Tras el derrocamiento de Perón, el partido criticó la pérdida de libertades democráticas y la proscripción de los partidaria que llevó adelante el golpe de Estado de 1955. Si bien el peronismo era el principal objetivo de las persecuciones, el aumento de la represión en el gobierno de Arambruru lo llevó también a reprimir a los miembros del Partido Comunista. En 1956 el Ministerio de Interior, Eduardo Busso, denunció que la Unión de Mujeres Argentinas y la Liga Argentina por los Derechos del Hombre tenían vinculaciones con el partido. el local será reabierto en 1959, aunque la persecución no se suspendió.