Gli eventi nefasti della seconda guerra mondiale culminarono con l'arresto di Benito Mussolini e il tragico epilogo dell'armistizio dell'8 settembre 1943, in seguito dei quali l'Italia fu divisa in due e diventò preda della guerra civile. Per quanto riguarda il calcio, i campionati vennero interrotti e la sede della F.I.G.C. venne spostata a Milano. La Federazione, nella stagione 1943-1944, organizzò alcuni tornei di guerra a cui prese parte anche il Legnano.