Синагогата е наследник на храм със същото име, изграден в 1937 година на Скопската чаршия и разрушен при катастрофалното Скопско земетресение в 1963 година. Парохетът (завесата) на арон хакодеш (светая светих) е оригиналният от старата синагога.