Het jaar 2012 startte Stefanidi met het verbeteren van haar schoolrecord tot 4,48, alvorens op de NCAA-kampioenschappen haar eerste titel te veroveren met een sprong over 4,45. Kort voor haar deelname aan de Europese kampioenschappen in Helsinki kwam de Griekse in Livermore (Californië) tot een sprong over 4,51, een Grieks U23-record. In Helsinki kwalificeerde ze zich met 4,40 voor de finale, waarin ze echter haar aanvangshoogte miste. Tijdens de Olympische Spelen in Londen werd Stefanidi al in de kwalificatieronde uitgeschakeld.