Sarà questa, "a posteriori", l'ultima stagione di Conte ad alti livelli. Nel campionato 2002-2003 è impiegato sporadicamente, pur potendosi fregiare nuovamente del titolo italiano; ha inoltre modo di giocare la finale di UEFA Champions League persa ai rigori contro il Milan dove, subentrato nel secondo tempo, colpisce di testa una clamorosa traversa della porta di Dida. Al termine della stagione 2003-2004 decide di ritirarsi dal calcio giocato, rifiutando un ulteriore rinnovo propostogli dalla società, sia per i sopraggiunti 35 anni d'età sia per l'ideale fine di un ciclo a Torino, con il contemporaneo e definitivo addio di Lippi alla panchina bianconera. Conte gioca la sua ultima partita in Serie A a San Siro il 4 aprile 2004, un derby d'Italia contro l'Inter (3-2), mentre l'ultima in Europa era stata il precedente 25 febbraio al Riazor di A Coruña, contro il (1-0). In 13 stagioni con la Juventus, ha collezionato in campionato 295 presenze e 29 gol, in totale 418 presenze e 43 gol.