През 1912 година по време на Балканската война Йован Бабунски е начело на сърбоманска чета, подпомагаща настъпващата сръбска войска. Ранен е в крака по време на Кумановската битка и се лекува във Вранската болница. В 1913 година участва в потушаването на Тиквешкото въстание. След войната става секретар на Министарството на просветата и църковните дела във Велес.