Joffren ja sotaministeri Gallienin välille syntyi erimielisyyksistä Verdunin kaupunkia suojanneiden keskeneräisten linnoitusten rakentamisesta. Saksalaisten helmikuussa 1916 käynnistämä suuri hyökkäys Verdunia vastaan osoitti ranskalaisten puutteellisen varautumisen. Joffrea syyttänyt Gallieni jäi ilman muun hallituksen tukea ja joutui eroamaan, mutta myös Joffren oma uskottavuus koki kolauksen. Kesän 1916 Sommen hyökkäyksen huono menestys vahvisti tyytymättömyyttä. Joffrea arvosteltiin rajusti parlamentissa, hallitus alkoi marraskuussa 1916 suunnitella sodanjohdon uudelleenjärjestelyä ja joulukuun alussa uudeksi sotaministeriksi tuli Joffren kanssa huonosti toimeen tullut kenraali Hubert Lyautey. Joffre painostettiin lopulta eroamaan ylipäällikkyydestä 26. joulukuuta 1916, mutta julkisen skandaalin välttämiseksi hänet palkittiin samalla marsalkan sotilasarvolla. Hänen seuraajakseen tuli kenraali Robert Nivelle.