В ноябре 2006 года в Лондоне был смертельно отравлен Александр Литвиненко — бывший сотрудник ФСБ и давний знакомый Березовского. По утверждению вдовы Литвиненко, после покушения на олигарха «Саша был просто „прикреплён“ к Березовскому от ФСБ, это была его работа». Подозреваемые Великобританией в отравлении — россияне Андрей Луговой и Дмитрий Ковтун; впоследствии судья Роберт Оуэн, проводивший открытые слушания по делу, высказал уверенность в их вине. Березовский призывал ввести санкции в отношении России, считая Кремль ответственным за убийство Литвиненко. Впоследствии представители прокуратуры России заявляли, что считают организатором убийства Литвиненко самого Березовского.