A portói születésű Fernando Gomes a GD Fabril csapatában kezdte pályafutását, majd 1974-ben csatlakozott az FC Porto csapatához. Rövid spanyolországi kitérőt leszámítva, amikor a Sporting de Gijón játékosa volt, részese volt a Porto újjászületésének minden fontos sikerének. Az 1978-79-es szezonban húsz év elteltével nyert bajnoki címet a kék-fehér csapat, 1984-ben pedig Kupagyőztesek Európa-kupáját nyert a klubbal, miután a döntőben legyőzték az olasz Juventust. Pályára lépett az 1987-es bajnokcsapatok Európa-kupája-döntőben is a német Bayern München ellen, míg a teljes sorozatban öt gólig jutott, az elődöntőben két góljával szinte egymaga döntötte el a továbbjutást a Dinamo Kijiv ellen. Az 1987-es UEFA-szuperkupa-párharc során a holland AFC Ajax csapatát múlták felül két 1–0-s győzelemmel. 1987-ben az uruguayi CA Peñarol ellen a Világkupát is megnyerték a csapattal.