Zu Beginn der nächsten Saison, 1999/2000 kämpfte Jagudin mit Verletzungen. So musste er das Grand-Prix-Finale aufgrund von Kniebeschwerden auslassen und verlor die nationalen Meisterschaften sowie die Europameisterschaft in Wien gegen seinen Rivalen Pljuschtschenko. Bei der Weltmeisterschaft in Nizza war er allerdings wieder auf der Höhe seiner Leistungsfähigkeit und siegte zum dritten Mal in Folge bei Weltmeisterschaften.