Khune tagja volt a 2008-as afrikai nemzetek kupáján részt vevő dél-afrikai válogatottnak, de nem kapott játéklehetőséget a tornán. 2008. március 11-én, Zimbabwe ellen debütált. A 2009-es konföderációs kupán ő volt Dél-Afrika első számú kapusa, a csoportmeccsek során kivédte David Villa (Spanyolország) büntetőjét. Behívót kapott a 2010-es világbajnokságra. Ő volt a hazai rendezésű tornán a válogatott első számú kapusa, de június 16-án kiállították az Uruguay elleni mérkőzésen, miután szabálytalankodott Luis Suárezzel szemben. Ő a második kapus akit kiállítottak vb- mérkőzésen, 1994-ben Gianluca Pagliuca jutott hasonló sorsra. 2013 óta a válogatott csapatkapitánya. Részt vett a 2016-os olimpián.