W 1544 roku Flacius objął katedrę języka hebrajskiego, w 1545 roku ożenił się, tegoż roku lub w roku następnym uzyskał tytuł magistra. Wykładał Stary Testament, Listy Pawła i filozofię Arystotelesa. Jego działalność przerwał wybuch I wojny szmalkaldzkiej. W 1547 roku schronił się w Brunszwiku, gdzie zarabiał na życie nauczaniem, jednak po kulku miesiącach powrócił do Wittenbergi. Po ogłoszeniu Interim augsburskiego w 1548 roku, elektor saski Maurycy Wettyn zaprosił go do dyskusji z teologami i stanami, która zaowocowała sformułowaniem Interim lipskiego. Wtedy to Flacius, ortodoksyjny luteranin, sprzeciwił się ustępstwom Melanchtona i jego zwolenników. Jego pozycja w Wittenberdze stała się niewygodna. Po krótkim pobycie w Hamburgu, Flacius udał się do Magdeburga, gdzie obowiązywała wciąż swoboda publikacji.