A estreia de João Pinto na Selecção AA Portuguesa aconteceu em 1983, contra a França, quando tinha pouco mais de 21 anos e já contava com 34 internacionalizações nas selecções jovens. Pela selecção principal disputou 70 partidas, tendo marcado apenas um golo, contra a Suíça, numa partida de qualificação para o Mundial de 1990. Portugal não se qualificou para o referido mundial, mas João Pinto já havia feito parte da convocatória nacional em duas grandes competições: jogou as quatro partidas que Portugal disputou no Euro 84, enquanto no Mundial 86, lutando contra uma pleurisia, foi apenas suplente não-utilizado.