Tijdens de Chileense burgeroorlog van 1891 nam Baquedano een strikt neutrale houding aan. Na de nederlaag van de regeringstroepen droeg president Balmaceda op 29 augustus 1891 zijn bevoegdheden over aan Baquedano. Als waarnemend staatshoofd droeg hij op 31 augustus de macht over aan kapitein Jorge Montt, de bevelhebber van het rebellenleger.