לאחר תחילתו של מבצע לפיד בנחיתות אמפיביות בצפון אפריקה, פלשו בתגובה הגרמנים לשטחים בשליטת וישי בצרפת. אז טובע עיקרו של הצי הצרפתי שעמד לרשות וישי בנמל טולון בידי אנשיו, על מנת שלא ייפול לידי הגרמנים. אנשי הצי בצפון ובמערב אפריקה צירפו את כוחותיהם לאנשי הצי של צרפת החופשית, אך חלקם (ובפרט בדקר ובאלכסנדריה) הצטרפו לבעלות הברית רק לאחר סיום המערכה בצפון אפריקה. היה זה חיזוק משמעותי שכלל גם אוניות מערכה, ושימוש במתקני הנמל בביזרטה, קזבלנקה ודקר. על פי תוכנית הפעולה שהוכנה באוקטובר 1943 מנה הצי באביב 1944 50,000 מלחים שהפעילו צי של 320,000 טונות.