Po raz pierwszy na arenie międzynarodowej Marcus Hellner pojawił się 23 lutego 2003 r. w miejscowości Hakarpspojkarna, gdzie w zawodach juniorów zwyciężył w biegu na 20 km techniką dowolną. W 2004 roku wystąpił na mistrzostwach świata juniorów w Stryn, gdzie zajmował miejsca w trzeciej dziesiątce. Rok później, na mistrzostwach świata juniorów w Rovaniemi zajął 28. miejsce w biegu na 10 km stylem dowolnym, a w biegu łączonym na 20 km był piętnasty. W tym samym roku zdobył mistrzostwo kraju w kategorii juniorów w biegu na 30 kilometrów stylem dowolnym.