Вопреки желаниям македонского народа и дипломатическим усилиям Н. П. Игнатьева, — собравшийся в 1878 году Берлинский конгресс оставил Македонию в составе Османской империи. И Борис Сарафов вырос под турецким игом. В 1885 году Пётр Сарафов и архимандрит Харитон Карпузов были арестованы османскими властями по обвинению в революционной деятельности. Вскоре Петр Сарафов и Карпузов были осуждены на 16 лет заточения в Малой Азии. Вначале они отбывали заключение в Смирне, а потом — в городе Караман. В 1887 году им удалось сбежать через Стамбул в Одессу, а потом переселиться в Софию. Там Петр Сарафов поступил переводчиком в МИД.