Nel 1846 fu eletto al soglio pontificio papa Pio IX, il cui più che trentennale pontificato fu testimone della progressiva erosione definitiva del dominino temporale papale. Considerato già prima dell'elezione come un candidato di vedute relativamente liberali, dedicò i suoi primi anni a politiche di modernizzazione e liberalizzazione dello stato (come riduzione della censura, costruzione di ferrovie, ampliamento della libertà di stampa, libertà per gli ebrei, maggiore apertura alla partecipazione dei laici alla politica pontificia) che lo resero popolare anche tra le forze italiane progressiste. Tuttavia la situazione cambiò radicalmente in occasione dei moti del 1848: sebbene inizialmente Pio IX avesse concesso la costituzione ai suoi sudditi e inviato truppe volontarie per assistere la rivolta milanese contro gli Asburgo, il suo successivo ritiro dalla coalizione antiaustriaca generò una rivolta all'interno dei territori pontifici; il papa fu costretto a rifugiarsi a Gaeta mentre a Roma i rivoltosi istituirono una nuova Repubblica Romana. La Repubblica tuttavia sopravvisse solo pochi mesi e fu soppressa dall'invasione delle truppe francesi, che permisero al pontefice di rientrare a Roma e riprenderne il controllo. Dal suo rientro a Roma, le posizione di Pio IX si fecero molto più conservatrici e le sue politiche estremamente reazionarie: tutte le concessioni fatte ad inizio pontificato furono revocate e la spinta alla modernizzazione e industrializzazione rallentò notevolmente.