В сезоне 2016/17 «Манчестер Юнайтед» выступал под руководством нового главного тренера: Луи ван Гала сменил португалец Жозе Моуринью. В начале сезона Руни сохранил за собой капитанскую повязку и место в стартовом составе. 7 августа Уэйн завоевал свой 14-й трофей в составе «Юнайтед», обыграв «Лестер Сити» в Суперкубке Англии. В первом туре Премьер-лиги Уэйн забил в ворота «Борнмута», чем помог своей команде одержать победу со счётом 3:1. 19 августа в матче второго тура Премьер-лиги против «Саутгемптона» Руни отдал голевую передачу на Златана Ибрагимовича; встреча завершилась со счётом 2:0 в пользу «красных дьяволов». Это игра стала для Руни 600-й на клубном уровне (Уэйн провёл 523-й матч составе «Манчестер Юнайтед» и ещё 77 матчей за «Эвертон»).