Mate Boban erzielte eine Einigung über eine Föderation der Kroaten und Bosniaken mit dem Führer der Bosniaken Alija Izetbegović. Die beiden unterzeichneten am 25. März 1993 den UNO-Friedensplan. Noch während der Verhandlungen zum Washingtoner Abkommen zur Gründung der Bosnisch-Kroatischen Föderation in Bosnien und Herzegowina musste Boban am 20. Dezember 1993 auf der Sitzung des Zentralausschusses der HDZ BiH von seinem Amt als Vorsitzender zurücktreten. Boban behielt jedoch informell bis zu seinem Tod die Kontrolle. Die Unterzeichnung des Washingtoner Abkommens am 2. März 1994 führte zum Waffenstillstand im Kroatisch-bosniakischen Krieg. Die Strukturen der Republik Herceg-Bosna blieben längerfristig erhalten, doch sank der Einfluss Bobans nach dem Daytoner Abkommen, welches das Ende des Bosnienkrieges bedeutete, stetig. Einige Politiker, die mit ihm das Kabinett der Regierung des Staates bildeten, wurden vom Haager Kriegsverbrechertribunal verurteilt, weil ihnen Vertreibungen nicht-kroatischer Zivilisten auf dem damaligen Territorium der Republik zugeschrieben wurden. Im Alter von 57 Jahren erlitt Mate Boban am 4. Juli 1997 einen Schlaganfall und verstarb drei Tage später in einem Hospital in Mostar.