Zurück in Tschechien wurde er dann neuer Trainer des Erstligisten Chodov Prag, in dessen Frauenteam auch seine Ehefrau und Unihockeyspielerin Magdalena Cepek-Žižková spielte. Als dann zwei Jahre nach seiner Nichtberufung die tschechischen Nationalelf bei der darauffolgenden Weltmeisterschaft in der Schweiz nur auf dem 7. Platz beendete, wurde Cepek zum neuen Nationaltrainer ernannt und wurde dadurch Ersatz von Tomáš Trnavský, der ihn zwei Jahre zuvor aus der Nationalmannschaft ausschloss. Cepek hat im Frühling 2015 angekündigt, dass er noch bis zur WM 2018 in Tschechien Nationaltrainer bleiben will. Als Teil dieser Vereinbarung kann er auch wieder Trainer eines tschechischen Erstligisten werden. Nach der Weltmeisterschaft 2016 in Riga, welche für das Tschechische Nationalteam ohne Medaille endete, gab Cepek seinen Rücktritt bekannt. In Chodov konnte er als Spielertrainer in der Saison 2012/13 den Cup gewinnen und erreichte auch den Playofffinal, der jedoch verloren ging. Nach diesem Erfolg beendete er seine Spielerkarriere und war nur noch als Coach tätig. Cepek verließ Chodov im Sommer 2016 und ist neu Trainer von FBC Start98 Prag.