We Francji Negrín usiłował pełnić funkcję szefa emigracyjnego rządu, lecz przez władze francuskie traktowany był jako prywatna osoba. W lipcu 1939 Prieto zorganizował posiedzenie kadłubowych Kortezów; zadeklarowały one dymisję Negrina, której ten nie uznał. Jako zwolennik koalicji antyniemieckiej został opuszczony przez komunistów, którzy na tym etapie stali na gruncie Paktu Ribbentropp-Mołotow. Za pośrednictwem stworzonej przez siebie jeszcze w okresie wojny domowej Servicio de Evacuación de Refugiados Españoles starał się zorganizować pomoc materialną dla uchodźców i był dysponentem stosunkowo sporych funduszy; "prietistas" jednak przejeli wartą dziesiątki milionów dolarów większość skarbu na rzecz własnej organizacji, przechwytując transport do Meksyku. Tuż przed ostatecznym upadkiem Francji w roku 1940 wraz z częścią ocalonych środków przepłynał jachtem do Wielkiej Brytanii, gdzie nadal usiłował prowadzić działalność polityczną. Starając się o utrzymanie neutralności frankistowskiej Hiszpanii w czasie Drugiej Wojny Światowej, rząd brytyjski zabronił Negrinowi działalności publicznej i usiłował skłonić do wyjazdu.