בין השנים 1989–1993 הייתה סוחומי במרכזו של הסכסוך הגאורגי-אבחזי, שהביא להרס רב של העיר. במהלך מלחמת אבחזיה, בתקופת המצור האבחזי על סוחומי, בשנים 1992–1993, סבלו העיר וסביבותיה, כמעט מדי יום ביומו, הפצצות אוויריות והרעשה ארטילרית עם קורבנות רבים בנפש. ב-27 בספטמבר 1993, הביא הקרב על סוחומי לטיהור אתני של הרוב הגאורגי בסוחומי ואבחזיה, כולל את חברי הממשלה האבחזית באותם ימים: ז'יולי שרטאווה, ראול אשבה ועוד. וכן גם ראש עיריית סוחומי דאז, גוראם גביסקיריה. אף על פי שהעיר שקטה יחסית ושוקמה חלקית מאז, היא לא הצליחה לשקם את הגיוון האתני והתרבותי שהיה בעיר.