La plupart des Juifs lituaniens périrent lors de la première phase, pendant les premiers mois d'occupation et avant la fin de 1941. La première action notable des "Einsatzgruppen" ("Einsatzgruppe A") se déroula le , dans la ville frontalière de Gargždai, qui était l'une des plus anciennes communautés juives du pays, à seulement de Memel. Environ 800 Juifs furent abattus ce jour-là dans ce qu'on appelle le massacre de Garsden. Une centaine de Lituaniens non juifs furent également exécutés, notamment pour avoir tenté d'aider et de cacher leurs voisins juifs. Environ Juifs furent tués en octobre et environ à la fin de l'année. La majorité des Juifs de Lituanie n'étaient pas parqués dans des ghettos ni envoyés dans les camps de concentration nazis qui, à cette époque, en étaient aux premières étapes de leur opération. Ils furent alors fusillés dans des fosses communes (connu sous le nom de ) près de leur lieu de résidence; les massacres les plus tristement connus auront lieu dans le Neuvième Fort (massacre du 29 octobre 1941), près de Kaunas et dans la forêt de Ponary, près de Vilnius. On estime que 80 % des Juifs de Lituanie furent tués avant 1942.