Po skončení druhej svetovej vojny sa stal na tri roky predsedom Najvyššieho správneho súdu. 18. novembra 1947 sa stal povereníkom techniky, keďže na jeho pozíciu povereníka spravodlivosti si (podobne ako na iné silové rezorty) nárokovala Komunistická strana. 21. februára 1948 podal demisiu. V roku 1948 sa podieľal na založení Strany slovenskej obrody, ktorú tvorili bývalí členovia Demokratickej strany, ktorí boli ochotní spolupracovať s KSS, resp. KSČ. Už ako člen Strany slovenskej obrody sa stal v roku 1948 poslancom Národného zhromaždenia. Od roku 1949 až do roku 1966 bol členom ÚV Strany slovenskej obrody. Táto sa strana sa stala súčasťou Národného frontu, čím sa stala fakticky bábkovou súčasťou komunistického režimu, ktorý sa navonok tváril, že sa jedná o demokratickú koalíciu rôznych strán, ktoré sa podieľajú na vláde. Vďaka tomu sa Ivan Štefánik stal v roku 1954 znova poslancom Slovenskej národnej rady. Ním zostal do roku 1960. V skutočnosti však už po komunistickom prevrate v roku 1948 nemal žiadny reálny politický vplyv a to aj napriek tomu, že pri prevrate patril k prokomunistickej skupine vo vnútri Demokratickej strany. V roku 1949 odišiel oficiálne do dôchodku.