In seguito Scala passa ad allenare il Perugia, subentrando a Galeone nel corso nella stagione 1996-97 senza riuscire a evitare la retrocessione degli umbri tra i cadetti, mentre l'annata seguente si trasferisce in Germania sulla panchina del , con cui sul finire del 1997 trionfa nella Coppa Intercontinentale. Sarà l'unico trionfo della sua esperienza tedesca conclusasi con un decimo posto in campionato, una sconfitta in Supercoppa UEFA contro il Barcellona e una semifinale di Champions dove il suo Borussia è eliminato dai futuri campioni del Real Madrid.