In 1991 verklaarden de vijf voormalige Sovjetrepublieken zich in navolging van andere Sovjetrepublieken onafhankelijk. Dit werden de nieuwe landen Kazachstan, Kirgizië, Oezbekistan, Tadzjikistan en Turkmenistan. Als gevolg van de perestrojka ontwikkelde zich al tussen 1988 en 1992 een vrije pers en een meerpartijenstelsel in de Centraal-Aziatische republieken. De Amerikaanse historicus Svat Soucek noemde dit de "Centraal-Aziatische Lente". Deze periode duurde echter maar kort, daar de perestrojka dan wel de lokale communistische partijen tot openheid dwong, maar na de onafhankelijkheid van de vijf voormalige Sovjetrepublieken grepen de voormalige bestuurders uit de communistische partij opnieuw de macht, ditmaal als regionale sterke mannen. De politieke stabiliteit in de regio bleef in de jaren 90 grotendeels bewaard, afgezien van de Tadzjiekse Burgeroorlog, die duurde van 1992 tot 1997. Islamistisch geweld bleef op kleine schaal voortduren. In 2005 werd in Kirgizië op relatief vreedzame wijze de zittend president Askar Akajev verjaagd tijdens de Tulpenrevolutie. In hetzelfde jaar vond echter ook het Bloedbad van Andizjan plaats in de gelijknamige stad in Oezbekistan.