Ab 1915 war Emily Balch vermehrt in der Friedensbewegung tätig. Sie sprach sich vehement gegen einen Eintritt der USA in den Ersten Weltkrieg aus und verlor aufgrund dieses Einsatzes ihren Lehrstuhl an der Universität. Nach dem Ersten Weltkrieg wurde sie von 1918 bis 1922 Sekretärin und Schatzmeisterin der Internationalen Frauenliga für Frieden und Freiheit in Genf. Sie war bereits bei deren Gründung auf dem Internationalen Frauenfriedenskongress 1915 in Den Haag anwesend und sprach vor Kriegsende bei den Regierungen Russlands und Skandinaviens vor, um den Krieg zu beenden. 1922 legte sie ihren Posten aus gesundheitlichen Gründen nieder und arbeitete nur noch ehrenamtlich für die Organisation, 1937 wurde sie als Nachfolgerin von Jane Addams zur Internationalen Ehrenpräsidentin gewählt.