Након што је пребачен на клупу у свом клубу, Едуардо је био исте судбине и у националном тиму због Руи Патрисија, а обојица су завршила квалификације за Еуро 2012 са пет утакмица са којима се Португалија квалификовала за финале. Такође је био у саставу репрезеентације за Светско првенство 2014. године, али је заправо одиграо само пет минута у последњем мечу групне фазе против Гане, услед повреде Бета.