Nach Rückkehr in die Heimat und Heilung der erlittenen Erfrierungen und Verwundungen schloss er sich in den Befreiungskriegen erneut der Preußischen Armee an. Fischer wurde im März 1813 als Premierleutnant beim Garnisonsbataillon des 4. Ostpreußischen Infanterie-Regiments angestellt. Als Stabskapitän im Generalstab des I. Armeekorps machte er sich besonders bei der Erstürmung der holländischen Festung Gorkum verdient und erhielt für die Schlacht bei Laon das Eiserne Kreuz II. Klasse.