Manuela Di Centa dispute ses premiers Jeux olympiques lors de l'édition de 1984 à Sarajevo. Après des résultats précoces très prometteurs, elle renonce à la sélection nationale à la suite d'incompréhensions avec le président de la fédération italienne. Elle revient au sein de la fédération en 1986, pour disputer ses premiers mondiaux 1987 à Oberstdorf et participe aux Jeux de 1988 à Calgary, où elle est notamment sixième du vingt kilomètres. En janvier 1989, en réalisant le deuxième meilleur temps sur le dix kilomètres classique de Klingenthal, elle monte sur son premier podium en Coupe du monde, dont elle occupe le quatrième rang au classement général cet hiver. Un an plus tard, elle devient victorieuse à ce niveau au quinze kilomètres libre de Pontresina.