Приняв испанское гражданство, Фернандао начал выступления за сборную Испании по мини-футболу. В её составе натурализованный бразилец поехал на Чемпионат мира 2008 года, где стал лучшим бомбардиром команды и помог испанцам выиграть серебро. А через два года он поехал на Чемпионат Европы, где своими двумя голами помог «красной фурии» выиграть титул.