Moreau keerde terug naar Parijs, waar hij samen met Napoleon het Directoire omverwierp in de Staatsgreep van 18 Brumaire. Als dank gaf Napoleon, nu eerste consul, het bevel over het "Armée du Rhin" aan hem. Moreau stak de Rijn over en dwong de Oostenrijkers terug in oostelijke richting. In de Slag bij Hohenlinden op 3 december, nabij München, werden de Oostenrijkse en Beierse troepen onder aartshertog Karel verpletterend verslagen door Moreau. De Slag bij Hohenlinden was de laatste grote veldslag van de Franse revolutionaire oorlogen.