Erfolgreich verlief das Jahr 2017: Bei den Asienmeisterschaften konnte Niwa unter anderem Xu Xin besiegen und so nicht nur im Doppel- und Mannschaftswettbewerb, sondern auch im Einzel Bronze gewinnen. Bei der Weltmeisterschaft gewann er wieder Bronze im Doppel und erreichte nach Siegen unter anderem über Dimitrij Ovtcharov das Einzel-Viertelfinale, seine bis dahin beste WM-Platzierung. Dadurch rückte er in der Weltrangliste auch zum ersten Mal in die Top 10 vor. Beim World Cup kam er wieder ins Viertelfinale, in der Weltrangliste vom November belegte er Platz 5, was eine neue Bestmarke darstellte. Bei der WM 2018 war er Teil des japanischen Teams, das als amtierender Vize-Weltmeister antrat, in der Gruppenphase aber überraschend gegen England und im Viertelfinale gegen Südkorea verlor und somit ohne Medaille ausschied.