Op uitnodiging van Momir Bulatović werd Vujanović lid van de Democratische Partij van Montenegrijnse Socialisten (DPS). Nadat Milo Đukanović de presidentsverkiezingen won, benoemde hij Vujanović op 5 februari 1998 tot premier. Vujanović behield deze positie tot januari 2003. Op 25 november 2002 werd hij tevens benoemd tot waarnemend president. In zijn periode als premier nam Montenegro steeds meer afstand tot Servië, dat nu in oorlog raakte met de NAVO om Kosovo. Montenegro maakte zich financieel los van het door hyperinflatie getroffen Klein-Joegoslavië door de Duitse mark in te voeren als munteenheid.