После стоун-риверского сражения Джексон вернулся в Бриджпорт, а затем в Чаттанугу и теперь охранял железную дорогу между Атлантой и Туллахомой. С 23 февраля по 25 июля 1863 года он командовал теннессийским дистриктом. Позже его бригада была включена в дивизию Бенжамена Читема (в корпусе Полка). 19 — 20 сентября Джексон участвовал в сражении при Чикамоге, где один из его полков, 5-й джорджианский, потерял рекордные потери того дня — почти 61 % своего состава. К октябрю его бригада имела следующий вид: