De nombreux massacres inspirés par l'Allemagne ont été commis dans l'est de la Pologne occupée avec la participation active des peuples autochtones. Les directives pour de tels massacres ont été formulées par Reinhard Heydrich qui a ordonné à ses officiers de provoquer des pogroms anti-juifs sur les territoires récemment occupés par les forces allemandes. Dans la période qui a précédé la création du ghetto de Wilno, dans la cinquième plus grande ville d'avant-guerre en Pologne et dans la capitale de la province de Wilno (aujourd'hui Vilnius, en Lituanie), un "Einsatzkommando" germanique et des bataillions de la police auxiliaire lituanienne ("Ypatingasis būrys") massacrent plus de 21 000 Juifs à Poneriai fin 1941. À cette époque, Wilno ne comptait qu'une minorité d'environ 6% de la population lituanienne. Dans la tristement célèbre série de pogroms de Lviv commis par les militants ukrainiens dans la ville orientale Lwów (aujourd'hui Lviv, en Ukraine), quelque polonais ont été assassinés dans les rues entre le 30 juin et le , en plus des et fusillades de masse commises par l"Einsatzgruppe C". Les milices ukrainiennes formées par l'OUN avec les bénédictions de la SS ont semé la terreur dans des dizaines de localités du sud-est de la Pologne .