Al termine del campionato 1935-36, il Novara giunse primo in classifica alla pari con la Lucchese ed entrambe furono ammesse al loro primo campionato di Serie A. La squadra piemontese fece ritorno in B, però, dopo un solo anno e nel campionato 1937-38 fu autrice di una grande rimonta ai danni dell'Alessandria, culminata con la vittoria in casa dei grigi per 1-0 all'ultima giornata e con il vittorioso spareggio-promozione di Torino, vinto per 3-2. Gli azzurri ritornarono nella massima serie dopo appena un anno, rimanendovi fino al 1941, quando un quoziente reti peggiore rispetto a quello della Lazio li condannò alla retrocessione (campionato 1940-41). Nel 1939 il Novara aveva raggiunto la finale della Coppa Italia di quell'anno, alla quale era arrivata dopo aver battuto Pro Vercelli, SIME Popoli, e Milan: la finale fu persa per 2-1 contro l'Ambrosiana il 18 maggio 1939. Nel 1944 il calcio italiano si fermò a causa della seconda guerra mondiale.