Axén valdes in i riksdagen 1998 och var under de första två mandatperioderna ledamot av Finansutskottet och suppleant i Bostadsutskottet. Mellan 2003 och 2006 var han även utsedd av riksdagen till ledamot av Riksrevisionens styrelse och utsedd av regeringen till ledamot av Finansinspektionens styrelse. Från valet 2006 var han ordförande i Socialförsäkringsutskottet och sedan valet 2010 även ledamot av Krigsdelegationen, fram till 2014. Åren 2010–2015 var han utsedd av regeringen till ordförande för den parlamentariska socialförsäkringsutredningen.