Konrad Morgen se enfrentó al Cuerpo de Contrainteligencia americano, y fue detenido en el centro de internamiento de Dachau. En el juicio principal de Núremberg por crímenes de guerra fue interrogado como testigo de la defensa, que representaba a la organización acusada de las SS. En su interrogatorio describió el campo de concentración de Buchenwald como un lugar idílico. Cuando se le preguntó si las SS eran una organización criminal, afirmó que la orden de construir los campos de exterminio de Sobibór, Treblinka y Bełżec no era de Himmler, sino del propio Adolf Hitler. Para el juicio de los doctores le fue encargada la redacción de la defensa de Joachim Mrugowsky y Karl Brandt. En agosto de 1947, Morgen también sería testigo de la defensa en el juicio de Oswald Pohl"." Dos meses antes, en junio de 1947, había sido testigo de la defensa en el juicio principal de Buchenwald, durante los juicios de Dachau.