За сборную Югославии дебютировал в 1988 году, принимал участие в олимпийском турнире 1988 года, ЧМ-1990, а также в отборочном цикле ЧЕ-1992, на финальный турнир которого Югославия, несмотря на победу в группе, допущена не была. Последний матч Станойковича за сборную Югославии оказался последним матчем этой команды — это была товарищеская встреча в Амстердаме со сборной Нидерландов 25 марта 1992 года.