Werner Otto (né le à Dresde) est un coureur cycliste est-allemand. Avec Hans-Jürgen Geschke, il a notamment été champion du monde de tandem en 1969 et 1971 et médaillé d'argent de cette discipline aux Jeux olympiques de 1972. Il a ensuite été entraîneur au SC Dynamo Berlin de 1974 à 1991.