2003年のアメリカのイラク侵攻の際には、バグダッドに滞在し、多くの目撃情報を得た。フィスクは、イラクに駐在していた他のジャーナリストを、ホテルの部屋に籠ったまま、インタビューも直接体験もせずに報道する「ホテル・ジャーナリズム」だと批判した。フィスクのイラク侵攻への批判は、他のジャーナリストからも否定された。フィスクは、侵攻後のイラクにおける宗派間の暴力に対する連合軍の対応を批判し、宗派間の対立という公式の主張はありえないと主張した。「私が本当に疑問に思うのは、内戦を誘発しようとしているのは誰なのか、ということだ。今のアメリカ人はそれはアルカーイダだ、スンニ派の反乱軍だと言うだろう。それは決死隊である。決死隊の多くはで働いている。バグダッドの内務省は誰が運営しているのか? 誰が内務省に給料を払っているのか? 決死隊を構成する民兵にお金を払っているのは誰か? それは我々、占領軍である。我々は、この話を別の視点から見る必要がある」