Ce championnat, qui marque l'interdiction définitive des moteurs turbocompressés et le retour aux propulseurs atmosphériques de 3 500 cm³, est le cadre d'une farouche lutte au sommet entre les deux pilotes déjà champions du monde avec McLaren, Alain Prost (sacré en 1985 et 1986) et Ayrton Senna (tenant du titre) dont les rapports se dégradent, leur relation devenant franchement conflictuelle, tout au long de la saison. Si Senna remporte six courses, Prost, avec quatre victoires, est plus régulier et se retrouve en position de remporter son troisième titre mondial lors du Grand Prix du Japon à Suzuka. Au quarante-sixième tour de course, Senna attaque Prost dans la chicane mais ce dernier ferme la porte ce qui provoque une collision. Si Prost abandonne, Senna réussit à repartir avec l'aide des commissaires en prenant l'échappatoire. Il passe le drapeau à damier en première position mais est disqualifié, ce qui permet à Prost de le devancer définitivement au classement des pilotes avec 16 points d'avance.