Zumbos Geschichte reicht zurück bis in das Munhumutapa-Reich, zu dem Zumbo gehört haben soll. Im 17. Jahrhundert gründeten die Portugiesen einen Handelsposten für Elfenbein aus den Bangweulusümpfen, das sie über Petauke handelten. Eine wichtige Rolle spielten hierbei Inder aus Goa, die in Bergwerken oder als Händler beträchtliche Vermögen machten. Zumbo erlebte eine lange Zeit der Prosperität, auch als Touristen- und Jagdzentrum. Die Stadt war bis zum Vertrag von 1890 zwischen Großbritannien und Portugal die bis weit ins Landesinnere wirtschaftlich und politisch dominierende Stadt. Im Mosambikanischen Bürgerkrieg war die Stadt wegen ihrer Schlüsselstellung am oberen Ende des Stausees der Cahora-Bassa-Talsperre und an den Grenzen hart umkämpft, was zu großen Zerstörungen führte. Die Bevölkerung floh in dieser Zeit nach Sambia und Simbabwe. Als sie nach dem Krieg zurückkehrte, lebten Wildtiere in den Ruinen der Häuser. Das Gebiet ist stark mit Landminen verseucht, obwohl inzwischen viele geräumt wurden.