Ján si bol vedomý, že Osmanov, ktorých moc v Európe bola v tom období už značná, bez pomoci neporazí. Obrátil sa preto so žiadosťou o pomoc na Západ, kde jednal s pápežom Eugenom IV. o cirkevnej únii. Keďže takýto krok musel byť z hľadiska Východu uskutočnený koncilom, zúčastnili sa Byzantínci v roku 1439 koncilu vo Florencii, kde bola uzavretá dohoda o únii (pozri: Cirkevná únia z Florentského koncilu). Dohoda znamenala početné ústupky voči požiadavkám Západu, čo v Konštantínopole vyvolalo značné rozhorčenie. Výsledkom koncilových jednaní bola križiacka výprava vedená uhorským magnátom Jánom Huňadim a poľským kráľom Vladislavom. Križiaci však boli v roku 1444 pri Varne porazení a Byzancia sa dostala do značného ohrozenia. Únia sa do praxe nepreviedla a sultán s vojskami v odvetnej akcii vtrhol do Grécka. Po bitke na Korintskej šiji v roku 1446 musela Osmanom platiť tribút aj byzantská Morea.