Die Synagoge wurde am Ende des Aufstandes im Warschauer Ghetto am 16. Mai 1943 von SS-Gruppenführer Jürgen Stroop gesprengt. Er telegrafierte daraufhin an SS-Obergruppenführer Krüger, den in Krakau ansässigen höheren SS- und Polizeiführer (HSSPF Ost) im Generalgouvernement: