Pendant les Guerres napoléoniennes, en 1807, l'Empereur séjourne quelque temps à Eisenach. Le , l'explosion accidentelle d'un transport de munitions cause la mort de 70 habitants de la cité ainsi que de lourds dégâts. Lors de la retraite française en 1813, une épidémie de typhus éclate, causant de nombreux décès. En 1814, le tsar Alexandre de Russie séjourne lui aussi à Eisenach. Le duché est alors agrandi et transformé en Grand-duché.