Dass es dazu nicht kam, war in erster Linie seinem Kreuzbandriss im Februar 1998 geschuldet. Dadurch verpasste er eine mögliche Teilnahme an der Weltmeisterschaft 1998 in Frankreich und musste anschließend mit ansehen, wie sein Vereinskamerad Michael Owen durch gute Leistungen sportlich an ihm vorbeizog. Nach seinem Comeback war er weiter Teil des erweiterten Kaders der „Three Lions“ und dabei auch bei der Euro 2000 in Belgien und den Niederlanden, aber für einen Einsatz anstelle der Stammspieler Shearer oder Owen reichte es nicht. Nach Shearers Rücktritt entwickelte sich Emile Heskey sukzessive zum idealen Sturmpartner für Owen. Fowler nahm noch einmal an der WM 2002 in Japan und Südkorea teil, aber seinem letzten Auftritt im Achtelfinale gegen Dänemark (3:0) folgte kein weiterer Einsatz mehr. Insgesamt gelangen Fowler bei seinen insgesamt 26 Länderspielen – darunter nur elf Partien von Beginn an – sieben Tore.