Nel suo albo d'oro lo Spezia può vantare un titolo nazionale, grazie alla vittoria del campionato di guerra 1944 conseguita dai VV.FF. Spezia, un club a esso affiliato; tale successo fu ufficialmente riconosciuto dalla FIGC come titolo "onorifico" (ovvero non equiparabile allo "scudetto") nel 2002. Gran parte della sua storia si è comunque dipanata tra la seconda e la terza serie, riuscendo a raggiungere il massimo campionato a girone unico negli anni 2020. Nel campionato di Serie A ha ottenuto come migliore risultato il quindicesimo posto nell'edizione 2020-2021.