Während der Napoleonischen Kriege wurde Ergerts Unternehmen erheblich in Mitleidenschaft gezogen. 1811 erlitt Ergert durch den Staatsbankrott Österreichs hohe Einbußen und Kapitalverlust. 1813 zerstörten dann noch einquartierte napoleonische Soldaten einen großen Teil seiner Webstühle, vermutlich als Vergeltung für Ergerts allseits bekannte führende Rolle in der Unterstützung des Krieges gegen Frankreich. Auch wenn es Ergert nach den Krisen- und Kriegsjahren nicht gelang, an seine anfänglichen enormen Erfolge anzuknüpfen, erhielt er doch die Fabrikation über diese Zeit aufrecht und baute seine Fabrik anschließend zu einem soliden Unternehmen weiter aus. Nach seinem Tode wurde die nunmehrige „k.k. landesbefugte Cotton- und Tüchelfabrik Franz Ergert &amp; Sohn“ von seinem ältesten Sohn Wenzel weitergeführt.