W sierpniu 1944 na Słowacji wybuchło powstanie narodowe. Po przejściu części wojska na stronę powstańców, ks. Tiso, zdając sobie sprawę, że jego siły nie zdołają stłumić powstania, zdecydował się zdemobilizować armię Republiki i poprosić Niemców o pomoc w zaprowadzeniu „porządku” w kraju. W konsekwencji na terytorium Słowacji wkroczyły Wehrmacht i SS, bezwzględnie tłumiąc powstanie. Zniszczono kilkadziesiąt miast i wsi, zamordowano tysiące ludzi. , jednak Niemcy dość łagodnie potraktowali jeńców - zostali oni wysłani na prace przymusowe lub zwolnieni do domów. 30 października w zdobytej przez hitlerowców powstańczej stolicy Bańskiej Bystrzycy, z okazji zdławienia Słowackiego Powstania Narodowego Tiso odprawił mszę dziękczynną, podczas której grał na organach, a powstańców nazwał „bandami komunistów i bolszewików”. We mszy uczestniczył dowodzący likwidacją powstania Sturmbannführer Hermann Höfle. Ksiądz Tiso udekorował go najwyższym słowackim odznaczeniem. Obrońcy słowackiego prezydenta dowodzą, że taka reakcja była polityczną ceną za umiarkowane potraktowanie większości wziętych do niewoli powstańców.