در ۲۸ دی ۱۳۸۱ با رأی قاطع اعضای مجمع فدراسیون فوتبال محمد دادگان به عنوان بیست و سومین رئیس فدراسیون فوتبال ایران انتخاب شد. از ۲۴ نفری که تاکنون ریاست این فدراسیون را بر عهده داشته‌اند. دوره ریاست او بر فدراسیون فوتبال (شهریور ۱۳۸۱ تا خرداد ۱۳۸۵) یکی از پر سر و صداترین دوره‌های فدراسیون فوتبال ایران در طول تاریخ بوده‌است. دادگان با جذب اسپانسر و همچنین کمک‌های دوستان بازاری‌اش وضع مالی فدراسیون فوتبال را سر و سامان بخشید. انتصاب همایون شاهرخی به عنوان سرمربی تیم ملی یکی از اولین اقدامات او بود. او مقابل فشارهای رسانه‌های در برابر این اقدام مقاومت کرد تا اینکه در نهایت با توصیه و فشار سازمان تربیت بدنی در پاییز ۱۳۸۳ برانکو ایوانکوویچ را دوباره به تیم ملی بازگرداند. تیم ملی در دوره ریاست دادگان به راحتی به جام جهانی ۲۰۰۶ رفت و در جام ملت‌های آسیا ۲۰۰۴ نیز به مقام سوم رسید. دادکان در آن سال ها بسیاری از اولین ها را رقم زد که از جمله ان به صعود مستقیم و بدون دردسر تیم ملی فوتبال ایران به جام جهانی آلمان و به دست آوردن بالاترین رنکینگ ایران در رده بندی فیفا در طول تاریخ می توان اشاره کرد که در آن دوره ایران تیم پانزدهم جهان بود. فدراسیون دادکان در آن سال ها شاهد ان بود که علی کریمی و مهدی مهدوی کیا به عنوان بهترین های آسیا انتخاب شدند این اتفاق ها برای فوتبال ایران آخرین بود. دادکان در دوران مدیریت خود با برندهای مطرحی از جمله پوما و ایرانول برای تهیه البسه و اسپانسرینگ قرارداد امضا کرد.