Em 2006, Murphy estrelou "The Wind That Shakes the Barley", um filme sobre a Guerra de Independência da Irlanda e a Guerra Civil Irlandesa, que ganhou a Palma de Ouro no Festival de Cinema de Cannes de 2006 e se tornou o filme independente irlandês de maior sucesso na bilheteria irlandesa. Murphy estava especialmente interessado em aparecer no filme devido às suas ligações íntimas com Cork, Irlanda, onde o filme foi rodado. Murphy fez seis testes para o papel de Damien O'Donovan, um jovem médico que se tornou revolucionário, antes de ganhar o papel. Murphy considerou um privilégio muito especial ter recebido o papel e afirmou que estava "tremendamente orgulhoso" do filme, observando que as "memórias são muito, muito profundas — a política, as divisões e todo mundo tem histórias de familiares que foram apanhados na luta." David Denby observou os momentos de profunda quietude e comportamento de Murphy ao retratar o personagem. Kenneth Turan, do "Los Angeles Times", escreveu que "Murphy é especialmente bom em interpretar o fanatismo, bem como o exame de consciência e o arrependimento, ao nos mostrar um homem que foi devorado vivo por ser forçado a agir de maneiras contrárias a sua formação e seu treinamento." A revista "GQ" concedeu a Murphy o prêmio de ator do ano de 2006 por seu trabalho em "The Wind That Shakes the Barley".