Jan van Eijden begann seine sportliche Laufbahn als BMX-Fahrer in seinem Wohnort Remagen auf der firmeneigenen BMX-Bahn des Radherstellers Schauff. Seinen ersten großen Titel gewann er 1994 auf der Bahn, als er Junioren-Weltmeister im 1000-Meter-Zeitfahren wurde. Er wurde zweimal Weltmeister der Elite, 1995 im Teamsprint (zusammen mit Michael Hübner und Jens Fiedler) und 2000 im Bahnsprint, sowie sechsmal deutscher Meister im Sprint und Teamsprint (damals noch „Olympischer Sprint“). Er startete für den "RV Dudenhofen 1908" und trainierte auf der Radrennbahn Dudenhofen.