В этой ситуации Скавр был одним из руководителей аристократии в её противостоянии Сатурнину. При этом он неизменно голосовал за продление полномочий Мария, понимая, что этот полководец необходим для защиты от германцев. Когда Квинта Сервилия Цепиона в соответствии с одним из законов Луция Аппулея привлекли к суду за поражение при Араузионе, Марк Эмилий поддержал обвиняемого. В ходе вызванных этим судебным процессом беспорядков он был ранен камнем в голову (103 год до н. э.). В 100 году Сатурнин был трибуном во второй раз и добился принятия аграрного закона, по которому ветераны Мария должны были получить земельные участки в ряде провинций. Сенаторы обязаны были принести присягу на верность этому закону; так поступили все, за исключением Квинта Цецилия Метелла Нумидийского. О позиции Скавра источники ничего не говорят.