Im Kroatisch-bosniakischen Krieg kam es zu den Ereignissen, für die sich Praljak später vor Gericht verantworten musste. So traten am 23. Oktober 1993 nach einem Angriff der bosnischen ARBiH auf die kroatische Enklave im Raum um Vareš HVO-Verbände zu einer Gegenoffensive an. Praljak hatte sich nach Zeugenaussagen mit seinem Stellvertreter General Milivoj Petković und dem Präsidenten der HR HB, Mate Boban, beraten und die Entsendung der Einheit von Ivica Rajić beschlossen. Praljak hatte die Truppen angewiesen, die Situation in Vareš zu klären und „keine Gnade gegenüber irgendjemandem zu zeigen“. Die HVO-Truppen töteten im Zuge der Offensive einige ARBiH-Kämpfer und Bewohner des Dorfes Stupni Do bei Vareš.