Самой важной из реформ, инициированных Махмудом II и Байрактаром, была военная. Поначалу независимые военачальники (как и наместники провинций) были приведены к повиновению, а обладавший чрезмерным влиянием корпус янычар подвергнут реорганизации и перевооружению новым огнестрельным оружием европейского образца. Однако против янычар сыграло их несоответствие новейшим методам ведения войны: во время русско-турецкой войны 1806—1812 и войны за независимость Греции (1821—1830 гг.) янычары показали свою полную военную несостоятельность, что позволило султану в 1826 году расформировать янычарский корпус, заменив янычар новым охранным корпусом — «Победоносной армией Мухаммеда». Это событие было описано официальным историографом султана Мехметом Эсадом-эфенди.