Участник обороны Збаража (10-25 июля 1649 года). Он возглавлял собственную казацкую хоругвь, входившую в состав полка кравчего коронного Николая Остророга. После заключения Зборовского договора (22 августа 1649 года) между польским правительством и Богданом Хмельницким Ян Кароль Потоцкий и староста сокальский Зигмунд Денгоф были переданы в качестве пленников крымским татарам, союзникам Богдана Хмельницкого, чтобы гарантировать выплату Речью Посполитой обещанных денежных сумм. Во время своего пребывания в качестве пленника в Бахчисарае Ян Кароль Потоцкий подружился с Субхан Гази-агой, который руководил походом на польские владения в 1656 году.