Im Bürgerkrieg in Osttimor 1975 besetzten beide Parteien den Hafen. Die portugiesische Verwaltung verließ von hier aus die Kolonialhauptstadt in Richtung der vorgelagerten Insel Atauro. Am 7. Dezember desselben Jahres landeten indonesische Truppen in Dili. Nach der Eroberung der Stadt führten die Indonesier Chinesen, Mitglieder der FRETILIN und andere Gefangene zum Hafengelände, erschossen sie und warfen die Leichen ins Meer. Zu den Opfern gehörten die Frauenrechtlerin Rosa Bonaparte, ihr Bruder Bernardino Bonaparte Soares, Isabel Barreto Lobato (die Ehefrau des Premierministers Nicolau dos Reis Lobato) und Roger East, der letzte ausländische Reporter in Dili. Zeugen sprechen von Dutzenden Leichen. Die Gesamtzahl der in der Werft Hingerichteten wird auf 150 Personen geschätzt.