Johann Wilhelm von Fürstenberg morì a Jaroslavl' nel 1568, dopo essersi definitivamente allontanato dalla politica della Livonia. Assistette però, seppur non in prima persona, alla trasformazione della Confederazione di Livonia in Ducato di Curlandia e Semigallia, alla soppressione dei cavalieri di Livonia e ai cambiamenti geo-politici nell'area baltica che stava causando la guerra da lui avviata.