Vào giai đoạn đầu của cuộc tấn công Ba Lan vào tháng 9 năm 1939 mở màn Chiến tranh Thế giới thứ hai, "Schlesien" vẫn được giữ lại trong vai trò huấn luyện, cho dù nó được sử dụng một thời gian ngắn như một tàu phá băng cho tàu ngầm U-boat. Cuối tháng đó, "Schlesien" gia nhập cùng tàu chị em "Schleswig-Holstein" để bắn phá các vị trí Ba Lan dọc theo bờ biển Baltic từ ngày 25 đến ngày27 tháng 9. Sau chiến dịch này, nó được tháo dỡ sáu khẩu pháo 5,9 cm để trang bị cho tàu tuần dương "Pinguin". Vào năm 1940, "Schlesien" tham gia Chiến dịch Weserübung, cuộc xâm chiếm Đan Mạch và Na Uy; "Schlesien" đã hoạt động tại vùng biển Đan Mạch trong suốt chiến dịch. Sau khi việc chiếm đóng hoàn thành, "Schlesien" tiếp tục vai trò tàu phá băng. Vào tháng 3 năm 1941, "Schlesien" hộ tống cho các tàu rải mìn tại khu vực Baltic. Sau khi quay trở về từ chiến dịch này, nó được cải biến trở lại thành một tàu trại binh ở Gotenhafen. Vào ngày 4 tháng 4 năm 1942, "Schlesien" lên đường đi Gotenhafen cùng với thiết giáp hạm "Gneisenau" và tàu phá băng "Castor".