В суровую зиму 1918 года в Ташкенте собрался II съезд коммунистической партии Туркестана, в числе делегатов был и Санжар, представляющий город Ош. После съезда крайком партии оставил его в Ташкенте работать в Туркестанском крайкоме. Он принял активное участие в формировании из местного населения отрядов Красной Армии, в январе 1919 года — в подавлении Осиповского контрреволюционного мятежа, а затем с 3-й Интернациональной частью полка уехал на фронт. В феврале 1919 года он получил из Оша печальную весть: басмачи убили отца, многих друзей. Только в августе 1919 года он вернулся в Ош. Его назначили командиром Ошского партийно-добровольческого отряда.