Затем Синан последовательно служил санджакбеем в Малатье, Кастамону, Газе, Наблусе, Эрзуруме (июль 1564) и Алеппо (октябрь 1565). В последней кампании Сулеймана - осаде Сигетвара в 1566 году - Синан принимал участие уже в должности бейлербея Алеппо, а 26 декабря 1567 в первый раз занял пост бейлербея Египта. В 1567 году до Йемена дошла весть о смерти Сулеймана. Имам зейдитов поднял мятеж с намерением стать независимым, и в 1568 году войска под командованием Лала Мустафы-паши, назначенного сардаром, подошли к Йемену. В Стамбуле остался великий визирь Соколлу Мехмед-паша, не испытывавший к Лала Мустафе-паше симпатий. Снабжение экспедиции было поручено Синану-паше как бейлербею Египта. Расплывчатые инструкции из дивана Лала Мустафа интерпретировал так, что ему позволено брать из казны в Каире всё необходимое для кампании, что Синан-паша счёл нарушением своих прав. Между двумя вельможами возник конфликт, сопровождавшийся жалобами и доносами в Стамбул. Коджа Синан-паша обвинил Лала Мустафу в отсрочке кампании, неповиновении султану и в попытке отравления. Якобы, Лала Мустафа организовал заговор, чтобы отравить Синана и дать Египту своему сыну, Мехмеду-бею, который через свою мать был правнуком последнего мамлюкского султана, Кансуха аль Гаури. Кроме того, Синан утверждал, что Лала Мустафа-паша просил дополнительных войск чтобы сделать себя независимым правителем Йемена. Синан обвинял сардара в оскорблении дочерей султана, которые были замужем за везирями. Судя по тому, что в 1569 году Лала Мустафа-паша был отозван обратно в Стамбул, а сардаром в экспедиции стал Синан-паша, донесения Синана-паши были признаны более достоверными.