Cissé pelasi Senegalin maajoukkueessa vuosina 1999–2005. Hän edusti maataan kolmissa arvokisoissa Afrikan-kisoissa 2002, MM-kisoissa 2002 ja Afrikan-kisoissa 2004. Hän saavutti hopeaa vuoden 2002 Afrikan-kisoissa ja MM-kisoissa puolestaan Senegal selvisi puolivälieriin.