ב-1944 מונה למפקד כוחות הלופטוואפה להגנה על גרמניה מהפצצות בעלות הברית. הלופטוואפה חדל להתקיים למעשה ככוח משמעותי בינואר 1945 לאחר הקרב על הבליטה. באפריל 1945 פוטר גרינג ומחליפו רוברט ריטר פון גריים, נאצי מושבע, היה פצוע ועצור בידי האמריקאים. דניץ בחר בשטומפף לייצג את הלופטוואפה בטקס חתימת הסכם הכניעה בברלין ב-8 במאי 1945 ביחד עם וילהלם קייטל והנס-גאורג פון פרידבורג.