Seit der Belagerung durch preußische Truppen im Jahr 1758 hatte Stralsund keine militärischen Auseinandersetzungen mehr erlebt. Im Spätsommer 1804 brach Schweden die diplomatischen Beziehungen zu Frankreich ab und ging im Dritten Koalitionskrieg mit England und Russland eine Allianz gegen Frankreich ein. Teile der auf Rügen gelandeten russischen Truppen zogen durch Stralsund. Die nach Mecklenburg gesandten schwedischen Truppen kehrten im Frühjahr 1806 nach Pommern zurück. Als nach der preußischen Niederlage bei Jena im Vierten Koalitionskrieg die Franzosen ganz Norddeutschland besetzten, bedrohten sie auch Schwedisch-Pommern. In Stralsund wurde am 29. Oktober 1806 der Belagerungszustand verhängt und am 17. Dezember 1806 mit dem Abbruch der Vorstädte begonnen. Die etwa 1600 dort lebenden Menschen wurden in der Marienkirche notdürftig untergebracht.