Након потписивања Споразума Рибентроп—Молотов тј. тајног протокола којим је извршена подјела интересних сфера у прибалтичким републикама (1939) Синод Православне цркве Естоније се 10. новембра 1940. обратио патријарашком мјестобљуститељу Сергију, митрополиту московском и коломенском, са молбом да се Естонска православна црква врати под јурисдикцију Московског патријархата. Поновно сједињење Естонске православне цркве са материнском Руском православном црквом је извршено 28. фебруара 1941. одлуком митрополита Сергија и потписивањем акта. Након почетка рата митрополит Александар је поновно прешао под цариградску јурисдикцију, док је епископ нарвски Павле остао вјеран Московском патријархату. Епископ печерски Јоан је још 1932. напустио катедру. Након ослобођења Талина од њемачке окупације митрополит Александар је напустио Естонију, а Синод Естонске апостолске православне цркве се обратио патријарашком мјестобљуститељу Алексију, митрополиту лењинградском и новгородском, са молбом да се врате под московску јурисдикцију.