Po wybuchu wiosną 1809 wojny z Austrią Garczyński został mianowany naczelnikiem i pełnomocnikiem Rady Stanu. Obawiając się, iż niedoświadczone wojsko nie zdoła skutecznie obronić ziem polskich przed atakiem austriackiej armii, Garczyński początkowo sprzeciwiał się zbrojeniom, nie chcąc narażać ludności na ewentualne represje. Później jednak podjął działania przeciwko ludności niemieckiej zamieszkującej tereny Kaliskiego, żądając ustanowienia specjalnych sądów dla zdrajców, a także forsował własne plany wojskowe ataku na Łęczycę lub Kraków, by odciążyć obleganą przez Austriaków Częstochowę, przez co popadł w konflikt z gen. Janem Henrykiem Dąbrowskim, dowodzącym polskimi siłami w zachodnich departamentach Księstwa.