Tendo estreado pela Seleção Dinamarquesa em abril de 1987, Heintze integrou o elenco que disputou a Eurocopa disputada no ano seguinte. Não convocado para a edição de 1992, na qual a Dinamarca foi campeã, devido a problemas com o técnico Richard Møller Nielsen, além de não ter jogado a Eurocopa de 1996. Só voltaria a disputar o torneio em 2000, aos 36 anos.