メリーランド方面作戦の開始となったサウス山の戦いでは、ポトマック軍の「右翼」（第1軍団と第9軍団）の指揮を与えられたが、アンティータムの戦いでは、マクレランがこれを分けてそれぞれ北軍の両端に配置したので、バーンサイドはまた第9軍団のみの指揮官に戻った。バーンサイドは暗に高い権威を諦めることを拒み、先ずジェシー・リー・リノ少将を（サウスマウンテンで戦死）、次にジェイコブ・D・コックス准将を軍団指揮官として待遇し、命令は軍団長を通して軍団に伝えた。この煩わしい手配のために、北軍前線の南側側面にあって「バーンサイドの橋」と今も呼ばれる橋の攻撃やそれを渡るときに動きが鈍くなってしまった。