Ja al , la classificació per la Copa del Món va continuar sense ser possible per Perú. Segons l'historiador Charles F. Walker, els problemes disciplinaris dels jugadors peruans van causar els mals resultats de la selecció peruana i de la pròpia lliga nacional. Els problemes a la FPF, particularment quan n'era president Manuel Burga, encara van aprofundir més la crisi al futbol peruà (la FIFA va arribar a suspendre el país per disputar competicions internacionals a la fi de l'any 2008, quan el govern peruà investigava casos de corrupció a la pròpia FPF). Tot i així, Perú va tornar a guanyar la Copa Kirin els anys 2005 i 2011, a més de quedar en tercera posició a la Copa Amèrica de 2011. A principis del 2015, l'empresari Edwin Oviedo es va convertir en el nou president de la FPF, en substitució de Burga, que més tard seria jutjat per diversos delictes quan estava al capdavant de la federació. La FPF no va trigar a nomenar Ricardo Gareca com el nou seleccionador peruà, el març de 2015. Després de dirigir l'equip a una tercera plaça en la Copa Amèrica de 2015 i als quarts de final en l'edició especial del centenari, Gareca va aconseguir classificar el combinat peruà per disputar la Copa del Món de 2018.