Come la maggior parte degli altri cortigiani di Kyoto, Iwakura si oppose ai piani dello Shogunato Tokugawa di terminare la politica di isolamento nazionale e di aprire il Giappone alle nazioni straniere. Quando Hotta Masayoshi, un "rōjū" del governo Tokugawa arrivò a Kyoto per ottenere il permesso imperiale per firmare il Trattato di amicizia e commercio nippo-americano nel 1858, Iwakura radunò i cortigiani che si opponevano al trattato e tentò di ostacolare i negoziati tra lo Shōgun e la corte.