שלי התגייס לצה"ל בשנת 1984. בגלל בעיה רפואית שמנעה ממנו לצנוח הוא הוגדר כ"פסול חי"ר" ושובץ לשירות בחיל ההנדסה הקרבית. הוא שובץ לגדוד 601 אך הצליח לעבור לגדוד המועדף עליו, גדוד 605, שהיה אז הגדוד המרכזי בפעילות המבצעית בלבנון. בגדוד 605 הספיק שלי להשתתף בפעילות בלבנון לפני הנסיגה אל רצועת הביטחון, לדבריו: "נגמ"ש המ"פ שהייתי בו, היה האחרון לעבור מלבנון אל רצועת הביטחון".