Цистерната е била реконструирана по времето на император Юстиниан през 6 век, тъй като дворецът над нея е бил опустошен от пожар през 475 г. След падането на Константинопол под османско владичество през 1453 г., цистерната вече не е използвана по предназначение и дори е била забравена, но е преоткрита при строежа на двореца на Фазли Паша на същото място през 17 век.