I přesto byl však ze stáje vyřazen a v letech 1996-1998 tak jezdil za švýcarský tým Sauber, za který pouze dvakrát dosáhl pódiového umístění. Po přesunu do týmu Stewart roku 1999 dosáhl svého třetího a posledního vítězství během slavné mokro-suché velké ceny Evropy. Po sezoně byl Stewart koupen Fordem a přejmenoval se na Jaguar. Herbert zde zažil další nepovedenou sezonu bez jediného bodu a po těžké havárii během velké ceny Malajsie ukončil svou kariéru ve Formuli 1.