В июне 1855 года Михаил Францевич простился с Павлом Степановичем (это была последняя встреча адмиралов, друживших со времен Морского кадетского корпуса, вскоре П. Нахимов был смертельно ранен на Малаховом Кургане Севастополя) и вернулся в Петербург, где был назначен членом Морского Учёного Комитета, а также произведён в контр-адмиралы. Уже через два месяца, 30 августа 1855 года, произведён в вице-адмиралы и назначен директором Гидрографического Департамента, инспектором Корпуса флотских штурманов и председателем Морского Учёного Комитета. Под его руководством составлялись и печатались новые морские карты, Рейнике издавал журналы "Записки гидрографического департамента" и "Известия о переменах лоции".