A regência que governou o Brasil durante a minoridade de Pedro II enfrentou várias revoltas por todo o país. Caxias novamente ficou contra seu pai e tios, que eram simpatizantes dos rebeldes, comandando as forças lealistas de 1839 a 1845 na supressão de revoltas como a Balaiada, as Revoltas Liberais e a Revolução Farroupilha. Sob seu comando o Exército do Brasil derrotou a Confederação Argentina em 1851 na Guerra do Prata. Uma década depois, já como Marechal, ele novamente liderou as forças brasileiras para a vitória, desta vez na Guerra do Paraguai. Como recompensa foi elevado a nobre, tornando-se em sucessão barão, conde, marquês e, por fim, a única pessoa a receber um título de duque durante o reinado de Pedro II.