Im Zweiten Weltkrieg wurde Zakynthos im April 1941 von italienischen Truppen besetzt. Nach der Kapitulation Italiens im September 1943 wurden die italienischen Streitkräfte von der deutschen Wehrmacht ersetzt. Die im Verlauf des Jahres 1944 von der deutschen Wehrmacht geplante Deportation von 275 Juden in Zakynthos wurde vom Bürgermeister von Zakynthos-Stadt Loukas Carrer und dem griechisch-orthodoxen Erzbischof von Athen Chrystostomos erfolgreich verhindert; sie setzten anstatt der Namen der jüdischen Bürger Zakynthos ihre beiden Namen auf die von der Besatzungsmacht geforderte Liste. Die deutsche Besatzungszeit endete im September 1944 mit dem allgemeinen Rückzug der Wehrmacht aus Griechenland. Im Rahmen des Griechischen Bürgerkrieges von 1946 bis 1949 war auch Zakynthos Schauplatz vom Kampfhandlungen.