До следующей попытки прокопать канал прошло более тысячи лет. В 1798 году Наполеон Бонапарт, находясь в Египте, рассматривал возможность строительства канала, соединяющего Средиземное и Красное моря. Производство предварительных изысканий он поручил особой комиссии во главе с инженером . Комиссия пришла к ошибочному выводу, что уровень воды Красного моря на 9,9 м выше уровня воды в Средиземном море, что не позволяло бы построить канал без шлюзов. По проекту Лепера он должен был идти от Красного моря к Нилу частью по старому пути, пересекать Нил близ Каира и кончаться в Средиземном море близ Александрии. Достигнуть особенно значительной глубины Лепер считал невозможным; его канал был бы негоден для глубокосидящих судов. Расходы на прорытие комиссия Лепера исчислила в 30—40 миллионов франков. Проект разбился не о технические или финансовые трудности, а о политические события; он был окончен только в конце 1800 года, когда Наполеон был уже в Европе и окончательно отказался от надежды завоевать Египет. Принимая 6 декабря 1800 года доклад Лепера, он сказал: «"Это великое дело, но я не в состоянии осуществить его в настоящее время; быть может, турецкое правительство возьмется когда-либо за него, создаст себе тем славу и упрочит существование Турецкой империи"».