Magnin gab sein Debüt im Kader der Schweizer Fussballnationalmannschaft im August 2000. Im Sommer 2004 durfte Magnin trotz mangelnder Fitness mit der Schweizer Nationalmannschaft zur Europameisterschaft 2004 nach Portugal fahren, kam jedoch nur zu einem kurzen Teileinsatz. Bei der Weltmeisterschaft 2006 in Deutschland war er als Stammspieler ebenso im Kader der Schweiz wie auch bei der Heim-EM 2008, obwohl er sich gut elf Wochen vor Turnierbeginn einen Bänder- und Kapselriss im linken Sprunggelenk zugezogen hatte.