Bereits im Februar 2016 debütierte Matko für die slowenische U-17-Nationalmannschaft, für die er in der Vorbereitung auf die Eliterunde der Qualifikation zur U-17-Europameisterschaft 2016 in zwei Länderspielen gegen Wales zum Einsatz kam. Daraufhin bestritt er unter U-17-Nationaltrainer Dušan Kosič alle drei Spiele der Eliterunde und belegte am Ende mit seiner Mannschaft den dritten Platz in der Gruppe 8, womit sich Slowenien nicht für die Mai 2016 in Aserbaidschan stattfindende EM-Endrunde qualifizieren konnte. Danach verging ein knappes Jahr bis Matko wieder in die slowenische U-17-Nationalauswahl geholt wurde. Daraufhin bestritt er zwischen Februar und März 2017 insgesamt sieben U-17-Länderspiele, darunter Ende März die drei Spiele der Eliterunde der Qualifikation zur U-17-EM 2017. Hierbei wurden die Slowenen abermals Dritter in ihrer Gruppe und schafften somit erneut nicht die Teilnahme an der diesmal im Mai 2017 in Kroatien stattfindenden Endrunde.