Début octobre 1572, l'onde de choc de la Saint-Barthélémy atteint Bordeaux : Montferrand entraîne le peuple (six compagnies conduits par le jurat Pierre de Lestonnac, 300 hommes de pied coiffés d'un bonnet rouge) à s'en prendre aux protestants de la ville. Il montre aux jurats une liste nominative de personnes à exécuter, prétendument sur ordre du roi, déclenchant massacre et pillages. Lui-même assassine les conseillers au Parlement Jean Guilloche de La Loubière et Pierre de Sevyn, un prêtre catholique malade soupçonné d'hérésie, et plusieurs secrétaires et huissiers. Le massacre dure trois jours, l'appât du gain et les vengeances personnelles contribuant au lourd bilan. Montferrand se vante peu après d', mais déclare le 9 octobre devant le Parlement qu'il « n'a tué le jour de l'exécution par lui faite le 3 octobre que dix à douze hommes ».