Tažení proti Jugoslávii a Řecku trvalo jen 3 týdny, ale He 111 v něm hrál klíčovou roli. Dne 6. dubna 1941 se He 111, přiřazené k Luftflotte 4, zúčastnily bombardování Bělehradu. Po krátkém postupu a dobytí Řecka také podporovaly síly Osy při Bitvě o Krétu, kde utrpěly jen malé ztráty. V té době se také podílely při Bitva o Maltu a bombardování Egypta a Suezského průplavu. Velký podíl na těchto náletech měla hlavně Kampfgeschwader 4, když během května a června 1941 bombardovala pobřežní cíle včetně Alexandrie a utrpěla ztrátu 6 strojů a 5 posádek.