ポンペイウスとカエサルの内戦では、ルフスはカエサルに加担した。紀元前48年からカエサル軍のレガトゥス（副司令官）を務めた。紀元前47年、ルフスはメッサナでポンペイウス軍に包囲された。ルフスと同僚のプブリウス・コルネリウス・スッラは脱出した。その後ルフスはカエサルのアフリカ遠征に同行し、タプススの戦い（紀元前46年4月6日）の後、ウティカ攻略を命令された。おそらくは、紀元前45年のヒスパニア遠征にも参加したと思われる。