После прибытия в Пекин в январе 1881 года Цзо Цзунтан имел продолжительную аудиенцию у императрицы Цыси и был назначен главой Военного министерства. В октябре 1881 года он был смещён с этого поста и назначен наместником Лянцзяна (это наместничество включало в себя территории провинций Цзянсу, Цзянси и Аньхой). В 1884 году из-за войны с Францией Цзо в июне опять возглавил Военное министерство, а в сентябре в четвёртый раз в своей жизни стал чрезвычайным императорским уполномоченным — на этот раз для укрепления береговой обороны провинции Фуцзянь. В сентябре 1885 года, вскоре после подписания мирного договора, Цзо Цзунтан скончался в Фучжоу. Его тело было перевезено на родину, в Чанша.