Hanussen salamurhattiin 25. maaliskuuta 1933. Tekijänä oli mahdollisesti SA. Hän oli selvännäkijänä ennustanut valtalain mahdollistaneen Valtiopäivätalon tuhopolton, mikä saattoi olla itse asiassa sisäpiiritiedon paljastamista. Lisäksi motiiviin saattoi vaikuttaa se, että Hanussen potentiaalisesti kilpaili Hermann Göringin ja Joseph Goebbelsin kanssa Führerin suosiosta. Hanussenin ruumis löydettiin yli kuukausi myöhemmin. On todistamattomia väitteitä Hanussenin osallisuudesta Saksan valtiopäivätalon tuhopoltton, joiden mukaan hän olisi hypnotisoinut ja ohjannut tuomitun tuhopolttajan Marinus van der Lubben tekemään teon.