Karl Pfyffer von Altishofen stammte aus der altadligen Familie Pfyffer von Altishofen der Stadt Luzern. Er war das einzige Kind des Großrats Josef Anton Leodegar Pfyffer und der Maria Barbara Bachmann. Schon als sechsjähriger Knabe verlor er seinen Vater. Bald danach kam er in die Obhut seines Onkels Benedikt Pfyffer von Altishofen, Abt des Klosters Sankt Urban. Oberst Niklaus von Bachmann an-der-Letz schickte Pfyffer 1782 in die Militärschule von Paris. Dort hatte Pfyffer den jungen Napoleon Bonaparte zum Mitschüler. Zwar konnte er nicht die Erwartungen von Oberst Bachmann in Bezug auf seine militärische Ausbildung erfüllen, lernte aber gründlich Französisch. Durch seinen Onkel, Gardemajor Karl von Bachmann, erhielt er 1787 eine Anstellung als Unterleutnant bei der Schweizergarde in Paris. 1789 brach die Französische Revolution aus. Drei Jahre später erschütterte Pfyffer in seiner Heimat, wohin er Urlaub genommen hatte, die Nachricht vom traurigen Schicksal seiner Landsleute, unter denen viele nach tapferem Widerstand bei der Verteidigung der Tuilerien am 10. August 1792 den Tod gefunden hatten.