Efter den russisk-tyrkiske krig (1806-12) og Bukarest-freden kom området mellem floderne Prut og Dnestr under det russiske kejserrige som guvernementet Bessarabien. Tidligere havde kun den sydlige del af dette territorium betegnelsen Bessarabien. Området fik autonom status indenfor Rusland, og Chișinău blev dets hovedstad. Under denne tid ankom tyskere og bulgarere, hvis efterkommere udgør en minoritet i nutidens område. Fra 1856, efter Krimkrigen, indgik Bessarabien i fyrstendømmet Moldavien men kom tilbage under Rusland ved Berlinerkongressen 1878.