En 1923, à l'issue la guerre gréco-turque les Grecs habitant en Anatolie devaient retourner en Grèce, alors que tous les Turcs présent en Grèce devaient retourner en Turquie. Cela créait bien évidemment une quantité énorme de Grecs à Thessalonique. Les nouveaux arrivants grecs avaient tout perdu et devaient repartir de zéro. La mosquée a donc servi de refuge en attendant que ces derniers s'adaptent à la société. L'Acheiropoiètos est redevenue une église en 1930.