안드리 솁첸코가 2006-07 시즌에 첼시로 떠나면서, 카카는 밀란 공격의 중심점이 되었고, 그는 중원과 전방을 오고가며 공격수나 필리포 인차기의 뒤에 배치된 두 번째 공격수로도 배치되는 것은 물론 전형적인 공격형 미드필더 위치에 배치되기도 했다. 2006년 11월 2일, 그는 4-1로 이긴 벨기에의 안데를레흐트와의 조별 리그 경기에서 자신의 첫 UEFA 챔피언스리그 해트트릭을 기록해 4-1 승리를 견인했다. 그는 10골로 2006-07년 UEFA 챔피언스리그의 득점왕에 등극했다. 그 중 한 골은 셀틱과의 16강전에서 "빨강-검정 군단"이 합계 1-0 승리를 거둘 수 있게 했고, 맨체스터 유나이티드와의 준결승전에서는 3골을 추가했다. 밀란은 같은 시즌 코파 이탈리아에서도 준결승전에 올랐지만, 나중에 우승을 차지한 로마에게 졌고, 세리에 A에서는 4위의 성적을 거두었다.