W grudniu roku 1806, po wycofaniu się Prusaków z Warszawy, Rautenstrauch wstąpił do wojsk polskich w randze kapitana. Pod koniec tego miesiąca został adiutantem przybocznym ks. Józefa Poniatowskiego. Wziął udział w kampanii roku 1807, za którą otrzymał wysokie i rzadko nadawane odznaczenie, Krzyż Kawalerski Virtuti Militari. W roku 1808 uzyskał awans na szefa sztabu I Dywizji i pułkownika. W kampanii roku 1809 odznaczył się pod Raszynem, pod Gorzycami i pod Sandomierzem, pod koniec tego roku otrzymał Order Legii Honorowej 5. klasy. W latach 1810 – 1812 brał udział u boku gen. Wielhorskiego jako wysoki urzędnik warszawskiego Ministerstwa Wojny w przygotowaniach do wojny z Rosją. W 1812 roku przystąpił do Konfederacji Generalnej Królestwa Polskiego. W czasie kampanii rosyjskiej Napoleona Rautenstrauch był zastępcą szefa sztabu 5. korpusu tzw. "Grande Armée". Za dzielność w czasie szturmu Smoleńska 17 sierpnia 1812 otrzymał Legię Honorową 4. klasy. W czasie odwrotu Wielkiej Armii spod Moskwy chory Rautenstrauch jechał wraz z rannymi ks. Józefem (przygniótł go zraniony koń) i Arturem Potockim kolaską, spotkali wtedy Napoleona (którego wierzchowiec padł z wyczerpania) idącego pieszo, odzianego w futro sobolowe i wspierającego się na lasce. Cesarz wszedł do kolaski, zapytał o ich zdrowie, po czym ruszył dalej piechotą. Po powrocie do Warszawy Rautenstrauch został mianowany generałem brygady (3 lutego 1813). W kampanii tego roku w VIII Korpusie ks. Józefa wziął udział w paru pomniejszych bitwach, na koniec w bitwie pod Lipskiem został ranny i dostał się do niewoli pruskiej.