Iunia Secunda und ihr Gatte hatten einen Sohn, der ebenso wie sein Vater Marcus Aemilius Lepidus hieß. Dieser Sohn soll 31 v. Chr. ein Komplott zur Ermordung Octavians, der damals in Griechenland gegen Marcus Antonius kämpfte, angestiftet haben und wurde deshalb nach der Schlacht bei Actium hingerichtet. Seine Mutter Iunia Secunda wurde 30 v. Chr. angeklagt, über die Verschwörung informiert gewesen zu sein. Aufgrund des Einsatzes ihres Gatten Lepidus, der am Mordplan seines Sohnes keinen Anteil gehabt hatte, wurde sie schließlich freigelassen.