Im August 2002 entstand durch besonders lang anhaltende und extrem starke Sommer-Niederschläge im Oberlauf der Elbe, der Moldau und weiterer linker Nebenflüsse wie der Mulde eine sogenannte Jahrhundertflut, das Elbhochwasser 2002. Der Oberlauf und der obere Mittellauf sind im Allgemeinen für katastrophale Auswirkungen von Hochwässern anfälliger wegen der Nähe zu niederschlagsreicheren Mittelgebirgen, des gering dimensionierten Querschnitts von Kerbtälern und der höheren Fließgeschwindigkeit. Vor allem die Durchbruchstäler im Elbsandsteingebirge und im Böhmischen Mittelgebirge besitzen von Natur aus wenige Ausweichflächen; in diesen Arealen erreicht der Fluss deshalb bei Hochwasser schnell sehr hohe Wasserstände und Fließgeschwindigkeiten. Im unteren Mittellauf erhält die Elbe vergleichsweise mehr unbewohnte Fläche. Allerdings macht sich auch dort das Fehlen von Retentionsraum infolge ausgedeichter Flussauen stark bemerkbar. Obwohl es dort vielfach keine Bebauung gibt, sind die Deiche so eng gesetzt, dass der Strom insgesamt über 80 % seiner ursprünglichen Überflutungsgebiete verloren hat. Ein praktischer Grund dafür mag sein, dass z. B. eine Wiese bis zu fünf Jahre braucht, um sich von einem Hochwasser vollständig zu erholen.