Im Rahmen der Besetzung des Irak nach dem dritten Golfkrieg war er als Soldat der US-Armee, bei deren Reserve er sich zwischenzeitlich verpflichtet hatte, als Militärpolizist im von US-Truppen betriebenen Abu-Ghuraib-Gefängnis eingesetzt. 2004 tauchten Fotos von dort auf, die Angehörige der US-Streitkräfte bei Folterungen und entwürdigenden Behandlungen von Gefangenen zeigten. Graner wurde als Anführer dieser Taten angesehen, behauptete jedoch, nur Befehle höherer Stellen befolgt zu haben. Beweisen konnte er dies nicht.