במהלך מלחמת העולם השנייה (יוני 1941-מאי 1945), רגימנט החי"ר המשוריין הקרואטי ה-369 (יחידה של הדיוויזיה ה-100 של הצבא הגרמני, תחת הקצינים הקרואטים ויקטור פאבישיץ' ולאחריו מרקו מסיץ') הצטיינו בקרב סטלינגרד, אך נכנעו יחד עם הארמייה הגרמנית השישית בתחילת פברואר 1943. בתום המלחמה באירופה, יחידות של החזית האוקראינית השלישית של הצבא האדום נלחמו בכמה שטחים מאוכלסים בקרואטים, אז בעיקר מחוץ לגבולותיה של המדינה העצמאית של קרואטיה הפרו-גרמנית (NDH). ברית המועצות תמכה באופן פעיל בפרטיזנים היוגוסלביים של טיטו - נגד גרמניה, ה-NDH ובעלות בריתה, כמו גם הצ'טניקים - מאז 22 ביוני 1941, כאשר תקפה גרמניה את ברית המועצות. בנובמבר 1944, במהלך קרב בטינה (כיום בקרואטיה), נהרגו 1,237 אנשי הצבא האדום בלחימה נגד כוחות הציר המשולבים. לעומת זאת, דיוויזיית הפרשים הקוזאקים הראשונה ודיוויזיית הפרשים הקוזאקים השנייה התמזגו לקורפוס הפרשים הקוזאקים אס אס ה-15 בפברואר 1945 בפיקוד גרמני, ואוישו בעיקר על ידי קוזקים מברית המועצות, משנת 1943 הם ביצעו פעולות טקטיות מוצלחות בקרואטיה נגד הפרטיזנים הקומוניסטים, ומשלהי 1944 נגד הצבא האדום. הלחימה בין כוחות הקוזאקים תחת הלמוט פון פנוויץ והצבא האדום בצפון סלאבוניה בדצמבר 1944 נתפסת על ידי היסטוריונים רוסים כקרבות האחרונים במלחמת האזרחים ברוסיה. כמו כן, לחמו בשטח ה-NDH מאוקטובר 1944 - כנגד הפרטיזנים הקומוניסטים והכוחות הסובייטים - היחידות הנסוגות של חיל המגן הרוסי, שמפקדו, הגנרל הרוסי בוריס שטייפון, נפטר בזאגרב ב-30 באפריל 1945.