Nach seiner Beförderung zum Flottillenadmiral 1994 wurde Fargo Leiter der Operationsabteilung (J-3) des US-Atlantikkommandos und als solcher maßgeblich an der "Operation Uphold Democracy" beteiligt, eine US-geführte multinationale Operation in Haiti vom 19. September 1994 bis zum 31. März 1995 zur Rückkehr und Aufrechterhaltung der Macht des Staatspräsidenten von Haiti, Jean-Bertrand Aristide. Nachdem er Leiter der Bewertungsabteilung N-81 "(Director, Assessment Division)" im Büro des Chefs des Stabes der Marine war, wurde er im Juli 1996 Kommandeur der Fünften US-Flotte "(US Fifth Fleet)" und war als solcher bis Juli 1998 in Personalunion zugleich Kommandeur der Marineverbände des Zentralkommandos der US-Streitkräfte CENTCOM "(US Central Command)", ehe er im Anschluss zwischen Juli 1998 und Oktober 1999 stellvertretender Chef des Marinestabes für Planung, Grundsatzpolitik und Operationen N-3/N-5 "(Deputy Chief of Naval Operations for Plans, Policy and Operations)" war.