Місто Уахігуя було засновано 1757 року як столицю королівств Мосі Ятенга. 1825 року місто було зруйновано; з 1870 до 1890 року неодноразово був атакований. Під час Агашерської війни (1985) між Буркіна-Фасо й Малі Уахігуя був бомбардований малійськими ВПС, в результаті чого загинуло близько 100 жителів міста.