L'elezione del Repubblicano Abraham Lincoln nel 1860 portò a una cruenta guerra civile tra i Democratici secessionisti schiavisti sudisti che formarono gli Stati Confederati d'America e i Repubblicani, che erano a favore dell'Unione. Ciò causò diversi dissidi interni al partito, con fazioni in favore dell'Unione e fazioni schiaviste intransigenti (già alle elezioni presidenziali del 1860 vinte da Lincoln i Democratici proposero due candidati, uno del nord e uno del sud). Il Democratico Andrew Johnson, favorevole all'Unione, fu scelto come vicepresidente da Lincoln per le elezioni presidenziali del 1864, con i due che si presentarono insieme come il Partito dell'Unione Nazionale così da favorire il consenso dei Democratici che non avrebbero votato per un duo Repubblicano mentre i Democratici presentarono il generale filo-sudista George B. McClellan. Il Proclama di emancipazione abolì la schiavitù, ma Lincoln fu assassinato nel 1865 e Johnson prese il suo posto. Ciò causò tensioni con i Repubblicani, soprattutto alla fazione più radicale in fatto di diritti civili per gli ex schiavi afroamericani. Durante l'era della ricostruzione i Democratici cercarono di bloccare l'emancipazione civile e politica degli afroamericani, soprattutto nel Sud, riuscendoci nel 1877 come parte di un accordo bilaterale per eleggere il Repubblicano Rutherford B. Hayes alla carica di presidente a seguito delle controverse elezioni presidenziali del 1876. I Democratici presero di nuovo il controllo degli Stati del Sud, tenendo una politica segregazionista.