1849-ben a porosz herceg vezérkarának tagjaként részt vett a badeni hadjáratban, ahol több ütközetben és Rastatt körülzárásában is részt vett. A 16. gyalogezrednél töltött egy év után 1850-ben őrnagyi rangban ismét visszahelyezték a vezérkarhoz. 1855-ben alezredessé léptették elő és előbb Magdeburgban a IV. hadtest, majd 1858-ban a VIII. hadtest vezérkari főnökévé nevezték ki. A IV. hadtestnél Helmuth Karl Bernhard von Moltke közvetlen beosztottja volt akivel hamar barátságot kötött. Az év novemberében Goebent ezredessé léptették elő. 1860-ban a porosz vezérkar megfigyelőjeként volt jelen a spanyolok marokkói hadjáratánál. A német-dán háborúban a münsteri 26. gyalogsági dandárt vezette Düppelnél és Alsennél.