A lo largo de 1942 Hopkins se muestra partidario de otorgar prioridad a la preparación bélica para atacar primero al Tercer Reich en Europa, dando prioridad a este escenario antes que a la guerra en el Pacífico contra el Japón, mientras pide extender el apoyo de la Ley de Préstamo y Arriendo a China, incluyéndose luego como beneficiario a la Francia Libre. En 1943, Hopkins acude como asistente de Roosevelt a la Conferencia de Casablanca, a la Conferencia de El Cairo y luego a la Conferencia de Teherán. Durante este periodo Hopkins se convence de la urgencia de mantener a toda costa la alianza EE. UU. - URSS, a fin de impedir toda posibilidad de una paz separada del Eje con los soviéticos. De hecho, durante la Conferencia de Yalta Hopkins aconseja mantener las mejores relaciones posibles con la URSS (inclusive compartiendo secretos militares) para ganar la confianza de Stalin, esperando que esta política de "amistad personal" permita a Estados Unidos mantener a la URSS como aliado, aun cuando para esa fecha era evidente la fuerte desconfianza de Gran Bretaña hacia la expansión soviética en Europa Oriental.