Opposé à l'orientation de plus en plus pro-soviétique du gouvernement, il prépare avec d'autres membres de l'armée un mouvement pour renverser le régime castriste qui a écarté les démocrates et commence à fournir des armes aux guérillas anti-castristes (Rébellion de l'Escambray). En , il est approché par Leo Cherne, homme d'affaires qui s'occupe de l'International Rescue Committee et qui souhaite rencontrer Castro. Cherne est proche des services de renseignement américains, ce qui suggère que la CIA serait à l'origine dès cette époque d'un complot contre le régime castriste. Début 1960, sur ordre de Washington, l'ambassadeur américain à Cuba avertit les autorités cubaines qu'un attentat contre Castro est en préparation, mettant en cause Morgan sans désigner l'instigateur possible, la CIA. Morgan est arrêté le , placé en isolement et envoyé en prison à la forteresse de la Cabaña.