Marvin Compper fait partie de l'équipe d'Allemagne à la Coupe du monde des moins de 20 ans en 2005. Le , le sélectionneur national, Joachim Löw, le sélectionne pour la première fois en équipe A pour le match amical contre l'Angleterre. Il fait ses débuts sous le maillot de la Mannschaft (1-2) lors de ce match qu'il a débuté en tant que titulaire.