Мортон выделялся среди своих современников наиболее последовательной ориентацией на Англию и убежденным протестантизмом. Он стал одним из ближайших советников регента Морея в период его правления в Шотландии (1567—1570 гг.) и организовал публикацию «Писем из ларца» (переписка королевы с её любовником графом Ботвеллом), ставших важнейшим аргументом против реставрации Марии Стюарт. В начавшейся после убийства Морея в январе 1570 г. гражданской войне в Шотландии между сторонниками и противниками свергнутой королевы, Мортон возглавил «партию короля», выступающую против реставрации Марии и за сохранение престола у её сына малолетнего Якова VI. Мортон неоднократно встречался с английской королевой Елизаветой I, стремясь заручиться её поддержкой в подавлении сторонников Марии и окончательном установлении в Шотландии протестантства. Однако долгое время Англия уклонялась от вмешательства в шотландские смуты, опасаясь конфликта с Францией. Лишь резня протестантов в Париже в ночь накануне дня св. Варфоломея (24 августа 1572 г.) заставила Елизавету I заняться умиротворением Шотландии. В то же время, в ноябре 1572 г., после смерти регента графа Мара регентом Шотландии был избран граф Мортон.