1957年、日本はリビア王国と外交関係を樹立。1969年にはクーデターによってムアンマル・アル＝カッザーフィー（カダフィ大佐）が独裁政権を築き「大リビア・アラブ社会主義人民ジャマーヒリーヤ国」となって社会主義へ転じるも、両国は外交関係を維持した。1973年にはトリポリに在リビア日本国大使館が開設。2011年リビア内戦の影響で在リビア日本国大使館は一時閉鎖に追い込まれるが、リビア国民評議会の政権掌握後に業務再開。しかし2014年には再び内戦が勃発し（2014年リビア内戦）、同年7月には大使館はカイロへ退避。2018年3月には、カイロからチュニスへと移転して大使館業務は継続されている。