Historia muzeum jest nieodłącznie związana z historią miejsca, które stanowi o jego pozycji. Za panowania Mieszka I i Bolesława Chrobrego Ostrów był jednym z głównych ośrodków obronnych i administracyjnych Polski. W części południowej wyspy Mieszko I wzniósł okazałą kamienną budowlę złożoną z kilku części (świątyni, palatium oraz baptysterium ). Jej ruiny w postaci murów miejscami dochodzących do 3 m wysokości widoczne są do dnia dzisiejszego. Kompleks obronny był połączony ze stałym lądem drewnianymi mostami. Pod koniec lat 80. XX wieku w obrębie ruin odsłonięto misy basenów chrzcielnych, co może wskazywać na to, iż właśnie tutaj, na Ostrowie Lednickim w 966 roku miał miejsce chrzest Mieszka I i jego otoczenia.