Durante la época colonial y parte de los primeros años tras la independencia, fue muy utilizado por los pobladores del Valle Central, ante la ausencia de un puerto en el Caribe, como medio de acceso al mar Caribe, a través de la desembocadura del río San Juan, donde se hallaba el puerto de San Juan del Norte. También fue utilizado por piratas ingleses y zambos mosquitos para penetrar en el interior del país y realizar saqueos en algunas poblaciones. La navegación sobre el Sarapiquí tuvo gran relevancia durante la Campaña Nacional de 1856-1857, dado que las condiciones geográficas hicieron que el Sarapiquí cobrara importancia estratégica para ambos bandos, como la escenificó la batalla de Sardinal del 10 de abril de 1856. Por esta batalla, el río Sarapiquí ostenta el título de monumento nacional.