Tuy nhiên, người Tây Ban Nha với những ước vọng chinh phục đã xây dựng một pháo đài của họ tại Cajamarca, bắt Atahualpa trong Trận Cajamarca và giữ ông để đòi tiền chuộc. Một căn phòng đầy vàng và hai căn phòng đầy bạc là cái giá của ông. Trong khi bị bắt, Atahualpa đã dàn xếp vụ ám hại người anh/em cùng cha khác mẹ là Huascar tại Cusco. Việc này càng tạo điều kiện để những kẻ chinh phục Tây Ban Nha chiếm cả đế chế Inca. Dù bị bao vây bởi số lượng quân đông đảo hơn nhiều, người Tây Ban Nha đã hành quyết Atahualpa. Để phá vây ra khỏi pháo đài, người Tây Ban Nha đã sử dụng tất cả các loại súng họ có và mở cửa qua nhiều tầng người Inca đang hoang mang. Những năm sau đó những kẻ thực dân Tây Ban Nha trở thành tầng lớp cao cấp mới tập trung quyền lực trong tay vị Phó vương Peru và Nueva Granada.