La Campionatul Mondial al Cluburilor FIFA 2010 din Abu Dhabi la jumătatea lunii decembrie, Stankovic a făcut o semifinală excelentă împotriva lui Seongnam, marcând primul gol al partidei. Cu toate acestea, Benítez a decis să-l țină pe bancă în finala cu TP Mazembe, intrând pe parcursul meciului în locul lui Christian Chivu în minutul 54. Benítez a fost demis imediat, în ciuda câștigării trofeului, iar câteva săptămâni mai târziu, Stankovic și-a exprimat nemulțumirea față de decizia spaniolului de a-l lăsa pe bancă pentru finală. Deși l-a susținut pe antrenor în trecut, Stanković a declarat că Benítez pur și simplu „nu se potrivea“ la Inter. El spune că două personalități puternice s-au bătut cap în cap (jucătorii lui Internazionale după ce au câștigat Liga Campionilor și personalitatea puternică a lui Rafael Benítez), astfel că, în cele din urmă, Benitez a plecat după șase luni pe bancă.