Мелер је за репрезентацију Немачке одиграо 85 утакмица и постигао 29 голова, притом је учествовао на 5 великих такмичења, од чега је освојио Светско првенство 1990. и Европско првенство 1996. Занимљиво је да није играо ни у једном од финала та два такмичења када је Немачка освојила титулу. На Светском првенству 1990. је мало играо, па у финалу није био ни замена, а на Европском првенству 1996. је стандардно играо, али је кажњен због прославе гола након пенала против Енглеске у полуфиналу, где је имитирао Пола Гаскојна.