Hoffan väärinkäytöksistä ja yhteyksistä mafiaan vihjailtiin jatkuvasti ja hän joutui John F. Kennedyn ja Robert Kennedyn järjestäytyneen rikollisuuden vastaisen taistelun tulilinjalle. Eräiden teoreetikkojen mukaan Hoffa sekaantui John F. Kennedyn salamurhaan, mutta mitään todisteita asiasta ei ole.