Al-Aqsa es la mezquita más grande de Jerusalén; puede albergar a 5000 personas dentro y alrededor de la mezquita. Se encuentra muy cerca de otros lugares de enorme relevancia religiosa para el judaísmo y el cristianismo, como el Monte del Templo, considerado el lugar más sagrado para los judíos. Parte del muro exterior que rodea a la Explanada de las Mezquitas es el Muro de las Lamentaciones, venerado por los judíos por tratarse de los restos de la muralla exterior que protegía el Templo de Salomón. Por este motivo, la Mezquita de al-Aqsa en concreto y la Explanada de las Mezquitas en general son «puntos calientes» del conflicto palestino-israelí. Por ejemplo, es escenario de frecuentes enfrentamientos entre los fieles musulmanes y la policía israelí, entre los fieles musulmanes y los visitantes judíos al recinto, o entre estos mismos fieles musulmanes y los fieles judíos que oran en el Muro de las Lamentaciones, a los que en ocasiones arrojan piedras. La visita del líder de la oposición israelí Ariel Sharon a la Explanada de las Mezquitas en el año 2000 fue entendida como una provocación por los palestinos y desencadenó la Segunda Intifada, conocida también como la Intifada de Al-Aqsa. Las Brigadas de los Mártires de Al-Aqsa, el brazo armado del partido palestino Fatah, tomaron su nombre de esta mezquita.