Sua primeira convocação foi para a seleção brasileira juvenil e posteriormente foi incluída na seleção principal. Com a seleção brasileira, ela foi vice-campeã do Campeonato Panamericano de 2009 no Chile. Consagrou-se campeã do mesmo torneio em 2011 no Brasil e 2013 na República Dominicana, sendo a artilheira da competição, com 55 gols marcados. Esteve com a seleção nos Jogos Pan-Americanos de 2011 em Guadalajara. Lá ganhou a medalha de ouro e contribuiu marcando cinco gols na final contra a Argentina. Ficou em sexto lugar nas Olimíadas de Londres em 2012. No ano de 2013, foi campeã da Provident Cup na Hungria e campeã do Sul-Americano na Argentina, garantindo uma vaga para o mundial. Fernanda disputou Campeonato Mundial em 2009, 2011 e 2013. No Campeonato Mundial de 2013 na Sérvia, ela comemorou a conquista invicta do seu primeiro título mundial, marcando quatro gols na decisão contra as donas da casa. Em 2014 foi campeã dos Jogos Sul-Americanos no Chile.