Lors de la Guerre d'avril en 1941, Janko Čmelik se retrouva dans l'armée et, après la capitulation du royaume et son invasion par les forces de l'Axe, il fut emmené en captivité en Allemagne comme des milliers d'officiers et de soldats. En juin 1941, il réussit à s'échapper de son camp d'internement et retourna à Stara Pazova, où il contribua à préparer l'insurrection dans cette partie de la Syrmie.