Corte-Real de Araújo trat in den 1990er Jahren dem öffentlichen Dienst bei, als Spezialist für Verfassungsrecht. Während der Übergangsverwaltung der Vereinten Nationen für Osttimor (UNTAET) arbeitete er als Richter bei der Serious Crimes Unit (SCU) zur Aufklärung der Verbrechen während der Krise in Osttimor 1999.