Dopo il suo ritorno in Francia, Désirée incontra il suo futuro marito, il generale francese Jean-Baptiste Jules Bernadotte. Si sposarono a Sceaux il 17 agosto 1798. La coppia ebbe un solo figlio, Oscar nato nel 1799. Bernadotte era uno dei maggiori generali dell'esercito francese e per questa ragione di solito lontano da Parigi. Désirée aveva un buon rapporto di amicizia sia con la famiglia Bonaparte che con l'Imperatrice Giuseppina, e si rifiutò sempre di schierarsi nei conflitti di famiglia. Ebbe un ruolo nella cerimonia d'incoronazione nel 1804, in cui sosteneva lo strascico dell'Imperatrice e sembra che abbia sostenuto Giuseppina quando le sorelle Bonaparte, che sostenevano anche loro lo strascico, avevano tentato di farle perdere l'equilibrio. Désirée viveva un'agiata vita sociale a Parigi durante le lunghe assenze del marito, sebbene preferisse un'informale vita familiare a quella della Corte Imperiale. Tra il 1804 ed il 1805, Bernadotte fu nominato "Governatore di Hannover". Désirée con il figlio si trasferì ad Amburgo, ma presto ritornò a Parigi. Non era felice lontano da Parigi. Quando il marito fu nominato Principe di Pontecorvo nel 1806, Désirée gli chiese preoccupata se sarebbe stato costretto a lasciare Parigi, e ne fu felice quando fu certo che ciò non sarebbe accaduto. Nel 1807, fece visita a Bernadotte a Spandau.