Најзначајнији ратни сукоб током Рудолфове владавине био је Дуги или Тринаестогодишњи рат који је од 1593. до 1606. вођен против Османског царства. Османлије су, наиме, после пораза код Сиска 1593. објавиле рат Светом римском царству. Сукоб је углавном вођен у Подунављу око превласти над северном Угарском и Ердељом. На крају, обе силе су биле исцрпљене, а ердељски кнез Стефан Бочкај је 1604. покренуо устанак угарског лутеранско племства против католичких Хабзбурга. Рудолф је све време рата боравио у Прагу и заносио се мишљу о уједињењу читавог хришћанског света зарад новог крсташког рата против Османлија. Међутим, породица је 1604. натерала Рудолфа да Матији повери владавину над Угарском. Матија је 1606. са Бочкајем склопио Бечки мир којим је протестантима у Угарској дата слобода вероисповести, док је са Османлијама закључен повољни мир у Житватороку. Рудолф II је пак одбијао да потпише мир са Турцима пошто је прижељкивао наставак рата и ново уплитање у послове Ердеља. Матија је искористио ову ситуацију да уз угарску помоћ опседне свог брата у Прагу. Рудолф је тако морао да именује брата за наследника и да му 1608. препусти круну Угарске и након тога Чешке, као и Аустријско надвојводство.