Perimysongelmian takia Unkarin kuningas Ladislaus I liitti suuren osan Kroatiasta valtakuntaansa. Kroatia säilytti 1200-luvulle asti yhtenäisyytensä, mutta Béla IV perusti uuden Slavonian hallintoalueen. Samaan aikaan Venetsian tasavalta valloitti monia alueita Dalmatian rannikolta. Osmanien valtakunta puolestaan alkoi uhata Kroatiaa 1400-luvun puolivälissä. Kroatian kruunun 1527 saanut Habsburgien monarkia onnistui ajamaan osmanit lopullisesti pois Kroatiasta 1683–1699 suuren Turkin sodan aikana. Tuolloin luotiin myös Kroatian eteläosissa Dubrovnikissa kukoistaneen Ragusan tasavallan rajat.