Після розпаду Югославії в 1991 році місто стало частиною незалежної Хорватії. У ході розпочатої по тому війни в Хорватії (1991—1995) Осієк серйозно постраждав від обстрілу. Після закінчення битви за Вуковар виникла загроза окупації міста сербськими частинами, проте почалися мирні переговори, що зняли цю загрозу. Після припинення бойових дій більшість пошкоджених і зруйнованих будівель була ретельно відновлена.