Naprawdę tylko z trudem można nadać Rautenstrauchowi miano „powstańca listopadowego”. W czasie Nocy Listopadowej znajdował się wraz z oficerami przeciwnymi powstaniu w pobliżu Arsenału i był świadkiem śmierci kolegi z lat napoleońskich gen. Blumera, który padł od kul powstańczych. Potem Rautenstrauch wraz z innymi oficerami wiernymi carowi usiłował zorganizować opór nieopodal Arsenału, na Placu Bankowym, bezskutecznie namawiając m.in. innego kolegę z dawnych lat, generała Żymirskiego, do ataku na oddziały insurgentów. Działalność Rautenstraucha w strukturach Powstania ograniczyła się do okresu ok. czterech dni, gdy przed powołaniem gen. Izydora Krasińskiego na stanowisko ministra wojny zarządzał ówczesnym MON, Komisją Rządową Wojny, i był tzw. generałem dyżurnym. Poza tym unikał wszelkiej działalności. W czasie czerwcowych zamieszek roku 1831 w Warszawie, gdy oskarżono kilkunastu cywilów i wojskowych o współpracę z wrogiem i uwięziono ich na Zamku (miesiąc później inny kolega Rautenstraucha, gen. Antoni Sałacki, więzień na Zamku, został zlinczowany przez motłoch warszawski), Rautenstraucha aresztowano, ale wkrótce zwolniono na podstawie zaświadczenia lekarskiego. Ostatnie miesiące powstania generał przesiedział cicho „na chorobowym” w Warszawie, zapewne pomny swych przeżyć z okresu insurekcji kościuszkowskiej, obrony Warszawy przed szturmem wojsk Suworowa i rosyjskiej rzezi ludności Pragi. Gdy nastała kapitulacja stolicy, zgłosił się natychmiast do władz rosyjskich i otrzymał od ks. Paskiewicza zadanie reorganizacji dawnej KRW.