Nel dicembre 1997, Yanagita è convocata nella Nazionale maggiore in occasione della Coppa delle nazioni asiatiche femminile 1997, dove esordisce nella partita contro Guam. Yanagita ha disputato anche il Mondiale 1999, Mondiale 2003, Mondiale 2007, torneo olimpico 2004 e torneo olimpico 2008. In tutto, Yanagita ha giocato 91 partite con la Nazionale nipponica riuscendo a segnare 11 gol.