Летом 2016 года Кристиан раз принял участие в Кубке Америки в США. На турнире он был запасным и на поле не вышел. В августе в составе олимпийской сборной Колумбии Бонилья принял участие в Олимпийских играх в Рио-де-Жанейро. На турнире он сыграл в матчах против команд Швеции, Японии Нигерии и Бразилии.