Han ble utnevnt til" Joint Commander-in-Chief of the fleet" og sendt til Vilhelmskrigen i Irland i 1690 sammen med viseadmiralene Henry Killigrew og Sir John Ashbpy. De kommanderte flåten fra tredje-linje skipet HMS «Kent». De forble i Irland frem til vinteren da de returnerte til England. De sa opp sine stillinger og Haddock ble erststattet av admiral Edward Russell. Haddock ble nå pensjonist og døde i London den 26. januar 1715. Han ble gravlagt i familiegraven på St. Clement kirkegård i Leigh-on-Sea den 6. februar 1715.