Једно кратко време краљевством је владала сицилијанска династија Анжујаца, који су због високих пореза били врло непопуларни на Малти, делимично и због рата Карла I Напуљског са Ђеновом, када је 1275. опљачкано острво Гоцо. Недуго након ових напада избија побуна позната као Сицилијанска вечерња. Краљевство се дели на Напуљско и Сицилијанско краљевство, које заједно с Малтом потпада под власт Арагона. Острвом све до 1409. владају рођаци арагонских краљева, након чега постаје део Арагонске круне. У Арагонском краљевству деца владара носила су титулу кнеза Малте. У ово време малтешко племство доживљава процват. Од 1397. титула кнеза Малте поново добија феудални значај, те након сукоба око наслова краљ укида тај наслов. Након што је та титула поново уведена, опет избијају свађе у којима се малтешко племство побунило против кнеза Гонсалва Монроја. Иако су се Малтежани бунили против кнеза, исказали су оданост сицилијанској круни, што је разлог због чега их арагонски краљ Алфонсо V није казнио, него је обећао да никад неће доделити тај положај неком другом, те га је објединио с круном. Као исход ових догађаја, град Мдина је добио надимак "-{Città Notabile}-".