Вечером 1 августа 1798 года за полчаса до захода солнца началась Битва на Ниле, когда Нельсон атаковал французский флот, который был пришвартован в боевой линии в Абукирском заливе под защитой флотилии канонерских лодок, четырех фрегатов и батарей на острове Абукир. "Theseus" был пятым кораблем в линии и, после того как первые четыре корабля атаковали французский авангард, "Theseus" встал на якорь возле 74-пушечного "Spartiate", третьего корабля французской линии. В это время флагман Нельсона "Vanguard" атаковал "Spartiate" со стороны моря. Оказавшись меж двух огней "Spartiate" получил тяжелые повреждения, потерял все мачты и в итоге был вынужден спустить флаг. После того как французский авангард капитулировал, "Theseus" и "Goliath" поспешили на помощь британским кораблям, ведущим бой с центром французского флота. Два французских корабля "Heureux" и "Mercure" сели на мель и после короткого боя с британскими кораблями сдались. В сражении "Theseus" получил несколько пробоин корпуса и потерял 5 человек убитыми и 30 ранеными.