Fils de Hugues V d’Empúries et de Sibila de Palau, il hérite du comté d'Empúries à la mort de son père en 1277. Sa mère, veuve, vend la vicomté de Bas au comte-roi Pierre III d'Aragon en 1280. Pons V participe, en 1282, aux batailles des Vêpres siciliennes au côté du roi que le récompense en lui redonnant la vicomté en 1285, ainsi que les droits sur Fernando et Castellfollit de Riubregós. Il est amiral de la flotte de Jacques II d'Aragon comme roi de Sicile, et il l'accompagne à son retour en Catalogne en 1291. Il cède le vicomté de Bas à son frère Hughes à condition de restituer à ses descendants légitimes. En échange, il acquiert les seigneuries de Castellfollit, Montros et Montagut.