Мечеть неоднократно ремонтировалась, особенно после землетрясений 1859 и 1887 гг. Сильно пострадала в результате разрушительного землетрясения 1902 года, после чего была восстановлена и реконструирована в 1905-1910 гг. по проекту архитектора Иосифа Плошко. Это белокаменное железо-бетонное строение с железными куполами также пострадало в результате пожара в ходе мартовских событий 1918 года. В советские годы не использовалась по назначению и была отремонтирована лишь в 1980 году. Капитальная реконструкция мечети состоялась в 2010-2013 гг. Мечети был возвращён её первоначальный облик с сохранением старого строения (боковых и задних стен, колонн фасада и пр.).