Em 1931 Luís Carlos Prestes é formalmente aceito como membro do PCB em 1º de agosto. Com Prestes o PCB participa da Aliança Nacional Libertadora (ANL). Após esta ser posta na ilegalidade, o partido inicia, em seu nome , a revolta militar de novembro de 1935, conhecida como Levante Comunista ou "Intentona Comunista". A insurreição foi derrotada, como resultado de um planejamento pobre e de uma visão construída pela Comintern e muito distante da realidade nacional. Intensifica-se a repressão do governo brasileiro à oposição, processo que culminou com a instauração da ditadura do Estado Novo, em 1937. Com a maioria de seus dirigentes presos (inclusive Prestes, desde 1936), o PCB se desarticulou completamente, até que, em fins de 1941, grupos isolados do Rio de Janeiro, de São Paulo e da Bahia iniciam a reorganização do partido, no evento que ficou conhecida como "Conferência da Mantiqueira", uma reunião clandestina que tinha à frente, entre outros, o médico baiano Milton Cayres de Brito.