Hecateu nasceu ca. em Mileto, então parte da satrapia da Lídia do Império Aquemênida, e era filho de Hegesandro. Por vários anos viajou extensivamente pela Europa, Oriente Médio e Egito antes de retornar a sua cidade natal, onde ocupou posição de proeminência. Quando Aristágoras reuniu uma assembleia para organizar a Revolta Jônica , tentou dissuadir em vão seus compatriotas. No decorrer da peleja, quando os jônios estavam perdendo a guerra, Hecateu propôs a construção duma frota (a ser construída com o tesouro do templo de Apolo) para obter a supremacia marítima, uma vez que a batalha por terra era inviável. Em , quando Mileto foi incendiada, Hecateu estava entre os embaixadores enviados para pedir a paz ao sátrapa Artafernes, a quem persuadiu para restaurar a constituição das cidades jônias.