Fikre divenne primo ministro del neo-costituito stato comunista che rimpiazzò il Derg nel 1987. Fece una visita diplomatica a Il Cairo nel novembre 1988 nel tentativo di migliorare le relazioni con l'Egitto, e per esprimere supporto all'offerta di negoziazione dell'Egitto per una soluzione al conflitto eritreo. Nel novembre 1989, il presidente dell'Etiopia Menghistu Hailé Mariàm lo sollevò dalla sua carica, avendolo criticato tre giorni prima in un incontro con il politburo del Partito dei Lavoratori d'Etiopia, affermando "non vi era nessun altro che era come Fikre Selassie, che sedeva pigramente e in silenzio. "Una volta si sedette leggendo una rivista... Non era un anti-rivoluzionario ne un criminale, ne un cospirazionista... Ma era instabile e perfino rude... Venne espulso anche per ragioni disciplinari".