Badania archeologiczne wskazują, że okolica ta była zamieszkana już w epoce miedzi. W epoce brązu istniało tutaj starożytne miasto portowe Kananejczyków. Z okresu tego pochodzą odkryte pozostałości masywnych murów obronnych. Okolica była także zamieszkana w epoce żelaza. Egipskie dokumenty z czasów panowania faraona Ramzesa II wymieniają miasto jako fenicki port handlowy. Po podboju Kanaanu przez Żydów, powstało tutaj biblijne miasto Afek, należące do izraelskiego pokolenia Asera. W okresie wypraw krzyżowych w XII i XIII wieku na wzgórzu wybudowano zamek obronny z basztą. Nazywał się on "Ricordana" ("Recordane" lub "Ricordane"). Podczas VI wyprawy krzyżowej w zamku zatrzymał się cesarz Fryderyk II Hohenstauf. Później w pobliżu Tel Afek była położona arabska wioska Wa'arat as-Sarris. Według danych z 1920 roku, istniało tutaj 35 źródeł zasilających rzekę Naaman. W latach 1937-1939 tereny te były systematycznie osuszane, aby przeciwdziałać malarii przenoszonej przez komary. W wyniku tych działań woda z mokradeł została skierowana do kanałów, a następnie wystąpiło zjawisko opadania poziomu wód gruntowych. W rezultacie część tutejszych źródeł wyschła, a obszar bagien zaczął maleć. Następnie, w 1946 roku w rejonie wzgórza został założony kibuc Afek. Począwszy od 1960 roku rozpoczęto pompowanie wody z mokradeł do celów rolniczych. W wyniku nadmiernego eksploatowania, większość pozostałych źródeł wyschła. Ilość wody spadła z 50 mln metrów sześciennych rocznie do zaledwie 2 mln. W latach suchych nastąpił całkowity zanik tutejszych źródeł i strumieni, powodując klęskę suszy. Aby przeciwdziałać tym zjawiskom w 1979 roku podjęto decyzję o utworzeniu rezerwatu przyrody. W następnych latach podjęto szereg działań zmierzających w celu odtworzenia dawnego ekosystemu.