През юни 1865 г. Бавария застава на страната на Австрия в Германо-датската война. На 3 юли австрийската армия претърпява поражение и Бавария е принудена да сключи съюзнически договор с Прусия на Ото фон Бисмарк, посредством който става зависима от Прусия. Във Френско-пруската война Бавария застава на страната на Прусия и на 23 ноември 1870 г. Бавария влиза в Германската империя. По този начин Бавария губи част от суверенитета си, предавайки дипломацията и отбраната в ръцете на империята. Правосъдието, полицията, образованието, вероизповеданията, пряката данъчна система и земеделието остават под баварски контрол.