Některé letouny GR7 byly vybaveny vylepšenými motory Rolls-Royce Pegasus Mk 107 a byly posléze přeznačeny na GR7A. Tyto Harriery měly lepší vlastnosti při startu a přistání z hlediska větší užitečné nosnosti. Aby bylo možné z letounů řídit laserem naváděné pumy, měly od roku 1998 Harriery II k dispozici kontejnery s laserovými značkovači TIALD, avšak bylo jich málo a byly často nedostupné pro výcvik pilotů. V reakci obtíže s komunikací letounů NATO během války v Kosovu byly letouny GR7 v roce 1999 vybaveny šifrovaným komunikačním zařízením.