В 1812 году с началом войны с Наполеоном был вынужден прервать учёбу и отправился в Ригу, которая оборонялась от корпуса маршала Ж. Макдональда. Осада города продолжалась несколько месяцев, и всё это время Иоганн Вейссе оказывал помощь раненным русским солдатам. Бои под Ригой закончились только 8 декабря 1812 года, в дни завершения исхода остатков Великой армии из России. Весной следующего года Иоганн Вейссе вернулся в Дерпт, где продолжил прерванные занятия.