Με την έναρξη της Ελληνικής επανάστασης του 1821 όπου και ξέσπασε μεγάλος διωγμός των Ελλήνων στην Κωνσταντινούπολη αποδήμησε δεκαπεντάχρονος μαζί με τους γονείς του στην Οδησσό, όπου εκεί προστατεύτηκε από τον τότε Τσάρο της Ρωσίας και σπούδασε στο Λύκειο Ρισελιέ. Το 1830 ήλθε στην Ελλάδα και διορίστηκε επί Ι. Καποδίστρια γραμματέας της διοικήσεως Καρύταινας. Μετά τον θάνατο του Καποδίστρια και σε ηλικία 25 ετών, όντας το μεγαλύτερο παιδί της οικογένειας, απογοητευμένος από τη μιζέρια της επαρχιώτικης ζωής και τη νοοτροπία στη μικρή κοινωνία, άρπαξε την οικογένεια του και επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη, όπου και άπλωσε τα φτερά του. Ο Ζαρίφης απεβίωσε στις 27 Μαρτίου 1884 στην Κωνσταντινούπολη. Η σύζυγος του Ελένη (το γένος Στέφανου Ζαφειρόπουλου), μετά το θάνατο του, προσπάθησε να διασώσει τα περίφημα Διδασκαλεία.