בנובמבר 1943 נעצר יוסף אפשטיין, ראש המטה הכללי של ה-FTP, והיה נתון לעינויים קיצוניים, אך לא גילה דבר. מבצע משטרתי גדול הרס פגע קשה בפעילות המחתרת באזור פריז. מסוף 1943 החלה המחתרת להכין התקוממות לאומית שתתמוך בפלישה הצפויה של בעלות הברית לאירופה. ב-1944 הוערך כוחה של המחתרת ב-100,000 לוחמים. במרץ 1944 הציב הגנרל שארל דה גול את כל הכוחות הצרפתים תחת סמכותו של הגנרל מארייפייר קניג, אבל מחתרת ה-FTP שמרה על עצמאותה דה פקטו. במהלך המערכה של בעלות הברית בנורמנדי, ה-FTP פעל לעיכוב הגעתם של הגרמנים במרכז ובדרום-מערב צרפת לאתר הקרב.