La relació d'aquests sobirans amb els seus germans i cosins de la branca principal, els reis d'Aragó i comtes de Barcelona, va estar esquitxada de dificultats des de bon començament quan Pere el Gran va interpretar la creació del regne mallorquí com un acte polític que lesionava els seus drets. Després, l'orientació francòfila del seu germà, Jaume II de Mallorca, en la guerra per Sicília va motivar la confiscació de les Balears, portada a terme per Alfons el Liberal (Alfons el Franc a Aragó) (1285). Jaume II de Mallorca no recupera les Balears fins a l'any 1298, després que el tractat d'Anagni (1295) posés fi a la guerra per Sicília.