À la suite de la bataille d'Antietam, Barry est promu commandant. Lors de la bataille de Chancellorsville, le 18th North Carolina Infantry subit de lourde partes, dont l'ensemble des officiers supérieurs à l'exception de Barry. Par ailleurs, au cours de la bataille, Barry donne l'ordre de tirer sur un groupe de Stonewall Jackson alors qu'il tente de passer au travers de la brigade de James H. Lane, pensant qu'il s'agit de la cavalerie de l'Union. Malgré l'erreur, Barry est promu colonel du "18th North Carolina" après la bataille, succédant au colonel Purdie, tué au combat en . Il mène le régiment au cours de la charge de Pickett le à Gettysburg. Tout au long de la campagne de l'Overland de 1864, Barry continue de mener le "18th North Carolina".