Schirra deu uma palestra na Universidade Rice depois de retornar para Houston, onde também desfilou pela cidade em uma parada. Entretanto, a Crise dos Mísseis de Cuba estava escalonando desde setembro e isto fez com que os noticiários não dessem tanto destaque para o voo da Mercury-Atlas 8. A preocupação pública sobre a relativa eficiência dos lançadores espaciais soviético e norte-americano foi substituída por um medo mais real de foguetes militares. Schirra visitou Washington, D.C. em 16 de outubro para receber a Medalha de Serviço Distinto da NASA das mãos de Kennedy, no mesmo dia que o presidente viu pela primeira vez as fotografias dos locais de lançamento em Cuba. O encontro mesmo assim ocorreu e foi amigável e informal apesar das circunstâncias. Schirra posteriormente afirmou que Robert F. Kennedy, irmão do presidente e Procurador-Geral dos Estados Unidos, falou com ele em particular sobre a possibilidade de uma carreira política, da mesma maneira que havia feito com Glenn um ano antes. Entretanto, diferentemente de seu colega, Schirra educadamente recusou e escolheu permanecer na NASA. Ele depois disso foi nomeado como reserva da Gemini III e foi para o espaço pela segunda vez na Gemini VI-A em 1965, realizando o primeiro encontro espacial entre duas naves tripuladas. Por fim, Schirra comandou a Apollo 7 em 1968, a primeira missão tripulada do Programa Apollo. Ele se aposentou como astronauta em julho de 1969, tornando-se a única pessoa a voar nos programas Mercury, Gemini e Apollo.