En su primera experiencia como DT de un equipo profesional, Inzaghi cumpliría una temporada realmente satisfactoria. Gracias a las valiosas incorporaciones de Ciro Immobile, Luis Alberto y Jordan Lukaku, sumada a la presencia de jóvenes valores como Felipe Anderson, Keita Baldé y Sergej Milinković-Savić, y otros jugadores importantes (Senad Lulić y Marco Parolo), la Lazio alcanzó el quinto lugar de la Serie A 2016-17, logrando de esa manera el pasaje a la fase de grupos de la UEFA Europa League 2017-18.