Чех дебютировал за сборную Словакии 9 июля 2004 года в товарищеском матче против сборной Японии. Регулярно выходил в основном составе во время отборочного турнира к чемпионату Европы 2008 года. За сборную Словакии Марек Чех забил 5 голов в 47 матчах.