阿波罗计划结束后，杨继续担任宇航员并执行了两次航天飞机任务，包括航天飞机的处女航以及首次使用太空实验室的。杨原计划中将执行将哈勃空间望远镜送入太空的任务，但挑战者号航天飞机灾难使整个航天飞机飞行计划被打乱。