David Tod trat sein neues Amt am 4. Januar 1862 an. Seine gesamte zweijährige Amtszeit war von den Ereignissen des Bürgerkrieges überschattet. Der Gouverneur überwachte die Aushebung neuer Soldaten und die Rüstungsproduktion. Er musste den verwundeten Soldaten aus Ohio Hilfe zukommen lassen. Im Jahr 1862 wurden die Grenzen Ohios zweimal von den Konföderierten bedroht. Es gelang dem Militär aber, deren Eindringen zu verhindern. Im Inneren kam es zunehmend zu Unruhen, die durch den zunächst ungünstigen Kriegsverlauf und die damit verbundenen Lasten ausgelöst wurden. Tods "Union Party" verlor zwischenzeitlich die Mehrheit an die Demokraten, die ihm das Regieren erschwerten. Im Juli 1863 kam der Krieg dann doch noch nach Ohio, als der konföderierte General John Hunt Morgan mit seiner Kavallerie in das Land vorrückte und Zerstörungen hinterließ. Gouverneur Tod lehnte die Einberufung der Afroamerikaner zu der Miliz und der Armee zwar ab; trotzdem wurde in seiner Amtszeit mit der Rekrutierung der ersten Soldaten aus dieser Gesellschaftsschicht begonnen. Gegen Ende seiner Amtszeit, vor allem nach der Schlacht von Gettysburg in Pennsylvania und der Schlacht um Vicksburg in Mississippi, die beide zeitgleich Anfang Juli 1863 stattfanden, begann sich das Kriegsglück allmählich dem Norden zuzuwenden. Von nun an waren die Truppen der Union auf dem Vormarsch.