Был также участником Гражданской войны в США. 19 апреля 1861 года был назначен бригадным генералом милиции штата Пенсильвания. Создал бригаду добровольцев и служил под командованием в долине Шенандоа. Назначение Негли на пост генерал-майора истек 20 июля, но он продолжал находиться в звании бригадного генерала волонтеров. В октябре 1861 года был назначен командиром 7-й бригады "Department of the Ohio". Участвовал в экспедиции на Чаттанугу и битве при Чаттануге. Поход оказался удачным для Армии Союза.