Mit dem Beginn des Albigenserkreuzzuges 1209 fand jedoch eine Veränderung der politischen Lage im Languedoc statt. Wahrte Bernard darin zunächst seine Neutralität, stellte er sich nach der Einnahme von Carcassonne im selben Jahr gegen die Kreuzfahrer. Zusammen mit dem Grafen Raimund Roger von Foix und später auch mit Graf Raimund VI. von Toulouse kämpfte er 1211 bei Montgey, Toulouse und Castelnaudary. Einen Rückschlag musste Bernard aber kurz darauf hinnehmen, nachdem sich sein Neffe Vizegraf Roger II. von Couserans den Kreuzfahrern ergab und sein Land von diesen Besetzen ließ; dies führte wenig später auch zur Einnahme des angrenzenden Muret. Diese Stadt sollte 1213 das erste Ziel der Koalition der Grafen des Südens in ihrem Kampf gegen den Kreuzzug werden, nachdem sich ihnen der König von Aragon angeschlossen hatte. Doch am 12. September des Jahres verloren sie dort die entscheidende Schlacht, in der König Peter von Aragon fiel. Diese Niederlage zwang Bernard zur Aufgabe des Kampfes und seine Grafschaft wurde einem päpstlichen Legaten unterstellt. Zusätzlich musste er die Heirat seiner Tochter Petronille mit Guy de Montfort, dem Sohn des Anführers des Kreuzzuges, hinnehmen, wodurch das Bigorre unter dessen Einfluss fiel.