Zu Beginn des 16. Jahrhunderts errichtete der dänische König auf der Insel Slotø im Fjord die erste Marinewerft Dänemarks, die gleichzeitig als Festung gegen feindliche Schiffe zum Schutz der Stadt diente. Während des Dänisch-Lübischen Krieges kam es 1510 vor Nakskov zu einer Seeschlacht, nachdem die Lübecker die Stadt geplündert hatten. Nakskov gehörte damals zu den größten dänischen Städten.