1998 Ranskan MM-kisojen karsinnat eivät sujuneet paljonkaan paremmin, vaikkakin joukkue saavutti 1-0 yllätysvoiton Sveitsiä vastaan. Kyseisestä voitosta saadut kolme pistettä jäivät kuitenkin ainoiksi pisteiksi. Myös myöhempinä vuosina joukkue on kuulunut Euroopan heikoimpiin, vaikkakin on aina silloin tällöin väläytellyt parempia otteita ja kiusannut isompiaan, muun muassa 2000 EM-kisojen karsinnoissa se pelasi 1-1-tasapelin Portugalia vastaan. 2002 MM-kisojen karsinnoissa joukkue saavutti 2-0-voiton Slovakiasta ja 2004 EM-kisojen karsinnoissa 2-1-voiton Serbia ja Montenegrosta. Vuonna 2004 joukkueen valmentajaksi palkattiin brasilialainen entinen maailmanmestaripelaaja Carlos Alberto, mikä ei sekään tuonut toivottua lisäpotkua. Vuonna 2008, kun saksalainen Berti Vogts astui maajoukkueen peräsimeen, joukkue on kehittynyt siitä lähtien erittäin paljon ja saanut paljon hyviä tuloksia karsintapeleissä, ja näin Azerbaidžan on jo muutaman vuoden ajan kuulunut Euroopan keskiluokan joukkueisiin. 2014 MM-kisojen karsinnoissa joukkue sijoittui 9 pisteellä neljänneksi karsintalohkossa jättäen taaksensa Pohjois-Irlannin ja Luxembourgin. Joukkue on kahden vuoden sisällä hävinnyt vain kerran kotikentällään.