Det militære kommandantskab ville ikke ofre penge på kirkegårdens vedligehold, hvorfor den havde karakter af vildnis. I 1812 blev der dog skabt ordnede forhold ved anlæggelse af kvarterer, veje og stier. Samtidig tillodes opsætning af gravsten. Herefter ser man også, at kendte borgere får deres grav her, eksempelvis kgl. teaterchef F. C. Holstein (1853) og skuespiller Christian Niemann Rosenkilde (1861). 1800-tallets sønderjyske krige, Treårskrigen og krigen 1864, måtte naturligvis også sætte sine spor på soldaternes kirkegård. Olaf Rye er blandt de berømteste. Blandt veteranerne fra 1864 kan nævnes Christian de Meza og N.C. Lunding. De mange faldne fra 1864 blev i 1885 samlet i en stor fællesgrav, hvor over der året efter rejstes et monument med indskriftet "Herunder gemmes Støvet af 226 Krigere fra 1864", samt følgende linjer af Carl Ploug: