17 вересня 1939 року, у день радянського вторгнення, віце-прем'єр-міністр і міністр фінансів Еугеніуш Квятковський дав розпорядження президенту банку про евакуацію всього кризового штабу BGK до Румунії. Керівництво банку зауважило, що це було зроблено за чітким розпорядженням «і прямих, і наглядових органів», і 17 вересня вони перетнули польсько-румунський кордон у Кутах. Бухарест, а потім Париж стали тимчасовими місцями перебування еміграційного керівництва банку, звідки після капітуляції Франції в червні 1940 року керівництво переїхало до Лондона. Діяльність емігрантських структур банку була зосереджена на забезпеченні коштів BGK на банківських рахунках у невоєнних країнах. Ці кошти в розмірі блищько 10 млн злотих розміщувалися в основному в банках США, Великої Британії та Швеції. Переказ цих коштів на рахунки BGK здійснювався під тиском Німеччини з боку національного управління банку. У вересні 1941 року прем'єр-міністр польського уряду в вигнанні звільнив генерала Романа Горецького з посади президента банку. Новим президентом лише у 1943 році став Кароль Александрович.