In seguito, durante l'epoca aragonese, Capua continuò ad essere un centro di primaria importanza, come testimoniato in particolare dalle frequenti visite dei re Ferdinando I di Napoli, Alfonso II di Napoli e Ferdinando II di Napoli alla città. Durante il regno di Federico I d'Aragona (incoronato nel duomo cittadino) la città fu scossa dal drammatico evento del sacco di Capua del 1501 ad opera di Cesare Borgia, nel contesto della Guerra d'Italia del 1499-1504. Aperte forse con l'inganno le porte della città, difesa da Fabrizio Colonna, le devastazioni costarono la vita a circa duemila capuani.