Подписание пакта Молотова — Риббентропа в августе 1939 года привело к массовому выходу из РФС её членов, так как они перестали верить в скорый крах большевистского режима в СССР. В газете «Нация» 3 сентября 1939 года Родзаевский осудил пакт и назвал его роковой ошибкой, отступлением от борьбы с евреями и коммунистами. Тем более что 1 мая 1938 года, на которое Родзаевский прогнозировал «национальную революцию» в СССР, уже давно прошло. После нападения Германии 22 июня 1941 года СССР вступил во Вторую мировую войну. 23 июня Родзаевский в газете «Наш путь» выступил за начало Японией военных действий против большевиков. Однако власти Японии, подписавшие в апреле 1941 года с СССР пакт о нейтралитете, немедленно конфисковали номер газеты и ограничили деятельность РФС, а в июле 1943 года и вовсе запретили. Деятельность Родзаевского с конца июня 1941 года и особенно после запрета РФС была сосредоточена на пропагандистской деятельности в БРЭМ.