当晚，为了“报复”，所有犹太人被挨家挨户逐出纳粹选作未来隔都领地的街区。次日，当男人们在工作时，其余街道上的妇女和儿童被抓获；工作场所的男子也遭到抓捕。犹太人被带到，然后被带到博纳利杀害。5千至1万名犹太人于9月1日至9月3日间遇害，其中包括十名犹太委员会成员。屠杀的目的是为了清除一片领土来建立隔都，以监禁维尔纽斯及其郊区的所有犹太人。