Là một nhà lãnh đạo theo Công giáo La Mã, ông bị những người theo Phật giáo phản đối vì thực hiện các chính sách thiên vị Công giáo. Tháng 11 năm 1963, một loạt các vụ biểu tình bất bạo động của Phật tử đã gây ra những bất ổn xã hội nghiêm trọng, Ngô Đình Diệm cùng em trai của mình là Ngô Đình Nhu đã bị ám sát trong một cuộc đảo chính năm 1963 do các tướng lĩnh dưới quyền thực hiện, với sự hỗ trợ của Chính phủ Hoa Kỳ.