Dusná atmosféra protektorátu a válečné komplikace se nevyhnuly ani Zahrádecku. Několik desítek místních občanů (a Toufarových farníků) bylo popraveno nacisty či odvlečeno do koncentračních táborů. Sám Toufar byl v březnu 1942 nucen asistovat sejmutí a odvezení zvonů z celé farnosti. V dubnu 1944 pohřbíval Václava Tomka, stárka z místního mlýna, který mlel mouku bez povolení a ze zoufalství před výslechem na gestapu spáchal sebevraždu. Pohřbu se účastnilo asi osm tisíc lidí z okolí a stal se tichou protiněmeckou demonstrací. „Zákeřné údery proti českému obyvatelstvu a všeobecná úzkost krvavých událostí“ ovšem obec (a farnost) ještě více semkly, mezi lidmi se zvýšila solidarita a řada místních nezištně pomáhala potřebným. Za těchto okolností se Toufarovi, který chrámové prostory nepovažoval pouze za posvátné a liturgické, ale v době nacismu též za místa chránící a pěstující českou kulturu a identitu, na Vánoce 1943 podařilo vybrat dostatek prostředků na renovaci oken zahrádeckého kostela, jež bývaly ve velmi zuboženém stavu. Obdobně se mu podařilo i zadat opravu tamějších varhan. Dne 24. dubna 1945 zemřel na mozkovou mrtvici děkan Schwaller, od té doby byl Toufar ve farnosti jediným knězem. Po Pražském povstání na začátku května 1945 byl v Zahrádce ustanoven revoluční národní výbor, jehož členem se stal i Toufar. Jako kněz neodmítal pomoc ani druhé straně. Dne 9. května 1945 do Zahrádky přijely první ruské jednotky.