Thon Maker va néixer a Wau, Sudan (actualment Sudan del Sud) el 25 de febrer de 1997. Però a causa de la guerra civil del sudan va haver de marxar del país amb els seus oncles i el seu germà, Matur, cap a Uganda. Allà, van ésser acceptats com a refugiats per Austràlia. La seva família es va instal·lar a Perth, quan Maker tenia tan sols 5 anys. Thon Maker jugava sovint a futbol i va ser descobert per un caça-talents anomenat Edward Smith, que es dedicava a buscar nois amb talent dels suburbis per tal de donar-los una oportunitat, que d'una altra manera no tindrien. Ed va convèncer a la família de Maker, per tal que ell es traslladés a Sydney i allà jugués a basquetbol i estudiés. Així va ser, Maker es va traslladar al 2011 a Sydney i va canviar la pràctica futbolística pel basquetbol, jugant pel St. George Basketball Association. Tot i axí, Maker va marxar de l'equip abans dels play-offs per anar a un campus de bàsquet a Texas. Allà va mostrar el seu talent com a jugador i el seu potencial.