Emily Lima a d'abord porté le maillot du Brésil des moins de 17 ans. Mais n'a jamais porté celui de l'équipe A. Pendant son séjour en Espagne, elle est devenue ressortissante portugaise, son père étant portugais. Alors lorsqu'il lui est proposé de joué avec la sélection portugaise, elle n'hésite pas. Elle débute le , à l’âge de 27 ans dans un match comptant pour les éliminatoires du Championnat d'Europe 2009 face au Danemark à Viborg, défaite 5 à 1. Le , elle dispute sa dernière rencontre avec le maillots de la "seleção" européenne. Ce match à pour contexte, l'Algarve Cup 2009. Les portugaises sont opposées au Pays de Galles, et l'emportent, 2-1, grâce aux buts d'Edite Fernandes et d'Ana Borges. Elle aura, en 1 an de demi, porté le maillot "das Quinas" à douze reprises sans marquer aucun but.