Die Bombenangriffe während des Zweiten Weltkriegs sowie die Kämpfe im Stadtgebiet überstand der Stephansdom ohne größere Schäden. Am 6. April durchschlug jedoch eine Bombe das Gewölbe des südlichen Seitenschiffes. Als am 10. April 1945 vom Turm eine weiße Fahne gehisst wurde, verweigerte der Wehrmachtshauptmann Gerhard Klinkicht (1915–2000) den Befehl des Stadtkommandanten Sepp Dietrich, den „… Dom zunächst mit 100 Granaten in Schutt und Asche zu legen.“ Eine Gedenktafel am Dom erinnert an Klinkichts Befehlsverweigerung.