1789 wechselte Friedrich Karl von Fürstenwärther als Offizier in die Österreichische Armee, wo er bereits 1790 Oberleutnant und 1792 Hauptmann sowie Adjutant des Generals Joseph Johann von Ferraris wurde. In dieser Stellung zeichnete er sich im Ersten Koalitionskrieg, besonders in der Schlacht von Famars (26. Juli 1793) und bei der Belagerung und Einnahme von Valenciennes aus. In Italien focht Fürstenwärther als Kommandeur einer Truppeneinheit am Monte Baldo (13. Januar 1797) und am nächsten Tag bei Rivoli, wo er eine Verwundung erlitt. Nach seiner Genesung ernannte ihn Generalfeldzeugmeister Ludwig von Terzi (1730–1800) zu seinem Adjutanten und er erhielt 1799 die Beförderung zum Major.