Travailleur infatigable, Bory a écrit sur plusieurs branches de l'histoire naturelle, notamment sur les reptiles, les poissons, les animaux et végétaux microscopiques, les cryptogames, etc. Il a été le principal rédacteur de la "Bibliothèque physico-économique", du "Dictionnaire classique d'histoire naturelle en 17 volumes" et de la partie scientifique de "l'Expédition de Morée". Il participa à l'Encyclopédie méthodique pour les parties concernant les zoophytes et les vers, ainsi que pour les volumes de géographie physique et à l'atlas qui les accompagne. Il a aussi rédigé de bons résumés géographiques, notamment celui d'Espagne, et a donné à "l'Encyclopédie moderne" de nombreux articles remarquables par l'originalité des idées.