Nell'anno del suo ritorno in patria, Beresford venne inviato a Madeira che occupò in nome del re del Portogallo, rimanendovi per sei mesi come governatore e comandante in capo delle truppe locali. Il governo portoghese in esilio a Rio de Janeiro (Brasile) aveva capito la necessità di incominciare a ristabilire un aggancio con l'Europa il che poteva essere fatto proprio tramite un valoroso militare conoscitore di entrambi i fronti di azione e in grado di risollevare il demoralizzato esercito portoghese. Per tale motivo il re portoghese chiese al Regno Unito di nominare inizialmente Arthur Wellesley a questo incarico, ma il futuro duca di Wellington dovette dare il proprio diniego per altri impegni in madrepatria e come tale raccomandò a sostituirlo Beresford. Egli venne nominato maresciallo e comandante in capo delle truppe portoghesi per decreto reale del 7 marzo 1809 e prese il comando effettivo il 15 marzo di quello stesso anno. A quel tempo, il maresciallo Soult aveva già attraversato il Portogallo con le proprie armate occupando Porto. Beresford riuscì velocemente a disciplinare le forze portoghesi secondo i costumi anglosassoni e dal suo quartier generale di "Largo do Calhariz", egli promosse subito degli ordini del giorno posti a ristabilire le norme della fanteria, a creare un comando generale per l'artiglieria, a stabilire la separazione per i battaglioni ed a rimpiazzare gli incompetenti.