В составе сборной Уругвая Фабиан Каноббио выступал на Кубке Америки 2007 года, где уругвайцы заняли 4-е место. Все три своих мяча Варгас забил в товарищеских матчах, в том числе он оформил дубль в ворота сборной Румынии 23 мая 2006 года. Итоговый результат игры — 2:0.