Après la mort de Charlotte Joachime, Queluz ne fut plus utilisé que de façon intermittente par la famille royale et ne redevint jamais la résidence principale de la royauté portugaise. Le fils de Charlotte Joachime, le roi Michel, utilisa le palais durant les trois années qu'a duré la guerre civile lors de laquelle il se battait contre son frère le roi Pierre IV, avant d'être forcé par son frère d'abdiquer en 1834 et de partir en exil. Un an plus tard, mourut de la tuberculose à l'âge de 35 ans à Queluz, palais de sa naissance. La fille de , Marie II, assura la régence jusqu'à sa mort en 1853 et son fils Pierre V lui succéda. Après sa mort l'épidémie de choléra de 1861, le trône passa entre les mains de son frère Louis. Depuis cette période la famille royale a vécu principalement à Lisbonne, au palais d'Ajuda reconstruit. Après l'assassinat du fils de Louis, Charles, en 1908, le palais est devenu propriété de l'État. Le Portugal connaissait alors les troubles liés à la révolution et la monarchie est tombée deux ans plus tard.