Am 23. Januar bzw. 2. Februar 1556 kamen beim Erdbeben in Shaanxi 1556, dem schwersten Erdbeben der Geschichte, welches auch Gebiete in heutigen Nachbarprovinzen betraf, 830.000 Menschen ums Leben. Während der Dunganenaufstände wurde die Provinzhauptstadt Xi’an 1862 zunächst von in den Süden der Provinz einfallenden Taiping-Rebellen, im Jahr darauf dann von muslimischen Hui belagert. Bis 1872 kontrollierten die Hui vor allem den Norden und Westen der Provinz, aber auch weitere Gebiete im Süden Shaanxis und weite Teile Nordchinas. Während der Moslemaufstände wurden Millionen von Hui, aber auch zahlreiche Han getötet, der Großteil der muslimischen Gemeinden der Provinz war danach vernichtet oder geschwächt.