La jeunesse de Kerr a été passée au Liban, sur et près du campus de l'Université américaine de Beyrouth, où ses parents ont enseigné pendant quarante ans. Ses parents, Elsa Reckman et Stanley Kerr, se sont mariés à Marash, où ils se sont rencontrés pendant qu'ils sauvaient des femmes et des orphelins arméniens après le génocide arménien. Après l'affaire Marash, ils ont déménagé à Beyrouth. Là, son père est devenu le président du département de biochimie de l'AUB et sa mère était doyenne des femmes. Pendant la Seconde Guerre mondiale, la famille déménage près de l'Université de Princeton dans le New Jersey. Après la guerre, ils retournent à Beyrouth où Malcolm a fréquenté l'American Community School de Beyrouth. Peu de temps après, Malcolm retourne seul aux États-Unis, où il a obtenu son diplôme d'études secondaires à la Deerfield Academy dans le Massachusetts.