Ferlaino lasciò la squadra a Gallo con diverse inadenpienze finanziarie, che sancirono l'inizio di una crisi lenta e inesorabile. La squadra venne quindi svecchiata e subì molti cambiamenti: Bianchi ne diventò direttore generale e scelse come tecnico Marcello Lippi. Pilastri della squadra come Careca e Gianfranco Zola lasciarono Napoli, mentre molti giovani promettenti, come Fabio Cannavaro e Fabio Pecchia, ne divennero protagonisti. Dopo un primo periodo di crisi, Lippi decise di puntare sulle forze fresche e la stagione 1993-1994 finì con un buon sesto posto e la soddisfazione di aver sconfitto il Milan, prossimo a laurearsi campione d'Italia e d'Europa, grazie ad una rete di Paolo Di Canio, che realizzò anche il gol che all'ultima giornata valse la qualificazione dei partenopei alla Coppa UEFA.