Po zakończeniu kampanii wrześniowej Otto Rasch objął stanowisko inspektora SD i policji bezpieczeństwa w Królewcu. Nadzorował wówczas m.in. likwidację polskiej inteligencji na wcielonych do Rzeszy obszarach północnego Mazowsza i Suwalszczyzny. Po rozpoczęciu niemieckiej inwazji na ZSRR przez cztery miesiące dowodził Einsatzgruppe C (czerwiec–październik 1941). Jego jednostka wymordowała wówczas dziesiątki tysięcy ukraińskich Żydów – m.in. podczas kilkudniowej masakry w Babim Jarze pod Kijowem. Po wojnie alianci zamierzali osądzić Rascha w tzw. procesie Einsatzgruppen, lecz z przyczyn zdrowotnych okazał się niezdolny do udziału w procesie. W październiku 1948 został zwolniony z więzienia; zmarł miesiąc później.