Bedingt durch seine Randlage an den Grenzen zum Emsland und zu den Niederlanden wurde die Kommende wiederholt Ziel von Angriffen. Bei kriegerischen Auseinandersetzungen im Jahre 1492 ließ der Bischof von Münster, Heinrich von Schwarzburg, Dünebrok berauben, Wymeer sowie Weener plündern und niederbrennen. Während der Sächsischen Fehde beraubten Landknechte der "Schwarzen Garde" die Kommende Dünebroek. Im Zuge Reformation eignete sich der ostfriesische Graf Enno II. im Jahre 1528 Dünebroek wie auch die anderen Niederlassungen des Johanniterordens in Ostfriesland an. Im Schmalkaldischen Krieg plünderten kaiserliche Truppen Karls V. die Kommende.