Più difficile si rivela la stagione 2017-2018, iniziata con la sconfitta ai tiri di rigore nella partita di agosto valevole per la Supercoppa di Germania. L'annata è segnata da un cambio in panchina: il tecnico Peter Bosz è sostituito il 10 dicembre da Peter Stöger. La squadra delude in Champions League, dove totalizza due pari e quattro sconfitte in sei partite, uscendo dopo la fase a gironi. Retrocessa in Europa League, elimina a fatica l' ai sedicesimi di finale, per poi essere estromessa dal torneo dal . In campionato si piazza a molti punti di distanza dalla vetta, ma riesce a ottenere il quarto posto, valevole per la qualificazione alla Champions League. Qui il club tedesco viene inserito nel girone A assieme ad Atletico Madrid, Club Brugge e Monaco, gruppo che viene concluso al primo posto con 13 punti (alla pari con gli spagnoli).