วันที่ 12 พฤศจิกายน ค.ศ. 2006 เซดอร์ฟกลับมาติดทีมชาติอีกครั้งในรอบกว่าสองปี โดยมาแทนที่เวสลีย์ สไนเดอร์ ที่ได้รับบาดเจ็บ เขาลงเล่นครบ 90 นาที ในนัดกระชับมิตรที่เสมออังกฤษ 1–1 โดยเซดอร์ฟได้รับชัยชนะในนัดสุดท้ายของการลงเล่นให้กับเนเธอร์แลนด์ในปี ค.ศ. 2008 และในรอบคัดเลือกฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรป 2008 นัดที่พบกับโรมาเนีย (เสมอ 0–0 ในบ้าน) และสโลวีเนีย (ชนะ 1–0 เยือน) เซดอร์ฟได้ลงเล่นเพียง 4 และ 6 นาทีตามลำดับ เนื่องจากผู้จัดการทีมชาติ มาร์โก ฟัน บัสเติน ชื่นชอบผู้เล่นที่อายุน้อยกว่าอย่างราฟาเอล ฟัน เดอร์ฟาร์ต, เวสลีย์ สไนเดอร์ และโรบิน ฟัน แปร์ซี และเมื่อวันที่ 13 พฤษภาคม ค.ศ. 2008 เซดอร์ฟปฏิเสธที่จะลงแข่งขันในฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรป 2008 เนื่องจากมีปัญหาขัดแย้งกับฟัน บัสเติน