В марте 1918 года Гудков поступил на 1-е Петроградские советские командные артиллерийские курсы, после которых в декабре оставлен на них командиром взвода. В марте 1919 года направлен в морскую крепость Кронштадт на должность командира плутонга тяжелой 11-дюймовой батареи 2-го дивизиона (форт Обручев). Позже был переведен в 18-ю стрелковую дивизию на должность командира взвода 3-й противосамолетной батареи. В ее составе принимал участие в боях против английских интервентов и белогвардейских войск Временного правительства Северной области генерала Е. К. Миллера. С февраля по сентябрь 1920 года находился на учебе в Высшей артиллерийской школе комсостава, по ее окончании назначен командиром конногорной батареи 57-й стрелковой дивизии. Воевал с ней против белополяков на Западном фронте. С мая по сентябрь 1921 года служил топографом в штабе 16-й армии Западного фронта, затем командовал батареей 3-го легкого артиллерийского дивизиона 8-й стрелковой дивизии в городе Бобруйск.