Vuonna 1204 neljännessä ristiretkessa ristiretkeläiset valtasivat Konstantinopolin ja perustivat Latinalainen keisarikunnan jonka aikana se muutettiin katoliseksi kirkoksi. Vuonna 1261 bysanttilaiset valtasivat Konstantinopolin takaisin jolloin se palautettiin ortodoksiseksi kirkoksi. Lopulta se muutettiin moskeijaksi, kun turkkilaiset valtasivat Konstantinopolin vuonna 1453. Vuodesta 1934 alkaen rakennus on toiminut museona. Vuonna 2015 se oli 3,4 miljoonalla kävijällään yksi Euroopan suosituimmista museoista.