2 июля 2016 года Амер официально перешёл в «Аль-Айн», подписав трёхлетний контракт, и вскоре был представлен на пресс-конференции в качестве игрока клуба. 23 августа 2016 года он дебютировал за команду в Лиге чемпионов АФК против ташкентского «Локомотива». Во втором сезоне в новой команде впервые в карьере стал чемпионом страны, а также выиграл Кубок, сделав таким образом «золотой дубль». На правах чемпиона ОАЭ, а также команды-хозяина «Аль-Айн» стал участником Клубного чемпионата мира 2018, где неожиданно преодолел все этапы соревнования и вышел в финал, где не смог навязать борьбу мадридскому «Реалу». На турнире Амер сыграл в трёх матчах.