او عضو تیم ملی فوتبال امید ایران به عنوان یک بازیکن سهمیه بزرگسال در دو نوبت بوده‌است، در بازی‌های آسیایی ۲۰۰۶ و ۲۰۱۰، و برنده مدال برنز در سال ۲۰۰۶ بود. حسینی بازیکن ایران در جام ملت‌های آسیا ۲۰۰۷، جام ملت‌های آسیا ۲۰۱۱، جام ملت‌های آسیا ۲۰۱۵ و جام جهانی فوتبال ۲۰۱۴ بود که در تمامی این تورنمنت‌ها به صورت فیکس به میدان رفت. او در ۱۰ آذر ۱۳۹۷ از بازی‌های ملی خداحافظی کرد.