Museum ini didirikan pada tahun 1888 walaupun gagasan mengenai pendirian museum ini sudah dicetuskan dari masa kekuasaan Kesultanan Utsmaniyah tahun 1850. Pada tahun 1913, bangunan museum ini diperluas dengan mengikuti rancangan arsitek Ceko Karel Pařík yang merancang struktur empat paviliun simetris dengan tampak depan yang bergaya Kebangkitan Renaisans. Empat pavilion ini ditempati oleh departemen arkeologi, etnologi, sejarah alam, dan sebuah perpustakaan. Setelah sempat ditutup selama beberapa tahun akibat kerusakan yang dipicu oleh Perang Bosnia, museum ini kini dibuka kembali untuk umum.