SOE a trimis mai multe misiuni în Protectoratul Boemiei și Moraviei și în Slovacia. Cea mai faimoasă misiune a fost Operațiunea Anthropoid, asasinarea la Praga a liderului SS Reinhard Heydrich. Din 1942 până în 1943, cehoslovacii au avut propria lor „Scoală Specială de Antrenament” (Special Training School) la Chicheley Hall in Buckinghamshire. În 1944, SOE a trimis agenți în sprijinul insurgenților slovaci.