חצקלס יצאה לסיור בכמה מארצות אירופה בראשית שנות ה-40. במסעה הגיעה גם לארץ ישראל, ביקרה בכמה מוסדות לימוד והתעמתה עם החינוך הציוני. עם הפלישה הנאצית לפולין וההסכם בין הסובייטים לנאצים, נמלטה הלנה חצקלס עם משפחתה למרכז אסיה. לאחר הניצחון הסובייטי שבה לווילנה בשנת 1945, והתמסרה לשיקום והצלת שרידי החינוך היהודי בעיר ובליטא. היא הקימה, בין השאר, מעונות לילדים יהודיים שהוריהם נספו בשואה. בשנת 1947 זכתה הלנה חצקלס בעיטור הסובייטי הנכבד "אות לנין", ובהוקרת המשטר. היא הטביעה את חותמה על חינוך הילדים היהודים בברית המועצות, והייתה לאחת המעצבות של מערכת החינוך היידישיסטית הנאמנה ללא גבול למשטר.