1798. augusztus 1-én a Horatio Nelson admirális vezette brit flotta azonban megsemmisítő vereséget mért a francia flottára a nílusi csatában, megakadályozva ezzel Bonaparte azon célját, hogy a franciák átvegyék a Földközi-tenger irányítását. Ezzel a britek Bonapartét elszakították Franciaországtól. Hadseregével sikerült megnövelnie hatalmát Egyiptom felett, bár többször is felkeléseket kellett levernie. Miután az Oszmán Birodalom hadat üzent Franciaországnak, Bonaparte bevonult a török uralom alatt lévő Szíriába. Bonaparte vezette a 13 ezer fős seregét Arís, Gáza, Jaffa és Haifa meghódításakor. A Jaffa elleni támadás különösen brutális volt. Bonaparte felfedezte, hogy a védők közül sokan hadifoglyok voltak, látszólag feltételesen szabadlábon és elrendelte, hogy a helyőrséget és 1400 foglyot szuronnyal vagy fulladással végezzék ki, hogy golyókat mentsenek meg. Férfiakat, nőket és gyerekeket raboltak ki és gyilkoltak meg három nap alatt.