En 1998, Orlando Hernández signe un contrat avec les Yankees de New York, avec qui il joue son premier match dans les Ligues majeures de baseball le 3 juin. Sa tenue est impeccable à cette première année alors qu'il remporte 12 victoires en 21 départs, n'encaissant la défaite qu'en quatre occasions. Sa moyenne de points mérités se chiffre à un excellent 3,13 et il enregistre 131 retraits sur des prises en 141 manches lancées. Il termine quatrième au vote déterminant la recrue de l'année de la Ligue américaine. Il fait ses débuts en séries éliminatoires le 10 octobre à Cleveland alors qu'il blanchit les Indians en sept manches et mérite la victoire dans un gain de 4-0 qui permet aux Yankees d'égaler la Série de championnat de la Ligue américaine. Le 18 octobre, le lanceur partant se voit confier la balle pour le second affrontement de la Série mondiale 1998 entre New York et San Diego au Yankee Stadium. Il est le lanceur gagnant dans la victoire des Yankees, qui balaient la série finale de quatre parties pour remporter le titre mondial.