Inför EM 2009 ändrades kvalsystemet och istället för två klasser så spelade de sämre rankade lagen en första preliminär kvalomgång och gruppvinnarna från den omgången gick vidare till den andra kvalomgången som avgjorde vilka som fick spela i EM. Estland hamnade i grupp A4 tillsammans med Rumänien, Bulgarien och Azerbajdzjan. Efter tre raka förluster slutade Estland på sista plats i gruppen och gick inte vidare till andra omgången av kvalet.