Durant la Guerra de Successió Espanyola poc després de la presa de Barcelona, l'ofensiva aliada per ocupar els països catalans continua, Lleida cau en mans de Manuel Desvalls i de Vergós el 23 de setembre de 1705, però el 1707, va sofrir un nou setge que va suposar la seva caiguda en mans borbòniques i la destrucció de bona part de les seves edificacions. Després de l'abolició dels privilegis la universitat fou traslladada a Cervera.