브레즈네프 정권 최초의 위기는 1968년 체코슬로바키아의 서기장 알렉산데르 둡체크에 의한 개혁에 의해 초래되었다. 둡체크는 인간의 얼굴을 한 공산주의라는 기치 아래, 언론의 자유화 등 일련의 개혁을 추진하였다. 이 개혁에 호응해 여러가지 개혁 운동이 전개되었으며, 이 움직임은 음악제의 이름에서 유래된 이른바 프라하의 봄이라고 불렸다. 그는 체코슬로바키아의 개혁 운동이 다른 공산주의 국가에도 파급되어 공산당 체제의 기반이 무너질 것을 염려하였고, 또 소련 블록 전체를 흔드는 위험성으로부터 이를 방관치 못했다. 브레즈네프는 그 해 7월에 둡체크를 수정주의자라고 비판하였으며, 한 달 후인 8월 20일에는 바르샤바 조약 기구군을 투입해 프라하의 봄을 강경 진압하였다.공산주의를 보호한다는 명분 때문에 위성국의 국내 문제에 간섭할 권리가 있다는 주장은 니키타 흐루쇼프가 1956년 헝가리에서 실시한 것처럼 소비에트 연방의 기존 정책을 재성명에 지나지 않았지만, 이 행위는 브레즈네프 독트린 및 제한 주권론으로 알려지게 되었다.