Wie schon die beiden Jahre zuvor gewann Ferrer 2013 seinen ersten Saisontitel in Auckland, wo er zum insgesamt vierten Mal siegte. Nach der Niederlage im Australian-Open-Halbfinale gegen den topgesetzten Novak Đoković rückte Ferrer in der Weltrangliste wieder auf den vierten Rang, den er bereits 2008 innehatte. Nach seinem Titelgewinn in Buenos Aires verlor er dann zwei Endspiele, in Acapulco sehr deutlich mit 0:6 und 2:6 gegen Rafael Nadal, in Miami sehr knapp gegen Andy Murray. Beim ATP Oeiras unterlag er im Finale Stanislas Wawrinka. Bei den Madrid Masters und den Rom Masters scheiterte Ferrer jeweils im Viertelfinale gegen Nadal. So auch im Finale der French Open (klar in drei Sätzen), wo er zum ersten Mal in seiner Karriere – und sogar ohne Satzverlust – das Finale eines Grand-Slam-Turniers erreichte, wenn auch er im Finale Nadal nichts entgegenzusetzen hatte. In Wimbledon zog er wie im Vorjahr ins Viertelfinale ein, das er klar in drei Sätzen gegen Juan Martín del Potro verlor. Nach dem Turnier wurde David Ferrer erstmals in seiner Karriere auf Rang drei der Weltrangliste geführt, seiner bislang besten Platzierung. Bei den US Open erreichte er auch im vierten Grand-Slam-Turnier der Tour 2013 das Viertelfinale, das er gegen Richard Gasquet in fünf Sätzen verlor.