Виступав проти міжнародної інтервенції до Іраку. Разом з тим, після вторгнення американських військ до Іраку (2003) повернувся на батьківщину. У липні того ж року увійшов до складу Тимчасової керівної ради Іраку та став її першим головою, а також — на 1 місяць — першим після Саддама Хусейна виконувачем обов'язків президента країни. Під його керівництвом партія «Дава» увійшла до коаліції шиїтських партій і рухів «Об'єднаний іракський альянс» з 22 політичних організацій, а сам аль-Джаафарі зайняв місце заступника голови альянсу.