Pereira debuterade i det uruguayanska landslaget i november 2008 i en match mot Frankrike. Han gjorde sitt första landslagsmål i sin andra landskamp, mot Libyen. Han blev uttagen i Uruguays trupp till VM 2010. Den första gruppspelsmatchen startade han som vänsterback men spelade sedan vänstermittfältare i de två återstående gruppspelsmatcherna. Han gjorde ett av Uruguays mål i 3–0 segern mot värdlandet Sydafrika. Han blev även uttagen i Uruguays trupp till Copa America 2011. I två av tre gruppspelsmatcher gjorde han mål. Uruguays enda mål mot Chile vilket gjorde att matchen avslutades oavgjord stod Pereira för. Han gjorde även matchens enda mål i Uruguays sista gruppspelsmatch mot Mexico.