In der Innenpolitik zeigte der General große Grausamkeit und schaltete jegliche Opposition aus. Während seiner Machtergreifung wurden beim Massaker in Indonesien 1965–1966 nach verschiedenen Schätzungen zwischen 400.000 und einer Million Kommunisten und regierungskritische Studenten ermordet. Gleichzeitig mit ihrer Ermordung fand auch ein Völkermord an den Chinesen Indonesiens statt. Mehrere islamische Gruppen unterstützten aktiv das blutige Vorgehen gegen die Kommunisten.