En enero de 1993, durante el periodo de Ana Roncero como seleccionadora nacional, Fernández se convirtió en entrenadora del conjunto español. Continuaría como entrenadora del conjunto durante toda la última etapa de Emilia Boneva como seleccionadora. En diciembre de 1996 fue nombrada además seleccionadora nacional en sustitución de la propia Emilia Boneva, que había sido operada en noviembre del corazón. En mayo de 1998, tras el Campeonato Mundial celebrado en Sevilla, presentaría su dimisión como seleccionadora y entrenadora. Volvería en julio del mismo año para posteriormente, en septiembre, ser relevada en el puesto de seleccionadora por Nancy Usero. Como técnico, su éxito más destacado fue la medalla de oro conseguida en los Juegos Olímpicos de Atlanta en 1996. El conjunto español estaba integrado en esa competición por Marta Baldó, Nuria Cabanillas, Estela Giménez, Lorena Guréndez, Tania Lamarca y Estíbaliz Martínez, que pasarían a ser conocidas desde entonces como las Niñas de Oro. También logró varias medallas en los Campeonatos Mundiales de 1994, 1995, 1996 y 1998, o los Campeonatos Europeos de 1993, 1995 y 1997, entre otros diversos éxitos.