1524年5月24日，特鲁瓦发生严重火灾，包括圣尼古拉教堂、圣让集市教堂等超过1,500处房屋或建筑受损。16世纪中期，塞纳河多次发生洪水。并淹没了特鲁瓦市内一些较为低洼的街区。宗教战争期间，特鲁瓦超过半数的居民皈依新教，当地于1520年出现了第一个信義宗派会，特鲁瓦主教卡拉肖尔（）曾支持新教在当地的发展，但在圣巴多罗买大屠杀期间，保守天主教及皇家军队在特鲁瓦杀害了大批新教徒，使得当地的两个宗教的居民间长期处于仇恨与对立之中，直到1598年《南特敕令》颁布。