Проявил себя столь же талантливым командиром и отважным бойцом за время службы в 5 мтап. В феврале 1944 года назначен командиром этого полка. Только за время его командования полком его лётчики совершили 688 боевых вылетов, потопили 12 транспортов, 4 самоходные баржи, 2 тральщика и 5 десантных барж, повредили 6 транспортов и выставили 358 морских мин. Участвовал в бомбовых рейдах на объекты Румынии в 1941 году, несколько месяцев находился в осаждённом Севастополе и участвовал в его героической обороне в 1942 году, участвовал в оборонительном и наступательной этапах битвы за Кавказ, в Крымской и в Ясско-Кишинёвской наступательных операциях. В ходе последней операции в августе 1944 года лётчиками полка было успешно выполнено задание по блокированию главной румынской военно-морской базы Констанца — противник не смог протралить выставленные морскими лётчиками морские мины и почти все находившиеся в базе корабли были захвачены советскими войсками. Всего в 1942—1944 годах М. И. Буркин выполнил 88 боевых вылетов на самолёте Ил-4, в том числе 17 вылетов ночью. В одном из вылетов сбил атаковавший его немецкий истребитель.