Семья Дэвиса после рождения Джефферсона дважды переезжала с места на место: в 1809 году в (территория Луизиана), а менее чем через год в округ Уилкинсон штата Миссисипи. Трое из старших братьев Джефферсона принимали участие в англо-американской войне 1812—1815 годов. В 1813 году Дэвис начал своё образование в местной школе, недалеко от семейной хлопковой плантации. Два года спустя Джефферсон, росший в протестантской семье, поступил в доминиканскую католическую школу имени святого Фомы Аквинского в Спрингфилде (Кентукки); биограф Дэвиса Х. Строд указывает, что на определённом этапе тот оказался единственным протестантом среди учеников. После католической школы Дэвис продолжил обучение в Академии округа Уилкинсон в маленьком городке Вудвилл, в Миссисипи и Трансильванском университете в Лексингтоне. Его отец умер 4 июля 1824 года, когда Джефферсону было 16 лет; мать прожила ещё два десятка лет, скончавшись в октябре 1845 года.