Vznikla krátko po vypuknutí Intifády al-Aksá a veľmi aktívne sa do nej zapájala. Brigády boli pomenované po Mešite al-Aksá, ktorá je symbolom hnutia za palestínsku nezávislosť a jedným z najposvätnejších miest islamu. Členovia brigád sa regrútujú predovšetkým z radov "Tanzim", mládežníckej skupiny v rámci Fatahu. Po smrti vodcu Fatahu Jásira Arafáta v novembri 2004 oznámili brigády, že budú ďalej vystupovať pod menom Brigády mučeníka Jásira Arafáta. Ministerstvo zahraničných vecí USA aj Európska únia zaradili Brigády mučeníkov al-Aksá na svoje oficiálne zoznamy teroristických organizácií.