En ce qui concerne plus particulièrement le vice amiral Kondō, il emmène la Flotte et la  du vice amiral Nagumo, lors de la bataille des Salomon orientales, fin août. Il participe dans les mêmes conditions, à la bataille des îles Santa Cruz, fin octobre. Le , les deux flottes appareillent de Truk, pour prendre position à l'atoll d'Ontong Java, à 135 nautiques au nord de Guadalcanal. Après l'échec du vice-amiral Abe et la perte du cuirassé rapide le , à la première bataille navale de Guadacanal, le vice-amiral Kondō, qui vient d'être nommé Commandant-en-Chef adjoint de la Flotte Combinée, emmène personnellement les croiseurs lourds "Atago" et "Takao", le cuirassé rapide "Kirishima" et les croiseurs légers "Sendai" et "Nagara" bombarder Henderson Field. Mais il se heurte aux cuirassés modernes et et le "Kirishima" est coulé, dans la nuit du 14 au . Ceci marque le tournant, à la fois de la campagne de Guadalcanal et de la carrière de Nobutake Kondō. Le Commandant-en-Chef de la Flotte ne sera pas relevé de son commandement, comme l'a été le vice-amiral Abe, et conduira encore la Flotte lors de l'opération d'évacuation de Guadalcanal, fin janvier-début . Il sera promu amiral le , quelques jours après la mort de l'amiral Yamamoto, et sera remplacé, en août, par le vice-amiral Kurita à la tête de la Flotte.