Khomeinin valtaa ei kaikkialla Iranissa hyväksytty. Maan pohjoisosissa kurdit olivat pettyneitä siihen, että vallankumous ei tuonut heille autonomiaa. Neuvottelut kurdien ja Iranin hallituksen kanssa eivät tuottaneet tulosta ja kurdien vaatimukset hylättiin. Tämä johti aseellisiin yhteenottoihin kurdien ja Iranin armeijan välillä. Islamilaisen tasavallan ideologiaa ei hyväksynyt myöskään kommunistinen Tude, jota Khomeini syytti vakoilusta Neuvostoliiton hyväksi. Puolueen johtohahmot pidätettiin ja Tuden toiminta kiellettiin. Ainoat sallitut puolueet olivat Khomeinin perustama Islamilainen tasavaltapuolue (IRP) ja hänelle myötämielinen vapauspuolue. Suurimman uhan Khomeinin hallinnolle muodosti kuitenkin Saddam Hussein.