Los secesionistas hispano-parlantes de la provincia Cisplatina se rebelaron unos meses más tarde, en abril de 1825. Las Provincias Unidas del Río de la Plata, en apoyo a los rebeldes orientales, declararon anexionado este territorio, con el nombre de Provincia Oriental, y, en venganza, el Imperio del Brasil le declaró la guerra a los argentinos, iniciándose la Guerra argentino-brasileña. Marqués de Sousa se encontraba en ese momento en Río de Janeiro estudiando en la Real Academia de Artillería, Fortificación y Diseño, pero se le ordenó regresar a Montevideo. Muy pronto fue nombrado ayudante del brigadier Sebastião Barreto Pereira Pinto, comandante de la 1ª División, que defendía San Pedro del Río Grande del Sur. Marqués de Sousa luchó en la derrota brasileña de la Batalla de Ituzaingó el 20 de febrero de 1827. Por sus actos de valor durante la batalla fue promovido el 20 de marzo a capitán, siendo designado 16 de agosto como ayudante del ahora Vizconde de Laguna, comandante general de las fuerzas terrestres de Brasil. Marqués de Sousa más tarde luchó en la Batalla de Camacuã el 28 de abril y participado en otros ataques pequeños.