Κατά την κατάληψη του Γιβραλτάρ, από τον Αγγλοολλανδικό στόλο, του Συνδέσμου του Άουγκσμπουργκ, το 1704, κατά τη διάρκεια του Πολέμου της Ισπανικής Διαδοχής, ο πάστοράς του Καθεδρικού της Παναγίας, Χουάν Ρομέρο (Juan Romero), ο βοηθός του και ο κωδωνοκρούστης, κατάφεραν να προστατέψουν το ναό, με αποτέλεσμα η εν λόγω εκκλησία να είναι η μόνη καθολική εκκλησία που δε λεηλατήθηκε από τα αγγλοολλανδικά στρατεύματα. Κατά τη διάρκεια της Μεγάλης Πολιορκίας του Γιβραλτάρ (1779 -1783) ο ναός υπέστη μεγάλες ζημιές. Για το λόγο αυτό, το 1790, ο τότε Κυβερνήτης του Γιβραλτάρ Sir Robert Boyd προσφέρθηκε να ανακατασκευάσει τον ναό με αντάλλαγμα τμήμα του οικοπέδου, στο οποίο βρισκόταν ο ναός, για την επαναχάραξη της Main Street. Ο Καθεδρικός της Παναγίας επανακατασκευάστηκε το 1810 και δέκα χρόνια αργότερα χτίστηκε το καμπαναριό. Το 1931 έγιναν εργασίες ανακατασκευής της δεξιάς πρόσοψης που αντικατέστησε εκείνη του 1810, που ήταν πιο απλή.