Wouters spillede desuden 70 kampe og scorede fire mål for det hollandske landshold, som han debuterede for 10. november 1982 i en venskabskamp mod Frankrig. Han var en del af den hollandske trup, der vandt guld ved EM i 1988 i Vesttyskland. Her spillede han alle hollændernes fem kampe, heriblandt finalesejren over Sovjetunionen. To år spillede han også alle sit lands kampe ved VM i 1990 i Italien.