Watrin est promu général de brigade le et, à partir du 23 juillet, il est chef d'état-major à l'armée des côtes de l'Océan avant de rejoindre l'armée de Sambre-et-Meuse le 28 septembre 1796. En avril 1797 il commande l'infanterie de réserve de cette armée avec laquelle il se distingue au passage du Rhin et à Neuwied le 18 avril 1797. Le 27 mars 1798 il accompagne le général Hédouville à Saint-Domingue. De retour en France le 22 octobre 1798, il est affecté le à l'armée d'Italie.