Le protocole met fin à la première guerre du Haut-Karabagh et en fait un conflit gelé. Aucun accord de paix ne sera signé pendant les décennies qui suivent, malgré de nombreuses tentatives notamment par la médiation du groupe de Minsk. Le cessez-le-feu sera même violé à de nombreuses reprises par des escarmouches le long de la ligne de contact, les plus graves se déroulant en 2008 et 2016. La guerre de 2020 au Haut-Karabagh rend le protocole de Bichkek caduc.