Els anys següents van ser menys exitosos per l'equip; segons l'historiador David Goldblatt, "tot i les aparents precondicions pel creixement futbolístic i l'èxit, el futbol peruà va desaparèixer". Goldblatt atribueix aquest fet a la repressió de les autoritats peruanes contra les "organitzacions socials, esportives i polítiques entre els pobres de les ciutats i del camp" durant les dècades de 1940 i 1950. No obstant, Perú va tenir actuacions destacades als Campionats Sud-americans d'aquell període, aconseguint una tercera posició al Brasil el 1949 i a Xile el 1955, i quedant eliminat per molt poc per disputar la fase final de la Copa del Món de Suècia del 1958, perdent la darrera eliminatòria contra el Brasil, que finalment es proclamaria campió de la competició.