После возвращения из Китая в 1998 году Жозеф Кабила получил звание генерал-майора и был назначен заместителем председателя Объединённого комитета начальников штабов конголезской армии. Спустя два года, в 2000, его назначили начальником Генштаба вооружённых сил Конго. В этой должности он был одним из командующих правительственными войсками во Второй конголезской войне.