Первая чеченская война застала Муратова в Чечне, где он собирал материалы для фильма о депортации чеченского народа. По его словам, он добровольно предложил свои услуги властям Ичкерии и снимал для них пропагандистские фильмы. После ранения вернулся в Киев.