Jak již bylo zmíněno, úřad izraelského prezidenta je především ceremoniální funkce. Navon však tuto praxi narušil a započal období „političtějšího prezidentství.“ Vyjadřoval se ke kontroverzním politickým tématům, nepřímo kritizoval vládu a požadoval zřízení nezávislé vyšetřovací komise k prošetření izraelského podílu na masakru v Sabře a Šatíle, který provedli libanonští falangisté během první libanonské války v roce 1982. Za tímto účelem byla následně zřízena tzv. Kahanova komise, pojmenovaná po předsedovi Nejvyššího soudu Jicchaku Kahanovi.