ฆอเมเนอีเป็นบุคคลสำคัญผู้ใกล้ชิดของอายะตุลลอหฺรูฮุลลอฮ์ โคมัยนี ผู้นำในการปฏิวัติอิสลาม ฆอเมเนอีเป็นผู้นำแถวหน้าของอิหร่านในช่วงสงครามอิรัก–อิหร่านในคริสต์ทศวรรษที่ 1980 เขาสร้างสัมพันธ์แนบแน่นกับกองพิทักษ์ปฏิวัติอิสลาม ซึ่งเป็นเหล่าทัพที่ทรงอำนาจในปัจจุบัน และเขามีอำนาจเลือกและปลดผู้บัญชาการกองพิทักษ์ปฏิวัติฯได้โดยตรง องค์กรนี้คอยเป็นหูเป็นตาและปราบปรามผู้ต่อต้านอำนาจรัฐ ฆอเมเนอีได้รับเลือกตั้งเป็นประธานาธิบดีคนที่สามในปีค.ศ. 1981 และกลายเป็นมือขวาของผู้นำสูงสุดอายะตุลลอหฺโคมัยนี ต่อมาเมื่อผู้นำสูงสุดโคมัยนีถึงแก่อสัญกรรม สมัชชาบัณฑิตได้ลงมติเลือกฆอเมเนอีเป็นผู้นำสูงสุดคนใหม่ในวันที่ 4 มิถุนายน ค.ศ. 1989 ขณะที่เขามีอายุ 49 ปี