Семью Макнейла разделили разногласия по вопросу договора с Британией. Его младший сын, Брайан, выступал против договора и был убит в сентябре 1922 года, во время Ирландской гражданской войны, при сомнительных обстоятельствах близ Слайго армией Свободного государства. Двое других сыновей, Найл и Турлох, служили офицерами в армии Свободного государства. Брат Оуэна, Джеймс Макнейл, стал вторым и предпоследним генерал-губернатором Ирландского Свободного государства.