Kenraali George B. McClellanin peräännyttyä Richmondista Hooker siirrettiin kenraalimajuri John Popen alaisuuteen Virginiaan. Hooker palasi kuitenkin joukkoineen samana vuonna Potomacin armeijaan, ja hän taisteli South Mountainissa ja Antietamissa. Antietamin taistelussa hänen joukkonsa käynnisti Yhdysvaltain historian verisimmän hyökkäyksen, taisteli Stonewall Jacksonin joukkoja vastaan ja ajoi ne kohti etelää. Hooker haavoittui taistelussa jalkaan. Hän komensi Fredericsburgin taistelun aikaan joulukuussa 1862 sekä III että V unionin armeijakuntaa, ja riitautui kenraalimajuri Ambrose Burnsiden kanssa tämän määrättyä Hookerin joukot 14 kertaa turhaan hyökkäykseen. Lincolnin kärsivällisyys kuitenkin loppui ja hän siirsi McClellanin seuraajan Burnsiden pois komennosta.