Après la mort du général Mola dans un accident d'avion, il prend le commandement de l'Armée du Nord, avec laquelle il conquiert la Biscaye, Santander (l'actuelle Cantabrie) et les Asturies (voir Bataille de Santander), ce qui cause la disparition du Front Nord républicain, et va déséquilibrer le sort de la guerre en faveur du camp franquiste. À titre personnel, Dávila est nommé en février 1938 ministre de la Défense pendant le premier gouvernement de Francisco Franco, en même temps qu'il est fait lieutenant-général.