התפשטות המחלה הסתייעה במשבר הכלכלי ובמלחמת האזרחים האוגנדית. המשבר הכלכלי הביא להתפשטות הזנות כאשר נשים רבות פונות לזנות כדי לשרוד. מלחמת האזרחים הביאה איתה תנועות של חיילים ומורדים שהשתמשו בשירותי זנות. גורם נוסף שהפיץ את המחלה היה ריבוי של נהגי משאיות גרירה שנעו ממקום למקום כשבידם כסף רב יחסית לרמת החיים באפריקה, סייעו בהפצת האיידס בכל רחבי אוגנדה. המחלה הייתה נפוצה בעיקר באזורים עירוניים, באזורים כפריים עם נתיבי מסחר גדולים ובאזורים מוכי מלחמה. כמו כן, היות האוכלוסייה ברובה הניכר נוצרית שלא עברה מילה, הקלה ככל הנראה על התפשטות האיידס.