Во время распада Югославии шайкача снова стала переживать популярность: резервисты Армии Республики Сербской и члены паравоенных групп, участвовавшие в Боснийской войне, стали снова носить шайкачу как часть униформы (причём у высших офицеров шайкача была со своеобразным козырьком), а вскоре шайкача стала официальным элементом униформы Армии Республики Сербской. После битвы за Вуковар сербы Хорватии установили множество памятников павшим в сражении за город сербским солдатам, выполненных в форме шайкачи. В послевоенные годы эти памятники стали объектами многочисленных вандальных акций, вследствие чего сербская община вынуждена была установить другие памятники без каких-либо политических или национальных обозначений. В 1999 году во время бомбардировок НАТО сеть McDonald's в Сербии стала рекламировать свои продукты, размещая постеры с кириллическими надписями и изображением шайкачи на вершине буквы M, чтобы сделать более узнаваемой в мире шайкачу как символ Сербии и сербов.