Nel lungo periodo, le tensioni tra Russia e Austria-Ungheria si intensificarono, così come la questione della nazionalità nei Balcani. Il Congresso era riuscito a mantenere Istanbul nelle mani degli ottomani ed aveva effettivamente rinnegato la vittoria della Russia. Il Congresso di Berlino restituì all'Impero Ottomano i territori che il precedente trattato aveva conferito al Principato di Bulgaria, in particolare alla Macedonia, ponendo così una forte domanda revanscista in Bulgaria che nel 1912 portò alla prima guerra dei Balcani in cui furono sconfitti i turchi e persero quasi tutta l'Europa. Man mano che l'Impero ottomano diminuiva gradualmente in termini di dimensioni, potenza militare e ricchezza, molti musulmani balcanici emigrarono nel territorio rimanente dell'impero nei Balcani o nel cuore dell'Anatolia. I musulmani erano stati la maggioranza in alcune parti dell'Impero ottomano come la Crimea, i Balcani e il Caucaso, nonché una pluralità nella Russia meridionale e anche in alcune parti della Romania. La maggior parte di queste terre furono perse nel tempo dall'impero ottomano tra il XIX e il XX secolo. Nel 1923, solo l'Anatolia e la Tracia orientale rimasero musulmani.