Dopo la conquista della Coppa Italia, la società attraversò un periodo di gravi difficoltà economiche. Cambiarono presidenti e allenatori, ma i risultati continuarono a peggiorare: nel 1996 la squadra retrocedette in Serie B per la terza volta. Il ritorno in Serie A, dopo uno spareggio perso ai rigori contro il nel 1997-1998, avvenne nel 1998-1999. Al termine della stagione 1999-2000 il Torino tornò nella serie cadetta, conquistando comunque subito la promozione nella stagione successiva. Nella stagione 2001-2002 i granata ottennero invece l'undicesimo posto e la qualificazione in Coppa Intertoto. Nella Serie A 2002-2003 la squadra però non riuscì a confermarsi, finendo ultima in campionato.