Sau Cách mạng Tháng Hai năm 1917, ông và gia đình phải sống lưu vong tại Tobolsk, Sibir. Sau khi người Bolshevik đảo chính, Aleksei, cha mẹ ông, bốn chị gái và ba người hầu đã bị hành quyết vào thời kỳ nội chiến Nga theo lệnh của Ủy ban Đặc biệt toàn Nga. Tin đồn Aleksei vẫn còn sống kéo dài đến năm 2007 thì chấm dứt khi hài cốt của ông và một người chị gái được khai quật. Ngày 17 tháng 7 năm 1998, đúng 80 năm sau ngày hành quyết, cha mẹ ông, ba người chị gái và các người hầu chính thức được cải táng tại Nhà thờ chính tòa Thánh Pyotr và Pavel. Lúc này Aleksei và chị gái Maria vẫn chưa được mai táng. Ông cùng gia quyến được Giáo hội Chính thống giáo Nga tuyên thánh và được gọi là những người chịu thương khó vào năm 2000.