Le Honduras remporte de nouveau la Coupe UNCAF en 1995, en battant le Costa Rica aux tirs au but puis le Guatemala en finale (3-0). Mais ce succès n'a pas de suite. À la Gold Cup 1996, il est éliminé au avec deux défaites contre le Canada et les moins de 23 ans du Brésil, invités pour l'occasion. Pour la Coupe du monde 1998, il est battu au second tour par le Mexique et la Jamaïque mais devance Saint-Vincent-et-les-Grenadines à qui il inflige une lourde défaite (11 buts à 3) le .