La începutul anului 1918 el a contribuit la fondarea primei universități georgiene la Tbilisi, realizând astfel un deziderat vechi al intelectualilor georgieni, care fusese respins în mod constant de autoritățile imperiale ruse. Universitatea Tbilisi (actuala Universitate de Stat „I. Javahișvili” din Tbilisi, TSU, care acum îi poartă numele), unde Javahișvili a devenit profesor și șeful Departamentului de Istorie a Georgiei, a dobândit rapid o poziție dominantă în activitatea educațională a Georgiei. În 1919 Javahișvili i-a succedat chimistului Petre Melikișvili ca rector al universității: a îndeplinit această funcție până în iunie 1926, când, în urma Revoltei antisovietice din 1924, a scăzut toleranța autorităților politice sovietice față de intelectualii care nu aveau convingeri marxiste. Deși i s-a permis să publice și să predea, acest pas înapoi i-a salvat probabil viața, deoarece succesorul său la conducerea universității a devenit o victimă a Marii Epurări staliniste din 1936–1937. Javahișvili a fost obligat să renunțe la postul de profesor la Universitatea de Stat din Tbilisi în 1938, dar a fost numit la scurt timp director al Departamentului de Istorie al Muzeului de Stat al Georgiei, pe care l-a condus până la moartea sa survenită în 1940 la Tbilisi. A fost înmormântat în curtea universității.