Butler mène la première expédition sur Ship Island, au large de la côte du golfe du Mississippi, en décembre 1861, et en mai 1862 commande la force qui gère la capture de La Nouvelle-Orléans après son occupation par la marine à la suite de la bataille des forts Jackson et St. Philipp. Dans l'administration de cette ville, il montre une grande fermeté et subtilité politique. Il conçoit un plan de secours aux pauvres, demande des serments d'allégeance de quiconque veut obtenir un avantage du gouvernement et confisque les armes.