그러나, 과학 혁명 이후 과학의 새로운 발견은 종종 기독교와 충돌을 일으켰다. 찰스 다윈의 《종의 기원》 발표 이후에 일어난 진화에 대한 논쟁을 가장 격렬하였던 충돌 사례로 들 수 있을 것이다. 기독교 내에서 진화에 대한 입장은 여전히 논쟁 거리이다. 일각에서는 유신진화론과 같이 기존의 창조론에 등장하는 창조 신화의 다양한 내용을 진화 이론의 입장에서 해석하고 신이 "진화의 목적"을 갖고 있다고 믿는다. 다른 한편에서는 창세기의 내용이 문자 그대로 사실이며 생물학에서 일반적으로 받아들여지고 있는 진화는 거짓이라고 주장하기도 한다. 이런 주장 가운데 극단적인 경우는 지적설계론과 같은 의사과학을 학교 생물학 교육과정에 포함시켜야 한다고 주장하기도 한다.