Vanaf 1625 werd Anhalt direct door de oorlog getroffen. Keizerlijke troepen bezetten de strategisch gelegen brug over de Elbe tussen Dessau en Roßlau. Op 25 april 1626 probeerde de graaf van Mansfeld zonder succes de brug te veroveren op het keizerlijke leger onder Wallenstein. Regelmatig trokken verschillende legers brandschattend en plunderend door het kleine en slecht verdedigbare Anhalt. De brug bij Dessau werd in 1631 door keizerlijke troepen verwoest. In 1635 ondertekenden de vorsten van Anhalt het Verdrag van Praag en sloten vrede met de keizer. Het land werd echter niet gespaard door langstrekkende troepen. In 1644 beschoten de Zweden vanuit het kasteel van Bernburg de stad, waar een keizerlijke bezettingsmacht was gelegerd.