Seinen überraschend eindeutigen Sieg bei den Präsidentschaftswahlen 1997 mit einem Stimmenanteil von 70 % verdankte Chātami zu einem großen Teil den weiblichen und jungen Wählern, da er vor der Wahl versprochen hatte, deren Rechte deutlich zu stärken. Er war Kandidat der zweitstärksten Partei "Diener des Wiederaufbaus" und schlug überraschend den Favoriten Ali Akbar Nateq Nuri, einen radikalen Mullah. Am 3. August übernahm er das Amt von Ali Akbar Hāschemi Rafsandschāni, der nach zwei Amtszeiten nicht mehr hatte kandidieren dürfen. Chātami stieß mit seinen Reformbestrebungen auf großen Widerstand der Religiöskonservativen und enttäuschte manche seiner Wähler. Dennoch wurde er bei den Präsidentenwahlen 2001 mit der deutlichen Mehrheit von 78,3 % wiedergewählt; sein direkter Gegner, Ahmad Tavakkoli, kam auf 15,9 %.