Аэропорт появился в 1937 году при создании авиационного подразделения, первыми самолётами, которые базировались на барнаульском аэродроме, были По-2. В период подготовки к войне с Японией на аэродроме с июля 1945 года базировался 401-й истребительный авиационный полк ПВО из состава 297-й иад на самолётах Ла-7. Полк перебазирован из Ленинградской армии ПВО железнодорожным эшелоном и без материальной части. Самолёты полк получал уже здесь, на аэродроме Барнаул. С началом войны полк перебазировался на полевые аэродромы в Монголии. После окончания войны полк вернулся на аэродром, а 13 февраля 1947 года был перебазирован на аэродром Домна.