O navio passou a maior parte de 1943 nas bases de Kure e Truk, saindo ocasionalmente para realizar treinamentos. No ano seguinte foi designado para atuar nas áreas próximas de Lingga e Singapura até junho, quando partiu para atacar forças Aliadas nas Ilhas Marianas. Esta ação resultou na Batalha do Mar das Filipinas em 19 de junho, quando foi torpedeado três vezes pelo submarino norte-americano e depois acertado por uma bomba jogada por um bombardeiro. Estes acertos causaram enormes incêndios e inundações que fizeram o "Shōkaku" afundar.