Bis 1943 hatte der Zweite Weltkrieg nur geringe Auswirkungen auf den Kanalverkehr und den Betrieb der Werft. Zwischen 1943 und 1945 wurde der Treidelbetrieb durch Bombenschäden stark beeinträchtigt und im Mai 1945 war die Wasserstraße für die Schifffahrt nicht mehr nutzbar, da die Wehrmacht bei Rückzugsgefechten vor der Roten Armee fast sämtliche Teltowkanalbrücken gesprengt hatte. 1949 wurde der Treidelbetrieb endgültig aufgegeben, die Anlagen wurden zwischen 1949 und 1952 abgerissen und größtenteils verschrottet. Auch die Leinpfadbrücke über der Hafeneinfahrt wurde demontiert. In der Nachkriegszeit blieb der Kanalverkehr stark eingeschränkt, denn im Juli 1950 sperrte die DDR die Wasserstraße an der Innerdeutschen Grenze in Rudow und Kleinmachnow, sodass der Kanal von und nach Westen unzugänglich war.