Po przejściu ciężkiego śledztwa, 30 marca 1940 roku, Tadeusz Cynkin został skazany przez Sąd Ludowy na półtora roku więzienia. Karę odbywał we Lwowie, Kijowie, Czernihowie oraz Połtawie. Po wybuchu wojny radziecko-niemieckiej zostaje wcielony do batalionu pracy. W strefie przyfrontowej wykonywał umocnienia wojskowe pod Charkowem i Stalingradem, często w ekstremalnie trudnych warunkach. Po utworzeniu w roku 1941 w Związku Radzieckim Armii Polskiej, zgłosił się do niej niezwłocznie. Parokrotne aresztowanie i przetrzymywanie uniemożliwiło wstąpienie do Armii Andersa. W 1943 zgłosił się jako ochotnik do 1 Dywizji im. Tadeusza Kościuszki. Po ukończeniu 2-miesięcznej szkoły oficerskiej przeszedł z 1 DP cały jej bojowy szlak jako dowódca kompanii oraz batalionu. Po wojnie, jako doświadczony oficer frontowy, szkolony w Centrum Wyszkolenia Piechoty, szybko awansował. Dowodził pułkiem, dywizją i korpusem. Zdegradowany wskutek interwencji organów informacji, przez które był rozpracowywany od 1950. Był kierownikiem studium wojskowego przy Uniwersytecie Jagiellońskim i przy Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie. Odwilż gomułkowską spędził w Krakowie. Zdobywszy zaufanie studentów zdołał udaremnić w wiecu pod AGH groźną prowokację.