A causa delle sue origini marocchine Afellay si è trovato nella situazione di dover scegliere tra la nazionale marocchina e quella olandese, optando per quest'ultima nonostante la forte concorrenza a centrocampo. L'8 ottobre 2005 il CT olandese Marco van Basten ha convocato per la prima volta Afellay in nazionale per le partite contro la Repubblica Ceca e la Macedonia, senza tuttavia farlo scendere in campo. Ha fatto il suo debutto con la nazionale olandese il 28 marzo 2008 in una partita di qualificazione per gli Europei del 2008 contro la Slovenia.