I oktober 1993 blei imidlertid Ndadaye og hans to øverste tjenestemenn drept, noe som førte til borgerkrig i landet og en fastlåst situasjon i parlamentet. Ntaryamira blei valgt som president som et kompromiss i februar 1994: han var hutu, men blei ansett som moderat i Ndadayes tradisjon, mens Anatole Kanyenkiko fra UPRONA blei statsminister.