Von 2000 bis 2002 war sie mit dem Kameramann Albin Sällström verheiratet. Dieser Ehe entstammt ihre Tochter Talulah. Ende 2004 überlebte Johanna Sällström gemeinsam mit ihrer damals dreijährigen Tochter und ihrem jüngeren Bruder auf Ko Lanta in Thailand die Tsunami-Katastrophe. Nach der Rückkehr in ihr Heimatland nahm die alleinerziehende Mutter psychologische Hilfe in Anspruch. Der Zeitschrift "Tove" sagte sie in einem Interview im Herbst 2005, auch im Rückblick auf dieses Ereignis: „Ich dachte immer, ich sterbe, bevor ich 30 bin. Heute bin ich glücklich darüber, dass ich lebe.“ Im Herbst 2006 verkörperte Sällström am Theater in Ystad die Rolle der Nina in einer Produktion von Anton Tschechows Drama "Die Möwe". Krankheitsbedingt sagte sie allerdings die Hälfte der geplanten 18 Aufführungen ab. Aufgrund von Depressionen, die auch zuvor mehrfach ihr Leben überschattet hatten, begab sie sich in ärztliche Behandlung.