La sua carriera italiana proseguì nel , con il quale nella stagione 1998-1999 vinse la Coppa Italia e la Coppa UEFA. Nel 1999 fu acquistato dalla Lazio per 60 miliardi di lire. In maglia biancoceleste Verón disputò le sue migliori stagioni italiane, riuscendo nel breve spazio di due stagioni (1999-2000 e 2000-2001) a conquistare una Supercoppa UEFA, una Coppa Italia, una Supercoppa italiana e soprattutto uno scudetto, al termine di un'avvincente lotta con la Juventus nel campionato 1999-2000. Nel tabellino realizzativo della prima stagione laziale figurarono 8 gol, tra cui quello che consentì alla Lazio di battere la Roma per 2-1 nel derby del 25 marzo 2000.