Nel settembre del 1479 il padre, Roberto, tornò a Milano con Ludovico Sforza che, esiliato a Pisa, intendeva riprendersi il trono del Ducato, a discapito della cognata Bona. Tuttavia, i rapporti fra Sforza e Roberto si stavano rompendo, cosicché nella guerra di Ferrara del 1482-84, i Sanseverino si affiliarono a Venezia. Ferrante I non poté che confiscare i loro beni sia nel Regno e sia nel Ducato, ma più tadi venne ingaggiato da Venezia, Renato di Lorena, in «chiave antiaragonese». Dal 1483, giungendo al perfezionamento di un accordo che garantiva ai fratelli Galeazzo e Gaspare cospicui vantaggi, Gianfrancesco rimase legato alla casa sforzesca per un decennio.