Come organizzazione amministrativa, i belgi utilizzarono la struttura indigena esistente. Fedeli alle teorie razziali dell'epoca, credevano che i tutsi fossero etnicamente superiori, ed affidarono loro grandi responsabilità amministrative ed economiche, dopo averli formati in scuole coloniali. Gli hutu invece, ritenuti più docili e succubi, furono lasciati ai margini, pur essendo la maggioranza della popolazione. La società indigena era più complessa, ma questa semplificazione e questa stratificazione della società su basi razziali provocò in seguito, col raggiungimento dell'indipendenza, gravi ripercussioni destabilizzanti e devastanti violenze che culminarono nel 1994 con un tragico genocidio.