După semnarea armistițiului din 1918, Anderson a devenit comandantul Misiunii Crucii Roșii Americane pentru întreaga regiune balcanică, urmând să supervizeze misiunile locale. Ca asistent l-a luat pe ziaristul James A. Mills. În total, Anderson a condus activitatea unei misiuni de circa 400 de persoane, sediul acesteia oscilând între Roma, Belgrad, Atena și București, în timp ce depozitele principale au fost stabilite să fie Belgrad, Salonic și Constantinopol.