2001 sisäratojen MM-kisoissa Lissabonissa Ngeny sijoittui pronssille. Sittemmin hän joutui auto-onnettomuuteen jossa mursi lonkkansa, eikä enää palannut entiselle tasolleen. Marraskuussa 2006 Ngeny ilmoitti lopettavansa uransa auto-onnettomuudessa syntyneen lonkkavaivan vuoksi. Hän ei päässyt puolustamaan olympiavoittoaan 2004 Ateenassa karsiuduttuaan Kenian kovatasoisissa olympiakarsinnoissa.