בשנת 1991, ערב מלחמת המפרץ הראשונה, הגיע סקורצקי למכון ויצמן למדע במסגרת תקופת שבתון, לאחריה החליט לעלות יחד עם משפחתו לישראל. בין השנים 1995–2005 היה מנהל המחלקה לנפרולוגיה במרכז הרפואי רמב"ם בחיפה ופרופסור בפקולטה לרפואה ע"ש רפפורט בטכניון. החל משנת 2000 הוא משמש ראש מכון רפפורט למחקר במדעי הרפואה. בשנת 2005 התמנה למנהל הפיתוח הרפואי והמחקרי במרכז הרפואי רמב"ם. בשנת 2006 היה פרופסור אורח בפקולטה לרפואה של אוניברסיטת הרווארד.