Die Saison 2006/2007 wurde die erfolgreichste in Jouberts Karriere. Er gewann alle Wettbewerbe, an denen er teilnahm. Er siegte beim Cup of Russia und der Trophée Eric Bompard, qualifizierte sich damit für das Grand-Prix-Finale in Sankt Petersburg und gewann auch dies. Nachdem er zum fünften Mal in Folge französischer Meister geworden war, gewann Joubert die Goldmedaille bei der Europameisterschaft in Warschau und wurde in Tokio Weltmeister.