Tornou-se chefe de gabinete dos generais Berthier e Brune e serviu na segunda campanha militar mal sucedida do exército francês à Irlanda, liderada por Jean Joseph Amable Humbert em 1798. No retorno de Bonaparte da campanha egípcia em 1798, ele fez de Leclerc um general de divisão e enviou-o para o exército do Reno sob o comando de Moreau. Nesse posto, Leclerc pôde participar do golpe de estado de 18 de brumário (em novembro de 1799) que fez seu cunhado Napoleão primeiro cônsul da França - apoiado por Murat, ordenou que os granadeiros marchassem para a sala do Conselho dos Quinhentos. Em seguida, ele foi destacado por sua participação na campanha do Reno e na batalha de Hohenlinden, recebendo o comando supremo das 17ª, 18ª e 19ª divisões militares. Ele então passou desse cargo para comandante-chefe de um corpo de exército que Napoleão pretendia enviar a Portugal para forçar o rei Dom João VI a renunciar sua aliança com a Inglaterra, embora essa campanha nunca tenha ocorrido.