Nachdem Goebel in der Saison 2002 weitgehend durch Verletzungen außer Gefecht gesetzt worden war, wechselte er zum Jahresende zum TSV Bayer 04 Leverkusen. Bereits seit dem Frühjahr wurde er von dem dortigen Trainer Gerd Osenberg betreut. 2003 wurde Goebel zum dritten Mal nach 2000 und 2001 Deutscher Meister im 60-Meter-Lauf. Über dieselbe Distanz belegte er bei den Leichtathletik-Halleneuropameisterschaften 2005 in Madrid den siebten Platz.