Metro kärsi suuria vaurioita toisessa maailmansodassa. Pahimmat vahingot aiheutuivat tunneleiden tulvimisesta, sillä sodan lopputaistelujen yhteydessä eräs S-Bahn-tunneli räjäytettiin Landwehr-kanavan lähellä, minkä seurauksena valtavia vesimassoja tulvi ensin S-Bahn-tunneliin ja sitä kautta eri metrolinjojen tunneleihin. Vahingot korjattiin kuitenkin nopeasti. Seuraavat ongelmat aiheutuivat Berliinin muurista vuonna 1961. Nykyinen U2 jaettiin itäiseen ja läntiseen osaan. Pohjois-etelä-suuntaiset linjat kulkivat Itä-Berliinin kautta pysähtymättä. U1:ltä jätettiin sen ainoa idässä sijainnut asema pois käytöstä.