Nach dem Einmarsch deutscher Truppen in die Tschechoslowakei am 15. März 1939 errichteten die Nationalsozialisten das Protektorat Böhmen und Mähren. Der slowakische Staat war ein Satellitenstaat des Deutschen Reiches. Am 27. September 1941 folgte auf den dauerhaft beurlaubten Statthalter Neurath als neuer Reichsprotektor Reinhard Heydrich. Am 27. Mai 1942 verübten tschechoslowakische Widerstandskämpfer auf Heydrich ein tödliches Attentat. Als Vergeltungsmaßnahme ermordeten die Nationalsozialisten alle Bewohner der Dörfer Lidice und Ležáky. Während der deutschen Besetzung befanden sich auf tschechischem Boden das KZ Theresienstadt sowie mehrere Außenlager des KZ Flossenbürg, darunter das KZ-Außenlager Leitmeritz (Litoměřice).