Банега является воспитанником футбольной школы клуба «Бока Хуниорс». Во взрослую команду попал после ухода основного центрального полузащитника клуба Фернандо Гаго в «Реал Мадрид» и, несмотря на свою молодость, успешно его заменил. Дебют Банеги в аргентинской Примере состоялся 10 февраля 2007 года в победном для «Боки» матче против «Банфилда». В первый же год выступлений на взрослом уровне Банега стал одним из ключевых игроков «Боки» и привлёк к себе внимание селекционеров ведущих клубов Европы, среди которых в СМИ назывались «Барселона», «Милан» и «Ювентус». Кроме того, Банега стал регулярно вызываться в молодёжную сборную Аргентины, в составе которой стал победителем чемпионата мира 2007 среди игроков до 20 лет.