Ein kontroverses Echo in der Öffentlichkeit löste im Frühjahr 2014 das Bekanntwerden des Umgangs des Ordens mit Schwester Milgitha, bürgerlich Paula Kösser (* 1935 in Stadtlohn), aus, die Anfang der 1970er Jahre als eine der ersten Clemensschwestern nach Ruanda gekommen und 1994 während des Völkermordes Zeugin der Geschehnisse geworden war und ein Waisenhaus für überlebende Kinder aufgebaut hatte. Sie war im September 2010 von Bischof Felix Genn, dem höchsten Oberen der Ordensgemeinschaft, aus dem Orden ausgeschlossen worden, weil sie sich geweigert hatte, nach Deutschland zurückzukehren und ihr Gesundheitszentrum aufzugeben.