Ses témoignages mettent en cause le rôle de l'Etat français dans le génocide des Tutsi, les différentes thèses sont détaillées dans la page Rôle de la France dans le génocide des Tutsi au Rwanda. Les témoignages de Guillaume Ancel sont contestés par les décideurs de l'époque, dont Hubert Védrine ancien secrétaire général de l’Elysée ou l'amiral Jacques Lanxade, qui maintiennent leur présentation de l'intervention de la France comme purement humanitaire, alors que Guillaume Ancel soutient que cette opération a protégé le gouvernement génocidaire en déroute.