1550년 스웨덴의 구스타브 1세 바사가 한자 동맹 도시인 탈린을 견제하기 위해 건설한 것이 헬싱키의 시초이다. 초기에는 가난과 질병, 전쟁으로 많은 어려움을 겪었다. 오랫동안 발트해 연안의 번영하는 무역 도시들과 경쟁 상대가 되지 못한 소규모의 해안 도시에 불과하였다. 헬싱키의 입구에 수오멘린나 해상 요새가 건설되어 위상이 조금 높아지기는 했지만 1809년 스웨덴이 핀란드 전쟁에서 러시아에 패해 핀란드가 러시아령 자치 대공국이 된 후에야 헬싱키의 본격적인 발전이 시작되었다.