Nel 1942 Praga fu testimone dell'assassinio di uno dei più importanti uomini della Germania Nazista, Reinhard Heydrich. Hitler ordinò sanguinose rappresaglie. Verso la fine della guerra Praga subì un attacco aereo delle forze aree americane per sbaglio (l'obiettivo era Dresda, a 130 km di distanza). Centinaia di persone vennero uccise ed alcuni importanti edifici e industrie vennero distrutte. Praga si rivoltò di nuovo contro gli occupanti nazisti il 5 maggio 1945. Quattro giorni dopo l'Armata rossa entrò in città. In seguito si ebbero degli episodi di vendetta contro la minoranza tedesca della città e molti cittadini tedeschi vennero uccisi dalle milizie ceche fino a che il governo non pose lentamente fine a questi atti vendicativi. I tedeschi sopravvissuti vennero deportati da Praga in Germania Ovest. .