V březnu roku 1939 vznikly rozdílné podmínky pro vojáky z Čech a Moravy a pro vojáky ze Slovenska. Zatímco v českých zemích byla armáda rozpuštěna a vzniklo pouze nepočetné loutkové vládní vojsko, pak na Slovensku došlo k ustanovení Slovenské armády, která se účastnila invaze do Polska i Operace Barbarossa a následných bojů proti SSSR. Velká skupina vojáků z českých zemí, ale i někteří slovenští vojáci, odešli v prvních letech po rozbití republiky do zahraničí, kde se účastnili bojů na straně Spojenců. Nejprve bojovali proti Němcům v Polsku a ve Francii, v roce 1940 se začaly tvořit zahraniční jednotky v Palestině, kde vznikl Československý pěší prapor 11 – Východní, který se vyznamenal v bojích o Tobrúk a který se postupně rozrostl na Československou samostatnou obrněnou brigádu. V letecké bitvě o Británii se vyznamenaly výrazným způsobem československé perutě v RAF. V Sovětském svazu vznikl v roce 1942 1. čs. samostatný polní prapor, který se po bitvě u Sokolova, bitvě o Kyjev a účasti v žytomyrsko-berdyčevské a korsuň-ševčenkovské operaci rozrostl na 1. československý armádní sbor. V SSSR vznikl i 1. československý stíhací letecký pluk, který se postupem času rozrostl na divizi, a 2. československá paradesantní brigáda, která se rekrutovala zejména ze slovenských vojáků, kteří přešli na stranu Spojenců. Tyto východní jednotky vstoupily v závěru roku 1944 v Karpatsko-dukelské a počátkem roku 1945 v Ostravsko-opavské operaci na území Československa již jako silná a dobře vyzbrojená armáda.