L'élection présidentielle qui se tient à la fin de l'année constitue un camouflet pour la HDZ, son candidat Andrija Hebrang échouant à se qualifier au second tour. Sanader annonce alors son retour en politique, mais se trouve exclu par sa propre formation. Le député social-démocrate Ivo Josipović, compositeur de musique et professeur de droit, l'emporte finalement avec 60,3 % des voix face au maire de Zagreb Milan Bandić.