Agdam byl dějištěm brutálních bojů v první válce o Náhorní Karabach. Agdam se stal centrem pro uprchlíky z Náhorního Karabachu, kteří doufali, že boje město minou, protože se nenacházelo v Náhorních Karabachu. Proslulá Džuma mešita se stala provizorní márnicí. Podle novináře Roberta Parsona použili ázerbájdžánské síly Agdam jako základnu pro útoky na Karabach, odpálení raket BM-21 Grad a odtamtud ostřelování civilistů. Po pádu města, byla celé obyvatelstvo vyhnáno na východ, do Ázerbájdžánu.