Boris Ruge ist der Sohn der Gräfin Fredeke von der Schulenburg und des Journalisten Gerd Ruge und Bruder der Verlegerin Elisabeth Ruge. Sein Großvater mütterlicherseits war der Widerstandskämpfer des 20. Juli 1944 Fritz-Dietlof von der Schulenburg. Aufgrund der Tätigkeit des Vaters beim ARD-Auslandsstudio in Washington, D.C. verbrachte er die ersten Jahre ihres Lebens in den Vereinigten Staaten. Um 1970 kehrte die Familie zurück nach Deutschland (Bad Godesberg). Da der Vater viel auf Reisen war, gingen Boris Ruge und seine Schwester auf das Internat der Odenwaldschule in Hessen. Nach dem Abitur und der Ableistung des Wehrdienstes bei der Luftwaffe begann er 1983 ein Studium der Geschichte an der Universität zu Köln, das er zwischen 1985 und 1988 an der University of North Carolina at Chapel Hill und am Bologna-Zentrum der Paul H. Nitze School of Advanced International Studies der Johns Hopkins University fortsetzte. Daneben absolvierte er dort auch ein Studium der Politikwissenschaften.