בדצמבר 1935 אגיון ומשפחתו עלו לארץ ישראל. החל מ-1938 המשפחה התגוררה בירושלים בבית אגיון, שנבנה עבורם בשכונת רחביה על גבול שכונת טלביה, ובעתיד ישמש כמעון הרשמי של ראש ממשלת ישראל. בבית התקיימו אירועי התרמה למען ילדים יהודים באוסטריה, שסופחה לגרמניה הנאצית, ולמען ויצו. בפגישה שנערכה בירושלים במרץ 1938 נבחר אדוארד אגיון להיות נשיא אגודת ידידי קופת חולים לעובדים לאומיים, כיום קופת חולים לאומית, לצדו של פרופ' יוסף קלוזנר שנבחר להיות לנשיא כבוד של האגודה. עם קבלת חוקי הגזע באיטליה הפאשיסטית ב-15 במרץ 1938, ויתרו בני הזוג אגיון על אזרחותם האיטלקית.