Op 27 mei 2016 tekende José Mourinho een contract voor drie jaar met de mogelijkheid op verlenging als nieuwe manager van Manchester United. Na zijn aantreden haalde de club Zlatan Ibrahimović transfervrij en Eric Bailly en Henrich Mchitarjan voor €40.000.000,- en €32.000.000,- binnen. Daarnaast maakte United oud-jeugdspeler Paul Pogba de duurste voetballer aller tijden door €105.000.000,- voor hem te betalen aan Juventus. Dat seizoen won Manchester United de Europa League. In de finale werd Ajax met 2-0 verslagen. Ook de Community Shield en League Cup werden gewonnen na zeges op Leicester City en Southampton FC. In de Premier League werd de zesde plaats behaald en in de FA Cup werd een nederlaag geleden tegen Chelsea FC. In het &lt;a href="Premier%20League%202017/18"&gt;seizoen 2017/18&lt;/a&gt; was Manchester United niet opgewassen tegen de oppermachtige stadgenoot Manchester City onder leiding van trainer-coach Pep Guardiola. Op zondag 15 april 2018 raakte de titel definitief uit zicht, toen de ploeg van Mourinho, een week na een zege op de concurrent, met 1–0 verloor van West Bromwich Albion. Daardoor liep het gat met koploper Manchester City City op tot achttien punten. Jay Rodriguez maakte halverwege de tweede helft de winnende treffer voor "The Baggies". Wel bereikten ze dat seizoen de finale van de FA Cup tegen het Chelsea FC van Antonio Conte. Deze finale ging met 1–0 verloren na een benutte strafschop van Eden Hazard. In de Champions League werd Manchester United in de achtste finales uitgeschakeld door Sevilla FC. Op 18 december 2018 werd Mourinho ontslagen. Op dat moment bezat Manchester United na 17 speelronden de 6de plaats in de Premier League, met 7 overwinningen.