Under 1980-talet drabbades Chiemsee av omfattande föroreningar. Vid denna tid tillkom varje år 115 ton fosfat. Genom etablering av flera reningsanläggningar åtgärdades problemet. Den upptogs redan 1975 som en av de första våtmarkerna på Ramsarkonventionens lista. Trots dessa skyddsåtgärder fylls sjön varje år av stora mängder sediment vilket minskar ytan.