En , Farnsworth dirige une brigade de cavalerie dans l'Armée du Potomac au cours de la campagne du Maryland, et s'engage dans une série de combats mineurs avec de la cavalerie des Confédérés sous le commandement de J. E. B. Stuart et Wade Hampton à proximité South Mountain et de Middletown, dans le Maryland. Il devient un général de brigade de volontaires breveté, le . Il démissionne en afin de reprendre ses fonctions en tant que membre du Congrès (cette fois-ci du district comprenant Saint-Charles (Illinois)), jusqu'en 1873. Il est membre du Comité sur les Bureaux de Poste et Routes postales.