Da romerne ødela antigoniddynastiet] i kongeriket Makedonia i tredje makedonske krig (168 f.Kr.) delte de kongeriket i fire adskilte deler (merides). Det ble Amfipolis og ikke Filippi som ble hovedstaden i den østmakedonske regionen. Bortimot ingenting er kjent om byen fra denne perioden, bortsett fra dens murer, greske teater, fundamentet av et hus under det romersk forum, og et lite tempel dedikert en lokal heltekult. Dette monumentet dekker graven til en viss Exekestos, og er muligens beliggende i agora og er dedikert til "ktistēs" (κτίστης, «skaper, grunnlegger»), grunnleggeren av byen.