Училище было основано на средства караимов, пожертвовавших на его создание 200 000 рублей, и содержалось на проценты от основного капитала, сбора платы за обучение, пожертвований частных лиц и благотворительных организаций. Оно было названо в честь царя Александра III в ознаменование его спасения с семьей во время крушения поезда 17 октября 1888 года.