Nel luglio 2006, dopo le dimissioni di Lippi, passò ad allenare gli "azzurri" campioni del mondo. Non ottenne alcuna vittoria nelle prime 3 gare, eguagliando il primato negativo di Bernardini del 1974; In seguito, riuscì a migliorare le prestazioni della squadra tanto da ottenere l'accesso agli Europei 2008 con un turno di anticipo. Alla guida della nazionale fece esordire Quagliarella e Borriello, oltre a valorizzare Di Natale e richiamare Cassano.