Esta comissão criou uma nova constituição que Buyoya aprovou em 1992. Esta constituição apelou para um governo não étnico com um presidente e um parlamento. As eleições democráticas foram realizadas em junho de 1993, e o hutu Melchior Ndadaye obteve a vitória; este, criou um governo equilibrado entre hutus e tutsis. No entanto, o exército assassinou Ndadaye em outubro de 1993 e o Burundi voltou à guerra civil. Cerca de 150 000 pessoas foram mortas quando a guerra recrudesceu. Houve várias tentativas de governo, mas até mesmo o governo de coalizão sob Sylvestre Ntibantunganya não foi capaz de parar com os combates.