Em 1686 Thököly foi libertado de sua prisão e enviado com um pequeno exército pra a Transilvânia, mas esta expedição e uma similar em 1688 terminaram em fracasso. Cresceram então as suspeitas turcas sobre ele e Thököly foi feito prisioneiro pela segunda vez. Em 1690, entretanto, os turcos o despacharam para a Transilvânia uma terceira vez com 16 000 homens e em setembro ele derrotou as forças conjuntas do General Heister e do Conde Mihály Teleki em Zernyest. Depois desta grande vitória, Thököly foi eleito príncipe da Transilvânia pela Dieta Keresztenymez, mas somente conseguiu manter sua posição contra os exércitos imperiais com extrema dificuldade. Em 1691 ele abriu mão de vez da Transilvânia. Ele comandou a cavalaria turca na Batalha de Slankamen e serviu bravamente, mas com muita vaidade contra a Áustria durante o resto da guerra, especialmente se destacando na Batalha de Zenta (1697).