משום היכרותה את רומניה ושליטתה ברומנית יעודה המקורי של קליגר היה לחבור ולסייע בתרגום לעמיתה, יוסף ברפל שכבר פעל ברומניה. למעשה לקחה על עצמה קליגר תפקיד מפתח בפעילות המוסד לעליה ב' בבלקן בין 1939 ל-1941. רשמית היא הייתה נציגת קרן קיימת לישראל אך משימתה בפועל הייתה לאסוף כספים וליצור קשרים למען ארגון הובלת יהודים לארץ ישראל, כולל רכש אניות, אישורי כניסת הפליטים היהודיים מפולין וארצות הבלקן לרומניה והשגת היתרי ההפלגה כל זאת אל מול מאמץ הבריטי גלוי וחשאי למנוע את הפלגת האוניות, ענני המלחמה המתקדרים והכאוס הפוליטי ברומניה, האנטישמיות, הרדיפות המתגברות והסיכון האישי.