காப்டனாக கடற்படையிலிருந்து 1981இல் விலகி அரிசோனாவுக்கு நகர்ந்து அரசியல் உலகில் நுழைந்தார். 1982இல் கீழவைக்கு தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டு இரண்டு பதவி காலங்களாக பணியாற்றியுள்ளார். பின்பு 1986இல் மேலவைக்கு தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டு 1992, 1998, மற்றும் 2004இல் மீண்டும் வாக்கெடுப்பில் வெற்றிபெற்றார். பொதுவாக பழமைவாதக் கொள்கைகளை நம்புகிற மெக்கெய்ன் சில முக்கிய தலைப்புகள் தொடர்பான தனது கட்சிக்கு எதிராக கருதுகிறார். 1980களில் அரசியல் செல்வாக்கு இழிப்பு நடவடிக்கையில் ஆராய்ச்சி செய்யப்பட்டு குற்றமற்றவர் என்று தீர்ப்பு செய்யப்பட்டதற்கு பிறகு பிரச்சாரம் நிதி சீர்திருத்தம் (campaign finance reform) ஒரு முக்கிய தலைப்பாக உறுதி செய்து பிரச்சாரம் நிதியை திருத்த 2002இல் ஒரு சட்டத்தை படைத்தார். 1990களில் வியட்நாமுடன் உறவு மேம்படுத்துதலுக்கும் 2000களில் ஈராக்கில் முடிவு வரை சண்டையிடுவதுக்கும் மெக்கெய்ன் கவனம் பெற்றார். மேலவையில் பொருளாதார செயற்குழுவின் தலைவராக பணியாற்றி மாநிலங்களின் சிறிய திட்டங்களுக்கு நடுவண் அரசு நிதி கொடுதலை எதிர்த்தார்.