Nannini blieb auch 1990 bei Benetton und bekam nun den dreifachen Weltmeister Nelson Piquet als Teamkollegen. Er konnte Piquet Paroli bieten und ihn einige Male schlagen. Bis zum Großen Preis von Spanien sammelte Nannini nur fünf Punkte weniger als Piquet und hatte einen Podestplatz mehr vorzuweisen. In Ungarn hatte er gute Chancen auf seinen zweiten Formel-1-Sieg, wurde jedoch auf Platz zwei und direkt hinter dem Führenden liegend von Ayrton Senna torpediert.