El 2003 els arquitectes de Legorreta+Legorreta van rebre l'encàrrec de fer el centre en una zona de l'Albereda Central que havia estat danyada durant el Terratrèmol de Mèxic de 1985, que va afectar durament la Ciutat de Mèxic. En aquest indret també es projectava construir els edificis del Tribunal Superior de Justícia del Districte Federal i la Secretaria de Relacions Exteriors del Govern Federal, la qual cosa es va convertir en el Conjunt Juárez. El Museu Memòria i Tolerància es va integrar a aquest conjunt el 2006 amb arquitectes Arditti + RDT. A l'atri del museu hi ha una galleda suspesa del Memorial dels nens assassinats en genocidis, amb una obra realitzada per Jan Hendrix en col·laboració amb els arquitectes.