Die Niederlage des englischen Admirals Arthur Herbert, 1. Earl of Torrington, in der Seeschlacht von Beachy Head () gegen die von Tourville befehligte französische Flotte löste in England eine Krise aus, deren Bewältigung sich Maria jedoch durchaus gewachsen zeigte. Torrington hatte zuerst die Auseinandersetzung mit der überlegenen feindlichen Flotte gescheut, aber schließlich auf Befehl Marias – die dabei einer Mehrheitsmeinung ihres Kronrats gefolgt war – die Schlacht annehmen müssen. Für die folgende Niederlage wurde Torrington verantwortlich gemacht; er habe inkompetent kommandiert oder sei sogar verräterisch vorgegangen. Die Königin ließ ihn im Tower einsperren; er wurde aber freigesprochen. Gegen Widerstand aus der Admiralität konnte Maria mit Unterstützung des Kronrats die Ernennung von Richard Haddock, Sir John Ashby und Sir Henry Killigrew als Nachfolger Torringtons durchsetzen. Als die Nachrichten von Wilhelms entscheidendem Sieg über Jakob II. am Fluss Boyne () sechs Tage nach diesem Kampf Maria erreichten, war diese sehr erfreut, da nun eine Invasion Englands wieder unwahrscheinlich erschien und außerdem sowohl ihr Gatte als auch ihr Vater die Schlacht unverletzt überlebt hatten.