Humayun sammelte, wie für einen Moguln üblich, früh militärische Erfahrungen. In einem Gefecht zeigte er persönlichen Mut und kommandierte in den Schlachten seines Vaters bei Panipat und Khanua den rechten Flügel der Mogularmee. Anschließend entsandte Babur seinen neunzehnjährigen Sohn als Statthalter nach Badakhshan. Sehr zum Unwillen seines Vaters kehrte er ohne Erlaubnis an den Hof in der Hauptstadt Agra zurück; womöglich hatte er von einer seine Nachfolge bedrohenden Intrige erfahren. Babur verzieh Humayun. Die bereits feststehende Nachfolgeregelung blieb unangetastet: Humayun war der Thronerbe und erhielt den indischen Reichsteil. Sein Bruder Kamran sollte Afghanistan erhalten. Die zwei anderen Brüder Askari und Hindal mussten sich mit kleineren Lehen begnügen. Vier Tage nach Baburs Tod am 26. Dezember 1530 bestieg Humayun den Thron.