Na een onderbreking waarin hij als "exchange-vlieger" bij de Canadese luchtmacht leerde om met de CF-18 te vliegen, keerde Luyt weer terug op in Twente. Tot april 2000 nam hij deel aan de operaties Deliberate Guard en Allied Force vanuit het Italiaanse Amendola. Nadat hij kort een functie vervulde bij de Luchtmachtstaf kreeg Luyt het commando over 315 Squadron op Vliegbasis Twenthe. Als gevolg van bezuinigingen was hij echter vooral bezig met de opheffing ervan.