Макартур је био одговоран за потврђивање и извршавање казни за ратне злочине које је утврдио Међународни војни трибунал за Далеки исток. Крајем 1945. савезничке војне комисије у бројним источњачким градовима су судили 5.700 Јапанаца, Тајванаца и Корејаца за ратне злочине. Око 4.300 је било осуђено, од тога скоро 1.000 је осуђено на смрт, а стотине су осуђене на доживотне затворе. Оптужнице су засниване на догађајима као што су Силовање Нанкинга, Батански марш смрти и масакр у Манили. Суђење у Манили генералу Томојукију Јамашити, јапанском команданту Филипина од 1944. је било критиковано јер је Јамашита обешен због Ивабучијевог масакра у Манили, који он није наредио и за који вероватно није био ни обавештен. Ивабучи се убио при крају битке за Манилу.