С конца 1926 года в качестве командующего войсками провинции контролировал Кантон и провинцию Гуандун. В апреле 1927 года участвовал в антикоммунистическом перевороте Чан Кайши. После шанхайской резни по приказу Ли Цзишэня были арестованы более 2 тыс. коммунистов в Кантоне, сто сразу были расстреляны. Коммунисты провели ряд террористических взрывов, покушение на генерала оказалось неудачным.