בקולימה התרחשו מספר קרבות במהלך מלחמת העצמאות של מקסיקו, שהתחילה ב-1810. לאחר המלחמה וקבלת עצמאות מקסיקו קולימה ואזורה היו חלק מדינת חליסקו. ב-1824 קולימה קיבלה מעמד של עיר. העיר והאזור רצו להפוך למדינה נפרדת, אך דרישותיהם לא התקבלו. ב-1824 נוצרה מדינת קולימה, אך היא חזרה ונפרדה מחדש מחליסקו לסירוגין במשך העשורים הבאים. בכל אחת מהפעמים קולימה הייתה עיר הבירה. ב-1856 נוצרה מדינת קולימה כמדינה נפרדת לחלוטין מחליסקו, כשהעיר קולימה נקבעה להיות בירתה.