В июле 1994 Рита Марко был признан виновным в злоупотреблениях властью и приговорён к 8 годам тюремного заключения, однако уже через год освобождён по возрасту и состоянию здоровья. В 1996 он был вновь привлечён уже по более суровому обвинению в преступлениях против человечности, однако этот процесс был прерван кризисом и беспорядками 1997, изменившими политическую ситуацию в стране.