Le général Davidson prend le commandement de la troisième brigade de la deuxième division du IV corps lors de la campagne de la Péninsule. Il combat lors des batailles de Yorktown et Williamsburg. Pendant la bataille des sept jours, il reçoit des brevets de promotions dans l'armée régulière pour son service à Gaines' Mill et à Golding's Farm. Peu de temps après l'apogée des combats des sept jours, Davidson est transféré sur le théâtre du Trans-Mississippi où il est placé à la tête du district de Saint-Louis. Du au , il est aussi au commandement de la soi-disant armée du sud-est du Missouri jusqu'à ce qu'une grande partie de son armée soit transférée à Ulysses S. Grant pour la préparation de la campagne de Vicksburg. Il conserve le commandement du district de Saint-Louis jusqu'au , quand il commande brièvement le district du sud-est du Missouri.