בדצמבר 1861 פלשו כוחות ספרדים, בריטים וצרפתים למדינת וראקרוס שעל חוף הים הקריבי במטרה לכבוש את האזור. הסיבה לפלישה הייתה החלטתו של חוארס לדחות את מועד פרעון החובות שהיו לו לשלוש המדינות הללו. בריטניה וספרד נסוגו במהירות תוך שהשיגו הסכם עם הממשלה המקסיקנית, אך נפוליאון השלישי, שליט צרפת, החליט להישאר ולהתחיל במלחמה, המכונה הפלישה הצרפתית למקסיקו או המלחמה הפרנקו-מקסיקנית. מטרתו הייתה להשליט במקסיקו שלטון שמרני, אך בתחילה נתקל בהתנגדות חזקה בעיר פואבלה - קרב שקיבל את השם "קרב פואבלה" והסתיים בתבוסה של הצבא הצרפתי לאופוזיציה המקסיקנית. התבוסה נרשמה ב-5 במאי 1862, והתאריך הפך לחג לאומי שנחגג במקסיקו מדי שנה עד היום, ומכונה " Cinco de Mayo" על שם יום סיום הקרב. ב-1863 פלשו הצרפתים בשנית, אך הפעם ההתקפה צלחה להם יותר מבפעם הקודמת, ואלה הגלו את בניטו חוארס וממשלתו לעיר הצפונית צ'יוואווה. הפרלמנט המקסיקני אישר הליך חירום שבא לידי ביטוי בהארכת כהונתו של חוארס כנשיא המדינה מ-1865, התאריך המקורי, ל-1867.