1935 entpflichtete sich Neumann durch seinen Rücktritt, musste das Institut aber bis 1937 kommissarisch leiten, bis sein Wunsch-Nachfolger Karl Süpfle, der sich weigerte, der NSDAP beizutreten, die Leitung übernehmen konnte. 1938 wurde das Institut wegen des Groß-Hamburg-Gesetzes wieder in "Hygienisches Institut" Hamburg umbenannt. Leopold Schwarz musste wegen seiner jüdischen Abstammung 1938 die Lehrerlaubnis zurückgeben. Süpfle hatte kaum Zeit, sich als Direktor zu profilieren. Er wurde schon zu Beginn des Krieges als Hygiene-Berater eines Truppenverbandes eingezogen. 1942 fiel Süpfle bei Stalingrad. Während dessen Militärzeit und nach seinem Tod vertrat R. O. Neumann dessen Leitungsfunktion im Hygienischen Institut. Am 23. Juni 1943 wurde die jüdische Mitarbeiterin Frau Welker nach Theresienstadt deportiert.