Griffith puolusti kiistellyn sopimuksen hyväksymistä Dáil Éireannissa. Sopimus hyväksyttiin täpärästi 7. tammikuuta 1922, jolloin de Valera erosi ja Griffith valittiin kolme päivää myöhemmin hänen tilalleen presidentiksi. Sopimuksen oli määrä astua voimaan vuoden kuluttua ja siirtymäkauden ajaksi perustettiin Irlannin väliaikainen hallitus, jonka johtoon tuli Michael Collins. Griffithiä ei nimetty väliaikaisen hallituksen jäseneksi, mutta hän jatkoi Dáil Éireann -hallituksen johdossa. Grifith ja Collins kunnioittivat toisiaan, mutta valtasuhteiden ollessa epäselvät he ajautuivat toistuvasti ristiriitoihin keskenään. Samaan aikaan brittiläis-irlantilaista sopimusta koskenut kiista johti Irlannin sisällissodan puhkeamiseen kesäkuun 1922 lopussa. Griffith kuoli ylirasittuneena 12. elokuuta, vain kymmenen päivää ennen kuin myös Collins sai surmansa sisällissodassa.