Le Nigeria est le pays le plus densément peuplé d'Afrique, ce qui induit une pression environnementale anthropique sur les fertiles habitats côtiers. Beaucoup de ces zones ont été défrichées du fait du développement urbain et économique ; ainsi les raffineries de pétrole du delta du Niger polluent-elles les rivières et les marais. Parmi les zones urbaines construites sur ce qui était à l'origine des mangroves, on compte Lagos, la plus grande ville du Nigeria et Douala, la plus grande ville du Cameroun. Les autres contraintes concernant l'écorégion sont la collecte du sel et l'agriculture. Les mangroves sont cependant des habitats résilients et quelques zones restent préservées car isolées tout le long de la côte de l'Afrique centrale et de l'Ouest. Les zones protégées comprennent la réserve de faune de Douala-Edéa au Cameroun et la au Ghana, tandis que la lagune de Keta, située elle aussi au Ghana, est un site RAMSAR.