Tras el levantamiento de Madrid contra los franceses (2 de mayo de 1808), José Moñino organizó la Junta Suprema de Murcia. Apoyó la candidatura de la infanta Carlota Joaquina de Borbón a la regencia, en nombre del rey Fernando VII. Poco después fue nombrado presidente de la Junta Central Suprema, creada en Madrid y Aranjuez tras la victoria de Bailén, que había permitido a los españoles recuperar la capital y reunir allí delegados de las distintas juntas surgidas en el territorio. El 16 de diciembre, la junta tuvo que retirarse a Sevilla y Moñino falleció en esta a los pocos días, el 28 del mes.