Birindelli még két másik bajnoki címet nyert a Juventussal (2002, 2003), emellett kétszer nyerték meg a Szuperkupát. Ismét elvesztettek egy Bajnokok Ligája-döntőt, ezúttal a sorozat első „színolasz” döntőjét, a 2002–03-as kiírás végén rendezett AC Milan elleni döntőt. Ő volt az egyike azon kevés Juventus-játékosoknak, aki a büntetőpárbajban belőtte tizenegyesét, Del Piero volt a másik. 2005 nyarán az SL Benfica ellen bokasérülést szenvedett, és kihagyta a teljes 2005–06-os szezont.