1962 లో జరిగిన భారత-చైనా యుద్ధం లో గోపాలన్, ఇ. ఎం ఎస్. వంటి ఇతర భారతీయ కమ్యూనిస్టు నేతలతో పాటు నిష్పాక్షికమైన అభిప్రాయాన్ని తీసుకున్నారు. ఈ విషయాన్ని శాంతియుతంగా చర్చించి పరిష్కరించుకోవాలని రెండు దేశాలను అభ్యర్థించారు. ఆ సమయంలో పార్టీ అధికారిక నాయకత్వం దీనిని ఖండించి, భారత ప్రభుత్వానికి మద్దతు ఇచ్చింది. పార్టీ నాయకత్వ మద్దతుతో వామపక్షానికి చెందిన చాలామంది నాయకులను అరెస్టు చేశారు. యుద్ధం సాకుతో పార్టీలోని వామపక్ష నాయకులపై ప్రభుత్వం దాడి చేయడాన్ని ఖండిస్తూ అప్పటి జనరల్ సెక్రటరీ ఇఎంఎస్ రాసిన కథనాన్ని ప్రచురించడాన్ని పార్టీ నాయకత్వం నిరోధించినప్పుడు, అతను స్వయంగా పదవిని వదలి వామపక్ష సమూహానికి మద్దతు ఇచ్చాడు. గోపాలన్ ఎడమవైపు గ్రూపులో భాగంగా ఉండి, కుడివైపు ఆధిపత్యం ఉన్న పార్టీ నాయకత్వం క్రమశిక్షణ చర్యను ఎదుర్కొంది. ఈ సమయంలో ఒక వార్తాపత్రిక స్వాతంత్ర్య పోరాటంలో బ్రిటిష్ వారికి కుడివైపున వున్న నాయకుడు ఎస్. ఏ. డాంగే రాసినట్లు ఆరోపించిన ఒక లేఖను ప్రచురించింది. ఈ లేఖలో బెయిల్ మంజూరు చేస్తే స్వాతంత్ర్య పోరాటానికి దూరంగా ఉంటానని అతడు హామీ ఇచ్చాడు. ఇది కుడివైపు వారిని కొట్టడాని ఎడమవైపు సమూహం ఉపయోగించబడింది. సిపిఐ జాతీయ కౌన్సిల్ లో ఎస్. ‌ఎ. డాంగే ఆరోపణ చేసిన లేఖ గురించి పార్టీ స్థాయి విచారణను ఏర్పాటు చేయాలన్న వామపక్షాల డిమాండ్ తిరస్కరించబడినప్పుడు, వామపక్ష బృందం కొత్త పార్టీని స్థాపించింది. గోపాలన్ కొత్తగా ఏర్పడిన పార్టీలో చేరాడు; తరువాత కాలంలో ఇది కమ్యూనిస్ట్ పార్టీ ఆఫ్ ఇండియా (మార్క్సిస్ట్) గా పేరుపొందింది. అతను విస్తృతంగా రచనలు చేశాడు. అతని స్వీయచరిత్ర "'ఎంతే జీవిత కథ" ' అనేక భాషల్లోకి అనువదించబడింది. అతని ఇతర రచనలు: "ఫర్ ల్యాండ్", "అరౌండ్ ది వరల్డ్", "వర్క్ ఇన్ పార్లమెంట్", "సేకరించిన ప్రసంగాలు" (అన్నీ మలయాళంలో ఉన్నాయి).