Шафаревича обвиняют в антисемитизме, шовинизме, произволе в обращении с фактами в своих публицистических работах. Так, Семён Резник указывает на следующие приёмы, применённые Шафаревичем для обоснования утверждения, что убийство Николая II было якобы еврейским ритуальным актом: один из убийц царя, Александр Белобородов (русский, из уральских рабочих), получает у него еврейскую фамилию «Вайсборд» и отчество «Григорьевич» вместо «Георгиевич»; еврей Яков Юровский объявляется непосредственным убийцей Николая, хотя за эту «честь» с ним конкурировали два его сотоварища — оба русские; без ссылки на источник воспроизводится ложное утверждение о «надписях на идиш», якобы найденных на стене подвала, и т. д.