Matthew estreou-se na televisão em 1998 com o papel de Hareton Earnshaw na adaptação de "Wuthering Heights" da ITV. No ano seguinte foi um dos protagonistas de "Warriors", um telefilme exibido em duas partes na BBC que segue as vidas dos capacetes azuis britânicos da ONU envolvidos na operação de manutenção da paz na Bósnia no início dos anos 1990. Macfadyen foi nomeado para Melhor Ator pela Royal Television Society por este papel.