Ostatnim sezonem w karierze czeskiego lekkoatlety był rok 2006. Na początku maja był drugi w Dosze, osiągając jednocześnie najlepszy wynik w sezonie – 86,07. Później startował w Ostrawie i Sztokholmie zajmując odpowiednio trzecie i drugie miejsce. Najważniejszymi zawodami w sezonie były rozgrywane w szwedzkim Göteborgu mistrzostwa Europy, przed którymi Czech z wynikiem uzyskanym w Katarze zajmował na listach europejskich piąte miejsce. Eliminacje podczas czempionatu odbyły się w poniedziałek 7 sierpnia. Železný awans do finału zapewnił sobie rzutem na odległość 80,60, który oddał w pierwszej serii. W finale, rozegranym 9 sierpnia, Czech już w pierwszej kolejce osiągnął swój najlepszy wynik – 85,92 – i zajmował w konkursie drugie miejsce za Finem Tero Pitkämäkim. Wszystkie pozostałe próby Železný miał przekroczone, a rzutem w ostatniej kolejce na odległość 88,78 pierwszy w karierze tytuł mistrza Starego Kontynentu zapewnił sobie Andreas Thorkildsen. Ostatecznie Czech zajął trzecie miejsce, zdobył drugi w karierze brąz mistrzostw Europy – w dniu finału miał już 40 lat i 42 dni. Uzyskany przez Železnego wynik w finale europejskiego czempionatu jest aktualnym rekordem świata weteranów w kategorii sportowców powyżej 40 roku życia. Po mistrzostwach zajął siódmą lokatę w zawodach Weltklasse Zürich oraz był szósty w światowym finale lekkoatletycznym. Ostatni raz w karierze wystąpił podczas pokazowych zawodów w swoim rodzinnym mieście – Mladej Boleslavi – 19 września. Oszczepnik wygrał wówczas z wynikiem 82,19 osiągając ten rezultat w swoim ostatnim w karierze rzucie (seria: 81,92 – X – 81,99 – 82,19), który oddał o godzinie 17:53 czasu środkowoeuropejskiego. Czech planował ostatni start podczas mityngu w Jokohamie, jednak silny ból ścięgna achillesa zmusił go do odwołania tego występu.