Po rozpadu Sovětského svazu a po válce v Abcházii obnovila Komunistická strana Abcházie činnost, nyní coby nezávislá politická strana, která již není součást žádného vyššího celku. Ustavující sjezd se uskutečnil 4. března 1995. Členy strany byli komunističtí politici, kteří dle Valerije Bganby, jenž o dvacet let později gratuloval Komunistické straně Abcházie k výročí vzniku, svými zkušenostmi z předešlé éry (strana měla nejvíce členů ze všech politických stran v Abcházii – zhruba 8 tisíc) pomohli upevnit Abcházii a utvořit z ní funkční stát. V červnu 1997 se uskutečnil druhý sjezd strany, na němž se delegáti usnesli na podobě nové charty a nového programu strany. Strana si vytyčila za cíl vybudovat suverénní demokratický stát s výdobytky socialismu a na bázi smíšeného hospodaření, v němž se na rozdíl od předešlého sovětského režimu připouštěly „různé formy vlastnictví, generující ekonomický i společenský zisk“. V 90. letech 20. století, kdy ji vedl první poválečný první tajemník Enver Kapba, podporovala vládu Vladislava Ardzinby a podpořila jeho kandidaturu v prezidentských volbách v Abcházii v roce 1999, v kterých ale Ardzinba neměl protikandidáta. V podstatě během celého období Ardzinbovy vlády byla Komunistická strana Abcházie vnímána jako loajální opoziční strana, která nešla do otevřeného střetu s vládnoucí mocí, i když se jí někdy kroky prvního prezidenta a jeho vlády nelíbily.