Близько 1626 року Почаївська обитель сильно постраждала від пожежі, під час якої всі церкви, будинки й церковні устаткування або згоріло, або було дуже пошкоджене. Тому, преподобний Іов, не знайшовши достатньо матеріальної підтримки на місці, посилає 1 травня 1626 року лист російському царю Михайлу Федоровичу, де, описуючи збиток, заподіяний монастирю пожежею, в якому загинула «краса церковна, одяг священницький, Євангеліє, хрести та іншу благоліпність церковну», скаржиться цареві на зростаючу кількість противників батьківської православної віри і просить його допомоги. Також, через напади татар на навколишні землі та Національно-визвольної війни під проводом Богдана Хмельницького стали рідкісними паломництва до монастиря. Обитель пустіла, а багато монахів перейшли до інших монастирів. У липні 1651 року ченці прихистили в монастирі представників козакої старшини та шляхтича Завадського, однак їх під час переслідування відступаючих виявили князь Єремія Вишневецький та польний коронний гетьман Марцін Калиновський, після чого віддали наказ відрубати козакам голови, а Завадського — розстріляти.