Pelayanan kereta api batu bara di jalur ini berakhir pada tahun 2002-2003 karena terancam bangkrutnya tambang batu bara. Jalur ini sempat diaktifkan lagi sekitar tahun 2006 untuk kereta wisata dan merupakan produk kerja sama PT KA dengan komunitas "railfans" Sumatra Barat, Masyarakat Peduli Kereta Api Sumatra Barat. Gempa bumi tahun 2009 dan tanah longsor di Lembah Anai pada tahun 2010 membuat prasarana jalur segmen Kayutanam–Padang Panjang rusak dan tidak layak dipakai.