Le monument fut saccagé lors du sac de Rome par Alaric en 410, les urnes furent volées, les tables de bronze des "Res Gestae" arrachées et fondues et les cendres dispersées. L’urne d'Agrippine servit durant tout le Moyen Âge de mesure à blé et est conservée au musée du Capitole. Au , le mausolée est transformé en réduit fortifié par les Colonna, pratique courante à Rome consistant à réutiliser les substructions de monuments antiques pour y établir des bastions privés seigneuriaux. Les Caetani firent de même avec le Tombeau de Caecilia Metella, les Orsini au Théâtre de Pompée, les Orsi sur le Capitole. Une partie des marbres du Mausolée fut probablement réduit en chaux dans les fours du port fluvial voisin de Ripetta. Avant de devenir aux un jardin puis une vigne.