Он был освобождён через месяц после ареста Бенито Муссолини, и присоединился к движению итальянского сопротивления против немецких оккупантов, а также против новообразованной Итальянской социальной республики. Вскоре он был арестован немцами и приговорён к смертной казни, но во время одного из антинацистских рейдов освобождён партизанами. После этого Пертини отправился на север Италии, где стал организатором партизанского движения. За годы войны Алессандро Пертини дослужился до звания лейтенанта и был награждён несколькими медалями за храбрость.