Erste internationale Erfahrungen sammelte Ehsan Mohajer Shojaei im Jahr 2002, als er bei den Juniorenasienmeisterschaften in Bangkok in 1:50,08 min den fünften Platz im 800-Meter-Lauf belegte. Im Jahr darauf gelangte er bei den Weltmeisterschaften nahe Paris bis in das Halbfinale und schied dort mit 1:47,71 min aus. Anschließend erreichte er bei den Asienmeisterschaften in Manila das Finale, konnte dort aber sein Rennen nicht beenden. 2004 wurde er bei den Hallenasienmeisterschaften in Teheran in 1:49,76 min Fünfter über 800 Meter und gewann im 800-Meter-Lauf in 3:56,06 min die Bronzemedaille hinter dem Bahrainer Rashid Ramzi und seinem Landsmann Sajjad Moradi. 2005 nahm er erstmals an der Sommer-Universiade in Izmir teil und belegte dort in 1:47,96 min den sechsten Platz über 800 Meter und erreichte im 400-Meter-Lauf das Halbfinale, in dem er aber nicht das Ziel erreichte. Anschließend konnte er bei den Asienmeisterschaften in Incheon seine Läufe über 800 und 1500 Meter nicht beenden, wurde aber mit der iranischen 4-mal-400-Meter-Staffel in 3:08,75 min Vierter. Im Jahr darauf nahm er an den Asienspielen in Doha teil und gewann dort in 1:47,43 min die Bronzemedaille hinter dem Bahrainer Yusuf Saad Kamel und Mohammad al-Azemi aus Kuwait.