Op 10 mei 1940 viel nazi-Duitsland het Groothertogdom Luxemburg binnen. Alvorens de regering uitweek naar Frankrijk benoemde men Albert Wehrer tot voorzitter van de Regeringscommissie. Wehrer moest in die functie de belangen van Luxemburg verdedigen. De Duitse bezetter ontbond op 22 oktober 1940 de Regeringscommissie en Wehrer werd gevangengenomen en naar Duitsland gebracht waar hij werd geïnterneerd. Hierna werd Luxemburg "de facto" geannexeerd. In Duitsland onderhield Wehrer contacten met Duitse verzetsstrijders als Carl Friedrich Goerdeler, de Oberbürgermeister van Leipzig, die deelnam aan het complot dat leidde tot de mislukte aanslag op Hitler op 20 juli 1944.