Als die Adelsopposition sich im April 1215 in Stamford bewaffnet sammelte, um ihre Rechte gegen den König zu verteidigen, schlossen sich Bigod und sein ältester Sohn Hugh ihnen an. Unter dem Druck der Rebellen musste der König im Juni die Magna Carta anerkennen, und Bigod wurde zu einem der 25 Barone gewählt, die die Einhaltung der Bestimmungen der Magna Carta durch den König überwachen sollten. Als der König mit Unterstützung des Papstes im September seine Anerkennung der Magna Carta widerrief, gehörten Bigod und sein Sohn während des folgenden Kriegs der Barone gegen den König zu den Führern der Rebellion in East Anglia. Dafür wurden er und sein Sohn im Dezember von Papst Innozenz III. exkommuniziert. Nachdem der König Anfang 1216 einen erfolgreichen Feldzug gegen die Rebellen in Nordengland geführt hatte, wandte er sich anschließend gegen die Rebellen in Ostengland. Im März 1216 konnte König Johann Framlingham Castle, den Hauptsitz der Bigods, nach kurzer Belagerung erobern. Er begnadigte die gefangen genommenen Gefolgsleute von Bigod und bot ihm an, sich zu unterwerfen, andernfalls drohte er, ihn zu enteignen. Dennoch kämpften Roger und sein Sohn weiter auf der Seite der Rebellen, bis sie sich nach dem Frieden von Lambeth im September 1217 dem Regentschaftsrat, der für den minderjährigen neuen König Heinrich III. die Regierung führte, unterwarfen. Bis April 1218 erhielt Bigod seine Ländereien und Titel zurück, doch über 70-jährig zog er sich nun zunehmend zurück und starb drei Jahre später.