Το 1911, ο Μπακιρτζής εισήχθη στη Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων και συμμετείχε στον Α΄ Βαλκανικό Πόλεμο, το 1912, ως δευτεροετής της σχολής. Μαζί του και οι άλλοι Ευέλπιδες (μεταξύ των οποίων και ο δευτερότοκος γιος του Ελευθερίου Βενιζέλου, Σοφοκλής, με τον οποίο υπήρξαν προσωπικοί φίλοι). Συγκεκριμένα, υπηρέτησε στη Στρατιά της Ηπείρου με το Ανεξάρτητο Σύνταγμα Κρητών, ως λοχίας. Η κήρυξη του Β' Βαλκανικού Πολέμου βρίσκει το Μακεδόνα στρατιωτικό, τριτοετή εύελπη, με το βαθμό του ανθυπασπιστή, διακριθέντα στο μέτωπο των επιχειρήσεων με το 19ο Σύνταγμα Πεζικού. Ο Αύγουστος του 1914, το ξέσπασμα του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου και η ακόλουθη εκδήλωση του Εθνικού Διχασμού, που επήλθε λόγω της διαφωνίας μεταξύ Ελευθερίου Βενιζέλου και Βασιλιά Κωνσταντίνου επί της ασκηθείσας εξωτερικής πολιτικής, βρίσκουν το Μπακιρτζή να υπηρετεί στην Καβάλα με το βαθμό του ανθυπολοχαγού του Πυροβολικού.