Во время работы на Одере Василий Васильевич сильно простудился, но к началу решающего наступления на Берлин он уже был в строю. На завершающем этапе войны он участвовал в Берлинской операции и штурме Берлина. Боевой путь он завершил на территории Чехословакии в ходе Пражской операции. После окончания Великой Отечественной войны В. В. Протасюк остался на сверхсрочную службу. До февраля 1947 года служил в составе Группы советских оккупационных войск в Германии. После демобилизации Василий Васильевич вернулся в родные места. Жил в селе Гуран. Был членом Тулунского райкома ВКП(б) и избирался депутатом Гурановского сельского Совета. 12 марта 1948 года после тяжёлой болезни в возрасте 23 лет В. В. Протасюк скончался. Похоронен в селе Гуран Тулунского района Иркутской области.