Dieses Kommando behielt er mit Beginn des Zweiten Weltkriegs zunächst bei und wurde am 28. Oktober 1939 Chef des Stabes im Stab des Befehlshabers der Sicherung Ostsee in Swinemünde. Am 4. September 1940 erfolgte Meisels Ernennung zum Kommandanten des Schweren Kreuzers "Admiral Hipper". Mit dem Schiff führte er mehrfach Handelskrieg im Atlantik sowie im Nordmeer und erhielt seine Beförderung zum Konteradmiral am 1. September 1942 in Norwegen. Kurz darauf gab er am 8. November 1942 das Kommando über die "Admiral Hipper" ab und wechselte bis 10. Februar 1943 in das Marinegruppenkommando West als Chef des Stabes. Dort erhielt er am 1. Februar 1943 die Beförderung zum Vizeadmiral. Anschließend wurde er ab 21. Februar 1943 zum Chef des Stabes der Seekriegsleitung im Oberkommando der Kriegsmarine und am 1. Mai 1944 zum Chef der Seekriegsleitung ernannt. In der Zwischenzeit war am 1. April 1944 seine Beförderung zum Admiral erfolgt.