При приближении Красной армии к Берлину в 1945 году Н. И. Глобачёв отказался бежать на запад, оставаясь в городе, чтобы защищать интересы доверенных ему организаций. 13 июня 1945 года в Берлине был арестован органами НКВД и по постановлению Особого Совещания при НКВД СССР от 20 октября 1945 года за принадлежность к РОВС был приговорён к заключению в исправительно-трудовой лагерь на 10 лет. Содержался в Темниковском лагере в Мордовской АССР, где 20 апреля 1947 года скончался. Заключением Генеральной прокуратуры Российской Федерации от 9 июня 1992 года Н. И. Глобачёв был реабилитирован, как невинно осуждённый.