Le "Manchester" retourne en Grande-Bretagne le et passe les quatre premiers mois de 1941 en carénage avant de repartir patrouiller en zone GIUK pendant l'opération Rheinübung. En juillet, il retourne en Méditerranée, prenant part à une escorte de convoi à destination de Malte. Le , il est touché par une torpille aérienne italienne et est gravement endommagé. Après quelque réparations temporaires à Gibraltar, le navire fait route pour Philadelphie en vue de réparations approfondies. À l'achèvement des travaux le , il revient à Portsmouth, où des modifications sont effectuées jusqu'à la fin avril. Il rejoint ensuite la Home Fleet à Scapa Flow la première semaine de mai, au cours duquel il escortera les convois russes et patrouillera au Spitzberg.