Debido a lo brutal de su dictadura, la facción más tradicionalista de su partido, los militares y en especial la Iglesia católica, empezaron a demostrar su malestar hacia el régimen: en la madrugada del viernes 3 de febrero de 1989, su consuegro y hasta entonces mano derecha, el general Andrés Rodríguez Pedotti, con el respaldo de Estados Unidos, encabezó un golpe de Estado. Stroessner fue aprehendido por unos días hasta que fue enviado al exilio a Brasilia, junto a su hija Graciela, su hijo Gustavo y la esposa de este último María Eugenia Heikel.