Quarta filha do rei Fernando II das Duas Sicílias e de sua segunda esposa, a arquiduquesa Maria Teresa Isabel da Áustria, Maria Anunciata era chamada carinhosamente de "Ciolla" por seu pai. Seus avós paternos foram o rei Francisco I das Duas Sicílias e Maria Isabel de Bourbon, infanta de Espanha; enquanto seus avós maternos foram o arquiduque Carlos de Áustria-Teschen (herói austríaco, vencedor da Batalha de Aspern-Essling) e a princesa Henriqueta de Nassau-Weilburg. À semelhança de suas irmãs, Maria Anunciata herdou o temperamento tímido e reservado da mãe, sempre reclusa e avessa às festas e cerimônias da corte (contrastando com seu marido e filhos varões, de temperamento alegre e festivo).