Couthon valittiin syyskuussa 1791 Puy-de-Dômen edustajana lakiasäätävään kansalliskokoukseen. Hän liittyi jakobiiniklubiin ja alkoi pian saada puhetaidoillaan huomiota Pariisin väestön keskuudessa, mahdollisesti osin myös vammaisuutensa herättämän myötätunnon ansiosta. Mielipiteissään hän tasapainotteli aluksi girondistien ja vuoripuolueen välissä, mutta siirtyi jälkimmäiseen elokuun 1792 kansannousun jälkeen. Syyskuussa 1792 Couthon valittiin uuteen kansalliskonventtiin, jossa hänestä tuli Robespierren liittolainen ja yksi vuoripuolueen johtajista. Hän äänesti enemmistön mukana Ludvig XVI:n kuolemantuomion puolesta. Liikuntarajoitteestaan huolimatta Couthon matkusti kansalliskonventin edustajana Ranskan maakunnissa marras–joulukuussa 1792. Maaliskuussa 1793 hän edusti kansalliskonventtia neuvotteluissa pienen Salm-Salmin ruhtinaskunnan liittämisestä Ranskaan. Hänet valittiin yhteishyvän valiokuntaan 30. toukokuuta. Seuraavana päivänä puhjenneen girondistivastaisen kansannousun aikana Couthon johti kansalliskonventissa girondisteihin kohdistunutta sanallista hyökkäystä. Juuri hän teki aloitteen, jonka pohjalta girondistien johtajat erotettiin konventista ja vangittiin 2. kesäkuuta.