In maggio, prima che Cascade fosse completamente operativa, Rommel sconfisse le forze britanniche in Libia; Auchinleck radunò le sue forze a El Alamein e chiese a Clarke di progettare dei piani per rallentare l'avanzata dell'Asse, dando agli alleati il tempo per ritirarsi. Fu progettata l'operazione Sentinel, volta a convincere Rommel che una forza britannica si trovava tra lui e l'Ottava Armata in ritirata, usando camuffamenti, falsificazioni e inganni radiofonici. Nonostante il suo successo a El Alamein, Auchinleck fu sostituito, l'8 agosto, da Harold Alexander, il terzo comandante di Clarke in meno di due anni. A Bernard Law Montgomery fu affidato il controllo dell'Ottava Armata, con le istruzioni di respingere Rommel; Montgomery conosceva Clarke, avendogli insegnato le tattiche di fanteria allo Staff College nel 1931, e gli affidò l'incarico di preparare un piano d'inganno per la seconda battaglia di El Alamein. Il piano implicava soprattutto attività di camuffamento (operazione Bertram), disinformazione radiofonica (operazione Canwell) e una campagna di disinformazione (operazione Treatment). Il 9 settembre Clarke fu nominato ufficiale dell'Ordine dell'Impero Britannico (OBE): la motivazione riconosceva i suoi sforzi nel creare la 'A' Force, ma si riferiva principalmente al suo meno clandestino lavoro di ufficiale dell'MI9.