Hij werd geboren als Niklas Koppernigk in de stad Thorn (Pools: Toruń). Deze Hanzestad aan de oevers van de Weichsel (Pools: Wisła) had vele Poolse en Duitse inwoners, maar stond onder Pools gezag. in het sinds 1440 respectievelijk 1466 Pools-koninklijk deel van Pruisen (het latere Oost-Pruisen), destijds tot 1772 en opnieuw na 1918 onder Pools gezag. Zoals in die tijd gebruikelijk onder publicerende geleerden (men schreef immers ook in het Latijn), gaf hij zichzelf een gelatiniseerde vorm van zijn naam: Nicolaus Copernicus. Hoewel hij onder de opvoeding van zijn oom Lucas von Watzenrode Duitstalig opgroeide (en als volwassene beheerste hij tevens het Pools, Latijn, Grieks en Italiaans), wordt hij vandaag de dag veelal beschouwd als een Pool, niet het minst door Poolse belangengroepen. Reeds sinds de 18e eeuw wordt daarover getwist. Volgens sommigen was hij strikt genomen noch Pool noch Duitser, maar werd hij geboren als burger van Toruń en stierf hij als burger van de later verdwenen staat Ermland in noordoostelijk Pruisen. Het grondgebied waarop hij werd geboren en ook leefde voor en na zijn studies was de inzet en het strijdtoneel van meerdere oorlogen. Tussen 1454 en 1466 werd er de Dertienjarige Oorlog uitgevochten tussen de Pruisische Bond, het Koninkrijk Polen en de Staat van de Duitse Ridders. Deze oorlog eindigde met de Tweede Vrede van Toruń, waarbij Toruń een vrije stad bleef en onder het beschermheerschap kwam van de Poolse koning.