W okresie kryzysu na globalnych rynkach finansowych, zwłaszcza po upadku banku Lehman Brothers we wrześniu 2008, efektywność sterowania stopą EONIA wyraźnie się zmniejszyła, na co wskazywał wzrost wartości oraz zmienności spreadu między stopą EONIA a stopą repo. W odpowiedzi na załamanie się rynku pieniężnego w strefie euro, EBC od października 2008 podjął działania mające na celu zapewnienie płynności bankom w strefie euro, m.in. zmieniając sposób przeprowadzania głównych operacji refinansujących oraz wprowadzając dodatkowe długoterminowe operacje refinansujące (ang. "longer-term refinancing operations", LTRO). W efekcie EONIA obniżyła się do poziomu wyraźnie niższego niż stopa referencyjna repo, nieco powyżej stopy depozytowej EBC; w późniejszym okresie stopniowe wycofywanie się EBC z działań zwiększających płynność oddziaływało w kierunku podwyższenia stopy EONIA. Na kształtowanie się stopy EONIA od 2010 r. wpływał także europejski kryzys zadłużeniowy, przyczyniając się do wzrostu jej zmienności.