Seit 1990 war er Mitglied des Deutschen Bundestages und dort ab November 2005 stellvertretender Vorsitzender des Haushaltsausschusses. Herbert Frankenhauser ist stets mit einem Direktmandat des Bundestagswahlkreises München-Ost in den Bundestag eingezogen. Bei der Bundestagswahl 2009 erreichte er hier 36,3 % der Erststimmen. Sein Nachfolger im Wahlkreis wurde bei der Bundestagswahl vom 22. September 2013 der damals 28-jährige Wolfgang Stefinger (CSU) mit 44,7 % Erststimmen.