Nikolić durchlief in den verschiedenen Altersklassen die Nachwuchs-Auswahlmannschaften Sloweniens, die sich jedoch bei Endrunden um die Europameisterschaft (EM) nicht im Vorderfeld platzieren konnten. Höhepunkt war der Turniersieg der Division B bei der U16-EM 2011, mit dem sich die slowenische Nachwuchsauswahl zunächst einmal nach vier Jahren Abstinenz einen Platz im Kreis der 16 besten europäischen Auswahlmannschaften dieser Altersklasse zurückerkämpfte. Nach der U20-Junioren-EM 2014 nahm Herren-Nationaltrainer Jure Zdovc, zu seiner aktiven Zeit als Spieler auf Nikolić’ Position als Spielmacher agierend selbst Welt- und Europameister, mit in den Kader der Herrenauswahl bei der WM-Endrunde 2014 in Spanien. Hier erhielt Nikolić drei Kurzeinsätze, als die Mannschaft erst im Viertelfinale gegen den überlegenen Titelverteidiger Vereinigte Staaten ausschied. Ein Jahr später, als die U20-Auswahl nur knapp den Klassenerhalt in der Division A sicherstellen konnte, verzichtete Zdovc zunächst wieder auf Aleksej und nominierte seinen jedoch auf einer anderen Spielposition agierenden Bruder Mitja erstmals für einen Endrundenkader bei der EM-Endrunde 2015.