1998-ban a Prost csapat az addigi Mugen-Honda motort Peugeot-ra cserélte, ami teljesítményromlást hozott magával. Trulli mindössze 1 pontot szerzett egész évben és a világbajnokság 15. helyén végzett. 1999-ben a kaotikus európai nagydíjon Trulli második helyével életében először felállhatott a Formula–1-es dobogóra. Mint később kiderült ez volt a Prost csapat utolsó dobogós helyezése. A szezon végén 7 pont és a pontverseny 11. helye állt a neve mellett.