В ноябре 1638 года маркиз вернулся в Шотландию, чтобы в качестве представителя короля участвовать в заседаниях генеральной ассамблеи. Подавляющее большинство депутатов ассамблеи составили ковенантеры, что позволило принять решения не только об осуждении попыток англиканских нововведений в пресвитерианское богослужение, но и о ликвидации епископата. Гамильтон пытался не допустить утверждения решения против епископов и приказал распустить ассамблею, однако депутаты не подчинились и продолжили заседания. Упразднение епископата означало разрыв ковенантеров с королём, и в 1639 году начались Епископские войны между шотландцами и Карлом I.