Agrippa, bij wie denken en doen nooit gescheiden waren, voerde deze opdracht met de nodige energie uit. De Lucrinus Lacus nabij Baiae werd door hem tot veilige haven getransformeerd, die hij ter ere van Octavianus de Julische haven ("Porticus Iulius") noemde en waar hij zijn zeelieden en mariniers oefende tot zij in staat waren de confrontatie aan te gaan met de ervaren zeelui van Pompeius. Hij was ook verantwoordelijk voor technologische innovaties, zoals onder andere grotere schepen en een verbeterde vorm van de "harpax" ('enterhaak'). In 36 v.Chr. versloeg Agrippa Sextus Pompeius eerst bij Mylae en nadien bij Naulochus voor de kust van Sicilia. Deze laatste overwinning brak de maritieme suprematie van Pompeius. Agrippa ontving voor zijn overwinning een "corona navalis", die voor het eerst aan hem werd verleend. Hoewel, volgens andere autoriteiten, het Marcus Terentius Varro was die als eerst deze "corana" ontving uit handen van Gnaius Pompeius Magnus maior.