הנרי השמיני, מוביל הרפורמציה באנגליה, התקשה להשיג הכרה בינלאומית לשלטונו החדש באירלנד, מאחר שאף אחת מהמדינות הקתוליות לא הסכימה להכיר בו או ביורשו אדוארד כמלכי אירלנד בשל פרישתו מהכנסייה הקתולית. לעומתם, המלכה מרי, שהייתה קתולית, הוכרה כמלכת אירלנד על ידי האפיפיור פאולוס הרביעי. האירים הקתולים, שהיו לרוב המוחלט בממלכה, הופלו בשיטתיות בכל תחומי החיים על ידי הפרוטסטנטים, שידם הייתה על העליונה במושכות השלטון. אפליה זו הייתה המניע העיקרי לפריצתם של עימותים אלימים רבים בין הצדדים לאורך שנות קיום הממלכה - מלחמות הקונפדרציה האירית (1641-1653), המלחמות הוויליאמיות (1686-1691), מהומות ארמה (1780-1800) והמרד האירי של 1798.