Παρά το μεγάλο κόστος συντήρησης, το φρούριο έπαιξε ελάσσονα ρόλο κατά τη πολιορκία του Χάνδακα από τους Οθωμανούς. Οι Οθωμανοί κατά το τέλος της πολιορκίας εξουδετέρωσαν τη δύναμη πυρός του φρουρίου με κανόνια που έστησαν στην περιοχή της Τρυπητής και πολιορκητικές μηχανές που έστησαν στη Σαμπιονάρα, και απέκτησαν έτσι τον έλεγχο του λιμανιού.