En 2003, parallèlement à son engagement en CART, il s'engage dans le championnat concurrent IndyCar Series par le biais du Super Aguri Fernández Racing, une structure dont il est copropriétaire avec l'ancien pilote de Formule 1 Aguri Suzuki. En 2004, il quitte le CART pour s'engager (en tant que pilote et directeur d'écurie) en IndyCar, où il se retrouve donc propriétaire de deux voitures (l'une sous la bannière du Super Aguri Fernández Racing, l'autre sous celle du Fernández Racing qu'il pilote). Après un début de saison compliqué, il ne tarde pas à trouver ses marques dans ce nouveau championnat et remporte trois courses en fin de saison, ce qui lui permet de terminer à la quatrième place du classement général. Malgré ses succès, il peine à trouver des sponsors et pour assurer la survie de son écurie, doit céder son volant à Scott Sharp, qui amène un important sponsor personnel. Il ne délaisse pas le pilotage pour autant puisqu'il participe à plusieurs manches de NASCAR Busch Series (sur une voiture du Hendrick Motorsports), de Grand-Am (sur une voiture de sa propre équipe) et retrouve même l'IRL à l'occasion des 500 miles d'Indianapolis 2005 sur la deuxième voiture du Fernandez Racing.