A 2006-os szezon rosszul indult Trulli számára, az első nyolc futamon nem szerzett pontot, miközben csapattársa, Ralf Schumacher jobban teljesített nála, dobogón is állt. Kanadában aztán megszerezte első pontjait, 6. lett. A szezon hátralévő részében már többször szerzett pontot, az idényt a 12. helyen zárta, 15 ponttal, legjobb eredménye egy 4. hely volt Indianapolisban. Csapattársa ismét több pontot gyűjtött, Ralf 20 ponttal a 10. lett.