V roce 1812 byl Kearny jmenován prvním poručíkem 13. pěšího pluku americké armády v britsko-americké válce. 13. října 1812 bojoval v Queenston Heights, kde byl zraněn a zajat. Několik měsíců strávil v zajetí, než byl propuštěn. 1. dubna 1813 byl povýšen na kapitána. Po válce se rozhodl zůstat v americké armádě (postupně byl povýšen na čestného majora v 1823; v roce 1829 na majora a v roce 1833 na podplukovníka). Byl přidělen na západní hranici pod vedením gen. Henryho Atkinsona a v roce 1819 byl členem expedice, která měla prozkoumat řeku Yellowstone v dnešní Montaně a Wyomingu. Expedice doputovala pouze do dnešní Nebrasky, kde založila vojenské městečko Missouri, později přejmenované na Fort Atkinson. Kearny se zúčastnil i výpravy, která v roce 1825 dosáhla ústí řeky Yellowstone. Během těchto cest si psal podrobné deníky, v nichž zachytil i četná setkání s domorodými Američany.