В феврале 1918 года Рогов стал Народным комиссаром путей сообщения РСФСР. 6—8 марта он принимал участие в работе VII-го (экстренного) съезда РКП(б). В тот же период Алексей Рогов был делегатом Чрезвычайного железнодорожного съезда и членом Всероссийского исполнительного комитета железнодорожников (Викжедор, глава — Д. И. Жук). Он также вошёл в коллегию Викжедора из семи человек, созданную для управления ведомством путей сообщения.