En mars 1989, Sotomayor obtient le premier titre international de sa carrière en catégorie senior à l'occasion des Championnats du monde en salle de Budapest. Il remporte le concours en passant à son premier essai, et efface d'un centimètre le record du monde en salle détenu par l'Allemand Carlo Thränhardt. Dietmar Mögenburg se classe deuxième de la finale avec , Patrik Sjöberg complétant le podium avec la même hauteur. Vainqueur des championnats nationaux cubains moins d'une semaine plus tard, il remporte onze victoires de rang entre février et , signant à plusieurs reprises des performances au-delà des . Battu par Sjöberg lors du meeting de New York, Javier Sotomayor s'illustre le durant les Championnats d'Amérique centrale et de Caraïbes de San Juan à Porto Rico en établissant un nouveau record du monde avec , performance réussie à son deuxième essai. Il devient pour les Anglo-Saxons le premier athlète à dépasser les , limite symbolisée par la hauteur d'une cage de football. Il poursuit sa saison en décrochant la médaille d'or des Universiades d'été de Duisbourg () quelques jours après avoir remporté le meeting de Berlin (). Situé en tête des bilans mondiaux de l'IAAF pour la seconde année consécutive, il fait figure de favori lors de la Coupe du monde des nations disputée en fin de saison à Barcelone. Incapable de franchir une hauteur supérieure à , il ne se classe que troisième de la compétition, derrière Patrik Sjöberg et Dalton Grant.