Đến Bruges, anh đã chơi trận đầu tiên vào ngày 31 tháng 7 năm 2011 trong ngày khai mạc của mùa giải 2011-2012 khoảng 20 phút trước khi kết thúc với KVC Westerlo. Anh ghi bàn đầu tiên của anh ở đội 10 phút sau đó. Vào ngày 10 tháng 9 năm 2011, anh đã đá chính đầu tiên trong trận FC Malines. Bất chấp sự thay đổi huấn luyện viên của Club Bruges và chuyển giao một số cầu thủ giàu kinh nghiệm, Thomas Meunier đã được giao làm đội trưởng và ổn định đội nhanh chóng, đầu tiên như một cầu thủ chạy cánh trái để bù đắp cho án treo giò của Lior Refaelov, sau đó ngay sau khi sự ra đi của Nabil Dirar đến Monaco vào tháng 1 năm 2012. Mùa giải tiếp theo cũng bắt đầu tốt cho anh, với một bàn thắng quyết định vào lưới Sporting Charleroi.. Thật không may, anh bị chấn thương mắt cá chân vào cuối ngày 5 tháng 8. Anh trở lại đội vào giữa tháng 6 và lấy lại phong độ vào đầu tháng Mười Hai. Sau sự lơi lỏng trong phòng ngự, huấn luyện viên của câu lạc bộ, Juan Carlos Garrido, đã quyết định xếp anh vào vị trí hậu vệ phải. Anh ấy thực hiện tốt và giữ ưu thế hơn các đồng đội. Trong mùa giải 2015-2016, CLB Brugge KV là nhà vô địch của Bỉ. Thomas Meunier có một mùa giải tuyệt vời và được lựa chọn cho Giải vô địch bóng đá châu Âu 2016 với "Quỷ đỏ"