Le "Narwhal" a effectué 15 patrouilles de guerre réussies et le "Nautilus" 14, et à eux deux, ils ont coulé 13 navires ennemis pour un total de 35 000 tonnes. Un peu plus par hasard, leur grande taille les rendait utiles pour transporter à la fois des troupes et des cargaisons lors de missions secrètes. Ainsi, le "Nautilus" s'est joint au "Argonaut" pour transporter les Carlson's Raiders à Makin Atoll (Raid de Makin), puis avec le "Narval", il a débarqué un fort détachement de scouts de l'armée américaine en Alaska sur Attu dans les îles Aléoutiennes, en préparation du débarquement principal qui a permis de reprendre cette île aux Japonais en . Pendant les deux dernières années de la guerre, les deux sous-marins ont été consacrés presque exclusivement à des opérations clandestines d'insertion et de récupération derrière les lignes ennemies, notamment en préparation de la campagne américaine pour reprendre les Philippines.