Mit Alan Hansen als neuem Partner Thompsons in der Innenverteidigung holte sich Liverpool 1979 die englische Meisterschaft zurück. Als Hughes dann spät im Jahr 1979 den Verein in Richtung der Wolverhampton Wanderers verließ, wurde Thompson zum neuen Mannschaftskapitän ernannt und hob 1980 in dieser Funktion die englische Meisterschaftstrophäe in die Höhe. Auch in der Nationalmannschaft spielte Thompson regelmäßig und qualifizierte sich für die EM 1980 in Italien, das erste Turnier für England seit zehn Jahren, in dem man jedoch früh ausschied.