In der Endphase des Krieges, am 22. März 1869, übernahm Gaston d’Orléans, Graf von Eu, der Schwiegersohn des brasilianischen Kaisers, das Oberkommando der alliierten Streitkräfte. Er erwies sich als fähiger Kommandeur und brachte den Krieg zu einem siegreichen Ende. Im August 1869 fiel Piribebuy. Die alliierten Truppen hetzten die Reste von López' Armee durch Paraguay, wo López im Nordosten des Landes noch einmal einige tausend Kämpfer um sich scharen konnte. Am 1. März 1870 wurden die Reste dieses „letzten Aufgebots“, nicht mehr als einige hundert Mann, bei Cerro Corá am Fluss Aquidabán von einer weit überlegenen brasilianischen Streitmacht angegriffen und López getötet, als er sich nicht gefangen nehmen ließ.