Nach dem Tod des Kongressabgeordneten George Brown wurde Baca bei der fälligen Nachwahl für den 42. Sitz von Kalifornien als dessen Nachfolger in das US-Repräsentantenhaus in Washington, D.C. gewählt, in das er am 16. November 1999 einzog und bis 2010 alle zwei Jahre wiedergewählt wurde. Seit 2003 vertrat er als Nachfolger von Ken Calvert den 43. Wahlkreis seines Staates. In seine Zeit als Kongressabgeordneter fielen die Terroranschläge am 11. September 2001, der Irakkrieg und der Militäreinsatz in Afghanistan. Baca war Mitglied im Landwirtschaftsausschuss und im Finanzausschuss sowie in fünf Unterausschüssen. Von 2007 bis 2008 war er als Nachfolger von Grace Napolitano Vorsitzender des Congressional Hispanic Caucus. Innerparteilich zählt er zur moderat konservativen Blue Dog Coalition. Bei den Kongresswahlen 2012 verlor er seinen nach der Volkszählung 2010 umgeschnittenen Wahlkreis gegen seine demokratische Konkurrentin Gloria Negrete McLeod und schied am 3. Januar 2013 aus dem Abgeordnetenhaus aus.