João Carlos za sobą występy w reprezentacji Brazylii, w której zadebiutował 9 czerwca 1999 w towarzyskim meczu z reprezentacją Holandii. W 1999 roku wygrał z "canarinhos" Copa America oraz zajął drugie miejsce w Pucharze Konfederacji, w którym 4 sierpnia 1999 João Carlos wystąpił po dziesiąty i zarazem ostatni w barwach "canarinhos" w meczu z reprezentacją Meksyku.