Die Milizen, die für den Islamischen Staat und damit gegen den Verteidigungsminister Massoud kämpften, waren für ihr gezieltes Vorgehen gegen die Zivilbevölkerung berüchtigt. Gulbuddin Hekmatyār schnitt Kabul von der Nahrungsmittel-, Wasser- und Energieversorgung ab. Vom Iran kontrollierte schiitische Wahdat-Truppen (sowie die von Saudi-Arabien unterstützte sunnitisch-wahhabitische Ittehad) entführten und töteten tausende Menschen der (jeweiligen) „Gegenseite“ in gezielten Kampagnen. Einige Truppen von Raschid Dostum waren zu jener Zeit besonders gefürchtet bei der Zivilbevölkerung auf Grund ihrer Übergriffe gegen Familien. Die Taliban sollten zu einem späteren Zeitpunkt Massaker begehen, die von Beobachtern der Vereinten Nationen mit denen während des Bosnienkrieges verglichen wurden.