Im Laufe des 19. Jahrhunderts gab es weitere Bestrebungen, die Flotte zu modernisieren. Während der Griechischen Revolution wurden 1824 die ägyptische und osmanische Flotte miteinander vereinigt. In der Schlacht von Navarino, bei der die Flotten Russlands, Großbritanniens und Frankreichs gegen die osmanische standen, wurden 1827 jedoch drei Viertel der türkischen und ägyptischen Schiffe versenkt. Eine neue osmanische Flotte zwang durch eine Flottendemonstration Tripolis und Tunis 1835 wieder unter osmanische Herrschaft, doch im Konflikt mit dem abtrünnig gewordenen Ägypten lieferte der osmanische Kapudan Pascha 1839 die gesamte Flotte den Ägyptern aus. (Sein Stellvertreter, der Patrona, blieb dem Sultan treu.) Erst eine britisch-österreichische Flottendemonstration zwang die Ägypter 1840 zur Rückgabe der osmanischen Flotte. Einen weiteren bedeutenden Rückschlag für die osmanisch-ägyptische Flotte gab es in der Seeschlacht bei Sinope zu Beginn des Krimkriegs.