この条約によって、ノヴゴロドの主権は危機に陥った。モスクワの直接の支配下に入ったわけではないものの、独立した共和制による統治は大いに抑制された。ヴァシーリー2世は条約に大いに満足し、ノヴゴロド側に領土について多少の譲歩をしたほどであった。条項のほとんどは両国がともに遵守した。たとえば、ノヴゴロドの（公式な文書に対する）印は締約後直ちにモスクワのものに置き換えられた。一方、いくつかの条項は両国の写本の相違に基づく恣意的な解釈によって反故にされた。ノヴゴロドはモスクワ大公国の敵を引き続き領内に迎え入れた。ヴァシーリー2世（と後継者のイヴァン3世）は一方で、裁判権を悪用してノヴゴロド領を占領したモスクワのボヤールに有利な判決を出し続け、領土に関する条項を反故にした。以降15年間にわたって、双方はお互いの条約違反を非難し続けた。結局、ヤジェルビーツィ条約をめぐる対立は1471年のシェロン河畔の戦いを引き起こし、またしてもノヴゴロドは敗北を喫した。1478年、ノヴゴロドはイヴァン3世の支配下に入った。