Κατά τη διάρκεια του έτους 1912-1913 ο Μαζαράκης συμμετείχε στον Α΄ Βαλκανικό Πόλεμο, και στη συνέχεια, στο Β΄ Βαλκανικό Πόλεμο. Κατά τους Βαλκανικούς Πολέμους ο Μαζαράκης, ως λοχαγός, ανέλαβε τη γενική αρχηγία των εθελοντικών «Σωμάτων Προσκόπων» που συγκροτήθηκαν από παλιούς μακεδονομάχους. Με τα σώματα αυτά έλαβε μέρος στις μάχες των Στενών της Πέτρας προς Κατερίνη, της γέφυρας του Λουδία και του Αξιού κατά των Τούρκων, καθώς και στις συγκρούσεις της Νιγρίτας και του Παγγαίου έως το Νέστο και την Ξάνθη κατά των Βουλγάρων αργότερα.