Im April 1945, in der Endphase des Kampfes um Wien, als die Rote Armee Straße um Straße im Osten der Stadt eroberte, wurde das Gebäude zwischen dem 9. und 11. April 1945 wahrscheinlich von der SS mit Granaten in Brand geschossen. Die gesamte wissenschaftliche und technische Einrichtung, auch alle Tiere, darunter ein Krokodil und die achtzigjährigen Schildkröten, wurden vernichtet. Es blieb nur eine Ruine übrig.