Fribourg est d'abord épargnée par la Guerre de Trente Ans commencée en 1618. Mais elle est prise par les Bavarois en juillet 1644. En août, la bataille de Fribourg, qui dure trois jours, oppose les Bavarois commandés par Franz von Mercy à l'armée française commandée par Louis II de Bourbon-Condé et Henri de La Tour d'Auvergne. Ces derniers remportent la bataille. Le conflit est catastrophique pour l'Allemagne entière et la population de Fribourg passe de habitants à seulement . Les traités de Westphalie, signés en 1648, mettent fin au conflit et les Habsbourg, vaincus, perdent leurs territoires alsaciens, qui rejoignent la France. Ils conservent néanmoins le Brisgau et la ville de Fribourg.