In seguito alla guerra civile nello Yemen del 1994, l'infrastruttura del Partito Socialista Yemenita venne confiscata dal governo del Congresso Generale del Popolo e i suoi quadri e membri furono regolarmente assoggettati al carcere e alla tortura. Il partito di conseguenza boicottò le elezioni parlamentari del 1997, e fu impossibilitato a presentare un suo candidato alle elezioni presidenziali del 1999. Nel 2002 fu uno dei soli cinque partiti che formarono l'Alleanza Congiunta dei Partiti d'opposizione, il partito si ripresentò alle elezioni parlamentari del 2003, ricevendo soltanto il 3.8% del voto popolare e vincendo otto seggi.