После отражения первой атаки на Петропавловск, стало ясно о том, что вторую атаку успешно отразить не удасться, и в марте 1855 года последовал приказ военного генерал-губернатора Восточной Сибири Н. Н. Муравьёва о передислокации флотилии в устье Амура к Николаевскому посту (ныне Николаевск-на-Амуре). Для вывода кораблей из гавани во льду был прорублен проход, и с 29 марта начался вывод судов. Этим же днём капитан-лейтенант Н. М. Чихачёв назначен командовать транспортом «Двина», а на должность командира вновь назначен П. Ф. Гаврилов уже в чине капитан-лейтенанта. При эвакуации из Петропавловского Порта, на «Иртыш» была погружена вся флотская библиотека, основанная офицерами ещё в Охотске и к 1855 году насчитывавшая около 2000 томов, но при передачи её в Николаевскую библиотеку вошло только 1417 томов, так как часть книг была утрачена при транспортировке.