Entre 1988 y 1991, fue subsecretario de Estado adjunto en la Oficina de Asuntos Interamericanos. A principios de 1988, había sido enviado a Panamá en varias ocasiones para tratar de negociar en nombre del gobierno estadounidense directamente con el presidente panameño, Manuel Noriega, tratando de llegar a un acuerdo sobre los términos bajo los cuales Noriega renunciaría. Kozak abogó por un acuerdo diplomático bajo el cual se anularía la acusación contra el entonces líder panameño, se levantarían las sanciones y Noriega renunciaría y abandonaría el país en agosto de 1988. Cuando las negociaciones se dieron a conocer, el Senado aprobó una resolución no vinculante de que la acusación no debía ser retirada, y el vicepresidente George H. W. Bush denunció las negociaciones. Kozak continuó con las conversaciones y entregó un ultimátum para que Noriega aceptara antes del 25 de mayo de 1988, pero Noriega se negó y el ejército de los Estados Unidos finalmente invadió el país.