En 1829 se produjo un levantamiento en el Fuerte liderado por el caudillo Molina que fue sofocado en la Batalla Las Palmitas por el coronel Isidoro Suárez, quien también tuvo destacada actuación en la Batalla de Junín que preparó la entera libertad de Perú. El gobierno de la Provincia deseoso de perpetuar la memoria de ambos acontecimientos bajo tan digno jefe, denominó al Fuerte Federación como Fuerte Junín.