MEK avusti Irakin turvallisuusjoukkoja kurdien kansannousun kukistamisessa ensimmäisen Persianlahden sodan jälkeen vuonna 1991 ja šiiojen levottomuuksien kukistamisessa vuonna 1999. MEK on kiistänyt osuutensa näihin tapahtumiin. MEK:n aseellinen siipi teki koko 1990-luvun ajan pieniä hyökkäyksiä Irakista rajan yli Iranin puolelle sekä Iranin lähetystöihin ulkomailla kohdistuneita iskuja ja Iranin johtoon kohdistuneita salamurhia. Iskut rajalla vilkastuivat vuosina 2000–2001, mutta lakkasivat sen jälkeen. Iran tulitti vuonna 2001 MEK:n leirejä kymmenillä Scud-ohjuksilla. Vuonna 2001 Yhdysvaltain, Britannian ja Saksan viranomaiset paljastivat MEK:n syyllistyneen rahanpesuun.