Sodan jälkeen Glézos työskenteli Kreikan kommunistisen puolueen äänenkannattajan "Rizospastiksen" toimittajana, ja hänet nimitettiin 1947 päätoimittajaksi, mutta sisällissodan aikana viranomaiset lakkauttivat lehden. Glézos pidätettiin elokuussa 1948, ja hän sai kuolemantuomion. Sitä ei kuitenkaan kansainvälisen vastustuksen vuoksi pantu täytäntöön vaan muutettiin vuonna 1950 elinkautiseksi vankeudeksi. Seuraavana vuonna hänet valittiin vankeudesta huolimatta parlamenttiin EDA-puolueen jäsenenä. Glézos vapautettiin vuonna 1954 ja vangittiin uudelleen neljän vuoden kuluttua. Tällä kertaa häntä syytettiin vakoilusta Neuvostoliiton hyväksi, mikä oli tuohon aikaan yleinen vasemmistolaisiin kohdistettu syyte. Glézoksen koti- ja ulkomaisten tukijoiden painostuksen vuoksi hänet vapautettiin vuonna 1962. Vuotta aikaisemmin Glézos oli jälleen vankilatuomion aikana valittu maan parlamenttiin. Seuraavan kerran hänet vangittiin huhtikuussa 1967 tapahtuneen sotilasvallankaappauksen yhteydessä neljän vuoden ajaksi. Yhteensä Glézos oli vuosien 1948 ja 1971 välillä vankeudessa tai karkotettuna lähes 16 vuotta, joista hän vietti vankilassa noin 12 vuotta.