Carlos Compagnucci fue formado en el Club Atlético Vélez Sarsfield, donde jugó como mediocampista durante trece años, en dos etapas, obteniendo cuatro títulos de Primera División y cinco copas internacionales, entre las cuales se destacan la Copa Libertadores 1994, la Copa Intercontinental 1994 y la Supercopa Sudamericana 1996. También vistió la camiseta de Deportivo Morón entre 1989 y 1991, siendo parte del plantel que llevó al "Gallito" a ser campeón de la Primera B Metropolitana en 1990, logrando así, su ascenso a la Primera B Nacional.