Posteriormente, a lo largo de su formación, Ivanović pasó por diferentes altibajos, en especial durante los Bombardeos de la OTAN en 1999, ya que, aparte de lo que el conflicto en sí le suponía, en particular le modificaba su concentración y rutina de entrenamiento, teniendo que cambiar sus horarios y entrenarse por la mañana para evitar así los bombardeos. Estuvo entrenándose en su viejo club donde tenían una piscina olímpica que, al no tener dinero para calentarla en invierno, la vaciaban, colocaban una moqueta y la usaban como pista de tenis, en una entrevista previa a la final del Torneo de Roland Garros 2007 Ivanovic dijo: Ivanovic salió de Belgrado, no sin problemas, ya que, al no conseguir visados, tuvo que marcharse en autobús hasta Hungría y de ahí camino de Suiza, donde fue acogida por el mecenas Dan Holzmann, que invirtió 300.000 euros en su carrera, fijando así su residencia en Basilea.