Nachdem im Januar 1558 mit dem russischen Einfall Iwans des Schrecklichen der Livländische Krieg begann, tagten im Juni 1558 die livländischen Stände in Dorpat. Dort setzte sich Münchhausen dafür ein, sich um Hilfe an Dänemark – und nicht an die näheren Reiche Polen-Litauen oder Schweden – zu wenden. Nachdem die Stände jedoch Schweden um Unterstützung baten, eroberte er im Namen des dänischen Königs die Stadt und die Ordensburg Reval. Er wurde Statthalter in Estland und erhielt vom Landkomtur zu Reval das nahe Reval gelegene Schloss Kolck, übernahm es für den König von Dänemark und erhielt es von diesem zu Lehen.