1899 mit Ausbruch des Burenkrieges ließ er sich wieder in den aktiven Dienst versetzen und wurde zum Kommandanten der Fünften Division der South African Field Force ernannt. Als General Buller den zweiten Angriff zum Entsatz der Stadt Ladysmith startete, erhielt er in der Schlacht von Spion Kop am 23./24. Januar 1900 das Kommando über die eingesetzte Streitmacht. Unter seinem Kommando kam es trotz nomineller Überlegenheit zu einer der verheerendensten britischen Niederlagen im gesamten Burenkrieg. Britische Militärhistoriker wie Farwell gaben seinen "grotesken" Fehleinschätzungen, zögerndem Verhalten und Verzettelung in Nebensächlichkeiten wie den Zustand der Ochsen in der Armee die Schuld. Allerdings gelang ihm, in der folgenden Offensive in Natal mit der Erzwingung des Übergangs über den Tugela River und mit einem Sieg bei Pieters Hill zum erfolgreichen Entsatz von Ladysmith beizutragen. Im August 1900 wurde er nach Großbritannien zurückbeordert. Er nahm einen hohen Verwaltungsposten in der Kap-Kolonie an und wurde 1904 zum General und 1905 zum Colonel-Commandant (Oberst) der Royal Engineers ernannt, ging aber im selben Jahr endgültig in Pension.