Le Parti national baloutche subit après 1999 la répression du régime militaire de Pervez Musharraf et son président est arrêté en 2006 sous l’accusation de « terrorisme » dans le contexte du conflit séparatiste baloutche. Dans le même temps, le parti réalise un score modeste aux élections de 2002 puis boycotte les élections législatives de 2008 en opposition au régime. Il se rapproche toutefois ensuite du Parti du peuple pakistanais qui a gagné l'élection, aidant au retour en grâce du parti, dont le chef est libéré la même année. Le parti fait un retour modeste aux élections de 2013, le Parti national également pro-Baloutches le devançant largement.