Сыновья Екатерины царствовали в эпоху почти постоянных гражданской и религиозной войн во Франции. Перед монархией стояли сложные задачи. Сначала Екатерина пошла на уступки восставшим протестантам-гугенотам, однако затем стала проводить весьма жёсткую политику по отношению к ним. Позже она была обвинена в чрезмерных гонениях, проводимых при правлении её сыновей, в частности принято считать, что Варфоломеевская ночь 24 августа 1572 года, во время которой тысячи гугенотов были убиты, была спровоцирована Екатериной Медичи.