Bonaparte hadde nå kvittet seg med Sieyès og de republikanere som ikke var villig til å overlate republikken til en leder, i særskilt Moreau og Masséna, hans militære rivaler. Seieren i slaget ved Marengo den 14. juni 1800 sikret ham ytterligere og økte hans popularitet. Den rojalistiske Rue Saint-Nicaisekonspirasjonen den 24. desember 1800, som var et forsøk på attentat mot Bonapartes liv, gjorde det mulig å rense ut blant de demokratiske republikanerne som til tross for deres uskyld ble deportert til straffekoloniene i Fransk Guyana. Han opphevet rådene og gjorde senatet allmektig i konstitusjonelle saker.