Его отец, Джон Стюарт, был одним из твердых сторонников изгнанного короля Шотландии Иоанна Баллиоля и погиб в битве при Фолкерке в 1298 году. После поражения под Фолкерком Уильям Уоллес сложил с себя обязанности хранителя Шотландии в пользу Джона Комина, лорда Баденоха, племянника Иоанна Баллиоля. Джон Комин «Рыжий» добился некоторых успехов в борьбе против англичан. Вскоре между Робертом Брюсом и Джоном Комином разгорелась борьба за шотландский королевский престол. В 1306 году во время встречи обоих противников в Дамфрисе Джон Комин был смертельно ранен. Роберт Брюс одержал ряд побед над кланом Коминов и вскоре занял королевский престол. Во время гражданской войны Александр Стюарт сражался на стороне Джона Макдугалла, лорда Аргайла, против Роберта Брюса, но в 1308 году был захвачен своим кузеном Джеймсом Дугласом и получил королевское помилование.