W czasie wojny z ZSRR na wschodzie zawieszono wszelkie niewojskowe transporty pociągów. Na ich miejsce powstały specjalne pociągi do przewożenia Żydów do obozów śmierci. SS dysponowała pociągami przewożącymi każdego dnia 5000 Żydów do obozu zagłady w Treblince i dwa razy w tygodniu 5000 do Bełżca. Poza obozami, najbardziej znanym miejscem ludobójstwa jest wąwóz Babi Jar koło Kijowa, gdzie w 1941 zamordowano ok. 100 000 Żydów, a także podwileńskie Ponary, gdzie naziści wymordowali prawie 80 000 Żydów.