Im Ersten Balkankrieg wurde Thessaloniki im Oktober 1912 von Griechenland erobert und im Londoner Vertrag von 1913 verzichtete das Osmanische Reich u. a. auf Makedonien. Dieser Regimewechsel stieß bei den Juden in Thessaloniki auf wenig Gegenliebe, war er doch mit finanziellen Nachteilen verbunden: Das Osmanische Reich hatte Juden Privilegien gewährt und im Gegenzug Kredite gefordert, beides schien nun verloren. Griechenland behandelte alle Ethnien und Religionsgemeinschaften gleich, um Spekulationen zu einer möglichen Ausnahme entgegenzuwirken, erließ König Georg ein Dekret, nach dem (auch) die Juden Nordgriechenland zu gleichgestellten Staatsbürgern wurden. Selbst eigene Schulen stießen auf Missgunst seitens des Staates, der jüdischen Gemeinde wurde gestattet ein Gymnasium zu gründen. Durch den Großbrand von 1917 wurden zahlreiche Juden obdachlos und zu Wiederaufbauzwecken wurde viel Privatland enteignet, dessen Eigentümer mit entwertetem Geld entschädigt wurden. Der Großbrand hatte eine Emigrationswelle zur Folge, so verringerte sich die Bevölkerung, insbesondere durch Auswanderung in die USA, und im Fall der Juden zusätzlich durch Auswanderung nach Palästina. Die jüdische Bevölkerung hatte sich bis 1940 auf etwa 49.000 Einwohner verringert. Nach dem Türkisch-Griechischen Krieg kam es 1922 zur Zwangsumsiedlung von Griechen (und Armeniern) aus Kleinasien, die als Flüchtlinge hauptsächlich nach Athen und Thessaloniki gelangten, somit sank der prozentuale Anteil der Juden. Am 29. Juni 1931 kam es zu antisemitischen Ausschreitungen, von denen der Staat fürchtete sie könnten dem Ansehen schaden, insbesondere im Ausland versuchte man die Vorfälle herunterzuspielen und im Inland die Täter zu bestrafen.