Los Estados Unidos restablecieron las sanciones contra Yugoslavia en marzo de 1998 cuando comenzó la Guerra de Kosovo. Poco después de las controversias en Račak y Rambouillet, el diplomático estadounidense Richard Holbrooke viajó a Belgrado en marzo de 1999 para entregar el ultimátum final solicitando la entrada de las fuerzas de la ONU en Kosovo. Milošević rechazó el ultimátum, por lo que los Estados Unidos cortaron completamente los lazos con Yugoslavia el 23 de marzo de 1999. Bill Clinton se convirtió en el primer presidente en declarar la guerra mientras pasaba por alto a la mayoría del Congreso de Estados Unidos. El establecimiento de la campaña de bombardeos fue impugnado por una de las votaciones más cerradas (213-213) en toda la historia de la Cámara de Representantes de los Estados Unidos. Los Estados Unidos declararon la guerra a Yugoslavia el 24 de marzo de 1999 para participar en la Operación Fuerza Aliada dirigida por el general de los Estados Unidos Wesley Clark. De todos los territorios en Yugoslavia en ese momento, Serbia fue la más bombardeada debido a su concentración de objetivos militares. Como resultado de que Slobodan Milošević le otorgó la entrada a KFOR en Kósovo, el guerra contra Yugoslavia cesó el 10 de junio de 1999.