En 2010, il quitte les Lions pour rejoindre l'équipe de la province irlandaise du Leinster. Avec celle-ci, il remporte les éditions 2011, victoire sur le club anglais des Northampton Saints, et 2012, victoire face à une autre province irlandaise, l'Ulster, de la Coupe d'Europe. Son club dispute également trois finale de Pro12, Heinke van der Merwe disputant les finales perdues des éditions de 2010-2011 et 2011-2012, mais ne participe pas à la finale remportée en 2013 face à l'Ulster. Avec sa province, il dispute de Pro12 et 23 de coupe d'Europe.