En 2001, il critique le manque de cohérence politique d'Arafat durant l’Intifada. En , il soutient des demandes de réforme de l’Autorité palestinienne, et démissionne de son poste de chef de sécurité après un désaccord avec Arafat. En , malgré une forte opposition de la part d’Arafat, Mohammed Dahlan est choisi par Mahmoud Abbas, récemment désigné Premier ministre, comme ministre d’État pour la Sécurité mais quitte son poste lors du départ d'Abbas. Après la mort de Yasser Arafat en , Mohammed Dahlan est nommé, le , au poste de ministre des Affaires civiles dans le gouvernement composé par le Premier ministre palestinien Ahmed Qoreï.