W reprezentacji Senegalu N’Diaye zadebiutował w 2001 roku. W 2002 roku został powołany przez selekcjonera Bruno Metsu na Puchar Narodów Afryki 2002 (3 mecze) i Mistrzostwa Świata 2002. Na Mundialu był rezerwowym i nie zagrał w żadnym spotkaniu. Z kolei w 2004 roku wystąpił w jednym meczu kadry narodowej w Pucharze Narodów Afryki 2004.