Η εικόνα του Μαλατέστα κάηκε δημόσια στη Ρώμη και στη συνέχεια ξεκίνησε μία de facto σταυροφορία εναντίον του, από μία συμμαχία που περιλάμβανε τον πάπα, τον βασιλιά της Νάπολης, τον δούκα του Μιλάνου και τον Φεντερίκο ντα Μοντεφέλτρο. O Σιγισμόνδος νίκησε το πρώτο σώμα των παπικών στρατευμάτων, με επικεφαλής τον Ναπολεόνε Ορσίνι, στις 2 Ιουλίου 1461 στο Καστελεόνε ντι Σουάζα. Το 1462 μπόρεσε να πάρει τη Σενιγκάλλια, αλλά αναγκάστηκε να φύγει στο Φάνο μετά την άφιξη του Φεντερίκο ντα Μοντεφέλτρο. Ο τελευταίος τον ακολούθησε και τον συνέτριψε βαριά στις 12 Αυγούστου 1462 κοντά στη Σενιγκάλλια στο στόμιο του Τσεζάνο. Ο πόλεμος τελείωσε το 1463 λόγω της επέμβασης της Βενετίας, με την απώλεια όλων των εδαφών του Σιγισμόνδου, εκτός από το Ρίμινι και μία περιοχή περίπου 8 χιλιομέτρων γύρω από αυτό: ωστόσο και για τα δύο δεσμεύτηκε να επιστραφούν έπειτα από το τέλος του στο Παπικό Κράτος. Στη συνέχεια αναζήτησε καλύτερη τύχη ως στρατηγός της Βενετίας στον Πόλεμο εναντίον των Οθωμανών, ως διοικητής σώματος στην Πελοπόννησο (1464–1466). Οι Ενετοί του έδωσαν ένα σώμα 150 ανδρών, για να υπερασπιστεί τον Ρίμινι και τα άλλα εδάφη του κατά τη διάρκεια της απουσίας του.