Während des Bürgerkriegs diente er zunächst als Chefingenieur der 3. Division unter General Samuel Heintzelman in der Schlacht von Bull Run. Am 16. September 1861 wurde er zum Brigadegeneral und befehligte eine Brigade in der Port Royal-Expedition. Im Februar 1862 befand er sich bei der Expedition, die gegen Fernandina (Florida) gerichtet war und führte im Juni 1862 eine Abteilung beim Angriff auf Secessionville (South Carolina). Danach wurde er vom Kriegsministerium beauftragt, das Department of Ohio mit Sitz in Cincinnati zu befehligen. Obwohl er dafür im Juli 1862 zum Generalmajor ernannt wurde, widerrief der Senat diese zu früh erfolgte Beförderung.