לקראת עונת מונה יופ היינקס לתפקיד המאמן בריאל מדריד, והמאמן החתים בקבוצה את קראנקה. במהלך תקופתו במדריד, שימש קראנקה בעיקר כשחקן מחליף. כבר בעונתו הראשונה בקבוצה זכתה ריאל בליגת האלופות לאחר ניצחון במשחק הגמר על יובנטוס, אך קראנקה לא היה בסגל למשחק. הוא החמיץ את מירב עונת עקב בעיה בלב, אך חזר כדי לזכות בשנית בליגת האלופות, כשעלה בהרכב הפותח בניצחון הקבוצה במשחק הגמר על ולנסיה בתוצאה 0–3. עונה אחר כך היה שחקן משמעותי יותר בריאל, ועזר לה לזכות באליפות ספרד ראשונה אחרי ארבע שנים. בעונה שאחריה השיגה ריאל זכייה נוספת בליגת האלופות, הפעם קראנקה ישב על הספסל ולא שותף בניצחון 1–2 במשחק הגמר על באייר לברקוזן.