Die Kirche wurde nach 1086 von Ladislaus I. Herman im Stil der Frühromanik als Votiv für die Geburt des Thronfolgers Boleslaus III. Schiefmund gestiftet. Da Ladislaus I. bei dem Heiligen Ägidius durch Gaben an das Kloster Saint-Gilles um einen Thronfolger gebeten hatte, wurde die Kirche nach diesem benannt. Sie ist damit eine der ältesten erhaltenen Kirchen Krakaus. Die Kirche wurde um 1300 im Stil der Backsteingotik ausgebaut und zunächst den Benediktinern später den Dominikanern übergeben. Das Innere der Kirche wurde im 17. Jahrhundert im Stil des Barocks barockisiert. Die Kirche dient unter anderem der englischsprachigen katholischen Gemeinde in Krakau.