Novgorod német megszállása során a Kreml súlyosan sérült a csaták és a náci műemlékpusztítás következtében. Maga a székesegyház azonban csodával határos módon túlélte a háborút. A főkupola nagy keresztjét (amelyhez egy fém madár kapcsolódik, amely valószínűleg a Szentlélek jelképe a galamb formájában) a spanyol Kék Hadosztály távolította el. Több mint 60 évig a madridi Katonai Művészeti Múzeumban maradt, egészen 2004. november 16-ig, amikor Miguel Ángel és Fernando Garrido Polonio spanyol szerzetesek visszaküldték az orosz ortodox egyháznak, miután egy madridi katonai táborban megtalálták a keresztet. A kupolák súlyosan megsérültek a háborúban, és a főkupola Krisztus Pantokrátor ábrázolása tönkrement. A legenda szerint a festők összeszorított ököllel ábrázolták Jézus alakját. Az érsek azt mondta nekik, hogy nyitott tenyérrel fessék fel Krisztust, de amikor másnap reggel visszatértek, a kezét csodával határos módon ismét összeszorítva találták. Ismétlődő erőfeszítések után egy hang a kupolából azt mondta, hogy hagyják így a képet, mert mindaddig, amíg Krisztus öklét összeszorítva tartja, addig a kezében tartja Novgorod sorsát is.