Efter angrebet på Fort Sumter trådte Virginia ud af Unionen, og Pickett begyndte sin hjemrejse fra Oregon for at tjene sin stat, selv om han personligt afskyede slaveri. Han nåede tilbage efter det Første slag ved Bull Run og trådte ud af De Forenede Staters hær den 25. juni 1861. Han havde haft en post som major i Sydstatshærens artilleri siden den 16. marts. Indenfor en måned blev han udnævnt til oberst med kommando over tropperne langs Rappahannock floden i Fredericksburg området under generalmajor Theophilus H. Holmes. Holmes' indflydelse skaffede Pickett en stilling som brigadegeneral den 14. januar 1862.