Im Mai 1939, inzwischen zum Oberleutnant befördert, erfolgte Malaperts Versetzung zur neugebildeten I. Gruppe des Sturzkampfgeschwaders 1 (StG 1) in Insterburg und kurz darauf seine Ernennung zum Staffelkapitän. Mit der Gruppe nahm er im September 1939 am Überfall auf Polen teil, in dem Malapert mit dem Eisernen Kreuz II. Klasse ausgezeichnet wurde. Es folgten von Mai bis Juni 1940 die Teilnahme mit der I./StG 1 an der Besetzung Norwegens und den folgenden Kämpfen in Nordnorwegen, wobei er im Mai das Eiserne Kreuz I. Klasse erhielt, und ab 20. Juni an den letzten Tagen des Frankreichfeldzugs. Ab 9. Juli 1940 war Malapert Staffelkapitän in der II./StG 1 und seine Staffel flog noch bis Februar 1941 Einsätze gegen Seeziele im Ärmelkanal und küstennahe Ziele in Südengland. Die Staffel vernichtete dabei rund 100.000 BRT alliierten Schiffsraum, wovon etwa 20.000 BRT auf Malaperts persönliche Rechnung gingen.