Pocházel ze šlechtického rodu Trauttmansdorffů, narodil se jako starší syn diplomata a rakouského ministra zahraničí Ferdinanda Trauttmansdorffa (1749–1827), který byl v roce 1805 povýšen do knížecího stavu. Po matce Marii Karolíně Colloredové (1752–1832) byl vnukem dlouholetého říšského místokancléře Rudolfa Colloreda. Jan Nepomuk v mládí sloužil v armádě a zúčastnil se válek proti revoluční Francii, později zastával funkce u císařského dvora ve Vídni. Byl c. k. tajným radou, komořím a v letech 1812–1834 císařským nejvyšším štolbou. V této funkci mimo jiné nechal postavit nové hřebčíny Františkův Dvůr ("Franzenshof") v Selmicích poblíž Kladrub. Byl také členem Zemědělské společnosti ve Vídni. Za zásluhy získal Řád železné koruny I. třídy, několik vyznamenání obdržel také od zahraničních panovníků (ruský Řád sv. Alexandra Něvského, bádenský Domácí řád věrnosti nebo bavorský Řád sv. Huberta. Po otci zdědil v roce 1827 titul knížete a rozsáhlý majetek v Čechách (Horšovský Týn, Jičín).