באפריל 2009 מונה אגירה בפעם השנייה למאמן נבחרת מקסיקו, במקומו של סוון-יוראן אריקסון. באותה שנה הוא הוביל את הנבחרת לזכייה בגביע הזהב של CONCACAF, לאחר ניצחון 0–5 על נבחרת ארצות הברית במשחק הגמר. בנוסף, הנבחרת העפילה תחתיו למונדיאל 2010 מהמקום השני במשחקי המוקדמות של דרום אמריקה.