פרץ מרקיש נעצר בינואר 1949 יחד עם עסקנים יהודים רבים, סופרי יידיש, משוררים ואנשי תיאטרון. ב-12 באוגוסט 1952 הוא הוצא להורג עם יתר אנשי הרוגי המלכות בברית המועצות. בשנת 1956, לאחר שינויים בממשל של ברית המועצות, טוהר שמו. שיריו נדפסו מחדש, הן ביידיש והן בתרגום לרוסית.