През 1939 г. изложбите са закрити, многобройни експонати са евакуирани и обезопасени. По време на Втората световна война музеят претърпява големи разрушения. При бомбардировките на 22 – 23 ноември 1943 г. изгаря централното стълбище със стенописите, представящи историята на човечеството. През февруари 1945 г. бомбите разрушават северозападното крило и прехода към "Стария музей", повредени са също югозападното крило и югоизточният ризалит. В края на април 1945 г., по време на битката за Берлин между частите на Вермахт и СС и съветските сили, музеят търпи още разрушения.