Dès 1548, connaît son premier conflit en tant que roi de France. Il se heurte au roi d'Angleterre , qui s'offusque de la réception à la cour de France de Marie Stuart, reine d'Écosse, qui doit épouser le dauphin François. La jeune reine d'Écosse est obligée de se réfugier en France pour échapper aux troupes anglaises qui entendent marier Marie à . Les Écossais, défaits à Pinkie Cleugh, font jouer la vieille alliance avec la France, la "Auld Alliance", et accepte d'accueillir la jeune reine à la cour de France. De plus, Marie Stuart, fille de Marie de Guise, est la nièce des "Lorrains", dont l'influence sur a permis d'arranger ce mariage. En 1549 et 1550, les armées d', sous le commandement de François de Guise et de Leone Strozzi, assiègent Boulogne-sur-Mer que les Anglais occupent depuis 1544. Le , le traité d'Outreau restitue la ville à la France, et impose la domination d' en Écosse. Plus tard, en 1558, les troupes du duc de Guise reprennent la ville de Calais, dernière possession anglaise en territoire français.