1927年，在南京事件中，金陵大学副校长文怀恩死亡，包文率外籍人员撤离。待事件平息后，包文回到了金陵大学，因中国政府要求各学校不得以外籍人士为校长，他辞去校长一职，由陈裕光接任。他在金陵大学工作至1930年，而后，退休到美国加利福利亚州生活。1936年，陈裕光力邀他再次到金陵大学任教。第二年暑期，包文一家在北戴河休假，日军大举侵华，他只好返回美国。但他仍关心中国局势，写信给美国各部门，呼吁他们改变对日妥协的态度。