Dans la campagne de Prusse en 1806, Soult commande encore l'aile droite de l'armée. Durant la campagne de Pologne, il résiste au général russe von Bennigsen pendant que l'Empereur affronte les Russes à la bataille d'Eylau (7-). Par son attaque énergique sur le centre de l'armée ennemie, il contribue grandement à la victoire. Il rejoint ensuite à Greussen le maréchal Kalkreuth qu'il écrase, poursuit le roi de Prusse, bloque Magdebourg et force cinq escadrons des armées de Saxe à mettre bas les armes à Ruthnau. Il se rend ensuite maître de Lübeck et force Blücher à capituler à Schwartau, remporte de nouveaux succès à Wolfersdorf, à Heilsberg et entre dans Königsberg. Lorsque la paix de Tilsit () est conclue, il rentre en France. En , il est fait duc de Dalmatie.