До 2006 року Кен Алібек — професор , виконавчий директор Центру біологічного захисту — інноваційної програми для випускників біологічного факультету. Опублікував кілька книг з медичномго захисту від біологічної зброї та природних епідемій. Розробив і опублікував концепцію неспецифічного імунного захисту під час епідемій, а також принципи «зворотньої вакцинології» для створення синтетичних вакцин з використанням комп'ютерного моделювання. У 2001 році, перед початком війни в Іраку, свідчачи перед Конгресом Алібек заявив, що після розпаду СРСР радянські вчені могли передати Іраку спори сибірки і віспи і що «немає сумнівів в наявності у Саддама Хусейна зброї масового знищення». Однак в наступні роки, після капітуляції іракського режиму, не було знайдено жодних доказів на підтвердження тверджень Алібекова.