А дальше и в одиночке всё стало налаживаться — Джон доходит до финала в Белграде, где, имея матчбол во втором сете, всё же уступает титул соотечественнику Сэму Куэрри. Затем Изнер доходит до третьего круга турнира в Мадриде, где уступает Надалю. Последний турнир перед Ролан Гаррос Джон проводит в Дюссельдорфе — сборная США с Изнером в составе доходит до финала, где уступает Аргентине. Джон проводит три матча. На последовавшем затем Ролан Гаррос Изнер доходит до третьего раунда, где уступает Томашу Бердыху. На Уимблдоне Джон сыграл всего лишь 2 матча, но первый из них (против Николя Маю) вошёл в историю тенниса, как самый продолжительный матч, длившийся 11 часов 5 минут. Возвращение в тур состоялось в конце июля в Атланте. В одиночке Джон дошёл до финала, где уступил на тай-брейке решающего сета Марди Фишу, а в паре дуэт Изнер/Блейк уступил в полуфинале. В дальнейшем Джон доходит до третьего круга на Открытом чемпионате США и отмечается в полуфинале в Пекине. Год завершает на 19-й строчке одиночного рейтинга.