In den folgenden Jahren errang Hijgenaar zahlreiche nationale Meistertitel im Zeitfahren, Keirin und Sprint. 2005 errang sie bei den Bahn-Weltmeisterschaften zwei Bronze-Medaillen im Zeitfahren und im Keirin. International war sie zudem erfolgreich im Teamsprint, gemeinsam mit Willy Kanis: Die beiden Fahrerinnen wurden 2007 Vize-Weltmeisterinnen. Zudem wurde Yvonne Hijgenaar bei der Bahn-WM 2009 in Pruszkow Dritte im Omnium. Nach ihrer Teilnahme an den Olympischen Spielen 2012 in London, wo sie Platz fünf im Sprint belegte, beendete sie ihre Radsportlaufbahn.