La laguna contiene al sistema de estromatolitos modernos (también llamados microbialitos) de agua dulce más extenso del mundo. Son ricos en carbonato de calcio y están datados en 6 mil a 10 mil años de antigüedad. Sin embargo, en los últimos años se ha observado su paulatino decaimiento derivado del aumento en actividades antropogénicas como turismo extensivo, por lo que algunos puntos de la laguna están protegidos. Sin embargo por el interés de crecimiento turístico-económico, la laguna Bacalar no ha podido ser declarada sitio RAMSAR.