Il 9 aprile, tuttavia, Ludovico venne definitivamente sconfitto a Novara. Il 24 maggio Federico concesse finalmente i territori contesi a Isabella d'Aragona. Luigi XII, conquistato il Ducato di Milano, prese di mira il regno di Napoli secondo quanto stabilito nell'accordo con Ferdinando il Cattolico col quale si definiva la spartizione del regno. Gli eserciti Francese e Spagnolo invasero il regno di Napoli nel luglio 1501 e Federico dovette consegnarsi ai suoi avversari. Ebbe così termine la dominazione aragonese durata 59 anni.