Brasilian maajoukkueessa Juninho pelasi ensimmäisen ottelunsa helmikuussa 1995 Slovakiaa vastaan. Yhteensä hän on pelannut 50 maaottelua ja tehnyt niissä viisi maalia. Hän oli mukana muun muassa Maanosaliittojen cupissa 1997 ja MM-kisoissa 2002. Molemmat turnaukset päättyivät Brasilian voittoon. MM-kisoissa Juninho pelasi viidessä ottelussa mutta pääsi loppuotteluun mukaan vaihtopelaajana vasta 85. minuutilla. Juninholla on myös olympiapronssi Atlantan olympialaisista 1996.