Od upadku Małej Armenii Apostolski Kościół Ormiański wraz z innymi Kościołami Wschodu podlegał świeckiej władzy muzułmanów – osmańskich Turków. W ich imperium Ormianie stanowili odrębny "millet". W tych wiekach Apostolski Kościół Ormiański, jako narodowy Kościół Ormian, stał się jednym z filarów ich przetrwania w skrajnie niesprzyjających warunkach – rozproszenia, prześladowania, ateizacji, a nawet planowego ludobójstwa.