בשנת 2000 חזר ספורצה לקדנציה נוספת בבאיירן מינכן. ספורצה הרבה לשבת על הספסל, ובמהלך שתי עונות צבר רק 35 הופעות והבקיע שער אחד. עם זאת, בעונתו הראשונה זכה ספורצה עם הקבוצה הן באליפות הבונדסליגה והן בליגת האלופות, לאחר ניצחון במשחק הגמר על ולנסיה, אולם הוא לא שותף באותו המשחק. בהמשך אותה שנה, זכה ספורצה עם באיירן מינכן בטורניר הגביע הביניבשתי, לאחר ניצחון 1-0 לאחר הארכה בגמר על בוקה ג'וניורס, בו נכנס כמחליף בדקה ה-76.