Nach elf Wiederwahlen konnte er bis zum 3. Januar 1957 zwölf Legislaturperioden im Kongress absolvieren. Seit 1953 vertrat er dort den ebenfalls neugeschaffenen 18. Distrikt. Zwischen 1947 und 1949 sowie nochmals von 1953 bis 1955 war Dondero Vorsitzender des "Committee on Public Works". Zu Beginn seiner Zeit im Kongress wurden dort bis 1941 die meisten der New-Deal-Gesetze der Bundesregierung verabschiedet, denen Donderos Partei eher ablehnend gegenüberstand. Seit 1941 war auch die Arbeit des Kongresses von den Ereignissen des Zweiten Weltkrieges und dessen Folgen geprägt. Nach dem Krieg erlebte Dondero als Kongressabgeordneter den Beginn des Kalten Krieges und den Koreakrieg. Damals begann auch die Bürgerrechtsbewegung. 1951/52 gehörte er der Madden-Kommission an, dem Ausschuss zur Untersuchung des Massakers von Katyn.