Durante la Guerra Civil la señera tricolor se popularizó en la propaganda militar del bando republicano, y fue izada en Ibiza, que fue tomada por republicanos valencianos durante el Desembarco de Mallorca. Tras el fin del conflicto, en el desfile de la victoria del bando sublevado, en Madrid el año 1939, se exhibían ambas señeras como trofeos de guerra, juntamente con otros símbolos como la ikurriña. Durante la dictadura de Franco, el uso de ambos símbolos fue muy tutelado, de manera que se utilizaban de forma muy restringida como residuos folclóricos, y las autoridades franquistas se aseguraban, por ejemplo, que no se utilizaran durante los preparativos de las Fallas de Valencia, amenazando a los miembros de la Junta Central Fallera con un día de prisión por cada "bandera secesionista" que se mostrara en los balcones en las calles de la ciudad.