Ese mismo año estalló la guerra civil en el Líbano y Nayi al-Ali se unió a los fedayín palestinos, atrincherados en Beirut oeste. Durante la invasión israelí del Líbano en 1982, Nayi, junto con otros habitantes del campamento de Ain al-Hilweh, fue detenido brevemente por las fuerzas ocupantes. Cuando Israel puso cerco a Beirut para forzar la salida de las fuerzas palestinas del país, numerosas personalidades palestinas, Nayi al-Ali entre ellas, se opusieron a ello considerando que la ausencia de fedayín dejaría a cientos de miles de refugiados civiles palestinos sin protección frente a las Falanges Libanesas, una organización aliada de Israel. A pesar de ello, la OLP negoció con Israel la retirada de sus fuerzas y apenas unos días más tarde las Falanges Libanesas iniciaron una persecución contra los refugiados palestinos con la connivencia de Israel, cuyo punto álgido fue la masacre de Sabra y Chatila, dos campos de refugiados a las afueras de Beirut. Nayi al-Ali pasó seis meses escondido en los subterráneos de la ciudad hasta que finalmente pudo volver a Kuwait.