Shinseki efterträdde 1999 Dennis Reimer som USA:s arméstabschef under Bill Clintons tid som president. Under George W. Bushs presidenttid uppstod spänningar mellan Shinseki och det civila ledarskapet i Pentagon. Shinseki höll med Colin Powells inställning att om en militär insats genomfördes skulle den vara överväldigande i storlek, hastighet och styrka. Denna uppfattning kom på kollisionskurs med försvarsminister Donald Rumsfeld och hans rådgivare Paul Wolfowitz som förespråkade insatser med ett "litet fotavtryck" baserat på uppfattningen att avancerad teknik och precisionsstyrda vapen gjorde stora styrkor av traditionellt infanteri föråldrade. Omedelbart före Irakkriget 2003 blev denna åsiktsskillnad offentlig då Shinseki inför vittnade om att en invasion av Irak skulle kräva flera hundra tusen soldater och att en ockupation efter kriget skulle väcka upp etniska spänningar som kunde leda till andra problem. Dessa uttalanden tillbakavisades av Rumsfeld och Wolfowitz, och Shinseki gick i pension några månader senare under 2003, och efterträddes då som arméchef av Peter Schoomaker.