پایتخت در زمان سلطان سنجر از اصفهان منتقل شد و مردم به‌شدت فقیر و آبادی‌ها خراب شدند. نهایتاً، در سال ۵۹۰ با انقراض سلجوقیان عراق، اصفهان به دست علاءالدین تکش خوارزمشاه افتاد. پس از آن تا زمان حمله مغول به ایران، امیران محلی با استقلال نسبی بر اصفهان حکومت می‌کردند. در سال ۶۳۳ ه‍.ق سپاه مغول به شهر حمله کرد و بر آن چیره شد و چنان کرد که به تعبیر رشیدالدین فضل الله همدانی: «چندان خلق که ایشان کشته‌اند، کس نکشته».