Вскоре после революции вернулся в Лурмарен и вступил в Национальную гвардию, впоследствии участвовал в осаде Тулона и вместе с семьёй бежал из страны: его отец и брат Камиль оказались в Швейцарии, Филипп Анри с братом Шарлем Фредериком — в Ливорно. После падения Робеспьера и помощи оставшегося в стране старшего брата Франсуа все четверо смогли вернуться на родину, однако Жирар был вынужден прекратить занятия наукой, чтобы зарабатывать себе на жизнь. Первоначально он стал преподавателем химии, математики и естествознания, а в 1801 году переехал в Марсель, где начал читать курсы физики и химии в местной академии. В скором времени, однако, вместе с Шарлем Фредериком переехал в Париж, в 1806 году представил собственный проект парового двигателя.