Tra giugno e ottobre vennero effettuate le prove in mare nelle Indie Occidentali e la nave venne designata per il servizio nella "Eastern Fleet" a copertura della Forza Z, formata dalla nave da battaglia "Prince of Wales" e all'incrociatore da battaglia "Repulse". Il 3 novembre però la nave si incagliò venendo quindi dirottata verso i cantieri navali di Norfolk per le riparazioni. Poche settimane dopo, il 10 dicembre, a soli tre giorni dall'attacco di Pearl Harbor, le navi della Forza Z vennero affondate da un attacco aereo giapponese. È stato sostenuto che la presenza della "Indomitable" e dei suoi apparecchi nella zona avrebbe potuto evitare la fine delle due navi britanniche, certo è che anche senza l'incidente difficilmente la portaerei sarebbe giunta in tempo in zona di guerra visti i giorni di viaggio necessari per raggiungere Singapore. In dicembre partì finalmente per raggiungere la "Eastern Fleet", imbarcando 50 caccia Hawker Hurricane per rinforzare le difese di Singapore, che però si arrese il 15 febbraio 1942.