Nykyisen Malibun alueen alkuperäisasukkaita eli intiaaneja olivat chumashit, joiden paikallinen asutuskeskus oli nimeltään "Humaliwo". Chumashit harjoittivat kalastusta ja heidät tunnettiin myös taitavina käsityöläisinä. Ensimmäinen eurooppalainen alueella oli espanjalainen tutkimusmatkailija Juan Rodríguez Cabrillo, joka jäi ankkuriin alueen rannikolle kutsuen paikkaa nimellä "Pueblo de las Canoas" paikallisten intiaanien käyttämien kanoottien mukaan. Cabrillon vierailusta seuraavien eurooppalaisten saapumiseen kului lähes 200 vuotta. Lopulta Espanjan kuningas Kaarle III lähetti uusia tutkimusretkikuntia alueelle, jota uhkasi brittien ja venäläisten vaikutusvallan leviäminen Kaliforniassa. Ensimmäinen Juan Bautista de Anzan johtama retkikunta saapui vuonna 1775, ja mukana oli myös meksikolaisia siirtolaisia. Retkikunnan mukana olleesta Jose Bartolome Tapiasta tuli "Rancho Topanga Malibu Sequit" -tilan omistaja. Vuonna 1822 alueesta tuli osa vastaitsenäistynyttä Meksikoa. Vuonna 1845 Tapian leski myi tilansa ranskalaiselle siirtolaiselle Leon Victor Prudhommelle. Kun alue liitettiin sittemmin Yhdysvaltoihin Prudhomme menetti laillisen oikeutensa maihin asiakirjaepäselvyyksien takia. Hän jäi kuitenkin tilalleen ja myi sen vuonna 1857 irlantilaiselle Don Mateo Kellerille. Keller voitti myöhemmin laillisen oikeuden tilaan oikeudessa. Hänen poikansa Henry Keller myi edelleen maat Frederick Hastings Rindgelle vuonna 1892.