Ένα άλλο μεγάλο έργο που ανέλαβε ο Τζόουνς ήταν η επισκευή και αναδιαμόρφωση του καθεδρικού ναού του Αγίου Παύλου . Μεταξύ των ετών 1634 και 1642, ο Τζόουνς παλεύει με τον ερειπωμένο Γοτθισμό του Παλιού Αγίου Παύλου, το οποίο περιβάλλει με κλασική τοιχοποιία και επανασχεδιάζοντας εντελώς το δυτικό μέτωπο. Ο Τζόουνς ενσωμάτωσε τους γιγάντιους κυλίνδρους από την Εκκλησία των Γκεσών της Vignola και της della Porta με μια γιγαντιαία κορινθιακή στοά, τη μεγαλύτερη του τύπου της βόρεια των Άλπεων, αλλά καταστράφηκε στη Μεγάλη Φωτιά του Λονδίνου το 1666. Επίσης, περίπου αυτό το διάστημα, περίπου το 1638, ο Τζόουνς επινόησε σχέδια επανασχεδιάζοντας πλήρως το Παλάτι του Γουάιτχαλ, αλλά η εκτέλεση αυτών των σχεδίων απογοητεύτηκε από τις οικονομικές και πολιτικές δυσκολίες του Καρόλου Α '.