Кристиан Кальехас начал свои международные выступления в сборной Уругвая из молодых футболистов до 20 лет, приняв участие в чемпионате мира среди молодёжных команд 1997, а в основной сборной дебютировал в 1997 году. Первым официальным для полузащитника турниром стал Кубок конфедераций 1997, на котором Кристиан принял участие в двух из пяти сыгранных матчей сборной — играх группового этапа с Чехией (2:1) и ЮАР (4:3). В матче с ЮАР Кальехасу удалось забить гол, который стал впоследствии победным для его команды. Этот мяч стал единственным для Кристиана в выступлениях за сборную.