Alfonsín comprou um jornal local, o "El Imparcial". Se juntou à União Cívica Radical (UCR) em 1946, como membro do Movimento de Renovação e Intransigência, uma facção do partido que se opôs à incorporação da UCR na coalizão da União Democrática. Foi nomeado presidente do comitê do partido em Chascomús em 1951, e eleito para o conselho da cidade em 1954. Durante a reação do governo de Juan Perón ao bombardeio da Plaza de Mayo, foi detido por um breve período. A Revolução Libertadora depôs Perón do governo nacional; Alfonsín foi novamente detido brevemente e forçado a deixar seu cargo no conselho da cidade. A UCR dividiu-se em dois partidos: a União Cívica Radical Intansigente (UCRI), liderado por Arturo Frondizi, e a União Cívica Radical do Povo (UCRP), liderado por Ricardo Balbín e Crisólogo Larralde. Alfonsin não gostou da divisão, mas o optou por seguir o UCRP.