Lors de la saison 2008, il réalise deux top 10 avec une à Reiteralm et une à Bad Kleinkirchheim mais est stoppé net par une rupture des ligaments du genou droit en à Alta Badia qui met fin à sa saison 2008. Il revient lors de la saison 2009 avec une à Levi et une à Zagreb avant de monter pour la première fois depuis 2005 sur un podium avec une à Adelboden derrière Herbst puis de remporter son troisième succès en Coupe du monde lors du slalom de Wengen. Bien qu'il part à la faute à Kitzbühel, il confirme son retour au premier plan avec un nouveau podium à Schladming (). du slalom de Garmisch avant les Championnats du monde de Val d'Isère, il fait partie des principaux favoris du slalom qui sera disputé le dernier jour de la compétition sur la très sélective Face de Bellevarde ou après avoir dominé la première manche, Manfred Pranger résiste au retour du français Julien Lizeroux sur la seconde manche pour devenir champion du monde. L'Autrichien finit sa saison sur une lors du slalom des finales à Are. Il finit cette saison riche au du classement du slalom.