I 1790-erne opstod nye konflikter, Pyrenæerkrigen, ved den franske grænse i forbindelse med Den Franske Revolution og revolutionskrigene. Under Napoleonskrigene blev Catalonien i 1808 okkuperet af den franske general Guillaume Philibert Duhesmes tropper. Napoleon planlagde at indlemme Spanien i sin interessesfære, og da Portugal nægtede at gå med i Kontinentalblokaden, lod han de franske tropper rykke ind på spansk område for at kæmpe mod portugiserne. Den spanske konge abdicerede, og Napoleon gav den spanske krone til sin egen broder, Joseph Bonaparte. Det førte til en regelret folkerejsning mod det franske styre, og denne revolte har fået navnet Den Spanske Selvstændighedskrig. En guerillalignende krig blev udkæmpet på spansk jord helt frem til år 1813. Mellem årene 1812 og 1813 var Catalonien under direkte fransk styre og organiseret i først fire, så to departementer. Det franske styre i Catalonien varede til år 1814, da den britiske general Wellington efter for briterne fremgangsrige kampe kunne indgå en våbenstilstandsaftale, som indebar, at franskmændene overdrog deres tilbageværende positioner, blandt andre Barcelona.