В браке Виктора Амадея и Анны Марии родилось 9 детей (трое мертворождённых, одна дочь и один сын умерли в детстве и младенчестве соответственно), четверо из которых имели потомство. Мария Джованна стала крёстной матерью своей старшей внучки Марии Аделаиды. С Анной Марией у вдовствующей герцогини сложились хорошие отношения. Кроме того, близка она была и с внучками Марией Аделаидой и Марией Луизой, которые еженедельно навещали бабушку в Палаццо Мадама. Мария Аделаида, в частности, вела регулярную переписку с бабушкой после 1696 года, когда юная принцесса вышла замуж за Людовика, герцога Бургундского. Мария Луиза стала женой брата герцога Бургундского, испанского короля Филиппа V. Мария Аделаида, к великому огорчению бабушки, умерла в Версале от кори в 1712 году. Два этих престижных брака были организованы Людовиком XIV, чтобы привлечь Савойю на свою сторону в Войне за испанское наследство. В ходе войны Мария Джованна вместе с внуками бежала в Геную и была вынуждена продать драгоценности, чтобы поддержать семью во время осады Турина в 1706 году.