Nach der Haddsch kehrte Ali Pascha nach Ägypten zurück und blieb mehrere Jahre als Gast von Murad Bey, bis 1798 die Franzosen in Ägypten und Syrien eintrafen. Er kämpfte mit den Mamluken gegen die Franzosen und floh mit ihnen während der französischen Herrschaft nach Südägypten. Anschließend kehrte er nach Istanbul zurück. Nachdem Ali Pascha 1803 von dem Sturz des Gouverneurs Koca Hüsrev Mehmed Pascha erfahren hatte, bat er darum, zum Gouverneur Ägyptens ernannt zu werden. So wurde er im Juni 1803 zum Wesir und zum osmanischen Wālī von Ägypten ernannt.