Fitzgerald fue trasladado a New Prison, en Dublín, donde no se le dispensó el tratamiento médico apropiado. Tras una breve estancia en el Castillo de Dublín fue llevado a Newgate, donde su herida se necrosó, infectándose mortalmente. Su esposa, contra la que el gobierno tenía probablemente pruebas suficientes para condenar, había abandonado el país para nunca volver a ver su esposo, pero Henry, hermano de Lord Edward y su tía Louisa Conolly le acompañaron en sus últimos momentos. Lord Edward murió a la edad de 34 años, el 4 de junio de 1798 en lo más crudo de la rebelión. Fue enterrado al día siguiente en el cementerio de la Iglesia de St Werburgh, Dublín. Sus propiedades fueron confiscadas mediante un Acta de Proscripción, aunque sería revocada en 1819.[11][12]