Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden die Gebäude unterschiedlich genutzt, als Zollschule, als Flüchtlingsunterkünfte, als Kaserne für britische und norwegische Soldaten. Das Marinelazarett Flensburg-Mürwik, welches mit dem Bau der Marineschule zusammen entstanden war, wurde weiter als Krankenhaus genutzt. Am Rande der Marineschule befand sich das Freibad, das von der Flensburger Bevölkerung genutzt wurde. Es wurde irgendwann nach 1965 wegen Baufälligkeit abgerissen. Zuvor, im Jahr 1963, war das städtische Hallenbad im Bahnhofsviertel in der Südstadt eröffnet worden. Von 1950 bis 1956 befand sich in einem großen Teil der Marineschule die Zollschule Flensburg, die im Jahr 1938 in Flensburg eingerichtet worden war. 1956 benötigte die Marine das Gebäude wieder und die Zollschule verließ Flensburg. Die Innerdeutsche Grenze hatte an Bedeutung gewonnen und der Kalte Krieg hatte begonnen.