La fi de la II Guerra Mundial no va ser el final de les complicacions per Glezos. El 3 de març de 1948, enmig de la guerra civil grega, va ser sotmès a judici per les seves conviccions polítiques i condemnat a mort diverses vegades pel govern d'extrema dreta. No obstant això, les seves sentències de mort mai van ser executades, gràcies a la protesta pública internacional. La seva pena de mort es va reduir a una condemna a cadena perpètua el 1950. Malgrat estar empresonat, Manolis Glezos va ser escollit membre del Parlament Hel·lènic el 1951, pel partit de l'Esquerra Democràtica Unida, EDA en les seves sigles gregues (grec: Ενιαία Αριστερά Δημοκρατική, ΕΔΑ). Després de la seva elecció, va mantenir una vaga de fam per exigir l'alliberament dels seus companys diputats de EDA que havien estat empresonats o exiliats de les illes gregues. Va acabar la vaga de gana amb l'alliberament de 7 diputats del seu exili. Va ser alliberat de la presó el 16 de juliol de 1954. El 5 de desembre de 1958 va ser arrestat i condemnat per espionatge , que era un pretext comú per a a la persecució de polítics d'esquerra durant la Guerra Freda. La seva posada en llibertat el 15 de desembre de 1962 va ser resultat de la protesta i la pressió pública a Grècia i a l'estranger, incloent el fet de guanyar el Premi Lenin de la Pau. Durant el seu segon període de privació de llibertat política de la postguerra, va ser reelegit diputat amb la EDA el 1961. El dia del cop d'estat dels coronels, el 21 d'abril de 1967, Glezos va ser detingut a les 2 de la matinada, juntament amb la resta dels dirigents polítics. Durant el règim dels coronels, la dictadura militar encapçalada per Georgios Papadopoulos, va patir encara quatre anys de presó i l'exili fins al seu alliberament el 1971.