Eto'o marque son premier but en Ligue des champions lors du match retour du troisième tour de qualification contre le Hajduk Split. Défaite 1-0 à l'extérieur, son but permet à son équipe de l'emporter 2-0 après prolongation. La saison 2001-2002 est plus difficile pour Majorque, tant au niveau national qu'européen. Majorque termine troisième de son groupe en C1. Eto'o permet à son équipe de l'emporter sur le terrain de Schalke 04 (0-1). L'équipe est repêchée en seizièmes de finale de la Coupe UEFA, mais s'incline contre le FC Slovan Liberec (1-3, 1-2), malgré un but d'Eto'o au retour. À la mi-saison, Eto'o s'absente pour disputer et remporter la Coupe d'Afrique des nations. En championnat, le club termine à seulement trois points du premier relégable. Eto'o est moins prolifique et ne marque que six buts en trente journées.