Противоречия между католиками и протестантами привели к Тридцатилетней войне (1618-1648). Поначалу католическая армия фельдмаршала Тилли теснила протестантов. Католики заняли кальвинистскую Швабию и лютеранский север. В 1631 году пал лютеранский Магдебург, в огне которого погибло около 20 тыс. жителей. Однако на стороне лютеран выступил шведский король Густав II Адольф и Тилли потерпел сокрушительное поражение в Битве при Брейтенфельде. В 1635 году католики и протестанты подписали мир, вновь вернувшись к идеям Аугсбургского мира. Вестфальский мир 1648 года также подтвердил равноправие конфессий, однако Германия утратила Эльзас, Голландию и Швейцарию.