Дед Маргариты был близким сторонником Франции и всеми силами старался выдать девочку замуж за французского дофина, что гарантировало бы то, что именно его внучка станет следующей королевой Франции. Поэтому после смерти дофина Карла в 1401 году, на волне войны арманьяков и бургиньонов, дедом Маргариты и матерью покойного дофина Изабеллой Баварской был инициирован новый союз: в марте 1403 года в Париже была достигнута договорённость о браке Маргариты с другим сыном Изабеллы — новым дофином Людовиком; 5 мая того же года был подписан брачный контракт. Двойная свадьба состоялась 30 августа 1404 года в Париже: брат Маргариты Филипп женился на сестре дофина Мишель Французской. Ранее, в июле 1402 года, по договорённости между королевой Изабеллой и герцогом Филиппом, за Маргаритой был признан титул герцогини Гиени. Вскоре после свадьбы умер дед Маргариты и новым герцогом Бургундии стал её отец. Франко-итальянская писательница Кристина Пизанская в 1405 году посвятила молодой дофине свою книгу "", в которой описывала то, что нужно знать дофине и как себя вести; рукопись, вероятно, была заказана отцом дофина.