Laut eigener Aussage war es Beresowski, der den vermeintlich leicht manipulierbaren Wladimir Putin 1999 ins Amt des Ministerpräsidenten gehievt und somit als Nachfolger für Jelzin installiert hat. Nachdem aber Putin Ende 1999 das Präsidentenamt für den per sofort zurückgetretenen Jelzin übernommen hatte, stellten sich für Beresowski Probleme ein – wie für alle Oligarchen, die sich unter Präsident Putin nicht aus der Politik heraushielten. Zu Beresowskis Firmenimperium gehörten inzwischen, nebst ORT, auch drei Tageszeitungen (darunter die Nesawissimaja Gaseta und der Kommersant) und der Fernsehkanal TW-6. In Konflikt zu Putin trat Beresowski unter anderem wegen der Reform des Föderationsrats, wegen des Zweiten Tschetschenienkriegs und wegen des ungenügenden Krisenmanagements nach dem Untergang des U-Bootes K-141 Kursk im August 2000 zurück. Noch im selben Jahr ging Beresowski ins Exil. Einige seiner Firmenbeteiligungen (darunter die Anteile an ORT, Aeroflot und Sibneft) verkaufte er an Roman Abramowitsch.