同時多発テロ後の2001年のアフガン作戦を支持した。2002年にバイデンは上院外交委員長として「サダム・フセインは国家安全保障に対する最大の脅威であり、その脅威を排除する以外に選択肢はない」と述べ、同年10月16日のに賛成した。この直後の2002年11月の中間選挙で民主党が少数党に転落したため、新しい連邦議会が招集された2003年1月3日付で外交委員長職を離れ、少数党筆頭委員に戻った。また、2004年の大統領選挙への出馬にも意欲を見せたが、最終的に断念した。