Im Jahr 1542 wurde nach dem Sieg der Schmalkaldischen Truppen gegen Herzog Heinrich den Jüngeren zum ersten Mal die Reformation eingeführt. Als fünf Jahre später Karl V. die Schmalkaldischen Truppen besiegte, konnte Herzog Heinrich d. J. wieder in sein Herzogtum zurückkehren und ordnete in der Folge die Rückkehr zum katholischen Glauben an. Endgültig eingeführt wurde die Reformation 1568, als sein Sohn Herzog Julius den Thron übernahm. Um diese Zeit wurde die Kirchenstelle in Gebhardshagen vakant und wurde durch die Pfarrei in Gustedt (heute Ortsteil der Gemeinde Elbe) übernommen, sie gehörte somit zum Amt Wohldenberg. Erst 1660 ließ der damalige Herzog August die Pfarrstelle neu besetzen und ordnete auch die Trennung von Gustedt an. Stattdessen wurde mit den benachbarten Gemeinden von Calbecht und Engerode ein Pfarrverband gegründet, der auch heute (2018) noch besteht und der zur Propstei Salzgitter-Bad gehört. Im Sommer 2017 fusionierten die drei Gemeinden des Pfarrverbandes zur Kirchengemeinde Gebhardshagen-Calbecht-Engerode.