На подвір'ї єзуїтів 1646 року (розпочався 8 червня) відбувся знаменитий триденний публічний диспут католицьких теологів С. Смялковича і Миколая Ціхоцького (Ці(и)ховського) з ректором Києво-Могилянської колегії І. Гізелем. Єзуїти покинули Київ на початку Визвольної війни 1648—1654 рр.; подальша доля будівель, які належали їм, невідома. Павло Алеппський стверджував про розправу з монахами-єзуїтами у Києві під час Хмельниччини: їх втопили у Дніпрі, тіла залишили на поїдання собакам.