פלוגת יהונתן הייתה פלוגה של "ההגנה" שהשתתפה במערכה על ירושלים במלחמת העצמאות. גילם הצעיר של לוחמיה ומספר נפגעיה הרב ייחד אותה משאר היחידות בגזרה. הפלוגה השתתפה בהגנה ובכיבוש מוצבים וכפרים באזור העיר ובלמה ניסיונות של שריוניות ערביות לחדור לירושלים המערבית, ליד נוטר-דם, מול חומת העיר העתיקה. כמו כן כבשה פלוגת יהונתן את הכפרים בית מזמיל, קריית יובל של היום, חירבת אל חמאמה, יד ושם של היום, עין כרם ומלחה. באוגוסט 1948 פורקה הפלוגה עקב שיעור האבדות הגבוה שסבלה. כיכר פלוגת יהונתן בירושלים נקראה על שמה.