Na alvorada da República Júlio de Castilhos assumiu a secretaria do governo e em seguida participou no Rio da elaboração da nova Constituição. Voltando ao estado em 1891, passou a trabalhar na Constituição Estadual. Aprovada em 14 de julho, no mesmo dia se realizou a primeira eleição para uma Presidência constitucional, saindo-se Castilhos vencedor com 100% dos votos. Mas as rivalidades políticas se acirraram a um ponto sem retorno. O Partido Federalista (antigo Partido Liberal) lutava pela centralização e o parlamentarismo; o Partido Republicano, pelo sistema presidencialista e pela autonomia provincial. Depois de várias mudanças de governo deflagrou-se uma nova guerra civil em 1893, a Revolução Federalista, liderada por Silveira Martins, antigo adversário de Castilhos, que estava de novo no poder. Se na Revolução Farroupilha ainda se viram cenas de nobreza, honra e altruísmo, ao longo da Revolução Federalista generalizou-se a crueldade e a vilania. Décio Freitas diz que foi a mais violenta das guerras civis em toda a América Latina, e outros que escreveram sobre ela não cessam de reiterar expressões de horror. Durou mais de dois anos e ceifou mais de dez mil vidas, imprimindo uma nódoa de ódio fratricida que até hoje envergonha a memória do estado.