3月26日のオープン戦に出場後に胃痛を訴え、翌27日に東京慈恵会医科大学附属病院に搬送されて膵臓機能障害で入院。ジャクソンは練習に来ない、来ても酔っぱらって寝ていた、ということも少なくなかったため、この時に周囲は仮病と思った。しかしペナントレースが開幕しても、なかなか退院できず、報道陣が深刻な事態だと悟ったのは、チームメートのロバーツが殊勲打を放ち、記者に「今日のヒットをルーに捧げたい」と語った時であった。実際には膵臓がんであったらしく、4月3日に集中治療室に移されて同26日に手術を受けるも、5月27日に膵臓壊死により33歳で死去した。ジャクソンが死んだ時も看取ったのは妻ではなく義母であり、遺体は横田基地を経由して母国に送られた。翌28日には球団葬が執り行われ、阪神のウィリー・カークランドやジョー・ゲインズ、西鉄のカール・ボレスら現役の助っ人たちも参列。「楽天家のルー、おとぼけのルー……」という別所毅彦監督のという弔辞に、周囲からは嗚咽が漏れた。周囲からは慕われていたが、その場に夫人の姿は無かった。太平洋戦争中に日本領の硫黄島で戦死したハリー・オニールを除けば現在、日本で死亡した唯一のメジャーリーグ経験者である。