Pada 499 SM, Athena turun-tangan membantu pemberontakan di Miletus yang mengakibatkan Sardis habis dijarah-rayah. Keikutsertaan Athena memicu pemakluman perang dari Kekaisaran Akhaimenia terhadap Yunani daratan. Peperangan ini dikenal sebagai Perang Yunani-Persia yang berlangsung sepanjang paruh pertama dari abad ke-5 SM, dan dikenang sebagai salah satu perang terpenting dalam sejarah Eropa. Pada invasi pertama Persia atas Yunani, Mardonius, Panglima Persia, berhasil menggiring Trakia dan Makedonia kembali ke dalam keutuhan wilayah Persia. Meskipun demikian perang ini mengakibatkan pihak Persia menderita kekalahan. Penerus Darius, Ahasyweros I melancarkan invasi kedua Persia atas Yunani. Pada saat genting dalam perang ini, hampir seluruh wilayah Yunani daratan telah dikuasai Persia, termasuk seluruh daerah kekuasaan Yunani di tanah genting Korintus, Meskipun demikian perang ini juga menghasilkan kemenangan di pihak Yunani, setelah melewati pertempuran di Plataia dan Salamis yang mengakibatkan Persia kehilangan landasan pijaknya di Eropa, dan akhirnya mundur dari benua itu. Dalam perang Yunani-Persia, pihak Persia yang berhasil mendapatkan begitu banyak wilayah kekuasaan menggempur dan menjarah Athena pada 480 SM. Akan tetapi, setelah serangkaian kemenangan diraih Yunani, pihak Persia terpaksa mundur dan dengan demikian kehilangan kendali atas Makedonia, Trakia, dan Ionia. Peperangan berlanjut selama beberapa dasawarsa sesudah invasi kedua yang dilancarkan pihak Persia berhasil dihalau oleh negara-negara kota Yunani yang bersatu di bawah pimpinan Athena dalam Persekutuan Delos, dan berujung pada perjanjian damai Kallias pada 449 SM yang mengakhiri Perang Yunani-Persia. Pada 404 SM, begitu Darius II mangkat, Mesir memberontak di bawah pimpinan Amyrtaeus. Para firaun sesudahnya berhasil mempertahankan diri terhadap upaya-upaya Persia untuk menaklukkan kembali Mesir sampai pada 343 SM, tatkala Mesir ditaklukkan kembali oleh Artahsasta III.