Die Insel wurde um 1500 n. Chr. neu besiedelt, da die Einwohner der Peloponnes flohen, um den grausamen Verfolgungen und Steuern der Türken zu entgehen. Es siedelten sich hauptsächlich Bewohner aus der Region des heutigen Süd-Albanien an (sogenannte Arvaniten). Das ausgetrocknete Hinterland zwang sie dazu, sich an der Küste Hydras niederzulassen. Sie spezialisierten sich auf den Schiffbau und den Handel und wurden mit der Zeit zu hervorragenden Seeleuten. 1821, zur Zeit des Befreiungskrieges gegen die Türken, hatte die Insel großen Reichtum erlangt. Mit 3500 Einwohnern und 130 Kriegsschiffen, auf denen eine Fracht von 130.000 Tonnen Platz fand, nahm Hydra eine wichtige Stellung im Krieg um die Nationen ein. Seeleute und Admirale aus Hydra, wie Lazaros Kountouriotis, Andreas Miaoulis und andere kamen in den Kämpfen um.