De veelvoudige militaire campagnes van Napoleon zorgden ervoor dat Flahaut spoedig in diens schaduw kon functioneren en carrière kon maken. Hij vergezelde zijn overste Murat als kapitein bij de gevechten rond de vesting van Ulm eind 1805, en liep een verwonding op in schermutselingen nabij Lambach. Flahaut nam vervolgens deel aan de strijd tegen de Pruisen in oktober 1806, tijdens de veldslagen van Jena en Auerstädt.