L'état d'urgence prend fin en 1963 avec la mise en tutelle de l'Irian sous une administration des Nations unies. Soekarno se lance alors dans une politique de « Konfrontasi » avec la Malaisie, qu'il dénonce comme une création de l'« impérialisme ». Nasution y voit une occasion de renforcer la position de l'armée.