Efter examen från musikskolan 1915, blev Agapkin befordrad till musikdirektör. Efter Oktoberrevolutionen anmälde sig Agapkin som frivillig i Röda Armén 1918 och organiserade en trumpetarkår i 1:a Röda Husarregementet. År 1920 återvände han till Tambov, där han blev chef för en militärmusikkår tillhörig 117:e särskilda regementet i OGPU:s trupper. Den av Agapkin ledda militärmusikkåren deltog i Lenins begravning 1924. Agapkin blev 1930 chef för musikkåren vid OGPU:s centrala högskola.