Bu arada Dağlık Karabağ konusundaki çatışma, uzlaşma müzakerelerine rağmen devam etti. 1992 yılının başlarında Karabağ'ın Ermeni liderliği bağımsız bir cumhuriyet kurduklarını ilan etti. Ermenistan ve Azerbaycan arasında gerçekleştirilen tam kapsamlı bir savaşta Ermeniler, Rus Ordusu'ndan gizli yardım alarak üstünlük elde ettiler. 25 Şubat 1992'de Azerbaycan sivillerinin Hocalı Katliamı'nda katledilmesi sonucunda hükûmetin eylemsizliği üzerinde toplumsal bir ayaklanma başladı ve büyük saldırılar gerçekleştirildi (Azerilerin yerli Ermeni sivilleri öldürdüğü Marağa Katliamı). Mutallibov, Azerbaycan Halk Cephesi Partisi'nin baskısı altında 6 Mart'ta Azerbaycan Millet Meclisi'ne istifasını vermek zorunda kaldı.