Nach der Weltmeisterschaft konnte Ciobotariu auch unter Iordănescus Nachfolger Victor Pițurcă seinen Platz im Team behaupten. Ende des Jahres 1999 konnte er die erfolgreiche Qualifikation zur Europameisterschaft 2000 feiern. Dort gehörte er dem Aufgebot des neuen Nationaltrainers Emerich Jenei an, kam in Belgien und den Niederlanden aber lediglich im Auftaktspiel gegen Deutschland sowie im Viertelfinale gegen Italien zum Einsatz.