בשנת 1570 הוזמן על ידי ז'אק קִיָיא (Jacques Cujas) ללמוד פילוסופיה של המשפט בוולנס שמדרום לליון. סקליגר שהה בוולנס שלוש שנים וזכה לא רק ללמוד מקִיָיא אלא גם להשתמש בספרייתו הגדולה. בעקבות טבח ליל ברתולומאוס הקדוש ברח לז'נבה, שם נתמנה לפרופסור. הוא הרצה שם על "אורגנון", מכלול כתבי הלוגיקה של אריסטו, ועל "דה פיניבוס" ("על תכליות הטוב והרע") של קיקרו, אולם לא נהנה ממתן הרצאות ולכן שב לצרפת בשנת 1574. במשך 20 השנים הבאות שהה בצרפת כאורחו של לואי דה שסטנייה, ובהן הניח את היסודות לפילולוגיה המודרנית. בשנת 1583 המציא שיטה לספירת ימים רציפה, כדי להתגבר על הקושי בחישוב תאריכים שנוצר מהלוח הגרגוריאני. השיטה נקראת 'יום יוליאני'. בשנת 1593 נענה להפצרות מצד חבר הנאמנים של אוניברסיטת ליידן שבהולנד לשהות באוניברסיטה, לאחר שהובטח לו שלא יצטרך ללמד ויוכל לחקור כאוות נפשו.