Em 1813, foi abolido pela primeira vez em virtude de um decreto de Cortes. Em 1815, foi reconstituída, mas o alvo agora eram as ideias dos Enciclopedistas franceses e textos semelhantes, e a maioria das pessoas acusadas de crimes recebeu apenas liberdade condicional. Com a promoção do maçom José de la Serna ao vice-reinado, que coincidiu com a ascensão da facção nacionalista (enquanto as duas facções se preparavam para lutar entre si na Guerra da Independência do Peru), a Inquisição foi encerrada por vontade própria.