Als Chomeini schließlich im Februar 1979 als Revolutionsführer in den Iran zurückkehrte, begleitete ihn Banisadr und wurde sofort in die politische Führungsriege integriert. Nach dem am 6. Oktober 1979 nach der Besetzung der amerikanischen Botschaft erfolgten Rücktritt des von Chomeini ernannten Premierministers des Übergangs Mehdi Bāzargān war Banisadr zunächst Außen-, Wirtschafts- und Finanzminister in einem „Kabinett ohne Premierminister“.