Po ataku III Rzeszy na Związek Radziecki w 1941 roku w Małyńsku Ukraińcy dokonali pogromu Żydów plądrując żydowskie domy. W latach 1942-1943 Ukraińcy zabili w Małyńsku 19 Polaków wymuszając wyjazd pozostałych na roboty przymusowe w III Rzeszy.