עם היבחרו באוגוסט 2005, פעל ליישם שינויים מבניים בהתאם להסכמי ארושה שהביאו לסיום מלחמת האזרחים בבורונדי שנחתמו עוד לפני היבחרו ב-2000, וחלוקה של הכוח בהתאם לחלוקה אתנית של בני ההוטו, בני הטוטסי ובני הטווה. הכוחות לשחרור בני ההוטו (Forces nationales de libération; FNL) התפרקו מנשקם ב-2008. לצד הצלחותיו עלו, ספגה ממשלתו של נקורונזיזה ביקורת גוברת בשל פלגנות, שחיתות ובעיות ביטחוניות. הוא נבחר בשנית ב-2010. ב-2015 העמיד עצמו לבחירה פעם שלישית, בניגוד להסכמות ארושה, ובעקבות זאת פרצו מהומות מצד האופוזיציה, שדוכאו באלימות על ידי הממשל. מספר הממשל פעל נגד האופוזיציה, עיתונאים ופעילי זכויות אדם, ומוערך כי 1,700 אזרחים נהרגו וכי 390,000 פליטים נמלטו מהמדינה.