Nach der Reorganisation des Kavalleriekorps der Nord-Virginia-Armee im September 1863 wurde Lee den Kommandeur einer Kavalleriedivision, mit der er an der Schlacht in der Wilderness teilnahm. Nach Stuarts tödlicher Verwundung in der Schlacht an der Yellow Tavern diente er unter anderem vor Petersburg und im Shenandoahtal, wo er in der dritten Schlacht von Winchester verwundet wurde. Als Wade Hampton im Frühjahr 1865 nach South Carolina gegen US-General Sherman entsandt wurde, wurde Lee Kommandierender General des Kavalleriekorps der Nord-Virginia-Armee. Er kommandierte es bei Dinwiddie Court House, Five Forks und während des Appomattox-Feldzuges.