Gården tilhørte 1652 Peder Christensen, hvis yngste datter Kirsten Pedersdatter 1656 blev gift med Hans Rostgaard (død 1684), som samme år blev ridefoged i Kronborg Amt. Rostgaard købte medarvingerne ud og blev således gårdens ejer, men Krogerups jorder, for det meste hørende til Ebbekjøbs Gods, skænkede Frederik III ham og hans arvinger 1661 til fri evindelig brug, "ligesom alle andre fri Mænd deres Gaarde og Jordegods her udi Riget friest haver at nyde", på grund af hans fortjenester under svenskekrigen; tillige blev han forvalter over Kronborg Amt og kongelig fiskemester. Ved sit 3. ægteskab 1674 med Dorthe Rhode, enke efter fyrforvalter Peder Jensen Grove til Nellerup, fik han også Anholt. Han deltog i det mislykkelige forsøg på at tilbageerobre Kronborg fra svenskerne. Det sted i Danstrup Hegn tæt ved landevejen, hvor Rostgaard for at vildlede sine forfølgere skød sin hest og kastede sin hat og kappe i vandet, blev siden markeret med en mindesten. Under Hans Rostgaards søn, den bekendte Frederik Rostgaard (død 1745), blev Krogerup plyndret af de svenske, da Karl XII i 1700 gik i land lidt nord for Humlebæk, ved Tibberup Bakke, hvorfor Frederik IV fritog gården for alle slags skatter.