El movimiento de Reforma universitaria sufre una drástica conclusión con el Golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973, y el nombramiento de las autoridades universitarias por parte del nuevo Régimen militar. En 1976, las facultades de la universidad vuelven a ser creadas, y el Instituto de Historia vuelve a su posición dentro de la Facultad de Filosofía y Educación. Luego de la Reforma, el Instituto se aboca, junto a la creación de profesores secundarios, a la investigación; además de la renovación de su planta académica, exigiéndoles estudios de postgrado.