Največja moč predsednika je njegova sposobnost, da izbere predsednika vlade. Ker pa ima skupščina republike izključno pristojnost, da razreši vlado, mora predsedniku vlade, ki ga imenuje predsednik, zaupati večina predstavnikov v skupščini, sicer se lahko sooči s predlogom nezaupnice. Predsednik ima diskrecijsko pravico za razpustitev parlamenta, ko se mu to zdi primerno (na Portugalskem pogovorno znano kot "atomska bomba"). Predsednik Sampaio je to pooblastilo konec leta 2004 uporabil za odstranitev kontroverzne vlade Pedra Santane Lopesa, kljub temu, da je vlada v parlamentu uživala absolutno podporo. Leta 2003 je predsednik Sampaio posredoval tudi za omejitev portugalskega sodelovanja v iraški vojni - kot vrhovni poveljnik oboroženih sil je prepovedal napotitev portugalske vojske v vojno, s katero se osebno ni strinjal, in se spopadel s takratnim premierjem Joséjem Manuelom Barrosom.