Waldheimin pääkriisialue oli kuitenkin Lähi-itä. Waldheim ja Yhdysvaltain ulkoministeri Henry Kissinger eivät tulleet keskenään toimeen Lähi-idän kysymyksen aikana. Kun palestiinalainen terroristijärjestö PFLP kaappasi lennolla olevan Air Francen koneen Pariisi–Tel Aviv-reitillä, Israel päätti itse vapauttaa panttivangit. YK väitteli, pitäisikö Israelin pelastusoperaatio tuomita. Waldheim valittiin uudelle kaudelle 1976. Vuonna 1980 Waldheim lensi Iraniin, jossa yli sataa yhdysvaltalaista pidettiin Teheranin suurlähetystössä panttivankina, neuvottelemaan heidän vapauttamisekseen. Ajatollah Khomeini kuitenkin kieltäytyi tapaamasta Waldheimia. Teheranissa ilmoitettiin, että Waldheimin henki olisi vaarassa.