Der Baske Begiristain begann seine Karriere 1982 beim Erstligisten Real Sociedad aus San Sebastián. Höhepunkt seiner dortigen Karriere war der Pokalsieg 1987. Bis 1988 hatte er 187 Spiele bestritten, ehe er nach der Fußball-Europameisterschaft 1988 zum FC Barcelona wechselte. Mit diesem Verein gewann er vier Meisterschaften, einmal den Europapokal der Landesmeister, einmal den Europapokal der Pokalsieger, einmal den UEFA Super Cup und einmal die Copa del Rey.