באוטוול התנגד למדינות השיקום של הנשיא אנדרו ג'ונסון כבר בשבועות הראשונים של תחילת נשיאותו. בטענה שכל שינוי שיתבצע בממשלת הקונפדרציה לשעבר חייב להתחיל בצעדים לפתיחת זכות הבחירה לשחורים וללבנים כאחד, הוא הזהיר שזכויות השחורים וביטחונם של תומכי האיחוד הנאמנים צריכים לזכות להגנה בדרך זו בלבד. כאשר החל משפט ההדחה של אנדרו ג'ונסון הוא היה לאחר האישים הבולטים שדחפו להדחתו של הנשיא. שלא כמו עמיתיו, כתב משקיף שלא חיבב את באוטוול, הוא גייס לטובת המטרה "את היתרון של דעה תרבותית, קריאה נרחבת, והיכרות מלומדת עם כל ההיסטוריה שניתן היה לגייס לצורך כך". בדצמבר 1867 הוא הגיש את בקשת ההדחה מבלי לתבוע את הנשיא על ביצוע פשע כלשהו, ובכך טען שתהליך ההדחה היה פוליטי ולא תהליך משפטי. הוא לא ציפה שההדחה תעבור ולא חזה שהסנאט ירשיע את ג'ונסון. תחת זאת הוא קיווה שהבית יוציא הכרזה שהנשיא ביצע פשעים חמורים ומעשי עוולה, למעשה הודעת גינוי. בית הנבחרים לא אישר זאת, אך חודשיים לאחר מכן, בינואר 1868, פיטוריו של מזכיר המלחמה אדווין סטנטון על ידי ג'ונסון, בניגוד ל"חוק הקביעות במשרה" שנוסח על ידי סטנטון ובאוטוול, שעל פיו נדרש הסנאט לאשר צעדים כאלו, הובילו לחזית מאוחדת של רפובליקנים להחלטה על הדחה. באוטוול ישב בראש הוועדה שניסחה את סעיפי ההדחה, והגיש אותם לבית הנבחרים לדיון. הוא נבחר לאחד מחברי הבית שניהלו את תהליך הדחה.