1965 kam es zu einem Konflikt zwischen ihm und dem damaligen Luftwaffenchef Nguyễn Cao Kỳ, der von 1965 bis 1967 Ministerpräsident des Landes war und bis zu seinem Rückzug aus der Politik 1971 eine erbitterte Rivalität mit Nguyễn Văn Thiệu pflegte. Am 3. September 1967 wurde Thiệu mit 38 % der Stimmen zum Präsidenten der Republik Vietnam gewählt, 1971 erfolgte die Wiederwahl. Nach der Unterzeichnung des Pariser Friedensvertrags, den Thiệu ablehnte, blieb er noch zwei Jahre Präsident, bis er am 21. April 1975 aufgrund der bevorstehenden Einnahme Saigons durch den Viet Cong zurücktrat und nach Taiwan emigrierte. Nachfolger als Präsident wurde Trần Văn Hương. Nach dessen Scheitern wurde Dương Văn Minh am 28. April 1975 erneut Präsident Südvietnams, doch ihm blieb es nur noch übrig am 30. April die Kapitulation gegenüber dem Viet Cong und die Auflösung der südvietnamesischen Regierung zu verkünden.