Рішення про розправу було прийнято після червневого повстання, під час якого Литовський активістський фронт скинув радянський уряд у Литві, а нацистська Німеччина вторглася до СРСР. Радянська влада не змогла евакуювати в'язнів (політичних в'язнів) в'язниці Тельшіай, але вони не бажали від них відмовлятися, оскільки в'язні тоді були б звільнені ні місцевим населенням, ні німцями. Тому для їх «ліквідації» було залучено каральний загін Червоної Армії на чолі з Донцовим.