Brissot’n ympärille syntyi kansalliskokouksessa uusi vaikutusvaltainen puolueryhmä, girondistit, joita kutsuttiin hänen mukaansa myös ”brissotiineiksi” ("les brissotins"). Pohjana olivat hänen kolmen edellisen vuoden aikana solmimansa ystävyyssuhteet muun muassa Condorcet’n, Buzot’n, Pétionin sekä Rolandin ja tämän vaimon kanssa. Brissot oli jonkin aikaa hyvin vaikutusvaltainen Pariisin jakobiiniklubilla ja toimi lokakuussa 1791 pari viikkoa sen puheenjohtajanakin. Sodassa kärsityt tappiot romahduttivat hänen suosionsa, ja jakobiiniklubin enemmistö siirtyi kesän 1792 aikana radikaalimman Maximilien Robespierren puolelle. Ranskan ajautuessa kohti seuraavaa vallankumousta girondistit yrittivät turhaan pelastaa monarkian. Monarkian kumoamisen jälkeen Brissot ilmaisi vastenmielisyytensä Pariisin kommuunin ja sektioiden piiristä noussutta uutta sanskulottien liikehdintää kohtaan. Robespierre tuomitsi hänet ”vapaudenmurhasta” kommuunissa 1. syyskuuta 1792 pitämässään puheessa. Brissot erotettiin jakobiiniklubista 12. lokakuuta 1792.