Bereits zehn Tage vor Ausbruch des Zweiten Weltkriegs wurde Wilhelm Goldmann 42-jährig am 10. August 1939 zur Wehrmacht eingezogen. Er war ab dem 17. August 1939 an einem Flakscheinwerfer am Westwall im Einsatz. Nach einer zweiten Reklamation konnte er nach Leipzig zurückkehren, da seine Arbeit als Verlagsleiter als kriegswichtig angesehen wurde. Goldmann verlegte jetzt auch Sonderausgaben für die Truppenbetreuung. Ab 1941 befand sich der Verlagssitz im Haus Roßplatz 1 in Leipzig kappa. Am 4. Dezember 1943 wurde ab 4:00 Uhr das Leipziger Buchhändlerviertel durch einen zweistündigen Fliegerbombenangriff total zerstört. Zu den zerstörten Gebäuden gehörte auch Wilhelm Goldmanns Verlagshaus am Roßplatz 1. Trotz des Totalverlustes setzte Goldmann die Verlagstätigkeit in seinem Privathaus in Lützschena-Hänichen bei Leipzig fort. Im Sommer 1944 wurde Wilhelm Goldmann wieder zum Wehrdienst einberufen. Er diente bei einer Kraftfahrzeugabteilung. Auf Antrag wurde er am 10. Februar 1944 von Dresden nach Leipzig versetzt, drei Tage vor der völligen Zerstörung der Dresdener Innenstadt durch einen Fliegerbombenangriff. Nach eigenen Angaben wurde Wilhelm Goldmann nach einer Denunziation am 12. Februar 1944 wegen politischer Äußerungen von der Gestapo verhaftet. Bei der Verlegung in die Tschechoslowakei auf dem Rückzug vor den alliierten Truppen gelang Goldmann am 5. Mai 1945 in Kaaden (heute Kadaň) die Flucht. Zu Fuß nach Leipzig unterwegs wurde er von alliierten Truppen aufgegriffen und im amerikanischen Kriegsgefangenenlager auf dem Flugplatz Eger (heute Cheb) interniert. Goldmann wurde bald entlassen und war am 2. Juni 1945 wieder bei seiner Familie in Hänichen.