En 2007-2008, Karl Alzner joue sa quatrième saison complète au sein de l'organisation des Hitmen de Calgary de la Ligue de hockey de l'Ouest. En 200 matches, il a obtenu 81 points et 79 minutes de pénalité. Alzner a participé avec l'équipe LHOu au Défi ADT Canada-Russie de la Ligue canadienne de hockey en 2006. Lors du championnat du monde junior 2007 en Suède, Alzner remporte la médaille d'or et est un des piliers dans une défensive qui comptait déjà des noms tels que Luc Bourdon, Kristopher Letang et Marc Staal. Karl Alzner a participé à la Super Série 2007. Il est alors le défenseur numéro 1 pour la formation canadienne. Il a été élu joueur du match lors de la première rencontre disputée à Oufa. Le , il est rappelé par les Capitals et dispute sa première rencontre contre les Thrashers d'Atlanta le jour même. Il a remporté la Coupe Calder 2009 et 2010 avec les Bears de Hershey. Le , il signe un contrat de 5 ans avec le Canadien de Montréal en tant que agent libre sans compensation.