Em 1512 Navarra foi conquistada e anexada a Castela e começaram as tentativas de suprimir a Câmara de Comptos, tentativas essas apoiadas pelo vice-rei e por vezes também pelas Cortes. Metade dos membros passaram a ser castelhanos. A cidade de Pamplona opôs-se energicamente a todas as tentativas de extinção da câmara, e esta continuou a funcionar durante os séculos XVI e XVII. No , coincidindo com uma época de grande centralismo, houve novas tentativas de extinção, que culminaram no decreto real de 18 de março de 1836, que ordenava o fim da atividade da instituição. A "Lei Paccionada" de 1841, que converteu o Reino de Navarra em província espanhola com um certo grau de autonomia, confirmou a supressão da Câmara de Comptos.