Después que el ejército revolucionario francés invadió Italia en 1798, Consalvi fue encarcelado en el Castillo Sant'Angelo, acusado de cómplice en el asesinato del general Leónard Duphot y condenado a la deportación. Como un "enemigo de la república romana", su propiedad es confiscada. Sin embargo, pronto será puesto en libertad, y se unió en el viaje de exilio del Papa Pío VI, quien moriría a causa de este.