Zisis, der 2002 mit der griechischen U21-Nationalmannschaft Europameister wurde, gab sein Debüt in der Herrenauswahl am 17. Juli 1998 bei einem Freundschaftsspiel gegen Italien, welches Griechenland mit 76:66 gewinnen konnte und bei dem Zisis auf 21 Punkte kam. 2004 nahm er an den Olympischen Spielen in Athen teil und errang nur ein Jahr später die Basketball-Europameisterschaft in Serbien. Bei der Basketball-Weltmeisterschaft 2006 erreichte Zisis mit Griechenland das Endspiel und gewann dort die Silbermedaille. Nach einem Ellenbogenschlag des Brasilianers Anderson Varejão, durch den er mehrere Knochenbrüche im Gesicht erlitt, hatte Zisis allerdings die K.O.-Runde des Turniers nicht bestreiten können.