Католическата църква, разтревожена от разпространението на учението, отлъчва катарите на един събор в Тулуза. Свети Бернар от Клерво проповядва сред тях, за да ги върне в правия път. Съборът в Лион през 1163 г. и третият латерански събор през 1179 г. също ги заклеймяват, но без особени резултати. Накрая църковните власти и светските владетели се обединяват срещу катарската доктрина. Папа Инокентий III (1198 – 1216) се опитва да застави Раймон VI, граф на Тулуза, да потуши ереста, но не успява. Папският легат, изпратен с тази мисия, е убит през януари 1208 г. и се смята, че графът не е бил безучастен. Срещу еретиците е свикан Албигойският кръстоносен поход и хилядна кръстоносна армия, предвождана от барони от Северна Франция, в продължение на 20 години опустошава Тулуза и Прованс и сее смърт не само сред катарите, но и сред католиците. По-ефективни се оказват преследванията от страна на френския крал Луи IX, който с помощта на зараждащата се Инквизиция сломява окончателно съпротивата на катарите. Катарските крепости падат една по една. Твърдината Монсегюр близо до Пиренеите издържа девет месеца на непрекъсната обсада преди да бъде превзета през март 1244 г. Последно малката, изолирана и пренебрегвана крепост Керибюс, бързо пада през август 1255 г. Катарите преминават в нелегалност и много французи бягат в Италия, където преследването е по-слабо. Ереста изчезва окончателно през 15 век.