IKR powstała na bazie Zawodowej Izby Obrachunkowej I i Zawodowej Izby Obrachunkowej II, w wyniku wyodrębnienia tych struktur z Ministerstwa Poczt i Telegrafów (izby te ze względu na zagrożenie spowodowane wojną polsko-bolszewicką już w 1920 ewakuowano z Warszawy do Bydgoszczy).