Pomimo tego popisu brawury, McClellan kontynuował ostrożne działania. Po wysłaniu telegrafu do prezydenta 13 września w południe, czekał do następnego ranka, aby rozkazać swoim oddziałom wyruszyć na przełęcze South Mountain. Osiemnastogodzinne opóźnienie pozwoliło Lee zareagować, ponieważ otrzymał informację od sympatyka konfederatów, że McClellan zna jego plany. Opóźnienie zmusiło do kapitulacji garnizon Unii w Harpers Ferry, ponieważ posiłki wysłane przez McClellana dotarły na miejsce już po tym, jak garnizon poddał się oddziałom Stonewalla Jacksona. W bitwie pod South Mountain armii McClellana udało się przecisnąć przez przełęcze oddzielające go od Lee, ale dała ona również Lee wystarczająco dużo czasu, aby skoncentrować większość swoich podzielonych sił w okolicy Sharpsburga. Armia Unii dotarła do potoku Antietam, na wschód od Sharpsburga, wieczorem 15 września. Atak, planowany na 16 września, został opóźniony z powodu porannej mgły, pozwalając Lee dalej przygotować się do obrony z armią ponad dwa razy mniejszą, niż dowodzona przez McClellana.