Im Dezember 1915 nahm Lindsey an Henry Fords Friedensmission mit dem sogenannten Peace Ship nach Europa teil. Ford hatte sich klar gegen den Krieg ausgesprochen. Ende 1915 ließ er sich von der ungarischen Pazifistin Rosika Schwimmer überzeugen, im Sinne des Internationalen Frauenfriedenskongresses vom April 1915 ein „Peace Ship“ („Friedensschiff“) mit amerikanischen Persönlichkeiten nach Europa zu schicken, um neutrale Nationen für einen Vermittlungsprozess zu gewinnen. Prominente wie Thomas Edison, Luther Burbank oder William Jennings Bryan sollten dabei sein, sagten aber früher oder später ab. Am Ende gehörte Lindsey neben dem Zeitungsherausgeber S. S. McClure und Louis B. Hanna, dem Gouverneur von North Dakota, zu den bekanntesten Persönlichkeiten an Bord. Die Reise entwickelte sich chaotisch. Als die Reisenden eine Resolution unterschreiben sollten, die Wilsons Rede vom 7. Dezember 1915 vor dem Kongress zur „preparedness“, der Vorbereitung der USA auf einen militärischen Konflikt, verurteilen sollte, lehnte Lindsey dies als unpatriotischen Akt ab und drohte, das Schiff im nächsten Hafen zu verlassen. Als das Schiff in Norwegen ankam, war es Ford, der in die Vereinigten Staaten zurückreiste, während die Delegation noch nach Stockholm, Kopenhagen und – nach einer Reise in einem versiegelten Zug durch deutsches Gebiet – nach Den Haag fuhr, um den amerikanischen Friedenswillen zu demonstrieren. Hier konstituierten die Delegierten eine "Neutral Conference for Continuous Mediation", die sich bis Anfang 1917 traf. Lindsey und seine Frau hatten sich schon nach Fords Abreise der Mission nicht mehr verpflichtet gefühlt und mit Schwimmer überworfen. Sie kehrten am 19. Januar 1916 aus Den Haag nach Denver zurück. Bei der Präsidentschaftswahl von 1916 unterstützte Lindsey Präsident Wilson und profitierte selbst von dessen großem Wahlerfolg.