26 февраля 2017 года «Манчестер Юнайтед» стал обладателем Кубка Футбольной лиги, обыграв «Саутгемптон» со счётом 3:2. Это победа в Кубке лиги стала пятой для «Юнайтед» и четвёртой для Моуринью. 24 мая 2017 года в финале Лиги Европы «Юнайтед» со счётом 2:0 обыграл амстердамский «Аякс». Это была первая победа в Лиге Европы в истории клуба и вторая для самого Моуринью в рамках этого турнира. Однако в чемпионате Англии дела у команды шли хуже: первый сезон она завершила лишь на 6-м месте, а следующий сезон — на втором, однако отрыв от ставшего чемпионом «Манчестер Сити» составил 19 очков и о реальной борьбе за чемпионство речи идти не могло.