Al 1933, els nazis van establir un règim totalitari, concentrant l'administració de la província en mans del seu Gauleiter i implementant "Gleichschaltung". La invasió alemanya de Polònia del 1939 es va iniciar en part de terres de Pomerània. Les poblacions jueves i poloneses (les minories de les quals van viure a la regió) van ser classificades com a "subhumanes" per l'estat alemany durant la guerra i sotmeses a repressions, treballs forçat i execucions. Els opositors van ser arrestats i executats. Els jueus que abans del 1940 no havien emigrat van ser deportats a la reserva de Lublin. A més de les incursions aèries realitzades des del 1943, la Segona Guerra Mundial va arribar a la província a principis de 1945 amb l'Ofensiva de la Pomerània Oriental i la Batalla de Berlín, llançades i guanyades per l'Exèrcit Roig. L'evacuació insuficient va deixar a la població sotmesa a l'assassinat, violació i saqueig dels invasors.