I 2000/2001 returnerte Dostum til Afghanistan og inngikk et kompromiss med sin tidligere rival Massoud om å kjempe sammen mot Taliban. Motstanden mot Taliban hadde imidlertid kun begrenset innvirkning på det sittende regimet, frem til 7. oktober 2001 og den USA-ledede Operasjon Enduring Freedom. Nordalliansen kunne nå angripe et Taliban som var sterkt svekket av massiv amerikansk bombing og Taliban mistet raskt sin makt. 9. november 2001 gjeninntok Dostum og Nordalliansen Mazar-e Sharif, og fire dager seinerekunne de innta Kabul.