Morgenstern begann seine Laufbahn in der preußischen Armee 1761 als Gefreiter-Korporal im Infanterieregiment „v. Queis“ (Nr. 8) mit Garnison in Stettin. Noch im selben Jahr avancierte er zum Fähnrich. Er nahm von 1761 bis 1763 am Siebenjährigen Krieg, namentlich 1762 der Schlacht bei Freiberg teil. Im Mai 1766 erhielt er seine Beförderung zum Sekondeleutnant. Während seiner Dienstzeit (1758–1769) unter Generalmajor Julius Dietrich von Queis nahm der König eine Parade bei Stargard ab. Friedrich II. fragte den jungen Offizier von Morgenstern nach Namen und Vaterland, und als dieser für letzteres Polen nannte, war der König so verärgert, dass er ihn nicht als Edelmann anerkennen wollte. Etwa 1771 bürgte er mit oder für seine Mutter in Hypotheken zu Schönberg, Kreis Konitz und zu Wienskowo, Anteil A, Kreis Schwetz. Im Juni 1777 stieg er zum Premierleutnant bei der 1. Grenadier-Kompanie des Regiments auf. Mit dem Infanterieregiment „v. Hacke“ (Nr. 8) nahm er seit 1778 ebenfalls am Bayerischen Erbfolgekrieg teil. Für seinen Einsatz im Gefecht bei Gabel am 2. August 1778 erhielt er den Orden Pour le Mérite. Seit März 1786 hatte er das Patent als Stabskapitän und war seit Anfang Dezember 1786 ordentlicher Stabskapitän im Infanterieregiment „v. Scholten“ (Nr. 8). Er starb im Rang eines Kapitäns.