Вскоре Борко был отправлен в лагерь Меджуречье-Иваница. В апреле 1941 года он вернулся в Прилеп и вошёл в местный комитет КПЮ. 23 июня 1941 года после нападения Германии на СССР на экстренном партийном совещании выступил с речью, в которой подчеркнул важность победы СССР над гитлеровской Германией. С начала июля в рядах Народно-освободительной армии Югославии, с сентября состоял в политбюро. 11 октября участвовал в походе на Прилеп, ставшем началом народно-освободительной борьбы в Македонии.