Einfluss und Ansehen des Klosters blieben bis 1822 erhalten, als nach dem Massaker von Chios, das die Osmanen nach dem misslungenen griechischen Aufstand verübten, viele Chioten im Kloster Zuflucht suchten. Die meisten von ihnen wurden getötet, darunter 600 Mönche. Die Opfer wurden in der Kapelle zum Heiligen Kreuz, die sich neben dem Eingangstor des Klosters befindet, beerdigt. Dem Kloster wurde durch Brandstiftung und Verwüstung schwerer Schaden zugefügt.