Эльфинстоун был произведен в генерал-майоры в 1837 году, а в 1841 году во время Первой англо-афганской войны командовал британским гарнизоном в Кабуле численностью около 4500 человек, из которых 690 были европейцами, а остальные — индусами. Гарнизон также включал 12 000 гражданских лиц, включая солдатские семьи. Он был пожилым, нерешительным, слабым и нездоровым, и оказался совершенно некомпетентным для этой должности. Вся его команда была убита во время отступления англичан из Кабула в январе 1842 года.