Η ιστορία και η παρουσία τους στις χώρες της Βαλτικής είχε απότομο τέλος στα τέλη του 1939 μετά την υπογραφή του Συμφώνου Μολότωφ-Ρίμπεντροπ και τις μετέπειτα Ναζιστικο-Σοβιετικές πληθυσμιακές ανταλλαγές, όταν σχεδόν όλοι οι Γερμανοί της Βαλτικής εκδιώχθηκαν από τη γερμανική Κυβέρνηση στο Βάρτελαντ και το Ντάντσιγκ-Δυτική Πρωσία. Σήμερα υπάρχουν πολύ λίγοι Γερμανοί που ζουν στην Εσθονία εκτός από κάποιους προσωρινούς κατοίκους από τη Γερμανία. Η γερμανική γλώσσα είναι η τρίτη πιο δημοφιλής ξένη γλώσσα μεταξύ των Εσθονών.