Isla Perejil har troligen alltid saknat fast befolkning. Den 21 augusti 1415 erövrades ön (tillsammans med Ceuta) av Portugal under kung Johan, Portugals överhöghet erkändes 4 sep 1479 (Alcáçovasfördraget). Efter unionen med Spanien övergick området den 18 juli 1580 till spansk överhöghet. Under den portugisiska frigörelsen övertog Spanien området 1 december 1640 och vid Freden i Lissabon den 13 februari 1668 efter Portugisiska restaurationskriget kvarstod ön (och Ceuta) under Spanien.