Am 2. August 1796 wurde er Stabskapitän sowie am 6. Juni 1799 Kapitän und Kompaniechef. Am 5. Januar 1805 wurde Stutterheim Major der Garde mit Patent vom 6. Januar 1805. Als solcher nahm er am Vierten Koalitionskrieg teil, kämpfte in der Schlacht bei Auerstedt und wurde nach der Kapitulation bei Prenzlau inaktiv gestellt. Man wollte ihn aber in der Armee halten und so erhielt er 1807 halbes Gehalt und wurde mit der Verwaltung der Garnisonsschule in Potsdam beauftragt.