Международная карьера Лебёфа сложилась очень удачно. Со сборной Франции он выиграл все возможные турниры — Чемпионат мира в 1998 году, Чемпионат Европы в 2000 и Кубок конфедераций в 2001. Помимо этого Лебёф выступал на Евро 1996 и ЧМ 2002. Всего за сборную Лебёф провел 50 матчей и забил 5 мячей.