JIはまずモルッカ諸島やスラウェシ島のポソでの紛争に介入し、9.11事件以降はインドネシア国内の西側の権益を攻撃対象としていった。9.11事件の数ヶ月後、シンガポール政府が、同国内で連続爆弾テロを企てた容疑でイスラム過激派十数人を逮捕し、彼らの所属組織をJIとして公表し、その存在が公にされた。JIはアル・カーイダやアブ・サヤフ、モロ・イスラム解放戦線、キリスト教徒からムスリムに改宗したフィリピン人たちの過激派である（RSM）などとの軍事面・資金面での共闘関係が指摘されている。