Nach der Geburt ihres zweiten Sohnes 1997, kehrte Heike Henkel noch einmal in die Stadien zurück. 1999 gewann sie bei den Deutschen Freiluftmeisterschaften und im Jahr darauf den Hallentitel. Ihr letzter großer Wettkampf war bei den Halleneuropameisterschaften 2000 in Gent, bei dem sie mit 1,85 m noch einmal Achte werden konnte. In der Freiluftsaison 2000 verabschiedete sie sich dann endgültig als aktive Sportlerin.