Duncannon Fort war im Zuge der irischen Konföderationskriege in Kämpfe verwickelt. Unter dem royalistischen Befehlshaber Laurence Esmonde, 1. Baron Esmonde, wurde es von irischen Konföderierten unter dem Befehl von Thomas Preston, 1. Viscount Tara, von Januar bis März 1645 belagert und schließlich eingenommen. Dabei wurden erstmals in Irland Mörser eingesetzt. Oliver Cromwell schaffte es 1649 nicht, Duncannon Fort zurückzuerobern, aber die Royalisten gaben es 1650 nach einer Blockade durch Henry Ireton auf.