In de loop van de 11e eeuw begint verval in te treden, in het Rijk zelf en zo ook in de marine. De Byzantijnen krijgen te maken met een nieuwe uitdaging, ditmaal uit het westen. Langzamerhand worden zij ertoe gedwongen zich te verlaten op de vloten van de Italiaanse stadstaten zoals Venetië en Genua voor hun transport en hun verdediging. Dit heeft zware gevolgen voor de economie van het rijk en zijn soevereiniteit. Er treedt een zeker herstel op onder de Comnenen, maar daarna volgt opnieuw een periode van verzwakking die erop uitdraait dat het rijk verdeeld raakt na de Vierde Kruistocht van 1204-1205. Na de restauratie van 1261, trachten een aantal Paleologen de vloot opnieuw leven in te blazen maar dat heeft slechts tijdelijk enig effect. In het midden van de 14e eeuw is de Byzantijnse vloot, eens een trotse macht van honderden schepen, teruggebracht tot een dozijn schepen op zijn hoogst. De macht op zee valt voorgoed, ook in de Egeïsche Zee in handen van de Italianen en het Ottomaanse Rijk. Toch blijft de kleine vloot actief tot het einde komt in 1453 met de Val van Constantinopel.