Довівши до переможного завершення англо-бурську війну (яку він не схвалював), Бальфур у липні 1902 року змінив Солсбері на посаді прем'єр-міністра. Він підписав закон, який передавав школи у підпорядкування місцевої влади. Проблема дефіциту робочої сили на шахтах Південної Африки була розв'язана ввезенням працівників з Китаю. Умови їхнього утримання спричинили протести гуманітарного характеру. В цілому, внутрішня політика Бальфура не була популярною.