Els Tornado alemanys van participar en les operacions de combat durant la Guerra de Bòsnia, igual que els IDS britànics i italians, com a part de la intervenció de l'OTAN, sent aquesta la primera vegada que la "Luftwaffe" entra en acció des del final de la Segona Guerra Mundial. En l'Operació Força Aliada els Tornado ECR alemanys van llançar fins a 236 míssils antirradar AGM-88 HARM. Sis Tornado IDS equipats amb dispositius de reconeixement per infrarojos i escortats per 8 Tornado ECR van estar identificant blancs serbis per a les unitats d'artilleria de l'OTAN al voltant de Sarajevo.