Die wichtigste protestantische Kirche mit assyrischem Hintergrund, die auf die Tätigkeit presbyterianischer Missionare unter Assyrern zurückgeht, ist die Assyrisch-evangelische Kirche. Einen starken Zulauf von Assyrern hatten aber auch die seit den 1960er Jahren in Iran präsente pfingstkirchliche "Dschama'at-e Rabbani" (Versammlungen Gottes) und die auch als Assyrische Pfingstkirche bezeichnete Schahrara-Pfingstkirche. Diese evangelikalen Kirchen gingen immer mehr dazu über, auf Persisch zu predigen, oder sie taten dies wie die Pfingstler von Anfang an, um so auch Muslime für den Glauben an Jesus Christus zu gewinnen. Hierdurch verloren sie ihren assyrischen Charakter. Nach der Islamischen Revolution, durch die jede Mission unter Muslimen verboten wurde, waren sie deswegen von behördlichen Kirchenschließungen betroffen.