В 1963 году Алмир вернулся на родину, его приобрёл «Сантос» в качестве дублёра нападающего Пеле. Несмотря на то, что Алмир оставался в тени одноклубника, он стал одним из главных героев Межконтинентального кубка 1963 года, забив гол в ответном матче на «Маракане» в ворота «Милана», позволив своей команде выиграть со счётом 4:2. Так как в первом матче выиграл «Милан», была назначена дополнительная встреча, в ней «Сантос» заработал пенальти, который и принёс «рыбам» победу.