C'est en 1830, avant l'Acte d'Union, que La Fontaine entre en politique active en se faisant élire député de Terrebonne à la Chambre d'assemblée du Bas-Canada. Partisan du Parti patriote, plutôt radical dans ses principes, dont celui de l'anticléricalisme, il se fait sensiblement plus pragmatique et porté au compromis à partir de novembre 1837, lors du déclenchement des hostilités de la rébellion au Bas-Canada. Selon Georges Aubin, il doute des chances de réussite de cette révolte, puisqu'il croit que le gouvernement britannique ne cèdera pas à la force, que les États-Unis n'accepteront pas de soutenir ce soulèvement et que le peuple du Bas-Canada ne le soutiendra pas non plus.