Au début de la Première Guerre mondiale, Stepanović remplaça le chef d'état-major du commandement suprême Radomir Putnik, qui était absent, et il dirigea la mobilisation et le regroupement de l'armée serbe. Après le retour de Putnik en Serbie, il reprit le commandement de la Deuxième Armée, et, avec le gros de ses forces, il se dirigea vers Koceljeva et Tekeriš. En août 1914, à la bataille du mont Cer, il battit les Autrichiens qui avaient envahi le Royaume de Serbie en traversant la Drina.