"Dongola" ist ein zweiter Name für das frühmittelalterliche christliche Königreich Makuria, dessen Hauptstadt das 80 Kilometer flussaufwärts gelegene Alt-Dongola war. Die heutige Stadt Dongola wurde 1812 von einer Gruppe Mameluken gegründet, die vor der Verfolgung durch Muhammad Ali Pascha aus Ägypten geflohen waren. Die französische Herrschaft über Ägypten, die 1801 beendet war, schwächte die Macht der Mamluken. Im März 1811 wurde die gesamte Führung der Mamluken durch den osmanischen Vizekönig in einem Massaker umgebracht, ihre Familien verfolgt und ihre Häuser geplündert. Die übrigen Mamluken starben 1812 bei einem Feldzug seines Sohnes Ibrahim Pascha nach Oberägypten, nur wenigen gelang die Flucht über den 3. Katarakt hinaus weiter nach Süden, wo sie ein Lager am Nil errichteten. Darauf bezieht sich der Name der Stadt im 19. Jahrhundert: "Dongola al Urd" („das Lager“).