Zum Start der &lt;a href="Snooker-Saison%201999/2000"&gt;Saison 1999/2000&lt;/a&gt; erreichte Wattana sowohl bei den British Open als auch beim Grand Prix 1999 das Achtelfinale, das er erste gegen Peter Ebdon und dann gegen John Higgins. Durch den Rausfall aus den Top 16 der Weltrangliste nahm er erstmals seit 1991 am Masters Qualifying Event teil, wo er in der Runde de rletzten 32 gegen Wayne Brown ausschied. Nach zwei Auftaktniederlagen beim UK Championship und bei den China Open erreichte er bei den Welsh Open das Achtelfinale, was er gegen Fergal O’Brien verlor. Nach zwei weiteren Niederlagen in Auftaktpartien beim Malta Grand Prix und beim Thailand Masters zog er bei den Scottish Open in die Hauptrunde ein, wo er gegen Fergal O’Brien verlor. Zum ersten Mal seit 1991 qualifizierte sich Wattana nicht für die Snookerweltmeisterschaft, er verlor in der entscheidenden Qualifikationsrunde gegen David Gray. Auf der Weltrangliste verlor er fünf Plätze und landete auf Platz 27.