6 мая 1944 года, сдав командование Новогвинейскими силами генерал-лейтенанту Стэнли Сэвиджу, Морсхед вернулся в Австралию, где сменил Макея на посту командующего 2-й армией. В июле 1944 года он стал командующим 1-м корпусом. Генерал Дуглас Макартур сделал войска Морсхеда основной силой вторжения на Борнео, и они осуществили ряд важных десантных операций.