Erst die Entsendung einer Internationalen Eingreiftruppe (INTERFET) sorgte wieder für Ruhe und Ordnung. Nach drei Jahren UN-Verwaltung wurde Osttimor am 20. Mai 2002 wieder in die Unabhängigkeit entlassen. Seitdem streben die führenden osttimoresischen Politiker in erster Linie eine Versöhnung mit Indonesien an, statt einer Verfolgung der begangenen Menschenrechtsverletzungen. Große Teile der Osttimoresen, Menschenrechtsorganisationen und die Katholische Kirche kritisieren dies. Auch die Arbeit der gemeinsamen Wahrheits- und Freundschaftskommission (CTF) an der Aufarbeitung der Verbrechen von 1999 fand diesbezüglich Kritik. Die von den Vereinten Nationen gegründete Empfangs-, Wahrheits- und Versöhnungskommission von Osttimor (CAVR) versuchte stattdessen auch die Täter der Verbrechen zwischen 1975 und 1999 zu dokumentieren. Die von den VN eingesetzte Serious Crimes Unit ermittelte dazu in Osttimor. Weil die Regierungen in Jakarta und Dili mit dem Gericht aber nicht zusammenarbeiten, beziehungsweise das beiderseitige Verhältnis nicht belasten wollten, wurden indonesische Verantwortliche aus Verwaltung und Militär nicht zur Rechenschaft gezogen. Bei den Unruhen in Osttimor 2006 wurde das Büro der SCU verwüstet und wichtige Beweismittel gegen indonesische Beschuldigte wurden vernichtet. Einige Tausend Osttimoresen, vor allem Kollaborateure und deren Familien, flohen nach dem Abzug der Indonesier nach Westtimor und leben nun dort teilweise unter sehr schlechten Bedingungen.