セクナトゥスの父、グナエウス・ポンペイウスは長きにわたってユリウス・カエサルと敵対しており、紀元前49年から始まるカエサル・ポンペイウス内戦により両者の不満・憎悪は爆発した。内戦の結果、ポンペイウスは敗れ、亡命先のエジプトにて殺害され、内戦はカエサルの勝利で一旦終結した。しかし、暗殺されたポンペイウスの息子セクナトゥスとその兄グナエウス・ポンペイウス・ミノルは共にカエサルに対して徹底的に抗戦した。しかしながら、セクナトゥスの兄グナエウスはムンダの戦いで戦死。セクナトゥスは生き残り、シチリア島に逃げ込んだ。