Im Zuge der Reformation ist das Haus um 1600 aufgehoben worden. Die Mac Suibhnes konvertierten zur anglikanischen Kirche und ab 1615 diente die Klosterkirche als anglikanische Gemeindekirche. 1622 wurde ihr Zustand als gut beschrieben. Während der 1641 beginnenden Rebellion kehrten die Franziskaner möglicherweise zurück. Danach wurde sie als anglikanische Kirche weitergenutzt, und um 1655 erfolgten umfangreiche Reparaturen. Sie wurde kontinuierlich genutzt, bis 1829 die neue Gemeindekirche errichtet wurde. Seitdem ist die Kirche zur Ruine verfallen.