Anh là cầu thủ chủ chốt giúp Nhật Bản giành vé dự Giải vô địch bóng đá thế giới 1998 với năm bàn thắng tại vòng loại và kiến tạo cả ba bàn thắng của Nhật Bản trong trận play-off với Iran. Anh giúp Nhật Bản lọt vào chung kết Cúp Liên đoàn các châu lục 2001 nhưng không tham dự trận chung kết vì phải thi đấu trận đấu cuối cùng của mùa giải cho Roma. Nakata thi đấu cả bốn trận của Nhật Bản tại Giải vô địch bóng đá thế giới 2002 trên sân nhà, ghi bàn trong chiến thắng 2–0 ở vòng bảng trước Tunisia.