El monasterio se fundó en tiempos del rey de España, Felipe II (1527-1598), de la Casa de Austria, también rey de Portugal con el nombre de Felipe I. La Cartuja de Santa María de Scala Coeli se erigió en las proximidades de Évora. Fundado el 8 de diciembre de 1587 por el Arzobispo Teotónio, de la familia Braganza. La construcción del monasterio comenzó en 1593. Los edificios fueron habitados desde 1598. En 1602 siete monjes se establecieron en el antiguo Palácio dos Condes de Basto mientras se preparaba la cartuja. La iglesia del monasterio y el gran claustro se construyeron entre 1615 y 1621. Durante la Guerra de la Restauración (1640-1668), Évora fue conquistada en 1663 por las tropas españolas bajo el mando de Juan José de Austria (1629-1679) y el monasterio fue saqueado y gravemente dañado.