På vei til et besøk i Russland 10. april 2010 for å overvære 70-årsmarkeringen av Katyn-massakren under andre verdenskrig, styrtet presidentflyet rett før landing i Smolensk, og Skrzypek omkom, sammen blant annet president Lech Kaczyński, den polske hærsjefen Franciszek Gągor, presidentens stabssjef og Polens viseutenriksminister Andrzej Kremer.