Pyszałkowaty generał, mimo wcielenia do Armii Wirginii oddziałów z Armii Potomaku McClellana, co zwiększyło jego siły do 70 tysięcy, nie miał większych szans wobec stającego naprzeciwko konfederackiego generała, Roberta E. Lee. Lee, słusznie przypuszczając, że Pope jest niezdecydowany i chwiejny, podzielił swoją mniejszą (55 tysięcy) armię, rzucając gen. mjr. Thomasa J. „Stonewall” Jacksona z 24 000 ludzi (jako dywersję) w kierunku Cedar Mountain, gdzie Jackson pobił podwładnego Pope’a, Nathaniela Banksa. Gdy Lee ruszył w kierunku Pope’a na czele reszty armii, Jackson skręcił na północ i zajął główną bazę zaopatrzeniową Pope’a w Manassas Station. Zdezorientowany i nie potrafiący znaleźć głównych sił nieprzyjaciela Pope wpakował się w pułapkę zastawioną nad Bull Run. Jego ludzie wytrzymali kombinowany atak Jacksona i Lee 29 sierpnia 1862 roku, ale następnego dnia gen. mjr James Longstreet uderzył niespodziewanie na skrzydło, skutkiem czego Armia Wirginii została rozbita i zmuszona do odwrotu.