Barrichello ble til å begynne med frakjørt av Button, noe han mente var på grunn av en annerledes bremsestil på Hondaen til forskjell fra Ferrariene han tidligere har kjørt. Etter endringer på bilen ble han mer konkurransedyktig. I Monacos Grand Prix 2006 tok han nesten sin første pallplassering for laget, men da han fikk gjennomkjøringsstraff for fartsovertredelse i pitlane, endte han på fjerde. Selv om han mistet en pallplassering, var det det beste resultatet i Monaco Grand Prix for Honda (som en gruppe) eller et japansk team. Før løpet byttet Barrichello hjelm med Tony Kanaan, en brasiliansk Indy Racing League-sjåfør og en av hans beste venner. Samme helg deltok Kanaan i 2006 Indianapolis 500 med Barrichellos hjelm. Han avsluttet sesongen på syvendeplass med 30 poeng, 26 bak Button.