Izrael i Syria nigdy nie nawiązały stosunków dyplomatycznych. Podobnie jak pozostałe państwa arabskie, Syria nie uznała utworzenia państwa Izrael w Palestynie, którą uważała za część Wielkiej Syrii. Wzięła udział w I wojnie izraelsko-arabskiej, która zakończyła się dla Arabów klęską. Po wojnie tej Syria i Izrael podpisały w 1949 jedynie rozejm, który miał być rozwiązaniem tymczasowym. Konflikt z Izraelem stał się głównym punktem odniesienia dla polityki zagranicznej Syrii, zarówno do 1963, gdy było to państwo demokratyczne, jak i po zamachu stanu w wymienionym roku, który zapoczątkował autorytarne rządy partii Baas. Doktryna partii Baas, głosząca m.in. hasła panarabskie, sprzyjała dalszemu zajmowaniu przez Syrię jednoznacznie antyizraelskiego stanowiska. Przejęcie władzy w Syrii przez radykalne skrzydło partii w 1966 pociągnęło za sobą jeszcze większe zaangażowanie Syrii we wspieranie zbrojnych organizacji palestyńskich. Kolejna wojna państw arabskich przeciwko Izraelowi w 1967 zakończyła się jednak ich całkowitą klęską, a Syria utraciła w wojnie wzgórza Golan. Klęska ta doprowadziła do ostrej walki o władzę wewnątrz partii Baas, która w 1970 zakończyła się przejęciem władzy przez Hafiza al-Asada. Zrezygnował on z planów wywołania antyizraelskiej „wojny ludowej”, stwierdził jednak, że celami Syrii pozostawały odzyskanie ziem utraconych w 1967 i obrona praw Arabów palestyńskich (kwestię palestyńską al-Asad wielokrotnie traktował jednak instrumentalnie). Kolejna wojna izraelsko-arabska, wojna Jom Kipur w 1973, przyniosła symboliczne zmiany granicy (Syria odzyskała ok. 10% terenu wzgórz Golan). Obydwa państwa interweniowały w wojnie domowej w Libanie.