1991 gelang verschiedenen Rebellenbewegungen die Entmachtung der Barre-Regierung. Zu dieser Zeit war Hersi der ranghöchste Militär im auseinanderbrechenden Somalia. Er kämpfte noch bis 1993 im Süden des Landes vergeblich für eine Rückkehr Barres. Hier gründete er aus dem Marehan-Clan und verbleibenden Einheiten der somalischen Armee die "Somalische Nationalfront" (SNF), die sich bald spaltete. Nach dem Abzug der US-amerikanischen und UNOSOM-Truppen gewann er 1995 die Kontrolle über die Hafenstadt Kismaayo, die er 1999 an eine mit dem Kriegsherrn Mohammed Farah Aidid verbündete SNF-Fraktion verlor, aber weiter belagerte. Aus seinen Anhängern bildete Hersi stattdessen die "Somali Patriotic Movement-Harti" (SPM), die im Bürgerkrieg verschiedene Allianzen gegen Aidid (z. B. mit Ali Mahdi Mohammed oder mit Abdullahi Yusuf Ahmed, dem Präsidenten des faktisch autonomen Puntland) sowie gegen die somalische Übergangsregierung geschlossen hat.