1999 folgte der Somali Ismail Omar Guelleh Hassan Gouled Aptidon als Präsident nach, 2005 wurde er ohne Gegenkandidat wiedergewählt. Das Land ist seit 1986 Sitz der regionalen Organisation IGAD, die auf Initiative Aptidons gegründet worden war. Seit 2001 operiert die Operation Enduring Freedom von hier aus. Inmitten einer unruhigen Region (vgl. Eritrea-Äthiopien-Krieg, somalischer Bürgerkrieg) ist Dschibuti politisch relativ stabil.