События происходящие в молодой республике беспокоили его. Так как БНСР постепенно превращалась в сателлита РСФСР, и всё больше сближалась с большевиками, а Бухарская коммунистическая партия становилась отделением ВКП(б). В декабре 1921 года Усман Ходжаев по государственным делам был отправлен в восточную часть БНСР, который известен как Восточная Бухара (ныне территория Таджикистана). Будучи первым председателем ЦИК Бухарской республики (фактически — президентом), воспользовавшись моментом, он перешел на сторону национально-освободительного басмаческого движения, так как восточная часть БНСР («Восточная Бухара») не полностью контролировалась Бухарской Красной армией, и там традиционно были сильны позиции лидеров басмаческого движения, так как практически все эти лидеры временно сконцентрировались именно там. Именно в то время на сторону басмачей перешёл известный турецкий политик и военный Энвер-паша со своими приближёнными. Из Османской империи приходила помощь басмаческому движению.