За период участия в советско-японской войне флот потерял на всех театрах военных действий (без учёта потерь Амурской флотилии) погибшими и умершими от ран 903 человека (195 офицеров, 201 старшин, 507 матросов), пропавшими без вести 95 человек (23 офицера, 12 старшин, 60 матросов), ранеными и травмированными 286 человек (16 офицеров, 58 старшин, 212 матросов), заболевшими 14 человек (1 старшина и 13 матросов).