Pendant la guerre d'indépendance, le prince François II Rákóczi installa son quartier général à Miskolc pour une courte période (du au ). Le , les Autrichiens volent et incendient la ville et en 1711, une épidémie de choléra anéanti la moitié de la population. Miskolc a ensuite recommencé à prospérer. En 1724, le comitat de Borsod a choisi Miskolc, un bourg central avec une grande population, comme emplacement pour la construction de sa préfecture. Le premier recensement effectué en 1786 a enregistré et dans la ville.