Sicuramente il più famoso B-29 è l"'Enola Gay", che lanciò la bomba atomica "Little Boy" su Hiroshima il 6 agosto 1945. "Bockscar", un altro B-29, sganciò "Fat Man" su Nagasaki tre giorni dopo. Queste due azioni, insieme con l'invasione sovietica della Manciuria del 9 agosto 1945, costrinsero il Giappone alla resa e alla fine ufficiale della seconda guerra mondiale. Entrambi gli aerei utilizzati per i bombardamenti nucleari, furono scelti e poi modificati a partire da velivoli assemblati nello stabilimento di Omaha, in quella che sarebbe diventata la Offutt Air Force Base.