W przeszłości Sasebo było małą wioską rybacką z populacją ok. 4 tys. mieszkańców, kontrolowaną przez domenę Hirado, aż do końca okresu Meiji (1868–1912). Mniej więcej w tym czasie późniejszy admirał Heihachirō Tōgō (1848–1934), zdecydował o budowie w tym miejscu bazy marynarki wojennej ze względu na: chroniony, głębokowodny port, pobliskie kopalnie węgla i geograficzną bliskość do Chin i Korei. Od 1889 r., baza rozpoczęła działalność jako kwatera główna Trzeciego Okręgu Morskiego Cesarskiej Marynarki Wojennej Wielkiej Japonii. Sasebo stało się głównym portem japońskiej marynarki wojennej podczas pierwszej wojny chińsko-japońskiej (1894–1895) i wojny rosyjsko-japońskiej (1904–1905). W 1905 roku okręty pod dowództwem admirała Tōgō wypłynęły stąd po zwycięstwo nad flotą rosyjską w bitwie pod Cuszimą.