Baines verruilde Wigan in augustus 2007 voor Everton, de nummer zes van Engeland in het voorgaande seizoen. Na een seizoen acclimatiseren werd hij hier vanaf het seizoen 2008/09 ook basisspeler onder coach David Moyes. Baines stond op 30 mei 2009 met Everton in de finale van de strijd om de FA Cup. Daarin verloor de ploeg met 2–1 van Chelsea door goals van Didier Drogba en Frank Lampard. Baines speelde in 2017 zijn 300e competitiewedstrijd voor Everton. Na het seizoen 2019/20 kondigde hij zijn afscheid aan ondanks dat hij nog voor een jaar kon verlengen.