El rol que va complir el LDK a la ciutat va significar que quan l'Exèrcit d'Alliberament de Kosovo (ELK), va començar a atacar forces iugoslaves i sèrbies. A partir de 1996 en endavant, Pristina va romandre en pau fins al març de 1999 quan comença la Guerra de Kosovo. La ciutat va ser declarada en estat d'emergència a finals de març i grans àrees van ser assetjades. Després que les forces aèries de l'OTAN, comencessin a volar sobre Iugoslàvia el 24 de març de 1999, la violència esclata a Pristina. Forces sèrbies i iugoslaves al costat de paramilitars serbis van prendre diversos districtes de la ciutat, van expulsar, van assassinar i van saquejar en gran escala a les poblacions d'ètnia albanesa. Molts dels expulsats van ser duts en trens fins a la frontera amb Macedònia del Nord, on van ser abandonats i forçats a l'exili. El Departament d'Estat dels Estats Units va estimar el maig de 1999 que entre 100.000 i 120.000 persones havien estat expulsades de Pristina per les forces del govern i els paramilitars.