Сесар Куэто дебютировал в составе сборной Перу 6 июня 1972 года. В 1975 году Куэто принял участие в победном для его сборной Кубке Америки. В 1978 году Куэто принял участие в чемпионате мира, на котором сыграл во всех шести матчах и забил гол в ворота сборной Шотландии. В следующем году Куэто принимал участие в своём втором Кубке Америки, перуанцам не удалось повторить успех четырёхлетней давности, и они стали лишь бронзовыми призёрами. В 1982 году Куэто поехал на свой второй чемпионат мира, он сыграл во всех трёх матчах своей сборной. Своё последнее выступление за сборную Куэто провёл в стыковом матче за право выступить на чемпионате мира 1986 года против сборной Чили 3 ноября 1985 года, тот матч перуанцы проиграли со счётом 0:1, из-за чего не смогли выйти в финальную часть турнира. Всего же за сборную Сесар Куэто сыграл 51 официальный матч, в которых забил 6 голов.