Jernström palasi Suomeen (Vaasaan) majuriksi ylennettynä jääkärien pääjoukon mukana 25. helmikuuta 1918. Suomen sisällissotaan hänet komennettiin perustamaan ensimmäinen varsinainen jääkärirykmentti. Hän perustikin rykmentin ("Oulun rykmentti"), ja sen järjestysnumeroksi tuli 1. jääkärirykmentti. Hän toimi rykmentin komentajana koko sisällissodan ajan. Rykmentin komentajuuden lisäksi hän toimi rintamalohkon komentajana Lempäälässä ja sai Viipurin operaation aikana johdettavakseen kenraalimajuri K. F. Wilkmanin alaisen Jernströmin ryhmän, jonka tehtävänä oli lyödä ensin vihollinen Kämärällä ja Säiniöllä ja lopuksi murtautua kaakosta Viipurin kaupunkiin tehden samalla aukko kaupungin linnoitusketjuun. Tämän ryhmä Jernstömille annetun tehtävän hän myös menestyksekkäästi suoritti loppuun. Viipurin valloituksen jälkeen ylipäällikkö Mannerheim ylensi hänen perustamansa 1. jääkärirykmentin päivämäärällä 16. toukokuuta 1918 Kaartin jääkärirykmentiksi.