Saltholm est, depuis 1983, une réserve naturelle avec un grand nombre d'oiseaux sauvages qui y nichent. La partie sud de l'île, qui est constituée d'un vaste marais salé, est protégée par la Convention de Ramsar. L'île dans son ensemble, ainsi que ses littoraux, ont été désignés comme étant une réserve naturelle par l'Union européenne. En raison de l'importance de sa faune, l'accès à Saltholm et aux eaux environnantes est strictement contrôlé. L'accès à l'île se fait par un petit port à "Barakkebro", à l'extrémité nord de Saltholm.