Мария наверное так бы и играла в Казани, если бы не финансовый кризис в команде. В январе 2006 года Никитина соглашается на переезд в Самару и начинает выступать за один из «грандов» российского баскетбола «ВБМ-СГАУ». В первом же сезоне она становится победителем чемпионата России и обладателем национального кубка, играет в Евролиге ФИБА. В следующем сезоне (2006/07) тренеры самарского клуба ещё больше доверяют 22-х летней баскетболистке, Никитина принимает участие в 28 играх первенства России из 32, в розыгрыше Евролиги проводит 7 игр, в том числе в матче за 3-е место с французским «Буржем» (7 минут, 2 очка). По окончании чемпионата Мария входит в расширенный список сборной России для участия в чемпионате Европы – 2007 . Не пройдя отбор в национальной команде, Никитина направляется в Бангкок на Универсиаду, где в составе студенческой сборной завоёвывает «серебряные» медали. Сезон 2007/08 оказался противоречивым, с одной стороны в её послужном списке победа в Мировой лиге, 2-е место в России и кубок России, а с другой, катастрофическая нехватка игрового времени, из-за высокой конкуренции за место в основе (на её позиции играют Мария Степанова и Энн Воутерс).