בתחילת מלחמת העצמאות היו לקיבוץ הדתי 16 נקודות התיישבות. עם פרוץ המלחמה נמצאו כל הקבוצות בקו החזית הקדמי: חברי טירת צבי הדפו התקפה כבדה של צבא ההצלה (כעשור לאחר שספגו התקפה זהה בימי מאורעות תרצ"ו-תרצ"ט); גוש עציון עמד במצור ממושך והדף את האויב במבואותיה הדרומיים של ירושלים, עד שנפל. כך נפלו הקיבוצים כפר עציון, משואות יצחק ועין צורים. כפר דרום ננטשה אחרי עמידה במצור ובקרב במשך חודשיים. חברי קיבוץ בארות יצחק בדרום הדפו את הצבא המצרי מתוך חצר המשק, אך היישוב עצמו נהרס. 125 מחברי הקיבוץ הדתי, בהם שני ילדים, נהרגו במלחמה. אחרים נשבו בשבי הירדני.