Im Vorfeld der NBA-Draft 2015 wurde Towns als Nummer-Eins-Pick gehandelt. Bei der anschließenden Draft wurde Towns von den Minnesota Timberwolves an erster Stelle ausgewählt. In Minnesota traf Towns auf ein junges Team um Andrew Wiggins, Zach LaVine und Ricky Rubio, das im Vorjahr die schwächste Saisonbilanz der Liga aufwies. Towns überzeugte in seinen ersten NBA-Spielen und wurde für den Monat November zum "Western Conference Rookie of the Month" ausgezeichnet. Selbige Auszeichnung erhielt er auch für die Monate Dezember und Januar. Sein bis dato bestes Spiel hatte er am 5. Dezember 2015 gegen die Portland Trail Blazers, als er 27 Punkte und 12 Rebounds erzielte. Am 29. Januar 2016 erzielte er gegen die Utah Jazz 32 Punkte und 12 Rebounds und war somit der jüngste Spieler seit Kevin Durant, dem ein 30/10-Spiel gelang. Beim NBA All-Star Weekend 2016 durften zum ersten Mal „Bigmen“ bei der NBA All-Star Weekend Skills Challenge an den Start gehen. Towns gewann diese im Finale gegen den Guard Isaiah Thomas.