Gandhi kuitenkin keskeytti kampanjan kun se äityi väkivaltaiseksi. Amritsarin verilöylyssä brittisotilaiden tulituksessa kuoli 379 henkilöä. Verilöylyn seurauksena Gandhi julisti brittiläisvastaisen boikotin marraskuussa 1919, mutta perui sen pian kun britit tekivät myönnytyksiä, ja suositteli yhteistyötä brittien kanssa. Vuotta myöhemmin hän katkaisi jälleen yhteistyön brittien kanssa, kun kansan tyytymättömyys britteihin kasvoi. Hän halusi kuitenkin yhä, että boikottiliike pysyisi väkivallattomana. Gandhi kiersi Intiaa seitsemän kuukauden ajan ja piti puheita sadoilletuhansille ihmisille. Kun Gandhin lupaamaa itsehallintoa ei kuulunutkaan, monet nationalistit alkoivat puhua avoimesta kapinasta brittihallintoa vastaan. Gandhin vaatimuksesta kongressipuolue sitoutui kannattamaan väkivallatonta kansalaistottelemattomuuskampanjaa eikä ryhtyisi voimatoimiin ilman Gandhin suostumusta. Gandhi järjesti uuden kansalaistottelemattomuuskampanjan helmikuussa 1922, mutta keskeytti sen Chauri Chaurassa tapahtuneiden brittipoliisien surmien jälkeen. Maaliskuussa 1922 Intian varakuningas lordi Reading pidätytti Gandhin, ja hänet tuomittiin kuuden vuoden vankeuteen. Gandhi vapautettiin kaksi vuotta myöhemmin helmikuussa 1924 hänen toivuttuaan hitaasti umpisuolileikkauksesta, koska britit eivät halunneet Gandhin kuolevan vankilassaan. Vankilavuosinaan Gandhi luki 150 teosta uskonnon, kirjallisuuden, yhteiskuntatieteen ja taloustieteen aloilta. Gandhin vankilasta tuli intialaisille pyhiinvaelluksen kohde.