Après un bref retour à la tête du Togo, il devient le sélectionneur de l'équipe du Nigeria en novembre 2011. Il mène l'équipe à la victoire lors de la CAN 2013. Il est le deuxième Africain à remporter le trophée continental en tant que joueur et entraîneur, après l’Égyptien Mahmoud El-Gohary. Il qualifie son pays pour la phase finale de la Coupe du monde de football de 2014 au Brésil, le Nigeria quittant la compétition au stade des huitièmes de finale après une défaite sur le score de deux buts à zéro face à la France.