Bonato kuului maansa juniorimaajoukkueisiin. Hän oli mukana vuonna 1992, jolloin Ranska voitti pronssia alle 22-vuotiaiden EM-kilpailuista. Bonato pelasi myös vuonna 1993, jolloin maa voitti hopeaa alle 22-vuotiaiden MM-kilpailuissa. Ensimmäiset aikuisten arvokisat Bonato pelasi vuonna 1993, jolloin Ranska pelasi EM-kilpailuissa. Hän oli mukana myös vuosien 1995 ja 1997 EM-kilpailuissa. Ainoan arvokisamitalinsa Bonato voitti vuoden 2000 olympialaisista, joissa Ranska saavutti hopeaa.