במהלך תוכנית מעבורות החלל אירעו שני אסונות, ושתי מעבורות אבדו וצוותיהם (סך הכל 14 אסטרונאוטים) נספו. אסון מעבורת החלל צ'לנג'ר אירע ב־1986 בעת שיגורה של המעבורת צ'לנג'ר למשימת STS-51-L ואסון מעבורת החלל קולומביה אירע בעת חזרת המעבורת קולומביה ממשימת STS-107. לאחר אסון הצ'לנג'ר בנתה נאס"א מעבורת נוספת, אנדוור, שהחליפה את המעבורת צ'לנג'ר שאבדה. למעבורת קולומביה שאבדה ב־2003 לא נבנתה מחליפה. 135 משימות מעבורות שוגרו במסגרת תוכנית המעבורות עד סיומה עם נחיתתה המוצלחת של מעבורת החלל אטלנטיס ב־21 ביולי 2011 במרכז החלל קנדי. התוכנית נמשכה 30 שנה ובמסגרתה שוגרו למעלה מ־300 אסטרונאוטים לחלל.