À la fin de l'année 1999, les relations entre pouvoirs civil et militaires sont exécrables, suite à la débâcle du Conflit de Kargil. Le général Ziauddin Khawaja fidèle au Premier ministre Nawaz Sharif informe alors ce dernier d'un potentiel coup d’État en cours. Sharif décide alors de remplacer le chef de l'armée Pervez Musharraf par Ziauddin Khawaja le , mais la vaste majorité de la hiérarchie militaire reste fidèle au premier, conduisant à un coup d'État et au renversement du gouvernement. Le pouvoir militaire assigne ensuite Ziauddin Khawaja à ses quartiers militaires durant près de deux ans, alors qu'il aurait refusé de dénoncer Nawaz Sharif.