Ensimmäisten eurooppalaisten joukossa nykyisen Tucsonin alueella oli espanjalainen jesuiitta Eusebio Francisco Kino vuonna 1687. Vuonna 1700 hän perusti alueelle useita lähetysasemia, joista yksi oli noin 25 kilometrin päässä nykyisestä kaupungista sijaitseva San Xavier del Bac. Tucson perustettiin varsinaisesti kuitenkin vasta vuonna 1775, kun espanjalaiset siirtolaiset rakensivat Presidio of San Augistin del Tucson -linnakkeen suojaksi apassien tekemiä hyökkäyksiä vastaan. Meksiko itsenäistyi Espanjasta vuonna 1821 ja Tucson oli meksikolainen kaupunki aina vuoteen 1853 saakka, jolloin se liitettiin Gadsdenin oston yhteydessä Yhdysvaltoihin.