В период Сэнгоку район вокруг Гудзё контролировался кланом Эндо, который присягнул на верность Ода Нобунаге, а затем Тоётоми Хидэёси. При Тоётоми Хидэёси клан Эндо стал слугами клана Инаба. Однако после битвы при Сэкигахаре в 1600 году клан Инаба был переведён в княжество Усуки в провинции Бунго, а клан Эндо был восстановлен на своих прежних территориях, став даймё Гудзё-хана с 1600 по 1693 год (доход княжества — 27 000 коку). Эндо Цунэтомо, 3-й даймё Гудзё-хана сократил княжество до 24 000 коку, выделив два удела 2 000 коку и 1 000 коку двум из своих младших братьев, но был успешен в повышении своего официального статуса до уровня «каштеляна». Его преемник Эндо Цунэхару столкнулся с проблемами крестьянских восстаний, а его преемник Эндо Цунэхиса был несовершеннолетним и умер от отравления вскоре после вступления в должность. Однако клану Эндо удалось уцелеть, в 1693 году они были переведены в княжество Миками-хан (10 000 коку) в провинции Симоцукэ, где они проживали до Реставрации Мэйдзи.