У тому ж році, скориставшись вторгненням на Апеннінський півострів армії Карла VIII, короля Франції, Бона Савойська бігла з Мілана в Амбуаз, де в той час знаходився королівський двір . Вона побоювалася помсти з боку дівер, який став новим герцогом Мілана. Її племінник Філіберт II, герцог Савойї дозволив їй повернутися на батьківщину. Він дарував тітці маєток в Фоссано, в якому вона прожила до самої смерті. Бона Савойська померла 17 листопада 1503 року і була похована в церкві святого Юліана в Фоссано .