Mit dem Ausbruch des zweiten Tschetschenienkrieges übernahm Munjaew die Hauptverantwortung für die Verteidigung der tschetschenischen Hauptstadt. Während der Schlacht um Grosny bediente sich die von Munajew befehligten Einheiten der gezielten Guerillataktik gegen russische Truppen. Sie organisierten unter anderem Hinterhaltangriffe, sprengten die Militärfahrzeuge in die Luft und setzten Minenexplosionen unter den russischen Linien.