অটোমান শাসনের সময় এই অঞ্চলে তুর্কী সংখ্যালঘুদের বসতি উল্লেখযোগ্য হারে বৃদ্ধি পায়, বিশেষ করে ধর্মীয় দিক বিবেচনা করলে মুসলমানদের সংখ্যা বৃদ্ধি পায়, কেউ কেউ ধর্মান্তরিত হয়ে মুসলমান হয়। অটোমান শাসনের সময়, স্কোপে এবং মনস্তির ( বিটোলা ) পৃথক পৃথক অটোমান প্রদেশের (eyalets) রাজধানী ছিল। ভারডার নদির উপত্যকা, যা পরে উত্তর ম্যাসেডোনিয়ার কেন্দ্র হয়ে উঠেছিল, ১৯১২ সালের প্রথম বলকান যুদ্ধের পূর্ব পর্যন্ত অটোমান সাম্রাজ্য দ্বারা শাসিত হয়েছিল। ১৮৭৮ সালে সংক্ষিপ্ত সময়ের জন্য ব্যতিক্রম ছিল, যখন এটি রুশো-তুর্কি যুদ্ধের পর (1877-78), অটোমান শাসন থেকে মুক্ত হয়ে বুলগেরিয়ার অংশ হয়েছিল। ১৯০৩ সালে, ইলিন্ডেন-প্রিয়ব্রাঝেনি বি্প্লবের সময় বিদ্রোহীদের দ্বারা বর্তমান উত্তর ম্যাসেডোনিয়া অঞ্চলের দক্ষিণ-পশ্চিমাংশে একটি স্বল্পকালীন ক্রুসেভ প্রজাতন্ত্র ঘোষিত হয়েছিল। অটোমান শাসনের সময়ে বেশিরভাগ নৃবিদ এবং পর্যটকগণ ম্যাসেডোনিয়ার স্লাভিক ভাষাভাষী জনগণকে বুলগেরিয়ান হিসাবে উল্লেখ করেছেন। উদাহরণস্বরূপ ১৭তম শতাব্দীর ভ্রমণকারী ইভলিয়া সেলেবি তার "সিয়াহাটনামেঃ পর্যটনের বই" এবং পরবর্তীতে ১৯০৪ সালে হিলমি পাশা তার "অটোমান আদমশুমারী" উল্লেখযোগ্য। তবে তারা মন্তব্য করেছেন যে ম্যাসেডোনিয়াতে কথিত ভাষাটি কিছুটা স্বতন্ত্র ছিল - আধুনিক পশ্চিমা বুলগেরিয়ার বুলগেরিয়ান উপভাষার উচ্চারণের কাছাকাছি "পশ্চিম বুলগেরিয়ান উপভাষা" বলে উল্লেখ করা হয়।