Během obléhání Varšavy v roce 1939 shořely sousední budovy (evangelicko-augsburský kostel a gymnázium M. Rejy), ale budova Zachęty přežila, i když utrpěla škody. Sbírky nebyly evakuovány z budovy ani přesunuty do suterénu budovy. Jediné dílo převezené ze "Zachęty" v průběhu zářijové ofenzivy německých vojsk byl obraz Jana Matejka "Bitva u Grunwaldu". Obrazy zavěšené na stěnách byly zničeny výbuchy granátů, které prorazily střechu. Po kapitulaci Varšavy byla budova obsazena okupanty, Společnost pro podporu výtvarného umění byla zrušena a většina sbírek byla převezena do Národního muzea. Několik stovek maleb bylo přepraveno v otevřených nákladních vozech, bez jakýchkoliv seznamů nebo protokolů o přesunu. Část vyrabovaných sbírek byla odvezena do Německa a Zachęta byla přeměněna na "Haus der Deutschen Kultur", ve které se konaly německé propagandistické akce. Při ústupu německých vojsk vážně poškodily budovu bomby a dělostřelecké granáty a po osvobození byly na stěnách nalezeny stopy hořlavé látky, které svědčí o záměru ji vypálit. Další rabování památek pak měla na svědomí sovětská vojska.