Jan Pytlick prowadził Danię również w latach 1998-2006. W tym czasie sięgnął po 2 mistrzostwa olimpijskie w 2000 r. w Sydney oraz w 2004 r. w Atenach. Zdobył również tytuł mistrza Europy w 2002 r. oraz wicemistrza Europy w 2004 r.