Com a Seleção Tcheca de Futebol, estreou em outubro de 1994. Participou de duas Eurocopas (1996, como reserva de Petr Kouba na campanha do vice-campeonato, e 2000, como titular) e da Copa das Confederações de 1997. Despediu-se da Seleção Tcheca em novembro de 2001, após a não-classificação da equipe à Copa de 2002. Srníček disputou 49 jogos com a camisa da República Tcheca.