Посёлок образован в 1848 году. До Октябрьской революции 1917 года был местом ссылки каторжан. Основным занятием населения до и после революции была золотодобыча на прииске Неожиданный. В 1956 организован Верхне-Томский леспромхоз. В 1958 сдана в эксплуатацию железная дорога Новокузнецк — Абакан, которая проходит через Балыксу. В 1997 году посёлок был преобразован в село.