Жестокая, кровопролитная и неудачная для метрополии война с гвинейскими мятежниками, получавшими массированную поддержку СССР, Китая и африканских стран, почти не затронула Бисау непосредственно — даже в самое тяжёлое время (1967-68 и 1971 годы) боевикам ПАИГК не удалось ворваться в столицу. Тем не менее, война привела к резкому росту населения (с 18 000 в 1955 году до 71 000 в 1970-м и 109 000 в 1979-м), бежавшего в город с территорий, контролируемых повстанцами, что привело к серьёзной нагрузке на городскую инфраструктуру.