W 2002 roku de los Santos został powołany przez Víctora Púę na Mistrzostwa Świata w Korei Południowej i Japonii. Na mundialu tym "Charrúas" zajęli 3. miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju. Sam de los Santos na azjatyckich boiskach pełnił rolę rezerwowego i wystąpił tylko w spotkaniu z Francją, kiedy to w 71. minucie zmienił Marcelo Romero. Łącznie dla drużyny narodowej piłkarz rozegrał 33 pojedynki i strzelił 1 bramkę.