Després d'una estada curta al Perú, contractat per una empresa britànica com a metge a les mines d'or d'Arequipa, torna per casar-se amb Rosa Oriol Anguera a Alcover. Se'n van a viure amb els seus fills a Flix. Allí Barenys és força activista en el camp social  i cultural. Ell i la seva dona es fan socis de l'Associació protectora de l'ensenyança catalana.  En el moment delicat de la proclamació de la República, Xavier es posiciona explícitament a favor de la Generalitat. Tal com li expressa al president Macià en la carta conservada a l'Arxiu Nacional de Catalunya, la seva actitud davant la situació política consisteix en una “rebelia passiva constant”. A Flix s'hi estan fins al 1938, fins a la Batalla de l'Ebre. Aleshores Rosa i els cinc fills petits fugen a Embún, al Pirineu Aragonès. I Barenys es queda amb el fill gran a Flix durant la guerra.