Manaoag wurde 1608 gegründet, wonach auch eine erste Kirche an der Stelle des heutigen Friedhofs errichtet wurde. Die Dominikaner begannen 1701 mit dem Bau der Kirche an ihrem jetzigen Standort. Ihr Ausbau mit dem Kirchturm begann 1882, wurde jedoch durch ein Erdbeben im Jahr 1892 unterbrochen. Während des Tumults der philippinischen Revolution für die Unabhängigkeit von Spanien setzten Revolutionäre am 10. Mai 1898 die Kirche, ihre Schätze, Ornamente und Aufzeichnungen in Brand. Die Marienstatue entging nur knapp der Zerstörung; sie wurde verlassen auf der Rückseite der Kirche gefunden. Die Dominikaner kehrten 1901 zurück, wonach der Bau der Kirche schließlich 1912 fertig gestellt wurde. Die Querschiffe wurden 1932 ergänzt.