Su actuación volvió a generar numerosas críticas internas en la primavera de 1938 —durante la gran ofensiva franquista en el Frente de Aragón—, cuando Miaja rechazó que tropas de su ejército fueran enviadas a este frente. No obstante, estos hechos no impidieron que continuara siendo uno de los militares republicanos más famosos. En abril de 1938 fue nombrado comandante del recién creado Grupo de Ejércitos de la Región Central, con lo que se convirtió a efectos prácticos en el jefe militar de la zona centro-sur que todavía conservaba la República tras el corte de su territorio en dos. Aunque oficialmente seguía siendo un militar fiel, a medida que la situación militar de la República fue empeorando Miaja tomó una postura cada vez más obstruccionista. En diciembre de 1938 se opuso a la realización del Plan P y, como había hecho en el pasado, se opuso a proporcionar tropas para un previsto desembarco anfibio que formaba parte de dicho plan. El jefe de Estado Mayor de Miaja, el general Manuel Matallana, fue uno de los que más oposición mostró a la realización de este plan. El fracaso de la ofensiva de Valsequillo y la caída de Cataluña ensombrecieron aún más la situación militar republicana.