2002 endete der Bürgerkrieg in Angola, das sich nun stabilisierte, während Zaire, das seit dem Machtwechsel 1997 wieder Demokratische Republik Kongo heißt, nun immer weiter in die Krise geriet (Erster Kongokrieg 1996–1997, Zweiter Kongokrieg 1998–2003, Dritter Kongokrieg 2006–2008). Die kongolesisch-portugiesischen Beziehungen nahmen mit der zunehmenden Instabilität der DR Kongo ab, insbesondere seit 2006. Parallel waren nun Portugiesen mit internationalen Hilfsorganisationen in die DR Kongo gekommen, auch portugiesische Hilfsorganisationen wie die AMI wurden hier aktiv. Die AMI wurde 1984 von Fernando Nobre gegründet, einem portugiesischen Arzt, der ab 1964 in der DR Kongo aufgewachsen war und seit 1977 als Arzt für die Ärzte ohne Grenzen tätig wurde, bevor er 1984 die AMI ins Leben rief. Nobre beschreibt seine schrecklichen Erfahrungen einer neuen Dimension der Brutalität bei den damaligen AMI-Einsätzen in Ruanda und Ost-Kongo als tiefen Einschnitt.