Miguel Pro trat am 10. August 1911 in die Gesellschaft Jesu ein. Am 15. August 1913 legte er die Ordensgelübde ab. Er studierte ab 1914 in den USA und von 1915 bis 1920 Philosophie in Granada, Spanien. Ab 1922 studierte er Theologie in Sarriá (Barcelona) und ab 1924 in Enghien, Belgien. Hier wurde er auch am 30. August 1925 zum Priester geweiht. Am 6. Juli 1926 kam er nach Mexiko zurück. Aufgrund der Mexikanischen Revolution und der Verfolgung von katholischen Priestern während der Präsidentschaft von Plutarco Elías Calles (1924–1928) wirkte er in der katholischen Selbstschutzorganisation "Liga Nacional para la Defensa de la Libertad Religiosa". Die Auseinandersetzungen zwischen Kirche und Staat gipfelten schließlich in einem besonders blutigen Bürgerkrieg, der Guerra Cristera. Auch etliche Priester wurden hingerichtet. Während dieser Zeit leistete Pro seinen priesterlichen Dienst verkleidet und im Untergrund. Nach dem Attentat auf General Álvaro Obregón wurde er als angeblicher Täter am 18. November 1927 verhaftet und – obwohl sich Obregón persönlich für ihn eingesetzte und seine Unschuld bezeugte – am 23. November mit drei anderen Beschuldigten hingerichtet. Die meisten der in Mexiko verfolgten Priester lebten in ländlichen Gebieten. Michael Pro wirkte aber in der Hauptstadt und wurde dort auf persönliche Anordnung des Präsidenten hingerichtet. Dadurch bekam sein Tod besondere Aufmerksamkeit und politische Brisanz. Zur Aufbahrung und zur Beerdigung kamen Abertausende. Michael Pro liegt in der Kirche "Sagrada Familia" in Mexiko-Stadt begraben.