Marcantonio werd geboren in Civita Lavinia als telg van de rijke familie Colonna in Latium, een belangrijke leenman van de Kerkelijke Staat en het koninkrijk Sicilië. In 1553-1554 werd hij benoemd tot commandant van de Spaanse cavalerie in de oorlog tegen Siena, onder leiding van de hertog van Alva. Hij oogstte tijdens deze oorlog veel lof en werd teruggeroepen naar Rome. Hier werd hij in 1571 belast om als commandant op te treden voor de Kerkelijke Staat voor de Slag bij Lepanto.