戦争による人的被害は膨大であった。戦争の正確な被害者数はいまだに異論があるものの、一般的には少なくとも1百万人以上と見積もられている。非戦闘員の被害者には、域内に住むユダヤ人などがあり、その多くがヤセノヴァツ強制収容所やバニツァ強制収容所などの絶滅収容所・強制収容所に送られ、死亡した。また、ウスタシャ体制のクロアチア独立国では、セルビア人やロマに対するジェノサイドを政策として実行し、チェトニクはムスリム人、クロアチア人に対する民族浄化を、イタリアの占領当局はスロベニア人に対する民族浄化を行った。ドイツの占領軍は抵抗運動への報復として多くの一般市民に対する無差別処刑（など）を行った。そして、戦中および戦後には、パルティザンによる報復が行われ、の強制追放や、退却を試みる枢軸軍およびその協力者とみられた市民に対する死の行進の強制と処刑（ブライブルクの虐殺）、イストラ半島におけるイタリア人市民の殺害（）などが発生した。