Η μεγαλύτερη δύναμη του προέδρου είναι η ικανότητά του να επιλέγει τον πρωθυπουργό. Ωστόσο, δεδομένου ότι η Συνέλευση της Δημοκρατίας έχει την αποκλειστική εξουσία να απολύσει την κυβέρνηση του πρωθυπουργού, ο πρωθυπουργός που ορίζεται από τον πρόεδρο πρέπει να έχει την εμπιστοσύνη της πλειοψηφίας των αντιπροσώπων στη συνέλευση, διαφορετικά μπορεί να αντιμετωπίσει πρόταση μομφής . Ο πρόεδρος έχει τη διακριτική ευχέρεια να διαλύσει το κοινοβούλιο όταν κρίνει σκόπιμο (γνωστό ως «ατομική βόμβα» στην Πορτογαλία) και ο πρόεδρος Σαμπάιο έκανε χρήση αυτού του δικαιώματος στα τέλη του 2004 για να απομακρύνει την αμφιλεγόμενη κυβέρνηση του Πέντρο Σαντάνα Λόπες, παρά την απόλυτη πλειοψηφία των βουλευτών που υποστήριζαν την κυβέρνηση. Το 2003 ο πρόεδρος Ζόρζε Σαμπάιο παρενέβη επίσης για να περιορίσει τη συμμετοχή των Πορτογάλων στον πόλεμο του Ιράκ - ως Ανώτατος Διοικητής των Ενόπλων Δυνάμεων απαγόρευσε την ανάπτυξη του πορτογαλικού στρατού σε έναν πόλεμο με τον οποίο διαφωνούσε προσωπικά, ερχόμενος σε σύγκρουση με τον τότε πρωθυπουργό Ζοζέ Μανουέλ Μπαρόζο (128 Εθνικοί Ρεπουμπλικανικοί Φρουροί παρατάχθηκαν τελικά από το 2003 έως το 2005)