Su hijo, el teniente José Ignacio Fanjul Sedeño, fue asesinado apenas unos días después del ajusticiamiento de su padre durante los sucesos de la Cárcel Modelo. Caso distinto fue el de su hijo Juan Manuel, herido durante el asalto republicano al Cuartel de la Montaña, que lograría huir y refugiarse en la embajada de Chile.