Marcellus säästi temppelin Rooman vallattua kaupungin vuonna 212 eaa. Verres kuitenkin ryösti sen taideaarteet. Varhaiskeskiajalla temppeli muutettiin kirkoksi. 700-luvulla jaa. siitä tehtiin katedraali, ja sen jäänteet on vuosisatojen kuluessa rakennettu osaksi nykyistä Syrakusan katedraalia eli Santa Maria delle Colonnea. Temppelin jäänteitä kunnostettiin vuonna 1927 poistamalla ylimääräisiä rakenteita ja rappausta, jotta antiikin aikaiset osat olisivat paremmin esillä.