Бахонар родился в Кермане, Иран. В 1960-х годах за антиправительственную деятельность был отправлен в тюрьму. В дальнейшем политической активности долгое время не проявлял, сконцентрировавшись на составлении исламских учебных писаний. Сразу после революции становится одним из основателей Исламской республиканской партии, а также входит в состав только что сформированного Иранского революционного совета. Впоследствии, в марте 1981 года, был избран министром образования в правительстве Мухаммеда Али Раджаи. На этом посту продолжает политику чистки от светских влияний иранских университетов, которая в будущем получит название "Культурной революции". 4 августа 1981 года, когда Раджаи становится президентом, Бахонар занимает освободившийся пост премьер-министра страны.