El a fost selecționat la lotul echipei naționale de seniori pentru Campionatul European din 2008. Harnik played in all three group games but the co-hosts were eliminated in the group stage. La data de 2 septembrie 2011, Harnik a marcat împotriva Germaniei în înfrângerea 6-2 de pe Veltins-Arena din Gelsenkirchen. Victoria ar fi însemnat calificarea Austriei la Campionatul European din 2012.