Nach Beginn des Zweiten Weltkrieges wurde „Dry Ginger“ Le Fanu zwischen dem 18. Dezember 1939 und dem 26. Januar 1942 als Erster Leutnant und Geschützoffizier zum Leichten Kreuzer "HMS Aurora" versetzt, mit dem er vor Norwegen, im Atlantik, im Arktischen Ozean sowie im Mittelmeer eingesetzt war. Für seine Verdienste während des Einsatzes vor Norwegen zwischen April und Juni 1940 wurde er im Kriegsbericht erwähnt "(Mentioned in dispatches)". Darüber hinaus wurde er für seinen Einsatz bei Schlachten im Mittelmeer am 24. Februar 1942 mit dem DSC ausgezeichnet. Ende Januar 1942 wurde er wiederum zur "Royal Navy Gunnery School" in Portsmouth versetzt und erhielt am 2. Dezember 1942 seine Beförderung zum Korvettenkapitän "(Lieutenant Commander)", wobei diese Beförderung auf den 1. Juni 1942 zurückdatiert wurde. Daraufhin folgte zwischen dem 25. Januar und Dezember 1943 auf dem Schlachtschiff "HMS Duke of York" ein Einsatz als Assistierender Flottengeschützoffizier im Stab des Oberkommandierenden der Heimatflotte. Im Anschluss war er vom 14. Januar 1944 und Januar 1945 Geschützoffizier auf dem zur Östlichen Flotte "(Eastern Fleet)" gehörenden Schlachtschiff "HMS Howe". In dieser Funktion wurde er am 31. Dezember 1944 zum Fregattenkapitän "(Commander)" befördert. In den letzten Kriegsmonaten fungierte er schließlich auf dem Marinestützpunkt "HMS Golden Hind" in Sydney als Verbindungsoffizier der Marine zur US-Pazifikflotte "(United States Pacific Fleet)". Für seine Leistungen bei der Vorbereitung der Kapitulation Japans auf dem Schlachtschiff "USS Missouri" am 2. September 1945 wurde er erneut im Kriegsbericht erwähnt.