Durante la Segunda República y la guerra civil, el fuerte fue empleado como prisión de carácter militar, albergando a funcionarios de las fuerzas armadas encarcelados por su intervención en diferentes insurrecciones. Así, La Sanjurjada de 1932 fue causa del internamiento de José Cavalcanti o Miguel García de la Herrán, mientras que la Revolución de 1934 llevó a las celdas de San Julián a Enrique Pérez Farrás y Fernando Condés, entre otros. La dictadura de Francisco Franco dio de nuevo una función penitenciaria al castillo, cuando entre abril y noviembre de 1939 situó en sus instalaciones parte del complejo concentracionario que la represión franquista hizo operar en Cartagena.