Die nuwe kerk het spoedig 'n geweldige vernedering ondergaan toe dit deur die Britse magte wat die dorp beset het, as militêre kaserne ingerig is. Die Anglo Boereoorlog was 'n tyd van ontwrigting, ongekende leed en smart, wat die kerk ook nie vrygespring het nie. Die gemeente het gedurende die oorlog swaar verliese gelei. Daar was plase en plekke in die distrik waar daar tussen 10 en 23 siele gemis is. Daar was huisgesinne wat geheel en al uitgesterf het. Ds. Van der Spuy is gevang en sou as krygsgevangene weggevoer word. Deur die bemiddeling van ds. Andrew Murray is hy losgelaat op parool en het by vriende in die distrik Worcester tuisgegaan, tot ná die vrede in 1902. Hy het later van Tweefontein in die distrik Worcester geskryf dat hy werk verlang en dat hy gewillig is om in een of ander gemeente as hulpprediker te arbei.