Weitere Beförderungen folgten: 1813 Konteradmiral, 1815 Vizeadmiral und im Dezember 1826 übernahm Codrington den Oberbefehl der Mediterranean Fleet und wurde als solcher abgestellt, die Unabhängigkeitsbestrebungen Griechenlands zu unterstützen. Zusammen mit Admiral Henri de Rigny nötigte er Ibrahim Pascha, den Befehlshaber der ägyptisch-türkischen Kriegsmacht in Morea am 25. September 1827 zu einem Waffenstillstand. Als die osmanische Flotte diesen in Morea brach, übernahm Codrington den Oberbefehl über die vereinigte britisch-französische Flotte, der sich auch das russische Geschwader unter Admiral Login Petrowitsch Heiden anschloss. Die geplante Strafexpedition, um den Waffenstillstand wieder zu etablieren, endete in der Schlacht bei Navarino (20. Oktober 1827), in welcher der größte Teil der türkisch-ägyptischen Flotte vernichtet wurde. Damit galt Codrington – neben Rigny und Heiden – als Kriegsheld und wurde entsprechend gefeiert. Die einzige Kritik kam vom Premierminister Frederick Robinson, der als Tory andere politische Ziele anstrebte.