En 1640 Carlos intentó de nuevo hacer valer su autoridad, abriendo una segunda Guerra de los Obispos. Carlos llamó al Parlamento de Inglaterra, conocido como el Parlamento corto, pero se disolvió después de que este se negó a votar a favor de un nuevo subsidio para las campañas militares de Carlos, lo cual fue crítico para sus políticas. Carlos reunió un ejército mal aprovisionado y mal entrenado. Los Covenanters Scots se trasladaron hacia el sur dentro de Inglaterra, obligando a una batalla en Newburn al oeste de Newcastle-upon-Tyne, después ocuparon la ciudad y finalmente la mayor parte de Northumbria y Durham. Esto les dio un dominio absoluto sobre el suministro de carbón para Londres. Carlos se vio obligado a capitular, accediendo a la mayor parte de las demandas de los Covenanters y pagándoles £ 830 al mes para que estos pudieran mantener su ejército. Esto lo obligó a volver a llamar al Parlamento Inglés, conocido ahora como el Parlamento Largo, el cual a cambio de concesiones, elevó la suma a £ 200, 000 que debían pagarse a los Scots en virtud del Tratado de Ripon. El ejército escocés volvió a casa triunfante. Los intentos del rey para levantar un ejército en Irlanda, para invadir Escocia desde el oeste, provocaron una revuelta generalizada ahí, mientras los ingleses se cambiaban a una oposición total en contra del Rey, dando como resultado al estallido de la Guerra Civil Inglesa en 1642. Carlos ahora estaba enfrentado la rebelión en sus tres reinos.