Během Bombardování Jugoslávie v roce 1999 bylo v Prištině zasaženo několik strategických objektů, mezi které patřilo např. Letiště Slatina (které nicméně utrpělo jako převážně podzemní základna jen malé škody), dále místní kasárna, policejní stanice, budova pošty a další. Po skončení konfliktu Prištinu opustilo cca 45 000 místních Srbů. Během války nicméně město opustila i nemalá část kosovskoalbánského obyvatelstva, nemálo z nich bylo vyhnáno přímo jugoslávskou policií, shromážděno na stanici a odvezeno k makedonské hranici. Původní Albánci se začali vracet po příchodu mezinárodních jednotek. Po roce 1999 byla Priština centrem správy Mise OSN.