Після польсько-литовської війни і підписання угоди між міжвоєнною Польської Республікою і Литвою в 1919 році Пабойськ опинився у складі Литви. У часи Другої світової війни з червня 1941 до 1944 року містечко перебувало під окупацією Третього Рейху.