Le autorità tedesche introdussero il terrore a Zaolzie; l'obiettivo fu specialmente l'intelligentsia polacca, gran parte della quale morì durante la guerra. Assassinii di massa, esecuzioni, arresti, lavori forzati e deportazioni nel campi di concentramento costituivano la vita quotidiana. Il più noto crimine di guerra fu l'assassinio di 36 abitanti di Żywocice il 6 agosto 1944; questo massacro è noto come Tragedia Żywocicka (la tragedia di Żywocice). Il movimento della resistenza, composto principalmente da polacchi, era abbastanza forte a Zaolzie. Fu introdotta la Volksliste, un documento in cui un cittadino non tedesco dichiarava di aver avuto antenati tedeschi; non firmando il documento, si poteva essere soggetti a deportazione in un campo di concentramento. Le persone che firmarono e anche alcune che non firmarono il documento furono arruolate nella Wehrmacht. Nel complesso, a Zaolzie durante la seconda guerra mondiale morirono circa 6.000 persone, di cui 2.500 ebrei e 2.000 altri cittadini (l'80% dei quali polacchi) e più di 1.000 furono gli abitanti di zaolzie che morirono nella Wehrmacht. Alcune centinaia di polacchi di Zaolzie furono assassinati dai sovietici nel Massacro di Katyn'.