Utrata przywileju oraz nałożenie na kolonię obostrzeń handlowych (np. zakaz handlu tkaniną) doprowadziło do powolnego upadku gospodarki Wysp. W 1712 roku, na skutek zaangażowania portugalskiego w wojnę o sukcesję hiszpańską, stolicę kolonii, miasto Ribeira Grande zniszczył oddział francuskiego kapitana marynarki Jacques’a Cassarda. Blisko dziesięć lat później metropolia zniosła ograniczenia handlowe, dając tym samym kolonii szansę na odbudowę. W 1770 roku portugalską administrację przeniesiono do nieodległej Prai, która tym samym uzyskała miano stolicy kolonii. W XIX wieku do rangi istotnego portu rozwinęło się miasto Mindelo na wyspie São Vicente. W 1878 roku na Wyspach ostatecznie zakazano niewolnictwa. W drugiej połowie XIX i pierwszej XX wieku próbowano przestawić gospodarkę Wysp na eksport kawy, soli, ryb, bananów i orzechów, co jednak nie przyniosło pożądanego rezultatu.