Der zuvor kaum oder gar nicht besiedelte Ort lag möglicherweise auf dem mörderischen Weg des Konquistadors Nuño Beltrán de Guzmáns in den damals noch unbekannten Nordwesten Mexikos; er wurde im Jahr 1585 von den Spaniern offiziell als "Santiago de Talpa" gegründet; für die Zeit danach gibt es kaum Nachrichten. Während der Französischen Besetzung Mexikos (1861–1867) wurde der Ort zweimal von seinen Bewohnern verlassen. Im Jahr 1885 erhielt er die Stadtrechte unter dem Namen "Talpa de Allende"; der Beiname ist eine ehrende Erinnerung an den Unabhängigkeitskämpfer Ignacio Allende (1769–1811).