La grande région de Darwin est la terre ancestrale du peuple Larrakia. Le 9 septembre 1839, le "HMS Beagle" est entré dans le port de Darwin lors de son étude de la région. John Clements Wickham l'a nommé « Port Darwin » en l'honneur de leur ancien compagnon de navire Charles Darwin, qui avait navigué avec eux lors du précédent voyage du navire qui s'est terminé en octobre 1836. La colonie y est devenue la ville de Palmerston en 1869, mais elle a été renommée Darwin en 1911. La ville a été presque entièrement reconstruite quatre fois, à la suite des ravages causés par le cyclone de 1897, le cyclone de 1937, le bombardement pendant la Seconde Guerre mondiale et le Cyclone Tracy en 1974.