В начале войны Джонс вступил в 1-й Вирджинский кавалерийский полк в звании капитана и стал командовать ротой, которую самостоятельно набрал и в которой тогда служил рядовым Джон Мосби. 9 мая он получил звание майора вирджинской армии, а через месяц полк был включен в армию Конфедерации. В июле 1861 года Джонс принял участие в первом сражении при Булл-Ран, где полком командовал Джеб Стюарт. Через месяц кавалерия была переформирована, Стюарт возглавил бригаду, в Джонс получил звание полковника и стал командиром 1-го Вирджинского полка.