Suomen armeijan palvelukseen Väinö Merikallio astui 11. helmikuuta 1918 aliupseeriksi ylennettynä ja saapui Vaasaan 25. helmikuuta 1918 jääkärien pääjoukon mukana. Hänet sijoitettiin Suomen valkoiseen armeijassa ensin joukkueen varajohtajaksi ja myöhemmin joukkueenjohtajaksi 1. jääkärirykmentin 1. jääkäripataljoonan 1. komppaniaan. Hän otti osaa sisällissodan taisteluihin Lempäälässä, Säiniöllä ja Viipurissa, missä hän haavoittui 28. huhtikuuta 1918.