Första kinesisk-japanska kriget utbröt 1 augusti 1894. Kejsar Guangxi visste inget om krigföring, och efter förlusten vid slaget vid Yalufloden 17 september tvingades han till slut be Cixi om råd. Hon fick flytta tillbaka till Zhongnanhai och var nu tillbaka i politiken efter mer än fem år i Sommarpalatset även om hon bara var "rådgivare" med begränsad tillgång till information. Genom utpressning mot kejsaren accepterade han i november att hon skulle få full tillgång till alla krigsrapporter. När Japan intagit Lüshunkou på Liaodong la de fram extremt dyra villkor för fred. Cixi argumenterade starkt för att villkoren var för orealistiska, och hon föreslog att Kina skulle fortsätta att slåss. Kejsaren var rädd att Japanerna skulle erövra Peking, och valde att gå mot Cixi, och kejsaren accepterade det extremt dyra Shimonosekifördraget.