В январе 1945 года началась операция «Ганнибал» — эвакуация гражданского населения и военнослужащих в связи с наступлением Красной армии на Восточную Пруссию, в ходе которой удалось переправить через Балтийское море около двух миллионов человек. «Cap Arcona» был задействован для эвакуации и перевёз на запад Германии 25 795 беженцев. Выход в море в этом районе был сопряжён с большим риском. 30 января 1945 года «Вильгельм Густлофф», перевозивший 10 500 пассажиров, был торпедирован советской подводной лодкой С-13. Судно затонуло в течение 40 минут, погибло более 9000 человек. 9 февраля эта же подводная лодка потопила ещё одно судно, «Генерал Штойбен», направлявшееся в Копенгаген. 20 февраля Йоханнес Герц, капитан «Cap Arcona», застрелился в собственной каюте во время стоянки в Копенгагене перед очередным рейсом в Готенхафен.