Hoàn tất việc nâng cấp vào tháng 6, 1962, "Charles H. Roan" đi đến khu vực vịnh Guantánamo, Cuba để hoạt động huấn luyện ôn tập. Nó quay trở về Newport, Rhode Island chỉ được hai tuần thì lại phải khẩn trương lên đường tham gia lực lượng hải quân phong tỏa hàng hải Cuba, sau khi phát hiện ra tên lửa đạn đạo mang đầu đạn hạt nhân được bố trí trên hòn đảo này. Vụ Khủng hoảng tên lửa Cuba được giải quyết bằng con đường thương lượng hòa bình, và chiếc tàu khu trục quay trở lại hoạt động thường lệ. Sang năm 1963, nó thực hiện chuyến đi thực tập dành cho học viên sĩ quan đến vùng biển Halifax, Nova Scotia. Nó trở thành tàu chiến thứ ba của Hạm đội Đại Tây Dương được chuẩn nhận hoạt động QH-50 DASH, và là tàu chiến đầu tiên đưa máy bay không người lái này vào hoạt động tác chiến.