二代目の教会は十字軍の時代の1102年にタンクレードにより建てられた。この教会は完全に修復には至らなかったことが1909年の発掘で分かっていて、1187年のサラディンがヒッティーンの戦いで勝っている。しかしサレディンはフランシスコ会が当地で礼拝を続けることを許可している。そして、1260年にはマムルーク朝のバイバルスにより、この教会は破壊された。