Kios był w centrum walk krzyżowców i ucierpiał w ich wyniku. W czasie I wyprawy ludowej w 1096 roku znajdował się tam ufortyfikowany obóz wojskowy pod nazwą „Civetot” (Kibotos), gdzie krzyżowcy ludowi zostali pokonani przez Turków. Po długiej walce krzyżowcy zepchnęli Seldżuków do kraju blisko Ikonium. Podczas IV krucjaty, kiedy cesarzem był Aleksy III Angelos, a oblężenie Konstantynopola było w toku, Kios zdobyli Frankowie w 1207, którzy trzymali go aż do wyzwolenia przez cesarza Michała VIII Paleologa w 1261.