Faza druga trwała mniej więcej od maja do września 1940. W owym czasie na terenie całego Generalnego Gubernatorstwa władze okupacyjne przeprowadziły tzw. Akcję AB ("Ausserordentliche Befriedungsaktion" – Nadzwyczajna Akcja Pacyfikacyjna), której celem była eksterminacja „polskiej warstwy przywódczej” i likwidacja rozwijającego się ruchu oporu. W Warszawie miały wówczas miejsce masowe aresztowania, uliczne łapanki oraz liczne egzekucje, które dotknęły przede wszystkim środowiska inteligenckie. Głównym miejscem kaźni stała się „polana śmierci” w Palmirach. Między innymi w dniach 21–22 czerwca 1940 trzema transportami wywieziono tam na śmierć 358 więźniów Pawiaka. Zginęło wówczas wielu przedwojennych polityków i urzędników (m.in. Maciej Rataj, Mieczysław Niedziałkowski, Jan Pohoski, Halina Jaroszewiczowa), przedsiębiorców (m.in. Henryk Brun), prawników (m.in. adwokaci: Władysław Dziewałtowski-Gintowt i Tadeusz Fabiani), wojskowych, intelektualistów i artystów (m.in. Jan i Alicja Bełcikowscy, Jadwiga Fuks, Stanisław Beer) oraz sportowców (m.in. Janusz Kusociński, Tomasz Stankiewicz i Feliks Żuber).