Han var søn af afskediget karakteriseret major Herman Nickolin (1774 - 31. oktober 1852, gift 1. gang 1805 med Catharina Amalia Smidt, 1782-1807) og Karen Sophie Hauberg (1795-1877). Han blev landkadet 1839, sekondløjtnant 1844 (med aldersorden fra 1843) og ansattes 1845 ved 7. Bataljon, med hvilken han som adjudant deltog i Treårskrigen og var med i de fleste fægtninger og slag. I 1849 blev han premierløjtnant og Ridder af Dannebrogordenen. Særlig udmærkede han sig under Frederiksstads forsvar, da han blev kompagnikommandør. Efter fredsslutningen gjorde Nickolin tjeneste ved flere forskellige afdelinger, indtil han i 1855 blev ansat som skoleofficer og lærer i eksercits ved Landkadetkorpset. Ved udnævnelsen til kaptajn af 2. klasse 1860 (1. klasse 1862) kom han til 15. Bataljon og deltog 1864 ved 15. Regiment i forsvaret af Dybbøl og Als.