24 ноября 1989 года Хеффер объявил, что он не будет участвовать в следующих выборах. Решение было вызвано тем, что у него была обнаружена неизлечимая форма рака желудка. Он тяжело болел, но посвящал много времени на написание книг и статей. Когда Парламент собрался для дебатов о Войне в Заливе, Хеффер выступил на дебатах, произнеся, сам это понимая, свою последнюю речь с трибуны в Палате общин, с призывом к Англии не участвовать в агрессии. Он выглядел абсолютно бледным и исхудалым. В январе 1991 года, уже не в состоянии ходить, в инвалидном кресле он посетил Палату общин, чтобы голосовать против войны в Ираке. В марте 1991 года он получил награду «Свобода города Ливерпуля» («freedom of the city of Liverpool»), но поскольку он был слишком болен, чтобы поехать туда, он получил её в Лондоне. Перед самой смертью Хеффер сказал в адрес Киннока: «Ты должен умереть, не я!». Хеффер считал Киннока главным предателем интересов рабочего движения в Британии.