Ibrahimović giành danh hiệu châu Âu đầu tiên trong sự nghiệp sau khi Manchester United đánh bại Ajax trong trận chung kết Europa League tại Friends Arena ở Stockholm, sau đó anh lọt vào đội hình tiêu biểu UEFA Europa League của mùa giải. Vào cuối mùa giải, có thông báo rằng Manchester United sẽ để Ibrahimović ra đi vào cuối hợp đồng của mình vào ngày 30 tháng 6 năm 2017. Tuy nhiên, sau đó họ xác nhận rằng họ đã đàm phán trở lại với Ibrahimović để tái ký hợp đồng vào nửa sau của mùa giải 2017–18.