Tras la anexión alemana de Austria en marzo de 1938, sus actuaciones se radicalizaron y Szálasi fue detenido por la policía por orden del nuevo primer ministro Béla Imrédy, encarcelado y condenado a tres años de trabajos forzados y cinco de pérdida de derechos civiles en la prisión de Csillag en Szeged por subversión, en agosto de ese año. Para lograrlo, Imrédy había montado una campaña de ataques a la esposa del regente con ayuda de la policía secreta que parecía partir del partido de Szálasi para inculpar a este. Pasó dos años en la cárcel. Su estancia en prisión incrementó su popularidad, manteniéndose influyente en la política húngara, aunque muy perseguido. El partido creció enormemente y pasó de unos diez o veinte mil miembros a unos doscientos o trescientos mil durante el primer año de prisión de Szálasi. El grueso de los nuevos miembros era obrero, campesino pobre o de clase media baja. La organización, sin embargo, quedó controlada por Emil Kovarcz, veterano miembro del destacamento Ostenburg y asesino de Béla Somogyi y Béla Bacsó, que impuso tácticas terroristas. Los intentos de Kovarcz de hacerse con el control de la capital mediante manifestaciones y ataques a la comunidad judía durante el otoño de 1938 fracasaron, tanto por el escaso apoyo de los nuevos militantes como por la decidida reacción de las autoridades.