MacArthur bertanggung jawab dalam menegakkan vonis hukuman yang dijatuhkan oleh Pengadilan Militer Internasional untuk Timur Jauh. Pada akhir 1945, komisi militer Sekutu di berbagai kota di Asia Timur mengadili 5.700 orang Jepang, Taiwan, dan Korea atas dakwaan kejahatan perang. Sekitar 4.300 orang dinyatakan bersalah, dan hampir 1.000 orang diganjar hukuman mati, dan ratusan orang diberi hukuman penjara seumur hidup. Dakwaan-dakwaan di pengadilan tersebut berkaitan dengan berbagai peristiwa besar, seperti Pemerkosaan Nanking, Pawai Kematian Bataan, dan Pembantaian Manila. Pengadilan Yamashita di Manila menuai kritikan karena ia diganjar hukuman gantung setelah dinyatakan bersalah atas pembantaian Manila yang dilakukan oleh Iwabuchi, padahal Yamashita sendiri tidak pernah memerintahkan pembantaian tersebut dan terdapat kemungkinan bahwa ia tidak tahu menahu soal kejadian tersebut. Iwabuchi sendiri telah bunuh diri menjelang berakhirnya pertempuran Manila.