Agnes Pardaens was vooral gespecialiseerd in de marathon. Ze werd tweemaal Belgisch kampioene in deze discipline. Ze nam in 1986 deel aan de Europese kampioenschappen, waar ze een tiende plaats haalde en in 1987 aan de wereldkampioenschappen in Rome, waar ze vijftiende werd. In 1987 liep ze in Boston een Belgische besttijd. Ze nam ook deel aan de Olympische Spelen van 1988.