У 1530 годзе капіталы Антона Фугера схілілі выбаршчыкаў на карысць кандыдатуры Фердынанда Габсбурга на прастол Свяшчэннай Рымскай імперыі. Падчас Шмалькальдэнскай вайны ён як добры каталік імкнуўся падтрымліваць Габсбургаў, але савет Аўгсбурга быў на боку пратэстантаў, і самыя буйныя пратэстанцкія князі, ландграф гесэнскі і курфюрст саксонскі, патрабавалі, каб Фугер дапамагаў сваімі капіталамі ім, пагражаючы ў адваротным выпадку спустошыць яго зямлі. Аўгсбургскі савет заступіўся за Фугера, які дапамог імператару купіць не толькі наймітаў, але і саюзнікаў, тым самым выйграць вайну.