En 1861 el ayuntamiento de la ciudad de México habría pedido al gobierno federal parte del convento de Santa Brígida para crear un colegio gratuito para niñas. Luego de las Leyes de Reforma, el 26 de febrero de 1863 el convento fue exclaustrado con Ignacio Mariscal como interventor y convertido en cuartel, comprando la casa luego un donante que lo devolvió a las religiosas. Por un breve tiempo por la Segunda Intervención Francesa fue reocupado por las brigidinas, siendo expulsadas nuevamente tras la restauración de la República. En 1867 fue convertida en la Prisión General del Estado por instrucciones del presidente Benito Juárez. Las religiosas luego de ocupar varias casas privadas se establecerían en 1895 en Tacubaya en una casa regalada por Vicente Escandón