Die polnische Niederlage nach dem deutschen und sowjetischen Überfall im September 1939 zwang Mościcki zur Flucht, um eine Kapitulation zu vermeiden. Er flüchtete zuerst nach Rumänien und reiste von dort im Dezember 1939 in die Schweiz, wo er am 2. Oktober 1946 verstarb. Die Urne mit seiner Asche wurde 1993 nach Warschau überführt und in der Krypta der Kathedrale zum Heiligen Johannes bestattet. Seine Frau wurde in der Verdientenallee des traditionsreichen Warschauer Powązki-Friedhofs bestattet. Im Warschauer Königsschloss wurde vor ein paar Jahren das Mobiliar aus seinem Arbeitszimmer wieder aufgestellt.