Durante il periodo del Consolato il 20 luglio 1800, data di ufficiale della creazione di questa nuova istituzione, fu nominato Prefetto marittimo di Tolone. Durante tale incarico continuò sempre a mantenere la corrispondenza con le truppe francesi rimaste in Egitto, al comando del generale Kleber. Progettò la costituzione di una squadra di soccorso, al comando del contrammiraglio Honoré-Joseph-Antoine Ganteaume, originariamente destinata ad operare sulla costa dei Barbari. Prestò assistenza all'ammiraglio Charles-Alexandre Léon Durand Linois e all'aiutante generale Pierre Devaux durante la Battaglia di Algeciras, avvenuta il 6 luglio 1801. Nel corso di tale battaglia la marina francese si prese una fiera rivincita sui vincitori di Aboukir. Con le sue azioni contribuì molto all'indebolimento della pirateria berbera imperante nel Mediterraneo.