Elle joua un rôle fondamental dans la préparation et le déroulement de la guerre d'indépendance grecque. Ce fut en coordination avec la Filikí Etería que se déclencha la révolution roumaine de 1821 et l'insurrection grecque dans le Péloponnèse. Le , l'indépendance grecque fut proclamée par l'Assemblée nationale réunie à Épidaure. Quinze jours plus tard, le drapeau de l'Hétairie était remplacé par le drapeau grec bleu et blanc et la Société était de fait dissoute.