Niezależnie od hipotez na temat kształtu prezbiterium kościoła zbudowanego przez wcześniejszą generację, faktem jest, że następne pokolenie podjęło realizację budowy prezbiterium świątyni wprowadzając do pierwotnej koncepcji przestrzennej radykalną zmianę. Prezbiterium poprzedził nie jednonawowy, a trójnawowy transept o układzie halowym, w podobny sposób rozbudowano prezbiterium. Budowę tak pomyślanej części wschodniej rozpoczęto w latach siedemdziesiątych XIV w., a w latach 1379–1400 wzniesiono zewnętrzne mury halowego transeptu i prezbiterium. Pracami kierował mistrz murarski Henryk Ungeradin, znany także z budowy ratusza Głównego Miasta. W 1424–1447 rozbudowano transept i prezbiterium, pokryto dachem i wykończono ich szczyty. W wyniku tychże zmian powstała dysproporcja w wyglądzie zewnętrznym kościoła pomiędzy częścią wschodnią i zachodnią. Patronat nad budową świątyni w ostatniej ćwierci XIV wieku przejęła Rada Miejska Gdańska, która sterowała organizacją i zarządzaniem oraz pieczą nad finansowaniem prac budowlanych. Jeszcze w trakcie wojny trzynastoletniej, w latach 1454–1466 podwyższono wieżę, co było symbolicznym akcentem zwycięstwa gdańszczan nad Zakonem Krzyżackim. Podwyższono także wieżyczki na sygnaturkę na skrzyżowaniu naw oraz flankujące transept i prezbiterium. W 1484–1498 przekształcono pozostałą bazylikową część nawy na hale z rozszerzeniem naw bocznych. Od 1485 przy budowie pracował architekt Hans Brandt – z jego udziałem wzniesiono korpus nawowy.