El ejército llegó a su fin incluso antes de que el Sacro Imperio lo hiciera en el año 1806, como resultado de las Guerras Napoleónicas. En 1804, las fuerzas imperiales originarias de las tierras del nuevo Emperador de Austria, un título creado ese mismo año, se convirtieron en el Imperial y Real Ejército ("Kaiserlich und Königliche Armee"), el cual fue derrotado por los franceses en las batallas de Ulm y Austerlitz en 1805. En 1806, los victoriosos franceses organizaron la Confederación del Rin en gran parte de lo que era el Sacro Imperio, que eran varios estados clientes del Imperio Francés, con un ejército confederal común.