במהלך מלחמת קוסובו, הרשויות הטורקיות חשו באחריות היסטורית לסייע לאלבנים הקוסובריים בהיותם מוסלמים, כמו גם אזרחים נאמנים לשעבר של האימפריה העות'מאנית. האוכלוסייה הטורקית דאגה לאירועים בקוסובו, ובזכות קשריה ההיסטוריים, התרבותיים, הדתיים ואחרים עם חצי האי הבלקני, תמכה בעמדתה האנטי-סרבית ופרו-נאט"ו של ממשלת הרפובליקה של קוסובו. כחברת נאט"ו, טורקיה תמכה בתוקף בהפצצת יוגוסלביה, בה השתתפו 18 מטוסי קרב טורקים. לאחר המלחמה, טורקיה סיפקה סיוע לקוסובו על מנת להשיג יציבות וביטחון באמצעות משלחות ה-OSSE ,UNMIK ושל KFOR, בה השתתפו כוחות טורקיים בשנת 2000. בשנת 2013 היו בקוסובו 540 אנשי צבא טורקיים שפעלו כחלק ממשימת KFOR.