В тюрьме Мера пробыл недолго. Когда началась Гражданская война, он был освобожден и вступил в ряды республиканцев. Под его началом правительственные войска подавили восстания в Гвадалахаре, Алькала-де-Энаресе и Куэнке. Командуя 14-й республиканской дивизией, он участвовал в обороне Мадрида, в Гвадалахарской и Брунетской операциях. В апреле 1938 года, после назначения на должность командира IV-го корпуса, Мера был удостоен звания подполковника.