Fadern dog av en hjärtattack efter att föräldrarna tvingats flytta från Sarajevo vid krigets början 1992. Kusturica har senare jämfört faderns död med slutet för Jugoslavien. Efter kriget och faderns död gjorde Kusturica en hel del andra kontroversiella uttalanden, bland annat uttalade han sig kritiskt mot Bosniens nye president, Bosniska muslimer, och gick också ut med påståendet att han själv var under dödshot i Sarajevo. Uttalanden som bland annat har lett till att många Sarajevobor vägrar att se hans filmer.