1861年に南北戦争が勃発すると、ルジャンドルは第51ニューヨーク志願兵歩兵連隊の兵士募集に協力し、1861年10月29日に同連隊の少佐に任官した。その後ノースカロライナでの戦闘に従事し、1862年のロアノーク島の戦いにも参加した。1862年3月14日、ニューバーンの戦いで重傷を負った。負傷にも関わらず軍を離れず、同年9月20日には中佐に進級。