במהלך מלחמת רוסיה-צרפת שהה נפוליאון עם צבא של 250,000 חיילים בעיר וגרם לה נזק עצום. בין השאר, סוסים שוכנו בתוך בית הכנסת של העיירה. בשנת 1815 בעקבות ההפסד של נפוליאון עברה וילקובישק לשליטה רוסית והייתה לחלק ממחוז אוגוסטובה, ובשנת 1866 הפכה לחלק ממחוז סובאלק. הרוסים הקימו על יד העיר מספר מפעלים גדולים. וילקובישק בשנים אלה הייתה מרכז חשוב לעיבוד זיפי חזירים, ובשנת 1900 הועסקו בענף כ-1,000 עובדים.