W czerwcu 1940 roku, w konsekwencji postanowień paktu Ribbentrop–Mołotow, Armia Czerwona rozpoczęła okupację Litwy. Dwa miesiące później kraj ten został formalnie wcielony do ZSRR jako jedna z republik związkowych. Sowieckiej okupacji towarzyszył zakrojony na szeroką skalę terror, wymierzony przede wszystkim w inteligencję i warstwy posiadające, oraz gwałtowna pauperyzacja spowodowana wprowadzeniem gospodarki nakazowo-rozdzielczej. Na ich skutek ucierpiała również mniejszość żydowska. Sowieckie władze rozwiązały żydowskie organizacje polityczne, społeczne i religijne, represjonowały działaczy niekomunistycznych partii i ugrupowań, znacjonalizowały należące do Żydów przedsiębiorstwa, warsztaty i majątki ziemskie. Z drugiej strony nowa władza otworzyła jednak przed licznymi Żydami, zwłaszcza młodszymi wiekiem, niedostępne dotąd ścieżki awansu społecznego, w tym możliwości kariery w strukturach administracji i służb bezpieczeństwa. Ten stan rzeczy wywołał szok i rozgoryczenie Litwinów, tym bardziej że towarzyszyła mu utrata przez nich statusu narodu dominującego. Konsekwencją był gwałtowny wzrost nastrojów antysemickich.