בעקבות המהפכה האיראנית היחסים התחממו, אך תמיכת איראן בפקיסטן ותמיכת הודו בעיראק מנעו שיתופי פעולה משמעותיים. בשנות ה-90 שתי המדינות עמדו בראש הברית הצפונית באפגניסטן במסגרת מלחמתן בשלטון הטליבאן באפגניסטן. שתי המדינות תמכו בממשלתו של אשרף גאני אחמדזאי בגיבוי אמריקאי. ב-2002 שתי המדינות חתמו על הסכם שיתופי פעולה ביטחוניים.