18 травня 1944 року, незважаючи високу посаду і фронтові заслуги, Мустафу Селімова депортували з Криму разом з усім народом. До квітня 1945 року був заступником голови Бекабадського райвиконкому, до серпня 1948 року — директором Середньоазійської філії Всесоюзного НДІ виноробства і виноградарства «Магарач». Потім працював у Всесоюзному інституті рослинництва. У 1955—1959 роках — заступник директора Союзного науково-дослідного бавовнярського інституту. У 1959—1961 роках Селімов працював заступником Президента Академії сільськогосподарських наук Узбецької РСР. У 1961—1963 роках — заступником начальника Головного Управління науки і пропаганди Міністерства сільського господарства УзРСР. У 1963—1966 роках Селімов був начальником відділу Держкомітету по бавовництву Середньої Азії. З 1966 року працював заступником директора Узгіпроводгоспа. З 1975 року вийшов на пенсію у статусі пенсіонера республіканського значення.