Несмотря на отсутствие военного образования, Имбоден был назначен капитаном стаутонского артиллерийского полка в вирджинском ополчении 28 ноября 1859 года. Этим полком он командовал во время захвата Харперс-Ферри. Его первым сражением гражданской войны стало Первое сражение при Булл-Ран, где он командовал артиллерийской батареей и в результате получил глухоту левого уха. Пока бригада Эванса, Би и Бэртоу удерживали холм Мэтьюз, Имбоден установил свои орудия на выгодной позиции на холме Генри и вёл оттуда огонь по противнику. Когда пехотные бригады начали отступать, батарея Имбодена на какое-то время оказалась единственным подразделением, сдерживающим наступление федеральной армии. Генерал Би послал ему приказ на отход, но Имбоден не получил его. Растратив боеприпасы и оставшись без пехотного прикрытия, Имбоден отвёл батареи назад, туда, где развернул свою бригаду Томас Джексон. Джексон велел ему встать перед линиями его пехоты, а чуть позже, когда подошли дополнительные батареи, отправил батарею Имбодена в тыл, при этом велел самому Имбодену остаться на позиции и следить за действиями артиллеристов.