2012 folgte die Darstellung des Aufklärers Johann Friedrich Struensee in Nikolaj Arcels preisgekröntem Historiendrama "Die Königin und der Leibarzt". Im selben Jahr war er unter der Regie von Thomas Vinterberg in "Die Jagd" als Vater und Kindergartenlehrer in einer dänischen Kleinstadt zu sehen, der aufgrund der Lüge eines Kindes der Pädophilie verdächtigt wird. Als erster dänischer Schauspieler gewann Mikkelsen für diese Leistung den Darstellerpreis der Filmfestspiele von Cannes; er erhielt zudem seine dritte Nominierung für den Europäischen Filmpreis als bester Darsteller und wurde abermals mit der Bodil und dem Robert ausgezeichnet.