В том же году, воспользовавшись вторжением на Апеннинский полуостров армии Карла VIII, короля Франции, Бона Савойская бежала из Милана в Амбуаз, где в то время находился королевский двор. Она опасалась мести со стороны деверя, который стал новым герцогом Милана. Её племянник Филиберт II, герцог Савойи позволил ей вернуться на родину. Он даровал тётке поместье в Фоссана, в котором она прожила до самой смерти. Бона Савойская умерла 17 ноября 1503 года и была похоронена в церкви святого Юлиана в Фоссано.