В Балканските войни (1912 – 1913) генерал Бойович е началник на щаба на 1-ва армия, който участва успешно в боевете на Куманово, Битоля (през Първата балканска война) и Брегалница (през Междусъюзническата война). Участва в мирните преговори с Турция, проведени в Лондон през 1913 г. като военен експерт в сръбската правителствена делегация.