Caniggia giocò 50 volte con 16 gol per la nazionale argentina, con la quale ha ottenuto il titolo di vicecampione del mondo nel 1990: ha esordito in nazionale il 10 giugno 1987 in Argentina-Italia (1-3). Ha partecipato ai già citati Mondiali del 1990 e a quelli del 1994, e successivamente è stato tagliato fuori dal giro della nazionale perché rifiutava di tagliarsi i lunghi capelli come imponeva il CT Daniel Passarella. Fu convocato dal nuovo CT Marcelo Bielsa per i Mondiali del 2002, durante i quali non giocò alcuna partita, ma dove fu espulso pur trovandosi in panchina.