Au cours de la période portugaise de l'Estado Novo, entre 1926 et 1974, le catholicisme devint la religion dominante par un concordat entre le gouvernement mozambicain et le Vatican. Cela aboutit à une « politique de tracasseries » envers les musulmans. L'État colonial, sentant les risques de révoltes, finança des dizaines de hadj, coopta des chefs musulmans et réhabilita des mosquées. Ce n'est qu'avec la guerre d'indépendance que l'état minora son opposition à l'islam et chercha à coopérer avec lui pour éviter des alliances entre musulmans et mouvements politiques dissidents.