Im Herbst 1859 kehrte Arago nach Frankreich zurück und ließ sich in Paris nieder. Kontrovers diskutiert wurde ab Ostern 1862 sein historischer Roman "Les Bleus et les Blancs" in dem er Kriege in der Vendée thematisierte. Noch größer wurden die Diskussionen um Arago, als er im August desselben Jahres aus dem "Pariser Schriftstellerverein" austrat.