Avec la disparition de l’Empire romain et l’apparition de l’islam la Méditerranée redevient un espace de confrontation. Cette confrontation lance, pour la première fois de leur histoire, ceux que l’on appelle encore les « Francs » de l’autre côté de la Méditerranée avec les croisades, régulièrement menées par mer aux . Cette expérience permet à la jeune monarchie capétienne de fonder son premier port sur les côtes méditerranéennes à Aigues-Mortes et de louer, puis faire construire ses premiers navires. L’expérience des croisades, cependant, est sans lendemain car ce sont surtout les villes italiennes (Venise, Gênes) qui profitent des nouveaux courants d’échanges avec l'Orient et c’est l’Espagne qui domine militairement la Méditerranée occidentale à partir du avec la conquête de la Sicile et de l’Italie du sud. Au Nord, les invasions normandes sont une des causes de la dislocation de l’Empire carolingien, mais elles donnent naissance à la première province maritime du royaume au Moyen Âge : la Normandie. Province riche et dynamique qui organise une invasion de l’Angleterre en 1066 et enjeu, aux d’une longue lutte entre les Capétiens et les Plantagenêts. Ces luttes donnent même l’occasion à la couronne française de tenter une conquête de l’Angleterre en 1217. Les guerres en Flandre obligent les Capétiens à développer leur premier arsenal de marine en Normandie, au Clos aux galées, et la Guerre de Cent Ans, qui oppose la France et l’Angleterre aux , est marquée par une intense activité navale.