1988'de, daha 25 yaşındayken Bundesliga tarihindeki en genç hakem olarak maç yönetmeye başladı. 1992'de FIFA kokartı kazandı. İlk kez 1992 Yaz Olimpiyatları'nda uluslararası bir görev alan Merk, daha sonra 2000 Avrupa Futbol Şampiyonası, 2002 FIFA Dünya Kupası, 2003 FIFA Konfederasyonlar Kupası, 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası ve 2006 FIFA Dünya Kupası'nda da maç yönetti. Merk'in 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası finaline atanması Yunanistan teknik direktörü Otto Rehhagel'le arasındaki hekim-hasta ilişkisi nedeniyle Portekiz tarafından eleştirildi. 2008 yılında hakemlik kariyerini noktaladı.