Nachdem in Europa die Grausamkeiten des 1954 beginnenden algerischen Bürgerkriegs bekannt geworden waren, setzte sich Kaiser nachdrücklich dafür ein, notleidende Kinder aus Algerien in der Schweiz aufzunehmen. Am 15. Juni 1958 wurde Kaiser in Genf Mitglied des Zentralkomitees dieser neuen Organisation. Dieser neuen Aufgabe widmete er sich „mit Leib und Seele, fast Tag und Nacht“ und wurde Sekretär der Lausanner Stiftung der Emmaus-Freunde. Wegen „Schwierigkeiten menschlicher und finanzieller Art“ innerhalb der Lausanner Stiftung verließ er Mitte 1959 die Emmaus-Freunde.