Sissoko kävi koulunsa Dakarissa, liittyi Ranskan siirtomaa-armeijaan ja osallistui Indokiinan sotaan vuosina 1953–1954. Opiskeltuaan Fréjusin sotakoulussa hän palasi Maliin luutnanttina vuonna 1962 ja komensi presidentin kaartia vuosina 1963–1967. Vuonna 1967 hänet määrättiin johtamaan joukko-osastoa Tessalitissa.