Durante la guerra dei trent'anni, Federico Guglielmo si sforzò di mantenere, con un esercito minimo, un delicato equilibrio tra le forze protestanti e cattoliche che combattevano in tutto il Sacro Romano Impero. Da questi impietosi inizi Federico Guglielmo riuscì a ricostruire i suoi territori devastati dalla guerra. In contrasto con le dispute religiose che hanno sconvolto gli affari interni di altri stati europei, il Brandeburgo-Prussia ha beneficiato della politica di tolleranza religiosa adottata da Federico Guglielmo. Con l'aiuto delle sovvenzioni francesi, costruì un esercito per difendere il paese. Nella Seconda Guerra del Nord, fu costretto ad accettare il vassallaggio svedese per il Ducato di Prussia secondo i termini del trattato di Königsberg, ma con il progredire della guerra riuscì a ottenere piena sovranità per il ducato prussiano nei trattati di Labiau, Wehlau, Bromberg e Oliva, lasciando l'imperatore del Sacro Romano Impero come suo unico privilegio per le sue proprietà imperiali.