In 1741, kort na de Chinezenmoord, waarbij de VOC duizenden Chinezen uit Batavia verjoeg (en velen ven hen vermoordde) omdat ze van plannen tot omverwerping van het Nederlands gezag verdacht werden, keerde De Klerk naar Java terug. Hij werd als secretaris toegevoegd aan de expeditie die de zich rond Batavia hergroeperende Chinezen en hun Javaanse bondgenoten naar Oost-Java moest verjagen. Bij deze militaire actie onderscheidde De Klerk zich weer als een gewiekst bemiddelaar: in Semarang wist hij door list de Javaanse aanvoerder van de opstandige troepen tot overgave te overreden.