W seniorskiej kadrze Panucci zadebiutował 7 września 1994 roku w zremisowanym 1:1 wyjazdowym spotkaniu ze Słowenią, a pierwszego gola zdobył 8 października tego samego roku w wygranym 2:0 pojedynku z Estonią. Oba te mecze były częścią eliminacji do Euro 1996, jednak ostatecznie Panucci do kadry na turniej finałowy nie został powołany. Następnie włoski obrońca brał między innymi udział w eliminacjach do Mistrzostw Świata 1998, Tournoi de France 1997 oraz eliminacjach do Euro 2000.