Virkaa tekeväksi presidentiksi nimettiin maan johtoon palannut Rahmon Nabijev. Hän voitti marraskuussa 1991 pidetyt presidentinvaalit ja jatkoi maan johdossa. Nabijev yritti vaientaa opposition, mitä seurasi massiiviset väkivallattomat mielenosoitukset Dušanbessa maaliskuussa 1992. Hallituksen joukot avasivat tulen mielenosoittajia kohti ja väkivalta levisi muualle maahan. Tilanne johti Tadžikistanin sisällissotaan. Opposition joukot saivat hetkeksi syrjäytettyä Nabijevin, mutta marraskuuhun 1992 mennessä Emomalii Rahmonin johtama hallitus ja venäläisjoukkojen tukema hallinto oli saanut tilanteen käännettyä edukseen, mikä päätti sisällissodan ensimmäisen vaiheen. Tätä seurasi joukkomuutto Afganistaniin, mistä käsin hallinnon vastustajat ja islamistifundamentalistit jatkoivat sotaa hallinnon joukkoja ja näiden venäläisiä liittolaisia vastaan. Sotatoimet päättyivät vuonna 1994 ja rauhansopimus saatiin aikaiseksi 1997. Sodassa kuoli kymmeniätuhansia ja yli puoli miljoonaa joutui jättämään kotinsa. Sisällissota teki suurta vahinkoa maan taloudelle, joka oli suurelta osin riippuvainen ulkomaisesta avusta.