Los confederados aprobaron un tratado con Carlos II y los realistas inglesesen 1649, poco después de la ejecución de Carlos I por el Parlamento y la declaración de la Commonwealth. Sin embargo, Irlanda fue invadida rápidamente por el New Model Army Parlamentarista de Oliver Cromwell en 1649, que pretendía vengar el levantamiento de 1641, confiscar suficientes tierras como para pagar a los acreedores del parlamento y eliminar un peligroso baluarte del realismo. Ver Conquista cromwelliana de Irlanda.