Wskutek strat pod Midway, 14 lipca 1942 rozwiązano 1. Flotę Lotniczą i przeniesiono Nagumo na stanowisko dowódcy 3. Floty. Zespół lotniskowców pod jego dowództwem brał jeszcze udział m.in. w bitwie koło Wysp Salomona 24 sierpnia 1942 (taktyczna porażka Japończyków) i koło wysp Santa Cruz 26 października 1942 (niewielkie zwycięstwo Japończyków). W listopadzie 1942, z uwagi na porażki japońskich lotniskowców (przede wszystkim pod Midway), odsunięto Nagumo od dowodzenia bojowego i przeniesiono na stanowisko dowódcy dystryktu bazy morskiej Sasebo w Japonii. W czerwcu 1943 przeniesiono go na stanowisko dowódcy dystryktu bazy Kure, a w październiku – 1. Floty.