Syndergaard war auch in der Saison 2016 fester Bestandteil der Starting Rotation der Mets. Am 5. Juli 2016 wurde er für den Kader der National League für das MLB All-Star Game 2016 nominiert, nahm aber nicht am Spiel teil. Er beendete die Spielzeit mit einem Win–Loss von 14–9. In der Spielzeit 2017 kam Syndergaard verletzungsbedingt nur zu sieben Einsätzen, bei denen er 30,1 Innings pitchte.