Il Messina esordì in Serie A con una sconfitta per 3-1 contro la . La prima rete in Serie A venne segnata da Paolo Morelli. L'esordio casalingo avvenne il 25 settembre 1963, e fu subito vittorioso: il Messina sconfisse 2-0 il Lanerossi Vicenza grazie a una doppietta di Marcelo Pagani. Tuttavia al termine del girone d'andata la squadra figurava all'ultimo posto in classifica, con otto punti. Nel mercato di novembre, per far fronte al brutto inizio di campionato, il Messina prese in prestito dal il peruviano Víctor Benítez. In rosa figuravano giocatori di spessore come Egidio Morbello, Gianvito Geotti, Paolo Morelli, Roberto Derlin. Grazie ad un eccellente girone di ritorno in cui conquistò 20 punti (frutto di 7 vittorie, 6 pareggi e 4 sconfitte), il Messina centrò la salvezza all'ultima giornata grazie al pareggio per 0-0 contro il .