Основными богословскими различиями между православными и католиками, обсуждавшимися на Флорентийском соборе, были: отношение к пониманию первенства папы, Филиокве, использование квасного и пресного хлеба в евхаристии и католическое учение о чистилище. По большому счёту, долгое время примат папы и Филиокве были главными догматическими различиями между Католической и Православной церквами. В 1854 году буллой «Ineffabilis Deus» Пия IX был провозглашён догмат о непорочном зачатии Девы Марии, а Первый Ватиканский собор (1869—1870 годы) к традиционному учению о первенстве папы прибавил и догмат о вероучительной непогрешимости Римского понтифика. В начале официального богословского диалога было решено начать обсуждение с вопросов, в которых у сторон гораздо больше общего, чем различных спорных моментов. В частности, Католическая церковь признавала апостольское преемство в Православной церкви, а также положительно оценивала иконопочитание, почитание Богородицы, святых, отношение к таинству евхаристии, литургические и монашеские традиции православных. Основной целью комиссии было стремление установить, существуют ли основания для полного восстановления евхаристического общения.