Naomoto maakte op 8 mei 2014 haar debuut in het Japans vrouwenvoetbalelftal tijdens een wedstrijd tegen Nieuw-Zeeland. Zij nam met het Japans elftal deel aan het Aziatisch kampioenschap 2014 en de Aziatische Spelen 2014. Japan behaalde goud op het Aziatisch kampioenschap en zilver op de Aziatische Spelen. Zij nam met het Japans elftal deel aan het Aziatisch kampioenschap 2018 en Japan behaalde goud op het Aziatisch kampioenschap. Ze heeft 19 interlands voor het Japanse elftal gespeeld.