1990'larda Kuzey Kafkasya'da yerel etnik anlaşmazlıklar ve ayrılıkçı İslamcı ayaklanmalar şeklinde birçok silahlı çatışma yaşanmıştır. 1990'ların başında Çeçen ayrılıkçılar bağımsızlık ilan etmesi sonucunda isyancı gruplar ile Rus ordusu arasında çatışmaların olduğu kesintili gerilla savaşı yaşanmıştır. Özellikle Moskova tiyatro rehine krizi ve Beslan rehine krizi gibi sivillere yönelik terör saldırıları yüzlerce kişinin ölümüne neden oldu ve dünya çapında dikkat çekmiştir.