En 1667, Louis XIV revendique la Franche-Comté à la suite de son mariage avec Marie-Thérèse d'Espagne. Dans le cadre de la guerre de dévolution, les troupes françaises arrivent dans la Comté en 1668. Besançon essaye vainement de faire valoir qu'elle est neutre dans toutes les hostilités car c'est une ville impériale libre du Saint-Empire romain germanique, ce que le commandant français le prince de Condé repousse considérant, ceci comme étant archaïque. Les Français acceptent des conditions de remise très généreuses avec les autorités de la ville, notamment le transfert de l' université de Dole, en son sein, cette dernière alors récalcitrante. Il y avait également des rumeurs selon lesquelles le Parlement régional pourrait être lui-aussi transféré de Dole. La Ville a aussi stipulé qu'il devrait leur rester la relique d'un fragment du drap sacré et que les protestants ne devraient pas avoir la liberté de conscience de la même manière qu'ils l'avaient alors dans le reste de la France.