1938 emigrierte Kantorowicz von Berlin nach Oxford und von dort aus 1939 in die USA. Seine Mutter wurde 1942 in das Ghetto Theresienstadt verschleppt und dort 1943 ermordet. 1939 erhielt er in Berkeley zunächst einen Lehrauftrag für mittelalterliche Geschichte, 1945 dann eine Professur und wurde eingebürgert. Dort verlangte die Universität 1949 von ihren Angehörigen den von Senator Joseph McCarthy geforderten antikommunistischen Loyalitätseid (McCarthy-Ära). Als Kantorowicz sich – „die deutschen Erfahrungen vor Augen“ – weigerte, diesen zu unterschreiben, wurde er mit 21 weiteren Fakultätsmitgliedern entlassen. Nach Ende des Zweiten Weltkriegs setzte er mit Alexander von Stauffenberg eine jahrelang unterbrochene Korrespondenz fort, in der er den Münchner Historiker anregte, den von seinen Brüdern Claus und Berthold von Stauffenberg versuchten Tyrannenmord vom 20. Juli 1944 dichterisch zu bearbeiten, was dieser auch unternahm.