В кампании 1868 года, завершившейся присоединением к Российской империи Самарканда и полным покорением Бухарского ханства Пистолькорс вновь отличился и был награждён орденами св. Владимира 3-й степени с мечами и св. Станислава 1-й степени с мечами, а 1 января 1869 года произведён в генерал-майоры с зачислением по армейской кавалерии и назначением состоять при командующем войсками Туркестанского военного округа генерал-адъютанте К. П. Кауфмане. В 1873 году он принимал участие в походе против Хивинского ханства и за эту кампанию награждён орденом св. Анны 1-й степени с мечами.