En 1979, el Comité Selecto de la Cámara sobre Asesinatos (HSCA), que había vuelto a abrir la investigación sobre el asesinato del Presidente Kennedy, informó que Hoover «no investigó adecuadamente la posibilidad de una conspiración para asesinar al Presidente». La HSCA informó además que Hoover «fue deficiente en su intercambio de información con otros organismos y departamentos». Como resultado, diversas teorías de conspiración abundan con respecto a la negligencia de Hoover en el desempeño de la debida diligencia con respecto al asesinato de Kennedy.