Data powstania kościoła, wiązana z fundacją bpa krakowskiego Pełki (1204), obecnie odrzucana, dotyczy być może wcześniejszego kościoła. Obecny kościół został zbudowany między latami 1255-1265 w stylu przejściowym między romańskim a gotyckim. Fundatorem kościoła przypuszczalnie był biskup Jan Prandota, co potwierdzają też nawiązania prezbiterium kościoła do świątyń zakonu dominikanów. Z tego okresu zachowało się ceglane prezbiterium. Na tylnej fasadzie znajdują się ozdobne pasy z cegieł a w górnej części ściany cegły ułożone są na ukos, tworząc fryz arkadowy. Fryz znajdujący się na prezbiterium jest bardzo podobny do fryzu na romańskim kościele Dominikanów w Sandomierzu. Prezbiterium zamyka pojedyncza, prosta ściana, co było charakterystyczne dla gotyckich świątyń wznoszonych przez zakony żebracze: franciszkanów i dominikanów.