Adams était partisan de l'assimilation progressive des Amérindiens par le biais d'accords consensuels, une conception fort peu répandue chez les responsables blancs dans les années 1820. Il était néanmoins fortement attaché à l'expansion des États-Unis vers l'ouest : les colons installés sur la frontière réclamaient alors à grand cri une politique plus expansionniste qui ne prenait pas en compte les préoccupations des Amérindiens. Au début de son mandat, Adams annula le traité d'Indian Springs après avoir appris que le gouverneur de la Géorgie, George Michael Troup, avait contraint les Creeks à se soumettre au traité. En , un nouvel accord fut passé avec les Creeks qui autorisait ces derniers à rester sur place mais qui attribuait une grande partie de leur territoire à la Géorgie. Troup refusa les termes du traité et déclara que tous les citoyens géorgiens étaient libres d'expulser les Creeks. Un confrontation entre la Géorgie et le gouvernement fédéral était sur le point d'éclater mais les Creeks acceptèrent de négocier un troisième traité. Même si l'attitude de Troup envers le gouvernement et les Creeks fut généralement condamnée, la gestion de cet incident par l'administration Adams mécontenta fortement dans le Sud profond les partisans d'une déportation pure et simple des Amérindiens.