Сеймур попал в плен во время фланговой атаки Джона Гордона — вместе с генералом Александром Шалером. 9 августа 1864 года Сеймур был отпущен по обмену и принял командование 3-й дивизией VI корпуса (после ранения Джеймса Рикеттса). Он участвовал в нескольких сражениях в долине Шенандоа, и в последних сражениях осады Петерсберга — в частности, в третьем сражении при Петерсберге. Его бригада прошла Аппоматоксскую кампанию и Сеймур присутствовал при капитуляции генерала Ли у Аппоматтокса 9 апреля 1865 года. После взятия Петерсберга он получил временное повышение до генерал-майора добровольческой армии и, одновременно, временное звание бригадного генерала регулярной армии (от13 марта 1865 года).