Durant aquest temps, Tunísia va ser el teatre d'importants operacions militars conegudes amb el nom de "campanya de" "Tunísia": tropes alemanyes van prendre posició al país des del llançament de l'operació Torch (desembarcament de tropes aliades a l'Àfrica del Nord) el 8 de novembre de 1942. L'Afrika Korps d'Erwin Rommel es va replegar des de Líbia darrere de la línia Mareth. Al seu retorn a Tunísia, el 8 d'abril de 1943, Burguiba es va assegurar que el seu missatge fos transmès a tota la població i als seus militants. Després de diversos mesos de combats i una contraofensiva blindada alemanya a la regió de Kasserine i Sbeitla, a inicis de l'any 1943, les tropes del Tercer Reich van ser obligades a capitular l'11 de maig al Cap Bon, quatre dies després de l'arribada de les forces aliades a Tunísia. Burguiba va ser posat en llibertat per les forces de França Lliure el 23 de juny.