החל מוועידת ברלין בשנת 1884 ועד שנת 1975 נקראה הטריטוריה סהרה הספרדית והייתה תחת שלטון ספרד. עם סיום השלטון הספרדי תבעו מרוקו ומאוריטניה ריבונות על הטריטוריה, וחילקו את שטחה ביניהן. שני החלקים נקראו סגייה אל-חמרה וריו דה אורו. מרוקו כבשה את שני חלקיה הצפוניים של סהרה המערבית בשנת 1976. במקום קמה תנועת מחתרת בשם חזית פוליסריו, בתמיכת אלג'יריה. ב-1979 נסוגה מאוריטניה מחלקי הטריטוריה שבהם שלטה, ומרוקו תפסה את רוב השטח. מאבקה של התנועה נמשך עד היום, מכיוון שמרוקו ממשיכה לטעון לריבונות על שטח זה. כדי לחזק את שלטונה במקום יישבה מרוקו יותר מ-100,000 תושבים מאזרחיה, ואילו חלק גדול מכ־200,000 התושבים המקוריים בבירה אל-עיון נעקרו מבתיהם ויושבו במחנות פליטים. לאחר הכיבוש החלה מלחמת גרילה נגד המרוקאים, אולם זו הסתיימה בהסכם הפסקת אש משנת 1991 ובהקמת MINURSO.