I januari 2003 seglade en stridsgrupp bestående av "Boxer", , , , , och från San Diego till Persiska viken för att delta i invasionen av Irak. "Boxer" återvände till USA i juli 2003. I januari 2004 seglade hon återigen mot Persiska viken, den här gången ensam, med fler trupper till Irak. Trupperna och deras förnödenheter avlastades i Kuwait och "Boxer" kunde återvända till San Diego i april 2004. Från september 2006 till maj 2007 transporterade hon ytterligare en Marine expeditionary unit till Irak. I början av 2009 seglade "Boxer" tillsammans med jagaren och fregatten till Somalia för att ta itu med priratproblemet. Den 12 april kunde trupper från "Boxer" frita kapten Richard Phillips från containerfartyget som kapats av pirater fyra dagar tidigare. Under återfärden till USA i augusti 2009 utbröt en epidemi av svininfluensa ombord och 69 besättningsmän insjuknade.