1849年、カムチャツカ半島にある良港・ペトロパブロフスク＝ナ＝カムチャトカが小艦隊の根拠地となり、カムチャツカ小艦隊とも呼ばれるようになる。1850年には海軍軍人ゲンナジー・ネヴェリスコイによりアムール川河口のニコラエフスク＝ナ＝アムーレ（当時、正式にはまだ清国領）に哨所が設けられ、アムール川沿岸や日本海沿岸の探検も行われるようになった。1854年夏にはクリミア戦争の余波でイギリス・フランス連合軍によるペトロパブロフスク・カムチャツキー包囲戦が行われたが、オホーツク小艦隊はこれを持ちこたえるのに顕著な役割を果たし、連合軍を撃退している。この戦闘を契機として、1856年にオホーツク小艦隊は根拠地をペトロパブロフスク＝カムチャツキーからニコラエフスク＝ナ＝アムーレに移転し、「シベリア小艦隊」（）と改名した。