В 1990 году в матче против сборной Исландии Хендерсон дебютировал за сборную США. В 1990 году он попал в заявку на участие в чемпионате мира в Италии. В той команде Крис был самым молодым футболистом, ему было 19 лет. Он был запасным футболистом, поэтому не сыграл на турнире ни одного матча. В 1991 году Крис в составе национальной команды выиграл Золотой кубок КОНКАКАФ. В 1992 году Хендерсон выступал на Олимпийских играх в Барселоне. Несмотря на то, что он являлся важным футболистом для сборной США, Крис ни разу не сыграл на чемпионате мира.