Kopenhagen erlebte in seiner Geschichte immer wieder Katastrophen, Seuchen und Kriege. Von 1658 bis 1659 hielt die Stadt einer Belagerung stand, während das übrige Dänemark von den Schweden vollständig besetzt war. Durch den Frieden von Roskilde 1658 und die Übergabe der bis dahin ostdänischen Provinzen Schonen und Blekinge wurde das zuvor zentral im Land gelegene Kopenhagen zur Grenzstadt. Im 18. Jahrhundert starb nach Pest und Seuchen ein Drittel der Stadtbewohner. 1728 sowie 1795 wüteten zwei Stadtbrände. Der Wiederaufbau führte zur heutigen, vom Baustil des 18. Jahrhunderts geprägten Altstadt. Bei den Seeschlachten von Kopenhagen 1801 sowie 1807 beschossen die Engländer die Hauptstadt Dänemarks, da es sich nicht auf die Seite Englands in dessen Krieg gegen Frankreich stellen wollte, und richteten vor allem durch den im zweiten Angriff ausgelösten Großbrand erheblichen Schaden an. Nach dem Sieg der Engländer musste Kopenhagen sämtliche dort ankernden Schiffe ausliefern und konnte sich erst nach Jahrzehnten wieder von dieser Niederlage erholen. 1848 zwangen öffentliche Demonstrationen in Kopenhagen König Frederik VII. zu Reformen und dem Erlass eines Grundgesetzes. Mit den nationalen Spannungen und Dänemarks Verlust von Schleswig und Holstein im Krieg von 1864 verließen auch viele deutschsprachige Beamte und Kaufleute die Stadt, die sie bis dahin jahrhundertelang mitgeprägt hatten.