На 8 август 1918 г. Шеер наследява Холцендорф като началник-щаб на адмиралтейството. Служи на тази позиция пет месеца, преди да се пенсионира. Заедно с Франц фон Хипер, който го е наследил като командир на флота, той планира ново дръзко нападение срещу британския флот през октомври 1918 г., но планът му е осуетен от Килското въстание от 30 октомври 1918 г., организирано от моряци и довело до Германската революция. Впоследствие е освободен от длъжност от Вилхелм II на 9 ноември. На следващата година публикува мемоарите си за Ютландската битка.