В 1990-е годы отношения между странами были в целом хорошими. Румыния была первым государством признавшим независимость Молдавии и оказывала существенную поддержку в становлении органов власти молодой республики. Молдаване и румыны имели разное отношение к основным социальным и политическим вопросам вследствие того, что Молдавия была частью Российской империи (Бессарабская губерния) и Советского Союза (Молдавская Советская Социалистическая Республика), а Румыния была независимым королевством, а затем стала социалистической республикой. В 1990-е годы многие румыны воспринимали молдаван как «обрусевших» и относились к ним снисходительно, что мешало преодолеть культурные различия и было источником растущего недовольства среди большинства молдаван. В те годы Президент Румынии Ион Илиеску старался поддерживать позитивные отношения с Россией и не стал вмешиваться в Вооружённый конфликт в Приднестровье.