La primera referència sobre l'actual nucli de població de "Fuentes Claras" apareix a la "Adjudicación de Diezmos y Primicias de las Aldeas de la Comunidad de Daroca" del bisbe de Saragossa Ramón de Castrocol l'any 1205, recollida en el "Llibre vermell de l'Arxiu Col·legial de Daroca", així com en un document del monestir de Casbas el 1209. La creació s'emmarca en el procés històric de la Reconquesta, en l'avenç de les tropes cristianes de la Corona d'Aragó cap al sud. Atès que els reis d'Aragó no només van enfrontar-se als musulmans durant l'Edat Mitjana –la guerra contra el Regne de Castella també va estar present– el rei Jaume II va ordenar la construcció de la ciutadella de "Fuentes Claras" l'any 1337. la zona del Jiloca en què es troba la localitat va ser atacada pel Regne de Castella durant la Guerra dels dos Peres entre 1356 i 1369. El 1361 Pere IV va manar fer obres a la ciutadella per resistir l'atac castellà.