Ketika berlangsungnya, Revolusi Filipina, Wilayah Manila ialah wilayah kelapan dan terakhir yang melancarkan pemberontakan terhadap Sepanyol, membuka laluan kepada penubuhan Republik Bersekutu Filipina (yang terdiri daripada Nueva Ecija, Pampanga, Bulacan, Tarlac, Laguna, Batangas, Cavite dan Manila). Wilayah Manila masih wujud sehingga tahun 1901, apabila wilayahnya dipecah-pecahkan oleh penjajah Amerika Syarikat.