Nell'estate seguente la società si trovò alle prese con impellenti problemi finanziari e Mancini dovette gestire un parco giocatori notevolmente indebolito, con l'obiettivo minimo, per l'annata successiva e sotto il profilo sportivo, della permanenza in Serie A. Iniziò la stagione 2001-2002 perdendo la Supercoppa italiana contro la . Sempre da detentore della Coppa Italia in carica, Mancini esordì da allenatore nelle coppe europee, prendendo parte alla Coppa UEFA, dove la squadra viola venne eliminata ai sedicesimi di finale. L'11 gennaio 2002, dopo 17 partite di campionato e a seguito della sconfitta interna contro il , si dimise da tecnico della squadra toscana (che poi alla fine retrocederà e fallirà), dopo che alcuni tifosi, delusi per l'andamento della squadra, lo avevano minacciato per lo scarso impegno.