Gdy wybuchła wojna domowa, Slocum został mianowany pułkownikiem 27 Regimentu Piechoty Nowojorskiej. Dowodził nim (w dywizji generała-majora Davida Huntera w I bitwie nad Bull Run, gdzie jego oddział stracił 130 ludzi, a on sam został ranny w udo. W sierpniu 1861 roku otrzymał awans na generała-brygadiera formacji ochotniczych i dowodził brygadą 1 Dywizji I Korpusu podczas kampanii półwyspowej, a następnie 1 Dywizją VI Korpusu w trakcie trwania bitew siedmiodniowych.