בשנת 1983, הכריז ג'עפר נומיירי, נשיא סודאן, על סודאן כולה, מדינה מוסלמית והחל עליה את חוקי השריעה. ב-5 ביוני 1983, הודיעה בתגובה האוטונומיה הדרום סודאנית שהסכמי אדיס-אבבה אינם תקפים עוד מבחינתה. התגובה הישירה למהלך הסודאני הייתה פריצת מלחמת האזרחים הסודאנית השנייה בהנהגת ג'ון גראנג שנמשכה עשרים ושתיים שנים, והיא מלחמת האזרחים הארוכה ביותר באפריקה כולה. בשנת 2005, נחתם בניירובי הסכם שלום כולל בתיווך Intergovernmental Authority on Development ונוסדה הממשלה האוטונומית של דרום סודאן. ההסכם התקיים עד ה-9 ביולי 2011, יום הכרזת העצמאות של דרום סודאן.