Do sportu wrócił w 1999 wygrywając 8 maja zawody w Osace z wynikiem 87,57. W kolejnych startach Czech prezentował stabilną formę, a najlepszy rezultat w sezonie osiągnął na zawodach w Paryżu – 21 lipca posłał oszczep na odległość 89,06. W ostatnich dniach sierpnia w hiszpańskiej Sewilli odbywały się mistrzostwa świata. Eliminacje rozegrano 27 sierpnia, a Železný osiągnął w nich trzecią odległość – 84,31. Finałowy konkurs podczas czempionatu rozegrano 29 sierpnia. Po pierwszej kolejce prowadził Konstandinos Gatsiudis, a Czech zajmował czwartą lokatę. W drugiej próbie miotacz rzucił 87,67 i wysunął się na drugie miejsce – wszystkie kolejne próby przekroczył, a w piątej został dodatkowo pokonany przez Aki Parviainena i ostatecznie zajął trzecie miejsce zdobywając brązowy medal. Mistrzem świata został w Sewilli Parviainen z wynikiem 89,52, a srebro przypadło Gatsioudisowi, który rzucił 89,18. Po czempionacie, na zakończenie sezonu Czech uplasował się jeszcze na drugiej lokacie w finale Grand Prix.