הוא כפה את המדיניות של הרפורמה הגרגוריאנית על פרישות פקידותית. בפוליטיקה האזורית הוא תכנן את גירושם של הנורמנים מדרום איטליה, וכדי להשיג זאת החליט בתחילת שנת 1058 לשלוח משלחת לקיסר הביזנטי החדש איסאקוס קומננוס. הצירים של האפיפיור עזבו את רומא, אבל בדרכם לביזנטיון, בהיותם בארי, הגיעו הידיעות שסטפנוס התשיעי מת, והמשימה ננטשה.