Tokyo blev ramt af to store katastrofer i det 20. århundrede men trodsede begge. Den ene var det Store Kantou-jordskælv i 1923, og den anden var de allierede bombardementerne under Anden verdenskrig. Bombardementerne i 1945 kostede mellem 75.000 og 200.000 mennesker livet og lagde halvdelen af byen i ruiner og havde derved næsten lige så ødelæggende virkning som atombomberne over Hiroshima og Nagasaki tilsammen. Efter krigen blev Tokyo komplet genopbygget og fremvist for verden ved Sommer-OL 1964. 1970'erne bragte nye højhuse så som Sunshine 60, en ny og kontroversiel lufthavn ved Narita og et befolkningstal, der voksede til omkring 11 millioner i præfekturet.