Les regions orientals de la república, amb la vall de Fergana, foren el centre del suport a l'emir i d'oposició al comunisme. Aquestos rebels es van anomenar basmatxis i van mantenir una resistència extraordinària, doncs encara que el 1928 gairebé havien estat eliminats, algunes partides van aguantar-ne fins a 1936. El 1924 s'hi van suprimir els tribunals religiosos.