Wenige Wochen nach seiner Hochzeit reiste Lavalette mit Napoleon zu dessen Expedition nach Ägypten ab. Er landete mit ihm auf Malta und begleitete nach der Kapitulation der Insel den ins Exil geschickten Großmeister des Malteserordens, Ferdinand von Hompesch zu Bolheim, und sein Gefolge bis tief ins Adriatische Meer, um sie vor den Barbaresken zu schützen. Hierauf besichtigte er die Befestigungen und Magazine Korfus, beauftragte den General Chabot, Napoleon Holz, Wein und Trauben zu senden, und begab sich nach Albanien zu dem gefürchteten Ali Pascha in Janina. Er sollte ihm in Napoleons Auftrag die Eroberung Maltas melden, ihm dessen Absichten betreffs Ägypten mitteilen und um seine Mitwirkung bitten, dabei auf des Generals Befehl dem Pascha versichern, wenn dieser gemeinsame Sache mit ihm mache, so werde Napoleon seinen Ruhm und seine Machtstellung bedeutend vergrößern. Aber er traf den Pascha nicht an, da dieser damals an der Donau mit Osman Pazvantoğlu kämpfte.