Родилась в семье австрийских эмигрантов. В молодости принимала участие в католическом движении (в организации «Католическое действие»), но на неё оказала сильное воздействие Кубинская революция, особенно после посещения Кубы в 1960 году. В 1962 году отправляется учиться во Францию, где её преподавателем становится Луи Альтюссер. Благодаря его лекциям Харнеккер порывает со своим религиозным прошлым и обращается к материализму и марксизму. По возвращении в Чили в 1968 году вступает в Социалистическую партию Чили и принимает активное участие в студенческом движении. Во время военного переворота Пиночета, свергнувшего демократическое социалистическое правительство Альенде, участвовала в деятельности Левого революционного движения и была вынуждена эмигрировать на Кубу.