28 июля 2015 года решением Государственной медицинской комиссии был признан годным к космическому полёту по состоянию здоровья. 6—7 августа 2015 года участвовал в комплексных тренировках в качестве бортинженера основного экипажа корабля. 7 августа экипаж сдал зачётную тренировку на тренажере ТПК «Союз ТМА-М». 10 августа решением Межведомственной комиссии рекомендован вместе с членами основного и дублирующего экипажей МКС-45/46/ЭП-18 к продолжению предполётной подготовки на космодроме Байконур. 18 августа 2015 года основной экипаж пилотируемого космического корабля «Союз ТМА-18М» прибыл на космодром Байконур и приступил к подготовке к полёту. 26 августа 2015 года между Роскосмосом и Казкосмосом был подписан контракт на полёт казахстанского космонавта Аимбетова в качестве бортинженера на МКС, 1 сентября решением Государственной комиссии он был утверждён бортинженером-2 экипажа ТПК «Союз ТМА-18М».