Έτυχε να γνωριστεί με τον φυσικό Ζακ Σαρλ και στον απόηχο των εμπειριών των αδελφών Μονγκολφιέ, οι Κουτέλ και Σαρλ άρχισαν να δείχνουν ενδιαφέρον στα αερόστατα. Στις 2 Απριλίου 1794 η Συμβατική Εθνοσυνέλευση όρισε τον Κουτέλ διοικητή και πρώτο αξιωματικό του Λόχου Αεροναυτών και τον διέταξε να κατασκευάσει αερόστατα που θα χρησιμοποιούνταν από τον Γαλλικό Επαναστατικό στρατό. Με τον ρόλο αυτό ο Κουτέλ ενεπλάκη στην Εκστρατεία της Αιγύπτου το 1798 υπό τον Ναπολέων Α΄ Βοναπάρτη, αλλά δεν είχε την δυνατότητα να επιχειρήσει με τον ρόλο αυτό εκεί μιας και το πολεμικό πλοίο που μετέφερε τα υλικά του υπέστη σοβαρές καταστροφές κατά τη Ναυμαχία του Νείλου.