Nakamura aloitti maajoukkueuransa Japanin nuorten maajoukkueessa vuonna 1996, kun hänet valittiin joukkueeseen Aasian nuorten mestaruuskilpailuihin. Seuraavana vuonna hän pelasi nuorten maajoukkueessa nuorten MM-kisoissa. Vuonna 2000 hän oli mukana Sydneyn olympialaisissa Japanin joukkueessa. Hän teki debyyttinsä Japanin jalkapallomaajoukkueessa 13. helmikuuta 2000, kun Japani kohtasi Aasian mestaruuskilpailujen karsinnoissa Singaporen. Hän teki ensimmäisen maaottelumaalinsa heti seuraavassa ottelussaan Bruneita vastaan. Hän oli mukana maajoukkueessa, kun Japani voitti Aasian mestaruuden 2000, mutta putosi MM-kilpailuihin 2002 osallistuneesta joukkueesta. Kun Zico tuli maajoukkueen valmentajaksi MM-kisojen jälkeen, Nakamura nostettiin jälleen maajoukkueeseen. Hänet valittiin vuoden 2004 Aasian mestaruuskilpailujen arvokkaimmaksi pelaajaksi Japanin voittaessa mestaruuden. Hän oli mukana vuosina 2003 ja 2005 Maanosaliittojen cupissa, ja Saksan MM-kisoissa 2006 hän pelasi täyden ajan Japanin kaikissa kolmessa ottelussa.