Jakupović, jolla on bosnialaiset sukujuuret, muutti Sveitsiin 5-vuotiaana Bosnian sodan vuoksi. Hänellä on molempien maiden kansalaisuudet, ja hän on myös edustanut molempia kansainvälisissä otteluissa. Bosnian ja Hertsegovinan alle 21-vuotiaiden maajoukkueessa hän teki ensiesiintymisensä vuonna 2005 ja Sveitsin vastaavassa joukkueessa seuraavana vuonna. Vuonna 2005 hän sai kutsun myös Bosnia ja Hertsegovinan A-maajoukkueeseen, muttei päässyt pelaamaan. Jakupović ei käynyt kentällä myöskään maaliskuussa 2007 saatuaan toisen A-maajoukkuekutsunsa, joten hän säilytti oikeutensa pelata Sveitsin maajoukkueessa. Fabio Coltortin sairastuttua Sveitsi kutsuikin hänet kolmosmaalivahdikseen 2008 EM-kilpailuihin. Ensimmäisen, ja toistaiseksi ainoan, A-maaottelunsa hän pelasi Sveitsin voittaessa ystävyysottelussa Kyproksen 4–1 elokuussa 2008.