Nằm trong Chiến dịch Borneo nhằm tái chiếm đảo, Đồng Minh oanh tạc hầu hết các đô thị lớn do người Nhật kiểm soát, trong đó Sandakan bị san bằng. Tồn tại một trại tù binh chiến tranh tàn bạo mang tên trại Sandakan do quân Nhật điều hành dành cho mọi đối thủ đứng về phía người Anh. Phần lớn tù binh chiến tranh là các binh sĩ người Anh và người Úc bị bắt sau khi Malaya và Singapore thất thủ. Các tù binh phải chịu điều kiện vô nhân đạo khét tiếng, và các cuộc oanh tạc tiếp diễn của Đồng Minh khiến người Nhật buộc họ đi đến Ranau cách xa 260 km, một sự kiện mang tên Hành trình chết chóc Sandakan. Số lượng tù binh chiến tranh giảm đi 2.345, do nhiều người bị giết trên đường, chỉ còn sáu người Úc còn sống. Ngoài ra, tổng cộng 17.488 lao công người Java được người Nhật đưa đến trong thời kỳ chiếm đóng, song chỉ có 1.500 người sống sót, chủ yếu là do chết đói, điều kiện làm việc khắc nghiệt và ngược đãi. Chiến tranh kết thúc vào ngày 10 tháng 9 năm 1945 sau khi Borneo hoàn toàn được Quân đội Đế quốc Úc (AIF) giải phóng.