Po powrocie do Warszawy na krótko aresztowany przez Gestapo, po uwolnieniu wobec rozpoczętych masowych aresztowań polskich polityków (Akcja AB) przeszedł na stopę nielegalną, przez całą wojnę ukrywając się na fałszywych dokumentach. Pomimo przyjętych środków ostrożności (m.in. fikcyjny rozwód (separacja kanoniczna) z żoną) po zaostrzeniu terroru okupanta w 1943 cała jego rodzina (żona Aleksandra Stypułkowska, matka) została aresztowana i wywieziona do obozów koncentracyjnych w Rzeszy.