במהלך הקריירה שלו השתתף סוזה ב-39 משחקים של נבחרת צרפת, בין 1988 ל-1993, והבקיע בהם תשעה שערים. הוא שימש כקפטן הנבחרת בתשעה משחקים, ונטל חלק במשחקי הנבחרת ביורו 1992, בו הודחה צרפת בשלב הבתים. הוא שיחק במדי הנבחרת עד גיל 21 שזכתה באליפות אירופה בכדורגל עד גיל 21 ב-1988. סוזה זכור לאוהדי הכדורגל בישראל כמי שהבקיע את השער הצרפתי הראשון בהפסד הידוע 2 - 3 ל בפארק דה פראנס, במסגרת מוקדמות מונדיאל 1994. משחקו הבא של סוזה היה בהפסד 1 - 2 ל, בעקבותיו לא העפילה צרפת למונדיאל 1994 בארצות הברית.