Μετά τις ομοσπονδιακές εκλογές του 1969, ο Γκένσερ είχε ουσιαστική συμμετοχή στις διεργασίες για το σχηματισμό του συνασπισμού μεταξύ σοσιαλδημοκρατών και φιλελευθέρων και στις 22 Οκτωβρίου 1969 ανέλαβε καθήκοντα Υπουργού Εσωτερικών στην Κυβέρνηση του Καγκελαρίου Βίλλυ Μπραντ. Κατά τη διάρκεια της θητείας του συνέβη η Σφαγή του Μονάχου, όταν στους θερινούς Ολυμπιακούς Αγώνες του 1972 στο Μόναχο μέλη της ισραηλινής αποστολής έπεσαν θύματα απαγωγής και δολοφονίας από παλαιστινιακή τρομοκρατική οργάνωση. Ο Γκένσερ πρότεινε στους απαγωγείς να κρατήσουν τον ίδιο ως όμηρο και να απελευθερώσουν τα μέλη της ισραηλινής αποστολής, πρόταση που αυτοί απέρριψαν. Μετά την αιματηρή κατάληξη της υπόθεσης, ο Γκένσερ, στις 26 Σεπτεμβρίου 1972, έδωσε εντολή στην ομοσπονδιακή υπηρεσία φύλαξης συνόρων να δημιουργήσουν την ειδική αντιτρομοκρατική μονάδα GSG 9.