Javad Khan era figlio di Shahverdi Khan e fratello di Rahim Khan. Succedette a suo fratello dopo la deposizione di quest'ultimo nel 1786. Come i membri della Dinastia Qajar di origine turca, che regnò in Persia (Iran) dal 1785 al 1925, apparteneva alla tribù Qajar. Con l'accesso al potere, Javad Khan dovette affrontare una minaccia dalla Georgia. Nel settembre del 1787, un'armata combinata di Georgia ed esercito russo, sotto il comando del colonnello Burnashev, marciò verso Gäncä, ma la guerra russo-turca costrinse gli alleati russi a ritirarsi. Seguì una fragile pace e il re di Georgia, Eraclio II, concesse a Javad Khan il controllo di Shamshadilu, ma il khan di Gäncä non riuscì a sottomettere il distretto. All'inizio del 1789 Eraclio II, ora alleato con Fath Ali Khan del Khanato di Quba e Muhammad Hasan Khan del Khanato di Shaki, attaccò Gäncä e Javad Khan dovette abbandonare la sua capitale senza combattere. Dopo tre mesi, in seguito alla morte di Fath Ali Khan, Javad riuscì a riconquistare il suo regno. Il suo orientamento politico era pro-iraniano e lo portò in conflitto con la Georgia e la Russia. Nel 1795 Javad Khan si unì alla spedizione iraniana contro la Georgia. Eraclio II reagì bloccando Gäncä nel 1796, ma il khan di Karabakh mediò la pace. Nel settembre 1796 Gäncä fu temporaneamente occupata dal generale russo Valerian Zubov durante la sua spedizione persiana del 1796.