Wie im sogenannten Ribbentrop-Molotow-Pakt zwischen dem Deutschen Reich und der Sowjetunion am 24. August 1939 vereinbart, wurde die Stadt am 28. Juni 1940 von der Sowjetunion besetzt und der Großteil der deutschen Bevölkerung, etwa 25.000, nach Verhandlungen mit Deutschland anschließend „heim ins Reich“ geholt. Die Stadt wurde nun russisch "Tschernowizy"/Черновицы, am 9. August 1944 wurde sie dann per Ukas in Tschernowzy/Tscherniwzi umbenannt. Die neuen sowjetischen Herrscher behandelten reiche Stadtbürger, darunter auch viele Juden, als Klassenfeinde, etwa 3500 Juden wurden in Güterzügen nach Sibirien und in andere entlegene Gebiete der Sowjetunion deportiert.