Am 29. Mai begann mit Landung japanischer Truppen in Keelung die Japanische Invasion Taiwans. Die Stadt wurde am 3. Juni erobert – am Folgetag flohen Präsident Tang und sein Vizepräsident Qiu Fengjia an Bord eines deutschen Schiffes nach Festlandchina. Nach Plünderungen durch Söldner aus Guangdong, die unter dem Kommando der Republik gestanden hatten, ergab sich die Stadt Taipeh den Japanern kampflos. Die verbliebenen Anhänger der Republik flohen nach Tainan, wo Liu Yongfu den Widerstand als „Oberster Befehlshaber“ fortsetzte, ohne formell das Amt des Präsidenten innezuhaben. Nach Scharmützeln zwischen japanischen und republikanischen Kräften rückten die Japaner im Oktober auf Tainan vor, woraufhin Liu aufs Festland floh. Mit der Kapitulation Tainans am 21. Oktober endete die 150-tägige Geschichte der Republik.