Austria nuevamente luchó contra Francia durante la Segunda y Tercera Coaliciones, cuando después de una aplastante derrota en Austerlitz, el Sacro Emperador Romano Francisco II tuvo que aceptar el Tratado de Pressburg, debilitando el Imperio Austríaco y reorganizando Alemania bajo la bota napoleónica en lo que se llamaría la Confederación del Rin. Creyendo que su posición de emperador del Sacro Imperio Romano era insostenible, Francisco abdicó al trono del Sacro Imperio el 6 de agosto de 1806, y declaró que el Sacro Imperio Romano se disolvería en la misma declaración. Este fue un movimiento político para perjudicar la legitimidad de la Confederación del Rin. Dos años antes, como reacción a que Napoleón se hiciera Emperador de los Franceses, Francisco había elevado a Austria al estado de un imperio. Por lo tanto, después de 1806, reinó como Francisco I, emperador de Austria. Este movimiento significó que las fuerzas navales bajo el estandarte del Sacro Imperio Romano se reconstituyeron como parte de la Armada Imperial Austriaca.