慶長5年（1600年）、関ヶ原の戦いにおいて織田秀信は西軍についたため、関が原の前哨戦となる岐阜城の戦いで東軍の攻撃を受けた。木造長政は主君秀信に東軍につくよう進言したが容れられず、織田軍の大将として奮戦したものの、破れて岐阜城は落城した。攻め手の東軍の武将である福島正則は長政を評価して召抱え、福島家の広島藩で1万9千石が与えられた。