Nejstarší kostel v Košicích vznikl pravděpodobně okolo poloviny 11. století a zasvěcen byl svatému Michalovi. Byl postaven v románském slohu na místě současného chrámu. Již jako farní kostel je zmíněn v nejstarší písemné zmínce o městě pocházející z roku 1230. Po usazení německých kolonizátorů v Košicích ve 40. letech 13. století, kdy se svatá Alžběta stala patronkou města, došlo i ke změně původního patrocinia kostela, který byl následně zasvěcen právě svaté Alžbětě. Při této příležitosti byl kostel ve druhé polovině 13. století upraven do podoby v gotickém slohu. Kostel si zachoval románskou věž, ale dostal gotickou klenbu a uzávěr svatyně. Listina papeže Martina IV. z roku 1283 už uvádí zasvěcení kostela svaté Alžbětě.