Zur Zeit der &lt;a href="Ungarische%20Revolution%201848/1849"&gt;Ungarischen Revolution 1848/1849&lt;/a&gt; wurde Heuffel im März 1848 in den Revolutionsrat des Komitates gewählt und anschließend im Gefängnis von Temesvár vorübergehend inhaftiert. Er wurde als Komitatsarzt suspendiert und nach Großbetschkerek strafversetzt. Da er diese Stelle nicht annehmen wollte, eröffnete er in Lugoj eine Privatpraxis, die ihm nur wenig Zeit für sein wissenschaftliches Studium ließ. Dennoch veröffentlichte er u. a. 1850, 1857 und 1858 Arbeiten von über die Flora Südosteuropas. Die Veröffentlichung seines Hauptwerkes über die Flora des Banates 1858 erlebte er nicht mehr, da er nach einer schweren und lang andauernden Erkrankung im Alter von 57 Jahren verstarb. In Lugoj erinnern sein Grabstein und eine Gedenktafel im Museum an Heuffel. Nach der Rumänischen Revolution 1989 erhielt eine Straße im Neubauviertel "E. Murgu" seinen Namen.