Under Nikolaj I kom det uro blant subbotnikerne. Mange av dem ønsket å omfavne jødedommen, og en del av dem ble sendt til jødiske bosetninger for å bli skolert i jødedommen. Da de russiske myndighetene fikk vite om dette ble det sendt en rekke prester til subbotnikerne for å overtale dem til å «vende tilbake» til den russisk ortodokse kirke. Da dette ikke ga det ønskede resultat ble det bestemt å undertrykke subbotnikerne med makt. I 1826 ble de som åpent bekjente seg som subbotnikerne som nevnt over deportert fra den europeiske delen av Russland og til Kaukasus, Sibir og den sørlige delen av Volgaregionen, samtidig som det ble gitt forbud mot jøder og kristne å bosette seg i deres områder.