A magyar közigazgatás bevezetése súlyosan negatív következményekkel járt Kárpátalja jelentős arányú zsidó lakossága számára. Ezekre az emberekre azonnal érvényesek lettek a Magyarországon addigra már bevezetett, a zsidók jogait korlátozó törvények, és persze sújtották őket a később érvénybe lépő jogfosztó törvények, rendeletek és egyéb intézkedések is. Szemben a Csehszlovákiában élvezett jogegyenlőséggel, a kárpátaljai zsidó értelmiség foglalkoztatását korlátozta a két hónappal később bevezetett második zsidótörvény. A régióban élő, magyar uralom alá került zsidók jelentős részét tették ki az 1941 nyarán kitoloncolt, és augusztusban Kamenyec-Podolszkijnál lemészárolt 26 ezer embernek. A Magyarországon maradt kárpátaljai zsidókat sújtotta a szintén 1941 augusztusában bevezetett harmadik zsidótörvény, és végül 1944 tavaszán a térség izraelitái a deportálások első hullámában kerültek koncentrációs táborba.