Doch bereits einige Jahre später verlagerte Boehmer seine bisher eher wissenschaftliche Tätigkeit auf eine politische und verwaltungsjuristische Karriere. Auf Grund der guten Beziehungen seines Vaters Justus Henning zum preußischen Hof wurde König Friedrich Wilhelm II. von Preußen auf Karl August Böhmer aufmerksam und berief diesen zu seinem Kammer- und Domänenrat. Nach der Befreiung Schlesiens von Österreich durch Preußen im Rahmen des Ersten Schlesischen Krieges wurde Schlesien in zwei Verwaltungsbezirke eingeteilt, von denen Karl August Böhmer schließlich durch Verfügung vom 25. November 1741 zum Oberamtspräsidenten des Verwaltungsbezirkes um Groß-Glogau unter dem amtierenden Minister für ganz Schlesien Ludwig Wilhelm Graf von Münchow (1712–1753) bestellt wurde. Dieses Amt führte Boehmer, in der Folgezeit noch zum Geheimrat befördert, bis zu seinem plötzlichen Tode im Jahre 1748 aus.