En la temporada de 1999-00 el Bayern ganó su tercer doblete. El tercer título consecutivo de la Bundesliga lo consiguió en 2001, en la última jornada del campeonato. Poco más tarde, el Bayern conquistó la Liga de Campeones de la UEFA por cuarta vez después de una brecha de 25 años, derrotando al Valencia en la final en la tanda de penaltis. La temporada de 2001–02 comenzó con una victoria en la Copa Intercontinental ante Boca Juniors de Argentina, pero acabó sin otro trofeo. Una temporada más tarde el Bayern conquistó su cuarto doblete, dirigiendo la liga por un margen estrecho. El reinado de Hitzfeld acabó en 2004, a causa de esto el Bayern perdió desempeño, incluyendo una derrota en la Copa de Alemania contra el Alemannia Aquisgrán —equipo de la 2. Bundesliga—.