A l'estiu i tardor de 1861, va estar implicat en el reclutament de divuit companyies, de vuit estats diferents, que es van convertir en dos regiments de tiradors amb el suport del general Winfield Scott i el president Abraham Lincoln. Berdan va ser nomenat coronel del 1er i 2n regiment de tiradors dels Estats Units el 30 de novembre de 1861. Els seus homes, que havien de passar rigoroses proves de punteria, anaven vestits amb uniformes verds distintius i equipats amb els rifles de llarg abast més avançats, amb mires telescòpiques. Fins i tot quan s'assignaven a una brigada, els regiments solien destinar-se a tasques especials en el camp de batalla. Es van utilitzar freqüentment per a les escaramusses. Berdan va lluitar a les Batalles dels Set Dies i a la Segona Batalla de Bull Run. Al setembre de 1862, els seus tiradors van participar en la Batalla de Shepherdstown. Berdan va comandar la Segona Brigada, la 3a Divisió, el 3r Cos, l'Exèrcit del Potomac al febrer i al març de 1863, i després va comandar la 3a Brigada a la Batalla de Chancellorsville.