У 1520 році Лівонський орден отримав самостійність від Тевтонського ордену. 4 грудня 1435 року утворилася Лівонська конфедерація з п'яти архієпископств на територіях Лівонії. У 1558—1583 роках під час лівонської війни конфедерація припинила своє існування. На західній частині Латвії від річки Даугави утворилося герцогство Курляндії та Семигалії (). Південно-західна частина Латвії була віддана Польському королівству. На землях північної та центральної Лівонії утворилося Лівонське герцогство (). Згідно з Віленською угодою губернатором цих земель став Готтгард Кеттлер. Під час Польсько-шведської війни у складі Речі Посполитої лишилася південно-східна частина Лівонії. У 1621 році герцогство було скасоване і приєднане до Речі Посполитої, отримавши статус Іфляндського воєводства. У 1629 році Швеція завойовує землі південної Естонії та центральної Латвії з яких утворюється домініон Шведська Лівонія. У 1721 році, після поразки шведів у Великій Північній війні був укладений Ништадтський мир, згідно з яким Шведська Лівонія відійшла до складу Російської імперії отримавши статус Ліфляндської губернії. 23 квітня 1722 року московські війська на чолі з А. Суворовим, розгромили головні сили барських конфедератів під Краковом. Польська частина східної Лівонії була доєднана до Ліфляндської губернії.