В 1783 году Иоанэ Мухранский вместе с князем Гарсеваном Чавчавадзе подписал Георгиевский трактат между Грузией и Российской империей, которая обещала грузинам военно-политическую поддержку в борьбе против Турции и Ирана. В 1786—1795 годах он был военным губернатором Эриванского ханства, вассала Картли-Кахетинского царства. В 1786 году князь Иоанэ Мухранский руководил подавлением восстания в Нахичеванском ханстве против гегемонии Ираклия II. В 1795 году он командовал часть грузинского ополчения в катастрофической битве против персидской армии под Тбилиси.