A pesar de que Jones informó al Parlamento inglés que se encontraba en un momento favorable para iniciar la reconquista de Irlanda, este se mantuvo protegiendo la ciudad de Dublín, la cual estaba siendo constantemente asaltada e incendiada por Owen Roe O'Neill y las tropas irlandesas del Ulster. Durante el invierno de 1647 a 1648 los soldados de Jones sufrieron numerosas enfermedades ocasionadas por la escasez de suministros.