La revolució va provocar que almenys 336.000 tutsis fugissin als països veïns, on vivien com a refugiats. Encara que els exiliats es van mobilitzar per a un retorn immediat a Ruanda, es van dividir entre els que buscaven la negociació i els que desitjaven derrocar el nou règim. Alguns exiliats formaven grups armats (anomenats "inyenzi" o "escarabats" pel govern hutu) que van llançar atacs contra Ruanda. El més gran va ocórrer a la fi de 1963, quan es va apropar un atac sorpresa a Kigali. El govern va lluitar de nou, va derrotar als inyenzi i va matar milers de tutsis restants a Ruanda. Els refugiats no van plantejar més amenaça fins a la dècada de 1990, quan una Guerra Civil ruandesa iniciada pel refugi tutsi, el Front Patriòtic Ruandès (FPR) va obligar al govern hutu a negociar. Això va provocar l'augment de l'extremisme hutu i el genocidi ruandès de 1994, en el qual centenars de milers de tutsi van ser assassinats abans que el FPR prengués el control.