20 червня 1910 єпископ Неофіт Брегальницький був канонічно затверджений митрополитом Скопським. Не був схвалений Революційною організацією ВМОРО, оскільки виконував лише накази з Екзархату, а у квітні з питання екзарха Йосипа зустрівся з Хрістом Татарчевим, якому Екзарх пояснив, що це єдина придатна кандидатура. Скопський митрополит Неофіта активно бореться із сербською пропагандою. Неофіт залишив канцелярську роботу протосинкела і архімандрита і сам почав постійно подорожувати своєю єпархією, щоб зрозуміти проблеми населення. У перший рік його архиєрейства були освячені храми «Святого Ніколая» в Баліному Долі, «Лешніца» в Чайле, «Святий Нікола» в Печково і «Святого Іллі» у Вінічкаті. Митрополиту Неофіту вдається протидіяти спробам влади взяти Карпінський монастир у екзархістів. Водночас, Неофіт налаштовує частину болгарської громади проти себе. Під час Балканської війни в 1912 захищає болгарське населення від відступаючих османських військ.