Następnie Seedorf przeniósł się do miejscowych rywali Interu Mediolan – Milanu, na zasadzie wymiany z Francesco Coco. W sezonie 2002/2003 wywalczył pierwszy od 26 lat dla klubu Puchar Włoch i trzeci raz w swojej karierze Ligę Mistrzów, stając się jednocześnie pierwszym zawodnikiem, który zdobył to trofeum grając w trzech różnych klubach, a także Superpuchar Europy 2003.