Работа над диссертацией была прервана из-за призыва в армию в конце 1939 года в связи с вооружёнными конфликтами на Дальнем Востоке. До нападения Германии на Советский Союз А. Н. Рогачёв успел попасть в политотдел, получить офицерское звание. В годы войны служил в частях аэродромного обслуживания — вначале 1-й Воздушной армии Западного фронта, потом 3-й Воздушной армии Первого Белорусского фронта. До декабря 1945 года служил в оккупационных войсках в Германии, потом был переброшен в Таврический военный округ, — демобилизоваться и восстановиться в должности МНС ЛОИИМК смог только летом 1947 года.