2016 wurde Stephanie Morton für die Teilnahme an den Olympischen Spielen in Rio de Janeiro nominiert. Im Keirin-Wettbewerb schied sie in der ersten Runde aus. Im Jahr darauf wurde sie zum zweiten Mal australische Meisterin im Sprint. Bei den UCI-Bahn-Weltmeisterschaften 2017 in Hongkong errang sie jeweils Silber im Sprint sowie im Teamsprint (mit Kaarle McCulloch).