Im Zuge der jungtürkischen Revolution kehrte er zurück und wurde 1908 als Abgeordneter für Berat ins osmanische Parlament gewählt. Dort setzte er sich für die Dezentralisierung der Verwaltung und einen autonomen Bezirk für die Albaner innerhalb des Reiches ein. Als sich das jungtürkische Regime nach 1909 in ein Militärregime mit türkisch-nationalistischen Zügen wandelte, schloss sich Qemali der albanischen Unabhängigkeitsbewegung an, die 1910/11 in einen offenen bewaffneten Aufstand gegen die osmanische Herrschaft überging. Bei Ausbruch des Ersten Balkankriegs reiste Qemali über Bukarest nach Österreich-Ungarn. In Budapest erhielt er von Außenminister Leopold Graf Berchthold die Zusage, dass die Donaumonarchie die Errichtung eines unabhängigen albanischen Staates unterstützen würde.