La promulgación del Código generó prontamente la reacción de los grupos más conservadores del país y fue uno de los factores que llevó a la tercera y última guerra civil de Costa Rica, o «guerra del 48», si bien el bando vencedor liderado por José Figueres Ferrer no abrogó el Código de Trabajo ni las demás garantías sociales una vez en el poder, en parte gracias al acuerdo de paz negociado en los pactos de la Embajada de México y de Ochomogo. El Código de Trabajo siguió aplicándose a partir del primer gobierno de Figueres y todos los sucesores.