A la mort de César, qui a accordé le droit latin à l'île en -46, Sextus Pompée, fils de Pompée, s'oppose au second triumvirat en se rendant maître de Messine puis l'essentiel de l'île en -44. La Sicile devient sa base de résistance via un blocus sur l'approvisionnement en blé de la péninsule et le ravitaillement des armées dans les Balkans. Il négocie avec les triumvirs le traité de Misène en -39 qui reconnait sa souveraineté sur la Sicile, la Corse et la Sardaigne. Mais après deux tentatives infructueuses d'invasion en -38 et -37, Octave dépêche en -36 Agrippa qui défait Sextus lors de la Bataille de Nauloque, contraignant le vaincu à fuir en Orient. Le conflit laisse l'île désolée, des villes pillées, des populations déplacées, comme à Taormina, 6000 esclaves crucifiés, plus de 270 000 militaires stationnées.