V roce 1177 nechal rjazaňský kníže Gleb Rostislavič dobýt a vyplenit Bogoljubovo poté, co byl Andrej Bogoljubskij zavražděn. Mongolové poté zničili hradby města v roce 1238. V 17. – 19. století probíhala výstavba kláštera, v roce 1917 po velké říjnové revoluci byl klášter uzavřen, poté byl v roce 1992 znovu otevřen. Od roku 1997 jsou v Bogoljubově kláštery dva – mužský a ženský.