Alrededor de 1717 se efectuó una ampliación al templo por lo que adquiere su fisionomía y características actuales como su planta de cruz griega y sus altares laterales dedicados hoy en día a la "Virgen de Belén" y al "Señor Caído", en esos días llego también "El Santo Ecce Homo" cedido por don Juan Velasco y su esposa doña Gerónima de Velasco, convirtiéndose esta capilla en su casa desde entonces. La iglesia sufrió un cambio muy importante a comienzos del siglo XX en la que se le añadieron dos torres cilíndricas terminadas en conos de apariencia medieval a su fachada, estas alteraciones duraron hasta los años 70 cuando se le dio su apariencia actual con su torre espadaña y su portada en estilo neocolonial. El templo fue afectado bastante por el temblor de 1983 que agrieto su campanario, su cúpula y destruyó la gran cruz de piedra labrada por Miguel Aguilón en el siglo XVIII de la cual se decía que al caer al suelo, Popayán sería totalmente arrasada por la ira de Dios, hecho que se vinculó con lo sucedido en 1983.