アメリカ同時多発テロ事件に続いて2001年からアメリカの対テロ戦争が始まると、バチカンは一般的に対テロ戦争への批判を、特にイラクにおけるアメリカの政策を批判した。2009年7月10日、バラク・オバマ大統領とベネディクト16世はローマで会談した。在バチカン米国大使館を在イタリア・アメリカ大使館と同じ場所に移転する計画案は、一部の元アメリカ大使からの批判を巻き起こした。2014年3月27日、オバマとフランシスコ教皇はローマで会談した。これは2015年9月におけるフランシスコ教皇の2015年北アメリカ訪問につながり、そこでキューバを訪問した後に彼はアメリカ合衆国にもやって来て、フィラデルフィアで開催されたに参加し、ワシントンD.C.やニューヨーク市にも来訪した。