일부 남북 전쟁의 전투들이 메릴랜드 주에서 싸워졌다. 1862년, 로버트 E. 리 장군의 남군이 메릴랜드 주를 침입하였다. 북군은 9월 17일 샤프스버그 근처에 앤티텀 전투에서 그들과 대항하여 싸웠다. 그날 12,000명 이상의 북군과 10,000명 이상의 남군이 전사하거나 상처를 입었다. 리 장군은 다음 날 버지니아 주로 물러갔다. 1863년 리 장군은 그의 군사들을 지도하여 메릴랜드 주를 지나 펜실베이니아 주로 들어갔으며, 게티즈버그 전투에서 패배하였다. 1864년, 남군의 장군 주벌 A. 얼리 장군은 포토맥 강을 거너 메릴랜드 주로 들어갔다. 그는 7월 9일 프레더릭 근처에 있는 모너캐시 전투에서 북군을 물리쳤다. 북군이 그의 군대를 몰아내기 전에 얼리의 부하들은 워싱턴 D. C.의 광경 이내로 전진하였다.