Ntaganda war am ersten Kongokrieg (1996–1997) und zweiten Kongokrieg (1998–2003) beteiligt. Ende 2002 wurde Ntaganda einer der Stellvertreter von Thomas Lubanga in der "Forces patriotiques pour la Libération du Congo" (FPLC). Die FPLC war die bewaffnete Miliz der politischen Bewegung Union des Patriotes Congolais. Zusammengesetzt aus Hema-Nomaden, kämpfte die FPLC in der Region Ituri im Nordosten des Lands gegen die sesshaften Lendu. Die FPLC wurde beschuldigt, von 2002 bis 2003 in dieser Region Massaker an Zivilisten verübt, Kindersoldaten rekrutiert und über 100.000 Menschen in die Flucht getrieben zu haben.