Његова нацистичка прошлост је откривена у склопу кампање на изборима за председника Аустрије 1986. У години уочи избора, 1985, објавио је биографију "У стакленој палати светске политике" () где је између осталог навео да је, након Аншлуса Аустрије, Гестапо ухапсио његовог оца, а да је он као члан аустријског "Jungvolk"-a делио летке у којима се позивало на пружање отпора, и да су га због тога претукли. Додао је и да је на силу регрутован у Вермахт, где је послат на Источни фронт као члан јединице која је била пуна протестаната против рата. Написао је да је током ноћи тајно читао анти-нацистичке летке, и да се након рањавања на фронту вратио у Беч, где је завршио студије права. Политички противници су увидели недостатке у тој објављеној биографији, и почели су да истражују његову прошлост. Београдске Вечерње новости су прве у свету објавиле детаље о његовој војној служби у Југославији и Грчкој у тексту "Ратни злочинац из досијеа Ф-25572" где се испоставило да се Валдхајм ипак вратио на Балкан након што је био рањен у Русији, и да га је, због свог учешћа у бици на Козари, заједно са још 25 немачких официра, одликовао Анте Павелић, поглавник Независне Државе Хрватске. Откривено је и да је припадао јединици Хитлеровог Вермахта која је нa Сјењаку у Пљевљима, починила ратне злочине над српским цивилима током Другог светског рата. Државна комисија за ратне злочине ФНРЈ га је осудила за ратне злочине 17. децембра 1947. године.