W reprezentacji Austrii Manninger zadebiutował w wieku 22 lat w towarzyskim meczu ze Szwecją w sierpniu 1999. Do 2002 był zmiennikiem Franza Wohlfahrta, od 2002 walczy o miejsce w pierwszym składzie z Jürgenem Macho i Helge Payerem. Został powołany na Mistrzostwa Europy w Piłce Nożnej 2008, gdzie był rezerwowym bramkarzem.