Koncem ledna 1944 se křižník a celý TF 52 podílely na dobytí atolu Kwajalein. Po skončení operace se "San Francisco" připojil ke svazu rychlých letadlových lodí TF 58 a v únoru 1944 spolu s ním v rámci Operace Hailstone napadl atol Truk. V červnu 1944 se "San Francisco" podílel na invazi na Severní Mariany a také bojů o Filipíny, především bitvy ve Filipínském moři. V červenci byl Američany znovu dobyt Guam, na čemž se křižník také podílel. Koncem měsíce se pak křižník vydal na opravy do San Francisca, kam doplul v polovině srpna. Od svého návratu až do konce roku 1944 operoval na Filipínách.