Op 16 juni 2004 speelde de aanvaller tegen Griekenland zijn laatste interland. Etxeberría behoorde tot de Spaanse selecties voor het WK 1998, het EK 2000 en het EK 2004. Op het EK 2000 maakte hij in de groepswedstrijd tegen Slovenië het winnende doelpunt (2-1).