Questo scacco fece infuriare il generale Jackson che accusò Garnett di avere disobbedito agli ordini, in quanto si era ritirato senza avere avuto il suo diretto permesso. Jackson era ben noto per la rigorosa disciplina che pretendeva dai suoi subordinati, e il 1º aprile sollevò Garnett dal comando ordinando che fosse arrestato per "negligenza del dovere". La corte marziale iniziò i lavori nell'agosto 1862, con il solo Jackson e il suo aiutante di campo come testimoni. Tuttavia il processo fu sospeso a causa dell'inizio della campagna militare nella Virginia del Nord lanciata dal generale Robert Edward Lee, che nel mese di settembre portò alla seconda battaglia di Bull Run. Lee ordinò a Jackson di rilasciare Garnett dagli arresti, assegnandogli il comando della Brigata di fanteria dell'infortunato generale George Edward Pickett, appartenente al I Corpo dell'Armata della Virginia Settentrionale, al comando del generale James Longstreet. Nel mese di settembre, alla testa di tale brigata, si distinse particolarmente durante la battaglia di Antietam, assumendone definitivamente il comando quando il generale Pickett fu promosso generale di divisione. Nel mese di dicembre si distinse durante la battaglia di Fredericksburg, ma non poté partecipare alla Battaglia di Chancellorsville avvenuta nel maggio 1863 in quanto il Corpo d'armata di Longstreet fu impegnato in compiti secondari a Suffolk. Durante tale battaglia "Stonewall" Jackson fu gravemente ferito, e debilitato dall'amputazione di un braccio morì poco tempo dopo a causa di una polmonite. Alla sua morte la salma venne trasportata a Richmond, e Garnett andò a rendergli omaggio nonostante il disaccordo professionale. Garnett non gli serbò mai alcun rancore e fu osservato piangere accanto alla bara, partecipando poi al funerale durante il quale tenne il drappo funebre assieme a Longstreet, Ewell, ed altri generali.