Luego de la Matanza de Tlatelolco se acrecentó el clima de represión y hostigamiento contra el partido; eso y la parálisis política del instituto derivada de la detención de sus líderes, llevaron a varios cuadros del partido, especialmente de las Juventudes Comunistas, a tomar el camino de la guerrilla tanto rural como urbana, en lo que después desembocaría en la denominada "Guerra sucia" que emprendió el régimen de Luis Echeverría contra los sectores más radicales de la izquierda. Al mismo tiempo el partido paso por un proceso de moderación que, aunque significó un crecimiento de simpatizantes en amplia zonas rurales y suburbanas, devino en el abandono de sus posturas más radicales, lo que causó la separación de algunos miembros. No obstante se mantuvo vinculado a aquellos sectores perseguidos por el gobierno, aunque sin respaldar abiertamente las acciones armadas. Dirigentes como Arnoldo Martínez Verdugo, Pablo Gómez, Gerardo Unzueta, Eduardo Montes, Arturo Martínez Nateras y Gilberto Rincón Gallardo, impulsaron en aras de la supervivencia del partido, el acercamiento a la política electoral; la moderación de su concepto "dictadura del proletariado" por el de "poder democrático popular"; la inclusión en su ideario de demandas ecológicas y feministas, defensa de los derechos políticos del clero y de los homosexuales; y la condena al militarismo soviético, al mismo nivel que se hacia del estadounidense.