La stagione seguente è in Seconda Divisione iniziando un'ascesa che la porta a conquistare la serie C nel campionato 1938-1939 grazie anche all'esperienza di un giocatore come Gastone Prendato che guida il San Donà nella doppia veste di allenatore e giocatore. Brillante la prima stagione in Serie C dove si mette in mostra il portiere Guerrino Striuli, poi passato in Serie A alla assieme al difensore Pavan. In quella stagione i biancocelesti ebbero anche la soddisfazione di battere il , vero dominatore del campionato e vincitore delle finali nazionali. Più difficile è stata la stagione seguente. Dopo un girone di andata vissuto ai vertici, gli eventi bellici portarono molti dei suoi giocatori sui fronti di guerra tanto che la società fu costretta al ritiro. Al termine di questa stagione Arturo Silvestri si trasferì prima alla e successivamente al per poi essere brillante protagonista nel dopoguerra in Serie A con la maglia del e soprattutto del . Con i rossoneri conquistò due Scudetti, 1 Coppa Latina e debuttò nella Nazionale Italiana.