Eine erste Kapelle im Jonental wurde wahrscheinlich schon im 14. Jahrhundert errichtet. Erstmals urkundlich erwähnt wurde die Kapelle im Jahr 1521. Hundert Jahre später weihte Johann Anton Tritt, Weihbischof in Konstanz, einen Neubau ein. Während des Ersten Villmergerkriegs im Jahr 1656 drangen die Zürcher in die Kapelle ein und zerstörten die Altarbilder. Die Stadt Bremgarten, welche die niedere Gerichtsbarkeit über das Kelleramt besass, beschloss 1734, die Kapelle zu erneuern. Der Bauauftrag ging an den Luzerner Werkmeister Hans Georg Urban. Die Bauarbeiten dauerten bis 1737 und kosteten rund 22'000 Gulden. 1742 erfolgte die Einweihung. 1788 wurde der Hochaltar restauriert und das Gnadenbild neu gefasst. 1845 malte Johann Füglistaller aus Jonen neue Seitenaltarbilder. 1888 erhielt die Kapelle einen neuen Boden sowie eine neue Bestuhlung. Gleichzeitig erfolgte eine privat bezahlte Innenrenovation sowie eine durch die Gemeinde Jonen finanzierte Aussenrenovation. Hierbei wurden die ursprünglichen Gemälde der Seitenaltäre durch neue ersetzt. Der morsch gewordene Dachreiter musste 1921 abgebrochen und ersetzt werden. 1928 bis 1929 wurden die Altäre und der Stuckmarmor farbig bemalt und dem Gnadenbild ein Kruzifix sowie betende Engel hinzugesetzt. In den Gewölbeflächen brachte Kunstmaler Huber aus Pfäffikon SZ vier Bilder mit Motiven aus dem Marienleben an sowie an der Rückwand der Kirche eine Verkündigungsszene. In den Jahren 1963 bis 1964 wurden die Veränderungen von 1928 rückgängig gemacht, sodass heute die ursprüngliche dekorative Ausmalung wieder zu sehen ist. Auch die Seitenaltäre erhielten ihre Gemälde von 1845 wieder zurück. 1994 bis 1995 erfolgte eine erneute Innenrenovation unter denkmalpflegerischen Gesichtspunkten. 2005 wurde das Äussere instand gesetzt.