Au déclenchement des hostilités en 1805, il est nommé "Feldzeugmeister" auprès du commandant en chef en titre en Allemagne, l'archiduc Ferdinand. Mack est le chef effectif d'une armée comptant au total mais il se montre : il se laisse abuser par les faux renseignements transmis par l'espion Schulmeister et par les mouvements de diversion du corps français de Joachim Murat. Il se place en position défensive devant Ulm, au débouché de la Forêt-Noire, pour attendre les renforts russes amenés par Mikhaïl Koutouzov, mais ses différents corps se font battre en détail par des Français beaucoup plus manœuvriers et déterminés. Après la défaite du corps d' à Wertingen, Mack envisage de se replier vers la Bohême mais il est devancé par l'attaque rapide du corps français de Ney. Au combat de Günzburg (), Mack perd dont prisonniers. Démoralisé par ses échecs et par des pluies persistantes, il se retire dans Ulm.