Он оставил должность в марте 1801 года, чтобы вернуться к коммерческой деятельности. В последние годы жизни состояние Стоддерта серьёзно снизилось, поскольку он много потерял на земельных спекуляциях, а Джорджтаун перестал быть коммерческим центром. В то же время Эмбарго и Война 1812 года серьёзно подорвали американскую торговлю за границей.