Als Napoleon 1812 seinen Krieg gegen Russland plante, holte er Dufriche Desgenettes ihn seinen Stab. Er nahm an einigen Schlachten teil und konnte sich besonders an der Schlacht an der Beresina (26./28. November 1812) auszeichnen. Während des Rückzugs wurde Dufriche Desgenettes am 10. Dezember 1812 bei Vilnius gefangen genommen. Als Zar Alexander I. davon hörte, sorgte er sofort für dessen Freilassung und schickte ihn mit einem Trupp Kosaken als Eskorte zurück zu den französischen Truppen. Am 20. März 1813 erreichte Dufriche Desgenettes wohlbehalten Magdeburg (→Departement der Elbe). Von dort brachte er geheime Depeschen zu Napoleon nach Paris.