18世紀には内政が停滞し、イギリスによるマニラ攻撃やガレオン船攻撃などで植民地支配は破綻し始めた。さらに19世紀になりメキシコの独立でガレオン船貿易は途絶した。スペイン人支配者は中南米の独立の結果ますます保守的になっていったが、スペイン本国へメスティーソのエリート層が留学して高い教育に接したり、スペイン本国や中南米から渡って来た人々がフィリピンに自由主義思想や各地の独立運動の情報を伝えたりしたことで、フィリピン人の意識は変わり始めた。メスティーソのうちのエリート層（教育を受けた人々を意味する「イルストラド」illustrados と呼ばれる）は権力を独占するスペイン人支配層に対する不満をつのらせ、一方でスペイン語を解しない生粋の現地人ら農民は地主や修道会に対する反発を深めた。これらがやがてフィリピン革命につながる。