Han blev överste i sydstatsarmén och under första slaget vid Bull Run i juli 1861 var han brigadchef. Han agerade snabbt när han upptäckte att unionsarmén tänkte anfalla, vilket starkt bidrog till sydstatsarméns seger. På motsvarande sätt agerade han snabbt vid Balls Bluff i oktober samma år och drev tillbaka motståndarna över Potomacfloden. Han belönades med guldmedalj och befordrades till brigadgeneral. Han deltog med sin brigad i andra slaget vid Bull Run i augusti 1862, slagen vid South Mountain och Antietam i september och slaget vid Kingston, North Carolina, i december samma år. Evans kom under P.G.T. Beauregards befäl i North Carolina och kom där att anklagas för att inte ha följt en order om anfall, men ställdes inte inför krigsrätt. Han kom senare att ställas inför krigsrätt för fylleri – han var känd för att vara en riktig suput – men frikändes. Han blev senare fråntagen befälet av Beauregard, som bad president Davis omplacera Evans. När arméns generalinspektör framförde att Evans tjänsteduglighet borde granskas, var hans karriär över.