Terminada la guerra, permaneció dentro del ámbito militar. Durante el período revolucionario de 1918, cuando prestó ayuda como organizador de los "Freikorps", cuerpos paramilitares creados para combatir a los comunistas en su empeño revolucionario, Canaris habría planeado el asesinato de dos de los principales líderes comunistas alemanes. En sus memorias, Baldur von Schirach, mientras permaneció recluso en la prisión de Spandau tras los juicios de Nuremberg, recuerda que el Gran Almirante de la Marina Alemana (Kriegsmarine) durante la Segunda Guerra Mundial, Erich Raeder, le confesó que Canaris fue el responsable del asesinato de los dirigentes espartakistas Rosa Luxemburgo y Karl Liebknecht. "Canaris preparó aquel asesinato y se las arregló para ser nombrado juez en el proceso. De esta manera le fue posible influenciar la investigación y conseguir que el autor, que había obrado de acuerdo con sus órdenes, saliera bien librado. Doy mi palabra sobre todo ello".