Pratapgarh geht auf eine Festung zurück, die der Rajputen-Fürst Pratap Singh 1617 gründete. Nach ihm erhielt die Stadt auch ihren Namen ("garh" bedeutet „Festung“). Im 18. Jahrhundert war die Festung als lokales Machtzentrum umkämpft, ehe sie im 19. Jahrhundert unter die Herrschaft der Nawabs von Oudh kam. 1802 gründeten die Briten das nahegelegene Bela als Quartier für die in Oudh stationierten Hilfstruppen. Nach dem Indischen Aufstand von 1857 wurde Oudh annektiert und in Britisch-Indien eingegliedert. Nach der Annexion gründeten die Briten den Distrikt Pratapgarh, zu dessen Hauptstadt Bela wurde.