Однако после арабского завоевания Карфаген вновь пришёл в упадок. Город разграбили и разрушили войска Омейядов после битвы при Карфагене в 698 году, чтобы предотвратить его возвращение Римской империи. Он оставался заселённым в течение мусульманского периода и использовался мусульманами в качестве крепости до периода Хафсидов, когда город был взят крестоносцами вместе с его жителями, убитыми во время Восьмого крестового похода. Хафсиды решили окончательно разрушить город, чтобы он больше не мог использоваться в качестве базы для враждебной державы. До этого момента город продолжал использоваться как митрополичья кафедра.