Müslüman Kardeşler, Suriye'de 1930'lu yıllarda kuruldu (www.lexicorient.com'a göre) ya da Fransa'dan bağımsızlığını kazanmadan bir sene önce 1945 yılında kurulmuştur (Gazeteci Robin Wright'e göre). Suriye'nin bağımsızlığının ilk on yılında yasal muhalefetin bir parçası idi. 1961 parlamenter seçimlerinde 10 sandalye kazandı bu da oyların yaklaşık %5.8'ine tekabül ediyordu. Ancak 1963 darbesinden sonra Baas Partisi iktidara geldi ve Müslüman Kardeşler'in partisini yasakladı. Bu olay sekülarist, Pan-Arap Baas Partisi ile Sünni tarafın arasındaki çatışmalarda büyük rol oynadı. Bu çatışma 1982 yılında asker tarafından Hama Katliamı'nın gerçekleşmesi ile daha da alevlendi.