15세기 폴란드-리투아니아 연방 시대에 등장했다. 16세기, 17세기, 18세기에 정치적, 군사적 역량을 강화해 나가면서 폴란드-리투아니아 연방, 러시아 차르국, 크림 칸국의 세력에 저항해 나갔다. 특히 1648년부터 1657년까지 보흐단 흐멜니츠키가 폴란드-리투아니아 연방의 지배에 저항하면서 일으킨 흐멜니츠키 봉기는 자포리자 카자크의 군사적 영향력을 입증했다.