Ando, 2006-2007 sezonuna yeni koçu Nikolai Morozov ile çalışarak hazırladı. Sezonun başında Skate America'yı kazandı ve Trophée Eric Bompard'da gümüş madalya aldı. Moskova'da Grand Prix Finali'de ise 5. oldu. 2006 Japonya Ulusal Şampiyonasında Mao Asada'nın ardında gümüş madalya aldı ve ülkesinde yapılacak olan 2007 Dünya Artistik Patinaj Şampiyonası takımına girdi. Kısa programda kendi en iyi puanını aldı ve Kim Yu-Na'nın 4 puan ardında kısa programı ikinci bitirdi. Serbest programda son yarışacak patenciydi. Serbest programına başlamadan önce Mao Asada üçlü axel attığı serbest programında o zamana kadar ISU Puanlama Sisteminde elde edilmiş en yüksek puanı almıştı. Ando serbest programında biri üçlü-üçlü kombinasyonu içinde 7 temiz üçlü atlayış yaptı. Serbest programı Asada'nın ardında bitirdi. Genel toplamda ise Asada'nın bir puandan az farkla önünde yer aldı ve elde ettiği 195.09 puan ile Dünya şampiyonluğuna ulaştı. Ando bu yarışmada kendisinin yeni kısa program, serbest program ve toplamda en iyi derecesini elde etmiştir.