In der &lt;a href="Skilanglauf-Weltcup%201998/99"&gt;Saison 1998/99&lt;/a&gt; lief Schlütter in allen Weltcup-Rennen bis auf das letzte in Oslo in die Punkteränge. Seine besten Einzelresultate waren zwei zwölfte Plätze in Toblach und Falun. Bei den Weltmeisterschaften 1999 in Ramsau am Dachstein startete er erneut nur 50-km-Rennen. Als 23. konnte er dabei ein gutes Resultat erreichen. Seine bis dahin beste Weltcup-Saison konnte er im März als 28. der Gesamtwertung beenden. Bei den Deutschen Meisterschaften 1999 gewann Schlütter den Titel über die 50-km-Einzeldistanz.