1918. július 22-én őrnaggyá léptették elő. 1918 októberétől az oroszországi polgárháború észak-oroszországi expedíciós hadseregében szolgált, Edmund Ironside dandártábornok parancsnoksága alatt, ahol a brit erők sarkvidéki körülményeknek megfelelő felszerelésének előkészítéséért és Murmanszkba szállításáért volt felelős. A compiègne-i fegyverszüneti egyezmény aláírásával az első világháború, 1918. november 11-én ténylegesen véget ért. Shackleton 1919 március elején tért vissza Angliába, azonban vissza kívánt térni Észak-Oroszországba, a régió gazdasági fejlődésének előmozdítását szolgáló tervekkel. E cél megvalósításához további befektetőket keresett, azonban a bolsevikok katonai győzelme után ezen terveket kénytelen volt feladni.