第三艦隊司令部が第一機動艦隊司令部を兼ねた。機動部隊である第三艦隊が統一指揮を行ったのは、南太平洋海戦（1942年10月）後の研究会で草鹿龍之介少将から「機動部隊指揮官が所在部隊を統一指揮する必要がある。第二艦隊司令長官が指揮するのは作戦上具合が悪い」と意見したことで、1943年8月に解決し、建制上は1944年3月になった。