Eksterminacja Żydów była zorganizowana przez okupanta niemieckiego, jednak w znaczącym stopniu była popierana lub biernie tolerowana przez kolaborantów litewskich (rząd Kazysa Škirpy, wojska gen. Povilasa Plechavičiusa). Największą niesławą cieszy się formacja Ypatingasis būrys, odpowiedzialna za zbrodnię w Ponarach. Społeczność żydowska była faworyzowana przez okupanta sowieckiego, co doprowadziło w okresie poprzedzającym okupację niemiecką do znaczącego wzrostu nastrojów antysemickich wśród Litwinów. Do dziś jest to drażliwa kwestia na Litwie, gdyż wielu litewskich bohaterów narodowych, walczących z okupantami, było równocześnie powiązanych z wydarzeniami Holocaustu.