Nella sua posizione di vice capo dell'Ufficio Comando e Operazioni, Warlimont ebbe modo di partecipare alla pianificazione strategica e operativa di tutto lo sforzo bellico tedesco. Fu, infatti, personalmente coinvolto nella definizione di molti piani di guerra e delle direttive dell'OKW. Tra queste ultime bisogna anche ricordare anche il famoso Ordine dei Commissari, che prevedeva l'eliminazione fisica di tutti i Commissari Politici dell'Armata rossa catturati dalla Wehrmacht durante l'invasione dell'Unione Sovietica: l'ordine venne firmato da Warlimont su autorizzazione del Feldmaresciallo Wilhelm Keitel, comandante dell'OKW.