Прилику за повратак на власт искористио је 1991. године и био изабран за првог председника независног Таџикистана. Неправилности и контроверзе око његовог избора покренуле су протесте опозиције широм земље, који су 1992. године прерасли у грађански рат. Након ескалације сукоба, милиција је извршила су пуч у септембру 1992. године, Набијев је дао оставку и повукао се у свој родни крај, где је умро наредне године. Узроци његове смрти нису разјашњени. Службено је умро од срчаног удара, али постоје гласине да је починио самоубиство или да га је неко убио.