Durante la guerra eritreo-etiope (1998-2000), l'Etiopia ha incanalato la maggior parte del suo commercio attraverso Gibuti. Sebbene Gibuti fosse nominalmente neutrale, ha interrotto le relazioni con l'Eritrea nel novembre 1998, rinnovandole nel 2000. Il presidente dell'Eritrea Isaias Afwerki ha visitato Gibuti all'inizio del 2001 e il presidente di Gibuti Ismail Omar Guelleh ha fatto una visita reciproca ad Asmara all'inizio dell'estate del 2001. Sebbene Guelleh abbia stretti legami con il Fronte Democratico Rivoluzionario del Popolo Etiope (EPRDF) al potere in Etiopia, ha cercato di mantenere una mano equilibrata, sviluppando relazioni con l'Eritrea.