Mais vers 500-499, Aristagoras et la cité de Milet soulèvent l'Ionie contre la tutelle perse et demandent de l'aide aux cités de Grèce. Sparte refuse de s'emporter dans une guerre aussi lointaine et hasardeuse, Athènes en revanche apporte son appui, ainsi qu'Érétrie. Après l'audacieuse prise de Sardes, les Grecs doivent se replier. Les Athéniens abandonnent, tandis que la révolte s'éteint en même temps qu'elle est matée. En 494, la bataille de Ladè marque la fin de ce premier affrontement. Plusieurs cités chypriotes avaient rejoint la révolte contre la Perse, sous la direction d'Onésilos de Salamine, avec le même résultat.