Al Mondiale 2006 la Grecia fece percorso netto tra girone eliminatorio (dove perse però Nikos Zīsīs per una gomitata subita dal brasiliano Anderson Varejão) e semifinale, dove mise fine all'avventura della Nazionale statunitense. In finale, tuttavia, ad imporsi fu la per 70-47. Nella stagione dell'Eurolega il CSKA arrivò alla final four di Atene. In semifinale Papaloukas e compagni eliminarono l'Unicaja Malaga dopo un'emozionante partita in cui la squadra di Malaga s'arrese solo nell'ultimo minuto. In finale il CSKA, tuttavia, non riuscì ad imporsi contro il Panathinaikos. Papaloukas fu comunque nominato miglior giocatore della regular season.