Le 12 octobre 1999, le lieutenant-général Khan a joué un rôle décisif dans le déclenchement de la prise de contrôle militaire du gouvernement civil dirigé par le Premier Ministre Nawaz Sharif lorsqu'il a refusé de laisser le contrôle de l'armée au général Ziauddin Butt.. Donnant l'ordre de prendre le contrôle de l'aéroport de Karachi, Khan prit le contrôle de l'armée en faveur du général Pervez Musharraf.