16 мая 1798 года генерал Сент-Илер занимает пост коменданта депо Восточной армии Бонапарта в Тулоне и департамента Вар. С 14 октября 1799 года командующий 8-м военным округом в Марселе. 25 декабря 1799 года был повышен до дивизионного генерала. Когда австрийская армия начинает угрожать Провансу, Сент-Илер 15 мая 1800 года присоединяется к генералу Сюше с отрядами национальной гвардии Вара и Буш-дю-Рона для отражения вторжения, а затем принимает активное участие в подготовке второй итальянской кампании Наполеона. 12 ноября 1800 года назначен командующим 15-м военным округом в Руане, где он боролся против шуанов.