Ibaka wurde während des NBA-Drafts 2016 an die Orlando Magic abgegeben. Im Gegenzug wechselte unter anderem Victor Oladipo nach Oklahoma. Ibaka wurde jedoch nach sportlichen Misserfolgen ein halbes Jahr später zu den Toronto Raptors weitertransferiert. Im Gegenzug wechselten Terrence Ross und ein Erstrunden-Draftpick nach Orlando. Mit Toronto gewann er in der Saison 2018/19 den NBA-Meistertitel, er trug zu dem Erfolg in 74 Hauptrundenspielen im Schnitt 15 Punkte, 8,1 Rebounds sowie 1,4 Blocks je Begegnung bei. In der Endrunde auf dem Weg zum Titelgewinn lagen seine Werte leicht darunter (9,4 Punkte, 6 Rebounds, 1 Block pro Einsatz).