Louise a avut marele ei moment în octombrie 1806. În ciuda experienței puține în Weimar, ea a avut o mare influență în cercurile literare. Bătălia de la Jena (14 octombrie) a dus la înfrângerea forțelor prusaco-saxone și a precipitat căderea Sfântului Imperiu Roman. Curând după bătălie, trupele franceze au înaintat în Weimar. Ceilalți membri ai familiei, fie au fugit fie luptau armata prusacă, însă Louise a rămas în Weimar ca mamă și protectoare a națiunii. La două zile după bătălie ea a intrat în conflict cu însuși Napoleon.