12 февраля 1997 года Масхадов вступил в должность президента Ичкерии. После ввода российских войск в Чечню Масхадов возглавил вооружённое сопротивление и занял пост руководителя Государственного комитета обороны ЧРИ. В середине октября 2002 года Масхадов дал интервью французскому агентству Agence France-Presse, в котором заявил об активизации своих связей с наиболее экстремистскими лидерами чеченских террористов.