Ensimmäisessä Bull Runin taistelussa 1861 Johnston toi joukkoja Shenandoahin laaksosta, ja yhdisti ne kenraalimajuri P.G.T. Beauregardin joukkoihin, mutta taistelun kävivät nuoremmat kenraalit, koska Johnston ei tuntenut maastoa. Hänen onnistui kuitenkin saada julkista tunnustusta etelänvoitosta. Bull Runin jälkeen Johnston auttoi Beauregardia ja William Porcher Milesia suunnittelemaan ja tuottamaan etelävaltioiden taistelulipun. Lipun neliomäinen malli oli Johnstonin idea.