През 1619 година Джаякарта е превзета от войски на нидерландската Обединена източноиндийска компания, водени от Ян Питерсзоон Кун. Градът е преименуван на Батавия (от батави – племе, населявало днешна Нидерландия при римското завоюване на страната). Батавия се превръща в център на нидерландските владения в Югоизточна Азия. През 1740 година по време на Батавското клане в града са избити над 10 хиляди китайци, което до наши дни оказва влияние върху междуетническите отношения.