In de voorlopige Estische regering, geleid door Konstantin Päts, bekleedde Tõnisson eerst de post van minister zonder portefeuille. Daarna werd hij als gevolmachtigd minister van Buitenlandse Zaken eropuit gestuurd om in Finland wapens en kredieten los te krijgen voor de jonge staat. Die wapens waren hard nodig, want eind november 1918 viel het Rode Leger Estland al binnen. De Estische Onafhankelijkheidsoorlog was begonnen. Tõnisson maakte ook deel uit van de Estische delegatie op de Vredesconferentie van Parijs.