Jepun terletak di dalam zon gunung berapi iaitu di atas Lilitan Gunung Berapi Pasifik ("Pacific Ring of Fire"). Ini menyebabkan Jepun kerap mengalami gegaran bumi berkekuatan rendah dan kadang-kala merasai letusan gunung berapi. Gempa bumi yang membinasakan juga dirasai beberapa kali dalam satu abad. Gempa bumi ini sering menyebabkan terbentuknya tsunami. Gempa bumi yang terbaru adalah Gempa Bumi Agung Hanshin yang terjadi pada tahun 1995. Disebabkan oleh kedudukan geografinya, terdapat banyak mata air panas di Jepun dan kebanyakkannya dijadikan tempat peranginan.