Alors que la bataille de Churubusco approchait, Scott ordonna à Pierce de rester à l'arrière, ce à quoi il répondit : . Scott céda et Pierce rejoignit le combat sanglé sur sa selle mais la douleur dans sa jambe fut si violente qu'il s'évanouit sur le champ de bataille. Les Américains furent victorieux et il participa à la prise de Mexico à la mi-septembre même si sa brigade fut essentiellement gardée en réserve et qu'il fut alité une grande partie de la bataille en raison de la dysenterie. Pierce resta à la tête de sa brigade durant les trois mois d'occupation de la ville mais il fut frustré par la lenteur des négociations de paix et il essaya de se tenir à l'écart des fréquents conflits entre Scott et ses subordonnés.