Niepodległość Azerbejdżanu została ogłoszona po klęsce puczu moskiewskiego. Komunistyczna Partia Azerbejdżanu ogłosiła samorozwiązanie, jednak jej członkowie zachowali najwyższe stanowiska państwowe. Mimo faktu, iż opozycja domagała się jego odejścia z polityki, Mütəllibov we wrześniu 1991 został jedynym kandydatem na pierwszego prezydenta niepodległego Azerbejdżanu. W listopadzie nowy prezydent zgodził się utworzyć pięćdziesięcioosobowy parlament (Milli Medżlis), w których mandaty podzielono między rząd i opozycję po połowie. Organ ten miał funkcjonować równolegle do Rady Najwyższej. Pozycja i popularność prezydenta stopniowo słabły z powodu jego nieudolności w tworzeniu azerskich sił zbrojnych, a w konsekwencji klęski ponoszonych w wojnie z Armenią o Górski Karabach. Po masakrze cywilów azerskich w Xocalı w maju 1992 prezydent musiał, pod naciskiem wielotysięcznych protestów, ustąpić. Głównym organizatorem wystąpień był Front Ludowy Azerbejdżanu. Jego przywódcy dążyli do tego, by samemu przejąć władzę w państwie. Jednak mimo faktu, że osiągnęli przewagę w Milli Medżlisie i mieli znaczny wpływ na tymczasowego prezydenta Yaquba Məmmədova, nie naprawili zaniedbań swoich poprzedników i nie podjęli zdecydowanych działań na rzecz odzyskania Górskiego Karabachu (za co krytykowali wcześniej obalonego prezydenta).