Vuoden 1962 lokakuussa Neuvostoliitto toi Kuubaan ydinaseita, mistä seurasi 13 päivää kestänyt Kuuban ohjuskriisi. Kennedyn vaatimuksesta Neuvostoliitto veti aseet takaisin ja ydinsodan uhka väistyi. Vuoden 1963 elokuussa Kennedy allekirjoitti Neuvostoliiton ja Ison-Britannian kanssa sopimuksen ydinaseiden muualla kuin maan alla tapahtuvan testauksen lopettamiseksi.