Während der Befreiungskriege leitete Huene im März 1813 einen Brückenbau bei Meißen und anschließend Schanzarbeiten in Berlin. Er befand sich bei den Schlachten in Dresden und Kulm und Nollendorf. Bei Leipzig wurde er verwundet, mit dem Eisernen Kreuz II. Klasse ausgezeichnet und Ende 30. Oktober 1813 zum Premierleutnant befördert. Während des Vormarschs der Koalitionstruppen nach Frankreich kam er am 19. Januar 1814 erstmals nach Ehrenbreitstein. Er befand sich bei Montmirail und im Gefecht bei Vitry, wo er den Orden der Heiligen Anna III. Klasse erhielt. Er war danach bis Ende 1814 am Ausbau der Festung Mainz beteiligt.