Tras los buenos resultados obtenidos al mando del seleccionado de Sierra Leona, la federación Ruandesa se fijó en el joven entrenador y le ofreció el cargo del mismo. Pese a tener varios ofrecimientos McKinstry, aceptó el puesto de entrenador de Ruanda. El técnico firmó un contrato de 1 año, hasta después del CHAN 2016, organizado por la propia Ruanda. Además los objetivos propuestos por la federación son buscar las clasificaciones para la Copa Africana 2017 y la Copa Mundial 2018.