Наряду с другими «преступными приказами», изданными в связи с подготовкой и реализацией плана «Барбаросса», «приказ о комиссарах» был представлен стороной обвинения Международному военному трибуналу в Нюрнберге. Однако и на «главном процессе», и на «процессе по делу верховного командования вермахта» (октябрь 1948 — апрель 1949 года) обвиняемые и их адвокаты настойчиво и небезуспешно отрицали расстрелы советских политработников без суда и следствия. Все они утверждали, что приказ не передавался по команде и не исполнялся, а расстрелы комиссаров производились СС и СД. Эта версия была изложена в мемуарах Гудериана и Манштейна, а также в некоторых исторических исследованиях, посвященных войне против Советского Союза. Один из историков утверждал, что немецкие офицеры и генералы «остались верны рыцарским солдатским традициям» и «не только скрывали приказ, но и открыто саботировали его», что же касается войск, то они якобы «в большинстве случаев игнорировали его».