Τελικώς, μετά τις βίαιες "Μέρες του Μαΐου" του 1937 στη Βαρκελώνη και υπό την πίεση του Κ.Κ.Ι. (PCE), το POUM κηρύχθηκε τον επόμενο μήνα παράνομο από την κεντρική κυβέρνηση των Δημοκρατικών. Οι περισσότεροι ηγέτες του POUM, ανάμεσά τους κι ο Νιν, συνελήφθησαν και στάλθηκαν σε στρατόπεδο συγκέντρωσης στην έτερη μεγάλη πόλη που παρέμενε ακόμα υπό των έλεγχο των Δημοκρατικών, τη Μαδρίτη. Εκεί, ο Νιν εκτελέστηκε μετά από βασανιστήρια από πράκτορες της Νικαβεντέ (NKVD) που δρούσαν στην Ισπανία ως σύμβουλοι, πληροφοριοδότες Δημοκρατικής κυβέρνησης.