Город впервые был упомянут в 801 году, его минеральные источники в год 823. Киссинген в то время находился под властью аббатства Фульда. Позже, город пришел к графством Хеннеберг. В 14-м веке Киссинген был продан епископами Вюрцбург. В 1814 году Киссинген стал частью Баварии. Город стал модным курортом в 19 веке. 10 июля 1866 во время прусско-австрийской войны выиграл пруссаков в битве при Киссинген над баварскими войсками. В 1945 году американские военные заняли город без боя.