Године 2000, после смрти Фрање Туђмана, ХДЗ је претрпео пораз на четвртим парламентарним изборима. Поред тога, њихов Мате Гранић кандидат такође није успео да уђе у други круг председничких избора на којима за хрватског председник изабран Стјепан Месић. После тога Гранић напушта Странку и формира Демократски центар у нади да ће привуће умерене струје из ХДЗ-а. Унутарстраначки избори у ХДЗ-у уследила у априлу те године на којима је Санадер однео победу као компромисно решење. На парлементарним изборима 2000. године изабран је по други пут у Хрватски сабор. У овом мандату био је потпредседник Одбора за спољну политику, члан Одбора за образовање, науку и културу, Одбора за међупарламентарну сарадњу и Извршног одбора Националне групе Хрватског сабора при Интерпарламентарној унији.