軸心軍佔領後不久，南國境內即出現了抵抗運動，分別在德國、保加利亞佔領區及意大利佔領区，其中克羅地亞独立國境內最多。1941年6月22日，「」於克羅地亞的錫薩克一地成軍，為德軍在南斯拉夫、乃至歐洲佔領區第一支反法西斯抵抗運動軍事單位，這一天後來也成了克羅地亞的「反法西斯戰爭紀念日」。日後出現了由克羅地亞人约瑟普·布罗兹·铁托所領導的共產黨多民族反抗軍——「南斯拉夫人民解放軍」。這支部隊在戰火中迅速成長，後來在1943年12月的德黑蘭會議中獲得同盟國的承認。蘇聯軍佔領了羅馬尼亞王國及保加利亞王國後開始協助反抗軍，並得到了盟軍的裝備、後勤、訓練、空中力量的支持，人民解放軍同後者於1944年發動了貝爾格勒攻勢，打敗了德軍，控制南斯拉夫全境，並在1945年5月推進到了德國本土奧地利地區和意大利國界，後於「布雷堡遣返事件」中屠殺了數千名烏斯塔沙戰俘和克羅地亞難民。1942年11月26日，為決定戰後南國命運，南斯拉夫共產黨與其餘反抗勢力組成「南斯拉夫反法西斯人民解放委員會」，得到戰後以民族平等為基礎上的聯邦制國家之共識，也因此在第一次會議結束後，各地區之民族創建各自的「反法西斯人民解放委員會」，克羅地亞為最早建立該會的地區。1943年6月13日，「」誕生，宣稱成為克羅地亞人民的最高政治機構。1945年4月14日，克羅地亞民族政府成立，大部分成員為共產黨人。5月8日，人民解放軍開進獨立國首都萨格勒布，宣佈克羅地亞獨立國滅亡。