Diplômé en Histoire (Panthéon-Sorbonne) et en sciences politiques (Sciences-Po Rennes), Jean-Louis Pérez intègre rapidement l’agence CAPA, en 2000, où il s’occupe d'abord de la rédaction en chef des reportages pour l’émission « On aura tout lu » présentée par Paul Amar et diffusée sur France 5. En 2003, il rejoint au sein de la rédaction de CAPA, l’équipe du Vrai Journal de Canal+, présenté par Karl Zéro. Il réalise alors de nombreux reportages politiques et enquêtes sur des sujets aussi variés que la présence des néo nazis en France, les avions prisons de la CIA ou les scandales politico-financiers dans le département des Hauts-de-Seine. Jean Louis Pérez participe ensuite au lancement de l’émission Dimanche+. Pour l’agence CAPA, il collabore également à l’émission Spécial investigation diffusée sur CANAL+. En 2010, il quitte CAPA. Il travaille notamment pour Premières Lignes, où il réalise de nombreuses enquêtes et films documentaires pour France 3, Canal+ et ARTE. En 2014, il est l'auteur, aux éditions du Seuil, d'un ouvrage : « Anne Lauvergeon, le pouvoir à tout prix », première biographie non autorisée de l'ancienne présidente d'Areva, Anne Lauvergeon. Le livre est une plongée au cœur du scandale Areva.