La consecuencia principal de esta guerra civil fue pues, la instauración de la Dictadura de Prado, que declaró la guerra a España el 14 de enero de 1866 y se alió con Chile (país que ya se hallaba en guerra contra la escuadra española). Esta alianza sudamericana se hizo extensiva a Bolivia y Ecuador. El conflicto finalizó tras el Combate del Callao o del Dos de Mayo, con el retiro de la flota española (2 de mayo de 1866), que fue celebrado por las cuatro repúblicas aliadas como un triunfo que sellaba la independencia.