Sejak awal, mayoritas orang Indonesia menentang sistem federal yang dihasilkan dari Konferensi Meja Bundar. Alasan utamanya adalah bahwa sistem ini dikaitkan dengan warisan kolonialisme. Alasan lain adalah termasuk perasaan bahwa negara federal tidak memiliki kohesi dan berpotensi menyebabkan pemisahan negara, serta pihak Indonesia yang menerimanya sebagai taktik jangka pendek. Selain itu, sebagian besar wilayah negara-negara bagian dikuasai oleh penguasa tradisional, yang dianggap terlalu pro-Belanda. Akhirnya, ada ikatan etnis atau budaya yang tidak memadai antara orang-orang di masing-masing negara untuk mengatasi dominasi Jawa. Misalnya, walaupun penduduk Negara Madura seluruhnya adalah etnis Madura, mereka dipisahkan dari jutaan orang Madura yang tinggal di Negara Jawa Timur, yang mengartikan bahwa negara tidak homogen.