In 2001 nam Anti-Flag samen met muziekproducent Mass Giorgini het album "Underground Network" op, dat werd uitgegeven door Fat Wreck Chords. Met de uitgave van dit album werd Anti-Flag een stuk bekender bij het grote publiek. Qua onderwerp lijkt het album op "A New Kind of Army" en kaart het onderwerpen aan als fascisme en het buitenlands beleid van de Verenigde Staten. In februari 2002 bracht de band het album "Mobilize" uit via het eigen label A-F Records. Het album bevat acht niet eerder uitgegeven nummers en acht live nummers die al eerder als studio opname waren verschenen op andere albums. In de nasleep van de terreuraanslagen op 11 september In Amerika sprak de band zich uit tegen de aankomende oorlog in Afghanistan met het nummer "911 for Peace". Veel muziekwinkels haalden de platen van de band uit de schappen en hun muziek werd bestempeld als "anti Amerikaans". In 2003 werd het album "The Terror State" uitgegeven op Fat Wreck Chords. Het album bekritiseerde met name de "War on Terror" van toenmalige president George W. Bush.