איסטנבול שוכנת 20 ק"מ בלבד מצפון להעתק צפון אנטוליה, ורעידת האדמה החזקה האחרונה התחוללה לאורכו ב-1999 סמוך לעיר איזמיט, 85 ק"מ בלבד מזרחית לעיר. ניסיון העבר מגלה כי מנהרות כדוגמת מרמריי הממוקמות באזורים מועדים לרעידות אדמה (כמו מנהרת BART בסן פרנסיסקו ומנהרת קובה ביפן), הוכיחו עמידות בעת אירוע סייסמי. בשל כך מושם דגש על עמידה בתקנים אשר יבטיחו את בטיחות המיזם, והמנהרה מתחת לבוספורוס בפרט, בפני רעידות אדמה בעוצמה החזקה ביותר הצפויה באזור.