In 1999 werd Ottey tijdens een wedstrijd in Luzern beschuldigd van het gebruik van doping, nadat in haar urine het verboden middel nandrolon was aangetroffen. Ook de B-staal bevatte een te hoge waarde van dit middel. Zij werd door de IAAF geschorst en mocht niet meedoen aan de WK van 1999 in Sevilla en de Olympische Spelen van 2000 in Sydney. Ottey bleef vechten tegen deze beschuldigingen en noemde deze aanklacht een "terrible mistake". In de zomer van 2000 werd ze officieel door de IAAF en de Jamaicaanse atletiekbond van doping vrijgesproken. Het laboratorium dat haar urinemonster had getest kwam onder grote kritiek te staan.