이창근은 2012년 AFC U-19 챔피언십에서 U-20 대표팀의 주장으로 팀의 우승을 견인하였고 이듬해에 열린 2013년 FIFA U-20 월드컵에서 8강 진출을 이끌었다. 그리고 2015년 대한민국 U-23 대표팀에 발탁되어 킹스컵에 참가하여 우승에 일조했고 2015년 12월 26일 신태용 감독이 이끄는 2016년 AFC U-23 챔피언십에 출전하는 대한민국 대표팀 최종 명단에 포함되어 팀의 준우승과 함께 8회 연속이자 통산 10번째 올림픽 본선 진출에 이바지했으며 2020년 11월 17일 카타르와의 평가전에서 후반 시작과 함께 구성윤을 대신해 교체 투입되면서 국제 A매치 데뷔전을 치렀고 팀은 2-1로 승리하며 한국 축구 A매치 통산 500승의 금자탑을 쌓았다.