Nach langer Genesungsdauer wurde Krafft bei der Bildung des Kolberger Infanterieregiments im August 1808 zunächst Kommandeur des Füsilierbataillons und stieg am 4. Juli 1809 zum Kommandeur des 4. Ostpreußischen Infanterieregiments in Graudenz auf. Daneben war er seit 11. Dezember 1809 auch mit der Führung der Geschäfte als Kommandant der Festung beauftragt. Am 7. Februar 1810 folgte seine Beförderung zum Oberstleutnant. Im November 1811 wurde er Chef der Infanterie der pommerschen Brigade und im Mai 1812 zum Oberst befördert. Im März 1813 wurde Krafft Kommandeur der 6. Infanterie-Brigade im Korps Bülow. In den Feldzügen der Befreiungskriege 1813 kämpfte er mit Auszeichnung in den Gefechten bei Hoyerswerda (28. Mai 1813) und den Schlachten bei Großbeeren (23. August 1813), Dennewitz (6. September 1813) sowie der Völkerschlacht bei Leipzig (16. bis 19. Oktober 1813). Für seine Verdienste während der Kämpfe bei Hoyerswerda erhielt er das Eiserne Kreuz II. Klasse und für Dennewitz das Eiserne Kreuz I. Klasse. Im September 1813 wurde er zum Generalmajor befördert. Im Herbstfeldzug von 1813 und im Winterfeldzug von 1814 war Krafft an den Kämpfen bei Arnheim (30. November 1813), den Gefechten bei Breda und Herzogenbusch, der Belagerung von Antwerpen (Januar bis Mai 1814) und der Schlacht bei Laon (9. und 10. März 1814) beteiligt und konnte sich erneut auszeichnen.