수도에 대해선, 당초 교토에서는 구폐(舊弊)가 많다고 하여, 오사카 천도론이 오쿠보 도시미치를 중심으로 주창되었다. 그러나 교토에서 옮기는 것에 대해 반대가 많았고, 에도 성의 개성도 있어, 에도를 도쿄로 하는 것으로 결정되었다. 메이지 천황의 2번 도쿄 행차로 의해 태정관도 도쿄에 옮겨져, 도쿄가 사실상의 수도가 되었다.