Swoją karierę rozpoczynał w podlizbońskim klubie Estrela Amadora, w którym występował od 1988 do 1991 roku. W wieku 22 lat przeniósł się do Vitórii Guimarães i rozegrał tam 3 sezony począwszy od 1991 i skończywszy na 1994 roku, kiedy został zakupiony przez Benficę Lizbona. Reprezentował barwy stołecznego klubu 2 sezony, po czym został sprzedany do hiszpańskiego Realu Oviedo przeżywającego w latach 90. najlepszy okres w historii klubu. W Hiszpanii Bento spędził 4 sezony, po których wrócił do Lizbony, lecz nie z powrotem do Benfiki, ale do lokalnego rywala – Sportingu. Barw tego klubu bronił do 2004 roku. Paulo Bento reprezentował także barwy reprezentacji Portugalii, w której wystąpił w 35 spotkaniach ani razu nie wpisując się na listę strzelców. Jego reprezentacyjny debiut przypadł na zremisowany 0:0 mecz z Hiszpanią 15 stycznia 1992 roku. Ostatni mecz w reprezentacyjnej karierze rozegrał na Mistrzostwach Świata w Korei i Japonii. Było to przegrane spotkanie 0:1 z Koreą Południową 14 czerwca 2002 roku. Wystąpił także na Euro 2000, podczas którego został zdyskwalifikowany na 5 miesięcy za swoje złe zachowanie podczas półfinałowego spotkania z Francją.