Dal 12 novembre 1918, Tõnisson ricoprì la carica di Ministro senza portafoglio. e dal 27 novembre 1918 al 9 maggio 1919 fu Ministro degli Esteri plenipotenziario del Governo provvisorio estone, con a capo Konstantin Päts. Tõnisson si recò nuovamente all'estero, questa volta in Finlandia, per cercare armi e prestiti finanziari per affrontare la Guerra di indipendenza estone, dopo che i bolscevichi erano piombati nello stato estone per tentare di prendersi il potere. Tõnisson prese parte anche alla Conferenza di pace di Parigi, al termine della Prima guerra mondiale, assieme alla delegazione estone.