元が南宋を攻略したモンゴル・南宋戦争以降は、博多綱首の記述は史料から消える。しかし元代も、博多には多数の貿易商人が居住した。こうした海商は、日元双方の権力者や大商人の代理人として航海をした。日本に住んでいた宋人は次第に日本に同化したとされており、元寇では博多が攻撃を受けたが、貿易は中断をはさみつつ増えていった。元代の龍泉青磁のほか、元が発行した銅銭の大元通宝や、パクパ文字の印章も出土している。鎌倉時代や南北朝時代にかけては、寺社の造営費用や復興費用を調達するために貿易船を派遣し、元寇の前よりも派遣は増加した。