La batalla de Kandahar puso fin a la Segunda Guerra Anglo-Afgana. Ayub Khan había sido derrotado de forma decisiva. Había perdido toda su artillería, su campamento, enormes cantidades de municiones y unos 1.000 hombres muertos. Ayub Khan se convirtió en un fugitivo junto con los pequeños restos de su maltrecho ejército. El designado británico Abdur Rahman quedó así establecido de forma segura como emir de Afganistán, bajo un protectorado que le dio a Gran Bretaña el control de la política exterior de Afganistán, mientras que el gobierno británico de la India retuvo los territorios fronterizos cedidos por el Tratado de Gandamak. Habiendo logrado algunos de los objetivos de su invasión de Afganistán, los británicos se retiraron, debido a las continuas rebeliones. Posteriormente, Ayub Khan levantó una nueva rebelión contra Abdur Rahman, pero fue rápidamente derrotado y tomado como prisionero político por la India británica. Más tarde fue envenenado en la India después de que la gente pidiera su regreso. Este acuerdo político iba a durar hasta la Tercera Guerra Anglo-Afgana en 1919.