Im Gegensatz zu allen anderen ostfriesischen Inseln weist Lütje Hörn eine in Nord-Süd-Richtung gestreckte Form auf. Dies rührt von der Lage der Insel im Osterems-Strom her. Seit ihrer ersten urkundlichen Erwähnung hat sich die Lage der Insel um rund zwei Kilometer weiter nach Südosten verschoben. Allein von 1961 bis 1999 hat sich die Insel um gut 600 Meter nach Osten und 150 Meter nach Süden verlagert. Das entspricht einer Geschwindigkeit von 15 Metern pro Jahr in östlicher und vier Metern pro Jahr in südlicher Richtung. In den Jahren von 1999 bis 2005 hat sich diese Ostwanderung der Insel um weitere 100 Meter (16,7 Meter pro Jahr) fortgesetzt. Bedingt durch Erosion hat Lütje Hörn kontinuierlich an Fläche verloren. Die Größe der Insel war in der ersten Hälfte des letzten Jahrhunderts aber noch relativ stabil: 1891 lag sie bei 61 und 1937 bei 54 Hektar. Im Jahr 1957 betrug die hochwasserfreie Fläche 58 Hektar, darunter ein etwa ein Hektar großer Dünenkern. Die Sturmflut im Februar 1962 verursachte erhebliche Landverluste und Dünenerosionen, weitere Verluste entstanden durch die Wintersturmfluten 1989/1990. Im Jahr 1987 betrug die Fläche oberhalb des Mittleren Tidehochwassers (MThw) nur noch 23, wenige Jahre später nur noch rund 11 Hektar. Laut dem niedersächsischen Landesbetrieb für Wasserwirtschaft, Küsten- und Naturschutz (NLWKN) wies Lütje Hörn im Sommer 2006 noch eine hochwasserfreie Fläche von rund 6,5 Hektar auf.