מוסאשי נכנסה לשירות באוגוסט 1942 ונועדה להיות אוניית הדגל של הצי היפני המשולב. בראשית 1943 הפליגה מוסאשי לבסיס הצי בלגונת טרוק, ומשם יצאה למספר התקפות כנגד כוחות צי ארצות הברית, אך לא יצרה מגע עם האויב. במהלך 1944 שימשה בעיקר כאוניית תובלה והעבירה כוחות וציוד מיפן לבסיסים שונים ברחבי האוקיינוס השקט, ובאחת מהפלגותיה אלה פגע במוסאשי טורפדו ששיגרה צוללת אמריקנית והיא נאלצה לשוב ליפן לתיקונים. בחודש יוני השתתפה מוסאשי בקרב ים הפיליפינים, אך פעם נוספת לא הצליחה להגיע למגע עם אוניות האויב. ב-24 באוקטובר 1944 טבעה מוסאשי לאחר שספגה פגיעת 19 טורפדו ו-17 פצצות שהטילו מטוסים אמריקנים, במהלך קרב מפרץ לייטה.