Després de la derrota de les Forces Armades de Rússia del sud, l'Exèrcit Nacional d'Ucraïna i les forces armades poloneses a Ucraïna, el govern soviètic signà una unió militar amb la RSFS de Rússia i transferí tot el comandament al comandant en cap de Rússia. Els pocs vaixells que no es quedaren al Mar Negre van ser salvats en la dècada del 1920, mentre que, en la dècada del 1930, va començar un programa de nova construcció a gran escala. Més de 500 noves naus van ser construïdes durant aquest període, i es va dur a terme també una expansió massiva de la infraestructura costanera. La flota estava comandada pel vicealmirall Filipp Oktiabrskii en l'esclat de la guerra amb Alemanya al juny de 1941. La flota es va comportar de manera exemplar, ja que va lluitar al costat de l'Exèrcit Roig a la Batalla d'Odessa i al Setge de Sebastòpol (1941-1942).