Chiến tranh Trung – Nhật bùng nổ vào năm 1937. Khi ấy, Thống đốc Geoffry Northcote đã tuyên bố Hồng Kông là một khu vực trung lập nhằm mục đích bảo vệ vị thế cảng tự do của Hồng Kông. Sau đó, chính quyền thuộc địa đã chuẩn bị cho một cuộc đổ bộ có thể xảy ra, đồng thời sơ tán tất cả phụ nữ và trẻ em người Anh vào năm 1940. Ngày 8 tháng 12 năm 1941, Đế quốc Nhật Bản chiếm đóng Hồng Kông như một phần của chiến dịch quân sự trong Chiến tranh thế giới lần thứ hai. Trận Hồng Kông kết thúc với việc các lực lượng bảo hộ Anh và Canada giao nộp quyền kiểm soát thuộc địa này cho Nhật Bản ngày 25 tháng 12. Trong thời kì Nhật Bản chiếm đóng Hồng Kông, người dân ở đây đã phải gánh chịu nạn thiếu lương thực do sự áp đặt khẩu phần gây ra và nạn siêu lạm phát do áp đặt tỷ giá của quân đội Nhật. Năm 1945, khi Vương quốc Liên hiệp Anh và Bắc Ireland tiếp tục kiểm soát thuộc địa này sau thất bại của Nhật Bản trong cuộc chiến, dân số Hồng Kông còn khoảng 600 nghìn so với 1,6 triệu người trước khi Nhật xâm chiếm.