Während des 11. Jahrhunderts begann die Marine, ebenso wie das Reich selbst, zu verfallen. Mit den neuen Bedrohungen aus dem lateinischen Westen waren die Byzantiner zunehmend genötigt, sich auf die Flotten der italienischen Stadtstaaten wie Venedig oder Genua zu verlassen, mit furchtbaren Auswirkungen auf die Souveränität und die Wirtschaft des Reiches. Eine Zeit der Konsolidierung unter der Komnenen-Dynastie war nur von kurzer Dauer, der ein erneuter Niedergang folgte, bis der Verfall bei der Zertrümmerung des Reiches in der Katastrophe des Vierten Kreuzzuges seinen Höhepunkt fand. Nach der Wiederherstellung des Reiches 1261 versuchten mehrere Kaiser der Palaiologen-Dynastie eine Wiederbelebung der Marine, ihre Bemühungen hatten jedoch nur kurzzeitig Erfolg. Bis zur Mitte des 14. Jahrhunderts sank die byzantinische Marine, die einst Hunderte von Kriegsschiffen bereitstellen konnte, auf bestenfalls ein paar Dutzend Schiffe herab, und die Kontrolle der Ägäis fiel endgültig in die Hände der italienischen und osmanischen Flotten. Trotzdem blieben die byzantinischen Seestreitkräfte bis zum Ende des Reiches 1453 im aktiven Dienst.