Балоты ў дэльце Нёмана абаронены Рамсарскай канвенцыяй. У мэтах абароны дзікай прыроды і садзейнічанню навуковым даследаванням, у 1992 годзе быў створаны Рэгіянальны парк дэльты Нёмана. Ён займае 239,5 км², і складаецца з 14 запаведнікаў і аднаго вадаёма. Каля 20% тэрыторыі парку пакрыта вадой. З 1999 г. кожны кастрычнік Літоўскае таварыства арнітолагаў і адміністрацыя парку арганізуюць назіранне за птушкамі. Кожны год дэльта затапляецца, але самымі вялікімі пагрозамі для яе з'яўляюцца забруджванне навакольнага асяроддзя, развіццё сельскай гаспадаркі, рыбалоўства і турызму.