在那一年的本土联赛中，拜仁仅列第六，但得益于排名更靠前的门兴格拉德巴赫夺得杯赛冠军（参加欧洲优胜者杯），从而幸运补位入围1995–96年歐洲足協盃。新签入的尤尔根·克林斯曼以创纪录的15球成为了赛事最佳射手，帮助拜仁逾越了包括巴塞罗那在内的所有竞争对手，使得这种好运得到充分利用。尽管如此，糟糕的国内比赛成绩导致主教练奥托·雷哈格尔在与波尔多的两回合决赛之前便丢掉了帅位；自1993-94赛季以主教练身份夺冠后便开始担任俱乐部主席的弗朗茨·贝肯鲍尔，不得不暂时重回教练席。凭借着绍尔两回合都取得入球，拜仁以总比分5比1的全胜姿态击败了波尔多，这支法国球队是通过参加季前资格赛——歐洲足協圖圖盃才入围联盟杯的。这不仅是拜仁近二十年来的首个欧战冠军，在欧洲优胜者杯和欧洲冠军杯之后再夺得欧洲联盟杯，还意味着拜仁成为了继尤文图斯和阿贾克斯之后，第三家包揽欧洲三大杯的俱乐部。同年夏天，德国队再度加冕欧洲冠军，拜仁的几名球员（除了没有入选的马特乌斯和一直坐在替补席上的卡恩）在英格兰的胜利中发挥了重要作用。在联盟杯决赛一年后，在毕尔巴鄂竞技效力了一段时间的前波尔多后卫比森特·利扎拉祖转会至拜仁。