Ali verfolgte eine erfolgreiche militärische und administrative Karriere zu Land und zu Wasser. Im Mai 1560 nahm er an der Seeschlacht von Djerba teil. Von 1563 bis 1566 war er Wali (Gouverneur) von Ägypten, und 1565 befehligte er das ägyptische Kontingent während der Belagerung von Malta. Im Sommer 1570 befehligte Ali Pascha die Flotte, die die osmanischen Invasionstruppen von Lala Kara Mustafa Pascha zur Eroberung von Zypern transportierte und danach durch ihre Anwesenheit in der südlichen Ägäis venezianische Versuche, Verstärkungen nach Zypern zu bringen, vereitelte. 1571 wurde er zum Oberbefehlshaber („Kapudan Pascha“ und „Kaptan-ı Derya“) der osmanischen Flotte ernannt, nachdem sein Vorgänger Piyale Pascha die Gunst des Sultans verloren hatte. Wie Piyale Pascha hatte auch Ali Pascha eine Tochter Selims zur Frau.