Au , l'âge des Grandes découvertes, les puissances européennes cherchent à accéder directement aux Moluques, région productrice d'épices. En 1511, les Portugais de Goa conquièrent Malacca et s'y établissent. Les Néerlandais les chassent en 1605. Au , ils éliminent leur rival dans l'Est de l'archipel, dans ce qui deviendra le royaume de Gowa, et s'établissent à Java. L'île est minée par les guerres de succession du royaume de Mataram qui cède peu à peu une partie de ses territoires aux Néerlandais. Au , les colonisateurs peuvent commencer l'exploitation économique de l'île et imposer leur loi au reste de l'archipel. Un mouvement national naît au début du . En 1945, Soekarno et Mohammad Hatta proclament l'indépendance de l'Indonésie. Les années 1950 sont marquées par de nombreux mouvements séparatistes. À la suite des événements de 1965-66, le général Soeharto prend le pouvoir. Il démissionne en 1998, ce qui permet au pays d'entamer le début d'un processus de démocratisation.