בופון נבחר לשמש כשוער הראשון של הנבחרת במהלך מוקדמות יורו 2000, והיה אמור לשמש כשוער הראשון גם במהלך הטורניר תחת המאמן דינו זוף, אך הוא שבר את ידו במשחק ידידות נגד נבחרת נורווגיה מספר ימים לפני משחק הפתיחה של הטורניר נגד נבחרת טורקיה. פרנצ'סקו טולדו החליף אותו כשוער הראשון של נבחרת איטליה לטורניר, פרנצ'סקו אנטוניולי הועלה למשבצת השוער השני וכריסטיאן אביאטי נקרא לשמש כשוער השלישי. איטליה הגיעה עד לגמר הטורניר, בו הפסידה פעם נוספת לנבחרת צרפת.