В мае 1942 года был направлен на учёбу на ускоренный курс Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова, после окончания которого в ноябре того же года назначен на должность командира 14-го стрелкового корпуса, который принимал участие в ходе контрнаступления под Сталинградом, а затем в Ворошиловградской наступательной операции и освобождении Морозовска и Антрацита, за что в апреле 1943 года корпус был преобразован в 27-й гвардейский, а Шепердин за боевую работу и обеспечение управления частями корпуса награждён орденом Красного Знамени и ему присвоено воинское звание «генерал-лейтенант». Летом корпус принимал участие в ходе Курской битвы и Донбасской наступательной операции. 22 августа года Шевердин был освобождён от занимаемой должности и в сентябре был назначен на должность командира 74-го стрелкового корпуса, который принимал участие в ходе наступления на полтавско-кременчугском направлении и освобождении Полтавы и Кременчуга, а с января 1944 года вёл боевые действия в ходе Житомирско-Бердичевской и Проскуровско-Черновицкой наступательных операций, а также при освобождении Бердичева и Винницы. В июле корпус принимал участие в ходе Львовско-Сандомирской операции и освобождении Галича и Станиславова. За образцовое выполнение заданий командования и высокие командирские качества генерал-лейтенант Фёдор Ефимович Шевердин был награждён орденами Кутузова 2 степени и Красного Знамени. В августе 1944 года был тяжело ранен, после чего был направлен в госпиталь.