ב-30 בנובמבר 1979 הוציאה הלהקה את האלבום הכפול "The Wall" ("החומה"), אשר נחשב לאחת מאופרות הרוק הידועות ביותר. בדומה לאלבומם הקודם, גם אלבום זה נכתב ברובו על ידי ווטרס. באלבום נכללו שניים משיריה המפורסמים ביותר של הלהקה: "Another Brick in the Wall" ו-"Comfortably Numb", שנכתב בשיתוף עם גילמור. באלבום ניכרת המרירות והעצב אשר אפיינו את ווטרס באותה התקופה, בין היתר על רקע ילדותו הקשה וגעגועיו לאביו אריק פלטשר ווטרס, לוחם חי"ר שנהרג ב"קרב אנציו" במלחמת העולם השנייה, החיים לצד אמו, אשר הגבילה אותו כמעט בכל תחום אפשרי, זכרונותיו הקשים ממערכת החינוך הבריטית השמרנית, אשתו שבגדה בו ונטשה אותו, בעיות הסמים אליהם התמכר ועוד. אלמנטים אלו בחייו של ווטרס מגולמים בעלילת האלבום, אשר נכתבה ביחד עם המפיק המוזיקלי בוב אזרין.