Vlaar est appelé en équipe des Pays-Bas des moins de 20 ans de football en 2005 et participe à la Coupe du monde des U20 en 2005 où les Néerlandais sont éliminés en quarts de finale (il joue tous les matchs). Il fait ensuite partie de la talentueuse sélection espoirs avec laquelle il gagne les Championnats d'Europe espoirs 2006 et 2007.