Сезон 2018/19 почався для мюнхенського клубу з розгромної перемоги над «Айнтрахтом» у матчі за суперкубок Німеччини (5:0). Йозуа знову відзначився асистом у лобовій зустрічі з франкфуртцями. Загалом Кімміх провів у всі 34 гри «від свистка до свсистка», зробив у них 14 асистів і відзначився забитими м'ячами у воротах «Ганновера 96» та «Вольфсбурга». Також на його рахунку 6 матчів та 2 асисти у переможному кубку Німеччини (у фіналі був обіграний «РБ Лейпциг» з рахунком 3:0, Кімміх віддав гольовий пас), а в Лізі чемпіонів провів усі 6 матчів групового етапу (2 асисти). В першому поєдинку 1/8 фіналу проти «Ліверпуля» на «Енфілді» (0:0) Йозуа отримав третю для себе жовту картку і був змушений пропустити матч-відповідь на Альянц Арені через дискваліфікацію, в якому «Баварія» програла 1:3. Чемпіонська гонка з Боруссією тривала до останнього туру, але мюнхенці не дали себе обійти в турнірній таблиці, обігравши вдома «Айнтрахт» Франкфурт 5:1 (Кімміх віддав асист).