诺伊尔代表拜仁慕尼黑参加的首场正式比赛是2011-12赛季德甲的第一轮，球队在主场以0比1不敌门兴格拉德巴赫。不过，他很快便打破了由奥利弗·卡恩在该俱乐部创造的1000分钟的不失球记录，不失球时间达到1147分钟。其中于德甲赛事中的不失球时间为770分钟，这在德甲历史上也得以排名第三。在他加盟拜仁的第一个赛季中，球队在欧洲冠军联赛、德甲联赛以及德国杯赛都获得了亚军。在两项杯赛中共有3场比赛被拖入了点球大战，其中两场取胜均得益于诺伊尔的扑救，而他本人在拜仁的首个入球则是在对阵切尔西的欧冠决赛点球大战中取得。