После революции в России в октябре 1917 года и прихода к власти в Ташкенте в ноябре 1917 года коалиции большевиков и левых эсеров Ж. Кастанье, решив с семьёй вернуться во Францию, отказался от российского подданства и в течение некоторого времени выполнял отдельные поручения Министерства иностранных дел Франции. Наряду с этим он некоторое время ещё продолжал работать над составлением археологической карты Средней Азии, состоял в археологической секции Комиссии по охране памятников старины и искусства Туркестанской республики. Но в 1918 году ВЧК, подозревая Ж. Кастанье в участии в антисоветском заговоре, сначала установило за ним слежку, а затем в сентябре 1918 года стало готовить его арест. Будучи предупреждённым об опасности ареста, он осенью 1918 года сначала перешёл на нелегальное положение, а затем сумел скрыться в горах Ферганы, где провёл 19 месяцев вплоть до февраля 1919 года. Известно, что его жена и дочь покинули Туркестан в 1918 году.