Sytuacja Mubaraka przed egipskim wymiarem sprawiedliwości całkowicie uległa zmianie po puczu wojskowym z lipca 2013, kiedy to obalono Muhammada Mursiego i rozpoczęto represje wobec Bractwa Muzułmańskiego. 19 sierpnia 2013 prokurator oczyścił go z zarzutów korupcji, dzięki czemu obalony dyktator został zwolniony. Trafił do szpitala wojskowego ze względu na swój stan. Mubaraka czekał jeszcze proces sądowy za współudział w zabiciu ponad 800 uczestników rewolucji z 2011. Jednak rozprawa została odroczona ze względów bezpieczeństwa do 29 października 2013.