Africká kvalifikace byla rozdělena na dvě fáze. Nejlepších 9 týmů (5 kvalifikavších se na MS 2002 a 4 nejlepší podle žebříčku FIFA bylo přímo nasazeno do skupinové fáze. Zbylých 42 týmů se účastnilo předkola, kde byli rozlosováni do dvojic a utkali se systémem doma - venku o postup do skupinové fáze. V té bylo 30 týmů rozlosováno do 5 skupin po 6 týmech. Ty se utkaly dvoukolově každý s každým a vítězové skupin postoupili na MS. Vzhledem k tomu, že tato kvalifikace byla zároveň i kvalifikací na Africký pohár národů 2006, nejlepší tři týmy každé ze skupin skupinové fáze postoupily na Africký pohár národů.