Tsjekkia fikk større problemer i begynnelsen. I kvalifiseringen til EM i 1995 endte de sist, og ble plassert i klasse B til neste kvalifisering, noe som impliserte at de måtte rykke opp til klasse A, som ga rett til kvalifisering til mesterskapene. På første forsøk vant landslaget gruppen, men tapte omspillet mot Nederland. I andre forsøk kom de på andreplass i gruppen på færre scorede mål enn Skottland. I tredje forsøk, til kvalifiseringen til EM i 2001, kvalifiserte landslaget seg. Det ble imidlertid sisteplass i kvalifiseringen i klasse A til VM i 2003.