19世紀にはフランス帝国によってスペインは征服されてボルボン朝は廃され、ナポレオン・ボナパルトの兄のホセ1世（ジョゼフ）を戴くフランスの傀儡となった。スペイン海軍はフランス海軍とともにフランスの主要な海戦であるトラファルガーの海戦に参加したが、イギリス海軍に対して敗北を喫する結果となった。