U kresu I wojny światowej, z uwagi na przebieg walk o Lwów w listopadzie 1918 w trakcie wojny polsko-ukraińskiej wskutek utrudnień zaprowadzono przerwy w działalności szkoły (od 24 października do 11 grudnia 1918, od 21 grudnia 1918 do 23 kwietnia 1919). Gmach szkoły został zamieniony na koszary Legii Kobiecej, wobec czego od końca kwietnia naukę prowadzono w zabudowaniach oo. bernardynów. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości i nastaniu II Rzeczypospolitej, w 1919 szkoła na wniosek zatrudnionej w niej nauczycieli została przemianowana na „III Państwowe Gimnazjum im. Króla Stefana Batorego we Lwowie”. Przeszkody istniały także podczas wojny polsko-bolszewickiej, gdy w gmachu gimnazjum był ulokowany sztab 3 Armii.