W 1997 roku Worthington został grającym trenerem zespołu Blackpool. W 1998 roku zakończył karierę piłkarską, a w Blackpool pozostał tylko jako trener. W latach 2000–2006 był szkoleniowcem drużyny Norwich City. W 2007 roku objął stanowisko selekcjonera reprezentacji Irlandii Północnej. Brał z nią udział w eliminacjach do Mistrzostw Europy 2008 oraz Mistrzostw Świata 2010, jednak na oba turnieje kadra Irlandii Północnej się nie zakwalifikowała.