Im Jahr 1095 wird erstmals der Ortsname "Amallo" erwähnt. Ort und Kirche waren im ausgehenden Mittelalter eng verbunden mit den Abteien von Airvault und Parthenay. Amailloux war der erste Ort, welcher im Rahmen des Vendée-Aufstandes (1793–1796) von den Revolutionstruppen des Generals Westermann geplündert und in Brand gesetzt wurde.