Rok 1945 przyniósł rzeź okrętów niemieckich na Bałtyku. Kriegsmarine skupiła się na wspieraniu obrońców Prus Wschodnich, a do walk skierowano krążowniki ciężkie „Prinz Eugen”, „Lützow” i „Admiral Scheer”, jednak nie były one w stanie odwrócić losów wojny. W calu zablokowania atakowanego portu w Königsbergu zatopiono w nim przebudowywany na lotniskowiec krążownik ciężki „Seydlitz”. Jedną z największych akcji Kriegsmarine była ewakuacja ludności niemieckiej z Prus Wschodnich, Kurlandii i korytarza polskiego (operacja „Hannibal”), przeprowadzona przy wysokich stratach, gdyż flota i lotnictwo radzieckie polowały na statki z cywilami. W ciągu 15 tygodni od 494 do 1080 okrętów i statków transportowych wszystkich typów, w tym łódki rybackie i inne statki, wykorzystując także niemieckie największe jednostki morskie, przetransportowały od 800 000 do 900 000 uchodźców oraz 350 000 żołnierzy przez Morze Bałtyckie do III Rzeszy oraz okupowanej przez Niemców Danii. Szczególnie krwawe były radzieckie ataki na duże statki pasażerskie, jak SS „General von Steuben” (4500 ofiar), SS „Cap Arcona” (5000 ofiar), MS „Goya” (6000 ofiar), czy też MS „Wilhelm Gustloff” (6600 ofiar, największa tragedia morska w historii ludzkości).