Сыны Кацярыны валадарылі ў эпоху амаль бесперапынных грамадзянскай і рэлігійнай войнаў у Францыі. Перад манархіяй стаялі складаныя задачы. Спачатку Кацярына пайшла на саступкі паўсталым пратэстантам, якія ўвайшлі ў гісторыю пад імем гугенотаў, аднак затым стала праводзіць вельмі жорсткую палітыку ў дачыненні да іх. Пазней яна была абвінавачана ў празмерных ганеннях, якія праводзіліся пры кіраванні яе сыноў, у прыватнасці прынята лічыць, што Варфаламееўская ноч 24 жніўня 1572 года, падчас якой тысячы гугенотаў былі забіты ў Парыжы і па ўсёй Францыі, была справакавана Кацярынай Медычы.