Църквата е засегната от пожар на 5 срещу 6 април 1944 година. Според други сведения пожарът узбухва на 6 срещу 7 април. Управителят на Скопско-Велешката епархия митрополит Софроний Търновски провежда вътрешно разследване и установява причината. Инцидентът е предизвикан поради невнимание на готвача на германска военна част настанена в обслужващите помещения на храма. Част от църковната утвар е изнесена от горящата сграда и впоследствие е прибрана от църковните власти. При пожарът редица имоти на Скопския диоцез на БПЦ са засегнати сериозно, като освен църквата, са пострадали и жилищните постройки обитавани от духовниците. През същия месец в града започва кампания по набиране на средства за възстановяване на храма. Според македонистката историография църквата всъщност умишлено е запалена от българските фашистки окупатори, при което в нея изгаря част от църковния инвентар – иконостасът, олтарът и др. Силно повредената църква е доразрушена от Скопското земетресение в 1963 година.