Am 23. April 1551 übernahm der gerade sechzehnjährige Wilhelm nach einer Volljährigkeitserklärung durch Ferdinand I. die Herrschaft über das Familienvermögen. Als Residenz wählte er die Krumauer Burg, die er im Stil der Renaissance umbauen ließ. 1552–1556 führte er mit dem höchsten Kanzler Böhmens, Heinrich IV. von Plauen, einen Rechtsstreit, bei dem es um den Vorrang in der böhmischen Ständegesellschaft ging und der mit dem Erfolg Wilhelms endete. 1560 wurde Wilhelm von König Ferdinand zum Oberstlandeskämmerer ernannt. Nachdem er 1566 zum Oberbefehlshaber der böhmischen Heere im Krieg gegen die Türken berufen wurde, formierte er ab dem 10. Juni 1566 bei Znaim eine Armee. Sie sollte das belagerte Szigetvár zurückerobern, welches Wilhelms Schwager Nikolaus Zrinski an die Osmanen verloren hatte. Die Habsburger Armeen sollten sich bei Raab treffen. Zum Kampf kam es nicht, da sich die Türken nach dem Tod von Süleyman I. nach Süden zurückzogen.