Ο Εκαταίος καταγόταν από παλιά αρχοντική οικογένεια. Είναι βέβαιο ότι στη διάρκεια της Ιωνικής Επανάστασης (499 π.Χ.) έλαβε ενεργό μέρος στην πολιτική, συμβουλεύοντας τους συμπολίτες του. Ήταν άνθρωπος πολυταξιδεμένος, όχι όμως τόσο όσο ο Ηρόδοτος. Παραδίδεται πως υπήρξε μαθητής του φιλόσοφου Αναξίμανδρου και από τις απόψεις του διδασκάλου του ίσως επηρεάστηκε στη σύνταξη ενός χάρτη (Γης Περίοδος), όπου παρουσίαζε τη Γη επίπεδη, σε μορφή δίσκου. Η οικουμένη χωριζόταν από δύο μεγάλες θάλασσες, τη Μεσόγειο και τη Μαύρη Θάλασσα, και από δύο μεγάλα ποτάμια, το Νείλο και το ∆ούναβη. Πάνω στο χάρτη αποτυπώνονταν πολλές τοποθεσίες, καθώς και άλλες λεπτομέρειες. Η απεικόνιση αυτή ανταποκρίνεται στην περιγραφή του Ομήρου, ότι η γη είναι κυκλικό σύμπλεγμα νησιών, που περιβάλλεται από υδάτινη κυκλική ζώνη. Ο χάρτης του Εκαταίου, παρά τις ποικίλες αυθαιρεσίες και ανακρίβειες, άσκησε μεγάλη επίδραση στους μεταγενέστερους, ακόμα και μετά την εμφάνιση συστηματικών χαρτογράφων-γεωγράφων, όπως ο Ερατοσθένης. Ο Εκαταίος συνόδευσε το χάρτη του με μια εκτεταμένη περιγραφή της Ευρώπης και της Ασίας (Γης Περιήγησις), η οποία ήταν διανθισμένη με πλούσιο εθνογραφικό υλικό για τους κατοίκους των περιοχών που ανέφερε. Πολλές φορές έδειξε να ενδιαφέρεται για περίεργες λεπτομέρειες αλλά και για παράξενα πράγματα. Μάλιστα η προτίμησή του στα περίεργα θέματα έκανε μερικά χρόνια αργότερα τον Ηρόδοτο να τον ψέξει, χωρίς όμως αυτό να τον εμποδίσει να χρησιμοποιήσει στη συγγραφή του το χάρτη του Μιλήσιου.