Com a independência conquistada em 1956, conflitos entre facções do norte e do sul se iniciaram quase que instantaneamente. A guerra civil entre os sudaneses do norte e do sul levou o governo britânico a fechar temporariamente as 161 escolas missionárias no sul em 1955. A nova República do Sudão permitiu que elas reabrissem em 1956, mas expulsou vários missionários sob acusação de cumplicidade na revolta no sul. Em 1957, todas as escolas foram nacionalizadas como parte de uma política nacional de unificação que visava a progressiva islamização do sul. Um golpe militar liderado pelo general Ibrahim Abboud assumiu o controle do governo em 1958, continuando a política de islamização e impondo lei marcial. Em 1962, a Lei das Sociedades Missionárias (MSA) restringiu severamente a liberdade religiosa, tendo como principal alvo as igrejas cristãs do sul. A construção de igrejas foi proibida e a liberdade de opinião e expressão foi reduzida. A lei, aplicada rigidamente apenas no sul, resultou na expulsão de missionários estrangeiros. No final de 1964, quando mais de 200 padres e irmãs combonianos foram deportados indiscriminadamente, todos os missionários cristãos, com exceção de alguns sudaneses, foram expulsos do sul e todas as escolas missionárias foram fechadas. No norte, onde o proselitismo cristão não era realizado, os missionários continuaram se engajando no trabalho educacional e ministrando a pequenas comunidades de expatriados. Em 1965, foi instituído o Conselho de Igrejas do Sudão, uma organização que se envolveria em grandes trabalhos de assistência e reconstrução no sul durante as próximas décadas.