En vue de « sa » Coupe du monde, coorganisée avec la Corée du Sud, la fédération japonaise décide de recruter un entraîneur étranger dont l'objectif assigné est de passer le premier tour. Le choix se porte sur le Français Philippe Troussier. Le Japon est invité par la CONMEBOL à participer à la Copa América 1999 au Paraguay, où il est éliminé dès le premier tour après deux défaites et un match nul. Un an plus tard, la formation de Troussier remporte la Coupe d’Asie au Liban, pour la deuxième fois de son histoire, en écartant tour à tour l'Irak, la Chine et l'Arabie saoudite. Hiroshi Nanami est élu meilleur joueur du tournoi, Akinori Nishizawa est co-meilleur buteur. Un an avant le grand rendez-vous, le Japon atteint la finale de la Coupe des confédérations, en battant notamment le Cameroun et l'Australie et en accrochant le Brésil. Elle s'y incline de justesse face à la France (0-1). Malgré ces bons résultats, Troussier nourrit des rapports tumultueux avec une presse locale très exigeante, qui le jugent arrogant.