Mai convocato nella nazionale maggiore, Auer è stato tra i protagonisti del Campionato mondiale di calcio Under-20 2001, giocato in Argentina, piazzandosi, con 5 reti, al quarto posto assoluto nella classifica marcatori del torneo, alle spalle di Javier Saviola, Adriano e Djibril Cissé. Nella selezione Under-21 tedesca ha realizzato 15 reti in 23 gare ed è al terzo posto assoluto tra i marcatori di categoria, alle spalle di Pierre Littbarski (18) ed Heiko Herrlich (17).