Franciscus Chemnitz poległ w roku 1656 roku w pobliżu Braniewa, podczas wojny szwedzko-polskiej. Był żonaty od 1653 roku z Clarą Euphrosyne von Neumark. Ich syn Franz von Chemnitz (1656-1715), późniejszy sędzia w sądzie w Greifswaldzie i Wismar, urodził się dopiero po śmierci ojca.