Como director técnico, dirigió al Karlsruher SC para las semifinales de la Copa de la UEFA en la temporada 1993-94. Schäfer participó en la Copa Africana de Naciones en el 2002 con la selección de Camerún donde vencieron 1:0 y y en la semifinal 3:0 a Mali donde se enfrentaron a la final terminó empatada 0:0 donde ganaron (3:2) en la definición por penales. También dirigió en el Mundial de Corea-Japón donde los resultados fueron 1:0 con Arabia Saudita 1:1 con Irlanda y 0:1 con de ese mismo año. Fue subcampeón de la Copa Confederaciones 2003 perdiendo ante el local en la final (0-1 t.s.).