Im August 1859 legte Wilson diese Ämter und seinen Sitz im Parlament nieder, um als Finanzexperte im Council of India zu amtieren, die die Kolonialpolitik in Indien kontrollierte. Im Auftrag von Königin Victoria ging er nach Indien, um eine neue Steuerstruktur und eine neue Papierwährung zu etablieren und das indische Finanzsystem nach dem Aufstand von 1857 umzugestalten. Er starb 1860 nach nur einem Jahr in diesem Amt im Alter von 55 Jahren an der Ruhr in Kalkutta, nachdem er ein Jahr zuvor die Chartered Bank of India, Australien und China ins Leben gerufen hatte.