Петата фаза (1992 – 1995) е белязана от унищожаването на съоръженията и оборудването на университета, вследствие войната в Босна и Херцеговина и обсадата на Сараево. Въпреки 4-годишната обсада на града, университетът успява да задържи целостта на работата си. Това представлява приноса на университета за утвърждаването на свободата и демокрацията, протестите срещу войната и агресията, както и утвърждаването на суверенитета на Босна и Херцеговина.