In 2013 bereikte Del Potro op Wimbledon 2013 de halve finale, maar verloor in vijf spannende sets van Đoković. Opnieuw gooide een polsblessure roet in het eten. In 2016 kwam Del Potro definitief terug. Op de Olympische Spelen in Rio de Janeiro verraste Del Potro in de eerste ronde Novak Đoković. In de halve finale versloeg hij de Spanjaard Rafael Nadal, om vervolgens in de finale het onderspit te delven tegen de Brit Andy Murray, waardoor hij genoegen moest nemen met zilver. Vervolgens bereikte hij op de US Open 2016 de kwartfinale, waarin hij verloor van de Zwitser Stanislas Wawrinka, de latere winnaar. Aan het eind van het seizoen had hij een groot aandeel in de finale van de Davis Cup, die met 3-2 werd gewonnen van gastland Kroatië.