Stefano Morrone zawodową karierę rozpoczynał w 1996 roku w Cosenzie Calcio. Rozegrał dla niej 27 ligowych pojedynków, po czym w październiku 1998 roku został wypożyczony do Empoli FC. W jego barwach 1 listopada podczas wygranego 2:0 meczu z Perugią Calcio zadebiutował w rozgrywkach Serie A. Następnie Morrone trafił do Piacenzy Calcio, z którą w sezonie &lt;a href="Serie%20A%20%282000/2001%29"&gt;2000/2001&lt;/a&gt; spadł do drugiej ligi. W styczniu 2001 roku Włoch podpisał kontrakt z klubem SSC Venezia. Stał się jego podstawowym graczem i awansował do Serie A. Po awansie do pierwszej ligi Morrone stracił miejsce w wyjściowym składzie.