Сантос Акоста родился в 1827 году в Мирафлоресе, Республика Колумбия. Изучал медицину в Боготе, затем занимался юриспруденцией, избирался в Конгресс, был губернатором провинции Тунха. Во время гражданской войны 1860—1862 годов он быстро стал генералом, воюя на стороне повстанцев, вместе с войсками Томаса Сиприано де Москеры вошёл в столицу. В 1861 году стал президентом штата Бояка.