Quando Jefferson divenne presidente nel 1801 non ripudiò il trattato. Tenne il ministro federalista Rufus King, a Londra per negoziare una risoluzione al problema del pagamento dei debiti e dei confini. L'amicizia finì quando il trattato scadde nel 1805. Jefferson rifiutò di rinnovare il trattato di Jay con il trattato Pinkney-Monroe del 1806 come negoziato dai suoi diplomatici a Londra. Le relazioni divennero incredibilmente ostili e fu il preludio alla guerra del 1812. Nel 1815 il trattato di Gand prese il posto del trattato di Jay.