С воцарением Петра I роль и значение Черкасского возрастает, как видного и деятельного члена партии царицы Наталии Кирилловны. Во время поездки Государя в Воронеж, Черкасский оставлен был первым в Москве и ему поручено «ведать все государевы дела»; он принимал деятельное участие в следственной комиссии о Стрелецком бунте. Для Азовского похода Черкасский на собственные средства построил корабль и Пётр, в одном из писем, даёт об этом корабле отзыв как об одном из самых лучших.