16 июня 1806 Бруссье прибыл в расположение Итальянской армии на место генерала Себастьяни, отбывшего с дипломатической миссией в Турцию. С марта 1809 командовал 2-й дивизией под началом Е. Богарне. Участвовал в войне с Австрией. Потерпел поражение при Диагано (11 апреля 1809). В бою при Сачиле (16 апреля) ему подчинялся левый фланг, а затем арьергард армии вице-короля. С 28 апреля генерал состоял при корпусе маршала Макдональда, возглавляя 1-ю пехотную дивизию, вместе с которой отчаянно сражался у реки Пьяве (8 мая), при Вилланове (11 мая), Превальде (16 мая) и Тарвизио (18 мая). 21 мая овладел Лайбахом, а затем осадил Грац.