Im Mai 1989 wurde er als Kandidat der Allianz oppositioneller politischer Parteien (ADOC) mit 62,5 % zum Präsidenten Panamas gewählt. Sein Gegenkandidat von der Revolutionären Demokratischen Partei (PRD), Manuel Noriega, der bis zu diesem Zeitpunkt mit diktatorischer Gewalt über das Land geherrscht und sich ein Drogenkartell aufgebaut hatte, erreichte 24,9 % der Stimmen, wollte jedoch seine Niederlage nicht anerkennen. Möglicherweise war dies der Auslöser für die US-amerikanische Invasion (Operation Just Cause) Panamas im Dezember 1989.