En los años 1990, durante el menemismo, el PAMI fue el centro de múltiples escándalos de corrupción que comenzaron durante la gestión de Matilde Menéndez (1992 - 1993) en el directorio. Menéndez manejó 3.000 millones de dólares. La funcionaria debió renunciar, asediada por decenas de denuncias de corrupción. Menendez modificó el sistema de facturación por prestación por el pago per cápita para, supuestamente, evitar las sobreprestaciones. Menendez pensaba acompañar a Menem en la fórmula presidencial de 1995 hasta que fue procesada por el presunto delito de falso testimonio en el juicio de la AMIA, por el presunto pago de retornos de los prestadores de la obra social del PAMI, por los delitos de cohecho, administración fraudulenta e incumplimiento de los deberes de funcionario público, que habría cometido mediante irregularidades en la contratación de clínicas psiquiátricas y por su presunta responsabilidad en el otorgamiento irregular de adelanto de partidas en doce oportunidades a hospitales y sanatorios por 17 millones de pesos. Siendo finalmente sobreseída.