היה מועמד לנשיאות רוסיה ובבחירות שנערכו ב-16 ביוני 1996 וזכה ל-32.03% מקולות המצביעים והתקדם לסיבוב השני במירוץ ראש בראש כנגד הנשיא המכהן בוריס ילצין. ב-3 ביולי 1996 בהצבעה בסיבוב השני של הבחירות לנשיאות זיוגאנוב גרף 40.31% תמיכה מהמצביעים, אך הפסיד ליריבו. באוגוסט 1996 הוא נבחר ליו"ר המועצה המתאמת של האיחוד הפטריוטי של העם הרוסי, הכוללת מפלגות ותנועות שתמכו בו בבחירות לנשיאות. בתחילת 1997, עירער על סמכותו של ילצין ותבע ממנו להתפטר מתפקיד הנשיא, בשל חוסר יכולתו הפיזית למלא את התפקיד. בהצהרה דומה, דחק את כל התנועות הפוליטיות במדינה שלא לנקוט בפעולות שיחליש את סמכות המדינה בשלטון הפדרלי המרכזי ובשלטון המקומי.