Ensimmäisen miesten maaottelunsa Messi pelasi elokuussa 2005 Unkaria vastaan. Vaihtopelaajana kentälle päässyt Messi sai vain 47 sekuntia myöhemmin suoran punaisen kortin iskettyään vastustajan pelaajaa kyynärpäällä kasvoihin. Hän oli mukana Argentiinan joukkueessa vuoden 2006 MM-kisoissa, jossa joukkue jäi puolivälieriin Saksaa vastaan ja oli loppusijoitukseltaan kuudes. Messi teki yhden maalin. Seuraavana vuonna Copa América 2007 päättyi Argentiinan hopeaan. Messi teki turnauksessa kaksi maalia ja valittiin turnauksen parhaaksi nuoreksi pelaajaksi.