1994 erhielt Havenaars Familie die japanische Staatsbürgerschaft. 2007 wurde er in den Kader der japanischen U-20-Nationalmannschaft für die U-20-WM in Kanada berufen. Am 2. September 2011 gab Havenaar in der Qualifikation zur Weltmeisterschaft 2014 gegen Nordkorea sein Länderspieldebüt für die japanische A-Nationalmannschaft.