Pada masa Agresi Militer II, batalyon ini bergerak dari Gombong ke Purworejo, dan kemudian ke Magelang. Saat Perjanjian Roem-Roijen tidak dapat dipertahankan lagi, maka Batalyon Andjing NICA ditugaskan untuk mengamankan jalur evakuasi Salam, Muntilan, Pabelan, dan Blondo. Selanjutnya tugas batalyon ini beralih pada penjagaan keamanan.