A Indonésia invadiu o Timor-Leste, que anteriormente tinha sido uma colônia portuguesa, em 1975. Depois disso, o governo indonésio encorajou políticas militares repressivas para lidar com os protestos étnicos e a resistência armada na área e incentivou o assentamento à região por povos de outras partes da Indonésia. A violência entre 1975 e 1993 tinha reivindicado entre 120.000 e 200.000 pessoas. A repressão entrou nos holofotes internacionais em 1991, quando um protesto em Dili foi interrompido pelas forças indonésias que mataram mais de 250 pessoas e centenas de outras ficaram desaparecidas. O massacre de Santa Cruz, como o evento tornou-se conhecido, chamou significativa atenção internacional para a questão (destacada com o Prêmio Nobel da Paz de 1996 sendo fornecido para Bispo Carlos Filipe Ximenes Belo e o líder da resistência José Ramos-Horta). Na sequência do clamor internacional, o governo indonésio começou a organizar um grande número de grupos paramilitares em Timor-Leste que continuaram assediando e matando ativistas pró-independência. Ao mesmo tempo, o governo da Indonésia aumentou significativamente os esforços de reassentamento da população para a área e de destruição da infra-estrutura e do ambiente utilizado pelas comunidades timorenses. Isso acabou resultando em uma força de intervenção internacional a ser implantada para uma votação pela população para a independência de Timor Leste em 1999. A votação foi significativa a favor da independência e as forças indonésias se retiraram, embora os paramilitares continuariam realizando ataques de represália por alguns anos.