I det 17. århundrede var der mange folkeopstande som Befrielsen af Moskva fra polsk invasion (1612), Saltopstanden (1648), Kobberopstanden (1662) og Moskvaopstanden i 1682. Byen ophørte med at være Ruslands hovedstad i 1712 efter grundlæggelsen af Skt. Petersborg ved Østersøen af Peter den Store i 1703. Da Napoleon invaderede Rusland i 1812, evakuerede moskovitterne byen og brændte den af, da Napoleons tropper nærmede sig d. 14. september. Napoleons hær, der var plaget af sult, kulde og dårlige forsyningslinjer, blev dog tvunget til hurtigt at trække sig tilbage igen.