В 1898 году был произведён ремонт церкви, во время которого были добавлены новые купола. В 1915 году в церкви был похоронен болгарский экзарх Иосиф I. Церковь сильно пострадала во время взрыва, совершённого ВО БКП с целью убийства военных и политических лидеров, собравшихся на отпевание генерала Константина Георгиева в 1925 году, во время которого погибло около 134 человек, а более 500 было ранено. После этого церковь была восстановлена и приобрела свой современный облик. Повторное освящение состоялось 7 апреля 1933 года. Обновлённое здание имеет 30 метров в длину и 15.5 метров в ширину, высота главного купола — 31 метр. Позолоченный иконостас работы Станислава Доспевского, сохранившийся при взрыве, был возвращён в церковь.