Com o agravamento dos conflitos étnicos na ex-Jugoslávia nos anos 90), a promoção da identidade egípcia passou a ser apoiada por sectores sérvios e macedónios, que a viam como uma forma de reduzir numericamente a comunidade albanesa, e cientistas e historiadores sérvios e macedónios publicaram trabalhos pretendo demonstrar que os egípcios balcânicos realmente descendiam dos antigos egípcios. Durante o conflito do Kosovo a associação egípcia local identificou-se com o lado sérvio, e muitos egípcios abandonaram o território depois da guerra e de o governo do Kosovo ter passado a ser controlado pelas forças albanesas.