Em 1995, Babbel recebia a notícia de que seria convocado pela primeira vez para a "Nationaleif". Sua primeira participação em torneios foi a Eurocopa 1996, sendo o titular na defesa. A Alemanha foi campeã após bater a República Tcheca na prorrogação. Foi o único título de Babbel com a camisa branca da "Nationaleif". Ele jogaria ainda a Copa do Mundo de 1998, mas acabaria amargando a reserva, e a Eurocopa 2000, sem muito alarde. Este foi seu último torneio defendendo a Alemanha, e Markus, chateado com a reserva, deixou a equipe.