Muut osat Schleswigistä ja Holsteinista jäivät Tanskan kuninkaiden suoraan alaisuuteen ("kuninkaallinen Holstein"), joskin osa niistä lohkottiin läänityksiksi kruunulle uskollisena pysyneelle Sönderborg-Augustenborgin sukuhaaralle ja eräästä alueesta muodostettiin itsenäinen Rantzaun kreivikunta. Holstein-Gottorpin suku sitä vastoin loi 1600-luvun aikana naimakauppojen kautta tiiviit suhteet Ruotsin kuningashuoneeseen. Holstein-Gottorpin herttuakunnasta tuli tämän seurauksena Ruotsin liittolainen ja Tanskan vihollinen 1650-luvulla käydyssä pohjoismaisessa sodassa ja 1700-luvun alussa suuressa Pohjan sodassa. Vuoden 1658 Roskilden rauhassa Tanska joutui tunnustamaan sen suvereniteetin Schleswigissä. Kun suuressa Pohjan sodassa tappioita kärsinyt Ruotsi ei enää voinut suojella liittolaistaan, Tanska valloitti Holstein-Gottorpin schleswigiläisen osan vuonna 1713 ja se yhdistettiin virallisesti Tanskan kuninkaan alueisiin Frederiksborgin rauhassa vuonna 1720, minkä jälkeen Holstein-Gottorp käsitti enää Holsteinin puolella sijainneet alueet.