In 1693 werd Mdina getroffen door een zware aardbeving, die verschillende gebouwen verwoestte, waaronder de kathedraal, gewijd aan de bekering van Sint Paulus. Deze werd herbouwd in barokstijl. Grootmeester Manoel de Vilhena liet tussen 1722 en 1736 de stad restaureren en verving een aantal middeleeuwse gebouwen door barokke paleizen. Ook werd er een nieuwe stadspoort gebouwd (1724). In september 1798, toen Malta bezet was door de Franse troepen van Napoleon, begon in Mdina de opstand tegen de Fransen. De Britten, die heersten over Malta van 1800 tot 1964, maakten Valletta tot het enige bestuurlijke en administratieve centrum van de eilanden Malta en Gozo, waardoor de betekenis van Mdina nog verder afnam. Mdina vormt een van de belangrijkste toeristische trekpleisters op Malta. Verder is het de zetel van de Maltese aartsbisschop.