Zakon zaczął podupadać w latach 1770., a rewolucja francuska w roku 1792 poważnie go osłabiła. W roku 1798 wojska francuskie dowodzone przez Napoleona, najechały Maltę i wyrzuciły z niej Zakon, czego rezultatem była dwuletnia francuska okupacja Malty. W końcu Maltańczycy zbuntowali się przeciwko Francuzom, i w roku 1800 wyspa stała się brytyjskim protektoratem. Na podstawie układu w Amiens w roku 1802, Malta miała wrócić w ręce Zakonu, lecz Brytyjczycy wciąż kontrolowali wyspę, i w roku 1813 proklamowali Maltę swoją kolonią, co sformalizował traktat w Paryżu w roku 1814.