Був фактичним главою державного перевороту 29 липня 1966 року (спровокованого засиллям християн-ігбо у владних структурах та утисками сіверян), проте влада була передана Якубу Говону. Під час громадянської війни Мухаммед був командиром 2-ї дивізії, що активно діяла в Біафрі. У ході бойових дій його дивізія, не дочекавшись наведення мостів, з великими втратами з третьої спроби зуміла форсувати річку Нігер. У 1968 році у зв'язку з «некерованістю» і відмовами виконувати накази генерального штабу був відкликаний з командування дивізією, однак йому присвоюється звання полковника, і він призначається генеральним інспектором військ зв'язку. З 25 січня 1976 — міністр зв'язку.