Evangelická tradice v Libštátě byla, podobně jako třeba v Křižlicích či Jilemnici, velmi silná. Ačkoliv byli majitelé Libštátu často katolíci (postavili se například proti králi Jiřímu z Poděbrad), evangelicismus se zde uchytil. V průběhu 16. století se sem dostala i Jednota bratrská. V roce 1546 požádal král Ferdinand I. zdejší šlechtu o pomoc ve Šmalkaldské válce, dočkal se odmítnutí od Adama z Vartenberka, majitele Libštátu. Roku 1624 (majitelem panství byl Albrecht z Valdštejna) vydal komisař pro věci duchovní Jan Ctibor Kotva z Freifelsu nařízení, které vypovídalo všechny nekatolické duchovní z panství. Protestantství se zde však udrželo díky malému počtu katolických kněží a relativní blízkosti protestantského Slezska. V této době také registrujeme velký počet emigrací z Libštátského území.