10 августа 2001 года по распоряжению SFOR Благоевич был арестован по обвинению в совершении преступлений против человечества, геноциде и нарушении правил ведения войны. В частности, Благоевича обвинили в убийстве боснийских гражданских жителей во время резни в Сребренице. По тому же делу проходили обвиняемыми Драган Йокич и Драган Обренович. Все трое отрицали свою вину в геноциде.