Cái tên "Cửu Phần" của thị trấn xuất phát từ giai đoạn đầu thời Nhà Thanh, khi ngôi làng miền núi này chỉ có chín hộ dân. Cửu Phần bắt đầu trở nên đông đúc vào cuối đời Nhà Thanh khi việc nghề khai thác vàng trở nên phổ biến ở hòn đảo này, đặc biệt là từ năm 1890 khi công nhân phát hiện ra vụn vàng khi xây dựg tuyến đường sắt Đài Bắc-Cơ Long chạy qua gần khu vực Cửu Phần và năm 1893 khi khu đãi vàng dưới chân các ngọn đồi của Cửu Phần bắt đầu tìm được vàng với sản lượng tới vài kg một ngày. Thị trấn vàng Cửu Phần trở nên đặc biệt phồn thịnh trong thời gian Đế quốc Nhật Bản chiếm đóng Đài Loan. Bởi vậy ngày nay kiến trúc Cửu Phần vẫn còn mang nhiều đặc điểm của thời kì thuộc địa với rất nhiều nhà trọ kiểu Nhật Bản vẫn còn hoạt động. Trong thời gian Chiến tranh thế giới thứ hai, một trại tù binh mang tên Kinkaseki (nay là Kim Qua Thạch, 金瓜石) được lập nên ở đây để giam giữ các tù binh quân Đồng Minh bị bắt giữ sau Trận Singapore. Các hoạt động khai thác vàng ở Cửu Phần bắt đầu giảm dần sau Thế chiến và khu mỏ bị đóng cửa vào năm 1971, khiến thị trấn này dần rơi vào quên lãng.