Ślad w historii miasta zostawił okres wojen trwających w Polsce od połowy XVII w. Podczas powstania Chmielnickiego w 1648 kozacy zniszczyli niedawno zbudowany na południowym przedmieściu franciszkański klasztor we wsi Puszcza Solska. W 1652 Biłgoraj był miejscem schronienia części ludności Zamościa, w którym wybuchła zaraza. W 1660 miasto i ziemie majątku Gorajskich zostały ograbione przez własne, polskie wojska koronne. Takie losy były typowe dla ogółu miast w przeżywającej wówczas kryzys Rzeczypospolitej. Poprawę sytuacji Biłgoraja przyniósł spokojniejszy XVIII w.