Geringere Einnahmen als erwartet und zusätzliche Ausgaben für die militärische Sicherheit, führten ab 1894 zu finanziellen Verlusten der Gesellschaft. Außerdem brachten der neue Konsul in Sansibar, Antonio Cecchi, und sein Neffe, der Mailänder Industrielle Giorgio Mylius, die Filonardi-Gesellschaft bei der italienischen Regierung in Misskredit. Cecchi und Mylius verfolgten den Plan, Benadir unter direkte italienische Kontrolle zu bringen. Da die italienische Regierung nach der Niederlage bei Adua 1896 zwar weiterhin eine direkte Regierungsübernahme ablehnten, aus militärischen und Prestigegründen aber Somalia nicht aufgeben wollten, gründeten Mylius und Cecchi in Rom die Benadir-Gesellschaft, um die Geschäfte von Filonardi zu übernehmen.