11 травня 1940 року, у зв'язку з початком бойових дій безпосередньо в Нідерландах, недобудований крейсер разом з крейсером «Суматра» залишили порт і попрямували до Англії, в порт Іммінгем. 2 червня 1940 року «Якоб ван Хемскерк» знову у супроводі з «Суматрою», що мав на борту принцесу Юліану, здійснив перехід до Канади, в Галіфакс, куди вони прибули 11 червня 1940 року.