Im November 1649 heiratete er Lady Jean Gordon († nach 1668), Tochter des George Gordon, 1. Marquess of Huntly (1562–1636) und Witwe des Claud Hamilton, 2. Baron Hamilton of Strabane (um 1606–1638). Mit ihr hatte er mindestens einen Sohn, Gordon O’Neill († 1704), der während des Kriegs der zwei Könige auf seiten des Hauses Stuart kämpfte und anschließend im Pfälzischen Erbfolgekrieg als General in französischen Dienste Karriere machte.