Pomimo tego, że „Jun'yō” został zwodowany kilka dni po „Hiyō”, to został przyjęty do służby jako pierwszy, w maju 1942 roku. Przydzielony do 4. Dywizjonu Lotniskowców 1. Floty Powietrznej razem z „Ryūjō”, został wyznaczony do wsparcia inwazji na Wyspy Aleuckie, dywersyjnego ataku, który miał wesprzeć uderzenie na Midway. „Jun'yō” podczas tej operacji miał na pokładzie 18 A6M2 Zero i 18 D3A. Okręt rozpoczął swoje pierwsze naloty powietrzne o świcie 3 czerwca na Dutch Harbor na wyspie Unalaska. „Jun'yō” osiągnął niewiele podczas tej operacji, tracąc pięć własnych samolotów, podczas gdy jego grupa lotnicza zestrzeliła pięć amerykańskich.