Como otras organizaciones en Alemania luego de la Segunda Guerra Mundial, fue disuelta por la ocupación de las autoridades aliadas. Un grupo local decidió en agosto de 1945 revivir al equipo y en septiembre del mismo año jugadores del "Hannover 96" y el "Arminia Hannover" jugaron su primer partido después de la guerra ante un equipo del ejército británico. Después el "HSV" fue restablecido como "Hannoverscher SV" el 11 de noviembre de 1945 antes de adoptar su nombre actual el 27 de abril de 1946. Retornó a la liga en 1947 en la primera división, la Oberliga Nord y descendió, pero regresó en 1949. La siguiente aparición en una final nacional para el "Hannover 96"' fue hasta 1954, cuando perdieron ante el "1. FC Kaiserslautern" 5:1. Tenían a 5 jugadores que habían sido campeones con en Suiza 1954 en el llamado Milagro de Berna, por lo que el resultado fue una sorpresa. En 1963, la Bundesliga, la nueva liga de fútbol profesional en Alemania había nacido, donde jugaban los mejores 16 equipos del país. El "Hannover" jugaba en la Regionalliga Nord (II División) ese año, pero ascendieron al año siguiente. Su primera temporada en la Bundesliga en 1964 fue bien recibida, promediando 46,000 aficionados por juego. El "96" jugó en ese nivel por una década, hasta que descendieron a la 2nd Bundesliga Nord en 1974–75. Iban a retornar, pero se quedaron, hasta que pasaron 17 años para su regreso.