De Gaulle le charge d'organiser la participation aérienne à l'opération de Dakar. Il quitte l'Angleterre fin à bord du Westernland où il est le commandant d'armes ; il y fait preuve de fermeté et d'efficacité. Il participe le mois suivant à l'affaire de Dakar qui est un échec. Il rejoint ensuite Brazzaville puis le Tchad, chargé de la mission d'évaluer les forces en Afrique. Un accident d'avion le blesse légèrement en . Lieutenant-colonel, il est nommé en janvier 1941 chef d'état-major des Forces aériennes françaises libres (FAFL), et retourne à Londres en février 1941.