Na twee seizoenen bij Morelia verhuisde Aguirre naar toenmalig kampioen CF Pachuca. Daarmee won hij in het seizoen 2016/17 de CONCACAF Champions League. Als gevolg hiervan mochten zijn ploeg en hij ook naar het WK voor clubs 2017. Hij speelde in alle drie de wedstrijden die Pachuca hierop actief was.