Det var en af kong Frederik d. 2.’s første embedshandlinger, at beordre en betragtelig udvikling og udbygning af flåden. Både værftsfaciliteter og antallet af skibe voksede, ligesom der blev brugt ressourcer på at udvikle selve skibs- og våbendesign, uddannelse og maritim taktik. Sverige, der på dette tidspunkt var blevet selvstændigt, lagde beslag på en stor del af Østersøen og truede dermed de danske handelsinteresser. I 1568 spærrede den danske flåde derfor Øresund og lagde dermed grundlaget for de Skånske Krige (1675-1679), kun otte år efter afslutningen af 2. store nordiske krig (1658-1660), hvor Danmark mistede Skåne, Halland og Blekinge.