Després de ser requerits pel Consell de Cent en 1578, vingueren uns caputxins d'Itàlia, que s'instal·laren provisionalment a l'ermita de Santa Madrona de Montjuïc. Després d'un breu sojorn allà, estigueren durant un breu període en Sant Gervasi de Cassoles, però ja el mateix any es van traslladar a uns terrenys anomenats el Desert de Sarrià, on hi havia l'ermita de Santa Eulàlia. Aquesta ermita havia estat aixecada a mitjan a l'indret anomenat "El Desert de Sarrià", en un lloc on tradicionalment es considerava que havia nascut i viscut aquesta insigne màrtir barcelonina. Així doncs, el mateix 1578, el lloc es va cedir als frares caputxins, perquè ells hi fundessin un convent, que fou el primer de la península ibèrica de l'orde caputxí. Al Desert de Sarrià hi fou instaurat un noviciat. Aquest protoconvent coexistí amb el de Montcalvari, fundat també en aquells anys fora de les muralles de Barcelona. En el setge de 1714 durant la Guerra de Successió Espanyola el convent fou ocupat militarment, però bona part dels caputxins s'hi van poder quedar pel servei religiós i el lloc fou respectat.