Pada April hingga Mei 1992, KRI Nanggala ditugaskan untuk sebuah misi intelijen di Samudra Hindia. Pada Agustus hingga Oktober 1999, Nanggala kembali ditugaskan dalam sebuah misi intelijen di Timor Timur. Misi tersebut dilakukan bersama KRI Cakra (401) untuk melacak pergerakan Pasukan Internasional untuk Timor Timur (INTERFET) setelah mereka mendarat di sana.