Boussoufa werd in 2006 voor het eerst opgeroepen voor het Marokkaans voetbalelftal, voor een oefeninterland tegen de Verenigde Staten. Ondanks de interesse van de Nederlandse bondscoach gaf Boussoufa aan uit te zullen blijven komen voor Marokko. Deze beslissing werd onherroepelijk na zijn basisplaats in een kwalificatiewedstrijd voor de African Nations Cup tussen Marokko en Malawi. Deze eerste officiële interland met inzet leverde de middenvelder ook zijn eerste doelpunt op voor de "Atlas Lions". Hij scoorde de 2–0 tijdens de tweede helft en zette zo meteen ook de eindstand op het bord. Boussoufa nam met Marokko deel aan het Afrikaans kampioenschap 2012, het Afrikaans kampioenschap 2017, het WK 2018 en het Afrikaans kampioenschap 2019. Direct na afloop van het laatste toernooi, maakte hij bekend dat hij stopte als international.