Han debuterte på mot 31. januar 2001. I den første gruppekampen i EM 2012 skårte Zlatan det første målet mot vertsnasjonen , tapte kampen 2-1 med to mål på hodet fra Andrey Shevchenko. Med denne skåringen er Zlatan med i en liten elite av spillere som har scoret i tre forskjellige europamesterskap. De fire andre er Jürgen Klinsmann, Vladimír Šmicer, Thierry Henry og Nuno Gomes. Han scorte også et mål mot det engelske landslaget i 2012 med en fantastisk brasse fra rundt 30 meter.