Bij Argentinië voerde Bilardo grote wijzigingen door. Zo liet hij het Argentijnse elftal onder ander overschakelen op een bijna revolutionaire 3-5-2-formatie. Daarnaast wees hij Diego Maradona voor aanvang van het WK 1986 aan als aanvoerder van Argentinië en niet Daniel Passarella (aanvoerder tijdens het gewonnen WK in 1978) of Jorge Valdano. Het kwam Bilardo op de nodige kritiek te staan maar Maradona zou uiteindelijk uitgroeien tot de beste speler van het WK en een cruciale rol spelen bij het behalen van de wereldtitel. Vier jaar later haalde Argentinië onder leiding van Bilardo opnieuw de finale van een WK. Ditmaal werd echter van dezelfde tegenstander als in de vorige finale, West-Duitsland, met 1–0 verloren.