Маркота родился в Сараево (СР Босния и Герцеговина, СФРЮ), однако во время конфликта в Боснии переехал в Швецию, где начал заниматься баскетболом. Он играл вместе с Мацеем Лямпе в Стокгольме, затем в возрасте 14 лет переехал в Хорватию, затем был приглашен выступать в хорватский чемпионат. Игрока подписала «Цибона», однако вплоть до сезона 2002-03 отыграл в аренде в клубах «Забок» и «Шанац Карловац». В это же время Маркота получил хорватское гражданство, при этом сохранив шведское. Кроме того игрок отказался выступать за сборную Швеции.