Im Zweiten Weltkrieg war Messmer 1939 zunächst Leutnant beim 12. Regiment der "Tirailleurs sénégalais". Nach der Niederlage von 1940 schloss er sich den Streitkräften des Freien Frankreich an. Als Offizier der 13. Halbbrigade der Fremdenlegion kämpfte er in Eritrea, Syrien und Nordafrika (Schlacht von Bir Hakeim und El-Alamein, 1942). 1944 war er an der Landung in der Normandie und der Befreiung von Paris beteiligt.