À la fin du , Novi Pazar fut touchée par les soubresauts de la Grande Guerre de Vienne (1683-1699). À la fin de 1689, les Autrichiens parvenus jusqu'à Skopje contraignirent le patriarche de l'Église orthodoxe serbe, Arsenije III Čarnojević, qui se trouvait au Monténégro, de revenir à Peć pour leur apporter son soutien officiel, soutien que l'archevêque catholique albanais de Prizren leur apportait depuis le 6 novembre. L'armée autrichienne et ses albanais et serbes réussirent à s'emparer de Novi Pazar. Mais après leur déroute à Kaçanik le , les Turcs reprirent la région et pratiquèrent une politique de représailles contre les chrétiens. Le monastère de Sopoćani fut incendié ; les moines s'enfuirent, emportant avec eux au Kosovo d’importantes reliques puis le monastère resta à l'abandon. Novi Pazar fut encore impliquée dans la Quatrième guerre austro-turque (1736-1739) : les insurgés serbes qui se battaient aux côtés des Autrichiens s'emparèrent de la ville en juillet 1737, mais leur défaite le 4 août à Banja Luka les força à se retirer. Au cours de la Guerre austro-turque de 1788-1791, à l'époque de l'éphémère Krajina de Koča, le futur chef du Premier soulèvement serbe contre les Turcs, Karađorđe (Karageorges), participa à la révolte et, avec ses troupes, il atteignit Novi Pazar. En 1790, après l'échec de ces diverses tentatives de reconquête, les Ottomans créèrent le Sandjak de Novipazar, une subdivision du Pachalik de Bosnie qui étendait son influence sur le tout le massif de Zlatar et, notamment, sur les villes de Nova Varoš, Prijepolje et Sjenica. L'actuelle région géographique du Sandjak (en serbe : ou ) doit son nom à cette province historique.