Từ năm 1939, ông được điều động làm Phó Tham mưu trưởng Quân khu Kiev (Tham mưu trưởng là Vatutin). Tháng 9 năm 1939, cơ quan đầu não của Phương diện quân Ukraina được thành lập trên cơ sở trụ sở bộ chỉ huy quân khu, trong đó Malandin đã tham gia vào chiến dịch Ba Lan của Hồng quân năm 1939. Ông gia nhập CPSU (b) từ năm 1940. Năm 1940, ông được chuyển sang Bộ Tổng tham mưu Hồng quân và được bổ nhiệm làm Phó cục trưởng Cục Tác chiến (Cục trưởng - Vatutin). Từ tháng 2 năm 1941, ông được thăng lên làm Cục trưởng Cục Tác chiến của Bộ Tổng tham mưu, thay cho người tiền nhiệm Vatutin được thăng chức làm Phó Tổng tham mưu trưởng thứ nhất phụ trách về các vấn đề hành quân và hậu cần.