Po rewolucji październikowej cerkiew formalnie pozostawała czynna do 1939, jednak regularne nabożeństwa ustały po 1937, gdy aresztowani i rozstrzelani zostali ostatni kapłani służący w budynku. Obiekt został opieczętowany, co nie uchroniło jego wyposażenia przed rozgrabieniem. Zniszczeniu uległa również sama świątynia. Z pierwotnego wyposażenia budynku pozostały jedynie ikony patronalna, św. Mikołaja i Chrystusa Zbawiciela. Następnie w cerkwi urządzono zakład pracy dla niewidomych, zaś w 1941 rozmieszczono w niej szpital.