Pemberontakan Kazaki Chmielnicki (1648–1657) mengungkung kawasan tenggara tanah jajahan Mahkota Polandia. Pemberontakan ini berdampak buruk dalam jangka panjang terhadap negara Persemakmuran Polandia-Lituania. Hak "liberum veto" (hak setiap anggota Sejm untuk serta-merta membubarkan sidang yang sementara berlangsung) untuk pertama kalinya dipakai oleh seorang deputi pada tahun 1652. Praktik ini pada akhirnya melemahkan pemerintahan pusat Polandia secara kritis. Dalam Perjanjian Pereyaslav (1654), kaum pemberontak Ukraina menyatakan diri sebagai kawula Tsar Rusia. Perang Utara kedua berkecamuk di kawasan pusat negeri Polandia selama kurun waktu 1655–1660. Perang ini juga meliputi aksi invasi terhadap Polandia yang sedemikian brutal dan menghancurkannya sampai-sampai disebut sebagai Air Bah Swedia. Perang ini diakhiri pada tahun 1660 dengan Perjanjian Oliva, yang mengakibatkan Polandia harus melepas beberapa daerah yang terletak di kawasan utara wilayahnya. Pada tahun 1657, Perjanjian Wehlau-Bromberg menetapkan kemerdekaan Kadipaten Prusia. Angkatan Bersenjata Persemakmuran Polandia-Lituania mampu mengimbangi kekuatan tempur lawan dalam Perang Rusia-Polandia 1654–1667, tetapi perang ini berakhir dengan pembagian wilayah Ukraina secara permanen antara Polandia dan Rusia, sebagaimana yang telah ditetapkan dalam Kesepakatan Andrusovo (1667). Menjelang perang berakhir, Rokosz Lubomirski, salah seorang pembesar utama, memberontak melawan raja. Aksi pemberontakan ini benar-benar menggoyahkan kekuatan negara. Perampasan budak belian yang dilakukan secara besar-besaran oleh orang Tatar Krimea juga berdampak sangat buruk bagi perekonomian Polandia. "Merkuriusz Polski", surat kabar Polandia yang pertama, terbit pada tahun 1661.