В мае 1942 года Некрасов был назначен старшим офицером Генерального штаба при Военном совете 21-й армии Юго-Западного фронта. На этом посту принимал участие в Харьковском сражении в мае 1942 года, а затем прошёл все тяжелейшие сражения оборонительного этапа Сталинградской битвы на Сталинградском и Донском фронтах. В бою 14 ноября был тяжело ранен (третье ранение).