Po čtyřleté krizi ve vedení PSOE byl v roce 2000 byl zvolen José Luis Rodríguez Zapatero jako nový generální tajemník. PSOE se pod jeho vedením ostře postavila proti válce v Iráku. Po volbách 2004 se opět stala nejsilnější španělskou stranou. Podporovala tzv. euroústavu a evropskou integraci a provedla některé podstatné reformy, jako například uzákonění manželství osob stejného pohlaví. Zapaterova vláda také započala mírová jednání s baskickou odbojovou organizací Euskadi Ta Askatasuna (ETA), která však byla v roce 2006 přerušena. V roce 2008 potvrdila PSOE ve volbách své vedoucí postavení v politickém životě země, když ještě navýšila počet svých poslanců v parlamentu.