Po několika dílčích úspěších rakouských oddílů v bitvě u Wagramu, francouzská vojska vytlačila Rakušany až ke Znojmu, kde se 11. července 1809 obě armády znovu střetly. Těchto bojů, včetně nejtěžších u Suchohrdel, se Šlik nezúčastnil, nicméně o den později, 12. července 1809, se již účastnil mírových jednání. Byl zprostředkovatelem mezi rakouským hlavním štábem a Napoleonem ve Vídni, s nímž se zde osobně několikrát setkal.