Il 4 giugno 2012 è stato esonerato dal suo ruolo di assistente all'Helsingborg, ma quattro giorni dopo è stato nominato capo allenatore dell'Örebro al posto dell'esonerato Sixten Boström: la squadra, che al momento dell'arrivo di Ljung occupava l'ultimo posto con 3 punti ottenuti dopo le prime 9 giornate, non è riuscita a centrare la salvezza, conquistando però la promozione immediata al termine della Superettan 2013. Nel giugno 2014, durante la pausa estiva dell'Allsvenskan 2014, ha deciso di lasciare l'Örebro per intraprendere una nuova parentesi lavorativa altrove.