Den 18 juni 1812 förklarade USA krig mot Storbritannien som infört handelsblockad mot Napoleons Frankrike. Detta påverkade USA:s handelsintressen. St. Clair riskerade att bli inkallad och ville inte strida mot amerikanska armén och milismän. Därför tvingades han och hans vänner att fly över gränsen till staten New York. En natt i november flydde de, männen till fots och kvinnor och barn på hästar. De var tvungna att lämna möbler, jordbruksmaskiner och boskap och fick bara med sig kläder och sådant som de kunde bära med sig. Storbritannien konfiskerade gård, hem och boskap. De närmaste åren bodde familjerna i små städer i New York. 1816 flyttade St. Clair och Sarah in hos sonen James jr. I Barre, New York. Han sökte och fick en pension om 96 dollar per år för sin tjänst under frihetskriget. Sarah St. Clair dog den 10 mars 1834 och James St. Clair dog 27 januari 1836.