Aunque el objetivo declarado inicialmente fue «contener asesinatos y excesos», los tribunales estaban formados por personas que no solo carecían de formación jurídica sino que a veces eran ellos mismos los delincuentes; los arrestos eran con frecuencia arbitrarios y las «liberaciones» solían terminar en «paseos» y ejecuciones. De entre sus miembros pronto empezó a hacerse conocido Felipe Sandoval, alias «Doctor Muñiz». Los sueldos de los miembros del comité procedían del dinero obtenido durante los registros domicilarios. El aumento del volumen de detenciones y operaciones llevado a cabo por el Comité de Investigación Pública llevó a trasladar su sede a un edificio sito en el número 9 de la madrileña calle Fomento. Sin embargo, el CPIP pronto empezó a dejar de ser un organismo fiable para las autoridades republicanas, dado que en muchas ocasiones actuaban por su cuenta y realizaban detenciones o ejecuciones extrajudiciales, o no obedecían las órdenes superiores. Llegaron al punto de tener enfrentamientos con otros grupos parapoliciales que actuaban en la zona de Madrid. La represión contra supuestos quintacolumnistas alcanzó una considerable magnitud e incluyó además múltiples sacas de presos. Algunos miembros de la CPIP, como Sandoval, tuvieron una destacada participación en la Matanza de la cárcel Modelo de Madrid.