Seguiram-se uma série de importantes acontecimentos e conflitos entre as duas religiões, como o Massacre da noite de São Bartolomeu, ocorrido como parte das Guerras Francesas, organizada pela casa real francesa contra os calvinistas franceses (huguenotes), em 24 de agosto de 1572 e duraram vários meses, inicialmente em Paris e depois em outras cidades francesas. Números precisos para as vítimas nunca foram compilados, e até mesmo nos escritos dos historiadores modernos há uma escala considerável de diferença, que têm variado de 2 mil vítimas, até a afirmação de 70 mil, pelo contemporâneo e apologista huguenote duque de Sully, que escapou por pouco da morte.