2 жовтня Вейн Руні повернувся на поле після травми і забив гол у матчі групового етапу Ліги чемпіонів проти «Роми». «Юнайтед» виграв цю зустріч з рахунком 1:0. Чотири дні по тому Вейн забив свій перший гол у , закінчивши розгром «Вігана» на «Олд Траффорд» точним ударом головою у ворота Кріса Кіркланда після подачі Денні Сімпсона. Це був четвертий гол «Юнайтед» у цій зустрічі, яка завершилася з рахунком 4:0. 20 жовтня Руні зробив «дубль» у матчі проти «Астон Вілли» на «Вілла Парк», який завершився перемогою «червоних дияволів» з рахунком 4:1. 9 листопада в ході тренування Руні пошкодив кісточку, тому пропустив ігри проти збірної Хорватії, «Блекберна», «Болтона» і «Спортінга». Очікувалося, що Руні пропустить щонайменше чотири тижні, але відновлення пройшло швидше і Вейн повернувся до тренувань вже через два тижні. Він вийшов на поле 3 грудня в матчі з «Фулхемом», провівши на полі 70 хвилин. Руні зіграв у більшості решти матчів сезону, забивши загалом 18 м'ячів (з них 12 у Прем'єр-лізі), включаючи «дубль» у ворота «Ньюкасла» 23 лютого і «Астон Вілли» 29 березня 2008 року. 11 травня Вейн виграв другий у своїй кар'єрі титул чемпіона англійської Прем'єр-ліги, коли «Юнайтед» переміг на виїзді «Віган» в останньому турі чемпіонату. 21 травня 2008 року Руні зіграв у фіналі Ліги чемпіонів УЄФА, в якому «Манчестер Юнайтед» обіграв «Челсі» в серії післяматчевих пенальті, і завоював першу в своїй кар'єрі медаль переможця Ліги чемпіонів УЄФА.