Presidió el partido Unión por la República y la Democracia. Fue ministro de economía y finanzas durante la presidencia de Alpha Oumar Konaré entre 1993 y 2002. Fue candidato a la presidencia de Malí en varias ocasiones. Fue secuestrado el 25 de marzo de 2020 durante la campaña de las elecciones legislativas junto a una docena de miembros de su delegación durante la campaña de las elecciones legislativas de Malí previstas para el 29 de marzo en su feudo electoral de Niafunké, en la región de Tombuctú en el norte del país por un grupo supuestamente relacionado con el yihadista Amadou Koufa, vinculado a Al-Qaeda. El 4 de abril se informó de la liberación de todos los miembros del grupo que acompañaban a Cissé pero se mantiene secuestrado al político. El 16 de junio el presidente de Malí Ibrahim Boubacar Keïta aseguró que Cissé sigue vivo. El 21 de agosto el Comité Internacional de la Cruz Roja (CICR) informó que Cissé había podido enviar cartas a su familia. siendo la primera prueba de vida en cinco meses. Su liberación fue una de las reivindicaciones en las protestas de la oposición en Malí que llevaron al golpe de estado el 18 de agosto de 2020. El 6 de octubre del mismo año se anunció que había sido liberado junto a la cooperante francesa Sophie Petronin secuestrada el 24 de diciembre de 2016 en Gao.