Den senaste förstörelsen av klostret skedde vid Slaget om Monte Cassino under andra världskriget. Berget Monte Cassino ansågs av vissa amerikanska generaler vara en viktig stödjepunkt i Gustavlinjen, tyskarnas huvudförsvarslinje i Italien. Den 15 februari 1944 raserades det helt, efter att 229 amerikanska bombplan fällt 435 ton spräng- och brandbomber över klostret och dess närmaste omgivning. Senare undersökningar från amerikanskt håll har dock visat att klostret inte var bemannat av tyska soldater.