קרנמר נולד בנוטינגהאמשייר למשפחה מן האצולה הזעירה. כיוון שלאביו לא הייתה די קרקע, ירש אותו רק הבן הבכור, בעוד קרנמר ואחיו הצעיר פנו לכמורה. הוא התקבל לסגל קולג' ישו באוניברסיטת קיימברידג' ב-1510, אך סולק ממנו עקב נישואיו, משנפטרה אשתו במהלך לידה, התקבל מחדש ונשבע אמונים לכנסייה והוסמך ככומר ב-1523. עקב מגפת מחלת ההזעה עבר מקיימברידג' לאסקס, שם נפגש עם המלך הנרי השמיני, שעשה באזור.