Hakamada valittiin duumaan 1993, 1995 ja vuosiksi 2000–2003. Vuodesta 2000 hän oli myös varapuhemies. Hän oli yksi toukokuussa 2001 muodostetun Oikeistovoimien liiton puheenjohtajista Jegor Gaidarin, Boris Nemtsovin ja Anatoli Tšubaisin ohella. Hän oli ehdolla vuoden 2004 presidentinvaaleissa, jossa hän heti aluksi ilmoitti olevansa Vladimir Putinia vastaan ja syytti häntä Nord-Ostin tapahtumien salailusta. Hän tuli neljänneksi ja sai 3,9 % äänistä.