Im Madison wurde Joan Llaneras 1997 zum ersten Mal Weltmeister mit Miguel Alzamora. Sein Standardpartner in den folgenden Jahren wurde aber Isaac Gálvez. Mit ihm wurde er 1999 und 2006 Weltmeister und 2000 sowie 2001 Vize-Weltmeister. 2006 bestritt Llaneras gemeinsam mit Gálvez das Sechstagerennen von Gent, bei dem sein Partner Gálvez an den Folgen eines Sturzes starb. Anschließend dachte Llaneras darüber nach, seine Radsportlaufbahn zu beenden, ging aber 2007 doch wieder an den Start.