1939年3月20日納粹德國向立陶宛發出最後通牒，要求其交出克萊佩達地區，立陶宛政府在兩天後同意，同年德蘇簽訂《苏德互不侵犯條約》，在条约附带的秘密附加协议中，立陶宛被划入納粹德國势力范围。构成波罗的海诸国（芬兰、爱沙尼亚、拉脱维亚和立陶宛）的各地区如果发生领土与政治重组，立陶宛的北部边境将充当德国与苏联两国利益范围的边境。在此种情况下，立陶宛与维尔纽斯地区的相关利益将得到双方承认。8月29日，德国驻立陶宛特使埃里希·策希林宣称，战争开始后德国将要求立陶宛保持完全中立，但实际上德国政府希望立陶宛人在波兰遭到袭击时采取措施夺取维尔纽斯争议区。迫于英国与法国的外交压力，立陶宛并没有按照德国的意愿行事，而是宣布了中立。9月19日，苏联军队占领维尔纽斯，苏联政府获得了波罗的海领土与政治谈判的主动权。9月25日，斯大林建议变更现有的苏德秘密协议，德國放棄了除去立陶宛西南部以外的所有立陶宛领土以換取波兰的卢布林及周边区域，默許了立陶宛成為蘇聯勢力範圍。德国人试图与苏联和立陶宛方面作进一步的交涉，但在莫洛托夫和斯大林的精心策划下，10月立陶宛被迫簽訂，准許蘇聯在立陶宛設立5個軍事基地與駐軍2萬人以交換蘇軍交還入侵波蘭時佔領的維爾紐斯，隨後蘇聯被冬季戰爭耽擱，1940年6月14日蘇聯政府向立陶宛發出，要求改組立陶宛政府並允許紅軍隨意駐軍，立陶宛政府因境內已有蘇聯駐軍，無武力反抗的可能而被迫同意，斯梅托納總統出逃，超過20萬名蘇聯紅軍進入立陶宛境內，隔天蘇聯又向愛沙尼亞與拉脫維亞提出最後通牒，將波羅的海三國。