Der Umfang des Handels wurde von der spanischen Krone streng limitiert. So wurde der jährliche Umfang des Handels 1595 auf 300 t und 1702 auf 500 t beschränkt. Dieses Handelsvolumen konnten ein bzw. zwei Galeonen decken. Die mit der Unabhängigkeit Mexikos im Jahr 1821 verbundene Auflösung des Vizekönigreichs Neuspanien bedeutete auch das endgültige Aus für die Manila-Acapulco-Route. Von den 108 Galeonen, die im Verlauf von 250 Jahren (1565 bis 1815) die Reise in der Regel mehrmals unternahmen, gingen 30 verloren, lediglich 4 davon wurden von Freibeutern erobert.