Engagé comme agent libre par les Yankees de New York après son séjour à Saint-Louis, Miguel Cairo est le deuxième but régulier du club du Bronx en 2004. Il frappe pour ,292 avec 42 points produits et atteint la Série de championnat de la Ligue américaine. Malgré tout, les Yankees refusent de le signer à nouveau pour 2005, et il rejoint les Mets de New York, avec qui il joue sporadiquement, disputant 100 matchs en une saison.