Năm 1569, Hoàng thân Condé bị bại trận và thiệt mạng ở trận Jarnac, và Coligny trở nên nhà lãnh đạo duy nhất của quân đội Kháng cách. Chiến thắng tại Arnay-le-Duc giúp ông kiến tạo hoà bình qua Hoà ước Saint-Germain (1570). Sau khi kết hôn với Jacqueline de Montbel, Nữ bá tước xứ Entremont, Coligny trở lại triều đình và mau chóng chiếm được thiện cảm của vua Pháp là Charles IX. Tìm cách giải thoát nhà vua khỏi vòng kiềm toả của thái hậu và phe nhà Guise, Coligny khuyên nhà vua dời xuống xứ Nam Hà Lan (lúc đó thuộc Tây Ban Nha) và tổ chức quân đội với sự tham gia của cả hai giáo phái (Công giáo và Kháng Cách), đặt dưới quyền chỉ huy của nhà vua. Sự ưu ái của nhà vua dành cho Đô đốc Coligny và thái độ dạn dĩ của người Huguenot khiến thái hậu (Catherine de' Medici) quan ngại, và hệ quả của sự quan ngại này là vụ Thảm sát Ngày lễ Thánh Barthélemy.