V roce 1685, po smrti svého staršího bezdětného bratra Karla II., Mariin manžel vstoupil na anglický trůn jako Jakub II. Vyvstala otázka, zda Marie je vůbec schopna porodit následníka trůnu. Když se v roce 1688 narodil syn Jakub František, vynořily se různé spekulace, že se i toto dítě narodilo mrtvé a údajně bylo vyměněno. Král Jakub svolal mimořádné zasedání své rady, která vynesla soud, že malý princ z Walesu je jeho a Mariin syn. O několik měsíců později vypukla revoluce Whigů, tzv. Slavná revoluce. 10. prosince roku 1688 Marie se synkem uprchli do Francie, Jakub dorazil ke své rodině do Francie o něco později, a to 23. prosince. Nejstarší Jakubova dcera Marie a její manžel, nizozemský místodržící Vilém III. Oranžský byli Whigy povzneseni na anglický trůn.