9 октября 1996 года в отборочном матче чемпионата мира 1998 против сборной Чили Кабальеро дебютировал за сборную Парагвая. 3 марта 1999 года в товарищеском матче против сборной Гватемалы он забил первый гол за национальную команду. В том же году в составе сборной Мауро поехал на Кубок Америки.