Néanmoins, dans le courant de l'année 1979, Khomeini et ses soutiens, dont les Gardiens de la Révolution, renforcent leur pouvoir au sein des nouvelles institutions. Une première constitution ne s'appuyant pas sur le loi islamique est ainsi rejetée, en accord avec Khomeini, avant l'adoption de la première version de la constitution iranienne, qui consacre le rôle du guide de la révolution et la prévalence du religieux sur le politique. Bazargan démissionne au début de la crise des otages américains.