Živojin Mišić participa ensuite aux guerres balkaniques. Au cours de la Première Guerre balkanique menée contre l'Empire ottoman, il s'illustra à la bataille de Kumanovo (1912), ce qui lui valut d'être élevé au grade de général. Au cours de la Deuxième Guerre balkanique, menée cette fois contre la Bulgarie, les Bulgares lancèrent une attaque surprise qui conduisit à la bataille de Bregalnica ; mise en difficulté, l'armée serbe songeait à se replier sur sa seconde ligne de défense, mais Mišić persuada le voïvode Radomir Putnik à repousser l'attaque sur la première ligne, contribuant ainsi à la victoire finale des Serbes.