Der endgültige Sturz der probritischen Haschimiten-Monarchie gelang durch die Julirevolution von 1958. In Premierminister Abd al-Karim Qasims erstem republikanischen Kabinett wurde Baba Ali Minister für Kommunikation und für öffentliche Arbeiten; von Februar bis Juli 1959 war er dann nur noch Minister für öffentliche Arbeiten. Baba Ali handelte in Qasims Auftrag erfolgreich die Rückkehr Mustafa Barzanis aus. Nach dem Massaker von Kirkuk im Juli 1959 ging Qassim jedoch zunehmend auf Distanz sowohl zu den Kurden, die immer weitreicherende Autonomieforderungen stellten, als auch zu den Kommunisten, die sein Regime bisher gegen die Panarabisten (Nasseristen, Baathisten) unterstützt hatten. Nach dem Bruch zwischen Qasim und Barzani kam es 1961 zu einem erneuten Kurden-Aufstand bzw. irakisch-kurdischen Kämpfen.