Urodził się w Hertford; jego ojciec miał być tam członkiem rady miejskiej i burmistrzem, ale nie potwierdzają tego lokalne źródła. Edward wstąpił do marynarki 4 czerwca 1734 lub 1735, służąc na pokładzie 60-działowego okrętu „Dunkirk”, którego dowódcą był komandor Digby Dent (zm. 1737), komodor eskadry jamajskiej. Z „Dunkirk” został we wrześniu 1736 przeniesiony na „Kinsale”, a następnie, w lipcu 1738, na „Diamond” (komandor Charles Knowles). Podczas służby na „Diamond” uczestniczył w zdobyciu Portobelo w listopadzie 1739. Następnego roku w lutym został przeniesiony na „Burford”, okręt flagowy admirała Edwarda Vernona, a 25 sierpnia otrzymał awans na porucznika, ze stanowiskiem na branderze „Cumberland”. 6 marca 1740 został przeniesiony na okręt „Suffolk” (komandor Davers), i na jego pokładzie wziął udział w nieudanej operacji przeciw Cartagenie w marcu i kwietniu 1741. W czerwcu otrzymał stanowisko na „Dunkirk”. Jego okręt uczestniczył w bitwie pod Tulonem 11 lutego 1744, ale nie wziął udziału w walce. Następnego lipca Hughes został przeniesiony na „Stirling Castle”, a we wrześniu 1745 na „Marlborough”, na pokładzie którego wrócił 1746 do Anglii. W czerwcu 1747 zamustrował się jako nadliczbowy członek załogi na „Warwick”, by popłynąć do Północnej Ameryki i Indii Zachodnich. Po drodze „Warwick” i towarzyszący mu „Lark” napotkały hiszpański siedemdziesięciodziałowiec „Glorioso”. W wyniku zaciętego starcia, podczas którego „Lark” nie wsparł „Warwicka”, ten ostatni uległ poważnym uszkodzeniom, a „Glorioso” umknął. Dowódca „Larka”, John Crookshanks, został przez sąd wojenny pozbawiony dowództwa za opieszałość. Na jego miejsce 6 lutego 1747 mianowano Hughesa.