Dopo il colpo di Stato comunista del febbraio del 1948, il neonato regime comunista avviò una campagna anti-ecclesiastica per separare la Chiesa cattolica in Cecoslovacchia dalla Santa Sede. Il vescovo Hlouch si espresse pubblicamente contro questa politica. Il 19 giugno 1949 in occasione della festa del Corpus Domini nella cattedrale di San Nicola a Budějovice condannò le azioni dello Stato davanti a coloro che si erano riuniti per la processione eucaristica. Da quel momento in poi, la "Státní bezpečnost" (StB) monitorò ogni sua mossa. Le autorità inserirono un proprio rappresentante nella curia diocesana. Questo di fatto gli rese impossibile esercitare il proprio ufficio.