Karjakin va aprendre a jugar als escacs quan tenia cinc anys i va esdevenir Mestre Internacional als onze anys i onze mesos d'edat. El 1999 es proclamà Campió d'Europa Sub-10. El 2001, va guanyar el Campionat del món Sub-12, a Orpesa. La primera vegada que va atreure l'atenció internacional fou el gener de 2002, quan va exercir d'analista del seu col·lega ucraïnès Ruslan Ponomariov, durant la final del Campionat del món de la FIDE de 2002, a despit que tot just acabava de complir dotze anys. En aconseguir de seguida tres normes de GM als torneigs Aeroflot Open a Moscou, Alushta el maig de 2002 i al torneig internacional de Sudak l'agost de 2002, va superar Bu Xiangzhi per convertir-se en el més jove Gran Mestre en la història dels escacs a l'edat de dotze anys i set mesos exactament, un rècord que continua vigent actualment.