W 2005 roku wywalczył z reprezentacją Togo awans do finałów mistrzostw świata w 2006 r., zostając królem strzelców eliminacji w strefie CAF z 11 bramkami. W 2006 roku wystąpił z drużyną w finałach mistrzostw świata. Jego drużynie nie udało się, przegrali wszystkie mecze grupowe. Był dwa razy nominowany do nagrody dla najlepszego piłkarza. Został wybrany najlepszym piłkarzem Afryki 2008 roku. Podczas, gdy wraz ze swoją reprezentacją jechał na PNA 2010, bandyci ostrzelali autokar, w którym jechała reprezentacja Togo. Adebayorowi się jednak nic nie stało. W związku z tym wydarzeniem 12 kwietnia 2010 roku ogłosił zakończenie reprezentacyjnej kariery.