Bouckenooghe jest reprezentantem Nowej Zelandii. W drużynie narodowej zadebiutował w 1998 roku. W 1999 roku został powołany do kadry na Puchar Konfederacji. Zagrał na nim we wszystkich trzech meczach swojej reprezentacji, która odpadła z turnieju po fazie grupowej. W 2000 roku był uczestnikiem Pucharu Narodów Oceanii. 19 czerwca 2000 w meczu fazy grupowej tego turnieju z Tahiti (4:1) strzelił pierwszego gola w drużynie narodowej. Na tamtym Pucharze Narodów Oceanii Nowa Zelandia zajęła 2. miejsce, po porażce w jego finale 0:2 z Australią. W 2002 roku Bouckenooghe wraz z kadrą wygrał rozgrywki Pucharu Narodów Oceanii. W 2003 roku wystąpił w dwóch meczach Pucharu Konfederacji, z którego Nowa Zelandia odpadła po fazie grupowej.