1944 wurde er zusammen mit anderen Pfadfinderleitern von der Gestapo verhaftet – nachdem die Pfadfindergruppe es ablehnte, bei einem Stadionbesuch mit Hitlergruß zu grüßen und stattdessen später, durch Prag marschierend, patriotische Losungen sangen. Mithilfe von Morsezeichen gelang es ihnen, ihre Aussagen zu koordinieren, sodass die meisten dem Konzentrationslager entgehen konnten. Navrátil wurde der Organisation Todt zugeordnet, er flüchtete jedoch und verbarg sich bis Ende des Krieges. 1945 nahm er am Prager Aufstand teil.