Podgora wurde urkundlich erstmals 1571 nach der Seeschlacht von Lepanto erwähnt, in deren Folge 30 Küstenorte an Venedig fielen. Die Einwohner Podgoras lebten damals aus Angst vor Piraten noch am Hang des Biokovo und nicht an der Küste. Während der kurzen Herrschaft der Franzosen von 1805 bis 1814 wurde das Gebiet durch den Bau von Straßen erschlossen. Anfang des 20. Jahrhunderts wurde Podgora in den Staat Jugoslawien integriert. Als das Königreich Jugoslawien im Zweiten Weltkrieg durch die Achsenmächte zerschlagen worden war, wurde der Ort durch die Machtübernahme der faschistischen Ustaša im Jahr 1941 eine Gemeinde des Unabhängigen Staates Kroatien. 1942 wurde im alten Hafen von Podgora die erste Marineabteilung der jugoslawischen Volksbefreiungsarmee aufgestellt, bestehend aus zwei Schiffen. Daran erinnert heute das monumentale Denkmal "Galebova Krila" (deutsch "Möwenflügel"), das am 20. Jahrestag dieses Ereignisses enthüllt wurde. Nach Ende des Krieges gehörte es wieder zu Jugoslawien. Erst nach dem schweren Erdbeben von 1962, das große Schäden anrichtete und in Podgora ein Menschenleben forderte, siedelte der Großteil der Bewohner sich unmittelbar am Meer an.