Lors du mercato d'été 2013, Thiago Silva est ouvertement courtisé par le FC Barcelone. Le PSG refuse toutefois de transférer le joueur. Le , le Paris Saint-Germain est opposé à Bordeaux lors du Trophée des Champions qui se joue à Libreville. Les joueurs parisiens remportent la rencontre sur le score de 2 à 1. Thiago Silva remporte ainsi son premier Trophée des Champions. Il s'agit du deuxième titre dans la compétition depuis l'arrivée des Qatariens à la tête du club et le premier pour le PSG de Laurent Blanc. Le , Silva prolonge son contrat avec le Paris Saint-Germain d'une année supplémentaire et se retrouve lié avec le club jusqu'en .