המעורבות הבולטת ביותר של קובה במדינה אחרת הייתה במהלך מלחמת האזרחים באנגולה. שיתוף פעולה בין קובה לבין ה-MPLA, מחתרת שמאלנית שפעלה באנגולה לשם השגת עצמאות החל כבר בשנות ה-60. משזכתה אנגולה לעצמאות, ב-1975, פרצה באנגולה מלחמת אזרחים בין ה-MPLA לבין ארגונים אחרים - UNITA ו-FNLA. באוקטובר אותה שנה שלחה דרום אפריקה כוח צבאי במטרה לסייע ל-UNITA ול-FNLA. בתגובה, החלה קובה, ב-5 בנובמבר אותה שנה, להזרים אף היא כוחות צבא למדינה, כדי לתגבר את ה-MPLA, מבלי להתייעץ בברית המועצות. 36 אלף החיילים ששלחה קובה סייעו לאגושטיניו נטו לכונן ממשלה בראשות ה-MPLA (אף שלא הייתה לה שליטה אפקטיבית בחלקים רבים של אנגולה). כוח סיוע נשאר באנגולה גם במהלך שנות ה-80. לאחר פלישה דרום-אפריקאית נוספת ב-1988, שלחה קובה 55 אלף חיילים, שסייעו בהדיפת הפלישה. ב-22 בדצמבר אותה שנה, חתמו קובה, אנגולה ודרום אפריקה על הסכם במסגרתו נאלצה דרום אפריקה לוותר גם על שליטתה בנמיביה. קובה התחייבה להסיג את כוחותיה מאנגולה בתוך שנתיים וחצי, וב-1991 עזב אחרון חייליה את המדינה.