Arnold Peralta fue capitán con la Selección de fútbol sub-20 de Honduras de 2009, ayudando a su equipo a obtener la clasificación a la Copa Mundial de Fútbol Sub-20 de 2009 que se realizó en Egipto. Ya en la Copa Mundial, Peralta portó el gafete de capitán y anotó un gol en la goleada 3-0 ante la Selección de fútbol sub-20 de Hungría. También participó en los Juegos Olímpicos de Londres 2012, debutando el 26 de julio en el empate 2-2 ante en el Hampden Park de Glasgow.