Do otwartego konfliktu między oboma Kościołami doszło w czasach wypraw krzyżowych. Traktując miejscowe Kościoły jako heretyckie, krzyżowcy, którym obce były subtelne rozróżnienia teologiczne, bez pardonu wypędzali ze zdobytych przez siebie terenów duchownych prawosławnych, a w ich miejsce wprowadzali kler i liturgię łacińską. Przepaść między prawosławnymi a katolikami wykopało ostatecznie, jak się wydaje, złupienie Konstantynopola (1204 przez IV krucjatę) (potępioną przez Rzym) i utworzenie Cesarstwa Łacińskiego (1204–1261).