W seniorskiej reprezentacji Meksyku Morales zadebiutował 25 października 2000 w przegranym 0:2 meczu towarzyskim ze Stanami Zjednoczonymi. Rok później został powołany przez selekcjonera Javiera Aguirre na turniej Copa América, gdzie był podstawowym zawodnikiem kadry narodowej, występując w pięciu spotkaniach, natomiast Meksykanie doszli ostatecznie do finału, przegrywając w nim z Kolumbią. Swój bilans reprezentacyjny Morales zamknął na jedenastu rozegranych spotkaniach bez zdobytego gola.