В болоте Сапата выделено несколько зон заповедных зон, такие как природный заповедник болота Сапата и заповедник дикой природы Лас-Салинас, являющийся частью более крупного биосферного резервата Сапата общей площадью 6 тыс. км². Это крупнейшее природоохранная область не только на Кубе, но и во всей Вест-Индии. Болото известно не только своим размером, но и тем, что его водные угодья сохранились лучше чем другие, расположенные на Антильских островах. В 1971 году болоту Сапата присвоен статус «заболоченной территории международного значения» в соответствии с Рамсарской конвенцией. В середине 2001 года под защиту этой конвенции дополнительно попало 4520 км² болота.