En el año 1920, el gobierno griego decidió crear una universidad en Esmirna —el actual Izmir, hoy en Turquía—, y nombró a Carathéodory catedrático de Matemáticas de la universidad, en cuya planificación también fue un importante colaborador. Sin embargo, Esmirna fue ocupada por las fuerzas turcas el 1922, durante la segunda guerra greco-turca y la Universidad Jónica de Esmirna no pasará nunca de ser un proyecto. Carathéodory huyó a Atenas dónde fue profesor hasta 1924, año en el que fue nombrado catedrático de la Universidad de Múnich en sustitución de Ferdinand von Lindemann, que se había jubilado. Habitó en Múnich hasta el final de sus días.