Der älteste Nachweis der Gattung "Tapirus" in Südamerika stammt aus Argentinien und ist rund 1,5 bis 2,5 Millionen Jahre alt. Sie gelangte nach der Schließung des Isthmus von Panama vor rund 3 Millionen Jahren und des im Zuge daraufhin stattfindenden Großen Amerikanischen Faunenaustausches auf diesen Kontinent. Fossilfunde vom Bergtapir sind sehr selten, eine Herausbildung der Art wird aber erst mit der endgültigen Auffaltung der Anden angenommen, welche vor 3 bis 6 Millionen Jahren abgeschlossen war. Häufig wird eine relativ nahe Verwandtschaft mit der ausgestorbenen Art "Tapirus mesopotamicus" gesehen, aufgrund zu geringen Fossilmaterials und weniger morphologischer Unterschiede zum Flachlandtapir wird eine Unterscheidung dieser beiden Arten als schwierig angesehen.