Keifer retourne dans l'armée du Potomac à temps pour la campagne de l'Orverland. Il est blessé au bras lors de la bataille de la Wilderness, le mettant hors de combat pour un temps. Quand il reprend le service actif, il est placé au commandement de la deuxième brigade de la troisième division de James B. Ricketts du VIe corps. Il mène sa brigade lors des batailles de Winchester et de Fisher's Hill. Au cours de la bataille de Cedar Creek, le commandant du VIe corps Horatio G. Wright commande temporairement l'armée de la Shenandoah et Ricketts commande temporairement ce corps. Cela met Keifer au commandement de la troisième division en l'absence de Ricketts. Lorsque Philip H. Sheridan retourne héroïquement au commandement de l'armée au milieu de la bataille, replaçant Wright au commandement du corps, Ricketts est déjà blessé laissant Keifer au commandement de la division pendant le reste de la bataille. Pour son service pendant la campagne de la vallée de la Shenandoah, il est breveté brigadier général des volontaires le .