Op 15 augustus 2018, na slechts één speelronde, liep De Bruyne een knieblessure op waardoor hij er twee maanden uit lag. Manchester City won daarvoor al de Community Shield tegen Chelsea, maar dat deden ze zonder de Bruyne die nog rust kreeg na het WK. Om dezelfde reden startte de Bruyne niet in de basis tegen Arsenal. 2 weken na de terugkeer van de Bruyne werd hij opnieuw geplaagd door een blessure. In die twee wedstrijden tussen die blessures gaf hij wel een assist tegen Shakhtar Donetsk in de Champions League. Op 15 december 2018 vierde hij zijn terugkeer in het competitieduel tegen Everton.