Les conflits frontaliers avec le Pérou voisin ont donné lieu à quatre guerres. La guerre de 1858-1860 se conclut par la signature du traité de Mapasingue, favorable au Pérou, traité dénoncé par la suite par le gouvernement du président García Moreno. La guerre de 1941, qui se conclut également par une défaite de l'Équateur et débouche sur la signature du Protocole de Rio en 1942, qui entérine la perte par l'Équateur de la majeure partie de ses possessions en Amazonie (soit !) et de l'accès au Marañon, et trace une nouvelle frontière qui se veut définitive. Toutefois, de nouvelles explorations de la zone frontalière dès 1947 aboutissent à des interprétations divergentes entre le Pérou et l'Équateur sur le tracé de la frontière, désaccords qui débouchent sur deux nouvelles guerres, la guerre du Paquisha en 1981 et la guerre du Cenepa en 1995, sans modifications territoriales importantes. Le conflit est finalement résolu par l'accord de Brasilia du 26 octobre 1998, qui fixe définitivement la frontière entre les deux pays.