Met buurland Maleisië, dat hij ervan beschuldigde de islamitische krachten in zijn land te steunen, kwam het bijna tot een oorlog. Deze campagne werd door Soekarno "de Konfrontasi" genoemd. Mede door gebrek aan steun bij de westerse landen verloor Indonesië het conflict met Maleisië dat door Engeland, Australië en de Verenigde Staten werd gesteund.In 1965 trad Indonesië uit de Verenigde Naties.