In den Jahren der Französischen Revolution hielten sich wiederholt Flüchtlinge in Baden auf. Während des Franzoseneinfalls von 1798 blieb die Lage zunächst ruhig. Nachdem aber Bern am 5. März kapituliert hatte, regte sich auch hier Widerstand gegen die alte Ordnung. Am 12. April wurde unter französischem Druck die Helvetische Republik gegründet. Einen Tag zuvor bildeten die Grafschaft Baden, die Freien Ämter, das Amt Merenschwand und das Kelleramt den neuen Kanton Baden. Im helvetischen Zentralstaat waren die Kantone reine Verwaltungseinheiten, die weiter in Distrikte und Munizipalitäten unterteilt waren. Baden wurde am 17. Mai zum Kantonshauptort bestimmt.