В 1993 году Даллер был назначен главой Миссии ООН по оказанию помощи Руанде (МООНПР, UNAMIR), в функции которой первоначально входило обеспечение безопасности в городе Кигали во время подписания мирного договора между президентом Руанды Жювеналем Хабиариманой и Полем Кагаме — лидером Руандийского патриотического фронта. Однако после подписания соглашения самолёт президента был сбит, что повлекло за собой начало геноцида, начавшегося в апреле 1994 года, в результате которого погибло около 800 000 человек, преимущественно народности тутси, а также умеренных хуту. Несмотря на призывы Даллера увеличить число миротворцев, ООН приняла решение сократить их количество. Тогда Даллер сконцентрировался на создании специальных зон безопасности для укрытия преследуемых жителей, благодаря чему ему удалось спасти некоторую часть населения.