Besonders scharf wird im In- und Ausland kritisiert, dass auch die bei den Kriegsverbrecherprozessen von Tokio zum Tode verurteilten Offiziere sowie auch etwa Angehörige der berüchtigten Einheit 731, die im Krieg in der Mandschurei Experimente mit biologischen Waffen an Kriegsgefangenen und chinesischen Zivilisten durchführte, verehrt werden. Die japanischen Kaiser Hirohito und Akihito haben den Schrein nicht mehr besucht, seit 1979 bekannt wurde, dass im Jahr davor die Kriegsverbrecher der "Kategorie A" ("Verbrechen gegen den Weltfrieden") in die Liste der "kami" aufgenommen worden waren. Der Schrein selbst bezeichnet in Broschüren und heute auch auf seiner Webseite die Tokioter Prozesse als "Schauprozesse" und gilt somit als revisionistisch.