MEK tuki aluksi vuoden 1979 Iranin vallankumousta, jonka yhteydessä sen johtajat vapautuivat vankeudesta ja palasivat politiikkaan. MEK kuitenkin kääntyi pian ajatollah Khomeinin johtamaa uutta islamilaista hallintoa vastaan. Khomeinin hallinto tukahdutti MEK:n julkisen toiminnan Iranissa sen järjestettyä suuria joukkomielenosoituksia vuonna 1981. Järjestö vastasi Iranin valtiojohtoon kohdistetuilla pommi-iskuilla, joissa kuolivat muun muassa ylituomari ajatollah Beheshti, Iranin presidentti Mohammad Ali Rajai ja pääministeri Mohammad Javad Bahonar.