W 1799 eparchia liczyła 673 czynne cerkwie. Do rewolucji październikowej liczba ta wzrosła do 1063. W ramach antykościelnej polityki władze radzieckie do 1941 zamknęły niemal wszystkie z nich – w momencie ataku III Rzeszy na ZSRR jedyną czynną świątynią na terytorium eparchii była cerkiew Kazańskiej Ikony Matki Bożej w Charkowie. W 1946 status soboru katedralnego uzyskał zwrócony wiernym sobór Zwiastowania w Charkowie.