Во время Греческой войны за независимость (1821—1829), Коджа Хюсрев Мехмед-паша был вторично назначен капудан-пашой в конце 1822 года. В этой роли он захватил и разрушил остров Псара в июне 1824 года, а затем двинулся против Самоса, где к нему присоединился египетский флот. В июле и августе состоялись Самосское сражение и битва при Геронтас, в которых объединённый османский флот потерпел поражения от флота греческих повстанцев, после чего флот Хюсрева-паши скрылся в Дарданеллах.