Hindistan, Birinci Sudan İç Savaşı (1962-72) ve İkinci Sudan İç Savaşı (1983-2005) sırasında tarafsız kaldı. Güney Sudan Özerk Bölgesi , Birinci İç Savaşın sonunda kuruldu. Hindistan Cumhurbaşkanı Fakhruddin Ali Ahmed bölgeyi Aralık 1975'te ziyaret etti ve Juba'daki Bölgesel Halklar Meclisi'ne seslendi. Hindistan'ın Hartum'daki Büyükelçiliği'ne göre, "Genel olarak Juba ziyareti, Güney Sudanlıların Hindistan'a daha derin bir saygı duyduğunu ortaya koydu." Hindistan'ın Güney Sudan'la angajmanı İkinci İç Savaşın bitiminden sonra arttı. Daha sonra Hindistan Dışişleri Devlet Bakanı EA Ahamed, 9 Ocak 2005 tarihinde Nairobi'de Kapsamlı Barış Anlaşması'nın imzalanmasına katıldı.