Gegründet wurde die Ansiedlung in den 1820er-Jahren. Besiedelt vorzugsweise von Einwanderern aus Tennessee, trug sie zuerst den Namen Nashville. 1837 wurde sie in Shelbyville umbenannt – nach dem Unabhängigkeitskriegs-Teilnehmer und späterem Gouverneur von Kentucky, Isaak Shelby. Anfang der 1840er-Jahre waren Shelbyville sowie die Umgebung des Orts Hauptschauplatz des sogenannten Regulator-Moderator Wars – eines Konflikts, bei dem zwei miteinander verfeindete Gruppen von Vigilanten versuchten, die Macht in der Region an sich zu reißen. 1843 wurde ein Postamt gegründet. 1863 verbrachte ein gewaffnetes Aufgebot von County-Einwohnern die Registerbücher des Bezirks gewaltsam nach Center, dass seither als Bezirkshauptstadt (County Seat) fungiert.