Манастир Космидион је постојао и током последњих векова Византије и често се помиње у изворима из доба Палеолога. Уништен је 1453. године, током отоманске опсаде Цариграда, у којој је град заузет, а последњи византијски цар, Константин Драгаш (1449—1453), је погинуо.