Sucesivamente promovido a capitán graduado (1827) y efectivo (1828), fue incorporado al estado mayor de la División del Norte en la guerra contra la Gran Colombia. Combatió en la batalla del Portete de Tarqui (27 de febrero de 1829) y luego fue destacado a las fuerzas de ocupación en Guayaquil. Allí contribuyó a la edición de El Atleta de la Libertad, periódico destinado a combatir el desenvolvimiento de la guerra y la conducta de Gamarra. Ordenada su prisión, se trasladó precipitadamente a Lima, donde solicitó su retiro al ser derrocado el presidente José de La Mar. Pero no se aceptó su petición y pasó a ser edecán del general Antonio Gutiérrez de La Fuente, siendo ascendido a sargento mayor.