Narodil se v rodině židovského obchodníka, roku 1897 konvertoval k pravoslaví. Vystudoval stavební inženýrství v Petrohradě, absolvoval roku 1893. Po studiích se přestěhoval do Rigy, kde působil do roku 1917. Po říjnové revoluci se připojil k bělogvardějcům. Jeho syn se rozhodl připojit k bolševikům, což ukončilo jejich vztah. Po skončení ruské občanské války a vítězství bolševiků se Ejzenštejn usadil v Berlíně, kde v roce 1920 zemřel. Byl pohřben na ruském pravoslavném hřbitově v Berlíně.