Nach Abschluss seiner Schulausbildung begann William Peffer schon mit 15 Jahren selbst als Lehrer zu arbeiten. 1850 lockte ihn der kalifornische Goldrausch nach San Francisco; in den folgenden Jahren zog es ihn nach Indiana, Missouri und Illinois weiter. Während des Sezessionskrieges trat er der Unionsarmee bei und stieg vom Private bis zum Second Lieutenant auf. Zudem fungierte er als Quartiermeister und Mitglied des Militärgerichts. 1865 verließ er die Armee.