Le cose proseguirono negativamente in campionato, con la squadra che tra marzo e aprile perse tre volte in quattro partite (contro Sampdoria, e ) allontanandosi definitivamente dal quarto posto, l'ultimo utile per la "zona Champions". La posizione finale in classifica, determinata da un'altra sconfitta con il Milan (che non batteva i bianconeri in entrambe le sfide di campionato dall'annata 1990-91), fu un deludente settimo posto che comunque consentì, per il rotto della cuffia, l'accesso ai preliminari dell'Europa League 2010-11: la qualificazione arrivò solo grazie al fatto che e , finaliste di Coppa Italia, avevano già ottenuto l'ammissione alla Champions League liberando quindi uno "slot" per la seconda competizione continentale.