Hoffnungen der Wähler liegen unter anderem in der Aufklärung von zahlreichen Menschenrechtsverletzungen in Mexiko, etwa der Massenentführung in Iguala 2014. Carola Hausotter vom Netzwerk Deutsche Menschenrechtskoordination bescheinigt Fortschritte unter Obrador; er berief eine Wahrheitskommission zu dem Fall ein, die sich überwiegend aus Anwälten sowie aus Vertreterinnen und Vertretern von Menschenrechtsorganisationen, des Staates und Familienangehörigen zusammensetzt. Allerdings gestalten sich die Ermittlungen schwierig, da weiterhin Politiker und Militär eine Aufklärung behindern. Die Menschenrechtsorganisation Comité Cerezo konstatierte Anfang 2020 einen Rückgang der Repressionen unter den Bemühungen Obradors, jedoch bestehen aufgrund der traditionell tiefen Verstrickung staatlicher Stellen in Verbrechen weiterhin erhebliche Probleme; die Anzahl politisch motivierter Morde ist trotz Obradors Maßnahmen nur leicht zurückgegangen.