Dopo tre successi di fila, nell'estate del 2019 il Bayern, giunto all'ottava gara consecutiva nel torneo, perde la Supercoppa di Germania (2-0 contro il Borussia Dortmund). Il 3 novembre 2019, in seguito ad un avvio di stagione 2019-2020 contrassegnato da risultati altalenanti, il club comunica la rescissione consensuale del contratto con Kovač, dopo la sconfitta per 5-1 sul campo dell'Eintracht Francoforte. Il subentrato Hans-Dieter Flick, prima ad interim e, dopo un positivo esordio, in via definitiva, guida i bavaresi alla vittoria del titolo per l'ottava volta consecutiva, con due giornate di anticipo rispetto alla fine del torneo, alla vittoria della Coppa di Germania e vittoria della UEFA Champions League, ottenuta battendo in finale il Paris Saint-Germain per 1-0 (Rete di Kingsley Coman) e centrando così il secondo "treble"; il club bavarese diviene l'unica squadra capace di vincere tutte le partite di Champions giocate in una sola stagione.