En , Gustave Roussy accueille seul, dans une Université désertée par les professeurs et les étudiants, l'occupant allemand. Quelques mois plus tard, à la suite d'incidents survenus à l'occasion de la commémoration de l'Armistice du 11 novembre 1918 sur la tombe du Soldat inconnu, l'Université est fermée. Mais Gustave Roussy se fait le défenseur de ses étudiants : les Allemands percevant l'Université comme un foyer d'agitation, le gouvernement de Vichy le démet de ses fonctions de recteur de la Sorbonne, poste qu'il récupérera en 1944 après la Libération de Paris. La fermeté et la dignité de son attitude pendant l'occupation allemande lui valurent alors les plus hautes distinctions et les plus larges responsabilités. Il est notamment élu secrétaire de l'Académie de Médecine et il est appelé en 1947 par le président Paul Ramadier à siéger au Conseil des ministres en tant que secrétaire d'État.