Весной 1862 года Бартон был направлен на Запад и командовал бригадой в неудачном для Юга сражении при Камберленд-Гэп. Во время сражения бригада Бартона числилась в составе дивизии Стивенсона, и с этой же дивизией Бартон прошел сражения Виксбергской кампании. Он участвовал в сражении при Чемпион-Хилл, в отступлении к Виксбергу и затем участвовал в обороне Виксберга, где его бригада обороняла южный участок укреплений. 4 июля 1863 года Виксберг сдался и Бартон попал в плен, однако вскоре был отпущен по обмену.