Il primo impiego dell'AN/ALQ-99 avvenne durante la guerra del Vietnam dove i primi Prowler appartenenti al VAQ-132 Scorpions arrivarono nel giugno 1972 e compirono la prima missione l'undici luglio. A dicembre vennero impiegati per scortare i bombardieri Boeing B-52 Stratofortress nelle missioni sul Vietnam del nord parte dell'Operazione Linebacker II.