Er ist Mitglied im Justizausschuss und im "United States House Committee on Oversight and Government Reform" sowie in drei von dessen Unterausschüssen. Den letzteren Ausschuss, der für eine Kontrolle der Exekutive zuständig ist, leitet er seit 2015. In diese Schlüsselstellung wurde er – ungewöhnlich für einen Abgeordneten relativ kurzer Mandatszeit – gewählt, nachdem er ein ambitioniertes Programm vorgestellt hatte, insbesondere die damals von Demokraten dominierte Regierung Obama vor sich herzutreiben. In dieser Rolle gehörte Chaffetz zu den lautesten Kritikern des Regierungshandelns beim Bengasi-Anschlag. Nach dem Regierungswechsel war Chaffetz für die Untersuchung von Ethik-Vorwürfen gegen Präsident Donald Trump zuständig. Für seine von einigen Beobachtern als parteiisch wahrgenommene Rolle geriet er 2017 in die Kritik.