1926年（民国15年）12月、北伐の進展を見た劉湘が国民政府に易幟し、国民革命軍第21軍軍長に任ぜられると、王陵基は同軍第3師師長兼重慶衛戍司令となった。翌年、四川省内で南京事件に対する列強の対応に反発する民衆デモが重慶で勃発すると、王はこれを武力で鎮圧し、デモを主導していた中国共産党を粛清している。また、重慶に軍官学校を創設し、副校長（校長は劉湘）として実際の校務を担当した。