1529 wurde der Ort von den Osmanen zerstört. Im 16. Jahrhundert wurden in verödeten Dörfern kroatische Bauern angesiedelt. 1679 wütete die Pest in Kittsee. 1683 zerstörten die Osmanen den Ort auf ihrem Weg nach Wien. Auch der Bethlenkrieg 1619–1620 und der Kuruzenkrieg von 1704 stellten schwere Belastungen dar.