Cikalleshi și-a pierdut locul de titular la începutul anului 2016, datorită bunei forme a coechipierului său Armando Sadiku. Cu toate acestea, el a fost numit în lotul lărgit al Albaniei de 27 de jucători pentru UEFA Euro 2016 și în lotul definitiv de 23 de jucători care au participat la UEFA Euro 2016 pe 31 mai. Cikalleshi a jucat în primul meci din grupă cu Elveția, după ce a intrat în ultimele cincisprezece minute, însă nu și-a putut ajuta echipa, Albania pierzând meciul cu 1-0. Acestea au fost singurele minute pe care le-a jucat în timpul campaniei, fiind rezervă neutilizată în următoarele meciuri împotriva Franței și României. Albania a terminat grupa pe poziția a treia cu trei puncte și cu un golaveraj de -2 și s-a clasat pe ultimul loc dintre echipele care au terminat pe locul trei, cu Albania fiind eliminată din competiție.