Købke gik til søs i ung alder og som 22-årig kommer han til Bangkok 1860 som første styrmand ombord på en britisk skonnert. Han var en af de første danskere, der bosatte sig i Siam, og efter det danske nederlag mod tyskerne i 1864 kom der flere, bland andet danske skibsreder og kaptajner fra Åbenrå, Sønderborg og Flensborg. Under sine første år i Siam arbejdede Købke som kaptajn på kinesisk ejede siamesiske barkskib. De kinesiske købmænd i Bangkok ejede mange skibe og importerede porcelæn, køkkenudstyr og redskaber fra hovedsageligt Shanghai og Hongkong. Købke lærte kong Mongkut at kende, og at de delte fælles interesser som astronomi og navigation.