Отношения ухудшились в начале 2000-х с началом Второй интифады. 22 октября 2000 года президент Бен Али объявил, что он разрывает все дипломатические связи с Израилем вслед за «насилием на территориях под палестинским контролем». Израиль выразил своё разочарование решением тунисского руководства свернуть сотрудничество и закрыть офисы интересов в Тель-Авиве и Тунисе. Израильский министр иностранных дел сказал: «Похоже Тунис решил отказаться играть его потенциальную роль моста для диалога между Израилем и его соседями, таким образом нанося вред критическим усилиям по продвижению мира в регионе.»