Efter, at Sovjetunion anklagede de baltiske stater for at have konspireret imod Sovjetunionen og fremlagde et ultimatum om at Estland, Letland og Litauen skulle indsætte regeringer loyale over for Sovjetunionen, foreslog Smetona, at man skulle optage kampen mod russerne. Majoriteten af regeringen og hæren var ikke enige med ham, og Smetona overlod sine pligter som præsident til statsminister Antanas Merkys. Den 15. juni 1940 rejste han med sin familie til Tyskland og der efter til Schweiz. Samme dag invaderede Sovjetunion Litauen som følge af Molotov-Ribbentrop-pagtens hemmelige tillægsprotokol. Næste dag kundgjorde Antanas Merkys over radioen, at han havde fjernet Smetona fra magten, og at han havde overtaget posten som præsident. Den 17. juni 1940 blev Merkys arresteret af russerne.