В составе сборной Швейцарии до 17 лет сыграл на чемпионате Европы в Германии, провёл четыре игры и помог команде выйти в полуфинал. Таким образом, сборная получила право сыграть на юношеском первенстве мира 2009 года в Нигерии. На чемпионате Беньямин сыграл семь матчей, а в финале против Нигерии его великолепная игра в совокупности со стараниями Хариса Сеферовича, которые увенчались голом, принесли победу сборной Швейцарии и титул чемпионов мира среди юношей. На том же чемпионате Зигрист получил приз лучшему вратарю. Также он стал серебряным призёром на чемпионате Европы 2011 года среди молодёжи, не сыграв ни одной встречи.