Em fevereiro de 2009, abrindo seu calendário competitivo internacional, Fabian venceu o individual geral da "Tyson American Cup" - de edição realizada em Hoffman Estates -, superando os anfitriões norte-americanos David Sender e Joseph Hagerty. No mês seguinte, na etapa alemã de Cottbus da Copa do Mundo, o ginasta, foi à duas finais. Na primeira, das paralelas, Hambüchen cometeu um erro na saída do aparelho e encerrou participação na quinta colocação. Em seguida, competindo em seu principal aparato, a barra fixa, o ginasta escorregou na retomada da barra e caiu fora da área dos colchões. Atendido pelos médicos da equipe, o atleta não pôde encerrar sua apresentação. Dois meses mais tarde, no Campeonato Europeu, o atleta subiu ao pódio nas três finais das quatro para as quais se classificou. No concurso geral, Fabian conquistou a medalha de ouro, com a nota 89,175. Nas finais por aparelhos, ouro no solo, a frente do compatriota Matthias Fahrig e bronze nas barras paralelas. No salto, o ginasta encerrou participação na sétima posição. No mês de outubro, participando dos treinamentos durante o Mundial de Londres, sofreu uma lesão e fora obrigado a abandonar a competição antes das classificatórias.