Il principe fu sepolto accanto al figlio Emanuele, nella cappella di Santa Maria delle Grazie, ma poi la sua salma andò trasferita nella chiesa del Gesù Nuovo di Napoli, ai piedi dell'altare dedicato a Ignazio di Loyola, la cui costruzione era stata progettata da Gesualdo prima della sua morte. Oggi si conosce solo l'ubicazione della sua tomba: dopo il terremoto del 1688, i lavori di ricostruzione dell'edificio religioso rimossero la sua lapide.