Tuvo dos hijos, llamados también Diego Pueyrredón, y que formaron parte del Ejército del Norte. El mayor, teniente Diego José Andrés Pueyrredón, luchó en Tucumán, Salta y Vilcapugio, y murió en combate en la batalla de Ayohuma, en 1813. El menor, teniente Diego Domingo Fernando Pueyrredón, fue tomado prisionero en la misma batalla en que su hermano perdió la vida y conducido prisionero al Callao, donde murió en prisión en julio de 1820.