En mai, le "Shōkaku" et le "Zuikaku" reçoivent l'ordre d'intégrer la contre-attaque japonaise pour repousser l'offensive américaine sur les îles Aléoutiennes, mais l'opération est annulée après la victoire alliée sur l'île d'Attu le ; les deux navires rallient finalement Truk au mois de juillet. En réponse au raid aérien sur Tarawa le , les porte-avions et une grosse partie de la flotte partent pour Eniwetok afin de trouver les forces américaines ; ils rentrent bredouille à Truk le . Les Japonais interceptent alors du trafic radio ennemi suggérant qu'une attaque se prépare sur Wake ; le , le "Shōkaku", le "Zuikaku" et le gros de la  partent pour Eniwetok afin d'intercepter une éventuelle attaque ; celle-ci n'a jamais lieu et la flotte retourne à Truk. Début novembre, la majorité des groupes aériens des deux porte-avions est transférée à Rabaul afin d'y renforcer les défenses, juste à temps pour défendre le port contre le bombardement américain mené quelques jours plus tard. La moitié des effectifs est perdue, pour un résultat insignifiant ; les avions retournent à Truk le . Les sister-ships retournent au Japon en décembre.