Године 1990. Руандски патриотски фронт (РПФ) () и група побуњеника која се углавном састојала од Тутси избеглица извршили су инвазију на северну Руанду што је довело до грађанског рата у Руанди. Иако ни једна страна није добила одлучујућу предност у рату, до 1992. године Хабијариманијина власт је била ослабљена, масовне демонстрације одвеле су га у преговоре са унутрашњом опозицијом чиме је потписао коалициони споразум са РПФ-ом. Прекид ватре се завршио 6. априла 1994. године када је Хабијариманин авион оборен близу аеродрома у Кигалију што је резултирало његовом погибијом. Хабијариманијева смрт је била окидач за геноцид у Руанди који је започео неколико сати по његовом смрћу. За око 100 дана између 500.000 и 1.000.000 Тутсија и политички умерених Хутуа су убијени у добро планираним нападима којим је управљала привремена влада. Тутси из руандског патриотског фронта под лидерством Пола Кагамеа наставили су своју офанзиву и методично обнављали Руанду, контролишући читаву њену територију до средине јула. Године 2015. Кагаме и РПФ и даље су управљали земљом, у којој је забележен раст руандске економије, видљив повећан број туриста као и напредак државе према индексу хуманог развоја.