Italian maajoukkueessa Baresi pelasi 81 ottelua ja teki niissä yhden maalin vuosina 1982–1994. Vuosina 1990–1994 hän toimi Italian kapteenina. Baresi edusti Italiaa MM-kilpailuissa vuosina 1982, 1990 ja 1994 sekä EM-kilpailuissa vuonna 1980 ja 1988. Hän saavutti Italian riveissä MM-kultaa vuonna 1982, MM-pronssia vuonna 1990 ja MM-hopeaa vuonna 1994. Baresi ei tosin pelannut minuuttiakaan vuosien 1980 ja 1982 kisoissa. Vuoden 1994 kisoissa hän oli yksi loppuottelun rangaistuspotkukilpailun epäonnistujista. Baresi edusti Italiaa lisäksi 1984 kesäolympialaisissa.