Γρήγορα αναπτύχθηκε ένα αντιστασιακό κίνημα. Στις 22 Ιουνίου 1941 σχηματίσθηκε κοντά στο Σίσακ το 1ο ομώνυμο Αντάρτικο Απόσπασμα, ως η πρώτη στρατιωτική μονάδα που δημιουργήθηκε από αντιστασιακό κίνημα στην κατεχόμενη Ευρώπη. Αυτό προκάλεσε το ξεκίνημα του Γιουγκοσλαβικού Παρτιζανικού κινήματος, μια κομμουνιστική πολυεθνική αντιφασιστική αντιστασιακή ομάδα υπό το Γιόσιπ Μπροζ Τίτο. Το κίνημα αναπτύχθηκε γρήγορα και στη Διάσκεψη της Τεχεράνης το Δεκέμβριο του 1943 οι Παρτιζάνοι απέκτησαν αναγνώριση από τους Συμμάχους. Με συμμαχική υποστήριξη στον ανεφοδιασμό, τον εξοπλισμό, την εκπαίδευση και την αεροπορία και με τη βοήθεια του Κόκκινου Στρατού που έλαβε μέρος στην Επίθεση του Βελιγραδίου του 1944, οι Παρτιζάνοι απέκτησαν τον έλεγχο της Γιουγκοσλαβίας και των μεθοριακών περιοχών Ιταλίας και Αυστρίας μέχρι το Μάιο του 1945, διάστημα κατά το οποίο σκοτώθηκαν από τους Παρτιζάνους χιλιάδες μέλη της Ουστάσι καθώς και Κροάτες φυγάδες. Οι πολιτικές αρχές του Παρτιζανικού κινήματος εκφράστηκαν στο ZAVNOH (Εθνικό Αντιφασιστικό Συμβούλιο Λαϊκής Απελευθέρωσης της Κροατίας), που εμφανίστηκε το 1943 ως ο φορέας της Κροατικής κρατικής υπόστασης και αργότερα μετασχηματίστηκε στο Κοινοβούλιο της Κροατίας το 1945, και στο AVNOJ - το αντίστοιχό του σε Γιουγκοσλαβικό επίπεδο.