Vom 23. September bis zum 13. Oktober 2006 kam es in Elista, Kalmückien, schließlich doch zum Wettkampf gegen den FIDE-Weltmeister Wesselin Topalow um die Schachweltmeisterschaft. Dieser auf zwölf Partien angesetzte, von der Schachwelt lange ersehnte und freudig begrüßte Wettkampf, bedeutete die Wiedervereinigung der konkurrierenden Titel. Nach einer 2:0-Führung für Kramnik nach den beiden ersten Partien und zwei folgenden Remispartien löste Topalows Manager Silvio Danailow durch einen Protest, der Kramnik indirekt der Manipulation durch Softwareunterstützung bezichtigte, einen Eklat aus. Kramnik beantwortete diesen durch Nichtantritt zur fünften Partie. Als skandalös wurde von Seiten der Kramnik-Delegation die Aushändigung von Videomaterial an das Topalow-Team durch das Berufungskomitee bezeichnet, aus welchem die Topalow-Delegation einen übermäßigen Toilettenaufenthalt Kramniks in seinem Ruheraum während der dritten Partie erkannt haben wollte. Erst eine Intervention des FIDE-Präsidenten Kirsan Iljumschinow und der von ihm eingeleitete Rücktritt des Berufungskomitees, das die Wertung der kampflosen Partie zu verantworten hatte, ermöglichten eine Wiederaufnahme der Verhandlungen der zerstrittenen Seiten. Kramnik behielt sich rechtliche Schritte vor und spielte nach formaler Anerkennung der kampflosen Niederlage nur unter Protest den Wettkampf zu Ende. Nach der letzten regulären Partie am 12. Oktober stand es 6:6, so dass gemäß dem vereinbarten Reglement vier Schnellschachpartien als Tiebreak angesetzt wurden. Nach vier hochdramatischen Partien mit wechselnden Zwischenständen konnte sich Kramnik mit 2,5:1,5 im Schnellschach durchsetzen und hob mit seinem Weltmeisterschaftssieg die seit 1993 bestehende Spaltung in der Schachwelt auf. Es gibt seitdem wieder nur einen Weltmeister.