Skalski se poté stal velitelem 601. stíhací perutě jako první Polák, který velel letce RAF. Poté se zúčastnil invaze na Sicílii a invaze do Itálie. Od prosince 1943 do dubna 1944 Skalski velel polskému stíhacímu křídlu č. 131. Dne 4. dubna 1944 byl jmenován velitelem polského stíhacího křídla č. 133, kde pilotoval Mustang Mk III. Dne 24. června 1944 Skalski zaznamenal dva sestřely nad Rouenem.