Během války odešli společně do exilu, nejprve v Paříži, pak v Sovětském svazu. Od roku 1943 zasedal v moskevském Zahraničním byru KSČ. Při zdejším pobytu Gottwalda v Moskvě se Köhlerová, jako prověřená osoba a členka strany, stala osobní asistentkou Klementa Gottwalda. V roce 1945 s ním po návratu z Moskvy pak postupovala jako sekretářka v jeho pozici předsedy KSČ, poté předsedy československé vlády a po únorovém komunistickém převratu roku 1948 od 14. června také jako prezidenta Československé republiky v kanceláři na Pražském hradě.