После начала войны 5-я дивизия в составе «Мёко» (флаг контр-адмирала Такаги), «Нати» и «Хагуро» обеспечивала выполнение операции «M» — захвата южной части Филиппин. 11 декабря крейсера прикрывали высадку у Легаспи, 19—20-го — у Давао, 24-го — на острове Холо. 4 января 1942 года 5-я дивизия вместе с крейсерами «Нагара», «Нака», «Дзинцу» и гидроавианосцем «Мидзухо» стояла на якоре в бухте Маладаг в западной части залива Давао, когда в 11:55 была атакована восемью бомбардировщиками B-17D из состава 19-й бомбардировочной группы ВВС армии США. Каждый из самолётов нёс по четыре 600-фунтовые (272 кг) бомбы, несколько из которых легло рядом с бортами, а одна в 12:01 поразила «Мёко» в носовую часть, по левому борту от башни ГК № 2. Бомба пробила верхнюю палубу и разорвалась в промежутке между ней и средней палубой, где находились офицерские каюты, причинив там большие разрушения. Взрыв сорвал теплозащитные экраны с башни ГК № 2, лёгкие повреждения от осколков получили также дальномер на ней и носовая надстройка. Всего погибло 35 человек и 29 было ранено, в том числе 10 — тяжело. Адмирал Такаги со штабом перешёл на «Нати», «Мёко» же после экстренного исправления повреждений отправился в Сасэбо, куда прибыл 9 января. После ремонта и докования он вышел в море 20 февраля в сопровождении эсминца «Инадзума» и прибыл в Макассар.