ช่วงเวลาที่ดีที่สุดของทีมชาติ เกิดขึ้นในคริสตทศวรรษ 1990 ในรอบคัดเลือกของฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรป 1996 โดยเป็นชัยชนะที่มีต่อจอร์เจีย (1–0) และเวลส์ (3–2) ต่อมาในปี ค.ศ. 2007 มอลโดวาทำผลงานอันยอดเยี่ยมด้วยการเปิดบ้านเอาชนะฮังการี 3–0 ในรอบคัดเลือกฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรป 2008 ผลงานที่ดีอีกนัดหนึ่งคือชัยชนะเหนือมอนเตเนโกร 5–2 ในฟุตบอลโลก 2014 รอบคัดเลือก อย่างไรก็ตาม มอลโดวาไม่เคยผ่านรอบคัดเลือกของฟุตบอลโลกหรือฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรปเลย