Комиссариат действовал в условиях обострившихся межнациональных конфликтов между армянами и азербайджанцами в Елизаветпольской и Эриванской губерниях и в других местах, угрозы захвата Закавказья турецкими войсками, а также сильного влияния большевиков, особенно среди частей Кавказского фронта.