Durante la guerra de 1975-1991 entre el Polisario y Marruecos, hubo varias batallas por el control de Guelta Zemmur, las más importantes tuvieron lugar del 24 al 27 de marzo y el 13 de octubre de 1981. En la actualidad, la ciudad está controlado por Marruecos como parte de lo que reclama como sus Provincias Meridionales, pero su estatus definitivo está aún por determinar. En la actualidad mantiene una base militar marroquí, con un centro satélite de comunicaciones, y las áreas alrededor de la ciudad (que está cerca del Muro marroquí) están plagadas de minas.