Рафаел ван дер Варт дебютував за національну збірну Нідерландів у матчі з командою Андорри 6 жовтня 2001 року. Він грав за збірну на Євро-2004, Чемпіонаті світу 2006 року, Євро-2008 та Чемпіонаті світу 2010 року. Після завершення кар'єри Джованні ван Бронкхорста, став капітаном збірної.