Rosenkrantz' tid som lensherre blev præget af Den Nordiske Syvårskrig. I 1564 besatte en svensk styrke Trøndelag. Rosenkrantz samlede på eget initiativ og med trusler om dødsstraf for dem, som udeblev, en styrke på ca. 4000 bønder fra Nordhordland og Sunnhordland. Med denne styrke sejlede han nordpå i april 1564. Den 22. maj indtog han Steinvikholm Slot, hvor en svensk styrke havde forskanset sig. I 1567 samlede han bønder fra Vestlandet for at komme Akershus fæstning til undsætning, da den var truet af svenskerne. Blandt bønderne var modstanden mod at gøre krigstjeneste stor, og i 1568 sendte kongen en undersøgelseskommission til Bergen for at høre bøndernes klager. Kommissionens konklusion kendes ikke, men kort tid efter søgte Rosenkrantz sin afsked og fik den bevilget. Den 31. august 1568 forlod han Bergen. Resten af livet boede han på Arreskov på Fyn. Han var stiftslensmand i Odense fra 1568 til 1572 og igen i 1575.