Rientrato in Giappone, Toyoda prese atto del grave stato in cui versava la Flotta combinata e non organizzò un'azione in forze per diversi mesi. La cosa cagionò sempre più frequenti insoddisfazioni e richieste di agire da parte dei comandanti supremi dell'esercito imperiale; a Toyoda ripugnava inviare verso sicura distruzione, senza alcuna contropartita, un'aliquota importante della provata marina e si rifiutò più volte. Dinanzi allo sbarco di marines e soldati sull'isola di Okinawa, parte del territorio metropolitano, l'ammiraglio dovette però cedere: il 5 aprile autorizzò una missione senza ritorno della 2ª Flotta, centrata sulla corazzata "Yamato", che doveva arenarsi sulle coste di Okinawa. La squadra fu invece intercettata il primo pomeriggio del 7 aprile da nugoli di velivoli imbarcati e la "Yamato", assieme ad altre diverse navi, fu colata a picco. La disfatta non ebbe ripercussioni sulla carriera di Toyoda che, anzi, il 25 aprile assunse la carica creata "ad hoc" di Supremo comandante in capo della marina, cui seguì la promozione a comandante della Flotta navale di scorta (1º maggio 1945).