Од средине 1992. године, у саставу Армије РБиХ борили су се и муџахедини, дјелимично организовани у посебне јединице. Многи од њих су били припадници терористичке групе Ел Мухаџирун, са око 200 Енглеза пакистанског поријекла, војнички обучене у Пакистану од стране пакистанске терористичке групе Харкат ел Анзар. Неки од припадника те групе (као нпр. Харун Рашид Асват или Шеик Ахмад Омар Сеид), између осталог, осумњичени су и за припрему бомбашких напада на лондонски метро 2005, као и везу са нападима на СТЦ у Њујорку 2001. године.