Mot slutet av 1100-talet var katarernas utbredning så stor att kampen mot dem under flera årtionden blev katolska kyrkans viktigaste fråga. I denna kamp föddes inkvisitionen, och den kulminerade i Albigenskorstågen i början av 1200-talet. Möjligheten till katarernas övervinnande till den katolska tron låg dock inte enbart i våldet, utan även i den helige Franciskus och hans lärjungars verksamhet, genom vilken folkmassorna, åtminstone delvis, åter fick det religiösa behovet fyllt, vilket förut drivit dem in i andra trosinriktningar. Genom hela 1200-talet var katarapostlar i verksamhet, trots alla hetsjakter. Först efter en 120-årig kamp lyckades kyrkan i början av 1300-talet kväsa all aktiv katarisk verksamhet i Västerlandet. Den siste store kataraposteln var Peter Autier, vilken efter 13 års kringvandrande föll i inkvisitionens händer år 1311 och brändes på bål. I de greko-slaviska länderna bortom Adriatiska havet bibehöll nymanikeismen, trots flera korståg, delvis herraväldet fram till den osmanska erövringen av området.