למרות זאת, הכוח הרוסי הקטן (400 חיילים) שנשלח לטביליסי בשנת 1769, פונה לטובת המלחמה העות'מאנית-רוסית של 1787–1792, והותיר את ארקלה לבד מול הסכנה הצפויה מצד הפרסים. מוחמד ח'אן קאג'אר (محمد خان قاجار) מהשושלת הקאג'ארית, שהצליח, בשנת 1794, להביא את כל מרכז הרמה האיראנית תחת שלטונו, רצה לכבוש את הקווקז כחלק מהמרד באימפריה הפרסית. בשנת 1795, דרש מוחמד חאן קאג'אר מארקלה שיכיר בריבונות פרסית, ובתמורה הבטיח למנות אותו כוואלי של הממלכה. אקלה סרב, ובספטמבר של אותה שנה 35,000 חיילים פרסים התקדמו לכיוון גאורגיה. לאחר ההגנה האמיצה על טביליסי בקרב קרצניסי, הושמד צבאו הקטן של ארקלה לגמרי, והמלך היה עד לשריפת הבירה עד לאפר. שארית צבאו נאלצה לסגת צפונה לקווקז הגדול. הפלישה הפרסית הייתה מכה קשה לגאורגיה שממנה כבר לא יכלה להתאושש.