Mit dem Abschluss des ewigen Bündnisses mit der Eidgenossenschaft war auch die Verpflichtung verbunden, einem Aufgebot von den Eidgenössischen Orten Folge zu leisten. Im Frühjahr 1476 erreichte die Stadt so ein Aufruf aus Bern, da der Burgunderherzog Karl der Kühne mit grossem Heer den Jura überschreite, um ins Waadtland einzufallen. Unter Hauptmann Ulrich Varnbüler rückten 131 St. Galler aus, um den Bernern bei Grandson beizustehen. Die Schlacht bei Grandson endete für die Eidgenossen siegreich, jedoch war ihr Fähnrich zu beklagen. Aus der Burgunderbeute sind noch heute verschiedene Fahnen der Besiegten im Museum zu bestaunen, auch erbeutete Geschütze wurden unter grossem Jubel in die Stadt eingefahren.