Od początku istnienia nowej władzy zapanowała jawna wrogość pomiędzy „lubelską” PPS a konspiracyjną PPS-WRN. Na posiedzeniu Rady Naczelnej w dniu 15 marca podjęto uchwałę potępiającą oszczerstwa rzucane przez osoby i prasę oficjalną na członków kierownictwa PPS, a w szczególności Pużaka i Zarembę. 27 marca 1945 Kazimierz Pużak został aresztowany przez NKWD wraz z piętnastoma innymi przywódcami Polskiego Państwa Podziemnego, wywieziony do Moskwy i tam sądzony w czerwcu 1945 w pokazowym procesie szesnastu, odbywającym się równolegle do konferencji mającej na celu ukonstytuowanie Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej w wykonaniu postanowień konferencji jałtańskiej co do uznawanej powszechnie na arenie międzynarodowej reprezentacji państwa polskiego. W konferencji uczestniczył m.in. Stanisław Mikołajczyk i Zygmunt Żuławski.