Pada 1999, Milošević dibicarakan Tribunal Jenayah Antarabangsa untuk bekas Yugoslavia atas dakwaan pelakuan jenayah berkaitan Perang-Perang Bosnia, Cratia dan Kosovo. Milošević meletakkan jawatan hasil dakwaan tersebut serta protes rakyat Yugoslavia berikutan keputusan pilihan raya presiden yang penuh kontroversi pada 24 September 2000; malah dia ditahan atas pihak berkuasa sana atas dakwaan rasuah, penyalahgunaan kuasa serta penyelewengan wang setahun kemudian. Siasatan pertama yang dilakukan terbantutu kerana ketiadaan bukti kukuh, lalu menyebabkan Zoran Đinđić mengarahkan ekstradisinya serta pembicaraan atas kesalahan jenayah perang. Slobodan meninggal dunia dalam tahanan di Den Haag.