У першым крузе чэмпіянату свету Шон Мёрфі ўпэўнена перайграў Марціна Гоўлда з лікам 10:5. У другім матчы супраць шатландца Грэма Дота Мёрфі здолеў атрымаць верх — 13:11. У драматычным чвэрцьфінальным паядынку супраць Джада Трампа Шон вёў у ліку 12:7, і яму патрабавалася выйграць усяго адзін фрэйм ​​да выніковай перамогі. Але Трамп здолеў выйграць 5 партый запар і звесці матч у вырашальны фрэйм ​, дзе (магчыма з-за прыгнечанасці суперніка) у тактычнай барацьбе таксама атрымаў перамогу і выйшаў у паўфінал. За &lt;a href="%D0%A1%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%B5%D1%80%D0%BD%D1%8B%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%202012/2013"&gt;сезон 2012/2013&lt;/a&gt; Мёрфі зрабіў 33 соценныя серыі, а таксама зарабіў больш за 250000 фунтаў. Акрамя таго, па выніках усяго сезону Шон падняўся ў рэйтынгу на дзве пазіцыі і заняў у стартавым лісце на наступны сезон чацвёрты радок (саступіўшы месца ў першай тройцы Марку Сэлбі, Нілу Робертсану і Джаду Трампу).