Negli anni novanta, la nuova democrazia stabilita in Albania aveva problemi più emergenti. Durante l'anarchia albanese del 1997, i tentativi politici di usare l'esercito per reprimere i disordini fallirono. Solo nel 1999 iniziarono una serie di riforme, che avevano come obiettivo la modernizzazione dell'esercito e, nel contempo, la distruzione, assistita dagli statunitensi, di agenti per la guerra chimica lasciati dal regime comunista. Molte armi furono ritenute vecchie, visto che molte erano state importate dalla Russia o dalla Cina. L'Albania ha accolto migliaia di rifugiati kosovari durante il conflitto del 1999 e ha consentito alla NATO di fornire assistenza logistica alle truppe della Kosovo Force attraverso la Zona di comunicazioni Ovest con sede a Durazzo. L'Albania faceva parte della SFOR in servizio in Bosnia (allora missione dell'Unione Europea Althea), e le forze di pace albanesi hanno fatto inoltre parte dell'ISAF in Afghanistan e della forza internazionale di stabilizzazione in Iraq. L'Albania è stata un fermo sostenitore della politica statunitense in Iraq e una delle sole quattro nazioni a contribuire con truppe alla fase di combattimento dell'Operazione Enduring Freedom. L'aumento del budget militare è stata una delle condizioni più importanti per l'integrazione nella NATO, avvenuta completamente nel 2009. Attualmente si sta svolgendo una riforma importante, la diminuzione da 12.000 a 8.000 soldati professionisti e meglio equipaggiati. Dal 2018, inoltre, la NATO sta investendo oltre 50 milioni di euro nella modernizzazione della base aerea di Kuçovë. Al 2019, le forze armate albanesi contano 8000 soldati attivi e circa 5.000 riservisti.