Nach ersten Bemühungen ab 1997 wurde die Bank im Jahr 2000 gegründet. Im Zusammenhang mit dem Beitritt zur CFA-Franc-Zone 1997 und insbesondere dem Bürgerkrieg ab 1998 war das Land wirtschaftlich instabil und stark angeschlagen, und die beiden bis dahin einzigen Geschäftsbanken des Landes sahen sich in einem zunehmend schwierigen Umfeld. In der Folge meldete die guinea-bissauische BIGB Konkurs an, und die portugiesische Totta &amp; Açores (heute als Banco Santander Totta Teil der Banco Santander) zog sich aus Guinea-Bissau zurück. Bis 2005 blieb BAO die einzige Geschäftsbank des Landes.