Vuonna 1551 Henrik II nimitti Ramuksen filosofian ja kaunopuheisuuden professoriksi Collège de Franceen, jossa hän luennoi huomattavan ajan, joskus jopa 2000-päiselle yleisölle. Ramus julkaisi elämänsä aikana visiikymmentä teosta, ja hänen kuolemansa jälkeen julkaistiin vielä yhdeksän lisää. Vuonna 1561 häneen alettiin kuitenkin suhtautua vihamielisesti, koska hän oli omaksunut protestanttisuuden. Hän joutui pakenemaan Pariisista, ja vaikka hän löysikin pakopaikan Fontainebleaun palatsista, hänen kotinsa tuhottiin ja kirjastonsa poltettiin hänen poissa ollessaan. Hän jatkoi professorina jonkin aikaa tämän jälkeen, mutta vuonna 1568 tilanne oli jälleen niin uhkaava, että hän katsoi paremmaksi pyytää lupaa matkustaa pois. Palattuaan Ranskaan vuonna 1572 hän joutui vastustajiensa uhriksi Pärttylinyön verilöylyssä 24. elokuuta.