2006 márciusában hosszas halasztgatás után megkezdték új albumuk felvételeit, ezúttal a Reign in Blooddal már bizonyított Rick Rubinnal. A lemez augusztus 8-án jelent meg "Christ Illusion" címmel. A „megszokott” kisebb botrány se maradt el a megjelenést követően. Ezúttal a borító (ezen Jézus látható drogos kinézettel egy vértengerben), mely több európai nagyvárosban is óriásposzter formájában jelent meg, valamint a "Jihad" című szám (ez a 2001. szeptember 11-ei terrortámadásról szól, de a terroristák szemszögéből) okozott felháborodást főleg jobboldali, és keresztény körökben, de maga az album vallásellenes koncepciója is vitákat gerjesztett. A "Christ Illusion" lett az addigi legsikeresebb Slayer-album a listás helyezések tekintetében, magasan túlszárnyalva elődjeit az 5. helyen nyitott a Billboard-listán.