এই মসজিদটি সোমালিয়ায় ইসলামের ইতিহাসের সাথে আবদ্ধ। দির জনগোষ্ঠীর শহর জেইলা-তে মসজিদ আল কিবলাতাইন এমন এক স্থান হিসেবে পরিচিত যেখানে ইসলামের নবী মুহাম্মদের প্রথম সাহাবী এবং স্থানীয় সোমালীয়রা আবিসিনিয়ায় প্রথম হিজরতের পরপরই একটি মসজিদ প্রতিষ্ঠা করেছিলেন। সর্বপ্রথম দির জনগোষ্ঠী ইসলাম গ্রহণ শুরু করলেও এই মসজিদটি নির্মাণের পর অন্যান্য জাতির মধ্যেও দ্রুত ইসলাম ছড়িয়ে পড়ে। সপ্তম শতাব্দীর মধ্যেই সোমালিয়ার জনগোষ্ঠীর একটি বৃহৎ অংশ ইসলাম ধর্ম গ্রহণ করে।