В июне 1992 года в ходе Гражданской войны в Таджикистане его сторонники устроили вооружённое выступление в Кулябе. 28 июля 1992 года было объявлено о прекращении огня, но Сафаров заявил, что его люди не сложат оружие, пока правительство [оппозиция] не уйдёт в отставку. В сентябре Сафаров, при активной поддержке со стороны В. В. Квачкова и подчинённых ему специалистов, пытался развить наступление на Душанбе и принял активное участие в боевых действиях.