В это время, в январе 1558 года со вторжения русских войск Ивана Грозного в ливонские земли началась Ливонская война, которая приняла затяжной характер упорной геополитической борьбы. В начале военных действий Иоганн Мюнхгаузен с братом уединяются в Дерпте, где проводят встречи со своими вассалами и соратниками в своих ливонских поместьях. Во время обсуждения дальнейшей стратегии Иоганн и Кристофер Мюнхгаузены решают обратиться за помощью к одной из заинтересованных стороны регионального конфликта — Дании, но также ими всерьёз рассматриваются варианты будущего политического сотрудничество с Польшей, Литвой и Швецией. Но поскольку влиятельные горожане, представители феодальной аристократии, начали вступать к контакты со Швецией, Иоганн Мюнхгаузен, недовольный нарастанием влияния прошведски настроенных эстляндцев, объявив себя особым уполномоченным датского короля Кристиана III, собрал силы и захватил орденский замок в Ревеле, после чего самовольно объявил себя губернатором Эстляндии, что и было подтверждено датским королём. Вскоре после этого демарша ревельский комтур Франц фон Зегенгаген генант Анстель лично предпринял путешествие в Данию для того, чтобы подписать договор о передаче ревельского орденского замка и других укреплений фогту Эзель-Вика Кристофору фон Мюнхгаузену, который также в одностороннем порядке провозгласил себя уполномоченным датского короля и помогал брату занять крепостные сооружения Ревеля от имени Кристиана III. Интрига удалась. Датчане смогли утвердиться на эстляндских землях и опередили шведских сановников, закрепив свои права на юридическом уровне.