В годы перестройки, агрессии Армении против Азербайджана, начала армяно-азербайджанского, нагорно-карабахского конфликта, Искендер Ахундов находился в ряду представителей азербайджанской интеллигенции, неравнодушных к происходящим событиям, выступавших с обличающими публикациями и статьями в периодической печати. Он — автор многочисленных статей на эту тему, публиковавшихся на страницах центральных республиканских газет и неизменно вызывавших широкий общественный резонанс.