Etter alliert landgang i Italia i 1943 og våpenhvile i september 1943, tok Werhmacht kontroll over den italienske okkupasjonssonen. Det var jødiske bosettninger på omtrent 15 steder hvorav de fleste med få innbyggere (ingen over 2000). Jürgen Stroop var HSSPF i Athen. I slutten av september 1943 sendte Eichmann Wisliceny til Athen for å få fart på deportasjonene der. Stroop forlangte at rabbineren av Athen, Eliaou Barzilai, laget liste over alle jøder i byen. Barzilai stakk i stedet til fjells og sluttet seg til motstandsbevegelsen. Stroop ble rasende og innførte portforbud for jøder kveld og natt. Bare et par hundre jøder registrerte seg frivillig. Statsminister Ioannis Rallis motsatte seg flere antijødiske tiltak og det ble ikke gjennomført flere i 1943.