Sebagai Perdana Menteri, Rainilaiarivony secara aktif berusaha memodernkan pemerintahan negara untuk memperkuat dan melindungi Madagaskar dari ambisi kolonial Britania dan Prancis. Angkatan darat dirombak dan diprofesionalkan, wajib belajar dicanangkan, undang-undang yang didasarkan pada hukum Inggris diberlakukan, dan tiga pengadilan didirikan di Antananarivo. Dalam menerapkan kebijakan, Rainilaiarivony mencoba untuk tidak menyinggung norma-norma tradisional, tetapi pada saat yang sama ia juga membatasi praktik-praktik tradisional secara bertahap, seperti perbudakan, poligami, dan perceraian sepihak yang dilakukan suami terhadap istri. Pada masa kekuasaan Ranavalona II, ia juga mengkristenkan kerajaannya. Berkat kemampuan diplomatik dan militernya, ia berhasil mempertahankan Madagaskar pada permulaan Perang Prancis-Hova, tetapi pada akhirnya pasukan Prancis berhasil mencapai kota Antananarivo dan memaksa Madagaskar menyerah pada September 1895. Meskipun Prancis menghormati Rainilaiarivony, mereka memutuskan untuk mengasingkannya ke Aljazair Prancis, dan ia menjemput ajal di tempat tersebut dalam waktu kurang dari setahun pada Agustus 1896.