In 2002 bracht Rockefeller een officieel bezoek aan verschillende landen in het Midden-Oosten, waarbij hij uitgebreid in discussie ging over militaire intenties van de Verenigde Staten. In november 2005 zou hij in een interview zeggen dat hij in januari 2002 al tegen de verschillende Arabische leiders had gezegd dat hij van mening was dat het “voor president Bush allang vaststond dat er een oorlog tegen Irak zou komen. Deze lijn stond kort na 11 september al vast.” Rockefeller was een van de 77 senatoren die voor de oorlog tegen Irak stemde. Als voorzitter van de Senaatscommissie voor de Inlichtingendiensten was Rockefeller veel bezig met deze oorlog.