El gobierno de Aznar apoyó de forma decidida la «guerra contra el terrorismo» declarada por el presidente George W. Bush tras los atentados del 11 de septiembre de 2001 en Nueva York y Washington, por lo que cuando Estados Unidos inició la guerra de Afganistán en octubre de 2001 y la de Irak en marzo de 2003 contó con su respaldo, a pesar de que en el segundo caso la opinión pública se manifestó mayoritariamente en contra. Así el 16 de marzo de 2003 se reunieron en las islas Azores José María Aznar, el presidente norteamericano George W. Bush y el primer ministro británico, Tony Blair, y allí los tres dirigentes dieron un ultimátum a Sadam Hussein para que entregara las armas de destrucción masiva que supuestamente poseía y a continuación hicieron un llamamiento a todos los países del mundo para que se sumaran a la nueva «Alianza Trasatlántica» contra el terrorismo. Cuatro días después se inició la invasión de Irak y Aznar envió una «unidad conjunta de apoyo humanitario», que llegó a Irak un día después de la caída de Bagdad, el 9 de abril. Mientras tanto se siguieron produciendo manifestaciones en contra de la guerra —algunas encabezadas por el líder socialista Rodríguez Zapatero— aunque este descontento no se tradujo en votos en las elecciones municipales y autonómicas de mayo de 2003 ya que éstas no supusieron ningún descalabro para el Partido Popular —aunque el PSOE superó en número de votos totales al PP por primera vez desde 1993—. Después de las elecciones, Aznar envió un contingente militar a Irak (integrado por 1300 soldados) para colaborar en la «reconstrucción» y en la «seguridad» de ese país ocupado. Rodríguez Zapatero respondió con el anuncio de que si ganaba las elecciones generales del año siguiente haría volver a las tropas.