1986年もリジェに残留し、ルネ・アルヌーとフランス人コンビを組み、ルノー・ターボエンジンを搭載するリジェ・JS27をドライブとオール・フレンチ体制となった。開幕戦ブラジルGPで3位表彰台に立つ滑り出しを見せる。第9戦イギリスGPでは、当時のF1最多出走記録であったグラハム・ヒルの出走数176に並んだ。しかし、決勝レースがスタートしタイ記録が達成された直後、多重事故によりラフィットはコース右側のグリーンに押し出され、カードレールに突っ込んでしまい両足の複雑骨折を負った。以後F1への復帰を目指しリハビリテーションに励み、「松葉杖も要らなくなったし、あと2年はグランプリで走る自信がある」とF1復帰を望んでいたが、この86年イギリスGPが最後のF1出走となった。