חוקים גזעניים נגד היהודים וכניעה לתכתיביו של סטלין והיטלר לא הצילו את קרול השני מהדחה במהפך ב-6 בספטמבר 1940 . אז הוכתר במקומו המלך הצעיר מיכאי בעל סמכויות סמליות יותר, והשלטון עבר לידי הגנרל הימני קיצוני יון אנטונסקו ומשמר הברזל. באוקטובר 1940 ההנהגה הרומנית החדשה, המושרית על ידי האידאולוגיה הנאצית-פאשיסטית עם אלמנטים דתיים מקומיים, הסכימה לכניסת כוחות צבא גרמניים לשטח רומניה, בתור בני ברית. ב-21–22 ינואר 1941 פרץ בבירה מרד הלגיונרים שלא רצו לחלק שוב את השלטון עם אנטונסקו ועם הצבא. מרידתם התלוותה בפרעות נגד היהודים. 120 מבני מיעוט זה נרצחו בבוקרשט אחרי השפלות ועינויים. הגנרל אנטונסקו דיכא את המרד גרש את הלגיונרים אך המשיך בשלטון טוטליטרי ואנטישמי מובהק. בוקרשט ספגה אבדות רבות וניזוקה במהלך המלחמה כתוצאה מהפצצות בריטיות ואמריקאיות. במיוחד ב-4 באפריל 1944 ובעוד כמה התקפות אוויריות כבדות במהלך חודש אפריל של אותה שנה נהרגו בבוקרשט כשלשת אלפים בני אדם.