Nelle settimane seguenti alla devastante battaglia non si verificò più alcuna operazione di rilievo, il che si tradusse in una scarsa attività per Kimura; il 21 gennaio 1943 egli lasciò il comando della 10ª Squadriglia, fu rimpatriato e lavorò per un certo periodo al 1º Distretto navale (Yokosuka). Il 1º aprile, considerata la sua esperienza, fu messo a capo dell'11ª Squadriglia cacciatorpediniere, appositamente attivata per addestrare le formazioni di cacciatorpediniere di scorta: egli ne diresse le attività dall'ammiraglia "Tatsuta" sino al 20 novembre 1943. A questa data cedette il posto al contrammiraglio Tamotsu Takama per divenire assistente allo stato maggiore della 3ª Flotta, un incarico di breve durata cui seguì il 3 dicembre il riottenimento del comando della 10ª Squadriglia. Kimura ebbe ai suoi ordini la nuova ammiraglia , la 17ª Divisione (eccettuato lo "Hamakaze" rimpiazzato dallo "Asagumo") e l'intera 61ª Divisione ("Hatsuzuki", "Wakatsuki", "Akizuki", "Shimozuki", "Minazuki") e fu aggregato alla 1ª Flotta mobile del viceammiraglio Jisaburō Ozawa, che riuniva la componente aeronavale e la 2ª Flotta in una formazione più elastica. Tale squadra scese in battaglia il 19 e 20 giugno nel Mare delle Filippine per scongiurare la conquista statunitense delle vitali isole Marianne; Kimura rimase con la 10ª Squadriglia a difesa delle portaerei , "Shokaku" e "Zuikaku", ma non fu capace di respingere gli audaci attacchi dei sommergibili statunitensi, responsabili della distruzione delle prime due unità. Durante il trasferimento attraverso le Filippine aveva accusato inoltre la perdita del "Minazuki" e del "Tanikaze", vittime rispettivamente il 6 e il 9 giugno dello stesso sommergibile, lo .