Poco después de esa batalla, Nelson participó en la Batalla de Santa Cruz de Tenerife, donde su ofensiva fracasó y resultó gravemente herido, perdiendo el brazo derecho, y se vio obligado a regresar a Inglaterra para recuperarse. Al año siguiente obtuvo una victoria decisiva sobre los franceses en la Batalla del Nilo, permaneciendo en el Mediterráneo para apoyar al Reino de Nápoles contra una invasión francesa. En 1801 fue enviado al Báltico y obtuvo otra victoria, esta vez sobre los daneses en la batalla de Copenhague. Comandó el bloqueo de las flotas francesa y españolas en Tolón y, después de su fuga, las persiguió hasta las Indias Occidentales, teniendo que retirarse sin lograr entrar en combate. Después de un breve regreso a Inglaterra, se hizo cargo del bloqueo de Cádiz en 1805. El 21 de octubre de 1805, la flota franco-española salió del puerto y la flota de Nelson les atacó en la batalla de Trafalgar. La batalla se convirtió en una de las mayores victorias navales de Gran Bretaña, pero Nelson, a bordo del "HMS Victory", fue herido de muerte por un tirador francés. Su cuerpo fue devuelto a Inglaterra, donde se le concedió un funeral de estado.