В умовах, що змінилися, особи, що керували Баварією, прийшли до висновку, що її майбутнє лежить у союзі з Францією. Згідно з договором, підписаним з Наполеоном, при подальшому розширенні Французької Імперії Баварія повинна була отримати компенсації за втрачені території на лівому березі Рейна. У 1803 році в ході німецької медіатизації Баварія поглинула єпископства Вюрцбурзьке, Бамберзьке, Аугсбурзьке і Фрайзінгенське, частину Пассауського єпископства, територію двадцяти абатств і сімнадцяти міст та сіл; створена компактна територія була більш ніж достатньою компенсацією за втрачені анклави на протилежному березі Рейну. У війні третьої коаліції Баварія виступила вже як союзник Франції і Пресбурзьким миром отримала Тіроль з Бріксеном і Трентом, Форарльберг, правобережжя Інна, Бурган і Ліндау, а також Пассау і Айхштет, відірвані від Зальцбурзького курфюрства (щоправда, в обмін на Тіроль довелося виділити колишньому Зальцбурзькому курфюрсту Велике герцогство Вюрцбург), а титул правителя Баварії був підвищений з «курфюрста» до «короля». За цей Максиміліану довелося видати дочку Августу заміж за наполеонівського пасинка Євгена де Богарне.