Tanmateix, la majoria de figures prominents de Jemaah Islamiyah com Hambali, Abu Dujana, Azahari Husin, Noordin Top i Dulmatin foren capturades o assassinades per la unitat anti-terrorista indonèsia Destacament 88. Mentre molts dels seus dirigents anteriors, incloent l'extremista islàmic malai i veterà de la Guerra de l'Afganistan Nasir Abbas, renuncià a la violència i, fins i tot, assistí als governs indonesis i malais a la guerra contra el terrorisme. Nasir Abbas fou l'antic superior de Noordin Top.