Ebermayer trat 1883 in den bayerischen Justizdienst ein. Dort hatte er 1883 die Stellung eines III. Staatsanwalts in Straubing, 1884 die eines Amtsrichters in Neuburg an der Donau, 1890 eines II. Staatsanwalts in Bayreuth und 1894 war er Landgerichtsrat in Bamberg, 1899 wurde er Staatsanwalt am Oberlandesgericht Bamberg. 1902 wurde er zum Richter am Reichsgericht ernannt. Eine Dekade gehörte er dem III. Strafsenat des Reichsgerichts an. 1911 war er Mitglied der Kommission zur Strafrechtsreform und war beteiligt am Entwurf 1914. 1914 kehrte er in den Strafsenat zurück. Ab dem Frühjahr 1918 war er wieder für 1½ Jahre mit den wiederaufgenommenen Reformarbeiten beschäftigt. Im September 1918 wurde er in Abwesenheit zum Senatspräsidenten des II. Strafsenats des Reichsgerichts ernannt. Eine Berufung auf den Lehrstuhl Wachs lehnte er 1920 ab. Ab 1921 war er fünf Jahre lang Oberreichsanwalt. Beteiligt war er bei zahlreichen spektakulären Prozessen, beispielsweise den Leipziger Prozessen. Die Leipziger Prozesse stellten den ersten Versuch dar, Kriegsverbrechen zu ahnden, die während des Ersten Weltkrieges begangen worden waren. Seine öffentlicher Bekanntheitsgrad war geprägt durch seine Rolle als Ankläger im Hochverratsverfahren gegen die Kapp-Putschisten oder Mordes an Walther Rathenau. Auch hat er den Hamburger Aufstand von 1923 untersucht.