Jugoslavian liittotasavallan jouduttua sisällissotaan serbijoukot piirittivät Sarajevon 6. huhtikuuta vuonna 1992. Seurannut Sarajevon piiritys oli nykyajan pisin piiritys ja se kesti syyskuuhun 1995 asti. Piiritys aiheutti suurta tuhoa kaupungille. Kaupunki oli jatkuvan kranaattitulen kohteena ympäröiviltä kukkuloilta, ja tuskin ainoakaan rakennus säästyi vaurioilta. Jälleenrakennustyöt aloitettiin heti sodan jälkeen, ja suurin osa kaupungista on saatu kunnostettua.