לצי המלחמתי ולמסחר הימי הייתה השפעה פוליטית וחברתית רבה באתונה גופה; גדל משקלם הפוליטי של המלחים והחותרים בני "המעמדות" הנמוכים המשרתים באוניות, והדבר השפיע על עיצובה והעמקתה של הדמוקרטיה האתונאית. עוצמתה הימית של אתונה, שגשוגה הכלכלי והתחזקות מעמדה ביוון היו הגורם למלחמה שפרצה בינה לבין ספרטה ב-431 לפנה"ס. כשלושה עשורים נמשכה המלחמה הפלופונסית בין ספרטה המעצמה היבשתית לבין אתונה - המעצמה הימית. קיומה של האימפריה האתונאית היה תלוי כל כולו בצי המלחמתי, ומשעה שניגף בידי הספרטנים בקרב ארגינוסאי, נאלצה להיכנע וירדה מגדולתה. בתקופת ההגמוניה של ספרטה הצליחה אתונה לכונן מחדש את עוצמתה הימית, אך היה זה בבחינת צל חיוור של העבר המפואר. ב-338 לפנה"ס נכבשה אתונה על ידי פיליפוס מלך מוקדון ואיבדה את עצמאותה.