In der Qualifikation zur WM 2006 trat Forlán kurzzeitig aus der seinerzeit von Jorge Fossati betreuten Nationalmannschaft zurück. Für die WM 2006 qualifizierte sich Uruguay nicht, da man in den interkontinentalen Playoff-Spielen gegen Australien im Elfmeterschießen verlor, nachdem beide Mannschaften jeweils mit 1:0 gewonnen hatten. 2007 nahm er an der Copa América in Venezuela teil, bei der er im Spiel um den dritten Platz mit 1:3 gegen Mexiko verlor.