I kvalet till EM i Schweiz och Österrike såg det lovande ut mot Irland 7 februari 2007. San Marino var nära att ta poäng men föll med 1–2 efter att Irland gjort mål i slutsekunderna. Man förlorade också med 13–0 mot Tyskland, vilket är San Marinos största förlust i historien. Det är också den största förlusten i EM-kvalets historia. Hemmamatcherna mot Irland, Cypern och Wales blev det bara förlust med ett mål, 1–2 mot Irland och Wales och 0–1 mot Cypern. San Marinos målskyttar var Manuel Marani mot Irland samt Andy Selva mot Wales. I 2012 års EM-kval lottades San Marino mot Finland, Holland, Moldavien, Ungern och Sverige. San Marino förlorade samtliga tio matcher med bland annat 11-0 mot Holland, men på hemmaplan lyckades man att bara förlora med 1-0 mot Finland. Under andra halvlek blev en sanmarinsk spelare fälld i straffområdet men San Marino fick inte en straffspark, vilket resulterade i att San Marino gick miste om en eventuell poäng.