Il 22 giugno seguente passò al Napoli di Ferlaino e Maradona subito dopo la vittoria del primo scudetto, succedendo ad Italo Allodi. Insieme a Moggi arrivarono anche Francini e Careca, mentre si dimise Pierpaolo Marino dall'incarico di direttore generale spiegando che dopo la vittoria di uno scudetto tanto atteso era giusto ricercare nuovi stimoli altrove. A Napoli ottenne la Coppa UEFA nel 1989 e lo scudetto e la Supercoppa italiana nel 1990, prima di dimettersi il 14 marzo 1991 per incompatibilità con Ferlaino.