У національну команду Мортен повернувся у вересні 1997 року. В наступному році півзахисник був включений до складу данців на чемпіонат світу 1998 року, що проходив у Франції. На турнірі Мортен провів три гри групового етапу — проти Саудівської Аравії, ПАР, а також стадії 1/8 фіналу — проти Нігерії. 8 вересня 1999 року Віггорст своїм голом у ворота Італії в матчі відбіркового раунду до європейської першості 2000 року допоміг своїй команді здобути важливу перемогу і зайняти друге місце в групі 1. Цей успіх дозволив Данії зайняти підсумкове друге місце в своїй групі 1, випередивши за різницею м'ячів швейцарців. Наступні два роки Мортен знову був змушений відмовитися від ігор за збірну через діагностування йому рідкісної хвороби головного мозку — синдрому Гієна — Барре.