Французскі пратэстантызм у хуткім часе набыў выразна палітычны характар, які стаў відавочным у 1550-х гадах. Такі эфект стварыў перадумовы для рада разбуральных канфліктаў, вядомых як рэлігійныя войны. Грамадзянскай вайне спрыяла раптоўная смерць Генрыха II ў 1559 годзе, пасля чаго пачаўся працяглы перыяд слабасці французскай кароны. Злачынствы і хваляванні сталі вызначальнымі характарыстыкамі таго часу, якія набылі асаблівую моц у жніўні 1572 года ў час Варфаламееўскай ночы, калі рыма-каталікі знішчылі ад 30 тысяч да 100 тысяч гугенотаў у Францыі. Вайна сціхла, калі Генрых IV, сам былы гугенот, выдаў Нанцкі эдыкт, абяцаючы афіцыйную памяркоўнасць да пратэстанцкай меншасці, але пры вельмі абмежаваных умовах. Каталіцтва заставалася афіцыйнай дзяржаўнай рэлігіяй, а ўплыў французскіх пратэстантаў паступова зніжаўся на працягу наступнага стагоддзя, што прывяло да выдання Людовікам XIV эдыкта Фантэнбло, які скасоўваў Нанцкі эдыкт і абвяшчаў каталіцтва адзінай законнай рэлігіяй Францыі. У адказ на эдыкт Фантэнбло Фрыдрых Вільгельм I, курфюрст Брандэнбурга, выдаў Патсдамскі эдыкт, які надаваў гугенотам права свабоднага пражывання на падначаленай яму тэрыторыі, а таксама скасоўваў спагнанне падаткаў для перасяленцаў тэрмінам на дзесяць гадоў.