Weizsäcker fue detenido el 25 de julio de 1947 en Núremberg y juzgado en el juicio de los Ministerios, también conocido como el juicio de Wilhelmstrasse, por la ubicación del Ministerio de Asuntos Exteriores alemán en Berlín. El juicio de los Ministerios fue uno de los 12 juicios llevados a cabo por los Tribunales Militares de Núremberg en la zona de ocupación de los Estados Unidos. Estos tribunales militares estadounidenses comenzaron antes y terminaron durante el enfrentamiento del bloqueo de Berlín con los soviéticos y procedieron sin la participación de la URSS; también fueron mucho más suaves en su conducta y resultado que la primera serie de juicios por crímenes de guerra en 1946. Ningún juez europeo participó en el juicio. Los partidarios de Weizsäcker afirmaron que había estado estrechamente vinculado a la resistencia antinazi y a una fuerza moderada en el Ministerio de Asuntos Exteriores durante la guerra; Winston Churchill calificó su sentencia de "error mortal".