Im Rahmen des Anti-Terror-Kampfs der USA war die "Enterprise" im Oktober 2001 an Kampfoperationen gegen Ziele in Afghanistan beteiligt. Bei einer Rede am 12. Juli 2003 auf dem Flugzeugträger Ronald Reagan äußerte der Vizepräsident Dick Cheney das die Enterprise zum Zeitpunkt der Terroranschläge vom 11. September auf dem Weg nach Norfolk war, und den Kurs auf Afghanistan nahm und es am nächsten Tag angreifen konnte. Ab Dezember wurde das Schiff eineinhalb Jahre lang im Norfolk Naval Shipyard überholt, im Mai 2003 war es wieder einsatzbereit. 2003/2004 wurde sie dann im Irakkrieg eingesetzt, 2006 folgte eine weitere, 2007 dann zwei Verlegungen im Rahmen der Bekämpfung des Terrorismus. Im Dezember 2007 wurde der letzte, sechsmonatige Einsatz in der Golfregion beendet, am 11. April 2008 ging die USS "Enterprise" in Newport News zur Überholung ins Dock, geplant waren 16 Monate und Kosten von rund 480 Millionen Dollar. Während der Überholung wurden jedoch zusätzliche Arbeiten nötig, so dass die Ausdockung vom Sommer in den Dezember 2009 verschoben wurde. Die Kosten stiegen auf über 660 Millionen Dollar.