В 1998 году отряд был передан из МВД в ведомство Министерства юстиции Российской Федерации, что подняло статус подразделения до офицерского и преобразовало его в отдел. В составе отряда, помимо штурмового отделения, появилось отделение физической защиты должностных лиц. В дальнейшем бойцы отряда участвовали в боях против исламских боевиков в Дагестане в 1999 году и Второй чеченской войне, в том числе охраняя комплекс правительственных зданий уполномоченного представителя России в Чечне, а также охраняя членов делегации ПАСЕ во время их визита летом 2000 года в Чечню. В 2001 году ещё одну делегацию ПАСЕ охраняли бойцы ОСН в Знаменском: 18 июля в населённом пункте Побединское произошёл инцидент, когда машины с делегацией ПАСЕ, охраной и группой быстрого реагирования попали в кольцо окружения местных жителей. Те настойчиво требовали от членов делегации выйти из машины, но, по словам командира отряда, среди местных жителей присутствовали и лица, которые подозревались в связях с незаконными вооружёнными формированиями. Начальник отделения физической защиты из соображений безопасности запретил покидать членам делегации автомобили: в случае выхода делегация обязана была, согласно протоколу, некоторое время пообщаться с населением, однако при этом был велик риск захвата заложников в связи с присутствием подозрительных лиц в толпе. Позже толпа расступилась, а сами члены делегации высоко оценивали уровень профессионализма отряда. В 2003 году во время первых президентских выборов в Чечне отряд обеспечивал безопасность на участках для голосования, покинув окончательно Чечню 18 декабря. Бойцы отряда, участвовавшие во всех этих операциях, были отмечены государственными и ведомственными наградами. В дальнейшем отряд участвовал в обеспечении безопасности судей и участников резонансных уголовных дел (от заключённых до свидетелей), среди которых выделялись Дело ЮКОСа, дело Кингисеппской ОПГ и дело «Трех китов».