Perry ist seit 1991 Profi. Beim European Open 2001 erreichte er erstmals in seiner Karriere das Finale eines vollwertigen Weltranglistenturnier, das er gegen Stephen Hendry verlor. Bei den 2007 ausgetragenen Mannschaftsweltmeisterschaften gewann er zusammen mit Leah Willets den Titel im Mixed. Dazu gewann er 2008 die Championship League, ein Einladungsturnier für Snookerprofis. Sein bestes Ergebnis bei Weltmeisterschaften erzielte der „Gentleman“, wie Joe Perrys Spitzname lautet, im Jahr 2008; er verlor erst im Halbfinale gegen Ali Carter knapp mit 15:17. Anschließend belegte er Platz 12 der offiziellen Snookerweltrangliste und konnte in der folgenden Saison zumindest in der vorläufigen Rangliste unter die Top 10 vorstoßen.