Alla morte id Eric II nel 1584 il principato di Calenberg-Gottinga passò nuovamente alla linea dei Guelfi di Wolfenbüttel. Nella Guerra dei Trent'anni il fratello del duca Federico Ulrico, Cristiano, portò la guerra nello stato. Dopo che le truppe danesi guidate dal re Cristiano IV vennero sconfitte dal generale Johann t'Serclaes von Tilly della lega cattolica nella Battaglia di Lutter, Tilly occupò l'intero principato nel 1626 e solo le città di Brunswick e Hannover non poterono essere catturate.