Iniciada el 1648, la conquesta de Creta per part de l'Imperi Otomà el 1669 va acabar amb el setge de Càndia. El període otomà de la història de l'illa és ple d'insurreccions. El 1821, Grècia es va rebel·lar contra l'ocupació otomana i Creta va prendre part en la guerra d'independència. Tanmateix, el 1830, al final de la guerra, aquesta darrera no formà part del nou estat grec. El protocol de Londres del 7 de febrer cedí l'illa a Muhàmmad Alí Paixà d'Egipte pels serveis prestats a l'Imperi Otomà durant la guerra de la independència del Peloponès. Alí Paixà nomenà Mustafà Naili Paixà com a governador de l'illa.