Од 1490. до 1523. године и поново од 1544. до 1773. године, војводство је било подељено између различитих огранака Олденбурга, од којих су најпознатији војводе Холштајн-Глукстадт (идентични са данским краљевима ) и Холштајн-Готорп . Војвода је престао да постоји када га је Краљевина Пруска анектирала 1866. након Другог шлезвишког рата 1864. године.