NATO bylo kritizováno, protože mlčí k porušování lidských práv v Turecku, které má druhé největší vojsko v rámci NATO a je jedním z pěti států NATO, které jsou součástí politiky sdílení jaderných zbraní. V důsledku rozsáhlých politických čistek v Turecku proti skutečným nebo domnělým oponentům režimu po neúspěšném pokusu o vojenský převrat ze dne 15. července 2016 požádalo několik desítek vysoce postavených tureckých důstojníků působících ve strukturách NATO o azyl v členských zemích NATO. Generálním tajemník NATO Stoltenberg na to reagoval slovy, že „Turecko má právo stíhat organizátory“ vojenského převratu a zdůraznil, že Turecko je klíčovým spojencem v rámci NATO. O azyl ve Spojených státech požádal i turecký admirál Mustafa Ugurlu, který sloužil v misi NATO v Norfolku ve Virginii. Po převratu byl zatčen také generálmajor Cahit Bakir, který velel tureckým silám v mezinárodních jednotkách NATO v Afghánistánu. Turecký provládní deník "Yeni Şafak" obvinil amerického generála Johna Campbella, který velel jednotkám NATO v Afghánistánu, že se podílel na plánování vojenského převratu v Turecku.