1996 Yaz Olimpiyatları, 2005 FIFA Konfederasyonlar Kupası ve 2007 Asya Kupası'nda millî takım kadrolarında bulunan Petkovic 6 kez Avustralya formasını giymiştir. 2002 Dünya Kupası elemelerinde Avustralya'nın Amerikan Samoası'nı 31-0 yendiği ve uluslararası maçlarda alınmış en farklı galibiyet rekorunun kırıldığı maçta Avustralya millî takımının kalesini korumuştur.