Este objetivo se complicó en gran medida por el surgimiento de nuevas fuerzas políticas. Durante la guerra, el Hukbalahap (Ejército Popular), que tenía fuertes lazos con el Partido Comunista de Filipinas (PKP), luchó contra la ocupación japonesa de Filipinas y ganó una gran popularidad entre muchos sectores de la clase trabajadora y el campesinado filipinos. En 1946, el PKP participó en elecciones como parte de la Alianza Democrática. Sin embargo, con el inicio de la Guerra Fría, su creciente fuerza política provocó una reacción del gobierno gobernante y de los Estados Unidos, lo que resultó en la represión del PKP y sus organizaciones asociadas. En 1948, el PKP comenzó a organizar una lucha armada contra el gobierno y continuó con la presencia militar estadounidense. En 1950, el PKP creó el Ejército Popular de Liberación (Hukbong Mapagpalaya ng Bayan), que movilizó a miles de tropas en todas las islas. La insurgencia duró hasta 1956, cuando el PKP renunció a la lucha armada.