La Coppa del Mondo di sci di fondo 1999 fu la diciottesima edizione della manifestazione organizzata dalla Federazione Internazionale Sci; ebbe inizio il 28 novembre 1998 a Muonio, in Finlandia, e si concluse il 21 marzo 1999 a Oslo, in Norvegia. Nel corso della stagione si tennero a Ramsau am Dachstein i Campionati mondiali di sci nordico 1999, validi ai fini della Coppa del Mondo, il cui calendario non contemplò dunque interruzioni.