Auf Drängen der Briten wie der Bischöfe Hans Meiser, Theophil Wurm und Stimmen aus der Ökumene trat er am 15. April 1947 zurück. Bis heute ist die Amtsführung von August Marahrens als Bischof zur Zeit des Dritten Reiches umstritten, weil ihm teilweise eine zu starke Anpassung an den NS-Staat vorgeworfen wird. Kritisiert wurden unter anderem seine bedingungslose Anerkennung der staatlichen Obrigkeit, seine Haltung gegenüber den ausgegrenzten „nichtarischen“ Christen, also jüdischer Herkunft, und ein „Hirtenbrief“ nach dem Anschlag auf Hitler am 20. Juli 1944: „Ordnen wir an [dass ...] im Kirchengebet der Gemeinde [Hitlers ...] gedacht wird: ‚Von Grund unseres Herzens danken wir Dir [sc. Gott], daß Du unseren Führer bei dem verbrecherischen Anschlag Leben und Gesundheit bewahrt und ihn unserem Volk in einer Stunde höchster Gefahr erhalten hast. In Deine Hände befehlen wir ihn. Nimm ihn in Deinen gnädigen Schutz! Sei und bleibe Du sein starker Helfer und Retter! Walte in Gnaden über den Männern, die in dieser für unser Volk so entscheidungsschweren Zeit an seiner Seite arbeiten. Sei mit unserem tapferen Heere! Laß unsere Soldaten im Aufblick zu Dir kämpfen! [...] In tapferem Vordringen [sei] ihr Geleiter! [... Laß] aus der blutigen Saat des Krieges eine Segensernte erwachsen.‘“