1562-ben, amikor a wassyi mészárlást követően a hugenották lázadásával kitörtek a francia vallásháborúk, Condé proklamálta, hogy a királyt mind a Guise-ek, mind az anyakirályné befolyásától meg kívánja szabadítani. A Loire völgyében kezdett hadműveletekbe, ám mivel a német földről ígért segítség elmaradt, az országban szétszórt hugenotta seregeket pedig nem sikerült egyesíteni, Dreux mellett vereséget szenvedett, és fogságba esett. Ezúttal a François de Guise 1563-as meggyilkolása után kezdődött enyhülés mentette meg: az amboise-i béke révén kiszabadulhatott.