În anii 1999-2000, Lee a ocupat funcția de reprezentant special al directorului general OMS la acea vreme, Gro Harlem Brundtland, iar în anul 2003 a devenit director general al Organizației Mondiale a Sănătății, ocupând această funcție până la moartea sa survenită în anul 2006. Mandatul său ca director general al OMS a fost marcat de eforturile de controlare a pandemiei de &lt;a href="HIV/SIDA"&gt;HIV/SIDA&lt;/a&gt; și de acțiunile întreprinse de acesta în 60 de țări, printre care Darfur, Sudan, Madagascar și Maurițius, ultimele două fiind afectate de tsunamiul din Oceanul Indian.