Nach dem deutschen Überfall auf die Sowjetunion wurde Boris Schimeliowitsch Mitglied des "Jüdischen Antifaschistischen Komitees". Nach Kriegsende wurde er wie alle führenden Mitglieder am 13. Januar 1949 verhaftet. Er ließ sich trotz schwerster Folter keine Geständnisse abringen, bekannte sich während Prozesses als nicht schuldig und prangerte dabei auch die Verhör- und Foltermethoden an.