На робији је био злостављан и мучен. После капитулације Југославије управа логора га пушта, мислећи да ће, због малаксалости и изнурености, ускоро умрети. Међутим, на слободи Владо добива нову енергију и наставља политички рад. Организује и формира нове партијске организације, ангажује другове на прикупљању оружја и муниције и врши припреме за оружани устанак. С првом групом бораца у лето 1941. године одлази на Динару. Борио се у Цинцарском партизанском одреду батаљону „Војин Зиројевић“, у којем је, јуна 1942. године, постављен за комесара. У току четврте непријатељске офанзиве, фебруара 1943. године, када је Девета далматинска дивизија напустила Далмацију и кренула према Херцеговини и Црној Гори, Багат је постављен за комесара новоформираног штаба Групе партизанских одреда Далмације. С осталим руководиоцима штаба одиграо је значајну улогу у поновном формирању партизанских јединица, јер је, после одласка 9. дивизије, у Далмацији остало свега око 700 бораца. Њихов број је непрекидно растао, а својим активним деловањима партизанске јединице су наносиле непријатељу велике губитке на копну и мору.