Die Quotenplätze für die Mountainbike-Wettbewerbe wurden ebenfalls über eine Nationenwertung vergeben. Diese sollte am 28. Mai 2020 veröffentlicht werden. Jedoch wurde durch die COVID-19-Pandemie der Qualifikationszeitraum geändert. Als neuer Termin wurde der 16. Mai 2021 festgelegt. Zudem wurden noch wenige Plätze über die Afrika-, Amerika- sowie Asienmeisterschaften 2019 und die UCI-Mountainbike-Weltmeisterschaften 2019 vergeben. Wie bei den Straßenrennen steht Japan auch hier jeweils ein Startplatz zu.