В январе 2010 года Рутенко был включён в расширенную заявку сборной Белоруссии на отборочный турнир чемпионата мира-2011, но из-за юридических преград возвращение игрока в родную команду было отложено. По регламенту игрок до первого матча за сборную новой страны должен иметь не менее 12 месяцев стажа в её национальных соревнованиях, при этом возникли споры о том, имеется ли в виду общий стаж или именно последний год трёхлетнего карантина, как трактует это правило Европейская гандбольная федерация. В итоге только в сентябре 2010 года Сергей Рутенко официально получил право выступать за национальную сборную Белоруссии. С ноября 2011 года является капитаном сборной.