Η τροπή αυτή των γεγονότων αποδείχθηκε εξαιρετικά αντιδημοφιλής για τον τοπικό ελληνικό πληθυσμό και οι αντιπρόσωποί τους, υπό το Γεώργιο Χρηστάκη - Ζωγράφο, διαμαρτυρόμενοι σχημάτισαν στο Αργυρόκαστρο την Πανηπειρωτική Συνέλευση. Η Συνέλευση, αντί ενσωμάτωσης στην Ελλάδα ζήτησε τουλάχιστον είτε τοπική αυτονομία είτε κατοχή από δυνάμεις των Μεγάλων Δυνάμεων για τους νομούς Αργυροκάστρου, Αγίων Σαράντα και Κορυτσάς. Το Μάρτιο του 1914 ανακηρύχθηκε στο Αργυρόκαστρο η Αυτόνομη Δημοκρατία της Βορείου Ηπείρου, που αναγνωρίσθηκε από τις Μεγάλες Δυνάμεις με το Πρωτόκολλο της Κέρκυρας. Η Δημοκρατία αυτή ήταν όμως βραχύβια, καθώς η Αλβανία διαλύθηκε με την έναρξη του Α΄ Παγκόσμιου Πόλεμου. Ο Ελληνικός στρατός επέστρεψε τον Οκτώβριο-Νοέμβριο του 1914 και κατέλαβε πάλι το Αργυρόκαστρο, με τους Αγίους Σαράντα και την Κορυτσά. Τον Απρίλιο του 1916 η Βόρεια Ήπειρος, περιλαμβανομένου του Αργυρόκαστρου, προσαρτήθηκε στην Ελλάδα. Η Σύνοδος Ειρήνης του Παρισιού του 1919 επανέφερε το προπολεμικό καθεστώς, επικυρώνοντας ουσιαστικά τη συνοριακή γραμμή, που είχε αποφασιστεί με το Πρωτόκολλο της Φλωρεντίας το 1913 και η πόλη πέρασε πάλι υπό Αλβανικό έλεγχο.