Получил известность на посту главы ХАД за свои жёсткие методы и хорошие организаторские способности, из-за чего привлёк внимание советского руководства, при поддержке которого в 1986 году сменил во главе ДРА ушедшего в отставку Кармаля. Придя к власти и пытаясь расширить поддержку правительства среди населения Афганистана, инициировал политику «национального примирения», заявив о готовности создания коалиционного правительства с представителями моджахедов и отказа НДПА от монополии на власть. Принятая в 1987 году конституция провозгласила ислам государственной религией, допускала применение шариата и уже не содержала никаких упоминаний социализма или коммунизма. Эти меры имели ограниченный успех, и правительство ДРА продолжало восприниматься населением как навязанное извне, в то время как моджахеды отвергли предложение о мирных переговорах. Осознавая своё шаткое положение, Наджибулла выступал против вывода советских войск из страны, который, однако, был завершён в 1989 году, а гражданская война продолжилась с ещё большей интенсивностью. Спустя год после распада СССР, лишившись внешней поддержки и оказавшись в международной изоляции, правительство ДРА было свергнуто моджахедами. Наджибулла укрылся в здании миссии ООН в Кабуле, где пребывал до 1996 года, пока не был захвачен и убит захватившими власть талибами.