Ο Θοδωρής Ζαγοράκης αγωνίστηκε για πρώτη φορά με την Εθνική Ελλάδας στις 7 Σεπτεμβρίου 1994, στον εκτός έδρας αγώνα εναντίον των Νήσων Φερόε, για τα προκριματικά του Euro 1996. Βρίσκεται στη δεύτερη θέση όλων των εποχών σε συμμετοχές, πίσω από τον Γιώργο Καραγκούνη, έχοντας συνολικά 120 (στο διάστημα 1994-2007).