Während Grants Überland-Feldzug führte Gordon eine Division im Korps Generalleutnant Ewells. Im späten Frühjahr wurde er Jubal Early unterstellt und nahm am Shenandoah-Feldzug 1864 teil. Nach der Niederlage Earlys kehrte Gordon zur Nord-Virginia-Armee zurück. Im Auftrag General Lees plante er den Angriff auf Fort Stedman und wurde dabei erneut verwundet. Seinen letzten Einsatz hatte er bei Appomattox. Am 12. April erklärte er gegenüber Joshua Lawrence Chamberlain die Kapitulation seiner Truppen. In Anerkennung der Leistungen seines Gegners ließ Chamberlain seine Soldaten das Gewehr präsentieren. Gordon wurde während des Krieges insgesamt fünfmal verwundet.