Во время войны за независимость 1821 года монахи-эсфигмениты отказались выдать предводителя повстанцев Эммануила Паппаса, который укрылся в Эсфигмену, турецкому губернатору Горы Афон, несмотря на все уговоры девятнадцати других монастырей, которые сотрудничали с турецким правителем. В связи с этим с 1821 до 1832 года Эсфигмен не существовал как монастырь из-за того, что оттоманские власти реквизировали здания и использовали их для расквартирования войск во время войны Греции за независимость.