Han antogs till Union Army som kirurg och tjänstgjorde vid Slaget vid Wilderness i maj 1864, vilket var känt för dess hemska förluster av båda sidor. Minor fick där uppdraget att straffa en irländsk soldat i Union Army genom att brännmärka honom med ett "D" för desertering ("deserter"). Denne mans nationalitet kommer senare spela en roll i Minors dementiska vanföreställningar.