Guðjohnsen speelde meer dan tachtig interlands en scoorde daarin meer dan twintig keer. Hij speelde op 18 juni 2016 op 37-jarige leeftijd voor het eerst op een groot interlandtoernooi. Die dag speelde IJsland in de groepsfase van het EK 2016 met 1-1 gelijk tegen Hongarije. Guðjohnsen viel die wedstrijd in de 84e minuut in voor Kolbeinn Sigþórsson. Hij kwam op dit toernooi ook in actie tijdens de met 5-2 verloren kwartfinale tegen Frankrijk. Hij viel die wedstrijd in de 83e minuut in voor Sigþórsson. Guðjohnsen speelde nooit met IJsland op een WK.