Tout au long des années 1990, Malone a affiché des statistiques exceptionnels : en 1992-1993, il a affiché en moyenne 27,0 points et 11,2 rebonds par match, puis 25,2 points et 11,5 rebonds en 1993-1994, puis 26,7 points et 10,6 rebonds en 1994-1995, et 25,7 points et 9,8 rebonds en 1995-1996. La complicité du duo est sans failles, ils sont tous deux membres de la ' originelle qui écrase la concurrence aux Jeux olympiques de 1992, remportant une médaille d’or. Malone a néanmoins exprimé son opposition envers Magic Johnson, récemment séropositif au VIH et retraité de la NBA en 1991, à faire un retour dans la ligue. Le point de vue de Malone divergeait de celui de ses coéquipiers des Jeux olympiques et des Lakers de Los Angeles, et la NBA a mis en œuvre des précautions liées au sida après la révélation de Johnson. Le 4 février 1993, dans un match contre les Lakers, Malone a dépassé les 16 000 points en carrière. Lui et son coéquipier John Stockton sont élus co-' du All-Star Game 1993 à Salt Lake City. Dans la victoire 135-132 en prolongation, Malone a marqué 28 points et a capté 10 rebonds.