À partir de 1569, et plus largement pendant le et le , la tour sert épisodiquement de dépôt d’armes, de poudrière et de prison pendant les guerres de religions : des huguenots y sont enfermés entre 1682 et 1686, à l’époque de la révocation de l’Édit de Nantes. Lors de la Révolution française, la tour est utilisée (jusqu’en 1793) pour emprisonner des Chouans.