Pouco depois de ser nomeado primeiro-ministro, no seguimento da Guerra Civil na Guiné-Bissau, Francisco Fadul apelou ao retorno de Cabral do seu exílio em Dezembro de 1998. Cabral disse, em resposta, no jornal português "24 Horas", que gostaria de voltar, mas que não o faria enquanto Vieira continuasse no poder; Vieira disse que não podia garantir a segurança de Cabral. Como resultado, Cabral afirmou que temia pela sua vida se voltasse enquanto Vieira continuasse como presidente. A 22 de Outubro de 1999, após o derrube de Vieira do poder, Ansumane Mané, que liderou o golpe de estado, convidou Cabral a voltar, oferecendo-lhe um passaporte que o designava como "Presidente do Conselho de Estado da Guiné-Bissau". Regressou a Bissau em meados de Novembro de 1999, afirmando na ocasião que não tinha intenção de voltar a ter um papel activo na política ou a voltar a juntar-se ao PAIGC.