Quindi la grande critica contro il bioprospecting riguarda la spoliazione ed il mancato vantaggio che ne hanno le culture tradizionali, locali, eventualmente indigene, a vantaggio invece di detentori del brevetto, solitamente multinazionali. Dal 1991 infatti la Convenzione sulla Biodiversità ha sancito il principio di rimborso per il mancato compenso riguardante la bioprospezione che non dia benefici alle culture locali.