Braghetti tuomittiin 28. tammikuuta 1983 elinkautiseen vankeuteen ja lähetettiin kärsimään rangaistustaan edellisenä vuonna avattuun uuteen naisvankilaan Vogheran kaupungissa. Tämä vankila kuitenkin suljettiin jo 1988 muiden muassa Amnesty Internationalin vaatimuksesta, koska sen olosuhteita pidettiin epäinhimmillisinä ja Braghetti siirrettiin kotikaupunkiinsa Rebibbian vankilaan. Siellä hänet sijoitettiin jostain syystä samaan selliin kuin eräs hänen polittisista vihollisistaan, uusfasisti Francesca Mambro, joka myös istui elinkautista useista murhista, ja oli niiden lisäksi epäiltynä muun muassa osallisuudesta Bolognan pommi-iskuun. He ystävystyivät poliittisista erimielisyyksistä huolimatta ja kirjoittivat jopa yhdessä kirjan. Braghettin luona vankilassa vieraili hänen tätiensä lisäksi jesuiitta Adolfo Bachelet, hänen murhaamansa Vittorio Bacheletin veli. Tämä oli veljensä perheenjäsenten tavoin valmis antamaan Braghettille anteeksi, ja heidän välilleen kehittyi elinikäinen ystävyys. Braghettin mukaan tämä ”suuri sielu” näytti hänelle tien uuteen elämään. Bacheletin perhe olisi halunnut Braghettin olevan läsnä Adolfon hautajaisissa vuonna 1996 mutta hän ei mennyt koska pelkäsi läsnäolonsa aiheuttavan monille tuskaa ja pahennusta, Omaelämäkerrassaan Braghetti ilmaisee syvää katumusta siitä että oli ideologisista syistä murhannut ihmisen, jota ei vihannut, eikä edes tuntenut..