此次水災，由於再加上當時美國發生九一一袭击事件，臺灣證券交易所以及許多公司均停止市場機能數日，直接重挫國內股市。即使日後市場重新運作，股市機能已大不如前；而數十萬名居民不但無法上班，出行亦是一大問題。這些情況導致国内生产总值降低0.2%，相當於194億新臺幣（約5億6000美元）。