В образе защитника христианства (за что Карла прозвали «Божьим знаменосцем») он воевал против Турции. В конце 1529 году турецкие войска осадили Вену, уже имея за спиной покорённую Венгрию. Но наступившая зима заставила их отступить. В 1532 году так же ни с чем турки ушли из-под крепости Кёсег в западной Венгрии. Используя перерыв в войне, Карл в 1535 году отправил флот к берегам Туниса. Флот Карла взял город и освободил тысячи обращённых в рабство христиан. Здесь была возведена крепость и оставлен испанский гарнизон. Однако эта победа была сведена на нет исходом сражения при Превезе (в Эпире) в 1538 году, когда христианам противостоял заново выстроенный султаном Сулейманом I Великолепным турецкий флот. Теперь турки вновь господствовали в Средиземном море (до битвы при Лепанто в 1571 году).