W Interze Fresi zadebiutował 27 sierpnia 1995 w wygranym 1-0 meczu z Vicenzą. Przez pierwsze dwa sezony Fresi miał pewne miejsce w składzie Interu. Problemy zaczęły się w sezonie 1997-98. Inter wzmocnił skład, przez co Fresi zaczął coraz rzadziej pojawiać w pierwszej jedenastce "nerrazurich". Problemy z miejscem w składzie pogłębiły się w następnym sezonie, dlatego Fresi zdecydował się na wypożyczenie do swojego byłego klubu Salernitany. W Salernitanie grał do końca sezonu 1998-99, z którą spadł do Serie B. W następnym sezonie powrócił do Interu, jednakże ówczesny trener Interu Marcello Lippi rzadko korzystał z jego usług. Był to ostatni jego sezon w barwach klubu z Mediolanu. Podczas tego okresu Fresi z Interem zdobył Puchar UEFA 1998 (rok wcześniej dotarł z Interem do finału tych rozgrywek, gdzie Inter uległ w rzutach karnych FC Schalke 04), wicemistrzostwo Włoch 1998, ćwierćfinał Ligi Mistrzów 1999 (uczestniczył tylko w początkowej fazie tych rozgrywek), gdzie Inter uległ późniejszemu zwycięzcy Manchesterowi United oraz finał Pucharu Włoch 2000. Ostatni raz w Interze zagrał 23 maja 2000 w meczu barażowym o udział w Lidze Mistrzów z Parmą. Ogółem w barwach Interu wystąpił w 123 meczach (86 w lidze, 20 w europejskich pucharach oraz 17 w Pucharze Włoch) i strzelił 1 bramkę w lidze.