Évariste Ndayishimiye nació en la comuna de Giheta en la provincia de Gitega, en el centro de Burundi en 1968. Ferviente católico, comenzó sus estudios de derecho en la Universidad de Burundi, pero aún estaba estudiando, cuando en 1995 estalló la violencia interétnica como consecuencia de la Guerra civil de Burundi (1993–2005). Ndayishimiye fue uno de los pocos estudiantes hutus de la Universidad que pudo escapar por poco de la limpieza étnica realizada por estudiantes tutsis. Huyó y fue uno de los primeros en unirse a la oposición armada de las Fuerzas de Defensa para la Democracia (FDD), creada después del asesinato del presidente hutu Melchior Ndadaye. Sin embargo, parte de su familia fue ejecutada.