La Coppa del Mondo di biathlon 1999 fu la ventiduesima edizione della manifestazione organizzata dall'Unione Internazionale Biathlon; ebbe inizio l'11 dicembre 1998 a Hochfilzen, in Austria, e si concluse il 14 marzo 1999 a Oslo Holmenkollen, in Norvegia. Nel corso della stagione si tennero a Kontiolahti e Oslo Holmenkollen i Campionati mondiali di biathlon 1999, validi anche ai fini della Coppa del Mondo, il cui calendario non contemplò dunque interruzioni. Per la prima volta fu assegnata una coppa di specialità per la classifica delle gare a partenza in linea; non vennero più disputate gare a squadre.