За мюнхенську команду Новак через травми зіграв у чемпіонаті за три сезони всього 37 матчів, забивши 4 голи. Однак разом з «Баварією» Ганс виграв два Кубка ФРН в 1966 і 1967 роках, а також Кубок володарів кубків УЄФА в 1967 році.