Po osvobození republiky se v červnu 1945 vrátil na HČEFB, zároveň se stal správcem pražské diecéze (1945–1946). Na mimořádném zasedání II. řádného sněmu CČS v roce 1946 byl zvolen třetím patriarchou CČS(H), své akademické dráhy se však nevzdal. Paralelně pokračoval ve své pedagogické, badatelské, vydavatelské i publicistické činnosti, v letech 1949–1950 vykonával funkci děkana HČEFB a po vzniku samostatné HČBF(1950) stál ještě další rok v čele její katedry biblické teologie. V úřadu patriarchy na druhé volební období byl ve svých osmašedesáti letech potvrzen volbou 12. října 1956 v průběhu IV. řádného sněmu CČS. Složité a církevním společenstvím nepřátelské politické poměry od února 1948, vyčerpávající práce a zhoršený zdravotní stav jej vedly k abdikaci na funkci patriarchy (1. července 1961), úřad oficiálně předal 29. října 1961. Konec života strávil v ústraní, zemřel 12. června 1969 v Praze.