По време на Арменския геноцид, наред със стотици други арменски интелектуалци, Комитас е арестуван от османското правителство и изпратен в затворнически лагер през април 1915 година. Скоро е освободен под натиска на много европейски посланици и интелектуалци, но изживява психически срив и развива много тежък посттравматичен стрес. Враждебната среда в Константипол и съобщенията за масовите кланета над арменци и „маршовете на смъртта“ само още повече влошават крехкото му душевно състояние.