Στην Ελληνική επανάσταση του 1821, πολλοί κάτοικοι της περιοχής συμμετείχαν στα επαναστατικά κινήματα της Κεντρικής Μακεδονίας και ιδίως στη Βωγδάντσα (σημερινό Μπογκντάντσι Βόρεια Μακεδονία). Η οικογένεια του Ζαφειρίου Σταματιάδη από την Ειδομένη έδωσε τους πιο γνωστούς αγωνιστές της επανάστασης. Η αποτυχία της επανάστασης στη Μακεδονία έφερε την περιοχή σε δυσμένεια. Μετά την Καταστροφή της Νάουσας το 1822, εγκαταστάθηκαν στην Αξιούπολη πολλές οικογένειες από τη Νάουσα. Το 1843, με την παραχώρηση κάποιων δικαιωμάτων στους Χριστιανούς, χτίζεται η εκκλησία του Αγίου Δημητρίου, η οποία ολοκληρώνεται το 1859. Το 1843 οι κάτοικοι πήραν άδεια από τις Οθωμανικές αρχές και το 1859 ολοκληρώθηκε η κατασκευή του Ναού του Αγίου Δημητρίου, που αγιογραφήθηκε την περίοδο 1860 - 1862 από τον περίφημο αγιογράφο Μαργαρίτη Λάμπου από τη Χαλάστρα. Διοικητικά ανήκε στο καζά της Γευγελής. Το 1873 είχε 30 μωαμεθανικές και 90 χριστιανικές οικογένειες, ενώ το 1903 οι κάτοικοί της ήταν 1.413.