Tras la invasión alemana de la Unión Soviética, las tropas del Distrito Militar de Odesa se transformaron en el 9.º Ejército Independiente, y Chibisov de junio a agosto de 1941 actuó como comandante de las tropas del distrito, principalmente involucrado en la movilización y formación de reclutas y unidades. Del 15 de julio al 27 de julio de 1941, también comandó temporalmente las tropas del Ejército Costero Independiente, durante la Batalla de Odesa, hasta la llegada del teniente general Georgi Sofronov de Moscú que se hizo cargo del ejército. Durante un breve espacio de tiempo estuvo al mando del Ejército de Reserva del Frente Sur, cuya formación nunca se completó.