Как указывает профессор В. Ф. Мамонов, «История казаков», безусловно, является серьёзной по своему характеру работой, однако несколько завышенной является оценка А. А. Гордеевым роли казачества в разгроме войск хана Мамая, свержении монголо-татарского ига вообще, и в формировании Русского государства, спорными являются выдвинутая им версия этногенеза и происхождения казачества и датировка зарождения казачества. Гипотезу о происхождении казачества от чёрных клобуков нельзя считать принятой в академической среде. Кроме того, для Гордеева характерно также, что научная полемика в его монографии местами переходит в публицистику, принимает политико-идеологические формы, что претит классической науке.