Als Napoleon 1798 seinen Krieg gegen Ägypten plante, war Pelleport ebenfalls dabei. Er nahm an der Belagerung von Akkon (März/Mai 1799) teil und wurde in der Schlacht bei Abukir (25. Juli 1799) verwundet. Vor Heliopolis (20. März 1800) führte als Capitaine ein eigenes Kommando und nach der Schlacht bei Alexandria (31. August 1801) konnte er nach Frankreich zurückkehren.