Im Jahr 2005 wurde Vahidi zum Stellvertreter von Mostafa Mohammad Nadschar ernannt, der damals Verteidigungsminister wurde, und behielt diesen Posten bis August 2009, als er vom iranischen Präsidenten Mahmud Ahmadinedschad als Verteidigungsminister vorgeschlagen wurde. Das iranische Parlament bestätigte den Vorschlag des Staatspräsidenten, trotz der internationalen Kritik an Vahidi, mit 227 Stimmen bei 54 Gegenstimmen und fünf Enthaltungen. Ahmad Vahidi wird vorgeworfen, als ehemaliger Kommandeur der Al-Quds-Einheit Drahtzieher des Anschlags von Buenos Aires 1994 auf das jüdische Gemeindezentrum Asociación Mutual Israelita Argentina gewesen zu sein, dem insgesamt 85 Menschen zum Opfer fielen. Bei Interpol liegt ein internationaler Haftbefehl gegen Vahidi vor. Die 2013 vorgelegte Anklageschrift des im Januar 2015 tot aufgefundenen argentinischen Staatsanwaltes Alberto Nisman listete neben Vahidi sechs weitere iranische Politiker auf. Im August 2013 endete die Amtszeit Vahidis, der von Hossein Dehghan abgelöst wurde.