Nel corso della sua storia numerosi personalità abitarono la reggia da Giuseppe Bonaparte a Gioacchino Murat ai Borbone: anche Carolina Bonaparte, sorella di Napoleone, vi soggiornò a lungo. Con l'unità d'Italia, la tenuta passò tra i Beni Riservati della Corona di Casa Savoia, trasferita poi al demanio dello Stato. Nel 1879 fu acquistata dal comune e data in concessione lo stesso anno a privati che la trasformarono in un albergo, chiamato "Royal Hotel Quisisana". Alla fine degli anni sessanta, dopo che per brevissimo periodo fu adibita ad ospedale, la reggia venne abbandonata. Gravi danni si aggiunsero a quelli causati dall'incuria e da infiltrazioni d'acqua, a seguito del Terremoto dell'Irpinia del 1980, provocando il crollo parziale di alcune mura, solai e scale: intanto ornamenti e stucchi vanno completamente persi. Ridotto a uno stato di rudere, dopo una serie accurata di studi iniziano i lavori di restauro che terminano nel 2008. Dal 2020 ospita il Museo archeologico di Stabia Libero D'Orsi.