Le Directoire décide de mener une répression sans pitié. Le 24 fructidor, les Conseils votent une loi modifiant celle du 22 messidor (12 juillet) et permettant d'utiliser celle du 30 prairial an III (), qui vise théoriquement les Vendéens et les Chouans pris les armes à la main. En conséquence, les prisonniers sont traduits devant un conseil militaire. Constitués par la loi du complémentaire de l'an IV (), ces conseils sont composés uniquement de militaires.