Éloignée du terrain d'action européen, l'Indochine française doit faire face aux exigences de l'empire du Japon, qui souhaite pouvoir y faire transiter ses troupes pour couper le ravitaillement de la République de Chine à laquelle l'oppose une guerre depuis 1937. En , le gouverneur Georges Catroux cède à certaines demandes japonaises en interdisant le trafic vers Kunming. Le gouvernement de Vichy, mécontent, le remplace par l'amiral Jean Decoux, qui prend ses fonctions fin juillet (sur le chemin du retour, Catroux profite de son escale à Singapour pour rejoindre la France libre). Le 30 août, Vichy signe un accord avec le Japon donnant satisfaction aux demandes de ce dernier et reconnaissant sa position privilégiée en Extrême-Orient, en échange de la reconnaissance de la souveraineté française sur l'Union indochinoise. Le , devant les lenteurs de l'application de l'accord, les troupes japonaises de l'Armée du Guandong réalisent une invasion du territoire indochinois, afin d'y stationner leurs forces et de couper la route d'approvisionnement des Chinois. Dans les semaines qui suivent, l'Indochine connaît un conflit avec la Thaïlande qui cesse grâce à la médiation japonaise et à l'issue duquel la Thaïlande annexe les provinces de Battambang et Siem Reab, prises au Protectorat du Cambodge, ainsi que le Pak-Lay et le Bassac, prises au Protectorat du Laos. La Thaïlande soutient par ailleurs le mouvement indépendantiste cambodgien des Khmers issarak.