Zarówno w kraju, jak i za granicą Ariel Szaron był, podobnie jak wielu innych przedstawicieli izraelskiego establishmentu, oskarżany o zbrodnie wojenne: zwłaszcza w związku z masakrą Sabry i Szatili oraz innymi kontrowersyjnymi posunięciami podczas wojny z Libanem w 1982 roku, a także wcześniejszymi operacjami, którymi dowodził. Podczas masakry w obozach Sabra i Szatila od 460 do 3500 uchodźców palestyńskich zginęło z rąk sił maronickiej Falangi Libańskiej. Wojska izraelskie okupujące Liban dostarczyły bojówkom chrześcijańskim wsparcie logistyczne oraz ułatwiły wstęp do obozu. Komisja powołana przez Kneset do wyjaśnienia udziału izraelskich wojsk obarczyła Ariela Szarona osobistą odpowiedzialnością za "zlekceważenie ryzyka masakry"; Szaron w związku z tym został odwołany z pełnionej funkcji ministra obrony Izraela. W opinii Palestyńczyków, lewicowych intelektualistów izraelskich oraz zagranicznych dziennikarzy, odpowiedzialność Szarona była znacznie większa. W 1987 Szaron pozwał miesięcznik Time, który oskarżył go o bezpośrednie kierowanie tą zbrodnią. Sąd oddalił pozew, gdyż w jego opinii oskarżenia wobec Szarona były nieprawdziwe, ale pisane w dobrej wierze. W 2001 krewni ofiar masakry w Sabrze próbowali pozwać Szarona przed sądem w Belgii, do procesu jednak z przyczyn proceduralnych nie doszło.