İskeçe Balkan Savaşları esnasında, sırası ile Bulgaristan, Yunanistan ve yine Bulgaristan tarafından işgal edildi. Ancak Osmanlı İmparatorluğu’nun Edirne'yi yeniden ele geçirdiği dönemde yöre halkının mücadelesi ve Osmanlı tarafından yapılan yardımlar sayesinde İskeçe ve Gümülcine’deki Bulgar hâkimiyeti kaldırıldı. Ancak, ardından kurulan ve İskeçe'yi de kapsayan Garbi Trakya Hükümeti'nin, 1 Eylül 1913 tarihinde bağımsızlığını ilan etmesi, Osmanlı, Rus İmparatorluğu ve Bulgaristan tarafından hoş karşılanmayınca, bölgede etkinlik gösteren Osmanlı subayları geri çağrıldı ve İstanbul Antlaşması ile İskeçe dâhil, Batı Trakya bölgesi Bulgaristan'a bırakıldı.