Неповољног положаја, у близини важне раскрснице и насеља, манастир је разорен током турског похода на Беч 1592. и народног немира из 1594. године. Под притиском честих пљачкања, манастир се постепено премјештао на своје садашње, скровитије мјесто, ближе шуми. Манастир је поновно страдао током Аустријско-турског рата (1737—1739), а потом и 1788-1790. Због сарађивања монаха са Аустријанцима, а против Турака, манастир је у одмазди спаљен, а тадашњи игуман манастира Софроније је објешен је о бријест пред манастиром. Током НАТО бомбардовања Југославије 1999. године, овај манастир, односно његов спољашњи зид, поново је оштећен.