פרס גלובוס הזהב עבור הסרט הטוב ביותר -הנפשה הוענק בפעם הראשונה בטקס פרסי גלובוס הזהב ה-64 בשנת 2007. זו הייתה הפעם הראשונה שפרסי גלובוס הזהב יצרו קטגוריה נפרדת עבור סרטי אנימציה מאז הקמתם. המועמדים מוכרזים בינואר וטקס הפרסים מתקיים מאוחר יותר באותו החודש. בתחילה, רק שלושה סרטים היו מועמדים לסרט האנימציה הטוב ביותר, בניגוד לחמישה מועמדים במרבית הפרסים האחרים. הסרט של אולפני פיקסאר, "מכוניות" היה הזוכה הראשון בפרס. פרס סרט האנימציה הטוב ביותר לאחר מכן ניתן לאולפני פיקסאר שבע פעמים: "רטטוי" קיבל את הפרס ב-2008, "וול-E" קיבל את הפרס ב-2009, "למעלה" קיבל את הפרס ב-2010, "צעצוע של סיפור 3" זכה ב-2011, "אמיצה" זכה ב-2013, ו"הקול בראש" זכה ב-2016. ב-2012, "מכוניות 2" הפסיד ל"", ב2014, "בית ספר למפלצות" היה הראשון שלא זכה במועמדות וגם בשנת 2016, "הדינוזאור הטוב" הפסיד ל"הקול בראש". בשנת 2017, "מוצאים את דורי" גם לא זכה במועמדות. בשנת 2018 "קוקו" קיבל את הפרס. ובשנת 2019 "משפחת סופר על 2" הפסיד ל"". איגוד העיתונאים הזרים בהוליווד נותן חסות לטקס פרסי גלובוס הזהב משנת 1944.