Mediante la expedición de estas leyes y decretos se logró en México la separación Iglesia-Estado. La nueva constitución polarizó a la sociedad, en diciembre de 1857 los conservadores desconocieron al gobierno y a la nueva carta magna mediante el Plan de Tacubaya, el cual dio inicio a la guerra de Reforma o de los tres años. Los liberales lograron la victoria, el 1 de enero de 1861, el presidente Juárez regresó a la Ciudad de México. Es por esta razón que varios de los decretos y leyes fueron expedidos en el puerto de Veracruz. Sin embargo la estabilidad del país volvió a ser interrumpida, el gobierno tuvo que suspender los pagos a la deuda extranjera. Mediante la Convención de Londres, los gobiernos de Francia, Reino Unido y España decidieron intervenir en México. Se logró un acuerdo con los británicos y los españoles, pero no así con los franceses, quienes con este pretexto y con la ayuda de los conservadores comenzaron la intervención armada y poco después el Segundo Imperio Mexicano. Juárez se vio obligado a escapar de la capital manteniendo su gobierno itinerante hasta que en 1867, logró restaurar definitivamente la República.