Im Jahr 1852 bewarb er sich erfolglos um einen Sitz im Kongress. Stattdessen wurde er als Richter in das Nebraska-Territorium geschickt. Dort wurde er sehr schnell populär. Allerdings stimmen sowohl seine Freunde als auch seine Gegner darin überein, dass er ein Alkoholproblem hatte. Im Jahr 1858 wurde er als Nachfolger von William Alexander Richardson zum neuen Gouverneur bestimmt. Da er sich zu diesem Zeitpunkt im Osten von den Folgen eines Jagdunfalls erholte, wurde er in Nebraska von Staatssekretär Julius Sterling Morton vertreten. Nach seiner Ankunft übernahm er dann sein neues Amt. Mit Staatssekretär Morton verstand er sich nicht besonders gut. In diesen Jahren erreichte auch die Frage der Sklaverei Nebraska, obwohl es dort nur sehr wenige Sklaven gab, die von Einwanderern aus dem Süden mitgebracht worden waren. Trotzdem kam es zu vereinzelten Auseinandersetzungen, wobei die Anhänger des Südens deutlich in der Minderheit waren. Der Konflikt nahm nicht die gleichen Maße wie im Kansas-Territorium an, wo es seit Mitte der 1850er Jahre bereits zu bürgerkriegsähnlichen Übergriffen kam.