Apesar do alto valor pago pelos espanhóis, e do começo promissor, Denílson não conseguiu repetir no Betis o mesmo desempenho que o tornou destaque da Copa das Confederações. Foi reserva da Seleção Brasileira durante a Copa do Mundo de 1998, e acabou por ver seu clube rebaixado para a Segunda Divisão ao fim da temporada 1999–00.