В мае и августе 1922 года, будучи уже наркомом военно-морских сил Грузинской ССР, Ш. З. Элиава выезжал в Туркестан где участвовал в разработке военно-политических и партийно-организационных мероприятий с целью советизации Средней Азии, пропаганды среди местного населения, ликвидации басмачества и восстановления народного хозяйства. Впоследствии за деятельность в Туркестане он был награждён двумя Орденами Красного Знамени: в 1928 году — по представлению ЦИК Туркменской ССР, и в 1932 году — по представлению ЦИК Узбекской ССР.