В ходе греко-персидской войны (480—479 до н. э.) агора была разграблена и разрушена. После изгнания персов агора была восстановлена и интенсивно застраивалась в течение IV века до н. э., что связано с расцветом Древних Афин. Были построены Расписная стоя, Толос, Новый булевтерий, , I, Монетный двор, Дикастерий, храм Гефеста, , Юго-западный фонтан и другие здания. При Александре Македонском наступил политический упадок Афин, за которым последовал культурный расцвет во II веке до н. э. Были построены Средняя стоя и Южная стоя II. Стоя Аттала была построена царем Пергама Атталом II.