Die anschließenden Irischen Konföderationskriege waren ein Teil der Kriege der Drei Königreiche, verflochtenen Konflikten in England, Irland und Schottland zwischen 1639 und 1651. Wegen seiner militärischen Erfahrung wurde Ó Néill bei seiner Landung in Irland bei "Caisleán na dTuath" (Castledoe) in Donegal Ende Juli 1642 als Anführer der Uí Néill und Oberhaupt der Ulster-Iren anerkannt. Feidhlim Rua Ó Néill (Felim O’Neill) gab das nördliche Kommando der Rebellion an Eoghan Rua ab und eskortierte ihn vom Lough Swilly nach Charlemont im County Armagh.