1862. április 29-től május 30-ig Thomas sikresen irányította a rá bízott erőket Corinth ostromában. Az Unió fontos győzelmet aratott Mississippi állam, mert sikerült elfoglalni a stratégiailag fontos vasúti csomópontot, ahol a déliek ellátását biztosító Mobile &amp; Ohio vasút, valamint a Memphis &amp; Charleston vasút vonalai keresztezték egymást. Thomas a vele szemben megnyilvánuló ellenérzések miatt nem szerette új beosztását és kérte felváltását. Június 10-én Halleck az elnöki közbeavatkozás előszelét érezve visszaadta Grantnek a Tennesse-hadsereg parancsnokságát, így Thomas elvesztette beosztását és most ő lett hatáskör nélküli helyettes a Corinth körül állomásozó csapatok mellett.