Die Saison &lt;a href="Biathlon-Weltcup%202012/13"&gt;2012/13&lt;/a&gt; begann für Fourcade mit zwei Siegen (im Einzel und in der Verfolgung) beim Weltcupauftakt in Östersund. Bis zum Jahresende holte er vier weitere Podestplätze in fünf Wettbewerben bei den Weltcups in Hochfilzen und Pokljuka und ging mit der Führung im Gesamtweltcup in das Jahr 2013. Dieses begann für Fourcade mit einer Schulterverletzung, die er sich bei der World Team Challenge zugezogen hatte. Aufgrund dieser Verletzung nahm er an den Rennen in Oberhof nur bedingt teil und erreichte keine Top-10-Plätze. Zurück auf die Siegesspur fand Fourcade eine Woche später beim Weltcup in Ruhpolding, wo er sowohl in Sprint und Massenstart als auch mit der Mannschaft in der Staffel erfolgreich war. Die Weltmeisterschaften in Nové Město na Moravě startete für Fourcade mit einer Silbermedaille in der Mixed-Staffel. Zwei Tage später freute er sich erneut über eine Silbermedaille, welche er im Sprint gewann. Bei der darauffolgenden Verfolgung erreichte er erneut den zweiten Rang, wobei er sich wie schon im Sprint dem Norweger Emil Hegle Svendsen denkbar knapp geschlagen geben musste. Wenige Tage später errang Fourcade seinen ersten Titel dieser Weltmeisterschaften durch einen Sieg im Einzel, womit er in seiner Karriere nun mindestens eine WM-Goldmedaille in allen vier Individualdisziplinen gewann. In der Herrenstaffel errang Fourcade mit seinen Teamkollegen erneut eine Silbermedaille. Im Massenstart, als letztem Event der Weltmeisterschaften, gewann Fourcade erstmals keine Medaille. Insgesamt war Fourcade der fünfterfolgreichste Biathlet der Weltmeisterschaften und der erfolgreichste Nichtnorweger.