El conflicto de la Guerra Fría entre los Estados Unidos y la Unión Soviética, así como las políticas del Fondo Monetario Internacional (FMI) también jugaron un papel en la inestabilidad. Cuando un país se independizó por primera vez, se esperaba que se alineara con una de las dos superpotencias. Muchos países del norte de África recibieron ayuda militar soviética, mientras que otros en África central y meridional recibieron el apoyo de Estados Unidos, Francia o ambos. La década de 1970 vio una escalada de los conflictos de la Guerra Fría, ya que la nueva Angola independiente y Mozambique se alinearon con la Unión Soviética, y África Occidental y Sudáfrica trataron de contener la influencia soviética apoyando regímenes amistosos o movimientos insurgentes. En Rhodesia, la guerrilla izquierdista apoyada por los soviéticos y los chinos del Frente Patriótico de Zimbabue llevó a cabo una brutal guerra de guerrillas contra el gobierno blanco del país. Hubo una gran hambruna en Etiopía, cuando cientos de miles de personas murieron de hambre. Algunos afirmaron que las políticas económicas marxistas empeoraron la situación. El conflicto militar más devastador en África independiente moderna ha sido la segunda guerra del Congo; este conflicto y sus secuelas han causado la muerte de unos 5,5 millones de personas. Desde 2003 se ha producido un Conflicto de Darfur que se ha convertido en un desastre humanitario. Otro acontecimiento trágico notable es el genocidio ruandés de 1994 en el cual se calcula que 800 000 personas fueron asesinadas. El SIDA en el África poscolonial también ha sido una cuestión frecuente.