Con la squadra emiliana non evita la retrocessione in Serie B, categoria nella quale viene riconfermato sotto la guida di Walter Novellino. Nella stagione 2000-2001 contribuisce al ritorno in Serie A del Piacenza con 5 reti in 35 partite, e nell'annata successiva mette a segno 7 reti nella massima serie (record personale). A fine stagione si svincola dal Piacenza per passare all'Atalanta, dove rimane per due stagioni conquistando la promozione in Serie A al termine del campionato 2003-2004. Durante questo campionato si rese protagonista di un episodio curioso nella partita Avellino - Atalanta: l'arbitro Dondarini assegnò un rigore agli irpini e durante le proteste vibranti dei giocatori dell'Atalanta che ne seguirono, Gautieri cancellò il dischetto di rigore con i piedi formando una piccola buca. Questo episodio gli costò un deferimento. Nell'estate 2004 viene acquistato dal Lecce, dove ritrova Zeman, ma prima dell'inizio del campionato ritorna all'Atalanta per motivi familiari, dove gioca una prima parte di stagione da rincalzo segnando due reti. A gennaio scende in Serie C1 passando al , squadra della sua città natale, ma la sua permanenza dura appena un mese (5 presenze e 1 gol), e alla chiusura del mercato torna al Piacenza, questa volta in Serie B.