离开天津三星之后，陈金刚成为中国国青队主教练。1998年亞足聯青年錦標賽上，这支拥有徐云龙、肇俊哲和郑智的1979-1980年龄段球队在小组赛的五支球队中排名第三，没能杀入世青赛。 1999年12月底，中国足协宣布了新一届国青队教练组人选，沈祥福出任主教练，陈金刚和担任助手。新一届国青队的目标是2000年亞足聯青年錦標賽，远期目标是2004年雅典奥运会和2006年世界杯预选赛。2000年伊朗亚青赛上，沈祥福的国青队一路杀进四强，夺得季军，拿到了世青赛的门票。然而，2001年初，陈金刚被中国足协任命为中国女足助理教练，离开了这支国青队，没有参加2001年阿根廷世青赛。