Nel 2002 la società blucerchiata passa nelle mani di Riccardo Garrone, che allestisce una nuova formazione e la affida a Walter Novellino. La squadra raggiunge la promozione in Serie A al termine della stagione 2002-2003, e Flachi contribuisce con 9 reti in 35 presenze. Nelle prime partite della stagione 2003-2004 il toscano è spesso riserva; dopo un po' di tempo però Novellino ricomincia a schierarlo tra i titolari. La stagione si chiude con l'ottavo posto finale e con le 23 reti del tandem blucerchiato formato da Flachi e da Fabio Bazzani.