Der Beginn des Dritten Koalitionskrieges führte schnell zu einer neuerlichen britischen Invasion in der Kapkolonie. Janssens sah keine ausreichende Möglichkeit die gelandete britische Streitmacht unter Generalleutnant Sir David Baird abzuschlagen, er mobilisierte seine Kräfte in der Nähe von Kapstadt und trat den Briten am 8. Januar 1806 in der Schlacht von Blaauwberg entgegen. Seine Truppen wurden aber geschlagen und am 18. Januar gemäß den Bedingungen der Übergabe in die Niederlande abtransportiert. Schon vor der Ankunft in Den Haag (8. Juni 1806) hatte derweil der Krieg in Europa mit dem Frieden von Pressburg geendet.