Badelj reprezentował Chorwację na wszystkich szczeblach młodzieżowych od U-16 do U-21 zaliczając łącznie 63 występy dla kraju w rozgrywkach młodzieżowych. W 2010 roku dostał pierwsze powołanie do seniorskiej reprezentacji, jednak debiut nastąpił dopiero 2 września 2011 roku podczas meczu eliminacji do Euro 2012 przeciwko Malcie. W meczu tym udało mu się również zaliczyć pierwsze trafienie w kadrze. Następnie znalazł się w kadrze na turniej finałowy ME 2012. W 2014 roku pojechał z kadrą na Mistrzostwa Świata w Piłce Nożnej 2014 zastępując w kadrze kontuzjowanego Ivana Močinicia. Nie rozegrał ani jednej minuty na turnieju. Udało mu się również dostać do kadry na Mistrzostwa Europy w Piłce Nożnej 2016.