En 1998, il rejoint l'écurie Benetton Formula, dont il défend les couleurs quatre saisons durant de 1998 à 2001. Il signe sa première pole position en Autriche en 1998, monte à deux reprises sur le podium et domine son équipier Alexander Wurz dès la mi-saison 1998. Malheureusement pour Fisichella, ses belles prestations correspondent au déclin de l'écurie Benetton et ne lui permettent pas de se battre pour la victoire.