No começo de 1996, foi escolhido para líder do Partido Popular de Serra Leoa e candidato a presidência da nação nas eleições que aconteceriam no mesmo ano. Ele acabou sendo eleito com 59% dos votos. Apesar das conturbações internas que o país enfrentava, observadores internacionais consideraram a eleição legítima. No seu discurso de posse, realizado na capital Freetown, Kabbah prometeu trabalhar para trazer um fim a guerra civil que assolava o país e retornar a empobrecida nação a normalidade.