In januari 1794 werd hij benoemd tot bevelhebber van de "Armée des Pyrénées-Orientales", het Franse revolutionaire leger dat de Spaanse troepen moest terugslaan die de Franse zuidoostelijke provincie Roussillon waren binnengevallen. Deze Pyreneeënoorlog bleek een groot succes voor Dugommier. De Franse troepen heroverden alle bezette gebieden, staken vervolgens de Pyreneeën over en vielen Catalonië en Baskenland binnen.