Berdan combat lors de la bataille des Sept Jours. Il est transféré au sein du commandement de John Pope et combat lors de la seconde Bataille de Bull Run. En , ses tireurs d'élite participent à la bataille de Shepherdstown. Après que Joseph Hooker prend le commandement de l'armée du Potomac, Berdan commande la 2nd brigade de la 3rd division du III corps de l'armée du Potomac, en février et , alors qu'il commande la 3rd brigade à la bataille de Chancellorsville. Lors de cette dernière, ses troupes subissent de lourdes pertes et il est breveté brigadier général des volontaires pour ses actions.