A válogatottban 1994-ben mutatkozhatott be, és rögtön részt vett a világbajnokságon is, ahol a „Squadra Azzurra” ezüstérmesként zárt. A válogatottban legsikeresebb időszaka 2000-ben volt, amikor mindkét gólját megszerezte, előbb Dánia ellen egy Eb-selejtezőn, majd Törökország ellen az Európa-bajnokság csoportkörében. A tornán végig játszott, a középpálya közepét ő és Demetrio Albertini alkotta. Olaszország, csakúgy, mint Conte előző világversenyén, ismét döntőbe jutott, ám ismét kikapott, ezúttal hosszabbítás után. Conte a nemzeti csapatban 1994-től 2000-ig összesen hússzor lépett pályára.