En abril de 1945 se le ordenó al "Jun'yō" salir al mar para unirse a la Fuerza Ten-Go y proporcionarle cobertura aérea. Mientras cruzaba el estrecho de Bungo para unirse a la Fuerza Ten-Go, supo que había un portaaviones americano y comenzó a desplegar su aviación -torpederos B6N "Jill" y B7A "Grace" y bombarderos en picado D4Y "Judy"-, la cual iba sin cazas que le escoltaran, pues estos iban a ser usados para brindaron cobertura aérea a la Fuerza Ten-Go. Sin embargo pronto el "Jun'yō" fue divisado por el submarino "USS Hackleback", que le disparó una salva de 3 torpedos, los cuales impactaron en estribor y causaron explosiones e incendios graves, haciendo escorar al barco y obligándolo a encallar para evitar que se hundiera. Llegó a Sasebo 5 días después para reparaciones mayores las cuales fueron suspendidas en abril de 1945.