En 1999, cuando estalló la Guerra de Kargil el Mirage 2000 tuvo un buen comportamiento durante todo el conflicto sobre las cumbres del Himalaya, a pesar de que los Mirage suministrados a la India tenían limitada su capacidad de interdicción aérea y tuvieron que ser modificados, para poder lanzar bombas convencionales y guiadas por láser. Los dos escuadrones de Mirage 2000 volaron un total de 515 incursiones y de 240 misiones de ataque, lanzando un total de 55.000 kg de explosivos. Su mantenimiento fácil, gran resistencia por su diseño de alas en delta integradas al fuselaje central y su alta tasa de disponibilidad, hizo que el Mirage 2000 fuera uno de los aviones de combate más eficientes de la Fuerza Aérea India en el conflicto.