בשנת 1941 יועד על ידי דה גול להיות למושל סוריה ולבנון, לאחר כיבושן במסגרת המערכה בסוריה ובלבנון. ב-21 ביוני 1941 נכנס, לצד המפקד הצבאי של המבצע, הגנרל פול לואי לז'נטיום אל דמשק. לאחר כיבוש סוריה ולבנון היה למושל סוריה ולבנון. ב-27 בספטמבר 1941 הכריז קאטרו על עצמאות סוריה במילים "מעתה נהנית המדינה הסורית מכל הזכויות של מדינה עצמאית וסוברנית. ההגבלות היחידות על זכויות אלו נובעות מצרכי הנהלת המלחמה והשמירה על ביטחון הארץ והשמירה על ביטחון הברית. בו בזמן מחייבת עמדת סוריה כבת בריתה של צרפת החופשית ובריטניה שמדיניותה תהיה מתאימה למדיניות בנות בריתה." ב-26 בנובמבר 1941 הכריז קאטרו, בשם צרפת החופשית, על עצמאות לבנון, ומינה את אלפרד ג'ורג' א-נקאש לנשיא ואת אחמד דעוכ לראש ממשלה. אך עצמאות סוריה ולבנון מומשה בפועל רק ב-1946. בין 1943 ל-1944 מונה על ידי דה גול למושל כללי של אלג'יריה.