Suurin ulkoinen uhka Korean niemimaalle tuli Japanin suunnalta. Toyotomi Hideyoshin johtaman Japanin armeija hyökkäsi Koreaan vuosina 1592 ja 1597. Japanin tavoitteena oli vallata Kiina, mutta koska korealaiset eivät suostuneet japanilaisten läpikulkuun, valtakuntien välille syttyi taisteluja. Japanilaiset olivat voittoisia maalla ja korealaiset merellä. Korealaisten rintama oli yhtenäinen, ihmiset kaikista yhteiskuntaluokista osallistuivat japanilaisvastaiseen taisteluun. Korealaiset saivat sotatoimiin apua liittolaiseltaan Kiinan Ming-dynastialta. Japanilaisten hyökkäys kukistettiin, mutta Toyotomi Hideyoshi uudisti hyökkäyksen vuonna 1597. Hän kuitenkin kuoli seuraavana vuonna, mikä aiheutti hyökkäyksen epäonnistumisen. Korea säästyi japanilaisten valloitukselta, mutta iso osa maata oli sotien seurauksena raunioitunut ja se vaati kymmeniä tuhansia kuolonuhreja. Vielä enemmän väestön määrää vähensi japanilaisten mukanaan viemät 200 000 käsityöläistä ja muiden alojen taitajaa. Sodan seurauksena Koreaan syntyi syvälle juurtunut japanilaisviha.