Fadlallah lehnte es offiziell ab, den islamischen Kampf in den Vereinigten Staaten fortzusetzen, wie dies bei den Terroranschlägen am 11. September 2001 in New York City geschah. So verurteilte er die Angriffe von Al-Qaida als "„nicht mit der Scharia […] und dem wahren islamischen Dschihad vereinbar“". Für den Schiiten Fadlallah waren die Kämpfer der sunnitisch geprägten Al-Qaida keine Märtyrer, sondern „bloße Selbstmörder“.