En marzo de 1939, después de producirse simultáneamente una Sublevación quintacolumnista en Cartagena y el Golpe de Casado contra el Gobierno Negrín, el nuevo Consejo Nacional de Defensa nombró a Pérez Salas comandante de la Base naval de Cartagena. Entre el 8 y el 9 de marzo llegó a la ciudad y se hizo cargo de su nuevo mando, después de que la 206.ª Brigada Mixta hubiera recuperado el control de la ciudad. Durante las siguientes semanas vino un periodo de espera del final de la guerra que ya se preveía. El 29 de marzo sale de Cartagena el petrolero "Campilo", y con él van a bordo numerosos refugiados que huyen de las posibles represalias franquistas. Pérez Salas acude a los muelles a despedirse de algunos conocidos y rechaza las invitaciones que se le hacen de subir a bordo. Al día siguiente el Ejército franquista ocupó la ciudad y Pérez Salas fue detenido en su domicilio.