Con anterioridad al Mundial de Corea del Sur-Japón 2002, jugó de forma habitual como portero titular de la selección española. No obstante, no pudo participar en el Mundial al sufrir un importante corte en el pie con un frasco de colonia en un accidente doméstico. Este incidente hizo que la gran oportunidad de Cañizares se desvaneciera, dando vía libre a Iker Casillas, que le arrebató el puesto en la portería de la Selección.