Em 17 de março de 2017, pela primeira vez, foi convocado por Joachim Löw para a Seleção Alemã. Posteriormente, em 17 de maio de 2017, foi convocado para a Copa das Confederações FIFA de 2017. Além do título, com 3 gols 2 assistências, Werner foi eleito o "Bola de Ouro" da Copa das Confederações FIFA de 2017.