Per il 2000 la BAR annunciò il passaggio ai motori forniti dalla Honda, che tornava per la prima volta dal 1992 in veste ufficiale nel circus della Formula 1. La scuderia anglo-americana non godeva tuttavia dell'esclusività dei propulsori nipponici, dato che anche la Jordan era equipaggiata con i motori della Honda preparati dalla Mugen. Nel corso della stagione venne annunciato che l'anno successivo la Jordan avrebbe ricevuto il supporto ufficiale della Honda e dato che la casa giapponese non poteva permettersi di fornire i propri motori a due scuderie per sempre, si scatenò una battaglia tra le due scuderie. Il 2000 vide un netto ed inaspettato miglioramento rispetto all'anno precedente, con quattro quarti posti come migliori piazzamenti e il quinto posto nella classifica finale costruttori con 20 punti totali; in quell'anno Villeneuve riuscì ad andare a punti in sette differenti occasioni, sfiorando inoltre il podio a Monza e in occasione del Gran Premio degli Stati Uniti. Il canadese ottenne 17 punti mentre il compagno di squadra Zonta chiuse con soli 3 punti all'attivo.