Paneri blev sandsynligvis anlagt som landsby engang i det 14. århundrede. I 1390 blev landsbyen erhvervet af Vilnius' bispedømme og blev hurtigt den største leverandør af mursten til byen. Paneriai deler historie med Vilnius. Efter den tredje deling af Polen blev Vilnius guvernementshovedstad i Russiske Kejserrige og Paneriai blev en del af Vilnius-guvernementet. Under Novemberopstanden stod slaget ved Ponary tæt ved landsbyen den 19. juni 1831, hvor Dezydery Chłapowskis og Antoni Giełguds styrker blev slået af det russiske infanteri.