Op de Europese kampioenschappen zwemmen 2006 in Boedapest werd Heemskerk uitgeschakeld in de series van zowel de 100 als de 200 meter vrije slag. Samen met Hinkelien Schreuder, Chantal Groot en Ranomi Kromowidjojo zwom ze in de series van de 4x100 meter vrije slag, in de finale veroverden Kromowidjojo en Groot samen met Inge Dekker en Marleen Veldhuis de zilveren medaille. Voor haar aandeel in de series werd Heemskerk beloond met de zilveren medaille. Op de 4x200 meter vrije slag strandde ze samen met Linda Bank, Rieneke Terink en Manon van Rooijen in de series. In Helsinki nam de Nederlandse deel aan de Europese kampioenschappen kortebaanzwemmen 2006, op dit toernooi werd ze uitgeschakeld in de series van zowel de 200 meter vrije slag als de 200 meter wisselslag. Samen met Saskia de Jonge, Ranomi Kromowidjojo en Chantal Groot vormde ze een team in de series van de 4x50 meter vrije slag, in de finale sleepten De Jonge en Groot samen met Inge Dekker en Marleen Veldhuis de zilveren medaille in de wacht. Voor haar inspanningen in de series ontving Heemskerk eveneens de zilveren medaille.