Na kolejnych mistrzostwach Świata w 2003 roku w Barcelonie "Thorpie" wygrał wyścigi na 200 m i 400 m stylem dowolnym, w sztafecie 4x200 m stylem dowolnym, a także zdobył srebrny medal na 200 m stylem dowolnym i brązowy medal na 100 m stylem dowolnym.