Bitwa pod Sekigaharą rozpoczęła się 21 października 1600 roku. Po obu stronach, Ishidy i Tokugawy, walczyło w sumie 160 tys. ludzi. Wojska klanów Kobayakawa i Mōri pozostały w górach, co miało bez wątpienia decydujący wpływ na wynik bitwy. Hidetada, wezwany z Shinano przez Ieyasu, nie zdążył przybyć na czas. Gdy wydawało się, że klęska Tokugawy jest przypieczętowana, Mōri i Kobayakawa pospieszyli mu na pomoc, wspierając atak sił Ieyasu, które w efekcie odniosły druzgocące zwycięstwo nad Ishidą. Zachodnia frakcja została rozniesiona, Kobayakawa i Mori wzmocnili swój sojusz z Tokugawą. W ciągu kilku dni po bitwie Mitsunari Ishida i inni zachodni generałowie zostali ścięci. Hidetada Tokugawa w końcu przybył po tym, jak bitwa została definitywnie zakończona. Ieyasu Tokugawa stał się faktycznym władcą Japonii.