Das Marienwerkhaus war eins der wenigen Gebäude im Umkreis der Marienkirche, die beim Luftangriff auf Lübeck am 29. März 1942 nicht zerstört wurden. Nach dem Zweiten Weltkrieg und bis 2009 diente das Marienwerkhaus auch als Pastorat. In den 1970er Jahren wurde die große Lager- und Verkaufsfläche im Hochparterre mit Mitteln der ARD-Fernsehlotterie für Zwecke der Gemeinde und zu einer Altentagesstätte umgebaut. Im Bürotrakt zum Schüsselbuden hin befindet sich das Zentralbüro der Lübecker Innenstadtkirchen.