Tevens was Banks, vanaf 1773 onofficieel en vanaf 1797 officieel, directeur van de Royal Botanic Gardens, Kew die opbloeide door zijn zorg en een van de prominente botanische tuinen in de wereld werd. In 1781 werd hij benoemd tot baronet en mocht hij 'Sir' voor zijn naam plaatsen. Hij zond ontdekkingsreizigers en botanici de hele wereld over om te zoeken naar economisch bruikbare planten die op de Britse eilanden zouden kunnen groeien. Een reis waarvoor hij voorbereidingen trof, was de bekende reis van William Bligh van 1787 tot 1789 op de "Bounty" die vooral bekend is vanwege de muiterij. De missie van Bligh was om broodvruchten te verzamelen op Tahiti om deze als voedselgewas te cultiveren in West-Indië. Door de verplaatsing van planten tussen landen en continenten, zorgde Banks voor het veranderen van hele landschappen. Van 1800-1805 trof hij de voorbereidingen voor de expeditie van Matthew Flinders naar Australië waarbij Banks Ferdinand Bauer als botanisch tekenaar aanbeval bij Matthew Flinders.