Malm deltog i kriget 1808 och gjorde sig ett namn som en av den svenska härens tappraste och skickligaste officerare. Bland de tillfällen, vid vilka han synnerligen utmärkte sig kan nämnas erövringen av Kuopio den 12 maj, varefter han blev major i armén, slaget vid Pälkjärvi, där han genom sitt djärva och väl uträknade anfall krossade den ryska styrkan som var dubbelt starkare än hans egen samt det nattliga anfallet vid Virta bro i Idensalmi den 27 oktober, då han anförde förtrupperna och framstörtade med sådan häftighet, att en rysk bataljon genast sträckte gevär och gav sig tillfånga. Nästa månad blev Malm, som nu var överstelöjtnant, sårad och tillfångatagen. Efter Fredrikshamnsfreden tillkännagav han sin önskan att få stanna i Finland och begärde sitt avsked, som beviljades honom med tillägg av adelsdiplom och en hovjägmästarefullmakt.