Paolo Montero w reprezentacji Urugwaju zagrał 50 razy i strzelił 3 bramki. Na MŚ w 2002 roku zagrał we wszystkich spotkaniach swojej reprezentacji. Po ostatnich barażach do MŚ w 2006 roku gdzie Urugwaj grał z Australią, Montero doznał groźnej kontuzji kolana i skończył definitywnie reprezentacyjną karierę.