Quelques jours après le début de la Première Guerre mondiale, Bauer est mobilisé. Il participe aux batailles de Komarów, de Rava-Rouska et de Przemyśl. Lors de la bataille de Cracovie, il est capturé et retenu, comme prisonnier de guerre, à Troïtskossavsk, en Russie jusqu'en . Pendant la révolution russe, il prend parti pour Julius Martov contre les menchéviks, mais soutient par la suite, malgré ses réticences sur le fond, le régime bolchévik russe.