Pocos cambios tuvieron lugar durante el corto reinado de Francisco II, que el 6 de septiembre de 1860 tuvo que abandonar el palacio y la ciudad ante la amenaza de las tropas garibaldinas. Antes de partir el soberano empaquetó algunos de sus bienes más preciados, que salieron rumbo a Capua y a Gaeta, entre los que había la preciada "Pala Colonna" de Rafael, el retrato de Alejandro Farnesio de Tiziano, un busto de mármol de Pio IX, las reliquias de Santa Jasonia, sesenta-y-seis relicarios, un retrato de Luis XVIII, jarrones, porcelanas, un velador con vistas de París en placas de Sèvres, mantelería, ropa de casa, colchones y cojines, veintiséis cajas con la "argenterie", siete "" o ciento quince candelabros de plata. No obstante, gran parte del guardarropa de la reina María Sofía y la fortuna personal del rey depositada en el Banco di Napoli quedaron atrás.