Ved krigsutbruddet i 1940 tjenestegjorde Godø på Oscarsborg festning, og ved det tyske angrepet på Norge var han med på senkinga av «Blücher». Godø forlot Norge ombord på MK «Sigurd» 13. mars 1941 og ankom Lerwick 16. mars.. Han deltok i den norske Brigaden i Skottland, og i 1944 blei han sjef for Kystartilleriets skole- og øvingsavdeling, da denne blei oppretta.