Під час Англо-американської війни Колтер записується в рейнджери, під керівництвом Натана Буна. Точна дата смерті Джона Колтера не встановлена. За даними одних джерел, він помер від жовтяниці 7 травня 1812 року і був похований неподалік від Нью-Гейвена, Міссурі. За іншими даними, Колтер помер 22 листопада 1813 року.