Contemporaneamente, nell'ambito delle Guerre rivoluzionarie francesi, la Repubblica francese aveva lanciato un'offensiva sull'Italia settentrionale, i cui stati principali (Milano, Sardegna-Piemonte, Parma e Modena) si erano coalizzati nell'orbita austriaca contro l'espansione della rivoluzione francese. Nel 1796 l'esercito francese, guidato da Napoleone Bonaparte, sconfisse decisamente gli austriaci nella Battaglia di Lodi (10 maggio), portando ad un'occupazione del Ducato di Milano e alla sua assimilazione nella repubblica sorella detta "Repubblica Transpadana" (15 novembre). Di conseguenza, da lì al Congresso di Vienna (11 aprile 1814), Francesco III rimase solo Duca "titolare" di Milano, che dopo la chiusura del Congresso venne assimilato assieme ai territori dell'ex-Repubblica di Venezia all'interno del Regno Lombardo-Veneto (7 aprile 1815), sotto la dominazione austriaca.