1999 kam es zu einer Gewaltwelle durch pro-indonesische Milizen (Wanra) und dem indonesischen Militär, die das anstehende Unabhängigkeitsreferendum zu Gunsten der Besatzer entscheiden wollten. Ende Mai war davon auch der damalige Subdistrikt Lolotoe betroffen. Es kam zu willkürliche Verhaftungen, Missbrauch, Vergewaltigungen, Folter und Mord.