W reprezentacji Danii Beck zadebiutował 31 maja 1995 roku w wygranym 1:0 spotkaniu przeciwko Finlandii. W 1996 roku Richard Møller Nielsen powołał go na mistrzostwa Europy. Na imprezie tej Duńczycy zajęli trzecie miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju. Na angielskich boiskach Mikkel wystąpił w zremisowanym 1:1 meczu z Portugalią oraz przegranym 0:3 pojedynku przeciwko Chorwacji. W 2000 roku Beck znalazł się w kadrze swojej drużyny narodowej na kolejne mistrzostwa Europy. Podopieczni Bo Johanssona na Euro przegrali wszystkie spotkania i zajęli ostatnie miejsce w fazie grupowej. Mikkel na boisku pojawił się w meczach z Francją oraz Czechami. W barwach drużyny narodowej Beck rozegrał łącznie 19 pojedynków, w których zdobył 3 bramki.