В сезоне 2002/03 Баия помог своей команде выиграть чемпионат Португалии, Кубок Португалии и Кубок УЕФА. В европейском турнире португальский голкипер сыграл 10 игр, включая матч 1/2 финала против «Лацио», в котором он отбил пенальти, и финал против «Селтика». Следующий сезон стал одним из самых успешных сезонов в карьере Витора: он стал победителем Лиги чемпионов УЕФА и завоевал седьмой чемпионский титул национального первенства, в результате чего смог одержать победу в номинации «Лучший вратарь мира по версии УЕФА», став первым португальским вратарём, одержавшим победу в данной номинации. Тем не менее, на Евро-2004 Баия вызвал не был. В голосовании на звание «Лучший вратарь мира по версии МФФИИС» Витор занял восьмое место.