Během občanské války v letech 1992–1997 se proti Rahmónově vládě postavila "Sjednocená tádžická opozice", což mělo za následek cca 100 000 mrtvých. Rahmón přežil také pokus o atentát v dubnu 1997 v Chudžandu a odolal dvěma pučům v srpnu 1997 a listopadu 1998.