В марте 2007 года Энке получил приглашение в состав национальной сборной (до этого он однажды вызывался туда летом 1999 года, на Кубок конфедераций, где был дублёром Йенса Леманна и на поле не вышел). Его первым матчем стала товарищеская игра против команды Дании (0:1; 28 марта 2007). К тому времени из сборной ушёл Оливер Кан, и первым вратарём «бундестим» был Леманн, во времена Кана обычно бывший в тени Оливера. На Евро-2008 Энке был включён в заявку, но на поле так и не вышел — все матчи турнира провёл уверенно игравший опытный Леманн (третьим же вратарём был молодой Рене Адлер); на том турнире немцы стали вторыми, уступив в финале испанцам. Евро-2008 стал последним турниром Леманна в составе сборной, и после его ухода за место в воротах боролись Энке и Адлер, проведшие в отборочной группе ЧМ-2010, из которой немцы вышли с первого места без единого поражения, по 5 матчей. Всего же Энке провёл за сборную Германии, руководимую во времена его выступлений Йоахимом Лёвом, 8 матчей. Последний свой матч за сборную Роберт Энке провёл против сборной Азербайджана 12 августа 2009 года.