Nell'ottobre 1941, poco dopo la campagna di Siria in seguito alla quale un quinto degli effettivi passarono alla Francia Libera, impose ai soldati dell'armata d'Africa di prestare giuramento al maresciallo Pétain. Le pressioni di Hitler sul governo di Vichy per ottenere l'esonero dai suoi incarichi in Africa, sfocianro infine nel suo richiamo in Francia nel novembre 1941. Nel novembre 1942, dopo l'invasione Alleata dell'Africa del Nord e l'occupazione totale della Francia, Weygand venne preso prigioniero dai tedeschi, e posto agli arresti in Germania, nel castello d'Itter, dipendente amministrativamente dal campo di Dachau. Vi ritrova Paul Reynaud, Édouard Daladier e Maurice Gamelin, con i quali avrà rapporti tesi.