Puolan-Venäjän sodan puhjettua 1792 Baggovut liittyi vapaaehtoisena kreivi Kahovskin joukkoihin. Hän kunnostautui kesäkuussa Bugjoen ja Dubienkan taistelussa. Baggovut palasi 3. tammikuuta 1793 () ylimajurina Siperian krenatöörirykmenttiin palvelukseen. Hän osallistui Kościuszkon kansannousussa (1794) moneen taisteluun. Tärkeimmät niistä olivat lokakuussa Maciejowicen ja Pragan taistelut (Varsova). Maciejowicen taistelu toi hänelle ylennyksen everstiluutnantiksi.