Amokachi a joué 42 matchs internationaux avec l'équipe nationale du Nigéria, lors desquels il a marqué 14 buts de 1990 à 1999. Il a notamment participé aux Coupes du monde 1994 et 1998. Il a aussi remporté la Coupe d'Afrique des nations en 1994 ainsi que les Jeux olympiques en 1996.