Als sich im Frühjahr 1856 die bürgerkriegsähnlichen Zustände in Kansas (Bleeding Kansas) immer mehr zuspitzten, trat Brown mit seinen Söhnen in eine Miliz-Kompanie ein, um auf der Seite der Abolitionisten zu kämpfen. Als Reaktion auf den Überfall von Sklavereibefürwortern in Lawrence, Kansas, bei dem ein Sklavereigegner ermordet wurde, und auf den Angriff auf den Abgeordneten Charles Sumner verübte Brown mit vier seiner Söhne und drei weiteren Männern in der Nacht vom 24. auf den 25. Mai 1856 das "Pottawatomie-Massaker". Die acht Männer entführten fünf nicht an den Aktionen in Lawrence beteiligte sklavereibefürwortende Siedler aus ihren Häusern und ermordeten sie, indem sie ihnen mit Schwertern die Schädel spalteten. Gegen die Mörder wurden Haftbefehle erlassen, aber aus verschiedensten Gründen nicht vollstreckt.