בתחילת מאי 1940 הורו השלטונות הצרפתיים לרבים מהזרים שחיו בשטחי צרפת להתייצב לגירוש או למעצר. ארנדט, שנחשבה לנתינת ארץ אויב, הועברה תחילה למקום בקרבת פריז, ואחר כך הוחזקה עד יולי 1940 במחנה המעצר גירס (Gurs) שבדרום צרפת, בו נעצרו על ידי משטר וישי יהודים שאינם צרפתים, בדרכם לגירוש לפי תוכנית מדגסקר. לאחר חמישה שבועות במחנה המעצר הצליחה להימלט ביחד עם אחרים, כשהם מנצלים את דילול מצבת שומרי הוורמאכט במחנה בשל פלישת הגרמנים לפריז והתקדמותם לדרום צרפת.