V roce 2001 pracoval spolu s Jamesem A. Bakerem III. a Lee Hamiltonem ve skupině "The Iraq Study Group", která studovala Válku v Iráku. Dne 8. listopadu 2006 se stal 22. ministrem obrany Spojených států (po Donaldu Rumsfeldovi), z řad demokratů i republikánů. V Gatesově profilu, napsaném v roce 2007 americkým poradcem Zbigniewem Brzezinskim a otištěným v časopise "Time", je jmenován nejvlivnějším mužem roku. Gates si funkci ministra obrany udržel i s příchodem administrativy Baracka Obamy.