萬曆中期後雖然不上朝，但是並沒有出現英宗以來的宦官之亂，也沒有外戚干政，也沒有嚴嵩這樣的奸臣，朝內黨爭也有所控制，萬曆對於日軍攻打朝鮮、女真入侵和梃擊案都有迅速的反應，如萬曆二十四年，乾清坤寧兩宮大火，神宗下罪己詔書，表示雖然忽略一般朝政庶務，但還是關心國家大事，而處理政事的主要方法多是在九重宫阙下通過諭旨的形式向下面傳遞，並透過一定的方式控制朝局。