La subsegüent Guerra Civil de Moçambic (1977-1992) també va tenir el seu efecte en els esforços educatius. Les escoles, com a part de la infraestructura governamental, van ser un objectiu particular dels ataca de la Renamo, i la taxa d'alfabetització va caure del 20% en 1983 al 14% en 1990. La situació va millorar després del final de la guerra el 1992, i el 1998 l'ONU va calcular una taxa d'alfabetització en el 40%; però la taxa entre les dones continuava sent només de la meitat que la dels homes. La matriculació educativa també mostra una forta disminució als nivells més alts: el 1997 el 66,8% dels nens en edat escolar primària estaven matriculats, un 6,9% a secundària, i només el 0,3% en l'educació superior.