A febbraio del 1797 Napoleone lo inviò a Parigi per consegnare ufficialmente al Direttorio le bandiere conquistate al nemico. Lontano dall'esercito, Augereau si dedicò agli intrighi politici e riuscì ad ottenere nell'agosto il comando della 17ª divisione militare di stanza a Parigi con la quale costituì il braccio armato per il Colpo di Stato del 18 fruttidoro (4 settembre 1797), che epurò con la forza Direttorio e Consiglio dei Cinquecento dagli elementi realisti.