ИРТ-2000 е спрян временно на 13 юли 1989 г. по предписание на КИАЕМЦ ("Комитет за използване на атомната енергия за мирни цели") от съображения за сигурност след инцидент в Чернобил. След спирането на реактора отработеното гориво се съхранява на територията на института на бул. „Цариградско шосе“ – VII километър в София. Отстраняването на 70-те касети с отработено гориво е залегнало в договора за реконструкция и рестартиране на реактора за изследователски цели.