Il Tempio Maggiore rimase attivo anche dopo la promulgazione delle leggi razziali del 1938; tra il 26 e il 28 settembre 1943 fu il luogo della raccolta dell'oro per il ricatto di Herbert Kappler, che tuttavia non servì a scongiurare il rastrellamento del Ghetto. Dall'ottobre successivo fino al 5 luglio 1945 il Tempio venne posto sotto sequestro e chiuso al culto e a qualsiasi altra attività.