Nach einem Trainerwechsel konnte Mäkäräinen in der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202011/12"&gt;Weltcupsaison 2011/12&lt;/a&gt; nicht ganz an die Erfolge des Vorjahres anknüpfen. Obwohl sie sich zum Anfang der Saison wieder in phänomenaler Laufform zeigte, konnte sie über den Winter vor allem wegen oft nur mäßiger Schießleistungen mit den dominanten Frauen wie Magdalena Neuner und Darja Domratschawa nicht mithalten. Trotzdem erreichte sie im Weltcup mehrere Podiumsplatzierungen, dabei unter anderem den Gewinn im Einzel in Nové Město na Moravě. Vor heimischen Publikum in Kontiolahti, nur wenige Kilometer von ihrem Wohnort in Joensuu entfernt, sicherte sich die Finnin bei fast −20 °C nach einem zweiten Platz im Sprint den ersten Platz in der Verfolgung. Nach enttäuschenden drei Bewerben bei den Biathlon-Weltmeisterschaften 2012 in Ruhpolding, bei denen sie lediglich einmal die Top-20 erreichte, sicherte sie sich im letzten Rennen, dem Massenstart über 12,5 km, die Bronzemedaille hinter Tora Berger und Marie-Laure Brunet. Im Gesamtweltcup belegte sie zum Saisonende hinter Neuner, Domratschawa und Berger Rang 4, im Einzel- und Sprintweltcup erreichte sie jeweils die Top-3. Sie gewann zudem mit dem Schweden Carl Johan Bergman die World Team Challenge in der Arena auf Schalke in Gelsenkirchen.