בשנת 1777 הקים האב ג'וניפרו סרה את המיסיון סנטה קלרה דה אסיס , שגבולו הצפוני היה נחל סן פרנסיסקיטו ובאדמותיו כללו את פאלו אלטו המודרנית. האזור היה בשליטת מלך מקסיקו שיה כפוף למלך ספרד. ב־29 בנובמבר 1777 הוקמה העיר סן חוזה (העיר סן חוזה נמצאת כמה קילומטרים מדרום לפאלו אלטו) המושל של העיר היה המשנה למלך מקסיקו למורת רוחה של המיסיון והמתיישבים המקומיים. בשנת 1821 הסתיימה מלחמת העצמאות המקסיקנית ומקסיקו הפכה למדינה עצמאית. בשלב זה סן חוזה לא הכירה יותר בשלטון של מקסיקו עד 10 במאי 1825. מאידך, מקסיקו המשיכה למכור או להעניק הרבה מהאדמות שלה באזור.