Mit der deutschen Juniorenauswahl hat Heike Beier zwischen 2000 und 2002 an drei Europameisterschaften teilgenommen und dabei die Plätze fünf, sechs und neun belegt. 2006/07 feierte sie ihr Debüt in der A-Nationalmannschaft unter dem neuen Bundestrainer Giovanni Guidetti. Im Sommer 2007 gewann sie mit der Frauen-Nationalmannschaft die europäische Grand-Prix-Qualifikation und belegte bei der EM in Belgien und Luxemburg den sechsten Platz.