Kryptonimów używa się zwłaszcza w działalności wojskowej i wywiadowczej, w celu określania znanych wszystkim zainteresowanym stronom pojęć, jak np. nazwa miasta, określenie zadania czy projektu lub nazwisko szpiega w sposób, który zapobiega rozpoznaniu prawdy przez osoby postronne. Na przykład niemiecki plan ataku na ZSRR w 1941 miał kryptonim plan Barbarossa, niepozwalający osobie postronnej domyślić się jakiegokolwiek związku z rzeczywistą treścią zagadnienia. To samo dotyczyło projektu Manhattan polegającego na zbudowaniu bomby atomowej przez USA. Inny przykład to słynne kryptonimy "Bolek" i "Zapalniczka" na określenie szpiegów inwigilujących środowisko Solidarności, zgodnie z raportem ministra Milczanowskiego.