Durante il suo patriarcato, per la scuola teologica di Halki fu costruito un nuovo quartier generale, inaugurato il 6 ottobre 1896. Poco dopo, prima della guerra greco-turca del 1897, Antimo accettò la visita di un emissario della "Società Nazionale" ("Ethniki Etaireia"), una società segreta nazionalista e irredentista greca e difensore di "Megáli Idea", la cui missione era di iniziarlo nell'associazione e informarlo dei suoi obiettivi e piani più estremi, come gli incendi dolosi a Istanbul. Minacciando di denunciare l'emissario alle autorità ottomane, Antimo chiese che l'ambasciata greca lo espellesse immediatamente, cosa che in effetti accadde.