Après l’arrivée des Espagnols au les Huichols se retirent dans les montagnes escarpées du nord de Jalisco et de Nayarit. Bien que convertis théoriquement au christianisme à l'époque coloniale par les missionnaires franciscains, la majeure partie de la culture autochtone Huichol réussit à rester intacte en raison de son isolement et du manque de ressources minérales ou autres qui intéressaient les Espagnols. Selon l'historien et anthropologue mexicain Fernando Benítez, les Huichols conservent probablement leurs anciens systèmes de croyances mieux que tout autre groupe autochtone au Mexique. Une grande partie de cette tendance isolationniste reste intacte même si la situation économique force plusieurs Huichols à migrer vers des domaines tels que Guadalajara, et les zones côtières pour travailler ou vendre leurs marchandises.