Benachour revient donc à Paris à l'été 2003. Fernandez n'est plus là, mais Vahid Halilhodžić ne fait pas plus confiance que son prédécesseur au jeune milieu de terrain, hormis lors d'une période entre la et la durant laquelle Benachour est titulaire à quatre reprises. Malheureusement pour lui, une équipe-type finit par se dessiner, et Benachour en est exclu. Les résultats sont suffisamment bons pour que personne n'y trouve quoi que ce se soit à redire. Une bouffée d'air arrive en pour Benachour : il part jouer la coupe d'Afrique des nations sous les ordres de Roger Lemerre, et garnit son palmarès en remportant l'épreuve. De retour à Paris en février, il ne fait que des rentrées très espacées. Il a toutefois le mérite de se distinguer en finale de coupe de France face à Châteauroux, en effectuant une entrée en jeu très utile pour préserver le score.