У липні 1917 року за антивоєннк агітацію і участь у заколоті, штабс-капітан М. Я. Худяков був розжалуваний і засуджений до розстрілу. Після Жовтневого перевороту був звільнений з Кам'янець-Подільської фортеці і призначений командиром 4-го Заамурського прикордонного піхотного полку.