Durante 1958 realiza trabajos clandestinos en la Cuba de Batista, lo que le permite presenciar los días previos a la Revolución. Vuelve a Cuba en enero de 1959, y conoce personalmente al Che Guevara. Eran los días de la “desestalinización” y del XX Congreso del PCUS, por la que Otto Vargas estaba influenciado, y en un encuentro con Guevara este le manifiesta su rechazo a las nuevas tesis soviéticas, principalmente con lo relacionado con Stalin y al tránsito pacífico al socialismo.