במשך השנים הבאות, בסאייב נסע לאבחזיה, אזור שפרש מגאורגיה, כדי לסייע לתנועה בדלנית מקומית, שפעלה נגד ניסיונות של ממשלת גאורגיה להשתלט מחדש על האזור. בסאייב התמנה למפקד של יחידת מתנדבים לאומנית, המורכבת בעיקר מצ'צ'נים. מעורבותם הייתה מכרעת במלחמת אבחזיה, ובחודש אוקטובר 1992 נחלה הממשלה הגאורגית מפלה צבאית מוחלטת, ואוכלוסיית אזרחים גדולה סבלה מטיהור אתני. היחידה של בסאייב השתכנה בעיר הבירה של גאורגיה, טביליסי, בעיר הבירה של אבחזיה, סוחומי, ובכפר לאסלידו. ממשלת רוסיה לא עשתה דבר נגד יחידתו של בסאייב ונגד פשעי המלחמה שביצע, דבר שהתברר לאחר מכן כטעות צורבת. לאחר זמן מה, נלחם בסאייב נגד הכוחות הרוסיים במלחמת צ'צ'ניה הראשונה.