1941年12月8日の真珠湾攻撃のあと、ブラウンは空母「レキシントン」("USS Lexington, CV-2") を基幹とする第11任務部隊の司令官となる。真珠湾攻撃で戦艦は壊滅したものの空母が無傷だったため、当面は空母を使って反撃に打って出ることとなった。太平洋艦隊司令長官代理ウィリアム・パイ中将（アナポリス1901年組）はブラウンの第11任務部隊に当初、ジャルート環礁あるいはギルバート諸島奇襲の任務を与えていたが、ウェーク島の戦いの状況が厳しくなってきたので、 フランク・J・フレッチャー少将（アナポリス1906年組）率いる第14任務部隊の支援にまわった。第11任務部隊と第14任務部隊はウェーク島近海に急行したが、12月23日にウェーク島守備隊が降伏したことにより真珠湾に引き返した。1942年1月下旬、空母任務部隊による奇襲作戦が再び行われることとなり、ブラウンは1月23日に第11任務部隊を率いて真珠湾を出撃。マーシャル・ギルバート諸島機動空襲に呼応してウェーク島を攻撃することになっていたが、随伴の給油艦「ナチェス」 ("USS Neches, AO-5") が日本潜水艦伊号第七二潜水艦（伊72）の雷撃で失われ、代替のタンカーも用意できなかったため攻撃は中止された。