קרדוסו שיחק בנבחרת הלאומית של פרגוואי משנת 1991 עד לפרישתו, והיה, עד 2015, הכובש המוביל שלה בכל הזמנים עם 25 שערים. הוא השתתף עם הנבחרת בטורנירי גביע העולם של 1998 ו-2002, בשניהם העפיל עמה עד לשמינית הגמר. הוא הבקיע שלושער בניצחון 1-4 על נבחרת אורוגוואי במוקדמות מונדיאל 2006, אך לא יכול היה להשתתף במונדיאל עצמו בשל פציעה. קרדוסו נכלל בסגל נבחרת פרגוואי גם לאולימפיאדת אתונה 2004, וסייע לה לזכות במדליית הכסף - המדליה האולימפית הראשונה בתולדות המדינה.