胡珀起初支持英国殖民政府， 并成为北卡罗来纳议会议员，逐渐成为了美国独立的支持者。1774年，他成为了第一届大陆会议的北卡罗来纳州代表，并当选第二次大陆会议的代表。但他的大部分时间都花在国会和北卡罗来纳州的工作之间，在那里他正协助组建新政府。由于与北卡罗来纳州新政府打交道的原因，胡珀错过了批准《独立宣言》的投票，但他赶上并签署了美国独立宣言。1777年，由于持续的财务问题，胡珀从国会辞职，回到北卡罗来纳州继续从事他的法律职业。在独立战争期间，英军多次试图袭击他，并烧毁了他的庄园。