Sen kubanske kardinal Manuel Arteaga y Betancourt fant tilflukt i nuntiaturet for å unnslippe forføklgelse av Fidel Castros kommunistiske stye i 1961. Etter general Pinochets kupp i Chile kom det også til det pavelige nuntiatur noen som søkte sikkerhet; i 1984 utvirket den apostoliske nuntius Angelo Sodano fritt leide ut av landet og til Ecuador for fire medlemmer av "Movimiento de Izquierda Revolucionaria" (MIR) som hadde søkt om politisk asyl og hadde søkt tilflukt i nuntiaturet. USA invaderte Panama med styrker for å avsette president Noriega den 20. desember 1989. Da flyktet han til Den Hellige Stols nuntiatur i Panama byen der han etter et par uker gav opp og overgav seg til amerikanerne den 3. januar 1990.