Daouda Diakité maakte in 2003 zijn debuut in het Burkinees voetbalelftal. In dat jaar speelde hij één interland, waarna hij vijf jaar lang niet meer opgeroepen werd voor zijn land. Met Burkina Faso nam hij na zijn terugkeer in 2008 deel aan de Afrikaanse kampioenschappen voetbal in 2010, 2012 en 2013. Burkina Faso bereikte onder leiding van Paul Put de finale van het toernooi in 2013 van Nigeria met 1–0 door een doelpunt van Sunday Mba. Op het kampioenschap van 2013 kwam Diakité tot vijf optredens.