Le dernier tumulte dans la carrière de Proudhon aura lieu en , quelques mois après la défaite de Waterloo, la commission de l’Instruction Publique le suspend de ses fonctions de professeur et le prive de décanat au motif "“d'être un bonapartiste exalté et de ne fréquenter habituellement que des jacobins”". Un an plus tard, tout rentrera dans l’ordre pour Proudhon qui récupèrera, non sans moultes efforts, sa chaire et sa fonction de doyen acquise en 1808.