Por ocasião da instituição do "Conselho Imperial" (1 de janeiro de 1810), Arakcheev foi nomeado membro do conselho de ministros e senador, mantendo ainda o posto de guerra. Posteriormente, Alexandre influenciado por intrigas dos inimigos do Conde, que o odiavam por sua severidade, o considerou um reacionário perigoso. A desconfiança, porém, não durou muito tempo. É verdade que Arakcheev não tomou parte ativa na guerra de 1812, mas toda a correspondência e despachos relativos a ela passaram por suas mãos, e foi companheiro inseparável do imperador durante todo o curso da mesma. Em Paris (31 de março de 1814) Alexandre, com sua própria mão, escreveu o "ukaz" nomeando-o marechal-de-campo, mas ele recusou a dignidade, aceitando, ao invés, um retrato de seu mestre. A partir deste momento a confiança de Alexandre em Arakcheev aumentou cada vez mais, e o imperador lhe confidenciava, antes de tudo, seus muitos projetos de reforma, especialmente do seu projeto de colônias militares, cujos detalhes de execução foram deixados a cargo de Arakcheev (1824). O fracasso do sistema deveu-se não a qualquer falha do Conde, mas à ineficiência e à insubordinação dos oficiais do distrito. Nos últimos anos do reinado de Alexandre, Arakcheev não foi apenas seu conselheiro-chefe, mas seu melhor amigo, a quem ele apresentava todos os seus projetos para análise e revisão. O mais interessante desses projetos foi o plano para a emancipação dos camponeses (1818).