La temporada 1999-2000 retornó de su cesión al Valencia y culminó su mejor temporada como futbolista. Bajo las órdenes de Héctor Cúper, fue uno de los fijos en el centro del campo junto a Farinós, Mendieta o Kily González, culminando la temporada con el subcampeonato en Liga de Campeones. A final de esa temporada, hizo su debut absoluto con España, en vísperas del inicio de la Eurocopa 2000, torneo para el fue convocado por el seleccionador nacional José Antonio Camacho. Ese verano de 2000, en el que es pretendido por los mejores clubs del continente (con ofertas de Inter, Milan o Manchester United), es traspasado finalmente al Barcelona por 3.600 millones de pesetas.