Montseny ocupou o Ministério de Saúde e Assistência Social entre o 4 de maio de 1936 e o 17 de maio de 1937, sendo assim a primeira mulher nomeada ministra na Espanha. A sua tarefa no governo viu-se limitada pela corta duração do seu mandato. Contudo, nesses poucos meses planejou locais de acolheita para a infância, salas de jantar para grávidas, uma lista de profissões exercidas por pessoas com deficiências e o primeiro projeto de lei de aborto na Espanha. Quase nenhum dos seus projetos veio à luz. O seu projeto de lei de aborto recebeu a oposição de outros ministros do governo, e que se deixou a um lado quando Federica saiu do governo por causa das Jornadas de Maio de 1937. O direto ao aborto não seria reconhecido na Espanha até cinquenta anos depois.