Ellenben Fidel Castro 1961-es kijelentése, és Kuba kommunizmushoz való csatlakozása után némi elhidegülés és elhatárolódás jellemezte a mexikói vezetést, ugyanis a két forradalom így már nem volt párhuzamba állítható. Mindezek ellenére Mexikó hevesen ellenezte a szigetország kizárását az Amerikai Államok Szervezetéből és noha mélységesen elítélte nemzetközi szinten a kubai kormányt az 1962-es rakétaválság kapcsán, mégsem volt hajlandó eleget tenni az amerikai követeléseknek és nem szakította meg diplomáciai kapcsolatait Kubával. Az ezt követő 5 éves periódus során Mexikót inkább hűvös szívélyesség jellemezte Kuba irányában, ellenben Kuba többször is hangsúlyozta a Mexikó iránti megbecsülését. Fidel Castro például személyesen elment 1965-ben Mexikó havannai nagykövetségére, hogy megünnepelje a mexikói forradalom évfordulóját, ezen felül pedig a kubai fővárosban átadtak egy Emiliano Zapata szobrot is. Mivel Mexikó mindig a Kuba-ellenes szankciók bevezetése ellen szavazott az Amerikai Államok Szervezetében, a kölcsönösség jegyében Kuba soha nem támogatta a mexikói kommunistákat, amikor azok a mexikói kvázi egypártrendszer ellen akartak volna fellépni.