W 2000 roku gospodarzami Mistrzostw Europy była Belgia i Holandia. Robert Waseige powołał wówczas do kadry Nilisa, który był jednak rezerwowym dla pary napastników Branko Strupar - Émile Lokonda Mpenza. Zagrał we wszystkich trzech meczach, ale we dwóch pierwszych, wygranym 2:1 ze Szwecją oraz przegranym 0:2 z Włochami, a w ostatnim, przegranym 0:2 z Turcją został zmieniony przez Gilles'a De Bilde. Belgia zajęła dopiero 3. miejsce, nie awansując do dalszej fazy turnieju, a jak się później okazało, mecz z Turcją był jego ostatnim w reprezentacyjnej karierze. Łącznie w reprezentacji Belgii Nilis rozegrał 56 meczów i zdobył 10 bramek.