Apenas conocidos en Caracas los sucesos de Bayona (Abdicaciones de Bayona), ocurridos entre mayo y junio de 1808, muchos criollos comenzaron a conspirar contra las autoridades coloniales. Juan Vicente era uno de los que se reunían en la Cuadra Bolívar, una propiedad de los Bolívar ubicada en las afueras de Caracas, cerca del río Guaire. El 15 de julio fue descubierta la llamada Conjuración de los Mantuanos y como medida preventiva fue confinado a su Hacienda en San Mateo en los valles de Aragua. El 19 de abril de 1810 (Sucesos del 19 de abril de 1810) se encontraba en esa hacienda por lo que no participó activamente en los hechos acaecidos ese día en Caracas y que desembocaron en la creación de una Junta Suprema autónoma.