Az amerikai polgárháború kezdetén 1861. szeptember 7-én Kovácsot besorozták a 64. számú New York-i önkéntes gyalogezredbe, az ezredet Kozlay Jenő szervezte és vezette ezredesi rangban. Kovács 1861. szeptember 23-án a „K” században teljesített szolgálatot, október 16-án az „E” századba helyezték szolgálattételre. 1862. január 4-én századossá, 1862. június 3-án őrnaggyá léptették elő. 1862-ben részt vett a második Bull Run-i csatában, amely a déliek győzelmével végződött. 1863. július 1-3. közt részt vett a híres gettysburgi csatában, ott a déliek fogságába esett.