Do protinacistického odboje vstoupil Václav Růta potažmo celá jeho rodina poté, co byl kontaktován Janem Bejblem z Plzně. Oba se znali ze svého působení v Bratislavě, Jan Bejbl zde byl policistou. Václav Růta byl požádán o ubytování pro příslušníky výsadku Anthropoid Jozefa Gabčíka a Jana Kubiše, kteří se potřebovali uchytit v Praze. Václav Růta žádost bez váhání vyhověl a oba parašutisté přibyli k Růtovým na silvestra roku 1941. Ubytováni zde byli do 5. ledna 1942, kdy se o jejich pobytu náhodou dozvěděl při návštěvě soused Růtových Jan Zelenka-Hajský, který Gabčíka s Kubišem převzal pod ochranu sokolské odbojové organizace. Tím aktivní role Růtových v operaci skončila. Poté co zdárně proběhl atentát na Heydricha a došlo ke zradě Karla Čurdy začalo gestapo pomalu rozplétat celý příběh. Zatčeni byli manželé Bejblovi v Plzni a manželka Jana Zelenky-Hajského Františka, sám Zelenka-Hajský spáchal sebevraždu. Syn Růtových Jiří byl spolužákem syna Zelenkových Jana Milíče. Ten poté co mu Jiří předal informaci o tom, co se v jejich bytě odehrálo, rovněž spáchal sebevraždu. Není zcela zřejmé jak se gestapo dostalo na stopu Růtových, každopádně 19. června 1942 byli všichni tři zatčeni. Václav Růta se musel zúčastnit identifikace preparovaných hlav Kubiše a Gabčíka. Po výsleších v Praze byli Růtovi vězněni v terezínské Malé pevnosti, dne 29. září 1942 odsouzeni stanným soudem k trestu smrti a 24. října téhož roku popraveni v koncentračním táboře Mauthausen při fingované zdravotní prohlídce společně s mnoha dalšími českými odbojáři a jejich rodinnými příslušníky.