Zjoeganov deed mee aan de presidentsverkiezingen van 1996, onder naam van de Communistische Partij van de Russische Federatie. In de peilingen voor de presidentsverkiezingen van 1996 leek het er op dat hij ging winnen, waardoor Jeltsin en de zes leidende mediabazen een deal sloten waardoor er in de Russische kranten en televisiezenders groots propaganda werd gemaakt voor Boris Jeltsin. Bij de eerst ronde op 16 juni eindigde Zjoeganov als tweede met 32%, Jeltsin kreeg 35%. Bij de tweede ronde kreeg volgens de officiële uitslag Jeltsin 53,8% en Zjoeganov 40,3%.