Za osmanské nadvlády se Berkovica stala sídlem správy. První písemné zprávy o ní pocházejí z roku 1445 nebo 1446. V berním soupisu z let 1454/1455 je zapsáno, že k Berkofce kazasi patří devět obcí, z nich tři velké. Podrobnější zápis je v dokumentech z roku 1524: žilo tu 169 muslimů a 24 křesťanů, přičemž v celé oblasti bylo 112 vesnic s 3 807 domácnostmi a jen 229 z toho bylo muslimských. Do roku 1595 populace ve městě vzrostla na 236 domácností, z nichž bylo 212 muslimských, 14 křesťanských a 10 cikánských. V 17. století zde fungoval rozvinutý důl na stříbrnou rudu. Po rakousko-turecké válce vzrostla nespokojenost místních obyvatel, a tak byla sultánovým příkazem z 21. října 1717 zřízena místní posádka o síle 1 200 mužů. V červnu 1836 vypukla Mančovova vzpoura, ke které se připojili i někteří zdejší obyvatelé. Po vyjednávání s přivolanou armádou ji její vůdce rozpustil a uprchl do Srbska, kde byl internován. Následujícího roku tu vypuklo ještě jedno neúspěšné povstání. Z kulturního hlediska bylo důležité desetiletí před osvobozením: ve roce 1870 byla otevřena dívčí škola a byla postavena dvoutřídní škola; v následujícím roce byl vysvěcen chrám svatého Mikuláše a 11. května 1872 byla otevřena knihovna; v roce 1874 byl založen školský spolek. Severozápadní Bulharsko se nepřidalo k dubnovému povstání, nicméně přípravný revoluční výbor (24 osob) byl zatčen a 8 lidí odsouzeno za účast na jeho přípravě. Během srbsko-turecké války sem pronikly čety bulharských dobrovolníků, ale berkovská posádka je vytlačila.