Pemberton stod overfor generalmajor Ulysses S. Grant i den belejrede by Vicksburg i Mississippi, og Johnston tilskyndede ham til at opgive byen midlertidigt og slutte sig til Johnstons styrker, så de sammen kunne slå Grant. Jefferson Davis befalede imidlertid Pemberton at blive i Vicksburg, og det gav alvorlige rystelser i Sydstaterne, da byen måtte overgive sig den 4. juli 1863, og Syden mistede sit sidste holdepunkt ved Mississippi-floden. Senere dette år blev Bragg slået i Slaget ved Chattanooga, og Jefferson Davis måtte tøvende erstatte ham med Johnston.