De brug ging vanaf haar aanleg anoniem door het leven, dat wil zeggen alleen aangeduid met een nummer 943. De gemeente Amsterdam vroeg in 2016 aan de Amsterdamse bevolking om mogelijke namen voor dergelijke bruggen. Veel inzendingen werden niet gehonoreerd, maar deze brug kreeg de naam Watersnoodbrug, een verwijzing naar de Stormvloed van 1916 (13 en 14 januari), waarbij delen van landelijk noord en daarboven onder water kwamen te staan. Deze watersnoodramp was er de oorzaak van dat een aantal gemeenten zich vrijwillig lieten annexeren door de gemeente Amsterdam.