Durante la guerra civil (1936-39), Seno no fue bombardeado, a diferencia de la mayoría de poblaciones de la zona, por lo que su población no sufrió directamente los rigores de la guerra. La Iglesia fue convertida en almacén de la colectividad por el comité antifascista y gran parte de su contenido quemado, salvándose, como se ha dicho, la campana principal de la torre. En 1938 se estableció un reducto republicano en el "cabezo" sobre el pueblo a más de 1000 msnm de altitud, en el que se construyeron numerosas trincheras y fortificaciones. El 25 de marzo de este año, en el contexto de la tercera fase de la Batalla de Aragón en la que Franco dividió en dos la España republicana llegando con sus tropas hasta Vinaroz, el Tabor de Céuta ocupó la localidad de Seno, expulsando definitivamente a las tropas gubernamentales de su reducto en la montaña.