Après l'annexion de l'Autriche par le Reich, Figl est arrêté le et déporté au camp de concentration de Dachau, dont il sort le . Après sa libération, il prend une place d'ingénieur du pétrole en Basse-Autriche. Le , Figl est de nouveau arrêté et déporté au camp de concentration de Mauthausen. Il est accusé de haute trahison, à la suite de cette accusation, il est transféré au tribunal de Vienne le et est condamné à mort le mois suivant, peine qui ne sera pas exécutée avec la fin de la guerre.