조심스런 맥클렐런이 안티에탐 전투 뒤의 후속 조치를 제대로 취하지 못하자, 암브로스 번사이드 소장이 그를 교체하게 된다. 번사이드는 1862년 12월 13일 《프레더릭스버그 전투》에서 패배한다. 이 전투에서 북군은 마리의 고지(Marye's Heights)에 비효율적인 정면 반복 공격을 감행하여 12,000명이 넘는 사상자를 기록했다. 전투 후 번사이드는 죠셉 후커 소장으로 교체되었으나 후커 장군 또한 리의 군대를 이길 수 없었다. 1863년 5월의 《챈슬러스빌 전투》에서 남군보다 두 배가 넘는 병력을 보유했음에도 불구하고 후커 장군은 이 전투에서 망신을 당한다. 그해 6월 리가 두 번 째로 북쪽을 침략하자 후커는 조지 미드 소장으로 교체된다. 남북 전쟁에서 가장 많은 사상자를 낳은 《게티스버그 전투》(1863년 7월 1일~3일)에서 미드 장군은 리 장군에게 승리를 하는데 이를 두고 종종 남북 전쟁의 전환점으로 평가한다. 7월 3일에 감행된 《피켓 사단의 돌격》은 종종 남군의 절정이라고도 불리는 데 이 돌격으로 북쪽에서 워싱턴을 압박하려 했던 리 장군의 계획이 수포로 돌아갔으며, 그 다음날 미시시피 강에 대한 지배권에 핵심적인 미시시피주 빅스버그가 북군에게 함락되었기 때문이다. 리 장군의 군대는 28,000명의 사상자를 입었으며, 그에 비해 미드 군의 사상자는 23,000명이었다. 그러나 링컨은 미드 장군이 리의 퇴각을 차단하지 못한 것에 불만스러웠고, 미드의 가을 군사 작전이 결정적인 성과를 내지 못하자 다시 새로운 지휘자를 찾아 서부전역으로 눈을 돌렸다.