1937年7月，抗日战争全面爆发。11月12日上海沦陷后，国民政府和在京的学校、工厂等陆续西迁。12月13日，日军攻陷南京，对平民和战俘展开长达6个星期的大规模屠杀，罹難者有30万人之多，史稱「南京大屠杀」。1940年3月，汪精卫在南京成立傀儡政府。1945年8月15日，日本投降。9月9日，陸軍總司令何应钦作为中国战区代表在南京接受侵华日军的无条件投降。1946年5月5日，国民政府从重庆还都南京。11月，制憲國民大會在南京国民大会堂召開，12月通过《中华民国宪法》。