17 lutego 1941 "Jacob van Heemskerck" został ukończony i wszedł na nowo do służby, otrzymując także nowy radarowy system kierowania ogniem. Okręt brał następnie udział w eskortowaniu konwojów na Atlantyku i wodach wokół Wielkiej Brytanii. Do grudnia 1941 bazował w Belfaście, pełniąc służbę konwojową. Po przystąpieniu Japonii do wojny "Jakob van Heemskerck" został 12 stycznia 1942 skierowany do Azji południowo-wschodniej, w celu dołączenia do znajdujących się już tam holenderskich okrętów, stanowiących trzon sił ABDA, broniących Holenderskich Indii Wschodnich. Zanim tam dotarł, Japończycy rozgromili siły alianckie i zajęli ten obszar, więc w marcu 1942 okręt dołączył do składu brytyjskiej Floty Wschodniej na Cejlonie, zaliczony do sił Force B (wraz z niszczycielem "Isaac Sweers"). Wraz z głównymi siłami floty, "Jacob van Heemskerck" uniknął japońskiego ataku na Cejlon i brał udział w kilkudniowych bezskutecznych poszukiwaniach wroga 5-7 kwietnia 1942. 9 kwietnia wszedł w skład Force A, a następnie został przebazowany do ochrony żeglugi w zachodniej części Oceanu Indyjskiego. We wrześniu wspierał desant aliancki na Madagaskarze, a w październiku wszedł w skład amerykańskiej 7 floty, po czym głównie eskortował konwoje na Oceanie Indyjskim i wodach Australii. 28 listopada 1942 razem z australijskim krążownikiem HMAS "Adelaide" przechwycił niemiecki łamacz blokady "Ramses" (7983 BRT), który uległ następnie samozatopieniu. W lutym 1943 uczestniczył (razem z "Trompem") w osłonie dużej operacji konwojowej "Pamphlet", polegającej na transporcie australijskiej 9. Dywizji Piechoty do Sydney. Podczas remontu w marcu-kwietniu 1943 w Sydney zmodernizowano wyposażenie radarowe krążownika.