1月中旬、プリンツ・オイゲンはザームラントのソ連軍砲撃に派遣された（ケーニヒスベルクの戦い）。プリンツ・オイゲンはケーニヒスベルクへ進撃するクランツのソ連軍に対して主砲弾870発以上を発射した。この時点でプリンツ・オイゲンは主砲の弾薬を使い果たしていたが、軍需品の欠乏のため3月まで港にとどまり、それからゴーテンハーフェンやダンツィヒ、ヘラ周辺のソ連軍に対して砲撃を行った。4月8日、プリンツ・オイゲンはリュッツオウとともにスヴィーネミュンデへ向かった。4月13日、34機のアブロ ランカスター爆撃機が港内の2隻を攻撃。だが、この日は厚い雲のため攻撃は失敗した。2日後に再び攻撃が行われ、リュッツオウが撃沈された。それから、プリンツ・オイゲンはコペンハーゲンへ向かい、4月20日に到着。5月7日に退役し、翌日イギリス海軍に引き渡された。