Mimo to zakon co jakiś czas organizował łupieżcze wypady na tereny Warmii i Mazur, jednak już bez większych rezultatów. Od 1501 wielcy mistrzowie krzyżaccy odmawiali składania hołdu lennego władcom Polski, co stało się powodem wojny polsko-krzyżackiej 1519–1521. Po przegranej wojnie, zmuszony przez koneksje rodzinne oraz dla zachowania pokoju wewnętrznego, wielki mistrz zakonu Albrecht Hohenzollern przeszedł na luteranizm, co położyło kres istnieniu państwa zakonnego. Państwo zarządzane przez Albrechta, mimo że wciąż dość silne militarnie, znalazło się w próżni politycznej, co wykorzystał król polski Zygmunt I Stary i zmusił Albrechta do hołdu lennego w 1525, jako wieczystego lennika Królestwa Polskiego.