Le skieur autrichien effectue ensuite une traversée du désert : blessures et rétrogradation en coupe d'Europe. Stephan Eberharter remporte sa première victoire en coupe du monde en 1998 lors du géant de Crans-Montana. Dès lors, il reste au sommet de la hiérarchie du cirque blanc et gagne deux gros globes de cristal en 2002 et 2003, un titre olympique en géant en 2002 et un titre mondial en super G en 2003.