La familia regresó a Medellín en 1871, y Pedro Nel entró a estudiar en la Universidad de Antioquia, inicialmente literatura y luego medicina por tres años, siendo rector Pedro Justo Berrío. Interrumpió los estudios por la guerra de 1876, y marchó al Cauca como jefe de la llamada compañía El Vencedor. Participó en la célebre batalla de Los Chancos, luego en la de Garrapata y El Arenillo, y nombrado secretario del Estado Mayor del general Marceliano Vélez, entró vencedor en Manizales y después en Antioquia.