Milazzo fa parte del circuito dei "Borghi Marinari", una associazione che ha lo scopo di favorire le capacità di internazionalizzazione della cultura dei comuni aderenti, nonché dell'Associazione Nazionale Città del Vino e del distretto turistico "Parco dei Miti". È inoltre fra le località siciliane presenti nel Comitato organizzatore delle manifestazioni del 150º anniversario dello sbarco dei Mille nell'isola. Il comune di Milazzo fa parte delle seguenti organizzazioni sovracomunali: regione agraria n.9 (Colline litoranee di Milazzo).