1988-1990 yılları arasında Azerbaycan Bağımzıslık Hareketinde aktif rol alan ve Azerbaycan Halk Cephesi meclis üyesi olan Fezail Ağamalı ile diğer hareket önderleri arasında Kara Ocak olaylarını müteakiben bir takım fikir ayrılıkları oluştu ve süreç Fezail Ağamalının kurumdan istifası ile sonuçlandı. Bunların ardından, 24 Kasım 1990'da Ana Vatan Partisinin kuruluş kurultayında Fezail Ağamalı genel başkan seçildi. Parti 11 Ağustos 1992'de Azerbaycan Cumhuriyeti Adalet Bakanlığı tarafından resmi kayda alınmıştır.