Nach dem Ende der portugiesischen Diktatur 1974 entstanden auch in Portugiesisch-Timor erste politische Parteien. Lobato war Mitbegründer der linksgerichteten FRETILIN und ab dem 11. September ihr Vizepräsident. Um mehr Zeit für seine politische Arbeit zu haben, verließ er den Beamtendienst. Als abzusehen war, dass die FRETILIN bei der anstehenden Unabhängigkeit die führende Partei des Landes werden würde, versuchte die UDT im August 1975 einen Putsch, der zu einem kurzen heftigen Bürgerkrieg führte. Lobato war entscheidend am Sieg der FRETILIN über die UDT beteiligt. Parallel versuchte er eine politische Lösung für den Konflikt zu finden, indem Portugal nochmals die Kontrolle über seine Kolonie übernehmen und sie geordnet in die Unabhängigkeit führen sollte. Die Versuche scheiterten. Angesichts der drohenden Invasion des Nachbars Indonesien rief die FRETILIN am 28. November 1975 die Unabhängigkeit der Demokratischen Republik Osttimor von Portugal aus. FRETILIN-Parteichef Francisco Xavier do Amaral wurde erster Präsident, Lobato erster Premierminister. Nach der Invasion der Indonesier in Dili am 7. Dezember musste Lobato allerdings mit anderen Mitgliedern des FRETILIN-Zentralkomitees am 11. August aus der Hauptstadt fliehen.