Jodl đã dành phần lớn thời gian của cuộc chiến tại Hang sói, sở chỉ huy tiền phương của Hitler ở Đông Phổ. Ngày 1 tháng 2 năm 1944, ông được thăng quân hàm Generaloberst (Trung tướng). Jodl nằm trong số những người bị thương nhẹ trong âm mưu ngày 20 tháng 7 năm 1944 chống lại Hitler, nơi ông ta bị chấn động do vụ nổ. Ông ta được Karl Dönitz, người kế nhiệm của Hitler, trao tặng Huân chương Hiệp sĩ Chữ thập sắt. vào ngày 6 tháng 5 năm 1945.