Kort efter befrielsekriget mot Portugal sattes flottan också in mot Ekvatorkonfederationen i nordöstra Brasilien 1825 och i Cisplatinska kriget i det som idag är Uruguay 1826–1828. Under den här tiden växte flottan från 38 till 96 fartyg med sammanlagt 690 kanoner. Argentina som stödde Río de la Platas förenade provinser fick se sin flotta besegrad i slaget vid Santiago 1827.