Als sich die Türkei unter Erdoğans Präsidentschaft seit dem Jahr 2010 zunehmend von demokratischen und rechtsstaatlichen Standards entfernt, wurden auch die Beziehungen zu Israel zunehmend belastet. Ein Streitpunkt war die türkische Beteiligungen an der Gaza-Flottille und deren Enterung durch die israelische Marine am 30. Mai 2010. Der Vorfall läutete das Ende der türkisch-israelischen Militärallianz ein, die seit Mitte der neunziger Jahre bestand. Erst Ende Juni 2016 konnte die diplomatischen Krise beigelegt werden. Die getroffene Vereinbarung sieht unter anderem vor, dass die Blockade Gazas durch Israel bestehen bleibt, die Türkei aber humanitäre Unterstützung für das Gebiet leisten dürfe. Hilfslieferungen aus der Türkei müssten im Hafen von Aschdod gelöscht und von dort, nach einer Kontrolle durch Israel, auf dem Landweg nach Gaza transportiert werden. Israel sicherte die Zahlung von Schadensersatz in Höhe von 20 Millionen US-Dollar an die Opfer beziehungsweise deren Angehörige zu, im Gegenzug werde die Türkei gesetzlich dafür sorgen, dass alle laufenden Klagen gegen israelische Soldaten abgewendet und künftige verhindert werden.