A háború előtt Litvániában becslések szerint 210–250 ezer zsidó élt; a holokauszt során 90%-uk életét vesztette. A litvániai holokauszt három szakaszra osztható: tömeges kivégzések (1941. június–december), gettókba zárás (1942 – 1943. március) és a végső likvidálás (1943. április – 1944. július). Más, németek által megszállt nyugatibb országoktól eltérően a zsidók elleni elnyomó intézkedéseket nem fokozatosan vezették be, hanem már a megszállás első napjától elkezdődtek a kivégzések. A gyilkosságokat a németek és litván kollaboránsaik főleg a kaunasi IX. erődben, a vilniusi Ponaryban és a mobilis Rollkommando Hamann által, vidéken végezték. Becslések szerint már 1942 előtt odaveszett a litván zsidók 80%-a. A maradék 43 ezret Vilnius, Kaunas, Šiauliai és Švenčionys gettóiba zárták, ahol a német hadiipar számára végeztek kényszermunkát. 1943-ban a gettókat vagy felszámolták vagy koncentrációs táborokká változtatták őket. Alig 2–3 ezren menekültek meg a táborokból.