В Русскую кампанию 1812 года Жомини не участвовал в боевых действиях, он занимал должность губернатора Вильны, потом — коменданта Смоленска. Благодаря собранным им сведениям о местности переправа отступавшей французской армии через реку Березину прошла сравнительно удачно.