При втором своём пребывании в Швеции (1598) Сигизмунд оттолкнул от себя многих сторонников. Многие были не довольны внутренней политикой Сигизмунда, а именно тем, что он попытался осуществить Контррефомацию в Швеции. Против этого выступила шведская знать под руководством герцога Сёдерманландского Карла. Впрочем, у Сигизмунда были промахи и во внешней политике (русско-шведская война 1590—1595 годов), что явно не способствовало укреплению его популярности. В итоге он был окончательно отстранён от шведского престола (1599), а его дядя объявлен королём Швеции на сейме в Норрчёпинге, в 1604 году, под именем Карла IX. Сигизмунд не хотел отказываться от своих прав на шведский престол и вовлёк Речь Посполитую в 60-летние неудачные для неё войны со Швецией.