Neben seinem diakonischen und geistlichen Werk unterstützte Parthenios die griechischen Nationalisten während des Makedonienkonflikts 1903–1908 und im Ersten Balkankrieg. So unterstützte er zum Beispiel den Rebellenführer „Kapetan Matapas“ (eigentlich "Michail Anagnostakis"). Er engagierte sich als treuer Parteigänger des Patriarchats gegen die nationalen Bewegungen anderssprachiger Orthodoxer, besonders rumänischsprachiger. Damit zog er sich den Zorn der Osmanischen Herrscher zu, die forderten, ihn zu versetzen. Außerdem entkam er drei gegen ihn gerichteten Attentaten.