In 1798 werd de Bataafse Republiek door haar Franse bondgenoot verzocht om deel te nemen aan een militaire expeditie ter ondersteuning van de Ierse opstand van 1798. Een Bataafs eskader onder bevel van Story werd gevormd nabij Texel. Toen er een streep gezet werd door de Nederlandse bijdrage aan de expeditie van Ierland, kreeg het eskader een nieuwe bestemming. Op verzoek van het Comité tot de zaken van de Oost-Indische handel en bezittingen (de opvolger van de in 1798 opgeheven VOC) zouden de schepen naar Oost-Indië gestuurd worden om een expeditie van 5000 soldaten onder bevel van generaal Daendels te escorteren. Story kreeg hierbij de tijdelijke rang van viceadmiraal en de "Washington" als vlaggenschip. Het geheel stond onder opperbevel van de luitenant-generaal Daendels, dit tot groot misnoegen van Story die zijn beklag deed bij het Comité tot Zaken van Marine, met de mededeling dat hij niet onder het commando van Daendels wenste te staan. De expeditie ging echter niet door wegens aanhoudende geruchten in de zomer van 1799 dat een Brits-Russische inval in de Bataafse Republiek op handen was (en in besloten stukken is ook iets terug te vinden over geldtekorten).