З красавіка 1944 года Чарняхоўскі камандуе войскамі 3-га Беларускага фронту. З усіх камандуючых савецкімі франтамі ён быў самым маладым па ўзросту. Фронт пад яго камандаваннем паспяхова ўдзельнічаў у Беларускай, Вільнюскай, Каўнаскай, Мемельскай, Гумбінен-Гальдапскай і Усходне-Прускай аперацыях.