Lors de la Première Guerre mondiale, l'évacuation des principales collections du musée est organisée dès le . Dix-neuf jours plus tard, les Fouquet, les Raphaël, une vingtaine de peintures, les plus beaux manuscrits, les 300 dessins de Clouet et le cabinet des gemmes prennent la direction du musée de Toulouse dans dix-neuf caisses, en compagnie des collections du musée du Louvre. Le reste est stocké dans les caves. Les troupes allemandes occupent les salles du château les 3 et , à l'occasion des combats autour de Senlis. En 1918, avec la nouvelle avancée allemande lors de la seconde bataille de la Marne, la décision est prise d'évacuer le reste des collections ainsi que les archives vers le musée de Dijon, en train ou en camion. L'ensemble des collections revient après le 11 novembre 1918.