В 1996 году Шлагер дебютировал на летних Олимпийских играх. В групповом раунде Вернер одержал две победы, но уступив хорвату Зорану Приморацу остался на втором месте в группе и не вышел в следующий раунд. В турнире пар Шлагер вместе с Карлом Йиндраком пропустили вперёд немецкую пару и не вышли из группы. В 1999 году Шлагер завоевал бронзовую медаль на чемпионате мира в Эйндховене. В том же году Шлагер завоевал серебро кубка мира.