Po přestěhování do Spojených států se Morris stal partnerem úspěšné námořní firmy se sídlem ve Filadelfii. V důsledku francouzsko-indiánské války se spojil s dalšími obchodníky nesouhlasícími s britskou daňovou politikou, jako byl například Kolkový zákon. Po vypuknutí americké revoluční války pomáhal obstarat zbraně a střelivo pro revoluční věc a na konci roku 1775 byl vybrán jako delegát druhého kontinentálního kongresu. Jako člen Kongresu působil v Secret Committee of Trade (Tajný obchodní výbor), který se zabýval nákupem zásob, také pracoval ve Committee of Correspondence (Výbor pro korespondenci), který se zabýval zahraničními záležitostmi, a v Marine Committee, výboru, který dohlížel na kontinentální námořnictvo (Continental Navy). Do roku 1778 byl předsedou Pennsylvania Assembly (Valné shromáždění) v Pensylvánii, kde se stal vůdcem „republikánské“ frakce, která usilovala o změnu ústavy v Pensylvánii. V roce 1781 kongres čelil obtížné finanční situaci v probíhající revoluční válce a rozhodl o vytvoření funkce superintendenta financí pro dohled nad finančními záležitostmi. Morris přijal jmenování do této funkce a po finanční stránce řídil kontinentální námořnictvo. Pomáhal poskytovat zásoby pro kontinentální armádu pod vedením generála George Washingtona, což Washingtonovi umožnilo rozhodující vítězství v bitvě o Yorktown. Morris také reformoval vládní kontrakty a založil Bank of North America, první banku působící ve Spojených státech. Morris věřil, že národní vláda nebude schopna dosáhnout finanční stability bez pravomoci vybírat daně a poplatky, ale nebyl schopen přesvědčit všech třináct kolonií, aby souhlasily se změnou stanov Konfederace. V roce 1784 Morris frustrovaný slabostí národní vlády rezignoval na funkci finančního ředitele.