Os anos vinte testemunharam iniciativas visando o estabelecimento de uma política museal mais sólida. O museu consolidava-se gradualmente como uma instituição cultural relevante para a cidade. Recebera, no ano de 1920, por exemplo, quase 8.500 visitantes — cifra muito aquém daquelas registradas pelo Museu Paulista, mas significativa para um museu de arte, operando em condições muito mais limitadas e sem as benesses da fama consolidada de "ponto turístico", da que já gozava o edifício-monumento do Ipiranga. Em 1924, o Ginásio do Estado foi transferido para outra localidade, liberando espaço no edifício do Liceu para acomodar a coleção ascendente. No ano seguinte, foi aprovada a Lei 2.128, que reorganizava o organograma do poder executivo estadual, subordinando a pinacoteca diretamente à Secretaria de Governo. Não obstante, o período também foi marcado por retrocessos institucionais e dificuldades de ordem externa. Em meados dos anos vinte, o descontentamento de alguns segmentos militares com a política do café com leite fez eclodir em São Paulo a Segunda Revolta Tenentista, o mais destrutivo conflito já ocorrido na cidade até os dias de hoje. Situada em um dos bairros mais afetados pelos embates entre legalistas e revoltosos, a pinacoteca foi forçada a fechar as portas e seu edifício foi atingido por granadas e balas de fuzis.