Jørgen Lyngs periode som forsvarschef var præget af, at Forsvaret i de år undergik en forvandling. En uge før hans tiltræden faldt Berlinmuren. Den kolde krig lakkede mod enden, og Forsvarets rolle blev derfor i højere grad at deltage i internationale missioner, bl.a. på Balkan. Lyng stod i spidsen for Danmarks indsats under borgerkrigen i det tidligere Jugoslavien. Han advarede samtidig mod at indsætte danske styrker i Srebrenica, hvor forholdene var for farlige. Senere var han med til at indsætte en dansk kampvognseskadron i Tuzla, hvilket var nyt i FN-sammenhæng og derfor vakte international anerkendelse.