Zmobilizowany w końcu sierpnia 1939 w stopniu podporucznika stawił się w Sokółce Podlaskiej, gdzie po wkroczeniu wojsk sowieckich dostał się do niewoli. Uciekł z transportu wiozącego polskich oficerów do obozu jenieckiego w Kozielsku. Powrócił do Polski, idąc pieszo nocami wzdłuż torów. Do Gostynina przybył w połowie października 1939 i podjął na nowo swoje obowiązki jako ordynator szpitala psychiatrycznego. W 1939 przystąpił do Związku Walki Zbrojnej. W tym czasie obszar Gostynina został włączony, jako część Kraju Warty, bezpośrednio do Rzeszy. Rozpoczęła się akcja „umacniania niemczyzny”, w ramach której okupanci niemieccy przystąpili do masowych mordów lokalnej inteligencji i „opróżniania” szpitali psychiatrycznych. Pierwsze wywózki chorych psychicznie tzw. pacjentów gminnych (za których płaciły gminy) rozpoczęły się w lutym 1940 pod pretekstem transportu do innych zakładów leczniczych. W rzeczywistości chorych uśmiercano gazem spalinowym lub rozstrzeliwano w pobliskich lasach. 17 marca 1940 do Gostynina przyjechała komisja niemiecka, która zażądała od Mikulskiego sporządzenia listy chorych „nierokujących wyzdrowienia” w celu ich eksterminacji. Lista miała być przygotowana w ciągu 24 godzin pod sankcją aresztowania. Mikulski, który biegle władał językiem niemieckim, wszedł z przedstawicielami komisji w ostry spór; powoływał się na etykę lekarską i stan wiedzy medycznej, który uniemożliwia stawianie trafnych diagnoz, a tym bardziej prognoz dotyczących psychicznych schorzeń. Mikulski żądanej listy nie sporządził; 18 marca 1940 nad ranem popełnił samobójstwo. Jego śmierć poruszyła lokalną społeczność; pogrzeb zgromadził tłumy ludzi.