בנובמבר 2006 הוא נפצע במשחק קבוצתו מול אטאלנטה. הפציעה גרמה למילאן נזק רב, עקב חשיבותו של גאטוזו למאבקיה במפעלים השונים. ב-23 במאי 2007 זכה גאטוזו עם מילאן בפעם השנייה בקריירה שלו בליגת האלופות, לאחר ניצחון במשחק הגמר בתוצאה 1–2 על ליברפול, במפגש השני בשלוש שנים בין שתי הקבוצות במשחק הגמר.