Etter fotball-EM i 2008 tok landslagmanageren til Portugal, Carlos Queiroz med Eduardo i den nye landslagstroppen som han bygde opp til VM-kvalifiseringen til fotball-VM i 2010. Han fikk sin landslagsdebut 11. februar 2009 i 1-0 seieren over Finland i en privatlandskamp. Han spilte også resten av VM-kvalifiseringskampene i 2009.