Durante la Guerra de los Treinta Años, Guericke logró escapar de la ciudad con su familia antes de que fuera destruida y saqueada por tropas católicas del Sacro Imperio el 20 de mayo de 1631. A su retorno al año siguiente, fue elegido alcalde de la destruida urbe, que de 20 000 habitantes sólo alcanzaba a 5000, dedicándose a su reconstrucción. (véase también: Saqueo de Magdeburgo)