Trong cuộc Chiến tranh Đức-Đan Mạch, Vogel von Falckenstein đảm nhiệm chức vụ Tham mưu trưởng quân đội liên minh Áo-Phổ đồng thời là tư lệnh một quân đoàn Phổ dưới sự chỉ huy tối cao của Thống chế Friedrich Graf von Wrangel, và được tặng thưởng Huân chương Quân công vào ngày 22 tháng 4 năm 1864. Sử gia Strauss vào thế kỷ 19 không tiếc lời ca ngợi tài nghệ của Falckenstein trong chiến dịch này, tuy nhiên theo nhà sử học đương đại Wawro, khả năng chỉ huy tầm thường của Wrangel cùng với Falckenstein đã làm rối bời cuộc tấn công của Phổ vào Schleswig. Sử gia Michael Howard cho biết, họ bác bỏ lời khuyên của tướng Helmuth von Moltke rằng quân Đan Mạch phải bị bao vây và tiêu diệt tại các vị trí tiền tiêu trước khi có thể rút về những hòn đảo xa xôi. Sau ba tháng giao tranh không có kết quả, trước sự thúc giục của tướng Edwin Freiherr von Manteuffel đối với Bộ trưởng Chiến tranh Phổ, Albrecht von Roon, ông bị thế chức bởi tướng Helmuth von Moltke vào ngày 30 tháng 4 năm 1864, trong khi Vương thân Friedrich Karl thay thế Wrangel chỉ huy liên quân. Ông được đổi làm Thống đốc Jutland và đánh thọc đến eo biển Lymfjord. Sau đó, ông giữ chức Tư lệnh Quân đoàn VII từ ngày 21 tháng 11 năm 1864 cho đến ngày 29 tháng 10 năm 1866, và được thăng cấp bậc Thượng tướng Bộ binh vào năm 1865.