В ноябре Шкодунович был направлен на учёбу на ускоренные курсы при Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова, после окончания которых в мае 1943 года назначен на должность командира 223-й стрелковой дивизии, а в августе — на должность командира 68-го стрелкового корпуса, который вскоре принимал участие в боевых действиях в ходе Белгородско-Харьковской наступательной операции и в битве за Днепр, во время которых освобождал города Харьков и Днепродзержинск. Вскоре корпус участвовал в Одесской, Березнеговато-Снигиревской, Ясско-Кишиневской, Белградской, Будапештской, Венской и Пражской наступательных операциях, а также в освобождении городов Бобринец, Бендеры, Холлабрунн, Дьер, Комаром, Мадьяровар, Вена и Будапешт. За отличие при освобождении Белграда корпус получил почётное наименование «Белградский», а за умелую организацию управления корпусом в ходе Ясско-Кишиневской и Венской наступательных операций Николай Николаевич Шкодунович был награждён орденом Суворова 2 степени.