Come fosse la chiesa nei secoli successivi all'espulsione degli Ebrei non ci è dato sapere. Dalle poche informazioni tratte da alcune Visite Pastorali svolte nel corso del XVI secolo sappiamo che a metà secolo vi erano lavori di ristrutturazione in fase conclusiva, la chiesa era più piccola, dotata di soli tre altari e la pala dell’altare maggiore non era ancora terminata. Con il terremoto del 1693 si perde infatti ogni traccia dell'antico edificio sacro dedicato a san Filippo Apostolo. I confrati sfruttarono l'occasione dei lievi danni causati dal sisma per rinnovare totalmente il complesso architettonico. Fu per tale ragione che demolirono ogni parte strutturale e nel 1706 affidarono a due maestri muratori l'incarico di costruire la nuova chiesa che fu completata fra il 1741 e il 1742 e resa sacramentale con rescritto di papa Benedetto XIV il 16 dicembre 1741. Il progetto al quale le maestranze locali si sono ispirate è il medesimo che l'architetto Rosario Gagliardi aveva realizzato per la chiesa di san Domenico in Noto.