În 1996 cineastul și redactorul agenției de presă ORF Gerald Lehner a găsit în arhivele americane legitimația de membru SS a lui Harrer. Alpinistul austriac s-a alăturat trupelor paramilitare Sturmabteilung (SA) în octombrie 1933. După Anschluss-ul din martie 1938, când Germania a anexat Austria, el s-a înscris la 1 aprilie în trupele "Schutzstaffel" (SS). A avut rangul de "Oberscharführer" (sergent) și pe 1 mai 1938 a devenit membru al Partidului Nazist. După ascensiunea lor pe versantul nordic al muntelui Eiger, cei patru alpiniști au fost primiți de Adolf Hitler și s-au fotografiat cu el. Harrer a declarat mai târziu că a purtat uniforma SS doar o singură dată, în ziua căsătoriei sale cu Charlotte Wegener, fiica celebrului explorator și savant Alfred Wegener. După întoarcerea în Europa, în 1952, Harrer a fost absolvit de orice vinovăție pentru crimele de război și a fost susținut ulterior de Simon Wiesenthal. În memoriile sale, "Beyond Seven Years in Tibet", Harrer a considerat înscrierea lui în Partidul Nazist o greșeală făcută în tinerețe, când încă nu învățase să gândească de unul singur.