Do podzimu 1944 spolupracoval s odbojem ilegálně; byl zapojen do materiální pomoci partyzánům. V říjnu 1944 přešli spolu s Jánem Jurčou (1919-1944, též ze Žamberka) a Václavem Zaňkou (1911-1944, postřelen, zemřel ve Zlíně) protektorátní hranice se Slovenskem, kde chtěli pomoci Slovenskému národnímu povstání. Měli se se připojit k partyzánskému oddílu Jana Žižky, k setkání ale nedošlo. Při zpětném přechodu do Protektorátu byl byli Karel Bubla 9. listopadu 1944 spolu s Viktorem Kollandou, Jánem Jurčou a Štěpánem Králíčkem německou pohraniční policií zadrženi.