Jako dowódca statku floty handlowej wykazał się znakomitymi umiejętnościami żeglarskimi, ale także wprowadził drakońskie metody utrzymywania dyscypliny na pokładzie. W grudniu 1773 roku po tym, jak skazany przezeń na karę chłosty marynarz zmarł (inne źródło mówi o zabiciu zbuntowanego członka załogi w samoobronie), porzucił dowodzenie i – pod zmienionym nazwiskiem, jako John Paul Jones – udał się do amerykańskich kolonii (według innego źródła, przyczyną rezygnacji ze służby i wyjazdu do Wirginii była śmierć najstarszego brata i chęć objęcia spadku po nim). Jego losy do 1775 roku nie są dokładnie znane; wiadomo iż w tym roku, dzięki protekcji kilku wpływowych wirginijskich osobistości (w tym Josepha Hewesa, jednego z sygnatariuszy Deklaracji niepodległości), otrzymał stopień porucznika i etat oficera na pierwszym okręcie tworzonej Continental Navy, brygu „Alfred”. To on po raz pierwszy w historii podniósł na nim Grand Union Flag, poprzedniczkę Stars and Stripes.