Il passe les dernières années de sa vie à Monaco et décède le à Nice, à quelques kilomètres de Vence où il a vécu près de vingt ans avec sa femme Suzanne. En hommage à Paul Frère, le virage du circuit de Spa-Francorchamps, qui raccorde l'actuelle piste à l'ancien tracé de , a été rebaptisé "Courbe Paul Frère" à l'occasion du Grand Prix de Belgique de Formule 1 2008. Une stèle à sa mémoire a été érigée près de la rampe d'accès au paddock.