Attaccato dai ribelli dopo l'inizio della guerra civile, nel gennaio del 1938, dopo la conquista di Teruel, fu fatto prigioniero dall'esercito repubblicano. Rimase detenuto per quasi un anno e fu trasferito diverse volte. Nelle ultime settimane della guerra, nel mezzo della conquista della Catalogna a opera di Francisco Franco, Polanco venne giustiziato da una squadra militare repubblicana insieme ad altri prigionieri. È uno dei tredici vescovi uccisi nella zona repubblicana durante la guerra civile spagnola, vittima della persecuzione religiosa. La Chiesa cattolica lo considera un martire e lo venera con il titolo di beato.