La réalisation définitive du projet, est irrémédiablement compromise par les vicissitudes que l'état papal connait sous la papauté de Clément VII. En 1527, le sac de Rome par les Lansquenets de Charles Quint, avec la complicité de la famille Colonna, et l'accord qui en découle entre le pape et l'empereur, enlèvent toute priorité à la réalisation de l'ambitieux projet de Raphaël. Au cours de cet épisode tragique de l'histoire romaine, la villa est saccagée et incendiée. Vasari dit que le pape a pleuré quand il l'a vu brûler depuis son refuge du château Sain-Ange.