Avec la Guerre de Sécession, le monde entier a les yeux fixés sur la New York Associated Press, même si le câble transatlantique ouvert en 1858 n'a fonctionné que vingt jours. Reuters noue en 1862 un accord avec elle, officialisant trois ans de travail en commun, pour recevoir 2000 mots par semaine, payés par un forfait de cent dollars. Pour la première fois, la New York Associated Press doit travailler aussi massivement pour des journaux américains non-membres. Le chiffre d'affaires hors de l'association quintuple, passant de dollars à dollars entre 1854 et 1862, mais c'est toujours seulement la moitié des dépenses. Les journaux membres préfèrent couvrir la guerre pour leur propre compte : le "New York Herald" envoie 63 reporters alors que la NYAP n'en a qu'une dizaine sur le terrain. Sa couverture est jugée incomplète et partiale, en faveur des armées du Nord et récupère le marché des commandes aux "Journal officiel" de Washington, chargé de diffuser les avis officiels et les annonces. Son image souffre rapidement de la censure qui lui est imposée dès , pendant une journée, sur la véritable issue de la Première bataille de Bull Run. La New York Associated Press avait annoncé à tort, trop tôt, la victoire des armées du Nord, finalement battues. Les quotidiens de Washington ne l'ayant pas annoncée, la fausse victoire avait été prise à Wall Street pour une manipulation boursière.