Primele semne de așezări omenești în zonă datează încă din Epoca de piatră, în jur de cca. 80.000 de ani în urmă. Dovezi ale ocupației romane, precum monede și unelte, au fost găsite în jurul cetății. Numele său vine din latină: "mons securus", care a derivat în "mont ségur", ceea ce înseamnă "dealul cel sigur" în limba occitană. În Evul Mediu, regiunea Montségur a fost condusă de Conții de Toulouse, de Viconții de Carcassonne, iar în final de Conții de Foix. Se știu puține lucruri despre fortificație până la Cruciada Albigensiană.