После конца Латинской империи гавань появляется в нескольких источниках под названием "Контоскелион", что вызывает путаницу среди современных учёных. Согласно "Patria", это наименование является отчеством сына некоего , византийского "турмарха" (старшего офицера армии), носившего прозвище "Контоскелес" за короткие ноги, но немецкий учёный Альбрехт Бергер отвергает это как ошибку авторов "Patria" из-за различной этимологии этих двух слов: «Контоскалион» означает «короткий шаг или причал». Некоторые авторы, такие как Раймон Жанен, предположили, что название "Контокелион" (по-) могла носить другая гавань, расположенная в 150 м к западу от гавани Юлиана / Софии, ближе к району Вланга, но эту интерпретацию следует отклонить, поскольку несомненно, что Контоскалион был единственным используемым портом на Мраморном море до XV века. В тот период гавань сохраняла свою важную функцию: во времена династии Палеологов император Михаил VIII (ок. 1259—1282) защитил её стеной из тёсаного камня и цепью, а его преемник Андроник II (ок. 1282—1328) сделал гавань глубже и закрыл вход в неё железными воротами, защищая корабли от штормов, приходивших с Лодосом. Гавань фигурирует в энкомии императора Иоанна VIII (ок. 1425—1448), написанном в 1427 году. Из него мы знаем, что Иоанн VIII приказал ремонтировать гавань, нанимая оплачиваемых работников (среди них были и священнослужители, и монахи), а не слуг. По окончании этих работ в ней могло разместиться 300 галер. В некоторых версиях карты флорентийского путешественника Кристофоро Буондельмонти (посетившего Константинополь в 1421 году) по бокам от гавани изображён арсенал, а в отчёте испанского путешественника Перо Тафура, который видел её в 1437 году, гавань была всё ещё активна. Так продолжалось до падения Константинополя в 1453 году.