Kurz darauf wurde Imamura jedoch im November 1941 zur 16. Armee versetzt, die er während der Operation „J“ (japanische Invasion Javas) befehligte. Während der Invasion wurde der Transporter "Ryujo Maru", auf welchem sich Imamura befand, vor Java im Verlauf der Schlacht in der Sundastraße von einem Torpedo getroffen und versenkt. Es gelang Imamura jedoch, sich schwimmend an Land zu retten.