İstiklâl mahkemelerinden önce dîvân-ı harbler ve bidâyet mahkemelerinin ilgilendiği firar, casusluk, soygunculuk gibi suçlarla ilgilenen Samsun İstiklâl Mahkemesi aynı zamanda Millî Mücadele'ye özgü Tekâlif-i Milliye gibi emirlerin yürütülmesini üstlenmiş ve Koçgiri İsyanı ile Pontusçulukla ilgili davalara bakmıştır. Özellikle Merkez Ordusu ile uyum içerisinde çalışmalarını yürüten mahkeme firariler ve isyankârlar hakkında ordu ile bilgi alışverişi içerisinde bulunmuş, zaman zaman firarilere tekrar orduya katılmaları için yakalanıp yargılanmalarından önce ek süreler tanımıştır. Eylül sonlarında kadar 2.445'i kendileri teslim olmak üzere 12.733 nefer mahkemece yakalanmış, yalnızca ekim ayı içerisinde 5.270 nefer teslim olmuş, teslim olan firarilere 40-80 arası değişen değnek cezaları verilerek tekrar görevli bulundukları Batı Cephesi'ne gönderilmişlerdir.