開戦後、バックマスターの指揮する「ヨークタウン」は1942年2月のマーシャル・ギルバート諸島機動空襲、3月10日のラエ・サラモアへの空襲、5月8日の珊瑚海海戦および6月のミッドウェー海戦と、各地で日本海軍との対峙を続けた。「ヨークタウン」には第17任務部隊司令官フランク・J・フレッチャー少将（アナポリス1906年組）が座乗し、フレッチャーは空襲計画をバックマスターに示した上でクラーク以下の部下にもまわしていたが、フレッチャーもまた「キーウィ」の一人であったがために、クラークの目の敵にされた。フレッチャーとバックマスター、2人の「キーウィ」に指揮されるのが気に食わなかったクラークは、フレッチャーとバックマスターの指揮ぶりが「消極的」だとする批判を、マスコミや海軍作戦部長兼合衆国艦隊司令長官アーネスト・キング大将（アナポリス1901年組）相手に繰り広げることとなった。「ヨークタウン」はミッドウェー海戦で、南雲艦隊の空母「飛龍」から飛来した友永丈市大尉の攻撃隊によって航行不能に陥り、やがて伊号第百六十八潜水艦（伊168）からの雷撃によってついに沈没することとなる。フレッチャー、バックマスターら「キーウィ」とクラーク以下の古参の航空畑出身者との軋轢と沈没との因果関係は不明であるが、一つ明らかなのは、バックマスターにとってミッドウェー海戦が最後の表舞台だったことである。