W 1945 roku, w wyniku związanego z II wojną światową bombardowania Drezna Johanneum zostało prawie całkowicie zniszczone. Do 1954 roku przeprowadzono odbudowę budynku, po czym w jego wnętrzach ulokowano założone dwa lata wcześniej Muzeum Transportu (niem. "Verkehrsmuseum"), z kolei w 1963 roku została zakończona restauracja jego fasad. W latach 1962–1966 pomieszczenia gmachu poddano pracom mającym dostosować je do nowych wystaw muzealnych. W 1968 roku cały proces odbudowy budynku został zakończony. W 2008 roku dokonano renowacji fasad Johanneum.