Na skutek opanowania biegu środkowej Wołgi Wielkie Księstwo Moskiewskie osiągnęło potęgę zagrażającą graniczącym z nią na północy Inflantom, którym narzuciło 1554 roku protektorat. W reakcji król Zygmunt II rozpoczął szerokie przeciwdziałania dyplomatyczne i podjął demonstrację zbrojną, których efektem był zawarty 28 listopada 1561 roku układ w Wilnie, w wyniku którego byłe państwo Zakonu Kawalerów Mieczowych zostało zsekularyzowane, północne Inflanty włączone do Polski i Litwy, a południowe stały się lennem. Uzyskując szerszy dostęp do Morza Bałtyckiego Unia Jagiellońska włączyła się w konflikt o "". Potrzeba zgromadzenia środków na powołanie armii oraz zagrożenie wojenne zbliżyły króla Zygmunta Augusta do szlachty średniej, co poskutkowało sejmami egzekucyjnymi w latach 1562–1564, w trakcie których przeprowadzono w Polsce egzekucję części dóbr koronnych, nieprawnie dzierżonych przez magnatów i reformy w administrowaniu królewszczyznami. Przeprowadzono jednocześnie reformę finansowania wojska stałego. Rozpoczęte w 1563 r, działania zbrojne w trakcie pierwszej wojny północnej przyniosły Litwie utratę zdobytego przez Rosjan Połocka. Kontrofensywa polsko-litewska podjęta w 1568 roku nie odzyskała strat, z powodu niespełnienia żądań szlachty litewskiej przez króla, jednakże doprowadziła do zawarcia kompromisowego pokoju w 1570 roku w Szczecinie, na mocy którego Unia Jagiellońska zachowywała większą część Inflant. Północną ich części opanowała Szwecja, której królem w 1568 roku został Jan III Waza, mąż siostry króla Zygmunta II.