1990年代のユーゴスラビア紛争では、サンジャクはほぼ無傷のままのこされた。しかしながら、そのなかでもボスニア紛争やコソボ紛争では住民の間に民族間の緊張関係をもたらし、またコソボ紛争ではNATOによる空爆を招いた。サンジャクのボシュニャク人の政党によれば、圧迫や警察による蹂躙から逃れて、およそ6万人から8万人のボシュニャク人が紛争期間中にこの地域を去った。1992年から1995年までの間、多くのボシュニャク人に対する集団殺戮が発生し、その中でも特筆すべきものとしてはプリボイ近くのシェヴェリン（）や、プリェヴリャ近くのブコヴィツァ（）、プリイェポリェ近くのシュトルプツィ（）などでの事例がある。