В конце 1990-х годов "CF-18 Hornet" приняли участие в Операции «Обдуманная сила» в Югославии, а в 2000-х годах ВВС активно участвовали в Войне в Афганистане, перевозили войска и оружие в Кандагар. Позднее было создано крыло специального назначения — Крыло Объединённой оперативной группы в Афганистане, имевшее на вооружении несколько вертолётов "CH-146 Griffon" и "CH-147 Chinook", "CC-130 Hercules" и арендованные БПЛА "CU-170 Heron", для поддержки миссий Вооружённых сил Канады и Международных сил содействия безопасности. Крыло расформировано 18 августа 2011 года.