До начала вторжения Японии в Гонконг сохранялось движение поездов по британскому участку железной дороги. 8 декабря 1941 одновременно с атакой на Перл-Харбор началась операция по захвату Гонконга. Под натиском успешного наступления японцев отступавшие британские войска были вынуждены взорвать несколько железнодорожных мостов и тоннели у станции Тайпо и Бикон-Хилл. К 13 декабря 1941 года Новые Территории и Коулун (Цзюлун) вместе с разрушенной Коулун-Кантонской железной дорогой полностью были захвачены японскими войсками, а 25 декабря колония капитулировала. Пока она была под властью Японской империи, железную дорогу запустили и практически не эксплуатировали, а подвижной состав был отправлен в оккупированный материковый Китай.