Zde se Marcova hvězda rozzářila naplno a pod vedením Louise van Gaala vyhrál s týmem v roce 1995 Ligu Mistrů, když ve finále Ajax zdolal AC Milán. V dalším vzestupu ho však zbrzdilo vážné zranění pravého kolene, které ho vyřadilo i z Mistrovství Evropy 1996. I přes častá zranění si ho v létě 1997 vyhlédl manažer Arsene Wenger a přivedl ho do Arsenalu za částku 5,5 milionu liber.