埃尔内的早期历史尚不清楚，其境内有巨石阵遗址。法国史学家普遍认为其最早于公元一世纪左右形成聚落，而公元五世纪的天主教人物Ernei则被认为是埃尔内的缔造者，从城内流过的河流亦以其命名。中世纪中期，埃尔内先后成为勒芒公爵和曼恩伯爵的领地。15世纪末，法兰西王国与布列塔尼军队在埃尔内西部地区发生大规模的斗争，埃尔内一度被富热尔军队占领并受到严重破坏。宗教战争期间，埃尔内的圣母教堂两次被烧毁。法国大革命后，埃尔内成为马耶讷省的一个市镇。1793年11月2日，旺代军队在此与共和国军队发生，并取得成功。此后埃尔内又被舒昂军队占领，直至1800年。工业革命期间，埃尔内一度因制革业而兴盛。