Christian Drejer commence sa carrière au SISU Copenhague. Il part jouer deux saisons aux États-Unis en NCAA avec les Florida Gators. Il est sélectionné à sa sortie de Florida par les New Jersey Nets lors de la draft 2004 au , alors qu'il avait quitté les Gators en plein milieu de la saison, ce qui créa alors une controverse. Cependant, Drejer ne jouera pas un seul match en NBA. Il retourne en Europe, évoluant notamment sous les couleurs du FC Barcelone, de la Virtus Bologne et de la Virtus Rome.