После ухода из BAR Сато задержался в Формуле-1 ещё на два с половиной сезона, пилотируя болид дочернего коллектива Honda: Super Aguri. Чисто японский коллектив постепенно набрал силу, пользуясь поддержкой автопроизводителя. Такума несколько раз смог финишировать в очках, а Гран-при Канады 2007 года даже закончил на шестом месте, опередив в непосредственной борьбе на трассе Фернандо Алонсо на McLaren, но дальше дело не пошло: в Honda опять выбрали неправильную стратегию развития и любые успехи команды Агури Судзуки на этом фоне лишь раздражали кураторов автоспортивной программы концерна. В итоге к весне 2008 года помощь Super Aguri постепенно свернули, а без неё маленькая японская команда справиться не смогла.