Während der Rosenkriege flüchtete Königin Margarete von Anjou mit ihrem Sohn Edward nach der Niederlage in der Schlacht von Northampton 1460 nach Harlech Castle. Jasper Tudor verstärkte die Besatzung der Burg nach der Niederlage von Towton 1461, und nach 1462 war die Burg der letzte Stützpunkt der Lancastrianer in Wales und wurde von einer Garnison unter Führung von Dafyd ap Eynon und Richard Tunstall verteidigt. Die Besatzung widerstand den Angriffen und Angeboten der Yorkisten, die Burg zu übergeben, und unternahm selbst Überfälle und Plünderungszüge in Nordwales. Nachdem Jasper Tudor im Juni 1468 nach Harlech zurückkehrte und mit einer Truppe unter seiner Führung einen Raubzug bis nach Denbigh unternommen hatte, beauftragte König Eduard IV. William Herbert mit der Eroberung der Burg. Herbert sammelte eine 9000 Mann starke Armee an der walisischen Grenze. Während sein Bruder Richard Herbert mit einem Teil der Streitmacht von Norden heranrückte und die Truppen Tudors besiegte, marschierte William Herbert von Süden heran. Beide Armeen verwüsteten die Umgebung der Burg und vereinigten sich vor der Burg, so dass sich die ausgehungerte Besatzung schließlich am 14. August 1468 ergab, nachdem Jasper Tudor aus der Burg geflüchtet war. Während der Waliser Dafyd ap Eynon von den Siegern begnadigt wurde, wurden Tunstall und die anderen Engländer nach London gebracht und im Tower inhaftiert, wo einige von ihnen hingerichtet wurden. Im Dezember 1468 begnadigte der König schließlich die übrigen Soldaten der Garnison. Jasper Tudor war der Einschließung der Burg entkommen. Diese Belagerung von 1461 bis 1468 gilt als längste Belagerung einer Burg in Großbritannien.