בשל פציעה במהלך מונדיאל 2006 החמיץ נסטה חלק גדול מעונת , אך לאחר חזרתו השתתף עם הקבוצה ב-22 משחקים בכל המסגרות, ובהם שמונה בליגת האלופות. באותה עונה הוא זכה עם מילאן בגביע אירופה בפעם השנייה, לאחר שפתח בהרכב במשחק הגמר שבו ניצחה הקבוצה 1-2 את ליברפול. באותה שנה הוא נבחר בפעם הרביעית בקריירה לנבחרת השנה של אופ"א, וכן להרכב העונה מטעם איגוד הכדורגלנים העולמי. בדצמבר 2007 הוא זכה עם מילאן גם באליפות העולם לקבוצות, לאחר ניצחון במשחק הגמר על בוקה ג'וניורס.