Soedjatmoko dilahirkan dalam keluarga bangsawan dan belajar kedokteran di Batavia (sekarang Jakarta). Setelah dikeluarkan dari sekolah kedokteran oleh orang-orang Jepang pada tahun 1943, ia pindah ke Surakarta dan membuka praktik pengobatan bersama ayahnya. Pada tahun 1947, setelah kemerdekaan Indonesia, Soedjatmoko bersama dua pemuda lain dikirimkan ke Lake Success, New York, Amerika Serikat untuk mewakili Indonesia di Perserikatan Bangsa-Bangsa. Setelah itu, Soedjatmoko menjalani beberapa kegiatan politik. Pada tahun 1952 ia kembali ke Indonesia dan bergabung dengan pers beraliran sosialis dan Partai Sosialis Indonesia, lalu terpilih sebagai anggota Konstituante. Namun, karena pemerintahan Presiden Soekarno semakin otoriter, Soedjatmoko mulai mengkritik pemerintah. Untuk menghindari pencekalan pemerintah, Soedjatmoko pergi ke luar negeri dan bekerja sebagai dosen di Universitas Cornell di Ithaca, New York selama dua tahun. Tiga tahun kemudian ia tidak lagi bekerja, biarpun telah kembali ke Indonesia.