Nykyseurakunnan edeltäjä perustettiin 1640 Nevanlinnassa, ja se kuului ruotsalaisen seurakunnan yhteyteen. Pohjan sodan jälkeen Inkerin alue siirtyi Venäjän alaisuuteen, ja osa seurakuntalaisista muutti asumaan Pietariin. Seurakunta alkoi kokoontua 1703 pastori Jaakko Meidelinin kodissa.