In Salzburg wurden nach der Klubübernahme durch den Getränkehersteller Red Bull viele neue Spieler engagiert und Janko hatte anfangs Schwierigkeiten sich gegen die breite Konkurrenz durchzusetzen. Bis zum Frühjahr 2006 hatte er sich aber einen Stammplatz in der Startelf erkämpft und er erzielte bei insgesamt 17 Einsätzen in dieser Saison elf Tore. In der Folgesaison fiel er aufgrund von Verletzungen fast komplett aus, trug aber zu Beginn der Spielzeit zum ersten Titelgewinn der Salzburger seit 1997 zwei Tore bei. Das restliche Jahr 2007 verbrachte er mit Reha- und Aufbautraining, um im Frühjahr 2008 wieder fit zu sein und sich für die Heim-EM im Sommer zu empfehlen. Doch das Comeback missglückte vorerst und er erhielt von Teamchef der Nationalmannschaft Josef Hickersberger eine Absage.