Jones, der Australien bereits bei den Olympischen Spielen 2004 als Ersatztorhüter hinter Eugene Galekovic repräsentierte, wurde im Mai und Juni 2004 für die dort stattfindenden WM-Qualifikationsspiele erstmals in die australische A-Nationalmannschaft berufen, kam aber nicht zum Einsatz. Sein Länderspieldebüt gab er vier Monate später in einem Freundschaftsspiel gegen Uruguay, bei der 1:2-Niederlage leistete er sich einen Fehler, als er eine Flanke durch seine Hände rutschen ließ, die von Álvaro Recoba zum Endstand verwertet wurde. Bei der ersten Asienmeisterschaftsteilnahme Australiens im Jahr 2007 stand Jones im Aufgebot der "Socceroos", wurde aber nicht eingesetzt.