И у Балканским ратовима Мишић је такође био помоћник начелника штаба Врховне команде, генерала Путника, и био је његова десна рука. Непосредно је сарађивао на планирању и руковођењу операцијама против турске Вардарске армије, због чега је после Кумановске битке унапређен у чин генерала. Посебно се истакао правилном проценом ситуације првога дана битке на Брегалници, када је српска Врховна команда у Скопљу разматрала питање на којој линији ће примити одсудну битку. Усвајање његовог предлога имало је пресудан утицај на даљи ток и коначан исход одлучујуће битке Другог балканског рата. По завршетку овог рата, Мишић је по други пут пензионисан на исти начин заслугом официра припадника "Црне руке".