Se Stalinem, který jej americkému prezidentovi Franklinu D. Rooseveltovi představil jako „našeho Himmlera“, se zúčastnil jaltské konference. Po válce organizoval převzetí státních institucí ve střední Evropě a východní Evropě komunisty a také politické represe v těchto zemích. Jeho nekompromisní bezohlednost v těchto povinnostech a schopnostech dosahovat výsledků vyvrcholila úspěchem, když dohlížel nad projektem sovětské atomové pumy. Stalin tomu dal absolutní prioritu a projekt byl dokončen za méně než pět let.