Po zakończeniu wojny Kaindl został schwytany przez aliantów i występował początkowo jako świadek na procesie norymberskim. Następnie ekstradowano go do strefy sowieckiej. Był głównym oskarżonym podczas procesu załogi Sachsenhausen przed radzieckim Trybunałem Wojskowym w Berlinie-Pankow. 1 listopada 1947 Kaindl skazany został na dożywotnie pozbawienie wolności połączone z ciężkimi robotami. Karę odbywał w łagrze w okolicach Workuty, gdzie zmarł pod koniec sierpnia 1948.