Споруджений на кошти Генрі Благочестивого, разом з монахами-францисканцями які прибули з Праги близько 1240 (можливо, в 1232 або 1234). Спочатку це була крипта св. Якуба, вирішена в романському стилі. Ще під час будівництва вона стала місцем поховання засновника, котрий загинув в 1241 році в битві з монголами під Легницею. Саме в цьому костелі, будівництво якого завершено в 1254 році, оголошено 16 грудня 1261 установчу грамоту Нового міста на Магдебурзьке право, що дозволило подальший розвиток Вроцлава. Цей найстарший костел був тринавним і мав один або два бічні вівтарі.