En su primera temporada en el Hércules jugó 15 encuentros y no marcó ningún gol. Fue de los primeros futbolistas en no secundar una huelga propuesta para los deportistas yugoslavos en protesta al bombardeo de la OTAN sobre Yugoslavia. En su segunda temporada, jugó 23 partidos y marcó un gol; el equipo descendió a Segunda B en una temporada nefasta tanto en el aspecto deportivo como en el institucional, y Djukanovic regresó a su país donde siguió jugando varias temporadas más.