Велоспортом начал заниматься в 9 лет. Первым успехом в карьере Нимке стала победа на юниорском чемпионате Германии в 1994 году. На международной арене первой значимой медалью стала бронза в гите с места на 1 километр на чемпионате мира в 1997 году. Всего в период с 1997 по 1999 Штефан стал четырёхкратным бронзовым призёром мировых первенств.