Su labor al frente de la DGS hizo que se le acusase de implicación o pasividad ante los asesinatos de la Modelo de Madrid y la matanza de Paracuellos. Historiadores como Rafael Casas de la Vega le han atribuido responsabilidad en las masacres de Paracuellos, acusación que ha sido desmentida por historiadores como Javier Cervera o Ian Gibson, quien recuerda que para entonces Muñoz Martínez no se encontraba en la capital: