Puolan laivaston ensimmäisenä varsinaisena saavutuksena pidetään kolmetoistavuotisen sodan (1454–1466) aikaista tapausta, jossa vuonna 1456 kolmetoista Gdańskin kaupungin varustamaa alusta ryösti Königsbergiin matkalla olleen alankomaalaisen saattueen, joka kuljetti saksalaisen ritarikunnan tavaroita. Vuonna 1457 Gdańskin kaupungin varustamat kaljuunat tuhosivat Tanskan ja Kuurinmaan muodostaman laivaston Bornholmin edustalla. Menestyksensä jälkeen gdańskilaiset joukot hävittivät aluksia Lyypekissä, Rostockissa ja Stralsundissa. Vuonna 1463 Puolan hallitsija kokosi laivaston torjuakseen saksalaisen ritarikunnan ja Tanskan laivaston maihinnousun. Seuranneessa Veikselinhaffin taistelussa neljästäkymmenestäneljästä hyökänneestä aluksesta selvisi ainoastaan yksi, joka kuljetti saksalaisen ritarikunnan suurmestaria. Voitto takasi maalle esteettömän pääsyn Itämerelle. Toisessa Thornin rauhassa 1466 Puolalle luovutettiin Gdańskin kaupunki, mikä mahdollisti merikelpoisen laivaston ylläpidon. Lisäksi se sai Toruńin, Elblągin, Olsztynin ja Malborkin. Voitettuaan Venäjän keisarikunnan laivaston 1561 maa sai hallintaansa toisen tärkeän sataman Riiasta.