Nella 1ª parte di stagione 2008-2009 segna 2 gol in campionato (a e Atalanta), 2 gol in Champions League (a Cluj e Chelsea). Il 25 gennaio, prima di Napoli-Roma, appreso il fatto di non partire titolare rifiuta di sedersi in panchina e va a in tribuna. Nelle ore successive la gara annuncia di voler lasciare la Roma non sentendosi rispettato dall'allenatore, escludendo accordi con altri club. Nel mercato invernale 2009 sfuma il trasferimento in altre squadre e resta alla Roma, che nel frattempo lo ha escluso dalla squadra e dalla lista Champions. La settimana successiva Panucci in un comunicato ufficiale chiede pubbliche scuse a tifosi e società, venendo reintegrato in rosa. Alla terz'ultima gara di campionato realizza il suo ultimo gol con la maglia giallorossa al Catania, gara finita 4-3 per la Roma. Il 30 giugno, finito il contratto con la Roma, è svincolato.