После своего освобождения в январе 1536 года Манко Инка смог покинуть Куско 18 апреля, обманув Эрнандо Писарро, одного из братьев Франсиско, чтобы на самом деле готовить уже намеченное восстание инков. Осознав свою ошибку, Эрнандо Писарро возглавил экспедицию против войска Манко Инки, которое собралось в близкой к городу долине Юкай, однако его атака не удалась. Манко Инка же собрал армию, численность которой варьировалась от 100 000 до 200 000 воинов (называют также цифру от 40 000); им противостояли 190 испанцев, среди них 80 всадников, и несколько тысяч индейцев. Осада испанского гарнизона города Куско началась 6 мая 1536 года полномасштабной атакой армии инков по направлению к главной площади города; им удалось занять большую часть Куско, в то время как испанцы укрылись в двух больших зданиях возле главной площади.