Nadat de middeleeuwse voorganger gesloopt was in 1815, werd de kerk herbouwd in 1843. De Nicolaaskerk bevindt zich op een verhoogd voormalig kerkhof dat nu dienstdoet als plantsoen. De voorganger fungeerde als kloosterkerk van het premonstratenzer Oldeklooster te Kloosterburen. Dit klooster werd gesticht in 1175 als dochterklooster van Mariëngaarde te Hallum en was gewijd aan Johannes de Evangelist. Vanuit Oldeklooster werd in 1204 het Nijenklooster gesticht dat gewijd was aan Nicolaas van Myra. In 1570 werd het Oldeklooster door de geuzen geplunderd en in 1580 vluchtte de abt naar het refugium in de stad Groningen. Na de Reductie van Groningen van 1594 werd het klooster grotendeels verwoest en bleef alleen de kloosterkerk over. Deze kloosterkerk bleef tot 1811 in gebruik. Ook bleef de rechthoekige vorm van het kloosterterrein bewaard in het stratenplan van Kloosterburen (Hoofdstraat met Kloostersingel). Ondanks de reformatie die zich voltrok in de noordelijke Nederlanden bleef een groot deel van de bevolking rooms-katholiek; zij kregen in 1840 toestemming om een eigen parochie te stichten.