Bis 1755 stieg Malachowski zum Oberst auf. Im Siebenjährigen Krieg konnte er sich 1757 bei Groß-Jägersdorf und in einem Scharmützel bei Kamelen in Preußen hervortun. Im Dezember 1757 bekam er den Orden Pour le Mérite und wurde im April 1758 Generalmajor. Am 12. August 1758 ging er aus dem Scharmützel von Dechsel bei Landsberg als Sieger hervor. Malachowski kämpfte des Weiteren in Zorndorf, Kay und in Landeshut. In Landeshut hatte er am 23. Juni 1760 das Pech, dass sein Pferd erschossen wurde und er in Gefangenschaft geriet. Im Mai 1771 wurde er Generalleutnant.