בין המקרים שנחקרו על ידי משלחת מורגנטאו היו הפוגרום בלבוב (1918), שהתרחש לאחר שהצבא הפולני כבש את לבוב, ובו נהרגו 72 יהודים על ידי המון פולני שכלל חיילים פולנים, וכן הטבח בפינסק. בפינסק, קצין פולני האשים קבוצת אזרחים יהודים שהתאספו באספה עירונית כדי לדון בחלוקת העזרה האמריקנית, בהיותם בולשביקים הקושרים קשר נגד הפולנים. 35 מהגברים נלקחו כבני ערובה, נשדדו ונורו. הנשים הופרדו מהגברים, הופשטו והוכו. משלחת מורגנטאו הוציאה גינוי חריף של המפקד האחראי.