W reprezentacji Egiptu Khashaba zadebiutował w 1992 roku. W tym samym roku był członkiem kadry olimpijskiej podczas Igrzysk Olimpijskich w Barcelonie. W 1996 roku zagrał w 4 meczach Pucharu Narodów Afryki 1996: z Angolą (2:1), z Kamerunem (1:2), z Republiką Południowej Afryki (0:1) i ćwierćfinale z Zambią (1:3). W 1998 roku był rezerwowym w Pucharze Narodów Afryki 1998 i nie rozegrał na nim żadnego spotkania. Rok później wystąpił w Pucharze Konfederacji 1999, a w 2000 roku w 4 meczach Pucharu Narodów Afryki 2000: z Zambią (2:0), z Senegalem (1:0), z Burkina Faso (4:2) i w ćwierćfinale z Tunezją (0:1). Natomiast w 2004 roku wystąpił we 2 spotkaniach Pucharu Narodów Afryki 2004: z Zimbabwe (2:1) i z Algierią (1:2). Od 1992 do 2004 roku rozegrał w kadrze narodowej 74 mecze i strzelił 9 goli.