Mit 15 Jahren, am 17. März 1804, verpflichtete Filisola sich für die spanische Armee. Im Jahre 1811 wurde er – inzwischen im Rang eines Unterleutnants – nach Neuspanien (Mexiko) abkommandiert, wo seit dem Unabhängigkeitsaufruf ("Grito de Dolores") des Priesters Miguel Hidalgo am 16. September 1810 der Unabhängigkeitskrieg in vollem Gange war. Er wurde 1813 zum Hauptmann der Artillerie und 1814 zum Grenadierhauptmann ernannt.