Am 20. Juli 1954 fand im Bendlerblock erstmals eine öffentliche Gedenkfeier der Bundesregierung für die Mitglieder des Widerstandskreises des 20. Juli 1944 statt, an der auch Otto John teilnahm. Am Abend des gleichen Tages fuhr John mit Wolfgang Wohlgemuth nach Ost-Berlin. Wohlgemuth war ein Arzt, den John in der NS-Zeit kennengelernt hatte. Gemäß späteren Angaben von vier Geheimdienstmitarbeitern arbeitete er damals – vermutlich ohne Johns Wissen – für den sowjetischen Geheimdienst KGB. Laut eigener Aussage wurde John von Wohlgemuth betäubt und von diesem und dem KGB-Agenten Max Wonsig im Auto in den Osten verschleppt. Wohlgemuth wurde jedoch 1958 aus Mangel an Beweisen von der Anschuldigung des Landesverrats freigesprochen. [BGH v.18.12.58 Az. 9 St E 3/58]. In einer 2009 erschienenen Arbeit von Klaus Schaefer versucht dieser nachzuweisen, dass John das Opfer einer Entführung war – wie schon nach Johns Rückkehr in die Bundesrepublik Deutschland von ihm selbst behauptet und wie zunächst von Bundesinnenminister Gerhard Schröder verbreitet worden war. Andere Forscher vertreten die Ansicht, dass Johns Übertritt in die DDR freiwillig stattgefunden habe, gemäß seiner Erklärung am 23. und 28. Juli in Radio DDR und auf einer Pressekonferenz am 11. August.