O evento então entrou em um período de grande perturbação. O campeonato não foi jogado regularmente e muitas edições seriam consideradas não oficiais, apenas para serem consideradas válidas mais tarde pela CONMEBOL. Por exemplo, a Argentina seria a primeira (e até agora única) equipe a conquistar três títulos consecutivos ao vencer os campeonatos de 1945, 1946 e 1947. Depois desses três torneios anuais, a competição voltou a ser realizada a cada dois anos, depois três e depois quatro. Houve até dois torneios realizados em 1959, um na Argentina e outro no Equador. Durante esse período, algumas equipes nacionais ficaram indiferentes ao torneio. Alguns não participavam todos os anos, outros enviavam equipes menores; na edição de 1959, realizada no Equador, o Brasil enviou uma equipe do estado de Pernambuco. A Bolívia venceu pela primeira vez quando foi anfitriã em 1963, mas foi derrotada no primeiro jogo do torneio de 1967 pela estreante Venezuela. A fundação da Copa Libertadores em 1959 também afetou a forma como o torneio era visto por seus participantes.