Inaugurace se odehrála 4. března 1865. Johnson přišel na ceremoniál podnapilý, což se odrazilo při jeho projevu. Později podal vysvětlení, že se alkoholem snažil tišit bolest způsobenou tyfem. V úřadu viceprezidenta strávil jen 1 měsíc a 10 dnů. V osudný 14. duben byl při představení ve Fordově divadle výstřelem smrtelně zraněn prezident Lincoln, který zraněním příštího dne podlehl. Atentátníkem byl herec a stoupenec Konfederace John Wilkes Booth.