En 2013, il remporte 15 matchs contre 10 défaites et franchit les 200 manches lancées pour la première fois de sa carrière. Sa moyenne de points mérités est toutefois sa plus élevée jusque-là : 3,97 en 33 départs et 201 manches et deux tiers lancées. Ses 198 retraits sur des prises sont un record personnel. Gagnant de deux matchs sur les Dodgers de Los Angeles en Série de championnat, il est le lanceur perdant du de la Série mondiale 2013, enlevée par les Red Sox de Boston sur les Cardinals. Lynn effectue aussi une présence en relève lors du et dernier match de la finale.