W latach międzywojennych działał na rzecz pokojowego rozwiązania sporu polsko-litewskiego. Był z jednej strony rzecznikiem niezależności Litwy, a z drugiej uważał się za przedstawiciela narodowości polskiej lojalnego wobec państwa litewskiego. Do końca życia nie wyrzekł się kultury polskiej ani języka polskiego. Jednak prolitewska orientacja Stanisława Narutowicza została wykorzystana w Polsce przez endecję przeciwko rodzonemu bratu Stanisława – Gabrielowi i wpłynęła na nastroje ludności polskiej, co w efekcie współtworzyło atmosferę przed zamachem na pierwszego polskiego prezydenta.