Ab 1523 fand die Reformation in den nördlichen Freien Ämtern immer mehr Anhänger, wozu vor allem der Einfluss Zürichs beitrug. Schliesslich traten die Wohler im Mai 1529 geschlossen zur neuen Konfession über, verbunden mit einem Bildersturm in der Pfarrkirche. Nach der Niederlage der reformierten Orte im Zweiten Kappelerkrieg wurden die Freien Ämter jedoch im November 1531 gemäss den Bestimmungen des Zweiten Kappeler Landfriedens rekatholisiert. Die Wohler wurden mit hohen Geldbussen bestraft und verloren das Recht, den Untervogt frei wählen zu dürfen. Vor und nach der Ersten Schlacht von Villmergen im Jahr 1656 blieb Wohlen im Gegensatz zu mehreren Nachbardörfern von Plünderungen verschont.