Det russiske kejserdømmes magtovertagelse og grundlæggelsen af byen Sankt Petersborg i 1703 påvirkede Helsinki mærkbart. Den Store Ufred gik hårdt ud over byens indbyggere: i 1710 kom pesten, som dræbte størstedelen af befolkningen. I 1713 brændte den russiske hær byen ned, og til sidst belejrede de russiske tropper Helsinki i 1713-1721. Byen udvikledes ikke efter krigen. Efter Sverige havde tabt Hamina-fæstningen i den russisk-svenske krig (1741-1743) til Rusland, begyndte man at bygge en stor, ny søfæstning uden for Helsinki. Planerne for Suomenlinna, på svensk "Sveaborg", blev lagt af grev Augustin Ehrensvärd, og bygningsarbejdet øgede byens indbyggertal kraftigt, og flere huse og herregårde blev grundlagt omkring byen.