1897'de demir yolu Taşkent'e ulaştı ve son olarak 1906'da Orenburg'dan Taşkent'e uzanan bozkır boyunca Avrupa Rusya arasında kesintisiz bir demir yolu ağı tamamlandı. Bu, Türkistan'a o zamana kadar olduğundan daha fazla Slav yerleşimcisinin göç etmesine yol açtı ve bu göçmenlerin hareketleri St.Petersburg'daki özel olarak oluşturulmuş bir Göç Dairesi (Переселенческое Управление) tarafından denetlendi. Bu, yerel yerleşimciler, Kırgızlar, Kazaklar ve Sartlar arasında ciddi hoşnutsuzluğa neden oldu; çünkü bu yerleşimciler az bulunan toprak ve su kaynaklarını kendilerinden almaya başlamışlardı. 1916'da, yerlileri Amele Taburları'na alan bir karar sonucunda (daha önce askerlik hizmetinden muaf tutulmuşlardı) Basmacı İsyanı başladı. Binlerce yerleşimci öldürüldü ve bu, özellikle göçebe nüfusa karşı Rus misillemeleriyle karşılık buldu. Kazaklar ve yeni göçmenler arasında başlayan toprak ve su rekabeti, Çarlık Rusyası'nın son yıllarında sömürge yönetimine karşı büyük bir kızgınlığa neden oldu, 1916 yılında en ciddi ayaklanma olan Orta Asya İsyanı meydana geldi. Kazaklar, ayrım gözetmeden Rus ve Kazak köylerine saldırdılar. Rusların intikamı acımasızdı. Askeri bir kuvvet 300.000 Kazak'ı dağlara veya Çin'e kaçmaya zorladı. Ertesi yıl yaklaşık 80.000 kişi geri döndüğünde, dönenlerin çoğu Çarlık güçleri tarafından katledildi. Şubat Devrimi'nin 1917'de gerçekleştiği tarihe kadar düzen tesis edilmemişti. Taşkent Sovyeti'nin Bolşevikleri (tamamen Rus askerleri ve demir yolu işçilerinden oluşan, Müslüman üyesiz) 1918'in başlarında Hokand'daki özerk Cedid hükümetine bir saldırı başlattığında, Türkistan tarihinde kanlı bir sayfa açılacaktı ve gerisinde 14.000 ölü bırakacaktı. Bolşeviklere karşı sürdürülen (Sovyet tarihçileri tarafından 'Basmacı' veya 'Banditry ' olarak nitelendirilen) ve yerel halk tarafından sürdürülen direnişler 1920'lere kadar devam etti.