El 2001, Yamamoto va rebre el premi Presidencial per la seva cobertura de la Guerra de l'Afganistan. El 2002, va rebre el 26è premi Nugichi. També va rebre el premi Vaughn-Uyeda Memorial Prize dels Editors de Diaris Japonesos i l'Associació d'Editors pels seus reportatges dels assumptes internacionals el 2004.