En 1799, il suit la flotte de l'amiral Étienne Bruix poursuivie par les Anglais de George Keith et reste de longs mois réfugié à Brest. En 1801, il accompagne la flotte du vice-amiral Villaret faisant route vers Saint-Domingue et participe dans des opérations contre les insurgés haïtiens à Port-au-Prince. De retour en Espagne en 1802 il obtient une licence mais reprend du service deux ans plus tard à Cadix. En 1805, il s'embarque avec l"'Argonauta" et rejoint la flotte du vice-amiral Villeneuve pour une mission en Martinique. En juillet 1805, il participe à la bataille navale du cap Finisterre. Trois mois plus tard, il prend part à la célèbre bataille de Trafalgar à bord du "Príncipe de Asturias". Le 9 novembre 1805, il est promu capitaine de vaisseau pour ses actions militaires.