수에즈 운하를 국유화시키고 수에즈 위기에서 정치적인 승리를 거두면서 이집트와 아랍 세계에서 나세르의 인기는 크게 치솟았다. 그의 지도력을 통해 범아랍주의를 실현하려는 요구는 1958년부터 1961년까지 시리아와 아랍 연합 공화국을 창립하면서 증대되었다. 1962년 나세르는 아랍 사회주의를 통한 여러 조치와 이지트의 근대화 개혁을 시작했다. 그의 범아랍주의의 결점에도 불구하고 1963년까지 나세르의 지지자들은 아랍 각국에서 권력을 얻었지만, 나세르는 북예멘 내전과 아랍 냉전에 휘말리게 되었다. 그는 1965년 3월 총선 이후 두번째 대통령 임기를 시작했다. 1967년 6일 전쟁에서 이집트가 이스라엘에 패배한 이후 나세르는 사임했지만 그의 복귀를 요구하는 민중시위로 인해 그는 대통령직에 복권되었다. 1968년 나세르는 그 스스로를 이집트의 총리로 임명하고, 이스라엘에 잃은 영토를 수복하기 위해 소모전을 개시했으며, 군의 비정치화 과정을 시작했고 정치적 자유 개혁을 실시했다. 1970년 아랍 연맹 회담 이후 그는 심장마비로 사망했다. 카이로에서 열린 그의 장례식에는 500만 명 이상의 애도자가 참석했으며, 아랍 세계는 그의 죽음에 안타까움을 표했다.