Sau chiến thắng, Chính phủ Mỹ trấn áp mạnh tay tàn dư của quân đội miền Nam để đảm bảo dập tắt mầm mống ly khai. Tất cả binh sỹ của quân đội miền Nam đều bị giam giữ trong khoảng 2-4 năm cho tới khi một đạo luật ân xá được thông qua vào tháng 5/1866, và phải thêm 6 năm sau đó thì lính miền Nam mới được trao lại quyền công dân theo đạo luật ân xá năm 1872, tuy nhiên luật ân xá này không áp dụng với 500 chỉ huy quân sự cao cấp của Hợp bang miền Nam Các lực lượng tàn dư của Liên minh miền Nam cũng không chịu thất bại, họ tổ chức ám sát các quan chức miền Bắc để trả thù, mở màn bằng việc với sự kiện tổng thống Abraham Lincoln bị ám sát ngày 14-4-1865, tiếp đó là sự ra đời tổ chức Ku Klux Klan vào 24/12/1865, một tổ chức chuyên khủng bố người da đen và cả một số người da trắng chống chế độ nô lệ...