Нападение гитлеровской Германии в апреле 1941 г. застало его в родном городе. После прорыва фронта 2-й армии близ Загреба полковник Мушицкий был арестован усташами и приговорён к смертной казни, однако ввиду прежней службы в австро-венгерской армии освобождён. Из Загреба переехал в Белград 13 апреля 1941 г., где вступил в контакт с полковником Милошем Масаловичем и руководителем профашистской партии «ЗБОР» Димитрие Лётичем.