W roku 1792 posiadłości Zakonu we Francji zostały przejęte, w wyniku Rewolucji Francuskiej, przez państwo, co wpędziło, i tak już prawie zbankrutowany Zakon, w jeszcze większy kryzys finansowy. Kiedy Napoleon wylądował na Malcie w czerwcu 1798 roku, rycerze mieli możliwości wytrzymać długie oblężenie, ale poddali wyspę prawie bez walki. Francuzi okupowali Maltę do roku 1800, kiedy zostali wyparci przez maltańskich rewolucjonistów, wspomaganych przez Wielką Brytanię. Malta stała się brytyjskim protektoratem, i chociaż pokój w Amiens nakazywał zwrócić wyspę Zakonowi, nie zostało to wykonane. Kiedy nowy Wielki Mistrz domagał się od cywilnego komisarza Malty Alexandra Balla zwrotu Pałacu Wielkiego Mistrza w Valletcie, ten 2 marca 1803 roku odparł, że Wielka Brytania jest upoważniona do kontynuacji pobytu swego kontyngentu wojskowego na wyspie, i pałac nie może zostać opuszczony, gdyż zajmowany jest przez brytyjskie służby cywilne.