A partire dagli anni sessanta si resero necessari lavori di restauro per gli edifici esistenti, che hanno di molto rallentato nuovi scavi, anche a causa di problemi di natura economica. Nel 1980 il sito fu gravemente danneggiato dal terremoto dell'Irpinia. Tra gli anni novanta e gli anni '10 del nuovo millennio, i nuovi scavi si concentrarono nella zona della IX regio, anche se molti fondi furono dirottati sulla conservazione e il restauro dei monumenti già scavati; nel 1997 l'area archeologica entrò a far parte del patrimonio dell'umanità dell'UNESCO. A seguito della mancanza di un piano di restauro dell'intero sito, accentuato dal crollo della Casa dei Gladiatori nel 2010, l'Unione europea stanziò un finanziamento per la salvaguardia degli scavi: tuttavia, durante lo svolgimento dei lavori di ristrutturazione, che presero il nome di "Grande Progetto Pompei", si verificarono altri crolli, riguardanti per lo più parti di muratura, travature dei tetti o pezzi di intonaco.