Für Regensburg war der am Ende unterzeichnete Akkordvertrag sehr günstig, denn er sah vor, dass die Stadt nicht durch bayerische, sondern ausschließlich durch kaiserliche Truppen besetzt wurde. Dahinter stand die Absicht des Kaisers, Regensburg als "kaiserliche" Reichsstadt unter dem Schirm des Erbschutzvertrages des Hauses Habsburg zu halten und den Status der Stadt von vor dem Krieg unverändert zu belassen. Damit verhinderte der Kaiser das Vorhaben von Kurfürst Maximilian, Regensburg mit Zustimmung des Kaisers in einem habsburgisch-wittelsbachischen Arrangement zu annektieren. Maximilian wünschte sich Regensburg als Kompensation für die – aus seiner Sicht – von der Stadt unter schwedischer Besatzung verursachten hohen Kriegsschäden in der nach dem Abzug der Schweden völlig zerstörten bayerischen Vorstadt Stadtamhof. Maximilian war auch nicht bereit, die während der 2-jährigen bayerischen Besatzung verursachten Schäden zu berücksichtigen und er hatte kein Verständnis für das behutsame Vorgehen von Kaiser Ferdinand II. und seinem Sohn Erzherzog Ferdinand III. Schon während der Belagerungszeit hatte blanker Hass auf Regensburg den Blick des bayerischen Kurfürsten getrübt. Er hatte sogar die Option der völligen Zerstörung der Stadt, das heißt der Magdeburgisierung von Regensburg ins Gespräch gebracht, für den Fall, dass man ihm die Übernahme der Stadt durch ihre Mediatisierung verweigern würde.