Руні забив свій перший гол у сезоні 2009—2010 на 90-й хвилині матчу за Суперкубок Англії. Основний час завершився з рахунком 2:2; в серії післяматчевих пенальті перемогу здобув «Челсі». Руні став автором єдиного гола в першому матчі проти «Бірмінгем Сіті». У наступному матчі чемпіонату «Юнайтед» не зміг забити жодного гола і програв дебютантові Прем'єр-ліги, клубові «Бернлі» на «Терф Мур» з рахунком 1:0. Три дні по тому, 22 серпня 2009 року, Руні забив свій 100-й і 101-й гол за «Манчестер Юнайтед» у матчі третього туру Прем'єр-ліги проти «Вігана», який завершився з рахунком 5:0.