Durant el seu mandat l'Exèrcit grec va ser durament derrotat en la guerra greco-turca. Protopapadakis va ser condemnat com a responsable de la catàstrofe i executat a Atenes el matí del 28 de novembre de 1922 al costat d'altres condemnats, com Dimitrios Gounaris, un altre Primer Ministre grec. Al , la sentència va ser recorreguda pel seu net, Michalis Protopapadakis, i el 20 d'octubre de 2010 el tribunal suprem grec va anul·lar la sentència.