47 стран подали заявки на участие в Кубке африканских наций 2000 года, претендуя на 16 мест в финальном турнире. Первоначально Египет (действующий чемпион) и Зимбабве (хозяин турнира) получили путёвки автоматически, а остальные 45 страны разыграли 14 путёвок в двух раундах. Однако позже хозяевами финального турнира стали Гана и Нигерия, автоматически получив путёвки, а для розыгрыша осталось только 13 путёвок. Кроме того, Зимбабве лишилась своей путёвки, перестав быть хозяином турнира, а отборочный турнир уже шёл. Для разрешения этой проблемы было принято решение, что команды, занявшие вторые места в двух группах (в которых число участников за счёт новых хозяев турнира сократилось до трёх), вместе с Зимбабве сыграют дополнительный третий раунд для определения обладателя одной путёвки.