2011 nyarán visszatér Jupp Heynckes, aki harmadjára ül le az FC Bayern München kispadjára. A Bayern a 2011–2012-es szezonban a BL halálcsoportjának megnyerése után a döntőig menetelt. A csapat először az FC Baselt ejtette ki. Az első mérkőzésen 1-0-s vereséget szenvedett, de Münchenben már 7-0-ra végződő mérkőzésen győzött a Bayern, hol Mario Gómez parádézni tudott 4 szerzett találatával. A negyeddöntőben az Olympique de Marseille-t ejtették ki 2-0-ra megnyert idegenbeli és hazai mérkőzésen. Az elődöntőben 3-3-as összesítésig jutott a Bayern München és a Real Madrid CF, ahol az idegenben lőtt gólok egyező mennyisége miatt a büntetőpárbaj során dőlt el a továbbjutás kérdése. A döntőben a Chelsea FC-vel találkozott, amit Münchenben hazai közönség előtt nem tudott megnyerni. Rendes játékidőben 1-1, tizenegyesekkel 3-4 az Chelsea FC javára. A kupában a döntőig menetelt, hol a BL döntő előtti szombaton a Borussia Dortmund győzte le a Bayern Münchent 2-5-ös pofon hatású eredménnyel. A bajnokságban szakértők szerint nem bírta erővel a Bayern München, erre részben az is tanúbizonyíték, hogy amíg a Ruhr-vidéki rivális is versenyben volt a BL-ben, tartották egymással a lépést, sőt az őszi szezon bajnoka a Bayern München lett. Főoka a kulcsjátékosok hiánya sérülések miatt, mivel "rövid" volt a kispad, megvalósíthatatlan volt a hiányosságok pótlása. Ebben a szezonban a Bayern München 3 ezüstéremmel zárt.