Mendoza ist seit 2005 als Filmregisseur tätig. Mehrere seiner Filme, die grundsätzlich in Mendozas Muttersprache Tagalog gedreht wurden, sind zwischen 2005 und 2009 auf internationalen Filmfestspielen wie in Locarno, Cannes und Venedig ausgezeichnet worden. Sein Film "Captive" aus dem Jahre 2011 war Wettbewerbsbeitrag für die 62. Internationalen Filmfestspiele Berlin 2012. Im selben Jahr erhielt er für "Sinapupunan" (Englischsprachiger Festivaltitel: "Thy Womb") seine zweite Einladung in den Wettbewerb der 69. Filmfestspiele von Venedig. 2016 erhielt er für "Ma’Rosa" seine dritte Einladung in den Wettbewerb der 66. Internationalen Filmfestspiele von Cannes.