In januari en februari 1916 werd Nieuwendam zwaar getroffen door een watersnoodramp. Landerijen kwamen onder water te staan, en ook het nieuwbouwproject werd getroffen. De schade aan wegen, dijken en nutsvoorzieningen ging de draagkracht van de gemeente Nieuwendam ver te boven. Dit vond plaats terwijl andere Europese landen waren verwikkeld in een verwoestende oorlog. Hierdoor viel de internationale handel stil, en was een enorm gebrek aan bouwmaterialen ontstaan zoals hout. De prijzen van bouwmaterialen stegen door de tekorten tot grote hoogte. Herstel en hervatting van de bouwactiviteiten lieten daardoor op zich wachten. Ook "Bouwvereeniging Nieuwendams Belang" kwam in de financiële problemen door de schade aan de woningen in aanbouw, de reeds bewoonde woningen en de huurderving. De gemeente Nieuwendam zag, net als andere getroffen gemeenten zoals Buiksloot en Ransdorp, voor zichzelf geen andere uitweg dan een vrijwillige annexatie door de gemeente Amsterdam. Per 1 januari 1921 maakte Nieuwendam deel uit van de gemeente Amsterdam. Wel had de bouwvereniging de braakliggende percelen aan de Nieuwendammerstraat en de Purmerweg nog weten te bebouwen met 33 rijtjeshuizen van een ander ontwerp dan de eerste 23 woningen. Hierna werden er geen nieuwe bouwactiviteiten meer ondernomen.