À la suite d'une saison 2010-2011 particulièrement aboutie (finaliste du Top 14 Orange, huitième de finale espoir élite, champion de France juniors Reichel, quart de finale juniors Crabos, quart de finale cadets Alamercery et champion de France cadets Gaudermen), le MHR se voit décerner le trophée Total Club complet qui récompense le meilleur club ayant qualifié le plus grand nombre d'équipes dans les cinq catégories majeures des compétitions fédérales. Le club subit en début de saison 2011-2012 l'absence des joueurs sélectionnés dans leurs différentes équipes nationales pour la Coupe du monde de rugby et ne compte, au bout de neuf journées, que deux victoires. Avec le retour de l’ensemble des joueurs, le MHR réussit une belle seconde partie de saison et termine comme la saison précédente à la du championnat. En barrage, le club retrouve le Castres olympique mais cette fois-ci s'incline (31-15). L'intersaison est de nouveau marquée par des tensions au niveau de l'équipe dirigeante, entre l'association, responsable du secteur amateur, et le président de la SASP, Mohed Altrad, notamment sur la question de la gestion du centre de formation. Une convention entre les deux parties est finalement signée et la gestion du centre de formation est confiée à l'association.