Intanto in Europa era nata la Coppa dei Campioni. Sebbene il Panathīnaïkos avesse rappresentato la Grecia in più occasioni, raramente era riuscito a superare il primo turno, e comunque mai il secondo. Le cose cambiarono quando venne chiamato a sedersi in panchina Ferenc Puskás, che da giocatore aveva invece sollevato il trofeo in tre occasioni: infatti nell'edizione 1970-1971 della Coppa dei Campioni i greci superarono la e lo nei primi due turni, poi l' nei quarti e la in semifinale; il passaggio in quest'ultimo turno fu complicato dalla sconfitta per 4-1 subita a Belgrado, a cui venne posto rimedio con la vittoria per 3-0 di Atene. Il 2 giugno 1971 il club andò quindi a Wembley a giocare la finale, e qui trovò l' del calcio totale, che era guidato da Rinus Michels in panchina e da Johan Cruijff in campo. A vincere l'incontro furono però gli olandesi, per 2-0, che conquistarono il primo dei loro tre successi consecutivi, ma Antōnīs Antōniadīs si laureò capocannoniere della competizione. Inoltre, a causa della rinuncia dei campioni continentali, il Panathīnaïkos ebbe la possibilità di giocare contro il nella Coppa Intercontinentale 1971. La coppa non venne però conquistata: allo Stadio Geōrgios Karaiskakīs la prima gara finì 1-1, mentre nel ritorno in Uruguay i padroni di casa vinsero 2-1 (a segnare per gli ellenici fu in entrambe le occasioni Totīs Fylakourīs). Negli anni successivi il Panathīnaïkos continuò ad affermarsi in campo nazionale, vincendo un campionato nel 1971-1972 e centrando il "double" nel 1976-1977. Questo anche grazie anche ai gol di Antōniadīs, più volte miglior marcatore in campionato oltre che secondo nella Scarpa d'oro 1972 con 39 gol, solo uno in meno di Gerd Müller.