Els Fets de maig del 1937 permeteren a la Generalitat i a la República recuperar el control de les institucions i l'ordre públic. Fernández es va resistir ferotgement al nou delegat de seguretat a Barcelona del govern republicà espanyol Teodoro Illera (policia professional), però finalment fou empresonat. Aleshores es va iniciar una gran investigació dels assassinats i els robatoris comesos entre el juliol del 1936 i el maig del 1937: Aurelio Fernández fou processat per haver extorsionat diversos detinguts de les patrulles de control.