I 1511 skrev Niels Nielsen Brahe seg til Vanås. Under Søren Norbys bondeopprør i 1525 sluttet han seg til Christian II, og fortsatte sin troskap til han ble henrettet i 1529. Godset ble heretter inndratt av kronen og solgt til Claus Bille, en av Frederik Is menn. Billes sønn Steen Clausen Bille ble født på Vanås i 1527, og overtok selv godset i 1553. I hans tid inntraff Den nordiske syvårskrig hvor Vanås ble ødelagt og brent av svenske tropper. Sten Bille gjenoppførte slottet omkring 1566 og det fikk dermed i store trekk det utseende som kjennes i dag. Da han døde gikk det over til enken Kirsten Lindenov.