Po komunistickém převratu v únoru 1948 se katolická církev a s ní také řeholnice dostaly pod tlak režimu, který začal soustavně usilovat o rozklad církevních struktur prostřednictvím vykonstruovaných obvinění a uměle vytvořených důkazů, majících za cíl zdiskteritovat církev před veřejností a zbavit jí společenské moci a důvěry. V roce 1951 byla v klášteře uskutečněna prohlídka, při které byla zajištěna, ve skutečnosti nastrčená, vysílačka a zbraně zakopané na zahradě kláštera. Vysílačkou měly sestry komunikovat s ostatními řeholnicemi vysídlenými do zahraničí, zbraně měly pak být použity během bojů o pohraničí roku 1938 proti československým vojákům. Witková byla spolu s ostatními sestrami zatčena, odvezena do vazební věznice v Ostravě a donucena k připraveným přiznáním. V rámci připraveného monstrprocesu Witková a kol. konaného ve dnech 25. a 26. února 1952 v Opavě byla spolu s dalšími sestrami a Jindřichem Stuchlíkem obviněna z velezrady a vyzvědačství odsouzena na 15 let do vězení. Internována byla v ostravské věznici.