С началом турецких завоеваний основным типом поселений опять стали крепости. В одних городах, как, например, в Пергаме, были построены новые кастроны, в других спешно чинили старые. Усилившаяся потребность в безопасности привела к оставлению в 1264 году Лакедемона и основанию Мистры, а также появлению крепостей Еракион, , ("Ῥωγοί") и . В последние столетия существования Византии вторым по значению городом стали Фессалоники, несколько десятилетий в XIII веке бывшие столицей независимого государства и упрочившие своё положение после падения Адрианополя в 1362 году. Город являлся центром владений младших членов правящей династии и имел собственный сенат. В XIV веке Фессалоники переживали свой золотой век, став важнейшим интеллектуальным и культурным центром, временами затмевая Константинополь. Хотя для палеологовской Византии термины «полис» и «кастрон» считаются идентичными, последний сохранял фортификационные коннотации, и полисами без каких-либо уточнений считались только Константинополь и Фессалоники; их жители назывались "πολῖται" или "ἕποικοι", тогда как жители прочих городов были "καστρηνοί". По сравнению с предшествующей эпохой размер городов сильно сократился. В начале палеологовской эпохи население столицы, возможно, превышало человек, но к моменту захвата города турками в 1453 году оно сократилось вдвое. Такого же порядка значения для Фессалоник — около человек после перехода под венецианское управление в 1423 году и ещё меньше ко времени оккупации турками. Население ни одного из прочих городов не превышало жителей.