Il nome coloniale originale fu "Santiago de Querétaro", nome che dopo l'indipendenza del Messico (1821) divenne semplicemente Querétaro o Città di Querétaro. Dopo essere entrata a far parte del Patrimonio dell'umanità nel 1996, riprese il suo nome originale di "Santiago de Querétaro", anche se al di fuori del suo Stato è ancora poco conosciuta con il suo nome completo.