В марте 1917 г., вскоре после Февральской революции, тяжело больной А. Я. Евдокимов был уволен от службы «с мундиром и пенсиею» приказом военного министра Временного Правительства А. И. Гучкова. Его преемником стал Н. Н. Бурденко. А. Я. Евдокимов скончался в Петрограде, похоронен на Смоленском кладбище.