Jezero Kyzyltaš bylo, jako největší přírodní jezero v okolí, schopno poskytovat chladicí vodu do reaktorů; tím bylo rychle kontaminováno prostřednictvím otevřeného chladicího okruhu. Jezero Karačaj bylo sice blíže, ale příliš malé k poskytování chladicí vody. Tak se rychle stalo pohodlným odkladištěm pro radioaktivní odpad s vysokou úrovní radiace, u kterého nebylo žádoucí uskladnění v podzemních úložných prostorech a kádích. Jezero bylo využíváno pro tyto účely až do Kyštymské katastrofy v roce 1957, při níž explodovala podzemní nádrž v důsledku vadného chladicího systému a kontaminovala celou oblast okolo Majaku. To vedlo k větší opatrnosti mezi správou komplexu, strachu z mezinárodní pozornosti, a také k rozprostření odpadišť do více oblastí (včetně několika jezer a řeky Teča, podél níž leží mnohé vesnice).