С 1975 года в стране более 25 лет шла кровопролитная гражданская война между просоветской МПЛА и проамериканской УНИТА. Положение Католической церкви, как и других религиозных институтов, резко изменилось к худшему в связи с военными действиями и марксистской идеологией МПЛА. В 1991 году, когда МПЛА лишилось советской военной поддержки, Католическая церковь страны выступила с рядом мирных инициатив, в 1992 году страну посетил папа римский Иоанн Павел II, однако война вскоре вспыхнула вновь и продолжалась вплоть до 2002 года.