Na de Slag bij Lafelt werd Maastricht in 1748 door de troepen van Lodewijk XV van Frankrijk belegerd en raakten beide vlak bij de vestingmuren gelegen commanderijen zwaar beschadigd. In 1780 waren er nog maar twee seculiere antonieten en drie paters in het klooster aanwezig. De laatste jaren van het klooster stonden in het teken van interne conflicten, waarbij de overste en de andere kloosterlingen lijnrecht tegenover elkaar stonden, onder meer over de naleving van de kloosterregel. Ondanks disciplinaire maatregelen en de bemoeienis van achtereenvolgens de hoogschout van Maastricht, een externe onderzoekscommissie en de Brabantse commissarissen-deciseurs, lukte het niet een einde aan het gekrakeel te maken. Vanaf 1781 woonde er, behalve de overste, nog maar één kanunnik in het klooster.