Во второй Чеченской кампании участвовал с октября 1999 года — Главный военный комендант Чеченской республики (до июля 2001), одновременно заместитель командующего войсками Северо-Кавказского военного округа (с мая 2000), одновременно являлся вице-премьером Правительства Чеченской республики (с июня 2001). Заместитель Полномочного представителя Правительства Российской Федерации в Чеченской республике.