Atualmente a sede principal em Atenas abriga somente peças da cultura grega, sendo o único museu da Grécia cujo acervo cobre todos os períodos de sua história. Entretanto, não é um museu estritamente nacionalista, dedicando-se a incorporar peças de outras culturas que influenciaram a história grega. O museu já organizou diversas exposições itinerantes em vários países e em 2000 reabriu após reparar os danos causados pelo Sismo de Atenas de 1999.