Pendant la guerre civile, le Parlement (dont les effectifs avaient diminué au point de ne compter guère plus de ) a disposé tant de pouvoirs législatifs que de pouvoirs exécutifs. Ses décisions sont prises sous forme d'ordonnances ayant force de loi. Après la mort, en , de John Pym qui fait figure de chef virtuel de la révolution, le centre de gravité des Communes glisse vers les éléments les plus intransigeants qui réclament une totale liberté de conscience, une Église décentralisée, sans évêque ni tutelle royale. L'indépendance totale de chaque paroisse en est le principe de base. Hostiles à tout compromis avec le roi, les indépendants veulent arriver à l'abolition pure et simple de la monarchie. La réforme de l'Église est mise en œuvre petit à petit : l'exécution de William Laud en est un symbole, mais la mesure essentielle est la suppression de l'épiscopat. En pleine tentative de négociation, le roi rejette en un projet constitutionnel soumis par le gendre de Cromwell, Henry Ireton, qui lui retire tout contrôle sur l'armée et la politique étrangère. Pour sortir de l'impasse, Charles se réconcilie avec les Écossais : il envahit l'Angleterre en avril-. Cette seconde guerre civile s'achève dès le mois d'août par la victoire de Cromwell sur les Écossais à Preston.