W lutym 1999 Rugova był jednym z członków kosowskiej delegacji podczas rozmów pokojowych kosowsko-serbskich, prowadzonych w Rambouillet pod Paryżem. Serbowie przystąpili do nich pod groźbą nalotów NATO. 18 marca podpisał w imieniu kosowskich Albańczyków układ zapewniający Kosowu autonomię, a kontrolę nad procesem pokojowym oddający korpusowi 28 tys. żołnierzy NATO (KFOR). Serbska delegacja odrzuciła te warunki.