Miejsce w bramce reprezentacji otrzymał dopiero, kiedy selekcjonerem został Luiz Felipe Scolari, który był jego trenerem w SE Palmeiras. Felipão, mimo iż miał również do dyspozycji bardziej znanego i cenionego w Europie Didę, na mistrzostwach świata 2002 także zaufał 28-letniemu Marcosowi i, zdaniem wielu komentatorów, nie zawiódł się. W czasie turnieju bramkarz kilkakrotnie ratował "canarinhos" przed utratą goli, został wybrany na najlepszego zawodnika meczu 1/8 finału z Belgią. Brazylijscy dziennikarze uznali go za godnego następcę najwybitniejszych golkiperów Brazylii – Gilmar i Émerson Leão.