Bukarestet két folyó szeli át, a Dâmbovița és a Colentina, mindkettő szabályozott mederben tart délkeletnek. A város északi részét átszelő Colentina rendezésekor felszámolták a környék mocsarait, és több gyűjtőtavat hoztak létre. Ezek közül jelentősebb a Herăstrău, Tei és a Floreasca. 1984-ben Nicolae Ceaușescu elrendelte, hogy ássanak csatornát a Dunáig, amitől Bukarest is kikötővárossá válhatott volna. A felmérések szerint az 1989-es forradalomig a csatorna mintegy 70%-a készült el.