1461’de Trabzon İmparatorluğu'nun başkenti Trabzon’u ele geçirdi ve bu devletin varlığına son verdi. 1462’de yeniden Rumeli seferine çıktı. Eflâk’ı Osmanlı Devleti'ne bağladı ve 1463'te Bosna'yı tamamen ele geçirdi. Aynı yıl Ege Denizi’ndeki Midilli Adası'nı alınca Venedikliler’le arası açıldı. Bu olay, 1479’a kadar sürecek olan savaşın da başlangıcı oldu. Fatih'in Ege'de fethettiği adalar; Taşoz, Eğriboz, Limni, Semadirek, Gökçeada, Midilli ve Tenedos’dur. 1465’te Hersek’in büyük bölümünü, 1466'da da Arnavutluk’taki bazı kaleleri fethetti.