Zu diesem Abtransport kam es nicht mehr, bevor der Vulkan die Siedlung auslöschte. Der Ausbruch, die sogenannte Minoische Eruption, begann nach heutiger Erkenntnis mit dem Ausstoß von leichten Pyroklastika aus einem Vulkanschlot, der fast genau mittig im Inselrund lag. Der Ausbruch dauerte nur kurz, die Menge des ausgestoßenen lockeren Materials war gering, so dass die Bergungsteams sich in Sicherheit bringen konnten. Allerdings gibt es auf keiner der Nachbarinseln Hinweise darauf, dass rund um die Zeit des Vulkanausbruchs eine größere Einwanderung stattgefunden hätte. Es ist daher anzunehmen, dass die Flüchtlinge durch Gase der Eruption oder durch Flutwellen doch noch ums Leben kamen.