Nach einigen Meutereien von Armeeangehörigen flohen diese vor herannahenden regierungstreuen Truppen auf tansanisches Gebiet. Amin bezichtigte daraufhin den Präsidenten von Tansania Julius Nyerere der Beteiligung an umstürzlerischen Plänen in Uganda und besetzte am 1. November 1978 einen Teil des Territoriums von Tansania bis zum Kagera und verübte zahlreiche Massaker an Zivilisten (siehe Uganda-Tansania-Krieg). Daraufhin marschierten am 28. November 1978 tansanische Truppen in den Süden Ugandas ein und unterstützten damit die ugandischen Untergrundkämpfer um die um Yusuf Lule in Moshi in Tansania gegründete "Uganda National Liberation Front" (UNLF), die Amin zu stürzen suchte. Am 11. April 1979 wurde Kampala erobert und Amin gestürzt, der nach Libyen floh und weiter ins Exil nach Saudi-Arabien. Gleichzeitig setzten Plünderungen durch Angehörige aller Konfliktparteien ein und marodierende Banden von Soldaten verwüsteten weite Teile der Infrastruktur des Landes.