1999年8月30日，在联合国的监督下举行了全民公投，绝大多数的东帝汶人投票同意从印尼独立。印尼军方和反东帝汶独立者组建的东帝汶民兵随即展开了大规模的焦土运动进行报复。大约有1,400名东帝汶人被殺害，并强行驱离了30万人到西帝汶成为难民。国家大部分的基础设施（包括住宅、灌溉系统、供水系统、学校、电网等）几乎100％被摧毁。1999年9月20日，以澳大利亚为首的国际部队介入以后，才结束了这場暴力行动。