27 grudnia 1979 roku rozpoczęła się operacja „Sztorm-333”, mająca na celu zlikwidowanie Hafizullaha Amina. Amin został zastrzelony, a jego następcą został Babrak Karmal z umiarkowanej, lecz proradzieckiej frakcji Parczam. Inwazja planowana jako wojna błyskawiczna, przeistoczyła się w długotrwały konflikt. Karmal po objęciu władzy ogłosił amnestię, w wyniku której na wolność wypuszczono więźniów dwóch poprzednich rządów. Jego rząd przywrócił ponadto skonfiskowane mienie, przyznał koncesje przywódcom religijnym oraz sprywatyzował niektóre nieruchomości znacjonalizowane podczas wcześniejszych reform. Wszystkie te działania, z wyjątkiem ogólnej amnestii więźniów, były wprowadzane stopniowo. Karmal jako praktykujący muzułmanin przystąpił do powrotu do odwoływań do tradycyjnych zwyczajów afgańskich oraz islamskich. W styczniu 1984 roku Karmal drastycznie ograniczył reformę rolną wprowadzoną przez Tarakiego i Amina. Liberalizujące ustrój i proreligijne reformy nie doprowadziły do zakończenia wojny domowej, a opozycja zbrojna, której fundamentem był islam, kontynuowała walki ze świeckim rządem. Opozycja uzyskała wsparcie USA i państw regionu oraz tysięcy ochotników islamskich, którzy przybyli do Afganistanu w celu prowadzenia "świętej wojny".