À la suite de l'invasion de l'Iran en Irak en 1980, le Parti républicain islamique (dont les forces étaient dirigées par le CGRI) et les organisations de gauche se sont durement affrontés, faisant des milliers de victimes; la destitution du président Abolhassan Bani Sadr a permis au Parti républicain islamique de prendre le contrôle de la stratégie de défense et d'y impliquer profondément le CGRI.