Din 1880 fiind căpitan la Sarajevo, în 1882, la puțină vreme după ocuparea Bosniei și Herțegovinei, a comandat prima sa operație militară în reprimarea unei răscoale a locuitorilor musulmani și a unor pravoslavnici din Herțegovina, care, pe baza unor zvonuri, refuzaseră să fie înrolați potrivit noilor legi în Armata Comună austro-ungară. Hermann Kövess a fost decorat în 1890 de împăratul Franz Josef I cu Medalia de Merit Militar (Signum laudis) (de bronz) "cu panglică de război". În 1882 a obținut și Crucea Cavalerilor a Ordinului Coroanei italiene, (ulterior va fi decorat și de Marele Ducat de Baden, iar în anul 1900 chiar și cu Ordinul Crucii Takovo clasa a doua din partea Serbiei, care era condusă pe atunci de dinastia Obrenović).