Nella sua prima stagione in Serie A il Crotone, allenato da Davide Nicola, guadagna il primo punto in campionato alla quarta giornata, contro il , mentre il primo punto fuori casa lo ottiene contro la Fiorentina (1-1) al Franchi. La prima vittoria in Serie A risale al 30 ottobre 2016, in casa contro il , grazie alle reti di Trotta su rigore e di Falcinelli. Il 2 aprile 2017, contro lo stesso Chievo, il Crotone ottiene la prima vittoria esterna in Serie A (2-1), grazie ai gol di Ferrari e Falcinelli. Una settimana dopo il Crotone ottiene una storica vittoria contro l', battuta per 2-1 allo Scida grazie a una doppietta di Falcinelli, mentre il 30 aprile ottiene un punto in casa contro il Milan (1-1). Il 28 maggio la compagine calabrese, a suggello di una grande rimonta, sconfigge la (3-1) e ottiene la salvezza nella stagione di esordio in Serie A, beneficiando della sconfitta dell'Empoli in casa del già retrocesso Palermo, sconfitta che condanna i toscani alla retrocessione. La salvezza del Crotone ha del clamoroso, dato che mai una squadra era riuscita a salvarsi in Serie A dopo aver raccolto così pochi punti nel girone di andata.