בשנות ה-90 פרצו עימותים חמושים בבוסניה וקוסובו, וממשלת טורקיה גם כן הייתה מעורבת בתהליך זה. באותה תקופה סיפקה טורקיה סיוע מוגבל לאלבנים הקוסובריים, וארגון הביון הלאומי אימן את לוחמי צבא שחרור קוסובו בבסיס צבאי באיזמיר. מצד שני, ממשלת טורקיה דאגה מהמניע הבדלני למלחמת קוסובו, מכיוון שהדבר יכול להשפיע לרעה על המצב עם הכורדים בתוך המדינה, והטורקים בקוסובו לא התאחדו עם האלבנים במהלך מאבקם נגד הסרבים. במהלך המלחמה, האוכלוסייה הטורקית אהדה את האלבנים הקוסובריים, בניגוד לאוכלוסיית מרבית מדינות אירופה, שהייתה לה השקפות שליליות על האלבנים בקשר לפעילות המאפיה האלבנית במדינותיהן.