Der Streit zwischen Agramonteses und Beaumonteses mündete zwischen 1512 und 1515 in einen Bürgerkrieg. Fadrique Álvarez de Toledo eroberte für König Ferdinand II. von Aragón und Kastilien-León den südlich der Pyrenäen gelegenen Teil des Königreichs. Katharina und ihr Ehemann Jean d’Albret flohen in den Reichsteil nördlich der Pyrenäen. Der nunmehr mit dem Königreich Kastilien-León und den Ländern der Krone Aragón zum Königreich Spanien vereinigte südliche Teil Navarras wurde von 1512 bis 1702 von spanischen Vizekönigen verwaltet.