Am 31. Oktober 2001 schied er nach 37-jähriger Arbeit für die NSA aus Protest gegen die Datensammelpraxis aus dem Dienst aus und wurde zum Whistleblower. Wegen der Wende der NSA hin zum Prinzip der Massenüberwachung im Gefolge der Anschläge vom 11. September 2001 quittierte er den Dienst bei der NSA, weil er für diese Entwicklung keine Verantwortung habe übernehmen wollen. Er war zuletzt als technischer Direktor für die Systeme zur Datensammlung und zur Filterung relevanter Informationen zuständig. Ihn empörte die illegale Nutzung der NSA-Daten innerhalb der US-Justizbehörden und anderer Institutionen, die den Rechtsstaat, die Demokratie aushöhlten. Nur wenige Tage nach den Anschlägen war ein entsprechender Vorschlag des damaligen NSA-Chefs Michael Hayden von US-Präsident George W. Bush und seinem Vize Richard Cheney angenommen worden. Damit sind, nach Binneys Ansicht, alle Schleusen zur Speicherung und Totalüberwachung geöffnet worden. Auf diese Weise ist spätestens ab Herbst 2001 eingetreten, was nach Ansicht Binneys die Gründerväter der USA exakt hatten verhindern wollen: dass ein Staat entsteht, der über alle seine Staatsbürger jede Information sammelt und im Zweifel auch gegen sie verwendet.