1600-luvulla Mszana Dolna kuitenkin kärsi lukuisista sodista. Pohjan sodassa kaupunki tuhoutui ruotsalaisten hyökkäyksessä maan tasalle, eikä tuhon seurauksena kyläksi taantunut Mszana Dolna toipunut siitä ennen 1800-luvun loppua, jolloin sen väestöllinen ja taloudellinen kehitys lähti uuteen nousuun.