Après le déclenchement de la Première Guerre mondiale, des massacres et des tueries en masse d'Arméniens sont perpetrés par les Jeunes-Turcs. Jeppe a tenté d'organiser les efforts de secours et aidé les réfugiés arméniens à traverser Urfa en route pour les camps de la mort dans le désert syrien de Deir ez-Zor, leur fournissant eau et nourriture et en cachant plusieurs d'entre eux sous le plancher de sa maison. Elle ne quittera jamais Urfa durant la guerre et aura aidé de nombreux Arméniens à s'échapper en les déguisant en Kurdes et en Arabes. Après la Première Guerre mondiale, elle est obligée, pour des raisons de santé, de retourner au Danemark en 1918, où elle fait campagne en faveur des Arméniens.