Dopo aver pensato inizialmente di dedicarsi alla carriera da pallavolista, oltre ad avere giocato a calcio fino a 16 anni, all'età di 15 anni inizia a giocare a basket ispirato dai movimenti della leggenda dell'NBA Hakeem Olajuwon. Durante un camp di pallacanestro estivo tenutosi in Camerun organizzato dal cestista NBA Luc Mbah a Moute Embiid viene scoperto proprio da quest'ultimo che un anno dopo lo convince a spostarsi negli Stati Uniti e a iscriversi alla Montverde High School, prestigiosa scuola superiore statunitense dalla quale sono usciti molti giocatori poi sbarcati nella NBA come Ben Simmons, futura prima scelta e compagno di squadra di Embiid nel Philadelphia 76ers e D'Angelo Russell, seconda scelta al Draft del 2015.