Після здобуття незалежності в 1991 році, в березні 1992 року була створена АФФА – Асоціація футбольних федерацій Азербайджану. У 1994 році АФФА була прийнята в УЄФА і ФІФА. У тому ж році збірна почала виступати у відбіркових матчах до чемпіонату Європи-96 та світу.