Figlio di un ufficiale della cavalleria polacca, assassinato dai sovietici nel Massacro di Katyn', Wajda, ancora adolescente, combatté nell'Esercito Nazionale contro i tedeschi. Dopo la guerra studiò per diventare un pittore all'Accademia di Belle Arti di Cracovia prima di entrare alla Scuola Nazionale di Cinematografia di Łódź.