Setelah lulus, dia mulai bekerja di BPPT pada 1994. Dia kemudian bekerja pada bidang penyemaian awan. Perlahan-lahan, dia mulai naik pangkat ke Peneliti Senior Utama (IV/e). Kemudian, dia membantu BNPB sebelum bekerja secara penuh di sana pada Agustus 2010. Awalnya, dia bekerja pada Direktur Pengurangan Risiko Bencana. Di bulan-bulan pertama dia bekerja, terjadi bencana-bencana terkenal yang menerjang Indonesia seperti banjir di Wasior, gempa bumi dan tsunami di Mentawai dan erupsi Gunung Merapi. Dia menjadi Kepala Pusat Data, Informasi, dan Hubungan Masyarakat di November pada tahun itu. Menurut Sutopo, dia menolak posisi tersebut sebanyak tiga kali, sebelum menerima gelar S-3, dia berkata bahwa orang akan memercayainya lebih karena itu. Karena dia dikenal aktif memberitakan bencana di media sosial ketika sedang berlangsung, "The Straits Times" menyebutnya sebagai "pejabat Indonesia yang paling sering dikutip dalam berita selama bencana berlangsung". Selama kerjanya di BNPB, dia diberi penghargaan "Public Campaigner" pada 2014 oleh rmol.co.