Nel gennaio 1942 assunse il comando della Task force 17 con la portaerei quale nave ammiraglia: scortò un convoglio navale alle Samoa e poi si unì alla Task force 8 centrata attorno la portaerei USS Enterprise e al comando del viceammiraglio William Halsey. Egli condusse le due squadre in un rapido raid sulle isole Marshall in febbraio, ma l'incursione di Fletcher sulla parte meridionale dell'arcipelago fu complicata da pessime condizioni meteorologiche. La Task force 17 fece sosta a Pearl Harbor, quindi partì per il Pacifico meridionale e affiancò la Task force 11 del viceammiraglio Wilson Brown: il 10 marzo egli e Fletcher (suo sottoposto in questa occasione) collaborarono per colpire le forze giapponesi che erano sbarcate in Nuova Guinea. Fletcher rimase poi di pattuglia nel Mar dei Coralli per intercettare eventuali squadre giapponesi, ma poiché non ne giunse alcuna egli fece rotta a sud-ovest su Nouméa per rifornimento.