Napriek neveľkej dĺžke je Punkva jedným z najzaujímavejších a najnavštevovanejších vodných tokov v Česku, za čo vďačí skutočnosti, že časť jej toku preteká podzemím Moravského krasu. Podzemná časť riečky bola v roku 2004 zapísaná do zoznamu mokradí medzinárodného významu v rámci Rámsarského dohovoru.