Sein erstes Truppenkommando erhielt Lee im Herbst 1861 im westlichen Virginia. Seine Offensive am Cheat Mountain scheiterte allerdings zum einen wegen der ungewöhnlichen Art seiner Befehlsgebung, zum anderen auf Grund der Fehler seiner Untergebenen. Immerhin gelang es ihm, das weitere Vordringen der Unionstruppen nach Osten zu verhindern; das westliche Virginia blieb unter Kontrolle des Nordens und spaltete sich 1863 als West Virginia ab.