Conhecido como o "General cristão", porque tentou basear suas decisões políticas em sua profunda piedade religiosa, foi encarregado do Freedmen's Bureau em meados de 1865, com a missão de integrar os negros libertos na sociedade e na política sulista durante a segunda fase da Era da Reconstrução. Howard assumiu a política do trabalho, criando um sistema que exigia que os escravos libertos trabalhassem nas antigas plantações em escalas de pagamento fixadas pelo Bureau, em termos negociados pelo Bureau com os brancos proprietários de terras. O Bureau de Howard foi o principal responsável pelos assuntos jurídicos dos "homens libertos". Ele tentou proteger os negros das condições hostis, mas não tinha força suficiente, e suas iniciativas eram repetidamente frustradas pelo presidente Andrew Johnson. Os aliados de Howard, os republicanos radicais, ganharam o controle do Congresso nas eleições de 1866 e impuseram a Reconstrução Radical, com os libertos tendo direito ao voto. Com a ajuda e os conselhos do Bureau, eles criaram coligações republicanas juntamente com os "carpetbaggers" e os "scalawags" para assumirem o controle político da maioria dos estados do sul. Howard também foi um líder na promoção da educação superior para os negros libertos, mais notavelmente na fundação da Universidade Howard, em Washington e servindo como seu presidente de 1867 a 1873.