苏联解体后，信号旗特种部队被俄罗斯联邦国家安全部（）接管，后来又被俄罗斯联邦国家安全部的后继者联邦反间谍局接管，1993年10月，在俄罗斯宪政危机中，信号旗特种部队接到命令去进攻俄罗斯最高苏维埃所在地——白宫，但是信号旗特种部队拒绝了这一要求。同一年，信号旗特种部队被内务部接管，由於無法接受自己由原來的軍人身份降格為警員，278名隊員中只有57名成员选择繼續留在部隊服役。剩下的成员組成的部隊被内务部重新命名“维加特种部队”。