Afin de pallier l'absence de commandement qualifié et de renouveler les cadres de l'armée du Portugal, souvent trop âgés et inefficaces, Beresford recourt à des officiers britanniques pour encadrer les troupes portugaises, ayant les pleins pouvoirs pour nommer et démettre ("hire and fire") ses subordonnés. De nombreux officiers britanniques viennent à cette occasion prêter main-forte à l'armée portugaise afin de former ses troupes et ses nouveaux cadres. Beresford crée les dépôts de recrutement de Peniche, Mafra et Salvaterra. Il organise la distribution d'armes nouvelles et d'équipements. Il impose aux Portugais un entraînement « à la prussienne » ("à prussiana"), et des manœuvres « à l'anglaises » ("à inglesa"). Il introduit les « ordres du jour » ("Ordens do Dia") pour informer les soldats des armées et améliorer la discipline. Désirant imposer son autorité et tenant de l'avancement au mérite, il émet des mandats de prison et d'exécution sommaire, sans jugement en tribunal militaire, ainsi que des félicitations et des promotions au mérite. João Pedro Ribeiro le qualifie de « modérateur et animateur de l'armée » ("moderador e animador do exército"). Cette réorganisation ne concerne au départ que le centre et le sud du pays, le reste des troupes étant occupé à résister aux troupes de Soult. Elle s'étend cependant rapidement à l'ensemble du territoire. Achevant l'unification des états-majors portugais et britanniques, le 29 avril 1809, Jean VI nomme Arthur Wellesley maréchal général et autorité suprême de l'armée du Portugal. Devenu commandant en chef de toutes les forces britanniques au Portugal depuis la mort de Moore en janvier 1809, celui-ci prend alors le commandement unifié des armées portugaise et britannique, dès lors appelées armée anglo-portugaise.