4 августа 2009 года Ян Лаштувка подписал трёхлетний контракт с днепропетровским «Днепром». Сумма трансфера составила 3 миллиона евро. Поначалу дела чеха в клубе шли очень неплохо, он выходил в ответственных матчах чемпионата, Кубка и Лиги Европы. Но перед сезоном 2013/14 в «Днепр» пришёл Денис Бойко и Лаштувка оказался в запасе. На скамейке Ян провёл все основные триумфы в новейшей истории «Днепра» — вице-чемпионство и финал Лиги Европы 2015.