1940年9月到10月，蒼龍號實施她第二次海外佈署，她以海南島為母港為日軍入侵法屬印度支那提供空中支援；事件告一段落後在1941年2月移防台灣，強化封鎖華南一帶的偷運行動。1941年3月，蒼龍號為調解越南與泰國的國境紛爭開往南海時與23驅逐隊的夕月號驅逐艦發生追撞；蒼龍號的艦艏撞到夕月號的左舷中央，雙方雖有船體破裂，但沒造成沉船事故。蒼龍號將艦載機隊轉移給飛龍號航空母艦後開回佐世保實施維修，在1941年4月返回橫須賀。