A revolução levou pelo menos 336 mil tutsis a fugir para os países vizinhos, onde viviam como refugiados. Embora os exilados ansiavam para um retorno imediato a Ruanda, estavam divididos entre aqueles que procuravam negociação e aqueles que pretendiam derrubar o novo regime. Alguns exilados formaram grupos armados (chamados "inyenzi" ou "baratas", pelo governo hutu), que lançaram ataques em Ruanda. Os maiores ocorreram no final de 1963, quando um ataque surpresa se aproximou de Kigali. O governo reagiu, derrotando os "inyenzi" e matando milhares dos tutsis restantes em Ruanda. Nenhuma outra ameaça seria representada pelos refugiados até os anos 1990, quando uma guerra civil iniciada pelos refugiados tutsis da "Front Patriotique Rwandais" (FPR) forçou o governo hutu a negociações. Isto levou a um aumento do extremismo hutu e do genocídio de 1994, em que centenas de milhares de tutsis foram mortos antes que a FPR assumisse o controle.