Manchester City, 1899'da Second Division şampiyonluğunu elde etti ve ilk başarısını kazanarak; İngiliz futbolunun birinci seviyesine yükselme başarısı gösterdi. 23 Nisan 1904'te Crystal Palace'ta Bolton Wanderers'ı 1-0 yenerek FA Cup şampiyonu oldu ve böylece tarihindeki ilk büyük başarısını elde etti. Bir önceki sezonu şampiyon tamamlamış olan City, FA Cup Şampiyonluğu'nun ardından ligde de şampiyon olmaya çok yaklaştı ancak 3 puan farkla ligi ikinci sırada bitirerek double yapma fırsatını kaçırdı. Yine de bu başarıya ulaşan ilk Manchester kulübü oldu. FA Cup şampiyonluğunu takip eden sezonda, kulüp içerisinde mali usulsüzlük iddiaları gündeme geldi. 1906'da on yedi oyuncu askıya alındı ve sonuçta kaptan Billy Meredith'de dahil olmak üzere birçok kişi Manchester United'a transfer oldu. 1920'de Hyde Road'da çıkan yangın stadyumun ana tribününü yok etti. Kulüp 1923'te Moss Side'da inşa edilen Maine Road'a taşındı.