Helmikuussa 1943 Messe siirrettiin komentamaan italialais-saksalaista panssariarmeijaa. Messe komensi Italian 1. armeijaa akselivaltojen vastahökkäyksessä, joka hidasti liittoutuneiden etenemistä. Messe lähetti briteille viestin, jossa hän kertoi antautuvansa vain britannialaisille joukoille, koska ranskalaisten oli kerrottu kohtelevan sotavankeja epäinhimillisesti. Hieman myöhemmin Hans-Jürgen von Arnim ja hänen joukkonsa antautuivat briteille, mutta italialaiset eivät suostuneet antautumaan ja jatkoivat taistelemista. Italaisjoukot kärsivät taisteluissa kovia tappioita, kunnes Mussolini lähetti Messelle kirjeen 12. toukokuuta, jossa tämä ylensi hänet sotamarsalkaksi ja käski tätä lopettamaan taistelu. Seuraavana päivänä italialaisjoukot antautuivat ja Messe jäi sotavangiksi. Hänet vietiin Britanniaan kuulusteltavaksi. Vuonna 1943 Italia antautui, ja syyskuussa Messe komensi joukkoja, jotka taistelivat saksalaisia vastaan. Messe komensi liittoutuneiden puolella taistelleita italialaisjoukkoja vuoden 1945 toukokuuhun asti. Messe toimi sotamarsalkkana sodan jälkeen, kunnes jäi eläkkeelle 27. maaliskuuta 1947.