Anfang September 1939 erstürmte der SS-Wachsturmbann Eimann das Direktionsgebäude, aus dem heraus sich polnische Eisenbahner ähnlich wie polnische Postbeamte beim Gefecht um das polnische Postamt in Danzig der Einnahme widersetzten. Am 1. November 1939 richtete die Deutsche Reichsbahn im Gebäude die "Reichsbahndirektion Danzig" (RBD Danzig) ein, die für die Bahnstrecken im Reichsgau Danzig-Westpreußen zuständig war. Seit dem 15. November 1939 galten im Direktionsbezirk die im Deutschen Reich üblichen Tarife. 1945 wurde die Direktion nach Lübeck evakuiert. Am 1. März 1946 wurde die Abwicklungsstelle der RBD Danzig von Lübeck nach Hamburg verlegt, wo sie im Herbst desselben Jahres aufgelöst wurde.