俱乐部重回本土的制胜之路，赢得了连续两届冠军，又在参加1986–87年歐洲冠軍盃的过程中获得第三个冠军。在这届欧冠，拜仁相继淘汰了四个强大的竞争对手：埃因霍温、奥地利维也纳、安德莱赫特和皇家马德里（首回合的焦点是对洛塔尔·马特乌斯的袭击，次回合则是西班牙球迷在淘汰后朝场内疯狂投掷杂物），然后来到决赛与波尔图碰面。此时，英格兰球队由于1985年的-{zh-hans:海塞尔惨案;zh-hk:希素球場慘劇;zh-hant:海塞爾球場慘劇;}-而被禁止参加欧战，这使得一个实力可能很强的对手被排除在了抽签名单之外。这支葡萄牙俱乐部除了在三年前的优胜者杯上获得亚军外，几乎没有任何欧战背景；而同样在1982年，拜仁则被视为夺冠热门。虽然鲁梅尼格以一笔创纪录的交易加盟了意大利的国际米兰，但这对恢复俱乐部的财务安全至关重要，现在这支球队中还包括他的胞弟米夏埃尔，以及、洛塔尔·马特乌斯、迪特·赫内斯（乌利之胞弟）以及安德烈亚斯·布雷默等四名德国国脚——他们在去年夏天的墨西哥世界杯（俱乐部的比利时门将让-马里·普法夫在那里当选赛事最佳门将）中再度输掉决赛，因此迫切希望抚平伤痛，同时也比葡萄牙人更具大赛经验。另一位德国国脚、出自拜仁青训营的克劳斯·奥根塔勒则因禁赛缺席而感到失望。球队还再次请回曾在1970年代的成功中发挥了重要作用的乌多·拉特克执教，并且在距离慕尼黑仅400公里的决赛场地维也纳获得了压倒性的支持。尽管有着这些看似有利的因素，并在当晚率先由小将取得领先，拜仁仍未能守住他们的优势。波尔图在比赛末段的三分钟内攻入两个巧妙的进球，扭转了战局并获得冠军，打破了过去十年决赛中任何球队只进一球（甚至不进球）即可夺冠的模式。此前在德国国内以相对低廉的成本组队的拜仁被击败，据称这使得乌利·赫内斯开始将注意力转向吸引国际球星来重振俱乐部的命运。