১৯৯২ সালে তৎকালীন মহাসচিব বুত্রোস বুত্রোস ঘালি ডিপার্টমেন্ট অফ পিসকিপিং অপারেশনস (ডিপিকেও) চালু করার পর প্রধান হিসেবে আন্ডার সেক্রেটারি জেনারেল ম্যারাক গোল্ডিং এবং তার ডেপুটি বা সহকারী হিসেবে আনানকে নিয়োগ দেয়া হয়। পরবর্তীতে ১৯৯৩ সালের মার্চে আনান গোল্ডিংয়ের পদে উন্নীত হন। তার এই শান্তিরক্ষা-প্রধানের পদে থাকার সময়কালেই সোমালিয়ার যুদ্ধ হয় যেখানে জাতিসংঘ শান্তিরক্ষা মিশন চরমভাবে ব্যর্থ হয় এবং সংঘটিত হয় রুয়ান্ডার গণহত্যা (১৯৯৪)। ১৯৯৫ সালের ২৯শে আগস্ট মহাসচিব বুত্রোস ঘালি যখন উড়োজাহাজে ছিলেন বলে তার সাথে যোগাযোগ করা সম্ভব হচ্ছিল না, কফি আনান জাতিসংঘ কর্মচারীদেরকে "বসনিয়ায় বিমানহামলার বিরুদ্ধে তাদের ভেটো দেয়ার ক্ষমতা সীমিত সময়ের জন্য বন্ধ রাখতে" নির্দেশনা দিয়েছিলেন। এর ফলে ন্যাটো তাদের অপারেশন ডেলিবারেট ফোর্স পরিচালনের সুযোগ পায় এবং আনান যুক্তরাষ্ট্রের সুনজরে আসেন। রিচার্ড হলব্রুকের মতে, আনানের "সাহসী উদ্যোগে" যুক্তরাজ্যে আশ্বস্ত হয় যে বুত্রোস ঘালির পরিবর্তে তিনিই উপযুক্ত লোক হবেন।