Eggert fik debut på det danske landshold i 2003 og opnåede i alt 160 landskampe og 581 mål. Han har været med til VM 2009, EM 2010, VM 2011 (sølv) og EM 2012 (guld). I 2010 fik han sit gennembrud, hvor han blandt andet afgjorde kampen mod i mellemrunden med et straffekast efter tid. Samme år blev han valgt til årets landsholdsspiller. I mange år stod han på landsholdet (som tidligere i Flensborg) i skyggen af Lars Christiansen, men da Ulrik Wilbek skulle udtage spillerne til OL i London 2012, hvor der kun kan bruges fjorten spillere mod seksten ved andre slutrunder, valgte han Eggert som den eneste venstre fløj.