Rimosso dal comando fu reintegrato quando, essendo il Bonaparte impegnato nella Campagna d'Egitto, il Direttorio dovette ricorrere a lui per cercare di fermare l'avanzata vittoriosa del generale Suvorov in Italia. Nominato il 22 aprile 1799 comandante dell'armata d'Italia in luogo del generale Schérer, il 27 aprile 1799 veniva battuto dal Suvorov a Cassano d'Adda il che consentì al Suvorov di occupare Milano due giorni dopo. Arretrato sul Ticino si riportò verso Torino, ritardando così il congiungimento con l'armata del generale MacDonald che stava risalendo da Napoli per dargli man forte contro il Suvorov. Ciò permise al generale russo di attaccare sul fiume Trebbia il MacDonald e di sconfiggerlo il 19 giugno. Il 6 luglio Moreau fu sostituito nel comando dal generale Joubert, ma accettò di rimanergli a fianco come vicecomandante.