A igreja bizantina estava definitivamente em ruínas quando os Cruzados ocuparam Nablus em agosto de 1099; no início do , peregrinos mencionaram o poço sem mencionar uma igreja. Há relatos do mencionando uma igreja recém-construída junto ao poço de Jacó. O primeiro relato definitivo vem de Teodorico, que escreve: "O poço ... é meia milha de distância da cidade [Nablus]: ela se encontra em frente ao altar na igreja construída sobre ele, em que as freiras se dedicam para o serviço de Deus. Este poço é chamado a Fonte de Jacó". Nesta época de cruzadas a igreja foi construído em 1175, provavelmente devido ao apoio da rainha Melisende, que foi exilada em Nablus em 1152, onde viveu até sua morte em 1161. Esta igreja parece ter sido destruída após a vitória de Saladino sobre os cruzados na Batalha de Hatim em 1187.