Yhdysvaltain vapaussodan päätyttyä brittiläiset lojalistit pakenivat pohjoiseen ja perustivat vuonna 1783, "Parr Townin" ja "Carletonin" kaupungit Saint John -joen suun vastakkaisille puolille. Kaksi vuotta myöhemmin kaupungit yhdistyivät ja yhdistynyt kaupunki nimettiin sen läpi virtaavan joen mukaan. Saint John on Kanadan ensimmäinen ja vanhin virallistettu kaupunki (city). Vuoden 1812 sodan aikana kaupunki oli tärkeä puolustusasema, ja sinne rakennettiin Martello-torni puolustamaan kaupungin satamaa.