ב-1948 חזר לישראל, היה ממייסדי תנועת החרות ונמנה עם ראשיה. הוא כיהן כיו"ר הראשון של הנהלת התנועה, היו"ר הראשון של סיעת תכלת לבן בהסתדרות הכללית וחבר הוועד הפועל שלה. בן-אליעזר כיהן כסגן יושב ראש הכנסת והיה חבר הכנסות מהראשונה עד השביעית, כחבר סיעות החרות וגח"ל. בהצבעה על הסכם השילומים דרש להביאו לכנסת ממיטת חוליו על אלונקה לצורך התנגדות להסכם.