Provinsen drabbades hårt under det Tadzjikistanska inbördeskriget 1992-1997. Under inledningen av inbördeskriget utropade den lokala provinsregeringen Gorno-Badachsjan som självständigt från Tadzjikistan och under kriget utkämpades strider mellan regeringsstyrkor och lokala gerillagrupper. Självständighetsförklaringen drogs dock senare tillbaka.