Het seizoen begon niet slecht voor Liverpool. Door de thuiswedstrijd tegen Watford op 6 november 2016 te winnen, was Liverpool even koploper van de Premier League. Emre Can scoorde in die 6-1 overwinning. Liverpool eindigde het seizoen op de vierde plaats, mede dankzij een winnend doelpunt van Can tegen (opnieuw) Watford, een paar speelrondes voor het einde. Hij scoorde met een omhaal. Daarmee won hij de 'Carling Goal of the Season' voor mooiste Premier League-doelpunt van het seizoen. Door de vierde plaats in het seizoen 2016/17 deed Liverpool mee aan de Champions League play-offs in het seizoen daarop. Daar was Hoffenheim, de nummer vier van de Duitse competitie, de tegenstander. In de terugwedstrijd op Anfield scoorde Can twee keer, waarmee hij bijdroeg aan een 6-3 overwinning over twee wedstrijden. Aan het eind van het seizoen had hij last van een rugblessure, maar hij was op tijd fit voor de Finale UEFA Champions League 2018. Vlak voor tijd verving Can James Milner. Tegen Real Madrid werd er 3-1 verloren.