Ada dua pendapat umum mengenai asal usul Apollo: Salah satunya adalah bahwa Apollo berasal dari daerah timur, pendapat lainnya mengaitkan Apollo dengan bangsa Doria dan dewa mereka apellai (juga bulan Apellaios). Walter Burkert menyatakan bahwa asal-usulnya dapat dilihat dari para penyembahnya: bangsa Yunani Doria, bangsa Kreta-Minoa, dan bangsa Syro-Hittis. Menurut pendapat pertama, baik Apollo di Yunani maupun di Etruska mulai muncul di Aegea pada Zaman Besi (antara 1100 SM - 800 SM) dari Anatolia. Homer menceritakan Apollo memihak bangsa Troya dalam Perang Troya, dan dia dihubungkan dengan dewa bangsa Luwian, Apaliunas, yang tampaknya melakukan perjalanan dari timur ke barat. Dewa "Aplu" (dewa dari mitologi Hittis dan Hurria pada Zaman Perunggu Akhir, antara tahun 1700–1200 SM), juga mirip dengan Apollo yang diceritakan oleh Homer, yaitu sama-sama merupakan dewa wabah. Selain itu Aplu juga melambangkan dewa tikus "Apollo Smitheus".