Hän voitti EM-kultaa Portugalin joukkueessa vuonna 2016; lopputurnauksessa hän jäi alkulohko-otteluissa vaihtopelaajaksi mutta pelasi täyden ajan Portugalin jokaisessa neljässä pudotuspelissä. Maanosaliittojen cupissa 2017, kun Portugali saavutti pronssia, pelasi Fonte yhden alkulohko-ottelun ja välierän. MM-kilpailuissa 2018 hän pelasi täyden ajan Portugalin kaikissa neljässä ottelussa. Kesäkuun 14. päivään 2021 mennessä Fonte on pelannut 46 maaottelua mutta ei ole tehnyt niissä yhtään maalia.