Durant l'épidémie de peste qui ravage Londres et l'Angleterre de 1665 à 1666, Pepys est l'un des derniers officiers du conseil de la Marine à quitter la Cité pour se réfugier à Greenwich où s'était replié le Bureau naval. Ces années de peste dopent Pepys qui redouble d'activité et essaie de profiter de la vie au maximum, d'autant qu'il a fait prendre pension à Elizabeth et ses domestiques à Woolwich et qu'il se trouve célibataire.