Białystok est envahie par la Wehrmacht le , lors de l'invasion allemande de la Pologne. À la suite de l’invasion de la Pologne de l’Est par les Soviétiques le , une partie de la région de Białystok est occupée par les Russes, en vertu du pacte Ribbentrop-Molotov, et le les Allemands évacuent la ville. Du au , l'Union soviétique annexe la Voïvodie de Białystok d'avant-guerre ainsi que plus de la moitié de la Deuxième République polonaise. Selon les termes du pacte germano-soviétique signé plus tôt à Moscou, la ville reste aux mains des Soviétiques jusqu'en , annexée à la République socialiste soviétique de Biélorussie. Des milliers de réfugiés juifs ont alors afflué de la zone allemande de la Pologne occupée.