Kurz darauf flüchtete sie wegen des Nordischen Krieges unter dem Tarnnamen Graf von Dohna über Münster und Utrecht nach Antwerpen. Christina hatte bereits wertvolle Bücher, Gemälde, Statuen und Wandteppiche aus ihrer Burg Tre Kronor verpackt und auf einigen Schiffen verschickt. In Antwerpen wurde sie von Hannibal Sehested besucht, Leopold Wilhelm von Österreich, der sie nach Brüssel einlud, und dem eifersüchtigen und beleidigten Louis II. de Bourbon, prince de Condé. Am 24. Dezember 1654 konvertierte sie, vorerst aus politischen Gründen unter Geheimhaltung, in Brüssel vor Zeugen und Freunden, darunter Antonio Pimentel und Raimondo Montecuccoli. Nach neun Monaten reiste sie nach Innsbruck, wo sie am 3. November 1655 in der Innsbrucker Hofkirche den Übertritt zum Katholizismus öffentlich vollzog. Dabei wurde sie vom päpstlichen Gesandten Lukas Holste betreut. Das Ereignis wurde mit großem Aufwand gefeiert. Am Abend wurde zu ihren Ehren die Oper "Argia" von Antonio Cesti aufgeführt. Ihr Gastgeber Ferdinand Karl (Österreich-Tirol) schien allerdings froh gewesen zu sein, als sie abreiste.