日本の降伏直前、ソ連対日参戦が発生。樋口は1945年8月18日以降、占守島、南樺太におけるソ連侵攻軍への抗戦を指揮した。そのため極東国際軍事裁判に際し、スターリンは当時軍人として札幌に在住していた樋口を「戦犯」に指名した。