Lagerbäck begon op 1 januari 2012 als bondscoach van IJsland, als opvolger van Ólafur Johannessen. Hier kreeg hij in januari 2014 Heimir Hallgrímsson naast zich, die werd benoemd tot tweede bondscoach, naast Lagerbäck. Samen trainden ze sindsdien het IJslands elftal, met kwalificatie voor het EK 2016 als eerste opgave. Deze missie slaagde in september 2015 , na een overwinning in en tegen Nederland en een gelijkspel tegen Kazachstan. Daarmee waren Lagerbäck en Johannessen de eerste bondscoaches ooit die zich met IJsland kwalificeerden voor een EK- of WK.