Коли почалася Друга світова війна, Кофмана знову закликали в Червону армію. Під час Польського походу Червоної армії 1939 року, він командував медичної ротою, потім — медико-санітарним батальйоном. Під час Радянсько-фінської війни був старшим хірургом стрілецького корпусу.