De vooruitgang werd echter bemoeilijkt door de Confederatie van Targowica die in opstand kwam tegen het Gemenebest. De Poolse en Litouwse magnaten werden gesteund door Rusland wat leidde tot een nieuwe Pools-Russische oorlog. Tadeusz Kościuszko wist de slagen bij Zieleńce en Dubienka te winnen, maar de koning-grootvorst capituleerde waardoor de grondwet ongeldig werd verklaard en de Russische troepen vrij konden plunderen in het Gemenebest. Hierop volgde de Tweede Poolse Deling waarbij Pruisen Danzig kreeg en de Russen de meeste woiwodschappen van het grootvorstendom, op Vilnius na. Op 25 september 1793 werd Stanislaus August verplicht het verlies van zijn macht te accepteren. In 1794 kwam Kościuszko in verzet en zwoer hij een eed aan de koning en de natie. Hij wist de Russen te verpletteren in de Slag bij Racławice en in Vilnius verdreef Jakub Jasiński het Russische leger. Na een val van het paard werd Kościuszko gevangen genomen en kon de Russische generaal Aleksandr Soevorov de hoofdstad Warschau innemen, waarbij de een groot deel van de inwoners van het stadsdeel Praga werd vermoord.