Vuonna 1831 Dufourista tuli Sveitsin armeijan esikuntapäällikkö sekä päämajoitusmestari. Vuonna 1833 hän komensi divisioonaa, joka palautti järjestyksen Baseliin. Vuonna 1847 hänet valittiin Sveitsin liittoarmeijan kenraaliksi tehtävänään kukistaa Sonderbund eli katolisten kantonien muodostama separatistinen liittouma. Dufour pääsi näyttämään taitonsa tässä Sonderbundin sotana tunnetussa Sveitsin sisällissodassa ja saavutti suuren kansansuosion, jota tosin hieman rajoitti hänen liittoutumisensa konservatiivien kanssa vallankumousvuonna 1848. Dufour valittiin toisen kerran kenraaliksi 1849, koska Badenissa puhjenneen vallankumouksen ja sitä kukistamaan lähetettyjen preussilaisten joukkojen pelättiin uhkaavaan Sveitsin puolueettomuutta. Kolmannen kerran hänet valittiin Sveitsin asevoimien johtoon vuonna 1857 Sveitsin ja Preussin välille syntyneen Neuchâtelin kriisin aikana, ja neljännen kerran vuonna 1859 Ranskan lähetettyä armeijansa Savoijiin. Vuonna 1864 Dufour toimi puheenjohtajana Geneven kansainvälisessä kongressissa, jossa laadittiin Geneven sopimus ja perustettiin Punainen Risti. Hänet myös valittiin Sveitsin liittokokoukseen konservatiivien edustajana.