Когда в августе 1939 году СССР и Германия подписали пакт Молотова-Риббентропа, прибалтийские государства (в том числе и Литва) перешли в сферу влияния СССР. С началом Второй мировой войны 11 октября 1939 года Народный комиссар СССР Л. Берия подписал приказ НКВД СССР № 001223 «"О введении единой системы оперативного учёта антисоветских элементов, выявляемых агентурной разработкой"»), предполагавший централизацию и унификацию агентурной работы для выявления агентурной разработкой и учёта антисоветских элементов, поскольку эта работа не была организована должным образом, что давало возможность потенциальному противнику получать через своих агентов доступ к секретам государства, на особо охраняемые объекты и т. п. После присоединения Литвы к СССР, в результате которого республика получила Виленский край Польши, этот указ был распространён и на новые территории Советского Союза: учёты подлежали члены некоммунистических организаций, тюремные офицеры, полицейские, землевладельцы, сотрудники государственных учреждений, офицеры, беженцы из Польши, репатрианты Германии и члены их семей. Уже в июле 1940 года началось составление списков. Заранее было запланировано зарегистрировать около 320 тысяч членов бывших партий и организаций. Впоследствии в этот список вошли представители национальных меньшинств.