Mit dem Ende der napoleonischen Herrschaft in Europa stellte sich wieder die Frage der staatlichen Zugehörigkeit der ehemals fürstbischöflichen Gebiete. Ende 1813 marschierten Truppen der sechsten Koalition ein, doch blieb das Département im ersten Pariser Frieden noch bei Frankreich. Der Wiener Kongress beschloss am 20. März 1815 schließlich die Eingliederung in die Schweiz und die Aufteilung auf die Kantone Bern und Basel. Der erst 1979 geschaffene Kanton Jura deckt sich weitgehend mit den ehemaligen Reichsteilen des Fürstbistums Basel und sieht seine Eigenstaatlichkeit stark in der Raurakischen Republik verwurzelt.