その後3年にわたって、イゼトベゴヴィッチはセルビア人勢力によるサラエヴォ包囲下で、危険な中を生きた。イゼトベゴヴィッチは、セルビア人勢力の攻撃に対して何もしない西側諸国の失態を非難し、かわって反体制活動時代に築いたイスラム世界とのつながりを頼った。ボスニア政府は彼らから資金と軍備の提供を受けた。ボスニアのボシュニャク人に対する、セルビア人やクロアチア人の勢力による虐殺に対して、アラブ人の義勇兵がボスニアに入り、ボスニア・ヘルツェゴビナ政府軍に加わった。彼らはエル・ムジャヒド（"El-Mudžahid"）の名で呼ばれた。エル・ムジャヒド義勇軍の正確な数は明らかにはなっていないものの、300人程度から1,500人程度と見られている。これらの外国人兵は、自身をムジャーヒディーンと呼び、1993年にクロアチアの身分証明書、パスポート、IDを持って入国している。彼らは大きな批判の的となり、彼らの存在は危険なイスラム原理主義をヨーロッパの中央に築き上げようとしている証拠であると非難された。しかし、これらの外国人義勇兵はボシュニャク人の間でもあまり知られていない。それは、ボスニア・ヘルツェゴビナ政府軍は数千人の兵士を擁し、兵士ではなく軍備を必要としていたことによる。多くのボスニア政府軍の士官や指導者たちは、外国の義勇軍がボスニア・ヘルツェゴビナの中心にいたことに疑いを持っている。ボスニア政府軍は頻繁にクロアチア人勢力によって捕らえられているのとは対照的に、これらの「ムジャーヒディーン」たちは、クロアチアのスプリトやザグレブから来て、ボスニア・ヘルツェゴビナ領内にクロアチア人が建国を宣言したヘルツェグ＝ボスナ・クロアチア人共和国を問題なく通過してきていることになる。ボスニア政府軍に所属したクロアチア人の高官である将軍スティエパン・シベル（）によると、これらの外国人兵のボスニア入りのかなめの役割を果たしたのはクロアチア大統領フラニョ・トゥジマンとクロアチアの防諜組織であり、クロアチアによるボスニア紛争への加担と、クロアチア軍による犯罪を正当化する事を目的としているとされる。イゼトベゴヴィッチはこれらの「ムジャーヒディーン」たちを、イスラム世界によるボスニア支持の象徴と見なしているが、彼らは軍事的には大きな貢献となはらず、政治的には重荷となった。