Během chorvatské války za nezávislost v roce 1991 obsadila chorvatská armáda kasárna Jugoslávské lidové armády. O několik let později, během války v Bosně a Hercegovině, přijal Varaždín řadu uprchlíků z Bosny. Od roku 1993 je město centrem Varaždinské župy. Od roku 1997 sídlí ve městě biskupství. V roce 2003 byla do Varaždínu dokončena dálnice (A4) ve směru do Záhřebu.