После смерти Уайна Капака между его сыновьями — основными претендентами на престол Уаскаром и Атауальпой — вспыхнула междоусобная война, фактически расколовшая империю и втянувшая её в жестокую гражданскую войну. Под контролем и на стороне Атауальпы была армия и территории на севере страны с городом Кито, на стороне Уаскара — остальная часть империи с центром в городе Куско. Братья, будучи законными наследниками, пытались любыми способами устранить остальных законных сыновей Инки. Во время этой междоусобной войны Тупак Уальпа был вынужден скрываться в лесах, опасаясь быть убитым по их приказу.