Lies forhold til statsministeren var anstrengt i krigsårene. Nygaardsvold anerkjente Lies energiske innsats, men trakk hans lojalitet i tvil. Trygve Lie har også blitt kritisert for at han forherliget sin egen rolle i forbindelse med kaptein Eiliv Austlids innsats for å redde regjeringen fra å bli tatt av tyske tropper i aprildagene 1940 på Dovre. Lies rolle i denne saken fikk ny aktualitet da regjeringen tildelte Krigskorset med sverd til Austlid post mortem 2. oktober 2009.