Einen Tag nach dem verlorenen WM-Finale gegen Italien trat er schließlich am 10. Juli 2006 erneut aus der Nationalmannschaft zurück. Am 24. August 2006 erklärte Makélélé jedoch erneut seinen „Rücktritt vom Rücktritt“ und stand, wie Lilian Thuram auch, weiterhin der französischen Nationalmannschaft zur Verfügung. Bei der EM-Endrunde 2008 gehörte er zum französischen Aufgebot. Nach der Niederlage im Vorrundenspiel gegen Italien und dem darauffolgenden Ausscheiden der Franzosen erklärte er wiederum parallel zu Lilian Thuram, seinen endgültigen Rücktritt aus der Nationalelf.