モジャイスクはモスクワと西方を結ぶ商業の町である一方、西からモスクワへ攻め入る外敵に対する防御の場でもあった。17世紀初頭の動乱時代（スムータ）にはロシア・ポーランド戦争が起こり、モスクワへ攻め込むポーランド・リトアニア共和国軍に蹂躙された。ポーランド軍追放のために立ちあがったドミトリー・ポジャルスキー率いる義勇軍は、1612年8月21日から24日にかけ、モジャイスクでポーランド・リトアニア軍と戦闘を行った。1812年ロシア戦役では、1812年9月7日にナポレオン・ボナパルト率いる大陸軍とロシア軍とのボロジノの戦いがモジャイスクの12km先のボロジノ村で起こっている。ナチス・ドイツとの間の独ソ戦（「大祖国戦争」）では、ドイツ国防軍は1941年10月16日に多大な犠牲を払ってモジャイスクを占領し、モスクワ手前の最終防衛線までの進路を切り開いた。その後1942年1月20日には赤軍が奪回している。