Después de la retirada de Yagudin del patinaje deportivo, Pliúshchenko ganó la mayoría de las competiciones en las que participó en los siguientes dos años. Obtuvo otros dos títulos mundiales: en Campeonato Mundial de Patinaje Artístico sobre Hielo de 2003, en Washington, Estados Unidos a pesar de serias dificultades técnicas en sus saltos y piruetas; y en Campeonato Mundial de Patinaje Artístico sobre Hielo de 2004 en Dortmund, Alemania, donde Pliúshchenko triunfó sobre el francés Brian Joubert en una decisión casi unánime a pesar de sufrir una caída. Solo terminó segundo frente a Emanuel Sandhu en la final del Grand Prix de 2003 y en el Campeonato Europeo de 2004, en el que le arrebató el título Brian Joubert.