Johann von Aarberg half den Eidgenossen durch militärische Verstärkungen und engagierte sich nach der Schlacht bei St. Jakob an der Birs (26. August 1444) als Friedensstifter zwischen dem Dauphin Ludwig XI. und den Eidgenossen. Auch später trat er als Bundesgenosse der Letzteren auf, unterstützte sie 1445 bei den Belagerungen von Rheinfelden und Säckingen, nahm 1468 mit ihnen am Entsatz Mülhausens teil und war anschließend bei ihrem Angriff auf Waldshut anwesend. In den Burgunderkriegen (1474–77) kämpften die Truppen Johanns, trotz dessen verwandtschaftlicher Verbindungen zu führenden Geschlechtern Burgunds, ebenfalls an der Seite der Eidgenossen, so etwa 1476 in den Schlachten bei Grandson und Murten. Dabei weilten zwei seiner Söhne am Hof Karls des Kühnen; und außerdem war sein Reich, das Burgund benachbart war, oft Einfällen von dessen Soldaten ausgesetzt.