Команда «Торонто Рэпторс» была широко раскритикована за то, что выбрала Чарли под общим седьмым номером на драфте НБА 2005-го года, на что он ответил хорошей игрой в качестве новичка НБА. Он стал вторым среди новичков по очкам и подборам и третьим по игровому времени и блокшотам, а также сделал 12 дабл-даблов. Чарли установил в «Рэпторс» рекорд для новичков - 48 очков и 18 подборов в игре. Вильянуэва также участвовал в матче новичков НБА и был включён в первую сборную новичков НБА.