המקרה הבולט ביותר שעליו הותקף פוקו לא אחת, היה תמיכתו הפומבית במהפכה האסלאמית האיראנית בשנת 1979. פוקו חתם מזה זמן רב על עצומות נגד הפרת זכויות האדם תחת שלטון השאה. היומון האיטלקי "Corriere della sera" הציע לפוקו ב-1977 לכתוב טור על המתרחש באיראן, ופוקו נסע בשליחות העיתון מספר פעמים לטהראן. קסמה לו האפשרות לצאת מהספריות ומהארכיונים אל המקום שבו מצטלבים אירועים ורעיונות. רוב האנשים עמם נפגש טרם נסע היו מקבוצות ההתנגדות החילוניות-ליברליות, אך באיראן גילה את הכמיהה לממשלה אסלאמית, אותה זיהה כרצון בפוליטיקה רוחנית, מהסוג שבאירופה היה קשה לדמיין באותה תקופה; פוליטיקה שמצליחה לחרוג מקטגוריות הפוליטיקה המערבית. ואולם, כאשר התברר כי המשטר הח'ומייניסטי העולה אכזרי ופוגע בזכויות האדם אף יותר מקודמו, הועלתה ביקורת נוקבת נגד פוקו. הפילוסוף ניסה לענות להתקפות נגדו במספר מאמרי-תשובה, אך לבסוף הביקורת והסרקזם שהופנו נגדו בעניין זה גרמו לו להימנע ממעורבות פוליטית ומכתיבה עיתונאית למשך מספר שנים.