Toisen maailmansodan suuria taisteluita Kreikassa olivat muun muassa Kreetan taistelu vuonna 1941 sekä Dodekanesian valtaus vuonna 1943. Kreetan taistelussa saksalaiset kärsivät kovia tappioita, ja valtasivat saaren lopulta ankarassa kahden viikon taistelussa. Miehityksen seurauksena yli 100 000 ihmistä kuoli nälkään. Lisäksi miehitysaikana yli 50 000 juutalaista vietiin Kreikasta Auschwitzin keskitysleiriin ja Thessalonikissa asuneista yli 50 000 juutalaisesta valtaosa surmattiin keskitysleireissä tai kaupungin urheilustadionilla.