Seit Herbst 1928 ließ al-Husseini Juden, die an der Jerusalemer Klagemauer beten wollten, ständig belästigen. Sie wurden beschimpft und mit Steinen beworfen. Im August 1929 behaupteten Imame bei Freitagsgebeten, Juden wollten die heiligen Stätten des Islam entweihen und einen neuen Tempel errichten. Al-Husseini selbst predigte entsprechend im Felsendom. Daraufhin verprügelten Muslime Juden an der Klagemauer und verbrannten Tora-Rollen. Die Angriffe steigerten sich bis zum Massaker von Hebron (23. und 24. August 1929). Dabei ermordeten aufgehetzte Araber 67 Juden, vertrieben fast alle übrigen und zerstörten damit eine der ältesten jüdischen Gemeinden in der Region. Erst die britische Polizei, die lange passiv blieb, stoppte das Judenpogrom. Vor der Untersuchungskommission von Sir Walter Russell Shaw erklärte al-Husseini, das britische House of Commons sei „nichts anderes als ein Rat der Weisen von Zion“. Damit spielte er auf die gefälschten Protokolle der Weisen von Zion und deren antisemitische Verschwörungstheorie eines „Weltjudentums“ an.