Detiene il record di miglior marcatore nella Nazionale di calcio della Repubblica Ceca Under-21, con 16 goal. È anche stato convocato nella nazionale U-21 ceca per il Campionato europeo di calcio Under-21 2011 dove la nazionale ceca è stata battuta nella finale del 3º e 4º posto dalla Bielorussia. In questa competizione ha anche segnato contro l'Inghilterra durante la fase a gironi.Pekhart, una volta subentrato all'83', firma di destro il goal che permette alla sua nazionale di vincere la partita contro i britannici; questi ultimi dopo essere passati in vantaggio vengono rimontati dai cechi negli ultimi cinque minuti di gara (compreso il recupero).