Con estos, alcanzó los cuartos de final de los Juegos Olímpicos de Sídney 2000, ganó la Copa de Asia de selecciones y fue finalista en la Copa Confederaciones 2001. Pero su gran reto era cumplir un buen papel en el Mundial donde era anfitrión, y llevó a los "samurais azules" a los octavos de final, donde cayeron ante . Una vez concluida su participación en el Mundial, Troussier fue relevado en el puesto de seleccionador por el brasileño Zico.