Jan Rudolf měl třináct sourozenců, ze synů se jako prvorozený stal dědicem rodového majetku. Jeho mladší bratr Volfgang (1766–1813) z otcova majetku převzal panství Vinoř u Prahy a stal se zakladatelem tzv. vinořské linie Černínů. Další z bratrů Petr Vojtěch (1769–1796) padl ve válkách proti revoluční Francii.