Noch vor der ersten Deportation niederländischer Juden im Juli 1942 wurde Böhmcker abberufen. Nach dem Luftangriff auf Lübeck wurde er in seiner Eigenschaft als Stellvertreter des in Riga tätigen Oberbürgermeisters Drechsler nach Lübeck zurückbeordert, um dort als Bürgermeister zu fungieren.