В следующем сезоне в клуб был назначен новый тренер Зденек Земан, который изменил схему игры на 4-3-3. Несмотря на серьёзную конкуренцию в атаке «Ромы», только Тотти имел твёрдое место в стартовом составе команды. В первом же туре чемпионата Франческо забил гол, принеся своей команде победу в матче с «Салернитаной». 19 октября Тотти забил победный гол на 90-й минуте встречи в ворота «Фиорентины», занимавшей перед матчем первое место в Серии А. 31 октября Алдаир отдал Тотти повязку капитана команды, и через 3 дня Ческо сделал первый в сезоне дубль, дважды забив в ворота «Удинезе». 1 декабря Тотти забил гол, который принёс его клубу ничью с принципиальным соперником — «Лацио» (3:3). Через десять дней Франческо вновь спас клуб от поражения, забив на 90-й минуте в ворота «Цюриха» в 1/8 Кубка УЕФА. В середине сезона у Тотти случился спад — он демонстрировал невысокий уровень игры и несколько месяцев не забивал. Лишь к весне Франческо вновь набрал хорошую форму: с его голевого паса был забит гол, принёсший победу «Роме» над «Миланом». 11 апреля Франческо отметился празднованием гола в матче с «Лацио», когда, забив мяч на 90 минуте, он сорвал футболку и показал надпись на майке, одетой поверх клубной: "Vi ho purgato ancora" («Я снова заставил вас страдать»). По итогам сезона Тотти получил приз лучшему молодому игроку в Италии. Клуб занял в чемпионате 5-е место.