Mit der Südafrikanischen Nationalmannschaft war er an folgenden Wettbewerben beteiligt: Fußball-Afrikameisterschaft 2002, Fußball-Weltmeisterschaft 2002, Fußball-Afrikameisterschaft 2004, Fußball-Afrikameisterschaft 2006, Fußball-Afrikameisterschaft 2008, FIFA-Konföderationen-Pokal 2009 und Fußball-Weltmeisterschaft 2010. Insgesamt nahm Mokoena an sieben Nationalmannschaftswettbewerben teil.