Ősei már az 1600-as években kivándoroltak Amerikába, angol származásúak voltak. Nagyapja kapitány volt az amerikai függetlenségi háborúban. Az unoka, Joseph Hooker az amerikai hadsereg katonai akadémiáján, a híres West Pointon diplomázott 1837-ben, az 50 főből álló évfolyamon a 29. helyen végzett. Szolgálatot teljesített az indiánok elleni háborúkban tüzérhadnagyként, majd a mexikói–amerikai háborúban (1846-1848) Zachary Taylor és Winfield Scott tábornokok vezetése alatt alezredesként. 1853-ban kilépett a hadseregből, s gazdálkodással, területfejlesztéssel, politikával foglalkozott nem túl nagy sikerrel, szerette a szerencsejátékot, az italt és a nőket, e körül sok a legenda, csatába azonban soha nem ment ittasan. 1859-től a kaliforniai milíciában szolgált tisztként. 1861 augusztusában, az amerikai polgárháború kitörése után dandártábornoki kinevezést kapott. Hamarosan bátor, harcias katonának bizonyult, kitüntette magát az 1862 május 5-i a Williamsburg-i csatában, mint egy részleg parancsnoka. A csata után előléptették vezérőrnagynak. Hadtestparancsnokként vezette az uniós támadást az első antietami csatában, amelyben meg is sebesült a lábán.