Sein vorletzter „Auftritt“ auf der politischen Bühne war als Assistent von Robert H. Jackson, dem amerikanischen Hauptankläger beim Nürnberger Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher. Doch zerstritt er sich mit diesem. Donovan sah das Risiko, dass ein „Schauprozess“ aufgrund von rückwirkend angewandtem neuen Recht gerade bei den Deutschen das Vertrauen in die Westalliierten nachhaltig erschüttern könnte. Zu seinen Beratern in Nürnberg gehörte der deutsche Widerstandskämpfer Fabian von Schlabrendorff. Dieser brachte Donovan dazu, sich dafür einzusetzen, dass das Massaker von Katyn, das die sowjetische Seite auf die Liste der deutschen Kriegsverbrechen gesetzt hatte, aus der Anklage gestrichen wird.