Der Ursprung des Bahnhofs geht auf einen kleinen Bahnhof an der Linie von Gent nach Ostende aus dem Jahre 1881 zurück. Zu diesem Zeitpunkt war der wichtigste Bahnhof der Stadt der Südbahnhof von 1837. Im Zusammenhang mit der Weltausstellung 1913 wurde ein neuer Bahnhof Sint-Pieters gebaut. Er wurde von Louis Cloquet entworfen und ein Jahr vorher eröffnet. 1995 wurde der Bahnhof unter Denkmalschutz gestellt, seit 2006 wird er umfassend modernisiert und erweitert.