Después del fracaso del Putsch contra Hitler, Nikolaus von Üxküll fue detenido el 23 de julio de 1944 por la Gestapo junto con Nina, su madre, la baronesa Anna von Freiin Stackelberg y Berthold Schenk Graf von Stauffenberg en el castillo de los Stauffenberg en Lautlingen, y llevados a una prisión en Rottweil. Durante los interrogatorios, el conde Nikolaus von Üxküll dio como razón de su participación las atrocidades que ocurrían en los campos de concentración.