Im Jahr 1699 wurde Stotternheim bei einem Brand zerstört, 1791 kam es wieder zu einem Feuer, welches 74 Wohnhäuser vernichtete. 1704 wurde die evangelische Kirche eingeweiht. Von 1795 bis 1800 wurde der Schwansee trockengelegt. 1802 wurde Stotternheim mit Erfurt preußisch, nachdem es vorher gemeinsam mit Erfurt zu Kurmainz gehört hatte. Von 1806 bis 1814 war es Teil des napoleonischen Fürstentums Erfurt. Am Krieg gegen Napoleon 1813/14 nahmen auch Stotternheimer Freiwillige teil. Im Jahr 1815 wurde auf dem Wiener Kongress beschlossen, Stotternheim und Schwerborn aus dem Amt Gispersleben zusammen mit den östlichen und südöstlichen Erfurter Gebiet dem Großherzogtum Sachsen-Weimar-Eisenach zu übertragen. Bis 1920 gehörte es zu diesem Staat bzw. zum Freistaat Sachsen-Weimar-Eisenach (Amt Großrudestedt bzw. Verwaltungsbezirk Weimar). Danach wurde Stotternheim Teil des neu gegründeten Landes Thüringen, womit zwischen dem Dorf und Erfurt noch bis 1945 die thüringisch-preußische Landesgrenze verlief. Anschließend kam Stotternheim 1952 zum Kreis Erfurt-Land.