След избухването на гражданската война 49 пр.н.е. Фауст Сула е проквестор с империум на претор на войската, която завежда при Помпей в Епир. Той е командир и при боевете следващата година в Македония против цезарския генерал Гней Домиций Калвин. След загубата на Помпей в битката при Фарсала той бяга през Патра в Северна Африка. След победата на Цезар през 46 пр, н.е. в битката при Тапс, Сула се опитва заедно със съпугата си Помпея Магна и Луций Афраний, да избяга в Испания, но е заловен от Публий Ситий и след няколко дена убит. Помпея и децата им попадат в ръцете на Юлий Цезар, който после ги освобождава и са оставени живи по заповед на Цезар.