Erste internationale Erfahrungen sammelte Magdalena Lindner bei den 2016 erstmals ausgetragenen Jugendeuropameisterschaften in Tiflis, bei denen sie über 100 und 200 Meter mit 12,34 s bzw. 25,23 s jeweils in der ersten Runde ausschied. 2018 startete sie bei den U20-Weltmeisterschaften in Tampere mit der österreichischen 4-mal-100-Meter-Staffel, verpasste aber dort mit 45,99 s den Einzug ins Finale. Im Jahr darauf schied sie bei den U20-Europameisterschaften in Borås im 100-Meter-Lauf mit 12,30 s im Vorlauf aus und verpasste mit der Staffel mit 45,64 s den Finaleinzug. 2021 erreichte sie bei den Halleneuropameisterschaften in Toruń das Halbfinale im 60-Meter-Lauf, in dem sie mit 7,47 s ausschied.