W reprezentacji Japonii Inamoto zadebiutował 5 lutego 2000 roku w przegranym 0:1 meczu z Meksykiem. W tym samym roku wystąpił z Japonią w Pucharze Azji, który jego rodacy wygrali po finale z Arabią Saudyjską (1:0). W 2001 roku zagrał w Pucharze Konfederacji, na którym to Japonia zajęła drugie miejsce (porażka w finale 0:1 z Francją).