Marco Bührer begann früh in seiner Karriere, sein Heimatland bei internationalen Titelkämpfen zu vertreten. Als Juniorenspieler nahm er an der U18-Europameisterschaft 1997 sowie 1998 und 1999 an der U20-Weltmeisterschaft teil. Ab 2003 spielte Bührer für die Herren-Nationalmannschaft und nahm an der Weltmeisterschaft 2003, 2004, 2005 und 2006 teil. Außerdem gehörte er dem Schweizer Kader bei den Olympischen Winterspielen 2006 an, kam aber zu keinem Einsatz.