I slutten av 1970-tallet ble brorskapet involvert i konflikter i Syria, noe som førte til at organisasjonen ble forbudt i 1980. I tillegg ble flere hundre medlemmer drept i fengsel i Palmyra sommeren 1980. Dette førte til at de gjengjeldte med en serie med bombeangrep mot regjeringen og dets representanter, inkludert et nesten vellykket forsøk på å myrde president Hafez al-Assad. Sammenstøtene ble stadig hardere og endte i 1982 med at de syriske myndighetene iverksatte en større militæroperasjon som ble kjent som Massakren i Hama. Flere tusen mennesker ble drept i denne militæroperasjonen.