Sau khi tiến hành sửa đổi mô hình hoạt động của đội bóng để phù hợp với sự ra đi của Wenger, chiến lược gia người Tây Ban Nha Unai Emery đã được chọn làm tân huấn luyện viên trưởng của câu lạc bộ vào ngày 23 tháng 5 năm 2018. Ông trở thành huấn luyện viên trưởng trưởng đầu tiên của đội bóng, đồng thời là huấn luyện viên thứ hai có xuất thân ngoài Vương quốc Anh. Trận đấu đầu tiên ông dẫn dắt Arsenal là trận thắng giao hữu 8–0 trước Boreham Wood. Mùa bóng đầu tiên, Emery không thể giúp Arsenal trở lại Champions League khi chỉ kết thúc mùa giải ở vị trí thứ 5 và thất bại 1–4 trong trận Chung kết UEFA Europa League 2019 trước Chelsea.