Det stod en rad slag längre norrut, i Maryland, men en styrka på 14 000 nordstatssoldater blev kvar och förskansade sig i Harpers Ferry under ledning av överste Dixon S. Miles. Vapenfabriken och dess solida byggnader var till liten nytta för försvararna eftersom dessa bränts ned av sydstatsstyrkor 1861 och låg i ruiner. Lee sände styrkor för att omringa staden och hindra angrepp mot försvarslinjerna bakom fronten, han ville att de fientliga styrkorna skulle dra sig ur eftersom sydstatsarmén behövde Shenandoahdalen som försvarslinje.