Στη συνέχεια βάδισε στην Πολωνία για τη διοίκηση της Γαλλικής Αριστεράς Πτέρυγας, αποτελούμενης από το δικό του Α΄Σώμα και το Δ΄ Σώμα VI του Νε. Οταν έμεινε χωρίς υποστήριξη από την απροσδόκητη κίνηση του Νε προς το Κένιγκσμπεργκ οι Ρώσοι υπό το Λέβιν Αουγκουστ φον Μπένιγκσεν πέρασαν στην επίθεση και προσπάθησαν να καταστρέψουν το απομονωμένο σώμα των Μπερναντότ και Νε. Ο Ναπολέων, όταν έμαθε για τη ρωσική επίθεση, έδωσε εντολή στο Μπερναντότ να υποχωρήσει προς τα δυτικά για να παρασύρει τους Ρώσους προς αυτόν, ώστε ο ίδιος να μπορεί στη συνέχεια να αποκόψει και να περικυκλώσει τους Ρώσους. Ο Μπερναντότ μετακινήθηκε δυτικά σύμφωνα με τις διαταγές, ακολουθούμενος από το Μπένιγκσεν, όπου νίκησε την αριθμητικά ανώτερη ρωσική εμπροσθοφυλακή στο Mόρουνγκεν (25 Ιανουαρίου 1807). Λόγω της σύλληψης ενός αγγελιοφόρου που μετέφερε τις τελευταίες εντολές του Αυτοκράτορα, ο Μπερναντότ δεν ενημερώθηκε για την αλλαγή στρατηγικής για πορεία προς ανατολάς του υπόλοιπου Γαλλικού Στρατού. Κατά συνέπεια το Α΄ Σώμα του Μπερναντότ ήταν πολύ μακριά για να συμμετάσχει στη Μάχη του Άιλαου (7-8 Φεβρουαρίου 1807). Ο Ναπολέων τον επέπληξε για την απουσία του, αλλά αναγνωρίστηκε ότι αυτή δεν οφειλόταν στο Μπερναντότ, αλλά στην αμέλεια του Μπερτιέ να στείλει τον αγγελιοφόρο. Οι Ρώσοι επανέλαβαν την επίθεση εκείνο το καλοκαίρι και ο Μπερναντότ δέχτηκε επίθεση και ηττήθηκε ένα ισχυρό Πρωσικό Σώμα στο Σπάντεν, διατηρώντας το γαλλικό προγεφύρωμα πάνω από τον Πάσλεκα, όπου παραλίγο να χάσει τη ζωή του, όταν μια αδέσποτη σφαίρα τον χτύπησε στο λαιμό. Λόγω αυτού του παρ' ολίγον θανατηφόρου τραύματος ο Μπερναντότ μεταφέρθηκε στα μετόπισθεν και απουσίασε στο υπόλοιπο της Πολωνικής Εκστρατείας.