Uluslararası kariyerinde zaferle sonuçlanan Euro 2000 mücadelesi sonrasında Henry, 2000-01 sezonu için hazır olmasına rağmen gol ve asist bakımından ilk sezonununun gerisinde kaldı. Buna rağmen Henry, Arsenal'daki ikinci sezonunda kendini geliştirerek gol kralı oldu. O yıl Arsenal, Manchester United'a Premier League şampiyonluğu için sürekli kafa tuttu. Henry bu sezonda takımıyla bir başarı kazanamamasına rağmen Arsenal'i güçlü bir kulüp yapmak istediğini söylüyordu.