Com a Independência em 25 Junho de 1975, a recém criada República Popular de Moçambique herdou o sistema, que durante a Guerra Civil Moçambicana a infra-estrutura ferroviária foi alvo de vários ataques e acções de sabotagem, levando quase à sua paralisação total. com a Lei nº 17/91, a gestão da ferrovia passa para a Empresa Portos e Caminhos de Ferro de Moçambique, E.P. abreviadamente designada por CFM.