Sau cái chết của Osama bin Laden vào năm 2011, tổ chức này do Ayman al-Zawahiri người Ai Cập lãnh đạo, và đến năm 2021 Al-Qaeda được cho là đã bị mất quyền chỉ huy trung tâm đối với các hoạt động trong khu vực.