Persianlahden sodan jälkeen Yhdysvaltain ilmavoimien A-10 Thunderbolt II:t osallistuivat seuraavan kerran sotatoimintaan 1999 Kosovon sodassa, jossa niiden käyttö oli kuitenkin vähäistä sen jälkeen, kun jugoslavialaiset onnistuivat ampumaan alas yhden F-117A Nighthawk -rynnäkkökoneen. Myöhemmin konetyyppi on ollut käytössä 2001 sodassa Afganistanissa, 2002 operaatio Anacondassa sekä 2003 Irakin sodassa, jossa yksi A-10 Thunderbolt II ammuttiin alas Bagdadin kansainvälisen lentoaseman lähistöllä.