W 1660 cerkiew w Żerczycach uległa zniszczeniu wskutek pożaru podczas konfliktu wojennego. W 1662 Izabela Helena Połubińska wzniosła w miejscowości nową świątynię i nadała jej dwie włóki gruntu. Najpewniej była to już świątynia unicka. Na południowym Podlasiu parafie prawosławne przyjęły bowiem unię najpóźniej około połowy XVII w. (wyjątkiem był monaster w Drohiczynie). Świątynia i parafia poniosła znaczne straty materialne w czasie wojny północnej lat 1700–1721 i epidemii, która w tym samym okresie dotknęła Żerczyce. Cerkiew została zniszczona na tyle poważnie, że na jej miejscu zbudowano nowy obiekt sakralny. Jak wskazuje protokół wizytacji kanonicznej z 1726, była to budowla bardzo skromna – drewniana, kryta słomianym dachem i z pojedynczym krzyżem. Nie przetrwały żadne starsze elementy wyposażenia obiektu. W cerkwi znajdował się ikonostas z dwiema ikonami w dolnym rzędzie, malowanymi carskimi wrotami i czterema wizerunkami w górnym rzędzie: dwiema ikonami Chrystusa Zbawiciela oraz postaciami św. Szczepana i św. Mikołaja. Poza tym na wyposażeniu obiektu pozostawały dwa ołtarze boczne z ikonami Zwiastowania i św. Dymitra Sołuńskiego oraz ołtarz główny z cyborium (określonym jako „ubogie”) oraz obrazem Maryi.