1912年に町はバルカン戦争の期間セルビア王国によって征服され、第一次世界大戦後、新たに形成された後のユーゴスラビア王国となるスロベニア人・クロアチア人・セルビア人国の一部となる。第二次世界大戦時には町は枢軸国の一部であったブルガリア王国の軍によって占領された。1944年にはユーゴスラビア社会主義連邦共和国の構成国であるマケドニア社会主義共和国の首都となる。スコピエは第二次世界大戦後に急速に開発されるが、1963年に発生したスコピエ地震によりその発展が一時滞る。1991年にはユーゴスラビアから独立したマケドニア共和国（現・北マケドニア共和国）の首都となっている。