Počátkem války v Tichomoří používaly ještě obě letecké složky Ki-15 i C5M, které operovaly především v oblasti Malajska během bitvy o Malajsko a při průniku Japonců na jih. Dne 10. prosince 1941 objevil jeden C5M2 britské válečné lodě HMS "Repulse" a HMS "Prince of Wales", na které navedl bombardéry japonského námořního letectva, které obě plavidla potopily. Se vzrůstající silou spojeneckého letectva ztrácely Ki-15 i C5M na účinnosti. Protože nebyly vybaveny ochranou osádky ani palivových nádrží, byly jejich ztráty tak velké, že byly zbylé stroje staženy do zázemí. Používaly se pří výcviku a jako kurýrní velitelské letouny. Na sklonku války byly využity při sebevražedných akcích.