Jóhann Berg Guðmundsson pelasi Islannin alle 19- ja 21-vuotiaiden maajoukkueissa. Hän pelasi kaksi ottelua alle 21-vuotiaiden EM-kilpailuissa 2011. A-maajoukkueessa hän esiintyi ensimmäisen kerran maaottelussa Azerbaidžania vastaan elokuussa 2008. Ensimmäisen arvokilpailujen karsintaottelunsa hän pelasi 0–2-tappioon päättyneessä Makedoniaa vastaan kesäkuussa 2009. Ensimmäisen maaottelumaalinsa hän teki maaottelussa Andorraa vastaan marraskuussa 2012. Hän teki kolme maalia Islannin ja Sveitsin pelatessa 4–4-tasapelin syyskuussa 2013.