Καθοριστική για την μετέπειτα πορεία του Μιαούλη υπήρξε η έλευση στην Ελλάδα, στις 18 Ιανουαρίου του 1828, του Ιωάννη Καποδίστρια, ο οποίος είχε οριστεί, ήδη από τον Μάρτιο του 1827, βάσει των αποφάσεων της Γ΄ Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας, Κυβερνήτης της Ελλάδος με θητεία επτά ετών. Ο Καποδίστριας αντικατέστησε τον Κόχραν, ο οποίος είχε φύγει κρυφά για το Λονδίνο, με τον Ανδρέα Μιαούλη. Η κύρια αποστολή που του ανατέθηκε ήταν η πάταξη της πειρατείας, η οποία ταλαιπωρούσε την ελληνική κυβέρνηση. Μέσα σε λίγους μόνο μήνες, ο Μιαούλης κατάφερε να καταστήσει ασφαλή τα ελληνικά χωρικά ύδατα από τους πειρατές.