Des de la invasió de l'OTAN, Jamiati Islami es va fragmentar: l'ala militar, liderada per Yunus Qanuni i Mohammed Fahim, va dominar l'Administració de Transició (2001-2004), a la qual Rabbani s'oposava. Abdullah Abdullah es va convertir en ministre d'afers exteriors. En les eleccions presidencials de 2009, Abdullah es va presentar com a candidat independent contra Hamid Karzai.