Tentara Jepang mendarat di Indonesia melalui Ambon pada 1 Januari 1942 dari Kendari. Meskipun dahulu senasib sebagai budak VOC dan Belanda, Jepang berhasil menaklukan Belanda dan sekutunya dalam Pertempuran Ambon untuk merebut Kota Ambon yang merupakan markas angkatan laut. Dalam pendudukan dan penjajahan Jepang, Ambon digunakan sebagai pangkalan udara utama. Selain itu, warga Ambon mengalami kemiskinan dan kelaparan sebagai dampak dari perang.