1792 hob General Custine die kurfürstliche Verwaltung auf. Mit der erneuten Besetzung der linksrheinischen Gebiete des Kurstaates durch die französische Revolutionsarmee wurde die stiftische Verwaltung Mombachs durch Amtleute des Domkapitels vollständig beendet. Während der Belagerung von Mainz (1793) wurde Mombach immer wieder von beiden Kriegsparteien ausgeplündert. Auch als die Franzosen Mainz zurückerobern wollten (Mainzer Linien), standen die Truppen zwischen Mombach und Budenheim. Am 12. November 1794 wurde eine Anhöhe bei Mombach von den Generalen Desaix und Michaud besetzt. Die Entsetzung von Mainz begann am 29. Oktober 1795 damit das Clerfait einen Scheinangriff auf Mombach, sowohl vom Hartenberg und Hartmühle, als auch von der Ingelheimer Aue aus veranlasste. Durch den Frieden von Campo Formio und durch dessen Bestätigung im Frieden von Lunéville wurde Mombach den Franzosen zugeschlagen und lag von da an im Kanton Oberingelheim. Ab 1801 residierte der Präfekt Jeanbon St. André in Mainz und ließ die alten Ortspforten sowie diverse Heiligenhäuschen in Mombach niederlegen.