Vuoden 1999 lopulla Venäjän pääministeriksi nousi turvallisuuspalvelun eversti Vladimir Putin. Syksyllä 1999 Venäjällä sattuneet, tšetšeenien tekemiksi väitetyt kerrostaloräjähdykset ajoivat Venäjän toiseen Tšetšenian sotaan 1999-2002, joka jatkuu vieläkin väkivaltaisuuksina. Putinin poliittinen asema vahvistui duuman vaaleissa Jeltsin ilmoitti eroavansa uudenvuodenaattona 1999. Vladimir Putin voitti presidentinvaalit vuonna 2000, koska häntä pidettiin tšetšeenejä vastaan taistelevana sankarina. Putinin auttoi nousuun myös myöhemmin Putinin hylkäämän Boris Berezovskin mediaimperiumi. Putin kukisti moninaisin keinoin poliittiset vastustajansa