Peñarol đã đóng góp nhiều cầu thủ cho đội tuyển bóng đá quốc gia Uruguay. Ba cầu thủ Peñarol đã ở trong đội tuyển Uruguay trong trân đấu Argentina năm 1905. Năm cầu thủ Peñarol có mặt trong đội hình của đội tuyển Uruguay đã vô địch FIFA World Cup 1930: thủ môn Miguel Capuccini, hậu vệ Peregrino Anselmo và các tiền vệ Lorenzo Fernández, Álvaro Gestido và Carlos Riolfo. Peñarol đóng góp chín người cho đội tuyển Uruguay đã giành giải bóng đá vô địch thế giới 1950: thủ môn Roque Máspoli, hậu vệ Juan Carlos González và Washington Ortuño, tiền vệ Juan Alberto Schiaffino và Obdulio Varela và tiền đạo Ernesto Vidal, Julio César Britos, Óscar Miguez và Alcides Ghiggia. Schiaffino và Ghiggia đã ghi hai bàn thắng của đội trên sân Maracanazo, trong trận đấu quyết định với Brazil. Peñarol là câu lạc bộ duy nhất đóng góp ít nhất một cầu thủ cho đội tuyển quốc gia ở tất cả các kì World Cup mà đội tuyển Uruguay tham dự.