Tháng 12, 1994, Yeltsin ra lệnh cho quân đội tiến vào Chechnya trong một nỗ lực nhằm tái lập quyền kiểm soát của Mátxcơva với nước cộng hoà li khai này. Sau này Yeltsin đã rút các lực lượng liên bang khỏi Chechnya theo một thoả thuận hoà bình năm 1996 do Aleksandr Lebed khi ấy là thư ký an ninh quốc gia, dàn xếp. Thoả thuận cho phép Chechnya có quyền tự trị rộng rãi hơn nhưng không được hoàn toàn độc lập; "xem Chiến tranh Chechnya lần thứ nhất".