ところが、2006年バスケットボール世界選手権に端を発したJBAの混乱が続いた事により、2008年に反bjリーグの姿勢を取っていた多くの役員が辞任。新執行部に刷新されてからはbjリーグとの関係正常化に対して前向きな姿勢を見せているが、解決するべき問題はまだ少なくない。しかし、大分国体には大分と福岡から選手を派遣しており、関係正常化へ少なくとも前進したと見られる。また、日本協会傘下の日本バスケットボールリーグ（JBL）の民秋史也理事長より、bjリーグとの提携を模索中であることが明らかにされた。チーム運営や外国人登録などハードルは多いものの、bjとJBLの間での交流戦やオールスター開催などが構想として練られており、11月12日に検討委員会が設置された。bjリーグの河内敏光コミッショナーは「JBLに転籍したいチームがあればJBLへの転籍を認める」と発言しているが、bjリーグのチームがJBLに転籍したケースはなく、逆にオーエスジーフェニックスが浜松・東三河フェニックスとチーム名を変更してbjリーグに転籍している。（2013年秋のナショナルバスケットボールリーグ (NBL)発足に際しては千葉ジェッツがbjリーグからNBLに参加した。）また、浜松・東三河フェニックスの中村和雄ヘッドコーチは「bjリーグから日本代表が選ばれないのはおかしい」と発言している。