В сборной Аргентины Мануэль Пелегрина провёл 4 матча и забил 2 гола. Он был участником чемпионата Южной Америки 1945, однако на турнире на поле не вышел. Небольшое число матче Пелегрины связано с тем, что его место на левом фланге нападения сборной занимали Феликс Лоустау и Энрике Гарсия.