Im September bzw. Oktober 1864 nahm Johnson als Delegierter an der Charlottetown-Konferenz und an der Québec-Konferenz teil, wo über die Bildung eines kanadischen Bundesstaates verhandelt wurde. Angesichts des heftigen Widerstands der Anti-Confederation Party verloren Johnson und zahlreiche seiner Mitstreiter im Februar 1865 ihren Parlamentssitz. Doch nach nur einem Jahr gelangten die Befürworter der Kanadischen Konföderation wieder an die Macht. Daraufhin nahm er im Dezember 1866 an der Londoner Konferenz, um die letzten Details des Zusammenschlusses zu klären. Johnson trat im September 1867 als Kandidat der Liberalen Partei zur ersten kanadischen Unterhauswahl an und siegte im Wahlbezirk Northumberland. Etwas mehr als ein Jahr später verstarb er.