Шарлота Пруска се омъжва на 18 февруари 1878 г. в Берлин за принц Бернхард III фон Саксония-Майнинген]] (* 1 април 1851, Майнинген; † 16 януари 1928, Майнинген), последният херцог на Саксония-Майнинген (1914 – 1918), син на херцог Георг II фон Саксония-Майнинген (1800 – 1882) и принцеса Шарлота Пруска (1831 – 1855), дъщеря на принц Албрехт Пруски (1809 – 1872) и принцеса Мариана Нидерландска (1810 – 1883). На 25 юни 1914 г., след смъртта на баща му, Бернхард III става на 63 години херцог на Саксония-Майнинген. След началото на Първата световна война Бернхард III оставя управлението на съпругата си Шарлота и отива на фронта. Той абдикира на 10 ноември 1918 г. по време на Ноемврийската революция, един ден след кайзер Вилхелм II.