از جمله کشتارهای این دوره می‌توان به کشتار پوناری نزدیک ویلنیوس در جمهوری شوروی سوسیالیستی لیتوانی اشاره کرد که در آن آینزاتس‌گروپ B و همدستان لیتوانیایی آن‌ها ۷۲٬۰۰۰ یهودی و ۸٬۰۰۰ لیتوانیایی غیریهودی و لهستانی را کشتند. در کشتار کامیانتس-پودیلسکی در جمهوری شوروی سوسیالیستی اوکراین، نزدیک به ۲۴٬۰۰۰ یهودی میان ۲۷ تا ۳۰ اوت ۱۹۴۱ کشته شدند. بزرگترین کشتار اما در دره‌ای موسوم به بابی یار بیرون کی‌یف بود که در آن ۳۳٬۷۷۱ یهودی در روزهای ۲۹ و ۳۰ سپتامبر ۱۹۴۱ کشته شدند. آینزاتس‌گروپ C و گردان‌های پلیس نظم با کمک شبه‌نظامیان اوکراینی دست به این کشتار زدند، و ارتش ششم آلمان نیز در گردهم‌آوردن قربانیان و انتقال ایشان برای شلیک نهایی یاری رساند. در سراسر جنگ نیز آلمانی‌ها به استفاده خود از این دره برای کشتارهای جمعی ادامه دادند و شمار کل کشته‌شدگان در آنجا بالغ بر ۱۰۰٬۰۰۰ نفر می‌شد.