Pada 1970, Museveni bergabung dengan dinas intelijen militer Presiden Milton Obote. Ketika Mayjen Idi Amin merebut kekuasaan dalam sebuah kudeta militer pada Januari 1971, Museveni melarikan diri ke Tanzania dengan para pengungsi lainnya, termasuk presiden yang tergulingkan. Basis kekuasaan Amin dan Obote sangat berbeda, hingga menyebabkan perbedaan etnis dan regional yang signifikan dan bahkan menimbulkan konflik. Obote berasal dari kelompok etnis Lango dari utara tengah, sementara Amin adalah seorang Kakwa dari sudut barat laut negara itu. Pemerintah kolonial Britania telah mengatur politik internal koloni itu sehingga Lango dan Acholi mendominasi militer nasional, sementara orang-orang dari bagian barat negara itu aktif dalam bisnis. Situasi ini bertahan hingga kudeta itu terjadi, ketika Amin mengisi posisi-posisi puncak di pemerintahan dengan orang-orang Kakwa dan Lugbara dan dengan kejam menindas sekutu-sekutu Lango dan Acholi mereka.