1892 wurde Hans Jaquemar Pfarrer der Gemeinde. Beim Erdbeben von 1895 wurde die Kirche beschädigt. Jaquemar reiste daraufhin durch Deutschland, um Spenden zu sammeln. So konnte die Kirche wiederhergestellt und ausgebaut werden. Hierzu gehörten der Einbau einer Heizung und ein neuer Zaun um die Kirche. Ein neuer, größerer Glockenturm mit drei Glocken an der Seite des Kirchenschiffs wurde 1897 fertiggestellt. Am 31. März 1901 folgte die Eröffnung eines evangelischen Kindergartens. Im selben Jahr wurde in Cilli eine eigene Kirchengemeinde gegründet. 1902 ging Pfarrer Jaquemar nach St. Pölten.