Вернувшись в родные края, в мае 1918 года вступил в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. Служил в 82-м стрелковом полку 10-й стрелковой дивизии помощником командира роты и командиром роты. В ноябре 1919 года полк был передан в состав 18-й стрелковой дивизии и там П. Зыков продолжил службу командиром батальона, помощником командира и заместителем командира полка. Участвовал в боях Гражданской войны на Северном фронте (на псковском и гдовском направлениях), затем против английских интервентов и финских войск (на олонецком направлении). В боях дважды был ранен и один раз контужен. Неоднократно отличался в боях.