Pochodził z rodziny chłopskiej. Niewiele wiadomo o wczesnych latach jego życia. Przypuszcza się, że panieńskie nazwisko matki brzmiało Sinclair, gdyż Knox, w chwilach zagrożenia, często używał tego nazwiska. Jego dziadkowie i ojciec walczyli przeciw oddziałom Henryka VIII pod Flodden.