1246年にバーベンベルク家の男系が断絶すると、ボヘミア（ベーメン）王国などを勢力範囲とするプシェミスル朝のオタカル2世が、ウィーンをおさえて勢力を拡大させた。オタカル2世はウィーン市民に経済活動などにおける広範な自由を認め、ウィーン市民からも好感を得ていた。この時代に幾度か大火を経験したが、そのたびに街は再建された。当時、1256年より神聖ローマ帝国は皇帝不在の大空位時代となっており、オタカル2世は有力な皇帝候補であった。しかし、オタカル2世への警戒から、1273年に弱小諸侯であったハプスブルク家のルドルフ1世が皇帝位につき、1278年のマルヒフェルトの戦いでオタカル2世を敗死させた。これ以降、ウィーンはハプスブルク家の統治下に置かれることになった。