בפרוץ מלחמת העולם השנייה מונה הורטון למפקד הפטרול הצפוני שמטרתו הייתה הטלת מצור ימי על גרמניה בין איסלנד, איי פארו ואיי אורקני בים הצפוני. ב-1940 מונה למפקד צי הצוללות שבסיסן בבריטניה. חלק מכוח זה השתתף בקרב הים התיכון. ב-9 בינואר הועלה לדרגת אדמירל וב-17 בנובמבר 1942 מונה למפקד ראשי של פיקוד המבואות המערביים, שחלש על נתיב השיירות מארצות הברית.