In der letzten Märzwoche 1941 begann eine Gegenoffensive der Streitkräfte der Achsenmächte, die unter deutscher Führung stand. Die alliierten Verbände wichen zügig vor der Offensive zurück, was zu einem generellen Rückzug bis nach Ägypten hinein führte. Die 9th Division bildete die Nachhut des Rückzuges und erhielt am 6. April den Befehl, das strategisch wichtige Tobruk, das von den eigenen Landlinien abgeschnitten würde, mindestens zwei Monate lang gegen den Feind zu halten. Während der Belagerung von Tobruk wehrten die von der 18th Brigade verstärkten Australier gemeinsam mit weiteren alliierten Truppen wiederholte Angriffe der deutsch-italienischen Angreifer ab. Die "Mediterranean Fleet" versorgte die Eingeschlossenen dabei von Seeseite her mit Nachschub, und die alten australischen Zerstörer liefen wiederholt mit Nachschub beladen den unter Beschuss stehenden Hafen der Stadt an. Die HMAS "Waterhen" und die HMAS "Parramatta" gingen bei solchen Einsätzen verloren. Auf Anfrage der australischen Regierung wurde der größte Teil der 9th Division im September und Oktober aus der Stadt abgezogen und durch die britische 70th Infantry Division ersetzt. Angriffe auf den für ihre Evakuierung vorgesehenen Konvoi zwangen die 2/13th Battalion (2. Kompanie, 13. Bataillon) bis zur Aufhebung der Belagerung Ende November in der Stadt zu verharren. Während der Kämpfe verzeichneten die australischen Verbände Verluste in Höhe von 3.009 Mann, darunter 832 Gefallene und 941 in Kriegsgefangenschaft geratene.