El mes següent d'haver-se proclamat la República al Brasil (1889), va ser nomenat president de l'estat de Goiás pel govern provisional del mariscal Deodoro da Fonseca, el 24 de desembre. Va prendre possessió el 24 de febrer de 1890. El 20 de gener de 1891 va deixar la presidència durant un breu període, retornant al càrrec el 18 de juliol del mateix any. Durant aquest interval, Leopoldo de Bulhões i els seus aliats van promulgar una Constitució pròpia per l'Estat de Goiás, el dia 1 de juny de 1891. Rodolfo Paixão, en decret de 10 de juliol de 1891, va cassar el mandat dels vint-i-quatre parlamentaris que havien signat l'acta d'obertura de la Constituent i els va processar per crims de desobediència, sedició i usurpació de funcions. Amb la renúncia del president de la República, Mariscal Deodoro da Fonseca i la seva successió per part de l'anterior vicepresident, Mariscal Floriano Peixoto, va ser destituït de la presidència de l'estat de Goiás el dia 7 de desembre de 1891.