Le 16 et le 17 avril 1944, le Bombardement de Belgrade cause la mort de 80 à 200 détenus du camp et en blesse beaucoup d'autres. Dans les semaines qui suivent, les détenus restants sont transférés dans d'autres camps et le 17 mai 1944, le commandement allemand transfère le contrôle du camp à la police de l'État indépendant de Croatie, même si le commandant du camp est toujours un Allemand. À peu près au même moment, le camp accueille 500 Juifs du Kosovo qui sont ensuite déportés vers le Camp de concentration de Bergen-Belsen. Dans les mois qui suivent, les détenus restants sont alors progressivement tous déportés dans le camp de concentration de Vinkovci et le 26 Juillet le camp de Zemun est formellement abandonné.