В марте 1686 года Богдани вернулся на Балканы и в последующие годы содействовал активизации сопротивления войскам Османской империи, в частности, в Косово. Он и его викарий Тома Распасани (Toma Raspasani) сыграли ведущую роль в создании проавстрийского движения в Косово во время Великой турецкой войны. С его помощью был организован албанский отряд из 6000 воинов для австрийской армии, которые участвовали в захвате Призрена. Богдани вернулся в Приштину, где умер заразившись чумой в декабре 1689. Его племянник, сообщал, что в 1698 году останки его дяди, как злейшего врага Османской империи, были эксгумированы турецкими и татарскими солдатами и брошены на съедение собакам в центре площади в Приштине.