Aunque su herida en Manassas no había sido grave, Mahone sufrió de dispepsia aguda toda su vida. Durante la guerra, le acompañaron una vaca y pollos para proveerse de productos lácteos. Otelia y sus hijos se trasladaron a Petersburg para estar cerca de él durante la campaña final de la guerra en 1864-65, cuando Grant avanzó contra Petersburg, tratando de cortar las líneas ferroviarias que abastecían a la capital confederada de Richmond.