O país viria a ser assolado pela seca, que deixou vastas áreas desertificadas. A estabilidade do país se viu ameaçada pela chegada de um milhão de refugiados da Eritreia, Uganda, Chade e, principalmente, Etiópia, onde eram vítimas de fome e de guerra. A economia sudanesa só se tem mantido à custa de subsídios dos países árabes ricos, da União Europeia e dos Estados Unidos. Em 1983, o presidente Numeiry ganhou as eleições pela terceira vez e tentou consolidar a sua base de apoio entre os fundamentalistas islâmicos introduzindo a lei islâmica ("sharia"), com severas punições sob a forma de açoitamentos, mutilações e enforcamentos. Esta política desencadeou o reinício das atividades guerrilheiras separatistas no sul do Sudão entre os não muçulmanos (2ª Guerra Civil Sudanesa). O Exército de Libertação do Povo Sudanês (ELPS) afundou um barco no Nilo, causando centenas de mortes e bloqueando o tráfico fluvial, atacou instalações estrangeiras e minou estradas e linhas-férreas. A proximidade com os Estados Unidos aumentou sob a administração de Ronald Reagan. A ajuda americana aumentou de US$ 5 milhões em 1979 para US$ 200 milhões em 1983 e depois para US$ 254 milhões em 1985, principalmente para programas militares. O Sudão torna-se assim o segundo maior beneficiário da ajuda dos EUA a África (a seguir ao Egito). Está em curso a construção de quatro bases aéreas para alojar unidades da Força de Implantação Rápida e uma potente estação de escuta para a CIA perto de Porto Sudão.