Le site de Thespies est habité depuis le Néolithique. La cité est fondée au IIe millénaire av. J.-C.. Elle est d'abord gouvernée par un roi, puis par un régime oligarchique. Quand les Perses envahissent la Grèce en -480, Thespies est la seule cité béotienne, avec Platées, à refuser de leur payer tribut ; elle fournit 700 hommes au contingent mené par Léonidas à la bataille des Thermopyles. En représailles, les Perses rasent les deux cités. Thespies est ensuite reconstruite par Athènes. Elle est rasée une seconde fois entre -373 et -367 par sa voisine Thèbes. Durant la période romaine, Thespies qui, contrairement aux autres cités béotiennes, est restée fidèle à Rome durant la Première Guerre mithridatique, subit un siège des troupes de Mithridate VI. Selon Strabon, la ville ne présentait alors guère d'intérêt, si ce n'est pour la statue d'Éros de Praxitèle, que celui-ci avait sculptée pour la courtisane Glycère, qui l'offrit à Thespies, où elle était née. À la période byzantine, entrecoupée d'invasions comme celles des Goths (), des Slaves () et des Francs (), le nom de Thespies disparaît des sources, mais une forteresse, le "kastro Vlochou" (Κάστρο Βλοχού) est mentionnée sur le site.