Брага сильно постраждала під час Піренейської війни з Францією (1808—1814) та громадянської війни (1828—1834). 20 березня 1809 року, після битви при Бразі, місто окупували та пограбували наполеонівські війська. 1834 року, внаслідок перемоги лібералів у громадянській війні, у місті були розпущені усі католицькі монастирі. Ці події спричинили занепад Браги, перетворивши її на рядове провінційне місто країни. Деяке пожвавлення відбулось у другій половині ХІХ століття завдяки поверненню португальських колоністів з Бразилії, а також прокладанню залізниці в 1875 році.