През 1560-е години води сухопътна и морска война против берберийците (предимно успешна за Филип). Филип вижда в нея не само дело от държавна важност, но и въпрос, от който е заинтересовано цялото християнство. В още по-голяма степен смята така и за войната с турците. През 1571 г. по инициатива на Пий V е образувана „Свещената лига“ от Венеция, Испания, Генуа, Савоя и още някои малки италиански държави. Испания получава ръководна роля в коалицията; Филип назначава за главен адмирал своя еднокръвен брат Дон Хуан Австрийски, който удържа пълна победа над турците в битката при Лепанто. Тази победа няма непосредствени материални резултати за Испания, но много издига престижа на испанския флот в очите на Европа. Войната с Турция продължава с прекъсвания до края на управлението на Филип.