Fakat İngiltere'de ve edebiyat dünyasında Samuel Pepys, öldükten çok sonra XIX. yüzyılda şifresi çözülüp basılıp yayınlanan gayet detaylı olarak tuttuğu günlük hatıraları ile tanınmaktadır. Hayatının 1660 - 1669 yılları arasında tuttuğu ayrıntılı günlükler, bu günlüklere düşündüklerini ve yaşadıklarını hiçbir çekinme göstermeden geçirdiği için, yaşadığı XVII yüzyıl dönemine ilişkin gayet açıklayıcı bilgiler sağlamaktadır. Bu hatıraları gün be gün gayet uzun ve detaylı şekilde hemen daha unutmadan kaleme aldığı aşikardır. Gerçekte bu hatıraları bir şifre ile yazmış ve yaşadığı dönemde bu şifrenin ve hatıraların hiç kimse eline geçmeyeceğini düşünmüş olduğu kabul edilmektedir. Bu bir yüksek bürokratın ve idareci orta sınıfın en üst seviyesine ait bir kişinin güncel şahsi hatıraları XVII. İngiltere'nin yönetici sınıfının yaşamına büyük bir açıklama getirmektedir. Bu dönemde önemli olayalar olan Büyük Veba Salgını, Büyük Londra Yangını ve ikinci Hollanda - İngiltere Savaşı'nı yaşayan Pepys'in yazdıkları gündelik yazılar bu devir hakkında en etken ve inanılır bilgi kaynağı olmaktadır. Restorasyon dönemi öncesi Kral II. Charles'ın kaçışını da saat saat kaleme almıştır.