Након неколико година проведених као тренер друге екипе, Ред бул Салцбурга, Нико је заједно са братом Робертом почетком 2013. преузео вођење репрезентације Хрватске до 21 године. Након одласка Игора Штимца са места селектора А репрезентације, 16. октобра 2013. године, Нико Ковач је преузео његову функцију. Хрватска је под вођством Нике у две утакмице баража против Исланда изборила одлазак на СП у Бразилу. На СП у Бразилу репрезентација није прошла групу. Након што је репрезентација освојила само један бод у последњем квалификацијском мини-циклусу при квалификацијама за ЕП 2016. године у Француској (у Азербајџану 0:0, у Норвешкој пораз од 2:0), Извршни одбор савеза једногласно је сменио Нику Ковача са места селектора репрезентације Хрватске.