Efter Unionens erobring af de resterende fæstninger i Vicksburg og Port Hudson og lukningen af floden, var han stort set afskåret fra den konfødererede hovedstad i Richmond, og han havde i praksis kommandoen over en uafhængig del af konføderationen med alt, hvad der heraf fulgte af administrative problemer. Området blev kendt i konføderationen som "Kirby Smithdom".