Il secolo successivo fu altrettanto tormentato dalle guerre: se nelle Guerre confederate irlandesi (1641-53) la contea era ben protetta dalla linea difensiva cattolica dell'Irlanda Confederata e non vide scontri, divenne tuttavia teatro di guerra feroce durante la conquista irlandese di Oliver Cromwell (1649-53), con episodi più emblematici l'assedio della città di Limerick per ben dodici mesi da parte della "Cromwell's New Model Army" comandata da Henry Ireton, fino alla resa della città nell'ottobre del 1651. Nelle guerre successive fra giacobiti e guglielmiti, appena quarant'anni dopo, ci furono ulteriori cruenti scontri, con altri due assidi della città: si registrarono episodi di infamia come la distruzione delle armi guglielmite e l'eroica resistenza del cattolico Patrick Sarsfield. La popolazione cattolica supportava maggiormente i giacobiti, tuttavia l'esito della guerra fu favorevole agli oppositori. Sarsfield riuscì a forzare i guglielmiti a firmare un trattato comunque favorevole alle popolazioni irlandesi, il Trattato di Limerick, che tuttavia non fu onorato dagli inglesi e la città fu soprannominata "The City of the broken Treaty" ("la città del patto rotto").