Gerd Kanter se révèle durant la saison 2005 en remportant la finale de la Coupe d'Europe hivernale des lancers de Mersin avec la performance de 66,05 m. Vainqueur cette même année des Universiades d'İzmir, il franchit par ailleurs pour la première fois la limite des 70 mètres (70,10 m à Chula Vista). Participant à ses deuxièmes Championnats du monde, il parvient à monter sur la deuxième marche du podium grâce à un lancer à 68,57 m, se classant derrière le Lituanien Virgilijus Alekna. Il conclut l'année 2005 en se classant deuxième des finales mondiales de l'IAAF. L'année suivante, l'Estonien décroche la médaille d'argent des Championnats d'Europe à Göteborg avec 68,03 m, devancé une nouvelle fois par Alekna. Quelques jours après la compétition, il établit la meilleure performance de sa carrière, la troisième de tous les temps, en lançant son disque à 73,38 m à l'occasion du meeting d'Helsingborg.