В первую очередь Кахамарка занимает место в истории в связи с событиями 1532 года. Атауальпа победил своего брата Уаскара в битве за трон империи. По пути в Куско он остановился в Кахамарке с 80-тысячным войском; здесь он встретился с отрядом из 168 конкистадоров во главе с Франсиско Писарро, который шёл из Пьюры. Эрнандо де Сото и Винсент де Вальверде вручили Атауальпе «Рекверимьенто», но тот ответил категорическим отказом. Это дало основание Писарро объявить инков врагами Испании и Церкви. В битве при Кахамарке конкистадоры захватили в плен Атауальпу, убив при этом несколько тысяч воинов и мирных жителей инков. Однако после битвы оказалось, что количество конкистадоров стало значительно меньше, поэтому они укрылись в главном храме города вместе с главой империи, требуя за него выкуп. Атауальпа предложил Писарро заполнить помещение, в котором его держали в цепях, до потолка золотом, и таким образом выменять свою жизнь. Однако, получив сокровища, конкистадоры не сдержали слова и убили последнего императора Инков.