אייליף עמד על משמרתו גם בזמנים הקשים של הפגזות ומצור במערכה על ירושלים במלחמת העצמאות. מוזיאון רוקפלר נסגר ב-10 במאי 1948. בחודשים שקדמו לתום שלטון המנדט הבריטי בארץ ישראל שקד אייליף על הקמת חבר נאמנים בינלאומי לניהול המוזיאון. בפקודה שהוציא לשם כך הנציב העליון ב-22 באפריל 1948 נקבע כי אוצר המוזיאון ימשיך בתפקידו עד שחבר הנאמנים יבחר באחר. אייליף המשיך בניהול המוזיאון, בצד הירדני, חודשים אחדים אחרי מאי 1948, עד שנמסר להשגחתו של ג'רלד לנקסטר הרדינג, הממונה על עתיקות ירדן.