4 lutego 1454 roku na terenach pruskich wybuchło antykrzyżackie powstanie. Związek Pruski zwrócił się do Kazimierza Jagiellończyka z prośbą o wsparcie Związku w konflikcie. 6 marca tego samego roku król Polski dokonał aktu inkorporacji Prus do Polski, co zaakceptowały wszystkie miasta z wyjątkiem Malborka, Chojnic i Sztumu. Zdarzenie to jest przyjmowane za początek wojny trzynastoletniej. Krzyżacy rozpoczęli pacyfikację buntu, co spowodowało decyzję o wyprawie polskiej na ziemie pruskie. Pospolite ruszenie polskie doznało jednak porażki w bitwie pod Chojnicami. Klęska ta spowodowała swego rodzaju przełom, gdyż strona polska zmuszona została do przejścia na wojska zaciężne, głównie piechotę i artylerię. Było to możliwe dzięki wsparciu finansowemu miast pruskich, które pokryły ok. 2/5 kosztów prowadzenia działań wojennych. Oddziały te pod wodzą Piotra Dunina zwyciężyły Krzyżaków m.in. w jednej z kluczowych walk – bitwie pod Świecinem. Wcześniejsze zwycięstwo floty kaperskiej pod Bornholmem oraz wygrana w roku 1463 bitwa na Zalewie Wiślanym dodatkowo przesądziły o klęsce militarnej zakonu krzyżackiego. W roku 1464 strony konfliktu przystąpiły do rokowań pokojowych. Jak miało się niebawem okazać, wojna trzynastoletnia w przeciwieństwie do wielkiej wojny przyniosła Polsce wymierne korzyści polityczne i terytorialne – po 158 latach Korona Królestwa Polskiego odzyskała Pomorze Gdańskie.