Коли у 1918 Литва проголосила незалежність, Йонас Чярнюс добровольцем записався до новоствореної литовської армії і взяв участь у Війні за незалежність Литви. Після перемоги закінчив Каунаську військову школу. Вивчати військову інженерію продовжив за кордоном: у Брюссельському вищому військово-інженерному училищі в 1929 та в Парижі у 1932.