El 24 de julio de 2014, Aguirre sustituye a Alberto Zaccheroni como nuevo seleccionador del . No tuvo éxito en su debut en competición oficial, ya que el conjunto nipón fue eliminado en cuartos de final de la Copa de Asia, torneo del cual era vigente campeón. Tras esta decepción, inicialmente la Federación nipona anunció su continuidad en el cargo, pero finalmente optó por destituirlo a raíz de su implicación en el presunto amaño del partido entre Levante y Zaragoza.