В начале англо-бурской войны (1899—1900) входил в Ла-Маншскую эскадру и был отправлен в Гибралтар для сопровождения транспортов, перевозивших подкрепление к мысу Доброй Надежды. 4 декабря 1899 года "Найоби" и "" спасли отряд с парохода "SS Ismore", который наскочил на мель. В дальнейшем "Найоби" участвовал в англо-бурской войне, и судовой команде была пожалована королевская Южно-Африканская медаль. После возвращения в Ла-Манш, он снова стал сопровождать корабли вплоть до Коломбо на Цейлоне.