In der vom UN-Sicherheitsrat angeordneten Untersuchung des tödlichen Attentats auf den libanesischen Regierungschef Rafiq al-Hariri 2005 wurde Mahir al-Assad im Zwischenbericht des deutschen Sonderermittlers Detlev Mehlis als einer der Hauptverdächtigen aufgeführt, wogegen die syrische Regierung protestierte. Dem Antrag der Ermittler, Mahir und Baschar al-Assad zu vernehmen, wurde von den syrischen Behörden nicht stattgegeben. Für das später eingerichtete Sondertribunal für den Libanon waren die auf eine Beteiligung Syriens hindeutenden Beweise nicht für eine Anklage ausreichend, einzige Angeklagte sind bisher vier Mitglieder der Hisbollah.