Erimielisyydet purkautuivat paitsi sotina, myös verilöylyinä ja vainoina. Tunnetuimpiin niistä kuuluu Pärttylinyön verilöyly, jossa arvioidaan saaneen surmansa noin 30 000 ihmistä. Myös "Pariisin verihäinä" tunnettu verilöyly oli katolilaisten väkivaltaista mellakointia protestanttisia hugenotteja vastaan.