Egyptin-retkestä ei tullut Napoleonin odottamaa voittokulkua. Hän löi kyllä Turkin joukot ja valtasi Syyriaa, mutta epäonnistui Akkon linnoituksen valtauksessa 1799. Napoleon vetäytyi takaisin Egyptiin, vaikkakin brittien laivasto oli tukkinut paluutien Ranskaan eivätkä ranskalaisjoukot voineet perääntyä Egyptistä. Syynä oli se, että brittien amiraali Horatio Nelson oli elokuussa 1798 tuhonnut Napoleonin laivaston Abukirin taistelussa, jossa ranskalaisista 1 700 miestä kuoli ja 3 000 jäi vangiksi. Tiedot kotimaan poliittisen ja sotilaallisen tilanteen huononemisesta pakottivat Napoleonin palaamaan Ranskaan ja jättämään Afrikan-joukkonsa vaikeaan asemaan ilman johtoa. Pariisissa Napoleon teki kansansuosionsa huipulla marraskuussa 1799 vallankaappauksen ja julistautui ensimmäiseksi konsuliksi.