1799 wechselte Ruffin, ebenfalls als Aide-de-camp, in den Stab von General Michel Ney. Nach seiner Beförderung zum chef de brigade (Oberst) kam er 1800 zur Armée du Rhin und nahm u. a. an den Kämpfen bei Meßkirch (5. Mai 1800), Ampfing (1. Dezember 1800) und Hohenlinden (3. Dezember 1800) teil.