Iniesta reprezentoval Španielsko v mládežníckych kategóriach a od roku 2006 aj seniorské národné mužstvo. Debutoval v zápase proti Rusku, 27. mája 2006. Bol nominovaný aj pre Majstrovstvá sveta 2006, Majstrovstvá Európy 2008 na ktorých aj triumfoval. Na Majstrovstvách sveta 2010 v JAR strelil vo finále v predĺžení proti Holandsku víťazný gól, ktorý venoval vyzlečením dresu zosnulému kamarátovi Dani Jarquemu a stal sa tak s mužstvom majstrom sveta. Na Majstrovstvách Európy 2012 v Poľsku a na Ukrajine, kde bol jednou z najväčších opôr reprezentácie obhájil s mužstvom Španielska európsky primát. V roku 2014 sa zúčastní s reprezentáciou La furia roja aj majstrovstiev sveta v Brazílii.