Frédéric-Christian estime qu'il y a un danger lorsque Brunswick-Lunebourg s'allie avec l'Angleterre et les Pays-Bas. De manière démonstrative, il envoie des troupes de soutien pour la guerre contre la France sur le Rhin. Ceux-ci, cependant, ne traversent pas le Rhin et reviennent sans rencontrer en contact avec l'ennemi. Il apparait de plus en plus clairement pour le prince-évêque que l'alliance avec la France perd de sa valeur. Il entame donc des négociations avec les Alliés. Frédéric-Christian rejoint officiellement l'alliance anti-française le . L'Angleterre et les Pays-Bas payent Reichstalers par mois. Pour cela, l'évêque fourni , qui sont sous le commandement impérial. Il abandonne l'idée d'un tiers-parti. Cependant, il continue à refuser la charge électorale de Hanovre. Il utilise son frère Ferdinand comme représentant de ses intérêts au congrès de la paix de Rijswijk, qui aboutit à la paix en 1697. Outre la résistance à la charge électorale de Hanovre, il prévoit d’étudier des alliances avec la France et les Pays-Bas. Ces tentatives échouent pour le moment. Ce n'est qu'en 1701 que l'alliance avec la France et les Pays-Bas est conclue. Au cours de la guerre de succession d'Espagne, Frédéric-Christian met quelques unités à la disposition du Saint-Empire.