Endō đã được lựa chọn vào Đội hình Tiêu biểu của J. League trong suốt mười năm liên tục, từ năm 2003 đến năm 2012. Tại Giải vô địch bóng đá thế giới các câu lạc bộ 2008, anh ghi được hai bàn thắng lần lượt trong các trận đấu với Adelaide United (bàn thắng duy nhất của trận đấu) và Manchester United. Năm 2009, anh được Liên đoàn bóng đá châu Á (AFC) trao tặng danh hiệu "Cầu thủ xuất sắc nhất châu Á" năm 2009.