2003 und 2005 erhielt Shorter für die Alben "Alegría" und "Beyond the Sound Barrier" jeweils den Grammy in der Kategorie "Bestes Jazz Instrumental Album", für "Alegria" auch den Jahrespreis der deutschen Schallplattenkritik. 2003 gewann Wayne Shorter den alljährlichen Kritikerpoll der Zeitschrift Down Beat gleich in fünf Kategorien: für "Footprints Live!" als „Album des Jahres“, als „Jazzmusiker des Jahres“ und Komponist, für die „Akustische Jazzgruppe des Jahres“ und auf dem Sopransaxophon. Beim Kritikerpoll 2013 lag Wayne Shorter erneut in vier Kategorien vorne: für "Without a Net" als „Album des Jahres“, als „Jazzmusiker des Jahres“ und auf dem Sopransaxophon sowie für die „Jazzgruppe des Jahres“. Für das Stück "Orbits" bekam er einen Grammy für die beste Jazzimprovisation. 2016 wurde er zum Mitglied der American Academy of Arts and Sciences gewählt. 2017 wurde er mit dem schwedischen Polar Music Prize ausgezeichnet und 2018 erhielt Shorter einen Kennedy-Preis. Für sein Album "Emanon" erhielt er 2019 den Grammy für das beste Jazz-Instrumentalalbum; auch im Kritikerpoll des "Down Beat" wurde "Emanon" als „Album des Jahres“ anerkannt, ebenso im Readers Poll, in dem er außerdem Jazzkünstler des Jahres wurde.