ערב פלישת גרמניה לברית המועצות היו בעיר כ-750 יהודים. הגרמנים כבשו את נובומוסקובסק בספטמבר 1941. בדצמבר הקימו גטו ובמרס 1942 רצחו את רוב יושביו בירי, ליד העיר. הצבא האדום כבש את העיר בספטמבר 1943.