Auf Druck Kastiliens und der Inquisition mussten sich Juden unter König Manuel I. 1496/97 taufen lassen oder wurden (zusammen mit Muslimen) vertrieben. Auch die Marranen genannten "Neuchristen" waren verschiedenen Diskriminierungen unterworfen, beispielsweise waren ihnen öffentliche Ämter sowie das Einheiraten in adlige Familien untersagt. Die Situation verbesserte sich während der Personalunion Portugals mit Spanien, und während des Restaurationskrieges bzw. nach der Wiederherstellung der portugiesischen Unabhängigkeit 1640 wurde verstärkt um Investitionen jüdischer Geschäftsleute geworben. Ab 1800 nahm ihre Zahl allmählich zu.