Schuster var representant för Royal Society vid de båda första generalförsamlingarna i International Association of Academies, 1901 respektive 1904, och i oktober 1905 utsågs han som representant för Royal Society i IAA:s råd. Han var också en av grundarna av International Union for Solar Research (tillsammans med Svante Arrhenius och George Hale) 1904–1905. Delvis för att kunna ägna sig åt detta internationella arbete avsade han sig tjänsten som professor 1907, efter att ha försäkrat sig om att efterträdas av Ernest Rutherford. Under första världskriget rasade dessa organisationer samman – Tyskland och Österrike hade varit betydelsefulla medlemmar och dessutom blev det revolution i Ryssland. Schusters lojalitet ifrågasattes också i och med att han var född tysk. Det delades till och med ut pamfletter mot honom under British Associations årsmöte i Manchester 1915 vid vilket han valdes till ordförande, samma dag som fick han veta att hans son skadats allvarligt när han stred på brittisk sida vid Gallipoli. Han fick dock stöd av vänner.