Vom 22. bis 22. April 2001 veranstalteten Autonome Antifa (M), AAB und BgR einen Kongress in Göttingen, zu dem rund 600 Interessierte kamen. Sie gründeten das Theorieblatt Phase 2 zur Selbstverständigung. Die AA/BO löste sich auf, um die angestrebte bundesweite Neuorganisierung zu ermöglichen. Dazu kam es jedoch nicht, vor allem wegen der sich zuspitzenden ideologischen Konflikte mit den Antideutschen. Diese Strömung war aus der Kampagne Nie wieder Deutschland der Radikalen Linken von 1990 hervorgegangen. Aus Solidarität mit Israel befürworteten sie den Eingriff der USA in den Zweiten Golfkrieg (Januar 1991), Israels Maßnahmen gegen die Zweite Intifada (September 2000 bis Februar 2005) und den Krieg in Afghanistan seit 2001. Infolge der Terroranschläge am 11. September 2001 setzten sie Kritik an Interventionskriegen der USA mit Antiamerikanismus und latentem Antisemitismus gleich und trugen demonstrativ Israel- und US-Flaggen. An den Konflikten darum zerbrachen viele Antifagruppen, darunter 2004 auch die Göttinger Autonome Antifa (M).