José Miguel Ramón Idígoras Fuentes (1958 bis 1963) unterstützte als Verbündeter der USA den fehlgeschlagenen Invasionsversuch von Exilkubanern in der Schweinebucht. 1960 scheiterte ein Putschversuch, an dem rund ein Drittel der Militärführung des Landes beteiligt war. Aus ihren Reihen ging der später einflussreiche Guerillaführer Luis Augusto Turcios Lima in den Untergrund. Seit 1962 betrieb die Linksopposition in Guatemala vermehrt einen Guerillakampf. Als sich bei der für 1963 angesetzten Wahl ein erneuter deutlicher Sieg Juan José Arévalos abzeichnete, putschte am 30. März 1963 das Militär und rief Verteidigungsminister Enrique Peralta Azurdia zum Präsidenten aus. Guatemala erhielt 1965 eine neue Verfassung, die das autoritäre Regierungssystem etwas liberalisierte. Gewerkschaften wurden zugelassen, ein neues Bürgerliches Gesetzbuch verabschiedet und eine Reihe weiterer vorsichtiger Liberalisierungsmaßnahmen in die Wege geleitet.