Nonostante la nuova disponibilità economica e i proclami di riscatto, Mancini entrò in rotta con le nuove figure dirigenziali e si dimise a pochi giorni dal campionato 2016-2017. L'Inter chiamò l'olandese Frank de Boer a prenderne il posto, ma la mossa, compiuta in tempi rapidi quanto stretti, non diede i frutti sperati; attardati dalle prime posizioni già a settembre, i nerazzurri disputarono in Europa League il loro peggior girone nella storia delle coppe internazionali. Nel mese di novembre, De Boer fu sollevato dall'incarico che passò nelle mani di Stefano Pioli. L'ex tecnico della Lazio costruì una rimonta nei mesi invernali, portando i milanesi a competere per il terzo posto. Come già accaduto in altre occasioni però, la squadra palesò un calo primaverile tale da vanificare il buon lavoro svolto fino a quel punto. Arrivata a totalizzare un filotto di 8 partite senza vittorie, la squadra esonerò anche Pioli affidandosi, per le ultime 3 giornate, a Stefano Vecchi, responsabile della Primavera. Il campionato finì con un settimo posto, mancando l'ingresso in Europa (per un punto) a favore del Milan.