Entre le départ d'Idi Amin en avril 1979 et décembre 1980, deux gouvernements se succèdent puis laissent la place, après mai 1980, à un directoire militaire. En décembre 1980, Milton Obote reprend le pouvoir à la faveur d'élections contestées, déclenchant une guerre civile. Il est renversé en 1985 par un coup d'état de ses propres généraux. Mais le régime ne parvient pas à contenir la rébellion d'un groupe armé, qui s'est baptisé l'Armée Nationale de Résistance ("National Resistance Army" - NRA). Début 1986, avec la prise de Kampala, le chef de ce groupe, Yoweri Museveni, âgé de , s'empare du pouvoir. Se déclarant initialement socialiste, il fait de l'Ouganda, une fois arrivé au pouvoir, un laboratoire des politiques libérales, et redresse l'économie du pays. Il durcit la répression contre les homosexuels, bien que ces initiatives dans ce domaine soient en partie contenues par la Cour constitutionnelle du pays. Il se fait réélire six fois : en 1996, en 2001, en 2006, en 2011 et en 2016, au premier tour, en 2021 au second tour, avec chaque fois des soupçons de fraude.