W reprezentacji Francji Dugarry zadebiutował 26 maja 1994 meczem z Australią (1:0). W 1996 występował z drużyną na Mistrzostwach Europy. Jego największe sukcesy rozpoczęły się od zdobycia Mistrzostwa Świata 1998. Na turnieju finałowym zdobył 1 gola, w meczu grupowym z Afryką Południową. Dugarry zdobył również Mistrzostwo Europy 2000 oraz Puchar Konfederacji w 2001 roku. Ogółem rozegrał w drużynie narodowej 55 meczów i zdobył 8 bramek.