Gran parte de la edificación colonial fue destruida en el terremoto del 20 de marzo de 1861, que motivó la construcción de la "Ciudad Nueva" en la zona de la antigua Hacienda de San Nicolás, aproximadamente 1 km al sudoeste del área fundacional. Como consecuencia del terremoto también falleció una buena parte de la población, con estimaciones de pérdidas humanas que van desde el 40 % hasta el 60 % de la población de la época.