Il Manchester United inizia la stagione 1999-2000 perdendo la Supercoppa inglese per 2-1 contro l'Arsenal e la Supercoppa europea contro la (0-1). In compenso vince l'Intercontinentale battendo per 1-0 i brasiliani del Palmeiras grazie ad una rete di Keane. I "Red Devils" dominano il campionato, conquistando il titolo con 91 punti, 18 in più dell'Arsenal secondo in classifica. In League Cup la squadra è esclusa al terzo turno dall'Aston Villa (3-0) e a scapito della partecipazione alla FA Cup, lo United partecipa alla prima edizione della Coppa del mondo per club FIFA, nonostante le critiche da parte dei media. In Champions lo United supera agevolmente due fasi a gironi, venendo eliminato ai quarti dal Real Madrid (3-2), futuro vincitore del trofeo. A fine stagione Sheringham è eletto giocatore dell'anno della PFA e giocatore dell'anno della FWA, ritornando al Tottenham. Al suo posto è chiamato Ruud van Nistelrooy, acquistato per € 28,5 milioni dal PSV, abbattendo nuovamente il record del trasferimento più costoso; il record è presto infranto dall'arrivo del centrocampista Juan Sebastián Verón, pagato € 42,6 milioni dalla Lazio. L'avventura nella Coppa del mondo si chiude alla fase a gironi, dove gli inglesi sono eliminati. Nella stagione 2000-2001 i "Red Devils" vincono nuovamente il titolo inglese davanti all'Arsenal, uscendo subito in League Cup (2-1 dal Sunderland al quarto turno) e in FA Cup (0-1 contro il West Ham nel quarto turno) e perdendo la Supercoppa inglese contro il Chelsea ad inizio stagione (2-0); in UEFA Champions League il Manchester United supera le due fasi a gironi concludendole al secondo posto, accedendo ai quarti di finale ma perdendo contro il Bayern Monaco, per 1-3.