Ritornando alla 3rd Division, Dannatt pianificò due esercitazioni in Canada per i suoi uomini, di cui il primo fu il più grande dopo la Guerra fredda, mentre il secondo ebbe luogo dopo la fine del comando di Dannatt. Dannatt partecipò al processo contro Radislav Krstić in relazione al Massacro di Srebrenica, poco dopo che era stato posto d'istanza in Bosnia, dove fu comandante per le forze di stabilizzazione della NATO nel 2000. Il suo tour nella zona era programmato per un anno intero ma venne interrotto dal ritiro di Sir Michael Willcocks dall'esercito e dalla sua nomina a "Black Rod". Dannatt venne quindi nominato Assistant Chief of the General Staff (ACGS) nell'aprile del 2001. Nel settembre del 2001, si recò in visita alle truppe britanniche a Cipro poco dopo l'attacco dell'11 settembre. Come ACGS, venne coinvolto solo perifericamente dai preparativi dell'esercito per l'Afghanistan e poi per l'Iraq, rimanendo perlopiù a disposizione del Capo dello Staff Generale Michael Walker quando questi non fosse stato disponibile. Dannatt venne succeduto come ACGS da David Richards, al quale già aveva concesso il comando della 4th Armoured Brigade nel 1996 e che poi succederà sempre a Dannatt come Capo dello Staff Generale.