En el año 2008, recaló en la Selección de fútbol sub-21 de España, la cual dirigió hasta el año 2010. Este periodo fue muy significativo al crearse las bases de un grupo de jugadores en el que todos están en los mejores equipos del mundo (Piqué, Javi Martínez, Arbeloa, Bojan Krkic, De Gea, Azpilicueta, Monreal, Mata, Negredo, Soldado, Granero, Raúl García... ) y muchos de ellos fueron Campeones de Europa en el 2008 y Campeones del mundo con la selección absoluta de España en el 2010.