Франсиско сыграл в 20 матчах и забил 1 гол за сборную Испании, был включен в заявку на Чемпионат Европы 1984 и Чемпионат мира по футболу 1986. Его дебют состоялся 27 октября 1982 в победном матче против Исландии в рамках отбора к Чемпионату Европы 1984.