W latach sześćdziesiątych XVII wieku i później zapoczątkowano budowanie w stylu barokowym wielu kościołów, charakteryzujących się wielkimi kopułami oraz dzwonnicami, które dominowały na tle nieba ponad wieloma miastami i wioskami. Jednym z najbardziej znanych i wpływowych architektów maltańskiego baroku był Lorenzo Gafà, który w latach 1660–1690 zaprojektował wiele kościołów. Jego arcydziełem jest katedra św. Pawła w Mdinie, przebudowana w latach 1696–1705 po tym, jak oryginalna średniowieczna świątynia została mocno uszkodzona podczas trzęsienia ziemi w roku 1693. Inne znakomite kościoły zaprojektowane przez tego architekta to Kolegiata św. Wawrzyńca w Birgu (1681–97) oraz Katedra Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Victorii na Gozo (1697–1711).