Under andra världskriget deltog Ungern på axelmakternas sida men till Adolf Hitlers förtret vägrade Horthy att deportera de ungerska judarna till Tyskland. Detta och det faktum att Horthy i hemlighet förhandlade med västmakterna fick Hitler att tappa tålamodet och Ungern ockuperades på våren 1944 av tyska trupper. En stor del av de ungerska judarna deporterades därefter och bara en mindre del överlevde. Adolf Eichmann styrde operationerna. Horthy inskred sommaren 1944 för att skydda judarna i Budapest men blev så småningom bortförd i fångenskap till Tyskland (Operation Panzerfaust) där han senare befriades av amerikanska trupper. Hitler tillsatte i stället en marionettregering bestående av medlemmar i det ungerska nazistpartiet Pilkorsarna under ledning av Ferenc Szálasi. Det var under denna tid som Raoul Wallenberg var verksam i Budapest för att skydda och rädda judar.