V marci roku 1939 vznikli rozdielne podmienky pre vojakov z Čiech a Moravy a pre vojakov zo Slovenska. Kým v českých krajinách bola armáda rozpustená a vzniklo iba nepočetné bábkové vládne vojsko, potom na Slovensku došlo k ustanoveniu slovenskej armády, ktorá sa zúčastnila invázie do Poľska aj operácie Barbarossa a následných bojov proti ZSSR. Veľká skupina vojakov z českých krajín, ale aj niektorí slovenskí vojaci, odišli v prvých rokoch po rozbití republiky do zahraničia, kde sa zúčastnili bojov na strane Spojencov. Najprv bojovali proti Nemcom v Poľsku a vo Francúzsku. V roku 1940 sa začali tvoriť zahraničné jednotky v Palestíne, kde vznikol Česko-slovenský peší prápor 11 – Východný, ktorý sa vyznamenal v bojoch o Tobruk a ktorý sa postupne rozrástol na Česko-slovenskú samostatnú obrnenú brigádu. V leteckej bitke o Britániu sa vyznamenali výrazným spôsobom česko-slovenské perute v RAF. V Sovietskom zväze vznikol v roku 1942 1. česko-slovenský samostatný poľný prápor, ktorý sa po bitke pri Sokolove, bitke o Kyjev a účasti v žytomyrsko-berdyčevskej a korsuň-ševčenkovskej operácii rozrástol na 1. česko-slovenský armádny zbor. V ZSSR vznikol aj 1. česko-slovenský samostatný stíhací letecký pluk, ktorý sa časom rozrástol na divíziu, a 2. česko-slovenská paradesantná brigáda, ktorá sa regrutovala najmä zo slovenských vojakov, ktorí padli do sovietskeho zajatia v bojoch na juhovýchodnej Ukrajine. Tieto východné jednotky vstúpili koncom roku 1944 v karpatsko-duklianskej a začiatkom roku 1945 v ostravsko-opavskej operácii na území Česko-Slovenska už ako silná a dobre vyzbrojená armáda. Druhá paradesantná brigáda a samostatný letecký pluk boli nasadené na pomoc Slovenskému národnému povstaniu.