Sívori signe alors au SSC Napoli, de retour en Serie A. Le club napolitain, qui peut compter sur des jeunes comme Dino Zoff et José Altafini, termine sa première saison à une inattendue troisième place du championnat, égalant la meilleure performance de son histoire, et remporte la coupe des Alpes. Quatrième l'année suivante, Napoli termine à la seconde place en 1968 derrière le Milan AC. Sívori joue le dernier match de sa carrière face à la Juventus, au cours duquel il est expulsé pour une brutalité sur Erminio Favalli qui lui vaut six matchs de suspension.