Den nyare släktens yngre linje härstammade från den rike och driftige godssamlaren Eskil Gøye til Krenkerup og Gisselfeld (död 1506). Han var far till Mogens Gøye och Henrik Gøye. Bland Mogens' talrika barn skall nämnas den fromma fru Eline Gøye (död 1563) och hennes syster Birgitte Gøye. Henrik Gøyes son Eskil Gøye till Skjørringe (död 1573), uppvaktade den fångne Kristian II på Kalundborg, var senare lensmand bland annat i Odense och Nyborg och proviansmästare i Fyn under Nordiska sjuårskriget.