Se začátkem Války o Náhorní Karabach se v roce 1988 stala Šuša nejdůležitějším ázerbájdžánským městem v Karabachu, odkud bylo neustále ostřelováno hlavní město Stěpanakert. 9. května 1992 bylo město dobyto arménskými silami a více než 30 000 Ázerbájdžánců bylo vyhnáno. Město bylo Armény vypleněno a spáleno. Ještě v roce 2020 bylo více než 80 % města v troskách.