В 1952—1954 годы Л. Эчеверриа Альварес находился на ответственной работе в Министерстве морского флота, в 1954-57 гг. в Министерстве просвещения. в 1958-63 гг. — заместитель министра внутренних дел. В 1964-69 гг. — министр внутренних дел Мексики. Был обвинён в расстреле студенческой демонстрации 2 октября 1968 года, но десятилетия спустя был оправдан специальным трибуналом, который расследовал все обстоятельства случившегося. Тем не менее, подобные бойни не прекращались и в его президентство: так, в 1971 году военные расстреляли демонстрацию левых студентов на праздник Тела и Крови Христовых.