Hooker syntyi Hadleyssä Massachusettsissa Amerikan vapaussodassa taistelleen kapteenin pojanpojaksi. Hän sai alkeiskoulutuksensa paikallisessa Hopkinsin akatemiassa. Hän valmistui Yhdysvaltain sotilasakatemiasta 1837 ja sai nimityksen kakkosluutnantiksi 1. Yhdysvaltain tykistöön. Hänen ensimmäinen komennuksensa oli Floridassa, missä hän taisteli toisessa seminolisodassa. Hän palveli Yhdysvaltain-Meksikon sodassa esikuntatehtävissä kenraalien Zachary Taylorin ja Winfield Scottin sotaretkillä aikana. Hän sai kolme väliaikaista ylennystä urheudestaan taistelukentällä ja hyvin suoritetuista esikuntatehtävistä: Monterreyssä (kapteeniksi), National Bridgessä (majuriksi) ja Chapultepecissä (everstiluutnantti). Sisällissodan puhjettua hän anoi nimitystä, mutta ei aluksi saanut sitä ja joutui lainaamaan rahaa, jotta saattoi matkustaa Kaliforniasta itään. Bull Runin jälkeen 1861 hän kirjoitti presidentti Lincolnille ja saikin nimityksen prikaatinkenraaliksi. Virginian niemimaan sotaretkellä 1862 hän komensi III armeijakunnan 2. divisioonaa ja taisteli Williamsburgissa onnistuneesti 5. toukokuuta 1862. Taistelun jälkeen hänet ylennettiin kenraalimajuriksi, ja hän otti osaa myös Seven Pinesin taisteluun.