A partir dels atemptats de les Torres Bessones de setembre del 2001, al-Bashir es va distanciar d'al-Turabi i dels islamistes, almenys en aparença. No obstant la línia política va seguir marcada pels Germans Musulmans; les seves milícies van ser els autors de les matances al Darfur. El 2005 la pau de Nairobi ("Comprehensive Peace Agreement" CPA) garantia una part dels escons als sudistes reduint una mica l'aclaparadora majoria del PCN. El partit no obstant va conservar el control del govern. A les eleccions de 2010, al-Bashir fou reelegit president amb el 68,2% i el partit 306 dels 450 escons en l'Assemblea Nacional ampliada. El partit va acceptar sota pressió internacional els resultats del referèndum del 9 de gener de 2011 que van aprovar la secessió del Sudan pel 88,5% dels vots però va incomplir els altres acords sobre Kordofan del Sud, Darfur, Nil Blau i Abiey. Sudan del Sud va esdevenir independent sis mesos després. Aquesta independència es pot atribuir en un 99% a les errònies polítiques dels Germans Musulmans que van ser el principal aliment ideològic del sud.