El diputado federal también es conocido por alegar que la dictadura fue una época "gloriosa" de la historia de Brasil. En una carta publicada en el diario Folha de São Paulo se refiere al período militar como "20 años de orden y progreso". El diputado también afirmó, durante una discusión con manifestantes en diciembre de 2008, que "el error de la dictadura fue torturar y no matar". Bolsonaro fue criticado por los medios de comunicación, por políticos y por el Grupo Tortura Nunca Mais, sobre todo después de haber fijado en la puerta de su oficina un cartel que decía a los familiares de los desaparecidos de la dictadura militar que "quien busca hueso es perro". En 1993, apenas ocho años después del retorno de la democracia en el país, dijo que sólo un régimen militar conduciría a un Brasil más "próspero y sostenible". En marzo de 2015, cuando se cumplieron 51 años del golpe de Estado de 1964, Bolsonaro publicó en un blog personal una imagen y un texto que conmemoraba el acontecimiento. El parlamentario alegó que el golpe no pasó de una "intervención democrática", fruto de la "presión popular", y que en 1968 los guerrilleros comenzaron a atacar, usando tácticas de guerrilla aprendidas en China y Cuba.