Nach dem Scheitern des Umsturzversuches vom 20. Juli 1944 wurde Reuter am 17. September 1944 während eines Besuches bei seiner zweiten Ehefrau in Pommern von der Gestapo verhaftet. Er wurde zunächst in das Hausgefängnis im Geheimen Staatspolizeiamt in Berlin gebracht und von dort in das Wehrmachtuntersuchungsgefängnis in der Lehrter Straße verlegt. Trotz mehrfacher Vernehmungen konnte ihm keine Beteiligung an dem gescheiterten Umsturzversuch nachgewiesen werden. Am 2. Dezember 1944 wurde er als Gefangener ins KZ Sachsenhausen eingeliefert. Im April 1945 wurde er auf dem Todesmarsch nach Schwerin von amerikanischen Soldaten befreit.