Com a retirada de Nassau, convocado à matriz da empresa, a Companhia passou a cobrar altos impostos que provocaram reação entre portugueses e pernambucanos; com isso o fornecimento de alimentos às tropas holandesas escasseava e estes passaram a realizar ataques aos povoados em busca de comida; assim, em 1645 começou a ganhar forma a Insurreição Pernambucana, que viria a terminar em 1654 com a Batalha dos Guararapes.