В марте 1945 года, после освобождения советскими войсками Кракова, в Ягеллонском университете возобновились занятия. К новому режиму Войтыла (как и Сапега), относился крайне осторожно: ещё в 1941 году в одном из своих писем он писал, что «коммунизм ― демагогическая утопия, а у Польши и польских коммунистов нет ничего общего, кроме языка».