במהלך כהונתו של ווקופ, בשנת 1936, החלו מאורעות תרצ"ו–תרצ"ט, שהיו התקפה על היישוב ומרד כלפי השלטון הבריטי. ווקופ ביקש לסיים את המרד במשא ומתן עם הערבים ומנע ממפקד המשטרה רוי ספייסר מלהשתמש באמצעי ענישה חריפים נגד האוכלוסייה הערבית. בה בעת, ווקופ התנגד להשעיית העלייה, ואמר שלא ניתן להצדיק צעד כזה, לא מבחינה כלכלית ולא מבחינה פוליטית. במשך זמן רב הוא מנע את גירושו של המופתי של ירושלים אמין אל-חוסייני בטענה שהוא לא כה קיצוני כמו שאומרים עליו ולאור הערכתו שבמשך השנים 1931–1935 הוא היה יותר מועיל ממזיק, וכן מתוך רצון שלא לתת למרד אופי דתי. גם לאחר רצח לואיס אנדרוס, המושל הבריטי של הגליל, וההחלטה לעצור את המופתי, מנע ווקופ את מעצרו בהר הבית ובכך איפשר לו להתחמק ממעצר. גישתו זו של ווקופ ספגה ביקורת מצד ועדת פיל אשר חייבה הפעלת כוח נגד אוכלוסייה שאינה מוכנה לשתף פעולה במיגור הכנופיות. עם זאת, קבע ווקופ עונשי מינימום על עבירות של נשיאת נשק, אולם זקן השופטים מייקל מקדונל, אשר לפי המסורת הדמוקרטית הבריטית לא היה תלוי ברשות המבצעת, הנחה את השופטים שלא להחמיר בעונשם של ערבים שפגעו ביהודים. שר המושבות הבריטי התבטא שווקופ איבד את אמון היהודים והערבים גם יחד, וכי ויתר על הביטחון של הקצינים הבריטים בארץ ישראל. בעקבות זאת, הוחלף ווקופ בתחילת מרץ 1938, בטענה של בריאות לקויה, ובמקומו מונה כנציב עליון הרולד מקמייקל.