Rola CIA w wojnie w Afganistanie oraz wojnie w Iraku nie jest jeszcze dobrze znana. Bardzo możliwe, że CIA dokonywała głębokiego rozpoznania przed działaniami w Afganistanie, taką samą rolę odegrała zapewne i w Iraku. Po ogłoszeniu zakończenia działań wojennych w Iraku rodzą się pytania co do istnienia irackiej broni masowej zagłady, co było przyczyną inwazji na Irak, a której do tej pory nie odnaleziono. Zapowiada się nowa afera, której pierwszą ofiarą padł ówczesny dyrektor CIA, George J. Tenet.