Selon Smith et Kudrna, Werneck fut présent au combat d'Aldenhoven le et à la bataille de Neerwinden le 18 mars, mais Enzenthal n'en fait pas mention. Il fut transféré sous les ordres du général Jean-Pierre de Beaulieu en février 1793 et prit part à la bataille de Famars le 23 mai, puis au siège de Valenciennes du 25 mai au 27 juillet. Il servit également au siège de Dunkerque et se distingua dans un combat sous les murs de la ville le 24 août, ce qui lui valut les compliments du duc d'York. Sa brigade fut affectée au corps du général Alvinczy au printemps 1794, et elle faisait partie de la réserve lors du combat du Cateau-Cambrésis le 29 mars de la même année. Après le siège de Landrecies en avril, il prit part à divers combats dans le courant du mois de mai et fut élevé au grade de feld-maréchal-lieutenant le 28 de ce mois. Quelques jours plus tard, le 2 juin, il battit la division du général Fromentin près de Charleroi et s'empara de Gosselies le lendemain. Il commanda encore une colonne à la première bataille de Fleurus le 16 juin 1794 mais dut suivre la retraite de l'armée sur le Rhin. Werneck obtint peu après un commandement en Hollande et tenta vainement de s'opposer à la prise de Nimègue par les Français.