Jean-Baptiste Mougeot est né le à Bruyères, fils de Jean-Baptiste Mougeot, bourgeois de Bruyères, et de Barbe Françoise Mangeolle. En 1790, son père l'envoie compléter son instruction au collège des Cordeliers de Vieux-Brisach, puis aux universités de Fribourg-en-Brisgau et de Bâle. Avec le début des guerres de la Révolution, son nom est porté sur la liste des émigrés et ce n'est qu'en 1795 qu'il peut revenir en France. Il songe ensuite à entrer dans le corps des ingénieurs géographes mais son père l'oriente vers l'école de santé de Strasbourg où il reçoit l'enseignement du naturaliste Jean Hermann et se lie d'amitié avec . Il en sort en et est appelé aux armées en tant que chirurgien aux hôpitaux ambulants. Rendu à la vie civile après la paix de Lunéville en 1801, il se rend à Paris pour y terminer ses études et soutient le sa thèse de doctorat de médecine devant la faculté de Paris, intitulée "Essai zoologique et médical sur les Hydatides".