Schiaffino tornò a Montevideo e intraprese una breve carriera di allenatore. Nel 1974 gli fu affidata la nazionale uruguaiana, con la quale l'anno seguente partecipò alla Copa América. Poco dopo allenò anche le giovanili del Peñarol fino al 1976. Tuttavia non ebbe buoni risultati, e decise di dedicarsi solamente all'attività di imprenditore.