בהמשך הפכה העיר למרכז מנהלי ומסחרי חשוב של האיחוד הפולני-ליטאי, בשל מיקומה על הדרך וילנה-הורדנה-ורשה והייתה לאחוזת המלך הפולני. העיר נפגעה ב-1655 בשריפה גדולה במסגרת מלחמת רוסיה-פולין ונפגעה שנית ב-1706 במסגרת המלחמה הצפונית הגדולה, פגעים אלה הביאו לירידת קרנה כעיר מסחר מרכזית. מעמדה שב וירד עם חלוקת פולין, עת הפך כל הפלך לחלק מהאימפריה הרוסית. בעת מלחמת רוסיה–צרפת (1812) שבה העיר ונבזזה, ככל הנראה שוקם מבצר העיר העתיק על ידי כוחות נפולאון. לאחר ההתקוממות הפולנית של 1863 ידעה העיר תנופת פיתוח מואצת ונבנו בה בתים עשויים לבנים, במקום בתי העץ שאפיינו אותה ושגרמו לשריפות חוזרות ונשנות, בהם "השרפה הגדולה" בשנת 1895 בה נשרפו כמעט כל בתי העיירה וכן פנקס הקהילה ורישומי החברה קדישא, עובדה המקשה על מחקר האוכלוסייה היהודית בעיר. בתקופה זו הגיע שיעור היהודים בקרב תושבי העיר לכ-80% (שיא שנרשם ב-1820).