Лопеш привлекался в молодёжную сборную Португалии. Он был включён в окончательную заявку на чемпионат Европы 2012. 2 июня 2012 года Мигел дебютировал за национальную сборную Португалии в проигранном товарищеском матче 3:1 против сборной Турции в Лиссабоне.