O "Akagi", junto com o "Kaga" e o "Zuikaku", partiram em 1º de fevereiro para procurarem forças norte-americanas que estavam atacando as Ilhas Marshall. O navio e os porta-aviões da Primeira e Segunda Divisões foram enviados no dia 7 para lançarem ataques contra Darwin, na Austrália, em 19 de fevereiro a partir de uma posição a cem milhas náuticas (190 quilômetros) do sudoeste de Timor, sendo uma tentativa de destruir instalações portuárias e aeronáuticas para que não interferissem na invasão de Java. O "Akagi" contribuiu com dezoito B5N, dezoito D3A e nove Zero, que pegaram os defensores de surpresa. Oito navios foram afundados, incluindo o contratorpedeiro norte-americano , enquanto outros catorze foram danificados. Nenhuma aeronave do porta-aviões foi perdida e o ataque impediu que Darwin contribuísse com a defesa de Java.