Một chiếc F-117 đã bị bắn hạ trong chiến đấu bởi các lực lượng Serbia (Nam Tư) trong Chiến tranh Kosovo. Ngày 27 tháng 3 năm 1999, trong cuộc Chiến tranh Kosovo, Tiểu đoàn số 3 - Trung đoàn Tên lửa 250 dưới quyền chỉ huy của Đại tá Zoltán Dani, được trang bị tên lửa Isayev S-125 'Neva-M' (tên hiệu NATO SA-3 'Goa'), đã bắn hạ chiếc F-117A số hiệu 82-806 bằng một quả tên lửa Neva-M. Sự kiện này đã gây chấn động khi lần đầu tiên, loại máy bay tàng hình hiện đại bậc nhất của Mỹ lại bị kiểu tên lửa phòng không đã lạc hậu như S-125 bắn hạ.