Disgustato chiese di essere richiamato in Francia e fu accontentato alla fine del 1809. Qui visse tranquillo con la famiglia finché Napoleone, deciso a portare guerra alla Russia, gli ordinò di tornare in Spagna a fianco del fratello. Dopo la ritirata di Madrid e la sconfitta dei francesi nella Battaglia di Vitoria ad opera di sir Arthur Wellesley il 20 giugno 1813, Jourdan si ritirò nuovamente in Francia. Qui fu nominato l'anno successivo comandante della 19ª divisione militare, comando che gli fu riconfermato con l'avvento della Restaurazione.