Bei Ausbruch des amerikanischen Bürgerkriegs schloss er sich der Konföderierten Armee an und diente als Kommandeur des 17. Virginia Infanterie-Regiments. In der Folgezeit nahm er an allen größeren Gefechten und Schlachten der Nord-Virginia-Armee teil und wurde bis zum Brigadegeneral befördert. Bei der Zweiten Schlacht am Bull Run bei Manassas, Virginia am 30. August 1862 und bei der Schlacht am Antietam am 17. September 1862 wurde Corse jeweils verwundet. Am 6. April 1865 nahmen Unionstruppen ihn bei den Gefechten am Sailor's Creek gefangen und inhaftierten ihn als Kriegsgefangener in Fort Warren, nahe Boston, Massachusetts.