Vanaf het begin van de Tweede Wereldoorlog werden in Gdańsk priesters van Duitse en Poolse afkomst gevangengenomen. De jongeren werden gedwongen tot de bouw van het concentratiekamp Stutthof en de ouderen moesten opruimingswerkzaamheden verrichten na afloop van de Slag om Westerplatte. De omstandigheden voor de Rooms-Katholieke Kerk verslechteren meer en meer. Eerst werd het verboden om in het Pools te zingen en te prediken (tijdens de overigens vrijwel volledig Latijnse mis). Hierna werden de katholieke scholen genationaliseerd. Op bevel van de Gestapo moest bisschop Splett in 1941 het in het Pools afnemen van de biecht verbieden. 11 geestelijken uit Gdańsk werden tussen 1939 en 1944 slachtoffer van de nazi-terreur. Drie van hen werden op 13 juni 1999 door paus Johannes Paulus II zalig verklaard: Marian Górecki, Bronisław Komorowski en Franciszek Rogaczewski.