Равновесието се променя по време на Тридесетгодишната война, където двете държави се оказват в един и същи лагер. Датското участие, инициирано от Кристиан IV (1588 – 1648) през 1625 г., завършва катастрофално след битката при Лутер. За разлика от това шведите печелят забележителни победи и успяват да си извоюват име на непобедими воини. Докато войната все още продължава, Дания се обръща против съседите си и напада техните владения. В същото време тя повишава таксите за преминаване на Датските протоци. Шведският генерал Ленарт Торстенсон тръгва от Германия на север, окупира Ютланд, а по море се развихря ожесточена война. Първоначалните морски успехи на Дания са неутрализирани от намесата на нидерландците. Само нуждата да се продължат действията в Германия спасява Дания от пълен разгром. Шведско-датската война (1643 – 1645) завършва с договора от Брьомсебро. Дания губи провинция Емтланд (в Норвегия) и остров Йозел (сега Сааремаа).