Als Junioren-Nationalspieler nahm Hupka an den Weltmeisterschaften 1999 in Saudi-Arabien und 2001 in Polen teil. 2003 schied er mit der A-Nationalmannschaft bei der Europameisterschaft in Deutschland als Gruppenletzter der Vorrunde aus. 2011 gewann die Slowakei mit Hupka die Europaliga. Anschließend konnte die Mannschaft bei der EM in Österreich und Tschechien ihre Vorrundengruppe gewinnen, bevor sie im Viertelfinale gegen den Titelverteidiger Polen ausschied.