Guzmán est retourné au Chili pour étudier au Collège Saint George. Il a ensuite obtenu son diplôme de droit à l'université pontificale catholique du Chili en 1965. En 1967, il a reçu une bourse pour étudier la philosophie du droit à Paris. Il a été témoin direct des événements de mai 68. C'est à Paris qu'il a rencontré Inès Watine, une Française, fille d'un ancien membre de la Résistance. Juan et Inès se sont mariés en 1970 et ont eu deux filles, Julia et Sandra.