La stagione 2003-2004 fu anch'essa segnata da eventi luttuosi per la società, con la scomparsa di due figure chiave nella storia recente del club, il presidente Vittorio Chiusano (agosto 2003) e Umberto Agnelli (maggio 2004). Sul versante sportivo la Juventus vinse un'altra Supercoppa di Lega e chiuse terza in campionato. A fine stagione Lippi lasciò definitivamente la squadra per passare sulla panchina della nazionale.