Im Sommer 1918 ließ er sich von den tschechischen Abgeordneten des Reichsrates zum Vorsitzenden des Nationalausschuss ("Narodní výbor československý") wählen. Am 26. Oktober 1918, als sich der Zusammenbruch der habsburgischen Gesamtmonarchie bereits deutlich abzeichnete, reiste Kramář als Leiter einer Delegation des Nationalausschusses nach Genf. Dort verhandelte er mit Edvard Beneš, dem wichtigsten Mitarbeiter Tomáš Garrigue Masaryks und Spiritus rector des Pariser Nationalrats der Exil-Tschechen, über die Details der Gründung eines tschechoslowakischen Staates. Zwei Tage später wurde die unabhängige Tschechoslowakei gleichzeitig in Prag, Genf und Washington D.C. proklamiert. Kramář unterstützte die Wahl Tomáš Garrigue Masaryks zum Staatsoberhaupt und nahm mit seinem Außenminister Edvard Beneš an den Pariser Friedensverhandlungen teil, bei denen der Tschechoslowakei auch die Karpatenukraine zugesprochen wurden. Vom November 1918 bis Juni 1919 war er der Ministerpräsident der ersten regulären Regierung des Landes. Trotz dieses Erfolgs führten Streiks und Demonstrationen im Frühjahr 1919 zu einer schweren Regierungskrise in Prag. Im Juni 1919 musste Kramář bei den ersten demokratischen (Kommunal-)Wahlen eine bittere Niederlage hinnehmen: Seine Nationaldemokratische Partei landete hinter den Sozialdemokraten, die über 50 % der Stimmen erhielten, und der Agrarpartei lediglich auf dem dritten Rang. Kramář zog die Konsequenzen und trat am 7. Juli 1919 als Premierminister zurück. Spätere Versuche, wieder an die Regierung zu gelangen, scheiterten ebenso wie sein Versuch, 1935 zum Nachfolger Masaryks gewählt zu werden. Er ist begraben auf dem Olšany-Friedhof in Prag.