Duan se opôs a tentativa de restauração da monarquia de Yuan, pois pensou que iria sucedê-lo como presidente. Duan tentou ser um intermediário entre os rebeldes e Yuan, assim como aconteceu durante a Revolução Xinhai. A amizade nunca foi reparada, mesmo quando recebeu o cargo de Premier, uma vez que Yuan tinha reduzido o poder do cargo. Serviu como primeiro-ministro por vários períodos curtos entre 1912 e 1918 em vários governos, como parte das coligações frágeis que, por vezes, entraram em colapso. Duan formou a Facção Anhui quando o Exército de Beiyang se dividiu após a morte de Yuan, e foi um forte motivador da entrada da China na Primeira Guerra Mundial.