En 2014, il est nommé à la tête de l'équipe nationale du Danemark : depuis . Si les premiers résultats sont moins bons que les années précédentes avec seulement une au Championnat du monde 2015 puis une au Championnat d'Europe 2016, Guðmundsson et les Danois décrochent la timbale avec le titre olympique remporté aux JO de 2016 à Rio de Janeiro. Après une élimination en huitièmes de finale au Championnat du monde 2017, malgré un bilan positif de 46 victoires en 61 matchs, il quitte la sélection en . Un mois plus tard, il devient le sélectionneur du équipe nationale de Bahreïn.