Magdalena Neuner manque la première étape de la Coupe du monde 2009-2010 en raison d'un rhume de cerveau. De retour sur les pistes, elle obtient son premier podium de la saison lors de l'épreuve de sprint disputée à Pokljuka en Slovénie : elle termine à la troisième place puis deuxième le lendemain lors de la poursuite où elle est battue par la Russe Svetlana Sleptsova. Blessée au dos, elle doit déclarer forfait lors de l'étape suivante disputée à Oberhof en Allemagne. La semaine suivante, à Ruhpolding, elle termine troisième du sprint puis de nouveau troisième du départ groupé, cette dernière course étant remportée par la Suédoise Helena Jonsson qui domine le début de saison. Elle confirme sa bonne forme en remportant l'individuel puis le sprint à Antholz avant de terminer deuxième de la poursuite.