S-a alăturat Armatei Revoluționare Franceze în tinerețe, avansând în ierarhia militară înainte de a deveni un susținător al lui Napoleon Bonaparte. Sébastiani a fost trimis al Consulatului Francez în Levant, elaborând planuri pentru recucerirea Egiptului Otoman și îndeplinind mai târziu funcția de ambasador al Imperiul la Sublima Poartă. În aceasta din urmă calitate, a încercat să crească influența franceză și a semnalat activitățile pro-ruse din Principatele Dunărene, provocând astfel Războiul Ruso-Turc din 1806-1812. În 1807 Sébastiani a organizat apărarea Constantinopolului în timpul Operațiunii Dardanele. Rechemat din cauza presiunilor britanice după răsturnarea de la putere a sultanului Selim al III-lea, el a participat la Războiul Peninsular și a locuit în Alhambra, a luat parte la Campania din Rusia și a apărat regiunea Champagne în fața a celei de-a Șasea Coaliții.