El interés en la aventura de Sarah Emma Edmonds había despertado en su juventud por la lectura de un libro de Maturin Murray Ballou titulado "Fanny Campbell, la Capitana Pirata", que cuenta la historia de Fanny Campbell y sus aventuras en un barco pirata durante la Revolución americana vestida de hombre para perseguir aventuras, a lo que Edmonds atribuyó su deseo de imitarla. Tras iniciarse la Guerra Civil, el 25 de mayo de 1861 se alistó en la Compañía F de la 2.ª Infantería de Míchigan, también conocida como Flint Union Greys. En su segunda adopción de una identidad masculina, dio el falso nombre de "Franklin Flint Thompson," el segundo nombre posiblemente en referencia a la ciudad donde se alistó, Flint, Míchigan. Sentía que era su deber servir al país, siendo verdaderamente patriótica hacia su nuevo país. En la época los éxamenes físicos para el alistamiento eran superficiales, por lo que no fue descubierta. Al principio sirvió como enfermero de campo, participando en varias campañas bajo el generalMcClellan, incluyendo la Primera y Segunda batalla de Bull Run, Antietam, Campaign, Vicksburg, Fredericksburg, y otras. Aun así, algunos historiadores actuales ponen en duda que pudiera haber estado en todas ellas.