Sein Beinamen "der Streitbare" wurde ihm nicht zu Unrecht gegeben – er war zeit seiner Regierung ständig in Kämpfe mit allen Nachbarn verwickelt – vor allem mit Ungarn, Bayern und Böhmen. Auch die bisher dem Herzogshaus treu ergebenen Kuenringer erhoben sich gleich zu Anfang seiner Regierung gegen ihn. Am gefährlichsten waren aber seine Streitigkeiten mit Kaiser Friedrich II., der ihn 1236 sogar ächtete. Wien war während seiner Ächtung für ein paar Jahre freie Reichsstadt. Er konnte sich aber in Wiener Neustadt halten. 1239 kam es jedoch zu einer spektakulären Wendung in der kaiserlichen Politik – Friedrich wurde zu einem wichtigen Bündnispartner des Kaisers. Er verhandelte mit ihm über die Erhebung Wiens zu einem Bistum und sogar über die Erhöhung Österreichs (mit der Steiermark) zu einem Königreich. Eine Bedingung wäre aber eine Heirat seiner Nichte Gertrud mit dem damals fast fünfzigjährigen Kaiser gewesen, was das Mädchen aber ablehnte. Friedrich fiel 1246 in der Schlacht an der Leitha gegen den Ungarnkönig Béla IV.; mit ihm starben die Babenberger im Mannesstamm aus.