Vanaf 1788 nam hij met het Oostenrijkse leger, dat een alliantie vormde met het Russische leger, deel aan de Oostenrijks-Turkse Oorlog. Hij was inmiddels opgeklommen tot de graad van artilleriegeneraal en leidde zijn eenheid naar enkele overwinningen op de Turken waardoor de hele Banaatregio terug bevrijd was. Op 9 oktober 1789 ontving Clerfayt het commandeurskruis in de Orde van Maria Theresia van keizer Jozef II.