V roce 1991 se USS "John F. Kennedy" zúčastnila operace Pouštní bouře proti Iráku, který okupoval Kuvajt. Z její paluby bylo uskutečněno 114 náletů, celkově 2 900 vzletů letadel. V roce 1996 navštívila při své plavbě Dublin v Irsku, kde ji vítalo na deset tisíc lidí, kteří věděli, že kořeny Johna Kennedyho vychází právě z jejich ostrova. Navíc byla tehdy americkou velvyslankyní v Irsku Jean Kennedyová-Smithová, sestra prezidenta Kennedyho.