Während des Aufstandes Raimunds VII. im Jahr 1242 musste Pierre Amiel erneut aus Narbonne fliehen, in das der Graf von Toulouse im Juli triumphierend eingezogen war. Gegen ihn und seine Mitstreiter sprach er in Carcassonne erneut die Exkommunikation aus. Der Aufstand wurde aber schon gegen Ende des Jahres mit der Unterwerfung Raimunds VII. unter die königliche Autorität beendet. Während des Aufstandes waren die Inquisitoren des Toulousain in Avignonet ermordet wurden. Die Attentäter kamen aus dem letzten berüchtigten katharischen Widerstandsnest, dem Montségur. Bei der Belagerung dieser Burg von 1243 bis 1244 war Pierre Amiel zeitweilig vor Ort. So auch bei deren Kapitulation am 16. März 1244, nach der er 224 Katharer, die ihrem Glauben nicht abschwören wollten, am Fuße des Bergs verbrennen ließ.