Fino al 1258, "Villa Pupus" fu parte dal giudicato di Cagliari, nella curatoria del Sarrabus. I giudici possedevano nel territorio un castello, detto di Quirra. Alla caduta del giudicato (1258) il territorio passa per breve tempo al giudicato di Gallura e quindi al comune di Pisa; la conquista aragonese (1324), sconvolgendo il precedente assetto socio-economico e politico, causò il frazionamento del paese in due insediamenti, "Tarruti" e "Villa Pupusi". A partire dal 1324 quindi sia l'abitato che il castello passano sotto il dominio aragonese; dieci anni più tardi il castello fu inutilmente assediato dai Doria, e nel corso della guerra sardo-catalana anche dai giudici di Arborea; nel 1363 fu ceduto dal Re d'Aragona Pietro IV "il Cerimonioso" a Berengario Carroz, al quale venne dato in feudo anche il paese di Villaputzu, che fu quindi compreso nella contea di Quirra insieme ad altri 77 villaggi, una parte dei quali oggi non esiste più.