Keväällä 1894 puhjenneen Donghak-kapinan aikana Gojong pyysi jälleen sotilaallista apua Kiinalta. Japani vastasi tähän lähettämällä Koreaan moninkertaisen määrän sotajoukkoja ja miehitti koko maan. Seurannut Kiinan–Japanin sota päättyi Japanin voittoon ja Shimonosekin rauhassa 1895 Kiinan oli tunnustettava Korean itsenäisyys. Kun Korean hallitus ei tämän jälkeen suostunut tottelemaan japanilaisten ohjeita yhteiskunnallisten uudistusten toteuttamisesta, Japanin edustaja organisoi lokakuussa 1895 salaliiton, jonka jäsenet tunkeutuivat kuninkaalliseen palatsiin ja surmasivat kuningatar Minin. Maahan syntyi jälleen Japanin vastaisia levottomuuksia, ja Gojong joutui pakenemaan Venäjän lähetystön turviin. Hän joutui myöntämään venäläisille monia kaupallisia etuja Koreassa ennen kuin pääsi palaamaan palatsiinsa helmikuussa 1897. Lokakuussa 1897 hän julisti Korean keisarikunnaksi ja itsensä sen keisariksi korostaakseen itsenäisyyttä Kiinan keisarista.