Joulukuussa 2004 Anastasiádis siirtyi Kyproksen maajoukkueen peräsimeen. Hänen johdollaan Kypros jäi karsintalohkonsa viidenneksi MM2006-karsinnoissa. Anastasiádis sai kuitenkin jatkaa piskuisen jalkapallomaajoukkueen peräsimessä. EM2008-karsinnoissa Kypros jäi jälleen karsintalohkonsa toiseksi viimeiseksi, mutta pelasi muutamia hyviä otteluita, muun muassa 1–1 tasapelin Saksaa vastaan ja komean 5–2 kotivoiton Irlantia vastaan. Joulukuussa 2007 hän teki jatkosopimuksen Kyproksen jalkapalloliiton kanssa. Huhtikuussa 2011 Anastasiádis sai potkut Kyproksen maajoukkueen peräsimestä, kun joukkue oli kerännyt vain kaksi pistettä neljästä EM2012-karsintaottelusta.