Nascido na aldeia de Ibogun-Olaogun, em uma família de agricultores do ramo Owu dos iorubá, Obasanjo foi educado em grande parte em Abeocutá. Juntando-se ao Exército da Nigéria, onde sua especialidade era a engenharia, passou um tempo designado no Congo, Grã-Bretanha e Índia, alcançando a patente de major. Na última parte da década de 1960, ele desempenhou um papel importante no combate aos separatistas da Guerra Civil da Nigéria, aceitando sua rendição em 1970.