Alesi zůstal u Prostu i v dalším roce a tentokrát se mu dařilo pravidelně dojíždět a dokonce třikrát bodovat. Po Grand Prix Německa ale z týmu odešel, přestože s Prostem dokončil všechny závody. Důvodem byl vyhazov Heinze-Haralda Frentzena z týmu Jordan po Grand Prix Velké Británie. Frentzen se zajímal o angažmá u Prostu a Alesi se rozhodl z Prostu odejít a uvolnit mu místo. Sám pak obsadil volné místo v Jordanu. S ním ještě dokázal naposledy bodovat a po konci sezóny ukončil kariéru ve Formuli 1. Bylo to symbolické, jelikož v Jordanu Alesi ve Formuli 3000 začínal a vyhrál s ním v roce 1989, nyní v něm kariéru ukončil.