エメリービル駅はかつてオークランド市にあったオークランド16番通り駅 ()の代わりとして開設された。16番通り駅は1912年にサザン・パシフィック鉄道の駅として開業し、後にアムトラックが使用するようになったが、1989年のロマ・プリータ地震で駅舎が大きく損傷してしまった。そのため隣接する建物を駅舎に使用していたが、1993年に新たにそこから3キロメートル北のエメリービル市内にエメリービル駅が作られ、16番通り駅は翌1994年に廃止された。それに伴ってカリフォルニア・ゼファーの営業距離は3キロメートル短くなった。なお、1995年には旧駅から5キロメートル南に新しいオークランド駅としてオークランド - ジャック・ロンドン・スクエア()駅が開業している。