Vuonna 1779 Wilson nimitettiin Ranskan oikeudelliseksi edustajaksi Yhdysvalloissa, ja hän edusti Ranskan kruunua erinäisissä oikeusjutuissa. Hän toimi konfederaation kongressin jäsenenä 1783 ja 1785–1786. Hän tuki valuuttareformia ajanutta Robert Morrisia ja vaati konfederaatioartikloihin lisäystä, joka antaisi kongressille mahdollisuuden valtakunnallisten verojen säätämiseen. Perustuslaillisessa konventissa 1787 Wilsonilla oli keskeinen rooli, ja hän johti kamppailua perustuslain ratifioinnin puolesta Pennsylvaniassa. Hän pani alulle myös Pennsylvanian uuden perustuslain laatimisen vuonna 1790.