Nel 1783, un terremoto distrusse il Seminario e il nuovo Arcivescovo Nicolò Ciafaglione (1780-1786) chiese ed ottenne da Ferdinando III di Sicilia di poter costruire un nuovo Seminario in via Austria (oggi via I Settembre), accanto al Palazzo Arcivescovile. La costruzione proseguì sotto Mons. Paolo Francesco Perremuto (1790-1791) ed ultimata sotto Mons. Gaetano Garrasi (1792-1817), su disegni dell’architetto messinese sac. Francesco Saverio Basile. Sul fregio del gran portone era scolpita l’iscrizione “Clericorum Institutioni”.