Fou el principal promotor de la Comunitat d'Estats Independents com a successora de l'URSS el 1991 amb Leonid Kravtxuk i Stanislav Xuixkévitx, de la qual fou president del 1993 al 2000, però a l'interior de Rússia els seus intents de reformes foren boicotejats per la duma, controlada per elements conservadors i comunistes. Això el conduí a convocar un referèndum el 1993, el resultat del qual li permeté promulgar una nova constitució accentuadament presidencialista amb la qual controlà el govern i pogué prescindir de la cambra. Poc després, davant la negativa dels parlamentaris, encapçalats per Aleksandr Rutskoi i Ruslan Khasbulàtov que es negaren a acatar la convocatòria d'eleccions anticipades, va fer assaltar el parlament.