ב-27 בנובמבר 1782 התחתנה לואיזה אלאונורה עם גאורג הראשון, דוכס סקסוניה-מיינינגן, ממנו היו לה 4 ילדים. בשנת 1803 מת בעלה גאורג, ובנה ברנהרד השני, דוכס סקסוניה-מיינינגן עלה לשלטון במקומו, תוך שלואיזה אלאונורה משמשת כעוצרת עד לבגרותו. בזמן המלחמות הנפוליאוניות עשתה לואיזה אלאונורה כל שביכולתה על מנת לשמור על עצמאות הדוכסות, ולצורך כך הצטרפה בשנת 1806 לקונפדרציה של הריין. למרות שהארץ נבזזה שוב ושוב על ידי כוחות צרפתיים ורוסיים, לא ברחה לואיזה אלאונורה מהדוכסות, אלא נשארה בטירתה יחד עם ילדיה, וייבאה חיטה על מנת להפחית את הרעב ששרר בדוכסות. בשנת 1813 עברה לואיזה אלאונורה למחנה בעלות הברית, ובכך הצליחה לשמור על עצמאות הדוכסות גם בקונגרס וינה. בשנת 1821 חנכה לואיזה אלאונורה את הגימנסיה שהחל בעלה לבנות, ובאותה שנה נטל בנה ברנהרד השני, דוכס סקסוניה-מיינינגן את השלטון לידיו. לואיזה ביקרה הרבה בחו"ל, ואף ביקרה את בתה אדליידה, נסיכת סקסוניה-מיינינגן בבריטניה, וב-30 באפריל 1837 מתה לואיזה אלאונורה במיינינגן.