W reprezentacji Francji Pedros zadebiutował 28 lipca 1993 roku w wygranym 3:1 meczu przeciwko Rosji. W 1996 roku Aimé Jacquet powołał go do kadry na mistrzostwa Europy, na których Francuzi w półfinale zostali wyeliminowani w rzutach karnych przez Czechów. W konkursie jedenastek Pedros był jedynym piłkarzem, który nie strzelił bramki, bowiem jego słabe uderzenie obronił Petr Kouba, w efekcie czego Francja odpadła z turnieju. Łącznie dla drużyny narodowej Pedros rozegrał 25 spotkań i zdobył 4 gole.