Kanu debütierte am 5. Mai 1994 bei einem Freundschaftsspiel gegen Schweden für die nigerianische Nationalmannschaft, mit der er an der WM 1998 und WM 2002 teilnahm. Bisher bestritt Kanu 81 Länderspiele und erzielte dabei 13 Tore. Außerdem gewann er 1996 mit der Nationalmannschaft das Olympische Fußballturnier.