Budapest ostroma során az épület igen súlyosan megsérült. Tetőzete kiégett, boltozatai megsérültek, orgonája elnémult. Altemplomában a német tábori konyha, a szentélyben szovjet lóistálló volt. A háborús károkat a magyar állam állíttatta helyre 1950–1970 között. Az utolsó háborús seb 1984-ben tűnt el a templomról: ekkor fejeződött be a nagy orgona újjáépítése.