21 мая 1864 года Джонсон был повышен до генерал-майора и продолжил службу уже в Северовирджинской армии генерала Ли. Именно Джонсон командовал северокаролинцами в бою у Воронки под Петерсбергом. В тот день его люди захватили три знамени и 130 пленных. После отступления от Петерсберга его дивизия была полностью разбита в сражении при Сайлерс-Крик, хотя сам Джонсон сумел уйти. Он сдался федералам при Аппоматоксе вместе с генералом Ли.