31 января 1904 года Дубельт вступил в должность командира 34-го Восточно-Сибирского стрелкового полка, и в той должности принял участие в Русско-японской войне. 2 июня 1904 года в бою у Вафангоу был ранен. За отражение атаки японцев у Сендяю с 10 по 14 июля был награждён золотым оружием с надписью «За храбрость». 5 ноября того же года Дубельт был назначен начальником Виленского военного госпиталя, а 8 июля 1906 года назначен командиром 35-го Восточно-Сибирского стрелкового полка.