Die Ursprünge der 5. Division gehen auf die in der Hiroshima-Garnison stationierten Truppen zurück. Auf Empfehlung des preußischen Militärberaters Jakob Meckel wurden aus den seit 1871 bestehenden sechs regionalen Kommandos die ersten sechs Divisionen gebildet. Die Division wurde am 14. Mai 1888 in Hiroshima aktiviert und umfasste ca. 15.000 Mann. Sie kämpfte im Laufe ihrer Einsatzgeschichte im Ersten und Zweiten Japanisch-Chinesischen Krieg, dem Russisch-Japanischen Krieg und dem Pazifikkrieg. Ihr letzter Standort war Seram (früher Ceram), der zweitgrößten Insel im Archipel der Molukken.