Hij verlengde in 2012 zijn verbintenis bij de Portugese club vervolgens tot medio 2019. In het seizoen 2012/13 bereikte Benfica zowel de finale van de Taça de Portugal als de finale van de Europa League. Beide finales werden echter verloren, van Vitória SC en Chelsea FC. Het seizoen 2013/14 was het meest succesvolle seizoen van Rodrigo bij Benfica. Benfica won beide Portugese bekercompetities, de Taça de Portugal (1–0 winst tegen Rio Ave in de finale) en de Taça da Liga (2–0 winst tegen hetzelfde Rio Ave in de finale, Rodrigo was verantwoordelijk voor het openingsdoelpunt) en bereikte de finale van de Europa League. In de terugwedstrijd van de kwartfinale tegen AZ scoorde Rodrigo twee doelpunten. In de Europa Leaguefinale was Sevilla FC na strafschoppen te sterk. Ook werd Benfica kampioen in de Primeira Liga. In deze competitie eindigde Rodrigo met elf doelpunten op de achtste plaats in de topscorerslijst. In alle competities was hij achttien maal trefzeker in 42 wedstrijden.