Починаючи з 1593 року на Україні стався низку козацьких повстань, що супроводжувалися антиєврейскими погромами, а в 1648 році відбулося повстання Богдана Хмельницького, під час якого єврейські громади України піддалися масовому винищенню. З травня 1648 року почалася втеча єврейського населення містечок Київської та Житомирської областей в укріплені міста. Частина євреїв, рятуючись від козаків, покинула Лівобережжі після битви під Корсунем разом із загоном князя Єремії Вишневецького. У містах, захоплених козаками, відбувались масові і жорстокі розправи над євреями і поляками. Що залишилися в живих козаки продавали в рабство татарам. Полонених євреїв згодом викуповували громади Османської імперії. Ті, що вижили в ході повстання євреї втекли з України в Литву, внутрішні області Польщі, Пруссію, Сілезію і далі.