Il 20 marzo del 1999 è stato trasferito dalla nunziatura Apostolica di Dar-es-Salaam a quella nella Repubblica democratica del Congo a Kinshasa dove è rimasto quale capo missione fino al 2001, durante la Seconda guerra del Congo, la più grande guerra della storia recente dell'Africa, che ha coinvolto 8 nazioni di questo continente e circa 25 gruppi armati, tanto da essere definita anche Guerra Mondiale Africana. In questo periodo, descriveva la violenza come "una esplosione di ingiustificata follia". Durante tale drammatica situazione, quando i cristiani della città frontaliera di Bukavu affermavano che l'unico punto in comune tra ruandesi e ugandesi era il loro attacco contro la Chiesa cattolica, Lozano sottolineava che il motivo di tanta violenza contro la Chiesa è che quest'ultima costituiva l'unica entità che dava coesione ad un paese devastato dalla guerra.