Jonny Wilkinson rejoue avec son club en championnat le , lors du match contre les Leicester Tigers. Le , il est sélectionné avec l'équipe nationale anglaise pour disputer le Tournoi des Six Nations 2007 et fait un retour impressionnant lors du match contre l'Écosse, remporté 42-20 par l'Angleterre qui gagne ainsi la Calcutta Cup. Il marque cinq pénalités, deux transformations, un drop et un essai, soit un total de 27 points, battant ainsi l'ancien record du nombre de points marqués en Calcutta Cup détenu par Rob Andrew avec 24 points. Il est élu Homme du Match. Lors du match suivant contre l'Italie, il marque quinze points, devenant ainsi l'homme ayant marqué le plus de points dans l'histoire du Tournoi des Six Nations avec 421 points. Malgré une nouvelle blessure contractée juste avant le match du contre l'Irlande à Croke Park perdu 43-13, il participe à la rencontre et marque 8 points. En revanche, il ne joue ni contre la France, ni contre le pays de Galles, en raison des effets d'une crampe contractée lors du match de championnat du 3 mars disputé avec Newcastle contre les London Irish. Le , il doit sortir en cours de partie disputée avec Newcastle contre l'équipe de Gloucester en raison d'une blessure à la côte.