Na de opstand in 1831 droegen de autoriteiten de kerk in het kader van de russificatie over aan de Russisch-orthodoxe Kerk, die de kerk omdoopte tot de Kerk van de Heilige Nicolaas. Naar een ontwerp van de Russische architect Nikolaj Tsjagin werd de kerk in de periode 1864-1868 aanmerkelijk verbouwd: de torens werden ingekort en kregen uitvormige bekroningen; ook onderging de gevel een metamorfose en werd er een iconostase ingebouwd.