Mellan 1939 och 1945 fanns (för första gången i historien) ett självständigt Slovakien, med reviderade gränser. Landet hade en auktoritär ledning under Jozef Tiso - medan Böhmen-Mähren var ett protektorat under Tyskland. I slutet av 1944 iscensattes ett större uppror mot Tiso och tyskarna i Slovakien, vilket dock slogs ner efter ett par månaders strider. Efter 1945 återupprättades Tjeckoslovakien, snart under kommunistisk ledning. Slovakien blev åter en självständig stat den 1 januari 1993 då Tjeckoslovakien delades.