Zum 4. April 1904 trat Ganßer zur Schutztruppe für Deutsch-Südwestafrika über. Hier ist er an der Spitze der 11. Kompanie des 1. Feldregiments am 11. August 1904 in der Schlacht am Waterberg im Zuge der Niederschlagung des Aufstandes der Herero und Nama gefallen.