Marie-Laure Brunet est affaiblie par un virus apparu en cours de saison. Elle n'obtient aucun podium en individuel lors de la saison 2012-2013. Par équipe, Brunet termine deuxième du relais féminin d'Oberhof puis troisième de celui d'Antholz. Lors des Championnats du monde, elle lance le relais mixte français qui obtient la médaille d'argent derrière la Norvège. Hors des dix premières dans les courses individuelles, Brunet est sixième du relais féminin. À l'issue de la mass-start où elle est , Brunet annonce qu'elle arrête sa saison.