Au siècle, un nouveau courant religieux se développe dans la région avec le catharisme. L’Église catholique et le pouvoir royal proclament alors une croisade contre les albigeois. Dans ce contexte, le nom de Fréjairolles apparait, pour la première fois, dans un acte officiel concernant des terres conquises par le pouvoir royal en 1212. Par conséquent, les terres passent sous l'autorité royale et en 1247 Fréjairolles et ses habitants deviennent alors des sujets du Roi de France.