В 1702 году при взятии Нотебурга своевременно подоспел со свежими силами к М. М. Голицыну, начавшему штурм. В 1703 году участвовал в осаде Ниеншанца, а 7 мая 1703 года, действуя с Петром в устье Невы и начальствуя отрядом из 30 лодок, одержал первую морскую победу над шведами, смелым абордажным ударом пленив два неприятельских корабля — галиот «Гедан» и шняву «Астрильд». Царь велел выбить медаль с лаконичной надписью: «"Небываемое бывает"». Меншиков получил в награду орден святого Андрея Первозванного (№ 7, одновременно с Петром I — кавалером № 6). В указе о награждении, изданном 10 (21) мая 1703 года — за 6 дней до официальной даты основания Санкт-Петербурга, Меншиков уже именовался генерал-губернатором.