Podczas niemieckiej inwazji na Polskę, niemiecka Trzecia Armia weszła do Radziłowa w dniu 7 września 1939 roku. Na mocy Traktatu o granicach i przyjaźni III Rzesza-ZSRR z 1939 roku obszar ten został przekazany Związkowi Radzieckiemu pod koniec września i pozostał w rękach sowieckich, aż do operacji Barbarossa w lipcu 1941 roku. Polska administracja została zdemontowana i zastąpiona przez komitet rewolucyjny złożony z miejscowych Polaków i Żydów. W Radziłowie przed wkroczeniem wojsk sowieckich część społeczności żydowskiej utworzyła straż obywatelską, która następnie przekształciła się w milicję. Według relacji sprawców mordu na Żydach w Radziłowie, niektórzy z nich pomagali agentom NKWD wysyłać polskie rodziny na zsyłkę na Syberię. Jednak zgodnie z danymi IPN Białystok w wyniku aresztowań i wysiedleń prowadzonych przez NKWD w rejonie Radziłowa Żydzi w swojej społeczności ponieśli większe straty niż Polacy. Polaków zatrzymano i wysiedlono 2 proc. w stosunku do całej polskiej ludności rejonu, a Żydów 6 proc. w stosunku do całej żydowskiej ludności rejonu.