Behrami on pelannut Sveitsin nuorten maajoukkueissa, ja vuonna 2005 hän nousi Sveitsin A-maajoukkueeseen. Hän teki tärkeän maalin MM-jatkokarsintaottelussa Turkkia vastaan 12. marraskuuta 2005. Behrami on ollut mukana Sveitsin joukkueessa kuusissa arvokisoissa: Saksan MM-kilpailuissa 2006, Itävallan ja Sveitsin EM-kilpailuissa 2008, Etelä-Afrikan MM-kilpailuissa 2010, Brasilian MM-kilpailuissa 2014, Ranskan EM-kilpailuissa 2016 ja Venäjän MM-kilpailuissa 2018.