Schon Mitte des 18. Jahrhunderts gab es Bestrebungen zu einer Stadtgründung an der Stelle des heutigen Varkaus, die wegen ihrer Lage an einer Wasserenge der Saimaa-Seenplatten von strategischer Bedeutung erschien. Letzten Endes scheiterten die Pläne aber, stattdessen wurde die Stadt Kuopio gegründet. Dafür errichtete die schwedische Marine 1792 einen Stützpunkt der Küstenartillerie in Varkaus. Dieser verschaffte dem Ort einen bescheidenen wirtschaftlichen Aufschwung, so wurden etwa eine Bäckerei und eine Schnapsbrennerei errichtet. Der Marinebasis angeschlossen war eine königliche Kornkammer auf der Insel Päiviönsaari, an die die ansässigen Bauern ihre Abgaben leisten mussten. Im Russisch-Schwedischen Krieg 1808–1809 räumten die Schweden Varkaus in einem geordneten Rückzug, so dass der Ort am 11. März 1809 kampflos von russischen Truppen eingenommen wurde. Nach zweimonatiger russischer Besatzung wurde Varkaus wiederum kampflos von den Schweden eingenommen, die sich aber nur bis zum russischen Sieg in der Schlacht von Joroinen behaupten konnten. Mit Ende des Krieges fiel Varkaus wie ganz Finnland an Russland.