שישה ימים מאוחר יותר נרצח אביו בוושינגטון. לאחר הרצח עבר יחד עם אימו ואחיו טד לשיקגו, שם השלים את לימודיו במשפטים. ב-1867 מונה לעורך-דין. ב-1868 נישא למרי, והזוג הביא לעולם שלושה ילדים. ב-1875, על רקע מה שראה כבזבזנותה וניהול לקוי של רכוש המשפחה, היה לינקולן מעורב באשפוזה הכפוי של אימו מרי טוד בבית חולים פסיכיאטרי באילינוי למשך שלושה חודשים. מרי טוד לא סלחה לבנה על אשפוזה וסירבה לדבר איתו כל שארית חייה.