Walaupun Santana adalah seorang jenderal pro-Spanyol, tidak semua rakyat Dominika menginginkan kembalinya penjajahan Spanyol. Dari tahun 1863 hingga 1865, berlangsung perlawanan terhadap kekuasaan Spanyol. Pada akhirnya Spanyol tak dapat lagi mempertahankan posisinya, dan Spanyol sendiri juga khawatir bahwa berakhirnya Perang Saudara Amerika pada tahun 1865 akan memberi ruang bagi Amerika Serikat untuk melakukan intervensi. Pada 3 Maret 1865, Ratu Isabella II membatalkan aneksasi Republik Dominika, dan pada 15 Juli semua pasukan Spanyol sudah meninggalkan wilayah tersebut.