Er nahm im Mexikanisch-Amerikanischen Krieg an den Schlachten von Monterrey und Buena Vista teil und hatte bei Ende der Kampfhandlungen den Brevet-Rang eines Majors erreicht. Bei Ausbruch des Sezessionskrieges erhielt er zunächst als Oberstleutnant den Befehl über das 14. U.S. Infantry-Regiment wurde aber bereits am 20. August 1861 zum Brigadegeneral befördert. Er erhielt den Befehl über eine Brigade der Pennsylvania Reserve und nahm an einigen Kampfhandlungen teil. Reynolds geriet am 27. Juni 1862, nach der Schlacht bei Gaines Mill, in Gefangenschaft. Er kam ins Libby-Gefängnis, wurde aber bereits am 15. August gegen Lloyd Tilghman ausgetauscht. Er erhielt den Befehl über die Pennsylvania Reserves Division und kämpfte bei der Zweiten Schlacht am Bull Run. Ende 1862 übernahm er den Befehl über das I. Korps der Potomac-Armee, welches er bei Fredericksburg führte. Nach der Schlacht erfolgte seine Beförderung zum Generalmajor.