Le PCE travaille prioritairement à la victoire des forces armées républicaines et au renforcement du gouvernement de Front populaire ; cela provoque un conflit avec la CNT et le POUM, qui ont donc de fortes positions en Catalogne et qui tiennent une bonne partie du front d'Aragon, avec leurs milices et colonnes autonomes. Une première crise a lieu lors des événements de mai 1937 à Barcelone, qui se terminent par la répression brutale de la révolte des anarchistes et des militants du POUM par les forces du gouvernement républicain assistées par les militants du PSUC. Le PCE cautionne aussi l'action d'une police parallèle sous contrôle des services soviétiques, responsable de l'enlèvement et de l'assassinat de plusieurs militants révolutionnaires anti-staliniens dont Andreu Nin. Par la suite, les communistes participent à l'intégration contrainte des milices dans l'armée républicaine. Le PCE aide ainsi le gouvernement républicain à se débarrasser des éléments les plus à gauche.