1998 belegte sie den siebten Platz bei den Europameisterschaften in Oviedo. Ende 1998 erreichte sie in Prag das Finale bei den Weltmeisterschaften der Studierenden und gewann Silber hinter Sulfija Hüsejnowa aus Aserbaidschan. Im Januar 1999 belegte sie den dritten Platz beim Fukuoka Cup. Bei den Europameisterschaften in Bratislava unterlag sie im Halbfinale der Spanierin Isabel Fernández, mit einem Sieg über die Ukrainerin Ivana Remitska erkämpfte sie eine Bronzemedaille. Anderthalb Monate später gewann sie hinter der Kubanerin Driulis González Silber bei der Universiade in Palma de Mallorca. Drei Monate später fanden in Birmingham die Weltmeisterschaften 1999 statt. Michaela Vernerová unterlag im Halbfinale Driulis González, gewann aber den Kampf um eine Bronzemedaille gegen Sulfija Hüsejnowa.