Впоследствие той се установява в Белград, откъдето заедно с част от федералистите организира контрачети срещу ВМРО. След преврата на 9 юни 1923 година и свалянето на земеделците Тодор Паница става съветник и на паравоенното Сдружение против българските бандити. По-късно емигрира във Виена, където се свързва със средите на Коминтерна и БКП. Продължава контактите си с федералистите и дори минава за техен идеолог. Паница е сътрудник на Военния отдел на ЦК на БКП и е свързан със съветското разузнаване. Организира нелегалното прехвърляне на оръжие в България за подготвянето на Септемврийското въстание. Паница подкрепя идеята за Балканска федерация и активизира подривна си дейност срещу ВМРО. Пътува често до Солун, Белград и Ниш, където контактува с леви интелектуалци и пропагандира идеята за Балканска федерация. Според данни на Филип Атанасов получава парична издръжка от гръцкото правителство и Задграничното представителство на БЗНС в Белград през 1924 и 1925 г. Участва в подготовката на подписването на Майски манифест от страната на МФО, като поддържа, че обединение с ВМРО е невъзможно, докато не се подменят лидерите ѝ. След провала на Манифеста, убийството на Тодор Александров и последвалите кръвопролития е набелязан за ликвидиране от Иван Михайлов. Междувременно във Виена Тодор Паница съдейства за формирането на ВМРО (обединена). Участва в конгре­са на МФО на 20 фев­руари 1925 г., където изнася доклад за предстоящи задачи. Те предвиждат с гръцка и сръбска поддръжка да бъде извършен преврат в България, като бъде свалено правител­ството на Александър Цанков и след това се ликвидерат структурите на ВМРО в Пиринска Македония.