Luego de la destitución de todos los miembros del Consejo Nacional de la Magistratura , el Presidente Martín Vizcarra remitió al Congreso una propuesta de reforma de la constitucióncon la finalidad de modificar el sistema de designación y evaluación de magistrados, lo que suponía la sustitución del Consejo Nacional de la Magistratura por un nuevo órgano que se llamaría Junta Nacional de Justicia. El 18 de setiembre de 2018 el Congreso de la República aprobóla ley de reforma constitucional que recogió la propuesta del Poder Ejecutivo, la cual fue luego ratificada por la población en el referéndum del 9 de diciembre de 2018. La modificación constitucional fue promulgada el 9 de enero de 2019 bajo la designación de "Ley N° 30904 - Ley de Reforma Constitucional sobre la Conformación y Funciones de la Junta Nacional de Justicia". Finalmente, el 19 de febrero de 2019 el organismo fue oficialmente creado al promulgarse la Ley N° 30916 - Ley Orgánica de la Junta Nacional de Justicia.