Kairolainen tuomioistuin tuomitsi 2. kesäkuuta 2012 Mubarakin elinkautiseen vankeuteen osallisuudesta noin 800 mielenosoittajan surmaamiseen vuoden 2011 vallankumouksessa. Oikeudenkäynti alkoi 3. elokuuta 2011 ja loppui 2. kesäkuuta 2012. Korkeasta iästä johtuvan erittäin heikon terveydentilan vuoksi Mubarak tuotiin kuulemaan tuomiotaan ensin helikopterilla ja loppumatka ambulanssilla, lopulta Mubarak sai paareilla maaten kuulla tuomionsa. Kesäkuun loppupuolella 2012 Mubarak oli usean lähteen mukaan sairaalassa erittäin heikossa kunnossa, ehkä jopa kliinisesti kuollut, mutta hänen sydämensä saatiin kuitenkin jälleen toimimaan. Hän oli jonkin aikaa myös hengityskoneessa. Uutiset Mubarakin kuolemasta kumottiin melko pian hänen elintoimintojensa elvyttyä ja usean viikon sairaalahoidon jälkeen hänen katsottiin toipuneen jo siinä määrin, että hänet voitiin palauttaa vankilaan suorittamaan rangaistustaan.