Durant la Segona Guerra mundial, Tòquio fou intensament bombardejada a partir de 1942 fins al 1945. A causa d'això, el 1945 la població de Tòquio era la meitat que el 1940. En acabar la guerra, al setembre de 1945, Tòquio fou ocupada militarment i va passar a ser governada per les forces aliades. El general Douglas MacArthur va establir els quarters d'ocupació al que ara és l'edifici DN Tower 21 (anteriorment conegut com a "Dai-Ichi Seimei"), davant el palau Imperial. A la segona meitat del , els Estats Units van aprofitar Tòquio com un centre important de logística durant les guerres de Corea i Vietnam. En l'actualitat, encara estan sota control nord-americà la base aèria de Yokota i algunes poques instal·lacions militars menors.