Распад СФРЈ и економске санкције међународне заједнице, у периоду од 1992. до 1995. године представљају најтежи период у историји крагујевачке фабрике аутомобила. У циљу стварања мешовитог предузећа кроз сарадњу са неким већим произвођачем аутомобила, Застава активно преговара са неколико светских произвођача, међу којима су француски ПСА и Рено, као и јужнокорејски Даеву. Коначно се концентрише на преговоре за производњу новог модела марке Пежо. После вишегодишње стагнације, 1998. године долази до постепеног оживљаваља производње и продаје, међутим такав тренд, као и предвиђено потписивање уговора са Пежоом, заустављени су 1999. године када је у бомбардовању разрушено готово 160.000 m² производних површина. Септембра исте године на обновљеним производним линијама са трака силазе први аутомобили када је обновљен и производни капацитет од 50.000 аутомобила годишње. Тај обим производње до данас није постигнут. Застава данас производи око 10.000 возила годишње и још увек је најпродаванији аутомобил у Србији. Осим аутомобила са локално произведеним моторима, са Заставиних трака силазе и Заставини модели са Пежоовим моторима, а у току је и развој пројекта модела Флорида са Пежоовим дизел-мотором. Нова нада за опоравак фабрике је уговор са „Фијатом“ потисан 2005. године о склапању и освајању производње модела "пунто" под називом "застава 10". Џенерал моторс и Застава су 2007. потписали су уговор о склапању Опел астре у Крагујевцу.