En raison de sa grande taille et de l’espace important dans le caisson des mine, le HMS "Rorqual" était bien adapté pour transporter des cargaisons. En juin 1941, après avoir été chargé à Alexandrie, il est devenu le premier sous-marin à transporter des approvisionnements à l’île de Malte assiégée. En tout, il a exécuté 5 voyages d’approvisionnement de Malte, en 1941 à partir d’Alexandrie et en 1942 depuis Beyrouth, au prix de risques considérables pour le sous-marin. Ces missions étaient connues sous le nom de "tapis volant". Les approvisionnements consistaient principalement en essence d’aviation pour les chasseurs Hawker Hurricane défendant l’espace aérien de Malte, en kérosène pour la cuisine et en courrier. Des passagers ont aussi été transportés dans les deux sens. En octobre 1943, le HMS "Rorqual" transporta de Beyrouth à l’île de Leros toute une batterie de canons Oerlikon de 40 mm, avec une jeep pour les remorquer. Ceci était destiné à fournir une défense antiaérienne aux troupes britanniques coincées sur l’île et attaquées par les forces allemandes.