Por exemplo, segundo o ponto de vista de determinadas correntes cristãs, os cátaros da França pareciam reconhecer dois deuses (um do Bem, que seria Jesus Cristo, e outro do Mal). A perspectiva maniqueísta dos cátaros levou as correntes afiliadas ao tronco ortodoxo do catolicismo a argumentar que na Bíblia existe só um Deus, de modo que este culto foi considerado uma heresia, gerando uma implacável perseguição por parte das autoridades religiosas e seculares que culminou com a chamada Cruzada Albigense. Embora o termo "heresia" seja utilizado até à atualidade, terminou por ser historicamente associado à Idade Média, bem como às ações da Inquisição perpetradas pelo que se convencionou chamar caça às bruxas. Atualmente, pensadores ligados à autoridade eclesiástica admitem que a prática inquisitorial estava errada ao punir com violência e morte indivíduos considerados hereges, ferindo o direito de escolha religiosa que nos dias de hoje é considerado como direito inalienável do ser humano.