Вновь в Красную Армию Ф. Н. Прудченков был призван 27 октября 1941 года. В боях с немецко-фашистскими захватчиками младший лейтенант Ф. Н. Прудченков с 6 декабря 1941 года на Юго-Западном фронте в должности командира стрелкового взвода 498-го стрелкового полка 132-й стрелковой дивизии 13-й армии. Боевое крещение принял под Ельцом в ходе Елецкой операции. 24 декабря 1941 года дивизия, в которой служил Ф. Н. Прудников, была передана вновь образованному Брянскому фронту и заняла оборонительные позиции под Ливнами, которые удерживала до января 1943 года. В ноябре 1942 года Фёдор Николаевич был ранен, но к началу Воронежско-Касторненской операции уже был в строю. Перед началом наступления он получил звание лейтенанта и принял под командование 7-ю стрелковую роту 3-го стрелкового батальона 498-го стрелкового полка. 26 января 1943 года при прорыве обороны противника на высоте 211,2 лейтенант Прудченков со своей ротой первым ворвался в траншеи врага. Огнём из личного оружия Фёдор Николаевич в бою лично уничтожил до 70 вражеских солдат и офицеров. Во время наступления дивизии в направлении Касторная рота Ф. Н. Прудченкова действовала в авангарде своего полка. 29 января в районе деревни Куликовка Воловского района Курской области рота Прудченкова сломила ожесточённое сопротивление противника, отразив 18 яростных контратак, и обеспечила быстрое продвижение вперёд основных сил полка. После завершения операции 132-я стрелковая дивизия была придана 60-й армии и принимала участие в Харьковской операции. Лейтенант Ф. Н. Прудченков в составе своего подразделения освобождал город Щигры. В марте 1943 года дивизия вернулась в состав 13-й армии и заняла оборону на Центральном фронте на северном фасе Курской дуги. Перед началом Курской битвы дивизия была подчинена 70-й армии, а Фёдор Николаевич принял под командование 2-й стрелковый батальон 605-го стрелкового полка.