Dubourdieu comenzó a navegar en un barco mercante a la edad de 16 años. Tres años después se alistó en la Marina. Rápidamente ascendió a bordo del "Entreprenant" y de la fragata "Topaze". Fue capturado en el Sitio de Tolón (1793) por los británicos y llevado a Gibraltar, desde donde se escapó a Lorient. Allí fue asignado a la corveta "Gaieté", la cual fue capturada y Dubourdieu hecho prisionero otra vez en 1799.