La suerte del partido cambió drásticamente con la invasión del Eje de Yugoslavia en 1941 y la creación del Estado Independiente de Croacia . Al comienzo de la ocupación del Eje de Yugoslavia, Aleksandar Ranković era secretario del Comité Central del Partido Comunista de Croacia . Aunque KPH hizo que muchas de sus figuras principales fueran arrestadas y asesinadas por el nuevo régimen, se mantuvo lo suficientemente fuerte como para formar lo que se convertiría en el único movimiento de resistencia verdaderamente efectivo en Croacia: los partisanos . KPH se basaba en motivos ideológicos más que étnicos y, por lo tanto, tenía apoyo tanto en las zonas étnicas croatas como en las étnicas serbias. Esto permitió a los partisanos de Josip Broz Tito montar una exitosa campaña de guerrillas. La plataforma de KPH de reorganización de Yugoslavia en la posguerra por motivos federales también atrajo a muchos croatas no comunistas a su causa, especialmente en las últimas etapas de la guerra.