W 1454 miasto było członkiem Związku Pruskiego, na prośbę którego król Kazimierz IV Jagiellończyk ogłosił wcielenie regionu do Królestwa Polskiego. Po wybuchu wojny trzynastoletniej jeszcze w tym samym roku mieszczanie zburzyli zamek krzyżacki. Po sześciu latach miasto zostało przejęte przez Krzyżaków, by po zakończeniu wojny na mocy pokoju toruńskiego w 1466 wrócić pod zwierzchnictwo Polski, tym razem jako lenno w rękach krzyżackich. Zacieśnienie więzów z Polską wskutek wasalizacji lennej Prus Książęcych w 1525 r., dobrze wpłynęło na rozwój miasta i okolic. Ożywił się handel zbożem, futrami, drewnem, chmielem, bursztynem. Złotym wiekiem w historii Bartoszyc był wiek XVI, jak również XVII. Miasto zaznaczyło rozwój we wszystkich dziedzinach życia gospodarczego i społecznego. Zyskało miano drugiego miasta po Królewcu w Prusach Książęcych.