Eine weitere Entfaltung des hochbegabten Talents verhinderte dann das völlige Abschotten des deutschen Musiklebens seit der Machtübernahme durch die Nationalsozialisten gegenüber allem, was mit dem Schönberg-Kreis zu tun hatte. Die Angliederung Österreichs an das Deutsche Reich verurteilte den Komponisten schließlich zum Verstummen, zumal er auch jüdischer Abstammung war. Am 14. Juni 1939 trat Jokl zum Katholizismus über, sein Taufpate war Anton von Webern.