1596–1809 var staden huvudstad i det ernestinska hertigdömet Sachsen-Eisenach och ingick efter sammanslagningen med Sachsen-Weimar i Sachsen-Weimar-Eisenach. Efter de tyska monarkiernas fall i tyska revolutionen 1918 blev Eisenach en del av Land Thüringen. Vid Tysklands delning efter andra världskriget tillföll Eisenach Östtyskland där det sedan 1952 tillhörde Bezirk Erfurt. När Tyskland återförenades tillfördes staden det återuppståndna förbundslandet Thüringen.