Те придобиват стратегическото си значение през средновековието, с появата на балтийските държави – Дания, Швеция, Русия, Полша. Векове наред Дания е техен господар и контролира трафика от който събира такси. Налага се да води войни със съюза Ханза и с Швеция, за да съхрани положението си. През 1658 г., по време на Малката северна война, шведският крал Карл X извършва известният Марш през протоците и принуждава Дания да отстъпи ключови територии. С това Шведите придобиват пристанища на Северно море и не зависят толкова от пътищата под датски контрол. През 1857 г. в Копенхаген се подписва конвенция, която оповестява свободно плаване на всякакви търговски кораби.