Το 1819 έγινε μέλος της Φιλικής Εταιρείας από τον Ιωάννης Πολυχρονιάδης και άρχισε να προετοιμάζεται για τον αγώνα και την επανάσταση. Με την έναρξη της επανάστασης το 1821 οι Οθωμανοί ζήτησαν από τον Πατριάρχη Γρηγόριο Ε΄ τον Ιωάννη Πολυχρονιάδη. Αυτός, μετέβη στην οικία του Ιωάννη Κούζοβικ όπου διέμενε ο Γεωργαντόπουλος. Ο Πολυχρονιάδης έλαβε έγγραφα της Εταιρείας από την οικία και διέφυγε με τον Κούζοβικ προτείνοντας στον Γεωργαντόπουλο να παρουσιαστεί στον Πατριάρχη, λέγοντας πως ο Πολυχρονιάδης κωλυόταν λόγω ασθένειας. Ο Γεωργαντόπουλος δέχθηκε την πρόταση και μετέβη στο Πατριαρχείο. Όμως, όπως ήταν υποχρεωμένος, ο Πατριάρχης ανέφερε τα συμβάντα στους Τούρκους αξιωματούχους, οι οποίοι συνέλαβαν και φυλάκισαν το Γεωργαντόπουλο στις φυλακές του Μποσταντζί. Εκεί ο Φραγκίσκος Γεωργαντόπουλος βασανίστηκε μέχρι θανάτου από τους Οθωμανούς.