Boban speelde een grote rol bij het succes (derde plaats) van Kroatië op het WK voetbal in 1998 in Frankrijk. Hij was daar, net als op het EK in 1996, aanvoerder van het Kroatisch nationaal elftal. In de troostfinale won de ploeg met 2-1 van Nederland door treffers van Robert Prosinečki en Davor Šuker.