Nascido em Nova Iorque, em 9 de outubro de 1975, no aniversário de 35 anos de seu pai. Ele tem ascendência irlandesa e britânica por parte de pai, e japonesa por parte de mãe. Após seu nascimento, John Lennon tornou-se um pai caseiro, cuidando de seu filho até seu assassinato em 8 de dezembro de 1980. Sean cursou pré-escola em Tóquio e foi educado no exclusivo internato privado Institut Le Rosey em Rolle, Suíça, e depois nas escolas Ethical Culture Fieldston School e Dalton School, já em Nova Iorque.