Am 14. September 2006 gab er überraschend seinen Rücktritt aus der Nationalmannschaft bekannt. Als Grund gab er den Gesundheitszustand seiner Mutter, die mehrmals ins Krankenhaus eingeliefert worden war, aber auch die anhaltende Kritik an seiner Person an. Der Rücktritt vom Rücktritt erfolgte ein gutes Jahr später. Riquelme stand, vier Tage vor dem Wettbewerb, wieder im Kader der Nationalmannschaft für die Copa América in Venezuela, bei der er mit Argentinien den zweiten Platz belegte.