หลังจากเกิดเหตุการณ์กรณีพิพาทอินโดจีนถือเป็นคราวที่กัมพูชาเสียดินแดนพระตะบอง, เสียมราฐ และศรีโสภณในปี ค.ศ. 1941 แม้ว่าฝรั่งเศสจะไม่ยอมคืนนครวัดให้แก่ไทยก็ตาม แต่ก็เทียบไม่ได้กับดินแดนขนาดใหญ่ที่สูญเสียไป ด้วยเหตุนี้พระองค์ก็ทรงขัดเคืองและขมขื่นพระหฤทัยเป็นอันมาก ทรงปฏิเสธที่จะพบเจ้าหน้าที่ฝรั่งเศสและไม่รับสั่งภาษาฝรั่งเศสอีกเลย เพราะทรงเห็นว่าฝรั่งเศสไม่สามารถปกป้องดินแดนของพระองค์ไว้ได้ จนกระทั่งทิวงคตในเดือนเมษายนปีเดียวกันนั้น มีนักประวัติศาสตร์ชาวกัมพูชาคนหนึ่งบันทึกเหตุการณ์นี้ไว้ว่า "โดยเจ็บพระทัยกับการแย่งชิงของสยามนี้ พระสุขภาพต้องทรุดโทรมอย่างรวดเร็ว แล้วพระบาทสีสุวัตถิ์มุนีวงศ์เสวยทิวงคต"