Po troch dňoch výsluchu a mučenia NKVD sa Krylenko „priznal“, že je „sabotárom“ od roku 1930. 3. apríla doplnil vyhlásenie, že bol Leninovým nepriateľom pred Októbrovou revolúciou. Behom svojho posledného výsluchu 28. júla 1938 Krylenko vymenoval tridsať úradníkov Komisariátu spravodlivosti, ktorých si mal údajne najať do protisovietskeho spiknutia.