In april 1992 brak in Bosnië en Herzegovina de Bosnische Oorlog uit die al snel ook de stad Mostar bereikte. In juli 1992 riepen de Kroaten hun eigen staat uit in het gebied, onder de naam Kroatische Republiek Herceg-Bosna. Mostar werd uitgeroepen tot hoofdstad van deze staat. Het was de bedoeling dat Herceg-Bosna later deel zou gaan uitmaken van Kroatië. In het voorjaar van 1993 braken er in Mostar hevige gevechten uit tussen Kroaten en moslims, als onderdeel van de Kroatisch-Bosniakse Oorlog. In november van dat jaar werd de 'Stari Most' (oude brug) verwoest. In februari 1994 kwamen de Kroaten en Bosniakken overeen de onderlinge strijd te staken, hetgeen uitgewerkt werd in het Akkoord van Washington. Eind 1995 werd de oorlog in Bosnië en Herzegovina helemaal beëindigd met het Verdrag van Dayton.