Débutant le , le brigadier général commandant de la garnison, défend New Madrid et Island No. 10 contre un siège de l'armée de l'Union du Mississippi sous les ordres du brigadier général John Pope. McCown est promu major général le , et ordonne l'évacuation des positions de New Madrid vers Island No. 1 le soir du après plusieurs jours de siège. McCown est critiqué pour avoir abandonné les armes et le ravitaillement dans une retraite hâtive de ses positions à New Madrid. Parmi les critiques, McCown est accusé d'ivresse et est remplacé par pendant la bataille d'Island No. 10. Néanmoins, McCown est défendu plus tard dans une lettre du d'Henry S. Foote Jr à qui attribue les rumeurs d'ivresse qui circulent au frère de McCown et en raison de la jalousie à l'encontre de la récente promotion de McCown. Foote appelle la lettre de son fils un dans &lt;ref name="Crist/Dix/Williams"&gt;&lt;/ref&gt;. À la suite de la reddition des garnisons confédérées après la bataille, il commande la 2nd division de l'armée de l'ouest d'avril au où il assure le plein commandement de l'armée de l'ouest.