Il reprend du service le 12 janvier 1812 en étant chargé de commander le dépôt de cavalerie de Hanovre. Pendant la retraite de Russie, il se trouve à Vilna et traverse la Bérézina aux côtés de l'Empereur. Le 17 décembre suivant, il dirige le dépôt de cavalerie de Königsberg, puis ceux de Hanovre et de Brunswick en janvier 1813. Il est alors chargé de réorganiser à Berlin toute la cavalerie française. Il est placé à la tête des dépôts de Magdebourg le 19 mars 1813 ; bloqué par le siège de cette ville, il ne rentre en France qu'en juillet 1814. La Première Restauration lui octroie le 19 de ce mois la croix de chevalier de l'ordre de Saint-Louis et l'inspection générale du arrondissement de cavalerie le janvier 1815. Lors des Cent-Jours, le général Bourcier est nommé le 12 avril à la tête du dépôt des remontes de Versailles, où il remplace le général Préval : à ce titre, il est chargé de sélectionner des destriers pour l'armée française. Napoléon, qui doit absolument recueillir des montures en quantité suffisante pour sa cavalerie, est déçu par le travail de l'officier français qui rejette de nombreux chevaux car il suit des critères de sélection relativement stricts.