Z powodu istniejących dalej wątpliwości powołano kolejną, teraz już oficjalną, trzyosobową komisję pod przewodnictwem Henry’ego Morgenthaua, która miała zbadać tę sprawę. Morgenthau 3 października 1919 opublikował tzw. Raport Morgenthaua, w którym stwierdził, że w okresie od listopada 1918 do sierpnia 1919, na terenach polskich miało miejsce osiem większych rozruchów antyżydowskich: w Kielcach, Lwowie, Pińsku, Lidzie, Wilnie, Kolbuszowej, Częstochowie i Mińsku. Za najkrwawsze epizody uznał raport rozruchy antyżydowskie we Lwowie 21–23 listopada 1918 gdzie zabito 72 Żydów (według Jerzego Topolskiego ponad 150), i w Wilnie, gdzie 19–21 kwietnia 1919 żołnierze polscy rozstrzelali 43 Żydów, częściowo w czasie walk w mieście, częściowo w wyniku samosądów, które nastąpiły po opanowaniu miasta przez Polaków. Raport zwrócił uwagę na naruszenia prawa przez żołnierzy polskich w czasie zajść w Wilnie, wypadki rabunku, gwałtu i egzekucji bez sądu, ale wskazał na wojenne warunki tych wydarzeń (w mieście trwały nadal walki z bolszewikami) oraz uwolnił dowództwo sił wkraczających do Wilna od zarzutów kierowania tymi zajściami. Inny charakter miała masakra w Pińsku, gdzie po wkroczeniu wojsk polskich, na rozkaz dowódcy zaaresztowano 75 uczestników zebrania miejscowych syjonistów, po czym 35 z nich rozstrzelano. W sumie we wszystkich rozruchach tamtego okresu śmierć poniosło ok. 280 osób. Według raportu główną przyczyną zajść był rozpowszechniony w byłym zaborze rosyjskim antysemityzm ludności cywilnej i żołnierzy – głównych sprawców wydarzeń. Raport podkreślił, że władze polskie, zarówno wojskowe, jak i cywilne, nie były inicjatorem zajść, przeciwnie, starały się je poskromić.