27 июня 1997 года, на очередных (как оказалось на последнем) межтаджикских переговорах в Москве, стороны пришли к окончательному национальному примирению, и гражданской войне в Таджикистане был положен конец. Со стороны ОТО документ подписывал Саид Абдулло Нури — см. статью Комиссия по национальному примирению, и по соглашению оппозиция вошла в состав правительства и государственных органов. Ходжи Акбару Тураджонзода было позволено вернуться в Таджикистан, и с 1998 года по февраль 2005 года он занимал должность первого заместителя премьер-министра Республики Таджикистан. В феврале 2005 году был избран членом Национального совета (Маджлиси Милли) Высшего собрания (Маджлиси Оли) Республики Таджикистан.