Vardanes nasceu em Atenas em algum momento no final do . Ele veio sob tutela do arcebispo da cidade, Miguel Coniates, sob quem recebeu sua educação. Quando Atenas foi capturada pelos cruzados em 1205, Vardanes seguiu seu mestre para o exílio em Ceos, servindo como seu secretário (hipomnematógrafo e cartofílax). Em 1214, foi à capital do Império Latino, Constantinopla, para representar Coniates nas discussões entre os prelados da Igreja Grega e o representante papal, o cardial Pelágio de Albano. Por 1218, estava servindo no Bispado de Grevena como cartofílax. Por esse tempo, ele estabeleceu uma amizade e correspondência com outro clérigo proeminente, o metropolita de Naupacto João Apocauco, e através da intercessão do último, foi nomeado em 1219 como metropolita de Corfu pelo governante do Epiro, Teodoro Comneno Ducas .