「熊野丸」の建造中にさらなる戦局の悪化が進み、竣工した1945年（昭和20年）3月末の時点で、日本側は南シナ海や東シナ海の制空権・制海権を喪失していた。ヒ船団などの南方資源航路も閉鎖状態にあった。以前のような潜水艦の脅威だけでなく、アメリカ軍機動部隊と陸軍航空機の脅威が増大しており、計画された対潜護衛空母としての運用が可能な情勢ではなくなっていた。そのため、一応は竣工した「熊野丸」も、一度も実用航海に出ないまま陸軍船舶の本拠地である宇品港金輪島に係留された。教育中の船舶砲兵の見学に使用された程度で、兵装も搭載されず、カモフラージュを施して攻撃を免れるだけとなった。宇品周辺では呉軍港空襲や広島市への原子爆弾投下などがあったが、「熊野丸」が大きな損害を受けることは無かった。