Помощь Роджера Бойля в Ирландии оказалась неоценимой во время Кромвелевского завоевания Ирландии. Назначенный начальником артиллерии, он вскоре собрал пехоту и конницу, загнал мятежников в Килкенни, где они сдались. Он заставил роялистский гарнизон Корка (английские войска, с которыми он служил ранее в войнах) перейти на сторону парламента. 10 мая 1650 года он полностью разгромил при Макруме ирландцев, двигавшихся на помощь осажденному Корку. После отъезда Оливера Кромвеля в Шотландию Бойль сотрудничал с генералом Генри Айртоном, с которым участвовал в осаде Лимерика. В 1651 году Роджер Бойль разгромил ирландские войска, шедшие на помощь Лимерику под командованием лорда Маскерри, в битве при Нокнаклаши, последней битве ирландских конфедеративных войн, тем самым добившись взятия города.