Il tempio fu costruito intorno al 570-550 a.C. e fu demolito dagli Ateniesi nel 490 a.C., al termine della Prima guerra persiana, dopo la vittoria sui Persiani nella battaglia di Maratona, per costruire un tempio più grande conosciuto come il vecchio Partenone. Quest'ultimo fu distrutto nel 480 a.C. durante la seconda guerra persiana e, infine, sostituito dall'attuale Partenone. L'esistenza dell'Hekatompedon è testimoniata da documenti storici. Le sue fondamenta sono scomparse, ma gli elementi architettonici e scultorei trovati nella parte meridionale micenea delle mura dell'Acropoli sono state assegnate dagli studiosi a questo tempio.