Casillas az 1990–91-es szezonban került a Real Madrid utánpótláscsapatához. Már 1997. november 17-én, egy Rosenborg elleni BL-meccsen felkerült az első csapat keretébe, bemutatkozására csak 1999-ben került sor. A következő szezonban már végérvényesen kiszorította Bodo Illgnert a kezdőcsapatból. 2000-ben, a Valencia elleni BL-döntőn ő lett a legfiatalabb kapus, aki győzni tudott a sorozatban.