En 1825, la ciudad recibió la visita de Simón Bolívar. Durante la visita del venezolano, se estableció la creación de los colegios de Ciencias y Artes, que concentraría toda la educación en la ciudad reemplazando a los colegios de San Francisco de Borja y San Bernardo así como a la Universidad de San Antonio Abad. También se creó el Colegio de Educandas para la educación de mujeres. Durante su gobernación, el general Gamarra condujo un importante esfuerzo de recuperación de la economía regional, muy venida a menos tras la guerra emancipadora. Entre otras medidas, reformó las tasas de los "tributos de encabezamiento" de hacendados y comerciantes, cuyas deudas se habían tornado incobrables, y reabrió la casa de la moneda. Gamarra ejerció la gobernación cusqueña hasta el 20 de junio de 1827.