W reprezentacji Brazylii Gélson Baresi zadebiutował 29 marca 1995 w zremisowanym 1-1 towarzyskim meczu z reprezentacją Hondurasu. W 1996 Gélson Baresi brał udział w Złotym Pucharze CONCACAF 1996, na którym Brazylia zajęła drugie miejsca. Gélson Baresi na turnieju był rezerwowym i nie wystąpił w żadnym meczu.