Lors de l'attaque terroriste du 11 septembre 2001, la salle des marchés et le siège, installés au World Trade Center, ont été détruits. L'activité s'est poursuivie dans des locaux de secours installés dans le Queens. En 2003, le NYBOT a conclu un accord avec le New York Mercantile Exchange (NYMEX) et a emménagé dans le World Financial Center.