As políticas externas de Filipe foram determinadas por uma combinação de fervor católico e objetivos dinásticos. Ele se considerava o principal defensor da Europa católica, tanto contra os turcos otomanos quanto contra as forças da Reforma Protestante. Ele nunca cedeu à luta contra a heresia, defendendo a fé católica e limitando a liberdade de culto em seus territórios. Esses territórios incluíam seu patrimônio na Holanda, onde o protestantismo havia se enraizado profundamente. Após a revolta dos Países Baixos em 1568, Filipe empreendeu uma campanha contra a heresia e a secessão holandesas. Também arrastou os ingleses e os franceses às vezes e se expandiu para a Renânia alemã na Guerra de Colônia. Essa série de conflitos durou o resto de sua vida. O envolvimento constante de Filipe nas guerras europeias causou danos significativos ao tesouro e causou dificuldades econômicas à Coroa e até falências.