1954年に勃発したアルジェリア戦争では、外人部隊の本部がある地であるだけに重要な役割を果たし、1958年には第1及び第2外人落下傘連隊が参加する第10落下傘師団長マルシュ将軍を中心とするアルジェ駐屯軍がド・ゴール将軍を擁立して大統領の地位に就けた。しかし、ドゴール将軍がアルジェリア独立に傾いたため、1961年にアルジェで外人落下傘連隊を中心とする反ドゴール反乱が起ったが失敗、多くの将軍や将校が逮捕された。ドゴールは外人部隊自体は解散せず、反乱に積極的に参加したを解散させるなど大幅な改編を実施、司令部をマルセイユ近郊のオーバーニュに移し、ストラスブールにも駐屯させた。