El 7 de agosto de 2016 marcó en la final de la Community Shield, ya con Jose Mourinho, colaborando en la victoria por 2 a 1 ante el Leicester City.El 26 de febrero de 2017 marcó en su tercera final con el club "red" en la victoria por 3 a 2 ante el Southampton por la Copa de la Liga.El 24 de mayo logró su cuarto título con el club inglés al vencer por 0 a 2 al Ajax en la final de la Liga Europa de la UEFA. En esta ocasión, Lingard salió desde el banquillo y no logró marcar como en las tres ocasiones anteriores.