Дипломатические отношения были установлены 2 июня 1992 года. Во время Боснийской войны операция «Беллебанк» стала самой крупной боевой операцией датских войск с 1864 года. В конце апреля 1994 года датский контингент, несущий миротворческую службу в Боснии и Герцеговине в составе Северного батальона UNPROFOR, расположенного в Тузле, попал в засаду при попытке освободить шведский наблюдательный пункт, находившийся под сильным артиллерийским огнем бригады боснийских сербов Шековичи в деревне Калесия, но засада была разбита, когда силы ООН ответили сильным огнем. После Боснийской войны 20 000 боснийских беженцев бежали в Данию.