Ирано-иракската война през 80-те години слага край на този период на бързо развитие, тъй като разходите за инфраструктура са пренасочени към армията. Във войната загиват над 1,5 милиона иракчани, сред които хиляди жители на Багдад. Иран на няколко пъти обстрелва града с ракети, но не успява да нанесе големи щети или да убие много хора. Войната в Персийския залив през 1991 година и Иракската война през 2003 година нанасят значителни щети на градската инфраструктура – пътища, електроснабдяване, водоснабдяване и канализация, главно в резултат на масираните бомбардировки.