Im Juni 2004 nahm Carlsen an der FIDE-Weltmeisterschaft in Tripolis teil, verlor dort jedoch in der ersten Runde 1,5:2,5 gegen Lewon Aronjan. Im Juli 2005 teilte er in Sandnes den ersten Platz bei der norwegischen Landesmeisterschaft mit seinem Trainer Simen Agdestein, verlor jedoch den Stichkampf um den Titel. Beim nach K.-o.-System ausgespielten Schach-Weltpokal 2005 im Dezember in Chanty-Mansijsk wurde er nach einem Platzierungskampf gegen Gata Kamsky, den er mit 1:3 (1:1 nach Turnierpartien, 0:2 nach Schnellschachpartien) verlor, Zehnter und qualifizierte sich mit diesem Resultat für das von der FIDE wieder eingeführte Kandidatenturnier zur Schachweltmeisterschaft 2007. Carlsen traf in der ersten Runde der Kandidatenkämpfe in Elista auf Lewon Aronjan und verlor mit 5:7 nach Stichkampf.