Durant les posteriors guerres confederades del període 1641-53, va canviar diverses vegades de propietari. Des de 1641 fins a 1647, les tropes reialistes ho van utilitzar com a caserna. L'any 1647, el comandant dels Reialistes a l'illa, Ormonde, va rendir Dublín al parlament anglès i les tropes parlamentaristes (també coneguts com ""Roundheads"") van estar aquarterades aquí fins a l'any 1649, quan uns dies abans de la batalla de Rathmines, va patir un assetjament i els "Reialistes" el van prendre sense arribar a lluitar. No obstant això, els parlamentaristes el van reocupar en vèncer a la batalla. També s'ha informat que Oliver Cromwell va mantenir el seu "Consell" aquí durant la seva campanya abans de marxar cap al Sud per assetjar a la ciutat de Wexford. Sota el mandat de Cromwell, Loftus va recuperar el seu castell i les seves terres, però es va aliar amb els "Parlamentaristes" i va morir durant el setge de Limerick de l'any 1651.