В 1943 году Бабенко окончил ускоренный курс Военной академии имени М. В. Фрунзе. Вернулся в 18-ю армию и был назначен на должность командира полка, который позднее стал 333-м гвардейским. Участвовал в боях на Малой земле. Освобождал города и сёла Украины.