ב-1941 קיבל דרגת פילדמרשל בצבא הבריטי. כוחות הצבא של דרום אפריקה הוצבו בחזית צפון אפריקה ודיוויזיה דרום אפריקאית הגנה על טוברוק בעת המצור על טוברוק. לאחר נפילת טוברוק ביוני 1942, ונפילת חיילים רבים של דרום אפריקה בשבי גרמניה, קרא סמאטס לנקום את טוברוק ועל קריאה זאת חזר פעמים נוספות עד חזרת כוחות בעלות הברית לטוברוק. לאחר הניצחון על רומל באפריקה, הגיע סמאטס ללונדון ונתקבל בכבוד רב.