В 1958 году произошел военный переворот, в результате которого во главе страны стал генерал пуштунского происхождения Мухаммед Айюб Xан. Он приостановил деятельность различных политических партий и ввел в 1962 году новую конституцию, еще более укреплявшую власть президента. После этого деятельность партий была восстановлена (кроме коммунистов). На посту главы государства Мухаммед Айюб-хан инициировал Вторую индо-пакистанскую войну, проводил проамериканскую внешнюю политику, именно в его правление состоялось вступление Пакистана в Багдадский пакт, потом СЕНТО и СЕАТО. Проводил политику ускоренного экономического роста и умеренной земельной реформы. Добился принятия второй пакистанской конституции, ограничившей политическую жизнь рамками так называемых «основных демократических прав».