כאשר פרצה מלחמת העצמאות של ארצות הברית שירת הנטר תחת פיקודו של הלורד האו במשך כל הזמן בו הוא פיקד על הצי, ולמעשה הוא היה בעלת הדרגה רב החובלים של הצי . הוא השתתף בפשיטה על מפרץ צ'ספיק, במסעות לדלאוור ובהגנה על סנדי הוק. כאשר נקרא הלורד האו לשוב לאנגליה, סר חנו של הנטר בעיני האדמירליות בניהולו של , ולא עלה בידו לקבל מינוי כלוטננט. תחת זאת הוא הצטרף ב-1779 כמתנדב לצוות אה"מ "ברוויק" שהייתה מחומשת ב-74 תותחים בפיקודו של קית' סטיוארט. הוא מונה על ידי סר צ'ארלס הרדי כמפקד אה"מ "יוניון", אך באדמירליות סירבו לאשר את המינוי והנטר שב ב-1780 אל ה"ברוויק" כמתנדב, עזב את איי הודו המערבית וקיבל מינוי מהמפקד העליון סר ג'ורג' רודני. ב-1781 שב הנטר לאנגליה עם הברוויק וב-5 באוגוסט אותה שנה הוא השתתף בקרב דוג'ר בנק . ב-1782 מינה אותו הלורד האו כלוטננט שלישי בספינת הדגל שלו אה"מ ויקטורי, ולפני שהספינה השתתפה במצור הגדול על גיברלטר ובקרב כף ספרטל, הוא קודם לדרגת לוטננט ראשון. לאחר קרבות אלו מונה הנטר ב-12 בנובמבר 1782 לתפקיד הפיקודי הראשון שלו על הסלופ שחומשה ב-14 תותחים, אה"מ "מרקיז דה סיינלי" .