Filippiinienmeren taistelussa 19. kesäkuuta 1944 Yhdysvaltain laivaston sukellusvene "USS Cavalla" (SS-244, kapteeniluutnantti Kossler) upotti "Shōkakun" 19. kesäkuuta 1944. Alukseen osui kolme torpedoa ja se olisi ehkä päässyt satamaan, mutta räjähdys vaurioitti useita lentobensiinisäiliöitä, joiden sisältö vuoti ympäri alusta. Korjaaminen oli mahdotonta, ja noin tunti osumien jälkeen bensiini syttyi ja aiheutti nopeasti räjähdyksen, joka upotti aluksen. Aluksen mukana hukkui 1 272 miestä. Hävittäjät "Urakaze", "Wakatsuki" ja "Hatsuzuki" pelastivat 570 miestä merestä.