Hij vocht mee in de Grote Turkse Oorlog, een oorlog tussen het Heilige Roomse Rijk en het Ottomaanse Rijk. Zo verdedigde Lynden mee de hoofdstad Wenen tijdens het beleg van Wenen (1683). Wenen werd verdedigd onder het bevel van Jan III Sobieski. Na de overwinning vocht Lynden in Hongarije, wat de Oostenrijkers veroverden op de Ottomanen. In 1688 veroverde hij Belgrado op de Ottomanen. De Ottomanen keerden weer naar Belgrado in 1690. Lynden verdedigde de stad vanuit de citadel waar duizenden Oostenrijkse soldaten en hun bondgenoten gekazerneerd waren. De Ottomanen stonden onder leiding van grootvizier Fazıl Mustafa Köprülü. De Ottomanen slaagden erin het kruitmagazijn van de citadel te doen ontploffen. Enkele honderden soldaten konden ontkomen door de Donau over te zwemmen, onder hen Lynden en hertog Karel Eugenius van Croÿ-Rœulx, een andere edelman van de Zuidelijke Nederlanden. De Ottomanen veroverden Belgrado, of beter heroverden Belgrado op de Oostenrijkers. Ze hadden immers gebruik gemaakt van de zwakte aan de oostgrens van het Heilige Roomse Rijk tijdens de Franse inval aan de westgrens (zie: Negenjarige Oorlog). In Wenen stond Lynden onder een zachte vorm van huisarrest, omwille van het debacle in Belgrado.