זידאן החל לשחק בנבחרת מצרים בשנת 2005. בשנת 2006 זידאן היה אמור להשתתף בגביע אפריקה לאומות 2006, אך טען תחילה כי ויתר עליו מאחר שעליו לסייע למיינץ 05 במאבקי הליגה שלה, כאשר גביע אפריקה נערך בזמן משחקי הליגה. שנתיים אחר כך טען כי סבל מפציעה ולכן לא השתתף באליפות, בה נבחרת מצרים זכתה גם בלעדיו. מאמנו חסן שחאטה אמר אחר כך שלא יזמן יותר את זידאן לעולם לנבחרת, מאחר שהוא לא התייצב כאשר היה צריך אותו. עם זאת, שחאטה נמלך בדעתו בהמשך, ובשנת 2008 זימן את זידאן למשחקי מוקדמות גביע אפריקה לאומות 2008, שם הבקיע זידאן שערים מכריעים, שהעלו את הנבחרת לטורניר עצמו. מצרים זכתה באותו טורניר, כאשר זידאן הבקיע צמד בשלב הבתים בניצחון 4-2 על נבחרת קמרון, אך בגין פציעות לא פתח בהרכב ברוב משחקי הטורניר, בו ניצחה מצרים את קמרון גם בגמר, בתוצאה 1-0. זידאן נכנס בגמר כמחליף בדקה ה-60 במקום עימאד מוטייב.