1 вересня 1939 р., згідно з таємним пактом між Сталіним та Гітлером, Польща виявилася поділеною. Східну частину окупували радянські війська, західну захопила Німеччина. Центр Союзу в Гданську виявився під німецькою владою, зв'язок з церквами втратився. Для керівництва Союзу настають важкі часи. Густав Шмідт за кілька місяців до цього повернувся зі США. Німецька влада заборонила йому проповідувати, вбачаючи в ньому американського шпигуна. Його кидають у в'язницю, після звільнення з якої йому загрожує концтабір. Тому, коли з'явилася нагода, Густав у 1943 році виїжджає в нейтральну Швецію. Дружина Маргарет з двома дочками залишається на окупованій території. У 1944 році він отримує повідомлення про смерть дружини. Діти ще до 1946 року залишаються в Німеччині. І лише після війни за допомогою американського президента та Червоного хреста він забирає їх і оселяється у США. Помер Густав Шмідт у 1958 році. Артур Бергхольц залишився на окупованій німцями території, переживаючи переслідування та арешти. Помер він 21 квітня 1957 року в Нью-Йорку. Деякі працівники, які залишилися у Гданську, закінчили життя мученицькою смертю.