Kezdetben Recep Tayyip Erdoğan iszlamista politikus mentora volt. Erdoğan 2002-es választási győzelme után sokáig támaszkodott Gülen hálózatára és együtt küzdöttek a török állam világi jellegét fenntartó kemalista hadsereg befolyása ellen. 2013 decemberében korrupció vádjával Erdoğan több minisztere és fia, Bilal ellen a gülenisták kezdeményezésére nyomozást indított a rendőrség, ezután Gülen Erdoğan első számú ellenségévé vált. A 2016-os törökországi katonai puccskísérlet után Erdoğan őt tette meg az összeesküvés fő felelősévé és politikai tisztogatásba kezdett mindenütt gülenisták után kutatva.