スペインとポルトガルの戦争（ポルトガル王政復古戦争）が始まると、パラフォクスは王に対してベラクルスに住むポルトガル人を移住させる提案をしたが、採用されなかった。1642年には現副王がポルトガルと結託していたと批判して解任してスペインに送り返し、後任の副王が赴任するまで半年の間自分自身が臨時（第18代）の副王として働いた。第19代副王のサルバティエラ伯爵とも激しく対立した。パラフォックスはメキシコをスペインから独立させようとしたアイルランド人の裁判を行った。