W 1626 wschodnie ziemie Burgenlandu dostały się pod władzę węgierskich rodów książęcych Esterházy i Batthyány. W 1647 cesarz Ferdynand II przekazał pod władzę Węgrów pozostałą, zachodnią część Burgenlandu. W 1683 ziemie te zostały spustoszone przez Turków oblegających Wiedeń, a w latach 1703–1711 przez powstanie kuruców. Ziemie wyludnione wskutek tych wydarzeń zostały ponownie zasiedlone przez Chorwatów. W latach 1765 i 1766 doszło do buntów chłopskich. W czasach wojen napoleońskich przez kraj kilkakrotnie przechodziły wojska francuskie. Podczas rewolucji na Węgrzech w latach 1848–1849 burgenlandzki książę Ludwik Batthyány został pierwszym premierem niepodległych Węgier. Działania zbrojne w okresie Wiosny Ludów ominęły ziemie Burgenlandu.