Franklin odnowił znajomość z Jane Griffin, przyjaciółką zmarłej żony, a 5 listopada 1828 roku wziął z nią ślub. Admiralicja zaproponowała mu stworzenie planu dalszych badań, jednak nieoczekiwanie otrzymawszy go zapowiedziała zaprzestanie badań arktycznych. W latach 1830–1833 Franklin dowodził fregatą „Rainbow” na Morzu Śródziemnym, głównie pilnując greckich wybrzeży w trakcie wojny o niepodległość Grecji. Za swoją służbę dyplomatyczną otrzymał grecki Order Zbawiciela i Order Gwelfów. W kwietniu 1836 roku przyjął propozycję objęcia stanowiska gubernatora Ziemi Van Diemena (obecnej Tasmanii), która wciąż jeszcze funkcjonowała jako kolonia karna. Nie mając odpowiedniego doświadczenia, pomimo zasług dla rozwoju dobrobytu zwykłych kolonistów i skazańców oraz ograniczenia korupcji, uwikłał się w konflikt z biurem kolonialnym. Na skutek intryg nieprzyjaznego mu ministra wojny i kolonii lorda Edwarda Stanleya ustąpił w 1843 roku.