Током Балканских ратова и у периоду непосредно после њих је дошло до исељавања великог броја муслимана са територија које су освојили Балкански савезници. Са територије Косова и Метохији се око 20.000 качака повукло пред војском Краљевине Србије на територију коју обухвата данашња Албанија. Са територије коју обухвата данашња Република Македонија су се, углавном због насиља које су вршили хришћани, хиљаде муслимана повлачиле најчешће у неокупиране делове Османског царства. Извршиоци насиља су били становништво, разне паравојне формације (комити пробугарске ВМРО, грчки арданти, албански качаци, српски четници, муслимански башибозук) а у најмањој мери војске држава учесница Балканских ратова.