Pada 4 Ogos 2019, Alisson bermain dalam perlawanan Piala Perisai Komuniti FA 2019 menentang Manchester City; setelah seri 1-1, Manchester City akhirnya memenangi gelaran 5-4 menerusi penalti. Dalam pertandingan pembukaan kempen Liga Perdana Inggeris musim 2019-2020 menentang Norwich, Alisson mengalami kecederaan betis pada babak pertama dan digantikan oleh penjaga gol baru, Adrián selepas minit ke-38. Kecederaan yang beliau alami dijangka akan mengambil masa selama "beberapa minggu" untuk pemulihan. Akibatnya, Alisson diketepikan dari perlawanan Piala Super UEFA 2019 yang dimenangi oleh Liverpool 5-4 menerusi penalti pada 14 Ogos, setelah seri 2-2 dengan Chelsea setelah masa tambahan. Pada 1 Oktober 2019, Alisson dikatakan hampir kembali bersama pasukan utama Liverpool.