Pada tahun 2003, Mark Webber dikontrak oleh tim Jaguar Racing, bersama Antonio Pizzonia. Di tim berpulas hijau ini ia kerap tampil luarbiasa. Ia nyaris merebut pole position di GP Brazil. Namun saat balapan, Webber menjadi otak dibalik insiden "habis hujan terbitlah bingung", saat ia membawa Fernando Alonso ikut serta dalam kecelakaan, dan membuat tim McLaren (Kimi Raikkonen) dan Jordan GP (Giancarlo Fisichella dan Eddie Jordan) saling berdebat bahwa merekalah sebagai pemenang GP Brazil, sampai akhirnya di San Marino FIA memutuskan bahwa tim Jordan-lah yang memenangi GP Brazil 2003. Di pertengahan musim 2003, Pizzonia digantikan oleh Justin Wilson karena penampilan Pizzonia tidak begitu bagus. Sama seperti saat di Minardi, Webber mampu mengalahkan dua rekan setimnya tersebut. Meskipun saat GP AS, Wilson berhasil mencetak poin, tetapi Webber masih tangguh dalam hal posisi kualifikasi. Webber lantas bertahan di Jaguar untuk tahun 2004.