Después de la contienda, al igual que su antiguo superior el mariscal Manstein, Wöhler fue condenado por un tribunal militar aliado debido a las acciones anti-partisanas del Einsatzgruppe D (al mando Otto Ohlendorf) que se habían producido en la zona de operaciones del 11.º Ejército mientras Wöhler fue su jefe de Estado Mayor. Juzgado por los norteamericanos en Núremberg, fue sentenciado a 8 años de prisión en octubre de 1948. Sin embargo, fue liberado de prisión en el otoño de 1950. Hasta su fallecimiento, Otto Wöhler participó en numerosas actividades sociales de su comunidad en Burgwedel.