Sasko se podílelo na válce Pruska s napoleonskou Francií a saská armáda v počtu 22 000 mužů, stála po boku pruské v dvoubitvě u Jeny a Auerstedtu v říjnu 1806. Pro protinapoleonskou koalici znamenaly tyto dvě bitvy katastrofální porážku. Sasko se krátce ocitlo pod francouzskou okupací. V té souvislosti byla stolpenská vojenská posádka obnovena a pevnost uvedena do obranyschopného stavu. Rovněž zasypané studny byly opět vyčištěny. Po ztroskotání Napoleonova ruského tažení nechali ustupující Francouzi 25. září 1813 rozsáhlé části hradu odstřelit a studny znovu zasypat.