Ale i Mahmut II. si byl vědom nezbytnosti reforem, které sice prováděl opatrněji, klid však Osmanská říše nezažívala. Válka s Ruskem pokračovala až do roku 1812, kdy Turci mírem v Bukurešti ztratili Besarábii a Srbsku byla přislíbena značná autonomie. Neklidné byly i provincie – bylo nutné potlačit srbské povstání (1813) a Ali Paša po své porážce roku 1820 podněcoval Řeky, kteří nakonec roku 1821 povstali. Povstání bylo neseno v duchu novohelénství, proti kterému stála i pravoslavná církev. Mahmut však situaci špatně odhadl a povstání považoval za pravoslavné, a nechal proto popravit konstantinopolského patriarchu a několik biskupů, čímž jen způsobil, že k povstání se přidali i pravoslavní věřící. Sultán přestával situaci zvládat, a tak požádal o pomoc egyptského guvernéra Muhammada Alího, který řecké povstání krutě potlačil. Turci rozpoutali protiřecký teror, jehož symbolem se stalo povraždění obyvatel na ostrově Chios, kde bylo v dubnu 1822 ze 100 000 obyvatel okolo 90 000 ostrovanů povražděno nebo zotročeno.