Llegado a Madrid en 1808, ingresó en la Guardia valona, participando en el levantamiento del 2 de Mayo. Huyó de la capital y se reunió con los militares que se habían refugiado en Badajoz, donde comenzaban a formar el ejército que había de enfrentarse al de los invasores franceses. Fue nombrado teniente coronel, recibiendo el mando del primer batallón de voluntarios de Plasencia y poco después del cuarto batallón de guardias valones. El Ejército de Extremadura pasó a combatir a Castilla la Vieja, cayendo Quesada preso durante de la batalla de Gamonal del 10 de noviembre de 1808, tras sufrir once heridas, siendo conducido al depósito de prisioneros de Dijon en Francia. Tras dos intentos de fuga fallidos, consiguió escapar a Cataluña desde donde se dirigió por mar a Cádiz. Se incorporó al ejército pero no obtuvo el nombramiento de brigadier que creía que le correspondía ni participó en acción importante alguna, siendo finalmente nombrado gobernador militar y político de Santander.