Benoît Verhaegen, na de humaniora te hebben doorlopen in het Gentse Sint-Barbaracollege, studeerde vanaf 1947 rechten aan de Rijksuniversiteit Gent. Hij onderbrak zijn studies in 1949 om zijn militaire dienstplicht te vervullen en in 1950 werd hij, als luitenant parachutist, oorlogsvrijwilliger in het Belgisch Koreabataljon. Hij werd tweemaal verwond en verbleef maanden in een militair ziekenhuis. Na zijn terugkeer in België hernam hij zijn studies aan de UCL en promoveerde in 1959 tot doctor in de economische wetenschappen. Zijn thesis wijdde hij aan de historische oorzaken van de onderontwikkeling van de economie in de Vlaamse provincies. Hij evolueerde in een christelijk-linkse zo niet zelfs marxistische richting, onder invloed van de bijeenkomsten van "Esprit" en van "Témoignage Chrétien".