No final dos anos 80, Stroessner, com uma economia estagnada e enfrentando crescente oposição externa depois que todas as ditaduras vizinhas entraram em colapso, também começou a sofrer uma luta interna por sua sucessão. Em 3 de fevereiro de 1989, foi derrubado por um Golpe de Estado no Paraguai liderado pelo general Andrés Rodríguez Pedotti, até então seu sogro. Após a expulsão do poder, ele foi para exílio no Brasil, onde morreu em 16 de agosto de 2006.