Per la stagione 2003-04 fu ingaggiato Alberto Malesani, segnalatosi grazie ad un discreto avvio in campionato. Malgrado una posizione tranquilla al giro di boa, Malesani entrò in polemica con lo spogliatoio ed in particolare col capitano Marco Ballotta. Dopo un periodo senza vittorie, fu sostituito in panchina da Gianfranco Bellotto. Il Modena conobbe la retrocessione all'ultima domenica, perdendo 1-2 sul campo della Lazio. Nel giugno 2004 sedette in panchina Stefano Pioli, che condusse la squadra - penalizzata di un punto (ridotto dai quattro iniziali) per il coinvolgimento in un giro di scommesse - ad un passo dal ritorno in massima categoria, sfumato per la sconfitta all'ultima giornata contro l'Ascoli (diretta concorrente degli emiliani).