Die Werraaue bei Berka und Untersuhl wird von der mäandrierenden Werra, verlandeten Altarmen mit Schilfröhrichten und Auwaldresten sowie von feuchten Senken und Flutmulden geprägt. Die weitgehend ebene, naturnahe und vielgestaltige Landschaft an der ehemaligen deutsch-deutschen Grenze im westthüringischen Wartburgkreis ist zum Lebensbereich von schutzwürdigen Tier- und Pflanzenarten geworden. Seltenen Vögeln bietet die Aue Lebensraum, sie wird zu den wertvollsten Wiesenbrütergebieten Thüringens gezählt. Um das auentypische Grünland zu schützen und zu bewahren, wurde der Bereich im April 1996 zum Naturschutzgebiet erklärt. Als Teilbereich eines Flora-Fauna-Habitat-Gebiets und eines Vogelschutzgebiets gehört die Werraaue zu dem länderübergreifenden Schutzgebietsnetz Natura 2000, das auf europäischer Ebene die ökologische Vielfalt erhalten und fördern will. Eine besondere Bedeutung haben die Aue und die benachbarten Naturschutzgebiete auch im Biotopverbund des „Grünen Bandes“.