Le Groupe d'Armée E a participé à des opérations anti-partisans en Grèce et en Yougoslavie. Au cours de ces opérations, plusieurs atrocités, massacres et crimes de guerre ont été commis, comme les massacres de Kalávryta et Distomo en Grèce. En outre, pendant le processus de désarmement de l'armée italienne en , les troupes allemandes ont exécuté plus de 5000 prisonniers de guerre italiens dans le massacre de Céphalonie. Dans le même temps, le Groupe d'armée a réussi à repousser la tentative britannique de saisir l'archipel d'îles en Dodécanèse, territoire italien depuis 1912 à la suite de la Guerre italo-turque de 1911-1912.