Przez cały ten czas Egipt pozostawał niezależny od Stambułu, chociaż w 1786 wysłano ekspedycję, która miała z powrotem podporządkować ten kraj sułtanowi. Mamelucy jednak po prostu wycofali się do Górnego Egiptu, a osmańska armia niedługo potem powróciła na północ, by walczyć w nowej wojnie z Rosją. Panującą w Egipcie anarchię próbowali wykorzystać Francuzi, którzy w 1798 wysłali do tego kraju armię pod dowództwem Napoleona Bonaparte. Wyprawa Napoleona do Egiptu ostatecznie skończyła się klęską głównie z powodu działań angielskiej floty oraz zaciekłego oporu jaki francuskiej armii stawił Cezzâr Pasza, następca Zahira al-Umara w roli na wpół niezależnego władcy Palestyny. Francuzi ostatecznie opuścili Egipt w 1801, jednak Osmanowie nigdy nie odzyskali kontroli nad tą prowincją, w której niedługo potem do władzy doszedł Muhammad Ali (1805 – 1849). W 1807 Selim III został obalony przez rewoltę janczarów, jednak jego panowanie miało charakter przełomowy, bowiem w jego trakcie „osmański rząd, wcześniej działający na podstawie zwyczaju, stał się przedmiotem racjonalizacji. Wraz z Nowym Porządkiem systematyzujący duch Oświecenia ("esprit de système") po raz pierwszy pojawił się w osmańskiej polityce”.