ב־1945 הוחזר הס לגרמניה לעמוד בפני בית המשפט לפושעי מלחמה נאצים בנירנברג. בבית המשפט סבל מחוסר התמצאות וטען כי לקה באמנזיה. ברגעים של צלילות דעת, המשיך בתמיכתו בהיטלר ובמניעיו, בפני השופטים לא הביע סלידה מהפתרון הסופי. על אף מצבו הנפשי נשלח למאסר עולם בכלא שפנדאו בברלין.