Sebastián fue convocado a la Selección Sub-20 de Colombia en el Mundial Sub 20 realizado en Colombia por el técnico Eduardo Lara, en el cual solo jugó un partido en los octavos de final ante Costa Rica, participando 60 minutos con victoria 3-2 clasificando a los cuartos de final. Dos años después fue convocado al Sudamericano 2013 por Carlos «El Piscis» Restrepo en el cual jugó 7 partidos quedando campeón, meses después fue convocado para jugar el Torneo Esperanzas de Toulon de 2013 en el cual quedaron subcampeón perdiendo la final 1-0 ante Brasil y en julio finalizó su proceso con la jugando el Mundial sub-20 de 2013 jugando todos los partidos quedando eliminados en los octavos de final ante Corea del sur.