Khomeini johti Qomissa suuria mielenosoituksia Persiassa hallinnutta Pahlavin dynastiaa vastaan. Vuonna 1963 hallituksen turvallisuusjoukot tukahduttivat mielenosoitukset verisesti ja Khomeini pakeni Najafiin Irakin puolelle. Vaikka hän joutui elämään maanpaossa hän säilytti vaikutusvaltansa etenkin Qomin uskonnonopiskelijoiden keskuudessa. Hän teki ääninauhoja, jotka kuljetettiin Persiaan ja joita esitettiin moskeijoissa. Vuonna 1975 noin 1 000 opiskelijaa valtasi rakennuksen lähellä Fatiman pyhättöä. Turvallisuusjoukot kukistivat heidät jälleen usean opiskelijan saadessa surmansa. Tapahtumien jälkeen surmattujen muistolle alettiin järjestää suuria muistotilaisuuksia, jotka nekin huipentuivat verilöylyyn tammikuussa 1978, josta alkoi Iranin vallankumous. Viimeinen šaahi pakeni maasta vuonna 1979. Khomeini palasi maahan ja perusti islamilaisen tasavallan. Vaikka maan varsinainen pääkaupunki on Teheran, pidetään Qomia usein vallankumouksellisena symbolisena pääkaupunkina.