לאחר התייצבות השלטון במדינות החדשות, הגיעו כמה מהן לכדי התנגשויות צבאיות, שנבעו ממאבקים על אינטרסים כלכליים ופוליטיים. שתיים מהמלחמות הקשות ביותר שידעה היבשת היו מלחמת הברית המשולשת (1864–1870), בין פרגוואי לבין ברזיל, ארגנטינה ואורוגוואי, במהלכה נהרגו כ-90% מהגברים בפרגוואי, וכן מלחמת האוקיינוס השקט (1879–1884), בין צ'ילה לבין פרו ובוליביה, בסיומה השתלטה צ'ילה על שטחים נרחבים עשירים במלחת. בנוסף, התפשטו כמה ממדינות דרום אמריקה לאזורים שהמעצמות הקולוניאליות לא הגיעו אליהן בעבר. ברזיל סיפחה לעצמה שטחים באמאזוניה שבפנים הארץ, ואילו צ'ילה וארגנטינה התפשטו דרומה לפטגוניה, בתהליכים שנקראו כיבוש אראוקניה וכיבוש המדבר, בהתאמה, והסתיימו בשנות ה-80 של המאה ה-19.