Im Frühjahr 1857 wurde er von Präsident James Buchanan zum Gouverneur des zu diesem Zeitpunkt vom Konflikt zwischen Sklaverei-Befürwortern und -Gegnern geprägten Kansas-Territoriums ernannt. Aus Protest gegen die Konstitution von Lecompton, die die Rechte der Sklavenhalter stärkte, trat er jedoch bereits im November 1857 von seinem Amt als Gouverneur zurück. Gleichwohl brach er nicht sofort mit seiner Partei, sondern favorisierte den nach dem Kongressabgeordneten William Hayden English benannten English-Entwurf, der für den Fall einer Zustimmung zur Lecompton-Konstitution einen Ausgleich für Kansas in Grundbesitz vorsah. Die Wählerschaft von Kansas lehnte diesen Entwurf jedoch am 21. August 1858 mit überwältigender Mehrheit ab.