Im September 1941 wurde er zum Generalmajor befördert. Im September 1942 wurde Bräuer in die Führerreserve versetzt und war als Offizier zur besonderen Verwendung des Reichsministers für Luftfahrt und Oberbefehlshabers der Luftwaffe als Nachfolger des abgesetzten Generals Andrae mit der Führung der Geschäfte des Kommandanten der „Festung Kreta“ und des Befehlshabers des Luftgaustabes Kreta beauftragt. Am 23. Februar 1943 übernahm er diese Positionen und hatte sie bis zum 31. Mai 1944 inne, als er durch Generalleutnant Friedrich-Wilhelm Müller abgelöst und am 1. Juni 1944 unter gleichzeitiger Beförderung zum General der Fallschirmtruppe erneut in die Führerreserve versetzt wurde. Ab 2. März 1945 in den aktiven Dienst zurückgekehrt, wurde er Kommandeur der 9. Fallschirmjäger-Division. Wegen der mangelnden Standhaftigkeit seiner Verbände während der Schlacht an der Oder musste er sein Kommando abgeben und wurde am 19. April 1945 wieder in die Führerreserve versetzt.