12 июня 2011 года Марко Фабиан дебютировал за сборную Мексики в товарищеской игре в Лас-Вегасе против Венесуэлы (южноамериканцы, которые вскоре дошли до полуфинала Кубка Америки, обыграли Мексику со счётом 3:0). 25 июня Фабиан отметился забитым голом в ворота сборной Эквадора.