11 февраля 2008 года подписал трёхлетний контракт с «Зенитом», сумма трансфера составила 3,8 млн евро. Кроме «Зенита» Томашем интересовались немецкие клубы «Бохум» и «Нюрнберг», однако питерцы были настойчивее других и предложили более выгодные условия как Губочану, так и его бывшему клубу. В составе петербургского клуба в 2008 году стал обладателем Суперкубка России и Суперкубка УЕФА.