Gibbon blev forfremmet til at lede 2. Division i I Korps i Slaget ved Fredericksburg, hvor han blev såret. Såret var ikke stort, men der blev ved med at gå infektion i det, så Gibbon var ude af kampen i nogle måneder. Kort tid efter at han var vendt tilbage til tjeneste, fik han at vide, at hans søn, John Gibbon Jr., pludselig var død. Gibbon vendte tilbage til slaget ved Chancellorsville, men hans division lå i reserve og kom ikke for alvor i kamp. I slaget ved Gettysburg ledede han 2. division i II Korps og overtog midlertidigt kommandoen over korpset den 1. og 2. juli 1863, mens generalmajor Winfield S. Hancock blev forfremmet til at lede større enheder. Ved slutningen af krigsrådet om natten den 2. juli tog hærens øverstkommanderende generalmajor George G. Meade Gibbon til side og sagde: "Hvis Lee angriber i morgen, vil det blive på Deres front." Og hans division kom til at bære hovedvægten af kampen under Picketts angreb den 3. juli, hvor Gibbon igen blev såret. Mens han kom sig over sine sår, havde han kommandoen over et værnepligtsdepot i Cleveland, Ohio og deltog ved indvielsen af Gettysburg National Cemetery, hvor han hørte Abraham Lincolns Gettysburg tale sammen med sin nære ven og hjælper løjtnant Frank A. Haskell.