W reprezentacji Argentyny Fernández występował w latach 1909–1916. W reprezentacji zadebiutował 19 września 1909 w zremisowanym 2-2 meczu z Urugwajem, którego stawką było Copa Newton. W 1910 został powołany na pierwszą, jeszcze nieoficjalną edycję Mistrzostw Ameryki Południowej, który wówczas nazywał się "Copa Centenario Revolución de Mayo 1910". Na turnieju w Buenos Aires Fernández był rezerwowym i nie wystąpił w żadnym meczu. Ostatni raz w reprezentacji wystąpił 29 września 1916 w przegranym 1-3 towarzyskim meczu z Urugwajem. Ogółem w barwach "albicelestes" wystąpił w 15 meczach, w których zdobył bramkę.