1944 nyarán a Vörös Hadsereg elérte Litvánia keleti határait. 1944 júliusára Vilnius környékét a lengyel Honi Hadsereg uralta, amely az Ostra Brama-hadművelet során sikertelenül próbálkozott a város elfoglalásával is. Július 13-án a szovjetek lengyel segítséggel megszállták Vilniust. Visszaállt a Litván SZSZK és a jaltai és potsdami konferenciákon a nyugati szövetségesek szentesítették a német támadás előtti állapotot. A litván nép a második világháborúban ekkor, a szovjet-német harcok során szenvedte el a legsúlyosabb veszteségeket. 1945. január 9-én utolsóként végül Memelt is elfoglalták a szovjetek. Becslések szerint 1940 és 1954 között 780 ezer litván állampolgár vesztette életét erőszakos halál által.