Während der Hildesheimer Stiftsfehde zwischen 1519 und 1523 zwischen dem Hochstift Hildesheim und dem Herzogtum Braunschweig wurde Lamspringe niedergebrannt und das Kloster geplündert. Seitdem gehörte Lamspringe für gut hundert Jahre zum welfischen Herrschaftsbereich. Im Schmalkaldischen Krieg kam es 1552 zu einem Überfall durch den Söldnerführer Vollrad von Mansfeld, dessen Landsknechte auch Nonnen schändeten. Der Dreißigjährige Krieg traf Lamspringe hart. Nach der Schlacht bei Lutter am Barenberge 1626 plünderten Söldnertruppen den Ort und brannten erneut dutzende Häuser nieder. Nach dem Krieg befand sich die Klosteranlage in einem katastrophalen baulichen Zustand.