Berikutan Revolusi Bunga Teluki tahun 1974, Portugal mula melepaskan jajahan miliknya antaranya Timor Portugis (kini Timor Leste) yang banyak diperhatikan Australia sejak penglibatannya dalam kegiatan perang bersama orang tempatan sana sewaktu Perang Dunia Kedua. Pada September 1974, Whitlam bertemu Presiden Suharto di mana beliau dipercayai atau disangka telah memberikan sokongannya terhadap aneksasi Timor Portugis oleh Indonesia atas sebab negara tersebut boleh menstabilkan keadaan di sana terutamanya daripada pergerakan FRETILIN dianggap memihak kepada golongan Komunis; Whitlam pula sendiri menyatakan yang beliau sebenarnya menggesa Suharto menghormati kehendak warga Timor Timur menentukan nasib sendiri. Sungguhpun begitu, Indonesia tetap menyerang Timor Leste pada Disember 1975 dan kemudiannya menduduki kawasan itu sehingga suatu pungutan suara mendapatkan kemerdekaan kawasan tersebut pada tahun 1999.