Les seldjoukides sont défaits par les Mongols à la Bataille de Köse Dağ en 1243, ouvrant la voie aux Ottomans. Le sac de Constantinople lors de la Quatrième croisade en 1204 annonce la chute de celle-ci en 1453, la fin de l’Empire byzantin, ainsi qu'une nouvelle ère d'expansion pour l’Empire ottoman. Parmi d'autres, les muqarnas sont une solution originale apportée au problème de l'encorbellement par l'empire ottoman. Mehmed II, le vainqueur de Byzance désireux de rivaliser en faste avec celle-ci, commande à l'architecte ottoman d'origine byzantine Atik Sinan la réalisation d'une mosquée. Avec son Külliye de sur comprenant une bibliothèque, un hôpital et pas moins de huit médersas, elle devient le nouveau centre de formation religieuse et judiciaire de la capitale, alternative aux centres de formation plus éloignés du Caire. La légende veut que, parce que l'architecte ne réussit pas à faire la coupole de la mosquée plus grande que celle de Sainte-Sophie, de déception et de colère, Mehmed II aurait amputé la main de celui-ci. Sous Soliman le Magnifique, l'Empire ottoman connaît son apogée. Construite par Mimar Sinan, la Mosquée Süleymaniye est un autre hommage à Sainte Sophie.