מצרים לא הצליחה להעפיל לטורנירי הגמר הבאים של גביע העולם, ובחמש אליפויות אפריקה הבאות לא הצליחה להגיע לשלב חצי הגמר. מצרים שבה וזכתה באליפות אפריקה 1998 בפעם הרביעית בתולדותיה לאחר שהדיחה ברבע הגמר את חוף השנהב בבעיטות הכרעה מ-11 מטרים, ניצחה בחצי הגמר 0-2 את בורקינה פאסו המארחת וגברה במשחק הגמר 0-2 על דרום אפריקה. בעקבות זכייתה, השתתפה מצרים לראשונה בתולדותיה בגביע הקונפדרציות 1999. היא סיימה בתיקו 2-2 עם בוליביה ומקסיקו המארחת והובסה 5-1 על ידי ערב הסעודית ובכך סיימה אחרונה בשלב הבתים.