В начавшейся затем гражданской войне Кантакузин первое время терпел неудачи. В 1342 году ему пришлось укрыться в Сербии. Весной 1343 году Иоанн попытался взять Фессалоники, но был разбит и вновь бежал в Сербию. В то же время болгары осадили Дидимотику, где находилась жена Иоанна, императрица Ирина. Но, когда Кантакузин был на грани полного поражения, ему на помощь явился айдынский эмир Умур, отогнал болгар и поддержал наступательные действия Иоанна. Летом 1345 году в руках врагов Кантакузина оставались Константинополь, Фессалоники и полуостров Галлиполи. Однако в это время Умур вынужден был вернуться с армией в Малую Азию отражать нападение крестоносцев, но Иоанн Кантакузин быстро нашёл нового союзника в лице османского эмира Орхана, с которым он породнился, отдав ему в жёны свою дочь Феодору. При поддержке турок Иоанн Кантакузин 3 февраля 1347 года вошёл в Константинополь. Турецкая поддержка дорого обошлась самой империи, что впоследствии признал и сам император, который наивно пытался установить с турками только деловые отношения. На деле многие из турецких наёмников так и остались во Фракии грабить греческие города и деревни и в 1350-х годах присоединились к османам, отбив у Византии её последний тыл.