Bieg na dystansie 5000 metrów mężczyzn był jedną z konkurencji rozgrywanych podczas III Mistrzostw Europy w Oslo. Bieg został rozegrany w piątek, 23 sierpnia 1946 roku. Zwycięzcą tej konkurencji został mistrz Europy z 1938 w biegu na 1500 metrów Brytyjczyk Sydney Wooderson, który uzyskał drugi w historii wynik w biegu na 5000 metrów. W rywalizacji wzięło udział osiemnastu zawodników z dwunastu reprezentacji.