Das gescheiterte Attentat vom 20. Juli 1944, in dessen konkrete Planungen Lejeune-Jung nach eigenen Aussagen vor dem Volksgerichtshof nicht eingeweiht war, brachte dann alle Konzepte einer demokratischen Regierung des Deutschen Reiches jäh zu Fall. Lejeune-Jung wurde, wie Tausende andere, die in die gesamte Widerstandsbewegung um den 20. Juli mehr oder weniger involviert waren, Opfer einer Vergeltungsaktion der nationalsozialistischen Machthaber. Bereits am 11. August 1944 verhaftet, wurde er in das Zellengefängnis Lehrter Straße gebracht. Am 3. September erhob der Oberreichsanwalt beim Volksgerichtshof, Ernst Lautz, Anklage wegen Hoch- und Landesverrats. Unter den Mitangeklagten befanden sich u. a. Goerdeler, Wirmer und Leuschner – sämtlich Mitglieder der vorgesehenen neuen Reichsregierung.