1963'te Second Division'a düştükten sonra, Ocak 1965'te Swindon Town'a karşı oynanan mücadelede 8,015'lik seyirci katılımıyla kulüp en düşük seyirci sayısı rekoruna ulaşarak sıkıntılı bir görünüm çiziyordu. 1965 yazında Joe Mercer kulübün teknik direktörlüğüne ve Malcolm Allison ise onun yardımcılığına getirildi. Mercer yönetimindeki ilk sezonda City, Second Division şampiyonluğunu kazanırken, Mike Summerbee ve Colin Bell ile de anlaşma imzalandı. Manchester City iki sezon sonra 1967-68 sezonunda, ligin son haftasında deplasmanda Newcastle United'ı 4-3 mağlup etti. Yakın komşusu Manchester United ise evinde Sunderland'e 2-1 malup olunca, City ligi United'ın iki puan önünde şampiyon tamamladı ve ikinci kez bu başarıya ulaşmış oldu. City, 1969'da Leicester City'yi 1-0 mağlup ederek FA Cup'ı kazandı. 1970'te ise Viyana'da Górnik Zabrze'yi 2-1 yenerek maçı kazandı ilk kez Avrupa Kupa Galipleri Kupası şampiyonluğuna ulaştı. City aynı sezon lig kupasını da kazandı ve aynı sezonda hem bir Avrupa kupası hem bir yerel kupa kazanan ikinci İngiliz takımı oldu.