Pada tahun 1987 Skadud 11 juga turut dalam Operasi Seroja dan bertugas untuk melakukan serangan udara menghalau pasukan Australia yang memasuki wilayah Timor Timur yang kala itu masih menjadi bagian dari Indonesia. Dalam beberapa serangan, ada personil pasukan Australia yang tumbang akibat serangan udara tersebut.