Im Jahre 642 besuchte eine chinesische Prinzessin namens Bafri die Kirche, finanzierte die Rekonstruktion der Kirche und ließ ihren Namen in einen Stein eingravieren, der laut Benjamin Arsanos bis zum Jahre 1918 sichtbar war. Zur Zeit der Prinzessin hatte die Kirche des Ostens in China eine starke Präsenz. Jahrhunderte später war es Marco Polo, der die Kirche besuchte und beschrieb. Bis Anfang des 20. Jahrhunderts hatte die Kirche eine bescheidene Fassade, doch russisch-orthodoxe Missionare bauten die Kirche kurz vor dem Ersten Weltkrieg im russischen Stil mit zahlreichen Kuppeln um. Zu dieser Zeit hatte Urmia etwa 40 % Christen – sowohl Armenier als auch Assyrer. 1915 marschierten jedoch Truppen des Osmanischen Reiches in Urmia und massakrierten im Zuge des Völkermordes an den syrischen Christen die hier lebenden Christen und die hierher gelangten Flüchtlinge aus dem Osmanischen Reich. Die assyrische Kirche Nane Maryam wurde zerstört. Ab 1922 kehrte ein Teil der überlebenden Assyrer nach Urmia zurück. Auf den erhaltenen Fundamenten wurde die Kirche wieder aufgebaut, stürzte wegen Baumängel aber nach 30 Jahren ein. In den folgenden Jahren wurden Spendengelder in der assyrischen Diaspora gesammelt, insbesondere in den USA. Der größte Teil wurde von Eishou Beik gespendet. Die alte Kirche Nane Maryam wurde in ihrer heutigen Form wieder aufgebaut, und gleichzeitig entstand direkt nebenan der Kirchenneubau. 1963 wurde die neue Kirche eingeweiht. Bis heute ist die Kirche in einem gepflegten Zustand. Nach der islamischen Revolution und wegen des Krieges zwischen Iran und Irak gab es jedoch eine starke Abwanderung von Christen, die bis heute anhält. 2012 gab es nach Angaben des Pastors Ilyas der benachbarten St.-Johannes-Kirche nur noch 5000 assyrische Christen in Urmia bei einer Stadtbevölkerung von 1,2 Millionen.