Entretemps le , il est secrétaire général du parti populaire autrichien. Aux élections législatives de 2019, Nehammer est candidat à la cinquième place de l'ÖVP à Vienne et à la onzième place sur la liste fédérale. Au cours des négociations de la coalition en 2019, il s'occupe des thèmes de l'Europe, de la migration, de l'intégration et de la sécurité. Il est nommé ministre de l'Intérieur le , succédant à Wolfgang Peschorn. C'est lui qui prend en charge la coordination des forces de police avec l'armée au cours des attentats islamistes du 2 novembre 2020 à Vienne.