Seit Beginn des Zweiten Weltkrieges am 1. September 1939 war Eugen Müller Generalquartiermeister beim Chef des Generalstabs des Heeres und unterstand damit direkt Franz Halder. Diese Funktion existierte in Friedenszeiten nicht. Als Generalquartiermeister unterstanden Müller drei Gruppen: Die Gruppe "Qu 2" wurde von Hauptmann Gähtgens geleitet und war für Fragen des Operationsgebiets und für militärische Anordnungen gegen die dortige Zivilbevölkerung zuständig. Die Gruppe Z wurde von Ministerialdirigent Danckwerts geleitet und war für sonstige Anordnungen gegen die Zivilbevölkerung im Operationsgebiet zuständig. Die Gruppe III unter Generalrichter Erich Lattmann war für allgemeine Fragen des Kriegsrechts und das Feldkriegsgerichtswesen zuständig. Daneben hatte er die Dienstaufsicht über die Kriegsakademie unter der Leitung von General Liebmann. Müller bestätigte als Generalquartiermeister die zehn Todesurteile aus dem zweiten Prozess gegen die polnischen Verteidiger der Danziger Post. Den polnischen Postbeamten wurde Freischärlerei vorgeworfen, die Anwendbarkeit von Artikel 2 der Haager Landkriegsordnung (Zuerkennung des Kombattantenstatus der zivilen Postbeamten) wurde verneint. Die Gefangenen wurden nach Bestätigung der Urteile erschossen. Der Stabschef und damit Stellvertreter von Eugen Müller war der als äußerst fähig geltende Eduard Wagner.