No entanto, com o Golpe de Estado no Brasil em 1964, a UFG foi diretamente afetada. Colemar foi exonerado, aposentado e acusado de subversão pela produção do jornal Quarto Poder que, segundo os militares, era "comunista". O Ato Institucional n.º 1 também promoveu a dissolução de movimentos estudantis. O novo interventor nomeado pelos militares, José Martins D'Alvarez, assumiu o posto de reitor "pro tempore" da instituição ainda em 1964. Após três meses de investigação, o Centro de Estudos Brasileiros foi desativado. Assim, surgiram os cursos de História e Geografia, e seus alunos redirecionados para a FFCL. Além disso, vários professores foram demitidos, o jornal Quarto Poder foi encerrado e a Rádio Universitária recebeu interferências em sua produção de conteúdo.