Tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog vocht Colquitt in de twee slag van het conflict, namelijk de Slag bij Sewell's Point als kapitein van de Columbus Light Guard, een eenheid uit Georgia. Later zou hij de 46th Georgia Infantry aanvoeren, een eenheid die in 1862 was opgericht. Kolonel Colquitt vocht in de Slag bij Chickamauga waar hij op 20 september 1863 dodelijk gewond raakte. Hij voerde de States Right Gist aan. Gist was een commandant van een divisie onder leiding van generaal-majoor W. H. T. Walker, die het reservekorps van het Army of Tennessee aanvoerde. Op de plaats waar Colquitt sneuvelde staat een herdenkingssteen. Hij stierf twee dagen later.