1-я Чеченская война. Начав «Операцию по восстановлению конституционного порядка» 1994—1996 годов, российская армия попыталась силой реинтегрировать ЧРИ в состав РФ. Во время военных действий селения, дороги и различные коммуникации условного Сунженского района ЧРИ, как и по всей республике, подверглись значительным разрушениям. Происходили многочисленные факты нарушений прав человека как со стороны федеральных сил, так и со стороны сепаратистов. Боевые действия в 1994—1996 годах в одном из сёл теперешнего Серноводского района — Бамут (тогда в составе Ачхой-Мартановского района), привели почти к полному разрушению домов и инфрастуктуры, что повлекло вынужденное выселение большинства жителей (население села было более 6000 человек, или, возможно, доходило до 7,5 тысяч человек). Наиболее крупные столкновения на территории будущего Серноводского района: обстрел федеральных войск со стороны Ассиновской и последующая «зачистка» этой станицы (декабрь 1994); блокирование федеральными войсками соединений сепаратистов в Серноводском (сентябрь 1995); блокирование подразделения «закаевцев» в Серноводском (март 1996), ожесточённые бои за Бамут, в которых обе стороны потеряли убитыми сотни солдат и офицеров (март 1995 — май 1996); бой группы отряда спецназа ВВ «Росич» в окрестностях Бамута (апрель 1995); попытки сепаратистов отбить Бамут у федеральных сил массированными атаками (июль 1996). Военные действия федерального центра не увенчались успехом и не помогли вернуть Ичкерию под юрисдикцию России. В связи с предстоящими президентскими выборами в 1996 году российское руководство было вынуждено вывести войска из Ичкерии и отложить решение о её статусе до 2001 года, де-факто признав тем самым руководство сепаратистов.