Степан Денисенко родился а в селе Гришино Молчановской волости Томского уезда Томской губернии (ныне Томской области) в русской крестьянской семье. Село Гришино расположено на берегу речки Малый Татош, около 10 км юго-западнее села Молчаново. Дед Степана по материнской линии был одним из воинов-героев — полный Георгиевский кавалер, казак Устин Макарович Бокша (Крымская война 1853—1856 гг.).