В первом сезоне в «Ливерпуле» Сиссе начал забивать с первого тура, но 30 октября 2004 года, в поединке против «Блэкберна», нападающий получил серьёзную травму — в игровом противоборстве с защитником Джеймсом Макивли Сиссе зацепился ногой за дёрн газона, а защитник сзади нанёс неумышленный удар. Джибриль получил открытый перелом большой берцовой и малой берцовой костей. Травма нарушила кровообращение и только благодаря своевременной помощи врачей Сиссе удалось избежать ампутации ноги. 13 апреля 2005 года, в четвертьфинальном матче Лиги чемпионов против «Ювентуса», Джибриль впервые после перелома появился на поле, выйдя на замену. В заключительном туре Премьер-лиги против «Астон Виллы» Сиссе сделал дубль, принеся команде победу со счётом 2:1, а в финале Лиги чемпионов 2005 года против «Милана» реализовал удар в серии послематчевых пенальти.