Η μονή αναφέρεται από τον Πάπα Ιννοκέντιο Γ΄ μετά την Τέταρτη Σταυροφορία, αλλά φαίνεται πως παρέμενε υπό τον έλεγχο των Ορθοδόξων, ενώ άλλες εκκλησίες και μονές είχαν καταληφθεί από τους Λατίνους κληρικούς. Μια επιπλέον, σήμερα εγκαταλελειμμένη μονόκλιτη εκκλησία, χτίστηκε νοτιοδυτικά κατά τη διάρκεια της Φραγκοκρατίας. Όταν, οι Οθωμανοί κατέλαβαν την Αττική το 1458, ο σουλτάνος Μωάμεθ Β΄ πήγε στη μονή και σύμφωνα με τον Ιάκωβο Σπων (1675), έναν γάλλο γιατρό από τη Λυών, του δώθηκε το κλειδί της πόλης.