Huhtikuussa 2016 Ruotsin jalkapalloliitto vahvisti, että Andersson aloittaa EM-kisojen 2016 jälkeen Ruotsin jalkapallomaajoukkueen uutena päävalmentajana. Anderssonin sopimus on nelivuotinen. Andersson lopetti virallisesti työnsä IFK:n päävalmentajana toukokuun lopussa 2016. Viimeisessä ottelussa IFK pelasi 0–0 tasapelin IF Elfsborgia vastaan ja lähti kesätauolle sarjakakkosena.