В 1873 году Богданов воспользовался случаем посетить пустыни Средней Азии и Хивинский оазис, в то время ещё почти не исследованные в научном отношении; он принял участие в Хивинской экспедиции в составе казалинского отряда. Здесь ему пришлось не только в полной мере разделить тягости экспедиции, но и принимать участие в военных действиях.