1902 wurde Clemenceau in den Senat gewählt, 1906 wurde er Innenminister im Kabinett seines Parteifreundes Ferdinand Sarrien. In dieser Funktion setzte er 1906 das Militär gegen streikende Bergarbeiter im Département Pas-de-Calais ein, was ihn der Sozialistischen Partei entfremdete, mit der er definitiv in seiner Antwort an Jean Jaurès im Parlament brach. Von 1906 bis 1909 war Clemenceau Premierminister. In dieser Zeit setzte er die abschließende Regelung der Trennung von Kirche und Staat durch. Clemenceau setzte die Militärpolitik seines Vorgängers Émile Combes fort: Um die Armee, die seit der Dreyfus-Affäre als Hort der antirepublikanischen Reaktion galt, unter Kontrolle zu nehmen, wurde die zivile Aufsicht des Staates über das Militär verschärft und die Macht des Kriegsministers über die militärischen Befehlshaber vergrößert. Trotz seines Antikolonialismus strebte er nach steigendem Einfluss Frankreichs im zunächst noch unabhängigen Marokko, was 1905/06 die Erste Marokkokrise mit dem Deutschen Reich heraufbeschwor. Innenpolitisch war die Einführung der Einkommensteuer die wichtigste Entscheidung in Clemenceaus erster Amtszeit. 1909 stürzte er über einen Marineskandal. In den Folgejahren und während des Ersten Weltkrieges war Clemenceau erneut vor allem als Zeitungsherausgeber aktiv. Das Angebot seines innenpolitischen Rivalen, Staatspräsident Raymond Poincaré von der liberalkonservativen Alliance démocratique (ARD), ihn zum Botschafter in London zu machen, lehnte er 1913 ab – Poincaré hatte es nur unterbreitet, um die Reihe seiner antiklerikalen Gegner zu schwächen, deren Angriffe er nach seiner kirchlichen Heirat fürchtete. 1913 stimmte er als einer von 36 Senatoren gegen die Verlängerung der Wehrpflicht von zwei auf drei Jahre, unter anderem weil dies die Kriegsgefahr mit Deutschland vergrößern würde; die anderen 244 Senatoren stimmten dafür.