Η Ομοσπονδιακή Υπηρεσία Ασφαλείας είναι ένας από τους οργανισμούς διάδοχος της Σοβιετικής Επιτροπής της Κρατικής Ασφάλειας (KGB). Μετά την απόπειρα πραξικοπήματος του 1991 - κατά την οποία ορισμένες μονάδες της KGB, καθώς και ο επικεφαλής της KGB Βλαντίμιρ Κρουίτσκωφ, έπαιξε σημαντικό ρόλο - η KGB διαλύθηκε και έπαψε να υπάρχει από το Νοέμβριο του 1991. Τον Δεκέμβριο του 1991, δύο κυβερνητικές υπηρεσίες υπαγόμενες στον Ρώσο πρόεδρο δημιουργήθηκαν με διατάγματα του πρόεδρου Μπορίς Γιέλτσιν, με βάση τις σχετικές κύριες διευθύνσεις της KGB: Υπηρεσίας Πληροφοριών Εξωτερικού (SVR, η πρώην Πρώτη κύρια Διεύθυνση) και της Ομοσπονδιακής Υπηρεσίας Κρατικών Επικοινωνιών και Πληροφοριών, οι οποίες συγχώνευσαν τις λειτουργίες των πρώην 8ης και 16ης Κύριας Διεύθυνσης της KGB. Τον Ιανουάριο του 1992 ένα άλλο νέο όργανο, το Υπουργείο Ασφάλειας ανέλαβε την ευθύνη της εγχώριας και συνοριακής ασφάλειας. Μετά την απόπειρα πραξικοπήματος το 1993 εναντίον του Προέδρου Μπορίς Γιέλτσιν, το Υπουργείο Ασφάλειας αναδιοργανώθηκε στις 21 Δεκεμβρίου 1993 στην Ομοσπονδιακή Υπηρεσία Αντικατασκοπίας (FSK) με επικεφαλής τον Σεργκέι Στεπάσιν. Πριν από την έναρξη των βασικών στρατιωτικών δραστηριοτήτων του πρώτου πολέμου της Τσετσενίας, η FSK ήταν υπεύθυνη για τις μυστικές επιχειρήσεις εναντίον των αυτονομιστών με επικεφαλής τον Ντζαχάρ Ντουντάεφ.