לאחר מלחמת הירושה הספרדית בתחילת המאה ה-18, שוב התחלפו שליטי הממלכה. על פי תנאי הסכם רסטאט מ-1714 ניתנה נאפולי לקרל השישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה. ב-1720 השיג קרל את השליטה גם באי סיציליה, אך השלטון האוסטרי לא נמשך זמן רב. במהלך מלחמת הירושה הפולנית ב-1734 שבו ונכבשו נאפולי וסיציליה בידי ספרד, וקרלוס השלישי, מלך ספרד שכונה אז "הדוכס מפארמה" והיה בנו הצעיר של פליפה החמישי, מלך ספרד, שהיה מלך ספרד הראשון מבית בורבון, הוכתר כמלך נאפולי וסיציליה מ-1735. כאשר עלה קרלוס לכס המלוכה הספרדי ב-1759 הותיר את נאפולי וסיציליה לבנו הצעיר, פרננדו הראשון, מלך שתי הסיציליות על אף ששתי הממלכות היו באוניה פרסונלית תחת שלטון מלכי בורבון מ-1735, הן נותרו ישויות נפרדות.