Itsenäisyysliike alkoi Mosambikissa varsinaisesti vasta 1962, kun ryhmä karkotettuja mosambikilaisia perusti Mosambikin vapautusrintaman, Frelimon, jonka johtajaksi tuli Yhdysvalloissa asunut Eduardo Mondlane. Frelimon strategiasta ei ollut alkuun täyttä varmuutta, mutta pian sen johto päätti ryhtyä sotilaalliseen toimintaan. Kun Portugali kieltäytyi neuvottelemasta Mosambikin itsenäistymisestä, Frelimo aloitti sissisodan Cabo Delgadossa syyskuussa 1964. Frelimon joukot olivat vallanneet vuoteen 1965 mennessä ison osan pohjoista Mosambikia. Portugali sai vangiksi 1 500 Frelimon sotilasta ja onnistui pitämään liikkeen pois Mosambikin eteläosista.