Im Oktober 2000 ließ Guéï eingeschränkt freie Wahlen zu. Als er erkennen musste, dass sein Gegenkandidat Laurent Gbagbo und dessen Front Populaire Ivoirien als Sieger aus den Wahlen hervorgegangen waren, weigerte er sich, das Ergebnis anzuerkennen. Gbagbo hatte bereits vor der Wahl seine Anhänger zum Protest aufgerufen, sollte es zu Wahlmanipulationen kommen. So kam es nach der Wahl zu einer allgemeinen Protestwelle, bei welcher sich die FPI-Anhänger mit Hilfe der mit der FPI sympathisierenden Gendarmerie durchsetzten. Guéï wurde zum Rücktritt und zur Flucht gezwungen. In der Folge kam es jedoch zu weiteren Zusammenstößen zwischen Anhängern der FPI und der RDR, deren Kandidat Ouattara bereits vor den Wahlen durch das Concept d’Ivoirité ausgeschlossen worden war. Zahlreiche Todesopfer waren die Folge dieser Zusammenstöße, wobei die meisten Opfer unter den RDR-Anhängern waren. Diese meist aus dem Norden stammenden Ivorer muslimischen Glaubens fielen zu einem Großteil Pogromen der Gendarmerie zum Opfer, wenngleich indirekt auch die FPI der Massaker beschuldigt wurden.