Большую часть своей жизни в дальнейшем Барбара провела в одиночестве в Вильнюсе, так как её муж, будучи великим князем Литовским, находился на войне, объявленной Московскому великому княжеству. Зная набожность и «святость» в вопросах веры своей королевы, некоторые современники приписывали победу литовцев под Оршей над русскими войсками непрестанным молитвам Барбары. В 1515 году королева родила вторую дочь, Анну, умершую вскоре после родов. Сама Барбара также скончалась в начале октября 1515 от родовой горячки.