Le , en pleine nuit, la gestapo est venue arrêter Moshe Shalit. Il est une des victimes du Massacre de Poneriai () , à huit kilomètres au sud-ouest de Wilno. Les cadavres de juifs, fusillés comme Moshe Shalit, ont été jetés dans les fosses de la forêt de Ponar. La femme de Shalit, Deborah, et leur fille cadette, Ita, ont été exterminées quelques mois plus tard en Biélorussie où elles s’étaient réfugiées.