Останнім місцем тренерської роботи Ель-Гохарі була національна збірна Йорданії, яку він прийняв того ж 2002 року і з якою працював до 2007. Протягом цього періоду брав участь у розіграші кубка Азії 2004 року в Китаї, на якому йорданці вийшли з групи, здолавши збірну Кувейту (2:0) та вистоявши в іграх проти фаворитів групи, збірних Південної Кореї і ОАЕ (обидві гри завершилися нульовими нічиїми). Вже на стадії чвертьфіналів очолюваній Ель-Гохарі збірній протистояли майбутні переможці турніру, японці, для яких гра з Йорданією не стала простою — перемогу вони змогли здобути лише в серії післяматчевих пенальті.