Il campionato 2003-04 iniziò con 2 vittorie consecutive, seguite però da una sconfitta con il Parma e un pareggio con l'Empoli. Nel girone di Champions League, i biancocelesti vinsero la prima gara ma nella seconda furono bloccati sul 2-2 dallo Sparta Praga. Il 5 ottobre 2003 sconfissero per 1-0 il Chievo, con rete di Mihajlović su punizione: nei 4 precedenti in Campionato non avevano mai battuto i veronesi. Non superò il girone europeo, sconfitta dai cechi nell'ultima partita.