Numeyri, 1985'ten 1999'a kadar Mısır'da sürgünde Heliopolis, Kahire'de bulunan bir villada yaşadı. Mayıs 1999'da Sudan'a, kendisini eleştirenlerin çoğunu şaşırtan coşkulu bir karşılamayla döndü. Ertesi yıl, cumhurbaşkanlığı seçimlerinde görevdeki cumhurbaşkanı Ömer el-Beşir'e karşı yarıştı, ancak başarısız oldu, Sudan muhalefeti tarafından boykot edilen ve hile yapıldığı iddia edilen seçimlerde oyların sadece %9,6'sını aldı. 2005 yılında, Numeyri'nin partisi Halkların Çalışma Güçleri İttifakı, iktidardaki Sudan Ulusal Kongresi ile bir birleşme anlaşması imzaladı. Ulusal Kongre, 9 Ocak 2005'te Kapsamlı Barış Anlaşması ile İkinci Sudan İç Savaşı'na son verilmesini müzakere etti.