Під час війни 1812 року із французами храм був розорений і осквернений наполеонівськими солдатами, але завдяки пожертвам віленського купця Олександра Слуцького відремонтований. У 1814 у склепі під вівтарем були знайдені мощі святих віленських мучеників Антонія, Іоана та Євстафія (таємно зберігалися там з 1661).