Према подацима из 1980. године Јужни Судан је имао око 800 основних школа. Већина њих отворена је у периоду прве аутономије (1971-1982). Други судански грађански рат (1983-2005) утицао је на то да се многе школе затворе, а већина је разрушена у борбама. У том периоду настава се одвијала у избегличким камповима. Данас, услед недостатка простора и мањка инфрастурктуре настава се одржава на отвореном. Основно образовање у Јужном Судану је бесплатно за све грађане доби од 6 до 13 година.