A pesar del saqueo de su inventario, La iglesia siguió siendo un referente de arquitectura religiosa, por desgracia el Terremoto de Popayán de 1983 hizo grandes daños al templo, derrocando su torre oeste por completo dañando con eso la fachada del antiguo seminario y su plazoleta la cual albergaba una estatua de monseñor Manuel José Mosquera y Arboleda siendo posteriormente retirada, en la actualidad el templo ya ha sido restaurado y recuperó gran parte de su gloria pasada.