Bei seiner zweiten WM-Teilnahme 2010 in Südafrika führte Neill Australien als Kapitän durch das Turnier. Die Mannschaft schied diesmal in der Vorrunde aus, unter anderem durch eine 0:4-Niederlage gegen Deutschland. 2011 erreichte er mit der Nationalmannschaft das Finale der Asienmeisterschaft in Katar, das in der Verlängerung erneut gegen Japan verloren ging.