С укреплением в Сибири Советской власти, Иванов был уволен из университета — формально с 15 декабря 1919 года (постановлением Сибирского отдела народного образования вышло 15 апреля 1920). Весной 1921 года он предстал перед судом Томского губернского революционного трибунала — по делу о «сибирской реакционной прессе». Вместе с профессором Иосифом Аносовым, Иванова обвинили в организации дружины «Святого Креста», целью которой, по версии обвинения, была вооруженная борьба с большевистскими властями и защита православной церкви; их также обвинили в публикации серии статей в белогвардейской печати, содержавших обвинения членов большевистской партии в гонениях на церковь и репрессиях против священнослужителей. Первоначально Иванов был приговорен к расстрелу, но по амнистии ВсеЦИКа высшая мера наказания была заменена для него на четырёхлетнее заключение (в доме принудительных работ).