L'anno successivo l'Atalanta ottiene un sesto posto finale in Serie A, che le vale la prima qualificazione della sua storia in Coppa UEFA. L'avventura europea però non è fortunata come la precedente, poiché l'eliminazione arriva al primo turno per mano dei sovietici dello , a seguito dello 0-0 casalingo nella gara di andata e della successiva sconfitta per 2-0 a Mosca. La stagione 1989-1990 vede di nuovo i nerazzurri tra i protagonisti del campionato: essi infatti, anche grazie all'acquisto del nazionale argentino Claudio Paul Caniggia, riescono a bissare, con un settimo posto, la qualificazione europea dell'anno precedente.