Руски дом је радио и током НАТО бомбардовања СРЈ током 1999. Током бомбардовања није прекидао свој рад. На дан 24. маја 1999. године читав Београд је остао без електричне енергије, док је у Руском дому уз свеће прослављен „Дан словенске писмености и културе“.