לאחר הפלישה ליוגוסלביה, באפריל 1941, גדלה הקהילה היהודית באלבניה. בשל מצבם הטוב יחסית של יהודים שחיו תחת שלטון איטלקי, יהודי הארצות השכנות תחת כיבוש גרמני ראו באלבניה מקום מקלט. כ-2,000 יהודים נמלטו לאלבניה ומצאו בה מקלט במהלך שנות המלחמה. יהודים ממקדוניה ומצפון סרביה, וכן פליטים יהודים מגרמניה, מאוסטריה ומפולין, הגיעו לקוסובו שבשליטת איטליה, והתיישבו בעיקר בעיירות פרישטינה, פריזרן ואורושביץ'. כ-1,000 פליטים יהודים הצליחו להימלט לאלבניה. פליטים אלה לא חוו רדיפות, כפי שחוו יהודים בשטחים שבשליטה גרמנית, בין היתר, משום שהאיטלקים הכירו בחשיבות הכלכלית של יהודים אלה. עם זאת, האיטלקים עצרו כ-150 פליטים יהודים והעבירו אותם לעיירה בראט באלבניה, שם ניתנה להם הזדמנות לעבוד כדי להרוויח כסף. כמו כן, נעצרו 192 יהודים ממפרץ קוטור במונטנגרו, שהיה מסופח לאיטליה, והועברו למחנות ריכוז נאציים. האוכלוסייה המקומית של אלבניה גוננה מאוד על הפליטים היהודים. רבים מהם הועברו לנמל על הים האדריאטי, שממנו יכלו להגיע לאיטליה. יהודים אחרים התחבאו בכפרים הרריים נידחים וחלקם הצטרפו לתנועות התנגדות ברחבי הארץ.