Az 1800-as választáson Jefferson legyőzte Adamset. Elnökségének legnagyobb vívmánya Louisiana megvétele volt 1803-ban, amely lehetővé tette, hogy az Egyesült Államok tovább terjeszkedjék nyugat felé a kontinensen. Jefferson maga is természettudós volt és támogatta a földrajzi felfedező expedíciókat a nagyrészt feltérképezetlen belső területekre; közülük legismertebb Lewis és Clark expedíciója volt. Politikai szempontból Jefferson mélyen republikánus volt, ideálja szerint az ország a független gazdálkodókon alapszik; a városokat, bankokat, gyárakat gyanakvással szemlélte. Bizalmatlan volt a szövetségi kormánnyal és bíróságokkal szemben, utóbbiakat megpróbálta meggyengíteni. Ebbéli igyekezete azonban a virginiai föderalista, John Marshall bíró ellenállásán megbukott. Bár az Alkotmány létrehozta a Legfelsőbb Bíróságot, funkciója bizonytalan volt, míg Marshall, aki 1801 és 1835 között töltötte be a posztot, határozott formát nem adott neki. A testület a Kongresszus által hozott törvényeket vizsgálta felül és megsemmisítette az államok alkotmánysértő rendeleteit. Az első ilyen esetnek az 1803-as Marbury kontra Madison per bizonyult.