La chartreuse est active jusqu'à la Révolution française, durant laquelle elle est fermée, vendue comme bien national, divisée en plusieurs lots, partiellement détruite et percée d'une voirie urbaine. Durant près de deux siècles, les parties subsistantes de la chartreuse, morcelée entre plusieurs propriétaires, sont réaménagées ou démolies en fonction des besoins. Le mobilier et les vitraux sont dispersés ; une partie est détruite postérieurement, soit en 1870 durant le siège de Strasbourg, soit durant la Seconde Guerre mondiale. L'hôpital local acquiert la quasi-totalité des bâtiments temporels.