En 1997, Troussier contribue à la qualification des "Super Eagles" du Nigeria pour la Coupe du monde 1998 (pour le tournoi final en France, il se verra préférer le Serbe Bora Milutinović, un autre globe-trotter du football mondial). Après un court crochet par le Burkina Faso, qu'il emmène pour la première fois de son histoire en demi-finale de CAN en 98, c'est finalement en tant que sélectionneur des Bafana Bafana d'Afrique du Sud que Troussier participe au Mondial 1998.