В начале Отечественной войны 1812 года 2-я Западная армия располагалась под Гродно и оказалась отрезанной от основной 1-й армии наступавшими французскими корпусами. Багратиону пришлось с арьергардными боями отступать к Бобруйску и Могилёву, где он после боя под Салтановкой перешёл Днепр и 3 августа соединился с 1-й западной армией Барклая-де-Толли под Смоленском. Несмотря на старшинство в чине, в условиях, когда Главнокомандующий не был официально назначен императором, объявил о своём добровольном подчинению Барклаю. Однако после оставления Смоленска перешёл в резкую оппозицию к последнему, о чём говорил и писал совершенно открыто.