Ekman återkom 1930 då han och Per Albin Hansson fällt regeringens förslag om höjda spannmålstullar. Han var även chef för Försvarsdepartementet 7 juni 1930–19 juni 1931. Denna andra period – 7 juni 1930–6 augusti 1932 – som statsminister blev svår. Den internationella depressionen efter börskraschen 1929 hade nått Sverige med problem för både industri och jordbruk. Med sin traditionellt sparsamma attityd hade Ekman svårt att godta en expansiv stimulanspolitik i tidens anda.