Die Machtübergabe an die Nationalsozialisten veränderte die Situation Kuhrs nachhaltig. 1933 stand er noch in Kontakt zu Alois Schardt, dem Direktor der Berliner Nationalgalerie, der versuchte die Sammlung der modernen Künstler im Kronprinzenpalais aufrechtzuerhalten. 1934 wurde er im Völkischen Beobachter öffentlich diffamiert und aufgrund seines Namens als Jude bezeichnet. 1937 wurden Werke von ihm in der Ausstellung Entartete Kunst gezeigt. Infolge der Repressalien begab sich Fritz Kuhr in die Innere Emigration und trat nicht mehr öffentlich in Erscheinung.