Stephen Miller war ein erfolgreicher Geschäftsmann, als er sich im Alter von 42 Jahren dazu entschied, Pennsylvania zu verlassen und seinem Freund Alexander Ramsey nach Minnesota zu folgen. In St. Cloud gründete er ein Handelsunternehmen und etablierte sich als Politiker in der Republikanischen Partei. Während des Sezessionskrieges konnte sich der bis dorthin unerfahrene Soldat im ersten Regiment der Freiwilligeninfanterie von Minnesota vom Private zum Oberst hinaufarbeiten. 1862 kehrte er aus dem Krieg zurück und ersetzte Henry Hastings Sibley als Befehlshaber im Camp Lincoln in Mankato. Dort überwachte er die von seinem Vorgänger angewiesene und von Präsident Lincoln bestätigte Exekution von 38 der ursprünglich 303 verurteilten Dakota-Indianer infolge des Sioux-Aufstandes.