13. yüzyılda başlayan Moğol baskısı sonucu Anadolu'ya Türk göçlerinin artmasıyla Karadeniz'de de Türkmenler görülmeye başlamıştır. Trabzon İmparatorluğu'ndaki taht mücadelelerinden faydalanan Türkmenler, Torul civarını ele geçirmişlerdir. Gümüşhane çevresinde yönetim zaman zaman el değiştirse de yörede Trabzon İmparatoru'na bağlı lordlar sürekli olarak Türkmenlere karşı mücadele etmişlerdir. Hatta Haldia Dukaları karşı saldırılarla Türkmenlerin ele geçirdiği kaleleri geri almışlardır. Ancak bölgede sonu gelmeyen çatışmalar 14. yüzyıla gelindiğinde Gümüşhane'yi harabeye çevirmiştir. 1340, 1341, 1343, 1351'de Akkoyunlular, 1360'ta Hoca Latif, 1368'de Kılıçarslan Gümüşhane bölgesine saldırmışlarsa da Osmanlı akınları ilk kez IV. İoannis döneminde 1442'de başlamış ve bölge Fatih Sultan Mehmet döneminde kesin olarak Türk egemenliğine alınmıştır. 1461’de 140 bin kişilik Osmanlı ordusuyla Trabzon'un alınmasından sonra Gümüşhane; ancak bundan 12 yıl sonra 1473'te tamamen Osmanlı İmparatorluğu'na katılmıştır.