In augustus 2000 begon een vijfde missie in de Perzische Golf. Op 20 juli 2002 vertrok het weer naar de regio, deze keer ook voor Operation Enduring Freedom. Na de missie was het schip naar Perth (Australië) vertrokken en daar aangemeerd toen het teruggestuurd werd voor Operation Iraqi Freedom (de oorlog in Irak). Gevechtsvliegtuigen van de USS Abraham Lincoln dropten tijdens die oorlog meer dan 700 ton bommen op Irak. In mei 2003 vertrok het vliegdekschip naar de VS waar het bezoek kreeg van president George W. Bush die in San Diego vanaf het schip zijn fameuze "Mission Accomplished"-speech gaf.