Wenige Jahre später wurde Marie von Ponthieu in die Vorbereitung des Sechsten Kreuzzuges eingebunden, den ihr Großneffe Ludwig IX. „der Heilige“ König von Frankreich von 1226 bis 1270, in den Jahren 1249/1250 unternahm, da ihr Ehemann Mathieu de Montmorency entschlossen war, daran teilzunehmen. Es war dies ein auch finanziell sehr aufwändiges Unternehmen, da der Graf mit einer Truppe von Rittern sowie dem erforderlichen Personal und Dienerschaft für eine mehrmonatige Expedition ausgerüstet werden musste, weshalb Marie als Inhaberin der Grafschaft zweifellos in die Vorbereitungen einbezogen war. Anlass des Kreuzzuges war die Einnahme von Jerusalem durch türkische Söldner des Ayyubidischen Sultans As-Salih Ayyub von Ägypten († 1249) im Jahre 1244, weshalb König Ludwig IX. Ägypten als Ziel bestimmte.