Vuonna 1945 Slánský tapasi Tšekkoslovakian Lontoon ja Moskovan pakolaishallituksen jäseniä, mikä johti kansanrintamahallituksen kokoamiseen Edvard Benešin johdolla. Slánskýsta tuli kommunistipuolueen pääsihteeri 8. edustajakokouksessa maaliskuussa 1946. Vuonna 1948 kommunistinen puolue otti vallan maassa niin sanotussa Prahan kaappauksessa. Slánskýsta tuli sisäministeri, jonka tärkeänä tehtävänä oli stalinistisen kurin toimeenpano. Hän sai sosialismin korkeimman kunniamerkin heinäkuussa 1951.