Nach dem Sturz des Schahs war er von 1979 bis 1980 Mitglied im Revolutionsrat und von 1980 bis 1989 Präsident des iranischen Parlaments. Er galt in dieser Zeit als „heimlicher Regierungschef“ und als „zweiter Mann im Staat“ nach Chomeini. Von 1988 bis 1989 war Rafsandschāni Oberbefehlshaber der Streitkräfte und maßgeblich an der Annahme der UN-Resolution 598 zur Beendigung des Irak-Iran-Krieges beteiligt, nachdem er bereits Anfang der 1980er Jahre als Staatsminister dort Einblick hatte.