I 1647 led han et nederlag og ble tvunget til at norske lensherrer skulle betale lensinntektene direkte til det danske rentekammeret i København. Etter at Frederik III kom på tronen i 1648 ble Sehested anklaget for økonomisk mislighold. Hans fiender i det danske riksrådet fikk overtaket, og i 1651 måtte han forlate sin stilling. Under Karl Gustav-krigene ble han en slags mellommann mellom Frederik III og Karl X Gustav. Etter fredssluttningen i 1660 var han tilbake i makteliten hos det nye danske eneveldet. Blant annet ble han riksskattemester (finansminister) og diplomat.