Године 1976, Матсалу је био укључен у листу мочвара међународног значаја у складу са Међународном конвенцијом о заштити мочвара по Рамсарској конвенцији. Европска повеља о заштићеним подручијима додељена је природном резервату Матсалу 2003. године од стране Савета Европе, у знак успеха у очувању различитости станишта и бројних врста птица и других биомских група у резервату природе. Матсалу је једини резерват природе у Естонији који је добио ову награду.