1993年新憲法が制定され新たに二院制のロシア連邦議会が発足すると、チャジロフは上院議員に選出される。第一期議会では連邦問題・連邦条約・地域政策委員会に所属した。1995年上院議員に再選され、1996年からの第二期議会ではCIS（独立国家共同体）問題委員会に所属した。また、チェルノムイルジン首相を代表とする大統領与党「我が家ロシア」が結成されると、これに参加し、幹部会である評議会と監査委員会メンバーに就任した。しかし、1999年12月19日知事選挙では第一回投票で5位（得票率13パーセント）に終わり、結局、ボリス・グロモフ大将（元ソ連第一内務次官）が知事に選出された。グロモフへの候補者の差し替えは、翌年に大統領選挙を控え、要衝であるモスクワ州を政権側で抑える必要性があったためとされる。