Nach dem Krieg stieg Bequignolles am 17. Mai 1827 mit Patent vom 17. Mai 1823 zum Kapitän im 20. Infanterie-Regiment auf. Am 20. April 1833 kam er als Major in das 4. Landwehr-Regiment und erhielt das Kommando über das III. Bataillon in Thorn. Von dort kam er am 26. März 1840 als Kommandeur des I. Bataillons in das 1. Garde-Landwehr-Regiment nach Königsberg und am 26. März 1841 als Kommandeur des I. Bataillons in das 3. Garde-Landwehr-Regiment in Görlitz. Am 11. Juli 1844 folgte seine Ernennung zum Bataillonskommandeur im Kaiser Franz Grenadier-Regiment. Dort wurde er am 22. März 1845 Oberstleutnant und am 27. März 1847 mit der Führung des Regiments beauftragt. Am 23. September 1847 wurde zum Regimentskommandeur ernannt. Während der Märzrevolution war er am 18. März 1848 an den Straßenkämpfen in Berlin beteiligt. Am 10. Mai 1848 wurde er dann zum Oberst befördert. Im Krieg gegen Dänemark nahm er am Gefecht bei Schleswig teil. Im entscheidenden Moment setzte er sich an die Spitze des I. Bataillons und nahm im Sturmschritt Bosdorf und die Stadt Schleswig bis zum Schloss Gottorf. Dafür erhielt Bequignolles am 19. September 1849 den Orden Pour le Mérite. Am 4. August 1849 wurde er nach Österreich geschickt, um den Kaiser zur Niederschlagung des Aufstandes in Wien zu beglückwünschen. Nach seiner Rückkehr wurde er am 3. Oktober 1850 zum Kommandeur der 5. Infanterie-Brigade ernannt und in dieser Eigenschaft am 23. März 1852 zum Generalmajor befördert. Vom 4. Mai 1852 bis zum 13. August 1856 war er Kommandeur der 9. Infanterie-Brigade. Anschließend erfolgte seine Ernennung zum Kommandeur der 12. Division und am 15. Oktober 1856 die Beförderung zum Generalleutnant. Bequignolles nahm am 18. Dezember 1856 seinen Abschied mit Pension, erhielt im Januar 1857 den Stern zum Roten Adlerorden II. Klasse mit Eichenlaub und wurde am 6. August 1857 mit Pension zur Disposition gestellt. Er starb am 30. Juni 1865 in Liegnitz.