A hajdúvárosok gyarapodó népességükkel egyre fejlettebbek lettek, és hamarosan megalakították a Hajdú kerületet, amely a hét hajdúváros érdekeit képviselte, a városok szövetségét jelentette. A katonáskodó hajdúvárosok egy védtelen alföldi területen hatékony védelmi rendszert alkottak, az úgynevezett "kis végvárrendszert", amelyen kisebb, portyázó török seregek valóban nem tudtak áttörni. Szejdi Ahmed, budai pasa éppen ezért 1660-ban úgy döntött, hogy nagy sereggel vonul a hajdúk és Várad ellen. Az úgynevezett Szejdi-járás török túlereje ellen a hajdúk tehetetlenek voltak, így az oszmán seregek végigpusztították a hajdúvárosokat - köztük Dorogot is. A török pusztítás után 1676-ban a Partiumban portyázó kurucok rabolták ki és égették fel a várost. A sorozatos csapások miatt Dorog majdnem újra elnéptelenedett, de a több éves békés időszak új életre keltette a várost. A kuruc pusztítások miatt érthető okokból a hajdúk eleinte nem lelkesedtek II. Rákóczi Ferenc szabadságharcának támogatásáért. Amikor a kuruc hadak 1703-ban bevették a közeli Kálló várát, Dorog kapitánya mégis a szabadságharc mellé állt.