Sin embargo, en agosto de 1808, tras la derrota de Bailén, los franceses se repliegan y dejan León, restituyéndose las autoridades anteriores a la invasión. Poco después, con la entrada de Napoleón en España con más tropas cambió la situación, volviendo los franceses a tomar la ciudad a finales de diciembre de 1808. En 1809, el dominio de la ciudad se lo turnan los británicos y los franceses. Retomado su dominio en junio de 1812, sólo volvió a manos francesas durante un breve período en 1813, pero acto seguido los franceses se replegaron totalmente, acabando la guerra y volviendo la ciudad a la normalidad.