בשנת 2001 עבר בוט לבאייר לברקוזן בהעברה חופשית. בוט שיחק בלברקוזן שש עונות, והבקיע שבעה שערים ב-191 הופעות, כשהוא מחמיץ רק משחק אחד. בשלב הבתים של ליגת האלופות בעונת 2002, הבקיע בוט שער בפנדל מול יובנטוס, שהיה השני מבין השלושה שהבקיע נגד יובנטוס בקריירה. באותה עונה, הגיעה באייר לברקוזן לגמר ליגת האלופות, אך הפסידה לריאל מדריד, כשבוט פתח בהרכב.