Влітку 2017 року Зюле разом із своїм одноклубником Себастьяном Руді приєднався до «Баварії», підписавши п'ятирічний контракт. 5 серпня в матчі за Суперкубок Німеччини проти дортмундської «Боруссії» він дебютував за нову команду. У цьому поєдинку Ніклас завоював свій перший трофей у складі «Баварії». 18 серпня в поєдинку проти «Баєра» Ніклас забив свій перший гол за «Баварію». У своєму дебютному сезоні він став чемпіоном Німеччини. Станом на 12 травня 2018 року відіграв за мюнхенський клуб 27 матчів в національному чемпіонаті.