Nella stagione successiva, con la cessione di Dell'Anno, viene inizialmente impiegato nel ruolo di regista; nel corso del campionato, tuttavia, l'allenatore Azeglio Vicini lo schiera nuovamente in difesa, provocando critiche da parte del presidente Giampaolo Pozzo che voleva fosse utilizzato come libero Fabio Petruzzi; Pozzo nel corso della stagione fa estromettere Desideri dalla rosa. Dopo essere stato reintegrato, retrocede con i friulani in Serie B, contribuendo alla promozione nella massima serie nel 1995. Nei due anni successivi, dopo alcune incomprensioni tattiche con l'allenatore Alberto Zaccheroni, indossa la fascia di capitano e raggiunge la qualificazione in Coppa UEFA nella stagione 1996-1997, in un'annata costellata di infortuni.