Am 14. November 2009 debütierte Shaqiri in der Schweizer U-21-Nationalmannschaft, die in Trabzon die Auswahl der Türkei mit 3:1 besiegte. Er nahm vom 11. bis 25. Juni 2011 an der U-21-Europameisterschaft in Dänemark teil und erzielte im ersten Gruppenspiel gegen den Gastgeber den 1:0-Siegtreffer. Mit der Mannschaft drang er bis in den Final vor, das jedoch mit 0:2 gegen Spanien verloren wurde.