Als Anführer der Freistaatenregierung während des Bürgerkriegs war Cosgrave sehr unbarmherzig, wenn es um die Verteidigung des Staates gegen seine ehemaligen republikanischen Mitstreiter ging. Gesetz und Ordnung hatten oberste Priorität, doch viele Bürger vergaben ihm die Anordnung der Hinrichtung von republikanischen Gefangenen ohne Prozess nicht. Insgesamt wurden zwischen November 1922 und Mai 1923 77 Gefangene hingerichtet – weit mehr als die Briten während des gesamten Irischen Unabhängigkeitskrieges hinrichten ließen.