Tornato a Roma, Cesare fu ucciso durante le idi di marzo del 44 a.C. da un gruppo di senatori, che temevano la fine della repubblica e volevano liberare la città dal tiranno, guidati da Cassio e Bruto. I contrasti che seguirono la morte di Cesare, furono momentaneamente risolti scegliendo la strada del compromesso, su consiglio di Cicerone, per evitare una nuova guerra civile: si decise di confermare il governo delle provincie ai magistrati preposti e di concedere l'amnistia ai cesaricidi. A Marco Emilio Lepido, cui era stata assegnata la Spagna Citeriore, fu affidata la negoziazione con Sesto Pompeo, a cui egli promise un risarcimento per la confisca dei beni paterni, a patto della rinuncia di Sesto alla Spagna. Inoltre nel 43 a.C. Sesto fu nominato "praefectus classis et orae maritimae" dal Senato, ottenendo il controllo delle flotte romane nei mari occidentali.