В конце июня 1918 года эскадрон И. С. Лазаренко включён в красный конный отряд имени Стеньки Разина, в после гибели в бою командира отряда принял на себя командование отрядом, участвовал в боях с восставшим Чехословацким корпусом под Пензой, Сызранью и Уфой. В бою на реке Белой был контужен и долго лечился в госпиталях. С января 1919 года — командир взвода 63-го конного полка, с мая 1919 — командир пулемётного эскадрона 1-го Кубанского Злобинского полка 1-й партизанской кавалерийской бригады Д. П. Жлобы. Воевал на Южном фронте против войск генерала А. И. Деникина. В ноябре-декабре 1919 года вновь находился на лечении в госпитале, после выздоровления зачислен в 1-й Образцовый полк Бригады особого назначения командиром пулемётного эскадрона и помощником командира полка по строевой части. В этом полку воевал на Южном фронте под Луганском, Дебальцево, Новочеркасском, Ростовом-на-Дону, Манычем, Екатеринодаром и Новороссийском. 26 марта 1920 года опять был ранен. После излечения направлен командиром взвода в 15-й стрелковый Донской полк. В его составе сражался на Кубани против белого десанта полковника Ф. Д. Назарова у станиц Константиновская и Раздорская, затем против десанта генерала С. Г. Улагая. Особо отличился в бою под хутором Степным, где был разбит отряд генерала Н. Г. Бабиева, за это был представлен к награждению орденом Красного Знамени (тогда награждение не состоялось, по этому представлению был награждён 10 лет спустя). С сентябре 1920 года переведён в 10-й стрелковый полк 1-й бригады 2-й конной дивизии, И. С. Лазаренко там назначен начальником пулемётной команды и участвовал в боях с войсками генерала П. Н. Врангеля у Мариуполя, Большого Токмака, Мелитополя, под Александровском и в Крыму (Северно-Таврийская и Перекопско-Чонгарская операции). В начале 1921 года с полком сражался с формированиями Н. И. Махно в Таврической губернии, с бандами Попова, Фёдорова, Сычёва в Донецкой губернии. Член РКП(б) с 1921 года.