Nachdem der Ban am 29. September in der Schlacht bei Pàkozd geschlagen worden war und einen Waffenstillstand einging, wandte er sich mit seinen Truppen eilig nach Wien, ohne seine Reserve über die Niederlage zu informieren. Währenddessen schloss sich Görgei mit seiner Abteilung dem Korps des Obersten Mór Perczel (1811–1899) an und zwang die kaiserlichen Reserve-Truppen (9.000 Mann), die eigentlich den rechten Flügel des Ban hätten schützen müssen, am 7. Oktober bei Ozora zur Kapitulation. Dafür wurde er tags darauf zum Oberst ernannt. Nach der Schlacht bei Schwechat folgte Görgei am 15. November dem General János Móga (1784–1861) im Oberkommando der ungarischen Nordarmee und wurde gleichzeitig zum General befördert. Als der kaiserliche Feldherr Windisch-Grätz nach Ungarn einmarschierte, zog sich Görgei über Raab und Pest nach Waitzen zurück, wo er am 5. Januar 1849 eine Proklamation erließ, mit der alle Schuld an den bisherigen Misserfolgen auf den Landesverteidigungsausschuss geschoben wurde. Er verkündete, nur die von König Ferdinand gebilligte Verfassung zu verteidigen. Von Waitzen aus übernahm er die wichtige Funktion, die Österreicher vom kürzesten Weg nach Debrecen abzubringen, dem provisorischen Regierungssitz Ungarns. Er löste die Aufgabe sehr geschickt, indem er den Feind durch einen vorgetäuschten Rückzug in die Berge lockte.