Alue ei kuitenkaan päätynyt itsenäiseksi valtioksi, vaan se tuli osaksi Azerbaidžania autonomisena tasavaltana. Nahitševanin johtajasta Heydər Əliyevista tuli Azerbaidžanin presidentti maan itsenäistyttyä Neuvostoliitosta vuonna 1991. Pian itsenäistymisen jälkeen Nahitševan joutui osalliseksi Armenian ja Azerbaidžanin välistä Vuoristo-Karabahin sotaa. Armenialaiset valtasivat osia Nahitševanista, kuten Kərkin alueen, joka on yhä nykyäänkin Armenian miehityksessä.. Taloudelliset ongelmat, korruptio ja runsas siirtolaisuus Turkkiin ovat koetelleet Nahitševanin aluetta Neuvostoliiton romahtamisen jälkeen. Suhteita armenialaisiin on huonontanut entisestään historiallisten armenialaisten Khatškar-hautakivien tuhoaminen.