La Roma commence sa saison 2016-2017 par un échec cuisant, balayée par le FC Porto en barrages pour la Ligue des Champions. Reversée en Ligue Europa, la Roma sort facilement de sa poule et élimine Villarreal (4-0, 0-1), avant de tomber face à l’Olympique lyonnais en huitièmes de finale (2-4, 2-1). En championnat, le club se montre régulier et termine à nouveau deuxième derrière la Juventus. Cette saison marque la fin d'une époque puisqu'il s'agit de la dernière de la légende Francesco Totti, qui se retire des terrains à l'issue de la saison. Le dernier match de l'année remporté face au Genoa (3-2) est ainsi le tout dernier disputé par la légende de la Roma, qui reçoit un hommage poignant de la part de ses tifosi.