Op 19 januari 1865 huwde Pegram met Hetty Cary in St. Paul’s Church in Richmond, Virginia. Onder de gasten bevonden zich president Jefferson Davis en zijn echtgenote Varina Howell. Net geen drie weken later sneuvelde Pegram tijdens de Slag bij Hatcher's Run. Zijn begrafenis vond plaats in dezelfde kerk waar de meesten van de gasten opnieuw aanwezig waren. Hij werd bijgezet in de Hollywood Cemetery in Richmond.