Für Italien nahm Markus Gander erstmals an der U18-Junioren-Weltmeisterschaft der Division II 2006 teil. Durch den Sieg beim Turnier in Meran gelang den Italiern der Aufstieg in die Division I. Auch im Folgejahr war Gander noch in dieser Altersklasse für seine Mannschaft auf dem Eis und konnte mithelfen den Klassenerhalt in der Division I beim Turnier in Maribor zu sichern. Bei der U-20-Weltmeisterschaft desselben Jahres nutzte den Italienern aber auch der Heimvorteil beim Turnier der Division I in Torre Pellice nichts und Ganders Team musste in dieser Altersklasse den Weg in die Division II antreten. Die Gruppe A der Division II der U-20-Weltmeisterschaft 2008 wurde dann bereits im Dezember 2007 ebenfalls in Italien, diesmal in Canazei, ausgetragen und Gander gelang mit seiner Mannschaft die sofortige Rückkehr in die Division I. Bei der U-20-Weltmeisterschaft 2009 gelang Gander zum Abschluss seiner Juniorenkarriere mit der Italienischen Mannschaft beim Turnier in Aalborg der Klassenerhalt in der Division I.