Відразу після закінчення школи ФЗН І. Я. Кошель добровільно з'явився на призовний пункт. Німецькі війська вже стояли на ближніх підступах до міста, і Іван Якович розраховував відразу опинитися на фронті, однак ненавченого призовника в міському військкоматі вирішили відправити в Закавказзя. До вересня 1941 року Кошель виявився в Ленінакані, де пройшов навчання на курсах кулеметників. На початку грудня Іван Якович був зарахований в один з полків 302-ї гірськострілецької дивізії Закавказького фронтуо, а вже в кінці місяця почалася Керченсько-Феодосійська десантна операція. 26 штурмові батальйони дивізії полковника М. К. Зубкова під шквальним вогнем противника висадилися на узбережжі Керченського півострова біля селища Камиш-Бурун на південь від Керчі. Під час десантування кулеметник І. Я. Кошель був поранений в руку, але залишився в строю. Вогнем з кулемета він прикривав висадку своїх бойових товаришів, знищивши до 20 німецьких солдатів. Лише після того, як десантна операція була успішно завершена, він за наказом командира разом з іншими пораненими першим транспортом евакуювався в госпіталь. Лікування проходив в місті Туапсе. Після повернення в лад брав участь в боях на Дону, де в серпні 1942 року був важко поранений. Відновлення йшло довго, і лише у вересні 1943 року Іван Якович знову опинився на передовій, коли його в званні сержанта зарахували в 7-й стрілецький полк 24-ї стрілецької дивізії на посаду командира відділення роти автоматників. У жовтні 1943 року Кошель брав участь в боях під Кривим Рогом.