В сборной Чили Гонсалес дебютировал 26 января 1972 года в товарищеском матче со сборной Мексики, завершившимся со счётом 0:2. В составе сборной Гонсалес принял участие в чемпионате мира 1974 года и Кубке Америки 1975 года. Своё последнее выступление за сборную Гонсалес провёл 13 октября 1976 года в товарищеском матче со сборной Аргентины, тот матч чилийцы проиграли со счётом 0:2. Всего за сборную Чили Рафаэль Гонсалес провёл 20 матчей.