Al estallar la Tercera guerra carlista en 1872, se incorporó al ejército carlista del Norte, siendo nombrado abogado consultor de la Diputación a guerra de Álava, y alcalde mayor de dicha provincia. Fue redactor de "El Cuartel Real", que publicaban los carlistas. Trasladado al Maestrazgo cuando Dorregaray se encargó de las huestes carlistas, Thous fue director del órgano oficial del Ejército del Centro titulado "La Vanguardia", editado en Vistabella, y ejerció el cargo de gobernador civil de la zona de Castellón ocupada por los carlistas.