Cette situation crée les conditions pour que l'Albigeois soit une des provinces où l'acharnement et la répétition des combats sont les plus vifs. Les ambitions politiques de certains nobles locaux font donner le nom de « guerre des seigneurs ». Après le Massacre de la Saint-Barthélemy à Paris, une douzaine de protestants sont jetés dans le Tarn à Albi et 80 sont égorgés à Gaillac. À Castres, le gouverneur catholique empêche toute exaction. Les passions sont de plus en plus exacerbées et chaque groupe gagne en intolérance : À Albi, la cité interdit l'entrée à l'évêque d'Elbène, le trouvant trop modéré dans la condamnation de la Réforme.