In den folgenden Jahren verschlechterten sich Mountjoys Form und seine Weltranglistenplatzierungen zusehends, da sein Spielstil vor allem auf seinem Instinkt beruhte und er damit nach und nach weniger Erfolg hatte. Im Februar 1988 ließ er sich schließlich von Frank Callan trainieren und verbesserte damit seine Technik deutlich. Somit gelang ihm im Dezember 1988 bei der UK Championship erstmals ein Gewinn eines Ranglistenturnieres, was sich nur wenige Wochen später beim Classic 1989 wiederholte. Auch wenn Mountjoy in dieser Zeit nochmals in die Weltspitze zurückkehrte, verabschiedete er sich im nächsten Jahrzehnt nach und nach aus dieser und beendete zur Saison 1996/97 seine Profikarriere. Im Anschluss daran und an eine überstandene Lungenkrebserkrankung trat Mountjoy vor allem als Trainer in Erscheinung, spielte aber auch weiterhin bei verschiedenen Turnieren Snooker sowie auf lokaler Ebene weitere Billardvarianten. Er starb Mitte Februar 2021 nach einem Schlaganfall im Alter von 78 Jahren.