Nella stagione 2005-2006 il Rapid, superando la Lokomotiv Mosca, si qualificò per la fase a gruppi della Champions League. In sei partite, rimediò altrettante sconfitte contro Bayern Monaco, Juventus e Bruges, e in campionato fu superata dall'Austria Vienna. Ma rimase comunque una stagione storica, e assai remunerativa per via dei diritti televisivi della Champions. L'anno seguente un campionato mediocre, chiuso al 4º posto, portò la società a cercare la qualificazione alla Coppa UEFA attraverso l'Intertoto, e con la vittoria sui russi del Rubin Kazan', il Rapid ottenne il primo trofeo ufficiale UEFA della sua storia, con annessa qualificazione alla Coppa UEFA. La vittoria dell'Intertoto 2007 costituisce in effetti il primo sigillo internazionale del club, che concluse la stagione 2007-2008 con il 32º titolo: alla vigilia degli Europei casalinghi, la squadra di Hofmann e dell'allenatore Pacult regolò Red Bull Salisburgo e Austria Vienna conquistando il titolo nazionale. Il sigillo arrivò con la vittoria, incredibile per le proporzioni assunte, per 7-0 a Salisburgo in casa della diretta inseguitrice. La formazione schierata in quell'occasione: Payer; Dober, Eder, Patocka, Thonhofer; Hofmann, Heikkinen (dal 76' Harding), Kulovits, Korkmaz (dall'89' Kavlak); Hoffer, Maierhofer (dal 72' Fabiano).