Буффон выступал за молодёжные сборные Италии всех возрастов, начиная с 16 лет и заканчивая олимпийской командой. В составе сборной Италии до 16 лет он дошёл до финала чемпионата Европы среди юношей в 1993 году, в четвертьфинале против Испании матч дошёл до серии пенальти, в которой молодой Буффон отразил два одиннадцатиметровых удара, а также реализовал один пенальти сам. В полуфинале против сборной Чехословакии игра вновь дошла до серии пенальти, Джанлуиджи отбил три удара, однако на этот раз собственный удар реализовать не смог. В 1995 году он вышел в финал чемпионата Европы среди юношей со сборной до 19 лет. В составе сборной Италии до 21 года Буффон выиграл молодёжный чемпионат Европы в 1996 году. Также в 1997 году он одержал победу на Средиземноморских играх.