פריצתה של מלחמת איטליה–יוון ב-28 באוקטובר 1940 הביאה לעצירת התקדמות הכוחות הבריטיים בלוב והעברת כוחות, ובכללם טייסות מפציצים ומטוסי קרב, לעזרת היוונים המותקפים. בשל שיקולים פוליטיים והאינטרסים הבריטיים בבלקן, נאלץ לונגמור לספק טייסות מתוך פיקוד המזרח התיכון לפעולה מיוון גופה, ולבצע בנוסף הפצצות לילה ארוכות טווח ממצרים לעבר איטליה ואלבניה. משום כך, הופסקו כל התוכניות לאימון בשיתוף פעולה טקטי אוויר-קרקע ויחידות קדמיות רבות הועברו מקירנאיקה לצורך מבצעים ביוון. חששות מפני התערבות גרמנית ישירה הכריחה את ראש פיקוד המזרח התיכון לעשות כל שביכולתו כדי למנוע את תבוסתה של בעלת הברית החדשה של בריטניה בבלקן. עד לסוף מרץ 1941 תרם חיל האוויר המלכותי למאמץ המלחמה ביוון שמונה טייסות קו ראשון עם כ-280 מטוסים. ההסחה היוונית והניסיון להחזיק באי כרתים לא רק הסתיימו בתבוסה אלא גם השפיעו לרעה על ההישגים הבריטיים במערכה במדבר המערבי. הצבא הבריטי וחיל האוויר המלכותי המוצבים במדבר המערבי נחלשו משמעותית בעוד הכוחות הגרמניים בלוב הולכים ומתחזקים. הכוח האווירי בחזית הצטמצם לטייסת בלנהיים (מס' 55), טייסת לייסנדר (מס' 6) ושתי טייסות הוריקן (מס' 73 ומס' 3 האוסטרלית) בלבד. כאשר פתחו כוחות הציר, בפיקודו של ארוין רומל, במתקפה מאזור אל-עגילה ב-30 במרץ 1941, נסוגו הבריטים בחזרה לגבול מצרים עד 10 באפריל וכל השטח שהושג, למעט טוברוק הנצורה, אבד.