Em 990, Cartago teve seu bispo eleito, e o enviou a Roma para consagração. Os papas escreveram aos bispos e à Igreja de Cartago por diversas ocasiões, como nos anos 1053, 1073 e 1076, bem como aos governantes locais do norte da África em preocupação aos cristãos de lá. Após a conquista normanda da Sicília (1061–1091) e a conquista almóada do norte da África, o cristianismo quase desapareceu em Cartago. A partir do , a Europa procurou recuperar o norte da África cristão. São Luís IX da França morreu sitiando Túnis, em 1270, que substituiu Cartago em importância. Os sacerdotes e religiosos trinitarianos e mercedários resgatavam escravos cristãos traficados na região. Franciscanos e dominicanos continuaram o trabalho missionário. A Congregação para a Propagação da Fé enviou os capuchinhos em 1624 e os vicentinos em 1645 para a África cartaginesa. Em 1741, Cartago se tornou um vicariato apostólico. Uma capela foi construída e dedicada a São Luís IX em Cartago em 1839. Já em 1875 os padres brancos também chegaram a Cartago, a fim de levar o evangelho aos muçulmanos. Sob o protetorado francês, Cartago foi novamente considerada sé metropolitana sem sufragâneas em 1884 e primaz da África (1893) sob o comando do cardeal Charles Lavigerie.