아데바요르는 처음이자 현재까지 마지막으로 유일하게 참가한 FIFA 월드컵 대회인 독일의 2006년 FIFA 월드컵에서 토고 국가대표팀의 일원으로 참가하기도 했다. 2010년 1월, 아데바요르는 앙골라에서 열린 2010년 아프리카 네이션스컵 당시 버스 공격 사건의 표적이 된 국가대표팀 선수들 중 한 명으로, 그는 이 사태 이후 국가대표팀에서 일시적으로 은퇴했다. 2013년, 그는 남아프리카 공화국에서 열린 2013년 아프리카 네이션스컵에 참가해 조국을 8강에 올려놓았다. 그는 31골로 현재 토고 국가대표팀의 역대 최다 득점자이기도 하다.