Op het WK 1998 in Frankrijk overleefde Spanje de groepsfase niet. Luis Enrique, die in elk duel aan de aftrap verscheen, scoorde in de laatste wedstrijd tegen Bulgarije zijn tweede WK-doelpunt. Twee jaar later was Spanje er ook bij op Euro 2000 in Nederland en België, maar Luis Enrique miste het toernooi door een zware knieblessure. In 2002 nam de Spanjaard deel aan zijn laatste toernooi als international. Op het WK in Japan en Zuid-Korea bereikte Spanje opnieuw de kwartfinale, waarin het na strafschoppen werd uitgeschakeld door het Zuid-Korea van bondscoach Guus Hiddink. Luis Enrique mocht tijdens het duel na 80 minuten invallen voor Juan Carlos Valerón. Het was zijn 61e en laatste interland voor Spanje.