Halonen saapui Suomeen (Vaasaan) jääkäreiden pääjoukon mukana aliupseeriksi ylennettynä 25. helmikuuta 1918. Hänet komennettiin Suomen sisällissotaan joukkueenjohtajaksi 3. Jääkärirykmentin 5. jääkäripataljoonan 3. komppaniaan. Hän otti osaa taisteluihin Tampereella ja Viipurissa.