En 1959, avec le soulèvement tibétain réprimé par l'Armée populaire de libération, le col devient un corridor de réfugiés. En 1962, au cours de la guerre sino-indienne, le Nathu La connaît des escarmouches. Le col est fermé peu de temps après. Du 7 au , les armées chinoise et indienne s'affrontent à coups d'artillerie lourde et de mortiers. Selon la version indienne, une compagnie du génie chargée d'installer une clôture sur l'arête septentrionale du col a été prise pour cible. Le bilan des incidents de Nathu La et de Chola est de parmi les soldats indiens et estimé à 300 du côté chinois. En 1975, le Sikkim rejoint finalement l'Inde en tant qu'État, mais la Chine refuse dans un premier temps de reconnaître la situation. Pendant quarante ans, la seule personne autorisée à franchir les barrières est un postier chinois, escorté de militaires indiens, afin de remettre du courrier en main propre à un homologue dans un bâtiment à la frontière.