A JOC foi perseguida pelo regime instaurado pelo Golpe Militar de 1964. Toda a sua equipe nacional foi presa e torturada, seus Conselhos Nacionais de 1964 e de 1965 foram cancelados e o Movimento passou para a clandestinidade, perdendo muito de sua vitalidade. Nessa época, os Círculos Operários, de caráter mais conservador e mais voltados para questões eclesiais, apoiaram o golpe em nome do anticomunismo. A repressão se agravou no final da década de 60 quando a JOC passou a defender o socialismo.