Шокри Эль-Уайнер выступал за сборную Туниса с 1991 по 2007 год. В её составе голкипер участвовал в нескольких розыгрышах континентальных и на чемпионате мира 1998 года во Франции. В 1996 году вратарь выступал за национальную команду на Летних Олимпийских играх в Атланте. В этом же году Эль-Уайнер выиграл серебряную медаль на Кубке африканских наций в ЮАР.