Luther kuoli helmikuussa 1546. Vielä saman vuoden heinäkuussa puhkesi Schmalkaldenin liiton ja Kaarle V:n välille Schmalkaldenin sota. Kaarle V:n onnistui kukistaa protestanttiset ruhtinaat. Voitettuaan sodan hän saattoi sanella Augsburgin interimin, väliaikaisjärjestelyn, jossa protestantit joutuivat luopumaan kaikista uudistuksistaan lukuun ottamatta maallikkojen ehtoollista ja pappien avioliittoja. Tosin uudistukset sallittaisiin vain seuraavaan kirkolliskokoukseen saakka. Keisari kohotti puolelleen loikanneen Saksin herttua Moritsin vaaliruhtinaaksi. Takinkäännön takia protestantit alkoivat nimittää Moritsia "Meissenin Juudakseksi".