Несмотря на безоблачную политику и усилия по примирению, прогресс осложнялся северокорейскими ракетными испытаниями в 1993, 1998, 2006, 2009, 2013 и в 2016 году. 27 мая 2009 года КНДР заявила, что перемирие на Корейском полуострове будет недействительно в случае полноценного участия Южной Кореи в ИБОР. Ситуацию ухудшила история с гибелью южнокорейского военного корабля «Чхонан» в марте 2010 года. В мае 2010 года Ли Мён Бак заявил, что Сеул будет прекращать всю торговлю с Северной Кореей в рамках мероприятий, направленных на ответный удар по Северной Корее, дипломатически и финансово, за исключением совместных промышленного региона Кэсон и гуманитарной помощи. Северная Корея изначально угрожала разорвать все связи, чтобы полностью аннулировать предыдущий пакт о ненападении и ограничить доступ южных корейцев к промышленному региону Кэсон, но отказалась от своих угроз и решила не прерывать свои связи с Южной Кореей. После этого наблюдался спад в работе промышленного региона Кэсон, но 16 сентября 2013 года, после длительных и напряжённых переговоров между КНДР и РК, стороны возобновили работу совместного комплекса.