În perioada iunie 1940- iunie 1941, după anexarea Basarabiei de către URSS prin pactul Hitler-Stalin, limanul Cugurlui a fost principala bază militară sovietică a Flotilei Dunării : în 1941 a fost nimicită de ofensiva germano-română „Barbarossa” și se mai văd încă epavele din acea perioadă.