Na de Meiji-restauratie werden de eilanden in 1872 onder het Japans Keizerrijk het Riukiu domein, en in 1879, na strubbelingen tussen de Riukiu overheid en Tokio, werd het domein opgeheven, de koning uit functie geplaatst en de archipel bestuurd als prefectuur Okinawa. Na de Eerste Chinees-Japanse Oorlog zag China met het Verdrag van Shimonoseki ook volledig af van enige claim op de eilanden. Japan was traag in de modernisatie van de Sakishima-eilanden, in tegenstelling tot de situatie op Okinawa zelf. Zo werd het hoofdgeld zelfs maar in 1903 afgeschaft.