З початком нової війни з Австрією у 1809 році Еженові Богарне доручається оборона Італії. Спочатку від зазнав поразки при Сачиле, але незабаром у низці битв завдав поразки австрійським військам. Особливо значущою була перемога Богарне 8 травня біля П'яви. Після цього з'єднався з основною армією Франції, брав участь у битві при Раабі, разом із якою вступив до Відня. Вслід за цим Богарне рушив до Угорщину, під час маршу довідався про спробу хорватського військовика Ференца Елачича прийти на допомогу австрійцям. Тоді Богарне швидко рушив проти хорватів й змусив їх скласти зброю. Згодом Ежен 5-6 липня 1809 року бере участь у битві під Ваграмом.