Han fik sin landsholdsdebut i 2000 og var det følgende år med til Confederations Cup 2001. Japan nåede med Matsuda i startopstillingen finalen, som dog blev tabt til 0-1. Under VM i fodbold det følgende år var han igen fast mand i startopstillingen for sit hold, der denne gang blev elimineret i ottendedelsfinalen med 0-1 til . Den tredje store turnering, han spillede, var OL 1996, hvor Japan ikke kvalificerede sig videre fra gruppespillet trods to sejre.