I oktober 2005 höll man en konsert i Chicago för att samla in pengar till offren för orkanen Katrina, man gästades bland andra av Robert Plant från Led Zeppelin. Den 22 november samma år gav Pearl Jam sig ut på en turné i Sydamerika där man bland annat besökte Chile, Argentina, Brasilien och Mexiko. Som förband valde man Mudhoney, ett av få kvarvarande band från grungeeran i Seattle i början av 1990-talet. För att hedra Johnny Ramone (gitarrist i Ramones, en nära vän till Eddie Vedder) som gick bort 2004 framförde man Ramoneslåten "I Believe in Miracles" på varje framträdande under turnén. Man gästades av Marky Ramone som spelade trummor på en av konserterna.