Altres dificultats van sorgir quan el parlament de l'imperi, l'Assemblea General, va ser inaugurat el 1826. Pere I, juntament amb un percentatge significatiu dels seus membres, van defensar un sistema judicial independent, un legislatiu triat pel poble i un govern liderat per l'emperador, qui detindria amplis poders executius i diverses prerrogatives. Un altre sector del Parlament van defensar una estructura semblant, però amb un paper menys influent del monarca i amb el poder legislatiu exercint el poder polític i de govern. La lluita sobre si el govern seria dominat per l'emperador o pel parlament va ser travada en debats entre 1826 i 1831, durant l'establiment de l'estructura governamental i política de l'imperi. Al no aconseguir lidar amb problemes tant al Brasil com a Portugal simultàniament, l'emperador va abdicar en el seu fill, D. Pere II, el 7 d'abril de 1831 i, immediatament, va embarcar cap a Europa per a reinstaurar la seva filla al tron portuguès.