Eine Brandspur im Baubefund wird mit dem chronikalisch bezeugten Pogrom von 1196 im Verlauf des Kreuzzugs Heinrich VI in Verbindung gebracht; um 1200 wird der Wiederaufbau der Synagoge vermutet. Aus dieser Zeit sind zwei Rundbogenfenster aus der Westwand erhalten. Sie blieben bis 1899 verbaut, bis man sie im Historischen Museum der Pfalz ausstellte. Während der Gotik wurden in der Ostwand zwei Fenster durch größere ersetzt. Auch eines der auf beiden Giebelseiten verbauten Okuli ist erhalten geblieben. Von außen war die Synagoge vermutlich verputzt, darauf lassen kleinste Putzreste auf den Außenmauern schließen.