В следующих годах (в 1841 и 1842) Фелькнер участвовал в делах с горцами; в 1842 г. был назначен начальником Тифлисского гарнизона, в 1846 г., с производством в генерал-майоры, получил назначение состоять по саперным батальонам и при Отдельном Кавказском корпусе, а в 1847 г. заведовал сапёрными батальонами Кавказского инженерного округа и состоял инспектором военно-рабочих рот на Кавказе находящихся; в 1849 г. был причислен к штабу генерал-инспектора по инженерной части и в 1850 г. назначен в распоряжение главнокомандующего действующей армией, для употребления на службу по сапёрной и инженерной частям. В мае того же года определён командиром 2-й бригады 3-й гренадерской дивизии и командовал ей до 1855 г., когда был назначен начальником штаба Гренадерского корпуса и 26 августа 1856 г. произведён в генерал-лейтенанты, а 8 сентября назначен командиром 2-й гренадерской дивизии.