W reprezentacji Tunezji Marzouki zadebiutował w 2000 roku. W 2002 roku znalazł się w 23-osobowej kadrze drużyny narodowej na mistrzostwa świata. Podopieczni Ammara Souayaha nie zdołali przebrnąć przez fazę grupową i odpadli z turnieju. Na mundialu Marzouki pełnił rolę rezerwowego i nie zagrał w żadnym z trzech spotkań. Po raz ostatni w reprezentacji swojego kraju Tunezyjczyk wystąpił w 2004 roku.