5. septembra 1944 bol Šmigovský vymenovaný ministrom obrany Štefanom Haššíkom za veliteľa 1. pešieho pluku Domobrany, ktorej základom sa stala práve nitrianska posádka. Na tejto pozícií zotrval Šmigovský až do začiatku apríla 1945. Následne odišiel do Prahy za rodinou, kde zotrval až do konca vojny. Tu sa 5. mája 1945 zúčastnil Pražského povstania na strane povstalcov. Po skončení vojny sa Šmigovský rozhodol, že sa prihlási slovenským úradom. 24. mája 1945 bol zadržaný v Trnave a prevezený do Bratislavy.