Quan Frederic II va morir el 1786, el seu nebot Frederic Guillem II va fer del palau la seva residència preferida. I el mateix es pot dir respecte del seu fill i successor, Frederic Guillem III. Després de la derrota de l'exèrcit rus a la Batalla de Jena, el 1806, Charlottenburg va ser ocupada pels francesos. Napoleó va residir al palau mentre les seves tropes acampaven als afores de Charlottenburg.