Kolegium zostało zamknięte po zajęciu Braniewa przez króla szwedzkiego Gustawa Adolfa w 1626. Otworzono je ponownie dopiero w 1637. W 1646 warunki lokalowe szkoły poprawiły się znacznie, gdyż kanonik warmiński Maciej Montanus wybudował nowy, obszerny gmach. Ponowna przerwa w działalności przypadła na wojnę polsko-szwedzką w latach 1655–1658.