1958年9月にフランス領西アフリカ及びフランス領赤道アフリカの広大なフランス領の植民地に対し、フランス共同体の元での大幅な自治を認める第五共和国憲法の承認を求めた。急進的独立派だったセク・トゥーレ率いるギニアはこれを否決し単独独立の道を歩んだものの、それ以外の植民地はすべてこれを承認した。1959年9月、ド・ゴールはアルジェリア人に民族自決を認めると発言した。これにコロンは激しく反発し、1960年1月にはアルジェ市でバリゲードの1週間と呼ばれる反乱を起こした。1961年4月、アンドレ・ゼレール、ラウル・サラン、モーリス・シャール、エドモン・ジュオーの4人が反乱し、ド・ゴールが速やかに鎮圧した（将軍達の反乱）。右翼組織OASもテロによりアルジェリア領有の継続を主張したが、1962年にド・ゴールは独立を承認した。ド・ゴールはこの間に度々OASのテロと暗殺の標的となった（→"詳細は「ジャッカルの日」項を参照"）。1962年8月にはパリ郊外のプティ＝クラマールで、乗っていた自動車がOASにより機関銃で乱射されたが、ド・ゴールは九死に一生を得た。