עם התפוררות הממלכה הגאורגית המאוחדת הפכה גורי למטרה של הפולשים כיוון שאסטרטגית היא יושבת על הצטלבות דרכים מרכזית, והשליטה בעיר התחלפה מספר פעמים. במהלך אחת מהפלישות הטימוריות לגאורגיה נמלט המלך גיאורגי השביעי מטביליסי והתבצר בגורי. הוא הצליח להימלט מהמצור שהטיל על העיר טימור לנג בניסיונו ללכוד את המלך. אולם העיר לא נמלטה מגורלה ונבזזה מספר פעמים במהלך הפלישות.