しかし、それはいくつかの問題により、全体的な活動とはならなかった。その情報がドイツでは受け入れ難いものであったこと、さらに、親衛隊のラインハルト・ハイドリヒ、ヴァルター・シェレンベルクらのと競争、争いにも存在した。親衛隊とアプヴェーアの争いはそこだけに留まることがなかった。カナリスを含むアプヴェーアの熟練した情報員の多くが反ナチスであり、1944年7月20日に起きたヒトラー暗殺未遂（7月20日事件）を含め多くの暗殺未遂事件に関与していた。カナリスはアプヴェーアにおいてユダヤ人を雇い、ユダヤ人がスイスへ逃亡するのに機関を利用した。しかし、それらを行った最も大きな理由はカナリスがナチスを蝕もうと考えていたことだとされる。