El AN/ALQ-99 ha sido usado durante la Guerra de Vietnam (1972-1973), los ataques de Estados Unidos a Libia en 1986, 1991 Guerra del Golfo, Operación Vigilancia del Norte (1992–2003), Operación Vigilancia del Sur (1997–2003), Guerra de los Balcanes (1999) y 2003 Segunda Guerra del Golfo. En todos estos conflictos su desempeño ha sido considerado como muy bueno y en algunos casos crucial.