Im Frühjahr 1941 absolvierte Xenofontow weitere Fortbildungskurse für Führungskräfte an der Akademie des Generalstabs der Roten Armee und befehligte ab dem 3. Juni 1941 das 22. Schützenkorps der 27. Armee im Verband des Baltischer Sondermilitärbezirk (Nordwestfront). Am Morgen des 22. Juni 1941 gingen die Armeen der deutschen Heeresgruppe Nord in der Schlacht um das Baltikum in die Offensive. Das 22. Schützenkorps verlor vorübergehend den Kontakt zur 11. Armee (General W. I. Morosow) und musste sich über Kaunas und Wilna nach Pskow zurückziehen. Mitte Juli drang die deutsche 4. Panzerarmee in den Raum Schimsk und Luga vor. Bei der Gegenoffensive der 11. Armee vom 14. bis 18. Juli in den Distrikten Utorgosch und Dno nach Solzy konnten die deutschen Truppen fast 40 Kilometer nach Westen zurückgedrängt werden.