Después del golpe de Estado checoslovaco de 1948, Janoušek fue sometido a una corte marcial, sentenciado a 18 años de prisión y despojado de su rango, doctorado y premios. En 1949 su condena se extendió a 19 años. En 1950 se extendió a cadena perpetua por un delito separado, pero en 1955 esta condena se redujo a 25 años.