La BRT también tenía grandes desventajas, ya que ambas líneas de Queens habían sido construidas con especificaciones de la IRT. Esto significa que los pasajeros de la IRT podrían ir directo a todos los destinos de Manhattan, mientras que los pasajeros de la BRT tendrían que bajarse en Queensborough Plaza. Esto empezó a tener importancia cuando el servicio ue extendido por la Feria Mundial de Nueva York de 1939, dándole ventajas a la IRT, ya que ofrecían viajes directos y expresos desde Manhattan, y la BRT no. Esto prácticamente duró mientras continuó la IRT era propietaria municipal de las líneas, que duró hasta 1949. Ambas compañías compartirían los ingresos de este servicio companies. Para facilitar este arreglo, se tuvo que construir plataformas más largas a lo largo de las rutas de Queens, para separar las cabinas de cobro y áreas de abordajes. Esto prácticamente se convirtió en una pesadilla ya que no funcionaba de la manera que ellos querían, así que eventualmente se pudo arreglar con un nuevo plan. La legacía de esta construcción fue que la IRT operaría 11 vagones en esta línea, y cuando la BMT obtuvo la propietaría de la línea Astoria, no fue necesario hacer grandes cambios para poder acomodar las unidades de 10 vagones de la BMT.