בשנת 1792 שפייר נכבשה שוב, הפעם על ידי כוחות מהפכנים צרפתים, ושוב נבזזה הקתדרלה. במהלך המלחמות הנפוליאוניות (1803 עד 1815) שימשה הקתדרלה כאורוות וכמתקן לאחסון מספוא וחומרים אחרים. בשנת 1806 התכוונו הצרפתים להרוס את הבניין ולהשתמש בו כמקור לאבני בנייה, פעולה שנמנעה רק על ידי התערבות הבישוף של מיינץ, יוזף לודוויג קולמר. לאחר ניצחונותיו של נפוליאון בונפרטה על צבאות פרוסיה ורוסיה בקרבות גרוסגורשן וליצן בשנת 1813, הגיעו לשפייר כ-4,000 חיילים פצועים. לאחר קרב לייפציג היו עוד יותר והקתדרלה פעלה כבית חולים צבאי.