בקיץ 2000 עזב סקיבה את בורוסיה דורטמונד, והחל לשמש כמנהל בנבחרת גרמניה. למאמן הנבחרת החדש רודי פלר טרם היה רישיון אימון והוא קיבל את מרבית ההחלטות, אך סקיבה היה רשום כמאמן בפועל. פלר וסקיבה הגיעו עם נבחרת גרמניה לגמר מונדיאל 2002 בו הפסידו 2-0 לנבחרת ברזיל, אך הודחו בצורה משפילה בשלב הבתים של יורו 2004, ולאחר כישלון זה עזבו שניהם את הנבחרת. סקיבה נשאר לעבוד בהתאחדות הכדורגל הגרמנית כמנהל של נבחרות הנוער הגרמניות עד אוקטובר 2005.