El 1 de agosto de 2015, el París Saint-Germain ganó la Supercopa de Francia 2015 ante el Olympique de Lyon, encuentro que el jugador vio desde el banquillo y que jugó Serge Aurier en su posición. Durante la primera parte de la temporada 2015-16 no fue titular, ya que se privilegiaba el dúo de Thiago Silva y David Luiz como defensores centrales, lo que incluso llevó a que Alex, exjugador del equipo en esa posición, le recomendara dejar el club y buscar alguno que le diera mayores oportunidades. En febrero de 2016, el mismo Silva criticó a la agencia que representaba a Marquinhos y a David Luiz por mantener en el club a dos futbolistas que jugaban en la misma posición, lo que limitaba sus opciones. Además, el técnico Laurent Blanc dijo que estaba abierto a escuchar ofertas a final de temporada, hecho que también mencionó su representante, Giuliano Bertolucci.