Peu après la chute du fort Sumter, Lincoln fit publier une proclamation qui appelait sous les drapeaux hommes de la milice d'État pour un service de trois mois. Les États du Nord envoyèrent les effectifs demandés mais certains États situés sur la frontière, comme le Missouri, refusèrent d'obéir. Au mois de juillet, Lincoln convoqua le Congrès en séance extraordinaire. En agissant ainsi, il courait le risque de voir les parlementaires tenter d'empiéter sur ses prérogatives mais il avait besoin du Congrès pour obtenir les crédits nécessaires à la lutte contre la Confédération. Sur le conseil de Winfield Scott, Lincoln proposa au général Robert Lee le commandement des armées de l'Union mais ce dernier rejoignit finalement le camp des confédérés. Les soldats nordistes présents dans les États du Sud brûlèrent les installations fédérales afin d'empêcher qu'elles ne tombent aux mains des sudistes, tandis qu'une émeute conduite par des partisans de la Confédération éclata à Baltimore. Pour assurer la sécurité de la capitale, Lincoln fit suspendre l’"habeas corpus" dans le Maryland et ignora un arrêt de la Cour suprême lui ordonnant de faire libérer un prisonnier détenu dans les geôles fédérales. Alors que Lincoln s'efforçait de maintenir l'ordre dans le Maryland et dans les autres États de la frontière, la Virginie, la Caroline du Nord, l'Arkansas et le Tennessee firent sécession.