Im Mai 1939 wurde hier die II. Gruppe des Kampfgeschwaders 28 aufgestellt. Im Winter 1939/40 folgte die Aufstellung der II. Gruppe des Kampfgeschwaders 54, die am 14. Mai 1940 am Luftangriff auf Rotterdam beteiligt war. Zwischen Juni 1940 und März 1941 lag hier die I. Gruppe des Nachtjagdgeschwaders 1 (I./NJG 1). Im Jahr 1942 nahm der aus den Angehörigen der Luftwaffe begründete LSV Gütersloh am Tschammerpokal im Fußball teil. Von 1943 bis 1945 waren Einheiten der Reichsverteidigung in Gütersloh stationiert, unter anderem lagen hier zwischen November 1944 und März 1945 der Nachtjagd-Offizier Kommodore Heinz-Wolfgang Schnaufer mit seinem Stab sowie die II. Gruppe des Nachtjagdgeschwaders 4 (II./NJG 4). Im April 1944 flogen die Alliierten den ersten Bombenangriff auf den Flugplatz, weitere folgten bis Ende März 1945.