Al comenzar la Segunda Guerra Mundial, la mayor parte de Galitzia fue ocupada por la Unión Soviética en 1939 y al finalizar la guerra los greco-católicos ucranianos quedaron bajo dominio de los regímenes comunistas de Polonia y de la Unión Soviética. La nueva administración comunista actuó decisivamente para exterminar a la Iglesia greco-católica de Ucrania: en abril de 1945 las autoridades soviéticas arrestaron, deportaron y sentenciaron a campos de trabajos forzados en Siberia y en otros lugares al metropolita Josyf Slipyj (quien asumió como coadjutor de Sheptytsky al morir este el 1 de noviembre de 1944) el 11 de abril de 1945 junto a otros ocho obispos greco-católicos (Nykyta Budka, Grigorij Chomyshyn, Ivan Lyatyshevskyi, Mykola Carneckyj, Peter Werhun, Josaphat Josyf Kocylovskyj, Hryhoriy Lakota, Teodor Yuriy Romzha), así como cientos de clérigos y líderes activistas laicos. Solo en Leópolis fueron arrestados 800 sacerdotes. Con sólo unos pocos clérigos invitados a asistir, un sínodo fue convocado en Leópolis el 8 y 9 de marzo de 1946 para revocar la Unión de Brest. Oficialmente todas las propiedades de la Iglesia fueron transferidas a la Iglesia ortodoxa rusa bajo patriarcado de Moscú. Todos los obispos y un número significativo de clérigos murieron en prisiones, campos de concentración, exilio interno, o poco después de su liberación. La excepción fue el metropolita Slipyj, cabeza de la Iglesia, que fue puesto en libertad en 1963 por intervención del papa Juan XXIII, para ser enviado exiliado a Roma. En ese mismo año (23 de diciembre de 1963) el papa Pablo VI le dio el título de "archieparca mayor de los ucranianos de Leópolis", con autoridad similar a un patriarca oriental. En 1965 fue creado cardenal, aunque lo había sido "in pectore" en 1949, y murió en 1984. La emigración a los Estados Unidos y Canadá, que había comenzado en la década de 1870, aumentó después de la Segunda Guerra Mundial.