Mikołaj III urodził się w 1383 roku jako nieślubny syn Alberta d’Este. Przed śmiercią w 1393 roku Albert uznał go za syna i spadkobiercę. Do ukończenia przezeń 19 lat władzę w państwie sprawowali regenci. Dwukrotnie w 1393 i 1395 roku koalicja złożona z Wenecji, Florencji i Bolonii oraz papieża Benedykta IX odpierała próby zdobycia władzy nad Ferrarą przez krewnego Mikołaja III, Azza X wspieranego przez władców Mediolanu. Mikołaj III brał udział w wojnach przeciw Mediolanowi i Wenecji. W 1409 roku powiększył swoje państwo o Reggio i Parmę. W 1421 został zmuszony przez Filippo Maria Viscontiego, władcę Mediolanu do oddania mu władzy nad Parmą. W 1438 roku odzyskał od Wenecji Polesine, w 1440 roku kupił Bagnacavallo i Massalombarda w Romanii. W grudniu 1433 roku podejmował w Ferrarze cesarza Zygmunta Luksemburczyka, powracającego z koronacji w Rzymie. Od stycznia 1438 do stycznia 1439 roku był gospodarzem soboru w Ferrarze.