W seniorskiej reprezentacji Meksyku Farfán zadebiutował za kadencji selekcjonera Bory Milutinovicia – 17 października 1984 w wygranym 2:1 sparingu ze Stanami Zjednoczonymi i w tym samym meczu strzelił pierwszą bramkę dla kadry narodowej. W 1991 roku znalazł się w ogłoszonym przez Manuela Lapuente składzie na Złoty Puchar CONCACAF. Był wówczas podstawowym graczem swojego zespołu, rozgrywając cztery mecze i wpisując się na listę strzelców w wygranym 2:0 meczu o trzecie miejsce z Kostaryką. Ogółem w seniorskiej reprezentacji zdobył pięć bramek w 27 spotkaniach – aż 23 z nich były jednak konfrontacjami towarzyskimi.