V důsledku Mnichovské dohody se Nakléřov a celé Sudety staly počátkem října 1938 součástí nacistického Německa a od dubna 1939 byly v jeho rámci součástí říšské župy Sudety (v té obec náležela pod ústecký venkovský okres, respektive občanský okres Telnice). Německá armáda tehdy využila Nakléřovský průsmyk k obsazení Sudet. Během druhé světové války byl v obci zaveden přídělový systém a povinné odvody zemědělských produktů. V roce 1940 došlo ke zřízení dvou telefonních přípojek. Na jaře následujícího roku bylo do Nakléřova přivedeno 22 francouzských válečných zajatců, kteří museli vypomáhat na zdejších statcích. V roce 1944 se při zimní bouři zřítila místní rozhledna. V prázdných domech a místnostech žili Němci postižení spojeneckým bombardováním německých měst (např. z Berlína, Kolína nad Rýnem či Düsseldorfu). Územím prošlo na sklonku války velké množství uprchlíků, utíkajících z tzv. Protektorátu Čechy a Morava. Zdejším průsmykem byl rovněž hnán pochod židů a okolí obce ostřelovala nízko letící spojenecká letadla. Koncem dubna 1945 zde pobývaly oddíly Ruské osvobozenecké armády (vlasovců). Nakléřov byl osvobozen 9. května 1945 sovětskou armádou v rámci tzv. „Pražské operace“. Sovětští vojáci, z části v obci ubytovaní, však ničili majetek, rozstříleli varhany v kostele, a měli na svědomí znásilňování místních žen (údajně došlo až ke 30 případům). Celkem během války padlo 26 nakléřovských mužů.