Als der Earl of Essex den 1594 begonnenen Neunjährigen Krieg in Irland nicht gewinnen konnte, war die englische Herrschaft in Irland zunehmend bedroht. Am 27. Januar 1600 wurde Carew zum "Lord President" von Munster ernannt. Im März 1600 kehrte er nach Irland zurück. Durch geschickte Verhandlungen und rücksichtslosen militärischen Druck gelang es ihm, bis März 1601 die rebellischen Florence MacCarthy und James FitzGerald, 1. Earl of Desmond zu unterwerfen. Dabei arbeitete er eng mit dem Lord Deputy Charles Blount, 8. Baron Mountjoy zusammen. Als 1601 eine spanische Flotte unter Don Juan de Aguila in Kinsale im County Cork landete, unterstützte Carew Mountjoy bei der Belagerung der Invasoren. Im November 1601 sollte er Aodh Rua Ó Dónaill abfangen, bevor dieser seine Truppen mit denen von Aodh Mór Ó Néill, 2. Earl of Tyrone vereinen konnte. Ein plötzlicher Kälteeinbruch ermöglichte jedoch Ó Dónaill, über die Berge von Slieve Phelim zu ziehen und so Carew zu umgehen. Die Legende, nach der der Ire "Brian MacHugh Oge MacMahon" den Angriffsplan von Tyrone auf Montjoy bei Kinsale für eine Flasche Whiskey verraten hätte, wurde von den Historikern Gerard Hayes-McCoy und John Silke als falsch widerlegt. Nach dem Sieg der Engländer bei Kinsale im Dezember 1601 konnte Carew durch die Eroberung von Dunboy Castle im County Meath im Juni 1602 die Unterwerfung von Munster abschließen.