Nehir, geçtiği ülkelerin tarihlerinde, özellikle Ruanda'nın tarihinde, önemli bir yere sahiptir. 1894'te Alman Gustav Adolf von Götzen, Rusumo Şelaleleri'nin üzerinden Kagera'yı geçti ve Ruanda koloni dönemini başlattı; 1916'da I. Dünya Savaşı sırasında Belçikalılar Almanları yendiler ve aynı yoldan Ruanda'ya girdiler. Ruanda Soykırımı sonrasında cesetlerin Victoria Gölü'ne doğru yönelmesi nedeniyle Uganda'nın belirli bölgelerinde olağanüstü hâl ilan edilmiş, nehrin bu özelliği kötü bir nam salmasına neden olmuştur.