În iunie 1808, este timis în Spania și Ney servește alături de alți Mareșali, sub autoritatea operațională a cărora este plasat, ceea ce îi rănește orgoliul. Mai întâi îl lasă pe Lannes să se bată singur la Tudela, apoi are un conflict cu Moncey și în fine se ceartă groaznic cu Soult, pe care îl acuză de trădare și față de care ajunge să nutrească o ură fățișă. Își părăsește postul fără permisiune și se întoarce în Franța, unde Împăratul îl admonestează, ordonându-i să se întoarcă la post. Ney o face dar fără tragere de inimă, tergiversând și ezitând să se implice în operațiuni. În 1810, Corpul VI este pus sub comanda mareșalului Masséna în cadrul campaniei din Portugalia. Deși a făcut minuni la comanda ariergărzii, ducele de Elchingen a avut dese neînțelegeri cu aghiotantul său, Jomini, cu generalul Drouet d'Erlon și mai ales cu Masséna, acesta din urmă văzându-se obligat să îl destituie, într-un final, pentru insubordonare.