Το όνομα Ιωάννινα εμφανίζεται για πρώτη φορά το 879, στα πρακτικά της Τέταρτης Συνόδου της Κωνσταντινουπόλεως, οι οποίες αναφέρουν έναν Ζαχαρία, επίσκοπος Ιωαννίνων, βοηθό επίσκοπο του Μητροπολίτη Ναυπάκτου. Μετά την βυζαντινή κατάκτηση της Βουλγαρίας, το 1020 ο αυτοκράτορας Βασίλειος Β΄ (βασ. 976-1025) υπήγαγε την τοπική επισκοπή στην Αρχιεπισκοπή Αχρίδας. Η συνθήκη διαχωρισμού των βυζαντινών εδαφών μετά την Τέταρτη Σταυροφορία υπόσχεται να δώσει τα Ιωάννινα στους Ενετούς, αλλά τελικά συμπεριλήφθηκαν στο νέο Δεσποτάτο της Ηπείρου που ιδρύθηκε από τον Μιχαήλ Α΄ Κομνηνό Δούκα.