Eusebio Sacristán spielte von 1986 bis 1992 auch für die spanische Fußballnationalmannschaft. Sein Debüt gab er dabei am 24. September 1986 in einem Freundschaftsspiel gegen Griechenland. Bei den großen Turnieren gehörte er zur Fußball-Europameisterschaft 1988 zum Kader, kam aber nicht zum Einsatz.