7 Ağustos'ta oynanan sezon ilk resmî maçı olan 2016 FA Community Shield karşılaşmasında Leicester City'yi 2-1 yenen takım kupayı kazanırken, Rooney de Manchester United kaptanı olarak ikinci kupa şampiyonluğunu yaşadı. 3-1 kazandıkları 14 Ağustos'taki Bournemouth deplasmanında takımının ikinci golünü kaydetti. 3 Kasım'da 2-1 yenildikleri UEFA Avrupa Ligi'ndeki Fenerbahçe deplasmanında takımının tek golü kendisinden geldi. 6 Kasım'daki 3-1'lik Swansea City galibiyetinde Zlatan Ibrahimović'in iki golünün asistini yaparak Premier League tarihinde 100 asist barajını geçen üçüncü isim oldu. UEFA Avrupa Ligi'nde, 24 Kasım'daki 4-0'lık Feyenoord mücadelesinde kaydettiği gol kendisinin Manchester United formasıyla UEFA yarışmalarındaki 39. golü olurken, Ruud van Nistelrooy'u geride bırakarak takımın UEFA yarışmalarındaki en golcü oyuncusu oldu.