Gustaf III befriade honom fock från befattningen som flaggkapten före Slaget vid Svensksund den 9 juli 1790, orsaken till detta var de Freses negativa hållning till kungens förslag att engagera den ryska flottan i ett sjöslag. 1794 blev han chef för Göteborgs eskadern av Arméns flotta, och från den 1 november 1797 Överkommendant i Göteborg.