Během revolučních bojů v listopadu 1917 byl chrám Dvanácti apoštolů a stěna jídelny poškozeny dělostřelbou. Roku 1918 byl objekt předán muzeu. Ve 20. letech potom byly provedeny restaurátorské práce, v rámci kterých byl ze zbouraného Kláštera Nanebevstoupení přemístěn do chrámu ikonostas ze 17. století. Zároveň byly obnoveny dva historické průjezdy pod chrámem. V roce 1961 bylo poprvé muzeum zpřístupněno veřejnosti, od roku 1967 zde byla stálá expozice umění 17. a 18. století.