Allt som var utgivet av von Coudenhove-Kalergi brändes av tyska nationalsocialister under de landsomfattande bokbålen i Nazityskland 1933. Efter Tysklands annektering av Österrike 1938 gick han i exil. Först begav han sig till Tjeckoslovakien och därpå till Frankrike, men då landet intogs av tyskarna, for han till USA. I USA undervisade han vid New York University, och skrev "Crusade for Paneurope". År 1945 återvände han till Frankrike, där han grundade "Den europeiska parlamentariska unionen".