德国人试图进一步通过伞兵的大规模作战推进克里特岛，以便消除同盟国从埃及进攻南翼的后顾之忧。然而他们受到协约军和克里特当地居民的强烈抵抗，最终克里特岛陷落，在軸心國统治期间，成千上万的希腊人死于战斗、集中营或是饥饿。尽管有希腊正教会和许多希腊基督徒的搭救，大部分的犹太社区还是为侵略者所肃清，同时经济也陷入停滞。1941年至1942年德國、義大利和保加利亞统治期间希腊爆发大饥荒、加之国内的纳粹大屠杀以及德佔塞萨洛尼基的传统犹太人社区被毁的境遇下，希腊人的反抗组织开始形成，如右派的国民民主連盟(EDES)、国民社会解放運動(EKKA) 、左派的民族解放战线(EAM)等，希腊各地的抵抗運動开始，1943年義大利投降，義大利佔領區被德國進駐。1944年英軍抵達希臘，同時蘇聯紅軍已迫近德國，德軍撤出希臘回防，1945年德國投降後，希臘內战即將爆發，希臘國民軍與共產黨人之间艰苦的内战，一直持续到1949年才終止。