Po agresji Niemiec na ZSRR i odkryciu zwłok więźniów zamordowanych przez NKWD w Dobromilu doszło do pogromu, w którego trakcie synagoga została spalona. Wydarzenie to miało miejsce 30 czerwca 1941 roku, a podpalenia dokonało Einsatzkommando 6 lub Ukraińcy (Einsatzkommando w działaniach wspierała ukraińska milicja). Według niektórych źródeł w synagodze spalono 200 Żydów.