À compter du , Chapman mène une division de cavalerie de l'armée de la Shenandoah. Après la bataille de Waynesboro, Virginie le , il reçoit l'ordre de rester dans la vallée de Shenandoah, tandis que le reste des forces de l'Union partent pour Petersburg, en Virginie. Chapman a maintenant avec lui trois petits régiments et quelques pièces d'artillerie pour tenir la vallée. Près de la fin de la guerre, il est breveté major-général dans l'armée de l'Union, le , en reconnaissance de sa performance à Winchester, en . À compter du , il reçoit le commandement de la division de cavalerie affectée à Washington, DC