В разгар политического хаоса в Азербайджане после восстановления республикой независимости, осложнённого военными действиями в зоне армяно-азербайджанского Карабахского конфликта Якуб Мамедов, занимавший на тот момент должность ректора Азербайджанского медицинского университета, был избран спикером Национального собрания Азербайджана 5 марта 1992 года по итогам голосования на внеочередной сессии парламента вместо подавшей в отставку Эльмиры Кафаровой. На следующий день президент Аяз Муталибов был вынужден покинуть свой пост. Согласно Конституции, исполняющим обязанности президента до следующих президентских выборов стал спикер Якуб Мамедов. Находясь на этой должности, Мамедов 7 мая встретился в Тегеране с президентом Армении Левоном Тер-Петросяном для подписания соглашения о прекращении огня и начале переговоров при посредничестве Ирана. Однако соглашение было нарушено на следующий же день, когда армянские силы захватили Шушу. В своих интервью, Мамедов всегда отказывался брать на себя ответственность за потерю Шуши.