Direkt am Ufer der Mulde gelegen, ist das Stammhaus des Gymnasiums (Moldanum) immer wieder von Überflutungen betroffen, so auch vom Augusthochwasser am 13. August 2002. Die Bauschäden betrugen damals 6,7 Millionen Euro; hinzu kamen die Schäden an der Schulausstattung (Möbel, Unterrichtsmittel etc.) von 1,2 Millionen Euro. Erneut kam es beim Jahrhunderthochwasser 2013 zur Überflutung. Dank zahlreicher Helfer, Spenden und Fördermittel wurden die Folgen der Wasserschäden schrittweise beseitigt.