Mesto bolo osadníkmi pomenované podľa Arthura Wellesleyho, 1. vojvodu z Wellingtonu a víťaza bitky pri Waterloo, ktorého titul pochádza z mestečka v anglickom Somersete. Maorský názov pre mesto Wellington znie "Te Whanga-nui-a-Tara", čo v preklade znamená "veľký prístav Tary" podľa jedného z prvých domorodých obyvateľov tohto územia. Možno sa tiež stretnúť s názvom "Pōneke" alebo "Te Upoko-o-te-Ika-a-Maui", "Hlava Máuiho ryby", tradičným označením najjužnejšej časti Severného ostrova. To sa viaže k legende, podľa ktorej bol celý Severný ostrov vylovený z vody polobohom Máuim.