קוקה החל לשחק בשנת 1991 בנבחרת צ'כוסלובקיה, בה הופיע 24 פעמים והבקיע שבעה שערים. עם פירוק צ'כוסלובקיה עבר קוקה לשחק בנבחרת צ'כיה, והשתתף עמה ביורו 1996. קוקה היה אחד השחקנים הבולטים בהישג של הנבחרת הצ'כית, שהגיעה לגמר הטורניר, בו הפסידה 2-1 לנבחרת גרמניה משער זהב בהארכה של אוליבר בירהוף. קוקה שותף בטורניר זה כמעט בכל המשחקים, הבקיע שער אחד בתיקו 3-3 מול נבחרת רוסיה בשלב הבתים, ונכלל בנבחרת מצטייני הטורניר, בצוותא עם חבריו לנבחרת רדוסלאב לאטאל וקארל פובורסקי. קוקה השתתף גם בגביע הקונפדרציות 1997, בו סיימה צ'כיה במקום השלישי, וביורו 2000 בו הודחה הנבחרת הצ'כית בשלב הבתים. בשנת 2001 פרש קוקה מהנבחרת, לאחר שהבקיע 22 שערים ב-63 הופעות במדי צ'כיה.