Il joue neuf matchs de championnat et quatre matchs de Ligue Europa lors de la saison 2018-2019, qui se termine par une cinquième place de Ligue 1 et une élimination dès la phase de groupes de la compétition européenne. Les deux saisons suivantes sont beaucoup moins chargées pour Yohann Pelé, qui joue seulement huit matchs sur ces deux saisons, dont le Trophée des champions 2020, où il rentre en jeu en mi-temps, et qui se termine par une défaite contre le Paris SG sur le score de deux buts à un.