Meyer meldete sich 1933 freiwillig zur SS. 1937 wurde er als SS-Untersturmführer Zugführer in der 10. Kompanie der Leibstandarte SS Adolf Hitler. 1938 erfolgte Meyers Beförderung zum SS-Obersturmführer. Er nahm mit seinem Zug an Kämpfen in Polen, den Niederlanden und in Frankreich teil. Nach dem Westfeldzug wurde er Kompaniechef der 10. Kompanie (später in 12. Kompanie umbenannt). 1940 wurde er SS-Hauptsturmführer. Er nahm am Krieg auf dem Balkan teil. Mit der 12. Kompanie nahm er am Überfall auf die Sowjetunion im Juni 1941 teil. Nach Verwundung kam er zum Artillerieregiment der Division. Am 14. Februar 1943 wurde er zum SS-Sturmbannführer befördert und Kommandeur des III./SS-Pz.Gren.Rgt 1. Anschließend war seine Einheit an der Schlacht um Charkow beteiligt. Am 9. März wurde er bei einem Angriff bei Charkow verwundet. Er wurde am 6. Mai mit dem Deutschen Kreuz in Gold ausgezeichnet. Vom Juni bis September 1943 nahm er an einem Generalstabskurs teil. Anschließend erfolgte die Versetzung als Erster Generalstabsoffizier (Ia) zur neu aufgestellten 12. SS-Panzer-Division. Als solcher war er bei Abwesenheit des Divisionskommandeurs dessen Stellvertreter. Nachdem der Divisionskommandeur SS-Brigadeführer Kurt Meyer am 6. September 1944 gefangen genommen worden war, übernahm Hubert Meyer deshalb kurzzeitig die Führung über den Rest der Division, welche kaum mehr Regimentsgröße aufwies. Am 24. Oktober übergab er das Kommando an SS-Brigadeführer Fritz Kraemer. Meyer wurde am 9. November 1944 zum SS-Obersturmbannführer befördert.