Резко отрицательно отнёсся к событиям, произошедшим осенью 1993 года. По мнению Болдырева, расстрел здания Верховного Совета из танков в октябре 1993-го года — следствие того, что Ельцина не остановили после первых двух попыток государственного переворота: в декабре 1992 г. и марте 1993 г. Также резко отрицательно Болдырев отнёсся к Конституции 1993 года, считая ее навязанной силой и предусматривающей всевластие и безответственность президента. Во время избирательной кампании по выборам депутатов Совета Федерации от Санкт-Петербурга (в которой Болдырев участвовал и стал победителем) он призывал избирателей, если они собираются голосовать за эту конституцию, не голосовать за него: «Не отправлять его в парламент со связанными руками». В своих выступлениях Болдырев подчёркивает, что негативная направленность дальнейшего развития России является следствием совершённого в 1993 году государственного переворота и принятой тогда же Конституции. В связи с этим он последовательно выступает за изменение конституции — чтобы вернуть России суверенитет, а власть сделать подконтрольной и ответственной перед народом. Часть своих предложений по изменению конституции Ю. Болдырев изложил в феврале 2012 года на совместной пресс-конференции, посвящённой государственно-конституционному устройству, с тогдашним кандидатом в президенты Г. Зюгановым, С. Бабуриным и В. Овчинским.