В мае 1943 года был направлен на учебу в Высшую военную академию им. К. Е. Ворошилова, после окончания ускоренного курса которой направлен на 2-й Белорусский фронт и в апреле 1944 года назначен заместителем командира 42-й стрелковой Смоленской дивизии. С 8 июня дивизия вошла в 49-ю армию и участвовала с ней в Белорусской, Могилёвской, Минской и Белостокской наступательных операциях. Ее части форсировали реку Днепр, 16 июля овладели городом Гродно и, форсировав реку Неман, захватили плацдарм на ее западном берегу. За форсирование рек Проня и Днепр дивизия была награждена орденом Красного Знамени (10.7.1944), а за овладение городом Гродно — орденом Кутузова 2-й ст. (25.7.1944). В октябре 1944 года дивизия овладела плацдармом на западном берегу реку Нарев юго-западнее города Новогруд. В январе 1945 года она принимала участие в Млавско-Эльбингской наступательной операции. С 10 февраля 1945 года, совершив марш в район Менденау, ее части перешли в наступление и до 11 марта вели тяжелые бои с противником, прикрывавшим подступы к Данцигской бухте и города Данциг. За овладение городом Данциг дивизия была награждена орденом Суворова 2-й ст. (17.3.1945). В ходе дальнейшего наступления она к 24 марта вышла на южную окраину города Олива. С 17 по 27 апреля полковник Исаков временно командовал этой дивизией. 25 апреля ее части переправились через реку Вест-Одер, обходным маневром с юга и юго-запада, отрезав пути отхода противнику, подошли к городу Пархим. К 3 мая 1945 года гарнизон города полностью капитулировал.