V roce 2003 Roger Federer založil spolu s matkou fond Roger Federer Foundation na pomoc znevýhodněných lidí a pro propagaci sportu. V roce 2005 vydražil raketu, s níž vyhrál US Open, aby výtěžek směřoval osobám zasaženým ničivým hurikánem Katrina. Roku 2006 jej Dětský fond Organizace spojených národů (UNICEF) jmenoval velvyslancem dobré vůle.