Nella stagione 2004-2005 ci furono altri cambi in panchina. In estate fu ingaggiato l'allenatore italiano Luigi Delneri, che fu esonerato ancor prima dall'inizio del campionato. Al suo posto fu chiamato Víctor Fernández, che perse contro il Valencia nella partita valida per l'assegnazione della Supercoppa europea 2004 e fu sollevato dall'incarico per fare posto a José Peseiro. Il 12 dicembre 2004 il Porto si aggiudicò l'ultima Coppa Intercontinentale della storia (il trofeo fu sostituito l'anno dopo dalla Coppa del mondo per club) sconfiggendo per 8-7 dopo i rigori i colombiani dell' a Yokohama: per il club di Porto si trattò del secondo successo nell'Intercontinentale dopo quello del 1987. Dopo aver occupato per quasi tutta la stagione il terzo posto nella Superliga, la squadra si piazzò infine seconda alle spalle del Benfica. In UEFA Champions League fu eliminata dall'Inter agli ottavi di finale.