La primera aparición de Dante para el club fue en la Supercopa de Alemania el 12 de agosto de 2012, en la derrota 2-1 ante el Borussia Dortmund. Hizo su debut en la liga el 25 de agosto, con una victoria de 3-0 sobre el recién promovido SpVgg Greuther Fürth. Anotó su primer gol para el equipo en la goleada 5-0 sobre el Hannover 96, el 24 de noviembre de 2012. Tuvo un impacto inmediato en el Bayern, ganándose un lugar en el once inicial, formando alianzas con Holger Badstuber, Daniel van Buyten y Jérôme Boateng en el centro de la defensa.