Во время отпуска в городе Алупка стал свидетелем депортации крымскотатарского народа 18-20 мая 1944 года. При депортации в присутствии Амет-Хана сотрудниками НКВД был арестован его младший брат Имран, которому вменили обвинение и затем судили военным трибуналом за то, что он являлся членом вспомогательной охранной полиции Schutzmannschaft («Шума»), вовлечённой в военные преступления в концлагере «Красном». Известен также рассказ командира партизанского отряда Николая Дементьева, который был послан для эвакуации семьи Амет-Хана, но семья лётчика отказалась покинуть Крым, после чего партизанский отряд попал в засаду шуцманшафт. Литературная версия драматической встречи Амет-Хана с семьёй в период депортации и известие об аресте Имрана изложены в книге Буты Бутаева, который написал её по личным беседам с самим Амет-Ханом. Литературная версия Буты Бутаева послужила основанием для рассказов, что Амет-Хан смог защитить своих родителей от депортации, что не подтверждается какими-либо документами. На самом деле при депортации не считались семьями крымских татар семьи, где крымская татарка была замужем за представителем другой национальности. Отец Амет-Хана был дагестанцем (лакцем), поэтому семью не депортировали — только Имран ответил за свои действия.