W trakcie walk poległo około 100 Szwajcarów z Nidwalden, dalszych 300 – wśród nich ponad setka kobiet i 26 dzieci – zginęło w czasie pacyfikowania kantonu. Francuzi w myśl legendy mieli stracić w walkach około 2000 ludzi, jednakże w rzeczywistości ich straty były znacznie niższe (ok. 100-150 osób). Liczne miejscowości kantonu zostały zrównane z ziemią, 600 domów i wiele kościołów zostało spalonych, a ludność cywilna obrabowana doszczętnie, tak że wkrótce sami Francuzi z litości rozpoczęli rozdzielanie dla niej żywności, a Johann Heinrich Pestalozzi zlecił budowę domu dla sierot wojennych w Stans. Dla upokorzenia pokonanych Francuzi pozbawili pomnik Winkelrieda (Bitwa pod Sempach) włóczni i miecza. Opór mieszkańców kantonu wobec francuskiej interwencji odbił się szerokim echem w krajach koalicji antyfrancuskiej, a wywołana pacyfikacją trauma odcisnęła silne piętno na XIX-wiecznej historii Szwajcarii, w której katolickie kantony niechętnie odnosiły się do wszelkich późniejszych projektów reform konstytucyjnych.