Tras la revolución del Movimiento de Oficiales Libres en 1952, su ascenso dentro de la hermandad musulmana se reflejó en su envío como representante en un viaje por el Alto Egipto, Siria, Jordania y Gaza. Sin embargo, un año después de licenciarse en 1953 fue encarcelado de nuevo al prohibirse de manera definitiva la hermandad musulmana, por lo que Qaradawi abandonó su implicación en la organización, entonces clandestina, al salir de prisión en 1956. Aun así, en 1959 se le prohibió predicar en público. Especializado en exégesis coránica y hadices, Al-Qaradawi trabajó por poco tiempo en el ministerio de Fundaciones Religiosas y en el departamento de cultural de Al-Azhar, período en el que publicó su obra más influyente durante décadas —"Lo halal y lo haram en el islam"—, hasta que en 1962 la universidad lo envió a Catar, donde estableció un departamento de Estudios Islámicos en el Colegio de Formación de Profesorado.