Während der &lt;a href="LHJMQ%202012/13"&gt;Saison 2012/13&lt;/a&gt; verpasste MacKinnon durch einen Einsatz bei der U20-Junioren-Weltmeisterschaft 2013 sowie einer Knieverletzung 24 Saisonspiele. Insgesamt absolvierte MacKinnon 44 Partien, dabei gelangen ihm 75 Scorerpunkte. In den LHJMQ-Play-offs 2013 mussten die Halifax Mooseheads in 17 Spielen lediglich eine Niederlage hinnehmen und gewannen nach einem Sieg in der Finalrunde gegen die Baie-Comeau Drakkar ihren ersten Coupe du Président. Nathan MacKinnon war dabei mit 33 Punkten hinter Teamkollege Jonathan Drouin (35) zweitbester Punktesammler der Play-offs. Durch den Erfolg im LHJMQ-Finale erspielten sich die Mooseheads auch eine Teilnahme am Memorial Cup 2013, den sie nach einem Sieg im Finale gegen die Portland Winterhawks aus der Western Hockey League gewinnen konnten. MacKinnon gelangen dabei in vier Spielen 7 Tore und insgesamt 13 Scorerpunkte, wodurch er im Anschluss an den Wettbewerb sowohl als bester Scorer mit der Ed Chynoweth Trophy, als auch als wertvollster Spieler des Memorial Cups mit der Stafford Smythe Memorial Trophy geehrt wurde.