Det bidro til å holde folketallet nede at byen med jevne mellomrom ble rammet av nye pestangrep, bybranner og militære angrep. Byen skal ha brent anslagsvis 14 ganger. I 1567 ble Oslo invadert av svenske tropper under Den nordiske syvårskrig. Da ble byen jevnet med jorden, dels av svenskene, dels av byens egen befolkning under ledelse av lensherre og stattholder Christen Munk, for å hindre at svenskene fikk et tilholdssted under beleiringen av Akershus festning. Byens befolkning bygget den hver gang opp igjen på sine gamle tomter, siste gang etter en brann i 1611. Men etter Bybrannen i Oslo 1624 gikk den driftige kong Christian IV hardt til verks og forbød borgerne å gjenreise hus på branntomtene. Bygrunnen ble utlagt til jordbruksarealer (Oslo ladegård) for å forsyne Akershus festning med mat og dyrefor.