আনিসুল হক ১৯৮৫ সালের নভেম্বর মাসে ঢাকা জেলা আইনজীবী এবং ১৯৮৭ সালের নভেম্বরে বাংলাদেশ সুপ্রীম কোর্টের হাইকোর্ট বিভাগে আইনজীবী হিসাবে তালিকাভুক্ত হন। ২০০১ সালে তিনি আইনজীবী হিসাবে বাংলাদেশ সুপ্রিম কোর্টের আপিল বিভাগে ভর্তি হন এবং ২০১০ সালে বাংলাদেশ সুপ্রিম কোর্টের সিনিয়র আইনজীবী হন। বাবার মৃত্যুর পরে আনিসুল হক বঙ্গবন্ধু হত্যা মামলা এবং জেল হত্যা মামলা উভয়ের প্রধান প্রসিকিউটর হয়েছিলেন। তার আইনি পরামর্শে বঙ্গবন্ধু খুনের মামলাটি শেষ হয় এবং বাংলাদেশের শীর্ষ আদালত রায় প্রদান করে। আনিসুল হক দুর্নীতি দমন কমিশন বাংলাদেশের প্রধান আইনজীবী ও বিশেষ প্রসিকিউটরও ছিলেন। আনিসুল হক পিলখানা হত্যা মামলার প্রধান প্রসিকিউটর ছিলেন যা ২০০৯ সালে বাংলাদেশের বিডিআর বিদ্রোহের সাথে সম্পৃক্ত।