Нивасэ-хан был создан в 1600 году для Тогавы Сатоясу (1567—1628), вассала Укиты Хидэиэ, который восстал против своего сюзерена и перешел на сторону Иэясу Токугава в битве при Сэкигахаре. В качестве награды Иэясу Токугава предоставил во владение Тогаве Сатоясу поместье с центром в замке Нивасэ (29 000 коку). Позднее часть княжества была передана во владение различным братьям Тогавы Масаясу, 2-го даймё Нивасэ-хана. Тогава Ясукадзе, 5-й даймё Нивасэ-хана, владел доменом с доходом 20 000 коку. В 1679 году после смерти малолетнего Тогавы Ясукадзе, не оставившего наследника, Нивасэ-хан перешел под прямое управление сёгуната Токугава.