Vuonna 1993 Ibrahim Babangidan johtama sotilashallitus piti presidentinvaalit, mutta niiden lopputulos mitätöitiin Moshood Abiolan voitettua ja muutaman kuukauden kuluttua kenraali Sani Abacha otti vallan. Abachan aikana kuoli ja katosi paljon toisinajattelijoita, mm. Ken Saro-Wiwa. Abachan kuoltua 1998 hänen seuraajansa Abdulsalami Abubakar järjesti vaalit, jotka voitti Olusegun Obasanjo. Samana vuonna alkoivat yli kaksi vuosikymmentä kestäneet levottomuudet Nigerin suistossa, joissa paikallisten heimojen militiat tekivät vastarintaa öljyteollisuudelle ja Nigerian hallitukselle.