Während des zweiten Kongokrieges von August 1998 bis Juli 2003 war Lubanga Kommandeur in der mit Uganda verbündeten "Mouvement de Libération". Im Jahr 2000 gründete er mit ugandischer Unterstützung die "Union des Patriotes Congolais" und beteiligte sich mit dieser vorwiegend aus Angehörigen der Volksgruppe der Hema bestehenden bewaffneten Miliz am Ituri-Konflikt gegen die rivalisierende ethnische Gruppe der Lendu. Im Jahr 2002 wurde während der Eroberung der Stadt Bunia durch die UPC eine große Zahl von Zivilisten getötet. In den folgenden Jahren kam es immer wieder zu Vorwürfen gegen die UPC hinsichtlich einer Beteiligung an umfangreichen Mordaktionen, Folterungen und Vergewaltigung von Zivilpersonen sowie der erzwungenen Verpflichtung von Kindersoldaten.