Le brigadier général Joseph E. Johnston a le poste du jusqu'à sa démission de quartier-maître général et de brigadier général de l'armée des États-Unis le . Johnston est nommé général plein de l'armée des États confédérés le . Adhérant à l'idéologie du droit des États, les quartiers-maîtres de chaque État confédéré exerce une autonomie considérable issue de leur quartier-maître général national. Au sein de leur juridiction, ces officiers confédérés exercent des pouvoirs équivalent à ceux du quartier-maître général de l'Union. Le quartier-maître général de la Géorgie est, peut-être, le meilleur exemple d'un quartier-maître confédéré exerçant un pouvoir considérable sur la production et le ravitaillement dans son État. Le brigadier général Montgomery C. Meigs succède à Johnston le . Meigs est né à Augusta en Géorgie mais adhère à l'Union pendant la guerre de Sécession. Meigs sert tout au long de la guerre de Sécession et jusqu'en 1882. Il prend sa retraite le . Ses contemporains tels que le secrétaire d'État des États-Unis William H. Seward et les historiens donne un crédit considérable à la victoire de l'Union grâce au travail de Meigs pour avoir ravitaillé convenablement et à temps l'armée de l'Union.