Con il trattato di Lunéville (9 febbraio 1801) si avviò la secolarizzazione degli stati ecclesiastici, realizzata definitivamente nel 1803. Tra il 1803 e il 1810 il territorio del Principato fece parte del filo-napoleonico Regno di Baviera. Nel 1809, durante la guerra della quinta coalizione, tornò brevemente sotto il controllo dell'esercito asburgico, affiancato dagli insorti al comando di Andreas Hofer i quali, dopo alcuni scontri con alterne vicende tra Vezzano e la Valle dell'Adige fino alla città di Trento, furono infine sopraffatti dai napoleonici. Il successivo trattato di pace sancì il passaggio di Trento e Bolzano al Regno d'Italia (dipartimento dell"'Alto Adige").