Maalouf on trumpetisti-isä Nassim Maaloufin ja pianistiäidin poika. Hän pakeni perheineen Pariisiin Libanonin sisällissodan aikana. Hän aloitti 7-vuotiaana trumpetinsoiton ja perinteisen arabimusiikin opiskelun. Hän esitti teininä usein Antonio Vivaldin, Henry Purcellin ja Tomaso Albinonin teoksia Euroopassa ja Lähi-idässä. Hänen tulkintansa Johann Sebastian Bachin toisesta brandenburgilaisesta konsertosta sai hyvän vastaanoton. Maurice André rohkaisi häntä omistautumaan ammattimuusikon uralle. Maalouf opiskeli viiden vuoden ajan Pariisin konservatoriossa ja aluekonservatoriossa. Hän osallistui samalla kansainvälisiin kilpailuihin ja soitti esimerkiksi Matthieu Chédidin, Arthur H:n ja Vincent Delermin levytyksillä.