Nach dem deutschen Angriff auf die Sowjetunion wurde er im Juni 1941 zum HSSPF Russland-Süd ernannt. Die seinem Befehl unterstellten SS- und Polizeieinheiten verübten dabei im Rahmen sogenannter „Auskämmungsaktionen“ bald Massenmorde an der jüdischen Bevölkerung der Westukraine. Im Zuge der Einrichtung des Reichskommissariats Ukraine kam es nahe der Stadt Kamenez-Podolsk zum bis dahin größten Massenmord an Juden im Zweiten Weltkrieg, als ihm unterstellte Einheiten zwischen dem 26. und 28. August 1941 23.600 Juden ermordeten. Etwa 14.000 der Opfer waren zuvor aus Ungarn abgeschoben worden, die übrigen stammten aus der Umgebung.