Da Ponte studeerde filosofie aan de Universiteit van Padua. Hij moest zijn studies opgeven door het uitbreken van de Oorlog van de Liga van Kamerijk (1508). Deze oorlog, georganiseerd door de paus, was gericht tegen de Republiek Venetië. Het zou da Ponte verder tekenen als een antiklerikaal. Da Ponte studeerde vervolgens de Artes in Venetië zelf; hij doctoreerde er in de medicijnen, wat hem op slag beroemd maakte in de stad. Hij werd evenwel geen arts. Da Ponte ging in diplomatieke en commerciële dienst van Venetië.