1945年1月、トレパンは3回目の哨戒でボーフィン ("USS Bowfin, SS-287") 、ポンフレット ("USS Pomfret, SS-391") 、スターレット ("USS Sterlet, SS-392") 、パイパー ("USS Piper, SS-409") とウルフパック「マックズ・モップス "Mac's Mops"」を組んで小笠原諸島方面に向かった。この哨戒では、この方面にある特設監視艇群を蹴散らして来るべき硫黄島の戦いを支援する第58任務部隊（マーク・ミッチャー中将）やB-29などへの手助けをする任務が与えられていた。トレパンは監視艇排除任務と救助配備任務の傍ら、2月24日に三木崎沖で卯月丸（日本製鐵、875トン）を撃沈し、別の機帆船に対しても攻撃した。卯月丸の遭難を知った対潜部隊が接近しつつあったのでトレパンは深く潜り、7時間に及ぶ対潜攻撃が終わるのを待った。3月25日、トレパンは57日間の行動を終えてグアムアプラ港に帰投した。