阿明在1979年被坦桑尼亚军队和乌干达流亡者推翻后，乌干达在大选前被总统委员会领导的过渡政府统治。奥博特的人民大会党在1980年举行的选举中获胜。在第二次的總統任上，奧博特開始執行比第一次總統任上更殘暴的高壓統治。終於五年之後，反对党认为總統选举被操纵，以约韦里·穆塞韦尼的全国抵抗军为首的武装力量实行游击反抗。奥博特的全国解放军和叛军的战斗估计共造成100,000人死亡。