Перед началом операции Красной Армии «Багратион» в Белоруссии активизировались советские партизанские отряды и соединения. Их попытки подключить к активным действиям против немцев отряды БНПД не имели большого успеха. Большая часть руководителей БНПД была убита советскими агентами после приглашений на так называемые «переговоры»; несколько атаманов, предупреждённых о преследовании, бежали. Оставшись без руководства, часть партизан-националистов перешла на сторону советских партизан, часть вернулась в родные дома или спряталась. Лишь некоторые подразделения БНПД сумели сохраниться и летом 1944 года начали антисоветскую борьбу. Однако это была уже не единая организация — каждое подразделение действовало самостоятельно.