Während des Dreißigjährigen Krieges gelang es dem Großprior des Malteserordens noch einmal, die Kommende Wietersheim mit einem katholischen Komtur zu besetzen. Der 1605 eingesetzte Komtur Hillmer von Münchhausen musste die Kommende von 1628 bis 1631 dem katholischen Komtur Jakob Christoph von Andlau und damit dem Malteserorden überlassen. Nach der Schlacht bei Breitenfeld 1631, bei der die protestantische Seite wieder ein Übergewicht in Norddeutschland bekam, konnte Hilmar Ernst von Münchhausen die Komturei wieder für sich und die Ballei Brandenburg wieder in Besitz nehmen.