La stagione 1942-1943 fu l'ultima prima della sospensione dei tornei; nonostante le difficoltà, la Serie A proseguì, spesso schierando formazioni di fortuna. Con buone prestazioni in casa e pessime in trasferta, segnando spesso ma subendo viceversa molte reti, i viola conclusero il campionato al sesto posto, a pari merito con Bologna e Milan. In Coppa Italia la squadra venne battuta dal Livorno nella prima partita del torneo. Dopo il 25 aprile 1943, ultima giornata di campionato, per due stagioni non si tenne alcun torneo ufficiale. In questi due anni, Firenze fu caratterizzata, oltre che dalla guerra militare e civile, da bombardamenti ed esplosioni, con Ottavio Baccani che preservò nella propria abitazione trofei, scarpe, maglie e palloni da gioco. Alcuni calciatori come Ferruccio Valcareggi, Romeo Menti, Carlo Piccardi e Luigi Griffanti vennero arruolati nel Battaglione olimpionico di Roma, voluto da Ridolfi per proteggere il patrimonio sportivo nazionale. Armando Frigo, Bruno Neri e Vittorio Staccione, tre calciatori che hanno vestito negli anni precedenti la maglia viola, furono vittime della guerra e del regime nazista, perdendo la vita in questi anni.