Tvrdza veľmajstra nebola dobytá počas obliehania poľsko-litovskými vojskami pod vedením kráľa Vladislava II. Jagela po bitke pri Grünwalde v roku 1410. Počas trinásťročnej vojny v roku 1456 sa vzbúrili námezdní žoldnieri rytierskeho rádu, zmocnili sa hradu aj mesta a o rok ho predali. Hrad kúpil kráľ Kazimír IV. Jagelovský. Tento stav potvrdila aj toruňská mierová zmluva z roku 1466. V poľských rukách ostal Malbork až do delenia Poľska v roku 1772. V tom čase došlo k posilneniu poľského obyvateľstva v meste a začiatkom 18. storočia tu sídlil kratší čas aj poľský kráľ Stanislav I. Leszczyński.