Al terminar el Mundial, Bresciano fichó por el Palermo, donde continuó siendo titular y una de las piezas clave de su equipo. Su buena actuación con Australia en la Copa asiática de 2007 hizo que el Manchester City fichase al jugador por 5,5 millones de euros. Sin embargo, unos problemas en los últimos momentos impidieron que la operación se llevara a cabo, lo que provocó el regreso de Mark al equipo italiano. Permaneció allí cuatro años hasta que en 2010 recaló en la SS Lazio de Roma.