En 1896, durant la Guerra d'Independència de Cuba va retornar a l'illa al capdavant de l'expedició per a rescatar al General Antonio Maceo. El 7 de desembre, el general Maceo va ser assassinat en una feroç lluita contra les tropes espanyoles. El 20 de desembre, el General Rius va ser ascendit a Comandant en Cap de les forces de Pinar del Río. El 26 de març de 1897 va ser ferit en el combat de Cabezas de Río Hondo i capturat per una operació militar dirigida pel llavors general de brigada Cándido Hernández de Velasco. Deportat a Espanya, va romandre a la presó a Barcelona fins a la fi de la guerra.