З початком війни в Афганістані Командування ССО Повітряних сил одним з перших взяло участь у підготовки до операції «Нескорена свобода» — Афганістан. Вже наприкінці вересня 2001, перші бойові підрозділи ССО були зосереджені у сусідніх країн, де розпочали підготовку до вторгнення. Під час довготривалої війни, авіаційні формування, бойові підрозділи наземної дії взяли найактивнішу участь у безлічі спеціальних операцій по всьому Афганістану проти Талібану та прибічників «Аль-Каїди».