1961年の選挙では20議席を確保した。1962年、ホムスで第5回党大会が開催されたが、4年ぶりにアフラクが主催した。ホーラーニーは招待されず、アフラクに反抗的な活動を行う者、アラブ連合共和国時代にナセル主義者に転じた者なども招かれなかった。アフラクは民族指導部事務総長に再選され、シリア地域のバアス組織の再建を命じた。党大会中に、アフラクと軍事委員会は、ムハンマド･ウムランを通じて、初めてコンタクトを取った。軍事委員会はクーデターの許可を求め、アフラクはそれを支援した。バアス党イラク地域指導部が1963年2月にラマダーン革命を成功させたことを受け、軍事委員会はナーズィム・アル＝クドゥシー大統領に対するクーデターを急いで準備した。1963年に軍事クーデターである3月8日革命を成功させ、シリアにおいてバアス党政権が打ち立てられた。クーデター指導者達の最初の命令は、革命指導国民評議会(NCRC)の設置であり、バアス党員とナセル主義者によって構成されたが、初めから市民ではなく、軍人主導であった。