Распад СССР, последовавшие за ним кризисные явления 90-х годов, эмиграция, а также низкий уровень рождаемости привели к постепенному снижению численности русскоязычного населения. Значительная часть русскоязычного населения Киргизии эмигрировала в первые же годы независимости, хотя присутствие русских по-прежнему заметно в Чуйской области и городе Бишкеке. Также уезжали представители некоторых тюркских этносов — например, в 1989—1999 годах миграционный отток татар составил 22364 человека, казахов — 1111 человек. Тем не менее, в Киргизии некоторые нацменьшинства показывают положительную демографическую динамику, в первую очередь узбеки, дунгане и таджики, численность которых растёт в абсолютных и относительных цифрах за счёт высокой рождаемости и иммиграции из сопредельных республик.