Les premiers pogroms ont lieu en Lituanie. Dès les premiers jours de l'attaque allemande, des groupes armés anti-communistes lituaniens, dirigés par , entrent en action contre l'arrière-garde communiste en pleine déroute. La police de sécurité allemande ("Sicherheitsdienst" ou "SD") persuade alors Klimaitis de retourner ses troupes contre les Juifs. Le pogrom de Kaunas, alors capitale de la Lituanie, fait . sont tués dans des localités environnantes. En Lettonie, le pogrom de Riga fait . L"Einsatzgruppe" filme les pogroms à des fins de propagande. Après la dispersion des anti-communistes, les pays baltes ne connaissent plus d'autres pogroms. Le , à Jedwabne, au nord-est de la Pologne, sont massacrés par la population locale devant les caméras allemandes qui filment la tuerie. Le pogrom ne laisse que parmi les Juifs.