Bakero speelde in totaal dertig keer voor Spanje, waarin hij zeven keer scoorde, en de middenvelder nam deel aan de wereldbekers van 1990 en 1994 en het EK van 1992. Hij maakte zijn debuut op woensdag 14 oktober 1987 in de EK-kwalificatiewedstrijd tegen Oostenrijk. Hij viel in dat duel na 71 minuten in voor Francisco José Carrasco. In de daaropvolgende wedstrijd, op 18 november tegen Albanië (5-0), scoorde Bakero drie keer voor Spanje.