Traoré johti presidentti Modibo Keïtan syrjäyttänyttä nuorten upseerien vallankaappausta marraskuussa 1968. Hän toimi Malia vallankaappauksen jälkeen johtaneen Kansallisen vapautuksen sotilaskomitean puheenjohtajana ja maan valtionpäämiehenä. Joulukuussa 1968 hän korvasi Yoro Diakitén Malin hallituksen puheenjohtajana. Sotilaskomiteaan kuuluneet Diakité ja Malik Diallo syrjäytettiin huhtikuussa 1971, mikä vahvisti Traorén asemaa maan johtajana. Samana vuonna komitea ylensi hänet everstiksi.