Дядото на Маргарита е близък поддръжник на Франция и с всички сили се мъчи да омъжи момичето за френския дофин, като гаранция, че именно неговата внучка ще стане следващата кралица на Франция. Затова след смъртта на дофина Шарл през 1401 г. в резултат на войната арманяките и бургундите, дядото на Маргарита и майката на покойния дофин кралица Изабела Баварска инициират нов съюз: през март 1403 г., в Париж е постигнато споразумение за брак на Маргарита с другия син на Изабела – новият дофин Луи; на 5 май същата година е подписан брачен договор. Двойната сватба се става на 30 август 1404 г. в Париж,: братът на Маргарита Филип Добрия се жени за сестрата на дофина Мишел Френска. По-рано, през юли 1402 г., по споразумение между кралицата и херцог Филип Смели, на Маргарита е призната титлата херцогиня на Гиена. Скоро след сватбата умира дядото на Маргарита и новият херцог на Бургундия става нейния баща.