1225年/ 1226年のハインリヒ・フォン・トゥーン（Heinrich von Thun）による橋梁建設は、ロマネスク時代の終わりと中世盛期の、「郊外市を擁する橋の都市」（Brückenstadt mit ihren Vorstädten）への移行を成すものであった。1400年より前に完成した新しい市壁は、郊外市を取り込んだ。右岸にはクライン＝バーゼル（Klein-Basel）が成立したが、1300年頃に市壁で囲まれ、碁盤目状の区画からなる建設都市の特徴を備えていた。13世紀にはライン都市同盟に参加。1356年のバーゼル地震で街は壊滅的被害を受けた。14世紀- 16世紀の帝国都市時代の最盛期には聖俗の重要建築が出現した。11世紀から15世紀まで、各会派の修道院・律院（Klöster und Stifte）が設立され、またベギン会の集まりも記録されている 。