С началом Великой Отечественной войны основное здание вокзала уцелело, о чём свидетельствуют любительские фото сделанные немецко-фашистскими захватчиками и использовалось ими по прямому назначению, однако, было существенно повреждено во время освобождения Минска от гитлеровской оккупации летом 1944 года и вокзал пришлось восстанавливать. Реконструкция закончилось в 1946 году, здание просуществовало до сентября 1991-го, когда оно было демонтировано. От сталинского вокзального комплекса осталось лишь здание пригородного вокзала построенное в 1955 году, переоборудованное ныне для размещения международных касс.