Głośny stał się jego sprzeciw wobec traktatu lizbońskiego. Zorganizował i wsparł finansowo irlandzką kampanię sprzeciwu wobec traktatu. Według irlandzkiej Komisji Referendalnej grupa Ganleya wydała na kampanię najwięcej ze wszystkich irlandzkich organizacji – około 1,3 miliona euro. Członkowie Libertas rozdali 2 miliony broszur, w tym książeczki z traktatem lizbońskim. W referendum w 2008 Irlandczycy odrzucili traktat. 14 marca 2009 Ganley ogłosił, że będzie kandydował do Parlamentu Europejskiego z list Libertas w północno-zachodniej Irlandii.