W 1809 roku ponownie znalazł się w wojsku jako organizator siły zbrojnej województwa kaliskiego w wojnie polsko-austriackiej. Jako dowódca sił zbrojnych w Kaliskiem zaczął formować wzdłuż linii Warty grupki operacyjne, mające za zadanie nie przepuszczenia na przeprawach nieprzyjacielskich patroli. W pierwszych dniach maja 1809 roku otrzymał do swojej dyspozycji oddziały zakładowe i przeprowadzał wypady na stanowiska austriackie. 19 maja gen. Dąbrowski, który przejął dowodzenie, wyruszył do Poznania. Biernacki w czasie tego marszu dowodził oddziałami prawego skrzydła, ale pod Łęczycą nieprzyjaciel stawił opór i w związku z tym wojska musiały zmienić kierunek marszu. Stoczono wówczas kilka potyczek m.in. 2 czerwca 1809 pod Rawą, 9 czerwca pod Inowłodziem, 13 czerwca pod Końskimi. 24 lipca w Krakowie Biernacki otrzymał z rąk ks. Poniatowskiego krzyż Virtuti Militari. Po reorganizacji wojska i z brakiem stanowiska dla niego opuścił szeregi wojska i udał się na wieś, zamieszkując w Naramowicach pod Wieluniem.