Arns jäi eläkkeelle São Paulon arkkipiispan virasta 15. huhtikuuta 1998. Hän ei voinut osallistua uuden paavin valintaan keväällä 2005, sillä oli ennättänyt jo ylittää 80 vuoden iän. Hän oli vuonna 2010 Haitin maanjäristyksessä kuolleen brasilialaisen lastenlääkärin Zilda Arnsin (1934–2010) veli.