2001年となり、ジョンソン自身の30歳という年齢、アニエル・ガルシア（キューバ）やテレンス・トランメル（アメリカ）といった若手の台頭などから、ジョンソンの限界説が囁かれるようになった。しかし、この年からジョンソンは、かつての強さを取り戻すかのような結果を残している。2001年世界選手権、グッドウィルゲームズでは、ガルシアとの直接対決に続けて勝利した。2003年世界選手権において、2連覇を達成するとともに、世界選手権4回目の優勝を果たした。これにより、グレッグ・フォスター（アメリカ）が保持していた最多優勝回数を上回った。また、世界室内選手権でも2003年、2004年と2連覇。特に2004年大会では、当時33歳にして60メートルハードルで7秒36の自己ベストをマークし、大会記録をも更新した。この快進撃から、アテネオリンピック金メダルの大本命であったが、2次予選でハードルにつまずきフィニッシュできず、決勝へ進めなかった。