Im Krieg gegen Frankreich wurde Lyncker in der Schlacht bei Vionville schwer verwundet. Nach seiner Gesundung führte er seinen Verband im Januar 1871 in der Schlacht bei Le Mans. Neben beiden Klassen des Eisernen Kreuzes erhielt er das Ehrenkomtur des Oldenburgischen Haus- und Verdienstordens des Herzogs Peter Friedrich Ludwig mit Schwertern. Nach dem Friedensschluss verblieb Lyncker mit seinem Regiment bei der Okkupationsarmee in Frankreich. Er wurde am 21. April 1873 mit seiner Regimentsuniform zu den Offizieren von der Armee versetzt und zum Kommandanten von Nancy ernannt. Als solcher erhielt er Ende Mai 1873 den Rang und die Gebührnisse eine Brigadekommandeurs. Mit Beendigung der Besetzung wurde er am 22. Juli 1873 von seiner Stellung entbunden, Anfang September 1873 zum Generalmajor befördert und am 8. November 1873 zur Vertretung des Kommandeurs der 38. Infanterie-Brigade nach Hannover kommandiert. Kurzzeitig war Lyncker vom 4. Dezember 1873 bis zum 11. Februar 1874 Kommandeur dieser Brigade, bis man ihn anschließend mit Pension zur Disposition stellte.