Пред саму инвазију сила Осовине на Југославију у априлу 1941. југословенска влада је дала Пећанцу новац и оружје да организује герилске јединице у јужној Србији, Македонији и Косову. Пећанац је у долини ријеке Топлице образовао чету од око 300 људи, која је избјегла уништење током инвазије. У прва три мјесеца од капитулације, Пећанац је окупио још трупа од српских избјеглица из Македоније и Косова. Међутим, његови четници су се борили само против албанских група у овој области и нису се борили против Нијемаца. Након избијања устанка на окупираној територији почетком јула 1941. Пећанац је убрзо напустио борбу против сила Осовине и крајем августа је склопио споразуме са њемачким окупационим властима и марионетском владом Милана Недића у циљу сарадње у борби против партизана предвођених КПЈ. У јулу 1942. године, вођа супарничког четничког покрета Дража Михаиловић је уредио да га Влада у избјеглишту осуди као издајника. Пећанчева даља сарадња са Нијемцима је уништила и оно преосталог угледа који је стекао у балканским ратовима и Првом свјетском рату.