В качеството му на надежден и проверен боец и борец срещу българите, сръбското командване му поставя задача да организира бунт в българския тил в Моравско. Със специално оборудван за целта самолет, Коста Пекянец е прехвърлен през есента на 1916 година в района по горното течение на река Топлица около Блаце. Там установява контакт с другия изявен сръбски деятел срещу българската власт в Моравско - Коста Войнович. Между двамата възникват сериозни разногласия, поради които не се стига до координирани действия срещу българските и австро-унгарските власти. Коста Пекянец е в основата на организирането на така нареченото Топлишко въстание. Пекянец настъпва срещу село Петровац, но е разбит и губи много хора. През март 1917 година успява да превземе град Куршумлия. Но след българската офанзива откъм Ниш, отстъпва през планината Радан. В края на март 1917 г. логистично организира нападението на Босилеградско от средата на май което е явна провокация към Българската армия, понеже щабът ѝ е дислоциран по време на световната война в Кюстендил. Босилеград и околните села са опожарени от 200 четници на Коста Войнович, като при нападението над града са избити редица мирни жители, които случайно се озовават на пътя на ръководената от него чета. Подгонен от българската войска, се прехвърля към района на Печ в Метохия и Санджак, като изоставя ранения Коста Войнович, който за да не попадне жив в ръцете на българските военни се самоубива. В крайна сметка Коста Пекянец успява да се измъкне от българските власти, като се укрива в района на Албанските Алпи до края на войната, които са в австро-унгарската окупационна зона.