Wat begon met schermutselingen in de Balkan, zal uitmonden in de Vijftienjarige Oorlog tussen het Habsburgse en het Ottomaanse Rijk. Paus Clemens VIII riep een nieuwe kruistocht uit, in steun voor Sigismund Báthory, die een huwelijk met Maria Christina van Oostenrijk, een nicht van Keizer Rudolf II aanging en zo Transylvanië in het katholieke kamp bracht. Sigismund zal later overlopen naar het Ottomaanse kamp en de Hongaarse protestanten zullen op het eind van de oorlog zich tegen de Habsburgers keren. Het Verdrag van Wenen (1606) zal de plooien met de Protestanten glad strijken en de Vrede van Zsitvatorok met de Ottomanen. Nadien was Transylvanië min of meer een autonome regio en beleefde het zijn gouden jaren.