La population austronésienne autochtone, les « Haumaka » ou « Matamua » (les « premiers » en rapanui), originaire, selon la tradition orale, des Marquises (Hiva-Oa ou Nuku-Hiva) a été quasiment exterminée en 1862, lorsqu’une flotte péruvienne d’esclavagistes accosta dans l’île. Après avoir attiré les insulaires — grands amateurs de musique — en jouant de l’accordéon, ils en ont capturé environ pour les mettre au travail forcé d’extraction du guano sur les îles Chincha. Les rares survivants furent évacués sur le continent lorsque l’Espagne, qui n’avait pas encore reconnu l’indépendance du Pérou en 1864, occupa les îles Chincha le , au début de la Guerre hispano-sud-américaine (1864-1866). De là, ils furent rapatriés grâce aux pressions des missionnaires et du consul de France à Lima, mais au retour ils propagèrent une épidémie de variole, manquant de peu d’exterminer le reste de la population.