Stian Eckhoff entre dans l'équipe nationale junior à 17 ans. En 2000, il fait ses débuts en Coupe du monde, puis marque ses premiers points à Lahti. Durant la saison 2001-2002, il monte sur son premier podium en relais à Ruhpolding. L'hiver suivant, il commence à se classer dans le top dix, avant de monter sur deux podiums individuels à Antholz et un à Oslo. Il y est aussi neuvième de la mass start aux Championnats du monde.