Non è chiaro quali fossero le sue posizioni durante la guerra che ne seguì. Il 12 ottobre 1509 fu scomunicato per poco tempo per non aver pagato 300 ducati a tale Valerio Dolce, disubbidendo così alle disposizioni del papa. Il 18 febbraio 1510, poco prima che fosse tolto l'interdetto contro Venezia, aveva dedicato l'edizione della "Brevis et perutilis expositio in Cantica canticorum " al doge Leonardo Loredan; si tratta di un commento al Cantico dei cantici che ricalca quanto già esposto da san Bruno di Segni.