Патрік Мюллер захищав кольори національної збірної Швейцарії з 1998 по 2008 рр. Дебютував у товариській зустрічі проти команди Північної Ірландії 22 квітня 1998 року в Белфасті, вийшовши на заміну у другому таймі замість Стефана Шапюїза, однак швейцарці поступилися господарям поля з рахунком 0-1. Останню гру провів на домашньому Євро проти команди Португалії 15 червня 2008 року в Базелі, швейцарська збірна перемогла з рахунком 2-0. Загалом за збірну зіграв 81 матч та відзначився 3-ма голами.