En las elecciones presidenciales de 2006, el partido apoyó la reelección de Uribe, siendo el segundo partido más grande de su coalición en el congreso, después del Partido de la U. En las elecciones legislativas de 2010 el Partido Conservador nuevamente se posicionó como la segunda fuerza política más votada de Colombia, sin embargo en las elecciones presidenciales del mismo año la candidata del Partido Conservador, Noemí Sanín, resultó derrotada, ocupando el quinto lugar en votación; en dichas elecciones resultó elegido Juan Manuel Santos como presidente de Colombia y el Partido Conservador, una vez más, se vinculó a la coalición oficialista. En noviembre de 2011 el senador Efraín Cepeda fue elegido como nuevo presidente del Partido Conservador.