Un "Bureau international" situé à Genève se charge de la coordination de l'action entre les différentes sections. Sur le terrain, une coordination inter-section plus informelle assure la cohérence des opérations. À titre d'exemple, les cinq sections opérationnelles de MSF sont présentes en République démocratique du Congo au cours de la Deuxième guerre, mais sur des projets différents quant à leur localisation, leurs actions dans la durée (des situations d'urgence au support au système de santé) ou leur nature (urgence, Sida, campagnes de vaccination, support au système de santé…).