V prosinci 1939 prováděli Němci registraci obyvatel, při které odmítli Františkovi Konečnému uznat českou národnost a proto byl nucen přihlásit se k národnosti slezské, čímž se stal německým státním příslušníkem. Díky tomu byl v létě 1940 jako Franz Koneczny odveden do německé armády, do které nastoupil v prosinci téhož roku. Základní výcvik prodělal ve Striegau, poté byl odvelen do Alsaska. Již tehdy se zabýval myšlenkou dezerce, ale nebylo kam. V květnu 1941 byl v rámci příprav na operaci Barbarossa i s jednotkou přesunut do Východního Pruska, kde po první dva měsíce bojů strážil sklad pohonných hmot. Po přesunu ke Smolensku onemocněl úplavicí a teprve po jejím vyléčení mohl na frontu. V prostoru Jarceva, kde probíhal protiútok rudé armády, nakonec padl vlastním přičiněním do zajetí.