Nach Ausbruch des Bürgerkriegs 49 v. Chr. rekrutierte Faustus Sulla als Proquästor mit dem Imperium eines Prätors Truppen, die er zu Pompeius nach Epirus brachte. Er behielt sein Kommando auch im folgenden Jahr und kämpfte in Makedonien gegen den caesarischen Feldherrn Gnaeus Domitius Calvinus. Nach der Niederlage des Pompeius in der Schlacht von Pharsalos floh er über Patras nach Nordafrika. Als Caesar seine Gegner dort 46 v. Chr. in der Schlacht bei Thapsus besiegte, versuchte Sulla, gemeinsam mit seiner Frau Pompeia und Lucius Afranius nach Spanien zu entkommen, wurde aber von Publius Sittius gefangen genommen und einige Tage später hingerichtet. Pompeia und die Kinder des Paares wurden auf Befehl Caesars verschont.