Während der Völkerschlacht soll Napoléon Bonaparte, von seinem Reudnitzer Quartier kommend, am 17. Oktober 1813 im Herrenhaus unteren Teils eingetroffen und von da aus zur Quandtschen Tabaksmühle geritten sein. Am Abend wurde das Hauptquartier Napoleons nach Stötteritz verlegt. Am nächsten Tag lag die Stötteritzer Flur im unmittelbaren Kampfgebiet. An der ältesten der fünf Stötteritzer Windmühlen (bei der heutigen Gärtnerei am Kärrnerweg) hatte Marschall MacDonald seinen Befehlsstand. Er wurde mit seinen Truppen von der russischen Kavallerie ins Dorf zurückgedrängt. Die napoleonischen Truppen plünderten den Gutshof. Bei Einbruch der Dunkelheit wurden die Kämpfe abgebrochen, nachts zogen sich die erschöpften napoleonischen Soldaten nach Leipzig zurück. Am 19. Oktober 1813 ritten Husarenpatrouillen der Hauptarmee der Verbündeten nach Stötteritz und Probstheida, um die napoleonischen Stellungen zu erkunden. Sie kehrten bald mit der Meldung zurück, dass beide Dörfer vom Feind verlassen seien. Nach anderen Angaben wurden die französischen Truppen aus dem Dorf vertrieben. Alle Futtervorräte und Lebensmittel waren geplündert, die Bevölkerung größtenteils vertrieben. Von 145 Häusern wurden 15 sowie die Quandtsche Tabaksmühle abgebrannt, 40 beschädigt. Die Marienkirche war als Lazarett eingerichtet, die Orgelpfeifen wurden gestohlen. An die tausend Gefallene lagen im Ort. Sie wurden in der Folge von den zurückkehrenden Dörflern seitlich am Ostausgang des Dorfes am Eichenwäldchen längs der heutigen Pommernstraße bestattet.