Die drei Jahre in der Hauptstadt Apuliens waren nur mäßig erfolgreich und bereits im ersten Jahr stieg Cowans mit dem neuen Verein auf direktem Weg in die zweite Liga als Vorletzter ab. In den beiden anschließenden Jahren misslangen jeweils die Versuche zur Rückkehr in die Erstklassigkeit und als sein ehemaliger Villa-Trainer Graham Turner die Bereitschaft zu einer erneuten Verpflichtung signalisierte, kehrte dieser im Juli 1988 nach insgesamt 94 Ligaspielen und dabei nur drei Toren für Bari nach Birmingham zurück. Cowans schien zu dieser Zeit bereits „über seinen Zenit hinaus“ zu sein, aber in einer Mannschaft, die gerade erst wieder in die First Division aufgestiegen war, erlebte der Heimkehrer einen „zweiten Frühling“. An der Seite von aufstrebenden Spielern wie David Platt, der seine gute Entwicklung nicht unwesentlich mit den Mentorenfähigkeiten von Cowans begründete, steuerte man über den knappen Klassenerhalt 1989 zu einer überraschenden Vizemeisterschaft 1990 und dies obwohl ihn Turner zu Beginn der Saison 1989/90 noch zwischenzeitlich für vier Ligapartien aussortiert hatte. In der Spielzeit 1990/91 absolvierte er ein fünftes Jahr, ohne in einem Ligaspiel gefehlt zu haben, bevor er im Oktober 1991 unter dem neuen Trainer Ron Atkinson seinen Stammplatz verlor und den Klub in Richtung des aufstrebenden Zweitligisten Blackburn Rovers verließ.