ב-1939, עם פרוץ מלחמת העולם השנייה גויס באומינגר לצבא הפולני ובמהלך הקרבות בספטמבר 1939 נפל בשבי הגרמני. לאחר זמן מה שוחרר עם שאר החיילים הפולנים ועבר ללבוב שבשטח הרוסי. בהמשך עבר לעיר סטניסלבוב (ששמה שונה אחרי המלחמה לאיוונו-פרנקיבסק) שם הסכים להצעת השלטונות הרוסים לקבל אזרחות רוסית. כשהחלה פלישת הגרמנים לברית-המועצות, ב-1941, גויס באומינגר לצבא הרוסי ובקרב לייד העיר חרקוב באוקטובר 1941 נפל בשבי הגרמני. כשראה שהגרמנים מחסלים שבויים יהודים התחפש לאיכר אוקראיני, ברח מהשבי ונדד ללבוב. בעיר הצליח לקבל מאנשי "השומר הצעיר" ניירות אריים מזויפים, ערק מהצבא הרוסי, והגיע בעזרתם, בתחילת 1942, בחזרה לקרקוב.