במהלך שנות ה-20 של המאה ה-19 איבדה ספרד את רוב מושבותיה בעולם החדש. האימפריה הספרדית הצטמצמה באופן דרסטי, וספרד עצמה הייתה נתונה בזעזועים פוליטיים רבים. הצי איבד מחשיבותו והצטמק מאוד בגודלו. עם זאת, בשנות ה-50 ובשנות ה-60 של המאה ה-19 נעשו השקעות משמעותיות בצי, בעיקר בשייטות האוקיינוס השקט. עוד ב-1846 רכש הצי הספרדי את האוניות הראשונות המונעות בקיטור ממקסיקו. היו אלה שתי פריגטות, גואדלופ ומוקטזומה, שנבנו במקור בבריטניה ונמכרו למקסיקו ב-1842. האוניות נמכרו לספרד ביוזמת שליט מקסיקו, גנרל אנטוניו לופס דה סנטה אנה, שביקש לגייס כספים לצורך מלחמתו בארצות הברית, 1846 - 1848. הספרדים קראו לאוניות קסטילה ולאון. שייטת אוניות קיטור ספרדית הפליגה באוקיינוס השקט במשימת סיוע למשלחת מדעית ב-1862, שמטרתה הסמויה הייתה תמיכה באזרחים הספרדים שבפרו מול התבססות העצמאות הפרואנית. ביקורה של המשלחת הוביל בהמשך למלחמת ספרד–אמריקה הדרומית (1864–1871). במהלך המלחמה ריכז הצי הספרדי 15 אוניות מלחמה, שלחמו בציים המשותפים של פרו, צ'ילה ואקוודור.