La casona que alberga el museo fue habitada por el presidente Benito Juárez por un periodo de 3 meses, de enero a abril de 1864 durante la segunda intervención francesa en México. Durante estos 3 meses Saltillo fue la capital provisional del gobierno republicano de Juárez. En la actualidad el recinto cuenta con una sala museográfica, el salón de las banderas y de igual manera alberga al Colegio Coahuilense de Investigaciones Históricas.