Im Jahre 1174 fiel die Münsteranlage einem Großbrand zum Opfer. In der Folge wurden unter den Bischöfen Richer von Hohenburg und Heinrich von Berchtesgaden beim Wiederaufbau bauliche Adaptierungen im Stile der Hochromanik vorgenommen. Das Langhaus wurde eingewölbt und ein einschiffiges Querhaus eingezogen. Der Dom wurde 1237 von Bischof Eberhard von Salzburg geweiht und nach weiteren Brandschäden 1274 nochmals geweiht. In der Zeit der Gotik wurden an den Dom mehrere Kapellen angebaut. Bedeutendere Umbauten gab es dann unter Bischof Nikolaus von Kues, der die Ostapsiden entfernen und diese mit einem gotischen Hochchor mit Spitzbogenfenstern und Netzgewölben ersetzen ließ. Unter der Leitung des Hofbaumeisters Hans Reichle erhielt der romanische Nordturm 1610–1613 seine heutige frühbarocke Form. Der Südturm wurde 1748 an den Nordturm angeglichen.