La mattina del 1º ottobre 1965 alcune delle guardie personali di Sukarno lo rapirono e assassinarono sei generali, nel tentativo di fare un golpe. Il Generale Suharto, col pretesto di riportare l'ordine, diede l'avvio a una campagna repressiva anticomunista a livello nazionale dei sospetti comunisti, gran parte dei quali erano contadini. Gli omicidi si concentrarono a Sumatra, Giava Est e Bali. All'epoca in cui cessarono, nel 1966, si stima che 3 milioni d'indonesiani erano stati massacrati dai soldati, polizia e "vigilantes" pro-Suharto. Anche i cinesi etnici vennero presi di mira, principalmente per motivi economici e razziali. Un rapporto ufficiale della CIA chiamò la purga «uno dei peggiori omicidi di massa del XX secolo».