Cependant, Marigny fut arrêté avec sa famille. Appelé devant le tribunal révolutionnaire, il y est accusé d’avoir fait partie de l’armée royale de l’Ouest, par confusion avec l'un de ses cousins, Gaspard de Bernard de Marigny. L'un des membres du tribunal, le reconnaissant, déclare alors : « Non, lui dit-il, tu n’es pas le brigand de la Vendée ; je te reconnais, tu es un brave homme, un homme juste et le père du soldat. Tu as été mon major ; tu m’as quelquefois fait mettre en prison, mais toujours je l’avais mérité. Citoyens collègues, je réponds de son civisme. » Marigny échappa à la condamnation à mort et fut reconduit en prison.