Efter hemkomsten utnämndes han 1848 till ordinarie professor i anatomi och zoologi i Kiel och 1865 utnämndes han till föreståndare för universitetet, han innehade tjänsten till 1867. Efter att Provinsen Schleswig-Holstein grundades i oktober 1867 efter Andra schleswigska kriget flyttade Behn till Dresden och utnämndes där 1869 till föreståndare för vetenskapsakademin Leopoldina. År 1870 tillträdde han som akademins 14:e president.