Brauchitsch deu ordem aos seus oficiais e tropas para que cessassem com as críticas às políticas racistas nazis, poisiriam ser necessárias medidas muito duras para a "vindoura batalha pelo destino do povo germânico". Quando a Alemanha se virou para o Leste e invadiu a União Soviética em Junho de 1941, Brauchitsch teve, de novo, um papel fulcral, fazendo alterações ao plano original. Tal como o seu amigo e colega Wilhelm Keitel, Brauchitsch não reclamou quando Hitler deu instruções ao exército alemão idênticas às dadas às SS - matar no território ocupado -, mas, mais tarde, emitiu uma série de decretos que ordenavam que os Comissários deviam ser executados apenas se os seus sentimentos anti-germânicos fossem "particularmente reconhecíveis".