Зайдль приобрёл известность в качестве защитника Рудольфа Гесса и Ганса Франка на Нюрнбергском процессе. По мнению историков К. Петцольда и М. Вайсбеккера, Альфред Зайдль выступил прототипом тех миллионов немцев, которые после войны не были склонны к соблюдению критической дистанции с фашистским прошлым, созданным их руками. В ходе Нюрнбергского процесса защитник Зайдль, используя в качестве доказательства аффидевит бывшего советника германского МИДа Фридриха Гауса, впервые поднял вопрос о существовании секретного дополнительного протокола к советско-германскому договору о ненападении 1939 года (пакту Молотова-Риббентропа). Зайдль до конца жизни пытался добиться реабилитации Гесса. В деле Вильгельмштрассе Зайдль выступил защитником бывшего рейхсминистра и главы Госканцелярии Ганса Генриха Ламмерса. В так называемом «процессе Поля» Зайдль вёл защиту Освальда Поля, в Нюрнбергском процессе над врачами — Фрица Фишера, Карла Франца Гебхардта и Герты Оберхойзер.