Bernhard Rathgen wurde in Schleswig geboren und bestand das juristische Examen auf Schloss Gottorf 1823 mit dem 1. Charakter. Am 18. Februar 1824 wurde er als Untergerichtsadvokat in den Herzogthümern bestellt und war von 1837 bis 1848 Deputierter der Schleswig-Holstein-Lauenburgischen Kanzlei, sowie Etatsrat. Während des Ersten Schleswig-Holsteinischen Krieges (1848–1851) stand er im Holsteinischen Regierungsdienst. 1849 war Rathgen Mitglied der Schleswig-Holsteinischen Landesversammlung und von 1848 bis 1852 Landdrost der Herrschaft Pinneberg. Rathgen war von 1849 bis 1850 auch Justizminister und im Jahr 1852 Kammergerichtsrat in Berlin. 1853 gehörte er zum Rat im Ministerium in Weimar und wurde 1859 bis 1879 Präsident der Generalablösungskommission ebenda.