Do kraju bracia (Jan i Marek) wrócili w 1648, na wieść o wybuchu powstania Chmielnickiego. Nadaniem Jana Kazimierza, Jan Sobieski przejął wówczas po ojcu wakujące starostwo jaworowskie. Obaj bracia zaciągnęli się do wojska i jako rotmistrzowie, na czele własnych chorągwi husarskiej i kozackiej przeszli chrzest bojowy w bitwie pod Zborowem. W 1649 r. Jan wziął udział w odsieczy Zbaraża, w którym wśród oblężonych przebywał jego brat Marek. Poseł na sejm 1649/1650 roku z sejmiku bełskiego województwa bełskiego.