In 1996 werd Totti met het onder-21 elftal van Italië wel Europees kampioen, maar voor zijn debuut in het A-elftal moest hij wachten tot 1998. Onder leiding van bondscoach Dino Zoff maakte hij zijn debuut in de EK-kwalificatiewedstrijd tegen Zwitserland op 10 oktober 1998, toen hij na 70 minuten inviel voor Alessandro Del Piero. Zijn grote doorbraak kwam op het EK in 2000. Op EURO 2000 verving Totti de niet geheel fitte Del Piero in het Italiaans voetbalelftal. Totti werd een van de uitblinkers van het toernooi. Hij scoorde tweemaal op het toernooi en hij bereikte met de Squadra Azzurra de finale. Hierin was Frankrijk echter met 2-1 te sterk. Totti zette zijn goede lijn door in het seizoen dat volgde.