1408-ban I. Lajos orléans-i herceg meggyilkolása után Gerson állást foglalt a merényletet megrendelő Félelemnélküli János, Merész Fülöp fia, burgundi herceg és annak pártfogoltja, Jean Petit ellen. Úgy vélte továbbá, hogy a pápának alá kell rendelnie magát az egyetemes zsinatnak. A konstanzi zsinat után az orléans-i és burgundi pártok között kitört polgárháború miatt kénytelen volt két évet száműzetésben Bajorországban tölteni, ahol megírta "A Teológia vigasztalása" című művét. Franciaországba visszatérve Lyonba vonult vissza az egyik bátyja által vezetett celesztinusok kolostorába, ahol az aszkéta életmódról írt könyveket, és szegény gyerekeket tanított.