Крім того протягом 2006—2007 років працював в Японії з командою «Вегалта Сендай», а 2008 року прийняв єдину у своїй кар'єрі національну команду, якою стала збірна Південно-Африканської Республіки. Був запрошений до цієї команди за рекомендацією її попереднього очільника, також бразильця, Карлоса Алберто Паррейри, який залишив команду через особисті обставини. Сантана готував збірну до участі у домашньому для південноафриканців Кубку конфедерацій 2009, на якому вони вийшли з групи, проте на стадії півфіналів поступилися бразильцям, а в матчі за третє місце — іспанцям. Однак з цих поразок від іменитих суперників почалася серія з восьми поразок у дев'яти матчах, яку видали південноафриканці, після чого в жовтні 2009 Сантану було звільнено, а на його місце знову запросили Паррейру.