Rozczarowany polityką, Weber powrócił do wykładów akademickich, początkowo na Uniwersytecie Wiedeńskim, a po 1919 na Uniwersytecie Ludwika i Maksymiliana w Monachium. Jego wykłady z tego okresu zostały następnie zebrane i wydane. W Monachium stworzył pierwszy w Niemczech instytut socjologii, pomimo formalnego braku profesury z tej dziedziny. W czasie rewolucji listopadowej spotkał się z negatywnymi reakcjami środowiska naukowego oraz studentów, do tego stopnia, że część prawicowych studentów wszczynała protesty przed jego domem. Zmarł 14 czerwca 1920 w Monachium na zapalenie płuc, będące powikłaniami po zachorowaniu na hiszpankę. Pozostawił niedokończoną "Gospodarkę i społeczeństwo", swoje "opus magnum". Dzieło zostało wydane pośmiertnie w latach 1921–1922, a w jego opracowaniu aktywny udział brała Marianne Weber.