Nel 1987 il comandante della Twelfth Air Force assunse la responsabilità dello United States Air Force Southern Command. In questa veste, la 12 AF gestisce tutto il personale ed i mezzi dell'aviazione nell'area di responsabilità dello United States Air Force Southern Command, ossia l'America Centrale e Meridionale. Durante l'Invasione statunitense di Panama del 1989, per esempio, la 12 AF ed altre forze aeree furono impiegate in appoggio delle forze statunitensi, con il dichiarato proposito di ripristinare la democrazia a Panama. Nel 1994 la 12 AF gestì ed organizzò le operazioni aeree pertinenti all'Operazione Uphold Democracy, la missione finalizzata a ripristinare la democrazia haitiana, ed al contempo a sostenere la Operazione Safe Haven svolta dallo U.S. Southern Command in favore dei rifugiati cubani.