Il est promu brigadier général des volontaires en et sert comme officier d'état-major dans le département du Missouri. Lors de la bataille de l'Île numéro 10, Hamilton mène la deuxième division de l'armée du Mississippi. Il est transféré au commandement de la troisième division tout au long du siège de Corinth. Vers la fin de cette campagne, Hamilton prend le commandement de l'aile droite de l'armée du Mississippi, composée de la troisième et quatrième divisions. En , il est choisi pour une promotion de major général, mais cette promotion n'est jamais confirmée.