У 1892 р. Брюс облишив свої медичні дослідження в Единбурзькому університеті та приєднався до експедиції китобійного спорту в Антарктиді як науковий асистент. Після цього проходили арктичні подорожі до Нової Землі, Шпіцбергена та Землі Франца-Йосифа. У 1899 році Брюс, найдосвідченіший полярний вчений Великої Британії, подав заявку на посаду в Експедицію відкриття Роберта Фалькона Скотта, але затримка з цим призначенням і сутички з президентом Королівського географічного товариства (СРС), сер Кліментс Маркхем, привели його до організації своєї власної експедиції. Цей факт став приводом для постійної ворожнечі з британським географічним закладом. Хоча Брюс отримав різні нагороди за свою полярну роботу, в тому числі й почесний докторський ступінь в Абердинському університеті, ані він, ані хтось із його колег по СНД не був рекомендований RGS за престижну Полярну медаль .