כאשר עזבו הינדנבורג ולודנדורף את החזית המזרחית, והפכו למעשה לשליטי הקיסרות, מונה במקומם ליאופולד, נסיך בוואריה, והופמן מונה כסגנו. למרות שבפועל מקבל ההחלטות היה הופמן והנסיך נשמע לו לרוב. הופמן כותב ביומניו על ליאופולד: "ללא ספק הוא נבון... אך רחוק מלהיות כוכב במקצועו... ואי אפשר לראות בו אדם אחראי". הופמן ייצג את גרמניה ב-"חוזה ברסט-ליטובסק", ובהמשך יזם את "מבצע אגרוף" שבמסגרתו פלשו כוחות גרמניים ואוסטרו-הונגריים לאוקראינה. אולם בהדרגה החל לודנדורף, שכאמור היה מסוכסך עמו, לנהל נגדו קמפיין השמצה בו האשים אותו בין היתר שהוא ליברל ומקורב ל-"חוגים יהודיים". לאחר סוף המלחמה חזר לגרמניה, וסייע בהקמת הצבא הגרמני החדש ה-"רייכסווהר". הוא פרש משירות צבאי בשנת 1918, ועיבד את יומניו לספר בשם "The war of lost opportunities" שזכה להצלחה ותורגם למספר שפות.