בתקופת שלטונו של אדוארד השני (1307–1327) הייתה פעילות מועטה במצודה, אם כי בתקופה זו נוסדה המלתחה המלכותית. מוסד זה שכן במצודה, והיה אחת מהזרועות השלטוניות שארגנו את משק הבית האישי של המלך. מרגרט דה קלאר, ברונית בדלסמר, הייתה האישה הראשונה שנכלאה במצודה לאחר שסירבה לאפשר למלכה איזבלה להיכנס לטירת לידס, והורתה לקשתים שלה לפתוח באש על פמלייתה המלכותית של איזבלה, וכתוצאה מכך נהרגו שישה ממלוויה של המלכה. המצודה הפכה לבית הכלא המלכותי החשוב ביותר במדינה, ובדרך כלל נשמרה לאסירים ידועי שם. עם זאת, היא לא הייתה מקום בעל רמת אבטחה גבוהה מהרגיל, ולאורך ההיסטוריה שלה הצליחו אסירים שנכלאו בה לשחד את השומרים על מנת שיסייעו להם לברוח. ב-1322 הצליח רוג'ר מורטימר, הרוזן הראשון ממארץ', לשחד את סגן מפקד המצודה על מנת שזה יסייע לו לברוח ויאפשר לאנשיו להיכנס. אנשיו של הרוזן קדחו חור בקיר התא שלו, והוא נמלט על סיפונה של סירה שהמתינה לו. הוא ברח לצרפת, ובה פגש במלכתו של אדוארד. הם החלו ברומן, וזממו להדיח את המלך. אחת מפעולותיו הראשונות של מורטימר כאשר שב לאנגליה הייתה כיבוש המצודה ושיחרור כל האסירים שנכלאו בה. במשך שלוש שנים הוא שלט בממלכה מאחר שאדוארד השלישי היה צעיר מדי; ב-1330 הצליחו אדוארד ותומכיו ללכוד את מורטימר, וכלאו אותו במצודה. תחת שלטונו של אדוארד השלישי (1312–1377) חוותה אנגליה תקופה של הצלחה במלחמותיה, לאחר שבתקופת שלטונו של אביו חלה דעיכה במלחמות מול צרפת ומול סקוטלנד. בין הצלחותיו של אדוארד ניתן למנות את קרב פואטייה ואת קרב קרסי, שבהם נלקח בשבי המלך הצרפתי ז'אן השני, ואת לכידתו של המלך הסקוטי דייוויד השני בקרב נוויל'ז קרוס. בתקופה זו שימשה המצודה כבית כלא עבור אצילים רבים שנשבו במהלך המלחמה. אדוארד השני לא התייחס כמעט להתדרדרות במצבה הפיזי של המצודה, ובתקופת שלטונו של אדוארד השלישי היא כבר הייתה מקום בלתי נוח לחלוטין. האצילים שהוחזקו בשבי במצודה לא יכלו לעסוק בפעילויות כגון ציד, שהיו מותרות בטירות מלכותיות אחרות ששימשו כבית כלא, כגון טירת וינדזור. אדוארד השלישי ציווה לחדש ולשפץ את המצודה.