1794 kam es zu einem Aufstand der Untertanen des Klosters, der durch den eidgenössischen Landvogt von Sargans niedergeschlagen wurde. Als am 11. November 1798 die Grafschaft Sargans von der Eidgenossenschaft in die Freiheit entlassen wurde, musste sich auch Abt Benedikt Bochsler anschliessen und seine Untertanen ebenfalls für frei erklären. Nach dem Einmarsch der Franzosen wurde das Kloster aufgehoben und zum Teil zerstört. 1801 kehrte der Abt mit einigen Brüdern wieder zurück und 1803 wurde das Kloster nach der Gründung des Kantons St. Gallen formell wiederhergestellt. Der schlechte finanzielle Zustand des Klosters veranlasste den letzten Abt Plazidus Pfister, 1838 in Rom die Säkularisierung der Abtei Pfäfers zu beantragen. Noch bevor Papst Gregor XVI. in einem Schreiben vom 20. März 1838 dieses Ansinnen ablehnte, hatte der Grosse Rat des Kantons St. Gallen das Kloster Pfäfers am 20. Februar 1838 für aufgehoben erklärt und die Vermögenswerte eingezogen. Der katholische Konfessionsteil versuchte noch bis im November 1839 vergeblich, die Vermögenswerte für sich zu beanspruchen.