En , Koch est promu major et reçoit le commandement du I./Fallschirmjäger-Sturm-Regiment 1 ( Régiment de parachutistes d'assaut). Lors de l'Opération Merkur, le bataillon fait partie des premières vagues d'assauts aéroportés sur la Crète. Koch a mené l'attaque en utilisant 53 planeurs de transport de troupe DFS 230. Leur cible était le village de Maleme sur la côte ouest de la Crète avec comme objectif la prise de l'aérodrome côtier et de la colline 107 qui étaient les postes de commandement du secteur autour de la capitale de l'île. Les troupes allemandes furent principalement confrontées au Bataillon de la Brigade Néo-Zélandaise ainsi qu'a plusieurs autres bataillons postés aux alentours sous le commandement du brigadier Édouard Puttick. Bien que Koch ait été blessé à la tête dans la bataille de la colline 107 dès le premier jour, ses Fallschirmjäger ont atteint rapidement tous leurs objectifs.