Das Innere Spitaltor wurde im Zweiten Markgrafenkrieg 1554 zerstört, bis 1555 wieder aufgebaut und 1567 endgültig abgebrochen. Das Äußere Spitaltor wurde ebenfalls im Krieg beschädigt, konnte aber im selben Jahr wieder passierbar gemacht werden. Neben diesem Tor errichtete man ein Jahr später (1555) einen stadteinwärts stehenden Wachtturm, den Inneren Spitalturm. Der Torturm des Äußeren Spitaltors wurde 1563/64 abgebrochen und durch ein neues Tor ersetzt. 1568 wurde vor dem Mittleren Spitaltor stadteinwärts eine weitere Mauer mit Torbogen errichtet (siehe: Lagen, Mittlere Spitalvortor), so dass nun diese Toranlage westlich des einstigen Inneren Spitaltors drei Tore umfasste, die die protestantische Reichsstadt vor feindlichen Angriffen in Richtung des rivalisierenden Hochstift Würzburgs schützen sollten. 1614/15 wurde das Äußere Spitaltor durch einen völligen Neubau im Renaissance-Stil ersetzt (auch "Basteiturm" genannt; siehe oberes Foto). Von ihm wurden bei Beerdigungen im benachbarten Friedhof (heute Grünanlage Alter Friedhof) bis 1874 Choräle geblasen.