Am 30. September 1921 kehrte McCoy auf die Philippinen zurück und war dort bis zum 17. April 1925 als Technischer Assistent für zivile Angelegenheiten abermals ein enger Mitarbeiter von Leonard Wood, der vom 21. Oktober 1921 bis zum 7. August 1927 US-amerikanischer Generalgouverneur der Philippinen war. In dieser Zeit wurde er am 4. Dezember 1922 zum Brigadegeneral befördert und fungierte nach dem Großen Kantō-Erdbeben vom 1. September 1923, das in der Kantō-Ebene auf der Hauptinsel Honshū mehr als 100.000 Todesopfer forderte, zwischen dem 8. September und dem 2. November 1923 als Generaldirektor des Amerikanischen Roten Kreuzes in Tokio. Er organisierte in dieser Zeit die Hilfslieferungen für die Opfer des Erdbebens. Am 4. September 1924 erhielt er seine Beförderung zum Generalmajor und war vom 15. September bis zum 31. Dezember 1925 noch Verbindungsoffizier der Verwaltung der Philippinen zur Abteilung für Insel-Angelegenheiten "(Bureau of Insular Affairs)" des US-Kriegsministeriums.