La repubblica cambiò nome in Repubblica di Moldavia il 23 maggio 1991, e dichiarò l'indipendenza dopo il tentato colpo di Stato in Unione Sovietica, il 27 agosto 1991. Nel 1992 scoppiò nella regione della Transnistria, a maggioranza russofona, un conflitto tra le autorità locali (supportate da Mosca) e il nuovo governo di Chișinău. Il conflitto, durato alcuni mesi, si risolse con un armistizio che, "de facto", sanciva l'autonomia della Transnistria dalla Moldavia. I vertici delle istituzioni politiche ed accademiche del paese erano occupati da persone di tutte le tre principali etnie; con il passare degli anni però questa situazione mutò gradualmente.