Le tensioni con la confinante Eritrea a nord sfociarono una serie di schermaglie armate tra i due paesi verso la fine degli anni 1990, a causa della disputa sul possesso della piccola penisola di Ras Doumeira: dopo alcune scaramucce nell'aprile del 1996, scontri di confine più seri presero vita nel giugno del 2008 provocando diverse vittime (44 caduti tra i soldati gibutiani e circa 100 tra quelli eritrei); Nazioni Unite e Unione africana si fecero poi promotrici di un accordo di pace tra le due parti, e una forza di peacekeeping del Qatar fu stanziata nella regione.