師団指揮の将軍としてスカイラーは1777年のサラトガ方面作戦で防衛の準備にあたった。7月にアーサー・セントクレア将軍がタイコンデロガ砦を落とされ（タイコンデロガ砦包囲戦）、大陸会議は北方軍の指揮官をスカイラーからホレイショ・ゲイツ将軍に交代させた。スカイラーは自分の役割について軍法会議を要求し、汚名をそそいだが1779年に退役した。その後1779年と1780年は大陸会議の代議員を務めた。