Questo stato di cose ha subito un rallentamento nel corso del mandato di Recep Tayyip Erdoğan, sebbene questi avesse già compiuto una visita ufficiale nel 2005 nella sua qualità di Primo ministro della Turchia ed almeno inizialmente avesse mantenuto normali relazioni d'affari; la sua retorica - percepita come anti-israeliana - e gli sforzi compiuti per guidare un ruolo specifico nel conflitto israelo-palestinese hanno simboleggiato uno spostamento intenzionale degli interessi turchi nella regione contesa ed il riallineamento dalla posizione improntata al laicismo ad una più filo-islamismo. Il deterioramento si è verificato in particolare subito dopo l'Operazione Piombo fuso del 2008-09 e l'Incidente della Freedom Flotilla del 2010; nel marzo del 2013 Israele ha porto le proprie scuse, aprendo così la strada verso la ri-normalizzazione relazionale.