Mazrui tuli tunnetuksi myös islamin ja islamismin kriitikkona. Hän näki lännen puuttumisen kehitysmaiden asioihin kuten osallistumisen Irakin sotaan johtavan fanaattiseen islamilaiseen isänmaallisuuteen. Mazruin mukaan perinteiseen afrikkalaiseen ajatteluun ei kuulu terrorismi ja väkivalta, mutta islam on antanut afrikkalaisille imperialismin vastaisia malleja. Hän ei nähnyt šariaa periaatteessa länsimaisen demokratian vastaisena, vaikka siitä on nyt myös Somaliassa tullut fanaattisen islamistin ase.