Хулио Сесар начал выступать за сборную Гондураса с 1999 года. Он был участником Кубка Америки 2001 и Олимпиады 2000, молодёжного чемпионата мира 1999. Был в заявке сборной Гондураса на чемпионат мира 2010, однако накануне турнира получил травму, и за день до стартового матча Гондураса, был заменён в заявке на Джерри Паласиоса.