Era el hijo de Giannettino Doria, y el padre del cardenal Giovanni Doria. Se convirtió en el almirante de la flota genovesa en 1556 y comandante de la flota combinada cristiana de la Santa Liga en la batalla de Djerba en 1560, la cual fue ganada por el imperio otomano bajo el mando de Piyale Pasha. También participó en la batalla de Lepanto en 1571, comandando el ala derecha; la batalla fue ganada por las fuerzas cristianas y fue un acontecimiento muy señalado por ser la primera vez que se derrotó a los otomanos en el mar. Doria lideró también una expedición contra los estados berberiscos en 1601.