1993年3月，骆惠宁任安徽省外经贸委副主任、省外经贸厅副厅长、党组副书记。1995年4月，回到安徽省人民政府办公厅，任副秘书长、办公厅主任。1997年1月，升任安徽省人民政府秘书长、办公厅党组书记（时任省长为回良玉）。1998年2月，转任中共巢湖地委书记。1998年中国水灾爆发危及巢湖地区，时任巢湖地委书记的骆惠宁主持防汛工作，并于5月18日召开汛前备战现场会。同年7月30日、31日，长江大堤惠生段的外护圩（龙塘圩和向阳圩段）先后出现溃堤险情。时任巢湖地委书记骆惠宁与巢湖地区专员周光全等在惠生段大堤现场调动无为县、巢湖市、庐江县、肥东县的4万抢险人员进行连夜筑堤，在几天内37公里的惠生千堤外护圩临江大堤整体全部加高1米，大堤抢修工程保证了整个巢湖地区的民众与耕田安全。