Построенный в 1700 году новый костел пострадал во время Северной войны со шведами, его ремонт начался лишь в 1788 году, после длительного периода чумы и голода, однако в 1814 году по распоряжению царских властей он был закрыт и вскоре разрушен. После восстания 1831 года царские власти отобрали и землю костёла, а также уничтожили кладбище на Вильнюсском холме.