また連合国側の海上封鎖によって通常の船舶も使用できなくなったが、日本とドイツ双方の艦船による交流が行われたほか、日本軍が占領したペナン（現在のマレーシア）をドイツ軍に貸し与え、日本が1943年末まで制海権を持っていたインド洋において主に潜水艦による共同作戦を行なった（遣独潜水艦作戦）ほか、1942年にはドイツ軍の依頼により日本海軍がアフリカ東部のマダガスカルにおいてイギリス軍への攻撃を行った（マダガスカルの戦い）。なお、潜水艦では10ヶ月以上という長い時間がかかる上、大戦末期にはイギリス海軍が開発したソナーの登場によって、特に大西洋においての航海は困難を極めることとなった。