Der erste Europäer, der die Inseln nachweislich besuchte, war Jacques Cartier auf seiner ersten Amerika-Expedition im Jahr 1534. Die Besiedelung der Inseln begann jedoch erst nach 1755, als sich französisch sprechende Akadier auf ihrer Flucht vor britischen Truppen auf der Inselgruppe niederließen. Der Anlass für ihre Flucht war die Deportation der Akadier, mit der die britische Kolonialregierung Nova Scotias beabsichtigte, alle französischstämmigen Einwohner ihres Machtbereiches in andere englische Kolonien zu verbringen. Tatsächlich wurde der größte Teil der akadischen Bevölkerung von dieser Deportationsmaßnahme erfasst, und nur einer Minderheit gelang es, sich der britischen Verfolgung zu entziehen. Einige Flüchtlinge gelangten dabei auf die Magdalenen-Inseln, und da ihre britischen Verfolger im Siebenjährigen Krieg nicht bis auf die Inseln gelangten, konnte ihnen der Archipel zu einem dauerhaften Asyl werden. Die akadische Herkunft der Insulaner ist unvergessen, und viele "Madelinots", so ihre französische Bezeichnung, definieren sich neben ihrer Quebecer Identität zugleich auch als Akadier.