A partir de la segona meitat del la situació empitjora, és el principi de la "gran depressió", amb guerres i pesta. La Guerra de la Unió i després la Guerra dels dos Peres (1356-1365); la segona afectarà de ple al monestir: Portaceli serà saquejada sovint per estar situada en la zona de trànsit que utilitzaven les tropes castellanes per arribar des d'Aragó fins a la ciutat de València. En 1364 el monestir serà saquejat fins a reduir-se a la misèria, i només subsistirà gràcies a l'ajuda de les cartoixes catalanes. A això s'ha de sumar la pesta, que infestà el monestir, deixant pocs sacerdots vius.