Sipke Zijlstra begann seine Karriere 2004 bei dem niederländischen Radsportteam Löwik Meubelen-Tegeltoko. 2006 wechselte er zum B&amp;E Cycling Team, wo er den "Omloop Lek en IJssel" gewann. Auf der Bahn wurde er 2006 niederländischer Meister in der Einerverfolgung der U23-Klasse. Bei der Bahnrad-Weltmeisterschaft 2009 belegte Zijlstra den siebten Platz in der Mannschaftsverfolgung und beim Bahnrad-Weltcup in Peking 2010 wurde er in derselben Disziplin Zweiter. Im selben Jahr errang er gemeinsam mit Levi Heimans, Tim Veldt und Arno van der Zwet bei den UEC-Bahn-Europameisterschaften die Bronzemedaille in der Mannschaftsverfolgung. Anschließend beendete er seine Radsportlaufbahn.