Bereits am 30. Dezember verließ die "New Jersey" Ulithi wieder und diente bis Ende Januar 1945 den hinzugezogenen Flugzeugträgern als Geleitschutz bei Angriffen unter anderem auf Formosa, Okinawa und Luzon. Admiral Halsey holte danach seine Flagge ein – von nun an nutzte Konteradmiral Oscar Badger die "New Jersey" als sein Flaggschiff. Unter Badger nahm das Schlachtschiff als Geleitschutz der "USS Essex (CV-9)" an der Schlacht um Iwo Jima teil und Ende Februar an den ersten Luftangriffsoperationen auf Tokio und weiteren Angriffen auf Okinawa. Dort blieb die "New Jersey" bis in den April 1945 hinein im Einsatz. Im Anschluss kehrte die "New Jersey" erstmals seit Anfang 1944 ans amerikanische Festland zurück, damit in der Puget Sound Naval Shipyard eine erste Überholung stattfinden konnte. Am 4. Juli war die Überholung beendet, das Schlachtschiff wurde sofort wieder in den Westpazifik entsandt. Auf Guam angekommen, hisste Admiral Spruance seine Flagge auf der "New Jersey", die daraufhin im September in die Bucht von Tokio einlief und als Flaggschiff der amerikanischen Marinestreitkräfte in japanischen Gewässern fungierte, nachdem Japan am 2. September auf dem Schwesterschiff "USS Missouri (BB-63)" die bedingungslose Kapitulation unterzeichnet hatte. Ende Januar 1946 wurde die "New Jersey" von ihrem Schwesterschiff "USS Iowa (BB-61)" als Flaggschiff abgelöst.