Nedvěd, 1999 yılında İtalya liginde en çok kazanan on futbolcudan biri oldu. 1999 UEFA Süper Kupası'nda karşılaştıkları Manchester United ile sezonu açtılar. Attığı golle Lazio maçı 1-0 kazandı. 2000 yılında Nedvěd'in de katkılarıyla Serie A ve Coppa Italia'yı kazandılar. 2000 yılında Lazio ikinci kez Supercoppa Italiana'yı kazandı. 000-01 Coppa Italia çeyrek finalinde Siniša Mihajlović ile beraber oyundan atıldılar ve toplamda Udinese'ye 5-3 yenilerek elendiler. UEFA Şampiyonlar Ligi'nde ikinci grup aşamasında 2-2 berabere kaldıkları Real Madrid'e bir gol attı. Lazio'nun sezondaki son Şampiyonlar Ligi maçında Nedvěd, Alan Maybury ile girdiği mücadele (hakem faul kararı vermedi) için Leeds United teknik direktörü David O'Leary tarafından eleştirildi. Sonra UEFA'nın turnuvalarından üç maçlık ceza aldı.