Sonraki yıl aşil tendonu sakatlığı 1500 metre yarı finalinde yarışı bırakmasına neden olduğu için Masterkova, Dünya Şampiyonası'nda bu başarıyı tekrarlayamadı. Ancak 1998 sezonu yine onun adına çok başarılı geçti ve 1500 metrede Avrupa şampiyonasını bir şampiyonlukla taçlandırdı. 1999 Dünya Atletizm Şampiyonası'nda, Masterkova yine her iki orta mesafe etkinliğine de katıldı. Ludmila Formanová tarafından kazanılan 800 metrede bronz madalya kazandı, 1500 metrede ise dünya şampiyonu oldu. Bunlar onun son büyük başarılarıydı. 2000 yılında Sidney'deki 2000 Yaz Olimpiyatları'na katıldı, ancak eleme serilerindeki sakatlığı nedeniyle yarışı bırakmak zorunda kaldı. 7 Ocak 2003 tarihinde emekli olduğunu açıkladı.