Auch in Eger und Prag war er äußerst aktiv beim Ausbau der Verteidigungsanlagen der Städte, zusätzlich beaufsichtigte er als stellvertretender Militärkommandant die Instandhaltung und den Ausbau von Befestigungen in ganz Böhmen. Für Piccolominis Schloss Náchod erstellte er zusammen mit dem Baumeister Giovanni Pieroni das Befestigungskonzept. Nach dem Eintritt der Kaiserlichen in den Nordischen Krieg auf Seiten Polens im Jahr 1657 gegen die Schweden war Croon für die Truppenwerbungen in Böhmen verantwortlich. Melchior von Hatzfeldt verlangte im gleichen Jahr nach der Einnahme Krakaus durch seine Truppen, ihm Croon zu unterstellen, der das Kommando über die Stadt übernehmen sollte. Der Wiener Hof lehnte aber ab, weil er Croon in Böhmen für unabkömmlich hielt. Im Krieg gegen die Türken 1663/64 war er verantwortlich für den Durchzug deutscher Hilfstruppen nach Ungarn. Noch in seinem letzten Lebensjahr wurde er zum Feldmarschallleutnant befördert. Am 6. November 1665 starb Jan van der Croon in Prag und wurde dort in der St. Thomaskirche beerdigt.