その後も活躍するが、1801年10月にサン＝ドマング（現在のハイチ）に転任となり、黒人反乱の鎮圧に当たった。ルクレールは現地の実力者トゥーサン・ルーヴェルチュールを破って和平協定を結び、その後だまし討ちでトゥーサンを捕らえてフランスに送還した。ルクレールはトゥーサンの捕縛後、ナポレオンに島の黒人の半数を抹殺するように書簡で訴えたが、サン＝ドマングの熱帯の気候に適応できなかったために黄熱病にかかり、「黒い吐瀉物にまみれて」病死した。