Imidlertid, etter en del politisk manøvrering ble general John Vereker, 6. vicomte Gort, gitt denne kommandoen, og Ironside ble utpekt som den nye lederen for det britiske imperiets generalstab. Ironside selv mente at han var midlertidig uegnet for jobben, men følte seg forpliktet til å akseptere den. Tidlig i 1940 argumenterte han tungt for alliert intervensjon i Skandinavia, men denne planen ble oppgitt i siste liten da den finsk-russiske vinterkrigen ble avsluttet. I løpet av Nazi-Tysklands invasjonen av Norge og slaget om Frankrike hadde han en liten rolle; hans engasjement i det sistnevnte var begrenset til et sammenbrudd i forholdet mellom ham selv og vicomte Gort. Han ble erstattet som leder for generalstaben mot slutten av mai og gitt en rolle som han var bedre egnet for, som øverstkommanderende for hjemmestyrkene, ansvarlig for invasjonsforsvaret og for kommandering av hæren i tilfelle tysk landgang. Imidlertid fungerte han kun mindre enn to måneder i denne rollen før han ble erstattet. Etter dette ble Ironside forfremmet til feltmarskalk og adlet som baron Ironside.