A sua futura carreira naval foi inesperadamente interrompida em 1 de fevereiro de 1908, com o Regicídio de 1908. O infante havia regressado a Lisboa (depois de ter estado alguns dias em Vila Viçosa, com toda a família) para se preparar para os exames da escola naval, tendo ido esperar os pais e o irmão ao Terreiro do Paço. Minutos depois deu-se o atentado que vitimou o rei e o príncipe real, sendo Manuel atingido no braço.