Die Kontrolle des Gebietes erwies sich bereits öfters als schwierig, insbesondere in Zeiten der politischen Instabilität wurden Schutzmaßnahmen im Ruwenzori fast unmöglich. Dies war etwa von 1997 bis 2001 aufgrund des Kongokrieges der Fall. Rebellengruppen nutzten das Gebirge als Rückzugsgebiet und verübten Attentate, darüber hinaus kam es zu illegalen Abholzungen und Wilderei. Insbesondere Schimpansen und Büffel wurden durch die Jagd nach Bushmeat in Mitleidenschaft gezogen, letztere wurden nahezu ausgerottet.