Маріо Манджукич виступав у складі молодіжної збірної Хорватії. У основній збірній Хорватії дебютував 17 листопада 2007 року в матчі Македонія — Хорватія (2:0). Перший гол забив 10 вересня 2008 року у матчі Хорватія — Англія (1:4). Грає під номером 17. У ході чемпіонату Європи 2012 на груповій стадії спочатку зробив дубль у ворота збірної Ірландії, принісши перемогу Хорватії (3:1), а потім забив гол збірній Італії, результатом якого став нічийний рахунок (1:1). Разом із ще п'ятьма гравцями став найкращим бомбардиром чемпіонату Європи 2012 (по 3 голи).