À la déclaration de guerre, l'unité de Bowen est déménagée à St Athan dans le sud du Pays de Galles. Une des premières choses qu'il tente est la détection d'un sous-marin par radar. À ce moment-là, le magnétron à cavité avait été amélioré par John Randall et Harry Boot et cet amplificateur puissant permettait à un radar aéroporté de devenir un outil important dans ce domaine. En décembre 1940, des avions opérationnels détectent les sous-marins à plus de . Cette technologie sera un facteur majeur de la victoire dans la bataille de l'Atlantique, et finira par rendre possible la coordination des forces en mer nécessaire pour le débarquement de Normandie.