Nombre des documents qu'elle conservait ont été détruits durant la guerre d'Irak. Même si leur nombre exact demeure incertain à ce jour, on estime la proportion de documents anéantis à 60% de ses archives et 20% de ses publications, incluant des livres rares et des exemplaires uniques de journaux. Parmi les documents, on retrouvait des manuscrits datant de la période ottomane, d’anciennes archives impériales, des lettres manuscrites provenant de la cour du chérif Hussein, adressées à Lawrence d’Arabie, donnant le signal de la révolution arabe contre les Turcs et bon nombre de document appartenant au patrimoine culturel mondial. Certains documents furent rescapés in extremis et cachés à l’intérieur d’une mosquée avoisinante. D’autres furent entreposés dans des installations ayant appartenu au ministère du Tourisme. Malgré tous ces efforts, la Coalition des pays alliés n’a pris aucune mesure pour sauver ces livres qui avaient été cachés et les promesses internationales de venir en aide à la Bibliothèque nationale n’ont pas été tenues.