באליפות אירופה שנערכה באמסטרדם בתחילת יולי 2016 זכה מלכובסקי בפעם השנייה במדליית זהב בזריקת דיסקוס בתוצאה של 67.06 מטר, לפני פיליפ מילנוב (65.71 מטר) וגרד קנטר (65.27 מטר). באולימפיאדת ריו דה ז'ניירו (2016) הוא זכה במדליית כסף בתוצאה של 67.55 מטר, אחרי כריסטוף הרטינג (68.37 מטר) ולפני דניאל יזינסקי (67.05 מטר), שניהם מגרמניה.