Per fermare la pulizia etnica e il genocidio degli albanesi da parte del partito nazionalista Serbo nell'ex provincia del Kosovo, nella Repubblica Federale di Jugoslavia, Clinton autorizzò l'uso di truppe Americane in una campagna aerea della NATO contro la Jugoslavia. L'operazione, condotta nel 1999, fu chiamata Allied Force. Il Generale Wesley Clark fu nominato Comandante Supremo delle Forze NATO in Europa. La campagna militare fu completata il 10 giugno 1999 con la Risoluzione 1244 del Consiglio di sicurezza delle Nazioni Unite. La risoluzione poneva il Kosovo sotto l'amministrazione ONU e autorizzava la presenza di un corpo di pace. La NATO annunciò che nessun soldato della coalizione era stato ucciso in battaglia, mentre due avevano perso la vita nella caduta di un elicottero Apache.