Colorado Avalanche varasi Wernerin viidennellä kierroksella 131. pelaajana . Aiemmin huhtikuussa hän teki Färjestadin kanssa vuoden mittaisen SHL-sopimuksen. Muutamaa päivää myöhemmin seura lainasi Wernerin koko kauden 2016–2017 kattavalla sopimuksella Björklövenin Allsvenskan-joukkueeseen. Hän lähti kauteen joukkueen toisena maalivahtina Niklas Lundströmin aisaparina, kunnes joulukuussa 2016 Björklöven täydensi maalivahtiosastoaan Linus Fernströmillä, kun Werner oli Ruotsin mukana alle 20-vuotiaiden MM-kilpailuissa. Tammikuussa kolmikosta Lundström poistui joukkueen vahvuudesta. Werner pelasi lopulta suurimman osan Björklövenin otteluista ja sai tulokaskautensa aikana tililleen 25 runkosarjaottelua torjuen kaksi nollapeliä. Hän pelasi myös yhden playoff-ottelun Färjestadin J20-junioreissa.