Jugoslavia hadde ikke noe kvinnelag før Kroatia løsrev seg i 1991, og landslagsfotball for kvinner startet derfor i Kroatia med eget landslag. I kvaliferingssammenheng debuterte Kroatia som eget land i kvalifiseringen til EM i 1995. Kroatia kom på en imponerende andreplass bak Tyskland. Det holdt ikke til avansement, men det var et godt resultat. Det var derfor et noe overraskende resultat da Kroatia i sin andre kvalifisering, til EM i 1997, kom sist. Kroatia måtte dermed spille kvalifiseringskamp mot Sveits om å beholde plassen i klasse A. Kroatia tapte, og måtte spille i klasse B, som impliserte at Kroatia ikke kunne kvalifisere seg til neste turnering, VM i 1999.