Vuosina 1808–1809 käydyssä Suomen sodassa Eek onnistuneesti otti yhteen venäläisten kanssa kaikissa taisteluissa, joihin Ruotsin pääarmeija otti osaa. Miehistö ihailikin Eekiä. 14. heinäkuuta käydyssä Lapuan taistelussa ruotsalaisjoukot Eekin johtamina tekivät venäläisten asemiin rynnäkön. Sittemmin Eek ajautui riitaan kenraali Carl Johan Adlercreutzin sekä upseerien kanssa suunniteltuaan Keski-Suomessa sissisotaa. Eekillä ei ollut taitoa johtaa suuria sotatoimia. Hän oli lisäksi kunnianarka. Näitä kahtaa seikkaa pidetään myös syinä erimielisyyksiin. Eek sairastui syksyllä 1808 ja parantui ja palasi vasta maaliskuun lopulla 1809 kotiseudulleen. Kun Haminan rauha 17. syyskuuta 1809 solmittiin ja Suomi luovutettiin Venäjälle, muutti Eek Ruotsiin. Venäläiset olivat Suomen sodan aikana kiduttaneet hänen kuuromykkää veljeään sekä ryöstäneet Eekin talon.