בסוף 1917 קודם יאן סירובי לתפקיד מפקד רגימנט בלגיון, לאחר שמרבית הקצינים הרוסים עזבו את הלגיון כתוצאה מהתפרקות הצבא הרוסי בעקבות מהפכת אוקטובר. יחד עם הלגיון הוא השתתף במלחמת האזרחים הרוסית לצד הצבא הלבן. בשנת 1919 הוא הועלה לדרגת גנרל ומונה למפקד הלגיונות הצ'כוסלובקיים. בשנת 1920 ניהל את מבצע פינוי של חיילי הלגינות מרוסיה לצ'כוסלובקיה.