Étienne, tentant de contrer ce soulèvement, vient l'assièger vers la fin du printemps 1139. Mais constatant que le château est imprenable, il fait construire un contre-château qu'il confie à Henri de Tracy, lord de Barnstaple. Le , Étienne est capturé par Ranulf de Gernon, le comte de Chester, et Robert de Gloucester à la bataille de Lincoln. Guillaume de Mohun accompagne, avec d'autres, Mathilde l'Emperesse dans son avancée vers Londres. Dans une charte rédigée dans cette ville à l'été, il est désigné en tant que comte, alors que ce n'était pas le cas les mois précédents. D'après l'auteur du "Gesta Stephani", il est comte de Dorset, mais Mathilde s'adresse à lui en tant que comte de Somerset fin 1142. Il est au siège de Winchester en , qui voit la déroute de l'armée de l'Emperesse, et la capture de son commandant militaire et demi-frère Robert de Gloucester. Après un échange de prisonniers, Étienne d'Angleterre retrouve finalement son trône.