Η Σοβιετική Ένωση επέστρεψε το Βίλνιους στη Λιθουανία μετά τη σοβιετική εισβολή στην Ανατολική Πολωνία το Σεπτέμβριο του 1939. Τον Ιούνιο του 1940, η Σοβιετική Ένωση κατέλαβε και προσάρτησε τη Λιθουανία σύμφωνα με τα μυστικά πρωτόκολλα του Συμφώνου Μολότοφ-Ρίμπεντροπ. Η κατοχή είχε ως αποτέλεσμα μαζικές συλλήψεις και απελάσεις, και 34.000 πολίτες απομακρύνθηκαν από τη Λιθουανία. Σύμφωνα με αξιωματούχο της Λιθουανίας, αυτή ήταν η αρχή της προγραμματισμένης απομάκρυνσης 700.000 ατόμων από τη Λιθουανία.