Себастьен Фурнье был включён в состав сборной Швейцарии на чемпионат мира по футболу 1994 года в США, но на поле в рамках турнира так и не вышел. На чемпионате Европы 1996 в Англии он сыграл в одном матче, выйдя на замену во втором тайме поединка с Шотландией.