Дебют Гюнтера Нетцера за национальную сборную состоялся в октябре 1965 года в товарищеском матче против сборной Австрии. Он представлял сборную ФРГ по футболу с 1965-го по 1975 года 37 раз — за это время забил 6 голов. В составе сборной Гюнтер Нетцер выиграл Чемпионат Европы по футболу 1972 года.