En , il est nommé "Befehlshaber der Sicherheitspoliezi und des SD" (BdS) puis envoyé en Pologne dans le Gouvernement général sous le commandement de Friedrich-Wilhelm Krüger. Il reçoit le de Heinrich Himmler la mission de diriger la « planification centrale de l'installation et de l'évacuation » ("Zentralplanung der Ansiedlung bzw Evakuierung") et rencontre dans ce but le même jour Hans Frank et les HSSPF (Höherer der SS und Polizeiführer) pour préparer la déportation des Juifs des territoires incorporés au Reich vers des zones à l'Est de la Vistule. Il commande l'Einsatzgruppe 1 avec lequel il organise l'extermination des élites polonaises en 1940, dans le cadre du « plan AB-Aktion » : il est notamment impliqué dans l'arrestation des professeurs de l’université de Cracovie. Il plaide activement en pour le contrôle des « conseils Juifs » ("Judenräte") non par l'administration civile de Frank mais par les services de la sûreté (SIPO-SD).