En novembre 1942, Bräuer remplaça le général en tant que commandant de la Crète. Le 25 mars 1943, jour de l'indépendance grecque, il libéra 100 Crétois emprisonnés dans la prison d'Agia. Parmi eux se trouvait Konstantínos Mitsotákis, qui devint plus tard député et Premier ministre de la Grèce. Après les échecs allemands à Stalingrad et El Alamein, Bräuer ordonna la construction de bunkers de commandement souterrains, de défenses autour de la baie de Souda tout en augmentant les stocks de munitions. Bräuer fut ensuite remplacé par le général Friedrich-Wilhelm Müller en 1944.