Erst am 17. und 18. Mai 1986 absolvierte Thompson seinen ersten Zehnkampf nach seinem zweiten Olympiasieg. In Arles gewann er beim Länderkampf gegen Frankreich mit 8667 Punkten. Unmittelbar vor den Commonwealth Games 1986 in Edinburgh geriet Thompson in der britischen Presse unter heftige Kritik: Die englische Mannschaftsleitung hatte Thompson ausgewählt, bei der Eröffnungsfeier am 24. Juli die Flagge zu tragen; Thompson weigerte sich, da er sich in seiner Vorbereitung auf den Zehnkampf am 27. und 28. Juli beeinträchtigt fühlte. Im Wettkampf zeigte er sich von den Querelen ungerührt und gewann souverän mit 8663 Punkten vor Dave Steen, der 490 Punkte zurücklag. Zusätzlich wurde Thompson auch in der englischen Sprintstaffel eingesetzt; in der Besetzung Lincoln Asquith, Thompson, Mike McFarlane und Clarence Callender lief die Staffel in 39,19 s nur vier Hundertstelsekunden hinter den Kanadiern über die Ziellinie. Vier Wochen später, am 27. und 28. August, wurde der Zehnkampf bei den Europameisterschaften in Stuttgart ausgetragen. Der Wettkampf begann wie so oft: Mit 10,26 s ging Thompson gleich in der ersten Disziplin in Führung, Hingsen holte im Hochsprung auf und nach dem ersten Tag führte Thompson 4617 Punkten vor Hingsen mit 4589 Punkten, auf Platz 3 folgte Torsten Voss aus der DDR mit 4570 Punkten vor Siegfried Wentz mit 4521 Punkten. Die Entscheidung fiel einmal mehr im Stabhochsprung, als Daley Thompson mit 5,10 m Hingsen um 50 Zentimeter übertraf. Am Schluss gewann Thompson mit 8811 Punkten vor Hingsen mit 8730 Punkten, Wentz mit 8676 Punkten und Voss mit 8450 Punkten. Thompson erreichte die zweithöchste Punktzahl seiner Karriere und hatte doch am Ende einen eher knappen Vorsprung. Wie vier Wochen zuvor in Edinburgh lief Thompson auch in Stuttgart in der britischen Staffel mit. In der Besetzung Elliot Bunney, Thompson, McFarlane und Linford Christie erreichte die Staffel in 38,71 s als Dritte hinter der UdSSR und der DDR das Ziel.