1889年，其子奥地利皇储鲁道夫在與情人自殺，于是立三弟的长子弗朗茨·斐迪南为新皇储。1895年2月27日，兼任德國元帥。1898年，伊利莎白皇后（茜茜）在日内瓦湖畔被一位意大利无政府主义者以锥子刺死。同年約瑟夫在喪妻的陰影下，舉辦登基五十周年的慶祝典禮，匈牙利人愛戴伊利莎白皇后並沉痛哀悼，也跟慶典中的奧地利人一樣，都對約瑟夫皇帝藏不住的（喪妻）悲痛表示同情，這代表皇帝廣受支持，以及帝國光輝仍然閃耀的證據。