במאי 1944 הפליגה מוסאשי לאי טאווי-טאווי, השוכן מערבית לאי מינדנאו שבפיליפינים. שם הצטרפה עם יאמטו לצי הראשון, תחת פיקודו של תת-אדמירל ג'יסאבורו אוזאווה. ב-10 ביוני הפליגו אוניות המערכה לבאצ'אן כהכנה להתקפה על הכוחות האמריקנים בגינאה החדשה, אך יומיים לאחר מכן פנה כוח המשימה לאי סאיפאן, בתגובה לנחיתת האמריקנים באי. ב-16 ביוני חברו אוניות המערכה לצי השני של טקאו קוריטה, והמשיכו מזרחה לאיי מריאנה. בקרב ים הפיליפינים, על אף שמוסאשי לא נפגעה כלל, נחל הצי הקיסרי תבוסה ובסופו שב הצי השני ליפן. ב-8 ביולי הובילו מוסאשי ויאמטו את חיילי רגימנט הרגלים ה-106 של הצבא היפני הקיסרי לאי לינגה שבאינדונזיה.