Im Frühjahr 1938 wurden in Frederikshavn auf die beiden spanischen Trawler „Cierco“ und „Abrego“ Brandanschläge verübt. Den Auftrag dazu soll Richard Jensen, Mitglied der Wollweber-Organisation (Sabotagegruppe der Komintern gegen die Marine der faschistischen Staaten) gegeben haben. Da Thøgersen im engen Kontakt zu Jensen stand, wurde auch er nach dem Einmarsch deutscher Truppen in Dänemark verhaftet und angeklagt. Im Juli 1941 wurde Thøgersen freigesprochen, jedoch als Kommunist nicht freigelassen. Die illegale Parteileitung der DKP schloss ihn wegen seines Kontakts zu Jensen erneut 1941 aus der Partei aus. Die nächsten zwei Jahre verbrachte Thøgersen teils im Vestre-Gefängnis, teils im Internierungslager Horserød. Ab Herbst 1943 bis zum Ende des Krieges war Thøgersen im KZ Stutthof inhaftiert.