All'epoca in cui è collocabile la distruzione della basilica sono registrati, difatti, due incendi e due terremoti che afflissero la città nell'arco di soli settant'anni, in particolare l'incendio del 1096 che devastò la zona di piazza del Duomo e l'intero quartiere suburbano del Cordusio, distruggendo i nuclei originari della chiesa di Sant'Agata e della chiesa di San Giovanni e dando il nome, poi rimasto nei secoli, a porta Bruciata. Oltretutto, il primo terremoto fra i due segnalati viene registrato nel 1051, il che avrebbe potuto già compromettere la stabilità dell'edificio, del tutto minata nell'incendio di pochi decenni dopo. Gli altri due eventi registrati, un nuovo terremoto nel 1117 e un altro incendio nel 1144, sono troppo tardi per aver potuto interessare Santa Maria Maggiore de Dom, visto che in quegli anni era quasi certamente già avviata la fabbrica del duomo vecchio.