Von Dezember 2016 bis Dezember 2019 war Baeriswyl Staatssekretärin der Politischen Direktion des EDA. Sie löste in dieser Position Yves Rossier ab, der zum Botschafter in der Russischen Föderation ernannt worden war. Ab 1. April 2017 koordinierte Baeriswyl als Nachfolgerin des in den Ruhestand tretenden Jacques de Watteville die Verhandlungen zwischen der Schweiz und der Europäischen Union, darunter auch die zur Umsetzung des neuen Verfassungsartikels zur Zuwanderung. Ende Januar 2018 wurde sie in dieser Funktion von Roberto Balzaretti abgelöst. Am 21. August 2019 wurde sie zur neuen Chefin der Ständigen Mission der Schweiz bei den Vereinten Nationen in New York ernannt. Im Sommer 2020 wird sie ihr neues Amt antreten.