Als Oberstleutnant wurde Juan de la Cruz dem Schützenbataillon von Cádiz zugewiesen. Er kämpfte im Juli 1808 bei der Schlacht bei Bailén und wurde bald darauf zum Obersten befördert. Im Oktober verteidigte er Lerín in Navarra gegen die Franzosen. Dabei geriet er in französische Gefangenschaft. Bald gelang ihm die Flucht aus Frankreich, und er erreichte Cádiz, wo er im Juli 1810 zum Brigadegeneral befördert wurde.