Daha sonra Baltık Denizi'ne açılmaya çalışan Moskova Büyük Prensliği'ne karşı koymaya çalıştı. Hükümdarlığı sırasında, Livonya'nın ele geçirilmesi için Çar IV. İvan (Korkunç İvan) ile birçok savaş yaptı. Güçlü bir savaş yöneticisiydi. Hetman ve şansölye olan yeğeni Jan Zamoyski'den de büyük ölçüde destek gördü ve Moskovalılar'ı sırasıyla, Vitebsk, Polock ve Pskov'da yendi. Osmanlı Devleti ile ateşkesi sağladı. Kazaklardan düzenli bir ordu oluşturdu ve 1579'da Çar Korkunç İvan'a karşı saldırıya geçti. Livonya Savaşı'nı kazandıktan sonra Yam Zapolski Barışı'yla (15 Ocak 1582) Polotsk ve Livonya'yı aldı.