Владвину Јустинијана II карактерише безобрзирни деспотизам. Са Муавијиним наследником Абдалмаликом закључио је мировни споразум којим се Кипар поделио између две силе. Јустинијан се окренуо ратовању на Балкану. У походу 688/9. године продро је кроз окупирану земљу, доспео до Солуна и депортовао велики број Словена у тему Опсикију у Малој Азији. Сем тога, племе Мардаита населио је на Пелопонез, Кефалонију, у област епирског Никопоља и у област Аталеје. Становнике Кипра је преселио у област Кизика. Пресељење Кипрана довео је до новог рата са Арабљанима. Византинци су доживели пораз код Севастопоља у Јерменији (692). Тиме је изгубљен велики део Јерменије. Јустинијан је створио нове теме: поморску тему Карависијанаца и Хеладу. Извршио је и пореску реформу изменивши Диоклецијанов систем главарине-земљарине порезом кога су плаћали сви становници без разлике. Политика јачања малог сељачког и стратиотског поседа није одговарала византијској аристократији која организује државни удар и збачава Јустинијана 695. године, одсеца му нос и протерује у Херсон. На престо је постављен хеладски стратег Леонтије (695—698). Током његове владавине Византинци губе Картагински егзархат. Флота се следеће године побунила и на престо довела Тиберија II (698—705). У помоћ Хазара и бугарског кана Тервела, Јустинијан се успео вратити на престо 705. године. До 711. године влада као Јустинијан Ринотмет (без носа). Леонтија и Тиберија је погубио. Многе официре обесио је широм цариградских бедема. Током друге владавине Јустинијана II избио је рат са Арабљанима који 709. године опседају Тијану. Са папом су одржавани добри односи. Папа је 710. године посетио Цариград. Крајем 710. или почетком 711. године избио је устанак. Побуну су подржавали и Хазари. Цар Јустинијан убијен је од стране свог официра. На престо се попео Филипик Вардан. Тиме је славна Ираклијева династија доживела свој крај.