Den spanske arvefølgekrigen fra 1701 til 1714 resulterte i mangel på misjonærer og en uforutsigbar situasjon på misjonsstasjonene. Ingen nye stasjoner ble bygget i denne perioden. I 1718 var San Rafael blitt det største samfunnet med 2 615 innbyggere og fikk problemer med å opprettholde livsgrunnlaget som følge av befolkningsveksten. Som følge av dette etablerte Felipe Suárez og Francisco Hervás misjonsstasjonen "San Miguel" i 1721 som en utskillelse fra San Rafael. Stasjonen "San Ignacio de Zamucos" ble også etablert i 1724, men ble nedlagt og forlatt allerede i 1745, og det er idag ingenting igjen av denne stasjonen.