Mit der islamischen Eroberung von Damaskus 636 durch Chālid ibn al-Walīd begann die islamische Herrschaft über die Stadt. Im Jahre 706 ließ Kalif al-Walid I. die Johannes-der-Täufer-Kathedrale in die Umayyaden-Moschee umwandeln, verfügte aber gleichzeitig, dass die Christen ihre übrigen Kirchen und die Juden ihre Synagogen weiter besuchen könnten, allerdings als Dhimmis bei Zahlung der Dschizya. Ibn ʿAsākir berichtet Anfang der 12. Jahrhunderts, dass nicht nur acht von 14 Kirchen der Stadt verfallen und eine zerstört waren, sondern dass neben drei Kirchen auch die Synagogen in Moscheen umgewandelt worden waren. Nach der Eroberung Jerusalems im Ersten Kreuzzug 1099 gab es nach Damaskus einen Zustrom an etwa 50.000 Juden, die aus Jerusalem vor den Kreuzrittern auf der Flucht waren. So wuchs die jüdische Gemeinde in Damaskus zu einer der größten jüdischen Gemeinden der Welt heran.