Po ukončení výstavby začal tábor fungovat v počátku jako zajatecký tábor pro nežádoucí osoby z řad polské inteligence a Židů. Oficiálně byl veden jako "zvláštní tábor SS". V roce 1941 byl tábor přejmenován na koncentrační a sloužil jako tábor vyhlazovací. Až do roku 1942 byli mrtví převáženi na polský hřbitov "Zaspa", jak tábor rostl, mrtví byli spalováni v táboře na hranicích, od roku 1942 poté v nově postaveném krematoriu. V tomto roce také začaly přesuny do tábora Stutthof z jiných koncentračních táborů a Stutthof se stal "mezinárodním". Na začátku roku 1943 došlo k největšímu rozšíření, kdy k původním osmi barákům přibylo dalších 30 betonových. Plocha tábora měla zpočátku rozlohu 12 ha, ovšem v roce 1944 již rozlohu desetinásobnou. V tomto roce se také rapidně zvýšil podíl židovských vězňů. Do té doby byli Židé v menšině, ale po převratu v Maďarsku kdy se urychleně deportovali maďarští Židé do koncentračních táborů, se jejich podíl zvýšil na 70%.