翌1945年には、硫黄島上陸作戦の支援、沖縄戦（アイスバーグ作戦）、日本本土空襲作戦に参加。沖縄水上特攻作戦に出撃した戦艦大和以下の日本海軍第二艦隊（第一遊撃部隊）に対する空襲作戦にも参加し、大和の撃沈に貢献した。その間、3月18日と4月16日の二度にわたって神風特別攻撃隊の特攻機の体当たり攻撃により損傷し、修理のために本土まで後退を余儀なくされる。修理完了は6月になったため、結局この沖縄戦がイントレピッドの最後の戦域となり、8月6日のウェーク島空襲が太平洋戦争における最後の戦闘となった。8月15日に日本が連合国に対して降伏すると、イントレピッドは8月21日に占領の支援を開始する。12月2日に横須賀を出港、15日にカリフォルニア州サン・ペドロに到着する。