El 21 de noviembre de 1816 el realista Francisco Javier Aguilera derrotó a Warnes en la Batalla de El Pari, quien murió en la batalla, y se mantuvo como gobernador hasta amotinamiento de sus tropas en Chilón el 26 de enero de 1825. Tras el triunfo de Antonio José de Sucre en la Batalla de Ayacucho, el 14 de febrero de 1825 José Manuel Mercado entró en Santa Cruz de la Sierra y fue proclamado gobernador.