Hij stond ook aan Napoleons zijde tijdens diens Expeditie naar Egypte. Lannes raakte gewond tijdens de Slag bij Abukir en keerde daarop met Napoleon terug naar Frankrijk. Nadat het Eerste Franse Keizerrijk was uitgeroepen werd Lannes benoemd tot maarschalk van Frankrijk. In die hoedanigheid was hij aanwezig bij de Slag bij Austerlitz. In 1808 werd Lannes naar Spanje gestuurd. In ditzelfde jaar werd hij door Napoleon benoemd tot hertog van Montebello. In de Spaanse Onafhankelijkheidsoorlog wist hij een paar belangrijke overwinningen te behalen voor het keizerrijk, eerst bij Tudela en later bij Zaragoza.