Der erste nachweisbare Deich der Region ist der "Norderalten-Deich" 500 Meter nördlich vom Minsener Ortszentrum. Er wird auf das 12. Jahrhundert datiert. Heute noch erkennbar ist eine Erhebung, an der eine gleichnamige Straße verläuft. Nach Osten zur Innenjade hin verläuft der ähnlich alte Osteralten-Deich. Durch ihre nahe Lage zur Nordsee war die Siedlung in ihrer Geschichte naturgemäß oft Sturmfluten (1164, 1362, 1717, 1825) ausgesetzt. Bei Deichbrüchen verhinderte aber die erhöhte Lage auf einer etwa sechs Meter hohen Warf meist Schaden an Leib und Eigentum. Bei der Weihnachtsflut von 1717 gab es im Bereich des Kirchspiels Minsen unter den etwa 1.000 Bewohnern 255 Todesopfer. Während der norddeutschen Sturmflutkatastrophe von 1962 kam es nur zu Orkanschäden im Dorf. Heute schützt ein rund acht Meter hoher Deich die Küstenregion. Bei Minsen gibt es eine Deichschäferei, deren etwa 800 Schafe auf dem Deich grasen und ihn durch ihren Tritt festigen.