Dopo la guerra, Fitzpatrick venne promosso a maggiore e divenne un istruttore presso la Staff College, Camberley. È stato promosso a tenente colonnello il 1º luglio 1951, e poi assunse il comando del 1st The Royal Dragoons. Egli venne promosso a tenente colonnello il 8 ottobre 1952 e a colonnello il 31 dicembre 1953. Nel 1957, divenne il capo di stato maggiore del I Corpo con il grado di brigadiere. Il 20 febbraio 1959 è stato nominato un aiutante di campo della regina, e più tardi nel corso dell'anno, Lord Mountbatten lo candidò per servire come primo assistente di Capo di Stato Maggiore della Difesa. L'11 dicembre 1959 venne promosso al grado di maggiore generale. Come risultato del suo successo, è diventato direttore delle operazioni militari presso il ministero della Difesa nel 1962. In quel ruolo, ha contribuito a preparare la stima dell'intelligence britannica per la crisi missilistica cubana e ha giocato un ruolo importante in diversi dibattiti politici della difesa, comprese quelle sul Polaris Missile.