Lorsqu'en 1793 les Espagnols envahissent le Roussillon, il s’enrôle comme simple dragon au  (ci-devant ), dans l'armée des Pyrénées orientales qui leur est opposée : il y sert de 1793 à 1795. Devenu aide de camp du général de Nucé, puis du général Dagobert, Caffarelli est blessé au combat de Trouillas le . Il gagne successivement, après plusieurs actions d'éclat, les grades de lieutenant et de capitaine et est élevé provisoirement en l'an II (), à celui d'adjudant-général chef de brigade. Le général Pérignon le note alors comme .