En 1692, il fait la connaissance de Louis van Assembourg, vice-amiral de la flotte du Danube, qui le fait engager. L'amiral, le marquis de Fleury, pirate à ses heures, créateur de la flotte du Danube, le nomme capitaine, et Saint-Saphorin prête serment à l'empereur du Saint-Empire romain germanique Léopold. Après la mort de Fleury en 1693, Saint-Saphorin est nommé capitaine-major en 1694, puis vice-amiral en 1696. Il reçoit le commandement de la flotte en 1697 après la disgrâce d'Assembourg, mais conserve son titre de vice-amiral. Il participe aux campagnes navales successives: siège de Belgrade (1693), bataille de Petervaradin (1694), campagne puis désastre du Tibisque (1695-96), victoire de Zenta (1697, où la flotte ne joue cependant qu'un rôle mineur). En 1697 il devient le protégé du Prince Eugène, qui "comprit que Monsieur de Saint-Saphorin était fait pour quelque chose de mieux que de jouer à l'amiral sur le Danube". En 1700 il quitte sa fonction, en 1703 la flotte de Fleury est démantelée.