באוגוסט 1942 מונה אנדרסון למפקד הארמייה הראשונה, במקום אדמונד שרייבר שחלה במחלת כליות, ולא היה כשיר לפיקוד קרבי. בנובמבר 1942 השתתפה הארמייה במבצע לפיד, ולאחר מכן במערכה בתוניסיה. בפברואר 1943 ספגה הארמייה מפלה קשה בקרב מעבר קסרין, וכמעט שהודח מתפקידו. לאחר כניעת כוחות מדינות הציר בתוניסיה במאי 1943 חזר אנדרסון לבריטניה, וביולי 1943 מונה למפקד הארמייה השנייה. בינואר 1944 הוחלף אנדרסון על ידי מיילס דמפסי, ומונה שוב למפקד הפיקוד המזרחי. בדצמבר 1944 מונה אנדרסון למפקד פיקוד מזרח אפריקה, ופיקד עליו עד לשנת 1946. בשנת 1947 מונה אנדרסון למושל גיברלטר, וביולי 1949 הועלה לדרגת גנרל. בשנת 1952 פרש אנדרסון מתפקידו, וב-29 באפריל 1959 מת בגיברלטר.