Après le 13 vendémiaire, à la veille de la séparation de la Convention, il s'oppose vigoureusement à Tallien qui propose de casser les élections et de reporter l'instauration de la nouvelle constitution. Il déclare: "Je serai la barre contre laquelle viendront se briser tous les complots des factieux quels qu'ils soient." Il gagne ainsi son surnom de "Thibaudeau-barre de fer."