Mặc dù Nakata có mặt ở mọi trận đấu trong ba kỳ World Cup đầu tiên của Nhật Bản, tuy nhiên anh không có tên trong các đội hình vô địch Cúp bóng đá châu Á vào các năm 2000 và 2004. Anh có tổng cộng 77 lần ra sân cho đội tuyển quốc gia, ghi 11 bàn, trong đó có 9 bàn ở các giải đấu của FIFA.