La zona se convirtió en la base de los mercaderes europeos, especialmente de los genoveses y venecianos. Tras la Cuarta Cruzada de 1204, y durante el Imperio latino de Constantinopla (1204-1261), los venecianos ganaron importancia en Pera. La iglesia de San Pablo (1233), hoy conocida como "Arap Camii", tiene su origen en este periodo. En 1273, el emperador bizantino Miguel VIII Paleólogo cedió Pera a la República de Génova a cambio del apoyo genovés tras la Cuarta Cruzada y el saqueo de Constantinopla de 1204. Pera se convirtió en una próspera colonia comercial gobernada por un podestà. El Palacio Genovés ("Palazzo del Comune") fue construido en 1316 por Montano de Marinis, el podestà de Pera. Actualmente quedan ruinas del palacio en Bankalar Caddesi, en Karaköy. Otros edificios y casas genovesas adyacentes también datan de principios del siglo XIV. En 1348, los genoveses construyeron la famosa Torre de Gálata, uno de los edificios más importantes de Estambul. Pera permaneció bajo dominio genovés hasta el 20 de mayo de 1453, cuando fue conquistada por los otomanos junto con el resto de la ciudad, tras el asedio de Constantinopla.