В годы татаро-монгольского ига собор был разграблен, утраченная кровля была восстановлена лишь во второй половине XIII века. В 1611 году храм пострадал от пожара, при восстановлении его перестроили в костёл, старые апсиды разобрали и заменили более крупными. Здание передали доминиканскому монастырю, только после войны 1648—1654 годов его вернули православной церкви. Около 1672 года к западной части храма добавили восьмигранную башню под барочным куполом-фонариком с высоким шпилем. В 1700—1702 годах при очередной перестройке в соборе появились колокольня и коллегиум.