24日1300、呂41は米12トンを搭載してトラックを出港し、クサイ島に向かった。しかし、この行動は暗号解読により事前に米軍に察知されており、22日にマジュロから米駆逐艦イートン("USS Eaton, DD-510")が派遣され、その後米護衛駆逐艦("USS Greiner, DE-37")、("USS Sanders, DE-40")が合流して哨戒をしていた。30日午前、呂41はクサイ島南方沖に到着し、ウトワ港に向かう。日没後、呂41は浮上して島の守備隊と連絡を取った。その後、米駆逐艦と哨戒艇2隻を発見するが、相手は呂41に気づかなかった。その後、哨戒機を目撃したため、連絡を中断することとなった。1700、敵艦が去っていったため、呂41は港内に入っていった。その15分後に先ほどの敵艦を再度発見するが、相手は呂41に気づかなかった。31日、幾度か飛来する米哨戒機の哨戒の間をぬって揚陸作業を行い、暗号が米軍に解読されている可能性があることを報告した。6月1日、呂41はクサイ島ウトワ港を出港し、ヤルート西方10浬地点に進出して哨戒を行う。6日、呂41を捜索するために米護衛駆逐艦("USS Steele, DE-8")がクサイ島に到着している。危機を脱した呂41は12日にヤルート西方沖で米輸送船団を聴音により探知。13日あ号作戦に参加してマリアナ諸島東方に移動。7月4日、瀬戸内海に到着して特設潜水母艦筑紫丸（大阪商船、8,135トン）に横付けして補給を受けた後、5日に佐世保港に寄港した後呉に移動して整備を受ける。