W marcu 1633, na sejmie koronacyjnym w Krakowie, nowo wybrany król Władysław IV, wydał szereg korzystnych przywilejów dla Cerkwi prawosławnej, z których dwa dotyczyły bezpośrednio wspólnoty lubelskiej (wyłączenie parafii spod jurysdykcji unickiego biskupa chełmskiego i zagwarantowanie osobistej opieki nad lubelską cerkwią). Właśnie w tym czasie, zatwierdzony przez króla metropolita kijowski Piotr Mohyła, w drodze z Krakowa do Kijowa, zajechał do Lublina i 15 marca 1633 wyświęcił nowo zbudowaną cerkiew Przemienienia Pańskiego. Jednak już w 1635 świątynia została zajęta przez unitów. Po wybuchu powstania pod wodzą Bohdana Chmielnickiego, na mocy ugody zborowskiej cerkiew w 1650 wróciła do prawosławnych, lecz już w następnym roku świątynię ponownie zajęli unici. Podobne wydarzenia miały miejsce w 1655. Dopiero w 1658, w myśl postanowień ugody hadziackiej, cerkiew została odzyskana przez prawosławnych. Unici po raz kolejny przejęli świątynię w 1695, kiedy to parafia lubelska oficjalnie przyjęła postanowienia unii. Część wiernych jednak nadal praktykowała prawosławie (bractwo cerkiewne prawdopodobnie istniało jeszcze w 1752).