Durante la Segunda Guerra de Schleswig en 1864, comandó el navío de la línea "Kaiser" en un despliegue en el Mar del Norte, nuevamente bajo Wüllerstorf. No vio acción, ya que un escuadrón de avanzada de Wilhelm von Tegetthoff había roto el bloqueo danés de los puertos alemanes del norte en la Batalla de Heligoland. Tras la jubilación de Wüllerstorf, Pöck se convirtió en el ayudante del archiduque Leopoldo, el nuevo jefe de la Marina austriaca. Durante este período, Pöck fue ascendido al rango de Contralmirante. Durante la Guerra de las siete semanas contra Prusia e Italia, Tegetthoff fue puesto al mando de la flota de batalla. En su lugar, Pöck fue asignado como el enlace naval para el Archiduque Alberto en Véneto. Pöck reemplazó a Tegetthoff, cuando el comandante de la flota se convirtió en el jefe de la Marina, una posición que Pöck mantuvo hasta enero de 1870. Luego fue ascendido a segundo al mando de la Marina, aunque sucedió a Tegetthoff después de su prematura muerte en abril de 1871. Lleno dos posiciones, con Pöck sirviendo como "Marinekommandant" y el Jefe de la "Marinesektion". El contraalmirante Georg von Millosicz, a su vez, tomó la posición previa de Pöck como segundo al mando.