Tijdens de eerste (vrije) parlementsverkiezingen na de bevrijding van Tsjecho-Slowakije door het Rode Leger in 1946 verkreeg de KSS 30,4% van de stemmen in Slowakije. De partij bleef daarbij ver achter bij de liberaal-conservatieve Slowaakse Democratische Partij (DS) die ruim 62% van de stemmen kreeg. De DS werd vervolgens gezien als de grootste bedreiging van de KSS in Slowakije. Na de communistische staatsgreep van februari 1948 werd de DS verboden en bij de parlementsverkiezingen later dat jaar verwierf de KSS een meerderheid van stemmen in Slowakije. Kort daarop ging de KSS als territoriale groepering door de KSČ ingelijfd en verloor de partij haar zelfstandigheid. Van 1963 tot 1968 was hervormingsgezinde Alexander Dubček eerste secretaris van de KSS. Hij was gedurende de Praagse Lente eerste secretaris van de KSČ, maar moest na de inval van de Warschau-pactlanden zijn functie neerleggen. Zijn opvolger als partijleider van de Slowaakse communisten, de orthodoxe Gustáv Husák, was van 1969 tot 1987 als eerste secretaris van de KSČ en van 1975 tot 1989 als president van de ČSSR de machtigste man van het land.