נשיאותו נפגעה, במהלך מלחמת קונגו השנייה ועימותים אחרים באזור האגמים הגדולים. לאור המהלכים האחרונים של מסווני, אשר כללו ביטול הגבלת גיל לנשיאות לפני הבחירות ב-2006, צנזורה תקשורתית ורדיפת חברי הפרלמנט של האופוזיציה, עוררו דאגה מצד פרשנים מקומיים וזרים.