L'any 2006, es va incorporar un nou i jove company, Nico Rosberg, i Cosworth passaria a subminstrar els motors. Webber va disposar de diverses oportunitats de podi, al Gran Premi d'Austràlia (en el que liderava la carrera) i al Gran Premi de Mònaco, però la poca fiabilitat del Williams va provocar sengles abandonaments. Dos sisens llocs van ser els seus millors resultats. A mitja temporada, Webber anunciava el seu fitxatge per l'escuderia Red Bull Racing per al 2007. L'australià concloïa el Campionat en 14a posició.