Werneburg trat am 1. März 1866 in das 7. Westfälische Infanterie-Regiment Nr. 56 der Preußischen Armee in Göttingen ein. Mit diesem Verband nahm er im gleichen Jahr am Krieg gegen Österreich teil und wurde für seine Leistungen mit dem Militärehrenzeichen II. Klasse ausgezeichnet. Nach dem Friedensschluss avancierte Werneburg Mitte November 1866 zum Sekondeleutnant und wurde am 1. Oktober 1868 zum Adjutanten des Füsilier-Bataillons in Heiligenstadt ernannt. In dieser Eigenschaft kam er 1870/71 im Krieg gegen Frankreich bei der Belagerung von Metz sowie den Kämpfen bei Vionville, Bellevue und Beaune-la-Rolande zum Einsatz. Seine Verdienste wurden am 5. März 1871 durch die Verleihung des Eisernen Kreuzes II. Klasse gewürdigt.