Booker découvre la ville, une utopie dirigée par Zachary Hale Comstock, un prêcheur religieux qui a créé un culte autour de lui et de sa fille Elizabeth, et où les gens peuvent accomplir des merveilles grâce aux Toniques, élixirs donnant des pouvoirs prodigieux. Le détective est rapidement poursuivi par les forces de police, dénoncé comme le « faux berger » en raison des lettres AD tatouées sur sa main droite, qui selon la prophétie de Comstock pervertira la ville et provoquera sa chute. DeWitt parvient à rejoindre la tour où se trouve Elizabeth et découvre ses pouvoirs. Il échappe ensuite de peu au protecteur de la jeune femme, le robot volant géant Songbird. Il la persuade de partir en promettant de l'emmener à Paris, mais l'unique moyen d'accéder au dirigeable est d'utiliser un Tonique détenu par une vieille connaissance de Booker remontant au Massacre de Wounded Knee, le Capitaine Cornelius Slate du Régiment de cavalerie, qui s'est insurgé avec ses hommes contre la propagande de Comstock qui fait passer le prophète pour le héros des batailles du régiment alors qu'il était absent.