Le coup d'État avorté de juillet 2016 a pour effet la coupure d'électricité dans la base et aucun ordre de vol n'est possible. La secrétaire de l'information du Pentagone américain, Peter Cook, déclare que: Le capitaine Danny Hernandez, porte parole de l'EUCOM affirme que Le niveau de sécurité est passé à DELTA, le plus élevé, le personnel américain est assigné à la base et le personnel turc est désormais interdit d'accès. Le , le générateur électrique n'est toujours pas en marche, et la permission de mener des opérations aériennes contre l'organisation État islamique à partir de la base d'Incirlik n'est plus donnée par les autorités turques. Le Général Bekir Ercan Van, commandant turc de la base, a été arrêté par les hommes des forces locales loyales au président Erdogan.