С обзиром да је комплетан књижни фонд бивше библиотеке црквене општине мостарске уништен током ратних дешавања, данашњи фонд библиотеке представља у највећој мјери донације јавних и приватних установа као и приватних лиц, фондација и удружења. Непрестано обнављајући и увећавајући свој фонд, Библиотека „Јоаникије Памучина“ прикупља, како антикварне књиге, тако и савремена издања, нарочито тематски везана за подручја данашње Херцеговине кроз историју.