Seine Karriere in deutschen Auswahlmannschaften begann für Michael Bakos im Jahr 1996, als er an der Junioren-Europameisterschaft teilnahm. Es folgte 1997 eine weitere Teilnahme sowie die Teilnahme an den Junioren-Weltmeisterschaften 1997, 1998 und 1999. Sein erstes Turnier für die A-Nationalmannschaft bestritt der Verteidiger 2005 bei den Welttitelkämpfen, wo er jedoch mit dem deutschen Team abstieg. Ein Jahr später schaffte er mit der Mannschaft jedoch den direkten Wiederaufstieg bei der Division-I-Weltmeisterschaft in Amiens. Weitere Teilnahmen an Weltmeisterschaften mit der A-Nationalmannschaft waren 2007, 2008 und 2009. 2010 folgte die Teilnahme an den Olympischen Winterspielen in Vancouver. Bis zum heutigen Zeitpunkt bestritt er 100 Länderspiele für die deutsche Nationalmannschaft.