Na de middeleeuwen woedden er in Nîmes, zoals elders in Frankrijk, godsdienstoorlogen. Katholieken en hugenoten vochten, met periodes, een strijd uit. In 1567, vijf jaar voor het bloedbad van de Bartholomeusnacht in Parijs, vond in Nîmes het bloedbad plaats, bekend als de Michelade. De waterput van de bisschop was gevuld met tientallen lijken van katholieke geestelijken. De Franse Godsdienstoorlogen werden beslecht met het Edict van Nantes. Hierdoor bezaten hugenoten in de stad Alès een vrijplaats; officieel heette Alès een "place de sûreté". De protestantse kerk van Alès getuigt tot op vandaag van de belangrijke aanwezigheid van hugenoten in Alès, een uithoek van het bisdom Nîmes. In 1629, met de "conventie van Alès", besliste Lodewijk XIII de hugenoten te vervolgen. De Zonnekoning hernam dit op grote schaal, na het uitvaardigen van het Edict van Fontainebleau. Dragonnades teisterden vervolgens de streek. Een ander aspect van zijn politiek was het installeren van een katholieke bisschop in Alès. Paus Innocentius XII steunde de Zonnekoning om het bisdom Alès uit de Merovingische tijd terug te installeren (1694). Dit betekende een afscheuring van het bisdom Nîmes, en ditmaal met een duidelijk doel: de hugenoten bekeren die verscholen waren in de Cevennes. Een opstand in de Cevennes brak uit nadat het bisdom Alès geïnstalleerd was. De opstandelingen werden "camisards" genoemd en hun leider was Jean Cavalier. De bisschoppen van Alès vervolgden alle hugenoten op hun grondgebied.