У 1792 р. Шпаєр був знову окупований, на цей раз французькими революційними військами. Під час наполеонівських воєн (1803—1815 рр.) собор використовувався як склад. У 1806 році французи хотіли підірвати будівлю, але цьому запобіг єпископ Майнца Йосиф Людвіг Кольмар. Після перемоги Наполеона над прусською та російською арміями в битвах Гроссгоршена і Люцена в 1813 р. до Шпаєра прибуло близько 4000 поранених солдат. Після битви під Лейпцигом їх стало ще більше, тому собор використовувався як військовий госпіталь.