El 1700 es va establir un model colonial, la VOC va créixer fins a convertir-se en un estat dins d'un estat i tenir un poder dominant dins de l'arxipèlag. Amb la connivència dels holandesos, l'octubre de 1740, 10.000 xinesos foren massacrats a Batàvia. Després de la liquidació de la companyia el 1799, i després l'interregne britànic durant les Guerres napoleòniques, el govern dels Països Baixos va reprendre l'administració fins a la independència d'Indonèsia el 1949 després de la Revolució Nacional Indonèsia.