В начале 1955 года в составе сборной Парагвая отправился на чемпионат Южной Америки в Чили. Дебютировал во взрослой сборной в четвёртой, предпоследней игре против хозяев первенства чилийцев. Игра, как и весь чемпионат, сложилась неудачно для «альбиррохи» — Чили разгромила Парагвай 5:0. В последней игре против Перу (1:1) Хуан Агуэро не также не сыграл.