Vuonna 2011 Zapata pelasi Kolumbian alle 20-vuotiaiden maajoukkueessa ja vuodesta 2017 hän on pelannut Kolumbian A-maajoukkueessa 16 ottelua, joissa hän on tehnyt kolme maalia. Ensimmäisen maaottelumaalinsa hän teki kesäkuussa 2019 Perua vastaan ja myöhemmin samassa kuussa hän teki Copa Américassa maalin sekä Argentiinaa että Qataria vastaan.