Lee fue ascendido a teniente coronel y fue asignado, junto a su Legión, al teatro sur de la guerra. Las fuerzas de Lee sirvieron en la Batalla de Guilford Court House, la Batalla de Camden y la batalla de Eutaw Springs. Estuvo presente en la rendición de Cornwallis en Yorktown , pero dejó el Ejército poco después debido a una enfermedad. Durante la infame Rebelión del Whiskey, Lee mandó a los 13.000 milicianos enviados para aplacar a los rebeldes.