Na coroação do rei Carlos I de Inglaterra em 20 de junho de 1633, Johnstone foi elevado a nobreza da Escócia como Lorde Johnstone de Lochwood. A partir de 1637, ele representou o Covenanter na corte e no ano seguinte, ele participou da Assembleia Geral em Glasgow. Johnstone levantou um regimento na Segunda Guerra dos Bispos em 1640, mas não se envolveu nas lutas. Em 8 de março de 1643, ele foi ainda homenageado com os títulos de Lord Johnston de Lochwood, Moffatdale e Evandale e Conde de Hartfell. Johnstone apoiou o rei na Guerra Civil Inglesa e foi preso no Castelo de Edimburgo pelo Comitê de Estates em 1644. Tendo sido libertado em março do ano seguinte, ele lutou na Batalha de Kilsyth e foi capturado em novembro, depois da Batalha de Philiphaugh. Embora tenha sido condenado à morte em St Andrews, Johnstone mais tarde recebeu o perdão. Em 1648, quando os Engagers assinaram um tratado com o rei, ele foi preso preventivamente.