Мост Инков использовался в качестве переправы ещё в колониальные времена. Через него проходил средневековый транспортный коридор, соединявший побережья двух океанов: Атлантического и Тихого. В начале 1817 г. по Мосту прошла армия Хосе де Сан-Мартина в своём Андском походе, предпринятом для защиты независимости Чили. В апреле 1835 г. Мост Инков осмотрел Чарльз Дарвин, посетивший эту местность в ходе кругосветного путешествия на корабле «Бигль». Транспортное значение Моста исчезло только с началом XX в., когда недалеко от него через приток реки Мендосы, реку Куэвас, был перекинут современный мост Трансандинской железной дороги.