Nel 1890 una nuova rivolta di nativi indiani, nelle riserve Sioux e Lakota portarono nuovamente Miles al fronte, che portò stavolta alla sconfitta e alla morte di Toro Seduto e al massacro di circa 300 indiani a Wounded Knee. Tuttavia Miles non fu direttamente responsabile del massacro, e si espresse con disappunto e forti critiche nei confronti dei suoi ufficiali.