Po komunistickém převratu v únoru 1948 patřil profesor Peška mezi ty, kdo nesouhlasili se sloučením sociálně demokratické strany se stranou komunistickou. Stal se členem Ústředního výboru nezávislé sociální demokracie, jehož program z přelomu srpna a září 1948 mimo jiné požadoval, aby bylo zrušeno veškeré zákonodárství po 25. únoru a vypsány nové svobodné volby. 25. září 1948 se spolu s bratrem prezidenta Vojtou Benešem sešel na faře ve Vinoři se zástupci národních socialistů (Milada Horáková a Josef Nestával) a lidovců (Vojtěch Jandečka). Peška společně s Horákovou navrhoval vytvořit jakýsi zastřešující orgán, který by sdružoval zastoupená politická uskupení, to bylo ovšem ostatními účastníky coby nebezpečné odmítnuto. Jediný závěr, ke kterému dospěli, bylo konstatování, že každá strana bude i nadále vyvíjet politickou činnost samostatně a vzájemné informování bude probíhat v individuální rovině. V říjnu a listopadu byli členové Ústředního výboru nezávislé sociální demokracie pozatýkáni, s výjimkou Vojty Beneše, kterému se podařilo uprchnout do USA.