Door de verpoolsing van de Litouwse adel die ontstond na de bekering van Jogaila, won het rooms-katholicisme terrein. Casimir de Heilige, zoon van koning Casimir IV van Polen, werd in 1522 heilig verklaard en werd de beschermheilige van Litouwen. Tijdens de Reformatie kon het calvinisme op veel sympathie van de magnaten rekenen. Een van de belangrijkste bekeerlingen was kanselier en groothetman Mikołaj "de Rode" Radziwiłł. In 1562 werd de Bijbel voor het eerst in het Pools vertaald in Brest. Een kleine twee eeuwen later, in 1735, verscheen in Koningsbergen de eerste Bijbel in het Litouws. In de 17e eeuw schoot de contrareformatie wortel in Litouwen, na de oprichting van een keten van jezuïtische colleges. Na de Bartholomeüsnacht kwamen de edelen van het gemenebest tot een verbond waarin ze godsdienstvrijheid voor het gemenebest regelden.