Il Man United apre la stagione 2013-2014, la prima del dopo-Ferguson, con la vittoria per 2-0 in Community Shield ai danni del retrocesso Wigan. Il 17 settembre 2013 Rooney raggiunge il traguardo dei 200 gol con la maglia della squadra di Manchester nella vittoria per 4-2 contro il Bayer Leverkusen, prima partita d'andata nella fase a gironi dell'edizione 2013-2014 di UEFA Champions League, confermandosi come quarto migliore marcatore di sempre della squadra, a 12 reti dal primatista Jack Rowley. Il 21 febbraio 2014 prolunga proprio contratto con il Manchester United, diventando così, con 18,9 milioni di euro a stagione, il giocatore con lo stipendio più alto della Premier League.