1848 nahm Hann von Weyhern während des Ersten Schleswig-Holsteinischen Krieg an den Gefechten bei Düppel, Fridericia und Woyens teil. Er nahm aber im selben Jahr seinen Abschied mit Pension und der der Berechtigung zum Tragen seiner Regimentsuniform. Er erhielt 1849 den Charakter als Major und die Erlaubnis in schleswig-holsteinische Dienste zu treten. Im selben Jahres wurde Hann von Weyhern Oberstleutnant und Kommandeur des 1. Dragoner-Regiments in der schleswig-holsteinischen Armee. So stand er erneut gegen Dänemark im Felde und nahm an Gefechten bei Kolding und Fridericia teil. 1850 hat er den schleswig-holsteinischen quittiert.