Студийский монастырь подвергся разрушению при разграблении Константинополя крестоносцами в 1204 г. и при взятии города турками в 1453 г. Конюший Баязида II превратил соборный храм Иоанна Предтечи (который восходит ещё к V веку) в мечеть Имрахор (то есть «мечеть конюшего»), но даже это не спасло его от разрушения пожарами 1782 и 1920 г. Землетрясение 1894 года довершило разрушение студийских построек. В предреволюционные годы на территории монастыря действовал Русский археологический институт под руководством профессора Фёдора Успенского.