Der Vertrag hatte für die meisten Betroffenen rückwirkende Bedeutung: Er galt auch für alle muslimischen Griechen bzw. griechisch-orthodoxen Osmanen, die seit dem Ausbruch des Ersten Balkankrieges am 18. Oktober 1912 ins andere Land geflohen waren. (Artikel 3). Nach der Niederlage der griechischen Armee in West-Anatolien im September 1922 und dem Brand von Smyrna war bereits die große Mehrheit der kleinasiatischen Griechen vertrieben worden. Die Vertreibung der Pontosgriechen von der türkischen Schwarzmeerküste dauerte zu Beginn der Verhandlungen in Lausanne noch an. Nach Berechnungen von Nikolaos Andriotis kamen im Herbst 1922 über 900.000 Flüchtlinge in Griechenland an (darunter 50.000 Armenier).