מריה לודוביקה התנגדה לנישואים בין נפוליאון לבתה החורגת מריה לואיזה, ארכידוכסית אוסטריה בשנת 1809, ולאחר כיבוש וינה על ידי הצרפתים, העדיפה להתגורר בבודפשט. במאי 1812 נסעה מריה לודוביקה בחוסר רצון עם בעלה לדרזדן, שם קיבל נפוליאון את המשפחה הקיסרית לפני נסיכי גרמניה שנאספו לחגוג את היציאה למלחמה נגד רוסיה. בשנת 1815 אירחה מריה לודוביקה את קונגרס וינה, ולאחר מכן נסעה לנפוש באיטליה. בעת שהותה בוורונה מתה מריה לודוביקה ב-7 באפריל 1816 משחפת, והיא נקברה בקריפטה הקיסרית בווינה.