Der letzte große Fang gelang den Maltesern am 28. September 1644: Eine aus sechs Galeeren bestehende Flotte der Malteser eroberte und plünderte bei Karpathos einen türkischen Geleitzug aus zehn Schiffen, der sich auf der Fahrt nach Alexandria befand. Das wertvollste Schiff des türkischen Konvois war eine Galeone von etwa 1.200 t, die eine der Hauptfrauen des osmanischen Sultans İbrahim und ihre erheblichen Schätze sowie ihr Gefolge transportierte. Dieser Überfall war einer der Anlässe zur Eröffnung des 6. Venezianischen Türkenkrieges (1645–1696), der für Venedig nach der Belagerung von Candia mit dem Verlust Kretas endete. Obwohl die Malteser noch bis 1798 auf Malta herrschten, stellten sie von nun an keine Gefahr mehr dar.