בקיץ 1992 נמכר פלר לאולימפיק מרסיי, שהזדקקה לחלוץ במקומו של ז'אן-פייר פאפן שעבר למילאן. פלר, בצוותא עם אלן בוקסיץ' ופרנק סוזה, יצרו חוד התקפה מהחזקים ביותר באירופה באותה תקופה. בעונתו הראשונה במועדון הבקיע פלר 18 שערי ליגה, וזכה עם הקבוצה הן באליפות, שנשללה מהמועדון בהמשך בגין פרשיית שוחד, והן בליגת האלופות, לאחר ניצחון 1:0 בגמר ליגת האלופות 1993 על מילאן, במשחק בו פלר הוחלף בדקה ה-79. בעונת 1993/1994 סיימה אולימפיק מרסיי במקום השני בליגה הצרפתית, כשפלר הבקיע שישה שערי ליגה. בתום עונה זו, הורדה אולימפיק מרסיי לליגה השנייה בגין אותן עבירות שוחד של נשיא הקבוצה ברנאר טאפי, ופלר עזב את המועדון לאחר שתי עונות, בהן הבקיע 24 שערי ליגה.