Plaatje wurde als Sohn christlicher Eltern aus dem Barolong-Stamm im Boshof-Distrikt geboren. Kurz nach seiner Geburt zog die Familie zur Pniel-Mission bei Barkly West, die vom Berliner Missionswerk betrieben wurde. Dort ging er zur Schule und wurde zum Hilfslehrer ausgebildet. 1894 ging Plaatje nach Kimberley, wo er als Postbote arbeitete und sich privat weiterbildete. Kurz vor Ausbruch des Burenkrieges wurde er als Übersetzer nach Mafikeng geschickt und sowohl bei Gericht als auch bei der Eingeborenenverwaltung eingesetzt. Zusätzlich zu seiner Muttersprache Tswana beherrschte er die Sprachen Englisch, Afrikaans, Niederländisch, Deutsch, Französisch, Sotho, Zulu und Xhosa.