Noin 200 juutalaista taisteli Viron itsenäisyyssodassa. Itsenäisessä Virossa juutalaiset saivat kulttuuri-autonomian vuonna 1925. Juutalaisia oli tuolloin 3 045 ja kulttuurisen autonomian saamiseen vähemmistö tarvitsi tasan 3 000 henkilöä. Tallinnaan, Tarttoon ja Viljandiin perustettiin juutalaisia kouluja, joissa kävi yhteensä 352 oppilasta. Vuoden 1934 väestönlaskennan mukaan Virossa oli 4 381 juutalaista, joista 2 203 asui Tallinnassa, 920 Tarttossa, 262 Valgassa, 248 Pärnussa, 188 Narvassa ja 121 Viljandissa.