W 2003 miasto było jednym ze światowych epicentrów (i największym poza Azją południowo-wschodnią) wirusa SARS, który spowodował śmierć ponad 30 osób w mieście. Zła sława przyczyniła się do spadku liczby turystów odwiedzających miasto. Kiedy władzom medycznym Toronto udało się opanować epidemię, zorganizowano wielki koncert „SARS Benefit Concert”, który był drugim co do skali koncertem na świecie, po festiwalu Woodstock 1969. Udział w nim wzięli tacy artyści, jak The Rolling Stones, &lt;a href="AC/DC"&gt;AC/DC&lt;/a&gt;, Rush, The Guess Who, Justin Timberlake. W 2003 roku Toronto było ofiarą północnoamerykańskiego „Blackoutu”, kiedy w mieście wyłączono energię elektryczną. W listopadzie 2003 nowym merem Toronto został David Miller. W 2004 nowemu merowi po raz pierwszy od wielu lat udało się zrównoważyć miejski budżet.