Zwar gelang unter der Führung seines Bruders Tamim ibn-Yusuf zunächst ein Sieg in der Schlacht von Uclés (1108), doch übernahm Ali ibn Yusuf bald die militärische Leitung – ihm gelangen die Unterwerfung von Saragossa (1110) und die Vertreibung der Pisaner von den Balearen (1115). Bald kam es jedoch zu Rückschlägen: So misslang sein Versuch zur Rückeroberung Toledos (1109); auch gingen die Städte Tudela (1114) und Saragossa (1118) an Navarra bzw. Aragon verloren. Im Jahr 1125 erlitten die Almoraviden bei Lucena eine Niederlage gegen Aragon. Dessen Expansion konnte mit dem Sieg von Fraga im Juli 1134 zunächst gestoppt werden. In der Folgezeit wurde ein Teil der Mozaraber nach Marokko umgesiedelt, um den Christen bei ihren Feldzügen in Al-Andalus potentielle Sympathisanten zu entziehen.