События 1991 года Кон встретил за границей, на родину учёный вернулся лишь два года спустя. Последующие 20 лет Игорь Семёнович продолжал читать публичные лекции и писать книги, главное внимание уделяя эмпирическому исследованию сексуального поведения подростков, а также популяризации сексологических знаний.