Após a independência de Portugal em 1975, o Cuíto teve os seus piores momentos em 6 de janeiro de 1993 quando a UNITA, durante a Guerra Civil Angolana, sitiou a cidade durante mais de 9 meses e mais de 30.000 pessoas foram mortas, tanto de efeitos de guerra, como de fome. Ninguém foi autorizado a entrar ou sair da cidade por nove meses e a cidade sofreu grandes danos. A UNITA acabou por ser expulsa do Cuíto e uma segunda tentativa foi tomada para capturar a cidade em 1998 usando enormes artilharias e tanques.