Suharton kauden jälkeen demokratia on vahvistunut, ja Indonesiassa järjestettiin vuonna 2004 ensimmäinen suora presidentinvaali. Megawatin kansansuosio ei ollut riittävä demokraattisten vaalien voittamiseen, vaan presidentiksi nousi entinen armeijan kenraali Susilo Bambang Yudhoyono. Hänen kautensa alussa Indonesian poliittiset olot alkoivat vakiintua. Acehin konfliktissa päästiin vuonna 2005 sopuun, kun Acehin itsenäisyys­liike ja Indonesian hallitus sopivat Helsingissä tehdyllä sopimuksella vihamielisyyksien lopettamisesta. Martti Ahtisaaren johtamien neuvottelujen tuloksena Acehille myönnettiin laaja autonomia.