Celý areál byl silně poškozen za švédského obléhání Starého Města roku 1648, jehož boje se odehrávaly na Karlově mostě u staroměstské mostecké brány, tedy v těsné blízkosti kláštera. Teprve po válce, roku 1663 mohla být zahájena celková barokní přestavba areálu konventu. Jako první byl dokončen nový trakt směrem do dnešní Křižovnické ulice.