I forbindelse med tildelingen af Nobels fredspris for 2001 blev Annan kritiseret for at have forholdt sig passiv i forbindelse med Folkemordet i Rwanda i 1994 og Srebrenica-massakren i 1995 . Annan blev i 2004 anklaget for at have forsøgt at dække over en ansats sexchikane mod en kvinde længere nede i FN-systemet. Senere blev han beskyldt for nepotisme i forbindelse med FN's Mad-for-olie-program i Irak, hvor Annan skulle have givet sin søn Kojo Annan en fordelagtig aftale.