A finales de agosto de 1936 fue enviado a Santander con el objetivo de «coordinar el mando de las fuerzas y milicias» de los territorios republicanos del norte, así como también organizar —y dirigir— un Ejército del Norte. Con posterioridad fue nombrado jefe de operaciones del Ejército del Norte, ascendido a mayor, quedando a las órdenes del general Francisco Llano de la Encomienda. Ya durante la campaña en Euskadi había manifestado serias discrepancias con José Antonio Aguirre, el lehendakari vasco, debido a su filiación comunista opuesta a las ideas nacionalistas y conservadoras del líder vasco, y por el poco entusiasmo de Ciutat por el Eusko Gudarostea, el ejército cuya existencia implicaba una significativa autonomía militar del País Vasco. Con posterioridad participaría en las batallas de Santander y Asturias.