Năm 1600, Tokugawa Ieyasu đánh bại liên quân bốn mươi Daimyō miền Tây tại Sekigahara và nắm chính quyền. Tokugawa Ieyasu được bổ nhiệm làm tướng quân (cả Oda Nobugana lẫn Toyotomi Hideyoshi đều không cố gắng trở thành mà chỉ duy trì quyền lực qua các vị trí chính thức tại triều đình). Các daimyō chống đối gia đình Tokugawa đều bị chuyển tới các thái ấp ở những vùng xa trung tâm và bị ép phải dùng phần lớn của cải của họ để làm đường và các dự án khác, bị buộc phải luân phiên di chuyển hàng năm giữa Edo và thái ấp của mình, để lại gia đình làm con tin lâu dài ở Edo. Các thái ấp được những người tùy tùng của Shōgun cai quản, tuy nhiên quyền lực ở đây rất lớn. Thành lập bộ luật hợp pháp cho các gia đình quý tộc, tạo điều kiện cho chế độ Mạc phủ kiểm soát triều đình và Thiên hoàng. Hệ thống 4 đẳng cấp sĩ, nông, công, thương ("shinokosho") được thừa nhận, cùng với việc hôn nhân giới hạn trong những người ở cùng một đẳng cấp. Ở từng đẳng cấp, mối quan hệ chủ-tớ phong kiến được thiết lập. Chế độ Mạc phủ Tokugawa được cấu thành vững chắc từ hệ thống này và được biết tới dưới tên gọi "Bakuhan" ("Mạc phiên", kết hợp shōgun và chủ thái ấp). Buôn bán và đạo Ki-tô một lần nữa lại phát triển thịnh vượng trong thời gian ngắn, tuy nhiên, cũng như Hideyoshi, Mạc phủ Tokugawa ngày càng e ngại đạo Ki-tô và bắt đầu những biện pháp đàn áp với mức độ ngày càng tăng. Tới thời kỳ của Mạc phủ Tokugawa thì đạo Ki-tô hoàn toàn bị cấm tại Nhật Bản. Những tín đồ Ki-tô giáo người Nhật Bản bị hành hình. Với chính sách "Tỏa Quốc", các thương gia, trừ người Hà Lan và người Trung Hoa, đều bị cấm tới Nhật Bản, và người Hà Lan bị hạn chế chỉ cho phép đến một hòn đảo nhỏ ở cảng Nagasaki.