С 1792 года служил в составе Альпийской армии, и участвовал в осаде Тулона, командуя частью авангарда. Здесь же произошла встреча Сент-Илера с молодым артиллеристом Бонапартом. После взятия города, 27 декабря 1793 года был повышен в звании до командира батальона представителями народа.