1939 war Habsburg-Lothringen mit seinem Onkel Felix von Bourbon-Parma gerade bei der Weltausstellung in New York, als der Zweite Weltkrieg ausbrach. Er meldete sich freiwillig zum Militär, kam aber nicht zum Einsatz. Gleichzeitig begann er mit seinem ältesten Bruder Otto die Agitation für ein „freies und unabhängiges“ Österreich. Er versuchte vergebens Präsident Roosevelt zu warnen, Stalin Mitteleuropa zu überlassen.