Для обороны внешнего рубежа на направлении арх. Н. Гвинеи осенью 1942 г. Ставка Императорской Японии навязала противнику встречное сражение у арх. Соломоновых о-вов. ДАВ №5 (АВ Сёкаку-Дзуйкаку) ВМС встретилась с и авианосными дивизиями ВМС США. ЛБАЭ ДАВ №5 имели на вооружении 6 рот (54 машины) ЛБ-99, которым за два месяца боев удалось дважды тяжело повредить АВ № 6 Энтерпрайз и уничтожить АВ № 8 Хорнет. В 1942 г. на вооружение корабельной авиации ВМС стали поступать ЛБ-99 второй модификации. В связи с наличием в КБ Аити в разработке пикировщика Комета, ЛБ-99 постепенно выводились в УБАП ВМС. В связи с утратой корабельной ИА преимущества в воздухе, машины 1930-х гг. с малой тяговооруженностью и отсутствием бронирования несли тяжелые потери. Сдерживая продвижение дивизий ВМС и КМП США у арх. Соломоновых о-вов в 1943 г. береговые ЛБАП ВМС понесли тяжелые потери от наступающих корабельных группировок. В 1944 г. ЛБ-99 оставались на вооружении сформированной в 1942 г. ДАВ №2 (АВ Дзюнъё-Хиё) Мобильного Флота №1 ВМС. ЛБАЭ ДАВ №2 имели на вооружении до 3 пикировочных рот (36 машин). В ходе Филиппинской оборонительной операции ЛБАЭ ДАВ №2 были в основном уничтожены палубной авиацией и корабельным ПВО наступающих корабельных группировок. В ходе боев за Окинаву и операции Кикусуй весной 1945 г небольшое число ЛБ-99 применялись для таранных ударов камикадзэ.