Em 1º de agosto de 1798, a frota britânica sob comando de Sir Horatio Nelson capturou ou destruiu todos, exceto dois navios franceses na Batalha do Nilo, derrotando o objetivo de Bonaparte de fortalecer a posição francesa no Mediterrâneo. Seu exército conseguiu um aumento temporário do poder francês no Egito, apesar de enfrentar repetidas revoltas. No início de 1799, ele transferiu um exército para a província otomana de Damasco (Síria e Galiléia). Bonaparte liderou esses 13 mil soldados franceses na conquista das cidades costeiras de Arish, Gaza, Jaffa e Haifa. O ataque a Jaffa foi particularmente brutal. Bonaparte descobriu que muitos dos defensores eram ex-prisioneiros de guerra em liberdade condicional, por isso ordenou que a guarnição e 1 400 prisioneiros fossem executados por baioneta ou afogamento para economizar balas. Homens, mulheres e crianças foram roubados e assassinados por três dias.