בעונת 2006/2007 ליברפול הצליחה להגיע, בפעם השנייה בשלוש שנים, לגמר ליגת האלופות, שם הפסידה למילאן בתוצאה 1–2. בעונת 2007/08 כבשה ליברפול את השער ה-500 שלה באירופה מרגלי יוסי בניון, שכבש שלושער ובישל צמד שערים בניצחון 8–0 על בשיקטאש בליגת האלופות ב-6 בנובמבר 2007. זה היה גם הניצחון הגדול ביותר של ליברפול באירופה ושל קבוצה כלשהי בהיסטוריה של ליגת האלופות. בשנת 2010 הקבוצה הגיעה עד חצי גמר הליגה האירופאית, שם הודחה על ידי אתלטיקו מדריד ודייגו פורלאן שכבש שער בתוספת הזמן והדיח את ליברפול מהמפעל לאחר שבניון כבש שער בהארכה, שהיה צריך להעלות את הקבוצה לגמר.