I 1648 stod kosakken Bogdan Khmelnytskij i spidsen for Zaporozke-kosakkernes opstand for en selvstændig stat. Dette blev begyndelsen på en tidsperiode som er blevet omtalt som "Ruinen" (eller "Syndfloden" i polsk-litauisk historietradition), hvor fyrstendømmets stabilitet blev alvorligt truet. Kosakkiske hetmanatet "Zaporozke Host", der er blevet set som en forløber til det moderne Ukraine, opstod i grænselandet mellem Det osmanniske rige i syd, den Den polsk-litauiske realunion i vest og Zarrusland i øst. Den bitre krig mellem zaporozke-kosakkerne og polakkerne førte til, at kosakkerne vendte sig til Zarrusland for beskyttelse, og i 1654 undertegnede russerne og kosakkerne Perejaslav-traktaten. Polen-litauen forsøgte efterfølgende at opnå et kompromis med kosakkerne gennem Hadjatsj-traktaten i 1658, men 13 år med uafbrudt krig mellem Rusland og Polen fulgte. Med Andrusovo-traktaten kom parterne frem til en våbenhvile, og de ukrainske områder blev her delt mellem Den polsk-litauiske realunion og Zarrusland. På den russiske side af grænsen fik kosakkerne i en periode lov til at beholde et udstrakt selvstyre gennem det såkaldte Hetmanat.