また、日本はスリランカにとって中国、インドにつぐ3位の経済援助国であり、2004年12月のスマトラ島沖地震によるインド洋大津波では緊急支援として80億円の無償資金協力を供与した他、中長期的支援として約100億円の円借款を供与している。この他に無償資金協力によって1983年に完成したスリ・ジャヤワルダナプラ総合病院や1999年に完成したスリ・ジャヤワルダナプラ国立看護学校、1980年より開始されたコロンボ港再開発事業への支援などが日本の支援プロジェクトとして知られている。2019年には、コロンボ港東ターミナル（ECT）開発事業を日本、インド、スリランカ合同で行う覚書が締結された。