Nakata ha sido internacional con la Selección de Japón en 77 ocasiones y ha marcado 11 goles. Con el combinado nacional "nipón", ha disputado tres Copas Mundiales de Fútbol (Francia 1998, Corea y Japón 2002 y Alemania 2006), y su mayor logro internacional fue un subcampeonato en la Copa Confederaciones de 2001. Dentro del panorama asiático, ganó la Copa Dinastía de 1998.