Se unió al regimiento colonial británico, los Fusileros Africanos del Rey, en 1946. Ascendió al rango de teniente y tomó parte en las acciones británicas contra los rebeldes somalíes en la guerra de Shifta y después en la rebelión del Mau Mau en Kenia. Tras la independencia de Uganda del Reino Unido en 1962, Amin continuó en las fuerzas armadas y ascendió a mayor antes de ser nombrado comandante del Ejército en 1965. Informado de que el presidente Milton Obote planeaba arrestarlo por apropiación indebida de fondos del ejército, Amin tomó el poder en un golpe de estado en enero de 1971 y se nombró a sí mismo presidente.