Den 9. oktober 1899 opfordrede præsident Kruger englænderne til at trække deres tropper bort fra grænsen, og da englænderne vægrede sig, begyndte krigen den 12. oktober 1899. Begyndelsen var meget heldig for boerne, men efter general Cronje’s kapitulation i februar 1900 udbredte englænderne, der efterhånden havde samlet en mægtig hær i Sydafrika, sig over hele Transvaal, og til trods for Botha’s, Delarey’s, De Wet’s og andres heltemodige kampe måtte boerne bukke under for overmagten og slutte Freden i Vereeniging 15. maj 1902, hvorved England annekterede hele landet. I de første år efter anneksionen holdt spændingen mellem boerne og englænderne sig, men efter at der 1906 var indført selvstyre, bedredes forholdet. Boernes overgeneral i krigen Louis Botha blev Transvaals første præsident.