Die Rasse existiert seit dem Jahr 1000 oder länger, in der Zeit der Belagerung Kretas durch die Osmanen wurden Araber-Hengste eingekreuzt. Seit 1994 gibt es ein Zuchtbuch. Auf Kreta leben um die 100 registrierten Exemplare der Rasse, aber auch im übrigen Griechenland sind die Messara-Pferde gefragt.