Bosnien och Hercegovina ville vara med redan i kvalet till EM i England 1996, detta fick man dock inte eftersom kriget fortfarande pågick. Istället fick man vänta på nästa chans, vilket var EM i Belgien och Nederländerna 2000. Man gjorde en bra insats och slutade på en tredjeplats med lika många poäng som Estland och Litauen men 19 poäng från Tjeckien och 7 poäng bakom Skottland som slutade på första respektive andra plats.