Ketterer meldte seg inn i NSDAP så tidlig som 1923 og deltok samme år i det såkalte Ølkjellerkuppet, en deltakelse som han senere ble tildelt Blodordenen for. Han fornyet sitt medlemskap etter at partiet ble reetablert i 1925 og ble samtidig medlem av SA. I andre halvdel av 1920-årene var han en av grunnleggerne av Den nasjonalsosialistiske tyske legeforening hvor han også var styreleder (1929-1934). Han var medisinsk gruppeleder i SA og Ernst Röhms livlege fra 1933 og til han ble drept i utrenskingene 30. juni 1934. Ketterer ble beskyttet av Röhms nestkommanderende og etterfølger, Viktor Lutze, fra å bli fengslet under utrenskningene og han beholdt stillingen som medisinsk gruppeleder til han sluttet i 1937. Han var innvalgt