I 1824 ble Muhammad Ali beordret av sultanen til å sette inn soldater mot det greske frigjøringsopprøret. Han kunne ha nektet, som han ofte gjorde når han fikk ordre fra Istanbul, men trolig ønsket han seg Hellas som base for å kunne kontrollere skipstrafikken i det østre Middelhavet. Det var i alle fall et feilsteg av ham å sende hær og flåte til Hellas, siden de europeiske maktene gikk inn på grekernes side. Hele den egyptiske flåten ble knust ved Navarino utenfor Messenia, og hæren under ledelse av Ibrahim ble sittende fast i Hellas. Utgiftene til denne krigen og til å bygge flåten opp igjen etterpå ble tung å bære for den egyptiske økonomien.