Po druhé byl Fernández do úřadu prezidenta zvolen v prezidentských volbách konaných dne 16. května 2004, během kterých získal nadpoloviční většinu se ziskem 57% hlasů. Tento výsledek byl druhým nejlepším volebním výsledkem v historii Dominikánské republiky. Prezidentskou přísahu složil dne 16. srpna 2004. Na jeho vítězství ve volbách měl značný vliv kolaps dominikánské ekonomiky. Tento kolaps byl zapříčiněn prudce stoupajícími cenami ropy a prudce klesající mezinárodní ekonomika po útocích 11. září 2001, stejně jako nadměrným zadlužováním země za vlády prezidenta Mejía a pádem třech bank – "Banco Intercontinental (Banninter), Bancrédito" a "Banco Mercantil". Při pokusu odvrátit následný hospodářský chaos, Majíova administrativa vyplatila všechny zákazníky postižených bank, což ale ještě více prohloubilo zadlužení země. Někteří bankéři, kteří měli na pádu bank podíl byli či jsou souzeni, ale skutečný rozsah podvodu je těžké zjistit, díky značnému podplácení úředníků jak Fernándezovi tak Mejíovi správy a je tak složité určit skutečné přířiny, které vedly k zániku bank.