Choudary se refirió a los terroristas de los atentados del 11 de septiembre de 2001 como «mártires magníficos». En 2003 dijo que Al-Muhajiroun «alentaría a la gente a cumplir con sus deberes y responsabilidades islámicos» aunque también dijo que la organización era un mero movimiento político que no se responsabilizaba de las acciones llevadas a cabo individualmente. En 2004 dijo que era «cuestión de tiempo» que se produjese un atentado en suelo británico. Se negó a condenar los atentados de Londres del 7 de julio de 2005, pero acusó al "Consejo Musulman del Reino Unido", que sí los había condenado, de «vender su alma al diablo». Culpó a la política exterior del Reino Unido del asesinato de Lee Rigby (2013), un soldado británico que estaba fuera de servicio.