Plus tard, ce sont les descendants du duc d'Autriche, seigneurs de Habsbourg qui gouvernent le village. À la fin du , la région est le théâtre de luttes incessantes entre les Bourguignons et les Armagnacs au cours de la guerre de Cent Ans. En 1469, le duc d'Autriche, à court d'argent, vend ses terres de haute Alsace à Charles le Téméraire, duc de Bourgogne qui nomme un grand bailli, Pierre de Hagenbach pour rétablir la paix dans la région. Mais celui-ci s'attire la colère du peuple par ses maladresses. Il est capturé et décapité à Breisach (Baden-Württemberg) par les États alsaciens coalisés en 1474. En signe de vengeance, son frère Étienne de Hagenbach pénètre dans la région avec ses troupes bourguignonnes et ravage tout sur son passage. Cette invasion est fatale à Aspach comme à Altkirch.