El MiG-21 fue también empleado en la Guerra de Kargil en 1999, durante la cual un MiG-21 de la FAI resultó derribado por un cohete portátil del tipo Stinger operado por la infantería pakistaní. El último derribo conocido realizado por los MiG-21 de la India ocurrió durante el Incidente Atlantique, cuando dos MiG-21BIS de la Fuerza Aérea India interceptaron y derribaron un Breguet Atlantique de reconocimiento de la Marina de Pakistán con misiles aire-aire R-60.