Harriery RAF byly také součástí britského příspěvku ve válce v Afghánistánu. V září 2004 bylo na základnu v Kandaháru umístěno 6 letounů Harrier GR7, které vystřídaly americké AV-8B v oblasti. 14. října 2005 byl jeden na letišti odstavený Harrier GR7A zničen a druhý poškozen při raketovém útoku Talibánu na letiště v Kandaháru. Nikdo nebyl zraněn, poškozený letoun byl opraven a zničený letoun byl nahrazen jiným.