Em 1964, no entanto, com o golpe de estado, os camponeses enfrentam grandes retrocessos. Os títulos das posses de Trombas e Formoso foram revogados. Vários camponeses foram presos, enquanto José Porfírio e Bartolomeu tiveram seus mandatos cassados. O primeiro escapa de Goiânia sob troca de tiros e se refugia no seu estado natal, o Maranhão, onde passa a atuar junto à Ação Popular fundando em seguida, ao lado de Alípio de Freitas, a dissidência que daria origem ao Partido Revolucionário dos Trabalhadores. Adotou o nome de Feliciano e, com a ajuda de parentes, construiu uma casa de chão batido no povoado de Angical, no município de Riachão. Na clandestinidade, José Porfírio, que tinha ensino fundamental incompleto em escola rural, empenhou-se na alfabetização de filhos de lavradores. Neste período, seu filho Durvalino, de 17 anos, é preso e torturado em Goiás para revelar o paradeiro do pai. Após a tortura, o rapaz passa a sofrer transtornos psíquicos e, após um período de internação num hospital psiquiátrico, desaparece. Em 1972, José Porfírio foi capturado após a denúncia de um fazendeiro à Polícia Federal. Ficou preso no DOI-CODI em Brasília e, seis meses depois, em 7 de junho de 1973, foi libertado e visto pela última vez. Uma das últimas pessoas a vê-lo foi sua advogada, que o deixou na rodoviária, onde pegaria um ônibus com destino a Goiânia.