Начало христианизации территории современной Северной Македонии восходит к первым векам христианства, на Сардикийском соборе (343) присутствовал епископ Скупи (совр. Скопье) Перигорий. В IV веке существовало епископство и в городе Лихидос (совр. Охрид). После переселения славян на Балканы в VI—VII веке они вытеснили и ассимилировали греческое население современной Северной Македонии. В IX веке эти земли вошли в состав Болгарской державы. После раскола христианства Македония продолжала оставаться тесно связанной с Восточной церковью, за исключением краткого периода, когда после IV крестового похода и основания Латинской империи в Скопье было учреждено католическое епископство.