Луиза родилась в Монсе в Австрийских Нидерландах (ныне Бельгия) и была старшей дочерью принца Густава Адольфа Штольберг-Гедернского и бельгийской принцессы Елизаветы Горн, дочери последнего представителя этой фамилии. Когда ей было четыре года, её отец был убит в битве при Лейтене. Когда ей было семь лет, она была отправлена в монастырскую школу в Монсе. В 1766 году императрица Мария Терезия организовала её брак с Карлом Эдуардом Стюартом. Он носил прозвище Красавчик принц Чарли (англ. Bonnie Prince Charlie), или Молодой Претендент (англ. The Young Pretender).