Jourdan kämpfte zusammen mit König Joseph u. a. in der Schlacht bei Vitoria (21. Juni 1813) und wurde vernichtend geschlagen. Jourdan wurde durch General Nicolas Jean-de-Dieu Soult abgelöst. Nach der Schlacht von Vitoria kehrte er nach Frankreich zurück und blieb bis zum folgenden Jahr inaktiv, bevor er dennoch zum Leiter der 19. Militärdivision ernannt wurde, ein Befehl, der bei der Restauration bestätigt wurde. Während der Herrschaft der Hundert Tage wurde Jourdan von Napoleon zum Pair von Frankreich ernannt. Nach der Schlacht bei Waterloo (18. Juni 1815) schloss sich Jourdan den Bourbonen an und unterstützte König Ludwig XVIII. und später auch dessen Nachfolger Karl X.