Nel 1527, con il Sacco della Roma di Clemente VII i Medici dovettero nuovamente allontanarsi da Firenze, che proclamò la Repubblica e riaccolese i fuorusciti anti-medicei. Anche Brucioli tornò a Firenze dove però si affermarono al governo cittadino i seguaci del Savonarola, che ora perseguivano una politica filo-imperiale e anti-francese. Brucioli, che pubblicò nel 1528 una nuova edizione dei "Dialogi" dedicata al comandante delle truppe fiorentine Ercole d'Este, iniziò a polemizzare con i "piagnoni" e i domenicani di San Marco che, a suo avviso, mettevano in pericolo la sopravvivenza della Repubblica.