Conflitos internos que levariam à deposição de Yusuf Lule em junho de 1979. Seu substituto, Godfrey Binaisa, governou por menos de doze meses antes de ser colocado em prisão domiciliar em maio de 1980, após um golpe efetivo de Paulo Muwanga. Uma Comissão Presidencial foi instalada com eleições marcadas para dezembro de 1980. Após a vitória do Congresso do Povo de Uganda, liderado pelo ex-presidente Milton Obote, ser amplamente contestada, muitos dos membros fundadores da Frente Nacional de Libertação de Uganda passariam a lutar contra o Exército de Libertação Nacional de Uganda agora controlado pelo Congresso do Povo de Uganda. Este foi derrotado em 25 de janeiro de 1986 pelos guerrilheiros do Exército de Resistência Nacional, liderado por Yoweri Museveni, ex-membro do conselho executivo e ministro do governo da Frente Nacional de Libertação do Uganda.