Richthofen war Stabschef der Legion Condor während ihres sehr bekannt gewordenen Luftangriffs auf Gernika im April 1937. Dieser Angriff, bei dem die religiöse Hauptstadt des Baskenlandes fast vollständig zerstört und hunderte Zivilisten getötet wurden, war das erste Flächenbombardement auf Zivilisten in der Kriegsgeschichte und der erste große Verstoß der deutschen Luftwaffe gegen das Kriegsvölkerrecht. Richthofen notierte seine Bewertung des Angriffs in seinem Kriegstagebuch: „Die 250er warfen eine Anzahl Häuser um und zerstörten die Wasserleitung. Die Brandbomben hatten nun Zeit, sich zu entfalten und zu wirken. Die Bauart der Häuser: Ziegeldächer, Holzgalerie und Holzfachwerkhäuser, führte zur völligen Vernichtung. (..) Bombenlöcher auf Straßen noch zu sehen, einfach toll.“ Das damit begangene Kriegsverbrechen ist bis zu seinem Tod niemals eindeutig thematisiert worden noch wurde er dafür rechtlich zur Verantwortung gezogen.