С 2003 по 2006 год возглавлял так называемую Комиссию Бликса (), состоявшую из 14 известных политиков. Она была создана по инициативе Анны Линд и финансировалась шведским правительством. Окончательный доклад комиссии представлен ООН 2 июня 2006 года. В нём Ханс Бликс критикует Буша за действия в нарушение Устава ООН при нападении на Ирак.