Lorsque la guerre de Sécession éclate, Garrott forme le 20th Alabama Infantry, servant brièvement comme son lieutenant-colonel du au et par la suite, comme son colonel. La brigade est stationnée à Mobile, en Alabama, en 1861 et 1862. La brigade de Garrott est envoyée dans le Mississippi au sein de la brigade du général Edward D. Tracy. Garrott prend part à la bataille de Port Gibson et à la bataille de Champion's Hill. Garrott est tué par un tireur d'élite unioniste le , peu de temps avant d'être promu brigadier général. La commission à ce grade, datée du , est reçue au quartier général après sa mort. En raison de son décès, sa nomination posthume n'est pas confirmée par le sénat confédéré.