Габер сыграл ключевую роль в развитии химического оружия во время Первой мировой войны. Вскоре после начала войны он возглавил химический отдел военного министерства. Часть его работы включала разработку противогазов с адсорбирующими фильтрами. Помимо того, что Габер руководил группами, разрабатывавшими применение хлора и других смертоносных газов окопной войны, он всегда был готов содействовать в их применении лично, несмотря на их запрет Гаагской декларацией (1899), под которой Германия поставила свою подпись. Под руководством Габера будущие нобелевские лауреаты Джеймс Франк, Густав Герц и Отто Ган принимали участие в организации газовой атаки во время Второй Битвы при Ипре 22 апреля 1915 года. Считается, что все воюющие страны пытались разработать методы получения отравляющих газов, пригодных для уничтожения противника, но немцам удалось это сделать первыми. Атака под Ипром уже в 1915 году была квалифицирована как военное преступление.