שתי המדינות היו תחת שלטון עות'מאני, כאשר הונגרים ואלבנים לחמו כנגד העות'מאנים בנקודות רבות, כולל הברית בין יאנוש הוניאדי לסקנדרבג. במלחמת האימפריה העות'מאנית–הליגה הקדושה, מנהיגי אלבניה הקתולים פיג'ר בוגדני ותומא ראספאסני גייסו את הקתולים והמוסלמים האלבניים בקוסובו למען העניין האוסטרי. לאחר המלחמה הטורקית הגדולה, הונגריה עברה לשליטת בית הבסבורג, ואילו אזורים מיושבים באלבנים נותרו חלק מהאימפריה העות'מאנית וחוו תקופה של התמוטטות כלכלית וחברתית, שבה מספר גדול של קתולים מקוסובו ברחו צפונה כדי להגיע לבודפשט, והאסלאמיזציה הנרחבת עקב העלאות תלולות ביותר במס הסקרים מצד הרשויות העות'מאניות וכן מקרים של המרת דת בכפייה. הקתוליות האלבנית שרדה בהרים בצפון מערב אלבניה בסיוע משמעותי של אנשי דת אוסטרו-הונגרים. בתי ספר קתוליים במימון אוסטרו-הונגרי היו בתי הספר היחידים שבהם האלבנים הצליחו ללמוד בשפת האם שלהם בתקופת השלטון העות'מאני, וכתוצאה מכך רבים מתלמידיהם תרמו להופעת הלאומיות האלבנית, וכך גם כמה אינטלקטואלים הונגרים כמו פרנץ נופצ'ה.