В составе сборной Чехии Марек Квапил принимал участие в молодёжном чемпионате мира 2005 года, на котором он вместе с командой стал бронзовым призёром, а также взрослом чемпионате мира 2010 года, где чехи стали победителями турнира. Также Марек регулярно призывается под знамёна сборной для участия в этапах Еврохоккейтура.