Keegan hadde liten suksess som . England klarte riktignok å kvalifisere seg til Europamesterskapet i 2000 under hans ledelse, men engelskmennene ble utslått i det innledende gruppespillet, og Keegan trakk seg høsten 2000 etter en svak innledning på VM-kvalifiseringen. Han ble erstattet av Sven-Göran Eriksson.