Während des Bürgerkrieges stieg er im Unionsheer vom Colonel bis zum regulären Brigadegeneral und dann zum Brevet-Generalmajor auf. Er nahm an einigen Schlachten teil. So war er bei der Belagerung von Vicksburg im Jahr 1863 dabei. Hier erwarb er sich die militärische Anerkennung von General Ulysses S. Grant. Er machte 1864 auch den ersten Teil des Atlanta-Feldzugs mit. Dann wurde er Militärkommandeur für den Distrikt von Indiana. Hier rekrutierte er auf Bitte und mit Hilfe von Gouverneur Oliver Morton 10.000 Soldaten.