באוקטובר 1940, כארבעה חודשים לאחר הפלישה הגרמנית לבלגיה וכיבוש בלגיה על ידי גרמניה הנאצית, העביר הממשל הצבאי הגרמני שורה של חוקים אנטי-יהודיים. ועדת המזכ"לים הבלגית סירבה לשתף פעולה בביצוע פעולות אנטי-יהודיות. הממשל הגרמני החל לתפוס עסקים בבעלות יהודית וסילק יהודים מתפקידים בשירות המדינה. באפריל 1941, בלא הנחיה מצד השלטונות הגרמניים, פלשו משתפי פעולה פלמיים לשני בתי כנסת באנטוורפן ושרפו את ביתו של הרב הראשי. הגרמנים יצרו יודנרט במדינה, (AJB; "איגוד היהודים בבלגיה"). בשנת 1942 הסלימה רדיפת יהודי בלגיה, כחלק מהפתרון הסופי. ממאי 1942 נאלצו יהודים לענוד טלאי מגן דוד צהובים כדי לסמן אותם בציבור. הגרמנים החלו לגרש יהודים למחנות ריכוז בגנרלגוברנמן (החלק הכבוש בפולין) באמצעות רשימות שהוכנו על ידי ה-AJB. יהודים שנבחרו מהרשימות נדרשו להופיע במחנה המעבר מכלן; לאחר מכן גורשו בטרנספורטים למחנות ריכוז והשמדה, לרוב לאושוויץ. בין אוגוסט 1942 ליולי 1944 גורשו מבלגיה כ-25,000 יהודים וכ-350 צוענים; יותר מ-24,000 נרצחו לפני שחרור המחנות על ידי בעלות הברית. בסך הכל נרצחו בשואה כ-29,000 יהודים מבלגיה, מתוך כ-65,000 יהודים שהיו בבלגיה לפני השואה - כ-44% מיהודי בלגיה.