1945 beteiligte er sich maßgeblich am Wiederaufbau der KPD in Ingolstadt und in Bayern. Im Juli 1945 wurde er zum Leiter des Arbeitsamtes Ingolstadt ernannt. Vom 7. Januar 1946 bis zu seiner Entlassung am 8. Juni 1946 war er Wirtschafts-Staatssekretär im ersten Kabinett des Ministerpräsidenten Wilhelm Hoegner. Die amerikanische Militärregierung hatte anfangs die Einbeziehung der Kommunisten in die Landesregierung angeordnet. Fischer wurde am 15. Juni 1946 wegen unerlaubten Übertritts der amerikanisch-sowjetischen Zonengrenze zu vier Monaten Haft verurteilt