Va ser professor impartint classes durant aproximadament 30 anys. L'única interrupció va ocórrer el 1813-1814, ocasionada per la Guerra d'Alliberament alemany (Guerra de la Sisena Coalició), durant la qual es va tancar la universitat, i altres ocasionades per dos "tours" literaris perllongats, primer el 1820 a París, Londres i Oxford amb el seu col·lega Johann Karl Thilo (1794-1853) per la recerca i anàlisi de rars manuscrits orientals, i en 1835 a Anglaterra i als Països Baixos relacionada amb el seu estudi fenicis. Gesenius es va convertir en el professor d'hebreu i introducció a l'Antic Testament més popular així com d'exegesi a Alemanya; durant els seus últims anys prop de 500 estudiants atenien a les seves classes. Els seus estudiants més eminents van ser Peter von Bohlen, A.G. Hoffmann, Hermann Hupfeld, Emil Rödiger, J.F. Tuch, Johann Karl Wilhelm Vatke i Theodor Benfey.