Jacob Trouba vertrat die USA erstmals während seiner Zeit im USA Hockey National Team Development Program, wo er auf internationaler Ebene für die U17-, U18- und U20-Auswahl spielte. Sein Debüt gab er bei der World U-17 Hockey Challenge 2011, die er mit neun Punkten aus fünf Spielen als punktbester Verteidiger der USA abschloss und mit seiner Mannschaft die Silbermedaille gewann. Bei den U18-Junioren-Weltmeisterschaften 2011 und 2012 stand er erneut im Aufgebot der USA und gewann bei beiden Turnieren die Goldmedaille. Im selben Jahr nahm er auch an der U20-Junioren-Weltmeisterschaft teil, verfehlte aber diesmal eine Medaille und beendete das Turnier mit seinem Team den siebten Platz.