Apolloni speelde 15 maal voor het Italiaans voetbalelftal en maakte deel uit van de "Squadra Azzurra" op het WK 1994 in de Verenigde Staten. Tijdens de finale tegen Brazilië verving Apolloni de geblesseerde Roberto Mussi iets voorbij het half uur. Italië verloor de finale pas na strafschoppen. Twee jaar later was Apolloni ook aanwezig op het EK 1996 in Engeland. Het werd zijn laatste optreden op een groot toernooi.