Після трьох років у міністерстві оборони Даннатт у січні 1999 року отримав чин генерал-майора і прийняв командування 3-ю механізованою дивізією. У тому ж році стала можливою перспектива втручання НАТО у війну в Косово і Даннатт зі своїми співробітниками почав планувати потенційне наземне вторгнення на територію. У такому випадку Слободан Милошевич погоджувався вивести сербсько-югославські сили з Косова, деталі чого були домовлені Майком Джексоном. Ураховуючи велику частку британських військ у багатонаціональних силах КФОР, було вирішено, що буде розгорнена штаб-квартира 3-ї дивізії, а Даннатт буде командувачем британськими військами "(COMBRITFOR)". Незабаром після прибуття Даннатта російська бронеколона рушила в Косово і взяла під свій контроль аеропорт Приштини. Верховний головнокомандувач ОЗС НАТО в Європі Веслі Кларк наказав командиру КФОР Джексону заблокувати злітно-посадочну смугу аеропорту для перешкоджання російським літакам вилітати на підкріплення. Джексон відмовився виконувати наказ, а Даннатту, як "COMBRITFOR", було наказано накласти вето на використання британських військ (що відомо в НАТО як «червона картка», право на яку надається командиру кожного національного контингенту). За службу в Косово Даннатт отримав подяку королеви.