Après la bataille de Nantes du , le quartier de Pirmil est en partie détruit, et les habitants sans logis trouvent refuge dans l'ancien couvent. Le conseil de département décide, le , que les bâtiments doivent servir d'hôpital, et que les pensionnaires de la maison des Pénitentes, dont les religieuses ont été expulsées en février, pourraient y être transférées, mais l'opération n'a pas lieu. En 1794, Saint-Jacques devient momentanément une prison, qui accueille des femmes et des enfants venant de la commune de Vue.