Майже відразу після створення федерації почалися утиски прав еритрейської автономії: було скасовано посаду Верховного судді Еритреї, мови, якими розмовляло еритрейське населення і які були визнані офіційними в ООН — тігрінья та арабська, були виключені з переліку офіційних, під контроль Аддис-Абеби перейшли фінансові установи, поліція, суди, припинився друк літератури на місцевих мовах, уведена цензура преси, були обмежені демократичні свободи та політична діяльність. Все це прямо суперечило резолюції ООН 390-A(V), яка проголосила федеративний устрій держави. Врешті-решт, під тиском імператора Ефіопії Хайле Селассіє I на парламент Еритреї, 15 листопада 1962 року федерація була офіційно розпущена, Еритрея увійшла до складу Ефіопії на правах звичайної провінції. Послідовне знищення Ефіопією Еритрейської державності спровокувало збройне повстання, з 1961 року в Еритреї почалася війна за незалежність.