Роден е на 10 септември 1928 година във Виена, Австрия. След Аншлуса с Германия през 1939 г., Ото Кернберг със своето семейство от еврейски произход напуска Австрия заради престъпленията на нацисткия режим и емигрира в Чили. Там той първоначално следва биология и медицина, а впоследствие психиатрия и психоанализа при чилийското психоаналитично дружество.