Das genaue Datum der Ortsgründung ist nicht bekannt. Im Jahr 1086 wurde eine Kirche errichtet, die dem heiligen Ägidius ("Święty Idzi") geweiht war. Am 29. Juni 1262 erhielten die Ritter Jan und Ryner vom großpolnischen Herzog Bolesław Pobożny für den Ort Stadtrecht nach Magdeburger Recht. Nachdem ein großes Feuer in dem Ort gewütet hatte, erließ der polnische König Sigismund II. August dem Ort 1552 für fünf Jahre alle Abgaben. 1632 erlaubt Władysław IV. Wasa der Stadt Zölle zu erheben. Während des Zweiten Nordischen Kriegs kam es 1656 bei Kcynia zu einer Schlacht zwischen der polnischen Armee unter Stefan Czarniecki und der schwedischen unter Karl X. Gustav. Die Schweden gingen aus dieser Schlacht erfolgreich hervor. Bei der Ersten Teilung Polens kam die Stadt 1772 an Preußen. 1776 wurde der Ort an das Preußische Postsystem angeschlossen. Eine evangelische Kirche wurde 1780 errichtet.