Durante el primer juego de la temporada 2018-19 del City, Agüero anotó un doblete para la victoria de la Community Shield ante Chelsea, el primero siendo su 200° gol con el club. El 19 de agosto, anotó su noveno hat-trick en la Premier League al Huddersfield Town, poniendolo solo a dos del récord de Alan Shearer de 11. También superó a Robin van Persie para entrar en la lista de los diez máximos goleadores históricos de la liga, y se ubicó en el segundo lugar de los anotadores extranjeros, solo detrás de Thierry Henry con 175. El 21 de septiembre, el club anunció que Agüero firmó un nuevo contrato que lo mantendría en el Etihad Stadium hasta 2021.