Neuvostokaudella Samegrelo tuli tunnetuksi Mingrelian tapauksen myötä vuosina 1951–1953, kun Josif Stalin, itsekin alun perin georgialainen, hyökkäsi mingrelitaustaista kilpailijaansa Lavrenti Berijaa vastaan. Puhdistus päättyi ilman tärkeimpien tavoitteiden saavuttamista Stalinin kuollessa. Neuvostoaikana monet Mustanmeren rannikon kaupungit olivat suosittuja lomakohteita, mutta Neuvostoliiton hajottua alue joutui Georgian sisällissodan kouriin. Georgian ensimmäinen presidentti, Samegrelosta kotoisin ollut Zviad Gamsakhurdia, osoittautui autoritaariseksi hallitsijaksi, sai vastaansa aseellisen kapinan ja joutui lopulta pakenemaan Tšetšeniaan. Samalla Abhasian sodan vuoksi Abhasiasta pakeni satoja tuhansia georgialaisia, joista monet olivat etnisiä mingreleitä. Alueelle oli muuttanut paljon mingreleitä neuvostokaudella.