Po okresie aklimatyzacji został w październiku 1942 r. wyznaczony na stanowisko szefa sztabu Okręgu Nowogródek AK. Na Nowogródczyznę dotarł w grudniu 1942 r. Zajmował się reorganizacją siatki terenowej okręgu, usprawnieniem działalności sztabu, przygotowaniami, a potem koordynacją działań partyzanckich. Funkcję szefa sztabu przestał sprawować 25 czerwca 1944 r., kiedy to w ramach przygotowań do operacji „Ostra Brama” przeprowadzone zostały zmiany organizacyjne i personalne w okręgu. Sędziak nie wziął udziału w walkach o Wilno. II i VII batalion 77 pułku piechoty AK, przy którym znajdował się razem z byłym komendantem Okręgu, Januszem Prawdzicem-Szlaskim, nie zdążyły na wyznaczone pozycje. Wzięły jednak, na rozkaz Aleksandra Krzyżanowskiego „Wilka”, komendanta połączonych sił Okręgów Wilno i Nowogródek, udział w koncentracji w rejonie Turgiel, która odbyła się po zakończeniu walk. Sędziak, podobnie jak większość oficerów Okręgu Nowogródek, nie wziął udziału w odprawie w Boguszach i dzięki temu uniknął aresztowania przez NKWD. 19 lipca 1944 r. w Puszczy Rudnickiej Janusz Prawdzic-Szlaski przekazał mu komendę Okręgu (formalnie Podokręgu). On sam 5 sierpnia 1944 r. przekazał z kolei tę funkcję ppłk. Maciejowi Kalenkiewiczowi „Kotwicz”, który także zdecydował się kontynuować działalność partyzancką i konspiracyjną na terenach wschodnich. Wyznaczony przez Kalenkiewicza na następcę, po jego śmierci przejął ponownie funkcję komendanta Podokręgu Nowogródek (21 sierpnia 1944 r.). 29 sierpnia depeszą KG AK został oficjalnie mianowany p.o. komendanta.