任務の特性上、多くの建設機械を保有しているため災害派遣や国際貢献などでも施設科が活躍する。自衛隊草創期に多く行われた土木工事等の受託でも施設科部隊が多く運用され、初のPKO活動となった自衛隊カンボジア派遣においては施設大隊、自衛隊東ティモール派遣では施設群が派遣された。2010年（平成22年）には1月に発生したハイチ地震 (2010年)に対する国際貢献（国際連合ハイチ安定化ミッション(MINUSTAH)）の一環として陸上自衛隊の施設科部隊が主力となり、のべ3年間にわたり復興活動を行った（詳細は自衛隊ハイチPKO派遣を参照）。2011年7月に北部スーダンから分離独立を果たした南スーダン共和国の施設基盤整備を行うため、2012年から2017年まで施設科を主力とした500名程度の部隊が派遣された（詳細は自衛隊南スーダン派遣を参照）。