Im Frühling 1998 wurde Vasilj in den Kader des kroatischen Nationalteams aufgenommen und dort als dritter Torwart gehandelt. Außerdem war er im 22-Mann-Kader Kroatiens bei der WM 1998 in Frankreich, wobei er aber ohne Einsatz blieb. Kroatien beendete diese Weltmeisterschaft auf dem 3. Platz. Sein internationales Länderspieldebüt feierte Vasilj am 29. Mai 1998 in Pula beim Freundschaftsspiel gegen die Slowakei, als er in der 2. Halbzeit eingewechselt wurde. 2002 kehrte Vasilj als dritter Torwart wieder zurück zur Nationalmannschaft, wo er im selben Jahr auch im kroatischen 23-Mann-Kader bei der WM 2002 in Südkorea und Japan war. Wie auch schon 1998 kam er auch bei dieser Weltmeisterschaft nicht zum Einsatz. Kurz vor der WM kam er beim Freundschaftsspiel gegen Ungarn noch einmal zu einem Einsatz für die kroatische Nationalelf. 2004 gehörte Vasilj bei der EM 2004 erneut als dritter Torhüter zum kroatischen Aufgebot, nachdem sich der Stammtorwart Stipe Pletikosa verletzt hatte.