Eine Wendung brachte das Wiedererstarken des Fürstbistums durch den Herrschaftsantritt von Bischof Jakob Christoph Blarer von Wartensee 1575. Dieser verbündete sich 1579 mit den katholischen Ständen der Eidgenossenschaft und forderte von Basel die Auslösung der alten fürstbischöflichen Lehen und Pfänder. Basel lief Gefahr, unter die Hoheit des Fürstbistums zu geraten und seine Selbständigkeit zu verlieren. Es konnte infolge seiner damaligen lutherischen Ausrichtung auch nicht auf die Hilfe der reformierten Kantone hoffen, die ohnehin einen weiteren desaströsen Feldzug wie den Zweiten Kapellerkrieg von 1531 scheuten. Basel willigte also in einen eidgenössischen Schiedsspruch ein, der 1585 im Tagsatzungsort Baden erging. Dieser «Badener Vertrag» bestimmte, dass Basel mit einer enormen Zahlung von 200'000 Gulden in den endgültigen Besitz aller seiner seit 1400 erworbenen Pfänder und Lehen des Fürstbistums gelangte. Im Gegenzug wurden die Burgrechte mit den fürstbischöflichen Untertanen entkräftet, deren reformierte Konfession vom Fürstbischof nun bekämpft werden konnte. Der Anschluss des rekatholisierten Birseck an den Kanton Basel (heute Teil des Kantons Baselland) gelang erst 1815 durch den Wiener Kongress.