Hertogin Maria van Bourgondië, die haar vader had opgevolgd (1477), deed vaak beroep op Bouverie. Hij ontpopte zich als diplomaat in dienst van haar en haar man Maximiliaan I van Oostenrijk, de latere Rooms-Duits keizer. Dit was nodig omwille van de oorlogsinspanningen van de Nederlanden in de Bourgondische Successieoorlog (1477-1482), gericht tegen koning Lodewijk XI van Frankrijk. Zo sprak Bouverie de ridders van het Gulden Vlies toe in Brugge (1478) in naam van Maximiliaan van Oostenrijk. In 1481 onderhandelde hij in Saint-Quentin tevergeefs met Franse diplomaten over het einde van de Bourgondische Successieoorlog. Bouverie was vergezeld door Jean de Berghes. Het hoogtepunt van zijn carrière was zijn periode als kanselier van het hertogdom Brabant (1481-1483), een van de Bourgondische Nederlanden. Maximiliaan van Oostenrijk, ondertussen weduwnaar (1482) sloot vrede met de Fransen in het vredesverdrag van Atrecht (1482). Kanselier Bouverie was aanwezig om de kleine prinsen Filips de Schone en Margaretha van Oostenrijk te vertegenwoordigen. Prinses Margaretha, 2 jaar oud, werd in het verdrag uitgehuwelijkt met kroonprins Karel van Frankrijk.