Am 25. Januar 1988 erreichte eine erste Welle aserbaidschanischer Flüchtlinge aus Armenien die Stadt Sumgait. Ende Februar 1988 kam es zum Pogrom in Sumgait, an dem sich aus Armenien geflohene Aseris maßgeblich beteiligten und bei dem nach offiziellen Angaben 26 Armenier und sechs Aseris, wahrscheinlich jedoch bis zu 200 Menschen ums Leben kamen. So kam es zu einer gegenseitigen Massenflucht aus den beiden Ländern. Am 23. März 1988 lehnte das Präsidium des Obersten Sowjets der UdSSR die Forderungen Bergkarabachs nach Anschluss an Armenien endgültig ab. In Jerewan wurden sowjetische Truppen stationiert. In anderen armenischen Orten kam es zu Angriffen auf Aseris. Im Rajon Ararat wurden am 25. März 1988 vier Aseri-Dörfer niedergebrannt. Am 11. Mai flohen nach gewalttätigen Auseinandersetzungen weitere zahlreiche Aseris aus der Oblast Ararat nach Aserbaidschan. Am 7. Juni 1988 wurden die Aseris aus der Stadt Masis an der armenisch-türkischen Grenze vertrieben, am 20. Juni 1988 aus 5 weiteren Aseri-Dörfern im Rajon Ararat. Eine weitere Flüchtlingswelle von Aseris aus Armenien folgte im November 1988, wobei es auch zu Todesopfern kam. Nach armenischen Angaben starben 25 Aseris, davon 20 in Gugark in der Provinz Lori. Aserbaidschanische Stellen sprachen dagegen von 217 umgekommenen Aseris.