W związku z wybuchem konfliktu w Bośni, w latach 1994-1998 sprawował funkcję dyrektora planowania strategicznego i polityki Połączonych Sztabów w amerykańskim Departamencie Obrony. Do jego zadań należało zbieranie informacji o przebiegu oraz o sposobach rozwiązania konfliktu. W roku 1995 był wiodącym wojskowym negocjatorem w rozmowach pokojowych, które doprowadziły do zawarcia kończącego trzyletnią wojnę domową w Bośni i Hercegowinie pokoju w Dayton. W 1997 został głównodowodzącym wojskami NATO w Europie. Na czas jego dowodzenia siłami NATO w Europie przypadła eskalacja albańsko-serbskiego konfliktu o serbską prowincję Kosowo. Między 24 marca a 20 czerwca 1999 roku sprawował najwyższe dowództwo wojskowe w natowskiej operacji powietrznej Allied Force nad Federalną Republiką Jugosławii, zmuszającej Serbię do zakończenia wojny o tę prowincję. W 2000 roku przeszedł w stan spoczynku.