Самым успешным в карьере Хосе Мануэля стало его выступление на Кубке конфедераций 1999, по итогам которого сборная Мексики стала Чемпионом, а Абундису удалось забить 3 гола на турнире, причём один он забил в финале в ворота сборной Бразилии. Матч закончился со счётом 4:3.