Syria motsatte seg opprettelsen av Staten Israel i Palestinamandatet, og har anerkjent Staten Palestina og ikke Israel (i motsetning til Israels to andre større arabiske naboland, Egypt og Jordan, har Syria ingen fredsavtale med Israel). Sammen med andre arabiske land og grupperinger har Syria utkjempet fire større kriger med Israel: den arabisk-israelske krigen i 1948, seksdagerskrigen, jom kippur-krigen og Libanon-krigen i 1982 (en del av den libanesiske borgerkrig). I tillegg kommer utmattelseskrigen og flere andre trefninger. Disse krigene har i hovedsak vært militære tap, og den arabisk-israelske konflikten er langt fra løst. Som et resultat av an-nakba, «Katastrofen» i 1948, bor det i dag ca. 500.000 palestinske flyktninger i Syria, som Israel har nektet rettet til å vende tilbake. Mellom 10.000 og 25.000 syriske jøder flyktet også fra Syria til Israel. Siden seksdagerskrigen i 1967 har Israel også okkupert Golanhøyden, som av det internasjonale samfunnet blir regnet som en del av Syria.