Hermann Wentker studierte Geschichte und Germanistik in Erlangen und Bonn und promovierte anschließend mit einer Arbeit zu den britischen Kriegszielen im Krimkrieg bei Klaus Hildebrand zum Dr. phil. Anschließend arbeitete er für einige Jahre als wissenschaftlicher Assistent bei Adolf Birke an der Universität Bayreuth. 1994 wechselte er an die neu gegründete Außenstelle des Instituts für Zeitgeschichte in Potsdam (jetzt Berlin-Lichterfelde). Seit 1998 leitet er die Abteilung Berlin-Lichterfelde. Im Jahr 2001 wurde Wentker mit einer Arbeit über die Justizpolitik in der SBZ und der frühen DDR an der Universität Leipzig habilitiert. Inzwischen wurde er zum außerplanmäßigen Professor ernannt.