14 мая 1992 года Верховный Совет России на основании личного заявления прекратил полномочия народного депутата РСФСР Бобкова. Ряд источников упоминает о роли Бобкова в ходе событий сентября — октября 1993 года в Москве, когда генерал способствовал обороне здания Верховного Совета России путём объединения усилий спикера парламента Руслана Хасбулатова и лидера русских националистов (РНЕ) Александра Баркашова, а после взятия «Белого дома» под контроль силовиков содействовал скрытному отступлению баркашовцев.