Door zijn reiservaring goed bekend met de macht van het Perzische Rijk, adviseerde Hekataios tégen de Ionische Opstand, die tot de verwoesting van zijn vaderstad Milete zou leiden. Na de nederlaag van de Ioniërs was hij de onderhandelaar die in 494 v.Chr. de Perzische satraap ertoe wist over te halen de voormalige status van de steden te herstellen.