『システィーナの聖母』は第二次世界大戦でのドレスデン爆撃の被害からは守られた。しかしそのときの保存状態と、その後この絵画がたどった歴史は議論の的になっている。当時『システィーナの聖母』は戦禍を避けて、他の絵画とともにザクセンスイス（）の坑道に保管されていた。しかしソヴィエト赤軍がこれらの絵画を発見、押収し、一時的にピルニッツ（）に移動した後に、天蓋に防水布を張っただけの長距離貨物列車に箱詰めにしてモスクワへと持ち去った。そして『システィーナの聖母』が収蔵されたプーシキン美術館の館長ミハイル・クラフチェンコは、プーシキン美術館が世界有数の美術館となったとの声明を出した。