Il miglior risultato della storia nerazzurra nelle competizioni nazionali è il 2º posto nel Campionato di Prima Categoria 1920-1921, massima serie dell'epoca. Il Pisa è anche al 18º posto nella speciale classifica perpetua del campionato italiano di calcio pre-serie A a girone unico. Per quanto riguarda la serie A a girone unico, ha giocato sette campionati e il massimo risultato raggiunto è l'11º posto nella stagione 1982-1983, mentre il peggiore è il 17° del 1988-1989. Il maggior numero di segnature è di 34 reti e risale alla stagione 1990-1991, mentre il minore è di 20 nel campionato 1983-1984; sempre alla stagione 1990-1991 risale anche il primato di reti subite con 60, mentre la stagione 1982-1983 detiene anche il primato del minor numero di reti subite con 27. Al campionato 1990-1991 appartengono altri due primati, quelli del maggiore numero di vittorie e di sconfitte, rispettivamente di 8 vittorie e 20 sconfitte, mentre nella stagione 1983-1984 si è avuto anche, sia il minor numero di vittorie (3), sia il minor numero di sconfitte con 11 in concomitanza con il campionato 1982-1983.