1861 wurde Wade Vorsitzender des Ausschusses für Territorialfragen. Im Juli desselben Jahres erlebte er mit anderen Politikern die Niederlage der Union Army bei der Ersten Schlacht am Bull Run hautnah mit. Beinahe wäre er dort von der Armee der Konföderierten Staaten gefangen genommen worden. Nach seiner Rückkehr vom Schlachtfeld nach Washington, D.C. war er einer der schärfsten Kritiker der Führung der Union Army in der Schlacht. Von 1861 bis 1862 war er Vorsitzender des einflussreichen United States Congress Joint Committee on the Conduct of the War. 1862 war er wiederum als Vorsitzender des Ausschusses für Territorialfragen maßgeblich an der Abschaffung der Sklaverei in den damaligen Territorien beteiligt. Im September 1861 kritisierte er den damaligen US-Präsidenten Abraham Lincoln in einem Brief scharf: Wade warf ihm vor, in der Sklavenfrage zu handeln wie „weißer Müll, der in einem Sklavenstaat aufgewachsen sei“. Besonders ärgerte ihn, dass Lincoln wenige Afro-Amerikaner in die Union Army aufnahm. Er war dann auch maßgeblich an der Verabschiedung des Homestead Act 1862 beteiligt. In der Folgezeit blieb er ein scharfer Kritiker Lincolns.