La temporada 2000-01 se inició para la Lazio obteniendo su segundo título en la Supercopa de Italia venciendo al Inter de Milán por 4:3. Durante esta temporada Pavel Nedvěd disputó treinta y un encuentros y anotó nueve goles en la liga y la Lazio ocupó la tercera posición con sesenta y nueve puntos. En la Copa Italia anotó un gol en cuatro encuentros y avanzaron hasta los cuartos de final donde fueron eliminados por el Udinese Calcio. A nivel internacional disputó nuevamente la Liga de Campeones y anotó dos goles en la primera fase de la ronda de grupos, uno ante el Shajtar Donetsk y el otro ante el Arsenal F. C. En la segunda fase de grupos anotó un gol más en el empate 2:2 ante el Real Madrid, aunque no fue suficiente para avanzar a la siguiente ronda.