Guayaquil is de thuisbasis van voetbalclubs Barcelona Sporting Club en Club Sport Emelec, dat zijn thuiswedstrijden speelt in het Estadio Monumental Isidro Romero Carbo (capaciteit 85.500 toeschouwers), en uitkomt in de hoogste afdeling van het Ecuadoraanse profvoetbal. Een andere voetbalclub uit Guayaquil is Club 9 de Octubre. De stad was in 1982 gastheer van de WK zwemmen.