משימתו הראשונה של קוקס הייתה פיקוד על מחנה טירונים ליד קולומבוס ולאחר מכן על בריגדת קאנאווה של מחלקת אוהיו, המחוז הצבאי של מדינות הצפון. הבריגדה הצטרפה למחלקת וירג'יניה המערבית ולחמה בהצלחה במערכת עמק קאנאווה בפיקודו של מייג'ור גנרל ג'ורג' מקללן. ב-1862 עברה הבריגדה לוושינגטון הבירה, שם היא סופחה ל בפיקודו של , אך היא עוכבה על ידי מקללן ולא השתתפה ב עם שאר כוחות הארמייה. בראשית , הפכה הבריגדה של קוקס לדיוויזיית קאנאווה במסגרת הגיס התשיעי של ארמיית הפוטומק. במערכת מרילנד כבשו אנשיו של קוקס את העיר החשובה פרדריק, מרילנד, וקוקס הוביל את התקיפה על אנשי צבא הקונפדרציה ב-14 בספטמבר 1862 ב. כאשר נהרג מפקד הגיס, מייג'ור גנרל ג'סי ל. רינו בקרב זה, לקח קוקס על עצמו את הפיקוד על הגיס. הוא הציע למייג'ור גנרל , שהיה באופן רשמי המפקד של הגיס התשיעי, אך פיקד על גף של שתי גייסות של הארמייה, שיותר לו לשוב לפקד על הדיוויזיה שלו, תפקיד שהיה מתאים יותר לניסיונו בפיקוד צבאי. ברנסייד דחה את ההצעה, אך פיקח על קוקס בקרב אנטיאטם. ברנסייד התיר לקוקס לבצע את כל הפקודות שהתקבלו ממקקלן, בעוד שהוא נותר מאחורי הקווים. התקדמות הגיס התשיעי בפיקודו של קוקס תוך דקות הוכרעה על ידי האגף הימני של הדרומיים בקרב אנטיאטם, כאשר הם הוכו על ידי הדיוויזיה של , שאילצה את כוחותיו של קוקס לסגת קרוב לקווי צבא האיחוד.