За националния отбор на Уругвай дебютира на 21 май 2006 г. в приятелски мач срещу Северна Ирландия. Изиграва 40 мача в периода 2006 – 2013 г., отбелязвайки един гол. Скоти е част от състава, финиширал на четвърто място на Световното първенство в Южна Африка. Печели Копа Америка през 2011 г., участва и на турнира през 2007, както и на Купа на конфедерациите 2013 г.