Die zwei griechisch-orthodoxen Gotteshäuser auf dem Festungsgelände sind jüngeren Baudatums als die venezianische Festungsanlage und die osmanischen Ergänzungsbauten. Beide wurden Ende des 19. Jahrhunderts errichtet, sowohl die Kapelle "Agia Ekaterini" (Αγία Αικατερίνη) unmittelbar südlich des ehemaligen Bischofssitzes, die der Heiligen Katharina von Alexandrien geweiht ist, als auch die Kirche "Agios Theodoros Trichinas" (Άγιος Θεόδωρος Τριχινάς) an der Ostseite der "Fortezza", benannt nach dem Heiligen Theodor von Konstantinopel, der Ende des vierten oder Anfang des fünften Jahrhunderts als Eremit gelebt haben soll und dessen Beiname "Trichinas" auf das Tragen eines härenen (haarigen) Hemdes verweist. Die letztgenannte Kirche entstand in der Zeit des russischen Mandats über Rethymno 1898 bis 1905 nach dem Türkisch-Griechischen Krieg um Kreta und wurde am 21. März 1899 ihrer Bestimmung übergeben wurde. Die Benennung nach dem Heiligen Theodor geht auf den Stifter der Kirche, den damaligen russischen Befehlshaber von Rethymno Theodor de Chiostak, zurück. Nördlich der Kirche schließen sich die Ruinen privater Wohnhäuser und das seiner früheren Funktion nach unbekannte „Zwillingsgebäude“ vor der Bastion "Agios Nikolaos" an. Es wird vermutet, dass das Gebäude als Lagerhaus oder Werkstatt genutzt wurde.