La sua ultima presidenza finì in circostanze controverse e con una tragedia personale. Il 24 giugno 1925 i tifosi del FC Barcelona fischiarono l'inno nazionale spagnolo, applaudendo, invece, "God Save the Queen", eseguito da una banda della Marina Reale Britannica in visita ufficiale. La dittatura di Primo de Rivera accusò Gamper di promuovere il nazionalismo catalano. Di conseguenza il campo del "Les Corts" fu chiuso per sei mesi e Gamper, espulso dalla Spagna, tornò in Svizzera. Successivamente, la sua richiesta di rientro in Spagna fu accolta, a circa un anno dal suo allontanamento, ma a condizione che non intrattenesse più alcun tipo di rapporto con la squadra. Questo fu molto difficile da accettare per Gamper, che iniziò a soffrire di depressione. Con l'inizio della grande crisi del 1929, gran parte del suo patrimonio fu tradotto in azioni, e le perdite furono grandi. A causa di questo periodo di grandi difficoltà, Gamper si suicidò la mattina del 30 luglio 1930, sparandosi un colpo d'arma da fuoco nel suo appartamento di "Calle Girona 4", a Barcellona. Per puro destino, il giorno della sua morte è coinciso con la finale del primo campionato mondiale di calcio.