Königin Elisabeth I. setzte 1600 Lord Mountjoy als neuen Lord Deputy in Irland ein. Dieser sorgte im Norden Irlands für die Vernichtung der Ernte und ließ die dortigen Viehherden beschlagnahmen, um den Aufständischen ihre Nahrungsgrundlagen zu entziehen. Mountjoys weiterer Vorstoß nach Ulster wurde jedoch von O’Neill und seinen Truppen am 2. und 3. Oktober 1600 in der Schlacht am Moyry Pass gestoppt. Unterstützung erhielt O’Neill durch 3.500 spanischen Soldaten, die von König Philipp III. gesandt worden waren und am 21. September 1601 in Kinsale an Land gingen. Englische Truppen unter Mountjoy begannen wenig später mit der Belagerung der Stadt. Ende Dezember traf O’Neill mit seinem Heer bei Kinsale ein, um die Belagerung gewaltsam zu beenden (→ Belagerung von Kinsale). Der Versuch scheiterte und die spanische Garnison kapitulierte. Nach einigen weiteren Kampfhandlungen handelten O’Neill und O’Donnell 1603 einen Waffenstillstand mit den Engländern aus, so dass beide schließlich ihre ursprünglichen Ländereien und Titel behalten konnten.