Im Laufe seines Studiums formten sich seine politischen Grundsätze, nachdem er 1968 den Juventudes Comunistas de Chile beigetreten war. Nach seinem ersten Studienjahr wurde er zum Fakultätsvertreter im chilenischen Studentenverband gewählt. Nach dem Militärputsch vom 11. September 1973 wurde Apablaza festgenommen und in verschiedenen Lagern festgehalten, darunter Londres 38 und das Estadio Nacional de Chile. Am 5. September 1974 wurde er mit anderen 124 Chilenen in Richtung Panama als politischer Flüchtling des Landes verwiesen. Er entschied sich aus gesundheitlichen Gründen, nach Kuba weiterzuziehen, wo er im Dezember 1974 ankam. Seinen Rufnamen „Compay“ erhielt er dort.