Năm 2004, bảo tàng đã bổ nhiệm Wafaa El Saddik làm nữ tổng giám đốc đầu tiên. Trong cuộc Cách mạng Ai Cập 2011, bảo tàng đã bị phá hủy một phần và hai xác ướp bị hư hại nghiêm trọng. Một số cổ vật được trưng bày cũng được cho là đã bị hư hại. Khoảng 50 hiện vật đã bị mất. Sau đó, 25 trong số 50 hiện vật đã được tìm thấy. Những tác phẩm đã được khôi phục đã được đưa vào trưng bày trong bảo tàng từ tháng 9 năm 2013 trong một cuộc triển lãm mang tên Thiệt hại và Phục hồi ("Damaged and Restored"). Trong số các hiện vật được trưng bày, có hai bức tượng của pharaon Tutankhamun làm bằng gỗ tuyết tùng và lớp phủ vàng, một bức tượng của vua Akhenaten, bức tượng ushabti của về các vị vua Nubian, xác ướp của một đứa trẻ và một chiếc bình thủy tinh nhỏ.