З початку XIII століття почалася експансія Лівонського ордену на Південь і данців на Північ Естонії. До 1227 територія Естонії була включена в землі Лівонського ордену, в 1238-1346 північна частина Естонії (Рявала, Гар'юмаа і Вірумаа) належала Данії. Естонці були обернені в католицтво. В результаті Лівонської війни 1558-83 років територія Естонії була поділена між Річчю Посполитою (південна частина), Швецією (північна частина) і Данією (острів Сааремаа). До середини XVII століття Естонія відійшла до Швеції.