1930年，通往下关的热河路修筑完成。由于原南京车站过于老旧，已不再适应当时不断增长的客货运量，国民政府决定投资9万余元在惠民河东异地重建该站，定名下关车站，同时新建铁路轮渡以缓解沪宁-津浦直通人、物流中转不便的状况。新站于1931年建成，新站房面积850平方米，全部采用柳安木料，外墙中部及两翼皆使用花岗石。其中中间主楼3层，设有椭圆形候车室，楼顶中央有园亭，并由两侧山形屋架连接屋顶；主楼两侧设有2层附楼，设有三等、四等候车室。而站台到发线长度则分别延长至400米、430米、450米。该站房于1937年日军占领南京时被破坏。南京铁路轮渡于1933年10月22日正式通航，从此直通列车通过岸边栈桥即可上船过江。日军占领南京期间，渡轮由华中铁道管理并更名“南京航送”。