לאחר תחילת מבצע ברברוסה ב-22 ביוני 1941, מונה יקלן למפקד האס אס והמשטרה של גזרת 'רוסיה-דרום', שכללה בעיקר את אוקראינה, ויחידותיו התקדמו בעקבות קבוצת ארמיות דרום. יקלן היה אחד מבכירי המעורבים בארגון וביצוע השואה: הוא היה אחראי לטבח ההמוני הראשון של יהודים במלחמה, בו נרצחו 23,600 איש ליד קמניץ-פודולסקי בין ה-26 ל-28 באוגוסט. ב-29 וב-30 בספטמבר רצחו פקודיו אוטו ראש ופאול בלובל מאיינזצגרופה ג' 33,771 איש, רובם יהודים, בבאבי יאר שליד קייב. כ-17,000 אנשים נוספים הוצאו להורג ברובנו ובדניפרופטרובסק עד ה-12 באוקטובר. יקלן היה מעורב מאוד בצד הארגוני של הרצח ההמוני, ודאג להקצות לכל אחת מהיחידות השונות תפקידים מוגדרים.