Období jeho vlády bylo prostoupeno náboženskými konflikty. Navzdory protestům parlamentu a veřejného mínění se oženil s katoličkou Henriettou Marií Bourbonskou. Později se spojil s kontroverzními církevními představiteli, jako byli Richard Montagu a William Laud, kterého Karel jmenoval arcibiskupem canterburským. To vyvolalo obavy o to, že se Anglikánská církev dostane do blízkosti Římskokatolické církve. Karlova snaha rozšířit silou církevní reformy do Skotska vedla k válce biskupů, která oslabila anglickou vládu.