Yun est choisi par la fédération nord-coréenne afin de remplacer Ri Jong-nam alors que la sélection doit s'engager dans les éliminatoires pour la Coupe d'Asie des nations 2004, qui doit avoir lieu en Chine. Son premier match voit les "Chollimas" dominer l'Inde 2 à 0, au Stade Kim Il-sung, succès confirmé au retour avec un match nul, synonyme de qualification pour le tour suivant. Malheureusement pour le technicien nord-coréen, ses hommes ne peuvent faire mieux qu'une dernière place en poule du second tour, derrière l'Iran, la Jordanie et le Liban, sans même remporter un seul match, n'accrochant qu'un nul 1-1 au Liban.