21 இல் 20 கருணை மனுக்களை ஜனாதிபதியாக விசாரித்து முடிவெடுப்பதில் செயலற்றவர் என்று விமர்சிக்கப்படுகிறார். இந்திய அரசியலமைப்பின் 72 வது சட்டத்தின் கீழ் மன்னிப்பு வழங்கல், இறப்பு தண்டனை வழங்கல் மற்றும் நிறுத்தல், மாற்று இறப்பு வரிசையில் குற்றவாளிகளின் மரண தண்டனையை நிகழ்த்தல் ஆகியவற்றை செயல்படுத்த ஜனாதிபதிக்கு அதிகாரம் அளிக்கப்பட்டுள்ளது. கலாம் தனது 5 ஆண்டு பதவிக் காலத்தில், கற்பழிப்பு குற்றம் புரிந்த தனஞ்சாய் சட்டேர்ஜீயின் கருணை மனுவை தள்ளுபடி செய்து தூக்கிலிட ஆணை கொடுத்து ஒரே ஒரு தீர்மானமெடுத்தார். 20 மனுக்களில் மிக முக்கியமான காஷ்மீரி தீவிரவாதி அப்சல் குருவிற்கு அவர் டிசம்பர் 2001 ல் பாராளுமன்றத்தின் மீது நடத்திய தாக்குதலுக்காக 2004 ல் உச்ச நீதிமன்றம் மரண தண்டனை வழங்கியது. 20 அக்டோபர் 2006 ம் நாள் மரண தண்டனை நிறைவேற்ற வழங்கிய உத்தரவின் மீதான கருணை மனு நிலுவையில் வைக்கப்பட்டதால் அவர் மரண வரிசையில் தொடர்ந்து வைக்கப்பட்டார்.