Filipos II lalu turut serta dalam Perang Suci Ketiga (356–346SM). Perang ini dimulai setelah Fokis menaklukkan dan menjarah kuil Apollo di Delfi daripada harus melunasi denda yang belum dibayarkan. Akibat tindakan tersebut, Liga Amfiktionia menyatakan perang terhadap Fokis, dan pada saat yang sama perang saudara juga meletus di antara para anggota Liga Tesalia karena masing-masing dari anggota liga tersebut ada yang bersekutu dengan Fokis atau Tivai. Kampanye militer yang dikobarkan oleh FiliposII melawan Ferai di Tesalia pada 353SM (atas desakan dari Larisa) sempat mengalami kegagalan akibat dua kekalahan besar di tangan jenderal Fokis Onomarkos. Walaupun begitu, FiliposII berhasil mengalahkan Onomarkos dalam Pertempuran Lapangan Krokus pada 352SM, sehingga Filipos II terpilih sebagai pemimpin ("arkhon") Liga Tesalia, mendapatkan satu kursi di Dewan Amfiktionia, dan dapat membentuk persekutuan dengan Ferai melalui pernikahan dengan Nikesipolis, kemenakan tiran Iason dari Ferai.