La Wehrmacht schierava ancora dieci divisioni e sei brigate del Gruppo d'armate E con oltre 350 000 soldati nella Grecia continentale e nelle isole dell'Egeo e combatteva un'aspra e brutale guerra irregolare contro i partigiani di Tito in Jugoslavia dove erano in combattimento altri 200 000 soldati tedeschi, tra cui numerose unità Waffen-SS "etniche", inquadrati nel Gruppo d'armate F del feldmaresciallo von Weichs. Nella primavera 1944 i tedeschi avevano sferrato l'ennesima offensiva contro i partigiani jugoslavi e avevano cercato senza successo di catturare o uccidere lo stesso Tito. La situazione di queste truppe divenne critica a causa del crollo del fronte rumeno; di conseguenza Hitler diramò il 25 agosto i primi ordini di ritirata al generale Alexander Löhr, comandante in Grecia, che furono confermati il 5 settembre 1944; le colonne tedesche si misero in marcia verso nord, mentre circa 20 000 uomini furono lasciati nelle isole dell'Egeo. La ritirata del generale Löhr, nonostante qualche intervento dei partigiani greci, venne completata con successo sotto la copertura del Gruppo d'armata F del feldmaresciallo von Weichs che schierato in Jugoslavia dovette combattere dure battaglie contro i partigiani di Tito, contro i bulgari che marciavano su Niš e contro le forze corazzate dell'Armata Rossa che dalla Bulgaria avanzavano su Belgrado. I tedeschi cercarono di guadagnare tempo e difesero la capitale jugoslava fino al 20 ottobre 1944, quindi batterono in ritirata e si congiunsero con le colonne del generale Löhr provenienti dalla Grecia; entro il 15 novembre 1944 la Wehrmacht riuscì a stabilizzare la situazione nei Balcani e a fermare l'avanzata dei sovietici e dei partigiani jugoslavi sulla Drava e a Sarajevo.