Chủng viện Sejny được thành lập bởi giám mục Nicholas John Manugiewicz (người Litva: "Mykolas Jonas Manugevičius") để giải quyết sự thiếu hụt của các linh mục nói tiếng ở Litva. Lúc đầu chủng viện có quy mô nhỏ. Sau đó, khi các chủng viện ở Tykocin (1863) và Kielce (1893) bị đóng cửa và sáp nhập, Chủng viện Sejny đã tăng lên 60-80 sinh viên. Một phần lớn các sinh viên là con trai của nông dân Litva từ Suvalkija. Vào năm 1915, trong Thế chiến I, chủng viện đã được sơ tán vào Nga (đầu tiên là Mogilev, sau đó là Saint Petersburg). Năm 1919, chủng viện trở về Sejny, nhưng thị trấn là trung tâm của Chiến tranh Litva Ba Lan. Sau khi quân đội Ba Lan dẫn dắt các sinh viên và giảng viên người Litva đã bị trục xuất vào Litva nổi dậy, chủng viện tiếp tục hoạt động ở Zypliai và Gižai. Năm 1926, Chủng viện Sejny được đổi tên thành Chủng viện Linh mục Vilkaviškis và không còn tồn tại.