1848年には、煙草の不買運動から始まったオーストリア帝国の支配に対抗する民衆反乱「ミラノの5日間」に参加。カルロ・カッターネオやなどとともにチェルヌスキは戦争評議会を設立し、民衆反乱を組織的な抵抗に変えオーストリア帝国軍と戦うなど、主導的な役割を果たす。また、その後成立したロンバルディア臨時政府では多くがサルデーニャ王国との合併を望む中、サルデーニャ王国の拡大主義を否定した。しかしオーストリア帝国軍の攻撃によってロンバルディア臨時政府は崩壊すると、ジェノヴァやフィレンツェを経由しつつ最終的にはマッツィーニやガリバルディなどが集結するローマに赴き、翌1849年に成立したローマ共和国の議員となった。ローマ共和国崩壊後、チェルヌスキは1850年には逮捕されローマのサンタンジェロ城に短期間拘留される。二度の裁判を受け無罪判決を受けたが、ジュゼッペ・フェッラーリなどとともにフランスに亡命する。