В течение нескольких лет Душан Фитцель возглавлял юношескую сборную Чехии по футболу. С 2006 по 2009 год чех был главным тренером сборной Мальты. Под его руководством «крестоносцы» показывали неплохие для себя результаты. В частности, в отборочном турнире к ЧЕ-2008 была одержана историческая победа над сборной Венгрии (2:1). В 2009 году Фитцель по состоянию здоровья покинул свой пост. Через два года Федерация футбола Мальты вновь рассматривала чеха в качестве вероятного кандидата на пост главного тренера национальной команды.