Neben Ernst Däumig und Wilhelm Koenen war Stoecker einer der führenden Vertreter des linken USPD-Flügels, betrieb auch dessen Zusammenschluss mit der KPD, gehörte 1920 bis 1921 dem Vorstand der vereinigten Partei an und wurde zu deren wichtigsten Parlamentariern gezählt. Ab 1923 wieder Vorstandsmitglied, wurde er auch "Polleiter" des "Oberbezirkes West" und war auf Grund seiner mutmaßlichen Involvierung in den gescheiterten Hamburger Aufstand im Herbst 1923 bei den folgenden Parlamentsauflösungen auf Grund eines Haftbefehls jeweils zur Fahndung ausgeschrieben. Der zur "Mittelgruppe" der Partei gehörende Stoecker wurde im Dezember 1924 Vorsitzender der KPD-Fraktion im Reichstag (bis ihn 1929 Ernst Torgler ablöste) und nahm nach der Absetzung der Führung um Ruth Fischer nach einer Komintern-Intervention 1925 in der neuen Führung unter Ernst Thälmann eine wichtige Rolle ein, was sich auch durch Stoeckers kurzzeitige Unterstützung einer Suspendierung Thälmanns von allen Parteiämtern während der Wittorf-Affäre 1928 nicht änderte. Stoecker, der auch Vorsitzender des "Internationalen Bundes der Freunde der Sowjetunion" war, verlor nach 1930 in der Partei an Bedeutung und wurde 1932 auch nicht mehr als Kandidat bei den Reichstagswahlen aufgestellt.