С переходом на Кавказ Флиге принимал участие в делах против горцев с 1819 по 1828 год; в 1826 году назначен командиром Навагинского пехотного полка, в 1828 году произведён в полковники, а в следующем году, во время русско-персидской войны, за особенные труды при построении батарей против Ардебильской крепости, пожалован алмазными знаками к ордену св. Анны 2-й степени. Кроме того, 26 ноября 1826 года Флиге за беспорочную выслугу 25 лет в офицерских чинах был награждён орденом св. Георгия 4-й степени (№ 3945 по списку Григоровича — Степанова).