Ved udbruddet af 2. Verdenskrig fik han kommandoen over British Expeditionary Force (BEF) i Frankrig, hvortil han ankom den 19. september 1939. På dette tidspunkt havde han en rolle i en politisk skandale, Pillbox affair, som førte til afskedigelsen af krigsministeren Hore-Belisha. Efter Spøgelseskrigen fulgte det tyske gennembrud i Ardennerne, som splittede de allierede styrker og afskar kommunikationen mellem BEF og franskmændene. Den 25. maj 1940 besluttede Gort egenhændigt at opgive et beordret angreb mod syd med sine styrker. Gorts stilling var vanskelig, idet han gjorde tjeneste under franske hærførere, samtidig med at han var ansvarlig overfor regeringen i London. Han trak hæren tilbage nordpå og BEF blev evakueret i Slaget ved Dunkerque sammen med mange franske soldater.