2013年1月，简·奥·约根森出战馬來西亞羽毛球超級賽，在男单準决赛以1比2（13-21、21-17、12-21）不敌赛会头号种子、马来西亚一哥的李宗伟。同年3月，他出战全英羽毛球首要超級賽，在男单準决赛以0比2（19-21、20-22）不敌赛会2号种子、中国的谌龙。同期3月，他出战瑞士羽毛球黃金大獎賽，在男单準决赛以1比2（21-18、7-21、13-21）不敌赛会11号种子、中国的王睁茗。同年5月，他入选蘇迪曼盃的男单主力，助丹麦队赢得混合團體季军。同年8月，他參加中國廣州舉行的世界羽毛球錦標賽，以9號種子身分出戰男子單打項目。他先後在首、次圈以2比1力克韓國的李東根和中華台北的周天成晉級；第三圈面對4號種子、泰國名將文萨·波萨那，亦以2比1（10-21、21-17、21-18）逆轉勝出；但至半準決賽，他在力戰下終以1比2（8-21、21-17、20-22）不敵7號種子、越南的阮進明，8強止步。同年9月，他出战中國羽毛球大師賽，在男单準决赛以1比2（13-21、21-16、21-23）不敌赛会7号种子、东道主的王睁茗。同年10月，他出战法國羽毛球超級賽，在男单决赛以2比0（21-19、23-21）击败了赛会3号种子、日本名将的田兒賢一，赢得超级赛男单冠军。同年12月，他出战世界羽聯超級系列賽總決賽，在小组赛阶段分别击败了泰国的文萨·波萨那以及中国的王睁茗，唯有输给了马来西亚一哥的李宗伟，但仍然以小组次名出线；在準決賽再次碰见马来西亚一哥的李宗伟，直落两局以0比2（14-21、16-21）不敌对手。