Po tej klęsce Hardee ponownie zaczął krytykować Bragga i dołączył do grupy oficerów, którym w końcu udało się przekonać prezydenta Jeffersona Davisa, że Bragga należy usunąć. Dowódcą armii przed zbliżającą się kampanią atlancką został Joseph Johnston. Wobec tego, że Johnston stosował wobec agresywnego Williama Tecumseha Shermana taktykę cofania i uników, władze Konfederacji zastąpiły go bardziej bojowym gen.-por. Johnem Bell Hoodem. Hardee nie mógł zrozumieć szaleńczej taktyki Hooda, która przynosiła tylko coraz większe straty. Po bitwie pod Jonesboro na przełomie sierpnia i września poprosił o przeniesienie, skutkiem czego został wyznaczony komendantem Departamentów Karoliny Południowej, Georgii i Florydy. Powstrzymywał jak mógł (dysponując niewystarczającymi siłami) wyniszczający „marsz Shermana ku morzu”, co zakończyło się 20 grudnia ewakuacją Savannah (Georgia). Gdy armia Shermana zmieniła kierunek natarcia i uderzyła w marcu 1865 roku na Karolinę Północną, Hardee uczestniczył w bitwie pod Bentonville, gdzie podczas szarży kawaleryjskiej śmierć poniósł jego jedyny syn, 16-letni Willie. W bitwie tej, zgodnie z planem Johnstona, Hardee miał związać jedno ze skrzydeł sił Shermana pod Averasborough, by Johnston mógł się rozprawić z drugim. Plan się nie powiódł i Hardee, wraz z Johnstonem, musiał skapitulować 26 kwietnia w miejscu zwanym Durham Station.