Также в структуре Восточно-Крымского историко-культурного музея-заповедника находятся Картинная галерея и Лапидарий — Музей каменных древностей (лапидарий — уникальное собрание каменных памятников мирового значения, охватывающее период с IV века до нашей эры по XIV век нашей эры и включающее в себя античные и христианские надгробные стелы, скульптуры, памятники эпиграфики, архитектурные детали, плиты с тамговыми знаками). Созданы экспозиции в Музее истории обороны Аджимушкайских каменоломен и Музее истории Эльтигенского десанта (по событиям Керченско-Эльтигенской десантной операции). Музей-заповедник располагает архивом и Научной библиотекой. Кроме того, в его структуру включены многочисленные памятники Керчи и окрестностей: памятники погребальной архитектуры — Мелек-Чесменский и Царский курганы, а также 2 склепа, в том числе Склеп Деметры, памятники фортификационного строительства — Керченская крепость и крепость Ени-Кале, античная загородная усадьба и античные городища — Пантикапей, Артезиан, Илурат, Мирмекий, Нимфей, Парфений, Полянка (на территории Караларского парка), Порфмий, Тиритака.