Petr Wojnar reprezentoval Českou republiku ve všech mládežnických kategoriích od 16 let. V roce 2006 byl jediným neúspěšným českým střelcem penaltového rozstřelu ve finále Mistrovství Evropy ve fotbale hráčů do 17 let proti Rusku, což znamenalo zisk stříbrných medailí. O tři roky později byl členem českého týmu na Mistrovství světa hráčů do 20 let 2009 v Egyptě, kde ČR vypadla v osmifinále s Maďarskem na penalty 3:4 (po prodloužení byl stav 2:2).