Le territoire est dès lors intégré officiellement à la Sphère de coprospérité de la grande Asie orientale comme République des Nouvelles Philippines. Nommé avec l'approbation du Quartier général impérial, le président en titre José P. Laurel participa notamment en 1943 à la Conférence de la Grande Asie orientale tenue à Tokyo en novembre 1943. En dépit de nombreux mouvements de résistance, l'occupation japonaise durera jusqu'en octobre 1944 avec le début de la reconquête américaine menée par MacArthur. La guerre aux Philippines ne s'arrêtera qu'avec la fin du conflit en août 1945. Le Tribunal de Tokyo et le Tribunal militaire de Manille identifièrent 72 massacres d’envergure commis par les forces japonaises dont le massacre de Manille.