Selepas tsunami Lautan Hindi 2004, nampaknya atas inisiatifnya sendiri, para menteri yang berkumpul dan menandatangani perintah Naib Presiden memerintahkan kerja untuk memulihkan Aceh. Keaslian ketetapan Naib Presidennya dipersoalkan walaupun Yudhoyono menyatakan bahawa beliau memberikan perintah untuk Kalla untuk meneruskan.