Назначение игуменом Елецкой обители состоялось главным образом по желанию преосвященного Лазаря (Барановича), для которого святитель Феодосий стал ближайшим помощником. Святитель Феодосий помогал владыке Лазарю во всех трудах по управлению и благоустроению епархии. Так, он участвовал в составлении Соборного ответа Московскому патриарху Иоакиму по поводу отношения Киевской митрополии к Флорентийскому собору и поднятого на нём вопроса о времени пресуществления Святых Даров.