Fue capitán de "La Determinada" : una de las galeras españolas que combatió en la Batalla de Lepanto el 7 de octubre de 1571. Durante la batalla, su galera actuó en el ala derecha del cuerpo de batalla dirigida por Juan Andrea Doria. Uluj Alí atacó a varias galeras de la Orden de Malta pero Álvaro de Bazán en persona, con las diez galeras que quedaban en retaguardia, pudo salvar la situación y obligar a Uluj Alí a emprender la retirada. Juan intervino en esta retirada donde galeras de Juan Andrea Doria persiguieron a las galeras de "Uluj Alí". Según las fuentes, la versión de los hechos puede cambiar. Noticias genealógicas del linaje de Agustina en Carasa (1), revelan que al mando de una de las galeras cristianas "Juan se hizo de dos galeras, una de ellas de la comunes, y la otra la del Gran Turco". En un libro de Basoa (2) se dice que apresó una galera turca y su estandarte en la batalla naval de Lepanto. En su merced de ventaja (3), el Rey Felipe II rinde homenaje a su actuación durante la batalla y a su lealtad : ""Por cuánto teniendo consideración los muchos años que me ha servido el capitán Juan Agustina Carasa de capitán de una de las galeras de Nápoles y de otra de las de España estándo las unas de las otras a cargo del Marqués de Santa Cruz y que en la batalla naval habiendo peleado animosamente, tomó con su Galera la patrona de Uluj Alí y dos galeotas, además de la satisfacción que ha dado en otras cosas que se le han encomendando de mi servicio...""