El cardenal Müller persistió en su posición durante la XIV Asamblea General Ordinaria del sínodo de obispos, continuidad del anterior. En octubre de 2015, se difundió una carta firmada por él y otros doce cardenales (tildados de conservadores por los cercanos a Francisco), en la que denunciaban la metodología empleada en el Sínodo convocado por el pontífice.