بعد ستة أيام من الزفاف وأثناء عيد القديس برثولماوس حرضت الفصائل الكاثوليكية على مجموعة من الاغتيالات وتلاها موجه من أعمال الشغب كلاهما موجه لهوغونوتيون، بحيث أصبحت تُعرف تاريخياً بـ""مذبحة سان بارتيليمي""، يعتقد أن كاثرين دي ميديشي هي من قامت بالتحريض على هذه المذبحة، كان هذا الزواج مناسبة التي أجتمع فيها العديد من أغنياء وأبرز الهوغونوتيون في باريس الكاثوليكية، مما تسبب هذا الحدث إلى الفترة عُرفت بحروب فرنسا الدينية بين عامي 1562 إلى 1598 مع نزاعات بين الفصائل الأرستقراطية في فرنسا من آل بوربون وآل غيس "لورين"، بحيث كان على زوجها هنري من نافارا التظاهر بتحوله إلى الكاثوليكية خلال فترات الحرب، بعد هذه المذبحة اقترحت والدتها إلغاء زواجها من هنري، إلا أنها رفضت ذلك، بسبب إقامة علاقة معه.