Secondo Grant a Champion Hill (16 maggio 1863) McClernand fu lento, ma aspetto che l'insubordinazione fosse abbastanza palese da giustificare la rimozione politica del potente rivale. Dopo un sanguinoso e fallimentare attacco alle trincee di Vicksburg (ordinato da Grant), McClernand scrisse una lettera di encomio per i propri uomini che fu pubblicata dalla stampa, mentre le lettere del dipartimento e di Grant non lo furono. Fu sollevato dal comando il 18 giugno, due settimane prima della caduta di Vicksburg, e fu sostituito dal maggior generale Edward O. C. Ord.