Jonkin aikaa Elizabethtownin perustamisen jälkeen syntyi ongelmia maanjaon suhteen. New Jersey oli alun perin kuulunut New Yorkin siirtokuntaan ja sen kuvernööri Richard Nichols oli jakanut itse maata siirtolaisille. Nicholsilta maata saaneet siirtolaiset eivät hyväksyneet Carteretin asemaa ja kysymys maaoikeuksista johti mellakoihin ja pitkiin oikeustaisteluihin. Suuri siirtomaasota lykkäsi asian ratkaisua joksikin aikaa, mutta lopulta vuonna 1693 yleiskokous päätti jakaa silloiset piirikunnat kaupunkeihin (township). Tuolloin perustettu Elizabethin township käsitti koko nykyisen Unionin piirikunnan, sekä osia Somersetin, Hunterdonin, Morrisin, Warrenin ja Sussexin piirikunnista. Vuonna 1740 kuningas Yrjö II:ta saatiin peruskirja perustaa Elizabethin "free borough and town".