Během druhé intifády podnikali příslušníci Šajeret 13 i pozemní operace, např. na Západním břehu či v Pásmu Gazy. Provedli stovky akcí včetně zadržení či likvidace velkého množství příslušníků Hamásu, Islámského džihádu či Brigád mučedníků Al-Aksá. Kromě toho prováděl Šajeret 13 i námořní operace. Největší uznání ji přineslo zadržení tří palestinských lodí převážejících zbraně.