Gdy zaczynało dobiegać końca prześladowanie chrześcijan w Japonii, Towarzystwo Misji Zagranicznych w Paryżu wybudowało w otwartym dla cudzoziemców "wolnym porcie" w Jokohamie w 1862 pierwszy od ponad 250 lat kościół w Japonii. W 1897 przebudowano go na dwuwieżowy budynek murowany z cegły. Trzęsienie ziemi w Kantō (1923) spowodowało zawalenie tego kościoła. Odbudowano go z odpornego na wstrząsy żelbetu w 1933 w stylu neogotyckim. W 1937 nadano mu rangę katedry. Uznawany jest za jeden z najpiękniejszych kościołów w Japonii. Jest obiektem zabytkowym.