Am 18. Februar verlässt die "Shinshu Maru" als Teil eines Konvois von 56 Transportschiffen die Bucht von Cam Ranh, dieser Konvoi transportiert die Truppen der Westgruppe für die Operation „J“ (Invasion von Java). Auf ihr selbst wurde dafür der Stab der 16. Armee und deren Kommandeur Generalleutnant Imamura Hitoshi eingeschifft. In Folge der geplanten Invasion Javas kam es am 27./28. Februar 1942 zur Schlacht in der Javasee. Bei dieser wurde ein Großteil der ABDA-Flotte vernichtet, welche eine Gefahr für die Invasion Javas darstellte. Bei dieser Operation hatte die "Shinshū Maru" und 26 weitere Transportschiffe den Auftrag die 2. Division in den Morgenstunden des 1. März in der Bantam Bay anzulanden, während sechs andere Schiffe Truppen in Merak anlanden sollten. Zur Sicherung waren nördlich und westlich der Landungsgebiete drei Kreuzer sowie sieben Zerstörer und im Osten zur Aufklärung ein weiterer Zerstörer eingesetzt. Als direkte Sicherung befanden sich zwei Zerstörer und eine Minensuchboot-Division in der Bucht. Um etwa 22:15 Uhr trafen zwei Kreuzer der Alliierten, welche sich aus Tanjung Priok (Batavia, dem heutigen Jakarta) in von eigenen Truppen kontrollierte Gewässer zurückziehen wollen, auf die Sicherung des Landungsverbands und griffen diese notgedrungen an (Schlacht in der Sundastraße). Während dieses Gefechtes wird durch den japanischen Kreuzer "Mogami" um ca. 23:27 eine Salve von sechs Torpedos auf den amerikanischen Kreuzer USS "Housten" abgefeuert, die diesen aber ausweichen kann. Die Torpedos laufen daraufhin in die Bantam Bay, wo sie alle ein Ziel finden. Dies sind neben dem Minensuchboot "Sōkaitei Nr.2" weitere vier Transportschiffe einschließlich der "Shinshū Maru", die im seichtem Wasser sinkt.