La popolazione locale, tuttavia, era agitata da movimenti indipendentisti, gran parte dei quali confluirono, nel 1962, nel movimento armato Fronte per la liberazione del Mozambico (FRELIMO). A partire dal 1964, il FRELIMO diede inizio alla Guerra d'indipendenza del Mozambico. Il Portogallo stava già sostenendo un conflitto armato contro forze indipendentiste in Angola e Guinea-Bissau; l'insieme di questi conflitti viene detto Guerra coloniale portoghese.