V 90. letech 20. století bylo město poškozeno válkou. Nejprve je ostřelovaly srbské vojenské formace a později bylo místem střetů mezi chorvatskými a bosňáckými ozbrojenými silami. Travnik nakonec po dlouhých bojích obsadila armáda Bosny a Hercegoviny; bitva si vyžádala okolo 250 mrtvých a několik tisíc uprchlíků. Cíli válečného ničení se staly náboženské objekty (kostely a mešity); mnohé z nich byly zcela zničeny. Počet obyvatel města a jeho okolí (općiny Travnik) po válce poklesl ze 79 tisíc na 59 tisíc. Naproti tomu zde bylo ještě v roce 1999 evidováno okolo 13 500 vnitřně vysídlených osob. Většina uprchlíků se do města vrátila do roku 2001. V roce 2005 bylo evidováno na pět tisíc domů, které byly po válce obnoveny.