Впоследствии "Ю 52" стал основным военно-транспортным самолётом Германии во Второй мировой войне. Широко применялся на всех фронтах и в тылу, производился всю войну. Принимал активное участие в крупнейшей немецкой воздушно-десантной операции — захвате острова Крит. Использовался для снабжения войск, в том числе и попавших в окружение, выстраивая «воздушные мосты» снабжения.