По въпроса на религията Джеферсън е обвиняван от някои свои опоненти в атеизъм. Джеферсън многократно подчертава своята вяра в "Създателя" и в Декларацията за независимостта използва термини като „Създателя“, „Природата на Бог“, „Божественото провидение“. Като цяло може да се счита, че той е деист – поддръжник на философия, признаваща съществуването на Бог, но не и активното му участие в делата на света.