Mùa giải 2011/12, Neuer cùng các đồng đội đã để thua Chelsea 3-4 trên chấm penalty trong trận Chung kết UEFA Champions League được tổ chức trên sân nhà sau khi hòa 1-1. Một năm sau đó Bayern München đã thể hiện phong độ tuyệt vời khi đánh bại đội FC Barcelona 7-0 sau hai lượt trận bán kết để bước vào trận đấu chung kết với đội bóng Borussia Dortmund. Bayern München đã chiến thắng với bàn thắng ấn định của Arjen Robben ở phút thứ 89. Bản thân Neuer đã có nhiều pha cứu thua trong trận đấu đó, bàn thua đến với Neuer từ pha đá phạt đền thành công của İlkay Gündoğan sau pha phạm lỗi của Dante đối với Marco Reus trong vòng cấm.