Jeho vliv začal klesat během 60. let. Do funkce děkana Filozofické fakulty prosadil Jaromíra Langa, představitele konzervativních dogmatických komunistů, proti jehož nominaci se rozhořel na univerzitě spor. Po odchodu Hrbka z postu rektora Lang rovněž ukončil výkon své funkce děkana. Ve svém postrektorském období se věnoval vědecké práci. Během prvních fází pražského jara v roce 1968 se výrazněji politicky a veřejně neangažoval. V dubnu 1968 se ale postavil proti požadavku některých pedagogů na Univerzitě Palackého na revizi kádrových prověrek z 50. let, u nichž sám asistoval. Prohlásil, že je třeba „"usilovat o všestrannou a plnou renesanci zásad leninismu"“ a čelit „"jak konzervativnímu dogmatismu, tak bezzásadovému oportunismu a maloměšťáckému radikalismu."“ Reformně naladění členové univerzity naopak kritizovali Hrbkovu předchozí politickou činnost. V září 1968 požádal Hrbek o zproštění všech akademických povinností kvůli pracovnímu zaneprázdnění a kvůli rodinným okolnostem (při automobilové nehodě tehdy zemřel jeho syn Jaromír). V listopadu 1968 zaslal zdravici aktivu Svazu československo-sovětského přátelství, přičemž zdravice byla prezentována jménem celé univerzity. V následujících dnech proti vyznění zdravice protestovali studenti a v atmosféře studentské okupační stávky na podporu myšlenek pražského jara byl Hrbek označen za stoupence sovětské okupační politiky. Hrbek obvinil vedení univerzity z toho, že tiše podporuje slovní útoky na jeho osobu. V následujících měsících byl Hrbek v rámci univerzity představitelem konzervativní komunistické frakce Levá fronta, která kritizovala reformně naladěné členy akademického sboru. 6. května 1969 zaslal Jaromír Hrbek a další členové této skupiny důvěrný dopis Gustávu Husákovi, Lubomíru Štrougalovi a Miloši Jakešovi, kde reformní členy pedagogického sboru označil za „"hlavní představitele pravicového oportunismu v OV KSČ a na UP".“