In juli 2009 verbeterde Godfrey Khotso Mokoena zijn persoonlijke record tot 8,50 bij het verspringen tijdens de Meeting de Atletismo Madrid. Daarmee verbeterde hij het oude Afrikaanse record van 8,46 dat op naam stond van Cheikh Touré uit Senegal. Anderhalve maand later, tijdens de WK van Berlijn, benaderde hij zijn verse record tot drie centimeter. Met deze 8,47 hoefde hij alleen Dwight Phillips voor zich te laten en eindigde hij als tweede. Ook tweede werd hij bij de indoorvariant van de wereldkampioenschappen. Tijdens de WK in Doha sprong Mokoena 8,08 en eindigde dit keer alleen achter Fabrice Lapierre. Mokoena kwam niet tot de afstanden die hij het jaar ervoor haalde, maar door te pieken op het juiste moment wist hij desondanks toch de Afrikaanse titel in de wacht te slepen. Hij sprong in Nairobi bij de continentale kampioenschappen een beste seizoensprestatie van 8,23.