La quinta edizione della cronometro femminile Junior dei campionati europei di ciclismo su strada si è svolta il 2 luglio 2009 con partenza ed arrivo da Gits in Belgio, su un percorso totale di 12 km. La medaglia d'oro è stata vinta dalla francese Pauline Ferrand-Prévot con il tempo di 16'55" alla media di 42,553 km/h, argento all'ucraina Hanna Solovey e a completare il podio la danese Maria Grandt Petersen.