Jego zdolności w dowodzeniu na morzu zwróciły uwagę dowódcy floty hiszpańskiej, Álvaro de Bazána, markiza Santa Cruz. W latach 1582-83 roku Juan Martínez de Recalde, pod komendą markiza Santa Cruz, brał udział w zwycięskiej kampanii floty hiszpańskiej na Azorach, gdzie dowodził jedną z eskadr w bitwie morskiej pod Ponta Delgada.