Después de realizada la conquista de Yucatán permaneció bajo el régimen de las encomiendas —de donde se estima que toma el nombre «González», en referencia al primer encomendero del lugar: don Luis González de Alba, extremeño, sin que esta creencia esté fundamentada—, las que prevalecen durante toda la época colonial. En 1534 Francisco de Montejo, «El Adelantado», fundó en la cabecera de este municipio la segunda ciudad real de la península de Yucatán. El desarrollo del municipio propiamente dicho y de la región en su conjunto comienza en 1821 cuando Yucatán se declara independiente de la corona española.