Повернення до анімації відбулося 2001 року з виходом «Віднесені привидами», який отримав численні нагороди, серед яких «Оскар» 2002 в номінації «Найкращий анімаційний фільм». Однак, творець фільму відмовився приїхати на церемонію нагородження через неприязнь до США за війну в Іраці. У 2004 році Міядзакі екранізував роман Діани Вінн Джонс «Мандрівний замок», що був згодом номінований на «Золотого лева» Венеціанського кінофестивалю. У 2005 році Хаяо Міядзакі удостоївся спеціального призу Венеціанського кінофестивалю за сукупний внесок в кіномистецтво. У 2008 вийшов анімаційний фільм «Рибка Поньо на кручі», який отримав дві нагороди Венеціанського кінофестивалю, дві премії Японської академії і приз Asian Film Awards в категорії «Найкращий композитор». Останнім на цей час повнометражним фільмом Міядзакі є «Вітер дужчає» на основі його ж манґи. Його було номіновано на «Золотий глобус» як найкращий фільм іноземною мовою та «Оскар» як найкращий анімаційний повнометражний фільм. У листопаді 2014 року Міядзакі здобув «Оскар» за видатні заслуги в кінематографі. Після випуску цього фільму він на якийсь час покинув студію Ghibli, заявивши, що йде на відпочинок і більше не зніматиме. Його колеги і послідовники продовжили створювати анімацію, в тому числі виконану в стилі Міядзакі.