Con el estallido de la Guerra Civil, Anderson renunció a su puesto en el Ejército de la Unión y regresó a su hogar. El Gobernador de Carolina del Norte, John Willis Ellis, le nombró coronel del 4º Regimiento de Infantería de Carolina del Norte. Anderson dirigió capazmente a su regimiento en la Batalla de Williamsburg en mayo de 1862 y fue recompensado un mes después con el ascenso a general de brigada. Se le asignó la comandancia de una brigada de la división de D. H. Hill en los combates de las Batallas de los Siete Días y de Malvern Hill, donde fue herido en una mano en el transcurso del asalto confederado.