Als Juana Enríquez sich in die internen politischen Angelegenheiten einzuschalten begann, brach im Jahr 1451 ein Bürgerkrieg aus, in dem die Partei der Beaumonteses zu Karl und jene der Agramonteses zu Karls Vater Johann hielt. Karl belagerte Juana Enriquez in Estella, der ihr Gatte zu Hilfe eilte. Trotz der Unterstützung durch Johann II. von Kastilien unterlag Karl noch im Herbst 1451 in der Schlacht bei Aibar. Er geriet in eine fast zweijährige Gefangenschaft und wurde nur unter der Bedingung freigelassen, dass er sich des Königstitels nicht vor dem Tod seines Vaters bedienen würde. Er ging nach Frankreich, wo er vergebens um Unterstützung für sein Anliegen warb, und floh schließlich nach Neapel (1455) an den Hof seines Onkels Alfons V. von Aragón. Als Alfons drei Jahre später starb, wurde Johann König von Aragón und Karl bekam die Krone von Neapel und Sizilien angeboten, die er jedoch ablehnte. Nach der Inaussichtstellung einer Aussöhnung mit seinem Vater kehrte er im Jahr 1459 nach Spanien zurück.