印加内战期間，西班牙人登陸厄瓜多。法蘭西斯克·皮澤洛领导的征服者获悉冲突和疾病正在摧殘整個帝国，於是趁機征服印加帝國。1532年9月，皮泽洛俘虜印加帝國的皇帝阿塔瓦爾帕，自此淪為西班牙殖民地數百年。1534年与塞巴斯蒂安·德·贝拉尔卡萨尔与迭戈·德·阿爾馬格羅一起在印加第二大首都的废墟上建立了圣弗朗西斯基多，以此来纪念法蘭西斯克·皮泽洛。直到1540年，基多迎来了它的第一个都督将军Gonzalo·皮泽洛，法蘭西斯克的兄弟。