Dopo che la Jugoslavia fu invasa dalle potenze dell'Asse nell'aprile 1941, la Bosnia divenne parte dello Stato Indipendente di Croazia, uno stato fantoccio fascista. Maglajlić entrò nel Partito Comunista di Jugoslavia a maggio e si unì al crescente movimento di resistenza partigiana. Il suo elevato status sociale le permise di proteggere ed equipaggiare senza dar nell'occiho i partigiani locali per diversi mesi, ma alla fine venne scoperta dalle autorità e mandata in prigione. Dopo mesi di torture, Maglajlić fuggì e si unì ai partigiani. Maglajlić fu una figura politica influente in Bosanska Krajina fino alla sua morte in combattimento contro le truppe tedesche a Mala Krupska Rujiška.