O novo arcebispo não teve muito tempo para ocupar seu cargo antes do início da guerra Nigéria-Biafra. Toda a arquidiocese estava localizada no território separatista de Biafra durante a Guerra Civil da Nigéria. Como resultado da guerra, o arcebispo Arinze teve que fugir de sua cidade de Onitsha e viver como refugiado, primeiro em Adazi e depois em Amichi, durante os três anos da guerra, que durou de 1967 a 1970.