Márquez 1997. február 5-én játszott először hazája nemzeti csapatában Ecuador ellen, a 2002-es vb óta a mexikói labdarúgó-válogatott csapatkapitánya. A 2010-es világbajnokságon ő szerezte csapata első gólját a Dél-Afrika elleni nyitómérkőzésen.