Когда началась война, Киз стал полковником 11-го пехотного полка регулярной армии (14 мая 1861) и некоторое время служил при штабе Эдвина Моргана, губернатора штата Нью-Йорк, где наблюдал за формированием ополчения. Во время похода на Ричмонд он командовал 1-й бригадой дивизии Тайлера во время Первого сражения при Булл-Ран. Его бригада состояла из 4-х полков: