Su última aparición pública fue en mayo de 2009 en Comodoro Py cuando fue citado a declarar por el juez Ariel Lijo, habiendo pedido un año antes el entonces fiscal de la causa AMIA, Alberto Nisman, su «inmediata detención» por su supuesta vinculación a encubrimiento de pistas en la investigación judicial del Atentado a la AMIA, que en 1994 había dejado 86 muertos. Otros funcionarios del gobierno de Carlos Menem imputados, incluyeron al mismo expresidente, al juez federal Juan José Galeano y a Hugo Anzorreguy, entonces jefe de la SIDE, entre otros. Nisman volvería a pedir las detenciones de los mismos funcionarios en 2014. A Munir se lo acusaba concretamente de haber realizado una llamada telefónica al primer juez del caso, Juan José Galeano, para direccionar la investigación y abortar la llamada «pista siria». Nisman sostenía que tanto Carlos como Munir Menem habrían pretendido encubrir la investigación penal en contra del empresario sirio Alberto Kanoore Edul. Poco antes de fallecer, Nisman descartaría la pista siria y se centraría en la pista iraní.