Diese Position wandelte sich im Laufe der 1990er-Jahre. Im Juni 1992 verlangte Daniel Cohn-Bendit den Militäreinsatz in Sarajevo. Insbesondere unter dem Eindruck des Massakers von Srebrenica 1995 beteiligte sich Deutschland, nachdem Joschka Fischer 1998 deutscher Außenminister geworden war, am Kosovokrieg und am Krieg in Afghanistan. Die Bundesdelegiertenkonferenz in Bielefeld vom 13. Mai 1999 (siehe auch Rede Joschka Fischers zum NATO-Einsatz im Kosovo) führte zu Austritten des pazifistischen Flügels der Grünen.