Busquets debuteerde op 28 december 2008 in het Catalaans elftal in de wedstrijd tegen Colombia. Op 1 april 2009 debuteerde Busquets in het Spaans nationaal elftal. In een WK-kwalificatiewedstrijd tegen Turkije kwam hij in de tweede helft als vervanger van David Jiménez Silva in het veld. In juni 2009 behaalde Busquets met Spanje de derde plaats op de Confederations Cup.