איציק פפר נעצר לראשונה בשנת 1948, יחד עם עסקנים יהודים רבים, סופרי יידיש, משוררים ואנשי תיאטרון. הקומוניסט הנאמן נפל קורבן בעצמו: באוגוסט שנת 1952 הוצא להורג עם עשרות סופרים יהודים אחרים במה שנודע לימים כ"ליל המשוררים הנרצחים". רק בשנת 1957, לאחר תופעת הדה-סטליניזציה טוהר שמו. שיריו נדפסו מחדש, הן ביידיש והן בתרגום לרוסית.