Από τη Βυζαντινή εποχή (4ο αιώνα μ.Χ.) έως το 1923 η Μαλακοπή ήταν γνωστή από τους Καππαδόκες κατοίκους ως Μαλακοπέα. Η υπόγεια πόλη επεκτάθηκε σε μεγάλο βαθμό κατά τη μέση Βυζαντινή περίοδο για να χρησιμεύσει ως καταφύγιο από τις επιδρομές των Ουμαγιαδικών Αραβικών και Αβασιδικών στρατευμάτων κατά τη διάρκεια των Αραβοβυζαντινών πολέμων (780-1180). Η πόλη περιείχε καταστήματα τροφίμων, κουζίνες, πάγκους, εκκλησίες, πρέσες λαδιού και κρασιού, φρεάτια, πηγάδια, και ένα θρησκευτικό σχολείο. Η υπόγεια πόλη της Μαλακοπής έχει τουλάχιστον οκτώ επίπεδα και βάθος 85 μ. και θα μπορούσε να φιλοξενήσει χιλιάδες ανθρώπους. Η πόλη συνέχισε να χρησιμοποιείται ως προστασία από τις μογγολικές επιδρομές του Ταμερλάνου τον 14ο αιώνα. Μετά την κατάληψη της περιοχής από τους Οθωμανούς οι πόλεις χρησιμοποιήθηκαν ως καταφύγια. Ακόμη και τον 20ό αιώνα οι κάτοικοι της πόλης, οι Έλληνες της Καππαδοκίας, εξακολουθούσαν να χρησιμοποιούν τις υπόγειες αίθουσες για να ξεφύγουν από περιοδικά κύματα Οθωμανικών διώξεων. Τελικά όταν υποχρεώθηκαν να φύγουν το 1923 με την ανταλλαγή πληθυσμών μεταξύ Ελλάδας και Τουρκίας οι σήραγγες εγκαταλείφθηκαν.