W czasie wycofywania się Niemców, od jesieni 1943, nasilały się napady nacjonalistów ukraińskich na Polaków. 25 marca 1944 Podhajce ponownie zostały okupowane przez Armię Czerwoną. W dawnym budynku sądu powiatowego w Podhajcach urządzono siedzibę NKWD. Po zakończeniu wojny rozpoczęła się repatriacja ludności polskiej z Podhajec, która osiedliła się przede wszystkim w: Trzebnicy, Bolkowie, Oławie, Wrocławiu, Miłonowie, Otyniu, Zielonej Górze i Szczecinie.