Під час збройної радянсько-японської сутички на річці Халхин-Гол комбриг М. А. Богданов обіймав посаду начальника штабу 1-ї армійської групи РСЧА. Після закінчення бойових дій переведений на посаду заступника командуючого 1-ю армійською групою й призначений головою радянсько-монгольської делегації у складі Змішаної комісії з урегулювання спірних питань по державному кордону між Монголією та Манчжурією у районі конфлікту.