Auch nach der US-geführten Intervention im Herbst 2001 ging Dupree nicht sofort nach Afghanistan zurück. Inzwischen umfasste die Sammlung des ACBAR 7.739 Titel. Erst 2005 kehrte Dupree nach Afghanistan zurück und versuchte mit der Regierung einen Platz für die Sammlung zu finden. Die Bücher und Dokumente wanderten an die Universität Kabul und wurden in der Afghan Collection at Kabul University zusammengefasst. 2012 baute man für 2 Millionen US-Dollar ein neues Gebäude. Inzwischen umfasst die Sammlung mehr als 100.000 Exponate.