W XVIII w. kościół, pełniąc nadal dotychczasowe funkcje świątyni cmentarnej, stał się również ośrodkiem duszpasterstwa wojskowego. Podczas wojny francusko-rosyjskiej w 1812 został zaadaptowany na spichlerz, w rezultacie został poważnie zniszczony. W związku z tym rozważano jego rozbiórkę, ostatecznie jednak w 1822 zebrano fundusze na remont i dokonano renowacji obiektu, wtedy też wzniesiono ścianę zachodnią.