Da Tyskland invaderede Tjekkoslovakiet i 1938 flygtede Flohr til Sovjetunionen, hvor han fik statsborgerskab i 1942. Hans resultater under og efter krigen nåede aldrig op på højderne fra før, og han blev ved matchturneringen VM i skak 1948, hvor man skulle finde Aljechins afløser, erstattet af Vasilij Smyslov. Han kvalificerede sig dog fra interzoneturneringen i 1948 til kandidatturneringen i 1950, hvor han sluttede på en ottendeplads. Derefter trak han sig tilbage og blev skakjournalist frem til sin død.