In die oorlog was hy aanvanklik kommandant van die Zeerust-kommando, en later generaal van die Rustenburgse en Marico-burgers. By die Beleg van Mafeking was hy onder bevel van generaal Piet Cronje, maar is met voorgenoemde se vertrek op 18 November 1899 in bevel oor die beleg gestel. Snyman kon egter geen welslae behaal nie. Weens sy besluiteloosheid en swak toepassing van dissipline, is baie van sy manskappe doodgeskiet, gewond of gevange geneem.