Após um período caótico sob uma democracia parlamentar, Sukarno estabeleceu um sistema autocrático chamado "Democracia Guiada" em 1959 que acabou com a instabilidade e rebeliões que ameaçavam a sobrevivência do diverso e turbulento país. No começo da década de 1960, Sukarno deu uma guinada na política nacional em direção a esquerda ao apoiar e proteger o Partido Comunista da Indonésia (PKI). Estes movimentos irritaram os militares e os islamitas. Ele também embarcou em uma série de políticas externas agressivas sob a rubrica de "anti-imperialismo", com ajuda da União Soviética e da China. O fracasso do Movimento de 30 de Setembro em 1965 levou a destruição do PKI com execuções em massa de membros e simpatizantes do partido comunista em diversas regiões, com o total de mortos indo de 500 000 a 1 000 000 de pessoas. O descontentamento entre as forças armadas, fundamentalistas islâmicos e elementos conservadores na sociedade cresceu ao ponto que, em meados de 1967, um general chamado Suharto, removeu o presidente do poder. Sukarno foi posto em prisão domiciliar e lá permaneceu até sua morte, em 1970.