1950年朝鲜战争爆发、美军仁川登陆后，朴宪永被金日成指责负有朝鲜半岛统一失败的责任，于1953年8月被解除职务，并与李承烨等13名原南朝鲜劳动党领导人一道被指责为美国间谍和颠覆分子接受审判。1956年12月5日被处决。