Como tal participó en 1863 en batallas como la Batalla de Chancellorsville y la Batalla de Gettysburg. También participó en 1864 en la Batalla de la Espesura y la Batalla de Spotsylvania, después de la cual se convirtió en Teniente General. Como tal, con 48 años, Early comandó en el mismo año a las fuerzas confederadas hacia el Valle de Shenandoah. Allí estuvieron a punto de tomar Washington D.C., pero fueron derrotados por tropas de la Unión comandadas por Philip Sheridan.