Колония была экономически успешной, занимаясь торговлей с Англией и Вест-Индией. Нехватка твёрдой валюты в колонии побудила её создать монетный двор в 1652 году. В отличие от Плимутской и Лондонской компаний, которые обустраивали Плимутскую и Вирджинскую колонии, колония Массачусетского залива не была обязана проводить заседания участников в Англии, поэтому управление компанией осуществлялось непосредственно из Бостона и Сейлема. Король был обеспокоен растущей самостоятельностью теократического правительства колонии и в 1684 году аннулировал её устав. Славная революция 1688 года позволила колонистам вернуть самоуправление, но лишь до 1691 года, когда колония была объединена с Плимутской колонией и колонией Мэн в провинцию Массачусетского залива.