La partition de la Tchécoslovaquie au entraine la disparition de l'équipe de Tchécoslovaquie, qui est effective en à la fin de son dernier match des éliminatoires de la Coupe du monde 1994, disputé sous la bannière de « Représentation des Tchèques et Slovaques ». L'équipe de la Slovaquie nouvellement indépendante est de retour officiellement en . Les résultats de la Slovaquie sont dans un premier temps au dessous de ceux de la Tchéquie. Ainsi, dans les années 1990 et 2000, la sélection slovaque ne parvient pas à se qualifier pour un tournoi majeur. Après des barrages disputés en 2006, la Slovaquie se qualifie en 2010 pour sa première phase finale de Coupe du monde, dont elle atteint les huitièmes de finale. Par la suite, elle se qualifie pour le championnat d'Europe 2016.