Després d'una etapa a Barcelona, de la qual gairebé no en sabem res, la família Pujades va retornar a Castelló d'Empúries (1623). A Castelló, Pujades trobà una excel·lent acollida, i jurà el càrrec d'assessor de la Capitania general de la fortalesa de Roses i de tot el partit de l'Empordà, amb la qual cosa hagué de repartir el temps entre Castelló i Barcelona. Aquells anys, Catalunya ja es trobava immersa en l'ambient de crisi general que s'havia anat aguditzant els últims temps a tot l'occident cristià. Els enfrontaments entre França i Espanya acabaren en guerra oberta, i Catalunya, que estava al bell mig del tauler polític, es trobà a mercè dels interessos contraposats de Richelieu i d'Olivares. Ja res no podia impedir la tragèdia de 1640. La participació pública de Pujades durant aquells anys d'agitació havia estat ben manifesta, però la seva naturalesa feble i malaltissa, que el tenia sovint llargues temporades enllitat, va impedir-li de viure els tristos esdeveniments de la Guerra dels Segadors.