Im Oktober 2020 forderte Kühnert anlässlich des Mordes an dem französischen Lehrer Samuel Paty in einem Gastbeitrag für den "Spiegel", dass die politische Linke den Kampf gegen den Islamismus nicht länger Rassisten überlassen solle. Es seien ihre proklamierten Werte, die bei ausnahmslos jedem Terroranschlag mit Füßen getreten, mit Messern erdolcht und mit Sprengsätzen in die Luft gejagt würden. Die Linke müsse klarstellen, dass in ihrer Idee von der gerechten Gesellschaft der Glaube eine Sache zwischen dem Einzelnen und seinem Gott sei. Niemals jedoch könne sie Glaube als eine die Freiheit einschränkende Sache zwischen einzelnen Individuen akzeptieren. Zumal wenn diese im behaupteten Auftrag eines Gottes oder einer wie auch immer gearteten Ideologie meinten, Recht sprechen und exekutieren zu können.