De første år af sin karriere tilbragte Araquistáin hjemme i Baskerlandet, hvor han repræsenterede henholdsvis Real Sociedad og Eibar. I 1961 skiftede han til Real Madrid. Her spillede han de følgende syv år, og var med til at vinde seks spanske mesterskaber, en Copa del Rey-titel samt Mesterholdenes Europa Cup finale 1966. Han stoppede karrieren i 1973 efter ophold hos Elche og Castellón.