Bodo von Harbou werd aan het begin van de Tweede Wereldoorlog chef van de Commandostaf ("Kommandostab") van de militaire gouverneur van bezet België. Hij was verantwoordelijke voor het militaire aspect van het bestuur. Zijn superieur was generaal Alexander von Falkenhausen, de militair gouverneur van België en Noord-Frankrijk. In 1943 werd von Harbou bevorderd tot kolonel en lid van de generale staf. Hij was in diezelfde periode betrokken bij de eerste voorbereidingen van de aanslag op Hitler, die door kolonel Claus Schenk von Stauffenberg op 20 juli 1944 zou gepleegd worden en die mislukte.