In het volgende jaar werd hij ingenieur-hoofdlandmeter van het departement van de Loire. In de tijd van het keizerrijk, in de napoleontische tijd, werd hij verplaatst naar Bourges en vervolgens in 1813 naar Foix. Daar trad hij in dienst van generaal Michel Pascal Lafitte als hulp officier der genie, belast met de planning van de vestingbouw rond de stad. Dit stadje werd, ten tijde van de Zesde Coalitieoorlog, bedreigd door het binnendringen van de verenigde Engels-Spaanse legers. Als hulpofficier van de genie bewees Lipkens goede diensten, door op de steile rots, die Foix beheerst, de nodige kanonnen te hijsen en haar in een afdoende staat van verdediging te brengen.