Вернувшись в Суперлигу через год, новосибирцы снова боролись за выживание, но на сей раз более удачно — 10-е место. Уже в следующем сезоне (2007/08) «Локомотив» под руководством Павла Борща стал четвёртым в чемпионате России. Безусловно, такой прогресс был достигнут благодаря заметному усилению состава — в команде появились самый результативный игрок чемпионата мира-2006 пуэрториканец Эктор Сото, американский доигровщик Рид Придди, блокирующие Алексей Ежов и Константин Пятак, доигровщик Дмитрий Лекомцев, либеро Валерий Комаров. Ярко проявил себя в своём втором сезоне в новосибирской команде украинец с российским паспортом Николай Павлов.