Il combat avec l'armée de Virginie du Nord de Williamsburg à Gettysburg, sauf quand il est détaché à Suffolk avec Longstreet. Sous les ordres de Pryor, le 3rd Virginia Infantry participe à la bataille de Williamsbug, à la seconde bataille de Bull Run et la bataille d'Antietam. Roger Pryor démissionne de sa commission de colonel du régiment le parce qu'il n'a pas de commandement de brigade. Plus tard, il est actif dans les combats à Plymouth, Drewry's Bluff, et Cold Harbor, le siège de Petersburg au sud et au nord du fleuve James, et à la campagne d'Appomattox Courthouse.