יפס ערך את הופעת הבכורה שלו בנבחרת קולומביה בפברואר 1999 במשחק ידידות נגד , ומאז הופיע בנבחרת עוד 101 פעמים, מה שהופך אותו לשחקן הקולומביאני עם מספר ההופעות הגבוה ביותר בנבחרת אחרי קרלוס ולדרמה (111 הופעות) ולפני לאונל אלבארס (101 הופעות). בשנת 2001 יפס היה חלק מסגל הנבחרת שזכתה בקופה אמריקה 2001 שהתקיים בקולומביה. הוא הופיע עם הנבחרת גם בקופה אמריקה של השנים 1999, 2007 ו-2011. הוא סיים עם קולומביה במקום הרביעי בגביע הקונפדרציות 2003 ואף כבש שער מול . במהלך כל השנים הללו הוא נכשל להעפיל עם קולומביה לגביע העולם. במוקדמות מונדיאל 2014 יפס פתח בהרכב הנבחרת ב-12 משחקים מתוך 16, ובמחזור האחרון של המוקדמות ב-15 באוקטובר 2013, כבש צמד בניצחון החוץ של קולומביה 1-2 על שבסיומו העפילה הנבחרת למונדיאל לאחר היעדרות של 16 שנה.