Kapono est drafté en 2003 au second tour par les Cavaliers de Cleveland, puis est choisi par les Bobcats de Charlotte lors de la draft d'expansion en 2004. Il est transféré au Heat de Miami en 2005 où il joue très peu lors de la saison du titre. La saison suivante, son temps de jeu reste toujours assez faible en début de saison, au cours de laquelle le Heat connait une série de mauvais résultats. Kapono profite de cette période pour s'imposer comme un des meilleurs tireurs longue distance de la franchise avec le meilleur pourcentage de la ligue avec 55 %. Il participe en 2007 au concours de tirs à 3 points du All-Star Game qu'il remporte assez facilement devant les stars Dirk Nowitzki et Gilbert Arenas.