В 1878 году Иоганн Сальватор участвовал в Боснийском походе, когда претворено было в жизнь постановление Берлинского конгресса об австро-венгерской оккупации Боснии и Герцеговины. В 1879 году стал дивизионным командиром. Его брошюра: «Дрессировка или воспитание» («Drill oder Erziehung», 3 изд., Вена, 1883) вызвала неудовольствие в высших сферах, и он был переведён в Линц; ещё менее понравилась Францу-Иосифу его кандидатура на Болгарский престол (1886 год).