1577'de İvan'ın desteğini kaybeden ve kardeşinden destek almayan Magnus, Livonya'ya yabancı işgaline karşı mücadelede ona karşı gelme konusunda asalet çağrısında bulundu. İvan'ın kuvvetleri ona saldırdı ve onu esir aldı. Serbest bırakıldığında kraliyet unvanından vazgeçti. Magnus hayatının son altı yılını Courland Piskoposluğu'ndaki Pilten kalesinde geçirdi. 1583 Ağustos'unda Livonya Savaşı'nın sona ermesi, Eski Livonya topraklarının çoğu (Kurlandiya ve Semigalya Dükalığı ve Livonya Dükalığı) Lehistan-Litvanya Birliği kontrolü altına girdi ve İsveç kontrolünde İsveç-Estonya Dükalığı kuruldu.