Il 14 ottobre 2015 è stato nominato commissario tecnico della nazionale messicana, con cui ha ottenuto una striscia di 22 risultati utili consecutivi (iniziata nel giugno 2015). Ha partecipato alla Copa América Centenario del 2016, dove il Messico è stato eliminato ai quarti di finale dopo la pesante sconfitta (7-0) contro il . Ha guidato il Messico nella Confederations Cup 2017, chiusa al quarto posto. È stato poi sospeso per sei incontri ufficiali dalla FIFA e multato di 5000 franchi svizzeri per aver offeso l'arbitro nel match valido per il terzo posto, perso contro il . Il 2 settembre 2017, grazie alla vittoria per 1-0 contro , ha condotto il Messico alla qualificazione al , chiuso con l'eliminazione agli ottavi di finale contro il . Nel luglio 2018 si è dimesso dall'incarico.