В начале сезона 2016/17 Лихтштайнер не вошёл в заявку «Ювентуса» на групповой этап Лиги чемпионов УЕФА. Это произошло из-за того, что клуб подписал правого защитника Дани Алвеса и уже заполнил квоту своей команды, поскольку «Ювентусу» также требовалось иметь четырёх воспитанников в составе из 25 человек. «Ювентус» также повторно подписал контракт с Хуаном Куадрадо, тем самым создавая для Лихтштайнера конкуренцию за позицию правого защитника в стартовом составе. Это привело к слухам о уходе футболиста из клуба; тем не менее, позже Штефан заявил, что останется в «Ювентусе». Несмотря на конкуренцию за место в основе, 23 декабря 2016 года Лихтштайнер принял участие в Суперкубке Италии, где «Ювентус» проиграл «Милану» по пенальти. 2 февраля 2017 года Лихштайнер продлил свой контракт до 30 июня 2018 года.