Als im selben Jahr die exilierte Königin Isabella und der aus der Gefangenschaft entkommene Roger Mortimer of Wigmore in England landeten und die Herrschaft von Eduard II. zusammenbrach, wurde auch Arundel als einer der mächtigsten Unterstützer des Königs unausweichlich zu einem Ziel der Rebellen. Er floh mit dem König nach Westengland, wurde jedoch bei Shrewsbury von John Charlton of Powys gefangen genommen und zu Königin Isabella nach Hereford gebracht. Dort wurde er als Verbündeter der Despensers für den Tod Lancasters verantwortlich gemacht und der Verschwörung gegen die Königin beschuldigt. Als Verräter zum Tode verurteilt, verdankte er vermutlich dem Beharren Mortimers, dass er ehrenvoll enthauptet werden sollte, anstatt als Verräter gehängt zu werden. Der ungeübte Henker soll jedoch 22 Hiebe benötigt haben, um seinen Kopf vom Rumpf zu trennen. Arundels Leichnam wurde später in Haughmond Abbey, der traditionellen Familiengrablege der FitzAlans beigesetzt.