ムラード・ベイとイブラーヒーム・ベイの指揮の下、マムルークを主体とするエジプトの軍団がフランス軍を迎え撃ったが、フランス側が兵力的に劣るにも関わらず1798年7月21日のピラミッドの戦い（エムバベの戦い）はフランス軍の完勝に終わった。これはエジプトにおいて西欧の軍事的優位を証明する出来事となった。フランス軍はカイロに進駐し、部族長階級、マムルーク、そしてフランス人からなる市議会を組織した。その後、アレクサンドリアやその他の重要な都市からの代表も加わった。だが、この市議会は独裁的権力を行使していたナポレオンの命令を追認するだけであった。