Trots all förföljelse levde Polen vidare under ockupationen, som en underjordisk stat. Militärt motstånd utfördes av cirka 300 000 partisaner, huvudsakligen i Hemarmén (AK, Armia Krajowa) och Bondebataljoner ("Bataljony Chłopskie"). Hemliga skolor upp till universitetsnivå fanns i universitetsstäderna. Hjälporganisationer och illegal livsmedelsförsörjning (ofta "svarta börsen") försökte bistå i kampen för daglig överlevnad. Hjälporganisationen för judarna, "Żegota", var viktig för folkgruppens överlevnad. Aktiva inom "Żegota" var katoliker, folk från motståndsrörelsen, samt även polska judar. Judarna kunde få hjälp att överleva, genom att gömmas undan nazisterna av hjälpsamma polacker (som riskerade dödsstraff för sig själva och sin familj). Men likväl riskerade judarna att utsättas för polska varianter av antisemitism, som till exempel i Jedwabne-pogromen i Jedwabne, då alla judar i byn föstes in i en lada som tändes på.