현역 은퇴 이후, 콘테는 2005-06 시즌동안 AC 시에나에서 루이지 데 카뇨의 수석코치로 부임하였다.2006년 7월, 그는 세리에 B에 속한 USD 아레초의 감독이 되었다. 그러나, 여러 차례 실망스러운 결과를 보인 그는 2006년 10월 31일에 해고당하였다.