Efter att Israel erövrade Västbanken 1967 förbjöds muslimer att dyrka i helgedomen och den omvandlades successivt till ett judiskt bönerum. Interreligiös friktion och konflikt mellan konkurrerande judiska och muslimska anspråk på graven blev vanliga. Även om det föll under den palestinska nationella myndighetens (PNA) jurisdiktion efter undertecknandet av Osloavtalen, fortsatte Israels försvarsmakt att bevaka att inte muslimer ber där. I början av Al-Aqsa-intifadan 2000, strax efter att ha överlämnats till PNA, plundrades och raserades det av uppror av palestinier. Efter återupptagandet av Nablus under Israels Operation Defensive Shield 2002, återvände judiska grupper med jämna mellanrum. Mellan 2009 och 2010 renoverades strukturen, med en ny kupol installerad, och besök av judiska bedjare har återupptagits.