Nel 2003 il pilota australiano passò alla Jaguar, al fianco dell'esordiente Antônio Pizzonia. Webber ottenne delle ottime prestazioni in qualifica, conquistando il terzo posto in griglia di partenza nel Gran Premio del Brasile, staccato di appena 44 millesimi da Rubens Barrichello in pole position. In gara il pilota australiano non riuscì a tenere il passo dei migliori, ritirandosi per incidente nel corso del 54º giro e venendo classificato prima in settima e poi in nona posizione in seguito all'interruzione della gara causata da un grave incidente di Alonso poco dopo. Webber ottenne diversi altri buoni piazzamenti in qualifica, tra i quali un altro terzo posto in griglia nel Gran Premio d'Ungheria, ma in gara non riuscì a fare meglio del sesto posto, che conquistò in tre occasioni. Il pilota australiano chiuse la stagione con il decimo posto in classifica generale, conquistando diciassette punti.