W 1985 zrealizował "Po godzinach" ("After Hours") z Griffinem Dunnem i Rosanną Arquette w rolach głównych. Scorsese otrzymał za niego nagrodę dla najlepszego reżysera na 39. MFF w Cannes. W 1986 nakręcił "Kolor pieniędzy" ("The Color of Money") z Paulem Newmanem, który otrzymuje za swą kreację Oskara dla najlepszego aktora. W 1986, kiedy otrzymał fundusze, Scorsese zrealizował w końcu wymarzony projekt - "Ostatnie kuszenie Chrystusa" ("The Last Temptation of Christ") - na podstawie dzieła Nikosa Kazandzakisa. Film wywołał zamieszanie i stał się powodem religijnych demonstracji na całym świecie. Film przyniósł mu drugą nominację do Oscara dla najlepszego reżysera.