Vlaanderen bleef onder de heerschappij van de koning van Spanje. Landvoogden bestuurden de Spaanse Nederlanden onder andere Albrecht van Oostenrijk (1598-1621) en Isabella van Spanje (1621-1631). Lodewijk XIV van Frankrijk veroverde tijdens openvolgende oorlogen grote delen van de Zuidelijke Nederlanden en Vlaanderen tijdens de Frans-Spaanse Oorlog (1635-1659) en Vrede van de Pyreneeën (graafschap Artesië, gebieden in Picardië en graafschap Henegouwen), en na de dood van Filips IV van Spanje, de Devolutieoorlog en de Vrede van Aken (1668) en de Hollandse Oorlog en annexeerde het hele zuiden van Vlaanderen, dat zo bekend werd als Zuid-Vlaanderen of Frans-Vlaanderen. Deze situatie werd in 1678 geformaliseerd (Vrede van Nijmegen). Een deel werd terugveroverd tijdens de Negenjarige Oorlog (1688-1697) en Vrede van Rijswijk en na de kinderloze dood van Karel II van Spanje en de Spaanse Successieoorlog en Vrede van Utrecht (1713) (de 18e-eeuwse provincie West-Vlaanderen).