De Republiek lag niet binnen de gebieden waar de veldtochten plaatsvonden (Duitsland, Italië, Bohemen). Op 17 oktober 1797 vond op de Noordzee de Zeeslag bij Camperduin plaats. De wind die dag was ongunstig en de Bataafse vloot wilde niet uitvaren om de Engelsen tegemoet te treden, maar de Nationale Vergadering eiste dat toch zee zou worden gekozen. De Bataafse vloot leed vervolgens een smadelijke nederlaag. Aan Bataafse zijde vielen 540 doden. De Bataafse admiraal werd zelfs gevangengenomen, een unicum in de historie van de Nederlandse marine. In het najaar van 1799 was er een Brits-Russische invasie in de kop van Holland, waarbij de latere Nederlandse koning Willem I een van de leidinggevenden was. De geallieerden namen de Bataafse vloot in Den Helder zonder slag of stoot in beslag en ook de plaats Den Helder werd ingenomen, maar verloren op 17 september de Slag bij Bergen, wonnen op 2 oktober de Slag bij Alkmaar, maar werden ten slotte vier dagen later definitief verslagen in de Slag bij Castricum.