Zijn eerste interlanddoelpunt maakte Helmer in zijn vijfendertigste interland tegen Italië op 21 juni 1995. Tijdens dit duel opende hij na vier minuten de score. Door een eigen doelpunt van Paolo Maldini werd het uiteindelijk 2–0. In 1996 bereikte Duitsland opnieuw een eindronde, namelijk het EK in Engeland. Voor de tweede maal op rij wisten de Duitsers de finale van het toernooi te bereiken. Ditmaal werd wel gewonnen; nog steeds onder leiding van Vogts werd in de verlenging met 1–2 gewonnen van Tsjechië. Helmer mocht de gehele wedstrijd meespelen in de finale. Zijn toenmalige teamgenoten Ciriaco Sforza (Zwitserland), Emil Kostadinov (Bulgarije), Mehmet Scholl, Oliver Kahn, Mario Basler, Markus Babbel, Christian Ziege, Jürgen Klinsmann en Thomas Strunz (allen eveneens Duitsland) waren ook actief op het toernooi. Helmer nam afscheid als international op het WK 1998, waar Duitsland in de kwartfinales verloor van Kroatië (0–3). Zijn toenmalige teamgenoten Bixente Lizarazu (Frankrijk), Lothar Matthäus, Oliver Kahn, Markus Babbel, Dietmar Hamann en Michael Tarnat (allen eveneens Duitsland) waren ook actief op het toernooi.