ソビエト連邦統治下において、多くのパミール人がヴァフシュ渓谷を離れて現在のハトロン州のクルガンテッパ地区に住むようになった。1980年代にはタジク・ソビエト社会主義共和国におけるパミール語の公式の扱いについて多くの議論が行われた。1991年にタジキスタンが独立すると、パミール人のナショナリズムの高揚が見られるようになり、パミール人の愛国主義者はゴルノ・バダフシャンを勢力下とする党を立ち上げる。ゴルノ・バダフシャーンの州都ホログでは反政府デモが行われ、1992年、タジキスタン政府はゴルノ・バダフシャーンの独立を認める声明を出したが、この声明は後に撤回された。1992年から1997年まで続いたタジキスタン内戦においてパミール人は一貫してを支持、パミール人はドゥシャンベやクルガンテッパに住む人々から殺戮の標的にされた。1990年代前半にはパミール人の間においてゴルノ・バダフシャーン独立運動が展開された。