В 2013 году Баланта был вызван в молодёжную сборную Колумбии на чемпионат мира среди молодёжных команд, однако руководство «Ривер Плейта» отказалось отпускать игрока на том основании, что он был слишком важен для команды. В ноябре того же года Эдер вызывался на товарищеские матчи взрослой сборной, но на поле тогда не выходил. Его официальный дебют в сборной Колумбии состоялся 5 марта 2014 года в товарищеском матче с командой Туниса. В июне того же года Баланта был включён тренером Хосе Пекерманом в заявку на чемпионат мира. Он принял участие лишь в одном матче турнира — со сборной Японии в групповом этапе.