Diese Skepsis wurde durch zahlreiche Berichte über Unregelmäßigkeiten am Wahltag erhärtet. Am Abend des 4. Oktober gab die Zentrale Wahlkommission ein vorläufiges Wahlergebnis bekannt, demzufolge Birimdik die Wahl mit 24,52 % der abgegebenen Stimmen knapp vor Mekenim Kirgisistan gewonnen hatte. In der Nacht des Wahltags begannen die Proteste in der Hauptstadt Bischkek, die sich gegen die Manipulation der Parlamentswahl richteten. Am 5. Oktober weiteten sich die Proteste aus und es kam vermehrt zu gewaltsamen Zusammenstößen zwischen den Sicherheitskräften und Protestanten sowie zwischen verschiedenen politischen Gruppen. In der Nacht vom 5. auf den 6. Oktober kulminierten die Proteste in der Erstürmung des Weißen Hauses, dem Amtssitz des Präsidenten in Bischkek. Darüber hinaus wurden zahlreiche prominente Politiker aus der Haft befreit, darunter Ex-Präsident Atambajew und Sadyr Dschaparow. Letzterer schwang sich nach der Annullierung des Wahlergebnisses und dem Rücktritt der Übergangsregierung unter Boronow am 9. Oktober zum politischen Anführer der Proteste auf, die sich inzwischen primär gegen Präsident Dscheenbekow richteten. Am 10. Oktober wurde Dschaparow von den Abgeordneten des kirgisischen Parlaments zum neuen Premierminister gewählt und übte daraufhin verstärkt Druck auf Präsident Dscheenbekow aus, der infolgedessen am 15. Oktober seinen Rücktritt erklärte. Dschaparow wurde daraufhin kommissarischer Präsident und vereinte damit die beiden wichtigsten Staatsämter in Kirgisistan auf sich.