Powstanie dzisiejszego Nowosybirskiego Rolniczego Uniwersytetu Państwowego związane jest z zapotrzebowaniem na specjalistów od spraw rolnictwa, jakie w latach trzydziestych XX wieku wystąpiło na terenie obwodu nowosybirskiego. Był to także czas intensywnego procesu kolektywizacyjnego jakie przechodziło sowieckie rolnictwo. Stworzenie nowych kadr fachowców dla tego obszaru zwróciło uwagę Ludowego Komisariatu Rolnictwa, który oficjalnie 14 listopada 1934 roku powołał do życia Nowosybirski Instytut Rolniczy. Według planów ministerialnych miał się on dzielić na dwa wydziały, agronomiczny i zootechniczny, a umożliwiać miał pobieranie nauki około tysiącu studentów. Władze sowieckie przydzieliły nowej uczelni tereny leżące na obrzeżach miasta, a także kilka pięter w jednym z reprezentacyjnych budynków w Nowosybirsku, przy ulicy Maksima Gorkiego 78, naprzeciwko Parku Bohaterów Rewolucji. Po uzyskaniu niezbędnego sprzętu i dopełnieniu formalności Nowosybirski Instytut Rolniczy zaczął oficjalną działalność 1 września 1936 roku. W pierwszym roku działalności zatrudniał 18 profesorów, a w swe mury przyjął 167 studentów. W 1940 roku liczba pracowników naukowych przekroczyła 40 osób, a w instytucie naukę pobierało już 440 studentów. Normalną pracę badawczo-edukacyjną przerwał atak III Rzeszy na ZSRR w 1941 roku. Na front wyruszyło łącznie 160 osób związanych z instytutem, zarówno pracowników jak i studentów, a śmierć poniosło 21 osób. Ich imiona wyryte są na specjalnej tablicy pamiątkowej umieszczonej w uniwersyteckim muzeum. W 1944 roku instytut otrzymał nowe budynki, dzięki którym mógł się lepiej rozwijać w okresie powojennym.