В 1961 году у него возникли серьёзные разногласия с министром обороны Индии, . В следующем году началась китайско-индийская пограничная война. Индия провалила начало войны и Кришна Менон подал в отставку. Премьер-министр Джавахарлал Неру приказал генералу Манекшоу возглавить контрнаступление. Сэму Манекшоу удалось реорганизовать индийские войска и сдержать наступающие силы китайской армии. Обе страны объявили о прекращении огня.