Schmidts verslechterende gezondheidstoestand leidde ertoe dat hij zich in 1937 moest terugtrekken uit de academie. In zijn laatste levensjaar werd Schmidt gefêteerd als de grootste levende componist van de Ostmark, de naam die de nazi's gaven aan het door hen ingelijfde Oostenrijk. Hij kreeg de opdracht een cantate te schrijven met de titel "Deutsche Auferstehung", waardoor hij na 1945 door velen als nazisympatisant werd gezien. Schmidt voltooide de compositie echter niet en wijdde zich twee maanden voor zijn dood in 1939 aan de opdrachten voor de eenarmige pianist Paul Wittgenstein (broer van de filosoof Ludwig) voor wie hij al eerder composities had geschreven: het klarinetkwintet in A-groot en de Toccata in d-klein. (Wittgenstein, die van Joodse afkomst was, werd van het podium verbannen na de Anschluss en ontsnapte aan de nazi's door naar de Verenigde Staten te vluchten.)