През пролетта на 1905 година, по съвет на Груев, се установява във вилаетския център Битоля и под прикритието на шивашкия занаят става легален член на окръжния комитет на Битолския революционен окръг, като представител на Стружка околия под псевдонима Дантон. В това време комитетът е тежко организационно състояние, причинено от разгрома на въстание – повечето видни ръководители са в емиграция, а останалите са в дълбоки конфликти помежду си. Освен с тези вътрешни проблеми, битолският комитет трябва да се справя с натиска на гръцката пропаганда от юг, сръбската от север и масовата емиграция на българското население, която организацията се опитва да спре с икономически санкции. Матов подкрепя санкциите, грижи се да се вземат мерки за облекчаване на положението на българите затворници, за подобряване на комуникационната мрежа. За да спре вътрешните конфликти през пролетта на 1906 година се среща с Груев и брат си Христо в София и в разговорите стигат до извода, че не бива да се вярва на председателя на комитета Петър Лигушев. Още при завръщането му избухва Лигушевата афера, при която Матов реагира бързо и успява да спаси архива на окръжния комитет, като така ограничава последиците от предателството.