В 1942 году Манучехр Эгбал решил заняться политической карьерой и был назначен на должность заместителя министра здравоохранения Ирана. В этот период времени Иран находился под оккупацией британских и советских войск, а также страдал от внутренних неурядиц. С 1944 по 1950 год Манучехр Эгбал занимал должность министра здравоохранения Ирана. С 1950 по 1951 год являлся генерал-губернатором Иранского Азербайджана.