Selepas memenangi Piala Asia 2011, Japan layak ke Pial Konfederasi di Brazil pada tahun 2013 dan Honda sekali lagi dimasukkan ke dalam skuad Zaccheroni untuk kejohanan itu. Selepas tewas 3-0 kepada tuan rumah Brazil dalam perlawanan pertama peringkat kumpulan pada 15 Jun 2013, Jepun berdepan Itali dalam perlawanan seterusnya; Honda menjaringkan gol menerusi sepakan penalti untuk memberikan Jepun pendahuluan tetapi mereka tewas 4-3 dan tersingkir daripada pertandingan itu.