Heinrich wurde nach dem Turnier von Ribbeck nicht mehr nominiert, so auch nicht für den deutschen Kader zur EM 2000. Am 8. August 2000 wurde er dann nach einjähriger Abstinenz wieder für die Nationalmannschaft nominiert, als er von Ribbecks Nachfolger Rudi Völler für das Freundschaftsspiel am 16. August 2000 in Hannover gegen Spanien aufgeboten wurde. Gegen Spanien stand er in der Anfangself und wurde nach 67 Minuten durch Thomas Linke ersetzt. Das Spiel gewann die deutsche Nationalelf mit 4:1. 2002 wurde er für den vorläufigen Kader zur Fußball-Weltmeisterschaft 2002 nominiert. Bei den Testländerspielen gegen Wales (0:1) und Österreich (6:2) kam er zum Einsatz. Allerdings sollte das Testländerspiel gegen Österreich am 18. Mai 2002 auch sein letztes Länderspiel sein. Am 21. Mai 2002 gab Heinrich selbst seinen Verzicht auf die Teilnahme an der Fußball-Weltmeisterschaft bekannt. Nach der Fußball-Weltmeisterschaft wurde Heinrich nicht mehr nominiert. Insgesamt trug Jörg Heinrich von 1995 bis 2002 37 Mal das Nationaltrikot.