Narastający konflikt etniczny doprowadził ostatecznie do wybuchu wojny domowej w Kosowie w latach 1998–1999. W rezultacie bombardowania Kosowo znalazło się pod tymczasowym zarządem ONZ. Kosowskie kluby wycofały się z mistrzostw Jugosławii i od sezonu 1999/2000 najlepsze zespoły występowały w Superlidze Kosowa. KF Rahoveci startował w grupie B Liga e Parë i po zajęciu 1. miejsca awansował do Superligi. Epizod nie trwał długo, gdyż po zaledwie jednym sezonie spadł do drugiej ligi. W następnych latach występował w "Liga e Parë", aż do sezonu 2011/12, w którym zajął 15. miejsce i spadł do Liga e Dytë. W sezonie 2014/15 i 2015/16 był 11-ty w końcowej klasyfikacji. W następnym sezonie 2016/17 zajął 14. miejsce, potem w barażach wygrał z KF Lugu i Baranit i utrzymał się na kolejny sezon. W sezonie 2017/18 również grał w barażach po zajęciu 14. pozycji, jednak tym razem przegrał po rzutach karnych z KF Istogu i spadł do "Liga e Dytë". W sezonie 2020/21 zajął drugie miejsce i powrócił do Liga e Parë po trzech latach nieobecności.