La Fédération du Monténégro de football est fondée le à Cetinje, ancienne capitale du Monténégro, sous le nom de "Cetinjski nogometni podsavez" (sous-association de football de Cetinje) en tant que sous-fédération de la FSJ (Fédération yougoslave de football). Elle restera affiliée à la FSJ, renommée tardivement FSSCG (Fédération serbo-monténégrine de football), jusqu'à la dissolution de cette dernière le . Le jour de la dissolution de la FSSCG, les deux sous-fédérations de Serbie et du Monténégro accèdent à l'indépendance et deviennent fédération nationale dans leur pays respectif. En accord avec les parties concernées, la Fédération serbe de football (FSS) se porte cessionnaire de la FSSCG et hérite dans la continuité de son affiliation auprès de la FIFA et de l'UEFA. Cela contraint la fédération monténégrine à faire une demande d'adhésion à la FIFA et à l'UEFA. La FSCG devient le de l'UEFA le , à la suite d'un vote à l'unanimité des associations membres, bien trop tard pour avoir la possibilité de participer aux phases éliminatoires du Championnat d'Europe de football 2008. Elle obtient son affiliation à la FIFA un peu plus tard, en .