En los pocos años de paz Pajol, ahora coronel, fue enviado a la República Bátava y fue delegado en la coronación de Napoleón (fue el inicio del Primer Imperio francés). En 1805, pasó a ocuparse de la caballería ligera. Participó en la batalla de Austerlitz y después sirvió durante un corto periodo de tiempo en Península Itálica. Se volvió a unir a la Grande Armée como general de brigada, a tiempo para participar en la Batalla de Friedland. En 1808 fue nombrado barón del imperio.