יש המשערים שג'ון וילקס בות', רוצחו של הנשיא לינקולן, נפגש עם תומפסון, אך השערות אלו לא הוכחו. תומפסון עמל קשות כדי לטהר את שמו מהחשד למעורבות ברצח במשך השנים שלאחר המלחמה. אחוזתו בעיר אוקספורד שבמיסיסיפי הועלתה באש על ידי כוחות צבא האיחוד ב-1864.