En 1990, alors que les roumanophones moldaves revendiquent la réunification avec la Roumanie et la fin du communisme soviétique, des émissaires des cercles conservateurs soviétiques convainquent Stepan Topal, le leader de la communauté, de proclamer unilatéralement une "République de Gagaouzie" dont la revendication essentielle est de rester membre de l'URSS au cas où la Moldavie s'en détacherait (la République gagaouze ne s'étend qu'en Moldavie, alors qu'il y a également des villages à majorité gagaouze en Ukraine, juste de l'autre côté de la frontière). Effectivement, lorsque le 19 août 1990 , la Moldavie proclame son indépendance, Stepan Topal et l'assemblée des soviets ruraux à majorité gagaouze proclament également la leur. Mais entre-temps les dirigeants ex-soviétiques ont renoncé à l'idée de maintenir l'URSS, et alors que la Moldavie est internationalement reconnue, même par la Russie, la République de Gagaouzie n'est reconnue par personne, et se retrouve isolée. Or, contrairement à la Transnistrie (qui avait suivi la même politique), la Gagaouzie ne disposait d'aucun atout industriel ou stratégique : ni centrale hydroélectrique, ni usines d'armement, ni contrôle des voies de communication vers Odessa. Son seul atout économique était l'exportation de tabac. Aussi, Stepan Topal, contrairement à son homologue transnistrien Igor Smirnov, dut-il renoncer à l'indépendance et accepter un statut d'autonomie au sein de la Moldavie.