ב־1927 עם קומוניסטים בכירים אחרים, כולל מאו דזה-דונג ומיכאיל בורודין, הוא שיתוף פעולה הדוק עם ממשלתו הלאומית של וואנג ג׳ינגווי בווהאן, כדי לשכנע את המשטר של וואנג לאמץ מדיניות פרו-קומוניסטית. מדיניות רפורמת הקרקעות הממשלתית של ווהאן נחשבה פרובוקטיבית דיה כדי להשפיע על גנרלים שונים המתנגדים לקוומינטנג לתקוף את משטרו של וואנג ולדכא אותו. צ'ן נאלץ להתפטר מתפקידו כמזכיר כללי ב-1927, בשל אי שביעות רצונו מההוראה של הקומינטרן להתפרק מנשקו במהלך תקרית 12 באפריל, שהובילה למותם של אלפי קומוניסטים - הידוע בשם טבח שאנגחאי ב-1927, ובגלל חילוקי הדעות על ההתמקדות החדשה של הקומינטרן במרי איכרים.