Suomen sisällissodassa hänet komennettiin joukkueenjohtajaksi 3. Jääkärirykmentin 7. jääkäripataljoonan 1. komppaniaan ja 27. huhtikuuta 1918 hänet siirrettiin pataljoonan 3. komppaniaan. Juho Emil Kallio osallistui Suomen sisällissodassa taisteluihin Tampereella, Aittolahdessa, Lyykylässä, Mannikkalassa ja Talissa. Suomen sisällissodan jälkeen hän jäi vääpeliksi samaiseen joukko-osastoon, josta myöhemmin muodostettiin Uudenmaan rykmentin 6. komppania. Myöhemmin hänet siirrettiin rykmentin 2. konekiväärikomppaniaan joukkueenjohtajaksi ja edelleen komppanian vääpeliksi. Vuonna 1924 hänet siirrettiin Ilmailukouluun (vuodesta 1938 Ilmasotakoulu) hallipäälliköksi, jossa tehtävässä hän toimi vuoteen 1927 asti, minkä jälkeen hänet siirrettiin ohjaajalaivueen vääpeliksi, missä tehtävässä hän toimi aina kuolemaansa asti. Hänet haudattiin Kauhavalle 28.9.1940.