Während des Spanischen Erbfolgekriegs wurde München von 1705 bis 1714 durch Österreich besetzt. Max Emanuel hatte sich mit Frankreich verbündet und 1704 die Schlacht bei Höchstädt verloren. Zunächst wurde seiner Gemahlin Therese Kunigunde von Polen noch die Herrschaft über das Rentamt München überlassen, bevor auch hier die Habsburger 1705 unter Bruch des Vertrags von Ilbesheim die Verwaltung übernahmen. Gleichzeitig wurde am 16. Mai 1705 München von 3.200 Mann der kaiserlichen und pfälzische Truppen besetzt. 1705 wird mit der «Kaiserlichen Administration» eine zivile Verwaltung eingeführt, die bis 1715 dauert. Maximilian Karl zu Löwenstein wurde zum Administrator des Kurfürstentums Bayern ernannt. Ein Aufstand der Bayern gegen das harte Besatzungsregime scheiterte am 25. Dezember 1705 blutig in der Sendlinger Mordweihnacht und der anschließenden Schlacht von Aidenbach. 1706 werden alle Gefolgsleute des Kurfürsten aus den Hofdiensten entlassen. Während der Besatzungszeit entstanden sowohl der Bürgersaal als auch die Dreifaltigkeitskirche, die erste spätbarocke Kirche der Stadt. Den Habsburgern war nun daran gelegen, Bayern stärker an sich zu binden und München erhielt den Titel "Kaiserliche Hauptstadt in Bayern". Viele Münchner, vorab ihr Bürgermeister Vacchiery, sind sogar mit der Besatzung und dem kaiserlichen Statthalter Löwenstein, gut zurechtkommen.