Когда в 1648 году началось восстание Хмельницкого, добивался начальства над шляхетским ополчением. Богдан Хмельницкий считал Вишневецкого своим первейшим врагом, а зверства, учиняемые им над православными крестьянами и казаками, ставил поводом к разрыву переговоров. В изначальный вариант Зборовского договора Хмельницким был внесён пункт о пожизненном запрете для Иеремии Вишневецкого занимать любые должности в военном руководстве Речи Посполитой. Позже Иеремия Вишневецкий возглавил коронные войска. Руководил обороной Збаража, был одним из командующих в битве под Берестечком.