Durante la guerra civile cilena del 1891 Körner venne rimosso dal servizio da José Manuel Balmaceda. Lui e i suoi seguaci salparono verso nord per unirsi alle forze del Congresso ad Iquique. Divenne capo architetto del nuovo esercito e, sebbene Estanislao del Canto fosse formalmente comandante in capo, Körner guidò le forze ribelli nei principali scontri della guerra civile.