Dopo la morte di Torrijos, il potere passò nelle mani del generale Manuel Noriega, precedentemente a capo della polizia segreta panamense ed ex-informatore della CIA. Quando però fu chiaro che Noriega non intendeva abbandonare il progetto di Torrijos, gli Stati Uniti rivolsero a Noriega l'accusa di traffico di droga internazionale e nel 1989 soldati americani invasero Panama per rovesciarlo. Poche ore dopo l'invasione, in una cerimonia che ebbe luogo all'interno di una base militare statunitense, Guillermo Endara prestò giuramento come nuovo presidente di Panama. Endara concesse temporaneamente la gestione del Canale agli Stati Uniti.