Балтійський флот взяв помітну участь у російсько-японській війні. У вересні 1904 року після поразки 1-ї Тихоокеанської ескадри та Сибірської військової флотилії у боях проти Імперського флоту Японії з Балтійського моря була відправлена 2-га Тихоокеанська ескадра під командуванням адмірала Зіновія Рожественського. Здійснив довготривалий перехід з Балтики до Японського моря, 2-га ескадра була приречена зустрітися з японським флотом у Цусімській битві, де зазнала нищівної поразки. Поразка у цьому бою пришвидшила революційні процеси у Російській імперії та крах її монархічного устрою.