Deze ontwikkelingen waren de aanloop naar een gruwelijke burgeroorlog na de Duitse invasie in 1941. De koninklijke regering capituleerde snel, maar er was een krachtig verzet van de Četniks, die een herstel van de monarchie wilden, en de Joegoslavische partizanen, die een Joegoslavië op communistische leest nastreefden. Beide partijen bevochten niet alleen de Asmogendheden die Joegoslavië bezet hielden, maar ook elkaar. Andere etnische groepen zagen de invasie juist als een kans op uitvoering te geven aan hun eigen nationalistisch en werkten samen met de Duitse bezetter. Een voorbeeld hiervan is het ontstaan van de Onafhankelijke Staat Kroatië.