Deklaracja niepodległości Mołdawii, przyjęta 27 sierpnia 1991, sugerowała wprost zamiar nie budowania niepodległego państwa w dalszej perspektywie, ale przyłączenia się do Rumunii. Potępiono w niej przyłączenie Besarabii do Imperium Rosyjskiego w XIX w. oraz wkroczenie wojsk ZSRR do Besarabii w związku z postanowieniami paktu Ribbentrop-Mołotow. Jako symbole narodowe nowego państwa przyjęto hymn i flagę Rumunii, a język urzędowy nazywano odtąd rumuńskim. W 1992 władze mołdawskie wywodzące się z Frontu podjęły próbę siłowego, zbrojnego odzyskania kontroli nad Naddniestrzem, jednak pięciomiesięczna wojna, w której stronę naddniestrzańską wsparły stacjonujące w regionie wojska rosyjskie, zakończyła się klęską Kiszyniowa. Również Rumunia nie wykazywała takiego zainteresowania zjednoczeniem z Mołdawią, jak Front Ludowy Mołdawii. Jeszcze przed zbrojną fazą konfliktu naddniestrzańskiego, w lutym 1992, Front przekształcił się w partię polityczną - Chrześcijańsko-Demokratyczny Front Ludowy. Nadal głosił unifikację z Rumunią i zdawał się pogodzić z utratą Naddniestrza. Rozczarowanie tym faktem oraz klęską podniesioną w wojnie o Naddniestrze sprawiło, że Front przegrał wybory parlamentarne w lutym 1994, uzyskując tylko 7,5% głosów. Stracił również dawne wpływy w społeczeństwie; na jego manifestacje i wiece przychodziło w 1992-1993 co najwyżej kilkaset osób.