Dosud není jednoznačně dořešeno, zda bylo obvinění templářů z hereze oprávněné a nakolik bylo založeno na skutečných poměrech v řádu. Během mučení se někteří templáři doznali k homosexuálním praktikám a uctívání „hlavy“, jakož i k existenci tajemství označovaného jako "Bafomet" či "Baphomet". Vůdcové řádu ovšem později tato přiznání popřeli. Popření původní výpovědi bylo automaticky považováno za opětovné upadnutí do kacířství, a proto byli popraveni. Mnozí historici proto neberou vynucená přiznání templářů v úvahu, jako ostatně nelze brát v úvahu ani jiná doznání, vynucovaná ve všech dobách útrpným právem. Jiní vědci naopak předpokládají, že šlo o nepochopení tajných templářských rituálů, které pocházely z dob křížových výprav a které se odehrávaly za „zavřenými dveřmi“. Tyto rituály měly zahrnovat "popření Krista" a "trojnásobné poplivání kříže", stejně jako "líbání zadku mistrů". Podle Barbary Fraelové (která se podílela na nalezení vatikánských dokumentů) měly tyto akty simulovat pokoření a mučení, kterým mohli být křižáci vystaveni v případě zajetí muslimy. Jejich účelem bylo naučit nového člena řádu popřít víru "jen myslí, ale ne srdcem". Ve výpovědích templářů se fráze "učinil jsem to jen myslí, ale ne srdcem" objevuje často. Teorie Fraelové se ovšem neshoduje s realitou, protože zajatí templáři byli obvykle nuceni zapřít svou víru a přijmout islám, na což zajatci z řad templářů a johanitů většinou nepřistupovali (viz templáři a johanité zajatí Saladinem po bitvě u Hattínu), takže bývali zpravidla popravováni, v lepším případě uvězňováni. Jiní se domnívají, že se jednalo pouze o cvičení jakéhosi duchovního zápasu, neboť podle sv. Bernarda z Clairvaux (který prvnímu velmistru Hugovi z Paynsu sepsal pověstný spis "De Laude Novae Militiae" neboli "Chvála Nového rytířstva") měl templář bojovat nejen proti pozemským nepřátelům, nýbrž i proti nadpřirozeným bytostem (démonům) a sobě samému.