Црква је реновирана 1898. године и том приликом дозидане су нове купола. Егзарх Јосиф I сахрањен је одмах поред зидина Цркве Свете Недеље 1915. године. Црква је срушена у терористичком нападу комуниста 1925. године, који је однео више од 150 жртава. После напада, црква је обновљена у свом савременом изгледу између 1927. и 1933. године (поново је освештана 7. априла 1933). Нови храм је 30 м дуг и 15.5 м широк са централном куполом високом 31 м. Позлата са иконостаса која је преживела напад, враћена је цркви.