בשלהי מלחמת העולם השנייה, ב-13 בפברואר 1945, הפציצו מטוסי בעלות הברית את העיר, וזרעו בה הרס רב. הכנסייה לא ניזוקה באופן ישיר מההפצצה, אך כתוצאה מההפצצה נוצרה סופת אש רבת עוצמה, שהטמפרטורה שלה הגיעה לכ-1,000°C. העמודים שתמכו בכיפת הכנסייה לא עמדו בעומס החום, וב-15 בפברואר היא קרסה. רק חלקים מעטים מהכנסייה שרדו, בהם המזבח. כן שרד פסל של מרטין לותר שניצב בחזית הכנסייה מאז 1885.