1399年に初めて町はイチゴを意味するヤゴダに由来するヤゴドナ"Jagodna"の名称で言及されている。1946年から1992年まで19世紀の社会主義者であったスヴェトザル・マルコヴィッチ（）にちなみスヴェトザレヴォ（, ）と言う都市名であった。セルビア蜂起が起こった1804年から1817年の間、何世紀にもわたるオスマン帝国に対する支配に対してセルビア人が反乱が起こし、多くの戦いが繰り広げられ町はセルビア側にとり戦略的に重要な場所であった。その後、オスマンは破られ再びセルビア王国が成立し、ヤゴディナではその頃工業化や都市開発が行われた。第二次世界大戦後、ヤゴディナは重工業が社会主義時代進められ成長した。1999年にNATO軍によるアライド・フォース作戦により空爆の被害を受けている。