Au , le château devient la possession d'Elizabeth Preston, femme de Jacques Butler d'Ormond, et d'Ormond, alors lieutenant général d'Irlande. Contrairement à la plupart de sa famille, il était protestant et tout au long de la Rébellion irlandaise de 1641, il a été le représentant en Irlande du roi Charles. Cependant, son château de Kilkenny devint le foyer d'un mouvement rebelle catholique, confédérés d' Irlande. Ainsi, le château devient-il entre 1642 et 1648 le lieu de la réunion du "conseil supérieur", ou du parlement de la Rébellion irlandaise de 1641. Ormonde lui-même était à Dublin à cette époque. Le mur est et la tour nord est du château ont été endommagées durant le siège de Kilkenny par Cromwell pendant la conquête cromwellienne de l'Irlande. On les a ensuite détruites. Une nouvelle entrée a alors été construite au sud. En 1661, Butler a remodelé le château en château "moderne" après son retour d'exil.