После капитуляции Германии Шелленберг некоторое время жил на вилле Бернадота в Швеции. Однако уже в июне 1945 года союзное командование добилось его выдачи как военного преступника. В качестве обвиняемого привлечён к суду Международного военного трибунала в Нюрнберге по делу Вильгельмштрассе. В ходе судебного разбирательства с него были сняты все обвинения, кроме членства в преступных организациях. 11 апреля 1949 года приговорён к 6 годам тюремного заключения.