Nel suo secondo anno, Green Bay vinse la Western Conference per la prima volta dal 1944. La vittoria, assieme alle sue ben note credenze religiose, portarono la comunità di Green Bay a soprannominarlo "Il Papa". Lombardi guidò i Packers alla finale di campionato del 1960 contro i Philadelphia Eagles. Prima di quella partita, Lombardi si incontrò con Wellington Mara e lo informò che non avrebbe accettato il ruolo di capo-allenatore dei Giants che gli era stato offerto alla fine della stagione 1959. Nell'ultima azione della partita, che avrebbe potuto portare la squadra alla vittoria, i Packers furono fermati a poche yard dalla end zone. Lombardi subì così la sua prima, e unica, sconfitta nei playoff della sua storia. Dopo la gara, dopo che la stampa ebbe lasciato lo spogliatoio, Lombardi disse alla squadra: "Questo non accadrà più. Non perderemo mai un altro titolo." Nei suoi anni successivi come allenatore dei Packers, Lombardi fece presente ai suoi running back che non fossero riusciti a segnare a una yard di distanza, l'avrebbe considerato come un affronto personale avrebbe cercato vendetta. La sua squadra vinse le successive nove gare di playoff disputate, un record che resistette fino a che Bill Belichick ne vinse dieci tra il 2002 e il 2006. I Packers sconfissero i Giants nella finale del 1961 (37–0 a Green Bay) e del 1962 (16–7 allo Yankee Stadium), vincendo i primi due titoli dell'era Lombardi. Dopo il titolo del 1962, il Presidente John F. Kennedy chiamò Lombardi chiedendogli "se sarebbe tornato ad allenare la squadra dell'esercito" (che aveva già allenato come assistente prima Giants); Kennedy ricevette un tacito rifiuto. La sua unica altra sconfitta nei playoff avvenne contro i St. Louis Cardinals nel Playoff Bowl (gara per il terzo posto) dopo la stagione 1964 (ufficialmente classificato come una sfida di esibizione).