В декабре 1943 года Скорняков был назначен на должность командующего бронетанковыми и механизированными войсками 1-го Прибалтийского фронта, после чего принимал участие в ходе боевых действий во время Городокской, Белорусской, Витебско-Оршанской, Полоцкой наступательных операций и Шяуляйской, Прибалтийской и Восточно-Прусской наступательных операций. 24 февраля 1945 года 1-й Прибалтийский фронт был упразднён, его войска сведены в Земландскую группу войск, после чего были включены в состав 3-го Белорусского фронта, а генерал-лейтенант Скорняков был назначен на должность командующего бронетанковыми и механизированными войсками этого фронта.