Zu den Olympischen Spielen 1988 in Seoul trat die kubanische Mannschaft nicht an. In welcher Form sich Sotomayor befand, bewies er am 8. September 1988 in Salamanca, als er den Weltrekord von Sjöberg um einen Zentimeter auf 2,43 Meter verbesserte. Bei den Hallenweltmeisterschaften 1989 in Budapest verbesserte Sotomayor auch den Hallenweltrekord auf 2,43 Meter und gewann vor Sjöberg, dem Deutschen Dietmar Mögenburg und dem Briten Dalton Grant, die alle 2,35 Meter sprangen. Bei den Karibik-Meisterschaften verbesserte Sotomayor am 29. Juli 1989 in San Juan (Puerto Rico) den Freiluftweltrekord auf 2,44 Meter.