В 1991 году на базе факультета точной механики и вычислительной техники был создан "факультет компьютерных технологий и управления". В 2015-м он стал основой для создания пилотного одноимённого мегафакультета организованного в рамках Проекта 5-100. В 1994-м открылся естественнонаучный факультет, в 1998-м — факультет оптико-информационных систем и технологий (ФОИСТ). В этом же году к университету присоединился "Санкт-Петербургский приборостроительный техникум", на базе которого в 2003 году был создан "факультет среднего профессионального образования", в него в феврале 2008-го вошёл "Санкт-Петербургский колледж морского приборостроения".