หลังการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สองใน พ.ศ. 2310 นครศรีธรรมราชและหัวเมืองขึ้นในคาบสมุทรมลายูได้รับอิสรภาพอีกครั้งในเวลาสั้น ๆ จนกระทั่งสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีได้ดำเนินการรวมสยามใน พ.ศ. 2312 จากนั้นในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ตำแหน่งของเจ้าผู้ครองเมืองนครศรีธรรมราชลดระดับลงจากผู้ปกครองประเทศราชไปเป็นเจ้าเมืองชั้นเอก และอำนาจเหนือรัฐสุลต่านมลายูตอนบน (รวมถึงปาตานี) ถูกโอนไปให้แก่เจ้าเมืองสงขลาแทน ในตอนนั้น สมุหกลาโหมเป็นผู้ดูแลนครศรีธรรมราช อย่างไรก็ตาม ใน พ.ศ. 2364 และ 2374 พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยและพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวมีพระราชกระแสรับสั่งให้เจ้าเมืองนครศรีธรรมราชไปปราบกบฏในรัฐสุลต่านมลายูแห่งไทรบุรี