Am 28. November 1975 rief die FRETILIN einseitig die Unabhängigkeit Osttimors von der Kolonialmacht Portugal aus. Am 7. Dezember landeten indonesische Truppen in Dili (Operation Seroja) und besetzten das Land. Bonaparte wurde lebend das letzte Mal am 8. Dezember auf der Werft von Dili gesehen, wo die Indonesier zahlreiche Menschen hinrichteten und die Toten ins Wasser warfen. Auch seine Schwester Rosa gehört zu den dortigen Opfern.