Od 2006 jest po raz drugi – wcześniej w latach 1988–1990 – selekcjonerem reprezentacji Urugwaju. Pod jego opieką po wielu dekadach słabszych występów Urugwajczycy powrócili do światowej czołówki, zdobywając kolejno IV miejsce na Mundialu 2010, Copa América 2011 i półfinał na Copa América 2007 oraz IV miejsce w Pucharze Konfederacji 2013. Za jego kadencji drużyna narodowa zajęła trzecie miejsce w rankingu FIFA (kwiecień 2012); nigdy wcześniej nie była tak wysoko.