Successivamente perse in semifinale dello Scottish Open e, dopo alcuni risultati mediocri, iniziò il Campionato del mondo battendo Michael Judge al primo turno. Al secondo, Ebdon vinse contro Joe Perry 13-7 e superò anche Anthony Hamilton ai quarti; in semifinale incontrò Matthew Stevens e lo batté al decisivo 17-16 giungendo così in finale, dove affrontò Stephen Hendry, che ha a sua volta battuto il campione in carica O'Sullivan. All'inizio della contesa, Ebdon vinse i primi quattro frames consecutivamente, ma Hendry ne vinse quattro a sua volta. Dopo aver vinto un frame a testa, è Ebdon a portarsi decisamente avanti 11-6, ma quando tutto sembrava perso, Hendry portò a casa otto dei successivi nove frames ribaltando completamente la situazione. Da lì in poi il match divenne equilibrato: ogni frame vinto corrisponde ad un frame perso per entrambi i giocatori e, come logica conseguenza, il match andò al frame decisivo, dove Ebdon la spuntò con una serie da 59, vincendo il suo primo titolo mondiale in carriera, rivendicando allo scozzese la finale persa nel 1996.