Im Anschluss an die Kapitulation der niederländischen Streitkräfte und den Beginn der deutschen Besatzung wurde de Quay Regierungskommissar und später allgemein Bevollmächtigter für Arbeitsfragen. Obwohl er weder Sympathien für Deutschland noch für den Nationalsozialismus hegte, sah er die Notwendigkeit, sich mit der neuen politischen Situation zu arrangieren und mit der Besatzungsmacht zusammenzuarbeiten. Zu diesem Zweck gründete er am 27. Juli 1940 gemeinsam mit dem Politiker Johannes Linthorst Homan und dem Juristen Louis Einthoven die überparteiliche Kollaborationsbewegung "Nederlandsche Unie". Die drei Gründer distanzierten sich von der parlamentarischen Demokratie der Vorkriegszeit, warben aber für fortgesetzte Treue zum niederländischen Königshaus Oranien. Die zunächst von den Besatzern geduldete "Unie" stellte für viele Niederländer eine gemäßigtere Alternative zur offen faschistischen Nationaal-Socialistische Beweging dar, weshalb ihr mehrere hunderttausend Menschen beitraten. Nach dem Beginn des deutschen Überfalls auf die Sowjetunion zeigte die Führung der "Unie" in den Augen der Deutschen nicht genug Unterstützungsbereitschaft, weshalb die Organisation kurz darauf im Dezember 1941 verboten wurde. Im Juli 1942 wurde de Quay verhaftet und in einem Internierungslager in Sint-Michielsgestel gefangen gehalten. Dort schloss er sich einer Gruppe von Inhaftierten mit dem Namen "Heeren Zeventien" unter der Führung der Politiker Willem Schermerhorn und Willem Banning an, die bereits Pläne für die Zukunft der Niederlande nach dem Ende des Krieges schmiedeten.