През 1807 година Малаховски постъпва като полковник в армията на създаденното от френския император Варшавско херцогство. Участва в похода на Наполеон към Москва през 1812 (в края на кампанията е произведен в звание бригаден генерал) и в бойните действия в Германия през следващата година. Край Лайпциг е пленен за трети път.