Während der Kämpfe gegen seinen Vater Wenzel I. fügte das Heer des Přemysl Otakar II. im Jahr 1248 der Klosteranlage schwere Schäden zu, und nach der Schlacht auf dem Marchfeld wurde sie von Verbündeten Rudolfs von Habsburg ausgeraubt. Die gesamte Anlage konnte deshalb erst um 1350 fertiggestellt werden.