Doi ani mai târziu, în 1996, Daum s-a întors în Germania ca să antreneze echipa Bayer Leverkusen. A avut mare succes la Bayer Leverkusen, clasându-se de trei ori pe locul secund în Bundesliga în patru ani de antrenorat. După Campionatul European de Fotbal din 2000, Daum a fost chemat să antreneze echipa națională germană. Presa a raportat zvonuri că Daum făcuse chefuri pe bază de cocaină și orgii cu prostituate. Daum a amenințat presa și a dat probe de păr autorităților să convingă pe toată lumea despre nevinovăția lui. Probele au arătat că el a fost consumator de cocaină, dar a declarat presei că firele de păr nu erau ale lui. Cu toate acestea, un an mai târziu, confruntat cu perspectiva de a petrece un timp în închisoare, Daum a recunoscut că a consumat cocaină. Între timp, acordul său pentru a deveni managerul echipei naționale a fost anulat de către Federația Germană de Fotbal la data de 21 octombrie 2000 și Rudi Völler, până atunci interimar, a fost numit antrenor principal.