Portugalin maajoukkueessa Pinto pelasi vuosina 1991–2002 81 ottelua ja teki niissä 23 maalia. Hän edusti Portugalia EM-kilpailuissa vuosina 1996 ja 2000 sekä MM-kilpailuissa vuonna 2002, joissa hän pelasi avauskokoonpanossa Portugalin kaikissa kolmessa ottelussa mutta ajettiin ulos kentältä kolmannessa ottelussa jo 27. minuutilla. Pinto oli myös voittamassa nuorten maailmanmestaruutta Portugalin riveissä vuosina 1989 ja 1991.