Vid bildandet av Afrikanska unionen i juli 2002 utsågs Sydafrikas president Thabo Mbeki till posten som Afrikanska unionens ordförande. Från år 2006 och framåt har kandidater till ordförandeposten ställt upp baserat på en rotation mellan AU:s regioner och med åren har det av praxis roterat enligt ordningen Öst-, Nord-, Central-, södra och Västafrika. Just valet av ordförande år 2006 var kontroversiellt på grund av Sudans kandidatur mot bakgrund av Darfurkonflikten och efter hård kritik valdes istället Kongo-Brazzavilles president till ordförande. I januari 2010 försökte den libyske ledaren Muammar Gaddafi förgäves att få stanna på posten i ytterligare ett år efter att redan ha suttit som ordförande en ordinarie mandatperiod.