Через своє стратегічне розташування Файя-Ларжо неодноразово піддавалося нападам та захоплювалося ворогуючими сторонами під час громадянської війни і лівійсько-чадського конфлікту. В 1978—1980 і 1983—1987 місто знаходилося під лівійською окупацією.