Na de oorlog verzwakte het leger opnieuw tot 13.000 manschappen in 1884. In die periode kwam ook het republicanisme sterk op, ook binnen het leger. In november 1889 was het het leger, onder leiding van maarschalk Manuel Deodoro da Fonseca, dat het keizerrijk omverwierp, waarop da Fonseca de eerste president van de nieuwe republiek werd. Ongeveer een vijfde van het leger zou achter de coup hebben gestaan. Een aantal bataljons probeerde de coup nog te verijdelen en terug te draaien. Ook de marine bleef de keizer steunen en zou nog jarenlang pogen de monarchie te herstellen. In 1893 begon de Federalistische Revolutie in een poging het keizerrijk te herstellen, waaraan ook royalistisch gezinde militairen van leger en marine deelnamen. In 1895 werden de rebellen verslagen door regeringstroepen.