Ο Ντομπρόφσκι, εν τω μεταξύ, πέρασε τα πρώτα χρόνια του νέου αιώνα ως στρατηγός στην υπηρεσία της ιταλικής δημοκρατίας. Το 1804 έλαβε τον σταυρό του Αξιωματικού της Λεγεώνας της Τιμής, και τον επόμενο χρόνο, το Ιταλικό Τάγμα του Σιδηρού Στέμματος. Μαζί με τον Γιούζεφ Βιμπίτσκι κλήθηκε ξανά από τον Ναπολέοντα το φθινόπωρο του 1806 και ανέλαβε να αναδημιουργήσει τον πολωνικό σχηματισμό, τον οποίο ο Ναπολέοντας ήθελε να χρησιμοποιήσει για να ανακτήσει τη Μείζων Πολωνία από την Πρωσία. Η επακόλουθη σύγκρουση ήταν γνωστή ως εξέγερση της Μείζονος Πολωνίας (1806), και ο Ντομπρόφσκι ήταν ο αρχηγός των πολωνικών ανταρτικών δυνάμεων σε αυτήν. Ο Ντομπρόφσκι διακρίθηκε στην Πολιορκία του Ττσεφ, στην Πολιορκία του Ντάντσιγκ και στη Μάχη του Φρίντλαντ.