Ο Πομπήιος ύστερα από διαπραγματεύσεις με τις δυο πλευρές πήρε το μέρος του Αντιπάτρου και του Υρκανού. Κατόπιν αποφάσισε να ξεκαθαρίσει την κατάσταση κινούμενος προς την Ιερουσαλήμ. Ο Αριστόβουλος συνελήφθη και οι οπαδοί του αποκλείστηκαν και πολιορκήθηκαν από τον Πομπήιο στο Ναό. Ύστερα από τρεις μήνες ο Πομπήιος κατέλαβε τον Ναό και κατέστειλε κάθε αντίσταση. Το βασίλειο των Ασμοναίων καταλύθηκε (63 π.Χ.). Ο Αριστόβουλος , οι δυο γιοι του Αλέξανδρος και Αντίγονος Ματταθίας και η υπόλοιπη οικογένεια του αιχμαλωτίστηκαν και οδηγήθηκαν στην Ρώμη. Ο Υρκανός παρέμεινε στην Ιερουσαλήμ έχοντας το αξίωμα του αρχιερέα.