Durante la malattia di lord Salisbury nel 1898 e nuovamente durante l'assenza dello stesso marchese impegnato all'estero, Balfour ebbe incarichi al Ministero degli Esteri e condusse negoziati con la Russia per la questione delle ferrovie nel nord della Cina. Come membro del gabinetto responsabile dei negoziati per il Transvaal nel 1899 intervenne polemicamente e quando la Seconda guerra boera scoppiò disastrosamente, fu il primo a realizzare la necessità di intervenire con forza, dimostrando di non sottovalutare lo scontro.