V rámci strany se po roce 1945 postupně profiloval jako představitel křídla kritického ke KSČ a odmítajícího ústupky komunistům, přičemž se ale projevoval spíše jako centrista, lavírující mezi stranickou pravicí a středem. Naopak jeho manželka Helena Koželuhová byla nejvýraznější postavou pravicového protikomunistického křídla. Dne 20. února 1948 podal spolu s ostatními demokratickými ministry demisi. Prakticky ihned po komunistickém puči uprchl spolu s manželkou a dětmi za dramatických okolností do zahraničí.