Frans efterträdde sin far som regent i de österrikiska arvländerna i mars 1792, och valdes till tysk-romersk kejsare samma år. Hans tillträde betydde en brytning med faderns fredspolitik och med den upplysta reformpolitiken. Frans var borgerligt enkel och from, han avskydde upplysningstidens idéer som fritänkeri. Hans regering kom att allt starkare präglas av politisk reaktion, utbyggd med spionerisystem och censur, något som framför allt hade sin grund i motsättningen till det revolutionära Frankrike. Pedantisk och arbetsam övervakade han alla detaljer i styrandet. Då Frans dock saknade verklig talang för att styra kejsardömet, kom den verkliga politiska makten att ligga i hans medarbetares händer. Frans II hade dock en stor envishet i sitt främsta politiska mål - kriget mot Frankrike.