W &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20skokach%20narciarskich%201998/1999"&gt;sezonie 1998/1999&lt;/a&gt; odniósł swoje drugie i zarazem ostatnie zwycięstwo w PŚ (16 stycznia 1999 na Wielkiej Krokwi w Zakopanem). Oprócz tego jeszcze dwukrotnie stawał na podium, raz na drugim i raz na trzecim miejscu, co pozwoliło mu zająć ósme miejsce w klasyfikacji generalnej. Po tym jak był siedemnasty w Oberstdorfie, szósty w Ga-Pa, piąty w Innsbrucku i siódmy w Bischofshofen zajął siódme miejsce w 47. Turnieju Czterech Skoczni. W tym samym roku odbywały się także mistrzostwa świata w Ramsau, podczas których Horngacher był siódmy na normalnej skoczni, szesnasty na dużej, a razem z Widhölzlem, Höllwarthem i Reinhardem Schwarzenbergerem zdobył brązowy medal w drużynie. W sezonach &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20skokach%20narciarskich%201999/2000"&gt;1999/2000&lt;/a&gt; i &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20skokach%20narciarskich%202000/2001"&gt;2000/2001&lt;/a&gt; zajmował ósme miejsce w klasyfikacji generalnej, w obu przypadkach tylko raz zajmując miejsca na podium. Na mistrzostwach świata w lotach w Vikersund (2000) zajął 21. miejsce. W poszczególnych konkursach 49. edycji Turnieju Czterech Skoczni był kolejno szósty, dziewiąty, dwunasty i ponownie szósty, co dało mu piąte miejsce w klasyfikacji końcowej. Miesiąc później odbyły się mistrzostwa świata w Lahti. Wspólnie z Goldbergerem, Höllwarthem i Wolfgangiem Loitzlem zdobył drużynowo dwa medale: brązowy na dużej skoczni oraz złoty na normalnej. W indywidualnych konkursach był czwarty na normalnej skoczni (walkę o brązowy medal przegrał z Höllwarthem) oraz piąty na dużej.