דה גול האמין כי ניתן לפתור באמצעים צבאיים את המשבר באלג'יריה, אך לא ניתן יהיה להגן על אמצעים אלו במישור הבינלאומי, דבר שיסכן את עצמאותה של צרפת. עמדה זו גרמה לכעס גדול בקרב המתיישבים הצרפתים באלג'יריה, ותומכיהם בצרפת גופא, ודה גול נאלץ לדכא שתי מרידות באלג'יריה בקרב המתיישבים ובקרב אנשי הצבא. המרידה השנייה הייתה מרד הגנרלים שהתרחש באפריל 1961, שבו איימו צנחנים מורדים בפלישה לצרפת. כן אויים דה גול על ידי הארגון הטרוריסטי של המתיישבים באלג'יריה - ה-OAS. במרץ 1962 דה גול הכריז על הפסקת אש באלג'יריה ומשאל עם הוביל להכרזה על עצמאות אלג'יריה ב-3 ביולי.