Schon kurz nach Antritt seines Postens als Botschafter bei der polnischen Exilregierung Anfang 1943 erhielt O’Malley zahlreiche Materialien über den Terror des sowjetischen NKWD in Ostpolen, das im November 1939 nach einer manipulierten Abstimmung von der Sowjetunion annektiert worden war. Er informierte seine Regierung über die Massendeportationen von Polen in die Tiefen der Sowjetunion.