D'acord amb la normativa de la Unió Europea, el territori d'aquest país pertany a la regió biogeogràfica boreal. La zona de l'istme de Curlàndia (Reserva natural del golf de " Kursiu" i el Parc Nacional "Kursiu Nerija") ha estat catalogat com a Patrimoni de la Humanitat per la UNESCO. 50.451 hectàrees estan protegides com a aiguamolls és d'importància internacional a l'empara del Conveni de Ramsar, en total, 5 llocs Ramsar: Cepkeliai, Kamanos, Delta del Nemunas, Viesvilé i Zuvintas. Té cinc parcs nacionals: Dzūkijos, Kuršių serijos, Aukštaitijos, Traku istorinis i Zemaitijos.