В декабре 1999 гватемальская правозащитница Ригоберта Менчу (её отец Висенте Менчу погиб при сожжении испанского посольства) обратилась в Национальный суд Испании с просьбой привлечь к ответственности группу гватемальских военных и полицейских, включая Альвареса Руиса. С 2004 года действует международный ордер на его арест по обвинениям в геноциде майя и организации политических убийств. Однако попытки задержания в США и Мексике не дали результатов. С 2012 года Дональдо Альварес Руис скрывается от международного розыска, его местонахождение доподлинно неизвестно. При этом в самой Гватемале ордер на его арест аннулирован в 2007 решением Конституционного суда.