Fuller passe la plupart de 1863, en service de garnison au sein de l'armée du Tennessee, et est promu au brigadier général le . En , Fuller mène son commandement à travers la rivière Tennessee et s'empare de la ville de Decatur, en Alabama. Il participe à la campagne d'Atlanta durant l'été, et mène temporairement une division au cours de la bataille d'Atlanta, le . De nouveau, il conduit sa brigade au cours de la marche vers la mer à la fin de 1864, et lors de la campagne des Carolines de 1865. Fuller est breveté major-général dans l'armée de l'Union, le , et après la fin de la guerre, il démissionne au cours de l'automne.