3. a 4. července 1923 se u státního soudu v Brně konalo přelíčení se Šoupalem pro zločin úkladné vraždy. Státní zástupce podrobně popsal jeho minulost, střeleckou přípravu, plánovaný atentát z 12. prosince 1922 i ten uskutečněný z 5. ledna 1923. Důležitou otázkou bylo, zda měl pachatel od počátku úmysl usmrtit svou oběť; z výpovědí svědků, kterým se Šoupal před činem svěřoval, i z jeho prvních výpovědí se ale podařilo tento úmysl prokázat. Obžalovaný během procesu téměř nepromluvil. Prohlásil, že státní soud, zřízený na základě Zákona na ochranu republiky (tj. až po jeho činu), je nelegitimní a nemá právo ho soudit, což však soudci odmítli. Na konci prohlásil, že se necítí vinen a znovu poněkud zmateně argumentoval nepříslušností soudu. Obhájce se snažil zlehčit jeho vinu poukazem na to, že byl – podobně jako další v jeho generaci – nepříznivě ovlivněn válečným násilím, politickým štvaním a příkladem atentátů, jako byl sarajevský nebo Adlerův proti rakouskému premiéru Stürgkhovi. Přečetl také Šoupalův politický manifest, z něhož čišela bezcílnost, prostoduchost a malichernost samolibého mladíka.