O Quartel General do Estado-Maior Imperial era completamente independente do governo civil do Império do Japão, incluindo o Gabinete e até mesmo o Primeiro Ministro do Japão. O primeiro-ministro Itō Hirobumi foi autorizado a participar de reuniões por ordem expressa do imperador Meiji durante a Primeira Guerra Sino-Japonesa. No entanto, o primeiro-ministro Katsura Taro, apesar de seu passado militar, teve sua entrada negada nas reuniões durante a guerra russo-japonesa subsequente.