In 1927 werd Tsimanampetsotsa tijdens de Franse overheersing opgericht als een natuurreservaat, een zogenaamd "Réserve Naturelle Intégrale", met een oppervlakte van 175 km². Net als de andere reservaten in die tijd viel het direct onder het toezicht van het Muséum national d'histoire naturelle. Dit museum heeft onderzoek verricht in het park, waardoor men voor het eerst inzicht kreeg in de unieke natuur van het gebied. In 1966 werd het reservaat uitgebreid naar 430 km² en in 2001 kreeg Tsimanampetsotsa de status van nationaal park. Daarnaast staat het gebied sinds 1998 op de Ramsarlijst van beschermde draslanden.