Para finales del año siguiente, el padre de Alejandra había ascendido al trono de Dinamarca, su hermano Jorge se había convertido en , su hermana Dagmar se había comprometido con el zarévich de Rusia, Nicolás Aleksándrovich, y Alejandra había dado a luz a su primer hijo. El ascenso al trono de Cristián IX dio lugar a nuevos conflictos por la suerte de Schleswig-Holstein. La Confederación Alemana invadió exitosamente Dinamarca y redujo su área en dos quintas partes. Con gran irritación de la reina Victoria y la princesa heredera de Prusia, Alejandra y Alberto Eduardo apoyaron al reino danés durante la guerra. La conquista prusiana de antiguas tierras danesas incrementó la profunda aversión de Alejandra hacia los alemanes, un sentimiento que permaneció con ella el resto de su vida.