Während der Al-Aqsa-Intifada wurden vier Merkavas zerstört: Im Februar 2002 fuhr ein Merkava III auf eine Bombe bei Netzarim, als er einem Angriff auf einen Siedlerkonvoi begegnen wollte. Das Fahrzeug wurde dabei völlig zerstört, alle vier Insassen kamen ums Leben. In der gleichen Region fuhr am 14. März 2002 später ein weiterer Merkava II/III auf einen Sprengsatz, der drei Soldaten tötete und den Panzer zerstörte. Ein dritter Merkava II/III wurde im September 2002 bei Gusch Katif durch eine Sprengladung mit über 100 kg zerstört, wobei ein Soldat starb und drei verwundet wurden. Im Februar 2003 folgte ein weiterer Mark III bei Dugit, wobei alle Insassen getötet wurden.