Nach dem Beginn des Bosnienkrieges 1992 blieb es in Fojnica zunächst friedlich. Am 2. Juli 1993 griff die Armija Republike Bosne i Hercegovine (ARBiH) im Rahmen des Kroatisch-bosniakischen Krieges den überwiegend kroatisch bewohnten Teil der Gemeinde an und vertrieb die Bevölkerung.