Przed jego wyborem na patriarchę, był arcybiskupem Anchialos w Bułgarii. Eugeniusz był jednym z arcybiskupów trzymanych jako zakładników tureckich podczas wybuchu wojny o niepodległość Grecji w 1821 r. Kiedy 10 kwietnia 1821 Grzegorz V został powieszony przez Turków Eugeniusz zajął jego miejsce pozostając jednak nadal w więzieniu.