1916年（民国5年）6月袁世凱死去，黎元洪任大總統，蒋作賓升任参謀本部次長。翌年7月張勳復辟，黎元洪失勢。取代其掌握實權的段祺瑞想請蒋作賓任職，被蒋拒絕。此後蒋作賓投向南方的孫文。9月，蒋作賓經孫文同意，到歐美各國考察国際情勢。