Флетчер был снова упомянут в депешах, когда служил главным инженером во второй осаде Бадахоса (19 мая — 10 июня 1811 года). Инженеры понесли большие потери при попытках вырыть окопы в тонкой каменистой почве вокруг форта, который был отремонтирован и укреплен после последней неудачной осады. Недостаток боеприпасов и большие потери, а также новости о том, что французские подкрепления уже в пути, заставили Веллингтона 10 июня отвести свои войска в Элваш. Флетчер также присутствовал при осаде Сьюдад-Родриго (7-19 января 1812 года) и, с третьей попытки, Бадахоса (17 марта — 16 апреля 1812 года). В последнем сражении именно Флетчер определил слабые места в обороне и окончательно решил, где должна быть главная атака. 19 марта Флетчера ранили в пах, когда французы под прикрытием тумана устроили вылазку и достигли траншей, где работали он и его инженеры. Его травма могла бы быть намного хуже, если бы в его кармане не было серебряной монеты песо, которая приняла на себя основной удар мушкетной пули. Из-за травмы Флетчер был вынужден оставаться в своей палатке, куда Веллингтон, отчаянно нуждающийся в хороших инженерах, ежедневно приходил за советом. Флетчер вернулся в Англию для лечения, и 14 декабря 1812 года стал баронетом и получил пенсию в размере 1 фунта стерлингов в день. Он получил португальский Орден Башни и Меча и Армейский золотой крест за Талаверу, Бусаку, Сьюдад-Родриго и Бадахос.