Κατά τα ύστερα στάδια της Εκστρατείας του Καυκάσου, στο πλαίσιο του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου, έπειτα από την Οκτωβριανή Επανάσταση και τον επακόλουθο εμφύλιο πόλεμο, τα ρωσικά στρατεύματα μαζικά εγκατέλειψαν την περιοχή του Καυκάσου. Τον Απρίλιο του 1918, οι Τούρκοι κατέλαβαν το Καρς και η εκκλησία εκ νέου μετατράπηκε σε τζαμί. Σύμφωνα με την Ανακωχή του Μούδρου, οι Τούρκοι υποχρεούνταν να υποχωρήσουν στα σύνορά τους της προπολεμικής περιόδου. Το 1919, η Δημοκρατία της Αρμενίας έθεσε υπό τον έλεγχό της την πόλη και η εκκλησία εκ νέου μετατράπηκε σε αρμενική εκκλησία.