Esistevano due città chiuse in Estonia: Sillamäe e Paldiski. Come tutte le altre città industriali, la loro popolazione era in maggioranza di madrelingua russa. Sillamäe era il sito di un impianto chimico che produceva combustibile nucleare e materiali nucleari per le centrali nucleari sovietiche e per le fabbriche di armi. Sillamäe restò chiusa fino a quando l'Estonia non riottenne la sua indipendenza nel 1991. A Paldiski si trovava un centro di addestramento per i sottomarini nucleari della Marina Militare Sovietica, e la città restò chiusa fino al 1994, quando salpò l'ultima nave da guerra sovietica.