Cô có trận ra mắt đầu tiên cho Đội tuyển bóng đá nữ quốc gia Anh từ băng ghế dự bị trong trận gặp Đội tuyển bóng đá nữ quốc gia Pháp vào tháng 8 năm 2000. Cô có tên trong danh sách tạm thời 30 cầu thủ tham dự Giải vô địch bóng đá nữ châu Âu 2001 tuy nhiên cô không được góp mặt trong đội hình chính thức gồm 20 cầu thủ mà chỉ ở dạng cầu thủ chờ. Cô có trận chính thức đầu tiên của mình tháng 3 năm 2002 chống lại Đội tuyển bóng đá nữ quốc gia Na Uy, Ở trận đấu đó, mặc dù sở trường của cô là vị trí tiền vệ phòng ngự hoặc hậu vệ phải tuy nhiên cô lại xuất phát ở vị trí hậu vệ trái. Tháng 2 năm 2003, Stoney lần đầu tiên đeo băng đội trưởng khi đội trưởng Karen Walker đã bị thay thế trong trận thua 1-0 trước Đội tuyển bóng đá nữ quốc gia Ý. Bàn thắng quốc tế của cô cho tuyển Anh trong trận thắng 4–0 trước Đội tuyển bóng đá nữ quốc gia Bồ Đào Nha ở giải Cúp Algarve vào tháng 3 năm 2005.