Peña pochodzi z miasta Ciudad Victoria w stanie Tamaulipas. Początkowo równolegle do piłki nożnej trenował boks, jednak jako trzynastolatek został zauważony przez pracującego dla klubu CF Pachuca skauta Ángela „Cocę” Gonzáleza (odkrywcę talentu między innymi Cuauhtémoca Blanco). Wówczas zdecydował się skoncentrować na futbolu i przeniósł się do akademii juniorskiej Pachuki. Przez kolejne kilka lat występował w trzecioligowych rezerwach zespołu – Pachuca Juniors i Universidad del Fútbol, zaś w wieku dwudziestu lat został włączony do pierwszej drużyny przez argentyńskiego szkoleniowca Guillermo Rivarolę. W meksykańskiej Primera División zadebiutował 15 kwietnia 2010 na stadionie Estadio Azul (Meksyk) w zremisowanym 2:2 spotkaniu z Cruz Azul, zaś premierowego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej strzelił 17 października tego samego roku na stadionie Estadio Hidalgo (Pachuca) w zremisowanej 1:1 konfrontacji z Morelią. W tym samym roku wziął udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, gdzie zajął z Pachucą piąte miejsce. Podczas swojego pobytu w tym klubie nie zdołał sobie jednak wywalczyć na stałe miejsca w wyjściowym składzie.