Im Februar 2003 eskalierte der Konflikt in Darfur, mit Billigung oder Beteiligung der SPLM. Am 9. Januar 2005 schloss die SPLM einen Friedensvertrag mit der sudanesischen Regierung. Dieser ebnete den Weg zur Beteiligung der SPLM an der Regierung, zu allgemeinen Wahlen im Jahr 2010 sowie zum Unabhängigkeitsreferendum im Südsudan 2011.