Kaupungin varhaisesta historiasta tiedetään suhteellisen vähän. Joonian kapinan vuosina 499–498 eaa. aikaan kaupunki oli persialaisten puolella, päin vastoin kun useimmat muut saaren kaupungit, jotka liittyivät kapinaan Salamiin kuninkaan Onesiloksen johdolla. Onesilos piiritti Amathusta, mutta kaatui taistelussa. Salamis valtasi Amathuksen kuningas Euagoraan aikana noin 411–374/373 eaa., jolloin sen kuninkaana toimi Rhoikos. Tätä ennen kaupunki oli Kitionin ja Soloin kanssa liitossa Euagorasta vastaan. 300-luvulla eaa. Amathuksen kuningas Androkles auttoi Aleksanteri Suurta Tyroksen piirityksessä.