No início da Guerra do Kosovo, a unidade criou uma base temporária de operações, nas montanhas de Goč, perto da fronteira com o Kosovo. A partir daí, JSO lançou uma série de operações contra o Exército de Libertação do Kosovo. Em 1999, a unidade envolvida numa batalha feroz na região de Peć, a o oeste do Kosovo. A Unidade operou uma grande variedade de veículos blindados, incluindo até, veículos HMMWV norte-americanos, adquiridos via Chipre. A unidade se mostrou eficaz em operações rápidas sob os constantes bombardeios da OTAN na Operação Allied Forces. Após o Acordo de Kumanovo e posterior fim da guerra, a JSO, ao lado das forças policiais e armadas, deixaram Kosovo.