Известия о нем начинаются с 1695 года, когда он участвовал в походе Б. П. Шереметева и Мазепы против крымцев и был при взятии крепостей Кизыкермена и Тавана. Затем в 1698 году он был уже войсковым канцеляристом, а в 1700—1703 годах «"господарем замку батуринского"», т. е. управителем имений Мазепы под Батурином. С этих пор Чарныш приобретает покровительство гетмана и, как человек ловкий и умевший прислуживать своему патрону, быстро двигается вперед. Так, через Мазепу же он сделался лично известен Петру Великому, был послан последним в феврале 1700 года в Константинополь с грамотой к Е. И. Украинцову и привез оттуда постановленные мирные договоры.