После смерти Адриана в 1523 году Виллем ван Энкенворт остался на высоких постах и продолжил своё участвовать в политике — он участвовал в передаче всех земель епископства Утрехта императору Священной Римской империи Карлу V и его коронации в качестве императора в 1530 году. Во время разграбления Рима имперскими войсками в 1527 году он заплатил 40 тысяч скудо капитану Одону, чтобы сохранить свой дом и имущество. В 1529 году он был назначен епископом Утрехта папой Климентом VII, но почти никогда не посещал епископство; последний раз он был в Нидерландах в 1532 году.