Την περίοδο 2000-01 η ομάδα μπάσκετ του Ηρακλή συμμετείχε στη Σουπρολίγκα και προκρίθηκε στις 16 καλύτερες ομάδες της διοργάνωσης. Με τον Ηρακλή αγωνίζονταν εκείνη τη χρονιά ο Δημήτρης Διαμαντίδης, ο Νίκος Χατζηβρέττας, ο Λάζαρος Παπαδόπουλος και ο Σοφοκλής Σχορτσανίτης, που υπήρξαν τέσσερις από τους στυλοβάτες των επιτυχιών της Εθνικής Ελλάδος η οποία τα επόμενα χρόνια αναδείχθηκε πρωταθλήτρια Ευρώπης και δευτεραθλήτρια κόσμου. Το 2002 ο Νίκος Χατζηβρέττας αναδεικνύεται πρώτος σκόρερ του ελληνικού πρωταθλήματος, ενώ το 2004 ο Διαμαντίδης κέρδισε το βραβείο MVP του Ελληνικού Πρωταθλήματος.