En mars 2009, Beitia devient vice-championne d'Europe en salle pour la fois après 2005 : elle est devancée pour le titre par la nouvelle pépite du saut en hauteur, l'Allemande Ariane Friedrich. Début juin, l'Espagnole participe à la des Championnats d'Europe par équipes, compétition où les pays européens se rencontrent sous forme de ligues (les meilleurs en Super League, les moins bons en ) : à ce championnat, Beitia se classe avec , de nouveau battue par Ariane Friedrich. Aux Championnats du monde de Berlin, qui voit un duel entre Blanka Vlašić et Ariane Friedrich, Beitia prend la de la finale avec un bond à avant d'échouer par trois fois à . Le titre revient à la Croate qui s'impose avec devant Anna Chicherova pour l'argent () et Friedrich pour le bronze ( également).