In seiner Jugend war van Niekerk vor allem im Hochsprung aktiv. Ab 2009 trainierte er aber auch für Sprintdisziplinen, auf die er sich schließlich vollständig konzentrierte, nachdem er sich über 200 Meter für die Juniorenweltmeisterschaften 2010 in Moncton hatte qualifizieren können. Dort belegte er in einer Zeit von 21,02 s den vierten Platz.