Vuonna 1402 sen valtasi Timur Lenk ja osmanivalta palasi seuraavan kerran Murad II:n kaudella. Kaupunki ei enää saavuttanut historiallisesti tärkeää asemaansa. Siitä tuli ensin Aydinin ja sittemmin Manisan vilayetiin kuuluneen kadan keskus. Vuonna 1890 kaupungissa asui 17 000 muslimia ja 4 000 kreikkalaista. Kreikka miehitti Alaşehirin vuonna 1919 ja se menetettiin takaisin turkkilaisille Kreikan–Turkin sodan seurauksena vuonna 1923. Kaupungista tuli sittemmin kokonaan muslimien asuttama.