Fra 1600-tallet fikk trelast og gruvedrift større betydning enn tidligere, men den økonomiske oppgangstiden fra 1500-tallet ble avbrutt av en rekke kriger i det påfølgende århundret. Karl Gustav-krigene medførte sogar svensk herredømme over Trøndelag i noen måneder. Historikere har karakterisert krigshandlingenes konsekvenser for landsdelen som «det trønderske folkemordet». På 1600-tallet skal fylket ha vært preget av hyppige uår og farsotter og et belastende skattetrykk. Utover 1700-tallet ble færre bønder leilendinger, men særlig den store nordiske krig belastet økonomien i landsdelen. Jevnt over kan man slutte at de sosiale forskjellene mellom selveiende bønder og husmenn var mindre i Trøndelag enn annensteds.