澳洲大部分是半干旱或荒漠地带，但生态环境極為丰富，包括从高地的石南荒原到热带的雨林，為全球17个超级生物多样性国家之一。澳洲许多生物是當地独有，原因是澳洲大陆较古老、地理上长期孤立，和氣候极端多变。其被子植物约85%、哺乳类动物約84%、鸟类超过45%，和近岸温带鱼类約89%是特有种。澳洲许多生态区，和区内的生物已面臨人类活动和外来物种的威胁。联邦《1999年环境保护和生物多样性保育法案》是保护濒危物种的根本法律。基於“生物多样性行动计划”，设立了許多受保护地区以保育独特的生态系統；64个湿地根据《湿地公约》而登记；另有16个世界遗产。