De gebeurtenissen in "Zuiderzee" vangen aan bij de Stormvloed van 1916, die de lezer in medias res meemaakt, en bestrijken vervolgens een kleine twintig jaar. De roman beschrijft de voltooiing van de bouw van de Afsluitdijk in 1932 en eindigt opnieuw tijdens een ongedateerde en mogelijks fictieve storm waarbij de dijken het water succesvol tegenhouden. "Zuiderzee" is geschreven in de tegenwoordige tijd en door de veelheid aan verschillende vertelstandpunten is het voor de lezer vaak moeilijk uit te maken hoeveel tijd er precies voorbijgaat.