В 2001 году озеро Зоркуль было включено в список водно-болотных угодий, подпадающих под действие Рамсарской конвенции. В 2006 году Государственный комитет охраны окружающей среды и лесного хозяйства Республики Таджикистан внёс заповедник в кандидаты в список объектов всемирного наследия ЮНЕСКО.