Uma das primeiras ações do novo governo, sob a presidência de Samora Machel, foi estabelecer um Estado unipartidário baseado em princípios marxistas. Cuba e União Soviética foram as primeiras nações a estender os laços diplomáticos ao novo país, ajudando-o também com forças militares, como forma de manter a independência e reprimir a oposição. Logo após a independência, o país foi assolado por uma guerra civil longa e violenta entre forças oposicionistas da anticomunista Resistência Nacional Moçambicana (RENAMO) e o regime marxista da Frente de Libertação de Moçambique (FRELIMO). Este conflito, combinado com as disputas diplomáticas e envolvimento do governo com movimentos guerrilheiros em países vizinhos, como a Rodésia (em que o governo moçambicano apoiou o grupo guerrilheiro organizado pelo Exército Africano para a Libertação Nacional do Zimbábue (ZANLA) e a África do Sul do regime de "apartheid" (na qual o governo moçambicano proveu ajuda ao grupo capitaneado por Nelson Mandela) além do excesso de planeamento central e implementação de políticas socialistas ineficazes que resultaram nas severas dificuldades econômicas que caracterizaram as primeiras décadas de independência de Moçambique, resultado das práticas adotadas pelo então regime vigente no país.