У 1995 році Північна Македонія приєдналася до програми Партнерство заради миру, чим започаткувала процес вступу в альянс. У 1999 році, одночасно з Албанією, країна розпочала виконання свого Плану дій щодо членства. Долучившись до інтервенції НАТО в Союзну Республіку Югославія у 1999, вона отримувала допомогу від НАТО, маючи діло з біженцями, які втікали з Косового. У серпні 2001 року НАТО втрутилося у внутрішній конфлікт, в ході якого група албанських заколотників — Армія національного визволення — боролася проти урядових військ. Під час операції «Істотний урожай», проведеної слідом за угодою про припинення вогню, війська НАТО допомогли місцевим військовим частинам роззброїти заколотників.