Slovenian maajoukkueessa Pavlin pelasi vuosina 1994–2004 yhteensä 63 A-maaottelua ja teki niissä viisi maalia. Hän oli mukana EM-kilpailuissa 2000 ja MM-kilpailuissa 2002. Hän pelasi molemmissa turnauksissa avauskokoonpanossa Slovenian kaikissa otteluissa. EM-kilpailuissa hän teki maalin Jugoslaviaa vastaan.