Идеята за създаване на такъв музей възниква след голямото земетресение в Скопие от 1963 година и големия брой дарени произведения на изкуството, изпратени в града в знак на солидарност от международни организации, музеи и отделни хора. За да съхрани тези подаръци, на 11 февруари 1964 г. е взето решение за създаване на Музей за съвременно изкуство, като за пръв директор на музея е назначен Борис Петковски. Броят на даренията се увеличава в следващите няколко години, а в периода 1966 – 1970 година е наето галерийно пространство за провеждане на изложби в центъра на града.