1998/99 was het beste seizoen in Seamans carrière, hij moest slechts zeventien doelpunten incasseren – een clubrecord dat nog steeds stand houdt. Het daaropvolgende seizoen was echter het tegenovergestelde. Door blessures moest Seaman vaak aan de kant blijven en als hij in de basis stond liep het niet zoals het hoorde. Toch werd hij opnieuw geselecteerd voor Europees kampioenschap in 2000 in België en Nederland. Hij speelde slechts twee wedstrijden, want tijdens de opwarming voor de wedstrijd tegen Roemenië raakte hij geblesseerd en werd Engeland uitgeschakeld.