В июне 1918 года возглавил небольшой отряд добровольцев, который впоследствии был развёрнут в Отдельную стрелковую бригаду — одну из наиболее надёжных и боеспособных воинских частей Народной армии Комуча. Позднее командовал Симбирской группой Поволжского фронта Народной армии. В конце 1918 года, в ходе объединения антибольшевистских вооружённых сил Востока России, возглавил 1-й Волжский («Каппелевский») корпус Русской армии. В декабре 1919 года, приняв командование гибнущим Восточным фронтом, смог спасти армию от окружения под Красноярском и вывести её к Байкалу, хотя и ценой собственной жизни.