最初の任地はフロリダ州で第二次セミノール戦争に従軍した。米墨戦争ではザカリー・テイラーとウィンフィールド・スコットの両将軍の作戦で参謀を務めた。このときの3つの戦い、モンテレー、ナショナル・ブリッジおよび、チャプルテペクの各戦いでの参謀の指導力と勇敢さによって3度（大尉、少佐および中佐）の名誉昇進を果たした。フッカーの軍隊内での色男という評判はメキシコのときに始まっており、メキシコの女性達が「ハンサムな大尉」と呼んでいた。