Kitchener es va unir als reforços britànics de Lord Frederick Roberts enviats a Sud-àfrica el desembre de 1899, després de l'esclat de la Segona Guerra dels Bòers. Com cap de l'Estat Major (1900-1902) durant la Segona Guerra Bòer va jugar un paper clau en la conquesta de les repúbliques Bòer. El novembre de 1900 va substituir a Roberts com a Comandant a Cap de les tropes britàniques, ja que aquest s'havia posat malalt.