במהלך המהומות הנרחבות שפרצו ברחבי מצרים בשנת 1919, בהן דרשו ההמונים עצמאות, נפגעה באופן קשה תנועת הרכבות במדינה. מסילות רכבת ראשיות נותקו, עמודי טלגרף נהרסו ותנועת הנוסעים ירדה באופן חד. הכנסות הרכבת המצרית בשנת 1919 ירדו ל-585,995 ליש"ט, בהשוואה ל-949,075 שנה קודם לכן. בשנת 1921, בעקבות מהומות 1919, ובעקבות עליה חדה בפשיעה ברכבת, החליט משרד הפנים, בשיתוף עם הרכבת המצרית, להקים את משטרת הרכבת. בעקבות הכרזת בריטניה על הענקת עצמאות למצרים, ב-28 בפברואר 1922, עברה גם הרכבת שינויים מהותיים. מצרים וסודאן, אשר היוו עד לאותה עת יחידה מנהלית אחת, הופרדו וסודאן הפכה לקולוניה בריטית. בשנת 1924 הופרד גם המינהל של הרכבת המצרית מהמנהל של הרכבת הסודאנית והוקמה חברת הרכבות הסודאנית. ב-10 באפריל 1924 מונה לראשונה מנהל כללי מצרי - עבד אל-חמיד סולימאן - לרכבת המצרית, לאחר שנוהלה מאז היווסדה בידי מנהלים אנגלים וטורקים. סולימאן שם דגש על העברת השליטה על הרכבת המצרית לידי ידיים מצריות ופיתח תוכניות הכשרה נרחבות לעובדי רכבת מצרים לתפקידים שהוחזקו עד אותה עת בידי אנשי מקצוע אנגלים. סולימאן קבע לראשונה שהשפה הרשמית ברכבת המצרית תהיה ערבית, לאחר שעד לאותה עת היו השפות הרשמיות אנגלית וטורקית.