Després d'haver perdut aquesta final, deixa el càrrec i posa un anunci en un diari sol·licitant treball com a entrenador. El Toluca s'interessa pels seus serveis i el contracta amb excel·lents resultats i un futbol devastador. Meza va conduir al club vermell a tres títols de Lliga en només un lapse de tres anys. Amb el Toluca tindria al seu càrrec grans figures com José Saturnino Cardozo, Hernán Cristante, Salvador Carmona, Víctor Ruiz i José Manuel Abundis. Aquest gran pas amb el Toluca el va catapultar a la Selecció de Mèxic, la qual prendria l'any 2000. No obstant això, el seu rendiment va deixar molt a desitjar i tan va ser així que va posar en dubte la passada al Mundial del 2002, havent de ser substituït per Javier Aguirre.