Od roku 1957 byla "Lake Champlain" využívána jako protiponorková letadlová loď (CVS-39) a jako taková se roku 1962 zapojila do blokády Kuby za kubánské krize. Jelikož "Lake Champlain" nebyla zařazena do modernizačního programu SCB-27C, stala se v 60. letech poslední americkou aktivní letadlovou lodí s průběžnou letovou palubou, zatímco ostatní plavidla měla mnohem výhodnější palubu úhlovou.