В 1692 году Пётр I утвердил личный флаг, известный как «флаг царя Московского». Это было прямоугольное полотнище с тремя горизонтальными полосами: белой, синей и красной — прообраз современного флага России. В центре флага был вышит герб России — золотой двуглавый орёл. В 1697 году для военных кораблей учреждается специальный кормовой флаг, который отличался от «флага царя Московского» тем, что на нём не было герба и соотношением сторон — 1:1,8. До 1720 года в России уменьшенная копия кормового флага выполняла роль гюйса. В конце XVIII века при Павле I некоторые русские корабли в качестве кормового поднимали красный флаг с белым крестом иоаннитов. Этот флаг был создан как кормовой знак мальтийских эскадр. 16 декабря 1798 года Павел I был избран великим магистром мальтийского Ордена святого Иоанна Иерусалимского. В связи с этим он планировал создать мальтийский флот базирующийся для обеспечения интересов Российской империи в Средиземном море. Флаг был упразднен после смерти императора. В 1797 году корабли Морского Кадетского корпуса получили свой кормовой флаг, где в центре Андреевского флага в красном овале размещался герб учебного заведения. С 1827 года корабли учебных морских экипажей получили право поднимать особенный флаг, где также в красном овале было изображение пушки и якоря. В 1828 году был учреждён флаг «для лоции»: на Андреевском флаге в центре располагался рисунок чёрной катушки компаса с золотым якорем, указывающим на север. Однако в 1837 году этот флаг был заменён учреждённым в 1829 году флагом генерал-гидрографа, который имел так же чёрную катушку компаса, но в синем крыже. В 1815-1833 гг. существовал кормовой флаг для военных судов Царства Польского: Андреевский флаг с небольшим красным крыжем, с белым польским орлом. Данный флаг был отменён после поражения Польского восстания 1830-1831 годов. В 1865 году были отменены все, кроме Андреевского, кормовые флаги.