Im Zuge der 1848er Revolution wurde Bedřich Bloudek von den Ideen des Panslawismus erfasst. Er nahm im Sommer 1848 am Slawenkongress in Prag teil und zeichnete sich auch bei den dortigen Barrikadenkämpfen im Zuge des Prager Pfingstaufstands aus. Im Herbst 1848 beteiligte er sich dann an führender Stelle am Slowakischen Aufstand. Am 16. September 1848 rückte er als Anführer eines rund 600 Mann starken Freikorps, das größtenteils aus tschechischen Studenten bestand, von Mähren aus in die heutige Slowakei ein. Der Trupp, dem sich auch zahlreiche Slowaken anschlossen, erreichte Myjava, wo zwei Tage später die Unabhängigkeit der Slowakei von Ungarn erklärt wurde. Sein Feldzug führte Bloudek weiter nach Brezová pod Bradlom, Senica und Stará Turá. Schließlich war er aber gezwungen, sich bereits am 28. September 1848 wieder nach Mähren zurückzuziehen.