С началом 1918 года в ходе Гражданской войны Совет перешёл к тактике «партизанской войны» с революционным движением в регионе. В январе 1918 года Совет формально был закрыт большевиками, а его президиум во главе с Николаем фон Дитмаром — арестован комиссаром Антоновым-Овсеенко. Технический аппарат Совета и его отраслевых представительских организаций был интегрирован советскими властями в собственные хозяйственные органы. В этом же 1918 году работниками аппарата, отказавшимися войти в советские структуры, была уничтожена существенная часть архива Съезда.