Il part alors à Brest où il prend la tête d'une escadre de secours devant porter des renforts à l'armée d'Égypte. Il appareille en janvier 1801 mais ses hésitations lui valent de rester enfermé deux mois dans Toulon, et d'arriver près des côtes égyptiennes sans oser faire débarquer ses troupes. En cela, il a une lourde part de responsabilité dans la perte de l'Égypte.