Khi chính thể Đệ Nhất Cộng hòa Việt Nam bị lật đổ vào Tháng 11, 1963 thì Tổng hội xúc tiến kết hợp với các đoàn thể khác trong đó có Giáo hội Phật giáo Nguyên thủy để thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất. Giáo hội này chính thức ra đời với bản hiến chương ký ngày 1 Tháng Tư, 1964. Hòa thượng Thích Tịnh Khiết của Tổng hội được đề cử làm tăng thống và Thượng tọa Thích Tâm Châu đảm lãnh Viện trưởng Viện Hóa Đạo của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất.