Michel ne put guère profiter de ses succès : il fut assassiné pendant son sommeil en 1214 ou 1215 par un serviteur du nom de Rhomaios. On ignore si ce dernier avait agi seul ou sous les ordres de quelqu’un. Le seul enfant qui lui survivait étant mineur et de plus illégitime, ce fut son demi-frère, Théodore, qui lui succéda. Ce dernier étant alors au service de l’empereur de Nicée, Michel avait demandé à Théodore Laskaris de lui permettre de regagner l’Épire. Théodore Laskaris acquiesça, moyennant un serment de fidélité à lui-même et à ses successeurs. Aussitôt arrivé en Épire, Théodore Comnène Doukas s’empressa, aux dires de l’hagiographe de sainte Théodora d’Arta, non seulement d’écarter le jeune Michel, mais encore l’envoya ainsi que sa mère en exil au Péloponnèse tout le temps que dura son règne. Théodore s’avéra un souverain énergique, habile à la guerre. Il agrandit progressivement son domaine jusqu’à ce qu’il s’empare de Thessalonique en 1224 où il se fit couronner empereur, s’opposant ainsi à Théodore Laskaris auquel il avait plus tôt juré fidélité. L’empire qu’il avait édifié si rapidement se démembra de sitôt lorsqu’il fut capturé par les Bulgares lors de la bataille de Klokotnitca en 1230 qui permit à Michel II de revenir d’exil et de reprendre le trône de son père.