Après la chute de l’Empire, Loubat s’intéresse, en ne connaissant aucune difficulté d’existence du fait de ses confortables revenus, à de nombreux sujets scientifiques auxquels ses moyens matériels donnent immédiatement une dimension singulière. En 1878, à la suite de l’Exposition universelle, la création à Paris d’un musée d’ethnographie avait été envisagée par Ernest Hamy, afin de rassembler de multiples collections éparses sur un sujet alors en pleine expansion. En 1880, Jules Ferry signe l'arrêté qui crée le musée du Trocadéro, œuvre qui profite largement des libéralités de Joseph Loubat et à laquelle succédera en 1937 le musée de l'Homme fondé par Paul Rivet.