Bên cạnh quân đội liên bang, mỗi nước trong sáu nước cộng hòa cũng đều có quân phòng vệ lãnh thổ của mình. Họ được thành lập theo một học thuyết quân sự mới gọi là "phòng thủ toàn dân" như một câu trả lời cho kết cục tàn bạo của Mùa xuân Praha của Khối Warszawa tại Tiệp Khắc vào năm 1968. Nó được tổ chức thành các cấp nước cộng hòa, tỉnh tự trị, thành phố và cộng đồng địa phương.