La 7 aprilie 2008, s-a anunțat faptul că Čech a suferit o intervenție chirurgicală de urgență la bărbie și buze după o ciocnire cu Tal Ben Haim în timpul antrenamentului. A avut 50 de copci pe gura și barbie și a ratat 22 de meciuri din cauza acestei accidentări. El a revenit pe teren pe 14 aprilie, într-un meci acasă împotriva lui Wigan Athletic, pe care Chelsea l-a terminat la egalitate, scor 1-1. El a jucat în finala Ligii Campionilor împotriva lui Manchester United, pe care Chelsea a pierdut-o la loviturile de departajare.