Ostatnią operacją bojową, w której uczestniczył „Giulio Cesare”, była daleka eskorta konwojów do Afryki Północnej w ramach operacji o kryptonimie M43 w dniach od 3 do 6 stycznia 1942 roku. Później, w związku z pogarszającymi się charakterystykami starego okrętu (np. prędkość maksymalna w tym okresie nie przekraczała już 24 węzłów) i kryzysem paliwowym, który dotknął flotę włoską, został on odstawiony do rezerwy w porcie w Tarencie. Od stycznia 1943 roku bazował w Poli jako hulk szkolny i mieszkalny. Po ogłoszeniu zawieszenia broni z Aliantami załoga dowodzona przez kmdr. por. Carminatiego, aby uniknąć przejęcia okrętu przez Niemców i niewoli, wypłynęła z Poli i pomimo ataków niemieckiego lotnictwa i lekkich sił nawodnych 12 września 1943 roku dotarła na Maltę. 28 czerwca 1944 roku pancernik ponownie zawinął do Tarentu, zajętego przez Aliantów we wrześniu 1943 w toku operacji „Avalanche”.