Wykopaliska w dzielnicy Al-Balad wskazują, iż miasto zostało założone przez przybyszów z terenów obecnego Jemenu ok. 500 roku p.n.e wpierw jako wioska rybacka. Inne badania wykazały, że obszar ten był zamieszkany wcześniej, już w epoce kamienia. Tereny te zostały odwiedzone przez Aleksandra Wielkiego. Dżudda nabrała znaczenia w 647 roku, gdy trzeci kalif Usman ibn Affan uczynił z miasta port przyjmujący pielgrzymów przybywających do Mekki. Z racji bycia bramą do świętego miasta, wielokrotnie była podbijana. W 969 Fatymidzi przejęli kontrolę nad Egiptem i rozszerzyli swe wpływy na sąsiednie rejony w tym Dżuddę. Rozwinęli w tym czasie szlaki handlowe łączące basen Morza Śródziemnego i Ocean Indyjski, przy wykorzystaniu Morza Czerwonego. Następnie miasto wchodziło w skład różnych imperiów. W roku 1177 – Ajjubidów, w 1254 – Sułtanatu Mameluków, a w 1517 – Imperium Osmańskiego. Turcy wzmocnili mury obronne miasta, aby chronić się przed atakami Portugalczyków którzy w tym okresie odwiedzali te tereny podczas wypraw do Indii. W 1802 miasto zajęli walczący o oderwanie od Imperium Osmańskiego żołnierze, ale Turcy odzyskali miasto w 1813. Podczas I wojny światowej Said Husajn ibn Ali próbował ponownie uniezależnić się od Turków, a także stworzyć wielkie państwo od Syrii do Jemenu. Założył w czerwcu 1916 r. sprzymierzone z państwami ententy Królestwo Hidżazu i walczył z Ibn Saudem o terytorium. Zrezygnował w 1924 po upadku Mekki, a jego syn stanął na czele ziem pozostałych w królestwie. Kilka miesięcy później Dżuddę ostatecznie przejął Ibn Saud i wcielił do nowo powstałego państwa w grudniu 1925.