En , Jourdan est réélu par la Nièvre au Conseil des Cinq-Cents par 188 voix sur 219 votants. Il est élu dans le même temps par le Loiret, mais il opte finalement pour son département natal. À nouveau, il se montre très modéré tout au long de son mandat et se tient à l'écart des débats. Cela lui permet d'être constamment réélu jusqu'à la chute du Directoire. Toutefois en 1797, à cause de ses sympathies royalistes, il manque de peu d'être compris dans la proscription du 18 fructidor.