Po ostatecznym rozbiciu armii Kołczaka pod koniec grudnia, chory na tyfus Piepielajew został w Wielkim Syberyjskim Marszu Lodowym ewakuowany do Wierchnieudinska, gdzie w marcu 1920 zorganizował oddział partyzancki, z którym przedostał się w rejon Czyty (kontrolowany jeszcze przez siły atamana Grigorija Siemionowa), a następnie w kwietniu do Mandżurii. Tam pracował jako cieśla, furman, tragarz i rybak, by utrzymać rodzinę. Latem 1922 wyjechał do Władywostoku i zaczął organizować wyprawę wojskową celem wsparcia trwającego wówczas antybolszewickiego powstania Jakutów. Oddział Piepielajewa liczył ponad 700 żołnierzy i miał dwa ciężkie karabiny maszynowe. Na początku września jego oddziały wysadziły desant na brzegach Morza Ochockiego zajmując m.in. miasto Ochock i Ajan na Kołymie. Do końca grudnia prowadził utarczki z partyzantami i małymi oddziałami regularnej armii bolszewickiej, a w styczniu 1923 rozpoczął pochód na Jakuck. W tym czasie powstanie jakuckie było już w zasadzie stłumione, o czym Piepielajew prawdopodobnie nie wiedział. Zdawał sobie jednak sprawę, że wobec zdobycia przez bolszewików ostatniego bastionu białych Władywostoku 25 X 1922 i braku własnych statków jego siły nie mają się dokąd wycofać. W połowie lutego 1923 jego oddziały zostały zatrzymane, a 1–2 marca rozbite koło wsi Amga w pobliżu Jakucka. Była to ostatnia bitwa sił białych z bolszewikami w Rosji. Resztki oddziałów białych zbiegły do Ochocka i Ajanu, gdzie w lipcu desant bolszewików z Władywostoku, dowodzony przez Stiepana Wostriecowa, zmusił Piepielajewa do kapitulacji 17 czerwca 1923.