Varela debütierte am 6. Juni 2012 im Spiel gegen die USA unter Trainer Juan Verzeri in der uruguayischen U20-Nationalmannschaft. Er gehörte sodann dem Aufgebot der uruguayischen U20-Auswahl bei der U20-Südamerikameisterschaft 2013 in Argentinien an. Dort absolvierte er neun Spiele, allesamt in der Startelf. Im Juli 2013 wurde er bei der U20-Weltmeisterschaft 2013 in der Türkei Vize-Weltmeister mit Uruguay. Im Verlaufe des Turniers bestritt er sieben Partien. Insgesamt stehen für Varela 26 Länderspieleinsätze in der U20 zu Buche. Ein Tor erzielte er dabei nicht.