У результаті розпаду держави Тевтонського ордену місцева знать балтійських німців в областях Гaррієн (Гар'юмаа) та Вірланд (Іда-Вірумаа і Ляяне-Вірумаа), а також у місті Ревель у червні 1561 (і дещо пізніше — в області Єрвен (Ярвамаа)) попрохала і отримала захист з боку шведського короля Еріка XIV, що призвело до вступу Швеції в Лівонську війну. На час завершення військових дій у 1583 році Швеція владарювала у північній частині сучасної Естонії та на острові Хіюмаа; ця територія утворила Естонське герцогство (1561—1721). Після відновлення воєн між Польщею та Швецією південні райони нинішньої Естонії (тодішню шведську Лівонію) було включено за Альтмаркським перемир'ям 1629 року до складу Швеції. 1645 року Швеція також відібрала у Данії острів Сааремаа і, таким чином, взяла під контроль усю нинішню Естонію.