W reprezentacji Portugalii Capucho zadebiutował w 1996 roku. W tym roku wystąpił na Igrzyskach Olimpijskich w Atlancie, na których Portugalia zajęła czwarte miejsce przegrywając w meczu o brązowy medal 0:5 z Brazylią. W 2000 roku Nuno wystąpił na mistrzostwach Europy, na których podopieczni Humberto Coelho w półfinałowym spotkaniu przegrali po dogrywce 1:2 z późniejszymi triumfatorami całego turnieju – Francuzami. W 2002 roku Capucho znalazł się w kadrze drużyny narodowej na mistrzostwa świata, jednak na mundialu Portugalczycy nie zdołali przebrnąć przez rundę grupową. Na mistrzostwach Capucho wystąpił tylko w meczu z Polską, w których rozegrał 21 minut. Łącznie dla drużyny narodowej Capucho zanotował 35 występów. Wcześniej występował w reprezentacji do lat 20, z którą zdobył Mistrzostwo Świata 1991.