Після Лютневої революції 1917 року наукову діяльність О. Маньківського спіткали величезні труднощі, через звинувачення у причетності до царської охоронки студенти байкотували лекції професора. А після Жовтневого перевороту 1917 року посади ректора і проректора були ліквідовані, наукова рада бездіяла, більшість професорів, серед яких і О. Маньківський, відмовилась співпрацювати з більшовиками й залишила університет.