Teraz wybuchły gwałtowne walki pomiędzy siłami Unii a armią składającą się z Gwardii Stanu Missouri gen. Price’a i wojsk Konfederacji z Arkansasu i Teksasu pod dowództwem Bena McCullocha. Po zwycięstwie w bitwie nad Wilson’s Creek i oblężeniu Lexington secesjoniści musieli wycofać się do południowo-zachodniego Missouri, bowiem z północy nadciągały znaczne posiłki unionistów. 30 października 1861 w miejscowości Neosho, Jackson zwołał legislaturę stanową na wychodźstwie, podczas której przegłosowana została secesja stanu Missouri. Zostało to natychmiast zaaprobowane przez konfederacki Kongres i 28 listopada Missouri została przyjęta do Konfederacji.