Im Jahr 1654 mit Beginn des schwedisch-polnischen Krieges wurde er Kommandant von Stettin und Chef eines Dragonerregiments. Mit dem Regiment marschierte er nach Preußen, um sich dort mit der Armee des Markgrafen Friedrich von Baden zu treffen. Die Armee wurde nach Warschau zurückgedrängt. Weyher wurde zum Kommandanten von Warschau unter Arvid Wittenberg ernannt. Zwei Monate konnte die Stadt Widerstand leisten, war dann aber gezwungen, zu verhandeln. Es wurde ein freier Abzug ausgehandelt, aber die Garnison wurde beim Auszug dann doch gefangen gesetzt. Er blieb für ein und ein halbes Jahr in Gefangenschaft. Nach seiner Rückkehr wurde er zum Generalmajor befördert. In dem kurz danach folgenden Krieg mit Dänemark wurde er Kommandant von Friderica, nachdem diese am 20. Oktober 1657 von den Schweden erobert worden war. 1758 kam von Weyher mit den Dragonern nach Fünen. In der Schlacht bei Nyborg kommandierte er das Zentrum unter dem Pfalzgrafen Philipp Florinus. Die Schweden erlitten eine katastrophale Niederlage, und Weyher geriet dort in Gefangenschaft, aus der er erst nach Ende des Krieges 1660 entlassen wurde. Aber sein Gönner, der König Karl X. Gustav, starb am 23. Februar 1660, und so nahm der General seinen Abschied, um sich auf seine Güter in Pommern zurückzuziehen.