1779 erholdt han kommando over en eskadre på 10 linjeskibe og 6 fregatter på Københavns Red og 2 år senere over en lignende, med hvilken han krydsede i Nordsøen for at forebygge fjendtligheder. 1782 var han på ny eskadrechef, denne gang for en mindre styrke, som foretog kortere rejser til neutralitetens beskyttelse. Under de spændte forhold, hvori Danmark 1784 var kommet til Sverige, fik Fontenay atter kommandoen over en eskadre, som dog ikke kom til at spille nogen synderlig aktiv rolle. Samme år blev Admiralitets- og Kommissariatskollegierne forenede under ét; i dette nye kollegium indtrådte Fontenay 1788, først som 3. militærdeputeret, men fritoges efter ansøgning samme år for hvervet, indtil han længere hen på året atter indtrådte som 1. deputeret; i denne stilling forblev han til 7. december 1796. Dette kollegiums bygning nedbrændte ved den store ildebrand på Gammelholm 5. juni 1795, ved hvilken lejlighed en stor del af hovedstaden lagdes i aske. Fontenay var en tid lang ejer af Gammel Vartov på Strandvejen, hvilken ejendom han senere solgte til staten, som der oprettede et krudttørringsmagasin.