Il 20 ottobre 2006, negli Stati Uniti d'America, è uscita nelle sale la riedizione "Nightmare Before Christmas 3D" ma stavolta a produrlo è la Walt Disney Pictures. Il film era visualizzabile stereoscopicamente grazie all'utilizzo di appositi occhialini. In occasione di questa riedizione, è uscito anche un cd musicale contenenti alcune delle canzoni del film riarrangiate da famosi cantanti e famose band (come ad esempio la canzone "This Is Halloween" cantata da Marilyn Manson), nella versione 3D in lingua originale la prima versione iniziale della canzone "This is Halloween" è stata sostituita con quella rifatta in stile punk rock da Manson. In Italia la nuova versione 3D è stata presentata il 5 settembre 2007 alla 64ª Mostra internazionale d'arte cinematografica di Venezia in occasione del Leone d'oro alla Carriera per Tim Burton. In Italia la riedizione in 3D del film d'animazione è uscita il 30 novembre 2007 solo nelle sale cinematografiche che possiedono la tecnologia 3D.