L'8 novembre il "Juneau" fu riassegnata alla TF 69 dell'ammiraglio Richmond Turner come scorta antiaerea della portaerei , salpando dalla Nuova Caledonia con un convoglio diretto a Guadalcanal; durante la navigazione, il 12 novembre il convoglio fu attaccato da aerei giapponesi, e il "Juneau" ne rivendicò l'abbattimento di sei. Nella notte del 13 novembre seguente, la nave fu coinvolta negli eventi della prima battaglia navale di Guadalcanal: il "Juneau" fu aggregato ad una formazione navale incaricata di contrastare l'incursione di una squadra giapponese, diretta a bombardare l'aeroporto di Henderson Field a Guadalcanal. Le due formazioni si affrontarono in uno scontro confuso nel mezzo dell'oscurità a partire dalle 01:48 del 13 novembre: posta sul retro della formazione americana, il "Juneau" fu colpito sul lato sinistro da un siluro lanciato dal cacciatorpediniere giapponese "Yudachi", che provocò gravi danni e gli impedì di partecipare al resto della battaglia.