowieckiej. Błyskawicznie stał się czołowym strzelcem, również w II lidze. W sezonie &lt;a href="II%20liga%20polska%20w%20pi%C5%82ce%20no%C5%BCnej%20%281986/1987%29"&gt;1986/87&lt;/a&gt; z 23 bramkami został królem strzelców II ligi. Po awansie do ekstraklasy w dalszym ciągu był skutecznym zawodnikiem. Zaowocowało to powołaniem do reprezentacji Polski przez ówczesnego selekcjonera Wojciecha Łazarka. 12 kwietnia 1987 w meczu eliminacji do mistrzostw Europy wystąpił przeciwko Cyprowi w Gdańsku (45 minut drugiej połowy). Był to jedyny występ Bayera w zespole narodowym. Jednocześnie był to pierwszy występ jakiegokolwiek piłkarza Jagiellonii w reprezentacji Polski (drugi był 10.10.2009 Kamil Grosicki z przegranym 2:0 meczu eliminacji Mistrzostw Świata z Czechami).