Il capitano ha alzato comunque al cielo i primi due trofei a livello internazionale della sua squadra: la Coppa delle Coppe 1998-1999, vinta contro il Maiorca, e, in agosto, la Supercoppa europea contro i campioni d'Europa in carica del Manchester United. Nel mese di ottobre, Nesta riceve anche il privilegio di essere nominato membro del consiglio di amministrazione della Lazio, su volontà dell'allora presidente Sergio Cragnotti. La soddisfazione sportiva più grande è però arrivata l'anno successivo, quando le "Aquile" hanno vinto sia il campionato che la Coppa Italia, centrando il cosiddetto "double" del 1999-2000.