Het korps vormde samen met 6e Korps, het 8e Korps en het 20e Korps het 9e Leger. Tijdens operatie Barbarossa, de inval in de Sovjet-Unie, moest het 9e Leger oprukken langs de hoofdweg Minsk-Moskou en de verzetshaarden, die waren gepasseerd door de tanks, vernietigen. Het 5e Korps was betrokken in de gevechten rond de omsingeling bij Bialystok-Minsk. De infanteriedivisies rukten op in het spoor van de tanks van Panzergruppe 3. Bij de omsingeling van Smolensk vormde het 5de korps de noordelijke arm van de tangbeweging en de drie infanteriedivisies waren betrokken bij zware gevechten in Smolensk.