У збірній Клозе виступає чи не краще, ніж у клубі. Зірка Клозе яскраво засвітилася на Чемпіонаті світу 2002 року, коли він у першій же грі зробив хет-трик у ворота збірної Саудівської Аравії. Потім в наступних двох матчах Клозе забив ще по м'ячу. У підсумку на рахунку Клозе було 5 голів, причому всі вони були забиті головою. За 93 гри за національну команду нападник забив 48 м'ячів. Завдяки цьому він в 2007 вперше вивів Німеччину на поле з капітанською пов'язкою. Це сталося в матчі проти Уельсу у вересні, коли його команда виграла 2:0, а сам Мірослав забив один з м'ячів.