Op 4 juli 2009 verbeterde hij in het Ulm zijn persoonlijk record bij het verspringen op buitenbanen tot 8,49. Hiermee won hij voor de derde maal de Duitse verspringtitel en kwalificeerde zich hiermee voor de wereldkampioenschappen, die dat jaar in Berlijn werden gehouden. Daar bleef de Duitse verspringer echter ver verwijderd van zijn eerder in het jaar geleverde prestaties. Door een blessure aan zijn teenkootje sprong hij niet verder dan 7,98 en strandde hij als negende in de kwalificatieronde. Door dit blessureleed kon Bayer de rest van het seizoen verder niet in actie komen. Ondanks een goede trainingsperiode in de winter werd de start van het baanseizoen van Bayer door een opkomende stressfractuur uitgesteld. Hierdoor had hij slechts één serieuze kans om zich te kwalificeren voor de Europese kampioenschappen van Barcelona: de nationale kampioenschappen. Hij werd tweede met een afstand van 7,71 m, wat niet genoeg was voor een kwalificatie.