Non è noto cosa fece dopo la sconfitta e morte di Pompeo nella battaglia di Farsalo (48 a.C.), ma dopo la morte di Cesare (44 a.C.), Libone è in Spagna col genero Sesto Pompeo, ed è dunque ipotizzabile che non si fosse sottomesso a Cesare. Continuò a combattere con Sesto Pompeo e fu una delle figure di alto lignaggio che nel 40 a.C. Sesto Pompeo inviò dalla Sicilia in Grecia per scortare dal figlio la madre di Marco Antonio, Giulia Antonia, la quale si era rifugiata presso Pompeo dopo la Guerra di Perugia.