Reformasi di Eropa resminya dimulai pada tahun 1517 oleh Martin Luther (1483–1546) dan 95 dalilnya. Reformasi ini menghasilkan perubahan besar di wilayah Baltik. Gagasan-gagasan yang masuk ke dalam Konfederasi Livonia sangatlah cepat dan pada dasawarsa 1520-an mereka cukup terkenal. Bahasa, pendidikan, agama, dan politik bertransformasi besar-besaran. Pelayanan gereja disajikan menggunakan bahasa daerah, tidak lagi bahasa Latin, yang sebelumnya digunakan. Dalam Perang Livonia pada tahun 1561, Estonia Utara berada di bawah kendali Swedia. Estonia Selatan pada dasawarsa 1560-an berbentuk Kadipaten Livonia yang otonom dalam Persemakmuran Polandia-Lituania di bawah pengawasan gabungan Mahkota Kerajaan Polandia dan Kadipaten Agung Lituania, terdiri dari dua kepangeranan Estonia sekarang: Kepangeranan Dorpat (daerah Tartu) dan Kepangeranan Parnawa (daerah Pärnu). Pada tahun 1629, daratan besar Estonia seluruhnya menjadi berada di bawah kekuasaan Swedia. Estonia secara administratif dibagi menjadi Provinsi Estonia di utara dan Livonia di selatan Estonia dan utara Latvia, sebuah pembagian wilayah yang masih bertahan hingga permulaan abad ke-20.