Sull'erba del Queen's supera i primi due turni e al terzo si difende con onore nel suo primo incontro con l'allora nº 2 mondiale Rafael Nadal, che vince 6-4, 3-6, 6-3. Al suo esordio nel singolare a Wimbledon, si ritira durante l'incontro di primo turno per dolori addominali. Subito dopo partecipa al singolare delle Olimpiadi di Pechino e viene eliminato al primo turno in tre set da Rainer Schuettler. Alla sua prima apparizione nel tabellone principale degli US Open, Nishikori supera per la prima volta il terzo turno in una prova dello Slam battendo in cinque set il nº 4 ATP David Ferrer; al quarto turno viene eliminato in tre set da Juan Martín del Potro. Il risultato gli vale il nuovo best ranking all'81º posto della classifica mondiale.