Ένα νέο βασιλικό διάταγμα της 23ης Δεκεμβρίου του 1913, ολοκλήρωσε την εν καιρώ ειρήνης δομή του Ελληνικού Στρατού και το Γ΄ Σώμα Στρατού μεταφέρθηκε στη Θεσσαλονίκη, περιλαμβάνοντας τη 10η Μεραρχία Πεζικού στη Βέροια, 11η Μεραρχία Πεζικού στη Θεσσαλονίκη και τη 12η Μεραρχία Πεζικού στην Κοζάνη, καθώς και τις απαραίτητες για το Σώμα μονάδες (5ο Σύνταγμα Πυροβολικού, 3ο Σύνταγμα Σκαπανέων, 3ο Σύνταγμα Υγειονομικού και 3ο Τάγμα Μεταφορών). Το Γ΄ Σώμα Στρατού παρέμεινε στη Θεσσαλονίκη μέχρι τον Οκτώβριο του 1916, όταν η σύσταση του Κινήματος Εθνικής Αμύνης στην πόλη ολοκλήρωσε τον Εθνικό Διχασμό. Οι δυνάμεις της Αντάντ απαίτησαν και εξασφάλισαν την απόσυρση των βασιλόφρονων σχηματισμών στη Θεσσαλία, ενώ το Γ΄ Σώμα Στρατού έδρευε στην Τσαρίτσαινα και μετά τα Νοεμβριανά ακόμα νοτιότερα προς την Πελοπόννησο. Το σώμα παρέμεινε εκεί μέχρι τον Ιούνιο του 1917 όταν η Ελλάδα, επανενωμένη υπό τον Ελευθέριο Βενιζέλο, εισήλθε επισήμως Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο στο πλευρό της Αντάντ. Με την αναδιοργάνωση του στρατού για επιχειρήσεις στο Μακεδονικό Μέτωπο, το Γ΄ Σώμα Στρατού διαλύθηκε.