Viața Mariei Isabella a fost profund marcată de acțiunile lui Napoleon Bonaparte. După ce a fost încoronat împărat al Franței în decembrie 1804, Napoleon a continuat să-și extindă puterea în peninsula italiană. Temându-se pentru coroana sa, regele Ferdinand s-a alăturat celei de-A Treia Coaliții împotriva lui Bonaparte. Trupele lui Napoleon au învins toate armtele aliate la Austerlitz în decembrie 1805 și forțele din Neapole la Campo Tenese. În urma acestor victorii, forțele lui Napoleon au ocupat Neapole în 1806. Împăratul a dăruit coroana fratelui său Joseph Bonaparte și patru ani mai târziu cumnatului său, Joachim Murat.