En las Guerra de las Soberanías participó junto con Pedro Justo Berrío Rojas en las fuerzas que defendían al gobierno de Mariano Ospina Rodríguez contra los rebeldes de Tomás Cipriano de Mosquera; aunque venció en las batallas de Santo Domingo y de Carolina a la invasión que intentaron desde el norte los liberales costeños bajo las órdenes de Juan José Nieto, Henao cayó derrotado ante las tropas de Mosquera en el combate de Villamaría, cerca de Manizales, lo cual significó el sometimiento del gobierno de Antioquia. Tuvo su última actuación militar en las Guerra de las Escuelas, en las que los conservadores se rebelaron contra el gobierno del radical Aquileo Parra, como comandante general del ejército del Estado Soberano de Antioquia, por designación del presidente Recaredo de Villa. Después de esta guerra se retiró de la vida pública, aunque siguió siendo un jefe importante del conservatismo en Antioquia.