Debajo de la iglesia hay una baja cripta, cuyas bóvedas rebajadas están sostenidas por poderosos pilares cuadrados. Conserva escasos restos de la decoración original al fresco, perdida a causa de la humedad, además del altar sin adornos. Fue utilizada en los siglos como osario para los muertos del hospital, que fueron enterrados aquí a miles. En particular, alojó también los cuerpos de los caídos en las Cinco jornadas de Milán, posteriormente trasladados bajo el monumento erigido a tal efecto por Grandi en la plaza homónima. Siguen todavía en las paredes numerosos nombres de los patriotas antiguamente enterrados en su interior.