En 1854, un golpe político-militar llevó al poder al liberal José María Melo durante algunos meses. Tras ser derrocado en la guerra civil de ese año, se impulsó la reducción del ejército, requisito importante para que funcionara el federalismo instaurado en 1858. Sin embargo, durante la guerra civil de 1860-1862 se dio una rebelión en la que el Estado de Cauca liderado por Tomás Cipriano de Mosquera derrocó al gobierno conservador de Mariano Ospina Rodríguez. En 1863, entró en vigor la Constitución de Rionegro con la que el país pasó a llamarse Estados Unidos de Colombia, una república federal en la que primaba la autonomía territorial. Se caracterizó por ser un país influido por el liberalismo que impuso un sistema federal con la creación de ejércitos regionales. En 1876 los conservadores se alzaron en armas en la guerra civil de 1876 por cuestiones religiosas en la educación, pero fueron derrotados por el Gobierno.