Am 24. Juni 1920 wurde Canaris erst Zweiter und wenig später Erster Admiralstabsoffizier beim Kommando der Marinestation der Ostsee. Canaris beschaffte Material und Waffen aus versteckten Lagern für die Ausstattung der neuen Marine. Um Geld zu beschaffen, fädelte er den Verkauf überzähliger Waffen und Geräte über Dänemark ein. Canaris war Verbindungsmann zur rechtsradikalen Terrororganisation Organisation Consul (O.C.), die vom wegen Hochverrats gesuchten untergetauchten Ehrhardt geführt wurde. Die Mitglieder der OC wurden mit Geldern aus den illegalen Waffengeschäften bezahlt. Auch mit Waffen und Ausrüstung wurde die Terrororganisation versorgt. Auch als die O.C. immer mehr politische Morde an Politikern des Reichs, darunter dem Reichsaußenminister Walther Rathenau und dem ehemaligen Reichsfinanzminister und deutschem Erstunterzeichner des Waffenstillstands von Compiègne, Matthias Erzberger, beging, beendete Canaris die Zusammenarbeit nicht.