Facchinetti var son till Antonio Facchinetti och Francesca Cini. 1544 avlade han doktorsexamen i juridik vid universitetet i Bologna, och prästvigdes samma år. Några år senare blev han rådgivare åt kardinal Alessandro Farnese i Rom. I egenskap av biskop av Nicastro deltog han i tridentinska mötet 1562–1563. 1566 var han apostolisk nuntie till Venedig, i syfte att skapa en allians med venetianerna och spanjorerna mot turkarna; frukten var segern i Lepano år 1571. Som erkännande för denna seger utnämndes han till titulärpatriark av Jerusalem 1572.