4 марта 2014 года вместе с Алексеем Чалым посетил штаб Военно-морских сил Украины. На следующий день Генеральной прокуратурой Украины в отношении него было возбуждено уголовное дело по обвинению в подстрекательстве к государственной измене и организации диверсий в отношении военных Украины. Минобороны России назвало попытку возбуждения уголовного дела провокацией, направленной на дестабилизацию ситуации в Крыму. По словам заместителя министра обороны А. И. Антонова, «командующий Черноморским флотом выполняет свои обязанности на законных основаниях в строгом соответствии с действующими российско-украинскими соглашениями о базировании российского флота на территории Украины и Уставом Вооружённых Сил Российской Федерации». 12 марта 2014 года Следственный комитет Российской Федерации возбудил уголовное дело по факту незаконного решения Генеральной прокуратуры Украины в отношении Александра Витко, а сам командующий был признан потерпевшим.