La agitación política y disturbios continuaron en Europa con la Guerra de los 30 años (1618-1648) acompañadas de persecución de comunidades judías. Las masacres de Jmelnytsky (1648-1651) fueron particularmente severas y resultaron en una mayor dispersión de judíos. Algunos se reubicaron en el Imperio otomano e introdujeron formas musicales turcas a sus repertorios. El siglo XVII vio el colapso del Imperio polaco y enormes áreas fueron absorbidas por Austria, Hungría y Rusia. Después de la expulsión de los turcos en 1699, algunos klezmorim emigraron del sur de Polonia a Hungría y colaboraron con músicos gitanos, llevando a una profunda interacción entre la música popular húngara y la judía.