Dal 2 al 22 gennaio la Task Force 58 fu in mare per colpire molteplici obiettivi sull'isola di Formosa (2-3 gennaio, 9 e 21 gennaio), su Luzon (5-7 gennaio), il naviglio nipponico incrociante nel Mar Cinese Meridionale e le installazioni costiere in Indocina (11-14 gennaio), l'area di Hong Kong-Amoy-Shantou (15-16 gennaio) e infine sulle isole Ryūkyū (22 gennaio). Il 23 fece rotta per le Caroline occidentali arrivandovi il 26 gennaio: il 10 febbraio l'intera flotta salpò e tra il 16 e il 17 febbraio devastò impianti industriali per la produzione di velivoli su Honshū, la principale isola del Giappone; il 19 febbraio fornì un imponente appoggio aeronavale agli sbarchi su Iwo Jima. In particolare il "San Francisco" rimase a disposizione delle divisioni Marine a terra fino al 23 febbraio, quando scortò le portaerei per un raid su Tokyo: il 27 febbraio la TF 58 tornò a Ulithi. Il "San Francisco" (dal 10 marzo agli ordini del capitano John Esten Whelchel, ultimo comandante dell'incrociatore) fu quindi trasferito alla Task force 54 che salpò il 21 marzo per partecipare alla conquista dell'isola di Okinawa; il 25 marzo bombardò le isole Kerama (Aka, Keruma, Zamami e Yakabi) a sud-ovest di Okinawa, supportò i dragamine e il giorno successivo coprì gli sbarchi combattendo con successo contro le batterie costiere nipponiche.