Ved sin muntre, elskværdige og godmodige karakter, ved sin takt og hurtige opfattelsesevne vandt Schøller også kronprinsens yndest; derom vidner ikke blot forskellige nådesbevisninger – oberstløjtnant 1844, kammerherre 1845, Kommandør af Dannebrog 1848 –, men bedst viste det sig, da Frederik VII besteg tronen, idet Schøller blev udnævnt til generaladjudant, dvs. var bestemt til at lede Armeens hele kommandovæsen. Øjeblikket, da han tiltrådte denne vigtige stilling, var skæbnesvangert. Schøller var ikke blind herfor og skjulte ikke for kongen og regeringen landets betænkelige militære stilling, men hans forslag til dens betryggelse trængte ikke igennem. Heller ikke hans før oprørets udbrud udarbejdede mobiliseringsplan blev fulgt, fordi den påbød indkaldelsen af reserven, der fornemmelig bestod af gifte folk, medens A.F. Tscherning ville indkalde rekrutter. Ved regeringsforandringen undslog Schøller sig for at overtage Krigsministeriet; han ville vedblive sin stilling som generaladjudant, fordi han – skønt han måtte opgive den egentlige krigsbestyrelse – også i den kunne gavne konge og land. 1850 blev Schøller generalmajor, 1856 generalløjtnant og samtidig kommanderende general i 3. Generalkommandodistrikt, dvs. Holsten-Lauenborg. Som sådan skuffede han ikke den tillid, der var vist ham. Overalt fremtrådte han som dansk general og dansk mand, men han forstod at undgå enhver foranstaltning, som uden nødvendighed kunne fremkalde misnøje hos den tyske befolkning. 1857 hædredes han med Dannebrogordenens Storkors; han var desuden indehaver af flere udenlandske høje ordener (1848 Storkors af Sværdordenen, 1853 Storkors af den Oldenborgske Hus- og Fortjenesteorden og 1858 dekoreret med St. Helena Medaillen). Efter nogen tids svagelighed døde han 17. juni 1863 i Kiel.