Au cours de sa dernière année avec les Pacers, Thomas les a guidés vers un bilan de 48-34 en saison régulière et a entraîné l’équipe de la conférence Est au NBA All-Star Game 2003. En tant que de conférence, les Pacers ont été éliminés au premier tour des playoffs par les Celtics de Boston. Avec des talents florissants tels que Jermaine O'Neal, Brad Miller, Ron Artest, Al Harrington et Jamaal Tinsley, ainsi que le leadership vétéran de Reggie Miller, certains ont perçu le manque d’expérience de Thomas en tant qu'entraîneur. Pendant l'intersaison, Bird revient aux Pacers en tant que président des opérations de basket-ball, et son premier acte consiste à remplacer Thomas par Rick Carlisle.