Следующий сезон в Prost оказался не столь впечатляющим: команда страдала из-за ненадежности моторов «Пежо» и Трулли часто заканчивал гонку из-за сгоревшего двигателя, а иногда даже не мог стартовать. В 1998 году он набрал единственное очко для команды за 6-е место в дождливом Спа (Гран-при Бельгии) и уже в 1999 вышел в лидеры команды. Несмотря на продолжающиеся технические проблемы (например, на Гран-При Германии Ярно сжег три двигателя за уик-энд), Трулли набрал больше очков чем за два предыдущих чемпионата. В сложном, дождевом Гран-при на Нюрбургринге, где с трассы сошло большинство лидеров, Ярно смог финишировать вторым, отбив атаки Рубенса Баррикелло.