Bryan Habana participe à trois éditions de la coupe du monde. Il joue sept rencontres en 2007 où l'Afrique du Sud devient championne du monde, face aux Samoa, l'Angleterre, les Tonga, les États-Unis en phase de poule, puis les Fidji en quart de finale, l'Argentine en demi-finale, et l'Angleterre en finale. Il reussit huit essais pour un total de . Quatre ans plus, en 2011, il participe à quatre rencontres, face au pays de Galles, la Namibie, les Samoa en phase de poule et l'Australie en quart de finale. Il inscrit deux essais, soit dix points. En 2015, Habana participe aux quatre rencontres de poule de son équipe, face au Japon et face aux Samoa, l'Écosse, les États-Unis, puis au quart de finale face au pays de Galles, la demi-finale face à la Nouvelle-Zélande et la finale pour la troisième place, inscrivant cinq essais. Ses trois essais face aux Américains lui permettent de rejoindre Jonah Lomu à la première place du classement des marqueurs d'essai en coupe du monde avec quinze réalisations.