Dopo il buon in Inghilterra, che vide la Francia semifinalista e sconfitta solo ai tiri di rigore dalla Repubblica Ceca, il momento-"clou" della carriera di Desailly si ebbe nel biennio 1998-2000, allorché i "Bleus" dapprima trionfarono al casalingo, battendo nella finale di Saint-Denis il per 3-0, e poi si confermarono al organizzato da Belgio e Paesi Bassi, dove nella finale di Rotterdam sconfissero gli storici rivali dell' per 2-1 al "golden goal."