Le , Malinovski et le front sud-ouest, sous le commandement complet de Timochenko, lancent une attaque commune lors de la Seconde bataille de Kharkov faisant reculer les Allemands de . Timochenko surestime les capacités offensives de l'Armée rouge, qui subit une lourde défaite lors de la contre-attaque allemande. Staline, malgré l'opposition de ses conseillers militaires, avait soutenu cette offensive ratée, et comme toujours cherchait un bouc émissaire : Malinovski est accusé d'avoir saboté l'offensive et le NKVD prépare un dossier selon lequel il aurait établi et gardé des rapports avec des intérêts impérialistes étrangers pendant son séjour en France lors de la Première Guerre mondiale. Mais il fait jouer ses relations et échappe au Goulag. Ses compétences, rares à l'époque, jouent en sa faveur.