Dès le début des bombardements préparatoires sur Mindanao et les Visayas menés par l'aviation embarquée des forces navales du Pacifique central, alors désignées comme la Flotte, sous le commandement de l'amiral Halsey, la réaction de l'aviation japonaise apparut si faible que l'amiral Halsey a proposé d'annuler toutes les opérations préliminaires, pour passer tout de suite au débarquement sur Leyte. L'amiral Nimitz a souhaité maintenir l'attaque sur Peleliu et Angaur, dans les Palaos, en flanc-garde de l'attaque sur Leyte, et sur Ulithi, pour y installer une base de soutien avancé de la Flotte. À la seconde conférence de Québec, la date du débarquement sur Leyte a été fixée au , et les troupes prévues pour l'attaque de Yap sont allées rejoindre celles du général MacArthur. Fin septembre, le Corps Amphibie du vice-amiral Wilkinson (il avait été promu à ce grade en août), a été affecté en renfort à la Flotte, la “Marine de MacArthur”.