Los esfuerzos por matar o capturar al líder yihadista Osama bin Laden fueron infructuosos, y logró escapar tras la batalla en la región montañosa de Tora Bora, en diciembre de 2001, contra fuerzas especiales estadounidenses. El gobierno de Bush dijo más tarde que la operación fue un fracaso debido al insuficiente número de tropas. No fue hasta mayo de 2011, dos años después de que Bush dejara el cargo, en que bin Laden fue asesinado por fuerzas especiales estadounidenses en el vecino Pakistán. Sin embargo, el sucesor de bin Laden, Ayman al-Zawahiri, así como el líder de los talibanes, Mohammed Omar, continuaron en libertad. A pesar del éxito inicial en destituir a los talibanes del poder, a principios de 2003 los talibanes se estaban reagrupando, acumulando dinero y reclutas. El fracaso de la operación Alas Rojas de 2005 demostró que los talibanes se habían fortalecido. En 2006 la insurgencia talibán aumentó considerablemente y fue más feroz y estuvo mejor organizada de lo esperado, al tiempo que las ofensivas de la OTAN en la operación Mountain Thrust tuvieron un éxito limitado. En consecuencia, Bush envió 3500 soldados adicionales al país en marzo de 2007.