Als es 1296 zum Krieg zwischen England und Schottland kam, ließ der englische König Eduard I. Balliols englische Besitzungen besetzen. 1297 gehörte Balliol dem Heer an, mit dem Eduard I. im Krieg mit Frankreich einen Feldzug nach Flandern unternahm. Danach erhielt Balliol die meisten seiner Besitzungen in England und Schottland zurück. Dennoch blieb Balliol dem englischen König wegen seiner Verwandtschaft mit dem 1296 abgesetzten John Balliol verdächtig. In den nächsten Jahren nahm Alexander Balliol mehrfach an englischen Feldzügen in Schottland teil, darunter nachweislich 1298 an der Schlacht von Falkirk und 1300 an der Belagerung von Caerlaverock. 1302 ernannte ihn der englische König zum Verwalter des "Forest of Selkirk" und zum Kommandanten der wichtigen Besatzung des Peel of Selkirk. Damit gehörte Balliol zu den wenigen schottischen Adligen, die um diese Zeit ein höheres Amt im Dienst des englischen Königs bekleideten. Dennoch wurde 1301 sein ältester Sohn "Alexander" quasi als Geisel in die Obhut des englischen Königs genommen. Anfang Februar 1302 wurde Balliol wegen angeblichen Verrats verhaftet. Etwa sechs Wochen später wurde er wieder freigelassen, nachdem er einen weiteren Sohn, "Thomas", als Geisel gestellt hatte. Die Schotten hatten jedoch in der Zwischenzeit unter Führung von Simon Fraser den Peel of Selkirk erobert.