Stojković odohral 84 zápasov, v ktorých strelil 15 gólov za Juhoslovanské národné futbalové mužstvo a za Národné futbalové mužstvo Srbska a Čiernej Hory. Reprezentoval Juhosláviu na Eure 84 a na Majstrovstvách sveta 1990 a neskôr Srbsko a Čiernu Horu na MS 1998 a na Eure 2000. Debutoval 12. novembra 1983 v zápase proti , ktorý skončil bezgólovou remízou. Svoj posledný zápas v reprezentácií odohral 4. júla 2001 proti krajine kde odohral väčšinu svojej hráčskej kariéry, .