Nel 1985 la Dinamo ritorna a vincere l'accoppiata campionato-coppa. L'anno seguente vinse il campionato e la Coppa delle Coppe 1985-1986 battendo per 3-0 in finale l'Atletico Madrid, nello stesso anno vinse il Pallone d'oro nuovamente un giocatore della Dinamo l'attaccante Igor Belanov. Perse 1-0 la Supercoppa europea del 1986 contro la Steaua Bucarest del giovane Gheorghe Hagi autore del goal decisivo. Negli anni seguenti il processo di democratizzazione dell'URSS consentì a molti giocatori di lasciare la Dinamo e andare a giocare all'estero venendo rimpiazzati da numerosi giovani talenti che consentirono alla Dinamo di vincere la coppa del URSS 1989-90 e il suo tredicesimo titolo nel 1990 mentre, dopo l'addio dell'allenatore Valeri Lobanovski, non riuscirono a ripetersi nel 1991, anno dell'ultimo campionato sovietico della storia.