Schon im frühen Alter interessierte sich Schneider für den Wintersport und als gebürtiger Palmberger trat er im Jugendalter dem TSV Grafenau bei. Er wurde von dort in den Nachwuchskader des deutschen Skiverbandes im Skilanglauf berufen. Für Grafenau nahm er an deutschen Meisterschaften teil. Aufgrund wachsender Erfolge wurde Sepp Schneider in den B-Kader befördert. Hier nahm er wiederum an der Deutschen Meisterschaft und an Rennen im Continental Cup teil. Seine Erfolge brachten ihm die Berufung in den A-Kader und Einsätze im Weltcup. Insgesamt gewann er in seiner Karriere 19 mal eine Deutsche Meisterschaft und war vierfacher Weltmeisterschafts- (Lahti, Oslo, Seefeld in Tirol, Oberstdorf) sowie zweifacher Olympiateilnehmer (Lake Placid und Sarajevo).