С апреля 1944 года и до конца войны — начальник штаба 1-й гвардейской армии 1-го Украинского (с 5 августа 4-го Украинского) фронта. А. Г. Батюня обеспечил командарму бесперебойное управление соединениями армии в ходе Львовско-Сандомирской, Восточно-Карпатской, Западно-Карпатской и Пражской наступательных операций.