Désigné candidat officiel du FPI lors du troisième congrès du parti, organisé du 9 au , il se présente à l'élection présidentielle du 22 octobre 2000 contre le général Robert Guéï qui a renversé le président Bédié le . Cette élection est marquée par l'élimination par la Cour suprême de plusieurs candidatures, dont celle d'Alassane Ouattara — pour cause de « nationalité douteuse », faux et usage de faux sur la filiation — et de l'ancien président Bédié. Les résultats donnent Gbagbo vainqueur face à Guéï, qui les conteste. Des heurts s'ensuivent. Gbagbo devient président le 26 octobre, Guéï reconnaissant la légitimité de Gbagbo le 13 novembre. Lors des élections législatives du 10 décembre, le FPI apporte à Gbagbo une majorité de 91 sièges, contre 70 au PDCI et seize indépendants.