1968年3月に再び党幹部会員に選出されたが、ソビエト連邦の指導者レオニード・ブレジネフはスムルコフスキーの辞任を要求した。ワルシャワ条約機構軍が武力介入した同年8月21日、アレクサンデル・ドゥプチェク第一書記、オルドジフ・チェルニーク首相らと共に逮捕され、モスクワに連行された。「プラハの春」が鎮圧されたのちも職に留まっていたが、1970年に全ての公職を追われ、共産党から除名された。