Le mandat de Calès est renouvelé le 20 nivôse an V (). Il prend part peu après au coup d'État du (journée du 18 fructidor an V) mené contre les royalistes devenus majoritaires au Conseil des Cinq-Cents et au Conseil des Anciens et concourt de tout son pouvoir au succès de cette journée. Il fait, par ailleurs, plusieurs rapports au Conseil (qui sont adoptés) sur le costume des représentants, sur celui des secrétaires, des messagers d'État et des huissiers du Corps législatif, sur la création d'écoles de santé à Paris, Angers, Bruxelles et Montpellier (12 brumaire an VI - ), sur l'enseignement médical (29 germinal an VII - ), et sur l'organisation de l'École polytechnique (rapport dans lequel il demande, entre autres, qu'on n'y admît que « des jeunes gens connus par leur civisme »).