Během první části druhé světové války velel japonské "Druhé flotile" při invazích na Malajský poloostrov, na Filipíny a do Nizozemské východní Indie. Během bitvy u Midway velel "Okupačnímu svazu pro Midway". Poté síly pod jeho velením hrály hlavní roli v Guadalcanalské kampani, kde se účastnily bitvy u východních Šalomounů (23. srpna – 25. srpna 1942), bitvy u ostrovů Santa Cruz (26. října – 27. října 1942) a druhé námořní bitvy u Guadalcanalu (15. listopadu 1942). V říjnu 1942 byl Kondó jmenován zástupcem velitele Spojeného loďstva.