W 1806 roku, razem z marszałkiem Muratem, przybył do Warszawy. Książę Józef Poniatowski przeniósł go do swojej Legii, do I batalionu 3 p.p. w randze podpułkownika. Szybko awansował, osiągając w grudniu 1807 roku stopień pułkownika i szefa sztabu Legii. W marcu 1807 roku, dzięki rekomendacji Poniatowskiego, Paszkowski został jednym z fligeladiutantów księcia warszawskiego Fryderyka Augusta. W maju 1812 r. awansował na generała brygady. W czasie kompanii rosyjskiej w 1812 roku dowodził 2 brygadą 16 Dywizji Piechoty gen. Józefa Zajączka. Brał udział w bitwie pod Smoleńskiem, Borodino i Czirikowem. Następnie przejął po gen. Józefie Zajączku dowództwo 16 Dywizji. W grudniu 1812 roku ciężko chory znalazł się w Warszawie i ze względu na zły stan zdrowia musiał wycofać się z aktywnego życia politycznego. Po rekonwalescencji otrzymuje rozkaz o przejęciu komendy zakładu VIII korpusu. Po kapitulacji Drezna dostał się do niewoli austriackiej i przebywał w węgierskim mieście Zalaegerszeg.