紀元前49年からのローマ内戦ではポンペイウスら元老院派に組して、ルキウス・アフラニウスやマルクス・ペトレイウスと共にヒスパニアの元老院派軍を率いてカエサル軍に抵抗したが、イレルダの戦いで敗北、ウァッロは元老院派の本軍が駐留していたギリシアへと逃れた。紀元前48年8月のファルサルスの戦いでは元老院派の兵站基地であったデュッラキウム（現：ドゥラス）の守備に就いたが、元老院派のファルサルスでの敗戦、ポンペイウスの死を受けてマルクス・トゥッリウス・キケロらと共にカエサル派に降伏した。