L'armée française s'engage ensuite en Syrie, et comprend désormais quatre divisions : Lannes prend la tête de celle de Menou, tandis que Kléber, Reynier et Bon gardent les leurs. Kléber et Reynier partent en pointe, commençant le siège d'El Arish ; le , Bonaparte part du Caire avec Lannes et Bon, et rejoint les autres divisions à El Arish le 15, l'armée y étant réunie le 19, date où la ville tombe. Les Français prennent Gaza puis Jaffa, où Lannes mène l'assaut à travers une brèche dans la muraille. La division de Lannes est fortement secouée après un accrochage postérieur au siège, mais prend Haïfa. Toutefois Bonaparte ne parvient pas à prendre Saint-Jean d'Acre. Durant ce siège, Lannes est à la tête de plusieurs assauts ; c'est durant celui du qu'il est blessé au cou ; sauvé in-extremis par un capitaine de grenadier, il est soigné par Dominique Larrey. Le , jour du dernier assaut, à la suite duquel Bon est blessé mortellement, Bonaparte lève le siège ; il nomme Lannes, de son propre chef, général de division, tout en ayant demandé au Directoire de lui accorder cette promotion.