Op 15 juni 2006 werd hij voor de tweede maal hoofdcoach van Stoke City, als opvolger van Johan Boskamp. Pulis stond op 14 mei 2011 met Stoke City in de finale van de strijd om de FA Cup. Daarin verloor zijn ploeg met 1-0 van Manchester City door een treffer in de 74ste minuut van Yaya Touré.