ทอง กันทาธรรม ถูกกล่าวหาว่าเป็นกบฎจากรัฐบาลที่มาจากการรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2490 ภายใต้การนำของจอมพล ผิน ชุณหะวัณ และเขาต้องรับโทษจำคุกถึง 3 ครั้ง ครั้งแรกเป็นเวลา 100 วัน ครั้งที่สองเป็นเวลากว่า 2 เดือน และครั้งที่สามเป็นเวลา 20 วัน กระทั่งเกิดเหตุการณ์สังหารรัฐมนตรีที่เคยร่วมงานกับขบวนการเสรีไทย คือ ถวิล อุดล ทองอินทร์ ภูริพัฒน์ จำลอง ดาวเรือง และทองเปลว ชลภูมิ ส่งผลให้นายทอง กันทาธรรม ต้องลี้ภัยไปอยู่ที่เมืองยองห้วย เขตเชียงตุง ประเทศพม่า จนเหตุการณ์คลี่คลายขึ้น นายทอง กันทาธรรม จึงกลับมาสมัครรับเลือกตั้งอีกครั้งหนึ่ง