После фашистичке агресије на Југославију и капитулације режима Краљевине Југославије, Милатовић се вратио у свој родни Никшић, где се укључио у припреме за оружани устанак у овом крају. Када је, после позива КПЈ, устанак захватио Црну Гору, Вељко Милатовић је постао политички комесар чете у Никшићком партизанском одреду.