In Zeeland was Alva in de verdediging en werd de strijd geconcentreerd op Goes en Middelburg. De belegering van Goes in oktober 1572 door de geuzen mislukte, ook Middelburg hield stand. In een poging de belegeraars te verjagen werd een vloot van koningsgetrouwe schepen ingezet maar deze werd in de Slag bij Reimerswaal verslagen. Opnieuw werd gedemonstreerd dat de opstandelingen superieur waren op het water. Na twintig maanden werd in februari 1574 Middelburg ingenomen en daarna de Slag bij Lillo gewonnen. De Westerschelde was nu in handen van de opstandelingen en daarmee hadden zij de controle over de belangrijkste zeeroutes in de Nederlanden. De koningsgezinde vloot was na de verloren zeeslagen vrijwel uitgeschakeld.