Nadat de bezetting een feit is, werd een groot deel van Polen direct door Duitsland geannexeerd, het overige deel, met Warschau en Krakau, werd het "Generaal-Gouvernement" onder het bewind van gouverneur Hans Frank. De Polen werden algemeen als "Untermenschen" beschouwd en ook als zodanig behandeld: gouverneur Frank voerde zware straffen in voor relatief lichte vergrijpen, en ook werden in 1940 duizenden potentiële en/of vermeende tegenstanders in zogenaamde pacificatie-campagnes ("AB-Aktion") vermoord, deels in Palmiry. Deze vroege liquidatie van tegenstanders stond in schril contrast met de bezettingspolitiek in de meeste overige bezette landen, waar de nazi's een meer geleidelijke weg volgden. Het meest dramatische lot trof de Poolse Joden. Het "general-gouvernement" werd aangewezen als de plek waar de "Endlösung" zou plaatsvinden; eerst voor de ongeveer 3,5 miljoen Poolse Joden en vervolgens voor de overige Europese Joden.