Już podczas kariery piłkarskiej Bertone został trenerem. W latach 1906-1910 prowadził ją w 11 meczach. W latach 1920-1922 był selekcjorem reprezentacji Chile. W 1920 prowadził ją w Mistrzostwach Ameryki Południowej. Na turnieju, którego Chile było gospodarzem, Chile zajęło ostatnie czwarte miejsce. W 1922 poprowadził Chile w Mistrzostwach Ameryki Południowej. Na turnieju w Rio de Janeiro Chile zajęło ostatnie piąte miejsce.