Va ser el president de la Comissió de Control de la consulta sobre el futur polític de Catalunya del 9 de novembre del 2014 i també va presidir la Sindicatura Electoral del referèndum d’autodeterminació de Catalunya de l’1 d’octubre del 2017, l’òrgan que havia de vetllar per la transparència, l’objectivitat i l’exercici dels drets electorals. Igual que els altres membres de la Sindicatura, va ser processat per haver acceptat aquest encàrrec del Parlament de Catalunya. La Fiscalia li va demanar una pena de dos anys i nou mesos de presó, multa i inhabilitació pels delictes de desobediència i d’usurpació de funcions. El judici, que es va ajornar dues vegades, es va celebrar finalment els dies 3 i 4 de març del 2021. Les cinc persones processades van ser absoltes.