Em 713, , o governador da província omíada de Coração que conquistou a Transoxiana, mandou construir a primeira mesquita de Bucara, sobre as ruínas dum templo zoroastrista e deu à fortaleza o nome de Kukhendiz. Entre os séculos IX e XII, a cidadela foi reforçada com vários reparos pelos samânidas e pelos caracânidas. O emir samânida , que embelezou Bucara, que tornou a sua capital, fez várias adições significativas a cidadela. adicionou várias secções, como parte das ambiciosas campanhas de construção empreendidas pelos carcânidas. Os caraquitais e os corásmios destruíram-na e reconstruíram-na três vezes. Em 1220 foi completamente arrasada pelos mongóis, mas no mesmo ano o governador mongol de Bucara Mahmud Yalavach ordenou a reconstrução. O imperador timúrida Ulugue Begue e o xaibânida foram responsáveis pela expansão da área da cidadela para três hectares.