El USS "Ronald Reagan" zarpó de San Diego el 4 de enero de 2006 en su primer despliegue para conducir operaciones navales en apoyo de la Operación Iraqi Freedom y la Operación Enduring Freedom, así como operaciones de seguridad marítima (en inglés: Maritime Security Operations, MSO) en el Golfo Pérsico. El 28 de enero de 2006, un avión de combate &lt;a href="F/A-18%20Hornet"&gt;F/A-18 Hornet&lt;/a&gt; intentó un aterrizaje nocturno en el "Reagan" se estrelló en la cubierta de vuelo aproximadamente a 200 km (120 millas) al sureste de Brisbane, Queensland. El avión chocó contra la rampa a un ángulo bajo, se incendió y salió arrojado por sobre la borda. El piloto logró eyectarse en forma segura, pero el avión fue una pérdida total. La nave ingresó al Golfo el 22 de febrero de 2006 y regresó desde su despliegue el 6 de julio de 2006.