Mais, au moment de l'indépendance de la Moldavie en août 1991, les russophones de la rive gauche du Dniestr n'entendent pas devenir citoyens de ce nouvel état, font sécession, et la ville est à nouveau touchée par des tirs croisés lors de la Guerre du Dniestr en 1992. Depuis cette période, la ville et sa région sont sous contrôle du gouvernement séparatiste de Transnistrie, et la traversée du fleuve est interdite aux habitants, ce qui isole économiquement Dubăsari.