Auer besuchte das Gymnasium seiner Heimatstadt und trat am 1. September 1835 als Musketier in das 3. Infanterie-Regiment der Preußischen Armee ein. 1855 wurde er Hauptmann und im Jahr darauf Adjutant beim Chef des Generalstabes. Auer machte 1864 den Feldzug gegen Dänemark mit und wurde am 18. April 1865 als Oberstleutnant Kommandeur des I. Bataillons des 1. Posenschen Infanterie-Regiments Nr. 18. Im Krieg gegen Österreich kämpfte Auer bei Gitschin und Königgrätz. Nach Kriegsende wurde Auer am 31. Dezember 1866 mit Patent vom 30. Oktober 1866 zum Oberst befördert und mit diesem Datum zum Kommandeur des Grenadier-Regiments Nr. 1 ernannt. 1868 in das Kriegsministerium versetzt, wurde Auer am 18. August 1868 mit Pension zur Disposition gestellt, um das Majorat Goldschmiede im Kreis Samland zu bewirtschaften.