З 1980-х динамівці поступово втрачають лідируючі позиції в чемпіонаті СРСР, а з розпадом останнього в столичного клубу з'явились і фінансові проблеми. Після сезону 2000/01, в якому динамівці посіли останнє місце, покинули Вищий російський дивізіон.