Também abrigou relíquias de alguns apóstolos: Santo André, São Lucas e Timóteo de Éfeso. Foi saqueada durante a Quarta Cruzada de 1204 e quando Constantinopla foi tomada pelos otomanos, em 1453, a igreja tornou-se a sede do patriarca por um breve período de tempo. Em 1461, foi demolida para dar lugar à Mesquita do Conquistador, onde está sepultado o sultão , que conquistou Constantinopla em 1453. A Catedral de São Marcos, em Veneza, foi parcialmente inspirada na Igreja dos Santos Apóstolos.