Dies alles hatte zur Folge, dass viele jüdischen Familien die Gemeinde verließen. Im Zug der Novemberpogrome 1938 wurden alle jüdischen Einwohner Edenkobens am Nachmittag des 10. Novembers auf dem Marktplatz zusammengetrieben und von dort in Bussen fortgebracht. Die Fahrt endete auf einen freien Feld bei Knielingen. Dort mussten alle die Busse, die dann wieder abfuhren, verlassen. Als die Mitglieder der Kultusgemeinde, trotz der Warnung des damaligen Ortsgruppenleiters der NSDAP nicht mehr nach Edenkoben zurückzukehren, dort wieder eintrafen, mussten sie feststellen, dass in der Zwischenzeit ihre Häuser und Geschäfte geplündert worden waren. Im Oktober 1940 wurden 14 der 16 noch in Edenkoben lebenden jüdischen Gemeindemitglieder im Zuge der sogenannten Wagner-Bürckel-Aktion in das französische Internierungslager Gurs deportiert.