Janine Garrisson étudie dans sa thèse d'État, publiée en 1980, l'implantation du protestantisme dans le midi de la France. Ses autres recherches portent sur la Saint-Barthélémy, l'affaire Calas ou encore la révocation de l'édit de Nantes. Elle a consacré des monographies à plusieurs femmes, Marguerite de Valois et Catherine de Médicis et hommes, notamment à Henri IV et à Ravaillac. Elle est également l'auteure d'études plus générales sur les protestants français, "L'Homme protestant", en 1980 et "Les Protestants au ", en 1988.