Napoleon fürchtete nach der Rückkehr aus Italien, dass sein Ruhm bald wieder verblassen würde, und drängte das Direktorium, ihm ein neues militärisches Kommando zuzuweisen. Als sich die anfänglich geplante Invasion Großbritanniens als undurchführbar erwies, stimmte die Regierung dem Plan einer Eroberung von Ägypten zu. Ziel war es, Großbritanniens Zugang nach Indien zu stören. Eine von Kriegsschiffen eskortierte Transportflotte lichtete am 19. Mai 1798 die Anker. An Bord waren neben 38.000 Soldaten auch zahlreiche Wissenschaftler und Künstler, die das Land, seine Geschichte und Kunstdenkmäler erforschen und in Ägypten moderne politische und wirtschaftliche Strukturen aufbauen sollten. Nachdem die Franzosen unterwegs die Insel Malta besetzt hatten, landete die Armee am 1. Juli 1798 in Ägypten. Am 21. Juli besiegten die französischen Expeditionsstreitkräfte eine Mamlukenarmee in der Schlacht bei den Pyramiden und zogen am 23. Juli in Kairo ein. Dort erreichte Napoleon die Nachricht, dass seine Schiffe von einer britischen Flotte unter Horatio Nelson bei Abukir versenkt worden waren. Die Ägyptenarmee war damit weitgehend vom Mutterland abgeschnitten.