Neskôr boli stroje F-117 vo vojne v Perzskom zálive, kde odlietali 1300 bojových misií často v silnej protilietadlovej obrane nepriateľa. Ich prvým cieľom bolo 17. januára 1991 telekomunikačné centrum v Bagdade. Stroje boli nasadzované výhradne v noci. V boji neutrpeli lietadlá žiadne straty. Veľmi dôležité boli nálety na odpaľovacie stanovištia rakiet Scud-B.