Fue convocado por Ricardo La Volpe para disputar la Copa Confederaciones de 2005. El 16 de junio, México derrotó 2-1 a Japón en el primer partido del grupo. El 22 de junio Borgetti marcó el único gol para la mínima victoria sobre la selección de Brasil al minuto 59', en el último encuentro México empató 0-0 con Grecia calificando como primero del grupo B a la segunda fase. En semifinales, en un duelo parejo, Argentina eliminó a México 6-5 en penales tras finalizar la prórroga con empate de 1-1. En el tercer partido con un doblete de Borgetti, México finalizó en el cuarto lugar perdiendo 3-4 frente a la Selección de Alemania. En total en el certamen marcó tres goles en cuatro encuentros.