Während des Nürnberger Hauptkriegsverbrecherprozesses wurde Schäfer am 13. August 1946 als Zeuge insbesondere zu den Übergriffen der SA-Wachmannschaften vernommen, die er leugnete. Anfang Februar 1948 kam er in Untersuchungshaft, aus der er Ende März 1949 in Oldenburg entlassen wurde. Schäfer wurde wegen Vergehen in den Konzentrationslagern 1950 zu vier Jahren und nach einem weiteren Prozess 1953 zu zweieinhalb Jahren Haft verurteilt. In diesem Zusammenhang spielten auch belastende Aussagen des ehemaligen Häftlings der Emslandlager Adolf Rögner eine Rolle, der später auch den Frankfurter Auschwitzprozess ins Rollen brachte. Dessen Aussagen wurden durch andere Zeugen aber nur bedingt bestätigt. In der Urteilsbegründung des Landesgerichtes Osnabrück wurde folgendes ausgeführt: