Los esfuerzos exteriores de los Habsburgo quedaban sin embargo divididos pues Carlos V primó el teatro mediterráneo frente al apoyo a su hermano en Hungría, con un fracaso en octubre en Argel. Tampoco ayudaban los intereses de la dinastía en los Países Bajos, pues la corte de Bruselas buscaba reafirmar su autonomía del imperio y eludía los impuestos imperiales. Aunque Fernando era el receptor de la ayuda contra los turcos, sus hermanos Carlos y María apoyaban las tesis borgoñonas bajo la idea de que esos recursos eran necesarios para defender la otra frontera imperial frente a Francia. Fernando particularmente pidió a su hermano que contribuyera a la expedición de los estados germanos en Hungría con arcabuceros españoles e italianos, tanto por el impacto moral que tenía la contribución personal del emperador como por la experiencia de estos en operaciones anfibias como las que requeriría una campaña en el Danubio y por sus conocimientos sobre fortificaciones pirobalísticas. Sin embargo Carlos rechazó comprometer recursos de sus dominios fuera del imperio, especialmente mientras veía la posibilidad de una guerra con Francia, y sólo mantendría un contingente reducido que ya había enviado para la campaña previa de 1541. Carlos tampoco cumplió la promesa de su vicecanciller de sumarse personalmente a la campaña, lo que fue motivo de críticas entre los príncipes imperiales.