La conversione e il matrimonio di Gebhard ebbero un costo altissimo, sia in termini di vite umane sia in termini di proprietà. Ad ogni modo, l'impatto che queste azioni ebbero sul protestantesimo e sul cattolicesimo dei territori settentrionali degli stati di Germania fu altissimo. Anche se gli scontri continuarono sino al 1589, dall'inizio del 1588, Ernesto di Baviera ebbe il controllo di gran parte dell'elettorato. La sconfitta di Gebhard fu un duro colpo per il protestantesimo in Germania e segnò l'inesorabile declino dell'iniziale impeto protestante della riforma luterana. Gruppi di gesuiti bavaresi giunsero nei territori dell'elettorato per riportare la popolazione al cattolicesimo, spesso avvalendosi di violenze e coercizioni. Gebhard inoltre aprì le porte alle incursioni spagnole nella Renania: bloccati gli accessi via acqua dai ribelli olandesi, i militari spagnoli e i loro comandanti capirono che il modo migliore per fornire truppe a Ernesto di Baviera fosse proprio quello di passare dai territori olandesi, aprendosi teste di ponte nella valle del Reno. La Guerra di Colonia apertasi con la vicenda personale di Gebhard, siglò l'inizio dell'"internazionalizzazione" della questione religiosa in Germania, che non venne risolta poi sino al 1650, dopo la disastrosa Guerra dei Trent'anni.