В 1853 г. произведённый в подполковники, Попов 6 декабря 1854 г. назначен был командующим Углицкого полка, с которым принимал участие в защите Севастополя. Ещё до назначения своего командующим полком он отличился 24 октября 1854 г. в Инкерманском сражении, за что и был награждён орденом св. Владимира 4-й степени с мечами и бантом.