Након пада комунизма у СФРЈ, власт ХДЗ-а у Хрватској од 1990. добила је подршку већине Хрвата и одузела права сувереног народа Србима у Социјалистичкој републици Хрватској и изменама устава прогласили су Србе за мањину у децембру 1990. Следеће, 1991. влада ХДЗ-а прогласила је независност од СФРЈ, али Срби на подручјима где су били већина у Крајини, Барањи и другим деловима некадашње Социјалистичке републике Хрватске стварали су своје аутономне области и покушали су остати део Југославије, или остати у истој држави са Србима из Републике Србије. али влада ХДЗ-а није допустила да Срби створе своју републику на подручју где су били већина и почео је рата у Хрватској (1991—1995) између нове државе Хрватске и Срба на делу територије дотадашње југословенске републике Хрватске, организованих у Републику Српску Крајину. Хрватска је током рата постала чланица Уједињених нација, 1992. Уз помоћ НАТО-а, Рат је окончан победом Хрватске у августу 1995. а припајањем територија Републике Српске Крајине настала је модерна Република Хрватска. Истовремено, протеривањем стотина хиљада, али и убијањем великог броја Срба из Хрватске у операцијама Олуја и Бљесак према неким мишљењима модерна Република Хрватска је довршавала геноцид над Србима који је започела НДХ. Поред ова два већа погрома, преко Хрватске војске и полиције, Хрватска је извршила и низ мањих акција прогона српског и другог нехрватског становништва: Масленица, Медачки џеп, Миљевачки плато итд, а заначајно прогоњење Срба током рата извршено је и у следећим градовима: Задар, Шибеник, Сисак, Вуковар, Осијек, Ђаково, Загреб, Сплит, Дубровник, Винковци и др.