En 2004 sont survenues deux grandes épidémies, toutes les deux en Afrique subsaharienne. Il y a eu une épidémie au Tchad, au cours de laquelle, à partir du , on a dénombré et 46 décès. Le Soudan, qui a été troublé récemment par les conflits (voir Guerre du Darfour), a connu également une grave épidémie d'hépatite E. À partir du 28 septembre, on a signalé et 87 décès, principalement dans la région ouest du Darfour. L’Unicef, Médecins sans frontières, la Croix-Rouge et d'autres organisations internationales de santé travaillent actuellement à augmenter les approvisionnements en savon, à creuser de nouveaux puits, au ravitaillement en eau ainsi qu'au traitement des réserves par le chlore. Toutefois, les ressources existantes ne sont pas suffisantes; les fonds et le personnel nécessaires font gravement défaut dans la région pour assurer la santé et la qualité de vie des populations. De plus en plus, l'hépatite E se propage dans les pays développés avec des cas rapportés au Royaume-Uni, aux États-Unis et au Japon. La maladie est considérée comme une zoonose. Les cerfs et les porcs sont deux espèces qui ont été impliquées.