سلطان سلیمان به سال ۱۵۲۶ در نبرد موهاچ مجارها را شکست داده و سپاهیانش تا بودا و استرگم پیشروی کردند ولی نماندند. اشغال اصلی شهر در سال ۱۵۴۱ به مدت ۱۴۰ سال باعث پسرفت و ویرانی شهر شد. در کلِ مجارستانِ عثمانی، مکتب خانه (به ترکی:Mektep) جهت آموزش ابتدایی قرآن، مدرسه (به ترکی:Medrese) جهت دروس پیشرفته حوزوی، و مسجد (ساخته شده یا از کلیسا تبدیل شده) دایر بود. بیشترین تعداد مدرسه در بودا به تعداد ۱۲ برقرار بود. اگرچه اعمال دینی مسیحیت ممنوع نبود ولی نقل از نویسندهٔ قرن هفدهمی است که می‌گوید: «ترکها نه با زور که با استادی موفق (به بازگشت از دین) می‌شوند با فریب، مسیح را از قلب مردم بیرون برانند…». از طرفی مدارای نسبی عثمانی‌ها نسبت به مذهب باعث بقای پروتستانتیسم و کالوینیسم ضد حاکمان سرکوبگر کاتولیک هابسبورگ در مجارستان شد. علاوه بر اسلامِ سنی، جامعهٔ دراویش طریقهٔ بکتاشیه، علوی و مولویه نیز رونق داشت. خانقاه گل بابا (ترکی: Gül Baba) در بودا با جایگاهی برای ۶۰ درویش بکتاشی توسط بیگلربیگی بودین (بودا) در نزدیکی اردوگاه ینی‌چری ساخته شد. توربت (türbe) او در بوداپست امروز محل زیارتی و توریستی است. عثمانی‌ها بیش از ۷۵ حمام در دورهٔ اشغال ساختند که حمام روداش (به مجاری: Rudas fürdő) اولین آن‌ها در نزدیکی تپهٔ گلرت در بودا امروزه نیز به کار می‌رود. پس از محاصرهٔ بودا (۱۶۸۴) که ناموفق ماند، لشکرکشی دیگری دو سال بعد برای نفوذ به بودا انجام گرفت و نیروهای مسیحی سرانجام موفق به آزاد کردن بودا شدند. در نهایت جنگ اتحاد مقدس ۱۶۸۳–۱۶۹۹، پس از ۱۵ سال به مغلوب شدن امپراتوری عثمانی منجر و به موجب پیمان کارلویتز در صربستان بخش اعظم مجارستان، بوسنی و هرزگوین و کرواسی به امپراتوری هابسبورگ واگذار شد.