Con el estallido de la Guerra Civil, el Cuerpo se alineó fundamentalmente con el Gobierno de la República, siendo uno de los cuerpos armados donde menos apoyos tuvo la sublevación militar del 18 de julio: un 70% se mantuvo leal al Gobierno. Sin embargo, los acuartelamientos de Zaragoza y Valladolid se sumaron a la sublevación —los de Oviedo, Sevilla y La Coruña al principio permanecieron fieles a la República—. De todos los cuerpos policiales que habían quedado en la zona gubernamental, el de Asalto era el mejor visto por la mayor parte de la población. Esto hizo que gran número de militares decidieran ingresar en este cuerpo, para evitar los recelos y suspicacias que la filiación militar creaba entre las milicias obreras. Este hecho llegó hasta el punto de que el presidente de Gobierno, Largo Caballero, tuvo que prohibir a los oficiales del Ejército integrarse a la Guardia de Asalto sin autorización expresa del Ministerio de la Guerra. Los guardias de Asalto se distinguieron como una infantería fiable y de choque a la que la República siempre confiaba sus operaciones más delicadas, como la supresión de los sucesos de Barcelona de mayo de 1937 o la toma de Belchite. Ya avanzada la guerra, el Cuerpo de Asalto se convirtió en la élite del nuevo Ejército Popular. El escritor George Orwell lo reflejaba en una de sus obras más destacadas: