De stad werd in 1157 door Berthold IV van Zähringen gesticht, en werd ook aangeduid als Fribor, Friborc, Friborch, Friburch of Friburg. De naam van de stad is direct verbonden met Freiburg im Breisgau, dat in 1120 door Koenraad I van Zähringen was gesticht en de thuishaven van het geslacht Zähringer was. Na de dood van de laatste telg van de hoofdtak van geslacht Zähringen Berthold V van Zähringen, de stichter van Bern, in 1218 verviel de stad vanwege de overlevering via zijn zus Anna aan het geslacht Kyburg, Ulrich von Kyburg. Voordat de Kyburgers, vanwege schulden, de stad in 1277 verder verkochten aan Rudolf I van Habsburg, stelden ze een gemeentegrondwet op, waarin de institutionele, economische en rechterlijke organisatie van de stad werd geregeld. Tot 1452 viel de stad onder de heerschappij van de Habsburgers. In deze tijd kwamen de burgers in de stad tot aanzienlijke rijkdom. Vanaf 1283 werd gewerkt aan de kerk, tegenwoordig kathedraal, die gewijd is aan Nicolaas van Myra. In 1404 werd een nieuwe grondwet aangenomen, de "Vennerbrief". In de 15e eeuw vonden burgeroorlogen en oorlogen met Bern en Savoye plaats, waardoor de stad verzwakt werd. Het resultaat daarvan was dat de stad in 1452 deel werd van Savoye (tot 1477). Fribourg nam samen met Bern deel in de Bourgondische oorlogen, met als roemrijkste slag de Slag bij Murten (1476), hetgeen leidde tot de onafhankelijkheid. In 1478 werd Fribourg een vrije bondsstad.