Первым директором музея был аргентинский художник и критик Эдуардо Шиаффино. Музей открылся 25 декабря 1895 года в здании на улице Флориды, в котором сейчас размещается торговый центр Galerías Pacífico. В 1909 году музей переехал в здание на площади Сан-Мартина, которая первично сводилась в качестве аргентинского павильона на Всемирной выставке 1889 года, а затем была демонтирована и перевезена в Буэнос-Айрес. В своем новом доме музей стал частью Международной выставки века, которая проводилась в Буэнос-Айресе в 1910 году. После сноса павильона в 1932 году в рамках реконструкции площади Сан-Мартина музей был перенесен в его нынешнего местонахождения в 1933 году. Это здание было построено в 1870 году и реконструирована для современного использования архитектором Алехандро Бустильйо.