Bei der britischen "Operation Millennium", dem ersten "Tausend-Bomber-Angriff" der Kriegsgeschichte in der Nacht vom 30. auf den 31. Mai 1942, verbrannten Turm- und Langhausdach vollständig. Zudem wurde der Sakristeibau an der Nordapsis zerstört, der viele alte Ausstattungsgegenstände beherbergte. Anfang 1943 erhielt die beschädigte Basilika ein Notdach und die Sakristei wurde wieder aufgebaut.