Gedurende twee moeilike termyne was Du Toit voorsitter (moderator) van die algemene kerkvergadering van die NH Kerk (1903-'07 en 1912-'16). Dit was die tyd net ná die Tweede Vryheidsoorlog en die tyd van die Rebellie. Hy moes die leiding gee, nie alleen in Potchefstroom nie, maar ook in die Kerk. Dr. Dreyer beskryf ds. Du Toit as "’n ireniese figuur" wat met welslae daarin geslaag het om sy Kerk en veral sy gemeente deur die moeilikhede heen te loods.