Sjokkerende for supporterne trekker Alan Ball seg sommeren 1995 for å bli manager i Manchester City. Dave Merrington overtar, og Le Tissier starter sesongen med et hat-trick i 4–3 tapet mot Nottingham Forest. Resten av sesongen går imidlertid trått, og han ender opp med bare syv ligamål og tre cupmål. Klubben ender på 17.-plass. Fotball-EM 1996 gikk av stabelen på hjemmebane i England, men også denne gangen uten Le Tissier. Samme sommer blir Greame Souness manager i Southampton. Et av hans mest kjente mål kom høsten 1996 da Manchester United var på besøk på The Dell og Southampton vant 6–3, etter at Le Tissier lobbet over keeperkjempen Peter Schmeichel. Egil Østenstad scoret for øvrig hat-trick i den kampen. Klubben ender på 16.-plass, med Le Tissiers 13 ligamål. Sommeren 1997 sier Souness opp jobben fordi han ikke klarer å samarbeide med styreformann Rupert Lowe, og dermed overtar Dave Jones. Sesongen ender med 12.-plass