13 января 1945 года началась Восточно-Прусская операция. Рядовой С. В. Гайдуков принимал участие в Инстербургско-Кёнигсбергской операции 3-го Белорусского фронта, затем в ликвидации Земландской группировки врага в составе 1-го Прибалтийского фронта, за отличие в которой был награждён медалью «За отвагу» и произведён в ефрейторы. 24 февраля 1945 года 1-й Прибалтийский фронт был преобразован в Земландскую оперативную группу войск и в этом качестве был включён в состав 3-го Белорусского фронта. В апреле 1945 года ефрейтор С. В. Гайдуков принимал участие в Кёнигсбергской операции. Особо отличился Семён Васильевич при штурме Кёнигсберга. 349-му стрелковому полку 6 апреля 1945 года предстояло штурмовать город с юга. При прорыве обороны противника юго-восточнее посёлка Медгетен ефрейтор С. В. Гайдуков со своим пулемётом взобрался на господствующую высоту 30,6 и открыл с неё шквальный огонь по немецким позициям, уничтожив более 60 немецких солдат и офицеров. При прорыве второй линии немецких траншей на южной окраине посёлка Медгетен Семён Васильевич уничтожил 8 вражеских солдат и ещё 6 взял в плен, после чего захватил штаб миномётной батареи, где были обнаружены ценные документы. В последующих боях за Кёнигсберг ефрейтор С. В. Гайдуков был тяжело ранен и эвакуирован в госпиталь. На фронт он уже не вернулся. Победу Семён Васильевич встретил в госпитале.