In 1860 werd Brugsch naar Perzië gestuurd, op een missie onder leiding van Heinrich Menu von Minutoli. Hij reisde door Perzië en na de dood van Minutoli werd hij ontheven van zijn functie als ambassadeur. In 1863 richtte hij het "Zeitschrift für Aegyptische Sprache" op. In 1864 werd hij consul te Caïro, in 1868 professor van de Universiteit van Göttingen en in 1870 directeur van School van Egyptologie, opgericht in Caïro door de khedive. Datzelfde jaar voegde zijn jongere broer Émile Brugsch zich bij hem in Egypte. In 1873 werd hij verheven tot Bey en in 1881 tot Pasha. Daarna woonde hij voornamelijk in Duitsland tot aan zijn dood in 1894. Hij nam deel aan twee missies naar Perzië in 1883 en in 1885. In 1876 organiseerde hij een tentoonstelling over het Oude Egypte op de Centennial Exposition in Philadelphia.