В первом же сезоне с «Наполи», Де Наполи выиграл свой первый титул — чемпионат Италии, а в 1990 году повторил этот успех, также он выиграл с командой кубок и суперкубок Италии, а также Кубок УЕФА. Де Наполи, вместе с Марадоной, Баньи и Карекой стал символом побед «Наполи» конца 1980-х годов. В те же годы Де Наполи оставался игроком основного состава сборной Италии, выступая с ней на двух турнирах Евро-1988, на котором Италия проиграла сборной СССР в полуфинале и на чемпионате мира 1990, где Италию, вновь в полуфинале, остановила, на этот раз Аргентина. В 1992 году Де Наполи неожиданно перешёл в «Милан», который предложил игроку зарплату в 1,8 млн долларов за сезон, что просто разъярило неаполитанских тиффози, обвинивших игрока в «продажности». В составе «Милана» Де Наполи дебютировал 28 октября 1992 года в матче против «Кальяри», который завершился со счётом 0:0 и провёл за клуб 2 сезона, однако ни показывать игры, сравнимой с выступлением за «Наполи», ни даже завоевать место в основе «россонери» Ди Наполи не смог, проведя лишь 17 матчей на всех уровнях, хотя и выиграл два чемпионата и два суперкубка Италии на внутренней арене, а также Лигу Чемпионов и Суперкубок УЕФА на европейской. Последний матч за «Милан» Де Наполи провёл 1 мая 1994 года против клуба «Реджана» (поражение «Милана» 0:1), в который он и перешёл по окончании сезона и выступал за команду до конца своей карьеры. В 1997 году Де Наполи решил «повесить бутсы на гвоздь», он стал генеральным менеджером «Реджаны» и пробыл на этой должности до 2005 года.