Янктонаите са едно от двете основни племена на централното разделение на сиуксите, другото е янктон. Името янктонаи идва от Иханктонуанна – Малко село в края (от иханке – край и отонуахе – село, и На – умалително). По времето на Луис и Кларк (1804) янктонаите бродят в района на реките Биг Сиукс Ривър, Джеймс и Ред Ривър като мигрират тук от земите северно от Майл Лак в Минесота вероятно малко преди това. През 1823 г. Стивън Лонг споменава, че те са едно от важните племена на дакота, което живее в обширна територия, простираща се от Ред Ривър до Мисури. През 1855 г. се поменава, че живеят между реките Джеймс и Мисури, стигайки на север чак до Девилс Лейк.