У децембру 2006. Муратовић је одиграо прву припремну, а у јануару 2007. прву званичну утакмицу за тек формирану репрезентацију Црне Горе. Као најбољи играч тима — 42 гола на 8 утакмица — предводио је "Црвене" до пласмана на Европско првенство 2008.