С началом войны капитан Муратов был назначен начальником 2-го (разведывательного) отделения штаба 34-й отдельной кавалерийской дивизии, формировавшейся в городе Прилуки (командир — полковник А. А. Гречко). После сформирования она убыла на Юго-Западный фронт и в начале августа вступила в бой южнее Киева. В дальнейшем отходил с ней на полтавском направлении. С 13 августа 1941 года временно исполнял должность начальника штаба дивизии. В сентябре неоднократно лично водил разъезды на разведку противника. 17 сентября под селом Мачеха собрал беспорядочно отходящую пехоту соседних стрелковых дивизий, принял на себя командование этой группой, восстановил положение, захватил господствующую высоту и удерживал ее до подхода резервных частей. В этих боях под Полтавой получил осколочные ранения в голову, левую ногу, но остался в строю. Приказом по войскам Юго-Западного фронта от 5.11.1941 за героизм и мужество он был награжден орденом Красного Знамени.