W sezonie 2009/2010 Hanyū zwyciężył we wszystkich zawodach w kategorii juniorów, w których brał udział. Tym samym wygrał on zawody cyklu junior Grand Prix w Chorwacji i Polsce oraz finał tego cyklu. W tym też sezonie wywalczył tytuły mistrza Japonii i świata wśród juniorów. Dobre rezultaty zagwarantowały mu również udział w mistrzostwach Japonii w kategorii seniorów, gdzie zajął 6. miejsce.