Franklin fue un aliado incondicional del General de División George B. McClellan, parte de la razón por la que no fue considerado para el mando del Ejército del Potomac tras la destitución de este último en noviembre de 1862. Durante la Batalla de Fredericksburg, comandó una de las tres llamadas grandes divisiones - la "Gran División de la izquierda", que consistía en el Cuerpo I y VI. Franklin avanzó contra el flanco derecho confederado, comandado por el Teniente General Thomas J. "Stonewall" Jackson, a través del río Rappahannock al sur de Fredericksburg, Virginia. No logró reforzar a tiempo a su mayor subordinado, el general de división George G. Meade, y perdió la oportunidad de romper las posiciones confederadas. El comandante del ejército del Potomac, el general de división Ambrose E. Burnside, culpó personalmente a Franklin por este fracaso, aunque parece haber ejecutado sus órdenes con exactitud. Otros que estaban allí no estarían de acuerdo en que Franklin ejecutara sus órdenes con exactitud. "Si la gran división de la izquierda hubiera desempeñado vigorosamente su papel en el movimiento anterior, ¿podría alguien dudar del resultado? No puedo creerlo. Si Meade, Reynolds o Hancock hubieran estado al mando a la izquierda ese día, me siento seguro de que Fredericksburg habría sido registrada como una gloriosa victoria en lugar de una horrible matanza."