В 1800 году виленский епископ Я. Н. Капаковский преобразовал монастырский костёл в приходской. После поражения восстания 1830-31 годов кармелитский монастырь был закрыт, костёл продолжал действовать как обычный приходской католический храм. После подавления восстания 1863-64 годов был закрыт и костёл, после чего в 1866—1867 годах перестроен в православную церковь.