Vom 29. September 1941 bis 1. Februar 1944 war er Kommandeur der 69. Infanterie-Division, welche an der Ostfront kämpfte. Hier wurde Ortner am 1. Oktober 1942 Generalleutnant. Anschließend war er, nachdem er ab 10. Februar 1944 mit der Aufstellung beauftragt worden war, bis 25. April 1944 Kommandeur der 91. Infanterie-Division. Kurz in der Führerreserve übernahm er von Anfang Mai 1944, die Division kämpfte bereits in der Schlacht um Monte Cassino, als Kommandeur bis Mitte Juni 1944 die 44. Reichsgrenadier-Division. Im Juli 1944 wurde er kurzzeitig mit der Führung der 281. Sicherungs-Division beauftragt. Die Division war zu diesem Zeitpunkt bei der Stettin-Rostocker Operation eingebunden. Vom 18. August 1944 bis 19. September 1944 war er als Vertreter von Oberst Hans-Joachim Baurmeister Kommandeur der 290. Infanterie-Division, übernahm dann wieder bis 25. April 1945 die 281. Sicherungs-Division. Bis Kriegsende war er dann erneut Kommandeur der 290. Infanterie-Division. Die Division war im Kurland-Kessel verblieben und dort fast vollständig aufgerieben worden. Die Reste der Division gingen als "Kampfgruppe 290" in sowjetische Kriegsgefangenschaft.