Bonaparte confie à Sérurier le soin de remettre au Directoire les vingt-deux drapeaux pris à l'ennemi en . Le 3, dans une lettre adressée au gouvernement, le général en chef écrit sur Sérurier qu'. Le général est reçu à Paris le dans la salle d'audience du Directoire à qui il professe sa loyauté et celle de ses soldats. Il retourne à sa division le et manque le coup d'État du 18 fructidor. Le général Desaix le décrit peu après : . Par le traité de Campo-Formio, la République de Venise passe presque tout entière sous la domination de la Maison d'Autriche. Sérurier, nommé gouverneur de Venise le , est chargé de l'évacuation et fait emporter vivres, munitions, armes et objets d'art. En dépit des objurgations de la population et des Impériaux, la ville est littéralement mise à sac. Quoique impopulaire et cible de nombreuses récriminations, Sérurier ne profite pas personnellement du pillage et fait de son mieux pour contenir les excès. Il s'autorise à confisquer et à vendre le sel et les biscuits de l'arsenal de Venise, ceci afin de payer ses soldats. À l'armée d'Italie, des généraux comme Masséna ou Augereau se sont à l'inverse rendus célèbres pour leur appât du gain et leur tendance à s'enrichir sur le dos des populations civiles, imités en cela par de nombreux officiers subalternes. Sérurier acquiert une telle réputation d'honnêteté qu'il est surnommé par ses soldats la « Vierge d'Italie ».