In 1763 werd de hoofdstad verplaatst naar Rio de Janeiro en werd Salvador de regionale hoofdstad van Bahia en bestuurd door een onderkoning. Hierdoor raakte de stad echter wel op de achtergrond en deed niet mee in de modernisering van het land. Toen Peter de Eerste zichzelf uitriep tot keizer van het onafhankelijke Keizerrijk Brazilië stond Salvador aan de kant van Portugal. Tijdens de Braziliaanse onafhankelijkheidsoorlog die volgde werd Salvador belegerd, van 2 maart 1822 tot de overgave op 2 juli 1823, waarna de stad in handen kwam van de onafhankelijkheidsstrijders. In 1835 vond de Malêopstand plaats, een opstand van met name moslimslaven die mogelijk geïnspireerd waren door de Haïtiaanse Revolutie.