В 1415 году город стал центром одноимённого герцогства, которое французские короли передавали в качестве оммажа своим сыновьям. Во время Религиозных войн Алансон в основном контролировали протестанты. В 1575 году брат короля Генриха III герцог Франсуа Алансонский, лидер партии недовольных, скрывался в своём городе после поражения своих сторонников; здесь к нему присоединился Генрих Наваррский. В Алансоне Генрих Наваррский объявил о своём возвращении к протестантству и отказе от католицизма, в которой он был вынужден перейти после Варфоломевской ночи.