Το 1916, ο Στέργιος Κούντουρας έπαιξε πρωταγωνιστικό ρόλο στο Κίνημα της Εθνικής Αμύνης και την επικράτησή του στη Δυτική Μακεδονία. Την 31η Αυγούστου του 1916 συγκρότησε σώμα με τον επίσης Μακεδονομάχο Στέφο Γρηγορίου και άλλους τοπικούς παράγοντες, και σε συνεργασία με το Γαλλικό στρατό κατέλαβε την εξουσία στην Καστοριά, στο Σίστεβο (Δενδροχώρι), στη Σέτομα (Κεφαλάρι) και στο Μαυροχώρι. Τη δεκαετία του 1930 ήταν πρόεδρος του παραρτήματος παλαίμαχων Μακεδονομάχων Βλάστης, διορισμένος δημοτικός σύμβουλος από το Καθεστώς της 4ης Αυγούστου καθώς και είχε δηλώσει εθελοντής για να ένοπλη δράση στη περιοχή της Αλβανίας με στόχο τη προφύλαξη των εκεί Ελληνοφώνων.