Po raz pierwszy Charzyno zostało odnotowane w dokumentach z przełomu 1219 i 1220 r. jako "Charin". Później wieś stanowiła własność kapituły kołobrzeskiej. Po pokoju westfalskim i podziale księstwa pomorskiego wieś wchodziła w skład Brandenburgii, potem Prus i Niemiec. Miejscowi chłopi posiadali większość gruntów już w połowie XIX w. (niewielka część pozostała w rękach kościelnych). Gwałtowny rozwój Charzyna nastąpił na przełomie XIX i XX w. – w 1910 r. liczyło ono 939 mieszkańców, a w 1925 r. - 910 mieszkańców. Było siedzibą zarówno parafii ewangelickiej, jak i gminy, obejmującej również Ząbrowo, Ołużnę i Rościęcino. Podczas zdobywania Kołobrzegu w dn. 8‒9 marca 1945 r. we wsi stacjonował sztab 3 Dywizji Piechoty. Po 1945 r. w granicach Polski, w latach 1946–54 siedziba gminy Charzyno. W latach 1950‒1998 Charzyno administracyjnie należało do województwa koszalińskiego.