Italian maajoukkueessa Facchetti pelasi 94 ottelua vuosina 1963–1977. Hän teki maaotteluissa yhteensä kolme maalia. Hän edusti Italiaa MM-kisoissa vuosina 1966, 1970 ja 1974 sekä vuoden 1968 EM-kisoissa, joissa maa voitti mestaruuden.