Afrânio lutou, em , sob o comando de Cipião, na Batalha de Tapso, na qual os pompeianos seriam derrotados. Logo depois, ele e Fausto Cornélio Sula, filho de Sula, o ditador, tentaram escapar para a Mauritânia para continuar a resistência com cerca de cavaleiros, mas acabaram todos capturados por Públio Sítio, um mercenário aliado de César. Depois de mantê-los presos por vários dias, os guardas se revoltaram e mataram todos os prisioneiros republicanos de renome, incluindo Afrânio.