Йоан е син на великия стратопедарх Йоан Синадин и на Теодора Палеологина. Брат е на протостратора Теодор Синадин. От майка си наследява фамилното име "Палеолог". Женен е за Томаиса Комнина Дукина Ласкарина Кантакузина Палеологина, която е била потомка на Ласкаридите и Палеолозите, но по-точни сведения за родителите ѝ липсват. Не е известно и дали Йоан и Томаиса са имали деца. Втората му съпруга е Ирина Ласкарина Дукина Палеологина, с която е изобразен в Устава на манастира "Света Богородица Сигурна надежда", основан от майка му Теодора. Малко се знае и за военно-политическата кариера на Йоан – известно е само, че е действал като пратеник на император Андроник III Палеолог до дядо му Андроник II Палеолог през последния етап от гражданската война помежду им (1321 – 1328).