Завоювавши золото юнацького чемпіонату світу 1997 року у складі команди Аргентини, Самуель оформив дебют за дорослу збірну в поєдинку з Венесуелою у лютому 1999 року. Незабаром він пробився в «основу» і провів три поєдинки на чемпіонаті світу 2002. Спортсмен не поїхав на Олімпійські ігри 2004 через вікові обмеження, але регулярно виступав у відбірковій кампанії ЧС-2006. 2010 року потрапив у заявку на чемпіонат світу 2010, на якому зіграв два матчі.