Так как его мать страдала душевной болезнью, в 1792 году стал регентом. Не будучи достаточно компетентным в вопросах государственного управления, Жуан умел подбирать помощников. Спасаясь от французов, в 1807 году он под прикрытием британского флота отправился вместе с семьей и двором в Бразилию, предоставив управление Португалией нелюбимому народом англичанину Бересфорду. Английские военные и дипломаты не испытывали уважения к португальскому монарху, во многом поспособствовав формированию его медийного образа как ленивого, глупого, неуклюжего человека, носящего старый штопаный сюртук, в карманах которого он носил жареную курицу, чтобы в любой момент перекусить. При этом сам Жуан очень много сделал для улучшения условий жизни Бразилии, в дипломатии проводил дальновидную и умеренную линию, направленную на упрочение международного положения страны в послевоенном будущем. Став после смерти матери в 1816 году королём, Жуан оставался в Бразилии, изменив статус страны на Соединенное Королевство Португалии, Бразилии и Алгарве. Либеральная революция заставила его передать управление Бразилией сыну дону Педру, а сам Жуан в 1821 году поспешно вернулся в Лиссабон и признал принятую кортесами конституцию, составленную по образцу испанской конституции 1812 года. Однако усилия Жуана по сохранению империи оказались тщетными — оппозиция абсолютистов, угрожавшая отменить конституцию вовсе, брожения патриотов в Бразилии вынудили его старшего сына дон Педру для сохранения власти в американских владениях 7 сентября 1822 года провозгласить независимость Бразилии.