Ya en el segundo semestre, la ronda de semifinales coincidió con la intervención de la FIFA en la federación de fútbol local en medio de acusaciones de malversación de fondos.Una «comisión normalizadora» fue nombrada para tomar las riendas de la administración, y durante ese periodo los cuscatlecos acabaron fuera de la ronda final al ubicarse en el tercer puesto de su respectiva cuadrangular en la que tuvieron sendos resultados adversos contra Honduras de 2-5 como local y 5-0 como visita. Era la primera ocasión que quedaban fuera de la última fase de Concacaf después de haber estado involucrados desde la eliminatoria de 1990. En los dos años siguientes, la nota relevante fue la clasificación por primera vez a la segunda ronda de la Copa de Oro en el año 2002, donde quedó fuera del certamen al perder el juego de cuartos de final contra los Estados Unidos (4-0).