Вернер выступал за юношеские сборные Германии разных возрастов. В 2012 году участвовал в чемпионате Европы для игроков до 17 лет. В 2015 году Вернер занял второе место в голосовании на лучшего игрока до 19 лет, пропустив вперед защитника «Байера» Джонатана Та.