Pendant la première présidence de George W. Bush, il a occupé le poste d'assistant spécial du président et directeur senior du Conseil de sécurité nationale pour les affaires du Proche-Orient et d'Afrique du Nord. Il parvient en particulier, à la suite des élections palestiniennes de 2006, à empêcher la constitution d'un gouvernement palestinien de coalition entre le Fatah et le Hamas, contribuant ainsi à obliger le gouvernement élu (issu du Hamas) à s’exiler dans le bande de Gaza. Il prend aussi part à la planification de la guerre en Irak. En 2002, il aurait, selon une enquête du quotidien britannique "The Guardian", encouragé le coup d’État contre le président vénézuelien Hugo Chavez.