Hugh Clowers Thompson Jr. Atlanta Georgia'da dünyaya gelmiştir. Atalarının Mississippi kültürüne ait olduğuna dair bilgiler bulunmaktadır. Babası tarafından ataları Çerokilere dayanmaktadır ve özellikle Gözyaşı Yolu adı verilen Kızılderili Tehcirine maruz kalmıştır. Aynı ada sahip babası II. Dünya Savaşında donanmada elektrik teknisyeni olarak görev yapmıştır. Baba Thompson ırkçılığa ve etnik ayrımcılığa karşı çıkmış ve mahallesindeki etnik azınlıklara sahip çıkmıştır. Dar gelirli bir aileden gelen Hugh Thompson Jr. genç yaşta tarlalarda çalışıp aile bütçesine katkıda bulunmuştur. 5 Haziran 1961'de Stone Mountain Lisesinden mezun olduktan sonra donanmaya katılır ve Atlanta Georgia'daki deniz üssünde ağır ekipman operatörü olur. 1963 yılında Palma Baughman ile evlenir. 1964 yılında donanmadaki görevinden ayrılır, bir cenaze levazımatçısı açarak ailesiyle beraber Stone Mountain'a geri döner. Vietnam Savaşı'nın başlamasıyla beraber orduya dönmesi gerektiğini düşünür. 1966 yılında yeniden orduya katılır ve Texas, Fort Wolters'da hava subay eğitimlerini tamamlar. 1967 yılı Aralık ayında 25 yaşındayken Vietnam'daki 23. Tümen emrine atanır.