Papadopoulos bestritt für die verschiedenen Junioren-Nationalmannschaften seines Heimatlandes insgesamt 35 Länderspiele, in denen er acht Treffer erzielen konnte. Er nahm unter anderem mit der griechischen U-19-Auswahl an der Europameisterschaft 2007 in Österreich teil und errang dort mit seinem Team den zweiten Platz. Bei der Europameisterschaft 2008 in Tschechien schied Papadopoulos mit der U-19-Nationalmannschaft hingegen als Gruppenvierter schon nach der Vorrunde aus. Mit der U-21-Auswahl verpasste er sogar die Qualifikation für Europameisterschaft 2011 in Dänemark.