Felszabadításakor a maga 180 centijéhez képest mindössze 45 kilogrammot nyomott. Amint erőre kapott, elkezdett az amerikai hadsereg számára dokumentumokat gyűjteni a Nürnbergi perekhez. Ő és 30 társa 1947-ben megalapították a Zsidó Dokumentációs Központot Linzben, a jövőbeli hasonló perekhez összegyűjtött információk kezelésére, feldolgozására és tárolására. Ahogy az Egyesült Államok és a Szovjetunió érdekei csökkentek a háborús bűnös perek indításában a csoport feloszlott, Wiesenthal szabadidejében foglalkozott tovább az adatgyűjtéssel, míg munkájával a második világháború áldozatait segítette.