Ανάμεσα στις πολυάριθμες συγκρούσεις, γνωστή είναι και η Νύχτα του Αγίου Βαρθολομαίου το 1572, η οποία ήταν η αφετηρία για την σφαγή χιλιάδων Ουγενότων πολιτών κατά τις επόμενες μέρες(οι διάφορες εκτιμήσεις κυμαίνονται ευρέως από 5.000 έως 100.000) σε όλη τη χώρα από τους Καθολικούς Γάλλους. Το τέλος των πολέμων βρήκε τους Ουγενότους να έχουν κερδίσει σημαντικές ελευθερίες και δικαιώματα από το Έδικτο της Νάντης, αν και αυτό δεν έφερε το τέλος της εχθρικότητας απέναντί τους. Οι πόλεμοι αποδυνάμωσαν την εξουσία της μοναρχίας, η οποία ήταν ήδη αδύναμη από την περίοδο εξουσίας του Φραγκίσκου Β΄ και κατόπιν του Καρόλου Θ΄, αν και αργότερα επανέκτησε κάποια από την δύναμη της υπό τον Ερρίκο Δ΄ της Γαλλίας.