Es indicativo de las intenciones de Basilio para esta iglesia que la dotó con su propia administración y estados, siguiendo el modelo de Santa Sofía. Durante su reinado, y el de sus inmediatos sucesores, la "Nea" desempeñó un papel importante en ceremonias palatinas, y al menos hasta el reinado de Constantino VII, el aniversario de su consagración fue una gran fiesta dinástica. En algún momento de finales del siglo XI fue convertida en monasterio, y fue conocido como el «Monasterio nuevo» (Νέα Μονή). El emperador Isaac II Ángelo le privó de gran parte de su decoración, su mobiliario y vajillas litúrgicas, y lo usó para restaurar la iglesia de san Miguel en Anaplous. El edificio siguió usándose por los latinos y sobrevivió en el período de los Paleólogos hasta después de la conquista otomana de la ciudad. Los otomanos sin embargo la usaron como almacén de pólvora. Así en 1490, cuando el edificio fue alcanzado por un rayo, quedó destruido y posteriormente se demolió. Como resultado, la única información que tenemos de la iglesia procede de evidencia literaria, especialmente la "Vita Basilii" de mediados del siglo X, así como unas pocas descripciones bastante rudimentarias en planos.