Während des Algerischen Bürgerkriegs ab Dezember 1991 hielt sich Bouteflika politisch zurück und zeigte sich kaum in den Medien. So soll ihm bereits 1994 vom algerischen Militär das Präsidentenamt angetragen worden sein, Bouteflika lehnte ab, da ihm nicht die völlige Kontrolle über die Streitkräfte zugesichert worden sein soll. Schließlich wurde Liamine Zéroual mit der Unterstützung des Militärs als Präsident vereidigt.