1919 márciusában, a Magyarországi Tanácsköztársaság átvette a hatalmat és a Vörös Hadsereg megkezdte a védekezést Stromfeld Aurél vezetésével, akihez Nagy Vilmost személyes jó kapcsolatok fűztek, így a területvédelem miatt ő is maradt a Vörös Hadseregben. Jelentős szerepe volt a május-júniusi északi hadjárat ellátásának megszervezésében, de az állami szintre emelt terrort mélyen elítélte.