En 1809, Kollowrat lideró el II Cuerpo durante la Batalla de Eckmühl donde no fue comprometido porqué operaba al norte del Danubio. Transferido al mando del III Cuerpo, sus tropas se perdieron la Batalla de Aspern-Essling. En su lugar, operó contra las líneas de comunicación del emperador Napoleón con poco efecto.