在党内和军队裡鲍曼均非常不受欢迎，一直到1940年4月他都一直陪同着“他的元首”，没有希特勒，鲍曼就无法保障他的权势。他是希特勒与爱娃·勃劳恩结婚时的证人、希特勒的尸体被焚毁时他也在场。1945年5月希特勒死后，鮑曼將希特勒的政治遺囑，電報給了海軍元帥卡爾·鄧尼茨後，決定逃出柏林去和鄧尼茨會合。當時他同元首地堡中的其他工作人員一起行動，在走至一座橋時，蘇軍已經堵在了橋對面，德軍的幾輛坦克幾次試圖突圍過去，均被蘇軍炮火擊毀。混亂中，鮑曼與希特勒的一個私人醫生路德维希·斯达姆普菲格，決定另外選路逃亡，便往萊特火車站的方向走去了。根据後來党卫军官员亚瑟·阿克斯曼的供词，當時他就是跟鮑曼待在一起的那群人。鮑曼跟他們分道後，他也走到了萊特火車站，在月色下他猛然看見鮑曼躺在廢墟瓦礫上，月光清楚地照映著他的臉，而旁邊躺著那個醫生路德維希，他擔心附近就有蘇軍，未敢上前仔細查看就匆匆走了。但盟军去搜索时却什么都没发现，後來有人稱是其將屍體就地埋葬了。在紐倫堡法庭上，缺席的鲍曼被判处死刑，但此時鲍曼實際已死在了柏林。鮑曼的外大衣當時遺落在了附近，蘇軍撿拾後於衣服口袋裏發現了馬丁·鮑曼的日記本，蘇聯之後内部出版了這本日記。