Dès le 11, les troupes allemandes envahissent la zone sud. Le général Verneau, chef de l’Etat-Major de l’Armée de terre (EMA), ordonne de « détruire les documents relatifs à la mobilisation clandestine » . La flotte se saborde à Toulon le 27 ; ainsi privé de son dernier attribut de souveraineté, le gouvernement de Vichy dissout l’Armée d’armistice ; ses officiers créent alors ce qui deviendra l’Organisation de résistance de l'armée (ORA). « C’est alors une organisation fort méfiante à l’égard du gaullisme, proche du giraudisme » écrit Jean Lacouture, dans sa biographie de De Gaulle. Or l'entourage du général Giraud, travaillant indépendamment de l'État-major de l'Armée d'Armistice, ne se fiait guère au plan de mobilisation de Carmille.