V bezprostrednej blízkosti hradu založil kráľ Václav I. kláštor Rádu minoritov (1226 – 1239), neskôr tu vznikol aj kláštor klarisiek (1271 – 1274). Po bitke na Moravskom poli (26. augusta 1278) bol v minoritskom kláštornom kostole Nanebovzatia Panny Márie pochovaný český kráľ a moravský markgróf Přemysl Otakar II. (1279). V roku 1296 preniesol Václav II. pozostatky svojho otca do chrámu sv. Víta v Prahe. V januári 1307 sa u znojemských minoritov zišiel český kráľ Rudolf I. so svojím otcom, rímskym kráľom Albrechtom I., aby tu vyhlásili nový poriadok postupnosti panovníkov na českom tróne, ktorý však kvôli skorému Rudolfovému úmrtí a odlišnej vôli českej šľachty, nikdy nenadobudli platnosť. Za vlády kráľa Jana Luxemburského bolo mesto niekoľkokrát zastavené rakúskym vojvodom a v roku 1404 bolo ako bašta stúpencov moravského markgrófa Prokopa Luxemburského dva mesiace bezúspešne obliehané vojskami rakúskeho vojvodu Albrechta IV. a uhorského kráľa Žigmunda. V husitských vojnách v 1. polovici 15. storočia zostalo mesto katolícke a prokráľovské. Smrťou Žigmunda Luxemburského tu v roku 1437 vymrela dynastia Luxemburgovcov.