Pizarro beabsichtigte für seine Pläne die Geiselnahme von Atahualpa. Als Pizarros Truppe im September 1532 in das Landesinnere aufbrach, bestand sie nach Angabe seines Chronisten Francisco de Xerez aus 191 Leuten, zudem gab es eine unbekannte Anzahl weiterer nichteuropäischer Begleiter. In Cajamarca war eine Initiationszeremonie für junge Adlige der Inkas geplant, die in Anwesenheit von Atahualpa und einem größeren Gefolge stattfinden sollte. Dort erwartete Atahualpa auch die Ankunft der Spanier und hoffte sie dem Volk als seine Vasallen zu präsentieren. Die Soldaten Pizarros waren der Armee der Inkas zahlenmäßig weit unterlegen, fanden jedoch in Cajamarca mit einem von Gebäuden und Mauern umgebenen leeren Platz einen geeigneten Ort für einen Hinterhalt und vereinbarten ein Treffen mit Atahualpa. Am 15. November 1532 erschien dieser mit einem größeren zeremoniellem Gefolge und unter anderem als Musiker eingesetzten Leibwächtern. Mehrere Zehntausend Inkasoldaten seiner Armee verblieben als Parade im Umfeld und es gab nur einen Straßenzugang zu dem Platz. Atahualpa erwartete nach dem scheinbar freundschaftlichen Austausch vom Vortag keinen Angriff der Spanier, der jedoch kurz darauf plötzlich aus den Gebäuden erfolgte und die Anwesenden in Panik versetzte. Atahualpa wurde ohne Gegenwehr gefangen genommen und nach unterschiedlichen Angaben mehrere tausend Inkas auf dem eingeschlossenen Platz niedergemetzelt (Schlacht von Cajamarca). Atahualpa bot Pizarro an, sich gegen einen Raum voller Gold und Silber freizukaufen. In den folgenden Monaten wurden dafür Tempel und Schatzkammern des Reiches geplündert. Im Mai war das versprochene Gold und Silber abgeliefert, wurde eingeschmolzen und unter Pizarros Männern aufgeteilt.