Al-Qaida també combat a totes les organitzacions no governamentals que representen una amenaça a Al-Qaida i els seus objectius. Això és especialment cert per a la Interpol i les Nacions Unides. La causa d'això és principalment la consideració de l'ONU com a garant de les condicions existents, que amb els seus esforços de pau posa en perill els objectius d'al-Qaida. Així, els programes de l'ONU a Somàlia com ara les missions de pau a la dècada dels noranta UNOSOM I, UNOSOM II, i l'organització del govern de transició de Somàlia de l'ONU amb la prevenció que els islamistes prenguessin el control complet del país, mitjançant el moviment al-Qaida a Somàlia. D'altra banda, les Nacions Unides han aprovat una sèrie de resolucions per frenar el terrorisme transnacional d'al-Qaida. (Compromís dels estats membres de l'ONU per imposar sancions a les persones que estan vinculades a al-Qaida, llistes de membres d'Al-Qaida, desplegament de l'ISAF, disposicions contra la propagació de les ADM).