Im Zuge des Zerfalls der Sowjetunion verstärkten sich in Moldau nationalistische Tendenzen, die schließlich den Transnistrien-Konflikt auslösten, bei dem der mehrheitlich russischsprachige Osten des Landes als Transnistrien seine Unabhängigkeit proklamierte und sich von Moldau abspaltete. Die Stadt Bendery war dabei eines der Zentren des transnistrischen Separatismus. Auch Varnița wurde und wird bis heute von Transnistrien beansprucht. Es war während des kurzen Kriegs 1992 umkämpft, im Gegensatz zur Stadt Bendery selbst, verblieb Varnița jedoch unter moldauischer Kontrolle. Seitdem verläuft die transnistrisch-moldauische De-facto-Grenze genau zwischen Varnița und Bendery. Mehrere Versuche Transnistriens, die Ortschaft zu übernehmen, schlugen fehl. Der Einfluss Transnistriens ist in Varnița jedoch sehr groß; zahlreiche Bewohner Varnițas arbeiten im benachbarten Transnistrien. Mit Dekret des transnistrischen Präsidenten vom 2. Januar 2019 wurde (neuerlich) statuiert, dass Varnița ein Teil Transnistriens ist, der nur "vorübergehend unter Kontrolle der Republik Moldau steht und über keinen gewählten Gemeinderat verfügt"; bis zur Rückgliederung sollen die Gemeindeaufgaben von der Dorfverwaltung von Protyagailovka wahrgenommen werden. Varnița liegt in der Sicherheitszone, welche von der gemeinsamen Kontrollkommission (Russland, Republik Moldau, Transnistrien) überwacht wird.