La fondazione dell'AC Omonia risale al 1948, poco dopo la fine della seconda guerra mondiale. La nascita del club (come anche di altri dell'epoca), fu dovuta alle turbolenze politiche che caratterizzavano Cipro in quel periodo, in particolare al conflitto tra sinistra e destra dovuto alla Guerra civile greca. Nel maggio 1948, l'APOEL Nicosia spedì una lettera dal forte contenuto politico alla SEGAS (Greek Gymnastic-Athletic Clubs Association), violando lo statuto della squadra di non farsi coinvolgere nella politica. Dopo questa lettera, diversi giocatori criticarono il loro club, ma vennero poi cacciati. Quei giocatori, con altre persone costituirono il nuovo club di Nicosia, con il nome di Athletic Club Omonia Nicosia.