Die ersten überlieferten Berichte bezeichnen das Gebiet des heutigen Monroe County als Jagdgrund eines der hiesigen Irokesen-Stämme, den Seneca-Indianern. Mit der Besiedlung der Gegend ab 1788 (ein erster vorübergehender Siedler in der Nähe des heutigen Rochester; erste permanente Besiedlung ab 1789) wurden diese Berichte bestätigt. Da die Seneca den Siedlern nicht immer freundlich gesinnt waren und zudem der dicht wachsende Wald und das ungesunde, sumpfige Klima die Gegend wenig anziehend erscheinen ließ, wurde die Besiedlung nur langsam vorangetrieben. Erst nach dem Krieg von 1812 nahm die Anzahl der hiesigen Siedler rasch zu; die Hafenstadt Rochester am Ontariosee, einem wichtigen Verkehrsweg, entwickelte sich sehr schnell zur Handelsstadt am Seeufer.