בשנת 1998 הועלה לדרגת סא"ל ומונה למפקד גדוד רותם, ושימש בתפקיד עד שנת 2000. בהמשך שירת כראש ענף חי"ר במל"י בין השנים 2000–2001. לאחר מכן מונה למפקד יחידת שלדג, ושימש בתפקיד בין השנים 2001–2003. במהלך תפקידו הוביל את היחידה בפעילות מבצעית כנגד הטרור הפלסטיני באינתיפאדה השנייה ביהודה ושומרון, בין היתר במבצע "שירת הברבור" בו היחידה יחד עם הימ"מ והשב"כ הרגו ארבעה מבכירי הזרוע הצבאית של החמאס בשכם.