Po sezonie, Thierry Boutsen zastąpił Nigela Mansella w Williamsie, a miejsce Belga w Benettonie zajął debiutant Johnny Herbert. Przed startem sezonu 1989 zespół miał kłopoty z silnikiem – nowa jednostka napędowa do modelu B189 nie była gotowa na rozpoczęcie sezonu, a zeszłoroczny silnik nie pasował do samochodu. Zespół nie miał więc wyboru i kontynuował używanie modelu B188, który nadal był konkurencyjny, a Nannini zajął trzecią pozycję w wyścigu o Grand Prix San Marino. Przed rozpoczęciem startów Herberta w Formule 1, Brytyjczyk miał poważny wypadek podczas wyścigu Formuły 3000 na torze Brands Hatch, doznając poważnych obrażeń obu nóg. Mimo dobrej czwartej pozycji w swoim pierwszym wyścigu, Herbert po niezakwalifikowaniu się do Grand Prix Kanady został zastąpiony przez kierowcę testowego McLarena i również debiutanta, Emanuele Pirro. Model B189 był już gotowy do startu w Grand Prix Francji. Alessandro Nannini wygrał wyścig o Grand Prix Japonii, korzystając na dyskwalifikacji Ayrtona Senny z wyścigu. Było to pierwsze zwycięstwo Benettona od 1986 roku. Pirro tylko w Grand Prix Australii zdobył punkty, dojeżdżając na piątej pozycji. Cały sezon zespół zakończył na czwartej pozycji, zdobywając tyle samo punktów co rok wcześniej.