1538 erhielt Varese von Karl V. das Privileg, dass es nicht mehr als Lehen vergeben wurde. Von 1604 bis 1698 wurde auf der Anhöhe Velate der Sacro Monte di Varese erbaut, der sich zu einer Pilgerstätte entwickelte. Kaiserin Maria Theresia übergab die Stadt 1765 dem Herzog von Modena und Reggio, Francesco III. d’Este. Im Jahr 1859 fand im Zuge des Risorgimento und des Krieges zwischen Frankreich, Piemont und Österreich in der Nähe Vareses (deutsch veraltet: "Väris") eine Schlacht zwischen den Truppen von Giuseppe Garibaldi und österreichischen Kräften unter Feldmarschall Karl von Urban statt. Nachdem die österreichischen Verbände dort geschlagen worden waren, stießen Garibaldis Freiwillige bis zum Gardasee vor. Dort kam es zu den entscheidenden Schlachten von Solferino und San Martino.