In 1563 brak de Zevenjarige Oorlog met Zweden uit. Twee jaar later werd Rantzau benoemd tot opperbevelhebber van het Deense leger, maar hij had een zwakke positie door zijn gebrek aan ervaring op het slagveld. In december 1565 wist hij de Zweden te verslaan in de Slag bij Axtorna. De jaren die daarop volgden wist hij zijn gezag als militair bevelhebber te verstevigen door zijn successen. Toch kwam Rantzau in conflict met Peter Oxe de Rigshofmester van Denemarken over de soldij van de soldaten.