Miesten maajoukkueessa Werner pelasi ensimmäisen kerran ystävyysottelussa Englantia vastaan maaliskuussa 2017. Ensimmäisen arvokilpailujen karsintaottelunsa hän pelasi MM-karsinnassa San Marinoa vastaan saman vuoden kesäkuussa. Hän oli Maanosaliittojen cupin 2017 paras maalintekijä kolmella maalillaan. Lisäksi hän syötti Lars Stindlin tekemän voittomaalin loppuottelussa Chileä vastaan. MM-kilpailuissa 2018 hän pelasi Saksan kaikki kolme ottelua. Kuudessa pelaamassaan MM-karsintaottelussa hän on tehnyt kolme maalia ja viidessä EM-karsintapelissä kaksi osumaa.