Nach dem Abstieg von Stoke City aus der Premier League kündigte Shaqiri an, den Verein verlassen zu wollen. Im Juli 2018 schloss er sich dem FC Liverpool an und unterzeichnete einen Fünfjahresvertrag bis Sommer 2023. Als Ablösesumme an Stoke City zahlte der FC Liverpool 13 Millionen Pfund. Sein Debüt gab er am 28. Juli 2018 beim International Champions Cup gegen Manchester United. Shaqiri wurde zur Pause für Mohamed Salah eingewechselt und bereitete daraufhin ein Tor vor und erzielte selber ein Fallrückziehertor zum 4:1-Endstand. Mit dem FC Liverpool gewann er die Champions League 2019; im Final kam er nicht zum Einsatz. Im Dezember 2019 konnte Shaqiri mit Liverpool die FIFA-Klub-Weltmeisterschaft 2019 gegen Flamengo Rio de Janeiro mit 1:0 nach Verlängerung gewinnen. Am Ende der Saison 2019/20 wurde er mit dem FC Liverpool Englischer Meister 2020. In der Folge kam Shaqiri bei den Reds nicht über eine Reservistenrolle hinaus. Im Sommer 2021 bestätigte er, dass er die Erlaubnis habe, zu wechseln.