En 1878, toujours sous l’Empire, il fut élu député général pour la Bahia ; ayant pu ensuite renouveler son mandat, il lui fut donné de présider, conjointement avec un autre député, l’ultime session parlementaire de l’Empire, avant qu’il ne fût mis fin brutalement au régime impérial par le coup d’État républicain de . Mais auparavant, sous l’Empire, César Zama avait rejoint les rangs des abolitionnistes et des républicains et se montra l’un des députés les plus actifs, se signalant par sa présence d’esprit et son sens de la repartie lors des divers grands débats qui agitaient alors le pays — ainsi p.ex., lorsque le patron minier Valadares, interpellé par Zama à propos de la loi dite "des sexagénaires", tenta de réfuter les arguments de Zama en faveur de l’abolition en lui rétorquant : « Votre Excellence est médecin, et donc parle sous le point de vue juridique de la médecine », Zama répliqua : « Non. Je parle sous le point de vue juridique du Christ, qui prêchait que tous les hommes sont égaux, et comme quelqu’un qui ne tient pas un de ses semblables en esclavage. »