Im Verlauf des Bürgerkrieges wurden daher auch zwei Schlachten um den Besitz der Eisenbahnkreuzung geführt. 1861 fand hier die Erste Schlacht von Manassas statt (im Norden bekannt als die Erste Schlacht am Bull Run, benannt nach einem kleinen Fluss auf dem Schlachtfeld), die erste ernstzunehmende Auseinandersetzung des Krieges. Im August 1862 kam es zur Zweiten Schlacht von Manassas (Norden: Zweite Schlacht am Bull Run). Beide Schlachten konnte der Süden für sich entscheiden, war jedoch beide Male nicht in der Lage, den Sieg auszunutzen und Manassas Junction dauerhaft zu besetzen. Im Verlauf des Krieges blieb die Kreuzung beinahe ununterbrochen in der Hand der Nordstaaten (Union).