Caniggia az argentin válogatott kulcsfigurája volt mind az 1990-es, mind az 1994-es világbajnokságon, azonban a szórványosan lejátszott meccsek miatt az 1998-as vb-re Daniel Passarella szövetségi kapitány nem válogatta be a tornára utazó argentin keretbe. Bár a 2002-es világbajnokságra már ismét kiutazott, Marcelo Bielsa szövetségi kapitány egyetlen percre sem állította már be.