У петој депутацији коју је кнез Милош Обреновић послао у Цариград 1820. године налазио се архимандрит манастира Каленић. Београдски везир тражио је да у депутацији буду кнез и његова браћа, али се Милош вешто извукао будући да Турцима није веровао. Уместо себе и браће у депутацију је укључио побратима Димитрија Ђорђевића и архимандрита Самуила. Да би Самуила представио као ближег сродника, он је везиру писао да су „од два брата деца“, а не да му је синовац. Због устанка у Грчкој депутација је преживљавала тешке тренутке у Цариграду, допавши и затвора. Скоро сви чланови депутације су се разболели, али је само Самуило подлегао болести 26. августа 1824. године. Сахрањен је на босфорској обали у Хосћају, код цркве Свете Петке. Његове ствари пренете су из Цариграда у Србију, али не и кости. Кнез Милош му је поставио надгробну плочу са натписом. На надгробној плочи, између осталог пише: