Een belangrijke attractie zijn de Californische zeeleeuwen die op pontons bij de jachthaven liggen. Deze soort zeeleeuwen is vanouds aanwezig in de Baai van San Francisco. Sinds september 1989 bevinden zij zich bij Pier 39. Daarvoor lagen ze vooral te rusten op een rots buiten de baai van San Francisco. Sommige mensen vermoeden dat de zeeleeuwen verhuisden naar de pier vanwege de Loma Prieta-aardbeving van 1989, maar de aardbeving vond pas enkele maanden na het verschijnen van de zeeleeuwen plaats. Zeeleeuwen zijn op diverse rotsen langs de Californische kust regelmatig te zien, maar nergens zo dichtbij en gemakkelijk als bij Pier 39.