Nach dem fehlgeschlagenen Putsch der Eisernen Garde gegen Ion Antonescu wurde der politisch prodeutsch orientierte General de corps Iacobici am 27. Januar 1941 zum Kriegsminister ernannt. Nach der Befreiung von Bessarabien und der nördlichen Bukowina gab Antonescu den Befehl, die dortigen Juden zu vernichten. Iacobici bestellte dafür den Chef der II. Abteilung des Generalstabes, Oberstleutnant Ionescu, mit dem Befehl, „die jüdischen Elemente aus Bessarabien zu entfernen und dort die Organisation und Etablierung der rumänischen Truppen voranzubringen.“ Der Befehl war am 9. Juli 1941 in Kraft getreten. Zwischen 10. September und 8. November 1941 befehligte er als Nachfolger von Generalleutnant Nicolae Ciupercă während der Belagerung von Odessa nochmalig die 4. Armee. Am 22. September 1941, nach dem Tod von General Alexandru Ioaniţiu, wurde Iacobici zum Chef des Generalstabes ernannt. Die Führung des Kriegsministeriums wurde jetzt von Marschall Antonescu selbst übernommen. Anfang Oktober 1941 nahmen die rumänischen Truppen den Angriff auf Odessa wieder auf und gelangten am 16. Oktober in die Stadt. Von den wenigen übrig gebliebenen sowjetischen Soldaten versteckten sich viele in Zivilkleidung in der Stadt und begannen im Untergrund den Kampf als Partisanen. Iacobici war an deren Aufstöbern und dem folgenden Massaker an den Juden beteiligt. Am 2. Januar 1942 kündigte Antonescu an, sich am deutschen Frühjahrsfeldzug in der zentralen Ukraine mit zehn rumänischen Divisionen und später mit weiteren 5–6 Divisionen beteiligen zu wollen. Die Position des Chefs des Generalstabes musste General Iacobici am 20. Januar 1942 auf Druck Antonescus räumen, weil er sich der deutschen Aufforderung widersetzte, zusätzliche rumänische Kräfte für die Sommeroffensive 1942 bereitzustellen.