Morio hatte durch das Verlassen der französischen Armee zusammen mit Jérôme Bonaparte den Ärger des Kaisers Napoleon Bonaparte auf sich gezogen. So wurde er im August 1808 auf Geheiß des Kaisers vom König als Kriegsminister entlassen, da die unter seiner Verantwortung stehende Organisation von 6000 Mann zur Entsendung nach Spanien zu schleppend voranging. Er wurde durch den französischen Général de division Jean Baptiste Eblé ersetzt. Im Februar 1809 wurde er mit den westphälischen Truppen nach Spanien entsandt. Er soll sich den gefangengenommenen Spaniern gegenüber sehr human gezeigt haben. Nach der Belagerung von Girona erkrankte Morio und verließ die Front, um sich in Perpignan zu erholen. Durch diese Entfernung von der Truppe zog Morio erneut den Zorn des Kaisers auf sich, und als er sich im Frühjahr 1810 in seiner Eigenschaft als erster Adjutant des Königs Jérôme nach Paris zur Ferntrauung des Kaisers mit dessen zweiter Ehefrau, Marie-Louise von Österreich, begab, wurde er vom Kaiser zutiefst gedemütigt.