คริสต์ทศวรรษ 1990 รัสเซียได้เผชิญกับความขัดแย้งด้วยอาวุธในคอเคซัสเหนือ ทั้งการสู้รบประรายด้านชาติพันธุ์ท้องถิ่นและการก่อการกบฏของกลุ่มอิสลามแบ่งแยกดินแดน นับตั้งแต่กลุ่มแบ่งแยกดินแดนเชเชนได้ประกาศเอราชในต้นคริสต์ทศวรรษ 1990 ก็ได้เกิดสงครามกองโจรขึ้นเป็นระยะ ๆ ระหว่างกลุ่มกบฏกับกองทัพรัสเซีย กลุ่มแบ่งแยกดินแดนได้โจมตีก่อการร้ายต่อพลเรือน ที่มีชื่อเสียงที่สุด คือ วิกฤตการณ์ตัวประกันโรงละครมอสโก และการล้อมโรงเรียนเบสลัน ซึ่งเป็นเหตุให้มีผู้เสียชีวิตหลายร้อยศพและเรียกความสนใจจากทั่วโลก