En diciembre de 1988 viajó a la República del Congo y firmó un acuerdo de paz con representantes de Angola y Cuba —países con quienes Sudáfrica mantenía un conflicto bélico en territorio de Angola y África del Sudoeste—. Durante el acto Botha declaró: «Una nueva era ha comenzado en Sudáfrica. Mi gobierno está eliminando la discriminación racial. Queremos ser aceptados por nuestros hermanos africanos». El 22 de diciembre de 1988, Botha firmó en las oficinas de la ONU en Nueva York un último acuerdo con representantes de Angola y Cuba. Este acuerdo abría el camino a la implementación de la resolución N.º 435 del Consejo de Seguridad, cediendo así Sudáfrica control sobre el territorio de África del Sudoeste, luego de décadas de desafío a la comunidad internacional.