Durante le Guerre d’Italia, ai primi del '500, la popolazione di Isola della Scala prese la decisione di accogliere una comunità di monaci francescani, da poco insediatisi anche a Verona nel convento di San Bernardino, erigendo la chiesa e il convento di Santa Maria Maddalena. L’assenso di papa Giulio II giunse nel 1511 e i lavori iniziarono di lì a poco. Già nel 1530 il vescovo Gian Matteo Giberti sottolineava la sontuosità del complesso, dotato di un grande chiostro e di una decorosa abitazione per i dodici monaci. Numerosi lasciti e donazioni durante i secoli successivi incrementarono la ricchezza artistica della chiesa: nel 1653 per esempio fu aggiunta la cappella di Sant’Antonio da Padova e numerosi nuovi affreschi decorarono il presbiterio. Il monastero fu soppresso nel 1806 per editto napoleonico. Il culto nella chiesa riprese nel 1826, quando fu intitolata a Sant’Antonio. Successivamente la chiesa fu sconsacrata, subendo vari tipi di utilizzo e l’abbattimento di parte della facciata nel 1936. Dal 1986 al 2001 ricevette un profondo restauro, finalizzato ad ospitare un auditorium e anche i reperti del Museo archeologico.