El 26 de maig de 2009, el Tribunal Suprem va admetre a tràmit una querella de FE de las JONS contra Baltasar Garzón per prevaricació en declarar-se competent en la recerca dels crims de la Guerra Civil i el franquisme, presentada com acusació popular per les organitzacions Manos Limpias —presidida per Miguel Bernad, exdirigent del partit d'extrema dreta Fuerza Nueva i del sindicat Fuerza Nacional del Trabajo— i Falange Española de las JONS, aquesta última suposadament implicada directament -segons Garzón- en els crims que es pretenen estudiar, si ben mai s'ha provat tal implicació.