В 1939 году М. Н. Ахутин принимал участие в боях у реки Халхин-Гол как один из организаторов и руководителей хирургической помощи раненым. В сложных полевых условиях он продумал и организовал единую систему этапного лечения раненых РККА, а также оказал большую помощь медицинским работникам армии МНР. Работая по 15-18 часов в сутки, он уделял большое внимание совершенствованию подготовки и повышению квалификации врачей-хирургов. Во время операции одного из раненых командиров, в условиях отсутствия времени он перелил раненому собственную кровь.