Latem 2006 Marcolini został piłkarzem Chievo Werona. W jego barwach ligowy debiut zanotował 10 września w przegranym 1:2 spotkaniu ze Sieną. Chievo zajęło w Serie A 18. lokatę i spadło do drugiej ligi. Klub z Werony zwyciężył jednak w rozgrywkach Serie B i powrócił do pierwszej ligi. 18 stycznia 2009 Marcolini strzelił oba gole w zwycięskim 2:1 meczu ligowym z SSC Napoli. 4 października dzięki dwóm bramkom Włocha Chievo pokonało 2:1 Cagliari Calcio.