Der Sohn des Schriftstellers Heinrich Zschokke erhielt seine Schulbildung in Aarau und absolvierte dort die Kantonsschule. Anschliessend studierte er Ingenieurwesen am Eidgenössischen Polytechnikum in Zürich (heutige ETH Zürich) und an der Technischen Hochschule (Berlin-)Charlottenburg, wo er unter anderem auch an der 48er-Revolution teilnahm. 1853 erhielt Zschokke seine erste Anstellung als Ingenieur der Schweizerischen Centralbahn in Solothurn. 1857 unternahm er eine Studienreise durch mehrere europäische Länder. Daraufhin liess er sich in Aarau nieder, wo er 1859 die Leitung einer Filiale von Locher &amp; Cie. übernahm.