Zgodovina agencije sega v čas drug svetovne vojne, ko je bil s pomočjo Britancev ustanovljen Urad strateških služb (Office of Strategic Services, kratica OSS). Ta se je večinoma ukvarjal z vohunsko dejavnostjo proti silam osi. Po vojni je bil urad razpuščen njegovi oddelki pa razporejeni med različne takratne varnostne agencije ZDA. Šele s sprejetjem Nacionalnega varnostnega akta iz leta 1947 je bila ustanovljena CIA v obliki kot jo poznamo danes. Skozi zgodovino se je agencija kalila v številnih vojnah ter bila vpletena v številne državne prevrate in mednarodne incidente. Med hladno vojno je njena moč neprestano rasla s tem pa tudi njen proračun, ki je omogočal razvoj novih vohunskih tehnik daleč za sovražnikovo črto. Po koncu hladne vojne se je proračun in obseg agencije zmanjšal. Napadi 11. septembra ter globalna vojna proti terorizmu, ki jim je sledila so pomenili preobrat na področju obveščevalne dejavnosti. V zadnjem desetletju je bil največji dosežek agencije uboj voditelja Al Kaide Osame bin Ladna leta 2011. Med vojno proti terorizmu je agencija marsikje po svetu prišla na slab glas zaradi množičnih ugrabitev domnevnih teroristov, izvensodnih ubojev s pomočjo brezpilotnih letal, mučenja zapornikov ter t.i. črnih operacij posledice katerih je bilo veliko število civilnih žrtev.