Nel 1991-1992 lo Spartak, piazzatosi secondo nel campionato sovietico del 1991 dietro il , si aggiudicò l'ultima edizione della Coppa dell'URSS e per la decima volta il trofeo battendo per 2-0 in finale proprio il CSKA. Nel 1992 vinse il primo campionato dell'epoca post-sovietica, aggiudicandosi prima il girone B e poi sopravanzando di 7 punti lo . Nel 1992-1993 raggiunse la semifinale della Coppa delle Coppe (eliminato dall'Anversa), mentre negli anni a venire il club avrebbe rappresentato la Russia anche in Champions League. Nel 1993 la squadra rivinse il campionato, cui aggiunse la vittoria della prima edizione della Coppa dei Campioni della CSI. Nel 1994 la squadra vinse campionato (terzo alloro di fila), Coppa dei Campioni della CSI e Coppa di Russia (4-2 ai tiri di rigore in finale contro il dopo il 2-2 dei 90 minuti), centrando così il "double".