З 1906 року, після поразки грудневого (1905) збройного повстання в Москві, Микола Рожков перебував на нелегальному становищі. він був делегатом V з'їзду РСДРП (1907 р.), на якому був обраний до ЦК партії; у 1907-1908 рр. входив до складу Російського бюро ЦК РСДРП. У квітні 1908 р. був заарештований, а у 1910 р. засланий у Східну Сибір, де пробув до лютого 1917 року.