McClellans halvökampanj 1862 slutade i fiasko, med reträtter från angrepp från general Robert E. Lees mindre armé och ett ouppnått mål att inta konfederationens huvudstad Richmond. Hans insatser vid det blodiga Slaget vid Antietam stoppade Lees invasion i Maryland, men tillät Lee att få slaget att bli taktiskt oavgjort och undvika att bli förintad, trots att hans trupper var underlägsna i antal. Resultatet blev att McClellans ledarskapsförmåga i strid blev ifrågasatt av president Abraham Lincoln, som efter en tid fråntog McClellan befälet. Först från uppdraget som högste befälhavare, sedan från Potomac-armén. Lincolns citat blev välkänt: "Om general McClellan inte vill använda armén, skulle jag vilja låna den ett tag." Trots detta var McClellan den mest populäre befälhavaren bland manskapet, som kände att han hade deras välgång som sin högsta prioritet.