Con la rivolta antispagnola il ricco patrimonio librario e documentale custodito nella torre campanaria, comprendente numerosi codici e pergamene con i privilegi della cattedrale e la biblioteca di Costantino Lascaris, fu requisito e trafugato in Spagna. La cella campanaria fu privata delle campane, restituite solo nel 1716 da Vittorio Amedeo di Savoia. Altri danni furono apportati al campanile dai due terremoti del Val di Noto del gennaio 1693 che interessarono l'intera Sicilia orientale.