Током првих година турске власти, скадарски санџакбегови су настојали да учврсти непосредну турску власт у вилајету Црнојевића, али уз знатне потешкоће због нарастајућег турско-млетачког супарништва, усљед чега је 1499. године дошло до званичног избијања млетачко-турског рата (1499—1503). Већ у то вријеме постало је очигледно да међу покореним становништвом постоји тежња ка сарадњи са Млечанима у циљу ослобођења од турске власти. Ради сузбијања млетачког утицаја и учвршћивања сопствене власти, султан је 1513. године донио одлуку о издвајању дотадашњег вилајета Црнојевића из састава Скадарског санџака, након чега је на том ростору створен посебан санџак Црна Гора. За првог (и јединог) санџакбега постављен је Скендер Црнојевић, најмлађи брат посљедњег зетског господара Ђурђа Црнојевића. У исто вријеме, озваничен је и другачији начин прикупања пореза, тако да је становништво од куће и баштине плаћало филурију, која је износила 55 акчи. Од тога је 33 припадало султану, 20 спахији, а две акче сакупљачу пореза. Пошто спахија није било, приход који је требало да се исплаћује њима, уступан је санџак-бегу. Након смрти Скендера Црнојевића око 1530. године, укинут је санџак Црна Гора, а на његовом подручју створен је вилајет Црна Гора, који се налазио у саставу Скадарског санџака.