El 27 de julio de 2012, Scutaro fue traspasado, junto con consideraciones de efectivo, a los Gigantes de San Francisco por el "infielder" Charlie Culberson. En un partido contra los Cardenales de San Luis en el Busch Stadium el 8 de agosto de 2012, Scutaro impulsó siete carreras, incluyendo un grand slam. Bateó para promedio de .306 en la temporada regular, incluyendo .362 con los Gigantes, ayudándolos a ganar el título de la División Oeste de la Liga Nacional. Fue galardonado con el MVP de la Serie de Campeonato de la Liga Nacional después de empatar el récord de 14 hits y batear para .500 (14 de 28) con seis carreras anotadas y cuatro carreras impulsadas durante la serie de siete juegos contra los Cardenales. El 28 de octubre, en la décima entrada del Juego 4 de la Serie Mundial de 2012, impulsó a Ryan Theriot para la carrera de la victoria, para que los Gigantes barrieran a los Tigres de Detroit.