In het roerige jaar 1539 werden de welgestelde zusters belaagd door 50 tot 100 Maastrichtenaren onder aanvoering van ene Gabriël de Schoenmaker. De meute eiste dat ze in het klooster rijkelijk onthaald werd. In 1632 ontstond een ernstig conflict tussen priorin Anne de Longeval en proost Nicolaas de Micault, toen deze laatste meer invloed in het klooster wenste. De priorin beriep zich op de landsregering in Brussel, maar de proost legde zich daar niet bij neer. Een poging om de priorin te laten arresteren in haar eigen klooster mislukte jammerlijk en enige maanden later was de situatie door het Beleg van Maastricht (1632) en de machtsovername door de Republiek totaal anders geworden. Het dicht bij de westelijke stadsmuur gelegen klooster had veel te lijden van belegeringen, met name in 1579, 1632 en 1794. Bij het beleg van 1794 werd het klooster dusdanig vernield dat de 15 koorzusters en vier werkzusters gedwongen waren hun intrek te nemen in een aantal huizen aan de Brusselsestraat.