In der Nationalmannschaft kam Lee unter Glenn Hoddle regelmäßig, aber zumeist nur als Einwechselspieler, zum Einsatz und wurde dann für die WM 1998 nominiert. Nach drei Einsätzen in den letzten Vorbereitungsspielen kam er jedoch im Turnier selbst nur einmalig zum Zuge, als er beim 2:0-Sieg gegen Kolumbien nach 79 Minuten für Darren Anderton eingewechselt wurde. Nach drei weiteren Einsätzen in der Qualifikation für die EM 2000 in den Niederlanden und Belgien, darunter zwei Einwechselungen, bedeutete dann die Ablösung Hoddles als englischer Trainer auch nach 21 Spielen und zwei Toren das Ende Lees in der Nationalmannschaft.