С июня, после падения жирондистов, Юг Франции был охвачен восстаниями, которые получали поддержку со стороны эмигрантов и интервентов. В качестве комиссара Конвента Баррас участвовал в подавлении роялистского мятежа в Тулоне (август-декабрь 1793). Первым отличил молодого капитана Бонапарта, командующего осадной артиллерией, и приблизил к себе; но главную заслугу во взятии Тулона он приписывает генералу Дюгомье, командовавшему штурмом. Принял личное участие в захвате форта Фарон на левом фланге.