С мая 1939 года — комиссар эскадрильи в 22-м истребительном авиационном полку. В этой должности участвовал в боях на реке Халхин-Гол в мае-сентябре 1939 года. Там Ворожейкин провёл 30 воздушных боёв, в результате которых им было лично сбито 6 японских самолётов.