לאחר כניעת צרפת והקמת משטר צרפת של וישי, בתחילת מלחמת העולם השנייה, קיבל משטר וישי, ביולי 1940, גם את השליטה בלבנון, והחל מסייע למדינות הציר. עקב כך פלשו כוחות בעלות הברית ובהם הצבא הבריטי, צבא צרפת החופשית וכוחות ממושבות בריטניה והדומיניונים ללבנון, במסגרת המערכה בסוריה ובלבנון במלחמת העולם השנייה. בפלישה זו השתתפו גם שתי פלוגות של הפלמ"ח אחת בפיקוד משה דיין והשנייה בפיקוד יגאל אלון. ביולי 1941, כוחות משטר צרפת של וישיי בלבנון נכנעו. לבנון עברה לשליטת אנשי צרפת החופשית, שקיימו יחסים טובים עם הסוכנות היהודית, והם אפשרו מעבר חופשי בין ארץ ישראל ללבנון (ביולי 1942 אף הושלם קו הרכבת הישיר בין חיפה לביירות). בספטמבר 1941 ביקר כתב עיתון הצופה אברהם אלמליח בביירות ודיווח שמצב הקהילה טוב. אנשי הקהילה סיפרו שהגנרל אנרי פרנאן דנץ, איש משטר וישי, תכנן ליישום את חוק מעמד היהודים הצרפתי בלבנון, כמה ימים לפני שהובס.