En , lorsque le soulèvement de Prague éclata, Günther, voyageant avec un cortège lourdement armé, fut arrêté à un barrage routier près de Beroun par des partisans tchèques. Selon leurs dires, Günther aurait tenté de saisir une arme d'un garde et aurait été mortellement blessé lors de la bagarre qui suivit, blessé par une grenade. Il décéda plus tard de ses blessures. Les autorités tchèques ont par la suite accepté le récit de son décès, qui avait été remis aux autorités judiciaires allemandes.