Ab Juni 1992 war er als Nachfolger von Juri Netkatschew Kommandeur der in Moldawien (im Gebiet Transnistrien) stationierten 14. Garde-Armee der russischen Streitkräfte. Lebed beendete die militärische Auseinandersetzung um die Stadt Bender im Transnistrien-Konflikt und unterzeichnete als Verhandlungsteilnehmer am 21. Juli 1992 den Friedensvertrag. In öffentlichen Äußerungen präsentierte er sich als Friedensbringer in diesem Konflikt, zugleich warf er der moldawischen Gegenseite ethnische Säuberungen vor und beschimpfte sie als Faschisten. Ähnlich vehement kritisierte er den transnistrischen Politiker Smirnow mitsamt dessen Umgebung als korrupte Kriegsgewinnler und bezeichnete seine Vorgesetzten im russischen Militärapparat als unfähig, was ihm Kritik von allen Seiten einbrachte. 1995 schied Lebed im Rang eines Generalleutnants aus der russischen Armee aus.