בשנת 1986 הגיע למנצ'סטר יונייטד. פרגוסון הפך את יונייטד ממועדון בינוני עם עבר מפואר לאחד מהמועדונים הטובים בעולם. ב-1993 רכש פרגוסון את החלוץ הצרפתי אריק קנטונה מלידס יונייטד, ומנצ'סטר החלה בשורה של זכיות בתארים שונים. עונת השיא של פרגסון ויונייטד הייתה 1999 בה הקבוצה זכתה ב"טרבל": אליפות, גביע ה-FA וגביע האלופות. במשחק הגמר הדרמטי נגד באיירן מינכן הגרמנית הצליחה יונייטד לחזור מפיגור של שער בזכות טדי שרינגהאם שנכנס כמחליף והשווה בדקה ה-90 לאחר קרן של דייוויד בקהאם. אולה גונאר סולשיאר כבש שער ניצחון בתוספת הזמן מעוד קרן של בקהאם. המלכה אליזבת השנייה החליטה להעניק לפרגוסון את תואר האבירות סר בעקבות הישגי אותה עונה. בשנת 1999 נבחר כמאמן השנה של ה-BBC.