Waldeck studierte Kunst in Paris, begleitete nach eigenen, nicht überprüfbaren Angaben Napoleon auf dessen Ägypten-Expedition und unternahm Forschungsreisen nach Südafrika, Chile, Guatemala und Mexiko. Er malte Aquarelle der dortigen Kunstdenkmäler. 1825 wurde er von einer britischen Silberminengesellschaft in Mexiko als Ingenieur angestellt. Nachdem er diese Stelle verlassen hatte, erforschte und dokumentierte er die präkolumbischen Ruinen des Landes, unter anderem Palenque, wo er sich während zwei Jahren aufhielt, und Uxmal.