以军入侵黎巴嫩的第五次中东战争过后，叙利亚军队入驻黎巴嫩，在黎部分领土上实施军管，卡纳安于1982年转任叙利亚驻黎巴嫩军事情报机构负责人直到2002年，任职长达20年。在此期间，他使叙利亚获得了对黎巴嫩事务的绝对影响力，并通过外交、贿赂和武力相结合的方式逐步制服交战的黎巴嫩各派武装。在1980年代，他成功地与原先反对叙利亚的主要的基督徒民兵组织黎巴嫩力量、包括埃利·霍贝卡和萨米尔·贾贾建立了合作关系。2000年以色列从南黎巴嫩撤军后，卡纳安在该地区扩大了叙利亚的影响，并支持真主党接管该地区。卡纳安通过干涉黎巴嫩1992年、1996年和2000年三次选举，完全确立了叙利亚在黎巴嫩的影响力。作为叙政府代表，他否决了反叙候选人，敦促黎各派政治领袖在候选人名单中加入亲叙人士，并在一些选区平衡了世俗与宗教候选人的人数。另一方面黎巴嫩安全总局局长贾米勒·赛义德经常绕过黎当局文职领导人，直接向卡纳安汇报情况。卡纳安成为该时期黎巴嫩最有权势的人，他有权下令逮捕和无限期拘留任何人。