Op 14 september 2008 maakte Fellaini zijn officiële debuut voor Everton. Hij speelde toen mee in een competitiewedstrijd tegen Stoke City. Zijn eerste goal voor The Toffees maakte hij op 5 oktober tegen Newcastle United. Met Everton stond hij op 30 mei 2009 in de finale van de strijd om de FA Cup. Hij was pas de derde Belg die hierin slaagde na Nico Claesen (in 1987 met Tottenham) en Philippe Albert (in 1998 met Newcastle). Daarin verloor de ploeg van coach David Moyes met 2-1 van Chelsea door goals van Didier Drogba en Frank Lampard. Fellaini speelde de volledige finale en leverde al na 25 seconden een assist af aan Louis Saha. dit was de snelste goal ooit in 128 Cup Finals. Na afloop van het seizoen 2008/09 werd hij verkozen tot beste jongere van Everton.