Schon sein Großvater "Eleazar Kohn" war Arzt und kam aus Jerusalem, er siedelte sich in Kamjanez-Podilskyj (Heute: Ukraine) an. Der Vater von Tobias Kohen war ebenfalls Arzt und hieß Moses Kohn (geboren 1598; gestorben 10. Mai 1659), er siedelte zunächst in Narol – damals eine reiche Handelsstadt im heutigen Polen. Er flüchtete 1648 nach Frankreich, als die Stadt während des Chmelnyzkyj-Aufstand geplündert wurde, und war dann Rabbiner in Metz unter dem Namen "Kohen-Nerol". Nach dem frühen Tod des Vaters heiratet seine Mutter Feige (gestorben 1666) 1663 den Wormser Rabbiner "Samson Bacharach" (geboren 1607; gestorben 1670). Der junge Tobias ging dann zu Talmud-Studien zurück nach Polen. Der Osmanisch-Polnischer Krieg 1672–1676 ließ ihn aber dann zum Studium der Medizin zur Universität Padua gehen. 1678 kam er mit einem Studienkollegen "Gabriel Felix Moschides" nach Deutschland zur Weiterbildung.