Самое раннее упоминание о поместье Рокишкис в письменных источниках относится к 1499 году и связано с привилегией великого князя Александра о рубке леса. Первое упоминание о приходской церкви в этом месте относится к 1500 году. Как город упоминается в 1516 году. В 1523 году стал собственностью князей Крошиньских. Находился в Великом княжестве Литовском в составе Речи Посполитой. В 1655–1660 гг. во время Северной войны город сильно пострадал от шведской армии. В 1715 году владельцами Рокишкис стали графы Тизенгаузены, которые перенесли сюда родовое имение из Постав.