Gränskriget slutade 1989 och ungefär samtidigt började apartheid-systemet att avvecklas. Året efter blev Namibia självständigt från Sydafrika. Den slutliga omställningen till demokrati var valet 1994 när Nelson Mandela blev Sydafrikas president. Samtidigt upphävdes vapenembargot vilket gjorde att omoderna flygplan som Mirage och Cheetah kunde ersättas med modernare flygplan som Saab 39 Gripen. De politiska omvälvningarna innebar dock dyra reformer som krävde besparingar på bland annat försvarsmakten. Även om Sydafrikas flygvapen fortfarande anses vara det effektivaste flygvapnet söder om Sahara innebär besparingarna avsevärda begränsningar i operativ förmåga. Bland annat saknas lufttankningsförmåga samt ett antal viktiga vapensystem till Gripen som jaktrobotar med lång räckvidd, sjömålsrobotar och attackrobotar. Trots det har Sydafrikas flygvapen kunnat delta i fredsbevarande operationer i Kongo-Kinshasa och Centralafrikanska republiken.