4 grudnia 1918 w Kijowie został aresztowany razem z metropolitą kijowskim Antonim (Chrapowickim), a następnie wywieziony do Lwowa, gdzie przetrzymywano ich w klasztorze bazyliańskim. W toku walk polsko-ukraińskich o Lwów został rozpoznany przez wojska polskie i wywieziony do Krakowa, gdzie – jako dawny rusyfikator – został internowany w jednym z katolickich klasztorów. Po uwolnieniu po 9 miesiącach udał się do Jekaterinodaru i Nowoczerkaska. Zasiadał w powstałym na ziemiach opanowanych przez Siły Zbrojne Południa Rosji Tymczasowym wyższym zarządzie cerkiewnym na południowym wschodzie Rosji. Stanął na czele jego komitetu cerkiewno-społecznego, którego głównym zadaniem było prowadzenie propagandy antybolszewickiej.