היחסים בין שתי המדינות ארוכי שנים, וכוננו במקור בשנת 1935, לאחר שקבעו ממשלות צ'ילה ויוגוסלביה הסכמים שונים בנושא מסחרי, תרבותי וביטול אשרות תייר. בשנת 1997, לאחר המלחמה בבוסניה, הורתה צ'ילה על השתתפותם של אנשי קרבינרוס הצ'יליאניים שהצטרפו לכוח המשימה הבינלאומי של המשטרה כמפקחים על המשטרה האזרחית בבוסניה. בשנת 1999 אירחה צ'ילה פליטים מסובניה, אם כי כמעט כולם חזרו לאירופה עקב תנאי המחיה הירודים איתם התקבלו בצ'ילה.