Jackson werd beroemd na de Eerste Slag bij Bull Run waar hij ook zijn meest bekende bijnaam kreeg "Stonewall Jackson". Toen de Zuidelijke slaglinie het breekpunt bereikte tijdens de zware Noordelijke aanvallen versterkte zijn brigade de Zuidelijken op Henry House Hill. Brigadegeneraal Barnard Elliot Bee, Jr. kon zijn eigen eenheden opnieuw formeren door te wijzen naar Jackson waarbij hij riep:"Daar staat Jackson zoals een muur van steen. Laat ons hier standhouden en overwinnen. Stel jullie op achter de mannen van Virginia!" Dankzij de ijzeren discipline van zijn soldaten slaagden ze erin om de Noordelijke opmars te stoppen. Zijn brigade kreeg de naam Stonewall Brigade. Tijdens de slag raakte hij gewond aan zijn middelvinger door een kogel of een stuk schrapnel. Hij weigerde medische zorgen tot na de slag. Hij werd gepromoveerd tot generaal-majoor op 7 oktober 1861 Jackson kreeg het commando over het Valley District met zijn hoofdkwartier in Winchester, Virginia.