Při nepokojích v Egyptě v roce 2011 stál v čele opozičních skupin, uvažuje se o něm jako o společném mluvčím sjednocené opozice i jako o budoucím egyptském prezidentovi. Podporovalo ho i zakázané Muslimské bratrstvo. Baradej vydal prohlášení, v němž odmítl kandidovat v prezidentských volbách, pořádaných v roce 2012, kvůli pokračující vládě Nejvyšší rady ozbrojených sil, kterou považoval za nedemokratickou.