Lugano pelasi MM-kilpailuissa 2010 neljänneksi sijoittuneessa Uruguayn joukkueessa kuusi ottelua. Välieräottelun Alankomaita vastaan hän joutui jättämään väliin polvivaivojen vuoksi. Copa Américassa 2011 hän pelasi täydet minuutit kaikissa kuudessa ottelussa Uruguayn voittaessa maanosan mestaruuden. MM-kilpailuissa 2014 hän kärsi jälleen polvivaivoista ja pelasi vain yhden ottelun, mikä jäi samalla hänen viimeiseksi maaottelukseen. Kaikkiaan hän pelasi 95 maaottelua ja teki yhdeksän maalia.