Park Narodowy Soomaa został założony w 1993 roku z połączenia istniejących tu wcześniej obszarów chronionych – rezerwatu utworzonego w 1957 roku oraz torfowisk Kikerpera, Öördi, Kuresoo i Valgeraba objętych ochroną w roku 1981. W 2005 roku dołączono torfowisko Riisa. Od 1989 roku park jest ostoją ptaków IBA, a w 1997 roku został wpisany na listę konwencji ramsarskiej. Od 2004 roku park należy do sieci obszarów objętych ochroną przyrody na terytorium Unii Europejskiej – Natura 2000.