Holocaust di Indonesia adalah sebuah perencanaan upaya pemusnahan massal atau genosida terhadap orang-orang Yahudi atau yang lebih dekat dikenal sebagai Holocaust, namun Holocaust ini bukan dilakukan oleh Jerman Nazi, melainkan dilakukan oleh tentara pendudukan Kekaisaran Jepang - yang merupakan sekutu Jerman Nazi dalam Blok Poros selama Perang Dunia II - di Asia, terutama Indonesia ( yang pada saat itu masih bernama Hindia Belanda). Kekaisaran Jepang dan Jerman Nazi yang merupakan dua dari tiga negara penanda tangan Pakta Tripartit, adalah negara Blok Poros yang paling aktif dalam jalannya Perang Dunia II, sehingga sedikit banyak kesamaan diantara keduanya, dan Holocaust terhadap Bangsa Yahudi menjadi salah satu kebijakan bersama antara Jepang dan Jerman. Namun, rencana Holocaust di Indonesia adalah salah satu rencana Holocaust yang gagal dilaksanakan.