Крајем априла и почетком маја 1992. скоро сви Срби су напустили град и побегли на територију Републике Српске. Српска православна црква успења пресвете Богородице је срушена у ноћи између 10. и 11. октобра 1992. У љето 1992. Војска Републике Српске је почела са бомбардовањем града. Српске снаге су ушле у град 29. октобра 1992. услед недостатка сарадње између муслиманских и хрватских снага. Бошњачко и хрватско становништво је избјегло у Травник. У хрватској противофанзиви, у августу и септембру 1995, град је заузела хрватска војска, док је српско становништво избјегло. Јајце је по Дејтонском споразуму припало Федерацији Босне и Херцеговине.