Entretanto, quando a Frente Islâmica de Salvação venceu as eleições de 1991, os militares forçaram Chadli Bendjedid a dissolver o parlamento e a renunciar em 11 de janeiro de 1992. Os militares tomaram o poder e estabeleceram um Alto Conselho de Estado com 5 membros, que indicou Mohammad Boudiaf como presidente para ocupar o poder durante um período de transição de três anos até novas eleições. Boudiaf, porém, foi assassinado, e sucedido por Ali Kafi, enquanto o país mergulhava numa guerra civil. Kafi foi substituído em 1994 por Liamine Zéroual, que convocou eleições e as ganhou em 1995. Ele convocou novas eleições em 1999, que foram vencidas por Abdelaziz Bouteflika.