Kilku funkcjonariuszy sądu zeznało później, że część protokołu została zmieniona na niekorzyść Joanny d’Arc. Wielu duchownych służyło pod przymusem, w tym inkwizytor Jean Lemaitre. Anglicy nawet kilka razy grozili mu śmiercią. Zgodnie z inkwizytorskimi wytycznymi Joanna powinna być zamknięta w kościelnym więzieniu pod nadzorem kobiecej straży (np. sióstr zakonnych). Natomiast Anglicy zamknęli ją w świeckim więzieniu strzeżonym przez ich własnych żołnierzy. Biskup Cauchon nie pozwolił jej odwołać się do rady Soboru Florenckiego i papieża, który powinien przerwać to postępowanie. Dwanaście artykułów oskarżenia podsumowujących wyrok sądu pozostawało w sprzeczności z protokołem procesu. Pozwana będąca analfabetką podpisała dokument, który zawierał przyznanie się do winy, pod groźbą natychmiastowej egzekucji. Sąd natomiast zastąpił ten dokument innym w oficjalnym protokole.