Varios miembros del tribunal declararon más tarde que algunas partes importantes de la trascripción fueron falsificadas para perjudicar a Juana. Según las pautas inquisitoriales, ella debería haber sido confinada en una prisión eclesiástica bajo la supervisión de guardias femeninas, es decir, monjas. En cambio, los ingleses la mantuvieron en una prisión secular custodiada por sus propios soldados. El obispo Cauchon negó las peticiones de Juana al Concilio de Basilea y al Papa, que deberían haber detenido su juicio. Los doce artículos de acusación que resumían las conclusiones del tribunal contradecían el expediente judicial, que ya había sido manipulado por los jueces. Bajo amenaza de ejecución inmediata, la acusada analfabeta firmó un documento de abjuración que no entendió, tras lo cual el tribunal sustituyó esa abjuración por otra diferente en el archivo oficial de la causa.