Den 18 november 1987 debuterade Brian i det danska landslaget. Förbundskaptenen då var Richard Møller Nielsen, som senare skulle komma att ha duster med Brians bror Michael Laudrup. Brian skulle ha spelat i EM 1988, men bröt nyckelbenet alldeles innan laget togs ut. Han återvände till landslaget i februari 1989 och gjorde 3 mål på 4 matcher i kvalet till VM 1990 där Danmark nätt och jämnt missade turneringen. Efter ett fåtal matcher i kvalet till EM 1992 lämnade Brian landslaget tillsammans med sin bror Michael Laudrup och mittfältaren Jan Bartram på grund av respektlöshet gentemot Richard Møller Nielsen.