W II wojnie światowej w latach 1941–1945 Flotylla Kaspijska zabezpieczała transport wojsk, techniki i towarów. Miała szczególne zasługi w tych działaniach w latach 1942–1943, w czasie bitwy stalingradzkiej i bitwy o Kaukaz. W trakcie operacji "Y" desantem z morza zostało zajęte Bandar-e Pahlavi na wybrzeżu Morza Kaspijskiego. Doszło wówczas do pomyłkowego ostrzelania własnej piechoty przez radzieckie samoloty i okręty wojenne.