Строительство Большого собора началось в 1684 году. В 1686-м он был возведён до глав, но затем работы приостановились из-за Крымского похода и истощения монастырской казны. Второй этап стройки начался через два года и был закончен к 1698-му. Храм выполнили в нарышкинском стиле и поставили на высокий подклет, главы установили в направлении сторон света. Резной семиярусный иконостас «фряжского письма» и иконы создавали резчики и иконописцы Оружейной палаты и Посольского приказа — Карп Золотарёв, Григорий Махотня, Родион Спиридонов, Андрей Михайлов и другие.