Bis Mitte Juli 1852 avancierte Weller zum Hauptmann und war ab Oktober 1852 auf zwei Jahre zum 10. Infanterie-Regiment kommandiert. Unter Versetzung in das 11. Infanterie-Regiment kommandierte man ihn am 8. Februar 1859 als Adjutant der 11. Division und mit der Beförderung zum Major wurde er am 1. Juli 1860 in das Westfälische Infanterie-Regiment Nr. 56 versetzt sowie am 30. September 1860 zum Bataillonskommandeur ernannt. Daran schloss sich am 29. September 1861 eine Verwendung als Kommandeur des 1. Schlesischen Jäger-Bataillons Nr. 5 in Görlitz an. Während des Deutsch-Dänischen Krieges war er vom 1. September bis zum 15. Dezember 1864 an die polnische Grenze kommandiert. Am 18. Juni 1865 wurde er zum Oberstleutnant befördert und führte sein Bataillon im Jahr darauf im Krieg gegen Österreich bei Nachod, Skalitz, Schweinschädel, Gradlitz und Königgrätz. Ausgezeichnet mit dem Kronen-Orden III. Klasse mit Schwertern wurde Weller am 30. Oktober 1866 zum Oberst befördert und als Kommandeur des 1. Schlesischen Grenadier-Regiments Nr. 10 nach Breslau versetzt.