A fine stagione lascia gli emiliani per accasarsi al , che conduce ad una difficile salvezza nella stagione 2006-2007. Esonerato e sostituito da Andrea Mandorlini alla guida della squadra toscana, torna sulla medesima panchina nel novembre del 2007,con l'arduo compito di salvare nuovamente la squadra senese che al suo arrivo è fanalino di coda della Serie A, con soli 9 punti frutto della precedente gestione di Mandorlini (1 vittoria e 6 pareggi) e ci riesce, portando la squadra a salvarsi con 3 giornate di anticipo rispetto alla chiusura del campionato vincendo per 1-0 contro la , ottenendo inoltre il miglior risultato sportivo nella storia del Siena con 44 punti totali (di cui 35 in 26 partite della sua gestione). Da ricordare il pareggio a San Siro contro l' per 2-2 ma soprattutto la netta affermazione in casa contro la Roma per 3-0. Ciononostante la società bianconera non gli rinnova la fiducia, decidendo di affidarsi per la stagione successiva all'emergente Marco Giampaolo.