Under Den Engelske Borgerkrig, helt præcist i 1642, husede Oxford Kong Karl 1.'s residens, efter kongen var blevet udvist fra London – også selvom der i Oxford var stor støtte til rundhovederne, dvs. det engelske parlaments støtter. Byen ydede støtte til de parlamentaristiske kræfter under ledelse af general Fairfax ved Belejringen af Oxford i 1646. Byen husede også Kong Karl 2.'s residens under Pesten i London fra 1665-1666. På trods af modvillighed mod dette blev kongen tvunget til at flygte, da epidemien kom for tæt på byen. Oxford var hærget af to store brande i 1644 og 1671.