Alors qu'il n'est pas encore roi d'Aragon, Jean II devient roi consort de Navarre en 1425 lorsque son épouse Blanche accède au trône de ce royaume. À la mort de celle-ci, en 1441, Jean II prive leur fils Charles de Viane de la couronne qui lui échoit pourtant de plein droit. L'usurpation du trône déclenche la Guerre civile de Navarre, au cours de laquelle s'affrontent las "Agramonteses" qui appuient Jean II et les "Beaumonteses", soutiens de Charles de Viane. Le prince Charles est défait en 1451 lors de la bataille d'Aibar et reste emprisonné durant deux années. Une fois libéré, il cherche l’arbitrage de son oncle, Alphonse V, mais à la mort de ce dernier la couronne d'Aragon échoit à son père, Jean II.