Christine est la deuxième des six enfants du landgrave Frédéric de Hesse-Eschwege (« le grand Fritz »), et d'Éléonore-Catherine de Deux-Ponts-Cleebourg, sœur du futur roi de Suède Charles X Gustave. Peu de choses sont connues sur son enfance. Les premières années, elle grandit avec sa mère à Eschwege. Après la mort de son père, en 1655 durant Première guerre du Nord elle hérite de son jeune frère Ernest de Hesse-Rheinfels la part de Frédéric de la « Hesse-Rheinfels-Rotenbourg ». Sa mère s'installe avec ses enfants sur son domaine dans l'ancien monastère de Osterholz à Brême.