O Imaflora foi fundado pelo engenheiro florestal Tasso Azevedo, em meio a Conferência das Nações Unidas sobre Meio Ambiente, a ECO-92, no Rio de Janeiro. Começou atuando na Floresta Nacional do Tapajós, localizada a oeste do Estado do Pará. Nasceu sob a premissa de que a melhor forma de conservar as florestas tropicais é dar a elas uma destinação econômica, associada a boas práticas de manejo e a uma gestão responsável dos recursos naturais.