Vanaf 1980 werkte Khan voor het Hoog Commissariaat voor de Vluchtelingen (UNHCR) van de Verenigde Naties. Van 1991 tot 1995 was ze "Senior Executive Officer" van Sadako Ogata, de Hoge Vluchtelingencommissaris. Ze werd in 1995 tot UNHCR Missiechef van India benoemd, waarmee ze de jongste UNHCR-vertegenwoordiger van een land was. Drie jaar later leidde ze het Centrum voor Onderzoek en Documentatie van de UNHCR. Tijdens de Kosovo-oorlog in 1999 leidde ze de UNHCR-werkgroep in Macedonië. Een jaar later werd ze tot plaatsvervangend directeur voor internationale bescherming benoemd.