D'une famille de La Ciotat, Pierre-Augustin Guys est le fils de François Guys, négociant et procureur du roi à l'amirauté, et de Marie Rémusat, fille de Hyacinthe Rémusat et d'Anne Constans, et le cousin germain de Pierre-François de Rémusat. Ces deux dernières familles se distinguèrent pendant la grande peste de 1720 en finançant l'achat de 20 000 charges de blé pour l'alimentation de Marseille qui manquait cruellement de nourriture. Après d'excellentes études chez les Oratoriens de Marseille, il part pour Constantinople dès 1740 comme régisseur de la maison de commerce de ses oncles Rémusat. Il voyage dans plusieurs pays : Turquie, Bulgarie, Syrie et Grèce.