Несмотря на успехи колонизаторской деятельности НОИК, последняя четверть XVIII века стала периодом резкого ухудшения её финансово-экономического положения. Под воздействием последствий неудачной для Нидерландов англо-голландской войны 1780—84 годов и изменений международной экономической конъюнктуры Компания оказалась в глубоком кризисе, который стал для неё губительным: в 1796 году управление переживавшей банкротство НОИК было передано нидерландскому правительственному комитету по ост-индским делам. В 1798 году Батавская республика приняла на себя все соглашения, долги и обязательства Компании, а в 1800 году она была окончательно ликвидирована.