El reino permaneció leal a la corona castellana cuando hacia 1640 el sistema territorial de la monarquía de los Austrias entra en crisis con la separación de Portugal y la sublevación de Cataluña. Pese a todo, y de manera paulatina, conforme la rivalidad franco-española se traslade a otros ámbitos, Navarra se convertirá en un reino olvidado y cada vez más marginado de los focos de poder político y económico.