Chiếc tàu sân bay lên đường đi quần đảo West Indies vào tháng 11 năm 1941 trong chuyến hải hành đầu tiên. Tại đây, "Indomitable" mắc cạn vào một bãi san hô ngầm ở gần Jamaica, cho dù nó được đưa trở lại hoạt động không lâu sau đó. Người ta cho rằng sự chậm trễ ngắn ngủi này đã gây hại đáng kể cho kế hoạch của Hải quân Anh tại Singapore; vì đã có dự định cho "Indomitable" tham gia cùng thiết giáp hạm HMS "Prince of Wales" và tàu tuần dương hạng nặng HMS "Repulse" tại cảng Singapore trong thành phần của một lực lượng răn đe, "Lực lượng Cam", chống lại sự xâm lấn của Nhật Bản tại Viễn Đông. Tuy nhiên, căn cứ vào dữ kiện chiếc tàu sân bay còn ở lại khu vực Jamaica vào ngày 3 tháng 11 năm 1941 khi bị mắc cạn, rất khó cho chiếc "Indomitable" có thể đến được Singapore kịp lúc để có thể yểm trợ trên không cho hạm đội. Để điều đó có thể đạt được, cần phải ra lệnh cho chiếc tàu sân bay khởi hành đi Singapore sớm hơn trước ngày 3 tháng 11. Trong sự kiện này, hai chiếc tàu chiến chủ lực, vốn được đặt tên là Lực lượng Z, đã không thể có được sự yểm trợ trên không thích đáng, và đã bị máy bay Nhật cất cánh từ Sài Gòn đánh chìm khi lực lượng Nhật Bản đổ bộ lên Malaya vào tháng 12 năm 1941.