Op 26 februari 2005 debuteerde Thwala voor het Zuid-Afrikaans voetbalelftal, tijdens een wedstrijd tegen de Seychellen om de COSAFA Cup. Thwala was ook lid van de selectie voor de Gold Cup 2005 en tevens werd hij opgenomen in de selectie voor het WK 2010, waar hij met gastland Zuid-Afrika in de groepsfase geëlimineerd zou worden.