В 1722 году участвовал в Персидском походе. В 1723 году, командуя кораблем «Мальбург» принимал участие в гидрографических работах на Балтике. В августе и сентябре 1724 года командовал яхтой «Принцесса Елизавета», на которой принимал участие в церемонии переноса мощей святого Александра Невского из Шлиссельбурга в Санкт-Петербург. В 1725 году Екатерина I назначила Мишукова «к исправлению дел в петербургской адмиралтейской конторе». С 1726 по 1730 в звании капитан-командора занимал должность главного командира Астраханского порта.