El setge de Malta va suposar un fre a l'apogeu otomà en el Mediterrani i va permetre a l'Europa cristiana, especialment als Habsburg, frenar l'avanç de Solimà cap a l'oest, que havia aixecat el setge a Viena el 1562, i que aquests s'haguessin d'acontentar amb el control d'Hongria. La guerra entre la creu i la mitja lluna continuaria en el Mediterrani sense un resultat clar, si bé després de la victòria de Lepant, semblava que els turcs podien perdre l'hegemonia en el Mediterrani oriental, la qual cosa, però, no va arribar a passar.