У 1986 році особовий склад полку бере участь в ліквідації аварії на Чорнобильській АЕС. У ніч з 26 на 27 квітня 51-й окремий вертолітний полк було приведено в підвищену ступінь бойової готовності. З першого ж дня аварії 14 екіпажів Мі-6 і 12 екіпажів Мі-8 під командуванням полковника А. І. Серебрякова перебазовуються на аеродром Чернігівського ВВАУЛ і приступають до виконання поставлених завдань. В ліквідації аварії брали участь 163 військовослужбовці полку. Виконано 429 польотів, з нальотом над територією АЕС — 128 годин. Скинуто 764 тонни вантажів, перевезено 233 особи.