Преподавательская деятельность Реннера продолжалась недолго. В 1812 году, во время нашествия французов, он был назначен полковым врачом и с русскими войсками был отправлен за границу. Оттуда Реннер уже не вернулся, так как получил в 1816 году кафедру сравнительной анатомии в Йенском университете и был назначен директором вновь учреждённого Ветеринарного института при этом университете. Здесь он и умер 7 или 9 марта 1850 года.