Nel 1994, Dehaene ordinò il ritiro unilaterale delle truppe belga dal Ruanda dopo il massacro di un numero di caschi blu belga, sollevando così l'ultimo ostacolo al genocidio dei Tutsi. Durante le domande della commissione parlamentare belga a questa decisione ha ripetutamente riconosciuto "Nessun rimpianto per la decisione". Fu il principale candidato a sostituire Jacques Delors come Presidente della Commissione europea, ma il primo ministro britannico John Major pose il veto alla nomina. Il primo ministro lussemburghese Jacques Santer invece venne nominato come candidato del compromesso.