Bei einem Attentat am 8. Januar 2011 wurde Kellys Ehefrau, die Politikerin Gabrielle Giffords, schwer verletzt. Am 21. Juni 2011 gab er bekannt, die NASA und die Marine zum 1. Oktober 2011 zu verlassen. Zusammen mit seiner Frau gründete er Anfang 2013 die Lobbyorganisation "Americans for Responsible Solutions", die sich für stärkere Kontrollen beim Verkauf von Waffen einsetzt.