À la suite de la prise de Corinth, McArthur prend le commandement de la sixième division et reçoit l'ordre de renforcer l'armée du Mississippi du major général William S. Rosecrans, en poste à Corinth. À la veille de la bataille de Corinth, le brigadier général Thomas J. McKean arrive de Saint-Louis et en raison de son rang remplace McArthur au commandement de la division. Des ordres sont donnés pour placer McKean au commandement de la division, mais aucun ordre est donné pour réaffecter McArthur. Par conséquent, McArthur est sans commandement pendant une brève période, mais reste à portée de main, aidant même le colonel John M. Oliver à positionner les piquets pour sa brigade à proximité. Un officier d'état-major au quartier général de Rosecrans se rappelle la situation de McArthur et un ordre spécial est immédiatement envoyé pour renvoyer McArthur au commandement de la première brigade de la sixième division, qui était récemment commandée par le colonel Benjamin Allen alors que McArthur était au commandement divisionnaire.