Limpar speelde in zijn hele carrière 58 keer in een officiële wedstrijd in het Zweedse tenue. Hierin wist hij zes keer te scoren. Onder leiding van bondscoach Olle Nordin maakte hij zijn debuut op 18 april 1987 in de vriendschappelijke wedstrijd in Tbilisi tegen de Sovjet-Unie (1-3), net als verdediger Peter Lönn. Limpar vertegenwoordigde zijn vaderland bij de Olympische Spelen in 1988. Limpar maakte daarnaast deel uit van de Zweedse teams op het WK 1990, het EK 1992 en het WK 1994. Op het WK van 1990 in Italië werd Zweden roemloos laatste in een poule met Brazilië, Costa Rica en Schotland. Twee jaar later was er op het EK in eigen land wel succes, want in een poule met Engeland, Frankrijk en Denemarken wist het gastland verrassend op de eerste plek te eindigen, maar was in de halve finale Duitsland te sterk. Limpar speelde op dit toernooi alle wedstrijden, maar enkel in de openingswedstrijd maakte hij de 90 minuten vol. Twee jaar later op het mondiale eindtoernooi in de Verenigde Staten was Limpar met Zweden wederom van de partij. Hoewel de Scandinaviërs via Saoedi-Arabië en Roemenië de halve finale bereikten (1-0 verlies tegen Brazilië), speelde Limpar slechts één wedstrijd: de troostfinale tegen Bulgarije (4-0 winst).