Након повлачења са епархијске службе, бивши митрополит Нићифор је живео повучено све до избијања Првог балканског рата. Вратио се из Краљевине Србије као добровољац у српској војсци. За њега се говорило због његове храбрости и неодмерености, да је по темпераменту и карактеру: "више за војводу него за владику". Заробљен је током ратних дејстава од стране бугарских окупационих власти и потом интерниран у Бугарску 1915. године, где је умро 1. фебруара 1918. године, "по неразјашеним околностима" у Рилском манастиру.