После битвы при Сэкигахаре, Киёмасе была дарована вся провинция Хиго, доходом 540 тысяч коку, за исключением островов Амакуса и Кума. Он стал основателем и первым правителем автономного удела княжество Кумамото. Усилиями полководца был перестроен замок Кумамото, заложены основы города Кумамото и упорядоченно движение рек в равнине Хиго. Одновременно с этим, он способствовал процветанию буддистской секты Нитирэн и был одним из первых японских правителей, кто организовал жестокие преследования христиан в своих владениях. В битве при Хондо, он приказал своим людям разрезать животы беременным женщинам-христианкам и отрубить головы их нерожденным детям.