Appena terminata la peste in tutta Europa, iniziò la quinta guerra ottomano-veneziana (1645-1669). Nonostante varie sconfitte navali inferte dai Veneziani, gli Ottomani riuscirono a conquistare l'isola di Creta. Ebbe inizio l'Assedio di Candia, il secondo assedio più lungo della storia, che dura dal 1648 al 1669 (21 anni): gli ottomani alla fine vinsero, lasciando sul campo 130.000 morti e un terzo del budget dell'impero. Dopo 4 secoli di dominio veneziano l'isola di Creta diventò turca.