Han fick tidigt beställningar på målningar med kyrkligt motiv och under sin Paristid målade han en altartavla med "Ludvig den helige" för kyrkan Notre-Dame d´Auders i Argentré i Bretagner och altartavlor för Katolska kyrkan i Malmö samt Hagakyrkan i Göteborg. Till hans större arbeten räknas muralmålningen "Järnet och guldet" som han utförde i Bolinderska huset. Målningen flyttades senare till Jernkontoret i Stockholm och överlämnades därifrån till arkivet för dekorativ konst i Lund. Vid tävlingen om utsmyckningen av Nationalmuseum 1884 tilldelades han andra pris för förslagen "Resandet av en runsten", "Asarnas ankomst till Norden", "Trettioåriga kriget" och "Väringar i Bysans" eftersom tävlingen inte angivit några bestämda ämnen kom Werners förslag att innehålla motiv från forntiden och Sveriges katolska tid. Vid tävlingen 1891 tilldelades han ett tredje pris. Han blev agré vid Konstakademien 1868 och medverkade i akademiens utställningar 1866, 1868 och 1877. Han medverkade i världsutställningen i Paris 1889, Svenska konstnärernas förenings utställning i Stockholm 1898. En minnesutställning arrangerades av Konstnärsförbundet i Stockholm 1904. Hans konst består av religiösa motiv, bland annat med heliga Birgitta samt historiemålningar. Werner år representera vid bland annat Nationalmuseum, Göteborgs museum, Kungliga slottet i Stockholm, Linköpings domkyrka, Norrköpings Konstmuseum, Östergötlands museum, Linköpings läroverk samt Värmlands museum.