В 1999 году Бондарев был назначен старшим тренером сборной России по мини-футболу, и именно он привёл российскую сборную к главному успеху в своей истории — победе на чемпионате Европы по мини-футболу 1999 года. На чемпионате мира 2000 года россияне стали четвёртыми, а на чемпионате Европы 2001 года — третьими. Эти результаты Бондарев расценил как неудачу и принял решение покинуть сборную.