Negara ini awalnya merupakan bagian dari Sudan Anglo-Mesir, kondominium Britania dan Mesir, dan kemudian menjadi bagian dari Republik Sudan ketika mencapai kemerdekaan pada 1956. Setelah Perang Saudara Sudan Pertama, Wilayah Otonomi Sudan bagian Selatan dibentuk pada 1972 dan berlangsung sampai dengan 1983. Kemudian terjadi Perang Saudara Sudan Kedua yang berakhir dengan Perjanjian Damai Komprehensif 2005. Selanjutnya pada tahun itu, otonomi selatan dikembalikan ketika Pemerintah Otonomi Sudan bagian Selatan dibentuk. Sudan Selatan menjadi sebuah negara merdeka pada 9 Juli 2011 tengah malam (00:00) waktu setempat setelah referendum yang diselenggarakan pada Januari 2011 menghasilkan sekitar 99% pemilih memilih untuk memisahkan diri dari Sudan.