Dopo l'indipendenza del Vietnam dalla Francia, Linh venne rilasciato e, nel corso della Guerra d'Indocina, scalò i ranghi del Partito divenendo membro del Comitato Centrale nel 1960. Fu inoltre responsabile per il Vietnam del Sud, cosa che lo vide direttamente coinvolto nella Guerra del Vietnam contro gli Stati Uniti, anche se le sue mansioni erano più a carattere organizzativo che militare. Ad ogni modo nel 1968 fu tra i comandanti dell'Offensiva del Têt, che rappresentò un punto di svolta nel conflitto.