Llevó a cabo la inspección de educación naval a lo largo de dos años desde el verano de 1940, durante la Segunda Guerra Mundial. Durante este período a menudo ejerció de almirante comandante. El almirante Marschall estuvo en el mar con la flota de batalla alemana durante la última parte de la Campaña de Noruega, izando su bandera en el acorazado "Gneisenau". El 8 de junio de 1940 Marschall y una parte de sus fuerzas, los acorazados "Gneisenau" y "Scharnhorst", se enfrentaron con el portaaviones británico HMS "Glorious" y los destructores "Acasta" y "Ardent" a unas 280 millas al oeste de Harstad, Noruega. En un combate de dos horas tanto el portaaviones como sus escoltas fueron hundidos, mientras que el "Scharnhorst" resultó torpedeado por el "Acasta". Aunque la batalla fue una victoria alemana, Marschall se había enfrentado al portaaviones enemigo a pesar de tener órdenes de evitar entrar en acción. Las diferencias de Marschall con el Alto Mando Alemán sobre esta acción, unidas a los graves daños recibidos por el acorazado alemán torpedeado, provocaron su sustitución como Jefe de la Flota por el almirante Günther Lütjens.