Contemporaneamente agli sbarchi alleati sul continente, si concretizzò il piano di occupazione della penisola da parte della "Wehrmacht" (Operazione Achse) già predisposto in precedenza nel caso di una defezione dell'Italia dalla guerra. I militari italiani che si trovavano sotto il controllo tedesco furono disarmati e tradotti in Germania come Internati Militari Italiani, mentre i reparti che resistettero ai tentativi di disarmo, nonostante i tentativi di difesa delle posizioni a loro assegnate, vennero travolti. La maggioranza delle navi della Regia Marina, ad eccezione della nave da battaglia "Roma" affondata dai tedeschi, riuscì a sottrarsi alle mire tedesche e a consegnarsi agli Alleati nell'isola di Malta, mentre parecchio naviglio minore ed alcune grandi unità in riparazione come la corazzata Cavour, l'incrociatore Bolzano, la portaerei Aquila e parecchio naviglio minore in costruzione caddero in mano dei tedeschi. Anche molti aerei della Regia Aeronautica, soprattutto trasporti ed idrovolanti dotati di maggiore autonomia, raggiunsero le zone controllate dagli Alleati e vennero poi presi in carico dalla neocostituita Aeronautica Cobelligerante Italiana.