1994 wurde Clark zum Generalleutnant befördert und Direktor (J-5) für Strategie, Planung und Richtlinien im Joint Staff. Während dieser Dienstzeit sicherte er die Zusammenarbeit der Vereinten Nationen und des US-Verteidigungsministeriums bei der Invasion von Haiti. Vom Juni 1996 bis zum Juli 1997 diente er als Kommandierender General des US Southern Command. Danach übernahm er von 1997 bis 2000 das Kommando über das US European Command und damit gleichzeitig den Posten des Supreme Allied Commander Europe (SACEUR), des Oberbefehlshabers der NATO.