Tydens die Tweede Wêreldoorlog het hy vir die vloot gewerk en was hy tot die rang van kaptein bevorder. In 1946 het hy 'n permanente lid van die Marinierskorps geword. Hy was 'n oorlogvlieënier in die Korea-oorlog en het 'n vlieginstrukteur en toetsvlieënier geword met sy terugkeer. In 1957 het John Glenn die eerste ononderbroke supersoniese vlug oor Amerika uitgevoer en in 1962 is hy uit een honderd ruimtevaarderkandidate gekies om deel te vorm van 'n sewemanspan wat strawwe opleiding vir wentelvlug sou ondergaan, die sogenaamde Mercury Sewe. Die mans wat gekies is vir die Mercury-program is onderwerp aan uiterste temperature, sterk gravitasiekragte en gewigloosheid en het 'n verskeidenheid relevante vakke, waaronder astronomie, lugvaartbiologie en meteorologie, bestudeer. Gereelde fisiese en psigologiese toetse het een van Glenn se mees besondere kenmerke getoon - hy het senuwees van staal gehad en kon intense psigologiese spanning verduur sonder om te knak.