Nel 1921 la CCI pugliese (affiliata dell'organizzazione scissa dalla FIGC) istituisce per la prima volta un proprio girone regionale di Prima Divisione, la massima serie italiana del tempo; il club biancoverde vi si iscrive con l'Audace, il Liberty di Bari (ufficioso erede del F.B.C. Bari sciolto nel 1915, di cui ha raccolto diversi giocatori e dirigenti) e il tarantino Veloce Foot-Ball Club. La Pro Italia chiude il girone regionale al secondo posto, con un punto in meno dei cugini audaciani, che hanno prevalso nei derby (2-2 all'andata e 2-1 al ritorno). Nella stagione successiva, in cui i campionati tornano ad essere gestiti dalla FIGC, il primato regionale è proitaliano, con pari riscatto nelle stracittadine rispetto all'anno passato (2-2 e vittoria 2-1); il team biancoverde non disputa le finali di Lega Sud perché vietato dalla posizione di cinque suoi calciatori, militari della Marina italiana.