Do kraju powrócił po nieudanych dla reprezentacji Bułgarii mistrzostwach Europy 1996. Wówczas na stanowisku trenera kadry zmienił swojego dawnego kolegę z drużyny narodowej Dimityra Penewa. Przygodę selekcjonerską rozpoczął od konfliktu z ówczesnym liderem reprezentacji Christo Stoiczkowem, który obraził się na władze federacji i ogłosił rozstanie z reprezentacją. Bułgarzy bez swojego najlepszego piłkarza ulegli w pierwszym meczu eliminacji do Mundialu 1998 Izraelowi 1:2. Innym skandalem w kadrze z okresu, w którym Bonew pełnił obowiązki selekcjonera, była awantura między Stoiczkowem a Emilem Kostadinowem o opaskę kapitana.