V noci na 18. července roku 1918, den poté, co komunisté zavraždili bývalého cara Mikuláše II. a jeho rodinu, byla Jelizaveta Fjodorovna i její společníci (tři synové velkoknížete Konstantina Konstantinoviče Jan, Konstantin a Igor, velkokníže Sergej Michajlovič, jeho tajemník Fjodor Semjonovič Remez, kníže Vladimír Pavlovič Palei a jeptiška Varvara Jakovlevová, deportovaná společně s velkokněžnou) bolševiky zavražděni. Podle Vasilije Rjabova, očitého svědka události, vrahové vtrhli v noci do školy, kde věznění spali, a řekli jim, že budou převezeni na bezpečnější místo; zavázali jim oči a spoutali ruce. Všichni poslechli, pouze velkokníže Sergej Michajlovič odmítl s tím, že ví, že je povezou na popravu, nato byl střelen do paže a podvolil se. Vězňové dostali příkaz jít – se zavázanýma očima a spoutanýma rukama – po deskách až k ústí šachty dolu, Sergej opět jako jediný neuposlechl, vrhl se na ozbrojence a byl zastřelen. Všechny ostatní ozbrojenci uhodili do hlavy, živé svrhli do šachty a hodili za nimi dva granáty, aby destruovali šachtu a živé i mrtvé zasypali (zraněná Alžběta zemřela poměrně rychle, na rozdíl od těch, kteří granátům unikli). Když byla těla vytažena z šachty, bylo zjištěno, že některé oběti pád přežily a umíraly dlouze v důsledku zranění a hladu. Zranění knížete Ivana bylo ovázáno kusem Jelizavetina roucha. Rolníci z okolí vyprávěli, že několik dní se z šachty ozýval zpěv modliteb.