Падчас аншюсу ў сакавіку 1941 года па прапанове тагачаснага рэктара Раймунда фон Клебельсберга ўніверсітэт быў перайменаваны ў Нямецкі альпійскі ўніверсітэт. Праціўнікі нацыянал-сацыялістаў былі адхіленыя ад працы і выключаныя з навуковай дзейнасці. У 1945 годзе ўніверсітэт быў зноў адкрыты пасля заканчэння Другой сусветнай вайны пад назвай Інсбрукскі універсітэт.