Губернатор Скотт неоднократно критиковал президента Дональда Трампа, своего однопартийца, в том числе за политику в сфере иммиграции, климата и торговли, а также призвал к более тщательному расследованию обвинений против Бретта Кавано, выдвинутого Трампом в Верховный суд США и обвинённого в сексуальных домогательствах. В сентябре 2019 года Скотт поддержал расследование, приведшее к первому импичменту Трампа. Фил Скотт не поддержал Трампа на выборах 2016 года, а на праймериз республиканской партии 2020 года выразил поддержку внутрипартийному оппоненту президента Биллу Уэлду. На выборах президента США, несмотря на свою принадлежность к республиканской партии, губернатор Фил Скотт проголосовал за Джо Байдена, выступающего от демократической партии. Сам он заявил, что «Мне было трудно, но я в итоге проголосовал за Джо Байдена… У президента Трампа было четыре года на то, чтобы объединить эту страну, но у него это не получилось» После захвата Капитолия США в январе 2021 года губернатор Скотт призвал к отставке или отрешению Трампа от должности либо его Кабинетом, либо Конгрессом США.