За сборную Швейцарии Янник Вебер дебютировал ещё в 2005 году, на юниорском чемпионате мира. С 2009 года защитник выступает за основную национальную команду, в её составе был участником ЧМ 2009, 2014, 2016 и 2019 годов, ОИ 2010 и 2014 годов.