Αγωνίστηκε για πρώτη φορά σε επίσημη διοργάνωση το 1999 στο Ευρωμπάσκετ της Γαλλίας, όπου παρά την κατάκτηση της τρίτης θέσης είχε μικρή συμμετοχή. Στους Ολυμπιακούς Αγώνες του 2000 (6η θέση) αγωνίστηκε σε 5 αγώνες όπου είχε 10,8 πόντους ανά παιχνίδι. Στο Ευρωμπάσκετ του 2001 πραγματοποίησε σπουδαίες εμφανίσεις και αναδείχτηκε MVP της διοργάνωσης. Μεταξύ άλλων, πέτυχε 29 πόντους (με 7/7 τρίποντα) στο 114-78 της Γιουγκοσλαβίας επί της Λετονίας για τα προημιτελικά και 30 στον ημιτελικό κόντρα στην Ισπανία, όπου οι Γιουγκοσλάβοι επικράτησαν με 78-65. Ακόμη προσέθεσε άλλους 15 πόντους (όπου ωστόσο είχε φτωχότερα στατιστικά) στον τελικό με την διοργανώτρια Τουρκία που βρήκε νικητές τους τους πλάβι με 78-69. Στο Μουντομπάσκετ του 2002 που διεξήχθη στην Ιντιανάπολις των ΗΠΑ, ο Στογιάκοβιτς ήταν πρώτος σκόρερ των Γιουγκοσλάβων με 18,8 πόντους ανά αγώνα, ενώ στον νικηφόρο τελικό κόντρα στην Αργεντινή (84-77) σημείωσε 27 πόντους (8/8 βολές, 6/8 δίποντα και 2/12 τρίποντα). Το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 2003, όπου η Γιουγκοσλαβία κατετάγη έκτη, αποτέλεσε την τελευταία παρουσία του Στογιάκοβιτς σε μεγάλη διοργάνωση με την εθνική της χώρας του.