Les victoires grecques sont cependant de courte durée, en partie parce que les insurgés rapidement se déchirent entre factions rivales au cours de deux guerres civiles. Le sultan Mahmoud II appelle alors à l’aide son vassal égyptien Méhémet Ali qui dépêche en Grèce son fils Ibrahim Pacha avec une flotte de puis de qui débarquent le 26 février 1825 à Modon. L’intervention d’Ibrahim est décisive : la région de Pylos tombe le 18 mai 1825 après les batailles de Sphactérie (8 mai 1825) et de Neokastro (11 mai 1825) ; le Péloponnèse est reconquis en 1825 ; le verrou de Missolonghi tombe en 1826 ; Athènes est prise en 1827. Il ne reste plus alors à la Grèce que Nauplie, Hydra, Spetses et Égine.