Wywodził się ze szlacheckiej rodziny Lisowskich herbu Jeż. Ród ten pochodził z Pomorza, za panowania Zygmunta Augusta czterech rodzonych braci Jerzy, Krzysztof, Szczęsny i Jan Lisowscy osiedlili się na Litwie. Aleksander urodził się prawdopodobnie w 1575, jako jedno z dwanaściorga dzieci Jana. O jego młodości nie wiadomo wiele, pierwszą pewną informacją jest służba w oddziałach walczących dla hospodara mołdawskiego w 1599. Po klęsce Mołdawian pod Bukowem Lisowski przeszedł na stronę zwycięskiego Jana Zamoyskiego. Następnie służył w Inflantach, w 1600 był towarzyszem chorągwi husarskiej Szczęsnego Niewiarowskiego. Już w 1604 stał na czele konfederacji żołnierzy, którzy zbuntowali się z powodu niewypłacenia żołdu. Jako porucznik husarskiej chorągwi walczył przeciw Szwedom w bitwie pod Kircholmem. Za przywódczą rolę w buncie został skazany na banicję, ale wyroku nie wykonano. W czasie rokoszu Zebrzydowskiego stanął po stronie rokoszan z chorągwią kozaków, a po przegranej bitwie przeciw wojsku królewskiemu pod Guzowem uszedł z pola bitwy.