Mursi var partiledare för Frihets- och rättvisepartiet, ett parti som grundades av Muslimska brödraskapet efter Egyptiska revolutionen 2011, från den 30 april 2012 till 24 juni 2012 då han utropades till segrare i presidentvalet. Han var sitt partis kandidat i det egyptiska presidentvalet 2012, vilket han vann med 51,73 procent av rösterna. Han var ledamot av egyptiska folkförsamlingen från år 2000 till 2005.