Lors de l'insurrection de 2012, la ville tombe sous le contrôle Mouvement national pour la libération de l'Azawad (MNLA) qui est rapidement supplanté au printemps 2012 par des mouvements islamistes radicaux, comme Ansar Dine et le MUJAO. À la suite de l'engagement militaire de la France en janvier 2013 dans le cadre de l'opération "Serval", l'armée malienne appuyée par l'armée française reprend le contrôle d'Hombori le .