鲍德温在1099年5月下旬再度加入了十字军主力部队，继续向邻近泰尔的耶路撒冷进发。由于伯利恒城内居民多为天主教徒，他和坦克里德兵不血刃的占领了这座城市。十字军包围耶路撒冷后不久，鲍德温和坦克里德于6月13日抓获一名年长的穆斯林贵族。这名穆斯林贵族拒绝皈依天主教，鲍德温为恐吓耶路撒冷的守御者，令士兵在大卫塔将该名穆斯林贵族斩首。耶路撒冷于7月15日落入十字军手中。8月下旬，鲍德温扈从佛兰德斯伯爵罗贝尔二世离开耶路撒冷。尽管罗贝尔最终回到了欧洲，但鲍德温依旧留在了叙利亚。