Yak-6は独ソ戦の前線において輸送機と爆撃機として有効性を発揮した。過荷重時や不注意な操縦でに入りやすい傾向にあったが搭乗員には人気であったが、この欠点により1943年には生産が終了して類似のエンジンを搭載したシチェルバコフ Shche-2へ切り替えられた。1944年までにソ連空軍のほとんどの実戦部隊がYak-6を多用途機として保有していた。ベルリンの戦いでは主翼下に10発の82-mm RS-82 ロケット弾を懸架して地上攻撃任務に使用された。第二次世界大戦後に同盟国に供給された機体もあり、ソ連軍では1950年まで広範囲に使用されていた。