V Česku hral v Baníku Ostrava, odkiaľ prestúpil v roku 1991 po jednej vydarenej sezóne za 12 miliónov Kč do anglického klubu Newcastle United, kde sa prepracoval do pozície prvého brankára. Jeho tím vtedy hral vo vrchnej polovici tabuľky anglickej Premier League. Po príchode írskeho brankára Shay Givena však začal vysedávať na lavičke náhradníkov a chytal len občas. Preto sa rozhodol ku krátkemu hosťovaniu v Baníku Ostrava, po ktorom prestúpil z Newcastlu do Sheffielde Wednesday. Tu sa stal hviezdou a aj keď sa klubu nedarilo, patril k najlepším brankárom súťaže. Tím však zostúpil a Pavel po EURO 2000 zmenil dres, prestúpil do tímu nováčika talianskej Serie A Brescia Calcio, tu sa mu však tiež príliš nedarilo a tím opustil.