En 1918 se suspendieron las actividades docentes temporalmente debido a que el edificio de la facultad fue destruido por los terremotos de 1917-18, mientras que el del Hospital General San Juan de Dios quedó seriamente dañado. Posteriormente, en ese mismo año, la Universidad fue reestructurada y pasó a ser la Universidad de Guatemala «Manuel Estrada Cabrera», en honor al presidente de Guatemala de entonces, licenciado Manuel Estrada Cabrera, quien había estado en el poder desde 1898.