Nel 2003 firma un contratto milionario con i Clippers: 82 milioni di dollari in sei anni. La stagione 2005-06 è la migliore della carriera di Brand: 24,7 punti, 10 rimbalzi e 2,54 stoppate di media. I Clippers accedono ai play-off. Nella Post Season Elton ottiene 25,4 punti, 10,3 rimbalzi e 2,58 stoppate in 12 gare disputate. Nell'estate 2006 veste nuovamente la maglia della nazionale USA per i Mondiali di basket, svoltisi in Giappone e terminati con un bronzo. Nonostante un'altra stagione da oltre 20 punti a gara la sua squadra non si qualifica ai play-off.