В отставке жил во Львове, где после вторжения Красной Армии в 1939 году был арестован органами НКВД как «враг народа»; находился в Львовской тюрьме № 1, затем, в июне 1940 года был переведен в закрытую тюрьму НКВД в Киев, где ему был предъявлен обвинительный акт — служба в армии Грузии и борьба против Красной Армии, служба в польской армии и активное участие в Комитете грузинских рабочих в Варшаве по статьям 54-13 Уголовного кодекса Украинской ССР. Генерал Чхеидзе был конвоирован НКВД 16 декабря 1940 года в Москву. Умер в 1941 г.