Nombrado Comandante militar de Badajoz desde el 25 de julio de 1936 por el Ministro de la Guerra Luis Castelló Pantoja, organizó la defensa de la provincia y de la ciudad. Apresado durante unas horas el 6 de agosto de 1936 por una sublevación de parte de la guarnición de Badajoz, fue herido levemente por la metralla de un bombardeo en el antebrazo izquierdo. Tras recuperar el mando de las tropas, continuó con su labor ante el inminente ataque del Ejército de África. El 13 de agosto de 1936 las fuerzas del Ejército sublevado tomaron posiciones próximas a la ciudad, conquistándola al día siguiente. Puigdengolas permaneció al frente de la defensa hasta que las tropas, mayoritariamente Regulares y de la Legión rebasaron sus murallas, escapando entonces hacia Portugal.