První zprávu o domorodé vesnici přinesl roku 1886 německý cestovatel Gustav Adolf von Götzen. Pod belgickou správou se město stalo ekonomickým centrem regionu. Po vypuknutí rwandské genocidy v roce 1994 zaplavily Gomu a okolí statisíce uprchlíků, špatné hygienické podmínky v provizorních táborech způsobily epidemii cholery. Další destabilizaci oblasti přinesla první válka v Kongu a druhá válka v Kongu, před násilnostmi na venkově hledali mnozí lidé útočiště v Gomě. V lednu 2002 navíc část města poničila erupce nedaleké sopky Nyiragongo, která si vyžádala stovky životů. V listopadu 2012 Gomu obsadili příslušníci protivládní milice M23. Situaci pomohl stabilizovat zásah mise OSN v Kongu.