1587 während des Kölnischen Krieges wurde das Kloster durch Brandschatzung ein Raub der Flammen. Bis Mitte des 17. Jahrhunderts dauerte der Neubau der Kurienhäusern an gleicher Stelle unterhalb der Pfarrkirche. Nach der in der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts wirksam gewordenen Reformation waren Angehörige des katholischen, lutherischen und reformierten Bekenntnisses im Stift vertreten. Ein Stiftsamtmann übernahm gegen Entgelt ab 1680 einen Teil der administrativen Aufgaben der früheren Pröpste. Letzter Stiftsamtmann war bis Ende 1811 Moritz Casimir Holtschmidt.