В октябре 1993 года руководство «Вымпела» отказалось выполнять приказ Президента Б. Ельцина о штурме «Белого дома», где заседал Верховный Совет России. Совместно с «Альфой» «Вымпел» взял на себя функцию вывода депутатов Верховного Совета из здания Белого дома. По словам полковника ФСБ Валерия Киселёва, спецподразделение обещало Ельцину разработать операцию и «решить проблему» за 40 минут, но только в случае получения письменного приказа, который так и не был отдан. Киселёв утверждал, что Ельцин понимал настроение бойцов, однако не простил им неповиновения и в итоге принял решение расформировать отряд.