Maximiliano II foi um dos muitos que procurou reclamar o trono espanhol na sequência da morte de Carlos II de Espanha. Em 1699 o seu filho mais velho, José Fernando, que fora nomeado Príncipe das Astúrias, morreu, dando origem à Guerra da Sucessão Espanhola. Com o início do conflito, em 1701, ele desenvolvera um plano para que os Wittelsbach suplantassem os Habsburgos como Imperadores do Sacro Império Romano-Germânico. Aliou-se com os franceses contra os Habsburgos e, em 1703, a sua campanha contra o Tirol não foi bem sucedida. Os seus planos viram-se frustrados pela desastrosa derrota na Batalha de Blenheim em 1704. A sua corte foi, então, evacuada para os Países Baixos, provocando a separação da família de Maximiliano Emanuel: os seus filhos foram feitos prisioneiros por alguns anos na Áustria, sendo Clemente Augusto educado por jesuítas. A Baviera foi partida entre a Áustria e João Guilherme, Eleitor Palatino, originando uma sangrenta revolta do povo bávaro contra as tropas imperiais austríacas.