১৯৯৯ সালে শান্তিপূর্নভাবে নির্বাচন অনুষ্ঠিত হয়, কিন্তু বিরোধীদল থেকে বলা হয় যে সেটি পক্ষপাতদুষ্ট, এবং রহমান পুনঃনির্বাচিত হয় প্রায় সর্বসম্মতভাবে। রুশ সৈন্য তাজিকিস্তানের দক্ষিণদিকে ঘাঁটি প্রতিষ্ঠা করে, আফগানিস্থানের সাথে সীমান্ত পাহারা দেয়ার জন্য, যেটি ২০০৫ এর গ্রীষ্ম পর্যন্ত থাকে। ১১ সেপ্টেম্বরের হামলার পর মার্কিন, ভারতীয় এবং ফ্রেঞ্চ সৈন্যও দেশটিতে ঘাঁটি প্রতিষ্ঠা করে।