Après l'obtention du diplôme, Rains est nommé second lieutenant dans l'infanterie. Rains sert pendant les guerres Séminoles et est promu capitaine le , et breveté commandant le , pour son service contre les Séminoles, près de fort King, en Floride, où il met en déroute une force supérieure, et est deux fois gravement blessé. L'une de ses blessures est considérée comme mortelle, et plusieurs avis nécrologiques sont publiées, mais il survit à ses blessures. Rains prend part à la guerre américano-mexicaine et est engagé dans la défense de fort Brown en mai 1846. Lorsque le général Pedro de Ampudia exige la reddition du fort, Rains donne la voix décisive lors du vote contre la reddition par le conseil des officiers. À la suite de la bataille de Resaca de la Palma, il est envoyé aux États-Unis pour un service de recrutement, et organise une grande partie des recrues pour la campagne du général Winfield Scott. Rains est promu commandant des réguliers, le 9 mars 1851, et à partir de 1853 jusqu'à la guerre de Sécession, il sert sur la côte du Pacifique, où il prend part aux guerres Indiennes. En 1855, il est breveté brigadier général des volontaires du territoire de Washington. Rains est le commandant de fort Humboldt de 1856 jusqu'en 1860. Il est promu lieutenant colonel des réguliers, le , mais il démissionne de la commission le , et rejoint l'armée des États confédérés, dans laquelle il est nommé brigadier général et obtient le commandement d'une brigade dans la région de Richmond.