Tras la victoria de Israel sobre las fuerzas árabes en 1948, y debido a una creciente insatisfacción hacia su mandato, Kuwatli fue derrocado por Husni al-Za'im en un golpe de Estado en 1949. Tras un breve periodo de prisión, escapó al exilio a Egipto, en espera de una oportunidad para recuperar su poder. Mientras, una serie de golpes de estado paralizaron la vida política siria. Las siguientes elecciones libres tuvieron lugar en 1955, bajo el auspicio del venerable Hashim al-Atassi, y Kuwatli, como líder del Partido Nacional (heredero del Bloque Nacional), fue elegido presidente de nuevo. Sin embargo, para entonces este cargo había perdido gran parte de su relevancia, y se había vuelto prácticamente ceremonial, por lo que en los años siguientes apenas tuvo influencia en la política siria.