1966 fuhr Amon lediglich ein Rennen für Cooper, bevor er von 1967 bis 1969 bei Ferrari unter Vertrag stand. Nach den tödlichen Unfällen von Lorenzo Bandini und Ludovico Scarfiotti sowie der schweren Verletzung von Mike Parkes ruhten die Erwartungen und der Erfolgsdruck des gesamten Teams auf seinen Schultern. Amon rechtfertigte seinen Vertrag mit einigen guten Ergebnissen. So wurde er beim Großen Preis von Großbritannien 1968 von Joseph Siffert nur knapp geschlagen und stand in den drei Jahren weitere fünfmal auf dem Podest.