כפטריוט גרמני ששאף לשחרר את אזור הולדתו מההגמוניה הדנית, התאמן אסמרך בחשאי יחד עם צעירים מקומיים אחרים והצטרף יחד איתם אחר כך למבצע הצבאי של הדוכסות והברית הגרמנית בראשות פרוסיה נגד דנמרק - מלחמת שלזוויג הראשונה בשנים 1848–1850. בצבא הגרמני קיבל את דרגת לוטננט. בעת הקרב באו, על יד פלנסבורג, בזמן שטיפל בחייל שנפצע בעורק הברכיאלי בזרוע, נפל אסמרך בשבי. הוחזק 9 שבועות כשבוי על האונייה הדנית "דרונינג מריה" ושוחרר לאחר מכן במסגרת חילופי שבויים תמורת רופא דני. נסיבות המלחמה משכו את עניינו אל תחום הרפואה הצבאית והטראומטולוגיה. חלק מימי המלחמה עבד אסמרך יחד עם הפרופ' לנגנבק ועם לואי שטרומייר בבית חולים שדה בפלנסבורג. בעת שביתת הנשק בשנת 1849 פתח קליניקה עצמאית בקיל ובהמשך ערך מסע בכמה מרכזים רפואיים חשובים באירופה - פראג, וינה, פריז, בריסל ולונדון.