Борис Бунев напуска армията скоро след края на войната и постъпва в редиците на ВМРО, като става инструктор на чети, а по-късно и на терористични групи. Заселва се в Петрич по настояване на революционния комитет. Бунев е протоколчик на VI конгрес на ВМРО през февруари 1925 година в Сърбиново, на който Иван Михайлов е избран за председател на Централния комитет. По време на Петричкия инцидент през октомври 1925 година Бунев е един от главните организатори на защитата на Петричко от гръцките нашественици. Като околийски боеви инструктор той е избран за помощник на войводата Георги Въндев, оглавяващ бойния щаб.