Đến mùa hè năm 1849, Thiếu tá Hindersin đã phục vụ trong bộ tham mưu của tướng Peucker, người chỉ huy một quân đoàn Liên minh Đức trấn áp cuộc nổi dậy tại Baden. Ban đầu ông là trợ lý tham mưu trưởng, và sau trở thành tham mưu trưởng của Peucker. Ông đã tham chiến trong trận đánh ở Lautershausen, và trong cuộc giao tranh ở Ladenburg, ông đã được dịp trèo lên tòa tháp thành phố, để dễ dàng trinh thám đối phương. Nhưng trong khi đó, quân nổi dậy giành một thắng lợi tạm thời và Hindersin bị bao vây trước khi ông có thể rút khỏi trạm quan sát cua mình. Ông đã bị bắt giải đến Rastatt, nhưng phe nổi dậy đã phóng thích cho ông ít lâu sau đó, và không lâu trước khi Rastatt bị thất thủ về tay Liên minh Đức. Sau khi chiến dịch chấm dứt, viên thiếu tá được bổ nhiệm vào bộ tham mưu của Quân đoàn VI tại Breslau. Sau một thời gian thăng tiến, vào năm 1858, ông trở thành Thiếu tướng và cục trưởng cục thanh tra pháo binh III. Vào ngày 18 tháng 10 năm 1861, vua Wilhelm I của Phổ đã phong cho ông làm Trung tướng. Ông cũng được bổ nhiệm làm cục trưởng cục thanh tra pháo binh II ở Berlin, và là giám đốc ủy ban kiểm tra việc phong cấp trung úy trong pháo binh. Trong cuộc chiến tranh chống Đan Mạch vào năm 1864, Hindersin đã tổ chức các cuộc tấn công của công binh và pháo binh vào các công sự của quân đội Đan Mạch ở Dybbøl. Tài thao lược và sự năng động của ông đã góp phần không nhỏ đến thắng lợi của các chiến dịch tại Dybbøl, và của cuộc tấn công quyết định của quân đội Phổ vào Dybbøl ngày 18 tháng 4 năm 1864. Với mong muốn tưởng thưởng cho những cống hiến quan trọng và lâu dài của Hindersin đối với các lực lượng của Phổ, vua Wilhelm I đã liệt ông vào hàng khanh tướng, và vào tháng 12 năm 1864, nhà vua bổ nhiệm ông làm vị tướng thanh tra duy nhất của lực lượng pháo binh Phổ, đồng thời là hiệu trưởng của trường cao học dành cho lính pháo binh và công binh. Giờ đây, Hindersin đã bước vào giai đoạn thành công và sôi động nhất trong cuộc đời của mình.