Изобрёл целый ряд хирургических инструментов. Наиболее известна резекционная пила Шимановского, которую он сконструировал будучи студентом. Коллекция инструментов, изобретённых Ю. Шимановским, на Всемирной выставке в Париже (1867) получила высокую оценку.