Crítico do envolvimento do Reino Unido nas guerras do Iraque e do Afeganistão, Choudary elogiou os responsáveis pelos atentados terroristas de 11 de setembro de 2001 nos Estados Unidos (a quem chamou "os mártires magníficos") e os atentados a bomba em Londres de 7 de julho de 2005. Ele apoia a implementação da lei islâmica (a "Sharia") por todo território britânico e organizou protestos durante a polêmica das caricaturas da Jyllands-Posten sobre Maomé, que o levou a tribunal por ter organizado uma demonstração ilegal. Ele foi processado, embora nenhuma acusação tenha sido feita, após comentários ofensivos feitos em 2006 contra o papa Bento XVI, que na sua opinião deveria ser executado.