Savaş boyunca sınır ötesinde de Ermeni askerleri Azeri karşıtı eylemlerde bulundu. Ermeni askerleri tarafından yüzlerce Azeri sivilin katledildiği birçok katliam yaşandı. Bunlardan en büyüğü olan Hocalı Katliamı'nda 106'sı kadın ve 83'ü çocuk olmak üzere 613 sivil öldürüldü. Bununla beraber, Ağdaban (katliam), Malıbeyli (katliam), Yukarı Kuşçular (katliam), Aşağı Kuşçular (katliam) ve Ballıkaya (katliam)köylerinde Rus destekli Ermeni kuvvetleri birçok katliam yaptı.