התנועות המשיכו את פעילותן גם כשהמצב החריף ונעשה כמעט בלתי אפשרי. רבים מחברי התנועות הצטרפו לפרטיזנים ועמדו בראש ההתקוממויות בגטו ורשה, גטו וילנה ובמקומות אחרים. במרד גטו ורשה לחמו הארגונים אי"ל, בהנהגת מרדכי אנילביץ', איש השומר הצעיר ואצ"י שהורכב מאנשי תנועת בית"ר. המרד היה אחד האירועים שהדגישו את מקומם המרכזי של חברי תנועות הנוער הציוניות במאבק. לאחר מלחמת העולם השנייה לא הייתה אפשרות וגם לא רצון להמשיך לפעול במדינות שרוב היהודים בהן הושמדו. פעולת התנועות מנקודה זו והלאה התמקדה במחנות העקורים בגרמניה, אוסטריה ואיטליה.