Mokrišča delte Nemna veljajo za svetovno pomembna in so zaščitena v skladu z Ramsarsko konvencijo. Za zaščito divjih živali delte in olajšanje raziskovanja je bil leta 1992 ustanovljen Regionalni park Delte Nemna. Park pokriva 239,5 km² in vsebuje 14 naravnih rezervatov ter eno akumulacijsko jezero. Približno 20% površine pokriva voda. Od leta 1999 Litovsko društvo ornitologov in uprava regionalnega parka Delte Nemna vsak oktober organizirata štetje ptic. Štetje ptic je odprt, mednaroden in neprofesionalen poskus, da bi odkrili čim več vrst ptic. Število ptic pomaga pri ugotavljanju okoljskih nevarnosti za dobro počutje ptic ali, nasprotno, pri ocenjevanju rezultatov pobud za okoljsko ravnanje, katerih namen je zagotoviti preživetje ogroženih vrst ali spodbuditi vzrejo vrst iz estetskih ali ekoloških razlogov. Delta je vsako leto poplavljena, največ nevarnosti pa predstavljajo onesnaževanje, kmetijstvo, ribiška industrija in turizem.