Chongqing avattiin brittikauppiaille vuonna 1890, mutta koska Jangtsejokea pitkin oli vaikea purjehtia, laivaliikenne höyrylaivoilla alkoi vasta vuosikymmenen päästä. Japani sai brittien kaltaiset oikeudet Shimonosekin sopimuksella vuonna 1895. Japanilaiselle toiminnalle luovutettiin alue Wangjiatuossa Jangtsen etelärannalla vuonna 1901 ja se jatkoi toimintaansa aina Kiinan–Japanin sodan alkuun saakka vuonna 1937. Tätä ennen kaupunki oli Sichuanin maakunnan pääkaupunki Chengdun ohella yksi Qing-dynastian päättäneen Xinhai-vallankumouksen keskipisteistä. Monet kansallismieliset liittyivät alueella Sun Yat-senin johtamaan Kuomintangiin. Japanin vastaisen sodan alun jälkeen Chongqingista tuli kansallismielisen hallituksen uusi pääkaupunki vuonna 1938. Kaupunkiin siirrettiin tehtaita ja kouluja maan rannikolta, jota Japani uhkasi. Tämän myötä kaupunki kasvoi huomattavasti. Sotaa ennen Chongqingissa asui noin 250 000 asukasta, kun sodan kuluessa se kasvoi yli miljoonan asukkaan kaupungiksi. Liittoutuneet toimittivat kaupunkiin varusteita kiinalaisten joukkojen käyttöön. Japanin vastaisen hallituksen uutena keskuksena kaupunki joutui myös japanilaisten ilmapommitusten kohteeksi. Sodan loputtua kansallismieliset muuttivat pääkaupungin takaisin Nanjingiin vuonna 1946, mutta Kiinan sisällissodan aikana kommunistit valtasivat sen vuonna 1949 ja pääkaupunki siirrettiin jälleen ensin Kantonin kautta Chongqingiin. Chongqing kerkesi olla pääkaupunki tällä kertaa vain kahden kuukauden ajan kansallismielisten paetessa Taiwaniin joulukuussa vuonna 1949.