31 травня 1658 розбив заколотників і жорстоко покарав полтавську старшину, однак не зміг спинити подальші виступи опозиції, що поклали початок Руїні. В умовах загрози війни з Московією, яка виступила на боці антигетьманських сил, у 1658 уклав Гадяцький договір із Річчю Посполитою, за яким козацька Україна перетворювалася на Велике князівство Руське — третю складову Речі Посполитої. За договором проголошувався Гетьманом військ Руських і чигиринським старостою. Під час козацько-московської війни 1658-1659 вщент розбив московитів у битві під Конотопом за допомоги кримського хана Мехмеда IV. Проте поступово втратив підтримку оточення через невдоволення козаків Гадяцьким договором. У вересні 1659 передав булаву Юрієві Хмельницькому, після чого виїхав до Речі Посполитої.