Pada kejohanan Euro 1996, Sammer bermain di posisi "libero" apabila beliau telah berpindah posisi tersebut ketika di Borussia Dortmund. Beliau menjaringkan gol pembukaan pasukan Jerman dalam perlawanan kedua peringkat kumpulan menentang Rusia dan gol kemenangan Jerman ketika bertemu Croatia dalam peringkat suku akhir. Selepas Jerman menewaskan Republik Czech pada perlawanan akhir, Sammer dinobatkan sebagai Pemain Terbaik Kejohanan.