לאחר מהפכת אוקטובר הוא חזר לרוסיה, לאחר 1918 הוא השתקע בפולין שזה עתה זכתה בעצמאות. הוא היה אחד המנהיגים של הבונד בפולין בתקופה שבין מלחמות העולם. בספטמבר 1939 כשגרמניה הנאצית פלשה לפולין וברית המועצות פלשה לשם מהכיוון השני, מצא אלטר את עצמו בצד הסובייטי. ב-29 בספטמבר 1939 הוא נעצר על ידי נ.ק.ו.ד.. ב-1941 הוא נידון למוות, אך עונשו הומר בעשר שנות מאסר. הוא שוחרר מהכלא לאחר פלישה גרמנית לברית המועצות.