Era perioada celei de a Doua Intifade (Intifada Al-Aqsa) și înaintea lansării operațiunii „Zid de apărare” (Homat Maggen), Netanyahu a criticat modul reținut al lui Sharon de a reacționa la noul mare val de atentate teroriste arabe. El a chemat la crearea unei izolări la limita dintre Teritoriile palestiniene și Israel, deși nu a formulat clar cum vedea el această izolare.Doar mai târziu el a sprijinit ridicarea gardului de separare. Odată cu destrămarea guvernului de unitate națională