Το μουσείο υπέστη σοβαρές φθορές κατά τους αεροπορικούς βομβαρδισμούς του Βερολίνου στον Β´ Παγκόσμιο Πόλεμο. Πολλά από τα εκθέματα του είχαν προφυλαχθεί επαρκώς, ωστόσο το 1945 με την πτώση του Βερολίνου στον Σοβιετικό στρατό πολλά από τα εκθέματα τα οποία παρέμεναν ελεύθερα τοποθετημένα στους χώρους του μουσείου πάρθηκαν από τους Σοβιετικούς. Έως το 1958 πολλά από τα εκθέματα αυτά επιστράφηκαν από την Σοβιετική Ένωση στην Ανατολική Γερμανία, ωστόσο αρκετά παρέμειναν στη Ρωσία στο μουσείο Πούσκιν της Μόσχας και στο Ερμιτάζ της Αγίας Πετρούπολης. Τα εκθέματα που παρέμειναν στο δυτικό Βερολίνο μεταφέρθηκαν στο παλάτι του Σαρλότενμπουργκ ("Schloss Charlottenburg") έως το 1995.