1861 hielt sich Bocourt zweimal in Siam auf, wo er die Fauna erforschte und zahlreichen Probestücke mitbrachte. Er leitete von 1864 bis 1866 eine wissenschaftliche Expedition mit Auguste Duméril nach Mittelamerika. Die Exkursion fand in der Zeit der Französische Intervention in Mexiko statt, für die Napoléon III. 1864 eine wissenschaftliche Kommission, die "Commission scientifique du Mexique" gründete. Die Expedition begann 1864 auf dem Gebiet des heutigen Guatemalas, dort verbrachte Bocourt den Großteil der Expedition. Es folgten Erkundungen auf dem Gebiet Belizes, El Salvadors und Costa Ricas. Von Panama aus erfolgte die Heimreise nach Frankreich.