Il arbitre son premier match international à XV le 31 août 2003 entre la Namibie et l'Ouganda. Son premier test d'importance survient le 4 juin 2005 lors du match entre les États-Unis et le pays de Galles. Il arbitre son premier match du Tournoi des Six Nations le 17 mars 2007 au Stade de France (France-Écosse). Il arbitre aussi le match du 9 juin 2007 au Westpac Stadium de Wellington lorsque la Nouvelle-Zélande fait subir au rugby français la plus lourde défaite de son histoire (61-10). Craig Joubert fait partie du panel retenu pour la coupe du monde 2007 en tant que juge de touche.