Kroatian maajoukkueessa Vlaović pelasi 53 maaottelua ja teki 15 maalia vuosina 1992–2002. Hän saavutti pronssia MM-kilpailuissa 1998 ja oli mukana myös EM-kilpailuissa 1996 ja MM-kilpailuissa 2002. MM-tasolla Vlaović pelasi vuoden 1998 turnauksessa seitsemän ottelua ja teki yhden maalin, mutta vuoden 2002 turnauksessa hän ei pelannut otteluakaan.