El còdex fou dividit durant els primers anys de la conquesta espanyola. Totes dues parts van romandre a l'àrea de l'Oaxaca mixteca fins al , en part per la seua estreta relació amb la família Villagómez, un llinatge de cacis indígenes d'aquesta zona. El "Còdex Becker I" isqué de Mèxic en mans del col·leccionista alemany Philipp Becker, i després de la seua mort fou donat al Museu d'Etnologia de Viena, Àustria. El Còdex Colombino roman a Mèxic a la Biblioteca Nacional d'Antropologia i Història de Mèxic, i és l'únic còdex precolombí que resta en aquest país.