Von einem Zug nach Rom wurde er nach Bekunden der Zimmerschen Chronik von einigen vornehmen Eidgenossen abgehalten mit dem Versprechen, ihn als Hintersassen oder Zugewandten in seine Güter wiedereinzusetzen, wenn er mit Frau und Kindern eine Zeitlang dort wohne. Er kaufte sich deshalb ein Haus in Weesen am Walensee, gleich neben der Pfarrkirche zum Heiligen Kreuz und zog 1491 dorthin. Die beiden ältesten Töchter werden im Fraumünsterkloster in Zürich untergebracht. Anna, die älteste verstarb dort 1517. Katharina wurde dort 1499 Äbtissin. 1509 übte sie vor dem kaiserlichen Hofgericht in Rottweil Erbverzicht. Nach der Reformation und der Auflösung des Stifts heiratete sie 1525 den Zürcher Bürger Eberhard von Reischach. (Ein Eberhard von Reischach ist auch an der späteren Rückeroberung Meßkirchs durch Johannes Werner den Jüngeren beteiligt; s. u. Ob es sich hierbei um dieselbe Person handelt, ist offen. Laut des Barackschen Personenregisters sind es zwei Personen). Sie hatten einen Sohn, der früh starb, und eine Tochter Anna, die später einen Edelmann von Mandach heiratete. Eberhard von Reischach fiel 1531 im Zweiten Kappeler Krieg. In seiner Zeit in der Schweiz versuchte sich Johannes Werner als Vermittler zwischen den Eidgenossen, der Stadt Rottweil und Herzog Albrecht von Bayern. Ein Unterfangen, das unter einen gegenseitigen Nichtangriffspakt zwischen Bayern und der Eidgenossenschaft nicht hinausgedieh. Johannes Werner wurde Herzog Albrecht von Bayern auch langsam lästig. Er musste ihn aushalten, aber Johannes Werner konnte ihm nicht mehr politisch nützlich sein, ja bei einer möglichen Annäherung an Maximilian I. wurde er sogar zu einer Belastung.