Rothen, futbola; 1983 yılında, daha altı yaşındayken AS Meudon'da adım attı ve sırasıyla; Versailles, INF Clairefontaine ve Caen'de futbola devam etti. 1997 yılında Ligue 2 takımlarından Caen'de profesyonel olduktan sonra; 2000 yılında, o zaman Ligue 1'de mücadele eden Troyes'e transfer oldu ve orada kendini yavaş yavaş göstermeye başladı. Bunun bir sonucu olarak; 2002 yılının başında Monaco'ya transfer oldu. Burada başarılı bir sezon geçiren Rothen, ilk olarak; 2002-03 sezonunda Ligue 1'de 18 asist yaparak lig tarihinde "bir sezonda en fazla asist yapan futbolcu" rekorunu kırdı ve ardından; Monaco ile 2003-04 sezonunda Şampiyonlar Ligi'nde final oynadı. 2004 yılında doğduğu bölgenin takımı olan Paris Saint-Germain'e transfer oldu ve bu takımda beş yıl forma giymesine rağmen bekleneni tam olarak karşılayamadı. 2009 yılında İskoçya'nın en ön plana çıkan iki takımdan biri olan Rangers'a kiralandı. 2010 yılının başında ise; Süper Lig takımlarından Ankaragücü'ne sezon sonuna kadar kiralandı. Sezon sonunda Paris SG'ye geri dönen Rothen, kadro dışı bırakıldı ve Ekim 2010'da takımıyla sözleşmesini karşılıklı olarak feshetti.