Παρόλα αυτά, ο Περικλής επανέκτησε την εμπιστοσύνη του λαού και επανεξελέγη Στρατηγός, μόλις έναν χρόνο αργότερα, το 429 π.Χ.. Ανέκτησε τον έλεγχο του αθηναϊκού στρατού και ηγήθηκε της Αθήνας σε όλες τις στρατιωτικές επιχειρήσεις το 429 π.Χ., έχοντας και πάλι την αθηναϊκή εξουσία στα χέρια του. Την ίδια χρονιά, ο Περικλής είδε τους δύο γιους του, τον Πάραλο και τον Ξάνθιππο να πεθαίνουν από το φοβερό λοιμό που χτύπησε την πόλη. Πέθανε και ο ίδιος από το λοιμό, τον Αύγουστο του 429 π.Χ.