La nazionale tagika disputò la prima partita ufficiale l'11 aprile 1994 a Tashkent nell'ambito di un torneo regionale, perdendo per 0-1 con il . La prima competizione ufficiale alla quale parteciparono le squadre furono le qualificazioni alla Coppa d'Asia 1996, dove venne inserita nel gruppo con l'Uzbekistan e il . Il Bahrein in seguito si ritirò, lasciando al Tagikistan la possibilità di disputare uno spareggio contro i loro vicini dell'Asia centrale. Vinta la partita di andata con il risultato di 4-0, al ritorno in trasferta il Tagikistan perse per 0-5 dopo i tempi supplementari, venendo eliminato. Partecipò alle qualificazioni al campionato del mondo 1998, registrando quattro vittorie nella fase a gironi preliminare, tra cui un successo per 5-0 sul , e subì una sola sconfitta, contro la , concludendo al secondo posto e venendo di conseguenza eliminato dalle qualificazioni.