Yeboah to wieloletni reprezentant Ghany. Brał udział w Pucharze Narodów Afryki 1992, rozgrywanym w Senegalu. Strzelił gola w grupowym meczu z Egiptem, a jego reprezentacja zajęła 1 miejsce w grupie z 4 punktami na koncie. W ćwierćfinale Ghana podejmowała Kongo. Yeboah wpisał się na listę strzelców już w 29 minucie, otwierając wynik spotkania, Ghana wygrała ten mecz 2:1 i awansowała do półfinału. Tam czekała reprezentacja Nigerii z rewelacyjnym Rashidim Yekini, czy Mutiu Adepoju. Mecz zakończył się wynikiem 2:1 i Ghana awansowała do finału, w którym zmierzyła się z Wybrzeżem Kości Słoniowej. W regulaminowym czasie było 0:0, więc spotkanie musiały rozstrzygnąć rzuty karne. Yeboah wykorzystał swoją jedenastkę, a spudłował Anthony Baffoe. Ghańczycy przegrali 10:11 i zajęli drugie miejsce w turnieju. Tony ze swoimi dwoma golami zajął drugie miejsce w klasyfikacji najlepszych strzelców turnieju. Również w Pucharze Narodów Afryki 1994 Yeboah miał swój udział. Zagrał dwa mecze, a Ghana musiała pożegnać się z turniejem już po fazie grupowej. Puchar Narodów Afryki 1996 był dla tej reprezentacji bardziej udany. Ghana wyszła z kompletem punktów z grupy D, po drodze pokonując Wybrzeże Kości Słoniowej 2:0 (bramka Yeboaha w 20 minucie), Tunezję 2:1, oraz Mozambik 2:0. W ćwierćfinale Ghana trafiła na Zair (dzisiaj Demokratyczna Republika Konga), z którym po bramce Yeboaha w 22 minucie, wygrała 1:0. W półfinale Yeboah i spółka musieli uznać wyższość reprezentacji Republiki Południowej Afryki, doznając klęski 0:3. Również meczu o 3 miejsce nie udało się wygrać. Ghana przy 80 000 publiczności na stadionie w Johannesburgu poległa 0:1 z Zambią, po bramce Johnsona Bwalyi i zakończyła turniej z 4 miejscem. Łącznie, w reprezentacji Ghany Yeboah rozegrał 59 meczów i strzelił 26 bramek.