Nachdem die KFO bis dahin noch legal agieren durfte, änderte sich dies spätestens 1935, als die KFO trotz massiven Widerstands ihrer Funktionärinnen und der Präsidentin Alma Motzko in die Katholische Aktion eingegliedert wurde. Aufgrund ihrer Nähe zur klerikalen Führung wurde Kapral anfangs als provisorische Vorsitzende eingesetzt. In der Zeit des Nationalsozialismus wurde die gebürtige Wienerin als prominente Katholikin und Mitglied der Vaterländischen Front stets politisch beobachtet. Am 1. Juli 1938 schloss sich die Schulrätin der Nationalsozialistischen Volkswohlfahrt (NSV) an, war aber kein Mitglied der NSDAP. Im Jahre 1939, mittlerweile 62 Jahre alt, wurde Kapral pensioniert und kam im August 1944 in Polizeihaft. Die Freiheitsstrafe, sowie die spätere Überprüfung standen im Zusammenhang mit dem Attentat auf Adolf Hitler am 20. Juli 1944 im Führerhauptquartier Wolfsschanze. Nach dem Zweiten Weltkrieg engagierte sich Kapral weiterhin in der Katholischen Lehrerinnenschaft, sowie in der Caritas. Des Weiteren trat sie von 1945 bis 1948 als Obfrau des ÖAAB Wien/Landstraße in Erscheinung. In Alm bei Salzburg, dem langjährigen Urlaubsort Kaprals, wurde seitens des ÖAAB die Benennung eines Heims in "Emma-Kapral-Heim" initiiert.