I primi ostacoli sorsero a proposito del giuramento che Bonaparte avrebbe dovuto prestare al momento dell'incoronazione: infatti era previsto il rispetto delle conquiste della rivoluzione ai danni della Chiesa e della libertà dei culti. Per quanto riguardava poi il Concordato, il Papa chiese esplicitamente che fossero esclusi i dibattuti Articoli organici. Inoltre veniva ribadita la richiesta di sottomissione dei costituzionali, ora caldeggiata anche da Fesch e Bernier, e rivendicata la possibilità di inviare bolle pontificali senza la previa autorizzazione dell’autorità civile.