У лавах РСЧФ з 29 серпня 1941 року. Закінчив школу Одеського навчального загону сторожових катерів ЧФ СРСР, де отримав спеціальність радиста. На фронтах Німецько-радянської війни з серпня 1942 року. У складі зведеного батальйону морської піхоти брав участь в обороні Новоросійська. У лютому 1943 року кулеметник 1-ї стрілецької роти 144-го окремого батальйону морської піхоти 83-ї окремої морської стрілецької Червонопрапорної бригади старший червонофлотець Г. І. Ковтун брав участь у десанті на Малу землю. У квітні 1943 року направлений у новосформований 384-й окремий батальйон морської піхоти. Брав участь у десантних операціях (Таганрог, Маріуполь, Осипенко, Миколаїв).