เอฟ-117 ลำหนึ่งถูกยิงตกขณะทำการรบกับกองทัพเซอร์เบีย เมื่อวันที่ 27 มีนาคม พ.ศ. 2542 ในสงครามคอซอวอ กองพันที่ 3 แห่งกรมขีปนาวุธป้องกันอากาศที่ 250 ภายใต้การบัญชาการของผู้พันซอลทาน ดานิ ("Zoltán Dani"), ที่มีระบบขีปนาวุธต่อต้านอากาศยานแบบไอซาเยฟ เอส-125 เนวา ได้ยิงเอฟ-117เอที่มีชื่อรหัสว่า"เวก้า 31" หมายเลข 82-0806 ตก ตามที่ผู้บัญชาการนาโต้เวสลีย์ คลาร์กและนายพลคนอื่นๆ กล่าว การป้องกันทางอากาศของเซอร์เบียได้ตรวจพบเอฟ-117 โดยใช้เรดาร์ของพวกเขาด้วยความยาวคลื่นที่มากกว่าปกติ ทำให้พวกมันถูกมองเห็นในเรดาร์ไม่นานก่อนถูกยิงตก