Am 30. September 1847 stieg er zum Generalleutnant auf und wurde Divisionskommandeur. 1848 nahm Bauer an der Niederschlagung der Badischen Revolution und im Jahr darauf am Krieg gegen Dänemark teil. Dafür wurde er im April 1849 mit dem Großkreuz des Hausordens vom Goldenen Löwen und im Dezember 1849 mit dem Roten Adlerordens I. Klasse mit Schwertern ausgezeichnet. Bauer wurde am 12. März 1850 mit der Wahrnehmung der Geschäfte als Kommandant von Kassel beauftragt. Bei Ausbruch des Verfassungskonflikts ernannte ihn Kurfürst Friedrich Wilhelm I. am 7. September 1850 zum Oberbefehlshaber der Armee. Er war aber den Anstrengungen nicht mehr gewachsen und legte dieses Kommando bald nieder. Am 30. Juni 1851 starb er in Kassel.