Laskarina Bouboulina nacque il 23 maggio 1771 nelle prigioni di Costantinopoli, dove la madre, Skevo, appartenente alla comunità di arvaniti dell'isola di Idra, si era recata a visitare il marito, Stavriano Pinotsis, un capitano idriota imprigionato dai turchi per aver partecipato alla Rivolta Orlov del 1769 - 1770. Il padre morì poco dopo in prigionia e così la moglie con la figlia neonata ritornò nella sua isola natale; quattro anni dopo la sua nascita, nel 1775, la donna si risposò e con la piccola Laskarina lasciò Idra per trasferirsi con il secondo marito, che aveva otto figli, nell'isola di Spetses.