בשנת 1763 העניק המושל הערבי של בושהר שייח' נסר אלמדקור לחברה המזרחית של הודו את הזכות לבנות שם בסיס ומסחר. זה שימש כבסיס ידי הבריטים הצי המלכותי הבריטי במאה ה-18 המאוחרות. במאה ה-19 הפכה בושהר לנמל מסחרי חשוב. היא נכבשה על ידי כוחות בריטיים בשנת 1856, במהלך המלחמה האנגלו-פרסית 1856–1857. בושהר נכנעה לבריטים ב-9 בדצמבר 1856, אך בשנת 1913 האיראנים ניצחו בקרב ארוך. בריטניה העבירה את מרכזה הדיפלומטי והמסחרי על פני המפרץ הפרסי לבחריין בשנת 1946. העיר הייתה מדוכאת כלכלית עד לשנות ה-60 של המאה העשרים כאשר הממשלה יזמה תוכנית פיתוח גדולה. בשנת 1975 החלה הממשלה בבניית תחנת כוח גרעינית בבושהר. מתקן זה הושלם רק באופן חלקי עד אשר הופצץ והושמד על ידי עיראק במהלך מלחמת איראן-עיראק (1980–1988). כשגרמניה, התומכת הראשית במפעל, סירבה להשלים אותו לאחר המלחמה, איראן ניסתה להשיג סיוע ממדינות אחרות והשיגה אותו ב-1995 על ידי רוסיה.