18세기가 되면 러시아 제국의 카자크들은 국경지대인 우크라이나에서 완충지대의 역할을 했다. 러시아 제정은 카자크의 자유와 자치, 독립에 간섭하면서 그들을 길들이려 했다. 이에 카자크들은 스텐카 라진, 콘드라티 불라빈, 이반 마제파, 예멜리얀 푸가초프 등을 지도자로 하여 여러 차례 반제정 반란을 일으켰고 일부는 내전 수준으로 비화했다. 러시아 제국은 처형과 고문을 동원하며 이를 모두 무자비하게 진압했다. 1707년-1708년의 불라빈의 난 진압 이후 돈 카자크의 서쪽 자치구가 철폐되었고, 1708년 마제파의 난 진압 이후 바투린의 카자크가 철폐되었다. 1775년 푸가초프의 난이 진압된 뒤에는 드니프로 강 하류 자포리자 카자크가 공식적으로 해산당했다.