Para las 07:40, los cinco secuestradores estaban a bordo del vuelo, que estaba programado para despegar a las 07:45. Wail y Waleed al-Shehri se sentaron juntos en los asientos 2A y 2B de primera clase, respectivamente. La aeronave rodó fuera de la Puerta 26 y partió del Aeropuerto Internacional Logan a las 07:59, con 14 minutos de retraso. El vuelo 11 fue secuestrado aproximadamente a las 08:14, que fue cuando el piloto dejó de responder al control del tráfico aéreo. Una vez que se inició el secuestro, se sospecha que los hermanos apuñalaron a dos asistentes de vuelo. A las 08:46:40, Mohamed Atta estrelló deliberadamente el vuelo 11 en la fachada norte de la Torre Norte (Torre 1) del World Trade Center. El daño inmediato destruyó cualquier medio de escape para el área superior a la zona de impacto, atrapando a 1344 personas. La Torre Norte colapsó a las 10:28, tras incendiarse por aproximadamente 102 minutos.