Després de la Revolta Jònica iniciada el 499 aC on hi van participar al costat de Milet amb un contingent de 100 naus, quan van perdre la lluita a la Batalla de Lade els perses van ocupar l'illa, la van saquejar, van cremar les ciutats i els temples i es van emportar les noies més belles, segons Heròdot. És possible que l'illa participés amb Xerxes I de Pèrsia en la invasió de la Grècia central. Derrotats els perses, Quios va recuperar la independència i es va aliar amb Atenes al menys des del 480 aC.