Queens Zoo werd in de jaren zestig van de twintigste eeuw aangelegd op het terrein van de Wereldtentoonstelling van 1964 in Flushing Meadows Corona Park. De dierentuin werd in 1968 onder de naam "Flushing Meadows Zoo" geopend. Van 1988 tot 1992 was de dierentuin gesloten voor renovatie en herinrichting. In 1992 werd het als Queens Zoo heropend.