Whelan stond op 14 mei 2011 met Stoke City in de finale van de strijd om de FA Cup. Daarin verloor de ploeg van trainer-coach Tony Pulis met 1–0 van Manchester City door een treffer in de 74ste minuut van Yaya Touré. Whelan speelde op 1 januari 2011 zijn honderdste wedstrijd voor de club, tegen Everton. Zijn 200ste competitiewedstrijd voor Stoke volgde op 20 september 2014, uit bij Queens Park Rangers. In de zomer van 2012 trok Stoke City middenvelders Charlie Adam en Steven N'Zonzi aan, maar Whelan behield zijn basisplaats.