Bobby abandonó el club escocés en 1955 para unirse a las filas del Manchester City por la importante suma de 22 000 libras esterlinas. Bobby fue el único de los "Famous Five" que jugó en Inglaterra. Marcó en dos finales de la FA Cup consecutivas con el equipo mancuniano, tanto en la derrota de 1955 contra el Newcastle United como en la victoria de 1956 contra el Birmingham City. Johnstone se convirtió de esta forma en el primer jugador en conseguir tal hazaña en dos finales seguidas jugadas en el estadio de Wembley. En ambos partidos jugó junto con Dave Ewing, futuro entrenador de los Hibs.