W 1999 Strupar otrzymał belgijskie obywatelstwo, gdyż ożenił się z Belgijką. Mógł wybierać, w której reprezentacji chce grać. Jednak ówczesny selekcjoner reprezentacji Chorwacji Miroslav Blažević nie wyraził zainteresowania Struparem i Branko wybrał reprezentację Belgii i 18 sierpnia 1999 zadebiutował w niej w przegranym 3:4 meczu z reprezentacją Finlandii, gdy w 46. minucie zmienił Jurgena Cavensa. Swoją pierwszą bramkę zdobył już w drugim występie w kadrze – 4 września 1999 w zremisowanym aż 5:5 meczu z reprezentacją Holandii – Strupar wpisał się wówczas na listę strzelców w 9. i 29. minucie spotkania. W 2000 selekcjoner Robert Waseige powołał Strupara do kadry na finały Euro 2000, których Belgowie byli gospodarzami. Tam Strupar zagrał we wszystkich trzech meczach – ze Szwecją (2:1), Włochami (0:2) i Turcją (0:2). Nie zdobył bramki, a Belgowie pożegnali się z mistrzostwami już po fazie grupowej. Kolejną i ostatnią wielką imprezą, na której zagrał Strupar, były Mistrzostwa Świata w 2002. Tam Branko zagrał w dwóch pierwszych meczach – z Japonią (2:2) oraz Tunezją, ale wypadł na tyle słabo, że w kolejnych meczach turnieju już nie zagrał. Jak się później okazało mecz z Tunezją był jego ostatnim w karierze reprezentacyjnej. Ogółem w kadrze zagrał 17 meczów i zdobył 5 bramek.