Em 1799, a sua reputação ficou manchada pelo assassinato dos delegados franceses do Congresso de Rastatt, e retirou-se no ano seguinte da vida militar. Quando a guerra começou, de novo, 1m 1805, foi chamado e atribuiram-lhe as forças combinadas austro-russas no Danúbio. No dia 11 de Novembro, Schmitt foi morto por fogo amigo na Batalha de Dürenstein.