Het Arabisch Hoger Comité speelde een belangrijke rol tijdens de Arabische opstand van 1936 tot 1939. Op 15 mei riep het comité op tot een algemene staking, het stoppen van het betalen van belastingen aan de Britten en tot een stop van de Joodse immigratie. Na de moord op de Britse districtscommissaris Lewis Yelland Andrews in Nazareth werd het Arabisch Hoge Comité op 27 september 1937 door de Britse mandaatsmacht verboden. In oktober 1937 vluchtte al-Hoesseini naar Libanon. Hij was in 1941 betrokken bij de staatsgreep van Rasjid Ali al-Gailani in Irak en bracht de rest van de oorlog door in nazi-Duitsland. Ook de andere leden van het Arabisch Hoger Comité verbleven langere tijd buiten Palestina.