В 1993 году во время гражданской войны в течение нескольких месяцев в Зугдиди находилась штаб-квартира «Правительства в изгнании» ранее свергнутого Президента Грузии Звиада Гамсахурдии. 6 ноября 1993 года город снова перешёл под контроль правительственных сил.