Le commandement de l'armée fut complètement remanié ; des 143 généraux prussiens en 1806, seuls Blücher et Tauentzien restaient en fonction pendant la Sixième Coalition; nombre d'entre eux furent autorisés à restaurer leur réputation dans la guerre de 1813. Le corps des officiers fut rouvert à la classe moyenne en 1808, de même que l'avancement fut uniquement fondé sur le niveau de formation. Le roi Frédéric-Guillaume III créa le ministère de la Guerre en 1808, et Scharnhorst fonda une école de formation des officiers, l'Académie militaire prussienne, à Berlin à 1810.