1864 beim Schleswig-Holsteinischen Krieg sprach sich Mäurer für die Großdeutsche Lösung aus und nicht, wie die Deutsche Fortschrittspartei, die er als „Narrenpartei“ titulierte, für die kleindeutsche Lösung: „Der Krieg in Schleswig-Holstein wird sich zum Ruhme der Deutschen Nation enden! In diesem Augenblicke ist es mehr als je nothwendig, daß die Deutschen einig seien. Retten diesmal Preußens und Österreichs vereinigte Waffen die Ehre und das Recht des deutschen Vaterlandes, so begreife ich nicht, wie man sich darüber zanken und behaupten könne, sie müssten durch Baiern und die anderen kleinen deutschen Staaten gerettet werden! — Wenn die Deutschen in diesem Moment über solche Armseligkeiten streiten, so werden sie bald von anderen Staaten verschlungen werden. […] Ich finde, ein gewisser Parteigeist verblendet die Menschen dermaßen, daß sie ḱeinen Hund mehr von einer Katze unterscheiden können und den Esel für den Löwen halten. — Ich gehöre auch zu einer Partei, aber so weit kann ich es nimmer bringen […]. Im Kriege, denk' ich, muß man auch nicht die Schwächsten, sondern die stärksten voranschicken. Schließen Sie sich immerhin einer Partei an, aber um Himmels willen nicht der Narrenpartei, die schon groß genug ist!“