Після вступу на престол Шотландії Карла I 1625 року королівська влада почала наступ на самостійність церкви Шотландії. Карл I спробував запровадити в пресвітеріанському богослужінні англіканську літургію, що спричинило 1637 року повстання в Шотландії, яке переросло у загальний рух на захист пресвітеріанської церкви. На початку 1638 року повстанці підписали «Національний ковенант», що заклав догматичне підґрунтя шотландської церкви, а невдовзі генеральна асамблея прийняла рішення про ліквідацію єпископату. Спроби короля придушити рух завершились перемогою ковенанторів у Єпископських війнах 1639–1640 років. Шотландці пішли на союз з англійським парламентом, та за результатами спільної роботи теологів обох держав, 1647 року церква Шотландії затвердила «Вестмінстерське сповідання», яке донині є головним джерелом пресвітеріанської доктрини.