Nel 1996 ha esordito nella Nazionale spagnola Under-21, con cui ha disputato l'Europeo di categoria del 1996, perso in finale ai rigori contro l'Italia. In quella partita Raúl ha segnato su punizione il gol del pareggio spagnolo, ma poi ha sbagliato, come de la Peña, il tiro dal dischetto. In totale con la Nazionale Under-21 ha messo a segno ben 8 gol in 9 partite.