На чемпионате Европы в 2006 году Евгения участвовала в забеге на 400 метров с барьерами. Она выиграла эту дистанцию, установив личный рекорд. На следующем чемпионате Исакова в финале стала 6-й, показав лучший личный результат в сезоне.