Маючи досвід роботи в Голлівуді, Фернандес почав працювати у мексиканській кіноіндустрії як сценарист і актор. Знявся майже у 90 фільмах та як режисер поставив 43 кінострічки. Найвідомішою режисерською роботою Еміліо Фернандеса став фільм «Марія Канделарія», який брав участь в конкурсній програмі 1-го Каннського кінофестивалю та разом з іншими 10 стрічками отримав Гран-прі фестивалю.