1939年9月にはノモンハン事件への出撃が命じられるが、行く途中で停戦になり日本に戻る。その後、東京でマレー半島上陸作戦の訓練を受けた。この後マレー作戦に参加。1941年クアラルンプール近郊のジャングルでの戦闘では、英国軍に至近弾を浴びた。戦友の肉片が顔じゅうにかかったがこれも凌ぎ、シンガポールの戦いでは、最前線で英国軍の砲火にさらされながら、電話線をかける作業をした。砲火を避けるためヘッドスライディングの連続だった。藤村は砲弾の直撃を受けて死んだ戦友の左腕をナイフで切り落して三角巾で巻いて首から吊るし、後にそれを遺骨にして遺族に送っている。1942年2月14日の戦闘では英国軍の白旗を最初に発見したといい、「英国降伏の第一報を山下奉文らの司令部に送ったのはワシや」と誇っていたという。シンガポール陥落の後、輸送船でジャワ島からニューギニアに向かう途中、バンダ海で潜水艦に撃沈される事態に遭遇した。この時はフカがたくさんいる海を半日泳いで助かった。戦後、この話を家族にマッチ箱とタバコを使ってよく話していたと夫人は証言している。