Когда началась война, Андерсон вступил в армию Конфедерации, чтобы защищать свой родной штат. Он стал полковником 11-го джорджианского пехотного полка, и был вместе с полком направлен под Манассас, однако опоздал к первому сражению при Булл-Ран. Впоследствии он принял участие в кампании на полуострове, участвовал в сражении при Йорктауне и командовал бригадой в Семидневной Битве.