1867 wurde Schaffer von Schäffersfeld Vorstand einer Abteilung des Kriegsministeriums und war an der infolge der Niederlage bei Königgrätz notwendig gewordenen Reorganisation der k.u.k. Armee beteiligt. 1869 wurde er Kommandant jenes Regiments, bei dem er seine militärische Laufbahn begonnen hatte (Infanterieregiment Leopold II. König der Belgier Nr. 27).