W 1999 roku Morales został powołany przez szkoleniowca Jesúsa del Muro do reprezentacji Meksyku U-20 na Młodzieżowe Mistrzostwa Świata w Nigerii. Tam pełnił rolę podstawowego zawodnika swojej drużyny, rozgrywając wszystkie możliwe pięć spotkań, z czego cztery w wyjściowym składzie, jednak ani razu nie wpisał się na listę strzelców. Meksykanie, mający wówczas w składzie przyszłych wielokrotnych reprezentantów kraju, jak Rafael Márquez, Gerardo Torrado czy Juan Pablo Rodríguez, z bilansem dwóch zwycięstw i remisu zajęli pierwsze miejsce w grupie, następnie rozgromili w 1/8 finału faworyzowaną Argentynę (4:1), po czym odpadli z młodzieżowego mundialu po ćwierćfinałowej porażce z późniejszym finalistą – Japonią (0:2).