מאפריל 1869 ועד יולי 1870 שימש פיירפונט כתובע פדרלי של המחוז הדרומי של ניו יורק, לאחר שמונה לתפקיד על ידי הנשיא יוליסס סימפסון גרנט. בתפקיד זה הוא ניהל את התביעה נגד המהפכנים הקובנים שהפרו את חוק הנייטרליות. ב-15 ביוני אותה שנה נעצרו והואשמו חברים של "החונטה הקובנית", ארגון שסייע למרד הקובני. בין העצורים נכללו נשיא החונטה וחברים נוספים. החונטה התארגנה במאי כמשלחת צבאית שהתארגנה ללחום במסגרת המרד נגד ספרד. לאחר תום שירותו כתובע הפדרלי שב פיירפונט לעסוק בעריכת דין במגזר הפרטי.