Krimin sodassa kärsityn tappion aiheuttama pettymys sai Kukolnikin eroamaan virkauraltaan ja matkustamaan ulkomaille hoitamaan terveyttään. Palattuaan Venäjälle hän asettui asumaan Taganrogiin, jossa hän toimi aktiivisesti kotikaupunkinsa ja Donin alueen hyväksi. Kirjallisuuselämään Kukolnik ei enää palannut, mutta joitakin hänen teoksiaan julkaistiin hänen kuolemansa jälkeen.