Za rządów bpa O’Regana wybudowana została rezydencja biskupia (zniszczona w czasie pożaru z 1871 r.), sprowadzono jezuitów i redemptorystów, a także kupiono nieruchomości, na których wybudowano kilka nowych kościołów i zorganizowano cmentarz. Mimo to duchowieństwo nie było zadowolone ze swego pasterza. Był m.in. oskarżany o dyskryminację katolików francuskojęzycznych. Napięta sytuacja doprowadziła do jego rezygnacji, która przyjęta została ostatecznie 6 lipca 1858 roku. Otrzymał wówczas stolicę tytularną "Dora". Następcą został mianowany rok wcześniej koadiutor bp James Duggan. Bp O’Regan wyjechał do Londynu, gdzie zaprzyjaźnił się z duchownymi angielskimi Nicholasem Wisemanem i Henrym Manningiem. Zmarł na chorobę wątroby. Msza pogrzebowa celebrowana była w archikatedrze w Tuam, a pochowany został w Cloonfad.