С ранних лет Мерфи защищает цвета различных молодёжных сборных Шотландии. С 2008 по 2010 год являлся игроком национальной молодёжной команды, в составе которой он сыграл тринадцать матчей, забил шесть мячей. Четыре из них Джейми провёл в отборочных играх к чемпионату Европы среди молодёжных команд 2011. Шотландцы заняли первое место в своей группе 10 и вышли в раунд плей-офф, где по сумме двух встреч уступили исландцам с общим счётом 2:4.