In den Jahren 2004 und 2005 erklärte er öffentlich, dass die Vorgänge im Abu-Ghuraib-Gefängnis kriminell seien. Er war auch Richter bei den Prozessen wegen des Abu-Ghuraib-Folterskandals. Er verhandelte die Klagen gegen Charles Graner und Lynndie England. Am 15. Dezember 2008 wurde James Pohl Nachfolger von Ralph Kohlmann als vorsitzender Richter der Militärkommission für die Guantanamo Bay Naval Base. Im Januar 2009 widersprach James Pohl der Anordnung des neuen Präsidenten Barack Obama, die Verfahren gegen Gefangene in Guantanamo für 120 Tage auszusetzen. Das Verfahren gegen "Abd al-Rahim al-Nashiri", der Drahtzieher des Anschlages auf die USS Cole sein soll, will Pohl wie geplant fortsetzen.