Heinrich Müller był bezpośrednio odpowiedzialny za zbrodnie popełnione przez Gestapo podczas wojny. Z polecenia Himmlera zaplanował i kierował prowokacją w Gliwicach 31 sierpnia 1939. Uczestniczył w konferencji w Wannsee. Osobiście przesłuchiwał też co ważniejszych więźniów Gestapo, m.in. w 1943 generała „Grota” Roweckiego. 4 marca 1944 wydał rozporządzenie znane pod nazwą Kugel-Erlass (pol. „dekret o kulkach”), nakazujący zabijanie polskich i radzieckich jeńców wojennych, złapanych po nieudanej ucieczce. Kierował też specjalną komisją śledczą w RSHA, badającą sprawę zamachu na Hitlera z 20 lipca 1944. Jego podwładnym był Adolf Eichmann, który należał do głównych „architektów” planów Holocaustu.