مالدینی ۱۲۶ بازی برای تیم ملی ایتالیا انجام داد. او در ۴ دوره حضور خود در جام جهانی فوتبال و ۳ دوره جام ملت‌های اروپا هرگز نتوانست جامی را بالای سر ببرد. تنها افتخارات ملی او، نایب قهرمانی در جام جهانی فوتبال ۱۹۹۴، سومی در جام جهانی فوتبال ۱۹۹۰ و نایب قهرمانی در جام ملت‌های اروپا ۲۰۰۰ است. او در جام‌های جهانی ۱۹۹۰ و ۱۹۹۴ در تیم ستاره‌های جام جای گرفت. همچنین در سال ۱۹۹۴، مالدینی، از سوی مجله ورلد ساکر به عنوان بازیکن سال انتخاب شد. او نخستین مدافعی بود که به این افتخار دست پیدا کرد.