Die Station wurde am 18. November 1876 durch die Metropolitan Railway, die Vorgängergesellschaft der Metropolitan Line, eröffnet. Aldgate war zunächst Endstation; am 25. September 1882 folgte die Verlängerung nach Tower Hill, womit der Innenstadtring vollendet war. Im Zweiten Weltkrieg wurde die Station durch deutsche Luftangriffe schwer beschädigt. Aldgate geriet in das Licht der Weltöffentlichkeit, als Shehzad Tanweer während der Terroranschläge vom 7. Juli 2005 eine der vier im Londoner Verkehrsnetz gezündeten Bomben in einem U-Bahn-Zug in Stationsnähe explodieren ließ. Sieben Fahrgäste kamen dabei ums Leben.