Tras la conquista de la ciudad por parte de las tropas castellanas de Fernando III en 1236, fue cedida a los caballeros de la Orden de San Juan de Jerusalén, también conocida como San Juan de los Caballeros, que construyeron una iglesia sobre la mezquita. Esto explicaría el nombre tanto del alminar como de la iglesia aneja. Está actualmente integrada en dicho complejo eclesiástico y desde 1880 en el colegio que las Esclavas del Sagrado Corazón de Jesús tienen en la capital cordobesa, ya que fue cedido por el obispo Ceferino González.