Bei der Gewaltwelle im Umfeld des Unabhängigkeitsreferendum in Osttimor 1999 wurden, nach Schätzungen von Human Rights Watch, etwa 70 % von Balibo Vila durch Milizen zerstört. Internationale Hilfsorganisationen leisteten beim Wiederaufbau des Ortes Hilfe, so beim Schulwohnheim für Schüler aus abgelegenen Ortschaften, das vollkommen zerstört war.