ナポレオンの侵攻を受けてブラジル・リオデジャネイロ市への遷都を行い、母が没するとブラジルで即位した。本国ポルトガルでは、フランス軍を駆逐したのちイギリスの将軍が軍政を布いていた。事実上イギリスの保護国となっていた母国を苦々しく思っていたジョアン6世は、1820年にポルトで起きた「1820年自由主義革命」により帰国を革命政府から請願された。ベレスフォード将軍はイギリスへ帰国し、イギリス政府はポルトガル不介入を決定した。