שימוניץ' היה יכול לבחור אם לשחק בנבחרת אוסטרליה, שכן הוא נולד באוסטרליה, בנבחרת בוסניה או נבחרת קרואטיה, על סמך מוצאם של הוריו. שימוניץ' בחר לייצג את קרואטיה. שימוניץ' ערך את הופעת הבכורה בנבחרת קרואטיה בנובמבר 2001 במשחק ידידות מול נבחרת קוריאה הדרומית. שימוניץ' לא שיחק ולו במשחק אחד במוקדמות מונדיאל 2002, אך זומן למונדיאל 2002 עצמו ברגע האחרון, לאחר פציעתו של איגור טודור. במונדיאל עצמו שימוניץ' שיחק את מלוא הדקות בשלב הבתים, שבסיומו הודחה קרואטיה. שימוניץ' שיחק את מלוא הדקות גם ביורו 2004, וכמעט שגם במונדיאל 2006, אז הורחק בדקה ה-93 במחזור האחרון של שלב הבתים בתיקו 2-2 מול נבחרת אוסטרליה. משחק זה זכור בכך ששימוניץ' לא הורחק לאחר שקיבל צהוב שני מהשופט גרהאם פול, ששגה כאשר לא רשם את אחד הכרטיסים הצהובים. בפועל, שימוניץ' הורחק לאחר הכרטיס הצהוב השלישי. השופט פול פרש מקריירת השיפוט לאחר המונדיאל, וטען שתקרית זו הייתה הסיבה העיקרית לכך. הן ביורו 2004 והן במונדיאל 2006 הודחו קרואטיה ושימוניץ' בשלב הבתים. ביורו 2008 שימוניץ' וקרואטיה השיגו מאזן מושלם בשלב הבתים, והודחו ברבע הגמר לאחר דרמה מול נבחרת טורקיה, במשחק שהסתיים בתוצאה 1-1 בתום 120 דקות והוכרע לטובת טורקיה בפנדלים. למונדיאל 2010 כשלו שימוניץ' וקרואטיה להעפיל. שימוניץ' נכלל גם בסגל הקרואטי ליורו 2012, אך לא שיחק דקה בטורניר זה, שבסיומו הודחה קרואטיה בשלב הבתים.