Иако Музеј није био отворен за јавност током ратних година, он је наставио са активностима, а рад библиотеке се релативно несметано одвијао. У току рата радила је Дечја библиотека, а за остале кориснике библиотека је отворена почетком 1943. године и радила је све до 1944. када је обуставила рад, због страха да би библиотечка грађа могла бити уништена у савезничком бомбардовању града. Тада је превентивно заједно са другим културним благом које је било у власништву Музеја града Београда, складиштен и библиотечки фонд у трезор Народне банке.