Ayer stellte zu Beginn des Grenzkrieges auf seine eigne Kosten eine Kompanie auf und rüstete sie aus. Mit dieser marschierte er dann 1856 in das Kansas-Territorium, um dort den Schutz und die Förderung der Sklaverei zu gewährleisten. Während seiner Abwesenheit schrieb ihn sein Schwager, Richter Alfred Proctor Aldrich (1814–1897), an und bat ihn um seine Zustimmung, dass er ihn für den Posten des Gouverneurs von South Carolina nominieren könnte. Ayer lehnte dies Gesuch ab, da er annahm, dass die Nominierung für den Kongresssitz seines alten Freundes Preston Brooks war. Später kandidierte er gegen Mr. Owens aus dem Barnwell District für die Nominierung im dritten Wahlbezirk von South Carolina für den US-Kongress. Er wurde schließlich 1860 in den 37. US-Kongress gewählt, nahm aber wegen der Sezession seinen Kongresssitz nicht ein. 1861 vertrat er den Barnwell District bei der Sezessionsversammlung von South Carolina als Delegierter, wo er für die Sezession seines Staates stimmte. Danach wollte er eine aktive Rolle bei der Verteidigung des Staates einnehmen, indem er half Truppen aufzustellen. Auf Anraten seiner Freunde gab er seine Ambitionen betreffend einer militärischen Laufbahn auf, um stattdessen im Konföderiertenkongress zu dienen. Er kandidierte gegen David Flavel Jamison (1810–1864), dem Vorsitzenden bei der Sezessionsversammlung, für einen Sitz im Konföderiertenkongress. Im November 1861 wurde er schließlich für den dritten Wahlbezirk von South Carolina in den ersten Konföderiertenkongress gewählt, wo er am 18. Februar 1862 seinen Posten antrat. Bei seiner Wiederwahlkandidatur kandidierte er gegen Robert Rhett (1800–1876), dem Herausgeber der "Charleston Mercury." Nach seiner erfolgreichen Wahl in den zweiten Konföderiertenkongress war er dort bis 1865 tätig.