Die Kirche und viele Gebäude des Stifts wurden 1328 durch einen Brand zerstört, der Wiederaufbau erfolgte in der bisherigen Form und wurde 1332 abgeschlossen. Bedingt durch die Nähe Steterburgs zur Herzogsresidenz Wolfenbüttel und zur Stadt Braunschweig wurde Steterburg in den folgenden Jahrhunderten häufig in kriegerische Auseinandersetzungen einbezogen, durch die das Kloster und seine Güter immer wieder geplündert und zerstört wurden; so z. B. 1493, als Herzog Heinrich d. Ä. gegen Braunschweig zog, während der Hildesheimer Stiftsfehde 1519 bis 1523 und während der Schmalkaldischen Kriege zwischen 1542 und 1547.