Uruguayn maajoukkueessa Coates pelasi ensimmäisen ottelunsa vuonna 2011. Hän oli mukana 2011 Copa Américan voittaneessa joukkueessa ja hänet valittiin turnauksen parhaaksi nuoreksi pelaajaksi. MM-kilpailuissa 2014 hän pelasi Englanti-ottelussa kaksi minuuttia. MM-kilpailuissa 2018 hän pelasi kokonaan alkulohko-ottelun Venäjää vastaan. Coates on pelannut maajoukkueessa 38 maaottelua.