Atès que els Països Baixos no van poder classificar-se pel Campionat d'Europa de 1984 i la Copa del Món de 1986, Koeman no va debutar fins al Campionat d'Europa de 1988 a l'Alemanya Occidental, on l'equip de Rinus Michels va vèncer els amfitrions a les semi-finals amb Koeman marcant un penal que va igualar el marcador a 1. Després del partit Koeman va fer veure que s'eixugava l'esquena amb la samarreta d'Olaf Thon davant dels seguidors rivals. A la final, els Països Baixos van vèncer la Unió Soviètica 2-0 a l'Olympiastadion de Munic, i van guanyar l'únic trofeu internacional que tenia la selecció. Això va completar el 1988 extraordinari de Koeman després de guanyar el triplet amb el PSV. Tant Koeman com el defensa central Frank Rijkaard van formar part de l'equip del torneig de la UEFA.