V dubnu 1942 se svaz s spojil s Task Force 18, jehož jádrem byla letadlová loď USS "Hornet" a společně uskutečnily Doolitlův nálet na Tokio. Když Halsey onemocněl, převzal velení TF 16 Raymond A. Spruance a úspěšně ho vedl během bitvy u Midway. V srpnu 1942 svaz podporoval americké vylodění na Guadalcanalu, bojoval v bitvách u východních Šalomounů (srpen 1942), u ostrovů Santa Cruz (říjen 1942) a v námořní bitvě u Guadalcanalu (listopad 1942). TF 16 také podporoval svaz TF 18 bojující u Rennellova ostrova. V březnu 1943 se Task Group 16.6 (složka TF 16) střetla s japonskými křižníky v bitvě u Komandorských ostrovů a celý TF 16 se podílel na znovudobytí Aleut. V letech 1944–1945 se svaz změnil na jednotku určenou pro doplňování paliva a tvořily ho pouze tankery a eskortní torpédoborce.