Същата година той става крал на Навара под името Анри III, след смъртта на майка си Жана, под чието влияние става хугенот. Жана също е протестантка и обявява калвинизма за държавна религия на Навара. Сватбата на Анри е част от мирния договор между католици и хугеноти, целящ да сложи край на религиозната война във Франция (започнала през 1560). В нощта на Свети Вартоломей (24 август 1572) католиците, водени от херцог дьо Гиз, който с помощта на кралица Катерина Медичи изкопчва разрешение от крал Шарл IX за клането, избиват 5000 хугеноти в Париж и 20 000 във Франция. Анри е принуден, заедно с братовчед си принц Анри дьо Конде, да приеме римокатолицизма. Той е държан като затворник в Лувъра до 1576 г., когато успява да избяга от Париж. Връщайки се в родната Навара, Анри отново приема протестантството.