Efter några magra år i andra team fick Herta 2003 chansen i IndyCar Series med Andretti Green Racing, sedan Dario Franchitti skadats. Han gjorde det så pass bra att han fick chansen att bli en permanent förare i teamet, bredvid Tony Kanaan, Dan Wheldon och Franchitti. Hans första ovalseger på högsta formelbilsnivå kom det första året på Kansas Speedway, och han vann även på Michigan International Speedway 2005. Han tog även sin bästa placering i Indianapolis 500 med AGR-teamet 2005 med en tredjeplats. Hans placeringsrad totalt i mästerskapet var 13-9-8-11, vilket inte räckte för att behålla sin IndyCarstyrning med teamet för 2007, då han istället blev en av stallets förare i American Le Mans Series. Han fann sig dock aldrig tillrätta i sportvagnstävlingarna, utan fick sparken från teamet i början av 2008 tillsammans med sportvagnsstallkamraten Christian Fittipaldi.