Nach dem Überfall auf die Sowjetunion leitete Erlen von Januar 1942 bis März 1944 die Gestapo-Abteilung der Außenstelle Wilna beim Kommandeur der Sicherheitspolizei und des SD Karl Jäger; Erlen selbst gab später an, er habe dort die kriminalpolizeiliche Abteilung geleitet. Erlen war in Wilna am Massaker von Ponary beteiligt. Er befehligte mindestens dreimal eine Sicherungstruppe, die während der Massenerschießungen von Juden durch litauische Hilfspolizei die Exekutionsstätte absicherte. 1943 wurde er zum SS-Hauptsturmführer befördert, dem höchsten Rang den er bei der Schutzstaffel erhielt. Im Frühjahr 1944 wurde er nach Kattowitz versetzt, wo er bis zum Heranrücken der Roten Armee die dortige Kriminalpolizeileitstelle leitete.