За керівництва Фернандеса вибухнула також і Каргільска війна з Пакистаном 1999 року. Перемога в цілому залишилася за Індією, але міністерство оборони тоді було піддано критиці за малоефективність військових спецслужб. Фернандес відмовився визнати критику справедливою. Виникали конфлікти міністра і з командуванням ВМФ, переважно з кадрових питань.