Vuosina 1997 ja 1998 Aasian talouskriisi iski pahiten Indonesiaan. Se lisäsi tyytymättömyyttä maan hallintoa kohtaan ja johti yleisiin mielenosoituksiin. Suharto erosi 21. toukokuuta 1998. Vuonna 1999 Itä-Timor äänesti haluavansa erota Indonesiasta 25 vuotta kestäneen miehityksen jälkeen. Miehityksen aikaiset sortotoimet ja ihmisoikeusloukkaukset oli tuomittu kansainvälisesti. Suharton eroa seuranneella "Reformasi"-kaudella demokratia on vahvistunut; maassa on aloitettu alueellisen autonomian ohjelma, ja ensimmäiset suorat presidentinvaalit pidettiin vuonna 2004. Poliittinen ja taloudellinen epävakaisuus, yhteiskunnalliset levottomuudet ja terrorismi ovat hidastaneet kehitystä. Vaikka uskonnollisten ja etnisten ryhmien väliset suhteet ovat pääosin hyvät, tyytymättömyys ja väkivalta ovat joillakin alueilla edelleen ongelmia. Acehin sotilaallisen konfliktin lopettamisesta saatiin poliittinen sopu vuonna 2005.