Nach dem Scheitern wurde der Umbau der Mannschaft für die bevorstehende Heim-WM vorangetrieben und Podolski wurde regelmäßig in der Nationalmannschaft eingesetzt. Bei einer Asienreise des Teams Ende 2004 gab er gegen Japan sein Startelfdebüt und erzielte am 21. Dezember gegen Thailand seine ersten beiden Tore für Deutschland. Am FIFA-Konföderationen-Pokal 2005 in Deutschland nahm er als Stammspieler teil und schoss in vier Spielen drei Tore. Nach dem Turnier erzielte er in einem Länderspiel gegen Südafrika drei Tore selbst und legte den vierten Treffer auf. Danach war er in allen WM-Vorbereitungsspielen Stammspieler. Bei der WM 2006 kam er in jedem Spiel der deutschen Mannschaft zum Einsatz und schoss drei Tore. Die technische Kommission der FIFA wählte ihn danach zum besten jungen Spieler der WM, noch vor so prominenten Spielern wie Lionel Messi (Argentinien) oder Cristiano Ronaldo (Portugal). Mit 21 Jahren hatte er bereits 16 Länderspieltore erzielt, was zuvor keinem anderen Spieler in diesem Alter gelungen war.