Indonesia invadió Timor Oriental en 1975 y anexó la antigua colonia portuguesa. Los sistemas de creencias animistas de Timor Oriental no encajaban con la Constitución de Indonesia lo que resulta en conversiones masivas al cristianismo. El clero portugués fue reemplazado por sacerdotes indonesios y la misa en latín y portugués fue reemplazada por la misa en indonesio. La Iglesia desempeñó un papel importante en la sociedad durante la ocupación indonesia de Timor Oriental. Mientras que solo el 20% de los timorenses orientales se llamaban a sí mismos católicos en el momento de la invasión de 1975, la cifra aumentó hasta alcanzar el 95% a finales de la primera década después de la invasión. Durante la ocupación, Carlos Ximenes Belo se convirtió en uno de los más prominentes defensores de los derechos humanos en Timor Oriental y muchos sacerdotes y monjas arriesgaron sus vidas al defender a los ciudadanos de los abusos militares. El Papa Juan Pablo II visitó Timor Oriental en 1989 y expuso la situación del territorio ocupado a los medios de comunicación del mundo y sirvió de catalizador para que los activistas independentistas buscaran apoyo mundial. Oficialmente neutral, el Vaticano deseaba mantener buenas relaciones con Indonesia, la nación musulmana más grande del mundo. A su llegada a Timor Oriental, el Papa besó simbólicamente una cruz y luego la apretó contra el suelo, aludiendo a su práctica habitual de besar el suelo a su llegada a una nación, pero evitando sugerir abiertamente que Timor Oriental era un país soberano. En su sermón habló fervientemente en contra de los abusos, al mismo tiempo que evitó nombrar a las autoridades indonesias como responsables. El Papa se pronunció en contra de la violencia en Timor Oriental, y llamó a ambas partes a mostrar moderación, implorando a los timorenses orientales que "amen y oren por sus enemigos."