Efter krigsslutet greps Mussfeld av allierade trupper och ställdes så småningom inför rätta vid Flossenbürgrättegången, där han i januari 1947 dömdes till livstids fängelse. Senare samma år utlämnades han till Polen, där han ställdes inför rätta vid Auschwitzrättegången. Vittnen beskrev Mussfeld som en av de värsta plågoandarna i Auschwitz och Majdanek. Han skall bland annat ha dränkt fångar i latrinen. Den 24 januari 1948 hängdes Mussfeld i Montelupich-fängelset i Kraków. Tillsammans med honom hängdes denna dag ytterligare tjugo dömda krigsförbrytare: Arthur Liebehenschel, Hans Aumeier, Maximilian Grabner, Karl Möckel, Maria Mandel, Franz Kraus, Hermann Kirschner, Heinrich Josten, Wilhelm Gehring, Kurt Hugo Müller, Ludwig Plagge, Otto Lätsch, Fritz Buntrock, August Bogusch, Paul Götze, Paul Szczurek, Therese Brandl, Josef Kollmer, Herbert Ludwig och Hans Schumacher. Efteråt fördes kropparna till Krakóws universitet för att användas som övningsmaterial för läkarstuderande.