הארמייה גויסה על בסיס מיליציות מקומיות בווירג'יניה המערבית, כדי להגן על גבעת הרפרס פרי. המיליציות רוכזו בתחילה תחת פיקודו של תומאס ג'ונתן ג'קסון אשר קיבל את הפיקוד על כל אזור הרפרס פרי, עד שרוברט לי מינה את ג'וזף ג'ונסטון למפקד במקומו. הארמייה הוקמה רשמית בידי ג'ונסטון ב-15 במאי 1861, וכללה 5 בריגדות. באמצע יוני החלו כוחות של צבא האיחוד בפיקודו של רוברט פטרסון להתקדם לעבר אזור הרפרס פרי. ג'ונסטון בחר שלא להסתבך בקרב והחל בנסיגה אטית. למזלו, פטרסון פעל בזהירות מופרזת ולא המשיך להתקדם. לפיכך ג'ונסטון יכול היה למלא את הפקודות שקיבל וב-18 ביולי הועברה הארמייה כדי לתגבר את ארמיית הפוטומק בפיקודו של פ.ג.ט. בורגארד. שתי הארמיות השתתפו בקרב בול ראן הראשון. בקרב זה, מרבית הכוחות של ארמיית הפוטומק הוצבו בכנפה הימנית, בעוד הכוחות של ארמיית השננדואה הוצבו בכנפה השמאלית. הקרב הסתיים בניצחון מוחץ של כוחות הקונפדרציה. ארמיית הפוטומק ספגה פחות אבדות מארמיית שננדואה, ולאחר הקרב הוחלט לפרק את ארמיית השננדואה ושתי הארמיות אוחדו תחת השם ארמיית הפוטומק. ג'ונסטון מונה כמפקד החדש של הארמייה, ובורגארד מונה כסגנו לפני שהועבר לחזית המערבית.