Nach einer Niederlage in der Runde der letzten 32 der International Open gegen Bob Chaperon verlor Francisco in der &lt;a href="Snooker-Saison%201988/89"&gt;Saison 1988/89&lt;/a&gt; die folgenden beiden Auftaktspiele gegen Nigel Gilbert und Murdo MacLeod. Bei der UK Championship besiegte er Paul Medati mit 9:8 und verlor anschließend gegen Barry West, ehe er beim Classic von der kampflosen Aufgabe Bill Werbeniuks profitierte und nach einem Sieg über Tony Meo an John Parrott scheiterte. Kurz darauf verlor er beim Masters mit 1:5 gegen Terry Griffiths und löste damit einen Wettskandal aus, da es zahlreiche Wetten auf dieses Ergebnis gab. Francisco wurde infolgedessen verhaftet, jedoch wurde er kurz darauf ohne Anklage freigelassen, da man zu der Ansicht kam, dass besonders große Gewinnchancen der Auslöser für die zahlreichen Wetten waren. Jedoch machte Francisco auch durch andere Wettunstimmigkeiten, eine geplatzte Hochzeit und Sehstörungen auf sich aufmerksam, gleichwohl verschlechterten sich seine Ergebnisse. So musste er infolgedessen zwei weitere Auftaktniederlagen einstecken, sodass er erst im Rahmen der Snookerweltmeisterschaft gegen Joe O’Boye ein Spiel gewann, um im Achtelfinale an Terry Griffiths zu scheitern. Des Weiteren hatte er während der Saison mit dem Team "Rest of the World" um den Neuseeländer Dene O’Kane, den Malteser Tony Drago und ihm das Finale des World Cups erreicht, um dort mit 8:9 am englischen Team um Steve Davis, Jimmy White und Neal Foulds zu scheitern. Auf der Weltrangliste war er währenddessen aus den Top 16 gerutscht und belegte in der kommenden Saison den 23. Platz, durch den er nicht mehr zum Masters eingeladen wurde und für die Endrunde der Snookerweltmeisterschaft qualifizieren musste.