En 1800 Bonaparte regresó a Italia, que había sido reconquistada por Austria durante su ausencia en Egipto. Cruzó con sus tropas los Alpes en primavera (si bien cabalgaba sobre una mula, y no en el caballo con el que lo pintó David). Al principio la campaña no fue muy bien, pero más adelante propinó una rotunda derrota a los austríacos, la cual llevó a la firma de un armisticio. El hermano de Napoleón, José, principal negociador del armisticio, reportó que debido a la alianza entre Austria y Gran Bretaña, Austria no podía reconocer ningún territorio conquistado por Francia. Las negociaciones se volvieron más y más erráticas hasta que Bonaparte ordenó al general Moreau atacar a Austria nuevamente. Moreau llevó al ejército francés a la victoria de Hohenlinden y finalmente el armisticio fue firmado en Lunéville en febrero de 1801, bajo el cual se reafirmaba a Francia su dominio sobre los territorios ocupados en el Tratado de Campoformio. Los británicos también firmaron un acuerdo de paz mediante el Tratado de Amiens en marzo de 1802, por el cual Malta pasó a ser territorio francés.