Yassıada wurde von den Byzantinern als Verbannungsort für bekannte Personen benutzt. So wurde im 4. Jahrhundert als erster der armenische Patriarch Narses I. erst nach Yassıada verbannt und später dann auf Büyükada inhaftiert. Ab dem 9. Jahrhundert verbannten die Byzantiner politische Gefangene nach Yassıada, darunter Theophylaktos Rhangabe und Konstantin Dalassenos. Die Überreste von vier Gefängniszellen aus dieser Zeit sind noch erhalten. Kaiser Theophilos ließ auf der Insel ein Kloster errichteten. 860 baute der Patriarch Ignatios I. mitten auf Yassıada eine Kirche. Während des Vierten Kreuzzuges 1204 eroberten die Lateiner die Insel. Nach dem Untergang des byzantinischen Reiches gehörte die Insel zum Osmanischen Reich.