В октябре 1842 года назначен главноуправляющим Закавказским краем и командиром Отдельного Кавказского корпуса, сменив на этом посту генерала Головина. Первоначально Нейдгардту приказано было держаться строго оборонительной системы ведения войны, но усиление влияния Шамиля заставило потребовать от Нейдгардта решительных наступательных действий. Однако Нейдгардт не проявил энергии и решимости и в 1844 году покинул Кавказ.