La rivoluzione bolscevica distrusse ciò che con tanta passione padre Malecki aveva costruito. Tutto venne nazionalizzato e le istituzioni educative dichiarate fuori legge. Nel 1921 divenne rettore di un seminario clandestino. Nel 1922 l'Armata Rossa vinse la guerra civile russa. Presto iniziarono le persecuzioni delle comunità cristiane, ortodosse o di altro tipo.