Ως σημαιοφόρος στο σώμα του Αγγελή Γάτσου, συμμετείχε αρχικά στην εξέγερση της Νάουσας τον Απρίλιο του 1822, απ' όπου κατάφερε να διαφύγει μετά την καταστροφή της. Τον Ιούνιο του 1822 βρέθηκε στην Ήπειρο, όπου στις 30 Ιουνίου συμμετείχε στη Μάχη της Πλάκας κατά του Ομέρ Βρυώνη. Στη συνέχεια μετέβη με το σώμα του Αγγελή Γάτσου στην Πελοπόννησο, όπου συμμετείχε στις μάχες κατά του Δράμαλη και στις 26 Ιουλίου του 1822 πήρε μέρος στη Μάχη των Δερβενακίων. Το 1823 με τα σώματα των Αγγελή Γάτσου και του στρατηγού Αναστάσιου Καρατάσου μεταβαίνει στη Μαγνησία, όπου στις 14 Μαΐου δίνεται η τετραήμερη Μάχη στο Τρίκερι εναντίον του Κιουταχή. Μετά την εκεχειρία στο Τρίκερι, ο Ιωάννης Μάρκου ακολούθησε τα στρατιωτικά σώματα στη Σκιάθο. Εκεί, στις 9 Οκτωβρίου του 1823 αντιμετώπισε στη μάχη που ακολούθησε τον αντιναύαρχο του Οθωμανικού στόλου Χιουσρέφ Τοπάλ πασά.