Durante la guerra del Cossovo circa 50 aerei furono perduti quando nel 1999 la NATO con l'Operazione Allied Force attaccò la Federazione Jugoslava. Tra le unità andate perdute 6 MiG-29 vennero distrutti in combattimento contro gli F-15, gli F-16 e gli F-18, altri "MiG-29" distrutti al suolo nella base aerea di Batajnica e i 7 velivoli Super Galeb delle Leteće zvezde (Stelle volanti) della Pattuglia Acrobatica Federale distrutti nella base di Golubovci presso Podgorica.