След Деветоюнския преврат в 1923 година Попстоянов е сред онези дейци на БЗНС, които търсят сътрудничество с Българската комунистическа партия. През септември 1923 година участва в комунистическото въстание и взима участие в установяване на въстаническа власт в Мехомия. След разгрома на въстанието е арестуван и измъчван. На 7 ноември 1923 година е убит от дейци на ВМРО заедно с комуниста от Бачево Георги Манушкин в местността Трите реки.