Al producirse la primera invasión británica al Río de la Plata en 1806, su hermano se convirtió en uno de los líderes de la resistencia contra el ocupante, y uno de los más buscados por los británicos, quienes habían contado con que por sus ideas de emancipación los apoyaría. Lo apoyaron sus hermanos Diego José de Pueyrredón, José Cipriano Andrés de Pueyrredón, Juan Andrés de Pueyrredón e incluso el sacerdote Feliciano José Pueyrredón. También Juana colaboró con la resistencia y ayudó a su madre en el cuidado de los fondos recolectados para constituir un ejército para la reconquista de la ciudad y asistió a la bendición que les impartió a sus hijos, yernos y sobrinos antes de marchar a la lucha, animándolos a volver vivos o muertos pero con honor.