Im Dreißigjährigen Krieg trafen sich dort 1631 König Gustav II. Adolf von Schweden und Kurfürst Johann Georg I. von Sachsen, um ein Bündnis gegen den katholischen Kaiser Ferdinand II. zu schließen. Die verbündeten schwedisch-sächsischen Truppen schlugen in der Schlacht bei Breitenfeld die kaiserlichen Truppen unter Tilly. Während des Dreißigjährigen Krieges wurde die Stadt mehrfach gebrandschatzt und zerstört. 1813 war Düben für kurze Zeit das Hauptquartier von Napoleon. Von dort aus befahl er den Aufmarsch seiner Truppen zur Völkerschlacht bei Leipzig. Nach dem Wiener Kongress 1815 wurde Düben in das Königreich Preußen eingegliedert und Teil des Regierungsbezirks Merseburg der Provinz Sachsen (Kreis Bitterfeld).