Después de la muerte del almirante Mineichi Koga, Toyoda fue nombrado Comandante en Jefe de la Flota Combinada el 3 de mayo de 1944. En junio del mismo año, redactó e implementó la "Operación A-Gō", que resultó en la decisiva derrota de la Armada Imperial Japonesa bajo el mando del almirante Jisaburō Ozawa en la batalla del Mar de Filipinas. Siguió con la "Operación Sho-Gō", que nuevamente resultó en otra gran derrota en la batalla del Estrecho de Surigao. Toyoda era consciente de que ambos planes eran apuestas importantes, puesto que la flota se estaba quedando sin combustible y otros suministros críticos. Sentía que la ganancia potencial compensaba el riesgo de perder una flota que estaba a punto de ser inútil en cualquier caso. Al final, sin embargo, la agresiva defensiva estratégica de Toyoda no dio resultado. No obstante, Toyoda continuó con la misma estrategia aprobando la "Operación Ten-Gō", que consistía en enviar al acorazado "Yamato" en su misión solo de ida a Okinawa. A pesar de estas derrotas decisivas, Toyoda se mantuvo en su cargo.