清康熙三十六年（1697年）和乾隆二十二年（1757年），喀爾喀蒙古和準噶爾汗国先後被清朝征服，清帝國與俄羅斯帝國，最終瓜分了蒙古區域。康熙二十八年（1689年）跟俄国簽訂的《尼布楚條約》中，曾屬於蒙古的貝加爾湖以東地區被康熙皇帝最終承認属于俄國；清雍正五年（1727年）的《布連斯奇條約》和《恰克圖條約》，亦划定貝加爾湖地区归俄羅斯帝國所有。1908年6月30日，在湖西北方800公里處發生了通古斯大爆炸，部分影響了湖附近的森林。