Er stammte aus einer alteingesessenen Dresdener Kaufmannsfamilie, die beim Bombenangriff am 13. Februar 1945 ausgebombt wurde und danach Zuflucht in Satzung im mittleren Erzgebirge fand. Siegfried Seifert schloss in Satzung die Volksschule ab und ging 1950 an die Oberschule nach Marienberg, an der er 1954 das Abitur ablegte. Anschließend studierte er Evangelische Theologie in Leipzig, wo er das Staatsexamen ablegte und dann zu seiner Vikariatsausbildung überging. 1962 wurde er bei Franz Lau zum Dr. theol. promoviert. Das Thema seiner Doktorarbeit lautete "Niedergang und Wiederaufstieg der katholischen Kirche in Sachsen 1517–1773" und erschien 1964 in Leipzig in Druck.