Новый сезон 2016/17 для Михаила начался не очень удачно. По рекомендации Федерации фигурного катания России была оставлена старая короткая программа. Основной задачей сезона стало стабильное исполнение второго четверного прыжка в произвольной программе. Первым стартом стал II этап Кубка Санкт-Петербурга, где Михаил занял первое место, несмотря на ошибки в прыжках. На следующем турнире Finlandia Trophy, к которому Михаил также не был полностью готов, он занял лишь четвёртое место, не сумев чисто выполнить новый элемент — четверной сальхов. В начале ноября Михаил выступал на домашнем этапе Гран-при в Москве, где остановился в шаге от пьедестала, при этом он улучшил своё прежнее достижение в короткой программе. В конце ноября российский фигурист принял участие в этапе Гран-При: NHK Trophy, где стал лишь пятым. На этом турнире Михаил первым из российских мужчин-одиночников попытался исполнить сложнейший из прыжков — четверной лутц на международных соревнованиях, но допустил недокрут в четверть оборота и падение.