La seva primera tasca en el càrrec va ser portar a terme la retirada de les tropes espanyoles establertes a l'Iraq després de la invasió de 2003, i cosa que no agradà gens als Estats Units d'Amèrica. Aquesta sortida es va realitzar ordenadament i sense contratemps greus exceptuant un atac puntual en el qual les forces espanyoles van haver de respondre amb foc real matant a un dels insurgents. Per aquesta retirada el Consell de Ministres d'Espanya li va atorgar setmanes després una medalla. La concessió va ser molt contestada, ja que el mateix Bono era ministre, i va renunciar a la medalla, afirmant que el seu fill l'hi havia demanat.