Μετά την απελευθέρωσή του, ο Αλγκάν υπηρέτησε στη φρεγάτα «Clorinde» και μετά ανέλαβε τη διοίκηση του «Épervier» (μπρίκι, 1803). Σε εκείνο το πλοίο έτυχε να έχει υπό τις διαταγές του τον μικρότερο αδελφό του Μεγάλου Ναπολέοντα, τον Ιερώνυμο Βοναπάρτη, τότε 19χρονο σημαιοφόρο. Επισκέφθηκαν τη Μαρτινίκα, αλλά γρήγορα επέστρεψαν στη Γαλλία και από εκεί στάλθηκαν στον Ινδικό Ωκεανό με την κορβέτα «Berceau» για να προειδοποιήσουν τις εκεί γαλλικές αποικίες για το ξέσπασμα του Πολέμου του Γ΄ Συνασπισμού. Στον Μαυρίκιο ενώθηκε με τη μοίρα του Λινουά και καταπιάστηκε με επιδρομές κατά εμπορικών πλοίων. Το «Berceau» αιχμαλώτισε το 1500 τόνων βρετανικό εμπορικό «Κόμισσα του Σάδερλαντ» και μαζί με τη φρεγάτα «Sémillante» κατέστρεψαν προκεχωρημένα φυλάκια των Βρετανών στον όρμο Πούλο, κάπου οκτώ μίλια από τον εμπορικό σταθμό Μπενκούλεν στη Σουμάτρα (3 Δεκεμβρίου 1803).