В кваліфікації до Євро 96, команду очолював Роман Убаківі. Кваліфікаційний турнір команда завершила на останньому місці, програвши у всіх 10 матчах. Варто зауважити, що команда Естонії була у одній відбірній групі, що і збірна України.