Palattuaan vähäksi aikaa Roomaan Caesar matkusti Afrikkaan, jonne hänen vastustajansa olivat kokoontuneet. Vuonna 46 eaa. Caesar kukisti Cato nuoremman ja Metellus Scipion joukot Thapsuksen taistelussa. Pompeiuksen pojat Gnaeus Pompeius ja Sextus Pompeius pakenivat Hispaniaan, jonne Caesar saapui vuoden 46 eaa. joulukuussa. Vuoden 45 eaa. maaliskuussa joukot kohtasivat Mundan taistelussa. Vihollisella oli hyvät asemat, ja Caesarin väsyneet sotilaat niskuroivat. Vasta pitkän ja verisen taistelun jälkeen saivat Caesarin joukot heidät kukistettua.