Επί Φίλιππου Β' βελτιώθηκε το λιμάνι με κέντρο το οποίο ανασυστήθηκαν οι εξαγωγές προς την Ευρώπη. Με την δυναστική αλλαγή και τον πρώτο Βορβώνο βασιλιά, η Μάλαγα μετατράπηκε σε ισχυρό ναυτικό κέντρο. Η κατάκτηση του Γιβραλτάρ από τους Βρετανούς το 1704 κατά τη διάρκεια του Πολέμου της Ισπανικής Διαδοχής λίγο πριν από την ναυμαχία της Μάλαγας και η ανάγκη τροφοδοσίας των ισπανικών πόλεων στα παράλια της βόρειας Αφρικής χάρισε στην πόλη αμυντικές κατασκευές. Προς το τέλος του αιώνα λύθηκαν τα προβλήματα υδροδότησης και το λιμάνι επεκτάθηκε εκ νέου.