1840年にアメリカ陸軍士官学校を卒業し、フロリダ州でのセミノール族インディアンとの戦争（1841年）、および米墨戦争ではブラウン砦、レサカ・デ・ラ・パルマ、モンテレイおよびブエナ・ビスタの戦いに砲兵準大尉として従軍し、戦闘中の傑出した勇敢さで3度昇進した。1851年から1854年には、ウェストポイントで教官を務めた。1855年、時の陸軍長官ジェファーソン・デイヴィスによって、第2アメリカ騎兵隊（後に第5騎兵隊に改組）の少佐に指名された。1860年8月26日、テキサス州ブラゾス川のクリアフォークでコマンチェ族戦士との衝突中に、顎の近くの肉を通り胸に突き刺さる矢傷を受けた。トーマスは矢を引き抜き、軍医が傷口の手当てをした後で戦い続けた。