1564 zählte Salbke 38 Hauswirte, was einer Einwohnerzahl von etwa 270 Personen entsprochen haben könnte. Auch während des Dreißigjährigen Kriegs kam es zu Zerstörungen im Ort und großer Not. Im Zuge der Belagerung und Zerstörung der Stadt Magdeburg im Jahr 1631 durch kaiserliche Truppen richtete der kaiserliche General Gottfried Heinrich zu Pappenheim am 21./22. März 1631 bei Salbke eine starke Batterie ein. Auch zuvor befanden sich jedoch bereits größere Truppenkontingente vor Ort. So berichtete Pappenheim in einem Brief vom 21. Dezember 1630, das Oberst Lothar Dietrich von Bönninghausen sich mit 500 Kavalleristen und 600 Infanteristen vor Ort befindet. Auch nach dem Magdeburg am 20. Mai 1631 gefallen war, gab es weitere Kampfhandlungen. Am 7. Januar 1632 schlug, während einer schwedischen Belagerung der noch von kaiserlichen Truppen gehaltenen Stadt Magdeburg, der schwedische General Johan Banér sein Hauptquartier in Salbke auf. Er rückte am 21. Januar 1632 in Magdeburg ein. Auch der ebenfalls in schwedischen Diensten stehenden James Hamilton, 1. Duke of Hamilton hatte in dieser Zeit sein Quartier in Salbke. Nach dem Abzug der kaiserlichen Truppen nach der Zerstörung wurden anlässlich einer Musterung im Jahr 1632 für Salbke noch 17 Männer und insgesamt zwei Musketen gemeldet. Pferde und Wagen waren nicht mehr vorhanden. Bereits 1636 wurde Magdeburg erneut belagert. Diesmal von Sächsischen Truppen unter Kurfürst Johann Georg I., der für seinen Sohn August das Magdeburger Erzstift zurückgewinnen wollte und kaiserliche Einheiten unter der Führung Melchior von Hatzfelds. Kurfürst Johann Georg I. hatte sein Hauptquartier zunächst in Westerhüsen aufgeschlagen und dann nach Salbke verlegt. Am 3. Juli 1636 kapitulierte Magdeburg.