Die ganze Zeit war der tschechische Widerstand der Verfolgung durch die Behörden der Protektoratsmacht, vor allem der Gestapo, ausgesetzt. Es gab mehrere Verhaftungswellen, angefangen mit der sogenannten Aktion Gitter, Aktion Albrecht I., besonders dann an der Jahreswende 1939/1940 (wo vor allem die Gruppen PVVZ, ON und PÚ betroffen wurden), im Frühling 1942 (ON und andere) und 1944 (PÚ und andere). Die stärkste Verhaftungswelle fand nach der sogenannten Operation Anthropoid, dem Attentat auf den Reichsprotektor Heydrich Ende Mai 1942, statt und zog sich bis zum Herbst hin.