El 1937 Heinz Neumann va ser arrestat a Moscou com a part de la Gran Purga de Ióssif Stalin i més tard executat. Margarete mai no es va assabentar de la seva destinació exacta. Va ser arrestada i enviada a un camp de treball a Sibèria com a "esposa d'un enemic del poble". Després del pacte nazi-soviètic d'agost de 1939, els soviètics la van lliurar a la Gestapo el 1940.