1986年（昭和61年）から日本政府によって修復再建が開始された。損傷が激しい旧大使公邸部分は取り壊され、黒川紀章と山口泰治による設計に基づき再建された。1988年（昭和63年）、旧大使館の建物はベルリン日独センターの建物として使用されるようになった。その翌年の1989年（平成元年）にベルリンの壁は崩壊し、翌1990年（平成2年）には東西ドイツが再統一された。1991年（平成3年）にはボンからベルリンへの遷都が決定されたため、1998年（平成10年）に日独センターはダーレム地区()へと移転し、約半世紀ぶりに日本大使館としての使用が再開された。