공화주의적 정치적 성향을 가졌던 아이젠슈타인은 1848년 독일 혁명을 관계로 1848년 3월 19일에 체포되었고, 다음날 풀려났다. 그러나 이 관계로 모든 학비 보조금이 다 끊기게 되었고, 또한 옥중에서 받은 구타가 이미 쇠약했던 아이젠슈타인의 건강을 크게 악화시켰다. 당대 과학계의 유명 인사였던 알렉산더 폰 훔볼트가 힘을 써서, 1852년에 아이젠슈타인을 시칠리아로 휴양하게 할 수 있는 돈을 마련하였으나, 돈이 채 모이기 전에 아이젠슈타인은 1852년 결핵으로 29세의 나이로 요절하였다. 이미 83세인 훔볼트는 손수 아이젠슈타인의 장례식에서 아이젠슈타인의 유해를 묘지까지 대동하였다.