В течение второй фазы выполнения приказа основное внимание уделялось «другим антисоветским элементам», доля которых существенно увеличилась. Была усилена работа по выявлению и обезвреживанию «внутренних врагов», вышло на первый план преследование бывших социал-революционеров. Сам Сталин требовал от Ежова в письме от 17 января усилить преследования против этих лиц.