Ruhollah Mousavi Khomeini, även känd som Ayatollah Khomeini (persiska: آیت‌الله روح‌الله خمینی), född 24 september 1902 i Khomein, provinsen Markazi, död 3 juni 1989 i Teheran, var en iransk ayatolla, och Irans högste politiske och andlige ledare från den islamiska revolutionen 1979 fram till sin död 1989.