I november 1945 ställdes Rosenberg inför rätta inför den Internationella Militärtribunalen i Nürnberg, och överväldigande bevis framlades mot honom. Det framkom, att han hade lagt fram förslag om mord på gisslan, vilka vanligtvis var kommunister. Han hade även haft kännedom om deportationer och förintelseläger. Rosenberg hävdade dock, att ansvaret för behandlingen av den judiska befolkningen i området hade legat hos den tyske rikskommissarien i Ukraina, Erich Koch. Rosenberg försökte därtill göra gällande, att han själv hade gjort allt för att förhindra inhuman behandling av den ryska civilbefolkningen. Rosenbergs försvarsadvokat försökte förgäves påvisa att hans klient inte hade haft kontroll över de illdåd som begåtts i de östliga territorierna. Han hävdade att ansvaret hade legat på Himmler, Bormann och Koch.