Ще одним каменем спотикання стала приналежність Севастополя та розміщеного в його порту Чорноморського флоту СРСР. Після довгих інтенсивних переговорів вирішено поділити Чорноморський флот, за російською його частиною зберегти право використовувати Севастополь як базу до 2017 р. У 2010 р. Харківські угоди подовжили термін до 2042 р.