Il combat en Autriche, en Prusse et en Pologne, dans les campagnes de 1804 à 1807, et est cité avec distinction dans les bulletins de l'armée. Le général contribue à la prise de Lubeck et entre un des premiers dans cette place. Dans la campagne de Pologne, il est chargé de défendre le passage important du pont de Spanden, sur la Passarge ; sept fois la droite des alliés, forte de dix mille hommes, marche sur les retranchements, et sept fois elle en est repoussée par le général Frère qui n'a avec lui que le d'infanterie légère et quatre pièces de canon. Cette défense qui coûte à l'ennemi plus de mille hommes, a lieu le 5 juin 1807 et est un des plus brillants faits d'armes de la campagne. Le général Frère reçoit l'année suivante le titre de comte de l'Empire, la croix de commandeur de la Légion d'honneur, le grade de général de division le 6 mars 1808, et un commandement en Espagne.