Keurvorst Johan Frederik I (1503-1554) had ook een warme verhouding met Luther en speelde een belangrijke rol in de Schmalkaldische Oorlog tussen het protestantse Schmalkaldisch Verbond en de katholieke keizer Karel V. Johan Frederik werd gevangengenomen en ter dood veroordeeld, maar het vonnis werd teruggedraaid tot levenslange gevangenschap. Wel verloor hij Saksen en de keurvorstelijke rechten aan hertog Maurits van Saksen, waarmee het keurvorstendom overging van de Ernestijnse op de Albertijnse linie.