La iglesia se construyó a finales del siglo XII, todavía en estilo románico, aunque con elementos de transición hacia el gótico, como los arcos de medio punto o las bóvedas de ojiva. Iniciada en el año 1162, es el primer edificio del conjunto en construirse, y a pesar de la celeridad impuesta en su construcción no se hace en una única etapa. Era costumbre construir simultáneamente las dependencias de la sala de Capítulo y de la iglesia, dando un espacio para el futuro claustro. No se conserva íntegro el conjunto del edificio, pero sí lo suficiente para dar una clara idea de sus formas y volúmenes iniciales. La orden del Císter tenía instrucciones muy claras acerca de la simplicidad ornamental de las iglesias. Es decir se construían sin esculturas, ni pinturas de ningún tipo, con ventanas de vidrios transparentes y sin torres ni campanarios de gran altura. Las paredes en el interior eran de piedra vista, o enlucidas en blanco, sin pinturas, ni vidrieras. Al igual que Todo ello contrastaba con la riqueza ornamental de las anteriores iglesias cluniacenses. La iglesia de Moreruela, al igual que otras del Císter, se dedicaba a la Madre de Dios. La espadaña con campanario que puede verse en el siglo XXI es un añadido posterior del siglo XVIII.