ב-31 באוגוסט 1944, יומיים אחרי פריצת המרד הלאומי הסלובקי נגד הכובשים הנאצים נשלח ברגר כמפקד משטרה ואס אס (HSSPF) לפקד על דיכוי המרד. החל מ-6 בספטמבר 1944 כ"מפקד גרמני של סלובקיה" (בגרמנית: Deutsche Befehlshaber in der Slowakei) הוא איחד את יחידות הדיוויזיה המשוריינת "טטרה", יחידות האס אס ל"הגנה של הדואר", הקומנדו המיוחד של דירלוונגר ואת הקבוצות המשמר הלינקה של משתפי הפעולה הסלובקים. במילוי משימת הדיכוי בסלובקיה עמד ברגר תחת פיקודם הישיר של היטלר ושל ראש המטה הכללי של הצבא, וילהלם קייטל. במקביל להפעלת היחידות הנ"ל פעלו גם אדולף אייכמן, אלויס ברונר ויוזף ויטיסקה בציד אחרי היהודים וגירושם למחנות המוות. בעקבות הצלחותיו בסלובקיה זכה ברגר לשבחים מצד היטלר. למרות הימצאותו בסלובקיה למשך חודש בלבד, "נוכחותו הייתה מכריעה", מעריך ההיסטוריון ראול הילברג,