Vance recrute une compagnie connue comme les "Buncombe Life Guards" et est élu capitaine de la compagnie. Il est ensuite élu colonel du nouvellement formé d'infanterie. Il est envoyé dans l'Est du Tennessee et prend part à la défense du Cumberland Gap et part avec Edmund Kirby Smith dans le Kentucky. Vance commande la brigade de James E. Rains après sa mort à la bataille de Murfreesboro. Cette commandement est de courte durée, Vance contracte la fièvre typhoïde. Il est promu brigadier général avec une date de prise de rang au . Après avoir recouvré de sa maladie, il est affecté dans l'ouest de la Caroline du Nord. Il est capturé le à Crosbys Creek, dans le Tennessee (par le sergent Everett W. Anderson du 15th Pennsylvania Cavalry) et est détenu au fort Delaware jusqu'au .