Hanyū zakończył sezon występem na World Team Trophy 2017, gdzie wraz z zespołem pozostałych japońskich łyżwiarzy zdobyli złoty medal. Po programie krótkim Hanyū zajmował dopiero siódmą pozycję po tym jak zamiast planowanego poczwórnego rittbergera wykonał jedynie pojedynczego oraz nie był w stanie zakończyć kombinacji. W swoim programie dowolnym jako pierwszy łyżwiarz figurowy w historii wykonał trzy poczwórne skoki w drugiej połowie programu, co ostatecznie pozwoliło mu na wygraną w tej części zawodów z wynikiem 200,49 pkt.