Віленская духоўная акадэмія падпарадкоўвалася Пецярбургскай Рымска-каталіцкай духоўнай калегіі і міністру ўнутраных спраў, непасрэдна яе апякаў віленскі біскуп-ардынарый. Праіснавала акадэмія ў Вільні толькі некалькі гадоў, ужо ў 1842 годзе, паводле хадайніцтва міністра ўнутраных спраў Л. А. Пяроўскага, яна пераведзена ў Санкт-Пецярбург. Асяроддзе міністра імкнулася адмежаваць будучых царкоўных дзеячаў ад уплыву Вільні, дзе абстаноўка пасля паўстання 1830—1831 гадоў не спрыяла чаканаму свецкай уладай выхаванню духавенства. Студэнты Віленскай Акадэміі пераехалі ў Пецярбург у канцы верасня 1842 года. Апошняе пасяджэнне адміністрацыі Віленскай акадэміі адбылося 20 кастрычніка 1842 года, а ўжо 16 лістапада 1842 года айцец-рэктар Ігнацы Галавінскі правёў у Санкт-Пецярбургу пасяджэнне адміністрацыі новай Акадэміі.