Morales ha tenido sonados enfrentamientos mediáticos con funcionarios y referentes del gobierno kirchnerista. En marzo de 2012, increpó duramente a Julio De Vido, entonces ministro de Planificación, acusándolo de ser responsable de la Tragedia de Once, siendo interrumpido por el senador Aníbal Fernández, que le solicitó no emitir «juicios de valor». En septiembre de 2013, protagonizó otro cruce con Mariano Recalde, entonces presidente de Aerolíneas Argentinas, durante una exposición ante el Senado, luego de que se difundiera un vídeo en el que este se refirería a los legisladores no kirchneristas de la comisión del Congreso de control de Aerolíneas como «zánganos». Morales respondió gritándole «cobarde e hipócrita» y le exigió disculpas por la agresión, a lo que Recalde respondería posteriormente ante la prensa, afirmando que Morales era «algo peor que un zángano». Morales respondió a su vez, acusando a Recalde de ser un cobarde por no haberle respondido directamente, refiriéndose a él directamente como delincuente, y afirmando que solicitaría una audiencia personal con él para exigirle nuevamente disculpas. Sin embargo, al día siguiente el propio Morales admitió haberse excedido en sus declaraciones, aunque declaró que solo lo admitía con el fin de evitar un debate innecesario, y que de todas formas presentaría una denuncia contra Recalde por «incumplimiento de deberes de funcionario público», afirmando que había ocultado un pasivo de 750 millones de dólares durante su administración de Aerolíneas Argentinas, y acusando a la conducción de Recalde de tener un déficit de dos millones de dólares por día.