В то время, когда Бонвилл воевал с Куртене, внутриполитическая борьба, шедшая по всей Англии, окончательно переросла в гражданскую войну, известную как Война роз. В начале 1455 года Генрих VI внезапно пришел в себя, Ричард Йоркский тут же был снят со всех постов и уехал в свои поместья; позже он собрал войско, 22 мая внезапно напал на короля у города Сент-Олбанс и захватил его в плен. Томас Куртене сражался при Сент-Олбансе на стороне Генриха VI. Бонвилл, возможно, тоже симпатизировал Генриху VI, но не пришёл к нему на помощь (историк М. Хикс предположил, что барона общеанглийские дела просто не интересовали — в отличие от событий в Девоне). Сэр Уильям принял участие в работе йоркистского парламента в сентябре 1455 года и проголосовал за назначение герцога Йоркского протектором, то есть фактическим правителем королевства. Позже он вошёл в парламентский комитет, созданный для улучшения военно-морской обороны. В ноябре того же года барон получил от новой власти полное помилование.