Po sarajevském atentátu 28. června 1914 a následné mobilizaci část učitelského sboru nastoupila do armády. Zbylí učitelé a žáci se během prázdnin zapojili do různých pomocných válečných činností – vyřizování korespondence nebo rozdělování zásob do vojenských transportů, které městem projížděly. Po vypuknutí války vzrůstalo napětí mezi českými a německými obyvateli Kyjova. Několik žáků bylo zatčeno za protirakouské projevy, např. žák Vincenc Měsíček za zvolání „"Nieder mit Österreich!"“. Ředitel Klvaňa musel také vysvětlovat aféru, kdy někteří žáci nosili na oděvu slovanské trikolory. O prázdninách 1915, po další vlně odvodů, zbyli na gymnáziu pouze ředitel Klvaňa, katecheta P. Staněk a dva profesoři. Nakonec bylo gymnázium úředním výnosem uzavřeno, a ve školním roce 1915/1916 se neotevřelo. Do Vánoc 1916 v budově sídlila dívčí škola, jejíž původní budovu zabrala vojenská nemocnice. Na konci února 1917 bylo v budově ubytováno asi 280 vojáků, provádějících rekvizici obilí v okolí. Do roku 1918 byly coby válečný materiál zabaveny píšťaly varhan, střecha a zvony kaple, i zvonek ohlašující začátek a konec vyučování.