Pouco depois da invasão da Bélgica, o Governo Militar emitiu um conjunto de leis anti-semítas em Outubro de 1940. A Comissão de Secretários-Gerais belga recusou-se desde início a fazer cumprir quaisquer leis anti-semítas, e o Governo Militar mostrou-se relutante em elaborar mais legislação. O governo alemão começou a apreender os negócios detidos por judeus e a expulsá-los de cargos na função pública. Em Abril de 1941, sem qualquer ordem das autoridades alemãs, colaboradores flamengos pilharam duas sinagogas em Antuérpia e incendiaram a casa do rabi principal da cidade. Os alemães criaram a no país, the (AJB; "Associação dos Judeus na Bélgica "), na qual todos os judeus deviam fazer parte. Parte integrante da Solução Final desde 1942, a perseguição aos judeus belgas aumentou de forma exponencial. A partir de Maio de 1942, os judeus foram obrigados a usar uma Estrela de David amarela para os distinguir da população em geral. Utilizando os registos da AJB, os alemães começaram a deportar os judeus para campos de concentração nazis no Governo Geral (o território ocupado da Polónia). Os judeus escolhidos a partir dos registos eram enviados para o novo campo de reagrupamento de Mechelen; seguidamente, eram deportados através de sistemas ferroviários específicos para campos de concentração, em particular para o de Auschwitz. Entre Agosto de 1942 e Julho de 1944, cerca de judeus e 350 ciganos foram deportados da Bélgica; mais de seriam mortos antes de os campos serem libertados pelos Aliados.