W 1996 roku Marco Branca znajdował się w szerokiej 30-osobowej kadrze reprezentacji Włoch na Mistrzostwa Europy 1996. Ostatecznie nie znalazł się w ostatecznej 22-osobowej kadrze na Euro 96. W tym samym roku został powołany do kadry U-23 na Igrzyska Olimpijskie, jako jeden z trzech starszych graczy. Na turnieju w Atlancie wystąpił we wszystkich trzech meczach z Meksykiem, Ghaną i Koreą Południową, w których strzelił wszystkie 4 bramki dla Włoch.