Trong những năm sau sự thất bại của Nhóm Chống Đảng, Suslov trở thành lãnh đạo của phe trong Ủy ban Trung ương chống lại sự lãnh đạo của Khrushchyov, được gọi là "phe Moskva". Khrushchyov đã có thể nắm giữ quyền lực bằng cách chấp nhận các yêu cầu khác nhau của phe đối lập trong thời gian khủng hoảng, chẳng hạn như trong sự cố U-2 năm 1960 và Cuộc khủng hoảng tên lửa Cuba. Sau cuộc khủng hoảng U-2 Suslov đã có thể loại bỏ và thay thế một số người được bổ nhiệm của Khrushchyov trong Bộ Chính trị bằng những thành viên mới chống Khrushchyov. Vị thế của Khrushchyov đã suy yếu rất nhiều sau thất bại trong Cuộc khủng hoảng tên lửa Cuba, và quyền lực của Suslov tăng lên rất nhiều. Một chiến dịch cách chức Khrushchyov khỏi chức vụ đã được bắt đầu vào năm 1964. Mặc dù là lãnh đạo của phe đối lập, Suslov đã ngã bệnh nặng trong chuyến đi đến Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa vào năm trước; thay vào đó, Leonid Ilyich Brezhnev và Aleksey Nikolayevich Kosygin dẫn đầu phe đối lập.