Am 29. August 1862 wurde Bacon in der Schlacht von Bull Run schwer verwundet. Nachdem er das Lazarett wieder verlassen konnte, wurde er mit Wirkung vom 19. Dezember 1862 aus dem Dienst entlassen. In den folgenden zwei Jahren der Rekonvaleszenz heiratete Bacon Elizabeth Lord und ging mit ihr zusammen 1864 nach Paris. Dort wurde er an der École des Beaux-Arts u. a. Schüler von Alexandre Cabanel.