Na de Staatse overname van de stad in 1632 en de daarop volgende gelijkberechtiging van katholieken en protestanten, veranderde er voor de Sint-Nicolaasparochie weinig. Het kerkgebouw bleef behouden voor de katholieke eredienst. In de kerk waren een drietal broederschappen actief. De oudste vermelding dateert uit 1545 en betreft de broederschap van Onze-Lieve-Vrouw. Omstreeks 1655 werd de aartsbroederschap van de Heilige Jozef opgericht en in 1714 volgde de broederschap van Maria Onbevlekt Ontvangen. Een belangrijke activiteit van laatstgenoemde broederschap was de organisatie van de jaarlijkse processie naar Onze-Lieve-Vrouw van Scherpenheuvel. Enkele voorwerpen in de schatkamer van de Onze-Lieve-Vrouwebasiliek, zoals een tweetal reliekhouders, een flambouwplaatje en diverse medailles, herinneren aan deze broederschappen. Waarschijnlijk sierden beelden van Maria en Jozef de broederschapsaltaren in de Sint-Nicolaaskerk. Twee van deze altaren zijn te zien op de voorgrond van de tekening van Philippe van Gulpen, hiernaast afgebeeld.