2003 में, क्लार्क ने एक स्पष्ट संयुक्त राष्ट्र जनादेश के बिना इराक पर आक्रमण की आलोचना की, और उसकी सरकार ने इराक युद्ध में न्यूजीलैंड की सैन्य कार्रवाई का विरोध किया। उसकी सरकार ने इराक में युद्ध सैनिकों को नहीं भेजा, हालांकि कुछ चिकित्सा और इंजीनियरिंग इकाइयों को भेजा गया था। क्लार्क की विदेश नीति ने उदारवादी अंतर्राष्ट्रीयता की प्राथमिकताओं को प्रतिबिंबित किया, विशेष रूप से लोकतंत्र और मानव अधिकारों को बढ़ावा देने के लिए; संयुक्त राष्ट्र की भूमिका की मजबूती; रोगाणुरोधी और निरस्त्रीकरण की उन्नति; और मुक्त-व्यापार को प्रोत्साहन। मार्च 2003 में, इराक में अमेरिका के नेतृत्व वाले गठबंधन के कार्यों का जिक्र करते हुए, क्लार्क ने समाचार पत्र "द संडे स्टार-टाइम्स" को "बताया" कि, "मुझे नहीं लगता कि 11 सितंबर को एक गोर राष्ट्रपति के तहत इराक के लिए यह परिणाम होगा।" बाद में उसने वाशिंगटन को एक पत्र भेजकर किसी भी अपराध के लिए माफी मांगी जो उसकी टिप्पणी का कारण हो सकता है।