L'IHH è entrata nell'attenzione internazionale in seguito all'Incidente della Freedom Flotilla di Gaza, il 31 maggio 2010. L'IHH era proprietario e gestore di tre delle sei navi della flottiglia coinvolti nell'incidente, tra cui la MV Mavi Marmara, che era la nave principale del convoglio. Nove attivisti a bordo del Mavi Marmara, appartenenti ad un gruppo di circa 40 attivisti sospettati di vicinanze con movimenti radicali, sono stati uccisi in un violento scontro dopo l'abbordaggio della nave da parte delle forze armate israeliane.