Estava naquela cidade quando a 2 de Maio de 1808 ocorreu o Levantamento de Madrid, grito de revolta contra a ocupação francesa da Espanha que rapidamente se estendeu a Portugal. No Verão de 1808, quando se generalizou a sublevação popular contra a ocupação francesa, dirigiu-se para o Porto para retomar o comando para que fora nomeado em 1807. Foi acompanhado pelo seu primo Miguel Pereira Forjaz, e ambos ocuparam cargos de destaque na Junta de Supremo Governo do Reino de Portugal que então se forma naquela cidade. Miguel Pereira Forjaz assume funções na parte administrativa e Bernardim Freire na reorganização de um exército nacional português, que entretanto fora desfeito pelo governo francês de ocupação.