Nach dem Ende des Kalten Krieges wandelte sich der Auftrag der 12th Air Force zu einer dreifachen Mission: Bekämpfung des organisierten Verbrechens (vornehmlich Drogenhandel), humanitäre Unterstützung und Aufrechterhaltung partnerschaftlicher Beziehungen zu den südlichen Nachbarn der USA. Seit Juni 1992 untersteht die 12th AF funktional dem neugebildeten Air Combat Command. Im selben Jahr wurde die Davis-Monthan Air Force Base in Arizona bezogen. Ab September 1994 nahm die 12th AF an der Operation Uphold Democracy in Haiti teil. Teile der Luftflotte wurden in den 1990ern außerdem für Operationen in Irak, im ehemaligen Jugoslawien und in Somalia bereitgestellt.