Sui primi anni di matrimonio di Eleonora ed Enrico non esistono molti documenti anche nel periodo in cui scoppiò la Seconda guerra dei baroni. Si sa che Eleonora sostenne il marito e il suocero richiamando arcieri dalle terre materne del Ponthieu, mentre appare privo di fondamento il fatto che ella avesse tentato di scappare in Francia per fuggire al conflitto. Quando nel 1264 Edoardo e il padre furono sconfitti alla Battaglia di Lewes del 1264 Eleonora fu confinata al Palazzo di Westminster dopo che si era saputo che ella stava cercando di reclutare truppe fresche dalla Castiglia. L'anno dopo suo marito sconfisse Simone V di Montfort alla Battaglia di Evesham acquisendo un maggior peso nelle questioni di governo. Questa gloria si rifletté anche su Eleonora che, dopo tre figlie morte poco dopo la nascita, nel 1266 diede alla luce un maschio sano, John, seguito entro il 1269 da un altro maschio e da una femmina.