Υπηρέτησε στο στρατό στην Ουγκάντα. Το 1985, από κοινού με το φίλο του, Φρεντ Ρβιγκεμά, ίδρυσε το Πατριωτικό Μέτωπο της Ρουάντα (RPF), με έδρα την Ουγκάντα. Το 1986, ο Καγκάμε ανέλαβε επικεφαλής της στρατιωτικής υπηρεσίας αναγνωρίσεως του Εθνικού Στρατού Αντίστασης (NRA) εναντίον της κυβέρνησης του Μίλτον Ομπότε, και εθεωρείτο ένας από τους πιο στενούς συμμάχους του Προέδρου Γιουέρι Μουσέβενι της Ουγκάντας. Ο τελευταίος υποστήριξε την εισβολή στη Ρουάντα, η οποία οδήγησε στη Γενοκτονία. Το RPF εισέβαλε στη Ρουάντα για πρώτη φορά την 1η Οκτωβρίου του 1990, όταν ο Καγκάμε βρισκόταν στις ΗΠΑ. Δύο μέρες μετά την εισβολή, σκοτώθηκε ο Ρβιγκεμά και ο Καγκάμε διορίστηκε από τον Μουσέβενι διοικητής του RPF.