El rey Fernando III de Castilla conquistó la ciudad de Córdoba para los ejércitos cristianos el 29 de junio de 1236, día de San Pedro y San Pablo. Por este motivo, el rey fundó el convento de San Pablo, para los dominicos; y el de San Pedro, para los franciscanos, por lo que su nombre derivó de "convento de San Pedro el Real" hasta el actual "iglesia de San Francisco". La amplia reforma que sufrió la iglesia en el siglo XVIII modificó su fisonomía medieval por otra barroca, poseyendo una importante colección de pinturas de artistas cordobeses del siglo XVIII. Se sabe que es durante este siglo cuando mayor número de feligreses residían en el templo, superando el centenar de frailes.