Negli anni successivi, le tensioni tra il Partito Comunista e la giunta militare culminano in un colpo di Stato militare (30 settembre 1965) fallito, con l'omicidio di sei generali indonesiani. Velocemente viene organizzato un contro-colpo di Stato guidato dal Generale Suharto che pretestuosamente porta all'uccisione di milioni di iscritti al partito comunista. Nel 1967 Suharto riesce a ottenere la presidenza. Da questo momento la storia dell'Indonesia si può dire che è entrata nella fase di storia contemporanea: iniziano gli investimenti stranieri, determinanti per la crescita economica che si realizza sull'arcipelago nei tre decenni successivi, che porteranno come conseguenza uno sviluppo del paese soprattutto a livello turistico.