Die Wanli-Ära war ab 1582 gekennzeichnet von schweren außenpolitischen Krisen: 1583 fielen die Birmanen in die Provinz Yunnan ein, in dessen Folge Wanli Birma besetzen ließ. Im gleichen Jahr griffen chinesische Militärbeamte in der Mandschurei ein. Zusammen mit dem Jurchen-Fürsten Nikan Wailan griff die Ming-Armee die Stadt Gure an. Dabei wurden der Stammeshäuptling Giocangga und sein Sohn Taksi getötet. Taksis ältester Sohn Nurhaci stellte daraufhin seine eigene Armee auf, unterstützte aber zunächst noch die Ming im Koreakrieg von 1593 bis 1598. 1606 fielen die Jurchen jedoch eigenmächtig in Korea ein. Nachdem sie sich mit den Ostmongolen gegen die Chaharmongolen verbündet hatten, betrieben die Jurchen ab 1609 eine immer aggressivere Politik gegen die Ming. Ab 1618 erklärte Nurhaci sein Herrscherhaus zur "Späten Jin-Dynastie" und begann den chinesischen Kaiserthron für sich zu beanspruchen. Gleichzeitig besetzte er Fushun, einen Teil von Liaoning, und unternahm Einfälle in den Norden Chinas. Die chinesischen Gegenoffensiven im Nordosten scheiterten 1619, trotz zahlenmäßiger Überlegenheit der Ming-Armee. Letztendlich sollten die Jurchen siegreich bleiben und unter dem neuen Namen "Mandschu" eroberten sie 1644 Peking.