Während der Truchsessischen Wirren stand Ambrosius auf die Seite des abgesetzten Kölner Erzbischofs Gebhard Truchsess von Waldburg. Er trat der Reformierten Kirche bei und bekannte sich offen zur protestantischen Sache. Anrath und Neersen wurden daraufhin 1585/86 von katholischen Truppen geplündert. Der Truchsessische Krieg forderte am Niederrhein mehr Opfer als der Dreißigjährige Krieg.