Cusco, Lima und andere von den Spaniern bewohnte Orte wurden mehrere Monate mit riesigen Heeren belagert, die Kommunikation zwischen Cusco und Lima abgeschnitten und im Verlauf der dramatischen Belagerung wurde Cusco fast vollständig zerstört. Hernando Pizarro unternahm zur Abwehr Ausfälle und militärische Strafexpeditionen. Im Januar 1536 rückte er mit einem Kontingent von ca. 100 Spaniern und weiteren indigenen Kriegern durch das „Valle Sagrado“ (spanisch = heiliges Tal) auf die inkaische Befestigung Ollantaytambo vor, in der Manco residierte. Als die Spanier sich im Morgengrauen der Festung näherten, erkannten sie zahllose entschlossene indigene Krieger. Diese warfen den Spaniern prall gefüllte Säcke mit den abgeschlagenen und vertrockneten Köpfen ihrer getöteten spanischen Waffenbrüder entgegen. Die Inkakrieger hatten unter anderem den Río Patacancha durch Kanäle umgeleitet und aufgestaut. Bei Anrücken überfluteten die Inkas die Ebene, so dass die Spanier sich wieder nach Cusco zurückziehen mussten.