Im Juli 1940 wurde Marquis zum Konteradmiral "(Vice-amiral)" befördert und übernahm den Posten als Präfekt des 5. Marinebezirks in Toulon. Am 27. November 1942, dem Tag der Selbstversenkung der Vichy-Flotte, wurde er von deutschen Wehrmachtsverbänden gefangen genommen. Nach der Befreiung Frankreichs wurde er 1944 abermals festgenommen und 1946 zu einer fünfjährigen Freiheitsstrafe wegen Kollaboration verurteilt, ehe im September 1950 seine Begnadigung erfolgte.