La 13 iunie 2016, Pjanić s-a alăturat echipei Juventus pe un contract de cinci ani pentru o sumă de transfer de 32 de milioane de euro, încheind o perioadă de cinci ani la Roma. A ales tricoul cu numărul 5 pentru începutul noului sezon. Pe 10 septembrie, Pjanić a marcat în debutul său într-o victorie cu scorul de 3-1 cu Sassuolo. După ce a câștigat Cupa Italiei și Serie A în primul său sezon, a ratat tripla, după ce a pierdut în finala Ligii Campionilor cu Real Madrid.