L'accordo con la casa di Maranello prevedeva che fossero forniti i motori del 1990 al costo di 11 miliardi di lire e che la Minardi divenisse, di fatto, una sorta di "junior team". La Ferrari, però, non aiutò in alcun modo la piccola squadra faentina, facendole firmare contratti che precludevano determinate sponsorizzazioni e sottraendole la sponsorizzazione triennale della Pioneer, ritenuta vitale da Gian Carlo Minardi per lo sviluppo del telaio. Inoltre Morbidelli venne richiesto per sostituire Alain Prost nell'ultima gara della stagione e dovette essere sostituito da Roberto Moreno. Nei fatti quindi la stagione fu al di sotto delle aspettative; Ancora una volta Martini ottenne i risultati migliori con due quarti posti, uno a Imola e l'altro in Portogallo. Lo stesso pilota evidenziò, però, come i motori Ferrari fossero programmati per vetture con un cambio semi-automatico, di cui la Minardi non disponeva e spesso davano problemi con la frizione. La stagione venne chiusa al settimo posto con sei punti ottenuti, ma l'accordo con Maranello aveva lasciato un debito oltre 8 miliardi di lire. Inoltre Martini aveva firmato un precontratto per correre con la Ferrari per il 1992, ma l'indebolimento della posizione di Piero Ferrari nella gestione della squadra fece saltare il suo passaggio alla squadra modenese e dovette accasarsi alla Scuderia Italia.