В 1960 Иносенсио Кани примкнул к марксистскому антиколониальному движению ПАИГК. Близко сошёлся с Амилкаром Кабралом, стал его доверенным лицом. По рекомендации Кабрала в 1967 был направлен в СССР учиться на военного моряка. Прошёл обучение в 165-м учебном центре по подготовке иностранных военнослужащих и в Военно-морской академии. Вернувшись в Португальскую Гвинею, Иносенсио Кани стал командующим военным флотом "FARP" — вооружённых сил ПАИГК. Активно участвовал в войне за независимость. Состоял в высшем оперативном органе ПАИГК — Исполнительном комитете борьбы. Находился в основном в Конакри, столице Гвинее, где базировалось руководство ПАИГК и командование FARP.