Au cours de la saison 1989-1990, Malone a porté sa marque à 31 points et 11,1 rebonds par match et a de nouveau été sélectionné dans la All-NBA First Team. Dans le premier match de la saison, Malone a enregistré 40 points, 16 rebonds et 5 passes décisives dans une victoire de 122-113 sur les Nuggets de Denver. Le 22 décembre 1989, Malone a enregistré 52 points et 17 rebonds dans une victoire 114-100 sur les Hornets de Charlotte. Le 27 janvier 1990, Malone a inscrit son record en carrière avec 61 points dans une victoire de 144-96 contre les Bucks de Milwaukee. Il a marqué 21 tirs sur 26 et 19 des 23 lancers francs. Il s’agit du plus grand nombre de points marqués par un joueur du Jazz depuis que l’équipe a quitté La Nouvelle-Orléans pour l’Utah. Bien que Malone a été sélectionné au All-Star Game pour la troisième saison consécutive, en raison d’une blessure à la cheville, il a manqué le match. Le Jazz, qui a terminé la saison à 55-27, a perdu contre les Suns de Phoenix en cinq matchs lors du premier tours des playoffs 1990, où Malone a obtenu en moyenne 25,2 points et 10,2 rebonds. Pour la deuxième saison consécutive, Malone a terminé deuxième de la ligue en points par match derrière Michael Jordan.