Au Grand Prix d'Allemagne, Ferrari obtient un doublé mais une consigne d'équipe "via" la radio de bord demandant à Massa de laisser passer Alonso alors que le Brésilien est encore dans la course au titre et qu'il allait obtenir sa première victoire depuis 2008 (ainsi qu'une victoire symbolique un an jour pour jour après son terrible accident en Hongrie) provoque un tollé. Cette course marque le retour au premier plan d'Alonso qui termine second en Hongrie et remporte les Grands Prix d'Italie et de Singapour. Sa cinquième victoire de la saison, en Corée du Sud, aidée une nouvelle fois par l'abandon des Red Bull, lui permet de reprendre la tête du championnat. Alonso perd le titre à Abou Dabi, au profit de Sebastian Vettel, à cause d'une erreur de stratégie : Ferrari choisit de calquer la course d'Alonso sur celle de Mark Webber, second du championnat, et ignore totalement le jeune allemand, lui aussi en course pour le titre. L'Australien s'arrête au onzième tour, Alonso au quinzième et repart trop loin pour marquer les points suffisants. Vettel remporte la victoire tandis qu'Alonso est retenu en septième position durant quarante tours derrière la Renault de Vitaly Petrov. Alonso termine deuxième du championnat avec 252 points, loin devant Massa (en difficulté globalement sur la totalité de la saison) et ses 144 unités. Ferrari gagne une position par rapport à 2009 et termine troisième avec 396 points, loin des 498 de Red Bull et des 454 de McLaren-Mercedes.