Орхомен брав участь у Троянській війні, надіславши під стіни Трої 300 кораблів. Однак після Троянської війни до 6 століття до н. е. Фівам вдалося відібрати у Орхомена міста, що належали йому, і змусити його вступити у Беотійський союз під зверхністю Фів. У Коринфській війні Орхомен виступав на боці Спарти і близько 364 до н. е. був зруйнований фіванцями, а сотні орхоменців продані у рабство. З 353 до н. е. почав відновлюватися фокейцями. За македонських царів Філіппа II і Александра посилився, але колишнього значення вже не мав. 85 до н. е. відбулась Битва при Орхомені, в результаті якої армія Сулли розбила військо Мітрідата.