Після того, як Наполеон посадив на іспанський трон свого брата, Моурґеон почав воювати проти французів, 1808 року брав участь у битві при Байлені, після чого отримав звання полковника. В жовтні того ж року брав участь в обороні Леріна й потрапив у французький полон. Згодом зумів утекти й дістатись Кадіса, де в липні 1810 року отримав звання бригадного генерала. Після битви при Ла-Альбуері отримав звання фельдмаршала та був призначений на посаду генерал-коменданта Астурії. Після вигнання французів очолив Резервні війська.