Po wybuchu II wojny światowej we wrześniu 1939, po okupacji terytorium Polski przez Wehrmacht i Armię Czerwoną (w konsekwencji ataku III Rzeszy i agresji ZSRR) przekroczył granicę polsko-rumuńską. Dotarł do Francji, gdzie został ministrem spraw zagranicznych w powołanym 30 września 1939 rządzie gen. Władysława Sikorskiego. Po podaniu się do dymisji w lipcu 1941 w proteście przeciw układowi Sikorski-Majski, sposobowi jego negocjacji i pominięciu ministra spraw zagranicznych przy formułowaniu i zawarciu układu, został szefem Kancelarii Cywilnej Prezydenta RP Władysława Raczkiewicza.