Im darauffolgenden spartanisch-persischen Krieg spielte Pharnabazos eine zentrale Rolle. Er protegierte 397 v. Chr. beim Großkönig den attischen Feldherrn Konon, der darauf zum Oberbefehlshaber der persischen Flotte ernannt wurde. Anschließend unterstützte er Tissaphernes bei der Verteidigung Kariens gegen den spartiatischen Heerführer Derkylidas. Im Gegenzug musste er allerdings die Verwüstung Phrygiens durch König Agesilaos II. hinnehmen, der sogar die Residenzstadt Daskyleion bedrohte. Um das persische Kleinasien zu entlasten, bestach Pharnabazos mit der Vermittlung des Rhodiers Timokrates im Jahr 396/395 v. Chr. erfolgreich Theben zum Kriegseintritt gegen Sparta, was in Griechenland den Korinthischen Krieg auslöste. Zusammen mit Konon siegte er schließlich 394 v. Chr. in der Seeschlacht von Knidos, wo die gesamte Flotte Spartas versenkt wurde. Um ein Wiedererstarken des Gegners im Ägäisraum zu verhindern, unterstützte er anschließend die Unternehmungen des Thrasybulos, was zum Gewinn mehrerer Städte und Inseln an der kleinasiatischen Küste für Persien führte. Nach dem Frieden mit Sparta (Königsfrieden) 387 v. Chr. aber wurde Pharnabazos vom Großkönig seines Postens als Satrap Phrygiens enthoben, wurde darin allerdings durch Ariobarzanes ersetzt.