Im Zeitalter der Französischen Revolution wurde in Neapel die Parthenopäische Republik ausgerufen und dem König blieb nur Sizilien. 1806 setzte Napoleon Bonaparte seinen Bruder Joseph, zwei Jahre später seinen Schwager Murat als Könige von Neapel ein, während Ferdinand immer noch in Sizilien residierte. Da Joachim Murat nach dem Sturz Napoleons und seiner Verbannung nach Elba, um seine Herrschaft im Königreich Neapel bangen musste, erklärte er nach der Rückkehr Napoleons nach Frankreich Österreich den Krieg. Im folgenden Österreichisch-Neapolitanischen Krieg wurde er jedoch geschlagen und als König gestürzt. Er floh zunächst nach Korsika, versuchte aber kurz darauf eine Restauration seiner Herrschaft und landete in Kalabrien. Dabei wurde er festgenommen und standrechtlich erschossen.