Krupan se nachází na soutoku několika malých říček. V květnu 2014 při vydatných deštích bylo město těžce poničeno během povodní, když se tyto říčky rozvodnily. Značné škody rovněž způsobily i sesuvy půdy. Krupanj se řadil (spolu s Obrenovacem) k nejhůře postiženým místům během povodní.