Ab November 1939 war er Chef des Amtes des Generalgouverneurs Frank in Krakau, ab März 1940 dessen Staatssekretär. Bereits am 24. November 1939 stattete Bühler den Sonderbeauftragten für die Erfassung und Sicherung der Kunst- und Kulturschätze, Kajetan Mühlmann mit den nötigen Mitteln zum Kunstraub aus. Ab Juni 1940 wurde er, zunächst vorläufig, zu Franks Stellvertreter bestellt. Bühler nahm am 16. Mai 1940 und am 20. Mai an zwei Konferenzen zur Vorbereitung der Außerordentlichen Befriedungsaktion teil, mit der der Widerstand der polnischen Intelligenz ausgeschaltet werden sollte. Am 22. August 1940 unterzeichnete Bühler eine Anweisung zur Umbenennung von Straßennamen im Generalgouvernement. In einem speziellen Rundschreiben vom 12. Januar 1942 wies Bühler die Distriktgouverneure an, von dem ihnen übertragenen Begnadigungsrecht gegenüber denjenigen Juden keinen Gebrauch zu machen, die zum Tode verurteilt worden waren, weil sie aus dem Ghetto entwichen waren.