O regime de Bashir enfrentou, no sul, o Movimento para a Libertação do Povo do Sudão (MLPS), comandada pelo coronel John Garang. Em maio de 1998, o direito à autodeterminação dos povos do sul sudanês foi reconhecido, mas não surtiu efeito. O problema essencial não foi a independência, que as organizações do sul não reivindicavam formalmente, mas a decisão de aplicar a Lei de "Sharia" ao conjunto da população. Ajudado unicamente pelas organizações não-governamentais, o sul sudanês continuou devastado pela guerra civil.