Das Geburtsdatum Bahadur Shahs ist unbekannt. Sein Vater Shams-ud-Din Muzaffar Shah II. (reg. 1511–1526) hatte den älteren Sohn Sikandar Shah als Thronerben bestimmt. Da das Verhältnis Bahadur Shahs zu seinem älteren Bruder so gespannt war, dass er um sein Leben fürchtete, flüchtete er nach Chittorgarh; kurz darauf begab er sich unter den Schutz des Sultans von Delhi, Ibrahim Lodi (reg. 1517–1526), der jedoch nur wenig später vom Mogul-Fürsten Babur in der Schlacht von Panipat besiegt wurde und fiel. Nach der Nachricht vom Tod seines Vaters kehrte Bahadur nach Gujarat zurück, wo ihm die Noblen des Reiches als Nachfolger huldigten. Sein älterer Bruder Sikandar war inzwischen umgebracht worden; seine jüngeren Brüder erlitten dasselbe Schicksal; nur Chand Khan konnte an den Hof des Sultanats Malwa flüchten.