Au cours de son déploiement en 1999, la MEU a soutenu l'opération Stabiliser au Timor oriental du 25 octobre 1999 au 27 novembre 1999. La MEU a été invitée à fournir un soutien aux Forces internationales du Timor oriental (INTERFET) en fournissant plus de 1,5 million de livres de vivres et de fournitures aux forces de maintien de la paix dirigées par l'Australie et au Timor oriental.