Seit 1922 bildeten die Balkaren zusammen mit den Kabardinern ein gemeinsames autonomes Gebiet, das 1936 zur ASSR aufgewertet wurde. In der Zeit der stalinistischen gewaltsamen Zwangskollektivierung der Landwirtschaft 1929–33 und der großen Terror-Säuberung 1936–38 kam es in den Berggebieten der Balkaren, wie auch in den Berggebieten Karatschai-Tscherkessiens und Tschetscheno-Inguschetiens zu so breiten Widerständen, dass die Kollektivierung zeitweilig abgebrochen werden musste. Im Zweiten Weltkrieg war das Siedlungsgebiet der Balkaren vom Juli 1942 (Unternehmen Edelweiß) bis Januar 1943 (Nordkaukasische Operation) zeitweilig von der Wehrmacht besetzt. Aufgrund ihres Widerstandes gegen die 1943 wiedereinrückende Rote Armee wurden sie auf Befehl Josef Stalins unter dem Vorwurf der Kollaboration mit der Wehrmacht vollständig mit allen Männern, Frauen, Kindern und Alten innerhalb weniger Stunden von NKWD-Einheiten vom 8. März 1944, früh 2:00 Uhr bis 9. März festgenommen und nach Mittelasien verbannt, wobei sehr viele Deportierte umkamen. Der Hintergrund des Kollaborationsvorwurfes an eine ganze Ethnie wird seit langem diskutiert. Zwar gab es balkarische Kollaborateure mit den Deutschen, aber ihre Unterstützung in der Bevölkerung war nach heutigem Kenntnisstand relativ gering. Viele Fachhistoriker gehen deshalb davon aus, dass schon die breiten Widerstände vor dem Weltkrieg, Probleme beim Erreichen der Freiwilligen-Quoten für die Rote Armee und schließlich Widerstände gegen die Wiedereinführung stalinistischer Maßnahmen 1943 eher die Ursache der Deportation mit ihren großen Opferzahlen war, als die offiziell angeführte Kollaboration, an der sich nur eine Minderheit beteiligte. Die Balkaren wurden zwar 1957 offiziell von Chruschtschow rehabilitiert, durften aber erst 1967 offiziell in die alten Siedlungsgebiete zurückkehren, als viele bereits auf eigene Faust „illegal“ zurückgekehrt waren.