Die Geschichte des Kirchengebäudes beginnt mit dem Bau des Kastros Anfang des 13. Jahrhunderts. Nach der Eroberung Konstantinopels beim Vierten Kreuzzug wurden die gewonnenen Gebiete des Byzantinischen Reiches unter den Siegern aufgeteilt. Im Jahr 1207 entstand das Herzogtum Archipelagos, auch Herzogtum Naxos genannt, gegründet durch den venezianischen Adligen Marco Sanudo, einen Teilnehmer des Kreuzzugs und Neffen des Dogen Enrico Dandolo. Zur Sicherung des Herzogtums wurde das heute Kastro genannte venezianische Kastell angelegt, möglicherweise auf den Grundmauern einer früher existierenden byzantinischen Befestigung.