Am 4. Dezember 1941 begann die Operation E, ein Plan zur Invasion der Malaiischen Halbinsel. Die "Atago" war seit dem 29. November 1941 Flaggschiff der 4. Kreuzerdivision unter Vizeadmiral Kondō. Nach der erfolglosen Suche nach der britischen Force Z sammelte sich die Flotte in der Cam Ranh Bay. Später fuhr der Kreuzer mehrere Einsätze als Sicherung für Operationen während der japanischen Invasion Südostasiens. So im Januar 1942 für die Invasion Niederländisch-Indiens, während der sie von Palau aus operierte.