חסרונות המונוקולטורה הם היות הגידול החקלאי רגיש לפגעי מזג אוויר ולתנודות מחירים בשוק העולמי, ובמקרה של מזיק שישמיד את היבול לא יהיה לחקלאי מה למכור בשוק (סיבה זו הייתה אחד מהגורמים לפרוץ רעב תפוחי האדמה הגדול באירלנד).