Tras las guerras de los Balcanes, comenzó a acusar problemas de salud, por lo que presentó su dimisión al rey Pedro I. Pero el monarca confiaba plenamente en Putnik, por lo que, con la Primera Guerra Mundial en ciernes, rechazó su solicitud, pidiéndole que tomara el mando estratégico sobre el ejército, mientras el resto de generales se haría cargo de las funciones operativas. Putnik marchó al balneario de Bad Gleichenberg a tratarse el enfisema pulmonar en el que había degenerado la bronquitis crónica que sufría. En cuanto tuvo noticia del ultimátum austrohúngaro a Serbia el 24 de julio, se aprestó a regresar a Serbia. Cuando estalló la crisis que dio origen al conflicto, Putnik se encontraba aún en Budapest y fue arrestado por las autoridades austrohúngaras. No obstante, y teniendo en cuenta su edad (67 años) y su estado de salud, fue puesto en libertad interpretando Francisco José I que no sería un obstáculo para sus objetivos. La ausencia de Putnik, único con acceso a la caja fuerte que contenía los planes militares del país, había obligado al ministro de Defensa a volarla para poder consultar los documentos en medio de la crisis. Durante su viaje de vuelta a Serbia a través de Rumanía, Putnik contrajo la neumonía que acabó matándolo tres años más tarde.