W 1999 wygrał Puchar Kraju. Było to pierwsze trofeum Akademisk Boldklub po 32 latach „posuchy”. Wtedy zauważył go Panathinaikos AO; tuż przed zamknięciem okna transferowego Henriksen dołączył do greckiego klubu. Kwota transferu wynosiła podobno 20 milionów koron duńskich. Rene stał się podstawowym zawodnikiem kadry i zagrał trzy mecze na EURO 2000. Otrzymał także nagrodę gracza roku w kraju.