Ekoku speelde 20 interlands in het Nigeriaans voetbalelftal en scoorde hierin zes doelpunten. In 1994 won hij de Afrika Cup in een elftal bestaande uit Augustine Okocha, Stephen Keshi, Rashidi Yekini en Emmanuel Amunike onder leiding van de Nederlandse bondscoach Clemens Westerhof. Hij was er eveneens bij op het wereldkampioenschap voetbal 1994 in de Verenigde Staten, waar Nigeria werd uitgeschakeld door Italië in de achtste finales.