В 1988 г. по его указанию сотрудники разданских правоохранительных органов, в условиях надёжной секретности, зарегистрировали свидетельства беженцев в домах отдыха Агверана Разданского района, как доказательства преступлений геноцидального характера, совершенных против армянского населения Сумгаита Азербайджанской ССР. Сегодня эти «Белые папки» находятся в архиве прокуратуры Республики Армения и по сути являются единственным систематизированным на профессиональном уровне свидетельством по сумгаитским погромам. В 1989 году по инициативе Г. Котанджяна, в результате переговоров с азербайджанской стороной, был произведен беспрецедентный мирный обмен трёх тысяч разданских азербайджанцев и бакинских армян с правовым гарантированием защиты финансовых интересов и интересов собственности переселенцев.