En , le "Daily Telegraph" rapporte que son contrat avec le programme olympique de British Cycling n'est pas renouvelé. Le directeur de la performance Shane Sutton indique que la décision est due aux performances de Varnish au cours des trois années précédentes, mais que cela n'a aucun lien avec les commentaires qu'elle avait fait lors d'interviews aux mondiaux 2015. Elle avait critiqué les sélections faites pour l'équipe de vitesse par équipes féminine en vue de se qualifier pour les Jeux olympiques d'été de 2016, une équipe qui ne s'est finalement pas qualifiée. Dans un entretien ultérieur au "Daily Mail", Varnish raconte que Sutton avait fait des commentaires sexistes lors de l'examen du non-renouvellement de son contrat, y compris en lui disant qu'elle était « trop vieille », qu'elle devrait mieux « avoir un bébé », et une « longue liste » de remarques sur la forme de son corps. En réponse British Cycling publie une déclaration indiquant qu'ils contacteront Varnish pour lui donner l'occasion de discuter de ces allégations dans son intégralité. The Daily Telegraph considère que cela pourrait signifier la fin de sa carrière sportive. Le , Shane Sutton est suspendu et une enquête interne est ouverte, à trois mois des Jeux olympiques de Rio. Il démissionne plus tard dans la journée.