Koller on myös Tšekin maajoukkueen yksi parhaista pelaajista ja joukkueen kaikkien aikojen paras maalintekijä 55 osumallaan. Vuoden 2006 MM-kisoissa Koller teki maalin Tšekin ensimmäisessä ottelussa mutta loukkaantui kesken pelin eikä enää sen jälkeen pystynyt pelaamaan kisoissa. Vuoden 2008 EM-kisoissa Koller pelasi Tšekin kaikissa kolmessa ottelussa ja teki yhden maalin.