En las décadas siguientes, afghanos, sijs y marathas lucharon entre sí y contra los mogoles, evidenciando el estado fragmentado del imperio. El emperador mogol Alam II hizo intentos inútiles para revertir el declive mogol y finalmente tuvo que buscar la protección de poderes externos. En 1784, los marathas gobernados por Mahadji Scindia obtuvieron el reconocimiento como protectores del emperador en Delhi, una situación que continuó hasta después de la segunda guerra anglo-maratha. A partir de entonces, la Compañía Británica de las Indias Orientales se convirtió en la protectora de la dinastía mogol en Delhi. Después de una rebelión aplastada en 1857-1858, el último emperador mogol, Bahadur Shah II, fue depuesto por los británicos, quienes luego asumieron el control formal de una gran parte del antiguo imperio, marcando el inicio del raj británico.