Eduardo Gurbindo stand seit 2009 im Aufgebot der spanischen Nationalmannschaft, so bei der Europameisterschaft 2010 und der Weltmeisterschaft 2011, wo er die Bronzemedaille gewann. Bei der Europameisterschaft 2012 wurde er Vierter. Im Sommer 2012 nahm er an den Olympischen Spielen in London teil und belegte den siebten Platz. Ausgerechnet bei der Weltmeisterschaft 2013 im eigenen Land stand er nicht im Aufgebot, als Spanien Weltmeister wurde. Ein Jahr später gewann er Bronze bei der Europameisterschaft 2014 in Dänemark. Auch für die EM 2016 und die WM 2017 wurde er ins Aufgebot berufen. 2018 wurde er mit der spanischen Mannschaft Europameister. Mit der spanischen Auswahl gewann er bei den Olympischen Spielen in Tokio Bronze. Bislang bestritt er 122 Länderspiele, in denen er 167 Tore warf.