La zona habría sido habitada por los indígenas "quiximies", previo a la conquista española, según un supuesto relato atribuido a Francisco Pizarro. El primer asentamiento permanente en la zona data de 1895, en tanto que su parroquialización se decretó el 14 de diciembre de 1911, dentro del cantón Sucre, durante el Gobierno de Leonidas Plaza Gutiérrez, tras su reconstrucción luego del devastador terremoto de Esmeraldas de 1906. Una serie de violentas marejadas destruiría el pueblo nuevamente en 1956. El fuerte invierno provocado por la la corriente cálida de El Niño en 1982 también afectaría a la parroquia, pese a lo cual, volvió a levantarse. Durante el terremoto de Esmeraldas y Manabí de 2016, pese a estar ubicada cerca del epicentro, Cojimíes resultó una de las localidades menos afectadas.