Nell'agosto del 2006 il Catania, neopromosso in Serie A, acquista il suo cartellino per una cifra pari a 90.000$. Debutta in massima serie il 26 novembre 2006 contro il fornendo l'assist a Fabio Caserta per il 2-0 finale e l'11 febbraio del 2007 successivo subentra, al 79º minuto, a Giuseppe Colucci, nel derby pareggiato 1-1 in trasferta contro il Messina. Nella stagione seguente segna anche il primo gol per il Catania in Coppa Italia, all'andata dei quarti di finale a Udine, con un gran tiro da fuori area; nello stesso anno contribuisce alla salvezza dei siciliani, raggiunta all'ultima giornata. Nel campionato 2008-2009, con l'arrivo di Walter Zenga sulla panchina etnea, Izco diviene titolare del centrocampo del Catania e in un paio di occasioni ha ricoperto anche il ruolo di terzino destro.