Na skutek denuncjacji w październiku 1941 r. osadzony został w więzieniu i po krótkim śledztwie, jako więzień polityczny, w marcu 1942 r. został wysłany do obozu w Groß-Rosen. We wrześniu tego roku niespodziewanie został przewieziony do obozu w Dachau, gdzie doczekał się końca wojny. W obozie w Dachau poddawany był pseudonaukowym eksperymentom, które zaważyły na jego życiu w czasie późniejszej choroby. Opis literacki pobytu w obozie w Dachau znajduje się w książce współwięźnia, Feliksa Raka.