1048 wurde Bagaran bei einem Angriff der Seldschuken beschädigt. Ab der Mitte des 11. Jahrhunderts verloren die meisten armenischen Gebiete ihre Unabhängigkeit und kamen unter byzantinische Verwaltung. 1236 wurde Bagaran wie ganz Armenien von den Mongolen erobert, 1394 zerstörte die Armee Timur Lenks den Ort vollständig. Bagaran verlor seine Bedeutung und war vermutlich bei der osmanischen Eroberung des Gebiets um 1579 bereits verschwunden. Ein Besucher fand 1838 die Gebäude und Umfassungsmauern schwer beschädigt. Anfang des 20. Jahrhunderts lag hier noch ein „garten- und fruchtreiches armenisches Dorf“ mit etwa 800 Einwohnern. Nach dem Ende der kurzzeitig existierenden Demokratischen Republik Armenien eroberten Ende 1920 türkische Truppen während des Türkisch-Armenischen Krieges das Gebiet und die verbliebenen Armenier waren zur Flucht auf die östliche Seite des Flusses gezwungen.