Трансиордания сохраняла контроль над городом до Шестидневной войны 1967 года, когда Вифлеемом, вместе с остальной часть Западного берега, овладел Израиль. В 1995 году Израиль передал его Палестинской национальной администрации согласно мирным соглашениям в Осло. Израильские войска были выведены из Вифлеема, а через три дня город перешёл под полный административный и военный контроль ПНА. Во время Второй палестинской интифады 2000—2005 годов был нанесён ущерб инфраструктуре и туристической индустрии Вифлеема. В 2002 году это была первая боевая зона операции «Защитная стена», крупного военного контрнаступления Армии обороны Израиля. В ходе контрнаступления силы АОИ осадили базилику Рождества Христова, где искали убежища около 200 арабов, включая палестинских боевиков, захвативших в заложники около 60 священнослужителей Базилики. Осада длилась 39 дней. Несколько боевиков были убиты. В конечном итоге было заключено соглашение об изгнании 13 разыскиваемых боевиков в разные зарубежные страны и 26 — в Сектор Газа.