1988 var Wouters med om att föra Nederländerna till EM-guld efter finalseger över Sovjetunionen. Han var även med i VM 1990 och VM 1994 samt EM 1992. Sin sista landskamp spelade Wouters i VM-kvartsfinalen mot Brasilien 1994, där holländarna förlorade med 3–2. Totalt spelade han 70 landskamper och gjorde fyra mål.