Первым крупным международным достижением Эмины Малагич стала бронзовая медаль в эстафете на 3000 м на Чемпионате мира среди юниоров в Варшаве в 2013 году. В декабре 2013 года она приняла участие в Зимней Универсиаде в Трентино, где завоевала серебро в эстафете на 3000 м.