W czerwcu 1940 roku okręt znajdował się w Bizercie w składzie 1. dywizjonu okrętów podwodnych, a jego dowódcą był nadal kpt. mar. A.A.C.H.P. Secondant de Montesquie. 10 czerwca, po wypowiedzeniu wojny przez Włochy jednostka opuściła bazę, udając się na patrol. 22 czerwca, w dniu zawarcia zawieszenia broni między Francją a Niemcami, okręt przebywał w Bizercie. W wyniku jego postanowień „Le Tonnant” znalazł się pod kontrolą rządu Vichy w składzie 1. grupy okrętów podwodnych w Tulonie (wraz z „Le Conquérant”, „Le Glorieux” i „Le Héros”), gdzie został rozbrojony.