A századot a megalapítása és kiképzése után 1917 február 21-én az ausztriai Straßhofból az olasz frontra küldték, ahol Sesanában volt a bázisa. A parancsnoka a kezdetektől fogva a legendás vadászpilóta Godwin Brumowski volt, aki egymaga 24 légi győzelmet aratott a században. Az egység tagjai olasz, francia és brit repülőgépekkel vívták légi párbajaikat, amelynek során öt ászpilóta is számos légi győzelmet szerzett. Az osztrák-magyar légierőben ez a század alkalmazta először a zártkötelékes vadásztámadást az ellenséges repülőgépekkel szemben. 1917. július 25-én az egész légierőt átszervezték; ennek során az addig is csupa vadászgépből álló egység formálisan is vadászrepülő-századi (neve ekkortól "Jagdflieger-Kompanie 41", Flik 41J) kategóriába került. Az év végén az egység az 1. Isonzó-hadsereg alárendeltségében részt vett a 12. isonzói csatában, majd 1918 nyarán a Piave-offenzívában. Eközben a front helyzetének megfelelően Portobuffolébe, Aiello del Friuliba, Campoformidóba vagy Torresellába költöztek.