Elle se classe deuxième du des Championnats du monde en salle 2006 de Moscou derrière la Russe Olesya Krasnomovets en établissant un nouveau record national de Bulgarie (50 s 21). Sous la conduite de Georgi Dimitrov, l'ancien entraîneur des sprinteuses Yordanka Donkova et Ginka Zagorcheva, elle remporte son premier titre de championne de Bulgarie dans l'épreuve du haies. Aux Championnats d'Europe de Göteborg début août, Vania Stambolova s'adjuge le titre continental du devant les Russes Tatiana Veshkurova et Olga Zaytseva, réalisant le temps de 49 s 85. Auteure de la meilleure performance de sa carrière sur le tour de piste quelques jours plus tard lors du Meeting de Rieti avec 49 s 53, elle se classe deuxième de la Coupe du monde des nations 2006 derrière l'Américaine Sanya Richards.