Freihalden gehörte zur Markgrafschaft Burgau, die zwischen 1301 und 1805 dem Hause Habsburg gehörte. Somit lag Freihalden in Vorderösterreich, das Bestandteil des Erzherzogtums Österreich war. Das Dorf wurde in Kriegszeiten immer wieder schwer in Mitleidenschaft gezogen, denn es lag an der alten Heer- und Handelsstraße von Augsburg nach Ulm. Im März 1634, im Dreißigjährigen Krieg, wurde es von den Schweden gebrandschatzt und geplündert. Die Dorfbewohner mussten fliehen, viele starben an Hunger oder an der Pest. Bis etwa 1650 war das Dorf unbewohnt und verwüstet, bevor wieder eine zaghafte Besiedlung einsetzte. Diese Neusiedler waren häufig Exulanten aus Tirol, Salzburg oder Kärnten. Als Folge des Dritten Koalitionskrieges unter Napoleon kam Freihalden im Jahre 1806 an das Königreich Bayern.