En els cicles pel campionat del món de la FIDE per sistema K.O., fou eliminat en setzens de final, al Campionat del món de 1998 i també al Campionat del món de 1999 per Borís Guélfand. Al Campionat del món de 2000, fou eliminat en primera ronda pel brasiler Rafael Leitão i al Campionat del món de 2002, l'eliminà en quarts de final Vasil Ivantxuk. Lautier va boicotejar, igualment com molts d'altres jugadors, el Campionat del món de 2004 a Líbia.