În Cecenia, folosindu-se de tactici parțial copiate de la statele baltice, forțele coalizate anti-comuniste conduse de generalul sovietic Djohar Dudaev au organizat o revoluție în general fără vărsare de sânge, reușind să forțeze demisia președintelui comunist Doku Zavgaiev. Dudaev a fost ales cu o marjă foarte mare de susținere în viitoarele alegeri, ca în noiembrie 1991 să proclame independența Ceceno-Ingușetiei. Ingușetia a votat ulterior să părăsească uniunea cu Cecenia, fiindu-i-se permisă aceasta (ceea ce a eliminat elementul inguș din denumirea republicii). Datorită dorinței sale de a exclude Moscova din toate negocierile asupra petrolului, Elțîn a susținut o lovitură de stat împotriva sa în 1993. În 1994, Cecenia - recunoscută doar de o singură țară (Georgia, care își revocase însă susținerea după ce Șevardnadze a obținut puterea) - a fost invadată de Rusia, provocând Primul Război Cecen. Cecenii, primind ajutor considerabil de la populațiile amânduror țări fost-sovietice și de la alte națiuni musulmane sunite, au rezistat în fața invaziei și au semnat un tratat de pace în 1997. Însă, Cecenia a urmat să devină tot mai anarhică, în general datorită atât distrugerilor politice cât și a celor fizice din timpul invaziei. Generalul Shamil Basaev, scăpând în întregime de controlul guvernului central, a întreprins raiduri în învecinatul Dagestan, pe care Rusia l-a folosit ca pretext pentru reinvadarea Ceceniei. Aceasta a urmat să fie reîncorporată în Rusia, însă insurgența continuă.