Il commence à organiser le Comité juif antifasciste international. Il entre en contact à la même période avec Stanisław Kot, l'ambassadeur de Pologne à Moscou, et appelle les Juifs polonais se trouvant en Union soviétique à rejoindre l'armée polonaise d'Anders. En , Alter et Henryk Erlich, un autre responsable du Bund, sont placés en résidence surveillée par les autorités soviétiques dans un hôtel de Kuibishev (Samara). Ignorant qu'ils sont sur écoute, les deux bundistes discutent de rumeurs faisant état d'un massacre d'officiers polonais, dont de nombreux Juifs, à Katyn. Les enregistrements sont immédiatement transmis à Staline. Le , Alter est de nouveau arrêté par le NKVD, ainsi qu'Erlich et assassiné, bien que l'on ignore les détails exacts de son exécution. Selon certains rapports, il aurait été condamné à mort le , et immédiatement exécuté. D'autres sources indiquent que son exécution n'aurait eu lieu qu'en février 1943. La sentence de mort est signée par Molotov dans une note à Beria, affirmant que l'ordre a été approuvé personnellement par Staline.