Война застала Ивана Андреевича под Перемышлем недалеко от советско-германской границы. В боях с немецко-фашистскими захватчиками красноармеец И. А. Черников с 24 июня 1941 года. Боевое крещение принял у населённого пункта Мостиска в бою против частей вермахта, прорвавшихся в направлении Львова. Затем отступал с боями на Тарнополь, Станислав, Винницу. Участвовал в сражении под Уманью, в ходе которого 173-я стрелковая дивизия попала в окружение и была почти полностью уничтожена. Ивану Андреевичу удалось избежать гибели и плена. Несколько недель он пробирался на восток, пытаясь выйти к своим, но не сумел преодолеть Днепр и в течение более чем двух лет вынужден был скрываться на территории оккупированного врагом Солонянского района Днепропетровской области. В октябре 1943 года район был частично освобождён советскими войсками, и Черникова вновь призвали в Красную Армию. После проверки и переподготовки 11 февраля 1944 года он был зачислен миномётчиком в 1-ю миномётную роту 137-го гвардейского стрелкового полка 47-й гвардейской стрелковой дивизии. Отличиться Ивану Андреевичу удалось уже в первые дни пребывания в полку в боях под Никополем.