La Asamblea fue disuelta tras la revolución de octubre, pese a lo cual Tõnisson trabajó por su organización clandestina desde Tartu. Los bolcheviques descubrieron sus planes, le arrestaron el 4 de diciembre y terminaron desterrándole cuatro días después. El dirigente tuvo que exiliarse, y después de que se produjera la declaración de independencia de Estonia centró esfuerzos en labores diplomáticas para el reconocimiento internacional. No regresó a Estonia hasta noviembre de 1918.