2001年の9.11同時多発テロの後、アメリカのジョージ・W・ブッシュ大統領は、当時アフガニスタンの事実上の支配者であったタリバンに、オサマ・ビンラディンの引き渡しを要求した。タリバンが9.11同時多発テロがオサマ・ビンラディンによるものであるという証拠の開示を求め、事実であれば第三国に出国させるとの返答を理由に、「不朽の自由作戦」が開始された。タリバンとその同盟国であるアルカイダは、アメリカ軍と、1996年からタリバンと戦っていた北部同盟によって、国内でほぼ壊滅した。ボン合意では、新たなアフガン暫定当局（主に北部同盟）がハミド・カルザイをアフガン暫定行政長官に選出した。国連安全保障理事会は、新政権がカーブルを確保するのを支援するためにISAFを設立した。また、タリバン政権の終焉に伴い、全国的な復興が図られた(国連アフガニスタン支援ミッション) 。最初の侵攻で敗北した後、タリバンはムラー・オマルによって再編成され、2003年にアフガニスタン政府に対する反乱を開始した 。タリバンやその他のグループの反政府勢力は、地方でのゲリラ的な襲撃や待ち伏せ、都市部での標的に対する自爆攻撃、連合軍に対する裏切り者の殺害など、非対称な戦争を繰り広げた。タリバンは、アフガニスタン政府の弱点を突いて、アフガニスタン南部と東部の農村地域で影響力を取り戻した。2006年以降、タリバンはさらに勢力を伸ばし、民間人に対する残虐行為にも積極的になっていった。ISAFは、村を「クリア＆ホールド」するための対反乱作戦に兵力を増強して対応した 。2007年から2009年にかけて、暴力行為は拡大した。2009年には兵力が急増し、2011年まで増加し続け、ISAFと米国の指揮下で約14万人の外国軍がアフガニスタンで活動した。2012年にNATO首脳は軍の撤退戦略を開始し、その後、米国は主要な戦闘活動を2014年12月に終了し、国内に残存兵力を残すことを発表した。2014年12月28日、NATOはアフガニスタンにおけるISAFの戦闘活動を正式に終了し、安全保障上の全責任をアフガニスタン政府に正式に移管した。同日、ISAFの後継組織としてNATO主導のレゾリュート・サポート作戦が発足した。2020年2月29日、米国とタリバンはドーハで条件付和平協定に署名し、タリバンが協定の条件に協力する限り、米軍は14カ月以内にアフガニスタンから撤退することが求められた。さらに、インド亜大陸のアルカイダやISIL-Kに属する反政府勢力が、国内の一部で活動を続けている。