Dopo che il 22 giugno 1941 ebbe inizio l'invasione tedesca dell'Unione Sovietica, cominciarono subito i primi eccidi di ebrei ad opera dei nazionalisti lituani e quindi delle truppe tedesche. Già nella notte del 25 giugno si compì un primo massiccio pogrom, che risultò in un migliaio di vittime. Altri eccidi si succedettero con ritmo crescente. Si stima che 10.000 ebrei furono assassinati tra il giugno e il luglio del 1941. Luoghi privilegiati degli eccidi divennero le fortezze che circondano la città, in particolare la Nona, ma anche la Quarta e la Settima. Con le uccisioni vennero operate anche le confische delle proprietà. La propaganda antisemita e la prospettiva di un profitto personale alimentarono la partecipazione popolare ai pogrom antiebraici.