Während der Massenhinrichtung politischer Gefangener im Iran von 1988 an politischen Gefangenen im letzten Kriegsjahr des Ersten Golfkrieges, war er stellvertretender Geheimdienstminister. Sowohl der aus Exil-Iranern bestehende „Auswärtige Ausschuss des nationalen Widerstandsrates Irans“ (AAdnWI), als auch Regierungsstellen der USA weisen ihm deshalb eine Mitverantwortung an den damaligen Vorgängen zu. In Verbindung mit dem iranischen Informations- und Geheimdienstminister Gholamhossein Mohseni-Eschei wird Pour-Mohammadi u. a. von der Nichtregierungsorganisation Human Rights Watch vorgeworfen, in die Kettenmorde sowie weitere Morde an Dissidenten verwickelt zu sein.