Le 18 août 2020, lors d'un coup d'État, Ibrahim Boubacar Keïta et Boubou Cissé sont arrêtés par une garnison de militaires, tout comme d’autres personnalités politiques de haut rang. Quelques heures plus tard, le président de la République, toujours détenu par l'armée dans un camp militaire, annonce sa démission ainsi que la dissolution du gouvernement et du Parlement, mettant fin aux fonctions de Premier ministre de Boubou Cissé.