Заняв президентское кресло, Пейшоту предпринял ряд шагов по упрочению диктаторского режима, установленного своим предшественником. В результате, наиболее заметными событиями его президентства стали восстание морских офицеров в 1893—1894 годах, а также выступление федералистов в штатах Риу-Гранди-ду-Сул и Санта-Катарина, которые были жестоко подавлены.