Joachim Ernst von Anhalt († 1586), Sohn von Johann IV. von Anhalt-Zerbst, verfügte ab 1570 über den gesamten anhaltinischen Besitz und wählte Dessau als Residenz. In einer Teilung zwischen Joachim Ernsts Söhnen 1603 bekam Johann Georg Anhalt-Dessau, Christian Anhalt-Bernburg, Rudolf Anhalt-Zerbst und Ludwig Anhalt-Köthen. Johann Georg I. übernahm von 1586 bis 1606 die Alleinregierung, da seine Brüder noch minderjährig waren. Die Erbteilung wurde in einem Vertrag 1603 niedergeschrieben und drei Jahre später realisiert. Auch wurde Johann Georg I. Senior der Familie. Er starb 1618 unmittelbar vor Beginn des Dreißigjährigen Kriegs. Während des Dreißigjährigen Krieges kam es bei der Schlacht bei Dessau am 25. April 1626 zu einer Konfrontation der protestantischen Truppen unter Graf Mansfeld mit den katholischen Truppen unter Wallenstein.