So trat er während des Dreißigjährigen Krieges in die Armee von Christian IV. von Dänemark ein. Für diesen Verrat wurde er vom deutschen Kaiser Ferdinand II. in die Reichsacht gestellt und für vogelfrei erklärt. Im August 1626 wurde die dänische Armee bei Lutter am Barenberge von den vereinigten Truppen Tillys und Wallensteins geschlagen. Johann Philipp Fuchs von Bimbach fand am 27. August 1626 als dänischer General den Tod.