Sein Debüt in der Nationalmannschaft gab er am 7. Mai 1999 gegen Belgien. Er kam insgesamt 24 Mal zum Einsatz und warf 22 Tore. Wagner stand im erweiterten DHB-Aufgebot für die WM 2003 und wurde erst wenige Tage vor Turnierbeginn aus dem Kader gestrichen.