Po dokončení střední školy se přihlásil na lékařskou školu v Kantonu, hlavním městě své rodné provincie, a posléze na lékařskou fakultu univerzity v Hongkongu. Absolvoval v roce 1892. Po absolvování vysoké školy pracoval nějaký čas jako lékař, ale začal se také věnovat politice. Hledal spojence pro své republikánské modernizační vize, ale moc neuspěl. Především ho zklamala chladná reakce Li Chung-čanga, známého reformátora. V roce 1894 tak Sunjatsen odešel do zahraničí. Nejprve znovu na Havaj, kde založil Společnost pro znovuoživení Číny. Po porážce Číny v čínsko-japonské válce roku 1895 se vrátil do Kantonu, neboť věřil, že přišla chvíle revoluce. Povstání se mu však vyvolat nepodařilo, a tak odešel znovu do exilu.