Den 23. august 1944 ble Adenauer arrestert av Gestapo. Arrestasjonen var ledd i en landsdekkende aksjon etter 20. juli-attentatet samme år. Han ble ført til Bonn og deretter til messeområdet i Köln. En kapo ved navn Eugen Zander, kommunist fra Köln, tok Adenauer under sine vinger. Russiske krigsfanger rengjorde en gammel vaskebalje «–som det tidligere overhodet av Köln kunne bade i». Leiren i Köln var ingen konsentrasjonsleir, slik Adenauer selv kalte den, men en transittleir som lå utenfor SS-kontroll. Etter fire ukers fangenskap ble Adenauer innlagt på et katolsk sykehus. Derfra lyktes det ham å forsvinne. Historikeren Henning Köhler nevner det som omstridt at Adenauer simulerte hjerteattakk for å komme til sykehuset. Han betviler også at Adenauer sto på liste for utsending til Buchenwald. I så fall ville han ikke blitt innlagt på et slikt sykehus.