Après la chute de l'Union soviétique, le Dinamo est replacé au sein de la nouvelle troisième division russe en 1992. Après avoir fini quatorzième de la zone 2 cette année-là, il est finalement relégué l'année suivante à la faveur d'une quinzième place dans la zone 3 mais surtout en raison de la création d'une quatrième division professionnelle où sont envoyées la plupart des équipes de troisième division. Il évolue par la suite quatre années à cet échelon, finissant successivement entre haut et milieu de classement avant de retrouver le troisième échelon en 1998 après la dissolution du quatrième niveau professionnel.