Ignacio Zaragoza nació en el poblado de Bahía del Espíritu Santo, en el estado de Coahuila y Texas (hoy Goliad, Texas). Fue el segundo hijo de Miguel Zaragoza Valdés, de Veracruz, y María de Jesús Seguin Martínez, de San Antonio de Béxar, esta última pariente de Juan José Erasmo Seguín. Cuando los rebeldes texanos, apoyados por los Estados Unidos de América, ganaron la Guerra de independencia de Texas, Miguel Zaragoza, que era soldado de infantería, se mudó con su familia desde el presidio de la Bahía de Espíritu Santo (hoy Goliad, Texas), donde había nacido su hijo Ignacio, posteriormente fue a la ciudad de Matamoros en 1834, y posteriormente, en 1844, a Monterrey, donde Ignacio entró al seminario, estudios que abandonó en 1846, convencido de que no tenía vocación sacerdotal.