Sus buenas actuaciones lo llevaron a fichar por el Athletic Club a cambio de 300 millones de pesetas. Con el Athletic jugó 16 partidos de Liga y dos de copa, en un año marcado por los problemas físicos, antes de irse al Bayern de Múnich. El club bávaro tuvo que abonar 720 millones de pesetas para hacerse con sus servicios. Su salida del club vizcaíno estuvo marcada por el intento de extorsión y amenazas al que fue sometido por parte de ETA. Con los bávaros ganó seis ediciones de la Bundesliga, cinco de la Copa de Alemania, la Liga de Campeones de la UEFA y la Copa Intercontinental. Tuvo también un paso breve por el Olympique de Marsella (2004) antes de volver al club alemán, donde se retiró en 2006.