Después del ascenso de Prusia al poder, Baviera mantuvo su independencia jugando con las rivalidades de Prusia y Austria. Se opuso a todo intento de centralización de Alemania. En 1849-1850, Baviera rechazó el plan prusiano de una Alemania unificada de la que se excluiría a Austria. Baviera, como estado católico, no se fiaba de la Prusia protestante y de las tentativas hegemónicas del canciller prusiano Bismarck. Participó en la guerra contra Prusia del lado austriaco. Pero después de Sadowa (1866), donde fue derrotada, quien empezó a tener influencia en Baviera fue Prusia. No perteneció a la Confederación Alemana del Norte de 1867, pero la cuestión de la unidad alemana estaba aún viva. De la mano de esta potencia intervino en la guerra franco-prusiana de 1870 contra Francia: los estados alemanes meridionales de Baden, Württemberg, Hessen-Darmstadt y Baviera se unieron a las fuerzas prusianas y al final se unieron a la Federación. Después de la guerra, Luis II se sometió a la supremacía de Prusia.