1946 wurde Tōjō vor dem Internationalen Militärtribunal für den Fernen Osten in Tokio als Kriegsverbrecher angeklagt und übernahm während des Prozesses die volle Verantwortung für seine Taten. Am 12. November 1948 wurde er in sieben Anklagepunkten für schuldig befunden (u. a. Führen eines Angriffskrieges, unmenschliche Behandlung von Kriegsgefangenen) und zum Tode durch den Strang verurteilt. Am 23. Dezember wurde er hingerichtet. Er wurde am 23. Dezember 1948 in Yokohama zusammen mit den sieben anderen Gehängten kremiert und die Asche von US-Major Luther Frierson mit einem Flugzeug ca. 30 Meilen (48 Kilometer) östlich vor der Küste von Yokohama im Pazifik verstreut.