Ο Ιωάννης παρέμεινε στον θρόνο και μετά την εκθρόνιση του Αλεξίου Γ', τον Ιούλιο του 1203 και, σύμφωνα με δυτικές πηγές, τόσο ο ίδιος όσο και ο Αλέξιος Δ΄ Άγγελος, υπό την απειλή της Τέταρτης Σταυροφορίας, αναγνώρισαν το παπικό πρωτείο το ίδιο έτος. Ήταν Πατριάρχης και κατά την άλωση της Πόλης από τους Σταυροφόρους το 1204, οπότε αναγκάστηκε να φύγει από την Κωνσταντινούπολη και να καταφύγει «ασάνδαλος» αρχικά στο Διδυμότειχο και κατόπιν στο Βασίλειο της Βουλγαρίας, όπου του παρείχε άσυλο ο ηγεμόνας των Βουλγάρων Ιωαννίτσης. Δεν παραιτήθηκε τυπικά όμως από το αξίωμα, και το 1206 αρνήθηκε πρόσκληση του Θεόδωρου Λάσκαρη να εγκατασταθεί στη Νίκαια.