ב-1858 מטמורוס הוכרזה כמתחם סחר חופשי . הדבר גרם לעיור ותיעוש נרחב של העיר ולהגדלת עיירת הנמל פוארטו בגדאד בקרבת העיר, שהייתה שער כניסה חשוב לקונפדרציית המדינות של אמריקה במהלך מלחמת האזרחים האמריקנית שפרצה ב-1860. עם זאת, לאחר ההפסד של הקונפדרציה במלחמה ב-1865 העיר ירדה מגדולתה ונכנסה למשבר כלכלי. ב-1866, במהלך הניסיון של צרפת להשתלט על מקסיקו, התרחש קרב בפוארטו בגדאד בו ניצחו המקסיקנים.