Theodore werd geboren als de achterkleinzoon van Theodorus Jacobus Frelinghuysen, een van de leiders van de First Great Awakening. Hij studeerde rechten aan het College of New Jersey, tegenwoordig beter bekend als de Princeton-universiteit. Hij werd in 1804 toegelaten tot de balie in Newark. Tijdens de Oorlog van 1812 leidde Frelinghuysen een vrijwillerscompagnie.