En puntos clave de su larga historia, un sitio que se pensó que era la tumba de José en esta área fue testigo de un intenso conflicto sectario. Los samaritanos y los cristianos, que disputaban el acceso y el título del sitio en el período bizantino temprano, a menudo participaban en enfrentamientos violentos. Después de que Israel capturó Cisjordania durante la Guerra de los Seis Días en 1967, a los musulmanes se les prohibió el culto en el santuario y gradualmente se convirtió en una sala de oración judía. La fricción interreligiosa y el conflicto de los reclamos judíos y musulmanes rivales sobre la tumba se volvieron frecuentes. Aunque cayó bajo la jurisdicción de la Autoridad Nacional Palestina (ANP) después de la firma de los Acuerdos de Oslo, permaneció bajo custodia de las Fuerzas de Defensa de Israel (IDF) con la prohibición a los musulmanes de orar allí. Al comienzo de la Intifada de Al-Aqsa en el año 2000, justo después de ser entregado a la ANP, fue saqueada y arrasada por los disturbios palestinos. Después de la reocupación de Nablus durante la Operación Escudo Defensivo de Israel en 2002, los grupos judíos volvieron allí intermitentemente. Entre 2009 y 2010 se renovó la estructura, se instaló una nueva cúpula y se reanudaron las visitas de fieles judíos.