Muhammad Mursi urodził się w 1951 roku w Prowincji Wschodniej. Wychowywał się w małym gospodarstwie rolnym, przydzielonym jego ojcu po egipskiej rewolucji z 1952 roku. Ukończył inżynierię na Uniwersytecie Kairskim, uzyskując odpowiednio tytuł licencjacki (1975) i magisterski (1978).