Awifauna Jeziora Szkoderskiego obejmuje blisko 280 gatunków ptaków, co stanowi ok. połowy wszystkich gatunków ptaków, występujących w Europie. W tym są 73 gatunki stale tu gniazdujące, 18 gatunków przelotnych, regularnie odwiedzających jezioro w czasie wiosennych i jesiennych przelotów, 45 gatunków regularnie zimujących na jeziorze, 12 gatunków regularnie spotykanych na jeziorze latem, lecz niegniazdujących oraz ok. 90 gatunków spotykanych tu nieregularnie, w tym zalatujących z sąsiednich terenów. Od 1995 r. ok. 20 tys. ha otwartych wód, trzcinowisk i okresowo zalewanych łęgów w północnej części jeziora jest objętych "Konwencją o obszarach wodno-błotnych mających znaczenie międzynarodowe, zwłaszcza jako środowisko życiowe ptactwa wodnego" (tzw. Konwencja ramsarska).