В 1821 году в греции вспыхнуло национально-освободительное восстание. 9 июля 1821 года наместник острова Кипр, входившего в состав Османской империи, Кючюк Мехмет казнил 486 греков-киприотов, а том числе предстоятеля Кипрской церкви архиепископа Киприана, митрополитов, игуменом монастырей и других представители высшего духовенства, знатных и влиятельных греков-киприотов, старост сельских общин, имущество которых должно было экспроприировано. Иоанникию и некоторым другим представителями кипрского духовенства удалось укрыться в консульствах европейских государств в Ларнаке, а затем бежать с Кипра.