W latach 90. w świecie zachodnim Izetbegović uchodził za człowieka nauki i bohaterską ofiarę serbskiej przemocy. Po 2001 roku Alija Izetbegović zaczął wzbudzać kontrowersje. Po zamachu z 11 września 2001 roku ustalono, że Izetbegović miał kontakty z radykalnymi organizacjami islamskimi. Kontrowersje wzbudziła jego wizyta w Turcji, gdzie nie złożył kwiatów na grobowcu Mustafy Kemala Ataturka. Pisma Izetbegovicia uważane są obecnie za treści fundamentalistyczne.