伊凡大帝一出生就是莫斯科大公国全境的合法统治者，伊凡三世出生之时，正值莫斯科大公国内战，以伊凡三世之父瓦西里二世为首，对抗以加利奇—兹韦尼哥罗德大公国为首的各路势力。在1433年，双方为了和解，尤里·德米特里耶维奇让侄子娶其表妹，伊凡大帝的父母是一椿政治婚姻。在父亲打败大堂伯父瓦西里·科索伊后，其父母的婚姻也维持了与二堂伯父德米特里·舍米亚卡的和平，舍米亚卡仍然对瓦西里二世行臣下之礼。有关伊凡三世的童年记载现以散佚，只知道他跟随父亲瓦西里二世的宫廷迁移数次以躲避战争，1446年2月12日，舍米亚卡反叛并攻下莫斯科时，也曾经俘虏了瓦西里二世与其家人，当中很大机会包括伊凡大帝。1454年，十四岁的伊凡三世被父亲封为佩列斯拉夫尔-扎列斯基王公，这是莫斯科大公国比较肥沃的领地之一，开始他统一罗斯的进程。由于莫斯科战斗不断，因此瓦西里二世让伊凡母子都居住在较和平的佩列斯拉夫尔-扎列斯基，由伊凡舅舅监护。伊凡三世年少好勇斗狠，热衷决斗，与异母兄尤里、表弟伊凡等人四处闹事，舅舅博罗夫斯基管教后变本加厉，后来因为母亲劝说而开始学习政事。1456年跟随舅舅博罗夫斯基攻陷梁赞，将梁赞大公国收为附庸。