カリフォルニアで金が発見されると、コーネリアスは一時的にカリフォルニアを訪れ、1849年にオレゴン準州に帰還している。翌年、フローレンティーン・ウィルクスと結婚し、1864年に彼女が没するまでに6人の子供を儲けた。その内の一人が、後にオレゴン州の政治家となるベンジャミン・P・コーネリアスである。一家はその後、640エーカー（km2）の広さを持つ、供与地請求法により取得したコーネリアス近郊の土地に入植することになる。1855年、アメリカ先住民とのがカスケード山脈の東方で勃発し、ヤキマ族との交戦が繰り広げられた。コーネリアスは再び市民軍に参加した。コーネリアスはとして一隊を先導し、3ヶ月後、が辞職すると、コーネリアスはに選出された。コーネリアスは戦争が終わる1856年まで大佐を務めた。