Auf seinem Weg in den besiegten Süden begegnete Atahualpa der kleinen Truppe von Francisco Pizarro, die ihn im Handstreich gefangen nahm. Nach der Ermordung Atahualpas wurde zunächst Túpac Huallpa von den Spaniern als oberster Inka eingesetzt, aber der verstarb, als er mit Pizarro nach Cusco zog. Auf dem weiteren Weg nach Cusco traf Pizarro Manco Cápac, der ihm seine Loyalität anbot. Nach der Einnahme Cuscos am 15. November 1533 ließ Francisco Pizarro ihn nach dem Inka-Ritual inthronisieren.