С августа 1930 года Заковский — полномочный представитель ОГПУ по Западно-Сибирскому краю. Руководил подавлением Муромцевского восстания в Сибирском крае в 1930 году. Весной 1931 года ПП ОГПУ по Западно-Сибирскому краю вышло с предложением о внутрикраевой высылке 40 тысяч крестьянских хозяйств. Это предложение Заковского было утверждено Постановлением бюро Западно-Сибирского крайкома ВКП(б) «О ликвидации кулачества как класса». Во исполнение этого решения в пределах края была выслана 52 091 раскулаченная семья. Заковский руководил мероприятиями по раскулачиванию в Сибири по линии ОГПУ.