Im Feldzug von 1809 kommandierte er als Oberst das Dragoner-Regiment "Leveneur", das am 19. April den Rückzug der Österreicher bei Arndorf deckte und bei Klosterrohr erfolgreiche Gegenangriffe ansetzte. Nach seiner Teilnahme an der Schlacht von Aspern wurde er am 24. Mai 1809 zum Generalmajor befördert. Am 16. Mai 1812 wurde er vorzeitig verabschiedet, trat aber nach Österreichs Kriegseintritt auf Seiten der Koalition am 26. Juli 1813 wieder in den Heeresdienst ein. In der Schlacht von Leipzig (16. bis 18. Oktober 1813) hatte er sich persönlich derartig hervorgetan, dass er noch auf dem Schlachtfeld zum Feldmarschallleutnant ernannt wurde. Als Führer einer eigenen Division rückte er im Januar 1814 über den Rhein und führte seine Truppen in der Schlacht bei Brienne (31. Jänner und 1. Februar), bei Ardusson (10. Februar), in Gefecht bei Mormant (17. Februar) und in der Schlacht bei Bar-sur-Aube (27. Februar). Am 8. März wurde Bray eingeschlossen, am 18. März kämpfte er noch bei Fère-Champenoise und am 21. März in der Schlacht bei Arcis-sur-Aube (21. März), wo er am Kopfe verwundet wurde und sein Kommando an Generalmajor von Geramb abgeben musste. Nach dem Frieden führte er noch eine Division in Ungarn, bevor er am 16. November 1817 endgültig seinen Abschied nahm und 1825 frühzeitig mit erst 52 Jahren verstarb. Johann Anton von Hardegg-Glatz war auch Träger des Großkreuzes des russischen Sankt Anna-Ordens und des Kommandeurkreuzes des bayerischen Max Joseph-Ordens.