1958年，阿卜杜勒-卡里姆·卡西姆发动军事政变推翻了伊拉克王国，穆斯塔法·巴尔扎尼被卡西姆邀请回国，巴尔扎尼的归来得到了英雄般的欢迎。作为卡西姆与巴尔扎尼之间交易的一部分，卡西姆以承诺给予库尔德人区域自治来换取巴尔扎尼的支持。1959年到1960年间，巴尔扎尼成为库尔德斯坦民主党（库民党）党魁，而库民党于1960年获得合法地位。1960年初，卡西姆将会背叛自治承诺已经显而易见，因此库民党开始鼓动区域自治。面对与库尔德之间日益严峻的分歧及巴尔扎尼个人权利的不断增长，卡西姆开始煽动巴尔扎尼部落传统的敌人Baradost和Zebari部落，并导致了1960年到1961年初的部落战争。1961年2月，巴尔扎尼成功击败了亲政府武装，巩固了其作为库尔德人领导人的地位。就此，巴尔扎尼令其军队占领了所有的库尔德地区并驱逐了那里的政府官员。而为了恢复政府对该地区的控制，卡西姆开始准备对北部的军事进攻。1961年6月，库民党对卡西姆发出一份详细的最后通牒，说明了库尔德人的不满，并要求卡西姆进行整改。卡西姆无视了库尔德的要求并继续其计划的战争。9月10日，一伙库尔德人埋伏了一支伊拉克军队，库尔德叛乱正式爆发。作为此次袭击的回应，卡西姆命令伊拉克空军轰炸库尔德村庄，按巴尔扎尼的标准，此次空袭基本上覆盖了整个库尔德人口。由于卡西姆对伊拉克军队的不信任，他并没有很好地武装参战部队，所以卡西姆政府根本无法镇压这次叛乱。这种僵持激怒了军队中的强力派系，被认为是1963年2月复兴党政变背后的一个主要原因。1963年11月，在经过复兴党人的派别大混战之后，阿卜杜勒·萨拉姆·阿里夫发动政变驱逐了复兴党人，出任伊拉克总统。在对库尔德的进攻又一次失败后，阿里夫在1964年2月宣布停火，引起了库尔德城市激进分子与巴尔扎尼领导的“自由斗士”之间的决裂。 巴尔扎尼同意了停火并将激进分子逐出了库民党。1966年，阿里夫因坠机意外死亡，其兄长阿卜杜勒·拉赫曼·阿里夫继任伊拉克总统，伊拉克政府为击败库尔德人进行了最后的努力。然而1966年5月，巴尔扎尼武装在赖万杜兹附近发生的Handrin山战役中击败伊拉克军队。据说在Handrin山战役中，库尔德人消灭了伊军的整整一个旅。意识到不能得到这场战争的胜利，拉赫曼·阿里夫宣布了一个12点和平计划，但拉赫曼·阿里夫在1968年复兴党发起的政变中被推翻，这一计划没有实施。复兴党发起了旨在平定库尔德人叛乱的战争，然而这场战争1969年就结束了，巴格达内部的权利斗争和伊朗的压力起到了很大的作用。此外，苏联迫使伊拉克与巴尔扎尼和解，1970年三月，一项旨在明确库尔德自治的和平计划被公布，该计划将于4年内实施，其中承诺在政府事务给予库尔德人更大的权利。尽管如此，在此同时，伊政府在富产石油的基尔库克和哈奈根推行了阿拉伯化进程。在接下来的几年里，巴格达当局解决了其自身内部的分歧，在1972年4月与苏联签订了友好协定，并重新被阿拉伯世界所接纳。而库尔德人依旧依赖伊朗的军事支持，没有增强自身的军事力量。