אגריפה היה בן גילו של אוקטביוס והשניים גדלו יחד והיו לחברי ילדות קרובים. ייתכן שהקשר בין אגריפה לאוקטביוס נוצר במכוון על ידי יוליוס קיסר שהבחין במעלותיו של אגריפה ולכן חיבר בינו לבין יורשו המיועד. בשנת 49 לפנה"ס הם הוכרו כבוגרים והורשו ללבוש את הטוגה וירליס. הם התגייסו לצבא הרומאי ושרתו כקצינים לצדו של קיסר בקרב מונדה בשנת 45 לפנה"ס, שהיה הקרב האחרון במלחמת האזרחים בין קיסר למתנגדיו הרפובליקאים. לאחר שובם לרומא נשלחו על ידי קיסר לאימונים ולימודים באפולוניה שבאיליריה (אלבניה של ימינו); הם צורפו ללגיונות שהוצבו במוקדון כהכנה לפלישה המתוכננת לאימפריה הפרתית. איש הצבא קווינטוס סלבידינוס רופוס נשלח גם הוא איתם על ידי קיסר.