El 11 de septiembre de 2001, los terroristas del grupo Al-Qaeda atacaron las Torres Gemelas del World Trade Center de la ciudad de Nueva York (que fueron destruidas) y El Pentágono cerca de Washington D. C., en una serie de atentados que acabó con la vida de casi tres mil personas. En respuesta, la administración de Bush lanzó la "guerra contra el terrorismo". A finales de 2001, las fuerzas estadounidenses invadieron Afganistán, derrocaron al gobierno talibán y destruyeron los campos de entrenamiento de Al-Qaeda. Los insurgentes talibanes continúan luchando una guerra de guerrillas. En 2002 Bush comenzó a presionar para que se llevara a cabo un cambio de régimen en Iraq. Con la falta de apoyo de la OTAN y sin un mandato explícito de la ONU para una intervención militar, Bush organizó la coalición de la voluntad; las fuerzas de la coalición rápidamente invadieron Iraq en 2003 y derrocaron al dictador Saddam Hussein. Al año siguiente, Bush fue reelegido como el presidente más votado en unas elecciones.