Pendant la Seconde Guerre mondiale, après l'invasion de la Yougoslavie, le territoire de la Bosnie-Herzégovine est cédé en 1941 à l'état indépendant de Croatie allié du Troisième Reich. Certains Croates et Bosniaques s'y rallient ou s'y soumettent ; d'autres s'y opposent dans la guerre de résistance qui suit l'invasion. La plupart des Serbes rejoignent le mouvement, fidèle au gouvernement yougoslave en exil à Londres, des "Tchetniks", mais un autre mouvement de résistance, multiethnique, se constitue : celui des "partisans" communistes. Un grand nombre de Bosniaques, Croates et Serbes, mais également des Slovènes, Macédoniens, Monténégrins ou Albanais s'y engagent. Une guerre à cinq commence alors : s'affrontent d'un côté les Allemands et les "Oustachis" Croates d'Ante Pavelić, d'un autre côté les "Tchetniks" du Serbe Draža Mihailović, et, à partir de l'été 1941 (rupture du pacte germano-soviétique) les "partisans" de Tito, qui affrontent aussi les "Tchetniks" à partir de 1943, poussant certains groupes à s'allier aux "Oustachis", ou aux Italiens qui de leur côté, rejoignent les Alliés à l'automne 1943. De ces affrontements et changements d'alliances sortent largement vainqueurs les "partisans" de Tito d'autant que les « cinq de Cambridge » ont réussi à convaincre Winston Churchill de miser sur Tito et de réserver à ses partisans l'essentiel de la logistique Alliée. Dans ce contexte se forme, le à Jajce, le Conseil antifasciste de libération nationale de Yougoslavie qui décide de la formation d'une République de Bosnie-Herzégovine au sein d'un futur régime communiste fédéral.