Während des Bosnienkrieges kam es 1992/1993 in Mostar zu Kämpfen zwischen kroatisch-bosniakischen und serbischen Einheiten, 1993/1994 zu Kämpfen zwischen Kroaten und Bosniaken. Dabei wurde die Stadt unter anderem durch Vertreibungen in einen kroatisch-westlichen sowie einen bosniakisch-östlichen Teil aufgeteilt. Während des Krieges zerstörten kroatische Streitkräfte das Wahrzeichen Mostars, die Brücke "Stari most", in einem mehrstündigen gezielten Beschuss. Im Mai 2013 verurteilte der Internationale Strafgerichtshof für das ehemalige Jugoslawien sechs Verantwortliche der Kroatischen Republik Herceg-Bosna unter anderem wegen der Zerstörung der Brücke erstinstanzlich zu mehrjährigen Haftstrafen. Im November 2017 wurden alle Urteile nach Berufung bestätigt, Slobodan Praljak vollzog noch im Gerichtssaal Suizid. Nach Kriegsende wurde die Brücke wieder aufgebaut und 2004 offiziell eröffnet.