Omstreeks 1200 werd de vissershaven door een storm vernield. Gedurende de 14e eeuw, maar voor 1309, werd Zuidkote een heerlijkheid. In 1600 werd een fort gebouwd om Duinkerke aan de oostzijde te beschermen. Omstreeks 1630 werd het Kanaal Nieuwpoort-Duinkerke aangelegd, dat parallel aan de kust loopt. In 1658 werd de Slag bij Duinkerke gevochten, waarin de Fransen en de Spanjaarden tegenover elkaar stonden. De Spanjaarden werden verslagen en Frankrijk annexeerde vele gebieden, waaronder Zuidkote. Een stadsbrand in 1692 vernietigde een groot aantal huizen, en ook het stadsarchief. In 1777 werd het dorp, en ook de kerk, onder zand bedolven. De kerk werd gesloopt maar de toren, die diende als baken op zee, bleef behouden.