A 2006–07-es BL-ben a csoportkörben a PSV Eindhovennel, a Girondins de Bordeauxval és a Galatasarayal kerültek össze, amelyből csoportelsőként jutottak tovább. Az egyenes kieséses szakaszban, több nagyobb csapaton – többek között a Barcelonán, a PSV-n és a Chelsea-n is – keresztüljutva egy tizenegyespárbaj után, ismét Bajnokok Ligája-döntőt játszhatott az AC Milan ellen. Az athéni fináléban Inzaghi két góljára csak túl későn tudtak válaszolni a "Vörösök" Dirk Kuijt révén, így az olasz csapat visszavágott a két évvel korábbi vereségért.