След като се налага в първия състав на Барса, Серхи Бархуан получава и първата си повиквателна за Националния отбор. Официален дебют за „Ла Фурия“ прави в приятелска среща срещу състава на игран на 9 февруари 1994 г. в Тенерифе. Участва на две световни първенства САЩ 94 където достига четвъртфинал и на Франция 98, както и на две европейски първенства - Англия 96 и Белгия и Хорандия 2000. За Испанския национален отбор записва общо 56 официални срещи.