Во время Тринадцатилетней войны с Польшей с Речью Посполитой (за контроль над западнорусскими землями) приходилось заботиться о сборе и отсылке разных припасов: 23 февраля 1655 года патриарх московский Никон прислал Замыцкому грамоту об отправке под Смоленск из Ферапонтова монастыря хлебных запасов (одной половины по зимнему, а другой по летнему пути). В июне и в сентябре того же года Василий Афанасьевич Замыцкий уведомлял патриарха о сборе лошадей с белозерских монастырских и церковных земель для отправки к городу Смоленску, а также о хлебном и денежном сборе с белозерских вотчинных и поместных земель.