Ülkesinde düzenlenecek olan 2016 Avrupa Futbol Şampiyonası için millî takım kadrosuna dahil edilen Kanté, turnuvadaki ilk maçına; 10 Haziran'da, turnuvanın açılış maçı olan Romanya maçında çıktı ve o maçta Dimitri Payet'in galibiyet golünde asist yaparak maçın 2-1 Fransa lehine bitmesini sağlayanlardan biri oldu. Turnuvada finale kadar giden Fransa, finalde Portekiz'e uzatmalarda 1-0 yenildi. Kanté, o finalde forma giyme şansını bulamadı.