Han foraktet nazismen og særlig behandlingen av jødene. Han var tilstede ved Frankrikes undertegnelse av våpenhvilen i juni 1940. Ved en feiltakelse ble Shirers radioreportasje sendt direkte på lufta i USA før Hitler selv hadde annonsert våpenhvilen. Han reiste tilbake til USA ved årsskiftet 1940-1941 og fikk med seg dagbøkene han hadde ført over mange år. Etter krigen reiste han tilbake til Tyskland for å dekke rettsoppgjøret i Nürnberg.