Nach seiner Rückkehr nach Bayern 1834 diente er weiter in der bayerischen Armee und war vom 27. April 1841 bis 30. März 1848 Kommandant der 1. Kavallerie-Brigade. Zwischenzeitlich war Eduard 1844 zum Ritter des Hubertusordens geschlagen worden. Im Schleswig-Holsteinischen Krieg kämpfte er als Führer der bayerischen Armee mit anderen thüringischen Fürsten auf Seiten des Deutschen Bundes und zeichnete sich bei der Eroberung der Düppeler Schanzen aus. Danach wurde er als Generalleutnant am 18. November 1848 zum Kommandanten der Kavalleriedivision des I. Armee-Korps in München ernannt. Diese Position bekleidete er bis zum 30. September 1851.