Nach der Liberalen Revolution 1820 verschrieb er sich den Absolutisten und befehligte die Truppen König D. Miguels I. im heraufziehenden Bürgerkrieg, dem Miguelistenkrieg. Er erlitt in der Schlacht von Vila da Praia (heute Praia da Vitória) am 11. August 1829 eine erste Niederlage auf den Azoren gegen liberale Truppen unter dem Herzog von Terceira, fiel dabei jedoch durch militärische Qualitäten auf. Lemos stieg danach zu einem der wichtigsten Generäle der miguelistischen Truppen auf. Er war danach maßgeblich an der schließlich erfolglosen Belagerung von Porto 1832 beteiligt und an der als "Linhas de Lisboa" bekannten, schließlich ebenfalls erfolglosen Verteidigung der Hauptstadt 1833.