Desde 1933 la amenaza de la invasión japonesa obligó a la evacuación de las partes más importantes de la colección del Museo. Tras el final de la Segunda Guerra Mundial en 1945 esta colección fue devuelta a Nankín, pero con la victoria de los comunistas en la posterior Guerra Civil China en 1949, el gobierno nacionalista decidió enviar una selección de esta colección a la isla de Taiwán. De las 13 427 cajas de objetos evacuadas, 2972 se encuentran en la actualidad en el Museo Nacional del Palacio en Taipéi. Casi diez mil cajas fueron devueltas a Pekín, pero 2221 continúan hoy almacenadas bajo cargo del Museo de Nankín. Después de 1949 el Museo llevó a cabo una nueva auditoría, así como una búsqueda exhaustiva en la Ciudad Prohibida, descubriendo un número importante de objetos. Además, el gobierno tomó piezas de otros museos de todo el país para reponer la colección del Museo Nacional del Palacio, que también compró algunas y recibió donaciones privadas.