Son père n'a pas pu les accompagner en raison d'obstacles mis par le président Bernardino Rivadavia, qui ne voulait pas que Saint-Martin entrât dans la ville. En 1818, après la Bataille de Maipú et victoire de la campagne "Libertadora" au Chili, Saint-Martin revient à Buenos Aires, où, une fois réuni avec sa famille, il en repart avec elle pour s'installer à nouveau à Mendoza et à la Chacra de Barriales. Lorsque Mercedes avait autour de deux ans, la santé de sa mère Remedios s'aggrave. Cela oblige Saint Martin à retourner à nouveau à Buenos Aires pour y laisser Mercedes aux soins de ses grand-parents et surtout de sa tante María Eugenia Escalada de Demaría tandis qu'il repart au Chili pour continuer la campagne "Libertadora" vers le Pérou. Le , sa mère Remedios décède de tuberculose et Mercedes reste donc à la charge de sa grand-mère Tomasa.