マルク諸島ではムスリムとクリスチャンの紛争が虐殺に発展（）、アチェでは分離運動が激化して国軍が介入し内戦化（）、東ティモールでは住民同士あるいは住民と国軍の衝突が起き（東ティモール紛争）、社会不安はかえって深まった。