Sigismundin ja Kaarlen valtataistelussa Fincke toimi varovaisesti. Kaarle-herttuan voitettua Stångebron taistelun vuonna 1598, valtataistelun tulos alkoi näyttää selvältä. Savonlinna oli Sigismundia kannattaneiden kuningasmielisten viimeinen linnake, jonne Gödikin veli Sten Finckekin pakeni. Kaarlen tultua joukkoineen Suomeen vuonna 1599 Gödik luovutti Savonlinnan taisteluitta herttualle ja menetti virkansa. Sten Fincke puolestaan mestattiin Turun verilöylyssä. Kaarle antoi kuitenkin Finckelle hallintotehtäviä jo 1601 ja vuotta myöhemmin hän antoi kuninkaalle uskollisuudenvakuutuksen.