Der Glanz der vollendeten Fresken dauerte nicht lange. Schon 1527, beim Sacco di Roma, wurden sie von protestantischen Landsknechten schwer beschädigt: Gesichter ausgekratzt, die die Söldner für die von Päpsten hielten, Inschriften in die bemalten Wände geritzt, so der Name Luthers oder "V K imper" (soll heißen: ). Diese Details traten bei der letzten Restaurierung 1999–2001 zutage, die nicht nur Schmutz und Übermalungen beseitigte, sondern auch Schäden, die von alten Restaurierungen herrührten. Die Stanzen waren bald nach dem Sacco di Roma von Malern, die für die Päpste arbeiteten (darunter Sebastiano del Piombo), notdürftig restauriert worden.