Déby omvaldes för en andra presidentperiod på fem år 2001. Oljeutvinning i Tchad påbörjades 2003 och medförde förhoppningar om att Tchad äntligen skulle få möjligheter till fred och välstånd. Istället förvärrades de inre motsättningarna och ett nytt inbördeskrig bröt ut. Déby modifierade ensidigt konstitutionen för att avskaffa begränsningen med maximalt två presidentperioder. Detta för att han skulle kunna omväljas för den tredje presidentperiod på fem år. Därigenom orsakade han ett ramaskri i det civila samhället och hos oppositionspartierna. År 2006 omvaldes så Déby för en tredje presidentperiod i ett val som oppositionen bojkottade. Det etniskt motiverade våldet i östra Tchad har ökat. UNHCR har varnat för att ett folkmord, liknande det som skett i Darfurkonflikten, kan inträffa i Tchad.