Szczur andamański jest uznawany za gatunek narażony na wyginięcie, ze względu na ograniczony i podzielony zasięg występowania. Populacja tych szczurów wydaje się stabilna, choć odbudowa siedzib ludzkich po zniszczeniach spowodowanych tsunami z 2004 roku grozi wylesianiem, a to stanowi zagrożenie dla tych gryzoni. Nie jest chroniony, indyjska ustawa o ochronie przyrody z 1972 roku zalicza go do szkodników.