19 серпня 1941 року Директивою був утворений Одеський оборонний район. Його командувачем призначений контр-адмірал Г. В. Жуков. Разом з Військовою Радою Одеського оборонного району він керує діями Приморської армії, кораблів Військово-Морський бази, перебудовою одеських підприємств на військовий лад. Він робить все, щоб всі сили армії і міста були підпорядковані інтересам оборони міста. Протягом 73 днів героїчної оборони Одеси воїни Приморської армії та Чорноморського флоту разом з жителями міста стійко стояли на бойових рубежах, завдаючи противнику великі втрати. Гітлерівське командування планувало захопити місто вже 22 червня 1941 року, але лише 1 жовтня по наказом Верховного Головнокомандування, керовані контр-адміралом Жуковим війська, були в повному порядку перекинуті з затиснутої у ворожому кільці Одеси до Криму. Ретельно розроблена і глибоко продумана евакуація військ 16 жовтня 1941 року була успішно завершена. При обороні Одеси яскраво проявився військовий талант контр-адмірала Жукова, його вміння приймати і здійснювати відповідні обстановці рішення, його воля, що підтримує впевненість бійців в перемозі над ворогом у важкий період оборони міста.. З грудня 1941 Жуков — заступник командувача Чорноморським флотом по сухопутній обороні його головної бази — Севастополя. Після оборони Севастополя, був командиром військово-морських баз: спочатку, з квітня 1942 року Туапсинської, з травня 1943 року — Острівної (Балтійського флоту), а з січня 1945 року — Одеської. Наприкінці 1944 року Г. В. Жукову присвоєно звання віце-адмірала, він нагороджений орденом Нахімова 1-го ступеня.