Nel 395 quando l'Impero romano si divise, la Paflagonia entrò a far parte dell'Impero romano d'Oriente. Nel 614 i Persiani che avevano preso oramai il controllo di tutte le terre orientali dell'impero, conquistarono anche la Paflagonia, ma fu poi riconquistata nel 622 da Eraclio I che andò a sconfiggere i Persiani in Armenia. Con la riforma delle province quindi l'avvento dei "themata" fatta da Eraclio nella prima metà del VII secolo, la Paflagonia entrò a far parte del "thema" di Bucellarion. Nel 674 gli Arabi invasero tutta l'Asia Minore tra cui la Paflagonia, ma la ripersero nel 678 con la sconfitta nell'assedio di Costantinopoli. Vista la forza del thema di Bucellarion per sventare i rischi di ribellione la regione fu smembrata, nacque così anche il thema della Paphlagonia con capoluogo Amastri.