En Malaisie, Hamilton, en pole position, a pris quelques encablures d'avance au moment où Sebastian Vettel, ayant raté son freinage, percute Rosberg et l'envoie en tête-à-queue. Lors du tour, le moteur d'Hamilton explose et, loin derrière les Red Bull, Rosberg se contente de la troisième place et augmente son avance au championnat. Ce seizième Grand Prix de la saison marque la deuxième et dernière défaite de Mercedes en 2016 et la fin d'une série de dix victoires consécutives entamée à Monaco. Au Japon, les Mercedes partent en première ligne (Rosberg devant Hamilton, l'Allemand réalisant sa et dernière pole position en Formule 1) mais Hamilton rate son départ et perd des places. Rosberg remporte sa et dernière victoire en Formule 1, devant la Red Bull de Verstappen qui a résisté aux assauts d'Hamilton. À quatre Grand Prix de la fin de la saison, Mercedes est sacrée championne du monde des constructeurs pour la troisième fois consécutive alors que Nico Rosberg, en tête du championnat des pilotes avec 33 unités d'avance sur Hamilton, a en perspective un premier titre mondial et peut se permettre de gérer son avance en terminant à chaque fois deuxième derrière son rival.