Στις 3 Σεπτεμβρίου 1895 ξέσπασε νέα επανάσταση, αλλά οι σφαγές των Οθωμανών δεν σταμάτησαν και στις 11 Μαΐου 1896 ο χριστιανικός πληθυσμός των Χανίων, ο οποίος αποτελούσε μειονότητα στην πόλη, υπέστη μεγάλη σφαγή, όπως και τον επόμενο χρόνο 1897, οπότε και πυρπολήθηκαν και τα κοινοτικά καταστήματα απέναντι από τον καθεδρικό ναό, που περιλάμβαναν το επισκοπικό μέγαρο και το παρθεναγωγείο. Τότε κορυφώθηκε η Επανάσταση. Η αποστολή ελληνικών στρατευμάτων στο νησί οδήγησε στον Ελληνοτουρκικό πόλεμο του 1897, κατά τον οποίο τα οθωμανικά στρατεύματα νίκησαν κατά κράτος τα αντίστοιχα ελληνικά στο Θεσσαλικό μέτωπο, κάτι που οδήγησε σε συνθηκολόγηση της Ελλάδος και φυσικά απόσυρση οποιασδήποτε βοήθειας ή υποστήριξης προς την Κρήτη.