Pendant la guerre civile, Wade critiqua vivement le président Abraham Lincoln en raison de ses hésitations pour l'abolition de l'esclavage et le recrutement de soldats afro-américains dans l'armée de l'Union. Il s'oppose aux plans de Lincoln pour l'après-guerre et parraine la proposition de loi Wade-Davis qui préconisait des conditions plus strictes pour la réadmission des États confédérés. Il a également contribué à l'adoption du Homestead Act de 1862 et du Morrill Act de la même année.