A polgárháborút követően Grant vezette a hadsereg megszállása mellett folyó "rekonstrukció"t, mellyel a korábbi konföderációs államokat óhajtották az északi elveknek megfelelő formájúra alakítani. 1868-ban elnökké választották, 1872-ben újraválasztották, s ezen idő alatt Grant megszilárdította a szétszakadt és erőszakkal újra összeforrasztott nemzet stabilitását. Grant intézkedéseivel felszámolta a Ku-Klux-Klan terrorját és a hadsereg, valamint az igazságügy segítségével biztosította a polgárjog és a szavazati jog érvényesülését a déli államokban. A hadsereg közreműködésével építette fel a Republikánus Pártot délen, melyet a frissen szavazójogot kapott négerek támogatására, az északról odatelepülőre, és a kevés helyi támogatóra alapozott. A 14. alkotmány kiegészítés általi korábbi konföderációsok jogfosztása révén létrehozott republikánus többségek négereket választottak a Kongresszusba és egyéb állami hivatalok betöltésére. Második elnöki terminusában a déli republikánus koalíciók szétestek és egymás után vereségeket szenvedtek konzervatív fehér választási győzelmek által, melyhez jogi korlátozásokat és a feketék megfélemlítését is felhasználták. Grant indiánokat illető békepolitikája kezdetben csökkentette a határvidékek erőszakosságát, de leginkább mégis az 1876-os nagy sziú háborúról híresült el, melyben George Armstrong Custer tábornok és ezredét kis híján az utolsó emberig megsemmisítették a Little Bighorn-i ütközetben. Elnöksége idején Grant kongresszusi vizsgálatokkal kellett szembenézzen a végrehajtó ág intézményeiben elharapózott korrupció miatt, beleértve két kabinettagjának megvesztegetése miatt emelt vádakat. Grant adminisztrációja vezette be az aranysztenderdet és erősítette a dollár árfolyamát.