В итоге, семнадцатилетняя Анна вышла замуж 4 июля 1546 года за брата своего первого жениха, будущего баварского герцога Альбрехта. Этот брак был частью стратегии дяди невесты императора Карла V, который хотел заручиться поддержкой Альбрехта V перед тем как развязать Шмалькальденскую войну. Свадебным подарком императора были 50 000 гульденов. До 7 марта 1550 года, когда Альбрехт стал герцогом, пара жила в замке Траусниц.