Великую Отечественную войну Казаков встретил в должности командира 331-го гаубичного артиллерийского полка Резерва ВГК Киевского особого военного округа в Житомире. Полк в составе 5-й армии Юго-Западного фронта участвовал в Львовско-Черновицкой и в Киевской оборонительной операции С февраля 1942 года — начальник оперативного отдела штаба артиллерии Юго-Западного фронта. С апреля 1942 по 1944 год был начальником оперативного отдела штаба Главного управления начальника артиллерии Красной Армии, будучи в этой должности выезжал в служебные командировки на Западный, Сталинградский, Донской, Воронежский фронты. Во время Сталинградской битвы несколько месяцев находился на фронте в составе группы при командующем артиллерией РККА Н. Н. Воронове.