Στις αρχές του 1897 ο Κώττας εγκατέλειψε τη Ρούλια και βγήκε στο βουνό ως αντάρτης, ακολουθώντας τους παλαίμαχους οπλαρχηγούς Στέφο Νταλίπη και Γεώργιο Δούκα (Νταβέλη). Η κατάσταση ήταν έκρυθμη λόγω της Μακεδονικής Επανάστασης του 1896 που ήταν ακόμα σε εξέλιξη αλλά και του επικείμενου Ελληνοτουρκικού πολέμου του 1897. Ο Κώττας άρχισε να καταδιώκει Οθωμανούς άρχοντες και έδωσε αρκετές μάχες με οθωμανικά στρατεύματα. Την άνοιξη του 1897, η φήμη της δράσης του Κώττα ήταν τέτοια, που 28 νέοι των καλύτερων οικογενειών του Μοναστηρίου, μεταξύ των οποίων και ο βιομήχανος Νικόλαος Καζάζης, είχαν προετοιμαστεί και εξοπλιστεί, προκειμένου να τεθούν υπό τη ηγεσία του Κώττα. Επίσης, ανάλογες προθέσεις είχαν και αρκετοί νεόι της Φλώρινας και της Καστοριάς. Τα σχέδια αυτά του Ελληνισμού της περιοχής ματαίωσε η ατυχής κατάληξη του Ελληνοτουρκικού πολέμου του 1897. Το πρώτο σώμα του Κώττα αποτελούσαν οι Λάζαρος Τσολάκης και Αθανάσιος Γιόρλης από τον Απόσκεπο Καστοριάς, ο Νάκος από το Σίστεβο (σημ. Σιδηροχώρι), ο Αλέξανδρος Νάστος από το Τσέροβο (σημ. Κλειδί), ο Βασίλειος Μπεκιάρης από το Ζέλοβο (σημ. Ανταρτικό) και ο Σπύρος Παρασκευαΐδης. Αργότερα στο σώμα του προσήλθαν και άλλοι μαχητές, όπως ο Γρηγόριος Βαϊνάς. Η δράση του σώματος του Κώττα ήταν ανεξάρτητη και στρέφονταν κατά των Οθωμανών δυναστών.