19 июня 1941 года арестован и выслан в Вятлаг. Там 13 февраля 1942 года было предъявлено обвинение: Гайлитис был участником Борьбы за независимость Латвии; как депутат Конституционного Собрания участвовал в разработке аграрной реформы; айзсаргс; директор банка. На основании статьи 58 УК РСФСР приговорён к расстрелу. Умер в Вятлаге 14 июля 1942 года.