Nach der Eroberung des Aargaus durch die Eidgenossen im Jahr 1415 kam Eggenwil zum Amt Hermetschwil (auch Krummamt genannt) in den Freien Ämtern. Der Dorfteil oberhalb der Landstrasse wurde jedoch dem Amt Rohrdorf in der Grafschaft Baden zugeteilt. 1529 traten die Einwohner zur Reformation über, mussten aber 1531 nach der Niederlage der reformierten Orte im Zweiten Kappelerkrieg wieder zur alten Konfession zurückkehren. Im März 1798 marschierten die Franzosen in die Schweiz ein und riefen die Helvetische Republik aus. Das wiedervereinigte Dorf bildete zusammen mit Widen eine Gemeinde im kurzlebigen Kanton Baden. Nach der Gründung des Kantons Aargau im Jahr 1803 erfolgte die Trennung von Widen, bei der Grenzbereinigung gelangten einige Höfe zu Eggenwil.