В 2002 году Нико во второй раз принял участие в первенстве мира. На турнире он впервые вышел на поле в заключительном поединке группового этапа против сборной России, а также отыграл всю встречу 1/8 финала против сборной Бразилии. Матч против будущих чемпионов мира стал для Ван Керкховена последним в футболке национальной команды, сразу мундиаля он завершил карьеру в сборной. За национальную команду Нико сыграл 42 матча и забил 3 гола.