אלי קנר נולד ב-1948 לאחר סיום מלחמת העצמאות. בעת המצור על ירושלים מצאו אימו (שאף היא נולדה בעיר העתיקה בירושלים) ההרה ואביו מחסה במנזר המצלבה. למד בגימנסיה רחביה, התחיל קורס טיס עם הגיוס, שירת בגדוד איכון בתותחנים, למד באוניברסיטה העברית פסיכולוגיה ותיאטרון. מצטיין דיקן בעת לימודיו ורכז התרבות של הסתדרות הסטודנטים, כתב בכיר בפי האתון. תואר מאסטר בקולנוע מאוניברסיטת בוסטון בארצות הברית שם זכה במלגה מאיגוד במאי אמריקה בעקבות סרט קצר שביים.