En Série de championnat, il est appelé à remplacer Will Middlebrooks, le joueur de troisième but qui connaît une mauvaise séquence. Bogaerts entre donc en jeu dans 5 des matchs de la finale de la Ligue américaine, marque 4 points et frappe pour ,500 avec 3 doubles et 3 buts-sur-balles en 9 passages au bâton. Dans le contre les Tigers de Détroit, il réussit un double en manche au cours d'une poussée de 3 points contre le lanceur Aníbal Sánchez puis réalise un double jeu important en défensive. Enfin, en Série mondiale contre les Cardinals de Saint-Louis, il récolte 5 coups sûrs dont un triple et marque à deux reprises. Il termine les éliminatoires 2013 avec une moyenne au bâton de ,296 et une forte moyenne de présence sur les buts de ,412.