Όσοι από τους άνδρες της SS υπηρέτησαν στο σύμπλεγμα του Μαουτχάουζεν και έγινε δυνατό να βρεθούν μετά τον Πόλεμο, δικάσθηκαν σε δίκη συνακόλουθη της Δίκης της Νυρεμβέργης, που έγινε στο Νταχάου και επονομάστηκε "Δίκη του Νταχάου". Εξήντα ένα άτομα δικάσθηκαν εκεί. Όλοι βρέθηκαν ένοχοι για εγκλήματα πολέμου και εγκλήματα κατά της Ανθρωπότητας. Πενήντα οκτώ καταδικάστηκαν σε θάνατο με απαγχονισμό (σε εννέα από αυτούς αργότερα μειώθηκε η ποινή σε ισόβια κάθειρξη) και τρεις σε ισόβια. Ανάμεσα σε αυτούς ήταν ο Άουγκουστ Αϊγκρούμπερ, γκαουλάιτερ της Άνω Αυστρίας. Ο διοικητής του Μαουτχάουζεν Φραντς Τσίραϊς δεν δικάσθηκε, καθώς σκοτώθηκε στις 24 Μαΐου 1945 από πυροβόλο όπλο στη θέση του Γκούζεν Ι.