В начале войны полковник Шлегель в июне 1941 года был назначен начальником штаба 217-й стрелковой дивизии ОрВО в городе Борисоглебск и 29 июня убыл с ней на фронт. По прибытии дивизия вошла в 28-ю армию Группы армий резерва Ставки ГК. С 15 июля она в составе армии находилась в подчинении Фронта резервных армий, затем в начале августа была передана 43-й армии Резервного фронта и участвовала в Смоленском сражении — занимала оборону по реке Десна, частью сил вела бои за город Рославль. В середине августа 1941 года 217-я стрелковая дивизия была подчинена вновь сформированной 50-й армии Брянского фронта. С 19 августа по 13 сентября Шлегель временно командовал этой дивизией. С 30 сентября ее части приняли участие в Орловско-Брянской оборонительной операции, вели тяжелые бои в окружении. В ходе этой операции с 18 октября полковник Шлегель вновь вступил в командование 217-й стрелковой дивизией и находился в этой должности до середины ноября. В период отхода вместе с ней участвовал в боях за города Лихвин и Одоев. 25 октября 1941 года дивизия вышла к Туле, где, получив боевой участок, вступила в тяжелые оборонительные бои. В боях за Тулу полковник Шлегель являлся уполномоченным Военного совета 50-й армии по оборонительным работам, а также специальным уполномоченным армии в 239-й стрелковой дивизии. В сложной обстановке вывел ее из-под ударов противника в район Рязани, где она вошла в подчинение 10-й армии. В январе 1942 года Шлегель по национальному признаку был переведен в Сибирский военный округ, где назначен командиром 610-го стрелкового батальона. С мая 1942 года занимал должность заместителя начальника Рубцовского военного пехотного училища. В июле 1942 года уволен с военной службы.