Під час Реформації місто отримало свій найбільший розвиток це тривало з 1527 по 1608 роки. Період процвітання завершився в 1618 з початком Тридцятилітньої війни під час якої місто неодноразово було окуповано та пограбоване. Після війни посилалась влада єпископів, що призвело до повстання 20 грудня 1790, яке завершилось вигнанням єпископа. 27 квітня 1792 до міста увійшли французькі революційні війська і спочатку місто стало столицею залежної республіки, а 1793 увійшла до складу Франції. Під час Війни шостої коаліції до міста увійшли французькі війська, після падіння влади Наполеона Поррантрюї увійшов до кантону Берн.