Zu Beginn des Krieges standen unter Suworows Kommando rund 30.000 Soldaten der 1. Jekaterinoslawer Armee und der Truppen im Bereich der Dnepr-Mündung. Die Türken wählten als Angriffsziel die schwach ausgebaute Festung Kinburn. Trotz der wenigen Zeit, die zur Verstärkung der Festungswerke blieb, konnte der türkische Angriff am 11. Oktober 1787 zurückgeschlagen werden. Suworow wurde an der linken Hüfte und am Unterarm schwer verwundet. Nach der Genesung kommandierte er den Sturm auf die türkische Festung Otschakow am 7. August 1788. Die erneute schwere Verwundung, diesmal am Hals, verbannte ihn zur Genesung in die Festung Kinburn. Dort explodierte am 29. August das Pulvermagazin. Da er sich zu dieser Zeit nicht mehr in seinem Krankenzimmer aufhielt, überlebte er schwer verletzt. Allerdings zog er sich die Ungnade Potjomkins zu und wurde auf diesem Teil des Kriegsschauplatzes nicht mehr eingesetzt. Erst im Dezember 1788 wurde ihm wieder ein Kommando übertragen. In der Armee Rumjanzews kommandierte er die 3. Division auf dem rechten Flügel. Für den Sieg in der Schlacht von Focșani am 1. August 1789 schickte ihm Katharina II. den St.-Andreas-Orden mit Brillanten.