Иларион е приемник на митрополит Йоаникий Търновски, обесен от турците поради Гръцкото въстание в 1821 година. Към 1823 година новият владика влиза в спор с врачанския първенец Димитраки Хаджитошев заради събираните от тамошния (подчинен на търновската митрополия) епископ черковни данъци. Това събитие се смята за начало на борбата за българска църковна независимост.