Далее наступил период спада. Несмотря на все благополучные условия, уровень развития хлопководства в Азербайджане не соответствовал его возможностям. Пережитки отсталых производственных отношений играли отрицательную роль в развитии хлопководства. Большая зависимость производителей от эксплуататоров, неблагополучная политика цен в хлопководстве, военные годы, конкуренция с другими отраслями земледелия, стихийные бедствия и другие факторы стали задерживать развитие хлопководства. И в результате к концу этого периода хлопководство пришло в упадок. В 1985 году производство хлопка в Азербайджане уменьшилась с 1 млн до 780 тыс. тонн. Указанный спад производства в отрасли продолжался до распада бывшего Союза. А после приобретения независимости по некоторым определенным причинам спад производства продолжался. В начале второго десятилетия 2000 года в Азербайджане с площади всего 18 тыс. 700 гектаров было собрано 35 тыс. тонн хлопка.