Στις 13 Σεπτεμβρίου ξεκίνησαν εχθροπραξίες στην Κέρκυρα. Μονάδες της Γερμανικής 1ης Ορεινής Μεραρχίας του στρατηγού Βάλτερ Στέττνερ επιχείρησαν να πραγματοποιήσουν απόβαση, αλλά αποκρούστηκαν από τους Ιταλούς. Στις 16 Σεπτεμβρίου ο Λερ επέπληξε τον διοικητή του ΧΧΙΙ Ορεινού Σώματος Στρατού Χούμπερτ Λαντς για την διαλλακτικότητα που επεδείκνυε στις διαπραγματεύσεις του με τους Ιταλούς και εξέδωσε διαταγή σύμφωνα με την οποία "«Οι υπεύθυνοι για την αντίσταση Ιταλοί διοικητές θα εκτελεστούν μετά τη σύλληψή τους»". Επιπλέον, μαζί με τον διοικητή της Ομάδας Στρατιών «F», Στρατάρχη Μαξιμίλιαν φον Βάιχς, αποφασίστηκε πως "«Λόγω της ύπουλης και προδοτικής στάσης των Ιταλών, να μην πιαστούν καθόλου αιχμάλωτοι»". Τα γεγονότα για μία από τις μεγαλύτερες ακρότητες του Β' Παγκοσμίου Πολέμου που διαπράχθηκαν από τον τακτικό στρατό και όχι από τα SS, η σφαγή των ανδρών της 33ης Ορεινής Ιταλικής Μεραρχίας «Άκουι», είχαν δρομολογηθεί. Στις 17 Σεπτεμβρίου, οι Γερμανοί αποβιβάστηκαν στην Κεφαλλονιά και ως τις 23 Σεπτεμβρίου εκτελούσαν αδιακρίτως "«ό,τι περνά μπροστά απ' την κάννη»" όπως έγραψε ο δεκανέας Βάλντεμαρ Τάουτμαν στο ημερολόγιό του. Συνολικά περίπου 2.500 εκτελέστηκαν από τους Γερμανούς και πάνω από 1.500 πνίγηκαν κατά τη μεταφορά τους στην ηπειρωτική Ελλάδα. Στις 28 Σεπτεμβρίου, ο Λερ εξέδωσε νέα διαταγή με την οποία απαιτούσε περισσότερα αντίποινα κατά των Ιταλών.