I 1988 kom han første gang til Viborg HK, for å trene damelaget, som nettopp hadde rykket opp i den øverste serien. Med spillere som Anja Andersen og Wilbeks senere kone Susanne Munk Lauritsen bet laget seg fast og vant i 1991 for første gang medaljer, denne gangen sølv. Wilbek ble deretter hentet av det danske håndballforbundet til å trene damelandslaget, som få år tidligere var på nippet til å bli lagt ned. Imidlertid hadde gode resultater med ungdomslandslaget, som Wilbek også var trener for ved siden av arbeidet i Viborg HK, fått forbundet til å gi seniorlaget en ny sjanse, og med Wilbek som trener ga det en hurtig gevinst. Han fikk etablert en grunnstamme med spillere som Anja Andersen, Janne Kolling, Anette Hoffmann og Susanne Munk Lauritsen, som første gang for alvor viste seg på den internasjonale scene ved å vinne sølv under VM i Norge 1993. Allerede året etter ble det gull under EM i Tyskland. Deretter ble det flere suksesser, med gull under OL i Atlanta som et høydepunkt.