En 1954, el Alemania Occidental abrió una embajada en Asunción. Ese mismo año, Alfredo Stroessner se convirtió en el Presidente de Paraguay. Stroessner era de origen alemán por el lado de su padre y gobernó Paraguay durante 35 años. Su tiempo en el cargo se hizo conocer como "El Stronato". Stroessner mantuvo estrechos lazos políticos con el Alemania Occidental y realizó varias visitas al país, sin embargo, las relaciones entre el Alemania Occidental y Stroessner se deterioraron cuando el gobierno del Alemania Occidental lo presionó para que dejara de albergar a criminales de guerra nazis en Paraguay. En 1964, el gobierno de Alemania Occidental le pidió a Stroessner que extraditara a Mengele, pero Stroessner se negó y declaró que Paraguay no extradita a sus ciudadanos. En febrero de 1989, Stroessner fue expulsado del poder y las relaciones entre el Alemania Occidental y Paraguay se reanudaron una vez más.