Esordì in Nazionale il 10 gennaio 1942, nella partita tra Uruguay e valida per il Campeonato Sudamericano de Football 1942: al 37º minuto realizzò anche la sua prima rete internazionale. Per tutta la manifestazione fu l'ala sinistra titolare della selezione "celeste"; tornò in gol alla seconda presenza, nel 7-0 sull', segnando al 1º minuto. Il suo gol del 7 febbraio contro l' risultò capitale: permise difatti all'Uruguay di vincere la partita e, insieme al singolo incontro, anche il trofeo, grazie ai 12 punti ottenuti, contro i 10 dell'Argentina. Zapirain disputò altri due incontri nell'anno solare 1942: uno il 25 maggio contro l'Argentina (Copa Newton) e uno il 12 agosto, sempre contro l'Argentina (Copa Lipton). Aprì il 1943 partecipando alla Copa Héctor Gómez il 28 marzo contro l'Argentina; scese poi in campo il 4 aprile, affrontando nuovamente i rivali bianco-celesti. Nel 1944 giocò un singolo incontro, il 29 gennaio con l'Argentina. Nel 1945 fu nuovamente convocato per il Campeonato Sudamericano, in cui esordì il 24 gennaio contro l'Ecuador. Giocò 4 partite su 6, senza segnare. Chiuse poi l'anno con 2 ulteriori presenze internazionali: una il 18 luglio contro l'Argentina (Copa Lipton), l'altra il 15 agosto, ancora con l'Argentina, per la Copa Newton. Nel 1946 giocò le sue ultime 4 partite in Nazionale, tutte al Campeonato Sudamericano di quell'anno: l'incontro del 2 febbraio 1946 con l'Argentina chiuse la sua carriera nella Nazionale uruguaiana. In un referendum indetto nei primi anni ottanta dal maggiore quotidiano di Montevideo sulla formazione ideale di tutti i tempi dell`Uruguay, Zapirain è stato inserito negli undici, all`ala sinistra.