Perwakilan formal pertama Australia di Hindia Belanda dibentuk di Batavia. Kantor komisaris dagang Australia didirikan di Jalan Kali Besar Barat. Meski tidak banyak perwakilan resmi Australia sebelum Perang Dunia II, pada tahun 1945, negara ini telah membuka beberapa kedutaan besar di berbagai negara. Usai Proklamasi Kemerdekaan Indonesia, Britania membujuk Australia untuk tidak mendirikan konsulat jenderal, tetapi mengirim perwakilan untuk pasukan militer di sana. Pada tahun 1946, F.K. Officer ditunjuk sebagai perwakilan Australia untuk Asia Tenggara dan bertugas membantu negosiasi. Setelah beberapa kali berganti perwakilan, pada akhir November 1946, AFNEI meninggalkan Asia Tenggara. Jabatan Konsul Jenderal kemudian dibentuk pada tanggal 5 Desember 1946. Tahun 1950, jabatan ini diubah menjadi Duta Besar. John Hood adalah orang pertama yang menjabat sebagai Duta Besar Australia untuk Indonesia.