Kościół stanął na miejscu poprzedniego, przedlokacyjnego, romańskiego kościoła, prawdopodobnie z XII wieku. Obecna świątynia, fundowana karmelitankom bosym, wzniesiona została w latach 1637–1640 w stylu wczesnego baroku według projektu Giovanniego Trevana. Świątynię konsekrowano w 1644. Zakonnice wyprowadziły się z niego w 1787 do ufundowanego przez kanclerza Jana Szembeka nowego klasztoru i kościoła św. Teresy na Wesołej. Kościół został wystawiony na sprzedaż. Dopiero kilkadziesiąt lat później (w 1816) przekazano go zborowi ewangelickiemu.