Unmittelbar nach Kriegsende bekam Wyschinski den Auftrag, das Drehbuch für den Moskauer Prozess der Sechzehn zu entwerfen, angeklagt waren polnische Politiker und hohe Militärs, die sich gegen die Sowjetisierung ihres Heimatlandes stellten. Anschließend leitete er die Regierungskommission, die hinter den Kulissen die sowjetische Juristendelegation für die Nürnberger Prozesse vorbereitete. Dazu gehörte die Präparierung angeblicher Zeugen des Massakers von Katyn, die bestätigen sollten, dass es sich um ein deutsches Verbrechen handelte.