Calmette wollte Arzt und Seefahrer werden. Er besuchte ab 1881 die Schule für Schiffsärzte in Brest. In Clermont-Ferrand und Paris studierte er Medizin. Ab 1883 diente er als Militärarzt der französischen Marine. Er nahm am Krieg mit China teil. In Hongkong gewann er Erkenntnisse über die Malaria, worüber er 1886 seine Doktorarbeit schrieb. Später diente er in Westafrika in Gabun und der Inselgruppe Saint-Pierre und Miquelon sowie in Französisch-Kongo, wo er die Malaria, die Afrikanische Trypanosomiasis und Pellagra studierte.