V roce 1942 byl po atentátu na Heydricha zatčen a vězněn na Pankráci a v koncentračních táborech Terezín a Dachau. Zde byl vězněn mimo jiné společně s páterem Richardem Henkesem (roku 2019 blahořečen). V koncentračním táboře Dachau byl prvně zařazen mezi metaře. S ostatními zametal hlavní třídu, která vedla od lágru do města Dachau. Zde si na "toho flanďáka" zasedl surový kápo, ale ještě větším tyranem byl neustálý hlad. V červnu 1939 si polepšil díky známostem s německými vězni a díky nim se dostal do výrobny vitamínových prášků pro SS. Dr. Beran tam v koutě pracoval mimo jiné vedle starého bolševika Franty Lemona z Dubí u Kladna. V roce 1943 proběhla v koncentračním táboře Dachau velká epidemie břišního tyfu, kterým se dr. Beran také nakazil. Po velkém boji s infekcí přežil s pouhými 45 kilogramy váhy. Zesláblý byl přeložen do táborové punčochárny, kde se starci a invalidy zašíval ponožky. Po zákroku z Vatikánu se začalo s kněžími lépe zacházet. Dr. Beran se dostal do táborové kanceláře, kde pracoval jako písař. Tady tajně přepisoval lágrové statistiky a data, které předával přátelům k uschování. Když vypukla aféra rakouského kněze Lenze a jeho tajně psané knihy, musel dr. Beran kancelář opustit. Tuto knihu totiž ukrýval. Byl převeden do zeleninového skladiště a tam hlídal brambory, určené pro rodiny SS a pro Himmlera. Bramborami tajně zásoboval své spoluvězně. 29. dubna byl koncentrační tábor Dachau osvobozen americkou armádou a dr. Beran se tak dočkal svobody.