Iniciátorem projektu byla Katolická jednota v Praze, která v roce 1850 začala sbírat peníze na stavbu kostela v Karlíně. Návrh Václava Štulce na financování stavby prostřednictvím sbírek byl schválen v Den slovanských věrozvěstů (jež byl tehdy slaven) dne 6. března 1850. Zamítavá stanoviska, že v Praze už probíhají sbírky na Votivní kostel ve Vídni, Národní divadlo a Chrám sv. Víta, neobstály. V roce 1851 neobstál ani předložený návrh Josefa Krannera na stavbu v novogotickém slohu. František Ladislav Rieger prosadil pro kostel sloh „byzantský“ – jak se tehdy říkalo románskému slohu. Pozemek na stavbu chrámu zakoupila karlínská obec v říjnu 1853 za 25 tisíc zlatých. Základní kámen kostela byl na Karlínském náměstí položen 10. června 1854 za účasti císaře Františka Josefa I. a jeho ženy Alžběty.