A mohácsi csatát (1526) követően a Szapolyai János és Habsburg Ferdinánd között kirobbant belháborúban a város az előbbi mellé állt, s egészen János haláláig kitartott mellette, annak ellenére, hogy Révay Ferenc nádori helytartó mindent elkövetett, hogy a várost Ferdinánd oldalára vonja. Ferdinánd még bizonyos Fejér vármegyei községeket is adományozott a városnak. 1543-ban Fehérvár is török kézre került. A város polgárai ugyanis megelégelvén az ostromot, a Varkocs György várkapitány vezette kitörő csapatokat a városból kizárták, akiket így az oszmánok lekaszaboltak. A török hódoltság idején a város eredeti lakosságának nagy része elmenekült, helyükre jórészt délszláv lakosság költözött. Fehérvár templomainak egy részét dzsámivá alakították, többek között a Szent Anna kápolnát is, melynek tetején ma is ott a félhold. Az ekkor épült törökfürdőnek ma már csak romjai láthatóak, ez a Török Udvar.