ב-30 באפריל 1945 התאבד היטלר עם אשתו הטרייה אווה בראון, בעוד הסובייטים ממשיכים לכבוש את העיר. למחרת ב-1 במאי הרדימו מגדה ובעלה את ילדיהם באמצעות מורפין, ולאחר מכן הרעילו אותם על ידי שבירת גלולות ציאניד בפיהם. הדעות חלוקות האם מגדה בעצמה הרגה את ילדיה, או שד"ר לודוויג שטומפפגר סייע בהריגתם. מגדה דיברה על המתת הילדים למעלה מחודש לפני ביצוע הרצח, ואף סירבה למספר הצעות, בהן של אלברט שפר, למלט את הילדים מברלין. חבורות על גופת המבוגרת שבהם, הלגה, בת ה-12, העידו כי היא התעוררה ונאבקה טרם מותה.