Vasja Bajc po zakończeniu kariery sportowej rozpoczął karierę trenerską. W latach 1990–1994 prowadził reprezentację Hiszpanii. Następnie w latach 1994–2002 współpracował z reprezentacją Japonii, gdzie był m.in.: indywidualnym trenerem Kazuyoskiego Funakiego, który pod wodzą Bajca odnosił największe sukcesy w swojej karierze: mistrzostwo (na dużej skoczni) i wicemistrzostwo olimpijskie 1998 (na normalnej skoczni), wygrana w &lt;a href="46.%20Turniej%20Czterech%20Skoczni"&gt;Turnieju Czterech Skoczni 1997/1998&lt;/a&gt;, mistrzostwo świata w lotach 1998 oraz 2. miejsce (1997) i 3. miejsce w klasyfikacji generalnej Pucharu Świata (1998).