1859 ging Baratieri nach Mailand. Ein Jahr darauf schloss er sich trotz seiner starken Kurzsichtigkeit den Rothemden Giuseppe Garibaldis an und nahm am Zug der Tausend in Sizilien teil. Unter den Freischärlern Garibaldis machte er bald Karriere und wurde noch 1860 zum Hauptmann befördert. Bei der Einnahme von Capua 1860 wurde er mit der silbernen Tapferkeitsmedaille ausgezeichnet. 1862 trat er in das königliche italienische Heer ein, blieb aber weiter den Rothemden Garibaldis verbunden. In der Schlacht bei Custozza im Dritten Italienischen Unabhängigkeitskrieg 1866 erhielt er die bronzene Tapferkeitsmedaille.