1959年藏区骚乱中，该清真寺被藏族骚乱分子焚毁。1960年集资重建。重建竣工时所制“清真古教”横匾悬挂于大殿（礼拜堂门）上。2008年拉萨骚乱中，该清真寺又受到来自康区的藏族青年袭击。