Toutefois, ses prétentions impériales devaient fatalement l’amener à entrer en conflit avec son beau-père, Jean-Alexandre Asen qui rêvait également d’un grand royaume bulgare qui réunirait les populations orthodoxes des Balkans et dont la capitale serait Constantinople. Théodore rompit son alliance avec Jean-Alexandre et leurs armées se rencontrèrent à Klokotnica (aujourd’hui Semidje), bataille qui se solda par une victoire décisive des Bulgares au cours de laquelle Théodore fut fait prisonnier. Resté libre, Manuel parvint même à remplacer son frère à Thessalonique avec l’autorisation de Jean-Alexandre Asen II, dont il avait marié la fille illégitime, Maria Bdeloslava en 1225. Bien que reconnu comme "despote" par les autorités bulgares, il prétendit conserver le titre d’empereur que s’était arrogé son frère. Toutefois, cet « empire » n’était plus que l’ombre de celui qu’avait créé Théodore et qui avait réuni Thessalonique, la Thessalie et l’Épire, la Bulgarie lui ayant enlevé les régions de Thrace, de Macédoine conquises par Théodore ainsi qu’une partie de l’Albanie. La rivalité pour la reconquête de Constantinople ne devait plus être le fait de trois souverains, ceux d’Épire/Thessalonique, de Nicée et de Bulgarie, mais de deux seulement : Jean Vatatzès de Nicée et Jean-Alexandre Asen de Bulgarie.