Po wybuchu II wojny światowej Skorzeny, pracujący jako mechanik, zgłosił się na ochotnika do służby w lotnictwie (Luftwaffe), lecz odrzucono go jako pilota z powodu wieku – powyżej 30 lat. Wstąpił wówczas do oddziałów Waffen-SS. W lutym 1940 roku został przeniesiony do 2. kompanii zapasowego batalionu SS Leibstandarte Adolf Hitler w Berlinie-Lichterfelde. Był inżynierem, kandydatem na oficera. Następnie odbywał staż specjalistyczny w batalionie zapasowym pułku Waffen-SS Germania w Hamburgu-Langenhorn. Na początku maja 1940 roku zdał w Berlinie egzaminy i został mianowany kandydatem na oficera. Podczas inwazji na Holandię w 1940 roku, w trakcie pijackiej burdy strzelił do portretu holenderskiego księcia Bernharda, za co został mu wstrzymany awans. Następnie służył na terenie Francji i Holandii, skąd w końcu marca 1941 jego dywizja wyruszyła na Bałkany. Zrehabilitował się w trakcie kampanii w Jugosławii (kwiecień 1941 roku), gdzie wziął do niewoli 57 żołnierzy (w tym 3 oficerów) i został awansowany na Untersturmführera (podporucznika), z ważnością wsteczną od 30 stycznia 1941.