Athen wurde nach der Schlacht bei den Thermopylen evakuiert, die meisten Athener flohen auf die Insel Salamis. Die Perser besetzten derweil die Stadt und nahmen nun Rache für die Zerstörung ihrer eigenen Heiligtümer durch griechische Truppen während des Ionischen Aufstands, als sich ein athenisches Kontingent an der Eroberung und Brandschatzung von Sardeis beteiligt hatte: Vor allem die Tempel auf der Akropolis wurden nun gezielt verwüstet oder völlig zerstört. Das Ausmaß der Zerstörungen im übrigen Stadtgebiet ist hingegen unklar. Nach dem Abzug der Perser versuchten die Athener nicht, das Wenige an Architekturresten und Weihgeschenken auf der Akropolis, das übrig geblieben war, wieder instand zu setzen oder zu reparieren. Als Besitz der Gottheit wurden die entweihten Kultgegenstände und Kunstwerke vielmehr feierlich in den mächtigen Auffüllschichten niedergelegt, mittels derer die zuvor unregelmäßige Oberflächenstruktur der Akropolis auf ein deutlich höheres, einheitliches Niveau für die neue Bebauung gehoben wurde. Diese Füllschichten stellen den sogenannten Perserschutt dar. Viele der später errichteten Tempel und Bauwerke wurden auf dieser Auffüllung errichtet, sofern man für sie nicht – wie vermutlich beim Parthenon – die Fundamente der Vorgängerbauten wiederverwandte.