En el momento de producirse el golpe de estado de septiembre de 1955, Xamena estaba internado en un hospital porteño afectado por una tuberculosis en estado avanzado. Fue acusado de traidor a la Patria, de haber robado $3.000.000 y fue puesto puesto en custodia policial, ante la imposibilidad de llevarlo preso. Fue llevado arrestado hasta la ciudad de Salta, donde fue internado y recluido en el Hospital del Milagro. A principios de 1957 se le permitió trasladarse a su casa, donde permaneció con custodia policial hasta fines de abril, fecha en que el gobernador "de facto" lo indultó.