Nikolaus Kopernikus war der Sohn des Niklas Koppernigk, eines wohlhabenden Kupferhändlers und Schöffen in Thorn, und seiner Frau Barbara Watzenrode. Die Familie Koppernigk gehörte zur deutschsprachigen Bürgerschaft der Hansestadt Thorn im Kulmerland, der ältesten Stadt Preußens, die sich im Dreizehnjährigen Krieg im Verein mit dem Preußischen Bund aus dem Deutschordensstaat gelöst und sich 1467 als Teil des autonomen Königlichen Preußen dem König von Polen als Schutzherrn unterstellt hatte. Kopernikus’ Vater war zwischen 1454 und 1458 aus Krakau, wo er als Kupferhändler tätig gewesen war, nach Thorn umgesiedelt. Die Familie mütterlicherseits war ebenfalls wohlhabend. Sie stammte ursprünglich aus Wazygenrode. 1370 kam sie nach Thorn, wo Kopernikus’ Großvater Lukas Watzenrode (der Ältere) ab 1440 als Schöffe und später als Schöffenmeister tätig war.