עם פלישת גרמניה הנאצית לפולין בספטמבר 1939 נמלט קרוק מוורשה והגיע עם זרם הפליטים לווילנה, שנעברה א לשליטת ברית המועצות בעקבות הסכם ריבנטרופ מולוטוב, והייתה לבירת ליטא הסובייטית. בעזרת ה'בונד' קיבל קרוק אשרה לארצות-הברית, אך השלטונות הסובייטים מנעו ממנו לצאת מברית-המועצות. כשתקפה גרמניה הנאצית את ברית-המועצות וצבאה התקרב לווילנה, החליט להישאר בשלטון הגרמנים ולרשום את אירועי התקופה. בפתח יומנו כתב: ’אין הכוח ליטול שוב את מקל הנדודים ולצאת רגלי לדרך. אני נשאר... ואם אני נשאר, ואם אהיה קורבן הפשיזם, אטול למיצער את העט ואכתוב פנקס של עיר. ברור: וילנה תיכבש, הגרמנים יתחילו בפשיזציה של העיר, יהודים יוכנסו לגטו. כל זה ארשום.’