Университетът е поръчан от правителството през 1877 г. (периода Мейджи), като се обединяват стари правителствени училища по медицина, различни конфуциански школи и съвременно обучение. По това време носи сегашното си име. През 1886 г. е преименуван на „Императорски университет“ (), а през 1897 г. – на „Токийски императорски университет“ (), когато е основана система на императорски университети. През септември 1923 г. мощно земетресение и последвалите го пожари разрушават около 700 000 тома на университетската библиотека. Сред изгубените книги включват библиотеката на Хошино (), колекция от около 10 000 книги. Тези книги са притежание на Хошино Хисаши, преди да станат част от университетската база и са главно на тема китайска философия и история.