После окончания Второй мировой войны усилилось противостояние между националистами из Вьетминя и французскими колониальными силами, апогеем которого стала битва при Дьенбьенфу в 1954 году. Победа Вьетминя привела к расколу страны на Северный и Южный Вьетнам, а демилитаризованная зона между ними располагалась севернее Хойана. Во время Вьетнамской войны (1959—1975) недалеко от Хойана происходили крупные вооружённые столкновения (например, битва за Хюэ в январе — марте 1968 года и битва за Кхамдык в мае 1968 года), но сам город сильно не пострадал. Из-за этого сюда стекались многочисленные беженцы, спасавшиеся от репрессий и военных действий. В 1964 году в Хойане был восстановлен католический собор, изначально построенный в 1903 году французскими миссионерами (в город бежало много вьетнамских католиков, которых на севере преследовали коммунисты). В марте 1975 года в ходе Весеннего наступления северовьетнамские войска захватили Хюэ, Дананг и Хойан.