Le nouveau terminal qui le remplace est construit plus à l'est de la ville, à l'emplacement actuel. D'autres aménagements ont lieu de 1993 à 1995. L'indépendance du pays en 1991 entraîne l'ouverture de nouvelles lignes, notamment par des compagnies charters, mais le blocus dont est victime la Macédoine puis la Guerre du Kosovo portent préjudice à l'aéroport. Depuis cette époque, le trafic en nombre de passagers est toutefois généralement en croissance (sauf en 2001, 2003, 2004 et 2009). Le nombre de vols charters diminue mais il est compensé par la création de nouvelles lignes standards.