Már a 13. században létrejött a Padovai Egyetem, egyik elsőként Európában. A várost falakkal vették körül. 1337-ben a Scaligerik rövid uralma után a Da Carra nemesi család vette át a hatalmat. 1405-ben a város elveszítette függetlenségét, és Velence hatalmába került. 1508-ban itt született Andrea Palladio neves építész. 1509-ben a cambrai-i liga első háborújában I. Miksa császár foglalta el. A 17. században itt tanított Galileo Galilei. A Velencei Köztársaság bukása után rövid ideig francia uralom alatt állt, majd a Habsburg Birodalomhoz tartozott. 1866 óta Olaszország része. 1919-ben bevezették a nevezetes nemzetközi vásárokat számos kiállítással minden év júliusában.