Aan het einde van de jaren 30 kwam Visschers sympathie voor nazi-Duitsland duidelijk naar voren. Visscher vatte sympathie op voor Hitler en het nationaalsocialisme, hoewel hij het antireligieuze karakter van deze ideologie verwierp. Na de Duitse inval trad hij vanwege zijn pro-Duitse sympathieën in oktober 1940 af als redacteur van het "Gereformeerd Weekblad". In 1941 trad hij toe tot de Nederlandsche Kultuurraad en twee jaar later werd hij ir. A.A. Musserts officiële adviseur voor schoolzaken en eredienst. In 1943 verscheen zijn laatste werk: "Ondergang van de Republiek der Vereenigde Nederlanden" waarin hij aansluiting van Nederland bij Duitsland bepleitte.