In Breslau gehörte Linder zu den führenden weltlichen Mitgliedern der Bekennenden Kirche. Politisch unterstützte er bis 1933 den Christlich-Sozialen Volksdienst. Es gelang ihm, den Einfluss der NSDAP und der Hitlerjugend auf sein pädagogisches Konzept weitgehend fernzuhalten. Da Linder vermeiden wollte, dass sein Gymnasium die christliche und humanistische Leitung verlieren würde, wenn ein Gefolgsmann der Nazis an seine Stelle gelangte, entschloss er sich 1937 nach Absprache mit Vertrauten seines Kollegiums zum Eintritt in die NSDAP. Söhne aus konservativ-katholischen Familien und auch die Söhne eines Widerstandskämpfers wurden noch in den Kriegsjahren 1940 bis 1944 auf das von Lindner geleitete Gymnasium geschickt. Der Kampf um Breslau gegen Ende des Zweiten Weltkrieges bedeutete das Ende des Magdalenäums. Linder verließ die umkämpfte Stadt im Februar 1945 mit dem Fahrrad, bevor sie von den sowjetischen Truppen eingeschlossen wurde.