攻略地に関する論争は終わったが、間もなく違う問題が発生した。第5艦隊の指揮下にある第50任務部隊は空母を主体としており、チャールズ・A・パウナル少将（アナポリス1910年組）が8月以来、指揮を執っていた。南鳥島、ウェーク島、ギルバート諸島と連続して空襲作戦を行い、ガルヴァニック作戦や12月のクェゼリン攻撃で多少の損害があったものの作戦は概ね成功していた。ところが、クェゼリン攻撃のあとにパウナルは司令官から更迭される。そもそもの始まりは「南鳥島攻撃では反撃の恐れがなかったにもかかわらず、パイロット救助任務を潜水艦に丸投げして即座に避退した」とか、「タラワ攻撃では、再攻撃すべきとの進言を退けて避退した」とか、挙句の果てには「機動部隊を率いる事を後悔した発言をした」などという話が上層部に「ご注進」されていたが、その「ご注進」先の一つがタワーズだった。「ご注進」を受け取ったタワーズは、ニミッツに対してパウナルの更迭を進言する。シャーマンはニミッツ、タワーズ、自分の上司でCINCPAC-CINCPOA司令部参謀長チャールズ・マクモリス少将（アナポリス1912年組）とともにパウナル更迭の協議に参加。会議の結果、スプルーアンスに何も知らせずパウナル更迭を決定する。更迭を決定したとなれば、その後任を決めなければならない。タワーズやジョン・S・マケイン・シニア少将（アナポリス1906年組）、マーク・ミッチャー少将（アナポリス1910年組）、テッド・シャーマンらが候補に挙げられたが、最終的にはタワーズの意見もあってミッチャーに決まった。当時スプルーアンスは、ミッドウェー海戦におけるミッチャーの空母ホーネットの指揮ぶりからミッチャーに不信感を抱いており、この決定に怒りを見せ、テッド・シャーマンも不満を隠さなかったが、ともかくクェゼリン攻略は新しい顔ぶれで行われることとなった。