Ketegangan-ketegangan antaragama masih tetap tinggi sepanjang paruh kedua abad ke-16. Perjanjian Damai Augsburg mulai dilanggar ketika beberapa uskup yang sudah beralih ke mazhab Protestan menolak untuk melepas wilayah keuskupannya. Perang Köln yang berlangsung sejak 1582 sampai 1583 terjadi karena uskup agung pangeran kota itu tidak bersedia turun takhta sekalipun telah menjadi pengikut mazhab Kalvinis. Ketegangan-ketegangan antaragama juga meletus menjadi tindak kekerasan di kota swapraja Donauwörth di Jerman pada 1606, tatkala warga mayoritas Lutheran menghalang-halangi arak-arakan keagamaan yang diselenggarakan oleh warga Katolik sehingga menyulut kerusuhan. Peristiwa ini memaksa Adipati Maximilian dari Bayern untuk turun tangan membela umat Katolik.