Jelena Issinbajewas erster großer internationaler Wettkampf waren die Juniorenweltmeisterschaften 1998 in Annecy. Dort sprang sie 3,90 m und beendete den Wettkampf auf dem neunten Platz. Bei den Jugendweltmeisterschaften 1999 in Bydgoszcz gewann sie die Goldmedaille und verbesserte sich auf 4,10 m. Bei den Juniorenweltmeisterschaften 2000 in Santiago wurde sie Juniorenweltmeisterin und steigerte sich auf 4,20 m. Im gleichen Jahr wurde der Stabhochsprung der Frauen olympische Disziplin. Bei den Junioreneuropameisterschaften 2001 in Grosseto gewann sie mit einer Höhe von 4,40 m abermals die Goldmedaille. Im gleichen Jahr stellte sie beim Internationalen Stadionfest Berlin (ISTAF) mit 4,46 m einen neuen Juniorenweltrekord auf, der erst 2005 von der Deutschen Silke Spiegelburg um zwei Zentimeter verbessert wurde.