Der Plan wurde nach Beginn der NATO-Angriffe auf Jugoslawien im Frühjahr 1999, unter anderem von den damaligen deutschen Ministern Joschka Fischer und Rudolf Scharping, zur Begründung der NATO-Militärintervention im Kosovokrieg gegen die damalige Bundesrepublik Jugoslawien angeführt. Die Militärintervention war ursprünglich mit der Ablehnung des Vertrags von Rambouillet begründet worden. Da der Krieg ohne UN-Mandat geführt wurde, sahen viele Befürworter der ihrer Auffassung nach humanitären Intervention den Hufeisenplan als Beleg für bereits vor dem NATO-Angriff bestehende Pläne der jugoslawischen Führung zur Vertreibung der Kosovo-Albaner aus dem Kosovo. Der Plan diente so nachträglich einer zusätzlichen Legitimation des Angriffs auf Jugoslawien.