Lokacja miasta nastąpiła przed rokiem 1037 (Brzetysław I), w początkach kształtowania się państwowości czeskiej, nieopodal ważnego traktu handlowego, z południa na Morawy. W 1190 r. Konrad II Otto wraz z matką założyli klasztor Louka. Prawa miejskie w 1226 r. nadał król Przemysł Ottokar I. Miasto zostało poważnie zniszczone podczas wojen husyckich. W latach 1740−1763 rujnujące straty gospodarcze i ekonomiczne wywołane wojnami śląskimi króla Prus, Fryderyka Wielkiego. W 1767 r. w piekarni Dobscha przy ul. Obrokové terminował 16-letni (w przyszłości święty) Klemens Maria Hofbauer. W dniach 7−11 lipca 1809 r. w Znojmie i okolicach, zaraz po bitwie pod Wagram wycofujące się pokonane wojska austriackie stoczyły krwawe walki ze ścigającą je francuską Wielką Armią Napoleona. W bitwie pod Znojmem straty Cesarstwa Francji wyniosły 2 tysiące zabitych, rannych i jeńców, natomiast Cesarstwo Austriackie straciło 9 tys. żołnierzy.