Сразу после начала войны Хукер пожелал вступить в армию Союза (северян), но ему было отказано из-за недоброжелательного отношения командующего Уинфилда Скотта. В качестве гражданского лица он присутствовал на поле боя первого сражения при Булл-Ран, после чего написал письмо Линкольну, где осуждал армейское командование и просил принять его на службу. В итоге Хукер был принят в армию в звании бригадного генерала. Бригада Хукера в августе 1861 года состояла из четырёх полков