Embora estivesse em boa fase no Coventry City e jogado as eliminatórias da Copa de 1998, McAllister não foi convocado para o torneio devido a uma lesão. O último de seus 57 jogos pela seleção foi em 1999, contra a República Tcheca, pelas eliminatórias da Eurocopa de 2000. Foram ainda outros 5 gols pela equipe (1 em 1990, 3 em 1992 e o último, em 1997). Mesmo com os pedidos do técnico Craig Brown, McAllister não voltaria a defender a Seleção Escocesa.