Am 9. April 1794 kam Malachowski als Kadett nach Berlin und von dort am 25. Dezember 1795 an die Academie Militaire. Am 22. März 1801 wurde er Kornett im Husarenregiment „von Goeckingk“ der Preußischen Armee und avancierte am 2. März 1804 zum Sekondeleutnant. Während des Vierten Koalitionskrieges kämpfte in den Gefechten bei Criewitz, Lübeck und Waren. Durch die Kapitulation nach der Schlacht bei Lübeck geriet er in Gefangenschaft.