בפברואר 1943 הוחלף אלכסנדר בגנרל הנרי מייטלנד וילסון. וילסון הופקד על פיקוד שקט, כאשר לפקודתו עומדים כוחות שרובם חיל מצב. בתקופתו ביצע הפיקוד משימה אחת חשובה, והיא המעורבות הכושלת במערכת הדודקאנס במלחמת העולם השנייה, שהסתיימה בתבוסה בריטית. בינואר 1944 הוחלף וילסון בגנרל ברנרד פאג'ט. עם סיום המלחמה, ב-1945 נערך ארגון מחדש של הכוחות, ובאוקטובר 1946 הפך הפיקוד ל"כוחות הקרקע של המזרח התיכון" (Middle East Land Forces), ולמעשה המבנה ההיררכי ההיסטורי של "פיקוד המזרח התיכון" שהיה פעיל במלחמת העולם השנייה חדל מלהתקיים.