Основні події Prey відбуваються в альтернативній гілці історії, коли президент США Джон Кеннеді пережив своє убивство у 1963 році. Невдалий замах мотивує Кеннеді спрямувати більше коштів на космічну програму, дозволяючи їй процвітати й тим самим прискорює Космічні перегони. Ця діяльність привертає увагу прибульців. На Спутнику 1, запущеним Радянським Союзом знаходять вид еусоциальних інопланетян, названих Тифонами. Сполучені Штати і Радянський Союз спільно працюють над тим, щоб відбити їх напад і захопити Тифонів, зберігаючи цю інформацію від широкого загалу. Разом вони будують космічну станцію «Клетка», яка буде використовуватися як в'язниця для Тифонів, розташованої на орбіті навколо Місяця й Землі. Зрештою, Сполучені Штати отримують її у повну власність, а після падіння Радянського Союзу в 1991 році, повторно використовують Клетку в рамках проекту «Аксіома» — як дослідницькі лабораторії на основі тюремних площ, для вивчення Тифонів і використання витягнутих знань на Землі. Після того, як в 2000 році стався «Pobeg Incident» (або інцидент втечи) і загинуло чимало науковців, Сполучені Штати (з огляду на геополітичну нестабільністю того часу) закрили проект Аксіома і залишили Тифонів живими в полоні.