En 1971, l'assassinat d'un rabbin en plein cœur de la capitale déclenche une nouvelle vague d'émigration. La guerre du Kippour en octobre 1973, l'Opération "Paix en Galilée" le 6 juin 1982, l'installation du quartier-général de l'Organisation de libération de la Palestine (OLP) à Hammam Chott et son bombardement par l'armée de l'air israélienne le 1985 sont autant d'événements favorisant de nouvelles vagues d'émigration. Des incidents ont lieu à plusieurs occasions, comme durant le Yom Kippour 1982 où des Juifs sont la cible d'attaques à Zarzis, Ben Gardane et Djerba, ou en octobre 1983 lorsque la synagogue de Zarzis est ravagée par un incendie attribué par la communauté juive à des groupes extrémistes arabes. En 1985, un soldat gardant la Ghriba de Djerba ouvre le feu sur des croyants et tue cinq personnes, dont quatre Juifs ; Frédéric Lasserre et Aline Lechaume évoquent quant à eux un policier en faction devant une synagogue de l'île qui, officiellement , tue deux fidèles et en blesse six. Un autre incident a lieu à la fin de la présidence de Bourguiba : le Club Med de Korba est saccagé, après qu'un GO eut fait chanter aux vacanciers l'hymne national israélien. À la suite de ces incidents, le gouvernement prend des mesures afin d'assurer la protection de la communauté juive.