Летом 2016 года после успешного выступления на Евро 2016 Жуан перешёл в итальянский «Интер». Сумма трансфера составила 40 млн евро. В матче против «Пескары» он дебютировал в итальянской Серии A. 16 октября в поединке против «Кальяри» Мариу забил свой первый гол за «Интер».