16. apríla 1925 sa chrám stal dejiskom jednej z najtragickejších udalostí bulharskej histórie. Vojenská organizácia Bulharskej komunistickej strany uložila výbušný systém v juhozápadnej kupole chrámu a spáchala bombový atentát počas slávnostnej liturgie, na ktorej sa vtedy zúčastnilo veľa významných bulharských činiteľov. Celkovo pri atentáte zahynulo 193 ľudí a ďalších 500 bolo zranených. Výbuch zničil väčšinu strechy a časť južnej chrámovej steny.