À la fin de la guerre, Hartranft est affecté comme commandant de la prison de l'ancien Capitole à Washington, D.C. Il est nommé prévôt marshall spécial pendant le procès des accusés de l'assassinat de Lincoln. Il est remarqué pour son traitement bienveillant de Mary Surratt, une prisonnière et la première femme à être exécutée par le gouvernement fédéral. Le , Hartranft mène Mary Surratt, Lewis Paine, David Herold et George Atzerodt à la potence dans ce qui est maintenant appelé le fort Lesley McNair. Il leur lit leurs derniers sacrements, et ils sont pendus.