Der Urgeschichte der Oberlausitz, den Römern an der Elbe und der Frage nach dem Schlachtfeld im Teutoburger Wald galten weitere Arbeiten. Umfassender und gewichtiger als diese Arbeiten waren seine Forschungen zu einzelnen Aspekten der Geschichte Zittaus, insbesondere über das Ende der Zittauer Schulkomödie, einer auf das Jahr 1586 zurückgehenden Tradition, die unter dem Rektorat von Karl Heinrich Sintenis 1790 auf kurfürstlichen Bescheid verboten wurde. Dem in der Folge entlassenen Sintenis und dem damit einhergehenden Prozess widmete Wilisch eine weitere Untersuchung. Des Weiteren beschäftigte er sich mit dem Zittauer Dichter Johann Benjamin Michaelis, einem ehemaligen Schüler des Zittauer Gymnasiums, dessen Autobiographie sowie eine Sammlung von 20 Fabeln und Märchen er herausgab.