25 октября 2000 года в товарищеском матче против сборной Мексики Клейн дебютировал за сборную США. 19 января 2003 года в поединке против сборной Канады он забил свой первый гол за национальную команду. В том же году Крис в составе национальной команды принял участие в Кубке Конфедераций. На турнире он сыграл в матче против сборной Бразилии.