Tras la liberación de Checoslovaquia y su restauración como Estado independiente, Beneš regresó a su patria y formó un gobierno de concentración nacional, incluyendo a varios ministros comunistas. Stalin encontró en Checoslovaquia un buen aliado. Tras la experiencia del Pacto de Múnich, Beneš y el resto de fuerzas democráticas checoslovacas tomaron la decisión de ponerse bajo la protección del poder soviético a cambio de mantener la independencia del país. Sin embargo, la posterior inseguridad de Beneš en enero de 1948 facilitó la llegada al poder de los comunistas tras el llamado "Golpe de Praga". Durante la crisis política que le siguió, los ministros de los partidos democráticos ofrecieron su dimisión. Beneš aprobó los hechos bajo gran presión de los comunistas, y el 25 de febrero se creó un nuevo gobierno bajo el liderazgo de Klement Gottwald, primer líder comunista checoslovaco.