Argentiinan maajoukkueessa Zabaleta on esiintynyt 58 kertaa, viimeksi marraskuussa 2016. A-maajoukkuedebyyttinsä hän teki elokuussa 2005 Unkaria vastaan pelatussa ottelussa. Hän kuului olympiakultaa voittaneeseen Argentiinan joukkueeseen Pekingissä 2008, jossa pelasi kaikki ottelut. Hän pelasi MM-kilpailuissa 2014 kaikissa seitsemässä ottelussa Argentiinan saavuttaessa hopeaa. Myös Copa Américassa 2015 hän kuului Argentiinan hopeajoukkueeseen. Nuorten maajoukkueissa Zabaletan paras saavutus on alle 20-vuotiaiden maailmanmestaruus vuodelta 2005.