Po napadení Sovětského svazu Němci obsadili část Kalmycka počátkem r. 1942 a v létě zřídili "Kalmycké dobrovolné jezdectvo". Tyto jednotky, které dosáhly počtu 5 000 bojovníků, statečně bojovaly až do konce druhé světové války, kdy se dostaly do amerického zajetí a byly v souladu s jaltskými dohodami vydány k násilné repatriaci do Sovětského svazu. 28. prosince 1943 sovětská vláda obvinila Kalmyky z kolaborace a během 24 hodin byly zahájeny deportace Kalmyků včetně vojáků sloužících v Rudé armádě. Kalmyci byli odváženi dobytčími vozy na různá místa do Střední Asie a na Sibiř. Deportovány byly rodiny podle národnosti manžela, takže převážně byly ušetřeny smíšené rodiny Kalmyček. Kalmycká republika byla zrušena a její území rozděleno mezi sousední kraje. Vesnice a města byla přejmenována, např. z Elisty se stal Stěpnoj. V prvních třech měsících roku 1944 zemřelo 4,9 % kalmycké populace v prvních třech měsících roku 1945 1,5 % a v prvních třech měsících roku 1946 0,7 %. Mezi lety 1945 až 1950 zemřelo 15 206 Kalmyků, zatímco se narodilo pouze 7 843.