২০০০ সালের নভেম্বরে জাভির স্পেন জাতীয় দলে অভিষেক হয়। তিনি জাতীয় দলের হয়ে ২০০০ সিডনি অলিম্পিক, ২০০২ ফিফা বিশ্বকাপ, ২০০৪ উয়েফা ইউরো, ২০০৬ ফিফা বিশ্বকাপ, ২০০৮ উয়েফা ইউরো, ২০০৯ ফিফা কনফেডারেন্স কাপ, ২০১০ ফিফা বিশ্বকাপ এবং ২০১২ উয়েফা ইউরোতে অংশগ্রহণ করেন।