V období dešťů bývá zaplaveno okolo čtyř pětin rozlohy Pantanalu, sloupec vody dosahuje až pěti metrů. Oblast je útočištěm vzácných zvířat, jako je kapybara, tapír jihoamerický, vydra obrovská ("Pteronura brasiliensis"), anakonda nebo kajman. Ramsarská úmluva vyhlásila v roce 1993 Pantanal za lokalitu mezinárodního významu.