Después de la extinción de los miembros de la rama mayor, la familia Courtenay cayó en el olvido. Se habían convertido en señores provinciales menores, ya que la rama mayor había vendido la mayoría de las posesiones de la familia en su intento de preservar el Imperio Latino en el este. Uno de los descendientes de Roberto de Courtenay, Juan III de Courtenay-Champignelles, fue hecho prisionero por los ingleses en la Batalla de Poitiers en 1356, y más tarde luchó junto a Bertrand du Guesclin. Su sobrino Pedro III de Courtenay-Champignelles se convirtió en chambelán y asesor del rey Carlos VI. Otro miembro de la familia, Francisco de Courtenay-Bléneau es nombrado caballero en Marignan (1515), y Ana de Courtenay, otra descendiente de Roberto, en 1583 se convirtió en la primera esposa de Maximilien de Béthune, duque de Sully.