Коли почалась німецько-радянська війна Микола Шпилько пішов на фронт, де воював у якості інженера-ремонтника танків пересувних майстерень 133 автобатальйону. Мав військове звання воєнінженера 3-го рангу. Відступаючи з своєю частиною від Львова до Києва, загинув під час оборони Києва у вересні 1941 року.