После ухода Пюэля из «Монако» и прихода на пост главного тренера Дидье Дешама Себастьен решил вернуться в «Монако» в 2002 году. В свой первый полноценный сезон в качестве игрока «Монако», Скиллачи стал основным центральным защитником и помог своему клубу стать вторым в лиге и выиграть Кубок французской лиги. Себастьен заявил о себе в Европе после выдающегося выхода «Монако» в Финал &lt;a href="%D0%9B%D0%B8%D0%B3%D0%B0%20%D1%87%D0%B5%D0%BC%D0%BF%D0%B8%D0%BE%D0%BD%D0%BE%D0%B2%20%D0%A3%D0%95%D0%A4%D0%90%202003-2004"&gt;Лиги чемпионов в сезоне 2003/04&lt;/a&gt;. Скиллачи внёс большой вклад в общую победу над испанским грандом — мадридским «Реалом», когда забил гол в гостях. Несмотря на то, что его команда проиграла 2:4, в ответном домашнем матче они выиграли 3:1, и этот результат позволил по правилу гола на чужом поле клубу из карликового княжества выйти в полуфинал, где «Монако» одержало победу над «Челси». Исторический для «Монако» выход в финал закончился плачевно — в решающем матче «Монако» было разгромлено со счетом 0:3 португальским «Порту». В этом матче Себастьен вышел на замену на 72 минуте.