メフメト2世が、1460年代頃造営を開始し、1478年頃までに完成した。メフメト2世がここに居を定めてからは、1453年にコンスタンティノープルを征服する以前からの宮殿が「旧宮殿」と呼ばれるようになったのに対して、この宮殿は「新宮殿」と呼ばれることとなった。現在使われているトプカプ宮殿の名は、19世紀にこの宮殿から皇帝が去った後、トプカプ宮殿の丘がある岬の先端にある「大砲の門」（トルコ語：トプカプ）にちなんで呼ばれるようになった。