Во время Религиозных войн XVI века Орлеан был одним из центров распространения кальвинизма, но после событий, последовавших за Варфоломеевской ночью в 1572 году, когда в городе были убиты около 1 тыс. гугенотов, усилилось влияние католиков. В 1560 году в городе созывались Генеральные штаты — впервые после 76-летнего перерыва.