French y un abogado de nombre Nicolás Plunkett asumieron el control del Consejo Supremo e intentaron promover un mejor tratado de paz con los "Realistas", al mismo tiempo que una acción judicial más vigorosa sobre las Guerras confederadas de Irlanda. En 1648, un nuevo convenio se firmó con los realistas, y French se destacó por haber asegurado un amplio apoyo por parte de los Confederados. Sin embargo, los elementos católicos más intransigentes se mantuvieron hostiles hacia el tratado. En todo caso, la alianza realista-confederada duró un poco más de un año, hasta que fueron arrasados por la Conquista parlamentaria inglesa que inició en 1649. Los parlamentarios ingleses fueron extremadamente hostiles con el clero católico, apresándolos y luego ejecutándolos. De esta manera, French consideró prudente abandonar Irlanda en 1651, y el resto de su vida residió en Europa continental.