W połowie lat 70. wstąpił do milicji Nowego Jorku, a na początku 1776 został dowódcą kompanii artylerii. Ten nowy obowiązek zmusił go do porzucenia studiów, na które powrócił dopiero po zakończeniu wojny. Hamilton musiał zadbać o odpowiednie wyszkolenie swoich podwładnych, jak również o regularne wypłacanie żołdu, który wynosił 10 szylingów. W maju 1776 do Nowego Jorku przybył generał Washington wraz z Armią Kontynentalną, aby przejąć kontrolę nad strategiczną prowincją. Dwa miesiące później nadeszła informacja, że podpisano Deklarację Niepodległości, co spowodowało, że każdy musiał się jawnie opowiedzieć za lojalistami lub patriotami.