Ma in seguito, le sue inclinazioni politiche cambiarono radicalmente: egli divenne un fedele seguace del generale romano conquistatore della Gallia tanto che il suo nome rimase legato a un'oscura diceria, circolata verso il crepuscolo della repubblica romana, quando egli era uno dei quindecemviri. Si sussurrava che, grazie all'interpretazione di un vaticinio scovato nei Libri sibillini, di cui era custode, Lucio Cotta avrebbe dovuto favorire, avanti al senato romano, le ventilate aspirazioni monarchiche di Cesare, del quale si sussurrava in quegli anni esser sobillato da Cleopatra. Il tempo non ha confermato né smentito quelle illazioni: l'imminente tragica fine di Cesare vanificò ogni eventuale macchinazione e da quel momento la stessa vicenda biografica di Lucio Cotta si eclissò.