בשנת 1989 ערך קנופ את הופעת הבכורה שלו במדי נבחרת שווייץ. באותה שנה הבקיע את שער הבכורה שלו במדים הלאומיים, בתיקו 2-2 מול נבחרת בלגיה, במסגרת מוקדמות מונדיאל 1990. שווייץ וקנופ לא העפילו לבסוף למונדיאל 1990 עצמו, וגם לא ליורו 1992, על אף שקנופ הבקיע שישה שערים בטורניר מוקדמות יורו 1992.