Град је у вријеме великих турско-аустријских сукоба у тзв. Бечком рату веома кратко, тачније од 15. септембра 1688. па до 1. августа 1689. године био под аустријском управом. И за вријеме читавог српског устанка од 1804. па даље, град је био главно упориште турске војске за нападе на Србију или одбрану од устаника. И устаници су били свјесни значаја Зворника и због тога је Карађорђе веома често настојао да га се домогне. Из тог периода сачувана су запажања француског генералног конзула у Травнику 1807. године у којима стоји: „Зворник је кључ Босне, те ако га Срби отму, онда нијесу више сигурни ни Травник ни Сарајево.“