Foi neste período que a Guiné Equatorial viveu seu auge no futebol, ao disputar 2 edições da Copa das Nações Africanas: em 2012, ficando em sétimo lugar, e 2015, desta vez como sede única - inicialmente, o Marrocos era o país anfitrião, mas desistiu em decorrência do surto do vírus Ebola que atingiu a África Ocidental. Nesta última, a "Nzalang" ficou na quarta posição, apesar de ter sido beneficiada por erros de arbitragem em seus jogos, tendo inclusive um pênalti irregular a seu favor contra a Tunísia, que contestou as decisões do árbitro mauriciano Rajindraparsad Seechurn. Chegou inclusive a ficar em 49º lugar no ranking da FIFA, porém a punição imposta devido à escalação irregular do atacante Emilio Nsue na partida contra Cabo Verde pelas eliminatórias africanas da Copa de 2014 e os protestos de outras equipes pela mesma situação relegaram a Guiné Equatorial ao 143º posto - a pior posição é a 195ª, obtida em dezembro de 1998.