Aunque sus tropas estuvieron con Washington en la batalla de Trenton, Gates no estaba presente. Siempre partidario de la acción defensiva, Gates argumentaba a Washington que, mejor que atacar, deberían retirarse más lejos. Cuando Washington descartó este consejo, Gates usó una pretendida enfermedad como excusa para no participar en el ataque nocturno. Gates siempre fue de la opinión que él, no Washington, debería mandar el ejército Continental, una opinión apoyada por varios ricos y prominentes delegados de Nueva Inglaterra en el Congreso Continental. Hacia diciembre, a Gates presionó activamente en el Congreso para conseguir el puesto. Los contundentes éxitos de Washington en las batallas de Trenton y Princeton no dejaron duda sobre quién debería ser el comandante en jefe. Gates fue enviado al norte con órdenes de asistir a Schuyler en Nueva York. Pero en 1777, el Congreso culpó Schuyler y St. Clair por la pérdida del Fuerte Ticonderoga, aunque Gates hubiera ejercido un prolongado mando en la región, y finalmente dieron a Gates el mando del Departamento Norte el 4 de agosto.