拜仁在2001年欧洲超级杯上输给了利物浦（对手阵中包含有前拜仁球员-{zh-hans:马库斯·巴贝尔;zh-hk:馬克斯·巴布;zh-hant:馬庫斯·巴貝爾;}-和-{zh-hans:迪特马尔·哈曼;zh-hk:戴馬·夏文;zh-hant:迪特馬爾·哈曼;}-），但凭借于加时赛中的一粒进球，得以在东京举行的中战胜博卡青年，第二次赢得世界冠军。法国国脚利扎拉祖成为首位在俱乐部和国家队层面中均获得欧洲冠军和世界冠军的球员（这一壮举后来在2011年也由巴塞罗那的西班牙国脚再次达成；而拜仁之前的欧洲冠军杯中坚队伍在1976年底赢得洲际杯时已经不再是欧锦赛的卫冕冠军了）。至2001-02赛季，拜仁将德甲冠军拱手让给了多特蒙德；而在欧冠联赛中，皇马则至四分之一决赛时赢得了与拜仁的又一次对决，并在决赛击败来自德国的拜耳勒沃库森（在国内联赛的排名位居拜仁之后）后再度夺冠。拜仁与马德里的比赛标志着这两家著名豪门之间竞争的开始，因为他们之间的交锋变得频繁（尽管他们从未在决赛中相遇）。