Valmistuttuaan Hains palveli ensin tykistössä. Bull Runin taistelussa hän määräsi taistelun ensimmäisen tykinlaukauksen ammuttavaksi. Hän sai kehuja neuvokkuudestaan Vicksburgin taistelussa, jopa kenraali Ulysses S. Grantilta. Hänet siirrettiin pioneereihin, ja hän yleni sodan aikana väliaikaisesti everstiluutnantiksi asti.