Přelom v jeho životě přinesl rok 1866 a porážka Rakouska v bitvě u Hradce Králové. Podobně jako mnozí další němečtí Rakušané vnímal i Schönerer vytlačení své země z německého prostoru jako potupu a odmítal je přijmout jako něco definitivního. Jeho představy však byly nejen v ostrém rozporu s oficiální linií podunajské monarchie, ale zaváněly dokonce vlastizradou. Patřil totiž k nikoli nepočetné skupině těch, kteří považovali sjednocení všech Němců připojením německých částí Rakouska k Německé říši (či lépe k Prusku) za něco zcela přirozeného. Schönerer se v této době navíc stal horlivým obdivovatelem pruského ministerského předsedy Otty von Bismarck.