Bei der Parlamentswahl 1996 kam es wieder nicht zu einer klaren Mehrheit, weswegen kurzlebige Janata Dal-Minderheitsregierungen gebildet wurden. Im Jahre 1997 übernahm mit K. R. Narayanan erstmals ein Kastenloser (Dalit) als Staatspräsident das höchste Amt im Staat. 1998 und 1999 wurde erneut gewählt und eine Multiparteienkoalition unter Premierminister Atal Bihari Vajpayee (BJP) kam ins Amt. 1999 kam es außerdem zu einem neuen unerklärten Grenzkrieg im Hochgebirge von Kaschmir mit Pakistan (Kargil-Krieg).