Nowym prądom w kulturze towarzyszyły też jednak nowe ruchy wyznaniowe, które doprowadziły do wojen religijnych. Paryż był miastem w przeważającej części katolickim (w 1534 r. Ignacy Loyola założył tu nawet zakon jezuitów), rosła też jednak społeczność protestantów (głównie kalwinów), których we Francji określano mianem hugenotów. Konflikt pomiędzy katolikami i hugenotami (z których wielu pochodziło z zamożnej szlachty i mieszczaństwa) coraz bardziej się zaostrzał, pomimo prób pogodzenia obu stron. Próbą taką było zaaranżowane przez strony małżeństwo katolickiej księżniczki Małgorzaty de Valois (znanej też jako królowa Margot) i protestanckiego króla Nawarry Henryka (późniejszego króla Francji). Na ich ślub, który odbył się 18 sierpnia 1572 r., przybyło do Paryża przybyło kilka tysięcy protestantów, w tym wiele znaczących osobistości. Ta próba pogodzenia katolików i hugenotów zakończyła się jednak tragicznie. Już po ślubie 22 sierpnia doszło do nieudanego zamachu na admirała Gasparda de Coligny, przywódcę hugenotów, którego dokonał niejaki Maurevert (do dzisiaj nie wiadomo, kto był zleceniodawcą i rzeczywistym winnym zamachu). Zaraz po tym incydencie król Karol IX obiecał wyświetlić sprawę zamachu; atmosfera ogromnego napięcia w mieście i obawy katolików przed zemstą hugenotów doprowadziły jednak do wydarzenia, które przeszło do historii jako Noc świętego Bartłomieja. W nocy z 23 na 24 sierpnia 1572 r. wymordowano w Paryżu kilka tysięcy protestantów, zginął też sam admirał de Coligny. Rzeź objęła również prowincję i trwała przez kilka tygodni; liczbę jej ofiar obecnie szacuje się na 5000 do 30 000.