Когда 12 октября 1999 года Шариф отправил в отставку командующего армией Первеза Мушаррафа и попытался не впустить его на территорию страны, произошёл военный переворот. Мушарраф возглавил страну, именуясь «главой исполнительной власти». Шариф был арестован и затем приговорён к пожизненному заключению. Впрочем, приговор был заменён высылкой в Саудовскую Аравию.