La période révolutionnaire est très difficile pour Toulon. D’Albert de Rions, qui commande la flotte, tente d'apaiser les tensions mais ne peut éviter le cachot. Un de ses successeurs, Flotte, est pendu à la porte de l’arsenal au cours des massacres de Septembre (1792). En 1793, la guerre avec l'Angleterre reprend alors que l'escadre est désorganisée par la fuite des officiers et l'agitation en ville. En 1793, la municipalité contre-révolutionnaire appelle les Anglais. Le , ils prennent place dans le port et neutralisent l’escadre républicaine. La contre-attaque révolutionnaire permet à Bonaparte de commencer à Toulon sa carrière militaire : le , les Anglais sont chassés, mais ils ont eu le temps d’incendier une partie des vaisseaux et le stock de bois de construction. Toulon, sévèrement châtiée par la Convention, est rebaptisée Port-la-Montagne pour être restée fidèle au roi comme au temps de la Ligue et de la Fronde. En 1795, la flotte du contre-amiral Martin rentre à Toulon après avoir combattu l’escadre anglaise en vue du cap Noli. L’expédition d’Égypte (1798), achevée à Aboukir, commence à Toulon. Érigée en siège d’arrondissement maritime, Toulon a pour premier préfet maritime le contre amiral Vence.