Bien qu’elle soit avant tout militaire et diplomatique, l’alliance a une portée plus large, dont certains aspects ont pu se prolonger au-delà de 1560. C'est notamment le cas des lettres de naturalité octroyées dans chacun des deux royaumes à des sujets de l'autre. Ainsi en , après la bataille de Floden, Louis XII accorde la nationalité française aux archers écossais de sa garde. En 1558, la régente Marie de Guise accorde la réciproque, de façon élargie, aux Français établis en Écosse. Ces dispositions sont confirmées du côté français par Henri, en juin de la même année. Elles seront renouvelées par Louis XIV le .