Trasferito a Norimberga, Höß testimoniò nel corso del celebre processo come testimone per la difesa di Ernst Kaltenbrunner, comandante della Gestapo e superiore diretto di Eichmann, l"organizzatore" dell'Olocausto. Con freddezza disarmante rispose alle domande che gli erano poste, discutendo con calma dell'organizzazione del campo di Auschwitz e delle strutture impiegate per portare a termine il "compito" assegnatogli da Himmler: un compito che egli, in qualità di soldato in tempo di guerra, sosteneva di non poter rifiutare. Simili furono le testimonianze rese nel periodo successivo durante i processi secondari tenuti a Norimberga a carico di Oswald Pohl, capo del WVHA, e delle industrie IG Farben, produttrici dello "Zyklon B".