Revenu à Ferrare, en 1502, il y rencontre Lucrèce Borgia, alors épouse d’Alphonse d’Este, avec qui il entretient une liaison. Ferrare étant alors en guerre avec Venise pour le contrôle de la Polésine, de Rovigo et du marché du sel (« guerre du sel »), il quitte la ville, en 1505, pour échapper à la peste qui décime la population.