Kingsley hatte eine dritte Reise an die Westküste Afrikas geplant, änderte ihre Pläne jedoch nach dem Ausbruch des Burenkrieges. Stattdessen fuhr sie nach Südafrika und bot ihre Dienste als Krankenschwester an. Sie starb, keine 38 Jahre alt, an Typhus in Simonstown bei Kapstadt in einem Kriegsgefangenenlager, wo sie internierte Buren behandelte.