Selon des sources anciennes, Qurghonteppa est apparue à l'époque de l'empire Kouchan et pourrait être l'ancienne Levakand. C'était déjà une importante cité qui avait sa propre monnaie. À la fin du elle passa sous domination arabe puis fut ruinée par une invasion mongole. Elle appartient alors au khanat de Djaghataï. Ce n'est qu'à partir du qu'elle se développe à nouveau. Pendant la période soviétique, elle est la capitale administrative de l'oblast de Kourgan-Tioube de 1944 à 1947 puis de 1977 à 1988. La ville a été fortement endommagée durant la Guerre civile (1992-1997). L'opposition politique au Tadjikistan a débuté dans la ville de Qurghonteppa.