В начале XIII века, когда крестоносцы выбили византийцев из Константинополя, монастырь, возможно, стал резиденцией патриархов Константинопольских. Михаил IV Авториан провёл в нём Собор в июне 1209 года. После битвы у Антиохии на Меандре император Феодор I Ласкарис заключил в монастыре пленённого бывшего императора Алексея III Ангела, где в том же 1211 году тот умер и был похоронен. Через год Феодор похоронил там же первую жену Анну Ангелину (дочь Алексея III), а после смерти в 1221 год и сам император был погребён в монастыре. В 1240 году игумен Успенского монастыря Мефодий был избран патриархом Константинопольским, но в том же году умер.