Zunächst waren die Selbstschutzeinheiten lokal den SS- und Polizeiführern unterstellt und wurden als Hilfspolizei auch zur Ermordung Zehntausender Polen eingesetzt, zum Beispiel beim Unternehmen Tannenberg, der Außerordentlichen Befriedungsaktion und den Krankenmorden. Insbesondere die Selbstschutzeinheiten im späteren Reichsgau Danzig-Westpreußen unter der Führung des SS-Oberführers Ludolf-Hermann von Alvensleben und im Distrikt Lublin unter SS- und Polizeiführer Odilo Globocnik wurden für Massenexekutionen und zur Bewachung jüdischer Arbeitskolonnen eingesetzt.