Řada Srbů se přidala k partyzánům, jejichž vliv byl silný zvlášť v Bosně. Vojska NDH (Domobrana) partyzány (a také srabské nacionalisty, tzv. četniky) na místě popravovala. Zvlášť po kapitulaci Itálie se bezpečnostní situace v Chorvatsku neustále zhoršovala a útoků partyzánů přibývalo. Německá armáda byla po bitvě u Stalingradu ve velmi problematické situaci a nemohla si již dovolit zajišťovat kontrolu v Chorvatsku, tím spíš ještě v oblastech, ze kterých se narychlo stáhla poražená Itálie. Ostrá represivní politika proti Srbům tak byla zmírněna, avšak jen slabě. Byla zřízena chorvatská pravoslavná církev a Srbové prohlášeni za Chorvaty pravoslavného vyznání. Řada z nich byla propuštěna z vězení. Podobně jako v okupovaném Srbsku, kde řada četniků spolupracovala s Němci, i Ustašovci začali do jisté míry spolupracovat se srbskými četniky, ve víře že jim pomohou v boji proti komunistům, kteří kontrolovali stále více území. Během války bylo na území Nezávislého státu Chorvatsko zabito mezi 15,9 % – 20 % tamního srbského obyvatelstva.