内政においては、エリクの野心は、弟たち（後のヨハン3世、カール9世）を含むスウェーデン貴族に猛烈に反対された。ヨハンは謀反を起こしたが、1563年に捕らえられ大逆罪に問われた。エリク14世の治世のほとんどが、デンマークとの北方七年戦争で占められ、その間彼はデンマークからの征服の試みを阻んだが、自らの征服事業も維持できなかった。