הרס הצי הצרפתי בקרב הנילוס וכישלון הכוחות הצרפתים שנשלחו למצרים העליונה לתפוס את מוראד ביי, זעזעו את אמונם של המצרים בהיות הצרפתים בלתי מנוצחים. כתוצאה משורה של חידושים לא רצויים, היחסים בין הכובשים לנכבשים הלכו ונמתחו מדי יום, עד שלבסוף ב-22 באוקטובר 1798 פרצה התקוממות בקהיר. מטה המרד היה באוניברסיטת אזהר. במרד זה נהרג הגנרל הצרפתי דופוי, סגן מושל קהיר. הצעדים המהירים של בונפרטה, בסיוע הגעתו מאלכסנדריה של הגנרל ז'אן-בטיסט קלבר, דיכאו במהירות את המרידה הזאת; אך דקירת הפרשים הצרפתיים במסגד אזהר היוותה עלבון קשה.