En Jena, Tauentzien lideró la vanguardia del Cuerpo Hohenlohe. Decenas de generales prusianos fueron licenciados después de la derrota de Prusia en 1806-07, aunque Tauentzien no lo fue. Como teniente general, comandó la Brigada Brandeburgo después del Tratado de Tilsit y participó en la reorganización del derrotado Ejército prusiano.