Stewart McKimmie speelde 40 interlands in het Schots voetbalelftal. Hij speelde mee op twee Europese kampioenschappen: UEFA Euro 1992 en UEFA Euro 1996. Op het FIFA wereldkampioenschap voetbal 1990 in Italië was McKimmie er ook al bij, maar de centrumverdediger Richard Gough speelde toen vaker als rechtsachter. In de voorbereiding op dat toernooi maakte hij een beroemd doelpunt tegen de regerende wereldkampioen Argentinië, destijds zijn eerste goal in vijf jaar tijd (met Aberdeen tegen Clydebank in de Schotse competitie). Met dat doelpunt legden de Schotten verrassend de Argentijnen in de luren. Tevens is dit het enige Schotse doelpunt ooit door McKimmie gescoord.