В 2004 году Вавринка дебютировал за Швейцарию в Кубке Дэвиса. На этот год также пришлись две победы на «челленджере» в Барселоне и Женеве. Годом позже уже на турнире АТП в Барселоне он впервые вышел в четвертьфинал, обыграв Гарсию, Шричапана и Акасусо. Это позволило ему войти в первую сотню. В мае 2005 года состоялся дебют на турнире серии Мастерс. В Риме в первом раунде он победил Бердыха — 6-1, 6-4, а во втором уступил Вердаско — 6-7(8), 2-6.