Tedder werd in juni 1941 benoemd tot Air Officer opperbevelhebber RAF Middle East Command met de tijdelijke rang van Air Marshal (in april 1942 definitief). Hij was niet de eerste keuze van Churchill voor de post, maar doordat Air Vice-Marshal Owen Tudor Boyd krijgsgevangen was genomen werd Tedder benoemd. Als hoofd van de RAF Middle East Command voerde hij het bevel over luchtoperaties in het Middellandse Zeegebied en Noord-Afrika, in mei 1941 zorgde Tedder voor luchtsteun tijdens de evacuatie op Kreta en tijdens Operatie Crusader. In januari 1942 werd Tedder geridderd en benoemd tot Ridder Commandeur in de Orde van het Bad. Tedder zag de opbouw voor van een luchtmachteenheid in de Westelijke Woestijn en vooral de ontwikkeling van efficiëntere, operationele en administratieve beleid die veranderde in een zeer effectieve werking die van cruciaal belang was voor de geallieerde overwinning in de beslissende slagen bij El Alamein. Een van zijn bommentactieken stond bekend als de “Tedder Carpet”.