Duff ha partecipato al Campionato mondiale di calcio Under-20 nel 1997, sotto la guida di Brian Kerr. In questa competizione segnò il gol vittoria nella finale per il terzo posto contro il ; L'Irlanda si piazzò quindi terza. Ha partecipato al mondiale Under-20 anche nel 1999, in Nigeria, competizione in cui Duff segnò due reti. L'Irlanda guidata da Kerr uscì ai sedicesimi proprio contro i padroni di casa, dopo i calci di rigore.