Współpraca po fuzji między firmami nie układała się dobrze, również nie udało się wygenerować planowanej synergii operacyjnej. Ostatecznie doszło do sporu na linii Levin - Case, którego eskalacja nastąpiła po atakach z 11 września 2001 roku. Wyniki finansowe firmy były już wtedy bardzo złe (przychody AOL Time Warner za 2001 rok wyniosły 38 miliardów dolarów, zamiast prognozowanych 40, a przepływy były ponad miliard razy mniejsze niż zapowiadane). Ostatecznie w październiku 2003 roku usunięto z nazwy firmy cząstkę AOL przywracając starą nazwę koncernu - Time Warner. W 2002 roku rynek internetowy powoli wracał do dawnej siły, ale w tak zwanej „trójce” AOL została zastąpiona przez Google. Do kosztów fuzji należy zaliczyć redukcje ponad 10 000 miejsc pracy, dwukrotną zmianę nazwy i symbolu giełdowego firmy w ciągu 4 lat, śledztwa federalne dotyczące nieprawidłowości księgowych AOL, kilkadziesiąt zbiorowych procesów udziałowców, 100 miliardów dolarów pochłonęło goodwill. Natomiast w ciągu 2001 roku wartość akcji AOL Time Warner spadła z 55 do 35 mld dolarów.