Konkrétní záznamy o "Studia humanitatis" v Lipsku jsou k dispozici od roku 1462 a pojí se se jmény Petera Ludera a Hartmana Schedela. Dochovalo se Luderovo lipské pozvání na zahajovací přednášku. Luder byl svým způsobem ústředním bodem zdejšího humanistického hnutí. Po jeho předčasném odchodu ho jeho studenti následovali do Itálie a lipská humanistická studia byla rozpuštěna. V roce 1479 se na univerzitu zapsal Konrad Wimpina, jenž univerzitě a městu věnoval latinské veršované vylíčení let 1485–1490. Roku 1415 byla založena lékařská fakulta a jejím prvním děkanem se stal Gerhard Hohenkirche, který se podílel na založení univerzity v říjnu 1409. V roce 1446 vznikla fakulta právnická. Zřízení fakulty zjevně zahrnovalo právo používat vlastní pečeť. Roku 1543 byla univerzita značně rozšířena převzetím budov zrušeného dominikánského kláštera s kostelem sv. Pavla. Ten o dva roky později vysvětil Martin Luther jako univerzitní kostel. Příkladem úzkého spojení mezi humanismem a reformací jsou zástupci univerzity Caspar Borner a Joachim Cameralius. Toto prolínání však bylo narušeno Šmalkaldskou válkou a smrtí Caspara Bornera. Až do doby reformace vykonával jako zástupce papeže funkci univerzitního kancléře biskup z Merseburgu. Pro období následující konstatoval historik Jens Blecher, že: „Zejména zeměpán získal po roce 1542 podstatně větší vliv jako patron univerzity, zpočátku prostřednictvím práva jmenovat profesory a poté skrze Merseburskou diecézi a s tím spojeným kancléřstvím. Neboť od smrti posledního katolického biskupa provázeli Wettinové jako administrátoři osud biskupství.“