W 1454 roku podczas wojny trzynastoletniej Braniewo poparło działania antykrzyżackiego Związku Pruskiego, a mieszczanie częściowo zburzyli zamek biskupi. W 1478 r. podczas wojny popiej miasto było oblegane przez wojsko polskie. W 1520 r. podczas wojny pruskiej miasto zdobyli podstępem Krzyżacy, którzy okupowali je do 1525 r. Przez 3 miesiące Braniewo było oblegane przez wojska polskie. W latach 1466–1772 oba miasta znajdowały się w granicach księstwa warmińskiego, będącego częścią Prus Królewskich Korony Królestwa Polskiego I Rzeczypospolitej.