Passa al Napoli nel luglio 1998, firmando un contratto annuale con opzione per l'anno seguente. Il 19 aprile 1999 segna l'1-1 tra e Napoli. In questa stagione dimostra di essere ormai un giocatore abbastanza lento, statico, giocando quasi da ex calciatore. Gioca 19 partite e mette a segno due reti per i partenopei. Il 2 ottobre 1999 è squalificato dalla Commissione Disciplinare della Lega Calcio per due anni per doping in seguito all'uso di nandrolone (norandrosterone), risultando positivo alle analisi dopo la partita di campionato disputata tra Napoli e del 16 maggio 1999. Le controanalisi del 6 luglio 1999 confermano la positività del russo. La squalifica è resa attiva dal 21 agosto 1999, quando il giocatore russo è già tornato in patria. Šalimov dice d'aver assunto il nandrolone dopo aver mangiato della carne trattata con questa sostanza, poiché gli era stato consigliato di mangiare molta carne, anche cruda, da un medico che l'aveva preso in cura mentre era ricoverato in un ospedale di Mosca per un'emorragia interna. Argomentazione che la Commissione Disciplinare considera inattendibile, anche perché il giocatore russo non aveva alcuna prova per dimostrare d'aver assunto carne contenente nandrolone.