Devlet Su İşleri Genel Müdürlüğü'nün Van Bölge Müdürlüğü tarafından kurulan kulüp, 1991-1992 sezonunda 3. Lig'e yükselerek, tarihinde ilk kez profesyonel liglerde mücadele etmeye başladı. 1995-1996 sezonu sonunda 3. Lig 1. Grup'ta 12. sıradaki Genç Muratspor ile aynı puana sahip olmasına rağmen averaj farkıyla 13. sırada yer aldı ve amatör kümeye düştü. 2010-2011 sezonunda Van 1. Amatör Ligi'nde şampiyon olarak tamamlayan kulüp, Bölgesel Amatör Lig'e yükselmek için oynadığı play-out maçında Başkalespor'u 3-2 yenerek tarihinde ilk kez Bölgesel Amatör Lig'de mücadele etmeye başladı. 2011-2012 sezonunda ilk 4 maçta 2 galibiyet ve bir beraberlik almasının ardından Ekim 2011 Van depremi sonucu ligden çekilen kulübün kalan tüm maçları hükmen mağlup olarak sayılsa da, kulüp TFF tarafından küme düşürülmedi. 2012-2013 sezonu sonunda, BAL'da kalabilmek için oynayacağı play-out maçına ekonomik sıkıntılar nedeniyle çıkmadı. Maçı hükmen kazanan Van İpekyoluspor, Van DSİ Spor yerine BAL'a yükseldi.