En 1982 fue nombrado Secretario General del Instituto Mexicano del Seguro Social y en 1985 pasó a ocupar la Subsecretaria de Vivienda de la Secretaría de Desarrollo Urbano y Ecología; estando en este cargo tuvo lugar el Terremoto de México de 1985, correspondiendo parte importante de la respuesta gubernamental a la tragedia a la secretaría en la que se desempeñaba. Sin embargo su titular, Guillermo Carrillo Arena, pronto entró en conflicto y fue rechazado como interlocutor por los damnificados, por lo que gran parte de las negociaciones fueron realizadas por Fraga.