В 1999 году планировалось перенести сюда епархиальный центр Рашско-Призренской епархии. После окончания бомбардировок НАТО и вывода югославских войск с Косова монастырь был взят под охрану немецким контингентом КФОР. В июне албанские повстанцы похитили монаха Харитона (Лукича). 8 августа 2000 года в албанском селе Тусус было найдено его обезглавленное тело. 12 ноября 2002 года монаха Харитона похоронили в монастыре Црна-Река. Распространилось его почитание как новомученика.