Depuis 2004, le déploiement de la marine dans l'océan Indien a joué un rôle crucial dans le commandement interarmées NAVCENT au Bahreïn. La force a également pris la tête des CTF-150 et CTF-151 et a activement participé à l'opération "Enduring Freedom" de 2006 à 2010. En 2008, la force opérationnelle navale et le groupe de neutralisation des engins explosifs de l'armée de l'air pakistanaise ont participé à l"'Exercise Inspired Union" avec l'US Navy dans l'océan Indien afin de développer des compétences en matière de prévention du terrorisme maritime.