Хубмајер је све до Тимочке буне (1883) остао у Србији, када је због веза са радикалима побегао са Николом Пашићем у Букурешт, где је основао литографски институт. После амнестије радикала се вратио у Београд и запослио као уредник листа Београдско Време (). Заједно са Васом Пелагићем 1884. године написао је декларацију за Балканско-Карпатску федерацију. 1896. године запослио се у регионалном музеју у Сарајеву као стручни саветник аустроугарског министарства финансија и администратора Кондоминијума Босне и Херцеговине Бенијамина Калаја.