A raíz de la crisis nuclear de Fukushima en el 2011, la combinación de diseño y ubicación de Metsamor ha sido propuesta para que sea nominada como una de las plantas nucleares más peligrosas del mundo. La central de Metsamor es hoy día uno de los muy pocos reactores nucleares que quedan de su tipo construidos sin las muy indispensables estructuras de contención primaria. Sin embargo, la OIEA ha encontrado que la planta cuenta con la seguridad adecuada y puede funcionar más allá de su vida útil de diseño. Autoridades de Armenia y expertos nucleares también han descartado la posibilidad de una repetición de accidentes como el de Chernóbil o el de Fukushima en dicha central, citando numerosas mejoras de seguridad, tras las cuales la planta ha recibido su recertificación de operación internacional, todo ello en el marco de las obras de adaptación para la reinicialización de uno de sus reactores en 1995.