Al-Turabi ontkende elke betrokkenheid bij islamitische militante activiteiten van de Beweging voor Rechtvaardigheid en Gelijkheid, die in Darfur plaatsvonden, maar door sommigen wordt dit betwijfeld. Op 12 mei 2008 werd hij gearresteerd naar aanleiding van een mislukte inval door rebellen van de Beweging voor Rechtvaardigheid en Gelijkheid op 10 mei 2008.