Andrea Pirlo nació en Flero, en la provincia de Brescia. Inició su carrera en el club Flero, a los nueve años se trasladó al Voluntas y luego se unió a las categorías juveniles del Brescia Calcio; en sus comienzos, jugaba de mediapunta. A los quince años, fue ascendido al primer equipo por Mircea Lucescu. Su debut se produjo el 21 de mayo de 1995 ante el Reggina Calcio por la Serie A, donde sustituyó a Marco Schenardi en los últimos diez minutos. Se convirtió, con dieciséis años y dos días, en el jugador más joven del club en debutar en la primera división. En 1996 ganó el Torneo de Viareggio con el equipo juvenil, el cual derrotó en la final a un Parma en el que jugaba, entre otros, Gianluigi Buffon. Un año después, cuando el Brescia se encontraba en la Serie B, logró el ascenso. El 19 de octubre de 1997 marcó el último gol de la goleada 4-0 al Vicenza Calcio por la Serie A. En 1998 fichó por el Inter de Milán, donde jugó con uno de sus ídolos de la infancia, Roberto Baggio. En la temporada 1998-99, el club tuvo cuatro entrenadores: Luigi Simoni, Mircea Lucescu, Luciano Castellini y Roy Hodgson. Pirlo tuvo continuidad con los dos primeros, pero con Castellini y Hodgson sus minutos comenzaron a acortarse. La siguiente temporada, con Marcello Lippi como entrenador, fue transferido a préstamo al Reggina al igual que Roberto Baronio y Mohamed Kallon.