コミュニティ単位の種子貯蔵を進める民間団体から、冷凍保存しても生育環境が変わると作物の収穫ができるか不確実であること、また国連環境開発会議（UNCED）(リオデジャネイロ会議) と生物多様性条約（CBD）の認めたとおり、農業者が種子を入手できない遺伝子銀行の限界が未解決である点、大規模停電に備えた施設の脆弱性評価など不確実性の指摘がある。