Nel 1998, a 24 anni, Sala viene acquistato dal Milan per 6 miliardi di lire, dove rimane per tre stagioni, esordendo anche nelle coppe europee. Nella stagione 1998-99, sotto la guida del tecnico Zaccheroni, contribuisce alla vittoria del campionato, giocando titolare nella difesa a tre con Paolo Maldini e Alessandro Costacurta.