Convocado para a Copa América de 1991, foi reserva nos três primeiros jogos na competição até tomar a posição de Wilson Gottardo, após derrota para a Colômbia, passando a formar a dupla titular com Ricardo Rocha. Depois do vice-campeonato e da demissão de Falcão, Márcio Santos perdeu espaço com Carlos Alberto Parreira e demorou a ter sequência com a amarelinha.