Il 12 luglio 2007 i San Antonio Spurs fecero uno scambio con gli Houston Rockets: Jackie Butler ed i diritti per Scola andarono a Houston, in cambio di Vasilīs Spanoulīs (che venne svincolato poco dopo dagli "speroni"), una scelta al secondo giro del Draft NBA 2009 (sarà Nando de Colo) e contanti. Poco dopo Scola firmò un triennale con i Rockets di coach Adelman: percepì 9,5 milioni di dollari in tre anni, contratto venne poi prolungato nel 2010 (5 anni a 47 milioni partendo dalla stagione successiva). Nei suoi cinque anni in Texas Scola fu sempre l'ala grande titolare (eccetto nell'annata da rookie), dando un contributo costante ma non riuscendo a ottenere grandi soddisfazioni di squadra (nonostante la presenza di Yao Ming e Tracy McGrady); infatti pur avendo sempre un record positivo i Rockets accederanno ai playoff solo nelle prime due stagioni, passando il turno nella seconda, fermati ad una sola gara dalle finali della Western Conference dai Los Angeles Lakers, futuri campioni NBA.