Pakistan có quan hệ quân sự mạnh với Iran trong thời kỷ Shah. Cả Pakistan và Iran đều đứng về phía Mỹ chống Liên Xô và các đồng minh của họ gồm cả Ấn Độ. Trong cuộc chiến tranh năm 1965 của Pakistan với Ấn Độ, nhà Shah đã cung cấp nhiên liệu miễn phí cho các máy bay Pakistan thường hạ cánh xuống lãnh thổ Iran, tái nạp nhiên liệu và cất cánh trở lại. Sau cuộc cách mạng Iran, Pakistan là một trong những quốc gia đầu tiên công nhận chính phủ mới ở Iran và tiếp tục duy trì các quan hệ quân sự thân cận. Iran đã gửi các sĩ quan quân đội và quân nhân của họ tới huấn luyện tại các học viện của Pakistan khi những mối quan hệ với Hoa Kỳ xấu đi sau vụ bắt giữ con tin tại Đại sứ quán Hoa Kỳ. Pakistan cũng giúp cung cấp phụ tùng và các đồ vật khác cho Quân đội Iran vốn sử dụng nhiều trang bị quân sự của Hoa Kỳ. Quan hệ hai bên bắt đầu xấu đi khi cuộc chiến tranh Xô viết tại Afghanistan khiến một số lượng lớn máy bay chiến đấu Sunni nước ngoài vào Pakistan. Những quan điểm cực đoan của Tướng Zia ul Haq với người Shias khiến căng thẳng giữa cộng đồng Sunni và Shia tại Pakistan leo thang làm mất lòng Iran. Các quốc gia Ả Rập và Hoa Kỳ đã gây sức ép với Pakistan để nước này ngừng hỗ trợ quân sự cho Iran vì cuộc Chiến tranh Iraq-Iran trong đó Hoa Kỳ và các quốc gia Ả Rập Sunni ủng hộ Irap. Iran đã bị cáo buộc gây gia tăng căng thẳng sắc tộc giữa các cộng đồng Sunni và Shia bởi Pakistan hỗ trợ Iraq trong cuộc chiến tranh Iran-Iraq. Quan hệ tiếp tục xấu đi trong thập niên 1990 khi với sự giúp đỡ của Pakistan Taliban lên nắm quyền lực ở Afghanistan. Iran và Taliban hầu như đã có một cuộc chiến tranh năm 1997 về những tranh chấp lãnh thổ và buôn lậu thuốc phiện. Trong suốt thập niên 80 và 90, Iran quay sang phía Ấn Độ.