До 1929. године храм је био у очајном стању. Зидови са спољашње стране су били затрпани наслагама шута и земље до висине од једног метра. Под цркве је био комплетно подигнут. Неке фреске су биле упропашћене потписима посетилаца. Бугари су 1917. године око цркве и унутар ње копали до два метра дубине, тражећи гроб цара Михаила Шишмана, који је погинуо у бици код Велбужда 1330. године. Главни иницијатор обнове храма је био тадашњи митрополит скопски Варнава. По речима председника општине Старо Нагоричане, Спире Димитријевића (1931) манастирски храм је пропадао од влаге, коју су привлачили гробови ископавани у порти. Зато је затворено гробље и кренуло се учвршћењем темеља. Када је су вршени радови - копано око храма 1930. године, откривена је велика неексплодирана топовска граната заривена дубоко у земљи. У јуну 1930. године, под руководством архитекте Ђурђа Бошковића, отпочела је обнова која је завршена 1932. године.