В сентябре 2000 года Такахара был включён в состав сборной Японии для участия в Олимпийских играх в Сиднее. Он выходил на поле во всех матчах сборной и забил три гола, в том числе в четвертфинальной встрече. В октябре 2000 года Такахара играл на Кубке Азии и в пяти матчах забил пять голов. Сборная Японии выиграла турнир. В 2002 году Такахара пропустил домашний чемпионат мира по футболу из-за болезни лёгких.