Podczas wojny pruskiej 21 lipca 1520 miasto zostało zdobyte i spalone przez oddziały polsko-czeskie. 17 września 1527 przebywający w Mrągowie mistrz Albrecht Hohenzollern chcąc przyspieszyć odbudowę nadał przywilej cosobotnich „targów pod rozwiniętą chorągwią”. 24 czerwca 1698 wybuchł pożar, który strawił ponad 130 budynków, które stanowiły większą część zabudowy. Miasto odbudowano według nowego planu zakładającego szersze i prostsze ulice oraz budynki o jednakowej wysokości budowane według określonych zasad.