Po wojnie skazany przez amerykański Trybunał Wojenny na karę śmierci w procesie załogi KL Dachau i procesie załogi Buchenwald. Jednak wyroki te zostały najpierw zamienione na dożywocie, a następnie na 10 lat pozbawienia wolności. W 1952 roku Eisele został wypuszczony z amerykańskiego więzienia. Powrócił do zawodu medycznego, który praktykował w Monachium. Jego zbrodnie ponownie zostały ujawnione podczas procesu członka załogi Buchenwaldu Martina Sommera w 1958 roku. Eisele uciekł z RFN do Egiptu w czerwcu 1958 roku. Na żądanie Interpolu został aresztowany przez egipskie władze, jednocześnie poprosił o azyl. Władze egipskie udzieliły mu azylu w 1960 roku.