Nació el 12 de julio de 1839 en la localidad cacereña de Montánchez. Cadete en 1855, ascendió a alférez en 1858. En 1859 se incorporó al ejército que partía a la Guerra de África, siendo herido en la acción del 14 de enero y condecorado en el campo de batalla. Tomó parte en los acontecimientos de 1866 y 1869. Fue gobernador de Melilla, tomando posesión del mando el 30 de septiembre de 1891, y ejerció el cargo hasta 1893. Margallo fue ascendido después a general. Tras una ofensiva de los rifeños, quedó atrapado en el Fuerte de Cabrerizas Altas, donde cayó durante los combates librados en los días 27 y 28 de octubre, en la que se conoce como la Guerra de Margallo.