באוגוסט 1942 ארמייה ה-39 הוקמה מחדש על בסיס היחידות שהיו בחזית קלינין והוצבה במחרב רז'ב. במהלך שנת 1943 יחידות הצבא האדום עברו למתקפה ויחידות הארמייה ה-39 החלו להתקדם מערבה. הם נכנסו לשטח בלארוס ושחררו את העיר ויטבסק. בהמשך הם נכנסו לשטח ליטא הסובייטית והתקדמו עד לעיר קובנו. במהלך שנת 1945 הם השתתפו במבצע פרוסיה המזרחית.