Na seleção principal, Nakamura começou a se destacar bem jovem, com apenas 20 anos, sendo peça vital no título da Copa da Ásia de 2000, usando a camisa 14, fazendo um belo torneio e entrando para o time da competição. Após a Copa da Ásia, já com a camisa 10 Nakamura participou de alguns amistosos para Copa de 2002, marcando belos gols, como o gol olímpico contra Honduras e fazendo belas jogadas, porém Nakamura teve uma lesão no tornozelo e ficou de fora da lista de 23 convocados para a Copa.