L'anno successivo per ordine del Re di Spagna Filippo II d'Asburgo, venne incaricato del Comando di una piccola flotta il cui scopo fu la liberazione dell'isola di Malta; e così nel maggio dello stesso anno prese parte all'Assedio di Malta, senza però impegnarsi in combattimento contro le galee nemiche, su precisa richiesta del Re di Spagna Filippo II d'Asburgo (che era ancora memore della disfatta navale della Battaglia di Gerba), ma nonostante ciò per fortuna le navi ottomane riportarono la sconfitta, e purtroppo durante gli scontri morì uno dei suoi figli, Fradique Álvarez de Toledo.