Při událostech pražského jara 1968 zastával Miloš Jakeš funkci člena Ústřední kontrolní a revizní komise KSČ, kam ho zvolil v roce 1966 XIII. sjezd strany. Tam také poprvé zazněly hlasy požadující reformaci starých přístupů dostávajících se do konfliktu s potřebami doby, zejména se volalo po opuštění administrativně direktivní metody řízení společnosti a ekonomiky. Tato situace spolu se sílícím tlakem Slováků na zvýšení jejich role při řízení státu vyústila v odvolání Novotného z funkce generálního tajemníka ÚV KSČ.