Οι ρίζες των Περσικών πολέμων βρίσκονται στην κατάληψη των ελληνικών πόλεων της Μικράς Ασίας, και κυρίως της Ιωνίας, από τον Πέρση βασιλιά Κύρο Β', περίπου το 550 π.Χ. Οι Πέρσες, όμως, αντιμετώπισαν δυσκολίες στη διακυβέρνηση των ιωνικών πόλεων και εντέλει αρκέστηκαν στην υποστήριξη τυράννων σε καθεμιά από αυτές. Αν και οι ελληνικές πόλεις είχαν συχνά κυβερνηθεί από τυράννους στο παρελθόν, πλέον η εν λόγω μορφή κυβέρνησης θεωρούταν απηρχειωμένη. Κατά το 500 π.Χ, οι εχθρικές διαθέσεις των Ιώνων εναντίον των Περσών φαίνεται να είχαν ενισχυθεί σημαντικά και υποκινούμενοι από το Μιλήσιο τυράννο, Αρισταγόρα, οδηγήθηκαν σε επανάσταση. Συγκεκριμένα, αφού απέτυχε να καταλάβει την Νάξο το 499 π.Χ, ο Αρισταγόρας άρχισε να μελετά τις δυνατότητες οργάνωσης επανάστασης και, στο πλαίσιο αυτό, διακήρυξε τη δημοκρατία τόσο στη δική του πόλη όσο και ευρύτερα στην Ιωνία, υποστηρίζοντας σχετικά κινήματα. Οι ενέργειες αυτές του Αρισταγόρα έδωσαν το έναυσμα για εξεγέρσεις όχι μόνο στην Ιωνία αλλά και στη Δωρίδα και την Αιολίδα, σηματοδοτώντας έτσι την έναρξη της Ιωνικής Επανάστασης.