Die 1,67 m große Magali Baton trat im Leichtgewicht an, der Gewichtsklasse bis 56 Kilogramm, ab 1998 bis 57 Kilogramm. 1993 gewann sie in Leonding ihr erstes Weltcup-Turnier. Bei den Europameisterschaften 1994 schlug sie im Viertelfinale die Polin Anita Kubica und verlor im Halbfinale gegen die Niederländerin Jessica Gal. Im Kampf um eine Bronzemedaille bezwang sie die Portugiesin Filipa Cavalleri. 1995 erkämpfte Baton eine Bronzemedaille bei der Universiade in Fukuoka. 1996 bei den Europameisterschaften in Den Haag verlor sie ihren Auftaktkampf gegen Jessica Gal. In der Hoffnungsrunde besiegte sie die Ukrainerin Alla Klimovich und die Britin Nicola Fairbrother, den Kampf um Bronze gewann sie gegen Zülfiyyə Hüseynova aus Aserbaidschan. Bei den Olympischen Spielen in Atlanta verlor sie in ihrem ersten Kampf durch Schiedsrichterentscheid gegen die spätere Olympiasiegerin Driulis González. In der Hoffnungsrunde bezwang sie Jessica Gal nach 49 Sekunden und verlor dann gegen Nicola Fairbrother durch Waza-ari. Ende 1996 war Baton Zweite bei den Weltmeisterschaften der Studierenden hinter der Spanierin Isabel Fernández.