Несмотря на это, после 1948 года антиеврейские настроения в стране усилились. К 1967 году многие из здешних евреев эмигрировали в США, Канаду, Францию и Израиль. Много евреев пострадало во время гражданской войны в Ливане (1975—1990). В 1971 году сирийскими агентами был похищен 69-летний Альберт Элия, генеральный секретарь ливанской еврейской общины. Он был заключён в сирийскую тюрьму и подвергся пыткам наряду с рядом сирийских евреев, которые пытались покинуть страну. Сирийский правитель Хафез Асад отказался выпустить его даже по ходатайству посланника ООН принца Садруддина Ага Хана. В 1980-е годы Хезболла похитила ряд еврейских предпринимателей Ливана. Согласно спискам избирателей муниципальных выборов 2004 года, в них участвовал только один еврей-избиратель. В настоящее время остатки еврейской общины Ливана насчитывают от 20 до 40 человек.