Scott est nommé colonel du le . Il sert lors de la bataille de Belmont, bien qu'il n'y participe pas activement, et aux batailles de l'Île numéro dix, de New Madrid, du fort Pillow, au siège de Vicksburg, y compris à la bataille de Baker's Creek et aux opérations du général CSA Joseph E. Johnston dans le Mississippi où il tente de soulager les forces assiégées à Vicksburg, et au cours de la campagne d'Atlanta, initialement sous le commandement du lieutenant général Leonidas Polk.