Im April 1944 schrieb er erste Teile seines Buches "Weltfahrt ins Herz. Tagebuch eines Arztes". Mit seiner Frau Margarete, geb. Hautz, und seinen beiden Kindern Ingrid und Karl-Jürgen (seine Tochter Ruth ist erst 1946 geboren) hatte er nach der Ausbombung in Köln in Reiferscheid (Westerwald) bei einem Bauern Unterschlupf gefunden. Dieser Bauer war es auch, der Gespräche der Eheleute Miesen abhörte und an die örtliche Polizeibehörde weitergab. Am 3. September 1944 wurde Heinrich Eduard Miesen im Rahmen der Aktion Gitter verhaftet und im Gefängnis des ehemaligen Karmeliterklosters in Koblenz gefoltert. Unter dem haltlosen Vorwurf der Zusammenarbeit mit den Attentätern des 20. Juli wurde er ins KZ Dachau deportiert und erhielt die Häftlingsnummer 118.867. Am 29. April 1945 wurde er aus dem Konzentrationslager befreit.