Nel 2000, con l'aggiunta dell'Italia, il Cinque Nazioni mutò nel torneo del Sei Nazioni. In questa prima edizione nel nuovo formato l'Irlanda terminò terza con tre vittorie e due sconfitte contro Inghilterra e Galles. Successivamente gli irlandesi si recarono in tour nelle Americhe collezionando una sconfitta 34-23 contro l'Argentina, una vittoria 83-3 contro gli Stati Uniti e un pareggio 27-27 in . A fine anno l'Irlanda ospitò il Sudafrica venendo sconfitta 28-18. Al Sei Nazioni 2001 il XV del trifoglio arrivò secondo a causa della differenza punti con l'Inghilterra, che quell'anno vinse il trofeo. Gli irlandesi vinsero tutte le loro partite perdendo solamente 32-10 contro la Scozia. Il torneo venne caratterizzato dallo scoppio in Gran Bretagna di una epidemia di afta epizootica che costrinse a posticipare le gare finali del torneo. Il 2001 si concluse con le partite casalinghe contro Samoa, sconfitta 35-8, e Nuova Zelanda, con gli All Blacks che si imposero 40-29. Nonostante i risultati eccellenti che videro l'Irlanda passare dal quarto posto, nel 1999, al secondo nel 2001, Warren Gatland venne rimosso in autunno dal suo incarico e sostituito dal suo assistente Eddie O'Sullivan che divenne il nuovo allenatore della nazionale irlandese. A giugno del 2002 l'Irlanda si recò in tour in Nuova Zelanda subendo due sconfitte contro gli All Blacks. Nei test match di autunno vinse 18-9 contro l'Australia e 16-7 contro l'Argentina. Al Sei Nazioni 2003 ci fu un testa a testa tra Irlanda e Inghilterra deciso all'ultima giornata dalla vittoria degli inglesi 42-6 a Lansdowne Road, che vinsero così il torneo conquistando anche il loro dodicesimo Grande Slam. Durante il successivo tour in Australia e nel Pacifico l'Irlanda perse contro l'Australia e vinse le due partite contro e Samoa.