Мохамед Шикото у 2008 році став гравцем національної збірної Нігеру. У складі збірної брав участь у Кубку африканських націй 2012 року та Кубку африканських націй 2013 року. У складі збірної грав до 2016 року, у складі збірної зіграв 48 матчів, у яких відзначився 2 забитими м'ячами.