1506 yılında Papa II. Julius, günümüzde hâlâ Vatikan'ı koruyan İsviçreli Muhafızları işe aldı. Federasyonun genişlemesi ve ilk savaşlarda elde edilen yenilmezlik unvanı, 1515 yılında Marignano Muharebesi'ndeki İsviçre yenilgisi ile ilk kez durakladı. Bazı kantonlarda Huldrych Zwingli'nin Reform'unun başarılı olması 1529 ve 1531 yıllarında kantonlar arası savaşların (Kappel Savaşları) çıkmasına neden oldu ve İsviçre, Katolik ve Protestan kantonlar şeklinde bölündü. Çatışmalarda Protestan birlikleri çözüldü ve Katolikler birçok kantonda kontrolü ele geçirdiler. 1531'de yapılan barış anlaşmasından sonra bazı kantonlarda Protestanlar ve Katolikler aynı kiliselerde ibadet etseler de Katolikler 7 kanton ile 2 yarım kantonda iktidarda iken, Protestanlar ancak 4 kanton ile 2 yarım kantonda kontrol sahibi olabildiler. 1648 yılında Westfalya Barış Antlaşması ile Avrupa ülkeleri İsviçre'nin Kutsal Roma Cermen İmparatorluğu'ndan ayrılmasını ve tarafsızlığını tanıdı. Aristokrat ailelerin artan otoriteryenizmi, 30 Yıl Savaşları sırasında ortaya çıkan ekonomik krizle de birleşerek 1653 yılında İsviçre köylü savaşlarına yol açtı. Bu çatışmaların arka planında yine Katolik-Protestan çatışması vardı. Kantonlar arasında anlaşmazlığın devam etmesi üzerine 1656 ve 1712 yıllarında Villmergen Çarpışmaları ile karşılıklı şiddet devam etti.