Le relazioni si inasprirono ancora una volta nel 1979, quando Saddam Hussein si insediò formalmente e lo scià dell'Iran fu rovesciato dalla rivoluzione islamica e sostituito da una teocrazia sciita sotto l'ayatollah Ruhollah Khomeini. La guerra scoppiò nel 1980 quando l'Iraq invase l'Iran, portando alla guerra Iran-Iraq che durò otto anni. La guerra fu quasi interamente combattuta in prossimità del confine internazionale, anche se il conflitto portò a una situazione di stallo. Dopo la fine dei combattimenti non vennero apportate modifiche al confine. Le relazioni sono state ripristinate nel 1990 e sono migliorate sostanzialmente dal rovesciamento di Saddam Hussein nel 2003.