Merz war bereits früh politisch aktiv. Kurz nach der Niederschlagung der Prager Demokratiebewegungen durch die Warschauer-Pakt-Armee half er im August 1968 einem befreundeten Künstler in einem Mietauto von Prag in die Schweiz zu flüchten. Nach seinem Studium arbeitete Hans-Rudolf Merz von 1969 bis 1974 als Sekretär der Freisinnig-Demokratischen Partei des Kantons St. Gallen. Er arbeitete zudem als Geschäftsführer des Industrievereins Appenzell Ausserrhoden. Später präsidierte er den interimistischen Einwohnerrat von Herisau und leitete den Betrieb des Sportzentrums Herisau.