В составе сборной Португалии Бенту дебютировал 15 января 1992 года в товарищеской игре с Испанией, завершившейся вничью 0:0. После этого, он провёл ещё 34 игры за сборную. Он был участником чемпионата Европы 2000, где португальцы заняли 3-4 место, при этом уступив, по их мнению, в полуфинале Франции за счёт помощи линейного арбитра встречи, Игора Шрамке, сигнализировавшего главному судье о нарушении правил в штрафной площади, после чего был назначен пенальти; по окончании матча Бенту, недовольный действиями бокового судьи, плюнул Шрамке в лицо. За свои действия Бенту был дисквалифицирован УЕФА на 6 месяцев. Через два года Бенту выступил на чемпионате мира 2002, где Португалия выбыла уже после группового этапа. На этом же турнире, 14 июня 2002 года, Бенту провёл последний матч за сборную, в нём португальцы проиграли сборной Южной Кореи.