Knapp ein Jahr später wurde Brenton 1986 zur EG-Kommission abgeordnet und war bis 1989 stellvertretender Kabinettschef von Stanley Clinton Davis, der zwischen 1985 und 1989 Kommissar für Umwelt, Verbraucherschutz und Verkehr in der ersten EG-Kommission von Jacques Delors war. Nachdem Clinton Davis nicht wieder zum EG-Kommissar gewählt worden war, kehrte Brenton nach Großbritannien zurück und war zwischen 1989 und 1990 im Range eines Botschaftsrats Leiter des Referats für die Vereinten Nationen. Während dieser Zeit kam es am 21. März 1990 zur Unabhängigkeit von Namibia. Nach nur einem Jahr wurde er 1990 Leiter des Referats für Umwelt, Wissenschaft und Energie des Außenministeriums und übte diese Funktion bis September 1992 aus. Als solcher befasste er sich unter anderem mit der Vorbereitung der Konferenz der Vereinten Nationen über Umwelt und Entwicklung im Juni 1992 in Rio de Janeiro.