10 червня 1944 року змінив генерала К. фон Тіппельскірха на посаді командира 12-го армійського корпусу. 22 червня 1944 року радянські війська почали стратегічний наступ в Білорусі проти групи армій «Центр». Основні удари на першому етапі завдавали проти 3-ї танкової і 9-ї армій, які перебували відповідно північ і на південь від фронту оборони 4-ї армії, у складі якої перебував корпус В. Мюллера. В ніч з 29 по 30 червня за наказом командування генерал В. Мюллер почав планомірний відступ у район південніше Мінська. Курт фон Тіппельскірх, командувач 4-ю армією разом зі своїм штабом евакуювався в тил, надавши право В. Мюллеру віддавати необхідні накази по армії в тому випадку, якщо зв'язок буде перервана. Фактично з 30 червня і до 8 липня генерал-лейтенант В. Мюллер був командувачем 4-ю армією. 3 липня радянськими військами був узятий Мінськ, на схід від якого в оточенні опинилися головні сили 4-ї армії (близько 100 000 осіб). Попри наполегливим зверненням командира 12-го корпусу по радіо до вищого командування що він певен в успіху прориву, В. Мюллер, який перебував у 18-й панцергренадерській дивізії й був готовий діяти, його керівництво ніяк не відреагувало. Врешті-решт 8 липня 1944 року частина оточених під Мінськом німецьких частин була роздроблена, штаб 12-го корпусу був розсіяний, а генерал-лейтенант В.Мюллер капітулював зі своїми військами.