La struttura esterna della chiesa non subì significative modifiche nel corso dei secoli, anche se alcuni interventi di riparazione dopo i danni causati dal bombardamento navale francese del 1684 finirono per alterare parzialmente la costruzione originaria, in particolare la zona absidale. Verso la metà del XIX secolo vennero eseguiti alcuni interventi ad opera di Michele Canzio, ma solo verso la fine del secolo l'edificio fu sottoposto a sistematici restauri da Alfredo D'Andrade, condotti in due fasi tra il 1888 e il 1895. L'architetto D'Andrade, secondo il gusto dell'epoca, non si limitò ad un restauro conservativo, ma apportò anche alcune modifiche (come l'aggiunta di un terzo ordine di bifore alla torre nolare). Il 4 dicembre 1892, alla conclusione della prima fase dei restauri, la chiesa fu nuovamente consacrata dall'arcivescovo Tommaso Reggio.