Die Bedingungen des Waffenstillstandes sahen eine Auslieferung der modernen Schiffe der Hochseeflotte vor. Auf der Liste der zu internierenden Schiffe erschien unter anderem der nicht fertiggestellte Schlachtkreuzer "Mackensen", die "Baden" hingegen fehlte. Das Flottenflaggschiff war übersehen worden. Der Fehler wurde nach kurzer Zeit bemerkt, und die "Baden" lief Anfang Januar 1919 ebenfalls nach Scapa Flow. Dort wurden im Juni sowohl die "Bayern" als auch die "Baden", ebenso wie der Rest des Internierungsverbandes, für die Selbstversenkung vorbereitet. Dies geschah heimlich, um die kampfunfähigen Schiffe im Fall eines Scheiterns der Friedensverhandlungen nicht in die Hände der Royal Navy fallen zu lassen. Während die Versenkung der "Bayern" gelang, konnte die "Baden" von britischen Hilfsschiffen auf Grund gesetzt und wieder schwimmfähig gemacht werden. Das Schiff ging letztlich als Zielschiff bei Schießversuchen der Royal Navy unter.