La direzione di don Margotti fu subito caratterizzata da toni accesi contro la «banda democratica», responsabile della sconfitta di Novara. La battaglia proseguì con l'attacco, nel 1850, alle leggi Siccardi definite scismatiche, ingiuste e offensive del sentimento religioso. Il giornale dovette subire una serie di multe, sequestri e denunce. Nel marzo del 1850 l'arcivescovo di Torino, Luigi Fransoni, fu condannato a un mese di carcere per avere invitato il clero a ignorare la legge che aboliva il foro ecclesiastico. "L'Armonia", per protesta, uscì con un numero di solo mezzo foglio. Don Margotti pubblicò altri due opuscoli di satira politica: "Viaggio dell'arcivescovo di Torino e del vescovo di Asti alla terza Camera subalpina" e "La tabacchiera nazionale". Questa svolta segnò l'uscita di Gustavo Benso di Cavour dalla redazione e l'accentuazione della linea politica intransigente. La tiratura superò le 3.000 copie; fu aggiunto allora un quarto numero settimanale, finché nel 1855 «L'Armonia» divenne un quotidiano. In quell'anno è da menzionare l'attacco del giornale contro il provvedimento filo-protestante del governo Cavour che aveva abolito la congrua solo per il clero cattolico, mantenendo le sovvenzioni per la Chiesa valdese. L'11 dicembre Margotti scrisse polemicamente: "L'usanza è ricavata dall'Inghilterra, dove i cattolici debbono pagare pel culto protestante". Tra il 1850 e il 1853 don Margotti collaborò anche con «La Campana», un giornale di taglio più satirico che polemico.