Nel 2006 Will.i.am produce interamente il primo disco solista di Fergie, "The Dutchess". Lo stesso anno viene incaricato da Michael Jackson di produrre il suo nuovo album. La collaborazione va avanti fino alla morte di Jackson nel 2009. Will.i.am ha dichiarato che dalla collaborazione nacquero numerose canzoni, ma ribadendo che non ha intenzione di pubblicarle per rispetto del cantante defunto. Inoltre, sempre con Michael Jackson, partecipò anche alla riedizione del disco "Thriller", "Thriller 25" pubblicato nel 2008, collaborando a due canzoni (i remix dei brani P.Y.T. (Pretty Young Thing) e The Girl Is Mine)