26 lipca 1963 roku w Skopju miało miejsce trzęsienie ziemi, które zniszczyło 75% zabudowy miasta. Polska postanowiła, w ramach pomocy, sfinansować projekt architektoniczny dowolnego budynku użyteczności publicznej. Władze Skopje poprosiły o projekt Muzeum Sztuki Współczesnej, ponieważ miasto otrzymało w formie darów dzieła ponad 1900 artystów z 66 krajów. Zbiorami opiekowało się założone 11 lutego 1964 roku Muzeum Sztuki Współczesnej nieposiadające stałej siedziby. Pierwszym dyrektorem muzeum w latach 1964–1976 był Boris Petkovski.