De AK heeft ten minste één bloedbad veroorzaakt onder Litouwse burgers, inclusief vrouwen en kinderen, bij Dubingiai. Poolse historici spreken gewoonlijk over 20 tot 27 slachtoffers, de Litouwse historicus Juozas Lebionka heeft het over honderd slachtoffers, andere Litouwse historici beweren tot tweehonderd slachtoffers. Het totale aantal Litouwse slachtoffers aan de hand van de AK is ook een punt van discussie, variërend van vijfhonderd tot duizend slachtoffers (Litouwse schatting). Poolse historici stellen dat de massamoord bij Dubingiai een eenmalige gebeurtenis is en dat het niet geplande acties waren, maar eerder spontane aanvallen uitgelokt door sommige met de nazi's collaborerende Litouwse militaire eenheden die tegen de AK vochten en ook werden beschuldigd van moord op Poolse burgers. Deze eenheden worden beschuldigd van deelname aan massale executies van Joden en Polen in het Bloedbad van Paneriai buiten Vilnius. De Litouwers beweren op hun beurt dat hun acties een antwoord was op Poolse acties. Door deze controverse heeft de AK, ondanks haar verzetsrol tegen de nazi's, een tamelijk ambivalente status in het hedendaagse Litouwen, vergelijkbaar met hoe naar de Sovjetpartizanen wordt gekeken.