במלחמת קאפל השנייה אשר פרצה 1531 בין הקנטונים הקתוליים לפרוטסטנטיים, עמד צווינגלי בראש הצבא הפרוטסטנטי. צווינגלי נהרג ב-11 באוקטובר של אותה שנה בקרב קאפל, וגופתו נלקחה על ידי הצבא הקתולי המנצח ונשרפה באשמת כפירה.