Durant la guerre de Sécession, Macon fut l'arsenal des États confédérés d'Amérique et l'hôtel de ville, qui fut utilisé en tant que capitole de l'État en 1864, fut converti en hôpital pour les blessés. Cependant, Macon fut épargnée par William Tecumseh Sherman durant sa célèbre Marche vers la mer. La capitale de l'État, qui était à cette époque Milledgeville, fut attaquée, ce qui incita les habitants de Macon à se préparer pour une attaque éventuelle mais devant l'organisation de la ville préparée à une attaque, le général Sherman préféra contourner Macon. Tout au long de la Reconstruction et durant le , Macon se développa en tant que ville prospère du centre de la Géorgie et devint le moyeu de l'État entier.