La première paix de Thorn marquant la fin de la guerre du royaume de Pologne-Lituanie contre l'ordre Teutonique fut signée dans la ville de Toruń en , lorsque sa délégation a soumis une pétition au Roi de Pologne Casimir IV Jagellon lui demandant de reprendre le pouvoir sur la Prusse en tant que dirigeant légitime. Un acte de constitution est signé à Cracovie le , reconnaissant la région, Toruń inclus, comme partie intégrante du Royaume de Pologne. Ces événements conduisent à la Guerre de Treize ans. Après plus de 200 ans, la nouvelle et la vieille ville ont fusionné en 1454. Les Polonais détruisent le château teutonique. Pendant la guerre, Toruń soutien financièrement l'armée polonaise. La Guerre de Trente Ans cessa en 1466 avec le second Traité de Thorn, dans lequel l'Ordre Teutonique cède leur contrôle sur les provinces de l'Ouest, qui devint la Prusse royale. Toruń fait désormais partie du Royaume de Polgne.