Nach zwölf U-23-, sieben U-19- und sechs U-17-Spielen gab sie am 25. Januar 2002 beim 5:0 gegen England ihr Debüt in der A-Nationalmannschaft. Sie nahm mit der schwedischen Fußballnationalmannschaft der Frauen an den Frauen-Europameisterschaft 2005 in England und 2009 in Finnland, sowie an der Fußball-Weltmeisterschaft der Frauen 2007 in China und den Olympischen Spielen in Peking teil. Als Stammtorhüterin der Nationalmannschaft wurde sie auch für die WM 2011 nominiert. Sie kam in allen drei Vorrundenspielen zum Einsatz und erreichte mit ihrer Mannschaft ungeschlagen das Viertelfinale, wo sie auf die Australierinnen trafen, gegen die Schweden mit 3:1 gewann und damit sowohl das Halbfinale gegen Japan erreichte, als auch die Qualifikation für die Olympischen Spiele in London perfekt machte. Im Halbfinale gegen Japan, das mit 1:3 verloren wurde, wurde sie beim 1:1 "getunnelt" und beim 1:2 wirkte sie orientierungslos. Beim 1:3 hatte sie Pech, dass ihr Abwehrversuch an der Strafraumgrenze direkt vor den Füßen von Nahomi Kawasumi landete und diese den Ball aus 30 m per Bogenlampe ins leere Tor beförderte. Am 16. Juli 2011 gewann sie mit der Mannschaft das Spiel um Platz drei beim 2:1-Sieg über Frankreich. Lindahl stand im schwedischen Kader für die Olympischen Spiele 2012 und wurde in vier Spielen eingesetzt. 2013 nahm sie mit Schweden an der Europameisterschaft in ihrem Heimatland teil, kam aber zu keinem Einsatz. Nachdem sie 2013 nur zu fünf Einsätzen kam, war sie 2014 wieder Stammtorhüterin.