Helena Ekholm inledde säsongen starkt. Efter elva tävlingar hade hon följande resultat: "1:a", "4:a", "2:a", "1:a", "1:a", "12:a", "7:a", "2:a", "2:a", "15:e" och "1:a". Därmed tog hon också ledningen i världscupen. Helena valde att stå över tävlandet i Antholz och istället fokusera på de kommande Olympiska spelen i Vancouver. Till detta mästerskap kom Ekholm som storfavorit, ledare i världscupen och Sveriges största guldhopp i olympiaden men hon lyckades som bäst nå en 10:e-placering i de fyra individuella loppen. Efter OS miste hon sin ledning i världscupen och sjönk till 3:e plats, en placering som hon behöll säsongen ut. Under VM 2010 i mixstafett vann Ekholm ett brons tillsammans med Anna Carin Zidek, Björn Ferry och Carl Johan Bergman. Efter säsongen beslutade hon sig för att ta hjälp av en mental coach på grund av misslyckandet i OS.