En 1858, von Goeben prend la tête de l’État-major de la avec le grade de colonel. En 1860, il prend part à la bataille de Tétouan au Maroc aux côtés des troupes espagnoles. Au cours de la Guerre des Duchés, il commande une brigade à Rackebull et Sønderborg. Promu Generalleutnant en 1865, von Goeben commande la d'infanterie pendant la Guerre austro-prussienne.