Durant la plus grande partie de la période coloniale, le contrôle néerlandais était réduit. C'est seulement au début du que la domination néerlandaise s'étendit dans les frontières actuelles de l'Indonésie. L'invasion du territoire puis son occupation par les Japonais lors de la Seconde Guerre mondiale, dont les pertes humaines sont estimées à quatre millions de morts, mit fin à cette domination et encouragea le mouvement pour l'indépendance de l'Indonésie autrefois étouffé. Deux jours après la capitulation du Japon, le , Soekarno et Mohammad Hatta proclament l'indépendance du pays et deviennent respectivement le premier président et le premier vice-président du pays. Les Pays-Bas tentent alors de rétablir leur pouvoir provoquant une lutte diplomatique, un conflit armé et une révolution sociale appelée "Revolusi". Cette période s'achève le avec la création de la république des États-Unis d'Indonésie, les Pays-Bas reconnaissent l'indépendance partielle du pays. Le , le gouvernement proclame le retour à l'état unitaire. La Nouvelle-Guinée occidentale ne sera incorporée à la nouvelle république d'Indonésie qu'en 1962 à la signature de l'accord de New York.