בינואר הושאל להופנהיים עד לסיום העונה. בהמשך החודש, הוא הבקיע את שערו הראשון בליגה הגרמנית בתיקו 2-2 של הופנהיים עם פ.צ. סנט פאולי. בתחילת עונת חזר אלאבה לבאיירן והפך לשחקן קבוע בהרכב הראשון. ב-23 באוקטובר 2011, אלאבה הבקיע את שער הליגה הראשון שלו במדי באיירן בהפסד 1–2 נגד הנובר 96. ב-25 באפריל 2012 הוא שיחק במשחק השני של חצי גמר ליגת האלופות מול ריאל מדריד, וכבש לזכות באיירן את הפנדל הראשון בדו-קרב בעיטות העונשין. באותו משחק הוא ספג כרטיס צהוב שמנע ממנו לשחק בגמר . ב-2 באפריל 2013, אלאבה הבקיע אחרי 25 שניות את השער הראשון של באיירן בניצחון 0–2 על יובנטוס, השער השביעי המהיר ביותר בהיסטוריה של ליגת האלופות. בסיום עונת זכה עם המועדון בטרבל. ב-2 בדצמבר 2013 אלאבה האריך את חוזהו עד 2018.