בתחילת המהפכה המדעית היה מקובל להאמין לסיפור המבול לאור הימצאותם של מאובני דגים על פני הארץ, שהוכיחו כי ים קדום כיסה את כדור הארץ בדיוק כפי שתואר בספר בראשית. כלומר, סיפור המבול שימר אמת היסטורית במיתולוגיה. תפיסה זו קיבלה ביטוי במאמרו של ג'ון וודוורד (John Woodward, 1665–1728) מ-1695, "מאמר לקראת תאוריה טבעית של הארץ", בו טען כי המאובנים הימיים המצויים ביבשה הם תוצאה של המבול הבראשיתי – ביטוי לאותה תפיסה של תאולוגיה טבעית בה דגל אף אייזק ניוטון. לתפיסה זו קמו מתנגדים, בהם רוברט הוק שטען כי שכבות הסלע מעידות על מספר מבולים שהתרחשו לאורך ההיסטוריה ונבעו מקטסטרופות. עם זאת, הקטסטרופיזם – התפיסה לפיה אירועים טבעיים בסדר גודל עצום מעל ומעבר למה שהיו עשויים להיות עדים לו בימיו הם שהביאו להיווצרות העולם ועיצובו – אינה סותרת את התפיסה התאולוגית של בריאת העולם. לא זו בלבד שאינה סותרת אותה, אלא ששכבות הסלע אף העידו על סדרי בריאה כפי שהם מתוארים בבראשית – בריאתם של דגים קודם לזוחלים ועוד.