ורנר גינתר (בגרמנית: Werner Günthör; נולד ב-1 ביוני 1961) הוא אתלט עבר שווייצרי. הוא אלוף עולם 3 פעמים ברציפות (רומא 1987, טוקיו 1991 ושטוטגרט 1993), אלוף אירופה (שטוטגרט 1986) וסגן אלוף אולימפי (סיאול 1988) בהדיפת כדור ברזל.