Po napadení Sovětského svazu Německem v roce 1941 vyhlásili Litevci protibolševické povstání a nezávislý stát. Ten však Němci neakceptovali a Litvu v letech 1941 až 1944 okupovali. V Ponarech němečtí nacisté zavraždili na 100 000 Židů, Poláků a Rusů. Do 1. prosince 1941 bylo zabito více než 120 000 litevských Židů, tedy 91–95% předválečné židovské populace v Litvě. Na masakrech Židů v Litvě se aktivně podíleli i litevští kolaboranti. 12. litevský prapor působil pod německým velením v Bělorusku, kde se podílel na zavraždění 300 000 lidí.