Die heutige Orgel geht auf ein Instrument von Eberhard Friedrich Walcker zurück, das er für die 1876 für die Weltausstellung in Philadelphia baute mit der Hoffnung, es in Amerika gleich verkaufen zu können. Diese Hoffnung erfüllte sich nicht, und so musste er die Orgel wieder nach Deutschland bringen und günstig anbieten. Die Waiblinger Kirchengemeinde griff bei diesem Angebot zu, und so wurde die Orgel nach Waiblingen überführt. Im Jahr 1971 ersetzte die Firma Weigle, Leinfelden-Echterdingen, das Innenwerk unter Einbeziehung des historischen Prospekts (51 Register, drei Manuale und Pedal). Im Jahre 2009 wurde die Orgel durch Orgelbau Mühleisen umgebaut und die Disposition auf 55 Register erweitert. Das neugotische Orgelgehäuse aus dem Jahr 1876 mit Spitzbögen, Vierpässen, Kreuzblumen und Fialen blieb erhalten. Vor die Seitenteile von Schwellwerk und Kleinpedal wurde ein schlichter Seitenprospekt für das neue Register Violon 16′ aufgestellt. Die Disposition lautet wie folgt: