Zapata disputa, nel 2003, 2 partite nel Mondiale Under-17 in Finlandia con l'Under-17 colombiana. Successivamente viene convocato per il Sudamericano Under-20, vinto dalla nazionale colombiana, e per il Mondiale Under-20 2005: "los Cafeteros" vincono il proprio girone e raggiungono gli ottavi di finale, dove vengono eliminati dall' di Messi, successiva vincitrice della competizione.