Родът му по бащина линия произхожда от леринското село Крушоради, Егейска Македония, днес в Гърция. В началото на XX век селото е изцяло българско, а всичките му жители са екзархисти. През Втората световна война дядото на Никола Груевски "Никола Груев" (Νικόλαος Γρούιος, Николаос Груйос) е мобилизиран в гръцката армия, в редиците на която се сражава и е убит в Итало-гръцката война (1940 – 1941). Днес името му е записано на паметна плоча на загиналите в гръцката армия в родното му село. Бабата на Груевски и баща му Тало Груевски (изведен от Гърция като един от децата бежанци) напускат през Гражданската война (1946 – 1949) Гърция и се установяват в Скопие. Баща му Тало Груевски е доктор на науките на Белградския университет и дългогодишен преподавател в Лесотехническия факултет на Скопския университет. Родителите му се развеждат, докато Никола е още малък. Груевски има един полубрат – Георги, от втория брак на баща му.