Po bitvě o Británii byly Štuky nasazeny v balkánském tažení, v severní Africe, Středomoří a také na východní frontě, kde byly používány k celkové podpoře pozemních vojsk, jako účinné specializované protitankové a protilodní letouny. Jakmile Luftwaffe ztratila vzdušnou převahu, stala se Štuka snadným cílem nepřátelských stíhacích letadel. Vyráběna byla až do roku 1944, dokud se neobjevila lepší náhrada. Do roku 1945 ji z velké části nahradily bitevní verze letounu Focke-Wulf Fw 190, ale Štuky zůstaly ve službě až do konce války.