O sucesso na Liga dos Campeões foi um duro golpe para a equipa, que viu o seu influente técnico e jogadores importantes a serem contratados por clubes de importantes ligas europeias. Para substituir Mourinho, o Porto contratou Luigi Delneri, mas o italiano foi despedido antes de sequer dirigir a equipa num jogo oficial, e o seu lugar foi ocupado por Víctor Fernández. O seu percurso não começou bem, uma vez que o Porto perdeu a Supertaça Europeia pela segunda vez em dois anos, perdendo por 2-1 com o Valência. A ocupar a vaga de detentor do título da Liga dos Campeões na fase de grupos do torneio da época seguinte, o Porto foi sorteado juntamente com o Chelsea, o que significou o regresso de Mourinho ao Estádio do Dragão. No último jogo da fase de grupos, eles receberam os londrinos que precisavam da vitória para garantir a classificação. Enquanto Damien Duff colocava o Chelsea na frente, o Porto corria o risco de se tornar o primeiro campeão a não passar da fase de grupos, mas golos de Diego e McCarthy salvaram o Porto de uma eliminação prematura. No entanto, os campeões em título foram posteriormente eliminados nos oitavos de final, depois de perder por 4-2 no total contra o Inter.&lt;ref name="2004/05"&gt;&lt;/ref&gt; Antes desta eliminatória, o Porto regressou ao Japão para disputar a última edição da Taça Intercontinental, 17 anos após o seu primeiro triunfo. Eles dominaram o Once Caldas da Colômbia na maior parte dos 90 minutos mais o prolongamento, mas não conseguiram marcar. Foram necessários 18 pontapés na marca de grande penalidade para decidir a partida 8–7 para o Porto e dar ao clube o seu segundo e último título nesta competição.