Syyskuussa 1997 Umbrian alueella tapahtunut maanjäristys aiheutti Assisin kirkoille vahinkoa. Pyhän Fransiskuksen basilika kärsi suurimmat tuhot, kun ylemmän basilikan katto romahti osittain. Onnettomuudessa kuoli neljä ihmistä. Cimabuen ja Giotton freskot kokivat myös suurta vahinkoa.