Многие из членов ИДУ принимали участие в гражданской войне в Таджикистане на стороне Объединённой таджикской оппозиции (ОТО). Во время процесса внутритаджикского урегулирования полевые командиры ИДУ отказались выполнять условия соглашения, подписанного между правительством и ОТО. В августе 1999 года отряды ИДУ (численностью почти в 1000 человек) вторглись с территории Северного Таджикистана в южные районы Киргизии (Баткенские события). В октябре того же года отряды движения покинули территорию этой республики.