従三位叙位者の拡大した戦国時代も後期となると、やがて天下人を目指した織田信長、そして信長の天下統一事業を継承した豊臣秀吉の下での一門、重臣に与えられる位階として定着するようになった。織田信長自身は右大臣に昇るとともに嫡男 織田信忠を従三位左近衛中将の位に据え、信長の後継者として武家初の関白となった豊臣秀吉も豊臣秀保など豊臣一門や上杉景勝、毛利輝元、宇喜多秀家、小早川秀秋、徳川秀忠、京極高次などの豊臣家の有力大名及びその子弟に三位が与えられた。江戸幕府の下では、将軍の嫡孫、御三家、御三卿、将軍の息女を正室とした加賀藩の藩主などが叙せられた他、伊達政宗、細川忠興、福島正則など関ヶ原の戦いに活躍した大名が叙せられる位階となった。