Po promocji doktorskiej Paweł z Zatora rozpoczął wykładać prawo na Uniwersytecie Krakowskim, czym zajmował się aż do śmierci. Aktywnie uczestniczył w życiu uniwersyteckim, brał m.in. udział w dysputach dotyczących reform Kościoła i soborów. W latach 1440−1441 był członkiem komisji, mającej określić stanowisko uczelni wobec postanowień soboru bazylejskiego i doktryny koncyliarystów. Komisja debatowała nad kilkoma traktatami (m.in. Jana Elgota czy Jakuba z Paradyża), jednak uznała je za niezadowalające. Ostatecznie, zadanie przygotowania traktatu powierzono Tomaszowi Strzępińskińskiemu, dzieło zostało następnie wysłane do Bazylei i publicznie odczytane jako oficjalne stanowisko krakowskiej uczelni.