Neuvostoliiton hajottua vuonna 1991 Vuoristo-Karabah julistautui itsenäiseksi tasavallaksi. Kansanryhmien väliset konfliktit voimistuivat. Armenian alueella järjestämässä kansanäänestyksessä selvä enemmistö tuki itsenäisyyttä, mutta azerit boikotoivat äänestystä. Neuvostojoukkojen lähtö kiihdytti 1980-luvulla alkaneen konfliktin täydeksi sodaksi vuonna 1992. Vuonna 1994 päättyneessä sodassa arviolta 20 000–30 000 ihmistä menetti henkensä. Armenialaiset joukot onnistuivat saamaan alueen hallintaansa ja miehittivät Azerbaidžanin alueita Vuoristo-Karabahin ulkopuolelta luoden näin maayhteyden Vuoristo-Karabahin ja Armenian välille. Tulitauko solmittiin 12. toukokuuta 1994, mutta rauhansopimus jäi tekemättä. Vuoristo-Karabahin ja sitä ympäröivän alueen johtoon jäivät etniset armenialaiset. Mutta ei YK, ei edes Armenia hyväksynyt virallisesti Vuoristo-Karabahia itsenäiseksi alueeksi.