Током његовог премијерског мандата, Индија је спровела нуклеарне пробе Покран-II 1998. године. Ваџпаји је тежио да побољша дипломатске односе са Пакистаном, па је отпутовао у Лахоре аутобусом како би се састао са премијером Навазом Шарифом. Након Каргилског рата са пакистаном, тежио је да поново успоставио односе са Пакистаном, позвавши пакистанског председника Первеза Мушарафа у Индију на самит у агри.