Während des Preußischen Städtekrieges (1454–1466) geriet das Ermland zwischen die Fronten des mit Polen verbündeten aufständischen Preußischen Bundes und des Ordens. Während das Domkapitel sich kurzfristig dem Bund anschloss, stellte sich Bischof Franz Kuhschmalz auf die Seite des Ordens, sein Nachfolger Bischof Paul von Legendorf schloss ganz im Sinne der Souveränität des Bistums 1461 einen Neutralitätsvertrag mit dem Orden ab. Der polnische König Kasimir IV., dem es um die Schwächung des Ordens ging, nutzte diese Konstellation und erkannte seinerseits 1464 die Selbständigkeit des Bistums an. Mit dem 2. Thorner Frieden von 1466, der die Niederlage des Ordens besiegelte, machte der polnische König seine Zusagen wieder rückgängig, und das Bistum sollte der polnischen Herrschaft unterstellt werden.