Філіп I у 1547 році в ході Шмалькальденської війни потрапив у полон та кілька років перебував в ув'язненні в Іспанських Нідерландах. Матір і старший брат взяли на себе керування ландграфством. Крістіна пішла з життя навесні 1549 року. Єлизаветі на той час було 10 років. Її вихованням надалі займалася, в основному, тітка Єлизавета Саксонська. У 1552 році батько повернувся з полону.