W 1977 roku rząd Bhutto obalony został w wyniku wojskowego zamachu stanu wspartego przez islamistów. Władzę dyktatorską objął generał Muhammad Zia ul-Haq, który cofnął reformy Bhutto i przywrócił sojusz z USA. Współcześnie kwestią sporną jest zaangażowanie USA w pucz przeciwko Bhutto. Rządom wojskowym towarzyszyła islamizacja życia politycznego. Prawo Koranu uczyniono wykładnią prawa państwowego (wprowadzono m.in. całkowitą prohibicję karaną pod groźbą chłosty publicznej). Po interwencji ZSRR w Afganistanie w 1979 roku junta ogłosiła, że Pakistan stał się państwem frontowym, narażonym bezpośrednio na "imperializm komunistyczny". Rząd rozpoczął wówczas akcję pomocy militarnej i finansowej dla afgańskich mudżahedinów. Udzieliła także schronienia 3 milionom afgańskich uchodźców. Oprócz tego junta wsparła sikhijskich separatystów w Indiach i dostarczała im broń. W 1980 roku w trakcie trwania wojny iracko-irańskiej, Pakistan poparł stronę irańską. W 2003 poparł inwazję Stanów Zjednoczonych na Irak.