À la suite de l'invasion de la Belgique par les troupes allemandes, l'I.N.R. se saborde. À partir du , il est remplacé par une radio collaborationniste. Paul Collaer est démis et il subit les attaques des nationalistes flamands pour n'avoir pas défendu la "musique flamande" et préféré la musique dégénérée. Il ne renonce cependant pas à organiser des concerts et produit notamment "L'Orfeo" en 1942, reconstituant lui-même les parties lacunaires de la partition. Il fonde également une "Société privée de musique de chambre" dont les concerts ne sont accessibles qu'aux membres (en pratique, les abonnés) afin d'échapper au contrôle de la censure allemande et qui donne une dizaine de concerts et deux soirées d'opéra de chambre jusqu'en 1944. Collaer y programme des compositeurs du passé (Heinrich Schütz, Claudio Monteverdi, John Dowland, François Couperin) et y mêle des compositeurs du qui n'auraient pas passé le cap de la censure allemande: Erik Satie, Béla Bartók, Charles Koechlin, Luigi Dallapiccola. Au cours de la saison 1943-44, à la suite de dénonciations anonymes et de violentes critiques de presse pour sa diffusion de « musique dégénérée », l'occupant lui interdit d'apparaître comme chef.