Французская армия страдала от чумы, и победа была невозможна. Осада была снята 17 мая 1799 года, и Бонапарт вместе со своей армией вернулся в Египет. Он вошёл в Каир 14 июня, а 25 июля в битве при Абукире одержал одну из самых блестящих своих побед, сбросив в море османскую армию, высадившуюся в Абукире.