Im Januar 1797 trat Morand zur italienischen Armee über, nahm an der Einnahme Roms unter Berthier (11. Februar 1798) teil, bevor diese Truppen als Kerntruppen zur Ägypten-Expedition bestimmt wurden. Am 27. Mai 1798 begleitete er die Einschiffung der Division Desaix in Civitavecchia. Nach der Besetzung von Malta landete er am 2. Juli in Ägypten. Nach der Besetzung von Alexandria, erfolgte an der Spitze der Division Desaix der Vormarsch nach Kairo wo er am 21. Juli 1798 zum Oberst ernannt wurde (Rang am 7. September 1799). Morand nahm an der Schlacht bei den Pyramiden (21. Juli 1798) teil. Auf dem Schlachtfeld ernannte ihn General Bonaparte zum provisorischen Chef der 88. Halb-Brigade, die er bei Sediman (7. Oktober 1798) führte. Morand folgte General Desaix beim Vorstoß weiter nach Assuan, das am 1. Februar 1799 erreicht wurde. Morand wurde zum Gouverneur der Provinz Girgeh (nördlich von Luxor) ernannt. Sechs Monate lang verwaltete er das Land, während er die Mamelucken verfolgte. Er gewann Anerkennung für die Kämpfe bei Girgeh (6. April 1799), El Ganaim und vor allem bei Samanhoud (12. August 1799). Beim letzten Gefecht überraschte er in der Nacht die Smalah und ihren Führer, Murad Bey der halb nackt entkommen konnte. Für diese Tat wurde Morand nach Kairo zurückgerufen und zum Generaladjutanten von Kléber ernannt. Morand wurde am 6. September 1800 zum Général de brigade befördert und erhielt das Kommando der Verteidigung von Damiette. Nach dem Kampf bei Rhamanié, kommandierte er in Gizeh, während Belliard Verhandlungen mit den Engländern zur Evakuierung der französischen Truppen aus Kairo begann. Morand verließ Ägypten am 9. August 1801 und landete am 14. September in Marseille an.