Nach den Anschlägen vom 11. September 2001 stellte Hochhuth sich mit dem Artikel „Militärische Bundesintervention bei inländischem Terrorakt“ in der "Neuen Zeitschrift für Wehrrecht" als erster Wissenschaftler gegen die damals einhellige Meinung in Literatur und Politik. Zwei Argumente dieser Abhandlung verhinderten (vorläufig, d. h. zumindest bis heute) die Grundgesetzänderungen zum Einsatz der Bundeswehr im Inneren, die die CDU-CSU-Opposition vehement forderte und Teile der rot-grünen Bundesregierung ebenfalls für geboten hielten. Entscheidend für die Wende der Debatte war, dass terroristische Flugzeugentführungen stets als ein „länderübergreifender Unglücksfall“ im Sinne von Art. 35 Abs. 3 Satz 1 des Grundgesetzes gesehen werden können. Diese Vorschrift ermächtigt „die Bundesregierung … Einheiten der Streitkräfte ein(zu)setzen.“ Mit diesem Hinweis Hochhuths war die Verfassungsänderung vom Tisch, denn die Opposition und ihr Kanzlerkandidat Edmund Stoiber hatten befürchtet, ohne Verfassungsänderung müsse die Bundesregierung bei einer Flugzeugentführung tatenlos zusehen, da das Grundgesetz ihr keine Zuständigkeit gebe. Für eine Verfassungsänderung schien allerdings weiter das Problem zu sprechen, dass selbst aus einer Zuständigkeit der Bundeswehr (nach Art. 35 Abs. 3 GG) nach überwiegender Meinung im Gefahrenabwehrrecht noch keine Eingriffsermächtigung folgen würde, das Leben der Entführten zu gefährden. Das Leben würde aber gefährdet, indem ihr Flugzeug durch die Bundeswehr robust abgedrängt oder zur Landung gezwungen würde. Erst recht gibt eine reine Befugnisvorschrift kein Recht zur Tötung, wie sie bei Abschuss des Flugzeugs aber unausweichlich wäre.