Unmittelbar nach dem Krieg wirkte er an der Neuausrichtung des Films und Erneuerung der deutschen Filmkunst in der Sowjetischen Besatzungszone mit. Er war im Mai 1946 einer der Mitbegründer der DEFA und Initiator und erster Direktor der DEFA-Wochenschau "Der Augenzeuge". Einer der Höhepunkte seines damaligen Schaffens wurde der Film "Ehe im Schatten" nach der Novelle "Es wird schon nicht so schlimm" von Hans Schweikart. Dem beliebten Schauspieler Joachim Gottschalk war im Dritten Reich nahegelegt worden, sich von seiner jüdischen Frau zu trennen, worauf die Eheleute den gemeinsamen Freitod wählten. "Ehe im Schatten" wurde 1947 der erfolgreichste deutsche Film. Im September 1949 nahm Maetzigs Film "Die Buntkarierten" als erster ostdeutscher Beitrag am Filmfestival Cannes 1949 teil.