Pope nasceu em Louisville, Kentucky, filho de Nathaniel Pope, um proeminente juiz federal no recém-organizado Território de Illinois e amigo do advogado Abraham Lincoln. Graduou-se pela Academia Militar em 1842 e formou-se Segundo-Tenente dos Engenheiros Topógrafos. Ele serviu na Flórida e depois na fronteira americana com o Canadá. Ele lutou sob o comando de Zachary Taylor nas Batalha de Monterrei e Batalha de Buena Vista durante a Guerra contra o México, sendo promovido para Primeiro-Tenente e Capitão. Após a guerra Pope foi trabalhar em Minesota. Em 1850 ele demonstrou a navegabilidade do Rio Vermelho (afluente do Rio Mississippi). Serviu como engenheiro-chefe no Departamento do Novo México de 1851 a 1853 e passou os anos anteriores à Guerra Civil trabalhando para a Ferrovia do Pacífico.