2006-ban a BMW és a Williams útjai különváltak, a német cég saját Formula–1-es csapatot hozott létre a Sauber felvásárlásával, BMW Sauber néven. A csapat ezután a Cosworth V8-as motorjaira tért át. Emellett elveszítette fontos szponzorát is, a Hewlett-Packardot. Két versenyzője a fiatal német GP2-es bajnok, Nico Rosberg és az ausztrál Mark Webber voltak. A pénteki szabadedzéseken Alex Wurz vezette a harmadik autót. A csapat gumibeszállítót is váltott, amely a Bridgestone lett. A szezon igen nagy csalódás volt a csapat számára, hiszen 11 pontjával elért 8. helyezése a legrosszabb eredménye volt 1978 óta. A 18 versenyen összesen 20 alkalommal esett ki valamelyik autó. Bár Webber az ausztrál és a monacói nagydíjon is dobogós helyen autózott, a verseny vége felé technikai hiba miatt kiesett. Az évadzáró, brazil nagydíjon a két versenyző az első körben egymásnak ütközött és mindketten kiestek.