All'età di 18 anni ha preso parte al Mondiale 1998 con la nazionale giapponese, facendo di lui il calciatore nipponico più giovane a prendere parte alla coppa del mondo. L'anno successivo giocherà nella Nazionale Under 20 al mondiale in Nigeria, dove il Giappone otterrà l'argento arrivando per la prima volta in finale, Ono segnerà la rete del 2-0 contro l'Inghilterra e contro il Messico.