В феврале 1685 года, когда Яков II стал королём, провинция Нью-Йорк стала коронной. Яков II не утвердил конституцию и в октябре 1685 года объявил её недействительной. С того же года прекратила созываться и ассамблея. В мае 1688 года провинция стала частью доминиона Новая Англия. Когда в апреле 1689 года до провинции дошли новости о том, что в результате Славной революции Яков II был свергнут с престола, бостонцы подняли мятеж и заключили в тюрьму губернатора Эдмунда Эндроса. В мае охватили уже всю провинцию. Прибывший в марте 1691 года новый губернатор подавил восстание, подвергнув его организатора, Джейкоба Лизлера, пыткам и, в конце концов, казнив. В том же году конституция провинции была вновь введена в действие и оставалась в силе вплоть до получения территорией статуса штата.