Auch das Verhältnis zu Megawati Sukarnoputri (reg. Juli 2001 bis Oktober 2004) war von vornherein angespannt, weil die FPI einen weiblichen Präsidenten kategorisch ablehnte. Kurz nach der Vereidigung von Sukarnoputri im Juli 2001 veröffentlichte die FPI eine politische Erklärung, in der sie ihre Ablehnung einer weiblichen Präsidentin bekundete. Damit stellte sich die FPI gegen alle anderen islamischen Organisationen und Parteien Indonesiens, denn diese waren mit einer weiblichen Präsidentin einverstanden. Nach Auffassung der FPI ist die Herrschaft einer Frau nicht rechtsgültig. Am 6. Januar 2002 forderte die FPI bei einer Kundgebung den Rücktritt von Megawati. Nach dem Anschlag von Bali am 12. Oktober 2002 griff die Regierung zum ersten Mal stärker gegen radikale islamische Gruppierungen durch. Am 16. Oktober 2002 wurde auch Rizieq Shihab selbst unter dem Vorwurf der Aufwiegelung zu öffentlichen Unruhen verhaftet.