Después de que el gobierno Hutu llevase a cabo el Genocidio de Ruanda, el FPR derrocó a la dictadura extremista hutu, estableciéndose como nuevo régimen en el país. Una vez en el poder formaron un gobierno de unidad nacional con Pasteur Bizimungo, miembro de la etnia Hutu, como presidente, y Paul Kagame, representante del pueblo tutsi, como vicepresidente. Entre sus principales demandas se incluyó la exigencia de juzgar a los responsables hutus del genocidio.