Po propuštění 11. června 1959 se vrátil k rodičům do Kvítkovic. Pracoval v dělnických zaměstnáních v Moravanu Otrokovice a později ve Svitu Otrokovice. Při práci pokračoval ve studiu teologie. Kněžské svěcení přijal tajně 28. září 1965 z rukou biskupa Štěpána Trochty v jeho pražském bytě. Již jako kněz, o kterém to však jeho okolí nevědělo, dělal varhaníka a sbormistra ve zlínském kostele v letech 1967-1968. Teprve v létě 1968 mohl toto tajemství zveřejnit. V době pražského jara 1968 si ho biskup Trochta vyvolil jako jednoho ze svých čtyř sekretářů. Působil u něho v Litoměřicích až do Trochtovy smrti v roce 1974. V Litoměřicích založil společenství mladých lidí, které se koncentrovalo v kostele v blízkých Žitenicích. Kardinál Štěpán Trochta mu v těchto aktivitách nechával „volnou ruku“, takže s pomocí těchto mladých lidí Pekárek žitenický kostel také opravil.