Ещё не закончив играть, Агуаш начал свою тренерскую карьеру в «Шавеше». В 1990 году наставник вместе со «Спортингом» завоевал бронзовые медали Чемпионата Португалии. В 1996 году специалист вошел в тренерский штаб Антониу Оливеры в сборной Португалии Чемпионат Европы по футболу 1996 года. После турнира остался ассистировать в национальной команде Артуру Жорже. Позднее Агуаш помогал ему во многих командах. С 23 ноября 2003 года по 25 сентября 2004 года португалец был одним из тренеров московского ЦСКА.