Obwohl Wintersteller im Dezember 1809 von einem Militärgericht unter General Drouet d’Erlon amnestiert worden war und drei Geiseln stellen musste, erachtete ihn die bayerische Regierung weiterhin als höchst gefährlich. Er war 1813 mit dem Alpenbund in eine neuerliche Befreiungsbewegung involviert und wurde Ende März 1813 mit vielen anderen ehemaligen Insurgenten als wichtige Geisel gewaltsam nach München gebracht. Über seine Haft in der Polizeidirektion schrieb der damalige Polizeidirektor Marcus von Stetten tägliche Berichte an den König und den Staatsminister Montgelas. Wintersteller kam im August in die Festung Ingolstadt. Trotz seiner offensichtlich durch die Haft hervorgerufenen physischen und psychischen Probleme, zahlreicher Bittgesuche und der besonderen Fürsprache des Kitzbühler Landrichters Joseph Knitl blieb Wintersteller weiter in Geiselhaft. Er kam erst Ende Oktober als gebrochener, früh gealterter Mann frei, als im 6. Koalitionskrieg Napoleons Stern verblasste und Bayern sich mit dem Vertrag von Ried wieder mit Österreich verbündete. Vom geliebten Kaiser Franz nur gering unterstützt, von der bayerischen Obrigkeit scharf überwacht, gelang es Wintersteller nicht mehr, wirtschaftlich Fuß zu fassen.