1963 war das letzte Jahr von Willy Mairesse bei Ferrari, und die Saison war trotz weiterer Erfolge im Sportwagen (er gewann zum Beispiel die 1000 km auf dem Nürburgring) von zwei schweren Zwischenfällen geprägt: Bei den 24 Stunden von Le Mans erlitt Mairesse in den frühen Morgenstunden, überlegen führend im Streckenabschnitt Maison Blanche, wieder einen schweren Unfall. Der Ferrari 250P, den er gemeinsam mit John Surtees fuhr, ging in Flammen auf. Beim Großen Preis von Deutschland auf dem Nürburgring – die Saison hatte ihm in der Formel 1 bisher nur Ausfälle beschert – ereignete sich das schwerste Unglück seiner Karriere: Noch in der Startrunde kollidierten Innes Ireland und Lorenzo Bandini knapp nach dem Streckenabschnitt Flugplatz. Rettungskräfte waren an der Unfallstelle, als Willy Mairesse eine Runde später auf der Kuppe vor dem Flugplatz abhob und hart in den Leitplanken einschlug. Augenzeugen berichteten zwar von fehlenden Flaggensignalen, aber auch davon, dass Mairesse in diesem Abschnitt viel zu schnell war. Der kreiselnde Ferrari traf einen Sanitäter, der dabei ums Leben kam. Willy Mairesse selbst wurde so schwer verletzt, dass er ein Jahr keine Rennen mehr fahren konnte. Seine Ferrari- und Formel-1-Karriere endeten bei diesem Rennen.