Während des Zweiten Weltkriegs kämpfte er mit den britischen Expeditionseinheiten gegen die deutsche Besetzung Norwegens und wurde dabei verwundet; er litt zeitlebens unter einer Gehbehinderung. Sein Schwiegervater gab ihm daraufhin 1941 ein Regierungsamt als Finanzstaatssekretär im War Office. Von November 1944 bis Juli 1945 diente Sandys als "Minister of Works" in der Kriegs- und der Übergangsregierung Churchill. Er war ab 1943 auch Vorsitzender eines Ausschusses für Verteidigung gegen deutsche Flieger, Bomben und Raketen im Kriegskabinett, des sogenannten "Crossbow"-Komitees. Er stand als "D122: Dunkan-Sendys" auf der Sonderfahndungsliste G.B. des Reichssicherheitshauptamtes, d. h., er sollte im Falle einer Besetzung Englands automatisch durch die SS verhaftet werden. Bei den im Juli 1945 anberaumten Unterhauswahlen verlor er seinen Parlamentssitz und das Ministeramt.