Turbulente Zeiten begannen für Stockach mit der Französischen Revolution (1789 bis 1799) und mit Napoleon Bonaparte. Im Kriegsjahr 1799 lag die Frontlinie der sich im Zweiten Koalitionskrieg bekämpfenden Österreicher unter Erzherzog Karl und Franzosen unter General Jourdan zwischen Stockach und dem Witthoh. Am 25. März 1799 kam es zur Schlacht bei Stockach und Liptingen bei der, der in Diensten der Habsburger stehende Feldmarschallleutnant, Karl Aloys Fürst zu Fürstenberg bei Liptingen fiel und von seinen Soldaten zur Aufbahrung in die Stadt gebracht wurde. Im Zuge des Schlachtverlaufes errangen die Österreicher einen Sieg über die Franzosen. Dieses Glück währte jedoch nicht lange: Als Napoleon sich 1804 zum König von Italien krönte, kam es erneut zum Krieg mit Österreich. Die süddeutschen Staaten Bayern, Württemberg und Baden schlossen sich gestärkt durch den Reichsdeputationshauptschluss Frankreich an. Im Jahr 1805 war das Ende der österreichischen Herrschaft in Süddeutschland besiegelt, Napoleon trat jetzt als Reformator Europas auf und belohnte seine Kriegspartner mit den ehemals schwäbisch-österreichischen Gebieten. Stockach fiel damals zunächst an Württemberg. Am 23. November 1810 wurde das Stockacher Oberamt an Baden übergeben. Am 9. März 1848 wurde im Zuge der bürgerlich-revolutionären Erhebung zum ersten Mal in Deutschland vom Dandler-Balkon in Stockach die Deutsche Republik ausgerufen, als Joseph Fickler, der Redakteur der Konstanzer "Seeblätter", vor 6000 begeisterten Männern aus dem ganzen Seekreis eine flammende Rede hielt. Doch wurde die revolutionäre Stimmung schon bald durch bayrische, später württembergische und preußische Truppen erstickt. Ende 1851 zogen die letzten Besatzungstruppen ab.