آغا محمدخان از آنجا به فتح تفلیس رفت و در پیکاری بسیار خونین با نام نبرد کرتسانیسی اراکلی (هراکلیوس دوم) را شکست داد و اهالی تفلیس را قتل‌عام کرد، سپس به تهران بازگشت و تاجگذاری نمود. در پاسخ به این اتفاقها، کاترین، ملکه روسیه، در ۱۷۹۶ سپاهی بر ضد ایران تجهیز کرد و به فرماندهی زوبوف به قفقاز فرستاد که بسیاری از خانهای قفقاز به او اعلام سرسپردگی نمودند. در واکنش به این اقدام خانهای قفقاز، آغا محمدخان دوباره به قفقاز لشکر کشید که با مرگ کاترین و به تخت نشستن پل همزمان شد. پل سپاه روسیه را فرا خواند و خانهای قفقاز در مقابل آغا محمدخان بی دفاع باقی‌ماندند. در ۱۷۹۷، آغا محمدخان به شوشی حمله کرد و سرانجام آنرا فتح نمود. ابراهیم خان هم به داغستان نزد فامیل همسرش فرار کرد، اما پنج روز پس از فتح شوشی، آغا محمدخان بدست اطرافیانش به قتل رسید و این باعث شد که ابراهیم خان به شوشی برگردد. در بازگشت، دستور داد که جسد آغا محمدخان را با احترام زیاد به تهران بازگردانند و نسبت به جانشین آغا محمدخان اظهار بندگی نمود و دخترش آغا بگم (معروف به آغاباجی) را هم بعنوان عروس نزد فتحعلی شاه فرستاد.