Il 23 giugno 2008 diventa il nuovo allenatore del Lecce, neopromosso in Serie A, sostituendo Papadopulo e . L'esperienza pugliese per Beretta si conclude il 9 marzo, dopo 27 giornate e un pareggio a reti bianche contro la , quando viene esonerato dopo una pesante contestazione nei confronti della società da parte della tifoseria leccese con la squadra penultima in classifica con 23 punti frutto di 4 vittorie, 11 pareggi e 12 sconfitte.