Степинчево прво јавно обраћање поводом усташких покоља догодило се почетком 1943. године. Тек како је рат одмицао, а нарочито после савезничких победа на Северноафричком фронту и код Стаљинграда, Степинац је постајао све критичнији према нацистичкој и усташкој идеологији. Почео је да напада нацисте у проповедима и писмима Павелићу, у почетку опрезно. У једном писму оштро је критиковао усташке поступке у Јасеновцу, кад је убијено и седам словеначких свештеника избеглих из Словеније под оптужбом да су радили против НДХ. Чини се да је већ до августа 1943. године схватио да ће НДХ и Силе Осовине изгубити рат, као и да је обнова Југославије врло вероватна, било у случају партизана или четника. Немци су октобра 1943. стрељали 30 сељака из његовог родног села Крашић, међу којима и његовог брата Максима, члана народноослободилачког одбора, а да то Степинац није знао. Братовљева смрт је имала велики утицај на Степинца, који ће ускоро направити најодлучнији напад на нацистичку идеологију и немачку политику. Степинац је говорио на проповеди у загребачкој катедрали и подигао глас против оваквих злочина. Ови протести су према документима били и под притиском Ватикана који је 1943. већ претпостављао исход рата, тј. пораз сила Осовине. Из Ватикана се преко Степинца гурала идеја да се у Хрватској касније смени усташка власт и доведе на власт Мачеков ХСС, и да тако Хрватска (као перспективно антифашистичка земља) задржи границе НДХ.