Posteriormente, en 1806 durante el mandato del virrey Sobremonte, se fundó el pueblo de San Fernando y se ordenó despoblar Las Conchas, con lo cual sus 143 vecinos debieron emigrar. No obstante la normativa se cumplió con morosidad y ese mismo año el puerto fue utilizado por el entonces capitán Santiago de Liniers para desembarcar con las fuerzas que desalojarían de Buenos Aires a los invasores ingleses. A raíz de esto, el río fue renombrado como "Reconquista" o "de la Reconquista".