La fin du constitua une période difficile pour l'Empire ottoman, notamment après sa défaite lors de la bataille de Vienne en 1683. En 1697, après la défaite de la Bataille de Zenta ,dans une attaque conduite contre l'Empire par le prince Eugène de Savoie, Sarajevo fut brûlée. La ville fut reconstruite en partie par la suite, mais la capitale de la Bosnie fut transférée à Travnik. Jamais la ville ne retrouva sa puissance d'autrefois, le reste marqué par une importante vie intellectuelle, avec des écrivains comme Mehmed Mejlija Guranij et Mula Mustafa Bašeskija. Des bibliothèques, des écoles et mosquées furent construites, mais aussi de nouvelles fortifications. En 1785, une épidémie de peste éclata à Sarajevo et, en 1788, un incendie ravagea la ville.