Первые годы замужней жизни Антуанетта провела в замке Бар-ле-Дюк, самостоятельно управляя обширным хозяйством, поскольку её супруг в то время вместе с королём Франциском проводил военную кампанию в Италии. В Бар-ле-Дюк она родила своих первых детей — дочь Марию и сына Франсуа. Когда в 1519 году свекровь Антуанетты, Филиппа Гелдернская, решила удалиться в монастырь, семейство переехало в Жуанвилль. Поскольку Клоду Лотарингскому приходилось много времени проводить при королевском дворе в Париже, обязанности по управлению многочисленными владениями Антуанетта взяла в свои руки, продемонстрировав незаурядный талант в решении административных и финансовых проблем. К ней могли обратиться и как к посреднику для разрешения имущественного спора, так Франсуа де Невер и Антуан де Круа, граф де Порсьен, просили Антуанетту урегулировать вопрос о графстве Бофор.