Senere spilte han en rolle i avslutningen av den lüttiske revolusjon. I etterkant ble han utnevnt som fullmektig minister for de østerrikske Nederlandene. Hans innflytelse ble først og fremst betydelig innskrenket av den offisielle stattholderen hertug hertug Albert Kasimir von Sachsen-Teschen. Metternich reiste rundt og besøkte landets sentrale byer, uten å gi noe overbevisende inntrykk. Han betraktet sitt opphold i Brussel under begynnelsen av den første revolusjonskrigen som farlig, og trakk seg i mellomtiden tilbake. Etter at Kaunitz trakk seg tilbake, mistet han også sin viktigste talsmann i Wien. Etter tapet av de østerrikske Nederlandene til Frankrike i 1794, vendte Metternich tilbake til Wien. Under den franske fremmarsjen mistet han mesteparten av sine besittelser i Rhinland, og familien kom dermed opp i økonomiske problemer. I 1797 ble han rikets utsending til Rastatt-kongressen. Da denne endte med negative følger for Østerrike, mistet han også en del av støtten ved hoffet i Wien.