2003 год эль-Айнауи начал с победы в матче четвертого круга Открытого чемпионата Австралии над Ллейтоном Хьюиттом — на тот момент первой ракеткой мира и фаворитом турнира — со счетом 6-74, 7-64, 7-65, 6-4. В четвертьфинале в тяжелейшем пятисетовом поединке сопротивление марокканца сломил 20-летний американец Энди Роддик — 6-4, 6-75, 6-4, 4-6, 21-19. Встреча продолжалась ровно пять часов и стала одной из самых продолжительных за всю историю тенниса (в том числе пятый сет этого матча оставался самым долгим в истории Большого шлема до матча Джона Изнера с Николя Маю на Уимблдонском турнире 2010 года. В пятом сете марокканец не реализовал матчбол, что позволило бы ему выйти в полуфинал. Позже эль-Айнауи достиг четвертьфинала на турнире высшей категории в Майами и финала в Касабланке, а на Открытом чемпионате США снова вышел в четвертьфинал, обыграв подряд двух соперников из первой десятки рейтинга (Иржи Новака — 7-61, 5-7, 3-6, 6-3, 7-65, и Карлоса Мойю — 7-64, 7-67, 4-6, 6-4), проиграв Давиду Налбандяну — 6-7(2), 2-6, 6-3, 5-7. Наивысшей позиции в мировом рейтинге эль-Айнауи добился в ноябре 2003 года, когда поднялся на 14-ю строчку. Этот сезон он окончил в Top-20 рейтинга АТР. Помимо личных успехов, он также помог команде Марокко в очередной раз вернуться в Мировую группу Кубка Дэвиса, принеся ей три очка в пяти играх в матчах со сборными Италии и Великобритании.