Rafinha spielte ab 2004 mehrere Jahre bei Vereinen in ihrem Heimatland, darunter die Erstligisten Foz Cataratas FC, Santos FC und Ferroviária. Mit Letzteren gewann sie im Jahr 2014 das Double aus brasilianischer Meisterschaft und Copa do Brasil. Da sie zu Jahresbeginn 2015 zunächst nicht Teil des brasilianischen Aufgebots war, das die Vorbereitung auf die Weltmeisterschaft in Angriff nahm, wechselte sie in die NWSL und schloss sich gemeinsam mit ihrer Landsfrau Bia den Boston Breakers an. Nach Stationen bei Flamengo Rio de Janeiro (Oktober 2015 bis März 2016) und bei Corinthians São Paulo (März bis Juni 2016), wechselte sie im Sommer 2016 nach Österreich zum SKN St. Pölten. Nach zwölf Spielen, in denen Rafinha drei Tore erzielt hatte, ging sie im Winter 2016 nach China.