2001 förbjöd den svenska marknadsdomstolen vid vite om 50 miljoner kronor SAS att använda sitt bonusprogram på inrikeslinjer med begynnande konkurrens på grund av bolagets dominerande ställning. Samma år ersatte Jørgen Lindegaard Jan Stenberg som VD, och blev därmed förste dansk som koncernchef. Huvuduppgiften var att implementera den nya expansionsstrategin med Köpenhamn som nav. Men marknaden var på nedgång och den 11 september 2001 inträffade terrorattackerna som fick hela flygmarknaden att kollapsa.