Das 17. und der Beginn des 18. Jahrhunderts waren außerdem gekennzeichnet durch eine Reihe von Pestepidemien, Hochwasserkatastrophen, weiteren Kämpfe mit den Osmanen, Widerstand gegen die Ausbreitung der Reformation sowie mehrere anti-habsburgische Aufstände, die mit Stephan Bocskais Aufstand im Jahr 1604 begannen und erst mit dem Frieden von Sathmar nach der Niederschlagung des Aufstands von Franz II. Rákóczi im Jahr 1711 ihr Ende fanden.