בקיץ 2019 מונה פליק כעוזר המאמן בבאיירן מינכן, תחת המאמן הראשי ניקו קובאץ'. בנובמבר 2019 פוטר קובאץ', ופליק מונה במקומו כמאמן עד לתום העונה. פליק הצליח לייצב את הקבוצה, שהתאפיינה בחוסר יציבות בתקופת קובאץ', וזכה עם באיירן באליפות ובגביע הגרמני ב&lt;a href="%D7%A2%D7%95%D7%A0%D7%AA%202019/2020%20%D7%91%D7%91%D7%95%D7%A0%D7%93%D7%A1%D7%9C%D7%99%D7%92%D7%94"&gt;עונת 2019/20&lt;/a&gt;, לאחר שהצליחה הקבוצה לסגור פער של שבע נקודות ליגה. בנוסף, זכה עם הקבוצה בליגת האלופות, לאחר ניצחון 0–1 במשחק הגמר על פריז סן-ז'רמן. בעקבות הזכייה בטרבל עם באיירן מינכן, זכה פליק בתוארי מאמן השנה של אופ"א ומאמן השנה בגרמניה ב-2020. ב-24 בספטמבר זכה עם באיירן מינכן גם בסופר קאפ האירופי עם ניצחון 1–2 על סביליה הספרדית. שבוע אחר מכן, ב-30 בספטמבר, ניצחה באיירן מינכן 2–3 את בורוסיה דורטמונד במשחק הסופר קאפ הגרמני וזכתה בתואר, ובכך זכה פליק עם באיירן מינכן בחמישה תארים בעונה אחת. בפברואר 2021 הוסיף תואר נוסף השייך לעונת 2020, כשזכה עם הקבוצה בגביע העולם למועדונים. ב-17 באפריל 2021 פליק הודיע כי החליט לעזוב את באיירן מינכן בסיום &lt;a href="%D7%A2%D7%95%D7%A0%D7%AA%202020/2021%20%D7%91%D7%91%D7%95%D7%A0%D7%93%D7%A1%D7%9C%D7%99%D7%92%D7%94"&gt;עונת 2020/2021&lt;/a&gt;.