Nel 1968 conosce Franco Piperno, insieme al quale condivide la leadership romana nei movimenti studenteschi di protesta del 1968 ed il 1º marzo partecipa agli scontri di Valle Giulia, che segneranno una svolta nella contestazione politica di quegli anni. Il 16 marzo rimase gravemente ferito alla spina dorsale da un banco lanciato dall'ultimo piano della facoltà di Giurisprudenza, dove si erano rifugiati centinaia di militanti del Movimento Sociale Italiano e Volontari Nazionali, guidati da , Giulio Caradonna e Massimo Anderson, andati alla Sapienza con l'intenzione di fermare l'occupazione. Nello stesso anno Scalzone frequenta Parigi e il suo movimento di contestazione (maggio francese). Nel 1969 fonda, con Franco Piperno e Toni Negri, l'organizzazione Potere Operaio, ispirata all'operaismo.