В 1990 году сборную возглавил Анатолий Бышовец, который занялся серьёзным обновлением состава. Алейников оказался одним из немногих старожилов, который продолжил выступать в стартовом составе сборной. В составе сборной СНГ он принял участие в Евро-1992. Уже после распада СССР провёл несколько матчей за сборную Белоруссии, после чего завершил карьеру в сборной.