Ved admiral Ulrich Anton Schønheyders afgang 1846 fra Admiralitetskollegiet overtog Schifter stillingen som 2. militærdeputeret, 2 år senere avancerede han til 1. deputeret, men afgik kort tid efter fra Kollegiet for at blive Holmens overekvipagemester (chef for Orlogsværftet). Det faldt derved i hans lod 1848-50 at lede den store krigsudrustning, der væsentligst bestod af den flåde, han selv havde skabt. Efter krigen overgik Schifter 1851 til aktiv tjeneste ved flåden; her kom han dog ikke til at spille nogen rolle, thi allerede det påfølgende år, 31. oktober 1852, afgik han ved døden.