Maajoukkueessa El-Hadary on pelannut vuodesta 1997 lähtien yhteensä 139 maaottelua. Hän on voittanut kolme kertaa Afrikan-mestaruuden vuosina 1998, 2006, 2008 ja 2010. El-Hadary edusti Egyptiä myös vuoden 2009 Maanosaliittojen cupissa. Tuossa turnauksessa Egypti saavutti historiallisen 1-0 voiton hallitsevasta maailmanmestarista, Italiasta. El-Hadary palkittiin ottelun parhaana pelaajana.