Sudanin sisällissota on vaikuttanut voimakkaasti nubien elämään. Tuhansia ihmisiä on kuollut yhteenotoissa maan hallituksen aseistamien baggaroiden kanssa, ja monet ovat joutuneet muuttamaan hallituksen valvomiin kyliin tai Tšadin ja Keski-Afrikan tasavallan pakolaisleireille. Sota on myös hajottanut perinteisiä sukuyhteisöjä.