Bij zijn vertrek uit Moskou op 19 oktober redde Rapp, hoewel hij nog maar net hersteld was, voor de tweede keer het leven van Napoleon door een kozakkenaanval bij Gorodina terug te slaan. Hij nam ook deel aan de Slag bij Malojaroslavets, waar zijn paard onder hem werd neergehaald. Bij een achterhoedegevecht aan de zijde van maarschalk Michel Ney bij de Berezina rivier (28 november) raakte hij opnieuw gewond. Rapp droeg dan reeds vijfentwintig littekens op zijn lichaam.