1449年頃、パーシーは第3代ノーサンバランド伯ヘンリー・パーシーとエレノア・ポイニングズ（リチャード・ポイニングズ卿の娘）との間に生まれた。父はその血がヨーク派に近いのとは裏腹に、祖父ヘンリー・パーシー以来のネヴィル家との確執からランカスター派に忠誠を誓っていた。だが、祖父が1455年にセント・オールバーンズの戦いで、父が1461年3月29日のタウトンの戦いで戦死すると、ノーサンバランド伯爵の爵位は勝者であるヨーク派によって消滅させられ、この時10代のパーシーはロンドン刑務所（"Fleet Prison"）に投獄された（1464年に政治犯ということでロンドン塔に移送されている）。