Tra il 1639 ed il 1649, Maffeo combatté la Guerra di Castro al fianco di suo padre Taddeo e di Luigi Mattei che guidavano le armate pontificie di Urbano VIII. Nel 1644, dopo la prima Guerra di Castro, Urbano VIII morì ed un nuovo pontefice venne eletto al suo posto nella persona di Innocenzo X. Papa Innocenzo diede inizio ad una serie di investigazioni sulla persona di Antonio Barberini (zio di Maffeo), costringendolo a fuggire in esilio coi suoi fratelli Francesco e Taddeo (padre di Maffeo) per sospette appropriazioni indebite nel corso della guerra.