Mayer wurde in der Schweiz geboren. Seine Eltern kamen aus Ungarn und waren Teil einer Gruppe von 1.647 Juden, denen Adolf Eichmann genehmigt hatte, ihre Freiheit zu erkaufen. Über den Verhandlungsführer der jüdischen Seite, Rudolf Kasztner, forschte Mayer in seinen letzten Lebensjahren. Nach dem Krieg kehrten die Mayers nach Ungarn zurück, wo Egon Mayer in Budapest aufwuchs, bevor die Familie während der Ungarischen Revolution 1956 in die USA emigrierte. In Brooklyn besuchte Mayer eine orthodoxe Jeschiva und erwarb später am Brooklyn College seinen PhD in Soziologie. Er lehrte von 1970 bis zu einer Erkrankung 2003 am Brooklyn College und führte zahlreiche Studien für das American Jewish Committee durch, in denen er das religiöse Verhalten und die Ausübung traditioneller Praktiken unter amerikanischen Juden erhob. Ein Schwerpunkt lag auf interreligiösen Ehen zwischen Juden und Nichtjuden. Mayer selbst befürwortete interreligiöse Ehen von Juden und setzte sich dafür ein, solche Paare in das jüdische Gemeindeleben zu integrieren, und war Gründungsdirektor des Jewish Outreach Institute.