Metaxás palveli sotilaana Kreikan–Turkin sodassa vuonna 1897 ja jatkoi sotilasopintojaan Saksassa. Hän toimi Kreikan pääesikunnassa Balkanin sotien aikana 1912–1913 ja vuonna 1913 hänet nimitettiin esikunnan päälliköksi. Hänet ylennettiin kenraaliksi vuonna 1916. Metaxás vastusti Kreikan osallistumista ensimmäiseen maailmansotaan ja pääministeri Elefthérios Venizélosin suunnitelmaa läntisen Anatolian valloittamiseksi. Kenraali Metaxás oli poliittiselta ajattelultaan voimakas monarkisti ja vuonna 1917 hän lähti maanpakoon yhdessä syrjäytetyn kuningas Konstantin I:n kanssa. Molemmat palasivat vuonna 1920. Kreikan muututtua tasavallaksi vuonna 1923 Metaxás pakeni toistamiseen maasta, mutta palasi tällä kertaa pian. Hän perusti 1920-luvulla Vapaa-ajattelijoiden puolue (Kόμμα των Ελευθεροφρόνων, "Kómma ton Eleftherofrónon") -nimisen rojalistisen puolueen, jonka vaihteleva kannatus ei kuitenkaan vielä riittänyt nostamaan häntä valtaan. Metaxás oli vuonna 1928 lyhyen aikaa ministerinä, mutta muuten hän oli oppositiossa koko toisen tasavallan ajan.