En 1939, environ vivent à Augustów. Lors du pacte germano-soviétique signé le , entre l'Allemagne nazie et l'Union soviétique, la ville d'Augustów fait partie de la zone attribuée à l'Union soviétique. La frontière entre la zone d'occupation soviétique et celle occupée par l'Allemagne passe à au nord d'Augustów, au pont situé près du village de Szczebra. De nombreux réfugiés arrivent en ville provenant des villes de Suwałki et Raczki passés sous contrôle allemand. Dès le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale et l'entrée de l'Armée rouge dans la ville, la majorité des institutions et les partis politiques juifs sont dissous et plusieurs de leurs membres arrêtés. Seules fonctionnent encore certaines institutions culturelles juives. Le gouvernement soviétique saisit et nationalise les usines, entrepôts de grains, les commerces, les moulins etc. Plusieurs Juifs trouvent du travail dans les coopératives mises en place par le régime. Au début de 1940, un groupe de jeunes Juifs est assigné pour travailler dans les mines de l'Oural. En raison des conditions pénibles, certains s'évadent et retournent à Augustów, où ils sont emprisonnés et jugés. Entre février et , les anciens propriétaires et industriels ainsi que les responsables des partis nationalistes, y compris les Juifs, sont arrêtés par le NKVD et déportés au Goulag en Sibérie. Augustów étant considérée par les soviétiques comme une ville frontière, tous les réfugiés présents sont transférés à plus de à l'est de la frontière, vers les villes de Baranavitchy et Slonim.