국가보안위원회는 소련 시절 대테러전을 담당할 특수부대도 창설했다. 이중 알파 부대는 1980년 모스크바 올림픽 당시 테러를 대비해 창설되었으며, 빔펠 부대는 비상사태를 대비해 행동할 수 있도록 창설되었다. 이들 두 부대는 8월 쿠데타 당시 반쿠데타 세력이 모인 최고 소비에트 건물을 진압하라는 명령을 거부했으나, 이어서 1993년 벌어진 10월 사변 당시 보리스 옐친의 진압 명령을 거부해 이후 불이익을 받기도 했다.