Nach dem Überfall der Wehrmacht auf die Sowjetunion wurde er am 3. Juli 1941 zusammen mit dem Vater und seinem jüngeren Bruder Isaak verhaftet und ins Zentralgefängnis von Riga eingeliefert. Am 6. August wurde eine Gruppe von Ärzten und Handwerkern ausgesondert zur Zwangsarbeit, während alle anderen Juden im Bickernschen Wald ermordet wurden. Die drei Männer der Basch-Familie mussten in den Werkstätten des Sicherheitsdienstes der SS arbeiten. Zuerst wurden die Handwerker bei den Werkstätten in der Peterholmschen Straße untergebracht, danach im ehemaligen Werk „Lenta“. Als im Oktober 1944 die Wehrmacht vor der heranrückenden Roten Armee zurückwich, wurden alle Männer, auch der Vater und Mendels Bruder in das KZ Stutthof deportiert, wo die meisten ums Leben kamen, auch Mendels Verwandte. Er selber wurde im letzten Moment in Libau zurückgelassen, weil der SD einen Juwelier benötigte, der die Ringe und Schmucksachen der ermordeten Juden zerlegen sollte. Während eines heftigen Luftangriffs der sowjetischen Luftwaffe floh Mendel und rettete sein Leben.