Осенью 1939 года началась Вторая мировая война, однако в первые её месяцы жизнь в Голландии шла своим чередом. 22 апреля 1940 года Пайс сдал экзамен на получение степени магистра. Спустя несколько недель, в мае 1940 года, войска нацистской Германии оккупировали Нидерланды; оккупационные власти сразу же принялись вводить новые ограничения для еврейского населения. В частности, евреям было запрещено занимать академические позиции и вообще быть на государственной службе; протесты против этих ограничений привели в ноябре к закрытию Лейденского университета. Таким образом, Пайс больше не мог официально занимать свою ассистентскую должность, однако Розенфельд, к тому времени прибывший в Утрехт, назначил на этот пост другого человека с тайным условием, что тот будет отдавать часть заработной платы Пайсу. С каждым днём права еврейского населения всё больше ограничивались; вскоре был наложен запрет и на получение евреями докторских степеней: один из немецких декретов устанавливал крайний срок — 14 июля 1941 года. Тем не менее, под руководством Розенфельда Пайс написал диссертацию и защитил её за 5 дней до этой даты.