Сагайдачний виступав палким поборником та захисником православ'я, яке після Берестейської унії було оголошене поза законом. Значна частка цивільного українського населення та православного духівництва виступили проти унії, що призвело до соціальної, політичної та ідеологічної конфронтації, яка досягла особливої гостроти в перші десятиріччя XVII ст. Ще під час навчання в академії Петро Сагайдачний зайняв позицію неприйняття унії. Він переконав козаків підтримати православну церкву та разом з усім Військом Запорозьким вступив до Київського братства. Ця публічна акція продемонструвала солідарність запорожців із православним духівництвом і була виявом підтримки та захисту, що оберігав його від тиску влади Речі Посполитої. Саме завдяки активній підтримці та гарантіям Сагайдачного Єрусалимський патріарх Феофан III відновив скасовану унією православну ієрархію. Підтримка запорожцями православного духовенства сприяла розвитку української культури, а також стала важливим чинником подальшої національно-визвольної революції під проводом Богдана Хмельницького.