Byen var oprindeligt et fiskerleje ved navn "Edo". I 1603 blev byen et fremtrædende politisk centrum, da den blev sæde for Tokugawa-shogunatet. I midten af ​​1700-tallet var Edo en af ​​de mest folkerige byer i verden med over en million indbyggere. Efter afslutningen af ​​shogunatet i 1868 blev den kejserlige hovedstad i Kyoto flyttet til byen, der blev omdøbt til Tokyo (bogstaveligt talt "den østlige hovedstad"). Tokyo blev ødelagt af det Store Kantou-jordskælv i 1923 og igen af ​​allierede bombeangreb under Anden Verdenskrig. Fra 1950'erne foregik der en hurtig genopbygning og ekspansion af byen, der fortsatte med at føre an i Japans økonomiske opsving efter krigen.