Durante o , a marinha, tal como o próprio Império, entrou em declínio. Enfrentando novas ameaças a ocidente, os Bizantinos foram gradualmente forçados a confiar e a depender dos navios de cidades-estado italianas, como Génova e Veneza, o que teve efeitos desastrosos na economia e soberania bizantinas. Durante a dinastia comnena assistiu-se a uma recuperação gradual, a que se seguiu outro período de declínio que culminou na desastrosa dissolução temporária do Império pela Quarta Cruzada em 1204. Após o restauro do Império em 1261, vários imperadores da dinastia paleóloga tentaram reavivar a marinha, mas os seus esforços apenas tiveram um efeito temporário. Em meados do , a frota bizantina, que no passado conseguia colocar no mar centenas de navios, estava limitada, quanto muito, a algumas dúzias de embarcações. O controlo do mar Egeu passou em definitivo para as forças navais italianas e otomanas. Apesar da perda de domínio e influência, a marinha bizantina manteve-se ativa até à queda do Império Bizantino em 1453.