En los años siguientes, Escipión se convirtió en el hombre más influyente de la República romana. Fue nombrado Censor y "princeps senatus" en 199 a. C., sus parientes y seguidores ocuparían regularmente cargos directivos. Cuando comenzó una nueva guerra contra Siria, se convirtió en legado de su hermano Lucio, el año 190 a. C. En la batalla de Magnesia, ayudaría a su hermano a derrotar al rey Antíoco III de Siria por completo, y obligándolo a pedir la paz con Roma. Al regresar del este, Publio Cornelio y su hermano fueron procesados por sus opositores políticos liderados por el Censor Marco Porcio Catón, quienes le acusaron de corrupción y robo de 500 talentos. Escipión se negó a defenderse por las acusaciones de los cargos de traición y malversación y se retiró a un exilio voluntario. Un año después, en 183 a. C., murió en su villa en Campania.