L'Armata d'Italia, sempre al comando del giovane ma capace viceré Eugenio, tornò a svolgere un ruolo bellico di rilievo durante la guerra della quinta coalizione; nel marzo 1809, organizzata in due corpi d'armata, era costituita da nove divisioni, sei francesi e tre italiane, con oltre 70.000 soldati e 132 cannoni. Inizialmente il viceré Eugenio fu colto di sorpresa; le truppe dell'Armata d'Italia non erano ancora concentrate e l'esercito austriaco dell'arciduca Giovanni prese l'offensiva attraverso la conca di Caporetto e la valle del fiume Natisone. I francesi e gli italiani furono sconfitti nella battaglia di Sacile e dovettero abbandonare il Veneto e presero posizione dietro il Mincio, ma la situazione prestò cambiò grazie alle vittorie di Napoleone in Baviera; l'esercito austriaco ricevette ordine di ripiegare e, diviso in due masse, si ritirò attraverso il Semmering e su Marburgo e Graz, inseguito dall'Armata d'Italia che avanzò organizzata in due gruppi separati al comando del viceré e del generale Étienne Macdonald.