Năm 1990, người Azerbaijan tập hợp lực lượng phản đối quyền quản lý Xô viết và thúc đẩy giành độc lập. Những cuộc biểu tình đã bị người Xô viết can thiệp đàn áp dã man trong cái mà hiện họ gọi là Tháng 1 Đen. Năm 1991, Azerbaijan tái lập quyền độc lập sau sự sụp đổ của Liên bang Xô viết. Những năm đầu độc lập bị bao phủ bóng đen bởi một cuộc chiến tranh với Armenia và những người Armenia ly khai về vùng Nagorno-Karabakh. Dù đã có một thỏa thuận ngừng bắn từ năm 1994, Azerbaijan vẫn chưa giải quyết được cuộc xung đột này với Armenia. Từ khi cuộc chiến chấm dứt, Azerbaijan đã mất quyền kiểm soát 14% lãnh thổ gồm cả Nagorno-Karabakh. Vì cuộc xung đột này, cả hai nước đều phải đối đầu với những vấn đề người tị nạn và tình trạng chuyển dịch chỗ ở trong nước cũng như các khó khăn kinh tế.