Charlton unterstützte die Bewerbungsverfahren der Stadt Manchester für die Olympischen Sommerspiele in den Jahren 1996 und 2000, sowie für die Commonwealth Games 2002, die englische Bewerbung für die Fußball-WM 2006 und schließlich die Olympischen Spiele 2012 in London. 1994 wurde er von der britischen Königin zum Knight Bachelor geschlagen und darf sich seitdem „Sir“ nennen. Zudem wurde er 2002 in die neu errichtete englische Football Hall of Fame aufgenommen. Charlton erhielt außerdem die Ehrendoktorwürde der Universität von Manchester. 2012 wurde ihm der japanische kleine Orden der Aufgehenden Sonne mit Rosette verliehen.