Zur Spielzeit 2003/04 kehrte Hakan Şükür zurück an den Bosporus. Im Sommer 2003 besiegten die "Gelb-Roten" in der 3. Qualifikationsrunde der UEFA Champions League ZSKA Sofia und war für die Gruppenphase qualifiziert. In der Gruppe traf man auf Juventus Turin, Real Sociedad San Sebastián und Olympiakos Piräus. "Gala" und Juventus trafen am 2. Dezember 2003 im Dortmunder Westfalenstadion aufeinander, da die Italiener dies nach damals stattgefundenen Terroranschlägen in Istanbul beantragt hatten. Galatasaray belegte nach den Gruppenspielen den dritten Platz und sicherte sich die Teilnahme an der 3. Runde des UEFA-Pokals. Im Hinspiel, gab es im "Ali-Sami-Yen" gegen den FC Villarreal ein 2:2-Remis. Das Rückspiel endete mit 3:0 für die spanische Mannschaft. In der Meisterschaft war man nach der Hinrunde auf Platz 5 und 14 Punkte weit vom Tabellenführer Beşiktaş entfernt. Der türkische Pokal endete für "Cimbom" bereits im Achtelfinale gegen Çaykur Rizespor. Die "Gelb-Roten" verloren mit 0:5. Am 20. März 2004 spielte die Mannschaft gegen Rizespor, wie im Pokal verlor Galatasaray das Spiel mit 2:1 und Fatih Terim trat als Cheftrainer zurück. Der ehemalige Mittelfeldspieler von Galatasaray Gheorghe Hagi übernahm drei Jahre nach seinem Karriereende die Position des Cheftrainers. Die Saison endete auf dem 6. Platz.