Nel mese di ottobre 2004, il governo di al-Bashīr ha negoziato la fine alla seconda guerra civile sudanese, una delle più lunghe e cruente guerre del XX secolo, con la concessione di una limitata autonomia al Sudan Meridionale. Tuttavia, è stato ampiamente criticato per il ruolo svolto nel conflitto del Darfur, dove il genocidio attuato nei confronti della popolazione non afro-araba ha portato alla morte di un numero imprecisato di persone (probabilmente tra le 200.000 e le 400.000). Il suo governo ha portato a violenti scontri tra le milizie Janjawid e gruppi di ribelli, come l'Esercito di Liberazione del Popolo del Sudan e il Movimento Giustizia e Uguaglianza, sotto forma di guerriglia nella regione del Darfur. La guerra civile ha provocato più di 2,5 milioni di profughi, nonché una crisi nelle relazioni diplomatiche tra lo stesso Sudan e il Ciad.