Ким Дон Джина стали вызывать в сборную с 2003 года, когда национальную команду возглавил португалец Умберту Коэлью. Он дебютировал за сборную в матче против Гонконга в Кубке Восточной Азии (3:1, 90 минут), 4 декабря 2003. С тех пор за 4 года в сборной Кореи сменилось три главных тренера, но Ким Дон Джин постоянно вызывался в команду. Он участвовал в Олимпийских играх 2004, чемпионате мира 2006, Азиатских играх 2006 и Кубке Азии 2007. На Кубке Азии-2007 он потерял место в основном составе, сборную тогда тренировал Пим Вербек. После того, как Вербек ушёл в отставку и пришёл новый главный тренер Хо Джон Му в конце 2007 года, Ким Дон Джина снова стали приглашать в национальную команду, и в 2008 году он принял участие в Олимпийских играх в Пекине.