Da Prinsen af Nør som følge af det kongelige åbne brev af 8. juli 1846 fratrådte som statholder i Hertugdømmerne, blev disses generalkommando midlertidigt overdraget Lützow. Trods Lützows advarsler gjorde regeringen intet for, at den kommanderende general kunne hævde den lovlige magt mod oprøret i 1848. Men da Lützow 23. marts havde forlagt sit kvarter fra Slesvig by til Rendsborg, viste han sig famlende og eftergivende over for de for oprøret vundne officerer og byens borgerskab, og dagen efter karakterløs over for Prinsen af Nør, så at fæstningen med dens mange militære hjælpekilder blev et let bytte for oprøret. Om hans forhold blev der indledt undersøgelse, men inden denne var afsluttet, døde Lützow 25. april 1850 i København. Med hans søn uddøde 1881 mandslinjen af den 1776 her i landet naturaliserede linje Lützow.