Im Vorfeld des Irak-Krieges gab es zwischen Shinseki und Donald Rumsfeld öffentliche Uneinigkeit über Fragen der notwendigen Truppenstärke. Shinseki hatte mehr Truppen gefordert, als der US-Verteidigungsminister für den Feldzug bereitstellen wollte. Am 25. Februar 2003, vier Monate vor seinem Ausscheiden aus der US Army, trug er diese Bedenken in einer öffentlichen Anhörung beim "Senate Armed Services Committee" vor. Er sagte, dass „irgendwas in der Größenordnung von mehreren Hunderttausend Soldaten“ für die Stabilisierung des Nachkriegs-Irak notwendig sei. Rumsfeld und sein Stellvertreter Paul Wolfowitz widersprachen dieser Aussage öffentlich und nannten Shinsekis Einschätzung „weit daneben“ ("far off the mark"). Wolfowitz sagte gar, dass es „schwer zu glauben sei“, dass mehr Truppen für den Nachkriegs-Irak benötigt werden sollten, als beim Sturz von Saddam Hussein.