Po atentátu na Lincolna zůstal Stanton během prvních let rekonstrukce ministrem války pod novým americkým prezidentem Andrewem Johnsonem. Stavěl se proti mírné politice Johnsona vůči bývalým státům Konfederace. Johnsonův pokus o propuštění Stantona nakonec vedl k tomu, že Johnson ve Sněmovně reprezentantů čelil impeachmentu ze strany radikálních republikánů. Stanton se po odchodu z ministerstva vrátil k právnické profesi. V roce 1869 byl Stanton Johnsonovým nástupcem Ulyssesem S. Grantem nominován za člena Nejvyššího soudu, ale zemřel čtyři dny poté, co jeho nominaci potvrdil Senát.