À Paris, les choses se passent bien différemment. Des mémoires envoyés par Dupleix sont arrivés de Pondichéry dénonçant le colonisateur de l'Isle de France et le vainqueur de Madras comme un traître lâchement vendu aux intérêts des ennemis de son prince et de son pays. Brûlant d'aller confondre ses calomniateurs, La Bourdonnais obtient, sur parole, de passer en France. II se rend directement la Cour de France à Versailles, et demande des juges avec le calme et la fierté d'un homme fort de son innocence. La nuit même, en vertu d'un ordre du roi, il est arrêté et jeté à la prison de la Bastille le 3 mars 1748 pour spéculation et mauvaise administration.