Pierwotną świątynię romańską wzniesiono na tym miejscu – przy ówczesnym szlaku prowadzącym z Krakowa w kierunku Rusi – w XI lub pierwszej połowie XII wieku. Kościół był początkowo przydzielony benedyktynom tynieckim (świadczy o tym bulla papieża Grzegorza IX z 1229), w XIV w. pełnił też już funkcje parafialne (stanowił główną świątynię osady Wesoła). Benedyktyni w 1467 roku przekazali go Akademii Krakowskiej.