Mit dem spanischen Nationalteam gewann Elisa Aguilar jeweils Bronze bei den Europameisterschaften 2001 in Frankreich und 2005 in der Türkei. Auch bei der Europameisterschaft 2007 in Italien stand sie im Aufgebot und gewann mit ihrem Team die Silbermedaille. Nach dem Titelgewinn bei der EM 2013 gab sie wie ihre gleichaltrige Nationalmannschaftskollegin Amaya Valdemoro ihren Rücktritt aus der „Selección“ bekannt.