Tras el estallido de la Guerra Civil, en julio de 1936, la red de la compañía quedó dividida en dos, estando las vías desde Zaragoza y Calatayud a Teruel bajo control de los militares sublevados, mientras que la zona al este de Teruel se mantuvo en zona republicana. El frente bélico discurrió junto al trazado ferroviario a lo largo de toda la guerra, especialmente durante las batallas de Teruel y, sobre todo, durante la campaña del Levante en 1938. Esto provocó graves destrozos en el trazado comprendido entre Teruel y Sagunto. Terminada la contienda, durante los siguientes años la compañía mantuvo una existencia económica difícil y hubo de emprender obras de reconstrucción todos los tramos afectados. En 1941, con la nacionalización de los ferrocarriles de ancho ibérico, su red pasó a integrarse en la recién creada RENFE.