En 1582, la conversión de Gebhard Truchsess von Waldburg, el arzobispo de Colinia al luteranismo llevó a una guerra entre Gebhard, que rechazó abandonar su archidiócesis y el duque Ernesto de Baviera, quien había sido elegido como su sucesor. Gebhard intentó convertir la archidiócesis al luteranismo y se alió con la condesa Inés de Mansfeld-Eisleben. Jacobo combatió en esta guerra a las órdenes del general español Alejandro Farnesio, duque de Parma. Más tarde sirvió a las órdenes del duque católico Carlos III de Lorena.