En 1942, Khrouchtchev se trouvait sur le front sud-ouest et avec Timochenko, il proposa une contre-offensive massive dans la région de Kharkov. Staline n'approuva qu'une partie du plan mais soviétiques furent impliqués dans l'offensive. Les Allemands avaient néanmoins anticipé l'attaque et mirent en place un piège. L'offensive commença le 12 mai 1942 et les Soviétiques progressèrent rapidement mais cinq jours plus tard, les Allemands brisèrent les flancs de l'Armée rouge qui risquait à présent de se faire encercler. Staline refusa d'annuler l'offensive et les divisions soviétiques furent rapidement isolées. Les Soviétiques perdirent dont plus de furent faits prisonniers et Staline démit Timochenko de ses fonctions et rappela Khrouchtchev à Moscou. Si Staline laissa entendre que Khrouchtchev serait arrêté et exécuté, il l'autorisa néanmoins à retourner sur le front en l'envoyant à Stalingrad.