La fuerza fue fundada el 30 de abril de 1999 bajo la responsabilidad del Ministerio de Defensa de Azerbaiyán. En la formación de las fuerzas participaron los alféreces y oficiales de la Primera guerra del Alto Karabaj. El Comando de Fuerzas Especiales de Turquía de las Fuerzas Armadas de Turquía jugó un papel especial en la formación de las Fuerzas Especiales de Azerbaiyán. Además, las Fuerzas Especiales fueron parte en los centros de ejercicios militares en Pakistán, Estados Unidos y otros países. Obtuvieron altos logros en las competiciones realizadas en Estados Unidos, Turquía y Pakistán.