Nel 1204, dopo la quarta crociata che aveva provocato la prima caduta di Costantinopoli, Chersoneso divenne parte del neonato Impero di Trebisonda, pur mantenendo uno stretto rapporto con la capitale bizantina fino alla conquista da parte degli ottomani nel 1453. Con la caduta di Trebisonda nel 1461 la città rientrò tra le colonie della Repubblica di Genova per poi essere conquistata dall'Impero ottomano nel corso del XVI secolo fino al progressivo e totale abbandono dell'area.