Participó en el rechazo del IRA anti-tratado hacia la autoridad del Dáil Éireann (gobierno civil de la República irlandesa declarada en 1919) en marzo de 1922 y fue elegido Jefe del Ejército del IRA. En abril de 1922, estuvo al frente de la ocupación de los Four Courts en desafío del nuevo Estado Libre irlandés. Esta acción provocó el estallido de la guerra civil, entre los partidarios y detractores del Tratado. McKelvey formaba parte de la línea más dura de los anti-Tratado y fue Jefe del Estado Mayor del IRA brevemente en junio de 1922, sucediendo a Liam Lynch.