Pada 1 Januari 1940 Saalwächter telah dinaikkan pangkat ke "Generaladmiral". Bersama dengan Laksamana Rolf Carls, Saalwächter mendapat pemerintahan taktikal Operasi Weserübung, iaitu pencerobohan Norway. Beliau telah diiktiraf dengan pingat Knight Cross of the Iron Cross pada 9 Mei 1940. Permulaan musim panas 1940, Saalwächter memimpin operasi permukaan laut Jerman di Atlantik Utara dan Selat Inggeris. Pada tahun 1940, beliau mengarah pasukan E-Boat menentang perkapalan British semasa fasa "Kanalkampf" dalam Pertempuran Britain untuk menyokong Luftwaffe. Kemudian, beliau menyelia pergerakan tentera laut seperti Operasi Cerberus pada Februari 1942. Pada 20 September tahun itu, beliau telah digantikan sebagai Panglima Kumpulan Tentera Laut Barat oleh Marschall, yang kemudian digantikan oleh Theodor Krancke pada April 1944. Saalwächter bersara dari perkhidmatan aktif pada 30 November 1942.