В 1845 года переехал в Берлин, где посещал лекции в университете, брал уроки греческого языка, изучал египетские и индийские древности, знакомился с санскритом. Из-за событий 1848 года занятия в Берлинском университете пришлось прервать и летом 1849 года он вернулся в Москву. Его учёные заслуги не были признаны; кроме того, прогрессировала чахотка, поэтому с весны 1852 года последние пять лет своей жизни Д. М. Щепкин провёл в южной Франции и в Испании.