光緒20年（1894年）、旗後砲台はイギリス製の8インチアームストロング砲4台を設置した。翌1895年の乙未戦争で防衛隊劉永福とその子劉成良が所轄する黒旗軍が日本海軍の艦隊との間で激しい砲撃戦を繰り広げた。10月15日早朝6時55分、日本海軍の巡洋艦「吉野」が率いる秋津洲などの艦隊は上陸前に砲撃を開始、砲台門の揮毫「威震天南」の前2文字（天南）が損傷した。双方の交戦は夕刻まで続いたが、日本軍が防衛線を突破し上陸に成功すると、旗後砲台は放棄された。劉成良の一隊は台南方面まで退却、日本軍が打狗を占拠した。日本統治時代に砲台の大砲は撤去され金属資源として回収された。第二次世界大戦後、中華民国国軍は旗後灯台との間に堡塁（トーチカ）を築いている。