Marraskuussa 2001 Schäfer siirtyi Kamerunin jalkapallomaajoukkueen peräsimeen. Menestystä tuli tammikuussa 2002, kun Kamerun juhli Afrikan mestaruutta. MM-kisoissa 2002 Kamerun pelasi vaisusti ja putosi jo lohkovaiheessa. Schäfer sai kuitenkin jatkaa tehtävissään ja johdatti Kamerunin Afrikan mestaruuskisojen neljännesvälieriin 2004. Lopulta pesti päättyi marraskuussa 2004 potkuihin Kamerunin hävittyä maaottelussa Saksalle 0–3.