På 1790-talet uppstod nya konflikter vid den franska gränsen, i samband med Franska revolutionen och de Franska revolutionskrigen. Under Napoleonkrigen blev Katalonien år 1808 ockuperat av den franske generalen Guillaume Philibert Duhesmes trupper. Napoleon planerade att införliva Spanien i sin intressesfär, och när Portugal vägrade gå med i Kontinentalblockaden lät han de franska trupperna rycka in på spansk mark för att kämpa mot portugiserna. Den spanske kungen abdikerade och Napoleon gav den spanska kronan till sin egen bror, Joseph Bonaparte. Vad som följde var en regelrätt folkresning mot det franska styret, och denna revolt har fått namnet Spanska självständighetskriget. Ett gerillaliknande krig kom att utkämpas på spansk mark ända fram till år 1813. Mellan åren 1812 och 1813 var Katalonien under direkt franskt styre och organiserat i först fyra, sedan två département. Det franska styret i Katalonien varade till år 1814 när den brittiske generalen Wellington efter för britterna framgångsrika strider kunde teckna ett vapenstillestånd som innebar att fransmännen lämnade över sina återstående fästen, bland annat Barcelona.