Jefferson nunca eliminó a ningún nativo americano. Sin embargo, en cartas privadas sugirió varias ideas para trasladar a las tribus de los enclaves del este a sus propias nuevas tierras en tierras al oeste del Mississippi. La Remoción de indios fue aprobada por el Congreso en 1831, mucho después de su muerte. Antes y durante su presidencia, Jefferson discutió la necesidad de respeto, hermandad y comercio con los nativos americanos Jefferson sostuvo que los indios tenían tierra "de sobra" y, pensó, la cambiarían de buen grado por suministros garantizados de alimentos y equipo.