În aprilie 1941, Iugoslavia a fost ocupată de Germania și de Italia. După invazie, părți din Croația, Bosnia și Herțegovina, și regiunea Syrmia au fost incorporate în Statul Independent al Croației (NDH), un stat-marionetă susținut de naziști. Părți din Dalmația au fost anexate de Italia și regiunile nordice Baranja și Cantonul Međimurje au fost anexate de Ungaria horthystă. Regimul NDH a fost condus de Ante Pavelić și de gruparea ultranaționalistă Ustaše. Regimul a introdus legi antisemite și a efectuat o campanie de purificare etnică și genocid împotriva sârbilor și romilor din NDH, înființând lagăre de concentrare ca cele de la Jasenovac și Stara Gradiška. Se estimează că dintre cei 39.000 de evrei din țară, au supraviețuit doar 9.000; restul au fost uciși sau deportați în Germania, atât de autoritățile locale, cât și de armata germană însăși. Izvoarele sârbe și cele croate dau cifre diferite. Se estimează că au fost uciși în total între 320.000 și 334.000 de sârbi pe actualul teritoriu al Croației și Bosniei și Herțegovinei, care corespunde aproximativ cu teritoriul NDH, din diverse cauze - fie de către regim, fie ca membri ai rezistenței armate, fie uciși ca colaboraționiști. În total, numărul estimat al victimelor sârbe în toată Iugoslavia în timpul războiului a fost de circa 537.000. În același timp, circa 200.000 de croați au fost uciși în al Doilea Război Mondial, tot astfel, din mai multe cauze.