Έχοντας επίσης παίξει για την Μπαρτσελόνα, ο Μπαΐα εμφανίστηκε με την Εθνική Πορτογαλίας σε δύο Ευρωπαϊκά Πρωταθλήματα και στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 2002.