Kritik am Konzept der zwölf Galerien entzündete sich daran, dass die Fragenkreise des Museums einen besonderen Akzent auf die Verfolgung der Juden und auf die First Nations legt, aber andere, ebenfalls verfolgte Minderheiten wie Ukrainer, Japaner, Italiener und Deutsche, die während der Weltkriege misshandelt worden waren, nicht gewürdigt werden. Ferner stellte sich die Frage, ob nicht die globale Menschenrechtsfrage zur Darstellung gelangen sollte, nicht nur Vorgänge in Kanada. Der Ukrainian Canadian Congress verfasste eine entsprechende "Petition für Gleichheit und Fairness im Canadian Museum for Human Rights". Sie fordert die Berücksichtigung des Holodomor von 1932 bis 1933, den die kanadische Regierung 2008 als Völkermord anerkannte. Nach Aussagen des Museums erhält der Holocaust eine eigene Galerie, ebenso wie die Verbrechen gegen die Ureinwohner, der Holodomor eine permanente Ausstellung im Bereich der Massenverbrechen, die kanadischen Internierungen werden ausgestellt.