Sein Geburtsjahr wird im Allgemeinen mit 1479 angegeben. Nach Avesani handelt es sich dabei aber um einen Interpretationsfehler seiner Grabinschrift. Vielmehr sei er 1477 oder Anfang 1478 geboren. Die Hochschulreife sowie erste Literaturkenntnis erlangte Lazarus, Sohn des Amico und der Dorotea Buonamici, auf dem Gymnasium seiner Heimatstadt und studierte darauf ab 1499 an der Universität Padua. Pietro Pomponazzi war sein Lehrer. Während des Studiums der Philosophie begegnete Buonamici dort Reginald Pole und Pietro Bembo. 1508–1509 machte sich der Student für Aldus Manutius nützlich. Nach dem Studium war Buonamici ab 1510 als Hauslehrer in Mantua tätig. Einer seiner Schüler war Galeazzo Gonzaga, dem er Latein und Griechisch beibrachte. Nach längerem Aufenthalt in Bologna ging Buonamici 1521 nach Rom und lehrte an der Universität. Zum Beispiel nahm Aonio Paleario 1525 bei Buonamici Philosophieunterricht. Im Mai 1527 während der Plünderung Roms flüchtete Buonamici nach Venedig. Um 1530 zurück in Padua, lehrte er an seiner Alma Mater Griechisch und Latein. Etliche Rufe auswärtiger Universitäten schlug er – dank einer Pension des Senats der Stadt Venedig – aus und blieb an der Universität Padua. Zu Buonamicis Schülern in Padua zählten Giovanni Michele Bruto und Francesco Patrizi da Cherso. Bruto studierte um 1540 bei Buonamici Rhetorik und Patrizi ab 1551 Philosophie. Auch Agostino Valier war Buonamicis Schüler. Und der Italienreisende begegnete Buonamici (entweder in Padua oder in Rom).