En 1939, peu après la signature du Pacte germano-soviétique et l'invasion de la Pologne orientale par l'Armée rouge, Stoline fut annexée par l'Union soviétique et rattachée à la république socialiste soviétique de Biélorussie. Pendant la Seconde Guerre mondiale, la ville fut occupée par l'Allemagne nazie du au . En mai 1942, le Ghetto de Stoline fut mis en place, où quelque Juifs durent s'entasser dans des conditions précaires. Outre les Juifs de Stoline, il y avait également de nombreux Juifs de Davyd-Haradok. Le , ils furent assassinés à proximité de l'aérodrome de la ville par un escadron de cavalerie allemande, des policiers locaux et des SS du Sicherheitsdienst (SD).