A causa dell'imminente presa di Vienna nel 1594 ad opera degli ottomani, Matthias con suo padre e suo fratello si spostarono a Steyr, dove trascorse in tutto tre anni frequentando il ginnasio locale. Suo padre quindi fece ritorno a Vienna e richiamò Matthias per frequentare l'Università di Vienna dove studiò inizialmente filosofia. Su raccomandazione dell'ambasciatore di Sassonia, il 16 giugno 1597 si trasferì all'Università di Wittenberg dove studiò filosofia ed ottenne la laurea pensando quindi di continuare con lo studio di legge, e preferendo al fine votarsi alla teologia.