Naji Hakim fu introdotto allo studio dell'organo quando era scolaro delle elementari al Collegio del Sacro Cuore di Beirut. Incominciò a prendere lezioni provate di pianoforte, ma all'età di nove-dieci anni, iniziò a studiare organo da solo, ricorrendo a vari metodi, come quelli di Marcel Dupré e di Gleason. Nel 1975 si è trasferito a Parigi per terminare i suoi studi di ingegneria all'École Nationale Supérieure des Télécommunications, in quanto la Scuola superiore d'ingegneria di Beirut era stata chiusa per la Guerra civile in Libano. Ha proseguito i suoi studi di interpretazione e di improvvisazione sull'organo con il famoso organista, improvvisatore e compositore francese Jean Langlais. Hakim frequentò Jean Langlais per circa dieci anni e Langlais divenne per lui un secondo padre: molto motivante ed esigente. Con l'incoraggiamento di Jean Langlais, si iscrisse al Conservatorio di Parigi, ove ha ottenuto sette primi premi per l'esecuzione, l'improvvisazione, l'armonia, il contrappunto, la fuga, l'analisi e l'orchestrazione. Ha seguito le lezioni di Rolande Falcinelli (organo e improvvisazione), Roger Boutry (armonia), Jean-Claude Henry (contrappunto), Marcel Bitsch (fuga), Jacques Castérède (analisi) e Serge Nigg (orchestrazione).