21. lokakuuta presidentti Ndadaye ja kuusi hänen ministeriään kuolivat tutsikapinallisten käsiin. Se aloitti Burundin sisällissodan ja etniset levottomuudet levisivät laajalti koko maahan. Kinigi ja muut vanhemmat hallinnon jäsenet pakenivat Ranskan lähetystöön ja selvisivät kaaoksesta. Muutaman päivän päästä Kinigi onnistui kokoamaan 22:sta ministeristä 15 jatkamaan töitä ja toimitti menestyksekkäästi presidentin virkaa. Hänen asemansa sai vahvistusta, kun entiset presidentit Pierre Buyoya ja Jean Baptiste Bagaza antoivat tukensa hänen hallitukselleen.