После вступления на престол Шотландии Карла I в 1625 г. королевская власть начала наступление на самостоятельность Церкви Шотландии. Карл I попытался ввести в пресвитерианское богослужение англиканскую литургию, что вызвало в 1637 г. восстание в Шотландии, переросшее во всеобщее движение в защиту пресвитерианской церкви. В начале 1638 г. восставшими были подписан «Национальный ковенант», заложивший догматическую основу шотландской церкви, а вскоре генеральная ассамблея приняла решение об упразднении епископата. Попытки короля подавить движение завершились победой ковенантеров в Епископских войнах 1639—1640 гг. Шотландцы пошли на союз с английским парламентом, и по результатам совместной работы теологов обоих государств, в 1647 г. церковь Шотландии утвердила «Вестминстерское исповедание», которое до настоящего времени является главным источником пресвитерианской доктрины.