לאחר רצח לינקולן אימץ הנשיא ג'ונסון תוכנית דומה, שלא הייתה חריפה מזו של לינקולן. עד סוף 1865, כל מדינות הדרום חזרו לאיחוד במסגרת תוכנית זו. אולם מהלך השיקום הזהיר וההדרגתי הפך למסע נקמה של הרפובליקנים הרדיקלים. הם השתלטו על הקונגרס, העמידו לדין את הנשיא המתון ג'ונסון בהליך הדחה (impeachment) וכמעט הצליחו להדיחו, והשליטו בדרום משטר צבאי, בניגוד מוחלט לכוונות השיקום הליברליות של לינקולן וג'ונסון. בתגובה קמו במדינות הדרום "מועצות אזרחים" שהובילו יוזמות חקיקה גזענית במטרה להגביל את החירויות של העבדים המשוחררים, לייצר מדיניות הפרדה גזעית וכלים לאכיפתה. במקביל החל לפעול ארגון הקו קלוקס קלאן שפעל כארגון טרור שנועד במפורש להטיל אימה על שחורים, על ידי מעשי לינץ' כנגד שחורים שהואשמו בעברות (בעיקר עברות מין אמיתיות או מומצאות של שחורים כנגד לבנות שעונשן היה מוות בלינץ').