Priene war Mitglied des spätestens im 8. Jahrhundert v. Chr. gegründeten Ionischen Städtebundes und wurde nach der Zerstörung der karischen Stadt Melie Schutzmacht des Bundesheiligtums Panionion. Schriftlich erwähnt wurde die Stadt erst im Zusammenhang mit den Einfällen der Kimmerier im 7. Jahrhundert v. Chr., die in der gesamten Region plünderten, das phrygische Reich und beinahe auch das lydische zerstörten. Anschließend entbrannten mit Samos Streitigkeiten um fruchtbares Land im Norden des Bergzuges der Mykale, die bis zum Ende des 2. Jahrhunderts fortdauerten. Um 645 geriet Priene unter die Oberherrschaft der Lyder. Im frühen 6. Jahrhundert v. Chr. lebte in Priene der Gesetzgeber Bias, einer der Sieben Weisen. Als 545 v. Chr. die Perser das lydische Reich angriffen, hielten die meisten ionischen Städte diesem die Treue. Priene und die Nachbarstadt Magnesia sollen nach der Eroberung zerstört und die Bewohner in die Sklaverei verkauft worden sein. Das Ausmaß dieser Verwüstung ist zweifelhaft, da die griechischen Städte bereits wenig später zu Abgaben verpflichtet wurden. Priene beteiligte sich 494 mit zwölf Schiffen an der Seeschlacht vor der Insel Lade (im Rahmen des Ionischen Aufstands 501–494 v. Chr.) und wurde wie die anderen ionischen Städte nach der Niederlage zerstört. Auch nach dem Sieg der Griechen über die Perser erholte sich Priene nur langsam. In den Tributlisten des Attischen Seebundes erschien Priene nur sporadisch. Es trat im 5. Jahrhundert v. Chr. nicht mehr als kriegsführende Partei auf, sondern die umliegenden Städte stritten sich um Priene. 387 v. Chr. kam Priene mit den anderen ionischen Städten im sogenannten Königsfrieden wieder zum Persischen Reich.