In juni 1940, nog voor de capitulatie van Frankrijk, nam l’Humanité contact op met de Duitse bezetter met als doel de krant weer te laten verschijnen. De Franse Vichyregering verbood echter de verschijning, waarop de krant in de illegaliteit gepubliceerd werd. Tijdens de bezetting verschenen 383 nummers en na de Duitse aanval op de Sovjet-Unie werd de Résistance voluit gesteund. Talrijke medewerkers kwamen tijdens de Tweede Wereldoorlog om het leven, zoals Gabriel Péri en Lucien Sampaix. Vanaf 21 augustus 1944 kon de krant weer legaal verschijnen.