После освобождения Абании от оккупации и прихода к власти коммунистов Бекир Балуку служил в армейских политорганах. В 1945 был членом Специального суда — чрезвычайного трибунала над коллаборационистами, монархистами и антикоммунистами. В 1948 был назначен начальником генерального штаба албанской армии. В 1952—1953 находился на учёбе в СССР — прошёл курс в Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова. Был членом албанской партийно-правительственной делегации делегации на похоронах Сталина. (Для политической ситуации в Албании того периода и для состояния албано-югославских отношений характерно, что во время пребывания Бекира Балуку в СССР югославские СМИ публиковали непроверенные сообщения о его казни и интернировании семьи.)