In den nach dem Tod Gaius Iulius Caesars ausbrechenden Bürgerkriegen war Canidius, Sohn eines Publius Canidius, ein Anhänger des Marcus Antonius. Im Jahr 43 v. Chr. diente er wohl als Legat unter Marcus Aemilius Lepidus, als dieser in Gallien seine Streitkräfte mit denen des Antonius vereinigte. Zur Zeit des Perusinischen Krieges 41/40 v. Chr. scheint Canidius ein Kommando in Italien oder Gallien geführt zu haben. Nachdem Antonius vorübergehend die Streitigkeiten mit seinem Kollegen im Triumvirat, Octavian, beigelegt hatte, wurde Canidius laut den Fastentabellen Ende 40 v. Chr. kurzzeitig Suffektkonsul mit Lucius Cornelius Balbus Maior (ein früheres Amt im "cursus honorum" ist nicht belegt). In den 30er Jahren v. Chr. diente er unter Antonius im Osten, wohl als Promagistrat. 36 v. Chr. führte er einen erfolgreichen Feldzug gegen Iberer und Albaner im heutigen Kaukasus, bevor er am Partherfeldzug des Antonius teilnahm.