In 1940 brak de Tweede Wereldoorlog uit in Nederland. Veel van Eschers werken uit zijn studietijd gingen op 14 mei 1940 verloren bij het bombardement op Rotterdam. Hij verloor zijn huis met al zijn bezittingen. In de oorlog hield hij zich vervolgens bezig met ondergrondse activiteiten. Tot de onderduikers die in Eschers huis in Oegstgeest verbleven, behoorde de componist Jan van Gilse, die er op 8 september 1944 stierf.