В района преобладават северните и западните ветрове, а през зимата – североизточните. Характерен за селото е югозападният вятър, наричан от местните хора "„черния вятър“", който „пърли листата и тревата“ и пресушава водоизточниците. През летата на годините 1922, 1925, 1947, 1964 в резултат на проливни дъждове Мортагоново преживява силни наводнения, които събарят мостовете, стопански постройки, къщи и сгради. Наводнението през 1947 г. е предизвикано от пороен дъжд, залял през доловете Чортлен, Дренака, Кованлъка и Ковановския трап ниската част на селото. За района на Мортагоново градушките са често явление, но сериозни щети нанасят най-вече в годините 1902 и 1969, когато изцяло са унищожени лозята и всички посеви. Две земетресения – от декември 1941, август 1942 и 17 август 1999 г. не водят до жертви и щети, но Вранчанския земетръс от 4 март 1977 г. унищожава много къщи и селскостопански постойки.