Nach dem krankheitsbedingten Auslassen der Junioreneuropameisterschaften in Bansko absolvierte Bø am 28. Februar mit dem Sprint in Oslo sein zweites Weltcuprennen. Während sich mit Loginow und Zwetkow seine ärgsten Konkurrenten der Juniorenwettbewerbe unter den besten Zehn platzieren konnten, musste er sich allerdings mit einem Schießfehler und 1:39 Minuten Rückstand auf den Sieger – seinen Bruder Tarjei – mit Rang 28 zufriedengeben. Zwei Tage später verbesserte er sich im Verfolgungsrennen auf den 25. Platz, verzichtete dann aber auf die Teilnahme am Massenstart. Im Zuge seines Starts beim vorletzten Weltcup der Saison im russischen Sotschi verpasste er auf Grund der Terminüberschneidung die Teilnahme an den in Sirdal ausgetragenen norwegischen Juniorenmeisterschaften. Der Auftakt ins russische Rennwochenende auf der läuferisch äußerst anspruchsvollen Strecke der Olympischen Winterspiele 2014 verlief für Bø äußerst enttäuschend, als er das Einzelrennen mit über sieben Minuten Rückstand nur auf dem 68. Rang beenden konnte. Im Sprint zeigte er hingegen ein fehlerfreies Schießen und erlief als 20. weitere Weltcuppunkte, bevor sich beim abschließenden Staffelrennen am 10. März Tarjei Bøs Wunsch aus dem Dezember 2010 erfüllte, zusammen mit seinem jüngeren Bruder in einer Staffel starten zu können. Johannes übergab als dritter Läufer an ihn und das norwegische Quartett verpasste auf dem vierten Rang nur knapp die Podestplätze. Am 16. März 2013 endete schließlich seine erste Weltcupsaison in Chanty-Mansijsk. Zwar gelang ihm mit Rang 20 in der Verfolgung eine deutliche Verbesserung um 17 Plätze im Vergleich zum Sprint vom Vortag – dass er aber trotz vier fehlerfreier Schießeinlagen noch einen Rückstand von über zwei Minuten hatte, legte seine Defizite im Laufen offen. Für den abschließenden Massenstart konnte er sich nicht qualifizieren.