Tras los Terremotos de Santa Marta en 1773 se decidió trasladar la capital de Guatemala de Santiago de los Caballeros a la Nueva Guatemala de la Asunción, no sin fuerte oposición del arzobispo de Guatemala, quien temía que las principales órdenes regulares pedieran una buena parte de sus réditos. La catedral se trasladó a la nueva capital el 22 de noviembre de 1779. Los retablos, muebles e instrumentos de la antigua Catedral de Santiago se quedaron en la antigua iglesia, aunque en 1783 fueron retirados y almacenados en el edificio de la Universidad de San Carlos Borromeo en Antigua Guatemala y en la sacristía de la iglesia de El Sagrario, que también funcionaba en el recinto de la catedral.