Під час Кримської війни церква стала релігійним центром і оплотом міста. Богослужіння проводилися щодня. Служби відвідували князі Микола і Михайло Миколайович, котрі пожертвували храму позолочену лампаду чеканної роботи. До Миколаївської батареї імператриця надіслала ікону Спасителя і хрест святого Володимира з написом «Цим перемагай». 5 жовтня 1854 року у храмі проводилося відспівування адмірала Володимира Корнілова, 7 березня 1855-го — адмірала Володимира Істоміна, 1 липня — адмірала Павла Нахімова. Під час поховання останнього більшість офіцерів стояла на вулиці через нестачу місця у церкві.