После того как Сунь был вынужден бежать в Японию в 1913 году, Чен остался в Пекине, где начал карьеру журналиста. Евгений Чен являлся главным редактором двуязычной в 1913—1917 годах, затем основал «Шанхайскую газету», первую из того, что Сунь задумывал как сеть газет по всему Китаю. Чен отказался от своей первоначальной поддержки Юаня Шикая и стал ярым критиком правительства, обвинив его в «продаже Китая», за что был заключён в тюрьму. В 1918 году сразу после освобождения Евгений присоединился к Суню в Кантоне, чтобы поддержать правительство юга, которое он помогал представлять на Парижской мирной конференции, где он сопротивлялся японским и британским планам в отношении Китая. В 1922 году Чен стал ближайшим советником Суня по иностранным делам и занял позицию антиимпериалистического национализма и поддержки альянса Суня с Советским Союзом.