In Kartli-Kachetien (heute Ostgeorgien) wurden die Bagratiden 1801 vom russischen Zaren Paul I. entthront. Thronfolger David Batonischwili wurde außer Landes gebracht. Seine Nachfolger erhielten den Fürstenstatus im Russischen Adel. Russlands Feldherr Pjotr Iwanowitsch Bagration, der in den Befreiungskriegen gegen Napoleon kämpfte, entstammte dieser Linie. In Imeretien (heute Westgeorgien) herrschten die Bagratiden noch bis zur Eroberung durch Russland 1810. Letzter Herrscher war dort Salomon II. (1789–1810).