Em 1998, Juninho se destacou ainda mais, tornando-se um dos maiores ídolos da torcida vascaína. O ano do centenário começa com o Vasco sendo campeão do Campeonato Carioca, em partida contra o Bangu vencida por 1 a 0 com assistência de Juninho para gol de Mauro Galvão. Contudo, a glória maior vem logo após, com a conquista da Copa Libertadores da América. Como momento áureo, destaca-se a segunda partida da semifinal, no dia 22 de julho, diante do River Plate, no Monumental de Núñez. Aos 37 minutos do segundo tempo, Juninho marcou em linda cobrança de falta, o gol do empate que garantiu a presença na final da Libertadores. O tento, rendeu anos após sua saída do clube, uma canção, cantada pela torcida mencionando o feito: ""Vou torcer para o Vasco ser campeão, São Januário meu caldeirão. Vasco, tua glória é tua história, é relembrar o expresso da vitória. Contra o River Plate, sensacional (gol de quem?), gol do Juninho, monumental"." Em votação realizada na internet, o gol foi eleito o mais importante da história do clube. Na final diante do Barcelona de Guayaquil, Juninho daria duas assistências para os gols do título na segunda partida vencida por 2 a 1. Com a conquista continental e a participação no Mundial de Clubes de 1998 asseguradas, o Vasco desprezou o Campeonato Brasileiro daquele ano. Assim, no dia 1 de dezembro, o Vasco enfrenta o Real Madrid no Estádio Olímpico de Tóquio pela decisão do Mundial de Clubes. O time cruzmaltino joga melhor do que o adversário e Juninho marca um belo gol na partida, contudo, mesmo com a excelente atuação, o Real Madrid venceu o Vasco por 2 a 1 e levou a taça. Em 2019, a atuação do Vasco naquela partida, foi eleita por internautas a melhor de um time brasileiro contra um europeu em final de Mundiais.