Swój końcowy sukces pod Balikpapanem amerykańskie okręty zawdzięczały w dużej mierze nieporadności japońskich okrętów eskorty, których dowódcy błędnie wzięli wrogie okręty za własne jednostki, co zapewniło amerykańskim niszczycielom ważny element zaskoczenia. Mimo iż 59 Dywizjon Niszczycieli zatopił bez strat własnych cztery nieprzyjacielskie transportowce oraz okręt patrolowy, aliancka admiralicja rankiem 24 stycznia wyraziła głębokie rozczarowanie, iż nie wykorzystano dogodnej okazji do zatopienia większej liczby transportowców i tym samym opóźnienia japońskiego lądowania. Zwycięstwo pod Balikpapan nie miało bowiem większego przełożenia na dalszy przebieg kampanii w Holenderskich Indiach Wschodnich. Już 25 stycznia 1942 Japończycy zajęli bez walki niebroniony Balikpapan, po czym kontynuowali podbój Borneo oraz desanty na innych wyspach archipelagu.