בהמשך שנת 2000 זומן דונובן לנבחרת הבוגרת של ארצות הברית. הוא הבקיע את שערו הראשון במדי הנבחרת כבר בהופעת הבכורה שלו, מול נבחרת מקסיקו. בשנת 2002 זכה דונובן עם ארצות הברית בגביע הזהב של CONCACAF (אליפות צפון אמריקה), ונבחר לאחד מ-11 המצטיינים בטורניר. בהמשך השנה הוא ערך את הופעתו הראשונה במסגרת גביע העולם. בטורניר זה כבש דונובן שני שערים, וסייע לנבחרתו, שהייתה אחת מהקבוצות המפתיעות של הטורניר, להעפיל עד לרבע הגמר. בטורנירי גביע הזהב של CONCACAF ב-2003 וב-2005 סיים דונובן עם ארצות הברית במקומות השלישי והראשון בהתאמה, ובשניהם נכלל שוב בהרכב הטורניר.