За часів головування Мазепи на території Лівобережжя громадянські війни були припинені. Тут сформувалися норми суспільного устрою, які визначали політичне обличчя козацького краю впродовж усього 18 століття. Зусиллями Мазепи була встановлена нова форма поміщицького землеволодіння, запроваджено панщину, елементи кріпацтва та розпочато денаціоналізацію козацької верхівки. Курс гетьманського уряду на повернення до політично-соціального устрою, що передував Хмельниччині, був непопулярним серед населення. Обурення також викликала лояльність Мазепи до Московського царства. Українці мусили збройно і господарчо підтримувати московський похід на Кримське ханство 1689 року, а також антиосманські азово-дніпровські війни Петра І в 1695—1699 роках. 1692 року гетьман придушив антигетьманський переворот Петра Іваненка, організований за підтримки татар.