Die Zwangsaushebung von Rekruten für die bayerische Armee führte zum Aufstand der Tiroler unter Andreas Hofer, der am 9. April 1809 in der Tiroler Hauptstadt Innsbruck begann und am 1. November 1809 mit der Niederlage der Tiroler am Bergisel endete. Der Pariser Vertrag vom 28. Februar 1810 zwischen Frankreich und Bayern führte zu Gebietsarrondierungen. Bayern erhielt das Markgraftum Bayreuth, das Fürstentum Regensburg, das Innviertel, das halbe Hausruckviertel sowie den Rupertiwinkel (bis 1803 Erzstift Salzburg) und das Berchtesgadener Land (bis 1803 Kernland der Fürstpropstei Berchtesgaden) als Territorien hinzu. Im Gegenzug mussten das südliche Tirol und einige schwäbische Gebiete abgegeben werden. Durch den Grenzvertrag zwischen Bayern und Württemberg vom 18. Mai 1810 und die jeweiligen Gebietsabtretungen wurde die heute noch bestehende Grenze geschaffen.