W swojej karierze Flávio wywalczył także Puchar Konfederacji w 1997 roku. Wystąpił w tym turnieju 2 lata później, ale tym razem Brazylia przegrała w finale 3:4 z Meksykiem. Dwukrotnie brał udział w rozgrywkach o Złoty Puchar CONCACAF: w 1996 roku zajął 2. miejsce, a w 1998 – 3. Ogółem w reprezentacji Brazylii Conceição zagrał w 45 meczach i zdobył 4 gole.