Han var svært åpen i sine uttalelser under prosessen, og styrket påstanden om at enheten hans hadde drept omkring 90 000 mennesker. På spørsmål om hvorfor barna ble slaktet svarte Ohlendorf: Det var jo en ordre at den jødiske befolkningen skulle utryddes fullstendig (tysk: "Es war ja der Befehl, dass die jüdische Bevölkerung total ausgerottet werden sollte."). Ohlendorf hevdet i retten at Hitler før angrepet på Sovjetunionen hadde utarbeidet en ordre om å utrydde alle jødene. Ohlendorf begrunnet i tillegg massakrene med sikkerhetshensyn og nødverge. På spørsmål fra rettens leder (Michael Musmanno) svarte Ohlendorf at han under de samme omstendighetene ville ha drept sin egen søster. Han viste ingen anger, og var mest opptatt av den sterke påkjenningen massakrene hadde vært for de som utførte dem. Den amerikanske psykiateren Leon Goldensohn noterte fra samtalen med Ohlendorf at Ohlendorf ikke følte ekte anger eller skyld og Ohlendorfs samvittighet (om det er riktig ord å bruke) er helt ren og tom. Goldensohn konkluderte med at Ohlendorfs antisemittisme skrev seg fra tiden i Bismarckjugend, ungdomsorganisasjonen av det sterkt høyreorienterte Deutschnationale Volkspartei. Ohlendorf argumenterte med at de måtte drepe alle jødene fordi de sympatiserte med bolsjevikene, og de måtte drepe alle barna fordi de ville vokse opp og bli fiender av det tyske riket når de fikk vite at foreldrene var drept. I rettssaken forsøkte Ohlendorf å bagatellisere sin egen antisemittisme. Han mente at utryddelsen av jødene, inkludert barna, var et nødvendig tiltak i forsvaret av Tyskland. Ohlendorf fortalte Leon Goldensohn at de alliertes bruk av fosforbomber mot tyske byer var like ille som «å skyte de jødene». I retten viste Ohlendorf til de alliertes bombing av Dresden når han ble presset til å rettferdiggjøre massedrap på jødenes og sigøynernes barn. Et slikt "tu quoque" argumentet hadde de alliertes domstoler i Nürnberg konsekvent avvist.