Qing-dynastian hallinnan aikana Mongoliassa koettiin kuitenkin rauhan vuosisata. Mongoliasta muodostui myös yhä teokraattisempi yhteiskunta. Uskonnollisesti buddhalaisuus imi itseensä maan perinteisiä šamanistisia piirteitä, jolloin muodostui ainutlaatuinen paikallinen uskonto. 1800-luvun puolivälissä Kiinassa vallinnut sekasortoinen aikakausi länsimaiden aiheuttaman paineen vuoksi johti siihen, että Kiina vaati Ulko-Mongoliasta enemmän verotuloja. Tämä johti Ulko-Mongolian köyhtymiseen ja kasvavaan tyytymättömyyteen Qing-dynastiaa kohtaan. Mongoliassa nähtiin yhä useammin mellakoita ja kiinalaisvastaisia kapinoita ja hallinto kääntyi Venäjän puoleen apua saadakseen. Käännekohdaksi tapahtumissa muodostui vuonna 1911 Kiinan tasavaltalainen vallankumous.