Nach Wende und Wiedervereinigung wurde Gohlis Teil des neugegründeten Freistaates Sachsen. Die folgenden Gebietsreformen in Sachsen ordneten Gohlis 1994 dem Landkreis Riesa-Großenhain und 2008 dem Landkreis Meißen zu. Im Jahr 1999 wurde der Ort nach Zeithain eingemeindet. Im 21. Jahrhundert wurde der Ort von mehreren Hochwassern heimgesucht. Während des Jahrhunderthochwassers 2002 wurde der Ort überflutet und musste evakuiert werden. Von 161 erfassten Grundstücken waren 44 eingeschränkt- und 26 Häuser unbewohnbar. Nach einem weiteren Hochwasser 2006 wurde nach Drängen engagierter Einwohner die neue 108 Meter lange Flutbrücke gebaut, die am 14. August 2007 ihrer Bestimmung übergeben wurde. Gohlis wurde bereits im Jahr 2013 erneut vom Hochwasser überschwemmt, dessen Schäden an Deichen, Gebäuden und Straßen erneut hoch waren.