Mika Kaljunen nahm 1998 in Jericho an seinen ersten Junioren-Weltmeisterschaften im Biathlon teil und wurde 38. des Einzels. Weitaus besser lief es ein Jahr später in Pokljuka. Der Finne gewann im Einzel hinter dem überragenden Athleten der Meisterschaften, dem Norweger Syver Berg-Domås, die Silbermedaille und wurde zudem Sechster im Sprint, Siebter der Verfolgung und Achter mit der Staffel. Zum Auftakt der &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202000/2001"&gt;Saison 2000/01&lt;/a&gt; debütierte Kaljunen in Hochfilzen im Biathlon-Weltcup und wurde 86. eines Einzels. Erster Höhepunkt der Saison wurden die Biathlon-Europameisterschaften 2001 in Haute-Maurienne, wo er 15. des Einzels wurde, 37. des Sprints und in der Verfolgung nicht ins Ziel kam. In Pokljuka kam er kurz darauf bei den Biathlon-Weltmeisterschaften 2001 erstmals bei einer WM zum Einsatz, kam aber bei seinem Einsatz im Einzel nicht ins Ziel. 2002 kam er in Kontiolahti erneut bei den Europameisterschaften zum Einsatz und wurde 39. des Sprints, 41. der Verfolgung und mit Ville Räikkönen, Ville Kotikumpu und Olli-Pekka Peltola Fünfter des Staffelwettkampfs. Ein Jahr später wurden die Biathlon-Weltmeisterschaften 2003 in Chanty-Mansijsk der Saisonhöhepunkt, bei dem der Finne auf den 82. Platz kam. 2004 nahm Kaljunen an der Militär-Skiweltmeisterschaft in Östersund teil und wurde dort 30. des Sprints und 17. in der Militärpatrouille.