Nach 1945 war er stellvertretender Ministerpräsident in den Regierungen Fierlinger I und Fierlinger II und ebenfalls in der Regierung Klement Gottwald I. Nach der kommunistischen Machtübernahme im Februar 1948 trat er zurück, im März 1948 wurde er beim Versuch, das Land illegal zu verlassen, verhaftet. Nach einer Generalamnestie von Klement Gottwald hatte Šrámek die Wahl, wo er einen Hausarrest bis zum Lebensende verbringen wollte. So verbrachte er diese Jahre in einem Kloster bei Ordensschwestern in Brno.