В сентябре 1926 года Баксов был призван в ряды РККА и направлен в Объединённую военную школу имени В. И. Ленина, дислоцированную в Ташкенте, после окончания которой с сентября 1929 года исполнял должности помощника начальника и начальника заставы пограничной комендатуры в городе Ош. Участвовал в боях против басмачей.