Некоторое время спустя, уже будучи сенатором, занял пост генерал-губернатора на Филиппинских островах, где вел безуспешную борьбу с тагалами, восставшими под предводительством Эмилио Агинальдо. 13 декабря 1896 года был отстранён от власти на Филиппинах под давлением консервативных сил во главе с доминиканскими монахами, которые имели значительное влияние и написали жалобу в метрополию. Это предрешило судьбу выдающегося испаноязычного писателя филиппинского происхождения, Хосе Рисаля, которому Бланко симпатизировал и не давал санкции на расстрел. При следующем генерал-губернаторе Рисаль был расстрелян испанцами, хотя не только не участвовал в филиппинской революции, но и негативно относился к восстанию, считая его преждевременным.