Jakub (Piatnicki) nie protestował osobiście przeciwko obaleniu caratu w Rosji. Wziął udział w Soborze Lokalnym Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, w czasie którego otrzymał godność metropolity z uwagi na wieloletnią służbę biskupią. Po powrocie do Kazania po rewolucji październikowej nie protestował również przeciwko pierwszym atakom władz bolszewickich na Cerkiew Rosyjską. Po ukonstytuowaniu się Komucza i zajęciu Kazania przez lojalne mu wojska udzielił mu swojego poparcia i zorganizował zbiórkę pieniędzy „na potrzeby armii ludowej”. Po kontrofensywie czerwonych, której rezultatem było zdobycie Kazania, hierarcha wycofał się razem z białymi z miasta. Według danych zebranych przez metropolitę Manuela (Lemieszewskiego) dotarł do Irkucka. Następnie w listopadzie 1918 uczestniczył w spotkaniu hierarchów działających na ziemiach kontrolowanych przez armię adm. Kołczaka, w czasie którego sformowany został wyższy zarząd struktur cerkiewnych na tymże obszarze. Chociaż metropolita Jakub nie został jego członkiem, powierzono mu zadania "locum tenens" eparchii tomskiej, zaś w marcu 1919 otrzymał godność metropolity tomskiego. W 1921 na własną prośbę hierarcha odszedł w stan spoczynku i został przełożonym Monasteru Simonowskiego w Moskwie.