De macht van da Ponte nam nog toe binnen de bestuurders van de Raad van Tien. Bij elke verkiezing van een nieuwe doge was da Ponte prominent aanwezig. In 1566 werd hij benoemd tot ambassadeur bij de nieuw verkozen paus, Pius V. Deze weigerde de geloofsbrieven van da Ponte te aanvaarden. Pius V wees da Ponte aan als diegene die kwaad had binnen gebracht in het Concilie van Trente. De paus was de andere anti-Roomse incidenten van da Ponte niet vergeten: de bisschop van Bergamo en de kerkenbelasting in Venetië. Bij de volgende pausverkiezing, deze van Gregorius XIII, ontdooiden de relaties tussen da Ponte en de Heilige Stoel (1572). Daar was een goede reden voor: onder impuls van de diplomatieke bemoeienissen van da Ponto was de Republiek Venetië lid van de Heilige Liga. Deze Liga was anti-Ottomaans. De Ottomaanse veldheer Pasja had immers Malta veroverd en bedreigde Venetië, Spanje en andere katholieke landen. Onder leiding van Spanje waren de Ottomanen verslagen bij Lepanto. Ook na de zeeslag toonde da Ponto zich als een gedreven diplomaat voor de katholieke zaak. Paus Gregorius XIII noemde da Ponte een "angelicus pacis".