Zaradi lege na stičišču pacifiške, evrazijske in indoavstralske plošče je površje tektonsko zelo aktivno, s pogostimi potresi in skoraj 150 aktivnimi ognjeniki, med katerimi sta tudi Krakatoa in Tambora, znana po katastrofalnih izbruhih v 19. stoletju. Med hujšimi geološkimi katastrofami, ki so prizadele državo v zadnjih letih, je potres v Indijskem oceanu leta 2004, zaradi katerega je umrlo 167.736 ljudi, predvsem na severu Sumatre. Po drugi strani obilica vulkanskega pepela prispeva k visoki rodovitnosti tamkajšnje prsti in omogoča gosto poselitev.