Johnson werd door Connecticut gevraagd hen te vertegenwoordigen in het Continental Congress, maar weigerde dat. Dat werd hem kwalijk genomen door veel patriotten. Daardoor werd hij bedankt als hoofd van de militie. Later werd hij zelf korte tijd gevangezet toen hij toenadering zocht tot de Britse generaal Thomas Gage na de Slagen van Lexington en Concord.