30 января 1856 года Консервативная партия избрала его президентом несмотря на его нежелание занимать этот пост. Он решил передать власть своему вице-президенту, Франсиско Дуэньясу, 12 мая того же года, но 19 июля возобновил свой президентский срок. За время своего президентства приложил большие усилия для восстановления разрушенного землетрясением Сан-Сальвадора. Также при нём Сальвадор вступил в коалицию по свержению флибустьера Уокера.