Trots det faktum att han var protestant och hugenotternas ledare, gifte han sig 1572 i Paris med katolska Margareta av Valois, prinsessa av Frankrike, dotter till Henrik II av Frankrike och Katarina av Medici. Under bröllopsfesten utförde katolikerna en massaker på hugenotterna, den så kallade Bartolomeinatten. Henrik räddade sitt eget liv genom att övergå till katolicismen.