翌8月11日、立法議会がパリのコミューンの圧力によりフランス国内全土の反革命容疑者の逮捕を許可し、8月17日にはこれら政治犯を裁く「特別刑事裁判所」の設置を承認した。こうしてパリの牢獄は反革命派とみなされた囚人でいっぱいになった。8月26日にロンウィがプロイセン軍により攻略され、パリ侵攻への危機感が一挙に高まった。義勇兵の募集が行なわれたが、その一方で「牢獄に収監されている反革命派たちが義勇軍出兵後にパリに残った彼らの家族を虐殺する」という噂も流れていた。オーストリア軍がフランスのヴェルダン要塞を陥落させた報がパリに伝えられると、ジョルジュ・ダントンは「"全ては興奮し、全ては動顚し、全てはつかみかからんばかりだ。やがて打ち鳴らされる鐘は警戒の知らせではない。それは祖国の敵への攻撃なのだ。敵に打ち勝つためには、大胆さ、いっそうの大胆さ、常に大胆さが必要なのだ。そうすればフランスは救われるだろう！"」と演説した。これがテロリズムへの公然たる誘導となり、9月2日未明から反革命派狩りが始まった（「九月虐殺」）。当時の牢獄には反革命とみなされた聖職者が収容されていた。宣誓拒否聖職者たちもいたが、政治に関与した聖職者は多くなかった。興奮した民衆の一群がまずアベイ牢獄に押しかけて収容されていた23人の聖職者を殺害し、ついでカルム牢獄では収監されていた150人の聖職者の大部分を殺害した。虐殺は牢獄のみならずいたるところで起こり、さらに地方へも拡散して数日間におよんだ。マリー・アントワネットと運命を共にするため帰国し、逮捕されていたランバル夫人も、このとき無残に殺されている。