فوکویاما پیش‌تر جزو نظریه‌پردازان نومحافظه‌کار به‌شمار می‌آمد اما در سال ۲۰۰۳ با اشغال عراق مخالفت کرد. در انتخابات سال ۲۰۰۴ علیه بوش رأی داد و در ۲۰۰۶ با انتشار مقاله‌ای بلند در نیویورک‌تایمز ضمن مقایسه نومحافظه‌کاری با لنینیسم پایان عصر نومحافظه‌کاری را اعلام کرد. او به علاوه مطلبی در مورد بازداشت نظامیان انگلیسی توسط ایران در صفحهٔ «هر چه می‌خواهد دل تنگت بگو» در سایت نشریهٔ گاردین نوشته‌است.