לאחר פיגועי 11 בספטמבר פלש הצבא האמריקני לאפגניסטן, והדיח את שלטון הטליבאן, יחד עם מתנגדי המשטר. בראדר נלחם נגד הברית הצפונית, שנתמכה על ידי ארצות הברית. בדצמבר 2001 נחתם הסכם בון שאשרר את שליטת ממשלת אפגניסטן במדינה. לאחר השבעת הממשלה החדשה והדחת שלטון הטאליבן החל להילחם נגד כוחות הסיוע הבינלאומיים והממשלה האפגנית החדשה. רבים מבכירי הארגון נהרגו בעת המלחמה, ובראדר נאלץ להפוך לשליטו בפועל. במרוצת המלחמה פעל לעיתים קרובות לכינון הסכמי שלום עם הממשלה, חרף שירותו הצבאי.