Ime "Ammiraglio" ('admiral') izhaja od ustanovitelja cerkve, sirskega krščanskega admirala in glavnega ministra sicilskega kralja Rogerja II., Jurija Antiohijskega. Temeljna listina cerkve (ki je bila sprva vzhodno pravoslavna) v starogrščini in arabščini je ohranjena in sega v leto 1143; gradnja se je morda že začela tedaj. Cerkev je bila zagotovo dokončana s smrtjo Jurija leta 1151 in on in njegova žena sta bila pokopana v narteksu. Leta 1184 je cerkev obiskal arabski popotnik Ibn Jubair, ki je kasneje velik del svojega opisa Palerma posvetil njegovi hvali in jo označil za »najlepši spomenik na svetu«. Po sicilskih večernicah leta 1282 se je otoško plemstvo zbralo v cerkvi na sestanku, po katerem je bila sicilska krona dana Petru III. Aragonskemu.