Hubert Védrine est au cœur des discussions concernant le rôle de la France dans le génocide des Tutsi au Rwanda. En tant que secrétaire général de l'Élysée, il aurait eu, de fait, accès à tous les documents nécessaires pour comprendre l'évolution du régime du président rwandais Juvénal Habyarimana entre 1990 et 1994, durant la guerre civile débutée en 1990, puis de la tournure des événements après l'attentat contre ce dernier le et l'accomplissement du génocide par le gouvernement intérimaire. Étant donné l'état de santé dégradé par un cancer du président François Mitterrand à cette époque, Hubert Védrine est régulièrement mentionné par des spécialistes de la question comme un des principaux responsables de la politique de l'Élysée vis-à-vis du Rwanda, d'autant qu'il a participé à tous les conseils restreints qui ont décidé des interventions militaires au Rwanda.