Thomas Pinckney powrócił do ojczyzny w 1774 roku. W czasie bunt przeciw Brytyjczykom został jednym z „Patriotów”. W 1775 został kapitanem 1st South Carolina Regiment (Armia Kontynentalna), a potem adiutantem gen. Horatio Gatesa. Bitwa pod Camden w 1780 roku została przez kolonistów przegrana i Pinckney dostał się do niewoli. Gdy rany zagoiły się został wymieniony na brytyjskiego oficera schwytanego przez kolonistów. W roku 1781 walczył pod gen. La Fayette w Wirginii.