Ainda que fizesse grandes estudos, ele logo teve problemas com o diretor Henry Benedict Medlicott e também com vários colegas. Os desentendimentos o levaram de volta para Praga, em 1878, com a esposa e agora três filhas. Precisou voltar para a Índia para participar de mais algumas expedições e voltou para a família em 1879. Em 1881, ganhou o prêmio na Exibição Internacional de 1880, em Melbourne, por seu trabalho com os fitofósseis australianos. Por volta dessa época, conseguiu um cargo da Escola Politécnica Checa, mas continuou trabalhando na Índia.