Tšekkoslovakian perustamisen jälkeen 1918 se liitettiin Tšekkoslovakiaan. Koko eteläisen Slovakian mukana se liitettiin Unkariin vuoden 1938 Wienin päätöksellä sen jälkeen, kun Saksa oli miehittänyt sudeettialueet. Operaatio Barbarossan käynnistyttyä kesäkuussa 1941 Neuvostoliitto pyrki pitämään yllä rauhaa Unkarin kanssa, mutta 26. kesäkuuta tunnistamattomat lentokoneet pommittivat kaupunkia. Unkarin valtionhoitaja Miklós Horthy sai siitä syyn lähteä sotaan Neuvostoliittoa vastaan. Lentokoneet saattoivat olla eksyneitä neuvostoliittolaisia, slovakkien lentämiä saksalaisia tai saksalaisten järjestämä provokaatio. Kaupunki palautettiin 1944 Slovakialle. Keväällä 1945 siellä toimi Tšekkoslovakian hallitus ja Slovakian kansallisneuvosto. 5. huhtikuuta 1945 Košicessa julistettiin uuden Tšekkoslovakian hallitusohjelma, ns. Košicen ohjelma.