Fischer debuteerde op 12 januari 2001 bij het Zweeds vrouwenvoetbalelftal in een vriendschappelijke wedstrijd tegen Noorwegen die met 2–1 verloren werd. Ze speelde haar meeste interlandwedstrijden als verdedigend middenvelder tot 2013 toen ze door coach Pia Sundhage als centraal verdediger opgesteld werd. De verandering van positie zorgde er verrassend voor dat Fischer in de groepsfase van het Europees kampioenschap voetbal vrouwen 2013 in Zweden drie maal scoorde en Zweden de halve finale bereikte.