В 1940 году коммуна Сёр-Варангер вместе со всей Норвегией была оккупирована Германией. Хорошо укреплённый портовый город Киркенес стал важным опорным пунктом немецких войск в Заполярье — ключевой базой для планировавшегося наступления на Мурманск. Первые немецкие части прибыли на территорию коммуны в июне—июле 1940 года. После германского нападения на Советский Союз в Сёр-Варангере было создано 14 лагерей для военнопленных. Часть населения вступала в боровшиеся с немцами партизанские отряды (одними из самых известных местных партизан был Освальд Харью, после окончания войны проведший более 10 лет в лагерях ГУЛАГа). В военные годы Киркенес часто подвергался бомбардировкам советской авиации; на город было совершено 320 авианалётов. Около 2 тысяч человек постоянно укрывались в тоннеле на принадлежавшем компании A/S Sydvaranger руднике в Бьёрневатне. После войны в Киркенесе уцелело лишь 13 домов. Сёла Сёр-Варангера пострадали в меньшей степени. Немецкая оккупация осенью 1944 года была снята в результате Петсамо-Киркенесской операции. Немецкие войска отступали в спешке, уничтожая дома и объекты инфраструктуры. Коммуна Сёр-Варангера была освобождена первой — части Красной армии вступили сюда 24 октября 1944 года. 25 сентября 1945 года советские войска покинули Сёр-Варангер.