In de 21e eeuw vonden er twee bomaanslagen met veel doden plaats op het eiland, toegeschreven aan Jemaah Islamiyah. De eerste was op 12 oktober 2002 in het uitgaansdistrict (onder meer op de Sari Club en Paddy's Bar) van de zeer toeristische badplaats Kuta; daarbij vielen 202 doden en 209 gewonden. Op 1 oktober 2005 werden er weer aanslagen gepleegd, opnieuw in Kuta, maar ditmaal ook in het eveneens toeristische vissersdorp Jimbaran. Er ontploften drie bommen; het aantal doden beliep ditmaal enkele tientallen.