בשלהי המאה ה-17 החלה היחלשותה הצבאית של האימפריה העות'מאנית להשפיע על בוסניה, והסכם קרלוביץ, משנת 1699, הפך את בוסניה פעם נוספת לאזור ספר בגבול המערבי של האימפריה. המאה ה-18 אופיינה בכשלונות צבאיים נוספים של האימפריה, ביטויי מרי רבים בבוסניה ומספר מגיפות שהכו במדינה. ניסיונות סרק של השער הנשגב למודרניזציה של האימפריה העות'מאנית נתקלו בחוסר אמון ובעוינות גוברת בבוסניה, שם עמדו האריסטוקרטים המקומיים לשאת בעיקר הנזק כתוצאה מן הרפורמות המוצעות. גורם זה לצד התסכולים לנוכח הוויתורים הגוברים של האימפריה למדינות הנוצריות במזרח, הגיעו לשיא בניסיון מרד כושל בראשות חוסיין גראדשצ'ביץ' (Husein Gradaščević) בשנת 1831, שבעקבותיו ביצע הסולטאן מהמוט השני טבח ביניצ'רים ופיזר את היחידה. ניסיונות מרד נוספים דוכאו עד לשנת 1850, אולם המצב המדיני בבוסניה המשיך להתדרדר. מצוקה חקלאית הביאה בשנת 1875 להתקוממות הרצגובינה בה השתתפו איכרים רבים. ההתקוממות התפשטה אף למדינות נוספות בבלקן, הביאה למעורבות המעצמות ולבסוף הובילה לקונגרס ברלין ולהסכם ברלין בשנת 1878.