Найбільший прояв антисемітизму в Україні відбувся в часи повстання Хмельницького. Причиною його був економічний і соціальний конфлікт між українським селянством та єврейством, яке користувалося величезними привілеями, наданими шляхтою Речі Посполитої, такими як оренда й управління шляхетськими господарствами і навіть православними церквами, монополія та повний контроль над виготовленням та реалізацією алкоголю і збір та запровадження різноманітних податків. Український науковець Матвій Шестопал у своїй праці Євреї на Україні показує, що поряд з орендою, лихварством та торгівлею євреї займалися збиранням данини з місцевого населення і це принесло багатьом єврейським громадам процвітання. Це часто призводило до конфліктів з місцевим населенням, яке відмовлялося визнавати владу шляхти та їхніх прибічників, повставало зі зброєю в руках. Найвищої точки конфлікт досяг під час козацьких воєн 1640—1650 рр., коли повстанцями було знищено велику частину єврейського населення тогочасної України. За оцінкою історика Вейнріба, на всій території Речі Посполитої, охопленої повстаннями і війнами, в 1648-67 рр. загинуло, а також померло від епідемій і голоду 40-50 тис. євреїв, що становило 20-25 % єврейського населення країни за максимальними оцінками; ще п'ять-десять тисяч втекли.