Lors du Grand Prix du Canada, il prend un bon départ et mène même la course pendant deux tours avant de se classer troisième. Il ne marque que quatre points lors des deux courses suivantes, à cause d'un arrêt sous voiture de sécurité mal géré à Valence et d'un "drive-through" pour avoir doublé Robert Kubica en coupant une chicane à Silverstone. Après cette dixième épreuve de la saison, Alonso est cinquième du championnat du monde à 47 points de Lewis Hamilton. Le , au Grand Prix d'Allemagne, Alonso est second derrière son coéquipier quand, au quarante-huitième tour, Massa le laisse passer dans une ligne droite. Alonso remporte la victoire mais Ferrari est jugée coupable d’avoir donné un ordre d’équipe, ce qui est une violation de l'article 39.1 du règlement : l'écurie est condamnée à d'amende.