Làm thủ tướng, Fogh đã ủng hộ mạnh mẽ Cuộc tấn công Iraq 2003. Cũng giống như trong nhiều nước châu Âu, Fogh đã phải đối mặt với sự phản đối lớn lao, cả từ trong quốc hội lẫn ngoài quần chúng nhân dân. Các cuộc thăm dò dư luận sau đó cho thấy là dư luận nhân dân Đan Mạch chia rẽ về vấn đề này. Trước khi chiến tranh nổ ra, một người dân biểu tình phản đối trước quốc hội đã hắt sơn đỏ vào người Fogh và hét lên: "Du har blod på dine hænder" ("Bàn tay ngươi vấy máu"). Vài tháng sau khi cuộc chiến bắt đầu, Fogh đã gửi đội quân Đan Mạch khoảng 550 binh sĩ sang Iraq tham chiến bên cạnh quân Mỹ và một số nước đồng minh khác từ năm 2004. Tuy nhiên tới tháng 8 năm 2007, Đan Mạch đã rút quân khỏi Iraq.