Бајерн је основало једанаест фудбалера, које је предводио Франц Џон, 1900. године. Иако је Бајерн освојио првенство Немачке 1932, клуб није био изабран у скуп екипа које ће чинити новоформирано домаће фудбалско такмичење — Бундеслигу, 1963. године. Највећи период успеха био је током средине 70-их година под капитенством Франца Бекенбауера када је клуб трипут узастопно био победник Купа европских шампиона (1974, 1975. и 1976). Баварци су укупно једанаест пута учествовали у финалима Купа европских шампиона, односно Лиге шампиона а последњи пут су били прваци 2020. када су освојили своју шесту титулу шампиона Европе. Бајерн је такође био шампион по једног Купа УЕФА и Купа победника купова те по два Суперкупа Европе, Интерконтинентална купа и Светска клупска првенства што га чини једним од најуспешнијих европских фудбалских клубова. Локални Бајернови ривали су Минхен 1860 и Нирнберг, а најпознатије ривалство има са Борусијом Дортмунд.