Die schon im 3. Jahrhundert v. Chr. weitgehend zerstörte Stadt blühte in der römischen Kaiserzeit wieder auf und entwickelte sich im Mittelalter zum wirtschaftlichen Zentrum Mittelgriechenlands. Unter osmanischer Herrschaft verlor sie jedoch weitgehend an Bedeutung. Während der griechischen Befreiungskämpfe war sie mehrfach Schauplatz kriegerischer Handlungen und wurde verwüstet. Weitere Verwüstungen erlitt sie durch Erdbeben in den Jahren 1853 und 1893. Danach wurde Theben neu aufgebaut.