במרץ 2012 מונה אלון למפקד פיקוד המרכז והועלה לדרגת אלוף. במהלך כהונתו התמודד הפיקוד עם עלייה במספר פיגועי הטרור ביהודה ושומרון. אירוע מרכזי בתקופה זו היה חטיפת שלושת הנערים בעקבותיה יצא צה"ל למבצע "שובו אחים".