Начавшиеся в 1991 году в республике разрушительные процессы и развернувшиеся затем военные действия не могли не отразиться на деятельности вуза. На несколько лет институт оказался изолированным от образовательного пространства России. Фактически лишь в последние годы институт, как и другие вузы республики, имел возможность вести полноценную деятельность и войти в образовательное поле России.