Einheiten der MSFltl gehörten zu ersten Teilen der Bundeswehr, die sich ab 1990 an Auslandseinsätzen beteiligten. Bereits im Sommer 1990 wurde ein Verband mit fünf Minenabwehreinheiten für die Operation Südflanke im Mittelmeer und im Persischen Golf abgestellt. Anfang 1991 war der deutsche Führer dieses Verbandes zeitweise als Koordinator für die gesamte Minenbeseitigung der Verbündeten nach dem Zweiten Golfkrieg eingesetzt. 1995 war der Einsatz einer Minenabwehrgruppe im Rahmen der Operation Deliberate Force vorgesehen, wurde jedoch nicht abgerufen.