Ostern 1248, inzwischen war er Vater zweier Kinder, nahm Johann das Kreuz, wie es schon mehrere Vorfahren von ihm getan hatten, und schloss sich mit zehn von ihm besoldeten Rittern dem Kreuzzug König Ludwigs IX. nach Ägypten (Sechster Kreuzzug) an. Mit seinem Vetter Gottfried II. von Apremont stach er von Marseille aus in See und erreichte auf Zypern das Kreuzfahrerheer. Während der längeren Zwischenstation auf der Insel trat er, nicht zuletzt wohl aus finanziellen Gründen, dem königlichen Gefolge bei.