После присоединения Австрии к Третьему Рейху возглавил гестапо в Санкт-Пёльтене. В апреле 1938 года был переведён в гестапо в Вене, где возглавил отраслевой отдел. В 1939 году получил докторскую степень по юриспруденции и чин правительственного советника, а потом снова возглавил гестапо в Санкт-Пёльтене. С 1940 года Ауингер вновь служил в венском гестапо. В 1942 году занимал должность заместителя руководителя гестапо в Линце и Зальцбурге. С июля по октябрь 1942 года возглавлял зондеркоманду 7b, входившую в состав айнзацгруппы B и действовавшую в Белоруссии. С декабря 1942 года служил в чине старшего правительственного советника в гестапо в Праге. Также в 1944 году служил в айнзацкоманде 7 в Пече в Венгрии. Затем три месяца работал в информационном отделе Главного управления имперской безопасности.