In 1629 moest een hoog losgeld worden betaald voor prior Martinus Pauli, die te Emmerik gevangen was gezet, nadat hij een jaar eerder in de buurt van Luik was ontvoerd door Staatse militia. Tijdens de belegeringen door de Staatsen (1632) en de Fransen (1673) kreeg het klooster het opnieuw zwaar te verduren. Na laatstgenoemde inname schonk Lodewijk XIV van Frankrijk 2100 gulden om het klooster te herstellen. Na het vertrek van de Fransen in 1678 had het klooster regelmatig last van de verplichte inkwartiering van soldaten van het Maastrichtse garnizoen.