En 1855, Louis Lot fonde son propre atelier à Paris – à partir de là, Theobald Böhm lui-même envoie les pièces, par exemple, finissant des corps en bois forés parce qu'il ne pouvait pas faire face au nombre des dépenses encourues des commandes. Lorsqu'en 1860, le flûtiste Louis Dorus succède en tant que professeur à Jean-Louis Tulou – adversaire de la flûte de Böhm, qui empêchait son entrée dans l'institution – le Conservatoire de Paris devient client régulier chez Louis Lot. Les gagnants du concours annuel (le premier de cette série était Paul Taffanel) ont reçu régulièrement une flûte de Lot. À l'Exposition universelle de Paris de 1867, Louis Lot présente un nouveau modèle de flûte traversière à la paroi plus épaisse, avec de plus grands trous de jeu, une embouchure carrée et une mécanique plus stable avec la clé de "sol" dièse ; cette forme est aujourd'hui connue comme le « modèle français » de la flûte traversière. La seule flûte d'or de Louis Lot est née en 1869 pour le flûtiste Jean Rémusat (en 1948, l'instrument est acquis par Jean-Pierre Rampal). En 1875, Lot prend sa retraite. Il avait construit environ 2150 flûtes (dont 870 en métal) et piccolo.