Nach seiner Schulzeit an der Glasgow High School studierte Paton an der University of Glasgow Klassische Philologie. Zugleich studierte er Philosophie in der Tradition des Britischen Idealismus bei Sir Henry Jones mit dem Abschluss eines MA in „Classics“ im Jahr 1908. Mit einem Stipendium der Universität Glasgow (Snell Exhibition) ging Paton im selben Jahr an das Balliol College der University of Oxford. Sein Lehrer war dort John Alexander Smith, der ihm den Idealismus Benedetto Croces nahebrachte. Im Jahr 1911 wurde er Fellow und Dozent (Praelector) für Klassische Philologie und Philosophie am Queen’s College in Oxford. 1914 erwarb er den MA in Philosophie. Zu Beginn des Ersten Weltkriegs wurde Paton für die Intelligence Division der Britischen Admiralität tätig. Als Experte für polnische Angelegenheiten nahm er 1919 an der Versailler Konferenz teil. Nach dem Krieg kehrte Paton nach Oxford zurück, wo u. a. Gilbert Ryle und Oliver Franks zu seinen Schülern zählten. Von 1917 bis 1922 war er Dean und 1920/21 Junior Proctor in Oxford. 1925 ging er für ein Jahr als Research Fellow des Laura Spelman Rockefeller Memorial nach Berkeley in Kalifornien, wo er sein erstes Buch ausarbeitete. Dieses erschien 1927 unter dem Titel „The Good Will. A Study of the Coherence Theory of the Goodness“.