Behalve voor zijn eigen kerkgenootschap werkte Boer ook voor de Wereldraad van Kerken. Daar zette hij zich in het kader van het Program to Combat Racism in op het tegengaan van racisme. Evenzo nam hij deel aan de Europese diaconale organisaties Eurodiaconia en Aprodev. Verder kwam hij als voorzitter en woordvoerder van de Samenwerkende Hulporganisaties (SHO) in beeld bij de bestrijding van de gevolgen van de tsunami in Zuidoost-Azië van eind 2004 en andere rampen.