1647 wurde Cairnburgh Castle während des Krieges der drei Königreiche kurzzeitig von den Truppen General David Leslies eingenommen. In der darauffolgenden Dekade wurde es von Oliver Cromwells New Model Army angezündet. Der Brand wird für den Verlust einer Reihe von Manuskripten verantwortlich gemacht, die nach dem Gesetz zur Zerstörung der „Monumente der Abgötterei“ 1561 aus Sicherheitsgründen von Iona auf die Burg gebracht worden waren. 1679 widerstand Cairnburgh Castle einem Angriff der Campbells, fiel aber nach einem weiteren 1692.