העיר סיודאד חוארס נוסדה ב-1659 כ"אל פאסו דל נורטה" (El Paso del Norte; בספרדית - "השער הצפוני"), על ידי הספרדים, שחיפשו מסלול לאזור הרי הרוקי הדרומיים. המיסיון של נואסטרה סניורה דה גוואדלופה היה אחד מיישובי הקבע הראשונים באזור. העץ ממנו נבנה הגשר מעבר לריו גראנדה הובא מהעיר סנטה פה במהלך המאה ה-18. הסכם גואדלופה אידלגו שסיים את מלחמת ארצות הברית–מקסיקו בשנת 1848 קבע כי הריו גראנדה יהיה הגבול בין שתי המדינות, והפריד בין היישובים שעל שתי גדות הנהר. המרכז העירוני מצפון הפך לאל פאסו שבטקסס ואילו המרכז העירוני שמדרום הפך לעיר סיודאד חוארס. גורל דומה נפל בחלקן של 13 ערים נוספות במקסיקו. במהלך הפלישה הצרפתית למקסיקו, בין השנים 1862 ל-1867, שימשה אל פאסו דל נורטה כתחנת מעבר לכוחותיו הרפובליקניים של בניטו חוארס עד שייסד את ממשלתו הגולה בצ'יוואווה. ב-1888 הוחלט לקרוא את העיר על שמו, סיודאד חוארס (עירו של חוארס).