לאחר רצח לינקולן המשיך ולס לכהן כמזכיר הצי בממשלו של אנדרו ג'ונסון. ב-1866, יחד עם סיוארד, תרם ולס רבות להקמתה של מפלגת האיחוד הלאומי כמפלגת אלטרנטיבה שלישית שתמכה במדיניות הפיוס של ג'ונסון. ולס גם היה משתתף מרכזי במערכה הכושלת של ג'ונסון לקידום מאמצי השיקום ולתמיכה במועמדים בבחירות אמצע הכהונה באותו סתיו. אף על פי שוולס כתב ביומנו שהתנהלותו של ג'ונסון באותה מערכה גרמה לו לייאוש, במיוחד בשל נטייתו של הנשיא להתעמת ישירות עם טרדנים, הוא נותר נאמן לג'ונסון ובמהלך משפט ההדחה שלו הוא תמך בו.