Він добре знав історію України, свого роду: по батьковій лінії Вернадські — учасники визвольної війни під проводом Богдана Хмельницького. Його прадід навчався в Києво-Могилянській академії. Батько — киянин Іван Вернадський (1821—1884) — науковець-економіст, противник кріпацтва, прибічник соціалістичних ідей та общинного землеволодіння, прихильник ідей ринкової економіки. Дружина Володимира Івановича теж з давнього українського роду Старицьких. Свої роздуми про долю України науковець виклав у багатьох працях, зокрема, в статті "«Українське питання і російська громадськість»."