Po II wojnie bałkańskiej Bułgaria straciła uzyskane po I wojnie bałkańskiej nabytki terytorialne w Macedonii i Tracji. Zmusiło to hierarchów kierujących położonymi na ich terenie eparchiami do wyjazdu. Razem z nimi do Sofii przeniósł się egzarcha Józef, którego do przyjazdu do Sofii skłonił także fakt, iż w Konstantynopolu nie zostali już prawie żadni prawosławni Bułgarzy. Na urzędzie pozostawał do śmierci. Zmarł w 1915 i został pochowany w cerkwi św. Niedzieli w Sofii.