На чолі ПСК Талабані керував партизанськими діями проти урядових військ. У 1987 році Саддам Хусейн почав політику геноциду курдського населення: так звану операцію «Анфаль», що привела до великих втрат серед курдського мирного населення (понад сто тисяч осіб). Це змусило Талабані в 1987 році укласти союз з ДПК, яким тоді вже керував син Барзані, — Масуд (Massoud Barzani), і створити коаліційний курдський визвольний рух під назвою «Іракський курдистанський фронт». Після хімічної атаки в Халабджі в березні 1988 року, в результаті якої загинуло 5 тисяч осіб, Талабані знайшов притулок в Ірані.