I augusti 1936 utsågs Wegener till ställföreträdare åt Emil Stürtz, Gauleiter i Mark Brandenburg. Efter Operation Weserübung, Tysklands invasion av Danmark och Norge i april 1940, kommenderades han till Luftwaffe i Norge, men förflyttades inom kort till den tyska rikskommissarien Josef Terbovens stab. Samma år inträdde Wegener i Schutzstaffel (SS), där han uppnådde tjänstegraden Obergruppenführer i januari 1944.