Από το 1989 έως το 1990, η κυβέρνηση του Νατζιμπουλάχ θεωρήθηκε μερικώς επιτυχημένη στην οικοδόμηση των αφγανικών αμυντικών δυνάμεων. Το Υπουργείο Κρατικής Ασφάλειας δημιούργησε μια τοπική δύναμη πολιτοφυλακής, η οποία ανερχόταν σε περίπου 100.000 άνδρες. Η 17η μεραρχία στη Χεράτ, ανερχόταν σε 3.400 τακτικούς στρατιώτες και 14.000 φυλετικούς πολεμιστές. Το 1988, ο συνολικός αριθμός δυνάμεων ασφαλείας που διέθετε η κυβέρνηση ανερχόταν σε 300.000. Αυτή η τάση δε συνεχίστηκε, και μέχρι το καλοκαίρι του 1990, οι αφγανικές κυβερνητικές δυνάμεις βρισκόταν και πάλι στην άμυνα. Στις αρχές του 1991, η κυβέρνηση έλεγχε μόνο το 10% του Αφγανιστάν, η ενδεκαετούς διάρκειας Πολιορκία του Χοστ είχε ολοκληρωθεί με νίκη των μουτζαχεντίν και το ηθικό του αφγανικού στρατού τελικά κατέρρευσε. Στη Σοβιετική Ένωση, ο Κρυουτσκόφ και ο Σεβαρντνάτζε υποστήριζαν αμφότεροι τη συνέχιση της παροχής βοήθειας προς την κυβέρνηση του Νατζιμπουλάχ, αλλά ο Κρυουτσκόφ συνελήφθη μετά την αποτυχημένη απόπειρα σοβιετικού πραξικοπήματος το 1991 και ο Σεβαρντνάτζε παραιτήθηκε από τις θέσεις που κατείχε στη σοβιετική κυβέρνηση τον Δεκέμβριο του 1990 – δεν υπήρχε πλέον κανένας υποστηρικτής του Νατζιμπουλάχ στη σοβιετική ηγεσία και η Σοβιετική Ένωση βρισκόταν στη μέση μιας οικονομικής και πολιτικής κρίσης η οποία οδήγησε άμεσα στη διάλυση της Σοβιετικής Ένωσης στις 26 Δεκεμβρίου 1991. Ταυτόχρονα, ο Μπορίς Γιέλτσιν έγινε η νέα ελπίδα της Ρωσίας και δεν ήθελε να συνεχίσει να βοηθά την κυβέρνηση του Νατζιμπουλάχ, την οποία θεωρούσε απομεινάρι του παρελθόντος. Το φθινόπωρο του 1991, ο Νατζιμπουλάχ έγραψε στον Σεβαρντνάτζε «Δεν ήθελα να είμαι πρόεδρος, μου μίλησες για αυτό, επέμεινα σε αυτό και υποσχέθηκα την υποστήριξη. Τώρα με απομακρύνετε και αφήνετε τη Δημοκρατία του Αφγανιστάν στη μοίρα της.»