Para la temporada 1999-2000 Peruzzi fue transferido al Inter de Milán, coincidiendo con su entrenador en la Juventus, Marcello Lippi. Vistiendo la camiseta "nerazzurra" tuvo un óptimo rendimiento con treinta y tres presencias en el campeonato y cuatro en la Coppa Italia. Al final de la temporada, Sébastien Frey —también de un rendimiento alto en ese momento— volvió al Inter, mientras que Peruzzi fue transferido a la Lazio por 17,9 millones de euros.