El 20 de junio de 2018, fue confirmado como nuevo entrenador del CA Osasuna. A pesar de un mal arranque de temporada, el equipo fue de menos a más y se situó en las primeras posiciones al inicio de la segunda vuelta de la Liga. El 5 de marzo de 2019, el club navarro hizo oficial su renovación por una temporada más. El 20 de mayo de 2019, el conjunto rojillo logró el ascenso a Primera División. El 19 de noviembre de 2019, tras situar al equipo en 10º puesto después de 13 jornadas de Liga, renovó su contrato con el club hasta 2022.