In mei 1578 joeg de militaire gouverneur Willem van Horne de jezuïeten, samen met de franciscanen, de stad uit. Na de verovering door Parma mochten ze in mei 1579 vanuit Luik weer terugkeren. In 1581 werden door toedoen van Lodewijk van Berlaymont, proost van het Sint-Servaaskapittel, twee prebenden van het kapittel overgeheveld naar het jezuïetencollege. Naast de inkomsten van de prebenden, ontving het jezuïetencollege ook subsidie van de stad; tussen 1595 en 1622 naar schatting 20.000 Brabantse gulden (3330 Vlaamse pond). Behalve aan hun eigen college, gaven de paters les aan de Latijnse stadsschool, beide gelegen op eigen terrein en beide door de stad gesubsidieerd. Met name de eigen school voorzag in een grote behoefte en groeide van 150 leerlingen omstreeks 1580 tot 500 in 1595 en 700 in 1619. De lessen vonden plaats volgens de eigen methode "Ratio Studiorum" van 1599. Verder gaven ze catechismusles, leiden ze retraites en assisteerden ze bij de zielzorg in parochies, met name als predikers en biechtvaders. Aan het klooster waren diverse broederschappen verbonden; begin 17e eeuw zeker vijf. Daarnaast waren er twee studentenfraterniteiten, de ene Latijnstalig, de andere Nederlandstalig. Het aantal paters bedroeg in deze tijd maximaal twaalf, met nog eenzelfde aantal aspirant-paters en lekenbroeders.