Il territorio della Moldavia comprende la regione separatista della Transnistria; questa regione conta una numerosa popolazione non-moldava (circa il 60%) e si è separata dalla Moldavia meno di un anno dopo che la nazione è divenuta indipendente dopo la caduta dell'URSS. La Transnistria ha il suo governo "de facto" che agisce indipendentemente da Chișinău a partire dalla Guerra di Transnistria. La situazione diplomatica internazionale riguardo alla questione transnistriana viene determinata dalle relazioni della Moldavia con la Russia, e determina a sua volta le stesse. Russia, Ucraina, OSCE, UE ed USA sono coinvolti in diversi gradi nella risoluzione del conflitto.