In april 1974 wordt middels de Anjerrevolutie een einde gemaakt aan het bewind van de Portugese minister-president Marcello Caetano, hierdoor werd ook Mozambique onafhankelijk. Ngwenya werd weer lid van FRELIMO dat nu als enige partij het land leidde. Door de harde koers van president Samora Machel brak er echter een burgeroorlog uit in 1975 tussen aanhangers van FRELIMO en het anti-communistische RENAMO. Pas in 1990 werd het eenpartijstelsel afgeschaft door de gematigde president Joaquim Chissano. Ngwenya werd daarop gemeenteraadslid van de hoofdstad Maputo, een betrekking die hij zou vervullen tot in 1994.