父ブラガンサ公ジョアンは、1640年12月1日にポルトガル国民の圧倒的支持を受けてスペインからの独立を宣言し、ブラガンサ朝を開いて、後に改革王（）と呼ばれるようになる。しかし、この独立でスペインとの長期にわたる戦争（ポルトガル王政復古戦争）が始まり、ポルトガル一国では対処できない事態になっていった。そこでジョアン4世は当初、スペインと敵対関係にあったフランスとの同盟を1641年6月1日に結ぶが、1659年にフランスがスペインとの和平を実現させたピレネー条約によってこの同盟関係は無力化し、ポルトガルの独立は危うくなっていった。