Az 1980-as évek végén a rend már nyíltabban megjelenhetett Magyarországon. 1988-ban vett részt először a Szent István napi körmenetben, a protestáns magyar johannitákkal együtt. 1987-1988-ban 28 kamion gyógyszer és orvosi felszerelés érkezett, magyar állami és egyházi jóváhagyással, a magyar egészségügy számára a franciaországi és nyugat-németországi magyar rendtagoktól. Ezeknek a szétosztásába belekapcsolódott többek közt Kozma Imre, zugligeti plébános, fiatal önkéntes csapatával. 1988 második felében már Csilla von Boeselager Németországban élő rendtag és Kozma atya lettek ennek az akciónak a vezetői. 1989 februárban bejegyezték a Magyar Máltai Szeretetszolgálatot, amely ettől kezdve a máltai rend magyarországi operatív ága lett. (Lásd bővebben: Magyar Máltai Szeretetszolgálat.) Az 1989-es német menekültválság, a romániai forradalom, később a jugoszláv háború rendkívüli kihívásoknak tette ki a fiatal szervezetet, amelyeknek sikeresen eleget tett, ezzel kivívva pozícióját és hírnevét, mint nemzetközileg elismert, legnagyobb magyar karitatív intézmény.