Au début de la guerre de Sécession, Fagan lève une compagnie pour l'armée confédérée et en devient capitaine. Quand son unité est incorporée dans le , Fagan est élu colonel régiment fusionné de 900 hommes. Ils entrent formellement au service à Lynchburg, Virginie en . Son régiment participe à la première vague d'attaque confédérée d'Albert Sidney Johnston lors de la bataille de Shiloh. Il participe aussi à une bataille à Farmington, Mississippi, le et au siège de Corinth, mais tombe en disgrâce de son officier supérieur, Braxton Bragg. Il est rapidement transféré dans le district du Trans-Mississippi, où il combat à Cane Hill et Prairie Grove au commandement du .