Por esta época adquirió y mantuvo reputación como uno de los mejores compositores. Trabajando en el espacio acústico único de la basílica, fue capaz de desarrollar su peculiar estilo ceremonial, que marcó una gran influencia en el desarrollo del estilo policoral y el concertato, que definió en parte el comienzo del Barroco en la música. Su trabajo en San Marcos condicionó claramente su composición, ya que escribió abundante música ceremonial, alguna de interés histórico considerable. Compuso la música para la celebración de la victoria sobre los turcos en la Batalla de Lepanto (1571). También compuso música con motivo de la visita de varios príncipes de Japón (1586).