Pomimo nowych regulacji technicznych duet McLaren-Honda kontynuował swoją zwycięską passę, wygrywając 10 z 16 wyścigów, zdobywając 15 pole position i obydwa tytuły trzeci rok z rzędu. Tym razem jednak, tytuł w klasyfikacji kierowców powędrował w ręce Prosta. Nie obeszło się jednak bez kontrowersji. W przedostatnim wyścigu sezonu – Grand Prix Japonii, doszło pomiędzy oboma kierowcami do celowej kolizji spowodowanej przez Prosta, w wyniku której Francuz wycofał się z wyścig. Senna wygrał wyścig, ale ostatecznie został zdyskwalifikowany za ścięcie szykany podczas powracania na tor.