Wybuch Powstania Warszawskiego i realizowana przez AK Akcja Burza spowodowały całkowitą dezorganizację struktur NIE i utratę łączności z terenami na wschód od linii frontu. Większość oficerów oddelegowanych do NIE wzięła udział w powstaniu, tym samym dekonspirując się i po kapitulacji musiała pójść do niewoli niemieckiej. Po upadku powstania gen. Okulicki powierzył gen. Fieldorfowi odbudowanie od podstaw struktur NIE.