Kamerunin maajoukkueessa Njanka pelasi 37 ottelua ja teki kaksi maalia vuosina 1998–2003. Hän oli mukana kuudessa arvoturnauksessa: MM-kilpailuissa 1998, jossa hän teki maalin Itävaltaa vastaan, ja 2002, jossa hän pääsi kentälle vain vaihtopelaajana yhden ottelun lopussa, Afrikan-mestaruuskilpailuissa 2000 ja 2004 sekä Maanosaliittojen cupissa 2001 ja 2003. Näissä Njanka saavutti Afrikan-mestaruuden 2000 ja Maanosaliittojen cupin hopeaa 2003.