Debutó con la selección de fútbol de Uruguay el 13 de julio de 2001, en un partido contra la selección boliviana en la Copa América disputada en Colombia, sustituyendo a Rodrigo Lemos. El entrenador "celeste" era Víctor Púa y, en ese torneo, Uruguay obtuvo el 4.º puesto. Tras esa edición de la Copa América, participó en varios amistosos previos a la Copa Mundial de Fútbol de 2002, pero no integró la nómina definitiva para el evento. Posteriormente, Eguren participó en dos amistosos más citado por dos técnicos interinos; contra Venezuela, en 2002, dirigido por Jorge da Silva, y contra Japón, en 2003, dirigido por Gustavo Ferrín.