在外蒙古独立的过程中，内蒙古一直在中华民国的统治下，被分为察哈尔省、热河、兴安省、綏遠省、宁夏省等若干个省。抗日战争期间，1933年起内蒙古的一部分地区曾被日军占领，德王为首的一些人与日本人合作，成立“蒙疆联合自治政府”等机构，管理内蒙古地区。1945年苏联红军和蒙古人民共和国的军队根据雅尔塔会议决议出兵打击日军，占领内蒙古。1947年5月1日，在中华人民共和国成立以前，中国共产党在兴安盟成立了内蒙古自治区首府兴安盟，1954年与绥远省合并，首府迁移到归化城（呼和浩特）。内蒙古自治区现辖9地级市，3盟，共计21市辖区，11县级市，17县，49旗，3自治旗，首府呼和浩特。