В 1647 году король даровал дону Хуану титул «князь моря» ("Príncipe de la Mar") и поручил ему возглавить испанский военно-морской флот. Первым его военным предприятием стало успешное подавление восстания Мазаньелло в Неаполитанском королевстве. До 1651 года дон Хуан был вице-королём Сицилии, затем был отправлен бороться с восставшими каталонцами. Его войска усилили осаду Барселоны, занятой повстанцами и помогавшими им французами, и 11 октября 1652 года дон Хуан принял капитуляцию города (при условии амнистии участвовавших в мятеже и неприкосновенности городских вольностей). Милосердие к побеждённым, привлекательная внешность и личные качества расположили к нему местное население. 28 января 1653 года он был назначен вице-королём Каталонии и пребывал в этой должности чуть более трёх лет. За это время ему удалось добиться лояльности каталонцев к испанской короне и одержать несколько важных побед над французскими войсками.