1954年9月16日，根据华东军区的命令，医院分编为中国人民解放军第一〇二医院和中国人民解放军第一〇三医院（调至福建永安。后来迁至广州，发展为珠江医院），1954年10月正式分编。其中第一〇二医院隶属江苏军区后方勤务部领导，编床位500张。1959年5月，第一〇二医院组建手术队参加西藏平叛。1962年1月15日，根据南京军区命令，改编为南京军区康复医院，编床位400张。1962年6月，因为中国东南沿海地区的战备需要，医院调出一百多人以及90张床位，组建中国人民解放军第六九六野战医院（后发展为中国人民武装警察部队安徽省总队医院）。至1965年调出100多人及100张床位，组建中国人民解放军第一二四医院（1988年撤销）。1969年，为组建中国人民解放军第三五九医院，又调出部分工作人员及床位。至此，医院床位缩编至300张。