В 1673 году Стефан Станислав Чарнецкий был избран маршалком , созданной в защиту польского короля Михаила Корибута Вишневецкого. В том же году избирается маршалком (председателем) сейма. С 1673 года командовал собственным драгунским полком. Во время Хотинской битвы (1673) руководил пехотой при штурме турецких окопов. В 1683 году Стефан Чарнецкий принял участие в битвах с турками-османами под Веной и Парканами. Во время битвы под Парканами командовал отрядами конницы на левом крыле. Избирался послом на сеймы в 1676, 1677, 1678/1679 и 1681 годах.