Nachdem sein Heimatstaat Virginia aus der Union ausgetreten war, gab auch Stuart Anfang 1861 sein Offizierspatent als Hauptmann der US-Armee zurück und wurde Hauptmann im konföderierten Heer. Schon kurz darauf wurde Stuart zum Oberst befördert und erhielt das Kommando über das 1. Kavallerieregiment des Staates Virginia. Mit diesem Regiment kämpfte er in der Ersten Schlacht am Bull Run, in der er sich auszeichnete.