Στα μέσα του 8ου αιώνα, ένα παρεκκλήσι ήταν χτισμένο στη θέση του ναού, έξω από τα τείχη της πόλης. Καταστράφηκε από τους Βίκινγκς στα τέλη του 9ου αιώνα, αποκαταστάθηκε τον επόμενο αιώνα από τον δούκα της Ακουιτανίας και παραχωρήθηκε στο γειτονικό Αβαείο του Ιερού Σταυρού. Στα μέσα του 12ου αιώνα, η περιοχή γνώρισε μεγάλη αστική ανάπτυξη και καθιερώθηκε ως ενορία. Εκείνη την εποχή κατασκευάστηκε ένας νέος, αναμφίβολα μονόκλιτος, ρομανικός ναός. Στις αρχές του 14ου αιώνα, που επεκτάθηκαν τα τείχη της πόλης και περιέλαβαν τη νέα ενορία, ο ναός διευρύνθηκε. Σύντομα αναπτύχθηκε η συνοικία Σαιν-Μισέλ, που κατοικούνταν κυρίως από εύπορους ναυτικούς, ευγενείς, εμπόρους και τεχνίτες.