Es folgten Massenvertreibungen von Kroaten und anderen Bevölkerungsgruppen sowie auch von Serben aus dem Grenzgebiet zu Bosnien-Herzegowina. Vielerorts wurde die Bevölkerung von der JNA, die größtenteils aus serbischen und montenegrinischen Soldaten bestand, der kroatischen Armee sowie von Freischärlern aus Serbien im Rahmen „ethnischer Säuberungen“ vertrieben. Die Zahl der Vertriebenen wurde auf über 170.000 geschätzt. Mit Angriffen auf Osijek und Dubrovnik belagerte und bombardierte die JNA Städte, die von einer kleinen serbischen Minderheit bewohnt wurden. In der Grenzstadt Vukovar kam es zur Schlacht um Vukovar, wobei der größte Teil der Stadt verwüstet wurde und der Großteil der Bevölkerung fliehen musste. Die Stadt wurde im November 1991 von serbischen Truppen erobert.