ב-31 במאי 1944 מונה פון זאוקן למפקד קורפוס הפאנצר ה-3, שהיה חלק מארמיית הפאנצר הראשונה במסגרת קבוצת ארמיות צפון אוקראינה, וב-29 ביוני 1944 מונה למפקד קורפוס הפאנצר ה-39, שהיה חלק מהארמייה הרביעית ובהמשך חלק מהארמייה התשיעית ומארמיית הפאנצר השלישית במסגרת קבוצת ארמיות מרכז, ופיקד עליו במהלך מבצע בגרטיון. ב-1 באוגוסט 1944 הועלה פון זאוקן לדרגת גנרל חיל השריון, ובמהלך החודש הצליח לבלום את התקדמות הרוסים לפני ורשה, וב-28 בספטמבר 1944 מונה למפקד קורפוס הפאנצר גרוסדויטשלנד, שהייתה חלק מארמיית הפאנצר הרביעית במסגרת קבוצת ארמיות ויסלה. בינואר 1945 לחם פון זאוקן עם הקורפוס שבפיקודו בניסיון לבלום את מתקפת ויסלה-אודר הרוסית, והצליח לחלץ את הכוח בפיקוד ולטר נהרינג, אך ב-11 בפברואר 1945 הודח מתפקידו עקב אמירותיו על חוסר התועלת שבהמשך הלחימה.