El segon mandat de Correia, que va durar fins al 3 de desembre de 1998, es va veure enfosquit per la rebel·lió d'Ansumane Mané. Mané va ser acomiadat com a cap de l'estat major de les forces armades al juny de 1998, el que el va portar a rebel·lar-se contra el govern i iniciar una guerra civil, que va durar fins que es va signar un acord de pau entre el govern i els rebels al novembre de 1998. L'acord va durar sis mesos.