Μετά τη βραχύβια "Δημοκρατία Αγίου Τίτου" που προέκυψε από την αποτυχημένη αποστασία του Αγίου Τίτου το 1363 και την καταστολή της επακόλουθης εξέγερσης των Καλλέργηδων το 1368, η Κρήτη γνώρισε μια αρκετά μακρά περίοδο ειρήνης. Παρόλο που η Βενετία επέτρεψε στους Ορθόδοξους Κρητικούς να ασκούν ελεύθερα την πίστη τους σύμφωνα με το Βυζαντινό τυπικό, αρνήθηκε να αποδεχτεί την εξάρτηση του Κρητικού Ορθόδοξου κλήρου από το Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι η Βενετία αντιλαμβανόταν την Ορθόδοξη πίστη των Κρητών ως εμπόδιο στην κυριαρχία της, και ως εκ τούτου επιθυμούσε να αποτρέψει οποιαδήποτε πολιτική παρέμβαση της βυζαντινής εκκλησιαστικής ιεραρχίας. Αντί αυτού, οι Λατίνοι επίσκοποι και οι "πρωτοπαπάδες", αξιωματούχοι πιστοί στο κράτος διορίστηκαν για τη διαχείριση θρησκευτικών υποθέσεων στην Κρήτη. Η απουσία ανώτερων ορθόδοξων κληρικών στην Κρήτη σήμαινε ότι οι Ορθόδοξοι που ήθελαν να χειροτονηθούν έπρεπε να φύγουν από το νησί για την Πελοπόννησο ή τα Ιόνια Νησιά. Για να ενισχύσουν το ηθικό και την πίστη, Ορθόδοξοι επίσκοποι και έξαρχοι έφτασαν στην Κρήτη κατά το δεύτερο μισό του δέκατου τέταρτου και τις πρώτες δεκαετίες του 15ου αιώνα. Σ' αυτούς περιλαμβάνονταν προσωπικότητες όπως ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών Άνθιμος ο Ομολογητής και ο μοναχός Ιωσήφ Βρυέννιος, που ένωσαν τις δυνάμεις τους με τοπικούς ανθενωτικούς θεολόγους όπως ο Νείλος Νταμιλάς και ο Ιωσήφ Φιλάγρης.