Durch die Berufung des ersten evangelischen Superintendenten Caspar Aquila 1527 wurde die Reformation öffentlich eingeführt. Als 1525 die Benediktiner und 1533 die Franziskaner aus Saalfeld flüchteten, fanden ihre Klöster andere Verwendung. In den kriegerischen Wirren von Bauernkrieg 1525 und Schmalkaldischem Krieg verlieren sich die Hinweise auf die Altar-Werkstätten.