El territori va ser governat per primera vegada per William Henry Harrison, qui va supervisar la negociació amb els habitants natius per obrir grans parts del territori a la colonització. El 1810 es va establir un govern elegit popularment perquè el territori continuava creixent en població i desenvolupava una xarxa viària molt bàsica, el govern i el sistema educatiu. A l'inici de la Guerra de Tecumseh el territori estava en primera línia de batalla i Harrison va liderar una força militar en les hostilitats d'obertura en la Batalla de Tippecanoe i després en la posterior invasió de Canadà durant la Guerra de 1812. Thomas Posey va ser proposat per a la vacant de governador, però el partit de l'oposició, encapçalat pel congressista Jonathan Jennings, va tenir una posició dominant en els assumptes territorials durant els anys restants i va començar a pressionar per a la condició d'estat del territori. Al juny de 1816 es va celebrar una convenció constitucional i es va formar un govern estatal; el territori va ser dissolt l'11 de desembre de 1816, per una Llei del Congrés que concedia la condició d'estat a Indiana.