Em sua primeira temporada pelo clube, a de 2009–10, foi um dos principais destaques da equipe do técnico José Mourinho que conquistou a tríplice coroa (Liga dos Campeões, Campeonato Italiano e Copa da Itália). Curiosamente, na final da Champions, no dia 22 de maio de 2010, Lúcio enfrentou o seu ex-clube, o Bayern, e foi fundamental na vitória da Inter por 2 a 0.