Nach seiner Rückkehr nach Amerika trat er am 1. Januar 1808 im Alter von 18 Jahren als "midshipman" (Fähnrich zur See) in den Marinedienst ein; seine Ernennungsurkunde wurde von Präsident Thomas Jefferson persönlich unterzeichnet. Cooper wurde zunächst auf Segelschiffen der amerikanischen Marine im Atlantik eingesetzt. Von August 1808 bis Oktober 1809 war er im Fort Oswego am Ufer des Lake Ontario stationiert, das im Franzosen- und Indianerkrieg eine wichtige Rolle gespielt hatte. Angesichts eines drohenden Krieges mit Großbritannien, unter dessen Kontrolle das kanadische Nordufer des Sees stand, strebten die Vereinigten Staaten den Bau einer Flotte auf diesem Binnensee an und begannen 1808 in Oswego mit dem Bau der Brigg "USS Oneida". Cooper erwarb schnell das Vertrauen des Garnisonskommandanten Lt. Melanchthon Taylor Woolsey und wurde schließlich selbst mit der Führung des Forts und den Werftarbeiten betraut, als Woolsey zum Lake Champlain abberufen wurde. Im November 1809 wurde Cooper dann in den Hafen von New York versetzt, wo er als Rekrutierer eingesetzt wurde.