Els bavaresos van tornar a ocupar Innsbruck però, quan les tropes napoleòniques van marxar, la rebel·lió va tornar a recuperar el seu ímpetu. El 25 i 29 de maig les forces de Hofer van derrotar els bavaresos a la batalla de Bergisel i van prendre Innsbruck el 30 d'aquest mateix mes. El 19 de maig, Hofer rep una carta de l'emperador d'Àustria en la qual li assegura que no signarà mai el tractat de cessió del Tirol; un intendent austríac va ser nomenat per a administrar el país. Però la victòria francesa a la Batalla de Wagram, el 6 de juliol, va acabar amb els èxits precedents, i l'armistici de Znaim del 12 de juliol va excloure el Tirol, que va quedar en mans de les tropes franceses i va ser retornat a Baviera. Napoleó hi va enviar 40.000 homes per a ocupar Innsbruck. L'escamot va prosseguir amb la seva lluita.