EM-lopputurnaukseen 2016 Slutski valitsi kokeneen joukkueen. Avausottelussa Venäjä venyi lisäajalla 1–1 tasapeliin Englantia vastaan. Päähuomion keräsi kuitenkin Venäjän ja Englannin kannattajien rajut yhteenotot Marseillen kaduilla sekä stadionilla. UEFA antoi tapahtumien jälkeen Venäjälle ehdollisen rangaistuksen kisoista sulkemisesta. Venäjän peliesitys kentällä jäi varsin heikoksi, eikä Slutski saanut puhallettua joukkueeseensa taistelutahtoa. Venäjä hävisi ottelunsa Slovakialle 2–1 ja Walesille 3–0. Näin turnaus päättyi alkulohkoon. Venäjän esitys Walesia vastaan oli todella ponneton, mikä kirvoitti kovaa kritiikkiä joukkuetta kohtaan. Ottelun jälkeen Slutski ilmoitti jättävänsä maajoukkuevalmentajan tehtävät.