Час виникнення латинського селища Ajax, що розташовувалось за декілька кілометрів на північ від сучасного міста, точно невідомий. Проте ще за часів Птолемеїв узбережжя було вже заселеним, римляни заснували тут свій порт Adiacium. Про саме місто Аяччо уперше згадується в листах папи Григорія Великого. За часів Середньовіччя в місті був свій єпископ. На своєму нинішньому місці Аяччо заснований в 1492 року негоціантами генуезького банку Святого Георгія. Протягом перших десятиліть це була укріплена колонія Генуезької республіки, корсиканцям тут селитися забороняли. У 1553-59 роках місто перебувало під французькою окупацією. Аяччо увійшло до складу Франції тільки 1768 року.. 1793 року Аяччо стало адміністративним центром департаменту Ліамон, а з 1811 року — новоствореного департаменту Корсика. 1769 року тут народився Наполеон Бонапарт.