המחפרים הממוגנים נטלו חלק באינתיפאדה השנייה. במהלך מבצע חומת מגן השתתפו מחפרים ממוגנים בהריסת המוקטעה של יאסר ערפאת ברמאללה. כמו כן, מחפרים ממוגנים הרסו מבני טרור ובתי מחבלים לצד דחפורי D9 משוריינים. המחפרים נטלו חלק גם בלחימה ברצועת עזה בשנים 2000–2005, בעיקר בציר פילדלפי, שם שימשו לחשיפת מנהרות הברחה ברצועת עזה.