Lubatowa leží v oblasti, která byla až do 14. století předmětem sporů mezi Polskem, Rusí a Uhrami. K polské kolonizaci regionu došlo až po expanzi krále Kazimíra III. Velikého na východ na území ukrajinských knížectví. Lubatowa existovala už na počátku 14. století jako královská vesnice a v roce 1376 byl v Sanoku podepsaný lokační akt, který umožňoval založit v místě Lubatowé osadu Górki podle Magdeburského práva. V roce 1412 bylo území vesnice patřící biskupovi z Přemyšlu prodáno s právem založit vesnici jménem Lubatowa a roku 1529 byl ve vesnici postaven dřevěný kostel sv. Stanislava, který zde stál téměř 400 let. V bezprostředním okolí Lubatowé v letech 1769–1772 působily jednotky Barské konfederace, jejímž cílem bylo omezení ruských vlivů v Polsku a posílení katolicismu. V průběhu první světové války se ve vesnici začalo organizovat hnutí za znovuzískání nezávislosti Polska, kvůli jehož podpoře byli vyvezeni na Sibiř kněz Michał Siedleczko, starosta Jan Jakieła a organizátor polský vojenských jednotek Józef Ceglarz. Během druhé světové války působila v Lubatowé partyzánská jednotka začleněná do Svazu ozbrojeného boje (Związek Walki Zbrojnej), který se později transformoval v Zemskou armádu (Armia Krajowa). V roce 1944 po atentátu na velitele Schutzpolizei v Dukle bylo několik obyvatel Lubatowé popraveno v lese u vesnice Warzyce nedaleko Jasła a poté bylo dalších 38 obyvatel spolu s jinými Poláky z okolí popraveno v blízkém Grabińském lese u vesnice Iwonicz a jejich těla byla po válce přenesena do hromadného hrobu u kostela. V roce 1985 byla Lubatowa za účast v odbojovém hnutí vyznamenána bojovým křížem.