Після початку Єгипетського походу Наполеона в 1798 році розпався франко-турецький альянс і майже всі викладачі-французи залишили Стамбул. Уклавши мир з Францією, султан почав реформу адміністративного апарату. Також він сприяв освіті, друкарській справі та культурі (особливо музикантам і композиторам, серед яких виділявся Деде Ефенді). У жовтні 1805 року в столиці померла валіде-султан Міхрішах Султан (похована в тюрбе при комплексі, побудованому на її кошти). За допомогою французького генерала Себастьяні турки зміцнили оборонну систему столиці та приступили до створення армії нового зразка. У 1807 році за велінням султана в Ускюдарі, поруч з мечеттю Селіма, зведеної в 1803 році, були побудовані великі казарми, названі Селімійє. Незабаром після цього яничари, незадоволені реформами і зростанням податків, підняли повстання, змістили Селіма III і звели на престол Мустафу IV, сина Абдул-Гаміда I.