Nel 1996, Israele ha consegnato il controllo della città all'Autorità Nazionale Palestinese in conformità con gli Accordi di Oslo. Conosciuta dai palestinesi come "la capitale dei martiri", i militanti del campo, circa 200 uomini armati, includevano membri delle Brigate dei martiri di Al-Aqsa, Tanzim, Jihad islamica palestinese (PIJ) e Hamas . Secondo il conteggio di Israele, almeno 28 attentatori suicidi furono inviati dal campo di Jenin dal 2000 al 2003 durante la Seconda Intifada. Il settimanale dell'esercito israeliano "Bamahane" attribuisce almeno 31 attacchi di guerriglia, per un totale di 124 vittime, a Jenin nello stesso periodo, più che in qualsiasi altra città in Cisgiordania.