El área de estudio se ubica al norte de la Zona de Falla del Polochic la cual es sísmica y tectónicamente activa. Información generada por el INSIVUMEH, indica que al sur del área de estudio se han producido sismos con epicentros relacionados con dicha falla, y otros localizados al noreste y suroeste, relacionados con fallas secundarias con orientación al noreste. Un sismo de menor magnitud (4.1 en la escala de Richter) registrado cerca de la zona de estudio, ocurrió en el año 2006, con epicentro en la junta de fallas del Chixoy-Polochic y la falla del Río Blanco. El más sensible hasta la fecha fue el ocurrido el 14 de junio de 2009 con magnitud (4.8 escala Richter) alarmando a las poblaciones vecinas y registrándose daños leves en la Iglesia Parroquial y la Estación de Bomberos Voluntarios. La laguna contiene un registro de estructuración de los sedimentos causadas por sacudidas sísmicas más amplias, luego del seísmo de magnitud 7.8 del 4 de febrero de 1978 a lo largo de la falla de Motagua, así como de seísmos grandes (magnitud superior a 7) a lo largo de la falla de Chixoy-Polochic en el pasado milenario. Las orillas pantanosas de la laguna son vulnerables al desbordamiento de la laguna durante terremotos. Ondas grandes pueden ser generadas bajo el efecto de la resonancia sísmica natural del cuerpo de agua (ondas seiche), y por deslizamientos de tierra causados por sismo dentro de la laguna (ondas de tsunami).