Riassunse poi l'incarico ministeriale il 29 luglio 1854, proprio durante il periodo della Guerra di Crimea, che vide la Grecia neutrale tra i due schieramenti, anche se prevalevano le correnti anti - turche che vedevano nell'entrata in guerra del Paese una possibilità per recuperare i territori ancora sotto influenza ottomana. Queste aspirazioni erano alimentate dalla corte reale, in disaccordo con il ministero liberale che era di tendenze anglofile. Il risultato fu che Francia e Inghilterra, per ritorsione, bloccarono con le loro flotte il porto ateniese de Il Pireo, per evitare l'entrata in guerra del regno ellenico a fianco della Russia. Il suo governo fu chiamato "Governo d'occupazione", perché dovette concedere che le truppe francesi sbarcassero nel porto, installandovi una guarnigione. Attaccato sia per questo sia per la sua politica conciliante verso l'Inghilterra, Mavrokodatos si dimise l'11 ottobre 1855, ritirandosi a vita privata sull'isola di Egina, dove morì il 18 agosto 1865, a 74 anni.