הכנסייה נבנתה בצורת קפלת זיכרון עגולה המורכבת משלושה מעגלים קונצנטריים. במעגל הפנימי היה מעקה שהגן על האבק שיצר באופן פלאי את סימני כפות רגליו של ישו. מעל לחלק הזה הגג נפתח לשמים. הקפלה נהרסה על ידי הפרסים ב-614 ונבנתה מחדש על ידי האב מודסטוס (Modestus) שהפך מאוחר יותר לפטריארך של ירושלים.