Quelque de troupe s'y trouvaient donc déployés lorsqu'en , les armées de Robert E. Lee, engagées dans l'invasion du Maryland et la prise de Washington dans un vaste mouvement tournant, se présentèrent devant ses défenses. Dès le , les Confédérés prirent les hauteurs surplombant la ville et, après deux jours de bombardement, obtinrent le 15 la reddition de leurs adversaires, se rendant ainsi maîtres de cet important nœud de communication situé sur l'un des principaux fronts d'opérations du conflit. Toutefois, à la suite de l'excellent déploiement des troupes de McClellan et de la victoire nordiste d'Antietam le 17 - restée toutefois sans exploitation efficace de la part de ce dernier -, les Sudistes se virent contraints de retraverser le Potomac et d'abandonner la ville à l'ennemi.