Весной 1999 года коммунисты смогли добиться постановки на голосование в Госдуме вопроса об импичменте президенту Ельцину. Сам процесс был инициирован «левыми» ещё в 1998 году, однако на голосование попал только в апреле 1999 года. В вину Ельцину вменяли подписание Беловежских соглашений, разгон Верховного Совета в 1993 году, войну в Чечне, ослабление обороноспособности страны и геноцид российского народа. Фракция «Яблоко» частично поддержала обвинения в разгоне Верховного Совета (24 депутата из 45) и в развязывании войны в Чечне (37 депутатов из 45). Сам Григорий Явлинский голосовал за импичмент президенту только по пункту о войне в Чечне. Несмотря на поддержку «Яблока» попытка импичмента провалилась. Президент России Борис Ельцин позже замечал, что во время голосования «Явлинский запутался в своей стратегии». Реакция Григория Явлинского на эти слова неизвестна.