יאקובס שיחק בהמבורג 11 עונות, ובכולן היה שחקן הרכב חשוב. בתחילת ימיו בקבוצה שיתף פעולה בהגנה עם מנפרד קאלץ ופטר נוגלי. בעונתו הראשונה בקבוצה, 1979/80 סיימו יאקובס והמבורג סיימו במקום השני בבונדסליגה בפער של שתי נקודות מהאלופה באיירן מינכן. באותה שנה הגיע יאקובס עם המבורג לגמר גביע אירופה לאלופות, לאחר שהמבורג הביסה את ריאל מדריד 5-1 בחצי הגמר לאחר שהפסידה 2-0 במשחק הראשון. בגמר זה, הפסידה המבורג 1-0 לנוטינגהאם פורסט, כשיאקובס שיחק 90 דקות. בעונת 1981/82 זכה יאקובס עם המבורג באליפות נוספת, בפער של שלוש נקודות מהסגנית פ.צ. קלן. יאקובס הגיע באותה עונה עם המבורג לגמר גביע אופ"א, שם הפסידה הקבוצה לגטבורג במפגש כפול בתוצאות 1-0 ו-3-0. יאקובס שיחק רק במשחק הראשון ונעדר מהגומלין. בעונת 1982/83 המבורג זכתה שוב באליפות הבונדסליגה, בזכות הפרש שערים עדיף משל הסגנית ורדר ברמן. בתום עונה זו יאקובס זכה עם המבורג בתואר החשוב ביותר שלה בהיסטוריה, גביע אירופה לאלופות, לאחר ניצחון 1-0 במשחק גמר על יובנטוס משער של פליקס מגאת. בדרך לזכייה בגביע אירופה לאלופות, יאקובס הבקיע שער בחצי הגמר בניצחון 2-1 על ריאל סוסיאדד, שהסתבר כשער מכריע. הזכייה בגביע אירופה לאלופות הקנתה להמבורג כרטיס למשחק הסופר קאפ האירופי, שם המבורג הפסידה 2-0 לאברדין הסקוטית, במשחק בו יאקובס שיחק 90 דקות. המבורג השתתפה באותה עונה גם בגביע הביניבשתי, וגם שם הפסידה, 2-1 לגרמיו הברזילאית. גם במשחק זה יאקובס שיחק 90 דקות. בעונת 1986/87 סיימו יאקובס והמבורג במקום השני בבונדסליגה, וזכו בגביע הגרמני, לאחר ניצחון 3-1 בגמר על שטוטגרטר קיקרס, בו יאקובס שיחק 90 דקות. בספטמבר 1989 נאלץ יאקובס לפרוש ממשחק פעיל, לאחר שהבקיע 37 שערים ב-323 הופעות במדי המבורג. הקריירה של יאקובס נקטעה בצורה אכזרית, כאשר במהלך משחק ליגה מול ורדר ברמן, הציל שער תוך כדי זינוק, ונתקע בווים המחברים את עמוד השער לרצפה (כיום ווים אלה טמונים מתחת לאדמה, ואז הם היו חשופים), והוא נשאר במצב זה 20 דקות, כאשר הווים תקועים בבשרו. רופא הקבוצה נאלץ להשתמש באזמל על מנת לשחרר אותו, ועצביו של יאקובס נפגעו כתוצאה מהתאונה. יאקובס עם זאת היה גם בר מזל, שכן הווים החמיצו את עמוד השדרה שלו בשני סנטימטרים בלבד.