Septembra so britanski komandosi uspešno napadli več pomembnih pristanišč in oskrbovalnih točk. Pretok oskrb preko Sredozemlja je padel na najnižjo raven; okoli dve tretjini vseh naloženih oskrb je bilo izgubljenih na morju. Istočasno pa je Rommel zbolel in je pozno septembra odpotoval v Italijo, nato pa v Nemčijo na bolniški dopust. Medtem ko je bil odsoten, se je 23. oktobra 1942 pričela druga bitka za El Alamein. Kljub temu, da se je nemudoma vrnil, je vseeno potreboval dva dni, da je prišel v svoj afriški štab. Obrambni načrt je bil bolj statičen, kot je Rommel upal, toda zaradi pomanjkanja motoriziranih enot in goriva, je bila to edina možnost. Obrambna linija je bila opremljena z močnimi fortifikacijami in zaščitena z večjim minskim poljem, ki pa so ga zavarovali s strojniškimi gnezdi in artilerijsko zaščito. Rommel je upal, da bo to zadoščevalo, da bo vkopana pehota zadrževala Britance toliko časa, da bodo lahko motorizirane in oklepne enote iz rezerve protinapadle in tako prekinili zavezniški napad.