Med prvo kitajsko-japonsko vojno in rusko-japonsko vojno je postalo pomembno pomorsko oporišče Japonske cesarske mornarice, pristanišče Nagasaki se je namreč uporabljalo kot sidrišče bližnje mornariške vojaške baze Sasebo. Ladjedelnice so bile pod nadzorom družbe Mitsubishi (danes Mitsubishi Heavy Industries), ki je postala eden glavnih izvajalcev za cesarsko japonsko mornarico. Med drugo svetovno vojno, pred napadom z atomsko bombo, je bil Nagasaki pomembno industrijsko mesto z livarno in orodjarno Mitsubishi, tovarno motorjev Akunoura, tovarno orožja in ladjedelnico Mitsubishi, tovarno streliva Mitsubishi-Urakami, več drugimi majhnimi tovarnami in velikimi pristaniškimi ter pretovornimi zmogljivostmi, ki so zaposlovale okoli 90% mestne delovne sile. Te povezave z japonskimi vojnimi cilji so Nagasaki naredile za cilj medvojnega strateškega bombardiranja s strani zaveznikov.