Colonie portugaise à partir de 1586, le Timor oriental est annexé par l'Indonésie en 1976. Plus de ont été tuées par l’armée indonésienne durant cette occupation. En 1999, dans un référendum organisé par l'Indonésie, la population de Timor oriental vote à 78,5 % pour une séparation d'avec l'Indonésie. Bien que suivi d'une période de massacres à grande échelle et du saccage systématique des grandes villes par l'armée indonésienne, le scrutin conduit à l'indépendance du Timor oriental le . Depuis, les relations entre les deux pays se sont largement améliorées. Dans un entretien avec le "The Jakarta Post" le , le Premier ministre du Timor oriental, Rui Maria de Araújo, qui a passé comme étudiant dans différentes universités d'Indonésie, considère que .