Na de bevrijding van Griekenland ontstond de Slag om Athene tussen Britse troepen gesteund door de Griekse regering en communistische troepen. Op een aansluitende conferentie met vertegenwoordigers van verschillende politieke partijen kreeg Papandreou het voorzitterschap. Daarop werd hij op 30 december 1944 door de nog steeds in ballingschap zijnde George II op aanraden van Winston Churchill benoemd tot regent. Als regent maakte hij de beginfase van de Griekse Burgeroorlog mee. Nadat George II in september 1946 na een positief referendum terug mocht keren naar Griekenland, eindigde op 28 september 1946 zijn regentschap.