Dopo l'Apollo 10, il Pad 39B fu mantenuto come struttura di lancio di riserva in caso di distruzione del 39A, ma vide un servizio attivo durante tutte e tre le missioni Skylab, il volo di prova Apollo-Soyuz e un volo di emergenza Skylab Rescue che non fu necessario. Dopo il progetto Apollo-Soyuz Test, il pad 39B è stato riconfigurato in modo simile al 39A; ma a causa di ulteriori modifiche fatte nel corso degli anni (principalmente per consentire alla struttura di servire il Centaur come stadio superiore), insieme ai vincoli di bilancio, non fu pronto fino al 1986. La prima missione ad utilizzare il pad fu la STS-51-L, che decollo il 28 gennaio 1986 alle 16:38:00 UTC, che si concluse con il tragico "disastro del Challenger""." Dopo una pausa durata trentadue mesi, la prima missione dopo l'incidente, STS-26, decollò il 29 settembre 1988 alle 16:37:00. dal pad 39B.