V bezprostřední blízkosti hradu založil král Václav I. klášter minoritů (1226–1239), později zde vznikl i klášter klarisek (1271–1274). Po bitvě na Moravském poli (26. srpna 1278) byl v minoritském klášterním kostele Nanebevzetí Panny Marie pohřben český král a moravský markrabě Přemysl Otakar II. (1279). V roce 1296 přenesl Václav II. pozůstatky svého otce do chrámu svatého Víta v Praze. V lednu 1307 se u znojemských minoritů sešli český král Rudolf Habsburský a jeho otec, římskoněmecký král Albrecht I., aby zde vyhlásili nový řád posloupnosti panovníků na českém trůnu, který však kvůli brzké Rudolfově smrtí a odlišné vůli české šlechty nikdy nevešel v platnost. Za vlády krále Jana Lucemburského bylo město několikrát dáno do zástavy vévodům rakouským. V roce 1404 bylo jako bašta stoupenců moravského markrabího Prokopa Lucemburského dva měsíce neúspěšně obléháno vojsky rakouského vévody Albrechta IV. a uherského krále Zikmunda Lucemburského. V husitských válkách první poloviny 15. století zůstalo město katolické a stálo na straně českého krále a římského císaře Zikmunda Lucemburského. Jeho smrtí ve Znojmě 9. prosince 1437 vymřela dynastie Lucemburků.