El cambio de entrenador se adecuó perfectamente a Stanković, quien además se reunió con otro ex compañero de la Lazio, Siniša Mihajlović. Tras participar en la Copa Mundial de 2006, tuvo notables intervenciones en la temporada 2006-07 de la Serie A, marcando algunos goles memorables como el tiro desde fuera del área —además de dar tres asistencias— en clásico contra el Milan que terminó 4:3 en favor de los "nerazzurri". Según "La Gazzetta dello Sport", Stanković fue elegido como mejor jugador del partido en cinco ocasiones durante la temporada 2006-07 de la Serie A. En febrero de 2007 renovó su contrato con el Inter hasta el año 2010.