Il governatore lasciò il Senegal nel 1865 per far ritorno in Algeria. Dato l'andamento sfavorevole della guerra franco-prussiana, fu richiamato in patria e gli venne affidato il comando dell'esercito "del Nord" nel dicembre 1870. Faidherbe capì che ormai la situazione era disperata, ma servì comunque la neonata terza Repubblica francese combattendo la battaglia dell'Hallue, di Saint-Quentin e di Bapaume.