Neben seiner kirchlichen Tätigkeit engagierte sich John Clifford unter anderem im Kampf gegen den Burenkrieg. Er gehörte zum "South Africa Conciliation Committee" und wandte sich vehement gegen die ungerechte Behandlung der schwarzen Bevölkerung Südafrikas. Bekannt wurde Clifford auch aufgrund seiner Gegnerschaft zum sogenannten "Education Act" von 1902.