Louise Mushikiwabo va néixer el 22 de maig de 1961 a Kigali, la capital de Ruanda. El seu pare era Bitsindinkumi, un tutsi del clan Batsobe; Bitsindinkumi va treballar com a agricultor, gestionant la mineria de la família i treballant com a comptable per a una plantació colonial de cafè. La seva mare era Nyiratulira, Va passar la seva infantesa a Kigali. La més petita de nou fills, entre els seus parents hi ha Lando Ndasingwa, qui esdevingué un destacat empresari i polític a Ruanda abans de ser assassinat en 1994 durant el Genocidi de Ruanda, i Anne-Marie Kantengwa, qui se'n va encarregar del seu hotel Chez Lando després de la seva mort i va servir al Parlament de Ruanda de 2003 a 2008.