בודיאף לא זכה לשמש בתפקידו זמן רב, ונרצח בהתנקשות על ידי שומרי ראשו ביוני 1992. ואלג'יריה נפלה שוב תחת השלטון הישיר של הצבא. המפלגה נשארה באופוזיציה לממשלה בזמן מלחמת האזרחים באלג'יריה. אחרי שהוחזרה הדמוקרטיה בצורה חלקית ב-1995, אורגנו בחירות לנשיאות, שלא זכו כלל להתייחסות של האופוזיציה. FLN, כמו FIS ו-FFS, קראו להימנעות. ב-16 בנובמבר 1995, נבחר הגנרל ליאמין זרואל לנשיא הרפובליקה, והיה הראשון בתולדות אלג'יריה שנבחר בבחירות דמוקרטיות וגם זכה לכהן כנשיא. FLN נשארה מחוץ לשלטון, וחתמה עם עוד שישה הרכבים פוליטיים את הפלטפורמה של רומא, המבקרת את השלטון הצבאי והצורה שבה ניהל את המשבר שנוצר בזמן מלחמת האזרחים. למרות זאת, לאחר ויכוחים פנימיים רבים, העמדה הרשמית של המפלגה עברה לתמיכה בנשיאות.