Al trasladarse el Colegio de Ciencias y Artes al local del Colegio de la Transfiguración, la Universidad empezó a funcionar en dicho local con regularidad. Luego de la salida de Bolívar del Perú y la guerra que él mismo impulsó contra el Perú como presidente de la Gran Colombia, el Congreso del Perú expidió una ley del 10 de julio de 1828 restituyendo la Universidad de San Antonio Abad al Seminario de San Antonio Abad con carácter de universidad pública. La Facultad de Filosofía y Artes en 1855, durante el gobierno de Ramón Castilla, cambió su nombre a Facultad de Filosofía y Letras.