Els holandesos van arribar a Jayakarta a finals del i el 1619 la forces de la Companyia Holandesa de les Índies Orientals, dirigides per Jan Pieterszoon Coen, van conquerir la ciutat. Els holandesos canviaren el nom de la ciutat que es diria Batavia. Les oportunitats comercials van atraure cap a Indonèsia principalment immigrants xinesos. Es produïren conflictes socials que van augmentar quan el govern colonial va intentar restringir la migració xinesa a través de successives deportacions. El 9 d'octubre de 1740, 10.000 xinesos foren massacrats, i l'any següent els habitants xinesos van ser traslladats a Glodok, fora de les muralles de la ciutat. El 1818 es va completar la zona de Koningsplein, actualment Merdeka Square, i la de Kebayoran Baru, que va ser l'última zona residencial que van construir els holandesos.