Seit den 2000er Jahren lag die Gorch Fock mehrfach im Bootshafen, der sozusagen ihren „Kommandohafen“ darstellt. Zu Vereidigung der Marineoffizieranwärter, die alljährlich um den 20. Juli, dem Tag des Widerstandes gegen Hitler, auf der Admiralswiese oberhalb des Bootshafens stattfindet, ist es heute Tradition, dass die Gorch Fock anwesend ist. An Besuchertagen, beispielsweise dem Tag des offenen Denkmals oder dem Tag der offenen Tür, der mehrmals im Jahr ausgerichtet wird, werden beim Bootshafen zumeist kurze Pinassen-Rundfahrten angeboten.