W reprezentacji Uzbekistanu Nesterov zadebiutował 21 sierpnia 2002 w przegranym 0:2 towarzyskim spotkaniu z Malezją. W 2004 wystąpił w jednym meczu Pucharu Azji 2004, z Turkmenistanem (1:0). Z kolei w 2007 został powołany przez selekcjonera Raufa Inileyeva do kadry na Puchar Azji 2007. Tam rozegrał 3 spotkania: z Malezją (5:0), z Chinami (3:0) i ćwierćfinale z Arabią Saudyjską (1:2).