Согласно оценкам Михаила Зыгаря и Михаила Касьянова в книге «Вся кремлёвская рать. Краткая история современной России», публичные претензии Ходорковского в том, что сравнительно небольшая компания «Северная нефть» была реализована с нарушениями, Путин воспринял как конфликт с федеральной властью. И Путину, и Ходорковскому было хорошо известно, что все крупные российские бизнесмены 1990-х годов в ходе залоговых аукционов 1995 года не приобрели свою собственность, а фактически получили её в дар от государства в обмен на поддержку Ельцина на президентских выборах через год. Согласно такой логике на фоне залоговых аукционов 1995 года, когда и началось резкое обогащение Ходорковского, нарушения при продаже «Северной нефти» выглядели малозначительными. Поэтому вызывающая публичная лекция Ходорковского о коррупции в российском нефтяном бизнесе возмутила Путина. Ходорковский и Михаил Касьянов (на тот момент председатель правительства РФ) полагали, что сделка по покупке «Роснефтью» компании «Северная нефть» происходила под личным контролем Путина, была ему выгодна, а доходы от неё были направлены на финансирование президентской избирательной кампании 2004 года.