Podczas jego rządów, Peru przystąpiło 14 stycznia 1866 do wojny z Hiszpanią, toczonej przez Chile i doszło do skutecznej obrony portu Callao 2 maja 1866. Jego ówczesny rząd nazywany był "rządem talentów". Prado rządy sprawował do 7 stycznia 1868, kiedy to został zmuszony przez Kongres do rezygnacji na rzecz Pedro Diez Censeco.