Die Reformation brachte auch Lichtensteig eine Spaltung der Bevölkerung in Anhänger des neuen Glaubens und in Anhänger des alten Glaubens. Huldrych Zwingli, selber Toggenburger, gewann durch Freunde und Verwandte, besonders aber durch den Stadtschreiber Heinrich Steiger, eine bedeutende Anhängerschaft. Auf Seiten der Anhänger des alten Glaubens standen Joachim Zürcher und Schultheiss Forer. Diese konnten sich jedoch nicht durchsetzen, sodass am 23. August 1528 die Mehrheit der Lichtensteiger sich für den Wechsel zum neuen Glauben aussprach. Es folgten der Bildersturm, die Abschaffung der Kaplaneipfründe sowie die Wegnahme des Fonds für die Pfrundhäuser, sodass der Abt Franz von St. Gallen und Schwyz als Schirmort des Stiftes auf der Tagsatzung zu Baden Klage erhob. Der Zweite Kappelerkrieg und die Schlacht am Gubel 1531 endeten für die Katholiken positiv, so dass anschliessend in Lichtensteig der katholische Gottesdienst wieder zugelassen wurde. Dies hatte zur Folge, dass die Kirche des Ortes fortan sowohl den Katholiken als auch den Reformierten von 1531 bis ins Jahr 1967 als paritätische Kirche diente.