2000C-109 sont initialement prévus pour appuyer de B-29 (environ 400) en Chine, mais la capture des îles Mariannes fournit un lieu de ravitaillement beaucoup plus facile d'accès pour les raids sur le Japon continental, et les objectifs sont considérablement réduits. Seuls 218 C-109 sont finalement convertis. Après le transfert des B-29, les C-109 sont réassignés à l'Air Transport Command. Selon l'histoire de l'Army Air Force dans la Seconde Guerre mondiale, au moins un escadron est assigné au IX Troop Carrier Command en Europe pour transporter du carburant aux forces terrestres et aériennes avançant sur le continent après le débarquement en Normandie.