Halála után nyolc évvel jelent meg első életrajza, amelyet öccse, Benkő Ferenc írt. 1842-ben az erdővidéki gazdasági egylet emléket akart állíttatni Erdővidék híres szülöttjének, de ez végül nem valósult meg. A 19. század közepén Kőváry László gyakran írt elismeréssel Benkőről, 1854-ben pedig két anekdotát tett közzé róla. Az első tudományos igényű Benkő-monográfiát Mikó Imre állította össze, gondosan összegyűjtve és közzétéve az akkor még létező kéziratokat. Az általa kialakított Benkő-képet, a sors csapásai ellen hasztalanul küzdő, ámde mégis kiemelkedőt alkotó tudósról lényegében változatlanul vették át a későbbi cikkírók is. Az 1989-es romániai rendszerváltás után Benkő József személye a honismereti tevékenység fókuszába került. A középajtai és a bardoci általános iskola Benkő József nevét viseli; a középajtai református templom udvarán szobrot állítottak neki.