Am Anfang der Saison 2006 wurde Ross von den Dodgers zu den Cincinnati Reds transferiert, die ihn wiederum Ende Mai 2006 an die Florida Marlins verkauften. Hier spielte er bis in die Saison 2010 hinein im Outfield. Am 21. August erwarben die San Francisco Giants Ross, um zu verhindern, dass er zum Divisionskonkurrenten San Diego Padres geht. Sie setzten ihn in 33 Spielen der regulären Saison ein. Bei den Giants hatte er einen Batting Average von .288 mit drei Home Runs und gewann mit dem Team die National League West. In der Division Series gegen die Atlanta Braves startete Ross in allen vier Spielen. Ein Home Run im entscheidenden vierten Spiel brachte den Ausgleich, ein weiterer Hit sorgte für zwei Runs der Giants und sicherte den Einzug in die Championship Series. Schon im ersten Spiel dieser Serie gegen die Philadelphia Phillies schlug er zwei Home Runs. In der Serie hatte er einen Batting Average von .350 mit drei Home Runs, drei Doubles und fünf RBIs. Aufgrund seiner sehr guten Leistungen wurde er nach dem Gewinn der Serie in Spiel 6 als wertvollster Spieler ausgezeichnet. Cody Ross unterzeichnete am 23. Januar 2012 bei den Boston Red Sox einen Ein-Jahres-Vertrag. Am 14. April 2012 sein erster Homerun an neuer Wirkungsstätte.