Zátopek war 1994 Gast bei den Leichtathletik-Europameisterschaften in Helsinki. Während einer Griechenlandreise erlitt er 1995 am Athener Flughafen einen leichten Schlaganfall, von dem er sich jedoch rasch erholen konnte. In der Folge wurde Zátopek, der mittlerweile stark übergewichtig war, zunehmend depressiv, was durch den Verlust eines Großteils seiner Geschwister und enger Freunde verstärkt wurde. Hierzu zählten beispielsweise Gordon Pirie († 1991), Gaston Reiff († 1992) und Reinaldo Gorno († 1994). Im Juni 1995 war Zátopek Gaststarter des Prag-Marathons gewesen. Wenig später hatte er einen Cameo-Auftritt in einem Werbespot für seinen langjährigen Sponsor Adidas, der ihn in seiner aktiven Zeit mit Schuhen und Kleidung ausgerüstet hatte. Im September des Jahres reiste er zum ISTAF Berlin, wo ihn der Filmemacher Hagen Boßdorf begleitete und hierüber einen Dokumentarfilm drehte. Ab 1996 verschlechterte sich Zátopeks Gesundheitszustand weiter. Gehen fiel ihm zunehmend schwerer, er war zeitweise auf einen Gehstock angewiesen. Hinzu trat ab 1997 Altersdemenz ein. Im selben Jahr wurde er in Tschechien zum „Athleten des Jahrhunderts“ gewählt. Präsident Havel verlieh ihm 1998 die goldene Verdienstmedaille, wohingegen in anderen Quellen vom Orden des Weißen Löwen die Rede ist. In diesem Jahr erlitt Zátopek einen zweiten Schlaganfall, der zum vorübergehenden Sprachverlust führte. Im Jahr 1999 gab er einem britischen Zeitungsreporter ein letztes Interview.