Sau cuộc xâm lược thất bại vào Nga (1812) của Napoléon, pháo đài đã bị quân Nga bao vây, sau đó, họ tiếp cận Zamość vào tháng 2 năm 1813. Quân bảo vệ Ba Lan, dưới quyền của tướng Maurycy Hauke đã chuẩn bị kỹ lưỡng, với 4000 binh sĩ, 130 khẩu pháo và thực phẩm trong bốn tháng. Quân Nga được chỉ huy bởi Tướng Rath, và số lượng của họ ước tính lên tới 17 000 quân (tính đến tháng 8 năm 1813), với 160 khẩu pháo. Sau một vài tuần bao vây, dịch bệnh scurvy bùng phát trong pháo đài. Tuy nhiên, điều này đã được khống chế. Hàng phòng thủ Zamość của Ba Lan tiếp tục trong vài tháng. Vào giữa tháng 6, cả hai bên đã ký một thỏa thuận ngừng bắn tạm thời và quân Nga đã hạn chế các hành động mùa hè của họ để ngăn chặn hoạt động của pháo đài. Nhiều tháng bao vây làm cạn kiệt tài nguyên và vật tư của quân phòng thủ. Vào tháng 10 năm 1813, khoảng 1200 binh sĩ bị ốm và hầu như tất cả đều chết đói. Tất cả ngựa, chó và mèo đã bị ăn thịt, trong vòng một tháng, 450 người đã chết. Vào ngày 22 tháng 10, tin tức về sự thất bại của Napoléon trong Trận chiến tại Leipzig đã loan đến Zamość, và nó hạ thấp tinh thần của người Ba Lan. Quyết định bắt giữ được đưa ra vào ngày 19 tháng 11, sau tám tháng bị bao vây. Trong số 4000 quân, 1500 người chết, chủ yếu là vì bệnh và đói. Pháo đài trở thành một phần của Quốc hội Ba Lan.