En 1870 et 1871, Beaunis assiste à la guerre franco-allemande qui entraîna du côté français la perte d'une partie de l'Alsace-Lorraine. En 1871 et 1872, il publia à la "Gazette médicale de Paris" des extraits de son journal qui décrivent ce qu'il a vécu pendant cette guerre, et plus spécifiquement pendant le siège de Strasbourg. Il y décrit le climat intellectuel qui régnait avant cette guerre et l'ouverture progressive autant du côté français que du côté allemand à un dialogue scientifique stimulant, particulièrement dans les domaines de la physiologie et de la médecine. Après son implication comme médecin dans cette guerre, la Faculté de médecine de Strasbourg fut transférée à Nancy, où Beaunis détient la chaire de Physiologie laissée vacante par son titulaire, Émile Küss.