Der Zweite Weltkrieg hatte weitreichende Folgen für das Bahnnetz der Reichshauptstadt. Während die Bahnhofsanlage selbst von alliierten Bombentreffern verschont blieb, kam es im Zuge des Endkampfes um Berlin zu schweren Beschädigungen des Eingangsgebäudes. Der Betrieb am Bahnhof Hermannstraße wurde im April 1945 eingestellt. Anschließend waren gelegentlich Dampfzüge auf der Strecke unterwegs, und bereits am 18. Juni 1945 fuhren wieder die ersten Regelzüge.