La flotta turca operò anche nell'Oceano Indiano, prima per espellere (con successo) i Portoghesi dal Mar Rosso, poi in sostegno della marina del sultanato di Aceh (nell'attuale Indonesia), che, negli anni '60 del 1500 chiese la protezione degli Ottomani contro le potenze europee. Le operazioni nell'Oceano Indiano segnarono alti e bassi (anche perché condotte in buona parte da vascelli tecnologicamente inadatti), mentre nel 1571, a Lepanto, le flotte ottomane e barbaresche furono duramente sconfitte nella più grande (ma strategicamente inconcludente) battaglia del XVI secolo.