Filips nam niet deel aan de Schmalkaldisch Verbond en nam ook niet deel aan de Schmalkaldische Oorlog of de Vorstenopstand tegen Karel V. Hij zag zich echter genoodzaakt het Interim van Augsburg in te voeren en visitaties toe te staan. In 1552 werd zijn grondgebied door de soldaten van markgraaf Albrecht II Alcibiades van Brandenburg-Kulmbach verwoest. In hetzelfde jaar keerde de lutherse geestelijkheid terug en sindsdien was deze confessie stevig gevestigd. Klooster Klarenthal werd in 1553 ontbonden.