Im Jahr 2002 erhielt Elduayen die ersten Nominierungen für die uruguayische Nationalmannschaft und debütierte schließlich am 21. Mai 2002 im Freundschaftsspiel gegen Singapur für die uruguayische Auswahl, als er zur zweiten Halbzeit eingewechselt wurde. Er wurde in den Kader für die Endrunde der Fußball-Weltmeisterschaft 2002 berufen, jedoch als Ersatztorwart hinter dem gesetzten Fabián Carini und dem zweiten Torhüter Gustavo Munúa nicht eingesetzt. Die Mannschaft schied als Gruppendritter mit zwei Punkten aus dem Turnier aus.