С годами влияние рыцарей ордена падало и их правление на Мальте закончилось в 1798 году, когда экспедиционный флот Наполеона Бонапарта остановился на Мальте во время Египетской компании. Наполеон попросил безопасную гавань для снабжения своих кораблей, но после отказа ордена снабжать их водой, он направил солдат, чтобы занять холмы у города Валлетта. Великий магистр Фердинанд фон Гомпеш капитулировал 11 июня. На следующий день был подписан договор, по которому орден передавал остров Мальта Французской Республике. Взамен Французская Республика согласилась на Раштаттском конгрессе получить княжество для великого магистра.