Nach der Machtübernahme Hitlers zog sich Eisenberger aus der Politik zurück. Der Bauernbund hatte sich im April 1933 selbst aufgelöst und seinen Mitgliedern den Eintritt in die NSDAP empfohlen. Er verbrachte die Jahre der NS-Herrschaft zurückgezogen auf seinem Hof und brachte seine Lebenserinnerungen "Mein Leben für die Bauern" zu Papier, die erst 2011 veröffentlicht wurden (siehe Abschnitt „Literatur“). Darin finden sich auch antisemitische Formulierungen (bereits 1895 hatte Eisenberger gefordert, Handwerker und christliche Geschäfte zu unterstützen und nicht das „Großkapital, das meist jüdisch“ sei). Allerdings hatte er bereits ein halbes Jahr vor dem Putsch von 1923 im Reichstag vor den „Hitlerbuben“ gewarnt, deren „Bewegung leider in ihrer Bedeutung von unserer Regierung unterschätzt worden ist“ und die „das Wirtschafts- und Ernährungsproblem in der Weise lösen wolle, dass man alle Juden aufhängt“.