Op 26 juli 1963 werd Skopje vroeg in de morgen getroffen door een zware aardbeving van 6,1 op de schaal van Richter. Hierbij kwamen 1.000 mensen om het leven en raakten nog eens 120.000 mensen dakloos. 80% van de stad werd verwoest door de beving en talrijke monumenten werden zwaar beschadigd. Hierdoor is de Ottomaanse invloed op de stad nu een stuk minder zichtbaar. De totale schade wordt geschat op 150% van het toenmalige bruto nationaal product van Macedonië en 15% van het Joegoslavische bruto nationaal product. Dankzij de internationale hulp werd de stad snel weer herbouwd. Ook het oude treinstation in Skopje werd verwoest bij de aardbeving. De klok op het oude station is door de aardbeving stil komen staan en wijst nog steeds 5.17 uur aan, het tijdstip van de beving. De overblijfselen van het gebouw zijn nu een herdenkingsplek voor de slachtoffers en een museum.