Dietrich Buxtehude morì a Lubecca il 9 maggio 1707 e fu sepolto nel transetto sinistro della Marienkirche, accanto a quattro sue figlie e al padre Johannes, il successivo 16 maggio. Il 23 giugno Johann Christian Schieferdecker, strumentista dell'Opera di Amburgo e suo assistente dal 1705, gli successe all'organo, e il 5 settembre ne sposò la figlia Anna Marghareta. La tomba di Buxtehude, insieme al suo organo e alla stessa Marienkirche, vennero distrutte da un bombardamento alleato la notte fra il 28 e il 29 marzo 1942. All'interno della ricostruita Marienkirche una targa in bronzo, posta nel 1957, ricorda il luogo dov'era collocata la sua tomba.