Colombia jugaría en el Grupo C ante la anfitriona Turquía, Australia y El Salvador. Juan Fernando marcaría ante Turquía y ante El Salvador, al terminar la Fase de grupos, la FIFA lo reconoció como el mejor jugador de la primera fase de la Copa Mundial de Fútbol Sub-20 de 2013. Por los octavos de final, Colombia enfrentaría a Corea del Sur, en un partido en el que Quintero marcaría un tremendo gol de tiro libre en el minuto 94 cuando la Selección Coreana ganaba por 1-0, esta anotación sería elegida al terminar el campeonato como el Mejor Gol del Mundial Sub-20, Increíblemente, Corea del Sur eliminaría a Colombia en penaltis por 8-7 (Quintero anotaría en la tanda de penaltis).