Alfons’ Vater Johann heiratete 1420 Blanka von Navarra die damaligen Thronerbin des Königreiches Navarra. Als Blankas Vater Karl III. von Navarra 1425 starb wurden Blanka und Johann zusammen regierende Königin und regierender König von Navarra. Als Blanka 1441 starb sollte nach den Testamenten von Karl III. und Blanka und dem Ehevertrag zwischen Blanka und Johann der Sohn beider, Karl von Viana König von Navarra werden. Johann lehnte allerdings die Übergabe der Regierung an seinen Sohn ab. Er setzte ihn nur als seinen Stellvertreter ein. Aus den Streitigkeiten zwischen Johann und Karl entwickelte sich 1451 der Navarresische Bürgerkrieg. Die beiden gegnerischen Parteien in diesem Bürgerkrieg waren die Beaumonteses die Anhänger der navarresischen Adelsfamilie Beaumont die Karl von Viana unterstützten und die Agramonteses, die Anhänger der navarresischen Adelsfamilie Agramont die Johann unterstützten. In diesem Krieg kämpfte Alfons auf der Seite seines Vaters. In der Schlacht von Aibar im Oktober 1451 gelang es ihm seinen Halbbruder Karl von Viana gefangen zu nehmen. Karl wurde nach zweijähriger Haft freigelassen unter der Bedingung den Titel eines Königs von Navarra nicht zu Lebzeiten seines Vaters zu führen. 1455 reiste Karl zu seinem Onkel dem König Alfons V. nach Neapel.