1802年にアメリカの最初の鳥類図鑑を製作することになるアレクサンダー・ウィルソンと出会い、鳥類学の基礎を教えた。ウィルソンの著書『アメリカの鳥類』（"American Ornithology"）には、バートラム父子のつくったバートラム・ガーデンなどに関する言及が見られる。後半生は、多くの学校からの教授としての招きやルイス・クラーク探検隊への参加などを断り、バートラム・ガーデンで働いてすごした。