Niedługo po uzyskaniu w 1991 roku przez Azerbejdżan niepodległości na pełną skalę wybuchł konflikt o Górski Karabach. Miasto Ağdam, choć położone na obrzeżach spornego terytorium i zamieszkane w zdecydowanej większości przez ludność azerską, również stało się areną działań zbrojnych, a mecze na İmarət stadionu nieraz toczyły się przy odgłosach działań wojennych. Ostatni mecz odbył się tu 12 maja 1993 roku (był to pierwszy mecz półfinałowy Pucharu Azerbejdżanu przeciwko Turanowi Tovuz, wygrany przez gospodarzy 1:0). Drużyna wówczas była już przeniesiona do Mingeczauru, ale podejmowała jeszcze czasem rywali na stadionie w Ağdam. Ogółem Qarabağ rozegrał na stadionie İmarət 23 spotkania w lidze azerskiej. Po upadku miast Xocalı (wraz z lotniskiem) w lutym 1992 roku i Şuşa w maju 1992 roku wojska azerskie zgrupowały się w Ağdam, skąd przeprowadzane były ataki i bombardowania (także przy użyciu szczególnie destrukcyjnych wyrzutni rakietowych BM-21 Grad) na pozycje ormiańskie, w tym na położoną niedaleko stolicę regionu, Stepanakert. Aby powstrzymać te ataki, 11 czerwca 1993 roku siły ormiańskie rozpoczęły ofensywę w kierunku Ağdam. 4 lipca 1993 roku zmasowany atak artyleryjski doprowadził do rozległych zniszczeń miasta, a także do ucieczki wojsk i ludności cywilnej. 23 lipca zakończyła się ormiańska ofensywa, która oczyściła cały region z sił azerskich.