La política, no obstante, fue al poco tiempo chispa de conflicto dentro del equipo. El 23 de mayo de 1948 la decisión del consejo de administración del club de enviar un telegrama a la Asociación Helénica de Atletismo Amateur (en griego: "Σ.Ε.Γ.Α.Σ.") con motivo de la celebración anual de la Competición Panhelénica de Atletismo incluía deseos de que "la rebelión" hubiese terminado. Varios miembros de izquierdas del club la percibieron como un telegrama político griego en el contexto de la Guerra Civil y se distanciaron del equipo. Pocos días después, el 4 de junio de 1948, se fundó el Club Atlético Omonia de Nicosia. El Omonia se considera el equipo rival del APOEL y tradicionalmente ha habido una cierta animosidad entre los fanes de los dos equipos.