尽管如此，第四次夺得欧冠奖杯仍然是当前的头等大事。这项精英赛事经过重新设计，除联赛冠军外的亚军也可参加，随后又进一步扩大，意味着像拜仁这样的杰出俱乐部很少会无法获得参赛资格，但现在必须面对来自其他顶级联赛的多个竞争者才能进入后期阶段；而在过去，一个有利的抽签和一次意外的赛果都可能使赛事进程更为明朗。1996–97年是最后一届仅邀请冠军参加的赛季，其决赛便是在慕尼黑的奥林匹克体育场上演。然而，拜仁却目送其德甲劲敌多特蒙德在决赛中战胜尤文图斯，捧起了令人垂涎的大耳朵杯——这仅是多特蒙德在欧冠决赛中的首次亮相，其阵中拥有前拜仁双星科勒尔和罗伊特（他们和另外三名队友也曾效力于尤文图斯）。拜仁只能在吉奥瓦尼·特拉帕托尼的带领下赢得德甲聊以自慰，却在来季欧冠遭到卫冕冠军多特蒙德所淘汰，联赛桂冠也被由雷哈格尔执教的升班马凯泽斯劳滕夺走了。