Bieg maratoński mężczyzn był jedną z konkurencji rozgrywanych podczas IX Mistrzostw Europy w Atenach. Został rozegrany 21 września 1969 roku. Zwycięzcą tej konkurencji został reprezentant Wielkiej Brytanii Ron Hill. W rywalizacji wzięło udział trzydziestu dwóch zawodników z osiemnastu reprezentacji.