زوارتنوتس زمانی که ارمنستان تحت کنترل یا نفوذ امپراتوری روم شرقی و اوایل حمله اعراب به ارمنستان بنا گردیده‌است. آن در مکانی که گریگور روشنگر و تیرداد سوم ارمنستان با همدیگر دیدن کردند. بنا به گفته مؤسس کاغانکاتواتسی مورخ ارمنی قرون وسطی این کلیسا در سال ۶۵۲ وقف شده‌است. زوارتنوتس تا پایان سده دهم میلادی پابرجا بود اما در منابع تاریخی به علت ویرانی آن اشاره نشده‌است.