Botswana stilte til kvalifisering til Afrikamesterskapet 2002, men trakk seg før første kamp. Deretter forble Botswana borte til de dukket opp i kvalifiseringen til Afrikamesterskapet 2008, da de spilte to kamper og tapte begge mot Namibia i slutten av 2007. Deretter spilte ikke Botswana kamper igjen før kvalifiseringen til Afrikamesterskapet 2010, der de tapte begge kampene, denne gangen mot Den demokratiske republikken Kongo. Til denne kampen stilte imidlertid Botswana med et tilnærmet U20-landslag. Imidlertid har Botswana allerede spilt kamper etter at de gikk ut av kvalifiseringen, noe som kan vitne om at det satses noe mer enn tidligere.