В 1989—1991 председатель Комитета конституционного надзора СССР. Комитетом были приняты важные решения об отмене прописки, о юридической ничтожности «секретных» актов и т. п. 20 августа 1991 года по инициативе С. С. Алексеева члены Комитета конституционного надзора подписали заявление, осуждавшее ГКЧП как незаконно учреждённый орган. А после Беловежских событий в декабре 1991 г. Комитет выступил с Заявлением о юридической несостоятельности роспуска СССР, но вскоре был сам де-факто ликвидирован вместе с другими общесоюзными учреждениями.