We wrześniu 1939 roku Schäfer dowodził oddziałami SS na Pomorzu Gdańskim. Był bezpośrednim zwierzchnikiem pułkownika policji Willi Bethke'go, dowódcy oddziałów atakująch Pocztę Polską w Gdańsku. Następnie 1939-1940 szef policji w Łodzi pod okupacją niemiecką. 8 lutego 1940 roku wydał zarządzenie o prawach zamieszkiwania i pobytu Żydów, na mocy którego utworzono w Łodzi żydowskie getto. W kolejnych latach II wojny światowej był żołnierzem Waffen-SS.