A prematura morte de seu irmão mais velho Francisco Febus, em 1483, tornou-a na rainha de Navarra, sob a regência de sua mãe, Madalena. Seu tio João de Foix, segundo na ordem de sucessão, amparando-se na Lei Sálica, disputou-lhe o trono entre 1483 e 1492, desencadeando-se a Guerra Civil de Navarra entre beaumonteses e agramonteses.