Schnepel erhielt 1940 trotz seiner schweren Verwundung im vorangegangenen Weltkrieg eine Aufforderung zur Musterung als Leutnant der Reserve und es folgte zunächst die Einberufung zu einem Wiederholungslehrgang für Offiziere in Landsberg an der Warthe ab dem 26. Mai desselben Jahres. Nach der Lehrgangsbeendigung musste Schnepel seinen Militärdienst in einem Ersatzbataillon der Wehrmacht in Strausberg antreten. Durch Vermittlung eines Hauptmanns des Ersatztruppenteils wurde er Adjutant eines Bataillons-Kommandeurs in Berlin bis er Kompaniechef im brandenburgischen Belzig wurde. Nach dem Attentat auf Hitler wurde festgelegt, alle Wehrmachtsoffiziere zu versetzen, die mehr als zwei Jahre am selben Standort ihren Dienst versahen. Unter diese Regelung fiel Schnepel. Seinen Heimaturlaub im März 1945 nutzte Schnepel insbesondere dafür, die letzte Konfirmation im Berliner Osten in der durch Bomben teilzerstörten „Adventskapelle“ in der Großen Frankfurter Straße durchzuführen.