W latach 1648–1651 z powodu trwającego powstania Chmielnickiego właściciele miasta nakazywali mieszczanom naprawianie murów, ćwiczenia z bronią i zakazywali przyjmowania obcych ludzi do miasta. W 1652 r. do Tarnowa dotarła ze wschodu pandemia dżumy, tyfusu plamistego i czarnej ospy. Trwała prawie rok z kulminacją w lecie 1653 r. Według kronikarza bernardyńskiego w mieście zmarło 1500 osób (liczbę mieszkańców Tarnowa w tym czasie ocenia się na około 1700 osób). Była to najtragiczniejsza w dziejach miasta katastrofa naturalna. W 1654 r. staraniem gwardiana Antoniego Szumlańskiego w starej sklepionej piwnicy, przylegającej do cmentarza bernardyńskiego, powstała podziemna kaplica Więzienia Chrystusa na cmentarzu (obecnie to okolice ul. Franciszkańskiej). Odprawiano w niej nabożeństwa związane z kultem Męki Pańskiej.