Nell'incendio del 15 aprile 2019 l'organo maggiore non ha ricevuto ingenti danni né al suo interno dalla fuliggine, né all'esterno dall'acqua dei soccorritori; quest'ultima ha invece colpito pesantemente l'organo del coro e quello positivo danneggiandoli irreparabilmente. Per lo strumento maggiore è stato programmato, a partire dalla metà del 2020, un restauro di pulizia e decontaminazione da piombo (frutto quest'ultimo della combustione) in due fasi, con uno smontaggio pressoché completo dell'organo ad eccezione della cassa, delle canne di facciata e di quelle più gravi di 32'.