Na wygnaniu poznał Filipińczyka Mariano Ponce, przyszłego dyplomatę Pierwszej Republiki Filipin. Sun wraz z Poncą negocjował pomoc Japońskiej Armii Cesarskiej dla rewolucjonistów filipińskich, a następnie dla Pierwszej Republiki Filipin broniącej niepodległości przed agresją Stanów Zjednoczonych. Sun wspierając filipiński ruch niepodległościowy miał nadzieje na to, że naród zdobędzie niezależność, a archipelag Filipin staje się miejscem postoju regionalnych ruchów rewolucyjnych. Jego marzenia legły po tym, gdy w lipcu 1902 roku po blisko trzyletniej obronie, wojska Pierwszej Republiki Filipin przegrały wojnę z Amerykanami a kraj ponownie stał się kolonią.