Von 1996 bis zu seinem Eintritt in den Ruhestand 2009 gab Heine – zunächst bis 1999 mit Horst Klengel – die traditionsreiche Fachzeitschrift "Orientalistische Literaturzeitung. Zeitschrift für die Wissenschaft vom ganzen Orient und seinen Beziehungen zu den angrenzenden Kulturkreisen" (OLZ) heraus. Er verantwortete dort die Sparte "Islam". Heine wirkte an der Humboldt-Universität Berlin als Direktor des Instituts für Asien- und Afrikawissenschaften. Als Reaktion auf die Anschläge des 11. Septembers 2001 veröffentlichte Heine bereits einen Monat nach den Ereignissen sein Buch "Terror in Allahs Namen", in dem er als Kenner der extremen islamistischen Szene die Ursprünge des radikalen Islamismus untersuchte. Peter Heine ist mit Ina Heine verheiratet.