১৯৯৫ সালের মার্চে যুদ্ধ বিধ্বস্ত বসনিয়ার তৎকালীন রাষ্ট্রপতি আলিয়া ইজেতবেগভিচের আমন্ত্রণে ইন্দোনেশিয়ার তৎকালীন রাষ্ট্রপতি সুহার্তো ভ্রমণে আসলে তিনি ইন্দোনেশিয়ার পক্ষ থেকে বসনিয়া ও হার্জেগোভিনার জনগণের জন্য উপহারস্বরূপ এই মসজিদ নির্মাণের ইচ্ছা প্রকাশ করেন। সুহার্তো তার প্রশাসনের মাধ্যমে এই মসজিদ নির্মাণের জন্য যাবতীয় কার্যক্রম পরিচালনা করেন। মসজিদের স্থাপত্য নকশা প্রণয়ন ও নির্মাণকাজ তত্ত্বাবধনের জন্য তিনি ইন্দোনেশিয়ার প্রখ্যাত স্থাপত্যবিদ ফৌজান নু'মানকে নিয়োগ করেছিলেন। ফৌজান ইতোপূর্বে ইন্দোনেশিয়ায় বাটাম গ্র্যান্ড মসজিদ, রাষ্ট্রপতির কার্যালয় মারদেকা প্রাসাদের বাইতুর-রহিম মসজিদ এবং পূর্ব জাকার্তার আত-তীন মসজিদ নির্মাণে ভূমিকা রাখেন।