Godoy continuò come primo ministro una politica neutrale della Spagna nei confronti della Repubblica Francese. Nel 1793 fallì il suo tentativo di salvare re Luigi XVI dalla ghigliottina. La protesta della Spagna contro l'esecuzione di Luigi e la sua adesione alla prima alleanza con altri stati europei in funzione antifrancese, portò alla Guerra dei Pirenei. Le armate francesi tentarono di avanzare in Spagna da nord (distretti baschi) e da est (Catalogna). Nel luglio del 1795 Godoy negoziò la Pace di Basilea con la Francia, nella quale la frontiera spagnola venne restaurata nei suoi precedenti confini, ma la sua porzione dell'isola americana di Hispaniola venne ceduta ai francesi. Anche se Godoy venne criticato per il trattato, egli ricevette dopo la conclusione dei negoziati il titolo di "Principe della Pace" ("Principe de la Paz") con "Grandeza". Nell'agosto del 1796 Godoy negoziò e siglò il Secondo Trattato di San Ildefonso con la Francia, che richiedeva alla Spagna di dichiarare guerra alla Gran Bretagna. Questo trattato pose il Portogallo, alleato della Spagna, in una posizione difficile in quanto questi era già alleato proprio della Gran Bretagna.