Jean Van Buggenhout décroche un premier contrat professionnel pour Eddy Merckx avec Solo-Superia, une équipe formée autour du champion Rik Van Looy. Il dispute sa première course professionnelle à l'occasion de la Flèche wallonne, le 29 avril. Parti trop tôt en tête de course, il abandonne. Deux semaines plus tard, il obtient le premier des 525 succès de sa carrière professionnelle à Vilvorde, où il devance son camarade d'entraînement Émile Daems. L'entente est mauvaise au sein de l'équipe entre « l'Empereur » Van Looy, qui entend rester le meilleur coureur de classique qu'il est à l'époque, et Merckx, considéré alors comme un « nouveau Van Looy ». En août, au championnat de Belgique à Vilvorde, Van Looy abandonne et laisse Merckx se débrouiller seul face aux coureurs de l'équipe rivale Groene Leeuw, Arthur Decabooter, et Walter Godefroot. Également considéré comme un grand espoir du cyclisme belge, celui-ci s'impose devant Eddy Merckx. En septembre, Merckx dispute son premier championnat du monde professionnel à Lasarte-Oria, en Espagne, et en prend la . Il termine la saison avec neuf victoires. Victime des quolibets des équipiers de Van Looy, qui l'affublent du sobriquet « Jack Palance », Merckx demande à Van Buggenhout de lui trouver une autre équipe pour l'année suivante. Raphaël Géminiani tente de le recruter au sein de Ford, afin qu'il coure aux côtés de Jacques Anquetil. C'est finalement avec l'équipe française Peugeot qu'il signe à l'automne 1965.