V úřadu se Baní Sadr snažil upevnit ústavní pořádek, ale narážel přitom na odpor Chomejního – nepodařilo se mu docílit ani rozpuštění paramilitárních revolučních gard. Bylo mu vytýkáno špatné vedení armády v prvních měsících íránsko-irácké války, které způsobilo zemi nevyčíslitelné škody; z tohoto důvodu přišel o funkci vrchního velitele ozbrojených sil, jež byla převedena na Chomejního.