Ook 2006 kende een goede start: op de WK indoor in Moskou won ze een bronzen medaille in opnieuw een Belgisch record op de 60 m, 7,11. Op 9 juli 2006 sneuvelden de Belgisch records op de 100 m (11,04) en op de 200 m (22,20) tijdens de Belgische kampioenschappen in Brussel. Op 9 augustus werd ze in Göteborg Europees Kampioene op de 100 m in 11,06. Daarmee werd zij de eerste Belgische Europese kampioen sinds Karel Lismont in 1971. Twee dagen later zorgden zij en haar vriendin Tia Hellebaut voor de succesvolste vijf minuten in de Belgische atletiekgeschiedenis. Terwijl Hellebaut nog bezig was met haar ereronde na haar verrassende goud bij het hoogspringen, snelde Gevaert naar haar tweede Europese titel: zij won de 200 m in 22,68.