Er zijn overeenkomsten met de iets latere Merimdecultuur in het noordoosten, met name wat betreft de stenen werktuigen (tweezijdig bewerkte vuurstenen) en het aardewerk. Beide lijken hun oorsprong in Zuidwest-Azië te hebben. De Fajoemcultuur toont duidelijke banden met de Jordaanvallei en het daar gevonden Yarmukian. De oorsprong van de Fajoemcultuur kan daarom afgeleid worden van een neolithisering vanuit het noordoosten waarbij een materiële cultuur, economie en bevolking naar Neder-Egypte en de Fajoem migreerde.