В 1988 году в ранге первого заместителя министра возглавляет советское посольство в Афганистане, где перед ним стояли две задачи — дипломатически обеспечить вывод советских войск из страны и не допустить афганского внутриполитического конфликта. Обе задачи были выполнены — Ю. Воронцов добился от лидеров моджахедских групп гарантий, что они не будут стрелять по уходящим войскам. Удалось также пресечь масштабное кровопролитие в стране и избежать массового исхода беженцев из Афганистана.