V pondělí 7. května 1945 odjel Henlein z Liberce, aby se pokusil vyjednat s Američany mimo jiné také uznání Mnichovské smlouvy. Podařilo se mu dostat se až na území osvobozené americkou armádou, kde však byl u Lokte zajat, vyslýchán a uvězněn v Plzni. Když zjistil, že s ním nikdo jednat nehodlá a že je považován za válečného zločince, podřezal si sklem z rozbitých brýlí časně ráno 10. května žíly. Pohřben byl v neoznačeném hrobě v Plzni. V dokumentech Mezinárodního trestního tribunálu v Norimberku, který se konal po válce, je Henlein otevřeně označován za válečného zločince. Je dosud čestným občanem města Liberce. Čestné občanství mu udělilo také město Karlovy Vary.