Byl postaven v roce 1605 na místě staršího kostela, který byl zasvěcen rovněž svatému Štěpánovi. Ten byl postaven v 11./12. století, a sloužil jako sídelní kostel hvarského biskupa od roku 1147, kdy byla diecéze založena až roku 1278, kdy moc nad ostrovem převzala Benátská republika a biskupství bylo přemístěno do města Hvar. Kostel byl vážně poškozen během osmanského útoku admirála Uluç Ali na ostrov Hvar v roce 1571, po bitvě u Lepanta 7. října 1571.