Fernández speelde 54 interlands voor het Spaans nationaal elftal, waarin hij drie doelpunten maakte. Hij debuteerde op 4 september 1991 tegen Uruguay en speelde zijn laatste interland op 28 februari 2001 tegen Engeland. De verdediger nam met Spanje deel aan de WK's van 1994 en 1998 en EK's van 1996 en 2000. Bovendien won Fernández in 1992 op de Olympische Zomerspelen van Barcelona de gouden medaille met het Spaans olympisch elftal.