I mars inträdde Schellenberg i SS och månaden därpå blev han medlem i NSDAP. 1934 blev han knuten till Sicherheitsdiensts huvudkontor (SD-Hauptamt). I RSHA samarbetade Schellenberg med Reinhard Heydrich i kampen mot motståndsgrupper, bland andra Rote Kapelle. Amiralen Wilhelm Canaris, som möjligtvis var invigd i planerna och genomförandet av attentatet mot Adolf Hitler den 20 juli 1944, greps personligen av Schellenberg tre dagar efter attentatet.