Во время Кампании на полуострове 1862 года Уоррен командовал полком во время сражения под Йорктауном, а также помогал инженеру-топографу Потомакской армии Эндрю Хэмфрису, проводя рекогносцировки и составляя карты участков полуострова. В Семидневной битве он уже командовал бригадой в дивизии Джорджа Сайкса, которая состояла из двух полков: Зуавов Дьюри (5-й Нью-Йоркский) и Зуавов Макчесней (10-й Нью-йоркский). Командуя бригадой, Уоррен был ранен в колено в сражении при Гейнс-Милл, где два его полка встретили первую утреннюю атаку противника. Его зуавы отбили атаку 1-го южнокаролинского полка, нанеся ему тяжелейший урон. Несмотря на ранение, он отказался покинуть поле боя. За Гейнс-Милл Уоррен получил временное звание подполковника регулярной армии.