Trong năm tiếp theo, "Lake Champlain" hoạt động dọc theo bờ biển Đại Tây Dương và tại vùng biển Caribbe. Trong tháng 6 năm 1962, nó nhận lên tàu những học viên sĩ quan thuộc Học viện Hải quân Hoa Kỳ trong một chuyến đi thực tập mùa Hè đến Halifax, Nova Scotia; và tại Kingston, Jamaica, nơi nó đại diện cho Hoa Kỳ trong lễ hội đánh dấu nền độc lập của hòn đảo này vào ngày 3 tháng 8. Vào ngày 24 tháng 10, con tàu được huy động khẩn cấp để tham gia đợt "cô lập hàng hải" đảo quốc Cuba, sau khi phát hiện Liên Xô đang xây dựng các căn cứ tại đây để bố trí tên lửa đạn đạo tầm trung mang đầu đạn hạt nhân. Để xóa bỏ mối đe dọa nghiêm trọng này, tàu chiến Hoa Kỳ được bố trí khắp khu vực Tây Đại Tây Dương, ngăn chặn luồng tiếp liệu quân sự đi đến Cuba trong khi diễn ra các thương lượng ngoại giao nhằm mục đích rút bỏ các tên lửa tấn công của Nga khỏi hòn đảo này.