Dès son entrée en fonction, le patriarche Alexis est devenu un ardent défenseur des droits de l'Église, interpelant le gouvernement soviétique afin de permettre l'enseignement religieux dans les écoles et de faire voter une loi sur la « liberté de conscience ». Au cours de la tentative de coup d'État d'août 1991, il a dénoncé l'arrestation de Mikhaïl Gorbatchev et lancé l'anathème contre les auteurs du coup d'État. Il a publiquement remis en question la légitimité de la junte, appelé les militaires à la retenue et a exigé que Gorbatchev soit autorisé à s'adresser à la population. Il a lancé un deuxième appel contre la violence et la guerre fratricide, qui a été, grâce à des haut-parleurs, entendu par les troupes à l'extérieur de la Maison blanche de Russie, le parlement russe, une demi-heure avant l'attaque. En fin de compte, le coup d'État a échoué et la situation a finalement abouti à l'éclatement de l'Union soviétique.