Quinn Hughes wurde in Orlando geboren, als sein Vater Jim Hughes dort als Assistenztrainer bei den Orlando Solar Bears tätig war. Anschließend zog die Familie nach Toronto, wo Jim in der Organisation der Toronto Maple Leafs angestellt war, sodass Quinn Hughes im Juniorenbereich unter anderem für die "Toronto Marlboros" auflief. Mit Beginn der Saison 2015/16 wechselte der Abwehrspieler ins USA Hockey National Team Development Program (NTDP), die zentrale Talenteschmiede des US-amerikanischen Verbands USA Hockey. Mit dem Team nahm er am Spielbetrieb der United States Hockey League (USHL) teil, der höchsten Juniorenliga des Landes, und wurde dabei in seiner zweiten Saison ins "Second All-Star Team" berufen. Parallel dazu fungieren die Auswahlen des NTDP als Nachwuchs-Nationalmannschaften, sodass Hughes an der World U-17 Hockey Challenge 2015 teilnahm, bevor er mit der U18 bei der U18-Weltmeisterschaft 2017 die Goldmedaille gewann.