Owen Wijndal absolvierte mindestens einen Einsatz für die niederländische U15-Nationalmannschaft sowie drei Spiele im Jahr 2014 für die U16. Von 2015 bis 2016 spielte Owen Wijndal in zwölf Spielen für die niederländische U17 und nahm an der Europameisterschaft 2016 in Aserbaidschan teil, wo er zu fünf Einsätzen kam. Dabei erreichte die U17 das Halbfinale, in dem die Mannschaft gegen Portugal verlor.