Rakennusprojektit keskeytyivät toisen maailmansodan vuoksi. Länsiliittoutuneet pommittivat Berliiniä 363 kertaa vuosina 1940–1945. Marraskuusta 1943 maaliskuuhun 1944 kaupunkiin kohdistettiin oma pommituskampanjansa. Berliini toimi viimeisenä sotanäyttämönä Euroopassa, kun puna-armeijan joukot saavuttivat sen huhtikuussa 1945. Kaupungista käytiin ankara taistelu, ja muun muassa valtiopäivätalo raunioitui.