Im Mesolithikum lassen sich erste Hütten in Trypiti und Rousses bei Iraklio nachweisen. In Asfendos bei Sfakia sind Höhlenmalereien aus dem Mesolithikum und dem Neolithikum erhalten. Mit den Veränderungen der Jungsteinzeit, nämlich dem Beginn von Ackerbau und Viehzucht, gingen Sesshaftigkeit und die Errichtungen von Siedlungen einher. Interessanterweise belegen die Höhlenmalereien von Asfendos mit ihren Abbildungen von Hörnerwild, dass wohl beide Lebensformen, die des Jägers und Sammlers einerseits und die des Landwirts andererseits, einen kurzen Zeitraum über parallel nebeneinander existierten. Genuntersuchungen von 2017 beweisen für das Neolithikum eine Migrationsbewegung im Ägäisraum: Einwanderer aus Westanatolien ließen sich auf Kreta und dem griechischen Festland nieder. Sie waren die gemeinsamen Vorfahren der Minoer und Mykener. Die Genuntersuchungen geben aber auch Hinweise, warum sich die Schriftsysteme der Mykener und Minoer derart stark voneinander unterschieden. So fanden die Biochemiker bei den mykenerischen Skeletten zentralasiatische DNA-Spuren, die den Minoern fehlten. Gruppen von Steppennomaden müssen also das griechische Festland erreicht haben. Dorthin brachten sie womöglich eine indogermanische Sprache, aus der sich das Griechische entwickelt haben könnte. Da die Steppennomaden Kreta nicht besiedelten, entwickelte sich auf der Insel eine andere Sprache, die nicht mit dem Griechischen verwandt war.