Το 1991 κατοικούσαν στη Ζέπα 2.441 άνθρωποι εκ των οποίων οι 2.330 ήταν Βόσνιοι και 103 Σέρβοι ενώ 8 είχαν δηλώσει Γιουγκοσλάβοι. Το 1993, κατά τη διάρκεια του Πολέμου στη Βοσνία, η Ζέπα, όπως και η Σρεμπρένιτσα και το Γκόραζντε, κηρύχθηκε από τα Ηνωμένα Έθνη «ασφαλής περιοχή» και τοποθετήθηκε εκεί μια μικρή στρατιωτική μονάδα του Ουκρανικού Στρατού, που συμμετείχε στη UNPROFOR. Παρόλα αυτά, στις 25 Ιουλίου 1995, η Ζέπα κατελήφθη από τις σερβοβοσνιακές δυνάμεις (VRS). Είχε προηγηθεί η κατάληψη της Σρεμπρένιτσα και η σφαγή περισσότερων από 8.000 Βόσνιων αμάχων. Αν και στη Ζέπα οι δολοφονίες δεν έλαβαν την έκταση που έλαβαν στη Σρεμπρένιτσα, 116 Βόσνιοι σκοτώθηκαν στην κατάληψη της πόλης. Ο Βόσνιος στρατιωτικός διοικητής του θύλακα, Στρατηγός Αβντο Πάλιτς, μετά την κατάληψη της πόλης εξαφανίστηκε και το 2001 η σωρός του βρέθηκε σε μαζικό τάφο κοντά στο χωριό Vragolovi, στο δήμο Rogatica. Είχε συλληφθεί από τους Σερβοβόσνιους ενώ είχε συναντηθεί με αξιωματούχους της σερβοβοσνιακής πλευράς και των Ηνωμένων Εθνών προκειμένου να πετύχει την εκκένωση της πόλης από τους αμάχους και να αποφευχθεί επανάληψη των σφαγών που είχαν γίνει στη Σρεμπρένιτσα.