Після окупації Югославії німецькими військами, 10 квітня 1941 р. було проголошено створення Незалежної держави Хорватії. Павелич, що знаходився на той час у Флоренції, був проголошений її поглавніком (керівником). 15 квітня він прибув до Загреба, де 16 квітня сформував уряд, ставши одночасно його головою і міністром закордонних справ. Першим законом, що було прийнято став Закон про громадянство 30 квітня 1941 р. У Хорватії широко застосовувалися етнічні чистки, що супроводжувалися масовим знищенням сербів. 15 червня 1941 р. Хорватія приєдналася до Троїстого, 26 червня — до Антикомінтернівського пакту. 14 грудня 1941 Хорватія оголосила війну Великій Британії і США. У вересні 1942 Павелич відвідав Німеччину, де отримав дозвіл Гітлера на подальше посилення режиму особистої влади, після чого провів реорганізацію уряду.