En 1998, une nouvelle guerre éclata entre la Serbie et le Kosovo, une province serbe autonome qui souhaitait accéder à l'indépendance. Des groupes d'Albanais partisans de la sécession constituèrent l'Armée de libération du Kosovo et menèrent des attaques contre les forces serbes. Ces dernières réprimèrent le mouvement et procédèrent à un nettoyage ethnique à l'encontre de la population albanaise. Les dirigeants de l'OTAN ne souhaitaient pas s'impliquer dans ce conflit et la Russie annonça qu'elle mettrait son veto à toute résolution des Nations unies autorisant une intervention militaire, mais la plupart des conseillers de Clinton étaient favorables à une nouvelle intervention dans les Balkans. Afin d'obliger Milošević à se mettre à la table des négociations, Clinton ordonna une campagne de bombardement contre l'armée serbe en . Milošević refusa néanmoins de capituler et l'OTAN intensifia les bombardements ; Belgrade, la capitale serbe, fut complètement dévastée. De plus en plus contesté en interne, Milošević accepta finalement de retirer ses troupes et autorisa le déploiement d'une force de maintien de la paix dirigée par l'OTAN au Kosovo. Le statut de cette région fit l'objet de vifs débats dans les années suivantes ; quant à Milošević, il fut renversé en .