Enfin, en 1943, le , Himmler ordonne la liquidation des ghettos installés dans le commissariat. Dans ce contexte, marqué par la liquidation du ghetto de Varsovie, les habitants des ghettos du commissariat sont massacrés, ghetto après ghetto : d'abord, les trois quarts des habitants du ghetto de Minsk en juillet, puis celui de Vilna en septembre. Dans l'intervalle, les habitants des ghettos des petites villes sont massacrés. Ainsi, durant , le ghetto de Kovno, devenu par la force des choses un camp de concentration, est progressivement vidé de ses habitants, opération accélérée au mois de , les femmes étant déportées au Stutthof, les hommes à Dachau.