З самого початку НФА зайняв жорстку позицію стосовно карабаської проблеми. 6-8 січня 1990 року пройшла 3-тя конференція НФА, на якій відбулось відокремлення ліберальної частини цієї організації. НФА залишили Зардушт Алізаде, Аріф Юнусов, Лейла Юнусова й інші, хто не виявив бажання лишатись в одному таборі з ультрарадикалами. У 1990 році активісти Народного Фронту очолили народні заворушення на півдні та у Баку й брали участь у нападах на армійські підрозділи, введені до міста з метою наведення порядку. З'явились відомості про збройні загони НФА, які здійснювали самостійні операції в зоні Карабаського конфлікту. Того ж року партія отримала представництво у республіканській Верховній Раді й пізніше (у 1991) стала ініціатором створення Міллі Меджлісу. Мітинги Народного Фронту призвели у 1992 році до відставки першого президента Азербайджану Аяза Муталібова. Того ж року лідер Народного Фронту Абульфаз Ельчибей став новим президентом.