Etwa 40 Jahre nach der Herrschaft von Hermann von Wied kam es erneut zu einem Reformationsversuch von oben, als der Erzbischof Gebhard Truchseß von Waldburg im Jahr 1582 zum Protestantismus übertrat. Der Kurkölnische oder Truchsessische Krieg nach der Absetzung des Landesherrn war verbunden mit Plünderungen und Gewalttaten von dessen Anhängern und Gegnern. Während die protestantischen Fürsten der Sache des Kölners kaum halfen, fand er in Teilen des landsässigen Adels und auch in einer Reihe von Städten (Brilon, Geseke, Marsberg, Volkmarsen, Medebach, Winterberg und Hallenberg) Unterstützung. Anfangs hatte der Truchsess seine Operationsbasis im Herzogtum Westfalen, konnte aber in einem kurzen Feldzug zu Beginn des Jahres 1584 vertrieben werden. Der Sieg seines Verbündeten Martin Schenk von Nideggen in der Schlacht bei Werl im Jahr 1586 hatte keine Folgen für die Machtverhältnisse. Nach der Niederlage des ehemaligen Kurfürsten konnte sich der Protestantismus nur an wenigen Orten zumindest teilweise noch längere Zeit behaupten. Dies gilt wahrscheinlich für den Raum Marsberg, wo sich möglicherweise bis ins 17. Jahrhundert hinein eine protestantische Minderheitengemeinde halten konnte.