У відповідь на теракти 11 вересня 2001 року Бюро переглянуло свою політику і структуру і виділив додаткові ресурси для боротьби з тероризмом. Його повноваження зі спостереження за громадянами США і іноземними громадянами були значно розширені Законом США «ПАТРІОТ». 2003 року ФБР створило розвідувальне управління для управління діяльністю зі збору розвідувальних даних і координації своїх зусиль з Центральним розвідувальним управлінням (ЦРУ).