2005 gewann Boll bei der Weltmeisterschaft im Doppel zusammen mit Christian Süß die Silbermedaille. Nach Korrektur einer Schiedsrichterfehlentscheidung zu Gunsten seines Gegners im Einzel-Achtelfinale, in dem er ausschied, erhielt er vom ITTF den Fair-Play-Preis. Den Rest des Jahres gestaltete Boll erfolgreich. Höhepunkt war der Gewinn der Champions League mit Gönnern und der Weltcupsieg in Lüttich, bei dem er alle drei chinesischen Topspieler bezwingen konnte.