Nach der Besetzung des Landes und Errichtung des Protektorats Böhmen und Mähren ging Bürger nach Prag und wurde Beamter der Rentenabteilung des Finanzministeriums. Zugleich beteiligte er sich sehr aktiv am Widerstand. Er arbeitete mit General Alois Eliáš zusammen und baute innerhalb der Widerstandsgruppe Obrana národa ein nachrichtendienstliches Netz auf, das mehrere Jahre lang von der Gestapo unentdeckt blieb. Nach der Verhaftung des Generals Zdeněk Novák im Juni 1944 begann er selbständig Militäraktionen gegen die Besatzer in Prag vorzubereiten. Er pflegte enge Kontakte zu General Karel Kutlvašr und General František Slunečko. Mit dem Ende des Krieges konzentrierte er sich auf den Aufbau der militärischen Organisation, Vojenské velitelství Velké Prahy Bartoš ("Militärhauptquartier Groß-Prag Bartoš"), der im Mai 1945 während des Prager Aufstands die militärischen Operationen gegen die Besatzungsmacht leitete und als die bestorganisierte illegale Widerstandsgruppe in Prag bezeichnet wird. Am 5. Mai 1945 nahm er seinen aktiven Dienst wieder auf und war als Stabschef des Militärhauptquartiers des Großraums Prag an der Leitung der Aktivitäten der aufständischen Einheiten – neben Brigadegeneral und Befehlshaber der Aufständischen Kutlvašr – entscheidend beteiligt und koordinierte diese mit anderen Aktionen des Widerstands durch seine Kontakte zum Tschechischen Nationalrat.