לאחר נסיגת הכוחות האמריקניים בסוף שנת 2011, הוא שמר על שיתוף פעולה עמם אולם גם התקרב לאיראן וחיזק את המאפיינים השיעיים של ממשלו, כשהמיעוט הסוני חש מופלה. בעקבות סדרת מפלות צבאיות שנחלה בגדאד מול ארגון "המדינה האסלאמית" (דאעש) בצפון המדינה ביוני 2014, התגבר על אל-מאלכי הלחץ הבינלאומי להתפטר ולפנות את מקומו לגורם שנוי פחות במחלוקת. ב-14 באוגוסט באותו קיץ הודיע על אל-מאלכי על פרישה מתפקידו ובמקומו עלה לשלטון חיידר אל-עבאדי.