Hardenbergs verarmte Eltern übergaben den 7-Jährigen den Brüdern vom gemeinsamen Leben in Groningen. 1527 wurde er Mönch des Bernhardinerklosters Aduard. Der junge Mönch wurde 1530 zum Studium nach Löwen geschickt, um später seinem Abt nachfolgen zu können. Schon beim Studium der Theologie wandte er sich dem evangelischen Glauben zu. Nach einem kurzen Aufenthalt in Frankfurt erkrankte er auf der Weiterreise nach Italien und blieb deshalb in Mainz, wo er 1539 den Doktorgrad erwarb.