Als 1999 Abdullah zum neuen König Jordaniens wurde, erklärte er eine Amnestie für eine Anzahl politischer Gefangener, die auch al-Maqdisī und seinem langjährigen Gefährten az-Zarqāwī zugutekam. Während az-Zarqāwī sich daraufhin mit anderen Dschihadisten nach Afghanistan begab und dort mit Erlaubnis der Taliban bei Herat ein Trainingscamp für arabische Dschihadisten eröffnete, blieb al-Maqdisī in Jordanien und setzte seine Publikationsaktivitäten fort. Noch im Jahre 1999 veröffentlichte er eine Schrift mit dem Titel „Dreißiger-Abhandlung zur Warnung vor der Übertreibung beim Takfīr“ ("ar-Risāla aṯ-Ṯalāṯīnīya fī t-taḥḏīr min al-ġulūw fī takfīr"), in der er erneut davor warnte, andere Muslime blindlings zu „Ungläubigen“ zu erklären. Die Anschläge vom 11. September 2001 lobte al-Maqdisī dagegen öffentlich.