Trận El Alamein thứ hai bắt đầu vào ngày 23 tháng 10 năm 1942, và kết thúc 12 ngày sau đó với một trong những chiến thắng quy mô lớn đầu tiên của đồng minh trong chiến tranh. Montgomery đã dự đoán chính xác cả thời gian của trận đánh và số thương vong (13.500). Ngay sau khi các đơn vị thiết giáp và bộ binh đồng minh đã vượt qua các chiến tuyến Đức/Ý và truy đuổi các lực lượng địch với tốc độ cao dọc theo đường bờ biển, thì một trận mưa lớn xảy khắp khu vực, khiến các xe tăng và xe tải hỗ trợ ngập trong bùn sa mạc. Montgomery, đứng trước các sĩ quan của mình tại bộ chỉ huy và gần rơi nước mắt, thông báo rằng ông buộc phải ra lệnh dừng truy đuổi. Nhà sử học Corelli Barnett đã chỉ ra rằng mưa cũng ảnh hưởng lớn đến người Đức, và do đó thời tiết là một giải thích không đầy đủ cho việc không tạo ra bước đột phá nào trong trận này, tuy nhiên nhiên trận El Alamein là một thành công lớn cho Montgomery. Hơn 30.000 binh lính Đức đã bị bắt, bao gồm cả tướng Von Thoma, cũng như tám sĩ quan khác. Rommel, ở trong bệnh viện ở Đức vào lúc bắt đầu cuộc chiến, buộc phải quay trở lại chiến trường vào ngày 25 tháng 10 năm 1942 sau khi Stumme - người thay thế Rommel làm chỉ huy Đức - đã chết vì cơn đau tim trong những giờ đầu tiên của trận chiến.