El seu domini va acabar quan Napoleó va conquistar les illes el 1798. L'ocupació pels francesos, a part que va durar només dos anys (totalment bloquejats per Nelson), va ser impopular per la seva negativa actitud cap a la religió. Els maltesos es van rebel·lar contra ells, i els francesos es veieren forçats a retirar-se rere les fortificacions. El Regne de la Gran Bretanya, juntament amb el Regne de les Dues Sicílies, va enviar-hi municions i ajuda. Els britànics també hi van enviar la seva flota, que va imposar un bloqueig a les illes. Les aïllades forces franceses, sota el general Claude-Henri Belgrande de Vaubois, es rendiren el 1800 i els britànics van prendre el control de les illes. Malta va esdevenir un protectorat i fou presentada per diversos líders maltesos a "Sir" Alexander Ball.