Clough feierte sein Debüt für England in einem Freundschaftsspiel am 23. Mai 1989 gegen Chile (0:0). Danach stellte ihn Bobby Robson jedoch nicht mehr für die "Three Lions" auf, erst sein Nachfolger Graham Taylor stellte ihn nach über zwei Jahren gegen Argentinien wieder auf. Von da an kam er regelmäßiger zum Einsatz, bestritt allerdings lediglich drei Pflichtspiele, alle in der Qualifikation zur WM 1994 und bestritt sein letztes Spiel am 19. Juni 1993 gegen Deutschland. Er war Teil des englischen Kaders bei der Europameisterschaft 1992, blieb jedoch ohne Einsatz. Ein Tor in der A-Nationalmannschaft gelang ihm nicht.