Teve um desempenho extraordinário no Campeonato Europeu de Futebol Sub-19 de 2004, no qual a Espanha foi campeã e Juanfran ganhou o prêmio de melhor jogador do torneio. Juanfran tem um raro recorde, jogar 2 edições de uma Copa do Mundo Sub-20; a 1° foi em 2003, nos Emirados Árabes Unidos, quando ganhou a medalha de prata ao perder a final para o Brasil e 2° em 2005, quando chegaram nas quartas de final e foram eliminados pela futura campeã Argentina.