В 1993—2003 годах тренировал женскую молодёжную сборную России по гандболу, которая выигрывала чемпионаты мира в Болгарии и Республике Македонии. В 1995—1996 годах тренировал женскую сборную России. В 2015 году под его руководством сборная России выиграла Летнюю Универсиаду в Кванджу, в том же году Акопян вошёл в тренерский штаб Евгения Трефилова, главного тренера сборной России: команда выиграла через год Олимпиаду в Рио-де-Жанейро. В 2018 году руководил сборной до 18 лет, выигравшей чемпионат мира в польском Кельце.