Boussoufa devient officiellement international marocain lors de sa participation aux éliminatoires de la CAN 2006 avec le Maroc. Il qualifie avec Marouane Chamakh et Youssouf Hadji l'équipe du Maroc à la CAN 2006, une compétition qu'il rate pour cause de blessure en club. Deux ans plus tard, il est de nouveau qualifié à la CAN 2008 ayant lieu au Ghana. Le Maroc sera éliminé au premier tour. Boussoufa sera présent lors des années sombres des "Lions de l'Atlas", pendant quatre ans, sans prendre part ni à une CAN, ni à une Coupe du monde.