Auf Grundlage von Daten des Erdbebens von Kōbe 1995 überarbeitete die Kommission 2006 die Richtlinien für den Erdbebenschutz japanischer Kernkraftwerke. 2007 kritisierte der Seismologe Katsuhiko Ishibashi, Professor an der Universität Kōbe, diese Richtlinien und stellte die Unabhängigkeit der NSC in Frage. Eine Untersuchung der Internationalen Atomenergie-Organisation (IAEO) von 2011 ergab, dass die Richtlinien abstrakt, unüberprüfbar und unverbindlich sind.