Фридрих сражался в войнах против Дании, Австрии и Франции. Хотя он каждый раз был против применения военной силы, с началом войны он от всего сердца поддерживал прусскую армию и занимал различные командные посты. Поскольку он не располагал политическим влиянием, для него это была возможность проявить себя. Первый раз командование он принял в ходе Второй войны за Шлезвиг. Назначенный наблюдателем в штаб верховного главнокомандующего Германского союза фельдмаршала Врангеля, Фридрих, проявляя тактичность, улаживал споры Врангеля со его офицерами. Пруссаки и их австрийские союзники разгромили датчан и захватили южную часть полуострова Ютландия. После войны союзники провели два года в раздорах за верховодство германскими государствами, что вылилось в австро-прусскую войну. Фридрих был единственным членом прусского королевского совета, защищавшим права Фридриха, герцога Шлезвиг-Голштинского, и выступал против войны с Австрией, которую называл «братоубийственной». Хотя он поддерживал объединение и реставрацию средневековой империи, «Фриц не мог принять мысль, что война есть верный путь к объединению Германии». Тем не менее, когда разразилась война с Австрией, Фридрих принял командование над одной из трёх прусских армий, главой его штаба стал генерал Леонгард Граф фон Блюменталь. Своевременное прибытие его второй армии на поле боя стало главной причиной решающей победы Пруссии в битве при Садове, что привело к победе Пруссии в войне. Всё же кровопролитие вызвало у него большое уныние. За несколько дней перед сражением под Садовой Фридрих писал жене, выражая надежду, что это будет последняя война, в которой он сражается. На третий день сражения он снова написал жене: «Кто знает, может быть, нам не придётся вести третью войну, чтобы сохранить то, что мы сейчас завоевали?». Фридрих пользовался большой популярностью в армии и народе как «Наш Фриц» ().