Während des Ersten Tschetschenienkrieges war Munajew Kommandeur des 1. tschetschenischen Angriffsbataillons (benannt nach Lemi Munajew) und zeitgleich Polizeichef von Grosny im Rang eines Obersts. In den Zwischenkriegsjahren (1996–1999) leitete er die Abteilung für innere Angelegenheiten des Bezirks Sawodsk von Grosny.