Kun Neuvostoliiton valta alueella hiipui 1980-luvulla, armenialaisten ja azerien väliset yhteenotot lisääntyivät. Paikallishallinto halusi liittyä Armeniaan ja julisti maan irti Azerbaidžanista 1988. Armenialaiset ja azerit karkottivat toisiaan. Neuvostoliiton hajoamisen jälkeen vuonna 1991 Vuoristo-Karabah julistautui itsenäiseksi tasavallaksi. Neuvostojoukkojen lähtö kiihdytti 1980-luvulla alkaneen konfliktin täydeksi sodaksi vuonna 1992. Sodassa arviolta 20 000–30 000 ihmistä menetti henkensä. Armenialaiset joukot onnistuivat saamaan alueen hallintaansa. Armenialaiset myös miehittävät Azerbaidžanin alueita Vuoristo-Karabahin ulkopuolelta ja loivat näin maayhteyden Karabahin ja Armenian välille. Vuonna 1994 osapuolet suostuivat aselepoon.. Rauha jäi solmimatta ja ajoittainen rajakahakointi jatkui. Azerbaidžan on ajoittain uhannut liittää alueen takaisin itseensä. Vuonna 2020 Azerbaidžan aloitti sodan, jossa se valtasi suuren osan Vuoristo-Karabahia itselleen.