Im Griechischen Bürgerkrieg von März 1946 bis September 1949 war Zitsa mehrfach Schauplatz von Kämpfen zwischen der kommunistisch-dominierten Demokratischen Armee Griechenlands (DSE) und den rechtsgerichteten Regierungstruppen. Bereits vor dem Ausbruch des Bürgerkrieges überfielen bewaffnete Rebellen am 28. November 1945 Zitsa. Am 26. Mai 1945 liefert das Mitglied der DSE Georgios Gatzios, ein Bäcker aus Zitsa, einen der ersten Hinweise auf die Unterstützung der DSE durch Albanien. Wenige Tage zuvor war die griechische Nationalgarde als militärischer Vertreter der Athener Zentralregierung in Zitsa eingerückt und vernahm mutmaßliche DSE-Mitglieder und Anhänger. Im Oktober 1947 griffen Einheiten der DSE Zitsa an, konnten es aber nicht erobern. Im Januar 1949 flog die griechische Luftwaffe Angriffe gegen DSE-Kräfte auf dem Gebiet von Zitsa. Der ehemalige griechische Ministerpräsident Georgios Rallis diente auf Seiten der Regierungstruppen freiwillig während des Bürgerkrieges in der Region Zitsa.