Gegen Ende des Zweiten Weltkriegs wurde das Kreisgebiet im Februar und März 1945 Kriegsschauplatz. Die nationalsozialistische Gauleitung unter Gauleiter Erich Koch unterließ die rechtzeitige Evakuierung der Bevölkerung und stellte selbständige Fluchtbewegungen unter schwere Strafe. In den Winterwochen zuvor flüchteten Hunderttausende völlig ungeordnet (unter anderem behindert durch die Wehrmacht) aus allen Teilen Ostpreußens – darunter auch der größte Teil der Bevölkerung des Kreises Heiligenbeil – über das Eis des Haffs auf die Frische Nehrung und von dort auf die rettenden Schiffe in Pillau oder auf dem Landweg der Nehrung nach Danzig. Bei den Kriegshandlungen bildete sich der Heiligenbeiler Kessel. Nach wochenlangen Abwehrkämpfen der deutschen 4. Armee gegen mehrere sowjetische Armeen fiel Heiligenbeil. Am 29. März 1945 schifften sich die letzten deutschen Soldaten vom Haffufer unterhalb der Burgruine Balga in Richtung Pillau ein. Die fast symmetrisch angelegte Altstadt wurde vollständig zerstört.