Na wiosnę 1097 wyprawa ruszyła. Została przeprawiona statkami bizantyjskimi i weneckimi na azjatycki brzeg, po czym rozpoczęła przemarsz przez Sułtanat Rumu. W czerwcu dotarła pod słabo bronioną Nikeę i doszło do jej oblężenia. Sułtan Kilidż Arsłan po łatwym zwycięstwie nad I wyprawą ludową nie spodziewał się ataku dobrze wyposażonej i wprawionej w boju armii i w tym czasie przebywał w pobliżu wschodnich granic imperium. Zrozumiawszy swój błąd, zawrócił wraz z główną armią. Było jednak za późno, by utrzymać miasto. Obrońcy ostatecznie poddali się bezpośrednio cesarzowi Bizancjum, wiedząc że zgodzi się na ich warunki, a przede wszystkim zaniecha plądrowania miasta.