Maldini debuterade redan som 16-åring i Serie A för AC Milan den 20 januari 1985 när Nils Liedholm bytte in honom istället för en skadad spelare. Han utvecklades snabbt till en av världens bästa vänsterbackar och gjorde sitt första stora mästerskap för Italien i EM 1988. I klubblaget AC Milan firade Maldini stora triumfer under 90-talet med flera ligatitlar och segrar i Champions League. Maldini var del AC Milans legendariska försvarslinje tillsammans med Franco Baresi, Mauro Tassotti och Alessandro Costacurta.