В это время началась Греко-турецкая война (1919—1922). Учитывая невозможность взять под полный контроль вилайет, в 1920 году турецкий лидер Мустафа Кемаль приказал в городах устроить резню греческого и армянского населения, также перебить многих сторонников султанского правительства, черкесов, лазов, левантийцев. Для их защиты греки вошли в Хюдавендигар, нанеся в 1921 году в битве при Афьонкарахисаре-Эскишехире поражение войскам Турецкой республики, которые отступили в вилайет Анкара. Перед этим значительная часть христианского населения была депортирована в центр и на восток Малой Азии.