La Confédération irlandaise fut formée à la suite de la rébellion de 1641 à la fois pour contenir le soulèvement populaire et pour organiser l'effort de guerre irlandais catholique contre les troupes britanniques se trouvant en Irlande. En faisant ainsi, les Irlandais catholiques espéraient pouvoir empêcher la reconquête du pays par les troupes anglaises et écossaises. Cette initiative revint à l'évêque catholique Nicholas French et à un juriste Nicholas Plunkett. Ils présentèrent cette proposition de gouvernement à la noblesse irlandaise catholique, au vicomte de Gormanstown, au vicomte de Mountgarret et à Donagh MacCarthy, vicomte de Muskerry, qui mirent leurs troupes au service de la Confédération, et persuadèrent d'autres rebelles de se joindre à eux. Au moment de leur adhésion, les membres de la Confédération faisaient le serment de défendre la religion catholique, les droits du roi et la liberté de l'Irlande.