Almanya millî futbol takımı teknik direktörü Erich Ribbeck, Enke'yi yedek kaleci olarak 1999 FIFA Konfederasyonlar Kupası kadrosuna dahil etti. Kadronun en genci olan Enke, Jens Lehmann'ın yedeği oldu ve turnuvada forma şansı bulamadı. Enke, kariyerine Almanya dışında devam etme kararı aldıktan sonra uzun süre millî takım için düşünülen isimlerden biri olamadı.