Gedurende de Eerste Wereldoorlog verzette Pirenne zich heftig tegen de heropening en vernederlandsing van de Gentse universiteit door de bezetter. Zijn 19-jarige zoon Pierre was gesneuveld in de Slag om de IJzer. Als aanstoker van het professorenverzet werd hij naar Duitsland gedeporteerd, met zijn vriend en collega Paul Fredericq. De Duitsers hoopten hierdoor de onwillige hoogleraren die hun lessen opschortten, voldoende te intimideren om hun colleges in Luik en Gent te hervatten. Dat mislukte. In gevangenschap gaf Pirenne voordrachten aan zijn medegevangenen en leerde hij Russisch. Hij ging nadenken over de comparatieve methode en de oorsprong van de westerse beschaving. Het resultaat van de in Creuzburg tot stand gekomen voordrachten, zonder toegang tot enige literatuur, werd later gebundeld als "Geschiedenis van Europa", een (onvoltooid) standaardwerk.