独立以来シリアを率いていたスンニ派名望家たちは権力闘争に明け暮れ、軍部では宗教的マイノリティのアラウィー派やバアス党の影響力が増大していった。1963年、バアス党がクーデター（3月8日革命）によって政権を獲得した。バアス党はワクフ財産を禁止したり、公立校でのイスラム教育を廃止するなど、世俗化を推進した。これに反発した同胞団は1964年のハマー蜂起によって、バアス党政権に方針を転換させ、以前よりイスラム教を尊重する政策を採らせた。しかし、同胞団内部では1963年以降国外から指揮を執っていたアッタールに対する反発が大きくなる。アッタールを支持するダマスカス支部はバアス党との全面衝突に消極的だったが、北部の諸支部（ホムス・アレッポ・ラタキア・ハマーなど）はバアス党との闘争も辞さない構えだった。1969年に対立を解消するために総会が開かれるが、和解に失敗して同胞団は分裂した。1971年に国際同胞団の介入によってアッタールは失脚するが、ダマスカス支部を中心とするアッタール派はこれに従わなかった。