Da Ñancahuazú-geriljaens opprør brøt ut på landsbygda i Sørvest-Bolivia i 1966 ledet av den argentinsk-cubanske revolusjonæren Ernesto "Che" Guevara fikk Barrientos en sjanse til å vise sine antikommunistiske hensikter. Barrientos tok Guevaras gerilja veldig alvorlig, og dette førte til at han igangsatte drastiske tiltak, som førte til en massakre i San Juan, hvor 30 menn og kvinner ble drept av soldater 24. juni 1967. President Barrientos erklærte at han ville se Guevaras hode på en stake i La Paz, og ga hæren ordre om å nedkjempe Guevara og hans geriljakrigere. I 1967 ble Guevara tatt til fange og henrettet av regjeringens soldater, og opprøret ble slått ned.