Po sukcesach, sprowadzających się do zajęcia Malty i Dolnego Egiptu z Aleksandrią i Kairem, wojska ekspedycyjne spotykały same niepowodzenia: upiorny klimat, choroby tropikalne, zniszczenie floty francuskiej przez eskadrę angielskich okrętów admirała Nelsona u ujścia Nilu (mylnie zwana przez historię bitwą pod Abukirem), powstanie ludności w Kairze, ingerencja wojsk tureckich, zajęcie Malty przez Anglików. Ostatecznie Francuzi zmuszeni zostali przez siły turecko-angielskie do kapitulacji w 1801 r. Ekspedycja egipska Napoleona udała się więc tylko w swej części naukowo-badawczej. Między innymi znalezienie wówczas w czasie wykopalisk tzw. „kamienia z Rosetty”, to jest płyty z wyrytymi napisami greckimi i hieroglificznymi, pozwoliło na odczytanie w 1822 r. hieroglifów egipskich.