Tras su desastrosa organización en Midway, Nagumo fue relevado por Yamamoto al mando de la 3.ª Flota en julio, compuesta por buques obsoletos y/o dañados como menosprecio. En este lapso comandaría la flota durante las batallas de las Salomón Orientales en agosto, y las islas Santa Cruz en octubre. Tras esto, Nagumo fue reasignado a la comandancia del Distrito Naval de Sasebo, y haría lo propio en el Distrito Naval de Kure el 21 de junio de 1943. De este puesto acabaría dimitiendo en octubre, momento en el que se le fue entregado el mando de la 1.ª Flota.