Године 1648, Комонвелт је уништен у неколико сукоба, у којима је земља изгубила више од трећине свог становништва (преко три милиона људи). Губици Јевреја рачунали су у стотинама хиљада. Први од ових великих злочина био је Устанак Богдана Хмељницког, у којем су козаци масакрирали на десетине хиљада Јевреја и католичких Пољака у источним и јужним областима које је контролисала (данашња Украјина). Тачан број погинулих није познат, али се смањење јеврејске популације у овом периоду процењује на 100.000 до 200.000, што укључује и емиграцију, смрт од болести и заточеништва у Османском царству. Јеврејска заједница је много трпела током козачког устанка 1648. године који је био усмерен првенствено против пољског племства. Јевреји, сматрани савезницима племства, такође су били жртве побуне, током којих је око 20% њих убијено.