En juin 1940, la débâcle française en Europe amène le Japon à tenter d'imposer ses vues aux Français : face à la menace militaire japonaise, le général Catroux cède et accepte de laisser les Japonais contrôler les transports de marchandises vers la Chine. Le gouvernement de Vichy décide alors de le limoger et le remplace par l'amiral Jean Decoux. La passation de pouvoirs a lieu le 22 juillet ; Vichy signe ensuite avec le Japon un accord reconnaissant la position privilégiée du Japon en Extrême-Orient. Mais Decoux tarde à appliquer la convention militaire, au point que le 22 septembre, l'armée impériale japonaise pénètre au Tonkin, envahissant l'Indochine. Lạng Sơn tombe et des troupes japonaises débarquent dans la région de Hải Phòng. Malgré l'humiliation constituée par cette violation de territoire, un cessez-le-feu est conclu ; l'Indochine française demeure pour la durée du conflit un lieu de transit pour les soldats japonais, qui respectent en retour la souveraineté française en Indochine. Le Japon joue également les médiateurs pour mettre un terme, dans les mois qui suivent, au conflit entre la France et la Thaïlande. À partir de juillet 1941, les accords Darlan-Kato régissent les rapports en Indochine entre Vichy et le Japon et les troupes japonaises peuvent stationner dans l'ensemble de l'Indochine, jusqu'en Cochinchine.