Als Tadschikistan die Unabhängigkeit erlangte, wurde die Partei 1993 verboten und kämpfte an der Seite der Vereinigten Tadschikischen Opposition (VTO) und Verbänden aus der Region Gharm gegen das Regime (siehe Tadschikischer Bürgerkrieg). 1998 wurde die Partei wieder legalisiert, nachdem sie einer Reihe von friedenssichernden Auflagen Folge geleistet hatte. In einem Referendum stimmte die Mehrheit der tadschikischen Bevölkerung 1999 für die Legalisierung von religiösen Parteien. Im selben Jahr stieg die Islamische Partei der Wiedergeburt Tadschikistans zur zweitstärksten Partei im Lande auf.