2011 war Hunko in Debatten in der Partei Die Linke und in der Linksfraktion involviert, die sich um Antisemitismusvorwürfe, die Kampagne Boycott, Divestment and Sanctions und die Gaza-Flottille drehten. Am 25. Mai 2011 debattierte der Bundestag in einer Aktuellen Stunde über „Aktuelle sozialwissenschaftliche Untersuchungen zu möglichen antisemitischen und israelfeindlichen Positionen und Verhaltensweisen in der Partei Die Linke“. Anlass war unter anderem ein antisemitisches Flugblatt, das auf einem Server des Duisburger Kreisverbandes der Partei gelegen hatte und nach Bekanntwerden gelöscht wurde. Am 7. Juni 2011 fasste die Linksfraktion einstimmig einen Beschluss, bei dem der Unterstützung für Boykottaufrufe gegen israelische Waren, einer Einstaatenlösung des israelisch-palästinensischen Konflikts oder der Teilnahme an einer weiteren Gaza-Flottille eine klare Absage erteilt wurde. Die Einstimmigkeit wurde nur dadurch erreicht, dass Hunko und 14 andere Fraktionsmitglieder der Abstimmung fernblieben oder zuvor den Sitzungssaal verließen. In einer persönlichen Erklärung kritisierte Hunko daraufhin, dass der Beschluss „auf höchst undemokratische Weise zu Stande gekommen“ sei, und forderte „in offener und demokratischer Atmosphäre über Sinn und Unsinn der Gaza-Flotille, der BDS-Kampagne oder der Ein/Zwei-Staatenlösung diskutieren und entscheiden können“.