Huỳnh Liên sinh khoảng năm 1913/1914 tại Quảng Ngãi. Vốn là người luôn giữ kín thông tin về bản thân nên không ai rõ ông có xuất thân thế nào. Tuyên bố bắt đầu hành nghề bốc quẻ từ những năm 1930, Huỳnh Liên vào Sài Gòn làm thầy bói ở chợ Bến Thành những năm đầu thập niên 1960. Do có biệt tài xủ quẻ ngày xuất hành, buôn may bán đắt nên ông nhanh chóng thu hút được sự chú ý và tín nhiệm từ giới tiểu thương. Theo lời kể của một số người, dưới tác động của vợ là bà Nguyễn Thị Mai Anh, Nguyễn Văn Thiệu – khi đó còn đeo lon đại tá – đã mời Huỳnh Liên về nhà xem vận mệnh. Huỳnh Liên phán rằng: "Ông đây cầm tinh Giáp Tý, năm Quý Mão (1963) tất gặp chông gai. Ông phải đích thân đứng ra đẩy bật tảng đá chắn đường mình đi, nếu không thì mạng vận của ông sẽ bị tảng đá này đè nát." Ông Thiệu tin lời, quyết định tham gia phe đảo chính lật đổ Ngô Đình Diệm, Ngô Đình Nhu. Tuy nhiên, cũng có ý kiến cho rằng, Đại tá kiêm thầy bói Đỗ Mậu mới là người thuê thầy Huỳnh Liên đến xủ quẻ để ông Thiệu đồng ý tham gia đảo chính.