A principios del siglo XIII, el condado de Toulouse se vio envuelto en otra cruzada, de la que esta vez fue víctima. La razón fue el desarrollo del catarismo en el sur de Francia, que el Papa quería erradicar por todos los medios posibles. Esta lucha tomó varios aspectos, más allá de la cruzada militar, como la creación de una arquitectura gótica original y militante: el gótico meridional. Fue también en el contexto de esta lucha contra la herejía que la Orden Dominicana fue creada en 1215 en Toulouse por el presbítero castellano Domingo de Guzmán, y en 1229 se fundó la Universidad de Toulouse, una de las más antiguas de Europa. La consecuencia final de esta guerra de religión fue la pérdida de todo el inmenso condado de Toulouse, que fue anexado al dominio real (es decir, que pasó a las manos del rey de Francia) en 1271. Esto fue el mayor paso hacia la construcción de Francia como país unitario.