1805 wurde Kufstein im Zuge des Dritten Koalitionskrieges gegen Napoleon nach kampfloser Kapitulation der Festung erneut von den Bayern eingenommen und zusammen mit ganz Tirol im Frieden von Pressburg auch formal dem Königreich Bayern zugesprochen. Es konnte auch im Tiroler Volksaufstand 1809 nach wochenlanger Belagerung nicht zurückgewonnen werden, da die bayerische Garnison sich auf die Festung stützte, die für die Aufständischen uneinnehmbar war. Der Aufstand wurde 1813 endgültig brutal niedergeschlagen. Als Bayern das Bündnis mit Napoleon verließ und auf die Seite der Alliierten wechselte, vereinbarten Bayern und Österreich im Rieder Vertrag die Rückgabe Tirols (und damit auch Kufsteins) an Österreich. Österreich sicherte im Gegenzug Bayern seinen Besitzstand und entsprechende Entschädigung für den Verlust Tirols durch Besitzerweiterungen am Untermain und links des Rheins zu. Das Abkommen wurde 1814 vollzogen, wodurch Kufstein dauerhaft österreichisch wurde und Bayern das Großherzogtum Würzburg und die Rheinpfalz gewann.