La carrière sportive de Sotomayor atteint son apogée en 1993, année durant laquelle il remporte le titre mondial en salle et en plein air, et établit un nouveau record du monde de la discipline. Le , il remporte quatre ans après son dernier sacre, la médaille d'or des Championnats du monde en salle de Toronto avec une performance à , soit deux centimètres de mieux que Patrik Sjöberg. Champion de Cuba pour la quatrième fois de sa carrière, il franchit en mai à La Havane et échoue par trois fois à . Le à Salamanque, lieu de son premier exploit planétaire, Javier Sotomayor améliore pour la troisième fois de sa carrière le record du monde du saut en hauteur en passant à sa deuxième tentative. Ce saut est toujours la meilleure marque mondiale de la discipline. Favori logique des Championnats du monde disputés fin août à Stuttgart, le Cubain confirme son rang en établissant un nouveau record de la compétition avec , devançant de trois centimètres Artur Partyka et Steve Smith. Sacré pour la première fois lors de mondiaux en plein air, il demande une barre à mais échoue dans sa tentative d'améliorer son propre record du monde. Après un nouveau titre glané lors des Jeux d'Amérique centrale et des Caraïbes de Ponce, Javier Sotomayor affiche l'un des meilleurs bilans de sa carrière. Il a franchi durant l'année cinq fois la hauteur de , quinze fois les , et a réalisé sept des quinze meilleurs bonds de la saison. Interrogé sur la limite des , Sotomayor affirme : .