Am 24. Juni 1812 marschierte Napoleon in Russland ein, womit der Vaterländische Krieg begann. Zu diesem Zeitpunkt befehligte Kutusow die 87.000 Mann zählende Donau-Armee. Die russischen Truppen unter Barclay de Tolly zogen sich jedoch immer weiter in die Weite des Landes zurück und verweigerten eine frühe offene Feldschlacht. Nach der Schlacht um Smolensk löste der 67-jährige Kutusow am 20. August Barclay de Tolly als Oberbefehlshaber der russischen Truppen im Kampf gegen Napoleon ab. Alexander I. wollte Kutusow nicht, beugte sich aber den Forderungen des russischen Adels, die Kutusow dem Deutschbalten vorzogen. Am 29. August stieß Kutusow bei Zarjowo-Saimischtsche zur Armee und befahl, den Ausbau der dortigen Stellungen zu beschleunigen. Kurze Zeit später befahl er den Rückzug. Am 7. September stellte er sich bei Borodino der Schlacht. Die Schlacht von Borodino verlief für beide Seiten äußerst blutig und verlustreich und endete mit einer russischen Niederlage. Kutusow zog sich mit seinen zahlenmäßig unterlegenen Truppen weiter zurück und gab sogar Moskau preis. Diese Entscheidung erfolgte am 18. September 1812 im Kriegsrat bei Fili westlich von Moskau. Der Kriegsrat wurde im Jahre 1880 vom russischen Maler Alexei Danilowitsch Kiwschenko festgehalten.