Depois de várias décadas de uma guerra civil que foi uma das mais longas, duradouras e mais mortíferas do último século XX (a Primeira Guerra Civil Sudanesa e a Segunda Guerra Civil Sudanesa) entre o governo de maioria muçulmana e árabe com base no norte, e negro cristão e as povos animistas do sul que exigiam maior autonomia regional, um acordo de paz conhecido como o Acordo de Naivasha que foi assinado em 9 de janeiro de 2005, dando autonomia para o estado.