Ab 2000 durchlief Þórunn Helga Jónsdóttir die Juniorenteams des Knattspyrnusamband Íslands. Am 13. September 2003 debütierte sie in einer Partie gegen Polen im Zuge der Qualifikation zur Fußball-Europameisterschaft der Frauen 2005 in der A-Nationalmannschaft. Island schied in der Folge allerdings im Playoff der Kategorie A aus. 2013 stand sie im Kader für die Europameisterschaft in Schweden und 2014 in zwei Spielen zur Qualifikation zur Fußball-Weltmeisterschaft.