Forțele reformiste din cadrul emiratului s-au lovit de lipsa de cooperare a emirului Mohammed Alim Khan, care nu era dispus să cedeze din puterile sale absolute, și au cerut ajutorul militar al revoluționarilor bolșevici rușiaries. Armata Roșie a eșuat în primul atac din martie 1920, dar a efectuat o acțiune militară încununată de succes în luna septembrie a aceluiași an. Emiratul Buhara a fost cucerit de bolșevici și a fost proclamată Republica Sovietică Populară Buhariană. În zilele noastre, teritoriul fostului Emirat este găsit în cea mai mare parte în Uzbekistan, unele regiuni fiind parte a teritoriilor Tajikistan, Turkmenistanului Kazahstanului. Între 1793 și 1850, o regiune din nordul Afganistanului a aparținut de asemenea emiratului.