Zu Beginn des Kärntner Abwehrkampfes meldete sich Eglseer beim Landesbefehlshaber für Kärnten, Ludwig Hülgerth und wurde zur Gruppe Velden eingeteilt. Er war am 5./6. Jänner 1919 am Sturm auf die Rosegger Draubrücke beteiligt, in deren Folge das ganze Rosental befreit wurde. Im April 1919 war Eglseer Kommandant des Abschnitts Rosenbach, ihm unterstanden fünf Kompanien mit 13 Geschützen und 20 Maschinengewehren. Er konnte mit seinen Truppen den Angriff der SHS-Truppen, der am 29. April begann, abwehren und in weiterer Folge am 4. Mai sogar den Rosenbachtunnel einnehmen.