Det europeiske småstatsmesterskapet i friidrett 2016 ble arrangert i Marsa på Malta, og Kountouri kom på sjetteplass på 400 meter, og hun fikk bronse på 1000 meter stafett. I det kypriotiske mesterskapet i friidrett fikk hun sølv på 400 meter, og hun kom på femteplass på 200 meter. Under U20-VM i friidrett 2016 ble hun slått ut i innledningsheatene, med 40. beste tid sammenlagt.