Anfang der 1880er Jahre zog Desboutin erstmals nach Nizza, wo er mehrere Jahre lebte und arbeitete. 1886 schuf er fünf Kaltnadelradierungen nach Gemälden von Honoré Fragonard, die zu seinen grafischen Hauptwerken gehören. Er kehrte 1887 nach Paris zurück und stellte auf der Pariser Weltausstellung 1889 aus, wo er eine Silbermedaille erhielt. Desboutin gehörte 1890 zu den Mitbegründern der Société nationale des beaux-arts, an deren Ausstellungen er fortan jährlich teilnahm. 1895 wurde er zum Ritter der Ehrenlegion ernannt. 1896 zog er erneut nach Nizza und lebte hier bis zu seinem Tod im Jahr 1902. Eine letzte große Ausstellung zu seinen Lebzeiten war die Teilnahme an der Pariser Weltausstellung 1900, bei der drei seiner Gemälde zu sehen waren.