Les Espagnols intriguent dans les affaires de la régence par le biais d'alliés locaux : les anciens sultans zianides de Tlemcen, ou les royaumes de Kabylie reçoivent leur soutien quand ils entrent en dissidence contre la régence d'Alger. Certaines expéditions d'envergure comme la tentative de prendre Alger en 1541 tournent au désastre et valent à Alger la réputation de ville imprenable ou bien gardée ("al mahrussa"). En mer les corsaires algériens attaquent les navires et mènent des rais sur les côtes hispaniques. Ce conflit et la guerre de course entre la régence d'Alger et l'Espagne doit être replacé dans le cadre plus large, du moins pour la période 1520-1580, d'une rivalité entre l'Espagne et l'Empire ottoman pour l'hégémonie en Méditerranée. À partir de 1580, la guerre de course ne vise plus seulement l'Espagne mais l'ensemble des pays européens.