Im Jahr 663/664 n. Chr. fiel Pergamon zum ersten Mal in die Hände der Kleinasien erobernden islamischen Araber (vgl. Islamische Expansion). Und so lässt sich in byzantinischer Zeit ein Rückzug der Besiedlung auf den Burgberg, der mit einer 6 Meter starken, aus Spolien errichteten Mauer geschützt wurde, verfolgen. Pergamon, Sitz einer der sieben ältesten Hauptkirchen Kleinasiens, wurde 716 von den Arabern unter Maslama b. Abd-al-Malik erneut erobert, große Teile der Bevölkerung vernichtet. Die Stadt wurde anschließend wieder aufgebaut und befestigt, nachdem die Araber ihren Versuch, Konstantinopel zu erobern (717–718), aufgegeben hatten.