Napoleonin Venäjän sotaretken taisteluissa Isänmaallisessa sodassa Baggovut komensi 2. jalkaväkiarmeijakuntaa, joka kuului kenraali Michael Barclay de Tollyn 1. Läntiseen Armeijaan. Hän osallistui Smolenskin ja Valutinon taisteluun 16.–18. elokuuta 1812 () sekä Borodinon taisteluun 7. syyskuuta 1812 (). Borodinon taistelussa Baggovutin armeijakunta oli venäläisten oikealla sivustalla ja siirtyi kriittisellä hetkellä vasemmalle Utitsan alueelle vahvistamaan kenraali Pjotr Bagrationin armeijaa. Taistelun loppuvaiheessa Baggovut komensi kaikkia vasemman sivustan joukkoja.