У оквиру НАТО снага, Томкет је учествовао нападима на Савезну Републику Југославију. У оквиру те мисије је први пут коришћен за прецизна дејства ваздух-земља, с ласерски вођеним бомбама. Те задатке је могао лако реализовати у ситуацији крајње неравноправног односа снага, слабо брањених циљева на земљи и апсолутној превласти у ваздушном простору. Ови авиони су били стационирани на носачима у Јадранском мору. Поред овог прецизног дејства с ласерским бомбама, "Томкетова" улога је била за евентуално супроствљање југословенским малобројним ловцима, праћење "НАТО" авиона и за извиђање. Као извиђач је "Томкет" био једини задужен, у оквиру "НАТО" снага, за аеро-фото снимање територије СРЈ. По доласку КФОРа на Косово, "Томкет" је имао мисију "ваздушног кишобрана" изнад њих.