Il 28 maggio 1787, Ellsworth aderì alla Convenzione di Filadelfia in qualità di delegato del Connecticut con Roger Sherman e William Samuel Johnson. Egli è stato candidato alle Elezioni presidenziali negli Stati Uniti d'America del 1796 ricevendo undici voti nel collegio elettorale (classificandosi al sesto posto, l'elezione fu vinta da John Adams).