Innenpolitisch intensivierte er den bereits unter Douglas MacArthur begonnenen, vor allem nach Ausbruch des Koreakrieges 1950 im „kalten“ Krieg eingeschlagenen „Gegen-“ oder „Umkehrkurs“ (, "gyaku kōsu") der Besatzungspolitik, mit dem einige Maßnahmen der frühen Besatzungszeit zur Demokratisierung und Dezentralisierung abgeschwächt oder teilweise zurückgenommen wurden und die politische Linke nach anfänglichem Wohlwollen der USA zurückgedrängt und teilweise verfolgt wurde (auf dem Höhepunkt 1950: Red Purge gegen Kommunisten). In Hatoyamas Regierungszeit wurde unter anderem eines der Anti-Trust-Gesetze von 1947 abgeschafft, mit denen die Zaibatsu zerschlagen werden sollten, die seit 1948 direkt gewählten Bildungsausschüsse auf Präfektur- und Gemeindeebene wurden wieder abgeschafft und eine Reihe von Kriegsverbrechern der Klasse A, die in den Tokioter Prozessen zu lebenslanger Haft verurteilt worden waren, wurden aus der Haft entlassen.