Vuoden 1995 kesällä hänet valittiin Jugoslavian koripallomaajoukkueeseen, jonka paidassa hän voitti EM-kilpailut 1995. Indianapolisin MM-kisat 2002 olivat käännekohta koripallomaailmassa, sillä silloin Jugoslavian kapteenina toiminut Bodiroga onnistui voittamaan Yhdysvaltain maajoukkueen ja päättämään Yhdysvaltojen hallinnan.