Након своје смрти 20. децембра 1355. године, цар Душан је сахрањен у посебној гробници, смештеној у југозападном делу наоса цркве светих Архангела, која представља јединствено решење у српској архитектури. Након распада Српског царства, манастир је 1373. године послужио као уточиште дубровачким трговцима из Призрена, који су напустили град у страху од Николе Алтомановића (1366—1373).