Во время французского нашествия в 1812 году архив был вывезен в Нижний Новгород. В 1834—1882 гг. из Московского главного архива было выделено Государственное древлехранилище хартий и рукописей — наиболее ценная часть собрания, хранившаяся в стенах Московского Кремля и находившаяся в ведении Московской дворцовой конторы.