Ensimmäiseksi miehityshallinto aloitti Japanin demilitarisoinnin. Japanilaiset ulkomailla olevat joukot, noin 3,5 miljoonaa henkeä, kutsuttiin kotiin ja maan armeija lakkautettiin. Aseteollisuus hajotettiin ja kaikki yksityisissä käsissä olevat aseet takavarikoitiin. Nationalistiset järjestöt lakkautettiin. Tärkeä tavoite oli jollain tavalla sotaan syyllisten henkilöiden erottaminen viroistaan ja julkisesta elämästä: toukokuuhun 1946 mennessä yhteensä 210 288 japanilaista oli ”puhdistettu”. Vaikka nopeaan puhdistukseen liittyi väistämättä epäoikeudenmukaisuuksia, se auttoi uusien henkilöiden nousua vaikutusvaltaisiin asemiin ja muiden demokraattisten uudistusten onnistumista. Miehityksen loppupuolella monet puhdistetut palautettiin jälleen yhteiskunnan jäseniksi. Liittoutuneiden oikeuksissa tuomittiin sotarikoksista kuolemaan 920 japanilaista ja vuosien 1946–1948 Kaukoidän kansainvälisessä sotarikostuomioistuimessa syytettiin sota- ja muista rikoksista 28 poliittista ja sotilaallista johtajaa, joista seitsemän teloitettiin.