לואלס קשרים טובים עם הקהילה היהודית בצרפת והוא נוקט בקו תקיף ועקבי נגד האנטישמיות החדשה במדינה. כך למשל האשים בשנת 2003, במאמר משותף עם הפוליטיקאי ז'אן לוק מלנשון, את האינטלקטואל השווייצרי-מוסלמי טארק רמדאן באנטישמיות בחזות של פרוגרסיביות, בעקבות דבריו כי האינטלקטואלים היהודים של צרפת נוקטים בלאומנות פרו ישראלית. בינואר 2015, לאחר פיגוע במרכול כשר, התבטא כי "צרפת ללא יהודיה לא תהיה צרפת", וכן פעל בסוף 2014 לאסור על הופעות הקומיקאי האנטישמי דיידונה מ'באלה מ'באלה על אף מגבלות חופש הביטוי. בנובמבר 2014 העניקה לו ועידת רבני אירופה (CER) את הפרס ע"ש לורד יעקובוביץ’ על "נחישותו המופתית להיאבק באנטישמיות". אמירותיו על האנטישמיות ועל קשריו לעם היהודי באמצעות משפחתו הובילו להאשמה נפוצה בקרב חוגי הימין הקיצוני בצרפת, שלפי חוקרי החוגים הללו שואבת השראה מתאוריות קשר אנטישמיות שהפיץ כמאה שנה קודם לכן הסופר הצרפתי אדואר דרימון, לפיה ואלס נתון ל"השפעות יהודיות" מצד אשתו היהודיה.