1906년 한국통감부 촉탁(嘱託)이 되어 초대 조선통감 이토 히로부미를 수행하여 한국으로 넘어왔다. 1907년 일진회 회장 이용구와 한일 합방운동(日韓の合邦運動)을 맹약(盟約)하고 그에 대한 고문(顧問)이 되었다. 이 당시 쌍방에서 한일합방구상이 확인되었다. 당시 통감부와 일진회는 한반도 침략행위를 반복(통감부와 일진회의 주장) 러시아 제국의 남하에 위기감을 갖고 있었으며, 메이지 42년(1909년) 12월 우치다 등이 이용구와 함께 '일진회 회장 이용구 및 백만회원'(一進会会長李容九および百万会員)의 이름으로 한일합방건의서(韓日合邦建議書)를 한국 황제 순종, 한국 통감 소네 아라스케, 한국 총리 이완용에게 제출했다. 이용구는 성명서에서 "일본은 청일 전쟁에서 막대한 비용과 다수의 인명을 써 한국을 독립시켜 줬다. 러일 전쟁에서 일본의 손해는 갑오의 20배를 내면서도 한국이 러시아의 입에 삼키는 고기가 되는 것을 도와 동양 전체의 평화를 유지했다. 한국이 이에 고마워하지도 않고 이곳저곳에 매달리고 외교권을 빼앗기고 보호조약에 이른 것은 우리가 자초한 것이다. 제3차 한일협약, 헤이그 밀사 사건도 우리가 자초한 것이다. 앞으로 어떤 위험이 닥칠지도 모르지만 이 또한 우리가 자초한 일이다. 한국의 황제폐하와 일본천황폐하에게 간청하고, 조선인도 일본인과 같은 일등국민의 대우를 누려 정부와 사회를 발전시키자"고, 한일합방의 목적을 아시아의 평화유지와 한국의 발전으로 하고 있다. 후에 우치다와 이용구의 합방론은 합방반대파로부터 일본정부의 한일합방을 변장했다고 한다. 이에 이용구는 매국노라고 비판받았다. 우치다는 한일합방 이후 일본 정부의 대한 정책에는 비판적이었고 나중에 동광회(同光会)를 결성해 한반도 내정의 독립을 주장하였다.