В дальнейшем малярия была практически ликвидирована в СССР к 1960 году, но единичные случаи (несколько десятков в год) случались и были связаны с перелётом комаров через пограничные с Афганистаном Амударью и Пяндж. Война в Афганистане привела к увеличению числа случаев малярии в СССР — в 1986—1990 годах было зафиксировано 1314 случаев (из них 136 завозных). Гражданская война в Таджикистане привела к эпидемии малярии в этой республике: в 1997 году было зафиксировано 29 794 случая. В дальнейшем в Таджикистане ситуация нормализовалась и в 2011 году было отмечено лишь 78 случаев, а в 2013 году только 14 случаев (из них лишь 3 местных).