En 1865, à la fin de la guerre de sécession, il fut renommé « division du Missouri » (bien que l'on continua à l'appeler couramment département du Missouri). Son quartier général se trouvait à Fort Leavenworth au Kansas. La division du Missouri fut restaurée en 1866 lorsque les guerres indiennes débutèrent et il allait superviser tous les fameux incidents et batailles de cette guerre, y compris la Bataille de Little Bighorn. Ses composants évoluèrent au cours de diverses réorganisations qui concernèrent :