במהלך מלחמת העולם השנייה הייתה אוניברסיטת ניו מקסיקו אחת מ-131 מכללות ואוניברסיטאות שהשתתפו בתוכנית ההכשרה של צי ארצות הברית. בשנים שלאחר המלחמה האוניברסיטה צמחה משמעותית, ומספר הסטודנטים שבה צמח מ-5,000 ליותר מ-14,000 בשנות ה-60 והחלו לימודים בתחומים חדשים כגון רפואה, סיעוד, רפואת שיניים ומשפטים. בתחילת שנות ה-70 התקיימו מהומות רבות במוסד כמחאה על מלחמת וייטנאם והטבח בקנט סטייט. התרחשו עימותים רבים עם המשטרה ועשרות סטודנטים נעצרו.