אף על פי שהצביע כנגד האולטימטום לאימפריה הבריטית והתנגדותו למלחמה עם בריטניה, כאשר פרצה מלחמת הבורים השנייה הוא יצא למלחמה. עם תחילת המלחמה הוא מונה לסגנו של מאייר שמונה לגנרל האחראי ליחידות הקומנדו של דרום מזרח טרנסוואל וזאת אף על פי שהחזיק בדרגה צבאית זוטרה כפילדקורנט. עם תחילת הפלישה למושבת נטאל, בותה והקומנדו של פריהייד נשלחו על ידי מאייר לסייר באזור נהר הבופלו, שם בותה ויחידת הקומנדו שתחת פיקודו תפסו עמדה של משטרת נטאל ושבו חמישה שוטרים. יחד עם הגנרל דה לה ריי, היה בותה אחד מהמפקדים הבורים הראשונים לשבות כוח בריטי במלחמה. עם התקדמות הכוחות הבורים לתוך נטאל, בותה ומאייר כמעט ונפלו בשבי הבריטים כאשר סיור בריטי הגיע לחווה בה ביקרו אבל הם הצליחו לחמוק מן הדלת האחורית. במהלך ההתקפה על ליידיסמית' מאייר מסר לבותה בן השלושים ושבע את הפיקוד על קומנדו של 2,000 איש, בותה הצליח להגן על הארטילריה הבורית מהתקפת פרשים בריטית. בותה ניסה לנצל את הנסיגה המבוהלת של הכוח הבריטי כדי להסתער על ליידיסמית' עצמה אבל הוראה ישירה מהגנרל יוברט אסרה עליו לרדוף אחרי האויב הנסוג.