Після завоювання Єгипту арабами у 642 році канал був знову відновлений Амром ібн аль-Асом, який назвав його «каналом повелителя правовірних». Проте у 776 році канал був засипаний за наказом аль-Мансура, щоб перенаправити торговельні шляхи у центральні райони Халіфату і позбавити доходів налаштовану антиаббасидські Аравію. Під час Єгипетського походу на місці Каналу фараонів на околицях Суеца побував Наполеон Бонапарт. Він описує залишки стародавньої споруди як рів шириною 25 туазів і такої глибини, що вершник, який перебував в ньому, був абсолютно невидимий.