טימבוקטו נחשבה תמיד לעיר נידחת ואפופת מסתורין, והייתה יעד מבוקש על ידי נוסעים מערביים. רבים מהנוסעים לא הצליחו להגיע לעיר ונהרגו על ידי השבטים הנוודים שבאזור. המושג טימבוקטו משמש עד היום לתיאור מקום נידח בסוף העולם. בשנת 1990 הכריז אונסק"ו על העיר כאתר מורשת עולמית והכין תוכניות לשימורה. ב-2007 העיר הייתה מועמדת לשבעת פלאי תבל החדשים אך לבסוף לא נכללה ברשימה. לבקשת ממשלת מאלי בשנת 2012, נכללה העיר ברשימת אתרי המורשת העולמית הנמצאים בסיכון בשל המאבק המזוין בצפון המדינה. במהלך החודשים מאי-יוני 2012 כבשו פעילים בארגון אסלאמי את העיר והרסו חלק מהקברים באתר המורשת העולמית. בינואר 2013 שוחררה העיר על ידי כוחות הצבא הצרפתי במבצע סרוואל.