Anche nel XX secolo vennero effettuati ulteriori lavori: nel 1914 venne rifatto il campanile, nel 1950 un soffitto in gesso andò a sostituire la tela e nel 1970 fu rimosso il pavimento del Chiaiese, ormai malridotto, eccetto nel transetto, e rimpiazzato con una replica moderna. Gravi danni vennero inferti dal terremoto del 1980 che rese inagibile la chiesa: furono necessari nuovi interventi, soprattutto alle coperture della navata e del transetto; durante i lavori di restauro riemersero tracce di affreschi del Fattorusso e altri ancora più antichi. Venne riaperta al pubblico il 23 dicembre 1996 con una celebrazione liturgica presieduta da monsignor Felice Cece. Tra il 2002 e il 2004 vennero restaurati la facciata e il campanile.