Mit der Nord-Virginia-Armee nahm er an der Sieben-Tage-Schlacht teil, in deren Verlauf er bei der Schlacht bei Gaines Mill durch einen Kopfschuss erneut verwundet wurde. Nach seiner Genesung wurde Elzey 1863 zum Generalmajor befördert und mit der Verteidigung von Richmond, Virginia beauftragt. 1864 wurde Elzey als Kommandeur der Artillerie zur Tennessee-Armee unter General John Bell Hood versetzt.