Durch die baulichen Veränderungen wurde der Köhlbrand zum Hauptmündungsarm der Süderelbe. Nach der Sturmflut von 1962 erfolgte deren vollständige Abdeichung zwischen Altenwerder und Moorburg. Dies brachte wiederum die Versandung des Mühlenberger Lochs, dem ehemaligen Zusammenfluss der Elbarme und eines der letzten tidalen Flachwassergebiete in Europa, mit sich. Eine Teilfläche dieses Gebiets füllte die Stadt Hamburg von 2001 bis 2003 mit Sand auf, um eine Werkserweiterung der anliegenden "Airbus Deutschland GmbH" zu ermöglichen. Der Bau war begleitet von jahrelangen Protesten und gerichtlichen Einwänden von Anwohnern und Naturschützern.