El primer director del RSHA va ser SS-Obergruppenführer Reinhard Heydrich, que encapçalà l'organització fins al seu assassinat el 4 de juny de 1942. El SS-Obergruppenführer Dr. Ernst Kaltenbrunner el substituí per a la resta de la Segona Guerra Mundial. El director del RSHA supervisava les esquadres de la mort dels Einsatzgruppen, que seguien a l'exèrcit als territoris orientals.