Джимми, как ассистент главного тренера, отвечал за развитие этих молодых игроков. Он тратил часы на индивидуальные занятия с игроком, если считал, что он может пробиться в основную команду. После мюнхенской авиакатастрофы 1958 года он временно исполнял обязанности главного тренера клуба, так как Мэтт Басби восстанавливался от полученных травм. Под его руководством обескровленный «Юнайтед», состоящий по большей части из резервистов, добрался до финала Кубка Англии 1958 года. Мерфи не было на мюнхенском рейсе, так как он в это время тренировал сборную Уэльса, которая играла отборочный матч к чемпионату мира. Мерфи был главным тренером Уэльса на чемпионате мира 1958 года, на котором Уэльс добрался до четвертьфинала, в котором уступил будущим чемпионам, сборной Бразилии, со счётом 1:0 (гол в ворота валлийцев забил молодой Пеле).