Esta aeronave foi projetada pelos engenheiros Pavel Beneš e Miroslav Hajn, da companhia de aviação checa ČKD-Praga em 1931. Voou pela primeira vez em junho deste mesmo ano. O biplano, configuração padrão para a época, foi um sucesso imediato e pedidos foram feitos pela Força Aérea Checoslovaca que os utilizou como avião de treinamento elementar em suas escolas de voo durante a década de 1930. A produção antes da Segunda Guerra Mundial desta aeronave foi de 139 unidades. Após a ocupação alemã na Checoslováquia em 1939, a área oriental do país foi dividido politicamente em um estado separado da Eslováquia. Sob o governo alemão, tornou-se um aliado alemão e sua pequena Força Aérea foi tomada pela Luftwaffe. Dez dos Praga E-39 foram fornecidos à Força Aérea Eslovaca que os utilizou inicialmente como aviões de treinamento, mas durante a invasão alemã à União Soviética, transferiu vários deles para a Frente Soviética, onde foram empregados pelos eslovacos como plataformas de reconhecimento em suporte às forças terrestres alemãs. Outros E-39 foram utilizados pela Luftwaffe em suas escolas de voo como treinadores elementares e ainda outros fornecidos para a Força Aérea da Hungria para desempenhar a mesma função.