Поред лингвистике од 1965. године Чомски је постао један од водећих критичара америчке спољне политике почевши од Вијетнама па све до америчке инвазије на Ирак. У својој књизи „Нови милитаристички хуманизам“ оштро критикује бомбардовање Југославије јер је била у супротности са Међународним правом и указује на то да је хуманитарна трагедија на Косову, у ствари почела тек после почетка бомбардовања. А у свом контроверзном бестселеру „09.11“ у којем анализира напад на Светски трговински центар у Њујорку Сједињене Америчке Државе назива водећом терористичком земљом.