Naar aanleiding van de politieke hervormingen van de "glasnost" (= openheid) werd de roep om onafhankelijkheid eind jaren tachtig steeds sterker. Burgerlijke onrust en etnische conflicten begonnen in verscheidene regio's van de Sovjet-Unie, inclusief Nagorno-Karabach, dat een regio van de Azerbeidzjaanse SSR was. De onrust in Nagorno-Karabach en de frustratie over Moskous desinteresse in het probleem resulteerde in de roep om onafhankelijkheid in Azerbeidzjan. Dit wekte de woede van Michail Gorbatsjov op, die de noodtoestand in Bakoe uitriep. Bij de daarop volgende bestorming van de hoofdstad op 19 januari 1990 door het Rode Leger kwamen volgens de officiële verklaring van de Sovjetregering tussen de 133 en 137 burgers om het leven. Onofficiële bronnen claimen dat er minimaal 300 mensen omkwamen. Meer dan 800 mensen raakten gewond en 5 vermist. Elders in het land, in Neftçala en Lənkəran kwamen nog 26 mensen om het leven. Deze dag wordt in Azerbeidzjan gezien als Zwarte Januari: de wedergeboorte van Azerbeidzjaanse onafhankelijkheid. Later in 1990 haalde de Hoge Raad van de Azerbeidzjaanse SSR de woordcombinatie "Socialistische Sovjet" weg uit de titel. Hiermee werd de soevereiniteit van de Republiek Azerbeidzjan verklaard en de nationale vlag van de Azerbeidzjaanse Democratische Republiek werd hersteld als de staatsvlag. Op 18 oktober 1991 verklaarde de Hoge Raad van Azerbeidzjan zijn onafhankelijkheid na een landelijk referendum in december 1991, toen de Sovjet-Unie officieel werd ontbonden.