Při dalším válečném konfliktu, tzv. válce reunií (1683–1684), velel generálmajor Vauban obléhání pevnosti Courtroi a města Lucemburku. Po uzavření míru se opět velmi činorodě věnoval přestavbě i budování nových opevnění a výstavbě nových civilních objektů. Na počátku války s Augšpurgskou ligou (1688–1697), byl dne 24. srpna 1688 před útokem na pevnost Philippsburg povýšen do hodnosti generálporučíka. Do konce roku ještě stačil dobýt Mannheim a Frankenthal. Následně prováděl inspekci v dolních Flandrech, přičemž onemocněl malárií a byl nucen odjet na léčení. Na bojiště se vrátil až v roce 1691 a záhy po svém návratu se zmocnil pevnosti Mons. V roce 1692 velel obléhání pevnosti Namur, kde změřil své síly s holandským inženýrem Menno van Coehoornem, který byl ve své době stejně uznávaným odborníkem v oboru vojenského stavitelství jako jeho francouzský současník a pevnost vybudoval. Po jejím pádu se Vauban celé tři roky intenzivně věnoval přestavbě namurských fortifikací, přesto bylo město spojenci, v čele s Coehoornem, v roce 1695 dobyto zpět. Do konce války stačil markýz de Vauban ještě úspěšně završit obléhání pevností Charleroi a Ath. Po skončení konfliktu, zahájil v roce 1699 stavbu svého vrcholného díla, pevnosti Neuf–Brisach.