Des contrôles antidopage sont effectués au cours de la compétition. Pendant la Coupe des confédérations 2003, sont réalisés à l'occasion des seize matchs du tournoi et la présence d'érythropoïétine (EPO) est contrôlée pour la première fois. Tous les résultats sont négatifs. Avant le tournoi 2009, la présence de substances dopantes interdites est testée par contrôle urinaire sur huit joueurs tirés au sort au sein de chaque équipe participante. En plus des quatre contrôles urinaires pratiqués à l'issue de chaque match sur deux joueurs tirés au sort dans chaque équipe, un contrôle sanguin est mis en œuvre après la finale pour quatre joueurs. Les tests se révèlent tous négatifs, un des joueurs ne pouvant néanmoins pas fournir l'échantillon sanguin requis.