FEMA'nın birincil amacı, Amerika Birleşik Devletleri'nde meydana gelen ve yerel otoritelerin kaynaklarının yetersiz kaldığı afetlere müdahalede koordinasyonu sağlamaktır. Bunun için afetin gerçekleştiği bölge valisinin olağanüstü hal ilan etmesi, ayrıca Amerika Birleşik Devletleri başkanı'ndan resmî olarak FEMA ve federal hükümetin yardımını istemesi gerekmektedir. Bunun tek istisnası; 1995 yılındaki Alfred P. Murrah Federal binasının bombalanması veya 2003 yılındaki Columbia Uzay Mekiği kazası gibi federal alanda meydana gelen acil durum ve afetlerdir.