ปลายสงครามโลกครั้งที่สอง ฮิมเลอร์ตระหนักว่าเยอรมนีกำลังจะแพ้สงคราม เขาจึงแอบเจรจาสันติภาพกับผู้แทนฝ่ายสัมพันธมิตรอย่างลับ ๆ เมื่อสถานีวิทยุบีบีซีแฉเรื่องนี้ในวันที่ 28 เมษายน ค.ศ. 1945 ฮิตเลอร์ก็สั่งปลดเขาจากทุกตำแหน่งและมีคำสั่งให้ตามจับกุมเขา หลังกรุงเบอร์ลินถูกโซเวียตตีแตก​ในวันที่ 30 เมษายน ค.ศ. 1945 ฮิมเลอร์ก็แฝงตัวเป็นพลเรือนเดินทางไปอย่างไร้จุดหมาย เขาถูกด่านตรวจของโซเวียตกักตัวไว้ในวันที่ 21 พฤษภาคม และถูกส่งตัวให้กับหน่วยทหารอังกฤษในเมืองลือเนอบวร์คในวันที่ 23 พฤษภาคม เขาถูกสอบสวนและรับสารภาพว่าตัวเองเป็นใคร ขณะที่ถูกแพทย์อังกฤษพิสูจน์อัตลักษณ์นั่นเอง เขาก็กัดไซยาไนด์ที่ซ่อนไว้ในปากและเสียชีวิตลงในเวลา 15 นาที ร่างของเขาถูกเผาบริเวณใกล้กับเมืองลือเนอบวร์ค