לאחר המלחמה החל מושקט את עבודתו במשרד המשפטים בפולין שתחת השפעת סטלין כשופט בבית הדין הצבאי הפולני הגבוה. בתפקידו חקר פשעי מלחמה גרמניים. מושקט היה מומחה בתחום המשפט הציבורי הבינלאומי, ומשרד המשפטים שיגר אותו לנירנברג, כיו"ר המשלחת הפולנית. במשפטי נירנברג הנחה מושקט משלחת פולנית שכללה בין היתר את פרופ' תדיאוש קיפריאן והתובעים פרופ' יז'י סאוויצקי וד"ר סטניסלב פיוטרובסקי. הם הכינו "כתב אישום פולני" ובו רשימת פשעי המלחמה הנאצים המוכחים שבוצעו בשטח פולין.