Als Friedrich „der Achte“ (er sah sich als legitimer Nachfolger des kurz zuvor verstorbenen Dänenkönigs Friedrich VII.) versuchte er von Kiel aus zu regieren, nachdem Preußen und Österreich im Deutsch-Dänischen Krieg 1864 Schleswig, Holstein und Lauenburg von der dänischen Krone getrennt hatten. Die Holstein verwaltenden Österreicher ließen ihn zunächst gewähren. Doch spätestens nachdem Preußen 1866 Österreich aus dem Deutschen Bund und aus Holstein vertrieben hatte, wurde Friedrich endgültig politisch kaltgestellt und musste mit seiner Familie Holstein verlassen. Diese lebte fortan abwechselnd in Gotha und auf dem Schloss Primkenau (Landkreis Sprottau), das seit 1853 seinem Vater, dem Herzog Christian August, gehörte. Erst die Heirat Auguste Viktorias mit dem preußisch-deutschen Thronfolger Wilhelm führte zur offiziellen Aussöhnung der Augustenburger mit dem neuen Staat.