לאחר התפרקותה של ברית המועצות, אינדונזיה הכירה באוקראינה כמדינה עצמאית (ב-28 בדצמבר 1991). ב-6 ביוני 1992 חתמו שתי הממשלות על הצהרה משותפת בדבר כינון היחסים הדיפלומטיים ביניהן במוסקבה. אינדונזיה הקימה את שגרירותה בקייב ב-1994, ואוקראינה פתחה את שגרירותה בג'קרטה ב-1996.