Julkista kritiikkiä kenraali Thörnell sai jo lokakuussa 1940, kun hän vastaanotti Saksan Tukholman lähettiläältä Wiedin prinssiltä valtakunnankansleri Hitlerin myöntämän korkean saksalaisen kunniamerkin. Pääkriitikkona oli professori ja lehtimies Torgny Segerstedt. Saksan armeijan koettua helmikuussa 1943 Stalingradin tappion kritiikki kenraali Thörnellin suhteen lisääntyi Ruotsissa. Thörnell oli tuonut julkisesti esille sen, että hän arvosti saksalaista sotilaskuntoa ja preussilaista upseerihenkeä. Thörnell siirtyi syrjään puolustusvoimain komentajan tehtävästään 1. huhtikuuta 1944. Hän siirtyi sen jälkeen kuningas Kustaa V:n avustajakunnan päälliköksi.