Mit dem Regiment nahm er 1866 im Deutschen Krieg an der Schlacht bei Königgrätz teil. Im März 1867 besuchte Bayer die Militärschießschule in Spandau. Vom 16. April 1867 bis zum 16. Juli 1870 war er als Inspektionsoffizier des Armeeoberkommandos 2 und Lehrer zur Kriegsschule nach Hannover abkommandiert und dort am 12. August 1869 zum Premierleutnant befördert worden. Im Deutsch-Französischen Krieg nahm er an der Einschließung von Paris, der Schlacht bei Gravelotte-St. Privat, sowie den Gefechten bei Join, Salins und Les Planes teil. Durch einen Schuss durch den linken Oberschenkel wurde er in der Schlacht bei Gravelotte-St. Privat schwer verwundet. Für seine Leistungen erhielt er das Eiserne Kreuz II. Klasse.