Hubník az összes korosztályos cseh válogatottat megjárta, mielőtt 2009. július 5-én, Málta ellen bemutatkozhatott volna a felnőttek között. 2009. augusztus 12-én, Belgium ellen megszerezte első válogatottbeli gólját. Tagja volt a csehek 2012-es Eb-n részt vevő 23 fős keretének.