Da Norge ble angrepet av Tyskland i april 1940 startet Lie umiddelbart med å organisere motstandsarbeid og tok ansvar for frie radiosendinger fra forskjellige steder i landet. I to måneder brakte hans arbeid ham i konstant bevegelse rundt om i Norge, og den 7. juni 1940 da Kong Haakon VII og regjeringen forlot landet og flyktet til London, var Lie i Vadsø for å erstatte en ødelagt sender. Ved dette tidspunktet ble videre kringkasting umulig, og Lie ble tvunget til å dra sørover gjennom Finland og Sverige til Oslo. Her ble han involvert i arbeiderbevegelsens undergrunnsarbeid, hovedsakelig gjennom utskrift av aviser og spredning av informasjon.