16世紀後半になると、既にスイスのジュネーヴで高まっていたカルヴァン派の影響がフランス国内にも及び、ユグノー（カルヴァン派）の対立が深まり、30年以上にわたる内戦となったユグノー戦争が勃発した。1580年、モンテーニュが「エセー」を出版する。「エセー」は17世紀より来る啓蒙時代に影響を与えた。1572年のサン・バルテルミの虐殺に見られるように、カトリック・プロテスタント両勢力の対立は先鋭化していき、ついに1589年にはアンリ3世がパリで暗殺され、ヴァロワ朝は断絶した。