In den Jahren danach stellten die Transportflugzeuge die Versorgung italienischer Kontingente in Somalia und Mosambik sicher, sowie die Evakuierung von Zivilisten aus Ruanda. Am 15. September 1992 wurde eine mit Hilfsgütern beladene G.222 beim Anflug auf Sarajevo abgeschossen, wobei die vier Besatzungsmitglieder ums Leben kamen. Erst ihr Tod bewirkte eine reale Neubewertung des Selbstschutzes der Transportflugzeuge. Neben den verschiedenen Lufttransportmissionen, die 1999 bis nach Osttimor führten, kamen auch Kampfflugzeuge wieder zum Einsatz, insbesondere 1995 bei der "Operation Deliberate Force" über Bosnien und Herzegowina und 1999 bei der "Operation Allied Force" gegen die damalige Bundesrepublik Jugoslawien. In beiden Fällen stellte die italienische Luftwaffe ihre Militärflugplätze für verbündete Luftstreitkräfte zur Verfügung und leistete in beträchtlichem Ausmaß operative, technische und logistische Unterstützung. Im Kosovo erbauten italienische Luftwaffenpioniere bei Gjakova noch bis Ende 1999 einen Flugplatz, der dann als logistische Drehscheibe für das dortige Truppenkontingent diente.