Koncom februára 1945 sa USS "Cogswell" vrátil na západné pobrežie USA kvôli nutným opravám a Shepard dostal trojtýždňové voľno. S Louise Brewerovou sa rozhodli vziať ešte predtým, než sa Alan bude musieť vrátiť do služby. Sobáš sa uskutočnil v sobotu 3. marca 1945 v kostole vo Wilmingtone v Delaware. Po svadbe mohli mladomanželia spolu stráviť len krátky čas, pretože opravy "Cogswellu" už pomaly končili a 5. apríla 1945 sa Shepard vrátil naspäť do služby. USS "Cogswell" vyplával smer Okinava, kde poskytoval palebnú podporu pozemným jednotkám. Čelil útokom kamikadze, ktoré sa našťastie darilo včas zastaviť. Začiatkom júla bol ostrov Okinava po urputných bojoch so značnými stratami na oboch stranách dobytý, čo znamenalo dočasnú úľavu aj pre Alana Sheparda. V novembri 1945 malo totiž nevyhnutne nasledovať vylodenie na japonskej pevnine, ale vojenskí analytici poukazovali na to, že ak Japonci bránili Okinavu iba obmedzenými silami a napriek tomu spôsobili Američanom straty ako v bitke o Guadalcanal a Iwó-džimu dohromady, potom odpor na japonskej pevnine si vyžiada životy nielen desiatok tisíc amerických vojakov, ale aj státisícov Japoncov. Americký prezident preto rozhodol inak a prinútil Japonsko ku kapitulácii pomocou novej zbrane, atómovej bomby. USS "Cogswell" v čase výbuchu atómových bômb v Hirošime a Nagasaki kotvil približne 160 km od Nagasaki. Posádka "Cogswellu" bola očitým svedkom vzdialeného mohutného výbuchu. Dňa 15. augusta 1945 približne o pol ôsmej večer dostal veliaci dôstojník "Cogswellu" rozkaz: „zastaviť paľbu“. Alan Shepard bol na palube torpédoborca aj v čase ceremoniálneho ukončenia druhej svetovej vojny v Tokijskom zálive dňa 2. septembra 1945. O mesiac neskôr sa Shepard vrátil späť do USA.