2016 folgte, wie 2015, ein dritter Platz bei den Deutschen Meisterschaften. An den Europameisterschaften in Amsterdam nahm Koubaa nicht teil, sie hatte die Norm um sieben Hundertstelsekunden verpasst, und Jana Sussmann erhielt den Startplatz. Bei der Normerfüllung für die Olympischen Spiele in Rio de Janeiro hatte sie es wieder spannend gemacht. Erst zwei Tage vor Ende der Frist zur Normerfüllung schaffte Koubaa beim "Flanders Cup" im belgischen Kortrijk die Vorgabe und blieb mit 9:38,11 min erstmals in ihrer Karriere unter 9:40 Minuten, was fast sieben Sekunden unter der Olympianorm sowie fast vier Sekunden unter ihrer vier Jahre alten Bestzeit war. Damit hatte Koubaa sich auch in der Jahresbestenliste auf den zweiten Platz vorgeschoben und wurde für die Teilnahme in Rio de Janeiro nominiert. Diesmal hatte Jana Sussmann das Nachsehen, da diese nun den vierten Platz belegte. In Rio belegte Koubaa mit einer weiteren persönlichen Bestleistung von 9:35,15 min den 27. Platz beim 3000-Meter-Hindernislauf.