Le 23 avril 1551, à l'âge de seize ans, Guillaume est déclaré adulte par un décret de l'empereur Ferdinand. Il reprend l'administration des biens de la famille et choisit comme résidence le château de Český Krumlov, qu'il refait dans un style Renaissance. De 1552 à 1556, il mène avec succès une action en justice contre Henri IV de Plauen, le haut chancelier de Bohême, au sujet d'une question de préséance. En 1560, il est nommé haut trésorier par le roi Ferdinand. En 1566, il est nommé commandant de l'armée de Bohême et le 10 juin 1566, il commence à former une armée à Znojmo pour mener une guerre contre l'Empire ottoman. L'objectif est de reprendre Szigetvár, que le beau-frère de Guillaume Nikola Šubić Zrinski avait perdu face aux Turcs. Les armées des Habsbourg doivent se rencontrer à Győr. Cependant, les Turcs se sont retirés vers le sud après la mort de Soliman le Magnifique et aucune bataille ne s'ensuit.