V roce 1941 bylo po prohrané válce Dolní Štýrsko anektováno Německou říší. Oddíly říšskoněmecké branné moci vstoupily do města 8. dubna 1941 v 9 hodin večer. Adolf Hitler navštívil město již 26. dubna 1941. Zanedlouho po okupaci začalo vysídlování Slovinců do Chorvatska a Srbska; zakázáno bylo užívání slovinského jazyka a přejmenovány ulice. Místní významní Slovinci byli pozatýkání a drženi jako rukojmí ve věznicích v Mariboru a Štýrském Hradci. V oblasti se také zformoval organizovaný odpor. Maribor, centrum zbrojního průmyslu, se stal v posledních letech války terčem spojeneckých náletů. Patřil proto k několika městům ve Slovinsku, které byly těžce poškozeny.