Am 24. Juni 1941 installierte die deutsche Geheim- und Kriminalpolizei die litauische Geheimpolizei (Saugumo policija). Auch sie arbeitete den Besatzern beim Holocaust in die Hände. Manche NS-Funktionäre schätzten den Eifer der Saugumo höher als den der Gestapo ein. Die verheerendste Wirkung unter den "antisemitischen" litauischen Kräften hatte das Sonderkommando Ypatingasis būrys aus der Gegend von Vilnius, das Tausende von Juden umbrachte (Massaker von Ponary). Auch die Litauische Arbeitergarde beteiligte sich am Holocaust. Viele litauische Unterstützer der deutschen Polizei kamen aus der faschistischen Organisation Eiserner Wolf. Die Zeitung "Naujoji Lietuva" (Das neue Litauen) schrieb am 4. Juli 1941 in ihrem Leitartikel: „Der größte Feind Litauens und anderer Nationen war – und ist mancherorts noch – der Jude. … Ein Neues Litauen, das sich dem Neuen Europa of Adolf Hitlers anschließt, muss judenfrei sein.“