Podporządkowała się Rządowi RP na uchodźstwie. Tokarzewski zwrócił się o poparcie do przedstawicieli przedwrześniowej opozycji (PSL, PPS, SN i SP) i takowe uzyskał. Celem takiego działania było odcięcie rodzącej się konspiracyjnej organizacji wojskowej od sanacji, którą społeczeństwo winiło za klęskę wrześniową, a tym samym pozyskanie poparcia u nowych władz emigracyjnych. Uważana jednak przez gen. Władysława Sikorskiego za zbyt zbliżoną do obozu sanacyjnego została rozkazem Naczelnego Wodza rozwiązana i zastąpiona z dniem 13 listopada 1939 przez Związek Walki Zbrojnej (ZWZ). Była pierwszą organizacją zbrojną Polskiego Państwa Podziemnego. Dotychczasowy dowódca SZP, gen. Michał Karaszewicz-Tokarzewski został mianowany komendantem ZWZ na obszar okupacji sowieckiej.