In den Jahren nach der internationalen Anerkennung der Unabhängigkeit Algeriens schwand Benkheddas politische Bedeutung zusehends. 1976 unterzeichnete er mit drei Anführern im Unabhängigkeitskrieg (Ferhat Abbas, Hocine Lahoue und Kheir-Eddine) einen Aufruf zur Schaffung einer verfassunggebenden Versammlung. Die vier Unterzeichner wurden unter Hausarrest gestellt und ihr Vermögen eingezogen. 1979 wurden sie durch ein Dekret von Präsident Bendjedid, der ein Mehrparteiensystem propagierte, freigelassen. Unter Bendjedids Regierung gehörte Benkhedda zu den Begründern von "El Oumma", einer Vereinigung, die sich die Schaffung eines „unabhängigen und souveränen algerischen Staates im Rahmen der islamischen Prinzipien“ zum Ziel setzte, wie dies in der Proklamation vom 1. November 1954 zu Beginn des Algerienkrieges gefordert worden war. Liamine Zéroual, der 1994 als Staatspräsident an die Macht gelangte, verbot den Gebrauch der Religion zu politischen Zwecken, worauf sich "El Oumma" selbst auflöste. 1997 begründete Benkhedda zusammen mit Scheich Ahmed Sahnoune eine Vereinigung namens "Tadhamoune" mit dem Zweck, schwere Menschenrechtsverletzungen im Rahmen des algerischen Bürgerkrieges anzuklagen. Den Rest seines Lebens verbrachte Benkhedda als Apotheker in Algier, wo er nach langer Krankheit am 4. Februar 2003 starb. Er wurde neben seinem langjährigen Kampfgefährten Saad Dahlab beigesetzt. Nach seinem Tod wurde die Universität Algier nach ihm benannt.