En julio de 1936, cuando se produjo el golpe de estado contra la República, se encontraba en el madrileño Cuartel de la Montaña junto a su padre, jefe de la sublevación en Madrid. Herido durante el asalto republicano al acuartelamiento, logró huir y acabaría refugiándose en la embajada de Chile. Destino muy distinto le esperaría a otros miembros de su familia durante la guerra: su padre, que había sido hecho prisionero, sería juzgado por rebelión militar, condenado a muerte y ejecutado; su hermano José Ignacio, detenido, sería asesinado en la matanza de la cárcel Modelo de Madrid. Tras permanecer un tiempo refugiado en la embajada chilena Juan Manuel Fanjul consiguió llegar hasta la zona sublevada, donde desempeñaría diversos cargos de responsabilidad. El 20 de mayo de 1938 fue nombrado jefe provincial de FET y de las JONS en La Coruña, en sustitución de Gerardo Salvador Merino. Poco tiempo después, durante ese año, sería nombrado vicesecretario general de FET y de las JONS por Raimundo Fernández-Cuesta, convirtiéndose en uno de sus colaboradores. Ostentó este cargo hasta después del final de la contienda, en agosto de 1939.