有文章称，1487年陕西发生的大地震使塔出現裂縫，而後1521年陕西再次发生的地震卻让塔的裂缝重新復原；此后於嘉靖三十四年（1556年），嘉靖大地震再次将塔震裂，此次地震中塔的塔顶被震毁；在嘉靖四十二年（1563年）当地的大地震中，小雁塔的裂缝又再重新復原；清朝康熙三十年（1691年）塔再次出現裂縫，康熙六十年（1721年）时的地震中再次愈合。清朝康熙年间，一口于金代明昌三年（1192年）铸造完成的高3米的大钟被移到荐福寺中，每天清晨，荐福寺中的僧人都会按时撞钟，自此“雁塔晨钟”被列为关中八景之一。