Nach dem Staatsstreich (4. September 1797) wurde Quesnel verdächtigt, als Königstreuer gegen Napoleon und den Staat zu agieren. Gegen ihn sprach auch seine Heirat mit einer Adeligen. Erst als die Generäle Charles Pierre François Augereau und Louis Lemoine für ihn bürgten, konnte Quesnel in Amt und Würden bleiben.