První MacKinnonovy zkušenosti s národním týmem získal na světovém turnaji do 17 let 2011 v kanadském Winnipegu, kde reprezentoval tým Canada Atlantic do 17 let. Přesto, že byl druhým nejmladším hráčem turnaje, tak se stal sedmým nejproduktivnějším hráčem. Na stejném turnaji hrál i v roce 2012. V roce 2012 s kanadským týmem vyhrál Memoriál Ivana Hlinky, kde se stal nejproduktivnějším hráčem turnaje. V roce 2013 byl společně se svým spoluhráčem z Halifaxu – Jonathanem Drouinem nominován do kanadského týmu na Mistrovství světa juniorů 2013 v Rusku, kde skončili na 4. místě. Za seniorskou reprezentaci nastoupil poprvé na Mistrovství světa 2014 v Bělorusku, kde s týmem skončili až na 5. místě. I přes svůj věk si na šampionátu připsal 4 kanadské body za gól a 3 asistence. Svůj jediný gól vstřelil ve vítězném utkání (4:3) proti České republice, brankáři Jakubu Kovářovi.