Au niveau national, Thuram échoue d'abord à la seconde marche du championnat de France avec l'AS Monaco deux ans de suite (1991 et 1992) lors de ses débuts professionnels. Parti en Italie, il remporte la Coupe d'Italie 1998-1999 avec Parme dès son arrivée, ainsi que la Supercoupe italienne 1999. Après avoir rejoint la Juventus en 2001, Thuram débute par deux titre de Serie A en 2002, et une seconde Supercoupe, puis 2003. Les titres 2005 et 2006 sont retirés à la "Juve" à la suite de l'Affaire Calciopoli. Après avoir perdu la finale de Coupe transalpine en 2001, Thuram en dispute deux nouvelles en 2002 puis 2004 avec les Turinois, sans en gagner une nouvelle. À la suite de sa signature au FC Barcelone en 2006, Thuram ne prend pas part à la victoire en Supercoupe à son arrivée, puis échoue deux fois en deuxième position de la Liga.