La seva activitat constant li conferí un protagonisme cada cop més accentuat en els avatars del país. Fou protector del Braç militar de Catalunya entre el 1683 i el 1685. El 1697 va tenir un protagonisme especial en la resistència al setge de Barcelona per part de les forces franceses comandades pel duc de Vendôme. En els Dietaris de la Diputació del General consten les seves actuacions en el moment clau de mort i obertura del testament del darrer rei àustria. Així, formà part de la comissió o "novena" de la Generalitat de Catalunya que el 25 d'octubre de 1710 decidí sobre la celebració festiva per la recuperació de la salut del monarca, poc abans de la seva defunció, acordant fer la despesa, en línia amb els altres regnes peninsulars, després de sopesar la seva conveniència política. En el si de la mateixa "novena", produït l'òbit del rei, hagué de decidir sobre la resposta a donar a les seves polèmiques disposicions testamentàries, en vista del canvi dinàstic inevitable. Josep Agulló fou enviat com a ambaixador de la Generalitat a complimentar el nou rei. El 1701, com a ambaixador del Principat de Catalunya a la cort de Madrid, Agulló mantenia informats per carta als diputats del General del que allí hi succeïa, en particular pel que feia als debats sobre el desplaçament del rei a Barcelona per a jurar el càrrec i celebrar-hi Corts.