Zwischen 1497 und 1507 wurde der Chor neu erbaut, in den Jahren 1516/17 fand ein Umbau des Kirchenschiffs statt. 1531 richteten Truppen aus dem reformierten Bern während des Zweiten Kappelerkriegs Schäden in der Kirche an. Nach den Instandstellungsarbeiten (Bern leistete gemäss den Bedingungen des Zweiten Kappeler Landfriedens finanzielle Wiedergutmachung) weihte der Weihbischof von Konstanz die Kirche am 12. Oktober 1532 neu ein. Heinrich Dieffolt, ein Bildschnitzer aus Feldkirch, fertigte 1587 einen neuen Altar für Merenschwand. Dieser wurde jedoch auf dem Transportweg in Zürich von einer aufgebrachten Menge zerstört. Nur die prompte Entschuldigung des Zürcher Rates und eine angemessene Entschädigung verhinderten eine Eskalation des konfessionellen Konflikts. 1686 überführte man die Reliquien des Katakombenheiligen Vinzenz von Rom nach Merenschwand und baute zu diesem Zweck eine Kapelle an; eine Wallfahrt entwickelte sich jedoch nie.