Como consequência dessas opiniões, Barebone foi preso em 25 de novembro de 1661 e acusado de traição juntamente com James Harrington e Samuel Moyer. Ficou preso na Torre de Londres. Foi libertado em 27 de julho de 1662, após uma petição de sua esposa alegando sua doença. Em 1666, sua residência foi um dos edifícios mais a oeste a serem engolidos pelo Grande incêndio de Londres. Barebone morreu no final de 1679 e foi enterrado em 5 de janeiro de 1680 na paróquia de St. Andrew Holborn.