Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους της Δ΄ Σταυροφορίας βρέθηκε στην Νίκαια Βιθυνίας, προφανώς ακολουθώντας το ρεύμα μετανάστευσης από τις λατινοκρατούμενες, προς τις υπό βυζαντινό έλεγχο, περιοχές. Εκεί οι αρετές του, αλλά και η ευγενική του καταγωγή εκτιμήθηκαν από τον Θεόδωρο Α΄, ο οποίος τίμησε τον νεαρό Ιωάννη με το αξίωμα του πρωτοβεστιάριου (επικεφαλής του πρώτου τμήματος της αυτοκρατορικής φρουράς). Τέλος, ελλείψει άρρενος διαδόχου, ο Θεόδωρος Α΄ επέλεξε τον Ιωάννη ως διάδοχό του δίδοντάς του την κόρη του Ειρήνη ως σύζυγό του.