Dopo una breve fase iniziale di collaborazione tra i due movimenti di resistenza, esplose nell'autunno 1941 la guerra civile che fu caratterizzata da brutali violenze e rappresaglie sui civili. In Serbia i partigiani di Tito ebbero inizialmente la meglio e organizzarono il primo territorio libero, la cosiddetta "repubblica di Užice", ma il successo fu di breve durata. I tedeschi organizzarono un attacco in forze e schiacciarono in breve tempo il movimento partigiano che fu costretto a evacuare il territorio libero e lasciare la Serbia per continuare la lotta in Montenegro e Bosnia-Erzegovina. In Serbia per quasi tre anni i partigiani dell'Esercito popolare non furono più attivi e la situazione venne dominata dagli occupanti tedeschi con la collaborazione delle milizie filo-fasciste di Nedić; Mihailović rinunciò a opporsi militarmente ai tedeschi e rimase in attesa conservando le forze dei suoi cetnici che in Serbia mantennero un netto predominio. I partigiani di Tito continuarono a combattere accanitamente contro le forze dell'Asse e i collaborazionisti in Bosnia, Erzegovina, Montenegro e Sangiaccato e l'Esercito popolare di liberazione, tra i quali molti combattenti erano serbi inquadrati soprattutto nella 1ª Brigata proletaria e nella 2ª Brigata proletaria, divenne sempre più numeroso ed efficiente. Infine i partigiani di Tito ritornarono in Serbia nel 1944 dove, dopo alcuni tentativi falliti, sconfissero i cetnici e attaccarono i tedeschi, riuscendo a liberare progressivamente tutto il territorio in collaborazione con le truppe dell'Armata Rossa. Belgrado fu liberata dall'Esercito popolare e dalle forze sovietiche il 20 ottobre 1944.