En abril de 1824 ocurre un nuevo intento de anexión a Chiloé, el cual fue nuevamente repelido por las fuerzas chilotas en la Batalla de Mocopulli. No obstante, en este episodio se pierden los fuertes continentales de Carelmapu, Calbuco y Maullín, lo que relega a Chiloé a una condición completamente insular. A esta pérdida se sumaron los acontecimientos de la Batalla de Ayacucho de diciembre de ese año, que marcó el fin del Virreinato del Perú, y convirtió a Chiloé en una gobernación militar aislada.