Le , à la bataille de Farmington, sa brigade attaque et repousse une force de l'Union hors de ses retranchements. Braxton Bragg considérant qu'il ne peut pas avoir confiance en Walker à la tête d'un commandement, il le transfère. Il est ainsi réaffecté dans le département du trans-Mississippi le , commandant une brigade de cavalerie sous les ordres du lieutenant général. Théophilus Holmes lors de la bataille d'Helena.