Prepelič on edustanut myös Slovenian miesten maajoukkuetta. Hän kuului maan turnauskokoonpanoihin vuoden 2014 MM-kilpailuissa, missä Slovenia sijoittui seitsemänneksi, ja vuosien 2015 ja 2017 EM-kilpailuissa. Vuoden 2017 EM-kilpailuissa Slovenia voitti Euroopan mestaruuden, maan historian ensimmäisen aikuisten EM-mitalin. Prepelič oli Serbiaa vastaan pelatun loppuottelun ratkaisuhahmoja 21 pisteellään.