Al comienzo de la Guerra Civil Strong se volvió teniente en grado y sirvió en el Estado Mayor del General McDowell, entre otros, durante la Primera Batalla de Manassas, Más tarde Strong sirvió en el Estado Mayor del General McClellan. Fue enviado al Oeste y sirvió bajo el General Benjamin Franklin Butler. Participó en una expedición contra Nueva Orleans y como mayor comandó una expedición contra Ponchatoula, Luisiana, el 15 de septiembre de 1862.