В ходе Критской войны в августе 1645 года турки захватили Ханью и Ретимнон. В 1648 году Османская империя оккупирует практически весь остров, за исключением крепости Кандия (современный Ираклион), которую венецианцы удерживали до 1669 (см. Осада Кандии). Несколько мелких прибрежных островов управлялись ими до 1715 года. В ходе османской оккупации значительная часть населения (до половины) массово принимает ислам. Многие критские мусульмане при этом сохраняют греческий язык, христианские обычаи и пережитки, получает распространение криптохристианство.