1897 kehrte Grenfell nach Ägypten zurück und übernahm das Kommando über die britischen Truppen in der "Anglo-Egyptian Nile Expeditionary Force" im Feldzug zur Niederschlagung des Mahdi-Aufstandes. Generalleutnant Grenfell war dabei dem im Dienstgrad jüngeren Generalmajor Kitchener unterstellt. Dieser hatte als Sirdar der ägyptischen Armee das Oberkommando über die vereinigte britisch-ägyptische Armee. Grenfell stellte dabei aber seine Ambitionen aus politischen Gründen hinter diejenigen des Sirdar zurück. Nach dem Sieg in der Schlacht von Omdurman wurde er als Knight Grand Cross des Order of the Bath ausgezeichnet.