Mehdi Bazargan, qui avait ensuite été un opposant politique d'Hoveyda, était devenu premier ministre le 5 février 1979. Les partisans de Khomeiny emmenèrent Hoveyda à l'école Refah, le quartier général de Khomeiny. Le 15 mars 1979, se tint son premier procès qui dura deux heures. La cour dirigée par le juge révolutionnaire Sadegh Khalkali ne prononça aucun verdict et la séance fut reportée. Le 7 avril 1979 eut lieu une nouvelle audience. Cette fois, le verdict fut prononcé au bout de deux heures. Hoveyda était condamné à mort, accusé de dix-sept chefs d'accusations, y compris la « destruction de l'agriculture et des forêts ». Quelques minutes après que Khalkali ait lu la peine de mort, Hoveyda fut conduit dans la cour de l'école et reçut deux coups de feu. Grièvement blessé, il demanda à être achevé. Khalkali a, semble-t-il, donné la dernière et fatale balle pour l'abattre. D'autres disent que le tueur aurait été un clerc nommé Ghaffari Hoveyda. Le corps d'Hoveyda resta pendant trois mois dans à la morgue comme une pièce maîtresse de la révolution jusqu'à ce qu'il soit finalement enterré anonymement dans un endroit inconnu. Le Premier ministre Mehdi Bazargan démissionna le 5 novembre 1979 en raison de la crise des otages à Téhéran, estimant que les organisations radicales mineraient son gouvernement.