W reprezentacji Argentyny Fernández zadebiutował 20 marca 1963 w wygranym 4-2 meczu z Kolumbią w Mistrzostwach Ameryki Południowej. Na turnieju w Boliwii Argentyna zajęła trzecie miejsce. Na turnieju wystąpił w czterech meczach z Ekwadorem, Brazylią, Boliwią i Paragwajem. Ostatnim raz w reprezentacji wystąpił 29 października 1963 w przegranym 2-3 meczu w Copa Rosa Chevallier z Paragwajem.