Частина архівного матеріалу в роки Хмельниччини перебувала при війську. Генеральний писар возив з собою документи, які могли знадобитися для переговорів з ворогом або з сусідніми державами. Свідчень про структуру генерального архіву доглухівського періоду, його функціонування не збереглося. Опис фондів, проведений 1780 архіваріусом Кедровським, засвідчив, що у ньому зберігалися окремі документи, починаючи з оригіналу привілею 1585, наданого козакам Стефаном Баторієм. Кількість документів генерального архіву помітно зростала з 1672, а особливо з 1722. Фондовий поділ документів, наявних на 1780 у архіві, узгоджено з структурним поділом канцелярії 2-ї Малоросійської колегії. Усі справи поділялися на «генеральні», що стосувалися Лівобережжя в цілому, а також на справи воєнні, внутрішні та апеляційної експедицій. Протягом свого функціонування генеральний архів постійно зазнавав втрат, зокрема під час Берестецької битви 1651, при штурмі Олександром Меншиковим Батуринського замку 1708, пожежах та інших стихійних лихах.