Unioni ajautui 1980-luvun puolivälissä vaikeuksiin, kun nopeasti kasvanut henkilökunta söi ison osan budjetista eivätkä jäsenvaltiot pystyneet maksamaan jäsenmaksujaan. Liberian ja Sierra Leone sisällissodat sekä jäsenvaltioiden taloudelliset vaikeudet rampauttivat unionin. Sen toiminta jäädytettiin 1991 ja seuraava kokous järjestettiin vasta 1994, jolloin käsiteltiin lähinnä turvallisuusasioita.