In oktober 2014 is Mahçupyan aangesteld als hoofdadviseur van Ahmet Davutoglu. Dat was de eerste keer dat een minderheid van Armeense afkomst was aangewezen voor deze positie. Hij trad echter af op 9 maart 2015. Deze aankondiging werd gedaan na de dag dat Mahçupyan openlijk de Armeense Genocide erkende. Mahçupyan zelf verklaarde dat zijn vertrek hier niets mee te maken had. Hij zei dat hij in maart met pensioen moest vanwege de verplichte pensioenleeftijd voor ambtenaren maar dat hij informeel verder zou gaan met zijn functie als adviseur.