En début de saison, sa série de rencontres consécutives avec dix passes ou plus est interrompue lors d'une rencontre contre les Nets de Brooklyn : il est expulsé peu avant la fin de la première mi-temps après une altercation avec Kris Humphries. Sa série de trente-sept rencontres consécutives constitue le deuxième total de l'histoire de la ligue, derrière les quarante-six de Magic Johnson. La saison compliquée des Celtics prend un tournant des plus dramatiques. Rajon Rondo, blessé contre les Hawks, doit se déclarer forfait pour la rencontre suivante du contre le Heat de Miami. Il annonce souffrir d’une rupture du ligament croisé antérieur du genou droit, synonyme d'une fin de saison. Peu avant d'être désigné dans le cinq de départ du All-Star Game 2013 par le vote des fans, il est finalement remplacé par Brook Lopez. Rondo présente alors des statistiques de 13,7 points, 11,1 passes, 5,6 rebonds et 1,8 interception de moyenne. Il est le meilleur passeur de la ligue, conservant cette première place au terme de la saison. Lors de ses deux dernières rencontres, il réussit ses vingt-septième et vingt-huitième triple-double en carrière. Il réussit cinq triple-doubles sur la saison, et malgré son absence, termine au premier rang du nombre de réussite sur la saison.