Makronisos diente während des 20. Jahrhunderts als Verbannungsort und hatte den Spitznamen „Teich von Siloah“ (κολυμπήθρα του Σιλωάμ). Während des griechischen Bürgerkriegs wurde die Insel vom Februar 1947 an bis 1949 zum Gefangenenlager. Auf der Insel waren fast 70.000 Menschen interniert (30.000 Zivilisten, daneben 38.000 Soldaten und Offiziere). 1957 verließen die letzten politischen Häftlinge, 1961 die letzten Militärs die Insel. Zu den ehemaligen Insassen zählen die Kommunisten Giannis Ritsos, Mikis Theodorakis, Manos Katrakis, und Apostolos Santas.