Niedługo potem rozpoczął pracę szkoleniową, także w Sparcie. Udany sezon 1997–1998, uwieńczony mistrzostwem kraju oraz nagrodą dla najlepszego szkoleniowca w Czechach, otworzył mu drogę do stanowiska selekcjonera reprezentacji Czech. Jego podopieczni wygrali grupę eliminacyjną i jako pierwsi zakwalifikowali się do Euro 2000, jednak na boiskach Belgii i Holandii nie dali rady mistrzom świata Francuzom i gospodarzom Holendrom. Po porażce w kwalifikacjach do Mundialu 2002, Chovanec otrzymał wymówienie. Pracę szkoleniową kontynuował – mało udanie – na Słowacji i w Rosji. Od stycznia 2006 roku jest prezesem Sparty Praga.