O rok později roku 1698, po válečném a diplomatickém vítězství Rakouska nad Turky byl Marsigli pověřen spolu s ostatním štábem inženýrů vyšetřit nový průběh hranic monarchie. Müller jako pobočník Marsigliho ho doprovázel a pomáhal v pracích. Jeho hlavním úkolem bylo sestavit celkovou správní mapu uherských zemí.