Μετά τον πόλεμο στη Βοσνία-Ερζεγοβίνη οι Βόσνιοι Μουσουλμάνοι αποτελούν την πλειοψηφία στα καντόνια 1, 3, 4, 5, και 9 της Ομοσπονδίας Βοσνίας-Ερζεγοβίνης, της μεγαλύτερης από τις δύο οντότητες της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης, ενώ εντοπίζονται σε ποσοστό περίπου ίσο με αυτό των Κροατών στα καντόνια 6 και 7 της ίδιας οντότητας. Στην άλλη οντότητα της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης, τη Σερβική Δημοκρατία, παρατηρείται μια τάση επιστροφής των εκτοπισμένων και επαναπατρισμού των προσφύγων Βόσνιων Μουσουλμάνων, αλλά χωρίς να πλησιάζουν τα προπολεμικά τους ποσοστά, ιδίως στην κοιλάδα του Δρίνου, όπου και αποτελούσαν την πλειοψηφία μέχρι τη δεκαετία του 1990.