Hubočan jest wychowankiem MŠK Žilina. W lidze zadebiutował 13 listopada 2004 roku w wygranym 6:0 meczu z MFK Ružomberok. W styczniu 2006 roku trafił na półroczne wypożyczenie do FC ViOn Zlaté Moravce. Po powrocie do Žiliny został podstawowym graczem zespołu, zdobył mistrzostwo kraju, a także trafił do najlepszej jedenastki sezonu. W lutym 2008 roku za kwotę prawie 4 milionów Euro trafił do Zenitu Petersburg. Już w pierwszym roku w nowych barwach zwyciężył w rozgrywkach o Superpuchar Rosji, a także Superpuchar Europy.