Politkovskaja ammuttiin Vladimir Putinin syntymäpäivänä lauantaina 7. lokakuuta 2006. Politkovskaja arvosteli Tšetšetsenian sotaa ja vallanpitäjiä. Häneltä jäi kesken kirjoitus kidutuksesta ja ihmissieppauksista Tšetšeniassa. Murha sai paljon huomiota kansainvälisesti. Helsingissä oli yli 1 000 ihmisen mielenosoitus Venäjän suurlähetystön edessä. Vajaa kuukausi Politkovskajan murhan jälkeen kuoli Aleksandr Litvinenko Lontoossa myrkytykseen. Hän oli kertonut tutkivansa Politkovskajan murhaa.