Napoleone spogliò l'Ordine di molti dei tesori conservati sull'isola per finanziare la sua spedizione, ma non poté usufruirne poiché la nave che trasportava gran parte del bottino fu affondata meno di due mesi dopo dall'ammiraglio inglese Horatio Nelson alla battaglia del Nilo. Il Gran Maestro Fra' Ferdinand von Hompesch si arrese ed i Cavalieri ottennero l'onore delle armi (12 giugno 1798), iniziò quindi un periodo di grande crisi per l'Ordine e l'esilio dei Cavalieri in tutto il mondo, sia presso i Priorati esistenti, che presso regnanti e nobili amici.