A raíz del golpe de Estado egipcio de 2013, El-Katatni fue arrestada el 4 de julio de 2013. El fiscal general egipcio Hisham Barakat ordenó que se congelaran sus activos el 14 de julio de 2013. El 29 de octubre de 2013, un panel de tres jueces en el Tribunal Penal de El Cairo se retiró del proceso, citando "inquietud" por el juicio. El 11 de diciembre de 2013, un segundo panel de jueces se retiró del juicio.