Prusy, niezadowolone z utworzenia Związku Reńskiego, wystosowały w tej sprawie ultimatum do cesarza Francuzów. W odpowiedzi wkroczył on ze swymi armiami do Prus i po dwóch tygodniach, 14 października 1806, Francuzi rozgromili wojska pruskie w dwóch bitwach pod Jeną i Auerstedt. Następnie zajęli Berlin i prawie całe terytorium Prus po Warszawę. Wojska pruskie, przy pomocy Rosjan, broniły się jeszcze tylko na części Pomorza. Po nierozstrzygniętej krwawej bitwie z Rosjanami pod Pruską Iławą, zajęciu Tczewa i Słupska przez Polaków, kapitulacji oblężonego Gdańska i klęsce wojsk rosyjskich 14 czerwca 1807 pod Frydlandem, Rosja poprosiła o pokój. Jeszcze w tym samym roku tj. 1807, wojska Napoleona próbowały zdobyć największą w Europie twierdzę srebrnogórską, którą wojska Fryderyka III skutecznie obroniły. Nikt wcześniej i później jej nie zdobył. W tym samym czasie twierdze: kłodzka, nyska, głogowska, brzeska, wrocławska i świdnicka kapitulowały pod naporem wojsk napoleońskich. Francja zawarła wówczas dwa traktaty pokojowe w Tylży: z Rosją 7 lipca i z Prusami 9 lipca. Na ich mocy Królestwo Prus utraciło swe ziemie na zachód od Łaby, powstało Wolne Miasto Gdańsk, a z pruskich terenów II i III rozbiorów Rzeczypospolitej utworzono Księstwo Warszawskie. Rosja i Prusy zobowiązały się też do blokady handlowej przeciwko Wielkiej Brytanii, przy czym Napoleon zaakceptował zajęcie przez Rosję szwedzkiej Finlandii i tureckiej Mołdawii.