Na Augsburškem rajhstagu leta 1530 je bila Livonija razglašena za del Svetega rimskega cesarstva – brez kakršnih koli praktičnih posledic. Leta 1558 se je Livonska vojna začela z invazijo ruskih čet; nekateri deli države so ostali zasedeni do leta 1582. Da bi Kurlandijo in Livonijo zaščitili pred rusko grožnjo, so se njuni viteški redovi kot njuno zastopstvo leta 1561 podredili poljski suverenosti: Kurlandija je postala – kot fevd Poljske – posvetno vojvodstvo Kurlandija in Semgalija pod vodstvom Gottharda Kettlerja, zadnjega livonskega deželnega mojstra Tevtonskega reda, ožja Livonija pa je prešla neposredno v roke Litve in je v poznejši državi Poljska-Litva oblikovala nekakšen kondominij obeh delov države. Estonija in otok Ösel (Saaremaa), ki so ju prav tako zastopali njuni viteški redovi, sta se iz istega razloga podredila danski in švedski suverenosti. Zaradi te delitve na različna področja se je pomen imena "Livonija" zožil na območja severno od Daugave in jugozahodno od Čudskega jezera (jezero Pejpus).