1945年8月、高栄丸は終戦直前の樺太の戦いでは樺太からの避難民輸送に出動したほか、停戦命令を受けて稚内港から横須賀鎮守府へ回航途中、8月22日に三船殉難事件で撃沈された貨物船泰東丸（東亜海運、873総トン）の生存者を救助した。なお、三船殉難事件を起こしたと思われるソ連の潜水艦L-19が8月23日頃に宗谷海峡方面で触雷沈没したと推定され、1945年6月末に高栄丸等が敷設した機雷による可能性がある。