En 1640, Juan IV, 8° duque de Braganza, declaró la independencia de los portugueses de España, terminando la Unión Ibérica de seis décadas. Como resultado, la amenaza de una mayor intervención española contra el Brasil holandés disminuyó, ya que Brasil era originalmente y seguía siendo una colonia portuguesa. En 1641-1642, el nuevo régimen portugués concluyó una tregua con los holandeses, poniendo fin a las hostilidades, pero los holandeses permanecieron en Brasil. En 1643, Juan Mauricio equipó la expedición de Enrique Brouwer que intentó sin éxito establecer un puesto de avanzada en el sur de Chile. En 1644, la WIC retiró a Juan Mauricio a Europa en un intento de recortar los gastos militares, después de la cesión de las hostilidades.