ג'קסון מונה למפקד גיס תחת רוברט א. לי, ובקרב בול ראן השני סייע ג'קסון להנחיל תבוסה נוספת לאיחוד. כאשר לי החליט לפלוש לצפון, ג'קסון כבש את הרפרס פרי ומיהר להצטרף לצבא בשרפסבורג, מרילנד. שם נערך קרב אנטיאטם בו נאבק צבא הפדרציה בכוחו של מקללן. כוחות הפדרציה שמרו על עמדתם, אולם הקרב היה עקוב מדם עבור שני הצדדים; לי נסוג עם צבא צפון וירג'יניה, אל מעבר לנהר הפוטומק, וסיים את הפלישה.