Dos días después de haber estallado la Guerra Civil Española le fue asignado el mando del crucero Libertad, dirigiendo poco después, en agosto de 1936, la agrupación naval republicana que se encargó del desembarco en Porto Cristo (Mallorca). El 2 de septiembre de dicho año fue nombrado Almirante Jefe de la flota republicana, la cual mandó sin mucha fortuna dada la ineficacia con la que actuó bajo su mando. El presidente Azaña reconocía en sus memorias la ineficacia de la Armada republicana, especialmente en el hecho de ganar la guerra. Buiza sería relevado del mando de la flota un año más tarde, debido al desafortunado combate naval de cabo Cherchell, frente a las costas de Argelia, en la cual la Flota republicana tuvo una decepcionante actuación contra el crucero Baleares, que pudo escapar frente a una clara superioridad republicana. Consecuencia de este relevo, el 25 de octubre fue sustituido en el mando de la flota por el capitán de navío (ascendido a Almirante) Luis González Ubieta, mientras que Buiza ocupó sucesivamente los puestos de jefe de Estado Mayor de Marina, jefe de la Junta de Recompensas y jefe de la Sección de Personal, hasta que, el 22 de enero de 1939, fue designado de nuevo jefe de la flota republicana. En ese momento la ofensiva de Cataluña estaba llegando a su fin y, antes de partir hacia Cartagena para hacerse cargo de la flota, Buiza había dispuesto la marcha a Francia de su esposa, Maravilla, y sus dos hijas, pero el 26 de enero, poco después de dar a luz y el mismo día que las tropas franquistas entraban en la ciudad, su mujer se suicidó en Barcelona.