Federico II regresó al norte de Italia con refuerzos y dinero en la primavera de 1247, pero en junio la ciudad de Parma, de importancia estratégica para el emperador, se puso de parte de los güelfos, y durante el asedio imperial los güelfos obtuvieron una aplastante victoria y se apropiaron del tesoro imperial, incluyendo la corona imperial, que no sería devuelta hasta época del emperador Enrique VII. Si bien la Batalla de Parma terminó con el exitoso ímpetu que el emperador había mostrado en su lucha contra el papa y los güelfos, Federico II se recobró pronto y rehízo un nuevo ejército. Hasta su muerte, la lucha continuó con victorias y derrotas por ambas partes. Tras la batalla de Parma, Inocencio IV pudo emprender la reconquista de territorios de Espoleto, Romaña y la Marca, y además Milán reconoció al nuevo rey rival de Romanos Guillermo de Holanda (1247-1256). Federico II saqueó los territorios de Parma y se dirigió a Piamonte, donde aseguró su posición y nombró vicario imperial en Lombardía a Tomás II de Saboya. En enero de 1249 emprendió camino al reino siciliano, adonde arribó en mayo de 1249. Finalmente se estableció en Foggia, donde murió el 13 de diciembre de 1250.