Zonder uitzicht op een plek in het Amerikaans olympisch team tekende Nehemiah in 1982 een profcontract als American Footballspeler bij de San Francisco 49ers. Hij speelde drie jaar lang in de National Football League. In 1984 won hij de Superbowl met de San Francisco 49ers. In 1986 vierde hij zijn comeback in het atletiekcircuit. Hij wist zich in enkele jaren tijd weer op te werken tot een snelste tijd van 13,19. Vanwege een blessure moest hij zich echter in 1991 voor de wereldkampioenschappen in Tokio terugtrekken, wat het definitieve einde van zijn atletiekloopbaan inluidde.