St. Clair fu membro del consiglio di censura della Pennsylvania nel 1783, e fu eletto delegato al Congresso della confederazione dal 2 novembre 1785 al 28 novembre 1787. Vi furono sommosse all'inizio del 1787 con la ribellione di Shays, mentre gli stati si rifiutavano di risolvere i conflitti sulla terra o di contribuire al governo federale nato da soli 6 anni. Il 2 febbraio 1787 i delegati raggiunsero un quorum ed elessero St. Clair ad un mandato di un anno da presidente del Congresso Continentale. Il Congresso approvò la sua legge più importante, l'Ordinanza del nordovest, durante il mandato da presidente di St. Clair. Durante la presidenza St. Clair la Convenzione di Filadelfia stava stilando una nuova Costituzione degli Stati Uniti d'America che avrebbe abolito il vecchio Congresso.