Nel maggio 1940 Clarke divenne assistente militare di Sir John Dill (allora Capo di Stato Maggiore) al War Office. Il 30 maggio 1940 Clarke, ispirato dal ricordo d'infanzia della guerra boera e dalle esperienze durante l'insurrezione araba del 1936, abbozzò l'idea di formare piccoli gruppi di incursori anfibi chiamati "Commandos"; il 5 giugno, mentre Dill stava ispezionando le truppe evacuate da Dunkerque, Clarke gli suggerì questa idea e il Primo ministro Winston Churchill approvò il piano il giorno seguente. Clarke, sotto il comando del generale di brigata Otto Lunde, fu incaricato di fondare un nuovo dipartimento, l'MO9, e iniziò a reclutare soldati per quelli che sarebbero diventati, più tardi, i British Commandos. Il primo raid in Francia, l'operazione Collar, ebbe luogo il 24 giugno 1940, e Clarke ottenne il permesso di accompagnare l'unità di 120 uomini ma non di sbarcare. Il tentativo non fu un gran successo, visto che solo una delle quattro unità scese in campo uccise truppe nemiche; sembra che la barca di Clarke, mentre aspettava sulla spiaggia il ritorno dei suoi uomini, sia stata scorta da una pattuglia tedesca: Clarke fu ferito all'orecchio durante quello che lui definì "una sparatoria", ma Ernest Chappell, anche lui sulla spiaggia, disse che la pattuglia non aveva fatto fuoco.