Gioca in nazionale belga dall'11 febbraio 1997 (Irlanda del Nord-Belgio 3-0): da allora è stato più volte infortunato in concomitanza con gare internazionali (recentemente non ha potuto rispondere alla convocazione per la quarantesima volta!). Saltò i Mondiali 2002 per un infortunio all'inguine. Mpenza giocò a fianco del fratello ai Mondiali 1998 e a Euro 2000.