Vanaf 1942 werd de internering en deportatie van 70.000 Slowaakse Joden voor een groot deel door Slowaakse politie ten behoeve van de SS uitgevoerd. Hieronder zijn niet degenen gerekend die op door Hongarije geannexeerd gebied woonden, en die de helft uitmaakten van het aantal Joden vóór 1938. Langzaam aan groeide onder de Slowaken een anti-Duitse stemming, die toenam naarmate de Slowaakse legereenheden aan het Oostfront in de Sovjet-Unie werden gedecimeerd en de Duitse legers zich moesten terugtrekken. Nadat duidelijk werd dat de Duitse nederlaag niet meer tegen te houden was, brak op 29 augustus 1944 een nationale opstand uit, die door de Duitsers en Slowaakse fascisten werd neergeslagen. Hierna kwam Slowakije onder direct Duits gezag en vonden de laatste deportaties van Joden plaats, waarbij Dieter Wisliceny en Adolf Eichmann een sleutelrol speelden.