2008년 7월 2일 다니 아우베스는 4년 계약을 맺으며 FC 바르셀로나로 이적하였다. 이적료는 2,300만 파운드로 알려졌으며, 이는 수비수 역사상 가장 비싼 이적료이자, 바르셀로나 역사상 세번째로 비싼 이적료였다. 2008년 8월 13일 UEFA 챔피언스리그 비스와 크라쿠프와의 경기에 출전하여, 바르셀로나에서의 첫 출전을 기록하였다. 8월 31일 CD 누만시아와의 경기에 출전하며, 바르셀로나에서의 첫 라리가 경기를 치렀다. 팀은 2009 UEFA 챔피언스리그 결승전에 올랐으나, 다니 아우베스는 경고 누적 징계로 인해 결승전에 뛰지 못하였다. 이 시즌에 팀은 라리가와 코파 델 레이, 챔스를 우승하며 트레블을 달성하였다. 이후 12월에 치러진 FIFA 클럽 월드컵에서도 우승을 차지했다.