După Petr Čech, Poborský ocupă locul al doilea în clasamentul jucătorilor cu cele mai multe meciuri la echipa națională a Cehiei, cu 118 partide între 1994 și 2006, retrăgându-se din fotbalul internațional după ce a jucat la Campionatul Mondial. A mai jucat în trei Campionate Europene, fiind numit în echipa turneului de la UEFA Euro 1996, după ce a ajutat Cehia să ajungă până la finală.