1962-ben Brabham elhagyta a Coopert, és saját csapatot alapított, Bruce McLaren lett az elsőszámú versenyző. 1962-ben megnyerte a monacói nagydíjat, és a világbajnokság harmadik helyén végzett. A csapat 1963-ban és 1964-ben is ötödikként végzett a Lotus, a BRM, a Brabham és a Ferrari mögött. John Cooper egy közúti balesetben súlyosan megsérült. Apja halála után, 1965 áprilisában eladta a Cooper csapatot a "Chipstead Motor Group"nak.