1939 wurde Stavenhagen aufgrund des Deutsch-Sowjetischen Grenz- und Freundschaftsvertrages ausgesiedelt. Von 1940 bis 1941 lehrte er als Professor der Philosophie an der Universität Königsberg. Bald stellte sich heraus, dass er in die Neuausrichtung des Philosophischen Seminares im Sinne des NS-Staates nicht passte; er galt als „Hinterwäldler der Ethik“. Ihm wurde vorgeworfen, über „Heimat“, „Nation“ und „Volk“ zu schreiben und zu sprechen, ohne die „Grundgegebenheit der Rasse“ aufzunehmen. 1941 wechselte Stavenhagen an die Reichsuniversität Posen, wo er einer der wenigen Professoren war, die nicht der NSDAP angehörten. Qua Amtes war er Mitglied im von Rudolf Hippius geleiteten Arbeitskreis „Eignungsforschung“ der Reichsstiftung für deutsche Ostforschung. Doch er machte als Hochschullehrer keine Konzessionen an die NS-Ideologie.