Em agosto de 2012, foi nomeado ministro da Defesa pelo então presidente Mohamed Morsi, tornando-se o mais jovem militar a assumir o cargo de chefe das Forças Armadas do país. A iniciativa foi interpretada, na época, como uma "reforma" na hierarquia militar que consolidava a autoridade de Morsi, mas também era visto como um homem de confiança entre os líderes islamitas. Mas a ruptura veio ainda naquele ano, quando a Irmandade Muçulmana pretendeu aprovar seu projeto de Constituição ao qual os militares se opunham. O general Sisi tentou fazer uma conciliação, mas foi ignorado. A partir de então, sob o comando de Sisi, o Exército continuou a atuar como uma força autônoma no Egito. Em janeiro de 2013, quando milhares de egípcios voltaram a se manifestar, desta vez contra Morsi, o general comentou que o conflito entre o governo e oposição poderia levar ao "colapso" do Estado.&lt;ref name="EPOCA/29-JAN-2013"&gt;&lt;/ref&gt; Em julho do mesmo ano, os militares pressionaram pela renúncia de Morsi, que ao se recusar, acabou deposto por um Golpe de Estado formalizado por Sisi.&lt;ref name="OPERA-MUNDI/03-JUL-2013"&gt;&lt;/ref&gt;&lt;ref name="OESP/03-JUL-2013"&gt;&lt;/ref&gt;&lt;ref name="O-PUBLICO/03-JUL-2013"&gt;&lt;/ref&gt;