Mulee se hizo cargo de Kenia por primera vez entre 2003 y 2004, incluso en la Copa Africana de Naciones de 2004. Mulee regresó para un breve segundo período en 2005, que duró solo un día del 16 al 17 de diciembre. Mulee regresó a Kenia por tercera vez en marzo de 2007 El cuarto período de Mulee a cargo de Kenia comenzó en septiembre de 2010. Mulee dejó el cargo en diciembre de 2010 luego de una racha de tres derrotas en la Copa CECAFA 2010. En octubre de 2020, volvió a entrenar a la selección de Kenia por quinta vez.