Pagotto begann seine Karriere bei der SSC Neapel, wo er aber nicht zum Einsatz kam. 1994/95 spielte er bei der AC Pistoiese und wechselte dann zu Sampdoria Genua in die Serie A. 1996 gehörte er der italienischen Juniorennationalmannschaft an, die in Spanien den Europameistertitel gewann. Das Turnier war gleichzeitig die Qualifikation für die Olympischen Sommerspiele 1996 in Atlanta. Dort kam Pagotto aber nicht zum Einsatz.