Durant la Guerra Civil de Sierra Leone (1991-2002) Bangura va parlar amb força contra les atrocitats comeses contra la població civil pel Front Unit Revolucionari (RUF) i va ser objectiu d'assassinat diverses vegades per aquest grup. També va parlar contra la corrupció en el govern civil del president Ahmad Tejan Kabbah i les atrocitats comeses contra civils per part dels soldats del govern. L'any 2002 va disputar a Kabbah la presidència de Sierra Leone, deixant per primera vegada del seu paper acostumat d'activista no partidista de la societat civil. Ella va obtenir menys de l'u per cent dels vots, i el seu partit Moviment per al Progrés (MOP) no va aconseguir cap escó al Parlament de Sierra Leone. La Sra. Bangura va afirmar que el recompte de vots baix del partit va ser resultat de la corrupció en el sistema de votació.