Après sept saisons et 145 matchs (9 buts) sous le maillot azur de la Lazio, le défenseur central portugais annonce en 2005 son départ du club à la suite du refus de ses dirigeants de revaloriser son contrat qui arrive à échéance cette année-là. À l'été 2005, il pose alors de nouveau ses valises à Parme. Il porte à 23 reprises le maillot parmesan au cours de cette saison 2005-2006 qui voit son club terminer dans le ventre mou, à la dixième place du championnat. Blessé dès le début de la saison 2006-2007, il revient plutôt bien, jouant 23 matchs durant la seconde partie de cet exercice. Les Parmesans assurent une douzième place moyenne et Couto, à 38 ans s'engage pour une édition 2007-2008 désastreuse pour le club d'Émilie-Romagne : terminant le championnat à une catastrophique avant-dernière place (avec seulement sept victoires à leur actif), Fernando Couto (qui participe cette saison-là à 14 matchs) et ses coéquipiers sont relégués en Serie B. Son contrat n'étant pas renouvelé à la fin de cet exercice, le Portugais décide de raccrocher les crampons. Il joue son dernier match le 18 mai 2008 lors d'une défaite de son club à domicile face à l'Inter Milan (0-2). Il est alors âgé de 39 ans.