28 мая 1918 года Азербайджан принимает Декларацию независимости. Для того чтобы спасти народ от физического уничтожения, новое правительство запрашивает у Османского государства военную поддержку на основании IV пункта Батумского договора, подписанного 4 июня 1918 года между АДР и Османским государством. После этого под командованием Нуру-паши создаётся Кавказская исламская армия. Агаоглу как советник Нуру-паши по политическим вопросам отправляется вместе с Кавказской исламской армией в Азербайджан. Когда армия достигает Гянджи, между Нуру-пашой и азербайджанским правительством возникают разногласия, которые становятся причиной июньского кризиса. Речь идёт о расхождении во мнениях между сторонниками создания национального правительства и сторонниками присоединения Азербайджана к Османскому государству. Агаоглу выступал за присоединение к Османской империи. Он воспринимал представительство в двух разных государствах азербайджанских и анатолийских тюрков, столь близких друг к другу географически, культурьно, лингвистически и этнически, как разобщение. Несмотря на столь серьёзную напряжённость, Ахмед-бек в период проживания в Гяндже учреждает газету «Тюрк сёзю» («Тюркское слово»). Но из-за того, что армия пришла в движение для освобождения Баку, в свет вышло лишь два номера этой газеты.