W 1821 metropolita Agatangel został aresztowany przez Turków i uwięziony jako zakładnik w związku z trwającym powstaniem niepodległościowym Greków. Po czteroletnim uwięzieniu nie wrócił już do Belgradu, lecz objął w sierpniu 1825 katedrę chalcedońską. Rok później objął urząd patriarchy konstantynopolitańskiego, zastępując usuniętego z niego i zesłanego Chryzanta.