En 1953, elle devient au CNRS, chargée du secteur de l’Amérique latine. L’anthropologue Alfred Métraux, ami de Schaeffner, lui propose d’organiser une mission sur les Mayas au Guatemala mais celle-ci a avorté à la suite du coup d'État de 1954 orchestré par la CIA. Il l'invite l'année suivante à participer à une nouvelle mission, cette fois pour étudier les Kayapos dans le Pará, au nord du Brésil, dans le cadre du Service de protection des Indiens (SPI), dirigé par Darcy Ribeiro. Elle passe un an dans cette zone très isolée et face à l'incapacité d'utiliser son matériel d’enregistrement inadapté à ces conditions extrêmes, elle se lance dans des recherches d'ethnologie. Elle réalise également des enregistrements auprès de tribus du Haut Xingu et à Bahia où elle capte des chants de danseurs de capoiera, de pêcheurs et de candomblé.