Haneen Zoabi participe en à la flottille pour Gaza sur le navire turc "Mavi Marmara" afin de violer le blocus de Gaza, s'attirant les critiques et les demandes de poursuite judiciaire de la droite et de l'extrême droite israélienne, ainsi que des menaces de mort, en ayant notamment affirmé qu'il s'agissait d'une « action humanitaire » et d'avoir qualifié les députés israéliens de « traitres ». Deux agents de sécurité israélienne sont donc affectés à sa protection et le président de la Knesset, Reuven Rivlin - connu pour sa position en faveur de la coexistence arabo-juive - s'oppose à sa destitution parlementaire. Aussi, en , le Procureur général d'Israël, (en) , décide de clore l'enquête dont il est chargé sur l'action des cinq participants israéliens (dont Zoabi) de la flottille à destination de Gaza.