Hrabstwo zostało założone siedem lat po powstaniu stanu Illinois, 13 stycznia 1825 roku z terenów hrabstwa Pike. Swoją nazwę obrało na cześć Hugh Mercer (1726 – 1777), lekarza i generała brygady podczas rewolucji amerykańskiej w 1775 – 1777 roku, który zmarł od ran w bitwie pod Princeton 3 stycznia 1777 roku.