Nel 1849 dopo la sconfitta di Carlo Alberto di Savoia a Novara, segnando la fine della Prima guerra di indipendenza italiana gli austriaci ritornano nuovamente in Cittadella. Dopo soli tre mesi saranno già fuori. Nonostante la brevità per gli italiani il significato simbolico e politico di questa occupazione è molto grande e li convince ad unire le sorti d'Italia con quelle di casa Savoia. Tra il 1854 ed il 1855, in previsione della Seconda guerra di indipendenza italiana (1859), furono erette sui resti delle opere napoleoniche una nuova cinta urbana e un campo trincerato composto da tre forti staccati: Forte Ferrovia, Forte Bormida ed Forte Acqui. Nella primavera del 1855 si radunano in Cittadella i 15.000 uomini del corpo di spedizione sardo-piemontese in Crimea: la partecipazione alla guerra consentirà a Cavour di denunciare al Congresso di Parigi la gravità della situazione italiana sotto il predominio politico, militare ed economico dell'Impero asburgico.