In einem anderen Verfahren gegen ihn plädierte sein Verteidiger im Juni 1996 auf unschuldig in Bezug auf Verbrechen gegen die Menschlichkeit nach Art. 74, 67 und 25 des albanischen Strafgesetzbuchs. Weitere Mitangeklagte waren die ehemaligen Politbüromitglieder Muho Asllani, Foto Çami, Gaqo Nesho, früherer 1. Sekretär der PPSh von Vlora und Tirana, Zef Loka, früherer Direktor im Innenministerium und Dilaver Bengasi, ehemaliger Vize-Innenminister. Im August 1996 erfolgte die Verurteilung durch dieses Gericht. Murra erhielt 20 Jahre Freiheitsstrafe, Asllani und Loka 18 Jahre, Nesho 16 Jahre und Bengasi 12 Jahre. Im Verlauf der Unruhen von 1997 wurden die Verurteilten amnestiert.