Avant 1398, le village de Rhinau était situé sur les bords même du Rhin. La ville actuelle ne date que du . À cette époque le bourg fut peu à peu submergé par le Rhin. Pour éviter que cela ne se reproduise, on le reconstruisit plus à l'intérieur des terres, sur son site actuel. Pourtant éloigné du Rhin désormais, il a conservé son nom original même si le sens n'est plus vrai. En 1267 Rhinau fit un traité d'alliance avec la ville de Strasbourg. En 1290, l'évêque de Strasbourg transféra à Rhinau le chapitre de Honau et lui conféra la plénitude des droits sur Rhinau, sans préjudice pour le recteur de l'église paroissiale. En 1398 le chapitre, que la violence du Rhin avait déjà chassé de Honau, fut obligé de quitter Rhinau pour le même motif et fut transféré dans l'église de Saint-Pierre-le-Vieux de Strasbourg. En 1444, les habitants de Rhinau se défendirent vaillamment contre les Armagnacs. En 1592, la « Guerre des évêques » bat son plein. 2500 Suisses, essentiellement des Bernois et des Zürichois, arrivent en renfort des troupes du magistrat protestant de Strasbourg. Elles attaquent les troupes du catholique duc de Lorraine. Le , sept compagnies de lansquenets sont lancées sur les positions lorraines à Erstein. Au passage, ils incendient Fegersheim et Rhinau. En 1610 Rhinau fut incendié par les troupes de l'Union. Par suite du traité de Westphalie, ses fortifications furent détruites. Au , le chapitre comprenait les paroisses d'Artolsheim, Richtolsheim, Rosfelden (Rossfeld), Bindernheim, Diebolsheim, Eschau, Wibolsheim, Gerstheim, Obenheim, Herbsenheim (Herbsheim), Hültzheim (Holtzheim), Illkirch, Mussig, Neunkirch, Friesenheim, Witternheim, Zelsheim, Plobsheim, Rhinau, Boofzheim, Sassenheim, Schœnau, Sundhouse, Swabsheim (Schwobsheim), Bœsenbiesen, Wittisheim, Baldenheim, et Muttersholtz. Au mois de décembre 1749, les eaux du fleuve, étant devenues extraordinairement basses, on put distinguer les restes de l'ancienne ville.