Во время гражданской войны в Таджикистане осенью 1992 года таджикистанские арабы активно выступили на стороне Народного фронта Таджикистана. Согласно сообщениям, молодые люди арабского происхождения под угрозой физической расправы вынуждали соседей-каратегинцев бросать дома и имущество и уезжать. Отмечались также случаи убийств арабами каратегинцев. Однако один из руководителей арабской общины в Таджикистане, кандидат экономических наук Ш. Акрамов утверждал, что он лично и другие руководители арабской общины, проживавшие в Душанбе, делали попытки примирить враждующие стороны.