После поправки Ф. Ф. Мейбом был направлен в формировавшуюся под городом 13-ю Сибирскую стрелковую дивизию на должность командира 1-го батальона 49-го Сибирского стрелкового полка. Во главе батальона он участвовал в боях под Челябинском с 17 июля по 4 августа 1919 г., где и погибла 13-я Сибирская дивизия, о чём автор подробно рассказывает в своих мемуарах. Ф. Ф. Мейбом сумел сохранить 49-й Сибирский полк и был назначен сперва помощником командира, а затем и его командиром. С полком он проделал весь Сибирский Ледяной поход, после чего в Чите в начале 1920 г. стал командиром Офицерской роты при Волжской генерала Каппеля бригаде. Вскоре Ф. Ф. Мейбом получил назначение командиром бронепоезда «Витязь»(ДвА), которым и командовал вплоть до оставления белыми Забайкалья в конце ноября 1920 г.