V roce 1899 prodali Španělé Rotu Německému císařství. Jako součást kolonie Německá Nová Guinea Rota vydržela až do začátku první světové války, kdy jí v roce 1914 obsadili Japonci. Po válce byla Společností národů Rota svěřena Japonsku jako mandátní území typu C. Rota se stala výchozím bodem pro japonskou invazní flotu, která v prosinci 1941 obsadila Guam. Během bojů o Mariany v roce 1944 byla Rota přeskočena a posádka 2000 až 2985 mužů byla izolována až do konce války.