Ernst Gustav Zipperer wurde 1888 in Ulm als Sohn des Sattlermeisters Ernst Hermann Zipperer und dessen Ehefrau Friederike geboren. Er wuchs gemeinsam mit seinem jüngeren Bruder Max in unmittelbarer Nähe des Ulmer Münsters auf. Nach dem Besuch der Knabenmittelschule in Ulm (1894–1902) erlernte er auf Wunsch des Vaters den Beruf des Sattlers und Tapezierers im elterlichen Betrieb. Nach der Gesellenprüfung (1905) und kurzer Tätigkeit im erlernten Beruf folgte er seiner Neigung zur Kunst und besuchte die Handwerker- und Kunstgewerbeschule in Hannover (1907–1909). Anschließend wechselte er auf die private Wissenschaftliche Lehranstalt Paul Heinrich's in Hildburghausen (1909–1910) und legte die Einjährig-Freiwilligen-Prüfung ab. Von Oktober 1910 bis November 1911 absolvierte er den Militärdienst als Einjährig-Freiwilliger in Neu-Ulm, was ihm die Offizierslaufbahn eröffnete. Darauf besuchte er die Kunstgewerbeschule in Kassel und schloss diese mit dem Erwerb der Lehrbefähigung als Zeichenlehrer an höheren Schulen und Lehrerbildungsanstalten ab (1911–1913). Dann hörte Zipperer ein Semester Kunstgeschichte an der Akademie der Bildenden Künste in München, wo er Schüler von Heinrich Wölfflin war. Im März 1914 trat Zipperer am Realgymnasium Berlin-Lichterfelde als Lehramtskandidat seine erste Stelle an. Diese musste er allerdings schon im August 1914 wegen seiner Einberufung zum Kriegsdienst in Masuren / Ostpreußen unterbrechen.