Nach der Kubanischen Revolution wurde die Fluglinie verstaatlicht und der Name in "Empresa Consolidada Cubana de Aviación" geändert. Allgemein wurde sie jedoch von nun an einfach als "Cubana" bezeichnet. Durch das von den USA gegen Kuba verhängte Handelsembargo wurden alle Routen in die Vereinigten Staaten einschließlich der nach Miami eingestellt. Das Hauptpassagieraufkommen durch US-Touristen brach ersatzlos weg. Cubana verzeichnete empfindliche Einbußen im Passagieraufkommen auf den internationalen Strecken. Während im Jahr 1959 noch 155.802 Passagiere auf Flügen außerhalb Kubas gezählt werden konnten, sank die Zahl im Jahr 1962 auf den Tiefststand von 13.555 beförderten Fluggästen. Gleichzeitig stieg aber ab 1960 das Passagieraufkommen auf den inländischen Strecken stetig an und vervierfachte sich auf 405.762 Fluggäste bis zum Jahr 1965. Insgesamt konnte die Auslastung der Flüge von 50,9 Prozent vor der Revolution auf über 73 Prozent im Jahr 1964 gesteigert werden, nachdem sie vier Jahre zuvor auf einen Tiefststand von nur 46,2 Prozent gesunken war.