Under det tyske angrepet på Norge i april 1940 kom Storkaia i Molde under angrep fra tyske bombefly 15. april. DS «Eira» var i ferd med å legge til, og sprang lekk da en bombe traff kaia like ved. Det lyktes å forhale skipet til en kai med grunnere vann, slik at hun ikke sank helt under vann. Ingen ble skadet i angrepet, og DS «Eira» ble i løpet av noen dager hevet og reparert. Skipet fortsatte i lokalruter, men 24. oktober 1944 ble hun igjen utsatt for flyangrep – denne gangen fra allierte fly. Hun var ved Lepsøyrevet underveis fra Kjerstad via Skjelten til Roald på Sunnmøre, da fem fly gjennomførte et angrep som varte i 20 minutter.