Maaliskuussa 1861 juuri ennen sisällissotaa Hill erosi armeijasta. Kun Virginia erosi unionista, Hillistä tuli 13. virginialaisen jalkaväkirykmentin majuri ja hän löysikin pian itsensä Bull Runin taistelukentältä. Hänestä tuli prikaatinkenraali seuraavassa helmikuussa.