С 21 сентября 2008 по 31 декабря 2009 Навалка занимал пост тренера «Катовице», 1 января 2010 назначен тренером клуба «Гурник» Забже, который под его руководством вышел в Экстраклассу 1 июня того же года. 26 октября Навалку назначили официально тренером сборной Польши, вопреки ранее сделанным заявлениям о готовности доработать в «Гурнике» до конца года. 28 октября 2013 Навалка провёл последний матч как тренер «Гурника» против «Краковии», а 1 ноября приступил к обязанностям тренера. Под его руководством сборная Польши успешно квалифицировалась на чемпионат Европы 2016 года, где впервые в своей истории добралась до четвертьфинала. После этого поляки прошли отбор на чемпионат мира 2018, однако на групповом этапе первенства они потерпели два поражения от Сенегала и Колумбии, в результате которых команда не смогла пройти в плей-офф, и только в заключительном туре была одержана победа над Японией. По окончании выступления команды на мундиале Адам Навалка подал в отставку.