Em 1894, acontece a emancipação da Palhoça, a primeira grande perda de território de São José. Essa emancipação foi também uma represália do governador de Santa Catarina devido ao apoio de lideranças josefenses aos revoltosos na Revolta da Armada de 1893, que pretendia restaurar a monarquia, derrubada em 1889. A nova cidade ficou com mais da metade do território josefense na época. Nesse mesmo ano, surge a freguesia de Angelina após a divisão da freguesia de São Pedro de Alcântara.