Nach dem Krieg wurde er am 30. Oktober 1866 zum Kompaniechef ernannt. Am 9. November 1867 kam er in die 8. Artilleriebrigade und wurde Mitglied der Artillerieprüfungskommission. Unter Belassung in seiner Stellung kam er am 19. August 1869 in die 9. Artillerie- und am 9. April 1870 in die 1. Artilleriebrigade. Bei der Mobilmachung anlässlich des Krieges gegen Frankreich wurde Müller am 17. Juni 1870 in die 2. Artilleriebrigade versetzt und als Adjutant der Generalinspektion der Artillerie verwendet. Während des Feldzuges war er ab dem 5. September 1870 Direktor des Parks der Belagerungsartillerie vor Toul. Anschließend kam er Mitte Oktober 1870 zum Stab der Belagerungsartillerie an der Südfront vor Paris. Ferner wirkte Müller bei den Belagerung von Straßburg und Soissons.