Pochi giorni dopo l'aggressione del Terzo Reich all'Unione Sovietica, il 27 giugno 1941, monsignor Profittlich fu arrestato da otto agenti dell'NKVD e venne trasferito al carcere di Kirov, in Russia, con l'accusa di agitazione e assistenza anti-sovietica di ecclesiastici cattolici all'estero.