בינואר 1896 הוזמן טאונסנד, על ידי פילדמרשל הוריישו קיצ'נר לפקד על הבטליון ה-12 הסודני בחיל המשלוח הבריטי-מצרי ולהשתתף בחלקה השני של המלחמה המהדית שנועד לכבוש מחדש של סודאן לאחר נסיגת הבריטים ממדינה זו ב-1885. טאונסנד הגיע למצרים והשתתף בראש יחידתו בסדרה של קרבות לאורך הנילוס וביניהם קרב פרקה ביוני 1896, קרב עטברה (כ-320 ק"מ מצפון לחרטום) באפריל 1898 וקרב אומדורמאן במבואות חרטום בספטמבר 1898. במהלך הקרבות קידם אותו קיצ'נר לדרגת מייג'ור ואף ציין אותו לשבח מספר פעמים. עם סיום הקרבות וכיבוש חרטום זכה טאונסנד באות השירות המצוין על אומץ ליבו במערכה זו.