Sırp Yahudileri II. Dünya Savaşı'ndan 1990'lara kadar huzurlu bir yaşam sürdürdü. 1991 nüfus sayımına göre Kosova'da 112 Yahudi vardı. Soğuk Savaş'ın bitmesiyle Yugoslavya dağıldı ve Hırvatistan ve Bosna savaşları patlak verdi. 1990'larda Sırp lider Slobodan Milošević güçlerini Kosova'da toplayınca Kosova Kurtuluş Ordusuyla Kosova'nın bağımsızlığı için savaş başladı. 1999'da uluslararası güçler Sırp ordularını Kosova'dan çıkarttı. Bu karmaşa sırasında başkent Priştine'deki son 50 Yahudi kültür ve dil bağı olan Sırbistan'a kaçtı.