Après l'échec des négociations engagées par le gouvernement Blum, des incidents sanglants éclatent en 1937 et les émeutes d'avril 1938 sont sévèrement réprimées. Cette répression conduit à la clandestinité du Néo-Destour, qui incite les nouveaux dirigeants à ne pas exclure l'éventualité d'une lutte plus active. En 1942, le régime de Vichy livre Bourguiba à l'Italie, à la demande de Benito Mussolini, qui espère l'utiliser pour affaiblir la Résistance française en Afrique du Nord. Cependant Bourguiba ne désire pas cautionner les régimes fascistes et lance le un appel pour le soutien aux troupes alliées. Pendant ce temps, la Tunisie est le théâtre d'importantes opérations militaires connues sous le nom de campagne de Tunisie Après plusieurs mois de combats et une contre-offensive blindée allemande dans la région de Kasserine et Sidi Bouzid au début de l'année 1943, les troupes du Troisième Reich sont contraintes de capituler le 11 mai dans le cap Bon, quatre jours après l'arrivée des forces alliées à Tunis. Après la Seconde Guerre mondiale, les dirigeants nationalistes inscrivent la résistance armée dans la stratégie de libération nationale. Des pourparlers sont menés après la guerre avec le gouvernement français, si bien que Robert Schuman évoque en 1950 la possibilité de l'indépendance de la Tunisie en plusieurs étapes. Mais le gouvernement français met fin aux négociations avec le gouvernement tunisien par la affirmant le .