Тансен был столицей магарского княжества Танаун — одного из наиболее могущественных княжеств региона до возвышения династии Шах. В XVI веке, под предводительством Мукунды Сена, княжество было близко к завоеванию Катманду. Местные магарские правители теряют своё влияние к XVIII веку, а Тансен становится неварским торговым пунктом на пути между Индией и Тибетом, идущим через долину реки Кали-Гандаки и Мустанг. В ходе гражданской войны в Непале маоисты несколько раз нападали на город.