Während des von General McClellan eingeleiteten Halbinsel-Feldzuges gegen die konföderierte Hauptstadt Richmond zeichnete sich Hooker 1862 in der Schlacht von Williamsburg aus, wo er sich den Spitznamen "Fighting Joe" erwarb, und nahm einen Monat später an der Sieben-Tage-Schlacht teil. Ende Juli wurde er mit Wirkung vom 5. Mai zum Generalmajor befördert. In der Schlacht am Antietam am 17. September 1862 wurde Hooker als Kommandierender General des I. Korps und Befehlshaber des rechten Flügels am Fuß verwundet. Er kritisierte öffentlich McClellans Zögerlichkeit und erhielt nach dessen Ablösung durch Ambrose E. Burnside den Oberbefehl über eine der neugeschaffenen "Grand Divisions" (faktisch eine kleine Armee aus zwei Korps'). Außerdem wurde er als besondere Auszeichnung neun Jahre nach seinem Abschied als Hauptmann im Range eines Brigadegenerals wieder in die "Regular Army" aufgenommen. In der Schlacht von Fredericksburg am 13. Dezember 1862 mussten seine Truppen 14 selbstmörderische und erfolglose Angriffe auf eine nahezu uneinnehmbare feindliche Stellung durchführen, woraufhin Hooker nunmehr auch Burnside scharf kritisierte. Als sich Lincoln daraufhin im Januar 1863 zur Ablösung Burnsides entschloss, machte er Hooker zu dessen Nachfolger.