Begeistert von den Idealen der Revolution, blieb er in der Armee und wurde nach einigen Feldzügen am 26. Dezember 1793 zum General befördert. Während dieser Zeit diente Quesnel u. a. in den Pyrenäen. Zusammen mit Jacques François Dugommier und André de la Barre kämpfte er bei Le Boulou (30. April 1794) und Le Perthus (→Fort de Bellegarde). Bei der Niederschlagung des Vendée-Aufstands war Quesnel ebenfalls beteiligt.