בשנת 12 לספירה הקירקוס הוצף שוב ובשנת 36 לספירה חלקים ממנו נשרפו. עבודות השיקום בוצעו על ידי קלאודיוס וככל הנראה הוא שם קץ לשיטפונות הקירקוס, מכיוון שלאחר שיפוץ זה לא מתועדים עוד שיטפונות. בשנת 64 לספירה השרפה הגדולה ביותר בהיסטוריה של רומא פקדה אותה במשך תשעה ימים וכילתה חלקים נרחבים מהעיר, בין היתר, חלק גדול מהקירקוס מקסימוס ומהמקדשים הסמוכים. קשה לדעת כמה מעבודות השיקום בוצעו על ידי נירון קיסר, אך ככל הנראה, מאחר שהוא אהב מרוצים, ייתכן והוא זה ששיפץ את הקירקוס באופן משמעותי. קרוב לוודאי שאספסיאנוס וטיטוס המשיכו את מלאכת השיפוצים והיא הסתיימה סופית בתקופתם.