Множеството защитени територии и природно уязвими зони, разположени в околностите на града, като защитената местност Пода, Мандренското, Бургаското и Атанасовското езеро, са обособени в така наречения проект Бургаски влажни зони. Бургаското и Атанасовското езеро и местността Пода са включени в Рамсарския списък за защита на влажни зони с международно значение и по-специално като местообитание на водолюбиви птици. В езерата край Бургас зимуват защитени видове птици като къдроглав пеликан, чапли (нощна, гривеста, малка бяла, голяма бяла и червена чапла) и корморани, голяма белочела гъска, червеногуша гъска, бял ангъч, саблеклюн и др.