Nominato viceammiraglio nell'aprile dello stesso anno, fu designato al comando delle navi dell'Armata d'Oriente, che dovevano fornire la scorta ai 368 trasporti della spedizione per la conquista dell'Egitto. Innalzò la sua insegna sul vascello da 120 cannoni "L'Orient", mentre la squadra navale comprendeva 13 vascelli di linea, sei fregate, sei brigantini, ed alcune navi minori. Aveva ai suoi ordini i contrammiragli Pierre Charles Silvestre de Villeneuve (divisionario), Armand Simon-Marie Blanquet du Chayla (divisionario), Denis Decrès (comandante delle fregate) e Honoré-Joseph-Antoine Ganteaume (come capo di stato maggiore). Il convoglio dei trasporti era agli ordini del capitano di vascello Pierre Etienne Dumanoir Le Pelley. La partenza della squadra da Tolone avvenne il 19 maggio 1798, e sulla nave ammiraglia si imbarcò lo stesso Bonaparte.