1992 újabb nagy változásokat hozott mind a klub, mind az ország életében. A csapatot gyakorlatilag a komplett BEK-győztes csapat elhagyta, csak néhány nagyobb nevű játékossal sikerült őket pótolni, ilyenek voltak Drobnjak és Ivić. Az ország bizonytalan politikai helyzete kihatással volt a sportra is, a zvezdának egy olyan országban kellett megvédenie bajnoki címét, amely tulajdonképpen már nem is létezett. Az ekkor újonnan létrejövő országok, Horvátország, Szlovénia és Bosznia-Hercegovina „vitték magukkal” a Crvena zvezda legfőbb ellenfeleit, például a Dinamo Zagrebet vagy a Hajduk Splitet. 1992 májusában a jugoszláv háború miatt az ENSZ eltiltotta az országot a nemzetközi szerepléstől, ebbe értelemszerűen a sport is beletartozott, erre jó példa volt a válogatott eltiltása az Európa-bajnokságról. Az ettől 2000-ig húzódó időszak a klub történetének egyik mélypontja. Ezalatt az immár jócskán megkurtított bajnokságban is csak egy elsőséget sikerült szerezni.