1539 trat das albertinische Sachsen der Reformation bei und Panitzsch wurde evangelisch. Ende des 16. Jahrhunderts ist eine letzte umfassende Renovierung beurkundet. 1623 kam eine neue Kanzel, die an der Südseite am Triumphbogen stand hinzu. 1631/1632 brachte die Schlacht bei Breitenfeld bzw. Lützen große Verwüstungen.