1700 körül a Belső-ausztriai Haditanács elnöke, 1703-ban pedig az Udvari Haditanács alelnöke lett. 1704. január 22-én a magyarországi császári-királyi csapatok főparancsnokává nevezték ki, s ez alkalomból (január 30-án) tábornaggyá léphetett elő. A II. Rákóczi Ferenc vezette szabadságharc ekkorra már szinte az egész országban teret nyert, a felkelők éppen ezekben a hetekben foglalták el a Dunántúlt, s betöréseikkel veszélyeztették a morvaországi és alsó-ausztriai határszéleket is. Heister Bruckból kiindulva, a Fertő mellékén visszaszorította Károlyi Sándor kuruc csapatait, bevonult Győrbe, majd megszállta Pápát. Ezután Komáromnál átkelt a Dunán és Bercsényit szorította vissza a Vág folyó mögé, majd az udvar megint a Dunántúlra küldte, amely május elején ismét a felkelők birtokába került. Heister május 24-én hajnalban Csíkvárnál meglepte és szétugrasztotta a frissen kuruccá lett Esterházy Antal és Babocsay Ferenc hadait, május 31-én pedig – katonáinak szabad rablást engedélyezve – emberei feldúlták Veszprém városát, s még a székesegyház kincseit és a kanonokok életét sem kímélték. Amikor onnan Győr felé vonult, Forgách Simon dunántúli kuruc főparancsnok június 13-án Koroncónál megtámadta seregét, ám számbeli fölényük és Forgách ügyes irányítása ellenére Heister súlyos vereséget mért a kurucokra.