Die griechische Bevölkerung der Insel genoss bereits vor dem griechischen Unabhängigkeitskrieg (1821–1829) unter osmanischer Herrschaft gewisse Privilegien, die auf Sultan Süleyman I. zurückgingen, der die Insel in den 1560er Jahren dem späteren Kapudan Pascha Kılıç Ali Pascha übertrug. Während des ausgehenden Mittelalters war die Insel in den turbulenten Auseinandersetzungen zwischen Lateinischen Herrschern und Kreuzrittern, den italienischen Seerepubliken Venedig und Genua, den Byzantinern, türkischen Ghazis und den Osmanen entvölkert worden. In den nach der Etablierung der osmanischen Herrschaft im 16. Jahrhundert friedlicher gewordenen Jahren strebten die Osmanen, die Insel mit neuen griechischen Siedlern aus benachbarten Inseln wieder zu bevölkern. So war Muslimen die Niederlassung auf der Insel verboten, die Samioten hatten ihr eigenes Recht und genossen in Istanbul Zollfreiheit für ihre Waren. Die Regelung der internen Angelegenheiten und die Erhebung der Steuern für den Sultan übernahm ein griechischer Präfekt, dem vier von den Notabeln der Insel gewählte Berater zur Seite standen. Diese Freiheiten, wiewohl wiederholt in der Folgezeit immer wieder formal bestätigt, wurden in der Folgezeit eingeschränkt, sodass schließlich zu Beginn des 19. Jahrhunderts ein osmanischer Gouverneur und ein Kadi auf der Insel amtierten, die Bewohner aber ihre inneren Angelegenheiten weiter weitgehend selbst regeln konnten. Auch verfügte die Insel über eine Handelsmarine, mit der sie sich unter Lykurgos Logothetis am griechischen Unabhängigkeitskrieg beteiligte. Anders als die Nachbarinseln Chios und Psara konnte sich Samos, auch mit Hilfe der Flotte der aufständischen Griechen, gegen Vergeltungsmaßnahmen der Osmanen effektiv zur Wehr setzen.