У 1959 році, коли АНД стало зазнавати переслідувань з боку йорданських влади, пішов у підпілля і був заочно засуджений до смертної кари. Таємно через Дамаск прибув у Триполі, Північний Ліван. У той період президент Лівану Каміль Шамун дотримувався проамериканської лінії і підтримував т. зв. «доктрину Ейзенхауера» щодо протидії розповсюдження комунізму на Близькому Сході. Наїф Хаватме підтримував антиурядові сили, які виступали проти колишнього курсу, і був одним з організаторів Національного фронту, в якому взяли участь колишній прем'єр-міністр Лівану Рашид Караме і його партія, АНД та БААС. У 1958 році в Лівані громадянська війна привела до зміни уряду. Новий уряд відмовився від проамериканського курсу і заявив про політику «позитивного нейтралітету». Американські війська були змушені залишити країну.