Во втором сезоне за «Интер» Санетти действовал, в основном, в полузащите. «Чёрно-синие» финишировали на третьем месте в Серии A, вновь дошли до полуфинала Кубка Италии, а также до финала Кубка УЕФА. В чемпионате Санетти сыграл в 33 матчах из 34, в которых отметился тремя забитыми голами, причём они были забиты в первой половине сезона, и все в итоге становились победными для команды. 15 сентября гол Санетти в ворота «Перуджи» стал единственным в домашней игре 2 тура. В 7 туре 27 октября после того, как будущий второй призёр чемпионата «Парма» вышла вперёд благодаря голу Креспо уже на первой минуте, «Интер» сумел сравнять счёт через пять минут ударом головы Саморано, а вперёд хозяев вывел как раз Санетти — после розыгрыша штрафного в исполнении Джоркаеффа Хавьер точно пробил с линии штрафной площади; итоговый результат — победа «Интера» 3:1. В гостевой же игре 8 тура 3 ноября гол Санетти в ворота «Вероны» также оказался единственным в матче. Больше в Серии A сезона 1996/97 аргентинец не забивал. В Кубке Италии Санетти сыграл в пяти матчах. Его гол из-за пределов штрафной площади в ворота «Наполи» в ответном полуфинальном матче позволил команде сыграть вничью, а поскольку в первой игре также был зафиксирован счёт 1:1, дело дошло до серии пенальти, в которой сильнее были неаполитанцы (5:3). В Кубке УЕФА Санетти провёл все 12 сыгранных «Интером» матчей и дошёл до финала. «Интер» обменялся домашними победами с германским Шальке 04, а в серии пенальти значительно точнее были гельзенкирхенцы — 4:1.