Morales debuteerde als Mexicaans international op 12 juli 2001 tegen Brazilië. De middenvelder nam deel aan het Wereldkampioenschap 2002, het Wereldkampioenschap 2006, de Confederations Cup 2005, de Copa América 2004 en de Copa América 2007. Op de beide Copa América's toonde Morales zich een vrijetrappenspecialist door tegen grootmachten Argentinië (1-0; 2004) en Brazilië (2-0; 2007) te scoren.