Vom 22. Januar 1898 bis 10. April 1899 wurde er als Service Officer der britischen Armee bei der ägyptischen Armee eingesetzt. Edward Williams diente bei der Nil-Expedition von 1898 und nahm an der Schlacht am Atbara und der Belagerung von Khartum teil. Während der Khartum-Operation unter Gordon Pascha übertrug man ihm das Kommando über das Armee-Transportkorps. Seine Tätigkeit wurde am 24. Mai und 30. September 1898 in den Depeschen der London Gazette erwähnt. Am 16. November 1898 erfolgte die Beförderung zum Major. Während der den Feldzug abschließenden Nil-Expedition stand er bei der Brigade des Colonel Kitchener und diente als stellvertretender Generaladjutant der Kordofan Field Force.