После того, как буры Трансвааля в 1895 году окружили и взяли в плен отряд британца Джеймсона, планировавшего поднять в Трансваале антибурское восстание «ойтландеров», — Жубер руководил постройкой системы укреплений в стране на случай войны. При этом он был сторонником умеренных уступок требованиям Англии и в связи с этим конфликтовал с П. Крюгером. Тем не менее, во время войны с Англией он был назначен командующим вооружённых сил Трансвааля. Но в ведении боевых действий он не проявлял инициативы и свои главные силы (около 21 000 человек) сосредоточил вокруг осаждённого Ледисмита (с гарнизоном 12 500). Это было ошибкой, так как время, когда было возможно оккупировать Наталь, было упущено, и англичане смогли перебросить в страну необходимые подкрепления.