בשנות ה-60 של המאה ה-20, בעת מלחמת האזרחים הסודאנית הראשונה, סייעה ישראל למורדים הדרום-סודאנים וסיפקה להם נשק וציוד צבאי, כמו כן מדריכים ישראלים הדריכו את המורדים. לאחר סיום המלחמה נפגשו שליחים ישראלים רשמיים עם מנהיגי דרום סודאן כדי לגבש תוכנית עזרה מקיפה בנושאי החקלאות ופיתוח תשתיות בעזרתו של משרד החוץ. בנוסף, ארגונים לא ממשלתיים הציעו את עזרתם גם הם.