En 1773, tras volver a las colonias, Pinckney contrajo matrimonio con Sarah Middleton, cuyo padre Henry Middleton sería segundo presidente del Congreso Continental y cuyo hermano Arthur Middleton firmó la Declaración de Independencia. Sarah falleció en 1784, y en 1786 Pinckney se casó con Mary Stead. Pinckney tenía tres hijas.