Tot i que la majoria els acceptaven com a monarques, es van trobar amb una petita resistència a Escòcia, que pretenien restaurar Jaume en el tron o el seu fill catòlic James Francis Edward Stuart, germanastre de Maria. Irlanda, on la majoria de la població era catòlica, es va alçar en armes a l'anomenada Guerra Guillemita d'Irlanda. El 3 d'octubre del 1691 els revoltats irlandesos van capitular. Guillem va oferir un indult als clans escocesos que havien participat en l'aixecament a condició que li juressin lleialtat en una data límit, però es va produir un retard i el seu govern a Escòcia va infligir un dur càstig que es coneix amb el nom de "la massacre de Glencoe del 1692". Guillem va acomiadar els responsables de la massacre però aquest fet va embrutar la seva reputació.