Nach der Eroberung von Wales wurde Mortimer in Winchester von Eduard I. zum Ritter geschlagen. Er wurde regelmäßig zu den Parlamenten geladen, weshalb er als Baron Mortimer gilt. Dazu diente er als Militär während des Französisch-Englischen Kriegs ab 1294 in der Gascogne und nach 1296 im Krieg mit Schottland. 1290 kam es aber zu einem Konflikt mit der Krone. "Bogo de Knoville", der königliche Vogt von Montgomery, beschuldigte Mortimer, einen Verbrecher eigenmächtig verurteilt und hingerichtet zu haben, obwohl Knoville die Überstellung des Verbrechers gefordert hatte. Während des Parlaments im Herbst 1290 musste sich Mortimer der Gnade des Königs unterwerfen. Der König entzog ihm Wigmore, doch diese harte Strafe wurde kurze Zeit später erheblich gemildert. Mortimer sollte nun eine Strafe von 100 Mark zahlen sowie stellvertretend eine Tafel an Knoville geben, die dieser anstelle des bereits hingerichteten Verbrechers symbolisch hängen sollte. Als Mortimer diese Auflage nicht befolgte, befahl der König erneut die Beschlagnahmung von Wigmore. Mortimer erhielt seine Besitzungen aber schließlich zurück, und auch sein Recht, als Marcher Lord als Richter Urteile zu fällen, blieb gewahrt. Als Eduard I. 1297 seine Magnaten im Krieg mit Flandern zu einem Feldzug nach Flandern aufforderte, kam es zu einer Revolte, deren Führer der Earl of Norfolk und der Earl of Hereford waren. In Montgomery kam es zu einem Treffen der Magnaten, an dem auch Mortimer teilnahm. Angesichts des Widerstands musste der König den Magnaten Zugeständnisse machen. Zum mächtigen Earl of Gloucester behielt Mortimer ein gutes Verhältnis. Er unterstützte dessen Bruder Bogo de Clare, der sein Nachfolger als Schatzmeister in York wurde, bei dessen Ansammlung von Pfründen. 1304 wurde er bei einem Überfall bei Builth schwer verwundet. Er wurde nach Wigmore Castle gebracht, wo er wenig später starb; beigesetzt wurde er in Wigmore Priory.