Tutaj, wraz ze swoim przyjacielem Louisem Davoutem, poznał Napoleona Bonaparte, który szybko przekonał do siebie młodego Desaixa. W 1798 obaj wyruszyli do Egiptu. Desaix zaznaczył swoją obecność jeszcze w trakcie podróży. To on najbardziej przyczynił się do opanowania Malty. Będąc już w Egipcie, odznaczył się w bitwie pod piramidami, powstrzymując silny atak mameluków i dokonując istnej rzezi. Do legendy przeszedł jego wielomiesięczny pościg za Murad Bejem, którego dopadł w końcu pod Sedimanem. Kiedy opanował Górny Egipt, wśród rolników i ludności tubylczej zyskał przydomek „Sprawiedliwy Sułtan”.