Le 6 septembre 1939, les Allemands prennent le contrôle de Nowy Sącz et rebaptisent la ville Neu-Sandez. Le commandement est confié au "SS-Obersturmführer" de la Gestapo. Nowy Sącz devient le siège du "Kreis Neu-Sandez" dans le District de Cracovie du gouvernement général, conformément au pacte germano-soviétique. La persécution des Juifs commence peu de temps après. La nouvelle administration allemande ordonne la fermeture de toutes les entreprises juives en attendant une procédure de confiscation. Au printemps 1940, le "Judenrat" est formé sur ordre allemand. La première exécution massive de Juifs et de Polonais a lieu en mai 1940 au cours de l'AB-Aktion. Le quartier entourant le bureau allemand de la"Sicherheitspolizei" est vidé des soi-disant « indésirables ». Près de 1 000 personnes sont assassinées.