La iglesia original, ubicada en la actuales calles de Beltrán e Ituzaingó, pertenecía a los jesuitas, pero tras la expulsión de estos fue entregada a los franciscanos. En 1861 fue destruida por un terremoto que destruyó gran parte de la ciudad. En 1875 se cambió la ubicación de la iglesia, a Avenida España esquina Necochea, frente a la Plaza San Martín, mientras las ruinas del templo original se mantuvieron hasta 1906 cuando el gobernador Carlos Galigniana adquiere el sitio de dicho templo para dedicarlo a San Martín.