L'abbé Perrot est abattu le par Jean Thépaut, résistant membre de l'Organisation spéciale du PCF de Scaër, membre du , pour certains auteurs sur l'ordre du Bureau central de renseignements et d'action de Londres. Le colonel Rémy et le colonel Passy (chef du BCRA) démentiront tous les deux toute implication du BCRA dans cette affaire. Concernant les raisons de cette exécution, la polémique n'est pas close : a été évoquée la publication dans sa revue "Feiz ha Breiz" d'un article sur Katyn mais également sa collaboration avec l'occupant et des soupçons de délation. .