Treinou o Hoffenheim por cinco anos, até ser despedido em 2005. Em seguida, trabalhou como assistente no Red Bull Salzburgo. Foi nomeado auxiliar-técnico da Seleção Alemã no dia 23 de agosto de 2006. Flick comandou a Alemanha na partida contra Portugal, válida pela Eurocopa de 2008, por conta da expulsão de Joachim Löw na partida anterior. Os alemães venceram por 3 a 2.