Im Juli wurde er vorübergehend inhaftiert, nachdem einige seiner früheren Mitarbeiter, darunter der Oberst Sergej Mjasojedow, wegen Spionage für Deutschland verurteilt worden waren. Im gleichen Monat stimmte die Duma mit großer Mehrheit für die Aufnahme einer formellen Untersuchung gegen Suchomlinow aufgrund des Vorwurfs nachlässiger Amtsführung und möglichen Verrats. Im März 1916 stimmte der Zar der Anklageerhebung vor einem Kriegsgericht zu. Suchomlinow wurde im Mai verhaftet und in der Peter-Pauls-Festung untergebracht, im Juli wegen eines Nervenleidens in eine Anstalt eingewiesen und im Oktober auf Anordnung des Zaren unter Hausarrest gestellt. Nach der Februarrevolution 1917 durch die Provisorische Regierung erneut verhaftet, wurde er von Vorwürfen der Spionage und des Verrats freigesprochen, aber im September d. J. wegen der gravierenden Mängel bei der Vorbereitung der Armee für den Krieg zu lebenslanger Haft verurteilt und ins Kresty-Gefängnis verbracht. Anlässlich seines bevorstehenden 70. Geburtstages wurde er am 1. Mai 1918 von den Bolschewiki freigelassen und emigrierte über Finnland nach Deutschland, wo er 1924 seine Memoiren publizierte. Bekannte sowjetische Historiker wie Kornelij Schazillo und Viktor Gilensen stellten aufgrund detaillierter Recherchen in Archiven und Bibliotheken fest, dass die Anklage gegen Suchomlinow und seinen wichtigsten "Belastungszeugen" Mjasojedow wegen Spionage zugunsten Deutschland von Anfang an fabriziert worden war.