Selanjutnya, masjid ini menjadi salah satu dari 608 unit tempat ibadah di Sumatra Barat yang rusak akibat gempa bumi pada 30 September 2009. Sebagian fasad hancur dan beberapa tiang ruang utama retak, membuat bangunan dikhawatirkan roboh. Sebelum dilakukan renovasi pada 2010, kerusakan yang dialami masjid menyebabkan aktivitas ibadah terganggu sehingga, selama sementara waktu aktivitas ibadah harus dilakukan di halaman masjid.