Первой угрозой римской гегемонии в Средиземноморье стали в V веке вандалы, но она была ликвидирована в результате войн Юстиниана I в VI веке. Восстановление постоянно действующего флота и появление нового типа кораблей — дромонов — в этот же период отмечают точку, когда византийский флот начал отходить от римского образца и приобрёл особые черты. Этот процесс ускорился с началом мусульманского завоевания в VII веке. После потери Леванта и Африки Средиземное море превратилось из «Римского озера» в арену борьбы между византийцами и арабами. В этой борьбе византийский флот играл важнейшую роль не только в защите обширных владений империи вокруг Средиземноморского бассейна, но и в отражении морских нападений на столицу империи — Константинополь. С помощью незадолго до того изобретённого «греческого огня» — наиболее известного и опасного секретного оружия византийского флота — ему удалось отбить несколько осад Константинополя и одержать победы в многочисленных морских сражениях.