במרץ של אותה שנה החל המצב בחזית להסתבך. היטלר שלח את ארווין רומל עם קורפוס אפריקה כדי לעזור לבן בריתו מוסוליני. רומל פתח במתקפה ב-31 במרץ 1941 וזכה להישגים ניכרים. ב-6 באפריל נפל אוקונור בשבי הגרמני יחד עם הגנרל פיליפ נים. ב-14 באפריל הוקם הקורפוס מחדש וכמפקדו מונה נואל ברספורד-פיירס. בספטמבר נכלל הקורפוס במסגרת הארמייה השמינית, ואת הפיקוד עליו קיבל אלפרד ריד גודווין אוסטן. בנובמבר יצאה הארמייה השמינית למבצע צלבן. בשלבים הראשונים של המבצע מילא הקורפוס את יעדיו, והתקדם אל היעדים שנקבעו לו. יחידותיו איגפו וכיתרו את העמדות המבוצרות של הציר בגבול מצרים-לוב והתקדמו מערבה לכיוון טוברוק. בשלב זה החליט רומל להפתיע את הבריטים, והתקדם עם קורפוס אפריקה לאזור הגבול, תוך שהוא מאיים על עורפם של הכוחות הבריטיים, ומכתר חלק מיחידות הקורפוס. מפקד הארמייה אלן גורדון קנינגהם שקל להורות על נסיגה מלוב, אך מפקד פיקוד המזרח התיכון גנרל קלוד אוקינלק, שהגיע לזירת הלחימה, התנגד לכך. בהתייעצויות שנערכו במפקדת הארמייה השמינית, היה גודווין אוסטן איתן בדעתו שיש להמשיך בלחימה עד להשגת יעדי המתקפה הבריטית. קנינגהם פוטר, והוחלף בגנרל ניל ריצ'י. ההחלטה להמשיך במבצע ולא לסגת חזרה למצרים הוכחה כנכונה. למרות שיחידות הקורפוס ה-13 (במיוחד הדיוויזיה הניו זילנדית ה-2 בפיקוד ברנרד פרייברג) ספגו אבדות כבדות במהלך התקפות נגד של כוחותיו של רומל, נאלץ האחרון להורות בסופו של דבר על נטישת המצור על טוברוק ונסיגה מבליטת קירנאיקה. הקורפוס ה-13 מילא תפקיד מרכזי בניצחון הבריטי במבצע צלבן.