II. Dünya Savaşı'nın bitiminden sonra savaştan önce yaşadığı Rostov-na-Donu'a döndü ve bir opera tiyatrosunda yönetici olarak çalışmaya başladı. Sobibor ölüm kampındaki Yahudilerin toplu cinayeti, Nürnberg Uluslararası Askerî Ceza Mahkemesinde Nazilere önderlik eden suçlamaların bir parçası haline geldi. Nürnberg'deki Uluslararası Mahkeme, Peçerski'yi tanık olarak çağırdı ancak Sovyet yetkileri tanıklık etmek için Almanya'ya seyahat etmesine izin vermedi. 1948'de erkek kardeşi ile birlikte ülke çapında yapılan Batı yanlısı eğilimlerden şüphelenilen Yahudilere düzenlenen Asılsız Kozmopolit kampanyasında kısa süre tutuklu kaldı, daha sonra serbest bırakıldı. Ancak baskı burada bitmedi. Peçerski, İsrail'deki Adolf Eichmann Davası dahil olmak üzere birçok uluslararası davada ifade vermesini engellendi. En son ülkeden ayrılma ve ifade verme iznine muhalefet yaptığı için 1987'de Polonya'da bir mahkemeye çıktı.