Le développement de la base se poursuit et sa surface atteint 2428 acres en 1957. Lors de la Crise des missiles de Cuba, en 1962, la base navale accueille la 2e division des Marines. La station navale Mayport fournit le soutien logistique des unités auxiliaires comme l’ et l' mais aussi pour les porte-avions , , , et . Comme l'utilisation des hélicoptères se développe au cours de la Guerre froide, Mayport devient aussi le foyer pour la côte Est du Light Airborne Multi-Purpose System MK III. Retrouvant sa croissance, la Mayport Naval Air Facility est instituée comme station aéronavale en 1988.