Sau khi trở về từ Tây Ban Nha, Shtern trở thành Tham mưu trưởng của Phương diện quân Viễn Đông, do Vasily Blyukher chỉ huy, người sẽ sớm bị xử tử trong Đại thanh trừng. Trong trận Hồ Khasan tháng 7 và tháng 8 năm 1938, Shtern được giao nhiệm vụ chỉ huy sau khi cuộc phản công ban đầu của Blyukher thất bại. Ông đã chỉ huy tấn công quân Nhật Bản trên sườn núi đang tranh chấp với lực lượng vượt trội về số lượng và từ từ đẩy họ trở lại. Áp lực của cuộc tấn công của Liên Xô đã buộc người Nhật phải ngừng bắn vào ngày 11 tháng 8 vì họ không thể giữ được sườn núi mà không mở rộng xung đột. Vào ngày 31 tháng 8, Stalin quyết định bãi bỏ Phương diện quân Viễn Đông vì ông cảm thấy nó không "chứng minh được giá trị của nó", và Shtern được giao quyền chỉ huy của Tập đoàn quân Cờ đỏ số 1 mới. Ngày 9 tháng 2 năm 1939, ông được thăng cấp bậc Tư lệnh Tập đoàn quân bậc 2.