Після початку радянсько-німецької війни Петроній Аматуні спочатку служив у кавалерійській частині. Проте в боях під Ростовом-на-Дону він отримав серйозне поранення, після чого його направили в авіаційне училище, яке він закінчив у 1944 році. Після закінчення училища Аматуні працював у ньому пілотом-інструктором. Після закінчення війни Петроній Аматуні демобілізувався з армії, та перебрався до П'ятигорська, де деякий час працював журналістом, а пізніше пілотом-інструктором у ДТСААФ. У цей час він багато подорожував, побував у більш ніж 10 країнах світу на різних континентах. У 1953 році він закінчив курси других пілотів, і розпочав працювати в Ростовському авіазагоні «Аерофлоту», тривалий час командиром корабля, а в останні роки роботи в авіації другим пілотом на «Іл-14». У 1958 році Петроній Аматуні став членом Спілки письменників СРСР, а пізніше став на громадських засадах секретарем правління Ростовської обласної письменницької організації. У 1968 році він покинув роботу в «Аерофлоті», та повністю перейшов до літературної діяльності. Тривалий час Аматуні був уповноваженим Літературного фонду СРСР по Ростовській області. На цій посаді завдяки своїм зв'язкам він добився значного покращення матеріального становища обласної письменницької організації, зокрема добився виділення для неї великого будинку в центрі Ростова-на-Дону.