V rokoch 1221 a 1224 Hamadán dvakrát napadli a dobyli Mongoli. Podobne ako mnoho ďalších perzských miest aj Hamadán bol vypálený, avšak na jeho ruinách vyrástlo nové mesto a už za vlády Ílchánovcov získalo späť zašlú slávu. V roku 1282 v meste zomrel chán Abaka. Po rozpade chanátu mesto získali Džalájírovci. V roku 1386 Hamadán dobyl a vyplienil dobyvateľ Tímúr. Význam mesta následne upadol. V 15. storočí v meste vládol turkický kmeňový zväz Ak Kojunlu, až kým ho v roku 1503 nezískali Safíjovci. Následne sa často menili jeho vládcovia pre konflikty medzi iránskymi vládnucimi rodmi a Osmanmi. Čiastočne bolo mesto obnovené v 17. storočí. Osmanskú moc v meste definitívne zlomil Nádir Šáh, zakladateľ dynastie Afšárovcov. V roku 1789 ho dobyl Ághá Muhammad Chán, zakladateľ dynastie Kádžárovcov. Pri tejto udalosti došlo k zničeniu citadely al-Musallá nad mestom. V modernej dobe jeho strategická poloha spôsobila ekonomické oživenie. V roku 1820 malo mať mesto približne 40 000 obyvateľov. Začiatkom 70. rokov 19. storočia mesto postihol dvojročný krutý hladomor a počet obyvateľov mesta klesol na 15 000. Na začiatku 20. storočia sa stal Hamadán centrom konštitučných snáh. V roku 1913 francúzska expedícia uskutočnila menší archeologický výskum Ekbatany. Prvá svetová vojna mestu opäť priniesla hladomor a výrazný ekonomický rast mesto zažilo až v 30. rokoch 20. storočia. Ďalšie výskumy Ekbatany sa uskutočnili v 70. rokoch pod patronátom Britov. Mesto bolo poškodené počas iránsko-irackej vojny v rokoch 19801988.