Vor 1609 gehörte Inishbofin wie viele andere Ländereien aufgelöster Klöstern dem Grafen von Clanrickard. Während der irischen Rebellion von 1641–52 war Inishbofin eine wichtige Basis für die Waffenversorgung der Royalisten durch den Herzog von Lorraine (Lothringen). Als Galway und die Aran-Inseln 1652 von Cromwells Leuten eingenommen wurden eroberte eine Truppe von Inishbofin aus wieder eines der Aran Forts zurück. Anfang 1653 war Inishbofin von der Beschießung durch Schiffe bedroht und wurde übergeben. Es wurde später ein Gefangenenlager für katholische Priester, die durch Cromwells Leute verhaftet wurden. Das Fort am Hafen war 1690 eine Garnison der Jakobiten, das aber bereits 1691 an König William Leute übergeben wurde. Etwa 1830 ging Inishbofin von den Clanrickards zu den Brownes von Westport über. Lord Sligo, ein Erbe der Familie verkaufte es 1855 an Henry William Wilberforce. 1876 wurde es von Cyril Allies, einem katholischen Engländer gekauft und von ihm erwarb es schließlich die Landkommission. Die Insel ist in fünf Bauernschaften unterteilt.