Von 1689 bis 1697 war Pfälzischer Erbfolgekrieg. Es geschah dasselbe von den heranrückenden kaiserlichen Truppen, welche die Franzosen zurückwarfen. Danach kamen die zuvor französisch besetzten Gebiete wieder zurück an das Reich.1698 erhielt der Ort das Marktrecht. Von 1701 bis 1714 war Spanischer Erbfolgekrieg. Das Markgräflerland wurde 1702 mit Plünderungen und Requirierungen durchzogen. Um 1718 wird der Bau des Badhauses bei der Sprengenmühle am Warmbach erwähnt. Seit 1720 hat Müllheim eine jüdische Gemeinde. 1727 wurde der Sitz der Markgrafen von Badenweiler nach Müllheim ins dortige noch heute bestehende Amtshaus verlegt. Ober- und Untermüllheim wurden zusammengeschlossen. Von 1733 bis 1738 war Polnischer Thronfolgekrieg und von 1740 bis 1746 Österreichischer Erbfolgekrieg. Beide Kriege forderten Tribut während der erneuten französischen Besatzung. Wenn auch in geringerem Ausmaß in den Orten des Markgräflerlands. Von 1746 an waren das Markgräflerland und Müllheim ohne Besatzung und wurden wieder von Baden-Durlach und dessen Markgraf Karl-Friedrich regiert. 1754 wurde die Synagoge erbaut, und die Jüdische Gemeinde wurde vom Sulzburger Rabbinat betreut. Markgraf Karl-Friedrich schaffte 1783 in seinem Gebiet die Leibeigenschaft ab und förderte den Weinbau im Markgräflerland. Von 1791 bis 1815 fanden die Franzosenkriege statt. Napoléon I. eroberte die rechtsrheinischen Gebiete mit dem Markgräflerland und auch Müllheim. Während dieser Zeit wurden die vielen kleinen kirchlichen und weltlichen Besitzungen in diesem Gebiet aufgelöst und durch neue Staatsbildungen geschluckt.