Gideon Eckhaus war der Sohn des Kaufmanns Karl Eckhaus, der aus der Bukowina stammte, und dessen Frau Sabine, geborene Vogel. Er hatte einen zwei Jahre jüngeren Bruder. Seine Mutter starb 1934 an den Folgen einer Lungenentzündung. Der Vater war viel auf Geschäftsreisen, die Brüder lebten bei der Großmutter. 1935 schloss er sich dem zionistischen Jugendverband an und wurde zu einem engagierten Zionisten. 1938 war er in der Synagoge, als Hitler-Truppen in Österreich einmarschierten. Das Gebet wurde unterbrochen. Als er mit seinem Bruder auf die Straße kam, waren bereits alle Häuser mit der Hakenkreuzfahne beflaggt und die Wachmänner trugen Armbinden mit der Swastika. Die Firma seines Vaters und dessen Geschäft in der Hollandstraße 13 wurden arisiert, und als er erleben musste, wie im Rahmen der Novemberpogrome des Jahres 1938 in der Schiffgasse Bücher und Thora-Rollen verbrannt wurden und man Juden den Bart abgeschnitt, war für ihn, den 15-Jährigen, klar: Er musste Österreich sofort verlassen. Aus der für später geplanten Emigration, sorgfältig vorbereitet durch die Jugend-Alijah, wurde eine überstürzte Flucht. Er gelangte nach Triest und von dort per Schiff nach Palästina. Er konnte nur zwei Bücher mitnehmen, das Gebetbuch und das Stammbuch. Dort findet sich der Eintrag eines Lehrers: