Battu à la primaire du Parti démocrate pour l'élection du gouverneur de l'Alabama en 1958, il change radicalement son positionnement politique. Élu gouverneur en 1962, il intervient lors de deux évènements majeurs du mouvement des droits civiques : l'attentat de l'église baptiste noire de Birmingham et les Marches civiques de 1965. Il prône alors la ségrégation raciale et s'oppose, parfois violemment, à la déségrégation progressive du Sud.