Aan het einde van de campagne werd Godwin-Austen benoemd tot bevelhebber van de Western Desert Force (die later in in de 13e Legerkorps werd gedoopt). Tijdens Operatie Crusader was hij strijdvaardig in zijn verzet tegen Alan Cunningham die nu commandant van het Achtste Leger was en dus zijn directe superieur. De opperbevelhebber van het Midden-Oosten, Claude Auchinleck koos ervoor om het offensief voort te zetten en Cunningham werd van zijn commando ontheven. Operatie Crusader en de daaropvolgende Slag om Tobroek resulteerde er in de asmogendheden terug te drijven na El Agheila. Nadat Rommel in januari 1942 een tegenaanval uitvoerde moesten de geallieerden zich terugtrekken. Een van de divisie van Godwin-Austen, de Indische 4e Infanteriedivisie stond onder druk en na overleg met Neil Ritchie, de opvolger van Cunningham werd besloten zich terug te trekken. Echter Ritchie veranderde van gedachte en gaf aan de bevelhebber van de Indische 4e Infanteriedivisie Francis Tuker aan te vallen. Godwin-Austen kreeg het gevoel dat Ritchie door deze actie geen vertrouwen maar in hem had en diende zijn ontslag in die met tegenzin door Auchinleck werd geaccepteerd.