Hicham El Guerrouj naît le 14 septembre 1974 à Berkane, dans la région de l’Oriental, au nord-est du Maroc. Issu d’une famille modeste de six enfants, son père Ayachi est vendeur ambulant. Il commence le sport par le football en tant que gardien de but d’une équipe de jeunes de Berkane. Repéré en 1988 à l’âge de quatorze ans par Aziz Daouda, directeur technique national de l’athlétisme marocain, à l’occasion des championnats du Maroc de cross-country, il intègre deux ans plus tard l’Institut national d'athlétisme de Rabat, dont sont issus de nombreux médaillés olympiques marocains. Abandonnant ses études, il se consacre désormais pleinement à la course à pied, suivant les traces de l’idole de sa jeunesse, son compatriote Saïd Aouita, premier champion olympique marocain et détenteur de nombreux records du monde sur les courses de fond et demi-fond dans les années 1980. Entraîné par Abdelkader Kada, il accomplit très tôt sa percée, en 1992, à l’âge de dix-huit ans, en se classant troisième du  des championnats du monde juniors à Séoul, derrière l’Éthiopien Haile Gebrselassie et le Kényan Ismael Kirui, futurs champions du monde de la discipline. En 1994, à Litochoro, il fait partie de l’équipe du Maroc qui bat le record du monde du relais Ekiden en . Il s’entraîne à Rabat mais effectue chaque année plusieurs stages de préparation et d’oxygénation en altitude, à Ifrane.