В 1990 году многие страны бывшего Восточного блока стали независимыми, и распался Советский союз. Порт Гамбурга смог возобновить торговлю с этими странами (теперь его тыловая часть была намного больше). HHLA приняли долевое участие в нескольких компаниях, которые организовывали контейнерные перевозки по железной дороге, и объём переваленных грузов значительно возрос. 25 июня 2002 года был обработан первый контейнеровоз на новом контейнерном терминале Альтенвердер (CTA). 1 октября 2005 года компания сменила название на «Hamburger Hafen und Logistik AG». Аббревиатура HHLA была сохранена.