Chrupalla war von 1990 bis 1992 Mitglied der Jungen Union und nach eigenen Angaben noch lange danach CDU-Wähler. Aufgrund seiner Unzufriedenheit mit Euro- und Flüchtlingskrise und der steigenden Bürokratie für Selbstständige trat er 2015 in die AfD ein, zuvor hatte er bereits an Pegida-Demonstrationen teilgenommen. Im März 2016 übernahm Chrupalla die Leitung der AfD-Regionalgruppe im Altkreis Weißwasser. Im April 2016 wurde er in den AfD-Kreisvorstand Görlitz gewählt und zum Mitglied des AfD-Mittelstandsforums Sachsen. Im Februar 2017 übernahm Chrupalla den Vorsitz im Kreisverband Görlitz seiner Partei.