Усташе су власт у целокупној БиХ успоставили до јула 1941. године. Територија НДХ, па тако и БиХ подељена је на Велике жупе, а поједине жупе захватале су делове територије Хрватске и БиХ како би се тиме елиминисала посебност БиХ и афирмисала теза о њој као историјском делу Хрватске. Одмах по проглашењу НДХ, усташе су у хрватски национални корпус укључили Муслимане, пропагирајући идеју о "хрватском пореклу" муслиманског становништва и, с друге стране, истребљење српског и јеврејског становништва. Убрзо је 1.300.000 Срба у БиХ, од укупно 2.850.000 становника БиХ, било стављено ван закона. Прво су на удару били припадници српског грађанског слоја, а потом су уследила масовна протеривања у Србију крајем маја, хапшења и убијања. Српско становништво почело је да бежи у планине, да би почетком јуна 1941. у источној Херцеговини избио устанак, који је након напада Немачке на СССР 22. јуна попримио масован карактер, а нападима италијанских трупа почетком јула почео да јењава.