Ante Pavelić, przywódca ustaszy, znany był z poglądów prokatolickich i antyserbskich, uważał on katolicyzm za integralną część kultury chorwackiej. Dla ustaszy „stosunki z Watykanem były równie ważne jak stosunki z Niemcami”, Watykan był bowiem kluczem dla uzyskania szerokiego poparcia ustaszy wśród społeczeństwa Chorwacji. Ante Pavelić w maju 1941 roku, tuż po zostaniu dyktatorem marionetkowej Chorwacji został przyjęty na prywatnej audiencji u papieża Piusa XII. Według Michaela Phayera, to po otrzymaniu błogosławieństwa od papieża, Ante Pavelić i ustasze rozpoczęli w Chorwacji ludobójstwo. Pius XII odmówił jednak zerwania stosunków dyplomatycznych z reżimem i ponownie spotkał się z Paveliciem w 1943 roku. Pius XII był krytykowany za jego odbiór Pavelicia; Foreign and Commonwealth Office, czyli brytyjskie biuro spraw zagranicznych określiło papieża jako „największego tchórza moralnego naszych czasów”. Z drugiej strony Watykan odmówił uznania państwa Chorwackiego, papież nie przyjął również delegacji chorwackiej, tylko przyjął na audiencję Pavelica. Pavelic był z tego powodu wściekły i o przyczynę tego stanu rzeczy oskarżył arcybiskupa Alojzijego. Watykan zgodził się jedynie na wysłanie do Chorwacji wizytatora apostolskiego o. Giuseppe Ramiro Marcone, który miał za zadanie informować Stolicę Apostolską o sytuacji religijnej w Chorwacji. Marcone miał pierwszeństwo wśród korpusu dyplomatycznego, często brał udział w oficjalnych imprezach organizowanych przez reżim.