Bei der Besetzung von Izmir durch griechische Truppen am 15. Mai 1919 war er Oberstleutnant und Kommandeur des 172. Infanterieregiments im nahen Ayvalık, das unter dem Oberbefehl der 56. Division von Hürrem Bey stand. Ali Çetinkaya spielte in der ersten Phase des Griechisch-Türkischen Krieges eine entscheidende Rolle, da er die erste Schlacht am İlk Kurşun Tepesi am 29. Mai 1919 mit einem Schießbefehl eröffnete. Den Vormarsch der Griechen konnte er allerdings nur kurz stoppen. Heute trägt die Insel Alibey Adası vor der Küste Ayvalık Çetinkayas Namen.