Disebutkan bahwa Azahari mulai tertarik dengan gerakan Islam radikal saat ia bertemu dengan pemimpin-pemimpin Jemaah Islamiyah, termasuk Abu Bakar Ba'asyir. Ia lalu mendapatkan pelatihan pembuatan bom di Afganistan dan diperkirakan bahwa ialah yang menulis panduan-panduan pembuatan bom milik Jemaah Islamiyah, yang digunakan dalam Pengeboman konsulat Filipina 2000, Bom Bursa Efek Jakarta, Bom Malam Natal 2000, Bom Plaza Atrium 2001, Bom Gereja Santa Anna dan HKBP 2001, Bom Bali 2002, Bom Bandar Udara Soekarno-Hatta 2003 dan Bom JW Marriott 2003. Pada tahun 1999, Azahari mulai berlatih dalam kamp-kamp gerakan separatis Muslim di Mindanao, Filipina. Pada tahun 2001, ia dan beberapa orang lainnya berhasil melarikan diri dari Malaysia saat polisi melancarkan serangan terhadap Kumpulan Militan Malaysia dan Jemaah Islamiyah.