Skibe fra New Zealands flåde deltog i Koreakrigen, Malayakrisen og konfrontationen mellem Indonesien og Malaysia. I de sidste tre årtier har flåden ofte opereret i Mellemøsten, flådens skibe spillede også en rolle i Iran-Irak-krigen, hvor man beskyttede neutrale skibe i det indiske ocean. Man sendte fregatter til at deltage i Golfkrigen og senere Operation Enduring Freedom. RNZN har også spillet en vigtig rolle flere af de mindre konflikter der har fundet sted i stillehavet såsom i Bougainville, Salomonøerne og Østtimor i 1990'erne, derudover deltager flåden ofte i de Forenede Nationers fredsbevarende opgaver. Flådens operative kommando udgik fra 1961 fra Commodore i Auckland. som blev ændret til "Maritime Commander" i marts 1993.