Tijdens de Europese kampioenschappen in 2006 lag Ennis na de eerste dag goed op koers om brons te winnen. Haar prestaties op de tweede dag waren echter dusdanig, dat ze haar positie verloor en zich uiteindelijk tevreden moest stellen met een achtste plaats. Ze eindigde wederom achter de sterkste Britse zevenkampster Kelly Sotherton, zij het met minimaal verschil, namelijk slechts 3 punten.Opmerkelijk was ook een persoonlijk record bij het kogelstoten en op de 200 m en een beste seizoensprestatie bij het verspringen en speerwerpen. Haar puntentotaal van 6287 was goed voor een persoonlijk record.