Иньеста представлял Испанию на международной арене, начиная со сборной до 16 лет и завершая первой командой страны. В составе молодёжной сборной стал чемпионом Европы до 16 лет, чемпионом Европы до 17 лет и чемпионом Европы до 19 лет. За национальную сборную Испании дебютировал 15 мая 2006 года в товарищеском матче против сборной России (0:0). Двукратный чемпион Европы (2008, 2012). Входил в состав символических сборных этих турниров. Был признан лучшим игроком Евро 2012. Чемпион мира (2010). Автор единственного решающего мяча в ворота сборной Нидерландов в финальном матче.