Matthäus returnerte til Bayern sommeren 1992. Han gikk glipp av EM-sluttspillet i Sverige på grunn av skade. I sin andre periode i Bayern, ble Matthäus etterhvert omskolert til libero («fri» mann i midtforsvaret), og han var med på å vinne fire nye ligamesterskap, samt en ny seier i UEFA-cupen i 1996. Noen seier i den gjeveste europacupen fikk han imidlertid aldri oppleve. Det nærmeste han kom var i 1999, da Bayern ga fra seg ledelsen i sluttminuttene, og tapte finalen mot Manchester United.