26 апреля 1812 года Мерлю было поручено возглавить 9-ю дивизию в составе 37-тысячного корпуса маршала Удино, которому после форсирования Немана, предстояло двигаться в направлении Санкт-Петербурга. Храбрость и самоотверженность Мерля в полной мере проявились в ходе первого и второго сражений за Полоцк. Так, при наступлении Великой армии солдаты его дивизии доблестно отражали атаки корпуса Витгенштейна, а в ходе ретирады французов из России, отбросив превосходящие силы противника, благополучно эвакуировали город вместе со всеми обозами и 140 орудиями в придачу. Отступив в Польшу, Мерль организовал сборные пункты для солдат, отбившихся от своих корпусов. После этого его назначили командующим 25-го военного округа, и он оставался на этом посту вплоть до Первой Реставрации Бурбонов.