Licenciado en medicina a los 19 años, recibió una beca del gobierno japonés para estudiar en Alemania durante cuatro años (1884-1888), donde entró en contacto con la literatura occidental. Se le compara con su coetáneo Natsume Sōseki, educado en Inglaterra, que era humanista, lírico, íntimo, frente al austero, distante y luminoso que fue Mori. Participó en la Primera guerra sino-japonesa (1894-1895) y en la Guerra Ruso-Japonesa (1904-1905) como médico militar, carrera que mantuvo a lo largo de toda su trayectoria profesional.