1983 stellte ihn der BR-Hörfunk als Redakteur im Wirtschaftsressort an. Zwei Jahre später wurde er Musikchef und 1989 Hauptabteilungsleiter Unterhaltung. Zusammen mit der Schlagersängerin Nicole kommentierte er den Eurovision Song Contest 1988 in Dublin. In seine Amtszeit fielen gravierende Umwälzungen beim Radio, da private Programmanbieter auf den Markt kamen. Boetzkes führte als Reaktion darauf das heute übliche Formatradio und die computergestützte Musikauswahl ein. Von 1990 bis 1992 war er alleinverantwortlicher Programmchef bei Bayern 3, nachdem er zuvor Programmchef für das Wochenende und Thomas Gottschalk Programmchef unter der Woche gewesen war.