Ayatollah Ruhollah Musavi Khomeini (Bahasa Parsi: روح الله موسوی خمینی "Rūḥollāh Mūsavī Khomeynī") (24 September 1902 - 3 Jun 1989) adalah seorang ulama Syiah dan pemimpin Revolusi Iran pada tahun 1979. Beliau berjaya menyingkirkan Shah Mohammad Reza Pahlavi dan kerajaan kuku besi Shah Mohammad. Seterusnya Khomeini mengasaskan Republik Islam Iran dan menjadi Pemimpin Agung pertama sehinggalah kematian beliau.