Em outubro de 2009, semanas antes do evento, a ginasta anunciou sua retirada da equipe que atuou no Campeonato Mundial de Londres, ao não conseguir preparar-se fisicamente. Com Chellsie, essa foi a quarta desistência da equipe olímpica norte-americana, após Nastia Liukin, Shawn Johnson e Samantha Peszek. Em julho do ano seguinte, em seu retorno as competições, disputou o "CoverGirl Classic", realizado na cidade de Chicago. Competidora dos quatro aparelhos, não cometeu erros graves e encerrou medalhista de prata no individual geral, 0,300 ponto atrás da primeira colocada, Alexandra Raisman. No mês seguinte, no Campeonato Nacional, voltou a competir nos quatro aparelhos, porém, durante o segundo dia de competição, sofreu uma lesão no ombro após uma queda nas barras assimétricas. Optando por não finalizar a rotina, encerrou na oitava colocação no individual geral e medalhista de prata na trave de equilíbrio. Após, foi novamente inserida na equipe nacional principal norte-americana e viajou ao Acampamento Karolyi, no Texas, para participar da seleção que definiria as ginastas que disputariam o Mundial e os Jogos Pan-americanos. Não recuperada da lesão sofrida, foi anunciada apenas como integrante da equipe que disputaria o evento em Guadalajara. Contudo, foi retirada da lista de participantes em 23 de setembro, para passar por uma cirurgia no bíceps lesionado. Em entrevista, anunciou que o tempo de recuperação seria de três meses. Em novembro de 2012, após não ter sido selecionada para integrar a equipe que disputou as Olimpíadas de Londres, anunciou oficialmente sua aposentadoria do esporte.