В сентябре 1941 года был назначен на должность начальника штаба 122-й стрелковой дивизии, а в июле 1942 года — на должность командира 14-й стрелковой дивизии (14-я армия, Карельский фронт), ведшей оборону на мурманском направлении против войск генерала Дитля. В октябре 1944 года дивизия в ходе Петсамо-Киркенесской операции прорвала сильно укреплённую оборону противника северо-западнее Мурманска и при содействии кораблей и десантных частей Северного Флота овладела важной военно-морской базой и посёлком Петсамо. В ноябре дивизия наряду с другими соединениями армии и кораблями Северного Флота завершили освобождение Печенгской области. За отличие при освобождении Петсамо дивизии было присвоено почётное наименование «Печенгская», а Фёдор Фёдорович Коротков был награждён орденом Суворова 2 степени.