Duphot konnte sich durch Tapferkeit auszeichnen und wurde auch bald schon befördert: Sergent (25. März 1793), Adjudant-général (1. November 1794) und kam 1796 in den Stab von General Charles Pierre François Augereau. Unter dessen Befehl kämpfte er u. a. vor Bassano (8. September 1796), Mantua (Januar/Februar 1797) und Rivoli (14./15. Januar 1797). Als Napoleon am 29. Juni 1797 die Cisalpinische Republik gründete, war Duphot mitbeteiligt, eine Verwaltung dafür zu installieren.