Dân cư bị ảnh hưởng bởi Chiến tranh thế giới thứ 2 với các nạn đối, xử tử, thảm sát và trục xuất. Trung Macedonia, bao gồm Thessaloniki, bị người Đức chiếm đóng, và ở phía đông, đồng minh Bulgaria của họ đã khủng bố cư dân người Hy Lạp bản địa và cho định cư những người thực dân Bulgaria tại vùng họ chiếm đóng ở Đông Macedonia và Tây Thrace, trục xuất tất cả người Do Thái ra khỏi khu vực. Tổng số dân thường chết tại Macedonia được ước tính là trên 400.000, bao gồm 55.000 người Do Thái Hy Lạp. Các ảnh hưởng từ Nội chiến Hy Lạp sau đó đã khiến nhiều người dân nông thôn Macedonia di cư ra các thị trấn và thành phố hay ra nước ngoài trong cuối những năm 1940 và 1950.