In 1629 verloor Pollot zijn rechterarm tijdens het Beleg van 's-Hertogenbosch. Dat belette hem niet om zijn militaire loopbaan voort te zetten. Toen kapitein Marquette op 22 juli 1632 tijdens het Beleg van Maastricht gewond raakte en op 1 augustus overleed, nam hij op 28 augustus 1632 het bevel van diens compagnie over. Op 11 januari 1633 werd hij officieel als kapitein aangesteld. Rond 1637 had Pollot contacten met Martinus Hortensius en Elia Diodati (1576-1661) over een voorstel van Galileo Galilei aan de Staten om de lengten op zee te meten. In 1638 behoorde hij tot het gevolg van de graaf van Solms. Op 21 juni 1638 werd hij door Spaanse troepen gevangengenomen in de Slag bij Kallo. Na zijn vrijlating heeft hij waarschijnlijk een paar jaar in Utrecht gewoond.