Im Rahmen des griechischen Unabhängigkeitskrieges von 1821 bis 1829 wurde der Kanal 1821 wieder ausgehoben und gleichzeitig die am Südufer noch aus byzantinischer Zeit stammenden Befestigungsanlagen wieder errichtet. Im Gegensatz zur Peloponnes und Südgriechenland gelang den Aufständischen auf der Halbinsel Chalkidiki kein dauerhafter militärischer Erfolg. Bereits im Verlaufe des Jahres 1821 zogen sich die griechischen Aufständischen nach erfolgreichen Gegenangriffen des osmanischen Heers auf die Halbinsel Kassandra hinter den Kanal und die an seinem Südufer befindliche Festungsmauer zurück. Nach nicht zweifelsfrei gesicherten Überlieferungen gelang es dem osmanischen Heer durch Aufschüttung von Schafwollballen die Hürde des Kanals zu überwinden, die Festungsmauer von Potidea einzunehmen und nachfolgend die Aufständischen zu besiegen. Während des ersten Balkankriegs fanden am Kanal von Potidea keine militärischen Auseinandersetzungen statt.