Ngày 13 tháng 10 năm 2007, Rooney đã ghi bàn vào lưới Estonia trong chiến thắng 3–0 của đội tuyển Anh trong khuôn khổ Vòng loại Euro 2008. Bàn thắng này cũng đã giúp anh giải tỏa cơn khát bàn thắng bàn thắng cho đội tuyển kéo dài từ Euro 2004. Bàn thắng thứ hai của anh tại vòng loại đến trong trận thua Nga 2–1. Tuy nhiên cuối cùng Rooney và đội tuyển Anh đã không thể vượt qua được vòng loại để có mặt tại Euro 2008 sau khi để thua Croatia 2–3 ở lượt trận cuối cùng.