En los albores de la República, Júlio de Castilhos asumió la secretaría del gobierno y enseguida participó en Río de Janeiro de la elaboración de la nueva Constitución. Volviendo al estado en 1891, pasó a trabajar en la Constitución Estadual, que fue aprobada el 14 de julio, mismo día en que se realizó la primera elección para una presidencia constitucional, siendo Castilhos vencedor con el 100% de los votos. Pero las rivalidades políticas se intensificaron hasta un punto sin retorno. El Partido Federalista (antiguo Partido Liberal) luchaba por la centralización y el parlamentarismo; el Partido Republicano por el sistema presidencialista y por la autonomía provincial. Después de varios cambios de gobierno se desató una nueva guerra civil en 1893, la Revolución Federalista, liderada por Silveira Martins, antiguo adversario de Castilhos, que estaba de nuevo en el poder. Si en la Revolución Farroupilha todavía se daban escenas de nobleza, honra y altruismo, a lo largo de la Revolución Federalista se generalizó la crueldad y la villanía. Décio Freitas dice que fue la más violenta de las guerras civiles en toda América Latina, y otros que escribieron sobre ella no cesan de reiterar sus expresiones de horror. Duró más de dos años y se cobró más de diez mil vidas.