Po wojnie został przekazany Polsce i osądzony w pierwszym procesie oświęcimskim przez Najwyższy Trybunał Narodowy w Krakowie. Wobec ogromu zbrodni Müllera, został on 22 grudnia 1947 skazany na śmierć przez powieszenie. Wyrok wykonano w krakowskim więzieniu Montelupich.