Seit Oktober 2014 war Schneider Assistenztrainer von Joachim Löw, unter dem er bereits als Spieler beim VfB Stuttgart agiert hatte, bei der deutschen Fußballnationalmannschaft. 2017 gewann er als Co-Trainer den FIFA-Konföderationen-Pokal. Bundestrainer Löw verzichtete nach dem Ausscheiden in der Vorrunde der WM 2018 auf Schneider als Assistent, der dafür in die Scoutingabteilung des DFB wechselte. In seiner Rolle als Chefscout unterstützte er in der Folge mit seinem Team Löw und dessen neuen Assistenten Marcus Sorg bei der Gegneranalyse, indem Stärken und Schwächen des jeweils nächsten Kontrahenten aufbereitet wurden. Im August 2021 einigte er sich mit dem DFB auf die Auflösung seiner Vertrages.