Esser var født i Drammen med norsk mor (født Johannsen) og tysk far. Før krigen studerte han juss og medisin i Kiel og Berlin, og han gikk inn i NSDAP i 1930 og SS i 1931. Esser begynte å arbeide for Gestapo i 1933, og kom til Norge i like etter det tyske angrepet i april 1940. I Norge var Esser "Kriminalrat" og leder for Sicherheitspolizeis "Referat IV", og ledet dermed Gestapos arbeid mot Motstandsbevegelsen.