Nel 1983-1984 torna al Bayern il tecnico Lattek, che vince la Coppa di Germania 1983-1984 senza più Breitner e Rummenigge in campo, avvicendati di lì a poco da nuovi innesti quali Lothar Matthäus e Roland Wohlfarth. Nel 1984-1985 viene rivinto il campionato, nel 1985-1986 viene centrato un nuovo "double" campionato-coppa nazionale e nel 1986-1987 viene vinto il decimo titolo tedesco. Sempre nel 1986-1987 il Bayern raggiunge per la quinta volta la finale della Coppa dei Campioni, persa contro il . Si chiude così la seconda gestione di Lattek. Il successore, Jupp Heynckes, porta i bavaresi alla vittoria della prima Supercoppa di Germania nel 1987 e, privo di Matthäus e Brehme (ceduti all' nel 1988), alle semifinali della Coppa UEFA nel 1988-1989. I bavaresi vincono il campionato anche nella stagione successiva e in questo modo partecipano a due edizioni di Coppa dei Campioni; come già successo più volte in passato, però, in entrambe le occasioni vengono eliminati dalla squadra che si aggiudicherà la coppa, e sempre in semifinale: prima dal , poi dalla .