במרץ 2020 החלה ועדת המשנה לדון בהסמכת שב"כ לסייע למאבק בנגיף הקורונה באמצעות ה'כלי'. בצעד נדיר, היא פתחה את דיוניה לציבור והזמינה נציגים של ארגוני החברה האזרחית ומומחי פרטיות להביע את עמדתם. במסגרת פעילותה בנושא, הוועדה אישרה (לפי סעיף 7 לחוק שירות הביטחון הכללי) את החלטת הממשלה המסמיכה את השב"כ לעקוב אחר חולי קורונה, ושבה ואישרה הארכות של ההחלטה במהלך הגל הראשון של הקורונה.