Il 14 ottobre 2000 mentre era alla guida dell'Atlético Paranaense venne chiamato dalla Federazione calcistica brasiliana per ricoprire il ruolo di direttore tecnico del Brasile: così contattò Émerson Leão per il ruolo di commissario tecnico in vista della FIFA Confederations Cup 2001, ma per via dei risultati non soddisfacenti tale allenatore fu esonerato. Il nuovo selezionatore del Brasile fu dunque Luiz Felipe Scolari: la vittoriosa campagna nel permise a Lopes di alzare al cielo la Coppa del Mondo. Il 20 luglio 2002 si dimise da direttore tecnico della nazionale per diventare tecnico del Vasco da Gama. Vinse il Campionato Carioca grazie all'apporto di diversi giovani promossi dal tecnico, come Léo Lima, Morais ed altri. Il 19 dicembre 2003 divenne tecnico del Coritiba in sostituzione dell'esonerato Paulo Bonamigo. Il 27 settembre 2005 venne nominato tecnico del Corinthias, riuscì a conquistare il campionato brasiliano per la seconda volta in carriera. dopo aver sfiorato la vittoria della Coppa Libertadores 2005 con l'Atlético-PR perdendo in finale contro il San Paolo. Dopo aver allenato il Fluminense, si prese una pausa.