Ooijer'in millî takım kariyerinde katıldığı ilk uluslararası turnuvası, 1998'de Fransa'nın düzenlemiş olduğu FIFA Dünya Kupası finalleriydi. Ardından 2000 Avrupa Futbol Şampiyonası finallerinde ülkesinin formasını giyen Ooijer, 2002 FIFA Dünya Kupası Finalleri'nde kadroda yer bulamasa da 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası, 2006 FIFA Dünya Kupası ve son olarak da 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası finallerinde Portakalların kadrosunda kendisine yer bulmayı başardı.