Po skončení války se se svou ženou vrátil do Československa. Působil v Olomouci na leteckém učilišti. Po únorových událostech roku 1948 se rozhodl spolu se svým přítelem a spolubojovníkem z války Josefem Bryksem (shodou okolností žili v Olomouci i ve stejné ulici) k útěku z republiky. Útěk byl zmařen a Josef Čapka byl odsouzen k 10 letům těžkého žaláře. V roce 1954 mu byl zbytek trestu na nátlak britských diplomatických míst prominut. O snížení trestu se zasloužila i jeho žena Rhoda, která od roku 1948 z Velké Británie bojovala za jeho propuštění. V roce 1957 se mu podařilo vycestovat do Velké Británie, kde se usadil a pracoval jako elektrikář. Zemřel v roce 1973 a je pochován v Eastonu.