Luisa přišla na svět v Königsbergu (Královec, nyní Kaliningrad), kde se v té době nacházelo sídlo jejích rodičů. Ti se sem, do Východního Pruska, pod ochranu ruského cara Alexandra I. uchýlili po porážce pruských vojsk v bitvě u Jeny Napoleonovou armádou. Po uzavření Tylžského míru ztratilo Prusko polovinu svého území, stalo se závislým na Francii a Fridrich Vilém III. s rodinou měl zakázáno vrátit se do Berlína. Princeznina matka Luisa často stonala a stěžovala si na špatné místní klima. V zimě 1808–1809 pruský královský pár strávil osm týdnů v Sankt Petěrburgu. V říjnu roku 1809 se narodil Luisin nejmladší bratr Albrecht.