Après l'arrivée du duc d'Albe et la mise en place du Conseil des troubles, en 1567, Baudouin, effrayé, repassa en France. En 1568, il fut nommé maître des requêtes de l'hôtel du duc d'Anjou, frère du roi, et à partir de 1569 il professa à l'Université d'Angers. Après la Saint-Barthélemy (août 1572), on exigea un moment de lui qu'il compose une justification de cet acte, mais il s'en défendit énergiquement, selon le président de Thou. Le duc d'Anjou ne lui en tint apparemment pas rigueur, et quand il fut élu roi de Pologne (mai 1573), il nomma Baudouin conseiller d'État. Mais il mourut de maladie en octobre suivant, avant le départ du cortège du nouveau roi qui eut lieu en décembre. Selon l'abbé Jean-Noël Paquot, il mourut parfaitement catholique, veillé par le jésuite espagnol Jean Maldonat. Il fut inhumé dans la chapelle du couvent des Mathurins. La tradition prétend qu'il serait passé sept fois du catholicisme au protestantisme et inversement au cours de sa vie, mais il semble que ce chiffre n'ait rien de rigoureux.