Na svém II. sněmu 10. září 1945 se Junák na nátlak KSČ stal kolektivním členem komunisty řízeného Svazu české mládeže s dílčí autonomií a vlastními stanovami jako "Junák, ústředí skautské výchovy SČM". Náčelní byla zvolena Vlasta Koseová a náčelník Rudolf Plajner. Po únorovém komunistickém převratu v roce 1948 bylo vedení Junáka převzato akčním výborem, který postupně zrušil jeho autonomii v rámci SČM a zlikvidoval jej ve prospěch Pionýrské organizace.