В 1996 році його було переобрано на президентську посаду. Невдовзі після цього країну вразила економічна криза, якій сприяв крах кількох «фінансових пірамід», що призвів до втрати заощаджень величезною масою населення. Люди звинуватили керівництво країни в участі у фінансових махінаціях. В результаті нападів на склади озброєння країна опинилась на межі громадянської війни й хаосу. У червні 1997 року були проведені дострокові парламентські вибори, на яких перемогла коаліція партій, яку очолили соціалісти. За місяць після поразки його партії Беріша пішов у відставку, продовжуючи очолювати демократів. В липні 1997 року Берішу на президентській посаді замінив соціаліст Реджеп Мейдані.