5 июля 1918 года в ходе начавшейся в России гражданской войны Уфа занята частями выступившего против большевиков Чехословацкого корпуса и перешла под контроль структур Комитета членов Учредительного собрания (Комуча). С 8 по 23 сентября 1918 года в городе проходило Уфимское государственное совещание, наиболее представительный форум антибольшевистских правительств, политических партий, казачьих войск и местных самоуправлений востока России. 23 сентября 1918 года было образовано Временное Всероссийское правительство, известное также как Уфимская директория. Оно находилось в городе до 9 октября 1918 года, после чего переместилось в Омск. В декабре 1918 года Уфа была занята войсками Красной Армии. 13 марта 1919 года город был захвачен войсками Колчака, но уже 9 июня того же года он вновь отбит Красной Армией.