Las diferencias religiosas se fueron acentuando por discrepancias económicas. Los cantones suizos centrales, predominantemente católicos, estaban rodeados de cantones protestantes con una economía floreciente, que se fue industrializando paulatinamentte. Los cantones políticamente dominantes eran Zúrich y Berna, ambos protestantes, pero en las agencias de la Confederación los cantones católicos tenían la supremacía desde la segunda guerra de Kappel de 1531. Un intento de reestructurar la Confederación en 1565 por iniciativa de Zúrich fue bloqueado por la oposición católica, lo que originó la Primera Batalla de Villmergen en 1656, que ganó el bando católico, cimentando el "statu quo". Pero los problemas permanecían irresueltos y entraron en erupción nuevamente en 1712 en la Segunda Batalla de Villmergen. Esta vez los cantones protestantes ganaron y pasaron a dominar la Confederación. Sin embargo, no se pudo implantar una reforma completa: los intereses individuales de los trece miembros eran diversos, y los gobiernos absolutistas de los cantones resistían todos los intentos de centralización para introducir una administración federal o una burocracia moderna. La política exterior permaneció fragmentada.