По време на Балканската (1912 – 1913) и Междусъюзническата война (1913) подполковник Кръстю Киров е командир на дружина от новосъздадения 37-и пехотен полк, който влиза в състава на 2-ра бригада от 1-ва пехотна софийска дивизия, с който взема участието във всички боеве на полка при Люлебургас и Чаталджа. За дейността си във войните е награден с 2 ордена. През Първата световна война (1915 – 1918) е командир на 13-и пехотен рилски полк (10 септември 1915 – 7 септември 1917), който влиза в състава на 7-а пехотна рилска дивизия, преминава границата при Босилеград и участва в сраженията при Враня, Лесковац, Лебане, Гниляне и Гевгели. На 3 октомври 1916 взема участие в боевете при Сярското поле, където полкът му губи една трета от състава си. През 1916 е произведен в чин полковник, а от 7 септември 1917 поема командването на 1-ва бригада от 4-та пехотна преславска дивизия, с която участва в Добруджа, а по-късно и на Южния фронт (Македония). Бил е началник на отделение в Главната реквизиционна комисия.