Bouteflika palasi Algeriaan vuonna 1987 ja liittyi jälleen FLN:n riveihin. Vuonna 1999 hän voitti Algerian presidentinvaalit, joita syytettiin vilpillisiksi ja josta hänen vastustajansa olivat tästä syystä vetäytyneet. Joka tapauksessa Bouteflika keskittyi ensimmäisellä presidentinkaudellaan jälleenrakentamaan Algerian sisällissodassa tuhoja kärsinyttä maata. Hän myönsi myös sodan lopettamiseksi yleisen armahduksen hallintoa vastaan taisteleville islamisteille. Vuonna 2004 Bouteflika voitti jälleen presidentinvaalit. Huolimatta hänen edellisen vaalikautensa saavutuksista islamistit itsemurhaiskuja Algeriassa al-Qaidan nimissä. Vuonna 2005 hän kärsi myös terveysongelmista, joiden vaikutusta spekuloitiin mediassa. Tästä huolimatta vuonna 2008 Algerian parlamentti hyväksyi muutoksen perustuslakiin, jolla poistettiin peräkkäisten presidentinkausien rajoitukset. Tämän muutoksen avulla Bouteflika valittiin kolmannelle presidentinkaudelleen vuonna 2009 ja neljännelle vuonna 2014.