Liberaalien mielipiteidensä vuoksi Juhana ajautui riitoihin keisari Frans Joosefin kanssa, ja vastaavassa tilanteessa olleen kruununprinssi Rudolfin tehtyä vuonna 1889 itsemurhan Juhana päätti jättää kaiken. Lokakuussa 1889 hän lähti maasta, luopui ruhtinaallisesta arvostaan, otti Sveitsin kansalaisuuden ja vaihtoi nimekseen Johann Orth, asuinpaikkanaan sitä ennen toimineen Ortin linnan mukaan. Hän meni Lontoossa naimisiin rakastettunsa, balettitanssija Ludmilla ”Milli” Stubelin kanssa. Juhana osti Hampurista itselleen "Margherita"-nimisen höyrylaivan ja lähti sillä vaimoineen kohti Chilen Valparaisoa. Heidät nähtiin viimeisen kerran Argentiinan Kap Tres Puntasin luona 12. heinäkuuta 1890, mutta sen jälkeen koko alus katosi matkustajineen, upoten luultavasti 20. tai 21. heinäkuuta. Juhana julistettiin virallisesti kuolleeksi vuonna 1911.