Lokakuussa 1978 Amin lähetti armeijansa Tansanian rajan yli, missä joukot ryöstelivät ja murhasivat siviilejä, ja ottivat haltuunsa raja-alueen Tansanian puolella. Tansanian armeija ajoi lopulta ugandalaiset pois ja eteni Ugandan puolelle. Tavalliset ugandalaiset hurrasivat tansanialaisjoukoille näiden edetessä kohti pääkaupunki Kampalaa. Amin sai Libyalta sotilaallista tukea, mutta aavikkosotaan koulutetut libyalaiset eivät osanneet sotia Ugandan maastossa. Pääkaupunki vallattiin huhtikuussa 1979, ja kesäkuuhun mennessä Amin oli syrjäytetty.