במהלך מלחמת האזרחים האמריקנית במייקון היה מחסן נשק של צבא הקונפדרציה. בשלבים המאוחרים יותר של המלחמה, כשחלקים מג'ורג'יה נכבשו על ידי צבא האיחוד, מייקון שימשה לזמן קצר כבירה של ג'ורג'יה. במהלך הצעדה אל הים, מסע כיבוש של צבא האיחוד בג'ורג'יה בפיקוד ויליאם שרמן, כוחות הצפון חסו על מייקון והיא לא נפגעה במהלכו. העיר נכבשה בסופו של דבר ב-20 באפריל 1865.