1941. године током немачког освајања Грчке одвијала се Битка за Крит. Град је преживео тешка бомбардовања, па је тешко страдао. Тада је нестала веома дуговечна јеврејска мањина у граду. Страдало је и грчко становништво, највише због сталног учествовања у разним мерама против немачких окупатора. После Другог светског рата град се није нашао на путу Грчког грађанског рата, па се брзо економски опоравио током 50их година. Још бржи развој Канија доживљава 70их година када долази до процвата туризма на Криту. Са друге стране, 1971. године град у потпуности губи атрибуте средишта Крита, када се управа покрајине Крит сели у много већи и средишње постављен Ираклион.