Das Ausscheiden der Südstaaten aus der Union und die Bildung der Konföderation führte 1861 zum Amerikanischen Bürgerkrieg. Der Krieg hatte von Anfang an starke Auswirkungen auf die Situation der Sklaven. Da ihre Herren abgelenkt waren, gelang vielen die Flucht. Viele sahen in Lincoln ihren Befreier. Nach Kriegsbeginn fielen die Preise für Sklaven. Zunächst nur geringfügig, aber nach der Ersten Schlacht am Bull Run stürzten sie um 17 %. Obwohl die Schlacht für den Süden siegreich verlief, war sie das Symbol dafür, dass Lincoln bereit war, militärisch in das Gebiet der Konföderation einzudringen. Während des Krieges eroberte die Union im April 1862 New Orleans mit dem zentralen Sklavenmarkt des Südens, was erhebliche Auswirkungen auf die Wirtschaft der Konföderation hatte. Im selben Monat wurde in Washington, D.C. die Sklaverei abgeschafft. Die Region war das einzige Gebiet, in dem bei der Befreiung von Sklaven ihre Besitzer mit durchschnittlich 300 Dollar ausgezahlt wurden.