В сезоне-1994 «Крылья Советов» вместо Виктора Антиховича возглавил Александр Аверьянов. В дебютном сезоне под руководством бывшего главного тренера анапского «Спартака» самарцы заняли 13-е место, а в Кубке России дошли до 1/16 финала, уступив новотроицкому «Металлургу». В сезоне — 1995 команду пополнил Зураб Циклаури. Первая гостевая победа, достигнутая непосредственно в игре, одержана 29 июля 1995 года в матче против «Текстильщика» (Камышин) со счётом 2:1. 1995 год для команды сложился неудачно — предпоследнее, 15-е место. Чемпионат России 1996 завершился более удачно — 9-е место. Сезон — 1997 на тот момент стал самым удачным — 7-е место, и полузащитник Виктор Булатов, забив 11 мячей, вошёл в список «33 лучших». Также «Крылья Советов» дошли до полуфинала кубка России, проиграв московскому «Локомотиву». В 4-м туре в матче против владикавказской «Алании» установлен рекорд посещаемости: 44 000 зрителей. В 1998 году команда скатилась на 12-е место, набрав 35 очков. В том же сезоне «Крылья Советов» покинул один из важнейших игроков клуба, любимец болельщиков, Гарник Авалян, перешедший в элистинский «Уралан».