De família relacionada amb el Rugbi, el pare de Joubert va encoratjar el seu fill perquè s'hi dediqués El seu debut internacional fou en un partit entre Gal·les i els Estats Units a Connecticut el juny 2005. El 2010, aconsegueix ser designat per arbitrar la final del super14 entre els Bulls i els Stormers. El seu màxim protagonisme l'agafa com a àrbitre de la Copa del món de Rugbi de 2011 sent l'àrbitre d'una semifinal i de la final entre Nova Zelanda i França. Joubert també fou el responsable de la final del Super15 de 2014, on els Waratahs obtingueren el torneig gràcies a un cop de càstig transformat en el darrer segon contra Crusaders.