Ve 13. století se obyvatelé Savocy zúčastnili páté křížové výpravy, vyhlášené papežem Inocentem III., a v závěru tohoto století se zapojili do povstání proti francouzské nadvládě, známého jako Sicilské nešpory. Ve 13. století byly v Savoce postaveny kostely sv. Michala a sv. Mikuláše. V roce 1347 byla Savoca, stejně jako Messina a další sicilská města, postižena černým morem. Dne 30. listopadu 1355 král Fridrich III. Sicilský krátce po svém nástupu na trůn povýšil savockou pevnost Pentefur na královský hrad, až na počátku 15. století se Pentefur vrátil opět pod kontrolu archimandritů z Messiny. V 15. století se v Savoce rozvíjel obchod, mj. i s cukrem, který byl získáván z cukrové třtiny, pěstované v oblasti mezi Messinou a Savocou, a byl vyvážený na celý italský poloostrov i do dalších evropských zemí. Od roku 1487 byl byl na podporu obchodu v Savoce pořádán „Výroční trh Panny Marie Milosrdné“ ("Fiera annuale della Beata Vergine Maria della Misericordia"). V těchto dobách měla Savoca přes 4 000 obyvatel, tedy násobně více, než na počátku 21. století. V 15. století žila v Savoce a v sousedním Casalvecchiu početná židovská komunita, čítající kolem 50 až 60 rodin, celkem na 300 osob. Tuto skutečnost dosud připomínají pozůstatky synagogy v Savoce a ulice "Strada della Judeca" v Casalvecchiu. Maximální počet obyvatel Savocy je datován do roku 1540 – celkem 5 145 osob.