З 1798 року командував ескадрою, яку Королівство Великої Британії спрямувало в Середземне море для протидії розпочатої Францією Єгипетській експедиції 1798—1801 років. Британська ескадра не зуміла перешкодити висадці французьких військ в Олександрії, однак 1-2 серпня 1798 року Нельсон зміг розгромити французький флот при Абукірі, відрізавши армію Наполеона Бонапарта в Єгипті, а сам Нельсон отримав поранення в голову. Георг III подарував Нельсону дворянський титул — присвоївши йому ступінь віконта та надавши баронство Нілу і Бернем-Торпа.