Gli USA, in coordinamento col governo somalo, effettuano anche operazioni per smantellare i posti di blocco con i quali Shabaab estorce denaro alla popolazione: in maggio viene rimosso un checkpoint illegale a ovest di Mogadiscio, ad agosto un checkpoint a Saakow, mentre proseguono anche i raid mirati con droni contro membri di spicco dell'organizzazione. A giugno 2016 vengono colpiti Mohamud Dulyadeyn, ritenuto la mente dell'attentato all'università di Garissa, e Maalim Daud, capo dell'intelligence del gruppo.