Хаменеи помага в ръководенето на страната по време на войната между Иран и Ирак през 1980 г., и развива тесни връзки с Революционната гвардия. Като президент има репутацията на дълбоко интересуващ се от армията, бюджета и административните подробности. След като иракската армия е изгонена от Иран през 1982 г., Хаменеи се превръща в един от основните противници на решението на Хомейни да контраатакува Ирак. Становището си Хаменеи споделя с премиера Мир Хосеин Мусави.