Auf den Grundmauern der durch das Basler Erdbeben 1356 zerstörten Vorgängerkirche ließ Markgraf Rudolf III. nach dem Wiederaufbau der Burg Rötteln eine neue, vergrößerte Kirche errichten, die wie ihre Vorgängerin die Funktion der Grabkirche übernehmen sollte. Dazu stattete er sie 1418 durch Pfründe besonders aus und wählte sie zu seiner Hauptkirche. Den Bedürfnissen der wachsenden Gemeinde wurde St. Gallus in der Folgezeit durch mehrere Anbauten gerecht. Im südlichen Winkel zwischen Kirchenschiff und Glockenturm ließ Rudolf IV. von 1479 bis 1482 eine geräumige Kapelle errichten. Die letzte Beisetzung fand 1503 mit der Urne von Philipp von Hachberg-Sausenberg, des letzten Hachberger Markgrafen, statt. Nach 1503 wurden jedoch weitere Bestattungen vorgenommen, die Leichen jedoch ohne Sarg mit Kalk bedeckt, was dafür spricht, dass es sich um Opfer einer Pestepidemie handelte.