Juan Esteban Pedernera wurde 1796 als Sohn von Juan Esteban und Dominga Pedernera in der Provinz San Luis geboren. Er erhielt seine Ausbildung in einem Franziskanerkloster. Nach der Schule kämpfte er als Grenadier in der Truppe von José de San Martín im Unabhängigkeitskrieg gegen die Spanier. Anschließend nahm er an der Schlacht von Chacabuco und an der Expedition zur Befreiung Perus teil. Er wurde von den Spaniern während der Schlacht auf Chiloé festgenommen, konnte aber fliehen und kehrte zu seiner Truppe zurück.