В командировку на вторую чеченскую войну майор Гиндеев поехал уже будучи заместителем командира Калмыцкого СОБРа и возглавляя сводный отряд. В конце 1999 — начале 2000 года он лично участвовал в 40 спецоперациях. Также, отряд показал высокие боевые качества при штурме Грозного. В бою 7-8 января 2000 года во главе группы Гиндеев захватил господствующее над местностью здание и удерживал его, отразив несколько атак противника. Когда из окруженного Грозного вырвалась банда крупного полевого командира Арби Бараева, отряду СОБР совместно с подразделением Внутренних войск была поставлена задача по её преследованию и уничтожению. Боевики были настигнуты в селе Алхан-Кала. Майор милиции Баатр Гиндеев во главе группы, используя фактор внезапности, ворвался в село, в результате чего милиционеры нанесли боевикам тяжелые потери, уничтожив несколько десятков боевиков. Уцелевшие бандиты бежали из села, бросив раненых и тела убитых. В одном из боев Гиндеев был ранен, но несмотря на это, вновь остался в строю до выполнения боевой задачи.