Lin souhaitait intégrer l'Université Stanford ou UCLA, cependant il n'est pas accepté non pas pour ses notes mais pour son niveau en basket-ball. Il rejoint alors Harvard, université très réputée mais pas pour son équipe de basket-ball comme l'est UCLA notamment. Il va jouer pour les Crimson d'Harvard pendant ses 4 années universitaires. Lin tente sa chance à la draft de 2010 mais n'est pas sélectionné. Il sort de Harvard avec un diplôme en économie.