Podle spartských zákonů bylo zakázáno, aby jedna a tatáž osoba zastávala stejný úřad dvakrát po sobě. Novým velitelem flotily byl proto určen Kallikratidás. Lýsandros však oslabil jeho postavení, když vrátil Kýrovi jeho zlato a odplul s flotilou zpět na Peloponés. Když Kallikratidás po porážce v bitvě u Arginuských ostrovů (406 př. n. l.) zemřel, spartští spojenci požadovali Lýsandrovo opětné jmenování velitelem loďstva. Novým admirálem byl sice nakonec učiněn Arakos, přičemž Lýsandros byl formálně pouze jeho zástupcem, ve skutečnosti však osobně velel flotile.