Depois de solto, organizou a revolução que derrubou a monarquia da Baviera. Declarou a Baviera como um estado livre e republicano a 9 de novembro de 1918 se tornando o primeiro premier republicano da Baviera. Ainda que de caráter socialista, Eisner esclareceu que a República Socialista da Baviera seria diferente da Revolução Bolchevique na Rússia e que as propriedades privadas seriam protegidas pelo novo governo.