Het vertrouwen van de NDA-regering werd geschaad door berichten dat de veiligheidsdienst gefaald had betreffende het tijdig ontdekken van de indringers rond Kargil, wat leidde tot de Kargiloorlog, en ook door beschuldigingen aan het adres van de minister van Defensie George Fernandes, over het feit dat hij steekpenningen zou hebben aangenomen voor de aanschaf van doodskisten voor gesneuvelde militairen. Het weekblad Tehelka onthulde een, door het weekblad zelf uitgelokt corruptieschandaal waarbij enkele politici van de regering, topambtenaren van het ministerie van Defensie en leden van de legertop waren betrokken, en de CBI klaagde enkele vooraanstaande BJP-politici aan, in verband met het aansporen tot de vernieling van de Babri-moskee. In 2002 stegen de spanningen rond het Ram Janmabhoomi-conflict toen de Vishva Hindu Parishad ("Wereld Hindoeraad") de regering dreigde met de wens om op de betwiste plek een religieuze ceremonie te houden. Een maand later kwamen 59 hindoe-activisten om die terugkeerden uit Ram Janmabhoomi, toen in Godhra in Gujarat een treinwagon in brand was gestoken. Dit leidde in Gujarat tot grootschalig geweld, waarbij duizenden hindoes en moslims de dood vonden. De door de BJP geleide regering van Gujarat en zijn Chief Minister Narendra Modi werden ervan beschuldigd dat ze niet voldoende hadden gedaan om te voorkomen dat hindoe-bendes moslims aanvielen.