В таком состоянии Камчатскую флотилию застигло начало Крымской войны. Личный состав 47-го флотского экипажа активно участвовал в сооружении укреплений Петропавловского Порта, а в августе 1854 года, совместно с фрегатом «Аврора» и вооружённым транспортом «Двина», отразил нападение англо-французской эскадры. Несмотря на успешное для России завершение этого боя, было очевидно, что следующего, более мощного штурма Петропавловск не выдержит, поэтому в начале 1855 года было принято перенести базу в Николаевск. Петропавловский Порт, а также почти всё население города были эвакуированы к новому месту дислокации — 16-24 мая 1855 года, буквально под носом у блокирующего их англо-французского отряда, корабли по прорубленному во льду каналу вышли из Петропавловского Порта, перешли в залив Де-Кастри (ныне Чихачёва), и далее, скрытые туманом Татарским проливом (о существовании которого знали только в России) зашли в устье Амура. К сожалению, не все балтийские корабли смогли принять в этом участие: в 1855 году фрегат «Диана» погиб у японских берегов в результате цунами, а фрегат «Паллада», из-за невозможности перейти в устье Амура, затопили в Императорской Гавани что бы он не был захвачен. Жертвой войны стали шхуна Камчатской флотилии «Анадырь», уничтоженная эскадрой неприятеля, и пришедшее в июле с севера в Амурский лиман судно Российско-Американской компании с грузом мяса. Так как на этом судне не было вооружения, то заметив приближающиеся гребные суда противника, командир А. И. Воронин приказал всем покинуть судно на шлюпках и сойти на берег. Открытый по ним ружейный огонь никого не зацепил, однако, само судно было сожжено.