2002 nyarán felfedezték a combhajlító izom sérülésének az okát, így egy műtéten esett át, mely által enyhítették a jobb lábában az artériák elzáródását, mivel az súlyosan korlátozta a keringését. Felépülése alatt az ITV szakértőjeként dolgozott a 2002-es világbajnokság folyamán. Ranieri a 2002–2003-as bajnokság során gyakran rotálta csapatát, de azt Gianfranco Zola köré építette, így Hasselbaink kevesebb játéklehetőséget kapott. A Barcelona menedzsere, Louis van Gaal 8 milió fontban állapodott meg a januári átigazolási időszakban a szerződtetésével kapcsolatban, de még a piac megnyitása előtt elbocsátották, így az üzlet semmissé vált. Bár a támadójáték Zolára volt építve, mégis 44 meccsen 15 gólt szerzett, eggyel kevesebbet, mint az olasz csatár.