Carlos Bocanegra honore sa première sélection avec l'équipe des États-Unis le lors d'un match contre la Corée du Sud. Durant l'année 2003, il devient le leader de la défense américaine, notamment lors de la Gold Cup et de la Coupe des confédérations. Sa polyvalence lui permet d'évoluer alternativement au poste de défenseur central et sur le côté gauche de la défense.