Absolwent Newport Harbor High School z 1963. Był dwukrotnie nominowany do Oscara: w 1995 za reżyserię w kategorii Oscar za najlepszy krótkometrażowy film dokumentalny za "The Living Sea" oraz w 2000 za film "Delfiny" w tej samej kategorii. Zainicjował użycie dwóch nowych typów kamer przy kręceniu filmów dla sieci kin IMAX: szerokopasmowej (o zwolnionym tempie) oraz pierwszej przenośnej kamery odpornej na pogodę przy realizacji filmu na Mount Everest. W sierpniu 2005 przygotowywał film dokumentalny, egzaminując potencjalne skutki uderzenia huraganu na Nowy Orlean. Gdy pod koniec miesiąca Huragan Katrina uderzył na Luizjanę, filmowiec udokumentował kataklizm, rezygnując z tworzenia symulacji, jak wcześniej planował. W latach 60. XX w. MacGillivray założył wraz z Jimem Freemanem studio filmowe MacGillivray Freeman Films.