В 1990 году Лео Бенхаккер пригласил ван дер Лема в тренерский штаб «Аякса». В нём он отработал семь лет. Несколько лет специалист успешно работал в связке с Луи ван Галом и отвечал за переход игроков из молодёжного состава в основной. Позднее он ассистировал ему в «Барселоне». В 2002 году нидерландец возглавил сборную Саудовской Аравии. Её он привел к победам в Кубке арабских наций и в Кубке наций Персидского залива, но провалился во время китайского Кубка Азии 2004 года. На нём аравийцы не смогли преодолеть групповой этап. Во время работы в этой стране ван дер Лем перенёс сердечный приступ, который привёл к недолгой остановке сердца.