Значительная часть беженцев тутси присоединилась к силам повстанцев Йовери Мусевени в ходе гражданской войне в Уганде, завершившейся их победой в 1986 году. Среди них были Фред Рвигьема и Поль Кагаме, сформировавшие Руандийский патриотический фронт (РПФ) — группу руандийских повстанцев тутси, сформированную из беженцев. 1 октября 1990 года войска РПФ вторглись в Руанду со своей базы в Уганде. В течение трёх лет боевых действий против правительства хуту и многочисленных перемирий стороны подписали «окончательное» соглашение о прекращении огня в августе 1993 года, известное как Арушские соглашения.