Nyttårsaften 2006 vant Bjørgen det aller første rennet, sprint fristil, i nyskapningen Tour de Ski. Til tross for at hun ble nummer to i verdenscupen, ble også 2007 et skuffende år for Bjørgen. Hun vant to verdenscuprenn, men var ikke i form under VM i Sapporo og kom hjem uten individuelle medaljer. Etter ett år med Egil Kristiansen som landslagstrener ble Svein Tore Samdal i 2007 hyret inn som Bjørgens personlige trener.