Савињи је рођен у француском граду Провинс у покрајини Сена и Марна. Са 16 година одлази у Париз да настави школовање. Пошто га је занимала ботаника, почео је да ради у Француском Природњачком музеју () под менторством познатих биолога Ламарка и Кивјеа. Они су цару Наполеону саветовали да тада 21-годишњи Савињи буде у његовој прањи током похода, да би се употпунило и научним радом. Тако је Савињи 1798. у пратњи Наполеона путовао у Египат, током царевог похода на Египат и Сирију, користећи ту прилику као научну експедицију. Добија задатак да студира бескичмењаке, док је његов колега Етјен Жофруа Сент-Илер () проучавао кичмењаке.