O dva roky později se zúčastnil mistrovství Evropy, kde se opět se třemi góly stal nejlepším střelcem svého týmu. Jedním z nich byl vyrovnávací gól v semifinálovém duelu s Portugalskem, které Francie vyhrála 2-1 v prodloužení. V následném finále Francie přehrála Itálii shodným výsledkem a Henry získal svoji druhou trofej v reprezentační kariéře. Na následujícím mistrovství světa hraném v roce 2002 v Japonsku a Jižní Koreji byli obhájci titulu vyřazeni již v základní skupině, přičemž ve třech utkáních nedokázali vstřelit jedinou branku. Henry byl navíc v druhém utkání proti Uruguayi vyloučen a do posledního utkání, které Francie prohrála 0-2 s Dánskem, nezasáhl.