Po zdobyciu olimpijskiego złota w Atenach rozpoczął kolejny sezon od wygrania halowego czempionatu Europy. Kilka miesięcy później w Helsinkach zdobył drugi srebrny medal mistrzostw świata przegrywając tylko z reprezentantem USA Bryanem Clayem. W sezonie 2006 zdobył trzeci brąz halowych mistrzostw świata, a latem w Szwecji obronił tytuł mistrza Europy. 22 stycznia 2007 podczas obozu w Południowej Afryce został ranny gdy miejscowa oszczepniczka Sunette Viljoen trafiła oszczepem w jego prawe ramię, Czechowi założono jedenaście szwów. Šebrle po tym wypadku, już 4 marca, wygrał halowe mistrzostwa Europy, a latem w Osace pierwszy raz w karierze został mistrzem świata w dziesięcioboju. W sezonie 2008 nie ukończył rywalizacji na halowych mistrzostwach globu, a w sierpniu nie udało mu się obronić tytułu mistrza olimpijskiego zajmując w Pekinie szóstą lokatę z wynikiem 8241 punktów.