Elokuussa 2008 Ranskan maajoukkuevalmentaja Raymond Domenech nimesi Boghossianin täydentämään maajoukkueen valmennusjohtoa. Hän toimi osana Domenechin valmennustiimiä Ranskan epäonnistuessa MM-kisoissa 2010. Boghossian jatkoi kisojen jälkeen uuden päävalmentajan Laurent Blancin apuvalmentajana. Ranskan jalkapalloliitto ei uusinut Blancin valmennustiimin sopimusta EM-kisojen 2012 jälkeen ja näin myös Boghossian joutui jättämään tehtävänsä.