За кілька днів піхотна частина, у якій служив Ян Фітцке, потрапляє у полон до підрозділів Червоної Армії. Разом з тисячами інших польських офіцерів він опиняється у таборі для військовополонених у Козельську на Смоленщині, звідки написав до рідних у Краків в листопаді 1939 р. останнього листа. Наприкінці квітня 1940 року, під час ліквідації табору у Катинському лісі, Ян Фітцке був розстріляний органами НКВС (див. «Катинський розстріл»).