Voordat Kruys in de jeugdopleiding van FC Utrecht belandde, speelde hij voor Holland en Elinkwijk. Op 30 november 2003 maakte Kruys zijn debuut voor FC Utrecht in de met 3–1 gewonnen wedstrijd tegen Roda JC. In de zomer van 2005 was hij basisspeler van het Nederlands voetbalelftal onder 20 tijdens het wereldkampioenschap in Nederland. In juli 2007 verlengde hij zijn contract bij FC Utrecht tot 2010, maar vertrok toch per 31 juli naar Malmö FF in Zweden, waarschijnlijk omdat zijn coach bij FC Utrecht, Willem van Hanegem, hem te weinig speeltijd gaf.