Il Bayer Leverkusen ha vinto la Coppa UEFA 1987-1988 dopo aver battuto l' nel doppio confronto: i tedeschi erano stati sconfitti per 3-0 in Spagna, avevano prevalso nell'incontro casalingo con identico punteggio al termine dei tempi regolamentari e lo avevano poi vinto ai calci di rigore. Un altro risultato prestigioso raggiunto dal club è stato la disputa della finale della Champions League 2001-2002, persa per 2-1 contro il . Buono anche il raggiungimento della semifinale della Coppa UEFA 1994-1995: ad avanzare è stato il poi vincitore.