El dióxido de cloro tiene muchas aplicaciones como oxidante o desinfectante. Puede ser utilizado para desinfección del aire y fue el agente principal utilizado en la descontaminación de edificios en los Estados Unidos después de los ataques con carbunco de 2001. Después del desastre del Huracán Katrina en Nueva Orleans, Luisiana, y la cercana Costa del Golfo, el dióxido de cloro fue usado para erradicar el peligroso moho de las casas inundadas. El dióxido de cloro es un eficaz desinfectante incluso en concentraciones bajas.