Ngày 23 tháng 4 năm 2013, trước khi trận Chung kết UEFA Champions League 2013 diễn ra, trang chủ câu lạc bộ Bayern München thông báo đã đạt được thỏa thuận với Götze về chuyển nhượng anh với mức phí 37 triệu €, mức phí kích hoạt điều khoản giải phóng hợp đồng của anh với Dortmund. Vụ chuyển nhượng giúp anh trở thành cầu thủ đắt giá nhất nước Đức lúc bấy giờ. Sau đó kỉ lục này đã bị phá vỡ khi Mesut Özil đến Arsenal với mức phí 50 triệu € vào tháng 9 năm 2013. Thông tin về vụ chuyển nhượng Götze được chính thức xác nhận khi Dortmund đang chuẩn bị cho trận đấu quan trọng với Real Madrid ở bán kết lượt về UEFA Champions League.