Фердинанду Марии наследовал в 1679 году его сын, Максимилиан II Эмануэль, принявший в войне за Испанское наследство сторону Франции. Вследствие этого, после битвы при Гохштедте в 1701 году, император обошелся с Баварией, как с завоеванной страной: Максимилиан был объявлен изменником и лишен своих прав, которые были возвращены ему только по Баденскому миру 1714 года.