7 marca 2014 roku Komitet Śledczy Federacji Rosyjskiej wszczął przeciwko niemu postępowanie karne pod zarzutem bandytyzmu w odniesieniu do rosyjskich żołnierzy podczas I wojny czeczeńskiej. Według szefa Służby Prasowej Władimira Markina, „Muzyczko osobiście torturował jeńców sił federalnych, próbując wymusić potrzebne mu informacje oraz zamordował co najmniej 20”. Muzyczko umieszczony był na międzynarodowym liście gończym.