मूलतः एंग्लिकन होने के बाद, ऐनी ने जेम्स से विवाह के तुरंत बाद कैथोलिक धर्म में परिवर्तित हो गई। वह नीदरलैंड और फ्रांस की यात्रा के दौरान कैथोलिक धर्म के संपर्क में थी और उसके सिद्धांतों की ओर आकर्षित हुई थी। आंशिक रूप से ऐनी के प्रभाव के कारण, जेम्स भी बाद में कैथोलिक धर्म में परिवर्तित हो गया, इसके विरोध के कारण अंततः गौरवशाली क्रांति हुई। वह उन्नत स्तन कैंसर से पीड़ित थी और अपने अंतिम पुत्र को जन्म देने के कुछ समय बाद ही उनकी मृत्यु हो गई।