Plethon avled i Mystras 1452, precis innan Konstantinopel föll under Osmanska riket. 1466 stal några av hans lärjungar under ledning av Sigismondo Pandolfo Malatesta hans kvarlevor, och förde dem till Tempio Malatestiano i Rimini, ”så att den store Läraren må befinna sig bland fria män”. Hans "Summa", som ansågs vara det mest kätterska av hans verk, brändes senare av patriark Gennadius II varefter dess innehåll gått helt förlorat. Många av hans övriga verk finns bevarade som manuskript i bibliotek runt om i Europa.