En 2003, Wilkinson est à nouveau sélectionné pour participer au Tournoi des Six Nations. Lors du match d'ouverture, l'Angleterre défait la France 25-17, avec vingt points inscrits au pied par Jonny Wilkinson. La sélection anglaise gagne ensuite contre le pays de Galles, l'Italie et l'Écosse. Lors du match contre les Italiens, Wilkinson obtient le capitanat pour la première fois, remplaçant ainsi Martin Johnson indisponible en raison de la naissance de son premier enfant. Dans le même temps, l'Irlande remporte elle aussi tous ses matchs, et, la rencontre entre les deux équipes à Lansdowne Road est donc décisive pour l'attribution du titre. L'Angleterre gagne 42-6 et Wilkinson est nommé homme du match. Il est particulièrement efficace au pied et bon en défense. Les Anglais remportent le Tournoi et le Grand Chelem, le premier pour le demi d'ouverture britannique.