Papadopoulos gjorde sin landslagsdebut mot Irland 20 november 2002. Han spelade i Greklands lag som gjorde succé när de vann EM 2004. Hans assist till Zisis Vryzas i matchen mot Ryssland gjorde att Grekland gick vidare från gruppen. Han blev även uttagen till truppen i Confederations Cup 2005 i Tyskland.