En l'actualitat la base de Guantánamo s'ha fet tristament famosa internacionalment, ja que des de l'any 2002 és utilitzada com a centre de detenció de presumptes terroristes vinculats a Al-Qaeda la majoria presoners de la Guerra de l'Afganistan i de l'Iraq, alguns provinents de presons secretes a Europa, un escàndol que es va destapar a finals de 2005. Des de l'inici de la Guerra de l'Afganistan hi han passat més de 770 presoners, 420 dels quals han estat alliberats. La resta s'hi troben retinguts sota l'estatus de "combatents enemics", un tractament especialment creat per evitar que els presos siguin considerats presoners de guerra, evitant així que gaudeixin dels drets que els atorgaria la Convenció de Ginebra. L'argumentació que s'ha donat per aquesta distinció és que els presoners no formaven part d'un exèrcit regular ni tampoc d'una guerrilla, fet pel qual no s'ajustarien a les definicions donades.