FC Carl Zeiss Jena adalah sebuah klub sepak bola Jerman yang berbasis di Jena, Thuringia. Klub ini dibentuk pada tahun 1903 dan awalnya berasosiasi dengan pabrikCarl Zeiss AG. Klub ini sempat menjadi yang terkuat di Jerman Timur sejak 1960-an hingga 1980-an, dengan berhasil menjuarai DDR-Oberliga dan FDGB-Pokal tiga kali dan mampu mencapai Final Piala Winners Eropa 1981. Sejak penyatuan kembali Jerman pada tahun 1990, klub ini tidak pernah tampil lebih tinggi dari divisi kedua. Pada musim 2019–2020, Jena bermain pada 3. Liga setelah mendapatkan promosi dari Regionalliga Nordost pada tahun 2017.