בשנת 1194 הפכה העיר חלק מהאימפריה הרומית הקדושה והעיר הייתה העיר האהובה על קיסר האימפריה פרידריך השני. בין השנים 1266–1282 הייתה העיר תחת שלטון אנג'ואיני, ב-30 במרץ 1282 בכנסיית רוח הקודש (Santo Spirito) מחוץ לעיר פלרמו פרץ מרד ערבית סיציליאנית שגרם לכך שבית אנג'ו ויתר על האי, פייטרו השלישי מארגאון שהיה בצפון אפריקה ניצל את האירוע על מנת להשתלט על האי שהפך להיות חלק מממלכת אראגון. ב-1479 הפכה העיר חלק מממלכת ספרד.