Όμως η ελευθερία αυτή δεν ήρθε για τους Μακεδόνες τον ίδιο καιρό που αποκτήθηκε απ' τους υπόλοιπους Έλληνες. Το ανεξάρτητο ελληνικό κράτος που δημιουργήθηκε το 1826, άφησε έξω τη Μακεδονία την Ήπειρο και άλλες περιοχές, που έμειναν στην κυριαρχία των Τούρκων για αρκετά ακόμα χρόνια. Μα ο αγώνας τους δε σταμάτησε. Συνεχίζεται μέχρι το Μακεδονικό αγώνα και τους βαλκανικούς πολέμους (που ως κύριο στόχο είχαν τη Μακεδονία) και το 1913 πια (Ειρήνη Βουκουρεστίου), η Μακεδονία ενσωματώνεται στην υπόλοιπη Ελλάδα.