宋元战争中蒙古军两次攻破成都，大肆烧杀后，确立对成都的统治。元朝政府在成都设置四川等处行中书省，民间俗称“四川省”。1363年，明玉珍率军攻占了全部的四川省诸路，成立明夏，都重庆路。明洪武四年（1371年），明军攻灭明玉珍所建大夏政权于重庆，后在成都设四川承宣布政使司。明太祖封第十一子朱椿为蜀王，成都城市中心的子城被拆毁，新建蜀王府城，今人称其为“皇城”。天启元年（1621年），奢崇明趁明朝与后金作战之机反明，杀巡抚徐可求，史稱奢安之亂。十月进围成都，达102天。崇祯十七年（1644年），张献忠率军攻入成都，自立为帝，国号大西，称成都为西京，随后张献忠在蜀地屠蜀，而成都也被屠城并遭到较大破坏，直到满洲八旗攻入四川。