Tot aan de Restauratie in 1660 leidde hij een wisselvallig bestaan op verschillende adressen, dan weer in Engeland, dan weer in Nederland. Daarna kreeg hij weer een functie aan de Universiteit van Cambridge. In 1663 werd hij deken in York; een jaar later kreeg hij dezelfde functie bij St Paul’s Cathedral in Londen. Hij was een van de initiatiefnemers tot de herbouw van de kerk na de Grote brand van Londen in 1666.