Pada pertengahan hingga akhir 1990-an, Museveni dipuji oleh Barat sebagai bagian dari generasi baru pemimpin Afrika. Namun masa kepresidenannya dicemari oleh keterlibatan dalam perang saudara di Republik Demokratik Kongo dan konflik-konflik di wilayah Danau-danau Besar lainnya. Pemberontakan di utara terus menyebabkan salah satu keadaan darurat kemanusiaan yang terburuk di dunia. Perubahan-perubahan konstitusional terhadap batas masa jabatan presiden yang menyebabkan tertundanya pemilu 2006, dan ditangkapnya pemimpin oposisi utama, telah menimbulkan keprihatinan dari para komentator dalam negeri maupun masyarakat internasional.