De huidige stad Pylos heette in de Middeleeuwen "Navaríno", een verbastering van de Griekse woorden "των Αβαρίνων" ("ton Avarínon"), wat "van de Avaren" betekent, een herinnering aan de Avaren die dit gebied in de 6e eeuw binnenvielen. Het "Neokastro" (""Nieuw Fort") aan het zuideinde van de baai is in 1573 gebouwd door de Turken, en was tussen 1686 en 1715 in Venetiaanse handen. In de baai van Navarino vond op 20 oktober 1827 als onderdeel van de Griekse Onafhankelijkheidsoorlog tussen een Frans-Engels-Russische vloot en de Turkse-Egyptische vloot de Slag van Navarino plaats, die zorgde voor het einde van de Turkse overheersing in Griekenland.