Nachdem Bogdani sein Hauptwerk "Cuneus Prophetarum" hatte in Padua drucken lassen, kehrte er im März 1686 auf den Balkan zurück. Dort engagierte er sich für den Aufstand der christlichen Bewohner gegen die osmanische Herrschaft. Als die österreichische Armee 1689 im Großen Türkenkrieg das Kosovo erreichte, führte er ihr mehrere tausend albanische Freiwillige zu, die an der Eroberung Prizrens teilnahmen. Er empfing den General der kaiserlichen österreichischen Armee Enea Silvio Piccolomini (General) in Prizren mit über 5.000 albanischen Truppen, die ihn mit Salven begrüßten. Im Dezember 1689 erlag Bogdani in Priština einer Krankheit und wurde in der dortigen Großen Moschee, die in eine Kirche umgewandelt wurde, begraben. Sein Grab wurde später von osmanischen Soldaten zerstört und die Gebeine auf der Straße entsorgt.