PSG-potkujen jälkeen Bergeroo toimi Stade Rennais'n päävalmentajana syyskaudella 2002/03. Ranskan jalkapalloliiton palvelukseen hän palasi heinäkuussa 2003 alle 17-vuotiaiden päävalmentajana. Hän valmensi eri ikäluokkien maajoukkueitta vuoteen 2013 saakka. Suurimmaksi saavutukseksi jäi alle 17-vuotiaiden Euroopan mestaruus vuonna 2004. Heinäkuussa 2013 hän siirtyi valmennustehtäviin Ranskan naisten jalkapallomaajoukkueen päävalmentajana. Bergeroon johdolla Ranskan naiset etenivät puolivälieriin MM-kisoissa 2015. Joukkue putosi tiukan taistelun jälkeen rangaistuspotkukilpailussa Saksalle. Ranska pelasi Bergeroon alaisuudessa Rio de Janeiron olympiaturnauksessa 2016 ja eteni kahdella voitolla jatkoon alkulohkosta. Edelliskisojen pronssimitaleita kirkastamaan lähteneen joukkueen turnaus päättyi kuitenkin jo puolivälieriin, kun Kanada oli vahvempi maalein 1-0. Syyskuussa 2016 Ranskan jalkapalloliitto purki Bergeroon sopimuksen.