Deux ans plus tard, en 2000, il remporte l'Euro organisé en Belgique et aux Pays-Bas. Lors du quart de finale face à l'Espagne (victoire 2-1), Lilian Thuram est particulièrement mis en difficulté par Pedro Munitis et provoque un penalty, transformé par Gaizka Mendieta. C'est la dernière compétition où la défense Thuram-Blanc-Desailly-Lizarazu est alignée.