Nürnbergin sotarikosoikeudenkäynneissä Milchiä syytettiin sotarikoksista ja rikoksista ihmiskuntaa vastaan. Hänen hyväksynnällään oli tehty ihmiskokeita ja hän oli käyttänyt pakkotyövoimaa rakentaessaan ilmavoimia. Hän oli osaltaan vastuussa kymmenien tuhansien ihmisten kuolemasta.