Fue internacional con la selección de fútbol de Nigeria en setenta partidos en los que anotó treinta y siete goles, lo que lo convierte en el máximo goleador en la historia del combinado de su país. Formó parte del equipo que participó en la Copa Mundial de Fútbol de 1994, donde marcó ante Bulgaria el primer gol de Nigeria en un Mundial, y también fue uno de los seleccionados para disputar el Mundial de Francia 1998, donde vistió por última vez la camiseta nacional ante Dinamarca en los octavos de final del torneo. Por otra parte, estuvo presente en cinco ediciones de la Copa de África, competición en la que llegó a ser el máximo goleador en 1992 y 1994, además de proclamarse campeón en esta última. Yekini jugó también en los Juegos Olímpicos de Seúl 1988 en los que anotó ante Yugoslavia el único gol de su país en el torneo.