Едно от първите писмени сведения за града през този период оставя османският пътешественик Хаджи Калфа, посетил града в средата на 16 век и го отбелязал с името "Бургас". В периода след Битката при Лепанто през 1571 година Пиргос е важен корабостроителен център. Пътешественикът Евлия Челеби споменава през 1656 година за две пристанища в селището: едно при Порос за големите и другото при Пиргос, в района на днешното пристанище, за по-малките кораби. Както османският хронист Хаджи Али пише в своя походен дневник ("Fethname-i Kamaniçe"), султан Мехмед IV посещава през 1672/73 година Термополис на път за Полша (виж Полско-турска война (1672-1676)). През 1673 година една част от арменците, депортирани от района на бойните действия, се заселват в Бургас. Те са посетени две години по-късно от арменския архиепископ Мардирос Кримечи, оставил кратко описание на града.