В 1649 після загибелі С. Морозенка призначений корсунським полковником. Влітку 1651-го відзначився в ході битви під Берестечком, зумівши майже без втрат вивести свій полк з оточення. У липні 1651 Хмельницький послав Мозирю на допомогу А. Ждановичу, котрий тримав оборону супроти військ Я. Радзивілла, тож у 2-й половині 1651 року Лук'ян Мозиря був одним з організаторів оборони Києва і Білої Церкви. Згодом з дипломатичними дорученнями гетьмана їздив до Москви.