Han var søn af generalløjtnant Cai Hegermann-Lindencrone, blev student fra Herlufsholm 1856 og tog statsvidenskabelig eksamen i 1862, hvorefter han samme år blev ansat som volontær i Udenrigsministeriet; her avancerede han året efter til kancellist, men blev, da han var yngst embedsmand, på grund af reduktionen efter krigen entlediget med ventepenge i 1866, dog således, at han vedblev at gøre tjeneste i ministeriet som surnumerær kancellist. I efteråret 1867 ledsagede han prins Hans af Glücksborg til Grækenland, hvor prinsen en kortere tid var regent, og efter hjemkomsten blev han udnævnt til legationssekretær, i hvilken egenskab han først ansattes i Stockholm og derpå i Sankt Petersborg. I 1872 blev han udnævnt til Danmarks repræsentant i Washington D.C., først med titel af chargé d'affaires og generalkonsul, senere som ministerresident. Efter at have beklædt dette embede i 8 år blev Hegermann-Lindencrone i 1880 udnævnt til kgl. gesandt i Rom, en stilling, han 10 år efter ombyttede med den langt vigtigere post som gesandt i Stockholm. 1897 blev han gesandt i Paris og i årene 1902-12 gesandt i Berlin.