W latach 30. XX w. rozpoczęły się prześladowania wierzących ze strony władzy sowieckiej. W 1922 roku wszystkie kosztowności i naczynia liturgiczne w kościele zostały zarekwirowane. Po 1930 r. zaginął posąg św. Rocha. Z powodu aresztowań i zsyłek księży nabożeństwa odbywały się nieregularnie, zostały one na pewien czas wznowione w 1942 r. Budynek kościoła został znacznie uszkodzony podczas bitwy o Mińsk w czerwcu 1944 r. Wiernym udało się zebrać środki i samemu odbudować zniszczony dach świątyni. Jednak po zakończeniu wojny w kościele nie odprawiano już nabożeństw, a zachowane wyposażenie wnętrza zostało zrabowane i zniszczone. Świątynia była wykorzystywana jako magazyn książek Państwowej Biblioteki Białorusi, a cmentarz na Złotej Górze- największa nekropolia katolicka w Mińsku, został zniszczony.