Ensuite c'est le néant, certains clubs atteindront fréquemment les quarts de finale voir les demi-finales d'une compétition africaine; alors que d'autres feront des apparitions épisodiques où seule la participation semble être leurs résultats. Malgré les troubles que connut l'Algérie (la « décennie noire » de la Guerre civile algérienne), son football réussit tant bien que mal à survivre même s'il régresse quelque peu. Ceci est en partie dues aux bons résultats de la JS Kabylie qui réussit durant les années 1990 à se maintenir au niveau de ses rivaux maghrébins, en enchainant une victoire en 1990 en Coupe des clubs champions (ainsi qu'une demi-finale perdue de peu en 1996), une victoire en Coupe d'Afrique des vainqueurs de coupe de football en 1995; ainsi qu'une participation en supercoupe d'Afrique en 1996, la seule à ce jour d'un club algérien.