En 1799 il participe à la campagne de Toscane. Lors de la seconde campagne d'Italie, le général Miollis combat à Vérone sous Moreau. Il est fait général de division le . Après les défaites de la fin de l'année 1799, l'armée d'Italie est réorganisée par son nouveau commandant-en-chef André Masséna. Le général Miollis commande une division de la droite française sous les ordres du général Soult, aux côtés des généraux Gazan et Marbot. Sa division est composée de la d'infanterie légère et des ,  et  demi-brigade d'infanterie de ligne soit environ hommes. Enfermée dans Gênes avec l'armée d'Italie, la division Miollis participe à plusieurs combats de la défense de la place. Lors de la capitulation de la place le , le général Masséna confie à Miollis la charge de rester avec les malades et les blessés, dont la convention prévoit le rapatriement lorsque leur état le permettra.