Clune varattiin OHL:ään Sarnia Stingiin toisella kierroksella 29. pelaajana. Kaudella 2003–2004 Clune teki joukkueessa kolme maalia ja 16 pistettä sekä istui 72 minuuttia jäähyllä. Hän pelasi 58 ottelua. Seuraavalla toisella kaudellaan Stingissa 2004–2005 Clune teki kauden aikana 21 maalia ja 34 pistettä 68 ottelussa, joissa hänelle kertyi 103 jäähyminuuttia, neljänneksi eniten joukkueessa. Lisäksi hän voitti Bobby Smith Trophyn. Huhtikuussa 2005 Clune oli edustamassa Kanadaa Tšekissä järjestetyissä alle 18-vuotiaiden maailmanmestaruuskilpailuissa. Kanada oli hopealla hävittyään Yhdysvalloille finaalissa.