当时四川已残破，并经常受到蒙古军的侵扰。余玠到任后，招贤纳士，共商大计。播州人冉璡、冉璞兄弟应召入幕，首先建议于合州（今重庆合川）城东钓鱼山上筑城，并移州治所于钓鱼城。余玠后向朝廷上奏，请授冉氏兄弟官职，诏以冉璡为承事郎、权发遣合州事，冉璞为承务郎、权通判合州事。此前，已修筑多处山城，共相继修筑云顶、运山、大获、得汉、白帝、钓鱼、苦竹、大良、神臂、子云等山城，移成都府、蓬、阆、洋、夔、合、顺庆府、隆庆府等州府治所于其上。移金州驻扎御前诸军都统制司于大获城，以护蜀口；移沔州驻扎御前诸军都统制司于青居城；兴元府驻扎御前诸军都统制司于钓鱼城，共备内水；利州驻扎御前诸军都统制司于云顶山，以备外水。淳祐三年，四川宋军共与蒙古军大小三十六战。余玠实行轻徭薄赋政策，俞兴又开屯田于成都府（今属四川），经济有所恢复。十一年（1251年）三月，余玠率军北伐，一直进到被蒙古军占领的兴元府（今陕西汉中）。十二年（1252年），又率部西向嘉定府（今四川乐山）抗击南犯的蒙古军，出现了宋元战争爆发四川以来最好的军事、政治、经济形势。