Quando a Guerra Civil Chadiana estendeu-se ao Borkou-Ennedi-Tibesti, em 1968, a Guarda viu-se cada vez mais na linha de frente contra os insurgentes. O confronto final entre a insurgência e as Forças Armadas Chadianas ocorreu em 1977-1978, quando Goukouni Oueddei, líder de uma facção do FROLINAT, conquistou todos os redutos governistas no norte do Chade, causando perdas impressionantes às forças armadas; a Guarda em particular perdeu muito no início de 1978, quando Goukouni tomou Fada e a capital de Bourkou-Ennedi-Tibesti, Faya-Largeau. Isso praticamente pôs fim com a Guarda, até a mesma ser reativada pouco antes de 1996 pelo atual presidente Idriss Déby.