Gouverneur de Braunau le 8 brumaire, il se trouve à la bataille d'Austerlitz, a deux chevaux tués sous lui, et mérite d'être nommé général de division le 3 nivôse. Employé au corps d'observation des côtes de l'Océan le , il retourne presque immédiatement en Espagne, y signale son arrivée par la prise de Valladolid, se porte de là sur Santander, concourt au succès du combat de Medina de Rioseco, et reçoit le la décoration de grand officier de la Légion d'honneur. Devenu baron de l'Empire vers le même temps, le général Merle, de concert avec le général Mermet, culbute le l'avant-garde anglaise qui, après avoir débarqué à la Corogne, s'était emparée des hauteurs de Vilaboa.