Une nouvelle épidémie de typhus, cette fois en Roumanie, le détermina à repartir comme membre de la Mission médicale française, rattaché à la Mission militaire en Roumanie, dirigée par le général Henri Berthelot. Accompagné cette fois par son épouse, Clunet contourna le blocus en passant par la Norvège et la Russie et arriva à Bucarest où il prit la direction de l'hôpital de maladies infectieuses. Il organisa l'activité de l'hôpital et mena une campagne d'éducation sanitaire de la population.