Naton toinen merkittävä sotilaallinen operaatio Allied Force suoritettiin Kosovon sodassa 23. maaliskuuta – 10. kesäkuuta 1999. Tällöin Nato suoritti 11-viikkoisen ilmapommituskampanjan Jugoslaviaa vastaan. Operaatiosta käytettiin termiä ”humanitaarinen operaatio”. Koska sodanjulistusta ei ikinä tehty, Jugoslavia syytti Natoa julistamattomasta ja YK:n peruskirjan vastaisesta aggressiosta.