レンナーはナチス・ドイツによってオーストリアが併合された際、ナチスの政治路線は批判しながらもドイツとの併合を容認する見解を発表した。レンナーの主張は、決して従来からのオーストリア社会民主党の公式見解である「ドイツとの合併」路線から逸脱したものではなかったが、この状況下での発言は彼をナチスによる迫害から免れた一方で、内外から疑惑の念を抱かせた。この表明は一説には、ナチスによって投獄された社会民主党員の釈放と引換の発言だったともいう。しかし、ナチス・ドイツによるチェコスロバキアの解体の支持（従来の「ドナウ連邦」論に反する）に至っては、あまりに日和見主義的であるとか、果ては自分の政治的挫折と現状に対する一種の「八つ当たり」ではないかと、戦後の歴史学者に批判されるほどである。この時期のレンナーの行動は不可解なものではあったが、第二次世界大戦終了まで続いた隠退生活が、その後の復活の大きな鍵となるのである。