Bowen wiederum wurde am 17. Juni 1901 zum Außerordentlichen Gesandten und bevollmächtigten Minister in Venezuela ernannt und legte dort am 24. August 1901 als Nachfolger von Francis B. Loomis sein Beglaubigungsschreiben vor. Er bekleidete diesen Posten bis zu seiner Abberufung am 1. Mai 1905, worauf William Worthington Russell am 22. August 1905 sein Nachfolger wurde. In seine Amtszeit fiel die Venezuela-Krise, eine diplomatische und militärische Auseinandersetzung zwischen Venezuela einerseits und dem Deutschen Reich, Großbritannien und Italien andererseits, zugleich aber auch Indikator und Austragungsfeld weltpolitischer Gegensätze zwischen den imperialistischen Mächten, insbesondere zwischen Deutschland und den USA. Die venezolanische Regierung unter Staatspräsident Cipriano Castro beauftragte Bowen als deren Vermittler. Bowen akzeptierte nach Rücksprache mit Washington das Mandat. Trotz dieser Regelungen erklärten die Interventionsmächte, denen sich inzwischen auch Italien angeschlossen hatte, am 20. Dezember die venezolanische Küste für blockiert. Mitte Januar 1903 begannen in Washington die Verhandlungen zwischen Bowen einerseits und den deutschen bzw. britischen Bevollmächtigten Hermann Speck von Sternburg und Michael Henry Herbert andererseits. Sie endeten am 13. Februar mit der Unterzeichnung der sogenannten "Washingtoner Protokolle". Darin erkannte Venezuela die prinzipielle Berechtigung aller Forderungen an und sicherte die sofortige Begleichung einiger Posten zu, andere sollten durch eine gemischte Kommission geprüft und abgewickelt werden.