Malus, ilk yıllarında Mézières'te bir mühendislik okuluna başladı ve burada yeteneğini fark eden ünlü matematikçi Monge'den dersler aldı. 1793'te okulu bırakmak zorunda kaldı ve orduya katıldı. 1798'de Napolyon'un Mısır'ı işgalinde yer aldı.