O conflito dominante do seu reinado foi a Guerra Nórdica dos Sete Anos entre 1563 e 1570 na qual tentou, em vão, conquistar a Suécia, reinada pelo seu primo, o louco rei Érico XIV. O conflito transformou-se numa guerra muito dispendiosa de atritos e em consequência da mesma foram devastadas pelos suecos e em que a Noruega foi quase perdida. Durante esta guerra, o rei liderou o seu exército no campo de batalha mas sem grandes resultados e o conflito deteriorou a sua relação com os conselheiros reais. Porém, a agitação na Suécia e o facto de uma administração dinamarquesa liderada pelo competente administrador Peder Oxe ter assumido o controlo, estabilizou a situação. Quando a guerra terminou, a paz alcançada permitiu que a Dinamarca se mantivesse igual, mas também demonstrou os limites do poderio militar dinamarquês.