Von wirtschaftlicher Bedeutung war die Inselgruppe vor allem im 19. Jahrhundert durch ihre Guano-Vorkommen, die bis zu 30 m Mächtigkeit erreichten. So besetzte Spanien die peruanischen Inseln im April 1864, um vom Guano-Abbau zu profitieren, woraufhin bis 1866 zwischen Spanien und Peru der sogenannte Chincha-Inselkrieg herrschte. Seit dem Jahr 1874 sind die Guano-Vorkommen weitgehend erschöpft, außerdem ist die Nutzung von Guano im 20. Jahrhundert im Wesentlichen durch Kunstdünger verdrängt worden.