Später, im schottischen Bürgerkrieg des 17. Jahrhunderts, waren die Mackenzies immer noch in Besitz des Castle Chanonry of Ross. Ihr Clanchef, George Mackenzie, 2. Earl of Seaforth, unterstützte die "Scottish Covenantors" und 1646 belagerte der Führer der royalistischen Armee, James Graham, 1. Marquess of Montrose, die Burg und nahm sie den Mackenzies nach vier Tagen ab. 1649, nach der Belagerung von Inverness, hinterließ David Leslie, Lord Newark, der Führer der Armee des schottischen Parlaments, eine Garnison auf Castle Chanonry of Ross. Jedoch nahmen die Mackenzies bald danach die Burg von den parlamentaristischen Kräften wieder ein. Die parlamentaristischen Kräfte antworteten darauf, indem sie Mackenzies Redcastle einnahmen, und die dortige Garnison hängten.