২৫ মার্চের গণহত্যার পর যশোর ক্যান্টনমেন্ট অঞ্চলে সাধারণ বাঙালি ও ইপিআর সদস্যরা পাকিস্তানি হানাদার বাহিনীর বিরুদ্ধে প্রবল প্রতিরোধ গড়ে তুলে। কিন্তু স্থানীয় বিহারি ও রাজাকারদের সহযোগিতায় ৩ এপ্রিল সে প্রতিরোধ ভেঙে যায়। এরপর পাকিস্তানি হানাদার বাহিনীর আক্রমণের মুখে সাধারণ মানুষ এই মাদ্রাসায় আশ্রয় নেয়। মহেশপুরের তৎকালীন আওয়ামী লীগের সাংসদ মঈনউদ্দিন মিয়াজীর অন্তঃসত্ত্বা স্ত্রী, ছেলে-মেয়েকে তিনি নিজে মাদ্রাসায় নিয়ে আসেন। এ সংবাদ পেয়ে ৪ এপ্রিল পাকিস্তানি হানাদার বাহিনী মাদ্রাসায় আক্রমণ করে। উপস্থিত মাদ্রাসার ছাত্র-শিক্ষক ও সাধারণ মানুষকে লাইনে দাঁড় করিয়ে গুলি করে। আবুল হাসান যশোরীকে লক্ষ্য করে গুলি ছোঁড়া হলেও তা লক্ষ্যভ্রষ্ট হওয়ায় তিনি বেঁচে যান। তিনি টয়লেটে আশ্রয় নিলেও সেখানে গুলি ছোড়া হয়। দোতলায় তার থাকার রুমটি শেল মেরে গুঁড়িয়ে দেওয়া হয়।