22 kwietnia 1653 Nikon spotkał się z poselstwem przybyłym od Kozaków zaporoskich Bohdana Chmielnickiego, następnie zwrócił się do Chmielnickiego z osobistym listem. Było to działanie wyjątkowe w porównaniu z aktywnością jego poprzedników na tronie patriarszym, z których jedynie Filaret podejmował samodzielne działania polityczne (wystąpienia pozostałych patriarchów sankcjonowały jedynie postanowienia władców świeckich). W tym samym okresie po raz pierwszy w stosunku do Nikona użyty został tytuł "wielki gosudar", noszony wcześniej jedynie przez patriarchę Filareta. 25 maja 1653 Sobór Ziemski opowiedział się za zbrojnym wsparciem Chmielnickiego; wystąpienie to miało charakter doradczy. Łobaczew uważa jednak, że wpływ Nikona na cara i jego apele o „obronę prawosławia” w Rzeczypospolitej przełożyły się na ostateczną decyzję o rozpoczęciu wojny polsko-rosyjskiej, której w Rosji nadano silny wydźwięk religijny.