La saison 2000-2001 reste dans les mémoires des supporters. Alors que le trajet en Coupe DFB se termine dès le deuxième tour contre le 1. FC Magdebourg, le championnat revient à nouveau au Bayern dans les dernières journées. Patrik Andersson, servi par Stefan Effenberg, trompe le gardien du Hambourg SV dans les dernières minutes du dernier match et permet au club de décrocher son troisième titre de champion d'Allemagne et le dix-septième de son histoire. Quelques jours plus tard, le Bayern gagne sa quatrième Ligue des champions, 25 ans après la dernière, en battant le Valence CF aux tirs au but (1-1 ; 5-4). Oliver Kahn est le héros de la soirée en arrêtant trois tirs-au-but. Avant la finale, les Allemands se vengent de leurs deux dernières éliminations en Coupe d'Europe contre Manchester United en quart-de-finale puis le Real Madrid en demi, toujours après une victoire 1-0 à l'extérieur puis 2-1 à Munich. La saison 2001-2002 est un exercice sans titre pour le FC Bayern qui finit « seulement » la troisième place en championnat derrière Dortmund et Leverkusen et échoue en demi-finale de la Coupe DFB contre Schalke 04 (2-0). Mais grâce à la victoire 1-0 sur Boca Juniors grâce à un but de Samuel Kuffour en , le club s'offre une seconde Coupe intercontinentale. En Ligue des champions, le Bayern est éliminé en quarts de finale par le Real Madrid.