慶長5年（1600年）、上杉景勝が命令に従わないとして家康が会津征伐を始めると、石田三成が決起して関ヶ原の役が始まった。この時、東美濃では岩村城主の田丸直昌、苗木城主の河尻秀長、犬地城主の遠藤胤直、また犬山城主で木曽代官であった石川貞清など尽く西軍に属した。徳川秀忠を大将とする東軍が中山道に進んで来ると知ると、彼らはこれを封鎖しようとしたので、家康は木曾義利の家臣山村良勝・千村良重を木曽へ、友政を苗木へ、（明知遠山氏の）利景を明知へ、小里光親を小里へ派遣するなどして、故郷に戻って兵を集めて城を攻略するように命じた。河尻秀長は伏見城の戦い等に参加して苗木城には不在で、友政は勝手知ったる旧領に戻ると中津川・駒場に放火。領民を諭して味方につけて城に攻めかけて、混乱のうちに城を奪還して入城した。各々も各城を落として田丸勢を岩村城に包囲したところで、関ヶ原は勝敗が決し、田丸勢も投降した。(東濃の戦い)。徳川秀忠軍が木曽路を西に向かって進軍した際に沿道の住民は悉く山中に隠れるなどして離散し人がおらず秀忠軍の兵士は食料を得ることができなかった。友政は所々に制札を立てて離散していた住民を家に帰らせて、米、大豆、馬などを秀忠軍に献じ、また大井宿にて秀忠に駿馬を献じた。