Ainda em 1994, o país viu-se envolvido no drama de Ruanda. Hutus radicais assassinam cerca de 1 milhão de tutsis e hutus moderados na vizinha Ruanda em apenas três meses, no maior genocídio do mundo desde a Segunda Guerra Mundial (ver Genocídio em Ruanda). Poucos meses depois, tutsis assumem o controle do país e o Congo teve de receber centenas de milhares de refugiados hutus que participaram da matança e se instalaram no leste do país, agravando a crise política.