Slottet var både et forsvarsverk og fast bosted for byggherren, erkebiskop Olav Engelbrektsson, og det fungerte som den katolske kirkens siste skanse i Norge før erkebiskopen ble tvunget i landflyktighet ved reformasjonen i 1537. I perioden 1532–1556 bodde også lensherren fast på Steinvikholm, og Trondhjems len bar da navnet Steinvikholm len. I 1546 ble slottet rammet av en brann, og det ble foretatt endel ombygginger. Under Den nordiske syvårskrig ble Steinvikholm beleiret og etterhvert oppgitt uten kamp. Lensherren hadde Steinvikholm som representasjonsbolig frem til 1575, da aktiviteten på slottet tilsynelatende opphørte for godt.