Im Sommer 2002 übernahm er das Kommando über das 4. Fregattengeschwader in Wilhelmshaven. Er führte 2003 in dieser Funktion den Deutsch-französischen Marineverband und nahm an der Erkundung im Katastrophengebiet von Banda Aceh nach dem Erdbeben im Indischen Ozean 2004 teil. Im Februar 2005 wechselte er als Referatsleiter in den Führungsstab der Marine, wo er für Konzeptionelle Grundlagen und internationale Zusammenarbeit verantwortlich war. 2008 wurde Schneider Referatsleiter im Führungsstab der Streitkräfte im Aufgabenbereich "Konzeption der Bundeswehr/ Transformation", eine Aufgabe die er 2012 als Referatsleiter für Konzeption und Zielbildung in der Abteilung Planung des Bundesministeriums der Verteidigung fortsetzte.