Lasciato per anni in stato di abbandono a partire dagli anni settanta, in varie riprese, il complesso fu sottoposto a parziali lavori di manutenzione ma solo nel 1986 fu oggetto di un completo restauro; nel 1992, in occasione delle celebrazioni colombiane, fu restaurata la facciata. Altri interventi seguirono nei primi anni duemila. Nonostante il lungo periodo di abbandono e diversi tentativi di restauro interrotti per mancanza di fondi e problemi burocratici, la struttura si presenta oggi in un discreto stato di conservazione. La chiesa è tuttora proprietà dell'ordine benedettino, con decreto del cardinal Angelo Bagnasco del 18 febbraio 2015 è stata ridotta "ad uso profano non indecoroso", mentre il resto del complesso appartiene al demanio dello Stato che l'ha affidato al Ministero dei Beni Culturali.