Po zakończeniu wojny zatrzymany przez wojska amerykańskie na terenie Niemiec, potem jako zbrodniarz wojenny deportowany na Węgry, uznano bowiem, że ponosi odpowiedzialność za masakrę ludności serbskiej w Wojwodinie w styczniu 1942, gdzie przez trzy dni żołnierze armii węgierskiej zamordowali od 3 tys. (według źródeł węgierskich) do 10 tys. osób (według źródeł jugosłowiańskich). Podczas procesu w Budapeszcie, 22 maja 1946 został skazany na karę dożywocia (dwaj inni węgierscy generałowie, Ferenc Czeydner i József Grassy otrzymali wyroki śmierci). Komunistyczne władze jugosłowiańskie także chciały osądzić węgierskich generałów za masakrę ludności w Wojwodinie. Szombathelyi, Czeydner i Grassy zostali wydani Jugosłowianom pod warunkiem, że wobec Szombathelyi’ego nie zostanie orzeczona surowsza kara niż dożywocie. Mimo to, w kolejnym pokazowym procesie orzeczono karę śmierci przez rozstrzelanie. Ostatecznie 4 listopada 1946, w miejscowości Petrovaradin (węg. Pétervárad) na Wojwodinie, gen. Szombathelyi został rozstrzelany, a generałowie Czeydner i Grassy zostali powieszeni (zgodnie z książką węgierskiego pisarza Tibora Cseresa „Zemsta w Baczce” z 1991 miał zostać stracony przez nabicie na pal, czemu zaprzeczyły protokoły z procesu).