En 1704, son activité connait des turbulences provoquée par l’hostilité des autorités genevoises et en France par un édit royal en mai qui rend moins lucratif les taux de change des espèces. Jean Henry Huguetan aurait perdu près de 20% de ses avances. Il se plaint au financier de la Cour des lenteurs de remboursement qui l'obligent à emprunter. À la fin de l'année, il aurait avancé près de de livres l'obligeant à demander une compensation à Samuel Bernard. L'indécision de la guerre de Succession d'Espagne et surtout la défaite française lors de la deuxième bataille de Höchstadt en Bavière en lui font perdre Livres tournois récupérées en numéraires par les troupes impériales. La Défiance s'installe entre Bernard et son agent. Huguetan doit se rendre quatre fois à Paris entre août et pour faire valoir sa cause. Un arrangement est trouvé en décembre pour un remboursement partiel. Samuel Bernard presse alors de nouveau Huguetan de lui trouver et avancer de l'argent qu'il ne peut mobiliser. Bernard menace de le faire emprisonner. Le contrôleur général des finances Michel Chamillart s'en mêle et propose à la fin du mois de un arrangement très favorable à Bernard. Il propose l'examen des comptes d'Huguetan par des commissaires et une indemnité de , bien loin de la somme que le financier de la Cour lui doit en échange de ses services. Huguetan est tombé dans un traquenard.