Bereits in jungen Jahren wandte sich Maldonado der Politik zu. Er schloss sich der im Zuge des Militärputsches von 1954 gegründeten, antikommunistischen Nationalen Befreiungsbewegung (Movimiento de Liberación Nacional, MLN) an und wurde 1956 für diese in den Stadtrat von Guatemala-Stadt gewählt. Von 1966 bis 1970 war er für die MLN Abgeordneter im guatemaltekischen Parlament, bevor er Ende 1970 zusammen mit Álvaro Arzú, Jorge Serrano, Edmond Mulet und anderen gemäßigteren Mitgliedern auf Betreiben des Parteivorsitzenden Mario Sandoval Alarcón wegen Kontakten zur Christlich-Demokratischen Partei Guatemalas ("Democracia Cristiana Guatemalteca", DCG) aus der MLN ausgeschlossen wurde. Nichtsdestotrotz wurde er 1970 von General Carlos Arana Osorio, der mit Unterstützung der MLN zum Präsidenten gewählt worden war, zum Bildungsminister ernannt. Dieses Amt hatte er bis 1974 inne. Unter den beiden nachfolgenden Präsidenten, den Generälen Laugerud und Lucas, war Maldonado Botschafter Guatemalas bei den Vereinten Nationen, zunächst von 1974 bis 1976 in New York und sodann von 1978 bis 1980 in Genf.