Após a invasão da Frente Patriótica Ruandesa, que assumiu o controle do país e encerrou o genocídio, Sindikubwabo fugiu para o Zaire (atual República Democrática do Congo), onde viveu no exílio em Bukavu. Ele foi entrevistado para o livro "We Wish to Inform You That Tomorrow We Will Be Killed with Our Families" e citado dizendo: "O momento ainda não chegou a dizer quem é culpado e quem não é culpado". Ele foi inicialmente relatado para ter sido morto no ataque feito pelo governo de Ruanda em Novembro de 1996, no início da Primeira Guerra do Congo, mas os relatórios subsequentes colocá-lo em Kinshasa. Ele morreu no exílio, na República Democrática do Congo no final dos anos 1990 de causas naturais e nunca foi acusado pelo Tribunal Penal Internacional para o Ruanda.