Anlässlich der Fußball-Europameisterschaft 2008 und der damit zusammenhängenden Verlängerung der U-Bahn-Linie U2 über den Praterstern wurde der Bahnhof Wien Nord nach einem Projekt von Albert Wimmer umgebaut und erhielt zwei breite Bahnsteige und eine Glasüberdachung, die in Teilschritten 2006 und 2007 in Betrieb genommen wurden. Am 10. Dezember 2006 erhielt der Bahnhof seinen alten Namen "(Wien) Praterstern" zurück. Ab diesem Zeitpunkt gab es an Wochenenden auf der Stammstrecke Nachtverkehr im 20-Minuten-Takt, der mit Fahrplanwechsel Ende 2008 wieder aufgegeben wurde. Züge vom Flughafen Wien nach Wien-Floridsdorf fuhren während der Sommermonate in allen Nächten im Stundenintervall.