С началом войны полковник Озимин находился на прежней должности. В октябре 1941 года дивизия под его командованием была включена в состав сформированной 56-й армии, которая вскоре принимала участие в боевых действиях в районе Таганрога в ходе Ростовских оборонительной и наступательной операций, в результате чего был освобождён Ростов-на-Дону. 27 декабря того же года Озимину присвоено воинское звание «генерал-майор». Вскоре дивизия принимала участие в ходе Армавиро-Майкопской и Туапсинской оборонительных операций. С 9 августа 1942 года Михаил Иванович Озимин находился под следствием «за потерю управления войсками». 14 августа военный трибунал Северо-Кавказского фронта осудил его на 10 лет ИТЛ с отсрочкой отбывания наказания до окончания военных действий.