Im Vierten Koalitionskrieg 1806 und 1807 focht er als General der Vorhut unter Bennigsen bei Preußisch Eylau, Heilsberg und Friedland. Für seine Verdienste verlieh ihm König Friedrich Wilhelm III. von Preußen im Juni 1807 den Schwarzen Adlerorden. Im Russisch-Schwedischen Krieg entriss er am 17. Mai 1809 dem schwedischen General Döbeln Åland. Im Russisch-Türkischen Krieg (1806–1812) befehligte er im Fürstentum Moldau. Er schlug den osmanischen Befehlshaber Chosrew Pascha am 16. September 1809 bei Rassowat, eroberte Matschin, Hirsowa, Ismail und Braila, belagerte aber die Festung Silistra vergeblich, verlor die Schlacht bei Tartariza (3. November) und wurde 1810 durch Nikolai Michailowitsch Kamenski abgelöst. Nach dessen Tod im Jahr 1811 übernahm Bagration wieder ein Kommando.