В 1918 году Обнорский заболел и слег в постель. Врачи установили, что у него рак мочевого пузыря. После уговоров близких он согласился отправиться в Томскую больницу, несмотря на то, что Томск был под контролем чехословаков и белогвардейцев. В марте 1919 года выехали на перекладных из Кузнецка: добрались до станции Болотная, в тамбуре поезда доехали до станции Тайга, где, пересев на другой поезд, добрались до Томска. В связи с тем, что больница была переполнена, Обнорский жил в городе на частной квартире. Лишь 21 марта его поместили в терапевтическое отделение.