Com as outras equipes tradicionais em baixa no cenário nacional, não foi muito difícil para quebrar o recorde de títulos da Ligue 1 consecutivos. E isso aconteceu na temporada de 2005–06, uma das principais de Juninho no clube, sendo eleito o melhor jogador da mesma e, pelo quinto ano consecutivo, para a seleção do torneio. A fase espetacular vivida no Lyon lhe garantiu vaga incontestável na Seleção Brasileira para as disputas da Copa das Confederações 2005 e da Copa do Mundo de 2006.