В 1951 году Исаак Пена женился на Джудит Шинакуссоки Мальейру, старшей сестре Жонаса Савимби, будущего основателя и лидера повстанческого движения УНИТА. В браке имел семерых детей, в том числе сыновей Элиаша, Арлиндо и Лоте — которые стали видными политиками и полевыми командирами УНИТА, близкими соратниками Жонаса Савимби. Лоте Пена погиб в бою гражданской войны, Элиаш Пена — в Резне Хэллоуин.