במהלך השנה השנייה לקיומו הושלמה הקמת אולמות המשפט ומתקן המעצר של בית הדין ברובע סכוונינגן שבהאג, ובית הדין קיבל לשורותיו עובדים רבים. ביולי 1994 אויש משרד התובע בבית הדין במידה מספקת כדי לאפשר את תחילתן של חקירות אודות חשדות לעבירות שבוצעו בשטח יוגוסלביה לשעבר. בנובמבר 1994, בעוד המלחמה בבוסניה נמצאת בעיצומה, הוגש לבית הדין כתב האישום הראשון – כנגד הסרבי הבוסני דרגאן ניקולאיץ'.