З початком війни основна будівля вокзалу вціліло, про що свідчать аматорські фото зроблені німецько-фашистськими загарбниками та використовувалося ними за прямим призначенню, однак, було суттєво пошкоджено під час звільнення Мінська від гітлерівської окупації влітку 1944 року і вокзал довелося відновлювати .