Nach 1918 wurde die Stadt zu einer Grenzstadt, entlang des Flusses wurde eine Mauer gebaut, da auf dem gegenüberliegenden Flussufer des Dnister rumänisches Territorium lag. Die Hungersnot von 1933 betraf Bakota nicht, aber das Kloster wurde geschlossen. Eine weitere Hungersnot nach dem Zweiten Weltkrieg dezimierte 1947 die Bevölkerung von Bakota beträchtlich, nur zwei Drittel der Einwohner überlebten. In den 1960er Jahren wurden auch die Gottesdienste in der Klosterkirche beendet. Die Ikonen, Kreuze und Bücher wurden zusammen mit der Kirche zerstört.