1356 wurde Mörsberg, wie viele andere Burganlagen in der Region, beim Erdbeben von Basel schwer beschädigt und musste neu aufgebaut werden. Weitere verheerende Zerstörungen erfolgten durch eidgenössische Truppen in den Feldzügen von 1445 und 1468 durch den Sundgau, als sich Peter von Mörsberg auf österreichischer Seite gegen die Schweizer stellte.