Im Jahr 1946 wurde Boyer de Latour zum Général de brigade befördert. Von 1947 bis 1949 war er im Krieg in Indochina im Einsatz. Im Februar 1948 löste er hier – zunächst interim, dann dauerhaft – Georges Nyo als Regionalkommandeur von Süd-Vietnam ab, gleichzeitig unterstand ihm als "Commissaire de la République" für Cochinchina auch die Zivilverwaltung vor Ort. Er führte weitreichende „Pazifizierungsoperationen“ durch, bei denen die Truppen des südlichen Việt-Minh-Befehlshabers Nguyễn Bình erfolgreich zurückgedrängt wurden. Zur Unterstützung der französischen Kräfte ließ er in der Provinz Bến Tre die "Unités mobiles pour la défense des chrétiens" aufstellen, eine Miliz bestehend aus vietnamesischen Katholiken. Als seine wichtigste Leistung gilt die Entwicklung eines ausgeklügelten Überwachungs- und Verteidigungssystems entlang aller wichtigen Verkehrs- und Kommunikationswege im südlichen Vietnam. Dazu wurden in bestimmten Abständen Wachtürme und befestigte Positionen errichtet, um den Việt Minh die Bewegungsfreiheit im Hinterland zu nehmen und zu verhindern, dass isolierte Stellungen abgeschnitten werden konnten. Dieses System war zunächst relativ erfolgreich und wurde daher auch auf die nördlichen Gebiete ausgeweitet, versagte aber ab 1950, als die Việt Minh panzerbrechende Waffen aus China erhielten, gegen die die Wachtürme keinen Schutz boten.