Os equipamentos de transmissão da emissora, incluindo um sistema de transmissão digital recém-instalado, foram destruídas nos ataques terroristas de 11 de setembro de 2001. Gerard (Rod) Coppola, engenheiro-chefe de transmissão da WNET, estava entre os que morreram quando a torre norte desabou. Seus restos mortais foram descobertos em 25 de dezembro de 2001. Por dez meses, a WNYE-TV, sediada no Brooklyn, tornou-se a retransmissora substituta da WNET. Para aqueles sem cabo, repetições do horário nobre da WNET eram transmitidas na WNYE-TV até que a emissora pudesse restabelecer os equipamentos de transmissão no Empire State Building.