После окончания ускоренного курса при Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова в феврале 1944 года был назначен на должность командира 51-й гвардейской стрелковой дивизии, отличившейся в ходе прорыва Витебского укреплённого района и освобождении Витебска, за что ей было присвоено почётное наименование «Витебская». Во время Полоцкой наступательной операции дивизия успешно форсировала реку Западная Двина, на которой заняла плацдарм, после чего принимала участие в ходе освобождения Полоцка. За умелое руководство частями дивизии Сергей Васильевич Черников был награждён орденом Суворова 2 степени.