Op het moment dat Hughes aantrad als premier was Australië al betrokken geraakt in de Eerste Wereldoorlog, iets waar de nieuwe premier helemaal achter stond. Op het moment dat de teller in augustus 1916 op bijna dertigduizend Australische gesneuvelden op de Europese slagvelden stond drong de legerleiding aan op invoering van de dienstplicht. Hughes zelf was daar voorstander van, maar twee derde van zijn partij nam daar afstand van. Onder zijn tegenstanders waren veel Rooms-katholieken, vakbondsleden en Australiërs van Ierse afkomst. Bij deze laatste groep speelde sterk de harde reactie van Groot-Brittannië mee op het uitroepen van de Ierse onafhankelijkheid. In een referendum in oktober 1916 stemden de meeste kiezers tegen het voorstel om de dienstplicht weer in te voeren.