В 1818 году лидеры греческой тайной революционной организации Филики Этерия перевели штаб организации из Одессы в Константинополь, организовывая подпольную сеть в османской столице. В том же, 1818, году Манакис стал членом «Этерии». В конце февраля (по григорианскому календарю) 1821 года, когда Александр Ипсиланти с гетеристами перешёл реку Прут и начал греческое восстание с Придунайских княжеств, Манакис принял непосредственное участие в этих событиях.