С 1990 года — председатель Верховного Совета Абхазской ССР (с 1992 года — Республика Абхазия). Являлся главнокомандующим армией республики в период войны с Грузией. В 1994 году избран президентом Абхазии голосованием в Верховном Совете. В 2004 году объявил об уходе из политики в связи с прогрессирующей болезнью. Уход Ардзинбы с поста президента Абхазии повлёк за собой политический кризис в стране, продолжавшийся с октября 2004 по январь 2005 года. Последние годы жизни проживал на государственной даче в Пицунде.