בעונת שבר ואן דר סאר את שיא הדקות ללא ספיגה במשחקי הליגה, כששמר על רשת נקייה במשך 1,311 דקות רצופות. הוא סיים את העונה עם 21 משחקים בהם לא ספג שער, וזכה בתואר כפפת הזהב בפרמייר ליג ובאליפות שלישית ברציפות. בליגת האלופות הצליחה הקבוצה להעפיל פעם נוספת עד משחק הגמר, בו פגשה את ברצלונה לה נכנעה בתוצאה 2-0. על אף ההפסד במשחק הגמר נבחר ואן דר סאר בפעם השנייה בקריירה לשוער השנה באירופה מטעם אופ"א, ולנבחרת העונה בפרמייר ליג.