Милтиад произхожда от стар аристократичен род. През 524 г. пр.н.е. е избран за архонт-епоним в Атина, а по-късно (от 520 г. пр.н.е.) управлява в качеството на тиран на тракийския Херсонес като наследник на Милтиад Старши. През 513 г. пр.н.е. е принуден да стане васал на персийския цар Дарий Хистасп и да го съпровожда в похода му срещу скитите, и е оставен с другите гърци да охранява построения от персите мост над река Дунав. По време на Йонийското въстание, Милтиад е принуден да напусне Херсонес и да се укрие в Атина. Там той е обвинен в това, че е бил тиранин в Тракия, но е оправдан.