ב-23 ביוני 2016 חתמו סנטוס וחימנס בהוואנה על הסכם הפסקת אש. על פי ההסכם יתפרקו 7,000 לוחמי FARC מנשקם ויעבירו אותו לידי האו"ם. ב-24 באוגוסט חתמו נציגי הצדדים בהוואנה על הסכם שלום, וב-26 בספטמבר חתמו סנטוס וחימנס על הסכם השלום בטקס חגיגי בעיר קרטחנה. חימנס התנצל במעמד זה על כל הכאב שגרם ארגונו. אולם במשאל העם על הסכם השלום הקולומביאני, שנערך ב-2 באוקטובר, נדחה ההסכם ברוב זעום של 50.2%, כיוון שנתפס כמקל מדי עם המורדים. עם זאת שני הצדדים הביעו נכונות להמשיך במגעים ולפעול יחד על מנת לשמור על השלום. ב-24 בנובמבר נחתם בבירה בוגוטה הסכם שלום חדש, הכולל שינויים שהציעו מתנגדי ההסכם הקודם. הקונגרס של קולומביה אישר את ההסכם החדש ב-30 בנובמבר, וב-13 בדצמבר אישר בית המשפט החוקתי את הליכי ההצבעה על ההסכם בבית הנבחרים.