În 1989, în timpul „Revoluției Cântate”, într-o cunoscută demonstrație pentru independență, denumită Lanțul Baltic, s-a format un lanț uman de peste două milioane de persoane, prin Lituania, Letonia și Estonia. Toate cele trei țări au avut experiențe similare ale ocupației sovietice și aspirații similare pentru redobândirea independenței. Declarația Suveranității Estoniei a fost emisă la 16 noiembrie 1988 iar independența a fost declarată oficial la 20 august 1991, reconstituind statul dinainte de 1940, în contextul tentativei de lovitură de stat militară de la Moscova. Uniunea Sovietică a recunoscut independența Estoniei la 6 septembrie 1991. Prima țară care a recunoscut diplomatic independența Estoniei a fost Islanda. Ultimele trupe rusești de ocupație au părăsit țara la 31 august 1994.