Současnou podobu získal klášter na přelomu 17. a 18. století, po požáru v roce 1681. Po opravách konventu provedl opat Petr Silavecký (1669–1691) obnovu klášterního kostela, v níž pokračovali jeho nástupci opati Bernard Kašpárek (1691-1699), Florián Nezorin a Josef Malý. Generálním projektantem radikální přestavby kláštera (1681–1769) a kostela (1686–1735) byl Giovanni Pietro Tencalla. I po přestavbách si kostel uchovává charakter románsko-gotické stavby. Dvě řady pilířů západního trojlodí nahradily mohutné zděné příčky s pilastry, které rozdělily někdejší boční lodě na 14 samostatných postranních kaplí, z nichž 10 má oltáře a pod podlahou krypty. Krypty byly vybudovány současně se zvýšením podlahy kostela na úroveň okolního terénu, který se za poslední staletí zvýšil asi o 2 metry. Střední loď a křížení byly rovněž zasypány stavební sutí. Kostel byl zkrácen zbořením předsíně a západního průčelí asi o 14 metrů. Odstranění západního průčelí s románským ústupkovým portálem a snížení jeho délky ze 100 na 86 metrů patří k nejcitelnějším zásahům do jeho podoby. Nové průčelí opatřil stavitel dvěma věžemi, nad křížem lodi byla po zrušení vysoké renesanční věže vystavěna kupole krytá nízkou lucernou.