En 1862, Drayton est affecté au commandement d'une brigade d'infanterie composée du 15th South Carolina Infantry, du 3rd Bataillon S. C. Inf. et de trois régiments d'infanterie de Géorgie, le 50th et 51th et la légion de Géorgie de Phillips, qui devient une partie de l'aile droite de l'armée de Virginie du Nord sous les ordres du lieutenant général James Longstreet. La brigade de Drayton combat lors de la seconde bataille de Manassas. Défendant Fox's Gap à la bataille de South Mountain, Drayton subit des pertes élevées. Sa brigade, très réduite, participe également à une action considérable à Sharpsburg.