В 1999 президент Жозе Эдуарду душ Сантуш назначил Кунди Пайхаму министром обороны. Этот пост Пайхама занимал до 2010. На этот период пришёлся заключительный этап гражданской войны, поражение УНИТА и гибель Жонаса Савимби в 2002, обострение конфликта в Кабинде, участие ангольских войск во Второй конголезской войне и конфликте в Киву. В 2000 Кунди Пайхама участвовал в анголо-российских переговорах о полномасштабном военном сотрудничестве (РФ представлял вице-премьер Илья Клебанов). Интересно, что заместителем Пайхамы являлся бывший начальник генштаба вооружённых сил УНИТА Демостенеш Амос Шилингутила, а советником — бывший начальник штаба вооружённых сил ФНЛА Тонта Афонсу Каштру.