ב-3 ביולי 2013 הדיח א-סיסי את הנשיא מורסי בהפיכה. ההדחה באה בעקבות הפגנות אזרחיות המוניות שקראו לצבא להדיח את מורסי. הוא נקט צעד זה לאחר שלטענתו, מורסי לא שעה להפצרותיהם של ראשי הצבא להימנע מפגיעה במוסדות המדינה. בעקבות הדחת מורסי היו התנגשויות בין הצבא והמשטרה לבין תומכי מורסי, שגבו מאות הרוגים, ואלה הגיעו לשיא בטבח 14 באוגוסט 2013, שבו נמנו 638 הרוגים וכ-4,000 פצועים.