ב-12 ביולי 1941, זמן קצר לאחר המתקפה הגרמנית, מונה מסלניקוב למפקד הארמייה ה-29. הארמייה הייתה בהתחלה חלק מכוחות המילואים, ובאוקטובר נשלחה לחזית כחלק מחזית קלינין. בפועל, מרבית אנשי המטה של הארמייה היו חיילי נ.ק.ו.ד., וקונייב לא יכל לשלוט בהם. בזיכרונותיו, טוען קונייב שההתעלמות של מסלניקוב מהצווים שלו הביאה לנפילת טבר. ב-5 בדצמבר פתחה החזית במתקפת נגד לכיבוש מחדש של טבר. הארמייה ה-29 וה-31 סגרו את הכיס סביב העיר, אולם ב-11 בדצמבר נקרא מסלניקוב לפקד על הארמייה ה-39. בינואר 1942 פתחו הסובייטים במתקפת נגד גדולה באזור רז'ב. הארמייה ה-39 הייתה חוד החנית של המתקפה, והצליחה לפרוץ את קווי הארמייה התשיעית הגרמנית. עם זאת, הארמיות ה-29 וה-31 לא הצליחו להמשיך את התנופה ההתחלתית כדי לכתר את קבוצת ארמיות מרכז, והגנרל הגרמני ולטר מודל הצליח מהר מאוד לשחזר את קו החזית. בפברואר הצליחו הגרמנים להשמיד את הארמייה ה-29, ובסוף יוני השיקו את מבצע זיידליץ שבודד לחלוטין את הארמייה ה-39 אשר חייליה עברו לפעולות גרילה. ביולי כללה הארמייה המכותרת רק 8,000 איש. בהוראת הסטאבקה, ב-18 ביולי נמלטו מסלניקוב ואנשי מטהו דרך האוויר, מותירים את אנשיהם לגורלם. בשבוע שלאחר מכן הצליחו 3,500 מבין חיילי הארמייה לפרוץ את הכיתור ולהגיע אל הקווים הסובייטיים. השאר נהרגו או נלקחו בשבי.