Stone kehrte 1944 als Freiwilliger des ersten amerikanischen Vorkommandos, das am 6. Juni 1944 in der Normandie landete, nach Deutschland zurück. Er stieß mit der amerikanischen Armee bis nach Torgau vor und war dabei, als das Konzentrationslager Buchenwald befreit wurde. Shepard Stone beriet nach Kriegsende bis 1946 die amerikanischen Besatzungsbehörden beim Wiederaufbau des Zeitungswesens. Als er im Range eines Oberstleutnants aus der Armee entlassen wurde, nahm er 1946 seine frühere Tätigkeit als zweiter Chefredakteur der Sonntagsausgabe der "New York Times" wieder auf.