In seinem Werk "Ritter unter dem Banner des Propheten" vom Dezember 2001 rechtfertigt Zawahiri den Anschlag vom 11. September 2001. Er kritisiert dort aber auch weiterhin die „ungläubigen Regierungen in den arabischen Ländern“. An ihre Stelle will er streng islamische Ordnungen setzen, wenn nötig mit äußerster Gewalt.