Dal 1828 al 1832 Schoolcraft prestò servizio nell'assemblea legislativa del Territorio del Michigan. Nel 1832 viaggiò di nuovo verso la parte superiore del Mississippi per risolvere i frequenti problemi tra i Chippewa ed i Dakota. Stabilì contatti con quanti più capi possibile dei nativi al fine di mantenere la pace. Mise a loro disposizione anche un chirurgo e diede istruzioni per iniziare la vaccinazione degli Indiani contro il vaiolo. Scoprì che il vaiolo era sconosciuto fra i Chippewa prima del ritorno, nel 1750, di un loro gruppo, che recatosi a Montréal per assistere i Francesi contro i Britannici, nella Guerra franco-indiana, aveva avuto contatti con gli Europei sulla costa orientale.