En , lors de l'invasion de la Pologne par l'Allemagne nazie, Pryłucki s'enfuit de Varsovie et trouve refuge en Lituanie. Celle-ci est bientôt occupée par l'Armée rouge qui envahit la Pologne le 17 septembre 1939. Pendant l'occupation soviétique, il est nommé premier président de la chaire de culture et de langue yiddish à l'Université de Vilnius en . Avec le soutien des soviétiques, Il publie ses conférences sur la phonétique "Yidishe fonetik" et les résultats de ses recherches sur l'histoire du théâtre yiddish. En , il remplace Max Weinreich, qui a fui aux États-Unis, comme administrateur du YIVO, l'Institut scientifique juif.