Η Ναπολεόντειος εκστρατεία του 1812, για τους Πολωνούς και τους Λιθουανούς, που αρχικά χαιρέτησαν τον Ναπολέοντα ως απελευθερωτή, κατέληξε τραγικά. Σχεδόν ένα εκατομμύριο στρατιώτες πέρασαν από το έδαφος της Λιθουανίας φέρνοντας πείνα, εγκληματικότητα, επιδημίες και θανάτους. Τα ινστιτούτα, που με πολύ δουλειά και κόπο είχε δημιουργήσει ο Γιόζεφ Φρανκ, τελείως καταστράφηκαν. Ο ίδιος και η οικογένειά του έφυγαν από το Βίλνιους λίγους μήνες πριν ο Ναπολέων και τα στρατεύματά του εισέλθουν στην πόλη, αλλά έζησε τις συνέπειας του πολέμου όταν επέστρεψε το καλοκαίρι του 1813. Ο αρχικός του ενθουσιασμός για την Γαλλική επανάσταση είχε αρχίσει να καταλαγιάζει βιώνοντας τις συνέπειες των πολέμων της Γαλλικής Επανάστασης την εποχή που είχε επισκεφτεί το Παρίσι το 1803, αλλά μειώθηκε πολύ περισσότερο μετά τις συνέπειες των Ναπολεοντείων πολέμων, που τον ανάγκασαν να εγκαταλείψει το Βίλνιους το 1812-1813. Έτσι το 1814 αισθάνθηκε την ανάγκη να γράψει ένα δοκίμιο για τις συνέπειες της Γαλλικής επανάστασης στην ιατρική που έχει τον τίτλο «"De 1' influence de la Revolution Françoise sur des objets relatifs à la médecine pratique"». Στο κείμενο αυτό αναφέρει ότι η επανάσταση συνέβαλλε στην αναγέννηση της ιατρικής εκπαίδευσης στο Παρίσι, στην ίδρυση εκπαιδευτικών-πειραματικών κλινικών, στην ένταξη της χειρουργικής στην ιατρική και τη συνεπακόλουθη ανάπτυξή της, αλλά αναφέρει και τις δυσμενείς επιπτώσεις στη δημόσια υγεία με τη διασπορά επιδημιών, την καταστροφή των πανεπιστημίων, την εξάπλωση του αθεϊσμού και του υλισμού και κυρίως την οικονομική κρίση που επεκτάθηκε σε όλη την Ευρώπη. Αποσύρθηκε το 1824, λόγω ασθένειας των ματιών του, που δεν έχει διευκρινισθεί η διάγνωσή της.