В 1971 году в Уганде к власти пришел Иди Амин в результате военного переворота. Президент Танзании Джулиус Ньерере предоставил убежище свергнутому президенту Уганды Милтону Оботе. Между странами были очень натянутые отношения, что в итоге в 1978 году привело к войне. Предлогом для начала войны послужила попытка государственного переворота в Уганде, в которой Иди Амин обвинил Танзанию и объявил ей войну. Иди Амин рассчитывал оккупировать область Кагера, которую считал исторической угандской территорией. В апреле 1979 года война окончилась решительной победой Танзании. После окончания войны Танзания предъявила правительству Уганды счет на выплату репараций, которые Кампала окончательно выплатила в 2007 году. Все президенты Танзании совершали различные государственные визиты в Уганду, а угандийские президенты посещали Танзанию. Лидеры обеих стран также встречаются на ежегодных саммитах Восточноафриканского сообщества.