Na het vertrek van Guttmann stelde Benfica de Chileen Fernando Riera als nieuwe trainer aan. Hij had in de zomer van 1962 Chili naar de derde plaats geleid op het WK voetbal in eigen land. Benfica begon onder Riera's leiding echter slecht aan het nieuwe seizoen met een dubbele nederlaag tegen het Santos van Pelé in strijd om de Wereldbeker. Benfica bereikte wel opnieuw de finale van de Europacup I, maar daarin verloor het met 1-0 van het AC Milan van Gianni Rivera, Giovanni Trapattoni en Cesare Maldini. Gino Pivatelli zette tijdens de wedstrijd een late en gemene tackle in op Coluna. De middenvelder raakte geblesseerd en speelde het duel mank uit. Een jaar later, na het vieren van de landstitel in 1963, nam Benfica wederom deel aan het de Europacup I. Ditmaal reikte het team echter niet verder dan de eerste ronde. Het Duitse Borussia Dortmund bleek te sterk.