De kerk van Fransum lag tussen de landerijen van het klooster van Aduard en was waarschijnlijk volledig afhankelijk van dit klooster. Het kon zich daardoor niet ontwikkelen tot een dorp. Ook na de reductie, toen de kloosterlanderijen in handen van de provincie kwamen, gebeurde dit niet doordat het dorp Aduard deze functie op zich nam en niet het afgelegen Fransum. De kerk werd toen een 'provinciale kerk', wat wil zeggen dat de provincie Groningen de zorg voor de kerk op zich nam. Zo werd het gebouw in opdracht van de provincie hersteld in 1646 en 1791. Bij de laatste reparatie werd de toren vanwege de bouwvalligheid volledig vernieuwd. Gezien het jaartal 1809 dat vroeger in de dakpannen te zien was werd waarschijnlijk in dat jaar het dak vernieuwd. Waarschijnlijk werden toen ook de ramen vergroot en vernieuwd en de huidige dakruiter geplaatst.