Podczas powstania Mahdiego, Macdonald dowodził brygadą egipskiej armii, między innymi w tzw. wyprawie dongolskiej (1896) i znacząco zasłużył się w Abu Hammad (7 sierpnia 1897) oraz w bitwie o Atbarę (9 kwietnia 1898). Gdy w czasie bitwy pod Omdurmanem, brytyjski dowódca, lord Horatio Kitchener odsłonił swoje skrzydło na atak mahdystów, MacDonald osłonił wojska Kitchenera swoją brygadą i sprawnie manewrując, powstrzymał natarcie wroga, pozwalając pozostałym oddziałom brytyjskim na przegrupowanie. Gdy walka dobiegła końca okazało się, że średnio żołnierzom Macdonalda pozostało po dwa naboje.