Durant l'année scolaire 1938-1939, sur 2600 élèves (1400 au grand Condorcet, 1200 au petit lycée), au minimum 10-12 % étaient juifs. En avril 1943, leur nombre a diminué de 90 %, 23 portant à cette date l'étoile jaune (obligatoire depuis le 7 juin 1942). En 1940 a déjà lieu une baisse de 40 %, en raison notamment des premières mesures antijuives du gouvernement et du départ des familles de la capitale vers la province. Serge Gainsbourg quitte par exemple le lycée en 1941, pour n'y revenir qu'en 1944. Entre la fin de l'année scolaire et la rentrée 1942, la moitié des élèves juifs encore scolarisés ne reviennent pas, dans un contexte marqué par les rafles et les déportations. À ce titre, Bertrand Herz fuit à Toulouse mais y sera arrêté deux ans plus tard et déporté à Buchenwald. Des 14 élèves de Condorcet arrêtés, il fait partie des trois qui ont survécu, avec Roger Perelman ; la part de Juifs étrangers ayant disparu est plus importante que celle des Juifs français. Toutefois, aucune mesure n'excluait officiellement les Juifs de la scolarisation, chose jugée inutile puisque leur disparition avait déjà lieu "de facto" ; certains continuent même de recevoir des prix, ce qui témoigne au lycée Condorcet d'une administration et d'un professorat bienveillants note Pierre Albertini. Mais cette ouverture participait paradoxalement à leur imposer des déplacements publics dans un quartier où ils pouvaient être facilement arrêtés, contrairement aux anciens élèves partis se cacher. En décembre 1943, on ne compte plus que 9 élèves juifs à Condorcet, et 4 en juin 1944. À la fin de la guerre, la Wehrmacht envisage de transformer le lycée en centre d'hébergement de soldats avant leur départ pour le front de Normandie.