山本指挥联合舰队实施了几次迟滞美军行动的作战，但造成的损失却是他难以承担的。在9、10月间，为支援在瓜岛作战的陆军部队，爆发了两场由山本亲自指挥的航艦交战：东所罗门海战和聖克魯斯群島戰役，并在11月爆发了一连两次被称为瓜达尔卡纳尔海战的惨烈夜战。由于陆军无法顺利达成目标，每次作战计划都遭到扰乱。山本指挥联合舰队对美军造成了严重的损失，但他所期待的决定性战役则一直没有发生。结果，日本海军航空兵的精锐被逐渐消耗殆尽。