El ingreso de la dictadura conlleva a que desde 1973 y sus reformas económicas de la época se aplicarán procesos de recortes administrativos dentro de la empresa, como fue la disminución de la planta de trabajadores, pasando de 25.897 empleados en 1973 a 6.378 en 1989. Además, entre las décadas de 1980 y 1990 no existió aporte económico fiscal, produciendo un deterioro descontrolado de la infraestructura férrea nacional. Por otra parte, EFE no pudo competir con la industria de la carga y transporte de pasajeros en vehículos motorizados. Ante la ya mala situación financiera por la que estaba pasando la empresa, se debe sumar además el terremoto de 1985 que dañó gran parte de la infraestructura y vías, los constantes temporales de lluvias en la zona centro sur y atentados terroristas en la época, causantes de por ejemplo el accidente ferroviario de Queronque de 1986 que produjo el fin del servicio entre Santiago y Valparaíso.