Dopo l'avvenuta distruzione di Selinunte, a causa dell'insorgere di una nuova guerra greco-punica, Ermocrate si fece padrone di quella città, ricostruendola e ripopolandola. Morì infine in seguito di una rivolta popolare avvenuta nel 407 a.C. all'interno di Siracusa, dopo che egli, insieme a un gruppo fidato di suoi "philoi", aveva tentato di rientrare forzatamente nella polis. Se questa rivolta fu da una parte la disfatta di Ermocrate, dall'altra fu una parziale vittoria per Dionisio, futuro tiranno di Siracusa, che combatté tra le file dei seguaci di Ermocrate.