Les contestations viennent bientôt de milieux proches du pouvoir : en janvier 1961, des exilés politiques, menés par Henrique Galvão et Humberto Delgado, capturent le paquebot Santa Maria. Le 10 novembre 1961, le détournement d'un avion entre Casablanca et Lisbonne, l'opération "Vagô", sert à distribuer des pamphlets anti-salazaristes. C'est la première action de ce genre dans le monde. La même année, le ministre de la Défense, Botelho Moniz, tente un coup d'État. L'occasion lui est offerte par le massacre de colons portugais en Angola, le 15 mars 1961. Cet événement va marquer le début des Guerres coloniales portugaises, en Angola, en Guinée et au Mozambique. Tandis que les pressions internationales poussent le pays à entamer une décolonisation, les partisans d'une solution pacifique se voient écartés par Salazar et l'opinion publique portugaise pour qui cette solution est tout simplement impensable. Les guerres coloniales, qui durent de 1961 à la révolution des Œillets, en 1974, coûtent la vie à 14 000 portugais (de plus, au moins 20 000 soldats reviendront handicapés ou mutilés, généralement du fait des mines, et plus de 140 000 resteront traumatisés). Coté africain, le bilan est encore plus considérable : 100 000 morts, majoritairement civils. La guerre s'accompagne de massacres perpétrés contre les civils par l’armée régulière et les commandos et de l'utilisation récurrente de napalm et de mines antipersonnel.