Az apjától megörökölt livóniai háborúban 30 000 tallérért megvásárolta az Ösel-Wiek püspökségét és Magnus öccsének adományozta, aki cserébe lemondott Schleswig-Holsteini hercegi jogairól. Magnus később livóniai királyi címet kapott IV. Iván orosz cártól. Frigyes egyebekben igyekezett elkerülni a konfliktusokat Livóniában és jó kapcsolatot tartott fent az orosz cárral. Uralkodásának legfontosabb katonai konfliktusa az északi hétéves háború volt 1563 és 1570 között, melyben megpróbálta elhódítani Svédországot elmebeteg unokatestvérétől, XIV. Eriktől. A háború eldöntetlenül hullámzott, melyben hol az egyik, hol a másik félnek kedvezett a hadiszerencse, ám rengeteg pénzbe került, Skåne tartományt teljesen feldúlták a svédek, és Norvégiát is majdnem elfoglalták. A király maga vezette seregét, ám nem túl sok sikerrel és a háború költségei miatt egyre nőtt az Államtanács elégedetlenkedése. A kincstár hiányát valamelyest sikerült csökkenteni, mikor a király visszahívta száműzetéséből tehetséges pénzügyminiszterét, Peder Oxe-t. A két ország tartalékait felőrlő háború egészen 1570-ig húzódott, amikor a status quo alapján békét kötöttek (stettini béke).