Ojciec, Stanisław Krzyżanowski (1875–1917), syn Jana i Marianny z domu Krajewskiej, był lekarzem. Matka, Janina Karolina Krzyżanowska z domu Grzybowska (1882–1944), była córką Franciszka Ksawerego i Konstancji z domu Zakrzewskiej. Ojciec należał do Polskiej Partii Socjalistycznej, wziął udział w rewolucji 1905 roku. Z powodu zaangażowania politycznego miał kłopoty z ukończeniem studiów medycznych na Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim (ostatecznie studia ukończył w 1908 w Charkowie). W 1909 wraz z nowo poślubioną żoną wrócił do Warszawy i podjął pracę w szpitalu św. Ducha.