В 1916 году академия переехала в здание "North American Hall of Birds and Mammals" в парке «Золотые ворота» ("Golden Gate Park"), ставшее их новым домом. В 1923 году добавился "Steinhart Aquarium", а в 1934 появился "Simson African Hall". В послевоенные годы строительство расширилось, появились новые здания: "Science Hall" (добавился в 1951 году), "Morrison Planetarium" (1952; этот планетарий стал 7-м крупнейшим планетарием в США); "Malliard Library", "Eastwood Hall of Botany", "Livermore Room" (все в 1959); "Cowell Hall" (1969). Новое землетрясение 1989 года нанесло очередной урон зданиям академии, часть которых была разрушена. В связи с этим было принято решение построить новое здание, которое было открыто 27 сентября 2008 года в парке «Золотые ворота» в Сан-Франциско.