У 17. веку, породица Мендоза се преселила у Мадрид, што је довело до опадања развоја града. Током Рата за шпанско наслеђе, Гвадалахара је била опљачкана. Филип V је обновио фабрику текстила у Гвадалахари која је функционисала у Алказару до почетка 19. века.