Jakub zmarł 6 września 1701. Maria wspierała we Francji wygnańców z Anglii. Na jej prośbę, Ludwik XIV ogłosił jej syna królem Anglii i Szkocji (była to jedna z przyczyn Wojny o sukcesję hiszpańską). Zmarła w Paryżu na raka piersi. Jej grób, w opactwie Chaillot został zniszczony podczas Wielkiej Rewolucji Francuskiej.