Bei der Oberhauswahl 2007 kandidierte Fujita im Wahlkreis der Präfektur Ibaraki (vier Mandate, zwei zur Wahl) und kehrte mit einem Stimmenanteil von 43,4 % ins Parlament zurück. Von 2007 bis 2009 war er Vorsitzender des Sangiin-Ausschusses für Außenpolitik und Verteidigung. In dieser Funktion hinterfragte er 2008 und 2009 wiederholt die offizielle Darstellung der Terroranschläge vom 11. September 2001 in Reden und Anhörungen im Parlament. 2009 war er Mitautor eines Buches zum 11. September (, "9.11 tero giwaku kokkai tsuikyū – Obama beikoku wa kawareruka"; ISBN 978-4906496433) und initiierte eine Petition, die vom US-Präsidenten eine neue unabhängige internationale Untersuchung des 11. September forderte.