Infolge der Napoleonischen Kriege wurde der Raum um Pettendorf im Jahr 1809 erneut zum Schauplatz kriegerischer Ereignisse. Nach der Schlacht bei Regensburg zogen sich die kaiserlich-österreichischen Truppen unter anderem über das hügelige Gemeindegebiet zurück. Das Gut Adlersberg wurde durch österreichische Soldaten und nachrückende Truppen Napoleons längere Zeit gebrandschatzt. Nach den Aufzeichnungen der Pfarrei wurden alle Vorräte beschlagnahmt und das Mobiliar zertrümmert.