ב-17 במאי כבש מסי את שער הניצחון במשחק הליגה נגד אתלטיקו מדריד. ניצחון זה העניק לברצלונה את תואר אליפות ספרד בעונה זו. מאזנו האישי של מסי במשחקי הליגה עמד על 43 שערים ו-18 בישולים, בכך היה מלך הבישולים וסגן מלך השערים של הליגה בעונה זו. ב-30 במאי, בגמר גביע המלך מול אתלטיק בילבאו, ניצחה ברצלונה 3–1 וזכתה בתואר. בגמר כבש מסי צמד שערים, כשהראשון מביניהם נכבש לאחר מבצע אישי עם יכולת טכנית גבוהה, אותו החל במחצית המגרש, ובמהלכו היתל בארבעה שחקנים של בילבאו. ב-6 ביוני, בגמר ליגת האלופות, ניצחה ברצלונה את יובנטוס האיטלקית בתוצאה 3–1, עם מסי בהרכב הקבוצה, וזכתה בתואר אלופת אירופה. בזכות זכייה זו השלימה טרבל שני בהיסטוריה שלה; ברצלונה היא הקבוצה הראשונה באירופה שהגיעה להישג שכזה. במסגרת משחקי ליגת האלופות בעונה זו כבש מסי 10 פעמים ובישל 5 פעמים נוספות, כשאף שחקן אחר לא כובש או מבשל יותר ממנו.