Defensiv mittfältare i franska landslaget, där han under 1980-talet utgjorde en berömd kvartett tillsammans med Michel Platini, Alain Giresse och Jean Tigana. Han gjorde landslagsdebut mot Nederländerna den 10 november 1982, och blev europamästare på hemmaplan två år senare. Det blev ännu en mästerskapsmedalj, då Frankrike tog brons vid VM i Mexiko 1986. Fernandez avslutade landslagskarriären efter det, för fransk del, misslyckade EM-slutspelet i Sverige 1992. Han hade då spelat 60 landskamper och gjort sex mål.