Contrairement aux autres pays occupés par les nazis où la Shoah a été mis en œuvre progressivement (limitant d'abord les droits aux civils juifs, puis en les parquant dans des ghettos et enfin en les exécutant ensuite dans des camps de la mort), les exécutions débutent en Lituanie dès les premiers jours de la guerre. L'"Einsatzkommando A" entre en Lituanie un jour après l'invasion de la Wehrmacht pour encourager l'. Selon des documents allemands, du 25 au , . En , seuls Juifs subsistaient à Kaunas, avaient été exécutées. Les exécutions s'étant déroulé dans trois lieux principaux : dans le Neuvième Fort à Kaunas (voir notamment massacre du 29 octobre 1941), à Vilnius (voir massacre de Ponary) et à la campagne (voir "Rollkommando" Hamann). En Lituanie, en date du , plus de Juifs lituaniens avaient été tués. On estime que 80 % d'entre-eux ont été tués avant 1942, pour beaucoup par la participation active des Lituaniens dans des unités telles que les bataillons de police.