Zoubko est recruté en 1995 par le Zénith Saint-Pétersbourg et contribue cette année-là à la promotion du club qui termine troisième de la deuxième division. Découvrant ainsi le premier échelon lors de l'exercice 1996, il dispute cette année-là 28 rencontres en championnat pour sept buts marqués tandis que le Zénith termine dans le milieu de classement.