У Лидс јунајтед је прешао новембра 2000. уз обештећење од 18 милиона фунти, што је био ондашњи рекорд Премијер лиге. Овим трансфером Фердинанд је постао и најскупљи играч одбране у историји фудбала. На његовом дебију Лидс је поражен на Елан роуду од Лестер ситија (3—0). Рио се брзо усталио у првом тиму и дао је огроман допринос пласману свог тима у полуфинале Лиге шампиона. У утакмици четвртфинала био је стрелац против Депортива ла Коруње. Август 2001. постао је капитен Лидса. Током Светског првенства 2002. чуле су се гласине о финаансијским проблемима Лидс јунајтеда. Због тога је нови менаџер Тери Венејблс био принуђен да га прода за 29,1 милиона фунти.