В 1896 году Чухаджян, из-за усилившихся антиармянских репрессий, вместе с семьей переехал из столицы в Измир. Вскоре после этого он скончался от рака в возрасте 61 года. Из-за скоротечной болезни и кончины композитора его последнее музыкально-театральное произведение остаётся не завершённым. В последние годы жизни жил в нищете, похороны Чухаджяна были организованы «Обществом для нуждающихся». О его смерти армянская газета «Мшак» с горечью писала: «"Смерть в бедности и славные похороны"».