Osana Pakistania Gwadar on ollut myös osa laajempaa Balochistanin konfliktia. Tyytymättömyyttä Pakistaniin ovat aiheuttaneet köyhyys, mutta samalla myös kehityshankkeet, joiden hyötyjen on koettu valuvan lähinnä ulkopuolisille. Useat eri asejoukot alueella ovat tehneet esimerkiksi pommi-iskuja ja sieppauksia. Samaan aikaan Kiina ja Pakistan ovat suunnitelleet esimerkiksi tien rakentamista Kiinan Kašgarista Gwadarin satamaan.