在1989年的总统大选中，恩达拉被推为公民反对派民主联盟（ADOC）的候选人，与独裁军事领导人曼努埃尔·诺列加推出的候选人卡洛斯·杜克（Carlos Duque）竞选。由美国前总统吉米·卡特领导的国际联盟观察员和美国总统老布什任命的另一组观察员宣称恩达拉赢得大选，但诺列加政府却宣布选举无效。次日，恩达拉和他的竞选伙伴里卡多·阿里亚斯·卡尔德隆和吉列尔莫·福特率领一千名選民，大喊抗议，并敦促政府承认恩达拉出線。此抗议受到军方的镇压，三位候选人被严重殴打。恩达拉一度住院，头部缝了八针。袭击恩达拉和福特的图像的美国媒体传播到世界各地，美国政府随后对巴拿马采取了经济制裁、外交诱逼、军事威胁，支持巴拿马国内反对派推翻诺列加。恩达拉此时在美国控制下的巴拿马运河区避难，12月20日美国入侵巴拿马，诺列加躲进教廷驻巴拿马大使馆，13天后被迫向大使馆外的美军投降。恩达拉则在21日巴拿马的美军基地克莱顿堡，宣誓就任总统。恩达拉就职后表示捍卫言论自由和民主制度。开始对巴拿马国防军进行改革，清除诺列加的支持者，恢复平民政府的主导地位。