Em agosto de 1940, Jebb foi designado ao Ministério das Economias de Guerra, com o posto temporário de Sub-Secretário Assistente. Em 1942, ele foi apontado como Chefe do Departamento de Reconstrução e, em 1943, tornou-se um Conselheiro dentro do "Foreign Office". Neste cargo, compareceu a várias conferências internacionais, incluindo aquelas em Teerã, Ialta e Potsdam.