Powrócił do polityki i walki zbrojnej w 1999 po wybuchu II wojny czeczeńskiej. W 2001 mianowany dowódcą jednego z frontów, od sierpnia 2004 także ministrem bezpieczeństwa w rządzie separatystów. W 2005 mianowany wiceprezydentem, a w czerwcu 2006 po śmierci Chalima Sadułajewa objął stanowisko prezydenta Republiki Iczkerii. Wiceprezydentem mianował Szamila Basajewa, a po śmierci tegoż, Supjana Abdułłajewa.