В конце 2007 года по распоряжению Юдойоно было подписано соглашение о зоне свободной торговли между Индонезией и Японией. В следующем году на основании доклада Индонезийско-Тиморской комиссия по установлению истины и дружбе признал о имевших место нарушениях прав человека во время оккупации Восточного Тимора.