Brent Lepistu begann seine Nationalmannschaftskarriere im Jahr 2009 in der U-17. Danach spielte er in der U-18 und U-19 von Estland. Mit der U-19 nahm er im Jahr 2012 an der Europameisterschaft dieser Altersklasse teil. Nachdem Lepistu auch in der U-21 und U-23 zum Einsatz gekommen war debütierte er in der A-Nationalmannschaft. Sein Debüt gab er am 27. Dezember 2014 gegen Katar in Doha.