W wojnie 1806 Lefebvre walczył m.in. pod Jeną (gdzie dowodził piechotą gwardii). Potem wysłany został przez Cesarza do Gdańska, który miał zdobyć. Zaczął oblegać ją w marcu, mając do pomocy korpusy Lannesa i Oudinota, a mimo to twierdza kapitulowała dopiero w połowie maja. Za zdobycie Gdańska Napoleon nadał mu tytuł księcia Gdańska. W wojnie w Hiszpanii Lefebvre dowodził 4. korpusem, walczył pod Durango, Guenes, Espinosa, zdobył Bilbao, potem wrócił do Niemiec, gdzie objął dowództwo armii Bawarii. Na jej czele bił się pod Tann, Ebersbergiem, Eckmuhl i Wagram.