7月にインド洋に戻ったネイピアは、ウォースパイト、インドミタブル、フォーミダブルらによる日本軍に占領されたアンダマン諸島への攻撃（スタブ作戦）を護衛した。しかし8月に入り、スタブ作戦はマダガスカルの戦いへ戦力を集中するため中止となった。ネイピアはマダガスカル島での上陸作戦に投入され、マジュンガへの上陸（ストリーム作戦）、モロンダバへの牽制上陸（タンパー作戦）、タマタブ攻略作戦（ジェーン作戦）、トゥリアラ上陸（ローズ作戦）をそれぞれ支援した。11月7日には、アーリス大佐に代わってネイピアの艦長としてオーストラリア海軍のアーノルド・ホルブルック・グリーン（Arnold Holbrook Green）少佐が着任した。