В 1936 году он открыл новый музей в Брюсселе, который снова был разрушен после того, как Германия вторглась в Бельгию в 1940 году. Эрнст Фридрих бежал со своим сыном, также названным Эрнст, во Францию. Там он был арестован представителями Вишистской Франции и заключен в лагере св. Киприана, а затем переведен в концентрационный лагерь в Гюрсе. Через 18 месяцев ему удалось сбежать, но уже в 1943 году он был вновь арестован гестапо. Он снова сбежал и стал членом французского Сопротивления. Неподалеку от деревни Барре-де-Севенн в департаменте Лозер он занялся фермерством в имении «La Castelle» вместе со своей второй женой Мартой Сен-Пьер. Фридрих боролся за освобождение Нима и Алеса и был дважды ранен. Он спас около 70 детей еврейского детского дома от депортации.