В апреле 1918 года был назначен комиссаром юстиции Московского уезда, занимался районированием участков для народных судов. В июне 1918 года возглавил вновь образованную Московскую уездную Чрезвычайную Комиссию по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и саботажем — МУЧК, которой также подчинялась уездная милиция. Ввиду отсутствия губернской ЧК, МУЧК управлялась непосредственно ВЧК. Основной операцией на посту председателя МУЧК для Николаева стало активное участие в подавлении восстания левых эсеров в июле 1918 года, в том числе массовые обыски и аресты в подмосковных дачных поселках.