در جنگ استقلال یونان؛ که از ۱۸۲۱ آغاز شد؛ مردمان کرت بسیار کوشا بودند و این جزیره صحنۀ خشونت عثمانی‌ها گردید. در زمان استقلال یونان ۴۵ درصد مردمان این جزیره مسلمان بودند که بسیاری از آنان پس از آن به کیش پیشین خویش مسیحیت بازگشتند و بازماندۀ مسلمانان نیز در ۱۹۲۴ در روند جابه‌جایی تبعه‌های دو کشور ترکیه و یونان از این جزیره بیرون رفتند.