Os Estados Unidos restabeleceram as sanções contra a Iugoslávia em março de 1998, quando a Guerra do Kosovo começou. Pouco depois das controvérsias em Račak e Rambouillet, o diplomata estadunidense Richard Holbrooke viajou para Belgrado em março de 1999 para entregar o ultimato final solicitando a entrada das forças das Nações Unidas no Kosovo. Milošević rejeitou o ultimato, de modo que os Estados Unidos cortaram completamente os laços com a Iugoslávia em 23 de março de 1999. Bill Clinton tornou-se o primeiro presidente a declarar guerra ignorando a maioria do Congresso. O estabelecimento da campanha de bombardeio foi contestada por uma das votações mais apertadas (213-213) em toda a história da Câmara dos Representantes. Os Estados Unidos declararam a guerra à Iugoslávia em 24 de março de 1999 para participar da Operação Força Aliada liderada pelo general estadunidense Wesley Clark. Dentre todos os territórios da Iugoslávia na época, a Sérvia foi mais bombardeada devido à sua concentração de alvos militares. Como resultado da concessão de Slobodan Milošević a entrada da KFOR no Kosovo, a guerra contra a Iugoslávia cessou em 10 de junho de 1999.