Диего-Суарес был одной из точек вторжения союзных сил, когда они захватили Мадагаскар в 1942 году. Существовала опасность, что Япония будет давить на режим Виши для использования Мадагаскара тем же образом, как Французским Индокитаем в течение предыдущих лет. Поэтому началась операция по захвату Мадагаскара. Диего-Суарес был выбран начальной точкой для вторжения из-за своей превосходной гавани и расположения здесь штаб-квартир многих важных официальных лиц. Он стал также местом атаки японских карликовых подводных лодок на британский флот.