1998年長野パラリンピックにおける日本選手団の活躍を受け、また、三障害（身体障害・知的障害・精神障害）すべてのスポーツ振興を統括する組織として1999年8月20日、財団法人日本障害者スポーツ協会への名称変更、日本パラリンピック委員会（JPC）を内部組織として発足、三つの協議会（スポーツ協会協議会、競技団体協議会、スポーツ指導者協議会）を設置した。