In der Folge führte Kaiser Ferdinand III. den Krieg zeitweilig ohne Verbündete im Reich fort. Noch bis zum Ende des Jahres 1647 gab es vereinzelte Kämpfe in Böhmen, den Spanischen Niederlanden und Italien. Im Herbst 1647 trat Maximilian I. wieder an der Seite des Kaisers in den Krieg ein. Das vereinte österreichisch-bayerische Heer wurde aber nach einer gescheiterten Offensive des Oberbefehlshabers Melander gegen Marburg nach Bayern zurückgedrängt und dort im Mai 1648 in der Schlacht bei Zusmarshausen geschlagen, wobei Melander fiel und der folgende Rückzug weite Teile Bayerns erneut zur gegnerischen Ausplünderung offen ließ. Diese Niederlage sowie die folgende Belagerung Prags durch die Schweden zwangen Ferdinand, den Abschluss der Verhandlungen des Westfälischen Friedens zu beschleunigen und seine endgültige Zustimmung zu dessen Bestimmungen zu geben.