В апреле 1941 года участвовал в эвакуации союзных войск из Греции, в мае — с острова Крит. С июня по июль привлекался к снабжению осаждённого гарнизона Тобрука, совершив 24 рейса в осаждённый город. Из-за поломки левой машины 22 августа отправился на ремонт в Австралию, 27 сентября прибыл в Мельбурн, где встал на ремонт и переоборудование, завершившиеся в апреле 1942 года. После ввода в строй участвовал в охранении конвоев и противолодочном патрулировании в восточных водах Австралии. В конце 1943 года выведен в резерв, в начале 1944 года началось переоборудование «Стюарта» в корабль снабжения и войсковой транспорт. После переоборудования действовал в новом качестве в водах Австралии и Новой Гвинеи до января 1946 года.