Par ce mariage, la jeune fille devint comtesse consort de Toulouse et donc souveraine d'une terre destinée, dans les années qui suivirent, à subir les affres de la guerre, la Croisade des Albigeois, que le pape Innocent III avait lancée contre son mari, plusieurs fois excommunié. Dans le testament de Raymond VI de 1209, Éléonore est citée ("Alienor uxor mea") : il y fait également mention de son fils Raymond, de son frère Baudouin et de ses enfants naturels.