Po větší část dějin byzantské říše podléhal Pontus císařské vládě v Konstantinopoli. Po dobytí tohoto města během čtvrté křížové výpravy vzniklo v této oblasti trapezuntské císařství, které existovalo v letech 1204 až 1461. Po dobytí Trapezuntu sultánem Mehmedem II. Fatihem se Pontus stal součástí Osmanské říše, třebaže si uchoval určitou autonomii. Na počátku 20. století se postavení místních křesťanských Řeků značně zhoršilo v důsledku vzestupu nacionalismu za vlády mladoturků, což vyvrcholilo perzekucemi, masovým zabíjením a vyháněním obyvatelstva během řecko-turecké války v letech 1919 až 1922. V souvislosti s tím byl 19. květen, který je v Turecku národním svátkem, připomínajícím příchod Mustafy Kemala do Samsunu v roce 1919 (čímž začala turecká válka za nezávislost), prohlášen řeckým parlamentem za pamětní den genocidy pontských Řeků. Mnozí Turci to považují za provokaci ze strany Řecka. Po založení Turecké republiky pozbyl Pontus své někdejší autonomní postavení. V roce 1921 byl navržen vznik nezávislého pontského státu, který ale nebyl nikdy realizován. Smlouvou z Lausanne, která revidovala předchozí smlouvu ze Sèvres, byla kromě jiného sjednána výměna obyvatelstva mezi Řeckem a Tureckem. V jejím důsledku bylo přesídleno kolem 1,5 milionu Řeků z Anatolie do Řecka a zhruba 500 000 Turků z Řecka do Turecka. Velký počet pontských Řeků uprchl z Turecka do zemí kavkazského regionu, převážně do Arménie, Gruzie a Ruska. Velká část řecké diaspory ve státech bývalého SSSR patří právě k potomkům pontských Řeků.