Malgré un début de saison 2008-2009 mitigé, au cours duquel il est éliminé au premier tour de chaque tournoi classé auquel il participe, Murphy enregistre un troisième succès majeur lors du championnat du Royaume-Uni, au terme d'une finale décousue durant laquelle il bat Marco Fu 10-9. Il gagne aussi le Classique Paul Hunter face à Mark Selby (4-0). En avril au championnat du monde, il bat Andrew Higginson au premier tour, Marco Fu au second, Stephen Hendry en quart de finale et Neil Robertson en demi-finale. Pour sa deuxième finale de championnat du monde, il est aux prises avec le double vainqueur John Higgins et s'incline au terme d'une finale à sens unique (18-9).