Unter Gebhard I. von Waldburg kam es in den 1580er Jahren noch einmal zu einem Versuch, das Erzstift in ein weltliches Fürstentum umzuwandeln und die Reformation einzuführen. An seiner Stelle wurde Ernst von Bayern vom Domkapitel zum neuen Erzbischof und Landesherrn gewählt. Gebhard leistete Widerstand und wurde im Kölnischen Krieg besiegt. Nach dem Sieg von Ernst von Bayern setzten sofort gegenreformatorische Maßnahmen ein. Nur in wenigen Gemeinden konnte sich die Reformation behaupten.