Обіймаючи посаду голови югославського уряду, започаткував федералізацію Королівства Югославія, створивши восени 1939 року за домовленістю з хорватським політиком Владком Мачеком Бановину Хорватія в рамках угоди Цветковича-Мачека. У зовнішній політиці асоціювався з фашистськими державами, підписавши 25 березня 1941 Віденський протокол про приєднання Югославії до Троїстого пакту, через що вже 27 березня група вищих офіцерів югославських збройних сил здійснила військовий переворот і заарештувала Цветковича та його міністрів. Після окупації Югославії німецька адміністрація в Сербії двічі заарештовувала його і відвозила в концтабір у белградському районі Баніця, де він провів близько двох із половиною місяців. 4 вересня 1944 Цветкович утік у Болгарію, а звідти — в Туреччину. Зі Стамбула переїхав у Рим, а потім — у Париж.