В Великой Отечественной войне Станислав Гилярович участвовал с первых дней. Начал войну в той же должности на Западном фронте, с июля по сентябрь 1941 года командовал 720-м стрелковым полком этой дивизии. Участвовал в Белостокско-Минском и Смоленском сражениях. В начале битвы за Москву, в ходе Вяземской оборонительной операции попал с полком в окружение, но через несколько дней, 6 октября, с боем прорвал кольцо окружения и вывел свой полк и несколько других частей 19-й армии. За отличия в летне-осенних боях 1941 года награждён своим первым орденом — это был орден Красного Знамени.