En el Mundial de Corea y Japón de 2002 fue donde se consolidó como líder, siendo el capitán más joven dentro de la selección de México con tan solo 23 años. Disputó cuatro encuentros contra Croacia, Ecuador, Italia y Estados Unidos (en este último partido la escuadra de Javier Aguirre fue eliminada por un marcador adverso de 2-0 y Márquez fue expulsado por un cabezazo a Cobi Jones).