Emeryk August był synem ziemianina z Mińszczyzny, prezydenta miasta Mińska Litewskiego, Karola Czapskiego i Marii Leontyny z Pusłowskich. Był wnukiem kolekcjonera Emeryka Hutten-Czapskiego, kuzynem Józefa i Marii Czapskich. W wieku lat siedmiu utracił ojca. Nauki pobierał w internacie Benedyktynów w Ettal w Bawarii i na wydziale prawa uniwersytetu w Petersburgu. W czasie wojny bolszewickiej lat 1919–1921 pracował w Misji Żywnościowej im. Hoovera, potem jako delegat Zarządu Terenów Przyfrontowych i Etapowych przy Dowództwie 4 Armii generała Skierskiego. Traktat ryski (1921) przyniósł utratę większości rodzinnych majątków, które znalazły się na terenie sowieckiej Białorusi i Czapski (w 1922 adoptowany przez bezdzietnego Bogdana Czapskiego) wstąpił do polskiej służby państwowej, działając także w prywatnych organizacjach, m.in. jako: