Οι Σπαρτιάτες επέβαλαν δεκαρχικό πολίτευμα μέχρι το 394 π.Χ., οπότε η Μυτιλήνη απόβαλε τους Σπαρτιάτες. Το 389 π.Χ., ο Θρασύβουλος εισέρχεται στην Μυτιλήνη ανεμπόδιστος και κυρίευσε τη Μήθυμνα που ήταν το προπύργιο των Σπαρτιατών στο νησί. Το νησί συμμετείχε στο Κορινθιακό πόλεμο ως μέλος της κορινθιακής συμμαχίας και με την Ανταλκίδειο ειρήνη το νησί αφέθηκε ελεύθερο. Το 369 π.Χ. προσέρχεται και πάλι στην Β' Αθηναϊκή Συμμαχία.