Luostari on tuhottu monta kertaa: langobardit riehuivat siellä vuonna 577, saraseenit vuonna 887. Vuonna 1349 voimakas maanjäristys vaurioitti rakenteita. Luostari tuhoutui täysin toisen maailmansodan aikana Monte Cassinon taistelussa helmikuussa 1944. Sodan jälkeen Italian valtio rakensi luostarin uudelleen. Paavi Paavali VI vihki sen uudelleen vuonna 1964.