El FIS se convirtió en una organización política legal en septiembre de 1989, y demostró inmediatamente su fuerza en las movilizaciones en la calle. También consiguió sendas victorias en las primeras elecciones libres de la Argelia independiente, en 1990 y 1991. Desde su fundación, el FIS mostró una bicefalia: por una parte Ali Benhadj, el líder radical partidario de la lucha armada, profesor y ex compañero de Mustafá Buyali, que movilizaba a los jóvenes hitistas, y por otra parte Abbasi Madani, exmiembro del FLN y antiguo universitario, que convencía a la burguesía religiosa y a los comerciantes. Sin embargo, el FIS no logró unir a estos dos sectores sociales durante mucho tiempo (sí lo consiguió Jomeini en Irán), y con el estallido de la guerra el partido se dividió en dos facciones antagonistas, el GIA (Grupo Islámico Armado) y el AIS (Ejército Islámico de Salvación), que representaban a esos dos colectivos.