Nachdem Darja Domratschawa, die Siegerin des Gesamtweltcups des Vorjahres, die ganze &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202015/16"&gt;Saison 2015/16&lt;/a&gt; pausierte, galt Soukalová neben der Zweitplatzierten Kaisa Mäkäräinen sowie der bei den Weltmeisterschaften 2015 so erfolgreichen Marie Dorin-Habert als eine der Mitfavoritinnen in dieser Wertung. Nach einem Sieg von Dorothea Wierer im Eröffnungsrennen im schwedischen Östersund gewann sie das Sprintrennen und übernahm damit das "Gelbe Trikot" der Führenden im Gesamtweltcup. Dieses musste sie nach dem zweiten Platz von Dorin-Habert bei der Verfolgung im slowenischen Pokljuka für ein Rennen an ihre französische Konkurrentin abgeben. Mit dem zweiten Platz im Massenstartrennen setzte sie sich wieder an die Spitze der Weltcupgesamtwertung und verteidigte diese bis zum Ende der Saison. Im vorletzten Rennen des Winters, dem Verfolgungsrennen im russischen Chanty-Mansijsk, entschied sie die Gesamtwertung des Winters und die Verfolgungswertung für sich. Bis zu diesem Rennen war der elfte Platz in der Verfolgung bei den Weltmeisterschaften 2016 ihre schlechteste Platzierung des Winters und damit auch ihr einziges Ergebnis außerhalb der Top-10. Trotz dieser Konstanz, die sie sowohl in den Laufleistungen als auch am Schießstand zeigte, konnte sie überraschenderweise weder in den Einzelrennen noch in einem Staffelwettkampf bei den Weltmeisterschaften im norwegischen Oslo eine Medaille gewinnen. Mit zwei vierten und einem fünften Platz verfehlte sie die Medaillenränge in drei von vier Einzelrennen nur knapp. Beim letzten Weltcup des Winters im russischen Chanty-Mansijsk sicherte sie sich neben dem Gewinn des Sprint- auch den Verfolgungsweltcup und entschied im vorletzten Rennen der Saison die Wertung des Gesamtweltcups für sich. Nachdem das Massenstartrennen aufgrund starker Windböen abgesagt werden musste, wurde sie auch Gesamtsiegerin der Massenstartwertung.