W reprezentacji Burkiny Faso Cissé zadebiutował w 1996 roku. W tym samym roku został powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki 1996, jednak nie rozegrał na nim żadnego meczu. W 2000 roku wystąpił w 1 meczu Pucharze Narodów Afryki 2000, z Senegalem (1:3). W 2002 roku był powołany do kadry na Puchar Narodów Afryki 2002. Zagrał na nim w 3 meczach: z Republiką Południowej Afryki (0:0), z Marokiem (1:2) i z Ghaną (1:2). W kadrze narodowej grał do 2003 roku.