Pela seleção brasileira, disputou em 2003, na condição de titular e capitão, a Copa Ouro da CONCACAF, ocasião esta em que o plantel e a comissão técnica olímpica representaram a seleção principal. Paulo Almeida atuou insubstituivelmente as 5 partidas do torneio, e a equipe encerrou a campanha obtendo o vice-campeonato.