N’Diefi ma na swoim koncie jeden występ w reprezentacji Kamerunu podczas Pucharu Konfederacji w 2001 roku. Kameruńczycy zajęli trzecie miejsce w grupie i szybko pożegnali się z turniejem. Pojechał na Mistrzostwa Świata 2002, jednak rozegrał na nich tylko ostatnie 15 minut w meczu z Arabią Saudyjską, a na boisko wszedł za Patricka M’Bomę. W 2003 roku ponownie wystąpił w Pucharze Konfederacji. Tym razem Kamerun dotarł aż do finału, w którym nieszczęśliwie przegrał 0-1 z Francją, dopiero po dogrywce. W 2004 roku N’Diefi wygrał Puchar Narodów Afryki, a Kameruńczycy pokonali w finale Senegal, 3:2 w rzutach karnych. Pius N’Diefi wziął udział w eliminacjach do mistrzostw świata 2006, które zakończyły się niewypałem dla ekipy Artura Jorge.