Le , cinq jours après la victoire d'Appomattox, Lincoln fut mortellement blessé par un sympathisant confédéré appelé John W. Booth et mourut le lendemain matin. L'assassinat faisait partie d'un complot visant à éliminer certains dirigeants nordistes. Grant avait participé à une réunion du Cabinet le et Lincoln l'avait invité ainsi que son épouse à l'accompagner au théâtre Ford ; le couple déclina la proposition car il avait l'intention de se rendre à Philadelphie. Cela lui sauva probablement la vie car Booth avait prévu d'abattre le président avec son pistolet avant de poignarder le général. Par l'intermédiaire de Dana, le secrétaire à la Guerre Stanton informa Grant de la mort de Lincoln et lui demanda de revenir immédiatement à Washington. Le lendemain, il ordonna immédiatement l'arrestation de tous les officiers sudistes libérés sur parole mais les renseignements fournis par le major-général Edward Ord réduisant le nombre des suspects le poussèrent à annuler cette décision. Lors des funérailles du , Grant pleura ouvertement et déclara de Lincoln qu'. Il était plus que méfiant envers son successeur, Andrew Johnson, et il dit à Julia qu'il craignait les changements dans l'administration. Il considérait en effet que l'attitude du nouveau président envers les blancs sudistes et estima initialement qu'avec Johnson, .