1951 heiratete er die amerikanische Schriftstellerin Shirley Graham. 1958 nahm er an einer Konferenz in Taschkent teil, auf der die Afro-Asiatische Schriftstellerorganisation gegründet wurde. 1959 erhielt er den Lenin-Friedenspreis in Moskau. 1961 wurde er Mitglied der Kommunistischen Partei der USA; im gleichen Jahr siedelte er mit seiner Frau nach Ghana um, wo sein Freund Kwame Nkrumah erster Premierminister und nach der Ausrufung der Republik erster Staatspräsident geworden war. In seinen letzten Lebensjahren arbeitete er an der "Encyclopedia Africana". Am 27. August 1963, einen Tag vor dem historischen Marsch auf Washington der Schwarzenbewegung mit Martin Luther Kings Rede "I Have a Dream", starb Du Bois in Accra. Kurz zuvor hatte er die ghanaische Staatsbürgerschaft angenommen.