2001 januárjában, főleg a szélső kontinenstornán mutatott remeklésének hatására, a Benfica anyagi nehézségeit kihasználó Lazio (Nedved nyomdokain járva) alig 1,1 millió euróért szerződtette le, de Poborsky Rómában még manchesteri rossz napjait is alulmúlva játszott, később pályafutása mélypontjának nevezte az ott töltött hónapokat. A kékeknél akkoriban még nem éreztette hatását a Cragnotti-birodalom összeomlása, hiszen előző évben lettek végre olasz bajnokok, és Poborskýt is a BL-menetelést szem előtt tartva igazolták le, ám Zoff lemondása után alig-alig szerepelhetett a középpálya jobb szélén. Igaz, Zaccheronit is meg lehet érteni, hiszen Poborsky első római szezonjában ilyen középpályásokból állt a Lazio kerete: Dino Baggio, de la Peña, Mendieta, Fiore, Giannichedda, Gottardi, Liverani, Diego Simeone vagy Dejan Stanković. Tehát csöppet sem volt könnyű dolga mellettük, ezért is abszolválta pályára lépéséinek többségét a kispadról beszállva - amikor lejárt másfél éves szerződése, szép csöndben, de mélységes egyetértésben el is váltak egymástól a felek. Egyébként a labdarúgó olyannyira elkeseredett sikertelensége miatt (a válogatottal sem tudta magát kvalifikálni az ázsiai vb-re), hogy novemberben többször is azt nyilatkozta: hazatér Prágába s felhagy a futballal, talán egy-két év múlva újrakezdi egy kisebb csapatnál. A labdát még csak látni sem akarja, meccsnek környékére sem megy, mint ígérte. Tavasszal egyébként a rómaiak átálltak a 3-5-2-esről a hagyományos 4-4-2-es hadrendre, s ez azt jelentette, hogy akárcsak Zoff alatt, újra a kezdőben kapott helyet; ám nyáron Cragnottiék olyan alacsony fizetéssel kínáltak számára szerződés-hosszabbítást, hogy azt a magát (pályán mutatott teljesítménye dacára) sztárnak tartó játékos nem fogadta el s azonnal megszakította a tárgyalásokat.