Meno cordiali sono i rapporti con l'Eritrea. Nella guerra tra Eritrea ed Etiopia del 1998-2000 Gibuti non intervenne militarmente e non sostenne formalmente alcuna delle fazioni belligeranti, ma interruppe le relazioni diplomatiche con l'Eritrea per tutta la durata del conflitto, ristabilendole solo alla sua conclusione. Subito dopo la fine della guerra e il riallacciamento dei rapporti la situazione migliorò, ma nel 2008 Gibuti ed Eritrea sono stati brevemente in guerra per contendersi la penisola desertica di Ras Doumeira.