Als Indonesien mit der offenen Invasion am 7. Dezember begann, geriet Carapinha erneut in Gefangenschaft. Er wurde gefoltert und kam in das Gefängnis im Tropical-Gebäude (heute steht hier das Hotel Plaza). Einige Tage später wurde er in das Gefängnis Comarca gebracht und erneut gefoltert. Immer wieder wurde er im Shan-Thai-Ho-Gebäude verhört (heute das Gebäude der Western Union). Infolge der Folterungen und der Inhaftierung verstarb Carapinha 1981 und wurde zunächst auf dem Friedhof von Santa Cruz beerdigt.