За сборную Чехии Немец выступал на чемпионате мира среди юниоров 2002, молодёжном чемпионате мира 2004, а также чемпионатах мира 2009 и 2010 годов. Ондржей — чемпион мира 2010 года. На мировом первенстве 2011 года Немец стал бронзовым призёром, проведя 6 матчей.