Перед смертью Франциск рекомендовал наследнику оставить адмирала во главе управления страной, и завещал ему 100 тыс. ливров. По ироничному выражению авторов «Новой Всеобщей биографии», последнее распоряжение было первой вещью, о которой забыл Генрих II. К власти пришла группировка коннетабля и Гизов, и только благодаря Сент-Андре, назначенному маршалом, Аннебо сохранил должность адмирала. По другим сведениям, был отстранен и от этой должности, переданной Антуану де Ноаю. Он покинул двор, но с началом новой Итальянской войны был назначен генеральным наместником при королеве Екатерине Медичи, ставшей регентшей на время похода 1552 года. Вызванный на помощь королевской армии, Аннебо участвовал во взятии Эдена, осадил и взял Данвиллер, Ивуа, Монмеди, Трелон, Глайон, Шиме, но не смог выдержать трудностей кампании и умер 2 ноября в Ла-Фере, который готовил к обороне.