Il est l’auteur de nombreuses publications (plus de 300), écrites par lui seul ou en collaboration, principalement en ornithologie mais aussi en mammalogie. Son livre "Fur-Bearing Animals" (1877) est très remarqué et décrit notamment plusieurs espèces devenues rares aujourd'hui. Mais c’est son livre "Key to North American Birds" qui est considéré comme sa contribution la plus importante : il influence une génération entière d’ornithologues aux États-Unis. En 1887, il devient le président de l'Esoteric Theosophical Society of America, société militant pour la théosophie. Il participe activement à de nombreuses encyclopédies et supervise l'édition de plusieurs récits de voyage dont les "Journals of Lewis and Clark" (1893) et "The Travels of Zebulon M. Pike" (1895). Il est enterré dans le cimetière national d'Arlington.