Mancata la qualificazione al a causa del terzo posto nel girone di seconda fase (a cinque punti dalla capolista ), gli egiziani vinsero il loro quinto titolo continentale nel 2006 nell'edizione della Coppa d'Africa disputata in casa. L'Egitto aprì il torneo battendo nettamente la Libia (3-0), poi pareggiò senza reti contro il Marocco e vinse per 3-1 contro la Costa d'Avorio. Ai quarti di finale ebbe la meglio sulla (4-1) e in semifinale sul Senegal (2-1), qualificandosi per la finale contro la Costa d'Avorio. Dopo 120 minuti il risultato fu ancora di parità (0-0). Ai rigori l'Egitto vinse per 4-2, aggiudicandosi il titolo di campione d'Africa per la quinta volta, la terza ospitando il torneo.