Пад час Баснійскай вайны 1992—1995 гадоў Баня-Лука не была закранута ваеннымі дзеяннямі і не падверглася разбурэнням, як многія іншыя гарады былой Югаславіі. Шмат у чым дзякуючы гэтаму буйны і сучасны горад быў выбраны для перасялення шматлікімі сербскімі бежанцамі з Харватыі і цэнтральных і паўднёвых рэгіёнаў Босніі і Герцагавіны. Яны занялі жыллё і працоўныя месцы баснійцаў і харватаў, якія пакінулі горад. У 1992 годзе адбыўся вядомы інцыдэнт з гібеллю нованароджаных дзяцей.