Au Grand Prix du Canada, Alonso est en tête à quelques tours de la fin mais ses pneus perdent leur efficacité : il finit cinquième et perd la tête du championnat. À Valence, pour le Grand Prix d'Europe, Fernando Alonso n'est que onzième sur la grille de départ mais remporte la course après l'abandon de Sébastian Vettel alors en tête. Il reprend la tête du championnat devant Webber et Hamilton. En Grande-Bretagne, Alonso réalise sa première pole position depuis presque deux ans. En course, une mauvaise stratégie de pneumatiques le contraint à terminer deuxième derrière Mark Webber. Au Grand Prix d'Allemagne 2012, Alonso réalise une deuxième pole position consécutive sous la pluie et remporte le lendemain sa trentième victoire, ce qui lui permet d'accroître son avance au championnat.