W końcu sierpnia 1939 roku został zmobilizowany i przydzielony do 2 pułku lotniczego w Krakowie. 15 września dowodzony przez niego klucz łącznikowy został przydzielony do X Dywizjonie Bombowym ppłk. Józefa Werakso. 17 września, podczas lotu na wyszukanie lądowiska jego RWD-8 został k. Buczacza zestrzelony przez wojska sowieckie i lądował przymusowo. Gdy lecący z nim ppor. Władysław Kramarz poszedł wyjaśnić powód zestrzelenia (nie wiedząc nic o wtargnięciu wojsk sowieckich), Wiktor Pełka naprawił prowizorycznie przewód paliwowy i zdołał wystartować, widząc internowanie swego obserwatora (ppor. Kramarz został w 1940 roku zamordowany w Katyniu). On sam podczas okupacji pracował w komórce legalizacyjnej Armii Krajowej.