Решение по проекту реставрации ещё не было принято, когда в 1660-х работы начались, и вскоре после того, как собор одели в леса, его уничтожил Великий лондонский пожар. Огонь, перекинувшись на леса, сжёг деревянную крышу, повредил немалую часть каменных стен и поглотил товары и личное имущество горожан, которое они пытались сберечь в соборе. Сэмюэл Пипс пишет в своём знаменитом дневнике: