Obgleich er es bis dahin auf wenige Einsatzminuten gebracht hatte, nominierte ihn der Nationaltrainer für das 23-Mann-Aufgebot, das am CONCACAF Gold Cup 2013 teilnahm. Nachdem er noch einen Tag vor Turnierstart bei einem freundschaftlichen Länderspiel gegen Guatemala einen Assist zum 6:0-Kantersieg beisteuerte, als er über eine Halbzeit eingesetzt wurde, startete er mit dem Team in einen erfolgreichen CONCACAF Gold Cup. Bis auf die Viertelfinalpartie gegen El Salvador, als er einsatzlos auf der Ersatzbank saß, wurde Stu Holden in allen Spielen seiner Mannschaft, teilweise sogar über die volle Spieldauer, eingesetzt. Im ersten Gruppenspiel gegen Belize, einem 6:1-Erfolg, steuerte er auch einen Treffer bei. Beim 1:0-Finalsieg über Panama am 28. Juli 2013 erlitt Holden erneut einen Riss des vorderen Kreuzbandes, diesmal jedoch im rechten Knie, woraufhin er abermals monatelang pausieren musste und danach nicht mehr in die Nationalmannschaft fand. Erst Anfang des Jahres 2016 durfte er unter Klinsmann als Gastspieler wieder mit der US-Nationalmannschaft trainieren, ehe er kurz darauf sein offizielles Karriereende bekanntgab.