Nombrado intendente de Guayaquil, colaboró en el apoyo logístico a Bolívar al mando del batallón Voltígeros de la Guardia tras la retirada del general San Martín del Perú, y se integró a la división grancolombiana para sus campañas de Junín y Ayacucho, siendo ascendido a general de División. Juan Paz del Castillo se estableció definitivamente en Guayaquil, pero durante el conflicto de la Gran Colombia con Perú fue ajusticiado por una partida militar el 24 de julio de 1828.