Am 3. Januar 1959 besetzten Guerillatruppen der „Bewegung des 26. Juli“ um Comandante Ernesto Che Guevara La Cabaña und richteten im Gebäude der ehemaligen Residenz des spanischen Militärgouverneurs die „Comandancia del Che“ ein. In der Kommandozentrale hatte Che Guevara nun seinen Amtssitz als oberster Ermittler der Revolution. Die Festung selbst wurde auch als Gefängnis für politische Häftlinge genutzt und war allein 1959/1960 Schauplatz Hunderter Hinrichtungen durch Erschießung.