2009. október 9-én választották meg az FIA elnökének. Ő 135 szavazatot kapott, ellenfele, az egykori finn ralivilágbajnok, négyszeres Dakar-rali győztes Ari Vatanen 49-et. A 2013-as FIA elnökválasztás előtt a Forma-1 olasz nagydíjának hétvégéjén több csapat vezetője is kijelentette, hogy Todt ideális munkát végzett a szervezet élén. A 2013 decemberi elnökválasztáson egyhangúlag támogatták az újabb négyéves ciklusának megkezdését, ehhez hozzájárult, hogy még novemberben visszalépett egyetlen kihívója, a brit David Ward. Kampányában nagy súlyt fektetett a kisebb kategóriák fejlesztésére és a széndioxid-kibocsátás csökkentésére.