John-Paul Himka wzrastał w środowisku ukraińskiej emigracji w USA. Jako dziecko wcześnie stracił matkę i był wychowywany głównie przez babkę pochodzącą ze Lwowa. W młodości zamierzał zostać greckokatolickim księdzem; w tym celu wstąpił do seminarium duchownego w Stamford. Po 5 latach nauki pod wpływem hippisowskiej atmosfery lat 60. wystąpił z seminarium i rozpoczął studia na Uniwersytecie Michigan (greka bizantyjska, historia Bałkanów), gdzie trafił pod opiekę Romana Szporluka. W tamtym czasie brał udział w demonstracjach przeciwko wojnie, dyskryminacji rasowej i kapitalizmowi, był na festiwalu w Woodstock. Studia ukończył w 1971 roku.