Va debutar amb l'equip nacional de Suècia el 9 de març del 2005 en un partit contra la selecció alemanya. Seger ha disputat des de llavors, més d'un centenar de partits amb la seua selecció. Va ser nomenada capitana de Suècia el 2009 i més tard va compartir aquesta tasca amb Lotta Schelin. Seger ha representat el seu país a les Eurocopes del 2005, el 2009 i el 2013, així com als Mundials del 2007, el 2011 i el 2015. També ha disputat les Olimpíades del 2008 i el 2012.