La ricostruzione dell'unità procedette lentamente a causa della penuria di materiali, tanto che i lavori non iniziarono presso il cantiere Forges et Chantiers de la Mediterranée di La Seyne-sur-Mer fino al tardo febbraio 1942; nell'ottobre seguente si stimava che il completamento delle riparazioni non sarebbe potuto avvenire prima del luglio 1943.. A seguito della minaccia tedesca di occupare Tolone, tuttavia, il 27 novembre 1942 il "Mogador" partecipò all'autoaffondamento in massa della flotta francese adagiandosi sul fondale del cantiere di La Seyne-sur-Mer. Lo scafo fu riportato a galla dagli occupanti il 5 aprile 1943, ma si decise di non ripararlo; il relitto del "Mogador" colò di nuovo a picco in un bombardamento aereo su Tolone nel tardo 1944, fu riportato a galla nel 1949 e infine avviato alla demolizione.