Com o atentado que matou o presidente ruandês hutu Juvénal Habyarimana em 1994 teve início uma guerra civil, conflito que opôs os hutus e os tutsis. Durante a crise decorrente do genocídio contra os tutsis, a FPR aproveitou-se para invadir o país, e encerrou o conflito suplantando as forças rivais. Formou-se um governo de coalizão, sob a presidência do hutu moderado Pasteur Bizimungu, tendo Paul Kagame como seu vice-presidente. Kagame era apontado como o homem-forte do país, que se envolveu nesse período na Primeira e na Segunda guerras do Congo, motivadas por tensões étnicas e acesso a recursos minerais lucrativos.