Dorosłe hipopotamy nie są w stanie unosić się na wodzie; te widoczne na powierzchni, zdające się pływać, stoją na płyciznach. W głębokiej wodzie poruszają się z pomocą skoków, odpychając się od dna. W wodzie poruszają się z prędkością do 8 km/h. Młode mają zdolność utrzymywania się na powierzchni wody i często pływają wykonując nagłe ruchy tylnymi kończynami. Wychodzą na powierzchnię w celu zaczerpnięcia powietrza średnio co 4-6 minut. Młode mogą wstrzymać oddech jedynie na 2-3 minuty. Mają zdolność do zamykania nozdrzy podczas zanurzenia. Proces wynurzania i oddychania jest wykonywany automatycznie i nawet śpiąc pod wodą hipopotam potrafi zrobić to bez budzenia się. Znany jest przykład młodego hipopotama, który przeżył po wypchnięciu do morza przez tsunami w czasie Trzęsienia Ziemi w 2004 i został uratowany na pobliskim piaszczystym wybrzeżu.