În momentul în care Germania Nazistă a atacat Uniunea Sovietică pe 22 iunie 1941 în cadrul așa-numitei Operațiuni Barbarossa, cea mai mare parte a fortificațiilor Liniei Molotov nu era terminată și din acest motiv a reprezentat o piedică ușor de depășit de forțele invadatoare. Doar cele patru raioane din extremitatea sudică, care erau terminate în bună parte, au reușit să întârzie câteva zile înaintarea Wehrmachtului. Fortăreața Brest a rezistat mai mult (22 – 29 iunie 1940), dar aceasta era o fortificație mai veche și nu era practic parte a Liniei Molotov.