Après la démission de Djukić, en , Stanojević hérite de la sélection serbe M19 qu'il mène en demi-finale du Championnat d'Europe des moins de 19 ans de l'UEFA en Ukraine. Il travaille aussi avec Ratomir Dujković, sélectionneur des Espoirs. Il succède à Goran Stevanović au Partizan en , devenant, à 36 ans, le plus jeune entraîneur de l'Histoire du club belgradois. Rapidement, il remporte le titre et, au début de la saison suivante, devient le premier Serbe à mener un club de son pays en phase de groupes de l'UEFA Champions League. Il entraîne d'avril à le club de Dalian Aerbin, en Chine. En , il est nommé entraineur de Beijing Guoan. Il est remplacé par Gregorio Manzano début 2014.