1941-ben Teleki politikája végleg csődöt mondott: tavasszal német támadás kezdődött Jugoszlávia ellen, Horthy pedig beleegyezett, hogy átengedje a Wehrmacht seregeit Magyarország területén. Mivel azonban az örökbarátsági szerződés még érvényben volt, a britekkel pedig már az átengedés megrontotta a kapcsolatot, a kormányzat csak azután indított támadást dél felé, hogy a jugoszláv állam hivatalosan megszűnt. Teleki ezt már nem érte meg: búcsúlevelet maga után hagyva öngyilkos lett április 3-án. A magyar csapatok április 11-én lépték át a déli országhatárt, majd Magyarország megszerezte Bácskát, a Muraközt és a Dráva-háromszöget. A késlekedés miatt Hitler nem járult hozzá további területek visszacsatolásához. A magyar honvédség a függelemsértő, németbarát tisztek parancsára (a német hadvezetés utasítása szerint) elkövette az újvidéki mészárlást (az ún. Hideg Napokat). Az áldozatok száma 3800 körül volt. A magyar kormány elrendelte a bűnösök megbüntetését, amely során négy tisztet halálra ítéltek. Azonban a németek a kivégzés előtt Németországba menekítették őket, ahol az SS-ben kaptak szolgálati beosztást. Ehhez kapcsolódóan megemlítendő, hogy a jugoszláv partizánok 1944 és 1945 között, illetve az azt követő időszakban etnikai alapú népirtást hajtottak végre. A délvidéki népirtás során 40–50 ezer (egyes források szerint akár 70-80 ezer) ártatlan, magyar nemzetiségű személyt végeztek ki. Sokakat megkínoztak és koncentrációs táborba hurcoltak, ahol éhen haltak. A 332 ezres német kisebbséget felszámolták. Emellett a horvátokat is érték atrocitások. Az áldozatokat „háborús bűnösként” tüntették fel és a népirtást államilag is támogatták. Fentiekre való hivatkozással, a Horthy-rendszerrel ellentétben meg sem kísérelték a tettesek felelősségre vonását.