Eisner organisoi keväällä 1918 vallankumouksen Wittelsbach-sukuista monarkiaa vastaan Baijerissa ja toimi sen tilalle pystytetyn Baijerin vapaavaltion ensimmäisenä pääministerinä 8. marraskuuta 1918 alkaen. Eisner sai surmansa attentaatissa, kun oikeistoradikaali kansalliskiihkoilija kreivi Anton von Arco auf Valley ampui hänet kadulla Münchenissä 21. helmikuuta 1919. Surmaaja selvisi varsin lyhyellä vankeusrangaistuksella ja oli sen jälkeen vapaalla jalalla vuodesta 1925 kuolemaansa vuoteen 1945 saakka.