Wyspy odkryła w 1595 roku wyprawa Alvaro de Mendaña y Neyra i Isabel Barreto. Vanikoro była ostatnim punktem wyprawy odkrywczej La Perouse'a, którego statki "L'Astrolabe" i "La Boussole" rozbiły się w 1788 r. na otaczających wyspę rafach, a załoga padła ofiarą tubylców-ludożerców. W 1942 w rejonie wysp stoczono bitwę lotniczo-morską.