Entre 1903 et 1906, la sécheresse provoque de mauvaises récoltes qui font monter le prix des denrées, et la Russie traverse une grave crise révolutionnaire. Dans ce contexte, une deuxième vague de pogroms frappe les populations juives entre 1903 et 1906. Les plus importants sont ceux de Kichinev le , de Jytomyr en mai 1905 et de Białystok le . À Kichinev, où la presse et les autorités alimentent des rumeurs antisémites depuis plusieurs mois, c'est le meurtre d’un jeune chrétien, Mikhail Rybalenko, qui met le feu aux poudres. Accusés de crime rituel, les Juifs subissent un pogrom de trois jours — le gouverneur ayant donné l'ordre à la police de ne pas intervenir. Après le pogrom d', les Juifs de Kichinev organisent des comités d'autodéfense. C'est l’une des premières tentatives d’autodéfense dans l’histoire moderne des Juifs, mais cela n'empêche pas 19 d’entre eux de périr lors de nouvelles attaques les 19 et . Isaac Babel a décrit le pogrom survenu en 1905 à Moldoveanca (en russe Moldavanka, faubourg d’Odessa peuplé de Juifs, de Moldaves, d'Arméniens, de Pontiques, et qui sera à nouveau le théâtre de massacres en 1941).