Il suo debutto con la Nazionale di calcio del Messico fu in occasione della partita contro il del 7 marzo 2001, nella quale segnò anche il suo primo gol in Nazionale, quello del provvisorio 2-0. De Nigris ha partecipato alla Copa América 2001 e alla FIFA Confederations Cup 2001, ma non segnò in nessuna di queste due competizioni. Dopo un periodo di sette anni fuori dal giro della Nazionale, fu nuovamente convocato il 6 febbraio 2008 dal commissario tecnico Hugo Sánchez per un'amichevole contro gli ; la sua ultima partita con la maglia della "Tri" fu la vittoria 2-1 contro il del 26 marzo 2008; in tutto vestì la maglia della rappresentativa messicana per 17 volte, segnando quattro reti.