Po III rozbiorze Polski i likwidacji armii, Biernacki osiadł w swym majątku w Małkowie. Jednakże po klęsce Prusaków pod Jeną-Auerstedt (1805) i Auerstedt (1806) ziemie zaboru pruskiego objęło powstanie. Pod aktem powstania w b. woj. sieradzkim widnieje podpis Pawła Biernackiego. Wkrótce otrzymał rozkaz "gromadzenia kasy i magazynów dla potrzeb wojska". Został też, pod nieobecność gen. br. Józefa Lipskiego, mianowany rotmistrzem jazdy rycerstwa dawnego woj. sieradzkiego i organizatorem wojska polskiego. 15 grudnia 1806 r. sformowało się w Sieradzu 9 chorągwi jazdy liczących 1350 towarzyszy i pocztowych. Sformowano dwa pułki jazdy, by włączyć je do korpusu gen. Józefa Zajączka. Oddziały te wyruszyły do walki, lecz Biernacki pozostał na miejscu. W 1809 r. Biernacki został komendantem pospolitego ruszenia w ówczesnym departamencie kaliskim. Po raz ostatni wziął udział w akcji zbrojnej 12 lutego 1813, gdy na czele jazdy pospolitego ruszenia osłaniał wycofujących się Francuzów. Rosjanie rozbili pod Stawiszynem źle uzbrojonych „pospolitaków”, którzy utracili 350 ludzi, a Biernacki dostał się do niewoli.