Al año siguiente los irlandeses confederados en su intento por alejar a los ejércitos ingleses de la isla sufrieron derrotas en la batalla de la Colina de Dungan y en la Batalla de Knocknanauss. Como resultado del fracaso en dichas batallas los confederados precipitadamente realizaron un nuevo convenio con los "Realistas" ingleses con el fin de prevenir una conquista de las tropas parlamentaristas a Irlanda en 1648. A pesar de que los términos de este segundo convenio eran mejores que el primero, Rinuccini nuevamente intentó rechazar el tratado. No obstante, en esta ocasión el clero católico estaba dividido en la decisión sobre aceptar el tratado, al igual que los comandantes de los ejércitos confederados y la Asamblea General. Finalmente, el convenio fue aceptado por la Confederación, la cual se disolvió y se incorporó a la coalición "Realista". Rinuccini respaldó a Owen Roe O'Neill, el cual empleó su ejército del Ulster para luchar contra sus antiguos camaradas que habían aceptado el convenio. El nuncio intentó en vano repetir su éxito de 1646 de excomulgar a todos los que apoyaban la paz. Sin embargo, los obispos tenían percepciones distintas sobre el asunto causando que el poder de Rinuccini se debilitara. Militarmente, Owen Roe O'Neill no pudo invertir el balance político, y Rinuccini desesperado por su fracaso en su causa católica en Irlanda abandonó el país en 1649. El mismo año, Oliver Cromwell lideró una reconquista de Irlanda, la cual causó que el catolicismo fuese totalmente reprimido. La práctica de la religión católica fue prohibida, las tierras pertenecientes a los irlandeses católicos fueron confiscadas y todos los clérigos católicos capturados fueron ejecutados.