Em seu primeiro jogo na "Serie A" da temporada 1999–00, Vieri marcou os três gols da Internazionale na vitória de 3 a 0 sobre o Hellas Verona. Mas o time terminaria o torneio distante do título, apenas em quarto, enquanto ficou no vice da Copa da Itália. Ao todo, Vieri fez treze gols na liga, em dezenove jogos. Os treze gols foram suficientes para fazer dele o artilheiro do elenco "nerazzurri", embora incapazes de suprir a expectativa gerada para um ataque que tinha de opções Roberto Baggio, Ronaldo, Álvaro Recoba e Iván Zamorano. Esperava-se em especial uma dupla entre Vieri e Ronaldo, que poucas vezes atuaria junta por lesões que acometeram ambos - no caso de Vieri, ficou impossibilitado de ir à Eurocopa 2000. Fora dos campos, a parceria foi um sucesso: se tornaram grandes amigos e parceiros na vida noturna de Milão.