Ook tijdens de Kosovo-oorlog werd de F-16 veelvuldig ingezet. Voor veel NAVO-landen betekende deze oorlog de eerste inzet van hun F-16's. Op 24 maart, de eerste dag van "Operatie Allied Force", haalde de Nederlandse F-16-vlieger Peter Tankink een MiG-29 neer met een AMRAAM-raket nadat een AWACS-vliegtuig het vliegtuig al van verre had zien aankomen. Deze MiG vloog met verschillende defecte boordsystemen, waardoor deze niet echt opgewassen was tegen een F-16. Niet alleen was dit de eerste keer dat een Nederlandse vlieger een vijandig toestel neerhaalde sinds de Tweede Wereldoorlog, ook was het de eerste keer dat een Nederlands toestel een lucht-lucht-raket gebruikte. Ook in de oorlog in Afghanistan wordt de F-16 weer veelvuldig ingezet ter ondersteuning van de grondtroepen.