С 1855 года состоял на службе в канцелярии Государственного совета. Во время крымской войны состоял членом комиссии, посланной императрицей Марией Александровной в Севастополь, для возможного облегчения страданий раненых. Здесь Пален провел последние три месяца осады. Из восьми членов этой комиссии лишь трое вернулись из Севастополя: остальных там не стало. Сам Пален заразился и долго болел тифом. За Крымскую кампанию был награждён орденами Св. Анны 3-й степени и Св. Владимира 4-й степени.