Nach der französischen Besetzung von Koblenz 1794 gehörte Pfaffendorf noch bis 1803 zu Kurtrier. Danach kam es durch den Reichsdeputationshauptschluss erst an das Herzogtum Nassau und schließlich 1815 aufgrund der auf dem Wiener Kongress getroffenen Vereinbarungen an Preußen. Der Ort gehörte zunächst zum kurtierischen und später ab 1815 zum preußischen Amt Ehrenbreitstein im Landkreis Koblenz. Mit Bau des südlichen Abschnitts der rechten Rheinstrecke wurde 1862–1864 die Pfaffendorfer Brücke über den Rhein errichtet. Um die Zufahrt in die Befestigungen der preußischen Festung Koblenz zu integrieren, wurde 1864–1867 die Horchheimer Torbefestigung errichtet. Zum "System Pfaffendorfer Höhe" der Festung Koblenz gehörend, lagen das Fort Asterstein, das Werk Glockenberg, das Fort Rheinhell und die Bienhornschanze in der Gemarkung. Die Eingemeindung nach Koblenz erfolgte am 1. Juli 1937. Mit der Remilitarisierung des Rheinlands 1936 wurde auf den Höhen die Augusta-Kaserne und die Gneisenau-Kaserne für die Wehrmacht errichtet.