D'acord amb els pactes germanosoviètics, les tropes de Stalin van ocupar la zona i van arrestar la població local i els encarregats del parc, que van ser deportats als gulags de Sibèria. En el seu lloc, es van instal·lar llenyataires russos que el 1941 van ser arrestats al seu torn pels alemanys i enviats a camps de concentració. Els plans inicials d'Hermann Göring eren convertir Białowieża en el major vedat de caça del món, destinat a l'esbarjo dels alts estaments del Tercer Reich. Per sort, això no va arribar a complir-se, però la violència de la guerra no va desaparèixer de la zona: entre 1941 i 1944, el bosc va servir de refugi a guerrillers polonesos que lluitaven contra l'ocupació alemanya, i els militars alemanys van respondre organitzant matances de població civil a la regió com a represàlia. El juliol del 1944 l'Exèrcit Roig va capturar de nou el bosc, que no va ser reconegut com a àrea protegida ni reobert al públic fins a 1947, ja dividit entre una àrea de domini soviètic i una altra de propietat polonesa. Encara que van seguir com a àrees separades, les autoritats van col·laborar durant l'època comunista per continuar el procés de recuperació del bisó europeu i iniciar el de la recuperació del tarpan a partir del cavall Konik.