El 1865, Ishi i la seva família van ser atacats en la massacre de Three Knolls, en què van morir 40 membres de la seva tribu. Encara que 33 yahi's van sobreviure i van escapar, els ramaders van matar a la meitat dels supervivents. Els últims supervivents, inclosos Ishi i la seva família, es van amagar durant els següents 44 anys. Es creia que la seva tribu s'havia extingit. Abans de la Febre de l'Or de Califòrnia de 1848-1855, la població Yahi ascendia a 404 persones a Califòrnia, però el total de Yana a la regió més àmplia era de 2.997.