Am 13. September 1856 stellte Peel die "HMS Shannon", eine mächtige, mit 50 Kanonen ausgestattete Dampffregatte, in Dienst, die in chinesischen Gewässern eingesetzt werden sollte. Sie lief aber erst im März 1857 aus. In Singapur erhielt die Mannschaft der Fregatte Kenntnis vom Ausbruch des Sepoyaufstandes in Indien. Am 2. Juli traf Peel mit seiner Fregatte in Hongkong ein und segelte dann mit Lord Elgin nach Kalkutta, um mit seinen Matrosen den Lord bei der Unterdrückung des Aufstands der Sepoy zu unterstützen. In Kalkutta bildete Peel eine Marinebrigade, verließ sein Schiff am 14. August mit 450 Männern und 10 Kanonen, erhielt am 20. Oktober in Allahabad eine Verstärkung von 120 Männern und nahm ab nun an allen wichtigen militärischen Operationen teil. Er zeichnete sich namentlich bei Lucknow aus, wurde dabei aber am 9. März 1858 durch einen Schuss in den Oberschenkel abermals schwer verwundet. Die Kugel wurde aus seinem Bein herausgeschnitten. Er wollte nach England zurückreisen und kam zunächst noch sehr geschwächt in Kanpur an. Dort befand er sich bereits auf dem Weg der Genesung, erlag dann aber am 27. April desselben Jahres im Alter von nur 33 Jahren den Pocken. Kurz zuvor war er am 21. Januar 1858 als Knight Commander des Bathordens geadelt worden.