Nella stagione 2019-20 viene nominato allenatore dello Schalke 04, tornando così in Germania dopo 4 anni; tuttavia la stagione si rivela molto deludente: infatti la formazione tedesca conclude la stagione al dodicesimo posto. Viene riconfermato per la stagione successiva ma il 27 settembre 2020 viene sollevato dall'incarico, in seguito alla sconfitta per 1-3 contro il Werder Brema.