1990లో రాజీవ్ గాంధీ హత్య జరిగినప్పుడు సాగిన అల్లర్లలో తాడిపత్రిలోని బీజేపీ సానుభూతిపరులైనవారి దుకాణాలుపై దాడులు జరిగాయి. ఈ సమయంలో స్థానిక బీజేపీ నేత వేణుగోపాల్‌రెడ్డికీ, కాంగ్రెస్ నాయకులు జేసీ సోదరులకీ వివాదాలు జరిగాయి. వేణుగోపాల్‌రెడ్డికి ప్రబోధానంద రక్షణనిచ్చి, సహాయం చేశాడు. ఈ సందర్భంగా ప్రబోధానంద ఆశ్రమంపై దాడులు జరగడంతో అనంతపురానికి, ఆ తర్వాత బత్తలపల్లికి మార్చారు. ఓ దాడిలో ప్రబోధానంద ఆస్పత్రికి వచ్చిన మహిళ, అతని కుమారుడు చనిపోయారు. స్థితిగతులు ప్రతికూలంగా ఉండడంతో ఆంధ్రప్రదేశ్ వదిలి కర్ణాటకలోని కంప్లి ప్రాంతంలో ఆశ్రమాన్ని ఏర్పాటుచేశాడు.