Durant la Guerra de Bòsnia (1992–1995) uns 6,000 Bosníacs van ser expulsats de les seves cases, mentre molts serbis de Croàcia van buscar assentament en Bosanska Dubica. El pont entre Bosanska Dubica i Hrvatska Dubica va ser destruït des del costat bosnià. Durant la guerra la ciutat va romandre sota setge del Consell de Defensa Croat en l'operació fallida anomenada Operacija Una 95. El 18 de setembre de 1995, l'exèrcit croat va fer un descens a través del Riu Una prenent control d'algunes parts de Bosanska Dubica. L'endemà, el 19 de setembre, unitats de l'Exèrcit de la Republika Srpska van forçar l'exèrcit croat enrere sobre el riu. Després de la Guerra de Bòsnia la ciutat va ser rebatejada com a Kozarska Dubica (Козарска Дубица) per les autoritats de la Republika Srpska.