YK oli vuoden 1992 puolivälissä rauhanturvaamisoperaatioissa muun muassa entisessä Jugoslaviassa, Somaliassa ja Kambodžassa. Boutros-Ghali suututti Britannian ja Yhdysvallat kutsumalla Jugoslavian hajoamissotia ”rikkaiden sodaksi”, koska länsimaat keskittyivät siihen muiden kriisikohteiden kustannuksella. Kun YK:n rauhanturvaajia päätettiin lähettää Bosniaan, Boutros-Ghali vaati, että hän tekisi itse kaikki merkittävät päätökset. Tämä heikensi tehokkaan toiminnan mahdollisuutta, eikä YK saanut muutenkaan jäsenvaltioiltaan tarpeeksi miesvoimaa operaatiota varten. Boutros-Ghali heikensi asemaansa 1995, kun hän Srebrenican joukkomurhan jälkeen matkusti Afrikkaan ja kutsui Srebrenicaa ”kyläksi Euroopassa”.