30 травня 1999 року у результаті бомбардувань НАТО на Варваринському мосту була вбита одна з найкращих учениць Математичної гімназії, 15-річна дівчина-вундеркінд Саня Міленкович, переможниця численних олімпіад з математики, фізики та хімії. Її смерть викликала великий суспільний резонанс та стала потрясінням для інших учнів гімназії. Президент країни Слободан Милошевич згодом на Гаазькому трибуналі назвав її математичним генієм та навів як показовий приклад, розповідаючи про жертви бомбардувань.