Nel 1931 abbandonò la comunità religiosa ebraica, dichiarandosi agnostico. Nel marzo 1938, l'Austria fu annessa alla Germania nazista di Adolf Hitler; a settembre, per sfuggire alle persecuzioni naziste antiebraiche, Kreisky scappò in Svezia, dove rimase fino al 1945. Frattanto, si sposò nel 1942 con Vera Fürth.