La stagione 2016-2017 inizia subito con la sconfitta in Supercoppa tedesca per mano del Bayern Monaco con il risultato di 2-0. La prima giornata di campionato inizia con una vittoria per 2-1 in casa sul Magonza, Successivamente però il campionato risulta essere piuttosto altalenante, alternando risultati positivi ad altri negativi rimanendo sempre distaccato dalla testa della classifica. Il 19 novembre arriva la vittoria per 1-0 sui rivali del Bayern Monaco. Per quanto riguarda la Champions League viene inserito nel girone con Real Madrid, Sporting Lisbona e Legia Varsavia. Proprio contro quest'ultima il 22 novembre arriva una vittoria record per 8-4, con ben 12 gol segnati in un'unica partita di Champions League.