Secretário debuteerde op 18 december 1994 voor Portugal in een EK-kwalificatiewedstrijd tegen Liechtenstein (8-0). Hij nam met zijn land deel aan het EK 1996 en EK 2000. Op het EK 1996 kwam hij in actie in de laatste groepswedstrijd tegen Kroatië en in de verloren kwartfinale tegen Tsjechië, in 2000 speelde hij enkel mee in de tweede groepswedstrijd tegen Roemenië. Zijn enige interlanddoelpunt scoorde hij op 3 juni 1995 in een EK-kwalificatiewedstrijd tegen Letland.