Met die uitbreek van die Tweede Vryheidsoorlog op 11 Oktober1899 sluit hy hom as vrywilliger by die Vrystaatse strydmagte langs die wesgrens aan en neem deel aan die slae by Rooilaagte (25 November 1899), Modderrivier (28 November 1899) en Magersfontein (11 Desember 1899). In Januarie 1900 word hy deur die kuratorium van sy skool na die onderwys teruggeroep, en met die Britse besetting van Bloemfontein in Maart van daardie jaar is hy steeds op sy pos. Aangesien hy egter weier om die eed van trou aan die nuwe owerheid af te lê, beland hy in die gevangenis. Op voorspraak van J.G. (later sir John) Fraser, wie se seuns by hom op skool was, word hy op parool vrygelaat en na die Kaapkolonie teruggestuur, wat ook die einde van sy loopbaan in die onderwys beteken.