El Ouaer est gardien titulaire de l'équipe nationale tunisienne pendant près de dix ans et participe avec elle aux coupes d'Afrique des nations 1994, 1996, 2000 et 2002. Il participe à la coupe du monde 1998 mais rate celle de 2002 à cause de problèmes au dos. Il est donc remplacé par Ali Boumnijel.