Ђукановић је био репрезентативац СРЈ и СЦГ. На великим такмичењима је дебитовао код селектора Вујовића који га је позвао да игра на Олимпијским играма 2000. у Сиднеју где је освојено 4. место. Играо је и наредне године код селектора Покрајца на Светском првенству 2001. у Француској где је освојио бронзану медаљу. Није играо за национални тим 2002. и 2003. године али је повратком Вујовића на место селектора поново заиграо за репрезентацију. Играо је на Европском првенству 2004. у Словенији (8. место), Светском првенству 2005. у Тунису (5. место) и Европском првенству 2006. у Швајцарској (9. место). Након осамостаљења Црне Горе заиграо је за репрезентацију Црне Горе. Као капитен је предводио селекцију Црне Горе на Европском првенству 2008. у Норвешкој где је освојено 12. место.