В РККА с марта 1919 года. Вступил добровольно, сразу после возвращения из плена. Служил в Витебском пехотном полку войск ВЧК. С августа 1919 — командир 99-го стрелкового полка, а с июля — командир 97-го стрелкового полка (оба полка входили в состав 11-й Петроградской стрелковой дивизии). С ноября 1919 года командовал 32-й стрелковой бригадой. Участник Гражданской войны: в 1919 году воевал на Северном фронте в Латвии и в Эстонии, участник обороны Петрограда от армии генерала Н. Н. Юденича, участник операций против войск генерала С. Н. Булак-Балаховича. Летом 1920 года бригада была переброшена на Польский фронт, там Рейтер отличился в боях, был ранен, награждён орденом Красного Знамени. В марте 1921 года во главе этой бригады участвовал в подавлении Кронштадтского мятежа (1921), одним из первых ворвался в крепость и вновь был ранен. Награждён 2-м орденом Красного Знамени, что было огромной редкостью в то время (таких дважды кавалеров было менее 300 человек). Член РКП(б) с 1922 года.