Han var søn af præsten og politikeren Peter Ulrik Frederik Schjøtt og Theodora Christiane f. von Lichtenstein. Efter at være dimitteret fra Aalborg Katedralskole 1858 studerede han teologi, men hans studier blev afbrudt ved hans deltagelse i krigen, i hvilken han gjorde tjeneste som sekondløjtnant ved 11. bataljon. 1866 blev han teologisk kandidat, og året efter foretog han en udenlandsrejse, på hvilken han, under vejledning af professor Eduard Reuss i Strasburg, blev ledet ind på de studier af den nytestamentlige tekstkritik, der hele livet igennem optog ham i hans fritimer. 1868 blev han kapellan hos sognepræsten i Hee, 1869 kapellan i Gjerlev og Enslev, 1873 konstitueret som pastor vicarius i Råby og Sødring, 1875 sognepræst i Ringkjøbing og Rindum, 1883 sognepræst i Kolding, 1893 forflyttet til Nakskov og Branderslev på Lolland, og han døde 4. oktober 1898 under et ophold i København.