Pierwotnie został pochowany na cmentarzu w Rużomberku 22 sierpnia 1938. Informacja o planowanym czasowym pochówku w rodzinnym mieście została podana jeszcze przed pogrzebem. Później szczątki Hlinki przeniesiono do nowo wybudowanego mauzoleum w tym mieście. W 1944 (lub w 1945) ciało przeniesiono w nieznane miejsce w związku z obawami, iż może być zniszczone przez wkraczającą Armię Czerwoną (według innej wersji w czasie Słowackiego Powstania Narodowego mauzoleum próbował zniszczyć partyzancki samolot). Do dzisiaj nie wiadomo, gdzie znajdują się szczątki Andreja Hlinki.