Долго отдыхать после окончания игровой карьеры Яннакису — бывшему капитану греческой сборной — не дали. Уже в 1997 году ему поступило предложение из «Лос-Анджелес Клипперс», но он решил остаться в Греции. Став главным тренером национальной команды, Яннакис привёл её в полуфинал чемпионата Европы, где греки проиграли будущим чемпионам — сборной Югославии, а через год повторил этот результат, с точностью до последнего противника, уже на чемпионате мира.