Desondanks behield hij diverse andere functies, maar hij sloot zich uiteindelijk aan bij de Vlaamse Opstand tegen Maximiliaan. Deze hoorde over de grote macht van Wolfert op Walcheren en besloot Jan van Kruiningen naar Veere te sturen. Deze bezette de stad en verving alle door Wolfert benoemde burgemeesters, schepenen en andere functionarissen. Maximiliaan kwam daarna zelf naar Veere om zich te laten huldigen als nieuwe heer van Veere.