Heinäkuussa 1994 Interahamwe pakeni maasta kolmen miljoonan hutun mukana Zaireen (nyk. Kongon demokraattinen tasavalta), jonka itäosista se operoi tutseja ja Ruandan uuden hallituksen joukkoja vastaan. 1996 Ruanda hyökkäsi Interahamwea ja muita hutukapinallisia vastaan Itä-Kongossa aloittaen ensimmäisen Kongon sodan. 2003 Ruanda syytti Ugandaa Interahamwen tukemisesta. Interahamwe ei ole enää organisoitu järjestö, vaan sen nimellä tarkoitetaan kaikkia yksittäisiä hutujen kapinallis- ja rikollisryhmiä. Vanhat alkuperäiset Interahamwen johtajat ovat painottaneetkin oikeudenkäynneissään, ettei sillä, mitä nykyään kutsutaan Interahamweksi, ole mitään tekemistä alkuperäisen "Interahamwe za MRND"-järjestön kanssa.