Primo esponente in vista della famiglia fu Antonio, il quale combatté l'impero Ottomano partecipando alla guerra di Negroponte come capitano di nave (1470). Seguì le sue orme il figlio Stefano che morì in battaglia nella guerra turco-veneziana del 1499. Nello stesso anno il governo veneziano, per sostenere i suoi nove figli rimasti orfani, assegnò a uno di loro, Ettore, l'ufficio della Deposisteria del sale. È da questo momento che gli Ottoboni cominciarono a distinguersi nell'ambito della burocrazia.