На драфте 2006 года Томаса выбирают «Портленд Трэйл Блэйзерс» под четвёртым общим номером, однако сразу же обменивают его вместе с Виктором Хряпой на второго номера этого же драфта Ламаркуса Олдриджа в «Чикаго Буллз». В первом своём сезоне в НБА игрок выбирается на Конкурс бросков сверху НБА 2007 года, а по итогам него включается во вторую Сборную новичков НБА. Чикаго же впервые за последние несколько лет выходит в серию плей-офф Восточной конференции. Уже со следующего сезона начинает включаться в стартовую пятёрку «Буллз» и повышать свою результативность. А &lt;a href="%D0%9D%D0%91%D0%90%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202008/2009"&gt;сезон 2008/09&lt;/a&gt; стал наиболее успешним в картере Томаса — 10,8 очка, 6,5 подбора и 1,9 блок-шота в среднем за игру, проводя по 27,5 минут на паркете за матч.