В 2003 році Національна рада з питань захисту демократії — Сили оборони демократії домоглася припинення вогню з іншими учасниками Бурундійської громадянської війни. З 2004 року по 2005 рік Буньоні виконував функції генерал-інспектора нового складу поліції. В 2005—2007 роках обіймав посаду очільника поліції Бурунді.