やがてソビエト連邦は崩壊し、モルダビアSSRは1991年にモルドバ共和国として独立した。ガガウズ共和国は翌年の1992年10月7日にモルドバ共和国からの独立宣言を行ったが、独立運動は行き詰まり始めた。その一方でモルドバ政府との交渉が行われ、1995年6月19日にモルドバ共和国内のガガウズ自治区として大幅な自治権が付与される形で独立運動は収束した。