Quando estava na chefia do Núcleo de Comando da Zona de Defesa Norte, ele participou do golpe militar em 31 de março de 1964, onde ele veio a assumir o comando da 5ª Zona Aérea, onde ele se desentendeu com o Tenente Coronel Alfeu Monteiro que era a favor do governo de João Goulart, deposto no golpe de 1964. Onde Monteiro disparou 5 tiros em Wanderley, acertando dois, chegando na sala onde isso estava acontecendo, oficiais e sargentos atiraram contra o agressor Tenente Coronel Monteiro, que acabou morrendo no local. Wanderley saiu ferido do atentado e foi encaminhado ao hospital.