Er brach auch nach Hitlers Machtergreifung seine Beziehungen zu Deutschland und Österreich nicht ab. Trotzdem musste Dohnányi auf nationalsozialistischen Druck hin 1941 das Amt des Direktors der Budapester Musikakademie niederlegen. 1943 gründete er die Budapester Symphoniker. Seine Beziehung zum Nationalsozialismus blieb ambivalent: einerseits sorgte er dafür, dass die jüdischen Mitglieder der Philharmonie bis 1944 (d. h. bis zur Auflösung des Orchesters) gehalten werden durften, andererseits setzte er sich im November 1944 während der Schlacht um Budapest in das noch zum nationalsozialistischen Deutschen Reich gehörende Österreich ab. Obwohl diese Entscheidung wahrscheinlich nicht politisch zu verstehen war, hat man sie ihm im kommunistischen Ungarn bis in die 1970er Jahre nicht verziehen – 1945 wurde er sogar zum Kriegsverbrecher erklärt.