José Bermúdez est convoqué pour la première fois par le sélectionneur national Mauricio Cruz pour un match de la Coupe UNCAF 1995 contre le Panama en . Par la suite, le , il inscrit son premier but en sélection contre le Guatemala, lors d'un match de la Coupe UNCAF 1997 (défaite 6-1). Il reçoit sa dernière sélection le contre le Panama (défaite 6-0).