Vztah mezi Göringem a Hitlerem se začal zhoršovat až od podepsání Mnichovské dohody 30. září 1938. Göring tak sice prosadil nenásilný způsob získání Sudet od Československa, ale došlo tak k velkému zhoršení vztahu k Hitlerovi, který toužil po válce. Göring se snažil Hitlera odradit i od napadnutí Polska, ale tenhle cíl byl neúspěšný a 1. září začala útokem Luftwaffe a Wehrmachtu na Polsko druhá světová válka. Ještě téhož dne Hitler veřejně jmenoval Göringa svým nástupcem, kterým se stal vydáním tajného výnosu již v prosinci 1934. K dalšímu ochlazení vztahu mezi dvěma nejmocnějšími muži Třetí říše došlo po vyhlášení operace Barbarossa. Göring byl jednoznačně proti. Obával se totiž, že válka na dvou frontách by Německo ekonomicky i vojensky rychle vyčerpala. Hitlerovy sympatie si naopak Göring získal díky vybudování Luftwaffe, která za války patřila mezi nejlepší letectva v Evropě a svou sílu dokázala jak v Polsku, tak ve Francii. První velkou porážku Luftwaffe utrpěla až v bitvě o Británii. Toto selhání bylo Göringovi jako vrchnímu veliteli Luftwaffe často a silně vytýkáno. Ztracenou slávu Luftwaffe chtěl Göring získat v bitvě o Stalingrad v roce 1942. Pomocí letectva chtěl zásobovat obležené jednotky polního maršála Pauluse. To se mu ale nedařilo a pověst jeho i Luftwaffe opět silně utrpěla. S každou další porážkou německého letectva byl Göring brán stále méně vážně. Na jaře 1944 podniklo americké letectvo čtyři nálety na Berlín a vypadalo to, že definitivní porážku Luftwaffe již nic nemůže odvrátit. Poslední bojeschopnou silou Göringova Luftwaffe disponovala při útoku na Ardeny. Tehdy měla 2400 letadel.