Musuguri acabou por subir ao posto de brigadeiro. Em 1979 ele foi promovido a major general e recebeu o comando da 20ª Divisão da Força de Defesa Popular da Tanzânia (TPDF), uma força que havia sido reunida para invadir o Uganda após a eclosão da Guerra Uganda-Tanzânia em 1978. Em 1980, Musuguri foi nomeado chefe do TPDF. Em 30 de dezembro, o presidente Julius Nyerere promoveu-o ao tenente-general. Em 7 de fevereiro de 1981, o presidente ugandense, Milton Obote, deu a Musuguri duas lanças em homenagem à "sua acção galante na Batalha de Lukaya". Durante o seu mandato, ele foi acusado de encorajar o favoritismo étnico nas forças armadas. Ele se opôs à retirada das tropas tanzanianas de Uganda em 1981, alegando que o país ainda não havia construído uma força armada confiável, mas Nyerere rejeitou a proposta. A sua aposentadoria foi anunciada em 31 de agosto de 1988.