Fundó y trabaja en el Hospital Panzi en Bukavu, donde se especializa en el tratamiento de las mujeres que han sido violadas por las fuerzas rebeldes durante la Guerra de Kivu y posteriores conflictos desarrollados en la República Democrática del Congo. Mukwege probablemente se ha convertido en el principal experto del mundo en la forma de reparar el daño físico interno causado por la violación en grupo. Ha tratado a varias miles de mujeres desde la guerra de 1998 en el Congo, algunas de ellas más de una vez, y realizado hasta un máximo de 10 cirugías al día, durante sus 18 horas diarias de trabajo. Se ha descrito cómo sus pacientes llegan al hospital, a veces desnudas, y por lo general con sangrado y pérdida de orina y heces.