Tras la Segunda Guerra Mundial y el Golpe de Praga, Novotný ascendió en la dirección del KSČ y fue elegido Primer Secretario en 1953, tras la muerte de Klement Gottwald. Ese mismo año fue elegido diputado y en 1957 fue nombrado Presidente de la República. Fue protagonista del proceso de desestalinización encabezado por el Secretario General del Partido Comunista de la Unión Soviética, Nikita Jruschov, desde 1956.