I slaget ved Perryville i oktober 1862 havde Hardee kommandoen over Venstre Fløj af Braggs hær. I hans formentlig mest succesfulde slag, Slaget ved Stones River, startede hans Andet Korps den 31. december 1862 et overraskelsesangreb, som næsten drev generalmajor William S. Rosecrans's hær på flugt. Efter Tullahoma kampagnen, mistede Hardee tålmodigheden med den vredladne Bragg og havde i en kort periode kommandoen over Militærområdet Mississippi og Østlige Tennessee under general Joseph E. Johnston. I denne periode mødte han Mary Foreman Lewis, en plantageejer fra Alabama og giftede sig med hende i januar 1864.