В Отечественной войне сражался при Султановке, под Смоленском, под Шевардином в Бородинском сражении, где был контужен в левую ногу, под Тарутино и под Малоярославцем, где был ранен в левую руку и награждён орденом Святой Анны 4-й степени. В 1813 году Лепунов находился в резервной армии, но в 1814 году принял участие в заграничном походе, в бою под Суассоном и во взятии Парижа, за что получил орден Святого Владимира 4-й степени. В 1815 году в ходе событий Ста дней был в походе во Францию.