En 1707, Ménxikov rep el comandament de les tropes cosaques. El 1709, Pere l'envia a Ucraïna per castigar-hi els cosacs descontents que, sota les ordres de l'ataman Ivan Mazepa, havien pres partit per Carles XII de Suècia. S'apodera de Baturin on fa massacrar tota la població. Després es dirigeix cap a Poltava on l'esperen Pere i els altres generals. En el moment de la Batalla de Poltava, on el rei suec és esclafat, és ell qui comandat l'ala esquerra de l'exèrcit rus.