1992–1993 var han assisterande till Tomas Ryde som var förbundskapten för damlandslaget. Per-Olof Jonsson blev förbundskapten för Sveriges damlandslag 1999. Under fyra år, 1999-2003, delades uppdraget med Tomas Ryde. 2001 spelade landslaget VM i Italien och gjorde succé som "Det leende landslaget". Vid EM 2002 åkte Sverige ut efter gruppspelet efter förluster mot Jugoslavien, Rumänien och Österrike. År 2003 tog Per-Olof Jonsson över ensam i landslaget. Vid EM 2004 gick det inte bättre utan Sverige åkte ut i gruppspelet efter tre förluster mot Rumänien, Danmark och Tyskland. 2004 vann Sverige EM kvalet mot Schweiz i två raka matcher. Hemmamatchen i Scandinavium drog över 11000 åskådare vilket var publikrekord för damhandboll i Europa. År 2005 förlorade Sverige ett VM-kval mot Kroatien. Sverige vann hemma med 30–26 men förlorade borta med 26–33. Efter den matchen slutade Per-Olof Jonsson som förbundskapten.