15 października 2008 w meczu z Belgią, rozegranym w ramach eliminacji do Mistrzostw Świata 2010, Torres doznał kontuzji ścięgna podkolanowego, przez co musiał pauzować przez kilka dni. 28 marca 2009 w spotkaniu z Turcją w eliminacjach do Mistrzostw Świata 2010, rozegrał swój 60 mecz dla drużyny narodowej, stając się tym samym najmłodszym zawodnikiem hiszpańskim, który tego dokonał. W czerwcu otrzymał powołanie na Puchar Konfederacji w RPA. W pierwszym spotkaniu Hiszpanii na turnieju, przeciwko Nowej Zelandii, Torres w przeciągu 17. minut zdobył swojego drugiego w karierze hat-tricka dla kadry; był to również najszybszy hat-trick w historii reprezentacji. W półfinale Hiszpania przegrała ze Stanami Zjednoczonymi 0:2. W meczu o trzecie miejsce, Torres został zmieniony w 57. minucie meczu, a spotkanie zakończyło się zwycięstwem Hiszpanii po dogrywce 3:2.