15 июня 2011 года О’Коннор вернулся в «Хиберниан», подписав с клубом соглашение сроком на 1 год. Первый свой гол после возвращения в «хибс» нападающий забил в своём втором матче и принёс клубу победу над клубом «Инвернесс Каледониан Тисл». О’Коннор продемонстрировал отличную форму на старте сезона и в первых 11 матчах после возвращения в Шотландию забил 10 голов. Всего за сезон Гарри забил 16 голов и помог «Хиберниану» сохранить место в шотландской Премьер-лиге, а также выйти в финал Кубка страны. Контракт О’Коннор с клубом истёк 1 июня 2012 года. В тот же день он был признан виновным в хранении кокаина, а спустя месяц приговорён к 200 часам общественных работ.