Die Bezeichnung "Cuajimalpa" leitet sich von dem Begriff "Cuauhximalpan" ab. Dieser stammt aus dem Nahuatl und wird aus den Wörtern "Cuauhximalli" (Holzspäne) und "pan" (Lokativ) gebildet. Der Begriff bezeichnet daher vermutlich ein Sägewerk oder meint in etwa "Auf den Holzspänen". Beide Interpretationen verraten, dass viele der ursprünglichen Bewohner Holzfäller bzw. Holzschnitzer waren. Der Zusatz "de Morelos" wurde erst 1970 zu Ehren von José María Morelos, einem Helden des mexikanischen Unabhängigkeitskrieges, hinzugefügt.