Le 18 mai 1944, le "I-38" quitta Kure avec un hydravion Yokosuka E14Y1 (nom de code allié "Glen") embarqué pour commencer sa troisième patrouille de guerre, au cours de laquelle il devait patrouiller dans l'océan Pacifique à l'est des îles Marshall et utiliser l'hydravion pour effectuer un vom de reconnaissance au-dessus de Kwajalein. Après avoir pris la mer, il reçut l'ordre de changer son objectif de reconnaissance vers Majuro. Le 13 juin 1944, le commandant en chef de la flotte combinée, l'amiral Soemu Toyoda, a activé l'opération A-Go pour la défense des îles Mariannes et a ordonné au commandant en chef de la "6 flotte", le vice-amiral Takeo Takagi, de redéployer tous les sous-marins de la "6 flotte" aux îles Mariannes. Lorsque la campagne des Mariannes a commencé avec le débarquement américain sur Saipan le 15 juin 1944, le "I-38" et les sous-marins "I-6", "I-10", "I-38", "I-41", "I-53" et "Ro-47" ont reçu l'ordre de rester en patrouille au large des Mariannes pendant que le reste des sous-marins de la "6 flotte" se retiraient de la zone.