Vuonna 1993 Kramnik pelasi turnauksessa Linaresissa, jossa olivat paikalla maailman parhaat pelaajat Nigel Shortia lukuun ottamatta. Hän oli viides tuloksella +2 ja voitti myös maailman kolmospelaaja Vasyl Ivantšukin. Hän oli vähällä voittaa Karpovin, joka kuitenkin puolusti sitkeästi lähes 100 siirtoa kestäneessä pelissä, joka päättyi lopulta tasan. Kramnik kertoi oppineensa, että yksi suurimmista eroista maailman parhaiden pelaajien ja "pelkkien" vahvojen suurmestarien välillä on puolustustaidoissa. Seuraavan vuoden Linares-turnauksessa hän voitti ensimmäistä kertaa elämässään pelin Kasparovia vastaan. Kramnik saavutti sarjan hyviä tuloksia ja otti ensimmäisen suuren turnausvoittonsa Dortmundissa 1995. Samana vuonna hän keräsi kokemusta Kasparovin avustajana Anandia vastaan PCA:n maailmanmestaruusottelussa, jonka Kasparov voitti.