В отличие от позитивного развития отношений с Болгарией турецкая дипломатия столкнулась с трудностями при распаде Югославии. Тяжелое положение мусульманского населения Боснии и Герцеговины во время гражданской войны, последовавшей за провозглашением независимости Боснии в 1992 году, вызвало у Турции желание оказать помощь боснийским мусульманам. Хотя правительство Турции поддержало миротворческие силы Организации Объединённых Наций (ООН) в Боснии и вспомогательную военную роль НАТО, но и критиковало их за недостаточную активность в разрешении конфликта. В середине 1990-х годов Турция выступала за более решительные меры против боснийских сербов и правительства Сербии, которую она обвиняла в предоставлении военной помощи боснийским сербам. Однако Турция не была готова предпринять односторонних шагов в Боснии, так как они могли бы противопоставить её партнёрам по НАТО.