滝沢一と佐藤忠男は、この映画の中に「天皇制批判」はあっても「国家批判」「加害責任」の問題が欠落していると批判している。大西瀧治郎は航空特攻の創始者（あるいは実施決定者）であったのと同時に重慶爆撃の主導者でもあった。そのことは『あゝ決戦航空隊』でも原作の『特攻の思想』でも描写されていない。重慶爆撃は日本軍によって5年近くの長きにわたり執拗になされた無差別都市爆撃で、戦争末期に東京で受けた空襲と同じことが行われた。大西は第二連合航空隊司令としてそれを指揮していた。福間良明は「『あゝ決戦航空隊』は、アジア地域に対する加害責任の問題や国民の戦争責任の問題は欠落している」などと論じており、佐藤忠男は「特攻隊の存在理由をとことん突き詰めてみることによって、天皇の戦争責任といった問題まで迫ろうとしている」と評価しながら、『あゝ決戦航空隊』の前半はフィリピンの基地が主な舞台である。しかし脚本を読む限り、日本軍がフィリピンの民衆にとっていかなる悪であったかということは問題になっていない。つまり、太平洋戦争の悪の根本的な点は度外視されている。問題になっているのは日本とアメリカの戦争だけである。太平洋戦争はアジアを侵略したという点において全面的に悪なのであるが、日本とアメリカの戦争という点に限って言えば日本にも若干の言い分はある。だから日本の戦争映画は、アメリカとの戦闘に死力を尽くしたというところにだけ焦点を絞ってアジアの民衆を画面から締め出すようにしさえすれば、悲愴感も成り立ちやすく、特攻隊の自己正当性も楽になる」と指摘している。