Новый предолимпийский фигуристка начала дома; в середине сентября, на турнире в Солт-Лейк-Сити она в упорной борьбе заняла третье место. В середине ноября американская фигуристка дебютировала на этапе Гран-при в Пекине, где она на Кубке Китая заняла место в середине турнирной таблицы, улучшив при этом свои прежние достижения в произвольной программе и сумме. В конце ноября она выступала на заключительном этапе Гран-при в Саппоро, где заняла шестое место. В начале декабря Чен выступала в Хорватии на турнире Золотой конёк Загреба, где она совсем неудачно выступила и заняла седьмое место. В январе 2017 года на национальном чемпионате в Канзасе фигуристке не смогли составить конкуренцию ведущие американские фигуристки и она впервые финишировала чемпионкой. В феврале 2017 года она выступала в Канныне на континентальном чемпионате, где заняла место в конце ведущей дюжины. В конце марта на чемпионате мира в Хельсинки она оказалась рядом с пьедесталом. При этом сумела способствовать завоеванию трёх путёвок для своей страны на Олимпиаду в Южную Корею и улучшила все свои прежние спортивные достижения. Через три недели после этого фигуристка была отправлена на командный чемпионат мира, где выступила не совсем удачно, но в команде завоевала бронзовую медаль.