Zu Zeiten des Amerikanischen Bürgerkriegs war die University of Virginia nach Harvard die zweitgrößte Universität der Vereinigten Staaten. Während des Krieges wurde der Staat Virginia – als Grenzstaat, als Heimatstaat der Südstaaten-Hauptstadt (Richmond) und aufgrund seiner Lage in unmittelbarer Nähe der Nordstaaten-Hauptstadt (Washington) – Schauplatz von mehr Schlachten als jeder andere Staat der Vereinigten Staaten. Obwohl einige Schlachten weniger als 100 km von Charlottesville entfernt stattfanden, wurde der Universitätsbetrieb, anders als an vielen anderen Hochschulen der Südstaaten, nicht unterbrochen. Nach der ersten Schlacht von Manassas (1861) und im Fortgang des Kriegs dienten der zentrale Universitätsbau der Rotunda und andere Universitätsgebäude als Militärhospital. Im März 1865 marschierte die Nordstaaten-Armee unter Brigadegeneral George A. Custer, bekannt vor allem für seine spätere Niederlage am Little Bighorn gegen die verbündeten Lakota-Sioux, Arapaho und Cheyenne, in Charlottesville ein. Vertreter der Stadt und der Universität kamen mit Custer am Rande des Hochschulgeländes zusammen und überzeugten ihn davon, die Universität zu schonen. Die Truppen der Nordstaaten schlugen ihr Lager im Zentrum der Universität ("Lawn") auf und verwüsteten einige der umliegenden Gebäude (Pavillons), aber es kam zu keinem Blutvergießen.&lt;ref name="UVa History/Code"&gt; (englisch) abgerufen am 7. März 2007&lt;/ref&gt;