En el el lento declive de Fresdelval se transforma en la rápida y completa ruina del monasterio. Iniciada la centuria con la guerra de la Independencia, el 10 de noviembre de 1808 el edificio es saqueado y destruido como consecuencia de la victoria francesa en la batalla de Gamonal. Pese a que la comunidad religiosa regresa en 1814 ya jamás se recuperará de las consecuencias de la contienda, de hecho el reinstaurado culto se celebra en la primitiva sacristía debido a que la iglesia, arruinadas sus bóvedas, permanecerá ya para siempre sin cubierta.