Bekanntheit erlangte Janajew als Vorsitzender der reaktionären Putschistengruppe "Staatskomitee für den Ausnahmezustand" und Mitinitiator des versuchten Augustputsches gegen Gorbatschow im August 1991. Der Versuch der Putschisten, Gorbatschow zum Rücktritt zu bewegen, misslang. Nach drei Tagen war der Putsch vorbei, bei dessen Niederschlagung sich vor allem Boris Jelzin hervortat. Als Ergebnis der Verschwörung schwand Gorbatschows Macht, die KPdSU wurde in der RSFSR verboten, und Ende 1991 wurde der Zerfall der Sowjetunion besiegelt. Janajew und seine Mitputschisten wurden zu Haftstrafen verurteilt. Bereits 1993 erfolgte die Haftverschonung aus gesundheitlichen Gründen. 1994 wurde er durch die Duma amnestiert.