Fästningen kom att bli inblandad i flera krig. 1577 belägrade den polske kungen Stefan Batory Weixelmünde utan framgång. Under åren 1622–1629 kom Weixelmünde att tjäna som bas för polska flottan. Fästningen kom under denna tid att flera gånger attackeras och beskjutas av svenska styrkor, till exempel vid Slaget på Danziger redd 1627 och natten mellan den 5 och 6 juli 1628 då de polska fartygen "Złoty Lew" och "Sankt Georg" sjönk efter artilleribeskjutningen.