Mais c'est après son renversement en 2013 que les relations israélo-égyptiennes s'améliorent sous la présidence d'Abdel Fatah al-Sissi en Égypte. Les deux États ont alors des intérêts convergents dans la lutte contre l’insurrection islamiste au Sinaï, qui les conduit à nouer une coopération étroite dans les domaines militaire et du renseignement. En outre, le mouvement islamiste Hamas au pouvoir dans la Bande de Gaza frontalière des deux pays est ennemi du gouvernement israélien, mais aussi égyptien depuis que celui-ci considère les frères musulmans comme un groupe terroriste. En 2016, Sameh Choukri, se rend en Israël, marquant la première visite officielle d’un chef de la diplomatie égyptienne depuis neuf ans, axée sur la coopération militaire et sécuritaire contre le terrorisme. En , interrogé par un journaliste de CBS lui demandant si cette coopération était la plus étroite qui ait jamais existé entre les deux anciens ennemis (Israël et Égypte), Abdel Fattah al-Sissi lui déclare : « C’est exact ».