De même, l'académie navale est fondée et Ilias Kanellopoulos en est nommé directeur. Un comité français, dirigé par l'amiral Lejeune, introduit une nouvelle organisation navale, plus poussée et la formation méthodologique du personnel enrôlé, par la création d'une école de formation dans l'ancien bâtiment de la base navale de Poros. Pendant le gouvernement de Charílaos Trikoúpis, en 1889, la flotte s'accroit par l'acquisition de nouveaux navires de guerre français : , et . Ainsi, lorsque la Grèce entre en guerre contre la Turquie, en 1897, la marine grecque installe sa domination dans la mer Égée, mais ne peut changer le résultat de la guerre sur le continent, qui s'avère être une humiliation nationale.