En Égypte, après la première bataille d’Aboukir en 1798, Kléber le charge de négocier l’échange des prisonniers avec Nelson. C'est l'occasion pour François Pouqueville de rencontrer quelques grandes figures de l'amirauté britannique. Il apprécie tout de suite le commodore Sidney Smith qui s'exprime fort bien en français et fait montre de courtoisie, de noblesse et d'humanité. À l'inverse, sa rencontre avec Nelson le répugne, tant l'amiral anglais fait preuve de cruauté et de bassesse dans ses relations avec les officiers français. Dès cet instant, Pouqueville ne mentionne plus Nelson que sous l'épithète de « cyclope sanguinaire ». Par contre, il montre toujours un grand respect pour Sidney Smith, même si plus tard le frère aîné de celui-ci se conduit abjectement envers les Français prisonniers à Constantinople.