1655 р.: брав участь в придушенні козацько-селянських повстань, потрапив у полон до московських військ після битви під Городком, з якого був визволений кузином Пйотром (†1657) — сином Миколая Потоцького; через опіку над маєтностями брата Павела, його сина Станіслава (які з 1655 були в московському полоні) мав конфлікт із Зузанною Констанцією Ярмоліньскою, 2 вото Щавіньскою — старостиною ленчицькою — тіткою Станіслава, яка домогалась собі опіки над маєтками Станіслава. Галицька шляхта 22 вересня 1666 підтримала Яна Потоцького перед Коронним трибуналом. Процес був програний у 1667 р., однак Ян Потоцький не допустив людей Зузанни Констанції Ярмолінської-Щавіньскої до маєтностей братанка.