De Iraanse Imam Khomeini ging echter niet akkoord met het Koerdische streven naar autonomie onder leiding van Ghassemlou. Hij verklaarde een "jihad" aan Koerdistan. De eerste golfoorlog die in die periode uitbrak bracht veel schade toe aan Koerdistan, doordat het gebied in de frontlinie lag. Ghassemlou meende dat de gevechten hem werden opgelegd, en hij wilde er liever snel van af zijn.