В ответ войска РПФ, ставшие основной составной частью армии Руанды, вторглись на территорию соседа. Последующие несколько лет происходили стычки на территории Заира, в котором развернулось своё восстание под руководством Лоран-Дезире Кабилы. Эта война продолжалась вплоть до 1999 года: именно тогда пропаганда со стороны новой власти смогла убедить подавляющую часть хуту, что беженцы им враги.