עם כל זאת, היה היחס הפולני לשואה מצד האוכלוסייה בכללותה לעיתים אדיש, ולעיתים אף משתף פעולה. הגרמנים ניצלו את הרגשות האנטישמיים של האוכלוסייה. רבים הסגירו את שכניהם היהודים, ויש שעשו לעצמם מחייה כ"ציידי יהודים". באזורים המזרחיים של פולין הייתה האנטישמיות חזקה במיוחד, ורבים האשימו את היהודים בסיוע למשטר הקומוניסטי במהלך הכיבוש הסובייטי בשטחי מזרח פולין בשנים 1939 – 1941. בעיירה ידוובנה במחוז ביאליסטוק הושמדו יהודי העיירה על ידי האוכלוסייה המקומית בסמיכות לכיבושה על ידי הגרמנים, ביולי 1941. פרטי תקרית זו עדיין שנויים במחלוקת, אם כי הממשלה הפולנית הביעה את צערה על פעולות אזרחיה כלפי היהודים. הפולנים ביצעו הרג ביהודים גם לאחר סיום המלחמה (ראו להלן). עם זאת בפולין היו הכי הרבה חסידי אומות העולם באירופה.