Гражданская война в Таджикистане приостановила процесс разработки и нормализации ваханской письменности. В этот период основная работа по этому направлению велась в Институте перевода Библии в Москве, где готовился перевод Евангелия от Луки на ваханский язык (издано в 2001 году). В этом переводе параллельно использовались кириллический и латинизированный алфавиты. Алфавиты этого издания в целом повторяли научную транскрипцию 1960-х годов и проект 1989 года. В начале 2010-х работа по развитию и стандартизации ваханской письменности в Таджикистане возобновилась. Начиная с 2012 года был издан ряд книг на ваханском языке на кириллической графике. По сравнению с более ранними изданиями в алфавит был внесён ряд изменений. Так, звук [ʃ] стал обозначаться буквой Щ щ, [ʒ] — буквой Җ җ, [ʂ] — буквой Ш ш, [ʐ] — буквой Ж ж. Церебральные фонемы [d̪], [t̪], [ʈ͡ʂ] и [ɖ͡ʐ] стали обозначаться буквами '; фонемы [d͡z], [θ] и [ð] — буквами '. В целом алфавит имеет следующий вид: