В июле 1944 года Попович был назначен командиром Главного штаба НОАЮ в Сербии: в то время решающие сражения на территории Югославии шли уже в Сербии с участием почти всех стран-участниц европейского театра военных действий. Некоторое время Попович руководил южной группой дивизий (2-я армейская группа НОАЮ, куда входили 13-й корпус с 4 дивизиями и 14-й корпус с 3 дивизиями). Коча Попович и Пеко Дапчевич руководили югославскими войсками во время Белградской наступательной операции РККА.