En mayo de 1688 la provincia se convirtió en parte del Dominio de Nueva Inglaterra. Sin embargo, en abril de 1689, cuando llegaron noticias de que el rey Jacobo había sido derrocado por la Revolución Gloriosa, los bostonianos derrocaron a su gobierno y encarcelaron al gobernador del Dominio Edmund Andros. La provincia de Nueva York se rebeló en mayo en lo que se conoce como la Rebelión de Leisler. La guerra del rey Guillermo con Francia comenzó el mismo año 1688. En julio, Nueva York participó en un ataque a Montreal y Quebec. Un nuevo gobernador, Henry Sloughter, llegó en marzo de 1691. Hizo arrestar, juzgar y ejecutar a Jacob Leisler.