Tras los ataques terrorista del 11 de septiembre de 2001, Mojaddedi fue uno de las primeras personalidades afganas en condenar duramente el atentado, pero cuando ocurrió la invasión de Estados Unidos a Afganistán —ya que allí estaban las principales bases de Al Qaeda—, Mojaddedi declaró el 24 de octubre de 2001, condenando la muerte de civiles durante la intervención estadounidense en el país, exigiendo que no siguieran asesinando civiles, ni destruyendo sus hogares.