Църквата е обновена и вероятно разширена през 9 век от император Василий I. В 10 век Константин Родоски пише „Описание на сградата на Апостолите“ в стихове, което посвещава на император Константин VII Порфирогенет. Базиликата е ограбена при завладяването на Константинопол от кръстоносците от Четвъртия поход в 1204 година. Историкът Никита Хониат пише, че кръстоносците ограбили златото и скъпоценните камъни от императорските гробници, като не била пощадена дори и гробницата на Юстиниан Велики. Гробът на император Ираклий бил отворен и златната му корона открадната заедно с косата на императора, която все още била по нея. Някои от съкровищата са откарани във Венеция, където все още могат да бъдат видени в базиликата Сан Марко.