Dne 25. září 1939, jen několik týdnů po vypuknutí druhé světové války, se "HMS Ark Royal" účastnila záchrany ponorky HMS "Spearfish", která uvízla na útesech. Během této operace, 26. září 1939 jeden z jejích palubních stíhačů Blackburn Skua sestřelil německý létající člun Dornier Do 18, což byl první sestřel stíhače "Royal Navy" v celé válce. V prosinci 1939 byla loď poslána do Jižního Atlantiku, aby se podílela na pátrání po německé kapesní bitevní lodi "Admiral Graf Spee". Na jaře 1940 se společně s HMS "Glorious" podílela na norské kampani.