La prima Armata fu creata il 23 febbraio 1862, col Generale John Pope come comandante. All'atto della sua creazione, l'Armata consisteva di 4 Divisioni e servì lungo il fiume Mississippi. L'Armata s'ingrandì fino ad avere 5 Divisioni e combatté nella Battaglia dell'Isola Numero Dieci. L'Armata divenne l'ala sinistra del "Gruppo d'Armate Occidentali" del mag. gen. Henry W. Halleck. Durante l'Assedio di Corinth l'Armata fu organizzata in due ali ("wings") di due Divisioni ognuna. William S. Rosecrans comandava l'ala sinistra (1ª e 2ª Divisione) e Schuyler Hamilton diresse l'ala destra (2ª e 3ª Divisione). Dopo l'assedio Pope fu inviato a Est per assumere il comando dell'Armata della Virginia e William S. Rosecrans assunse il comando. L'Armata fu rafforzata da due Divisioni dell'Armata del Tennessee Occidentale e combatté a Iuka e a Corinth. Rosecrans fu trasferito al comando dell'Armata dell'Ohio e l'Armata del Mississippi fu disciolta nell'ottobre 1862 e i reggimenti furono riorganizzati nel XIII Corpo.