Twee dagen na de heropening vielen Duitse troepen Nederland binnen en breken er opnieuw onzekere tijden aan voor Grand hotel Britannia. In de meidagen van 1940 is het hotel enige tijd in gebruik geweest als hospitaal nadat het Sint Josephziekenhuis was ontruimd. Aanvankelijk bleef het hotel geopend tot in 1942 de boulevard tot Sperrgebiet werd verklaard en deel ging uitmaken van de Atlantikwall. De Duitse bezetters situeerden in en om Hotel Britannia het hoofdkwartier van de 'Seekommandant Südholland', die het bevel voerde over alle eenheden van de Kriegsmarine die waren gelegerd langs de kust van Hoek van Holland tot aan Zeebrugge. Ter bescherming van de staf tijdens bombardementen werd in 1942 een tijdelijke hoofdkwartierbunker gebouwd die in 1943 werd vervangen door een bunker van een zwaardere gewapend betonconstructie ('Regelbau Fl 241'). Ook aan de achterzijde van het hotel en het achterliggende villapark werden bunkers gebouwd.