בשנת 1863 פרש פרטוריוס מתפקידו וחזר לרפובליקה הדרום אפריקאית, שם נבחר מחדש לנשיאות כשנה לאחר מכן. בשבע השנים הבאות, עד שלהי שנת 1871, כיהן פרטוריוס כנשיא הרפובליקה הדרום אפריקאית, אז הזדמן לו גם להטביע את עיקר חותמו ההיסטורי. פרטוריוס זכה לבסוף גם לתקופת כהונה שלישית כנשיא הרפובליקה במהלך שנות מלחמת הבורים הראשונה, אז כיהן בטריומווירט יחד עם פול קרוגר ופיט ג'וברט בין השנים 1880 ו-1883.