Halide Edib kritisierte die türkischen Machthaber, mit denen sie privaten Umgang pflegte, offen für die „Deportation“ der Armenier, wie sie den Völkermord nannte. Im Rahmen der Massaker und Deportationen wurden auf staatlichem Befehl laut privaten Aufzeichnungen von Talat Pascha mehr als 12.000 armenische Kinder und Waisen entweder in muslimischen Familien oder in Waisenhäusern zwangstürkisiert. Halide Edib lehnte Zwangsislamisierung und -türkisierung armenischer Kinder ab, ließ sich aber trotz der Bedenken überreden, die Leitung eines Waisenhauses im heute libanesischen Ayntura zu übernehmen. Sie machte im Herbst 1916 im Auftrag von Cemal Pascha, dem Heerführer in Syrien, Besichtigungsrundgänge durch alle wichtigen Bildungsinstitute im syrischen Teil des Osmanischen Reichs. Sie kehrte nach Istanbul zurück und übergab ihre Inspektionsberichte. Danach kehrte sie nach Syrien zurück, verwaltete Schulen und reformierte das große Waisenhaus in Ayntura. Sie leitete das Haus von Sommer 1916 bis 1917. Dabei ging es ihr nach eigener Aussage darum, das Leid der Kinder zu lindern, das sie in Briefen eindringlich beschrieb. In dem Waisenhaus wurden ca. 1.000 armenische und auch einige kurdische Kinder zwangstürkisiert.