Po porážce u Lipan a rozpuštění sirotčích polních vojsk opustil Jan Čapek ze Sán území Čech a vstoupil do služeb polského krále. Později se na straně Vladislava III účastnil válek o nástupnictví v Uhrách, kde se střetl s Janem Jiskrou z Brandýsa. Po bitvě u Varny se však s Jiskrou smířil a vstoupil do jeho služeb. Tehdy patrně došlo ke sňatku jeho dcery Žofie s Jiskrovým spolubojovníkem Janem Talafúsem z Ostrova. Poslední záznamy o něm pocházejí z roku 1445. Zemřel patrně na Hukvaldech někdy kolem roku 1452.