לקראת עונת סיים מגנוסון את הקדנציה השנייה במאלמה ועבר לבנפיקה ליסבון. כבר בעונת הבכורה שלו הפגין יכולת כיבוש גבוהה, עם 13 שערי ליגה ב-27 הופעות, שסייעו לקבוצתו לסיים כסגנית אלופת פורטוגל. במקביל, היה שותף להעפלתה של בנפיקה לגמר גביע אירופה לאלופות 1988. לזכותו שער אחד באותו הטורניר, בשלב רבע הגמר מול אנדרלכט. הוא פתח בהרכב בנפיקה למשחק הגמר, בו פגשה את פ.ס.וו. איינדהובן ההולנדית, והוחלף בדקה ה-112 במהלכה של ההארכה. המשחק עבר להכרעה בדו-קרב בעיטות עונשין, ובנפיקה נוצחה 6-5 בסיום. עונה אחר כך תרם רק שישה כיבושים ב-27 הופעות ליגה, אך היה לחלק מזכייתה של בנפיקה באליפות, ומהעפלתה לגמר הגביע הפורטוגלי.