La serie di disfatte provocò una crisi nelle sfere dirigenti a Tokyo e aspre critiche che i comandanti supremi si rinfacciavano o inviavano al governo; Nagano non risparmiò giudizi negativi all'indirizzo del Primo Ministro Hideki Tōjō, le cui politiche andavano a detrimento delle urgenti necessità della marina. Il 21 febbraio l'ammiraglio venne bruscamente sollevato dalla carica di capo di stato maggiore da Tōjō stesso, con l'accusa di disfattismo e incapacità. Lo stesso Tōjō, però, rassegnò le dimissioni il 18 luglio dello stesso anno quando l'avanzata statunitense nelle Marianne si fece inarrestabile: Nagano venne dunque ricollocato a capo della marina imperiale dal nuovo governo e mantenne la carica fino al termine della guerra il 15 agosto 1945.