З початком Першої світової війни він пішов на фронт. На початку війни він прапорщик на Південно-Західному (з грудня 1916 року Румунському) фронті. Там він командує артилерійською батареєю. 18 вересня 1915 року Ф. А. Ізенбека нагородили орденом Св. Георгія 4 ст. З фронту прапорщик Ізенбек відзивається в штаб туркестанських підрозділів, які розташовувалися в Ташкенті, де успішно служить до жовтня 1917 р. і отримує нові військові нагороди — Георгіївську зброю і орден Св. Володимира 4 ст. та звання штабс-капітана. Після жовтневого перевороту 1917 р. Ізенбек приєднується до лав Добровольчої армії генерала Врангеля. У 1918 р. за проявлену мужність і героїзм в Першому Кубанському поході добровольчої армії Ф. А. Ізенбеку було надано звання капітана, він був відзначений найшанованішою нагородою Білогвардійського руху Знаком 1-го Кубанського походу 1 ст. У 1919 році він командує Марковським артдивізіоном Першого армійського корпусу генерала Денікіна у чині полковника. У грудні 1919 року його частина відступала через село Великий Бурлук на Харківщині. У варварські розгромленій бібліотеці садиби Донець-Захаржевських-Задонських полковник Ізенбек знайшов шкіряні мішки і, заглянувши до них, побачив дерев'яні дощечки з невідомою йому писемністю. Знахідка отримала назву «Дощечки Ізенбека» або «Велесова Книга». Це був літературний фальсифікат, створений в XIX або більш імовірно XX столітті. Після розпаду СРСР з’являються незалежні наукові праці, які підтверджують автентичність «Велесової Книги» . Крім «Дощечок» в розореній бібліотеці Донець-Захаржевських Ф. А. Ізенбек знайшов раритетні давні рукописи. За свідченнями підлеглих по службі, Ф. А. Ізенбек наказав своєму денщику Ігнатію Кошелєву зберігати власну бібліотеку в зачиненому ящику. Про цей наказ полковника та ящик з книгами близькі до Ізенбека білогвардійці добре знали. Про це згадує І. Є. Лисенко в листі П. Т. Філіпьєву від 16 травня 1964 р.