À la mort de son père, Henri de Lorraine-Guise n'a que treize ans. Il est alors placé sous la tutelle de son oncle Charles, cardinal de Lorraine, qui se charge de son éducation. Soucieux de son apprentissage militaire, le cardinal le pousse à voyager en Europe pour acquérir de l'expérience. En 1565, il se bat en Hongrie contre les Turcs. Quand il revient en France, devenu adulte et chef de la maison de Guise, il reprend naturellement la place que tenait son père parmi les chefs catholiques. À la tête d'un puissant réseau nobiliaire, il cherche à entretenir le prestige et la popularité acquis autrefois par son père. C'est ainsi qu'il participe activement aux deuxième et troisième guerres de Religion, aux côtés du duc d'Anjou (le futur ). Il s'illustre aux batailles de Saint-Denis () et de Jarnac (), où est assassiné le prince de Condé. Après s'être couvert de gloire lors de la défense de Poitiers, assiégée par Coligny, il prend part à la bataille de Moncontour (), au cours de laquelle il est blessé.