Jako výsledek Ribbentropova–Molotovova paktu byl Lvov a zbytek západní Ukrajiny 17. září 1939 anektován SSSR a sovětské orgány začaly zatýkat, popravovat a deportovat inteligenci do vnitrozemí SSSR (zejména na Sibiř a do Kazachstánu). Wiesenthalův otčím byl sovětskou tajnou policií NKVD zatčen a pravděpodobně zemřel ve vězení, bratr byl zastřelen. Simon Wiesenthal musel skončit s architekturou a pracoval jako mechanik. Před deportací na Sibiř se spolu s manželkou zachránil tím, že podplatil komisaře NKVD.