Neušla však pozornosti gestapa a 2. srpna 1940 byla společně s manželem zatčena, ne však za aktivity v odboji, ale za práci v ŽNR. Po zjištění napojení na odboj byla tvrdě vyslýchána a bita, pro gestapo však bez úspěchu. Týrání Horákové dosvědčuje její spoluvězeňkyně z pankrácké věznice Zdena Mašínová starší. Dva roky byla vězněna na Pankráci a na Karlově náměstí, po atentátu na Heydricha byla převezena do Malé pevnosti v Terezíně, kde později vedla oddělení tamější „marodky“, což jí umožnilo relativně volný pohyb po lágru. Zde se znovu setkala se svým vzorem Františkou Plamínkovou, později popravenou na Kobyliské střelnici. Z Malé pevnosti v Terezíně byla v červnu 1944 převezena do Lipska a poté do Drážďan. Soud s Horákovou se konal v Drážďanech v říjnu 1944, kde se sama hájila v němčině. Prokurátor jí navrhl trest smrti, který soud nakonec změnil na 8 roků káznice. Ten si odpykávala do dubna 1945 v ženské věznici v Aichachu u Mnichova (v Horním Bavorsku blízko Dachau), odkud ji osvobodila americká armáda.