Im Gegensatz zum Transnistrien-Konflikt, der 1992 in einen offenen Krieg mündete, kam es in Gagausien nicht zu größeren bewaffneten Auseinandersetzungen. Die moldauische Regierung ging in der Folgezeit deutlich umsichtiger vor, um die Reintegration separatistischer Gebiete zu ermöglichen und um den weiteren Abfall von Gebieten mit starkem Separatismus, etwa Taraclia und Bălți, zu verhindern. Ab 1994 wurde über eine Rückkehr Gagausiens zu Moldau verhandelt. Die moldauische Regierung gab zahlreichen Forderungen der Gagausen nach und stimmte einer Verfassungsreform zu, die Gagausien eine umfangreiche Autonomie garantierte. Die Schaffung dieser autonomen Region Gagausien innerhalb Moldaus wurde vom Parlament in Chișinău abgesegnet und die Führung der Gagausen verzichtete nun auf eine vollständige Unabhängigkeit.