Το τέλος του πολέμου επέτρεψε στον Νόουλς να συνεχίσει τις σπουδές του, και πραγματοποίησε περιοδεία στην Γαλλία το 1788. Το ξέσπασμα των Πολέμων της Γαλλικής Επανάστασης το 1793 οδήγησε τον Νόουλς στην επιστροφή στην ενεργό δράση στην διοίκηση της φρεγάτας HMS "Daedalus". Διετάχθη να κινηθεί προς το Χάλιφαξ, αλλά του δόθηκε άδεια να κινηθεί και προς το Τσέσαπικ, από όπου σκόπευε να πλεύσει η γαλλική νηοπομπή. Τα προβλήματα στην επάνδρωση του πλοίου του είχαν ως αποτέλεσμα να αποπλεύσει από το Πόρτσμουθ με ανειδίκευτο πλήρωμα, αλλά ο Νόουλς τους εκπαίδευσε μέχρι την άφιξη τους στο Χάμπτον Ρόουντς. Λίγο μετά την άφιξη του, κατέφτασε και η γαλλική συνοδεία, την οποία παρατήρησε ο Νόουλς από το "Daedalus". Ο Νόουλς μεταβίβασε τις πληροφορίες στον Λόρδο Χόου ο οποίος μετακίνησε τον στόλο του για να καταδιώξει τους Γάλλους, ξεκινώντας με αυτό το τρόπο τα γεγονότα που οδήγησαν στην Θριαμβευτική Πρώτη Ιουνίου. Έχοντας εκπληρώσει τον σκοπό του, ο Νόουλς έπλευσε προς το Χάλιφαξ, και από εκεί επέστρεψε στην Αγγλία. Μετατέθηκε στο HMS "Edgar" με το οποίο έδρασε στη Βόρεια Θάλασσα. Για μια ακόμη φορά ο Νόουλς αντιμετώπισε προβλήματα με το πλήρωμα του πλοίου του, όταν το "Edgar" έπλευσε από το Νόουρ έχοντας στρατιώτες από 23 διαφορετικά συντάγματα, και διοικούνταν από αξιωματικούς από άλλα συντάγματα. Ο τύφος και «η φαγούρα» ήταν ανεξέλεγκτα, και έτσι το πλοίο έπρεπε να καθαριστεί με ασβεστόνερο κατά την επιστροφή του στο λιμάνι και να απολυμανθεί με ξύδι, ενώ οι 100 ναύτες διακομίστηκαν στο νοσοκομείο. Ο Νόουλς αντιμετώπισε ακόμη μια κακοτυχία όταν το "Edgar" έχασε τα ιστία του κατά την διάρκεια καταιγίδας στα ανοιχτά του Τέσελ, και έτσι ρυμουλκύθηκε στο Νόουρ.