このころバルカン方面ではすでに再度の対オスマン帝国戦争が始まっており、ナイペルクも主な指揮官の一人として従軍した。この戦争において、オーストリアは稚拙な戦略、低い士気と深刻な補給不足によって大きな損害をこうむって戦争を続けることができず、ベオグラードを含む、かつてオイゲン公子が獲得したバルカン南部の広い領域をベオグラード条約によって割譲せざるをえなかった。ナイペルクはこの戦争の指揮について主要な責任を負う人物の一人であって、ナイペルクの場合は特に、1739年に生じたグロッカの戦いの敗北のあと、ナイペルクが代表となったベオグラードでの和平交渉において、本国との連絡の齟齬や状況の不十分な検討のため本国の承認なしにひどく不利な条件で講和条約をまとめて皇帝が事後承認せざるを得ない状況に追いやったことが責められていた。戦争終結後ナイペルクはカール6世によって他の将軍ともども軍法会議にかけられ、要塞に収監された。