À la suite de l'échec lors de l'Euro 1992, Houllier devient sélectionneur mais échoue à qualifier les Bleus pour la Coupe du monde 1994 et laisse sa place. Il reste directeur technique national et prend la tête des sélections jeunes, il encadre plusieurs futurs cadres français des années 2000 comme Thierry Henry, David Trezeguet et William Gallas. En 1998, Houllier débute ses six années à la tête du Liverpool FC. Après avoir repéré Steven Gerard, il réalise le quintuplé Coupe de l'UEFA, "FA Cup", "League Cup", "Charity Shield" et Supercoupe d'Europe en 2001. La même année, il est sauvé de peu avec une première opération de l'aorte.