22 вересня 1939 після вторгнення радянських військ на територію Польщі Євстафій Сапєга був заарештований в своєму маєтку під Гродно і поміщений у Луб'янську в'язницю в Москві. Радянський суд засудив його до смертної кари за діяльність проти СРСР. Смертна кара була замінена на 10 років ув'язнення.