W sezonie 2002 powrócił do stajni Jordan, a w następnym roku wygrał w sprzyjających okolicznościach Grand Prix Brazylii. Wyścig został przerwany z powodu licznych kraks, gdy Giancarlo był na prowadzeniu, ale zgodnie z zasadami FIA, gdy wyścig jest przerywany, zwycięstwo przypada kierowcy, który znajdował się na prowadzeniu dwa okrążenia wcześniej. W tej sytuacji zwycięzcą został Kimi Räikkönen, który prowadził na 52. okrążeniu. Kilka dni później Jordan zdołał dostarczyć dowodów, że Fisichella rozpoczął już 55. okrążenie i dwa okrążenia wcześniej był już na prowadzeniu. Było to pierwsze zwycięstwo Giancarla Fisichelli w karierze.