На фронте — с начала войны. В июле 1941 года 131-й истребительный авиационный полк был передан в 20-ю смешанную авиадивизию ВВС 9-й армии Южного фронта, участвовал в приграничных сражениях в Молдавии, в Тираспольско-Мелитопольской и Донбасской оборонительных операциях. В трудных боях 1941 года проявил личную отвагу, в боевом вылете на штурмовку наземных войск 18 августа 1941 года был ранен в руку попаданием зенитного снаряда, после госпиталя вернулся в полк. Вторично подбит истребителями осенью 1941 г, выполнил вынужденную посадку. За бои под Ростовом и Кировоградом награждён орденом Ленина. На момент награждения имел 61 боевой вылет и 1 сбитый самолёт противника, кроме того в наградном листе указывается, что старший политрук Исаев «"лётчик-истребитель, летающий на самолёте И-16 днем и ночью в любых метеоусловиях"».