Nach dem Ende seiner Karriere wurde er als Talentsichter beim italienischen Spitzenklub AC Mailand, wo sein Sohn Catilina spielte, angestellt. Unter anderem scoutete er erfolgreich den späteren Fußballer des Jahres Frankreichs, Yoann Gourcuff, und lotste auch seinen Sohn und späteren Afrikas Fußballer des Jahres, Pierre-Emerick, zum Klub. Von 2006 bis 2010 war er Gabuns Co-Trainer unter Alain Giresse. Nach dessen Entlassung im Februar 2010 wurde Aubame zum Trainer der gabunischen Liga-Auswahl ernannt, mit der er sich für die Afrikanische Nationenmeisterschaft 2011 qualifizierte, wo man in der Vorrunde scheiterte. Dann trainierte er bis 2013 die U-21-Nationalmannschaft seines Landes und parallel dazu den gabunischen Verein FC Sapins. Danach beendete er seine Engagements und fungierte im Folgenden als Berater seiner Söhne. Seit 2014 ist er wieder Co-Trainer der gabunischen A-Nationalmannschaft unter Jorge Costa.