ההצלחה בדורטמונד ביססה את מעמדו של היצפלד כמאמן אירופאי מוביל, ובשנת 1998 הגיע לקבוצת באיירן מינכן. היצפלד לא אכזב, וכבר בעונתו הראשונה הוביל את הקבוצה לאליפות גרמניה ולגמר הגביע הגרמני, כמו גם לגמר ליגת האלופות נוסף בו הפסיד בתוספת הזמן למנצ'סטר יונייטד האנגלית. בשנת 2000 הוביל את באיירן לדאבל ולחצי גמר ליגת האלופות. בשנת 2001 הצליח לשחזר את ההצלחה עם דורטמונד וזכה באליפות גרמניה ובאליפות אירופה וזכה שוב כמאמן השנה באירופה.