Sein Debüt für die Beninische Fußballnationalmannschaft gab Ahoueya am 8. Juni 2003 im Spiel gegen die Mannschaft aus den Sudan. Er war Teilnehmer am Africa-Cup in den Jahren 2004, 2008 und 2010, schied jedoch bei allen Turnieren in der Vorrunde aus. Bis zu seinem letzten Spiel am 10. Juni 2012 im Rahmen der Qualifikation zur Weltmeisterschaft 2014 gegen Ruanda, absolvierte er 55 A-Länderspiele für Benin. Sein erstes Länderspieltor erzielte er am 17. Januar 2004 gegen die tunesische Fußballnationalmannschaft, als er in der 60. Minute zum zwischenzeitlichen 1:1 traf.