En 2013, Seidl quitte BMW pour rejoindre un autre groupe automobile allemand, Porsche. Le constructeur de Stuttgart va faire son retour en Championnat du monde d'endurance pour la saison 2014. Seidl intègre le programme Porsche 919 Hybrid. Après un bref passage comme directeur des opérations en course, il est promu "Team Principal" dès 2014. Sous sa direction, les Porsche 919 Hybrid remportent les 24 Heures du Mans 2015, 2016 et 2017 ainsi que les titres pilotes et constructeurs du championnat en 2015, 2016 et 2017. Le constructeur allemand officialise cependant en son retrait de la catégorie, pour préparer son arrivée en Formule E.