Ironiskt nog rörde denna lyckade union med Syrien till Gaddafis panarabiska ambitioner. När Iran–Irak-kriget bröt ut i september 1980 var Libyen och Syrien de enda arabländerna som gav sitt ovillkorliga stöd till det icke-arabiska Iran. Samtidigt medförde kriget en brytning i Libyens relationer med Irak och Saudiarabien. Ännu ett hinder uppstod i december 1981 när Gaddafi var tvungen att brottas med den första av två flygkapningar som utfördes av libanesiska shiamuslimer som sökte information om sin ledare, imam Musa Sadr, som hade försvunnit när han besökte Libyen 1978. Båda kapningarna slutade utan någon frigivning eller några nyheter om Musa Sadr, vars försvinnande fläckade bilden av Libyen allvarligt bland shiiter i Libanon, Iran och på andra håll.