日本与东帝汶的关系可追溯至第二次世界大战期间。1942年，日本占领了葡属帝汶。之后当地一部分人加入抗日突击队以反抗日军侵略，在反抗的过程当中，共有约4万至7万名东帝汶人牺牲。1945年，日本战败，葡萄牙恢复了对帝汶岛的殖民统治。在结束270多年的殖民后的1975年东帝汶被印度尼西亚以武力侵占。1999年8月30日，东帝汶在联合国的监督下举行了全民公投，绝大多数的东帝汶人投票同意从印尼独立，此之后东帝汶的外交活动便增加了起来。