Pawel Magasejew nahm auch an den Biathlon-Juniorenweltmeisterschaften 2009 teil, bei denen er mit der russischen Staffel die Silbermedaille gewinnen konnte. In den Individualwettbewerben kam er nicht über einen 10. Platz hinaus. Bei den Junioren-Sommerbiathlon-Weltmeisterschaften 2009 war er mit einer Goldmedaille in der Mixed-Staffel und zwei Silbermedaillen, in Sprint und Verfolgung, erfolgreich.