Habibullah fue asesinado durante un viaje de caza en la provincia de Laghman el 20 de febrero de 1919. Su asesinato fue llevado a cabo por Mustafa Seghir, un espía indio, empleado por Gran Bretaña. Seghir fue nuevamente contratado por Gran Bretaña para asesinar a Mustafa Kemal Ataturk. Fue arrestado en Ankara y confesó que recibió un salario regular de los británicos. Fue ahorcado hasta la muerte. El hermano de Habibullah, Nasrullah Khan, lo sucedió brevemente como Emir y mantuvo el poder durante una semana entre el 21 de febrero y el 28 de febrero de 1919, antes de ser expulsado y encarcelado por Amanullah Khan, el tercer hijo de Habibullah. Esto ocurrió unos meses antes de la Tercera Guerra Anglo-Afgana.