В 1691 году Хусейн Кепрюлю назначается каймакамом Стамбула. Но уже в 1692 году он снова возвращается к управлению бывшей областью. В 1694 году становится капудан-пашой, в 1695 году помогает османском полководцу Мезоморто Хусейну-паше отвоевать у венецианцев остров Хиос. С этого момента доверие к Хусейну со стороны султана Мустафы II значительно возросло. В 1696 году он вновь становится каймакамом Стамбула. Учитывая сложную военную ситуацию того года, Хусейн Кепрюлю получает должность каймакама Белграда. В 1697 году к Белграду подходят основные османские войска во главе с султаном. На военном совете Хусейн-паша Кепрюлю предлагает двинуться на крепость Вараждин, чтобы оттуда создать опасную обстановку войскам Австрии и их союзникам. Впрочем, большинство поддержало план движения войск на Зенту. Этот план поддержал также османский султан Мустафа II. 11 сентября 1697 года османская армия была разбита в битве под Зенте войсками во главе с князем Евгением Савойским. Уже 17 сентября того же года султан Мустафа II назначает Хусейна-пашу Кёпрюлю великим визирем.