Вернулась обратно Карлота Жоакина только в 1820 году, обнаружив к своему неудовольствию, что за 14 лет страна сильно изменилась. В 1820 году произошел либеральный переворот в Порту. Конституционные Кортес-Жерайс в 1821 году приняли конституцию Португалии. Король Жуан вполне был готов поступиться абсолютизмом для сохранения власти, но королева придерживалась ультра-консервативных взглядов и желала восстановить прежний порядок в полной мере. Карлота заключил союз со своим младшим сыном Мигелом, который разделял консервативные взгляды своей матери. В 1824 году, используя положение Мигела как главнокомандующего армией, они совершили переворот, окружив дворец заседаний и удерживали министров во дворце пленниками, где королева пыталась заставить мужа отречься от престола в пользу Мигела. Король, получив английскую помощь, сумел сбежать на британском корабле из окружения и восстановил порядок, заставив сына покинуть страну. Королева была также кратко отправлена в изгнание.