然而，由于吴和佐世保是优先建设的关系，舞鶴軍港的建設費用主要来自于第一次中日战争结束后清朝政府向日本方面支付的赔偿金。由于舞鶴地区多山地，开削地盘的工程耗费了大量的开支，1899年（明治32年）年底，土地整修的工程接近完成。此时同期开始镇守府各项设施的建设。1901年（明治34年）10月1日，舞鶴鎮守府正式开张办公，初代司令長官是当時为海軍中将的东乡平八郎。