Han var en av förgrundsfigurerna i det franska majupproret 1968 på universiteten Nanterre och Sorbonne som kom att bli den första större vågen av radikalitet i den politiska vänsterstormen under 60-talets slut. Deltagandet ledde till utvisning ur franskt territorium, med en bannlysning som höll sig till 1978. Mellan dessa år levde Cohn-Bendit ett politiskt inaktivt liv i Tyskland.