Størstedelen af Cherokee-nationen gik med konføderationen i den amerikanske borgerkrig. Efter krigen forhandle den amerikanske regering en fredsaftale med nationen, hvori det blev krævet, at nationens folk frigav deres slaver tilbød dem medborgerskab og jord inden for territoriet, hvis de frigivne ønskede at blive boende med stammen. Området blev også en del af rekonstruktionen af de tidligere konføderale stater under ledelse af regeringstropper og specielt udpegede guvernører.