Практически сразу же с момента создания командиры Национальной гвардии приняли активное участие в политике Грузии и начавшейся затем гражданской войне. В августе 1991 года Национальная гвардия распалась на сторонников Гамсахурдия и Китовани. Распад произошёл после заявления президента Грузии Звиада Гамсахурдия о роспуске армии. Сторонники Китовани покинули свои воинские части и присоединились к оппозиции — премьер-министру Тенгизу Сигуа и полевому командиру Джабе Иоселиани. Другие части Национальной гвардии сохранили верность режиму Гамсахурдия.