Η κατάσταση του Τευτονικού Τάγματος έπαψε να υπάρχει το 1525 όταν ο Μέγας Μάγιστρος Αλβέρτος της Πρωσίας εισήγαγε την εκκοσμίκευση, διακήρυξε το Δουκάτο της Πρωσίας και έγινε υποτελής του Σιγισμούνδου Α΄ της Πολωνίας. Η πρωσική γραμμή Χόενζολερν εξαφανίστηκε το 1618 με το θάνατο του Άλμπερτ Φρέντερικ και το Δουκάτο κληρονομήθηκε από τη γραμμή του Βρανδεμβούργου. Η Πρωσία μπήκε ταυτόχρονα σε μια προσωπική ένωση με το ελεκτοράτο του Βρανδεμβούργου, γνωστό ως Βρανδεμβούργο-Πρωσία, παραμένοντας υπό την πολωνική κυριαρχία μέχρι τη Συνθήκη της Ολίβα το 1660. Ο θρόνος κληρονομήθηκε από τον Φρειδερίκο Α΄ της Πρωσίας, ο οποίος ήθελε να ενώσει το Δουκάτο με το Βρανδεμβούργο και ήθελε επίσης να ανακηρυχθεί ο ίδιος βασιλιάς της Πρωσίας και ως εκ τούτου συμμετείχε στους νεοκαθιερωμένους ρωσικούς διαμελισμούς της Πολωνίας, στους οποίους η Βαρμία προσαρτήθηκε από το Βασίλειο της Πρωσίας και στο εξής έγινε μέρος της νεοσύστατης επαρχίας της Ανατολικής Πρωσίας έως το 1945. Μαζί με το υπόλοιπο Βασίλειο, η περιοχή έγινε μέρος της Βόρειας Γερμανικής Συνομοσπονδίας, της Γερμανικής Αυτοκρατορίας, της Δημοκρατίας της Βαϊμάρης και της Ναζιστικής Γερμανίας. Μετά το τέλος του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, τόσο ο γερμανικός όσο και ο σλαβικός πληθυσμός της Μαζουρίας εκδιώχθηκαν από την πολωνική κυβέρνηση. Το 1914, η επαρχία μετατράπηκε σε πεδίο μάχης, βλέποντας αξιοσημείωτες μάχες, όπως η Μάχη του Τάνενμπεργκ ως μέρος του Ανατολικού Μετώπου του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου.