Eri legendojen mukaan Aitutakin ensimmäiset asukkaat tulivat joko Ra'iateasta tai Tubuailta, jotka molemmat sijaitsevat nykyisessä Ranskan Polynesiassa. Ensimmäinen eurooppalainen, joka havaitsi atollin oli "HMS Bountyn" kapteeni William Bligh, joka löysistä 11. elokuuta 1789. Kuuluisaksi tullut kapina aluksella tapahtui 17 päivää myöhemmin. Vuonna 1821 saarelle saapui lähetyssaarnaaja John Williams mukanaan käännynnäisiä Tahitilta. Hän lähti myöhemmin saarelta, mutta jätti tahitilaiset huolehtimaan saarelaisten käännyttämisestä. Charles Darwin kävi atollilla vuonna 1835 ollessaan mukana "HMS Beaglellä". Toisen maailmansodan aikana atollille tuli amerikkalaisia, jotka rakensivat lentokentän atollille. Lentokenttä oli vuoteen 1974 saakka Cookinsaarten suurin. Vuonna 2010 trooppinen hirmumyrsky Pat aiheutti tuhoa saarella.