Le nom de la place fait référence au Pont Neuf, qui y débouche. En 1794, pendant la Révolution française, le Pont Neuf, la place du Pont-Neuf et la rue des Couteliers furent rebaptisés du nom de Lepeletier, en hommage à Louis-Michel Lepeletier de Saint-Fargeau, député de l'Yonne à la Convention, proche des Montagnards, qui vota la mort de Louis XVI et mourut le 21 janvier 1793, assassiné par un royaliste. Il fut considéré comme le « premier martyr de la Révolution » et inhumé au Panthéon.