1889 nahm er an der von Gauguin anlässlich der Pariser Weltausstellung im Café Volpini organisierten Gegen-Kunstausstellung teil. Bald darauf durchlief er eine persönliche Krise, die nach van Goghs tragischem Tod (1890), von dessen Beerdigung er in einem Brief an Albert Aurier berichtete, 1891 den endgültigen Bruch mit Gauguin zur Folge hatte. Ursache war nicht zuletzt Bernards Enttäuschung über einen anlässlich eines Banketts vorgebrachten Toast auf „Paul Gauguin als Begründer des Symbolismus“. Er warf Gauguin vor, sämtliche Errungenschaften der Künstlergruppe von Pont-Aven an sich gerissen zu haben, fühlte sich hintergangen und verraten.