W związku z przewrotem wojskowym w Republice Środkowoafrykańskiej (24 marca 2013) i niestabilnością wywołaną ofensywą tamtejszych rebeliantów z ugrupowania Seleka, dowództwo wojsk ugandyjskich wydało 4 kwietnia 2013 rozkaz by jednostki powróciły do swoich baz w Ugandzie. Tymczasem Stany Zjednoczone zaoferowały 5 milionów dolarów nagrody za informacje prowadzące do schwytania Kony'ego. Po przewrocie w Republice Środkowoafrykańskiej, nowe tamtejsze władze zmusiły Unię Afrykańską do przerwania ścigania Kony'ego.