1976 wurde Vicente Berenguer zum Direktor der Schule für Industrie und Handel ernannt und lehrte hier in den Bereichen Geographie, Geschichte und Wirtschaftspolitik. Er arbeitete eng mit der damaligen Erziehungsministerin Graça Machel (Ehefrau von Samora Machel bis zu dessen Ermordung, später Ehefrau von Nelson Mandela) auf dem Gebiet der Schulentwicklung zusammen. Bei aller Nähe zur FRELIMO bewahrte er sich eine kritische Distanz gegenüber einer zunehmenden Fanatisierung, was ihm als Folge einer Denunziation eine dreitägige Inhaftierung in Tete und Maputo einbrachte. Inzwischen hatte sich mit rhodesischer und südafrikanischer Unterstützung die Guerillagruppe RENAMO (Resistencia Nacional Moҫambicana) gebildet, deren Aktivitäten gegen die FRELIMO 1977 zu einem 15 Jahre währenden, äußerst grausamen Bürgerkrieg führten. Graҫa Machel bot Berenguer 1979 die Mitarbeit im Erziehungsministerium an, wo er 10 Jahre lang die Abteilung für Schulentwicklung leitete. Insbesondere die Entwicklung von Modellen für das ländliche Schulwesen bildete seinen Schwerpunkt, hierzu reiste er auch nach Kuba, Sambia und Portugal. Auch in dieser Zeit beließ er es nicht bei Verwaltungs- und Leitungsaufgaben. Er initiierte den Bau einer Internatsschule in N’Kondezi/Provinz Tete, die mit Hilfe deutscher Unterstützergruppen (Lennestadt, Hungen) 1982 eröffnet werden konnte. Die Gebäude dieser Einrichtung wurden im Laufe des Bürgerkriegs weitgehend zerstört.