Οι συχνές διαμάχες, μαζί με την εισβολή στη Ρωσία του Ναπολέοντα το 1812, αποδυνάμωσαν τους επαναστάτες και οι Οθωμανοί μπόρεσαν να αναιρέσουν πολλά από τα κέρδη τους. Ο Καραγιώργης αναγκάστηκε να εγκαταλείψει τη Σερβία τον Οκτώβριο του 1813 και το Βελιγράδι έπεσε αργότερα αυτό το μήνα, τερματίζοντας την Πρώτη Σερβική Εξέγερση. Ο ίδιος και οι οπαδοί του αναζητούσαν καταφύγιο στην Αυστριακή Αυτοκρατορία, αλλά συνελήφθησαν και κρατήθηκαν. Παρά τα οθωμανικά αιτήματα για την έκδοσή του, οι Αυστριακοί παρέδωσαν τον Καραγιώργη στους Ρώσους, που του πρόσφεραν καταφύγιο στη Βεσσαραβία. Εκεί προσχώρησε στην ελληνική μυστική οργάνωση, γνωστή ως Φιλική Εταιρία, που σχεδίαζε να ξεκινήσει μια παμβαλκανική εξέγερση εναντίον των Οθωμανών. Ο Καραγιώργης επέστρεψε στην Σερβία κρυφά τον Ιούλιο του 1817, αλλά δολοφονήθηκε λίγο αργότερα από τους πράκτορες του Μίλος Ομπρένοβιτς, αντίπαλου ηγέτη των ανταρτών, που εξέφρασε την ανησυχία ότι η επανεμφάνιση του Καραγιώργη θα γινόταν η αιτία οι Οθωμανοί να αθετήσουν τις παραχωρήσεις που είχαν συμφωνήσει μετά τη Δεύτερη Σερβική Εξέγερση του 1815. Ο Καραγιώργης θεωρείται ο ιδρυτής της ομώνυμης δυναστείας, που κυβέρνησε τη Σερβία σε διάφορα χρονικά διαστήματα κατά το 19ο και τον 20ό αιώνα. Η δολοφονία του είχε ως αποτέλεσμα μια βίαιη διαμάχη δεκαετιών μεταξύ των απογόνων του και εκείνων του Ομπρένοβιτς, με το σερβικό θρόνο να αλλάζει τα χέρια αρκετές φορές.