犠牲者について正確な資料が残されていない。ドイツ降伏直前や収容所の解放直前、戦犯追及を恐れる関係者によって総括書類が破棄されたことが理由の一つとされる。ソ連・ポーランド・ハンガリー・チェコスロヴァキア・ルーマニアといった東ヨーロッパの国々に犠牲者数が多い。一方で古い調査はプロパガンダもあり、被害者数が大きく見積もられる傾向もあった。また、ソ連は自国での大量殺戮事件であるカティンの森事件、ヴィーンヌィツャ大虐殺もドイツの犯行であると主張していたが、ニュルンベルク裁判では証拠不十分で告発されていない。著名な犠牲者は、収容されたものの死を免れた者については参照。