在波黑戰爭時期，作為波斯尼亞克人象徴的清真寺成為了被攻撃対象，在塞拉耶佛圍城戰役期間格兹·胡色雷·貝格清真寺受到了很大損害。戰爭結束後的1996年開始了修復工作。然而，當時的修復資金有很多都是來自沙特阿拉伯，修復時受到了瓦哈比派的影響。修復後的清真寺被消去了色彩和装飾性要素，改為以白色為基調的建築。2000年開始，爲了讓清真寺回到戰爭前的樣子，開始了完全的修復工作。有時通稱為「貝格清真寺」（Begova džamija）。