2001 ließ Christoph Eimer die Halleneuropameisterschaft aus, gehörte aber bei der Champions Trophy zum Siegerteam. Im Finale der Weltmeisterschaft 2002 in Kuala Lumpur leitete er den Angriff ein, der zum zweiten Treffer beim 2:1-Sieg über Australien führte, es war der erste Gewinn des Weltmeistertitels für Deutschland. 2003 gewann Christoph Eimer mit der deutschen Mannschaft drei große Titel: Im Januar siegte das Team bei der Halleneuropameisterschaft, im Februar gewann die Mannschaft in Leipzig die erste Hallenweltmeisterschaft und im September folgte der Titel bei der Europameisterschaft im Feldhockey. 2004 gewann er die Bronzemedaille bei den Olympischen Spielen.