Grundlegende Probleme der Wirtschaftsgemeinschaft waren jedoch das Übergewicht Kongo-Zaires, die stärkere Orientierung Ruandas und Burundis auf die Ostafrikanische Gemeinschaft und die anhaltenden Bürgerkriege. Infolge des Völkermords in Ruanda, des Putsches in Burundi und des Beginns der Kongokriege stellte die CEPGL nach zwanzig Jahren ihre Tätigkeit 1996 zunächst ein; die drei Staaten nahmen einander feindliche Positionen sein. Nach Vermittlung Belgiens vereinbarten die drei Staaten 2008 einen für 2010 angesetzten Neubeginn, der bisher jedoch kaum sichtbar geworden ist.