Üniversite 1579 yılında Litvanya Büyük Dükü ve Polonya Kralı Stephen Báthory tarafından Vilnius'un Cizvit Akademisi (Koleji) olarak kuruldu. Polonya-Litvanya Birliği'nin Cracow Academisi ve Albertina'dan sonra üçüncü en eski üniversitesiydi. Polonya'nın üçüncü kez parçalanması (1795) ve Kasım Ayallanması (1830-1831) sonrasında üniversite kapatıldı ve 1919 yılına kadar faaliyetleri durduruldu. I. Dünya Savaşı sonrasında üniversite Litvanya (Aralık 1918) ve Sovyet güçlerince (Mart 1919) işgal ederek başarısız bir şekilde yeniden başlatma girişimlerine maruz kaldı. Sonunda 1920'de Sovyet-Polonya Savaşı'nın ardından 1922'de Polonya'ya dahil olan Orta Litvanya Cumhuriyeti'nde, iki yıldan az bir süre sonra İkinci Polonya Cumhuriyeti'nde Stefan Batory Üniversitesi (Ağustos 1919) olarak faaliyetlerine devam etti.