Джонатан Кирсли родился в штате Пенсильвания 20 августа 1786 года. В 1811 году окончил в Вашингтоне, штат Пенсильвания. В следующем году он поступил на службу в армию США. Во время англо-американской войны участвовал в нескольких сражениях, в одном из которых был тяжело ранен в ногу, в результате чего её пришлось ампутировать. Операция была проведена ненадлежащим образом и Кирсли всю оставшуюся жизнь прожил с болью.