Duffner startade i sitt första VM i skidflygning i Čerťák i Harrachov i Tjeckoslovakien 1992. Han blev nummer fem, 39,0 poäng från prispallen. Under skidflygnings-VM 1994 i Letalnica i Planica i Slovenien. Där blev han nummer fyra, 38,3 poäng från en pallplats. I skidflygnings-VM 1996 i Kulm i Bad Mitterndorf i Österrike blev han nummer fem, 15,7 poäng från en bronsmedalj. Under VM 1998 i Heini Klopfer-backen i Oberstdorf blev han nummer 11. Duffners sista skidflygnings-VM var i Vikersund i Norge 2000. Han blev nummer 12.