Trots att han spelade sin första landskamp redan 1998 dröjde mästerskapsdebuten till EM 2008 i Norge. Doder spelade där som förstaval som mittnia. Han spelade sedan i VM 2009, EM 2010, VM 2011, EM 2012 och 2012 OS i London som blev hans sista mästerskap. Efter fjärdeplatsen i VM 2011 på hemmaplan utsågs han till turneringens bästa mittnia. Petningen ur landslaget tog Dalibor Doder hårt.