Después de los atentados del 11 de septiembre de 2001, Rabbani aceptó cooperar con las fuerzas estadounidenses y de la OTAN para derrocar a los talibanes. Con la ayuda de tropas de la coalición, Kabul fue pronto capturada y Rabbani retomó sus funciones presidenciales en la capital. Poco después, abandonó el poder en favor de Hamid Karzai.