Ved begyndelsen af 2. verdenskrig dannedes omkring Goerdeler en gruppe af civile modstandsfolk, der ønskede at bringe det nazistiske overherredømme til fald. Denne såkaldte "Goerdeler gruppe" ("Goerdeler Kreis") udgjorde et åndeligt center for oppositionen mod Hitler og havde talrige kontakter med andre modstandsgrupper, ikke mindst den militære omkring Ludwig Beck. Efter sammenbruddet af 20. juli-attentatet blev Goerdeler dømt til døden af den såkaldte Folkedomstol og den 2. februar 1945 henrettet i Berlin-Plötzensee fængslet.