Com a carreira de jogador encerrada, N'Kono passou a ser treinador de goleiros da seleção camaronesa, tendo trabalhado até 2003. Em 2002, envolveu-se numa polêmica: na semifinal da Copa Africana de Nações daquele ano, entre Camarões e Mali, o ex-goleiro foi acusado de praticar magia negra e foi preso.