Abbas fue considerado como el sucesor natural de Yaser Arafat tras la muerte de este último en 2005, al menos por los miembros de Fatah. El 25 de noviembre de 2004, el Consejo Revolucionario de Fatah nombró a Abbas su candidato en las elecciones presidenciales que estaban previstas para del 9 de enero de 2005. El 14 de diciembre, Abbas hizo un llamamiento para que cesase la violencia relacionada con la Segunda Intifada y para que se retornase a una resistencia pacífica. Abbas comentó al diario Asharq Al-Awsat: “el uso de armas ha sido dañino y debería terminar”. Sin embargo, se negó o no fue capaz de desarmar a las distintas milicias palestinas y a usar la fuerza contra los grupos que el gobierno israelí calificaba de organizaciones terroristas.