Odată cu ducerea la îndeplinire a tuturor reformelor mai-sus-amintite, au fost înființate mai multe tribunale militare-cel mai important fiind Tribunalul Militar Internațional pentru Orientul Îndepărtat- care au judecat diferite grupuri de criminali de război și au dat o serie de sentințe cu moartea și cu închisoarea. Mai multe persoane responsabile de crime de război, precum Tsuji Masanobu, Nobusuke Kishi, Yoshio Kodama sau Ryoichi Sasakawa, nu au fost niciodată judecați, de vreme ce însuși împăratul sau membrii familiei imperiale, sau membrii Unității 731 au fost exonerați de însuși MacArthur de acuzațiile de crime de război.