Скептически отнёсся к ликвидации БНСР и образования не её месте национальных республик, считая невозможным правильно и справедливо осуществить национально-территориальное размежевание Средней Азии, но увидев тщетность своих усилий, смирился с этим. После этого стал одним из ярых сторонников и инициаторов создания национальной республики таджиков в составе Узбекской ССР. После образования Таджикской АССР в составе Узбекской ССР в октябре 1924 года, участвовал в создании первого правительства Таджикской АССР, стал инструктором ЦК КП(б) Таджикской АССР, одновременно руководя таджикской секцией КП(б). В 1925—1927 годах был народным комиссаром Рабоче-крестьянской инспекции, уполномоченным центральной контрольной комиссии и постоянным представителем ЦК КП(б) Узбекской ССР на территории Таджикской АССР. Возглавлял операции по борьбе с «басмачами» и их сторонниками на территории Таджикской АССР, которые боролись против советской власти. Кроме основной работы, на Шотемура по совместительству фактически были возложены обязанности народного комиссара (министра) финансов, председателя взаимопомощи партийцам и руководителя тройки по налаживанию экономики в молодой республике.