El presidente siguiente, el suizo Joseph Blatter, mantuvo esta política organizando por primera vez el Mundial de Fútbol en Asia (Mundial 2002) y África (Mundial 2010). Blatter visualizó la Federación como una gran organización internacional, cuyas acciones tenían impacto global económico y político. Continuó modernizando el juego, celebrando el centenario de la FIFA en 2004. El 27 de mayo de 2007 se tomó la decisión de prohibir partidos internacionales a alturas mayores a los 2500 metros sobre el nivel del mar. Esto generó discrepancias en países como Bolivia, Colombia, Ecuador, México y Perú que se disponían a jugar partidos oficiales con miras a la Copa Mundial de Fútbol de 2010 en lugares con mayor altitud. Se decidió suspender esta norma en los últimos días de mayo de 2008, muy pocos días antes de realizarse la quinta fecha por las eliminatorias para el mundial 2010 entre Bolivia y Chile y cuando no había seguridad sobre dónde se jugaría finalmente el partido.