Al iniciar la guerra de las Malvinas, el S-31 se encontraba en Puerto Madryn donde técnicos franceses le realizaban mantenimiento. Al poco tiempo de la toma de las Malvinas, los sujetos abandonaron el país sin finalizar su trabajo. Los submarinistas advirtieron que el ARA Salta producía sonidos tanto en inmersión como en superficie, por lo que el comandante de la Fuerza de Submarinos lo dispuso a revisión en dique seco en la Base Naval Puerto Belgrano. Para colmo de males, el comandante se vio obligado a dejar el cargo por problemas de salud. Fue reemplazado por el capitán de fragata Roberto Salinas, quien ya había comandado al S-31 dos años antes. Mientras tanto, el segundo comandante de la nave condujo al Salta en otra salida de pruebas en aguas de Bahía Blanca. Dado que persistían los ruidos en el buque, pasó nuevamente a mantenimiento. Tras dos semanas, el buque salió nuevamente, pero apenas hubo marchado por el canal de salida de la base, retornó por la presencia de un submarino británico en la zona.