После обретения независимости от Бельгии в Бурунди сложилась нестабильная политическая ситуация. Начали происходить межэтнические стычки, что повлекло за собой поток беженцев из этой страны в Танзанию. С 1993 по 2005 год в Бурунди бушевала гражданская война и в Танзанию прибывало огромное количество беженцев, что повлекло за собой ухудшение отношений между правительствами стран. В 2005 году при посредничестве Танзании в Бурунди была прекращена гражданская война, большую роль в этом сыграл министр иностранных дел Джакайя Киквете.