כדי שלא יהיה ספק בהרגשה הידידותית של הצרפתים לשער הנשגב, כפרים ועיירות שנכנעו לפולשים נדרשו להניף את דגלי האימפריה העות'מאנית והרפובליקה הצרפתית, ובהודיה שנקבעה למצרים על השחרור מהממלוכים, נקבע להתפלל הן עבור הסולטן והן עבור הצבא הצרפתי. לא נראה שהכרוז שכנע מצרים רבים באמיתות האמירות הללו. לאחר קרב אמבבה (הידוע גם בשם "קרב הפירמידות"), שבו הובסו כוחותיהם של מוראד ביי ושל איברהים ביי, האוכלוסייה בזזה בקלות את בתי הביים. משלחת נשלחה מאל-אזהר לבונפרטה כדי לברר את כוונותיו; אלה התגלו כחזרה על תנאי הכרזתו, ולמרות שהשילוב בין נאמנות לצרפתים לנאמנות לסולטאן לא היה מובן - ניכרה תחילה הבנה טובה בין הפולשים והמצרים.