Dopo la morte di Federico II, segue il breve regno di Manfredi, fino al 1266, quando con la sconfitta di quest'ultimo a Benevento, la città passa con il resto della Sicilia a Carlo d'Angiò. Nel 1282, nel contesto della rivolta dei Vespri Siciliani, i Siracusani cacciano gli Angioini dalla città e si ergono a libero comune, eleggendo a propri governatori Luigi Callari e Calcerano Selvaggi. L'intervento di Pietro III d'Aragona pone inizio alla dominazione aragonese dell'isola. Sorgono svariati palazzi nobiliari con i nomi delle rispettabili famiglie: Abela, Chiaramonte, Nava, Montalto. La città riacquista un po' di lustro con l'istituzione, nel 1361, della Camera Reginale (una sorta di stato dentro lo stato) e la presenza della regina Costanza.