Narastający konflikt etniczny doprowadził ostatecznie do wybuchu wojny domowej w Kosowie w latach 1998–1999. W rezultacie bombardowania Kosowo znalazło się pod tymczasowym zarządem ONZ. Kosowskie kluby wycofały się z mistrzostw Jugosławii i od sezonu 1999/2000 najlepsze zespoły występowały w Superlidze Kosowa. KF Vëllazëria startował w grupie B Liga e Parë. Kraj znajdował się pod kontrolą ONZ. W sezonie 2000/01 zespół zwyciężył w grupie B "Liga e Parë" i uzyskał promocję do Superligi. Debiut w najwyższej lidze był nieudanym, po zajęciu ostatniej 14.pozycji w sezonie 2001/02 spadł z powrotem do drugiej ligi. Po dwóch latach w 2004 został zdegradowany do Liga e Dytë (D3). W sezonie 2004/05 po zajęciu ostatniej 12.pozycji w grupie B jednak pozostał na kolejny sezon. W sezonie 2005/06 po rozegraniu 10 meczów zrezygnował z dalszych rozgrywek i został rozwiązany.