Après une semaine de repos, il s'adjuge son troisième titre national consécutif. Trois semaines plus tard, il doit se contenter de la médaille d’argent au championnat du monde au Luxembourg, après quatre crevaisons. Wout van Aert, remporte le titre mondial. En février 2017, Van der Poel remporte sa vingtième victoire de la saison lors du Superprestige à Middelkerke. Grâce à cette victoire, il gagne également le classement final du Superprestige pour la deuxième fois, avec sept victoires en huit manches.