Tijdens de Cubaanse Onafhankelijkheidsoorlog werd hij in 1897 weer naar Cuba gestuurd om orde en rust te herstellen. Hij werd benoemd tot gouverneur-generaal van Cuba met uitgebreide bevoegdheden om de opstand te onderdrukken. Met zijn standaard militaire aanpak had hij weinig succes in de strijd tegen de guerrilla’s en hij veranderde zijn aanpak.