Po páde Konštantínopola do rúk Osmanom bola budova kláštorného kostola premenená na mešitu. Podiel na tom mal "mirahur" (správca stajní) Bajazida II. Z názvu jeho funkcie vznikol aj turecký názov mešity İmrahor. V osmanskom období prešla budova niekoľkými zmenami. V roku 1894 chrám postihlo zemetrasenie. V rokoch 19071909 na mieste pracoval ruský archeologický tím.