Zu diesem Zeitpunkt wurde bekannt, dass Schottland das Bündnis mit Frankreich erneuert hatte, womit es zum ersten Schottischen Unabhängigkeitskrieg kam. Zusammen mit John de Warenne, 6. Earl of Surrey wurde Bek zum Hüter von Nordengland ernannt. Im März 1296 steuerte die Diözese Durham 500 Reiter und 1000 Fußsoldaten für den Feldzug nach Schottland bei, an dem auch Bek selbst teilnahm. Als Vertreter des Königs nahm er dabei im Juli 1296 die Unterwerfung von John Balliol entgegen. Nach diesem Erfolg in Schottland wandte sich der König wieder dem Krieg mit Frankreich zu. Im Mai 1297 berief der König das Aufgebot der Diözese Durham, wozu 30 Knight Banneret gehören sollten, für den Feldzug nach Frankreich. Bek bürgte für eine Reihe schottischer Adliger, die an diesem Feldzug teilnehmen wollten. Bek gehörte zum Gefolge des Königs, als dieser im Oktober 1297 in Flandern Verhandlungen über einen Waffenstillstand mit Frankreich aufnahm. Nach dem Abschluss des Waffenstillstands mit Frankreich hatte Eduard I. wieder die Möglichkeit, gegen die Schotten vorzugehen, die während seiner Abwesenheit in Nordengland eingefallen waren. Bis Juli 1298 war das englische Heer bis Roxburgh vorgerückt. Bek diente dabei als Kommandant eines Teils des englischen Heeres, das Dirleton Castle am Südufer des Firth of Forth eroberte. Anschließend schloss sich Bek wieder dem englischen Hauptheer an und kämpfte als einer der englischen Kommandanten am 22. Juli in der Schlacht von Falkirk. Nach diesem englischen Sieg war die schottische Rebellion gegen die englische Oberherrschaft zunächst niedergeschlagen.