Во время гражданской войны 1861—1865 годов Джорджия входила в состав Конфедерации и стала одним из главных театров военных действий. В апреле 1862 года в Мариетте останавливалась группа добровольцев Севера под руководством Джеймса Эндрюса, которая участвовала в операции под названием Великая паровозная гонка. В июле 1864 года, после сражения у горы Кеннесо, Мариетту заняли войска генерала Уильяма Шермана. В ноябре, когда Шерман начал поход к морю, его войска подожгли центр города, около двадцати жилых домов, кожевню Гловера, а также Военный институт Джорджии, открытый в 1851 году. После окончания войны в Мариетте было создано два мемориальных кладбища.