У 1989 році був обраний народним депутатом СРСР. На II з'їзді народних депутатів СРСР у [Грудень 1989 грудні] 1989 року Яковлєв зробив доповідь про наслідки підписання в 1939 році Договору про ненапад між СРСР і Німеччиною («пакту Молотова — Ріббентропа») і таємних протоколів до нього. З'їзд прийняв резолюцію (після повторного голосування), що вперше признала наявність секретних протоколів до Пакту (оригінали були знайдені тільки восени 1992 року) і засудила їх підписання.