Původně sloužil jako důstojník královské stráže, v mladém věku se stal oblíbencem královské rodiny. Ve dvaadvaceti letech byl přijat do rytířského řádu sv. Jakuba z Compostely. Roku 1792 stanul v čele španělské vlády. Na tento úřad nestačil ani svým vzděláním, ani zkušenostmi. Jak mezi šlechtou, tak mezi úřednictvem a intelektuály měl mnoho nepřátel, spoléhal se hlavně na přízeň krále Karla IV. a jeho manželky Marie. Na Godoye bylo nahlíženo jako na povýšence a jeho vláda byla viněna z korupce. Pokoušel se o osvícenské reformy, ale uznání od veřejnosti se příliš nedočkal. Nedařilo se mu ani v zahraniční politice. Španělsko krvácelo ve finančně nákladné válce s Velkou Británií, v rámci které prohrálo bitvu u Trafalgaru a ekonomicky strádalo v důsledku zavedení kontinentální blokády. Přišlo také o západní část Hispanioly a Louisianu. Roku 1808 král rezignoval a na trůn nastoupil jeho syn Ferdinand VII. Téhož roku skončil ve funkci premiéra i Godoy. Zbytek života strávil ve francouzském a italském exilu.