2001. szeptember 11-ei New York-i és washingtoni terrortámadások után az Egyesült Államok ragaszkodott ahhoz, hogy Irak betartsa az ENSZ fegyver ellenőrzési szabályozását. Amikor 2002-ben a NAÜ ellenőrei visszatértek Irakba, korábbi nukleáris program nyomára akadtak. Bush amerikai elnök kijelentette, hogy bizonyítékai vannak arra, hogy Irak uránt vásárolt Afrikában. Az ezzel kapcsolatos dokumentumok ellenőrzését a NAÜ végezte el, de azokat hamisnak azonosította az ENSZ Biztonsági Tanácsa előtt. A későbbi fejlemények igazolták, hogy Irak nukleáris programjának el-Barádei-féle értékelése helyes volt. Az a hír járta, hogy a Bush-kormány ellenezte újrajelölését a NAÜ élére. A Washington Post számolt be arról, hogy el-Barádei telefonját bécsi lakásában a CIA lehallgatta.