除肃清左翼人士，他还在全国掀起大规模排华浪潮，上万华侨被捕，财物被烧被抢，华文学校和华文报章被取缔，禁止使用汉字，华人社团被禁庆祝中国传统节日，华人被迫改用印尼姓。大量共产党人遭到屠杀、监禁和流放，印尼的几十万华裔则被当作替罪羊，遭到強暴和殺害。1967年，已無實權的蘇加諾被迫辭職，蘇哈托接任。他用铁腕手段和血腥鎮壓的手法解決國內的共產黨問題，亦衍生排華運動，導致不少不支持共產主義的華人也遭殺害。