ב-1948 עזב את ירושלים הנצורה, עקב מינוי לשמש כאחד מקציני המבחן לנוער הראשונים במשרד הסעד של מדינת ישראל בשלבי הקמתה. . קלנר עבד בשירות זה מ-1948 ועד 1963, ראשית כקצין מבחן לנוער ואחר כך כקצין מבחן מחוזי במחוז המרכז. הוא גם הקים וניהל את המכון להשתלמות לקציני מבחן והדריך קציני מבחן רבים.