Im Zweiten Weltkrieg unterzeichnete das französische Vichy-Regime im September 1940 den Henry-Matsuoka-Vertrag, der Japan das Recht einräumte, Truppen in Indochina zu stationieren. Damit wurde Indochina abhängig von Japan. Nach dem Französisch-Thailändischen Krieg trat Frankreich im Jahr 1941 die beiden Provinzen Battambang und Siem Reap wieder an Siam (ab 1939 „Thailand“) ab. Im gleichen Jahr setzten die Franzosen Prinz Norodom Sihanouk auf den kambodschanischen Thron. Im Juli 1942 kam es nach der Verhaftung von zwei buddhistischen Mönchen zu den ersten politischen Demonstrationen in der Neuzeit Kambodschas. Im Frühjahr 1945 ermutigten die Japaner den König, Kambodscha für unabhängig zu erklären, was dieser am 13. März 1945 tat. Nachdem Japan am 15. August kapituliert hatte, kehrten die Franzosen jedoch nach Indochina zurück.