El nacionalismo bosnio recibió un duro revés durante la II guerra cuando Yugoslavia fue invadida por las potencias del eje, tras lo que Bosnia and Herzegovina fue anexada al estado títere de Croacia (NDH) y tras lo que los bosnios fueron clasificados como "croatas musulmanes". A fines de 1941, muchos de los bosnios de la élite criticicaron abiertamente al régimen del NDH por sus políticas hacia las minorías, y demandaron una mayor autonomía para Bosnia y Herzegovina.