Nachdem Chancellor als neuer Bassist einstieg, wurden die Aufnahmen zu "Ænima", einem Portmanteauwort aus „Anima“ (lateinisch für Seele) und „Enema“ (englisch für Einlauf), fertiggestellt, welches im Oktober 1996 veröffentlicht wurde. Mit der Single "Stinkfist" sorgten Tool abermals für Aufsehen. MTV spielte das Video diesmal zwar, änderte den Namen jedoch in „Track #1“, viele Radiosender kürzten den Song oder änderten die Texte, da der Titel und der Text eine Assoziation mit Faustverkehr (engl. Fisting) ermöglichten. Mit der Single "Ænema" gewannen Tool 1998 ihren ersten Grammy-Award für die beste Darbietung aus dem Bereich Metal.