W okresie upadku ZSRR rozpoczął się w 1989 roku stopniowy powrót Tatarów na Krym, jednakże wciąż w Uzbekistanie żyje liczna społeczność krymskotatarska. W 1991 utworzony został na Krymie Medżlis krymskotatarski oficjalnie reprezentujący miejscowych Tatarów krymskich. Stosunki Tatarów z rządem Ukrainy były poprawne, a ich stan zmieniał się w czasie. Dochodziło do konfliktów z władzami Autonomicznej Republiki Krymu, spory dotyczyły głównie zwrotu nieruchomości, statusu Tatarów jako ludności rdzennej oraz reprezentacji w organach przedstawicielskich. Po wybuchu protestów Euromajdanu w 2013 roku Tatarzy jednoznacznie opowiadali się za pozostaniem Krymu w składzie Ukrainy, liczne protesty odbyły się marcu 2014 roku. Tatarzy w większości zbojkotowali referendum w sprawie przynależności państwowej Krymu. Po przyłączeniu Krymu do Rosji w marcu 2014 roku jego terytorium opuściło ponad 9000 Tatarów, głównie aktywni politycznie i zagrożeni represjami ze strony nowych władz. Wobec Tatarów zastosowano prowokacje policyjne, przeszukania i zastraszanie.