Ennen nykyistä lippua Ruandassa oli käytössä lippu, jossa oli pystysuunnassa punainen, keltainen ja vihreä raita. Erotukseksi samankaltaisesta Guinean lipusta keltaisen raidan päälle merkittiin 1962 R-kirjain. Kirjain oli luonnollisesti viittaus maan nimeen Ruanda, mutta se viittasi myös kanonisoituun iskulauseeseen: ”vallankumouksen (revolation) synnyttämä ja kansanäänestyksen (refendum) vahvistama tasavalta (republic).” R:n muotoa tai kokoa ei virallisesti määritelty, mutta sen edellytettiin olevan suuri. Lippu muutettiin nykyisenlaiseksi vuonna 2001, koska entinen muistutti liikaa vuoden 1994 Ruandan kansanmurhasta.