En el año 1841, el Congreso le solicitó que fuera obispo de Mérida. Fue aprobado el 27 de enero de 1842 por el papa Gregorio XVI y consagrado en Caracas el 8 de mayo del mismo año por el arzobispo Ignacio Fernández Peña. Al llegar a Mérida tomó acción para reformar el seminario y ordenar nuevos sacerdotes. Esto le trajo confrontación en el pueblo. Reedificó la catedral de Mérida, la cual había sido destruida por el terremoto de 1812 y pudo consagrarla en 1867.