Odrębne problemy pojawiły się wewnątrz samej partii. Po przejęciu władzy w Iraku Ali Salih as-Sadi zaczął przedstawiać bardziej radykalny program socjalistyczny niż do tej pory; część innych czołowych działaczy partyjnych nie popierała tej zmiany. Odrębną frakcję utworzyli Hazim Dżawad oraz minister spraw zagranicznych Talib Szabib, bliscy panarabistom niebędącym członkami partii. Kolejne grupy, oparte raczej na więziach personalnych niż ideowych, skupiały się wokół Ahmada Hasana al-Bakra, Tahira Jahji (naczelnego dowódcy sił zbrojnych) oraz Saliha Mahdiego Ammasza (ministra obrony). Wszyscy oni, jako oficerowie, byli również bliżsi innym wojskowym, także niebasistom, niż radykalnym socjalistom z otoczenia as-Sadiego. Wewnętrzne spory o program gospodarczy i polityczny, w tym o potencjalne zjednoczenie z Egiptem, zaostrzyły się jeszcze, gdy syryjski oddział partii Baas objął władzę w swoim kraju po zamachu stanu przeprowadzonym 8 marca 1963. W kwietniu powołany został trójstronny komitet zjednoczeniowy, w którym obok przedstawicieli Iraku i Egiptu znaleźli się również Syryjczycy.