Erzsébet életének utolsó évtizedét meghatározza fiának váratlan elhunyta és a tragédia feldolgozhatatlansága, illetve a haláleset jellegéből következően fellépő (halálig kísérő) lelkiismeret-furdalás. Rudolf 1889-ben Mayerlingben elkövetett öngyilkossága Erzsébetet rendkívül megviselte, teljesen átadva magát a gyásznak, ezt követően kizárólag fekete ruhát viselt (két kivételes alkalomtól eltekintve), valamint e visszavonulás részeként reprezentációs kötelezettségeit minimálisra csökkentette. Erzsébet szomatikus és pszichoszomatikus betegségei súlyosbodtak, és súlyos depressziója oldására vallásfilozófiai kérdésekkel kezdett ismételten foglalkozni, e fokozott szellemi megterheléstől remélve gondolatai elterelését, s valamelyest megnyugvást keresve, e célt szolgálta egyébiránt görög tanulmányainak folytatása is. Kúrái következtében egyre keveset tartózkodott Bécsben, noha az uralkodó, személyes igényeinek figyelembevételével, már 1881-ben felépíttette számára a lainzi vadászkastélyt, amelyet 1885-től Hermész-villának neveztek, és ahol utolsó éveiben Erzsébet megszállt bécsi tartózkodásai során annak ellenére, hogy a kastély kivitelezését számos vonatkozásban elhibázottnak vélte. (Választásához vélhetően a Hermész-villa szűk befogadó tere is hozzájárulhatott, mert ennek következtében a kíséret jelentős része más helyszínen teljesítette szolgálatát.) Mária Valéria házasságkötését követően Erzsébet teljesen talajvesztetté vált, és ideje jelentős részét utazgatással töltötte.