Město bylo založeno v 7. století aquileiskými uprchlíky na malém ostrově při pobřeží Istrie. Odtud také pochází jeho název - je odvozen z italského slova "isola", které znamená "ostrov". V 9. století se istrijské pobřeží dostalo pod vliv Benátské republiky, jejíž součástí se definitivně stalo v roce 1267. Staletí benátské nadvlády zanechala v regionu zřetelné stopy. Po uzavření Míru v Campo Formio v roce 1797 se oblast stala součástí Svaté říše římské, v době napoleonské patřila k autonomním Ilyrským provinciím Francouzského císařství. Během francouzské nadvlády byly zbořeny městské hradby a materiál byl použit k zasypání průlivu oddělujícího ostrov od pevniny. Po bitvě národů u Lipska v roce 1815 se území Ilyrských provincií dostalo pod rakouskou nadvládu. Po první světové válce připadla oblast Italskému království. Roku 1943 přešla v rámci Italské sociální republiky pod faktickou vojenskou kontrolu Wehrmachtu. Po ukončení druhé světové války připadla Izola Svobodnému území Terst. Součástí jeho zóny B byla do roku 1954, kdy tento státní útvar zanikl a zóna B připadla Jugoslávii. V té době odešla před nastupujícím komunismem z Istrie značná část italsky mluvících obyvatel. V roce 1991 se Izola stala součástí nezávislého Slovinska.