Roxas valittiin Filippiinien senaattiin vuonna 1941. Japanin hyökättyä Filippiineille Roxas toimi yhdysvaltalaisjoukkojen yhdysupseerina. Hän kieltäytyi lähtemästä maanpakoon, ja jäi japanilaisten vangiksi Malaybalayssa vuonna 1942. Hän suostui ryhtymään taloussuunnitteluneuvoston puheenjohtajaksi José P. Laurelin johtamaan japanilaismieliseen nukkehallitukseen. Roxas vältti maanpetosoikeudenkäynnin sodan jälkeen, koska amerikkalaisjoukkojen komentaja Douglas MacArthur asettui suojelemaan ja puolustamaan häntä. Tämä johtui siitä, että Roxas oli sodan aikana välittänyt salaa tietoja Yhdysvaltain sotilastiedustelulle. Roxas valittiin vuonna 1945 senaatin puhemieheksi. Tammikuussa 1946 nationalistipuolueesta irtautunut liberaalisiipi asetti Roxasin ehdokkaaksi huhtikuun 1946 presidentinvaaleihin, mikä merkitsi liberaalipuolueen syntyä. MacArthur tuki vaaleissa avoimesti Roxasia, joka voitti täpärästi istuvan presidentin Osmeñan. Roxasista tuli näin kahdeksi kuukaudeksi Filippiinien kansainyhteisön viimeinen presidentti ja maan itsenäisyyden astuessa voimaan 4. heinäkuuta 1946 ensimmäinen varsinainen Filippiinien presidentti.