De aanhoudende protesten van 2013 leidden uiteindelijk in juli tot de afzetting van president Morsi door generaal Sisi. In augustus werd er door aanhangers van het leger een aanklacht tegen Maher ingediend, omdat hij de afzetting van Morsi een staatsgreep had genoemd; in oktober was het onderzoek in deze zaak echter alweer gesloten. Militaire rechtszaken in de Egyptische grondwet van 2013 werden door Maher gelijkgesteld aan het plegen van "verraad".