Sau một đợt đại tu ngắn tại Trân Châu Cảng, "Cotten" gia nhập trở lại Lực lượng Đặc nhiệm 58 để tham gia Chiến dịch Mariana. Nó hộ tống các tàu sân bay trong các cuộc không kích tại Saipan; đánh chìm một tàu buồm vào ngày 17 tháng 6; bắn rơi một máy bay ném bom bổ nhào đối phương đang tấn công tàu sân bay trong Trận chiến biển Philippine vào các ngày 19 và 20 tháng 6; rồi tiếp tục hộ tống cho các cuộc không kích xuống Guam, Palau, Yap, Ulithi và quần đảo Bonin.