La desintegración del Imperio ruso en 1917 supuso el estallido de la Guerra de Independencia de Estonia, por la que las Fuerzas Armadas de Estonia tomaron el control de la ciudad, rebautizada como Tartu. La universidad fue reabierta en 1919 con el idioma estonio como lengua vehicular. En 1920, Tartu fue escenario de la firma de dos acuerdos históricos: el Tratado de Tartu entre Estonia y la RSFS de Rusia, según el cual los rusos renunciaban a cualquier derecho sobre el territorio estonio, y el Tratado de Tartu que confirmaba los límites fronterizos entre Finlandia y la Unión Soviética.