Die Handlung beginnt ein Jahr nach den Ereignissen von Black Flag, mit einem neuen, unbenannten Spielercharakter aus der Ich-Perspektive, der für Abstergo Entertainment arbeitet. Bei der Untersuchung der Erinnerungen von Shay Patrick Cormac, einem Assassinen, der im Nordatlantik während des Siebenjährigen Krieges in Nordamerika handelt, wird versehentlich ein versteckter Virus ausgelöst, der die Abstergo-Server lahm legt. Der Spieler wird von Melanie Lemay und dem Chef von Abstergo, Otso Berg, beauftragt, Cormacs Erinnerungen weiter zu erkunden und das Animus-System wieder online zu bringen. Zusätzlich finden sich Hinweise, dass Shay sich von den Assassinen abgewendet hat, um sich den Templern anzuschließen.