L'équipe est reprise pour l'exercice suivant par Fabio Capello, avec qui Alenitchev connaît de très bons débuts, inscrivant un triplé en Coupe UEFA contre le Vitória Setúbal avant de marquer une nouvelle fois contre Venise lors de la mi-septembre. Il perd cependant à nouveau très vite sa place dès la fin du mois d'octobre et ne dispute que cinq matchs de championnat avant la fin d'année 1999. Il est brièvement réutilisé au début du mois de janvier mais termine finalement la saison à Pérouse, où il joue vingt matchs pour un but inscrit en Coupe Intertoto contre le Standard de Liège. Son passage en Italie, considéré comme raté s'achève finalement à l'été 2000, qui le voit être recruté par l'équipe portugaise du FC Porto de Fernando Santos, où il retrouve notamment son compatriote Sergueï Ovtchinnikov.