През последвалата спартанско-персийска война (399 – 394 пр.н.е.) Фарнабаз играе централна роля. През 397 пр.н.е. той помага на атинския военачалник Конон да стане главнокомандуващ на персийската флота. Той помага след това на пълководеца Тисаферн при защитата на Кария от спартанския предводител Деркилид. Фарнабаз е нападнат от спартанския цар Агезилай II. През 396/395 пр.н.е. заедно с Тимократ от Родос успява да привлече Тива във войната против Спарта, което в Гърция води до избухване на Коринтската война (395 – 387 пр.н.е.). Заедно с Конон той побеждава през 394 пр.н.е. в морската битка при Книдос, където цялата флота на Спарта е потопена.