Năm 1919, dù mắc bệnh lao nhưng ông vẫn tình nguyện gia nhập lực lượng dân quân Ba Lan (Tự vệ Litva và Belarus) và tham gia bảo vệ Vilnius chống lại cuộc tấn công của quân Bolshevik trong giai đoạn đầu của Chiến tranh Litva-Liên Xô và Chiến tranh Ba Lan-Bolshevik. Antoni Wiwulski mắc viêm phổi khi đang làm nhiệm vụ bảo vệ ở vùng ngoại ô Užupis của Vilnius. Sau khi mất, ông được chôn cất trong tầng hầm bên dưới ngôi nhà thờ do chính ông thiết kế. Khi được Liên Xô cải tạo thành Cung điện Công nhân Xây dựng vào năm 1964, tro cốt của ông được chuyển đến Nghĩa trang Rasos.