Franska revolutionskrigen och de efterföljande Napoleonkrigen kom att innebära slutet på Kurpfalz liksom för många andra tyska småstater. Genom freden i Lunéville 1801 tvingades Maximilian Josef att avträda alla pfalziska territorier väster om floden Rhen till det revolutionära Frankrike. Därefter följde Riksdeputationens huvudbeslut 1803, som påbjöd storskalig mediatisering i Tysk-romerska riket och möjliggjorde en betydande expansion för Bayern. Priset var dock att Bayern fick avträda vissa områden till grannlandet Baden, nämligen återstoden av Kurpfalz öster om Rhen. Vid Tysklands reorganisation 1815 återlämnades endast delar av det gamla Pfalz till Kungariket Bayern och blev en av dess provinser.