Goicoechea gehörte der von Gustavo Ferrín trainierten U-17-Auswahl Uruguays an, die an der U-17-Südamerikameisterschaft 2005 in Venezuela teilnahm und Vize-Südamerikameister wurde. Auch war er Teil des Aufgebots bei der U-17-Weltmeisterschaft 2005 in Peru. Dort kam er in der Partie gegen die australische Auswahl zum Einsatz. Auch zählte er zum Kader Uruguays bei der U-20-Weltmeisterschaft 2007. Im Rahmen des Turniers bestritt er die drei Erstrundenpartien gegen die Teams aus Sambia, Jordanien und Spanien.