Im Februar 1939 beendete Karl Haushofer seine Tätigkeit als Hochschullehrer. Dem Nationalsozialismus, mit dem er vor allem durch die Freundschaft mit Rudolf Heß lange verbunden war, stand er in dieser Zeit bereits kritisch gegenüber. Nach Rudolf Heß’ Flug nach Großbritannien am 10. Mai 1941 verlor Haushofer jeglichen Einfluss und geriet darüber hinaus ins Visier der Gestapo. Er und sein Sohn Albrecht wurden verhaftet und als mögliche Mitwisser Verhören unterzogen, die zum Teil SD-Chef Reinhard Heydrich selbst führte. Der Ausbruch des Zweiten Weltkrieges stürzte Karl Haushofer dann in eine schwere Depression. Er zog sich auf den Hartschimmelhof der Familie zurück, seine letzte Veröffentlichung „Das Reich. Großdeutsches Werden im Abendland“ erschien 1943. Albrecht Haushofer wurde am 7. Dezember 1944 als Mitbeteiligter an den Vorbereitungen des Attentats auf Hitler vom 20. Juli 1944 verhaftet und in der Nacht zum 23. April 1945 von der SS außerhalb des Gefängnisses ermordet. Auch der jüngere Sohn Heinz war zeitweilig inhaftiert. Karl Haushofer wurde ebenfalls in Haft genommen und verbrachte anschließend einen Monat als Häftling in Dachau. Nach seiner Entlassung war er seelisch, aber auch körperlich stark mitgenommen und erlitt 1945 einen Herzinfarkt. Im Rahmen des Nürnberger Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher kam es Anfang 1946 zu einer Gegenüberstellung Haushofers mit Heß, der behauptete, Haushofer nicht zu kennen.