Měl podíl i na vzniku Československa. Nebyl jedním z „mužů 28. října“, ale podpořil jejich úsilí brannou mocí. Když došlo v Praze k vyhlášení samostatnosti, vypravil se místodržitel Českého království Max Julius Coudenhove urychleně z Vídně do Prahy, aby udržel celistvost monarchie. Vlastimil Tusar o tom z Vídně informoval Scheinera. Ten se skupinou Sokolů očekával místodržitele na nádraží, společně jej zadrželi a dopravili do jeho bytu, kde zůstal pod jejich dohledem v domácím vězení. Tím mu znemožnili zorganizovat vojenský odpor. Poté začal Scheiner shromažďovat důstojníky, s jejichž pomocí založil první české vojenské velitelství. Stal se správcem československých vojsk a předsedou Výboru národní obrany. Dne 8. listopadu 1918, v den výročí bitvy na Bílé hoře přijal na Staroměstském náměstí první slavnostní přísahu československého vojska. U vojáků si vážil odbornosti, nikoho bezdůvodně nepodezíral z rakouských sympatií. Po vzniku ministerstva národní obrany byl jmenován prvním inspektorem branné moci. Organizoval odeslání prvních vojenských jednotek do války o Slovensko. Úřad zastával od prosince 1918 do června 1919, poté se vrátil do Sokola. Soukromě považoval své sesazení z armádních funkcí za nespravedlivé a byl z něj zklamaný.