В 1569 году, в битве при Жарнаке, Конде был взят в плен и убит. Совместно с Генрихом Наваррским Колиньи возглавил дальнейшую борьбу гугенотов. В июне 1569 года они соединились с немецкими наёмниками во Вьенне и осадили Пуатье. Отчаянная оборона города, которой руководили сыновья Гиза (Генрих Гиз и Шарль Майеннский), заставила гугенотов отступить. 3 октября они потерпели поражение при Монконтуре от герцога Анжуйского. К весне 1570 года Колиньи набрал новую армию и двинулся на Париж. Разбив королевские отряды в Бургундии, он спустился по долине Луары и стал угрожать Орлеану и Парижу. Карл IX был вынужден заключить с ним Сен-Жерменский мир.