Els irlandesos catòlics van formar el seu propi govern, la Irlanda confederada, amb l'objectiu de lluitar en guerres posteriors, negociar amb Carles I i entre altres coses posar fi a les colonitzacions i també aconseguir una parcial revocació de les ja existents. Els següents deu anys van estar plagats de conflictes sagnants entre els blocs rivals (ètnics i religiosos) al llarg d'Irlanda, fins que finalment els irlandesos van ser derrotats i el país va ser ocupat pel Nou exèrcit model en la Conquesta d'Irlanda per Cromwell durant el període de 1649 a 1653.