Fles bekritiseerde het nationaalsocialisme krachtig, onder meer in zijn boek "Hitler, hervormer of misdadiger?" (1933) dat hij publiceerde onder het pseudoniem Dr. W. Bottema C.Az. Hij hield toespraken voor de Vrijdenkers Radio Omroep, die vaak vanwege de controversiële inhoud werden gecensureerd door de Radio Omroep Controle Commissie; een radiorede vol religiekritiek getiteld 'Los van de kerk' (1933) werd zelfs in zijn geheel geschrapt. In 1936 maakte Fles deel uit van het Uitvoerend Comité van de tentoonstelling De Olympiade Onder Dictatuur, die georganiseerd werd als alternatief voor de met de Olympische Spelen in Berlijn verbonden 'Kunstolympiade'. Enkele dagen nadat Nederland capituleerde tegenover Nazi-Duitsland in mei 1940, pleegde Fles zelfmoord door zichzelf te vergiftigen.