Bereits im November 2015 hatte der HSYK Ermittlungen gegen 5000 Richter und Staatsanwälte eingeleitet, die angeblich Fethullah Gülens „Parallelstruktur“ angehören sollten. Im März 2016 wurden im Rahmen dieser Maßnahmen 680 Richter und Staatsanwälte als angebliche Gülen-Sympathisanten in den einstweiligen Ruhestand versetzt. Im Mai 2016 bekräftigte der HSYK seine Entschlossenheit, die Mitgliedschaft von Richtern und Staatsanwälten in der Struktur, die man als die "Cemaat" (Gülen-Gemeinde) wahrnehme, zu bekämpfen. Am Tag nach dem Putschversuch in der Türkei 2016 wurden fünf Angehörige des HSYK von ihrer Mitgliedschaft suspendiert. 2745 Richter und Staatsanwälte wurden in den einstweiligen Ruhestand versetzt. Des Weiteren wurden fünf Mitglieder des Danıştay vorläufig festgenommen. Bei allen Richtern und Staatsanwälten wurde die „Mitgliedschaft in der Parallelstruktur“ als Grund für die Maßnahme angegeben. Die Maßnahme betrifft 20 Prozent der Gesamtzahl an Richtern und Staatsanwälten der Türkei.