Počas rozpadu štátu v rokoch 1990 až 1992 sa JĽA zmobilizovala a pokúšala sa obhajovať ústavou zakotvenú celistvosť a jednotnosť krajiny. Ako sa ale oddeľovali jednotlivé republiky tak sa z nej stávala ale rýdzo srbská vojenská sila. Po roku 1992 sa ideály Juhoslávie rozplynuli a zvyšok armády ochudobnený o sily odtrhnutých republík a ťažko zničený vojnou sa stal obrannú silou iba pre Srbsko a Čiernu Horu a miesto problematiky spoločného štátu sa dostal do popredia spor o Kosovo. Počas vojny v Bosne a Hercegovine síce nezasiahla JNA priamo, ale Kvalitnávojenská technika však bola odovzdaná do vznikajúcej Armády Republiky srbskej, čo obrátilo pomer síl a zatlačilo Chorvátov a Moslimov v prvých fázach bojov do defenzívy.