De 1991 à 1993, alternant défaites et victoires militaires, Paul Kagame négocie parallèlement les accords d'Arusha avec le président Juvénal Habyarimana, poussé à la discussion par l'ONU afin de mettre un terme à la guerre civile. Il négocie par l'intermédiaire de Pasteur Bizimungu qui deviendra président de la République pendant la première partie de la période de transition, après le génocide. Avant la période de ces négociations et lors d'un séjour à Paris du 17 au , Paul Kagame est arrêté par les services français une douzaine d'heures, pour terrorisme, juste après avoir été reçu par Jean-Christophe Mitterrand et Paul Dijoud conseillers du gouvernement français pour les Affaires africaines auprès de l'Élysée. Paul Dijoud justifie cette arrestation : . De son côté Paul Kagame affirme que Paul Dijoud l'avertit que s'il n'arrêtait pas les combats, tous les siens seraient massacrés.