Malm siirtyi Suomen sisällissodassa valkoisten joukkoihin majurin arvoisena johtaen Pohjois-Savon ja Kainuun suojeluskuntapiirien joukkoja Kuopion ja Varkauden valtauksessa helmikuussa 1918. Sen jälkeen hän siirtyi everstiluutnantiksi ylennettynä johtamaan Vienan retken Uhtualle suuntautunutta 370 miehen vapaajoukkoa, joka ylitti 21. maaliskuuta itärajan Suomussalmen kohdalla. Uhtuan lähes välittömän valtauksen jälkeen suuntana osastolla oli katkaista Muurmannin rata Vienan Kemin kohdalta. Lähinnä suomalaisista punaisista koottu vastapuolen joukko-osasto torjui valtauksen Usmanan taistelussa 9. huhtikuuta, ja rintama vakintui Uhtuan kohdalle aina syksyyn 1918 asti. Malmin sairastuttua heinäkuussa 1918 tilalle vapaajoukon johtajaksi astui jääkärikapteeni Toivo Kuisma. Malm ylennettiin vielä vuoden 1918 aikana everstiksi. Hän erosi armeijan palveluksesta seuraavana vuonna eli 1919, mutta toimi vielä sotaministeriön erityistehtävissä 1919-1920.