Во время вторжения Наполеона в Россию командовал X прусско-французским корпусом, который прикрывал левый фланг Великой армии. Заняв Курляндию, Макдональд всю кампанию простоял под Ригой и присоединился к остаткам наполеоновской армии во время её отступления.