После освобождения Крыма 1-я гвардейская штурмовая авиационная дивизия была выведена из состава 8-й воздушной армии и переброшена в Калужскую область. С лета 1944 года и до конца войны дивизия сражалась на 3-м Белорусском фронте в составе 1-й воздушной армии. В период подготовки Белорусской стратегической операции гвардии полковник С. Д. Прутков провёл в дивизии большую учебную работу. Были организованы практические занятия по бомбометанию и ракетным стрельбам, проведена разъяснительная работа среди командиров полков и эскадрилий, состоялись собрания, на которых лётчики обменивались боевым опытом. Результатом проведённой работы стали успешные действия дивизии при освобождении Белоруссии. Особенно эффективно действовали гвардейцы во время Витебско-Оршанской операции. Лётчики дивизии способствовали прорыву обороны противника на оршанском направлении, громили опорные пункты его обороны, уничтожали колонны отступающих немецких войск. Действуя на участке железной дороги Орша — Борисов, гвардейцы Прутков умелыми действиями заставили немцев бросить 20 эшелонов с военным имуществом при этом не повредив железнодорожное полотно. В ходе операции «Багратион» полки 1-й гвардейской ШАД участвовали в освобождении Борисова, Минска и Гродно. Лично гвардии полковник С. Д. Прутков в этот период совершил 5 боевых вылетов. Успешные действия дивизии в Белоруссии 5 раз были отмечены в приказах Верховного Главнокомандующего. Во время Мемельской операции полки дивизии Пруткова способствовали овладению городом Расейняй.