W czasie francuskiej inwazji na Rosję arcybiskup Warłaam pozostał w Mohylewie. Na żądanie okupującego miasto marszałka Davouta złożył w soborze katedralnym 14 lipca 1812 przysięgę lojalności Napoleonowi Bonaparte, to samo polecił innym duchownym (2/3 kapłanów zrealizowało nakaz biskupa). Po zwycięstwie Rosjan w wojnie car Aleksander I polecił Synodowi zwolnić arcybiskupa Warłaama z katedry. W konsekwencji przeprowadzonego przez władze duchownego śledztwa Warłaam (Szyszacki) został pozbawiony godności biskupiej i uznany za zwykłego mnicha. Obrzęd pozbawienia godności przeprowadził w czerwcu 1813 arcybiskup czernihowski i nieżyński Michał. Warłaam (Szyszacki) spędził resztę życia w monasterze Przemienienia Pańskiego w Nowogrodzie Siewierskim, tam też zmarł i został pochowany.