מאז ימי קדם, הוקמה מערכת של קשרים תרבותיים והיסטוריים חזקים בין המדינות, דבר שבא לידי ביטוי בהוראתו של המלך המקדוני אלכסנדר מוקדון לבנות את העיר אלכסנדריה בחופו המזרחי של הים התיכון. המורשת התרבותית העשירה חיזקה את יחסי העמים הללו. נכון להיום קיימים יחסים חמים בין המדינות. קיימת קהילה יוונית משמעותית במצרים, בעיקר באלכסנדריה, שהיא העיר השנייה בגודלה במצרים וגם מקום מושבה של הפטריארכיה היוונית האורתודוקסית של אלכסנדריה. לאחר סיום המהפכה היוונית בשנת 1832 התפתחו בהדרגה יחסי יוון–מצרים, נחתמו מספר הסכמים על שיתופי פעולה בסחר, תיירות, כלכלה והגנה וראשי המדינה נפגשו באופן קבוע. בשנת 2014, יוון הייתה המשקיעה הזרה השישית בגודלה בכלכלה המצרית.