Am 3. Mai 1904 erfolgte nach der Abberufung Theodor Leutweins die Ernennung zum Oberbefehlshaber und Gouverneur von Deutsch-Südwest-Afrika mit dem Auftrag, den Aufstand der Herero niederzuschlagen. Die Ernennung Trothas zum Kommandeur der Kaiserlichen Schutztruppe in Deutsch-Südwestafrika war aufgrund seines Charakters umstritten. Im Offizierskorps der Schutztruppe wurde sogar darüber diskutiert, sich mit einer Eingabe direkt an Kaiser Wilhelm II. zu wenden, um die Berufung Trothas rückgängig zu machen. Den Berichten zufolge wird Trotha als ausgesprochen machthungrig, hart, unnachgiebig und beratungsresistent skizziert. Dementsprechend unbeliebt war Trotha in Deutsch-Südwestafrika. Es kam zu ernsten Auseinandersetzungen mit Offizieren der Schutztruppe, z. B. mit Oberst Berthold Deimling oder Major Ludwig von Estorff. Die einheimischen Hilfstruppen reagierten auf ihre Weise: Cornelius Frederiks meldete sich krank und kehrte mit seinen Bethaniern nach Hause zurück. In der Witbooi-Abteilung kam es zu Desertionen. Die Loyalität der Nama, insbesondere die von Hendrik Witbooi, geriet ins Wanken. Der Aufstand der Nama im Oktober 1904 war eine unmittelbare Folge des Kommandowechsels von Oberst Leutwein auf von Trotha.