Am 21. August 1987 übernahm Kapitän zur See "(Captain)" Abbot den Posten als Kommandant des Trossschiffs "USS Caloosahatchee" und hatte diesen bis zum 1. Februar 1989 inne. Er war zwischen dem 9. Juni 1990 und dem 27. August 1992 Kommandant des Flugzeugträgers "USS Theodore Roosevelt", mit dem er während des Zweiten Golfkrieges (17. Januar bis 5. März 1991) eingesetzt war. Als Konteradmiral "(Rear Admiral)" fungierte er zwischen Mai 1994 und Juli 1995 als Kommandeur der "Carrier Strike Group 8" (CCSG-8). Als Vizeadmiral "(Vice Amdiral)" löste er im Juli 1996 Vizeadmiral Donald L. Pilling als Befehlshaber der Sechsten US-Flotte "(US Sixth Fleet)" ab und behielt diese Funktion bis Juli 1998, woraufhin Vizeadmiral Daniel J. Murphy, Jr. seine Nachfolge antrat. Zuletzt bekleidete er von 1998 bis 2000 als Admiral den Posten als stellvertretender Oberkommandierender des US-Kommandos Europa "(US European Command)". 2000 trat er in den Ruhestand.