16 августа 1995 года в матче против сборной Армении Нильсен дебютировал за сборную Дании. Спустя 45 секунд с момента выход на замену Аллан забил своей первый гол за национальную команду. В 1996 году он был включен в заявку на участие в чемпионате Европы в Англии. На турнире он принял участие в матче против сборной Турции и забил в этом поединке один из голов. На турнире во Франции Нильсен был основным футболистом и сыграл во всех пяти матчах против сборных Франции, Нигерии, Бразилии, Саудовской Аравии, а в поединке против ЮАР он забил гол, который помог его команду добиться ничьей.