Był delegatem na Kongres Filadelfijski, który rozpoczął się 14 maja 1787, a jego celem nadrzędnym było wprowadzenie poprawek do Artykułów Konfederacji. Dwa lata później współtworzył i został dyrektorem Banku Nowego Jorku. Często działał wówczas na rzecz lojalistów, preferując model państwa bliższy brytyjskiej monarchii i arystokracji, co sprawiło, że jednym z jego najzagorzalszych przeciwników został późniejszy prezydent Thomas Jefferson. Jednak zawarł też cenną, z punktu widzenia polityki, przyjaźń z Jamesem Madisonem, którego poglądy w większości podzielał. Podczas obrad, Hamilton prawie nie zabierał głosu, ponieważ – jak tłumaczył – miał inne poglądy od większości reprezentowanego przez siebie stanu. Jedyne długie wystąpienie miało miejsce 18 czerwca 1787, w którym Hamilton przedstawił swoje poglądy i, zdaniem biografów, wykazał się błyskotliwym rozumowaniem i pomysłowością. Wystąpienie to walnie przyczyniło się do ożywionej dyskusji zwieńczonej opracowaniem końcowego dokumentu 17 września 1787, który miał stanowić Konstytucję. Konstytucja, aby zastąpić Artykuły Konfederacji, miała być poddana głosowaniu w poszczególnych stanach. Wraz z Gouverneurem Morrisem i Jamesem Madisonem, Hamilton zażądał zwołania specjalnej sesji Kongresu, podczas której chciał ustalić republikańską formę rządów.