Ab November 2001 war Schäfer Trainer der Fußballnationalmannschaft Kameruns, wurde 2002 Afrikameister und nahm mit der Mannschaft an der WM 2002 teil. Zudem drang er im Jahr 2003 mit Kamerun bis ins Finale des Confed-Cups vor. Dieses verlor die Mannschaft nach Golden Goal gegen Frankreich, nachdem das Team zuvor u. a. den amtierenden Weltmeister Brasilien geschlagen hatte. Die Zusammenarbeit endete am 18. November 2004, wenige Stunden nach einer 0:3-Niederlage gegen die deutsche Fußball-Nationalmannschaft. Ausschlaggebend für die Trennung war u. a. die seit Monaten andauernden Differenzen aufgrund angeblich ausstehender Gehalts- und Prämienzahlungen.