Avec l'équipe de Suisse des moins de 17 ans, il participe au championnat d'Europe des moins de 17 ans en 2008. Lors de cette compétition, il joue trois matchs, avec pour résultats une victoire et deux défaites. Après avoir évolué avec toutes les sélections suisses jusqu'aux moins de 21 ans, Taulant Xhaka annonce en 2013 qu'il souhaite jouer pour l'équipe d'Albanie.