A második világháború katonai és polgári áldozatainak száma a településen mintegy 600-650 fő volt. Az áldozatok emlékére 1993. november 13-án avattak a város központjában emlékművet. 1944 nyarán számos monori zsidó család került a Pesti (ma Ady Endre) és a Gőzmalom (ma Bajcsy-Zsilinszky Endre) utcai kijelölt házakba. Több ezer közelebbi és távolabbi környékbeli zsidót pedig az agyagbányába tereltek, majd onnan hurcoltak munkatáborokba, a legtöbbjüket Auschwitz-Birkenauba. 1944. július 8-10. között 7500 embert vagoníroztak be Monoron, és mintegy 280 monori zsidó honfitársunk soha nem tért vissza. 1944. november 12-én űzte ki német és magyar katonákat a Vörös Hadsereg Monorról. Az 1941. évi népszámlálás szerint Monoron már csak 344 izraelita vallású élt: ez a lakosság 2,6%-át jelentette. A monori zsidók egy része az 1940-től kezdődő munkaszolgálat, nagyobbik része pedig a deportálás áldozata lett: a túlélők száma ismeretlen. 1944-ben Monor ún. bevagonírozási központ volt: a Pest-megyei alispán rendelete szerint a zsidókat 1944. május 22. és 30. között kellett összegyűjteni, „koncentrálni”. A monori téglagyárból mintegy 7500 környékbeli zsidót vagoníroztak be, majd július 6. és 8. között nyolc vasúti szerelvénnyel deportálták őket. A többször átvonuló katonai erők és harci cselekmények sok polgári áldozatot követeltek. A visszavonuló német csapatok a vasútállomás forgalmi irodáját és a vágányokat felrobbantották. A német megszállást a szovjet katonai jelenlét és erőszak követte. Budapest ostroma miatt sokáig szovjet katonai kórház és ellátó részleg működött itt.