Shinseki se enfrentó públicamente con el secretario de Defensa Donald Rumsfeld durante la planificación de la guerra en Irak sobre cuántas tropas Estados Unidos tendría que mantener en Irak para la ocupación de posguerra de ese país. Como Jefe del Estado Mayor del Ejército, el General Shinseki testificó ante el Comité sobre los Servicios Armados del Senado de los Estados Unidos el 25 de febrero de 2003 que "algo en el orden de varios cientos de miles de soldados" probablemente sean necesarios para el Iraq de la posguerra. Se trata de una estimación muy superior a la cifra propuesta por el Secretario Rumsfeld en su plan de invasión, y fue rechazado en un lenguaje fuerte tanto por Rumsfeld como por su Subsecretario de Defensa, Paul Wolfowitz, que fue otro planificador en jefe de la invasión y ocupación. A partir de entonces, la influencia de Shinseki sobre el Estado Mayor Conjunto se desvaneció. Los críticos de la administración de Bush alegaron que Shinseki fue forzado a una jubilación anticipada como Jefe del Estado Mayor del Ejército debido a sus comentarios a nivel de tropa; sin embargo, su retiro fue anunciado casi un año antes de esos comentarios.