La première cible de l'MBP est l'opposition intérieure. Des arrestations, des tortures et des procès publics des anciens résistants polonais de l'AK (Armé de l’intérieur) fidèles au gouvernement polonais en exil, accusés de collaboration avec la Gestapo, sabotage ou espionnage se multiplient. Les 16 plus hauts dirigeants de l’Armia Krajowa sont enlevés, remis au NKVD, emprisonnés et jugés en Union soviétique (Procès des seize).