Yoshimune succedette ufficialmente a suo padre Sōrin nel 1576 e autorizzò la campagna per scacciare il clan Shimazu dalla provincia di Hyūga. Dopo che l'esercito Ōtomo fu sconfitto nella battaglia di Mimigawa (1578), Yoshimune fu dovette mantenere l'ordine internamente al proprio clan data la presenza sempre più numerosa di vassalli ribelli. Approfittando della morte di Ryūzōji Takanobu per mano degli Shimazu, Yoshimune inviò un esercito nel territorio del clan Ryūzōji, anche se non ottenne i successi sperati. Quando gli Shimazu invasero la provincia di Bungo e Toyotomi Hideyoshi inviò un corpo di spedizione a Funai (guidato da Chōsokabe Motochika e Sengoku Hidehisa), Yoshimune, contro il consiglio dei Chōsokabe, insistette a scendere in campo per assediare il castello di Toshimitsu. Il risultato di questo avventato assedio fu la battaglia di Hetsugigawa del 1587, dove Yoshimune ed i suoi alleati furono sconfitti. Yoshimune fuggì di nuovo a Funai, che presto dovette abbandonare agli Shimazu. Dopo che l'armata principale di Hideyoshi invase l'isola di Kyūshū e sconfisse gli Shimazu, Yoshimune fu confermato come daimyō di Bungo. Condusse 6.000 uomini in Corea facenti parte dell'armata sotto la guida di Kuroda Nagamasa, ma mostrò vigliaccheria nei combattimenti intorno a Pyongyang: apprendendo che una considerevole forza cinese si stava spostando nell'area, Yoshimune ignorò la richiesta di aiuto di Konishi Yukinaga e si ritirò persino dalla campagna, evento che causò l'ira di Hideyoshi, il quale tolse le terre agli Ōtomo.