ב-1867 ניהל פיירפונט את התביעה נגד ג'ון סוראט, שזוהה כשותף לקשר לרצח לינקולן. סוראט, שהיה מרגל בשירות הקונפדרציה, היה האדם האחרון שנשפט על ידי בית דין צבאי על רצח הנשיא. לאחר הרצח נמלט סוראט מארצו הברית למונטריאול, ומשם לליברפול, רומא, ולבסוף נלכד במצרים ב-2 בדצמבר 1866, שם הוגש נגדו כתב אישום והוא הוחזר לארצות הברית כדי לעמוד בפני משפט צבאי. המשפט נפתח ב-10 ביוני 1867 בניהולו של השופט ג'ורג' פ. פישר ומשך תשומת לב ציבורית רחבה בארצות הברית. פיירפונט טען שסוראט היה מעורב בקשר להפלת ממשלת ארצות הברית והיה בקשר עם ג'ון וילקס בות' בנוגע לרצח לינקולן. פיירפונט טען שהמשפט הצבאי תואם למקרה של סוראט וציטט פסוקים מכתבי הקודש כחיזוק לתפקיד הממשלה בחסדי האל למצוא את האשמים. הוא טען שבשל העובדה שסוראט עשה שימוש בשם מזויף, ג'ון הריסון, כאשר התאכסן במלון, ונמלט מארצות הברית, ניתן להוכיח את אשמתו. המשפט נמשך עד 10 באוגוסט והסתיים כאשר לאחר דיון שארך 70 שעות, לא עלה בידי חבר המושבעים להגיע לידי החלטה. כתוצאה מכך שוחרר סוראט.