У 1919 році змінив (був обраний) Петре Мелікішвілі на посаді ректора ТДУ і перебував на цій посаді до 1926 року, коли був звільнений як немарксист в ході «чисток», що послідували за повстанням в Грузії в серпні 1924 року. 23 березня 1936 року, на Науковій раді з історії Тбіліського державного університету тодішній ректор університету Карло Орагвелідзе виступив з доповіддю, основною метою якого було спростувати заслуги Джавахішвілі як засновника університету. Джавахішвілі був звинувачений в тому, що він «не хоче або не може трактувати історію грузинської нації відповідно до принципів історичного матеріалізму» і усунений від викладання в університеті.