Sądzony w 1947 w procesie Flicka (piąty z 12 procesów norymberskich) przed amerykańskimi trybunałami wojskowymi po zakończeniu procesu głównych zbrodniarzy wojennych przed Międzynarodowym Trybunałem Wojskowym w Norymberdze wraz z pięcioma współpracownikami (Otto Steinbrinck, Bernhard Weiss, Konrad Kaletsch, Hermann Terberger i Odilo Burkart), został skazany na 7 lat więzienia jako winny zatrudnianiu do niewolniczej pracy, rabunkom na terytoriach okupowanych przez Niemcy i wspieraniu SS. Flick nie uznał wyroku, a sędziom zarzucił, że obrażają niemieckich przemysłowców: "„Żadna spośród wielu osób, które znają mnie i moich współoskarżonych, nie zechce uwierzyć, że jesteśmy winni zbrodniom przeciw ludzkości, i nikt nam nie zarzuci, że jesteśmy kryminalistami”". Flick poczuwał się za niewinnego i nie zgadzał się z wyrokiem. W swoim postępowaniu widział działanie w stanie wyższej konieczności. Jako jedyny przemysłowiec złożył odwołanie od wyroku. 25 lutego 1950 został zwolniony z zakładu karnego w Landsbergu. Do stycznia 1951 wszyscy niemieccy przemysłowcy skazani za zbrodnie wojenne, w tym Flick, zostali uwolnieni aktem łaski wydanym przez amerykańskiego Wysokiego Komisarza Niemiec Johna J. McCloya.