Опустошение все же произошло в ходе трёх крупный войн: в ходе Шмалькальденской войны в 1546 году, в ходе Второй маркграфской войны в 1552 году и в годы Тридцатилетней войны. Монастырю понадобилось полвека, чтобы преодолеть последствия разрушений. Стимулирование паломничества, проводившееся аббатами, внесло свой вклад в финансовое благополучие обители. В XVIII веке монастырь в Эльхингене достиг своего расцвета: в 1715 году здесь насчитывалось 42 монаха. В 1802 году монастырь был секуляризирован — в то момент в нём проживало 25 монахов. В 1921 году его повторно заселили монахи из конгрегации Миссионеры-облаты Непорочной Девы Марии: из-за нехватки новых членов монастырь в 2006 году был передан польскому союзу «Oblatenprovinz».