ב-1787, שימש כנציג מחוז ניו יורק במועצה המחוקקת של ניו יורק ונבחר כנציג לועידת החוקה. אף על פי שהמילטון הוביל את המאמצים לכינוס הוועידה, השפעתו הייתה די מוגבלת. המושל ג'ורג' קלינטון בחר נציגים ניו יורקרים אחרים שהתנגדו לממשל המרכזי החזק של המילטון. שניהם קבעו את הקולות של ניו יורק ומנעו שינויים לתקנון הקונפדרציה.