Нова већа обнова Пећке патријаршије збила се у доба патријарха Максима Скопљанца (1655—1674). За кратко време, манастирски комплекс је ограђен (1672/73), живописана је црквица Светог Николе (1673/74), а потом је израђен и иконостас за њу (1677). У време Великог турског рата, крајем -{XVII}- столећа, Пећка патријаршија је прошла кроз тешка искушења. Пећка ризница је тада била скривена у једном кубету манастира Грачанице, али су је 1688. Турци нашли и опљачкали. Помиње се да је пећко благо било толико велико да је било потребно девет коња да би га одвукло. Када је патријарх Арсеније -{III}- Црнојевић (1674—1690) отишао у Аустрију 1689, пећки паша Махмуд Беговић опљачкао је све што се у Патријаршији стекло. Касније је патријарх Мојсије Рајовић (1712—1725) с муком откупио отету земљу, а 1720. подигао је ограду око манастирских здања. Године 1722, црква Светих апостола добила је нов иконостас.