В 2006 году Кек был назначен тренером сборной Словении до 15/16-ти лет. 3 января 2007 года Кек был назначен тренером главной сборной Словении. Он дебютировал на скамье национальной команды в феврале 2007 года в матче с Эстонией, в котором словенцы победили 1:0. Однако затем результаты были неудачными, и команда с 11-ю очками заняла предпоследнее место в отборочной группе к чемпионату Европы 2008, опередив лишь Люксембург. Несмотря на неудачу, Кек продолжил работать с национальной командой, и в отборочной группе к чемпионату мира 2010 Словения заняла 2-е место в группе, лишь на 2 очка отстав от победителя, сборной Словакии. В стыковых матчах Словения переиграла по сумме двух матчей за счёт гостевого гола (1:2; 1:0) Россию, которую Кек считал фаворитом пары, и вышла на ЧМ-2010.