После того, как эскадра была построена строем пеленга, Персано неожиданно дал команду: «Построиться в строй кильватера». Кильватерные колонны были привычны для прежнего, парусного флота и с появлением паровых броненосных судов стали считаться устаревшими. Однако, если бы итальянцы, используя преимущество в скорости, ушли бы от таранной атаки австрийцев, то, благодаря кильватерному строю, могли бы лучше использовать своё превосходство в артиллерии (так это сделали в 1894 г. японцы в битве при Ялу). Однако итальянская эскадра фактически замерла на месте, позволив австрийцам нанести свой удар. Причиной этого было неожиданное решение адмирала Персано перенести флаг с «Ре д’Италия» на «Аффондаторе», стоявший вне линии. Основной и замыкающий отряды броненосцев замедлили ход, чтобы дать «Ре д’Италия» возможность спустить шлюпки на воду. Однако корабли авангарда, не заметившие сигнал, продолжали двигаться вперёд, увеличивая разрыв между собой и остальной частью эскадры. В довершение всего, Персано не просигнализировал командирам кораблей о своём переходе на «Аффондаторе», и итальянцы продолжали ждать приказов от «Ре д’Италия», а не от нового флагмана. Таким образом, на время боя растянувшаяся на 13 миль к северу от Лиссы итальянская броненосная эскадра оказалась, по существу, без управления.