Menyusul Penaklukan Goa pada 1510 dan Melaka pada 1511, Afonso de Albuquerque mengirim António de Abreu, Francisco Serrão, dan Fernando de Magelhaens dengan tiga kapal terpisah dari Melaka untuk mencari Kepulauan Maluku. Abreu berhasil tiba di Banda pada 1511 dan pulang membawa rempah ke Melaka, sementara Serrão sempat terdampar, namun berhasil tiba di Hitu, Ambon pada 1512. Ia diterima baik oleh raja setempat dan diizinkan mendirikan "loja". Menyebarnya kabar tersebut dan kabar penaklukan Melaka oleh Portugis membuat Ternate dan Tidore bersaing menarik hati Serrão, meski Ternate menang cepat dan berhasil membawa Serrão ke Ternate. Selain disambut baik oleh Sultan Bolief, ia diizinkan mendirikan "feitoria" di sana dan secara taklangsung menjadi Kapten Portugis Maluku pertama. Portugis pun membangun beberapa "loja" dan "feitoria" di Ambon dan Banda, memicu tumbuhnya permukiman di sekitarnya di mana terjadi banyak perkawinan campur serta penyebaran injil. Ternate dan Banda berperan sebagai pusat perdagangan, sementara Hitu sebagai bandar.