鎮台の任務は、国内反乱の鎮圧と対外的な防衛にあったが、士族反乱に対する国内向けの比重が大きかった。熊本鎮台は、近代日本最初の対外戦争となった1874年（明治7年）の台湾出兵で兵力を出し、同年に勃発した佐賀の乱を鎮圧した。1876年（明治9年）の神風連の乱では鎮台司令官が殺されたが反撃して鎮圧した。1877年（明治10年）には当時の日本陸軍の総力を挙げた戦争となった西南戦争が起き、熊本鎮台の兵は熊本城に籠城して守りきった。