Eišiškės vaurioitui pahoin ja paloi vuonna 1655 Venäjän–Puolan sodassa ja vuonna 1706 Suuressa Pohjan sodassa. Kaupunki menetti suurimman osan väestöstään sekä tärkeän asemansa kauppa-alueena. 1600-luvun lopulla Eišiškėsin taloutta yritettiin elvyttää antamalla kaupungille Magdeburgin kaupunginoikeudet ja se tuli tunnetuksi hevos- ja nautataloudestaan. Aikaisempi kauppatori ja lähialueen kadut ovat vuodesta 1969 olleet kulttuuriperinnöllisesti suojeltuja.