През 539/540 г. Касандрия, вече част от източноримската империя, е завладяна и разрушена от славяните. До X век Касандрия остава във Византийската империя. Българският цар завладява също и Касандрия. Със загубата на българския цар Касандрия попада отново на Византия. През 1204 г. Касандрия след падането на Константинопол в четвъртия кръстоносен поход е част от кръстоносната държава Кралство Солун. През 1224 г. територията е завладяна от Деспотат Епир. През 1240-те години територията е завладяна от Никейската империя. През началото на XIV век Каталанската компания за кратко се установява в Касандра и в Касандрия, преди да тръгне към Херцогство Атина и Касандрия отново попада във Византия. През средата на XIV век сръбският крал Стефан IV Урош Душан e за кратко владетел на Касандрия; след неговата смърт през 1355 г. и последвалото разпадане на Голямото Сръбско царство Касандрия е отново обратно на Византия. През 1389 г. Османската империя завладява Солун и територията му и Касандрия. През 1392 г. Византийската империя успява да я завладее отново само за около 30 години. През 1423 г. Касандрия с целия полуостров Касандра и град Солун попадат на Венеция, която трябва да защитава както Солун така и Касандра против Османската империя. С падането на Солун през 1430 г. полуостров Касандра и територията на днешното село Касандрия са завладени от османската войска и стават част от османската империя.