Alí Pachá rompió, pues, con el Imperio otomano en marzo de 1820 y creó su propio reino, lo que le llevó a enfrentarse con el sultán, cuyas tropas pusieron fin a su vida el 5 de febrero de 1822 en el monasterio de Pandeléimon, en la isla del lago Pamvótida. Mientras el sur de Grecia se independizaba tras la Guerra de independencia de Grecia, Ioánina entró en un periodo de decadencia. En 1869 una parte de la ciudad quedó destruida por un incendio, aunque se reconstruyó con prontitud.