Το 1768 ξέσπασε εμφύλιος πόλεμος στην Πολωνική-Λιθουανική Κοινοπολιτεία, όταν η Συνομοσπονδία του Μπαρ προσπάθησε να εκθρονίσει τον βασιλιά Στανισλάβο Αύγουστο Πονιατόβσκι. Ένας από τους αδελφούς του Κοστσιούσκο, ο Γιούζεφ, πολέμησε με τους στασιαστές. Αντιμέτωπος με τη δύσκολη απόφαση ανάμεσα στους αντάρτες και τους χορηγούς του - το βασιλιά και την οικογένεια Σαρτορίσκι - ο Κοστσιούσκο αποφάσισε να φύγει από την Πολωνία. Στα τέλη του 1769, αυτός και ο συνεργάτης του, ο επιφανής καλλιτέχνης Αλεξάντερ Οργόβσκι, έλαβαν βασιλικές υποτροφίες και τις 5 Οκτωβρίου έφυγαν για Παρίσι. Ήθελαν να εμβαθύνουν τη στρατιωτική τους εκπαίδευση, αλλά ως ξένοι τους απαγορεύθηκε να εγγραφούν στις γαλλικές στρατιωτικές ακαδημίες και έτσι εγγράφηκαν στην Βασιλική Ακαδημία Ζωγραφικής και Γλυπτικής. Εκεί ο Κοστσιούσκο ακολούθησε το ενδιαφέρον του στη σχεδίαση και τη ζωγραφική και έλαβε ιδιωτικά μαθήματα στην αρχιτεκτονική από τον σημαίνοντα Γάλλο αρχιτέκτονα Ζαν-Ροντόλφ Περονέ.