Άρχισε να διδάσκει μπαλέτο το 1916 στη Σχολή του Στόλου της Βαλτικής, που ιδρύθηκε και διευθυνόταν από τον Ακίμ Βολίνσκι. Το 1921 η Βαγκάνοβα άρχισε να διδάσκει στο "Χορογραφικό Κολέγιο", το οποίο εκείνη την εποχή ονομαζόταν η πρώην Αυτοκρατορική Σχολή Θεάτρου που βρίσκεται στην οδό Rossi (μετά την Επανάσταση το τμήμα Μπαλέτου διαχωρίστηκε από το Δράμα και τη Μουσική). Αν και είχε μία αξιοσέβαστη καριέρα ως χορεύτρια, η ηγεσία της στη διδασκαλία του κλασικού χορού ήταν αυτό που της έδωσε μία από τις πιο σεβαστές θέσεις στην ιστορία του μπαλέτου. Ο δικός αρχικός της αγώνας για την αποκρυπτογράφησης της τεχνική του μπαλέτου την είχε διδάξει πολλά. Δίδαξε μαθητές που θα γίνονταν θρύλοι του χορού.