Trong Cuộc bạo động Brunei năm 1962, Không quân Hoàng gia đã triển khai Hunter và Gloster Javelin ở Brunei nhằm hỗ trợ cho lực lượng mặt đất của Anh; Hunter đã thực hiện các vụ oanh tạc vào các mục tiêu mặt đất nhằm đe dọa và làm giảm tinh thần những người nổi dậy. Trong một sự kiện khi các con tin nước ngoài và người Brunei bị lực lượng nổi dậy giam giữ, Hunter đã bay trên bầu trời Limbang trong khi con tin được lực lượng thủy quân lục chiến hoàng gia thuộc Đội biệt kích 42 giải cứu trong một trận đụng độ ác liệt. Trong những năm tiếp theo của Cuộc đối đầu Borneo, Hunter được triển khai cùng với các máy bay khác của RAF tới Borneo và Malaya.