В 1836 году Антонио Лопес де Санта-Анна сделал его следующим после себя в командной вертикали во время подавления восстания в Техасе. После того, как Санта-Анна был разбит и взят в плен в битве при Сан-Хасинто, Филисола отвёл остатки мексиканской армии в собственно Мексику.