El GSG 9 se creó a raíz de la Masacre de Múnich de 1972 que puso de manifiesto la poca efectividad de la policía alemana tradicional en situaciones terroristas de toma de rehenes. Inicialmente, fue creado como una sección autónoma perteneciente a la Guardia Fronteriza Federal ("Bundesgrenzschutz", o BGS) bajo el liderazgo del "Oberstleutnant" Ulrich Wegener. Con ello se buscaba dar una respuesta adecuada en caso de volverse a presentar un caso semejante.