Il 28 giugno 1914 Francesco Ferdinando e sua moglie, la contessa Sophie Chotek von Chotkowa vennero assassinati a Sarajevo da sicari della Mlada Bosna, una organizzazione terroristica serba. Secondo i biografi dell'erede al trono Gordon Brook-Shepherd e Maximilian Polatschek, egli ne rimase sconvolto in quanto vedeva in Francesco Ferdinando l'unica persona in grado di salvare la monarchia asburgica dall'inevitabile collasso finale. Scrisse da Bolzano all'amico Friedrich Funde: "Per me non c'è più speranza. È tutto finito. La vita, per me, ha perso il suo significato."