Во время Боснийской войны в Подринье было убито множество мусульман, многие из них бежали. Считается, что часть из них погибла во время трагедии в Сребренице, в совершении которой обвиняют военных Республики Сербской. Согласно Сараевскому центру исследований и документаций при проекте Боснийского атласа погибших, именно в Подринье погибло больше всего гражданских: из 97207 официально погибших в Боснийской войне, по оценкам Мирсада Токача в 2007 году, 28666 жертв относятся к событиям в Подринье.