Die Qualifikation zur Futsal-Europameisterschaft 1999 wurde vom 7. November bis zum 20. Dezember 1998 in sieben Gruppen in verschiedenen Ländern ausgetragen. Neben dem EM-Gastgeber Spanien konnten sich die sieben Gruppensieger der Qualifikation die weiteren Startplätze sichern. Das Endturnier fand vom 22. bis 28. Februar 1999 in Granada statt.