Donovan, Mart ayında tam zamanlı oynamaya geri dönmesine rağmen, uzun sezon dışı izini nedeniyle 2013'ün ilk iki Dünya Kupası elemesini kaçırdıktan sonra, Jürgen Klinsmann tarafından Haziran eleme maçlarında kadrodan çıkarıldı. Ancak Donovan, Temmuz ayında oynanacak 2013 CONCACAF Altın Kupa için millî takıma yeniden çağrıldı. 5 Temmuz 2013'te, 50 uluslararası hedefe ulaşan ilk ABD oyuncusu ve Altın Kupa öncesi ısınma hazırlık maçında Guatemala'ya karşı yaptığı hazırlık sonrasında CONCACAF'ta 50 uluslararası gol atan dördüncü adam oldu. Dört gün sonra Donovan, Belize'ye karşı bir gol ve iki asistle oynadığı 2013 Altın Kupa açılışında 6-1 grup aşaması galibiyetinde Amerika Birleşik Devletleri için 50 gol ve 50 asist elde eden ilk oyuncu oldu. ABD, Panama'ya karşı 1-0 galibiyetle Altın Kupa unvanını kazandıktan sonra, attığı beş golle turnuva liderliği için mücadele eden Donovan, turnuvanın En İyi Oyuncu ödülünü kazandı. Turnuvanın her maçına Amerika Birleşik Devletleri için başladı. Donovan, Kosta Rika ve Meksika'ya karşı ABD'nin Eylül Dünya Kupası ön eleme maçlarında bir yıldan fazla bir süredir ilk kez tam millî kadroya çağrıldı. Donovan her iki maçta da 90 dakika başladı ve oynadı. ABD'nin Meksika'yı yenmek için bir galibiyete ihtiyacı varken, Donovan'ın köşe vuruşu 57. dakikada Eddie Johnson'ın önde giden golüne yardımcı oldu. Ardından 78. dakikada Donovan, Mix Diskerud'dan alçak bir çapraz atarak skoru 2-0 yaptı ve galibiyeti ve Dünya Kupası isteğini etkili bir şekilde gösterdi.