In seine Zeit als Medizinprofessor fällt der Ausbruch des Englischen Schweißes, einer rätselhaften Infektionskrankheit, die das Marburger Religionsgespräch beendete und von manchen Medizinhistorikern für Influenza gehalten wird. Cordus veröffentlichte darüber den ersten medizinischen Druck in der Geschichte der Universität Marburg: "Regiment wider den Englischen Schweiß" (1529). Außerdem stammt von ihm eine Anleitung zur Bereitung des unverfälschten Theriaks (1532), einer Art Universalmedizin des Mittelalters und der frühen Neuzeit aus zahlreichen Zutaten. Auf seinem Lehrstuhl folgte ihm 1535 Johann Dryander (1500–1560), der 1543 Cordus' Werk über die Harnschau herausbrachte.