In Vorahnung, dass Großbritannien nach der Exekution von König Ludwig XVI. in den Krieg gegen Frankreich ziehen könnte, wurde die "Agamemnon" am 31. Januar 1793 wieder in Dienst gestellt, diesmal unter dem Kommando von Kapitän Horatio Nelson. Nach der Rückkehr zur Flotte lag sie zunächst vor The Nore, einer Sandbank in der Themsemündung vor Anker. Später wurde sie der Mittelmeerflotte von Vize-Admiral Hood unterstellt, die den französischen Hafen von Toulon blockierte. Am 27. August 1793 erklärte die Stadt Toulon ihre Treue zu den königlichen Bourbonen, was Hood dazu veranlasste, in den Hafen einzulaufen und die dortigen 30 französischen Linienschiffe sowie die ortsansässigen Werftanlagen zu erobern. Nachdem 19 Schiffe übernommen wurden, wurde die "Agamemnon" nach Neapel entsandt, um bei König Ferdinand I. (Sizilien) um Truppen zu bitten, die Toulon sichern würden. Der König stimmte zu und entsandte 4000 Soldaten. Nachdem Napoleon Bonapartes Truppen ihren Angriff gegen Toulon einleiteten, konnten König Ferdinands Soldaten die Stadt allerdings nicht halten und mussten diese den Revolutionstruppen überlassen.