Am 14. Oktober 2019 wurde er im Rahmen des Strafverfahrens gegen 12 katalanische Politiker wegen „Aufruhr“ (span: "sedición") zu einer Gefängnisstrafe von neun Jahren verurteilt. Die Staatsanwaltschaft hatte zudem auf eine Verurteilung wegen „Rebellion“ (span: "rebelión") geklagt und eine Haftstrafe von 17 Jahren gefordert. Im Juni 2021, nach einer Inhaftierung von drei Jahren und acht Monaten, wurde Cuixart auf Beschluss der Regierung des spanischen Präsidenten Pedro Sánchez begnadigt, obwohl Cuixart weiterhin für die bedingungslose Autodetermination Kataloniens eintritt. Ihm wurde eine fünfjährige Bewährungsfrist auferlegt, sowie ein Ämterverbot bis 2027.