Po agresji ZSRR na Polskę i okupacji Tomaszowa Lubelskiego przez Armię Czerwoną 25 września 1939 zorganizował wiec witający Armię Czerwoną, a następnie, razem z siostrą Olgą i Adamem Humerem założył Tymczasowy Komitet Rewolucyjny w Tomaszowie i został jego przewodniczącym (jego zastępcą był Humer). 17 października 1939 Armia Czerwona wycofała się z Tomaszowa Lubelskiego poza ustaloną 28 września 1939 w niemiecko-sowieckim traktacie o granicach i przyjaźni linię demarkacyjną. Wraz z nią na teren okupacji sowieckiej ewakuowali się działacze Rewkomu. Oprócz Aleksandra Żebrunia byli to m.in. Adam Humer, Olga Żebruń, Włodzimierz Muś i Walerian Ciechaniewicz. We Lwowie mieszkał do ataku Niemiec na ZSRR 22 czerwca 1941 i okupacji miasta przez Wehrmacht 30 czerwca 1941.