Mestdagh is sinds 2011 ook actief als basketbalcoach bij de Koninklijke Belgische Basketbalbond, eerst twee jaar bij de junioren, vanaf 2013 en tot 2016 bij de U20 en eveneens vanaf 2013 als assistent-coach bij de Belgian Cats. Daar volgde hij in 2015 Daniel Goethals op. Met Mestdagh als coach plaatste het team zich voor het Europees kampioenschap basketbal vrouwen 2017 en haalde het met een bronzen medaille het beste resultaat ooit, en plaatste het team zich een jaar later voor de allereerste keer voor het Wereldkampioenschap basketbal vrouwen. 7 november 2017 bevestigde Koen Umans, general manager van de Koninklijke Belgische Basketbalbond dat Mestdagh aanblijft als trainer van de Belgian Cats minstens tot de Olympische Zomerspelen 2020 in Tokio. Op de FIBA Women's Basketball World Cup 2018 stootte het team door in de knock-outrondes tot de halve finales en eindigde op een vierde plaats.