Frunze nasceu em Pishpek, uma pequena cidade Imperial Russa no Quirguistão, filho de um paramédico militar romeno (originalmente da província de Kherson) e sua esposa russa, começou seus estudos na cidade de Verniy (atual Almaty) e estudou também na Universidade Politécnica de São Petersburgo. No II Congresso do Partido Operário Social-Democrata Russo em Londres, durante a divisão ideológica entre Vladimir Lenin e Julius Martov, Frunze se manteve ao lado de Lênin.