Nel 1969 Cooper venne eletto, come "indipendente", al parlamento di Westminster per la circoscrizione di Mid-Londonderry (non più esistente). Nell'agosto di quell'anno cercò, invano, insieme ai politici nazionalisti John Hume e Eddie McAteer, di bloccare la protesta dei cittadini cattolici contro la marcia degli "Apprentice Boys of Derry" (un'associazione massonica protestante) che provocò l'intervento della RUC e tre giorni di scontri tra la popolazione cattolica e la polizia (noti come "Battle of the Bogside"), che, dopo essersi estesi anche a Belfast e ad altre località, causarono l'invio di un contingente di truppe britanniche, costituendo in pratica l'inizio dei "Troubles".