Dix mois plus tard, considérant cette expérience comme non concluante, il répond à l'appel du nouveau haut commissaire des Nations unies pour les réfugiés, le Norvégien Thorvald Stoltenberg, qui le nomme à la tête de la direction Asie du Sud-Ouest, Afrique du Nord et Moyen-Orient immédiatement après l'invasion du Koweït en août 1990. En juillet 1994, au milieu de la crise des Grands Lacs, avec le génocide au Rwanda, il est muté à la direction Afrique. En septembre 1996, il est nommé ambassadeur, représentant permanent de la Tunisie auprès de l'Office des Nations unies à Genève. À ce titre, il préside notamment l'organe de règlement des différends de l'Organisation mondiale du commerce en 1998 et le comité du budget et des affaires administratives et financières de la même organisation.