Le FEM conserve une structure institutionnelle qui dérive du Programme des Nations unies pour le développement, du Programme des Nations unies pour l’environnement et de la Banque mondiale. Actuellement, le FEM est le mécanisme de soutien financier de quatre conventions environnementales : la Convention-cadre des Nations unies sur les changements climatiques, la Convention sur la diversité biologique, la Convention sur les polluants organiques persistants et la Convention des Nations unies sur la lutte contre la désertification. Le FEM est financé par les pays qui se sont engagés à aider d’autres pays moins développés dans le cadre de ces conventions. Il canalise ainsi les fonds vers une sélection de projets qui sont élaborés et exécutés par le PNUD, par le PNUE et par la Banque mondiale. Cela étant, si le PNUE et le PNUD ont la responsabilité de coordonner et de gérer les projets, la Banque mondiale est la gestionnaire principale du fonds.