Jednou z nejtemnějších stránek této války jsou masakry civilistů, které se odehrály na obou stranách. Dne 9. dubna 1948 byla během akcí organizovaných kvůli obnovení průchodnosti jeruzalémského koridoru napadena jednotkami Irgunu a Lechi arabská vesnice Dejr Jásin (viz Masakr Dejr Jásin). Ironií osudu tato vesnice nedlouho předtím uzavřela přátelství se sousední židovskou obcí Giv'at Ša'ul. Zhruba 100–200 mužů, žen a dětí bylo během útoku zabito.