Решту 1990-х пропрацював в Африці, де тренував збірну Маврикія у 1993 і 1997 роках, збірну Зімбабве протягом 1995—1996, а також збірну Руанди у 1999—2000 роках. Саме роботу з останньою командою тренер неодноразово називав однією з найяскравіших сторінок своєї тренерської кар'єри, де він не стільки досягнув спортивних результатів, скільки сприяв подоланню соціальних наслідків нещодавньої громадянської війни і подальшого геноциду тутсі. Він свідомо залучив до збірної країни порівну представників обох ворогуючих народностей (хуту і тутсі) і значну частину її підготовки приділяв психологічній роботі з донедавна смертними ворогами. Найемоційнішим моментом цього етапу своєї кар'єр Гутендорф вважав перший матч відбору на чемпіонат світу 2002 року, в якому 9 квітня 2000 року руандійці на домашньому полі протистояли одній з найсильніших збірних континенту, Кот-д'Івуару. Господарі здобули нічию 2:2, яку представники ворогуючих народностей Руанди спільно святкували як на полі, так й на трибунах стадіону.