Beim Frankfurter Fürstentag im August 1863 ergriff Großherzog Friedrich Partei für die Lösung der deutschen Frage unter preußischer Führung. Damit waren weitergehende Pläne Österreichs für eine Reform des Deutschen Bundes zum Scheitern verurteilt. 1865 trat Außenminister Roggenbach vor dem Hintergrund der Schleswig-Holstein-Krise zurück. Sein Nachfolger Ludwig von Edelsheim führte Baden mit 13 Staaten des Deutschen Bundes an der Seite Österreichs gegen Preußen in den Deutschen Krieg, obwohl Großherzog Friedrich Badens Neutralität bevorzugt hätte. Diesem Verhalten lag die Überlegung zugrunde, dass der preußische König Wilhelm im Falle eines preußischen Sieges das Land seines Schwiegersohnes wahrscheinlich schonen würde, während ein neutrales oder gar auf preußischer Seite stehendes Baden bei einem österreichischen Sieg keine Schonung erwarten könne. Den Oberbefehl über die badische Division im VIII. Bundeskorps übernahm Prinz Wilhelm, der jüngere Bruder des Großherzogs. Als sich am 24. Juli 1866 auf dem Territorium Badens in den Gefechten bei Tauberbischofsheim Truppen der preußischen und württembergischen Armee gegenüberstanden, hielt Prinz Wilhelm die badischen Truppen aus den Kämpfen heraus, weshalb ihm eine Mitschuld am Misserfolg des Feldzugs vorgeworfen wurde. Da jedoch mit der Schlacht bei Königgrätz am 3. Juli 1866 der Krieg für Preußen bereits entschieden war, erscheinen die danach ausgetragenen Gefechte und Opfer des VIII. Bundeskorps als wenig sinnvoll. Im Angesicht der Niederlage entließ der Großherzog das für den Kriegseintritt verantwortliche Ministerium und bildete das neue Kabinett Mathy, womit die neue Ära und damit eine betonte Abhängigkeit der Regierung von der Parlamentsmehrheit zu Ende ging und eine Rückkehr zur konstitutionellen Regierungsweise vollzogen wurde. Am 29. Juli erhielt die badische Armee den Befehl, in die Kasernen zurückzukehren.