Sebastian Wimmer wurde in Thalmassing bei Regensburg als Sohn des Gastwirtes Peter Wimmer und seiner Frau Elizabeth Lang geboren. Nach seiner Gymnasialzeit in Regensburg studierte er zunächst in Regensburg (1826), dann in München (1827–1830) Katholische Theologie. Zwar spielte er eine Zeitlang mit dem Gedanken, zur Rechtswissenschaft zu wechseln, blieb aber dann doch seinem Wunsch, Priester zu werden, treu, zumal er wider Erwarten ein Stipendium am herzoglichen Georgianum erhielt. Während seiner Studienzeit versuchte Wimmer zweimal, als freiwilliger Soldat am griechischen Befreiungskrieg teilzunehmen. Weil aber die Annahmestelle schon geschlossen war, wurde nichts daraus und so ließ er es schließlich bleiben. Nach einer einjährigen Seminarzeit in Regensburg empfing Wimmer dort am 1. August 1831 die Priesterweihe. Da die Diözese zu dieser Zeit einen Priesterüberschuss hatte, schickte ihn der Regensburger Bischof Sailer als Wallfahrtsseelsorger nach Altötting im Bistum Passau.