Nonostante ciò, in seguito alle elezioni parlamentari del 1997 SPS e SRS si coalizzano nel "Governo di unità nazionale", di cui Šešelj è eletto vicepremier. La posizione della Serbia all'inizio del mandato di questo Governo è seria: i rapporti con il governo autonomista del Montenegro, guidato da Milo Djukanović, sono estremamente tesi e, come se non bastasse, la ribellione armata nel Kosovo, dopo il referendum in cui si respinge la partecipazione di negoziatori internazionali e il collasso dei negoziati a Rambouillet, sfocia nell'aggressione della NATO contro la Repubblica Federale di Jugoslavia il 24 marzo 1999.