Nel 1827, con lo scoppio della guerra per l'indipendenza della Grecia, gli armeno-cattolici di Costantinopoli furono denunciati come sostenitori della causa greca. Il governo turco reagì con veemenza contro gli armeni con arresti, deportazioni, espulsioni. La dura persecuzione non lasciò indifferente la comunità internazionale. Papa Leone XII ottenne dai governi francese ed austriaco un loro diretto intervento (1830), che portò ad un duplice risultato: la fine delle misure repressive ed il riconoscimento legale della Chiesa armeno-cattolica. In questa occasione la Santa Sede eresse una arcidiocesi primaziale armeno-cattolica a Costantinopoli: e fu al titolare di questa sede che il governo turco riconobbe autorità civile su tutti gli armeno-cattolici dell'impero. Si venne così a costituire, per la Chiesa armeno-cattolica dell'impero, quello che già esisteva per la Chiesa sorella: ossia l'esistenza di un duplice centro di potere, quello religioso a Bzommar in Libano (dove i patriarchi avevano posto la loro sede), e quello civile a Costantinopoli.. Questa dicotomia fu risolta nel 1866 quando l'arcivescovo primaziale della capitale, Antonio Hassun, fu eletto patriarca di Cilicia degli Armeni: questi trasferì la sede del patriarcato a Costantinopoli, unendo così nella sua persona i due poteri.