Kjui si v roce 1858 vzal za manželku Malvinu Rafailovnu Bamberg (rus. Мальвина Рафаиловна Бамберг). Poprvé se setkali před domem Alexandra Sergejeviče Dargomyžského, u nějž Malvina studovala zpěv. I ona jej inspirovala v několika jeho dílech. Např. v jeho "Scherzu" (1857) se některá témata podle ní jmenují (Bamberg) a inspirace se objevuje i v komické opeře "Syn mandarína". Malvina a César spolu měli dvě děti: Lidiu a Aleksandra. Lidia byla amatérskou zpěvačkou a Aleksandr působil před Říjnovou revolucí jako člen ruského senátu.