Les Nazis remportent le conseil municipal en 1933 et appliquent rapidement leurs idées. Ainsi, la synagogue est incendiée lors de la Nuit de Cristal, en 1938. En 1940, les Juifs de Fribourg sont déportés au camp de Gurs, dans les Pyrénées-Atlantiques. Le 10 mai 1940, la Luftwaffe bombarde accidentellement la ville. 57 personnes sont tuées. Les bombardements les plus intenses ont lieu le 27 novembre 1944, pendant l"Opération Tigerfish", conduite par la Royal Air Force. Près de personnes meurent dans le bombardement et la ville est gravement endommagée. Dans la vieille-ville, seule la cathédrale est relativement épargnée. Le 21 avril 1945, les forces françaises de la armée française, occupent la ville, et en octobre, elle est visitée par Charles de Gaulle.