עם פרוץ מלחמת העולם השנייה פעלה המחלקה להתנדבות בני היישוב לצבא הבריטי ולהתנדבות לצי הבריטי. במסגרת היחסים של המחלקה המדינית עם מנהלת המבצעים המיוחדים ה-SOE שהייתה אחראית לחבלה ולפעולות מיוחדות מאחורי קווי האויב, ובעקבות פנייה של אנשי צרפת החופשית, הוקמה ב-1940 רשת של סוכנים יהודים בסוריה ובלבנון. במסגרת שיתוף הפעולה עם הבריטים הוקם בשנת 1941 הפלמ"ח ושותפו בחורים יהודים דוברי ערבית במערכה בסוריה ובלבנון במלחמת העולם השנייה. למחלקה המדינית היה גם תפקיד מכריע בהקמת הבריגדה היהודית בשנת 1944.