Luna, se repentant de son arrestation à la fin de la première phase de la Révolution philippine, terminée par le Pacte de Biak-na-Bato, s'est alors préparé pour la deuxième phase. À sa libération en décembre 1897, Luna étudie les fortifications de campagne, la guérilla, l'organisation et d'autres aspects de la science militaire avec les conseils de Gérard Leman, qui sera plus tard le général commandant de la forteresse de Liège. Il étudia également la discipline lorsqu'il était à l'Ateneo de Madrid. La deuxième phase de la révolution commença alors avec le retour d'Emilio Aguinaldo à Cavite en 1898.