Геннадий Мохненко неоднократно заявлял о своей аполитичности и нежелании участвовать в политике. В ходе предвыборной президентской кампании 2004 года Мохненко проповедовал с кафедры своей церкви, надев одновременно и оранжевый, и синий шарф (цвета основных соперников — В. Ющенко и В. Януковича). Однако после объявления результатов второго тура, Мохненко и ряд пасторов сделали заявление о фальсификации выборов; причиной подобного заявления стали обращения прихожан, свидетельствовавших о нарушениях.