Di awal musim 2008–09, menajer baru Pep Guardiola lebih sering memilih Sergio Busquets sebagai gelandang bertahan di Barcelona ketimbang dirinya. Pada final Liga Champions 2009, ia terpaksa bermain sebagai bek tengah akibat cedera dan hukuman tampil yang didapat para pemain belakang Barcelona. Pada akhir Juni 2010, Barcelona memberikan konfirmasi bahwa Touré diperbolehkan untuk meninggalkan klub pada musim panas.