Bei der Asienmeisterschaft 2000 führte Lee seine Mannschaft ins Halbfinale. Den größten Erfolg feierte man dann bei der Weltmeisterschaft 2002, als der damalige Co-Gastgeber Südkorea das Halbfinale erreichte. Im Viertelfinale gegen Spanien konnte Lee den Strafstoß von Joaquín Sánchez halten und seiner Mannschaft zum Weiterkommen verhelfen. Auch bei der Asienmeisterschaft 2004 und der Weltmeisterschaft 2006 war er der Stammtorwart der südkoreanischen Mannschaft.