1970 anslöt sig Museveni till president Milton Obotes underrättelsetjänst. När generalmajor Idi Amin tog makten i en militärkupp i januari 1971 flydde Museveni till Tanzania med andra politiska flyktingar, däribland den avsatte presidenten. Amins och Obotes maktbaser var mycket olika, vilket ledde till att den påföljande konflikten fick en betydande etnisk och regional aspekt. Obote kom från den etniska gruppen lango i den nordcentrala delen av landet, medan Amin var en kakwa från det nordvästra hörnet av Uganda. Den brittiska koloniala regeringen hade organiserat kolonins interna politik så att lango och acholi dominerade den nationella militären, medan folk från sydliga delar av landet var aktiva i affärsvärlden. Denna situation varade fram till kuppen, då Amin fyllde de högsta regeringsposterna med kakwa och lugbara och våldsamt nedtryckte langofolket och deras allierade acholi.