W 2003 roku Flores został powołany do reprezentacji Chile U–17 na Młodzieżowe Mistrzostwa Ameryki Południowej, gdzie strzelił jednego gola w czterech meczach, natomiast jego kadra odpadła w pierwszej rundzie, nie kwalifikując się na Mistrzostwa Świata w Finlandii. Cztery lata później w barwach reprezentacji U–20 wziął udział w kolejnych Młodzieżowych Mistrzostwach Ameryki Południowej, na których także rozegrał cztery spotkania, bez zdobyczy bramkowej, za to Chilijczycy zdołali awansować na Mistrzostwa Świata U–20 w Kanadzie.