Universitetet ble etablert som et jesuittisk seminar av storfyrsten av Litauen og kongen av Polen, Stefan Báthory som det tredje eldste i Det polsk-litauiske samveldet. Etter den tredje av Polens-Litauens delinger i 1795, og Novemberoppstanden i 1830-31, ble virksomheten stanset fram til Litauen ble selvstendig i 1918 da universitetet ble forsøkt gjenåpnet. Ettervirkningene av første verdenskrig gjorde at det ikke lyktes å gjenåpne i desember 1918, men dette lyktes til slutt i august 1919. Den polsk-sovjetiske krig førte til at Vilnius og hele Republikken Midt-Litauen ble inkorporert i Polen i 1922.