Alain Berger løp andre etappe på Sveits' stafettlag som tok VM-gull i Marienbad i Tsjekkoslovakia i 1991. Sammen med Thomas Bührer, Urs Flühmann og Christian Aebersold var Berger med å sikre det første sveitsiske gullet i stafett gjennom VM-historien. Berger løp første etappe da Sveits for andre gang på rad ble stafettverdensmestre. Dette skjedde i tyske Detmold i 1995. Hans beste individuelle prestasjon kom i verdensmesterskapet i skotske Inverness i 1999. Da tok han bronsemedalje på den klassiske distansen, kun slått av nordmennene Bjørnar Valstad og Carl Henrik Bjørseth.