Eine Kandidatur zum Gouverneur von Vermont scheiterte im Jahr 1966. Erfolgreicher Kandidat der Republikanischen Partei von Vermont war Hayes im Jahr 1968 bei seiner Kandidatur für das Amt des Vizegouverneurs von Vermont. Seine Amtszeit dauerte von 1969 bis 1971. Er war aktiv in der Opposition zum Vietnamkrieg. Er machte 1970 nationale Schlagzeilen, als er anordnete, dass Vermonts Flaggen nach dem Kent-State-Massaker auf halbmast gesetzt wurden, bei welchem an der Kent State University vier Studenten durch Mitglieder der Ohio Army National Guard getötet und neun Studenten verletzt wurden. Als Reaktion kehrte Gouverneur Deane C. Davis von einer Konferenz zurück nach Vermont und widerrief Hayes Anordnung.