El actual territorio del departamento correspondió durante el Virreinato en su mayor parte al partido de Chachapoyas, uno de los siete que conformaron la intendencia de Trujillo. En 1821, tras la Independencia y con el Reglamento Provisional del libertador José de San Martín se convirtió al Chachapoyas en provincia y a Trujillo en departamento, que cambiaría de nombre a La Libertad en 1823. El 21 de noviembre de 1832 se crea el departamento de Amazonas transfiriendo las provincias liberteñas de Chachapoyas, Pataz y Maynas (en esta última se hallaban el río Amazonas y sus afluentes). El 10 de febrero de 1840, la provincia de Pataz es reintegrada al departamento de La Libertad y el 10 de marzo de 1853 se separaron los territorios de Maynas para conformar el Gobierno Político-Militar de Loreto con capital en Moyobamba. Fue así que quedó como remanente el nombre de "departamento de Amazonas" a la provincia de Chachapoyas, sin tomar en cuenta la evidente discordancia geográfica entre el nombre y la región que persiste hasta la actualidad. Se trata pues Amazonas de un topónimo residual y geográficamente incongruente, ya que el Amazonas no discurre por el actual departamento.