Đến năm 1815, tình hình châu Âu hạ nhiệt đủ để João VI có thể an toàn trở về Lisboa. Tuy nhiên, ông vẫn ở lại Brasil cho đến khi Cách mạng Tự do năm 1820 bùng phát từ Porto, khiến ông phải trở về Lisboa vào năm 1821. João VI trở về Bồ Đào Nha song để con trai mình là Pedro cai quản Brasil. Đến khi Chính phủ Bồ Đào Nha nỗ lực đưa Vương quốc Brasil trở lại làm lãnh thổ phụ thuộc, Pedro tuyên bố Brasil độc lập từ Bồ Đào Nha với sự ủng hộ áp đảo từ giới tinh hoa Brasil. Bồ Đào Nha công nhận Brasil độc lập vào năm 1825. João VI mất vào năm 1826, gây ra vấn đề nghiêm trọng về kế vị do Pedro là một quân chủ của Brasil. Pedro cai trị Bồ Đào Nha một thời gian ngắn với hiệu Pedro IV rồi nhường ngôi cho con gái là Maria II. Tuy nhiên, em trai của Pedro là Miguel yêu sách vương vị, đăng cơ vào năm 1828 với hiệu là Miguel I. Nhằm bảo vệ quyền lợi cho con gái, Pedro phát động Chiến tranh Tự do nhằm phục vị cho con gái và lập chế độ quân chủ lập hiến tại Bồ Đào Nha. Chiến tranh kết thúc vào năm 1834 với thất bại của Miguel, một bản hiến pháp được công bố, và Maria II phục vị.