En 1512, los portugueses fueron los primeros europeos que llegaron a las Molucas, la región pasó a formar parte del dominio de Países Bajos. Durante la Segunda Guerra Mundial fue ocupada por los japoneses después de la batalla de Ambon (1942). Después de la liberación de los japoneses, este archipiélago fue ocupado por el ejército indonesio. En 2002 se produjo una escalada de violencia entre personas de diferentes religiones que dejó varios muertos.