En el Gobierno de coalición austríaco de 1918-1919, conformado tras la disgregación de Austria-Hungría, ejerció el cargo de ministro de Asuntos Exteriores, siendo el encargado de negociar las condiciones de paz con los Aliados tras el final de la contienda. Sucedió en el cargo al destacado socialista austriaco Victor Adler, al que también sustituyó como principal figura del partido, a pesar de pertenecer a una corriente más radical que este. Habiendo sido un convencido pangermanista, quedó decepcionado después de que el Tratado de Versalles prohibiera la unión de Austria con Alemania. La preferencia de Bauer por la unión con Alemania no sólo tenía motivos económicos (el convencimiento de que la nueva Austria independiente era inviable), sino también políticos: sospechaba que la naciente república quedaría dominada por los conservadores, debido al tradicionalismo de los campesinos. Durante el efímero triunfo de las repúblicas socialistas en Hungría y Baviera, recibió presiones para implantar el mismo sistema en Austria, pero para Bauer el socialismo sólo podría provenir de la evolución de la democracia parlamentaria austriaca. Su vehemente defensa de la unión con Alemania —llegó a firmar un tratado secreto con Alemania sobre la unión de los dos países— le hizo indeseable ante las potencias vencedoras y finalmente abandonó el cargo de ministro de Asuntos Exteriores en favor de su correligionario Karl Renner. A pesar de la imposibilidad de unirse al país vecino por la negativa de las potencias, siguió defendiéndola hasta el surgimiento del nacionalsocialismo alemán a finales de la década de 1920 y comienzos de la siguiente.