Когда южнокаролинские части были переданы в армию Конфедерации, Макгоуэн присоединился к армии Борегара в Вирджинии. Он стал добровольцем-адъютантом при генерале Милледже Бонеме и в этой должности участвовал в сражениях при Блэкбернс-Форд и при первом сражении при Булл-Ран. Весной Макгоуэн вернулся в Южную Каролину и получил звание подполковника 14-го Южнокаролинского пехотного полка. Полк был размещён на побережье, где 11 апреля 1864 года полковник Джеймс Джонс подал в отставку, и Макгован стал полковником и командиром полка.