この軍管区は満州事変以後の日本の軍事力の拡大に伴って編成された。管区内の軍と軍団はゲオルギー・ジューコフの下、ハルハ河の戦いに参加していた。1940年6月、管区内で西部へ送るためのが編成された。軍管区は1941年7月22日の時点で軍管区は、航空・防空司令部、第12狙撃軍団(第65狙撃兵師団、第94狙撃兵師団)、第93狙撃師団、トランスバイカル要塞地帯、2個砲兵連隊、榴弾砲兵連隊、その他小規模部隊を含んでいた。1941年9月15日には日本の関東軍による攻撃に備えるためザバイカル戦線が編成された。第二次世界大戦のドイツ侵攻後、多大な被害を受けたために多くの戦車師団は最初の数ヶ月で解散されたものが多かったが、ザバイカル軍管区の第57戦車師団や第61戦車師団は1941年に管区内で活動しており、その後も戦争のほとんどの期間中同地で活動を維持した。また、多くの軍を西部に転用している。