Im Skiweltcup gewann er drei Abfahrtsläufe, darunter das Lauberhornrennen in Wengen. Sein grösster Erfolg war der Gewinn der Goldmedaille bei der Weltmeisterschaft 1997 in Sestriere im Abfahrtslauf. Ausserdem gewann er bei dieser Weltmeisterschaft die Silbermedaille in der Kombination. 2003 gewann Kernen die Bronzemedaille im Abfahrtslauf bei der Weltmeisterschaft in St. Moritz. Bei den Olympischen Winterspielen 2006 gewann er die Bronzemedaille in der Abfahrt. Bei der Weltmeisterschaft 2007 in Åre gewann Kernen die Bronzemedaille im Super-G.