El 1 de octubre de 1962 se convirtió en el primer estudiante negro de la Universidad de Misisipi. El gobernador segregacionista Ross Barnett se opuso tenazmente a su ingreso, y promovió manifestaciones que requirieron intervención del ejército y varios agentes federales, enviados por el presidente John F. Kennedy. Hubo violentos disturbios, que culminaron con dos muertos (incluyendo un periodista francés, Paul Guihard) y más de 300 heridos (entre ellos 48 soldados y 30 agentes federales), pero Meredith consiguió finalmente ser admitido en la universidad. Esto marcó un hito en la historia del movimiento por los derechos civiles en Estados Unidos.