Gdy w 1861 roku wybuchła wojna secesyjna, Grant powrócił do wojska, a jego żona często towarzyszyła mu na froncie, pilnując w szczególności by nie popadł ponownie w alkoholizm. W ostatnim roku wojny oboje przeprowadzili się do Waszyngtonu, gdzie generał Grant został naczelnym dowódcą wojsk Unii. Julia wówczas zaczęła prowadzić życie towarzyskie w stolicy. Latem 1864 przenieśli się do Burlington. 14 kwietnia 1865 Grantowie mieli towarzyszyć Lincolnom na spektaklu „Mój amerykański kuzyn”, jednak odmówili zaproszenia, gdyż chcieli się zobaczyć z dziećmi. Po zamachu i śmierci Lincolna, Grant zyskał dużą popularność, a Partia Republikańska chciała wystawić go jako kandydata na prezydenta.