Der Ursprung des Clans geht zurück auf einen gewissen Parlan, der ein Urenkel eines Earl of Lennox aus dem 13. Jahrhundert war. Die MacFarlanes waren für ihre kämpferische Natur bekannt; sie nahmen an den Schlachten von Pinkie (1547) und Langside (1568) teil, wo sie gegen Maria Stuart kämpften. Auf der anderen Seite hatte der Clan auch einen Ruf von Illegalität; die Verurteilung von Clansangehörigen für bewaffneten Überfall 1624 war keine Ausnahme.