Vilbaste toimi muun muassa opettajana ja osallistui Viron vapaussotaan. Hän toimi Tarton yliopiston kasvitieteenlaitoksen assistenttina 1920–1923. Hän kirjoitti ensimmäiset vironkieliset kasvioppaat ja toimi aktiivisesti Viron luonnonsuojeluliitossa. Hänen poikiaan ovat biologi Juhan Vilbaste ja Henn Vilbaste, joka perusti Kablin lintuaseman 1969.