Принимал участие в Первой мировой войне, в августе — сентябре 1914 года участвовал в Восточно-Прусской операции. 29 августа 1914 года после боя была потерна связь с 119-м Коломенский пехотным полком, в течение недели это не сообщать командующему 1-й армией генералу от кавалерии Павлу Ренненкампфу. За это, 7 сентября, Ренненкампф отстранил от должности Колянковского. Высочайшим приказом от 3 октября 1914 года Эдуард Аркадьевич был отчислен от должности и назначен в резерв чинов Минского военного округа, при котором состоял до 21 декабря ого же года. С 21 декабря 1914 по 5 июля 1915 года занимал должность начальника 8-й пехотной дивизии, затем до 19 ноября 1915 года быщ начальником 3-й Кавказской стрелковой бригады. С 19 ноября 1915 года по 1 января 1916 года состоял в резерве чинов при штабе Двинского военного округа. С 1 января 1916 года по 18 апреля 1917 года находился на должности начальника 120-й пехотной дивизии. С 18 апреля по 29 июня 1917 года вновь состоял в резерве чинов при штабе Двинского военного округа, а 29 июня был уволен со службы по состоянию здоровья.