Pada Januari 1938 beliau dilantik ke staf komander angkatan U-bot ("Führer der Unterseeboote" atau FdU), Komodor Dönitz. Pada Oktober beliau menjadi ketua operasi angkatan itu. Beliau meneruskan tugas ini sehingga Januari 1943 apabila mengambil alih seluruh pemerintahan taktikal operasi U-Bot selepas Dönitz menjadi Panglima Besar "Kriegsmarine". Pada Mac Godt dinaikkan pangkat ke "Konteradmiral" (Laksamana Muda) dan dilantik, disamping tugas-tugasnya di U-bot, ketua bahagian pemerintahan di Markas Besar Tentera Laut. Pada Mei 1945 beliau menjadi POW dan kekal dalam tahanan British sehingga tahun 1947. Pada waktu ini juga beliau memberi keterangan sebagai saksi dalam Perbicaraan Nuremberg.