Dürich se nicméně v dubnu 1916 stal předsedou "Svazu československých spolků na Rusi" a hlavní aktivity spolku se přesunuly do Kyjeva. Po komplikovaných okolnostech přerušení spolupráce Masarykovy skupiny s Dürichem se Čermák stal nejpodstatnější postavou československých osamostatňovacích snah v Rusku. Úzce spolupracoval s Masarykem, který se do Petrohradu po únorové revoluci 1917 přesunul a zůstal zde až do podzimu téhož roku. V březnu 1917 se Čermák stal zplnomocněncem Národní rady v Rusku, v květnu téhož roku byl zvolen místopředsedou Odbočky Národní rady československé v Rusku. V listopadu 1917 proběhl v Ruském impériu socialistický převrat a vládu nad zemí přebrala komunistická vláda v Moskvě. V březnu 1918 se do Moskvy Čermák spolu s členy ONRČ přesunul, aby po uzavření separátního míru v Brestu-Litevském jednal se sovětskou vládou o odchodu bojujících Čechů a Slováků z Ruska do Francie. V květnu 1918 byl pak spolu s 2. místopředsedou ONRČ P. Maxou zatčen a uvězněn v moskevských věznicích Taganka, posléze Butyrka. Vojska československých legií tak byla pro návrat do vlasti podstoupit tzv. Sibiřskou anabázi a vrátit se do posléze vzniknuvšího Československa přes Vladivostok a následně mořskou cestou kolem Asie do Evropy.