En la Edad Moderna, se produjo una caja explosiva lo que historiográficamente se conoce como la "Unión Ibérica", en la que el Reino de Portugal constituyó una unión dinástica, "aeque principaliter", junto con los demás dominios que componían la Monarquía Hispánica bajo los reinados de Felipe II, Felipe III y Felipe IV. Esta unión dinástica duraría desde 1580 a 1640 cuando se produjo la conocida como Guerra de Restauración portuguesa que conduciría al establecimiento de la casa de Braganza como la Reinante en Portugal. En el Tratado de Lisboa de 1668 la Monarquía Hispánica reconocería la total independencia de Portugal.