Nel 1893 alcuni membri dell'Orpheus formarono un'organizzazione separata, il "Gymnasion Club" e iniziarono ad organizzare competizioni sportive annuali. Nel 1898 l"'Orpheus" e il "Gymnasion" si fusero di nuovo formando il PGSS. Dopo la sconfitta militare greca nella Guerra greco-turca (1919–1922) il club fu trasferito nel comune ateniese di Nea Smyrnī. Il club presto divenne famoso per occuparsi di tutti i principali sport e fu il primo club greco ad istituire una divisione di Atletica leggera femminile nel 1925. Con la graduale trasformazione del calcio e del basket maschile in sport professionistici, il Paniōnios FC e il Paniōnios BC divennero club privati operando sotto gli auspici dei tradizionali "sport dilettantistici" della PGSS.