W 2005 roku Kljestan wziął udział z reprezentacją Stanów Zjednoczonych U-20 w Mistrzostwach Świata U-20 w Holandii. Ogółem przez dwa lata rozegrał w niej 16 meczów i strzelił jednego gola. W 2008 roku selekcjoner kadry U-23 Piotr Nowak powołał go na Igrzyska Olimpijskie w Pekinie. Tam Kljestan zagrał w trzech meczach i zdobył dwa gole: z Holandią (2:2) i z Nigerią (1:2).