In de twintig jaar na zijn vertrek trachtte Phelps een mildere vorm van het christendom te vinden en voedde zijn eigen kinderen op in een evangelische kerk, maar zijn twijfels groeiden alleen maar verder naarmate hij religie bleef bestuderen. Op de Reason Rally te Washington op 24 maart 2012 vertelde hij dat de gebeurtenissen van 11 september 2001 hem uiteindelijk tot ongeloof brachten: