Han var søn af lærer Bertel Petersen Bekker (1797-1870) og Ellen Kristine Torp (1792-1867). Han var en af de første studenter (1854) fra den danske latinskole i Haderslev og tog slesvigsk-dansk juridisk embedseksamen i Flensborg 1861. Han blev derefter sekretær på Gottorp Amtshus indtil krigens udbrud i 1864. Bekker deltog i krigen som frivillig officersaspirant.