В XV—XVI веках Орден участвовал в нескольких войнах с польско-литовским союзом, возникшим в 1386 году. В 1410 году, во время так называемой «Великой войны» 1409—1411 годов, орденское войско потерпело крупное поражение в битве под Танненбергом (Грюнвальдом). В феврале 1412 года в Торне (Торунь) был подписан мирный договор, в соответствии которым стороны решили в территориальном отношении вернуться к довоенной ситуации. Однако после Второго Торнского мира в 1466 году Орден потерял территорию, которая позже была названа Западной Пруссией, и Эрмландию. Третья война (1519—1521 годы) так и не была окончена, однако она окончательно ослабила орденское государство.