Die Mixtur aus ihrer Bekanntheit, ihrer Musik und derartigen Auftritten führte zu Protesten, ständigen Angriffen der religiösen Rechten und schließlich zu Auftrittsverboten in einigen Städten der USA. Außerdem wurde die Band in der amerikanischen Presse für den Amoklauf an der Columbine High School verantwortlich gemacht. Allerdings stellte sich später heraus, dass die Attentäter keine Fans von Marilyn Manson waren und die Kritik daher unberechtigt war. Aufgrund dieser Beschuldigungen zog sich die Band für drei Monate zurück und überlegte, ob und wie es weitergehen sollte. Marilyn Manson schrieb daraufhin die Songs "Disposable Teens" und "The Nobodies".