L'islam es va enfrontar a seriosos desafiaments a Moçambic durant l'època colonial. Durant el període de l'Estado Novo (1926-1974), el catolicisme es va convertir en la religió dominant arran d'una aliança formal (Concordat) celebrada entre l'Església i el govern. Només amb l'inici de la guerra d'alliberament l'estat va rebaixare la seva oposició a l'Islam i va tractar de cooptar la religió, a fi d'evitar una aliança entre els musulmans i el moviment d'alliberament dissident.