Desanimó a los miembros de Unitas Fratrum de cooperar con Fernando I del Sacro Imperio Romano Germánico durante la Guerra de Esmalcalda. Cuando terminó la guerra, Fernando desterró a toda la secta y arrestó a los principales predicadores. Augusta intentó escapar con el atuendo de un campesino, pero fue capturado y conducido encadenado a Praga, donde fue encarcelado. Se le ofreció su libertad con la condición de retractarse públicamente y convertirse en católico o utraquista. Augusta estaba listo para autoproclamarse utraquista, pero no para retractarse en público, por lo que permaneció en prisión 16 años.