После этого вернулся в Ирак, где в 1980—1988 гг. шла война с Ираном. Несмотря на непростые условия и подавление в стране ассирийского национального самосознания, митрополит Мар Гиваргис возводил новые церкви, рукополагал священников и дьяконов, открывал школы и духовную семинарию, собирал уникальную коллекцию древних ассирийских рукописей, издавал множество богослужебной и образовательной литературы.