Korintin sodassa 391–390 eaa. Agesilaoksen johtamat spartalaiset hyökkäsivät Heraioniin, koska se toimi tärkeänä korinttilaisten huollon keskuksena. Heraion säilyi käytössä hellenistiselle kaudelle saakka. Roomalaiset tuhosivat pyhäkköalueen muun Korintin ohella vuonna 146 eaa. Lucius Mummiuksen johdolla. Tämän jälkeen pyhäkkö hylättiin. Paikka säilyi kuitenkin edelleen asuttuna, ja roomalaisella kaudella myös pyhäkön raunioiden päälle rakennettiin asuinrakennuksia. 400-luvulla jaa. rakennusten kiviä käytettiin Korintin kannaksen poikki kulkeneen Heksamilion-muurin rakentamiseen.