Cracovia fu quasi completamente distrutta durante l'invasione mongola della Polonia nel 1241, dopo che il tentativo polacco di respingere gli invasori fallì miseramente nella battaglia di Chmielnik. Cracovia venne ricostruita nel 1257, in una forma che rimase praticamente inalterata, e ricevette dal re i diritti di autogoverno della città in base al diritto di Magdeburgo: nel contempo, si assistette a un'accelerazione ai processi di immigrazione tedesca. Nel 1259, la città fu devastata una seconda volta dai mongoli, 18 anni dopo la prima incursione e vi pure un terzo attacco, sebbene infruttuoso, nel 1287. L'anno 1311 ebbe luogo una ribellione di Wójt Albert contro l'Alto Duca polacco Ladislao I. Ad essere coinvolti furono perlopiù cittadini di lingua tedesca di Cracovia che, alla fine, abbandonarono le loro ambizioni politiche. Tra l'altro, entro la fine del XIII secolo, Cracovia contava perlopiù cittadini provenienti dalla Germania. Tuttavia, in altre regioni della Polonia l'insurrezione ebbe effetti maggiori, tanto che l'importante centro di Danzica finì in mano all'ordine teutonico nel 1309.