Entre 200 et 205, le temple est restauré par Septime Sévère et Caracalla. La restauration ne semble pas de grande importance puisque de nombreux éléments de l'époque flavienne restent en place mais l'inscription est tout de même complétée d'une ligne supplémentaire sur l'architrave. Entre le et le , le temple semble avoir été endommagé lors d'un important incendie comme l'atteste la couche de débris carbonisés, de pierres et de métaux fondus et de fragments de décoration en marbre calcinés qui recouvre le sol de la "cella", mise au jour lors de fouilles du début du . Il est difficile d'être plus précis dans la datation de cet incendie qui pourrait tout aussi bien correspondre à l'incendie de Carin en 283, l'invasion d'Alaric en 410 ou l'occupation de la ville par les Vandales en 455. Malgré un état probablement délabré, le temple ne fait pas partie des édifices restaurés par Théodoric le Grand entre 507 et 518.