Tuttavia, eventi storici in Europa come il processo a Galileo Galilei, insieme alla Rivoluzione scientifica e all'Età dei Lumi, portarono gli studiosi come John William Draper a postulare una "tesi di conflitto" che considera la religione e la scienza due discipline da sempre in conflitto metodologicamente, politicamente e fattualmente, nel corso della storia. Questa tesi è sostenuta da alcuni scienziati contemporanei, come per esempio Richard Dawkins, Steven Weinberg e Carl Sagan, e alcuni creazionisti. Mentre la tesi di conflitto resta popolare al pubblico, essa ha perso l'appoggio di molti storici della scienza contemporanei.