Après plus de quarante-cinq ans au Brésil, Thérèse-Christine assiste, en 1889, au coup d'État républicain qui renverse son époux et qui l'oblige à partir, avec sa famille, en exil au Portugal. Déjà gravement malade depuis plusieurs années, l'impératrice voit sa santé décliner rapidement et elle meurt d'un arrêt cardiaque dû à des problèmes respiratoires un peu plus d'un mois après l'abolition de la monarchie brésilienne. Très appréciée des Brésiliens, et même des républicains qui louent sa réserve, Thérèse-Christine est sincèrement pleurée dans son pays d'adoption. Il faut pourtant attendre 1921 et la préparation des festivités liées au centenaire de l'indépendance du Brésil pour que sa dépouille, ainsi que celle de son mari, soient rapatriées dans leur pays. Les corps de la famille impériale reposent aujourd'hui dans la cathédrale de Petropolis, où on peut encore observer les gisants qui surplombent leurs tombeaux.