Когда в 1700 году началась Северная война, Фердинанд принимал участие в боях со шведами, а после поражения польских войск в битве на Двине бежал в Данциг, где и оставался до конца жизни. Курляндия была оккупирована шведскими войсками, и созванный шведами ландтаг отказался считать Фердинанда герцогом.