In der Nacht des 11. März, wenige Stunden vor dem Einmarsch der deutschen Wehrmacht, verbrannte man die sich auf dem Vereinslokal befindlichen Mitgliederverzeichnisse und es gelang vor der Stürmung durch die SA die Verbindungsfahne in Sicherheit zu bringen (sowie sie während des gesamten Krieges versteckt zu halten; sogar mehrere Burschungen wurden bei ihr durchgeführt). Nach dem „Anschluss“ wurde der Verbindungsbetrieb (in Privatwohnungen) illegal weitergeführt – dieser erlosch jedoch mit Beginn des Zweiten Weltkrieges. 1941 wurde von Grazer CVern beschlossen zunächst Carolina Graz zu reaktivieren. Als diese mit 20 Burschen und Füxen eine Größe erreicht hatte, die eine Entdeckung befürchten ließ, wurde am 15. Mai 1943 durch Teilung der Traungau als eigenständige Verbindung wiederbegründet. Beide Verbindungen entwickelten nun weitgehend ein Eigenleben, aus organisatorischen Gründen blieb jedoch der Urtraungauer Rudolf Dörner Senior beider Verbindungen, und „offizielle“ Veranstaltungen wie Messbesuche oder Ausflüge wurden gemeinsam absolviert. In der Zeit des Nationalsozialismus wurden vier Traungauer in einem KZ interniert, 12 weitere wurden zu Haftstrafen verurteilt. So wurde zum Beispiel Max Riccabona, der ab 1934 Mitglied der Verbindung war, 1941 wegen verbotener monarchistischer Betätigung verhaftet und im KZ Dachau interniert. Fast alle Angehörigen des Traungaus mussten Hausdurchsuchungen oder Einvernahmen über sich ergehen lassen, viele wurden in ihrer Existenz durch Entlassung oder die erzwungene Studienaufgabe bedroht. 1944/45 gehörten 12 Traungauer aktiv einer Widerstandsbewegung an. Ebenfalls 12 Traungauer mussten als Angehörige der deutschen Wehrmacht in diesem Krieg ihr Leben lassen.