Después del estallido de la Guerra civil en julio de 1936, pasó a combatir junto con las Fuerzas republicanas en la franja cantábrica que permaneció fiel a la República. El 6 de agosto de 1937 pasó a mandar la nueva 184.ª Brigada Mixta (antigua 10.ª Brigada asturiana), participando en las batallas de Santander, Asturias y El Mazuco. Tras el hundimiento del Frente Norte en octubre de 1937, consiguió trasladarse a la zona centro, ya con el rango de Mayor de milicias. En julio de 1938 participó en las primeras operaciones de la Batalla del Ebro al frente de la 42.ª División, que disponía de 3 brigadas mixtas (59.ª, 226.ª, 227.ª). La 226.ª Brigada Mixta tuvo una destacada actuación en la zona norte de la ofensiva republicana cerca de Mequinenza, logrando conquistar sin bajas la elevación de "Els Auts" y capturar una batería de artillería al completo. Pero poco después la brigada quedaría deshecha en la Bolsa de Fayón-Mequinenza. Tras este fracaso, la división fue reconstruida en Ascó y volvió a participar activamente durante el resto de la batalla. El 13 de noviembre el Mayor Álvarez falleció alcanzado por un obús de la artillería enemiga en las cercanías de Ascó y la Venta de Camposines.