Alexis fit preuve de la même clairvoyance devant le nouveau danger que représentaient les croisades. Pour lutter contre ses turbulents voisins, il avait au moins à deux reprises demandé au pape d'encourager les chevaliers d'Occident à venir lui prêter main-forte. Dans son esprit, il s'agissait de lutter contre les Turcs et les Petchenègues, non de délivrer le tombeau du Christ. Aussi, l'allure que prit la première croisade (1095–1099) le surprit-il, tout comme l'enthousiasme qu'elle généra en Europe surprit le pape. Si Alexis put se débarrasser assez aisément des bandes indisciplinées de Pierre l'Ermite en les cantonnant de l'autre côté du Bosphore pour éviter tout pillage de Constantinople, il crut pouvoir utiliser les chevaliers croisés comme il l'avait fait d'autres mercenaires pour reconquérir la côte d'Asie mineure. Pour arriver à ses fins, il crut bon d'adopter une coutume qui s'installait dans l'Europe féodale, celle du serment d'allégeance, faisant des barons ses vassaux, les obligeant à rendre à l'empire les terres qu'ils pourraient conquérir et à se conduire à l'égard de leur nouveau suzerain . Si certains comme Hugue de France, le premier arrivé, se prêtèrent sans difficulté à cette formalité, d'autres s'y refusèrent comme Tancrède de Hauteville qui passa en Asie sans venir à Constantinople ou Raymond de Saint-Gilles, comte de Toulouse, pour qui les croisades étaient une question de conquête spirituelle et non temporelle. Ainsi, et malgré sa prudence, Alexis se révéla-t-il impuissant à empêcher la création de royaumes latins en Syrie et en Palestine. Il profita toutefois de l'avancée des croisés pour reconquérir les côtes de l'Asie mineure ainsi que la ville de Nicée mais Antioche échappa à son contrôle et devint le siège d'une principauté latine tentant de préserver son indépendance face aux revendications byzantines.