El segundo momento en que estas naciones tuvieron contacto fue en el Congreso Anfictiónico de Panamá de 1826, al que Bolivia fue invitada, pero por la pugnas internas del país andino esta no asistió, a pesar de que para ese entonces Sucre era quién estaba a la cabeza del país andino. Lo anterior obedecía a las pugnas internas que estaba viviendo la joven nación y que llevaron a la separación de los ideales bolivarianos. Para 1829 Bolivia elige a Andrés de Santa Cruz como presidente y con esto se ratifica el fin de la influencia colombiana en el país andino. Estos hechos fueron parte de los antecedentes que llevaron a que se desatara la Guerra grancolombo-peruana, y a esto se le suma la intervención peruana en Bolivia de 1828, en la que el país inca invadió a la joven nación con el fin de eliminar todo vestigio bolivariano.