Ha giocato anche i Mondiali di calcio 2002, segnando la rete della vittoria con l' e firmando l'assist dopo un dribbling e un tunnel per la rete di Patrick Mboma nel match con l'. Nel 2003 Eto'o partecipò alla Confederations Cup, arrivando fino alla finale persa con la , dopo la semifinale in cui perse la vita il compagno Foé; nel primo match del torneo segnò un gol al Brasile permettendo alla sua Nazionale di ottenere la prima vittoria di sempre contro la "Seleção".