La conspiración independentista de Andalucía estuvo íntimamente unida a la Sublevación de Portugal, ya que al parecer se apoyaron la una en la otra: la conspiración de Portugal fue en diciembre de 1640 y la andaluza se descubrió en verano de 1641. Se dice que el marqués de Ayamonte avisó a Juan de Braganza, de la operación que España tramaba para recuperar Portugal y que, a su vez, el rey portugués prestó todo su apoyo a Medina Sidonia y Ayamonte para conspirar contra el rey de España, aunque especialmente contra el Conde-Duque de Olivares, ya que su ejército estaba destrozado y contaba con pocos medios.