У лютому 2012 року підписав з мюнхенською «Баварією» чотирирічний контракт, термін дії якого починався з 1 липня 2012 року. У клубі Джердан грав під номером 11. Відразу після переходу Джердан виграв з командою перший трофей — Суперкубок Німеччини, вийшовши на заміну в кінцівці гри замість Ар'єна Роббена, а у наступних двох сезонах двічі поспіль виграв «золотий дубль». Крім цього 2013 року швейцарець з командою здобув усі три головних міжнародних трофеї — Лігу чемпіонів, Суперкубок УЄФА та Клубний чемпіонат світу.