Οι ρωσικές προεδρικές εκλογές ήταν προγραμματισμένες για τον Ιούνιο του 1996, και παρόλο που η γυναίκα και οι περισσότεροι φίλοι του τον παρότρυναν να μη συμμετάσχει, ο Γκορμπατσόφ αποφάσισε να το πράξει. Μισούσε την ιδέα ότι η εκλογή θα οδηγήσει σε επαναληπτικό γύρο μεταξύ του Γέλτσιν και του Γκενάντι Ζιουγκάνοφ του Κομμουνιστικού Κόμματος της Ρωσικής Ομοσπονδίας, τον οποίο ο Γέλτσιν θεωρούσε σταλινικό. Δεν ανέμενε να κερδίσει, αλλά πίστευε ότι θα δημιουργούταν είτε γύρω από τον ίδιο ή κάποιον υποψήφιο με παρόμοιες απόψεις, όπως ο Γκριγκόρι Γιαβλίνσκι, ο Σβιάτοσλαβ Φιοντόροφ ή ο Αλεξάντερ Λέμπεντ. Μετά την εξασφάλιση των απαραίτητων 1.000.000 υπογραφών, ανακοίνωσε την υποψηφιότητά του το Μάρτιο. Στην έναρξη της εκστρατείας του ταξίδεψε σε όλη τη Ρωσία, δίνοντας συλλαλητήρια σε είκοσι πόλεις. Αντιμετώπισε πολλούς διαδηλωτές εναντίον τους, ενώ μερικοί τοπικοί αξιωματούχοι υπέρ του Γέλτσιν προσπάθησαν να λογοκρίνουν την κάλυψή του από τα μέσα ενημέρωσης ή αρνήθηκαν την πρόσβαση σε χώρους. Επίσης, προσπάθησαν να απαγορεύσουν τα μέσα ενημέρωσης από το να τραβήξουν την εκστρατεία του, ενώ η εκστρατεία του δέχθηκε τόσο λίγη κάλυψη, που πολλοί δεν ήξεραν καν ότι είναι υποψήφιος. Στις εκλογές, ο Γκορμπατσόφ ήταν έβδομος με 386.000 ψήφους, ή περίπου 0.5% του συνόλου. Ο Γέλτσιν και ο Ζιουγκάνοφ πέρασαν στο δεύτερο γύρο και κέρδισε ο πρώτος.