Током рата у Југославији у Плочама није било већих сукоба, изузевши успешно гранатирање складишта предузећа Интершпед и неких лучких складишта и неуспешно бомбардовање ратне болнице. У ноћи између 14. и 15. септембра 1991. у Плочама и ужој околици је извршена војно-редарствена операција „Зелена табла — Мале Баре“ којом су заузети објекти ЈНА те је заплењена велика количина наоружања и муниције. Током те акције дошло је и до прве поморске битке где су се са Хрватске стране два тегљача, пловна лучка дизалица, трајект и два мања брода супротставили надмоћнијој, професионалној Југословенској ратној морнарици. У акцији је смртно страдао један хрватски војник. Други напад десио се 12. маја 1992. када су два авиона ЈНА бомбардовала Луку Плоче, Дом cпортова те на основнy школy и неколико стамбених објеката. У Плочама за време рата у БиХ је била главна база NATO-а и СФОР-а а по неким проценама око 50.000 избеглица је боравило у Плочама током pата у Босни и Херцеговини.