Zu Beginn des Zweiten Weltkriegs war Pestke Zugführer in der 13. Kompanie des Infanterie-Regiments 176, mit welchem er am Westfeldzug teilnahm (Schlacht um Belgien und Frankreich). Ab Juni 1941 kämpfte er dann als Befehlshaber (Rang eines Oberleutnants) der 3. Kompanie (InfRgt. 176) in Russland (u. a. bei Leningrad). Anfang 1942 wurde Pestke Regimentsadjutant und im Herbst 1942 Kommandeur des I. Bataillons (InfRgt. 176). Auf Grund der besonderen Leistungen seines Bataillons bei den Ladoga-Schlachten wurde er am 1. Oktober 1943 zum Major befördert. Wenig später erfolgte Pestkes Versetzung zum Stab der 16. Panzer-Division und anschließend zum 14. Generalstabs-Lehrgang an die Kriegsakademie nach Hirschberg. Nach der dortigen abgeschlossenen Ausbildung kam er in den Stab der 12. Luftwaffen-Felddivision. Während der Schlacht um Danzig wurde er (zum fünften Mal im Krieg) verwundet und gelangte bei Kriegsende in britische Gefangenschaft, aus der er am 31. Mai 1947 entlassen wurde.