W tej roli dowodził swymi oddziałami podczas I bitwy pod El Alamein w lipcu i II bitwy pod El Alamein w dniach od 23 października do 5 listopada 1942 roku. W tej ostatniej, stanowiącej punkt zwrotny kampanii północnoafrykańskiej, Australijczycy wykazali się bohaterstwem, ponosząc po raz kolejny duże straty osobowe. Generał Morshead zaś, w uznaniu zasług, został Komandorem Orderu Łaźni.