O edifício serviu como palácio real e episcopal entre o séculos XII e o início do , quando o reino navarro foi anexado por Castela (ver Conquista de Navarra). O palácio passou então a ser a residência dos vice-reis; posteriormente foi a sede da Capitania-Geral, depois do Governo Militar até 1971, após o que esteve ao abandono até ser restaurado para instalar o Arquivo Geral de Navarra. As obras de renovação, da autoria do arquiteto navarro Rafael Moneo, foram terminadas em 2003.