בתקופה שלאחר שיא העימות בגדה, מרבית מפעילויות הגדוד היו בט"ש, מעצרי מבוקשים ותפיסות אמל"ח. אחדות מהפעילויות המפורסמות ביותר הן מעצרו של בכיר חמאס בשנת 2008 עומר ג'אבר, מתכנן ומוציאו לפועל של הפיגוע במלון פארק בנתניה בערב פסח 2002, וההתקלות בה חוסל במהלך מעצר בעיר מפקד החמאס סאבת עיאדה.