Carlsens eneste OL-turnering var i 1996, der hun ble mest husket for å ha fått et rødt kort i semifinalen mot USA. Carlsens siste internasjonale mesterskap var EM året etter. Etter dette mesterskapet kuttet Carlsen ut landslaget for å satse på Nikko, noe som medførte cupseier og tre seriemesterskap. I pausen mellom sesongene var Agnete Carlsen på gjesteopptreden i Kolbotn og Athene Moss. Carlsen spilte for Nikko til de i 1999 ble et halvprofesjonelt lag grunnet begrensninger i forholdt til utlendinger i serien, og Agnete Carlsen og de andre nordmennene måtte dra tilbake til Norge. Carlsen la opp som følge av dette. Hun har siden ikke hatt noen aktiv karriere assosiert med fotball.