Die Nazi's het die inval in die Sowjetunie in Junie 1941 begin, en hul Joodse beleid het van emigrasie na uitwissing verander. Om die beplanning vir die volksmoord te koördineer was Heydrich, wat Eichmann se hoof was, die gashoof van die administratiewe leiers van die regime tydens die Wannsee-konferensie op 20 Januarie 1942. Eichmann het inligting vir hom versamel, die konferensie bygewoon en die notules voorberei. Eichmann en sy personeel het verantwoordelik geword vir die Joodse deportasie na die uitwissingskampe, waar die slagoffers vergas is. Duitsland het Hongarye in Maart 1944 binnegeval, en Eichmann het toesig gehou oor die deportasie van 'n groot deel van die Joodse bevolking. Die meeste van die slagoffers is na die Auschwitz-konsentrasiekamp gestuur, waar ongeveer 75 persent met hul aankoms vermoor is. Toe die vervoer in Julie 1944 gestaak is, is 437,000 van 725,000 Jode in Hongarye dood. Dieter Wisliceny het in Neurenberg getuig dat Eichmann vir hom gesê het hy sal "in die graf lag, omdat die gevoel dat hy vyf miljoen mense op sy gewete het, vir hom 'n bron van buitengewone bevrediging sou wees".