Tradičným rivalom Slovenska je Česko, s ktorým hrali dvakrát v kvalifikácii na Majstrovstvá sveta vo futbale 1998 v rokoch 1996 a 1997. Slovenské národné futbalové mužstvo najprv vyhralo domáci zápas 2 : 1 v Bratislave ale druhý v Prahe prehralo 3 : 0. Ďalší zápas sa konal až v roku 2002, kedy Slovensko podľahlo Česku 1 : 4. Nasledujúce dva vzájomné zápasy patrili do kvalifikácie na Majstrovstvá Európy vo futbale 2008, ktoré reprezentácia Slovenska prehrala 0 : 3 a 1 : 3. Ďalšie vzájomné zápasy patrili do kvalifikácie na Majstrovstvá sveta vo futbale 2010, a skončili výhrou 2 : 1 a remízou 2 : 2. Zatiaľ posledné 2 vzájomné zápasy patrili medzi prípravné. Slovensko najskôr Česku podľahlo na jeho pôde v novembri 2012 0:3, ale doma ho v marci 2015 zdolalo 1 : 0. Slovensko sa s Českom najbližšie stretlo 2x na jeseň 2018 v rámci premiérového ročníka Ligy národov v ktorom prehralo oba zápasy doma 1 : 2 a vonku 1 : 0.