Efterfølgende blev de 3 uafhængige enheder under generalerne McDowell, John C. Frémont, og Nathaniel P. Banks samlet i generalmajor John Pope's Army of Virginia og McDowell ledte det III korps i denne hær. På grund af sine handlinger i Slaget ved Cedar Mountain, blev McDowell forfremmet til midlertidig generalmajor i den regulære hær i 1865; men i første omgang blev han bebrejdet den efterfølgende katastrofe i det Andet slag ved Bull Run. Han undgik skyld ved at vidne mod generalmajor Fitz John Porter, som Pope lod sætte for en krigsret for påstået ulydighed under slaget. Da Porter's dom blev annulleret i 1879 blev McDowells rygte besudlet af beskyldninger om, at han havde begået mened i sit vidneudsagn. Selv om han formelt slap for tiltale tilbragte McDowell de næste to år i reelt eksil fra hærens ledelse.