Las tropas israelíes se retiraron de Belén el 21 de diciembre de 1995. Tres días después, la ciudad pasó a estar administrada por la Autoridad Nacional Palestina en cumplimiento de lo firmado en los Acuerdos de Oslo. Las infraestructuras y la industria del turismo de Belén se vieron seriamente afectadas durante la Segunda Intifada. En 2002 se convirtió en una de las principales zonas de combate durante la Operación Escudo Defensivo, una importante ofensiva del ejército israelí en la que retomó las ciudades palestinas que se había comprometido a abandonar tras la firma de los Acuerdos de Oslo. El ejército israelí sitió la Basílica de la Natividad para intentar detener a un grupo de milicianos que se habían refugiado en ella. Tras un asedio que duró 39 días y en que varios milicianos fueron asesinados, un acuerdo permitió darle fin con el exilio de 13 milicianos al extranjero.