その後もジェームズ2世を支持、1688年の名誉革命でジェームズ2世がフランスに逃亡した後も態度を変えなかった。1689年1月にロンドンに向かい、義父ハミルトン公爵ウィリアム・ダグラス＝ハミルトンからウィリアム3世を支持するよう説得されたが、パンミュア伯爵は拒否した。3月1日にエディンバラに戻る許可を与えられ、14日にはスコットランドでのに出席し、16日に仮議会が適法とする宣言に署名した。ウィリアム3世とメアリー2世の承認に反対したが、結局可決され、パンミュア伯爵は2人への宣誓を拒否し、以降2度と議会に出席しなかった。アン女王の治世では1707年にスコットランド王国とイングランド王国の合同に反対、1690年代より続けていたの再建を1709年に完成させた。また、ジャコバイトの第4代パース伯爵ジェームズ・ドラモンド（ジャコバイト貴族では初代パース公爵）は1705年にパンミュア伯爵を信頼できる人物だと評している。