Desde 1686, el territorio de la colonia fue administrativamente unificado por Jacobo II de Inglaterra con las otras colonias de Nueva Inglaterra en el Dominio de Nueva Inglaterra. El dominio fue gobernado por Sir Edmund Andros sin ninguna representación local más allá de los consejeros elegidos a mano, y fue extremadamente impopular en Nueva Inglaterra. Las autoridades de Massachusetts conspiraron para arrestar a Andros en abril de 1689 después de la Revolución Gloriosa de 1688 en Inglaterra, y se reestableció el gobierno bajo las formas de la carta revocada. Sin embargo, los disidentes del gobierno puritano argumentaron que el gobierno carecía de una base constitucional adecuada, y algunas de sus acciones fueron resistidas sobre esa base. Los años de 1689 a 1692 también fueron difíciles, ya que la colonia estaba en la vanguardia de la Guerra del Rey Guillermo, y sus comunidades fronterizas fueron devastadas por ataques organizados en Nueva Francia y conducidos por grupos de saqueo franceses e indios.