W 1956 roku proklamowana została niepodległa Republika Sudanu. Od początku niepodległości głównym problemem Sudanu pozostawały antagonizmy między północą a południem. Wzajemna niechęć doprowadziła do wybuchu I wojny domowej. W 1958 roku doszło do zamachu stanu, w wyniku którego do władzy doszła junta wojskowa Ibrahima Abbuda. Reżim funkcjonował do 1964 roku. W 1966 roku południe wszczęło zbrojne powstanie. W 1969 roku miał miejsce kolejny wojskowy pucz. Władzę objął generał Dżafar Muhammad an-Numajri. Junta w 1972 roku doprowadziła do zawarcia porozumienia pokojowego z separatystami. W 1973 roku wojskowi nadali nową konstytucję która nadała autonomię trzem prowincjom południowym i wprowadzała system monopartyjny (rządzącą formacją był Sudański Związek Socjalistyczny). W przeciągu lat 70. miały miejsce częste demonstracje i próby zamachów stanu. W 1983 roku na południu utworzona została separatystyczna Ludowa Armia Wyzwolenia Sudanu. Rebelia przerodziła się w II wojnę domową. Przyczyną wybuchu konfliktu było wprowadzenie w kraju prawa opartego na szariacie. W 1985 roku rządy generała an-Numajriego zakończył kolejny zamach stanu. Nowa junta wprowadziła system wielopartyjny i rządy Rady Najwyższej. W 1988 roku władze Sudanu próbowały porozumienie z separatystami, co nie udało się ze względu na sprzeciw ze strony fundamentalistów islamskich.