9 август 1819 года в Боготу пришли известия о разгроме местных войск в сражении при Бояке. Самано бежал в Картахену, которая, однако, отказалась признать его власть (режим репрессий сделал его очень непопулярным). Он отплыл на Ямайку, однако затем вернулся в Панаму (входившую тогда в состав Новой Гранады), где, не имея ни военной, ни административной власти, скончался, ожидая разрешения вернуться в Испанию.