L'association entre le régime de Saleh et al-Islah, et par extension aux Frères musulmans, tient bon tant qu'ils ont des adversaires communs : les forces sécessionnistes du Yémen du Sud et le Parti socialiste yéménite. Après la guerre civile de 1994, qui consacre la défaite et l'exil des opposants à Saleh, l'alliance est moins nécessaire. Saleh s'attaque à défaire le parti al-Islah, principale opposition au parlement, et ordonne le démantèlement des instituts scientifiques, moyen d'enseignement et de recrutement des Frères musulmans depuis plus de . L'influence des Frères musulmans décline jusqu'en 2011.