Pierwszą osadą, która znajdowała się nad Atlantykiem u ujścia rzeki Wadi Sus, była wspomniana przez Herodota fenicka kolonia Thymiaterium. Współczesne miasto założyli w XV wieku Portugalczycy. W kolejnym stuleciu Agadir został zajęty przez wojska marokańskiej dynastii Sadytów. Nastąpił wówczas gwałtowny rozkwit miasta, chociaż jego znaczenie przyćmiewały porty As-Suwajra i Al-Dżadida. Po II kryzysie marokańskim, w 1911 roku miasto było blokowane przez Niemców. W 1913 miasto znalazło się pod panowaniem francuskim. W roku 1914 po wybudowaniu portu miasto bardzo szybko się rozwijało, gdyż przeładowywano tu eksploatowane w głębi kraju zasoby naturalne. W latach 50. XX wieku miasto znalazło się w niepodległym Maroku. Nocą 29 lutego 1960 roku, w ciągu 15 sekund, zostało prawie doszczętnie zniszczone przez trzęsienie ziemi. Zginęło wtedy około 15 tysięcy osób, a 20 tysięcy straciło dach nad głową. Miasto trzeba było praktycznie w całości odbudować, dlatego też nie ma ono typowo marokańskiego charakteru.