Über ein Drittel des Gebiets ist Natura-2000-Gebiet, das aus Schutzgebieten nach der FFH-Richtlinie von 1992 und der Vogelschutzrichtlinie von 1979 besteht. Die größten Teile des Wattenmeers unterliegen der Ramsar-Konvention. Bis auf einige Schifffahrtswege unterliegt das gesamte Wattenmeer verschiedenen nationalen Schutzregimes.