Voor het EK 1996 (door een blessure) en het WK 1998 werd Conte niet opgeroepen. In 2000 mocht hij van bondscoach Dino Zoff wel deelnemen aan het EK in België en Nederland. Conte startte in de eerste twee groepswedstrijden, tegen Turkije en gastland België, in de basis. Italië won beide duels en zou uiteindelijk groepswinnaar worden. In de kwartfinale tegen Roemenië startte hij opnieuw in de basis, maar werd hij na iets minder dan een uur gewisseld voor Luigi Di Biagio. Italië stond dan al 2-0 voor, wat ook de eindscore werd. Tijdens de rest van het toernooi kwam Conte niet meer aan spelen toe. Italië bereikte uiteindelijk de finale, waarin het na een golden goal verloor van Frankrijk. David Trezeguet, de maker van het beslissende doelpunt, werd na het EK een ploeggenoot van Conte bij Juventus.