Als Folge des Franzoseneinfalls regierte im Kanton Basel daraufhin eine Nationalversammlung, in der je 20 indirekt gewählte Vertreter der Stadt und der Landschaft sassen. Bereits am 20. April 1798 löste sie sich mit dem Inkrafttreten der helvetischen Verfassung auf. Während der Zeit der Helvetischen Republik war Basel wie alle anderen Kantone eine reine Verwaltungseinheit. Nach dem Zusammenbruch des Staates erliess Napoleon Bonaparte am 19. Februar 1803 die Mediationsakte, zu der auch eine neue Verfassung für den Kanton Basel gehörte. Im 135-köpfigen Grossen Rat waren Stadt und Landschaft ungefähr gemäss ihrer Bevölkerungszahl vertreten, dem 25-köpfigen Kleinen Rat (Exekutive) gehörten jedoch nur acht Vertreter der Landschaft an. Im Zuge der Restauration nach dem Ende der französischen Herrschaft erlangte die Stadt mit der Verfassung vom 4. März 1814 ihre Vormachtstellung zurück; so stellte sie neu 90 der 150 Grossräte. Mit der Unterzeichnung der Vereinigungsurkunde am 7. November 1815 stiessen am 28. Dezember 1815 die Birsecker Gemeinden zum Kanton. Entsprechend wurde der Grosse Rat am vier Sitze vergrössert.