בשנת 2002 מונה קמיר ליועץ התקשורת של שר הביטחון שאול מופז, תפקיד אותו מילא ארבע שנים. בתקופה זו שימש בנוסף כחבר בצוות לגיבוש מערך ההסברה הלאומי בראשות מזכיר הממשלה לשעבר ישראל מימון. במהלך מלחמת המפרץ השנייה שימש קמיר בתפקיד יו"ר פורום ההסברה של מערכת הביטחון. עם מינויו של שאול מופז לשר התחבורה ולסגן ראש הממשלה בממשלת ישראל ה-31 בשנת 2006, מונה קמיר לראש המטה וליועצו האסטרטגי. במסגרת תפקידו תיכלל את פעילות צוות המשלחת הישראלית לדיאלוג האסטרטגי עם ארצות הברית.