Alus saapui 7. helmikuuta Ulithiin, josta se kolme päivää myöhemmin lähti "Enteprisen" sekä neljän muun lentotukialusryhmän kanssa. Merijalkaväen noustua maihin Tinianilla 12. helmikuuta lentotukialusten lentokoneet iskivät 16.-17. helmikuuta Japanin kotisaarille ennen Iwo Jiman maihinnousua. "Saratoga" suojasi maihinnousualuetta muiden lentotukialusten iskiessä uudelleen Japaniin. Laivasto-osasto oli tankattavana 18.-19. helmikuuta. "Saratoga" suojanaan kolme hävittäjää erkani lentotukialusosastosta liittyäkseen maihinnousulaivastoon. Sen lentokoneet partioivat öisin Iwo Jiman ja läheisen Chi-chi Jiman ilmatilassa. Siirtyessään uudelle toiminta-alueelleen alus joutui kuuden japanilaisen lentokoneen yllättämäksi ja siihen osui viisi pommia muutamassa minuutissa. Lentokannen etuosa romuttui, kylkeen tuli kaksi reikää ja aluksen lentokonesuojassa syttyi tulipalo. Aluksella sai surmansa tai katosi 123 miehistönjäsentä. Se joutui uuden hyökkäyksen maaliksi, jolloin siihen osui vielä yksi pommi. Iltaan mennessä tulipalo oli saatu hallintaan ja alus kykeni vastaanottamaan lentokoneita. Alus määrättiin Eniwetokille ja sieltä edelleen Yhdysvaltain länsirannikolle korjattavaksi. Se saapui 16. maaliskuuta Bremertoniin.