2008. november 19-én Capoue debütált az U21-es csapatban Dánia ellen. A következő mérkőzést a válogatottja Tunézia játszotta a Stade Olympique de Sousse stadionban, Capoue ekkor a csapatkapitány volt, és a mérkőzés után a csapat alapember lett. A 2009-es Touloni Ifjúsági Tornán is ő volt a csapat vezéregyénisége, honfitársa, Mamadou Sakho pedig a helyettese volt. Capue lesz majd valószínűleg 2011-es U21-es Európa-bajnokság francia keretének a csapatkapitánya is.