У 1999 році канадська авіація знову з'явилася в балканському небі, тепер вже для участі у військовій кампанії проти Югославії. Для цієї операції Канада виділила 18 CF-18 Hornet з та винищувальних ескадрилей. Під час війни, яка тривала з 24 березня по 10 червня, канадські літаки діяли з італійської авіабази Авіано. За 78 днів бомбардувань вони здійснили 684 бойових вильоти загальною тривалістю 2577 годин. Близько 80% із них — вильоти на бомбардування наземних цілей. Авіаудари завдавалися переважно по зенітно-ракетних комплексах, аеродромах, мостах та складах паливо-мастильних матеріалів. Всього за час операції «Союзна сила» канадські літаки застосували 568 бомб та ракет, із них 397 (70%) — це високоточні боєприпаси. Підсумовуючи результати участі Канади у війні, слід відзначити, що вона зробила вагомий внесок у перемогу: CF-18 здійснили десяту частину всіх вильотів на бомбардування, хоча становили менше 2% союзної авіації.