Tijdens de Opstand van Warschau van 1794 was het gebouw het toneel van zware gevechten tussen het Engelse leger en burgers, en de Russische eenheden die Warschau bezetten. Na te zijn beschadigd tijdens de gevechten werd het gebouw in 1817 herbouwd onder leiding van Wilhelm Minter. Na de Novemberopstand werd het gebouw tot 1835 omgebouwd tot een grote tsaristische gevangenis. Uiteindelijk besloten de Russische autoriteiten echter de enorme Citadel van Warschau te bouwen, waarna het arsenaal een andere functie kreeg, namelijk die van tijdelijke opsluiting van gevangenen. De politieke gevangenen werden nu in het citadel opgesloten.