Effenberg đã thi đấu 35 trận cho đội tuyển quốc gia Đức và ghi được năm bàn thắng. Anh bắt đầu tham gia đội tuyển vào ngày 5 tháng 6 năm 1991, trong trận đấu với xứ Wales tại vòng loại Euro 1992. Anh chơi được 20 phút và tuyển Đức khi đó thua trận trên sân khách. Tuy nhiên, sự nghiệp quốc tế của Effenberg được đánh dấu bằng các rắc rối và thành tích thi đấu nghèo nàn.