Με το ξέσπασμα του Πολέμου Ανεξαρτησίας της Βοσνίας, πολλοί Βόσνιοι μουσουλμάνοι έγιναν θύματα σφαγών και μαζικών εκτοπίσεων. Πολύ γνωστή σφαγή Βόσνιων μουσουλμάνων είναι αυτή της Σρεμπρένιτσα.