Toto město bylo po dlouhou dobu v konfliktu se "Selinúntem" (dnes Selinunte), který se pravděpodobně snažil zajistit si přístav na pobřeží Tyrhénského moře. První bitvy mezi těmito městskými státy se odehrály mezi lety 580–576 př. n. l. a znovu pak roku 454 př. n. l., ale později měl mít konflikt dopad na celou Sicílii. Roku 415 př. n. l. požádala Segesta o pomoc Athény, což vedlo ke katastrofální athénské výpravě na Sicílii (415–413 př. n. l.). Později Segesta požádala o pomoc Kartágince, kteří s Řeky dlouhodobě vedli války o Sicílii, a ti Selinús srovnali se zemí. Segesta nadále setrvala ve spojenectví s Kartágem, kvůli čemuž byla roku 397 př. n. l. obléhána Dionýsiem Syrakuským a o 90 let později zničena Agathoklem. Z této porážky se však zotavila.