Em 18 de abril de 1689, logo após chegar a notícia a Boston da derrubada de James II de Inglaterra, os colonos de Boston insurgiram-se contra seu governo. A bem organizada "multidão" invadiu a cidade, prendendo funcionários do domínio e anglicanos. Andros tinha seus aposentos no Forte Mary, uma guarnição no lado sul da cidade, onde um número de funcionários se refugiaram. A antiga liderança colonial de Massachusetts, restaurada pela rebelião e chefiada pelo ex-governador Simon Bradstreet, pediu para que Andros se rendesse, para sua própria segurança por causa da multidão que eles chamaram de "totalmente fora de controle". Andros se recusou e tentou fugir para o navio "Rose", a única embarcação presente da Marinha Real, no momento da revolta, perto de Boston. Porém, o barco enviado do "Rose" para apanhá-lo, foi interceptado pela milícia, e Andros foi forçado a voltar ao Forte Mary. As negociações se seguiram, e Andros concordou em deixar o forte para se reunir com o conselho rebelde. Foi-lhe prometido salvo-conduto, e Andros foi levado sob escolta para a casa onde o conselho estava reunido. Lá, Andros foi informado de que "eles queriam e teriam o Governo, em suas próprias mãos", e que ele estava preso. Andros foi levado para a casa do tesoureiro do domínio John Usher, e mantido sob estreita vigilância.