Zísis pelasi Kreikan miesten maajoukkueessa vuosina 2001–2015 189 ottelua 7,7 pisteen keskiarvolla. Hän saavutti maajoukkueessa MM-hopeaa Japanissa 2006, Euroopan mestaruuden Serbia ja Montenegrossa 2005 ja EM-pronssia Puolassa 2009. Hän kuului maajoukkueen kokoonpanoon myös Ateenan 2004 ja Pekingin 2008 kesäolympialaisissa, vuosien 2010 ja 2014 MM-kilpailuissa sekä vuosien 2007, 2011, 2013 ja 2015 EM-kilpailuissa.