El 30 de junio de 1826 fue ascendido a General, retornando al servicio como comandante de la División de la Guardia. En 1828 marchó al norte al iniciarse la guerra con la Gran Colombia; tomó el mando de la Segunda División y actuó en la batalla del Portete de Tarqui (27 de febrero de 1829). Luego contribuyó a mantener la posesión de la plaza de Guayaquil. Al ser derrocado el presidente José de La Mar en pleno conflicto, quedó como general en jefe del Ejército del Norte, al tiempo en que el general Agustín Gamarra se trasladaba a Lima para asumir el gobierno.