În finala Europa League din 15 mai 2013, Ivanović a marcat golul câștigător cu capul, în minutul 3 al prelungilor celei de-a doua reprize, în urma căreia Chelsea a câștigat cu 2-1 în fața Benficăi. A fost al optulea gol al sârbului în acest sezon în toate competițiile, și primul în Europa League, câștigând al doilea titlu european consecutiv pentru club din Londra și al unsprezecelea trofeu major din era Roman Abramovici. Câștigarea acestui trofeu a însemnat, de asemenea, că, timp de zece zile, Chelsea a deținut în același timp trofeul Ligii Campionilor, cât și pe cel al Europa League, până la finala Ligii Campionilor din 2013 care a avut loc pe 25 mai. Din cauza jocului bun făcut de Ivanović atât în apărare cât și în atac, apărătorul sârb a fost numit Omul meciului. În urma meciului, coechipierul Frank Lampard l-a lăudat pe Ivanović și la descris ca fiind un „om grozav” și a adăugat: „Trebuie doar să vă uitați la el pentru a vedea ce fiară de om este, el se remarcă mai rar din cauza postului său, dar ce jucător e el... El a fost un profesionist absolut și este un om pe care vrei să-l ai de partea ta.”