Em 12 de outubro de 1968, a Guiné Equatorial se tornou um país independente. Antes de Río Muni ser destacado como vicariato em 1965, havia 180.000 católicos no vicariato, a maior porcentagem de católicos em toda a África. Infelizmente para os católicos, assim como para os demais habitantes da região, os primeiros dez anos de independência trouxeram a morte a muitos sob o regime do presidente Macias Nguema, e a repressão à Igreja Católica tornou-se um de seus principais esforços. Seu sobrinho, o general Teodoro Obiang Nguema Mbasogo, executou Nguema em 3 de agosto de 1979, durante um golpe de Estado que trouxe uma era mais pacífica para a região.