Σύμφωνα με τον Ιώσηπο, οι Φαρισαίοι παρουσιάστηκαν μπροστά στον Πομπήιο ζητώντας του να παρέμβει και να αποκαταστήσει στο παλιό ιεραρχείο καταργώντας εντελώς την Ασμοδαϊκή μοναρχία ("Αρχ." xiv. 3, § 2). Οι Φαρισαίοι επίσης άνοιξαν τις πύλες της Ιερουσαλήμ στους Ρωμαίους, και τους υποστήριξαν ενεργά εναντίον των Σαδδουκαίων. Όταν τελικά οι Ρωμαίοι παραβίασαν την είσοδο του Ναού της Ιερουσαλήμ, οι Φαρισαίοι σκότωσαν τους ιερείς που τελούσαν τις τελετές του Ναού το Σάββατο. Θεωρούσαν την βεβήλωση του Ναού της Ιερουσαλήμ από τον Πομπήιο ως τη θεία τιμωρία της κακοδιοίκησης των Σαδδουκαίων. Ο Πομπήιος τερμάτισε τη μοναρχία το 63 π.Χ. και ονόμασε τον Υρκανό Β΄ αρχιερέα και εθνάρχη (μικρότερος τίτλος από αυτόν του "βασιλιάς"). Έξι χρόνια αργότερα ο Υρκανός στερήθηκε κάθε εναπομείνασα πολιτική εξουσία, και η τελική δικαιοδοσία πέρασε στον Προκουράτορα της Συρίας, ο οποίος διοικούσε μέσω του Ιδουμαίου συνεργάτη του Υρκανού Αντίπατρου, και αργότερα των δύο γιων του Αντίπατρου Φασάηλου (στρατιωτικού κυβερνήτη της Ιουδαίας) και Ηρώδη (στρατιωτικού κυβερνήτη της Γαλιλαίας). Το 40 π.Χ. ο γιος του Αριστόβουλου Αντίγονος ανέτρεψε τον Υρκανό και αυτοανακηρύχθηκε βασιλιάς και αρχιερέας, και ο Ηρώδης κατέφυγε στη Ρώμη.