След влизането на България в Първата световна война и освобождаването на Вардарска Македония Авксентий в края на декември 1915 година пристига в Битоля и макар и с разклатено здраве, той поема отново своята Пелагонийска епархия. След превземането на Битоля от силите на Антантата през есента на 1916 г. Авксентий премества седалището си в Прилеп, където остава до поражението на България през 1918 г.