同以往一样，拜仁迅速从挫折中强势回归。在击败多特蒙德赢得2012年德国超级杯之后，他们又重新夺回了德甲的冠军头衔，于赛季期间仅输一场，并打破了多项纪录。在欧洲赛场上，他们先后以更大的优势淘汰了阿森纳、尤文图斯和巴塞罗那（总比分7比0），历史上第十次入围欧冠决赛，这将在伦敦的温布利球场举行。他们的对手也将很熟悉：多特蒙德，这是欧冠历史上第一次全部由德国球队参加的决赛（自1990年代末该赛事允许多支同联赛球队参加以来，曾出现过一次全西班牙、一次全意大利和一次全英格兰球队的决赛）。拜仁的阵容大致与去季一样，并由于他们在国内的强势表现而成为了夺冠热门。马里奥·曼祖基奇于下半场率先为拜仁打破僵局，多特蒙德则迅速依靠点球将比分扳平。正当比赛即将被拖入加时赛，弗兰克·里贝里于第89分钟巧妙助攻罗本破门。多特蒙德几乎没有时间做出回应，比赛以2比1结束，拜仁第五次夺得欧洲冠军。接下来的一周，拜仁又在2013年德國足協盃決賽中击败斯图加特，实现了三冠王（若包含德国超级杯则为四冠王）伟业，这是德国足球史上史无前例的壮举，即便在欧洲其他联赛中也仅出现过七次。