Im Rahmen der US-Militäreinsätze in Afghanistan (2001) und im Irak (seit 2003) kam es zu wiederholter Kritik an der US-Regierung hinsichtlich der Nichteinhaltung der Genfer Konventionen, insbesondere beim Umgang mit Häftlingen im Gefangenenlager Camp X-Ray im US-Militärstützpunkt Guantánamo Bay auf Kuba. Nach Rechtsauffassung der US-Regierung handelt es sich bei den dort internierten Gefangenen aus den Reihen der Taliban und der Al-Qaida um „ungesetzliche Kombattanten“ (engl. "unlawful combatants") und damit nicht um Kriegsgefangene im Sinne des Genfer Abkommens III. Der Begriff „ungesetzliche Kombattanten“ wird jedoch weltweit nur von wenigen Ländern als Bestandteil des Militär- und Kriegsrechts anerkannt. Darüber hinaus sind die Vereinigten Staaten bisher nicht der sich aus Artikel 5 des Genfer Abkommens III ergebenden Verpflichtung zur Durchführung eines kompetenten Tribunals nachgekommen, das nach Einzelfallprüfung über den Kriegsgefangenen-Status zu entscheiden hat. Ebenso ist bisher nicht geklärt, welche Gefangenen bei Nichtanwendbarkeit des Genfer Abkommens III unter dem Schutz des Genfer Abkommens IV stehen würden und inwieweit dessen Bestimmungen vollumfänglich eingehalten werden. Wiederholte Vorwürfe von entlassenen Gefangenen hinsichtlich schwerwiegender Verstöße gegen die Regeln beider Konventionen sind bisher nicht durch eine unabhängige Institution öffentlich bestätigt worden.