Eitam ist Brigadegeneral (Aluf) der Reserve der israelischen Streitkräfte und wird vom Staat Israel als Kriegsheld angesehen; er erhielt im Jom-Kippur-Krieg die Medal of Distinguished Service. Er nahm außerdem an der Operation Entebbe teil, wo er das Sajeret Golani kommandierte. Er befehligte des Weiteren ein Infanteriebataillon bei der Operation Litani und ein Bataillon einer Offiziersschule während des Libanonkriegs 1982. Während der Ersten Intifada kommandierte er die Giv’ati-Brigade. Im Jahr 1988 ordnete der damalige israelische Verteidigungsminister Jitzchak Rabin an, die israelische Armee solle palästinensische Randalierer zusammenschlagen. Laut der Internetseite "The Electronic Intifada" soll Effi Eitam im Zuge dessen seinen Truppen angeordnet haben, den 21-jährigen palästinensischen Gefangenen Ayyad Aqel zusammenzuschlagen; Aqel soll bei der Ausführung dieses Befehls gestorben sein. Ein israelisches Kriegsgericht verurteilte vier von Eitams Soldaten, die auch gegen ihn aussagten. Der Generalanwalt maßregelte Eitam streng und empfahl, dass dieser nie befördert werden solle. Eitam verließ die Armee schließlich im Dezember 2000.