Nach dem Krieg wechselte Buddenbrock zur 2. Infanterie-Brigade in Danzig. Mit dieser nahm er 1866 am Preußisch-Österreichischen Krieg teil. Hier kämpfte er am 27. Juni 1866, inzwischen zum Generalmajor befördert, in der Schlacht bei Trautenau als Teil der 1. Division. Er selbst führte den verlustreichen, aber letztlich erfolgreichen Angriff von insgesamt acht Bataillonen gegen den rechten Flügel der Österreicher in den Hügeln hinter der Stadt Trautenau. Diese Stellung musste er aber am Abend wegen heftiger Angriffe der Österreicher wieder räumen. Bei diesen Kämpfen fielen insgesamt ca. 1.000 Preußen und über 4.700 Österreicher.