Luego de figurar durante la temporada 2006 en el plantel de primera división chilena sin lograr un espacio entre los titulares, José Guillermo del Solar decidió relegarlo a las divisiones inferiores porque el jugador dejó de ir a los entrenamientos tras saber que no tendría un puesto de titular inmediatamente. Tras el buen rendimiento de Isla en la Copa Mundial de Fútbol Sub-20 de 2007, el técnico explicó por qué no había debutado: «Él no vino a entrenar y estuvo desaparecido un mes. Yo las oportunidades se las doy a la gente que se las gana, no las ando regalando. Los jugadores que quieran una camiseta de titular tendrán que ganarla en los entrenamientos, esa es la única forma». Luego de que del Solar dejara la institución, Fernando Carvallo intentó que regresara al cuadro "cruzado", pero éste rechazó la idea debido a su mala relación con algunos jugadores.