פציעתו של יאו בסיום עונת 2005/06 ב-NBA גבתה ממנו שישה חודשים של היעדרות, והעמידה את השתתפותו באליפות העולם 2006 בסימן שאלה. אף על פי כן, הוא החלים לפני פתיחת הטורניר, ובמשחק האחרון בסיבוב המוקדם הוא קלע 36 נקודות ולקח 10 ריבאונדים בניצחון נבחרת סין על , ניצחון שהעלה אותה לשמינית הגמר. עם זאת, נבחרתו הובסה במשחק שמינית הגמר 64–95 על ידי נבחרת יוון, שהעפילה לבסוף עד לגמר הטורניר. יאו זכה בתואר של הטורניר עם 25.3 נקודות למשחק, ואף סיים רביעי בדירוג מלך הריבאונדים עם 9 בממוצע למשחק.