Также как это делала монархическая власть, исламский режим, пришедший к власти в 1979 году в ходе Исламском революции, принижал этническую разницу между персами и азербайджанцами. Пока лидер исламской революции аятолла Хомейни находился в эмиграции, главным религиозным авторитетом в Иране считался азербайджанец великий аятолла Мохаммад Казем Шариатмадари. После победы исламской революции, он открыто выступил против идеи прямого участия духовенства в управлении государством и был против включения доктрины «Велайат-е факих» в конституцию. В январе 1980 года в Тебризе, населённым преимущественно азербайджанцами, вспыхнул мятеж приверженцев Шариатмадари, подавленный правительственными войска. Несмотря на то, что важные фигуры иранского истеблишмента были этническими азербайджанцами, как например аятолла Али Хаменеи, власти не колебались в выборе средств для подавления вооружённого сепаратизма, применяя тяжёлое оружие, как, например, при подавлении восстания в Тебризе, и казнив сотни азербайджанцев. С другой стороны после исламской революции многие азербайджанцы заняли высшие государственные посты в стране (среди таковых глава временного правительства Мехди Базарган, президент, а затем Верховный руководитель Али Хаменеи, последний премьер-министр Ирана Мир-Хосейн Мусави, председатель Совета экспертов Али Мешкини и.т.д.). Тысячи азербайджанских добровольцев сражались вместе с персами и другими народами Ирана в Ирано-иракской войне, защищая общую родину, причём населённый преимущественно азербайджанцами Ардебиль занимает второе место среди городов по числу погибших в ходе этой войны.