Miután tanulmányutat tett Bécs klinikáin és múzeumaiban, letette az orvosi államvizsgát és 1858-ban praktizáló orvosként Frankfurtban telepedett meg. A következő évben kitört az itáliai háború, Weismann pedig katonaorvosként belépett a hadseregbe. Szabadságai alatt, bejárta Észak-Itáliát és Tirolt. Ezután Párizsban Isidore Geoffroy Saint-Hilaire és Alphonse Milne-Edwards zoológusoktól tanult, a Gießeni Egyetemen pedig Rudolf Leuckarttól. 1861-ben visszatért Frankfurtba, ahol az Ausztriából száműzött István főherceg személyes orvosa volt.