На новом положају Молтке настоји да будуће начелнике генералштаба и команданте што боље припреми за сналажење у свим ратним ситуацијама. Упоредо је студирао све ратне случајеве у којима би се Пруска могла наћи. У духу Бизмаркове политике, са министром рата Албрехтом Роном, Молтке видно учествује у јачању војске спремајући се да оружјем успостави пруску превласт у немачком свету. Његов ратни план за напад на Данску предвиђао је уништење данске војске. Међутим, фелдмаршал Врангел није се придржавао тог плана. Молтке ступа у акцију тек пред крај рата, као начелник штаба савезничке војске. Његове директиве, у којима се одлуци потчињених остављају детаљи извођења, постаће узор у техници заповедања.