Ещё в юном возрасте Керри проявил способности в спортивном плавании. Его заметил тренер Джон Ригби, который перевёз его в Квинсленд, где Марк продолжил тренироваться и уже в 16 лет дебютировал в чемпионате Австралии. Неожиданно для всех он выиграл сразу четыре золотые медали в заплывах вольным стилем и на спине на дистанции 200 метров, а также в эстафетах 4×200 метров вольным стилем и 4×100 комплексом. Его выступление на национальной арене не осталось незамеченными, и он получил приглашение в олимпийскую сборную страны. На Играх в Монреале Марк дошёл до финала в дисциплинах и метров на спине и занял седьмое и восьмое места соответственно. Своими результатами, которыми сам Керри был разочарован, он привлёк внимание американского тренера, который пригласил Марка учиться и выступать за университет Индианы. Керри принял приглашение, и за время учёбы в университете установил несколько национальных рекордов. Однако незадолго до Игр Содружества 1978 австралийца исключили из национальной и университетской сборных, поскольку он без разрешения покинул тренировочные сборы.