Menurut legenda, Kaisar Napoleon, setelah melihat gereja St. Anna selama masa Perang Prancis-Rusia pada 1812, ia menyampaikan keinginan untuk membawa gereja tersebut pulang bersamanya ke Paris 'dengan telapak tangannya sendiri'. Gereja tersebut direnovasi pada 1902-1909 dengan sisi lengkung terbuka dan tembok yang diperkuat dengan besi, dan dilanjutkan kembali pada 1960-1970 dengan memperbaiki menara yang dalam kondisi yang buruk. Pada 23 Agustus 1987, Liga Liberti Lithuanian mengadakan perkumpulan di alun-alun dekat gereja St. Anna dan monumen Adam Mickiewicz didirikan sebagai protes atas kependudukan Soviet yang sedang berlangsung, yang kemudian dibubarkan oleh milisi. Rekonstruksi yang baru-baru ini dilakukan terjadi pada tahun 2009: atap diganti, elemen fasad diperkuat dan sisi menara yang telah lama hilang dibangun kembali.