รัฐบาลฝรั่งเศสอิสระได้ตัดสินใจที่จะรวมอินโดจีนเข้ากับสหภาพฝรั่งเศส ในพนมเปญ พระนโรดม สีหนุพยายามเจรจากับฝรั่งเศสเพื่อเรียกร้องเอกราชที่สมบูรณ์ ในขณะที่กลุ่มต่อต้านที่เรียกตนเองว่าเขมรอิสระ ได้ใช้การสู้รบแบบกองโจรตามแนวชายแดน โดยได้ร่วมมือกับกลุ่มฝ่ายซ้ายทั้งที่นิยมและไม่นิยมเวียดนาม รวมทั้งกลุ่มเขมรเสรีซึ่งเป็นกลุ่มต่อต้านราชวงศ์ของเซิง งอกทัญด้วย ใน พ.ศ. 2489 ฝรั่งเศสยอมให้มีการจัดตั้งพรรคการเมืองในกัมพูชา และให้มีการเลือกตั้งภายในประเทศ พระนโรดม สีหนุยังคงต่อสู้เพื่อเรียกร้องเอกราชให้กัมพูชาเป็นอิสระจากสหภาพฝรั่งเศส จนฝรั่งเศสพ่ายแพ้ในสงครามอินโดจีนครั้งที่หนึ่ง จึงยอมมอบเอกราชให้แก่กัมพูชา