Ogólnopolski Zjazd Kapłanów PNKK z 15 grudnia 1951 zadecydował o odłączeniu diecezji Polskiej PNKK od całości Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie oraz utworzeniu w pełni niezależnego Kościoła Polskokatolickiego. Rozpoczęto także czystkę w szeregach kapłańskich, wykluczając wszystkich tych, którzy sprzeciwiali się nowym porządkom – niepokornych szybko wydalano ze wspólnoty. W ten sposób komunistyczne władze przejęły pełną kontrolę nad nowym odłamem wyznaniowym: mianowały biskupów, wyrzucały ich ze stanowisk, kierowały polityką kadrową, obsadzały duchownych, finansowały całą działalność organizacyjną; był to Kościół funkcjonujący tak, jak w obrębie prawosławia rosyjskiego w międzywojniu, słynny "ruch obnowlenczeski". Kościół organizował msze dziękczynne z okazji 22 lipca, wysyłano do władz listy gratulacyjne z okazji państwowych rocznic, wydawano listy potępiające kard. Stefana Wyszyńskiego (np. z okazji Milenium Chrztu Polski). Według podobnego schematu w latach 1948–1953 wymieniono kierownictwo w prawie wszystkich wspólnotach wyznaniowych w Polsce. Podobieństwo doktrynalne i organizacyjne do Kościoła rzymskokatolickiego sprawiło, że Kościół Polskokatolicki coraz częściej stawał się narzędziem w walce na linii Państwo – Episkopat Polski. Prognozowano również, że w przeciągu 20–30 lat Kościół Polskokatolicki będzie wiodącym związkiem wyznaniowym w Polsce Ludowej.