Gdy Warren dowiedział się o potyczkach pod Lexington i Concord, zostawił swoich pacjentów pod opieką asystenta Williama Eustisa i ruszył na miejsce wydarzeń. 19 kwietnia 1775 koordynował oddziały milicji u boku Williama Heatha oraz służył pomocą medyczną. Gdy oddziały angielskiej armii wracały do bostonu, przypuszczał ataki na ich boki. Podczas tych starć o mało nie zginął raniony w okolicach ucha kulą z muszkietu. Po powrocie zajął się rekrutacją i organizowaniem żołnierzy do oblężenia bostonu i prowadził negocjacje z generałem Gagem.