Peiffer gehörte ab Saisonbeginn des &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202009/10"&gt;Biathlon-Weltcups 2009/10&lt;/a&gt; zu den fest nominierten Startern der deutschen Mannschaft im Weltcup. Er erfüllte neben Michael Greis als erster die Nominierungskriterien für die Qualifikation zu den Olympischen Winterspielen und schaffte konstant Platzierungen in den Punkterängen und feierte in Antholz im Sprint seinen zweiten Weltcupsieg. In der Gesamtwertung des Weltcups belegte er in der Endabrechnung Platz neun. Im letzten Rennen der Saison 2009/2010 gewann er in Chanty-Mansijsk gemeinsam mit Magdalena Neuner, Simone Hauswald und Simon Schempp den Weltmeistertitel in der Mixed-Staffel.