При его прямом содействии также был совершён переворот на Кипре 15 июля 1974 года с целью присоединения острова к Греции. Однако переворот вызвал неожиданную для Иоаннидиса реакцию — ввод на Кипр турецких войск и последовавшую за тем кратковременную, но кровопролитную войну с изгнанием греков с северной части острова. В результате возмущения населения в Греции хунта потеряла контроль над управлением и вскоре была формально смещена группой высокопоставленных политиков-республиканцев, к которым в последний момент присоединился и президент Федон Гизикис. К власти был призван бывший премьер Константинос Караманлис.