MERCY Malaysia была основана доктором Джемайлой Махмуд в 1999 году в ответ на конфликт в Косово. Не найдя организацию, которая может спонсировать её в оказании добровольных медицинских услуг нуждающихся там, она с группой друзей зарегистрировала MERCY Malaysia в Реестре обществ с целью оказания медицинской помощи. Работая с Helping Hands США, MERCY Malaysia отправляет в общей сложности пять миссий в Косово для обеспечения мобильной медицинской помощи. В том же году MERCY Malaysia направила группы по оказанию помощи в Турцию в ответ на Измитское землетрясение.