Per la sua gestione l'Union Navy fu divisa quindi in 4 squadroni operanti rispettivamente nel settentrione e nel meridione dell'Oceano Atlantico, nella regione Orientale (David G. Farragut) e Occidentale del Golfo del Messico (William Wister McKean); un 5º squadrone verrà utilizzato lungo il corso del Mississippi dopo essere stato creato alla fine del 1862 per operare a supporto della Campagna di Vicksburg e del relativo Assedio di Vicksburg; ma non sarà mai coinvolto nel blocco.