I Overland kampagnen i 1864 kæmpede Johnson godt i Slaget ved the Wilderness, og da generalløjtnant James Longstreet blev alvorligt såret dér, overvejede Robert E. Lee at udnævne ham til afløser som korpskommandør. Under Slaget ved Spotsylvania Court House den 12. maj 1864 ved "Bloody Angle" sektionen af Sydstaterness "Mule Shoe" linje blev Johnson taget til fange sammen med det meste af sin division. Han sad som fange i Morris Island ud for kysten ved Charleston i South Carolina og blev udvekslet den 3. august 1864. Han blev sendt vestpå for at slutte sig til generalløjtnant John Bell Hoods Army of Tennessee, hvor han kommanderede en division i generalløjtnant Stephen D. Lees korps. Under Franklin-Nashville kampagnen blev Johnson igen taget til fange i Slaget ved Nashville den 6. december 1864. Igen tilbragte han måneder i en krigsfangelejr på Johnson's Island i Eriesøen. Ved krigens slutning blev Johnson flyttet til "Old Capitol Prison" i Washington, D.C., hvor han blev anklaget for på en eller anden måde at være involveret i mordet på Abraham Lincoln. Der kom ikke noget ud af beskyldningene, og han blev løsladt den 22. juli 1865.