2 апреля 2003 года Алексеева и председатель правления общества «Мемориал» Арсений Рогинский направили письма послам США и Великобритании с требованиями прекратить боевые действия в Ираке и перейти к мирным способам урегулирования конфликта. В своём послании правозащитники выступили с категорическим протестом против вторжения в Ирак, указывали руководителям антииракской коалиции на то, что те «разрушают основы современного мирового порядка»: «Мы категорически против начавшейся войны. Сколь бы серьёзными ни казались сторонникам этой войны причины, побудившие США и Великобританию начать вторжение в Ирак, война эта разрушает основы современного мирового порядка — весьма несовершенного и даже опасного, но оставляющего все же надежду на то, что человечество продвигается к новому мировому устройству, основанному на нормах Права. Теперь же мир в очередной раз рискует под аккомпанемент ссылок на гуманистические и демократические ценности скатиться к порядку, основанному на силе и произволе.»