Летом 1940 года Н. И. Бабахин направлен в специальную правительственную командировку в Китай. В качестве старшего советника 1-го военного района принимал активное участие в проведении боевых операций. По результатам командировки награждён орденом Красного Знамени. Вскоре после возвращения на Родину полковник Бабахин Н. И. направлен в действующую армию. С 13 апреля по 5 июня 1944 года командир 71-й гвардейской стрелковой дивизии. 3 июня 1944 года ему присвоено воинское звание «генерал-майор». Через 3 дня вступил в должность командира 9-й гвардейской стрелковой дивизии, которая в составе 2-го гвардейского стрелкового корпуса 6-й гвардейской армии принимала участие в освобождении Белоруссии. 30 июня 1944 года в ходе Полоцкой наступательной операции Николай Иванович Бабахин погиб, подорвавшись на мине. Приказом по войскам 1-го Прибалтийского фронта № 0561 от 10.07.1944 генерал-майор Бабахин награждён посмертно орденом Отечественной войны I степени.