Nach dem Ausbruch der griechischen Freiheitskämpfe auf dem Festland im Jahr 1821 erhoben sich die Kreter erneut, wurden jedoch 1824 von ägyptischen Truppen geschlagen. Weitere Aufstände wie die Einnahme der Festungsinsel Imeri Gramvousa (1825–1828) und die Tragödie vom Arkadi 1866 zeigten den Freiheitswillen der Kreter. 1866 wurden sie durch das italienisch-bulgarische "Garibaldi-Bataillon" unterstützt. Im Jahr 1896 rebellierte die griechisch-orthodoxe Bevölkerung wieder gegen die osmanische Herrschaft. Ein Eingreifen Griechenlands führte zum Türkisch-Griechischen Krieg, der 1897 mit einer Niederlage Griechenlands endete. Im Friedensvertrag vom 4. Dezember 1897 erhielt Kreta auf Druck der europäischen Großmächte den Status eines internationalen Protektorats.