En ocasión del golpe de estado de Argentina, el 24 de marzo de 1976, alentó y apoyó a la Junta Militar a que tomara el poder. Lo han acusado de complicidad y del estímulo en la eliminación y desaparición sistemática de miles de personas cometidas por la [Junta Militar de Argentina]] del autodenominado proceso de reorganización nacional o ""guerra sucia" según han denominado varios historiadores. La aceptación de la "guerra sucia"" argentina por parte de Kissinger (quien en aquel momento era Secretario de Estado de Estados Unidos) ha sido confirmada oficialmente por archivos desclasificados el Archivo Nacional de Seguridad de los Estados Unidos ("The National Security Archive"). En estos archivos se confirma de Kissinger, entre otras frases hacia la Junta militar en referencia a la guerra sucia: