W 1963 Baghetti startował w barwach Automobili Turismo e Sport razem z Philem Hillem. Cały sezon był stracony, gdyż Włoch został sklasyfikowany tylko w jednym wyścigu i to na bardzo odległym miejscu. W 1964 startował w odkupionym i przestarzałym BRM-ie, dla którego szczytem możliwości było siódme miejsce w Austrii. Po kolejnym nieudanym sezonie kariera Giancarlo Baghettiego w Formule 1 właściwie dobiegła końca. Startował już tylko w domowym wyścigu do 1967, jednak bez sukcesów.