В 1808 году французские войска вновь заняли Рим. В 1809 году император присоединил папское государство к Франции, а Рим объявил свободным городом. Папа осудил «грабителей наследства святого Петра», не называя, однако, имени императора. 5 июля 1809 года французские военные власти вывезли папу в Савону, а затем — в Фонтенбло под Парижем. На Пия VII оказывали давление с целью заставить его отказаться от папского государства, и вскоре он подчинился императорской власти. Королём Рима стал сын Наполеона и его второй жены Марии-Луизы Австрийской. После поражения в России Наполеон решил смягчить свои требования и заключить новый конкордат с Пием VII.