Cũng như các thân vương khác của vương triều Phổ, Friedrich Karl đã được định hướng đến sự nghiệp quân sự ngay từ khi thời thơ ấu. Ông cũng học tại Đại học Bonn từ năm 1846 cho đến năm 1848. Sau khi được phong cấp hàm Đại úy Kỵ binh năm 1848, ông đã thể hiện lòng dũng cảm của mình trong cuộc Chiến tranh Schleswig lần thứ nhất và trong chiến dịch trấn áp nổi dậy tại Baden, nơi ông bị trọng thương vào năm 1849. Sau khi bình phục, ông tiếp tục phục vụ lực lượng quân sự Phổ và lên dần đến cấp Trung tướng Kỵ binh. Vào năm 1859, ông được bổ nhiệm làm Tư lệnh Quân đoàn III Brandenburg và đã thực hiện suôn sẻ công việc của mình. Tiếp theo đó, ông được thăng cấp hàm Thượng tướng Kỵ binh năm 1861 và tham gia trong cuộc Chiến tranh Schleswig lần thứ hai năm 1864. Sau chiến thắng vang dội của mình tại Düppel ngày 18 tháng 4, ông được bổ nhiệm làm Tổng tư lệnh liên quân Áo-Phổ và trên cương vị này, ông đã dứt điểm cuộc chiến với thắng lợi quân sự quyết định của Áo và Phổ.