Τα επίσημα και παραδοσιακά χρώματα της Παναχαϊκής είναι το κόκκινο και το μαύρο. Συχνά χρησιμοποιείται ως δευτερεύον-τρίτο χρώμα του συλλόγου και το λευκό. Υπάρχουν διάφορες εκδοχές για την επιλογή αυτών των χρωμάτων. Η επικρατέστερη εκδοχή είναι πως προέρχονται από τα χρώματα της σημαίας του Ανδρέα Λόντου που υψώθηκε στην Πάτρα κατά την έναρξη της Επανάστασης του ’21. Η σημαία αυτή έδειχνε έναν μαύρο σταυρό σε κόκκινο φόντο. Μια άλλη εκδοχή που είναι αρκετά διαδεδομένη αλλά όμως δεν υπάρχουν στοιχεία και αναφορές που να την επιβεβαιώνουν και δεν θεωρείται βάσιμη, είναι ότι ο Παναχαϊκός, ο ένας από τους δύο συλλόγους από τους οποίους προέκυψε η Παναχαϊκή Γ.Ε. (ο οποίος είχε τα ίδια χρώματα), είχε ιδρυθεί από αναρχικούς, των οποίων το κόκκινο και το μαύρο αποτελεί γνώρισμα. Μάλιστα σύμφωνα με την εκδοχή αυτή στα τέλη του 19ου αιώνα στην Πάτρα καταφτάνουν αναρχικοί κυνηγημένοι από διάφορα Ευρωπαϊκά κράτη, εγκαθίστανται στην πόλη και για να μην δίνουν στόχο στην αστυνομία ιδρύουν συλλόγους που δεν έχουν καμία σχέση με τα πολιτικά τους πιστεύω.