Katarzyna, która obawiała się Kondeusza, wydała marszałkowi Tavannesowi rozkaz pochwycenia księcia. Przedsięwzięcie nie powiodło się i przywódcy protestanccy rozpoczęli kolejną, trzecią, wojnę domową. Henryk zajął się koncentracją wojsk, przygotowaniem planów wojennych, zaopatrzeniem armii. W październiku wyruszył z wojskiem nad Loarę. Początki wojny zeszły jednak na nieudanych negocjacjach. Na początku marca 1569 armia Henryka znajdowała się pomiędzy Angoulême a La Rochelle, zdążając w kierunku zagrożonego przez hugenotów Bordeaux, od przeciwnika oddzielała ją rzeka Charente. W nocy 12 na 13 Tavannes zmylił czujność Coligny’ego i przez pospiesznie zbudowany drewniany most przeprawił wojsko. Do bitwy doszło pod miejscowością Jarnac. W decydującym momencie bitwy, gdy kawaleria Kondeusza uderzyła na rajtarów katolickich, Henryk zatoczył ze swą jazdą szeroki łuk i z flanki uderzył na oddziały Kondeusza rozbijając je doszczętnie. Bitwa zamieniła się w rzeź. Kondeusz zginął w walce. Coligny’emu udało się wycofać z resztką wojska.