Niklas Hjalmarsson commence sa carrière en rejoignant les rangs juniors de la grande équipe de sa région natale : le HV 71 de la ville de Jönköping. Il y passe toutes ses classes et en 2005 remporte la médaille de bronze au Championnat du monde junior 18 ans. Lors de l'été qui suit, il participe au repêchage d'entrée dans la Ligue nationale de hockey et est choisi par les Blackhawks de Chicago en tant que du repêchage.