Robert regresó a Escocia aproximadamente en 1638, y participó en algunos de los primeros movimientos de las Guerras de los Obispos contra Carlos I y también en las Guerras de los Tres Reinos al servicio de losCovenanters escoceses. Durante las Guerras de los Obispos, en 1638 Monro conquistó Dalkeith con 500 hombres, y en 1639 Monro estaba junto a Alexander Leslie cuando se capturó el Castillo de Edimburgo. El General Robert Monro puso sitio al fortificado Palacio de Spynie, obligando al obispo John Guthrie a rendir sus fuerzas. Esto marcaría el fin de Spynie como sede de poder, lo que había sido la sede de los Obispos de Moray durante 500 años. También en 1640, Monro asedió Drum Castle, del realista Clan Irvine que se rindió después de dos días y ocupó también Huntly Castle del Clan Gordon, junto con un Capitán llamado James Wallace. Intervino en la destrucción del Castillo de Inchdrewer, sede familiar de George Ogilvy, 1.º Señor Banff.[24]