W styczniu 2007 roku po prawie trzech latach przerwy Vogts powrócił do pracy szkoleniowej. Został selekcjonerem reprezentacji Nigerii. Jednak rok później jego podopieczni odpadli już w ćwierćfinale Pucharu Narodów Afryki; po licznych zarzutach o brak zrozumienia afrykańskiego stylu gry w lutym 2008 trener złożył dymisję.