Con l'invasione tartara della Polonia nel 1241, anche questa chiesa venne notevolmente danneggiata. Nel 1244 il vescovo Thomas inizia la ricostruzione di un nuovo edificio, l'odierno, ora secondo gli stilemi dell'architettura gotica e le influenze del gotico baltico. La ricostruzione, in laterizi, venne cominciata a partire dal coro, terminato nel 1272. Nel XIV secolo si procedette con la demolizione della navata romanica e la sua ricostruzione in stile gotico, la realizzazione delle cappelle laterali, della copertura delle torri occidentali e della cappella di Santa Maria, absidale, detta "piccolo coro"; rifatta fra il 1354 e il 1368 dal Maestro Pieszko. Nel 1419 l'edificio poté definirsi compiuto, tuttavia ampliamenti e rifacimenti si susseguirono per tutti i secoli a venire.