Während des Deutsch-Sowjetischen Krieges war Stern Mitglied des 1942 gegründeten Jüdischen Antifaschistischen Komitees und erhielt 1943 den Stalinpreis. Im Zuge der Ausschaltung des Komitees verlor sie ihre Stellen, wurde im Januar 1949 verhaftet und im Juni 1952 in einem Geheimprozess wegen Spionage, antisowjetischer Tätigkeit und der Vorbereitung terroristischer Angriffe zu einer Freiheitsstrafe von 3 ½ Jahren verurteilt. Die Mitangeklagten wurden in der „Nacht der ermordeten Dichter“ erschossen, Stern aber unter Anrechnung ihrer 3 ½-jährigen Untersuchungshaft nach Kasachstan verbannt. Nach dem Tod Josef Stalins durfte sie 1953 nach Moskau in ihre Funktionen zurückkehren. In ihrem 80. Lebensjahr erfolgte 1958 Sterns juristische Rehabilitierung.