Дана 12. марта 2003, Ђинђић је убијен у дворишту седишта Владе Србије. Њега је убио мајор Звездан Јовановић, тадашњи помоћник команданта ЈСО. Дана 25. марта 2003, ЈСО-а је расформирана.