Mit der &lt;a href="Snooker-Saison%201987/88"&gt;Saison 1987/88&lt;/a&gt; verschlechterten sich jedoch Mountjoys Leistungen rapide, als er bei fünf von acht Turnieren der Saison sein Auftaktspiel verlor und bei den übrigen drei Turnieren jeweils in der darauffolgenden Runde ausschied. Auf der Weltrangliste machte sich dies mit einer deutlichen Verschlechterung von zehn Plätzen auf Rang 24 bemerkbar. Zu diesem Zeitpunkt war sogar das Ende von Mountjoys Karriere im Rahmen des Möglichen. Ab Februar 1988 arbeitete er jedoch auf Anraten von Terry Griffiths mit Frank Callan, einer der führenden Snookertrainer seiner Zeit, zusammen. Infolgedessen verbesserte sich Mountjoys Form während der &lt;a href="Snooker-Saison%201988/89"&gt;Saison 1988/89&lt;/a&gt; deutlich und er erreichte mehrfach die letzten Runden von Ranglistenturnieren. Bei der UK Championship gelang ihm sogar der Finaleinzug; gegen den aufstrebenden Stephen Hendry gewann er dort sein erstes Ranglistenturnier. Diesen Erfolg wiederholte er wenige Wochen später beim Classic; später folgte noch der Gewinn der Welsh Professional Championship. Auch wenn letzteres Turnier ohne Einfluss auf die Weltrangliste war, sprang Mountjoy auf der Weltrangliste auf Rang zehn.