Beauregard difese con successo Charleston da ripetuti attacchi dell'Unione 1862–1864. Nel 1864 appoggiò Robert E. Lee nella difesa di Richmond, sconfiggendo Benjamin Butler nella Campagna di Bermuda Hundred presso le alture di Drewry's Bluff, nella difesa di Petersburg. Colse contro Butler la sua vittoria militare più impressionante, che lo indusse a cullare grandiosi pensieri. Propose a Robert E. Lee e a Jefferson Davis di affidargli il comando di una grandiosa invasione del Nord per sconfiggere Grant e Butler e vincere la guerra. Senz'altro per allontanare quell'uomo irritante da Lee in Virginia, Beauregard fu nominato comandante delle forze confederate nell'Ovest con l'Armata del Tennessee di John B. Hood e il Dipartimento dell'Alabama di Richard Taylor, il Mississippi e la Louisiana orientale ai suoi ordini. Da allora in poi tutte le sue forze furono occupate qua e là (in Tennessee, Alabama e Mississippi) e non ebbe risorse sufficienti per arrestare le superiori forze unioniste al comando di William Tecumseh Sherman nella loro marcia verso il mare. Con Joseph E. Johnston si arrese a Sherman in Carolina del Nord nell'aprile 1865.