Кад је чуо за одредбе Тилзитског мира из 1807, Сењавин је заплакао. Русија је одустала од свих његових освајања. Русија је постала Наполеонов савезник, а непријатељ Велике Британије. После осам дана велика руска флота (5 бојних бродова, 4 фрегате, 4 корвете) требало је да се врати у Севастопољ. Сењавин је требало да предводи остатак флоте у Балтичко море, где се управо кувао Фински рат против Шведске. Кренуо је са Крфа 19. септембра 1807. године. Олујно невреме присилило је флоту да потражи склониште у Лисабону 30. октобра 1807. Британска морнарица је блокирала луку, а англо-руски рат је проглашен у новембру. Француске снаге су се нашле у Португалији. Наполеон је добио од руског цара Александра I Романова право да даје Сењавину наређења преко руске амбасаде у Паризу. Французи су захтевали да Сењавин одмах замени све британске официре на својим бродовима са Французима или Немцима. Сењавин је љубазно одбио Наполеонова наређења, не желећи да се сукобљава са донедавним пријатељима Енглезима, а и не желећи да ризикује своју флоту, која се нашла заробљена. У јулу 1808. Сењанинови бродови су још увек били блокирани, а тада су га Французи посетили тражећи да помогне у сукобу са Шпанцима и Португалцима. Он је опет одбио, правдајући се да нема одобрење рускога цара. У августу 1808. Французи су били присиљени да напусте Португал. Сењавин је остао суочен са британским бродовима. Сењавин се није предавао. Тврдио је да је неутралан и да ће дигнути све бродове у ваздух и запалити Лисабон, ако га нападну. Постигао је са Енглезима договор да га британска морнарица испрати до Лондона, али са уздигнутом руском заставом. Ту је дуго био задржаван. У Ригу је стигао тек 9. септембра 1809.