Au moins le second fils de Robert de Mortimer et de son épouse Joyce la Zouche, fille d'un même William la Zouche, William la Zouche porte par conséquent à sa naissance le nom de William de Mortimer. La famille Mortimer, dont il est issu du côté paternel, descend d'un des compagnons normands de Guillaume le Conquérant lors de sa conquête de l'Angleterre en 1066 et possède à la fin du d'importantes terres dans les Marches galloises. De ce fait et même si la branche dont provient son lignage est plus modeste, William la Zouche est un parent de Roger Mortimer, baron Mortimer de Chirk, et de son neveu Roger Mortimer, baron Mortimer de Wigmore et comte de March. La date de naissance de William demeure inconnue, mais étant donné que son père meurt en 1287, sa mère en 1289 et qu'il entame sa carrière militaire à la fin des années 1290, on suppose qu'il voit le jour au cours des années 1270.