У Либерији је снага опозиције према његовој влади све више расла, што је кулминисало избијањем Другог либеријског грађанског рата (1999—2003). До 2003. је изгубио надзор над већином Либерије, а Специјални суд за Сијеру Леоне је подигао оптужницу против њега. Исте је године, под утицајем међународног притиска, дао оставку и отишао у егзил у Нигерију. Новоизабрана председница Елен Џонсон Сирлиф је 2006. затражила његово изручење, након чега су га органи УН-а испрва затвориле у Сијери Леоне, а затим изручиле у хашки затвор, где је чекао суђење. Априла 2012. године, оптужен је да је крив по свих једанаест тачака оптужнице, укључујући убиства, силовања и терор. Маја исте године, осуђен је на 50 година затвора.