27 czerwca 1917 Allenby objął dowództwo nad Egipskim Korpusem Ekspedycyjnym, zastępując sir Archibalda Murraya. Prowadząc działania wojenne przeciwko Imperium Osmańskiemu na terenie półwyspu Synaj i w Palestyny, Allenby wydał jasny rozkaz: Jerozolima musi być zdobyta przed Świętami Bożego Narodzenia. Przeprowadził osobistą kontrolę podległych mu oddziałów, bardzo często odwiedzając przednie wojska liniowe, czym zyskał szacunek żołnierzy. Jednak ze względu na swoją surowość i pedantyczność nie był lubiany (radiotelegrafiści wysyłali do siebie znaki „B.L.”, co było skrótem od angielskiego "Bull loose", czyli „"byk na wolności"” i oznaczało, że Allenby wyruszył w kolejną niezapowiedzianą inspekcję). Po ocenie stanu własnych sił, wystąpił o wzmocnienie trzema dodatkowymi dywizjami piechoty, lotnictwem i artylerią. Jego prośba została spełniona i do Egiptu przysłano siły ANZAC z Indii i południowej Afryki. Równolegle z reorganizacją Egipskiego Korpusu Ekspedycyjnego, Allenby usilnie starał się utrzymać dobre stosunki z Arabami. Poparł wysiłki Thomasa Lawrence’a i wyraził zgodę na przekazywanie 200 tys. funtów miesięcznie Arabom w zamian za ich udział w wojnie przeciwko Turkom.