Pada Desember 1946, Wajo bergabung ke dalam Negara Indonesia Timur sebagai swapraja di bawah Daerah Sulawesi Selatan, yang kemudian menjadi bagian dari Republik Indonesia Serikat setelah Konferensi Meja Bundar tahun 1949. "Arung matoa" terakhir, Andi Mangkonaʼ, meletakkan jabatannya pada 21 November 1949, walaupun Wajo masih terus bertahan sebagai swapraja selama beberapa tahun berikutnya. Akibat &lt;a href="Negara%20Islam%20Indonesia"&gt;pemberontakan DI/TII&lt;/a&gt; yang diprakarsai Kahar Muzakkar di Sulawesi Selatan pada awal 1950-an, banyak orang Wajo yang mengungsi dan merantau ke luar. Daerah pesisir dan pegunungan yang jauh dari Sengkang menerima dampak paling parah dalam konflik ini. Tatanan masyarakat lama Sulawesi Selatan berubah drastis setelah kemerdekaan Indonesia, terutama setelah pemberontakan Kahar Muzakkar. Pada tahun 1957, swapraja Wajo (yang tadinya merupakan bagian dari Daerah Otonom Bone di bawah Provinsi Sulawesi) diubah menjadi daerah otonom tingkat II (setingkat kabupaten), dan Andi Tanjong diangkat sebagai kepala daerah pertamanya. Sistem swapraja baru benar-benar dihapuskan melalui Undang-Undang Nomor 29 Tahun 1959. Setahun kemudian, seluruh 20 "wanua" bagian Wajo pun dilebur menjadi sepuluh kecamatan, mengikuti sistem pembagian administratif di wilayah Indonesia lainnya.