Уже в конце игровой карьеры Лори Макнил начала работать как тренер. Большую часть 2000 года она преподавала теннис в детских спортивных секциях в Вашингтоне, а с 2001 года стала тренером своей партнёрши на корте Аманды Кётцер. С этого же года она на протяжении 12 лет официально сотрудничала в качестве тренера с USTA — Ассоциацией тенниса Соединённых Штатов, за это время успев побывать помощником тренера сборной США на Олимпиадах в Афинах и Лондоне и главным тренером женской сборной на Универсиаде 2005 года. В 2006 году она была удостоена награды WTA за двухлетнюю наставническую работу с Верой Звонарёвой. В 2012 году Макнил присоединилась в качестве тренера к Теннисной академии Зины Гаррисон.