Neben Vulkanismus kommt es auf Grund der geologischen Gegebenheiten auch häufig zu Erdbeben. Das letzte schwere Beben war jenes von Yogyakarta am 27. Mai 2006 mit der Stärke 6,3 auf der Momenten-Magnituden-Skala. Das Hypozentrum lag nach Angaben des USGS etwa 20 Kilometer südöstlich der Stadt Yogyakarta in einer Tiefe von circa zwölf Kilometern. Das Hauptbeben, gefolgt von mehr als 1000 Nachbeben bis zu einer Stärke von bis zu 5,2, kostete nach Angaben der UNO vom 5. Juni 2006 annähernd 5800 Menschen das Leben, bis zu 57.800 wurden verletzt, mehr als 130.000 Häuser wurden zerstört oder schwer beschädigt und bis zu 650.000 Menschen wurden obdachlos. Am schwersten betroffen war die Stadt Bantul, wo allein etwa 2400 Menschen starben und vier Fünftel der Gebäude zerstört wurden. Schwer beschädigt wurde auch die Tempelanlage Prambanan, die vorerst für Besucher geschlossen wurde. Der nahe gelegene Vulkan Merapi, der in den Wochen zuvor bereits verstärkt Aktivitäten gezeigt hatte, stieß kurz nach dem ersten Beben eine rund 3,5 Kilometer hohe Wolke aus Gasen und Asche aus. In den weiteren Tagen nach dem Beben verstärkte sich seine Aktivität noch weiter um mindestens das Doppelte.