Noah Ngeny pääsi ensimmäistä kertaa kovatasoisessa Kenian maajoukkueessa kansainvälisiin edustustehtäviin vasta 1999 Sevillan MM-kisoissa, joissa hän eteni 1 500 metrillä loppukilpailuun ja sijoittui lopulta hopealle voiton mennessä Marokon Hicham el-Guerroujille.