Den 1 december 1943 avsattes Grabner från sin post i Auschwitz och greps på order av SS-domaren Konrad Morgen, som utredde oegentligheter och korruption bland lägerpersonalen. Grabner ställdes året därpå inför en SS-domstol, åtalad för att självsvåldigt ha beordrat arkebusering av 2 000 lägerfångar. Han stod även åtalad för stöld och korruption. Åklagaren yrkade på 12 års fängelse, men då chefen för Gestapo, Heinrich Müller, vägrade att samarbeta med SS-domstolen, rann åtalet mot Grabner ut i sanden. Efter andra världskrigets slut greps Grabner av de allierade, som utlämnade honom till Polen. I Kraków ställdes Grabner inför rätta vid Auschwitzrättegången, tillsammans med bland andra Arthur Liebehenschel och Maria Mandel. Grabner dömdes till döden för brott mot mänskligheten och avrättades genom hängning.