Grand Prix Jerman yang diselenggarakan di Nurburgring menjadi balapan yang tidak terlupakan bagi Webber. Ia berhasil meraih pole, dan nyaris saja ia gagal menerjemahkannya menjadi kemenangan setelah terkena penalti drive trough akibat berbuat kisruh saat start balapan. Setelah hukuman tersebut dijalani, Webber ternyata masih mampu memenangi lomba. Ia menjadi orang Australia pertama sejak Alan Jones pada 1981 yang mampu memenangi balapan F1. Konsistensi Webber di paruh musim kedua 2009 kemudian berhasil membawanya menjadi salah satu penantang gelar juara dunia. Sayang masalah mobil sejak babak latihan bebas yang dialami Webber di Jepang mengakhiri harapan tersebut. Sebagai pelipur lara, Webber lantas tampil luar biasa di Brazil, dimana ia memenangi lomba untuk kedua kalinya di musim 2009. Kontrak Webber di tim Red Bull pun diperpanjang selama satu tahun setelah tim melihat prestasinya yang impresif di musim 2009.