Рођен је 1953. године у Коџеу, у породици избеглица из Северне Кореје, у време Корејског рата. Мун је одрастао у сиромашној породици, која се сместила на југоистоку Јужне Кореје. Током студија на Универзитету Кјунг Хе у Сеулу, придружио се продемократском покрету чији је циљ био свргавање диктаторског режима Парк Чунг Хиа, који је владао земљом док није убијен у атентату 1979. године.