Vuonna 1987 al-Majidista tuli Baath-puolueen Pohjois-Irakin alueen johtaja. Pohjoinen-Alue käsitti myös niin sanotun Irakin Kurdistanin alueen. Tuolloin parhaillaan käynnissä ollut Irakin–Iranin sota oli kiihdyttänyt aluetta asuttavien kurdien aseellista liikehdintää keskushallintoa vastaan. Al-Majid johti kurdien liikehdinnän tukahduttamiseen tähdänneitä toimenpiteitä, jotka tulivat tunnetuksi al-Anfalina. Al-Majid määräsi esimerkiksi kurdisiviilejä vastaan tehtävän sinappikaasuhyökkäyksiä. Erityisen verisessä kaasuiskussa Halabjassa kuoli joidenkin arvioiden mukaan yli 5 000 henkilöä. Toiminnastaan al-Majid sai liikanimen "Kemikaali-Ali". Kaasuiskuja ja muita sotilaallisia toimenpiteitä seurasi edelleen alueen arabilaistaminen, jonka aikana kurdeja pakkosiirrettiin kotiseuduiltaan ja heidän tilalleen tuotiin arabeja.