עם הקמתה של הקיסרות הראשונה, מונה ברנדוט לאחד מ-18 המרשלים של הקיסרות ומיוני 1804 ועד ספטמבר 1805 הוא שימש כמושל הנובר שנכבשה לא מכבר. במהלך מסע המלחמה של 1805 שיתף ברנדוט פעולה עם צבא מהנובר במהלך גדול שהסתיים בתבוסתו של הגנרל האוסטרי מאק בקרב אולם. כגמול לתרומתו בקרב אוסטרליץ, הוא הפך להיות הנסיך הריבון של פונטקורבו, אך במהלך המערכה נגד פרוסיה באותה שנה, הוא ננזף על ידי נפוליאון על אי השתתפות צבאו בקרב ינה-אאורשטדט, למרות שהוא שהה בקרבת מקום.