Cajamarca, ultimo luogo di scontro tra Atahualpa ed il conquistador spagnolo Francisco Pizarro, fu catturata in breve tempo, e la "seconda Cuzco", Tumebamba, cadde poco dopo. Dopo le iniziali sconfitte, Atahualpa riuscì a fermare l'avanzata meridionale nella battaglia di Mullihambato, riportando poi una decisa vittoria nella battaglia di Chimborazo grazie all'aiuto dei generali Quizquiz, Rumiñahui e Chalcochima. Tumebamba fu riconquistata e rasa al suolo, la sua popolazione di Cañari massacrata e Huascar obbligato a fuggire a nord. Nel 1532 l'impero meridionale fu di nuovo sconfitto a Quipaipan, Huascar fu catturato e Cuzco conquistata da Quizquiz. Atahualpa imase a Cajamarca venendo catturato quello stesso anno dai conquistatori spagnoli. La cattura del Sapa Inca (Huascar) e della sua capitale nel 1532 segnò la fine di questo impero, dato che si riunì nelle mani di Atahualpa. La sua gloria ebbe vita breve, dato che fu sconfitto e catturato sette mesi dopo a Cajamarca. La capitale Quito fu bruciata e rasa al suolo nel 1535 dal fratellastro Rumiñahui.