1960年代になると、こうした外交関係に変化が生じる。1962年の中ソ国境紛争で中華人民共和国とインドに対立が起き、こうした中、アイユーブ・ハーンの軍事政権は、インドとの対抗上中華人民共和国と接近し、カシミール問題を有利に運ぼうとした（この際の交渉で外相として活躍したのが、のちに大統領となるズルフィカール・ブットーであった）。こうして領土問題が再燃し、1965年より第二次インド・パキスタン戦争が勃発した。この際も、国連の仲裁によって停戦へと至り、1966年1月10日にソ連の調停のもとでが発表された。結局、この戦争でパキスタンは何も手にすることができなかった。この一件でアイユーブ・ハーンとブットーの関係は悪化し、外相辞任後にブットーはパキスタン人民党を結党した。