В 1991—1994 годах эта конфронтация привела к масштабным военным действиям за контроль над Нагорным Карабахом и некоторыми прилегающими территориями. По уровню военного противостояния её превзошёл лишь чеченский конфликт, но, как отметил Сванте Корнелл, «"из всех кавказских конфликтов карабахский конфликт имеет наибольшее стратегическое и общерегиональное значение. Этот конфликт — единственный на территории бывшего Советского Союза, в который непосредственно вовлечены два независимых государства. Более того, в конце 1990-х годов Карабахский конфликт способствовал формированию на Кавказе и вокруг него противостоящих друг другу группировок государств"». 5 мая 1994 года был подписан Бишкекский протокол о перемирии и прекращении огня между Арменией и самопровозглашённой Нагорно-Карабахской Республикой с одной стороны и Азербайджаном с другой стороны.