Pinto początkowo występował w młodzieżowej reprezentacji Portugalii do lat 20, z którą w 1989 i 1991 roku zdobył mistrzostwo świata juniorów. W seniorskiej kadrze zadebiutował w 1991 roku. W 1996 roku wystąpił na mistrzostwach Europy, na których Portugalczycy dotarli do ćwierćfinału. João zagrał na tej imprezie we wszystkich czterech meczach. Zdobył w nich jednego gola w spotkaniu grupowym przeciwko Chorwacji. W 2000 roku Pinto także dostał powołanie na mistrzostwa Europy. Tym razem Portugalia odpadła dopiero w półfinale. Wychowanek Boavisty zagrał w każdym z pięciu spotkań i zanotował jedno trafienie w wygranym 3:2 pojedynku z Anglikami. Pinto w swojej karierze wystąpił również na Mistrzostwach Świata 2002, na których podopieczni António Oliveiry nie zdołali nawet wyjść z grupy. Pinto na mundialu nie zanotował ani jednej bramki, wystąpił za to w wygranym 4:0 meczu z Polską. Po mistrzostwach Portugalczyk postanowił zakończyć reprezentacyjną karierę. Przez dwanaście lat występów w drużynie narodowej João rozegrał 81 spotkań, w których 23 razy udało mu się wpisać na listę strzelców.