Debido a sendas lesiones en el LCA, Rapinoe no jugó en la selección absoluta en 2007 y 2008 por lo que se perdió la Copa Mundial Femenina de Fútbol de 2007 y los Juegos Olímpicos de Pekín 2008. Tras su vuelta a la selección en 2009, lideró el equipo en puntos con cinco, incluyendo dos goles y una asistencia. Estuvo en el once inicial en seis de los siete partidos en los que jugó ese año.