Главна линија породице Гонзага је нестала 1627. године, па је град почео да назадује под новим владарима. Избио је Рат за наслеђе Мантове, па је 1630. године царска војска од 36.000 плаћеника опседала град. При томе су донели и кугу, а Мантова се после тога никад није опоравила. За време Рата за шпанско наслеђе у Мантови је владао неспособан војвода Фердинанд. Кад је био поражен побегао је у Венецију са 1.000 слика. Када је умро 1708. године његова фамилија је заувек изгубила Мантову, а Матова долази у посед Хабзбурговаца. Под аустријском влашћу Мантова се опорављала, па су током тога периода изграђени краљевска академија наука и уметности и бројне палате.