אלדר נולד ב-1926 באוסייק שבממלכת יוגוסלביה בשם רוּבֶּן לֶדֶרֶר (בסרבו-קרואטית: Ruben Lderer), לעורך הדין מירוסלאב-פריץ לדרר וליֶלְקָה לבית זלינגר. סבתו מצד אביו איזבלה לדרר לבית שפיצר הייתה קרובת משפחתם של שמואל שפיצר הרב הראשי של אוסייק והוגו שפיצר מראשי התנועה הציונית ביוגוסלביה. ב-1931 עברה המשפחה לנובי סאד מסיבות כלכליות. אביו כיהן כיו"ר סניף התנועה הציונית, ואמו כיהנה כמנהלת סניף ויצו בנובי סאד. ראובן אלדר רכש השכלה יסודית בעירו והחל בלימודים תיכוניים. עם הפלישה ליוגוסלביה במהלך מלחמת העולם השנייה, החליט אבי המשפחה לעזוב את נובי סאד ולשוב לאוסייק. בדרך, הופצצה הרכבת בה נסעו והם נמלטו לווינקובצי. בהמשך, בגבור רדיפות היהודים נמלטו לשאמאץ, ממנה לסלבונסקי ברוד ולבסוף הגיעו לעיירה מוֹדְרִיצָ'ה ובה הסתתרו בביתו של מוסלמי-בוסניאקי. לאחר מספר ימים, עזבו לזאגרב. כאשר החלו האקציות ויהודי זאגרב נשלחו לידובנו וליאסנובאץ עלה בידי המשפחה להימלט בעזרת תעודות מזויפות לדלמטיה שהייתה תחת שליטת האיטלקים.