A su regreso, Albania se encontraba ocupada por Italia. Por esta razón, Shehu se afilió al Partido Comunista de Albania y a la Resistencia albanesa, primero contra los italianos y después contra la Wehrmacht nazi. Debido a su experiencia militar en la Guerra Civil Española, en agosto de 1943 fue nombrado comandante del movimiento partisano dirigido por Enver Hoxha. Albania quedó liberada el 17 de noviembre de 1944 y se estableció un gobierno provisional, el Consejo Antifascista de Liberación Nacional, como antesala de la proclamación de la República Democrática de Albania. En 1946, finalmente, se proclama la República Popular de Albania y se consolida el socialismo.