По плану возвращение С. Крикалёва должно было произойти через пять месяцев, но в июле 1991 он согласился остаться на станции «Мир» в качестве бортинженера с другим экипажем (который должен был прибыть в октябре), так как следующие два полёта были объединены в один. 2 октября 1991 место бортинженера в корабле «Союз ТМ-13» было занято Токтаром Аубакировым, космонавтом из Казахстана, который не был подготовлен к длительному полёту. Он и Франц Фибек, первый космонавт Австрии, вместе с А. Арцебарским 10 октября вернулись на Землю, а командир экипажа Александр Волков остался на ОС с С. Крикалёвым. После смены экипажа Волков и Крикалёв совершили ещё один выход в открытый космос и вернулись на Землю 25 марта 1992 года. Этот полёт вошел в историю тем, что космонавты улетали из СССР, а вернулись уже в Россию и страны СНГ — во время экспедиции Советский Союз прекратил существование. За этот полёт Крикалёв был удостоен звания Героя Российской Федерации (звезда Героя РФ № 1). Продолжительность полёта составила 311 сут. 20 ч 00 мин 34 с. Стал последним космонавтом, получившим за полёт автомобиль «Волга» в подарок.