אף על פי שצבא קוואנטונג היה כפוף למפקדה הכללית הקיסרית ולמטה הכללי של הצבא נטלו מפקדיו תחום נרחב של פעילות אוטונומית. קצינים זוטרים מקרב הצבא תכננו וביצעו את ההתנקשות במצביא צולין צ'אנג ב-1928. לאחר מכן, בהשראת עיקרון הגקוקוג'ו (״הנמוך שולט בגבוה״), תכננה הנהגת הצבא את תקרית מוקדן שהובילה לפלישה היפנית למנצ'וריה ב-1931, בניגוד גמור להוראות מפורשות מההנהגה הפוליטית והצבאית בטוקיו. בעומדה בפני עובדה מוגמרת, תמכה המפקדה הקיסרית בפעולות צבא קוואנטונג, ושלחה תגבורת על מנת להרגיע את האזור. הצלחת התוכנית הביאה לכך שצבא קוואנטונג לא נענש על אי-ציות אלא קיבל חיזוק מצד ההנהגה.