W 2005 roku Hernández został powołany przez trenera Jesúsa Ramíreza do reprezentacji Meksyku U-17 na Młodzieżowe Mistrzostwa Ameryki Północnej. Tam pełnił rolę podstawowego zawodnika swojej drużyny, rozegrał wszystkie trzy spotkania, zaś jego kadra zakwalifikowała się na Mistrzostwa Świata U-17 w Peru. Podczas młodzieżowego mundialu również miał zapewnione miejsce w wyjściowej jedenastce, wystąpił we wszystkich sześciu meczach, nie strzelając gola, a Meksykanie zdobyli wówczas tytuł mistrzów świata, po pokonaniu w finale Brazylii (3:0). W 2007 roku znalazł się w składzie reprezentacji Meksyku U-20 na kolejne Młodzieżowe Mistrzostwa Ameryki Północnej, gdzie dwukrotnie pojawiał się na boisku, natomiast jego zespół zdołał awansować na Mistrzostwa Świata U-20 w Kanadzie. Tam rozegrał wszystkie pięć meczów w wyjściowym składzie, a Meksykanie, ponownie prowadzeni przez Ramíreza, odpadli ze światowego czempionatu w ćwierćfinale. W 2008 roku był członkiem olimpijskiej reprezentacji Meksyku U-23, trenowanej przez Hugo Sáncheza, w której barwach wystąpił w kilku spotkaniach towarzyskich.