В январе 1919 года Шлюпас в числе прочих стал основателем . Он был избран его первым председателем и работал в нём над открытием и восстановлением Каунасской больницы Красного Креста, созданием ещё одной инфекционной больницы в Каунасе и открытием новой больницы в Паневежисе. В течение 1919 года в этих трёх больницах было обслужено около 4000 пациентов. Литовский Красный Крест организовывал отделения в городах и посёлках по всей Литве, курсы подготовки для медсестёр и акушерок, помогал вести переговоры об обмене военнопленными, проводил медицинские осмотры возвращающихся в Литву беженцев, оказывал гуманитарную помощь литовским военнопленным и депортированным в Россию, лечил раненых в ходе Войны за независимость Литвы. Литовский Красный Крест стал признанным членом Международного комитета Красного Креста в августе 1923 года. В 1924 году он начал издавать журнал «Žiburėlis» для детей, среди редакторов которого был и Шлюпас. Он также работал над превращением Бирштонаса в курортный город, строительством новой больницы в Клайпеде (открыта в 1933 году) и туберкулёзного санатория в (открыт в 1932 году). В 1932 году Шлюпас подал в отставку с поста председателя литовского Красного Креста из-за разногласий с авторитарным режимом президента Антанаса Сметоны. В апреле 1932 года президент Сметона принял закон, регулировавший деятельность Литовского Красного Креста (он стал подотчётен Министерству внутренних дел) и утверждавший должность специального правительственного инспектора, имевшего широкие полномочия, позволявшие ему вмешиваться в деятельность общества.