אחרי שירותו הצבאי, בשנים 1910-1908 קירשנר השתלם בקליניקה הכירורגית האוניברסיטאית בגרייפסוואלד תחת הדרכתו של הכירורג ארווין פאיר (1947-1871), אחר כך, בשנת 1910 עבר יחד עם מורו לקניגסברג (אז בגרמניה, בימינו קלינינגרד ברוסיה) על מנת לעבוד אצלו ואצל פאול לאופולד פרידריך (1916-1824). תחת הדרכתו של האחרון סיים עבודה חלוצית על השתלות גידים וחיתוליות. אחרי שעבד תקופה בלייפציג (1913) ופעל בתחום הכירורגיה הצבאית במשלחת הצלב האדום בסופיה ובאדירנה בימי מלחמות הבלקן (1913-1912), קירשנר גויס בשנים 1915-1914 ככירורג צבאי בחזית המערבית במלחמת העולם הראשונה. בשנת 1915 עקב מחלתו של פרידריך, התמנה קירשנר ליורשו בראש הקליניקה הכירורגית וכפרופסור לכירורגיה. בשנת 1916 התמנה כפרופסור מן המניין. עד שנת 1921 הוא ארגן מחדש את הקליניקה מן היסוד. לאחר מותו הפתאומי של פרופ' פרטס בשנת 1927, הוזמן קירשנר להחליפו בראש הקתדרה לכירורגיה של אוניברסיטת טיבינגן. גם שם בנה וארגן את הקליניקה מחדש לפי תוכניותיו.