Семья Батори, пришедшая к власти после смерти Яноша II в 1571 году, правила Трансильванией в качестве князей под властью турок (и недолго под властью Габсбургов) до 1602 года. Стефан Баторий, венгерский католик, который позже стал королём Польши, пытался сохранить религиозную свободу, предоставленную Турданским эдиктом, но интерпретировал это обязательство в более узком смысле. Позднее Трансильвания (под властью Жигмонда Батори) вступила в Долгую войну, которая началась как христианский союз против турок.