Zwischen 1942 und 1945 besetzten die Japaner im Pazifikkrieg die Inseln. Nach der Indonesische Unabhängigkeitserklärung am 17. August 1945 begann der Niederländisch-Indonesische Krieg (1947/48). Ost-Nusa Tenggara stand dabei nie unter Kontrolle der Unabhängigkeitsbewegung. 1949 erkannten die Niederlande die Souveränität Indonesiens an, auch über Ost-Nusa Tenggara.