Boban pelasi Jugoslavian maajoukkueessa vuosina 1988–1991 seitsemän ottelua ja teki niissä yhden maalin. Hän oli mukana myös Jugoslavian nuorten maailmanmestaruuden voittaneessa joukkueessa vuonna 1987. Kroatian maajoukkuessa Boban pelasi vuosina 1991–1999 51 ottelua ja teki niissä 12 maalia. Hän edusti Kroatiaa vuoden 1996 EM-kisoissa ja vuoden 1998 MM-kisoissa. Boban toimi Kroatian vuoden 1998 MM-pronssijoukkueen kapteenina.