15 марта 2003 года результатом давно идущего на периферии страны восстания стал переворот. В то время, как Патассе находился за границей, восставшие взяли Банги и провозгласили президентом Франсуа Бозизе. В результате началась гражданская война, в страну снова были введены войска ООН. 13 марта 2005 года были проведены президентские выборы, в которых принял участие Бозизе, несмотря на данные ранее обещания уйти в отставку после перехода к гражданскому правлению. Он и выиграл выборы, победив во втором туре бывшего премьер-министра Мартена Зигеле. Выборы в целом были оценены как проведённые без нарушений, хотя в них было запрещено участвовать Патассе. 8 мая того же года партия Бозизе, Национальная Конвергенция Ква На Ква, получила большинство мест на парламентских выборах.