Des de 1933, l'amenaça de la invasió japonesa va obligar a l'evacuació de les parts més importants de la col·lecció del Museu. Després del final de la Segona Guerra mundial, el 1945, aquesta col·lecció va ser retornada a Nanquín, però amb la victòria dels comunistes en la posterior Guerra Civil xinesa, el 1949, el govern nacionalista va decidir enviar una selecció d'aquesta col·lecció a l'illa de Taiwan. De les 13.427 caixes d'objectes evacuades, 2.972 es troben en l'actualitat en el Museu Nacional del Palau a Taipei. Gairebé deu mil caixes van ser retornades a Pequín, però 2.221 continuen avui emmagatzemades sota càrrec del Museu de Nanquín. Després de 1949, el museu va dur a terme una nova auditoria, així com una recerca exhaustiva a la Ciutat Prohibida, descobrint un nombre important d'objectes. A més, el govern va prendre peces d'altres museus de tot el país per reposar la col·lecció del Museu Nacional del Palau, que també va comprar-ne algunes i va rebre donacions privades.