בעונת 2010/11 באדשטובר המשיך להיות שחקן הרכב, אך ספג ביקורות קשות ממאמנו לואי ואן חאל, ואיבד מספר פעמים את המקום בהרכב. עם פיטוריו של ואן חאל לאחר ההדחה מול אינטר מילאנו בשמינית גמר ליגת האלופות, וההדחה מהגביע הגרמני מול שאלקה 04, ועם מינויו של יופ היינקס כמאמן, באדשטובר חזר להרכב עד לתום העונה, בה באיירן איבדה את האליפות לבורוסיה דורטמונד. את עונת 2011/12 פתחו באיירן ובאדשטובר היטב, ואף השיגו רצף של 12 משחקים ללא ספיגת שער, כשבאדשטובר משתף פעולה בהגנה עם ג'רום בואטנג, פיליפ לאם, ראפיניה ודניאל ואן בויטן. למרות זאת, באיירן מינכן שוב איבדה את האליפות לבורוסיה דורטמונד, והובסה על ידה בגמר הגביע הגרמני בתוצאה 5-2, במשחק בו באדשטובר הפגין יכולת חלשה וזכה לביקורות רבות. באותה עונה, היה באדשטובר חלק משמעותי בהגעתה של באיירן מינכן לגמר ליגת האלופות 2012, אך הוא החמיץ את המשחק, בו הפסידה באיירן מינכן לצ'לסי בבעיטות הכרעה, בגין צבירת כרטיסים צהובים.