Le origini di Deruta rimangono in parte oscure. Lo storico e annalista Felice Ciatti (1592-1642) ipotizza che la città sia stata fondata dai perugini in fuga in seguito all'incendio di Perugia, atto finale del "Bellum Perusinum" (41-40 a. C.), per il Ciatti il toponimo deriverebbe quindi dal latino "diruo" ("distruggere"), da cui "Diruta" ("distrutta"). Della stessa opinione è lo storico Cesare Caporali (1531-1601), che troverebbe conferma di questa origine nel toponimo di "Perugia Vecchia", località presso la frazione derutese di Castelleone. L'umanista Flavio Biondo, che tuttavia cita Deruta ("Dopo che il fiume Chiascio si getta nel Tevere, dapprima, non lontano dal Tevere, giace la cittadina di Deruta, vivacemente popolata"), contesta il Caporali affermando che tale nome non compare nel catasto della città prima del XVII secolo, dunque non collegandola al "Bellum Perusinum."