В 1648—1654 годах Юрий Немирич в качестве генерального полковника Киевского воеводства воевал в польском войске против восставших украинских казаков под руководством запорожского гетмана Богдана Хмельницкого. Будучи сторонником трансильванского князя Юрия Ракоци, он в 1655 году перешел на сторону его союзника, короля Швеции Карла X Густава, оккупировавшего большую часть Польши.