Tijdens de Franse veldtocht in Italië in 1796 maakte hij grote indruk op de opperbevelhebber, generaal Napoleon Bonaparte, die hem tot divisiegeneraal promoveerde en hem herhaaldelijk uitkoos voor belangrijke opdrachten. Joubert speelde een sleutelrol in de Franse overwinning in de Slag bij Rivoli op 14-15 januari 1797. Hij had het bevel over de linkervleugel van het Franse leger tijdens de invasie van Oostenrijk later dat jaar en vocht met zo'n 15000 man door de bergen van Tirol, waarbij hij 10000 gevangenen nam.