Takasugi übernahm 1864 nach dem Bombardement von Shimonoseki die Verhandlung über eine Beendigung des Konflikts mit den Westmächten, aber er musste zweimal die Provinz Nagato wegen der dortigen politischen Zurückhaltung verlassen. Dann aber gewannen 1865 die Kaisertreuen in der Provinz die Oberhand, seine Position war gesichert, er wurde, zusammen mit Kido Takayoshi, einer der führenden Gegner des Bakufu. Er organisierte Waffenimporte und die Verstärkung der Truppen und war weitgehend für den militärischen Erfolg gegen die Truppen des Bakufu verantwortlich, die den Han bestrafen wollten.