Siakam entschloss sich im Frühjahr 2016, die Hochschule zu verlassen und eine Profilaufbahn einzuschlagen. Im Draft-Verfahren der NBA im Juni 2016 sicherten sich die Toronto Raptors in der ersten Auswahlrunde an 27. Stelle die Rechte am Kameruner. In seiner NBA-Debütsaison 2016/17 stand Siakam in 55 Spielen auf dem Feld und erzielte im Schnitt 4,2 Punkte sowie 3,4 Rebounds pro Begegnung, während er auch in der Ausbildungsmannschaft Torontos in der NBA G-League bei den Raptors 905 zum Einsatz kam, mit denen er Meister wurde und als bester Spieler der Finalserie ausgezeichnet wurde.