Када се Јапан после Хидејошијеве смрти (1598) поделио на присталице Хидејошијеве династије, које је предводио Ишида Мицунари, и побуњенике под вођством Ијејасу Токугаве, Като се определио за Токугаву, и у бици код Секигахаре (1600) борио се на победничкој страни. Од новог режима награђен је поседима свог дугогодишњег ривала и суседа Кониши Јукинаге. Подигао је нови замак у Кумамоту, утврђен огромним каменим зидинама, користећи се знањима кинеске опсадне технике која је искусио током рата у Кореји; замак је био тако снажан да је 1870. издржао опсаду армије наоружане модерном европском артиљеријом.