Била је ћерка енглеског краљевића Едварда Избеглог. Њена мајка Агата била је пореклом из Угарске. Маргарета је и рођена у Угарској, где је васпитана на двору, где се у избеглиштву био склонио њен отац. Угарски је краљ Андрија Ι био изразито наклоњен Католичкој цркви и то је утицало на Маргарету. Долази у Енглеску 1057. године када је њен отац Едвард био позван да се врати у домовину. Маргарета је заједно са породицом морала опет бежати након норманске провале 1066. године. Склонила се у Шкотску, где је краљ Малколм ΙΙΙ Шкотски запросио Маргаретину руку, која је тада имала 24 године. Тако је постала шкотска краљица.