Lokakuussa 2001 Modista tuli ensimmäistä kertaa Gujaratin pääministeri ja ensimmäinen osavaltion pääministerinä toiminut RSS:n täysaikainen jäsen. Vuonna 2002 Modin ja Intian kansanpuolueen johtamaa Gujaratia kohtasi kriisi, kun äärihindujen ja muslimivähemmistön väkivaltaisuudet, joissa kuoli noin tuhat ihmistä, tapahtuivat. Modin väitetään hiljaisesti hyväksyneen yhteenotot. Toinen kohu tapahtui vuonna 2010, jolloin Modin osavaltiohallituksen pitkäaikainen sisäministeri Amit Shah pidätettiin osallisuudesta terroristiksi väitetyn Sohrabuddin Sheikhin murhan ja kaappauksen tilaamisesta. Modi ja Shah puolustautuivat väittämällä syytteen olleen puhtaasti poliittinen.