Po agresji radzieckiej na Polskę 17 września 1939 Poczajów znalazł się na terytorium okupowanym przez ZSRR. Według wspomnień świadków wojska radzieckie zarekwirowały klasztorowi cały inwentarz, zapasy ziarna i żywności oraz maszyny rolnicze. Młodych mnichów oraz posłuszników zmuszono do opuszczenia monasteru i pozostali w nim jedynie starsi duchowni; tym samym liczba mieszkańców ławry spadła z 300 do 80. Mimo to cerkwie klasztorne pozostawały czynne; przestały natomiast istnieć instytucje charytatywne i oświatowe przy ławrze. Ławra Poczajowska ponownie przyjęła jurysdykcję patriarchatu moskiewskiego i pozostała w niej także po wybuchu konfliktu między zwolennikami autokefalii Kościoła prawosławnego na Ukrainie a jej przeciwnikami, co nastąpiło w 1941 (po agresji niemieckiej na ZSRR). Zwierzchnik Ukraińskiego Autonomicznego Kościoła Prawosławnego (uznającego zwierzchność Cerkwi Rosyjskiej) arcybiskup Aleksy regularnie służył w cerkwiach ławry, wyświęcał nowych biskupów i zorganizował kursy teologiczne dla kandydatów do kapłaństwa. 25 listopada 1941 w monasterze odbył się sobór Ukraińskiego Autonomicznego Kościoła Prawosławnego, który nadał arcybiskupowi Aleksemu godność patriarszego egzarchy Ukrainy. W roku następnym Aleksy zginął w zasadzce melnykowców. Ławra Poczajowska nie była w czasie okupacji atakowana przez Niemców.