Du 27 août 1917 au 27 mai 1918, Thomson est commandant du génie royal (CRE) de la (2 / 2e division de Londres) en Palestine, commandant les ingénieurs de division dans la bataille de Beersheba, l'attaque sur la position de Sheria et la capture de Jérusalem. Il se distingue lors de la prise de Jéricho .