В 1669 году он возглавил военное восстание, которое вынудило королеву-регентшу Марию Анну удалить от двора её фаворита и исповедника отца Нейдгарта. В начале 1677 года в результате успешного дворцового переворота, во главе которого номинально стоял шестнадцатилетний король Испании Карл II, новый фаворит королевы Фернандо де Валенcуела был выслан, а королева-мать ушла в монастырь. Власть оказалась в руках дона Хуана. Несмотря на свою популярность, он скоро потерял поддержку населения, поскольку проводил профранцузскую политику, заключив в 1678 году мир с Францией, который привел к потере части Испанских Нидерландов и дальнейшему снижению международного авторитета Испании. Незадолго до своей смерти дон Хуан устроил брак Карла II с племянницей французского короля Марией Луизой Орлеанской, который стал в дальнейшем поводом для претензий Франции в войне за Испанское наследство.