Cu toate acestea, în două rânduri, în 2009 și 2010, Congresul Statelor Unite a interzis utilizarea de fonduri publice pentru transferul de deținuți de la Guantanamo, în orice alt teritoriu al țării, mai ales după alegerile parțiale în urma cărora republicanii au devenit majoritate în Congres, ceea ce a făcut neviabilă intenția de închidere a centrului. De asemenea, s-a încercat judecarea în cadrul teritoriului SUA a câte unuia dintre deținuți, cum a fost cazul lui Ahmed Ghailiani, dar a fost achitat pentru 284 din cele 285 de acuzații de care procuratura l-a acuzat, fiind exonerat de principalele infracțiuni de terorism ce i se imputau. Acest caz, primul și singurul proces civil al vreunui prizonier de la Guantanamo, a paralizat orice altă încercare de acest fel. După veto-ul pentru a doua oară al Congresului în ce privește transferul de prizonieri, Procurorul General al SUA, Eric Holder, partizan în favoarea unui proces civil pentru cinci deținuți de la Guantanamo, printre care Khalid Sheikh Mohammed (sau Khálid Sheikh Mohammed), acuzat de a fi unul dintre organizatorii atentatelor de la 11 septembrie 2001, a trebuit să renunțe la modelul propus pentru judecarea acestuia și a stabilit responsabilitatea acestei judecăți unei comisii militare, in cadrul bazei Guantanamo.