4 серпня 2016 року Тео продовжив контракт з «Атлетіко» і відправився в оренду на один рік в «Алавес». Його дебют за новий клуб у Ла Лізі відбувся 28 серпня 2016 року в матчі проти хіхонського «Спортінга». 7 травня 2017 року Ернандес забив перший м'яч у кар'єрі, принісши перемогу «Алавесу» над «Атлетіком». У складі баскського клубу Тео дійшов до фіналу Кубка Іспанії, де він забив єдиний гол у ворота «Барселони» (1:3).