Падчас &lt;a href="%D0%A1%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%B5%D1%80%D0%BD%D1%8B%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%202003/2004"&gt;сезона 2003/2004&lt;/a&gt; Мёрфі пераехаў у Ротэрдам, каб быць са сваёй нявестай Клэр, з якой ён ажаніўся ў ліпені 2005 года. Пара, якая пазнаёмілася ў хрысціянскім чаце анлайн, правяла частку лета ў 2005 годзе аказваючы дапамогу ў Зімбабвэ. Яны рассталіся ў кастрычніку 2008 года, і з тых часоў Шон жыве ў Сэйле. У цяперашні час дзяўчынай Мёрфі з’яўляецца Клэр Чорльтан, упершыню прадстаўленая публіцы падчас фіналу чэмпіянату Вялікабрытаніі 2012 года. Мёрфі — фанат футбольнага клуба Манчэстэр Юнайтэд. Перад чэмпіянатам свету 2012 года Мёрфі вырашыў ахвяраваць £100 на дабрачыннасць за кожны соценны брэйк, які ён зробіць.