Ajagun nahm mit der U-17-Nationalmannschaft Nigerias an der Weltmeisterschaft 2009 teil und erreichte dort nach einer 0:1-Niederlage im Finale gegen die Schweiz den zweiten Platz. Er gehörte während des Turnierverlaufs zu den Stammspielern seiner Mannschaft und erzielte zwei Tore. Mit der U-20-Auswahl nahm er 2011 und 2013 an zwei Afrika-Cup-Meisterschaften teil, wovon er das Turnier 2011 mit seiner Mannschaft als Sieger abschließen konnte. 2013 nahm er zudem an der U-20-Weltmeisterschaft in der Türkei teil, bei der er mit Nigeria bis ins Achtelfinale kam. Herausragend war seine persönliche Leistung im Vorrundenspiel gegen Portugal, in dem Ajagun zwei Tore erzielen konnte.