Pertama kali dibentuk pada 28 Desember 1903 oleh Markas Besar Umum Kekaisaran sebagai unit administrasi yang mengelola kapal-kapal yang sudah dianggap tidak layak tempur di garis depan lagi. Kapal-kapal ini digunakan terutama untuk latihan-latihan perang dan tugas patroli pantai. Armada ini dibentuk di bawah naungan Armada Gabungan selama Perang Rusia-Jepang sejak Maret 1904. Meskipun awalnya dipandang rendah sebagai "armada dinosaurus", Armada Ketiga terbukti berperan penting dalam Pertempuran Tsushima dan Invasi Sakhalin. Armada ini dibubarkan pada 20 Desember 1905.