Hinzu kam, dass von 430 v. Chr. bis 426 v. Chr. ein Drittel der Einwohner der Stadt an einer Epidemie starben (siehe Attische Seuche). DNA-Untersuchungen, die griechische Forscher der Nationalen und Kapodistrias-Universität Athen 2006 an Skeletten aus dieser Zeit vornahmen, legen nahe, dass es sich dabei um Typhus handelte, nicht um die Pest, wie vorher angenommen wurde. Allerdings wurden diese Befunde kurz darauf wieder in Zweifel gezogen. Auch Perikles starb 429 v. Chr. an den Folgen dieser Epidemie.