À la suite de son triomphe inattendu face aux Français à la bataille navale de L'Écluse le , Édouard III poursuit sa campagne terrestre mais est contraint de conclure la trêve d'Esplechin dès le . Furieux face à ce revers stratégique, il rentre secrètement à Londres dans la nuit du 29 au et détourne immédiatement sa colère sur l'archevêque de Canterbury et Lord grand chancelier Jean de Stratford. Selon l'historien T. F. Tout, Thomas Wake entre en disgrâce en raison de son association avec Stratford et est même brièvement emprisonné sur ordre d'Édouard III. Mais le fait que Wake soit désigné dès le pour recueillir les plaintes des barons et du peuple à l'encontre du gouvernement ne semble pas corroborer cette allégation. Il semble de plus qu'il soit présent à une commission enquêtant sur des accusations de corruption à l'encontre de fonctionnaires royaux en Est-Anglie. Enfin, au cours du conflit entre le roi et l'archevêque de Canterbury, le baron Wake de Liddell recueille même les plaintes du souverain à l'encontre du prélat. Ses activités au service de la couronne se poursuivent pendant les années suivantes : au cours des Parlements tenus en avril-, en et en , Thomas Wake examine les pétitions formulées par le clergé et le commun ; en 1343, il accompagne son beau-frère Henri de Grosmont auprès du roi Alphonse XI de Castille et assiste au siège d'Algésiras. De 1341 à 1342, on suppose qu'en l'absence d'informations sur sa biographie il fait un second pèlerinage à Saint-Jacques-de-Compostelle.