2002 holte sie ihre ehemalige Mannschaftskameradin Silvia Neid in den Trainerstab der U-19-Nationalmannschaft, die 2004 erst Vizeeuropameister und dann Weltmeister wurde. Ein Jahr später wurde Silvia Neid Bundestrainerin der A-Nationalmannschaft und Ballweg wurde ihre Assistentin. Mit der A-Nationalmannschaft wurde sie 2007 Weltmeister und zweimal Europameister. 2016 hat sie die Leitung der Talent- und Eliteförderung des DFBs übernommen. Nachdem Steffi Jones als Nationaltrainerin entlassen wurde, assistierte Ballweg dem Interimstrainer Horst Hrubesch, bevor sie mit der U-17 einen letzten Lehrgang absolvierte und es mit dem Team Mitte November zur WM nach Uruguay ging.