Am 20. Februar 1809 stand sein Regiment an der nördlichen Grenze von Oberösterreich, im Verband des I. Korps unter FML. Graf Bellegarde sollte der Einmarsch nach Bayern erfolgen. Khevenhüller wohnte dem Treffen bei Amberg und der Schlacht von Regensburg bei, im Mai und Juli 1809 focht er unter Erzherzog Karl in der Schlacht bei Aspern (21. Mai), Deutsch-Wagram (6. Juli) und bei Znaim. Nach dem Waffenstillstand wurde Khevenhüller am 14. August als Kurier in das kaiserliche Hauptquartier befohlen. Am 8. Februar 1810 gewährte ihn der Kaiser den Charakter als Major. Bis zum Jahr 1812 widmete sich Khevenhüller seinen privaten Geschäften und der Bewirtschaftung seines Gutes bei St. Leonhardt bei St. Pölten.