A pesar de que Abbas había llamado a una resolución pacífica del conflicto, los ataques de milicianos palestinos y del ejército israelí continuaron después de su elección, lo que supuso un desafío directo a su autoridad. El 4 de enero, un tanque israelí disparó contra un campo de fresas en el que varias familias palestinas trabajaban, matando a siete niños cerca de Beit Lahia. Abbas denunció este ataque como una “sangrienta masacre” y pidió la intervención internacional. El 12 de enero de 2005, la Yihad Islámica llevó a cabo un ataque en Gaza que mató a un soldado israelí e hirió a otros tres. Al día siguiente, 13 de enero, un tanque israelí mató a dos palestinos en el campamento de Bureij, uno de ellos un niño de 9 años. Ese mismo día, un ataque coordinado de las Brigadas de los Mártires de Al-Aqsa, Hamás y los Comités de Resistencia Popular mató a seis israelíes en el Paso de Karni. Tras este ataque, Israel cerró este paso fronterizo gazatí y rompió relaciones con Abbas y con la Autoridad Nacional Palestina, declarando que Abbas debía entonces mostrar una muestra de su voluntad de paz tratando de detener los ataques. El 15 de enero, Abbas juró el cargo de Presidente de la Autoridad Nacional Palestina en una ceremonia celebrada en Ramala, en sustitución de Rawhi Fattouh, que se encontraba en el cargo de manera interina tras el fallecimiento de Yasir Arafat. En su discurso de investidura, Abbas declaró ante una multitud que entonaba gritos de “un millón de shahids (mártires)”: “Dedico esta victoria al alma de Yaser Arafat y la dedico a nuestro pueblo, a nuestros mártires y a los 11.000 prisioneros”. También volvió a pedir a los distintos grupos palestinos que cesasen en el uso de las armas contra objetivos israelíes, aunque calificó la Segunda Intifada de movimiento legítimo.