Agra została założona na przełomie V i VI wieku. W 1501 Sikandar Lodi - władca sułtanatu delhijskiego – przeznaczył Agrę na nową stolicę swojego państwa. Gdy w 1526 w bitwie pod Panipatem wojska sułtanatu delhijskiego zostały rozgromione przez najeźdźców z Azji Środkowej, ich władca - Babur - założyciel muzułmańskiej dynastii Wielkich Mogołów, ustanowił w Agrze stolicę swego państwa, utworzonego na podbitych terenach północnych Indii. Najwybitniejszy władca dynastii Wielkich Mogołów - Akbar, rządzący w latach 1556-1605, rozpoczął w 1565 budowę fortu i uczynił go siedzibą władzy, a Agrę - najważniejszym miastem rosnącego w siłę imperium. Tu ogniskowało się życie polityczne, gospodarcze i kulturalne państwa Wielkich Mogołów. Wznoszono liczne reprezentacyjne budowle: pałace, meczety i mauzolea.