In den folgenden irischen Konföderationskriegen (1641–1653) wechselte die Burg mehrfach den Besitzer. Von 1641 bis 1647 beherbergte es eine Garnison der englischen Royalisten. 1647 übergab "Ormonde", der Kommandeur der Royalisten in Irland, Dublin an das englische Parlament und parlamentaristische Truppen wurden dort bis 1649 stationiert, als wenige Tage vor der Schlacht von Rathmines die Burg von den Royalisten gestürmt und kampflos als Teil der Belagerung von Dublin eingenommen wurde. Aber nach dem Sieg in der Schlacht von Rathmines eroberten sie die Roundheads wieder zurück. Es wird auch berichtet, dass Oliver Cromwell hier während der Rückeroberung Irlands ein Konzil abgehalten hätte, bevor er nach Süden zog und Wexford belagerte. Adam Loftus, der unter Cromwell seine Burg und seine Ländereien zurückerhalten hatte, schlug sich auf die Seite der Parlamentaristen und fiel 1651 bei der Belagerung von Limerick.