Generál Boudet byl přivítán zpět ve Francii jako hrdina a stal se velitelem 1. pěší divize ve sboru generála Clauda-Victora Perrina (26. října 1803) v severním Nizozemsku. Poté přešel ke sboru pod velením generála Augusta Frédérica Louise Viesse de Marmont v táboře v Utrechtu (5. února 1804). Pod Marmontovým vedením se zúčastnil tažení v roce 1805 a v roce 1806 byl poslán do Armée d'Italie. V roce 1807 byl v Německu a zúčastnil se obléhání Colbertu pod Muratovým velením a po Tylžském míru dobyl Stralsund. Za jeho služby jej Napoleon v roce 1808 jmenoval říšským hrabětem a daroval mu pozemky s výnosem 30 000 franků ve švédském Pomořansku. Převzal posádkové povinnosti v hanzovních městech a během rakouského tažení v roce 1809 stál v první linii v čele 4. divize 4. armádního sboru, které velel maršál André Masséna. Generál Boudet se podílel na dobytí Vídně a poté se vyznamenal při urputné obraně vesnice Essling (21.-22. května 1809), kdy přestavěl sýpku v nedobytný bunkr. Zemřel v Moravských Budějovicích snad na následky dny.