Uusi aalto tuli tiensä päähän kun Neuvostoliitto miehitti Tšekkoslovakian Prahan keväänä 1968. Kulttuurin vapautuminen oli ohitse. Tšekoslovakia-filmin pääjohtajaksi nimitettiin aiemmin kulttuuriministeriön virkamiehenä toiminut Jiří Purš. Käytännössä Puršista tuli Barrandov-elokuvastudioiden ja koko maan elokuvatuotantojen johtaja. Monet uuden aallon kärkinimistä jättivät maan. Passer ja Forman lähtivät Yhdysvaltoihin ja Němec Länsi-Eurooppaan. Yli sata 1960-luvulla tehtyä elokuvaa kiellettiin. Tuotantotukijärjestelmää muutettiin niin, että se suosi puolueen maailmankuvaa tukevia ja kevyitä kaupallisia elokuvia. Useat uuden aallon ohjaajista jatkoivat elokuvien tekemistä, mutta heidän elokuviaan ei mainostettu tai levitetty. Purš oli taivuttanut Tšekkoslovakian elokuvatuotannon puolueen tahtoon, mutta myös suojellut elokuvantekijöitä ja pitänyt heitä palkkalistoilla. Tšekkoslovakiaan jääneet ohjaajat kuten Chytilová ja Menzel eivät kuitenkaan saaneet työskennellä vapaasti. Vaikka vielä vuosina 1969 ja 1970 ilmestyi uuteen aaltoon laskettavia elokuvia, oli vapauden aika käytännössä ohi.