1942年（昭和17年）9月、軍令部出仕となり、以後、第八艦隊司令部付、第8建設部長、第2特別根拠地隊司令官などを歴任。インドネシアアイタペに着任中の1943年（昭和18年）10月24日、オーストラリア軍M特殊部隊のレナード・シフリート軍曹ら3人を斬首に処し、この時のシフリートの処刑を写した写真が日本軍の残虐性を示すものとして連合軍により広く宣伝されることとなった。1944年（昭和19年）1月、大竹海兵団長に就任し、第二南遣艦隊司令部付を経て、同年8月、第22特別根拠地隊司令官に転じ、インドネシアバリクパパンの防備を担った。1944年（昭和19年）5月、海軍中将に進んだ。ボルネオの戦いでは、陸軍部隊を含む在バリクパパンの日本軍部隊の指揮を執り、防戦に努めつつ終戦を迎えた。