Nell'estate 2005, dopo il fallimento del Venezia, passa al Lecce a paramentro zero, da svincolato. Nel suo primo campionato con la squadra giallorossa, che lo vede ritornare sui campi della massima serie, disputa 14 partite da titolare (su 15 gettoni totali) nella parte centrale della stagione, a causa dell'infortunio del portiere titolare Vincenzo Sicignano; ristabilitosi il portiere titolare, Benussi riprende il suo posto in panchina e non ha più possibilità di mettersi in luce nel corso della stagione. Nella stagione 2006-2007, con la squadra salentina retrocessa nel frattempo in Serie B, diventa il portiere titolare dopo la cessione di Sicignano al ChievoVerona, e gioca 17 partite in campionato ed una in Coppa Italia prima del trasferimento al nella sessione invernale del calciomercato 2007, in uno scambio di prestiti con il pariruolo Nicola Pavarini.