Baer inträdde i Nationalsocialistiska tyska arbetarepartiet (NSDAP) 1930 och Allgemeine-SS 1932. Efter Adolf Hitlers utnämning till Tysklands rikskansler i januari 1933 tjänstgjorde Baer under några månader i Hilfspolizei. Från 1933 till 1942 tjänstgjorde han i olika koncentrationsläger, bland annat Dachau, Oranienburg, Sachsenhausen och Neuengamme. Under andra världskriget stred han med Division Totenkopf i samband med slaget om Frankrike. Baer deltog även i anfallet mot Sovjetunionen år 1941. Efter att ha blivit sårad återgick han till tjänst inom koncentrationslägersystemet. År 1941 deltog han i selektioner av de lägerfångar som skulle mördas inom ramen för Aktion 14f13. I början av år 1942 utnämndes han till adjutant åt kommendanten i Neuengamme, Martin Weiss.