В 451 году Парижу угрожала армия вторгшегося в Галлию Аттилы, но вскоре гунны были разбиты римлянами и союзными им вестготами. В 470 году войска Хильдерика I из династии Меровингов разграбили западные окрестности Парижа и начали длительную осаду города (на правом берегу в 476 году ими была построена дозорная башня Лёвёр, от которой позже и произошло название Лувра). В 486 году Хлодвиг I в союзе с другими франкскими вождями захватил северную часть Галлии до Луары, в том числе после пятилетней осады взял Париж, объявив его в 508 году своей резиденцией (по другим данным, благодаря договорённости со Святой Женевьевой король мирно занял город). После принятия христианства (496 год) Хлодвиг основал на холме Сент-Женевьев церковь Святых Петра и Павла, где и был захоронен после своей смерти в 511 году (рядом с покровительницей Парижа Святой Женевьевой, именем которой и стало называться аббатство; ныне на его месте расположен лицей Генриха IV с башней Клови или башней Хлодвига). Также в начале VI века были построены церкви Святого Марселя и Святого Юлиана Бедняка возле Малого моста. В 543 году Хильдеберт I для хранения королевских реликвий, привезённых им из Испании, основал базилику Сент-Круа-Сен-Венсан (вскоре она была переименована в аббатство Сен-Жермен-де-Пре, ставшее одним из самых влиятельных в городе — монастырю принадлежали земли современных VI и VII округов, виноградники, ремесленные мастерские и большая ярмарка). На острове Ситэ возникли женские монастыри Сен-Кристоф и Сен-Марсиаль, а на противоположных берегах Сены — мужские монастыри Сен-Лоран и Сен-Венсан. Во второй половине VI века в Париже состоялось шесть церковных соборов, что подчёркивало возросшую религиозную роль города во владениях Меровингов. Сильно пострадав от большого пожара 585 года, уничтожившего часть построек на острове Ситэ, Париж стал активно развиваться на обоих берегах Сены.