Im Frühjahr 2006 marschierten 500 Rebellenkämpfer der Front für den Wandel (FUC) in die Hauptstadt N'Djamena ein. Während internationale Zeitungskommentatoren schon das Ende des Déby-Regimes beschworen, zeigte sich, dass die tschadische Armee die Rebellen erwartet und in eine Falle gelockt hatte. Im Tschad stationierte Jets der französischen Luftwaffe hatten für die Regierung die Luftaufklärung besorgt. Die anfangs erfolgreiche, auf beiden Seiten von hohen Verlusten begleitete Offensive der Regierungsarmee gegen zwei Rebellenbewegungen Ende 2007 leitete Déby angeblich persönlich. Anfang Februar 2008 drangen die vom Sudan aufgerüsteten Rebellen erneut in die Hauptstadt ein, die sie fast komplett einnahmen, nachdem sie den Verteidigungsring der Regierungstruppen durchbrochen hatten. Déby saß in seinem Präsidentenpalast fest, lehnte aber das Angebot Frankreichs ab, ihn auszufliegen, mit der Begründung, er leite die Verteidigung. Dank des Einsatzes von Kampfhubschraubern und dank libyscher Munitionslieferungen konnten die Rebellen aus der Hauptstadt vertrieben werden und der Bürgerkrieg 2010 beendet werden.