9 студзеня 2000 году на практычна на безальтэрнатыўных выбарах выбраны прэзідэнтам на другі тэрмін з вынікам 91,9 % галасоў. Пасля 11 верасня 2001 года Узбекістан стаў стратэгічным саюзнікам ЗША ў вайне супраць тэрарыстаў у Афганістане. Ташкент даў Вашынгтону магчымасць адкрыць на тэрыторыі Узбекістана ваенную базу.