Zamanla Müslümanlar Çing Hanedanına, özellikle Dungan isyanında (1862-1877) ve Yünnan'daki Panthay isyanında (1856-1873) ayaklandılar. Panthay isyanında 1 milyon kişi öldü, Dungan isyanında birkaç milyon kişi öldü.