שֶר מונה כמפקד צי הים הפתוח, שהיווה את עיקר הצי הגרמני ונועד להתמודד מול צי הים הגדול הבריטי, בינואר 1916. מפקדו הקודם של צי הים הפתוח, הוגו פון פוהל, חלה ולא יכול היה להמשיך בתפקידו. שֶר היה אגרסיבי בהרבה, ועם כניסתו לתפקידו חיפש דרכים שבהן יוכל להתמודד מול הבריטים. ב-30 במאי הוביל שֶר את הצי הגרמני למבצע מול הבריטים, שהפך לקרב יוטלנד, אחד מן הקרבות הימיים הגדולים בהיסטוריה. שֶר הצליח לחלץ את הצי הגרמני ולהוביל אותו חזרה לבסיסו למרות העדיפות המספרית והחומרית הגדולה שהייתה לבריטים. הבריטים איבדו אוניות בהדחק גדול כמעט פי שניים מן האבדות הגרמניות ואבידותיהם בנפש היו גדולות פי שלושה מאלו הגרמניות. למרות זאת, לא הצליחו הגרמנים לפרוץ את המצור הימי שהטילו הבריטים על גרמניה. לאחר הקרב הגיע שֶר למסקנה, כי לא יוכל להביס את הצי הבריטי בדרך המקובלת, והוא חיזק את תמיכתו בלוחמת צוללות בלתי מוגבלת נגד בריטניה.