V roce 1968 svůj pokus dostat se na Filozofickou fakultu zopakoval, tentokrát úspěšně. V létě 1968 odjel jako studentský předák na studentskou brigádu do Sovětského svazu poblíž Leningradu. Vrátil se několik dní před invazí. V říjnu 1968 dostal povolení odcestovat na brigádu do Francie, tehdy zasažené studentskými nepokoji, která ho velmi silně ovlivnila. Na podzim se účastnil mnohých protestních akcí proti okupaci, včetně studentské stávky. Protože však neviděl žádný významný pokrok, pravděpodobně začal uvažovat o radikálnější akci, která by probrala společnost z rezignace, do níž se postupně propadala. Podle dokumentu Poselství Jana Palacha byl ke konci roku 1968 velmi znepokojený politickou situací v Československu. Podle rozhovoru se starším Palachovým bratrem Jiřím Jan před svým činem nic nenaznačil. Původně byl domluvený se svou matkou, že půjdou nakupovat nové oblečení.