Sodan jälkeen hän toimi lakimiehenä ja 1921 perusti oman toimiston. Ensimmäisen tasavallan alkuvuosina hän oli poliittisesti lähellä Isänmaallista rintamaa ("Vaterländische Front"). Menestyvänä lakimiehenä hänet kutsuttiin mukaan kansleri Engelbert Dollfussin hallitukseen 1933. Hän liittyi Itävallan kansallissosialistiseen puolueeseen 1931, mutta vaikka hän pysyttäytyi etäämpänä puolueesta, kun se kiellettiin heinäkuussa 1934, hän uusi jäsenyytensä nopeasti vuonna 1936. Helmikuussa 1938 Seyss-Inquart nimitettiin sisäministeriksi Kurt von Schuschniggin hallitukseen sen jälkeen kun Adolf Hitler oli uhannut Schuschniggiä ja Itävaltaa sotilaallisilla toimenpiteillä, jos Saksan vaatimuksiin ei suostuta. Vain neljä viikkoa myöhemmin 11. maaliskuuta 1938 Saksan painostuksen alla Schuschnigg erosi kanslerin virasta ja Itävallan presidentti Wilhelm Miklas nimitti Seyss-Inquartin Itävallan kansleriksi. Seuraavana päivänä saksalaiset joukot ylittivät Itävallan rajan liittääkseen sen kolmanteen valtakuntaan.