Merlin fungierte seit Januar 1793 im besetzten Belgien, seit April 1793 in der aufrührerischen Vendée als "„Repräsentant in Mission“" und kehrte im September 1793 nach Paris zurück. Dort erarbeitete er Gesetzesvorlagen, darunter die für das Gesetz über die Verdächtigen. Seine Einwände gegen das Prairial-Gesetz vom 10. Juni 1794 trugen ihm die Feindschaft Robespierres ein. Merlin billigte deswegen den Umsturz vom 9. Thermidor (27. Juli 1794).