Незважаючи на січневі слова, у червні 2005 року Тотті продовжив контракт з «Ромою», підписавши його на 5 років зі щорічною виплатою 5,4 млн євро, а виплата податків із заробітної плати Тотті лягла на клуб. Влітку того ж року «Рому» очолив Лучано Спаллетті. Він одразу ж розпочав перебудову гру клубу, змінивши схему на 4-2-3-1, з двома вінгерами і одним атакуючим півзахисником в особі Тотті. У 9-му турі чемпіонату Франческо став учасником сутички з Хуаном Вероном під час матчу з міланським «Інтером», за що отримав червону картку.