Han var eneste søn af Frands Brockenhuus. I sin ungdom studerede han ved Københavns Universitet, tjente derefter to år i Kancelliet og tog sluttelig del i krigen med Sverige, i hvilken han tjente med 12 ryttere. Efter freden i 1570 blev han hofjunker, men forlod dog snart hoftjenesten. Efter sine forældres tidlige død var han nemlig bleven ejer af hovedgårdene Bramstrup og Egeskov, og han satte derfor i en forholdsvis ung alder bo. 25. november 1571 fejrede han på Egeskov sit bryllup med den 8 år ældre Karen Skram, datter af den berømte søhelt Peder Skram.