Nella stagione 1995-1996 vince la Supercoppa italiana, battendo ancora il Parma, e soprattutto la Champions League; nella finale di Roma contro l' non appare immune da colpe in occasione del gol di Jari Litmanen, ma dopo che i tempi regolamentari e supplementari si chiudono sull'1-1, Peruzzi si riscatta ai tiri di rigore neutralizzando le conclusioni di Edgar Davids e Sonny Silooy, e risultando così decisivo per la conquista della coppa.