In den Ereignissen der römischen Bürgerkriege zwischen Gaius Marius dem Jüngeren und Lucius Cornelius Sulla im Jahr 82 v. Chr. spielte Praeneste noch einmal eine wichtige Rolle. Bereits 87 v. Chr. war Praeneste von dem aus Rom vertriebenen Lucius Cornelius Cinna besetzt worden und seitdem buchstäblich eine Hochburg der Popularen. Nachdem der jüngere Marius von Sulla bei Sacriportus geschlagen worden war, suchte er Zuflucht in Praeneste und wurde dort von Quintus Lucretius Ofella, einem Feldherrn Sullas, belagert. Entsatzversuche scheiterten, und als nach der Schlacht an der Porta Collina die Sache der Popularen offenbar verloren war, öffneten die Verteidiger Praenestes die Tore. Marius versuchte vergeblich, durch einen unterirdischen Gang aus der Stadt zu fliehen. Vermutlich starb er durch Selbstmord. Sulla präsentierte sein abgeschlagenes Haupt auf den Rostra in Rom.