Allen Johnson débute l'année 2003 en s'imposant pour la deuxième fois lors des Championnats du monde en salle de Birmingham, sur 60 mètres haies. Aux Championnats du monde en plein air de Paris, il s'impose à nouveau sur sa discipline fétiche. Avec le temps de 13 s 12, il devance son compatriote Terrence Trammell et l'espoir chinois Liu Xiang. Johnson devient ainsi le premier athlète de l'histoire à remporter quatre titres de champion du monde du 110 mètres haies. L'année suivante, il ne parvient à confirmer son statut de favori lors des Jeux olympiques d'Athènes. Trébuchant sur un obstacle dès les séries, il ne se réussit pas à se qualifier pour la finale. Cette même année, il devient une nouvelle fois champion du monde en salle sur 60 mètres haies et s'impose lors de la Finale mondiale de l'athlétisme à Monaco.