1577-ben Báthory István lengyel király megerősítette a város privilégiumait. 1627-ben a közeli Oliwa mellett tengeri csata zajlott le. 1660-ban az oliwai békével lezárult a svéd–lengyel háború. 1700–1721 között a nagy északi háború idején Gdańskot többször fenyegették idegen hadseregek.