W galeriach wystawy stałej znalazły się również elementy obrazujące sytuacje kryzysowe, konflikty oraz trudne aspekty współżycia Żydów i Polaków na przestrzeni wieków. Są to m.in. kopie obrazów z kościoła Nawrócenia św. Pawła Apostoła w Sandomierzu przedstawiających domniemany mord rytualny, informacje o roli Żydów w zarządzaniu systemem pańszczyźnianym w posiadłościach magnackich, wyzysku robotników przez żydowskich fabrykantów w Łodzi, pogromie w Jedwabnem, zdjęcie karuzeli na warszawskim placu Krasińskich opisanej przez Czesława Miłosza w wierszu "Campo di Fiori" oraz pokazanie udziału osób pochodzenia żydowskiego w stalinowskim aparacie terroru w Polsce po II wojnie światowej.