Trong nhiệm kỳ của ông ở vị trí lãnh đạo Afghanistan, Liên Xô bắt đầu rút quân khỏi Afghanistan, và từ năm 1989 đến năm 1992, chính phủ của ông đã cố gắng để giải quyết cuộc nội chiến đang diễn ra mà không có quân đội bộ binh Liên Xô hỗ trợ. Trong khi hỗ trợ trực tiếp của Liên Xô đã kết thúc khi họ đã rút quân, Liên Xô vẫn hỗ trợ Najibullah dưới hình thức viện trợ kinh tế và quân sự, trong khi Hoa Kỳ vẫn tiếp tục hỗ trợ cho các chiến binh thánh chiến. Trong suốt nhiệm kỳ của mình, ông đã cố gắng để thu hút được sự ủng hộ cho chính phủ của mình. Najibullah thậm chí đã cố gắng để miêu tả chính phủ của ông là Hồi giáo, và trong hiến pháp năm 1990 đất nước này đã chính thức trở thành một nhà nước Hồi giáo và tất cả các tài liệu tham khảo của cộng sản đã được gỡ bỏ. Sự thay đổi này, cùng với thay đổi khác, đã không giành chiến thắng Najibullah bất kỳ sự hỗ trợ đáng kể. Với sự tan rã của Liên bang Xô viết vào tháng 12 năm 1991, Najibullah mất hết viện trợ nước ngoài. Điều này, cùng với sự sụp đổ trong nội bộ chính phủ của ông, dẫn đến việc chính phủ của ông bị lật đổ và ông bị loại khỏi quyền lực vào tháng 4 năm 1992. Najibullah sống tại trụ sở Liên Hợp Quốc tại Kabul cho đến năm 1996, khi Taliban chiếm Kabul. Najibullah được cho là đã bị Taliban thiến, và ông bị kéo lê đằng sau một chiếc xe tải trên đường phố Kabul trước khi bị treo cổ công khai.