Кризис 1450 года, приведший к смещению и гибели некоторых советников Генриха VI, Бошана не коснулся (возможно, в силу его непричастности к территориальным уступкам на континенте и благодаря большому влиянию в двух графствах). Напротив: сэра Джона назначили лордом-казначеем вместо убитого повстанцами Джеймса Файнса. На этом посту он, по-видимому, не вёл самостоятельную политику, подчиняясь решениям парламента и отдельных королевских советников. В целом деятельность Бошана была признана удовлетворительной; уйдя с должности 15 апреля 1452 года, он получил вознаграждение в 400 фунтов, а позже достаточно легко добился компенсации из казны личных расходов, составивших 528 фунтов. Барон остался в ближайшем окружении короля, но при этом старался не связывать себя с главным фаворитом монарха — Эдмундом Бофортом, герцогом Сомерсетом, который в те годы начал конфликтовать с герцогом Ричардом Йоркским. 21 февраля 1455 года Бошан был официально включён в состав Королевского совета. Если этого добился Сомерсет, чтобы привлечь барона на свою сторону, то он не достиг поставленной цели: сэр Джон не принял участие в первой битве при Сент-Олбансе 22 мая того же года, где йоркисты убили герцога и захватили короля в плен.