1854年8月には中佐に昇進し、1855年から1858年は東インド艦隊勤務となり、スクリューフリゲート・サンジャシント（）の艦長を務めた。1850年代後半から1860年代前半にかけて、ベルはアナポリス海軍兵学校の評議会メンバーとなり、またニューヨーク州とワシントン海軍工廠で兵器部門の責任者となった。南北戦争が勃発すると、ベルは1862年初頭に先任艦長（）となり、西メキシコ湾封鎖艦隊を指揮し、ニューオーリンズ攻撃とミシシッピ川の開放に関連する一連の作戦に参加した。1862年7月、代将に昇進。メキシコ湾封鎖作戦後の1864年、ベルはニューヨーク海軍工廠の兵器部門監査役となった。