В период оккупации Польши Германией, в 1939 году митрополит Дионисий был арестован гестапо, но затем был освобождён немцами. В сентябре 1940 года он вернулся к управление Церковью в Генерал-губернаторстве. Церковь в Генерал-губернаторстве была разделена на три епархии — Варшавскую, Холмско-Подляшскую и Краковско-Лемковскую. На Холмскую кафедру митрополитом Дионисием 2 ноября 1940 года был рукоположен Иларион (Огиенко), на Краковскую 9 февраля 1941 года — Палладий (Выдыбида-Руденко). В этот период Польская православная церковь потеряла значительную часть верующих — Восточные воеводства, где по данным польского статистического ежегодника 1939 года проживали 3514,7 тысяч православных. В сентябре 1939 года восточные воеводства (Западная Украина и Западная Белоруссия) были заняты Красной армией и вскоре присоединены к СССР. Это привело к тому, что местные приходы вернулись в состав Русской православной церкви. В частности архиепископ Пантелеймон (Рожновский), который в свое время отказался признать Польскую автономную православную церковь, взял на себя управление Гродненской епархией и с согласия митрополита Сергия (Страгородского) стал экзархом Западной Украины и Западной Белоруссии. Архиепископ Пантелеймон разослал епископам Западной Украины и Западной Белоруссии письмо, в котором запретил поминать митрополита Дионисия за богослужением.