Dal dicembre 1960 al gennaio 1962 fu la capitale della Repubblica libera del Congo. Nella seconda metà del 1964 i ribelli Simba si impadronirono della città di Stanleyville e presero più di 1.600 ostaggi europei. Dopo 111 giorni di negoziazione, gli Stati Uniti e il Belgio nel novembre 1964 lanciarono l'operazione "Dragon Rouge" con paracadutisti belgi che occuparono la città, allo scopo di liberare gli ostaggi. Nel 1966 e nel 1967 Kisangani fu teatro degli ammutinamenti dei mercenari europei. Nel 1999 Kisangani assistette ai primi scontri aperti tra forze ugandesi e ruandesi nella Seconda guerra del Congo. I combattimenti avevano per obiettivo il controllo delle miniere d'oro vicino alla città. Nel 2002 fu sottoscritto un accordo di pace, mentre la città era sotto il controllo delle truppe appoggiate dai ruandesi.