В июне 2003 г. был вновь назначен премьер-министром Непала, одновременно являлся министром обороны, внутренних и иностранных дел. После отказа маоистов от плана примирения, включавшего 75 пунктов, продолжил военные действия в ходе Гражданской войны в Непале. Этот срок его пребывания во главе правительства отмечен активным участием Непала в мировой политической жизни, в том числе вступлением во Всемирную торговую организацию.