La prima presenza nella nuova stagione Fernandez la colleziona nell'andata valida per i preliminari di Europa League Grasshoppers-Fiorentina (1-2) entrando al minuto 82'. Il 26 agosto 2013 gioca la prima partita del nuovo campionato nella vittoria per 2-1 sul Catania, entrando anche qui al minuto 84'. Nella quarta giornata di Serie A trova la prima rete della stagione (la seconda con la maglia viola) nella vittoria in trasferta per 0-2 contro l'Atalanta.