ב-6 באפריל 1941 פלשה גרמניה הנאצית ליוגוסלביה והכניעה את צבאה תוך ימים אחדים. יוגוסלביה חולקה בין מדינות הציר ואזור בלגרד נותר בשליטת הגרמנים. במהלך שואת יהודי יוגוסלביה הושמדו למעלה מ-90 אחוז מיהודי בלגרד. הגברים נשלחו למחנה הריכוז טופובסקה שופה ונורו למוות בגאיות ההריגה ביאיינצי, ביאבוקה ובקומודראז', והנשים והילדים נשלחו למחנה ההשמדה סיימישטה והומתו באמצעות משאיות גז. עד סוף מאי 1942 לא נותרו יהודים בבלגרד עצמה. לאחר שחרור העיר על ידי כוחות הפרטיזנים של טיטו, שבה שארית הפליטה לעיר, וחודשה בה הפעילות הקהילתית. כחלק ממפעל ההנצחה הוקם בעיר המוזיאון להיסטוריה יהודית. לאחר הקמת מדינת ישראל עלו אליה רבים מיהודי בלגרד. בשנות קיומה של יוגוסלביה, השתלבו בני הקהילה בחיים הפוליטיים והכלכליים במדינה, תוך היטמעות באוכלוסייה הכללית ומזעור סממנים לאומיים ודתיים. בראשית שנות ה-90 התפרקה יוגוסלביה והוקמה סרביה, והפעילות הקהילתית חידשה את האופי הלאומי-דתי שלה. ב-2015 התגוררו בבלגרד כ-800 יהודים.