После раскола ИРА в 1921 О’Даффи перешёл на сторону Ирландского Свободного государства и стал генералом зарождающейся Национальной Армии. В ходе гражданской войны он стал одним из архитекторов удачного наступления правительственных войск на позиции ИРА в Манстере. В июле 1922 войска под его командованием после тяжёлых боев заняли Лимерик, который был одним из главных опорных пунктов ИРА. Однако, помимо успешных наступательных действий, части О‘Даффи также отметились военными преступлениями (такими, как «резня в Баллисиди», в ходе которой республиканские заключенные использовались для расчистки дорог от мин и расстреливались без суда).