Kasım 1810'da Meksika Bağımsızlık Savaşı'nın başlamasıyla Morelos'un isyancı güçleri Lizardi'nin Subdelegado temsilcisi (sömürge sisteminde eyalet hükûmetinin en yüksek konumu) olarak yerel yönetimin başında olduğu Taxco'yla savaştı. İsyancıların ilk zaferinden sonra Lizardi her iki tarafa da oynamaya başlayarak şehrin cephaneliğini isyancılara teslim etti ancak başkaldırı hareketlerinin genel valisini konu hakkında bilgilendirdi. Daha sonraki yazıları bağlamında değerlendirilen bu eylemler ikiyüzlü görünmemektedir. Lizardi direnişçilerin entelektüel amaçları ve reformist politikasını hep destekledi fakat aynı şekilde savaşa ve kan dökülmesine karşı biriydi. Taxco'yu barışçıl yolla isyancılara teslim ederek  şehirde emri altındaki can kaybını önlemeyi amaçladı. Ocak 1998'de Taxco'nun valilik tarafından tekrar ele geçirilmesiyle Lizardi isyancı bir sempatizan olarak mahkûm edildi ve diğer mahkûmlarla birlikte Mexico City'ye gönderildi. Sadece Taxco ve vatandaşlarını zarar görmemesi için harekete geçtiğini savunarak genel valiliğe başarılı bir şekilde temyize başvurdu.