Livonia yang terletak jauh di sebelah timur laut dimasukkan ke dalam wilayah Polandia pada 1561, dan Polandia pun maju menghadapi Rusia dalam Perang Livonia. Gerakan eksekusi (usaha untuk mencegah merajalelanya keluarga-keluarga bangsawan tinggi di Polandia dan Lituania) mencapai puncaknya dalam sidang Sejm di Piotrków pada 1562–1563. Di bidang keagamaan, Saudara-Saudara Polandia memisahkan diri dari kaum Kalvinis, dan Alkitab Brest diterbitkan oleh kaum Protestan pada 1563. Kedatangan padri-padri Yesuit pada 1564 telah ditakdirkan berdampak besar terhadap sejarah Polandia.