Naton peruskirjan viidenteen artiklaan vedottiin ensimmäisen kerran 12. syyskuuta 2001 Yhdysvaltoja vastaan tehtyjen terrori-iskujen jälkeen. Nato vahvisti 4. lokakuuta iskujen olleen hyökkäys Pohjois-Atlantin sopimuksen mukaan. Liittolaiset asettuivat yksiselitteisesti Yhdysvaltain tueksi ja vahvistivat viidennen artiklan käyttöönoton. Nato-maat sitoutuivat tukemaan Yhdysvaltoja muun muassa lupaamalla satamansa, lentokenttänsä ja ilmatilansa sen käyttöön. Myös Naton yhteisiä AWACS-ilmavalvontakoneita ja valmiusjoukkoihin kuuluvia sota-aluksia annettiin terrorismin vastaiseen toimintaan. Artikla 5 ei kuitenkaan johtanut Naton yhteiseen operaatioon, vaan operaatio al-Qaida-verkoston tuhoamiseksi Afganistanissa käynnistettiin Yhdysvaltain johdolla. Naton rajallinen rooli operaatiossa herätti arvostelua apuaan tarjonneissa eurooppalaisissa liittolaisissa. Nato suoritti kahdeksan tehtävää, joista ensimmäiset kaksi: Operation Eagle Assist ja Operation Active Endeavour vastineeksi peruskirjan velvoitteille.