Efter folkmordet i grannlandet Rwanda 1994 hade runt 1,5 miljoner rwandier flytt till östra Zaire. Av dessa var många huturebeller som hade deltagit i folkmordet och fortsatte att bekämpa Rwandas nya regering, som bestod av medlemmar ur tutsifolket, från flyktinglägren på andra sidan gränsen. I och med inbördeskriget i Burundi hade tiotusentals flyktingar från detta land också sökt sig till Zaire och i de östra provinserna som historiskt präglats av motsättningar mellan olika folkgrupper eskalerade spänningarna markant. De i östra Zaire boende lokala folkgrupperna banyamulenge och banyarwanda attackerades av huturebellerna, som dessutom försökte återta makten i Kigali. Mobutus regering hade fullständigt förlorat kontrollen över de östra Kivuprovinserna och stödde dessutom huturebellerna för en invasion av Rwanda. Milisgrupper stödda av Rwanda och Uganda infiltrerade det stora grannlandet i väster för att bekämpa hutuextremisterna men kedjeeffekten av instabiliteten blev ett allmänt uppror i Zaire mot presidenten. Gerillagruppen AFDL:s militära framgångar 1997 ledde till att president Mobutu gick i landsflykt. Landet återtog namnet Demokratiska republiken Kongo eller informellt Kongo-Kinshasa och AFDL:s ledare Laurent Kabila blev ny president.