Keogh poległ w bitwie nad Little Bighorn 25 czerwca 1876. Dowódca dwóch szwadronów oddziału Custera zginął na wzgórzu odległym i kilkaset metrów od miejsca śmierci swego szefa, otoczony żołnierzami szwadronu „I”, z dwoma sierżantami-szefami u swego boku. Ciało Keogha zostało znalezione w samym środku grupy poległych, obok trębacza i chorążego. Było nagie, ale nie sprofanowane, być może z powodu „amuletu”, za który uznali Indianie order Agnus Dei zawieszony na szyi. Lewe kolano Keogha zostało strzaskane przez kulę. Rana ta odpowiadała ranie w boku jego konia, z czego wynikałoby, że zarówno koń, jak i jeździec padli jednocześnie. Ciężko ranny koń Keogha, „Komancz”, został wyleczony i później uczestniczył w paradach pułkowych jako maskotka. Komancz jest uznawany za jedynego żyjącego świadka masakry, chociaż kilka innych ciężko rannych koni dobito na polu bitwy. Zakrwawione rękawice Keogha i proporczyk szwadronu „I” znaleziono w namiotach Dakotów po bitwie o Slim Buttes.