Whipple, um respeitado e confiável membro da sociedade, foi eleito para o Congresso Provincial de New Hampshire, antes de ser escolhido como representante de New Hampshire no Congresso Continental. Lá, Whipple foi um dos signatários da Declaração de Independência. Whipple foi nomeado para coletor de impostos de New Hampshire em 1782, por Robert Morris.