В войне Босин, закончившейся окончательным поражением сторонников Сёгуната Токугава, отряды синсэнгуми участвовали во многих сражениях (Битва при Тоба — Фусими, осада Эдо и др.) и были среди наиболее известных военных формирований этой войны. В марте 1868 года, после поражения в битве при Косю — Кацунуме Кондо Исами, лидер Синсэнгуми, был схвачен и казнён по приказу нового правительства. Смерть лидера Синсэнгуми деморализовала войска самурайской оппозиции и значительно уменьшила их сопротивление.