После распада Чехословакии Ягр регулярно выступал за сборную Чехии на крупных международных турнирах. Чемпионат мира-1994 и Кубок мира-1996 получились неудачными. Но в 1998 году Ягр в составе сборной Чехии выиграл золотые медали Олимпийских игр-1998, обыграв в финале сборную России со счётом 1:0. Этот турнир был первым, когда хоккеисты НХЛ принимали участие в Олимпиадах.