Membre du groupe tutsi, il est commandant dans le Front patriotique rwandais, le groupe armé rebelle qui remporte la guerre civile rwandaise et met fin au génocide des Tutsi en 1994. Par la suite, il devient vice-président et ministre de la Défense, sous la présidence de Pasteur Bizimungu. À son poste, il contribue à l'invasion du Zaïre en 1996 et au renversement du président zaïrois Mobutu Sese Seko en 1997. Il est également impliqué dans la deuxième guerre du Congo, de 1998 à 2003. Après la démission de Pasteur Bizimungu en 2000, il est élu président du Rwanda, réélu en 2003, 2010 et 2017. Il est crédité d'avoir apporté la croissance économique et la stabilité au pays à la suite du génocide ainsi que d'avoir reduit la corruption dans le pays. Cependant, il est considéré par plusieurs observateurs comme étant un dictateur.