Sein Debüt für die jugoslawische A-Nationalmannschaft hatte er bereits in einem am 13. Juni 1979 in Zagreb ausgetragenen Freundschaftsspiel gegen Italien gegeben, das 4:1 gewonnen wurde. In den insgesamt 8 Qualifikationsspielen Jugoslawiens zur Fußball-Weltmeisterschaft 1982 kam Vujović fünfmal zum Einsatz. In einem dieser Spiele (am 27. September 1980 beim 2:1-Sieg gegen Dänemark) erzielte er sein erstes Länderspieltor, dem mehr als vier Jahre später am 1. Februar 1985 noch ein Treffer zum 3:1-Erfolg gegen Südkorea folgte. Bei der WM 1982 gehörte Zoran Vujović zum jugoslawischen WM-Kader, kam dort jedoch – im Gegensatz zu seinem Bruder – nicht zum Einsatz. Zoran Vujović bestritt auch mehrere Qualifikationsspiele zu den Weltmeisterschaften 1986 und 1990 sowie zu den Europameisterschaften 1984 und 1988, nahm nach 1982 aber nie wieder an einem großen Turnier teil: 1984 und 1990 wurde er nicht berufen und für die Turniere der Jahre 1986 und 1988 konnte Jugoslawien sich nicht qualifizieren.