Pendant la Convention thermidorienne, Lanjuinais est l'un des anti-jacobins les plus virulents. Après avoir pris part à la mission des représentants chargés de la pacification de la chouannerie en Vendée, il reparut à la tribune de la Convention le , pour demander l'abrogation des lois qui frappaient les parents d'émigrés, pour défendre les prêtres déportés et la liberté de culte ; puis il soutint la proposition de Lesage de traduire devant les tribunaux ordinaires les députés compromis dans l'insurrection de prairial, et fut chargé, le 11 prairial, par les comités de salut public, de sûreté générale et de législation, de présenter, pour la restitution des édifices consacrés au culte, un projet de décret que l'assemblée adopta. Cette attitude le fit accuser de royalisme par Tallien ; mais Lanjuinais fut défendu par Louvet, par Sieyès et par le boucher Legendre, le même Legendre qui, parlant de l'assommer dans la journée du 2 juin 1793, reçut, dit-on, de lui, cette réponse : Il parvient à se faire élire président de la Convention en .