В 1824 году патриарх был низложен по приказу султана в связи с тем, что отказался сотрудничать с ним против последователей греческой революции, а также высказывания в пользу независимости сербов из Османской империи. Был выслан в Хриссополи (Скутари), а затем сослан в монастырь Иоанна Крестителя в Кесарии Каппадокийской. Многие месяцы изгнания подорвали его здоровье и в декабре 1825 года султан разрешил ему вернуться в Измир. Проживал небольшой квартире в Пано Махала и много трудился над устроением местной церковной жизни. В 1831 и 1833 годах был губернатором в Измире.