Egy év kihagyás után az 1992-ben világbajnok Williams-Renaulthoz szerződött át, mellyel Nigel Mansell lett bajnok. Az 1993-as év igen sikeresnek bizonyult Prost számára. Csapattársa az addig mindössze két futamon rajthoz álló angol Damon Hill lett. A szezonnyitó dél-afrikai nagydíjat megnyerte, míg Brazíliában kicsúszott és kiesett. Doningtonban harmadik lett. Ekkor Senna 26-14 arányban vezette még a bajnokságot. A San Marinó-i nagydíjtól egészen a német nagydíjig minden versenyen első lett, kivéve Monacót, ahol egy boxutcán való áthajtási büntetés miatt a negyedik helyen ért célba. A magyar nagydíjon a rajtnál lefulladt motorja miatt csak 12. helyen ért célba. Belgiumban harmadik lett Hill és Michael Schumacher (Benetton) mögött. Portugáliában második lett, ám ez a helyezés már elég volt ahhoz, hogy megnyerje az 1993-as Formula–1 világbajnokságot és négyszeres világbajnok legyen. Az utolsó két Nagydíjon szintén második lett. 1993-ban 99 pontot szerzett, míg Senna 73 pontjával a második lett a McLarennel. A Williams csapat kész tények elé állította: 1994-ben Senna a csapathoz fog érkezni, ezért néhány hét töprengés után 38 évesen Estorilban bejelentette, hogy 1993 végén visszavonul. Utolsó versenyén a dobogón összeölelkeztek Sennával, ezzel is jelezve, hogy a sok viharos év után végül békében búcsúznak el egymástól.