Ở mùa giải 2004–05, Iniesta ra sân ở 37 trong số 38 trận đấu tại giải quốc gia - nhiều hơn bất kỳ cầu thủ nào khác - mặc dù 25 trận trong số này là những lần ra sân từ băng ghế dự bị. Anh ấy đã ghi hai bàn khi Barcelona vô địch La Liga. Chấn thương của Xavi ở đầu mùa giải 2005–06 cho phép Iniesta ra sân thường xuyên hơn ở trung tâm hàng tiền vệ, và anh tiếp tục cải thiện và phát triển. Anh đã thi đấu 11 trận UEFA Champions League, bao gồm cả lần ra sân ở hiệp hai trong trận chung kết năm 2006, để thay thế Edmílson. Những đóng góp của anh cho đội bóng đã được huấn luyện viên Frank Rijkaard ca ngợi khi Barcelona giành cú đúp vô địch quốc gia và Champions League.