Indiscutivelmente, seu melhor período no Al-Ahly foi a temporada 2005-2006, quando Manuel José conquistou o triplete africano ao vencer a Taça, a Liga e a Liga dos Campeões. Outros sucessos da temporada incluem os triunfos na Supertaça Nacional, a Supertaça Africana e o primeiro pódio de uma equipa africana no Campeonato do Mundo de Clubes. O Al-Ahly sofreu apenas três derrotas em 2006, com duas delas na Liga dos Campeões da CAF e outra no Campeonato do Mundo de Clubes da FIFA, na primeira metade da temporada 2006-2007, o que significa que a equipa ficou invicta durante todo o ano 2005. Na sexta temporada, essas conquistas permitiram que José ganhasse o prémio de Treinador do Ano da CAF em 2006, tornando-se o primeiro não africano a ganhar o prémio enquanto treinador de um clube. Embora surgissem relatos de que ele estaria perto de assumir a Selecção portuguesa depois da partida de Luiz Felipe Scolari, a Federação Portuguesa de Futebol contratou Carlos Queiroz. Manuel José foi homenageado pelo presidente egípcio Hosni Mubarak com a medalha de primeira classe do desporto, por suas contribuições ao Al-Ahly e ao futebol egípcio em 24 de dezembro de 2006 e a 6 de Junho de 2008 foi feito Comendador da Ordem do Mérito pelo presidente português Aníbal Cavaco Silva.. A 13 de maio de 2009, José foi oficialmente nomeado pela Federação Angolana de Futebol como treinador da selecção nacional, tendo em vista a sua participação na Taça das Nações Africanas de 2010, que Angola sediou. Ele assinou um contrato de um ano e assumiu o cargo após terminar a temporada no Al-Ahly.