Nach der Parlamentswahl 2002 wurde Medwedtschuk zum Leiter der Präsidialverwaltung von Leonid Kutschma ernannt. In dieser Funktion galt er zur damaligen Zeit als einer der mächtigsten Männer der Ukraine, dem ein großer Einfluss auf Kutschma zugeschrieben wurde. Vor und während der Orangen Revolution infolge der Präsidentschaftswahl 2004 war er einer der Gegenspieler des Präsidentschaftskandidaten Wiktor Juschtschenko.