Cissé, A millî takımdaki ilk maçına 18 Mayıs 2002 tarihinde, 21 yaşındayken, Belçika karşısında maçın 48. dakikasında David Trezeguet'nin yerine girerek çıktı. Fransa teknik direktörü Roger Lemerre, 2002 FIFA Dünya Kupası için hazırlanan 23 kişilik kadroda Cissé'ye de yer verdi. Turnuvada grup maçlarının hepsinde — Senegal, Uruguay, ve Danimarka karşısında— oyuna sonradan dahil oldu. Ancak Fransa, grubunu sonucu tamamlayarak kupaya veda etti. Millî takımla ilk golünü 7 Eylül 2002'de, 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası elemelerinde Kıbrıs Cumhuriyeti'ne karşı attı. Cissé, Fransa'nın kazandığı 2003 FIFA Konfederasyonlar Kupası'nda takımın bir parçasıydı. Turnuvadaki tek golünü 18 Haziran 2003 tarihinde, Kolombiya karşısında penaltıdan kaydetti. Fransa, bu maçı 1-0 kazanmıştı.