Die Zwangsaushebung von Rekruten für die Bayerische Armee führte schließlich zum Aufstand, der am 9. April 1809 in der Tiroler Hauptstadt Innsbruck begann. Wird der Aufstand bis heute meist als Freiheitskampf gegen bayerische und französische Fremdherrschaft und deren Kirchenkampf und Rekrutierungspraxis verstanden, zeigte dieser jedoch auch reaktionäre, antiaufklärerische Züge. So hatte sich Haspinger, ein Kapuzinerpater, der von der bayerischen Besatzung auch für Tirol eingeführten Pockenimpfung widersetzt, mit der Begründung, dadurch solle Tiroler Seelen „bayerisches Denken“ eingeimpft werden; und Hofer verbot nach dem ersten Sieg alle „Bälle und Feste“ und befahl per Erlass, dass „Frauenzimmer“ nicht mehr „ihre Brust und Armfleisch zu wenig und mit durchsichtigen Hadern bedecken“ durften. Wirtshäuser sollten während des Gottesdienstes geschlossen bleiben. Auch kam es unmittelbar nach der ersten Schlacht auf dem Bergisel zu gewalttätigen Ausschreitungen gegen die jüdische Bevölkerung Innsbrucks von Seiten der Aufständischen.