После начала Второй мировой войны, согласно Пакту Молотова-Риббентропа, Литва оказалась в составе Советского Союза, и с приходом Красной армии начался вывоз исторических документов в СССР. Вывоз документов приостановился начавшимся вторжением немецких войск. За время нацистской оккупации часть документов (более 20 вагонов) была возвращена обратно.