Slovenian ensimmäinen menestyskausi ajoittui 2000-luvun alkuun, jolloin se osallistui kahden vuoden aikana ensimmäistä kertaa sekä EM-kilpailuihin 2000 että MM-kilpailuihin 2002. Se varmisti kisapaikkansa Belgian ja Alankomaiden EM-kilpailuihin 2000 voitettuaan jatkokarsinnassa Ukrainan. Lopputurnauksessa Slovenia johti avausotteluaan Jugoslaviaa vastaan jo 3–0, mutta joutui lopulta tyytymään 3–3-tasapeliin. Jatkossa Slovenia hävisi Espanjalle 1–2 ja pelasi Norjan kanssa 0–0-tasapelin jääden lohkossa viimeiseksi.