במלחמת ששת הימים לחם כמפקד גדוד הטנקים 63 במסגרת חטיבה 14, כחלק מאוגדה 38 בפיקוד אריאל שרון. ניר לחם בראש גדודו בקרב אום-כתף. גדודו נע ככוח טנקים עצמאי על "ציר בטור" בלב הדיונות. הכוח, שכלל כ-45 טנקי צנטוריון ועוד יחידות משנה של חרמ"ש, נ"ט והנדסה, כבש את מתחם 181 המבוצר. בהמשך המלחמה נפצע ניר מהפגזה מצרית ונותר נכה בשתי רגליו. ניר לא ויתר, השתקם ושב לשירות בצה"ל. שירת כמדריך בפו"ם ומונה למפקד חטיבה 217 בדרגת אל"ם. פיקד על חטיבתו במלחמת יום הכיפורים, בין היתר במארב לחטיבה 25 המצרית. לאחר המלחמה יצא להשתלמות במכללה לפיקוד ומטה של צבא ארצות הברית. בשנים 1975–1976 פיקד על המרכז הלאומי לאימונים ביבשה ולאחר מכן כיהן כראש מטה פיקוד הצפון. בהמשך פיקד על עוצבת עידן.