Новая страница истории города началась во время бургундских войн между Швейцарским союзом и герцогом Бургундии Карлом Смелым. Муртен в это время принадлежал Якову Савойскому, маршалу Бургундии. Город, имевший тесные экономические связи с Берном, в 1457 году добровольно сдался швейцарцам, выступавшей против Бургундии и союзной ей Савойи. После того, как Карл Смелый потерпел поражение в битве при Грансоне, в 1476 году он осадил Муртен. 22 июня 1476 состоялась битва при Муртене, в которой войска Швейцарского союза и их союзники нанесли значительный урон бургундскому герцогу. По Фрибурскому мирному договору 1476 года Савойя уступила Муртен Швейцарскому союзу.