Under operation Barbarossa medverkade slovakiska trupper i invasionen av Sovjetunionen. 1944 bröt det Slovakiska upproret ut, varvid stora delar av östra Slovakiska republiken initialt kom att kontrolleras av upprorsrörelsen. Efter tysk intervention upplöstes det slovakiska försvaret och tyskledda trupper slog ner upproret. Därefter var republikens självständighet ytterligare begränsad. Sovjetiska trupper invaderade Slovakien under sin offensiv på östfronten under slutet av 1944 och 1945 varvid den Slovakiska republiken de facto upphörde att existera efter Bratislavas fall i april 1945.