Fu però Giovanni Paolo II, successore di Giovanni Paolo I (che aveva avuto colloqui personali con suor Lucia), il papa maggiormente legato alle apparizioni di Fatima: dopo l'attentato del 1981, avvenuto proprio nell'anniversario della prima apparizione, sostenne che era stata proprio la Madonna a "deviare" la pallottola sparata da Alì Agca (che poi fece incastonare nella corona della statua della Vergine). Egli visitò Fátima in tre occasioni: nel 1982, nel 1991 e nel 2000. Nella sua prima visita del 1982, a distanza di un anno dall'attentato subìto in piazza San Pietro, subì un altro attentato: un uomo tentò di colpirlo con una baionetta, ma fu fermato dalla sicurezza. L'uomo, un sacerdote spagnolo di nome Juan María Fernández y Krohn, si opponeva alle riforme del Concilio Vaticano II e definiva il papa un "agente di Mosca". Fu condannato a sei anni di prigione e, quindi, espulso dal Portogallo. Durante la visita del 2000 Giovanni Paolo II beatificò i due veggenti defunti, Giacinta e Francisco. Rese inoltre universale la Festività della Madonna di Fatima, facendola includere nel Messale Romano.