Efter valet 2006 var Wessberg först statssekreterare i Försvarsdepartementet under försvarsminister Mikael Odenberg, men lämnade sin post 2007 samtidigt som Mikael Odenberg lämnade regeringen på grund av oenighet kring försvarsbudgeten och regeringens beslutsfattande i dessa frågor. Efter ett uppehåll på några veckor återkom han som statssekreterare i Utrikesdepartementet hos den nytillträdda handelsministern Ewa Björling.