Nach der Zerschlagung der Tschechoslowakei flüchtete er mit der Hilfe von Odd Nansen und dessen Nansenhilfe im November 1939 nach Norwegen. Dort erhielt einen Arbeitsplatz im psychiatrischen Krankenhaus von Bodø in Nordnorwegen. Im April 1940 wurde Norwegen von der deutschen Wehrmacht erobert, woraufhin ihm von der Besatzungsverwaltung die ärztliche Tätigkeit verboten wurde. Eitinger hielt sich als Hilfsarbeiter in einem Mühlenbetrieb in Nesjestranda an der norwegischen Westküste versteckt, aber er wurde im März 1942 inhaftiert und im Februar 1943 nach Auschwitz deportiert. Bei Kriegsende wurde er aus dem KZ Buchenwald befreit, wo ihn andere norwegische KZ-Häftlinge unterstützt hatten. Sein Vater und seine Schwester waren Opfer des Holocaust. Von den insgesamt 762 norwegischen Juden, die in die Konzentrationslager deportiert wurden, überlebten nur 23 Personen, Eitinger war einer von ihnen.