Johan var til forskel fra sin broder religiøst orienteret og økonomisk sindet. Han indførte reformationen i sit markgrevskab ved tiltrædelsen. 1538 gik han med i det Schmalkaldiske forbund men blev på grund af sin slægts politiske bånd i Den schmalkaldiske krig alligevel tvunget til at gå med på kejseren Karl Vs side. Fra kejseren fik han en forsikring om religionsfrihed i Neumark.