Kirken og nabolaget blev hårdt ramt under Københavns brand 1795. De første huse på pladsen blev genopbygget kort efter branden, men planer om genopbygning af kirken blev ikke til noget, og i stedet blev kirkebygningen revet ned bortset fra dets store tårn. Menigheden blev opløst i 1804, og kirkegården blev også nedlagt. Københavns Brandvæsen overtog kirketårnet i 1807 og omdannede ruinen til en regulær brandstation i 1820-1823.