Baiazet I (1389-1402) cap dels turcs otomans, es va fer amo del litoral de la Mar negra entre Heràclea i Samsun. Trebisonda es va aliar amb Tamerlà i li va subministrar ajuda, inclosos alguns vaixells, el 1402, quant va guanyar la batalla d'Ankara. Amb Joan IV els otomans ja estaven recuperats i van començar a atacar l'imperi. Un atac turcman separat va arribar a la rodalia de la capital i el cap de la flota, Alexandre, va morir, però Joan IV els va rebutjar amb només cinquanta soldats. El 1442 els otomans van atacar per mar sense èxit, però Joan IV va accedir a pagar tribut al soldà Murat II. El seu successor, Mehmet II, va assetjar Constantinoble i la va prendre el 29 de maig de 1453. Joan IV es va aliar als aq qoyunlu i va cercar un acostament al papa per obtenir el suport militar a occident.