Рэйтынгавых поспехаў Мёрфі да канца года так і не дасягнуў. Ён саступіў на Шанхай Мастэрс будучаму пераможцу — Дыну Дзюнхуэю — з лікам 4:5. Акрамя таго, не змог прайсці кваліфікацыю на International Championship, саступіўшы ў другім матчы Дэвіду Гілберту — 4:6. На новым нярэйтынгавым турніры Champion of Champions, з удзелам пераможцаў усіх найбуйнейшых турніраў мінулага сезону, Мёрфі прайграў у першым крузе Марку Сэлбі — 2:4. На чэмпіянаце Вялікабрытаніі Шон дайшоў усяго да 1/8 фіналу, дзе саступіў Бары Хокінсу з лікам 5:6. Вышэйшым дасягненнем на турнірах серыі Players Tour Championship у 2013 годзе была паўфінальная стадыя на 3 этапе еўрапейскага тура ў англійскім горадзе Данкастэр. У матчы паўфіналу Мёрфі саступіў Рыкі Уолдэну — 1:4.