Tijdens de Pools-Oekraïense Oorlog in november 1918 leed de kerk aanzienlijke schade. Met name het gewelf voor het altaar en het dak werden beschadigd. Tijdens de Tweede Wereldoorlog doorboorde een bom het dak en het gewelf net boven het altaar. Na de Tweede Wereldoorlog kwam Lemberg binnen de grenzen van de Sovjet-Unie te liggen. De jezuïeten verlieten wederom de stad en namen enkele religieuze voorwerpen mee, waaronder een waardevol icoon van de Heilige Maagd. Tot de restauratie in 1959 kreeg de beschadigde kerk een provisorisch dak. De kerk diende enig tijd als opslagplaats en vanaf 1970 werd er een bibliotheek in gehuisvest. Tijdens de Sovjet-periode leed de kerk ernstig onder verwaarlozing en verval.