После смерти Богдана Хмельницкого претендовал на гетманскую булаву. В гетманство Ивана Выговского был посланником к турецкому султану и находился с гетманом во время Конотопской битвы. После смерти Хмельницкого Жданович стал на сторону Ивана Выговского, который высоко ценил его услуги. Так, например, Выговский предполагал послать его вместе с Павлом Тетерей (в июне 1658 г.) на Виленскую комиссию, которая должна была собраться для решения вопроса о предоставлении польской короны Алексею Михайловичу. По низложении Выговского, Жданович остался ему верен и ушёл в Польшу. В статьях Юрия Хмельницкого (январь 1659 г.) о нём говорится, как об одном из главных "советников" Выговского; в этих статьях было постановлено под страхом смертной казни тем "которые были в совете с изменником Ивашком Виговским, по век живота в раде войсковой и в секретной и в уряде ни в каком не быть". Последний раз Жданович упоминается в начале 1660 года.