Kreikan vapaussodan (1821–1832) jälkeen itsenäisen Kreikan ensimmäinen valtionpäämies Ioánnis Kapodístrias käynnisti neuvottelut ekumeenisen patriarkaatin kanssa koskien Kreikan kirkon itsenäisyyttä. Vuonna 1833 Kreikan kirkko julistautui autokefaliseksi poliittisella päätöksellä, sillä turkkilaisten pelättiin voivan vaikuttaa Kreikkaan osmanivallan alle jääneen patriarkaatin kautta. Patriarkaatti myönsi autokefalian vuonna 1850.