У сезони 1997/98. игра у јединственој Другој савезној лиги, где завршава на другом месту иза Милиционара. Наредне сезоне 1998/99., која је била прекинута услед због НАТО бомбардовања СР Југославије, Звездара заузима 3. место иза Хајдука Лион и Чукаричког, који пролазе у Прву лигу.