Marino subì nuovi eventi bellici nel 1526, quando fu rasa al suolo per ordine di papa Clemente VII assieme ai feudi colonnesi di Zagarolo, Gallicano, Artena, Subiaco e Cave, evento in seguito al quale i Colonna pensarono bene di ricambiare il papa appoggiando l'esercito di Carlo V d'Asburgo nel terribile sacco di Roma del 1527. Successivamente, i Colonna combatterono ancora nel 1539 (la "guerra del sale") contro papa Paolo III e nel 1556-1559 contro papa Paolo IV, prima che Marcantonio II Colonna avesse siglato un solenne giuramento di fedeltà a papa Giulio III nel 1550, dopo il quale cessarono le piccole guerre intestine tra papato e baroni romani.