2 апреля 1982 года Аргентина осуществила вторжение на Фолклендские острова. Джереми Мур был введен в руководящий состав тактической группы в Нортвуде, а затем переведен на командование сухопутными войсками Великобритании в Фолклендской войне. Его штабную должность занял генерал-лейтенант Ричард Трант. Джереми Мур сменил бригадного генерала Джулиана Томпсона на должности командира сухопутных войск и 30 мая 1982 года достиг Фолклендских островов на HMS Antrim (D18). Джереми Мур принял к руководству план Джулиана Томпсона и британские солдаты, в отсутствии достаточного количества вертолетов и сопротивлении аргентинских военнослужащих, сумели одержать победу. 14 июня 1982 года Джереми Мур принял капитуляцию аргентинского генерала Марио Менендеса в Порт-Стэнли.