Intégré au sein de la zone Centre du deuxième échelon en 1993, le club, notamment emmené par le buteur Vladimir Koulik, parvient cette fois à se placer en tant que prétendant à la promotion tout au long de la saison. Il échoue cependant à deux points du Lada Togliatti qui l'emporte finalement et est promu à l'issue des barrages de promotion, tandis que Koulik termine deuxième meilleur buteur de la zone avec marqués, une unité derrière Vladimir Fillimonov du Zvezda Perm. La deuxième division est réorganisée pour la saison 1994 et passe à une poule unique au sein duquel le club est conservé en raison de son classement l'année précédente. Il n'arrive cependant pas à se placer pour la promotion cette fois-ci, terminant treizième tandis que Melnikov quitte son poste en fin d'exercice. Son remplaçant est Pavel Sadyrine, qui effectue son retour sept ans et demi après son départ dans l'optique de ramener le Zénith en première division. S'appuyant notamment sur des jeunes joueurs tels que Dmitri Davydov, Denis Ougarov et Denis Zoubko, ainsi que des joueurs d'expérience comme Dmitri Bystrov et Sergueï Dmitriev, le club parvient cette fois à accrocher la troisième place du classement et à obtenir la promotion dans l'élite au terme de l'exercice 1995. Pour son retour en première division, le Zénith parvient à se maintenir aisément l'année suivante avec une dixième position. Le contrat de Sadyrine n'est cependant pas renouvelé et il quitte son poste en fin de saison.