Durante o breve vice-reinado, Palafox promulgou as leis que regem a Universidade, a "Audiencia" e as profissões jurídicas. Dois membros da "Audiencia" recusaram suas reformas e, portanto, foram suspensos do cargo. Palafox criou doze empresas de milícias para proteger a colônia da revolução que eclodiu em Portugal e na Catalunha. Realizou um grande Auto de fé, com a execução de 150 hereges e cristãos novos, 50 dos quais eram mercadores portugueses. Ele destruiu as estátuas religiosas pagãs dos índios, trazidas para a capital como um troféu da conquista espanhola.