Bien qu'Owen Roe O'Neill fût un général compétent, il fut débordé en nombre par l'armée Covenanter écossaise, qui débarqua en Ulster en 1642. À la suite d'un revers à Clones, il dut abandonner le centre de l'Ulster et fut suivi par des milliers de réfugiés fuyant les représailles des soldats écossais pour le massacre des Protestants lors de la rébellion de 1641. O'Neill se plaignit que la dévastation de l'Ulster fût telle que la région ne ressemblait « pas seulement à un désert, mais à l'enfer si tant est que l'enfer puisse exister sur Terre ». O'Neill fit de son mieux pour arrêter le massacre des civils protestants, ce qui lui valut la gratitude de nombre d'entre eux. De 1642 à 1646, la situation militaire se figea en Ulster, et O'Neill en profita pour entraîner et discipliner son armée. Pourtant les troupes, pauvrement ravitaillées, gagnèrent une très mauvaise réputation en pillant et en volant les civils amis autour de ses casernements, dans le Nord du Leinster et le sud de l'Ulster.