По време на Гръцкато въстание от 1821 година епископът на Кисамос Мелхиседек заедно с дякона си Калиник пострадват мъченически. Смъртната им присъда е извършена на платан на централния площад „Спландзия“ в Хания. Много духовници от епархията се отличават в револцията, като Мартиниан Перакис, епарх на Селино и Калист Йеронимон, по-късно епископ на Кидония. В Критско въстание от 1866 - 1869 година участват кисамоският епископ Герасим Стратигакис и йеромонахът и богослов Партений Перидис, който председателства общото събрание на въстанието, докато Емануил Каселос (от Селино) председателства сформираното революционно правителство.