Під час Другої світової війни інститут, як і велика кількість радянських вишів того часу, допомагав Червоній Армії. В Одесі створювалися так звані військові групи випускників, завдяки чому було підготовлено велику кількість офіцерів зв'язку. На початку німецько-радянської війни, коли мав тривати захист дипломних робіт і проектів, викладачі та студенти почали вступати до лав армії. У липні 1941 року була здійснена підготовка інституту до евакуації. У лабораторних корпусах на базі непересувного обладнання було створено вузол зв'язку Приморської армії, який брав участь в обороні Одеси. По завершенню евакуації лабораторні корпуси вишу, як важливі військові об'єкти, були знищені, а інститут було переведено до казахстанського міста Гур'єв (нині — Атирау). Однак, через брак приміщень, його відправили в узбецьке місто Ташкент. Туди ж був евакуйований і . Для раціональнішого використання викладачів і лабораторного обладнання інститути були об'єднані.