Крупнейшим событием в карьере Уэсли Кларка на посту в НАТО стала конфронтация с Югославией во время Косовской войны. Кларк начал бомбардировки Югославии под кодовым названием Операция "Союзная Сила" 24 марта 1999 для принуждения Югославией исполнения Резолюции Совета Безопасности ООН 1199 после провала переговоров в Рамбуйе. Критики, однако, отмечают, что Резолюция 1199 была лишь призывом к прекращению насилия и не давала разрешения никакой организации на военные действия.