その後A代表の常連となるが、フラット3の中央には森岡が絶対的なレギュラーとして君臨しており、宮本はその控えの立場であった。2002年日韓W杯を前に森岡が怪我で一時離脱した際に出場した試合で不安定なプレーを繰り返したうえに、大会直前の静岡産業大学との練習試合で競り合った際に相手FW松下和磨の肘が顔に入り鼻骨骨折すると、森岡の復帰を待望する声が大きくなる。森岡が本大会に間に合わせる形で復帰したため、控えに戻った宮本だったが、初戦のベルギー戦で森岡が再び負傷してしまった事により緊急で途中出場。同点ゴールを献上してしまった事もあり、宮本のプレーを不安視する声もあがるが、次戦以降は不安視を一蹴するほどの獅子奮迅の活躍を見せ、日本代表初のベスト16進出に貢献。また、前述の鼻骨骨折により顔面を保護するために兵庫医大病院が用意した医療器具のフェイスガード（ノーズガード）を付けてのプレーとなったが、その姿を見た海外のメディアから、バットマンと渾名された。