Brigada lui Weber a fost prima care a atacat Drumul Afundat în timpul bătăliei de pe Antietam. Brațul drept i-a fost grav rănit în nefastul atac asupra pozițiilor Confederației. Rana l-a obligat pe Weber să facă muncă de birou tot restul conflictului. În 1863, el avea sarcini administrative la Washington, DC. A servit apoi sub comanda gen. și a generalului în Valea Shenandoah în 1864. A fost comandantul garnizoanei și a respins raidul lui din 4-7 iulie.