Unter Moratti wurde Inter Mailand 1998 UEFA-Pokal-Sieger sowie 2006, 2007, 2008, 2009 und 2010 italienischer Meister. Außerdem gewann der Verein 2005, 2006, 2010 und 2011 den italienischen Pokal sowie 2005, 2006, 2008 und 2010 den italienischen Supercup. Mit dem Champions-League-Titel 2010 konnte Moratti auch an die internationalen Erfolge seines Vaters von 1964 und 1965 anknüpfen.