Im Jahr 1475, kurz nach der Eroberung von Konstantinopel durch die Osmanen, eroberten diese die Genueser Kolonie Caffa (osmanisch: "Kefe") auf der Halbinsel Krim. Lateiner, Griechen und Juden wurden nach Istanbul deportiert und hier angesiedelt. Die Lateiner, überwiegend Genuesen, durften das Bauwerk mit den Armeniern als Kirche benutzen. Die San-Nicola-Kirche war dem hl. Nikolaus geweiht und wurde von den Dominikanern betreut und von vier katholischen Familien unterhalten. Armenier und Katholiken hatten jeweils einen eigenen Altar. Die Kirche gehörte wahrscheinlich zu der Kirche, die später zur Odalar-Moschee umgewidmet wurde. Im Jahr 1630 wurde die Kirche unter der Herrschaft von Murad IV. (1623–1640) von Großwesir Topal Recep Pascha enteignet und zur Mescit (kleine Moschee ohne Minbar) umgebaut. Als Ausgleich erhielten die Armenier eine griechische Kirche im Stadtviertel Balat.