Макнамара подкрепя пред президента Кенеди десанта на 1500 на кубински изгнаници, обучени от ЦРУ по програма, започната от президента Айзенхауер, в Залива на прасетата, Куба през април 1961 г. Групата е разбита и пленена от войските на Фидел Кастро. Напускайки поста на министър на отбраната през 1968 г., Макнамара казва, че провалът на тази операция е можело да бъде предвиден и че най-голямата му грешка е била да я подкрепи. В Изпълнителния комитет, свикан по времето на Карибската криза, той подкрепя решението на президента Кенеди да наложи „карантина“ на Куба, вместо да заповяда бомбардиране и нахлуване на острова, както са искали военните, сред които и началникът на ВВС Къртис Лемей.