ISI була створена у 1948 році з метою укріплення обміну воєнною інформацією між трьома галузям збройних сил Пакистану після індо-пакистанської війни 1947 року, котра виявила недоліки у зборі розвідувальних даних і координації між пакистанською армією, ВПС і ВМС.