הוריה צפו עבור ילדיהם חיים נורמליים ורגילים של אצולה כפרית. סופיה העידה מאוחר יותר שהם חינכו אותם לדעת שהם אינם מיוחדים. הם השקיעו בהם זמן רב, ופרנץ פרדיננד שמח במיוחד על כך שסופיה תוכל להינשא בעתיד לגבר שהיא תאהב ולא בנישואים פוליטיים לבן אצולה. ב-28 ביוני 1914 נרצחו הוריה ביריות בידי קבוצת לאומנים בוסנים וסרבים, רצח אשר הוביל למלחמת העולם הראשונה. אחד הקושרים, נדלקו צ'ברינוביץ', שלח מכלאו מכתב אל סופיה ואחיה ובו ביקש את סליחתם על שגזל מהם את הוריהם. אחיה של סופיה הדוכס מקסימיליאן, כתב מכתב תשובה בו הודיע לצ'ברינוביץ' שהוא סולח לו. סופיה חתמה על המכתב, אולם האח השלישי, הנסיך ארנסט סירב לחתום.