Ponomarjov az izraeli sakkozókkal való szolidaritás miatt (akik nem kaptak beutazási vízumot az országba) több élsakkozóval együtt (a világranglista első 10 helyezettje közül csak ketten indultak el) nem vett részt a líbiai Tripoliban rendezett 2004-es FIDE-sakkvilágbajnokságon. Ezzel automatikusan elveszítette FIDE-világbajnoki címét, amikor Rusztam Kaszimdzsanov megnyerte a versenyt.