Η κληρονομιά του Ροδόλφου Β΄ έχει παραδοσιακά συνδεθεί με τρεις ιδιότητές του: ως ατελέσφορου κυβερνήτη, του οποίου τα λάθη οδήγησαν άμεσα στον Τριακονταετή Πόλεμο, ως ενός μεγάλου και ισχυρού προστάτη της τέχνης του Μανιερισμού των βορείων και ως λάτρη των απόκρυφων τεχνών και της μάθησης, που βοήθησε την άνθιση της Επιστημονικής Επανάστασης.