У 2-й пол. XV століття Боснія і Герцеговина, ослаблені феодальними міжусобицями, були завойовані османами. Більшість феодалів прийняла іслам і зберегла значною мірою свої володіння та привілеї. Також навернулася більшість віруючих патаренської церкви, у той час як православні та католики переважно залишилися вірними християнству. У 50—60-ті роки XIX століття у Боснії і Герцеговині широко розгорнувся національно-визвольний рух. У 1875 р. проти соціального і національного гніту місцевих феодалів і османської влади вибухнуло велике Герцеговинське повстання, підтримане Сербією і Чорногорією, внаслідок чого Османська імперія у 1876 р. опинилася в стані війни з Сербією і Чорногорією, а потім і з Росією (1877—1878). За рішенням Берлінського конгресу 1878 р., який переглянув Сан-Стефанський мирний договір 1878 року, Австро-Угорщина одержала право тимчасово окупувати Боснію і Герцеговину. Ця окупація затягнулася на 30 років і закінчилася анексією Австро-Угорщиною у 1908 р. Габсбурги здійснювали примусове онімечування слов'янських народів, насаджували католицтво. Народи Боснії і Герцеговини відстоювали свою незалежність. У 1918 р. Боснія і Герцеговина увійшли до складу новоствореного Королівства Сербів, Хорватів і Словенців (з 1929 р. — Югославія). Національні права народів Боснії і Герцеговини в югославській державі ігнорувались.