Стојаковић је 2001. године предводио репрезентацију СР Југославије до златне медаље на Европском првенству у кошарци 2001. у Турској, када је био најбољи стрелац екипе и најкориснији играч првенства. У лето 2002. репрезентација СР Југославије је у Индијанаполису освојила златну медаљу на Светском првенству у кошарци, а Стојаковић је био изабран у најбољу петорку првенства. Учествовао је још на Европском првенству у кошарци 2003, када је ослабљена репрезентација Србије и Црне Горе заузела шесто место.