Pamuk był kilkakrotnie obiektem ataków tureckich środowisk ekstremistycznych, związanych jednak nie z islamskim fundamentalizmem, ale ze świeckim nacjonalizmem i wojskiem. W 2005 w miejscowości Bilecik palono jego książki, a prefekt jednego z regionów prowincji Isparta nakazał wycofanie jego książek z bibliotek. W tym samym roku Pamukowi wytoczono proces po tym, jak wspomniał w jednej ze szwajcarskich gazet, że w Turcji zabito milion Ormian (rzeź Ormian) i 30 000 Kurdów. Zarzuty wycofano 22 stycznia 2006.