João acabou sucedendo Ricardo como rei em 1199, porém seu reinado foi impopular com muitos de seus barões, que acabaram se revoltando contra ele. Roberto Fitzwalter liderou um exército para Londres em 1214 enquanto o rei estava em Windsor e cercou a Torre. A fortificação resistiu apesar de contar com poucos homens, com o cerco acabando depois de João assinar a "Magna Carta". O rei voltou atrás em suas promessas de reforma, o que fez estourar a Primeira Guerra dos Barões. Fitzwalter tinha conseguido manter o controle de Londres mesmo depois da "Magna Carta". A guarnição da Torre se aliou aos barões durante o conflito. João foi deposto em 1216 e os barões ofereceram o trono inglês a Luís, filho mais velho do rei Luís VII da França. Entretanto, com a morte do rei em outubro, muitos começaram a apoiar a reivindicação de seu filho Henrique. A guerra continuou entre as facções, com Fitzwalter apoiando Luís. Ele manteve o controle de Londres e da Torre até que ficou claro que os apoiadores de Henrique sairiam vitoriosos.