באוקטובר 1942 שבו קינקייד וכוח משימה 16 לדרום מערב האוקיינוס השקט, ונקלעו לקרב איי סנטה קרוז, שהיה חלק ממאמץ יפני גדול ממדים לכבוש מחדש את גוודלקנל. קינקייד קיבל את הפיקוד על כוח משימה 61, שכלל את כוח משימה 16 ואת כוח משימה 17, שכלל את נושאת המטוסים הורנט. בסוף הקרב איבדו האמריקנים את הורנט, ואנטרפרייז, ואוניית מערכה וסיירת ספגו נזקים כבדים. הקרב נחשב ניצחון טקטי עבור היפנים, אך למעשה הקרב מנע מהצי הקיסרי היפני להמשיך לתקוף את גוודלקנל, וכך יכלו האמריקנים להעביר לאי עוד כוחות ואספקה. אולם, ההפסד הטקטי היה כתם שחור בקריירה הצבאית של קינקייד, וקצינים אחרים האשימו תלו את ההפסד בחוסר הניסיון שלו בתעופה ימית.