Указом Владе Републике Србије 25. марта 2003. године, ЈСО је расформиран због сумње да је један део јединице био умешан у атентат на премијера Србије др Зорана Ђинђића, што је касније на суђењу и доказано. Многи њени чланови су након атентата оптужени за најтежа криминална дела, убиства, отмице, разбојништва, а неки од њих су и осуђени.