Après peu de jours passés à Cassel pour se remettre de ses fatigues, le 20 janvier 1800 il retrouve son ami Moreau dans une campagne de l'armée d'Allemagne qui est couronnée de succès : il se trouve au passage du Rhin par l’armée de ce nom, fait capituler le fort de Hohentweil, que défendent 80 pièces de canon, et combat ensuite à Hohenwiel le 2, à Stockach le 3, à Engen le 4, à Moeskirch le 5, à Menningen le 10. Le 8 août 1800 il se marie à Cassel avec Marie Françoise T'Kint. Le 17 août 1800, il est accusé cette fois d’abus et d’irrégularités administratives, il est de nouveau destitué, mais pour très peu de temps puisqu'il est affecté à l'armée des Grisons sous les ordres de Macdonald. Mis en traitement de réforme, le 29 thermidor an VIII, et rappelé le 19 fructidor, au service actif, il commande l’avant-garde de l’armée dite « de réserve », avec laquelle il franchit le Splügen.