В 2011 году Марина вместе с Еленой Мигуновой, Ксенией Усталовой и Ольгой Топильской выиграла эстафету 4×400 метров на Универсиаде. В следующем году Карнаущенко с Юлией Гущиной, Ксенией Усталовой и Александрой Федоривой стала бронзовым призёром чемпионата мира в помещении.