Beinahe 30 Jahre später, nach dem Zweiten Weltkrieg und dem Griechischen Bürgerkrieg, hatte Marinatos, der inzwischen Professor für Archäologie an der Nationalen und Kapodistrias-Universität Athen geworden war, die Möglichkeit, mit einer planmäßigen Grabung Beweise für seine These zu suchen. Bereits 1966 suchte James Watt Mavor Jr. von der "Woods Hole Oceanographic Institution" an verschiedenen Stellen auf Santorin nach Spuren bronzezeitlicher Besiedlung, jedoch wenig erfolgreich. Da er seit 1950 Marinatos’ Auffassung teilte, dass es sich bei der auf Thera versunkenen minoischen Kultur um das legendäre Atlantis handeln könnte, nahm er Kontakt zu Marinatos auf. Beide trafen sich 1967 auf Santorin und Marinatos übernahm die Verantwortung für sämtliche Ausgrabungen auf der Insel.