La guerra empezó a ponerse en contra de los Confederados en 1863; perdió la Batalla de Helena y el Sitio de Vicksburg, el que puso en peligro el control confederado del Río Misisipi. Más tarde ese año, Estados Unidos capturaron Little Rock, obligando al gobierno arkansino a trasladarse a Washington con los archivos estatales. A pesar de controlar la capital, el control unionista sobre el estado era tenue; la guerra de guerrillas devastó el campo y los pueblos por el resto de la guerra. Pandillas guerrilleras robaban de casas y quemaban campos dondequeira que los ejércitos enemigos no fueran presentes.