Com a morte do cardeal de Gouveia, ocorrido em 6 de fevereiro de 1962 no palácio arquiepiscopal de São Vicente, tornou-se vigário capitular e, em 3 de agosto seguinte, o Papa João XXIII o nomeou arcebispo metropolitano de Lourenço Marques. Entre 1967 e 1969, ele também foi presidente da Conferência Episcopal de Moçambique. Ele participou de todas as sessões do Concílio Vaticano II. Nos anos do processo de descolonização das colônias portuguesas na África, entre meados dos anos sessenta e setenta do século passado, colocou-se claramente em posições de defesa da política do governo português.