Šmicer przez wiele lat był filarem reprezentacji Czech, z którą grał na trzech Mistrzostwach Europy: w 1996 (wicemistrzostwo), 2000 i 2004 (półfinał). W 1997 z reprezentacją zajął trzecie miejsce w Pucharze Konfederacji FIFA. W reprezentacji Czechosłowacji rozegrał 1 mecz, a w reprezentacji Czech 80 meczów, strzelając dla niej 27 goli. Zakończył karierę reprezentacyjną w 2005 roku.