Gedurende het Afrikaans kampioenschap 2015 was Aubameyang de aanvoerder van Gabon en maakte hij in de eerste groepswedstrijd tegen Burkina Faso de openingstreffer (0–2 winst). Met zijn land kwam hij niet verder dan de groepsfase. Twee jaar later, toen Gabon gastheer was van het toernooi om de Africa Cup, herhaalde dat scenario zich. Onder leiding van de Spaanse bondscoach José Antonio Camacho strandde de ploeg in de groepsfase na drie gelijke spelen, tegen achtereenvolgens Guinee-Bissau (1-1), Burkina Faso (1-1) en Kameroen (0-0). Aubameyang nam beide treffers voor zijn rekening in de voorronde.