Under inbördeskriget mördades Nikolaj, hustrun och de fem barnen i juli 1918 i Jekaterinburg på Lenins order av retirerande bolsjeviktrupper. Tillsammans med tsarfamiljen avrättades också deras läkare, en hovdam och två tjänare. Kommendanten för huset, där tsarfamiljen hölls fångna, var en tjekist vid namn Jakov Jurovskij. I hans nyligen upptäckta hågkomster kan man läsa om händelseförloppet, då de elva personerna mördades i husets källare i Jekaterinburg.