Der Widerstand der Achenesen zog sich mehrere Jahrzehnte hin, faktisch konnte die Region bis zum Zweiten Weltkrieg nie ganz befriedet werden. Die japanische Armee besetzte Sumatra von März 1942 bis 1945. Danach versuchten die Niederlande, ihren Einfluss wieder zu errichten; 1949 erkannten sie die Unabhängigkeit Indonesiens an. Aceh hoffte auf regionale Unabhängigkeit, doch es kam zum Einmarsch indonesischer Truppen in die Provinz, was in der Bevölkerung als ausländische Invasion wahrgenommen wurde. Im September 1953 begann in Aceh unter dem Namen Darul Islam ein langanhaltender Aufstand gegen die indonesische Zentralregierung. Nach ersten vergeblichen Versuchen, den Aufstand militärisch niederzuschlagen, ging die Zentralregierung Ende 1956 zu Verhandlungen über. Am 26. Mai 1959 sicherte sie in einem Abkommen der Regionalregierung den Status einer Sonderregion ("daerah istimewa") mit Autonomie in religiösen Angelegenheiten zu.