Napóleon 1799. brumaire 18-i államcsínye a rajnai hadsereg parancsnokaként érte. A velejéig republikánus Ney fenntartásokkal ugyan, de felesküdött a konzulátusra. Az év decemberében Hohenlindennél személyesen vezette azt a lovasrohamot, amely nem csak az ütközetet döntötte el, hanem tízezer foglyot ejtett és száz ágyút zsákmányolt, megsemmisítve az osztrák hadsereg centrumát. Az első konzul megkedvelte és pártfogásába vette: 1802-ben svájci nagykövetté nevezte ki és felesége, Joséphine lányának egy barátnőjét adta hozzá. Neynek nem csak helyzete, politikai nézete is megváltozott: Napóleon személyisége tökéletesen rabul ejtette, s amilyen heves republikánus volt korábban, annyira lelkes csodálója lett a konzulnak. 1803 végén a hadsereg nevében ő kérte Napóleont, hogy nyilvánítsa magát császárnak.