Nel 1579 la chiesa risultava in rovina; nel 1628 venne sconsacrata e poi usata come abitazione privata. L'arcivescovo Vincenzo Maria Orsini, nell'ambito delle opere di ricostruzione della città dopo il terremoto del 1688, pose nell'area un cimitero urbano, e fece costruire una nuova chiesa, ultimata nel 1696. Nel 1792 essa venne restaurata dall'arcivescovo Francesco Maria Banditi; all'incirca nello stesso periodo il cimitero veniva spostato fuori città, nell'area a fianco della nuova chiesa di Santa Clementina; mentre alla vecchia abbazia di San Lupo rimase solo la consuetudine di seppellire i bambini defunti. Nacque così il nome "Morticelli", che si estese all'area circostante.