В мае 1808 года дивизия Барклая-де-Толли была преобразована в Отдельный экспедиционный корпус и направлена в Финляндию, где шла война со Швецией. 7 (19) июня корпус Барклая вступил в Куопио — главный город провинции Саволакс. В течение лета Барклай дважды отразил попытки шведов вернуть Куопио. В августе по болезни вернулся в Россию. В феврале 1809 года вернулся в Финляндскую армию и был назначен командовать Васским корпусом. 7—9 (19—21) марта Васский корпус совершил переход по льду через пролив Кваркен и, достигнув шведского берега, занял без боя город Умео, что заставило шведов вступить в переговоры. Затем боевые действия возобновились. 20 марта (1 апреля) 1809 года Михаил Богданович был произведён в генералы от инфантерии, 29 мая (10 апреля) назначен главнокомандующим Финляндской армией и генерал-губернатором новоприобретённой Финляндии. После заключения мира награждён орденом Св. Александра Невского. В 1809 году в Российской императорской армии насчитывался 61 генерал-лейтенант. В этом списке Барклай-де-Толли занимал 47-е место по старшинству производства. Когда государь пожаловал его в генералы от инфантерии, обойдёнными оказались 46 человек. Все они сочли себя незаслуженно обиженными, и тогда в высших армейских кругах начали возмущённо обсуждать «выскочку» Барклая, а некоторые даже в знак протеста подали прошение об отставке.