El claustro, de planta cuadrada y del que sólo se conservan las galerías occidental y septentrional, está fechado en torno al año 1170. Fue parcialmente demolido, de forma accidental, en 1572 por la demolición del castillo de Zaratambor, que estaba a un lado de la iglesia, por parte de las tropas castellanas en la Conquista de Navarra. Sus capiteles, de primer orden en cuanto a calidad escultórica, acogen manos de distintos artistas que nos muestran la importancia del Camino de Santiago en la difusión de nuevas formas estéticas. Se alternan elementos historiados de la vida de Santos (entre ellos, la historia de San Andrés) y de Cristo (Anunciación, Encarnación, Pasión y Resurrección), junto a formas simbólicas de animales (arpías, sirenas aladas, esfinges) y vegetales.