Após a Batalha de Bailén (18-22 de julho de 1808) na qual os franceses foram derrotados e forçados a se retirar de Madrid, Gil de Taboada foi novamente empossado como membro de uma junta governativa, agora, a Junta Suprema Central. Isso ocorreu em 29 de setembro de 1808 em Aranjuez. Quando os franceses retomaram a capital, eles exigiram um juramento de fidelidade a José Bonaparte, agora com o título de José I de Espanha. Gil, já um octogenário, recusou. Houve pedidos para que ele fosse processado por sua recusa, mas José rejeitou, afirmando que um homem tão valente e com uma idade já avançada não deveria ser molestado.