Vuoden lopussa Mugen vaihtoi Lotus-talliin, joka suunnitteli uutta Lotus 109 -autoa. Tallilla oli rahavaikeuksia, ja 109-runko valmistui myöhässä. Mugenin ZA5C-moottori ei kyennyt näyttämään tehojaan, ja Lotuksen vetäydyttyä sarjasta kauden jälkeen, Mugen vaihtoi Ligier-talliin. Uusien sääntöjen mukaan valmistettiin 3,0-litrainen MF301H-moottori. Yhteistyö Ligierin kanssa tuotti Mugenille ensimmäisen Formula 1 -voiton Monacon GP:ssä 1996, jolloin Olivier Panis ajoi voittoon.