Efter krigen lå han fra 1852-57 i Glückstadt, kom så tilbage til København og forrettede fra 1860-63 tjeneste ved Generalstabens taktiske sektion for at ordne Krigsarkiverne for 1848-50. Han fungerede også 1863 som sekretær hos krigsministeren ved udarbejdelsen af eksercerreglementet for fodfolket, efter at han 1861 var blevet premierløjtnant og ansat ved 22. bataljon, hvorved han kom til tjeneste i efteråret 1863; men da Hæren mobiliseredes, ansattes Jensen som kompagnikommandør ved 8. regiment og deltog i felttoget 1864 ved forsvaret af Dannevirke og Dybbølstillingen, navnlig i fægtningerne 17. og 28. marts. Fra 1865-67 var Jensen næstkommanderende ved Underofficerselevskolen, men kom derefter tilbage til Viborg, hvor han havde været i garnison efter 1864, som kaptajn og kompagnichef.