En octubre de 1941, cuatro meses después de la invasión nazi de la URSS, Kravchenko fue llamado de vuelta a Moscú, donde se le sometió a una investigación interna de la que resultó exonerado. Los agentes del GRU destinados en el exterior y en particular aquellos que habían pasado por España fueron uno de los objetivos principales de la Gran Purga estalinista, pero Kravchenko consiguió salir indemne y fue destinado a operaciones de guerrilla y sabotaje tras las líneas alemanas.