Японская императорская армия также казнила и жестоко обращалась с военнослужащими союзников и военнопленными. Отряд 731 проводил биологические эксперименты на военнопленных, а также на гражданских лицах; это включало применение биологического и химического оружия, санкционированное самим императором Сёва. По данным Международного симпозиума по преступлениям бактериологической войны 2002 г., число людей, погибших в Западной Азии в результате бактериологической войны Японии и экспериментов на людях, оценивалось примерно в 580 000 человек. Члены Отряда 731, включая генерал-лейтенанта Сиро Исии, получили иммунитет от генерала Макартура в обмен на данные о бактериологическом оружии, основанные на экспериментах на людях. Сделка была заключена в 1948 году. Императорская армия Японии часто применяла химическое оружие. Однако из-за страха возмездия это оружие никогда не применялось против войск Запада, а только против других азиатов, которых имперская пропаганда считала «низшими». Например, император санкционировал использование токсичного газа 375 раз во время сражения при Ухане с августа по октябрь 1938 года.