שתי המדינות חולקות היסטוריה משותפת, כחלק ממדינות המגרב בצפון אפריקה. שתי המדינות נשלטו על ידי קרתגו, האימפריה הרומית, שבטים ברברים, האימפריה המוסלמית, ומאוחר יותר האימפריה העות'מאנית וצרפת. בשנת 1956 זכו שתי המדינות בעצמאות, ועד מהרה הם כוננו יחסים דיפלומטיים. בשנת 2011 התרחשו בשתי המדינות מהפכות האביב הערבי, שהביאו לחילופי שלטון בתוניסיה ולרפורמות במרוקו. בשנת 2020 נפגש שר החוץ המרוקני, נאסר בוריטה, עם נשיא תוניסיה, קייס סעיד, והעביר מסר ממוחמד השישי, מלך מרוקו על חיזוק היחסים בין המדינות. כמו כן הם דנו בדרכים לפתרון מלחמת האזרחים השנייה בלוב, והכריזו שוב על נייטרליותם בסכסוך.