Інший іноземний тренер, чорногорець Вожо Гардашевич, запрошений Федерацією в 1997 році на один рік, але потім контракт з фахівцем було продовжено ще на три роки. Він був прихильником суворої дисципліни, і ця дисципліна допомагає збірній вибороти бронзові нагороди на Іграх островів Індійського океану 1998 року. Під його керівництвом збірна також дебютувала у кваліфікації до Чемпіонату світу. У своєму першому матчі у кваліфікаціях до ЧС Сейшели зіграли в нічию з Намібією. Вожо Гардашевич залишив свій пост в 2001 році і був замінений в травні 2002 року французьким тренером Домініком Базенаєм, колишнім гравцем національної збірної та фіналістом кубку європейських чемпіонів у складі Сент-Етьєну. Він намагався прищепити збірній новий стиль гри, який допоміг команді здобути першу в своїй історії перемогу в кваліфікації до Кубку африканських націй 2004 року проти Еритреї з рахунком 1:0. Його контракт, який було розраховано на шість місяців, Федерація вирішила не продовжувати,