1966-1970 yılları arasında 22 kez Uruguay millî takımı forması giyen Mujica, bu maçlarda 2 gol kaydetti. 1967 Güney Amerika Şampiyonası'nda şampiyonluk yaşayan ve 1970 FIFA Dünya Kupası'nda dördüncü olan Uruguay kadrolarında da yer aldı.