Seine Karriere in den Jugendauswahlen des US-amerikanischen Fußballverbandes begann um das Jahr 1995 bzw. bereits früher, als er in der U-17-Auswahl der Vereinigten Staaten eingesetzt wurde. In den Jahren danach folgte unter anderem auch eine Einberufung in den Juniorenkader der USA, in dem er ebenfalls zu seinen Einsätzen kam. Noch in seinem ersten Profijahr bei Miami Fusion wurde Heaps erstmals in den Kader der US-amerikanischen Nationalmannschaft für ein Spiel gegen Jamaika am 8. September 1999 einberufen, wo er allerdings nicht zum Einsatz kam. Auch in den Jahren danach, vor allem 2005 und 2006, folgten weitere Einberufungen Heaps', der es allerdings nie zu einem Einsatz brachte. Erst knapp zehn Jahre nach seiner ersten Einberufung klappte es schließlich mit seinem Nationalmannschaftsdebüt, nachdem er zuvor in den 23-Mann-Kader für den CONCACAF Gold Cup 2009 geholt wurde. Sein Debüt gab der damals 32-Jährige schließlich am 11. Juli 2009 im dritten Gruppenspiel, einem 2:2-Remis gegen Haiti, in seiner Heimatstadt Foxborough, als er über die gesamte Spieldauer seine angestammte Abwehrposition belegte. Weitere 90-minütige Einsätze folgten im Viertelfinale gegen Panama und im Halbfinale gegen Honduras. Im anschließenden Finalspiel wurde Heaps ebenfalls von Beginn an eingesetzt und musste die Begegnung in einer hitzigen Begegnung in der 88. Spielminute nach Gelb-Rot verlassen. Die US-Amerikaner wurden von den Mexikanern deutlich mit 0:5 in die Schranken gewiesen. Für Heaps bedeutete das Finalspiel, durch das die USA immerhin noch die Silbermedaille erreichten, das letzte Länderspiel seiner Karriere, nachdem er erst rund zwei Wochen für die Nationalmannschaft debütierte.