Under de krig som under perioden 1864-1871 förde fram Preussen till en ledande ställning som stormakt och ledde till Tysklands enande spelade Moltke den ledande militära rollen, samtidigt som den preussiske ministerpresidenten Otto von Bismarck spelade den ledande politiska rollen och var krigens egentliga arkitekt. Planen för fälttåget mot Danmark 1864 gjordes av Moltke. Den något djärva, men snillrikt utkastade planen för fälttåget mot Österrike 1866 var även det Moltkes verk, och han fick själv leda utförandet. Kort före 1866 års krig blev han general i infanteriet. Ledningen av kriget mot Frankrike 1870-71 var Moltkes verk. Under kriget erhöll han grevlig status och utnämndes 16 juni 1871, då den segrande armén höll sitt intåg i Berlin, till generalfältmarskalk.