Αν και ήταν 50 χρονών, όταν ξέσπασε ο πόλεμος, ο Πετρακογιώργης οργάνωσε τον αντιστασιακό πυρήνα στην Κρήτη στα 1941. Ο ίδιος πήρε μέρος στη Μάχη της Κρήτης, όπου έχασε και τον γιο του, Μανόλη. Αφοσιώθηκε στον απελευθερωτικό αγώνα, με την οικογένειά του να καταφεύγει στη Μέση Ανατολή. Ήταν φίλα προσκείμενος στους Βρετανούς. Είχε την κωδική ονομασία Selfridge εξαιτίας του ότι το ελαιοτριβείο του μπορούσε να παρομοιαστεί με την μεγάλη επιχείρηση (των Σέλφριτζις). Η ομάδα του ονομαζόταν "Ψηλορείτης" και ήταν ενεργή στο όρος Ίδη, στο Όρος Κέδρος και στην ΄Κοιλάδα του Αμαρίου, ερχόμενη πολύ συχνά σε μάχες εκ του συστάδην με τις κατοχικές δυνάμεις σε διάφορες τοποθεσίες (Παπά το Πέραμα, Κουρουπητός, Κουτσουνάρες, Πόρος Σταυρού, Τραχήλι, Μαδαρή). Επίσης, η ομάδα του Πετρακογιώργη έλαβε μέρος σε σαμποτάζ και στην απαγωγή του στρατηγού Κράιπε. Η δράση του προκάλεσε την οργή των Ναζί, που κατέκαυσαν το χωριό του και άλλα χωριά της Μεσαράς και εκτέλεσαν πολλούς Κρητικούς.