Nach der sowjetischen Besetzung Lembergs durch die Rote Armee am 19. September 1939 konnte Lanckorońska sich nur noch kurze Zeit an der nun ukrainisch gewordenen Universität halten. Um der Deportation durch das NKWD zu entgehen, ging sie mit gefälschten Papieren am 3. Mai bei Przemyśl über die Grenze ins Generalgouvernement. Sie hatte sich bereits im Januar in Lemberg der polnischen Untergrundarmee "„Związek Walki Zbrojnej“" (ZWZ) angeschlossen und traf nun in Krakau auf den Vertreter der Polnische Heimatarmee (Armia Krajowa – AK) Tadeusz Komorowski. Zunächst war sie in der Rotkreuz-Organisation bei der polnischen Kriegsgefangenenfürsorge in Krakau tätig. Mit einer Vollmacht der Regierung des Generalgouvernements ausgestattet wurde sie Beauftragte des Hauptfürsorgerats (RGO) für eine bessere Versorgung der Gefängnisinsassen. In dieser Funktion gelangte sie Anfang 1942 ins nun von den Deutschen eroberte ostgalizische Stanisławów. Der dortige Gestapo-Chef Hans Krüger ließ sie einsperren – und brüstete sich während eines Verhörs, er sei für die Ermordung ihrer 23 Lemberger Universitätskollegen im Sommer 1941 verantwortlich. Durch Intervention aus Kreisen der italienischen Königsfamilie und der Mussolini-Regierung entging Lanckorońska der drohenden Ermordung durch die SS und kam ins Gefängnis nach Lemberg. Ende 1942 zur weiteren Vernehmung nach Berlin verlegt glaubte sie in einem SS-internen Disziplinarverfahren als Zeugin gegen Krüger aussagen zu können, stattdessen kam sie als prominenter Häftling für die nächsten zwei Jahre in das Frauenkonzentrationslager Ravensbrück. Wieder durch diplomatische Intervention, diesmal durch Carl Jacob Burckhardt, Präsident des Internationalen Komitees vom Roten Kreuz (IKRK), kam sie noch im April 1945 mit einem Rotkreuz-Transport in die Schweiz aus der Konzentrationslagerhaft frei.