1937 wurde Moczar Mitglied der zwei Jahre später auf Beschluss der Kommunistischen Internationale aufgelösten Kommunistischen Partei Polens. 1938 bis 1939 saß er im Gefängnis. Nach Beginn des Zweiten Weltkrieges begab sich Moczar ins sowjetisch besetzte Białystok und begann für den Geheimdienst zu arbeiten. Nach Kriegsende koordinierte er den Kampf gegen die antikommunistische Opposition in Łódź, wo er durch besondere Grausamkeit auffiel. Von 6. Oktober 1948 bis 15. April 1952 war er Woiwode der Woiwodschaft Olsztyn. Im Jahr 1956 wurde er zum Landwirtschaftsminister ernannt, 1964 bis 1968 war er Innenminister. 1971 bis 1983 war Moczar schließlich Vorsitzender der Höchsten Kontrollkammer. Zudem fungierte er 1965 bis 1981 als Mitglied des Zentralkomitees der Polnischen Vereinigten Arbeiterpartei, 1968 bis 1971 als dessen Sekretär sowie 1970 bis 1971 und erneut 1980 bis 1981 als Mitglied des Politbüros. Er war des Weiteren General der Polnischen Volksarmee.