Profesyonel kariyerine 2001 yılında Cruzeiro kulübünde başladı. Daha sonra Botafogo'da oynadı. Michael Petković'in yediği hatalı goller sonrasında gönderilmesi sonucu Botafogo'dan Trabzonspor'a transfer edilen Jefferson, burada beklenen performansı gösteremeyince yedek kaleciliğe düştü ve daha sonra da Konyaspor'a satıldı. Bir sezon da burada oynayan kaleci daha sonra ülkesine dönerek eski takımı Botafogo ile anlaştı. Bu takımda tekrar başarılı bir performans yakalayan oyuncu 2011 Copa América'da ilk kez Brezilya millî futbol takımı forması giyme şansı buldu.