Анатолий Емельяненко родился 10 октября 1918 года в посёлке Богдановка (ныне — Табунский район Алтайского края). После окончания семи классов школы и Бакинского морского техникума работал помощником капитана танкера «Будённый» Каспийского пароходства. В октябре 1939 года Емельяненко был призван на службу в Военно-морской флот СССР, служил рулевым полуглиссера Килийской группы кораблей Дунайской военной флотилии. С первого дня Великой Отечественной войны — на её фронтах. В боях три раза был ранен. Участвовал в боях на Дунае, обороне Николаева и Очакова, Керченской операции 1941 года, рейсах на Керченский полуостров в 1942 году, битве за Кавказ, Новороссийской и Керченско-Эльтигенской операциях.