Đội tuyển Đông Timor xuất hiện ở các giải đấu quốc tế lần đầu tiên vào tháng 3 năm 2003 ở vòng loại Cúp bóng đá châu Á 2004, thua Sri Lanka 2–3 và Trung Hoa Đài Bắc 0–3.