1995 wurde Sasebo in Japan neuer Heimathafen des Schiffs. Von dort aus verlegte die "Fort McHenry" mehrmals, ihre Hauptaufgabe waren Manöver mit asiatischen Verbündeten. Unter anderem nach dem Seebeben im Indischen Ozean 2004 wurde sie unter anderem für Hilfsaktionen eingesetzt: Ihre Helikopter und Luftkissenboote konnten Hilfsgüter auch an von der Infrastruktur abgeschnittene Regionen bringen. 2006 tauschte die "Fort McHenry" schließlich Crew und Heimathafen mit ihrem Schwesterschiff "USS Tortuga (LSD-46)" und wurde somit in der Naval Amphibious Base Little Creek in Virginia stationiert. Von dort aus verlegte sie mehrmals in den Atlantik, unter anderem zu Übungen mit afrikanischen und europäischen Marinen. 2009 verlegte sie an der Seite der "USS Bataan (LHD-5)". Mit dieser sowie mit der "USS Carter Hall (LSD-50)" wurde sie 2010 auch vor die Küste Haitis geschickt, um nach dem schweren Erdbeben Hilfe zu leisten.