В конце апреля 1918 года П. Я. Гордиенко предоставили двухмесячный отпуск для лечения и он выехал к семье, в село Чёрное Тобольского уезда. О белочешском мятеже узнал, когда контрреволюция уже свирепствовала в Тобольске и Тюмени. В селе он создал подпольную ячейку, но вскоре был арестован колчаковцами, оказался в Тобольской тюрьме. Заболел сыпным тифом и был выпущен на свободу, перешел на нелегальное положение. С октября 1919 года член Тобольского подпольного революционного комитета.