Усього в сезоні Тотті забив 31 м'яч, побивши свій власний гольовий рекорд; при цьому 6 раз не реалізовував пенальті. Разом з «Ромою» Тотті дійшов до 1/4 фіналу Ліги чемпіонів, де римляни були розгромлені клубом «Манчестер Юнайтед» з рахунком 1:7, незважаючи на передматчеві запевнення Тотті, що ця гра для нього важливіша за фінал чемпіонату світу. У тому ж році команда перемогла в Кубку Італії, а Тотті за свої гольові успіхи отримав не тільки титул найкращого бомбардира чемпіонату Італії, а й «Золоту бутсу» найкращого бомбардира європейських першостей. Завоювати цей титул йому допоміг останній тур, у якому він випередив Руда Ван Ністелроя завдяки двом голам у ворота «Мессіни». Після нагородження Тотті сказав: «Рік тому багато хто вважав, що моя кар'єра закінчена. Я отримав травму, і всі думали, що мене запросили до збірної лише за ім'я. Зараз я можу сказати, що всі ці чутки принесли мені удачу. Я чемпіон світу, виграв з „Ромою“ Кубок Італії і став володарем „Золотої бутси“». Незважаючи на цей успіх, в опитуванні на володаря «Золотого м'яча» Тотті зайняв лише 10-те місце, набравши 20 голосів. 19 серпня 2007 року Тотті виграв свій другий у кар'єрі Суперкубок Італії.