Wracając do służby po wznowieniu działań wojennych w roku 1803, 22 maja Martin dostał dowództwo 74-działowego HMS „Colossus” i dołączył do Floty Kanału. 23 kwietnia 1804 roku został mianowany pułkownikiem piechoty morskiej, a następnego dnia przeniesiony na 90-działową HMS „Glory”. Pozostał na niej do objęcia 21 listopada dowództwa na 90-działowym HMS „Barfleur”. Wciąż dowodził nim w momencie dołączenia do floty sir Roberta Caldera i bitwy u przylądka Finisterre 22 lipca 1805 roku. 16 września zrezygnował z dowodzenia i zszedł na ląd, otrzymawszy 9 listopada awans na wiceadmirała. Pod koniec grudnia złożył zeznania w sądzie wojennym w procesie Caldera, dotyczącym jego działań u przylądka Finisterre, zaś 17 stycznia 1806 roku objął stanowisko zastępcy dowódcy w porcie Portsmouth. Pozostał na tym stanowisku do 9 listopada tego roku, kiedy to powrócił na morze, dołączywszy do floty Collingwooda, blokującej w Kadyksie resztki flot francuskiej i hiszpańskiej. Następnie udał się ku brzegom Włoch. W roku 1807 podniósł swoją flagę na 74-działowym HMS „Montagu”, później zaś na 90-działowym HMS „Queen”.