หลังการอสัญกรรมของอดอล์ฟ ฮิตเลอร์ในวันที่ 30 เมษายน ค.ศ. 1945 พินัยกรรมของฮิตเลอร์ได้แต่งตั้งเขาเป็นผู้สืบทอดประมุขแห่งรัฐจากฮิตเลอร์ ทั้งตำแหน่งประธานาธิบดีเยอรมนีและผู้บัญชาการทหารสูงสุด วันที่ 7 พฤษภาคม ค.ศ. 1945 เขาสั่งให้อัลเฟรท โยเดิล หัวหน้าเสนาธิการของกองบัญชาการทหารสูงสุด ลงนามตราสารยอมจำนนในแร็งส์ ประเทศฝรั่งเศส เดอนิทซ์ยังเป็นหัวหน้ารัฐบาลเฟล็นส์บวร์คจนถูกฝ่ายสัมพันธมิตรยุบเมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม ที่การพิจารณาคดีเนือร์นแบร์ค เขาถูกพิพากษาลงโทษฐานอาชญากรรมสงครามและตัดสินลงโทษจำคุกสิบปี หลังการปล่อยตัว เขาใช้ชีวิตเงียบ ๆ ในหมู่บ้านแห่งหนึ่งใกล้ฮัมบวร์คจนเสียชีวิตใน ค.ศ. 1980