Poté, co v letech 1975–1979 došlo ke kapitulaci Jižního Vietnamu, se rozhodly miliony Kambodžanů emigrovat do Thajska, aby se vyhnuly Rudým Khmerům. Lékaři bez hranic tak začali v Thajsku zakládat své první uprchlické tábory. Když se Vietnam v roce 1989 z Kambodži stáhl, organizace zde zahájila dlouhodobou misi na pomoc přeživším masového zabíjení a na znovuvybudování kambodžského zdravotnického systému. Ačkoli právě zásah v Thajsku na pomoc obětem války z jihovýchodní Asie by mohl být považován za první válečnou misi této organizace, její členové to tak nevidí. Za první misi v nefalšované válečné zóně, kde byli vystaveni i palbě znepřáteleného území, považují až zásah v Libanonu v roce 1976. Během této občanské války si Lékaři bez hranic získali věhlas díky své nestrannosti a ochotě pomáhat i během ostřelování.