År 1193 grundades ett benediktinerkloster intill kyrkan. Den första abbedissan var Eloisa Martorana. I slutet av 1100-talet dog den normandiska dynastin ut och efterträddes av den tysk-romerske kejsaren Fredrik II och därefter av Karl I av Neapel. Påsken 1282 inträffade ett uppror på Sicilien, som stöddes av krigare från Aragonien och bysantinska riket. Följden blev att Sicilien kom under kungariket Aragonien.