1296 kam es im Streit um die Oberhoheit über Schottland zum Krieg mit England. Der englische König Eduard I. besiegte in einem raschen Feldzug John Balliol und zwang ihn zur Abdankung. Anschließend übernahm er selbst die Verwaltung von Schottland und ließ sich huldigen. Auch Dalton leistete im August 1296 als Bischof dem englischen König Hommage. Gegen die englische Besatzung kam es ab 1297 zum Aufstand. Als der englische König 1300 einen Feldzug nach Galloway führte, versuchte Dalton zwischen dem König und den aufständischen Schotten zu vermitteln, doch seine Versuche wurden vom englischen König zurückgewiesen. Als sich Robert Bruce, ein Enkel seines früheren Dienstherrn Robert de Brus 1306 zum König der Schotten erklärte, lehnte Dalton dessen Thronanspruch ab und stand auch noch 1307 auf englischer Seite. Über die weitere Amtszeit von Dalton ist nur wenig bekannt. Bruce konnte bis 1313 endgültig die Kontrolle über Galloway gewinnen. Dalton ging daraufhin ins englische Erzbistum York ins Exil. Er soll 1319 gestorben sein, doch nach anderen Angaben reiste Robert Bruce im November 1322 nach Galloway. Dort soll er die Wahl von Simon of Wedale zum neuen Bischof vorbereitet haben. Dalton lebte zu der Zeit noch, doch entweder war er zu alt, um sein Amt als Bischof wahrzunehmen, oder er befand sich immer noch im Exil in York. Tatsächlich wurde Simon de Wedale als Nachfolger Daltons erst 1327 zum Bischof geweiht.