ב-10 במאי 1940 נחתו הכוחות הבריטים ברייקיאוויק ובין החיילים היו כמה יהודים. אלה לא מצאו שום בית כנסת אך בסופו של דבר מצאו שם כמה יהודים שהגיעו לאיסלנד קודם לכן. ביום הכיפורים של אותה שנה התאספו 25 חיילים יהודים מאנגליה, מסקוטלנד ומקנדה יחד עם שמונה פליטים יהודים ועם הנדריק אוטוסון. אוטוסון, שהיה נשוי לאישה יהודייה, שימש עבורם כגבאי. הרשויות האיסלנדיות הציעו להם קפלה בבית הקברות הישן של רייקיאוויק. אוטוסון ראה בהצעה זו עלבון ושכר את האולם של "הארגון הבינלאומי של הטמפלרים הטובים". הם שאלו את ספר התורה היחיד שהיה בנמצא בעיר. בלי רב ועם שתי טליתות וכיפה אחת בלבד, התנהלו התפילות של הקהילה החדשה באופן סביר. אלפרד קונוויי (או בשמו העברי אברהם כהן), חזן מלידס, היה שליח ציבור בתפילת כל נדרי. עם צאת יום הכיפורים התאספו המתפללים לסעודת שבירת הצום במלון סמוך והקהילה היהודית הראשונה באיסלנד נוסדה באופן רשמי. ארנולד זיסל, יצרן של מוצרי עור מווינה, היה ליושב ראש הקהילה הראשון. הקהילה התאספה באופן סדיר עד שהאמריקאים החליפו את הבריטים בשליטה על איסלנד. טקס בר המצווה הראשון באיסלנד התקיים בשבת חול המועד פסח תש"א (1941), אף על פי שהמצות הגיעו לאחר הפסח. הקהילה התמידה בפעילותה באותה שנה אף על פי שהפיקוד הצבאי הבריטי לא היה מוכן לשלוח רב לאיסלנד.