Ami de Kléber, avec lequel il se brouille et se raccommode sans cesse, il le suit en Égypte en 1798. Il se distingue à l'assaut d'Alexandrie, aux batailles d'Aboukir et d'Héliopolis, ainsi qu'à l'attaque du quartier copte de la ville de Boulaq. Blessé à cette dernière affaire, et dans l'impossibilité momentanée de suivre les mouvements de l'armée, le général en chef lui confie le commandement de Damiette en 1799 et l'organisation de la flottille de transport destinée à l'expédition de Syrie. Il est promu, par Kléber, au grade de général de brigade le 4 germinal an VIII (), pour sa conduite à Héliopolis, où il commande une colonne d'attaque et a reçu deux blessures. Il ne revient en France qu'avec les débris de l'armée.