Während des Deutschen Krieges führte Fischer seine Kompanie bei Hammelburg sowie Helmstadt und Uettingen und erhielt für sein Wirken am 20. September 1866 die Schwerter zum Roten Adlerorden IV. Klasse. Nach seiner Beförderung zum Major wurde er am 22. Juni 1867 zum Kommandeur des I. Bataillons ernannt, bevor er Ende März 1869 das Füsilier-Bataillon übernahm. Fischer führte seine Füsiliere während des Krieges gegen Frankreich bei Weißenburg, Wörth, Sedan, Artenay, Châteaudun und Chartres und Orleans sowie vor Paris. Ausgezeichnet mit dem Eisernen Kreuz II. Klasse wurde er nach dem Friedensschluss Mitte Januar 1872 Oberstleutnant und war vom 4. August bis zum 15. September 1874 zur Vertretung des Kommandeurs des Brandenburgischen Füsilier-Regiments Nr. 35 kommandiert. Am 15. September 1874 erfolgte seine Ernennung zum Kommandeur dieses Verbandes und vier Tage später die Befföderung zum Oberst. Unter Stellung à la suite seines Regiments wurde Fischer am 9. Oktober 1880 Kommandeur der 36. Infanterie-Brigade in Rendsburg, erhielt kurz darauf den Kronen-Orden II. Klasse und avancierte zum Generalmajor. Als solcher war er vom 12. März 1881 bis zum 14. Oktober 1885 Kommandeur der 43. Infanterie-Brigade in Kassel und anschließend Kommandant von Königsberg. Am 3. November 1885 erhielt er den Charakter als Generalleutnant und am 6. Januar 1887 das Patent zu seinem Dienstgrad. In Würdigung seiner Verdienste erhob ihn Kaiser Wilhelm I. am 17. September 1887 in den erblichen preußischen Adelsstand. Fischer wurde am 5. Mai 1888 mit dem Stern zum Roten Adlerorden II. Klasse mit Eichenlaub und Schwertern am Ringe ausgezeichnet, am 24. März 1890 zu den Offizieren von der Armee versetzt und am 17. April 1890 unter Verleihung des Charakters als General der Infanterie mit Pension zur Disposition gestellt.