La Armada de Chile también ha honrado a este marino nombrando a través de los años varias unidades navales con su nombre para recordarle. El primero de los buques recibió su nombre tan sólo 10 días después de su muerte, cambiando el nombre de la fragata blindado de "Valparaíso" por el de "Blanco Encalada". Este buque participaría luego en la Guerra del Pacífico y estaría presente en la victoria en Angamos el 8 de octubre de 1879, en la que se capturó al monitor peruano "Huáscar", y posteriormente participaría en la guerra civil en 1891, donde sería hundido el 23 de abril en el combate de Caldera. Este sería el primer buque de guerra en el mundo en ser hundido por un torpedo autopropulsado.