Im Zweiten Weltkrieg wurde die Kirche durch Luftangriffe und Artilleriefeuer schwer beschädigt und teilweise zerstört. Während des Großangriffs auf Aachen in der Nacht vom 13. zum 14. Juli 1943 wurden die Sakristei, das Pfarrheim und das Pfarrhaus von Brandbomben getroffen und brannten aus. Bei dem Fliegerangriff auf Burtscheid am 11. April 1944 wurden außer der Herz-Jesu-Kirche auch St. Johann und St. Michael in Burtscheid zerstört. Während der letzten Kriegstage in Aachen war die Kirche am 21. Oktober 1944 erneut das Ziel von schwerem Artilleriebeschuss. Zum Kriegsende waren die Kuppel und Teile des Daches der Kirche eingestürzt, die Sakristei, die Apsis an der Südfassade und der "Josefsaltar" zerstört, der Hauptturm und das Altarmosaik stark beschädigt. Notdürftig wurde die erhalten gebliebene "Kreuzwegkapelle" vom zerstörten Kirchenraum abgetrennt, so dass am 26. November 1944 bereits wieder der erste Gottesdienst abgehalten werden konnte.