M’Boma erzielte in insgesamt 57 Länderspielen für die kamerunische Fußballnationalmannschaft 33 Tore. Nach seinem Debüt im Jahr 1995 nahm er an den Weltmeisterschaften 1998 in Frankreich und 2002 in Japan und Südkorea teil. Darüber hinaus gewann er im Jahr 2000 sowohl die Afrikameisterschaft als auch die Goldmedaille bei den Olympischen Spielen in Sydney. Im gleichen Jahr wurde er zu Afrikas Fußballer des Jahres gewählt. Bei seinem letzten großen Erfolg im Jahr 2002 konnte er erneut die Afrikameisterschaft gewinnen.