Entre 1958 et 1960 l"Alliance" a été largement modernisé avec un canon de pont et les tubes lance-torpilles externes enlevés, une coque plus profilée et l'aileron remplacé par un plus grand en aluminium. Le but de ces modifications était de rendre le sous-marin plus silencieux et plus rapide sous l'eau. La trappe d'accès à l'armement d'origine a toutefois été maintenue pour rester équipé d'une arme de pont au moment de servir en Extrême-Orient au cours de la confrontation indonésio-malaisienne de 1962 à 1966.