Kháng chiến bùng nổ, ông cùng Hoàng Như Tiếp đi kháng chiến ở Phúc Yên thuộc Liên khu 1, chiến khu Việt Bắc. Trong thời gian này, ông đã góp sức tập hợp các kiến trúc sư theo kháng chiến, tổ chức các phòng kiến trúc ở Liên khu 1, Liên khu 10, Liên khu 3, Liên khu 4.