Ванек начал играть за сборную Австрии в 18 лет с выступления в Первом дивизионе молодёжного чемпионата мира. На турнире 2002 года австрийцы заняли второе место, а Томас был признан лучшим нападающим. В следующем году сборная Австрия решила задачу с выходом в ТОП-дивизион. Ванек внёс весомый вклад в этот успех, забросив 9 шайб и став лучшим снайпером соревнования. На МЧМ-2004 австрийцы выступили неудачно, сразу же покинув элиту. Томас показал меньшую результативность относительно своих прошлых турниров, набрав лишь 4 (3+1) очка в 6 матчах.