Después de la victoria de España sobre Francia en 1559 y el inicio de las guerras religiosas de Francia, las ambiciones de Felipe crecieron. El Imperio otomano había amenazado desde hacía tiempo los límites de los dominios de los Habsburgo en Austria y el Noroeste de África, y como respuesta Fernando e Isabel habían enviado expediciones al norte de África, capturando Melilla en 1497 y Orán en 1509. Carlos prefirió combatir a los otomanos a través de una estrategia considerablemente más marítima, obstaculizando los desembarcos otomanos en los territorios venecianos en el Este del Mediterráneo. Solo en respuesta al hostigamiento contra las costas mediterráneas españolas, Carlos lideró personalmente los ataques contra los asentamientos en el Norte de África, como en la Jornada de Túnez en 1535 y la Jornada de Argel en 1541. En 1565, los españoles derrotaron un desembarco otomano en la estratégicamente vital isla de Malta, defendida por los Caballeros de San Juan. La muerte de Solimán el Magnífico el año siguiente y su sucesión por el menos capacitado Selim II envalentonó a Felipe, que decidió llevar la guerra a las tierras otomanas. En 1571, una expedición naval mixta (con Génova, Venecia y el Papado) liderada por el hijo ilegítimo de Carlos, Juan de Austria, aniquiló la flota otomana en la Batalla de Lepanto, una de las más célebres de la historia naval. El éxito cristiano, sin comprometer la hegemonía naval otomana en el Mediterráneo Oriental, sí consiguió aliviar la presión sobre el Occidental, manteniéndose el "statu quo" durante los siglos siguientes.