Уильям в 1215—1217 годах принимал участие в Первой баронской войне на стороне противников короля, за что был отлучён от церкви папой римским. В результате мятежа он потерял Бедфордский замок, а в 1217 году попал в плен в битве при Линкольне. Осенью был отпущен на свободу, а Бедфордский замок был ему возвращён только в 1224 году, причём с запретом возводить защитные стены. В 1240-е — 1250 годы у Уильяма и его второй жены был серьёзный конфликт с опекаемым ими Ньюхемским монастырём.