ほとんどの伝道所は小さなものであり、2人のフランシスコ派僧と6人から8人の兵士が住んだ。これら全ての建物はフランシスコ会僧の監督で大部分先住民の無償の労働で建てられた。さらに「プレシディオ」（砦）、「プエブロ」（町）に加えて「ミシオン」（伝道所）はスペイン帝国がその植民地領土を統合していくために採用した3つの主要機関の1つだった。これらの伝道所のどれも完全に自活できず、（つましくはあるが）財政的援助を必要とし続けた。1810年のメキシコ独立戦争開始と共に財政的援助は実質上失われた。1827年までにメキシコ政府はスペイン生まれの者を追放する「追放一般法」を成立させ、カリフォルニアの宣教師の数が激減した。伝道所の幾つかはメキシコ政府に国有化され、その後売却された。幾つかの伝道所をそれを所有していた修道会に戻したのは、合衆国の州として成立したあとの連邦最高裁判決に拠っていた。