Tombé malade en , il est remplacé, puis est désigné commandant du sous-marin , un autre , basé à Toulon. Le , lorsque les troupes allemandes font irruption dans le port de Toulon, le "Casabianca" est « de relève », donc disponible au personnel et au matériel, contrairement aux unités « en gardiennage d'armistice ». Les bâtiments de combat de surface qui chauffent au mazout sont « bas les feux » et ne sont pas en mesure d'appareiller immédiatement : ils seront l'objet de l'opération de sabordage de la flotte menée pour ne pas les livrer intacts à l'occupant allemand. En revanche, les sous-marins, propulsés par des moteurs diesel, peuvent appareiller pratiquement sans délai. Jean L'Herminier choisit d'appareiller et de sortir de la rade, mais il est hésitant : doit-il saborder son sous-marin en eau profonde selon les ordres de l'amiral Darlan, ou bien rejoindre les alliés pour continuer la guerre contre les Allemands ? Après concertation avec ses officiers et son équipage qui veulent reprendre le combat, il décide de rejoindre Alger qui est sous contrôle des troupes anglo-américaines depuis l'opération Torch menée à partir du .