В 1940 году был призван в ряды Советской Армии и проучившись в Курской Военной Академии ушел на войну. Фаррух Юсубов был активным участником Великой Отечественной Войны. Рота под его командованием сыграла решающую роль в боях за Сталинград. Ф.Юсубов в качестве командира роты и в звании майора прошел всю войну, принимал участие в освобождении Варшавы, Софии, Будапешта и других городов, активное участие в взятии Берлина. За проявленные мужество и героизм Ф.Юсубов был дважды награждён орденом «Отчественной Войны первой степени», орденом «Красная Звезды», медалями за освобождение Сталинграда, Варшавы, Будапешта, Софии, Праги, взятие Берлина и другими орденами и медалями. За военные заслуги Ф.Юсубов был так же награждён боевым пистолетом за личной подписью Иосифа Сталина.