Depois de cinco anos sem ser convocado pela Seleção Brasileira, Kléberson voltou a ser convocado, em 2009, para a Copa das Confederações, substituindo Anderson, que foi cortado por uma lesão. Neste mesmo ano, Kléberson ajudou o Flamengo a conquistar o campeonato carioca, sendo tricampeão pela quinta vez. Na final, Kléberson marcou os dois gols no empate em 2 a 2 com o Botafogo, no Maracanã.