В начале войны капитан Байдак в сентябре — октябре 1941 года прошел двухмесячный курс в Военной академии РККА им. М. В. Фрунзе. После его окончания был назначен начальником 1-го (оперативного) отделения штаба 13-й отдельной курсантской стрелковой бригады СКВО. В конце ноября бригада вошла в состав 56-й армии Южного фронта и участвовала в Ростовской наступательной операции, в освобождении городе Ростов-на-Дону. Она вела наступление в первом эшелоне армии на северо-западную окраину города, затем с боями продвигалась вплоть до реки Самбек. В апреле 1942 года была выведена в резерв Ставки и переброшена в МВО, а майор Байдак зачислен в распоряжение ГУК НКО. С мая исполнял должность начальника оперативного отделения штаба 1-й истребительной бригады, затем 1-й истребительной дивизии. С последней в июле убыл на Воронежский фронт и в составе 6-й армии участвовал в Воронежско-Ворошиловградской оборонительной операции. С ноября Байдак исполнял должность начальника штаба этой дивизии.