Po odejściu batalionu przeznaczonego dla 33 Dywizji Piechoty garnizon jednostki w Niemenczynie wyposażył i doprowadził do stanu etatowego (poprzez wcielenie nowych rekrutów i rezerwistów) jednostkę na nowo od podstaw. Batalion wszedł w skład pułku KOP „Wilno”. Po odtworzeniu batalion ochraniał granicę z Litwą o długości 114,628 km. Od 17 września 1939 roku batalion odpierał agresję ZSRR na Polskę.