A su regreso a México, fue contratado por el C. F. Pachuca en el torneo Invierno 1998, sustituyendo a Andrés Fassi en la dirección técnica tras los malos resultados. Curiosamente también debutó en la cancha del Estadio Azteca empatando 3-3 ante el América. Sería al frente de los tuzos que consolidaría su carrera, haciendo buenos torneos al frente de este equipo, llegando a dos finales y logrando el campeonato del torneo Invierno 1999. Debido a los buenos resultados, para el 2001, fue contratado para dirigir a la selección nacional mexicana, en una situación de emergencia por el pésimo momento de Enrique Meza al frente del Tri, logrando salvar el barco clasificando a la selección para la Mundial de 2002, donde cayó en octavos de final frente a .