No próximo estágio da guerra, os franceses lutaram para forçar os russos para fora da Polônia. Os nacionalistas poloneses imediatamente se levantaram em favor da França. Soldados alemães também ajudaram as tropas de Napoleão, principalmente em cercos militares nas regiões da Silésia e Pomerânia, com assistência também de soldados holandeses e italianos. Napoleão então virou-se para o norte para confrontar o que sobrou das tropas russas e para capturar a capital nova da Prússia em Conisberga. Após uma vitória contestada em Eylau (7–8 de fevereiro de 1807), Bonaparte conseguiu forçar a rendição da cidade de Danzigue após um curto cerco (24 de maio de 1807). Outra vitória contestada veio na Batalha de Heilsberg (10 de junho de 1807), onde forçou os russos a recuar novamente. Uma vitória mais definitiva veio na Batalha de Friedland (14 de junho de 1807), onde conseguiu derrotar o grosso do exército imperial russo. Após esta derrota, o Czar Alexandre I da Rússia decidiu buscar a paz com a França e firmou então o Tratados de Tilsit (7 de julho de 1807). Na Alemanha e na Polônia, novos estados satélites de Napoleão, como o Reino de Vestfália, o Ducado de Varsóvia e a República de Danzigue, foram estabelecidos.