En septiembre de 1856 el general de brigada William S. Harney regresó a Florida como comandante de las tropas federales. Recordando las lecciones aprendidas en la segunda Guerra Semínola puso en pie un sistema de fuertes a lo largo de la frontera de la Florida y las patrullas se adentraban en el territorio semínola. Planeó confinarlos a las marismas del Big Ciprés y a los Everglades, porque creía que allí no podrían sobrevivir. Se presume que pudo capturar a los indios porque salieron de las marismas en busca de espacios secos que poder cultivar. Parte del plan de Harney implicó el uso de botes para llegar a las islas y otras áreas secas en los pantanos. Intentó ponerse en contacto con ellos pero sin resultado. A principios de enero de 1857, ordenó a sus tropas a perseguir enérgicamente a los indios. Pero el plan de Harney dio pocos resultados y fue transferido junto con la Quinta Infantería a Kansas para ayudar en los levantamientos en abril.