Весною 1943 року перші 25 "Ju 88A-4" були передані Румунії, пізніше було передано ще 55 "Ju 88A-4" і 20 "Ju 88D-1". 6-та бомбардувальна авіагрупа стала першою, яка оснащувалась цими літаками, і з червня 1943 року діяла над Азовським морем, але восени її довелось повернути на доукомплектування. 5-та бомбардувальна авіагрупа брала участь в затримці прориву радянських військ на Донбасі. Розвідники "Ju 88D-1" були передані 2-ій розвідувальній ескадрильї. Після переходу Румунії на сторону союзників "Ju 88" використовувались проти вермахту. Останні бойові вильоти румунські "Ju 88" здійснили 10-12 травня проти залишків РОА.