У међувремену, оснажена Аустрија се спремала за напад. "Јастребови" (заговорници рата) на двору цара Франца II, наговорили су га да искористи предност француске заузетости у Шпанији и да нападну без објаве рата - што се и десило у априлу 1809, на потпуно изненађење Француза. Ипак, били су преспори у експлоатацији своје предности и Наполеонов долазак из Париза је стабилизовао ситуацију. Аустријанци су поражени у бици код Екмула, почели да беже преко Дунава и изгубили тврђаву Регензбург. Упркос томе, остали су кохезивна, борбена сила, што је значило потребу за даљом кампањом да би се решио сукоб. Французи су заузели Беч и намерили се да пређу Дунав код острва Лобау, југоисточно од града, али су изгубили битку код Ашперн-Еслинга, што је уједно и први пораз Велике армије. Други покушај да се пређе река, у јулу, показао се успешнији и поставио темеље за дводневну битку код Ваграма из које су Французи изашли као победници. Аустријанци су претрпели губитке од 40.000 жртава, док су Французи изгубили 37 000 људи. Овај пораз је деморалисао Аустријанце толико да су пристали на примирје, недуго потом. То примирје је даље довело до мира у Шенбруну из октобра 1809. године. Велика армија је тако привела крају Пету коалицију, а у исто време, захваљујући мировном споразуму, од Аустријског царства добила је три милиона нових житеља.