V září 1939 byla pevnost dobyta Němci, přičemž byla poškozena Citadela i Bílý palác. Když v důsledku paktu Ribbentrop–Molotov došlo k ustavení nové hranice na řece Bug, připadla hlavní část pevnosti ležící na východním břehu této řeky Sovětskému svazu. Opevnění na západním břehu Bugu ovládali Němci, kteří i z tohoto místa přepadli 22. června 1941 centrální pevnost. Obrana pevnosti Brest se tak stala jednou z prvních významných bojových střetnutí Velké vlastenecké války. V roce 1965 obdržel Brest titul Město-hrdina a v roce 1971 byla pevnost přeměněna na památník.