Im Jahr 1794, in der Folgezeit der zweiten polnischen Teilung und des Kościuszko-Aufstands, beschlagnahmten russische Truppen auf Befehl der Zarin Katharina II. den Bestand der Bibliothek und brachten ihn nach St. Petersburg. Auf dem Weg dorthin gingen bereits zahlreiche Stücke verloren oder wurden gestohlen oder zerstört. In St. Petersburg wurden der Bestand der Załuski-Bibliothek ein Jahr später ein grundlegender Teil der neugegründeten Imperialen Öffentlichen Bibliothek. In späteren Jahren wurde der Bestand der Załuski -Bibliothek auf verschiedene russische Bibliotheken verteilt. 1842 und 1863 kehrten Teile der Sammlung zurück nach Polen. Nach dem Ersten Weltkrieg und dem polnisch-sowjetischen Krieg wurde ein Teil des historischen Bestandes der Bibliothek – etwa 50.000 Bände – in den 1920er Jahren von der Regierung der Russischen Sozialistischen Föderativen Sowjetrepublik an den neugegründeten polnischen Staat zurückgegeben.