La "Malfatano" partecipò attivamente anche alla seconda guerra d’indipendenza: nell'aprile 1859 venne inviata a Tolone ed imbarcò reparti francesi, che trasportò poi a Genova insieme a navi francesi. Nei mesi seguenti la pirocorvetta, al comando del capitano di fregata Cesare Cerruti, venne mandata in Mare Adriatico insieme ad una squadra navale francese, prendendo parte alle operazioni di blocco contro Trieste.