Dato che i nuovi campi di sterminio (come quello di Auschwitz e di Bergen-Belsen) possedevano forni crematori per smaltire i corpi, i gruppi dell"'Sonderaktion 1005" furono inviati sui luoghi degli eccidi di massa avvenuti all'est come Babi Yar, Ponary e il Forte n.9 a Kaunas. Nel 1944 con le truppe sovietiche che si avvicinavano, Wilhelm Koppe, comandante superiore delle SS e della Polizia del Governatorato Generale, ordinò che ognuno dei cinque distretti (Varsavia, Cracovia, Lublino, Radom e Leopoli) allestisse una propria squadra di "Sonderaktion 1005" per iniziare a "ripulire" tutte le fosse comuni. Le operazioni non ebbero pieno successo, dato che, anche a causa dei sabotaggi che alcuni "Leichenkommando" misero in atto per rallentare le operazioni e quindi posticipare la propria eventuale uccisione, le truppe sovietiche raggiunsero alcuni siti prima che questi potessero essere "sanati".