ב-19 באפריל 1903 פרצו פרעות קישינב. הרצל שמע על כך כששהה בלונדון, לפני פגישתו האחרונה עם צ'מברלין. דחייתה הסופית של תוכנית סיני בתחילת מאי גרמה לו לחפש פתרון אחר למצוקת יהודי רוסיה, ולשקול מחדש את הצעת צ'מברלין לגבי אוגנדה. בעקבות הפרעות התחיל הרצל לתכנן מהלך מדיני במספר ערוצים במקביל: מלבד הצ'ארטר הבריטי לגבי אוגנדה, ביקש להשיג זיכיונות דומים גם בקונגו מממשלת בלגיה, במוזמביק מפורטוגל ובטריפולי מאיטליה. הוא חשב על יצירת שש מושבות יהודיות באפריקה ובמקומות אחרים, שתשמשנה בסיסים לאומיים ליישוב ארץ ישראל בשלב מאוחר יותר. הוא הגדיר זאת: "אנגליה במהופך ובזעיר־אנפין", כלומר: בעוד שבאימפריות הקולוניאליות מייסדת ארץ האם את המושבות – אצל היהודים יוקמו קודם המושבות ורק לאחר מכן תקום מדינת האם שלהן במולדת. במאי 1903 הודיע צ'מברלין לליאופולד גרינברג כי ממשלת בריטניה מסכימה להחכיר לציונים אזור גדול מאוד, לא באוגנדה ממש, אלא בעמק המפריד בין שבט מאו לשבט קיקויו (כיום בקניה), שם יוכלו לכונן "ממשל עצמי" באזור שיוכל לקלוט מיליון מתיישבים. ביוני הוזמנה טיוטת צ'ארטר לאוגנדה, לקראת הקונגרס הציוני הקרוב. שם המושבה המיועדת היה "New Palestine" ("ארץ ישראל החדשה"). נורדאו הזהיר את הרצל מפני ההתנגדות לתוכנית אוגנדה בקרב יהודי מזרח אירופה, וב-13 ביולי השיב לו הרצל: "והרי זאת תכליתה של מנהיגות, להראות את הדרך, אשר אפילו על ידי מה שנראה כסטייה, תוליך את עמנו אל המטרה. גם משה רבנו כזה היה גורלו". במקביל, חידש הרצל את מגעיו עם הסולטאן העות'מאני במטרה לדון על הצעתו לגבי ארם נהריים, וב-4 ביוני כתב על כך למזכירו, איזט ביי. באותו זמן גם הוצע להרצל שטח אדמה גדול בעמק יזרעאל על ידי בעל קרקעות ערבי גדול ממשפחת סורסוק, אולם הרצל חשש לקנות אותו ללא ערבויות בינלאומיות. בנוסף לכך, השטח לא היה ריק מתושבים והרצל הסתייג מההשלכות של קנייה כזו ואמר: "אי־אפשר לנו לנשל את הפלאחים העניים הללו".