Afellay pelasi Alankomaiden maajoukkueessa ensimmäisen kerran maaliskuussa 2007 EM-karsintaottelussa Sloveniaa vastaan. Hän pelasi kolme ottelua EM-kilpailuissa 2008, kolme ottelua MM-kilpailuissa 2010 ja kolme ottelua EM-kilpailuissa 2012. Kaikkiaan hän pelasi 53 maaottelua ja teki niissä seitsemän maalia, joista neljä EM-karsinnoissa ja kolme ystävyysotteluissa.