Al-Atrasz wziął udział w zamachu stanu 8 marca 1963, po którym partia Baas przejęła władzę w Syrii. W tym samym roku wszedł do jednego z rządów Salah ad-Dina al-Bitara jako minister spraw społecznych i pracy. 1 września 1965 powierzono mu urząd przewodniczącego Rady Rewolucyjnych Dowódców, jednak jego rola w niej była drugoplanowa. Kluczowe decyzje podejmowali poza posiedzeniami rady oficerowie, którzy odegrali decydującą rolę podczas marcowego przewrotu - Muhammad Umran, Salah Dżadid i Hafiz al-Asad.