Deux ans plus tard, il a perdu sa place de titulaire en sélection, à cause notamment de blessures à répétition, mais il participe à la conquête du championnat et de la coupe UEFA. Après deux nouvelles saisons pleines (de 2004 à 2006) ou il se distingue (Trophée EFE du meilleur joueur sud-américain du Championnat d'Espagne à la fin de la saison 2005-2006, il est sélectionné pour la Coupe des confédérations 2005 (où il marque le but argentin lors de la finale perdue face au Brésil) puis pour la coupe du monde de 2006.