Uno de los episodios más dramáticos a bordo del "Air Force One" sucedió el 11 de septiembre de 2001, cuando el Presidente George W. Bush volaba desde Sarasota, Florida, donde fue interrumpido en un acto educativo debido a los atentados terroristas de Nueva York y Washington. En vez de volver a Washington, el Servicio Secreto ordenó al "Air Force One" dirigirse a la Base Aérea de Barksdale en Luisiana, y luego al Strategic Air Command (ahora United States Strategic Command) establecido en la Base Aérea de Offut en Nebraska, antes de volver a Washington. Al día siguiente, fuentes oficiales de la Casa Blanca y del Departamento de Justicia de los EE.UU. indicaron que el plan se llevó a cabo tras tener información de que «la Casa Blanca y el "Air Force One" eran objetivos». (Posteriormente la Casa Blanca no pudo confirmar mediante evidencia que el "Air Force One" era uno de los objetivos, y las posteriores investigaciones concluyeron que el alegato inicial fue producto de un fallo de comunicación).