W 1839 synod w Połocku, którego decyzje potwierdził następnie car, oficjalnie zlikwidował Kościół unicki na ziemiach litewskich i białoruskich i włączył jego struktury do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W 1857 wybudowano pierwszą drewnianą synagogę. W 1865 roku władze rosyjskie zamknęły kościół i zamieniły na cerkiew. W 1900 została zbudowana cerkiew prawosławna. Po I wojnie światowej miejscowość straciła prawa miejskie. W czasie wojny polsko-bolszewickiejj (1920), Milejczyce liczyły nieco ponad 1200 mieszkańców.