27 Mayıs 2018 tarihinde, 27 Mayıs 1960 Askerî Darbesi'nin yıl dönümünde derneğin resmî Twitter adresinden paylaşılan mesajda, "Türk Silahlı Kuvvetleri, bundan yarım yüz yıl önce, anayasa ve hukuk dışına çıkmış bir siyasal iktidara karşı direnme hakkını kullanmış ve ülke yönetimine el koymuştu. Ordunun arkasında milletin desteği vardı" ifadelerine yer verildi. Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı, askerî darbeyi övücü nitelikteki paylaşımı nedeniyle dernek hakkında Türk Ceza Kanunu'nun 215. maddesini düzenleyen "suç ve suçluyu övme" suçundan resen soruşturma başlattı. Atatürkçü Düşünce Derneği bir gün sonra twitter hesabından paylaştığı basın açıklamasında, "paylaşımın ADD Genel Başkan, Genel Yönetim Kurulu üyelerinin bilgisi, onayı ve kararı olmaksızın paylaşıldığını, söz konusu tweet'in derneğin kurumsal kimliği ve görüşünü yansıtmadığını" belirtti.