Nach dem Ausbruch des Ersten Weltkrieges war Modarres unter den Abgeordneten, die sich vor den nach Teheran marschierenden russischen Truppen in Qom in Sicherheit brachte. 1916 wurde Modarres Mitglied der von Deutschland unterstützten „provisorische Regierung“ mit Sitz in Ghasr-e Shirin (direkt an der heutigen Grenze zwischen Iran und Irak gelegen) unter Führung von Reza Qoli Khan Nezam al Saltaneh, die sich als Alternativregierung zur unter britischem und russischem Einfluss stehenden Regierung in Teheran verstand. Modarres übernahm das Ressort „Erziehung und Bildung“. Nach der Niederlage der gegen die russischen Truppen kämpfenden Einheiten der persische Gendarmerie löste sich die „provisorische Regierung“ auf und ihre Mitglieder flohen nach Bagdad, Kirkuk und Istanbul.