Bereits 1970 wurde die Basis deaktiviert und vom Bundesstaat New York gekauft. Nachdem die Start- und Landebahn 09/27 im Jahr 1980 auf die heutige Länge von 3602 Metern erweitert wurde, siedelten sich in den 1980er Jahren die ersten Unternehmen am Flughafen an. Im Jahr 1981 wurden die ehemaligen Geiseln der Geiselnahme von Teheran über die Stewart Air Force Base zurück in die Vereinigten Staaten gebracht. Seit 1983 verfügt die New York Air National Guard über eine Basis am östlichen Ende des Flughafens. 1989 wurde ein Frachtterminal eröffnet und der United States Postal Service errichtete ein Postverteilzentrum. Die ersten Linienflüge wurden 1990 von American Airlines angeboten. Am 31. März 2000 wurde der damals als Stewart International Airport bezeichnete Flughafen zum ersten privat betriebenen kommerziellen Flughafen in den USA, als die National Express Group den Zuschlag für einen Pachtvertrag mit einer Laufzeit von 99 Jahren erhielt. 2006 wurde ein neuer Kontrollturm errichtet. Die Port Authority of New York and New Jersey übernahm den Flughafen am 1. November 2007, für die restlichen 93 Jahre des Pachtvertrages zahlte man der National Express Group 78,5 Millionen US-Dollar.