Miyazakis nächster Film, "Das wandelnde Schloss", kam 2004 in die Kinos und wurde ebenfalls mehrfach ausgezeichnet; im deutschsprachigen Raum lief eine synchronisierte Fassung im August 2005 an. Das nächste Projekt war der Film "Ponyo – Das große Abenteuer am Meer", der im Juli 2008 in die japanischen Kinos kam und bereits am Startwochenende über 1,2 Millionen Besucher zählte. 2008 erhielt der Film eine Einladung in den Wettbewerb der 65. Filmfestspiele von Venedig. Am 1. September 2013 wurde anlässlich der Aufführung seines jüngsten Films "Wie der Wind sich hebt" bei den 70. Filmfestspielen von Venedig bekannt gegeben, dass Miyazaki in den Ruhestand gehe. Im Oktober 2016 vermehrten sich die Gerüchte darüber, dass Miyazaki trotzdem einen neuen Animationsfilm in Spielfilmlänge plane. Im Oktober 2017 bestätigte er diese Gerüchte und gab bekannt, dass dieser Spielfilm anlehnend an das 1937 erschienene Kinderbuch "Kimitachi Wa Dō Ikiruka" (; dt. etwa „Wie werdet ihr leben?“) von Genzaburō Yoshino (1899–1981) denselben Titel wie das Buch tragen wird und die Produktionszeit auf drei bis vier Jahre angesetzt sei. Im Dezember des Jahres erklärte Toshio Suzuki zusätzlich, dass die Handlung des Films erheblich von der des Romans abweichen und es sich um einen Fantasy- und Actionfilm handeln werde.