Le mufti Mohammed Amin al-Husseini aurait aidé à recruter des unités "SS" dans les Balkans. Trois divisions musulmanes de Waffen-SS furent formées durant la Seconde Guerre mondiale, surnommées les « guerriers saints », principalement composées de Bosniaques et d'Albanais (vus par certains comme des alliés objectifs des forces de l'Axe en raison de leurs contentieux avec les Serbes), qui combattirent lors de la campagne de Yougoslavie entre 1941 et 1945 contre les partisans yougoslaves. Mais bon nombre entrèrent dans la résistance communiste en Bosnie-Herzégovine, Kosovo, Albanie, Monténégro, Serbie, Bulgarie dirigée par Tito. Le cœur de la résistance, la République de Bihać, était peuplée majoritairement de musulmans. En 2010, 65 Albanais, en majorité musulmans, ont été faits Justes parmi les nations.