アゼルバイジャンが1991年にソビエト連邦からの独立を宣言すると、アゼルバイジャン政府は反共主義・アゼルバイジャン化運動に基づいて、ステパナケルトの名前を古称のハンケンディへと戻した。ナゴルノ・カラバフ地域をめぐって戦争が勃発し、その結果として同地域はアルメニアの支配下となり、同地域とアルメニアを結ぶ回廊が確立された。戦争前、ステパナケルトはナゴルノ・カラバフ地域で最大の都市であり、18万9千人の地域住民（うちアルメニア人が75%）のうち、およそ7万人が居住していた。1992年初期には、町の人口は5万人にまで低下した。