Chóra Sfakíon a connu son apogée durant les occupations vénitienne et ottomane de la Crète. Jusqu'au , elle possédait sa propre petite flotte et on raconte qu'une centaine d'églises parsemaient son territoire. Cependant, la commune a beaucoup souffert de la guerre d'indépendance grecque et, plus tard, des bombardements liés à la Seconde Guerre mondiale (voir Bataille de Crète).