Vztahy s Japonskem se prudce zhoršily poté, co v něm převzal moc Hidejoši Tojotomi, který roku 1592 vyhlásil cílem své vlády dobytí Číny. Následovaly dvě japonské invaze do Koreje (Imdžinská válka). Spojená korejsko-čínská vojska Japonce porazila a po Hidejošiho smrti roku 1598 se Japonci stáhli do vlasti. Nicméně vítězství přišlo Čínu draho – náklady na válku dosáhly enormních 26 miliónů "liangů" stříbra.