2016 est également une grande année pour lui avec l'équipe nationale U18. Il est d'abord sélectionné dans la liste des participant au fin mars puis, quelques mois plus tard, dans le groupe des retenus afin de continuer la préparation et participer aux matchs amicaux en vue de l'Euro en Turquie. Malheureusement, il se blesse à la cheville le dans un match face à l'Ukraine et sa participation à la compétition initialement prévue au début du mois d'août est remise en cause. La compétition est finalement repoussée au mois de décembre en raison de la tentative de coup d'État en Turquie ce qui lui permet d'être retenu parmi les participant au tournoi aux côtés notamment de Frank Ntilikina et Sekou Doumbouya. La France, invaincue dans le tournoi, remporte la compétition en battant la Lituanie 75 à 68 et Thibault Desseignet devient champion d'Europe U18.