Baroja nace en la ciudad de San Sebastián el 28 de diciembre de 1872 (día de los Santos Inocentes) en el número sexto de la calle de Oquendo. Era la casa que construyó su abuela paterna Concepción Zornoza. Al nacer se convirtió en el tercero de tres hermanos, llevándole a Darío tres años y dos a Ricardo. A causa del bombardeo de San Sebastián por el sitio que habían levantado en torno a ellos los carlistas (descrito por Miguel de Unamuno en su novela "Paz en la guerra"), la familia cambió de domicilio a un chalet del paseo de la Concha. Pero en 1879 se trasladaron todos a Madrid cuando Baroja contaba apenas siete años, a la calle Fuencarral y cerca de la era del Mico, entre la glorietas de Bilbao y Quevedo, espacio que marcó su infancia madrileña. El padre trabajaba en el "Instituto Geográfico y Estadístico de Madrid" y en un par de años volvió a cambiar de domicilio a la vecina calle de Espíritu Santo. Baroja pudo contemplar durante este periodo a los personajes madrileños de la época: los aguadores de origen asturiano, los soldados que llenaban las calles procedentes de la Guerra de Cuba, las porteras, viajeros diversos...