В 1618 году произошло восстание против немецкой власти, несколько наместников были выброшены из окна. В начавшейся Тридцатилетней войне важным событием стала Битва на Белой горе 1620 года, где чехи проиграли и остались зависимыми от германских правителей на следующие 300 лет, последовал упадок языка и германизация, Прага стала провинциальным городом. В конце Тридцатилетней войны город атаковали шведы. Они захватили западную часть города, но старый город гарнизон и горожане удержали в ходе битвы под Прагой.