Jan Eustachy Kossakowski urodzony w Warszawie, chrzest święty przyjął w kościele pw. św. Aleksandra, przy Pl. Trzech Krzyży. Po śmierci ojca (1905) i matki (1911) oraz jedynej rodzonej siostry Jadwigi (1912) wychowywał się u swego brata przyrodniego Michała Stanisława w Nidokach na Litwie. Jako ochotnik 5 pułku Ułanów Zasławskich brał udział w wojnie 1918–1920. W latach 1920–1928 ukończył studia medyczne na Uniwersytecie Warszawskim. 20 września 1924 ożenił się ze swoją koleżanką ze studiów Stanisławą Rynkowską.