Коммерческая эксплуатация лайнера началась в 1959 году. Последний самолёт Ил-18Д (борт СССР-74270) был передан «Аэрофлоту» в январе 1969 года. До 1967 года Ил-18 был основным дальнемагистральным лайнером в СССР, затем в этом качестве его сменил Ил-62. Также Ил-18 использовались авиакомпаниями ГДР, Польши, Венгрии, Румынии, Нигерии и Кубы. Ил-18 являлся довольно надёжным самолётом, не требующим длинной взлётно-посадочной полосы, как в случае с Ту-104, а потому пригодным к эксплуатации на многих аэродромах, имевших взлётно-посадочную полосу длиной 1800—2000 метров. Тем не менее, ещё в середине 1960-х годов советская авиапромышленность взяла курс на создание и строительство в основном реактивных самолётов, а потому эра среднемагистральных турбовинтовых лайнеров начала подходить к концу. По мере выработки ресурса первые Ил-18 начали списывать в середине 1970-х годов. Массовое списание остававшихся в эксплуатации «Аэрофлота» машин началось в конце 1970-х — первой половине 1980-х годов и продолжалось почти всё десятилетие. К концу 1980-х годов несколько Ил-18 в «Аэрофлоте» оставались в Домодедовском производственном объединении Гражданской авиации. Как служебный или специальный самолёт Ил-18 использовался ещё долго, в частности, в спасательных операциях по ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС и землетрясения в Спитаке, в ВВС и предприятиями МАПа. В 1990-х годах некоторые сохранившиеся в лётном состоянии экземпляры Ил-18 сдавались в лизинг или же продавались российским авиакомпаниям. Таким образом отдельные самолёты этого типа получили вторую жизнь на пассажирских перевозках.