Почетак Априлски рат 1941. године га је као добровољца Југословенске војске, у чину ђака-поднаредника, затекао у допунском пуку на Врелу Босне. Заједно са њим у истом пуку, као ђак-поднаредник био је и Милош Зекић, каснији партизански борац, генерал ЈНА и народни херој. Након напада на Југославију, 6. априла 1941. године њихов пук је био упућен ка Сави у сусрет немачким јединицама. Пошто су код Лашве сазнали да Немци надиру долином реке Босне, одлучено је да их овде дочекају. Непосредно пред борбу, пук је захватило расуло и он се распао. Одбијајући да падне у заробљеништво, Слободан је заједно са Милошем Зекићем успео да се једним камионом пребаце до Високог, а одатле пешице дођу до Вогошће. Ту су набавили цивилна одела и код познаника сакрили униформе и оружје које су понели, а онда су отишли у Сарајево. Након окупације Југославије, била је формирана усташка Независна Држава Хрватска у чији састав је ушла и Босна и Херцеговина. Одмах по успостављању окупаторско-квинслишке управе у Сарајеву отпочео је прогон Срба, Јевреја, Рома, као и свих антифашистички опредељених грађана. Међу првим жртвама усташког режима, на самом почетку окупације, био је Слободанов старији брат Гаврило Принцип. Он је покушао да из Сарајева пређе у Београд, али је на том путу био ухапшен у Босанском Броду и одведен у непознатом правцу.