Questa situazione segnò l'inizio dell'emarginazione commerciale di Venezia, aggravata pure dal continuo avanzare dei turchi. Nel 1571, dopo il lungo assedio di Famagosta, venne perduta Cipro. In quello stesso anno, a Lepanto, una flotta cristiana, comandata da Don Giovanni d'Austria e composta da navi veneziane, spagnole, genovesi, sabaude, della Chiesa, dei Cavalieri di Malta sconfisse la flotta turca. Nella battaglia l'apporto di Venezia fu decisivo, ma si trattò di un successo momentaneo ed importante soprattutto dal punto di vista psicologico. Nel 1669, dopo la sanguinosa guerra di Candia, durata vent'anni, che lasciò Venezia stremata, i turchi presero la città di Candia, conquistando così il completo controllo di Creta. Tuttavia nel periodo 1683-1687, sotto il comando di Francesco Morosini, i Veneziani riuscirono ancora a conquistare la Morea (l'odierno Peloponneso), poi perduta nel 1718.