В 1918 году Гонн была арестована британскими властями в Дублине и 6 месяцев провела в заключении. Во время Войны за независимость Ирландии она работала в  — организации, оказывавшей помощь пострадавшим от войны. В 1921 году она осудила Англо-ирландский договор, заняв позицию сторонников полной независимости Ирландии. С 1922 года Гонн постоянно жила в Дублине.