Nel corso degli anni, il suo nome cominciò risuonare in seno alla Conferenza Episcopale Spagnola, venendo raccomandato dal sacerdote e persona chiave dell'Episcopato Fernando Gimenez Barriocanal, avendo contribuito alla gestione degli affari economici della Giornata mondiale della gioventù 2011. Dopo di ciò, vista la sua ampia competenza nelle questioni di gestione economica, l'arcivescovo di Madrid Antonio María Rouco Varela lo avrebbe raccomandato in Vaticano a papa Benedetto XVI. Quest'ultimo il 21 settembre 2011 lo nominò segretario della Prefettura degli affari economici della Santa Sede, in sostituzione dell'arcivescovo Vincenzo Di Mauro. Il 18 luglio 2013 papa Francesco lo ha nominato segretario della Pontificia Commissione referente sull'Organizzazione della struttura economico-amministrativa della Santa Sede, carica che mantenne fino alla soppressione della commissione il 22 maggio 2014. L'8 agosto 2013 fu nominato membro del Comitato di Sicurezza Finanziaria.