Balkankrigene 1912 og 1913 har stor reel betydning for det makedonske spørgsmål i nyere tid. Kort inden 1912/1913 hørte Makedonien stadig under det Osmanniske Rige. I den 1. Balkankrig 1912 besluttede Serbien og Bulgarien, at det nuværende territorium skulle have status som autonomt område, hvis det Osmanniske Rige blev besejret. Det osmanniske rige var svækket af etniske og politiske uroligheder og afmatning, og Makedonien udgjorde lige som andre osmanniske områder et territorium egnet til ekspansion for nabolandene, i dette tilfælde Serbien, Bulgarien, Rumænien og Grækenland. Fredsaftalerne og de øvrige aftaler fra før 1913 mellem Balkanstaterne blev dog ikke overholdt, og der opstod uenighed om delingen og i kølvandet herpå en ny krig, hvor Bulgarien, der i 1912 stod som den store aktør og vinder, mistede størstedelen af territorierne til Serbien og Grækenland. Grænserne er nogenlunde de samme i dag og inddeler området i det, som blandt slaviske og udenlandske historikere går under betegnelserne 1. Vardar-Makedonien (Vardarska Makedonija), opkaldet efter floden Vardar, der flyder gennem Skopje, og som tilfaldt Serbien (1913-1915); 2. Ægæisk Makedonien (Egejska Makedonija, Græsk Makedonien), opkaldt efter Ægæerhavet syd for området, og tilfaldt Grækenland, med hovedbyen Saloniki, og 3. Pirin-Makedonien (Pirinska Makedonija, bulgarsk Pirinski Kraj), der tilfaldt Bulgarien og er opkaldt efter Pirinbjergene, som afgrænser området mod øst, med hovedbyen Blagoevgrad.