Причината е активното му участие в подготовката на предвиденото за пролетта на 1876 година въстание. Включват се дори по-големите ученици, които правят патрони в училищния зимник. Но избухналото в Панагюрище и други селища Априлско въстание е жестоко потушено, а делото на революционния комитет в Радомир е предадено на турските власти от Саве Лобошки, Стоичко Новков, Стойне Егълнички и Васе Житушки. Започват преследвания, сплашвания, арести от страна на поробителите. Заловени са Георги Жаблянски, Коте Стрехарски, Златко Калищки и много други. След преминаването на руските войски през Дунава и навлизането им в България архимандрит Зиновий и други негови съмишленици са заподозрени като противници на османската власт. Зиновий с още 17 души от Радомир са арестувани през есента на 1877 година и откарани в затвора в София, където остават до 23 декември 1877 година, когато руснаците влизат в града.