Ông qua đời vào ngày 4 tháng 7 năm 1826, hưởng thọ 83 tuổi, đúng 50 năm sau ngày Tuyên bố độc lập của Hoa Kỳ. Ông mất vài giờ trước bạn cũ và cũng là đối thủ chính trị của ông, John Adams. Lời hấp hối của John Adams là "Độc lập muôn năm", và "Thomas Jefferson vẫn sống".