A lovagrend 1230-31-ben a kis lengyel falu mellé várat épített és a vár köré áthelyeződött növekvő település 1233-ban városi jogokat kapott. Ez a mai Óváros területe, mely a következő évtizedekben fontos kereskedelmi központtá fejlődött. 1236-ban a városban ferences szerzetesek telepedtek le, majd őket 1239-ben a domonkos rendiek követték. 1264-ben a régi város mellett létrejött az Újváros. A két város különállása 1454-ig tartott, amikor az Ó- és az Újváros egyesült. A 13. században Toruń csatlakozott a Hanza-szövetséghez. Itt írták alá a lengyel-litván-német háborút (1409-1411) lezáró toruńi békét. Toruń, Elbląg, Gdańsk és a porosz nemesség 1440-ben megalakították a Porosz Konföderációt. 1454-ben városi kiváltságai visszaadása fejében Toruń elismerte a lengyel király uralmát és a Német Lovagrend elleni szövetség tagja lett. 1466-ban a második toruńi békében a Német Lovagrend kénytelen volt átengedni Nyugat-Poroszországot a lengyel királynak. A 16. században a város lakói nagyrészt a reformáció hívei lettek.