В начале Второй мировой войны британские власти сместили аль-Хусейни с поста муфтия. Он бежал, но продолжал руководить арабским восстанием из Дамаска и Бейрута. В 1940 г. аль-Хусейни отправился в Ирак, где принял участие в прогерманском антибританском перевороте Рашида аль-Гайлани в 1941 г. После подавления переворота англичанами он жил в Италии, а затем в нацистской Германии, где он получал от её правительства 50 000 марок в месяц.