Outros dois anos se passaram e, na Eurocopa 2000, Schmeichel participou de seu último torneio pela Dinamarca. O país perdeu todas as partidas. Participou de quatro jogos das eliminatórias para a Copa do Mundo de 2002 ainda em 2000 e certamente estaria no mundial da Ásia (o país classificou-se), mas em 2001 optou por aposentar-se da seleção, dando lugar a Thomas Sørensen durante a campanha nas eliminatórias e também na Copa. Schmeichel despediu-se em amistoso contra a Eslovênia em abril de 2001, como o jogador que mais defendeu a Dinamarca - e com um gol feito por ela.