元暦2年（1185年）に安徳天皇が居住してから来眞三種権現と改められ、三種の神器と内陣に祭られた桂庵玄樹書の棟札によれば、明応8年（1499年）に島津忠昌により社殿を修復したとある。さらに慶長3年（1598年）の朝鮮の役の折、安徳天皇の末裔である長濵権之丞吉延が島津義弘の危機を救った礼として、島津氏の崇敬を受け奉納品も多かった。以後修理費用を島津家から出され、文政10年（1839年）まで5回の修復がなされている。