Während des Bürgerkrieges von 1341–1347 war die Marine sehr aktiv, und ihr Befehlshaber, "megas doux" Alexios Apokaukos, spielte eine tragende Rolle. Nach Ende des Bürgerkrieges versuchte Kaiser Johannes VI. Kantakouzenos, die Stärke von Kriegs- und Handelsmarine wieder zu vergrößern, um sowohl die Abhängigkeit von der genuesischen Kolonie in Galata zu vermindern als auch die Dardanellen gegen die Durchfahrt türkischer Schiffe zu sperren. Zu diesem Zweck bat er die Venezianer um Hilfe, doch im März 1349 geriet seine neuerbaute Flotte aus neun größeren und etwa hundert kleineren Schiffen nahe der Südküste Konstantinopels in einen Sturm. Die unerfahrenen Besatzungen gerieten in Panik, und ihre Schiffe wurden von den Genuesen entweder versenkt oder gekapert. Im Jahr 1351 nahm Johannes VI. mit nur vierzehn Kriegsschiffen am Krieg Venedigs und Aragons gegen Genua teil, er wurde jedoch bald geschlagen und musste einen ungünstigen Frieden abschließen.