Amfipolis kukoisti Pangaion-vuoren kullan ansiosta, ja ateenalaiset vaikuttavat pitäneen kaupunkia eräänlaisena kruununjalokivenään. Sparta valtasi kaupungin peloponnesolaissodan aikaan vuonna 424 eaa. Brasidaan johdolla. Paremmin historioitsijana tunnetun Thukydideen johtama takaisinvaltausyritys epäonnistui. Ateena yritti valtausta uudelleen Kleonin johdolla vuonna 422 eaa., mikä johti Amfipoliin taisteluun. Sparta sai pidettyä Amfipoliin myös tässä taistelussa, mutta sekä Brasidas että Kleon kuolivat. Ateena sai pidettyä Eionin. Brasidas haudattiin kaupunkiin ja häntä kunnioitettiin heeroksena ja kaupungin perustajana, ja hänen kunniakseen perustettiin vuotuinen juhla.