Skorumpovaný kuomintangský režim ich vykorisťoval a diskriminoval v prístupe k vedúcim funkciám rovnako ako Japonci. Protikuomintangské povstanie ("Incident 228"), ktoré v Tchaj-peji prepuklo 28. februára 1947, bolo brutálne potlačené (približne 10 000 obetí) a na ostrove bol vyhlásený výnimočný stav, ktorý trval až do roku 1987. Od konca roku 1948 prebiehal v súvislosti s obratom v čínskej občianskej vojne masový príliv utečencov z pevninskej Číny na ostrov. V roku 1949 sa na ostrov uchýlili zvyšky Čankajšekovej armády, ktorá na pevnine prehrala občiansku vojnu s komunistami. Zmenená vojenskopolitická situácia vo východnej Ázii, kedy sa v súvislosti s kórejskou vojnou na obranu Taiwanu začali angažovať USA, však po roku 1950 zabránila obsadeniu ostrova armádou ČĽR. Taiwan si tak udržal nezávislosť od komunistov až dodnes. Do začiatku 90. rokov však i na Taiwane vládol totalitný režim, avšak krajne pravicový. Potom nasledovala postupná demokratizácia.