Am 24. April 1811 wurde Rodríguez Ballesteros als Vorsitzender der "Audiencia" abgelöst und erhielt freies Geleit nach Lima. Dort konnte er den Vizekönig José Fernando Abascál y Sousa überzeugen, eine Expedition nach Chile zu entsenden, um den fortschreitenden Unabhängigkeitsbestrebungen des Landes Einhalt zu gebieten – dies mündete im chilenischen Unabhängigkeitskrieg. Rodríguez kehrte zunächst nach Chile zurück und lebte eine Zeit lang im Ruhestand in Melipilla, später in Lima, wo er 1818 im Alter von 80 Jahren starb.