Нарадзіўся ў 1929 г. ў сяле Благадатным на Данбасе, у рабочай сям’і Антона Дзмітрыевіча Дзенісенка і ягонай жонкі Маланні Кірылаўны. Дзед будучага патрыярха загінуў ад Галадамору. Айцец Антон Дзенісенка ў складзе 103-га гвардзейскага стралковага палка 34-й гвардзейскай стралковай дывізіі загінуў падчас бітвы за Днепр у баі за сяло Канавалава 24 верасня 1943 г., дзе і быў пахаваны. Смерць бацькі вельмі паўплывала на светапогляд Міхаіла і ягоны выбар стаць святаром.