Il Chievo Verona lo ingaggia nell'estate del 2003 facendolo debuttare in Serie A il 9 novembre 2003 nella partita Siena-Chievo 1-2. Nella stagione 2003-2004 scende in campo 12 volte, 24 in quella seguente. Nella stagione 2005-2006 firma il suo primo e unico gol in Serie A su 23 partite disputate. Il 14 settembre 2006 esordisce in Coppa Uefa nella sconfitta per 2-0 contro il Braga. Segue poi un'annata nella quale retrocede con il Chievo in Serie B; resta nelle file gialloblù per la stagione cadetta 2007-2008, che sotto la guida di mister Iachini si conclude con il ritorno dei clivensi in Serie A. Nella nuova stagione disputata nella massima serie, Malagò colleziona soltanto 12 presenze, con il Chievo che riesce a ottenere la salvezza sotto la guida di Domenico Di Carlo. Viene confermato con la squadra veronese per la stagione 2009-2010, ma tuttavia colleziona solo 2 presenze.