Em 1768, uma guerra civil rebentou na República das Duas Nações, quando a Confederação de Bar tentou depor o rei Poniatowski. Um irmão de Kościuszko, Józef, lutou junto aos insurgentes. Frente a uma difícil eleição entre os rebeldes e os seus patrocinadores, o rei e a família Czartoryski — que estavam a favor da influência russa — Kościuszko optou por abandonar o país. Nos finais de 1769, ele e o seu colega Aleksander Orłowski partiram para Paris. Entretanto procurava ganhar uma maior instrução militar embora fosse proibido aos estrangeiros inscreverem-se em qualquer academia militar francesa. No entanto, Kościuszko aprende, frequentando aulas e as bibliotecas das academias militares de Paris. O Iluminismo, junto com a tolerância religiosa, teria grande influência na sua carreira posterior.