Uit zijn huwelijk met Enriqueta Pinto Garmendia kwamen zeven kinderen voort. Te noemen zijn: Manuel Bulnes Pinto (1842-1899), zijn oudste zoon, hij speelde een rol tijdens de Chileense Burgeroorlog (1891) en was minister van Oorlog in 1896 en Gonzalo Bulnes Pinto (1851-1936) zijn jongste zoon, die eveneens een rol speelde tijdens de burgeroorlog en later senator was namen de conservatieve partij.