La 15 martie 1939, la scurt timp după ce regimul nazist l-a forțat pe fostul președinte cehoslovac Emil Hácha (care a suferit un atac de cord în timpul negocierilor) să-și cedeze țara celui de-al Treilea Reich, Adolf Hitler a petrecut o noapte în Castelul din Praga, „supraveghind cu mândrie noua sa posesiune”. În perioada ocupației naziste a Cehoslovaciei din cel de-al Doilea Război Mondial, Cetatea din Praga a devenit reședința principală a lui Reinhard Heydrich, „Protectorul Reich-ului German pentru Boemia și Moravia”. S-a spus că el și-a așezat pe cap coroana Boemiei; vechile legende susțin că unui uzurpator care își va pune coroana pe cap îi este sortit să moară în mai puțin de un an. La mai puțin de un an după ce a preluat puterea, pe 27 mai 1942, Heydrich a fost atacat de soldați cehi și slovaci antrenați de britanici pe drumul său spre castel și a murit din cauza rănilor (care s-au infectat) o săptămână mai târziu.