Senaattorina Clinton toimi yhteensä neljässä senaatin komiteassa. Komiteat olivat asevoimien komitea; ympäristön ja julkisen infrastruktuurin komitea; terveydenhuollon, koulutuksen ja työn komitea sekä erityinen työvoiman ikääntymistä käsittelevä komitea. Syyskuun 11. päivän terroritekojen jälkeen Clinton työskenteli kerätäkseen 21,4 miljardia dollaria iskujen jälkeisten tuhojen hoitoon. Senaattorina Clinton oli Afganistanin sodan voimakas puolustaja, ja vuonna 2002 Clinton äänesti presidentti George W. Bushin aloittaman Irakin sodan puolesta.