V dalších letech působil jako diplomat. V letech 1947–49 coby čs. velvyslanec ve Velké Británii a v letech 1949–51 v Indii. Po únorovém převratu v roce 1948 patřil k té části sociální demokracie, která byla loajální vůči Komunistické straně Československa, s níž se sociální demokracie už v červnu 1948 sloučila. Kratochvíl si udržel svůj post, ale v roce 1951 v Dillí rezignoval a odjel do Londýna, kde zůstal v exilu. Vzhledem ke svým postojům z roku 1948 ho ale československá exilová komunita nepřijala a žil v ústraní, mimo politický život. Pracoval pak jako číšník, bankovní úředník apod. Jeho velkým přítelem byl Karel Ančerl, který rovněž emigroval do Kanady a fotograf Jaromír Funke. Bohuslav Kratochvíl zemřel v Kanadě v roce 1972 při návštěvě u Karla Ančerla.