Egy szezont követően a spanyol Valenciához szerződött. A 2001-es UEFA-bajnokok ligája-döntőben a német Bayern München volt a Valencia ellenfele, és a bajor klub tizenegyespárbajt követően megnyerte a trófeát. Zahovič büntetőjét Oliver Kahn hárította. Az ezt követő időszakban többször összekülönbözött Héctor Cúper vezetőedzővel, így távozni kényszerült.