Boa parte do mandato de Kabbah como presidente foi marcado pela guerra civil que o país enfrentava entre forças do exército leais ao governo e militantes do grupo extremista Frente Revolucionária Unida, liderada pelo ex-militar Foday Sankoh. Em 1997, contudo, militares acabaram dando um golpe de estado e o removeram do poder. Com o conflito no país se tornando cada vez mais violento, com boa parte da nação em estado de anarquia, os países membros da Comunidade Econômica dos Estados da África Ocidental, liderados pela Nigéria, enviaram uma força de paz para Serra Leoa e reinstalaram formalmente Ahmad Kabbah no poder em 1998. A guerra continuou até que as Nações Unidas e o governo britânico resolveram intervir militarmente no país no ano 2000. Dois anos mais tarde, o presidente Kabbah declarou oficialmente o fim do conflito e no mesmo ano foi reeleito facilmente para um novo mandato. Apesar dos progressos que conseguiu alcançar enquanto estava na liderança de Serra Leoa, a nação continuava como uma das mais empobrecidas da África, porém o país conseguiu concretizar a paz pós guerra civil, alcançando uma serena estabilidade política. Ele deixou o cargo em 2007.