La Bosnia fu coinvolta nella Guerra austro-turca, e gli eserciti dell'Austria invasero la Bosnia nel 1688, nel 1690, nel 1693 e nel 1697, quando ben quarantamila cristiani bosniaci emigrarono in Slavonia. La guerra portò ad un decadimento significativo per il territorio dell'Eyalet di Bosnia, e si concluse con la sconfitta ottomana nel 1699. Dopo il Trattato di Karlowitz nel 1699, la provincia venne divisa in quattro Sangiaccati (tre dei quali ad ogni modo diminuiti nella loro estensione) ed in dodici capitanati. Prima del Trattato di Passarowitz, vennero a formarsi altri 28 capitanati, più della metà dei quali dislocati lungo la frontiera con i domini asburgici. Nel 1703 la sede del pascià venne spostata da Sarajevo a Travnik dal momento che la prima città era stata distrutta da un rovinoso incendio scoppiato durante la guerra. Il pascià rimase nella nuova sede sino al 1850.