Shenandoahin armeija ( oli Konfederaation armeija Yhdysvaltain sisällissodassa. Armeija oli toiminnassa vain muutaman kuukauden ajan vuonna 1861, jolloin sen komentajana toimi Joseph E. Johnston. Se perustettiin alun perin suojamaan Virginiassa sijainnutta Shenandoahin laaksoa. Shenandoahin armeija osallistui vain yhteen suureen taisteluun, Bull Runin taisteluun, minkä jälkeen se sulautettiin Potomacin armeijaan.