François-Paul de Lisola appartient à une famille noble d'origine génoise qu'il disait être liée à la famille Spinola, le rapprochant d'Ambrogio Spinola, général génois commandant l'armée espagnole de Flandre et ayant remporté le siège de Bréda, en 1625. Il est né à Salins, fils de Jérôme Lisola, écuyer, seigneur de Thise, et de Suzanne Recy, baptisé le . Son père était né à Lyon. Il a quitté Lyon pour s'installer à Besançon où il est reçu citoyen le et l'année suivante il est greffier dans une cour de justice de l'archevêque de Besançon. En 1614, il est associé en amodiation des salines de Salins. Son frère, Jérôme de Lisola, a été un chanoine de la cathédrale de Besançon. Il a étudié le droit à Dole où il a obtenu son doctorat.