Rudonja spillede 65 kampe og scorede ét mål for Sloveniens landshold i perioden 1995-2003. Han var med i den slovenske trup til EM 2000 i Belgien/Holland, slovenernes første slutrundedeltagelse nogensinde, og spillede alle landets tre kampe i turneringen. Han deltog også ved VM 2002 i Sydkorea/Japan, hvor han også spillede samtlige slovenernes tre kampe.