מיד לאחר טורניר הקופה המאכזב, החל טורניר מוקדמות מונדיאל 2002. אגינגה, ששותף וכשל עם נבחרתו בטורנירי המוקדמות ב-1990, 1994 ו-1998, הוביל את הנבחרת להעפלה היסטורית למונדיאל 2002, הראשון בתולדותיה. הוא פתח את הטורניר עם שער בשני משחקיה הראשונים של אקוודור, ובסך הכול רשם 13 הופעות מתוך ה-18 של נבחרתו בטורניר. אגינגה היה לאחד משחקניה החשובים והבולטים של אקוודור, ועל אף שהיה בשלהי הקריירה זכה להוביל את נבחרתו כקפטן לגביע העולם. בתווך רשם שתי הופעות בטורניר קופה אמריקה 2001, בו שוב לא זכתה הנבחרת להצלחה. עם זאת, כחצי שנה לפני המונדיאל הוכיח אגינגה את כושרו, כשכבש צמד בניצחונה של אקוודור 2-0 על בגביע הזהב 2002.