Våren 1991 ble det avholdt folkeavstemning om selvstendighet som endte med klart flertall for løsrivelse fra Sovjetunionen. Kuppforsøket i Sovjetunionen i 1991 avgjorde selvstendighetsdagen til 20. august 1991. Egen valuta, krone, ble innført i 1992 og knyttet til tyske mark. De siste tidligere sovjetiske soldatene forlot Estland 31. august 1994. Løsrivelsen fra Sovjetunionen og Russland gikk relativt lett da Sovjetunionen ble oppløst og Russland var svekket. En ny generasjon ledere var til dels unge ubeskrevne fra Sovjet-tiden og dels fra den estiske diasporaen. For eksempel Jüri Luik var bare 26 år gammel da han ble statsråd, mens Toomas Hendrik Ilves var født i Sverige, vokste opp i USA, og arbeidet blant annet i Canada og Tyskland.