Ve vojenské oblasti závěrečnému desetiletí 16. století dominovala tři velká tažení, všechna vítězná. První z nich bylo povstání početné posádky v Ning-sia. Rebelové zlikvidovali velící generály a ovládli město Ning-sia a okolí. Povstalci disponovali 20 nebo 30 tisíci vojáky, ve městě žilo na 300 tisíc obyvatel. Mingská vláda shromáždila k potlačení rebelie 40 tisíc vojáků. Po polovině října 1592 bylo město dobyto a mingská vojska mohla být přesunuta na opačnou stranu říše, do Koreje. Téhož roku 1592 totiž faktický vládce Japonska Hidejoši Tojotomi podnikl s 200 000 vojáky invazi do Koreje. Wan-li reagoval neprodleným vysláním tří tisíc mužů, kteří však podlehli Japoncům. Poté císař čínské vojsko v Koreji posílil na 40 000 vojáků; spojená korejsko-čínská vojska získala převahu a roku 1593 Japonce z většiny Koreje vytlačila k jihovýchodnímu pobřeží. O čtyři roky později, roku 1597, podnikli Japonci druhou invazi, ale po řadě porážek a Hidejošiho smrti následujícího roku se stáhli. Třetím významným konfliktem bylo potlačení povstání Jang Jing-lunga v jihozápadní Číně v letech 1587–1600. Vzhledem k válce s Japonskem mohly být mingské síly soustředěny na jihozápadě až od roku 1599, poté více než dvousettisícová mingská armáda během několika měsíců povstání zlikvidovala.