Custódio werd in 2012 opgenomen in de selectie van het Portugees voetbalelftal voor het Europees kampioenschap, al had hij tot op dat moment nog niet gespeeld voor het nationale team. Hij maakte zijn debuut pas net voor het toernooi, op 2 juni 2013, toen er met 1–3 verloren werd van Turkije. De middenvelder nam namens bondscoach Paulo Bento plaats op de bank en hij mocht in de tweede helft invallen voor Miguel Veloso. De andere debutant dat duel was zijn teamgenoot bij Braga, Miguel Lopes. Op het toernooi zelf werd Portugal in de halve finale uitgeschakeld door Spanje, dat na strafschoppen doorging naar de finale.