Durante la Guerra de la Independencia griega Samos tuvo una parte conspicua, formando su propia administración autónoma bajo el liderazgo de Lykourgos Logothetis. Fue en el estrecho entre la isla y el Monte Mícala donde Konstantinos Kanaris prendió fuego y voló una fragata turca, en presencia del ejército que se había reunido para la invasión de la isla, un éxito que llevó al abandono de la empresa, y Samos se mantuvo firme hasta el final de la guerra. Al concluir la paz, la isla fue entregada de nuevo a los turcos, pero desde 1835 ha ocupado una posición excepcionalmente ventajosa, siendo de hecho autogobernada, aunque tributaria del imperio turco, y gobernada por un gobernador griego nombrado por la Sublime Puerta, que ostentaba el título de "Príncipe de Samos", pero es apoyada y controlada por un consejo y una asamblea griegos.