Després de l'annexió d'Àustria i l'cessió dels Sudets al Tercer Reich l'octubre de 1938, la crisi dels refugiats es va intensificar. Més de cent mil refugiats jueus principalment alemanys i opositors al règim nacionalsocialista van arribar al centre txecoslovac desocupat. El país va quedar desbordat i també hi va haver una forta resistència contra els alemanys entre la població txeca. Schmolková va visitar les zones on es concentraven els refugiats, va recollir material per provocar l'opinió pública i va escriure apel·lacions als ambaixadors estrangers a Praga i a les organitzacions jueves a l'estranger.Cap país no estava preparat per ajudar els refugiats jueus. Finalment, el Regne Unit es va oferir a acollir nens menors de 17 anys. Marie Schmolková i el seu equip van treballar estretament amb ajudants britànics als refugiats, sobretot "Doreen Warriner", representant del "Comitè Britànic per als Refugiats de Txecoslovàquia" (BCRC). El desembre de 1938 va convidar Nicholas Winton a Praga. Doreen Warriner li havia demanat que organitzés l'emigració de nens jueus. Schmolková no tenia cap dubte que Alemanya aviat ocuparia tota Txecoslovàquia. En una carrera contra el temps, ella i el seu equip van intentar de facilitar la sortida de tants nens com possible. Aquest "Kindertransport txec" va aconseguir salvar de l'Holocaust un total de 669 nens txecoslovacs d'origen jueu. Aquests nens eren sovint els únics de les seves famílies a sobreviure a la guerra.