En agosto de 1938 la brigada marchó otra vez al frente de Extremadura, interviniendo en varios contraataques contra las fuerzas franquistas en Castuera, donde perdió muchos efectivos debido a la crudeza de los combates. Debido a las fuertes bajas la brigada hubo de retirarse hacia la retaguardia. Después de permanecer por una temporada en Madrid para acometer una reorganización completa, se trasladó a Requena, y en septiembre regresó otra vez al frente extremeño. En enero de 1939 participó en la ofensiva de Valsequillo, interviniendo en varios ataques en el Vértice Morito. Cuando la contienda acabó la 6.ª BM seguía presente en Extremadura.