Recoba nåede i sin tid som landsholdsspiller (1995-2007) at spille 69 kampe og score 11 mål for Uruguays landshold, hvori han har scoret 14 mål. Han debuterede for holdet helt tilbage i 1995, og har siden repræsenteret sit land ved både VM i 2002, Copa América i 1997 og 2007 samt Confederations Cup 1997.