Fisk považoval útok z 11. září 2001 za zločin proti lidskosti. Nikdy nezpochybňoval oficiální verzi. Zastává názor, že za útokem je skutečně al-Káida, a že to udělala na protest proti americké politice na Středním východě, zvláště pak na protest proti slepé americké podpoře státu Izrael. Odmítá ale Bushovo vysvětlení, že k útoku došlo, protože fanatičtí muslimové nenávidí americké svobody.