В 1943 году Бондаренко переучился на «Аэрокобру». Участвовал в боях на Кубани, Перекопской, Ясско-Кишинёвской, Львовско-Сандомирской, Берлинской операциях. Участвовал в боях в составе 9-й гвардейской истребительной авиадивизии под командованием Александра Покрышкина. В первые же дни боёв на Львовско-Сандомирском плацдарме Бондаренко сбил 4 вражеских самолёта. 25 февраля 1945 года он сбил ещё 3 самолёта. К марту 1945 года гвардии старший лейтенант Василий Бондаренко командовал звеном 16-го гвардейского истребительного авиаполка 9-й гвардейской истребительной авиадивизии 6-го гвардейского истребительного авиационного корпуса 2-й воздушной армии 1-го Украинского фронта. К тому времени в общей сложности Бондаренко совершил 324 боевых вылета, принял участие в 68 воздушных боях, сбил 24 самолёта. Участвовал в прикрытии бомбардировщиков, бомбивших Берлин. В ходе одного из боёв 19 апреля 1945 года Бондаренко, а также лётчики из его группы, Константин Сухов и Георгий Голубев, сбили по два самолёта. 27 апреля 1945 года Бондаренко сбил ещё два самолёта.