Während der Schleswig-Holsteinischen Erhebung galt d’Aubert als politisch nicht opportun und legte unter anderem den Titel des Kammerjunkers ab. Die Regierung empfahl ihm 1853, darum zu bitten, aus allen städtischen Ämtern ausscheiden zu dürfen. D’Aubert handelte wie empfohlen und erhielt ab dem 1. August 1853 eine Pension. Er behielt jedoch die Gerichtshalterschaft in den Großherzoglich-Oldenburgischen Fideicommiß und Allodialgütern, die er seit ungefähr 1834 innehatte.