В должности президента Бенджедид сократил вмешательство государства в экономику и ослабил государственный надзор за населением, который при однопартийной диктатуре ФНО пронизывал все сферы жизни общества. Тем не менее, экономическая ситуация ухудшилась в конце 1980-х годов в связи с падением цен на нефть, основной экспортный продукт Алжира. Это привело к протестам против экономической политики Бенджедида; в 1988 году в Оране, Аннабе и других крупных городах прошли беспорядки, жестоко подавленные полицией и приведшие к сотням погибших. После этого Бенджедид призвал к переходу к многопартийной демократии. Этот процесс был остановлен в конце 1991 года, когда в первом туре многопартийных выборов победу одержал Исламский фронт спасения, и военные отменили второй тур. В итоге, Бенджедид был смещён со своего поста, и началась Гражданская война в Алжире. Сам Бенджедид находился под домашним арестом до 1999 года.