С началом войсковой операции России в Сирии Трошев, к тому времени уже находившийся на пенсии в отставке, изъявил желание поехать в эту страну. Непосредственного участия в боевых действиях не принимал, управляя тыловой службой ЧВК Вагнера и Службой Безопасности ЧВК в п. Молькино Краснодарского края. По информации интернет-издания имеет неуравновешенный характер и пристрастие к алкоголю , также имеет отношение к гибели нескольких десятков (по утверждению некоторых изданий и сотни бойцов) бойцов ЧВК в феврале 2018 года вооружёнными силами США, о чём категорически опровергал в различных источниках информации количественную составляющую. Несмотря на большое количество погибших в операциях в САР , закрытым Указом Президента Российской Федерации полковник в отставке Андрей Николаевич Трошев был удостоен звания Героя Российской Федерации. По источникам некоторых СМИ Трошев А. Н. попадал в больницу в алкогольном опьянении и неадекватном состоянии, имея при этом карты Сирии, денежные средства и другие важные документы . По непроверенной информации, после возвращения в Россию работает в частной военной компании «Вагнер», является начальником её штаба, а также руководит Службой Безопасности «ЧВК Вагнера» в п. Молькино Краснодарского края, некоторые издания приписывает ему руководство всей этой компанией, что не является подтверждённой информацией, либо должность исполнительного директора.