Après le début de ce conflit, Brooke commande le Second Corps de la Force expéditionnaire britannique sur le continent et joue un rôle majeur dans l'évacuation des troupes alliées de Dunkerque. En , il est nommé au commandement de l"'United Kingdom Home Forces" et en  promu au rang de "Chief of the Imperial General Staff" (CIGS) et Président du Comité des chefs d'état-major, un poste qu'il occupe jusqu'en 1946.