Für die Anfang 1945 losbrechende Schlacht um Ostpreußen wurde die 2. Stoßarmee an den Narew-Abschnitt der 2. Weißrussischen Front überstellt. Ab dem 14. Januar 1945 griffen seine Truppen aus dem im Raum Różan an und brachen im Rahmen der Mlawa-Elbinger Operation zur Ostsee durch. Am 10. Februar konnte Elbing eingenommen werden. Nach der Schlacht um Ostpommern wurden seine Truppen zum Angriff auf die letzten deutschen Truppen in Westpreußen umgruppiert, am 30. März fiel Danzig in sowjetische Hand. Für die folgende Operation wurde seine Armee an den nördlichen Oder-Abschnitt bei Stettin verlegt. Ende April nahmen seine Truppen unter Marschall Rokossowski an der Stettin-Rostocker Operation teil, besetzte dabei Stralsund und die dortigen Inseln. Am 24. Juni 1945 nahm Generaloberst Fedjuninski an der großen Siegesparade in Moskau teil. Seine Armee blieb als Teil der Sowjetischen Militäradministration in Deutschland in Mecklenburg (Hauptquartier in Schwerin) stationiert.