Werner Essen war der Sohn des zeitweise in Elberfeld tätigen Pfarrers Adolf Essen und ein Bruder des Pfarrers Kurt Essen, eines Mitglieds der Bekennenden Kirche. Er beendete seine Schullaufbahn mit der Reifeprüfung in Elberfeld. Er sympathisierte früh mit der Völkischen Bewegung. Nach dem Ersten Weltkrieg schloss er sich 1919 Freikorps an. Essen gab später an, dass er an der Niederschlagung des Spartakusaufstandes in Berlin und der damit in Zusammenhang stehenden Unruhen in Hamburg teilgenommen hatte sowie am Kapp-Putsch beteiligt gewesen zu sein. In diesem Zusammenhang führte er aus als Angehöriger des Freikorps Hacketau 1920 in die bewaffneten Auseinandersetzungen mit der Roten Ruhrarmee eingetreten zu sein. Als Freiwilliger der Sturmkompanie von Killinger soll er im Zuge der Kämpfe am St. Annaberg an der Niederschlagung des Dritten Polnischen Aufstandes 1921 beteiligt gewesen sein. Nach eigenen Angaben war Essen auch Mitglied der Schwarzen Reichswehr. Danach wurde er demobilisiert und trat 1921 dem Studentenbataillon in Danzig-Langfuhr bei. Er war Mitglied der Danziger Gilde "Ostland" und plante in diesem Zusammenhang Baltikumexkursionen.