Konsili Umum Lyon Pertama dipimpin oleh Paus Innosensius IV. Innosensius IV, yang diancam oleh Kaisar Romawi Suci Frederich II, tiba di Lyon pada 2 Desember 1244, dan awal tahun berikutnya, dia memanggil para uskup Gereja ke konsili di waktu kemudian pada tahun yang sama. Sekitar dua ratus lima puluh wali gereja menanggapinyanya termasuk para Patriark Latin dari Konstantinopel, Antiokhia, dan Aquileia (Venesia) dan 140 uskup. Kaisar Latin Baldwin II dari Konstantinopel, Raymond VII, "Count" dari Toulouse, dan Raymond Bérenger IV, "Count" dari Provence termasuk di antara mereka yang berpartisipasi. Karena Roma dikepung oleh Kaisar Frederich II, paus menggunakan konsili ini untuk mengucilkan dan melengserkan kaisar dengan "Ad Apostolicae Dignitatis Apicem", dan juga Raja Portugal Sancho II. Konsili ini juga memerintahkan perang salib baru (Perang Salib Ketujuh), di bawah komando Louis IX dari Prancis, untuk merebut kembali Tanah Suci.