Bei der Eishockey-Weltmeisterschaft der U18-Junioren 2005 fungierte Clouston als Assistenztrainer der kanadischen Auswahl. Zur Saison 2007/08 wechselte er zu den Binghamton Senators in die American Hockey League, wo er erneut als Cheftrainer tätig war. In seiner Debütsaison wurden die Playoffs verpasst. Die folgende Saison beendete er nicht in Binghamton. Am 2. Februar 2009 wurde er als Nachfolger des entlassenen Craig Hartsburg zum Cheftrainer der Ottawa Senators ernannt. In der &lt;a href="NHL%202009/10"&gt;Saison 2009/10&lt;/a&gt; führte er die Senators in die Playoffs, in denen die Mannschaft in der ersten Runde gegen die Pittsburgh Penguins scheiterte. In der folgenden Spielzeit wurden die Playoffs jedoch deutlich verpasst und wenige Stunden nach der letzten verlorenen Begegnung gegen die Boston Bruins wurde Clouston in Ottawa entlassen. Im August 2011 wurde Clouston als Cheftrainer der Brandon Wheat Kings aus der WHL vorgestellt. Diese Funktion hatte er bis zum &lt;a href="WHL%202011/12"&gt;Saisonende 2011/12&lt;/a&gt; inne.