Nach dem deutschen Einmarsch am 30. Juni 1941 fiel Bartel der AB-Aktion zum Opfer, er wurde im Gestapo-Gefängnis im Gebäude des ehemaligen Direktionsamts des Kraftwerkes in der Pelczynska-Straße inhaftiert, wo man ihn zur Kollaboration als Regierungschef einer polnischen Marionettenregierung zwingen wollte. Nachdem er diese Forderung abgelehnt hatte, befahl Heinrich Himmler Bartels Hinrichtung. Bartel wurde am 26. Juli 1941 erschossen und an einem unbekannten Ort begraben, später jedoch, um jegliche Spuren zu tilgen, exhumiert und verbrannt.