Malgré les conflits territoriaux, il existe une bonne entente entre les gouvernements et il existe une coopération subordonnée à des intérêts économiques communs, ainsi que dans la lutte contre le terrorisme, la lutte contre le trafic de drogue ou l'immigration illégale. Le Maroc a notamment collaboré avec les autorités espagnoles dans le cadre l'enquête sur les attentats de Madrid de 2004 et cette relation se poursuit à ce jour. Les soldats marocains servent conjointement sous un commandement espagnol dans la mission de stabilisation des Nations unies à Haïti et des gendarmes marocains se sont joints aux patrouilles espagnoles pour lutter contre l'immigration illégale dans le détroit de Gibraltar.