Die erste urkundliche Erwähnung stammt aus dem Jahr 824. Steinhöring besaß seit dem 16. Jahrhundert eine überörtlich wichtige Poststation – veranlasst durch Kaiser Maximilian I., der im Jahr 1506 Janetto von Taxis mit der Schaffung einer Postverbindung zwischen Brüssel und Wien beauftragt hatte. An der unteren Route lag Steinhöring. Der Ort gehörte zum Rentamt München und zum Landgericht Schwaben des Kurfürstentums Bayern und war Sitz einer Hauptmannschaft. Teile des Gemeindegebiets waren Ende des Jahres 1800 Schauplatz der Schlacht von Hohenlinden: Im Hauptdorf Steinhöring lagerten in der Nacht vor der Schlacht mehrere hundert französische Soldaten und zogen am nächsten Tag zur Schlacht Richtung Norden über Holzhäusln und St. Christoph.