Les saisons suivantes sont plus difficiles pour Giaffone en IndyCar Series. Malgré deux podiums en 2003, il manque cinq courses pour blessure, et fait une saison anonyme chez Dreyer &amp; Reinbold Racing en 2004. En 2005, il s'éloigne de l'IndyCar, prenant part à des courses brésiliennes ou sud-américaines. Il ne prend part qu'aux 500 miles d'Indianapolis cette année-là, dont il finit quinzième avec A. J. Foyt Enterprises. En 2006, il prend part aux huit premières courses de la saison IndyCar avec cette équipe, sans coup d'éclat, avant d'être licencié pour .