Con el avance de la Revolución filipina, en noviembre de 1898 se vio obligado a refugiarse en Manila junto con otros religiosos. Poco después fue destinado a Macao, en China, donde permaneció hasta que en marzo de 1901 regresó a Manila. En enero de 1902 fue destinado al convento del Santo Niño de Cebú donde ejerció como profesor durante los ocho años siguientes, quitando breves periodos en los que ofició como párroco coadjutor en Bolhoon o profesor en Iloilo. Fue en esta época cuando escribió y publicó "Mga paquigpulong sa iningles ug binisaya" ("Manual de conversación en inglés y bisaya", Manila, 1905) y un devocionario titulado "Bato-balani sa calag" ("Imán del alma", Barcelona, 1907).