El 21 de enero de 1985, nueve estupas fueron dañadas debido al ataque de unas bombas. En 1991, un predicador musulmán ciego, Husein Ali Al Habsyie, fue sentenciado a cadena perpetua por dirigir una serie de ataques con bombas a mediados de los años 80, incluyendo el ya mencionado. Otros dos miembros de un grupo extremista de derecha, que estuvieron implicados en los ataques, fueron sentenciados a 20 y 13 años de cárcel en 1986. El 27 de mayo de 2006, la costa sur de Java sufrió un terremoto de magnitud 6,2 en la escala de Richter. El evento produjo varios daños en la región y algunos heridos en la ciudad de Yogyakarta, sin embargo, Borobudur se mantuvo intacto.