Aufgrund einsetzender, durch die russischen Behörden gegen Dauthendey ausgeübter Repressionen kehrte er 1862 nach Deutschland zurück. Zunächst ließ er sich mit seiner Familie in Dresden nieder, von 1864 an in Würzburg, wo er ab 1865 in der Büttnersgasse Nr. 2 (heute Büttnerstraße) ein eigenes Atelier betrieb. Seit Mai 1876 war er mit einem eigenen Wohn- und Atelierhaus in der neu gebauten Würzburger Kaiserstraße (Nr. 9) ansässig. Neben seinem Atelierbetrieb beschäftigte sich Dauthendey auch mit fotografischen Experimenten, machte Versuche mit Farbverfahren und erfand einen Kollodiumlack für Fotoretuschen, für den auf den Weltausstellungen in Wien und Philadelphia ausgezeichnet wurde. Da keines von Dauthendeys Kindern Interesse an einer Übernahme und Fortführung des Fotoateliers zeigte, löste er es 1893 nach über fünfzigjähriger Tätigkeit als Berufsfotograf auf.