En décembre 1793, la ville de Nantes, dirigée par le représentant Jean-Baptiste Carrier, voit arriver dans ses murs un afflux de prisonniers vendéens, capturés lors de la Virée de Galerne. Ces derniers, au nombre de à , hommes, femmes et enfants, sont entassés dans la prison de l'Entrepôt des cafés. Les conditions sanitaires sont épouvantables, le médecin Pariset décrit les détenus comme des « spectres pâles, décharnés, couchés, abattus sur les planchers, ou s'y traînant en chancelant comme dans l'ivresse ou la peste. » Rapidement, une épidémie de typhus éclate dans les prisons de Nantes, elle tue détenus, dont dans l'entrepôt, ainsi que des gardiens et des médecins et menace de s'étendre à la ville. Le représentant Carrier et les Sans-culottes nantais, recourent alors massivement aux fusillades et aux noyades pour vider l'entrepôt et les pontons. Après avoir jugé et fait fusiller les prisonniers vendéens pris lors des batailles du Mans et de Savenay, la commission Bignon est appelée à Nantes. Elle y tient ses séances presque chaque jour à la prison de l'Entrepôt des cafés du 29 décembre 1793 au 25 janvier 1794. Lors de cette période, elle condamne à mort détenus et ne prononce que trois acquittements. Les condamnés sont fusillés dans les carrières de Gigant. La commission quitte ensuite l'entrepôt à cause du typhus. Les 2 et 3 avril, elle fait une expédition à La Montagne au cours de laquelle elle condamne à mort de Bouguenais, ces derniers sont fusillés lors du massacre du château d'Aux. À Nantes, du 27 janvier au 8 mai 1794, la commission prononce encore 53 condamnations à mort, 3 à la déportation et 27 acquittements. Au total, les fusillades de Nantes font à au total.