В конце 1986 года переведён из Советской Армии во Внутренние войска МВД СССР, 24 декабря назначен начальником Главного управления Внутренних войск МВД СССР. Позднее, после реорганизации управления войсками, с 15 октября 1990 года должность стала именоваться — командующий Внутренними войсками МВД СССР. На период командования Ю. В. Шаталиным Внутренними войсками МВД на их долю пришлось участие в многочисленных межнациональных конфликтах на территории СССР — Карабахский конфликт (1987—1991), конфликты в Армении и в Азербайджане (с 1988), грузино-абхазский конфликт (с 1989), Ферганские погромы (1989), Ошские события 1990 года и другие. Лично вылетал в большинство «горячих точек» (например, в 1989 году находился в командировках 212 суток). Внутренние войска МВД в те годы неофициально называли «воюющими войсками».