Karanka gjorde endast en landskamp för Spanien den 26 april 1995 mot Armenien i en kvalmatch för EM 1996 i Jerevan (2-0-vinst). Han gjorde 14 framträdanden för det spanska U21-landslaget och var en del av laget som slutade på andraplats i U-21 EM, 1996, i en final som förlorades mot Italien.