De volta da campanha na Espanha, Napoleão então tomou controle das tropas no leste e levou seu exército para lançar uma contra-ofensiva ao Império Austríaco. Depois de algumas batalhas de intensidade baixa, os austríacos começam a recuar, abandonando a Baviera. Bonaparte então lançou-se sobre a Áustria. Tentando atravessar rapidamente o rio Danúbio ele enfrentou os austríacos na Batalha de Aspern-Essling (22 de maio de 1809). Os franceses não conquistaram seus objetivos e ambos os lados sofreram pesadas baixas. Mas o comandante austríaco, o arquiduque Carlos, não se aproveitou do cenário favorável e permitiu que Napoleão se reagrupasse. Em julho, o exército imperial francês marchou em Viena novamente. Napoleão então infligiu uma grande derrota aos austríacos na Batalha de Wagram, no começo de julho de 1809. Foi nesta batalha que o marechal francês Carlos Bernadotte foi privado do seu comando quando ele recuou, contrariando as ordens de Napoleão. Um tempo depois, Bernadotte aceitou a oferta de se tornar o príncipe herdeiro da Suécia. Ele mais tarde se tornaria um dos maiores incentivadores dos suecos para se voltar contra os franceses.