En los primeros años de las Guerras Revolucionarias Francesas el Duque Federico Francisco I de Mecklemburgo-Schwerin se mantuvo neutral, y en 1803 recuperó Wismar, que había sido empeñada a Suecia. Después de la victoria de Napoleón en la Batalla de Austerlitz y la disolución final del Sacro Imperio Romano Germánico en 1806, se unió a la Confederación del Rin por un tratado de fecha 22 de marzo de 1808. Napoleón, en preparación de la invasión francesa de Rusia en 1812, hizo caso omiso de esta alianza y ofreció el ducado al presunto heredero sueco Jean Bernadotte por su apoyo. El Duque Federico Francisco fue el primer miembro de la Confederación en abandonar a Napoleón, a cuyo ejército había enviado un contingente, y en la sucesiva Guerra de la Sexta Coalición luchó contra las tropas del Primer Imperio Francés —con el resultado de que sus nuevos aliados, Prusia y Rusia, ahora ofrecieron su ducado al Reino de Dinamarca—. Finalmente, a Dinamarca se le prometieron los territorios adyacentes de la Pomerania Sueca por la Paz de Kiel de 1814 y el gobierno de los duques de Mecklemburgo permaneció inviolado.