Em 1790, Ball recebeu um comando e, a partir daí não mais foi dispensado. Em maio de 1798 comandou o HMS "Alexander" no mar Mediterrâneo. Uma vez, quando o HMS "Vanguard" de Horatio Nelson perdeu os mastros da proa, Ball rebocou o "Vanguard" até a Sardenha. Sob o comando de Nelson, Ball participou da Batalha do Nilo, e seu navio, o "Alexander", foi o segundo navio britânico a disparar contra o navio-capitânia do almirante francês François-Paul Brueys d'Aigalliers, o "L'Orient", que mais tarde explodiu durante a batalha.