Tras la independencia de Bosnia y Herzegovina, el HŠK Zrinjski se restableció al mismo tiempo que la guerra estalló en el país. En el transcurso de la guerra y sus secuelas en Mostar se convirtió en una ciudad dividida con los croatas que sujetan el lado oeste y los bosnios al este, y los serbios restantes viven en el este también. El Zrinjski se hizo cargo del Stadion Bijeli Brijeg, anteriormente estadio del Velež, ya que se encuentra en el interior del territorio croata informal de la Federación de Bosnia y Herzegovina, lo que obligó al Velež a pasar al estadio Vrapčići.