I 1998 oppsto det en grensetvist mellom Etiopia og Eritrea som førte til Den eritreisk-etiopiske krig og som resulterte i at flere tusen soldater fra begge sider ble drept. Mens krigen forverret nasjonens økonomi ble også regjeringskoalisjonen styrket. Grensekrigen ble avsluttet i 2000 med en avtale som ble kjent "Algeravtalen". Et av vilkårene i avtalen var etableringen av fredsbevarende styrke fra FN, kjent som "Forente nasjoners oppdrag i Etiopia og Eritrea" (UNMEE). Et annet vilkår var endelig avgrensning av de omstridte grenseområdene mellom de to landene. Etter en omfattende undersøkelse fastsatte en uavhengig FN-ledet kommisjon den endelige grensesettingen i 2003, men beslutningen ble avvist av Etiopia. Per 2007 er spørsmålet om grensene fortsatt omdiskutert, men en forsøksvis fred er fortsatt opprettholdt.