Besonders in Massachusetts nahm der neuenglische Puritanismus immer dogmatischere, rigidere Merkmale an. Die größte unter den Neuengland-Kolonien entwickelte unter den drei geistlichen Führern John Cotton, Increase Mather und seinem Sohn Cotton Mather mehr und mehr Züge eines theokratischen Regimes. Ein Höhepunkt dieser – von Historikern als Krise des Puritanismus gewerteten – Entwicklung waren die Hexenprozesse von Salem. Zwischen 1690 und 1692 wurden rund 200 Anklagen angestrengt und rund 150 Inhaftierungen vorgenommen. Am Ende ergingen 19 Todesurteile – die meisten vollstreckt durch Erhängen. Die Beteiligung des Chefgeistlichen Cotton Mather ist umstritten; als gesichert gilt, dass Mather zumindest in der Phase der Vorermittlungen mit involviert war. Ende des 17. Jahrhunderts setzten allerdings auch in Neuengland Liberalisierungs-Tendenzen ein. Die Anzahl an Baptisten, Anglikanern und Quäkern nahm langsam zu; ab 1692 galten sie als gleichberechtigte Bürger. Zusätzlich unterstrichen wurde die dominierende Rolle von Massachusetts durch die Einverleibung der Plymouth-Kolonie im Jahr 1692.