Entre sus capillas, se encuentra la Capilla de Nuestra Señora del Rosario, originalmente Nuestra Señora de la Victoria, fundada por el reconocido noble y vecino de San Juan, el Capitán Juan Guilarte de Salazar (nieto del conquistador Capitán Diego Guilarte de Salazar) y su cuñada Doña Luisa de Vargas, para honrar la victoria cristiana en la Batalla de Lepanto. Debajo de esta capilla se cree se encuentra la conocida “cripta de los gobernadores” donde se encuentran enterrados algunos de los gobernantes que estuvieron al frente de la isla y que murieron aquí, incluyendo miembros de la familia Guilarte de Salazar, primeros pobladores de la misma.