Ян Франек родился 14 апреля 1960 года в городе Жилина. Активно заниматься боксом начал в раннем детстве, показывал хорошие результаты как на молодёжном, так и на взрослом уровне. Благодаря череде удачных выступлений в 1980 году удостоился права защищать честь страны на летних Олимпийских играх в Москве, сумел дойти здесь до полуфинала, проиграв кубинцу Армандо Мартинесу, который в итоге и стал олимпийским чемпионом в среднем весе. Получив бронзовую олимпийскую медаль, в течение нескольких последующих лет успешно ездил на различные международные турниры, хотя пробиться на крупнейшие мировые первенства не мог. Принимал участие в состязаниях чемпионатов Европы 1981, 1983 и 1985 годов, при этом выпадал из борьбы уже в первых же матчах на турнирах. В 1984 году должен был представлять страну на летних Олимпийских играх в Лос-Анджелесе, однако Чехословакия бойкотировала эти соревнования, и вместо этого Франек принял участие в турнире стран социалистического лагеря «Дружба-84», где завоевал бронзовую медаль (уже во второй средней весовой категории).