Während der Herrschaft von Balliol spiele Comyn eine entscheidende Rolle in der schottischen Politik. Als Balliol 1295 unter starkem innen- und außenpolitischen Druck stand, gehörte Comyn dem zwölfköpfigen Staatsrat an, der faktisch die Regierungsgewalt übernahm. Er gehörte der Delegation an, die 1295 nach Frankreich reiste und bis 1296 mit dem französischen König ein Bündnis aushandelte. Als John Balliol den Anspruch des englischen Königs auf Oberherrschaft über Schottland zurückwies, kam es zum offenen Krieg zwischen England und Schottland. Daraufhin ließ der englische König Comyns Besitzungen in England beschlagnahmen. Nach der schottischen Niederlage in der Schlacht bei Dunbar ergab sich Comyn im Juli 1296 in Montrose dem englischen König. Eduard I. sandte ihn mit seiner Familie ins Exil, das Comyn in Geddington, einem Gut des englischen Königs in Northamptonshire verbrachte. Während seines Exils wurde ihm erlaubt, in den königlichen Wäldern nach Füchsen, Hasen und Wildkatzen zu jagen.