Кржижановски родился в Рожново, одном из городов Великого Княжества Познаньского (ныне Польши), и происходил из старинного польского шляхетского рода герба «Свинка». Род вёл своё происхождение с XIV века и владел деревней Кржижаново около Косьцяна. Его отец и оба дяди сражались за польскую независимость в рядах армии Наполеона, а брат участвовал в восстании 1830 года.