一眞の写真技術の評判は政府の耳目を集め、明治20年（1887年）、内務省の委嘱により皆既日食のコロナ撮影を行い、明治21年（1888年）には図書頭である九鬼隆一による近畿地方での古美術文化財調査に帯同し、文化財の調査撮影を行った。これをきっかけにフェノロサの日光の美術史調査にも帯同し、岡倉天心らと国華社を設立して明治22年（1889年）にはコロタイプ印刷による図版入りの美術雑誌「国華」の創刊へと繋がった。また、一眞は同年に休刊していた雑誌「写真新報」を編集人兼発行人として復刊して刊行を重ねた。一眞は数々の名所や風俗・文化財をはじめ、日清・日露戦争、明治天皇の大喪の礼、濃尾地震やアイヌ民族の生活調査など数多くの題材を写真に収めた。明治43年（1910年）、帝室技芸員として顕彰され、東京写真師組合を組織し同初代会長に任ぜられた。