En la mañana de los ataques terroristas de 11 de septiembre, Fernando Henrique telefoneó para el presidente norteamericano George W. Bush, prestándole condolências. Pocos días después, el gobierno brasileño propuso encuadrar la reacción de los países latino-americanos en el ámbito del Tratado Interamericano de Asistencia Recíproca (TIAR). La propuesta fue aprobada en la XXIII Reunión de Consulta de los Ministros de las Relaciones Exteriores de la Organización de los Estados Americanos. En noviembre de aquel año, el presidente criticó lo USA PATRIOT Act, declarando inmediatamente después de su promulgación que “Si, para vencer el terror, tengamos que abrir mano de las libertades individuales, de las garantías de los derechos civiles, de la prohibición del uso de la tortura, entonces nuestra victoria será realmente uno contra-senso.”