Během následující rozsáhlé vlny zatýkání byli gestapem zajištěni nejen bratři Jan Jesenský (zatčen 24. června 1942) a Jiří Jesenský (zatčen v ordinaci během 23. června 1942), ale též jejich manželky Alžběta Jesenská (zatčena asi týden po zatčení svého muže Jana – 1. července 1942 – historické zdroje se zde rozcházejí) a Žofie Jesenská (zatčena 23. června 1942 večer po příjezdu z Moravy). (Jen díky mlčenlivosti zatčených synů Jana a Jiřího (a jejich manželek) nebyli zatčeni jejich rodiče František Jesenský ani Milada Jesenská. Přesto byli nadále sledování německými bezpečnostními složkami.) Po výsleších v pražském sídle gestapa v Petschkově paláci byli zadržení manželé odvezení v září 1942 do věznice pražského gestapa – do malé pevnosti v Terezíně. K trestu smrti byli odsouzeni stanným soudem v nepřítomnosti koncem září 1942 za spolupráci s výsadkem Anthropoid a Silver A Z Terezína pak byli deportováni do koncentračního tábora Mauthausen. Dne 24. října 1942 bylo v tomto koncentračním táboře nacisty zavražděno na 262 československých vlastenců, kteří podporovali paravýsadky z první vlny výsadků z let 1941 a 1942. Oba manželské páry Jesenských byly mezi nimi.