En la época veneciana, del siglo XIII hasta el siglo XVII, Ierápetra - ahora conocida por su nombre actual - volvió a ser próspera otra vez. La fortaleza, construida en los años del dominio veneciano y consolidada por Francesco Morosini en 1626 para proteger el puerto, es un remanente de este período, aunque un mito local diga que fue construida por el pirata Genovese Pescatore en el año 1212. En julio de 1798, Napoleón Bonaparte permaneció con una familia local en Ierápetra, después de la Batalla de las Pirámides de Egipto. La casa en donde permaneció puede todavía ser vista. En el período otomano fue construida una mezquita en la ciudad al lado de una escuela turca. Se convirtió en el museo local de antigüedades, cuya pieza central expuesta es una estatua bien preservada de Perséfone.