Cook war ein erklärter Gegner der Auffassung, der „Krieg gegen den Terror“ könne mit militärischen Mitteln gewonnen werden. Nach den Londoner Anschlägen am 7. Juli 2005 betonte er in einem Kommentar für die Tageszeitung "The Guardian", dass ein Sieg gegen den Terrorismus auch bedeutet "„ihren giftigen Glauben zu besiegen, dass Menschen verschiedenen Glaubens und ethnischer Herkunft nicht zusammenleben können.“" In Erinnerung an das Massaker von Srebrenica zehn Jahre zuvor, "„als die mächtigen Nationen Europas darin versagten, 8.000 Muslime im schlimmsten terroristischen Akt im Europa der letzten Generation vor der Auslöschung zu bewahren“" hielt er bereits fest, dass Osama bin Laden genauso wenig als ein wahrer Repräsentant des Islam gelten könne, wie General Mladić, der die serbischen Truppen befehligte, einer des Christentums sei. Über bin Laden, den er als "„Produkt einer monumentalen Fehleinschätzung der westlichen Geheimdienste“" beschrieb, und die al-Qaida schrieb er: "„Während der 1980er-Jahre wurde er von der CIA bewaffnet und von den Saudis finanziert, um den Jihad gegen die russische Besatzung Afghanistans zu führen. Al-Qaida, wörtlich ‚die Datenbank‘, war ursprünglich eine Computer-Datei mit den Tausenden Mudschahidin, die mit Hilfe der CIA rekrutiert und trainiert wurden, um die Russen zu besiegen“". Der US-Regierung warf er vor, nicht bedacht zu haben, dass bin Ladens Organisation sich nach dem Sieg über die sowjetischen Besatzer gegen den Westen richten würde. Dass die westlichen Reaktionen auf die Bedrohung durch Terroranschläge diesen ursprünglichen Fehler wiederholten, betrachtete Cook als gefährlichen Fehler. Solange der Kampf gegen den Terrorismus als ein Krieg betrachtet werde, der mit militärischen Mitteln gewonnen werden könne, sei er zum Scheitern verurteilt.