11 серпня 2016 року Черчесов очолив збірну Росії, яка до цього провалила Євро-2016. Його контракт зі збірною діяв до кінця чемпіонату світу 2018 року. Згодом контракт було поновлено. Після поразки збірної РФ на чемпіонаті Євро-2020 Черчесов пішов із посади головного тренера команди.