פרר ערך את משחקו האחרון במדי נבחרת ספרד במשחק ידידות מול ב-17 בנובמבר 1999. הוא לא השתתף במוקדמות יורו 2000 וכן לא נכלל בסגל הנבחרת לטורניר עצמו בשל פציעה. בסך הכול הופיע פרר 36 פעמים במדי נבחרת ספרד לאורך 8 שנים.