V samotnom závere vojny boli na území Protektorátu sťahované prázdne i naložené nákladné vozne, aby neboli ukoristené Červenou armádou. Tieto vozidlá s najrôznejším obsahom potom boli odstavované najskôr na voľných koľajniciach železničných staníc, potom dokonca priamo na traťových koľajniciach medzi stanicami. Mnohé regionálne trate boli úplne zatarasené nekonečnými radmi odstavených vagónov, a aj na niektorých dvojkoľajných tratiach bola jedna koľaj vyhradená odstaveným vozidlám. K ďalšiemu veľkému ničeniu zariadení železníc došlo počas májového Pražského povstania. Pražská stanica sa stala centrom ozbrojeného odporu proti nacistickým vojskám na území Prahy. Úspechy povstalcov však boli vrtkavé a celé povstanie si vybralo obrovskú krvavú daň. K najväčšiemu masakru došlo práve v priestoroch Masarykovej stanice, kde boli pri stene vozového depa desiatky ľudí zastrelené po ich zajatí. Počas povstania sa po koľajniciach stredných Čiech pohybovalo niekoľko obrnených vlakov, či už nemeckých alebo povstaleckých (tie povstalecké boli ukoristené nemeckej armáde). 8. mája 1945 došlo pri Nelahozevsi k súboju obrnených vlakov, kedy povstalecký vlak s pomocou ďalších peších bojovníkov čiastočne zničil nemecký vlak, smerujúci k Prahe, a jeho zvyšok donútil k ústupu.