לאחר רצח לינקולן באפריל 1865, התחיל סטיבנס להתעמת עם הנשיא החדש, ג'ונסון, שדרש שיקום מהיר לדרום ללא הבטחות לעבדים המשוחררים. ההבדל גרם למאבק בין ג'ונסון לקונגרס, כשסטיבנס הוביל את הרפובליקנים הרדיקלים. לאחר שבבחירות לקונגרס ב-1866, הצליחו הרדיקלים להשתלט על הקונגרס, הם התחילו תוכנית שיקום משלהם. הקרב האחרון של סטיבנס היה לנסות להדיח את ג'ונסון, אולם ההחלטה לא עברה בסנאט. אמנם בתחילת דרכו נחשב סטיבנס לפזיז ששנא את הדרום הלבן, אולם כיום הוא נחשב לאהוד בקרב חוגים המקדשים את השוויון.