Il se consacre avec zèle à la déchristianisation de la Charente-Inférieure, ce qui lui vaut des réprimandes du Comité de salut public, averti de ses excès par Sylvain Phalier Lejeune. Dans la Charente-Maritime, Lequinio établit une commission révolutionnaire à La Rochelle le pour juger les 750 à 800 prisonniers vendéens enfermés dans les prisons de la ville. Selon les ordres du représentant en mission, la peine de mort n'est appliquée qu'aux prêtres, aux bourgeois, aux nobles, aux maltôtiers, aux déserteurs et aux contrebandiers, 60 sont guillotinés. Les paysans et les ouvriers sont, de leur côté, condamnés aux travaux à la chaîne mais 510 meurent des épidémies. À Rochefort, les représentants Lequinio et Laignelot instaurent en octobre un tribunal révolutionnaire pour juger les équipages de "L'Apollon", du "Généreux" et du "Pluvier", impliqués dans l'insurrection de Toulon. Le , le verdict est rendu pour les accusés des deux premiers navires : sur 34, dix sont guillotinés, deux déportés, huit emprisonnés et 14 acquittés. Le , sept membres de l'équipage du "Pluvier" sont condamnés à mort, le six autres sont acquittés. D'autres exécutions suivent, telles celle de Gustave Dechézeaux, le , puis celle du contre-amiral à la retraite, Nicolas Henri de Grimouard, le . Finalement, 52 personnes sont guillotinées à Rochefort, dont 19 officiers de marine.