Первое боевое задание бойцы дивизии получили в Нагорно-Карабахской автономной области (НКАО) Азербайджанской ССР (АзССР) в ходе разгоревшегося там армяно-азербайджанского конфликта. В дальнейшем военнослужащие 100-й дивизии оперативного назначения участвовали в первой и второй чеченских войнах.