Algunos meses después del nacimiento del heredero, el complot de los aristócratas Whigs —más conocido como la Revolución Gloriosa— estalló. María huye a Francia con su hijo (10 de diciembre de 1688). Los conspiradores habían invitado a la hija mayor de Jacobo, María, con su marido, Guillermo de Orange, a que tomaran el trono. Jacobo logra huir y reunirse con su familia el 23 de diciembre. En el exilio, residieron como huéspedes del rey Luis XIV en el castillo de Saint-Germain-en-Laye.