Il 27 maggio 2017 la "Dea" batte per 1-0 il Chievo, e il giorno successivo la Lazio perde per 3-1 in casa del Crotone; in virtù di ciò gli orobici sorpassano i biancocelesti, conquistando così il 4º posto valido per la qualificazione ai gironi della UEFA Europa League 2017-2018, dalla quale uscirà ai sedicesimi di finale per mano del Borussia Dortmund (3-2, 1-1) dopo aver vinto il girone con 14 punti, 3 in più dell'Olympique Lione. Dalla Coppa Italia viene eliminato in semifinale dalla Juventus (l'anno prima sempre i bianconeri lo avevano eliminato agli ottavi) mentre in campionato arriva 7º.