Suomen sodassa von Essen ylennettiin everstiksi 25.5.1798, jolloin oli Hämeenlinnan jääkäripataljoonan komentaja. Hän taisteli Yppärissä, Pyhäjoella sekä Siikajoella ja myöhemmin toimiessaan 6. prikaatin päällikkönä hän osallistui Alavuden, Salmin ja Oravaisten taisteluihin taisteluihin. Nimitetty kenraaliadjutantiksi 8.8.1809. Sodan päätyttyä syyskuussa 1809 von Essen sai eron Ruotsin armeijan palveluksesta 7.11.1809 samalla ylennettynä kenraalimajuriksi.