В 1640 году епископ Педро Барбоса де Эза был вынужден покинуть Лейрию из-за войны за независимость. Найдя убежище в Кастилии, он скончался там через семь лет. Последующие епископы Лейрии назначались Жуаном IV и Филиппом IV без согласия Святого Престола, потому кафедра епархии долгое время была вакантна. В 1672 году была открыта епархиальная семинария.