Mit der Mazedonischen Nationalmannschaft nahm Dejan Manaskov an der Europameisterschaft 2012 (5. Platz; 4 Tore), der Weltmeisterschaft 2013 (14. Platz, 26 Tore), der Europameisterschaft 2014 (10. Platz; 19 Tore) und der Weltmeisterschaft 2015 teil. Bisher bestritt er 69 Länderspiele, in denen er 268 Tore erzielte. (Stand: 20. Dezember 2019)