В 1652 г. казацкая армия взяла убедительный реванш над поляками за поражение под Берестечком, и в этой битве принял участие также Выговский. В 1653 г. он сыграл активную роль в победных боях под Жванцем, но измена хана не дала и тут возможности окончательно разгромить врага. Выговский был одним из самых горячих сторонников союза с Русским царством, который был заключён в 1654 г. После чего московская Русь пришла на помощь западной Руси, боровшейся против национально-религиозного угнетения в католической Речи Посполитой. Армия русского царя и запорожские казаки очистили от польской шляхты и католической церкви почти всю западную Русь и вторглись в Польшу и Литву: пали Люблин, Вильно, — угроза нависла над самой Варшавой, причём генеральный писарь Выговский принимает участие в Дрожепольской битве, в походе на Львов (1655 г.), в битве под Озерной (19-22 октября 1656 г.).