З 1942 року й до кінця війни — заступник командуючого армією — начальник інженерних військ 5-ї гвардійської армії на Воронезькому, Степовому, 2-у та 1-у Українських фронтах. Брав участь у Бєлгородсько-Харківській, Кіровоградській, Умансько-Ботошанській, Яссько-Кишинівській, Львівсько-Сандомирській, Сандомирсько-Сілезькій та Берлінській наступальних операціях. Інженерні війська 5-ї гвардійської армії під командуванням гвардії полковника Ф. Г. Подолинного наводили переправи і мости через десятки річок, серед яких Дніпро, Південний Буг, Дністер, Вісла, Одер.