После рейда флотилии в Газе ЮАР отозвала своего посла из Израиля и вызвала израильского посла для разговора. Движение за академический бойкот Израиля в рамках более широкого движения за «Бойкот, изоляцию и санкции» было создано в ЮАР после Всемирной конференции по расизму в Дурбане в 2001 году. После академической петиции, поддержанной более чем 250 учеными, в том числе: Брейтеном Брейтенбахом, Джоном Дугардом, Антье Крогом, Махмудом Мамдани и Ахилле Мбембе. Сенат Йоханнесбургского университета решил прекратить отношения с Университетом Бен-Гуриона в Негеве в марте 2011 года. Йоханнесбургский университет отрицает, что это решение равносильно академическому бойкоту Израиля. Есть мнения, что это стало знаменательным моментом в растущей кампании бойкота, отчуждения и санкций против Израиля. Еврейские и израильские группы раскритиковали это решение. В апреле 2015 года Израиль отказал министру высшего образования Претории Блейду Нзиманде и трем его помощникам посетить своих палестинских коллег в Рамалле через Иорданию. Совет депутатов евреев ЮАР и Сионистская федерация ЮАР заявили, что это очень прискорбно. В их заявлении отмечалось: «Мы считаем, что обе страны должны поощрять более тесное взаимодействие на всех уровнях и снимать ограничения в этом отношении в интересах отношений между Израилем и ЮАР и более широких интересов мира и стабильности», при этом также отмечая, что процесс изгнания людей из другой страны был осуществлен ЮАР в ​​отношении израильтян в прошлом. В июле 2017 года в новостях сообщалось, что АНК рекомендовал перевести посольство ЮАР в Израиле в «секцию интересов», чтобы продемонстрировать солидарность с палестинцами и дистанцировать Преторию от Иерусалима, хотя эта рекомендация ещё не ратифицирована.