Archambault IX. nahm am Kreuzzug Ludwigs IX. gegen Ägypten (Sechster Kreuzzug) teil, der im August 1248 in Aigues-Mortes aufbrach, starb aber im Januar 1249 auf der Anreise während der Überwinterung auf Zypern. Zuvor hatte er im Februar 1248 seine Töchter Mathilde und Agnes, die seine Nachfolge antreten sollten, in das ältere Haus Burgund verheiratet. Mathilde erhielt den Besitz in Burgund (Nevers, Auxerre, Tonnerre) und den Erbprinzen von Burgund, Agnes das Bourbonnais und dessen jüngeren Bruder Johann. Agnes' Tochter aus ihrer ersten Ehe, Beatrix, brachte durch ihre eigene Ehe mit Robert von Clermont Bourbon an die Kapetinger: Beatrix und Robert sind die Stammeltern der Bourbonen.