Stephanie syntyi Laekenissa. Hänen lapsuutensa oli ilmeisen onneton. Hänen isänsä, Belgian kuningas Leopold II vihasi vaimoaan ja tyttäriään. Stephanie avioitui Itävalta-Unkarin kruununprinssin Rudolfin kanssa. Rudolfin vanhemmat eivät koskaan olleet innostuneet Stephaniesta ja Rudolfin tehtyä itsemurhan tämän välit omaan isään katkesivat.