В возрасте шестнадцати лет Пеннипэкер был зачислен как сержант-квартирмейстер в 9-й Пенсильванский пехотный полк в Уэст-Честере, штат Пенсильвания. В августе 1861 года он служил в 97-м Пенсильванском пехотном полку уже в звании капитана, а в октябре был произведен в майоры. Пеннипэкер принимал участие в военных действиях в Форте Пуласки, штат Джорджия, участвовал в боях в районе города Чарльстон, штат Южная Каролина. В 1864 году его полк был переведен в штат Вирджиния, где он участвовал в кампании "Bermuda Hundred Campaign" под командованием генерал-майора Бенджамина Батлера и был ранен в битве "Battle of Ware Bottom Church". После битвы при Колд-Харборе, во время осады Петерсберга, 15 августа 1864 года, он был назначен полковником своего полка. Затем Пеннипэкер принял на себя командование , с которой он участвовал в сражении при Чаффинс-Фарм и был ранен возле Форта Гилмера. Затем его бригада была присоединена к соединениям генерала Альфреда Терри. Затем он участвовал 15 января 1865 года в битве за Форт Фишер — "Second Battle of Fort Fisher", где Пеннипэкер был снова тяжело ранен, его рана считалась летальной и все полагали, что он умрёт. В этот же день он был представлен к званию бригадного генерала. Но Галуша Пеннипэкер выжил, проведя после этого в больнице еще 18 февраля 1865 года ему было присвоено временное звание бригадного генерала Добровольческой армии США (в возрасте тем самым он стал самым молодым офицером в ранге генерала в армии Соединенных Штатов и по сей день.