Nel 1814 combatté la campagna dei sei giorni, alla guida di un corpo composto da abitanti della valle della Senna. Quando Napoleone cadde, Pajol aderì al governo della restaurazione, ma tornò subito al servizio dell'imperatore quando questi fece ritorno in Francia. Il I corpo di cavalleria, guidato da lui, giocò un ruolo fondamentale nella campagna del 1815, sia a Ligny che durante l'avanzata verso Wavre al servizio del marchese de Grouchy. Quando seppe della battaglia di Waterloo, Pajol si ritirò dal comando, e fece una ritirata fino a Parigi. Qui, assieme ai suoi uomini, partecipò alla parte finale della guerra.