I VM 2006 gick Dott åter något överraskande till final, denna gång mot 2002 års världsmästare Peter Ebdon. I semifinalen hade Dott slagit O'Sullivan efter att bland annat ha vunnit andra sessionen med 8-0. Finalen kännetecknades av mycket långsamt spel från båda spelarna, både första och tredje sessionen fick kortas ned till sex frames mot normala åtta. Det 27:e framet var det längsta i The Crucibles historia, 74 minuter. Det var vid den tiden även det längsta TV-sände framet någonsin, men det rekordet har senare slagits. Dott ledde med 15-7 då den sista sessionen inleddes. Ebdon vann dock sex raka frames, innan Dott kunde dra ifrån igen och vinna med 18-14. Trots att matchen inte gick till avgörande frame, slogs rekordet för sena finalmatcher: matchen slutade 0:53 BST (1:53 svensk tid). Innan Dott sänkte den sista bollen gick han bort till VM-pokalen och kysste den. Detta var Dotts första professionella titel.