Após a anexação de Goa pela Índia em 1961, enquanto os edifícios mencionados acima eram adotados como monumentos nacionais pelo Serviço Arqueológico da Índia (ASI) e eficazmente ocupados, a Igreja de Santana foi singularmente negligenciada e sofreu com os estragos do tempo e com a negligência humana, tendo as partes da sua estrutura em condições precárias.