Mit dem Ausbruch des Estnischen Freiheitskriegs fiel am 22. Dezember 1918 Tartu in die Hände der Bolschewiki. Kivikas floh zurück nach Viljandi und schloss sich den dortigen estnischen Truppen unter Führung von Karl Einbaum als Freiwilliger an. Er diente an der Front am Võrtsjärv, bei Rõngu, Valga und Sangaste, bevor er nach Tartu zurückkehrte.