Irland lyckades inte att kvala in till Europamästerskapet i fotboll 1996, trots en stark inledning av kvalspelet där man vann sina tre inledande matcher inklusive en 4-0-seger mot Nordirland. I fjärde matchen nådde de bara oavgjort 1-1 i returmötet mot Nordirland, och därefter haltade spelet märkbart. De besegrade favoriterna Portugal för att därefter enbart nå oavgjort 0-0 mot lilla Liechtenstein och sedan förlora båda matcherna mot Österrike med 1-3. De lyckades dock besegra Lettland men behövde dessutom vinna borta mot Portugal för att vara direktkvalificerade men förlorade matchen med 0-3. De blev dock grupptvåa och fick därmed spela en direkt avgörande kvalmatch mot Nederländerna där vinnaren skulle kvalificera sig till EM-slutspelet. I en match där känslorna svallade förlorade dock Irland med 0-2 och var därmed utslagna. Charlton sade upp sig kort efter Nederländerna-matchen och hans enda kontakt med fotbollen därefter var som expertkommentator och middagstalare.