Во внутриполитической борьбе, развернувшейся в Англии при Эдуарде II, Латимер занимал сначала сторону монарха. Он поддержал монарха в 1308 году, когда большинство баронов требовало высылки королевского фаворита Пьера Гавестона, и в награду получил должности констебля замка Рокингем в Нортгемптоншире и смотрителя королевских лесов; барон находился в окружении Эдуарда в 1312 году, во время мятежа, стоившего Гавестону жизни. Однако в 1319 году сэр Уильям перешёл на службу к руководителю оппозиции Томасу Ланкастерскому. Тот передал ему поместье в Линкольшире в пожизненное пользование и доходы ещё от трех поместий в Хантингдоншире и Нортгемптоншире, а взамен Латимер обязался в случае войны выставить в войско графа отряд, включавший одного рыцаря-баннерета, десять простых рыцарей и ещё сорок латников. Под началом Ланкастера барон участвовал в походе на Берик в 1319 году. Когда дело дошло до новой войны между графом и королём, сэр Уильям отказался поддержать Ланкастера. Он стал одним из командиров королевской армии, разбившей мятежников при Боробридже 16 марта 1322 года; Ланкастер попал в плен и был казнён, Латимер в награду получил должность хранителя Йорка.