Durch die militärischen Erfolge seines Vorgängers waren die Rebellen im Unabhängigkeitskrieg geschwächt, ihr Anführer José María Morelos tot und der Kongress in Auflösung. Apodaca nutzte die Gelegenheit, die Kolonie zu befrieden und erließ im Januar 1817 einen umfassenden Gnadenerlass, während er zugleich neue Truppen aus Europa erhielt.