Jej działacze są znani ze zdecydowanej krytyki polityki "drogi środka", lansowanej przez Centralny Rząd Tybetański. Są inicjatorami licznych akcji protestacyjnych przed ambasadami ChRL w New Delhi czy Katmandu; przed igrzyskami olimpijskimi w Pekinie zakłócali przebieg sztafety z ogniem olimpijskim. Jednocześnie podejmują działania mające na celu utrwalenie i rozwój mechanizmów demokratycznych w środowiskach emigracyjnych. W 1994 z inicjatywy Kongresu powołano jedyną współcześnie działającą tybetańską partię polityczną – Narodową Demokratyczną Partię Tybetu. Rząd chiński uważa Kongres Młodzieży Tybetańskiej za organizację terrorystyczną i oskarża go m.in. o sprowokowanie krwawych zamieszek w Tybecie w marcu 2008 roku, a także o przeprowadzanie zamachów samobójczych.