Howard blieb der Union treu und übernahm das Kommando über ein Infanterieregiment seines Heimatstaates. Aber schon während der ersten Schlacht von Manassas führte er eine Brigade, was durch seine kurz darauf erfolgende Beförderung zum Brigadegeneral bestätigt wurde. Die Brigade führte er während George McClellans Halbinsel-Feldzug. Während der Schlacht von Fair Oaks im Frühjahr 1862 wurde er schwer verwundet und verlor einen Arm. Nach seiner Genesung führte er wieder eine Brigade, mit der er an der Schlacht am Antietam teilnahm. Zum Generalmajor befördert, kommandierte er während der Schlacht von Fredericksburg eine Division. Im Frühjahr 1863 wurde er mit der Führung des XI. Korps beauftragt, das vor allem aus Deutschamerikanern bestand.