Les Qing mettent en œuvre deux politiques différentes pour la Dzoungarie et le bassin du Tarim. En effet, autant ils encouragent l'implantation et l'installation définitive de colons chinois en Dzoungarie, autant ils font du bassin du Tarim une zone interdite au même titre que la Mandchourie ou la Mongolie. Les marchands et les soldats de l'Armée de l'étendard Vert installés en garnison dans la région sont les seuls Chinois autorisés à s'installer dans le bassin du Tarim. Cette interdiction est levée durant la décennie 1820 après l'invasion de la région par Jahangir Khoja. Les Chinois d'ethnie Han sont alors autorisés à s'établir de façon permanente dans le Tarim. Au cours de la période d'affaiblissement de la dynastie Qing au milieu du , les musulmans chinois (Hui) et les Ouïghours se rebellent dans les différentes villes du Xinjiang, suivant l'exemple des musulmans chinois qui se sont révoltés dans les provinces du Gansu et du Shaanxi, situées plus à l'est. En 1865, Yaqub Beg, un chef de guerre du khanat de Kokand, entre dans le Xinjiang via la ville de Kachgar et conquiert presque toute la région en . Lors de la bataille d'Ürümqi, les forces turques de Yaqub Beg, alliées à une milice chinoise han, attaquent et assiègent des soldats musulmanes chinois à Ürümqi. En 1871, l’empire russe tire parti de cette situation chaotique en s’emparant de la riche vallée de la rivière Ili, y compris la ville de Gulja. À la fin de cette période, les forces loyales aux Qing ne contrôlent plus que quelques forteresses, dont celle de Tacheng. Le règne de Yaqub Beg dure jusqu'à ce que le général Qing Zuo Zongtang (également connu sous le nom de Général Tso) reconquiert la région entre 1876 et 1878. En 1881, les Qing récupérèrent également la région de Gulja, à la suite de longues négociations diplomatiques, via le traité de Saint-Pétersbourg de 1881.