Im Dezember 1325 hatte Königin Isabelle Stapeldon in einem Brief getadelt, dass er nicht für die Kosten ihres Haushalts in Frankreich aufkommen würde. Erneut beklagte sie, dass für ihr Exil in Frankreich die Feindschaft von Hugh le Despenser ihr gegenüber verantwortlich sei. Eduard II. befürchtete nun eine Invasion von Roger Mortimer und seinen anderen Gegnern aus Frankreich. Stapeldon erklärte sich für die Verteidigung von Südwestengland bereit, doch als Mortimer und die mit ihm verbündete Isabelle im September 1326 mit einem Heer in Südostengland landeten, kehrte er nach London zurück. Als Verbündeter der Despensers war er in der Stadt äußerst unbeliebt, dazu behauptete der ehemalige Mayor Chigwell, dass er mit für die Gerichtsverfahren verantwortlich war, die unter Missachtung der Privilegien der City of London Anfang 1321 in der Stadt abgehalten worden waren. Ein aufgebrachter Mob plünderte Stapeldons Londoner Stadthaus und brannte es nieder. Als Stapeldon mit einer kleinen Eskorte trotz Warnungen vor seinem Haus erschien, ergriff ihn der Mob und schleppte ihn nach Cheapside, wo ihm mit einem Brotmesser der Kopf abgeschnitten wurde. Der Kopf wurde der Königin zugesandt, die schließlich anordnete, Stapeldons Körper in der Kathedrale von Exeter beizusetzen, was schließlich am 28. März 1327 geschah.