Осенью 1941 года Алексеев, будучи штурманом турбоэлектрохода «Сталин», принимал активное участие в обеспечении эвакуации советских войск с военно-морской базы на полуострове Ханко в Кронштадт. В дальнейшем являлся командиром БЧ-1 эсминца «Сильный». Участвовал в обороне Ленинграда. С января 1944 года служил в штабе эскадры Балтийского флота, занимая должность офицера по войсковой разведке — младшего флагштурмана. Участвовал в проведении операций кораблей в Выборгском заливе и проливе Бьёркезунд, постановке минных заграждений в Финском заливе. Успешно справлялся со своими обязанностями в тяжёлых навигационных условиях и при активном противодействии вражеской артиллерии. В преддверии десантной операции на острова Моонзундского архипелага — Эзель, Даго, Муху — Алексеев являлся один из активнейших разработчиков плана её проведения, планировал расстановку сил и средств, внеся значительный вклад в достижение успеха.