Kurz nach Beginn des Dreißigjährigen Krieges 1620 übernahmen die Jesuiten die Universität Freiburg. Im Jahre 1632 besetzten die Schweden unter General Horn die Stadt, die in den folgenden Jahren mehrmals den Besitzer wechselte. Eine kaiserlich-bayrische Armee unter den Generälen Franz von Mercy und Jan van Werth nahm 1644 Freiburg ein. Anschließend kam es zur Schlacht bei Freiburg zwischen den Bayern und französisch-weimarischen Truppen.