En 1805 la alianza entre Carlos IV y Napoleón provocó la participación española en la guerra naval contra Inglaterra, que se decidió en la batalla de Trafalgar, acontecida en aguas de la costa gaditana y que resultó en la derrota de la escuadra franco-española frente a la flota inglesa. En 1808 las tropas napoleónicas entraron en la península ibérica con el pretexto de invadir Portugal junto al ejército español. Sin embargo, Napoleón aprovechó para derrocar a traición a los gobernantes españoles y apoderarse del país. Ello dio lugar a una insurrección popular y la consecuente guerra de la Independencia, en la que Andalucía tuvo un papel decisivo en la resistencia frente al invasor, con la batalla de Bailén, que fue la primera victoria española sobre los franceses, con el movimiento juntero y con las Cortes de Cádiz, que el 19 de marzo de 1812 proclamaron la primera constitución liberal de España, llamada popularmente la Pepa. La constitución fue jurada por el rey Fernando VII a su vuelta a España pero el monarca no tardó en anularla y restaurar el absolutismo.