En el cargo, procesó a los conspiradores de John Wilkes Booth por el asesinato del presidente Lincoln. El 29 de junio de 1865, los ocho acusados fueron declarados culpables de conspiración para matar al presidente. Samuel Arnold, Michael O'Laughlen y Samuel Mudd fueron condenados a cadena perpetua, Edmund Spangler a seis años de prisión y George Atzerodt, David Herold, Lewis Powell y Mary Surratt a ser ahorcados, siendo Surratt la primera mujer ejecutada por el gobierno federal de los Estados Unidos.