Po odstoupení Vladimíra Růžičky v červnu 2015 se stal hlavním trenérem české hokejové reprezentace, smlouvu podepsal pouze na jednu sezónu završenou Mistrovstvím světa pořádaným v Rusku. V lednu 2016 Český svaz ledního hokeje v předstihu oznámil, že pro vedení národního mužstva v následujících dvou ročnících vybral Vůjtkova asistenta Josefa Jandače. Po vyřazení českého týmu na Mistrovství světa 2016 oznámil Vůjtek ukončení své trenérské kariéry. Zároveň však informoval o záměru další spolupráce s vítkovickým klubem.