Hood menetti toisen kätensä Gettysburgin taistelun toisena päivänä Pirunpesäksi kutsutun paikan taistelussa, ja jalkansa Chickamaugan taistelussa 1864. Samana vuonna hän vammoistaan huolimatta komensi koko etelävaltioiden Tennesseen armeijaa, ja osallistui muun muassa Nashvillen ja Franklinin taisteluihin.