Полководницька зірка Джонстона зійшла в битві при Булл-Рані і не заходила до самого кінця війни. Джонстон яскраво проявив себе в битві в Семи Соснах, в якій отримав поранення і замінений Робертом Лі. Після одужання армія Теннессі під командуванням Джонстона безуспішно намагалася прийти на допомогу Джону Пембертону, що перебував в облозі Віксбурга Уліссом Грантом . Потім була спроба утримати форт Джексон на Міссісіппі. Там Джонстону перший раз протистояв Вільям Шерман.