В конце войны был фактически отстранён Мартином Борманом от власти. 23 апреля 1945 года с юридической точки зрения обосновал для Германа Геринга как официального преемника Гитлера возможность принятия им на себя руководства Рейхом, ибо по закону от 29 июня 1941 года Геринг становился преемником фюрера в случае, если тот будет «неспособен руководить страной», а реальная власть Гитлера в тот момент не распространялась далее Берлина и прилегающих территорий. Г. Геринг в специальной телеграмме Гитлеру спрашивал его согласия на принятие им на себя функций руководителя правительства, заявив, что если он не получит ответа к 22 часам, то будет считать это согласием. В этих действиях Г. Геринга и Г. Г. Ламмерса поддержали также начальник Канцелярии руководителя партии Филипп Боулер и генерал К. Коллер. Г. Геринг тогда же получил от Гитлера категорический приказ, запрещавший ему брать на себя инициативу. Одновременно по приказу Мартина Бормана Ламмерс вместе с Герингом, а также Ф. Боулером и Карлом Коллером был арестован отрядом СС как государственный изменник. М. Борман в специальной телеграмме шефу РСХА Э. Кальтенбруннеру приказал расстрелять изменников, но приказ выполнен не был. 5 мая 1945 года отряд СС передал охрану заговорщиков подразделениям Люфтваффе, после чего они были незамедлительно освобождены. В мае 1945 года был арестован американскими войсками. Выступал в качестве свидетеля на Нюрнбергском процессе по делу главных военных преступников. 11 апреля 1949 года на процессе Американского военного трибунала по т. н. «делу Вильгельмштрассе» Ламмерс был приговорен к 20 годам тюремного заключения. Отбывал заключение в тюрьме в Ландсберге-на-Лехе. 31 января 1951 года Верховный оккупационный комиссар Джон Макклой снизил Ламмерсу срок до 10 лет, а 16 декабря 1951 года Ламмерс был освобождён.