Gajdar var minister for økonomisk udvikling fra 1991 til 1992 og er kendt for beslutningen om gennemførelse at chokterapi-reformer efter Sovjetunionens opløsning. Reformerne blev både rost og fordømt, og mange russere holdt ham ansvarlig for de økonomiske trængsler, der plagede landet i 1990'erne og blandt andet resulterede i massefattigdom og hyperinflation. Liberale priste ham som den mand, der gjorde, hvad der skulle gøres for at redde landet fra fuldstændig kollaps. Han deltog i forberedelse af Minsk-aftalen.