После Олимпиады-1996 великий Эухенио Хорхе покинул сборную, возглавил которую его многолетний ассистент. На самостоятельной работе в национальной команде Пердомо продолжил победные традиции великой кубинской команды 1990-х, приведя её к третьему титулу чемпионок мира в 1998, к 4-й победе в розыгрыше Кубка мира в 1999, а также к двум победам в континентальных чемпионатах.