El terremoto del 6 de abril de 2009 causó graves daños al Fuerte español. El Ministerio de Cultura italiano se aseguró de resguardar la colección del museo, pues algunas estatuas habían sufrido daños debido al derrumbe de algunos muros en el interior del museo (y algunas de ellas todavía siguen siendo restauradas). Parte del patrimonio del museo fue trasladada en 2015 a un antiguo matadero (solo un 50 % de la colección del museo se encuentre en el matadero).