W reprezentacji Słowacji Jakubko zadebiutował 30 listopada 2004 roku w wygranym 1:0 towarzyskim spotkaniu z Tajlandią. Ze Słowacją występował w eliminacjach do Mistrzostw Świata 2006, a następnie był członkiem kadry walczącej o udział w Euro 2008. W lutym 2007 strzelił gola Arturowi Borucowi w 34. sekundzie sparingu z Polską, zakończonym remisem 2:2. W 2010 roku został powołany do kadry na Mistrzostwa Świata w RPA.