In oktober 1806 moest ze met haar moeder en broertjes vluchten voor het Franse leger. Het gezin vluchtte van Berlijn richting Koningsbergen. Mede door de slechte weersomstandigheden verslechterde de gezondheidstoestand van Paulina zeer snel. Haar moeder Wilhelmina kon daarna nauwelijks scheiden van haar ziekbed en men vreesde voor haar verstand. Volgens één lezing zou ze zijn overleden in de woning van een burgemeester die hen tijdelijk huisvestte, maar volgens een andere lezing zou ze zijn overleden op het slot Freienwalde, een van de koninklijke Pruisische bezittingen ten noordoosten van Berlijn, nabij de Oder. Het landgoed werd kort daarvoor bewoond door prinses Frederika van Hessen-Darmstadt (1751-1805), haar grootmoeder van moederszijde. Berlijn werd ingenomen door de Fransen op 27 oktober 1806, de vestingstad Küstrin aan de Oder op 1 november. Het Pruisische leger onder Blücher capituleerde uiteindelijk op 7 november 1806. Haar vader was krijgsgevangen geraakt tijdens de verloren Slag bij Auerstedt op 14 oktober 1806, maar mocht op zijn erewoord weer vertrekken.