З початком повстання Костюшка Якуб Ясинський приєднався до повстанців. Він сприяв захопленню Вільно, за свої дії при обороні цього міста від російських військ отримав звання генерал-лейтенанта. Втім, вимушений був відступати до Варшави, де став одним з очільників передмістя — Праги. Під час його оборони від військ О. Суворова Якуб Ясинський загинув.