Akhirnya Koiso berhenti pada 1945 saat Pasukan AS mencaplok Okinawa. Setelah perang, ia ditangkap Sekutu dan diadili Pengadilan Militer Internasional untuk Timur Jauh buat kejahatan perang. Ia dihukum penjara seumur hidup. Koiso meninggal pada 1950 saat menjalani hukuman.