Дипломатические отношения между двумя странами были первоначально установлены 28 октября 1955 года. В 1963 году Пакистан открыл посольство на Кубе, и Куба ответила взаимностью. Однако посольство было закрыто в 1968 году и вновь открылось в 1980 году. Но в 1990 году оно было снова закрыто по экономическим причинам. С этого времени до 2005 года между странами не было официальных отношений. Только после землетрясения в Кашмире в 2005 году, когда Куба направила гуманитарную помощь пострадавшим, то появилась возможность восстановить дипломатические отношения. Дипломатические отношения между двумя странами продолжаются совсем недавно. В 2006 году и Куба, и Пакистан выразили готовность укреплять двусторонние отношения между двумя странами. Президент Пакистана Первез Мушарраф и заместитель министра иностранных дел Кубы Бруно Родригес Паррилья провели 24 мая 2006 года встречу для обсуждения двусторонних вопросов. Во время встречи присутствовал также заместитель генерал-майора Фаррухсейра, генерал-хирург пакистанской армии. 1 ноября 2006 года посол Кубы в Пакистане Густаво Мачин Гомес объявил на пресс-конференции, что Куба и Пакистан поддерживают дипломатические отношения в течение последних шести месяцев и что обе страны «хотят улучшить эти отношения во всех областях». В апреле 2008 года федеральный кабинет Пакистана одобрил переговоры по соглашению между Гаваной и Исламабадом о создании совместной пакистано-кубинской экономической комиссии с целью расширения экономического сотрудничества между двумя странами. Двусторонние переговоры были также направлены на расширение сотрудничества в области сельского хозяйства, промышленности, продовольствия, высшего образования, науки и технологий.