Poco después de empezar el fallido Levantamiento eslovaco de agosto de 1944, los alemanes ocuparon militarmente el país, por lo que la frágil independencia de la República Eslovaca desapareció por completo. En octubre los alemanes aplastaron el alzamiento. Entre 1944 y 1945 las tropas de la Wehrmacht se convirtieron en la autoridad civil y militar para todos los efectos prácticos, hasta que a inicios de marzo de 1945 las tropas soviéticas empezaron nuevamente su avance por el país.