Viene convocato per giocare alla Coppa del Mondo casalinga, Giappone-Corea del Sud 2002 rimanendo però in panchina dato che il portiere titolare sarà Seigō Narazaki. Vincerà anche la Coppa d'Asia 2004, in particolare la Giordania creerà dei problemi ai quarti di finale che si sono conclusi con un pareggio per 1-1, e ai rigori la squadra avversaria si porterà in vantaggio specialmente per via degli sbagli di Shunsuke Nakamura e Alex, ma proprio quando la Giordania sembrava sul punto di vincere Kawaguchi salverà la sua squadra parando i tiri di Haitham Al-Shboul e Anas Al-Zboun e il Giappone vincerà per 4-3. Nella finale contro la Cina farà delle buone parate e il Giappone prevarrà per 3-1: Kawaguchi è stato il primo portiere nella storia del Giappone a vincere due finali nella coppa continentale.