Dopo il trattato di Schönbrunn, Willisen se ne andò dall'esercito austriaco senza riprendere servizio. Visse a Teutschenthal nei pressi di Halle (Saale), dove fu arrestato con l'accusa di diserzione nel 1811, ed imprigionato a Kassel. Evase e tornò al servizio dell'esercito prussiano, dopo che il suo ufficiale lo liberò dall'impegno con gli austriaci. Willisen combatté le battaglie napoleoniche del 1813-1814, come parte dell"'esercito Silesiano" prussiano, diventando capitano nel gruppo di Gebhard Leberecht von Blücher nel 1815. Rimase nello Stato maggiore prussiano dopo la sconfitta di Napoleone, diventando insegnante di arte della guerra e di storia della guerra presso l'Accademia militare prussiana. Pubblicò numerosi libri e si oppose al punto di vista di Carl von Clausewitz. Attorno al 1830 Willisen criticò anche la tattica militare russa nel corso delle guerre napoleoniche, sostenendo la rivolta polacca presso nel Regno del Congresso, ed il movimento democratico in generale.