El 25 de junio de 1704, fue nombrado teniente general y comandante del cuerpo auxiliar danés, del que también asumió el 1er Regimiento de Infantería en lugar de su batallón. Medio año después recibió la Cinta Blanca. El cuerpo, que, cuando Harboe lo recibió, se encontraba en cuarteles de invierno alrededor de Ratisbona, fue conducido el verano siguiente a Hungría, donde se incorporó al ejército que debía sofocar, en favor delSacro Imperio, el levantamiento de Francisco Rákóczi II. Después de haber participado con gran honor en las batallas en el río Váh (11 de agosto) y en el importante paso de Zsibó (Jibou) (15 de noviembre). Hacia final de la guerra, las tropas danesas fueron acuarteladas en Transilvania, donde sufrieron impagos como resultado de la deshonestidad de la corte vienesa en asuntos de dinero. En el verano de 1706 se ordenó al cuerpo que regresara a Alemania, pero Harboe no llegó tan lejos. El 29 de julio, en Șimleu Silvaniei, no lejos de Oradea, fue asesinado de un tiro de su propio guardia mientras estaba sentado a la mesa con sus oficiales. Su cuerpo fue llevado a Dinamarca y descansa en un magnífico ataúd de mármol en la catedral de Roskilde. Él y su hermano habían recibieron un certificado de armas en 1684.