I samband med Roms skövling år 1527 brändes kyrkan; den återuppbyggdes under senare hälften av 1500-talet. År 1630 lät kardinal Antonio Barberini, påve Urban VIII:s bror, vid kyrkan uppföra Collegio dei Neofiti, en institution med syfte att fostra konvertiter från judendomen. År 1762 byggdes kyrkan om från grunden ("a fundamentis") på uppdrag av påve Clemens XIII. En restaurering företogs av påve Pius X år 1904.