En México participó en el sitio de Puebla. También marchó hacia Monterrey y, a través de la Sierra Madre, hacia Mazatlán. Convertido en general de división, (1864), fue nombrado Gran Comandante del Noroeste por el emperador Maximiliano I de México, y fue enviado en calidad de "tropa perdida" hacia Sonora y Sinaloa. Castagny practicó la contraguerrilla, y fue obligado a una represión severa en contra de los bandidos locales. Incendió la ciudad sinaloense de San Sebastián e hizo fusilar al rebelde Nicolás Romero y a sus compañeros. En su afán de dejar sin partidarios y recursos a la guerrilla de Ramón Corona, destruyo numerosos poblados y rancherías sospechosos de haber colaborado con el, sin perdonar a mujeres, niños o ancianos.