W 1940 r., po wejściu wojsk radzieckich do Besarabii, został aresztowany przez NKWD na rozkaz zastępcy ludowego komisarza spraw wewnętrznych Iosifa Mordowca. Jego zatrzymanie nastąpiło na fali represji NKWD wymierzonych m.in. w byłych deputowanych Rady Kraju oraz rumuńskich urzędników. 31 sierpnia 1940 r. został przewieziony z Călăraşi do Kiszyniowa i poddany represjom z powodu swojej działalności w Radzie Kraju w latach 1917–1918. Zarzucono mu, że opowiadając się za niepodległością Besarabii, a potem za jej wejściem w skład państwa rumuńskiego wykazał się postawą antyradziecką, a ponadto w kolejnych latach zwalczał ruch rewolucyjny. Oskarżono go o przestępstwa przeciwko klasie robotniczej i ruchowi rewolucyjnemu, kontrrewolucyjnego sabotażu i wspierania burżuazji. Podczas śledztwa ks. Baltagă oznajmił, że jest przeciwnikiem rewolucji i głosował za zjednoczeniem Besarabii i Rumunii, by jej uniknąć. Określił się jako besarabski nacjonalista i wyraziciel nastrojów mołdawskiego duchowieństwa, poddawanego rusyfikacji przez biskupów kiszyniowskich takich jak Paweł (Lebiediew) i Serafin (Cziczagow). Wobec ataku III Rzeszy na Związek Radziecki 22 czerwca 1941 r. jego proces nie został ukończony w Kiszyniowie. Duchowny został wywieziony przez NKWD do Kazania i zmarł tam w sierpniu 1941 r. w więziennym szpitalu.