Lee klarede sig godt i Marylandkampagnen i 1862, hvor han dækkede det konfødererede infanteris tilbagetrækning fra South Mountain og derved forsinkede unionshærens fremrykning til Sharpsburg, Maryland op til slaget ved Antietam. Han dækkede også hærens tilbagegang over Potomac-floden ind i Virginia. Han ledede kavalerislaget ved Kelly's Ford (17. marts 1863) med held og dygtighed, hvor hans 400 kavalerister tilfangetog 150 mænd og heste med et tab på kun 14 mand. Under slaget ved Chancellorsville i maj 1863 opdagede Lees rekognoscering, at unionshærens højre flanke "hang i luften", hvilket muliggjorde et vellykket angreb i flanken fra generalmajor Stonewall Jackson, et angreb, som blev anført af Lees kavaleri.