В 1805 году Мерфельд находился в отпуске в Берлине и когда вспыхнула новая война с Францией он явился в действующую армию. После поражения австрийцев при Ульме Мерфельд с остатками австрийских войск присоединился к русской армии Кутузова. Спустя некоторое время, после пополнения и переформирования своих войск от вновь стал действовать самостоятельно и при Мариацелле потерпел поражение от маршала Даву.