In 1905 keerde Milner naar Engeland terug, om daar een beetje in de politieke luwte te gaan werken. Achter de schermen bleef hij voortdurend grote invloed houden op het Britse politieke leven. Hij hield zich met name bezig met het uitwerken van concepten voor het 'nieuwe' Engelse imperialisme. In het voetspoor van Cecil Rhodes ijverde hij voor een rijk van "Kaap tot Caïro". Tijdens de Eerste Wereldoorlog, in 1916, werd hij door minister-president David Lloyd George benoemd tot minister zonder portefeuille in diens oorlogskabinet. In 1917 werd hij minister van oorlog en in deze hoedanigheid gold hij ook als de feitelijke initiator van de Balfour-verklaring. Aan het einde van de oorlog, na de Russische Revolutie maakte hij zich vooral sterk voor een harde opstelling tegen het communisme, dat hij als het nieuwe gevaar was gaan zien. In 1918 werd hij minister van koloniën en als zodanig was hij in 1919 ook een van de onderhandelaars tijdens de Vredesconferentie van Parijs. Hij was ook een van de ondertekenaars van het Verdrag van Versailles.