В 1999 году Бонфрере во второй раз возглавил сборную Нигерии. Под его руководством «суперорлы» выиграли «серебро» в Кубке африканских наций. В финале нигерийцы только в серии пенальти уступили Камеруну. Однако через год Бонфрере был отправлен в отставку со своего поста из-за низких результатов.