Положение партии изменилось с началом итало-немецкого вторжения в Югославию в апреле 1941 года. Некоторые члены партии оказались по разные стороны баррикад: те, кто сочувствовал выступавшему в союзе с Германией и Италией хорватскому движению за независимость (усташи), и тех, чьи левые убеждения привели их к участию к югославским партизанам. Левые члены ХКП совместно с местными коммунистами сыграли ключевую роль в основании Земельного антифашистского веча народного освобождения Хорватии. Но подавляющее большинство сторонников Хорватской крестьянской партии оставались пассивными и нейтральными во время войны, в то время как усташи, прокоммунистические партизаны и промонархические четники боролись за власть.