Etter at Frankrike falt ble byen umiddelbart en viktig marinebase for den tyske Kriegsmarine som bygget et omfattende ubåtbunkeranlegg på stedet, denne bunkeren står fremdeles i dag, siden rivning ville krevd for mye penger. 28. mars 1942 ble tørrdokkene i Saint-Nazaire ødelagt av 611 britiske kommandosoldater under Operasjon Chariot. Dette satte dem ut for resten av krigen.