С началом войны в прежней должности. С 25 августа 1941 года дивизия участвовала в походе в Иран. В ноябре 1941 года дивизия была переброшена под Москву где в составе 30-й армии Западного фронта участвовала в Клинско-Солнечногорской оборонительной операции. 27 ноября 1941 года Военным трибуналом 30-й армии Малюков был осужден за халатное отношение к службе (ст.193-17 п."б" УК РСФСР), на 10 лет с отсрочкой исполнения приговора до окончания боевых действий.