Сергий быстро приобрёл авторитет в монастыре, где была большая нехватка грамотных людей. Так, в ходе восстания Пугачёва один из старцев говорил про грамотных людей в обители: «таковых в монастыре нет; набралось было человек двадцать, да и те от команды сыщиков разбежались». Уже спустя год после своего появления Сергий играл весьма важную роль в управлении монастырём. Основатель и настоятель обители Исаакий даже отправил его в Москву для налаживания связей между иргизскими и московскими старообрядцами. В Москве Сергий стал свидетелем известной попытки старообрядческой общины Рогожского кладбища сварить миро для помазания священников православной церкви, пожелавших примкнуть к старообрядцам. В своём сочинении «Зеркало для старообрядцев» он оставил ряд воспоминаний об этой поездке, в том числе о самой процедуре мироварения, в ходе которой он вступил в спор с совершавшим её священником Василием Чебоксарским по поводу того, что последний вычитывал не все положенные по канонам молитвы. Однако как бы Сергий ни относился в глубине души к законности процедуры и точному соблюдению канона, на деле он признал законность мироварения, не забыв запастись сваренным миром для своего монастыря, где его не было.