Dulles a absolvit studii la Universitatea Princeton, unde a făcut parte din American Whig–Cliosophic Society, și a intrat în serviciul diplomatic în 1916. În 1920 s-a căsătorit cu Clover Todd (5 martie 1894 – 15 aprilie 1974). Au avut trei copii, două fiice: Clover D. Jebsen („Toddy”) și Joan Buresch Dulles Molden („Joan Buresch”); și un fiu, Allen Macy Dulles Jr., care a fost rănit și a rămas permanent cu handicap după Războiul din Coreea și și-a petrecut restul vieții sale sub îngrijire medicală. Potrivit surorii sale, Eleanor, Dulles a avut „cel puțin o sută” de aventuri extraconjugale, inclusiv în timpul mandatului său de la CIA.