Генералът остава един от най-значимите подчинени на Бонапарт през цялата изключителна Италианска кампания от 1796 – 7 г. През пролетта има знаменателно участие в битките при Монтеноте и Дего. Поема водещата роля в битките при Лонато, Кастильоне, Басано, Калдиеро и Арколе през лятото и есента, и в битката при Риволи и падането на Мантуа през зимата. През 1799 г. на Масена официално е възложено важното командване в Швейцария, на мястото на Чарлз Едуард Дженингс. Въпреки че е победен от ерцхерцог Карл в първата битка при Цюрих, през септември триумфира над руските войски на Римски-Корсаков във втората. Това, както и други събития, води до оттеглянето на Русия от Втората коалиция.