Das Trauntal, als Teil des Naturraumes Alzplatte, einem großflächigen Dreieck, das vom Unteren Inntal als Dreieck spitz zulaufend bis nach Traunstein reicht, war während der letzten Eiszeit, dem Würm-Glazial eisfrei. In Abschmelzphasen wurde das Tal im Bereich Pertenstein bis auf ein Niveau von ca. 550 m mit Schotter aufgefüllt, dies bezeugen seitliche Terrassen z. B. Nunhausen und Hörzing. Seit dem Ende der Würm-Kaltzeit hat sich die Traun mehrstufig in diversen Schotterablagerungen um ca. 20 m eingetieft. Der Schlosskomplex liegt am östlichen Rand einer nasenförmig ins Trauntal ragenden Terrasse, die zuoberst aus würmzeitlichen und darunterliegendem rißzeitlichen Flussschotter besteht. Südlich des auf ca. 550 m liegenden Marstallgebäudes ragt etwas tiefer ein Felssporn aus rißzeitlichem Nagelfluh nach Süden. Darauf wurde das Hauptgebäude errichtet. Westlich schließt sich eine bogenförmige Geländestufe (Differenz ca. 10 m) an, dabei handelt es sich um einen ehemaligen Prallhang der Traun. Das südlich gelegene Turniergelände und die Reithalle liegen auf einer Höhe von 536 m. Die Traun hat oberhalb des Wehres einen Pegel von 535 m und unterhalb von ca. 532 m.