בשנים 1993–1994 פיקד על גדוד גפן של בית הספר לקצינים. בשנת 1994 שימש קצין אג"ם של אוגדת איו"ש. בשנים 1996–1997 פיקד על החטיבה המזרחית ביחידת הקישור ללבנון. בשנת 1997 נפצע בהיתקלות עם חוליית מחבלי חזבאללה סמוך למוצב סוג'וד אולם חרף הפציעה המשיך לפקד ולנהל את הקרב נגד המחבלים. בשנים 1998–2000 שימש ראש מחלקת מבצעים באגף המבצעים. בשנים 2000–2002 פיקד על חטיבת הנח"ל. יחד עם קבוצת מפקדים נוספים היה מהדוחפים לפעול כנגד מקורות הטרור הפלסטיני באינתיפאדה השנייה, בקסבות ובמחנות הפליטים, למרות היותם מרחבים עירוניים צפופים ומסובכים ללחימה. גולן הוביל את החטיבה במבצע חומת מגן ובמבצעים נוספים ברחבי יהודה ושומרון כנגד תשתיות הטרור הפלסטיני.