Nach einer Stationierung auf Guernsey wurden die Glengarry Fencibles zur Niederschlagung der Rebellion von 1798 nach Irland geschickt, wo sie auf Seiten des Königs gegen die katholischen Aufständischen kämpften. Macdonell setzte sich aber auch für die Versorgung der gefangenen Aufständischen und für die Wiederherstellung profanierter katholischer Kirchen ein.