In 1976 werd Equatoria gesplitst in de deelstaten Oost, Centraal en West-Equatoria. De regio werd geplaagd door geweld gedurende de Eerste en de Tweede Soedanese Burgeroorlog, alsook door anti-Oegandese milities die opereerden vanuit Zuid-Soedan zoals het Verzetsleger van de Heer en het West Nile Bank Front.