Le "Bellerophon" retrouve la flotte de Jervis dans la baie de Cadix le . Trois jours plus tard, il reçoit la visite à son bord d'Horatio Nelson qui est alors le contre-amiral et commande une escadre de la flotte de blocus. Le "Bellerophon" reste avec la flotte dans la baie de Cadix jusqu'au mois d'octobre quand Jervis prend la mer pour patrouiller entre le cap de Trafalgar et le cap Saint-Vincent. À la fin , le "Bellerophon" est affecté à un escadron détaché commandé par le capitaine Thomas Troubridge et reçoit l'ordre de renforcer l'escadre de Nelson. Nelson est en chasse, dans la mer Méditerranée, d'une grande flotte française qui avait appareillé de Toulon en transportant des troupes. Les Français avaient engagé une campagne navale dans la Méditerranée en 1798, avec pour but de lancer une invasion et d'occuper l'Égypte. Les Britanniques étaient au courant des actions des troupes françaises, dirigée par le général Napoléon Bonaparte, mais ignoraient leur destination finale.