Manuel reconstruyó el monasterio de Santa Sofía en Trebisonda entre 1250 y 1260. Eastmond describe la iglesia de Manuel como «el mejor monumento imperial bizantino sobreviviente de su época». Cuando Miguel VIII Paleólogo recuperó Constantinopla del Imperio Latino en 1261 exigió sin éxito que Manuel abandonara su pretensión a la sucesión bizantina.