Il terremoto del 1693 lo danneggiò pesantemente, ma le mura perimetrali rimasero in piedi. Da queste il Palazzo Manganelli fu riattuato da Antonio Paternò, che incaricò gli architetti Alonzo Di Benedetto e Felice Palazzotto di redigere un progetto di ricostruzione e ampliamento. Il cantiere iniziò il 1694.