Fouchet blev 28 november 1962 utbildningsminister, vilket han kvarblev till 6 april 1967, då han utsågs till inrikesminister. Med anledning av händelseutvecklingen under Majrevolten tvingades han avgå från Georges Pompidous regering 31 maj 1968 samman med justitieminister Louis Joxe. Han kritiserades bland annat för ordern att stänga universitetet i Paris, eftersom detta möjliggjorde och skapade grogrund för ökade uppror bland studenterna.