アレクセイ（在位1645年 - 1676年）の即位後、程ない1648年にウクライナのザポロジェ・カザークがポーランドに対して反乱を起こして、ツァーリの庇護を求めた。アレクセイはポーランドとの開戦に慎重であったが、全国会議の要請を受け、ザポロジェ・カザークとペレヤスラフ条約を結び、ポーランドとの戦争に突入する。13年に渡って続いた戦争はアンドルソヴォ条約によって終結した。ロシアは動乱時代に失った西部国境地帯のみならず、ドニエプル川左岸のウクライナと右岸のキエフをも獲得した。アレクセイの時代にが定められて都市住民の統制そして農奴制が法的に完成しており、またツァーリによる専制体制化が進められ、全国会議の役割が終焉した。彼の治世に総主教の典礼改革を巡って対立が起き、正教会が分裂して古儀式派が成立している。