Götze khoác áo Borussia Dortmund từ năm 2001 đến 2013, hai lần vô địch Bundesliga và một lần vô địch DFB-Pokal. Anh đã cùng Dortmund vào đến Chung kết UEFA Champions League 2013, tuy nhiên anh đã bị chấn thương và không thể tham gia trận đấu này. Götze chuyển đến Bayern München trong kì chuyển nhượng mùa hè năm 2013 với giá chuyển nhượng 37 triệu EUR.