Sommeren 1847 holdt han et botanisk kursus på det landøkonomiske institut på Haraldslund, og den følgende vinter begyndte han at studere kemi. Men så kom martsdagene 1848. Vaupell meldte sig som frivillig i krigen, afgik 19. april til armeen som fører for 52 frivillige, men blev allerede 23. april hårdt såret i Slaget ved Slesvig; på grund af forholdene varede det længe, inden han blev taget under lægebehandling; det venstre overarmsben var knust og armen måtte bortopereres. I Begyndelsen af august opdagedes kuglen i ryggen og blev skåret ud, og derpå blev han sendt hjem som krigsudygtig. Af livet på lasarettet i Slesvig, hvor han modtog Dannebrogordenens Hæderstegn, har han givet en livlig og interessant skildring i "Vort Forsvar" 14. årgang.