Nell'estate del 1988 fu acquistato dall' del presidente Ernesto Pellegrini per 5,6 miliardi di lire. Nel periodo interista vinse lo "scudetto dei record", che l'Inter conquistò nel 1988-1989 con 58 punti in 34 partite, record per i campionati italiani a 18 squadre e 2 punti per vittoria. Matthäus segnò il decisivo 2-1 nello scontro diretto di Milano con il . Nello stesso anno vinse con i nerazzurri anche la Supercoppa italiana.