Когда в сентябре 1943 года после высадки Союзников на Сицилии и юге Италии правительство Муссолини было свергнуто и подписано перемирие между новым итальянским правительством и Союзниками, Додеканесские острова стали ареной битвы между англичанами и немцами. Итальянские войска первоначально большей частью поддержали англичан, однако были разбиты; многим удалось бежать в Турцию, где они были интернированы, часть же попавших в плен к немцам были расстреляны в ходе так называемой резни на острове Кос. При этом остров Калиостро (Кастелоризо) был занят и удержан британскими войсками. Додеканесская операция стала одной из последних крупных побед Германии в войне, и острова остались под немецким контролем до начала мая 1945 года, хотя де-юре Германия признавала их владением марионеточной Итальянской социальной республики (она же республика Сало), основанной после освобождения Муссолини из плена, но новый губернатор Уго Фаралли, примкнувший к республике Сало, был полностью зависим от немецких властей.