Kržišnik studoval nejprve v Lublani, později se věnoval právům na právnických fakultách v Záhřebu a Praze. Během existence meziválečné Jugoslávie pracoval jako soudce obvodního soudu. Po roce 1941, když Jugoslávie vstoupila do války, se přidal k partyzánskému hnutí. Stal se velmi rychle předsedou vysokého vojenského soudu pro Slovinsko. Předsedal tzv. Kočevskému procesu.