Как большой специалист Купер вновь напомнил о себе работая со сборной Египта, которую возглавил 2 марта 2015 года. Под его руководством национальная команда завоевала серебряные медали Кубка африканских наций 2017 года (в финале «фараоны» со счётом 1:2 уступили сборной Камеруна), а затем вышла на чемпионат мира 2018 года в России после 28 лет отсутствия на мировых первенствах. В финальном турнире египтяне выступили неудачно, проиграв все матчи группового турнира и не заработав ни одного очка (хотя перед началом турнира рассматривались как одни из кандидатов на выход в плей-офф). Решением египетской федерации футбола контракт с Купером не был продлён после чемпионата мира.