Od júla 1919 do apríla 1924 pôsobil ako hlavný veliteľ ozbrojených síl Ruskej sovietskej federatívnej socialistickej republiky. Podieľal sa na vedení bojových operácii proti jednotkám generálov Denikina a Vrangeľa. Boľševické jednotky pod jeho vedením zasiahli proti povstaniam v Karélii, Buchare, Fergane a oblasti Tambova. Podieľal sa tiež na riadení bojových operácií počas poľsko-boľševickej vojny. V priebehu bojových operácii pred Varšavou jeho vtedajší podriadený člen Revolučnej vojenskej rady juhozápadného frontu Stalin odmietol splniť rozkazy smerujúce k zastaveniu ofenzívnej činnosti a preskupeniu síl, čo spolu s ďalšími neúspechmi významnou mierou viedlo k porážke boľševických síl.