Il confine emerse per la prima volta durante la Spartizione dell'Africa, un periodo di intensa competizione tra le potenze europee nel tardo XIX secolo per il controllo dei territori in Africa. Il processo culminò nella Conferenza di Berlino del 1884, in cui le nazioni europee interessate concordarono le loro rispettive rivendicazioni territoriali e le regole degli impegni futuri. Come risultato di ciò, la Francia ottenne le terre esplorate da Pierre Savorgnan de Brazzà per la Francia in Africa centrale, più o meno equivalenti al moderno Gabon e Congo-Brazzaville, che in seguito nel 1910 insieme all'attuale Repubblica Centrafricana e al Ciad, anch'esse sotto il dominio francese, si unirono nella colonia federale dell'Africa Equatoriale Francese (Afrique équatoriale française, AEF). I confini interni tra Gabon e Congo-Brazzaville furono delimitati dagli amministratori coloniali francesi. La linea di separazione interna per lo più segue i fiumi e bacini idrografici ma non fu mai descritta e delineata dettagliatamente. Il confine, essendo interno alla federazione, cambiò più volte durante l'epoca coloniale. L'ultima modifica avvenne nel 1947 con l'annessione della provincia di Haut-Ogooué a favore del Gabon.