En 2006, il subit la baisse de forme de l'écurie japonaise et se met rarement en évidence. Après les huit premiers Grands Prix, il n'a pas encore inscrit de points. L'écurie progresse et permet à Trulli d'obtenir la quatrième place aux États-Unis, la sixième au Canada et au Japon. Il termine douzième du championnat avec quinze points, nettement moins bien qu'en 2005.