Dal 1962 al 1966, la provincia di Kibali-Ituri ha costituito un'unità amministrativa della Repubblica Democratica del Congo. Successivamente lo status legale dell'area è divenuto controverso; all'inizio della Seconda guerra del Congo, nel 1998, la regione dell'Ituri è stata occupata sia dai militari dell'Uganda People's Defense Force (UPDF) che dalla componente del Raggruppamento per la Democrazia Congolese che faceva capo al Movimento per la Liberazione (RCD-ML). Nel giugno 1999, il comandante dell'UPDF, James Kazini, nonostante le proteste del RCD-ML, ha ricostituito la provincia del Kibali-Ituri scorporandola dalla Provincia Orientale e fissando la capitale a Bunia. Il governo è stato poi affidato ad un esponente di etnia hema: gli scontri etnici che ne sono seguiti sono sfociati nel conflitto dell'Ituri, nel corso del quale si sono registrate migliaia di morti.