In der Flüchtlingskrise in Europa 2015 und 2016 entwickelten Mitarbeiter des "ESI" den "„Merkel-Plan“" (EU-Türkei-Abkommen vom 18. März 2016), ein Programm, bei dem zwischen zwei- und fünfhunderttausend syrische Flüchtlinge aus der Türkei direkt nach Deutschland transportiert werden sollen, um die Türkei zu entlasten. Gleichzeitig soll ein Rückführungsabkommen mit der Türkei umgesetzt werden und alle Flüchtlinge, welche Europa über die Ägäis oder über die türkisch-griechische Landesgrenze Griechenland erreichen, in die Türkei abgeschoben werden. Teile des Plans wurden im Türkei-Abkommen vom 18. März 2016 umgesetzt. ESI-Leiter Gerald Knaus betonte in dem Zusammenhang auf einer Veranstaltung im März 2016, die Zusammenarbeit mit der Türkei sei „alternativlos“, um eine „Orbánisierung“ der EU zu verhindern. Nach dem gescheiterten Putschversuch in der Türkei warnte er vor einem Scheitern des Abkommens zwischen EU und Türkei. Er räumte ein, dass seit 20. März 2016 nur 468 Menschen in die Türkei zurückgeschickt werden konnten. Gerald Knaus veröffentlichte am 3. Februar 2017 in einer Rundmail einen „Malta-Plan“, in dem die geltende „Dublin-Regelung“ durch einen gemeinschaftlichen europäischen Grenz- und Asyldienst ersetzt werden soll. Kombiniert mit Rückführungsabkommen soll dies ermöglichen, die Migration auf einem niedrigen Niveau von etwa 100.000 Menschen pro Jahr zu stabilisieren, ohne dabei die Genfer Flüchtlingskonvention zu missachten.