In 1980 keerde hij terug naar Liberia na de staatsgreep door Samuel Doe. Hij kreeg een regeringsbaan maar verloor deze toen hij beschuldigd werd van verduistering van 900.000 dollar. Vervolgens vluchtte hij naar Ivoorkust, waar hij met een rebellengroepering een staatsgreep in Liberia voorbereidde. Na de bezetting van het noorden van Liberia brak tussen Taylors rebellen en het leger de Liberiaanse Burgeroorlog uit, die uiteindelijk 150.000 slachtoffers eiste, onder wie vele kindsoldaten.