Aalto valitsi uudistajien puolen. Vuonna 1966 uudistajat pääsivät puolueen enemmistöksi ja puheenjohtajaksi valittiin Aaltosen tilalle Aarne Saarinen. Oppositio aloitti taistelun puolueen saamiseksi takaisin "terveiden voimien" haltuun ja kohteena oli muun muassa Lapin piiri, joka kuitenkin Aallon johtamana säilyi enemmistön hallussa. Neuvostoliiton miehitettyä Tšekkoslovakian vuonna 1968 Aalto asettui SKP:n kannalle arvostellen toimia. Hän puolusti tšekkoslovakialaisten kantoja myös Neuvostoliiton kommunistisen puolueen (NKP) valtuustolle Lapissa.