Durante a Segunda Intifada a FAI foi empregada em grande escala para assassinatos seletivos de líderes de grupos militantes palestinos, dos quais alguns exemplos notáveis foram Salah Shakhade, Mahmoud Abu-Hunud, Abu Ali Mustafa, Ahmed Yassin e Abed al-Aziz Rantissi. Esta política é controversa, devido aos danos colaterais causados em diversas situações; Israel alega que estes assassinatos são vitais na luta contra o terrorismo, e que os pilotos da FAI fazem o que podem para evitar vítimas civis - incluindo abortar determinadas missões.