Tras la conquista castellana de Córdoba en 1236, Fernando III de Castilla convirtió la mezquita en catedral y la dedicó a la Virgen María, sufriendo diversas alteraciones que acabarán configurando la actual Catedral de Córdoba. La primera misa se celebró el 29 de junio de ese año. Según el obispo Rodrigo Jiménez de Rada, Fernando III también devolvió las antiguas campanas de la catedral de Santiago de Compostela, que habían sido sustraídas por Almanzor, a dicha ciudad como acto simbólico.