Under en längre utrikesresa bedrev Cobden även frihandelsagitation på den europeiska kontinenten. Inom brittisk politik arbetade han därefter framför allt för en internationell skiljedomstol och internationell nedrustning. För fredens bevarande försökte han motarbeta de panikstämningar som Napoleon III:s statskupp i Frankrike framkallade på sina håll i Storbritannien, men förlorade därigenom mycket av sin popularitet. Före och under Krimkriget trotsade han den allmänna opinionen genom att inte ge Turkiet sitt stöd, dels på grund av egna upplevelser situationen för den Turkiska befolkningen, dels av pacifistiska skäl och även genom en förhoppning om självständighet för balkanstaterna. 1857 framlade han den motion, som klandrade den ministärens kinesiska politik och vann underhusets godkännande och ledde till ministärens upplösning. Vid de följande nyvalen blev Cobden utslagen men återinsattes 1859, och erbjöds då en plats i Palmerstons ministär, men avböjde. Vid utarbetandet av de fransk-brittiska handelstraktaten 1860 nedlade han ett stort arbete som brittiska regeringens underhandlare. Under nordamerikanska inbördeskriget gav han i likhet med de flesta britter sitt stöd till nordstaterna, men arbetade samtidigt för bevarandet av Storbritanniens neutralitet.