Für die neue Saison stellte der FC Wil als neuen Cheftrainer Ugur Tütüneker vor. Neuer Sportchef wurde Roland Koch. Im ersten Heimspiel der Saison spielte der Verein 1:1 gegen den abgestiegenen FC Zürich und brach gleichzeitig den Stadionrekord des neugebauten Stadions mit 4440 Zuschauern. Im Cup war bereits in der ersten Runde nach einer 4:2-Niederlage gegen den Erstligisten Lausanne-Ouchy Schluss. Im August 2016 wurde in der Türkei gegen Tütüneker ein Haftbefehl ausgestellt, weil er angeblich am Putschversuch gegen den türkischen Präsidenten beteiligt gewesen sein soll. Der FC Wil entliess in der Folge den Trainer. Neuer Trainer wurde Martin Rueda. Nach dem letzten Spiel der Hinrunde (Wil hatte sich auf Platz drei und mit 12 Punkten Abstand zu Leader Zürich klassiert) wurde Martin Rueda entlassen. Interim übernahm der bisherige Torhütertrainer Ronny Teuber.