Durant la Guerra del Francès (1808- 1809), les bombes dels assetjants van provocar la destrucció de gran part de l'edifici, especialment l'església i les plantes superiors. La reconstrucció es va iniciar el 1814, i vint anys després (1835) els caputxins abandonarien definitivament l'edifici que, amb les desamortitzacions de mitjan , passaria a mans de l'Ajuntament de Girona.