În 1941 Beneš și František Moravec au planificat Operațiunea Anthropoid, cu intenția de a-l asasina pe Reinhard Heydrich. Acest plan a fost pus în aplicare în 1942 și a determinat represalii brutale ale germanilor precum executarea a mii de cehi și distrugerea a două sate: Lidice și Ležáky.