Ruqayyah wafat ketika Nabi Muhammad masih hidup, tepatnya pada bulan Ramadhan tahun 2 H/Maret 624, ketika sedang berlangsungnya Pertempuran Badar, ia sakit, suaminya Utsman bin Affan menetap bersamanya di Madinah untuk menjaganya serta tidak ikut serta dalam Pertempuran Badar atas perintah Nabi Muhammad , ketika Ruqayyah wafat, Utsman memakamkan jenazah istrinya pada hari dimana datangnya Zaid bin Haritsah ke Madinah membawa kabar kemenangan kaum muslimin pada pertempuran Badar. Ketika Nabi Muhammad mendapatkan kabar atas wafat putrinya Ruqayyah, ia bersabda: Segala puji bagi Allah, telah dimakamkan putri-putri dari perempuan-perempuan yang mulia.