Podczas I Wojny Światowej Beneš był zaangażowany w działalność przeciwko Austro-Węgrom. Zorganizował wtedy niepodległościowy i antyaustriacki tajny ruch oporu Maffia. We wrześniu 1915 r. zmuszony był wyjechać z kraju. Udał się na wygnanie do Paryża, gdzie podjął zawiłe wysiłki dyplomatyczne, aby uzyskać uznanie Francji i Wielkiej Brytanii dla czechosłowackiej niepodległości. W latach 1916-1918 był sekretarzem czechosłowackiej rady narodowej w Paryżu oraz ministrem spraw wewnętrznych i spraw zagranicznych w tymczasowym rządzie czechosłowackim. W maju 1917 roku Beneš, razem z Tomášem Masarykiem i Milanem Štefánikiem powołali Korpus Czechosłowacki, mający walczyć na froncie we Francji i Włoszech. Liczył kilkadziesiąt tysięcy żołnierzy. W tamtym okresie, Beneš był działaczem partii Partii Narodowo-Społecznej. Uczestniczył w Konferencji pokojowej w Paryżu jako delegat Czechosłowacji. Między innymi dzięki jego działalności Czechosłowacja wywalczyła korzystne dla siebie postanowienia w traktacie pokojowym z Austrią.