L"'Afrikakorps" bat en retraite en . Mais avec trois groupes de trois escadres différentes, standardiser les unités de Stukas s'avère nécessaire. Les I./St.G 1 et II./St.G 2 sont donc respectivement rebaptisés II et III./St.G 3, et viennent compléter le I./St.G 3 déjà présent. Mais comme à son habitude, la Luftwaffe est contrainte de diviser ses forces pour boucher les trous dans les différents fronts. Un groupe est donc maintenu sur le front sicilien et maltais, n'en laissant que deux sur le sol africain. Et comme toujours, les Ju 87 sont employés comme avions à tout faire : attaques de camions, de blindés, de navires bien sûr, mais ils seront également utilisés comme avions de liaison, pour la protection de navires allemands et seront même mis à contribution pour le sauvetage en mer. Les Ju 87 opèrent durant la bataille de Gazala du au , et sont fortement sollicités lors des deux batailles d'El-Alamein, respectivement en juillet et automne 1942.