הדרום התאבל על מותו ורבים שיערו כי אם ג'קסון עוד היה בחיים, רוברט לי היה מנצח בקרב גטיסברג. ג'קסון קבור בלקסינגטון ליד המכון הצבאי בווירגיניה. מצבות נוספות לזכרו נמצאות בהר סטון שבג'ורג'יה, בשדרת מונומנט בריצ'מונד ובאתרים נוספים.