Po pięciu sezonach startowania w barwach klubu SK Vidar Thorkildsen powrócił do swojego pierwszego klubu Kristiansands. 12 maja w Dosze podczas zawodów Qatar Athletic Super Grand Prix pierwszy raz w karierze rzucił oszczepem ponad 90 metrów, osiągając wynik 90,13. Rezultat ten poprawił 2 czerwca w Oslo, ustanawiając swój aktualny rekord życiowy i jednocześnie rekord Norwegii rzutem na odległość 91,59. 9 sierpnia w Göteborgu z wynikiem 88,78 zdobył pierwszy w karierze złoty medal mistrzostw Europy, wyprzedzając Fina Tero Pitkämäkiego oraz utytułowanego Czecha, rekordzistę świata, Jana Železnego. Rok 2006 Norweg zakończył pierwszym w karierze zwycięstwem w światowym finale lekkoatletycznym oraz wygraniem zawodów pucharu świata w Atenach. Jego rekord życiowy, który ustanowił w czerwcu – 91,59, okazał się najlepszym rezultatem w sezonie na świecie.