בורגארד הועבר לטנסי, כסגנו של אלברט סידני ג'ונסטון, ולאחר שהאחרון נהרג בקרב שילה, ב-6 באפריל 1862, נטל בורגארד את הפיקוד על כוחות הדרום בקרב. בורגארד הואשם בכך שהפסיק את התקפת הדרום מוקדם מדי, מכיוון שהניח שצבא הצפון הובס. למחרת נאלץ לסגת מול התקפת הנגד של צבא הצפון, בפיקוד מייג'ור גנרל יוליסס סימפסון גרנט, שתוגבר בשעות הלילה. מאוחר יותר, נאלץ בורגארד לסגת גם מבסיס האספקה שלו בקורינת', מיסיסיפי, בלחצם של כוחות צבא הצפון, בפיקוד מייג'ור גנרל הנרי האלק.