A Marinha da República era pequena e teve um papel relativamente secundário na sua história, mas venceu a importante batalha naval de Oliwa, quebrando o bloqueio marítimo sueco em 1627. Sobre o Mar Negro, os cossacos com suas pequenas embarcações ("czajka") eram conhecidos por seus ataques e pilhagens de ação rápida contra as cidades costeiras do Império Otomano e de seus vassalos (eles chegaram a queimar uma ou duas vezes subúrbios de Istambul).