Er war der Sohn von Suleiman II. und folgte seinem Vater 1204 im Kindesalter auf den Thron. In dieser Zeit fand der vierte Kreuzzug statt, in dessen Zuge Konstantinopel erobert und das Lateinische Kaiserreich gegründet worden war. Kilidsch Arslans III. Herrschaft wurde von seinem Onkel Kai Chosrau I., der Jahre vorher durch Suleiman II. vom Thron gestoßen worden war, nicht anerkannt. Kai Chosrau I. verbündete sich mit den Danischmenden, die das Fort von Isparta für ihn erobert hatten, und zwang Kilidsch Arslan III. abzutreten. So endete die Regierungszeit Kilidsch Arslans III. nach nur acht Monaten. Er wurde von seinem Onkel auf der Burg Gevele gefangen gehalten, wo er später auch starb.