Irakin hyökättyä Kuwaitiin ja sen kärsittyä tappion seuranneessa Persianlahden sodassa Karbalasta tuli taistelukenttä šiiakapinallisten ja Irakin tasavaltalaiskaartin välillä. Tasavaltalaiskaartien onnistui kukistaa kapinalliset kaksi viikkoa kestäneiden taistelujen jälkeen. Suuri osa kaupungista tuhoutui taisteluissa ja sen jälleenrakennusta hidasti Irakille langetetut taloussanktiot. Sittemmin pyhiinvaeltajien ja turvallisuusjoukkojen välillä syttyi kahakoita myös vuosina 1998 ja 1999 kun matkat kaupunkiin yritettiin estää. Saddam Husseinin kukistuttua irakin sodan jälkeen pyhiinvaeltajat saattoivat jälleen saapua kaupunkiin vapaasti. Toukokuussa 2004 amerikkalaisten joukot taistelivat kolmen viikon ajan Muqtada al-Sadrin johtamien joukkojen kanssa. Taistelut hävittivät jälleen kaupunkia ja ne päättyivät vasta al-Sadrin joukkojen vetäydyttyä.