En noviembre de 2016, Juan Orlando anunció que buscaría la reelección, postulándose como precandidato por dos corrientes internas dentro del Partido Nacional: "Juntos por más cambios" y "Unidos por la nueva Honduras". Su opositor sería el también candidato a la reelección, el expresidente nacionalista Rafael Leonardo Callejas (1990-1994); pero tuvo que rendir cuentas a la justicia estadounidense por el "FIFA Gate", y designó a Roberto Ramón Castillo como nuevo precandidato por su movimiento Monarca. Las elecciones internas se llevaron a cabo el domingo 12 de marzo de 2017, dando como ganador a Hernández con 1'063'807 votos, del total de 1,378,770; el 92.56%.