Власть Феодора в Фессалониках была краткой и закончилась в 1230 году после поражения в битве при Клокотнице против Болгарского царства. Фессалоникский император попал в плен и был ослеплён болгарами. Брат и преемник Феодора Мануил не смог предотвратить потерю большинства завоеваний своего брата в Македонии и Фракии. Само греческое государственное образование распалось на несколько частей: Эпирский деспотат со столицей в Арте, где к власти пришёл племянник Мануила Михаил II; деспотат Акарнании и Этолии под властью Константина Комнина Дуки и Фессалоникскую империю.