Τον Απρίλιο του 1941 οι γερμανικές ναζιστικές δυνάμεις εισέβαλαν στην Ελλάδα και η βασιλική οικογένεια έφυγε στην Κρήτη. Μετά τη Μάχη της Κρήτης κατέφυγαν στην Αίγυπτο. Για μεγαλύτερη ασφάλεια, το ζεύγος εγκαταστάθηκε τελικώς στη Νότια Αφρική. Εκεί η Φρειδερίκη γέννησε το τρίτο παιδί της, την Ειρήνη, ανάδοχος της οποίας ήταν ο αρχηγός της Νοτιοαφρικανικής Ένωσης, στρατηγός Γιαν Σματς. Τον Φεβρουάριο του 1944, το ζεύγος γύρισε πάλι στην Αίγυπτο και τον Σεπτέμβριο του 1946 επέστρεψε οριστικά στην Ελλάδα, μετά από το Δημοψήφισμα του 1946.