Junto con Navahrudak, Grodno fue considerada como la principal ciudad en el extremo oeste de la llamada Rutenia negra, una región fronteriza con la Lituania original. Fue atacada con frecuencia por varios invasores, especialmente los Caballeros Teutónicos. En las décadas de 1240-1250 la zona de Grodno, así como la mayor parte de la Rutenia negra, fue controlada por príncipes de origen lituano (Mindaugas y otros) para formar el estado Báltico —el Gran Ducado de Lituania— en estos territorios. Después de los levantamientos de Prusia una gran población de viejos prusianos se trasladó a la región. El famoso lituano Gran Duque Vitautas fue príncipe de Grodno en 1376-1392, y se quedó allí durante sus preparativos para la Batalla de Grunwald (1410). Desde 1413, Grodno había sido el centro administrativo de un powiat en el Voivodato de Trakai.