Twee jaar later mocht hij van bondscoach Artur Jorge wel deelnemen aan Euro '96. Met zijn 35 jaar was hij een van de oudste spelers op het EK. Zwitserland werd in de groepsfase uitgeschakeld. Koller mocht in het gelijkspel tegen Engeland (1-1) na 71 minuten invallen voor aanvoerder Alain Geiger. In de nederlaag tegen Schotland (1-0) startte hij in de basis, maar werd hij tijdens de rust vervangen door Raphael Wicky. Het was Kollers laatste interland voor Zwitserland.