Al primo anno vince Coppa UEFA, la prima per il Parma, proprio contro la sua ex-squadra con Baggio ancora una volta protagonista: all'andata finisce 1-0 con gol del centrocampista mentre nel ritorno pareggiò di testa l'iniziale vantaggio di Vialli (1-1). Ciò fu sufficiente per alzare al cielo il suo secondo titolo europeo, terzo per il Parma. Rimane sempre titolare sia con Carlo Ancelotti sia con Alberto Malesani. Con quest'ultimo vince per la terza volta, la Coppa UEFA in finale contro i francesi dell'Olympique Marsiglia. Nell'andata dei sedicesimi di finale contro i polacchi del Wisła Cracovia, Baggio viene ferito alla testa da un coltello lanciato da un tifoso che gli causa cinque punti di sutura. A causa di ciò il Wisła fu sospeso dalle coppe europee per un anno. Nello stesso anno conquistò la Coppa Italia in finale contro la Fiorentina e ad agosto la Supercoppa italiana sul Milan campione d'Italia.