Akhalgori oli neuvostoaikana osa Etelä-Ossetian autonomista aluetta. Kun Georgia lakkautti Etelä-Ossetian autonomian, se liitettiin Mtskheta-Mtianetin hallintoalueeseen. Vuosien 1991–1992 sodassa alue jäi georgialaisten haltuun. Vuonna 2008 alueella asui noin 8 000 georgialaista.