Diskussionen om befæstningen startede efter Treårskrigen (1848-50) og forstærkedes efter nederlaget i 1864. "Lov om Kjøbenhavns Befæstning mod Søsiden" blev vedtaget i 1858, og herefter kunne den første byggefase for byens nye søbefæstning påbegyndes. Anlægsarbejderne varede i ti år indtil 1868. De ældre befæstningsanlæg fra omkring 1800 såsom Trekroner Fort, Lynetten og Strickers Batteri blev moderniseret samtidig med, at man byggede en række nye anlæg. Man fik da en tidssvarende befæstning, der kunne forsvare adgangen fra Øresund til København og sejlløbet til byen. Søbefæstningsanlæggene Prøvestensfortet, Mellemfortet og Kalkbrænderi Batteri (som erstatning for et fort på Stubbegrunden vest for Kronløbet, der ikke blev opført) blev da opført i 1850'erne og 1860'erne, men fæstningsbyggeriet kom for alvor i gang efter en samlet plan i 1880'erne.