Następnym okrętem, na którym Franklin służył, był HMS „Bellerophon”. W trakcie wojen napoleońskich wziął on udział w blokadzie Brestu i październiku 1805 roku w bitwie pod Trafalgarem, gdzie pełnił funkcję sygnalisty. Następnie został przeniesiony na HMS „Bedford” i 11 lutego 1808 roku został awansowany do stopnia porucznika. Podczas wojny brytyjsko-amerykańskiej wziął udział w ofensywie na Nowy Orlean i został ranny w bitwie na jeziorze Borgne. W maju 1815 wrócił do Anglii. Krótko służył na „Forth”, po czym po zakończeniu wojen został zwolniony ze służby, wraz z wieloma innymi młodymi oficerami.