Su enfermedad, sin embargo, le obligó a retirarse a Bohemia, de donde fue pronto reclamado para detener el avance de Moreau sobre Viena. Sin embargo, el desastroso resultado de la Batalla de Hohenlinden le forzó a firmar el armisticio de Steyr. Su popularidad por entonces ya era tal que el gobierno de Ratisbona resolvió en 1802 erigir una estatua en su honor y otorgarle el título de salvador de la patria, honores que Carlos rehusó recibir.