Одна из самых драматичных страниц в истории Уфы той эпохи связана с событиями Крестьянской войны 1773—1775 годов. Как писал , первый историограф Пугачёвского восстания, осенью 1773 года, сподвижник Пугачёва, яицкий казак Иван «Чика» Зарубин «остановился в селе Чесноковка, в десяти верстах от Уфы, взбунтовал окрестные деревни, большею частью башкирские, и отрезал город от всякого сообщения». Вторым командующим повстанческими войсками под Уфой был башкирский предводитель Каскын Самаров. Количество повстанцев достигало пятнадцати тысяч человек, число защищающихся едва превышало тысячу. В городе не хватало продовольствия, фуража для скота, топлива. Восставшие дважды подступали к стенам Уфы, но взять её так и не смогли. Весной 1774 года из Казани на помощь осаждённым выступили регулярные войска под командованием подполковника И. И. Михельсона. Окрестности Уфы превратились в арену ожесточённых сражений. 24 марта хорошо вооружённые правительственные войска сломили отчаянное сопротивление повстанцев.