Daei debutó con la selección de fútbol de Irán en un encuentro ante de 1993. Hasta el final de su carrera el delantero fue el goleador y símbolo de su seleccionado, logrando entre otras cosas la clasificación a la Copa Mundial de Fútbol de 1998 y consagrarse goleador de la Copa Asiática de 1996 y la Clasificación de Asia a la Copa Mundial de Fútbol de 2002. Además, el delantero tiene el privilegio de ser el máximo goleador de la historia a nivel de selecciones junto a Cristiano Ronaldo.