Opposé au roi Richard III qui est monté sur le trône en , après avoir écarté les enfants d'Édouard IV pour illégitimité, il est confié au duc de Buckingham. Morton arrive à convaincre son geôlier de se rebeller contre le roi. La révolte du duc est sèchement écrasée en . Morton s'enfuit aux Pays-Bas bourguignons et est pardonné par Richard en . Il part ensuite à Rome. Il rentre en Angleterre après la victoire d'Henri VII en .