Наконец, в сентябре 1918 года в сражении за город Баку с объединёнными частями диктатуры Центрокаспия и британских войск, начавшемуся 26 августа, Кавказская исламская армия одержала победу. 15 сентября 1918 года части Кавказской исламской армии вошли в Баку. В плен были взяты 36 офицеров (17 армян, 9 русских и 10 грузин) и 1651 солдат (1151 армян, 383 русских, 4 англичанина и 113 человек других национальностей). Соединения Кавказской исламской армии, в свою очередь, также понесли ощутимые потери. Только одна 15-я пехотная дивизия за два дня боёв 14-15 сентября потеряла убитыми 84 солдата, 347 солдат и 11 офицеров ранеными, 73 без вести пропавшими. Взятие города сопровождалось массовыми убийствами армян, в ответ на массовые убийства мусульман в Баку, совершённые советскими войсками и вооружёнными отрядами армянской партии Дашнакцутюн в марте 1918 года.