Suite aux dommages causés par le sac de Rome en 1527, il est décidé de restaurer et d'agrandir l'ensemble du complexe grâce à l'achat du terrain environnant. Suite au conclave de 1549-1550, des cardinaux français financent les travaux d'extension. La façade est achevée en 1570, conçue par Giacomo Della Porta et Carlo Maderno, ornée des deux célèbres clochers.