До конца XII века замок оставался под контролем архиепископов Кентерберийских. Несмотря на получение власти Иоанном в 1199 году, права на управление замком Хьюбертом Уолтером не были утверждены до июля 1202 года. Возможно, что король хотел получить прямую власть над стратегически-важным объектом. Кризис его правления начался в 1212 году, когда назрел заговор баронов. Поражение в битве при Бувине в 1214 году ещё больше усугубило ситуацию в Англии. Группа баронов отказалась от своих клятв королю в мае 1215 года, а затем ими были захвачены Лондон, Линкольн и Эксетер. После этих событий, вплоть до подписания Иоанном Великой хартии вольностей в июне 1215 года, Рочестерским замком поочередно владели Стефан Лэнгтон и сам король. Вскоре вспыхнула Первая баронская война и король потребовал от архиепископа передачу замка. Несмотря на то, что Лэнгтон отказался, события вокруг Рочестера были неясны, из-за чего повстанцы взяли город под свой контроль. С этого момента архиепископы Кентерберийские больше не владели замком на постоянной основе.