Јонче Христовски је ожењен и отац две ћерке. Његова супруга трагично је настрадала у разорном земљотресу у Скопљу 1963. године. Године 2002. у Скопљу је основан ансамбл народних песама и игара која носи његово име, македонска културна и уметничка асоцијација са његовим именом постоји у Немачкој.