Διεθνής για το Βέλγιο για οχτώ χρόνια, ο Ναϊνγκολάν έχει αγωνιστεί 30 φορές για τη χώρα του (σκοράροντας έξι γκολ) και την εκπροσώπησε στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου 2016.