1799-ben IV. Ferdinándot a Napoléon Bonaparte tábornok vezette francia forradalmi haderő és az őket támogató nápolyiak elűzték a trónról. A királyi pár Szicíliába menekült. A franciák segítségével kikiáltott Második Nápolyi Köztársaság, a "Parthenopéi Köztársaság" rövid életűnek bizonyult. A katolikus klérus által ösztönzött "lazzari-"felkelés és a brit flotta aktív beavatkozása visszahozta Ferdinándot a trónra. Ferdinánd 1805-ben úgy döntött, hogy csatlakozik a Napóleon elleni harmadik koalícióhoz. Ez súlyos következményekkel járt. Királysága 1806-ban, az austerlitzi csata után a franciák kezébe került. Napóleon császár a bátyját, Józsefet emelte a nápolyi trónra. Miután József 1808-ban a spanyol trónt kapta meg, Napóleon húga, Karolina és ennek férje Joachim Murat tábornok került a nápolyi trónra.