Μετά τον Πετρ Τσεχ, ο Πομπόρσκι κατατάσσεται δεύτερος στον αριθμό συμμετοχών για την εθνική ομάδα της Τσεχίας, με 118 συμμετοχές μεταξύ του 1994 και του 2006 και αποσύρθηκε από το διεθνές ποδόσφαιρο αφού έπαιξε στο πρώτο Παγκόσμιο Κύπελλο της χώρας. Έπαιξε επίσης σε τρία Ευρωπαϊκά Πρωταθλήματα, όπου ονομάστηκε στην Ομάδα της Διοργάνωσης στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 1996, στο οποίο βοήθησε τη Τσεχία να φτάσει στον τελικό.