Kojima po raz pierwszy w reprezentacji Japonii zagrał 6 czerwca 1995 w meczu przeciwko reprezentacji Brazylii, przegranym 0:3. Był w kadrze na Puchar Konfederacji 1995 oraz Puchar Azji 1996. Na obu tych turniejach nie zagrał w żadnym spotkaniu. Został powołany także na turniej finałowy Mistrzostw Świata 1998. Na turnieju rozgrywanym we Francji pełnił rolę rezerwowego bramkarza.