L'organisation des compétitions russes qui suivent la disparition de l'Union soviétique en 1992 voit le Torpedo être placé au sein de la nouvelle deuxième division. Il se maintient deux ans à ce niveau, terminant à chaque fois dans le milieu de classement avant d'être relégué au troisième échelon après une réforme de la compétition. Il y passe ensuite le reste des années 1990 avant d'être finalement relégué à l'issue de la saison 2000 après avoir terminé largement dernier de la zone Sud. Après quatre dernières saisons passées en quatrième division, le club est finalement dissous à la fin de l'année 2004. La ville de Taganrog est par la suite représentée par le FK Taganrog entre 2006 et 2015.