Tras las elecciones legislativas de marzo de 1990, en las que el independentismo obtuvo una clara mayoría, Rüütel fue nombrado presidente del Sóviet Supremo de la República de Estonia, mientras que Edgar Savisaar asumió como primer ministro. Durante su mandato, el político trató de negociar la secesión con las autoridades de la URSS y mantuvo un papel más prudente que el de Letonia y Lituania para evitar cualquier represalia. Después del intento de golpe de Estado en la URSS, Estonia proclamó la reinstauración de su independencia el 20 de agosto de 1991, reconocida por los soviéticos un mes más tarde.