In 1855 vertrok Brown met enkele van zijn zoons naar Kansas, waar een strijd gaande was tussen pro- en anti-slavernij fracties om controle van het territorium. Deze strijd ("Bleeding Kansas") zou beslissend zijn voor de vraag of Kansas als slavenstaat of vrije staat zou toetreden tot de Unie. Brown leidde een groep abolitionisten tegen de groep van pro-slavernij militanten die vanuit Missouri opereerde. In mei 1856 vergolden Brown en zijn groep de moord op abolitionisten in Lawrence (Kansas), door nabij Pottawatomie Creek 5 militanten te vermoorden. Deze daad leverde Brown nationale bekendheid op.