Durante los siglos posteriores, Ostia perdió su esplendor aunque permaneció como vía de acceso marítimo para los visitantes de Roma. Los piratas Sarracenos eran una fuente de preocupación frecuente; la Batalla naval de Ostia se libró en las costas en el año 849. El Gregorio IV fortificó la ciudad y la rebautizó como Gregoriopolis. En esos tiempos, el cambiante curso del río Tíber no desembocaba en el antiguo puerto, y la ciudad sirvió para dar refugio a los trabajadores de las centrales de sal más próximas. Fue asediada en 1494 durante la guerra italiana.