У 17. веку Хиландар су помагали пећки патријарси (Антоније, Јован, Максим), херцеговачки митрополит Симеон и београдски митрополит Симеон. За време управе игумана Виктора (1652—1678) обновљено је више грађевина манастирског комплекса, а ту је значајну улогу имао и богати српски трговац из Венеције који је као монах Никанор дошао 1662. године. У ово време српски манастир је имао највећи број монаха од свих светогорских манастира. Након Великог рата настаје тежак период за српско становништво и велика сеоба у Хабзбуршку монархију почетком 1690. године. Након тога, грчко свештенство у српским земљама ( "Фанариоти") постаје све бројније. Из овог разлога је и у Хиландару током 18. века константно опадао број српских а растао број грчких и бугарских монаха. Већ крајем XVIII и почетком 19. века, манастир се још само формално називао српским, иако је већина монаха била грчка и бугарска. Када је 1890. године посетио Хиландар, српски конзул у Солуну Коста Христић видео је у вековној српској Великој лаври међу толиким калуђерима Бугарима, "само једног јединцатог Србина, запуштеног и забринутог монаха Висариона".