Эмре — игрок сборной Турции с 2000 года. Он добился с ней 3-го места на чемпионате мира-2002 в Японии и Корее. Всего за национальную команду провёл более 70 матчей. В 2008 году перед матчем со сборной Бельгии в Стамбуле подрался с лидером казанского «Рубина» Гёкденизом Караденизом.