C'est pourtant en Turquie actuelle que se sont déroulés les premiers conciles chrétiens, Nicée, Constantinople, Éphèse, Chalcédoine. L'empire byzantin, successeur de L'Empire romain détruit par les Barbares dès le , se maintiendra jusqu’en 1453. L'Empire ottoman, par la suite, adopte une classification hiérarchique de ses sujets, d'abord les musulmans puis les non musulmans (chrétiens, juifs) qui verront leur communauté religieuse ("millet") régie par leurs autorités ecclésiastiques autorisées à légiférer en matière religieuse et civile. À partir de 1839 le Hatt-i Sherif de Gülhane promulgué dans le cadre des réformes visant à moderniser l'Empire Ottoman (ère des Tanzimat), garantie l'égalité de tous les sujets Ottomans quelle que soit leur confession. Beaucoup de chrétiens tiennent alors des positions clef dans l'Empire, ils sont ambassadeurs, drogmans, banquiers, photographe, peintres, compositeur,En 1900, un habitant sur quatre de l'Empire ottoman était chrétien. À partir de 1880, dans le contexte tendu de la défaite ottomane face à la Russie en 1878 et de l'expulsion des musulmans des territoires perdus par l'Empire Ottoman, des tensions éclatent entre musulmans et chrétiens. Le coup d'état de 1908 et la prise de pouvoir des Jeunes-Turcs et surtout du Comité Union et Progrès qui prône une idéologie raciale basée sur la supériorité des Turcs sur le reste des sujets ottomans va conduir à l'extermination des Arméniens (1,2 million), des Grecs (0,5 million), des syriaques, assyriens, chaldéens (plusieurs centaines de milliers) est programmé. Aujourd'hui la Turquie ne compte plus que , , . En tout à peine , dont ; soit 0,2 % de la population contre 98 % de musulmans pour d'habitants.