El 1805 l'aliança entre Carles IV i Napoleó va provocar la participació espanyola en la guerra naval contra Anglaterra, que es va decidir en la Batalla de Trafalgar, esdevinguda en aigües de la costa gaditana i que va resultar en la derrota de l'esquadra franco-espanyola enfront de la flota anglesa. El 1808 les tropes napoleòniques van entrar a la península Ibèrica amb el pretext d'envair Portugal al costat de l'exèrcit espanyol. No obstant això, Napoleó va aprofitar per enderrocar a traïció als governants espanyols i apoderar-se del país. Això va donar lloc a una insurrecció popular i la conseqüent Guerra de la Independència, en la qual Andalusia va tenir un paper decisiu en la resistència enfront de l'invasor, amb la batalla de Bailén, que va ser la primera victòria espanyola sobre els francesos, amb el moviment juntero i amb les Corts de Cadis, que el 19 de març de 1812 van proclamar la primera constitució liberal d'Espanya, anomenada popularment La Pepa. La constitució va ser jurada pel rei Ferran VII a la seva tornada a Espanya però el monarca no va trigar a anul·lar-la i a restaurar l'absolutisme.