Ormonde accompagna le roi Charles retenu au château de Hampton Court en août et en , mais en , afin de prévenir sa propre arrestation par le Parlement, il rejoignit la reine et le prince de Galles à Paris. En septembre de la même année, le nonce apostolique ayant été expulsé, et les affaires sinon s'annonçant de manière favorable, il retourna en Irlande pour tenter d'unifier les parties favorables au roi. Les Confédérés irlandais étaient alors plus ouverts à un compromis, ayant connu en 1647 toute une série de désastres militaires contre les forces parlementaires. Le , Ormonde conclut la paix avec les rebelles sur la base du libre exercice de leur religion. À la nouvelle de l'exécution du roi, le , il fit proclamer le prince de Galles sous le nom de Charles II, qui le fit membre de l'ordre de la Jarretière en . Ormonde fut placé à la tête des armées des Confédérés irlandais et des troupes royalistes anglaises, qui, venant de France, débarquèrent en Irlande. Pourtant, bien qu'il contrôlât avant août 1649 presque tout le pays, Ormonde fut incapable d'empêcher la conquête de l'Irlande par Cromwell de 1649 à 1650. Ormonde tenta de reprendre Dublin en , mais il fut mis en déroute à la bataille de Rathmines. Par la suite, il essaya d'arrêter Cromwell en tenant une ligne de places fortes à travers le pays. La New Model Army parvint néanmoins à les prendre les unes après les autres, en commençant par le siège de Drogheda en . Ormonde perdit la plupart de ses troupes anglaises et protestantes royalistes lorsqu'elles se mutinèrent et rejoignirent Cromwell en . Il ne lui resta que les forces irlandaises catholiques, qui se méfiaient grandement de lui. Ormonde fut démis de son commandement en fin 1650, et il retourna en France en décembre. Par la loi de colonisation de l'Irlande de 1652 (Act of Settlement), tous les biens d'Ormonde furent confisqués, et il fut exclu de la grâce accordée à tous les Royalistes qui s'étaient rendus à cette date.