Na vijf reeksen chemotherapie, die hij kreeg in het St. James's Hospital in Leeds, had Hunter eind 2005 een terugval, maar in februari 2006 kreeg hij zijn laatste chemo. Na zijn nederlaag op het WK 2006 tegen Neil Robertson gaf Hunter toe 24 uur per dag pijn te lijden. Hij zou toch opnieuw een chemokuur moeten krijgen om zo de groei van de kanker tegen te gaan. Op 7 mei 2006 vond in Leeds een halve marathon plaats. Hunters familie en vrienden hebben daaraan deelgenomen om geld in te zamelen voor onderzoek naar enkele zeldzame vormen van kanker. Op 9 oktober van dat jaar overleed Hunter op 27-jarige leeftijd.