Встановлення перського контролю над протоками перервало тривалий зв'язок Мегар з Візантієм і Халкедоном, підірвало морську торгівлю грецької метрополії і поступово призвело до занепаду економіки Мегар, які сильно залежали від контактів зі своїми колоніями. Однак, і перське панування над підкореними землями не було зовсім безхмарним. Багато грецьких міст повстало проти Ахеменідів; військам полководця Мегабаза, якого Дарій залишив у Європі, навіть довелося штурмом брати Перинф (колишня Мігдонія) і силою втихомирювати інші поліси. Незабаром інший перський полководець, Отана, знову зіткнувся з прагненням грецьких колоній у Фракії і на берегах чорноморських проток до незалежності. І знову перси силою придушили повстання, захопивши цього разу Візантій і Халкедон (значна частина підкореного населення була перетворена на рабів). Коли у 499 році до н. е. спалахнуло Іонійське повстання, однією з головних цілей греків було звільнення Геллеспонту і Босфору від перського контролю, адже торгівля іонійських міст і Афін з Понтом практично припинилася, опинившись в руках фінікійців — їх одвічних суперників, які стали союзниками персів.