Fueron una prueba del poder de la Iglesia Latina y le permitieron tomar contacto con las comunidades cristianas de Oriente. Sin embargo, provocaron un conflicto con la Iglesia Ortodoxa que agravó la situación abierta por el cisma de 1054. La conquista latina de Constantinopla provocó el resentimiento de los ortodoxos, hasta el punto de que dos siglos y medio más tarde, ante el sitio turco de la ciudad, pudieran decir: "es preferible el turbante del Sultán antes que la tiara del Papa". En los reinos de Occidente, la cruzada adquirió un prestigio religioso que perduró por largo tiempo, y su proclamación sirvió de base para las primeras guerras religiosas de la Cristiandad, la cruzada contra los albigenses, la Reconquista y la cruzada de Livonia. En relación a los musulmanes, las Cruzadas marcaron el punto más bajo en las relaciones entre ambas religiones abrahámicas; el cristianismo presentó al musulmán como un enemigo ante el cual no cabía otra posibilidad que aniquilarlo (solamente Francisco de Asís cuestionó esta idea) y el Islam dejó de respetar a los cristianos como uno de los "pueblos del Libro", considerándolo un enemigo natural. Por su parte, los judíos sufrieron las mayores persecuciones hasta entonces en Europa y las cruzadas marcaron el inicio de los primeros progromos.