W literaturze przedmiotu można spotkać różne daty i miejsca urodzin Ernesta Malinowskiego: 1815 Różyczno (pow. Płoskirów), 1808 Różyczna – dziś dzielnica miasta Chmielnicki, 1808 Wołyń; 5 lutego 1818. Na podstawie akt osobowych Malinowskiego przechowywanych we Francji za datę przyjścia na świat należy przyjąć 5 stycznia 1818. Różyczna na Podolu, która należała do Malinowskich przed powstaniem listopadowym, później została skonfiskowana przez rząd. Ernest ochrzczony został w kaplicy dworu w Sewerynach na Wołyniu jako Adam Stanisław Hipolit Ernest Nepomucen. Miał starszą siostrę Leontynę (zm. przed 1831), brata Rudolfa oraz młodszego Zygmunta.