Otto Skorzeny syntyi Wienissä Itävalta-Unkarissa pitkän sotilasperinteen omaavaan keskiluokkaiseen sukuun. Ollessaan opiskelijana Wienin teknillisessä korkeakoulussa 1920-luvulla Skorzeny harrasti miekkailua. Hän osallistui viiteentoista kaksintaisteluun, joista kymmenennessä sai poskeensa viillon, joka jätti hänen kasvoihinsa arven. Skorzeny liittyi Itävallan kansallissosialistiseen puolueeseen vuonna 1931 ja vähän ajan kuluttua myös SA:n riveihin. Hän osoitti pätevyytensä miehistön johtamisessa ja sekaantui osaltaan Itävallan liittämiseen natsi-Saksaan pelastaessaan 12. maaliskuuta 1938 Itävallan presidentin Wilhelm Miklasin joutumasta öykkäröivien natsien ampumaksi.