Свој деби за европске прваке из 2004. Грчку одиграо је седам дана после свог 21. рођендана против Белорусије у пријатељској утакмици у којој је постигао погодак. После је био члан прве екипе у неколико наврата у квалификацијама за Еуро 2008. Самарас је постигао важан погодак у квалификацијама за СП у Јужној Африци за 2:1 победу над Израелом и то у Ираклиону, његовом родном граду на Криту. На Европском првенству 2012. постигао је гол у четвтрфиналу када је Грчка поражена од Немачке са 2-4.