Vuonna 1803 presidentti Thomas Jefferson nimitti Latroben valtiolliseksi julkisten rakennusten tarkastajaksi ("Surveyor of Public Buildings"). Tärkein virkaan liittynyt toimeksianto oli Washingtonin keskeneräisen kongressitalon ("United States Capitol") rakennustöiden jatkaminen. Latroben katsotaan olleen järjestyksessä toinen Capitolin arkkitehti. Saatuaan kongressitalon eteläsiiven valmiiksi vuonna 1807 hän alkoi tehdä muutoksia aiemmin valmistuneeseen pohjoissiipeen. Työt keskeytyivät rahoituksen puutteessa vuonna 1811, mutta brittien tuhopoltettua talon vuoden 1812 sodan aikana elokuussa 1814 Latrobe palasi johtamaan sen uudelleenrakentamista vuosiksi 1815–1817. Hän suunnitteli rakennukseen senaatin, edustajainhuoneen ja korkeimman oikeuden vanhat istuntosalit, jotka ovat nykyään museokäytössä. Hän keksi sisätilojen pylväisiin uusia amerikkalaisia koristeaiheita, jotka esittivät tupakanlehtiä ja maissintähkiä. Latrobe valvoi myös Valkoisen talon ja Washingtonin laivastotukikohdan rakennusprojekteja. Hän suunnitteli presidentti Jeffersonin toimeksiannosta Valkoisen talon itä- ja länsipäädyn matalat paviljonkimaiset pylväskäytävät ja ehdotti portiikkien lisäämistä talon etelä- ja pohjoissivuille. James Hoban lisäsi tunnusomaiset portiikit Latroben kuoltua.