Toutefois Napoléon perd définitivement patience. Lors de la Troisième Coalition, il fait marcher son armée sur Vienne. Les troupes de l'armée bavaroise et de l'armée du Wurtemberg lui viennent en renfort. C'est ainsi qu'il remporte la bataille d'Austerlitz le sur les Russes et les Autrichiens. Le Traité de Presbourg que Napoléon dicte à François et au tsar Alexandre scelle la fin de l'Empire. Napoléon y impose en effet que la Bavière soit érigée en royaume comme le Wurtemberg et le Bade, se retrouvant ainsi à égalité avec la Prusse et l'Autriche. C'est la structure de l'Empire qui est une nouvelle fois attaquée puisqu'en acquérant leur pleine souveraineté, ces royaumes s'en détachent. C'est d'ailleurs ce que souligne une remarque de Napoléon à son ministre des Affaires étrangères Talleyrand : .