Kansainvälisen painostuksen takia Indonesia joutui taipumaan Itä-Timorin hallinnan suhteen ja vuonna 1999 maassa järjestettiin kansanäänestys, jossa neljä viidesosaa äänestäjistä kannatti Itä-Timorin itsenäistymistä. Kansanäänestyksen jälkeen Itä-Timorin kriisi kärjistyi uudelleen levottomuuksina elokuussa 1999, kun Indonesialle myönteiset miliisijoukot kiihdyttivät hyökkäyksiään itsenäisyyttä kannattavia itätimorilaisia vastaan. Indonesian armeija katsoi itätimorilaisiin kohdistuneita toimenpiteitä sormien läpi. YK:n australialaiset rauhanturvajoukot saapuivat lokakuussa 1999 vakiinnuttamaan oloja. Vuoden 1999 levottomuuksissa kuoli 1 400 itätimorlaista ja 300 000 ihmistä ajettiin pakolaisiksi saaren länsiosaan.