באליפות העולם שנערכה בפוקואוקה, יפן בשנת 2001 זכה קלר בשתי מדליות ארד, במשחה ל-200 מטר חופשי בתוצאה של 1:47.10 דקות, אחרי איאן ת'ורפ שקבע שיא עולם חדש של 1:44.06 דקות ופיטר ואן דן הוחנבאנד מהולנד (1:45.81 דקות) ובמשחה שליחים 4x200 מטר חופשי ביחד עם סקוט גולדבלט, נייט דאסינג וצ'אד קרווין בתוצאה של 7:13.69 דקות, אחרי אוסטרליה שקבעה שיא עולם חדש של 7:04.66 דקות ואיטליה (7:10.86 דקות). כשחיין רביעי הוא קבע ב"זינוק שליחים" תוצאה של 1:47.50 דקות.