En 1974, Hartmut Nickel arrête sa carrière de joueur et devient l'entraîneur de l'équipe des jeunes du SC Dynamo Berlin. En 1976, il est co-entraîneur avec Joachim Ziesche pour l'équipe élite. Ils forment un duo jusqu'à la saison 1987-1988. Pendant les saisons 1988-1989 et 1989-1990, Hartmut Nickel est le seul entraîneur, après le départ de Ziesche pour être sélectionneur de l'équipe d'Allemagne de l'Est. De 1980 à 1989, il est aussi consultant pour la sélection de l'équipe est-allemande. Lors de la dernière participation de l'Allemagne de l'Est à un championnat du monde en 1990, Nickel fait ses débuts comme entraîneur national avec pour assistants Rüdiger Noack et Roland Herzig.