Frentzen finit la saison 2001 chez Prost Grand Prix, à partir du Grand Prix de Hongrie, à la place de Jean Alesi. Ces cinq courses au volant de la médiocre Prost AP04 ne lui permettent pas de marquer de points. Il se rappelle néanmoins au bon souvenir de tous en obtenant le quatrième temps des qualifications en Belgique sur une piste humide, mais il cale sur la grille et doit finalement s'élancer de la dernière ligne. Il se classe treizième du championnat avec les 6 points marqués sur sa Jordan en début d'année.