Antonescu erklärte kurz nach seinem Amtsantritt 1940 die Juden Rumäniens für staatenlos, soweit sie nicht bereits vor Abschluss der Friedensverträge Bürger geworden waren. Das betraf so gut wie alle Juden, etwa 590.000. Mit dem Kriegseintritt Rumäniens begannen im Februar 1941 die Massaker der Eisernen Garde an den Juden und kulminierten zunächst im Pogrom von Iași. Auch beim Massaker von Odessa im Herbst und Winter 1941 wurden Zehntausende Juden in Odessa und ganz Transnistrien umgebracht. Selbst nach dem Sturz der Eisernen Garde führte das Antonescu-Regime, verbündet mit dem Deutschen Reich, eine Politik von Unterdrückung und Massakern an Juden und Roma fort, hauptsächlich in den östlichen Gebieten. Pogrome und Deportationen waren in Moldau, der Bukowina und Bessarabien an der Tagesordnung. Die Zahl der Opfer ist umstritten, aber die niedrigsten seriösen Schätzungen bewegen sich zwischen 100.000, 250.000 und mindestens 280.000 Juden und 20.000 bis 25.000 Roma in diesen Ostregionen, während von Siebenbürgens 150.000 Juden 120.000 unter dem Zugriff der Ungarn starben. Ohne deutschen Druck waren zum Zeitpunkt der Kapitulation Rumäniens im August 1944 mehr als die Hälfte der Juden des Landes ermordet, und nur die neue politische Lage verhinderte die völlige Vernichtung der Juden des Landes.