Друго следствие от атаките е войната в Афганистан, започнала на 7 октомври 2001 г. като военна операция на коалиция от държави, водени от САЩ и НАТО, срещу режима на талибаните в Афганистан. През 2003 САЩ участват в коалицията, която нахлува в Ирак под предлога, че Саддам Хюсеин има запаси от оръжие за масово поразяване. Войните в Ирак и Афганистан продължават много години и дават повод да се говори за нова американска империя. Към 2011 г. повечето американски войници напускат Ирак и военните действия са прекратени официално на 18 декември 2011.