Malvar nacque il 27 settembre 1865 a Santo Tomas da Maximo Malvar e Tiburcia Carpio. Maximo era un coltivatore di canna da zucchero e riso, e il suo successo nell'agricoltura permise a Miguel e i suoi fratelli di acquisire un'istruzione. Con questa educazione Miguel prosperò nella coltivazione di arance, sulla quale aveva lavorato sodo. Si sposò nel 1891 con Paula Maloles, e mise su famiglia; la coppia ebbe tredici figli. Malvar aveva stretti legami di amicizia con José Rizal, il cognato di quest'ultimo era un suo parente, e ben presto diventò membro del movimento rivoluzionario "Katipunan". Dopo lo scoppio della Rivoluzione contro la Spagna nel 1899, Malvar fu capitano di una milizia di una settantina di uomini. Nel febbraio 1897, dopo la morte del suo superiore, Malvar fu promosso al ruolo di generale.