La Seconde Guerre mondiale éclate en ; la Yougoslavie est envahie par les puissances de l'Axe un an et demi plus tard, et l'État indépendant de Croatie ( ou NDH) est créé le . L'État fantoche fasciste, le NDH incorpore toute la Bosnie-Herzégovine, presque toute la Croatie et certaines parties de la Serbie. Maglajlić commence immédiatement à organiser la résistance aux autorités de la NDH. En , elle entre officiellement au Parti communiste de Yougoslavie, alors interdit malgré les réticences de son père au sujet de l'attitude de l'organisation envers la religion. Néanmoins, les atrocités de la NDH contre les Bosniaques l'incitent à soutenir le mouvement de résistance. Soupçonnant sa loyauté envers le nouveau régime, les Oustachis forcent le père de Maglajlić à se retirer de son poste de juge de la charia.