Nel 1797, la vittoria delle truppe di Napoleone Bonaparte determinava la caduta della Repubblica di Venezia. La città di Caorle fu inizialmente resa Municipalità Provvisoria, mentre i soldati francesi razziarono gran parte dei beni materiali posseduti dai nobili residenti in città, comprese alcune suppellettili sacre appartenute al tesoro della cattedrale. Il dominio francese dovette restare particolarmente impresso nelle menti dei caorlotti, a causa della loro efferatezza, tanto che il vescovo dell'epoca, Giuseppe Maria Peruzzi, durante il breve interregno austriaco (1798-1805) si scagliò con particolare veemenza contro Napoleone, schierandosi apertamente con l'imperatore d'Austria Francesco Giuseppe. Fu forse questo a spingere il governo francese, tornato a dominare il nord Italia dopo la battaglia di Austerlitz, a sopprimere la diocesi di Caorle e traslare il vescovo Peruzzi alla sede di Chioggia l'11 gennaio 1809 . Certo è che, con il ritorno degli austriaci dopo la sconfitta di Napoleone a Waterloo, la soppressione della diocesi venne definitivamente rarificata da papa Pio VII con la bolla "De salute Dominici gregis", il 1º maggio 1819, che ne assoggettava il territorio al patriarcato di Venezia.