São Paulo se dále proslavilo v 90. letech. V roce 1990 se zprvu nedařilo, vystřídali se tři trenéři a rivalové Corinthians uspěli ve finále národní ligy 1:0 právě na jejich úkor. Ve státní lize dokonce tým obsadil 15. místo, historicky nejhorší výsledek. Změna k lepšímu přišla pod trenérem Telê Santanou – São Paulo dvakrát získalo Pohár osvoboditelů ("Copa Libertadores") – roku 1992 a v roce 1993. V obou letech navíc získalo Interkontinentální pohár, poté co roku 1992 porazilo Barcelonu a roku 1993 AC Milán.