העיר הוקמה בשנות השישים של המאה העשרים. הקמת העיר, ועוד ערים רבות אחרות קטנות יותר, הייתה חלק מתוכנית של ממשלת מצרים באותה תקופה למודרניזציה והרחבת העיר והמטרופולין קהיר בעקבות המהפכה המצרית בשנת 1952. גמאל עבד אל נאצר, נשיא מצרים, היה מעורב באופן אישי בתהליך העיצוב, החלוקה והתכנון של הקמת העיר, ואף בחר את שמה (בערבית פירוש שמה "ניצחון"). במהלך השלבים המוקדמים של הפרויקט הממשל המצרי חזה שהעיר החדשה, שלא כמו קהיר, תוכננה למטרה זו, תהווה עיר בירה חדשה למצרים, בעוד שקהיר תהפוך לעיר הדתית. באופן לא מתוכנן, הפכה נאצר סיטי לעיר צפופה הרבה יותר מהמצופה ביום הקמתה, בגלל הגירה גדולה וארוכת טווח של משפחות מצריות מסורתיות שעברו להתגורר בעיר ובמקביל גם בגלל הגירה של פליטים מסומליה ודרום סודאן לאזורים זולים יותר במצרים כמו ערי מדבר מצריות, ערי דרום הנילוס, וערים בשולי המטרופולין כמו נאצר סיטי והיי אל אשר.