Poco después, Leven utilizó su influencia para impulsar una propuesta para conformar un ejército escocés que ayudara al en Alemania, pero las Masacres del Úlster marcaron un nuevo rumbo para estas tropas y el propio Leven les acompañó a Irlanda como Lord General. No permaneció allí durante mucho tiempo, ya que poco después estalló la Guerra Civil en Inglaterra y se abrieron negociaciones entre los parlamentos ingleses y escoceses para proporcionarse ayuda militar mutuamente. Leven eventualmente aceptó el mando de las fuerzas reclutadas para la intervención en Inglaterra en favor del Parlamento inglés. Fue también nombrado comandante del ejército Covenanter entre 1644 y 1647 y luchó por la Liga Solemne y Covenant, que unió a ambos parlamentos de Escocia e Inglaterra contra las fuerzas Realistas de los tres reinos estuardos.