בשנת 1453 הוקמה במקום בית ספר אסלאמי, מיד לאחר כיבוש קונסטנטינופול בידי מהמט השני. ביולי 1846 הוקם מוסד להשכלה גבוהה במקום. האוניברסיטה נסגרה בשנת 1871 ונפתחה שוב בשנת 1900 עם מחלקות לתאולוגיה, אמנויות, מתמטיקה, מדע ובלשנות. בשנת 1924 הוקמו הפקולטות למשפטים, רפואה, אומנויות ומדעים. בשנת 1925 הוכרה האוטונומיה של האוניברסיטה מטעם השלטונות הטורקיים. בנובמבר 1933 האוניברסיטה הוקמה במתכונתה החדשה, ללא לימודי תאולוגיה אסלאמית.