Schwarzer, Avustralya forması altındaki ilk maçına 1994 FIFA Dünya Kupası elemelerinde Kanada karşısında çıktı. Ayrıca Schwarzer, 2001 FIFA Konfederasyonlar Kupası, 2004 OFC Uluslar Kupası, 2005 FIFA Konfederasyonlar Kupası, 2006 FIFA Dünya Kupası, 2007 AFC Asya Kupası, 2010 FIFA Dünya Kupası ve 2011 AFC Asya Kupası turnuvalarında Avustralya'nın kadrolarında yer aldı. Schwarzer, şu ana kadar millî formayı 89 kez giyerek Avustralya millî takım formasını en çok giyen oyuncu oldu.