Negli stessi anni, cruciali per la formazione politica della generazione risorgimentale, il giovane lucchese prende parte alle attività dei circoli liberali fiorentini, collabora con l'esule romagnolo Carlo Farini e con Giuseppe Montanelli, che da Pisa riorganizza la produzione editoriale clandestina, partecipa attivamente all'attività di stampa a Lucca ed è tra i fondatori del foglio politico «La Riforma» (1847), attraverso cui si esprime il pensiero liberale, "sospeso" dallo stesso Bongi (1850) per evitarne la soppressione da parte del governo granducale, e infine si arruola con i volontari lucchesi del battaglione universitario nella I guerra di Indipendenza ed è presente sui campi di Curtatone e Montanara e negli scontri di Goito e Custoza.