Dal 1998 al 2002 l'Uganda intervenne nella Seconda guerra del Congo, dando appoggio ai gruppi ribelli del paese dove, assieme a Ruanda e Burundi, si scontrò contro Kabila stesso. Dopo un'invasione dello Zaire stesso, e dopo essere arrivati alle porte di Kinshasa, l'esercito ugandese, ruandese e burundese sono fermati dall'alleanza di stati in difesa dello Zaire, Sudan, Zimbabwe, Angola, Namibia, e Ciad soprattutto, dando così il nome alla seconda guerra del Congo di Grande guerra africana. Il 6 settembre 2002 viene firmata la pace di Luanda, tra Uganda e RDC, in cui l'Uganda rinunciò a tutte le pretese territoriali e militari nel territorio dell'ex colonia belga, senza però essere formalmente sconfitta. La Grande guerra africana si combatté quasi totalmente fuori dal territorio della nazione, che poté pagare di tasca propria i suoi soldati, senza indebitamenti con l'occidente, grazie allo sfruttamento delle miniere e del legname dei territori occupati. Per questo non ne fu particolarmente danneggiata.