Коренными жителями района, в котором находится Пукекохе, является новозеландский народ маори. В 1863 году, в годы Новозеландских земельных войн, вблизи поселения произошло крупное сражение между маори и европейскими колонистами, в результате которого было полностью разбито маорийское войско. Европейское поселение в районе появилось около 1865 года. Тем не менее, Пукекохе более менее оформился как город только в 1880 году, который считается годом основания поселения. В течение длительного времени Пукекохе находился под контролем Управления шоссейных дорог Пукекохе, образованном в октябре 1861 года, и развивался как сельскохозяйственный центр по выращиванию овощей, которые затем доставлялись в Окленд. Железная дорога в районе, которая связала его с Оклендом, появилась в 1875 году. 10 июня 1905 года Пукекохе получил статус городского округа (), а 1 апреля 1912 года стал боро. После проведения реформы местного самоуправления в Новой Зеландии в октябре 1989 года произошло слияние графства Франклин с боро Пукекохе, Уаиуку и Туакау и образован округ Франклин, центром которого стал город Пукекохе.