Championnet erhielt während des Ersten Koalitionskriegs 1793 in den Feldzügen am Rhein unter General Pichegru und General Hoche seine ersten Führungsaufgaben. 1794 wurde er Général de brigade bei der Sambre- und Maas-Armee unter dem Oberkommando von Jean-Baptiste Jourdan. In der Schlacht bei Fleurus führte er mit Erfolg eine Division im Zentrum. Als General ist er an der Eroberung des Rheinlands beteiligt. Köln konnte er bei der Besetzung des Rheinlandes am 6. Oktober 1794 kampflos einnehmen und besetzen. 1796 führt er Einheiten des rechten Flügels der Sambre- und Maas-Armee am Mittelrhein und Hunsrück unter General Marceau. Als Divisionskommandant war er im Sommer 1796 bei dem Feldzug Jourdans gegen die Österreicher unter Erzherzog Karl in Franken und musste nach den verlorenen Schlachten bei Amberg und Würzburg sich mit der Armee auf die linke Rheinseite zurückziehen. 1797 war er kurzzeitig Interims-Oberkommandierender der Sambre- und Maas-Armee.