Apostolski kościół Ormiański działa obecnie tylko na terenie Górskiego Karabachu (który "de iure" stanowi część Azerbejdżanu). Świątynie tego kościoła poza Karabachem są pozamykanie a wielu jego wyznawców, w obawie przed prześladowaniami, wyemigrowało do Armenii, Górskiego Karabachu lub nawet na Zachód. Mimo iż konstytucja azerska zapewnia wolność religijną, to w czasie wojny o Górski Karabach doszło do wielu prześladowań Ormian i ich kościoła. Niszczono świątynie, nekropolie oraz inne miejsca związane z kulturą ormiańską. W 1990, podczas fali zamieszek, doszło do spalenia kościoła ormiańskiego w Baku. Mimo że został on odbudowany w 2004, to dziś jest nieużywany. Między 1998 a 2005 całkowicie zniszczono ormiańskie nekropolie w regionie Julfa w Nachiczewańskiej Republice Autonomicznej, co spotkało się z krytyką wielu państw oraz organizacji międzynarodowych.