2010. október 20-án Obama elnök bejelentette, hogy McDonough fogja átvenni a előléptetett Thomas E. Donilon helyét, mint helyettes nemzetbiztonsági tanácsadó. Donilon a távozó James L. Jones helyét vette át, mint nemzetbiztonsági tanácsadó. McDonough látható volt többek között képeken egy pakisztáni művelet idején, amely Oszáma bin Láden meggyilkolásával végződött.