Na de dood van Theodoros II Laskaris kroonde generaal Michaël zich in het keizerrijk Nicea tot medekeizer, naast de jonge Johannes IV Laskaris, de wettelijke troonopvolger. Dit leidde tot grote woede van de despoot van Epirus, ook een Doukai en van dezelfde adellijke familie der Komnenen, maar gaf ook intern wrevel bij de Byzantijnse adel waar Michaël als een usurpator aanzien werd. Dit leidde tot de Slag bij Pelagonia (1259), een kantelmoment in de heropstanding van het Byzantijnse rijk, met de overwinning van Michaël op rechtstreekse concurrenten. Michaël had één groot doel: het Latijnse Keizerrijk in Byzantium omver te werpen. Constantinopel probeerde hij eerst in te nemen met geweld (Beleg van Constantinopel 1260) wat mislukte; in een tweede poging lukte het door een list in samenwerking met de republiek Genua, na het Verdrag van Nymphaeum (1261). De laatste Latijnse keizer, Boudewijn II van Namen, vluchtte naar Euboea. Michaël liet zich kronen in de Hagia Sophia en organiseerde restauratiewerken van de vernielde en uitgebrande gebouwen.