Не встигли відлунати весільні привітання, як двір був вражений звісткою про замах на адмірала Коліньї, одного з вождів протестантів, а слідом за цим почалася розправа над протестантами Парижа. Через шість днів після весілля католики підступно напали на гугенотів, які довірливо з'їхалися в Париж на весільні урочистості, і вчинили їм у ніч святого Варфоломія жорстоку бійню. Вся свита Генріха, що розташовувалася в Луврі, була перебита, але сам він, давши обіцянку перейти в католицтво, уникнув загальної долі. Наступні чотири роки Генріх прожив у Парижі на положенні бранця. Відмову від протестантизму і повернення в лоно католицтва Генріха використали для утихомирення вогнища опору — Ла-Рошелі. Його змусили підписати указ про відновлення католицизму і заборону протестантського культу в Беарні. Але прозелітизм міг бути й тактичним ходом Генріха Наваррського. У роки вимушеного полону при дворі Карла IX і Генріха III майбутній король Франції навчився політичній грі, якою майстерно володіло його оточення. Його ніколи не залишала думка про повернення в Беарн.