И након Мадеровог пада 1913. године и доласка на власт диктатора Викторијана Уерте, и касније када је то место преузео Венустијано Каранза, Запата је наставио да се бори против актуелних власти удружен с Панчом Виљом. Они заједничким снагама крајем 1914. успевају на кратко освојити главни мексички град Мексико Сити. Након повлачења из главног града у јануару 1915. године Запата годинама успешно ратује против боље наоружаног и опремљеног непријатеља у северном подручју Мексика. На територији која је била под његовом влашћу сељацима даје земљу, у складу са планом Ајала и обнавља револуцију под крилатицом Земља и слобода. То је био акт револуционарно-антифеудалног карактера који је имао великог одјека како у Мексику тако и у другим земљама Латинске Америке. Емилијано Запата с надом је поздравио Октобарску револуцију у Русији. Запата је остао у опозицији, борећи се против репресије, до 1919.