A 2005–2006-os UEFA-kupa az UEFA-kupa 35. szezonja volt. A kupát a spanyol Sevilla nyerte, miután a döntőben az angol Middlesbrough-t győzték le 4–0-ra. Ez volt a csapat első győzelme európai kiírásokban, valamint ez volt a Middlesbrough első szereplése európai kupadöntőben. A döntőt Eindhovenben Hollandiában rendezték a Philips Stadionban Herbert Fandel vezetésével. A Sevilla a következő szezonban megvédte címét.