Następnie Conti podpisał kontrakt z Cagliari Calcio, w którym po raz pierwszy wystąpił 30 sierpnia 1999 roku w przegranym 1:2 meczu z S.S. Lazio. W debiutanckim sezonie w nowym klubie zagrał tylko w dziewięciu meczach Serie A, a jego zespół spadł do drugiej ligi. Tam włoski zawodnik grywał już znacznie częściej, a rozgrywki &lt;a href="Serie%20B%20%282000/2001%29"&gt;2000/2001&lt;/a&gt; zakończył z sześcioma golami na koncie. W sezonie &lt;a href="Serie%20B%20%282003/2004%29"&gt;2003/2004&lt;/a&gt; Cagliari z pierwszego miejsca awansowało do Serie A. W kolejnych rozgrywkach zajęło dziesiąte miejsce w końcowej tabeli oraz dotarło do półfinału Pucharu Włoch. W dwóch następnych sezonach "Rossoblu" radzili sobie już nieco gorzej, natomiast Conti należał do grona najlepszych graczy w drużynie.