Die schwankende Haltung des Erzbischofs Johann Friedrich im Dänisch-niedersächsischen Krieg bewog Levin von Marschalck, sich gänzlich auf die Seite Christians IV. zu schlagen. Zum Ausdruck kam diese veränderte Haltung zuerst durch seine Mithilfe bei der Besetzung des erzbischöflichen Residenzschlosses (Bremer-)Vörde mittels dänischer Söldner im Juni 1626, indem er durch eine List den dänischen Truppen den Zugang zur Residenz öffnete, ohne dass diese auf nennenswerten Widerstand stießen. Der Erzbischof, der zu diesem Zeitpunkt im Schloss Vörde weilte und der Okkupation seiner Residenz tatenlos zusehen musste, legte Levin dieses Verhalten als Bruch des Treueides aus, den er bei Übernahme seines Landdrostenamtes geleistet hatte. Später ließ Johann Friedrich Levin von Marschalcks Güter Hutloh und Aschhorn konfiszieren und sie dem kaiserlichen Feldmarschall Graf Anholt übertragen. Obwohl Christian IV. in der Schlacht bei Lutter am Barenberge im August 1626 eine schwere Niederlage gegen die Truppen des deutschen Kaisers und der katholischen Liga erlitten hatte, hielt Levin auch in diesen schweren Zeiten seinem neuen Dienstherrn die Treue. Zur Belohnung dafür, aber wohl auch auf Grund seiner diplomatischen Fähigkeiten, ernannte ihn Christian IV. im April 1628 zum Kanzler seiner Deutschen Kanzlei und übertrug ihm damit eines der wichtigsten Ämter des dänischen Königreichs.