Γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη στα τέλη του 18ου αιώνα. Ήταν γιος του Μέγα Δραγουμάνου Αλέξανδρου Μάνου και αδελφός του πρωτεργάτη της Επανάστασης Γεώργιου Μάνου, της μεγάλης Φαναριώτικης οικογένειας των Μάνων, με απώτερη καταγωγή από την Καστοριά. Ήταν εξάδελφος του Αλέξανδρου Υψηλάντη (η μητέρα του Ραλλού Υψηλάντη ήταν κόρη του παππού του Αλέξανδρου Υψηλάντη, Αλέξανδρου), με τον οποίον διατηρούσε στενές επαφές και φίλος του Ιωάννη Καποδίστρια. Ως γλωσσομαθής διατελούσε επίσημος μεταφραστής της Βρετανικής πρεσβείας στην Αγία Πετρούπολη. Ο Ιωάννης Μάνος ήταν μυημένος στη Φιλική Εταιρεία και από τα πρώτα μέλη. Ήταν αυτός που είχε αναλάβει να πείσει τον εξάδελφό του Αλέξανδρο Υψηλάντη να αναλάβει την αρχηγία της Ελληνικής Επανάστασης. Τον Ιανουάριο του 1820 τον επισκέφτηκε στην Αγία Πετρούπολη ο Εμ. Ξάνθος με συστατικές επιστολές, προκειμένου να τον δεχτεί και να τον φέρει σε επαφή με τον Ιωάννη Καποδίστρια και τον Αλέξανδρο Υψηλάντη. Μετά από τη συνάντηση του Αλέξανδρου Υψηλάντη, του Ιωάννη Μάνου και του Εμ. Ξάνθου, υπογράφηκε το πρωτόκολλο της ανάληψης της αρχηγίας από τον Αλ. Υψηλάντη.