Magnússon ha disputato la sua prima competizione nel 1985 a livello regionale vincendo alcuni titoli. Ha esordito a livello internazionale nel 1988 in Canada nel corso dei Mondiali juniores, senza finire la gara di decathlon. Nel 1994 ha debuttato con la nazionale seniores agli Europei in Finlandia, dopo alcuni anni spesi a studiare negli Stati Uniti. Nel 1996 ha vinto la sua prima medaglia internazionale in Svezia agli Europei indoor prima di prendere parte ai Giochi olimpici di , terminando dodicesimo. Magnússon ha partecipato ancora a due edizioni delle Olimpiadi a e ad , senza però portare a termine le gare. Nel 1997 ha vinto una medaglia di bronzo mondiale a Parigi ai Mondiali indoor a cui ha fatto seguito, nel 2001, quella d'argento nell'edizione in Portogallo, alle spalle del ceco Roman Šebrle.