Garnettin ensimmäinen komennus Virginiassa oli tykistön majuri ja sitten everstiluutnantti Cobbin legioonassa Georgiassa. Hänet ylennettiin prikaatinkenraaliksi 14. maaliskuuta 1861 ja hän komensi Valleyn alueen 1. prikaatia Konfederaation Potomacin armeijassa, mikä oli alkuaan Stonewall-prikaati perustajansa Stonewall Jacksonin mukaan. Jackson oli nyt koko Shenandoahin laakson komentaja. Shenandoahin laakson sotaretken aikana 1862 Garnettin sotilasura koki kolauksen Kernstownin ensimmäisessä taistelussa.