13 июня 2011 года «Манчестер Юнайтед» объявил о подписании контракта с Джонсом. Футболист заключил с чемпионами Англии пятилетний контракт. 7 августа провёл свой первый официальный матч за «Юнайтед», выйдя на замену во втором тайме Суперкубка Англии против «Манчестер Сити». 13 августа дебютировал за «Манчестер Юнайтед» в Премьер-лиге, заменив получившего травму Рио Фердинанда в матче против «Вест Бромвича» в первом туре чемпионата. 22 августа впервые вышел в стартовом составе «Манчестер Юнайтед» в матче против «Тоттенхэма» на «Олд Траффорд», который завершился со счётом 3:0 в пользу хозяев поля. 10 сентября Джонс сделал две голевые передачи на Уэйна Руни в матче против «Болтон Уондерерс», завершившимся победой красных дьяволов со счётом 5:0. 16 октября в выездном матче против «Ливерпуля» Джонс сыграл в центре полузащиты — на этой позиции он уже играл в «Блэкберне». 3 декабря Фил Джонс забил свой первый гол в профессиональной карьере в матче против «Астон Виллы»; этот гол стал для «Юнайтед» победным в матче, завершившимся со счётом 1:0. 29 июня 2015 года Джонс подписал новый контракт с «Манчестер Юнайтед» до 2019 года, затем ему был предложен новый четырёхлетний контракт, истекающий в 2023 году.