Hideyoshi fece Mitsunari daimyō nel 1591, affidandogli la provincia di Ōmi come feudo, assieme al castello di Sawayama. Mitsunari volle come suo ufficiale Shima Sakon, all'epoca ronin, a cui diede ben metà del suo feudo. Ishida partecipò alla campagna di Corea come supervisore delle truppe. Amico di Konishi Yukinaga, si attirò le ire e il disprezzo di Katō, che lo definì "un civile immischiato in un'armatura". Ishida criticò la condotta indolente di Kobayakawa Hideaki, nipote del Taiko, alienandosi le simpatie di molti. Tornato in Giappone nel 1593, cercò di avviare una trattativa di pace con l'esercito cinese, intervenuto nella guerra coreana, tuttavia l'indifferenza di Hideyoshi fece fallire i negoziati. Tornato in Corea nell'inverno del 1597, vi restò fino al disastro, per poi tornare in patria nel 1598, quando si capì che la malattia stava portando Hideyoshi alla tomba. Ishida fu nominato come uno dei Go-Bugyō del Giappone da Hideyoshi morente, affiancandolo ai cinque reggenti che avrebbero aiutato il governo dell'infante Toyotomi Hideyori. Preoccupato dalle ambizioni di Tokugawa Ieyasu, Hideyoshi affidò segretamente a Mitsunari il compito di vigilare su Hideyori e la concubina Yodogimi (di cui si diceva Mitsunari fosse amante).