Le , elle rejoint la paroisse protestante de Blida-Médéa. La Guerre d’Algérie, qui ne s’appelle pas encore comme ça, est déjà commencée. Elle s’intensifie rapidement avant que ne survienne le putsch d’Alger et les différents affrontements entre les partisans de l’Algérie française et les autorités de la République qui ont négocié l’indépendance algérienne. Femme d’église au contact des différentes communautés mais aussi intellectuelle proche des idées de Germaine Tillion ou d’Albert Camus, Élisabeth Schmidt s’emploie à maintenir des relations entre des communautés en guerre mais ne peut échapper à un sentiment d’échec face à l’évolution de la situation. À l’automne 1962, Élisabeth Schmidt décide de poursuivre l’aventure et prend un poste de professeur dans un lycée algérien. Mais elle quitte l’Algérie en 1963, car, en tant que pasteure, elle ne pouvait se résoudre à officier dans un temple vide et promis à la fermeture.