Vor allem die reichen jüdischen Gemeinden wurden Opfer der unorganisierten Kreuzfahrer aus Frankreich und aus dem westdeutschen Raum. Dem eigentlichen Kreuzzug der Ritter ging im Frühjahr 1096 der Volks- oder Bauernkreuzzug voraus. Die daran Beteiligten beschlossen zunächst die Juden, die ebenso wie die Muslime als Feinde des Christentums betrachtet wurden, aus den eigenen Territorien zu vertreiben und sich deren Besitz anzueignen. Die im Rheinland ansässigen Juden wurden von den etwa 15.000 Teilnehmern des Bauernkreuzzuges, die sich dort längere Zeit aufhielten, überrannt und vor die Wahl „Taufe oder Tod“ gestellt. Tausende, die nicht zum Christentum konvertieren wollten, wurden erschlagen. In Speyer, Worms und Mainz kam es zu den ersten großen "Judenpogromen" des Abendlandes. Allein in Mainz ermordete ein wilder Haufen unter Führung des Grafen Emicho von Leiningen 700 Juden, die im burgartigen Bischofspalast Schutz gesucht hatten. Die Täter zog Kaiser Heinrich IV. später zur Rechenschaft. Das Kreuzzugsheer unter Führung von Walter ohne Habe und Peter dem Eremiten erreichte Konstantinopel im Sommer 1096, um von dort aus über Anatolien weiter nach Jerusalem zu ziehen. Die etwa 25.000 Kreuzfahrer ließ der byzantinische Kaiser Alexios I. Komnenos am 6. August 1096 über den Bosporus nach Kleinasien übersetzen. Dort wurden die militärisch unerfahrenen Kreuzfahrer von der Reiterei der Seldschuken aufgerieben; nur wenige überlebten. Die Kreuzritterheere selbst brachen erst im Herbst 1096 zum Kreuzzug in das „Heilige Land“ auf. Nach der Eroberung Jerusalems (1099) verübten die Ritter des Kreuzfahrerheeres nicht nur ein Massaker unter den muslimischen Einwohnern der „Heiligen Stadt“, sondern ermordeten auch alle Mitglieder der jüdischen Gemeinde von Jerusalem. Sie erließen ein Gesetz, das Juden und Muslime zukünftig aus der Stadt verbannte.