Mens Nagorno-Karabakh-krigen pågikk, anklaget den aserbajdsjanske regjeringen Huseynov for forræderi og for å med vilje tape byer til de avanserende armenske styrkene for å bidra for Russlands geopolitiske interesser i regionen. Etter at de gjenværende russiske troppene trakk seg fra Ganja den 28. mai 1993, igangsatte president Elçibay den såkalte "Operasjon Tufan" for å arrestere Huseynov og avvæpne hans avdelinger. 4,000 aserbajdsjanske tropper ble mobilisert for operasjonen, og den 4. juni klokken 6 på morgenen var det væpnede trefninger mellom de to sidene. Operasjonen viste seg å være en fiasko, og Huseynov førte et påfølgende krav om at Elcibay skulle tiltales for konspirasjon, drap og misbruk av makt. Snart fikk Huseynov større deler av det aserbajdsjanske militæret med seg, og i løpet av de påfølgende dagene utvidet han sin kontroll i naboregionene uten å møte motstand og startet en offensiv mot hovedstaden Baku. Den 18. juni nådde Huseynovs styrker byen, og president Elcibay flyktet til Naxcivan. Mellom den 27. og den 29. juni ble det forhandlet mellom partene, og som et resultat av forhandlingene gikk Huseynov med på å stanse offensiven mot Baku i bytte mot å få bli statsminister. Den 30. juni inntok han stillingen.