Le ressentiment des catholiques fut un des facteurs de la rébellion irlandaise de 1641 et de la création de la Confédération irlandaise en 1642 avec le soutien du pape, qui aboutit finalement à la conquête de l'Irlande par Cromwell en 1649-1653. Après l'Act of Settlement de 1652, les catholiques ne purent plus être membres du Parlement irlandais, les plus riches d'entre eux eurent la plupart de leurs terres confisquées en vertu de la Loi sur les aventuriers et furent interdits de séjour dans les villes pendant une courte période. Pour les partisans de Cromwell, tous les catholiques étaient, à leur tour, des hérétiques. Le clergé catholique fut expulsé du pays et menacé de mise à mort sur le champ lorsque l'un de ses membres était découvert. Beaucoup durent assister à des offices célébrés sur des rochers dans les campagnes. Dix-sept martyrs catholiques de cette époque ont été béatifiés en 1992.