A diferencia de su presidente, la resistencia checa intentó liberarse activamente de los invasores alemanes y organizó diversas operaciones en su territorio. La más conocida es la Operación Antropoide, donde fue asesinado el Reichsprotektor Reinhard Heydrich, apodado «El Carnicero de Praga». En 1943 el Reichsprotektor Karl Hermann Frank envió a decenas de miles de obreros checos a Alemania para trabajar como esclavos en la industria armamentista. Poco después fue prohibida cualquier actividad industrial no relacionada con la guerra.