Najdalej idące zmiany w systemie ochrony osobistej prezydenta poczyniono na zlecenie komisji Warrena, badającej zabójstwo Johna F. Kennedy’ego. W 1964 komisja stwierdziła, że czynności składające się na urząd prezydenta zwiększyły się do tego stopnia, że zapewniana mu ochrona stała się niewystarczająca. Zdaniem komisji, Secret Service nie ustaliła osób, które miały stanowić zagrożenie dla prezydenta i nie dysponowała odpowiednio przeszkolonym personelem, odpowiednim sprzętem oraz ochroną motorową i techniczną potrzebną do wykonania zadania. Przed zamachem zadania Secret Service dotyczyły tylko bezpośredniego niebezpieczeństwa zagrażającego prezydentowi. Agencja nie potrafiła zidentyfikować potencjalnych źródeł niebezpieczeństwa. Zarzucono jej również zbytnie poleganie na innych urzędach w celu zgromadzenia informacji potrzebnych do wypełnienia zadania.