Una altra cosa eren les elits, o almenys part d'elles: la pèrdua del monopoli intel·lectual com a conseqüència de la irrupció dels il·lustrats laics originà no pocs xocs, amb víctimes d'ambdós bàndols, com l'expulsió dels jesuïtes (boc expiatori del "Motí d'Esquilache", la qual cosa no deixà de ser ben vista per ordes religiosos rivals) i el procés inquisitorial a Pablo de Olavide. L'animadversió per part del catolicisme casticista a tot allò afrancesat tingué la seva oportunitat de tornar a identificar allò espanyol amb allò catòlic a la guerra contra la Convenció (1792), en què els mossèns llegien homilies enceses i patriòtiques contra els francesos ateus i revolucionaris (tingué gran difusió l'obra de Frai Diego de Cádiz "El soldat catòlic en guerra de religió"). La Guerra d'Independència Espanyola intensificà aquesta actitud del clergat, que arribà àdhuc a prendre les armes (com fou el cas del capellà Merino).