不同的意识形态与统治手段也使两国产生了分歧。伊朗伊斯兰共和国基于霍梅尼主义，该主义认为需要一个法基赫 （伊斯兰法学家）监管穆斯林信徒，他们的统治与国籍无关。伊朗最高领袖是什叶派法基赫。 1979伊朗革命的领导者霍梅尼，在意识形态上反对君主制， 他认为君主制不符合伊斯兰教义。另一边，沙特阿拉伯的君主，仍然坚持保守，缺乏革命性，并且在政治上结合了古老的部落宗教以及君主制 （即两圣地守护者） 而被赋予了绝对的权力，只要他没有违反沙里亞法 。然而，什葉派在沙特阿拉伯是一個伊斯蘭少數民族，沙特阿拉伯對在製度上对其进行歧視，特別是在2007年伊拉克治理改革以及2011年之後。 伊朗有时甚至呼吁推翻君主及其整个统治体系。