Il prend une première fois sa retraite à l'issue de la saison 2006. Son dernier Grand Prix, au Brésil le , malgré une défaite au championnat du monde face à Fernando Alonso, est marqué par une spectaculaire remontée de la dernière à la quatrième place, ponctuée par une douzaine de dépassements, démontrant qu'il quitte la compétition en pleine possession de ses moyens. De 2007 à 2009, il officie toujours à la Scuderia comme consultant et il reprend parfois le volant dans le cadre d'essais privés. Après un retour avorté en à la suite d'un accident de moto et des douleurs au cou, Schumacher est de retour en Formule 1 en 2010 chez Mercedes. Il y effectue trois saisons sans obtenir de nouvelle victoire. Le , il annonce officiellement la fin de sa carrière en Formule 1 à l'âge de 43 ans.