Após a renúncia por idade de Moisés Alves de Pinho, em 17 de novembro de 1966, Nunes Gabriel o sucedeu como arcebispo no mesmo dia. Foi, também, administrador apostólico da Diocese de São Tomé desde 1966 até 1980. Durante a sua prelazia, alcançou-se o clímax dos esforços de independência de Angola contra o domínio colonial português. A Igreja Católica se opôs ao movimento de independência comunista MPLA, que se tornaria o partido mais importante do país após a independência.