En 1991 il est nommé sélectionneur des États-Unis dont le pays organise la Coupe du monde 1994. Les États-Unis remportent la Gold Cup 1991 puis terminent troisième de la Coupe des confédérations 1992. En 1993, les États-Unis s'inclinent en finale de la Gold Cup contre le Mexique. Lors de la Coupe du monde 1994, les États-Unis franchissent le premier tour et sont éliminés en huitième de finale par le Brésil, futur vainqueur de la compétition. Milutinović y gagne le surnom de « Miracle worker ». Il quitte la sélection des États-Unis en 1995 pour rejoindre celle du Mexique. Il les qualifie pour la Coupe du monde 1998 mais est remercié en 1997 à quelques mois de la Coupe du monde. Il s'engage alors avec le Nigeria qu'il mène en huitième de finale de la Coupe du monde 1998 (défaite contre le Danemark).