Am Abend des 12. April 2020 starb er während der COVID-19-Pandemie in Israel. Bakshi-Doron war fünf Tage zuvor in ein Krankenhaus in Jerusalem eingeliefert worden, nachdem er Symptome der Erkrankung gezeigt hatte. Am Morgen des 13. April wurde er auf dem Jerusalemer Friedhof Har ha-Menuchot beigesetzt.