Vaasa har flere gange ændret navn på grund af forskellige stavemåder, politiske beslutninger og generelle ændringer i sproget. Byen blev først kaldt Mustasaari eller Mussor efter den landsby, der var beliggende i området ved byens grundlæggelse i 1606. Få år efter grundlæggelsen, skiftede byen navn til Wasa efter svensk forbillede. Mustasaari (finsk) og Korsholm (svensk) er da også navnene for den omkringliggende landkommune, som siden 1973 har omsluttet byen. Byen var kendt som Wasa fra 1606 til 1855, Nikolaistad (svensk) og Nikolainkaupunki (finsk) fra 1855 til 1917, Vasa (svensk) and Vaasa (finsk) efter Februarrevolutionen, hvorefter den finske stavemåde har været den primære efter ca. 1930, hvor det finske sprog blev majoriteten i byen.