L'8 maggio 1775, dopo l'inizio della guerra rivoluzionaria, Church divenne membro di una commissione d'esame per chirurghi per l'esercito. Una risoluzione del 19 giugno ordinò "che il Dr. Church, il Dr. Taylor e il Dr. Whiting fossero un comitato per valutare quale metodo adottare per rifornire gli ospedali di chirurghi e che gli stessi signori fossero un comitato per fornire medicine e altre cose necessarie per gli ospedali. " Come presidente di una sottocommissione del Comitato per la sicurezza, firmò un rapporto il 12 maggio che raccomandava un sistema di opere difensive su Prospect Hill e Bunker Hill. I colleghi hanno notato, tuttavia, che aveva insistito per entrare a Boston subito dopo la battaglia di Lexington e Concord, e mentre era lì è stato visto in una conferenza con il generale britannico Thomas Gage; ha affermato di essere stato arrestato e rilasciato.