Dopo i due anni trascorsi con il Clermont, nel 2006 Stephen Jones fece ritorno agli Scarlets, squadra della quale diventerà il maggior realizzatore di punti (2791) e terzo giocatore per maggior numero di presenze (312). Venne convocato alla , dove il Galles non riuscì a superare la fase a gironi. L'anno dopo realizzò il suo secondo Grande Slam con la nazionale gallese vincendo il Sei Nazioni 2008. Partecipò al tour dei Lions in Sudafrica collezionando tre presenze nei "test match" contro i padroni di casa. Fece la sua quarta apparizione alla Coppa del Mondo disputando l'edizione 2011 della competizione mondiale, che vide arrivare il Galles al quarto posto. La finale per il terzo posto persa 21-18 contro l', giocata il 21 ottobre, rappresentò anche la sua ultima partita con la maglia del Galles.