W lipcu 1656 roku w czasie potopu szwedzkiego po bitwie o Warszawę kościół, kaplica i zabudowania klasztorne zostały zniszczone i ograbione. Dopiero darowizny kasztelana krakowskiego Stefana Warszyckiego i wojewody sandomierskiego Michała Warszyckiego, pozwoliły na odbudowę. Następne zniszczenia dotknęły zespół klasztorny bernardynów w czasie Insurekcji kościuszkowskiej, gdy po bohaterskiej obronie Pragi 4 listopada 1794 r. Rosjanie zdobyli Pragę dokonując rzezi ludności. Na cmentarzu znajdującym się wokół świątyni chowano ofiary tych wojen.