Buxtehude starb am 9. Mai 1707 und wurde in der Lübecker Marienkirche in der Nähe der sogenannten „Totentanzorgel“ beigesetzt. Bei Bombenangriffen 1942 wurde die Grabstätte zerstört. Zu seinem 250. Todestag 1957 brachte man an seiner Grabstelle eine neue Gedenktafel an.