Pada tanggal 19 Desember 1948, Yogyakarta diduduki oleh Belanda (Clash II). Setelah orang-orang pemerintahan mengundurkan diri dari Muntilan, pada tanggal 20 Desember 1948, gedung-gedung Bruderan FIC dibumihanguskan agar tidak jatuh ke tangan Belanda. Seminari Muntilan pun hendak dibakar oleh pasukan Hisbullah, namun berhasil diselamatkan oleh Romo Th. van der Putten SJ yang pada waktu itu menjadi Rektor. Bahkan, ia berhasil memperoleh surat resmi dari Pemerintah Indonesia yang menyatakan bahwa Seminari tidak boleh dibakar. Namun, di tengah usaha keras Romo van der Putten tersebut, terjadi peristiwa yang sangat menyedihkan. Romo R. Sandjaja Pr. dan Frater Bouwens SJ dibunuh oleh laskar Hisbullah pada tanggal 20 Desember 1948. Dalam situasi kacau ini, warga Seminari dipaksa mengungsi ke desa Dukun selama dua hari.