Annak ellenére, hogy a "Jugoszláv Szövetségi Köztársaság" 1992. április 28-án megalakult a csapatait minden egyes sporteseményről kizárták, ez alól nem volt kivétel a labdarúgó-válogatott sem. Első hivatalos mérkőzésüket 1994. december 23-án játszották Porto Alegreben Brazília ellen, melyen 2–0 arányban vereséget szenvedtek. Három nappal később Buenos Airesben 1–0-ra kaptak ki Argentínától. A csapat első szövetségi kapitánya a korábbi jugoszláv válogatott labdarúgó Slobodan Santrač volt. Az ENSZ döntése értelmében nem indulhattak az 1994-es világbajnokság és az 1996-os Európa-bajnokság selejtezőiben sem.