Karnei Shomronin perusti joukko siirtolaisia vuonna 1977. Ensimmäiset siirtolaiset asuivat väliaikaisissa asumuksissa, mutta myöhemmin heille rakennettiin pysyviä asuntoja. Oman kunnallisvaltuustonsa Karnei Shomron sai vuonna 1991. Toisen intifadan aikana nainen sai surmansa terrori-iskussa vuonna 2001 ja kolme teiniä vuonna 2002.