Malinen pelasi alle 20-vuotiaiden MM-kilpailuissa vuonna 2008. Yhteensä hän on pelannut 18 nuorten ja 11 poikien maaottelua. Suomen A-maajoukkueessa Malinen on pelannut kahdeksan ottelua tehopistein 1+3=4. Hän teki A-maajoukkuedebyyttinsä Euro Hockey Challengessa 7. huhtikuuta 2016 Porissa Slovakiaa vastaan. Malinen merkittiin Suomen kakkossentteriksi laidoilleen Antti Erkinjuntti ja Antti Tyrväinen. Hänen ensimmäinen A-maajoukkuemaalinsa syntyi Malisen kolmannessa ottelussa 15. huhtikuuta 2016 Sarpsborgissa Norjaa vastaan. Hän putosi viimeisten joukossa Suomen MM-leiriryhmästä vuoden 2016 turnaukseen.