Mentrestant, un revifada Àustria es preparava per atacar. Els Falcons de la guerra de la cort del rei Francesc I el convenceren de prendre avantatge de la situació d'Espanya. L'abril de 1809, els austríacs iniciaren la campanya sense una declaració formal de guerra i agafaren als francesos per sorpresa. els austríacs foren massa lents en treure partit de la situació i l'arribada de Napoleó, des de París, estabilitzà la situació. Els francesos guanyaren la Batalla de Eckmühl, obligant als austríacs a creuar el Danubi i perderen la fortalesa de Ratisbon. Les austríacs seguien mantenint una força de combat cohesionada, fet que feu necessària una campanya per tal de tancar el "tema". Els francesos capturaren Viena i porvaren de creuar el Danubi a través de l'illa Lobau, fet que desembocà en la Batalla de Aspern-Essling, la primera derrota de La Grande Armée. El segon intent de travessar el riu, al juliol, desembocà en la Batalla de Wagram, que guanyà l'Armée, infringint al voltant de 40.000 baixes. La desfeta desmoralitzà als austríacs, els quals acceptaren un armistici poc després, l'octubre de 1809 se signà la Pau de Schönbrunn. La Grande Armée havia acabat amb la Cinquena Coalició. 'L'imperi Austríac perdré 3 milions de ciutadans, a causa de la nova disposició de les fronteres.