Podczas bitwy pod Borodino 7 września 1812 r. Barclay dowodził prawym skrzydłem. W walkach wykazał wytrwałość i wielkie opanowanie oraz umiejętne dowodzenie w obronie. Uznał wybraną przez L.L Beningsena strategię obrony Moskwy za nierokującą powodzenia i poradził Kutuzowowi, aby ten poddał nieufortyfikowaną Moskwę Napoleonowi bez walki. We wrześniu 1812 musiał odejść z armii ze względu na problemy ze zdrowiem.