Webberova kariéra u Jaguaru začala nepříliš dobře, když se v Austrálii kvalifikoval na 14. místě a už v 15. kole závodu musel odstoupit kvůli poruše zavěšení. Následující závod v Malajsii ale zlepšení nepřinesl. Giancarlo Fisichella do něj ještě na startovním roštu nacouval a Webberovi začal do obličeje stříkat hasicí přístroj v jeho voze. A už v 8. kole závodu odstoupil kvůli úniku oleje. Reputaci si Webber napravil v tréninku na Grand Prix Brazílie, který vyhrál o 0,138 s před tamějším jezdcem, Rubensem Barrichellem. Dobrými časy pokračoval i v sobotu a v kvalifikaci skončil na 3. místě, což byl nejlepší výkon v kariéře Webbera i týmu Jaguar Racing. V závodě, který poznamenal déšť se Webber usadil na 7. příčce. Mark si chtěl ochladit pneumatiky v kalužích vody v poslední zatáčce okruhu, naneštěstí ztratil přilnavost a těžce narazil do boxové zdi z pneumatik, což mělo za následek další velkou havárii. Závod byl červenou vlajkou ukončen, Webber byl původně klasifikován jako 7., FIA ale našla chybu v měření kol a Webbera posunula na 9. místo. Markovy dobré kvalifikační výsledky se přenesly i do San Marina, ale hned v první zatáčce závodu se propadl z 5. na 11. příčku kvůli problému, který postihl oba Jaguary. V 54. kole odstoupil kvůli problému s hnací hřídelí. Byl to tak 3. závod ze 4, který nedokončil. Štěstí se ale na něj konečně usmálo v dalších závodech, první body si připsal ve Španělsku a také podepsal novou, 2letou smlouvu a měl si vydělat něco kolem 6 milionů dolarů za sezónu. Na bodech poté skončil v 5 ze 6 následujících závodech a v poháru jezdců se posunul do top 10. Sérii bodovaných umístění mu přerušil jen závod v Monaku, kde odstoupil kvůli poruše motoru. Jeden z jeho nejlepších závodů přišel v Rakousku, kde i přes start z boxů a trest projetí boxovou uličkou, zajel 3. nejrychlejší kolo závodu (pouze za oběma jezdci Ferrari) a skončil na 7. místě.