Efter krigens slutning fik Frederik Hammer ansættelse ved forstvæsenet i det nordlige Sjælland, og 1817 blev han inspektør ved Esrom Kanal og senere distriktskommissær. Hammer blev gift 23. marts 1820 i Esbønderup Kirke med Elisabeth Kirstine Lemvigh (7. oktober 1794 i Esbønderup – 8. februar 1849 i Asminderød), datter af prokurator, senere birkedommer Otto Lemvigh (1758-1834) og Else Johanne Ørsnes (1770-1844). Han levede nu et roligt og lykkeligt familieliv, indtil krigen brød ud i 1848. Han meldte sig da på ny til tjeneste som frivillig og deltog i felttogets sidste halvdel, idet han blev ansat ved den på initiativ af ritmester Cai Hegermann-Lindencrone oprettede frivillige husareskadron, hvor han forrettede officerstjeneste. En øjenlidelse bevirkede dog, at han allerede i slutningen af 1848 måtte udtræde af den militære tjeneste. Forpostkommandoen, hvorved han var ansat, fremhævede Hammers indsats, som blev anerkendt af krigsministeren ved en rosende takskrivelse.