Der Sieg der Lancastrianer in der zweiten Schlacht von St Albans am 16. Februar 1461 zwang Vaughan zur erneuten Flucht. Zusammen mit "Philip Malpas", dem königlichen Arzt "William Hatcyf" und großen Schätzen flüchtete er auf einem Schiff Richtung Irland. Auf dem Meer wurde ihr Schiff jedoch von französischen Piraten aufgebracht, die Vaughan gefangen nahmen. Königin Margarete bat den französischen König Ludwig XI., Vaughan an sie auszuliefern, was Ludwig jedoch ablehnte. Nach dem Sieg der Yorkisten steuerte der neue König Eduard IV. im Oktober 1461 selbst £ 200 zu Vaughans Lösegeld bei. Nach seiner Freilassung trat Vaughan wieder in den Dienst des Königs, der ihn wieder als Gesandten nach Burgund schickte, wo er zusammen mit Lord Wenlock am 24. Oktober 1462 einen Handelsvertrag schloss. Im Mai 1463 eskortierte er die burgundischen Gesandten von London nach Sandwich und traf kurz darauf König Ludwig XI. in Saint-Omer, wo er Entschädigung für die Einwohner von Calais erhielt, die durch französische Übergriffe betroffen waren. Am 29. Juni 1465 wurde er Schatzmeister des Königs und Bewahrer der königlichen Juwelen, dazu diente er als Friedensrichter für Kent, Surrey und Sussex sowie von 1466 bis 1467 Sheriff von Surrey und Sussex. Im Sommer 1467 gehörte er zu den englischen Unterhändlern, die in Burgund die Hochzeit von Hochzeit von Karl dem Kühnen mit Margarete von York, der Schwester des Königs, aushandelten. Zusammen mit Richard Beauchamp, dem Bischof von Salisbury, empfing er die Prinzessin im Juni 1468 in Sluis, als sie zu ihrer Hochzeit mit dem Herzog von Burgund reiste. Herzog Karl der Kühne beauftragte ihn, dem König in seinem Namen den Orden vom Goldenen Vlies zu überreichen, im Gegenzug reiste Vaughan im Februar 1470 nach Burgund, um dem Herzog im Auftrag des Königs den Hosenbandorden zu übergeben. Er blieb in Burgund, wohin König Eduard im Oktober nach einem neuen Sieg der Lancastrianer ins Exil flüchten musste.