В 1587 году Фрэнсис Дрейк сжёг испанский флот в гавани Кадиса, и хотя Басан в это время находился в Лиссабоне, на него была возложена вина за эту катастрофу. Он умер в Лиссабоне 9 февраля 1588 года. Непобедимую армаду вместо него возглавил герцог Медина-Сидония.