Впоследствии Лилье командовал Самогитским гренадерским полком. Произведённый в 1849 году в генерал-майоры, он участвовал в Восточной войне, командуя в Симферополе и Карасубазаре резервной дивизией 5-го корпуса, в 1855—1856 годах командовал 18-й сводной запасной пехотной дивизией.