Avec ce système, combiné à d'autres, il est souvent difficile d'établir les responsabilités lors d'un naufrage ou d'une marée noire, alors même qu'il encourage le recours à de véritables épaves flottantes, puisque les pavillons de complaisance ne contraignent à aucun standard de sécurité. Par exemple pour le naufrage du "Prestige", le propriétaire était une société basée au Liberia, le pavillon était des Bahamas, l'armateur était une société grecque, le certificat d'aptitude à la navigation avait été délivré par une société américaine après une inspection à Dubaï, l'affréteur était une société immatriculée en Suisse, Crown Ressources, et filiale du groupe russe Alfa, l'équipage était roumain et philippin et les officiers grecs, quant à la marchandise, c'était du pétrole russe chargé en Lettonie à destination de Singapour.