Baghdadi divenne più tardi uno dei 10 componenti originali dei Movimento dei Liberi Ufficiali. Durante la Rivoluzione egiziana del 1952 guidata dai "Liberi Ufficiali", al-Baghdadi comandò unità di caccia militari che sorvolarono Il Cairo per prevenire qualsiasi reazione delle truppe eventualmente rimaste fedeli al Re Fārūq I. Dopo che i Liberi Ufficiali assunsero il potere, Gamal Abd el-Nasser — il principale leader del colpo di Stato e nuovo Primo ministro dell'Egitto — nominò al-Baghdadi presidente di una Corte speciale istituita per giudicare i membri della deposta monarchia, che condannò il generale Husayn Sirri 'Amer e un leader del partito Wafd, Fuʾād Sarrāg al-Dīn (Fouad Serageddin), tra gli altri, a lunghe pene detentive. Numerose sentenze furono tuttavia commutate in senso più favorevole ai condannati.