Als Herzog Georg Wilhelm im Herbst 1665 die Regierung des Herzogtums Lüneburg antrat, übernahm Josias von Waldeck als Generalmajor den Befehl über die Truppen des Herzogs, die aus vier Regimentern Kavallerie, zwei Regimentern Infanterie sowie Artillerie- und Gardeeinheiten bestanden. Im Spätherbst 1668 zog er mit 3300 Mann Lüneburger Truppen nach Venedig, um die Republik Venedig bei der Verteidigung der Insel Kreta gegen die Osmanen zu unterstützen. Am 28. März 1669 schiffte er sich in Venedig ein, und am 12. Mai landete er auf Kreta. Bei der Belagerung von Candia wurde Josias am 6. Juli 1669 durch einen Granatsplitter so schwer verletzt, dass er am 29. Juli an den Folgen der Verwundung starb. Der Leichnam wurde zuerst in der Katharinenkirche in Candia beigesetzt und dann nach Wildungen überführt. Im Jahr 1962 fand er seine letzte Ruhestätte in einer Gruft im westlichen Gewölbe der im Kloster Marienthal zu Netze.