En 1939, Lings se rend au Caire en visite à un ami, assistant de Réné Guénon. Le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale l'empêche de retourner en Lituanie et il reste en Égypte. Un an plus tard, cet ami succombe à un accident de cheval et Lings reprend sa fonction auprès de Guénon. Durant une dizaine d'années, il enseigne la littérature anglaise à l'université du Caire, où il produit régulièrement des pièces de Shakespeare. Il apprend l'arabe et approfondit sa connaissance du soufisme. Il épouse Lesley Smalley en 1944 et le couple s'établit dans un village près des pyramides. Mais le déclenchement de la Révolution égyptienne de 1952 et l’escalade de la violence contre les Anglais les obligent à rentrer en Angleterre.