Senna az 1986-os évadot is a Lotus csapatával versenyezte. Versenyzőtársa a skót Johnny Dumfries lett, miután Senna visszautasította, hogy az angol Derek Warwick csatlakozzon mellé, mondván, a Lotus csapata nem képes két csúcs pilótát versenyeztetni egy időben. A 2. évad jobban sikerült Senna számára, az új Lotus 98T megbízhatóbb autó volt. Az évad jól is indult, Senna a hazai pályán a 2. helyen végzett Nelson Piquet mögött a brazil futamon Jacarepaguában, Rio de Janeiro-ban. Azután vehette át először a világbajnoki összetett 1. helyezését, mikor megnyerte a spanyol nagydíjat Jerezben, ahol Nigel Mansell Williams-Hondáját mindössze 0,014 másodperccel előzte meg, ami a Formula–1 történetének harmadik legkisebb különbséggel megszerzett győzelme.