В 1916 году вступил в чехословацкий легион, сформированный российскими властями. Участвовал на стороне российской армии в Зборовском (1917) и в Бахмачском сражениях (1918). В годы гражданской войны получил офицерский чин и участвовал в восстании Чехословацкого корпуса и в боях против Красной армии в районе Челябинска и Екатеринбурга. Командовал взводом, ротой и батальоном легионеров. В ходе боевых действий два раза был ранен. За этот период был удостоен Военного креста Первой мировой войны, ордена Сокола, медали Победителя (Антанта), Чехословацкой революционной медали с планками «Зборов» и «Сибирь», Георгиевского креста IV степени. В январе 1920 года после сибирского похода капитан Бочек вернулся в Чехословакию.