בתקופת כהונתו בנשיאות נחשב מובארכ לאחד המנהיגים החזקים והמשפיעים ביותר במזרח התיכון ובעולם הערבי. הוא התפטר מכהונתו בעקבות מהפכת 2011, ולאחר מכן נעצר, הועמד למשפט על הרג מפגינים, הורשע ונדון למאסר עולם; אך התקבלה בקשתו למשפט חוזר בינואר 2013. ב-22 באוגוסט 2013 שוחרר מובארכ למעצר בית. ב-29 בנובמבר 2014 זוכה מובארכ במשפטו החוזר מהאישום בהרג מפגינים, וכן מאישום בפרשת שחיתות שלטונית במסגרת סחר גז עם ישראל. עם זאת, משפט חוזר חל בפרשת השחיתות ובמאי 2015 הורשעו מובארכ ובניו, ונשפטו למאסר 3 ו-4 שנים בהתאמה. מובארכ הוחזק בבית חולים צבאי, ובניו שוחררו באוקטובר 2015 על ידי בית משפט בקהיר. במרץ 2017 זוכה מההאשמות בהרג מפגינים והוא שוחרר ממאסרו. ב-25 בפברואר 2020, מת, לאחר שסבל מסיבוכים בניתוח שעבר בסוף ינואר.