Lynch se opuso ya de inicio al Tratado, afirmando que significaba renunciar a la República Irlandesa proclamada en 1916 en favor de un estatus de dominio para Irlanda dentro el Imperio Británico, similar al que tenían Canadá y otras antiguas colonias británicas. En marzo de 1922 fue nombrado Jefe de Estado Mayor del IRA, una organización mayoritariamente contraria al Tratado. No obstante, Lynch confiaba en evitar la ruptura interna del republicanismo irlandés mediante la consecución de acuerdos con los protratado. Se propuso elaborar una constitución republicana del Estado Libre Irlandés, pero los británicos rechazaron cualquier intento de alterar lo firmado en el Tratado, lo que, en última instancia, provocaría el enfrentamiento interno de los republicanos irlandeses y el estallido de la Guerra Civil