Die Rote Armee beschlagnahmte die nahezu unbeschädigte Villa 1945, um ein Lazarett für verwundete sowjetische Soldaten einzurichten. Dem Militär folgte 1950 der Freie Deutsche Gewerkschaftsbund (FDGB), der im Parterre für kurze Zeit Büroräume und im Obergeschoss ein Kinderwochenheim einrichtete, das nach Auszug der Gewerkschaft auch die unteren Räume bezog. Als 1961 die Berliner Mauer gebaut wurde, führte ein Teilstück der befestigten Grenzanlage die Schwanenallee entlang. Der hohe Stacheldrahtzaun, den später eine Mauer aus Betonelementen ersetzte, verlief auf der Ostseite des Hauses "in etwa fünfzehn Meter Entfernung von der Haustür parallel zum Grundstück", wodurch die Villa Schöningen innerhalb des Grenzsperrgebietes lag. Obwohl einige Gebäude in diesem politisch sensiblen Bereich abgerissen wurden, "um das ›Schußfeld‹ der Soldaten zu erweitern", blieb die nur wenige Meter vom Grenzübergang an der Glienicker Brücke stehende Villa erhalten und wurde weiterhin als Kinderwochenheim genutzt, das im Lauf der Zeit auch einige Tageskinder aufnahm. Die Einrichtung betreute beispielsweise Anfang der 1980er Jahre ungefähr 40 Kinder, von denen mehr als zwei Drittel Wochenkinder waren, die von montags bis freitags im Heim blieben.