Nepokoje a křehký mír byl narušen 6. dubna 1994, když bylo sestřeleno letadlo s prezidentem Habyarimanou a burundským prezidentem Cyprienem Ntaryamirou poblíž Kigali. Během následujících 100 dnů došlo ke rwandské genocidě. Odhaduje se, že při ní bylo zabito 800 tisíc až jeden milion Tutsiů a politicky umírněných Hutuů. Mezi prvními oběťmi genocidy byla rwandská premiérka Agathe Uwilingiyimana a 10 belgických vojáků operace UNAMIR, kteří ji měli chránit. Mandát mise UNAMIR byl sestaven podle kapitoly IV Charty OSN, jejíž hlavní náplní mělo být dodržování kontroly nad mírovým jednáním podle smlouvy Arusha. Vedení mise UNAMIR byla právně bezmocná v ochraně civilistů.