En 2001, il termine 13ème des Mondiaux. Puis, en , lors du marathon de Paris, il égale le record d'Europe de la spécialité en . Bien que la France reçoive les championnats du monde d'athlétisme, au cours de l'été suivant, Zwierzchiewski indique rapidement qu'il n'y participera pas. Malgré l'intervention de Bernard Amsalem, président de la Fédération française d'athlétisme, Benoît est sélectionné mais n'a aucunement l'intention de courir. La veille du marathon des Mondiaux, le vieux contentieux entre lui et le directeur technique national Robert Poirier, qui n'apprécie guère son comportement, éclate. Benoît Zwierzchiewski signifie alors vertement qu'il refuse de porter le maillot de l'équipe de France tant que ce dernier reste à son poste. Pour cet esclandre, il écopera d'un mois de suspension.