Fernando Morientes prend part à la Coupe du monde des moins de 20 ans en 1995. Il dispute un match durant le premier tour, face au Burundi, puis la rencontre pour la opposant l'Espagne au Portugal. Il est retenu par Javier Clemente pour disputer le tournoi de football des Jeux olympiques de 1996 et est titularisé à deux reprises, face à l'Australie et à l'Arabie saoudite.