У 1990 годзе быў старшынёй Усесаюзнага цэнтральнага савета прафесійных саюзаў. 27 снежня 1990 года быў прызначаны на пасаду віцэ-прэзідэнта СССР. У жніўні 1991 года Янаеў узначаліў Дзяржаўны камітэт па надзвычайным становішчы, выдаў указы аб выкананні ім абавязкаў Прэзідэнта СССР і ўвядзеннi надзвычайнага становiшча ў шэрагу рэгіёнаў краіны.