В ноябре 1968 года опальный министр сопровождал Кейту во время его поездки в регион Мопти, но держался несколько в стороне. 18 ноября он по каким-то причинам отказался возвращаться вместе со всеми в Бамако на пароходе, а поехал в столицу на автомобиле. Той же ночью в Мали произошёл государственный переворот, и Жан-Мари Коне сам явился к военным и предложил им свои услуги.