Regele polonez Ștefan Báthory a capturat orașul Poloțk în 1579, în timpul Războiului Livonian și i-a invitat pe iezuiți în oraș, cu speranța de a reduce influența Bisericii Ortodoxe. Iezuiții au fondat în 1580 un colegiu, după modelul Academiei Iezuite de la Vilnius. Primul rector a fost Piotr Skarga. Acestuia i s-a adăugat o facultate de filozofie în 1649 și o facultate de teologie în 1737. După prima împărțire a Uniunii polono–lituaniene din 1772, orașul Poloțk a devenit parte a Imperiului Rus. Colegiul a fost salvat de împărăteasa rusă Ecaterina cea Mare care nu a respectat decretele papale prin care Ordinul Iezuit era desființat. Ca urmare a solicitării lui Joseph de Maistre, colegiul a fost ridicat la rangul de academie (echivalent cu o universitate) în 1812 de către țarul Alexandru I al Rusiei, dar a fost închis opt ani mai târziu, când Alexandru I I-a izgonit pe iezuiți din Imperiul Rus și a închis școlile lor. Biblioteca Academiei, care avea până la 60.000 de volume, a fost dispersată între diferite instituții din Europa de Est.