Важливою обставиною, що надавала особливої актуальності процесу налагодження співробітництва між Альянсом і державами — не членами НАТО, стала війна в Югославії. Ця війна створювала помітну загрозу для європейської безпеки і стала серйозним випробуванням для НАТО як організації, що набувала характеру сили, покликаної не лише забезпечувати оборону її членів, а й сприяти збереженню миру та стабільності на всьому євроатлантичному просторі. Вже з 1992 року Альянс почав надавати допомогу в здійсненні операцій з підтримки миру на Балканах, що проводилися під егідою Ради Безпеки ООН: спочатку це було морське та повітряне патрулювання з метою контролю за дотриманням запровадженого ООН ембарго на постачання зброї до республік колишньої Югославської федерації й торговельного ембарго проти Сербії та Чорногорії (операції «Скай монітор», «Маритайм монітор», «Маритайм ґард»). Після прийняття Радбезом ООН у березні 1993 року резолюції, що дозволяла державам-членам НАТО вживати примусових заходів для забезпечення режиму забороненої для польотів зони у повітряному просторі над Боснією і Герцеговиною, літаки НАТО розпочали операція «Денай флайт». В лютому 1994 року вони збили чотири військові літаки, які порушили заборонену для польотів зону. Це були перші за всю історію альянсу бойові дії його збройних сил. У 1994—1995 роках на прохання Сил захисту ООН у Боснії і Герцеговині літаки НАТО провели низку операцій, що зумовили зняття облоги Сараєва та інших міст, здійснювали повітряні удари по цілях у межах визначених ООН заборонених зон. Ці та інші дії сприяли зупиненню конфлікту в Боснії і Герцеговині. Після підписання у грудні 1995 року загальної Рамкової угоди про мир у цьому регіоні, з грудня 1996 року підрозділи НАТО в Боснії і Герцеговині стали ядром стабілізаційних сил SFOR, яким РБ ООН надала повноваження підтримувати мир і стабільність у регіоні. До складу цих сил увійшли також військові підрозділи країн-учасниць програми ПЗМ, в тому числі й України.