Die PPS unterstützte den polnischen Widerstand im Zweiten Weltkrieg als eigene Untergrundbewegung ("Polska Partia Socjalistyczna – Wolność, Równość, Niepodległość" [Freiheit – Gleichheit – Unabhängigkeit]). Vorsitzender war Tomacz Arciszewski. Sie war auch an der Bildung der Polnischen Exilregierung beteiligt. Ihre Mitglieder und Anhänger gehörten zu den Opfern der stalinistischen Liquidierungen nach dem sowjetischen Einmarsch 1939, z. B. im Sonderlager Koselsk. Eine Parteimitgliedschaft in der PPS galt als antisowjetisch und wurde wie bei den anderen politischen Richtungen erfasst. Zu den Opfern aus der PPS gehörte z. B. der Psychoanalytiker Jan Nelken. Zur stalinistischen Säuberung gehörte im Juni 1945 auch der Prozess der Sechzehn, unter denen auch der langjährige Untergrundführer Kazimierz Pużak von der PPS war. Gustaw Herling-Grudziński, der von 1946 bis 1960 im Exil zur PPS gehörte, berichtete als einer der ersten über seine Zeit im Gulag von 1940 bis 1942.