1795年のヴァンデミエールの反乱において、パリ市内での大砲奪取任務の参加者を募集していたナポレオン・ボナパルト（当時ポール・バラスの副官だった）と出会い、任務に志願して見事成功させ、王党派の反乱鎮圧に貢献する。ナポレオンはこの功績で脚光を浴びることとなり、ミュラにとっても大きな転機となった。その後、ナポレオンのイタリア遠征に自ら志願して参加し、エジプト遠征では負傷するものの見事な働きを見せ、ナポレオンの側近として、また優秀な騎兵指揮官として名声を確立させた。特に1799年のアブキールの戦いでは自ら敵陣に切り込み、敵大将を討ち取るという華々しい戦果を挙げた。1800年にはナポレオンの妹カロリーヌと結婚、名実共にボナパルト家の一員となる。1804年には元帥に昇進、に就任した。数々の戦いでその騎兵指揮官としての能力を存分に発揮し、ナポレオンをして「世界最高の騎兵」と賞賛せしめた。この時期におけるアイラウの戦いでの決定的な働きは軍事史における最も目覚ましい活躍の一つとして語り継がれている。しかし、高位の軍司令官としては判断力、決断力共に欠け、元帥昇進後あたりから失策が目立ち始める。