В 1989 году пятым по счёту боссом Ямагути-гуми стал Ёсинори Ватанабэ, занимавший этот пост до своего ухода в отставку в 2005 году. Он так охарактеризовал основные принципы работы якудза: «Абсолютное единство. Возмездие. Тишина. Соответствующие поощрения и наказания, а также разумное использование насилия». В январе 1995 года якудза (особенно члены Ямагути-гуми под началом Ватанабэ) принимали активное участие в спасательной операции после произошедшего в Кобэ землетрясения. В ответ на медлительность властей гангстеры самостоятельно организовали распределение среди пострадавших воды, еды, одежды и медикаментов, а затем финансировали часть восстановительных работ. В апреле 1995 года связанный с синдикатом Ямагути-гуми гангстер Хироюки Дзё перед толпой журналистов нанёс смертельный удар научному руководителю секты Аум Синрикё Хидэо Мураи. Получивший славу «японского Джека Руби» гангстер объяснил свой поступок местью за теракт в токийском метро, но многие специалисты высказывали мнение, что таким образом мафия заставила замолчать свидетеля, который мог сообщить подробности того, с чьей помощью секта производила наркотики и отравляющие вещества.