Wyraźne załamanie relacji tych dwu grup nastąpiło w połowie XVII w., gdy podczas wojny trzydziestoletniej doszło do prześladowań, a podczas pożogi na Kresach Wschodnich miały miejsce pogromy ludności żydowskiej, polskiej (szlachty) oraz ormiańskiej (podupadł wtedy też handel będący podstawą żydowskiej aktywności). Wzniecony w 1648 roku na Zaporożu przez dowódcę wojska kozackiego Bohdana Chmielnickiego konflikt, którego stroną była Rzeczpospolita, miał między innymi wymiar religijny, ponieważ większość magnatów była katolikami, z kolei Kozacy byli wyznawcami prawosławia. Sprzymierzeni z Tatarami Kozacy pozyskali liczną prawosławną ludność Ukrainy. Na obszarach objętych działaniami wojennymi (Wołyń, Podole, Ruś Czerwona) dochodziło do masowych morderstw dokonanych na polskiej szlachcie, ludności żydowskiej, a także ormiańskiej. Wobec duchowieństwa katolickiego oraz Żydów Kozacy wykazywali się szczególnym okrucieństwem. Te brutalne akty nienawiści były spowodowane tym, że duchowni reprezentowali znienawidzoną przez agresora instytucję Kościoła, który dopuszczał się prześladowań wobec wyznawców prawosławia, z kolei Żydów, jako poborców ceł, myt i innych podatków i dzierżawców, utożsamiali z panami i szlachtą koronną. O okrucieństwach dokonywanych wobec Żydów w swojej kronice napisał Natan ben Mosze Hannower. Na Zadnieprzu, w obliczu śmierci, setki Żydów zostało zmuszonych do zmiany religii przechodząc na prawosławie (później specjalnym edyktem król Jan II Kazimierz Waza zezwolił im wrócić do swojej religii). Kozacy cięli rodały Tory w kawałki i przerabiali je na worki lub buty. Zawarta w 1649 roku w Zborowie ugoda między Chmielnickim a Rzecząpospolitą, która nie była długotrwała, zakazywała Żydom pobytu na Kijowszczyźnie i Bracławszczyźnie, tym samym uniemożliwiono wyznawcom judaizmu utworzenie (lub kontynuowanie działalności) jakiejkolwiek gminy żydowskiej (wtedy były już zrujnowane i nie mogły płacić podatków).