Khi cuộc Chiến tranh Schleswig lần thứ hai bùng nổ (1864), ông được giao quyền chỉ huy quân cánh phải của lực lượng Phổ được gửi tới để phối hợp với Đế quốc Áo. Vào ngày 2 tháng 2 năm 1864, quân ông tấn công quân Đan Mạch ở Mysunde nhưng bị đẩy lui. Nhưng chẳng bấy lấu sau, Friedrich Karl đã gỡ gạc cho thất bại của mình khi ông chuyển sang hướng bắc và điều binh tới Amis, nơi ông vượt sông Schley thành công vào ngày 6 tháng 2. Bước tiến chiến lược này đã buộc quân đội Đan Mạch phải rút khỏi thành lũy kiên cố Dannewerk mà không qua một trận đánh lớn nào. Tiếp theo đó, vị vương tử tiến quân đến Düppel, một thành lũy rắn chắc khác của quân Đan Mạch. Quân ông nổ súng tấn công vào ngày 17 tháng 2 và sau nhiều tuần giao tranh ác liệt, quân Đan Mạch đã dần dần bị đẩy vào trong pháo đài. Quân Phổ bẻ gãy một cuộc phản công của Đan Mạch vào rừng Rageboel ngày 17 tháng 3 và buộc quân đội Đan Mạch phải cố thủ trong các chiến lũy của mình.