После возвращения из космоса Ширра прочитал общественную публичную лекцию в Университете Райса в Хьюстоне, где астронавта сопровождала автоколонна через весь город. Тем временем кубинский Ракетный Кризис перетек и в сентябрь, и рейтинг обсуждения успешного космического полёта Уолтера Ширры в средствах массовой информации стал быстро уменьшаться, общественный интерес к советским и американским пилотируемым космическим полётам был перемещен в плоскость беспокойства о размещении советских военных ракет на Кубе. 16 октября астронавт посетил Вашингтон, округ Колумбия, где был награждён президентом Кеннеди Медалью «За выдающуюся службу» от НАСА. В тот же самый день, до встречи с астронавтом, Кеннеди увидел фотографии ракетных установок U-2 на Кубе. Однако, встреча с пилотом была дружественной и неофициальной, несмотря на обстоятельства. Как позже рассказал Ширра, Роберт Кеннеди отвел его в сторону и расспросил о его желании продолжить карьеру в политической сфере, такой же разговор годом ранее состоялся у него с Джоном Гленном. В отличие от Гленна, Ширра вежливо отклонил предложение, он хотел остаться в NASA. В его более поздней карьере он был командиром дублирующего экипажа первого пилотируемого полёта по космической программе Джемини — Джемини-3, затем в декабре 1965 года он во второй раз полетел в космос командиром экипажа Джемини-6A, где он произвел первое активное сближение между двумя космическими кораблями с Джемини-7 — первоначальные планы о первой стыковке на орбите были отменены, и наконец был командиром первой пилотируемой миссии по программе Аполлон — Аполлон-7, в 1968 году. Он в конечном счёте ушёл из НАСА летом 1969 года.