Po skončení druhé světové války zůstal jako prefekt v ostravském domě, kde se otevřel internát pro učňovskou mládež. V roce 1947 se zde stal ředitelem. Po únorovém puči v roce 1948 byla proti ústavu v Ostravě zinscenována provokace ve snaze salesiány zdiskreditovat a dům zabrat. P. Hynek byl zatčen a týden strávil ve vazbě. Akce sice nedosáhla svého cíle, ale představení ho raději přeložili do Přestavlk a pak do Brna. Zde ho zastihla v dubnu roku 1950 likvidace mužských řeholí v dubnu 1950.