Su trabajo en Japón fue una tarea muy activa. En septiembre de 1864, fue el fotógrafo oficial de la expedición militar a Shimonoseki. Al año siguiente produjo imágenes de Nagasaki y sus alrededores. Desde 1866, fue a menudo caricaturizado (no ofensivamente) en el "Japan Punch", el cual había sido fundado y era editado por Wirgman. En octubre de 1866, en un incendio que destruyó gran parte de Yokohama, Beato perdió su estudio y sus negativos; pasó los dos años siguientes trabajando vigorosamente para poder reemplazar las pérdidas. El resultado fue dos volúmenes de fotografías: "Native Types", el cual contenía 100 imágenes, y "Vistas de Japón", conformado por 98 paisajes y vistas de ciudades. Muchas de las fotografías fueron coloreadas a mano, una técnica exitosamente aplicada en su estudio, que trasladó las refinadas habilidades del arte japonés en la acuarela y la impresión a partir de sellos de madera a la fotografía europea. Desde 1869 a 1877, ya no siendo más socio comercial de Wirgman, tuvo su propio estudio en Yokohama, el cual se llamaba "F. Beato &amp; Co., Photographers", con un asistente, H. Woolett, cuatro fotógrafos japoneses y cuatro artistas de la misma nacionalidad. Kusakabe Kimbei fue probablemente uno de los artistas que trabajaba para él antes de convertirse en un fotógrafo por derecho propio. Trabajó también junto a Ueno Hikoma y otros, y posiblemente haya enseñado el arte de la fotografía a Raimund von Stillfried.