Kesäkuussa 2011 tiedotusvälineissä kerrottiin, että al-Zawahri nousi al-Qaidan johtajaksi, emiiriksi, Osama bin Ladenin kuoltua Yhdysvaltain sotilaallisessa iskussa Pakistanissa edelliskuussa. Vaikka häntä pidetään hyvin vaarallisena, hänellä ei ole samaa karismaa, eikä Al-Qaidakaan ole enää entisenlainen vahva järjestö vaan lähinnä löyhä verkosto.