در اوایل سال ۲۰۰۰، بیشتر فعالیت‌های تروریستی اسلامی به القاعده مرتبط بود و این توطئه‌ها شامل گروه‌هایی بود که بمب‌گذاری‌های هماهنگ انجام می‌دادند. مرگبارترین حملات این دوره بمب‌گذاری ۲۰۰۴ قطار مادرید که منجر به کشته شدن ۱۹۳ غیرنظامی (مرگبارترین حمله اسلامگرایان در اروپا) و بمب‌گذاری در ۷ ژوئیه ۲۰۰۵ لندن که ۵۲ کشته برجای گذاشت.