Os atentados seriam um pretexto para a "Guerra ao Terror", as guerras no Afeganistão e Iraque, o aumento da militarização, a expansão do estado policial, e outras políticas nacionais e estrangeiras intrusivas através do qual eles se beneficiariam. Proponentes apontam para o Projeto para o Novo Século Americano, uma equipe conservadora que defende a aumento da liderança mundial dos Estados Unidos, cujos membros incluem o ex-Secretário de Defesa Donald Rumsfeld, o ex-Vice Presidente Dick Cheney e várias outras figuras chave da administração George W. Bush, seja responsável pelos ataques. Os atentados de 11 de março de 2004 em Madrid e o atentado em Londres de 7 de julho de 2005 também são considerados pelos teóricos de conspiração como responsabilidade dos serviços secretos, como a CIA, sob ordens estadunidenses.