Ortodoksinen kirkko poikkeaa paavin johtamasta kirkosta eron jälkeen myös siten, että se koostuu itsehallinnollisista eli autonomisista paikalliskirkoista. Katolinen ja ortodoksinen kirkko sopivat vuosina 1438-1445 niin sanotun Firenzen unionin eli Firenzen kirkolliskokouksessa solmitun liiton, joka Itä-Roomassa kuitenkin peruttiin pian teologisten syiden ja kansan vastustuksen takia. Myös ortodoksinen Venäjä kieltäytyi paavin alaisuudesta. Kun ottomaanit valloittivat Konstantinopolin vuonna 1453, he määräsivät kaikki suhteet Vatikaaniin katkaistaviksi. Noin vuosina 1500–1900 katolisen kirkon yhteyteen liittyneitä tai liitettyjä ortodoksisia kirkkoja kutsutaan uniaattikirkoiksi. Kaikkia Rooman kirkon yhteyteen kuuluvia itäisiä kirkkoja kutsutaan