Il a à peine quand il prend la tête de l'aile politique de l'Armée de libération du Kosovo (UCK), pendant l'été de 1998, qui lutte contre les forces du régime de Slobodan Milošević pendant la guerre du Kosovo (1998-1999). Il s'auto-proclame alors Premier ministre officieux du gouvernement provisoire du Kosovo, que Belgrade refuse de reconnaître. Soutenu par Washington et l'OTAN, l'UCK se renforce en 1997 pour contrôler en un quart du territoire du Kosovo. Thaçi écarte, lors du conflit, les islamistes étrangers (Saoudiens, Iraniens) qui tentaient de s'imposer au Kosovo comme ils l'avaient fait en Bosnie au début des années 1990.