Wynikiem rugowania Dakotów z ich ziem i narzucania im obcego stylu życia były konflikty z białą ludnością. Do pierwszego poważnego starcia, w którym zostało zabitych 30 żołnierzy amerykańskich, doszło w 1854 roku w okolicy Fort Laramie w Wyoming. W odwecie 3 września 1855 roku armia amerykańska zaatakowała wioskę Dakotów w Nebrasce, zabijając 100 mężczyzn, kobiet i dzieci. W roku 1862 doszło do krwawego powstania Santee Dakotów wodza Taoyateduta (ang. Little Crow) w Minnesocie. W wyniku powstania zginęło około 80 żołnierzy i 70–100 wojowników. Dakotowie zamordowali także około 700 osadników, w większości kobiet i dzieci. Już po zakończeniu walk, w grudniu 1862 roku, dokonano egzekucji 38 Dakotów oskarżonych o zbrodnie wojenne.