A giugno, i prussiani avevano cominciato ad aiutare attivamente i russi e il 6 giugno 1794 Kościuszko combatté una battaglia difensiva contro una forza prussiano-russa a Szczekociny. Alla fine di giugno, per diverse settimane, difese Varsavia, controllata dagli insorti: il 28 giugno, nella medesima città, alcuni catturarono e impiccarono il vescovo Ignacy Massalski e altre sei persone. Kościuszko rimproverò il gesto pubblicamente, scrivendo poi in una delle sue missive: "Quello che è successo ieri a Varsavia ha riempito il mio cuore di amarezza e dolore", e sollecitò inoltre che presto si potesse auspicare a uno Stato di diritto. La mattina del 6 settembre, le forze prussiane si ritirarono per sopprimere una sollevazione in corso nella Grande Polonia, revocando l'assedio di Varsavia. Il 10 ottobre, durante una sortita contro un nuovo attacco russo, Kościuszko fu ferito e catturato nella battaglia di Maciejowice: fatto prigioniero dai russi, giunse a Pietroburgo nella fortezza di Pietro e Paolo. Poco dopo, l'insurrezione si concluse a Praga, dove, secondo un testimone russo contemporaneo, le truppe dello zarato massacrarono 20.000 abitanti di Varsavia. La successiva e finale spartizione della Polonia pose fine all'esistenza di uno stato sovrano polacco e lituano per i successivi 123 anni.