1994年には当時進行中であったユーゴスラビア紛争収拾のため旧ユーゴ問題担当・事務総長特別代表に就任する。文官として国際連合保護軍（UNPROFOR）の最高指揮権を附与されていたが、ボスニアにおいて攻勢を強めるセルビア人勢力への対応について指導力・決断力を発揮し得なかった。これについてアメリカ人ジャーナリストのデービッド・ローデは明石ら当時のNATO軍指導部の対応が結果的にスレブレニツァの虐殺事件発生を招いたとして批判した。元アメリカ国連大使ジーン・カークパトリックは2003年6月、ワシントンで行われたシンクタンクのAEI主催の講演会で「ヤスシ・アカシという人物は災禍だった。国連の歴史にも特筆される大災禍だった。アカシのためにボスニアでの平和維持活動（PKO）は歴史上でも最も効率の悪い軍事行動となってしまったのだ」と批判した。