Ngày 23 tháng 1 năm 2015, sau kì Asian Cup 2015 không thành công của đội tuyển Nhật Bản, Endō Yasuhito chính thức giã từ đội tuyển quốc gia Nhật Bản sau 13 năm gắn bó, tổng cộng anh đã 152 lần khoác áo đội tuyển quốc gia và ghi được 15 bàn thắng.