После завершения чемпионата мира Мушович уезжает на работу в Катар, где до 1995 года тренирует такие футбольные клубы, как «Катар СК», «Аль-Садд» и «Аль-Араби». В 1995-96 годах он работает в ОАЭ, тренируя столичную «Аль-Джазиру». После окончания гражданской войны в Югославии в 1996 Мушович возвращается на родину, где до 1998 работает спортивным директором в одном из футбольных клубов Боснии и Герцеговины. С 1998 по 1999 он становится главным тренером сборной страны.