1862 brach der Sioux-Aufstand in Minnesota aus, in dessen Folge viele Dakota zu ihren Verwandten in den Westen flüchteten. Deshalb wurde Brigadegeneral Alfred Sully mit 3.000 Mann ins Dakota-Territorium geschickt, um die feindlichen Indianer zu finden und anzugreifen. Außerdem sollten Forts im Indianerland errichtet werden. Als erstes erbauten sie Fort Rice an der Mündung des Cannonball Rivers. Am 28. Juli 1864 traf Sully auf eine indianische Streitmacht von etwa 5.000 bis 6.000 Kriegern, darunter auch viele Hunkpapa, aber die meisten von ihnen waren nicht am Aufstand in Minnesota beteiligt. Die Amerikaner schossen mit Kanonen und weitreichenden Gewehren, schlugen die Sioux in die Flucht und die Schlacht am Killdeer Mountain endete mit einer totalen Niederlage der Sioux. General Sully schätzte die Verluste der Indianer auf 100 bis 150 Tote, während seine Truppen nur zwei Männer verloren. Die Tipis und sämtliche Wintervorräte der Sioux wurden vernichtet. Sullys Überfall verschlechterte die ohnehin schon gespannten Beziehungen zwischen den Stämmen in den nördlichen Plains und der Regierung der Vereinigten Staaten. Das Schlachtfeld am Killdeer Mountain ist heute eine State Historic Site (Historische Stätte des Staates von North Dakota).