Intégré directement au sein de la nouvelle première division russe en 1992, le club passe ses premières années à se battre pour son maintien, ne finissant jamais plus haut que la treizième position entre 1992 et 1995. Ses performances s'améliorent par la suite, notamment sous l'impulsion de joueurs comme Garnik Avalyan, Viktor Boulatov ou encore Zourab Tsiklauri, avec une neuvième place en 1996 suivie d'une place de septième l'année suivante, qui s'accompagne d'une demi-finale de Coupe de Russie, cependant perdue face au futur vainqueur le Lokomotiv Moscou.