An der Ausrottung der Juden beteiligte sich auch die einheimische Bevölkerung. Die Kollaboration wurde von den Deutschen gefördert, indem sie beispielsweise der einheimischen Bevölkerung die Häuser und den Besitz der zu ermordenden Juden zuteilten. Andererseits gab es auch einige wenige Versuche, Juden zu retten. Ein Beispiel dafür ist der Metropolit Scheptitzki, Oberhaupt der ukrainischen Kirche, der mit Hilfe von Mönchen Juden in Klöstern versteckte. Auch in Wilna wurden ähnliche Anstrengungen unternommen. Die herrschenden Bedingungen behinderten aber den Erfolg dieser Bemühungen. Die nationalsozialistischen Ausrottungsmethoden waren von Ort zu Ort verschieden. Vielfach fanden die Ausrottungsaktionen unmittelbar nach der deutschen Besetzung statt. In Kiew wurden in zwei Tagen, am 29. und 30. September 1941, 33.779 jüdische Männer, Frauen und Kinder im Tal von Babi Jar erschossen. In Odessa ermordeten deutsche und rumänische Truppen vom 23.–26. Oktober 1941 als Rache für die Zerstörung des dortigen rumänischen Hauptquartiers 26.000 Juden, von denen viele gehängt oder verbrannt wurden (Massaker von Odessa). In der besetzten Sowjetunion wurde mit neuen Methoden zur Ermordung von Juden experimentiert. Eine solche Methode war die Tötung in geschlossenen Lastwagen, die vorgeblich zum Transport dienten, deren Passagiere jedoch vergast wurden. In Fällen, wo die Vernichtung nicht in den ersten Tagen nach der Besetzung abgeschlossen werden konnte, wurden an Stadträndern vorübergehend Konzentrationslager als „Jüdische Wohnbezirke“ (Ghettos) errichtet, die von einem Judenrat geleitet und später liquidiert wurden (siehe dazu auch Vernichtungslager Maly Trostinez).