Vaclík spielte für die tschechischen Juniorenauswahlmannschaften U-16, U-18, U-19, U-20 und U-21. Mit der U-19-Auswahl nahm er 2008 an der U-19-Fußball-Europameisterschaft 2008 in Tschechien teil, bei der die Mannschaft im Halbfinale gegen den späteren Titelträger Deutschland ausschied. Für die U-20-Auswahl spielte er bei der Weltmeisterschaft 2009 in Ägypten und für die U-21-Mannschaft bei der Europameisterschaft 2011 in Dänemark. Mit der tschechischen U-21-Nationalmannschaft nahm er an der U-21-Fußball-Europameisterschaft 2011 in Dänemark teil.