Nach der Befreiung von Paris wurde Jacquinot als Marineminister auch Mitglied der Provisorischen Regierung der Französischen Republik und übernahm das Amt des Marineministers "(Ministre de la marine)" schließlich am 10. September 1944 in der ersten Regierung von Charles de Gaulle und übte dieses Ministeramt bis zum 21. November 1945 aus. Während dieser Zeit befasste er sich nicht nur mit der Reorganisation der Kriegsmarine, sondern leitete auch eine Säuberung des Offizierskorps ein. Die von ihm eingeleitete Modernisierung der Marine bezog sich auch auf die Strategie, Technik und Bewaffnung. Bereits zu dieser Zeit wies er General de Gaulle auf die Notwendigkeit der Erforschung und Bearbeitung der Kernenergie zugunsten der Marine hin.