2011 nahm Honda mit der japanischen Auswahl an der Asienmeisterschaft in Katar teil, die mit einem 1:0-Finalsieg über Australien gewonnen wurde. Honda lief in fünf Spielen von Beginn an auf, im Spiel gegen Saudi-Arabien saß er angeschlagen auf der Auswechselbank. Er wurde zum besten Spieler des Turniers gewählt.