Падчас Лівонскай вайны горад увайшоў у склад Вялікага Княства Літоўскага. Быў цэнтрам Дынабургскай акругі Інфлянцкага княства. Пасля Лівонскай вайны, згодна з «Інфлянцкай канстытуцыяй», якую падпісаў Стэфан Баторый, акруга ўвайшла ў Цэсіскі прэзідыят, які ў 1598 годзе быў перайменаваны ў Вендэнскае ваяводства. У 1582 годзе Дынабург атрымаў Магдэбургскае права.