После подписания Сараевского перемирия между Хорватией и Югославией, федеральная армия была реорганизована. Её 5-й корпус ВВС и ПВО был расформирован, как и некоторые его подразделения. Оставшиеся вошли в состав 5-й Оперативной группы ВВС и ПВО, в зоне ответственности которой была западная часть БиГ и Сербская Краина. С началом конфликта в Боснии югославская армия принимала краткое участие в боях, но затем власти в Белграде приняли решение о выводе армии на территорию Сербии и Черногории до 19 мая 1992 года. Личный состав, живший на территории Боснии, был демобилизован и, в большинстве своем, присоединился к создаваемому в мае того же года Войску Республики Сербской. Ему югославская армия также оставила значительные запасы вооружений и снаряжения. В частности, находившиеся в процессе формирования военно-воздушных сил и противовоздушной обороны боснийских сербов получили самолеты и вертолёты, дислоцировавшиеся на аэродроме Маховляни.