La Marina ha partecipato ampiamente alla lotta al terrorismo prendendo parte, oltre che con il battaglione San Marco, con le sue unità navali alle operazioni "Active Endeavour" nel Mediterraneo, Antica Babilonia nel golfo Persico, Enduring Freedom nel golfo Persico e nell'oceano Indiano e partecipando alla lotta alla pirateria ed in difesa dei traffici marittimi e della libertà di navigazione nella zona del corno d'Africa e del golfo di Aden. Tutte le principali unità della Marina Militare hanno preso parte a queste missioni.