Crespo won in juli 2006 met Spanje het EK onder 19 in Polen, samen met onder andere zijn clubgenoot Diego Capel. Op het EK bereikte Spanje de finale door in de groepsfase Turkije (5-3), Schotland (4-0) en Portugal (1-1) achter zich te houden en in de halve finale van Oostenrijk te winnen (5-0). In de finale werd met 2-1 gewonnen van Schotland, door twee doelpunten van Alberto Bueno. In 2007 nam hij deel aan het WK onder 20 in Canada.