Vuodesta 1921 vuoteen 1925 Żeligowski toimi Puolan armeijan tarkastajana. Hän oli ylennyt vuonna 1923 kenraaliluutnantiksi ja toimi puolustusministerinä Aleksander Skrzyńskin hallituksessa marraskuusta 1925 toukokuuhun 1926. Virassaan hän nosti Piłsudskille uskollisia henkilöitä tärkeisiin virkoihin, minkä takia hän osasi varautua Piłsudskin vuoden 1926 vallankaappaukseen. Skrzyńskin hallituksen kaaduttua Żeligowski jatkoi taas armeijan tarkastajana ja vallankaappauksen jälkeen hän johti armeijan puhdistustoimia. Hän jäi eläkkeelle vuonna 1927.