Leclerc ble nå stabssjef for generalene Louis-Alexandre Berthier og Guillaume-Marie-Anne Brune, og deltok i den andre mislykkede franske ekspedisjonen til Irland ledet av Jean Joseph Amable Humbert for å støtte det irske opprøret i 1798. Da Napoléon vendte tilbake fra det franske felttoget i Egypt i 1798, utnevnte han Leclerc til divisjonsgeneral og sendte ham til Rhinen-arméen under Jean Victor Marie Moreau. I denne stillingen kunne han delta i 18 brumaire-kuppet i november 1799, som førte til at hans svoger Napoléon ble Frankrikes førstekonsul; støttet av Moreau hadde han beordret soldater å marsjere inn i femhundrerådets rom. Siden ble han kjent for sin innsats under slaget ved Hohenlinden, hvor han fikk kommandoen over 17., 18. og 19. militære divisjon. Siden ble han øverstkommanderende for en armé Bonaparte hadde planlagt å sende til Portugal for å tvinge landet til å gi opp sin militærallianse med Storbritannia, men denne ekspedisjonen fant aldri sted.