Mais en 1983, le colonel Gaafar Nimeiry au pouvoir à Khartoum depuis son coup d'État de 1969, décide unilatéralement d'étendre au droit pénal, le domaine du droit musulman qui était cantonné depuis la colonisation au droit personnel. Ce fut l'élément déclencheur de la seconde guerre civile qui embrasa le pays pendant vingt-deux ans. La rébellion était menée depuis le début par l'Armée populaire de libération du Soudan (APLS) dirigé par John Garang, un vétéran de la première guerre civile. Elle était largement soutenue par les États-Unis. Malgré la scission de son mouvement en 1991, Garang maintint la lutte contre le régime de Khartoum qui, après le coup d'État du général Omar el-Bechir en 1989, s'orienta de plus en plus vers l'idéologie islamiste.