Podobně jako tomu bylo u atentátu na Johna Fitzgeralda Kennedyho, vynořily se i v tomto případě různé spekulace, že za činem stojí FBI, CIA atp. Pravděpodobným motivem činu byla skutečnost, že Malcolm X v březnu 1964 vystoupil z organizace Islámský národ a stal se Sunnitským muslimem; členové Islámského národa jej tedy považovali za zrádce víry.