Свои главные усилия новый президент сосредоточил на развитии процесса мирного урегулирования в стране, пытаясь прекратить гражданскую войну. Войну вели три группировки — МПЛА, Национальный фронт освобождения Анголы (ФНЛА) и Национальный союз за полную независимость Анголы (УНИТА). МПЛА поддерживали СССР и Куба, повстанческую группировку УНИТА во главе с Жонасом Савимби — США и ЮАР. В 1989 году из Анголы были выведены войска ЮАР и кубинский воинский контингент. В 1991 году подписаны Бисесские соглашения, в 1994 — Лусакский протокол между Анголой и УНИТА (при посредничестве США, ООН, России и Португалии). Однако мирные договорённости срывались с обеих сторон, в результате чего Гражданская война в Анголе продлилась до 2002 года.