Au cours de l'année 1796, alors que sa division stationne dans la région d'Aix-la-Chapelle, Morlot se brouille avec un représentant de l'administration militaire et est relevé de ses fonctions. Réintégré peu après, il oscille plusieurs années entre commandements de l'intérieur et périodes d'inactivité. Il retrouve les champs de bataille en 1808 en se voyant confier une division de recrues destinée à la guerre d'Espagne. Ses soldats sont engagés à la bataille de Tudela ainsi qu'au second siège de Saragosse, où le général contracte une fièvre qui lui est fatale ; il meurt le . Enterré au cimetière du Père-Lachaise, son nom est inscrit sur l'arc de triomphe de l'Étoile à Paris.