Nel 1999, durante la Guerra del Kosovo, circa 340 000 albanesi fuggirono dal Kosovo e si rifugiarono nella Repubblica di Macedonia, alterando pericolosamente la vita normale della regione dove i rifugiati si stabilirono e minacciando di alterare l'equilibrio esistente tra slavo-macedoni e albanesi. Vari campi profughi vennero installati nella Repubblica di Macedonia. Nel frattempo Atene si raccolse a sostegno di Skopje e diede il permesso alle forze NATO di attraversare la Macedonia greca verso la regione più settentrionale prima di una possibile invasione da parte della Serbia. Salonicco divenne la città cardine per gli aiuti umanitari alla regione. La Repubblica di Macedonia in sé non prese parte al conflitto.