Pavel Podkolzine fait ses débuts au Lokomotiv Novossibirsk, en deuxième division russe, lors de la saison 2001–2002. En , il rejoint l'équipe italienne de Metis Varese, avec laquelle il joue de 2002 à 2004. Il est sélectionné par le Jazz de l'Utah lors de la Draft 2004 de la NBA et est immédiatement transféré aux Mavericks de Dallas contre un futur premier tour de draft 2005. Podkolzine était considéré comme un potentiel haut tour de draft grâce à sa grande taille, ses capacités au rebond et sa puissance, mais il ne fut choisi qu'au . Le , il est écarté par les Mavericks après seulement six matchs disputés en deux saisons.