Logo a resistência ao imperador surgiu por causa dos pesados impostos para apoiar guerras estrangeiras nas quais os castelhanos tinham pouco interesse e porque Carlos tendia a selecionar flamengos para altos cargos em Castela e América, ignorando os candidatos castelhanos. A resistência culminou na Revolta dos Comuneros, que Carlos suprimiu. Imediatamente após esmagar a revolta castelhana, Carlos foi novamente confrontado com a questão quente de Navarra quando o rei Henrique II tentou reconquistar o reino. As principais operações militares duraram até 1524, quando Hondarribia se rendeu às forças de Carlos, mas os frequentes confrontos transfronteiriços nos Pirenéus ocidentais só pararam em 1528 (Tratados de Madri e Cambrai).