В сентябре 1918 года во время боев за Казань Маркин возглавил операцию по высадке десанта. Под прикрытием артиллерийского огня четыре канлодки Волжской флотилии подавили пулемётным огнём расчеты артиллерийских батарей белых и высадили на пристани десант под командованием Н. Г. Маркина, который отбросил силы противника в город, но после того, как из городского кремля по десанту и кораблям был открыт сильный артиллерийский огонь, десантники вернулись на корабли, захватив с собою замки от шести из восьми неприятельских орудий. Потери десанта были незначительны.