1941年巴巴罗萨行动开始前夕，大屠杀的主要构建者莱因哈德·海德里希发布了关于大规模反犹行动的操作指南，用于指导由当地非犹太人参与实施的反犹太行动。随后，乌克兰族和立陶宛族的屠杀了波兰犹太人。德国入侵苏联后，致命的反犹骚乱在原为苏占地区的30多个地方爆发，包括布热希奇、捷尔诺波尔、比亚韦斯托克、、利沃夫以及斯坦尼斯瓦乌夫。在威尔诺的博纳利大屠杀中，7万名波兰犹太人遇害，人数是非犹太受害者的三倍多。原波兰领土上的少数民族经常参与由烏克蘭反抗軍、、和领导的。本地人参与的纳粹德国的“清洗”行动包括1941年的耶德瓦布内反犹骚乱。奉命在整个东方德国占领区组织反犹骚乱。根据以色列的战争罪行委员会的统计数据，合作反犹的本土波兰人只有不到千分之一。