1960 wurde Lagos zum Sitz der Apostolischen Delegation für Zentral- und Westafrika. Nach dem Biafra-Krieg von 1967 bis 1970, bei dem die meisten ausländischen Missionare ausgewiesen wurden, konnten erst 1976 wieder diplomatische Beziehungen zwischen Nigeria und dem Heiligen Stuhl aufgenommen werden. 1982 besuchte Papst Johannes Paul II. Nigeria. Die katholische Kirche entwickelt sich zur größten christlichen Konfession des Landes, im Norden stellt sie eine religiöse Minderheit dar.