במאי 1940, כאשר הוורמכט התקדם בצרפת לקראת כיבושה. שב מקלין לבריטניה. הוא המשיך להעביר מידע למוסקבה מלונדון, ובספטמבר 1941, שלושה חודשים לאחר פלישת הנאצים לברית המועצות דיווח למוסקבה כי בבריטניה מתבצע מיזם לפיתוח פצצת אורניום שתהיה לדבריו מוכנה תוך שנתיים. מידע זה היה נכון כי הבריטים ניסו בשלב זה לפתח נשק גרעיני במקביל לאמריקאים, אשר בסופו של דבר עלה על ידי האמריקאים לפתחו. ב-1944 נתמנה מקלין למשרת מזכיר ראשון של המחלקה לענייני גרמנית בשגרירות בריטניה בוושינגטון בירת ארצות הברית. היה זה בשיאו של פרויקט מנהטן לפיתוח פצצת אטום, כאשר ארצות הברית כבר התקדמה בו בצורה ניכרת, ומקלין מתוקף תפקידו ידע פרטים על הפרויקט והעביר על כך מידע ומסמכים חסויים לסובייטים.