Da han vendte tilbage til England, fik Marlborough nye muligheder. Som øverstkommanderende for styrkerne i England blev han særdeles kendt med alle detaljerne og den manglende logik i det engelske militær og spillede en stor rolle ved reorganisering og rekruttering, men efter Walcourt var Marlboroughs popularitet ved hoffet dalet. Vilhelm og Marie nærede mistro til både Lord og Lady Marlboroughs indflydelse som fortrolige og støtter for prinsessen i en sådan grad, at den fortørnede Marie bad sin søster om at vælge mellem hende og kongen på den ene side og Marlborougherne på den anden. Anne valgte uden vaklen det sidste. På dette tidspunkt blev dette personlighedsopgør imidlertid overskygget af vigtigere sager i Irland, hvor Jakob var landet i marts 1689 i et forsøg på at generobre tronen. Da Vilhelm tog af sted mod Irland i juni 1690, blev Marlborough udpeget som medlem af 9-mands rådet, som skulle rådgive dronning Maria i kongens fravær, men hun gjorde ikke meget for at skjule sin afsky ved hans udnævnelse – "Jeg kan hverken stole på ham eller værdsætte ham," skrev hun til Vilhelm.