Il "Nautilus" tornò operativo il 25 aprile 1944, trasferendosi quindi a Brisbane dove arrivò il 14 maggio seguente. Assegnato a missioni di trasporto merci, diresse a Darwin il 28 maggio per poi fare rotta per Tukuran nelle Filippine occupate dai giapponesi con un carico di munizioni e rifornimenti destinato a un locale gruppo di guerriglieri filippini; dopo aver evitato l'attacco di un velivolo nemico, il sommergibile consegnò il suo carico a destinazione il 5 giugno, rientrando a Darwin l'11 giugno. Il giorno seguente il "Nautilus" ripartì da Darwin per una seconda missione di trasporto a favore dei guerriglieri filippini, questa volta con destinazione Negros; il 14 giugno, in rotta per la sua destinazione, il sommergibile intercettò e affondò a cannonate un piccolo scuna giapponese, per poi sbarcare il suo carico a Capo Balatong il 20 giugno imbarcando al suo posto un ufficiale statunitense, 17 filippini evacuati e un prigioniero di guerra tedesco. Sulla via del rientro il 25 giugno il sommergibile colò a picco a cannonate un peschereccio prendendone a bordo l'equipaggio, per poi giungere a Darwin il 27 giugno.