Kováč a debutat pe 9 octombrie 2004 într-un meci amical câștigat cu 1-0 împotriva României. Kováč a jucat pentru țara sa la Campionatul Mondial din 2006 și Euro 2008. După ce Cehia nu s-a calificat la Campionatul Mondial din 2010, Kováč și-a anunțat retragerea de la națională în ianuarie 2010, pentru a se concentra pe cariera sa la club.