I 1878-1879, efter Berlinerkongressen, førte denne tjeneste ham til Bosnien-Hercegovina og Sanjak Novi Pazar, da disse osmanniske provincer blev underlagt østrig-ungarsk militæradministration. Han var også i staben med rang af kaptajn ("Hauptmann") under oprøret i Dalmatien i 1882. I 1886 blev han udnævnt til stabschef for 11. infanteridivision i Lemberg, hvor han viste stort talent til at reformere feltøvelserne. Efter at være blevet forfremmet til major, i efteråret 1888, blev han professor i taktik på "Kriegsschule" i Wien, en stilling han forberedte sig på ved at besøge slagmarkerne fra den Fransk-preussiske krig. Conrad viste sig at være en god lærer, som var ret populær blandt sine elever.