1859 erreichten die beiden Neubaustrecken von Nürnberg und von München und Landshut kommend das Stadtgebiet von Regensburg. 1860 war auch Passau über den Anschluss an die von München kommende Strecke bei Geiselhöring mit Regensburg verbunden. Beide Strecken erreichten die Stadt von Osten her und machten damit den noch zu erbauenden Bahnhof Regensburg zu einem Kopfbahnhof. Als Standort für den Bahnhof hatte der Magistrat von Regensburg die Trümmergrundstücke beim Jesuitenplatz in der südöstlichen Altstadt vorgeschlagen. Dort waren 1809 im Verlauf der napoleonischen Kämpfe in der Schlacht bei Regensburg das Peterstor und die Stadtmauer zerstört worden und man hoffte auf Beseitigung oder Verwertung der dort seit 50 Jahren liegenden Trümmer. Aber es kam nicht zur Wahl dieses innerstädtischen Standorts, denn der beengte Standort in der Altstadt hätte eine spätere Öffnung des Kopfbahnhofs zu einem Durchgangsbahnhof für die bei der Ostbahn AG bereits in Planung befindliche kürzere Bahnstrecke in Richtung Westen nach Nürnberg über Neumarkt verhindert. Die geplante direkte Verbindung nach Nürnberg, die heutige Bahnstrecke Regensburg–Nürnberg, wurde 1869 durch ein Gesetz, erlassen von König Ludwig II. beschlossen und ging 1873 in Betrieb.