Pronto se estableció en la alineación titular indiscutible en el centro del campo durante las próximas temporadas y fue considerado uno de los jugadores jóvenes más prometedores de la liga italiana, ayudando a Roma a un segundo lugar en la Serie A durante la temporada 2003-04 y 2 finales consecutivas de Copa Italia en 2006 y 2007. Debido a su madurez, tenacidad y liderazgo en el terreno de juego, el 15 de marzo de 2006, De Rossi usó por primera vez el brazalete de capitán en un partido de la Copa de la UEFA contra el Middlesbrough. A pesar de tener reputación de un jugador duro y tras haber tenido muchas advertencias, durante la temporada 2005-06, fue elogiado por el árbitro Mauro Bergonzi por juego limpio; Roma ganaba 1-0 en un partido de Serie A contra el Messina, cuando De Rossi anotó un gol tras un cabezazo que se desvió en su mano. Bergonzi no vio el incidente y permitió que Roma suba el marcador. Sin embargo De Rossi inmediatamente le dijo al árbitro que había empujado el balón con su mano, lo que llevó a que el gol sea anulado. Roma ganó 2-1 aunque Daniele sufrió una lesión en el tobillo durante el partido, quedando descartado por dos semanas. Al final de la temporada fue nombrado Jugador Joven de la Serie A 2006 por sus actuaciones.