Nel luglio 1997 passò all' per 7 miliardi di lire: al debutto in maglia nerazzurra, il 31 agosto, da subentrato segnò la doppietta con cui la squadra superò in rimonta il (2-1) nell'avvio di campionato. In Coppa Italia fu decisivo contro il , mentre nella gara con l'Empoli del 25 gennaio 1998 fu autore di un gol da centrocampo (con un pallonetto). Pur a fronte del limitato impiego, Recoba emerse tra le note più liete della stagione interista, contribuendo alla vittoria della Coppa UEFA e al secondo posto in Serie A.