Unter Stellung à la suite des Regiments wurde Fabeck am 27. Mai 1864 mit dem Rang und den Gebührnissen eines Regimentskommandeurs nach Gotha kommandiert, um das dortige Kontingent zu übernehmen. Am 18. Juni 1865 zum Oberst befördert, führte er die sachsen-coburgschen Truppen im Feldzug 1866 in der Schlacht bei Langensalza sowie bei der Mainarmee in den Gefechten bei Hundheim und Roßbrunn. Nach dem Friedensschluss würdigte man seine Leistungen durch die Verleihung des Roten Adlerordens III. Klasse mit der Schleife und Schwertern sowie mit dem Komtur des Herzoglich Sachsen-Ernestinischen Hausordens.