In der &lt;a href="Skisprung-Weltcup%202016/17"&gt;Saison 2016/17&lt;/a&gt; erreichte Malsiner ihren ersten Top-Ten-Platzierungen im Weltcup. Mit einem zweiten Platz hinter Yūki Itō beim Wettbewerb in Zaō am 20. Januar 2017 erreichte sie ihre erste Podestplatzierung. Am 1. Februar 2017 wurde sie in Park City Junioren-Weltmeisterin vor Ema Klinec und Nika Križnar im Einzelwettbewerb auf der Normalschanze. Im Mannschaftswettbewerb wurde sie Fünfte. Noch im selben Monat nahm sie in Lahti zum zweiten Mal an den Nordischen Skiweltmeisterschaften teil. Dabei belegte sie den 15. Rang im Einzel- und den siebten Rang im Mixed-Teamwettbewerb. Am Ende der Saison belegte sie mit 298 Punkten den 15. Platz im Gesamtweltcup und erzielte damit das bisher beste Ergebnis ihrer Karriere.