Nel 1984 la società fu acquistata da Ernesto Pellegrini, che resterà in carica per poco più di un decennio. La squadra dovette però attendere ben nove anni prima di vincere nuovamente il campionato, nella stagione 1988-89, sotto la guida di Giovanni Trapattoni. Durante la gestione di Trapattoni, arrivarono pure una Supercoppa italiana nel 1989 e una Coppa UEFA nel 1990-91, quest'ultima vinta contro la Roma. Negli anni successivi seguirono campionati deludenti, a cui fece da contraltare solo un altro successo in Coppa UEFA nel 1993-94, questa volta sugli austriaci del Salisburgo.