990 sandte Maiolus, vierter Abt des benediktinischen Reformklosters Cluny und eine der bedeutendsten religiösen Persönlichkeiten des Mittelalters, Wilhelm von Volpiano als Leiter in die Abtei, um das klösterliche Leben im Sinne der cluniazensischen Reform neu zu gestalten. Unter Wilhelms Abbiat entwickelte sich Saint-Bénigne über Burgund hinaus zu einem spirituellen und kulturellen Zentrum und wurde Mutterhaus von knapp 40 weiteren Klöstern in Frankreich und Norditalien. Neben der geistigen Wiederbelebung war Wilhelm auch an der architektonischen Erneuerung des Klosters gelegen – so ließ er die ursprüngliche Klosterbasilika abreißen und durch eine neue Klosterkirche mit einer großen, östlich gelagerten Rotunde im romanischen Baustil ersetzten.