הדגה בנהר מושפעת מהמתרחש באגן הניקוז של הדנובה, כך למשל, הייתה פגיעה קשה בדגה בנהר בגלל דליפת הציאניד בבאיה מארה בשנת 2000, דליפה שעברה ממאגר מים לנחל מקומי, משם לסומש, מהסומש לטיסה ומטיסה לדנובה וגרמה להרעלת דגים גדולה מאוד ברומניה, בהונגריה וביוגוסלביה. פגיעה אקולוגית משמעותית נוספת הייתה ב-2010, בגלל התאונה במפעל האלומיניום של אייקה, שכתוצאה ממנה זוהמו מי הדנובה.