Il suo potere nel Mediterraneo orientale nei secoli successivi, nonostante la vittoria di Lepanto, fu minacciato e compromesso dall'espansione dell'Impero ottomano e dallo spostamento dei commerci sull'Atlantico; iniziò così una lenta decadenza, culminata con la conquista napoleonica del 1797, che la ridusse a una città-stato dipendente dagli Asburgo, fino all'unione col Regno Lombardo-Veneto nel 1848.