После восстания Чехословацкого корпуса в мае 1918 года Эльцин выступал за отход большевиков из Уфы — чтобы дать возможность чехословакам «мирно» вернуться домой. В июне 1918 переехал в Москву, и Ленин назначил его членом ВЦИК и коллегии НКВД. Был заместителем наркома НКВД РСФСР. Обращался к Ленину с предложением ужесточить режим, на что Ленин директировал ему впредь не предлагать изменений Конституции и «всякие мысли об усилении диктатуры пролетариата оставить». После возвращения большевиков в Уфу в январе 1919 году Ленин выдал ему мандат председателя уфимского губревкома и губисполкома, уполномоченного организовать советскую власть в Башкирии. Выступал против образования Татаро-Башкирской республики, встречался по этому вопросу с Лениным во время 9 съезда РКП(б) (апрель 1920). При восстановлении заводов в Башкирии проводил политику, критиковавшуюся Лениным, снят с должностей в 1920 году. После этого работал в Наркомате социального обеспечения Украины, правлении Главполитпросвета, Госплане РСФСР. Троцкий называет его в числе лиц, составлявших «костяк партии» (Ленин тоже относил его к числу «ответственных советских работников», наряду с такими, как Цюрупа, Брюханов и другие, но выражал некоторые сомнения в его объективности).