1996 est une année-clé dans le parcours en sélection de Nesta. Il est tour à tour sélectionné pour le Championnat d'Europe espoirs (remporté par l'Italie), les Jeux olympiques à Atlanta et le Championnat d'Europe senior en Angleterre, où il ne sort cependant pas du banc. Les résultats dans ces deux dernières compétitions sont en dessous des attentes mais Nesta commence déjà à établir sa présence en sélection. Sa première cape date du , pour un match en Moldavie. Il est titularisé et les Italiens s'imposent par trois buts à un.