El 31 de julio, Hasan Salihamidžić fue presentado como nuevo director deportivo. El excentrocampista —que jugó para el club desde 1998 a 2007— asumió el puesto que había estado vacante durante más de un año desde la dimisión de Matthias Sammer. El 5 de agosto, el Bayern ganaría la Supercopa de Alemania 2017 por sexta vez, en una tanda de penaltis contra el Borussia Dortmund. El 28 de septiembre el entrenador Carlo Ancelotti fue despedido tras una derrota por 3:0 en la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA 2017-18 ante el París Saint-Germain, así como una temporada totalmente insatisfactoria en cuanto al rendimiento esperado. Un día después, Willy Sagnol —quien para el momento se desempeñaba como segundo entrenador— asumió las riendas del club de forma interina. El 6 de octubre la directiva del club confirmó el regreso de Jupp Heynckes hasta el final de temporada iniciando así su cuarta etapa como entrenador del Bayern. El regreso de Heynckes también trae de vuelta al club a Hermann Gerland y a Peter Hermann. Hermann era hasta la fecha el segundo entrenador del Fortuna Düsseldorf, por su parte, Gerland era responsable del área deportiva del FC Bayern Campus. Con Heynckes nuevamente al mando, el club logró reponerse y rápidamente escaló hasta la cima de la liga, en la cual se proclamaron campeones por sexta vez consecutiva. En Europa llegó hasta semifinales tras caer ante el Real Madrid, mientras que en la Copa de Alemania, el club cayó 1:3 ante el Eintracht Fráncfort, estos dirigidos por el croata Niko Kovač —quien había sido anunciado como sucesor de Heynckes para la temporada 2018-19—.