Nel 1999 (stagione iniziata successivamente a causa del lockout) inizia la sua carriera nella NBA dopo essere stato chiamato alla 44ª scelta del Draft NBA 1998 dai New York Knicks che la sera stessa lo cedettero ai Toronto Raptors; Marks diventa così il primo cestista neozelandese nella Lega Professionistica americana. Nel 2005, durante la militanza con i San Antonio Spurs, ha vinto il suo primo anello NBA, diventando il primo cestista neozelandese ad aver vinto tale premio.