Nella stagione 2018-2019, per via di un grave infortunio occorso a Veltman, ottiene definitivamente i gradi di capitano della squadra. Il 14 agosto 2018, nel ritorno del terzo turno preliminare di Champions League vinto contro i belgi dello (3-0), mette a segno la sua prima rete in campo internazionale. Nel corso dell'annata De Ligt emerge tra i protagonisti del cammino europeo di una compagine ricca di giovani talenti: in particolare il difensore, oltre a inanellare i record di più giovane capitano in una gara a eliminazione diretta di Champions, in Ajax- (1-2) del 13 febbraio 2019, e poi in una semifinale della stessa competizione, -Ajax (0-1) del successivo 30 aprile, decide con un gol -Ajax (1-2) del 16 aprile, permettendo ai lancieri di superare il turno; si ripete sottorete nella semifinale di ritorno contro il Tottenham, seppur inutilmente, stavolta, ai fini della qualificazione, data la sconfitta che pone fine al cammino olandese (2-3). Contribuendo a fine stagione alla vittoria del campionato e della Coppa d'Olanda, viene premiato da "De Telegraaf" come migliore giocatore olandese dell'anno, classificandosi inoltre al 15º posto nella graduatoria del Pallone d'oro.