През 1258 г. вуйчото на Анна Михаил Палеолог извършва преврат в Никея, обявява се за регент и съимператор на малолетния Йоан IV Дука Ласкарис, когото ослепява и детронира, след като през 1261 г. войските на Никея успяват да превземат Константинопол от латините и да възстановят Византийската империя. Вуйчото на Анна продължава политиката на никейските императори за обединяването на всички земи, принадлежали някога на Византия, под своя скиптър. Това го въвлича в продължителни конфликти с другите създадени след четвъртия кръстоносен поход византийски държавици, сред които като най-голям съперник за византийското наследство се откроява Епирското деспотство. През 1259 г. никейските войски успяват да превземат голяма част от Епир, след като прз септември същата година разгромяват обединените войски на Епир, Ахея и Сицилия в Пелагонийската битка. Това не слага край на конфликта между Михаил VIII и епирския деспот Михаил II Комнин, който продължава борбата да запази независимостта си от империята с помощта на сицилианците. Михаил II Комнин обаче не успява да постигне желания успех в борбата срещу империята и през 1264 е принуден да започне преговори за мир с императора. Между двете страни е подписан мирен договор, скрепен с брака между сина на епирския деспот – Никифор, и Анна Палеологина Кантакузина. Това е втори брак за наследника на Епир, чиято първа съпруга – Мария Ласкарина, умира още през 1256 г.