בשנת 1986 השתתף שומאכר בטורניר הגדול האחרון שלו, מונדיאל 1986, בו שימש קפטן. שומאכר שיחק את מלוא הדקות של הנבחרת במונדיאל זה. ברבע הגמר מול נבחרת מקסיקו המארחת, עצר שומאכר שני פנדלים של שחקני מקסיקו בבעיטות ההכרעה, וסייע לגרמניה המערבית להעפיל לחצי הגמר, בו נפגשה גרמניה המערבית שוב עם נבחרת צרפת ופטריק בטיסטון, שחיפשו לנקום על השערוריה במונדיאל 1982. גרמניה המערבית ניצחה במשחק זה בתוצאה 2-0. בטיסטון אמר לאחר המשחק שהתקרית נשכחה ונסלחה. למרות זאת, הוא טען כי הוא שמר מרחק משומאכר ונזהר שלא להתקרב אליו, ואף לשמור ממנו מרחק של 40 מטר. שומאכר עם זאת נמנע מלהגיב על התקרית. גרמניה המערבית כאמור ניצחה במשחק ועלתה לגמר מונדיאל 1986, בו הפסידה 3-2 לנבחרת ארגנטינה. שומאכר הציג יכולת מצוינת לכל אורך המונדיאל, ובסיום הטורניר זכה בכדור הכסף, תואר המוענק לסגנו של השחקן המצטיין של המונדיאל, כאשר בכדור הזהב זכה דייגו ארמנדו מראדונה. לאחר מונדיאל זה, פרש שומאכר מנבחרת גרמניה המערבית, במדיה ערך 76 הופעות.