Dans ce contexte difficile, les nouvelles des événements de la Révolution française sèment le trouble au Portugal comme dans le reste de l'Europe. L'exécution du roi le déclenche une riposte internationale à laquelle ne tarde pas à se joindre l'armée portugaise. Le , Lisbonne et Madrid signent ainsi une convention militaire qui les lie face aux troupes révolutionnaires, puis le Portugal conclut un traité similaire avec le Royaume-Uni le 26 septembre. Lisbonne engage ainsi lors des campagnes de Roussillon et de Catalogne (1793-1795), dont le résultat est un échec pour les armées royales coalisées. S'ensuit une épineuse période de tensions diplomatiques, durant laquelle le Portugal est tiraillé entre sa volonté de faire la paix avec la France révolutionnaire et son alliance traditionnelle avec la Grande-Bretagne. Lisbonne proclame finalement sa neutralité dans le conflit qui secoue l'Europe, mais celle-ci se révèle à la fois fragile et tendue.