En 1223, fue elegido por el emperador de Nicea Juan III Ducas Vatatzés para ocupar el puesto del Patriarcado Ecuménico, que se había trasladado allí después de la caída de Constantinopla. Germano asumió el trono patriarcal el 4 de enero de 1223, y rápidamente demostró ser un valioso aliado para Vatatzés. En todo su patriarcado, Germano se esforzó por restablecer su autoridad como la cabeza política de todo el fragmentado mundo ortodoxo, al mismo tiempo apoyo Vatatzés en su reclamo de la herencia imperial bizantina. Así, Germano se enfrentó con los prelados de Epiro por su apoyo a los gobernantes epirotas y, especialmente el arzobispo de Ohrid, Demetrio Comateno, que había presidido la coronación de Teodoro Comneno Ducas como emperador en Tesalónica, desafiando directamente la posición de Nicea. Después de la derrota epirota en Klokotnitsa en 1230 sin embargo, los obispos epirotas fueron ganando poco a poco más adeptos, en 1232, el cisma con la iglesia epirota fue remediado con el reconocimiento de su autoridad, seguido de una visita a la región por Germano en 1238.