Im September 2014 wurde Mutlu durch Vasip Şahın im Amt abgelöst und nach Ankara berufen, wo er – wie häufig der Fall – als sogenannter "Zentralgouverneur" Rang und Gehalt behielt, aber keinen aktives Amt ausübte. Im Zusammenhang mit den Untersuchungen zum Putschversuch 2016 wurde er am 19. Juli 2016 wie Tausende andere Beamte suspendiert und am 26. Juli festgenommen. Im August 2016 kam Mutlu in Untersuchungshaft und wurde Mitte 2017 formal aus dem Staatsdienst entfernt. Im Februar 2018 wurde er wegen Unterstützung der in der Türkei als terroristisch eingestuften Gülen-Organisation zu einer Haftstrafe von drei Jahren, einem Monat und 15 Tagen verurteilt. Das Gericht erachtete es als erwiesen, dass Mutlu der Organisation "willentlich und absichtlich" geholfen habe, ohne dieser als Mitglied anzugehören. In Anbetracht der anderthalb Jahre, die Mutlu in Haft verbracht hatte, wurde er mit der Urteilsverkündigung aus dem Gefängnis Silivri entlassen.