Under franska revolutionen blev fängelset föremål för många berömda händelser. Septembermorden 1792 ledde till en massaker på 378 av fängelsets då 488 fångar. Under skräckväldet hade revolutionsdomstolen under Antoine Fouquier-Tinville säte i Conciergerie, och det fungerande som ett centralfängelse dit politiska fångar fördes från andra fängelser för att dömas och förvaras innan de giljotinerades, och det blev kallat för "Giljotinens väntrum". Skräckväldets mest berömda offer, som Marie Antoinette, André Chénier, Charlotte Corday, Madame du Barry och Georges Jacques Danton tillbringade alla sin sista tid här före sin avrättning.