USA hade år 1950 pressat fram ett avslutande av det brittiska styret av Eritrea och enligt resolution 390 i år 1951 inkluderades Eritrea i en federation med Kejsardömet Etiopien. Där bestämdes att Eritrea skulle ha eget parlament och egen flagga. Federationsförslaget var omtyckt av det i huvudsak kristna tigrinjafolket men möttes av motstånd från många av landets muslimer. Under federationen påbörjades en undertryckning av den eritreanska kulturen. Det etiopiska huvudspråket amhariska blev enda officiella språk 1958 och den eritreanska flaggan förbjöds 1960. 1961 utbröt väpnat motstånd mot den etiopiska närvaron som kom att leda till ett 30-årigt långt krig. Året därpå upplöstes federationen av den etiopiske kejsaren Haile Selassie och Eritrea annekterades som Etiopiens fjortonde provins. Självständighetskriget skulle fortsätta efter störtandet av den etiopiska monarkin år 1974 och kom att ledas av den marxist-leninistiska gerillan Eritreanska folkets befrielsefront. Mot slutet av kalla kriget avslutade Sovjetunionen sin uppbackning av den kommunistiska regeringen i Addis Abeba som både mötte motstånd i Eritrea och det etiopiska inbördeskriget. President Mengistu Haile Mariam störtades i maj 1991 och det eritreanska självständighetskriget avslutades. 1993 hölls en folkomröstning i Eritrea angående om landet skulle bli självständigt och segern för ja-sidan var överväldigande.