Croacia declaró su independencia en 1991, por lo que Zagreb pasó a ser la capital de la república de Croacia. Durante la guerra con el ejército yugoslavo, que duró cuatro años, la ciudad vivió con relativa calma dada su posición geográfica, a diferencia de lo sucedido en zonas fronterizas como Dubrovnik. Sin embargo, en mayo de 1995 se produjo un ataque de artillería de la autoproclamada República Serbia de Krajina en el que fallecieron siete civiles. Los acuerdos de paz de Dayton en diciembre del mismo año consolidaron la independencia croata. Para entonces la población se había reducido hasta los habitantes, ya que la mayoría de los ciudadanos de origen serbio había abandonado la ciudad.