Den Hauptstadt-Status auf Chiloé verlor Castro bei der Verlegung der Regierung nach Ancud (1788). Im Jahre 1907 lebten nur noch 1243 Einwohner in der Stadt. 1912 erhielt Castro einen Eisenbahnanschluss zur Stadt Ancud, der zu einem wirtschaftlichen Aufschwung führte. Beim Großen Chile-Erdbeben am 22. Mai 1960 wurde Castro stark beschädigt. Der Bahnhof und die Eisenbahnlinie nach Ancud wurden zerstört und nicht wieder aufgebaut. Auch das Rathaus der Stadt und viele der Stelzenhäuser fielen dem Erdbeben und dem anschließenden Tsunami zum Opfer. Zum Zeitpunkt des Erdbebens von 1960 hatte Castro 7000 Einwohner. Erst 1982 wurde Castro wieder die Hauptstadt der Insel.