Nelson sconfisse le forze navali di Napoleone nella battaglia del Nilo (a Siracusa apprese che l'Armée française si era diretta ad Alessandria d'Egitto). Nel frattempo, i suoi uomini si adoperarono per sconfiggere gli occupanti francesi a Malta. I siracusani - il cui governatore militare venne accusato dalla Francia di corruzione, poiché aveva permesso agli inglesi di violare il patto di Parigi del 1796 - ricevettero dalla corte borbonica l'ordine di schierarsi con l'Inghilterra e di privare i maltesi (ma non i maltesi ribelli) dei rifornimenti di cibo: Siracusa, fino alla venuta di Napoleone, era stata il principale porto di rifornimento, al quale poi si aggiunse anche quello di Augusta, per gli abitanti di Malta e in special modo per i cavalieri dell'Ordine. I francesi, spiegò loro John Acton, erano da considerarsi nemici; Nelson con la sua flotta avrebbe recuperato l'isola per la corona siciliana (si vedrà, alla fine, che l'isola recuperata non sarà mai più riconsegnata all'autorità della Sicilia).