В 1785 году Ян Непомуцен Малаховский стал кавалером Ордена Святого Станислава. В 1786—1787 годах — маршалок коронного трибунала в Пиотркуве, в 1788—1792 годах — посол (депутат) Четырёхлетнего сейма.