Vuonna 1797 Bonaparte lähetti Augeraun takaisin Ranskaan rohkaisemaan jakobiinien direktoraattia. Augereau joukkoinen painosti moderaatteja, ja toteuttivat 4. syyskuuta 1797 eli vallankumouskalenterin mukaan "18. fructidorkuuta vuonna V" monarkisteja vastaan suunnatun vallankaappauksen. Palkkioksi hänet nimettiin komentajaksi Saksan armeijaan (), joka oli syntynyt 29. syyskuuta 1797 Sambren ja Meusen armeijan ja Reinin ja Moselin armeijan () yhdistyttyä. Augereau toimi Saksan armeijan komentajana 7.10–13.12.1797. Armeija jakautui kuitenkin jo 9. joulukuuta 1797 kahtia Mainzin armeijaksi () ja Reinin armeijaksi (). Augereau otti Reinin armeijan komentoonsa ajaksi 14.12.1797–3.2.1798.