A 2000-2001-es szezon kezdetekor Matthias Sammer vette át a Borussia Dortmund irányítását. Az átalakuláson átmenő csapat a 2001-2002-es szezon során megnyerte a bajnokságot Sammer vezetésével, és UEFA-kupa-döntőt játszott a Feyenoord Rotterdam csapatával, amit 2:3 arányban elveszített. 2002-ben újra pénzügyi problémák jelentkeztek a Borussia Dortmund együttesénél. Sammer 2004 nyaráig tartó edzősködése alatt csapatát a gazdasági nehézségek ellenére a bajnokság élmezőnyében tudta tartani. Az egyesület fennmaradásának érdekében el kellett adni a játékosokat, hogy kifizesse a felhalmozódott tartozásokat. Ebben az időben a Bayern München is segített kölcsönnel a csapatnak. Végül a 2005-ös krízist követően 2006-ban a Borussia Dortmund a megmenekülés érdekében felvásárlásra került, és elkezdődött a Westfalenstadion (mai nevén: Signal Iduna Park) átépítése. A 2007-2008-as szezonban Thomas Doll vezetőedző irányítása alatt a Borussia Dortmund német labdarúgókupa-döntőt játszott a Bayern München ellen, amit a hosszabbításban 1:2 arányban elveszített.