Pada zaman penjajahan Jepang, RS ini berubah fungsinya menjadi RS Militer Jepang dengan nama "Rigukun Byoin" sampai kemerdekaan RI tahun 1945. Walaupun saat itu Indonesia sudah merdeka, RS ini masih dikuasai oleh Belanda, dan sampai tahun 1948 fungsinya menjadi RS Militer Belanda. Baru pada tahun 1948, RS Rancabadak kembali digunakan untuk umum atau sudah menjadi milik RI di bawah naungan Kota Praja Bandung. Ketika itu pimpinannya masih orang Belanda, W.J. Van Thiel yang menjabat sampai 1949. Setelah itu, baru dipimpin oleh orang Indonesia, yaitu dr. H.R. Paryono Suriodipuro, sebagai direktur pertama dari Indonesia.