רודריגס ערך את הופעת הבכורה בנבחרת אורוגוואי בשנת 2000, והשתתף עמה במונדיאל 2002, שם הבקיע שער שוויון זמני בהפסד 2-1 לנבחרת דנמרק, אך אורוגוואי הודחה בשלב הבתים. רודריגס השתתף עם אורוגוואי גם בקופה אמריקה 2004 בו אורוגוואי סיימה שלישית, ובקופה אמריקה 2007 בו אורוגוואי סיימה רביעית. במוקדמות מונדיאל 2006 הגיע רודריגס עם אורוגוואי לפלייאוף העלייה למונדיאל מול נבחרת אוסטרליה. רודריגס הבקיע את שער הניצחון לאורוגוואי במשחק הראשון שנערך במונטווידאו. במשחק הגומלין, אוסטרליה ניצחה 1-0 בסידני, ובבעיטות ההכרעה, רודריגס החטיא את הפנדל הראשון של אורוגוואי, שהפסידה בבעיטות ההכרעה ולא העפילה למונדיאל 2006. לאחר קופה אמריקה 2007, פרש רודריגס מהנבחרת, כשלזכותו 51 הופעות וארבעה שערים.