ב-2 באוגוסט 1645 לאחר מצור ממושך הצליח צבאו של הסולטאן איברהים הראשון לכבוש את העיר חאניה והיא עברה לחזקת האימפריה העות'מאנית. בשנת 1832 זכתה יוון בעצמאות מהאימפריה עות'מאנית וכתוצאה מכך החלה התעוררות לאומית גם באי כרתים. ב-1866 פרץ מרד אשר במהלכו השתלטו המורדים על האי להוציא 5 הערים הגדולות ובכלל זה חאניה בהן התבצרו המוסלמים. ב-1869 עלה בידי העות'מאנים לדכא את המרד, אך אי השקט באי ומלחמת האזרחים בין הנוצרים למוסלמים נמשכה תוך התערבות יוונית בדרבון המהומות, נושא שהביא מאוחר יותר למלחמה כוללת עם יוון ואובדן השליטה העות'מאנית באי. ב-1878 הסכים עבדול חמיד השני לתת אוטונומיה לכרתים, ואכן, לאחר המלחמה היוונית-עות'מאנית (1897) הכריזו המעצמות על כרתים בתור ישות עצמאית. ההכרזה לוותה במהומות דמים, בכלל זה בעיר חאניה, ובטרנספר של האוכלוסייה המוסלמית לאנטוליה. ב-1908 התאחדה כרתים עם ממלכת יוון וחאניה הפכה לבירת האי.