Vuonna 1966 kaksi vallankaappausta siirsi maan sotilasjohdon käsiin. Pääosin igbo-kansan asuttama itäinen osavaltio Biafra yritti itsenäistyä 1967–1970 mikä johti sisällissotaan, jossa Biafra kärsi tappion. Biafran tapahtumat herättivät laajalti kansainvälistä huomiota ja sieltä maailmalle levinneet uutiskuvat vahingoittivat vakavasti Nigerian mainetta. Vuoden 1975 veretön vallankumous nosti valtaan siviilihallintoa luvanneen Murtala Ramat Mohammedin. Seuraava sotilasvallankaappaus oli 1983, siinä valtaan nousi kenraalimajuri Muhammed Buhari. Vuonna 1985 Ibrahim Babangida kaappasi puolestaan vallan Buharilta toisessa peräkkäisessä verettömässä vallankaappauksessa.