Tras el final de la contienda Aranda fue nombrado comandante de la III Región Militar, con sede en Valencia. Sin embargo, desde muy pronto empezó a mantener una postura distante respecto a Franco y su régimen. Según se comentaba entonces, mantenía malas relaciones con los falangistas —Aranda no habría querido contar con la ayuda de los falangistas durante el Sitio de Oviedo—. Por su parte, dentro de Falange tampoco se tenía buena opinión del «héroe de Oviedo». El 25 de mayo de 1939 embarcó en Vigo, rumbo Hamburgo, coincidiendo con el retorno de la Legión Cóndor a la Alemania nazi, para una visita de instrucción a Berlín y otros centros industriales y militares, junto a otros mandos españoles, regresando a Vigo el 23 de junio. Al término de la visita realizó unas declaraciones a un diario portugués en las cuales se mostró partidario de mantener buenas relaciones con el Reino Unido, a la vez que criticaba el interés de Italia por las Islas Baleares. Las palabras de Aranda no fueron del agrado del régimen, y la agencia EFE llegó a declarar que habían sido malinterpretadas. A mediados de 1940 fue nombrado director de la Escuela Superior del Ejército en Madrid, lo que supuso apartarle de cualquier puesto que implicase el mando de tropas.