En 1994, le groupe veut faire une série de concerts à Woodstock, dans l'état de New York (où Sanders avait vécu pendant de nombreuses années) afin de commémorer le Festival de Woodstock de 1969. Ils apprennent que des promoteurs ont l'intention d'organiser le Festival de Woodstock 1994 au mois d'août et qu'il serait bien plus contrôlé et avec une optique commerciale que celui de 1969. Par conséquent, les Fugs décident d'organiser leurs propres concerts en août 1994 sous le nom de "The Real Woodstock Festival", conservant davantage l'esprit de l'original. Sanders, Kupferberg, Taylor, Batty et Petito jouent dans cette série de concerts avec Amy Fradon et Leslie Ritter en accompagnement vocal et quelques apparences sur scène de Allen Ginsberg. En 2003, le groupe sort "The Fugs Final CD (Part 1)", qui est bien reçu par le public. En 2004, les Fugs enregistrent leur dernier album, "Be Free : The Fugs Final CD (Part 2)."