El "Emden" actuó la mayor parte de su carrera como buque escuela y en el período de entreguerras realizó varios cruceros de adiestramiento para cadetes. Con el estallido de la Segunda Guerra Mundial fue empleado para crear campos de minas frente a las costas alemanas y resultó dañado por un bombardero británico que se estrelló contra el crucero. Participó en la invasión de Noruega en abril de 1940, tras lo que regresó a su rol de buque escuela en el mar Báltico. Cumplió esta función con pequeñas interrupciones hasta septiembre de 1944, cuando fue desplegado en Noruega como buque insignia de las fuerzas alemanas destinadas a la colocación de minas. En enero de 1945 transportó los restos exhumados de Paul von Hindenburg desde Prusia Oriental a Pillau para evitar que cayeran en manos soviéticas. Mientras era reparado en Kiel el "Emden" resultó gravemente dañado por un bombardeo británico y poco después sus tripulantes lo vararon y volaron a la entrada del puerto. Sus restos fueron desguazados en 1949.