Tomasz Hajto zaczynał karierę reprezentacyjną w kadrze Antoniego Piechniczka. W drużynie narodowej zadebiutował 27 sierpnia 1996 w spotkaniu przeciwko Cyprowi (2:2). Był uczestnikiem finałów Mundialu w Korei i Japonii w 2002, gdzie zagrał w meczach przeciwko Korei oraz Portugalii. Należy do Klubu Wybitnego Reprezentanta Polski. W reprezentacji rozegrał 62 mecze i zdobył 6 bramek. Za jego najlepszy występ w kadrze uchodzi mecz z Rosją w 1998 (2 gole i asysta). Z reprezentacyjnej kariery zrezygnował na własne życzenie.