Op latere leeftijd leidde Vannozza een teruggetrokken leven, waarbij zij zich meer inzette voor liefdadigheidswerk. Na haar dood op 26 november 1518 werd zij bijgezet in een speciaal ingerichte kapel in de Santa Maria del Popolo. Deze kapel, alsmede haar graf, zou tijdens de plundering van Rome in 1527 worden verwoest. Het enige restant van haar graf, een gedeelte van de zerk, werd later in de Basiliek van San Marco geplaatst.