En 2006, il court sur route essentiellement pour l'équipe Recycling.co.uk-SIS et prend avec elle la troisième place du championnat de Grande-Bretagne. En mars, il représente le pays de Galles aux Jeux du Commonwealth et y obtient la médaille de bronze de la course aux points. Avec l'équipe de Grande-Bretagne sur piste, il participe aux championnats du monde sur piste à Bordeaux. Il y obtient la médaille d'argent de la poursuite par équipes, avec Steve Cummings, Paul Manning et Rob Hayles, en étant battu en finale par les Australiens. Quelques mois plus tard, Thomas remporte avec Andrew Tennant, Ian Stannard et Edward Clancy le championnat d'Europe espoirs de cette discipline. Avec l'équipe de Grande-Bretagne sur route, il remporte en mai la Flèche du Sud, course par étapes disputée au Luxembourg et participe au Tour de Grande-Bretagne. En fin d'année, il rejoint l'équipe Saunier Duval-Prodir en tant que stagiaire.