Tras el golpe de Estado del 24 de marzo de 1976 ejecutado por las tres Fuerzas Armadas argentinas en conjunto, la flamante Junta Militar designó, el 29 de marzo, al capitán de navío Castro Madero delegado en la Comisión Nacional de Energía Atómica. Durante su administración al frente de este organismo, 15 personas fueron víctimas de desaparición forzada y otras 10 de detención ilegal. Precisamente, estos delitos ocurrieron entre 1976 y 1979. También, la administración despidió a cientos de profesionales por razones políticas e ideológicas.