Während des Kosovokrieges 1999 war die Kaserne ein Ziel der Luftschläge des NATO-Bündnisses und wurde mehrfach von Bomben und Marschflugkörpern getroffen, durch die alle festen Gebäude beschädigt oder zur Gänze zerstört wurden. Parallel zum Einmarsch der deutschen KFOR-Truppen unter Brigadegeneral Fritz von Korff in Prizren am 13. Juni 1999 wurde die Kaserne gemäß den Bestimmungen des Abkommens von Kumanovo von der abziehenden jugoslawischen Armee geräumt.