Αμέσως μετά την υπογραφή της συνθηκολόγησης, ο Γιοντλ συνελήφθη και οδηγήθηκε στο στρατόπεδο αιχμαλώτων του Φλένσμπουργκ, όπου και παρέμεινε μέχρι την έναρξη της Δίκης της Νυρεμβέργης. Σε αυτήν κρίθηκε ένοχος για όλες τις εναντίον του κατηγορίες και καταδικάσθηκε σε θάνατο με απαγχονισμό.Μεταξύ άλλων δήλωσε&lt;μου έκανε κατάπληξη όταν άκουγα κατά ποιόν τρόπο οι αξιωματούχοι του κόμματος πλούτιζαν εκμεταλλευόμενοι τις νίκες μας γιά προσωπικό τους όφελος Εκτελέσθηκε στις 16 Οκτωβρίου 1946. Η σορός του αποτεφρώθηκε και οι στάχτες σκορπίσθηκαν στον ποταμό Ίζαρ, για την αποφυγή δημιουργίας ταφικού μνημείου. Η χήρα του (η οποία συμμετείχε στην ομάδα υπεράσπισής του κατά τη δίκη), ωστόσο, σε συνεργασία με άλλα μέλη της οικογένειας, εγκατέστησε κενοτάφιο στο Κίμζεε (Chimsee).