Zwischen 2014 und 2016 war Njegoš Petrović ein regelmäßiger Bestandteil der U16 und U17 Serbiens. Im Mai 2016 nahm er mit der U17 an der U17-Europameisterschaft 2016 in Aserbaidschan teil, wo er alle drei Gruppenspiele der Auswahl bestritt. Im Anschluss an das Turnier erhielt er seine erste Nominierung in die U19, für die er bis März 2018 sieben Mal auflief.