Bereits seit 2002 ist Waddingham neben ihrer Bühnentätigkeit auch in Film und Fernsehen zu sehen. Sie spielte zunächst Gastrollen in britischen Fernsehserie, wie "Coupling – Wer mit wem?", "M.I.High" oder "Agatha Christie’s Marple". Hinzu kamen Filmauftritte wie in "New York für Anfänger" und im Jahre 2012 in "Les Misérables". Von 2015 bis 2017 spielte sie die Rolle der "Septa Unella" in der erfolgreichen Fernsehserie "Game of Thrones". Es folgten Nebenrollen in "Krypton" und "Sex Education". Seit 2020 ist sie in der Comedyserie "Ted Lasso" des Streaming-Anbieters Apple TV+ zu sehen. Für ihre darstellerische Leistung erhielt sie 2021 unter anderem eine Nominierung für den Emmy in der Kategorie "Beste Nebendarstellerin – Comedyserie​".