Hakan Balta on kuulunut myös Turkin maajoukkueeseen ja hänet valittiin Turkin joukkueeseen vuoden 2008 EM-kisoihin, jossa hän pelasi Turkin kaikki viisi ottelua alusta loppuun joukkueen yltäessä välieriin. Ensimmäisen maaottelumaalinsa Hakan Balta teki 20. toukokuuta 2008 ystävyysottelussa Slovakiaa vastaan. Yhteensä Balta on pelannut 50 maaottelua ja tehnyt niissä kaksi maalia.