ב-30 בינואר 1889, נמצאו לפתע וטסרה ורודולף מתים בבית הציד של רודולף בעיירה מאיירלינג (פרשת מאיירלינג). נסיבות המוות נותרו לא ברורות במשך שנים, אולם מקובלת הסברה על פיה מדובר בהתאבדות כפולה. הסיבה להתאבדותו של רודולף הייתה ככל הנראה יאוש ממדיניותו השמרנית של אביו, מחוסר יכולתו לממש את אהבתו, וייתכן שאף עגבת שממנה סבל. נראה שהוא תכנן את ההתאבדות כבר חצי שנה קודם לכן, אולם חפץ להתאבד עם אחת ממאהבותיו. השחקנית מיצי קספר (Mizzi Kaspar) אשר קיימה רומן עם רודולף, העידה מאוחר יותר שהנסיך הציע לה להתאבד עמו. ככל הנראה רק לאחר שקספר דחתה את ההצעה (ולטענתה אף פנתה למשטרה) הוא הציע אותה לווטסרה, אשר הסכימה. עם זאת, יש הסוברים שהשניים נרצחו בידי קרובי משפחה של רודולף. זיטה, נסיכת בורבון-פארמה, הקיסרית האחרונה של האימפריה האוסטרו-הונגרית, טענה בזמנו שהם נרצחו בידי סוכנים צרפתיים ששלח ז'ורז' קלמנסו. גרסת הרצח אכן מקובלת יותר בקרב המלוכנים האוסטרים. יש אף תאוריות הגורסות שווטסרה הייתה בהריון, ומתה מדימום במהלך הפלה לא מוצלחת. על פי אותן גרסאות, לאחר שווטסרה מתה, רודולף איבד את הטעם בחייו והתאבד.