עם תום הקרב באנטיאטם, מקללן המשיך להציג חוסר אגרסיביות ורצון לרדוף אחר האויב, למרות דרישות חוזרות ונשנות של לינקולן. לבסוף, ב-5 בנובמבר 1862, הדיח אותו הנשיא מהפיקוד על ארמיית הפוטומק והחליפו במייג'ור גנרל אמברוז ברנסייד. למרות כישלונותיו בשדה הקרב, חייליו של מקללן הצטערו לשמוע על עזיבתו מאחר שהוא דאג להם כל כך. מקללן קיבל פקודה להתייצב בטרנטון שבניו ג'רזי לשם קבלת הוראות חדשות, אולם אלו לעולם לא הגיעו. בעקבות ההפסדים של האיחוד בקרב פרדריקסברג (15-11 בדצמבר) ובקרב צ'אנסרוויל (30 באפריל - 6 במאי 1863), נשמעו בציבור קריאות להחזרתו של מקללן, אולם אלה לא מומשו.