Für 1943 war eine große Kaukasus-Expedition geplant ("Sonderkommando K"), was allerdings durch die Niederlage bei Stalingrad verhindert wurde. Der geplante Umfang zeigte, wie hoch Schäfer in der Gunst Himmlers stand. April 1943 fand eine Abgrenzung der Geisteswissenschaften (geleitet von Walther Wüst) und Naturwissenschaften (geleitet von Schäfer) im Ahnenerbe statt.