Abans de començar la seva tercera temporada de lliga amb el Zenit, com a campions de l'any anterior van disputar la Supercopa russa contra el Lokomotiv de Moscou, llavors vigent campió de la copa russa. El 9 de març del 2008, l'equip entrenat per Advocaat es va proclamar campió de la supercopa al vèncer el seu rival per 2-0. En l'Europa League, el Zenit va seguir progressant, eliminant els equips alemanys del Bayer Leverkusen i del Bayern de Munich; així, l'equip rus es va classificar per la final de la competició, que va enfrontar el Zenit contra el Glasgow Rangers, antic equip d'Advocaat. En la gran final de l'Europa League, disputada el 14 de maig del 2008, el Zenit va vèncer per 2-0 al seu rival escocès, convertint-se així en el segon equip rus en aconseguir guanyar un trofeu continental. El 24 d'agost d'aquell any, el jugador del Dinamo de Moscou Danny va ser traspassat al Zenit per la quantitat rècord de 30 milions d'euros. L'arribada de Danny va augmentar les especulacions sobre la possible marxa d'Arxavin, però el club rus va rebutjar substancials ofertes del Futbol Club Barcelona i del Tottenham Hotspur FC. El 29 d'agost, el Zenit va disputar la Supercopa d'Europa contra el campió de la Champions, el Manchester United. L'equip rus va aconseguir vèncer per 2-1 gràcies a un gol decisiu del nou fitxatge de l'equip, Danny. A Europa, el Zenit no va poder classificar-se per disputar els vuitens de final de la Lliga de Campions, però va poder seguir a l'Europa League. Aquell any l'equip rus va acabar cinquè en la lliga, classificant-se per la prèvia de la Lliga Europa de l'any següent. El 7 de novembre del 2008, Advocaat va signar un any més amb el club, allargant així el seu contracte fins a finals del 2009. Al desembre del 2008, Advocaat va ser nomenat entrenador de l'any a Rússia.