16 lutego 1520 w Toruniu omawiał z królem plany podboju zbuntowanych Prus Zakonnych. Jan Amor Tarnowski był autorem zwycięskiej strategii militarnej w tej wojnie, choć zastosował ją hetman Mikołaj Firlej. Osobiście uczestniczył w wojnie polsko-krzyżackiej 1519-1521, m.in. w czasie oblężenia Królewca w 1520 roku.