1952年にスーダン軍事大学を卒業し、そこで同年にエジプトで権力を握るガマール・アブドゥン＝ナーセルの自由将校団の影響を受けた。1966年ヌメイリはカンザス州のアメリカ陸軍のレヴンワース基地のアメリカ陸軍指揮幕僚大学を卒業した。3年後ヌメイリーはの文民政権を倒す軍事クーデタを指揮し、権力を握った。ヌメイリーは社会主義かつ汎アラブ主義的改革を行った。1970年にはによるクーデターを防ぎ、1971年7月18日から22日の短期間アッタ少佐率いる共産主義者に権力を奪われるも回復して閣僚のらスーダン共産党員を処刑してソ連の軍事顧問を追放し、中ソ対立を起こしていた中華人民共和国や西側諸国から武器の援助を受けた。9月15日の大統領選挙に98.6%の得票で当選すると10月10日に大統領に就任し、10月14日革命評議会を解散した。1972年にエチオピアの皇帝ハイレ・セラシエ1世の仲裁でアディス・アベバ合意で17年間続いた第一次スーダン内戦を終結させた。また、エジプトのアンワル・アッ＝サーダートによるイスラエルとのキャンプ・デービッド合意を支持していたことからリビアのムアンマル・アル＝カッザーフィーとの軋轢があり、カッザーフィーをライバル視したザイールのモブツ・セセ・セコと友好的関係を築き、リビアの抜けたアラブ共和国連邦に再加盟したりした。