В 2000—2002 гг. специалист ассистировал Роже Лемерру в сборной Франции. Вместе они работали на провальном для «трехцветных» ЧМ-2002. Спустя пять месяцев после окончания мундиаля Стефан сменил своего соотечественника Брюно Метсю на посту наставника сборной Сенегала. Тренер руководил ей на Кубке африканских наций в Тунисе. На турнире «Львы Теранги» дошли до четвертьфинала, где уступили хозяевам и будущим триумфаторам кубка тунисцам, с которыми работал Лемерр. После провала в отборочном турнире к ЧМ-2006 француз лишился должности в сенегальской сборной.