Пад час Ірана-іракскай вайны Рухані займаў тылавыя пасады. З 1982 па 1988 гады быў дарадцам Вышэйшай рады абароны. З 1986 па 1988 гады займаў пасаду дарадцы Вышэйшай рады падтрымкі вайны. З 1985 па 1988 узначальваў вайсковую раду Хатаманбія. З 1986 па 1991 узначальваў іранскае лётнае войска. З 1988 па 1989 гады быў намеснікам галоўнакамандуючага. Быў узнагароджаны медалямі Фатх (перамога) і Наср.