Bald darauf ersuchten die flüchtigen Kungurer den Zaren Alexei Michailowitsch um staatliche Hilfe für einen Wiederaufbau der Stadt. 1663 verfügte Alexei, in der Nähe der ehemaligen Siedlung einen geeigneten Ort für die Wiedererrichtung der Stadt ausfindig zu machen, die diesmal durch eine Festung vor Angriffen gesichert werden sollte. Einen solchen Ort fand man etwa 20 Kilometer von der ursprünglichen Siedlung entfernt; auf einer Anhöhe wurde dabei ein von einer Mauer umgebener Kreml errichtet. Damit wurde das Jahr 1663 zum zweiten Geburtsjahr Kungurs. Die strategisch sichere Lage der neuen Stadt bewahrte sie auch noch über hundert Jahre später vor der Zerstörung, als Rebellentruppen des Jemeljan Pugatschow während des Bauernkriegs erfolglos versuchten Kungur einzunehmen.