Benazir Bhutto est assassinée le et des émeutes suivent l'annonce de sa mort. Les partisans de Bhutto accusent Musharraf d'être responsable de sa mort. Musharraf réunit alors son gouvernement en situation d'urgence et annonce trois jours de deuil national. Le , le parti soutenant Musharraf perd les élections législatives et le 25 mars un nouveau gouvernement, dirigé par Youssouf Raza Gilani, entre en fonction.