Entrambi i fratelli fecero ritorno nel confederazione nel 1648. Dopo aver ricevuto la notizia della morte del re Ladislao IV Vasa e delle ostilità della rivolta di Khmelnytsky, si arruolarono volontari nell'esercito. Entrambi hanno combattuto durante l'assedio di Zamość. Presto, le sorti della guerra separarono i fratelli. Nel 1649, Jakub combatté nella battaglia di Zboriv. Nel 1652, Marek morì in prigionia Tatar dopo la sua cattura nella battaglia di Batih. Giovanni fu promosso al grado di pułkownik e combatté con distinzione nella Battaglia di Berestechko. Comandante promettente, Giovanni fu inviato dal re Giovanni II Casimiro come uno degli inviati nella missione diplomatica di Mikołaj Bieganowski nell'impero ottomano. Qui, Sobieski imparò la lingua tartara e la lingua turca e studiò le tradizioni e le tattiche militari turche.