У травні 1941 року, після повернення з Греції, Вілсон був призначений командувачем британських сил у Палестині та Транс-Йорданії та контролював проведення успішної кампанії в Сирії та Лівані, в якій переважно австралійські, британські, індійські та французькі сили «Вільної Франції» вели запеклі бойові дії проти вішістських військ. У жовтні 1941 року генерал Вілсон очолив 9-ту армію, зоною відповідальності якої були Сирія та Палестина, Георгом VI йому було присвоєне почесне звання генерала-ад'ютанта короля.