Na primavera de 1809, Poniatowski comandou o seu exército contra uma invasão da Áustria sob o comando do arquiduque Ferdinando Carlos José da Áustria-Este, na guerra que foi considerada, pelo alto comando austríaco, como o elemento crucial de sua luta contra a França napoleônica. Na sangrenta Batalha de Raszyn perto de Varsóvia, em 19 de abril, onde ele pessoalmente comandou seus homens em um ataque de infantaria armado de baioneta (ao longo de sua carreira ele fez isto muitas vezes), ele enfrentou um exército austríaco que era duas vezes maior do que o seu. Depois disto, entretanto, decidiu não defender Varsóvia e se retirou com suas unidades para o lado oriental do rio Vístula, a fim de fortificar o subúrbio Praga, que foi atacado pelos austríacos, mas foram derrotados em Grochowo em 26 de abril. Uma divisão austríaca então cruzou o Vístula e novamente tentou perseguir os poloneses, mas foi derrotada em 2 de maio, em Góra Kalwaria, em um ataque ousado conduzido pelo General Michał Sokolnicki. Ferdinando fez ainda mais algumas tentativas, a fim de estabelecer uma cabeça-de-ponte no outro lado do Vístula, mas todas elas foram derrotadas, o que deixou a iniciativa nas mãos de Poniatowski. De lá ele rapidamente avançou em direção ao sul, permanecendo próximo ao Vístula para controlar a situação e assumir grandes áreas da "Galícia", na parte sul da Polônia que era controlada pela Áustria segundo os acordos firmados após as partições. Em 14 de maio, Lublin foi tomada, em 18 de maio foi a fez da fortificada e fortemente defendida Sandomierz. No dia 20 de maio, a fortaleza de Zamość foi dominada, onde foram feitos 2000 prisioneiros e 40 canhões apreendidos e até mesmo a distante Lviv foi tomada em 27 de maio. Esses acontecimentos militares fizeram com que os austríacos se retirassem de Varsóvia - uma contra-ofensiva feita por sua força principal resultou na retomada de Sandomierz em 18 de junho.