Начиная с 1690 года Вильгельм часто уходил в походы — обычно каждый год с весны до осени. В 1690 году он сражался в Ирландии с якобитами, поддержавшими отца Марии. Вильгельм сокрушил ирландских якобитов к 1692 году, но продолжил кампании за границей, чтобы вести войну против Франции в Нидерландах. Пока её супруг отсутствовал Мария управляла королевством, опираясь на советы девяти членов кабинета министров. Она не стремилась к власти и чувствовала себя «лишённой всего, что было мне дорого в лице моего мужа, оставленной среди тех, кто был для меня совершенно незнаком: у моей сестры столь сдержанный нрав, что я не могу утешиться ею». К тому же, к этому моменту у Анны возник спор с королевской четой по поводу денежного содержания, и отношения между сёстрами испортились. Во время отсутствия супруга, в случае, если она не могла посоветоваться с Вильгельмом III, Мария действовала на своё усмотрение. Однако когда король находился в Англии, королева полностью отстранялась от вмешательства в политические вопросы. Делалось это согласно Декларации и Биллю о правах, а также по собственной воле Марии. Тем не менее, она оказалась твёрдым правителем, приказав арестовать собственного дядю, , за участие в заговоре, целью которого было восстановить на троне Якова II. В январе 1692 года влиятельный Джон Черчилль, 1-й граф Мальборо, был снят со всех постов и удалён от двора по аналогичным обвинениям, что несколько уменьшило популярность Марии и ещё больше повредило её отношениям с принцессой Анной, на которую оказывала сильное влияние жена Черчилля Сара. Анна появилась при дворе с Сарой, очевидно, поддержав опального Черчилля, что привело к тому, что Мария в гневе потребовала, чтобы Сара была уволена и освободила покои Анны.