1 januari 1940 befordrades Saalwächter till generalamiral. Tillsammans med admiral Rolf Carls skötte Saalwächter den taktiska ledningen av Operation Weserübung, den tyska invasionen av Norge i april 1940. För detta tilldelades han Riddarkorset av Järnkorset 9 maj 1940. Från sommaren 1940 ledde Saalwächter de tyska ytfartygsoperationerna i Nordatlanten och Engelska kanalen. 1940 inkluderade detta Schnellboot-styrkornas operationer mot brittiska sjötransporter under Slaget om Storbritannien, som stöd till Luftwaffe. 20 september 1942 efterträddes han av Wilhelm Marschall. Han lämnade aktiv tjänst 30 november 1942.