Henry, 2003 Konfederasyonlar Kupası'nda kendi formu ve ülkesiyle dünya arenasına geri döndü. Henry; Zinédine Zidane ve Patrick Vieira gibi iyi bir performans sergileyerek, Fransa'nın kupayı kazanmasındaki pay sahipleri arasında yer aldı. Henry'nin FIFA tarafından seçkin bulunan futbolu onun, Fransa'nın oynadığı 5 maçın 3’ünde "Maçın Adamı" unvanını kazanmasını sağladı. Final maçında Kamerun millî futbol takımı’na karşı uzatmalarda altın golü atarak, takımına 1-0'lık bir Konfederasyonlar Kupası zaferi kazandırdı. Henry bunun yanında, turnuvanın en güzel performansını sergileyen futbolcusuna verilen Adidas Altın Top ödülünü ve turnuvanın en çok gol atan futbolcusuna verilen Adidas Altın Ayakkabı Ödülü'nü turnuva boyunca attığı dört golle kazandı.