У 1985 році Пфістер перейшов на посаду головного тренера збірної Заїру (нині — Демократична Республіка Конго), де він провів чотири роки, допомагаючи відновити колишню міць африканських чемпіонів 1974 року. Пфістер допоміг створити нове покоління команди, куди увійшли Ежен Кабонго, Гастон Мобаті, Пангі Мерікані та Жан-Сантос Мунтубіла, з якими пробився і взяв участь у Кубку африканських націй 1988 року, де знову зайняв зі збірною лише останнє місце у групі. Залишив збірну Заїру 1989 року.