Da Norge ble angrepet 9. april dro Linge samme dag med tog ut av Oslo mot Åndalsnes og mobiliseringsstedet Setnesmoen. Han var på denne tiden vernepliktig løytnant. På Åndalsnes møtte han sin gamle venner Kristian Gleditsch og Nini Haslund Gleditsch som arbeidet for det improviserte «Overkommandoens opplysningskontor». Trygve Lie beskriver i sine erindringer at han møtte Linge på Åndalsnes 18. april. Linge kan ha deltatt i jakten på tyske fallskjermsoldater som ble sluppet i Lesja-området 14. april og kan også ha deltatt i kampene ved Kvam i Gudbrandsdalen, men kildene er uklare. Da britiske styrker ankom Åndalsnes 17.-18. april ble han liaisonoffiser mellom oberst David Thues Møre infanteriregiment nr. 11 og den britiske styrken, Linge ledet blant annet arbeidet med landsetting av styrkene. Han deltok i arbeidet med den provisoriske flyplassen på Setnesmoen i slutten av måneden. Under bombingen av Åndalsnes og Setnesmoen ble han såret av en granatsplint og sendt med hospitalskip til Storbritannia 30. april. I Storbritannia ble han utnevnt til kaptein. Her organiserte han Norwegian Independent Company 1, hvor utvalgte nordmenn fikk opplæring til å utføre spesielt farlige særoppdrag i Norge. Linge ledet våren 1941 de norske styrkene ved det vellykkede Lofoten-raidet.