Z začetkom druge svetovne vojne leta 1939 je Društvo narodov izgubilo svoj smisel in pomen. Naslednje leto je prenehalo delovati, zato se je večina njegovih uslužbencev upokojila, med njimi je bil tudi Miselj. V zahvalnem pismu ob Misljevi upokojitvi je generalni sekretar Joseph Avenol izrazil obžalovanje, ker se mora posloviti od uslužbenca, ki je bil predan ciljem Društva narodov in čigar delo so zelo cenili. Miselj pa je po okupaciji Jugoslavije leta 1941 vzpostavil tudi skrbno varovano zvezo med Jugoslavijo ter jugoslovansko vlado v izgnanstvu v Londonu in zavezniki, ki je v Švici neodkrito delovala vse do leta 1944, ko je Miselj 30. oktobra umrl in so ga v Thönexu pri Ženevi tudi pokopali. Leta 2004 ob 60 letnici njegove smrti so mu v rojstnem kraju odkrili spominsko ploščo in uredili njegov zapuščen grob v Švici, kjer pokopan skupaj z ženo, dolgoletno sodelavko Svetovene zdravstvene organizacije.