Conte estreou na "Azzurra" em 1994, num amistoso contra a Finlândia. No mesmo ano, disputou sua única Copa do Mundo, tendo disputado duas partidas (contra a Espanha, onde foi substituído por Nicola Berti, e Bulgária, entrando no lugar de Dino Baggio). Disputou também a Euro de 2000, seu último torneio com a camisa azul, atuando em três partidas. Entretanto, não evitou a derrota da "Squadra Azzurra" (treinada pelo lendário Dino Zoff - capitão do tri de 1982) na final, de virada, para a França. Sua derradeira atuação pela Itália ocorreu contra a Romênia.