9 голов в 11 играх, забитых Бербатовым в сезоне 2000/01, убедили руководство «Байера» заключить контракт с болгарским нападающим. Начало карьеры игрока в «Байере» было не очень удачным. Он отметился только 16 голами на протяжении 67 игр за клуб. Однако он сыграл важную роль в Лиге чемпионов в первом же сезоне в немецком клубе, отметившись голами против «Лиона» и «Ливерпуля». Также он сыграл в финальном матче Лиги чемпионов 2002 года против мадридского «Реала».