En enero de 1997 regresó al Dinamo por tercera vez. El club en ese momento había caído algo desde sus logros anteriores. El club había sido expulsado de las competiciones europeas tras intentar sobornar a un árbitro de la UEFA, y el club tampoco atravesaba su mejor momento en la liga doméstica. Lobanovski, sin embargo, logró convertir el club rápidamente en un equipo ganador y cambió la dinámica y el entorno. Además de llevar al equipo a ganar cinco campeonatos de liga consecutivos, Lobanovski había logrado convertir al Dinamo en uno de los mejores equipos de Europa, llegando a las semifinales de la Liga de Campeones en 1999. Fue nombrado entrenador de la selección nacional de en marzo de 2000, pero fue despedido después de que el equipo perdiese un desempate para llegar a la Copa del Mundo de 2002 contra .