1649 року Київ захопили козацькі війська у виру Хмельниччини. Богдан Хмельницький урочисто в'їхав до міста під схвальні вигуки киян і православного духовенства. Київ стає центром козацького Київського полку та сотні. У травні 1649 року козаки вчинили жорстокий триденний погром шляхтичів, католицького духівництва, монастирів і костелів. Погром спровокував містянин Полегенький з оточення Хмельницького. 1651 року Київ захопили війська литовського гетьмана Януша Радзивілла, який спалив Поділ. 4 червня 1652 один з козаків, що прихильно ставився до А. Кисіля, таємно повідомив воєводу про поразку коронного війська під Батогом, радив швидко покинути Київ, що той зробив зразу вночі. Шляхтичі, що взнали це, поспішно покидали місто. Тих, хто не встиг вийти до полудня, з міста не випустили. Київ повернуто козакам.