На Великих Равнинах Салли принимал активное участие в подавлении Восстания сиу, ему было присвоено временное звание бригадного генерала. После окончания восстания часть индейцев, участвовавших в нём, бежали на Запад и в Канаду. Между американской армией и индейцами произошёл ряд сражений, сиу были вынуждены отступить. 28 июля 1864 года армия генерала Салли столкнулась с лакота, санти и янктонаями, среди вождей которых были Сидящий Бык и Желчь, в битве у Киллдир-Маунтин. Солдаты потеряли несколько человек убитыми, но сожгли сотни типи, тонны припасов и убили 30 сиу. Армия Салли продолжила путь на запад и в районе Бэдленда подверглась атаке индейцев. Вооружённые столкновения продлились три дня и стоили американской армии девяти человек убитыми и сотни ранеными. Позднее Салли участвовал в мирных переговорах с сиу.