Duffner begann seine politischen Aktivitäten 1968 im Protest gegen die deutschen Notstandsgesetze, später gegen den Vietnamkrieg und den Militärputsch 1973 in Chile. Ab 1976 war er Mitglied im maoistischen Kommunistischen Bund Westdeutschland (KBW). Er kandidierte bei der Bundestagswahl 1976 im Wahlkreis Kaiserslautern und 1980 im Wahlkreis Karlsruhe-Stadt für den KBW. 1982 war Duffner Mitbegründer der grün-alternativen Karlsruher Stadtzeitung "Gegendruck", an der er bis 1990 als Redakteur mitarbeitete. Seit 2011 ist er Mitglied bei Bündnis 90/Die Grünen, 2017 wurde er in den Ortsvorstand Karlsruhe-Durlach der Partei gewählt.