2013 blieb Vettel zusammen mit Webber bei Red Bull. Beim Saisonauftakt in Australien kam er von der Pole-Position startend auf dem dritten Platz ins Ziel. Eine Woche später stand er in Malaysia erneut auf der Pole-Position. Nachdem er zwischenzeitlich hinter seinen Teamkollegen Webber und Lewis Hamilton auf den dritten Platz zurückgefallen war, überholte er in der Schlussphase Webber und übernahm die Führung. Vettel widersetzte sich damit der Entscheidung des Teams, die beide Piloten nach dem letzten Boxenstopp zum Halten der Positionen aufgefordert hatte, während Webber sich an die Vorgaben hielt und nicht mehr ans Limit ging. Vettel wurde bereits während des Rennens von der Teamleitung für diese Aktion kritisiert. Er ließ Webber in den letzten Runden nicht mehr vorbei und gewann das Rennen. Im Anschluss an den Grand Prix entschuldigte sich Vettel bei Webber und Red Bull für das Missachten der Teamorder. Im Rennen in China setzte Vettel auf eine andere Strategie als seine Konkurrenten und verwendete im Gegensatz zu ihnen als letzte die weichere Reifenmischung. Er kam auf dem vierten Platz ins Ziel. Eine Woche später gewann Vettel den Großen Preis von Bahrain.