Правозащитница Людмила Алексеева была уверена в том, что Политковскую убили из-за её профессиональной деятельности, из-за того, что она «обличала насилие и защищала жертв этого насилия». Депутат Государственной думы Владимир Рыжков считал, что мотивами для убийства были расследования Политковской терактов в Беслане и «Норд-Осте», а также её публикации о коррупции и Чечне. Несколько возможных мотивов убийства выдвинул корреспондент «Новой газеты» Вячеслав Измайлов. Так, он предположил, что убийство могло быть организовано российскими спецслужбами с помощью чеченцев, связанных с ними или лично Рамзаном Кадыровым из-за разоблачения похищений и убийств, которые, возможно, осуществлялись по его указанию. Измайлов также считал возможным, что убийство Политковской было местью сотрудников ОМОН из Нижневартовска, один из которых, Сергей Лапин по кличке «Кадет», благодаря статьям Политковской был осуждён за похищение и убийство в Чечне.