I CH-46E, soprannominati Sea Knights, furono impiegati dall'USMC durante la Invasione dell'Iraq del 2003 per il trasporto di personale, rifornimenti per le postazioni avanzate di rifornimento ("forward arming and refueling points - FARP"), trasporto di munizioni e vari altri compiti. I CH-46E e CH-53E trasportarono gli US Army Rangers e le forze speciali impiegate per il salvataggio del soldato Jessica Lynch tenuta prigioniera in un ospedale dell'Iraq e liberata il 1º aprile 2003.