В стране развернулся террор, направленный главным образом против православных сербов, а также евреев и цыган. В результате массовых уничтожений (на территории НГХ существовали концлагеря) во время Второй мировой войны на территории НГХ погибло, по разным оценкам, от 330 000 до 1,2 млн сербов. В книге Бранимира Станоевича «Усташский министр смерти» говорится, что в НГХ в 1941—1945 годах погибло 800 тысяч человек.