Im Jahr 2015 verteidigte sie ihren Wahlkreis – trotz der erneuten Niederlage der Labourpartei – erneut und kandidierte im Anschluss für den Parteivorsitz, unterlag jedoch Jeremy Corbyn und wurde lediglich dritte. 2016 unterstützte sie die Remain-Kampagne beim EU-Mitgliedschaftsreferendum im Vereinigten Königreich; die Mehrheit in ihrem Wahlkreis stimmte dagegen für einen Brexit. Zudem unterstützte Flint die gescheiterte Initiative der Labour-Parlamentsfraktion, Corbyn abzuwählen. Im Zuge des andauernden Ringens im Unterhaus um den Austritts Großbritannien aus der EU distanzierte sich Flint zunehmend von der offiziellen Parteilinie, da die Mehrheit in ihrem Wahlkreis für einen Brexit gestimmt hatte. Sie zeigte sich offen, Premierminister Boris Johnsons Versuche im Unterhaus zu unterstützen, einen Gesetzesentwurf bezüglich eines Austritts zu verabschieden und widersetzte sich im Oktober 2019 den Whips ihrer Partei, als sie gegen eine eingebrachte Änderung des Gesetzesentwurfs der Regierung stimmte.