Dos dies després de la clausura de les Corts, els exèrcits francesos i espanyols assetjaren altre cop Barcelona fins al 8 de maig (Setge de Barcelona (1706)). Durant aquest mes la Conferència convocada per getionar la defensa va fer reunions pràcticament cada dia, alguns matí i tarda. Entre altres decisions, van encarregar als fusters barcelonins que elaboressin un informe sobre els llocs més ben defensats de la ciutat, i es va demanar al conseller en cap Francesc Nicolau que treballés braç a braç amb el comte d'Uhlefeld per organitzar la defensa. Però el setge no semblava favorable als defensors: el conseller en cap va morir el 22 d'abril, però pitjor fou la caiguda del castell de Montjuïc el dia 25. El 28 el rei Carles III va presidir una reunió de les diverses institucions (entre els quals alguns representants de la Conferència) per demanar una lleva urgent de 450 homes per tal de treballar en el reforç de les defenses: Aquell mateix dia es va reunir la Conferència i es va acordar que la Ciutat trobaria aquelles 400 persones, que la Diputació pagaria les despeses a raó de 60 lliures diàries, i que el Braç Militar trobaria 50 homes per construir una travessera defensiva i nomenaria els nobles necessaris per organitzar aquestes tasques. Finalment, el setge va acabar fracassant perquè la flota francesa va fugir al saber que s'acostava la flota anglesa, i dos dies després el 10 de maig els exèrcits de terra també es retiraren.