Nawaz Sharif est accusé de trahison puis condamné en à la prison à vie. La peine sera commuée en décembre 2000 et Sharif exilé en Arabie saoudite. Pervez Musharraf se proclame président en . Après l'attaque terroriste du 11 septembre 2001 aux États-Unis, organisée par le mouvement islamique Al-Qaïda, on s'attendait à ce que le gouvernement américain lève les sanctions économiques contre le Pakistan, mais il ne fait que rééchelonner le remboursement de la dette dans un premier temps. Il l'incite pourtant à la coopération pour lutter contre ben Laden et le régime Taliban en Afghanistan.