Pesanti danni ha inferto al monastero il terremoto del 26 settembre 1997, che ha reso inagibile l'intera struttura, interessata poi da un intervento di restauro, che si è concluso nel 2008. Appena qualche anno più tardi, il terremoto del 2016 ha gravemente colpito il complesso, rendendolo inagibile. A seguito del sisma, la gran parte delle opere d'arte del monastero di Santa Chiara è stata ricoverata in depositi di sicurezza, su iniziativa degli organi di tutela.