После Португальской революции и провозглашения независимости Анголы Эрнесту Мулату вернулся на родину. Участвовал в гражданской войне на стороне УНИТА. Руководил административным аппаратом партии, являлся ближайшим соратником Савимби, его главным советником по внутренней политике. В феврале—августе 1976 года Мулату был одним из руководителей "Longa Marcha" — "Длинного марша" — полугодового боевого похода вооружённых сил УНИТА при отступлении из Уамбо.