После эвакуации французской военно-воздушной базы № 162 в Бамако первая эскадрилья малийских ВВС была дислоцирована в Сену в 15 километрах к югу от столицы (ныне международный аэропорт Бамако-Сену). Здесь лейтенант Тьекоро Багайоко продолжил службу после обучения за границей, и в 1968 году принял активное участие в заговоре военных против президента Модибо Кейты. Вместе со штурманом Филифингом Сиссоко он установил контакт с группой Муссы Траоре и Йоро Диаките в Военной школе в Кати и вошёл в оперативный штаб заговорщиков. Багайоко и Сиссоко привлекли к заговору парашютиста Сунгало Самаке из лагеря Джикорони и в ночь переворота 19 ноября 1968 года возглавили группы десантников, предназначавшиеся для установления контроля над ключевыми объектами Бамако. Багайоко руководил захватом штаба Народной милиции, а затем вместе с Сунгало Самаке и танкистом Амаду Баба Диаррой на бронетранспортёрах отправился по направлению к Куликоро, чтобы арестовать президента Модибо Кейту. Когда военные остановили президентский кортеж у Массалы, именно Тьекоро Багайоко объявил Кейте о смещении. Его слова — "«От имени Военного комитета национального освобождения я прошу Вас подняться в эту бронемашину»" — вошли в легенду и до сих пор передаются в различных вариантах. В 1990 году профессор Бинту Сананкуа, опиравшаяся на опровержение Муссы Траоре, в своей книге назвала этот эпизод с участием Багайоко не более чем мифом, мало относящимся к реальности. Только в 2007 году участник ареста Кейты капитан Сунгало Самаке в своих мемуарах подтвердил, что именно этот никому не известный лейтенант арестовал одного из самых известных тогда политиков планеты. Малийский журналист Саути Хайдара позднее писал, что Багайоко "«оказался единственным военным, который, не моргнув глазом, осмелился заявить творцу независимости Мали, что тот больше не президент…»" ().