De llavors ençà, la política de la ciutat es va complicar. Diversos corrents, molts de segregació dels emigrants del nord-est que venen a Cubatão, es troben en la política municipal. El 1961, Abel Tenório de Oliveira, provinent del nord-est, va ser triat alcalde. Aquesta fase conflictiva culmina amb la mort del regidor Aristides Lopes dos Santos, i la mort del mateix batle Abel Tenório; ambdós van ser crims polítics, encoberts pel colp d'estat al Brasil del 1964.