Durante a Primeira Guerra do Eslésvico (1848-1851), o seu marido ficou contra a Dinamarca, o que fez com que a relação de Guilhermina com os seus parentes dinamarqueses azedasse por algum tempo. Durante a guerra, a princesa viveu em Dresda. Em 1852 houve uma reconciliação e Guilhermina voltou a ser acolhida no seio da sua família em Copenhaga, visitando a Dinamarca com frequência na companhia do seu marido. O seu estatuto como filha de um rei muito amado pelo seu povo e consorte abusada de um rei odiado, ajudaram a aumentar a sua popularidade na Dinamarca. Contudo, o seu marido nunca conseguiu o mesmo. Em 1870, Guilhermina passou a viver no Castelo de Glucksburgo onde permaneceria até ao fim da sua vida. A princesa passou os seus anos de velhice isolada, visto que tinha dificuldades a misturar-se com a sociedade por ter perdido a audição. Contudo, dedicava-se a várias obras de caridade que a tornam muito popular em Glucksburgo. Diz-se que teve pena por a Dinamarca ter perdido os ducados de Eslésvico-Holsácia em 1854 e que gostava da nova dinastia dinamarquesa.