1804 übernahm er das Kommando seines Regiments, mit dem er sich in der Schlacht bei Austerlitz auszeichnete. Seit 1808 Generalmajor, kommandierte er im Fünften Koalitionskrieg beim Eindringen in das Herzogtum Warschau rechts der Weichsel ein Detachement des 7. Korps unter Erzherzog Ferdinand Karl. Es sollte nach der Einnahme Warschaus Praga besetzen, wurde aber bei Grochow geschlagen. Beim Sturm auf den Brückenkopf Thorn konnte Mohr diesen zwar einnehmen, Thorn selbst aber nicht. Eine Fortsetzung der Aktion unterblieb wegen der Räumung Warschaus am 2. Juni. Danach bekämpfte Mohr mit Neipperg polnische Insurgenten in der Gegend um Radom, bis auch dieses Gebiet wegen des allgemeinen Rückzugs aufgegeben werden musste.