В июле того же года был назначен на должность командира взвода 454-го стрелкового полка (51-я стрелковая дивизия), после чего принимал участие в боевых действиях в районе Тюмени, затем — на реках Тобол и Иртыш, в освобождении Тобольска, в Петропавловской операции. С конца декабря 1919 по апрель 1920 года Панюхов находился на работах по восстановлению народного хозяйства и на полевых работах. В мае 1920 года был назначен на должность помощника начальника разведки 152-й стрелковой бригады, которая в июле была передислоцирована на Южный фронт, где вела оборонительные боевые действия на Каховском плацдарме.