Für die Slowakei nahm Zagrapan an den U18-Junioren-Weltmeisterschaften 2003 und 2004, sowie den U20-Junioren-Weltmeisterschaften 2005 und 2006 teil. Des Weiteren stand er im Aufgebot seines Landes bei der Weltmeisterschaft 2010 in Deutschland. Bei dieser erzielte er in sechs Spielen zwei Tore.