Johann war ein Teilnehmer des vierten Kreuzzuges und kommandierte dabei 1202 eine Flotte seines Lehnsherrn, Graf Balduin IX. von Flandern, um die Iberische Halbinsel zum Hafen von Marseille, wo er den Winter 1202/03 verbrachte. Dort nahm er die Ehefrau seines Grafen, Marie von Champagne, und den Grafen Guigues III. von Forez auf. Statt sich der Hauptflotte des Kreuzzuges anzuschließen, steuerte Johann direkt nach Palästina, das er im Frühling 1203 in Akkon erreichte. Während Graf Balduin an der Eroberung Konstantinopels 1204 teilnahm und darauf zum Kaiser ernannt wurde, kämpfte Johann gegen die Sarazenen im Heiligen Land. Im Jahr 1206 kehrte er in die flämische Heimat zurück.