Dans son "Essai de stratégie navale" (1779, publié en 1790), Clerk développe la tactique du "couper la ligne". Cette stratégie implique le franchissement de la ligne ennemie et l'attaque de l'arrière de l'adversaire avec toute la puissance de la flotte. Horatio Nelson utilisera une partie des travaux de Clerk lors de sa préparation de la Bataille de Trafalgar.