1941年（昭和16年）12月8日の太平洋戦争開戦時、「神通」には第二水雷戦隊司令官田中頼三少将が座乗。第二水雷戦隊（第十六駆逐隊、第十八駆逐隊を除く）は白鷹などと共に比島部隊の第五急襲隊を編成。第五急襲隊は11月26日に寺島水道を出発し、12月2日にパラオに到着。計画変更に伴い第五急襲隊の編制はとかれ、第二水雷戦隊（神通、第十五駆逐隊、第十六駆逐隊第二小隊）は第五戦隊の重巡洋艦3隻、第四航空戦隊の空母龍驤、駆逐艦1隻および第十一航空戦隊の水上機母艦2隻と共に比島部隊の南比支援隊（指揮官は第五戦隊司令官高木武雄少将）となり、フィリピンの戦いに参加した。南比支援隊の第二水雷戦隊や龍驤などは12月6日にパラオより出撃し、12月8日に「龍驤」搭載機がダバオを空襲した際に神通と第十六駆逐隊第二小隊は飛行機帰投線形成して練度不十分な搭乗員を支援した。なお、開戦時の第二水雷戦隊は第八駆逐隊（大潮《司令艦》、朝潮、満潮、荒潮）、第十六駆逐隊（雪風《司令艦》、時津風、天津風、初風）、第十八駆逐隊（不知火《司令艦》、霞、陽炎、霰）で構成されていたが、第八駆逐隊（第十八駆逐隊）は南方部隊本隊（南雲機動部隊）指揮下に行動して神通達とは別行動だった。第二水雷戦隊は12月9日にレガスピー攻略船団と合流。12月11日に神通と第十五駆逐隊第二小隊はスリガオ海峡へ向かい、敷設艦八重山による機雷敷設を支援した。神通と第十五駆逐隊は12月14日にパラオに帰投した。