Der große Bau auf dem Altstadtmarkt in der Backsteingotik wurde im 13. Jahrhundert errichtet und im Laufe der Jahre bis ins 18. Jahrhundert im Barockstil umgebaut. Während der Belagerung von Thorn durch Karl XII. von Schweden brannte das Rathaus am 14. September 1703 nieder, und ein Großteil der darin aufbewahrten Dokumente wurde ein Raub der Flammen. So verbrannten die Acta consularia, die seit 1345 geführt worden waren, ferner die Bürgerbücher, das Kürbuch und viele andere für die Geschichte der Stadt und für die Biographie des Kopernikus wichtige Dokumente. Bedingt durch die Kriegsschäden, die immer wieder zu zahlenden Kontributionen und die 1708 ausgebrochene Pest, welche die Stadt verarmen ließen, zog sich die Wiederherstellung des Rathauses über einen langen Zeitraum hin. Der Beschluss zur Wiederherstellung war 1722 gefasst worden, doch erst fünf Jahre später konnte das Gebäude wieder mit einem Dach versehen werden. Endgültig abgeschlossen waren die Wiederherstellungsarbeiten erst 1737. Im 19. Jahrhundert wurde das Rathaus um eine Etage aufgestockt, so einfühlsam, dass dies nur Eingeweihten auffällt. Früher war es ein Verwaltungs- und Handelszentrum, gegenwärtig befindet sich dort das Heimatmuseum. Zum Rathaus gehört ein 40 Meter hoher Turm, der zur Stadtbesichtigung zugänglich ist. Das Gebäude ist das architektonische Vorbild für das Rote Rathaus in Berlin. Vor dem Rathaus befindet sich ein Nikolaus-Kopernikus-Denkmal und die Darstellung eines Flissaken; diese Weichselflößer rasteten bis ins frühe 20. Jahrhundert auf den Stufen des Kopernikusdenkmals.