L'eyalet di Kanije venne istituito ufficialmente nel 1600 dopo che la città di Kanije venne catturata agli Asburgo. Questa nuova area conquistata venne unita al territorio dell'eyalet di Zigetvar, che era stato costituito nel 1596 dall'unione di alcuni sanjak della provincia di Budin (che era stato espanso come risultato delle conquiste territoriali ottomane durante la Guerra dei Quindici anni) e dell'Eyalet di Bosnia. L'Eyalet di Kanije rimase in auge sino alla riconquista della città di Kanije da parte delle forze asburgiche nel 1690. Venne formalmente ceduta alla monarchia austriaca col Trattato di Karlowitz nel 1699.