Сезон 2001 года Аршавин провёл в основном составе, сыграв в 29 матчах. В выездном матче с воронежским «Факелом» забил первый мяч в карьере. По итогам сезона завоевал с «Зенитом» бронзовые медали и вошёл в список 33 лучших футболистов чемпионата России. С 2001 по 2006 Аршавин образовывал вместе с другим воспитанником Морозова Александром Кержаковым «золотую связку» в «Зените», которая распалась после ухода Кержакова в «Севилью». Многие специалисты называли эту связку лучшей в чемпионате на тот момент.