Однако уже в апреле 1906 г. на IV съезде РСДРП в своих взглядах разошелся с Лениным. Последний выдвинул новую аграрную программу РСДРП, предусматривавшую национализацию всех земель после победы революции. Рожков же являлся автором другой большевистской программы («аграрной программы социал-демократии в буржуазной революции»), предусматривавшей безвозмездную передачу т. н. отрезков и вообще всех арендованных крестьянами у помещиков и у государства земель крестьянским общинам. Эта программа была преемственна к прежней программе РСДРП, принятой на II съезде в 1903 г. Но большинством голосов большевистских депутатов была принята программа Ленина.