Nader fait ses débuts en équipe nationale A le , dans un match face à la Jordanie, qui se termine sur le score de 1-1. Il reste le gardien titulaire de l'équipe égyptienne jusqu'au , son irrégularité en club lui coûtant sa place en sélection au profit de son rival Essam al-Hadary. Il joue à 110 reprises pour l'équipe d'Égypte, avec laquelle il remporte la CAN 1998 au Burkina Faso. C'est son seul titre majeur avec la sélection nationale. Lors de ce tournoi, il est élu meilleur gardien de la compétition. Il reçoit à nouveau ce titre deux ans plus tard, devenant le premier gardien à l'obtenir deux fois de suite. Ici encore, c'est son rival al-Hadary qui battra cette performance, en étant élu meilleur gardien de la CAN trois années de suite en 2006, 2008 et 2010.