Побережье залива входит в состав Черноморского биосферного заповедника. Часть акватории Егорлыцкого залива находится в составе Егорлыцкого заказника (образован в 1974 г.). В 1976 году залив был включён в перечень водно-болотных угодий международного значения, подпадающих под действие Рамсарской конвенции.