Champ Car gick in i IndyCar Series inför 2008, och Junqueira fick tillsammans med Coyne ingen möjlighet att bygga vidare på 2007 års framgångar under hösten. Han tävlade hela säsongen i IndyCar, men var till en början hopplöst efter på ovalerna, och lyckades inte heller störa toppförarna på vanliga racingbanor. Efter att ha slutat på tjugonde plats i mästerskapet fick inte Junqueira nytt förtroende till säsongen 2009. Under den säsongen fick han bara en chans, vilket var i Indianapolis 500. Han kvalade in, men tvingades lämna över bilen till den betalande teamkollegan Alex Tagliani, efter att ha kvalificerat sig på dennes bekostnad.