Участь студентів у нелегальних патріотичних організаціях (Товариство філоматів, товариство філаретів тощо), а згодом діяльність студентів та викладачів під час Листопадового повстання призвели до закриття університету. Медичний факультет був реорганізований в Медично-хірургічну академію (240 студентів), а теологічний в католицьку Духовну академію (до 100 осіб; в 1844 р. була переведена в Санкт-Петербург як Імператорська римсько-католицька духовна академія, нині — Люблінський католицький університет Іоанна Павла II). Університетська бібліотека, як і медико-хірургічна академія були передані у відомство Міністерства внутрішніх справ.