Mehmed III. gab sich dann als Sultan dem Müßiggang hin und überließ die Regierungsgeschäfte seiner Mutter Safiye. Ein wichtiges Ereignis seiner Zeit war der “Lange Türkenkrieg” (3. Österreichische Türkenkrieg) von 1593 bis 1606, in dem Mehmed als erster Sultan seit Süleyman I. persönlich das Kommando übernahm. 1596 eroberte die osmanische Armee das nordungarische Erlau (Eger) (im Komitat Heves) und besiegte die Habsburger in der Schlacht bei Mezőkeresztes nahe Mezőkeresztes (heute im Komitat Borsod-Abaúj-Zemplén, Ungarn), wobei Mehmed während dieser Schlacht überredet werden musste, nicht einfach aufzugeben und im wahrsten Sinne des Wortes davonzurennen.