1945 januárjában kapcsolatba került az ausztriai ellenállási mozgalommal, mellyel szoros együttműködésben igyekezett megakadályozni, hogy a frontvonal közeledésével Bécs megsemmisüljön (Hitler ugyanis erőddé nyilvánította a várost, melyet háztól-házig tartani kell a szovjet rohamokkal szemben). Ennek érdekében Szokoll egy konspirációs hálózatot épített ki a városban szolgáló tisztek között, melyek a tervek szerint kapcsolatba léptek volna a közeledő Vörös Hadsereggel és Bécset nyílt várossá nyilvánították volna. 1945 áprilisában, Bécs ostromának megkezdődése előtt azonban a Gestapo leleplezte az összeesküvést, az abban részt vevő tisztek jelentős részét pedig letartóztatták és kivégezték. Szokoll elmenekült, majd az ostrom alatt az osztrák ellenállók élén, az ún. Radetzky-hadművelet keretében hajtott végre szabotázsakciókat a német csapatok ellen, melyek jelentős szerepet játszottak a város feladásában. Az ostrom után rövid időre szovjet fogságba került, majd szabadon engedték.