Το 1809 ακολούθησε άλλος πόλεμος με την Αυστρία. Ο Ναπολέων κατέκτησε τη Βιέννη, αλλά λίγο αργότερα στη μάχη του Άσπερν απωθήθηκε από τους Αυστριακούς. Ενάμιση μήνα αργότερα, διεξήγαγε με επιτυχία τη μάχη του Βαγκράμ με αποτέλεσμα τη Συνθήκη του Σενμπρούν (1809), όπου η η Γαλλία κέρδισε σημαντικά εδάφη από την Αυστριακή αυτοκρατορία.