L'Armada després participaria en l'Emergència Malaia, i la confrontació Indonèsia-Malàisia. En les últimes tres dècades la RNZN ha operat a l'Orient Mitjà en un nombre d'ocasions. Vaixells de la RNZN van jugar un rol en la Guerra Iran-l'Iraq, ajudant a la Royal Navy a protegir a vaixells neutrals en l'Oceà Índic. Fragates també van ser enviades a participar en la Guerra del Golf, i més recentment en l'Operació Enduring Freedom La RNZN també ha jugat un important rol en els conflictes del Pacífic. Forces navals van ser utilitzades en els conflictes en Bougainville, les Illes Salomó i Timor-Leste en els anys 1990. La RNZN també participa regularment en operacions de pau de les Nacions Unides. L'autoritat principal de l'armada era el Comodoro Auckland, a partir de 1961, però aquest títol va ser canviat a Comandant Marítim al març de 1993. Entre els Comodoros Auckland estava el Comodoro J O'C Ross, qui més endavant va escriure "The White Ensign in New Zealand", i posteriorment el Contraalmirall i Cap de les Forces Navals, John McKenzie.