24 липня 2016 року Джалоліддін Машаріпов дебютував у складі національної збірної Узбекистану, вийшовши на заміну в товариському матчі проти збірної Іраку. Він став майже постійним гравцем збірної, й навіть його дискваліфікація не стала на заваді головному тренеру збірної Ектору Куперу розглядати Машаріпова як одного із головних кандидатів на участь у Кубку Азії з футболу 2019 року. Півзахисник «Пахтакора» таки поїхав на Кубок Азії в ОАЕ. Там Джалоліддін Машаріпов зумів відзначитись забитим м'ячем у розгромній перемозі узбецької збірної над збірною Туркменістану з рахунком 4-0.