Brasil trải qua một vòng loại World Cup 2002 hết sức khổ sở, Cafu không được trọng dụng bởi Wanderley Luxemburgo, huấn luyện viên trưởng tuyển "vàng - xanh" trong giai đoạn đầu. Cho đến khi Luxemburgo bị cách chức, Luiz Felipe Scolari nắm chức huấn luyện viên đội tuyển, anh lại được trọng dụng. Tại vòng World Cup 2002, anh được giao chiếc băng đội trưởng thay vì Emerson, cầu thủ đã bị loại do chấn thương sau 1 buổi luyện tập.