Durante la guerra civil, las tropas de Atahualpa tomaron el Cuzco bajo el mando del general Quizquiz y asesinaron a los descendientes de Huayna Cápac, a los partidarios de Huáscar, y a todo aquel que pudiera intentar tomar el lugar del Inca. Fue por esta razón por la que Manco Inca se vio obligado a huir evitando cualquier contacto con los atahualpistas.