Beim Beginn des Krieges zwischen Frankreich und Großbritannien 1793 hatte er wesentlichen Anteil an der Schlacht vor dem englischen Kanal am 1. Juni 1794, der Seeschlacht am "Glorious First of June", wo die Briten den Franzosen sieben Linienschiffe abnahmen und ein achtes zum Sinken brachten. 1795 wurde Gambier zum Konteradmiral ernannt und in die Admiralität berufen. Von 1802 bis 1804 war er "Commodore-Governor" der Kolonie Neufundland. Historische Berühmtheit erlangte er als Oberbefehlshaber der britischen Flotte in der Seeschlacht von Kopenhagen zwischen dem 2. und 5. September 1807, die mit der Einnahme von Kopenhagen und der Wegnahme der gesamten dänischen Flotte endete, die aus 17 Linienschiffen, 21 Fregatten sowie 25 Kanonenbooten bestand. Gambier überführte sie mitsamt den Vorräten aus den Arsenalen nach Großbritannien. Für diese mit großer Energie und Schnelligkeit, aber auch umso größerer Schonungslosigkeit ausgeführte Tat wurde er am 3. November 1807 zum "Baron Gambier", of Iver in the County of Buckingham, erhoben und wurde dadurch Mitglied des House of Lords.