Постепена нормализација производње и продаје возила, као и извоз возила након 1996. године, прекинут је 1999. године НАТО бомбардовањем СР Југославије. На мети НАТО бомардера нашла се и фабрика аутомобила и то два пута — 9. и 12. априла. Том приликом уништено је 160.000 квадрата производних површина. Након бомардовања, већ у јесен 1999. године обновљена је производња аутомобила и те године је произведено укупно 1.628 комада модела „Скала”. Године 2000, „Застава” је почела да извозом у бивше југословенске републике, па су се заставини аутомобили по први пут након 1990. године нашли на тржишту Словеније, Хрватске, Македоније и Босне и Херцеговине. Након петокотабрских промена 2000. године „Застава” је почела да тражи стратешког партнера, а 2001. године су јавности представељни нови модели „Корал -{In/In L}-” и „Флорида -{In/In L}-” који су били резултат сарадње Заставе са дизајнерском кућом „Хеулиез” и са „ПСА групом”. Верзије „Корала” и „Флориде” са ознаком „-{In L}-” имале су моторе од 1,1 и 1,6 литара из пежовових модела „106” и „306”. Упркос знатној модернизацији ових модела, потражња за моделом „Скала” и даље је постојала на домаћем тржишту.