In 1787 bevorderde men hem tot majoor. Toen hij in 1791 met zijn regiment actief was op Corsica raakte hij gewond. Zeven jaar later werd John Moore naar Ierland gestuurd om te helpen de republikeinse opstand daar te onderdrukken. Hij onderscheidde zich als een van de meest humane commandanten. In 1799 diende hij onder Ralph Abercromby tijdens de Brits-Russische expeditie naar Noord-Holland. Hij raakte er ernstig verwond maar herstelde.