A partire dal 1993 Alesi venne affiancato in Ferrari dall'austriaco Gerhard Berger. I test invernali evidenziarono vari problemi e i piloti ottennero tempi molto lenti. L'inizio stagione fu disastroso con quattro ritiri nelle prime cinque gare, dovuti in larga misura all'inaffidabilità delle sospensioni attive montate sulla F93 A, e un ottavo posto al Gran Premio del Brasile, tanto che il pilota dichiarò di aver pensato di lasciare il team di Maranello, anche perché aveva il timore di essere un ripiego nell'attesa dell'arrivo in scuderia di Senna. A Monaco, poi, riuscì a salire sul podio arrivando terzo. A luglio Alesi rinnovò per altri due anni il contratto con la Ferrari e venne affidata a Jean Todt la direzione in pista del team. Nonostante ciò i successivi sei appuntamenti mondiali furono caratterizzati da ritiri e piazzamenti fuori dalla zona punti. In Ungheria il francese fu protagonista di un incidente durante la corsa con Christian Fittipaldi e riportò una contusione ad una gamba. Successivamente ebbe uno scontro con il pilota brasiliano, nel quale si sfiorò la rissa. Questa serie negativa venne interrotta al Gran Premio d'Italia, dove Alesi concluse secondo e alla gara seguente, in Portogallo, terminò quarto dopo aver condotto la gara per i primi 19 giri. Dopo un altro ritiro replicò la quarta piazza anche in Australia, ultimo appuntamento mondiale. Alesi concluse il campionato al sesto posto con sedici punti conquistati.