Когда разгорелись война за смещение короля Иоганна и датско-шведская война (1501—1512), Иоганн покинул Швецию и отправился в Данию в августе 1501 года в компании любовницы. Он оставил Кристину, которая в то время была слишком больна для путешествия, командовать гарнизоном замка Три короны в Стокгольме в качестве своего регента и моральной поддержки последователей. С сентября 1501 года по 6 мая 1502 года королева Кристина была осаждена шведскими повстанцами. Это была одна из самых тяжелых осад во времена Кальмарской унии — из-за чумы и голода от гарнизона в тысячу человек осталось только семьдесят. 9 мая 1502 года Кристина сдалась шведскому регенту Стену Стуре Старшему. Согласно мирному договору она должна была находиться в монастыре в Стокгольме, пока не сможет вернуться в Данию. Леди Ингеборга Тотт сопроводила её в монастырь. Стен Стуре Старший нарушил договор и не отдал королеву, когда за ней был прислан корабль из Дании. В октябре 1503 года она была наконец освобождена и отправлена через датскую границу, где в Хальмстаде королеву встретил её сын Кристиан.