Au cours de cette période, les premières migrations d'Albanais et d'Aroumains vers la région furent constatés. En 1340, profitant de la guerre civile byzantine de 1341-1347, le roi serbe Stefan Uroš IV Dušan conquit l'Épire et l'intègre dans son Empire serbe. Pendant cette période, deux états albanais se forment dans la région. Au cours de l'été 1358, Nicéphore II Orsini, le dernier despote d'Épire de la dynastie Orsini, fut battu dans la bataille contre les dirigeants albanais. À la suite de l'approbation du tsar serbe, ces dirigeants ont établi deux nouveaux états albanais dans la région, le Déspotat d'Arta et la Principauté de Gjirokastra. La dissidence interne et les conflits ultérieurs avec leurs voisins, y compris le pouvoir croissant des Turcs ottomans, ont conduit à la chute de ces principautés albanaises entre les mains de la famille Tocco, comptes de Céphalonie. Les Tocco, à leurs tour, ont progressivement perdus les territoires au profit des Ottomans, qui ont conquis Janina en 1430, Arta en 1449, Angelocastro en 1460, et finalement Vonitsa en 1479.