Il Napoli l'acquista in comproprietà dalla Samp nella stagione seguente, che vede la squadra retrocedere tra i cadetti; segna 10 reti andando per la prima volta in doppia cifra nella massima serie. Riscattato dai partenopei, disputa altre due stagioni nella serie cadetta con il Napoli, nelle quali viene condizionato da un lungo infortunio: segnerà 12 gol complessivi (6 nella stagione 1998-1999 e altrettanti nella stagione 1999-2000), contribuendo alla promozione in Serie A nel 2000. Nella stagione 2000-2001 la società partenopea retrocede nuovamente in Serie B, e Bellucci mette a segno 2 reti in 18 presenze: sia l'allenatore Zdeněk Zeman che il collega Emiliano Mondonico non gli daranno spazio.