С началом в 1788 году войны со шведами Коковцев был 7 апреля 1788 года произведён в капитаны 1-го ранга и получил в командование корабль «Дерись» и во время Гогландского сражения по неустановленной причине самовольно покинул бой (по другой версии — слишком долго шёл на помощь сражающимся русским кораблям). За это адмиралом С. К. Грейгом он был отстранён от должности и отдан под суд. В январе 1789 года суд приговорил Коковцева к смертной казни, однако императрица Екатерина II даровала Коковцеву помилование и по её высочайшему повелению последний был лишён всех чинов и орденов, разжалован в матросы и навечно переведён в Черноморский флот.