Im September 2013 fanden in Bayern Landtagswahlen statt und auf Bundesebene die Bundestagswahlen. Bei beiden Wahlen mussten die Grünen in Bayern Verluste hinnehmen. Bei den Landtagswahlen vom 15. September verloren die Grünen 0,8 % auf 8,6 % und stellen seitdem 18 Mandate im Bayerischen Landtag. Ludwig Hartmann löste Martin Runge als Fraktionsvorsitzender im Landtag ab. Das Ergebnis der bayerischen Grünen bei der Bundestagswahl 2013 weist deutlichere Verluste von 10,8 % auf 8,4 % auf. Bei den Kommunalwahlen im März 2014 konnten die Grünen hingegen 2 % hinzugewinnen und kamen auf 10,2 % der abgegebenen Stimmen bei der Wahl der Stadträte in den kreisfreien Städten und der Kreistage. Sigi Hagl löste Theresa Schopper im November 2013 als Landesvorsitzende ab. Auf der Landesdelegiertenkonferenz im Oktober 2014 wurde Eike Hallitzky als Nachfolger von Dieter Janecek zum Landesvorsitzenden der bayerischen Grünen gewählt. Er setzte sich im ersten Wahlgang mit 51 Prozent der Stimmen gegen seinen Gegenkandidaten Markus Büchler durch.