В Красной Армии с марта 1918 года. Был командиром красногвардейского отряда, сформированного из бывших солдат-фронтовиков. В апреле-августе 1918 — помощник командира пулемётной роты Образцового Коммунистического полка особого назначения в Москве. В июле 1918 года участвовал в подавлении восстания левых эсеров в Москве. С сентября 1918 — преподаватель пулемётного дела на 3-х Московских командных курсах. Участник Гражданской войны: в 1919 году участвовал в обороне Петрограда в составе сводной бригады московских курсантов, в начале 1920 года — в ликвидации казачьих формирований генерал-лейтенанта В. Л. Покровского на Кавказе. В 1920 году курсы были переведены в Майкоп, где Мещеряков продолжил службу преподавателем пулемётного дела и командиром взвода. С 1922 года — заместитель начальника по материальному обеспечению Окружных повторных командных курсов среднего комсостава Северо-Кавказского военного округа (в Ростове-на-Дону).