Nikephoritzes versuchte auch, die Armee zu reformieren und in diesem Zusammenhang das Tagma der "Athanatoi" zu reaktivieren. Denn die militärische Lage während seiner Amtszeit war katastrophal: Im Westen sah sich Byzanz mit Angriffen der Bulgaren unter Georgi Vojtech und dem selbsternannten Zaren Konstantin Bodin wie auch der Normannen unter Robert Guiskard konfrontiert, in Kleinasien mit der Rebellion des Roussel Phrangopolos und dem wachsenden Druck der Seldschuken. Obwohl sich Nikephoritzes als durchaus fähiger Administrator erwies, zog er durch Habgier und Korruption wachsenden Unmut auf sich. Die Opposition formierte sich rund um den antiochenischen Patriarchen Aimilianos, einen alten Feind des Nikephoritzes, mit Unterstützung mehrerer Bischöfe und Gilden der Hauptstadt. Im Sommer 1077 rebellierten Nikephoros Bryennios auf dem Balkan und Nikephoros Botaneiates in Kleinasien gegen Michael VII. Bryennios zog gegen Konstantinopel, doch die Plünderung der Vororte durch seine Truppen schreckte die Bürger der Hauptstadt ab, so dass er sich zurückziehen musste. Als Reaktion versammelte sich am 7. Januar 1078 eine Gruppe oppositioneller Bischöfe in der Hagia Sophia und bestätigte Botaneiates als rechtmäßigen Kaiser. Nikephoritzes ließ die Synode auflösen, wofür er vom Patriarchen Kosmas I. exkommuniziert wurde. Alexios Komnenos, der unter Nikephoritzes im Militär Karriere gemacht hatte, schlug vor, den Widerstand gewaltsam zu unterdrücken, aber Michael VII. entschied sich zur Abdankung, womit der Thron für Botaneiates frei wurde.