Salvador Allenden presidenttikausi päättyi vuoden 1973 sotilasvallankaappaukseen. Víctor Jara pidätettiin vallankaappauksen ensimmäisinä päivinä. Hänet vietiin muiden vankien tavoin Estadio Chile -stadionille, missä hän alkoi soittaa kitaraa ja laulaa. Vartijat käskivät häntä lopettamaan, mutta hän kieltäytyi. Häntä piestiin toistuvasti ja hänen kätensä murrettiin. Eräiden lähteiden mukaan hänen kätensä leikattiin irti, mutta tämä ei pidä paikkaansa. Kuitenkin hän jatkoi laulamista kunnes häntä ammuttiin 44 kertaa. Hänen vaimonsa, englantilaissyntyinen tanssija Joan Jara pakeni maasta ja onnistui kuljettamaan mukanaan miehensä julkaisemattomia nauhoituksia. Vuonna 2003 stadionille annettiin uusi nimi Estadio Víctor Jara.