Március 1-jén az angol kupa nyolcaddöntőjében a Huddersfield Town ellen 5–1-re megnyert találkozó a 30. percében tudott eredményes lenni. Négy nappal később már a bajnokságban a Sunderland ellen lépett pályára és az 59. percben David Silva indítását váltotta gólra. Március 15-én az AS Monaco elleni bajnokok ligája nyolcaddöntőjének második mérkőzésén a 71. percben remekül érkezett egy kipattanóra és szerzett belőle gólt. A mérkőzést a Manchester City 3–1-re elvesztette, és így az AS Monaco idegenben szerzett több góllal továbbjutott. Április 2-án az Arsenal csapata elleni bajnoki rangadón már az 5. percben bevette David Ospina kapuját, a találkozó 2–2-s döntetlennel fejeződött be. Április 15-én idegenben 3–0-ra nyertek a Southampton csapata ellenfeleként és Sané és kivette részét a gólgyártásból. Az angol kupa elődöntő mérkőzésén a hosszabbításban kaptak ki az Arsenaltól. A hónap végén bekerült a 2016–2017-es Premier League-szezon legjobb játékosának járó díj jelöltjei közé, amit az angol Profi Labdarúgók Szövetsége hirdetett ki. Júliusban megműtötték az orrát ezért veszélybe került a Konföderációs kupán való részvétele.