Bormann regressou ao "Führerbunker" com Hitler, em Berlim, em 16 de janeiro de 1945, pois o Exército Vermelho aproximava-se da cidade. Depois do suicídio de Hitler, Bormann e outros tentaram fugir de Berlim no dia 2 de maio para evitarem ser apanhados pelos soviéticos. Bormann ter-se-ia suicidado numa ponte perto de da estação de Lehrter. O corpo foi enterrado ali perto em 8 de maio de 1945, mas não foi encontrado até 1972. Bormann foi julgado "in absentia" pelo Tribunal Militar Internacional nos Julgamentos de Nuremberga de 1945 e 1946. Foi condenado à morte por enforcamento por crimes de guerra e crimes contra a humanidade.