En la batalla de Chickamauga, en septiembre de 1863, las tropas de Wheeler guardaron el flanco izquierdo del enemigo, y cuando el ejército unionista derrotado se reagrupó en Chattanooga, las tropas de Wheeler fueron enviadas a una redada para destruir ferrocarriles y líneas de suministro unionistas. El 2 de octubre su redada en Anderson's Cross Roads destruyó más de 700 vagones de suministro unionistas, y Wheeler entró en McMinnville y capturó su guarnición de 600 hombres. Después de la batalla de Chattanooga, Wheeler cubrió la retirada del general Bragg y fue herido en el pie.