Zijn zoon Koenraad IV probeerde de titels van zijn vader in ere te herstellen, maar tegen de pausen was hij niet opgewassen. Toen hij in 1254 stierf, eiste Paus Innocentius IV het koninkrijk op in naam van zijn tweejarige zoon Konradijn. Frederik, zijn buitenechtelijke zoon, Manfred van Sicilië, probeerde het koninkrijk uit de handen van de pausen te houden. In 1263 verkocht Paus Urbanus IV zijn leen aan Karel van Anjou. In 1266 viel Karel Sicilië binnen en versloeg Manfred in de Slag bij Benevento. Twee jaar later liet hij Konradijn onthoofden. Hiermee kwam een einde aan de heerschappij van de Hohenstaufens over Sicilië.