県は次の百年にわたり、戦争によってさらに破壊されることになる。アイルランドの1641年の反乱（）の後、リムリック市は1642年にカトリック教徒のギャレット・バリー（）によって包囲される（）。県は1641年-1653年のアイルランドの清教徒革命と内戦のほとんどの期間は戦場とはならず、カトリック教徒のアイルランド・カトリック同盟軍最前線に守られるようにして安全に過ごしていたものの、1649年から1653年にかけてオリバー・クロムウェルとヘンリー・アイアトンらが率いるニューモデル軍のアイルランド侵略により戦場と化した。1650年代、リムリック市はニューモデル軍によるを受け、とうとう1651年10月に降伏する。クロムウェル軍の将軍の一人は、リムリック県内でキルコナン（）近くのキャッスルタウンに土地を与えられた。