לאחר ביקורו של אמילקר קברל במוסקבה בשנת 1961, הקימו הסובייטים רשמית קשרים עם הקבוצה המהפכנית מפלגת PAIGC. הסובייטים העניקו נשק לגרילה של ה-PAIGC, כולל בזוקות, רקטות נגד טנקים, רובי AK-47, ובסופו של דבר (זמן קצר לאחר רצח אמילקר קברל) טילי סטרלה-2. הסובייטים סיפקו גם הכשרת גרילה ללוחמי ה-PAIGC בפרבלנה, אוקראינה, וכן הכשרה לאחיות. ב-21 בפברואר 1975 חתמו הסובייטים וגינאה ביסאו על הסכם דו-צדדי המספק קשרים הדוקים; כחלק מההסכם, אירופלוט הטיסה סטודנטים מגינאה ביסאו לברית המועצות לצורך הכשרה והשכלה. בין השנים 1973–1992 למדו כ-3,000 צעירים מגינאה ביסאו על מלגות בברית המועצות; 3,000 מלגות נוספות הגיעו מקובה ו-61 מגרמניה המזרחית. חוזים תרבותיים, כלכליים וטכניים רבים אחרים נחתמו בין שתי המדינות. קשרי ברית המועצות–גינאה ביסאו נחלשו לאחר קריסת ברית המועצות בשנת 1991. המאגר הענק של הנשק והתחמושת מתוצרת ברית המועצות נפל לידי מורדים שהובלו על ידי אנסומנה מאנה במהלך מלחמת האזרחים של גינאה ביסאו (1998–1999).