Au début de la Rébellion irlandaise de 1641, Ormonde se trouva à commander les forces gouvernementales basées à Dublin. Presque tout le reste du pays était occupé par les rebelles catholiques, dont sa famille faisait partie. Pourtant les liens familiaux n'étaient pas entièrement rompus, puisque sa femme et ses enfants furent escortés par son cousin, Richard Butler, Lord Mountgarret, depuis Kilkenny, tenu par les rebelles, jusqu'à Dublin. Ormonde lança plusieurs expéditions depuis Dublin pour tenter de dégager la bordure de la zone rebelle. Tout d'abord il s'empara de Naas, puis du nord du Pale en 1642. Les lords juges, qui avaient douté de lui à cause de ses liens parentaux avec de nombreux rebelles, revinrent sur leur opinion lorsqu'il parvint à libérer Drogheda. Il reçut les remerciements publics du Parlement d'Angleterre et un bijou d'une valeur de .