V roce 1998 se Otakar Dušek zúčastnil soutěže na návrh pamětní mince vypsané Českou národní bankou pro sochaře do třiceti let. Za svůj návrh mince k roku 2000 získal Cenu České národní banky, Cenu České mincovny a Cenu Asociace umělců medailérů. V letech 1998 – 2000 se pravidelně účastnil soutěží České národní banky na návrhy českých pamětních mincí. Je autorem pamětní stříbrné mince 2000 Kč se zlatou vložkou k roku 2000 a pamětní stříbrné mince k zasedání Mezinárodního měnového fondu a Skupiny světové banky v Praze v roce 2000. Vzhledem k neshodám s odbornou komisí ČNB ohledně pojetí designu českých pamětních mincí v roce 2000 ukončil svou účast na soutěžích České národní banky a dále působí jako medailér na volné noze. V témže roce vydal svou první pamětní medaili 700 let ražby pražských grošů, která byla jako návrh pamětní dvousetkorunové mince Českou národní bankou odmítnuta jako nerealizovatelná. V roce 2001 získal v mezinárodní soutěži v japonské Ósace první cenu a titul Future Designer za návrh českých oběžných mincí. V roce 2002 zrealizoval svou druhou soukromou ražbu pamětní stříbrné medaile s průstřelem k 60. výročí bitvy u Stalingradu. Za tuto realizaci jako jediný Čech v historii získal Cenu za přínos k medailérské tvorbě v oblasti ražené medaile, která mu byla udělena na kongresu Mezinárodní medailérské federace FIDEM v portugalském Seixalu v roce 2004. Duškovy medaile přinášejí nový pohled na medailérskou tvorbu jak v rovině invenční, tak v rovině technologické. V roce 2004 vzniká pamětní medaile Pavel Ernest s hodinovým strojem a pamětní medaile Aquaservis s vodováhou, v roce 2005 pamětní medaile Václav Havel s otiskem palce a podpisem prezidenta republiky, v roce 2008 pamětní medaile Kursk 1943 ražená tankem T 34 a další.