In de kwalificaties voor het wereldkampioenschap voetbal 2002 boekt Panama voor het eerst weer succes door in de Midden-Amerikaanse voorronde drie overwinningen te boeken op Honduras en Nicaragua, waardoor het elftal doorstroomde naar de een-na-laatste kwalificatieronde. Daarin was het maximale resultaat in zes duel een 0–0 gelijkspel tegen het Canadees voetbalelftal in 2001. Vanaf het interlandjaar 2004 steeg het niveau van het Panamees voetbalelftal, wat mede werd veroorzaakt door het opkomen van een "gouden generatie" met spelers als Gabriel Enrique Gómez, Blas Pérez, Jaime Penedo en Luis Tejada, die veelal carrière maakten in het buitenland; veel internationals van Panama kwamen terecht in de Major League Soccer, de voetbalcompetitie in de Verenigde Staten, die zelf ook geleidelijk een hoger niveau kreeg. In 2004 kwalificeerde Panama zich voor de tweede van drie rondes in de kwalificatie voor het WK 2006, na onder andere een 1–1 gelijkspel tegen de Verenigde Staten en een 3–1 overwinning op El Salvador. Niet eerder kwam Panama zo dicht bij kwalificatie voor het mondiale eindtoernooi, en door de prestaties in 2004 bereikte het elftal voor het eerst de top honderd in de FIFA-wereldranglijst. De rest van het kwalificatietoernooi was geen succes, maar in 2005 werd wel de finale van de CONCACAF Gold Cup bereikt, waarin na strafschoppen werd verloren van de Verenigde Staten. Luis Tejada werd als toernooitopscorer door de CONCACAF uitgeroepen tot beste speler van het toernooi. Sinds de finaleplek in 2005 behoort Panama steevast tot de beste landen in het CONCACAF-interlandvoetbal, met in 2007 en 2009 de kwartfinale als slechtste prestatie. In 2013 werd opnieuw de finale bereikt, maar wederom waren de Verenigde Staten te sterk in de eindstrijd.