Cuando el Archiduque Carlos condujo sus tropas para unirse a las de Maximilian Anton Karl, conde Baillet de Latour, Werneck quedó al mando del "Ejército independiente del Bajo Rin" a partir de septiembre. Su posición permaneció sin ser atacada por los franceses durante el invierno. El 18 de abril, Lazare Hoche y 38.000 soldados franceses del "Ejército de Sambre-et-Meuse" sorprendieron a los 21.000 austriacos de Werneck en la batalla de Neuwied. Después de fuertes combates, sus soldados fueron expulsados del campo de batalla con cuantiosas pérdidas (1000 muertos y heridos, más 3000 prisioneros). Además, 24 piezas de artillería, 60 carruajes y cinco estandartes se convirtieron en trofeos de los franceses. Las pérdidas francesas totales fueron de 2000 bajas. El 17 de abril, cuando la división de Jean Étienne Championnet amenazó al ala derecha de Werneck, el general austriaco debilitó su ala izquierda, al mando de Paul Kray, para reforzar su ala derecha. Cuando las divisiones de Paul Grenier y François Joseph Lefebvre comenzaron a cruzar el Rin a las tres de la madrugada, Werneck ordenó a las tropas de Kray que regresaran para defender su ala izquierda. Lefebvre derrotó al flanco izquierdo austríaco, mientras que Grenier rompió la línea de reductos de Kray en Heddersdorf después de repetidos ataques. La ofensiva de Hoche obligó a los austriacos a una profunda retirada que terminó solo con la llegada de noticias del Tratado de Leoben. Después de la derrota, Werneck fue retirado del servicio, con solo media paga.