La següent etapa de la guerra va dur a l'expulsió de les tropes russes de Polònia i la creació del nou "Gran Ducat de Varsòvia". Napoleó llavors va prendre rumb nord per a enfrontar-se a les restes de l'exèrcit rus i intentar capturar la nova capital prussiana de Königsberg. Un moviment tàctic a la Batalla d'Eylau, entre el 7 i el 8 de febrer, va forçar als russos a una posterior rendició. Napoleó va dur l'exèrcit rus llavors a la Batalla de Friedland, el 14 de juny. Després d'aquesta derrota, Alexandre I es va veure forçat a signar la pau amb Napoleó en el Tilsit, el 7 de juliol de 1807.