У 1812 годзе Сан-Марцін вяртаецца ў Аргенціну, дзе пачынае падрыхтоўваць і абучваць рэвалюцыйную армію для барацьбы з іспанскімі ўладамі. У 1817 годзе Сан-Марцін пераходзіць з войскам паўстанцаў праз Анды, разбівае іспанскую армію ў бітве пры Чакабука і захапляе чылійскую сталіцу Сант’яга. У 1818 годзе, пасля вырашаючай перамогі над іспанскімі раялістамі ў бітве пры Майпу, Сан-Марцін прыводзіць да ўлады нацыянальны ўрад, адмовіўшыся ад пасады прэзідэнта на карысць чылійскага генерала Бернарда О'Хігінса.