鲍斯也因為他跟英美等殖民母國不和，太平洋战争爆發後，鲍斯在1941年由印度經阿富汗、苏联而前往德国，並且在德國組成兩千人的印度国民军，1943年他受日本的邀請，搭乘德國的U型潜艇由基尔出發，借道马达加斯加，在印度洋潛艦不靠岸就直接在印度洋用橡膠救生艇轉泊到日本伊號第29潛艦前往日本，他前往日本後在东京方面的支持下。赴新加坡召集在馬來亞戰役中投降的數千名印度兵，並擔任印度獨立聯盟的領袖，菲律賓宣布獨立後的一週，1943年10月21日成立自由印度臨時政府，同年十一月初參與由日本主導的大東亞會議。鲍斯並於建立臨時政府之際就任印度國民軍的最高司令官，試圖聯合日本反抗英國的統治。