Sunbury beruht auf einer alten Indianersiedlung namens Shamokin (nicht zu verwechseln mit der Nahe gelegenen Siedlung Shamokin). Im Jahr 1745 beschrieb der presbyterianische Missionar David Brainerd, dass die Stadt sowohl auf der Ost- als auch auf der Westseite des Flusses und auch auf einer Insel lag. Brainerd berichtete, dass die Stadt 300 Indianer beherbergte, von denen die Hälfte Delawares waren und die andere Seneca und Tutelo. Der Siebenjähriger Krieg in Nordamerika brachte Kämpfe in weite Teile der Region. Die Delaware-Indianer in Shamokin blieben zu Beginn des Krieges lange Zeit neutral, zum Teil weil eine Dürre und ein unpassender Frost in Shamokin im Jahr 1755 sie ohne Vorräte zurückließen. Die Delaware-Indianer in Shamokin schlossen sich jedoch nach dem Gnadenhütten-Massaker im Jahr 1755 dem Krieg gegen Pennsylvania und die Engländer an. Das Pennsylvania Fort Augusta wurde 1756 in Shamokin gebaut. Im April 1756 begann die Regierung von Pennsylvania, ein Kopfgeld für Indianerskalps und Gefangene zu zahlen.