После событий 11 сентября 2001 года организация вновь заняла ключевую роль в вопросах обеспечения армии. Так, по состоянию на 2008 год командование военно-морских перевозок произвело поставку 16 миллиардов галлонов топлива и более 110 миллионов квадратных футов других грузов в Ирак и Афганистан