После двух революций и начала Гражданской войны Гафнер оказался в белых войсках Восточного фронта. Затем, по данным на 30 января 1919 года, он являлся помощником начальника снабжения штаба русских войск Западного фронта. После этого он исполнял должность генерала для поручений при командующем Южной армией Восточного фронта. 11 июля Гафнер дослужился до генеральского чина: стал генерал-майором. В начале 1920 года он стал участником Великого Сибирского Ледяного похода.