2003 року повернувся до Іраку після вторгнення США та їх союзників і став виконувати функції радника з безпеки прем'єр-міністра Ібрагіма аль-Джаафарі. У 2005 році був обраний в раду представників Іраку представником партії Дава від мухафази Бабіль. У 2006 році офіційні особи США звернулися до прем'єр-міністра Іраку Нурі аль-Малікі з проханням видати їм організатора терактів у Кувейті в 1983 році. Абу Махді аль-Мухандису довелося тікати в Іран.