חשוב להדגיש את ההבדל בין גישתו הפוליטית של סיסתאני לבין גישת השלטון השיעי באיראן. השלטון השיעי באיראן תומך בגישה הפוליטית הנקראת "שלטון חכם ההלכה" (וילאית אל-פקיה). גישה זו צברה תאוצה לאחר מהפכתו של האייתוללה ח'ומייני באיראן בשנת 1979 ונמשכת עד היום. גישה זו תומכת ברעיון כי המדינה והממשלה צריכות להיות מנוהלות על ידי אנשי הדת ובהתאם לחוק האסלאמי.