Im austrofaschistischen Ständestaat geriet Capesius jedoch immer mehr in eine schwierige Position. Er gehörte dank der oktroyierten Verfassung von 1934 auch dem Staatsrat an und wurde deshalb von der überwiegend deutschnational orientierten Pfarrerschaft mit Misstrauen betrachtet. Als Bundeskanzler Kurt Schuschnigg im März 1938 eine Volksabstimmung zur Verhinderung des drohenden Anschlusses Österreichs an den NS-Staat vorbereiten ließ, unterstützte ihn Capesius. Nach der Absage der Volksabstimmung wurde er von den NS-freundlichen Kräften in der Kirche zum Rücktritt gedrängt, von den neuen Machthabern beurlaubt und zum nächsten Monatsersten in den dauernden Ruhestand versetzt. Sein Nachfolger wurde Robert Kauer.