В 1999 году Юрий Сапега вошёл в тренерский штаб мужской сборной России. Он являлся главным инициатором технического переоснащения сборной, использования новейших статистических баз данных. Под руководством Геннадия Шипулина, Владимира Кондры и Юрия Сапеги сборная России в 1999 году впервые в своей истории стала финалистом чемпионата Европы и победителем Кубка мира, а в 2000 году — серебряным призёром Олимпийских игр в Сиднее. В декабре 2000 года Юрию Сапеге было присвоено звание заслуженного тренера России.