Den byl původně v letech 1993–2000 slaven 29. prosince, tak jak byl ustanoven Druhým výborem Valného shromáždění OSN na připomínku výročí platnosti Smlouvy o biologické rozmanitosti. Dne 20. prosince 2000 bylo však datum oslavy Dne biodiverzity změněno na 22. května, jako připomínka dne podpisu této smlouvy v roce 1992 na Summitu Země, konaném v Rio de Janeiru a také z důvodu zamezení kolize s mnoha jinými svátky, jejichž oslavy se obvykle konají koncem prosince.