Овај успјех, због почетка ратних сукоба и у БиХ, није имао већег одјека углавном на оном дијелу територије БиХ који су већински насељавали Срби. Као и сама земеља, тако се у фазама распадала и Прва лига Југославије. У љето 1991. лигу су напустили клубови из Словеније и Хрватске који су формирали своје лиге, а током сезоне 1991/1992. и клубови из Македоније и БиХ. Једино ФК Борац Бања Лука није напустио лигу и остао је да се такмичи и поред тога што је БиХ прогласила независност (мимо воље српског народа у БиХ). Ово је био и симболички чин којим су Срби из БиХ жељели показати да припадају Југославији, коју су сада формирале Србија и Црна Гора. Избијањем рата, фудбал је постао и средство за јачање морала, пружајући војницима на фронту тренутке разоноде, али је служио и као покретач разговора са мировним снагама. Након што је БиХ постала међународно призната држава, Срби су прогласили независност своје државе тражећи независност од БиХ. Убрзо након ове одлуке долази до формирања Фудбалског савеза Републике Српске као и сениорске репрезентације.