En fait, la Milice n'est autorisée en zone nord par les Allemands qu'à partir de la fin du mois de , conformément aux vœux de Laval, mais ce dernier, qui pensait contrôler facilement la Milice, se voit imposer la nomination de Darnand (grâce à sa proximité avec les Allemands) comme secrétaire général au Maintien de l'ordre, le . Darnand a donc autorité sur la Milice, mais aussi sur la gendarmerie, les gendarmes mobiles et les GMR. L'école des cadres de la Milice dispense une formation politique mais surtout une formation militaire très minutieuse orientée vers la lutte contre les maquis. Les chefs de la Milice apparaissent vite comme des ultras de la collaboration d'État aux côtés précisément des collaborationnistes que Laval voulait neutraliser. Les responsables de la Milice commencent alors à investir progressivement l'appareil d'État et des miliciens sont placés à des postes-clés de la police et même de la justice, puisque les cours martiales instituées le dépendent directement du secrétariat au Maintien de l'ordre. Le milicien Philippe Henriot est nommé secrétaire d'État à la propagande le . Sur le terrain, la puissance de la Milice reste néanmoins limitée. Seuls peuvent être recrutés en zone nord. Engagée dans les combats contre la Résistance, notamment en contre le Maquis des Glières, elle doit faire appel aux unités de Waffen-SS pour donner l'assaut final.