Монастырь сильно пострадал в 1822 году во время «Хиосской резни», когда турки убили большинство жителей острова. В монастыре возник пожар, в ходе которого сгорел иконостас и были повреждены мозаики в восточной части кафоликона. Также пожар уничтожил монастырскую библиотеку и архив. Землетрясение 1881 года сильно повредило кафоликон и полностью уничтожило его купол, а также обратило в руины ряд других построек, включая колокольню, построенную в 1512 году. К 1952 году монашеская жизнь в Неа Мони практически угасла и монастырь был преобразован в женский. По состоянию на 2001 год в нём проживало всего три монахини.