Während der Unruhen von 1999, die dem Unabhängigkeitsreferendum folgten, war Pante Macassar Ziel pro-indonesischer Milizen, unterstützt vom indonesischen Militär. 65 Zivilisten, die Unterstützer der Unabhängigkeit waren, wurden erhängt, die Stadt Pante Macassar bis auf zwei Kirchen niedergebrannt.