Na jaře 1943 působily její letouny z pozemních základen v Rabaulu, zatímco "Džunjó" byla až do srpna 1943 převážně buďto v Truku a nebo v Japonsku. Dne 5. listopadu 1943 byla v průlivu Bungo zasažena jedním torpédem z ponorky USS "Halibut" a až do 11. května 1944 zůstala v Japonsku. Zúčastnila se bitvy ve Filipínském moři, ve které byla 20. června odpoledne zasažena dvěma pumami. Po opravách v Japonsku se počátkem listopadu 1944 zúčastnila speciální zásobovací operace s cílem dopravit Kuritovu loďstvu do Bruneje zásoby a munici. Poté se opět vrátila do Japonska.