Als gevolg van de terugtrekking die veroorzaakt werd doordat aartshertog Karel de veldslagen van Amberg en Würzburg gewonnen had, kreeg Desaix het bevel over de achterhoede van het leger van generaal Moreau, en later over het fort van Kehl. In Italië kwam Desaix in een goed blaadje te staan bij Napoleon Bonaparte. Desaix ging normaal gezien commandant worden van het "Armeé d'Angleterre," maar Napoleon plaatste Desaix over naar het Franse expeditieleger dat naar Egypte ging. In Egypte was het zijn divisie die de aanval van de Mammelukken afsloeg tijdens de Slag bij de Piramiden, door deze overwinning vergrootte hij zijn reputatie.