В начале XIII века флот возглавляет , который во главе флота галер отправился в поход против короля Франции Филиппа II. В 1206 году по приказу короля Иоанна было поручено строительство ещё 54 королевских галер, которое шло с 1207 по 1211 годы и обошлось казне в 5 тысяч фунтов. Флот стал чаще предпринимать атакующие действия: Уильям Длинный Меч, 3-й граф Солсбери возглавил флот во время похода во Фландрию и сжёг в порту города Дамме почти весь французский флот. Развивалась и флотская инфраструктура: в 1212 году в Портсмуте появилась своеобразная морская база, которая могла обслуживать не менее 10 кораблей. Однако планы английской короны изменились после того, как в 1214 году в результате поражения при Бувине король Иоанн Безземельный утратил Нормандию, а собранный им флот из 500 кораблей не помог вернуть эти земли. В итоге флоту впервые за долгие годы пришлось задумываться об отражении возможных вторжений и вести оборонительные бои (одним из подобных эпизодов стала Первая баронская война), а также оборонять торговые маршруты в Гасконь.