ב-31 בינואר 1865 מונה לי לתפקיד זה, אך היה זה כבר מאוחר מדי. דייוויס התעקש על אסטרטגיה שתנסה להגן על כל הטריטוריות של הדרום במאמץ שווה לכאורה. גישה זו גרמה לדלדול המשאבים המוגבלים של הדרום והפכה אותו פגיע למתקפות אסטרטגיות משולבות של הצפון בזירה המערבית הרגישה, הווה אומר, כיבושה של ניו אורלינס בראשית 1862. דייוויס קיבל החלטות אסטרטגיות נוספות שהיו שנויות במחלוקת, כמו האישורים שנתן ללי לפלוש לצפון ב-1862 וב-1863 בשעה שהארמיות המערביות היו תחת לחץ עצום. כאשר נחל לי תבוסה בגטיסברג, נפלה גם ויקסבורג בו-זמנית והאיחוד השיג את השליטה על נהר המיסיסיפי ופיצל את שטחה של הקונפדרציה. בוויקסבורג, הכישלון לתאם את פעולתם של כוחות רבים משני עברי הנהר נגרם בעיקר בשל חוסר יכולתו של דייוויס לגרום למחלקות הממשל שלו לעבוד בשיתוף פעולה או לאלץ גנרלים כמו אדמונד קירבי סמית', ארל ואן דורן ותאופיליוס ה. הולמס, לשלב ידיים לטובת המאמץ המלחמתי. למעשה, במהלך השלבים המאוחרים של מערכת פרנקלין-נאשוויל, הזהיר דייוויס את בורגארד שקירבי סמית' לא ישתף פעולה עם שום הצעה שתועלה על ידו.