W 2001 roku wystąpił w Pucharze Konfederacji, na którym zajęła drugie miejsce. Na tym turnieju był rezerwowym i nie wystąpił w żadnym meczu. W 2004 roku wystąpił w Pucharze Azji, na który Japonia wygrała. Ostatni raz w reprezentacji Fujita wystąpił 28 stycznia 2005 w wygranym 4-0 towarzyskim meczu z Kazachstanem. Ogółem w reprezentacji Japonii wystąpił w 24 meczach, w których strzelił 3 bramki.