מאוחר יותר, (1546–1547) הסתבכה הברית במלחמה עם הקיסר (ראה: המלחמה השמלקלדית) ובתבוסתה בקרב מילברג נשבה הנסיך יוהאן פרידריך. הוא נשפט למוות, אך כותבי העתים מספרים שהוא התנהג כאציל אמיתי, ללא חת, והצליח להרשים אפילו את אויבו הגדול, קרל. קרל איים שיהרוג גם את אשתו ובנו, ויוהאן החליט לוותר על מעמד הנסיך הבוחר לטובת אחיינו שעמד לצד הקיסר, מוריץ, דוכס סקסוניה. מיד לאחר מכן שוחרר (1552), אך זמן קצר לאחר מכן חלה ומת.