V březnu roku 1997 v šestnácti letech debutoval za reprezentaci Kamerunu proti Kostarice. O rok později se zúčastnil mistrovství světa ve Francii jako nejmladší hráč turnaje. V roce 2000 vsítil svůj první gól na Africkém poháru národů, kde Kamerun nakonec zvítězil, stejně jako na Olympijských hrách o několik měsíců později. V roce 2002 jel na své druhé fotbalové mistrovství světa, tentokrát do Japonska a Koreji. Jeho reprezentační mužstvo však vypadlo už v základní skupině. Ještě v únoru téhož roku Kamerun obhájil podruhé za sebou prvenství na Africkém poháru národů. V roce 2005 zažil na poli reprezentačním velké zklamání, Kamerun nepostoupil z africké kvalifikace na MS 2006 v Německu. Na následující MS v JAR se už ale kamerunská reprezentace kvalifikovala a Eto'o si tak připsal svou třetí účast na závěrečném turnaji.