Saksalaiset pommittivat Iraklionia Kreetan valtauksen yhteydessä toisen maailmansodan aikana vuonna 1941. Kaupungista tuhoutui noin kolmasosa. Kreetalaiset vastustivat miehitystä ankarasti, ja seurauksena saksalaiset suorittivat kostotoimenpiteitä, myös Iraklionissa. Miehitys päättyi vuonna 1944.