В Отечественной войне 1812 года Матвееву не довелось принимать участие, поскольку он был оставлен на Дунае для содержания казачьих кордонов. Вернувшись на Кубань Матвеев в 1816 году был назначен наказным атаманом Черноморского казачьего войска и в 1819 году произведён в полковники. На этой должности ему неоднократно приходилось бывать в перестрелках с горцами за Кубанью и в Черномории.