A história moderna do Conselho da Federação começa com a Crise constitucional russa de 1993, que colocou o presidente Boris Iéltsin contra o parlamento russo, por conta de suas reformas neoliberais e radicais, criticadas pelos seus opositores do Legislativo. Com o passar dos meses, o congresso foi ficando cada vez mais insatisfeito com Iéltsin e seu comitê. O parlamento então coloca-se contra o primeiro-ministro da confiança de Iéltsin, Yegor Gaidar. Prevendo que a oposição poderia ser ainda maior com relação a suas reformas, Iéltsin então apresenta para o parlamento uma nova Constituição, imediatamente rejeitada pelos parlamentares. Iéltsin então assume poderes quase absolutos e declara o parlamento dissolvido. O parlamento, em resposta, desconsiderou Iéltsin como presidente, proclamando Alexander Rutskoi o novo chefe do país. Com o crescente apoio popular a favor do parlamento, Iéltsin ordena a prisão dos opositores e a explosão da Casa Branca, a sede do parlamento. Após a morte de 178 pessoas e a libertação dos presos, Iéltsin sai vitorioso e então estabelece a Assembleia, composta da Duma, a câmara baixa, e o Conselho da Federação, a câmara alta, em substituição do antigo parlamento. Iéltsin também alterou a legislação para aumentar os poderes presidenciais.