Cafu debütierte am 12. September 1990 in der Seleção. Er ist der einzige Fußballer, der es je geschafft hat, in drei WM-Finalspielen (1994, 1998 und 2002) anzutreten; selbst Pelé nahm, verletzungsbedingt, nur zweimal teil. 1994 und 2002 konnte Brasilien die Finalspiele gewinnen. Außerdem hat er mit Brasilien 1997 und 1999 die Copa América sowie 1997 den Konföderationen-Pokal gewonnen. Er ist zusammen mit Roberto Carlos der einzige Spieler, der in sechs Endspielen stand.