Comandourile au fost trecute sub controlul operațional al Cartierelor Generale ale Operațiunilor Combinate. Primul comandant a fost amiralul Roger Keyes, un veteran al Bătăliei de la Gallipoli și al Raidului de la Zeebrugge din Primul Război Mondial. Keyes a demisionat în octombrie 1941 și a fost înlocuit de amiralul Louis Mountbatten. Ultimul comandant a fost generalul maior Robert Laycock, care a preluat postul de la Mountbatten în octombrie 1943.