Dopo la Pace di Basilea (5 aprile 1795), Scharnhorst ritornò ad Hannover. Era diventato talmente famoso presso gli eserciti dei vari Stati alleati germanici che ricevette numerosi inviti a prestare i propri servigi. Questo lo indusse infine ad impegnarsi con il re Federico Guglielmo III di Prussia, che gli concesse un titolo nobiliare, il grado di tenente colonnello e uno stipendio più che doppio rispetto a quello che aveva ricevuto ad Hannover (1801). L'Accademia di Guerra di Berlino lo impiegò come conseguenza logica nell'importante attività d'istruzione (ebbe fra i suoi pupilli Carl von Clausewitz) e fondò la Società Militare Berlinese. Nella mobilitazione e nelle misure cautelative che contrassegnarono gli anni 1804 e 1805, e nella guerra del 1806 che seguì, Scharnhorst servì come capo di Stato Maggiore generale (tenente-commissario) del Duca di Brunswick, ricevendo una ferita superficiale ad Auerstadt (14 ottobre 1806) e si distinse per la sua inflessibile decisione durante la ritirata dell'esercito prussiano. Si unì a von Blücher nelle ultime fasi della disastrosa campagna, subì con lui la prigionia dopo la capitolazione di Ratekau (7 novembre 1806) e, rapidamente scambiato con altro prigioniero, ebbe parte rilevante e pressoché decisiva nel guidare i corpi prussiani di L'Estocq che servivano con i russi. Per i suoi servigi ad Eylau (febbraio 1807), ricevette la più importante decorazione militare prussiana, la "Pour le Mérite".