De 1979 à 2005, il a effectué des dizaines de voyages plus ou moins officiels, doublant souvent la diplomatie officielle du Saint-Siège. C’est lui qui fut envoyé chez Fidel Castro, au Rwanda en plein génocide, dans Jérusalem en crise, au cœur de la Chine communiste ou auprès de Saddam Hussein : le Saint-Siège, opposé à l'invasion de l'Irak de 2003, envoie le cardinal Etchegaray auprès des autorités irakiennes pour les persuader de coopérer avec les Nations unies afin d'empêcher la guerre, sans succès.