En 1840, un épisode de la Deuxième guerre égypto-ottomane allait donner l'occasion au jeune Frédéric Ferdinand de faire ses preuves en Méditerranée orientale. Les principales nations européennes, désireuses du maintien d'un équilibre des puissances depuis le Congrès de Vienne, prirent la décision de venir en aide à l'Empire ottoman alors en grande difficulté dans son conflit contre l'Égypte. Les Ottomans, qui s'attachaient à récupérer les territoires perdus à l'issue de la Première guerre égypto-ottomane, avaient été vaincus par les Égyptiens à la bataille de Nézib. Le Traité de Londres qui s'ensuivit fut un véritable camouflet diplomatique pour la France (tenue à l'écart en raison de son soutien à l'Égypte) et, à la suite de son rejet par Méhémet Ali, une flotte de guerre constituée des marines britannique et autrichienne fit route vers les côtes égyptiennes et mit le Delta du Nil sous blocus. Elle navigua vers les côtes libanaises où, en septembre 1840, l'archiduc Frédéric Ferdinand bombarda depuis le SMS "Guerriera" les villes de Sidon (que les Autrichiens capturèrent avec le soutien britannique) puis Beyrouth. La "Kriegsmarine" continua ensuite sa route vers Acre, qu'elle s'employa également à bombarder au mois de novembre. Les défenses de la cité ayant été détruites, le jeune Frédéric Ferdinand mena lui-même le débarquement anglo-autrichien qui s'ensuivit, et hissa les drapeaux autrichien, britannique et ottoman au sommet de la citadelle d'Acre. En novembre 1840, Méhémet Ali décida d'accepter les termes de la Convention de Londres, mettant un terme au conflit. À l'issue de la campagne, Frédéric Ferdinand fut décoré de l'Ordre militaire de Marie-Thérèse en reconnaissance de sa bravoure et de son leadership. En mars 1841, son père obtint qu'il devienne le futur "Marinekommandant" destiné à remplacer Paulucci lorsque ce dernier se retirerait ; afin de parfaire sa formation, le jeune homme fut alors chargé du commandement de diverses expéditions.