Miksa Emánuel 1701-ben egész családjával és helytartói udvartartásával együtt visszatért Brüsszelből Münchenbe, és a Franciaország oldalán belépett a spanyol örökösödési háborúba. A bajor hadsereg az angol–holland–osztrák szövetség ellen harcolt a spanyol örökségéért. Közben Miksa Emánuel továbbra is a Spanyol-Németalföld Habsburg királyi helytartója maradt. 1704-ben a második höchstädti csatában Miksa Emánuel hadserege súlyos vereséget szenvedett egykori magyarországi harcostársától, Savoyai Jenő hercegtől. Bajorországot Miksa Emánuel apósának, I. Lipót császárnak csapatai szállták meg tíz évre. A választófejedelem Brüsszelbe menekült, csapataival és öccsével, József Kelemen herceggel, Köln hercegérsekével és választófejedelmével együtt. A Német-Római Birodalomban törvényen kívülinek nyilvánították, ezért Párizsba ment, és 1715-ig XIV. Lajos francia király védőszárnyai alatt élt. Bajorország régensi teendőit felesége, Terézia Kinga látta el, de 1705-ben az osztrák megszállók elől Velencébe menekült.