En agosto de 1991, Estonia obtuvo su independencia después de la Disolución de la Unión Soviética. México reconoció pronto la independencia de Estonia el 5 de septiembre de 1991 y restableció sus relaciones diplomáticas con el país el 5 de diciembre de 1991. Desde entonces, México ha sido acreditado en Estonia desde su embajada en Helsinki, Finlandia y Estonia ha sido acreditada a México desde su embajada en Washington, D.C., Estados Unidos.