Године 1485. потицајем новог папе Иноћентија VIII, избила је нова побуна племства, на коју је Фердинанд одговорио јако репресивним мерама, побивши њихове коловође. На овакав краљев поступак папа је екскомуницирао њега и целу његову породицу. Фердинанду није био потребан овај сукоб са папом у часу кад се спремала велика француска офанзива на територију Италије. Знајући шта се спрема, напуљски краљ је покушао упозорити владаре на полуострву, али је наишао на хладан пријем, посебно код најмоћнијих, папе Александра VI и миланског војводе Лудовика Сфорце.