Burke menghabiskan sisa perang di Pasifik Selatan. Dia berturut-turut memimpin Divisi Perusak 43, Divisi Perusak 44, Skuadron Perusak 12, dan Skuadron Perusak 23. DesRon 23, yang dikenal sebagai "Little Beavers", melakukan pendaratan awal di Bougainville pada November 1943, dan bertempur dalam 22 pertempuran terpisah selama empat bulan berikutnya. Selama waktu ini, Little Beavers dikreditkan dengan menghancurkan satu kapal penjelajah Jepang, sembilan kapal perusak, satu kapal selam, beberapa kapal kecil, dan sekitar 30 pesawat. Perintah tetap Burke kepada satuan tugasnya adalah, "Kapal perusak dapat menyerang kontak musuh TANPA PERINTAH dari komandan satuan tugas." Setelah meninjau baku tembak awal Angkatan Laut dengan Jepang yang gagal, ia menyimpulkan bahwa ketidakpastian dan keraguan telah merugikan mereka. Pelajaran itu dibawa pulang kepadanya di Pertempuran Selat Blackett, ketika operator radarnya melakukan kontak pertama dengan sebuah kapal di dekat pantai tetapi Burke ragu-ragu untuk menembak. Pertempuran segera terjadi yang berakhir dengan kemenangan AS, yang hanya tidak disukai Burke. Merefleksikan kejadian-kejadian tersebut Burke menanyakan kepada sebuah perwira di dekatnya apa perbedaan antara seorang perwira yang baik dan yang buruk. Setelah mendengarkan tanggapan perwira itu, Burke menawarkan pendapatnya sendiri: "Perbedaan antara perwira yang baik dan yang buruk," kata Burke, "adalah sekitar sepuluh detik."