Attualmente il maggior problema per la Chiesa serba è il Kosovo. Dopo la disgregazione della Jugoslavia, il Kosovo era ancora una provincia serba. Tra i kosovari di lingua serba, minoritari, e quelli di lingua albanese (di religione musulmana), più numerosi, sorsero forti contrasti che diedero vita ad una lunga guerra. La Chiesa serba fu duramente colpita: numerosi monasteri (alcuni dei quali risalgono alle origini del Cristianesimo in Serbia) vennero incendiati e distrutti dagli albanesi, anche come ritorsione alle operazioni di guerra da parte serba. L'ultima ondata di attacchi si è verificata nel 2004, quando in un solo mese furono distrutti 18 monasteri e 7 chiese. Oggi il Kosovo è amministrato dall'ONU col supporto della NATO: i monasteri cristiani sono sorvegliati dalle truppe armate per evitare che vengano ulteriormente danneggiati.