Dans l'archipel, l'influence japonaise dans les Ryūkyū et à Hokkaidō est réaffirmée. Le royaume qui dirige l'archipel du sud est tributaire de la Chine jusqu'en 1609, date à laquelle des samouraïs venant de Satsuma envahissent les îles. L'année suivante, le roi Shō Nei est contraint de se rendre à Edo pour rendre hommage au shogun. L'administration du royaume est peu à peu adaptée à son état de vassalité. Dans un ouvrage de 1650 retraçant l'histoire des Ryūkyū, le "Chūzan Seikan", commandé par le roi Shō Shitsu, la parenté entre populations des Ryūkyū et de Satsuma est affirmée, tout comme la reconnaissance de la suzeraineté du domaine de Satsuma. Cependant, le royaume continue à verser un tribut à la Chine des Ming. Dans l'autre extrémité du pays, au nord, le chef du clan Matsumae accède, en 1634, au rang de daimyo, et étend son contrôle dans la région. La péninsule d'Oshima, au sud de Hokkaidō, est soumise en 1640, mais les Aïnous occupent toujours le reste de l'île.