4 грудня 2010 року очолив міністерство внутрішніх справ в уряді Соро за умов політичної кризи й існування паралельного уряду Жільбера Аке, де міністром внутрішніх справ був . 11 квітня 2011 року, після перемоги того, як і Алассан Уаттара і Лоран Гбагбо оголосили себе президентами, Бакайоко був перепризначений на посаду міністра внутрішніх справ. 1 червня того ж року, під час формування нового уряду Соро, Бакайоко зберіг свою посаду, так само, як і за врядування Жанно Ахуссу-Куадіо, Данієля Каблана Дункана й Амаду Гона Кулібалі.