У двадцятирічному віці Панахі прищзвали до іранської армії, йому довелось воювати у Ірано-іракській війні, працюючи військовим кінематографістом з 1980 по 1982 рік. 1981 року його захопили курдські повстанці, які тримали його в полоні протягом 76 днів. Згодом Джафар зняв документальний фільм про війни, цю стрічку згодом показали на телебаченні. Після закінчення військової служби Панахі навчався в Коледжі кіно і телебачення в Тегерані, де вивчав кіномистецтво і особливо оцінив роботи режисерів Альфреда Гічкока, Говарда Гоукса, Луїса Бунюеля та Жана-Люка Годара. У школі він вперше зустрівся і подружився з кінорежисером Парвізом Шахбазі та кінематографістом Фарзадом Джодатом, який пізніше працював над усіма ранніми роботами Панахі. Під час навчання у коледжі Джафар проходив стажування в Центрі Бандар-Аббаса на узбережжі Перської затоки, де зняв перші короткі документальні фільми. Згодом почав працювати помічником режисера.