1939年9月，吕志恒被中共胶东区党员代表会议选为中国共产党第七次全国代表大会代表，随山东代表团于1940年10月到延安。吕志恒在延安先后进入延安马列学院和中央党校学习。1942年，吕志恒参加了延安整风运动。1943年3月，吕志恒出任中共中央党校校务部副部长。1943年，吕志恒在延安与王军结婚。1945年1月至4月参加中共中央城工部主办的敌占城市工作训练班。1945年4月中共七大召开，吕志恒以胶东党的代表身份参加。