In december 1996 kwam Xavi in beeld bij de nationale elftallen. Teodoro Nieto, scout van de nationale bond, bezocht destijds een jeugdtoernooi op Tenerife tussen regionale selecties. In het Catalaanse team Onder-17 viel zijn oog Xavi. In 1997 behoorde Xavi tot de Spaanse selectie voor het WK Onder-17 in Egypte. In 1999 werd Xavi samen met zijn toenmalige clubgenoten Gabri García en David Bermudo met Spanje wereldkampioen in Nigeria op het WK Onder-20. Hij scoorde drie doelpunten in de achtste finale tegen de Verenigde Staten (3-2) en in de halve finale tegen Mali. Een jaar later won Xavi met het olympisch elftal de zilveren medaille op de Olympische Spelen 2000 van Sydney. De middenvelder startte in alle zes wedstrijden in de basis en scoorde tegen Zuid-Korea in de eerste groepswedstrijd (3-0) en tegen Kameroen in de finale (2-2). De finale werd uiteindelijk door Spanje verloren na strafschoppen, hoewel Xavi zijn strafschop benutte.