Après sa carrière Formule 1, Boutsen exerça encore ses talents de pilote en endurance pour Peugeot ( aux 24 Heures du Mans 1993), Porsche ( aux 24 Heures du Mans 1994 et en 1996) et Toyota. Il met un terme à sa carrière à la suite d'un terrible accident, survenu à près de 300 km/h lors des 24 Heures du Mans 1999, au volant d'une Toyota GT-One, une semaine après lors d'une course à Mosport.