Bereits wenige Monate später, am 28. November 1903, bestieg er mit den Missionaren Schaible und Eich den Dampfer „Helene Woermann“ und erreichte am 27. Dezember 1903 Swakopmund in Deutsch-Südwestafrika. In Scheppmannsdorf am Kuiseb erlernte er die Grundbegriffe der Namasprache. Aufgrund des Aufstands der Herero und Nama musste Vedder seinen Unterricht in Scheppmannsdorf abbrechen und bei Missionar Olpp in Otjimbingue fortsetzen. In Karibib lernte er bei Missionar Dannert fünf Monate die Sprache der Herero und ließ sich kurz vom finnischen Missionar Martti Rautanen in die Ndongasprache einweisen.