Významný zlom v dějinách kláštera způsobily husitské války. Podle některých zpráv byl již v roce 1421 vypálen husity, ale nadále existoval. Teprve v roce 1426 ho před bitvou u Ústí poškodilo míšeňské vojsko natolik, že z něj benediktýnky musely odejít. Právně sice nadále existoval, ale jeptišky natrvalo odešly do pražského kláštera svatého Jiří. Klášterního majetku se zmocnil husitský hejtman Jakoubek z Vřesovic, kterému císař Zikmund roku 1436 celá panství zastavil. Poslední zmínka o klášteru je z roku 1435.