Arrestati dalle autorità di occupazione americane, Ishii e circa membri della Unità 731 non furono perseguiti e ricevettero in pratica una immunità prima dell'inizio del processo di Tokyo del 1948, in cambio dei dati e della documentazioni disponibile sulla guerra batteriologica ottenuti con gli esperimenti su cavie umane. Il 6 maggio 1947 lo stesso generale Douglas MacArthur scrisse a Washington che "ulteriori dati, forse documentazione proveniente da Ishii, potrebbero essere ottenuti comunicando ai giapponesi coinvolti che le informazioni rimarrebbero segrete e non sarebbero utilizzate come prove di crimini di guerra". Nonostante queste oscure transazioni segrete, dodici membri della Unità 731 e alcuni alti comandanti dell'Armata del Kwantung furono effettivamente processati e condannati come criminali di guerra nel Processo di Khabarovsk in Unione Sovietica e nei processi celebrati dal Tribunale militare internazionale per l'Estremo Oriente degli Alleati a Tokyo. Furono condannati a morte e giustiziati i generali Seishirō Itagaki, ex-ministro della Guerra, Iwane Matsui, responsabile del massacro di Nanchino, Kenji Doihara, uno degli strateghi delle persecuzioni in Manciuria e dei teorici della politica dei "Tre tutto", Hideki Tōjō, capo di stato maggiore dell'Armata del Kwantung nel 1937-38 e Primo ministro del Giappone durante la Seconda guerra mondiale, e Akira Mutō, uno degli ideatori dei piani di guerra contro la Cina.