לאוונילסון 13 הופעות במדי נבחרת ברזיל, כולן בין השנים 1999 ו-2000. בשנת 1999 השתתף אוונילסון עם נבחרת ברזיל בקופה אמריקה 1999, וזכה עם הנבחרת בטורניר, לאחר שהשתתף בשני משחקים בשלב הבתים. באותה שנה שותף אוונילסון בארבעה משחקים בגביע הקונפדרציות 1999 בו הפסידה ברזיל בגמר לנבחרת מקסיקו. בשנת 2001 היה אוונילסון חלק מהסגל הברזילאי לגביע הקונפדרציות 2001 אותו סיימה ברזיל במקום הרביעי, אך לא שותף בו.