Dynastiet ble vesentlig svekket på 1500- og 1600-tallet da det først ble invadert to ganger av Japan i det som er kjent som Imjinkrigen og deretter to ganger av mandsjuene, som kort tid senere opprettet Qing-dynastiet i Kina. Dette forsterket en hard og absolutt isolasjonistisk politikk, og landet ble derfor kjent i utlandet som Eremittkongedømmet. Etter de mange invasjonsforsøkene levde landet i fred, men på mange måter svekket, i 200 år.