Mezi roky 1565 a 1821 byla Španělská Východní Indie součástí místokrálovství Nové Španělsko, mezi Manilou a Acapulcem (dnešní Mexiko) fungovaly pravidelné výpravy galeon naložených zbožím, které se přepravovalo přes mexickou pevninu a se následně přes Atlantik plavilo do Španělska. Mezi roky 1762 a 1764 byla Manila v britských rukou. Po mexické válce za nezávislost (v rámci hispanoamerických válek za nezávislost byla podřízena Španělská Východní Indie přímo Madridu. Roku 1898 přešly Filipíny a Guam po prohrané španělsko-americké válce a podepsání pařížské mírové smlouvy do rukou Spojených států amerických, přičemž zbytek mikronéských ostrovů prodali Španělé o rok později Němcům, kteří nabyté ostrovy začlenili do své kolonie Německá Nová Guinea.