Rövid házasságából egy fia született, Szapolyai János Zsigmond személyében. I. Szulejmán oszmán szultán, miután 1541-ben elfoglalta Budát, fia nevében Izabellát bízta meg az ország keleti területeinek kormányzásával. A kezdetben mellette szolgáló George Martinuzzi 1549-ben szövetkezett a Habsburg-házi I. Ferdinánd királlyal, lemondásra bírva Izabellát és fiát a hatalomról. Lengyelországba menekültek, majd az Oszmán Birodalommal szembeni védekezést tartani nem bíró Ferdinánd feladta az ország keleti területeit, az erdélyi országgyűlés 1556-ban pedig visszahívta a királynét és fiát az országba.