Największy sukces w karierze Michael Künzel osiągnął 4 grudnia 1999 roku w Warszawie, kiedy wygrał bieg na 1000 m w ramach Pucharu Świata. Jeszcze dwukrotnie stawał na podium zawodów tego cyklu, raz na drugim i raz na trzecim stopniu. Najlepsze wyniki osiągnął w &lt;a href="Puchar%20%C5%9Awiata%20w%20%C5%82y%C5%BCwiarstwie%20szybkim%201999/2000"&gt;sezonie 1999/2000&lt;/a&gt;, kiedy był szósty w klasyfikacji końcowej 1000 m. Na mistrzostwach świata jego najlepszym wynikiem było siódme miejsce wywalczone na sprinterskich mistrzostwach świata w Seulu w 2000 roku. W poszczególnych biegach zajmował tam piąte miejsce w pierwszym biegu na 500 m, jedenaste w pierwszym biegu na 1000 m, piętnaste w drugim na 500 m oraz szesnaste w drugim biegu na 1000 m. Siómą pozycję zajął także w biegu na 500 m podczas rozgrywanych w tym samym roku dystansowych mistrzostw świata w Nagano. W 1998 roku wystąpił na igrzyskach olimpijskich w Nagano, zajmując jedenaste miejsce w biegu na 500 m. Na rozgrywanych cztery lata później igrzyskach w Salt Lake City zajął 19. miejsce na 500 m i 24. miejsce na dwukrotnie dłuższym dystansie. W 2003 roku zakończył karierę.