2008-tól a magyar U20-as válogatott szövetségi kapitánya (hivatalosan szövetségi edző). A 2009 őszén Egyiptomban megrendezett U20-as világbajnokságon bronzérmet ért el magyar csapattal. A harmadik helyért 2009. október 16-án Costa Rica ellen játszott a válogatott. A rendes játékidőben 1–1 lett a végeredmény, majd 11-esekkel 2–0-ra győzött a magyar csapat. 2010. július 22-től a felnőtt magyar labdarúgó-válogatott szövetségi kapitánya lett, miután Erwin Koemannal szerződést bontott az MLSZ. Egervári 2013. október 11-én, a 8–1-re végződő Hollandia–Magyarország vb-selejtező után lemondott.