Alue tunnetaan parhaiten toisen maailmansodan taisteluiden näyttämönä. Joulukuussa 1941 Britannian joukot valtasivat sen italialaisilta, mutta maaliskuussa 1942 saksalaiset ottivat sen. Saksalaisjoukot eivät kuitenkaan saaneet Tobrukia, johon brittejä joutui piiritetyksi kesäkuuhun 1942 asti. Tällöin saksalaiset valtasivat koko alueen. Britit saivat sen itselleen marraskuussa, jolloin myös El Agheila otettiin takaisin. Italian miehittäessä Libyaa El Agheilassa oli beduiineille tarkoitettu keskitysleiri, jossa kuoli tuhansia vankeja.