Στις 16 Απριλίου 1945 ο Χίτλερ ανακάλυψε ότι ο Μπραντ είχε στείλει τη σύζυγο και τα παιδιά του στη Θουριγγία, ώστε να παραδοθούν στις Συμμαχικές δυνάμεις που προήλαυναν κατά εκεί. Ο Χίτλερ εξεμάνη και διέταξε να κατηγορηθεί ο Μπραντ επί εσχάτη προδοσία, πράγμα που έγινε και ο Μπραντ καταδικάστηκε σε θάνατο. Τον έσωσε ο Χίμλερ, ο οποίος κατάφερε να καθυστερήσει την εκτέλεσή του, και, μεσολαβώντας στις 2 Μαΐου στον Καρλ Ντένιτς, κατάφερε να τον απαλλάξει, αλλά συνελήφθη και ο ίδιος από τους Συμμάχους. Ο Μπραντ συνελήφθη επίσης από τους Συμμάχους και παραπέμφθηκε σε δίκη συνακόλουθη της Δίκης της Νυρεμβέργης, η οποία αποκλήθηκε Δίκη των Ιατρών. Στο Δικαστήριο, όταν ρωτήθηκε γιατί δέχτηκε να εκτελέσει ιατρικά πειράματα (όπως αποκάλεσε τις πράξεις του) σε ασθενείς, απάντησε: "Θα πιστέψετε ότι ήταν ευχαρίστησή μου να λάβω εντολές για να ξεκινήσω ένα πρόγραμμα ευθανασίας; Επί δεκαπέντε έτη εργαζόμουν στα κρεβάτια του πόνου και κάθε νοσηλευόμενος ήταν για μένα σαν αδελφός, κάθε παιδί το οποίο φρόντιζα ήταν σαν δικό μου παιδί. Και ύστερα με κτύπησε το αδυσώπητο πεπρωμένο. Αυτό είναι καταδικαστέο; Δεν έπρεπε να είναι το πρώτο μου μέλημα να περιορίσω την έκταση της ευθανασίας; (...) Με βαθιά αφοσίωση βασάνισα τον εαυτό μου ξανά και ξανά, αλλά καμία σοφία, καμία φιλοσοφία δεν μπορούσε να βοηθήσει εδώ, υπήρχε ένα διάταγμα και πάνω του γραμμένο το όνομά μου. Δεν λέω ότι μπορούσα να φαλκιδεύσω την ασθένεια. Δεν ζω για να πολεμώ το πεπρωμένο, και έτσι συγκατατέθηκα στην ευθανασία. Ως μεγάλος άνθρωπος κατανοώ το πρόβλημα, αλλά αυτό δεν είναι έγκλημα κατά ανθρώπου ή κατά της ανθρωπότητας. Εδώ δεν μπορώ να πιστεύω ως ιερέας ή να σκέπτομαι ως ένορκος. Είμαι γιατρός και μπορώ να διακρίνω τον νόμο της φύσης ως νόμο της λογικής. Από αυτό πηγάζει η αγάπη για τον άνθρωπο".