墺土戦争の勃発以降、宮廷でのオペラ活動は低調となった。サリエリは1798年にシェイクスピア『ウィンザーの陽気な女房たち』を原作とするオペラ『ファルスタッフ』を書くが、その後オペラの作曲は低調となり、1802年以降は新作を書かなくなった。その後は主に宮廷の教会用に宗教作品を書いた。1804年には大規模な『レクイエム』を書いている。1815年には最後の管弦楽作品である『スペインのラ・フォリアの主題による26の変奏曲』を書いた。