No dia 27 de Março de 1943, um Dakota do Esquadrão N.º 36 sofreu um acidente enquanto descolava da Estação de Archerfield, matando todos os 23 ocupantes. No dia 20 de Fevereiro de 1944, o esquadrão foi transferido para Garbutt. Durante a Campanha da Nova Guiné, foi responsável pelo transporte de militares, mercadoria, correio e pelo lançamento de mantimentos. Em 1945, um destacamento composto por aviões Dakota prestou apoio às operações da Asa N.º 84 em Bougainville, realizando cerca de 800 missões entre Janeiro e Junho. O esquadrão perdeu dois aviões Dakota em missões de abastecimento em Aitape durante Fevereiro de 1945. Em Agosto, efectuou uma missão de lançamento de paraquedistas em Singapura, após a qual continuou a desempenhar outras missões de transporte de tropas e mercadorias, assim como repatriação de prisioneiros de guerra. Após o cessar das hostilidades, em Março de 1946, o destacamento de seus aviões Dakota estabeleceram um serviço aéreo de correios entre Morotai e o Japão, onde estavam unidades australianas em missão, como parte da Força de Ocupação da Commonwealth Britânica.