Al producirse la ocupación de la ciudad de Salta por el ejército realista de Pío Tristán, Arrigunaga le aportó auxilios económicos y de ganado, colaborando en el avance hacia San Miguel de Tucumán. Tras la Batalla de Tucumán, la ciudad de Salta fue brevemente ocupada por una avanzada patriota; Arrigunaga fue arrestado y una parte de sus bienes incautados. Ofreció tal resistencia física cuando se pretendió trasladarlo a Tucumán que logró ser dejado en Salta. Prestó asistencia económica y organizó el servicio médico a los realistas durante la Batalla de Salta. Cuando la ciudad cayó en manos patriotas, ocultó en su casa al obispo Nicolás Videla del Pino.