В первом же старте Кубка мира &lt;a href="%D0%9A%D1%83%D0%B1%D0%BE%D0%BA%20%D0%BC%D0%B8%D1%80%D0%B0%20%D0%BF%D0%BE%20%D0%BB%D1%8B%D0%B6%D0%BD%D1%8B%D0%BC%20%D0%B3%D0%BE%D0%BD%D0%BA%D0%B0%D0%BC%202016/2017"&gt;сезона 2016/2017&lt;/a&gt; Клебо завоевывает первый подиум — третье место в классическом спринте. На этапе Кубка перед чемпионатом мира в эстонском Отепя Клебо одерживает победу в спринте свободным стилем, а уже через 5 дней Йоханнес завоёвывает бронзовую медаль чемпионата мира 2017 года в той же дисциплине. Также на чемпионате выступил в командном спринте свободным стилем (вместе с Эмилем Иверсеном), заняв в финале четвёртое место (последний этап бежал более опытный Иверсен). В гонке на 15 км классическим стилем с раздельным стартом Клебо занял 15-е место, проиграв чемпиону Ийво Нисканену более 1,5 минут.