Stejně jako řada jeho kolegů - legionářských důstojníků, kteří zažili konec první republiky, došlo po počáteční skvělé vojenské kariéře i u Rudolfa Kroutila na těžké životní období. Tak jako jeho bratranec div. gen. Josef Kroutil se až příliš často pohyboval v bezprostřední blízkosti prezidenta Masaryka a byl významným legionářským hrdinou své země, takže po komunistickém puči v roce 1948 přišel prudký pád, který ho ekonomicky ruinoval. Komunisté ho postihli tím, že mu komunistický režim kvůli jeho protibolševické minulosti v době legií snížil penzi až na desetinu (!). V posledních letech dochoval svou nevidomou maminkou. Zemřel 26. srpna 1964 v Olomouci v kruhu své rodiny, ale prakticky v úplném zapomnění. Jeho hrob se nachází v Olomouci na neředínském hřbitově.