Una vola superato l'ostacolo teologico alla resistenza armata contro l'Imperatore, Brück fu tra i negoziatori della Lega di Smalcanda per conto di Giovanni Federico I il Magnanimo, succeduto al padre Giovanni come principe elettore di Sassonia nel 1532; a lui si deve il quadro giuridico della confederazione. Il suo ascendente su Giovanni Federico fu tuttavia altalenante, e Brück non riuscì a impedire la disastrosa Guerra di Smalcanda (1546-1547), che egli aveva avversato. La battaglia di Mühlberg e la conseguente capitolazione di Wittenberg (19 maggio 1547) privarono Giovanni Federico della dignità elettorale, del principato e della libertà, e privarono il suo vecchio consigliere dell'influente posizione politica che aveva così a lungo esercitato. Seguì i figli del elettore a Weimar, rimanendo leale a Federico imprigionato, ma in seguito si trasferì a Jena, dove contribuì alla trasformazione in università del locale ginnasio, presso cui insegnò diritto, e dove si spense nel 1557. Fu sepolto nella chiesa cittadina, St. Michael, dove è commemorato con un bassorilievo sepolcrale a grandezza naturale.