Sulla strada per Malta s'incrociarono per la prima volta i cammini di Bonaparte e dei siracusani, sorgendo la città aretusea sulla rotta marittima che conduceva alla base dei cavalieri giovanniti. Fin dall'aprile del 1798 Napoleone aveva ordinato al suo generale Louis Charles Antoine Desaix di gettare l'ancora a Siracusa (o in qualcuna delle rade del siracusano) e aspettare il sopraggiungere dell'Armée française, che sarebbe salpata da Tolone (Desaix doveva invece giungere nel siracusano partendo dalla conquistata città laziale di Civitavecchia); in seguito, Napoleone avrebbe mandato un altro dispaccio a Desaix con il quale lo avvisava del suo imminente arrivo, per cui i francesi avrebbero dovuto lasciare Siracusa e recarsi a Malta; per conquistarla.