Süle debütierte am 15. Oktober 2010 in der U16-Nationalmannschaft, die in Göttingen mit 3:2 gegen die nordirische Auswahl gewann. Sein erstes Länderspieltor erzielte er zwei Tage später in Baunatal beim 4:1-Sieg gegen den gleichen Gegner mit dem Treffer zum 2:0 in der 65. Minute. Er nahm mit der U17-Nationalmannschaft an der vom 4. bis 16. Mai 2012 in Slowenien ausgetragenen Europameisterschaft teil und bestritt dort vier Turnierspiele einschließlich des mit 4:5 im Elfmeterschießen gegen die Auswahl der Niederlande verlorenen Finales. Beim olympischen Fußballturnier vom 3. bis 20. August 2016 in Rio de Janeiro bestritt er alle sechs Turnierspiele. Das Finale gegen Brasilien wurde mit 4:5 im Elfmeterschießen verloren, wobei Süle seinen Elfmeter verwandelte. Am 1. November 2016 wurden ihm und seinen Mitspielern der Olympia-Auswahlmannschaft das Silberne Lorbeerblatt durch den Bundespräsidenten verliehen.