Het volgende jaar ging Liebrechts in Brussel aan de slag op het binnenlanddepartement van de centrale administratie, onder Camille Janssen. Hij werd in juli 1891 secretaris-generaal van dat departement, met enkel staatssecretaris Edmond van Eetvelde nog boven hem. In 1897 zat hij het organiserend comité voor van de Koloniale Tentoonstelling in Tervuren. In de nasleep hiervan kreeg hij de taak om een Congomuseum op te richten. Hij kwam in aanvaring met verbindingsman Théodore Masui, die ontslag moest nemen.