Pero no todos los requisitos del protocolo se cumplieron en el plazo establecido. La industria del cacao no pudo crear e implementar una norma de certificación de toda la industria para indicar que el cacao no se había producido bajo las peores formas de trabajo infantil. Las empresas de chocolate fueron criticadas por la ejecución del protocolo al menor costo, dejando las manos fuera del proceso sin cambiarlo, y el mantenimiento de un modelo de negocio dependiente de trabajo infantil. Más importante aún, no alteraron el precio del chocolate para permitir a los productores de cacao poner fin a la práctica de la esclavitud. Uno de los principales obstáculos para la ejecución del protocolo fue la Guerra Civil de Costa de Marfil. Junto con diamantes y madera, el cacao fue un recurso de conflicto que significó un ingreso de dinero para los militantes.