Rasa Percheron provine din valea râului Huisne care izvorăște în departamentul Orne, parte a provinciei istorice Perche, de la care rasa își trage numele. Au fost propuse mai multe teorii cu privire la strămoșii rasei, deși originile sale exacte nu sunt cunoscute. O parte dintre progenitori ar fi fost iepele capturate de de la bretoni ceva timp după 496 d.Hr. Alții ar putea fi armăsarii de cavalerie andaluzi aduși din Spania de invadatorii musulmani în secolul al VIII-lea. Maurii au fost învinși în bătălia de la Poitiers din 732 d.Hr., iar o parte dintre caii lor ar fi putut fi capturați de oștenii din Perche. O altă teorie susține că rasele Percheron și Boulonnais sunt înrudite, și că Boulonnais au influențat percheronii, fiind aduși în Bretania ca întăriri pentru legiunile lui Cezar. Se știe că în secolul al VIII-lea armăsarii andaluzi au fost încrucișați cu iepe originare din zonă, iar mai mult sânge oriental a fost adăugat de contele de Perche după întoarcerea sa din cruciade și din expedițiile pe teritoriul revendicat de Spania. Mai mult sânge din rasele spaniole a fost adăugat când Rotrou III a importat cai din Castilia. Indiferent de teoriile privind originea, istoricii rasei sunt de acord că terenul și clima din Perche au avut cea mai mare influență asupra dezvoltării rasei. O posibilă referire la cal este făcută în romanul din secolul al XIII-lea "Guillaume de Dole", în care personajul principal cere ca „calul contelui de Perche” să fie pregătit, având în vedere eventual „„ calul mare ”, care putea ține un cavaler în armură” și a fost crescut în cadrul geografic al poemului.