Neste século, as seleções de Brasil e Peru enfrentaram-se nove vezes, tendo seis vitórias brasileiras (4 de junho de 2000, por um placar de 1–0, em jogo válido pelas eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2002; 15 de julho de 2001, por um placar de 2–0, em jogo válido pela Copa América de 2001; 27 de março de 2005, por um placar de 1–0, em jogo válido pelas eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2006; 1 de abril de 2009, por um placar de 3–0, em jogo válido pelas eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2010; 14 de junho de 2015, por um placar de 2–1, em jogo válido pela Copa América de 2015; 17 de novembro de 2015, por um placar de 3–0, em jogo válido pelas eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2018), três empates (25 de abril de 2001, por um placar de 1–1, em jogo válido pelas eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2002; 16 de novembro de 2003, por um placar de 1–1, em jogo válido pelas eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2006; 18 de novembro de 2007, por um placar de 1–1, em jogo válido pelas eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2010) e nenhuma vitória peruana.