19 декабря 1991 года был заочно признан виновным по ст. 88, ч. 2 УК Литовской ССР (попытка совершения госпереворота), в причастности к событиям в Вильнюсе в январе 1991 года. Статья предусматривала заключение до 15 лет или расстрел. В январе 2016 года Генеральная прокуратура Литовской республики на суде по «делу 13 января» заочно обвинила Д. Т. Язова в создании «организованной группы из 160 военных и политических деятелей с целью возвращения Литвы в состав СССР». Сам Язов отрицал вину советских солдат в гибели людей у вильнюсского телецентра. В ноябре 2016 года Госдума России приняла заявление «О судебном процессе по уголовному делу о событиях 13 января 1991 года, рассматриваемому Вильнюсским окружным судом Литовской Республики», в котором назвала суд «политическим процессом в худших традициях „карательной юстиции”, который никак не связан с защитой прав и свобод человека, противоречащим нормам международного права и имеющим ярко выраженный антироссийский характер».