I po skončení peruánské války za nezávislost (1821) si Cuzco zachovalo postavení významného města v rámci nově nezávislého peruánského státu. Byl vytvořen departement Cuzco, který sahal až k brazilským hranicím. V roce 1911 bylo město výchozím bodem expedice Hirama Binghama, při které byly objeveny ruiny Machu Picchu. Roku 1950 městem otřáslo zemětřesení, které způsobilo zničení více než jedné třetiny budov ve městě.