La commune tire son nom du fort construit en 1622 sous la domination espagnole, pour protéger la passe ouest de Dunkerque. En 1662, après la victoire de Turenne lors de la Bataille des Dunes, Louis XIV rachète Dunkerque et le fort de Mardyck aux Anglais. Colbert, ministre de la marine, installe une colonie de marins sur l'emplacement du fort. Le , Fort-Mardyck s'associe avec Dunkerque. En 2007, la ville comptait .