En 909 les églises Saint-Pierre et Saint-Romain sont citées près de Quillan dans une donation que fait une femme appelée Hispana. L'église de Notre-Dame est citée à partir de 930 ainsi qu'un châtelain. Elle est occupée par des chanoines au XIe siècle. A partir de 1121 la seigneurie de Quillan appartient à l'archevêque de Narbonne qui la conservera tout au long du Moyen-Âge. Durant la Croisade contre les Albigeois le roi de France aurait exigé que Quillan lui soit remis car la ville aurait résisté à Simon de Montfort. L'archevêque Arnaud Amaury refuse et affirme que la ville "appartient aux archevêques depuis plus de quatre-vingt ans". En 1230 et 1251 le chevalier Raimon d'Aniort tient Quillan au nom de l'archevêque.