Tổng cục An ninh Liên bang Nga là một trong những tổ chức kế tục của Ủy ban An ninh Quốc gia Xô Viết (KGB). Sau sự kiện Liên Xô tan rã và ngay sau sự kiện đảo chính năm 1991 mà trong đó một số đơn vị KGB cũng như nhà lãnh đạo Vladimir Kryuchkov đã đóng một vai trò quan trọng, KGB đã bị triệt tiêu và chấm dứt sự tồn tại kể từ tháng 11 năm 1991. Tháng 12, 1991, có 2 tổ chức đã được thành lập từ những gì còn sót lại của KGB: Tổng cục Tình báo Nước ngoài (SVR) và Cơ quan Liên bang Thông tin và Truyền thông Chính phủ (FAPSI). Tháng 1, 1992, một cơ quan mới được thành lập khác là Bộ An ninh được giao nhiệm vụ đảm trách về an ninh nội địa và an ninh biên giới. Sau cuộc đảo chính năm 1993 chống lại tổng thống Boris Yeltsin, Bộ An ninh đã được tái cơ cấu ngày 21 tháng 12 năm 1993 thành cơ quan Phản gián Liên bang (FSK). FSK nằm dưới sự lãnh đạo của Sergei Stepashin. Trước khi những hoạt động quân sự chính trong chiến tranh Chechnya lần thứ nhất diễn ra, FSK đảm trách những hoạt động ngầm chống lại các phần tử ly khai do Dzhokhar Musayevich Dudayev lãnh đạo.