בלחאג' ברח, ביחד עם מנהיגים אחרים של LFIG, לאפגניסטן, שם הוא התחבר לטליבאן. בתחילת 2002, זמן קצר לאחר מתקפת הטרור של ה-11 בספטמבר ולאחר הפיוס של קדאפי עם המערב, הרשויות בלוב הוציאו צו מעצר כנגד בלחאג'. בצו נאמר כי לבלחאג' קשרים קרובים עם מנהיגי אל-קאעידה, ובמיוחד עם מנהיג הטליבאן מולא עומאר. נטען כי מבסיסו בג'לאלאבאד הוא ניהל ומימן את הכשרתם של לוחמי מוג'אהדין. לאחר שארצות הברית פלשה לאפגניסטן במסגרת המלחמה שלה בטליבאן ובאל קאעידה, אנשי LIFG הנותרים עזבו את המדינה, ומצאו מסתור באירופה ובדרום מזרח אסיה.