In september 2004 besloot Makélélé zijn interlandloopbaan te beëindigen en zich alleen nog op Chelsea te concentreren. Echter keerde hij in augustus 2005 samen met Zinédine Zidane en Lilian Thuram terug in de nationale ploeg. Na het wereldkampioenschap 2006, waarin in de finale na strafschoppen verloren werd van Italië, wilde Makélélé zijn interlandcarrière beëindigen. Bondscoach Raymond Domenech ging daarmee echter niet akkoord. Er werd afgesproken dat hij de kwalificatiereeks voor het Europees kampioenschap 2008 met de Franse nationale ploeg zou afmaken en dat hij daarna definitief zou stoppen. Hij speelde echter alsnog voor Frankrijk op het Europees kampioenschap.