Bij de Duitse aanval op Nederland was Van Lynden op 14 mei 1940 gewond geraakt. Hij werd gevangengenomen en omdat hij weigerde de Erewoordverklaring te ondertekenen, bracht hij de rest van de oorlog in krijgsgevangenschap door. Hij kwam op 17 november in Oflag VIII C Juliusburg aan. Daar waren al 650 Belgische officieren en een zestigtal Nederlanders. Van Lynden heeft herhaaldelijk geprobeerd om uit krijgsgevangenschap te ontkomen, maar zonder succes. Samen met Hans Larive deed hij op 2 april 1941 een poging Oflag VIII C verkleed als Belgische soldaten via de moestuin te ontvluchten. Ze werden ontdekt en teruggestuurd. Op 21 juli 1941 werd de groep Nederlandse officieren overgeplaatst naar Slot Colditz, waar ze op 24 juli per trein aankwamen. Op 15 december deed Van Lynden opnieuw een poging te ontsnappen, ditmaal met ritmeester E. Steenhouwer. Ze hadden Duitse uniformen nagemaakt, inclusief pistoolholsters van linoleum, maar vielen door de mand. Op 15 december deden ze wederom een poging om als Duitsers vermomd de poort te verlaten maar werden door de wacht herkend.