Les limites des circonscriptions sont réformées pour les élections générales de 1997, et Lloyd est sélectionné pour la circonscription de Manchester Central, où il est réélu à chaque élection générale jusqu'en 2010. À la suite des élections générales de 1997 qui ont nommé Tony Blair comme Premier ministre, Lloyd devient ministre d'État junior au ministère des Affaires étrangères et du Commonwealth sous Robin Cook, partir du . En 1998, une enquête du Comité spécial des affaires étrangères sur la fourniture d'armes de Sandline International à l'Afrique pendant la guerre civile en Sierra Leone conduit à des accusations selon lesquelles Lloyd aurait été malhonnête et manquait de profondeur sur le commerce des armes illicites . Il quitte le Foreign Office lors du remaniement gouvernemental du .