Con il trionfo in Coppa delle Coppe, Almeyda e compagni si qualificarono per la finale di Supercoppa Europea 1999 dove avrebbero dovuto affrontare il del tecnico Sir Alex Ferguson e del capitano David Beckham. Fu così che il 27 agosto 1999 gli uomini di Sven-Göran Eriksson batterono con un gol di Marcelo Salas i cosiddetti "invincibili". Durante questa annata la formazione capitolina è in lotta su 3 fronti: campionato, Coppa Italia e Champions League. In campionato il confronto per lo "scudetto" è serrato tra Lazio e Juventus, con i biancocelesti che riusciranno a strappare la vetta della classifica ai torinesi solo all'ultimo respiro. Almeyda in quell'anno conquista il suo primo ed unico scudetto della sua carriera. Anche in Coppa Italia la Lazio vince nella finale di andata per 2-1 sull' di Marcello Lippi e pareggia 0-0 in trasferta conquistando la coppa nazionale per la terza volta nella sua storia, mentre per Matias è la seconda Coppa Italia. In Champions League, Almeyda e compagni dominano il primo girone di qualificazione, piazzandosi al primo posto senza sconfitte e con 4 vittorie e 2 pareggi; anche nel secondo girone di qualificazione, i biancocelesti arrivano primi davanti al , conquistando quindi la prima storica qualificazione ai quarti di finale di Champions League, dove però vengono eliminati per mano del , finalista in quell'edizione.