По состоянию на 2018 год участниками НЭИКОН являлись более 1000 организации во всех Федеральных округах и регионах Российской Федерации. Более половины всех участников составляют организации Федерального агентства научных организаций (ФАНО), ведомственные НИИ и научные центры. 40 % — это вузы, включая все Федеральные университеты, Национальные исследовательские университеты и университеты проекта 5-100, публичные библиотеки — около 8 %.