În 2006 Karekin a efectuat o vizită pastorală de o săptămână la Istanbul (Turcia), pentru a se întâlni cu patriarhul ecumenic Bartolomeu I și pentru a vizita comunitatea armeană din oraș. În timpul vizitei sale, a cauzat un scandal politic, vorbind despre Genocidul Armean, pe care Turcia îl neagă vehement, și insistând asupra recunoașterii sale de către Turcia.