B-1B jsou od roku 2001 nasazovány v rámci Operace Trvalá svoboda. Při operacích nad Afghánistánem jsou tyto letouny převážně používány v doposud neobvyklé roli taktických bombardérů, ve které se velice osvědčily. Obvykle přitom hlídkují ve vymezených oblastech a jsou ze vzduchu či země naváděny na objevené cíle. Mimo klasických pum přitom používají i přesnou naváděnou munici (například pomocí GPS). Od roku 2008 je pro navádění pum používán kontejner se zaměřovacím systémem AN/AAQ-33 Sniper XR.