Taiwanilla liitosta Japaniin ei kuitenkaan aiottu hyväksyä ja paikalliset johtajat päättivät perustaa Taiwanin tasavallan vastustamaan japanilaisvaltaa. Kyseessä oli Aasian ensimmäinen tasavalta, mutta sen elinikä oli lyhyt, se kesti vain kymmenen päivää. Taiwanilla ei ollut keskushallintoa, tunnustettua johtajaa eikä todellista armeijaa. Monet asukkaat eivät myöskään nähneet eroa siinä hallitseeko saarta epäsuosittu Qing-dynastia vai japanilaiset. Taiwanin kieltäytyminen rauhanomaiseen vallanvaihtoon pakotti Japanin hyökkäämään Taiwaniin vuonna 1895. Japanilaiset joukot kukistivat kaiken vastarinnan ja Taiwan liitettiin Japanin keisarikunnan siirtomaaksi. Taiwanin asukkaille annettiin mahdollisuus muuttaa Kiinaan kahden vuoden siirtymäajan aikana, mutta saaren 2,8 miljoonasta asukkaasta vain noin 4 500 valitsi tämän vaihtoehdon. Kahden vuosisadan ajan kestänyt muuttoliike mantereen ja Taiwanin välillä oli jo aiheuttanut sen, että maahanmuuttajien jälkeläiset pitivät Taiwania kotimaanaan.