De islam, de belangrijkste religie voor veel Centraal-Aziatische bevolkingsgroepen, werd gedurende het Sovjetregime met name zwaar onderdrukt. Waren ten tijde van het generaal-gouvernement Turkestan al meerdere passieve beperkende maatregelen doorgevoerd, zoals het terugtrekken van de subsidies voor de madrassas, nu moest de religie helemaal wijken voor het communistische atheïstische ideaal. Onder andere in reactie op de Basmatsjiopstand, werd de islam vanaf 1920 hard onderdrukt. In de jaren 30 door wet- en regelgeving, streng staatstoezicht op de mullahs of de afzetting daarvan, het onteigenen van moskeeën en madrassas (voor antireligieuze musea of als 'monumentale gebouwen') en het herleiden van de opbrengsten van de waqf naar het commissariaat voor onderwijs geprobeerd om de islam te controleren en in te perken in het gebied. Tijdens de Grote Zuiveringen werden verder veel belangrijke Jadids en andere Oezbeekse intelligentsia gearresteerd en geëxecuteerd of naar goelagkampen gestuurd als 'vijanden van het volk'.