Doch aufgrund der Verwicklung von Freunden und Verwandten in den Dekabristenaufstand und der drohenden Repression sah sich der Vater Alexander zu absoluter Loyalität gegenüber dem Zaren Nikolaus I. verpflichtet, was für den Sohn Michail bedeutete, zum Militärdienst geschickt zu werden. Michail Bakunin trat im Alter von 14 Jahren als Kadett in die Artillerieschule St. Petersburg ein und schlug die Offizierslaufbahn ein. Mit dem Militär und den militärischen Umgangsformen war er tief unzufrieden. 1832 wurde er im Alter von 18 Jahren als Leutnant nach Grodno geschickt, wo er kurz nach dem polnischen Aufstand eintraf. Die Brutalität, mit der das russische Reich bei der Niederschlagung vorging, schockierte den jungen Bakunin; sein Abscheu gegen das Militär wuchs. Drei Jahre später meldete er sich krank und verließ das Militär. Dabei war es einflussreichen Verwandten zu verdanken, dass er nicht wegen Desertion festgenommen wurde.