Trufanow trat mit 19 Jahren der Roten Armee bei. Er studierte bis 1925 an der nach dem Allrussischen Zentralen Exekutivkomitee ВЦИК benannten Kommandeursschule der Roten Armee im Verwaltungsgebäude des Moskauer Kremls. 1932 trat er in die KPdSU ein. Bis 1939 studierte Trufanow an der "Militärakademie der Roten Arbeiter- und Bauernarmee „M. W. Frunse“" in Moskau. Im Winterkrieg 1939/40 war er Chef des Stabes der 4. Schützendivision. Im Mai 1942 wurde er zum Kommandeur der 51. Armee ernannt und nahm an der Schlacht von Stalingrad und im Winter 1943 an der Operation Don teil. Im März 1945 wurde er Kommandeur des 25. Infanterie-Korps der 2. Ukrainischen und der 1. Weißrussischen Front und kämpfte in der Schlacht um Berlin.