Kung Jakob II av England grundade en jesuitorden i Holyroodhouse och omvandlade 1688 Holyrood Abbey till ett romersk-katolskt kapell och flyttade den protestantiska församlingen till den nybyggda Canongate Kirk. Samma år utbröt den Ärorika revolutionen och Vilhelm av Oranien blev kung och då plundrade Edinburghs befolkning kyrkan och kungagravarna. 1691 ersatte Canongate Kirk Holyrood Abbey som församlingskyrka.