En 1814, les différentes municipalités d'Amérique centrale votent l'annexion de la région à l'Empire mexicain à l'exception de San Salvador. Le temps que des troupes mexicaines viennent soumettre San Salvador à la nouvelle domination, l'Empire s'effondre et les Provinces unies d'Amérique centrale proclament leurs indépendances vis-à-vis de toute domination étrangère en 1823. En 1824, la municipalité de Sonsonate et l'Intendance de San Salvador s'unissent pour former l'État du Salvador, membre de la République fédérale d'Amérique centrale. Le Salvador participe alors activement aux différents combats entre conservateurs et libéraux qui mèneront à la fin de la fédération. En 1841, l'assemblée constituante proclame la séparation du Salvador de la République fédérale et la création de la République indépendante et souveraine du Salvador.