Sein gleichnamiger Vater Bernhard Rathgen war Leiter des schleswigschen Justizdepartements in Kopenhagen. Schon als Kind kam Rathgen mit dem Werk seines Großvaters mütterlicherseits, des bereits 1831 verstorbenen Althistorikers Barthold Georg Niebuhr, in Kontakt. So übernahm Rathgen die quellenkritische Untersuchungsmethode Niebuhrs später in seinen eigenen Forschungen. Mit Beginn der schleswig-holsteinischen Erhebung musste die Familie Kopenhagen verlassen und zog nach Weimar, wo Rathgens Vater das Amt des Präsidenten der Generalkammer erhielt.