Anselmo venne invitato da papa Pasquale II, successore di Urbano II, a guidare il contingente milanese della prima crociata. A Milano, l'entusiasmo per la crociata era alto soprattutto per l'influsso dell'arcivescovo e per la sua politica filo-papale: il 15 luglio 1100 Anselmo celebrò a Milano l'anniversario dell'assedio di Gerusalemme del 1099 cambiando il titolo della chiesa della Santissima Trinità in chiesa del Santo Sepolcro.