แวร์เนอร์ยิงประตูเป็นจำนวนมากให้กับทีมชาติเยอรมนีชุดเยาวชน โดยทำถึง 34 ประตูจากการลงเล่น 48 นัด เขาลงเล่นให้กับทีมชาติชุดใหญ่ครั้งแรกใน ค.ศ. 2017 และในปีเดียวกัน เขาช่วยให้เยอรมนีชนะเลิศฟีฟ่าคอนเฟเดอเรชันส์คัพ 2017 ซึ่งสามประตูในรายการนี้ของเขาช่วยให้เขาได้รับรางวัลรองเท้าทองคำ เขายังถูกเลือกติดทีมชาติเยอรมนีสำหรับการแข่งขันฟุตบอลโลก 2018