Неколико протестантских мејнстрим деноминација има своје центре у граду. Прокатедрала Парохије Св. Стефана у дистрикту Санта Круз седиште је Бискупије централних Филипина Епископалне цркве на Филипинима, док се у авенији Тафт налазе главне катедрале и седиште Филипинске независне цркве (такође позната као Црква Аглипајан; национална црква, продукт Филипинске револуције). Такође има припадника Цркве Исуса Христа светаца последњих дана (Мормонска црква), која постоји већ дуже време у Манили.