自創建以來，可查的興修紀錄共八次。乾隆三十年（1765年）的阿里山通事陳密武告示的〈嚴禁謀奪佛祖香燈碑記〉可知此為紫雲寺擴展的第一階段。〈半天岩重建碑記〉記載在道光十九年（1839年）嘉義發生地震，導致寺傾倒十餘年，直至牛斗山首事郭濯海接手重建，歷時四年方在咸豐五年（1855年）完成。1904年的斗六地震、1906年的梅山地震，再度使紫雲寺傾倒十餘年，於1920年由第二任管理人林猛與曾任通事及公田庄區長的劉闊主持重修，在1923年完成。但1941年的中埔地震，使甫修完畢的紫雲寺夷為平地。1947年，劉闊之子劉再生與林猛之子林橘完成第四次重修，之後紫雲寺建築一直保留到至今，期間雖翻修屋頂，不影響建築本體。