En 1955, con el golpe de Estado de la dictadura autoproclamada Revolución «Libertadora», Hernández Arregui fue expulsado, por sus ideas políticas, de todos sus puestos en la universidad. Hernández Arregui se concentró en la labor universitaria, fundamentalmente como director del Instituto de Historia de la Universidad Nacional de La Plata, mientras practicaba el periodismo en la vieja Radio del Estado con programas culturales. Ya había practicado el periodismo militante en los diarios radicales "Debate", "Doctrina Radical" y "La Libertad". Permaneció brevemente en el exilio.