Fran speelde zestien interlands voor het Spaans nationaal elftal, waarin hij tweemaal scoorde. De middenvelder debuteerde op 27 januari 1993 tegen Mexico (1-1). In 1999 maakte Fran op 27 maart tegen Oostenrijk (9-0 winst) en op 31 maart tegen San Marino (0-6 winst) zijn twee interlanddoelpunten. Hij behoorde in 2000 tot de Spaanse selectie voor het Europees kampioenschap in Nederland en België. Fran speelde in twee van de vier wedstrijden van Spanje op het toernooi als basisspeler: tegen Noorwegen en Joegoslavië in de groepsfase. De wedstrijd tegen Joegoslavië op 21 juni 2000 was zijn laatste interland.