Kirkko on rakennettu arviolta 1500-luvun alussa kaupungin ensimmäisen venetsialaisvallan aikana. Turkkilaisten vallattua kaupungin vuonna 1540 se muutettiin moskeijaksi. Rakennus palautettiin kirkoksi vuonna 1686 alkaneella toisella venetsialaiskaudella ja muutettiin moskeijaksi uudelleen toisella osmanikaudella. Kaupungin vapauttamisen vuonna 1822 jälkeen se muutettiin ortodoksiseksi kirkoksi. Kirkossa toimitettiin muun muassa monien Kreikan vapaussodassa kaatuneiden merkkihenkilöiden hautajaiset, mukaan lukien arkkipiispa Germanos (1824) sekä sotapäällikkö Dimítrios Ypsilántis (1832), joka on myös haudattu kirkkoon. Siellä pidettiin myös Ioánnis Kapodístriaksen hautajaiset vuonna 1831. Kirkosta tuli Náfplion katedraali vuonna 1834.