"Hippidion" es considerado un descendiente de "Pliohippus". Équidos como estos emigraron a Sudamérica hace 2,5 millones de años aproximadamente. Siendo uno de los primeros ungulados de gran tamaño en migrar hacia América del Sur en el Gran intercambio americano. Evidencias morfológicas, como la delicada estructura de los huesos nasales y diferencias anatómicas de las extremidades, sugiere que "Hippidion" evolucionó aislado de otras especies de caballos de América del Norte, y que pertenece a un tipo de caballos distinto a los actuales. No obstante, un análisis preliminar de ADN mitocondrial sugirió que "Hippidion" estaba mucho más emparentado con el caballo actual de lo que tradicionalmente se consideraba, y que debiese ser reclasificado al género "Equus". Sin embargo, un extensivo estudio del genoma mitondrial realizado en 2015, apoya la condición de "Hippidion" como género válido y perteneciente a un linaje evolutivo de équidos distinto al de "Equus"; ya que ambos grupos divergieron hace más de 6 millones de años y presentan diferencias genéticas y morfológicas suficientemente marcadas.