En el invierno de 1925, con la crisis política que llevaría en la primavera siguiente al golpe de Estado de Piłsudski, Sikorski trató de acabar con las muestras de apoyo al mariscal, que consideró faltas de la disciplina militar, relevando a varios mandos. Tomó precauciones para tratar de evitar el golpe militar pero a finales de noviembre fue sustituido al frente del Ministerio de Defensa en el nuevo gabinete, que puso en su lugar a un partidario del mariscal. Sikorski fue nombrado jefe de la región militar de Leópolis y alejado así de la capital.