Boussard s'illustre également pendant la campagne d'Égypte, principalement à la prise d'Alexandrie, aux batailles de Chebreiss, des Pyramides et d'Aboukir. Plusieurs fois, il a à combattre contre les mamelouks : souvent vainqueur, jamais les échecs que cette cavalerie redoutable lui fait éprouver ne le découragent. À la bataille livrée le 4 nivôse an VIII face à l'armée anglaise, sous les murs d'Alexandrie, il charge la première ligne britannique et la met en déroute. Il reçoit dans cette journée trois blessures qui le retiennent pendant sept mois dans un repos forcé. Aussitôt après son rétablissement, le général en chef Menou lui confère le grade de général de brigade le . Il participe à la bataille de Canope le . En cette qualité, il signe la capitulation d'après laquelle l'armée française abandonne l'Égypte. Un arrêté des consuls du , confirme sa promotion.