Nel 1983, a seguito della "rivolta dei colonnelli", il movimento conosce una scissione, causata dalle profonde discordie riguardanti la "politica del dialogo" condotta da Yāser ʿArafāt. Al-Qaddūmī partecipa alle attività del "Fatḥ Intifāḍa" di Abū Mūsā (Muḥammad Saʿīd Mūsā Marāgha), autore d'un tentativo d'ammutinamento contro Yāser ʿArafāt. Malgrado ciò è nominato Segretario generale del CC del "Fatḥ". Agli inizi degli anni ottanta, l'OLP è costretto ad abbandonare il Libano a causa dell'invasione israeliana e a riparare in Tunisia. Anche al-Qaddūmī parte per dimorare a Tunisi.