Lustracja starostwa sztumskiego z 1565 stwierdza, że cotygodniowe targi w Sztumie były słabe, a dwa doroczne jarmarki nie przynosiły dochodów. Kolejnym czynnikiem wpływającym negatywnie na rozwój miasta były wojny polsko-szwedzkie. W czasie pierwszej wojny (1626–1629) Sztum został zajęty przez wojska szwedzkie. Na mocy rozejmu w Altmarku (obecnie Stary Targ) w 1629 otrzymał go następnie elektor brandenburski (do 1635). W latach 1655–1660 ponownie znalazł się pod okupacją szwedzką. Po wojnie miasto liczyło zaledwie ok. 150 mieszkańców, gdy w XVI wieku ok. 500.