После окончания войны Фернес служил индейским агентом племён омаха, виннебаго и понка. В 1869—1875 годах он был членом совета попечителей университета Небраски-Линкольна, в 1878—1890 годах — первым президентом Исторического общества Небраски. Фернес также служил федеральным комиссионером Всемирной выставки (1876), Всемирной хлопковой выставки "World Cotton Centennial" (1884) и Всемирной выставки (1893).