Первым европейцем, который посетил территорию современного Бурунди, был Джон Ханниг Спик, путешествовавший с Ричардом Бёртоном в районе озера Танганьика в 1858 году. Путешественники обогнули северную оконечность озера в поисках истока Нила. В 1871 году Стенли и Ливингстон добрались до Бужумбуры и исследовали район Рузизи. После Берлинской конференции 1884—1885 годов немецкая зона влияния в Восточной Африке была расширена до территории современных Руанды и Бурунди. В 1894 году немецкий граф фон Гётзен обнаружил озеро Киву. Спустя четыре года территорию современного Бурунди посетили первые миссионеры.