Im März 1809 befehligte Bellegarde auf dem linken Donauufer zusammen mit dem Fürsten von Hohenzollern das I. und II. Armeekorps. Er vertrieb die Truppen des Marschall Davout aus Regensburg, ging dann über die Donau zurück und vereinigte sich mit der Hauptarmee unter Erzherzog Karl. In den Schlachten bei Aspern (21./22. Mai 1809) und bei Wagram (5./6. Juli 1809), sowie in der Schlacht bei Znaim (10./11. Juli 1809) führte er erfolgreich das I. Armeekorps.