2011年5月2日、パキスタンのアボッターバードでアルカーイダの司令官（アミール）であるウサーマ・ビン・ラーディンが米海軍特殊部隊によって殺害された。アルカーイダの内部規則では司令官が死亡した場合は、その副官が後継の司令官になることが定められており、ザワーヒリーが司令官に任命される可能性が高いとみられていたが、2011年6月16日、新たな指導者として選出された。