Er war Mitglied des Kriegsgerichts gegen Admiral John Byng. Das Gericht befand den Admiral für schuldig, aber die Richter sprachen sich gegen eine Hinrichtung aus. Keppel merkte bald, dass die Admiralität sich in dieser Frage ablehnend verhielt, und versuchte im House of Commons, dem er angehörte, vergeblich das Leben von Byng zu retten. Keppel wurde der Flotte unter Edward Hawke zugeteilt und war bis 1759 an der Blockade der französischen Küste beteiligt. Er nahm dabei auch an der Seeschlacht in der Bucht von Quiberon teil. Im Jahr 1761 übernahm er das Kommando der "Valiant" und eines Geschwaders zur Eroberung der Belle-Île. In der Folge patrouillierte er in der Gegend, bis seine Schiffe durch einen starken Sturm beschädigt wurden und das Geschwader nach England zurückkehrte.