Na temporada 2012-13 ajudou a levar o Borussia para a final da Liga dos Campeões da UEFA, sendo um dos principais destaques da equipe. Apesar de sua grandiosa atuação diante do rival Bayern de Munique na Final da Liga dos Campeões da UEFA de 2012–13, Weidenfeller não conseguiu evitar a derrota por 2x1 que deu ao Borussia o vice-campeonato.