Pour son premier match officiel, Pep Guardiola affronte les grands rivaux du club bavarois, le Borussia Dortmund, en DFL Supercup 2013. Privé de certains piliers de l'équipe, dont Ribéry et Neuer, le technicien Espagnol va devoir composer face à une équipe du BVB qui a soif de revanche après la défaite 2-1 en finale de la Ligue des champions et qui se montrera supérieur dans beaucoup de compartiments du jeu dont l'attaque (4 buts encaissés). Le coach du Bayern Munich essaye d'imposer un jeu en passes et offensif avec une équipe qui se déplace en blocs (comme le style qu'il avait rendu légendaire au FC Barcelone) se fera vite surprendre dès la par l’intermédiaire de Reus après une grossière faute de mains du gardien Tom Starke. La rencontre va prendre un rythme fou dès la reprise et plus particulièrement a la , où Robben relance le Bayern, mais, dans la foulée du but, c'est Daniel Van Buyten contre son camp qui redonne l'avantage à Dortmund. Celle-ci joue en contre et à la , c'est Ilkay Gündogan qui marque d'une subtile frappe enroulée petit filet opposé, Tom Starke ne peut rien. C'est à l’orgueil que le Bayern, grâce à Arjen Robben réduit l'écart après un centre de Philipp Lahm a la . À la c'est la nouvelle recrue du Borussia, Pierre-Emerick Aubameyang qui surgit, esseulé sur le côté droit et adresse une petite passe pour Reus qui signe ainsi un doublé.