Mohammad Fayek Uzzaman's first book was on the Iran-Iraq War named "ইরান ইরাক বিরোধ ও সাম্প্রতিক যুদ্ধ" ("Iran-Iraq Birodh O Shamprotik Juddho"), later republished as "ইরান ইরাক যুদ্ধ ( Iran-Iraq War)." His PhD thesis was later published named মুজিবনগর সরকার ও বাংলাদেশের মুক্তিযুদ্ধ( Mujibnagar Sarkar O Bangladesher Muktijuddho). His third book was on Sectarianism, Terrorism and reflecting past history of Bangladesh, from 1952 to 1975. The book was named "সাম্প্রদায়িকতা থেকে জঙ্গিবাদ: ভাষা আন্দোলন, মুক্তিযুদ্ধ ও বঙ্গবন্ধু হত্যাকাণ্ড( Shamprodayikota Theke Jongibad: Bhasha Andolon, Muktijuddho O Bongobondhu Hottyakando)" Two Collection of columns were published in 2019 named "শেখ মুজিব : মেঠোপথের বংশীবাদক( Sheikh Mujib: Methopother Bongshibadok)" and "আপনিইতো বাংলাদেশ( Apnie To Bangladesh)."