&lt;a href="Alpiner%20Skiweltcup%201998/99"&gt;1998/99&lt;/a&gt; war ihr erfolgreichster Winter. Egger gewann ihr erstes Weltcuprennen, den Slalom in Berchtesgaden am 8. Jänner 1999, mit nur einer Hundertstelsekunde Vorsprung auf ihre Teamkollegin Ingrid Salvenmoser. Durch konstante Platzierungen unter den besten neun in allen acht Rennen sicherte sie sich mit nur zehn Punkten Vorsprung auf Pernilla Wiberg den Disziplinenweltcup im Slalom. Einziger Wermutstropfen war ihr Ausfall im zweiten Durchgang bei der Weltmeisterschaft 1999 in Vail. Am 29. Dezember 1999 gewann sie ihr zweites Weltcuprennen, den Slalom in Lienz, obwohl sie nach dem ersten Lauf nur auf Rang elf lag. Dazu folgten noch zwei dritte Plätze und am Ende Rang sechs in der Disziplinenwertung.