Mokhtar Belmokhtar syntyi Ghardaïassa Itä-Algeriassa vuonna 1972. Islamistisilla internetsivuilla julkaistujen haastattelujen mukaan hän kiinnostui jihadista jo kouluikäisenä. Palestiinalainen islamisti Abdallah Azzam surmattiin vuonna 1989, minkä innoittamana Belmokhtar matkusti 19-vuotiaana Afganistaniin al-Qaidan koulutukseen. Siellä hän omien sanojensa mukaan osallistui taisteluihin eri puolilla maata. Palatessaan Algeriaan maa oli peruttujen vaalien seurauksena suistunut sisällissotaan. Belmokhtar liittyi ensin Aseelliseen islamilaiseen ryhmään ja myöhemmin siitä eronneeseen ryhmään nimeltä Groupe Salafiste pour la Prédication et le Combat eli GSPC. Algerialaisen journalisti Mohamed Arezki Himeun mukaan Belmokhtar menetti 1990-luvun taisteluissa toisen silmänsä ja käyttää nykyisin tekosilmää.