Després de la mort de Hideyoshi, Tokugawa Ieyasu utilitzà la seva posició com a regent del fill de Hideyoshi, Toyotomi Hideyori per guanyar suport polític i militar. Quan començà la guerra, derrotà els clans rivals en la Batalla de Sekigahara el 1600. Ieyasu fou designat "shogun" el 1603 i establí el shogunat Tokugawa a Edo (l'actual ciutat de Tòquio). El "shogunat" adoptà una diversitat de polítiques per controlar els "daimyo" autònoms. El 1639, el "shogunat" adoptà la política d'aïllament, "sakoku" (país tancat) que duraria dos segles i mig, un període que es coneix com el període d'Edo. L'estudi de les ciències occidentals, conegut com el "rangaku", continuà per mitjà dels contactes amb l'enclavament neerlandès a Dejima, Nagasaki. Durant el període d'Edo també nasqué el "kokugaku", els "estudis nacionals", l'estudi del Japó pels japonesos mateixos.