Κατά την Αιγυπτιακή επανάσταση του 2011 το μουσείο υπέστη διάρρηξη και δύο μούμιες καταστράφηκαν, ενώ αρκετά άλλα εκθέματα υπέστησαν φθορές και περίπου 50 χάθηκαν. Από τότε τα 25 από αυτά έχουν ξαναβρεθεί.