No final do governo Reagan, Souza continuou a trabalhar em Washington, DC. Entre 1998 e 2007, foi fotógrafo do escritório do "Chicago Tribune em" Washington, DC. Souza também trabalhou como freelancer nas revistas "National Geographic" e "Life" . Depois dos ataques terroristas de 11 de setembro de 2001, foi um dos primeiros jornalistas a cobrir a guerra no Afeganistão e a queda de Cabul.