Marraskuussa 1979 Khomeini määräsi Yhdysvaltain lähetystön työntekijät pidätettäviksi. Heitä pidettiin panttivankeina yli vuoden ajan. Iranin ja Irakin välisessä sodassa 1980–1988 Khomeini vastusti pitkään tulitaukoa, sillä hän halusi syrjäyttää Irakin johtajan Saddam Husseinin.