Al final de los años treinta fue a Viena a dirigir la orquesta de la Wiener Staatsoper, ignorando la política nazi de que los artistas alemanes no trabajaran en Austria. Simultáneamente se convirtió en uno de los artistas emergentes del Festival de Salzburgo. Knappertsbusch continuó dirigiendo en Viena y Salzburgo durante la anexión alemana de Austria.