À la suite des attentats du 22 mars 2016 de Bruxelles, la mosquée est l'objet de polémiques, notamment parce que plusieurs experts en radicalisme, notamment l'islamologue Michaël Privot, la considèrent comme un foyer d'introduction du salafisme en Belgique. Commentant les premiers résultats de la commission parlementaire d'enquête sur les attentats de Bruxelles du , le député Georges Dallemagne estime que . Il relève en outre que le comité de gestion de la mosquée est composé de « quatre représentants saoudiens sur huit et trois représentants de la Ligue islamique mondiale » dont les ont pour but de répandre l'islam wahhabite. Le ministre de l'intérieur Jan Jambon explique toutefois sur la base d'un rapport de la Sûreté de l'État qu'on n'a pas constaté à la grande mosquée de Bruxelles de « grands problèmes » de radicalisation islamiste et que ce problème est imputable plutôt à Internet et à des lieux de culte clandestins.