W reprezentacji Gabonu Zé Ondo zadebiutował 9 lutego 2011 w przegranym 0:2 towarzyskim meczu z Demokratyczną Republiką Konga. W 2015 roku został powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki 2015. Na tym turnieju był rezerwowym i nie wystąpił w żadnym meczu.