按照計劃，本站應該與政府總部同期興建。早於2001年兩鐵競投沙中綫時，當局已計劃於添馬艦設站。然而，自美國發生九一一袭击事件後，香港政府擔心將政府總部建在鐵路站之上，促使到恐怖份子有機可乘；加上地產商不時推波助瀾，要求香港政府將土地拍賣作為商業用途，使該地段的發展一直未決定，直接影響本站及北港島綫的興建工程。2003年9月，九鐵更改沙中綫的走線，以保安理由取消添馬站，改建金鐘東站連接地鐵金鐘站。2006年，香港政府落實添馬艦發展工程，而新的政府總部於2011年落成啟用，惟當時北港島綫仍然未定下興建時間表。