Het klooster is meerdere keren geheel of gedeeltelijk verwoest, onder andere in de Gelderse Onafhankelijkheidsoorlog in de jaren 1470, door een aardbeving in 1504 en in de Tachtigjarige Oorlog. Na de Reformatie, en in het bijzonder de Keulse oorlog, braken slechte tijden aan. In 1586 werd het klooster verwoest door Adolf van Nieuwenaer, toen opperbevelhebber van de troepen van de Nederlandse Staten-Generaal in hun strijd tegen Spanje. Tussen 1626 en 1629 werd de Fossa Eugeniana, een kanaal van de Rijn naar de Maas, dwars door het terrein van het klooster gegraven. Pas in het jaar 1700 keerden de monniken terug.