Con el elenco de "Spider-Man", la filmación estaba programada para comenzar en noviembre de 2000 en la ciudad de Nueva York y en los escenarios de sonido de Sony. La película estaba programada para estrenarse un año después, pero cuando la película se pospuso para su estreno el 3 de mayo de 2002, el rodaje comenzó oficialmente el 8 de enero de 2001 en Culver City, California. Después de los ataques terroristas del 11 de septiembre de 2001, se volvieron a filmar determinadas secuencias y se borraron digitalmente de la película determinadas imágenes de las Torres Gemelas. El Escenario 29 de Sony se usó para la casa de Parker en Forest Hills, y el Escenario 27 se usó para la secuencia de lucha libre donde Parker se enfrenta a Bonesaw McGraw (Randy Savage). El Escenario 27 también se usó para la compleja secuencia de Times Square donde "Spider-Man" y el Duende luchan por primera vez, donde se construyó un escenario de tres pisos con una pieza de balcón separable. La escena también requirió un rodaje en Downey, California. El 6 de marzo, Tim Holcombe, un trabajador de la construcción de 45 años, murió cuando una carretilla elevadora modificada como una grúa de construcción se estrelló contra una canasta de construcción en la que se encontraba. El siguiente caso judicial llevó a la División de Seguridad y Salud Ocupacional de California multar a Sony con 58805 dólares.