제2차 마케도니아 전쟁이 발발하자 아이톨리아 동맹 도시는 로마공화정의 편에 서서, 안티고노스 왕조의 필리포스 5세를 물리쳤다. 그러나 몇 년 후 로마가 그리스에 영향력을 확대하게 되면서 점차 로마의 움직임을 우려하게 되었다. 셀레우코스 왕조의 시리아 왕 안티오코스 3세에게 접근하였지만, 기원전 189년에 안티오쿠스 3세가 로마에 패하자 아이톨리아 동맹은 구심력을 잃게 된다. 동맹만으로 로마에 대적하는 것이 불가능했으므로, 로마를 굴복할 수 밖에 없었다. 이후 동맹 자체는 존속했지만, 사실상의 역할은 끝이 났다.