Ende der 1960er Jahre entstanden insbesondere im extrem verarmten Hochland Guerillagruppen. Die bis in die 1970er Jahre hinein bedeutendste Gruppe war die marxistisch orientierte Nationale Befreiungsarmee ELN. 1966 erhielt die ELN Unterstützung durch Kuba. Eine Gruppe kubanischer Kämpfer um den Revolutionär und Guerrillero Che Guevara kam nach Bolivien, um dort zusammen mit der ELN eine Guerilla aufzubauen. Es gelang den Kubanern allerdings nicht, die Bauern auf ihre Seite zu bringen. Der Versuch, die Revolution in Bolivien durchzusetzen, scheiterte nicht zuletzt an der fehlenden Unterstützung durch die Kommunistische Partei Boliviens (PCB). Grundsätzlich hatte wohl auch Che Guevara die im Vergleich zum kreolisch-karibischen Kuba ganz anders gelagerte Mentalität in den bolivianischen Anden falsch eingeschätzt, insbesondere die der seit Jahrhunderten in extremer feudaler Abhängigkeit lebenden indigenen Bevölkerung. Mitte 1967 wurde das Rückzugsgebiet der Guerillagruppen um die Kubaner immer enger, bis sie schließlich ganz aufgerieben wurden. Che Guevara wurde im Oktober 1967 vom Militär, das massiv vom US-amerikanischen Geheimdienst CIA unterstützt wurde, gefangen genommen und am 9. Oktober 1967 in La Higuera ohne Gerichtsverhandlung erschossen. Seine Gebeine wurden auf dem Flugplatz des etwa 30 Kilometer entfernten Vallegrande verscharrt und waren über Jahre hinweg verschollen. Erst 1997 wurde sie wiederentdeckt und nach Kuba überführt. Guevaras Erfahrungen während der bolivianischen Zeit sind in seinem später veröffentlichten "Bolivianischen Tagebuch" dokumentiert.