Les championnats du monde de Fukuoka se profilant, Popov en pleine préparation participe au circuit Mare Nostrum, en juin. Il s’adjuge la victoire sur et nage libre à l’étape de Barcelone ainsi qu’à celle de Canet-en-Roussillon. À Monaco, il remporte le mais est battu sur par Lars Frolander. Les mondiaux de Fukuoka sont prévus pour le mois de juillet. Entre-temps, Alexander Popov participe à une réunion du CIO à Moscou au sujet des Jeux olympiques d'été de 2008. Dans la salle de l’hôtel où les membres du comité sont réunis, il ne supporte pas la climatisation et contracte une infection à la gorge qui le conduit à l’hôpital pour quelques jours. En conséquence, il doit déclarer forfait pour les championnats du monde. La saison 2001 est terminée pour lui, première saison de sa carrière internationale où il ne remporte aucune médaille. En septembre, bonne nouvelle pour lui, Gennadi Touretski est blanchi par la justice faute de preuve convaincante. Il reprend donc ses fonctions au sein de l’Institut australien des sports. Popov est toujours en train de récupérer de sa maladie.