În 1938, Germania a anexat Austria în Anschluss; mai târziu în același an a anexat Petržalka și Devín pe criterii etnice. Bratislava a fost declarată capitala Republicii Slovace pe 14 martie 1939, dar noul stat a căzut sub influența Germaniei. În 1941-1942 și 1944-1945, guvernul slovac i-a expulzat pe cei aproximativ de evrei din Bratislava, cei mai mulți fiind trimiși în lagăre de concentrare. Bratislava a fost bombardată de către Aliați, fiind ocupată de trupele germane în 1944 și cucerită de Armata Roșie pe 4 aprilie 1945. La sfârșitul celui de-al doilea război mondial, majoritatea germanilor din Bratislava au fost evacuați de autoritățile germane; unii s-au întors după război, dar au fost expulzați prin Decretele Beneš.