במהלך הפלישה הפלישה היפנית לפיליפינים ב-1942 נלחם אילדפונסו במסגרת הצבא הפיליפיני בקרב בטאן. הוא נלקח בידי היפנים כשבוי מלחמה, ושרד את צעדת המוות בבטאן באפריל, אך מת כחודשיים לאחר מכן במחנה קאפאס. גופתו לא אותרה מעולם.