Nishimura maakte zijn debuut als scheidsrechter in de J-League op 8 november 2008, toen hij leidsman was in het duel tussen Kashiwa Reysol en Nagoya Grampus (2-1-overwinning in het voordeel van Kashiwa Reysol). Eind 2008 was Nishimura actief in Polen, waar hij in de Ekstraklasa drie wedstrijden in goede banen moest leiden. Nishimura was de enige Aziatische scheidsrechter tijdens de Afrika Cup in Ghana in 2008. Hij floot tevens op het Wereldkampioenschap voetbal 2010 in Zuid-Afrika. In 2013 was hij actief bij de FIFA Confederations Cup. In maart 2013 noemde de FIFA Nishimura een van de vijftig potentiële scheidsrechters voor het Wereldkampioenschap voetbal 2014 in Brazilië, nadat hij ook al als scheidsrechter betrokken was geweest bij het kwalificatietoernooi voor Aziatische landen. Op 15 januari 2014 maakte de wereldvoetbalbond bekend dat hij een van de 25 scheidsrechters op het toernooi zal zijn. Daarbij werd hij geassisteerd door Toru Sagara en Toshiyuki Nagi. Nishimura werd vervolgens door de FIFA aangesteld als scheidsrechter voor de openingswedstrijd tussen Brazilië en Kroatië. Zijn optreden in dit duel leidde tot felle kritiek.