Destacó por su valentía en el asedio del Puerto de Acapulco de 1813, bajo las órdenes del general José María Morelos y Pavón. Así como en el Sitio de Cuautla. Estuvo presente en la gesta histórica llamada abrazo de Acatempan, entre Agustín de Iturbide y Vicente Guerrero. Casi al final de la guerra alcanzó el grado de capitán general. Tras el fin de la guerra de independencia de México, obtuvo algunos cargos en el gobierno de la república; destacándose como senador del Estado de Sonora. Posteriormente retirándose de la vida pública y refugiándose en la población de Petatlán, Guerrero; en donde se dedicó a la administración de su hacienda, así como a las actividades de ganadería y agricultura. Pasó sus últimos días de vida en dicho lugar, sus restos se hallan en la parroquia de Petatlán en cuyo pueblo falleció a la edad de 58 años. A la muerte de Vicente Guerrero, Juan Álvarez fue el heredero político. Juan Álvarez desde La Providencia comenzó a dirigir a los seguidores del presidente Vicente Guerrero sacrificado en 1831. Se unieron en torno a Álvarez otros caciques menores y jefes militares, entre ellos el general Isidro Montes de Oca.