ב-12 בינואר 2009 קרא א-תוראבי לבאשיר להיכנע לבית הדין הפלילי הבינלאומי למען המדינה, תוך שהוא מאשים את באשיר בפשעי המלחמה בדארפור (לאחר מכן שינה את דעתו ולא רצה שבאשיר ייכנע). הוא נעצר ב -14 בינואר והוחזק בכלא בקובר (לאחר מכן הועבר לכלא פורט סודאן) למשך חודשיים (עד 8 במרץ). במהלך תקופה זו הביעו בני משפחתו דאגה לבריאותו (היה בן 75 באותה תקופה) ולמעצרו בבידוד בחלק מהזמן. ארגון 'אמנסטי אינטרנשיונל' פרסם הצהרה על מעצרו של א-תוראבי ב-16 בינואר, בה נאמר שמעצרו נגרם עקב ״מניעים פוליטיים״. העיתון דאג לציין את הגיל של א-תוראבי ואת הצורך שלו בתרופות ובדיאטה מיוחדת. מרכז התקשורת הסודני דיווח ב -19 בינואר כי א-תוראבי יועמד לדין על עזרתו לכאורה לתנועת הצדק והשוויון. ב-8 במרץ שוחרר א-תוראבי רק ימים ספורים לאחר שהוציא בית הדין הבינלאומי הפלילי צו מעצר נגד עומאר אל-באשיר. ב-11 באפריל 2009 הציע הקונגרס הפופולרי להקים ממשלת מעבר שתוביל את סודאן לבחירות המתוכננות בשנת 2010, וא-תוראבי הודיע שלא יתמודד בשל גילו המתקדם, הדגיש את חשיבות המנהיגות שמקורה בדורות הצעירים, ואמר כי אין לו מספיק כוח לרוץ. בחודש אפריל נעצר א-תוראבי בשדה התעופה בח'רטום ונמנע מלהגיע לפריז לבדיקות רפואיות אף על פי שקיבל אישור לנסוע ממשרד הפנים. א-תוראבי הודיע ב 2 בינואר 2010 כי הקונגרס הפופולרי מינה את סגנו, עבדאללה דנג נחיאל, למועמד בבחירות לנשיאות 2010. א-תוראבי נעצר שוב באמצע מאי 2010, אך שוחרר ב-1 ביולי 2010.