Mary luôn kiên quyết ủng hộ các việc làm của Lincoln trong suốt nhiệm kỳ Tổng thống của ông. Đồng thời, bà đã tích cực làm việc để giúp gìn giữ tinh thần lạc quan cho người dân trong nước khi cuộc Nội chiến Hoa Kỳ xảy ra. Tại Nhà trắng, Mary đảm nhận vai trò là một điều phối viên xã hội và sống cuộc đời xa hoa bằng cách trang trí lại cả căn nhà với một chi phí khủng. Tuy nhiên, cũng chính cách chi tiền tiêu xa xỉ này của bà đã khiến cho Lincoln và một số người dân khác phiền lòng. Mary ngồi cạnh Lincoln khi ông bị ám sát trong buồng của Tổng thống tại Nhà hát Ford trên đường Tenth Street ở thủ đô Washington. Cái chết của Lincoln, cũng như của các con trai của bà trước đây, là một cú sốc tinh thần lớn đối với Mary.