Hitlerův obdivovatel Burgdorf zůstal v blízkosti Vůdce i v závěru války. Během dobývání Berlína sovětskou Rudou armádou přešel zbylý štáb OKH včetně Burgdorfa do Hitlerova bunkru v Berlíně. Po Hitlerově smrti, kdy se téměř všichni obyvatelé Hitlerova bunkru rozutekli, zůstal Burgdorf spolu s velitelem OKH Krebsem v bunkru, kde spáchali sebevraždu zastřelením.