Майк Флэнаган родился 20 мая 1978 года в городе Салем, (штат Массачусетс, США). Его отец работал в береговой охране США, и семья часто переезжала. Недолгая жизнь в Салеме отложила отпечаток на интересах Флэнагана. Его заинтересованность процессом над салемскими ведьмами переросла в увлечение мистикой и фильмами ужасов. Майк в итоге оказался в Мэриленде, где он посещал . Флэнаган получил степень бакалавра в области электронных СМИ и степень магистра в театральной области.