Als titelverdediger mocht de club meteen in de tweede ronde van de Libertadores 1993 starten. Het was een heruitgave van de finale van het jaar voorheen en Newell's Old Boys won met 2-0 de heenwedstrijd, maar thuis zette São Paulo orde op zaken met een 4-0 overwinning. In de kwartfinale werd Flamengo opzij gezet en in de halve finale het Paraguayaanse Cerro Porteño. De finale werd gespeeld tegen het Chileense Universidad Católica. Voor 99.000 toeschouwers in het Morumbi verpletterde São Paulo de Chilenen met 5-1. De terugwedstrijd werd wel nog met 2-0 verloren maar de tweede opeenvolgende titel was binnen. In de intercontinentale beker was nu AC Milan de opponent. Palhinha bracht de Brazilianen op voorsprong en ook Toninho Cerezo en Müller konden nog scoren, ook Milan kon twee keer scoren. Dat jaar won de club ook de Supercopa Sudamericana 1993 tegen Flamengo en de Recopa Sudamericana 1993 tegen Cruzeiro, beide keren na strafschoppen. In de Série A eindigde de club op een vierde plaats.