Am 11. Juni 1911 errichtete Papst Pius X. ein eigenständiges Exarchat für die griechischen Katholiken des byzantinischen Ritus im europäischen Teil des Osmanischen Reichs mit Sitz in Konstantinopel. 1922 übersiedelte der damalige Exarch infolge des griechisch-türkischen Krieges nach Athen. Nach dem Krieg kam es 1923/24 zu einem Bevölkerungsaustausch zwischen Griechenland und der Türkei. 1932 wurde in Athen ein eigenes Exarchat für Griechenland aus dem Gebiet des "Apostolischen Exarchats des europäischen Teils des Osmanischen Reichs" gegründet. Der Rest der Gebiete wurde zum "Apostolischen Exarchat von Istanbul" umbenannt. Da nach dem Pogrom von Istanbul eine massive Auswanderung der bis dahin zahlenmäßig starker griechischen Bevölkerung einsetzte, sank die Anzahl der Christen in kürzester Zeit dramatisch, so dass der Stuhl seit 1957 nicht mehr besetzt ist und seit 1976 auch kein Administrator bestellt wird. Die Leitung der byzantinischen Diözese als Apostolischer Administrator übt seit 1999 der Apostolische Vikar von Istanbul der lateinischen Kirche aus.