Босняки за режиму усташів називалися «цвітом» хорватського народу, а БіГ – «душею і серцем» НДХ. Частина мусульманських політиків пішла на співпрацю з усташами. Значна частина населення була абсолютно байдужою до нової влади, а основна маса вчинила опір і приєдналася до партизанів, що зробило Боснію головною ареною військових дій під час Другої світової війни на території колишньої Югославії.