Nachdem Stepinac das Abitur abgelegt hatte, wurde er 1916 zum Kriegsdienst in der österreichisch-ungarischen Armee eingezogen. Er wurde an der Isonzo-Front eingesetzt. Ende 1918 aus dem Krieg zurückgekehrt, besuchte er zunächst die Landwirtschaftsschule in Zagreb, wo er kurze Zeit Agrarwissenschaften studierte. In dieser Zeit verlobte er sich mit Marija Horvat, der Tochter eines seiner Lehrer in der Volksschule, doch die Braut löste das Eheversprechen. 1924 wechselte Stepinac dann an die Päpstliche Universität Gregoriana. Er studierte die Fächer Katholische Theologie und Philosophie, promovierte in beiden Disziplinen und empfing am 26. Oktober 1930 in Rom die Priesterweihe. Anschließend wirkte er als Seelsorger in Zagreb und versah zugleich die Aufgabe des Offizials bei der Diözesankurie. 1931 begründete Stepinac die Diözesan-Caritas im Erzbistum Zagreb.