A partir d’, lors du début de la guerre civile de 2005-2010, les défections des Zaghawa se multiplient et pour aboutir à la formation de plusieurs groupes armés qui s'établissent au Darfour et dont l'objectif est le renversement du régime du président Déby. Ils sont particulièrement nombreux notamment parmi les Kobe, qui représentent aussi une fraction importante des combattants du Mouvement pour la justice et l'égalité (MJE), un groupe rebelle soudanais. Cette situation amènera le chef de l'Etat tchadien à s'appuyer sur les Kapka.