Okupacja niemiecka dała Litwinom pewną swobodę, Litwini służyli m.in. w formacjach wojskowych związanych z armią niemiecką (Hilfspolizei-Bataillonen, Schutzmannschaft). W latach 1941–1944 litewski Ypatingasis būrys (YB) i niemieckie Schutzstaffel (SS) zamordowały w Ponarach około 100 tys. polskich obywateli, głównie polskich Żydów i Polaków. W 1944 Armia Czerwona wyparła Wehrmacht; przywrócono Litewską SRR, z którą do 1952 walczyły litewskie oddziały partyzanckie. Rządy Stalina przyczyniły się do kolejnych represji i wysiedleń na masową skalę.