Во внешней политике Гутерриш активно поддержал введение миротворческих сил ООН в Восточный Тимор, что позволило провести референдум по самоопределению Восточного Тимора 1999 года, позволивший окончить тяжёлую индонезийскую оккупацию страны и обеспечить её независимость. В том же году Португалия закончила 12-летние переговоры по передаче своего владения Макао (Аомынь) под суверенитет КНР.