Depuis 1640, le Portugal mène une guerre contre l'Espagne pour obtenir son indépendance après une union dynastique de entre les deux couronnes. Le Portugal est soutenu par la France, mais le traité des Pyrénées de 1659 met un terme à cette alliance. Au moment de la restauration de , la reine Louise de Portugal, qui joue le rôle de régente, ouvre des négociations avec l'Angleterre qui débouchent sur une alliance. Le , un traité de mariage est signé et en , Charles épouse Catherine de Bragance dans la paroisse de St. Thomas près de Portsmouth. La dot de Catherine comprend les territoires de Tanger et des sept îles de Bombay qui passent sous contrôle britannique — les sept îles joueront un rôle important dans le développement de l'Empire britannique en Inde. La même année, prend la décision impopulaire de vendre Dunkerque à son cousin germain pour environ . Bien qu'il constitue un important avant-poste stratégique, ce port est un fardeau pour les finances limitées de Charles, coûtant au Trésor chaque année.