Durch die Entdeckung von Gold in den 1920er Jahren und die Fertigstellung der Verbindung zur Tanganjikabahn von Tabora 1928 erlebte die Stadt einen erheblichen Aufschwung und eine Bevölkerungsexplosion. Nach dem Versiegen der Goldvorkommen und während der Zeit des afrikanischen Sozialismus in den 1970er Jahren fiel die Region am Victoriasee wirtschaftlich weit zurück. Hinzu kamen die Bombardierungen durch die ugandische Luftwaffe im Rahmen des 2. ugandisch-tansanischen Krieges 1978, die im Stadtzentrum und am Hafen erhebliche Zerstörungen anrichteten. Erst durch die Goldfunde Anfang der 1990er Jahre in der benachbarten Region Geita, wo unter anderem das Unternehmen Anglogold Ashanti den Tagebau Geita betreibt, erlebte die Stadt wieder einen Aufschwung. Die Bürgerkriege im nahen Ruanda und Burundi führten zur Nutzung der Infrastruktur von Mwanza als Drehkreuz der humanitären Hilfe der staatlichen und nichtstaatlichen Hilfsorganisationen aus der ganzen Welt und zu einem kleinen Wirtschaftswunder in der ganzen Region.