De jaren die volgden, 2004 en 2005, waren achteraf beschouwd niet Mehdi Baala's beste jaren. Op de Olympische Spelen van 2004 in Athene strandde hij in zijn serie 1500 m als dertiende en laatste, terwijl hij bij de wereldkampioenschappen in 2005 in Helsinki zijn 1500 m-serie dan wel won, maar vervolgens in de halve finale op een achtste plaats bleef steken. Gelukkig haalde hij op de 800 m de finale wel, waarin hij zesde werd in 1.45,31.In 2006 was hij echter weer helemaal terug en verdedigde hij bij de Europese kampioenschappen in Göteborg met succes zijn titel op de 1500 m. Een jaar later beleefde hij een nieuw dieptepunt in zijn carrière, toen bij de wereldkampioenschappen in Osaka in de halve finale van de 1500 m werd gediskwalificeerd, nadat een por met zijn elleboog, uitgedeeld aan een tegenstander, oorzaak was van een valpartij op het laatste rechte eind.