Przez kilka miesięcy w 1918 r. była komisarzem oddziału zwiadowczego przy sztabie 5 Armii, brała udział w działaniach zbrojnych Flotylli Kamsko-Wołżańskiej na froncie wschodnim wojny domowej w Rosji, na Wołdze i Morzu Kaspijskim. Przeszła cały szlak bojowy flotylli, począwszy od operacji kazańskiej we wrześniu 1918 r. Podczas walk, w Niżnym Nowogrodzie, poznała zastępcę komisarza spraw wojskowych i morskich Fiodora Raskolnikowa, który został następnie jej mężem. W grudniu 1918 r. Łarisie Rejsner powierzono obowiązki komisarza sztabu generalnego floty Radzieckiej FSRR. W lipcu 1919 r. wróciła na front wschodni do Flotylli Kamsko-Wołżańskiej, w szeregach której, w oddziale zwiadowczym, brała udział w walkach do lata 1920 r. W 1920 r. brała udział w operacji pod Anzali. Następnie razem z Raskolnikowem wróciła do Piotrogrodu i została komisarzem we Flocie Bałtyckiej.