Nella stagione 2000-2001 è tornato al Milan per fare una sola presenza in campionato, il 1º novembre 2000, nella partita -Milan 2-0, e altre 6 in Champions League. Nell'ottobre 2000 il brasiliano è stato coinvolto nello scandalo passaporti perché trovato in possesso di un falso passaporto portoghese procuratogli dall'agente FIFA Edinho. Anche se Dida era stato tesserato come extracomunitario, la situazione è stata prontamente denunciata dall'amministratore delegato del Milan, Galliani, e il portiere è stato condannato a 7 mesi sospesi con la condizionale.