El 23 de mayo de 2018, el SSC Napoli anunció su llegada como nuevo entrenador, firmando un contrato de 3 años de duración. En su primera temporada en el banquillo del San Paolo, mantuvo al conjunto napolitano como el principal oponente de la Juventus de Turín en el país transalpino, finalizando la primera vuelta de la Serie A en 2ª posición, a 9 puntos del líder; y obteniendo el subcampeonato a falta de 3 jornadas para el término del torneo.