Tijdens het seizoen 2007-2008 maakte hij zijn debuut bij de profs. Hij won zijn eerste klassementscross tijdens de Wereldbeker van Kalmthout. Later dat seizoen werd hij tweede op het WK. Ook in 2009 werd hij vicewereldkampioen. In het daaropvolgende seizoen 2009-2010 werd het Wereldkampioenschap gehouden te Tábor, in zijn thuisland. Voor eigen publiek werd hij voor het eerst wereldkampioen veldrijden bij de profs. Dat seizoen won hij ook nog het eindklassement van zowel de Wereldbeker als de Superprestige. Een jaar later, op 30 januari 2011, verlengde hij zijn wereldtitel. Ditmaal klopte hij in St. Wendel de Belgen Sven Nys en Kevin Pauwels. Na zijn tweede wereldtitel maakte Štybar vanaf 1 maart 2011 de overstap naar het Belgische UCI World Tour team Quick-Step. Eind december 2011 maakte Štybar bekend zich vanaf 2012 in de eerste plaats op het wegwielrennen te zullen focussen.