Lors des essais nucléaires pakistanais en 1998, l'Arabie saoudite soutient son allié frappé par les sanctions internationales avec un approvisionnement gratuit en pétrole. Jusqu'en 2002, le Pakistan reçoit l'équivalent en pétrole de près de 3,5 milliards de dollars. Durant cette période, le pays arabe soutient le nouveau régime militaire issu d'un coup d’État en 1999 mais négocie dans le même temps l'accueil sur son sol de Nawaz Sharif, Premier ministre renversé et emprisonné par les militaires. Ainsi, malgré l'instabilité politique pakistanaise, les relations entre les deux pays sont restées fortes.