1204年十字军于第四次东征中占据了君士坦丁堡，使得所有对高等教育的支持都被终结，尽管尼西亚的流亡政府向独立的私人教师提供了一些支持。尽管1261年君士坦丁堡收复之后恢复了一些原有的体系，但是从未能完全回复，大部分的教育都落在了私人教师和专家身上。这之中包括外交官与修道士、历史学家，以及文人曼努埃尔·赫里索洛拉斯（他于佛罗伦萨教学，影响了早期意大利人文主义者对希腊的研究）。在15世纪君士坦丁堡陷落后，该城许多教师都追随了赫里索洛拉斯的脚步。