La guerra al terrorismo degli USA iniziata dopo gli attentati dell'11 settembre 2001 al World Trade Center ha portato l'USSOCOM ad intervenire in Afghanistan e in Iraq, giocando un ruolo chiave nel combattere gli insorti e nel portare a termine importanti missioni come la cattura di Saddam Hussein (dicembre 2003) o l'assalto all'abitazione in Pakistan dove rimase ucciso Osama bin Laden (operazione Neptune Spear, maggio 2011). Nel 2012 gli uomini delle forze speciali USA dislocate fuori dalla Patria erano circa 13.000, di cui 9.000 divisi tra l'Iraq e l'Afghanistan. Nello stesso anno l'USSOCOM era presente in settantacinque Paesi (rispetto ai sessanta dell'inizio del 2009), numero salito a centoventi nel 2011.