החלוקה המשיכה גם לאחר עצמאות הודו והקמת צבא הודו. הבסיס הראשון של פיקוד המזרח היה בלאקנאו. הפיקוד הועבר לקולקטה במהלך מלחמת הודו–סין. הפיקוד התבלט במהלך מלחמת הודו-פקיסטן (1971). בתקופה זו כיהן הגנרל היהודי ג'ייקוב פרג' רפאל ג'ייקוב כראש המטה של הפיקוד. אז ניצחו כוחות פיקוד המזרח ההודיים את צבא פקיסטן והביאו לקריסתו.