Üniversite sonrası ilk olarak İstanbul Hamidiye Etfal Hastanesi’nde (bugünkü Şişli Etfal Hastanesi) göreve başladı. Dr. Rıfkı Bey, 14 Ekim 1906 tarihinde yüzbaşı rütbesini, 18 Haziran 1908 tarihinde de operatörlük yapma yetkisini aldı. Bu sırada açılan imtihanı kazanarak ihtisasını geliştirmek üzere Paris’e gitti. Burada çalışmalarını bitirmek üzereyken çıkan Trablusgarp Harbi üzerine Kızılay tarafından Humus'a gönderilen heyette yer aldı.