Na sequência da adesão de Jaime VII, em 1685, Bruce gradualmente caiu em desgraça, e foi desconfiado pelo novo regime. Após a Revolução de 1688, e com a adesão de Guilherme de Orange como rei, ele estava mais uma vez em desacordo com seus governantes protestantes, e se recusou a tomar o seu lugar no parlamento. Como episcopal firme, Bruce foi considerado uma ameaça potencial jacobina. Em 1693 ele foi brevemente preso no Castelo de Stirling por se recusar a comparecer perante o Conselho Privado. Ele foi preso novamente em Stirling em 1694, e a partir de 1696 no Castelo de Edimburgo. Bruce foi expulso do parlamento em 1702, seu assento passou para o seu filho John Bruce. Apesar destas prisões, ele continuou a sua obra arquitetônica, de fato as década de 1690 e 1700 foram os anos mais prolíficos. Bruce foi preso no Castelo de Edimburgo novamente em 1708 e só foi libertado pouco tempo antes de sua morte, no início de 1710. Ele foi enterrado no jazigo da família em Kinross Kirk, cujas ruínas ainda estão ao lado Kinross House.