Первым же официальным командующим флотом в 1696 году стал адмирал Франц Лефорт. Он возглавил российское мореплавание ещё до образования центрального командного учреждения — Адмиралтейств-коллегии. Под его началом был проведён Азовский поход Петра I, где он и был назначен на должность. После создания Адмиралтейств-коллегии сменилось название должности. Теперь флотом руководил президент, а не командующий. Первым президентом Адмиралтейств-коллегии стал генерал-адмирал Фёдор Апраскин. Он же стал первым командующим флотом в Российской империи.