John Blankenstein begon in 1972 als scheidsrechter in het amateurvoetbal bij de KNVB bij de afdeling 's-Gravenhage. In 1979 maakte hij de overstap naar het betaald voetbal, waar hij floot tot het eind van zijn scheidsrechterscarrière in 1996. Daarnaast stond Blankenstein van 1985 tot 1995 op de internationale lijst van de FIFA, waarvoor hij 88 wedstrijden floot. In 1992 was hij actief tijdens het EK en een jaar later leidde hij de UEFA Cup-finale. In 1994 zou hij de Champions Leaguefinale tussen AC Milan en FC Barcelona fluiten, maar werd een paar dagen voor de wedstrijd vervangen door de Engelsman Philip Don. De precieze reden (of redenen) is nooit bekend geworden, maar er werd gezegd dat hij te veel op de hand van Barcelona zou zijn (met Cruyff en Koeman). Ook het feit dat hij homoseksueel was is weleens als een reden genoemd. Na zijn loopbaan als scheidsrechter werd hij hoofd scheidsrechterszaken betaald voetbal bij de KNVB in Zeist. De laatste jaren werkte hij voor de bond aan het "Masterplan Arbitrage".