Depuis il revient dans son pays d'enfance et quitte le Portugal pour le Mozambique, afin de développer le football dans son pays. En arrivant là-bas, il devient le successeur de Arnaldo Salvado à la place de l'équipe du Mozambique de football. Augusto prend en main la sélection le . Il prend les "Mambas" après l'élimination du Mozambique aux tours préliminaires contre le Lesotho pour les qualifications à la coupe d'Afrique des nations 2002. Il espère une quatrième présence à la coupe d'Afrique des nations 2004, pour ces qualifications il hérite du Burkina Faso, du Congo et de la République centrafricaine. Ses débuts de qualifications commencent très mal, le Mozambique ne parvient pas à battre la République centrafricaine (1-1). La suite n'est pas plus prometteur et Augusto Matine démissionne de son poste après une défaite inespérée (0-3) contre le Congo pour son second match des qualifications.