Después, la colección se dispersó entre varias bibliotecas rusas. Algunos fragmentos de la colección de los Zaluski volvieron a Polonia en dos momentos del siglo XIX: en 1842 y 1863. En la década de 1920, a consecuencia de la Guerra polaco-soviética y el Tratado de Riga, el gobierno de la República Socialista Federativa Soviética de Rusia devolvió a Polonia aproximadamente 50 000 unidades de la colección, sin embargo los soldados alemanes deliberadamente destruyeron esa colección durante la planificada destrucción de Varsovia en octubre de 1944, después del fracaso del Alzamiento de Varsovia. Tan sólo 1800 manuscritos y 30 000 materiales impresos de la biblioteca original se salvaron de la guerra.