Trong vòng một tháng sau khi quay trở về Norfolk, "Newport News" lại lên đường vào ngày 22 tháng 10 cùng với các đơn vị khác của Hạm đội Đại Tây Dương tiến hành phong tỏa Cuba trong vụ Khủng hoảng tên lửa tại đây. Cùng với tàu khu trục "Leary", nó đã ngăn chặn con tàu Xô-viết "Labinsk". Trong vai trò soái hạm của Đệ Nhị hạm đội, nó tham gia tuần tra khu vực Đông Bắc Cuba; và khi các tên lửa đạn đạo tầm trung của Liên Xô được tháo dỡ và di chuyển khỏi hòn đảo này, "Newport News" đã hỗ trợ trong việc giám sát. Khi việc cách ly Cuba được hủy bỏ, nó quay trở về cảng nhà Norfolk một ngày trước lễ Tạ ơn.