Hijo biológico del sacerdote insurgente y revolucionario José María Morelos y Pavón y de Brígida Almonte. No hay certeza del lugar de su nacimiento; según algunos fue Parácuaro y según otros, Nocupétaro o Carácuaro, poblaciones todas de la antigua provincia de Valladolid, hoy estado de Michoacán. Acompañó a su padre en algunos combates durante la guerra de independencia mexicana (incluido el Sitio de Cuautla) y en 1814 es enviado a Nueva Orleans, en los Estados Unidos, donde poco después recibe la noticia de la ejecución de su padre el 22 de diciembre de 1815. Allí recibe formación, aprende inglés y trabaja como dependiente en un comercio. Regresó a México al consumarse la independencia en 1821.