Het oorspronkelijke kerkgebouw, in eenvoudige renaissancestijl, werd beschadigd tijdens het beleg van Siena in 1554 in de loop van de Italiaanse Oorlog (1551-1559). Er volgde herbouw in de barokperiode en een restauratie tussen 1922 en 1932. Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd het bijna volledig verwoest door Amerikaanse bombardementen op 23 januari 1944, maar de oorspronkelijke basiliek werd na de oorlog herbouwd aan de hand van foto's en getuigenissen van de monniken van het klooster.