A partir de 1812, el Templo de Santo Domingo y su convento anexo fueron ocupados por las huestes de los diferentes ejércitos de las facciones que se disputaban el control del país. De esta suerte, fue ocupado por el Ejército realista y el Ejército Insurgente durante la Guerra de Independencia de México; y luego por centralistas y federalistas durante todo el siglo XIX hasta la llegada de Benito Juárez a la presidencia de México.