Семен Федорович руководил действиями ВВС Краснознаменного Балтийского флота при обороне Ленинграда от массированных налётов врага, лично уделял внимание созданию воздушного прикрытия над Ладожским озером для обороны «Дороги жизни». Находился на фронте при проведении Тихвинской наступательной операции. С осени 1941 года и особенно в 1942 году на Северном флоте лично организовывал воздушное прикрытие союзных арктических конвоев и военно-морских баз при разгрузке пришедших транспортов с грузами по ленд-лизу.