次いで第31特別根拠地隊司令官となり、再びルソン島の戦いの戦地へ向かった。同根拠地隊はフィリピンの首都マニラ防衛のために組織された部隊であった。第14方面軍司令官山下奉文陸軍大将は、マニラをオープンシティとする方針であったが岩淵は一歩も譲らず、このためマニラの戦いでは市民が巻き添えになり、マニラ大虐殺が発生する原因になった。岩淵も戦闘中に自決し、死後海軍中将に特別進級した。