Saksan maajoukkuetta Stefan Reuter edusti 69 maaottelussa ja teki niissä kaksi maalia vuosina 1987–1998. Hän voitti maailmanmestaruuden vuoden 1990 MM-kisoissa, joissa hän pelasi kuudessa ottelussa ja tuli loppuottelussa vaihtopelaajana kentälle 73. minuutilla. Vuoden 1992 EM-kisoista tuli hopeaa ja Euroopan-mestaruus vuoden 1996 EM-kisoista.