Skružný se stal trenérem mužské reprezentace v roce 1999. Jeho asistenty byli postupně David Zlatník, Švýcar Sascha Brendler, a Fin Passi Tilander. Český tým vedl na pěti mistrovstvích mezi lety 2000 a 2008. Z toho na Mistrovství světa 2004 získal vicemistrovský titul, nejlepší výsledek české reprezentace v historii. V pozici trenéra reprezentace zvítězil v prvních šesti ročnících vyhlašování titulu "Trenér roku" (resp. "sezóny") mezi lety 2001 a 2007.