Le choix de Seward pour le secrétariat d'État tarda à être annoncé publiquement, et ses opposants profitèrent de ce délai pour attaquer ses qualifications à ce poste. Seward, ne sachant pas si sa présence serait plus utile à l'intérieur ou à l'extérieur de la nouvelle administration, envoya son collaborateur Thurlow Weed à Springfield pour avoir un ressenti sur l'influence qu'exercerait Seward sur les décisions prises par Lincoln. Les deux hommes se rencontrèrent le ; assuré par le président qu'il aurait son rôle à jouer dans la distribution des charges administratives, Seward accepta le poste le . Il fut maintenu comme secrétaire d'État pendant tout la durée de la présidence de Lincoln, et continua à exercer cette fonction sous l'administration d'Andrew Johnson après l'assassinat de Lincoln en 1865.