С 6 февраля 1666 года Тромп командовал кораблями Амстердамского Адмиралтейства, в должности командующего амстердамской (голландской) эскадрой участвовал в Четырехдневном сражении и в сражении в день Святого Иакова (но после последнего Рюйтер приказал Тромпу и его адъютантам покинуть эскадру). В августе 1666 года был снят со службы из-за подозрения в участии в заговоре, поставившем цель свержения правительства Корнелиса де Витта. Тромп был вовлечен в оранжистский заговор и убийство Йохана и Корнелиса де Виттов в 1672 г.