En 2000, les dirigeants de la fédération bolivienne font appel à lui pour diriger l'équipe de Bolivie qui doit disputer les éliminatoires pour la coupe du monde 2002 mais aussi la Copa América en Colombie. Il fait ses débuts de sélectionneur national le lors d'un match amical face à Haïti, remporté sur le score-fleuve de neuf à deux. Jusqu'à son départ pour la Colombie et la Copa América, la "Verde" ne gagne que 3 des 18 rencontres qu'elle dispute. À Medellín, les Boliviens retrouvent dans le groupe C l'Uruguay et deux sélections d'Amérique centrale, le Costa Rica et le Honduras. La compétition continentale est un calvaire pour les hommes d'Aragonés qui quittent la compétition à la fin du premier tour, après avoir perdu ses trois matchs et sans avoir marqué de but. Lors de la reprise des éliminatoires pour la Coupe du monde, la défaite cinglante 1-5 à domicile contre l'Équateur le met un terme à son mandat de sélectionneur.