בין ישראל למצרים קיים גם שיתוף פעולה צבאי במסגרת המלחמה בטרור בסיני. לפי תחקיר של העיתון "הניו יורק טיימס", בשנים 2016–2017 תקף חיל האוויר הישראלי פעילי טרור בצפון סיני יותר ממאה פעמים, באישור נשיא מצרים, עבד אל-פתאח א-סיסי. דובר צבא מצרים הכחיש דיווח זה.