Il transetto della cattedrale si compone di due bracci simmetrici e della volta a crociera, per una lunghezza totale di 48 metri ed una larghezza di 14 metri (2 metri in più rispetto alla larghezza della navata). Ciascuno dei due bracci laterali si compone di due campate; quella esterna, sporgente dal corpo di fabbrica della cattedrale, è coperta con volta a crociera a quattro vele e, nella parte superiore delle pareti laterali, è decorata con finestre cieche disposte su due ordini, una quadrifora in quello superiore e tre bifore in quello inferiore. Le pareti della campata interna, invece, presentano uno schema analogo a quello della navata, con in basso due arcate che danno sulle navate laterali e sul deambulatorio (queste ultime sormontate da ghimberga); al di sopra di esse il matroneo con trifore nella parete occidentale e bifore in quella orientale; più in alto il cleristorio, composto da due livelli, quello inferiore con monofore e quello superiore con rosoni circolari. La crociera, già sormontata dalla flèche, era coperta da una volta a crociera con quattro vele sorretta da spessi pilasti polistili, in gran parte crollata durante l'incendio del 15 aprile 2019; questa venne integralmente ricostruita nel XVIII secolo ed era caratterizzata dalla presenza, al centro della chiave di volta, di un dipinto raffigurante "Nostra Signora di Parigi" su fondo stellato, con intorno quattro sculture barocche dorate ciascuna delle quali raffigurava una testa d'angelo.