Deux ans plus tard, le Honduras fait appel à l'entraîneur colombien Reynaldo Rueda. Il se qualifie pour la Gold Cup 2007 malgré une décevante à la Coupe UNCAF. Il termine en tête de son groupe avec deux victoires contre le Mexique (2-1) et Cuba (5-0) et une défaite contre le Panama (2-3), mais en quart il perd contre la sensation du tournoi, la Guadeloupe (2-1, but de Carlos Pavón contre deux buts d'Angloma et Socrier). Pavón finit meilleur buteur de la compétition avec cinq buts et fait partie de l’équipe-type du tournoi. À la Coupe UNCAF des nations 2009, tournoi qu'il organise, le Honduras est , éliminé en demi-finales par le Panama (0-1). Lors de la Gold Cup qui suit, il se hisse en demi-finale en battant notamment le Canada (1-0) en quart de finale, mais y est logiquement éliminé par les États-Unis (2-0), pays hôte. L'attaquant Walter Martinez, buteur contre le Canada sur penalty, apparaît à son tour dans l'équipe type du tournoi.