В 1945 году во время осады крепости Бреслау в ходе Второй мировой войны была полностью уничтожена коллекция садовых растений и половина всех растений ботанического сада. В саду немцы разместили зенитные позиции и построили многочисленные хранилища боеприпасов. Даже в 50-е годы, во время тщательной очистки садового пруда, на дне нашли внушительный арсенал.