Οι Ιωνικές πόλεις έχασαν την ανεξαρτησία τους υποτασσόμενες αρχικά στους Λυδούς (με εξαίρεση την Μίλητο) και στην συνέχεια στους Πέρσες που υπέταξαν ολόκληρη την περιοχή. Οι Ιωνικές πόλεις απαλλάχτηκαν από την Περσική κυριαρχία μετά τους Περσικούς πολέμους και εντάχθηκαν στην Δηλιακή Συμμαχία. Οι πόλεις της Ιωνίας επανήλθαν στην Περσική αυτοκρατορία με την Ανταλκίδειο ειρήνη που ακολούθησε της λήξης του Κορινθιακού πολέμου. Μετά της κατακτήσεις του Μεγάλου Αλεξάνδρου η Ιωνία έγινε μέρος των Ελληνιστικών βασιλείων που ιδρύθηκαν στην περιοχή και τελικά της Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας. Στην διάρκεια των τελευταίων περιόδων πολλές Ιωνικές πόλεις γνώρισαν μεγάλη, ακμή, κυρίως η πόλη της Εφέσου. Το κοινό των Ιώνων επανασυστάθηκε κατά την ελληνιστική περίοδο με την προσθήκη και της Σμύρνης στις υπόλοιπες δώδεκα πόλεις.