Emerton nam in 2000 met Australië deel aan de Olympische Spelen van Sydney. Hij was aanvoerder van de "Olyroos". Emerton was een vaste waarde in de Australische selectie en hij nam deel aan het WK 2006 en het WK 2010. Hij behoorde tot de selectie voor de Azië Cup 2007, het eerste Aziatische toernooi waaraan Australië deelnam na de overstap van de OFC naar de AFC in januari 2007.