Bereits in noch jungen Jahren wurde Isogai für sein Heimatland eingesetzt und nahm dabei unter anderem an Spielen der U-17-Auswahl Japans teil. Außerdem wurde der Spieler mit der klassischen Nummer 10, die er eigentlich während seiner gesamten Karriere als Aktiver trug, während seiner High-School-Zeit um das Jahr 1986 in der japanischen Juniorennationalmannschaft eingesetzt. Im Jahre 1995 wurde Hiromitsu Isogai vom neuen Trainer Shū Kamo ins japanische Aufgebot geholt, dass am König-Fahd-Pokal 1995 teilnahm und das Turnier als schlechtestes Team abschloss. Als Teil des 20-Mann-Kaders wurde die Offensivkraft in beiden Gruppenspielen Japans eingesetzt, die zum einen mit 0:3 gegen Nigeria und zum anderen mit 1:5 gegen Argentinien verloren wurden. Sein A-Länderspieldebüt gab er dabei am 6. Januar 1995 im Spiel gegen Nigeria, als er ab der zweiten Hälfte für Ruy Ramos auf den Rasen kam. Beim Spiel gegen Argentinien war er über die volle Spieldauer im Einsatz.