No um dos líderes dos mamelucos, Murade Bei destruiu a mesquita por causa da dilapidação e a reconstruiu em 1796, antes da chegada de expedição francesa ao Egito liderada por Napoleão. Murade diminuiu o número de fileiras de colunas e alterou a orientação dos corredores para torná-los perpendiculares à parede da quibla. Foi também provavelmente nesta altura que os remanescentes minaretes atuais foram adicionados. No , durante o reinado de , a mesquita passou por outra restauração, sendo partes da entrada reconstruídas em 1980.