Sebbene il mausoleo non sia mai stato completato, quando la dinastia safavide assunse il controllo su Tabriz e ne fece la sua capitale, la stessa Moschea Blu venne utilizzata dai nuovi governanti come una moschea durante la prima metà del XVI secolo. Nel 1514, dopo che i safavidi vennero sconfitti alla Battaglia di Cialdiran, gli ottomani occuparono e saccheggiarono Tabriz, compresa la moschea Blu. Aube nota che almeno otto tappeti vennero portati a Costantinopoli, e che, anche se non è noto se i turchi abbiano attaccato la struttura stessa durante la cattura e l'occupazione della Moschea Blu, diversi terremoti hanno danneggiato l'edificio tra il XVI e il XVIII secolo. La moschea fu seriamente danneggiata dal terremoto del 1780. Peraltro, nel XVII secolo, era già "completamente distrutta e abbandonata". Nel XIX secolo, gli abitanti di Tabriz saccheggiarono le ultime rovine dell'edificio. Nel XX secolo, durante la dinastia dei Pahlavi, la moschea venne ricostruita. La ricostruzione venne eseguita su progetto e supervisione di Mohammad Reza Memaran Benam, un architetto tradizionalista di Tabriz, sotto il controllo dell'autorità dell'Organizzazione iraniana dei beni culturali.