В апреле 1943 года назначен на должность командира 385-й стрелковой дивизии (10-я армия), в августе на этой должности его заменил начальник штаба дивизии полковник Митрофан Фёдорович Супрунов, а сам он назначен на должность командира 62-го стрелкового корпуса, который принимал участие в ходе Смоленской и Белорусской наступательных операций, а также в освобождении городов Могилёв и Вилкавишкис. В ноябре 1944 года генерал-майор А. Ф. Наумов назначен на должность командира 118-го стрелкового корпуса, который по декабрь того же года находился в составе Архангельского военного округа в резерве Ставки Верховного Главнокомандования. В январе 1945 года корпус был включён в состав 21-й армии, после чего принимал участие в ходе Висло-Одерской, Сандомирско-Силезской, Нижнесилезской, Верхнесилезской и Пражской наступательных операций, а также в освобождении городов Глейвиц, Гинденбург, Бейтен и Бриг. За образцовое выполнение заданий командования, а также проявленные при этом мужество и героизм был награждён орденом Суворова 2 степени.