Jihlava no dejaría de ser escenario de distintos conflictos a lo largo de los siglos: Durante la guerra de los Treinta Años, fue ocupada por los luteranos suecos, quienes la transformaron en una fortaleza barroca de bastiones avanzados. Posteriormente fue invadida por los prusianos en la Guerra de Sucesión Austriaca y por franceses y bávaros, conjuntamente, en el marco de las contiendas napoleónicas. Aun así, su desarrollo continuó y, en 1864, Jihlava fue proclamada ciudad estatutaria.