Cañizares har spilt 44 landskamper for siden debuten i 1993. I de store mesterskapene har han som regel vært lagets andrevalg, så han har bare spilt fire kamper i de store landslagsturneringene: en i VM 1994, og tre i EM 2000. Han var med i troppen til EM 1996, VM 1998 og EM 2004, men var reserve for Andoni Zubizarreta på 1990-tallet og for Iker Casillas i 2004. Cañizares var imidlertid førstevalget da Spania vant gullmedaljene under OL 1992 i Barcelona.