கார்கில் போரில் பெற்ற வெற்றியைத் தொடர்ந்து வாஜ்பாய்க்கு கிடைத்த மக்கள் ஆதரவு காரணமாக, பா.ஜ.க தலைமையிலான தேசிய ஜனநாயகக் கூட்டணி 1999 ஆம் நடந்த பொதுத் தேர்தலில் 303 இடங்களில் வென்றது. பா. ஜ. க மட்டுமே 183 இடங்களில் வென்றது. வாஜ்பாய் மூன்றாவது முறையாகப் பிரதமராகவும், அத்வானி துணைப் பிரதமராகவும் உள்துறை அமைச்சராகவும் பதவியேற்றனர். இம்முறை, தேசிய ஜனநாயகக் கூட்டணி அரசு தனது ஆட்சிக்காலமான ஐந்து ஆண்டுகளும் நீடித்தது. வாஜ்பாய் தலைமையில் யஷ்வந்த் சின்காவை நிதி அமைச்சராகக் கொண்ட இந்த அரசு, பி. வி. நரசிம்ம ராவ் அரசு தொடங்கிய பொருளாதாரக் கொள்கைகளைத் தொடர்ந்து செயல்படுத்தியது.