Im Zusammenhang mit den eskalierenden Portugiesischen Kolonialkriegen in den Jahren 1961–1974 folgte eine zweite Phase der Nutzung des Lagers, das nun in "Campo de Trabalho de Chão Bom" (dt.: Arbeitslager von Chão Bom) umbenannt wurde. Mitglieder der antikolonialen Unabhängigkeitsbewegungen aus Kap Verde, Guinea-Bissau und Angola wurden ab 1966, zumeist ohne Gerichtsurteil, „präventiv“ oder in „Schutzhaft“ auf Anordnung der PIDE in Haft gehalten.