Папен провёл 54 матча за сборную Франции и забил в них 30 мячей. Участник (бронзовый призёр) ЧМ-1986 и ЧЕ-1992. Завершил международную карьеру в 1995 году. 30 мая 1999 года состоялись официальные проводы Папена из сборной Франции в виде двух матчей — сначала действовавшего состава «Марселя» против звёзд клуба прошлых лет (победа звёзд со счётом 2:0) и сборной Франции против команды друзей Папена (ничья 2:2).