Den Großteil des Feldzugs von 1806 gegen Napoleon erlebte Knesebeck im Stab des Generals von Rüchel. Knesebecks geistesgegenwärtigem Eingreifen mit der Kavallerie soll es zu verdanken sein, dass der König von Preußen Friedrich Wilhelm III. in der Schlacht von Auerstedt 1806 der drohenden Gefangennahme entging. Strategische Fähigkeit bewies er in dem Entwurf zur siegreichen Schlacht von Pułtusk am 26. Dezember 1806. Der König zeichnete ihn mit dem Orden Pour le Mérite aus und beförderte ihn am 16. Mai 1807 zum Oberstleutnant.