קולצ'ק היה חלק מתנועת קצינים שקראו לרפורמה מוחלטת בארגון, בניהול, בפיתוח ובתקציב של הצי לאחר ההפסד המשפיל ליפנים. כחלק מהרפורמות שלאחר המלחמה הורה משרד הצי על הקמת המטה הכללי של הצי ב-27 באפריל 1906. קולצ'ק מונה למנהל לשכת הסטטיסטיקה של המטה הכללי והיה לרושם תזכיר הלשכה. ראשית סיים קולצ'ק את הרגולציות בשירות הצי, שבלמו את עלייתם בדרגה של רוב הקצינים. לקולצ'ק הייתה השפעה רבה על קצינים צעירים בצי שכרשו לו כבוד והערכה בכללם. במסגרת תפקידו פתח קולצ'ק בחקירה מעמיקה לגורמים שהובילו להפסד המכפיש של הצי הרוסי למקבילו היפני במהלך קרב צושימה. קולצ'ק טען כי היה על ההנהגה הרוסית להתרכז בסיקול הלוגיסטיקה היפנית דרך משדרי רדיו שהיו בעלי חשיבות מכרעת בהליך הקרב.