שיסאנו הפך למנהיג מפלגת פרלימו בשנת 1986, כאשר המטוס הנשיאותי של סמורה מקל התרסק באזור ההררי בדרום אפריקה. הוא סיים את מלחמת האזרחים של מוזמביק ב-1992 על ידי משא ומתן על הסכם שלום עם כוחות המורדים שהבטיחו "שלא יהיו תביעות או עונשים" ונתן להם 50% מהמשרות בצבא מוזמביק. מאוחר יותר, מורדי רנמו הקימו מפלגה משלהם.