Im Zweiten Weltkrieg wurde das Schulgebäude in der Bertoldstr. 41 bei der Bombardierung Freiburgs am 27. November 1944 vollständig zerstört. Wegen des Totalen Krieges und Einsatz der Schüler für Schanzarbeiten am Westwall ruhte der Unterricht bereits seit den Sommerferien 1944. Erst nach Kriegsende, im Spätsommer 1945 nahm das aus dem Berthold-Gymnasium und dem Friedrich-Gymnasium zusammengelegte "Freiburger Gymnasium" den Unterricht wieder auf, nutzte dafür das nur teilweise beschädigte Gebäudes des Friedrich-Gymnasiums, musste es aber im Schichtbetrieb mit dem Droste-Hülshoff-Gymnasium teilen, das Schülerinnen vorbehalten war. 1958 war diese Phase mit dem Neubau des Schulgebäudes in der Hirzbergstraße 12 unter Hans Geiges und Helmut Phleps vom Städtischen Hochbauamt beendet.