Jawhar Mnari zadebiutował w reprezentacji Tunezji 12 sierpnia 2002 roku w meczu przeciwko Francji. W 2004 zdobył z drużyną Rogera Lemerre'a mistrzostwo Afryki, wygrywając turniej o Puchar Narodów Afryki rozgrywany w Tunezji. W 2006 natomiast został powołany na Mistrzostwa Świata, na których zadebiutował w pierwszym meczu grupowym z Arabią Saudyjską, zaś w drugim meczu z Hiszpanią, przegranym 1:3, zdobył bramkę. Do tej pory rozegrał dla drużyny narodowej 37 meczów i zdobył 4 gole.