ドゥプチェクは翌1939年、非合法化されたスロバキア共産党に入党し、トレンチーン県プーホウ郡ドゥブニツァ・ナト・ヴァーホム市で機械組立工として勤めた。第二次世界大戦直前、チェコスロバキアはナチス・ドイツにより解体された。大戦末期の1944年、ドプチェクはナチスに対するスロバキア民衆蜂起に加わった。戦後、ソ連の占領下に置かれたチェコスロバキアは、1948年の政変を経て共産党の独裁政権となった。ドプチェクはトレンチーン市やバンスカー・ビストリツァ市の共産党機関に勤務した後、1955年から1958年までモスクワに留学して政治学を学んだ。この間、ニキータ・フルシチョフによるソ連共産党の政策転換（非スターリン化）を目の当たりとした。