בין השנים 2003–2004 סיפקה האנטרפרייז סיוע אווירי לכוחות הקואליציה הלוחמים בעיראק. במאי 2006 סייעה למבצעים כנגד הטרור בעיראק ובאפגניסטן למשך חצי שנה. ב-19 בדצמבר 2007 חזרה האנטרפרייז לבסיס האם שלה בנורפוק, וירג'יניה לאחר שהייה של שישה חודשים במפרץ הפרסי.