Надалі країна пережила ще кілька спроб перевороту, у ході яких у країні встановлювалася військова диктатура. В 1987 році до влади прийшов майор П'єр Буйоя, у роки правління якого почалися серйозні етнічні зіткнення між тутсі й хуту. На що 1 червня 1993 року на перших в історії країни демократичних президентських виборах главою держави став представник хуту Ндадайе Мельхіор, що незабаром був скинутий і вбитий військовими тутсі. У країні почалася Громадянська війна в Бурунді. Однак незабаром настала невелика тиша, і в 1994 році Національні збори обрали нового президента — Нтарьяміра Сіпрієн, загибель якого викликала нову хвилю міжетнічних зіткнень. На тлі цих безладів у липні 1996 року відбувся новий військовий переворот і до влади прийшов тутсі майор Буйоя П'єр. ООН і ОАЄ засудили новий військовий режим і ввели проти Бурунді ряд економічних санкцій.