Von 1770 bis 1774 war er General-Intendant der russischen Admiralität unter Kaiserin Katharina der Großen. Als solcher trieb er verantwortlich den Ausbau der russischen Flotte voran, die erfolgreich im Russisch-Türkischen Krieg eingesetzt wurde. In der Seeschlacht von Çeşme vom 5. bis 7. Juli 1770 konnte der osmanischen Flotte eine vernichtende Niederlage durch die Kaiserlich Russische Marine beschert werden. Knowles wurde im Jahre 1774 auf eigenen Wunsch im Alter von 70 Jahren in den Ruhestand entlassen, nachdem am 21. Juli 1774 der Friede von Küçük Kaynarca geschlossen worden war.