Em fevereiro de 2013, com dores no joelho esquerdo, foi constatada, após exames, a necessidade de se realizar uma artroscopia no jogador. Com isso, Miranda ficou afastado dos gramados por seis semanas.. Após a parada causada pela disputa da Copa das Confederações FIFA de 2013, sofreu uma fratura na mão esquerda. Com a lesão de Rodrigo Caio, Paulo Miranda virou titular em alguns jogos do São Paulo e fez um gol diante do Bragantino, pela Copa do Brasil 2014.