ประเทศอินโดนีเซีย จะได้เข้าร่วมแข่งขันกีฬาพาราลิมปิกฤดูร้อน ครั้งที่ 16 ค.ศ. 2020 (พ.ศ. 2563) ณ กรุงโตเกียว ประเทศญี่ปุ่น ระหว่างวันที่ 24 สิงหาคม - 5 กันยายน พ.ศ. 2564 คณะกรรมการพาราลิมปิกแห่งประเทศอินโดนีเซียได้ส่งทีมนักกีฬาที่ผ่านรอบคัดเลือกพาราลิมปิกแล้วทั้งหมด 25 คน เข้าร่วมการแข่งขันใน 7 ชนิดกีฬา