Унаслідок Білоцерківського договору 1651 року шляхта Київського, Брацлавського та Чернігівського воєводств отримала право повертатись у свої маєтки. Щойно польська шляхта з'явилася біля стін укріплення, конотоп'яни залишили місто і пішли до Путивля, де московська адміністрація надавала втікачам землі для заселення. 1652 року внаслідок перемоги військ Богдана Хмельницького під Батогом Україною прокотилась низка антипольських повстань. Конотоп'яни теж піднялися на боротьбу, вигнавши шляхту з міста. З цими подіями пов'язане так зване «конотопське диво», описане Архієпископом Чернігівським і Ніжинським Філаретом (Гумілевським). Згідно з переказами, після вигнання польського гарнізону у фортеці залишався жити староста Сосновський з дружиною та п'ятьма дітьми. Повсталі конотоп'яни звинуватили старосту у зраді та вбили його разом із родиною, а тіла повкидали в колодязь, де вони пролежали три місяці. На свято Воздвиження Хреста Господнього вода в колодязі раптово піднялась на 20 метрів і піднесла тіла вбитих зовсім без ознак тління. Лише після того, як родину поховали неподалік колодязя за християнським звичаєм, вода пішла донизу.