وقد حدث أكثر الصراعات العسكرية تدميرًا في أفريقيا المستقلة الحديثة خلال حرب الكونغو الثانية. بحلول عام 2008، كان هذا الصراع وتوابعه قد تسببوا في مقتل 5,4 مليون نسمة. منذ عام 2003 كانت هناك صراعات جارية في دارفور التي أصبح كارثة إنسانية. ويعدّ الإيدز (مرض نقص المناعة المكتسبة) من الأمور الشائعة أيضاً في أفريقيا ما بعد الاستعمار.