Po návratu do vlasti se František Bürger (jako poručík) zúčastnil bojů o Těšínsko (19. ledna 1919 – 26. února 1919) a poté i bojů o jižní Slovensko proti Maďarské republice rad (27. dubna 1919 – 1. srpna 1919). Po splnění vojenských úkolů si zvolil kariéru československého důstojníka - vojáka z povolání. Vysokou školu válečnou v Praze dokončil v roce 1928 s velmi dobrým prospěchem. Bylo mu třicet let, měl hodnost kapitána, disponoval slušnými jazykovými znalostmi (němčina, italština, francouzština a maďarština) a oplýval zkušenostmi ze zpravodajské služby. V následujícím roce (1929) prošel zpravodajským kurzem hlavního štábu.