Nach seiner Beförderung diente er im September 1795 in der "Armée de l’Ouest" und trat am 30. Oktober 1795 in den Dienst der "Armée de l’Intérieur", die zur Bekämpfung royalistischer Aufstände eingesetzt wurde. Er stand nunmehr erstmals unter dem Kommando von Napoléon Bonaparte, der seit dem 27. Oktober die "Armée de l’Intérieur" führte. Anschließend übernahm Morand verschiedene Platzkommandos, so am 1. Januar 1796 in Cambrai und am folgenden 1. Oktober in Metz. Am 21. März 1797 wurde er zum Kommandanten von Luxemburg und des Départements des Forêts ernannt. In den folgenden zwei Jahren bekämpfte Morand die dortigen bewaffneten Aufstände. Das Gefecht bei Arzfeld bildete den blutigen Höhepunkt in der von ihm befohlenen Verfolgung der Aufständischen. Den an diesem Tag gefangen genommenen Bauern drohte in Luxemburg das Kriegsgericht der "25e division militaire" und damit die Verurteilung zum Tode. Nachdem Morands Einsatz in Luxemburg und Belgien beendet war, erreichte ihn am 24. Juli 1799 die Ernennung zum Platzkommandanten von Paris.