Nach dem Sturm auf das Kapitol in Washington am 6. Januar 2021 war Murkowski die erste Senatorin der Republikanischen Partei, die US-Präsident Trump zum Rücktritt aufforderte. Bei dem darauffolgenden zweiten Amtsenthebungsverfahren gegen Donald Trump unterstützte sie dieses und stimmte als eine von sieben republikanischen Senatoren für einen Schuldspruch Trumps.