Durante la Prima guerra dello Schleswig (1848–1851) il suo consorte si schierò attivamente contro la Danimarca. Ciò provocò che i rapporti di Guglielmina con la famiglia reale danese fossero difficili per molto tempo. Durante la guerra visse a Dresda. Nel 1852 ci fu una riconciliazione e ella poté godere nuovamente di un rapporto stretto con la sua famiglia a Copenaghen, ritornando in Danimarca con Carlo e vivendo spesso al castello di Louisenlund. Il suo status di figlia di un benamato re e di regina maltrattata di un re vilipeso l'aiutò a riguadagnare la sua popolarità tra il popolo danese. Nel 1870 andò a risiedere nel castello di Glücksburg, dove visse per il resto della sua vita. Carlo morì nel 1878. Guglielmina trascorse la sua vecchiaia isolata, poiché aveva difficoltà a comunicare nella vita sociale dopo aver perso l'udito, ma dedicava molto tempo alle opere di beneficenza e diventò popolare a Glücksburg per questo motivo.