Em 28 de novembro de 1999, após uma guerra civil devastadora e a deposição de João Bernardo Vieira, realizaram-se novas eleições presidenciais. Kumba Ialá terminou em primeiro lugar com 38,81% dos votos seguido pelo presidente interino e candidato do PAIGC, Malam Bacai Sanhá, que obteve 23.37%. O segundo turno realizado em 16 de janeiro de 2000 foi facilmente vencido por Yalá que recebeu 72% dos votos.