1992년에 벌어진 보스니아 전쟁 기간 동안에 할릴호지치는 모스타르에서 부상을 입었으나, 몇 달만에 회복하였다. 그는 크로아티아-보스니아 전쟁이 헤르체고비나까지 확대됨에 따라 크로아티아 국방위원회으로부터 위협을 받아 1993년에 모스타르를 뜨게 된다. 그가 떠나고 나서 그의 주택은 약탈을 당하고 불태워졌다.