Српски покрет обнове је учествовао у Савезној влади СРЈ уочи и на почетку НАТО бомбардовања, од јануара до априла 1999. Тада је Вук Драшковић обављао функцију потпредседника Савезне владе задуженог за спољне послове. СПО је учешће у тој влади, на чијем је челу био Милошевићев СПС, прихватио не би ли Драшковић својим међународним угледом покушао да издејствује повољније понуду међународне заједнице за решење косовског конфликта и тако спречи војну интервенцију НАТО-а. Вук Драшковић се тада заложио за прихватање завршног акта из Рамбујеа, што је државни врх Србије и Савезне Републике Југославије на челу са Слободаном Милошевићем одбио. Након тога, 24. март, отпочела је интервенција НАТО-а, а СПО је у априлу напустио Савезну владу.