Вернувшись в Анголу, Педру Себаштьян занимал ряд командных должностей в правительственной армии ФАПЛА. Руководил армейской системой политической подготовки, пропаганды и агитации. Активно участвовал в гражданской войне против повстанческого движения УНИТА, в том числе в битве при Куито-Куанавале. Имеет звание генерала вооружённых сил Анголы.