W listopadzie 1940 ulica, poza pojedynczymi budynkami w pobliżu skrzyżowań z ulicami Przejazd i Wolność, została włączona w obręb warszawskiego getta. Po tzw. wielkiej akcji wysiedleńczej w 1942 wyłączono z niego końcowy odcinek ulicy (w pobliżu ul. Wolność). W tzw. getcie szczątkowym Nowolipki na prawie całej swej długości były ulicą graniczną pomiędzy głównym obszarem szopów ciągnącym się na południe aż do ulicy Leszno, a pasem niezamieszkanym pomiędzy Nowolipkami a Gęsią na północy. W czasie powstania w getcie Niemcy spalili, a następnie zburzyli większość zabudowy. Ocalał jedynie kościół św. Augustyna, oszczędzony zapewne z racji obserwacyjnych walorów strzelistej wieży – archiwalne zdjęcia pokazują bryłę kościoła otoczoną morzem gruzów. Sam kościół stał się składem sprzętów zrabowanych mieszkańcom getta.