Nommé capitaine dans les chasseurs à pied de la Garde des Consuls, il arrête aux Tuileries, un jour de garde, un ancien soldat, qui garde rancune à Napoléon pour une injustice commise à son endroit tandis qu'il fait alors partie des guides, et veut assassiner le nouvel Empereur. Devenu familier de Malmaison et des Tuileries, Bigarré est de garde à Notre-Dame pour le sacre, le 2 décembre 1804, puis à Milan lors du couronnement de Napoléon comme roi d'Italie. Peu après il a sa nomination de major au de ligne et rejoint le Camp de Boulogne sous les ordres de Joseph Bonaparte, colonel du régiment. Il fait avec ce grade les campagnes d'Ulm et d'Austerlitz. Dans cette dernière bataille, il s'empare d'une batterie formidable ; mais il perd une des aigles de son régiment enlevée au sergent-major Saint-Cyr, neveu du maréchal, après que ce jeune homme ait reçu 14 coups de sabre sur la tête et sur les mains. Pour réparer cet affront, vers la fin de la bataille, le du de ligne, ayant à sa tête le major Bigarré et le commandant Calez, s'empare du régiment russe de Moscou, de son colonel et de deux drapeaux. L'Empereur fait rendre un nouvel aigle au régiment et nomme Bigarré officier de la Légion d'honneur.