Henry lấy lại phong độ trong màu áo tuyển quốc gia tại Cúp Liên đoàn các châu lục 2003. Cho dù thiếu vắng hai cận vệ Zidane và Patrick Vieira, tuyển Pháp vẫn giành cúp, phần lớn nhờ màn trình diễn xuất sắc của Henry, với 3 lần được nhận danh hiệu Cầu thủ xuất sắc nhất trận đấu từ Tổ Kỹ thuật của FIFA. Trong trận chung kết, anh ghi bàn thắng vàng trong hiệp phụ giúp đội chủ nhà nâng cúp trong chiến thắng 1-0 trước Cameroon. Henry giành cả hai danh hiệu Quả bóng vàng cho cầu thủ xuất sắc nhất giải đấu và Chiếc giày vàng cho cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất từ adidas.