De Turken zouden er blijven tot de Griekse Opstand, waaraan de inwoners actief meewerkten. Tussen 1826 en 1828 was Egina onder Kapodistrias de voorlopige hoofdstad en regeringscentrum van het opnieuw onafhankelijk geworden Griekenland. Het eerste Griekse gymnasium, in 1828 gesticht door Kapodistrias, werd ook het eerste archeologische museum van het onafhankelijke Griekenland.