Kostel byl založen jako pozdně románský mezi lety 1220–1230, s pozdějšími gotickými a barokními úpravami. Svojí datací je v dané části Šumavy nejstarším kostelem vůbec. Tvrzení, že prvenství ve stáří patří kostelu sv. Petra a Pavla v Albrechticích u Sušice je zcela mylné (vysvěcení onoho kostela v roce 1179 se váže k dřevěné budově, nikoliv kamenné, která tam stojí dnes a je prokazatelně postavena o něco déle, cca století poté). Zasvěcení svatému Mořici naznačuje, že tento kostel souvisí s bavorským benediktinským klášterem v Niederaltaichu, jehož působnost je v okolí Sušice doložena ve čtyřicátých letech 13. století. První písemná zmínka o kostele pochází z roku 1360, jak napovídají konfirmační dokumenty. V 15. století byl kostel goticky přestavěn a rozšířen, stavební úpravy však probíhaly také ve druhé polovině 13. století či ve století 14.. V baroku byl kostel opět obnoven. Z té doby pochází též mobiliář. Určité stavební úpravy probíhaly též v 19. století.