Йеспер Кристиансен был в составе национальной сборной на чемпионате мира 2002, но ни разу не вышел на поле, дебют Кристиансена в сборной произошёл лишь 2 июня 2005 года в матче со сборной Финляндии. На чемпионате мира 2010 был включён в заявку в качестве третьего вратаря. Всего в составе сборной Кристиансен провёл 11 матчей.