El Govern de Flensburg (en alemany: Flensburger Regierung o Regierung Dönitz) va ser una entitat governamental creada a Alemanya després del suïcidi d'Adolf Hitler al Führerbunker durant la Batalla de Berlín, en els dies finals de la Segona Guerra Mundial. Aquest Govern estava presidit per l'almirall Karl Dönitz, a qui Hitler havia designat com a "President del Reich" en el seu testament el 30 d'abril de 1945. Dönitz i els seus col·laboradors van tractar de presentar-se davant dels Aliats i l'URSS com a autoritat governamental alemanya, encara que van fracassar per complet en aquest intent, sent dissolt aquest "Govern" per la intervenció de soldats britànics el 23 de maig de 1945.