У 451 році Парижу загрожувала армія Аттіли, яка вдерлася до Галлії, але невдовзі гуни були розбиті римлянами та їхніми союзниками вестготами. У 470 році війська Хільдеріка I з династії Меровінгів пограбували західні околиці Парижа і почали довготривалу облогу міста (на правому березі у 476 році ними була побудована чатова вежа "Левер", від якої пізніше виникла назва Лувру). У 486 році Хлодвіг I у союзі з іншими франкськими вождями захопив північну частину Галлії до Луари, в тому числі, після п'ятирічної облоги захопив Париж, і у 508 році оголосив його своєю резиденцією (за іншими даними, завдяки домовленості зі Святою Женев'євою король мирно зайняв місто). Після прийняття християнства (496 рік) Хлодвіг заснував на пагорбі Сент-Женев'єв церкву Святих Петра і Павла, де був похований після своєї смерті у 511 році (поруч з покровителькою Парижа Святою Женев'євою, ім'ям якої почало назватися абатство: нині на його місці розташований ліцей Генріха IV з вежею Клові і вежею Хлодвіга). Також на початку IV століття були побудовані церкви Святого Марселя і Святого Юліана Бідняка поблизу Малого мосту. У 543 році Хільдеберт I для зберігання королівських реліквій, привезених ним з Іспанії, заснував базиліку Сент-Круа-Сен-Венсан (невдовзі вона була перейменована на абатство Сен-Жермен-де-Пре, що стало одним з найвпливовіших у місті — монастирю належали землі сучасних VI і VII округів, виноградники, ремісничі майстерні і великий ярмарок). На острові Сіте виникли жіночі монастирі Сен-Крістоф і Сен-Марсіаль, а на протилежних берегах Сени — чоловічі монастирі Сен-Лоран і Сен-Венсан. У другій половині VI століття в Парижі відбулося шість церковних соборів, що підкреслювало зростання релігійної ролі міста у володіннях Меровінгів. Після великої руйнівної пожежі 585 року, яка знищила частину будівель на острові Сіте, Париж став активно розвиватися на обох берегах Сени.