Figueres Ferrers kritik av Rafael Ángel Calderóns högerregering ledde i juli 1942 till att han skickades i exil till Mexiko, där han tillbringade två år. Calderón, som 1944 lämnat presidentposten, ställde 1948 upp för återval men förlorade mot Otilio Ulate. Därefter försökte den lagstiftade församlingen ogiltigförklara valet och återinsätta Calderón. Figueres Ferrer ledde då ett uppror till stöd för Ulate, med hjälp av vapen och ammunition som han hade gömt på sin plantage nära Cartago. Efter två månaders inbördeskrig kapitulerade Calderóns styrkor, trots stöd från Nicaraguas starke man Anastasio Somoza García.