Во время войны в Чечне, начавшейся в 1994 году, КНК не встала на сторону Дудаева, ограничившись призывами к миру, однако ряд полевых командиров (в том числе Шамиль Басаев) перешли на сторону самопровозглашённой Ичкерии.