Până în 1914, această regiune din India era sub controlul Tibetului. Cu toate acestea, conform , zona a intrat sub controlul Rajului Britanic. Tibetul a renunțat la câteva sute de kilometri pătrați din teritoriul său, inclusiv la întreaga regiune Tawang cu tot cu mănăstirea, în favoarea britanicilor. Acest teritoriu disputat a fost mărul discordiei pentru războiul sino-indian din 1962, atunci când China a invadat India pe , dinspre frontiera de nord-est, forțând armata indiană să se retragă. Ei au Tawangul, inclusiv mănăstirea, pentru șase luni, dar nu au profanat-o. China a susținut că Tawangul aparține Tibetului. Este una dintre puținele mănăstiri budiste tibetane care au rămas protejate de Revoluția Culturală a lui Mao, fără nicio daună. Înainte de acest război, în 1959, al XIV-lea Dalai Lama a fugit din Tibet și, după o călătorie dificilă, a trecut în India la , și a ajuns la Tawang, unde s-a adăpostit în mănăstire pentru câteva zile înainte de a merge mai departe la . 50 de ani mai târziu, în ciuda protestelor puternice ale Chinei, vizita lui Dalai Lama la la mănăstirea Tawang a fost un mare eveniment pentru oamenii din regiune, și starețul mănăstirii l-a întâmpinat cu mult fast și respect.