בזמן האינתיפדה השנייה בשנת 2003, החלה ישראל בהקמתה של גדר ההפרדה. באזור הכפר תוואי הגדר עוקב ברובו את גבול ירושלים המאוחדת. בקטע כביש 1 העובר סמוך לכפר הוקם "מחסום א-זעיים" (עד אז פעלה במקום נקודת ביקורת של משמר הגבול אך לא מחסום בנוי). המעבר במחסום מותר לאזרחים ישראלים ופלסטינים תושבי מזרח ירושלים אך אסור לרכבים של תושבי הגדה בעלי היתרי כניסה, ולכלי התחבורה הציבורית של מזרח ירושלים המחויבים לעבור רק דרך "מחסום קלנדיה" בצפון ירושלים (עד להקמת המחסום יכלו תושבי הכפר להיכנס לירושלים כמעט ללא הגבלה). בנוסף הוקם שער בחומת ההפרדה שמחבר בין ירושלים לא-זעיים ומאפשר מעבר ברגל לבעלי היתרי כניסה. מצפון למחסום הוקם מחלף הזיתים, מחלף של כביש 1 עם כבישי "מרקם חיים" לחיזמה, עיסאוויה, א-טור ואלעיזריה.