Ngay sau ngày lên chức chỉ huy, Johnston đánh trận đầu tiên tại Trận Manassas thứ nhất. Ngày 22 tháng 10 năm 1861 Binh đoàn Potomac của miền Nam được chuyển thành Phân bộ quân sự Bắc Virginia, và được tổ chức lại thành 3 cánh quân: