Elita waszyngtońska miała wysokie oczekiwania, po okresie, gdy pierwszą damą była Harriet Lane. Ponadto Lincolnowie byli uważani za prowincjuszy, czemu mieszkańcy stolicy dali znać, gdy zbojkotowali bal inauguracyjny 6 marca 1861 roku. Ponieważ Mary pochodziła z rodziny Toddów, południowców popierających niewolnictwo, była podejrzewana o prokonfederackie sympatie. Wielu jej krewnych i powinowatych walczyło po stronie wojsk Konfederacji, jednak Lincoln zapewnił w Kongresie o lojalności żony wobec Unii. Mary była także często obiektem ataków, z uwagi na jej negatywne opinie o członkach rządu i amerykańskich generałach. Miała zwyczaj wydawać przyjęcia raz w tygodniu, a pół roku od rozpoczęcia kadencji męża, udała się z pierwszą oficjalną wizytą, jako pierwsza dama. Pojechała wówczas do New Jersey, gdzie wizytowała w placówkach publicznych i instytucjach państwowych. Jako żona prezydenta była osobą rozrzutną, co często wpędzało ją w finansowe tarapaty. Pod koniec pierwszej kadencji Lincolna, jej długi sięgały około 30 tysięcy dolarów, co przewyższało roczną pensję prezydenta. W 1862 zmarł syn Lincolnów – Willie, co spowodowało głęboką depresję u pierwszej damy. Miesiąc po reelekcji Abrahama, 14 kwietnia 1865 roku, Mary udała się wraz z nim do teatru na sztukę „Nasz amerykański kuzyn”. Towarzyszyli im Henry Rathbone i Clara Harris. Podczas spektaklu do loży prezydenckiej wszedł aktor John Wilkes Booth i zastrzelił prezydenta. Na ten widok, pierwsza dama straciła przytomność, a gdy się ocknęła czuwała przy umierającym mężu. Jej depresja pogłębiła się do tego stopnia, że nie wzięła udziału w uroczystościach pogrzebowych.