9 июля 1941 года назначен на должность командира 59-й стрелковой дивизии, в феврале 1942 года — на должность командира 26-го стрелкового корпуса, а в ноябре 1944 года — на должность командира Камчатского оборонительного района, который во время советско-японской войны принимал участие в боевых действиях в Курильской десантной операции, в ходе которой 18 августа 1945 года был высажен десант на остров Шумшу из состава 101-й стрелковой дивизии (Камчатский оборонительный район) и в результате боевых действий к исходу 19 августа была освобождена бо́льшая часть острова, а 23 августа войска противника на Шумшу капитулировали. Вскоре под руководством генерал-майора Гнечко были высажены десанты на других Северных Курильских островах, где боевых действий уже не проводилось в связи с отсутствием сопротивления со стороны противника.