Il faut attendre 2006 pour qu'El-Hadari ne gagne une place de titulaire lors de la Coupe d'Afrique des nations organisée à domicile. Le gardien stoppe trois tirs au but en finale face à la Côte d’Ivoire (0-0 tab 4-2). Essam remporte son deuxième titre continental, le premier en tant que titulaire. Il permet à l’Égypte de remporter la cinquième CAN de son histoire.