Током Првог и Другог балканског рата Слободан је био шеф Пресбироа при Врховној команди Српске војске. После победе Српске војске у Кумановској бици прелази са Пресбироом и Врховном командом у Скопље, где борави неколико месеци. После Другог балканског рата, 1913. године изабран је за ректора Београдског универзитета. Међутим, 1914. године избија Први светски рат а Слободан је поново упућен на службу у Пресбиро при Врховној команди Српске војске. У јесен 1915. аустроугарске и немачке оружане снаге предузеле су велику офанзиву на Србију, истовремено и бугарске снаге прекидају саобраћајну комуникацију долином Јужне Мораве и Вардара. Српска војска са избеглим народом налазила се у безизлазној ситуацији на Косову и Метохији. Тада Врховна команда одлучује да се крене у повлачење преко Албаније и Црне Горе на јадранску обалу у сусрет савезничким снагама. После албанске голготе професор Јовановић се нашао на острву Крф, где су биле смештене српска војска, избеглице, народна скупштина, влада и друге установе. Професор Јовановић је поред обавеза у Пресбироу налазио времена и за књижевни рад, који му је представљао духовни мир у времену тешком по српски народ. На Крфу је 1917. написао биографске огледе о Стојану Новаковићу и Љубомиру Недићу. После Првог светског рата професор Јовановић се налазио међу правним експертима при југословенској делегацији на мировној конференцији у Паризу 1919. године.