次の分裂は大きなものになった。1439年のフェラーラ・フィレンツェ公会議はカトリックと正教会との合同を宣言した。しかしモスクワはこの会議の正統性を認めず、これに賛同した府主教イシドールの廃位を宣言した。イシドールはモスクワから逃亡し、最終的にローマに入る。彼は教皇より枢機卿に任じられ、またローマに待避していた合同派総主教より「上ロシア」（モスクワ地域を意味する）の府主教としてその地位は確認された。総主教グレゴリオス・マンマスは、他方で「下ロシア」（リトアニア占領下の地域）については、イシドールの弟子に当たるグリゴリー・ボルガリンを府主教に選んだ。