Nachdem Kasachstan 1991 die Unabhängigkeit von der Sowjetunion erlangt hatte, wurde er im Dezember des Jahres stellvertretender Minister für Auswärtige Angelegenheiten des Landes. Bereits im Oktober 1994 löste er Qanat Saudabajew als Außenminister Kasachstans ab, ab März 1999 bekleidete er zudem auch das Amt des stellvertretenden Premierministers Kasachstans. Nachdem Nurlan Balghymbajew am 1. Oktober 1999 als Premierministers zurückgetreten war, führte Toqajew als sein Stellvertreter dieses Amt zunächst kommissarisch aus, bevor er am 12. Oktober das Amt des Premierministers offiziell übernahm. Nach rund zwei Jahren in diesem Amt trat er am 28. Januar 2002 zurück und wurde daraufhin erneut kasachischer Außenminister. Zwischen Januar 2002 und Juni 2003 bekleidete er zusätzlich das Amt des Staatssekretärs des Landes. Nach seiner zweiten Amtszeit als Außenminister war er von Januar 2007 bis April 2011 stellvertretender Vorsitzender des Senats der Republik Kasachstan.