Im Sommer 2017 folgte eine weitere Leihe zu Sampdoria Genua, an deren Anschluss Zapata im Sommer 2018 fest zu Sampdoria wechselte. Nach seiner Verpflichtung verlieh ihn Sampdoria an Atalanta Bergamo, die ihn anschließend fest verpflichteten. Mit Atalanta qualifizierte er sich 2019 als Tabellendritter für die Champions League.