16 января 1918 года назначен особым комендантом Киева, участвовал в подавлении восстания на заводе «Арсенал». В январе 1918 года провёл аресты левых украинских эсеров, которые сотрудничали с большевистским правительством. Под руководством М. Ковенко «вольные казаки» 20 января 1918 г. разгромили штаб-квартиру Всероссийского союза евреев-воинов в Киеве, а главу союза евреев-воинов — И. Гоголя и его заместителя Боярского убили.