Vuoden 2004 lopussa Putin koki vakavan takaiskun, kun naapurimaa Ukrainassa koettiin niin sanottu oranssi vallankumous. Putinin henkilökohtaisesti ja vahvasti tukema Viktor Janukovytš hävisi Ukrainan presidentinvaaleissa dramaattisten käänteiden jälkeen länsimieliselle Viktor Juštšenkolle, kun vilpillisiksi julistettu toinen kierros uusittiin kansan lähdettyä kaduille. Vaalitappion jälkeen Venäjällä lisättiin venäläisten kansalaisjärjestöjen painostusta ja ulkomaisten vakoojien etsimistä. Kreml perusti Naši-nuorisoliikkeen, jonka tehtävä oli estää nuorten venäläisten kapinointi. Putin suhtautui aiempaa epäluuloisemmin kansainvälisen yhteisön moitteisiin Venäjän demokraattisten perusoikeuksien puutteesta, ja Putinin ja presidentti Bushin välit viilenivät. Vuotuisessa puheessaan duumalle Putin kutsui Neuvostoliiton hajoamista ”vuosisadan suurimmaksi geopoliittiseksi katastrofiksi” ja kuvaili ajatustaan venäläisestä valtakunnasta, joka valitsee oman tiensä eikä piittaa niistä, jotka tyrkyttävät ulkomaisia arvoja. Putin alkoi myös järjestää uudelleen Voitonpäivän sotilasparaateja.