Alfonso fue internacional con todas las categorías inferiores de la selección española, logrando con la selección olímpica el oro en . Debutó como internacional absoluto en un amistoso ante Inglaterra en Santander, el 9 de septiembre de 1992. Totalizó 38 partidos y 11 goles y disputó dos fases finales de Eurocopa (1996 y 2000) y el Mundial de 1998.