מערכת הכיבוש, שנודעה בכינוי "כיבוש המדבר", הייתה לרצח עם בגורמים אינדיאנים מקומיים אשר גרמה למותם של אלפים כמו גם ללקיחת 14,000 אסירים בידי הצבא הארגנטינאי. רוקה ראה חשיבות פוליטית מרכזית עבורו מן העובדה שהוביל לסיפוח שטח כפול משטחה המקורי של ארגנטינה. הכיבוש נמשך עד לארץ האש מצפון לאנטארקטיקה אשר חולקה בין ארגנטינה וצ'ילה (באותה העת הצבא הצ'ילאני קידם גם כן מערכת כיבוש לדרום שנודעה בכינוי כיבוש אראוקניה).