Gempa bumi dan tsunami Lautan Hindi 2004 adalah titik perubahan utama untuk MERCY Malaysia. "Kami organisasi antarabangsa pertama tiba (di Aceh) dan ia telah dihebahkan oleh media antarabangsa. Tiba-tiba, orang menyedari wujudnya MERCY Malaysia," sebut Dr Jemilah. Pasukan MERCY Malaysia dihantar ke Aceh dan Sri Lanka, di samping membantu mangsa tsunami di dalam negara di Pulau Pinang, Malaysia. Sebuah buku telah dilancarkan pada tahun 2005, bertajuk "A Time To Heal: A Reflection of Mercy Malaysia's Response to the Indian Ocean Tsunami" untuk memperingati bencana yang melanda pada 26 Dis 2004. Buku tersebut mengimbau pengalaman sukarelawan dan pekerja MERCY Malaysia yang bertugas di Malaysia, wilayah Aceh, Indonesia dan Sri Lanka.