Seitdem Maria Stuarts Sohn Jakob 1603 in Personalunion England und Schottland regierte, versuchte er, auch der schottischen Kirche ein episkopales Gepräge zu geben. Sein Sohn Karl I. setzte diese Politik fort. Sein Versuch, das anglikanische Book of Common Prayer auch in Schottland einzuführen, rief den Widerstand der Covenanters hervor und führte dazu, dass die "General Assembly" von 1638 das Bischofsamt in Schottland abschaffte. Dies löste die Bischofskriege aus, die zur unmittelbaren Vorgeschichte des Englischen Bürgerkriegs gehörten. In dessen Verlauf berief das Lange Parlament 1643 die Westminstersynode ein, die für die Kirchen in England und Schottland eine gemeinsame Glaubensgrundlage und Kirchenordnung formulieren sollte. Das Bekenntnis von Westminster wurde vom Parlament 1647 gebilligt, konnte sich aber nur in Schottland durchsetzen, auch wenn durch die Stuart-Restauration von 1660 das Bischofsamt zeitweise wieder errichtet wurde.