Tilannekeskus perustettiin helmikuussa 2005 Aasian tsunamin jälkeen pääministeri Matti Vanhasen kaudella, jotta valtionjohto saisi yhteistä ja poikkihallinnollista tietoa Suomeen vaikuttavista tapahtumista, kuten kriiseistä ja uhkista. Lisäksi sen tuli palvella hallituksen ulko- ja turvallisuuspoliittista ministerivaliokuntaa (utva) ajankohtaisissa ja Suomen kannalta merkittävissä ulko- ja turvallisuuspolitiikkaa tai sisäistä turvallisuutta koskevissa asioissa. Keskus toimi kuitenkin pitkään vajaalla teholla presidentti Tarja Halosen vastustuksen johdosta. Vuonna 2011 tilannekeskus laati päivittäin tilannekatsauksia valtionjohdolle Fukushima I -voimalan ydinonnettomuuksista. VNTIKE nousi julkisuuteen, kun sieltä välitettiin virheellistä tietoa Venäjän tekemien ilmatilaloukkauksien tunnistamisesta toukokuussa 2014. Vastaavasti valtioneuvoston tilannekeskus joutui selvittämään Ukrainaan matkalla olleen asekuljetuksen takavarikoimisesta noussutta tiedotussotkua vuonna 2014.