Bombacci, che aveva 65 anni, rimase al fianco di Mussolini fino all'ultimo momento: i partigiani lo catturarono sul lago di Como, nella stessa vettura del duce, e lo fucilarono insieme ad altri gerarchi fascisti, quali  Alessandro Pavolini e Ferdinando Mezzasoma, a Dongo sulle rive del lago il 28 aprile 1945 (Mussolini morì invece a Giulino di Mezzegra). Le sue ultime parole furono, appena prima di essere fucilato: "Viva l'Italia! Viva il Socialismo!" o forse "Viva Mussolini! Viva il Socialismo!", gridate al plotone d'esecuzione; di certo, nelle due versioni, vi è il fatto che la sua ultima frase inneggiò al socialismo. La mattina del 29 aprile lo appesero per i piedi al distributore di benzina di Piazzale Loreto, a Milano, insieme a Benito Mussolini, Claretta Petacci e alcuni gerarchi fascisti; nel documento attestante la fucilazione sotto il suo nome vi era la scritta a mano "Supertraditore".