Nel suo libro "La guerra di guerriglia", Guevara sostenne il modello cubano di rivoluzione, cominciato da un piccolo gruppo di guerriglieri ("foco"), senza la necessità di ricorrere a grandi organizzazioni che sostenessero l'insurrezione armata (dottrina del focolaio). Questa strategia più tardi sarebbe fallita in Bolivia. Nel saggio "El socialismo y el hombre en Cuba" (1965) sostenne la necessità di creare un "uomo nuovo" ("hombre nuevo") assieme allo stato socialista. Durante l'invasione della baia dei Porci (1961), Guevara non partecipò ai principali combattimenti, essendo stato assegnato da Castro a un comando nella provincia più occidentale di Cuba, Pinar del Río, dove respinse un tentativo d'invasione (era un'operazione diversiva, escogitata per distogliere l'attenzione dei cubani dal luogo del vero sbarco). Durante lo svolgimento di questo incarico, patì una ferita al volto, che affermò essere stata causata dallo sparo accidentale della sua pistola. Guevara giocò un ruolo importante nello schieramento a Cuba dei missili balistici sovietici, armati con testate nucleari, causa della crisi dell'ottobre 1962.