В начале войны Сайкс принял участие в Первом сражении при Бул-Ране, где командовал батальоном регулярной пехоты размером в 8 рот — это была единственная регулярная часть на поле боя. Позже он командовал регулярными частями под Вашингтоном, и 28 сентября 1861 года получил звание бригадного генерала добровольческой армии. Весной 1862 года он командовал 2-й дивизией V-го корпуса Потомакской армии, которая так же была регулярной и иногда упоминается как «Регуляры Сайкса». Дивизия участвовала в сражении при Йорктауне, сражении при Гэинс-Милл и особо отличилась в сражении при Малверн-Хилл. 27 июня 1862 года Сайкс получил временное звание полковника регулярной армии за Малверн-Хилл.