Si bien en principio la revolución francesa no tuvo orientación hostil hacia la Iglesia, se mostró más radical sobre la cuestión sobre los bienes eclesiásticos.La Asamblea Nacional Constituyente decidió expropiar todos los bienes de la Iglesia, lo que empeoró las relaciones hasta que en 1790 fueron suprimidas todas las órdenes monásticas y gran parte de las religiosas (a excepción de las dedicadas a obras de caridad). Dos meses después se expropió y secularizó todo el patrimonio de la Iglesia, y se aprobó la Constitución civil del clero y se obligó al clero a dar juramento a ella, con la que se quería quitar la fidelidad a Roma de la Iglesia francesa. La negativa de dos tercios del clero se siguió de sanguinarias persecuciones en las que sacerdotes fueron encarcelados, deportados o ejecutados, como parte de una serie de políticas para descristianizar Francia. Los asesinatos de septiembre de 1792 iniciaron el gobierno del Terror, y en 1793 se prohibió el cristianismo, estableciendo el «culto a la Razón» en su lugar mientras continuaban las persecuciones contra monárquicos y eclesiásticos. Este acoso finalizaó tras el golpe de Estado de Napoleón Bonaparte, el 9 de noviembre de 1799, en el que derrocó al gobierno del Directorio. Durante su mandato se restableció la religión católica y se reconoció mediante concordato que la católica era la fe de la mayoría de los franceses. En 1808 Napoleón, ya emperador, ocupó Roma y los Estados pontificios; en 1809 arrestó al papa Pío VII y lo llevó a Fontainebleau, donde intentó sin éxito forzarlo a renunciar al Estado pontificio.