2001年、新監督に反町康治が就任。日韓W杯の会場に選出された新潟スタジアムを主な舞台に、元日本代表の山口素弘、船越優蔵、マルクス、安英学らが活躍し、2003年に広島、川崎とのし烈な昇格争いを制してJ2優勝・J1昇格を決めた。優勝を決めた最終節大宮戦には、ビッグスワンに42,223人のサポーターが詰めかけた。詳細は「2003年J2第43節・最終節」を参照。マルクスは2002年（19得点）、2003年（32得点）と、2年連続でJ2得点王となった。