Весной 2000 года стал игроком московского «Локомотива» и дебютировал в основе в октябре того же года, выйдя на замену во втором тайме товарищеского матча с ЦСКА. В июне 2001 года выиграл Кубок России, отметившись голевой передачей в драматичном финальном матче, где «Локомотив» обыграл махачкалинский «Анжи» в серии пенальти. В том же году провёл свои первые матчи в еврокубках, где также отметился забитыми голами. По итогам сезона «Локомотив» занял второе место в чемпионате России, а Марат был признан одним из лучших игроков сезона и стал лауреатом премии «Стрелец» в трёх номинациях, впервые в истории присуждения этой премии: «Лучший атакующий полузащитник», «Самый ценный игрок» и «Надежда сезона».