Tijdens de Filipijnse Revolutie sympathiseerde Ongpin met de opstandelingen. Hij ondersteunde hen met goederen en met geld. Nadat zijn winkel op 6 februari 1898 in brand opging, gaf hij 90% van het verzekeringsgeld aan Emilio Aguinaldo. Vanwege zijn hulp aan de revolutionaire beweging werd Ongpin op 6 december 1900 door de nieuwe koloniale machthebbers, de Amerikanen gearresteerd en gevangengezet in Fort Bonifacio. Op 23 maart 1901 kwam Ongpin weer vrij. Zijn gevangenschap maakte hem bitter tegenover de Amerikanen, waardoor hij nooit handel dreef met hen. Ook zijn kinderen werden hieraan gehouden en mochten ook niet werken voor de Amerikaanse koloniale overheid.