1912'de başlayan Balkan Savaşı nedeniyle Bursa'ya göç etti. Bu dönemde "Mektuplarımın Silsilesinden" başlığıyla beş bölümden oluşan açık mektuplarını yayımladı. 1913 yılında savaşın bitmesiyle Edirne'ye dönen Aykut, 1918 yılının Ekim ayında Bulgar cephesinin çökmesi ve Mondros Mütarekesi'nin imzalanması üzerine arkadaşları Faik Kaltakkıran, Şevket Dağdeviren ve Kasım Yolageldili ile beraber Edirne'de Trakya-Paşaeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti'ni kurdu. Cemiyetin nizamnamesinin hazırlanması ve resmi yayın organı olan "Trakya-Paşaeli" gazetesinin imtiyaz sahibi başyazarı olarak çıkarılmasında etkin rol aldı.