O veredicto foi anulado em junho de 1968 durante a Primavera de Praga, mas a posterior ocupação soviética da Checoslováquia não trouxe a reabilitação de Horáková, que teve de esperar pela Revolução de Veludo de 1989. O dia 27 de junho, data da sua execução, foi declarado "Dia comemorativo das vítimas do regime comunista" na República Checa em 2004. Uma grande rua em Praga possui o seu nome desde 1990.