Az 1580-as években, a Livóniai háború lefolyása után Svédország elfoglalta Észak-Észtországot, és itt létrejöttek Järva, Lääne illetve Viru megyék. Ezzel szemben az ország déli részét, amely 1582 és 1625 között Lengyelország fennhatósága alatt állt, vajdaságokra osztották (Tartui vajdaság és Pärnui vajdaság.) Saaremaa szigete 1645-ig dán uralom alatt volt. A svéd terjeszkedéssel mind a sziget, mind a vajdaságok közigazgatásilag megyékké lettek.