Yobo was acht seizoenen lang van vaste waarde bij Everton en speelde in deze periode meer dan 200 duels voor "The Toffees". Hij was net begonnen aan zijn negende seizoen bij Everton; hoofdcoach David Moyes koos er nu echter voor om achterin het duo Phil Jagielka-Sylvain Distin te posteren. Bovendien kreeg de coach ook John Heitinga en Jack Rodwell tot zijn beschikking. Met Everton stond hij op 30 mei 2009 in de finale van de strijd om de FA Cup. Daarin verloor de ploeg van trainer-coach David Moyes met 2-1 van Chelsea door goals van Didier Drogba en Frank Lampard.