La saison suivante, Vincent Clerc est titulaire au Stade toulousain 15 fois et joue 19 matchs sur 21 possibles en championnat de France mais sa carrière internationale connaît un coup d'arrêt puisqu'il n'est pas retenu pour disputer la Coupe du monde 2003. Clerc est victime de sa spécificité d'ailier, Bernard Laporte cherchant un remplaçant obligatoirement polyvalent ailier-arrière, tel que Pépito Elhorga. Christophe Dominici et Xavier Garbajosa sont préférés à des ailiers « puristes » comme David Bory et Vincent Clerc. Vincent Clerc retrouve toutefois l'équipe de France pour gagner un Grand chelem lors du Tournoi des Six Nations 2004. Clerc demeure titulaire à l'aile droite du Stade toulousain avec ses qualités de finisseur : depuis son arrivée en 2002 jusqu'en 2007, Vincent Clerc marque plus de dix essais par saison. Côté sélection, de à , il ne se voit offrir que trois capes. Il fait partie de l'équipe de France qui s'impose en Afrique du Sud 36-26 infligeant aux "" leur première défaite à domicile depuis trois ans. Vincent Clerc s'illustre en marquant deux essais.