Die Kirche St. Peter und Paul liegt außerhalb der historischen Altstadt von Vilnius im Vorort Antakalnis. Hier war 1609–1616 eine neue Holzkirche an Stelle einer früheren aus dem 16. Jh. errichtet worden. Bereits im Krieg mit Moskau wurde sie im Jahr 1655 wieder zerstört. Zu diesem Zeitpunkt war der Kirche bereits ein Kloster der Augustiner-Chorherren der Lateran-Kongregation angeschlossen (seit 1625).