La présence ottomane fut cependant légère, voire inexistante surtout après le . La peur des corsaires chrétiens qui les enlevaient et les rançonnaient poussa les Ottomans à quitter l'archipel. Un seul fonctionnaire, chargé des impôts, restait encore sur l'île. Il s'enfuit en barque à l'annonce du soulèvement de 1821. Il reste cependant des lieux portant encore des noms rappelant les Ottomans, ainsi qu'une fontaine sur la route entre Chóra et Engarés, dite « fontaine de l'Aga », et offerte par l'aga Hassan en 1579.