Col passare degli anni il protestantesimo francese assunse un carattere politico molto differente, reso ancor più ovvio dalla conversione di aristocratici negli anni 1550; in questo contesto si svilupparono le guerre di religione. Lo sdegno e le atrocità commesse dai soldati delle varie fazioni segnarono questo periodo di debolezza e di guerre civili continue, e divenne presto emblematica a tal proposito la strage di san Bartolomeo, che vide morire sotto le lame cattoliche tra i 5000 e i 30'000 ugonotti. Il conflitto si concluse nel 1598 con l'editto di Nantes.