El 7 de noviembre de 2007 Aguirre fue nombrado como entrenador de la Selección de fútbol sub-20 de Uruguay, a la cual dirigió durante el sudamericano de 2009 logrando clasificarse primero en su grupo y obteniendo un cupo para el mundial de 2009 a disputarse en Egipto. En él, consiguió llegar hasta octavos de final donde sería eliminado por Brasil.