Під час Німецько-російської війни 1941–1945 місто було зайняте військами вермахту (див. Новоросійська операція (1942)). У 1943 році, у ніч на 4 лютого, південніше Новоросійська, у район Мисхако висадився десант моряків чисельністю 274 людини, який захопив плацдарм (згодом «Мала земля»), який утримувався 225 днів, аж до зайняття міста радянськими військами. 16 вересня (див. Новоросійсько-Таманська операція) німецькі війська були вибиті з міста.