西海岸沿岸での慣熟訓練の後、マーカス・アイランドは5月19日から7月1日までの間、南太平洋方面のアメリカ軍基地に対する航空機の輸送任務に就いた。輸送任務の後、マーカス・アイランドは第21混成飛行隊（VC-21）を載せて7月20日にサンディエゴを出港し、8月24日にツラギ島に到着してパラオ攻略の準備を行った。マーカス・アイランドはW・D・サンプル少将の第27空母群旗艦となり、9月12日からペリリュー攻略およびアンガウル攻略の事前攻撃を開始した。9月15日に上陸作戦が開始された後、日本軍の執拗な抵抗にさい悩まされながらも10月2日までの間に多大な数の航空支援を行った。マーカス・アイランドは10月4日にマヌス島に帰投し、次のフィリピン奪回作戦の準備を行った。