Nel Clark bissò la vittoria del campionato del mondo con la Lotus 33, vinse la prima gara in Sud Africa, poi non partecipò al Gran Premio di Monaco per andare a Indianapolis, dove portò la Lotus 38 a vincere la 500 Miglia, prima volta di una vettura a motore posteriore, poi riprese il campionato vincendo le cinque gare successive e raggiungendo di nuovo il massimo dei punti realizzabili, tre mesi prima della fine del campionato e con essi la matematica certezza della vittoria finale. Tre di queste vittorie le ottenne precedendo il giovane conterraneo Jackie Stewart, un vertice mai più raggiunto dall'automobilismo scozzese. A oggi Clark è l'unico pilota ad aver vinto il mondiale di F1 e la 500 Miglia di Indianapolis nello stesso anno, la celebrità raggiunta era tale che il 9 luglio 1965 fu ritratto sulla copertina del settimanale statunitense Time.