Округ Бойсе был основан 4 февраля 1864 года. Название округу было дано в честь реки Бойсе, в бассейне которой он находится. В 1862 году на территории округа были обнаружены месторождения золота. За два десятилетия после их открытия было добыто золота на сумму $250 млн — больше, чем во время золотых лихорадок в Калифорнии и Клондайке. На пике золотодобычи в 1860-1870-е годы Айдахо-Сити был крупнейшим городом на северо-западе США. Приток новых поселенцев привёл к созданию так называемой территории Айдахо, предшественнице штата Айдахо.