В связи с произошедшим в 1991 году распадом СССР и окончательным исчезновением социалистического лагеря Совет «Интеркосмос» прекратил своё существование. Исполнение работ по программе «Интеркосмос» было поручено Совету РАН по космосу. Формальным завершением работы Совета «Интеркосмос» считается проведённая в апреле 2001 года конференция «Интеркосмос 30», посвященная 30-летию запуска спутника «Интеркосмос-1». С 2002 года участие России в международных космических проектах регулируется двусторонними соглашениями, заключаемыми с научными организациями различных стран Советом РАН по космосу — преемником Межведомственного научно-технического совета по космическим исследованиям при Академии наук СССР.