Im Jahr 1935 wurde Guy schließlich zum Direktor der British School of Archaeology in Jerusalem ernannt. Während dieser Zeit begann er mit einem archäologischen Survey des Landes, initiierte eine Rettungsgrabung auf Tell Qudadi und untersuchte die antiken Dämme bei Mamschit (Kurnub). Die Feldarbeit wurde jedoch durch den Arabischen Aufstand empfindlich gestört. So wurde z. B. der britische Archäologe James Leslie Starkey 1938 von arabischen Aufständischen erschossen. Unter diesen Umständen blieb die finanzielle Unterstützung für Unternehmungen schmal. In seiner archäologischen Arbeit behindert, versuchte sich Guy als Korrespondent für britische Zeitungen und betätigte sich auch politisch.