Plukovník Prescott sloužil v Kontinentální armádě až do konce roku 1776. Do doby, než byli Američané nuceni ustoupit z New Yorku, sloužil na newyorském Governor's Islandu. Na podzim roku 1777 se jako dobrovolník podílel na zajetí šestitisícové britské armády pod velením generála Johna Burgoynea po prohrané bitvě u Saratogy. Byla to jeho poslední akce v řadách Kontinentální armády. Byl zvolen členem Massachusettského provinčního kongresu, který zasedal v Salemu. Po svém odchodu z armády pracoval v městské správě a po tři roky byl poslancem zákonodárného shromáždění. Po zbytek života pak vykonával úřad smírčího soudce. Když vypuklo Shaysovo povstání, spěchal do Concordu a pomáhal při obraně soudů a zachovávání zákona a pořádku. Sloužil rovněž v domobraně povolané v roce 1786 k potlačení tohoto povstání.