Το αστεροσκοπείο πέρασε δύσκολες στιγμές κατά τις μέρες της Οκτωβριανής Επανάστασης του 1917, τον Οκτώβριο 1919 και κατά την πολιορκία της Αγίας Πετρούπολης από τα γερμανικά στρατεύματα μεταξύ Σεπτεμβρίου 1941 και Ιανουαρίου 1944. Μεταξύ 1917 και 1919 το αστεροσκοπείο έγινε πεδίο μαχών των οπαδών και αντιπάλων της Οκτωβριανής Επανάστασης με σφοδρότατες συγκρούσεις που κατέστρεψαν μεγάλο μέρος τών εγκαταστάσεων. Μετά τις αναταραχές στα πρώτα χρόνια της επανάστασης το αστεροσκοπείο του Πούλκοβο μπόρεσε να κατακτήσει πάλι την φήμη ενός από τα καλύτερα αστεροσκοπεία του κόσμου, φήμη που είχε και στα μέσα του 19ου αιώνα. Την δεκαετία του ΄30 υπέφερε από τις εκκαθαρίσεις του Στάλιν. Πολλοί επιστήμονες, μεταξύ των οποίων και ο διευθυντής Μπόρις Γερασίμοβιτς, συνελήφθησαν και εκτελέστηκαν με διάφορες ασήμαντες κατηγορίες. Στα χρόνια της πολιορκίας από τους γερμανούς στον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμοτο αστεροσκοπείο επλήγη από τους συνεχείς βομβαρδισμούς του πυροβολικού και της αεροπορίας κατά τους οποίους καταστράφηκε ολοσχερώς μαζί με την γύρο περιοχή και το πάρκο. Ευτυχώς για το αστεροσκοπείο, τα βασικότερα μηχανήματα μπόρεσαν να μεταφερθούν σε σίγουρη τοποθεσία στο κέντρο της Αγίας Πετρούπολης πριν ξεκινήσουν οι μεγάλοι βομβαρδισμοί και έτσι γλύτωσαν την καταστροφή. Επίσης χάρη ιδίως στην παρέμβαση της βιβλιοθηκαρίου τού αστεροσκοπείου μπόρεσε να σωθεί ανάλογα και το μεγαλύτερο μέρος των έργων της βιβλιοθήκης που περιείχε πολλά σπάνια χειρόγραφα και βιβλία από τον 15ο ως και 19ο αιώνα, καθώς και θεμελιώδη έργα στον τομέα της αστρονομίας και γεωδαισίας. Ειρωνεία της τύχης, καταστράφηκαν ολοσχερώς από εμπρησμό στις 5 Φεβρουαρίου 1997 γύρω στα 1.500 από τα 3.852 έργα. Τα υπόλοιπα έργα έχουν υποστεί επίσης βλάβες είτε από τις φλόγες, είτε από τα νερά της πυροσβεστικής.