Mit der Spanischen U-17 Nationalmannschaft nahm er 2009 an der Europameisterschaft in Deutschland teil. Die Mannschaft rund um Muniain und Marc Muniesa enttäuschte jedoch im Verlauf des Turniers und schied bereits in der Vorrunde aus. Mit der Spanischen U-21 Nationalmannschaft wurde er bei der EM 2011 in Dänemark Europameister, wo man sich mit 2:0 gegen die Schweiz durchsetzen konnte.