Fraser war mit seiner Flotte an der Sicherung der Atlantik- und Nordmeergeleitzüge beteiligt. Bei einem der letzteren, JW 55B, gelang ihm im Dezember 1943 im Seegefecht vor dem Nordkap die Versenkung des deutschen Schlachtschiffs "Scharnhorst". Im Februar 1944 erhielt er die Beförderung zum vollen Admiral. Im Juni 1944 gab er seinen Posten an Henry Moore ab, um den Oberbefehl über die Eastern Fleet zu übernehmen, die gegen die Japaner im Pazifikkrieg eingesetzt wurde.