La vita dei cristiani, soprattutto quella dei greci e degli armeni, peggiorò in maniera molto significativa con l'andata al potere nell'impero ottomano del "Comitato di unione e progresso", il partito dei "Giovani Turchi", di indirizzo nazionalista, che ordinò le prime stragi di Armeni in Anatolia. Il conflitto raggiunse il culmine tra il 1912 e il 1922, durante le guerre balcaniche, la prima guerra mondiale e la Guerra Greco-Turca. Il 24 aprile del 1915 più di 800 intellettuali armeni vennero uccisi a Istanbul. La comunità greca della città, fondamentale per l'economia turca di allora, fu esentata dallo scambio di popolazioni tra Grecia e Turchia del 1923. Dopo un periodo di distensione seguito al miglioramento dei rapporti fra Grecia e Turchia, durante la seconda guerra mondiale furono approvate una serie di restrizioni e di tasse speciali: dal 1955, le ricorrenti crisi di Cipro guidarono la politica turca verso i greci di Istanbul, visti ormai come stranieri: il Pogrom d'Istanbul nel 1955, causato dal problema cipriota, causò la morte di 15 greci e l'incriminazione per altri 32; questo fece aumentare notevolmente l'emigrazione da Istanbul per la Grecia. Nel 1964, a causa di un'altra recrudescenza della crisi cipriota, tutti i greci privi di cittadinanza turca (circa 12.000) furono espulsi. Oggi i turchi di etnia armena che vivono a Istanbul sono circa 45.000. Inoltre, vivono in città 40.000 lavoratori armeni arrivati dall'Armenia dopo il 1991. La comunità greca, che contava 150.000 persone nel 1924, è ridotta a circa 3.000 persone, per lo più di età avanzata, ed è ormai sull'orlo dell'estinzione.