Als 1998 ein Kriegseinsatz im Kosovo akut wurde, forderte Cohn-Bendit statt der beschlossenen Luftangriffe der NATO auf Serbien den Einsatz von Bodentruppen auch der Bundeswehr. Der damalige Bundesaußenminister Joschka Fischer wollte nicht so weit gehen. Der Friedensforscher Theodor Ebert kritisierte Cohn-Bendits Begründungen als „moralisierend“ statt analytisch: Er habe die Regierung von Slobodan Milosevic als „totalitäre Herrschaft“ bezeichnet und so mit dem Nationalsozialismus gleichgesetzt. Folglich habe er auch einen Bodenkrieg gegen Serbien nicht ausgeschlossen.