Den hovedbegivenhed, som først ret bragte ham en række vanskeligheder at kæmpe med, var den preussiske Syvårskrig. Skønt Frankrig dengang indtog en fremragende plads i Bernstorffs politiske system, således som det trådte frem ved en alliance- og subsidietraktat med denne stat af 27. februar 1754, lykkedes det ham dog at holde Danmark-Norge uden for denne krig og den med den i nær forbindelse stående store Sø- og Kolonialkrig imellem Frankrig og England. Som sædvanlig frembød denne søkrig store vanskeligheder og farer for den neutrale skibsfart, især på grund af de engelske kaperes overgreb, der begunstigedes af regering og domstole.