בשלהי התקופה הארכאית נאלצו היוונים להתמודד עם האיום הפרסי. האימפריה הפרסית, שהייתה המדינה הגדולה והחזקה ביותר באזור בעת העתיקה, כבשה את אסיה הקטנה באמצע המאה ה-6 לפנה"ס והשתלטה על הערים היווניות בחופי איוניה. היוונים מרדו בתחילת המאה ה-5 לפנה"ס ומאבק ארוך ומר שנמשך עשרות שנים ושכלל שתי פלישות ליוון, סימן את המעבר בין התקופה הארכאית לתקופה הקלאסית.