In maart 2018 stelde Čaputová zich kandidaat voor de Slowaakse presidentsverkiezingen van 2019, waarvan zij op 16 maart 2019 de eerste ronde won. Čaputová gaf aan dat ze zich na de moord op de onderzoeksjournalist Ján Kuciak genoodzaakt voelde om zich kandidaat te stellen voor het presidentschap. Op 30 maart 2019 werd ze verkozen tot de eerste vrouwelijke president van het land. Ook werd ze toen de jongste president in de geschiedenis van Slowakije.