Danielsson hade som statssekreterare en central roll i Statsrådsberedningens handlande i samband med tsunamikatastrofen den 26 december 2004. Agerandet har fått hård kritik från bland andra den av regeringen tillsatta Katastrofkommissionen, som utredde den svenska regeringens agerande vid katastrofen, liksom av Konstitutionsutskottet. Danielsson utfrågades av Katastrofkommissionen i mars 2005 och av Konstitutionsutskottet i februari 2006.