Pochodził z gałęzi Lanckorońskich osiadłej na Włodzisławiu. Był synem Jana Wodzisławskiego – Lanckorońskiego (poległego w 1564 podczas wojny o Inflanty) i Anny z Kurozwęk, starościanki szydłowskiej, córki Hieronima. Młodszym bratem Krzysztofa był Hieronim na Włodzisławiu Lanckoroński (zm. ok. 1605), łowczy sandomierski.