Trónra lépésekor Franciaországban javában zajlottak a Szent Bertalan éjszakáját követő úgynevezett francia vallásháborúk. Ennek nem kisebb tétje volt, mint a francia trón katolikus vagy protestáns kézbe kerülése. A váratlan események akkor vettek háborús fordulatot, amikor a nyugodt Bourbon-ház öröklési rendjébe beleszólt a halál. A francia trónörökös meghalt, és helyét a száli törvény alapján Henrik, Navarra uralkodója foglalhatta volna el. A hiba ott leledzett, hogy Henrik protestáns volt, ami ellen a francia nemesek java része, a pápa és II. Fülöp is harcra készen állt. Persze Henrik már V. Sixtusnak is megígérte, hogy felveszi a katolikus hitet, de a kitartó ígérgetés mellett a jogos trónörökös csatát csata után nyert meg. A pápaság türelme pedig XIV. Gergely uralma alatt elfogyott. 1591. március 1-jén Gergely kiközösítette Henriket, és csatlakozott a Katolikus Ligához. Unokaöccse, "Ercole Sfondrati" vezetésével pápai seregeket indított a liga megsegítésére, és havi 15 ezer scudót küldött Párizsba a katolikusoknak. A pápa háborúba lépése a spanyol uralkodó és bíborosainak nyomására is öltött ekkora méreteket.