Op 23 februari 2011 kondigde hij aan te stoppen met langlaufen, nadat hij vanwege een virusinfectie forfait moest geven voor de wereldkampioenschappen noords skiën in Oslo. Achteraf bleek dat hij na een dopingcontrole enkele dagen eerder, op 14 februari, betrapt was op het gebruik van groeihormoon. Veerpalu ontkende doping te hebben gebruikt.