O vyvoleném městě se dozvěděli také plzeňští husité, kteří na Tábor vyrazili pod vedením Břeňka Švihovského a Jana Žižky z Trocnova. Tito husité byli 25. března 1420 napadeni katolickými rytíři nedaleko Sudoměře. Odražení rytířů kališníky povzbudilo a poté se jim podařilo dosáhnout rozestavěného Tábora. Táborité si mezi sebou zvolili čtyři vojenské velitele (hejtmany). Stali se jimi Jan Žižka, Mikuláš z Husi, Chval Řepický z Machovic a Zbyněk z Buchova. Pod jejich vedením podnikali táboři mnoho výpadů po jižních Čechách. Koncem května vyrazila Táborská vojska směrem ku Praze, kterou ohrožovaly armády první křížové výpravy. V červnu byl Tábor neúspěšně obléhán vojsky jihočeského šlechtice Oldřicha z Rožmberka. O rozehnání oblehatelů se zasloužili jezdci vedení hejtmanem Mikulášem z Husi. 14. července došlo na vrchu Vítkov nedaleko Prahy k bitvě, v níž se Janu Žižkovi podařilo zmařit pokus uherského a římského krále Zikmunda Lucemburského o ovládnutí hlavního města. Křížová výprava se poté rozpadla bez dalšího boje. V červenci došlo mezi husity k jednání o možném budoucím nástupci na český trůn. Jan Žižka podporoval v kandidatuře polského krále Vladislava II. Jagella nebo jeho syna, litevského velkoknížete Vytautase. Jako reakci na Čtyři artikuly pražské vydali táborité v Praze svých dvanáct revolučních článků. Jejich požadavky však Pražané nesplnili a vojska proto opustila město. Na konci srpna zahájil Jan Žižka velkou ofenzívu proti panstvím Oldřicha z Rožmberka. Hejtman se zmocnil Prachatic, Vodňan a Lomnice. Mladý Rožmberk je 18. listopadu donucen uzavřít s Táborem příměří až do února 1421. Táborským biskupem byl v září 1420 zvolen Mikuláš z Pelhřimova. 24. prosince na následky pádu z koně zemřel hejtman Mikuláš z Husi. Předním vůdcem táboritů se stal hejtman Jan Žižka z Trocnova.