"Enterprise" ikut serta dalam pertahanan armada dan pada serangan sore hari berikutnya terhadap satuan tugas Jepang. Selama pendaratan skuadron penerbangnya yang kacau pada waktu kegelapan, sebuah pesawat tempur dan pembom datang bersamaan, tapi untungnya tidak menyebabkan kecelakaan. Serangan tengah malam yang direncanakan terhadap armada Jepang oleh pilot "Enterprise" dibatalkan karena operasi perbaikan dan penyelamatan yang diperlukan setelah serangan sebelumnya. Setelah pertempuran, "Enterprise" dan Kelompok Tugasnya terus memberikan dukungan udara untuk invasi Saipan hingga 5 Juli. Dia kemudian berlayar ke Pearl Harbor dan beristirahat dan mengalami perbaikan selama sebulan. Pada waktu ini, Gardner digantikan oleh Komandan Thomas Hamilton pada 10 Juli sebelum ia digantikan oleh Kapten Cato Glover pada 29 Juli. Kembali beraksi pada 24 Agustus, "Enterprise" berlayar dengan TF 38 dalam serangan udara ke Volcano dan Kepulauan Bonin dari 31 Agustus - 2 September, dan Yap, Ulithi, dan Palaus dari 6-8 September.