Повернувшись до США, Гейс записався хірургом до армії Союзу. У 1862 році він був призначений командувачем загальної лікарні Саттерлі, розширеного військового госпіталю на 4500 місць у Філадельфії, який спостерігав велику кількість пацієнтів після Другої битви під Булл-Раном і Битви під Геттісбургом.