Ishihara’s politieke loopbaan wordt gekenmerkt door vele controversiële uitspraken. Zo liet hij zich in 1995 ontvallen dat het bloedbad van Nanking nooit gebeurd zou zijn. De Chinese regering zou volgens Ishihara het incident hebben opgeblazen om het als propaganda te gebruiken. Amper een jaar later publiceerde hij samen met de toenmalige eerste minister van Maleisië Mahathir bin Mohamad, het werk "The Voice of Asia: Two Leaders Discuss the Coming Century". Daarin beschreef hij hoe het Aziatische moraal de decadente Europese waarden overtreft. Verder denigreerde hij onder andere de status van de Oost-Aziatische buurlanden van Japan en beledigde hij genaturaliseerde Koreanen en Chinezen door de suggestie dat ze in geval van natuurrampen onrust zouden veroorzaken in de Japanse maatschappij. Hierbij gebruikte hij de omstreden term sangokujin (三国人) in de betekenis van burgers van derderangslanden. Het provocerende aspect van deze uitspraak moet gezien worden in het licht van de ongelukkige gebeurtenissen na de grote Kanto aardbeving van 1923 waarbij Koreanen massaal het leven lieten.