Det resulterande fredsfördraget i Schönbrunn vilket var den hårdaste fred som Frankrike hade ålagt Österrike. De Österrikiska förhandlarna Metternich och ärkehertig Karl hade som sitt främsta mål att bevara det Habsburgska riket ochlyckades få Napoleon att acceptera österrikiska landavträdelser i utbyte mot löften om en fransk-österrikisk fred och vänskap. De habsburgska arvländerna skonades men Frankrike erhöll Kärnten, Krain och de Adriatiska hamnarna, medan Galizien gavs till Hertigdömet Warszawa och området kring Salzburg i Tyrolen gavs till Kungariket Bayern. Resultatet blev att Österrike förlorade ytterligare över tre miljoner medborgare, en femtedel av sin återstående befolkning. Utöver striderna på den iberiska halvön fortsatte, var det femte koalitionskriget den sista stora konflikten på den europeiska kontinenten fram till när Frankrike invaderade Ryssland år 1812, vilket utlöste det sjätte koalitionskriget.