בשנת 614, לאחר הפלישה הפרסית, נפגע המנזר קשות, אך בניגוד לרוב המנזרים בארץ לא חדל מלהתקיים, ובשנת 629 שוקם. בשנת 796 הותקף המנזר בשנית ונבזז. בתחילת המאה ה-9 שוקם ובוצר המנזר פעם נוספת, ככל הנראה כאות ידידות של הח'ליפה הארון א-רשיד לקרל הגדול.