Milhaud erhielt 1789 sein Offizierspatent und wurde 1791 zum Kommandant der Nationalgarde von Aurillac gewählt. An Juli 1792 diente er als Capitaine bei einer Einheit Jäger zu Pferde. Er trat den Montagnards bei und besuchte regelmäßig den Jakobinerclub. Im Januar 1793 stimmte er beim Prozess gegen König Ludwig XVI. für dessen Hinrichtung. Er fungierte ab Mai 1793 als Vertreter des Konvents bei der Armee der Ardennen und ab 19. August bei der Rheinarmee. Er wurde noch Herbst 1794 zur Armee in den östlichen Pyrenäen versetzt und stellte unter General Dugommier mit seinem Parteikollegen de Soubrany als Mitglied des Militärausschusses des Konvents die Ordnung der dortigen Truppen wieder her. Nach dem Tod von Robespierre kehrte er im Juli nach Paris zurück. Am 26. Dezember 1795 wurde er zum Chef de brigade befördert und zum Kommandanten des 5e régiment de dragons in der Armée d’Italie ernannt. Im September 1796 war mit seiner Truppe in der Schlacht bei Bassano eingesetzt.