Прве тешкоће са којима се Катамори сусрео у току свог мандата била је у непознавању а онда и неповерењу мештана са самурајима из области Аизу. Округ Аизу је био толико стран мештанима ране 1863. године да су многи локалци име округа изговарали погрешно „каизу“ или „кваизу“ због погрешног читања карактера на банерима. Али ово питање непознавања и нелагодности ублажило се након неколико месеци боравка. Дворски племићи су били веома задовољни доласком Мацудаире имајући велико поверење у њега као агента „кобу-гатаи“ (公武合体) покрета који је заговарао помирење између царског двора и шогуната. У намери да оправда надања које шугошоку позиција носи, Катамори зарад обезбеђивања мира на градским улицама запошљава полицијске јединице Шинсенгумија који су оформљени од људи различитих области, сталежа и богатства. Временом настају и друге полицијске групе попут Мимаваригумија, који су били под контролом шошидаија (који је 1864. године био Катаморијев брат Мацудаира Садаки. Катамори је своју улогу заштитника Кјота прихватио веома озбиљно спречавајући 30. септембра државни преврат а затим се супроставио побуњеницима у „Кинмон инциденту“ где су се директно сукобиле снаге Аизу хана (са ханом Сацума) против побуњеничког округа Чошу. Током Првог и другог похода на Чошу имао је чврсте ставове против непријатељских округа што ће подићи нетрпељивост Чошуа према Катаморију и његовој Аизу војсци.