Блобель був засуджений до смерті Нюрнберзьким трибуналом за справою про айнзатцгрупи. Він був повішений у в’язниці Ландсберг 8 червня 1951. У Нюрнберзі Блобеля звинувачували у смерті близько 60 тисяч осіб, за свідченнями було доведено 10-15 тисяч смертей.