Trong hai thập kỷ sau đó, cả Ba Lan và Liên Xô đều không có quan hệ ngoại giao và là kẻ thù. Chính phủ Liên Xô ủng hộ các phe cộng sản nổi loạn như Đảng Cộng sản Ba Lan, Đảng Cộng sản Tây Ukraina và Đảng Cộng sản Tây Belarus, trong khi Bộ Dân ủy Nội vụ đã tiến hành diệt chủng gần 120.000 người Ba Lan và trục xuất nhiều người khác tới Kazakhstan trong những vùng đất bị Nga đánh chiếm. Thế nhưng chính Hiệp ước Xô-Đức bí mật với Đức Quốc xã đã khiến Ba Lan mất độc lập sau các cuộc xâm chiếm Ba Lan bởi chính Nga và Đức. Sau đó, các cuộc đàn áp Ba Lan bởi Liên Xô, trong đó bi thảm nhất là vụ Thảm sát Katyn năm 1940 khi hơn 20.000 sĩ quan và trí thức Ba Lan bị tàn sát bởi NKVD, sau đó là sự chối bỏ trách nhiệm của Nga, trở thành vết nhơ khó tan trong quan hệ Ba Lan-Nga sau này. Vào năm 1944, lực lượng Armia Krajowa phát động cuộc nổi dậy Warszawa với hy vọng sẽ có thể sử dụng các cuộc tấn công về phía Tây của Liên Xô để đánh đuổi quân Đức. Song, Liên Xô bất ngờ ngưng tiến công và ngăn cản các nước thuộc Khối Đồng Minh tìm cách tiếp vận cho quân nổi dậy Ba Lan trong vài tuần, nên đã giúp quân Đức tập hợp lực lượng và vùi dập cuộc nổi dậy đẫm máu, khiến 150-250.000 người chết. Sau Thế chiến II, với kết quả Hội nghị Yalta, Liên Xô chia đôi Đức và đồng thời Iosif Vissarionovich Stalin lên kế hoạch lập ra một nhà nước Cộng sản chư hầu ở Ba Lan, biết tới là Cộng hòa Nhân dân Ba Lan. Ba Lan trở thành một phần thuộc khối cộng sản Đông Âu, và kết quả là nước này trở thành vệ tinh của Nga. Ảnh hưởng Nga suy giảm dần sau khi Stalin chết và sự kiện tháng 11 ở Ba Lan khi Gomulka nắm quyền. Thế nhưng nó chỉ thực sự chấm dứt vào năm 1989 sau khi chính phủ Cộng sản sụp đổ, mặc dù lực lượng phía Bắc không thực sự rời đi cho tới 1993.