Con la cada vez más creciente expansión militar japonesa por parte del Ejército Imperial, al igual que Yonai y el contraalmirante Shigeyoshi Inoue, director de la Oficina de Asuntos Militares del Ministerio de Marina —quien había leído el "Mein Kampf" en alemán y conocía los comentarios despectivos sobre Japón y los japoneses que aparecían, los cuales habían sido suprimidos en la traducción al japonés—, en el duro debate que mantuvieron los líderes militares sobre si Japón debía unirse a la Alemania nazi y a la Italia fascista, se opuso frontalmente a la alianza. Los tres marinos estaban convencidos de que conduciría a la guerra con Estados Unidos y con Gran Bretaña, una guerra que la Armada japonesa no estaba preparada para ganar. Temiendo que pudiera ser víctima de un atentado por parte de los ultranacionalistas —anteriormente ya se había opuesto a la invasión de Manchuria (1931) y a la actual guerra con China—, el ministro Yonai alejó a Yamamoto de Tokio nombrándolo el 30 de agosto de 1939 comandante en jefe de la Flota Combinada, a pesar de que este insistió en seguir en el Ministerio.