Al 4 de juliol del 2013 Aubameyang es va unir al Borussia Dortmund en un contracte de 5 anys. El seu debut va ser el 27 de juliol de 2013 contra el Bayern de Munic a la DFL-Supercup 2013, substituint Jakub Błaszczykowski els últims 18 minuts de partit. Al 10 d'agost del 2013 va debutar a la Bundesliga contra l'Augsburg marcant un hat trick i convertint-se així en el primer gabonès que jugà a la Bundesliga. Acabà la temporada marcant 13 gols a la lliga i 16 gols en totes les competicions