Zu Beginn des Kroatienkrieges kehrte er im Jahr 1991 nach Serbien zurück. Ab April 1991 war Vasiljković der Kommandant der paramilitärischen Einheit „Knindže“, einer Spezialeinheit der Polizei ("Specijalne jedinice milicije" – SJM) des De-facto-Regimes der Republik Serbische Krajina. Diese etwa 1000 Mann starke Einheit beteiligte sich unter anderem im Jahr 1990 an Angriffen auf den kroatischen Bezirk Zadar und 1991 an der Schlacht um Vukovar. Im Sommer 1991 gründete er die humanitäre Organisation „Fonds Kapetan Dragan“, die serbische Kriegsopfer unterstützen sollte und kandidierte im gleichen Jahr für das Amt des serbischen Präsidenten.