Lors des matchs de barrage pour le Championnat d'Europe de football espoirs 2011, Ben Khalifa marque son premier but en équipe espoir face à la Suède lors du match retour (1-1). Ben Khalifa a participé au championnat d'Europe des espoirs suisses au Danemark. Il y tient un rôle de remplaçant derrière d'autres attaquants tels que Mario Gavranović et Admir Mehmedi. Lors du tournoi, il ne participera que lors d'une rencontre et comptabilisera 6 minutes de jeu. Le jeune joueur réussi tout de même à se procurer une ou deux occasions intéressantes. Les espoirs suisses réussissent l'exploit de se qualifier pour les Jeux olympiques de Londres, et atteindront la finale face à l'équipe espoirs d'Espagne.