Di musim 2006, lawan Fernando Alonso adalah "Si Raja Tua", Michael Schumacher. Kejar-kejaran poin antara Alonso dan Schumi di musim 2006 sangatlah menarik. Schumi sempat ketinggalan 20 poin dari Alonso, namun secara mengejutkan mampu menyamakannya di dua balapan terakhir. Sayangnya harapan Schumi menjadi juara dunia kedelapan kalinya pupus akibat meledaknya mesin Ferrari 248F1 di GP Jepang, di mana Fernando Alonso menjadi juara. Memasuki balapan GP Brazil, Fernando Alonso sudah bisa tampil rileks, karena ia hanya butuh satu poin saja untuk tetap menjadi juara dunia. Seandainya Schumi menang di Brazil, dan Fernando Alonso pulang dengan nol poin, cerita akan berpihak kepada Schumi. Karena di 2006 Schumi-lah yang paling banyak menang balapan. Dan menurut peraturan FIA, pembalap yang paling banyak menang-lah, seandainya poinnya sama dengan peringkat kedua, yang berhak menjadi juara dunia. Alonso kemudian finish kedua di belakang Felipe Massa di Brazil. Namun anehnya, berita kemenangannya sebagai juara dunia 2006 tidaklah sebesar ketika ia menjadi juara di 2005. Saat itu, pers lebih mengabadikan momen ketika Michael Schumacher menjalani balapan terakhirnya di Formula 1.