В 1937 году Рапопорт, не сумевший как неблагонадёжный в политическом плане устроиться на научную работу, получил от фон Фюрта стипендию на устройство на один год на учёбу и работу в Университета Цинциннати, штат Огайо, США. Ввиду аннексии Австрии нацистской Германией в 1938 году стажировка обернулась эмиграцией и Рапопорт остался в Америке, тогда как его родители смогли выехать в Палестину, воссоединившись со своей дочерью и старшей сестрой Самуэля, уже долгое время жившей в Тель-Авиве. В США Рапопорт впервые побывал ещё в 1934 году, когда сопровождал свою мать в гости к американским родственникам. Он сумел спастись от нацистов, тогда как фон Фюрт из-за своего еврейства был изгнан из университета и вскоре скончался, а Зойфер был пойман при попытке перехода границы и в 1939 году погиб в концентрационном лагере Бухенвальд — его смерть стала для Самуэля на всю жизнь непреходящей трагедией. До своей кончины Зойфер активно переписывался с Рапопортом и Сечи, выражая надежды на противостояние австрийского рабочего класса немецкой оккупации. В 1937 году Рапопорт выбил для Сечи соответствующие документы, с которыми она успела выехать из Австрии в США, и в том же году они поженились. В следующем году Рапопорт вступил в Коммунистическую партию США и впоследствии активно занимался политической деятельностью. В США Самуэля стали называть Сэмом.