Terim, Galatasaray'la yollarını ayırdıktan sonra millî takım ile yoluna devam etme kararı aldı ve katılan takım sayısının arttırıldığı 2016 Avrupa Futbol Şampiyonası elemelerinde Türkiye'nin başında yer aldı. Grup maçlarına çok kötü başlayan Türkiye, 6 Eylül 2015 tarihinde Hollanda'yı evinde 3-0 yenerek tekrar gruptan çıkma şansı yakaladı. 10 Ekim 2015 tarihinde deplasmanda Çek Cumhuriyeti'ni 2-0 ile geçen Türkiye, 3 gün sonra İzlanda ile oynanan maçta 89. dakikada Selçuk İnan'ın attığı frikik golü ile maçı 1-0 kazanıp grubu üçüncü bitirdi. Grubun diğer bir maçında Kazakistan, Letonya'yı 1-0 yenince de Türkiye en iyi üçüncü olarak Euro 2016'ya doğrudan gitme hakkı kazandı. Turnuvada Türkiye ilk iki maçta Hırvatistan'a 0-1, İspanya'ya ise 0-3 yenilerek kötü bir başlangıç yaptı ve gösterilen performans tribünlerden tepki çekti. Türkiye son maçında Çek Cumhuriyeti'ni 2-0 yense de bu sefer en iyi üçüncüler arasına giremedi ve gruptan çıkamadı. Bu başarısız turnuvadan sonra TFF yola Terim ile devam etme kararı alırken Fatih Terim ise takımda ciddi değişikliklere gitti ve başta kaptan Arda Turan olmak üzere Selçuk İnan, Burak Yılmaz, Gökhan Gönül ve Caner Erkin gibi tecrübeli isimleri takımdan kesti. Özellikle Terim ve Turan arasındaki anlaşmazlık medyada yer aldı. Terim, daha sonra bu oyuncuları millî takıma tekrar alma kararı aldı. 2018 FIFA Dünya Kupası elemelerine de iyi başlamayan takım daha sonra Kosova ve Finlandiya galibiyetleri ile şansını sürdürdü. Kosova maçı sonrası 1,5 saatlik bir toplantı yaptı ve Euro 2016 ve sonrasında yaşananlara ve Arda Turan'ın Bilal Meşe'ye saldırmasına kadar çeşitli konulara dair soruları cevapladı. Bu dönemde Terim kaptan Arda Turan'ı bu sefer gazeteci Bilal Meşe'ye yaptığı fiziksel saldırı nedeniyle kadro dışı bıraktı. Terim-Turan tartışmasının manşetleri süslendiği bu dönemde Alaçatı'da bir mekan basma olayına adı karışan Fatih Terim, daha sonra verdiği ifadede "Kebapçıyı önce yumrukladım sonra tokatladım." dedi.