Operation Just Cause, de Amerikaanse interventie van 1989, maakte een eind aan zijn macht. Noriega trok zich op kerstavond terug in de nuntiatuur (diplomatieke vertegenwoordiging) van Vaticaanstad, waar hij tien dagen verbleef. Op 3 januari 1990, nadat Amerikaanse troepen hem met harde muziek psychologisch onder druk hadden gezet en Panamezen buiten het gebouw in demonstraties zijn berechting hadden geëist, gaf hij zich 'vrijwillig' over en werd hij overgebracht naar Amerika, waar hij in 1992 in Miami werd veroordeeld tot een celstraf van 40 jaar wegens drugshandel en witwaspraktijken. Later werd zijn straf omgezet in 30 jaar.