Jugó para la Selección de fútbol de Honduras en veintisiete ocasiones. Hizo su debut con la "H" el 6 de septiembre de 2011 en un partido amistoso ante la Selección de fútbol de Paraguay que finalizó con un marcador 3-0 a favor de Paraguay. Destacó su participación en las eliminatorias mundialistas 2014, donde logró adjudicarse al puesto de titular en el equipo dirigido por Luis Fernando Suárez. También destacó su participación en la Copa Centroamericana 2013 y fue fuerte candidato para disputar la Copa Mundial de Fútbol de 2014 que se realizará en Brasil. El 5 de mayo de 2014 se anunció que Peralta había sido convocado entre los 23 jugadores que disputarán la Copa Mundial de Fútbol de 2014 en Brasil con .