Après le coup d'État de Prague et le blocus de Berlin, l'Union soviétique fait exploser sa première bombe atomique ; la guerre froide commence. Frédéric Joliot, en toute connaissance de cause, lance l'appel de Stockholm le puis va trop loin pour les autorités le mois suivant en déclarant : . Il est immédiatement relevé de ses fonctions. Raoul Dautry en profite pour réorganiser le CEA et, l’année suivante, place à sa tête Francis Perrin, qui n'a pas signé l'appel. Le , Dautry meurt. Il est remplacé le par Pierre Guillaumat, compagnon de la Libération. Ce dernier va exclure les savants communistes et donner une nouvelle direction militaro-industrielle au Commissariat.