Ochoa blieb eine der angesehensten Sportlerpersönlichkeiten Spaniens. 1995 und 1996 war er maßgeblich an der Organisation der Skiweltmeisterschaft in der Sierra Nevada beteiligt. König Juan Carlos, dem er auch Trainingsstunden gegeben hatte, verlieh ihm 2006 für seine Verdienste eine Ehrenmedaille. Am 28. Oktober 2006 wurde er in seinem Geburtsort in Anwesenheit der Infantinnen Cristina und Elena sowie des spanischen Sportministers Jaime Lissavetzky mit der Aufstellung eines Denkmales für die Wintersportler aus Cercedilla geehrt. Neun Tage später, am 6. November 2006, starb Francisco Fernández Ochoa im Alter von 56 Jahren an Lymphdrüsenkrebs.