มิลช์ดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการกองบิน 5 ในปฏิบัติการเวเซอร์อือบุงที่ประเทศนอร์เวย์ ภายหลังเยอรมนียึดฝรั่งเศส มิลช์ได้รับตำแหน่งจเรทหารอากาศและได้ยศจอมพล รับผิดชอบตรวจตราดูแลการผลิตเครื่องบินรบ แต่ด้วยการบริหารที่ไร้ประสิทธิภาพของเขาได้ส่งผลทำให้กองทัพอากาศเยอรมันมีศักยภาพลดลงและสูญเสียอำนาจเหนือน่านฟ้าในขณะที่สงครามดำเนิน เขาได้ถูกตั้งข้อกล่าวว่าเป็นอาชญากรสงครามในช่วงการพิจารณาคดีมิลช์ที่ถูกจัดขึ้นก่อนศาลทหารสหรัฐใน ค.ศ. 1947 และถูกพิพากษาจำคุกตลอดชีวิต ต่อมาเขาได้รับการปล่อยตัวใน ค.ศ. 1954