Johannes IV var bare syv år gammel da han arvet keisertronen etter sin fars død. Den unge monarken var den siste representant for det laskariske dynasti som hadde bidratt sterkt for å gjenopprette det bysantinske riket etter at latinerne i Det fjerde korstog hadde okkupert Konstantinopel. Hans regent i begynnelsen var George Mouzalon, militær øverstkommanderende og en nær venn av Johannes’ far, Teodoros II. Mouzalon ble imidlertid myrdet av adelen, som nå var kommet i opposisjon til keiserfamilien. En av lederne for aristokratiet, Mikael Palaiologos (senere keiser Mikael VIII Palaiologos), ble utnevnt til regent for barnekeiseren. Mikael klarte også, den 1. januar 1259, å bli utropt til medkeiser. Han var for øvrig tremenning til Johannes IV, siden de begge var etterkommere av Euphrosyne Dukaina Kamatera.