در ۱۷ آوریل ۱۹۶۱، طی حمله به خلیج خوک‌ها، ۱٬۴۰۰ تبعیدی کوبایی که در آمریکا آموزش دیده بودند، به کوبا حمله کردند. گوارا نقشی اساسی در این درگیری ایفا نکرد، زیرا روز قبل از حمله، یک ناو جنگی حامل تفنگداران دریایی تظاهر به حمله به ساحل غربی پینار دل ریو کرد و نیروهای تحت امر گوارا را به آن منطقه کشاند. با این حال، مورخان برای چه نقشی در پیروزی دولت کوبا قائل هستند؛ زیرا او در آن زمان مدیر آموزش نیروهای مسلح کوبا بود. تاد سالچ، نویسنده، در روایتش از پیروزی دولت کوبا، می‌گوید: «انقلابیون پیروز شدند زیرا چه گوارا، به عنوان رئیس بخش آموزش نیروهای مسلح انقلابی مسئول برنامه آموزش، شبه‌نظامیان را تعلیم می‌داد. او کار خودش را به خوبی انجام داده بود و ۲۰۰٬۰۰۰ زن و مرد را برای جنگ آماده کرده بود.»در همین زمان بود که اسلحه گوارا به‌طور اتفاقی از غلاف خارج شد و شلیک کرد که گونه او را خراش داد.