Im April 1945 wurden während der Schlacht um Wien von den sich zurückziehenden deutschen Verbänden alle Wiener Donaubrücken mit Ausnahme der Reichsbrücke gesprengt. Die schwer beschädigte Stadlauer Ostbahnbrücke musste im Unterschied zu den anderen gesprengten Brücken nicht komplett neu errichtet werden, sondern konnte wieder instand gesetzt werden. Die Ostbahnstrecke war für die Versorgung Wiens mit Getreide aus dem Marchfeld von großer Bedeutung. Nach Kriegsende wurden die Trümmer der zerstörten Wiener Donaubrücken geborgen, um die Donau wieder schiffbar zu machen. Ende 1945 wurde mit der Instandsetzung der Ostbahnbrücke durch Waagner Biro begonnen, wofür rund 900 Tonnen neuer Stahlkonstruktionen benötigt wurden. Seit dem Einsturz der Reichsbrücke am 1. August 1976 ist die Ostbahnbrücke die älteste Donaubrücke Wiens.