Sportową karierę Beat Zberg rozpoczął startując na torze. Był między innymi mistrzem Szwajcarii do lat 19 w wyścigu na 1 km w 1988 roku, omnium w latach 1988-1989 i w wyścigu na dochodzenie w 1989 roku. W 1989 roku został mistrzem Szwajcarii juniorów w wyścigu ze startu wspólnego. W 1992 roku przeszedł na zawodowstwo. Do najważniejszych sukcesów kolarza należą triumfy w wyścigach: Giro del Piemonte w 1993 roku, Vuelta a Asturias w 1995 roku, Rund um den Henninger Turm w 1996 roku, Coppa Placci w 1997 roku, Österreich-Rundfahrt w 1998 roku i Grosser Preis des Kantons Aargau w 2006 roku. W 2001 roku wygrał etap w Vuelta a España, a cztery lata wcześniej był jedenasty w Tour de France. Na szosowych mistrzostwach świata w Stuttgarcie zdobył brązowy medal w wyścigu ze startu wspólnego amatorów, przegrywając tylko z Wiktorem Rżaksinskim z ZSRR i Włochem Davide Rebellinem. W tej samej konkurencji wystartował na igrzyskach olimpijskich w Atlancie, kończąc rywalizację na 52. pozycji. Kilkakrotnie zdobywał medale szosowych mistrzostw kraju, w tym złote w indywidualnej jeździe na czas w 1998 roku i ze startu wspólnego w 2007 roku. W 2007 roku zakończył karierę.