Durante el periodo de gobierno español, las fuerzas hispanas y los indígenas leales lucharon contra varias rebeliones internas y múltiples ataques externos de piratas chinos, de neerlandeses y portugueses: son especialmente destacables los Combates de Cagayán (1582), que enfrentaron a los famosos Tercios españoles contra piratas y ronins japoneses. En una extensión de los combates de la guerra de los Siete Años, fuerzas británicas ocuparon brevemente la ciudad de Manila tras una dura batalla. Las fuerzas británicas encontraron aliados como Diego y Gabriela Silang, que aprovecharon la oportunidad para liderar una revuelta, hasta que el gobierno español fue finalmente restaurado tras el Tratado de París de 1763. Durante la ocupación, los británicos aprovecharon para sustraer valiosas cartas de navegación del Pacífico de los archivos de Manila. El conflicto hispano-moro duró varios cientos de años. En el último cuarto del , España conquistó porciones de Mindanao y los musulmanes moros en el Sultanato de Sulu, reconocida formalmente la soberanía española.