В 2003 году Фернандо Энрике отправился на молодёжный чемпионат мира. Он сыграл 3 матча на групповом турнире против команд Канады, Чехии и Австралии. В остальных матчах плей-офф ворота Бразилии защищал Джефферсон. Бразильцы в итоге стали чемпионами мира.