Lee oli yksi Etelä-Korean maajoukkueen kantavia voimia vuoden 2002 MM-kisoissa ja vuoden 2004 kesäolympialaisissa. MM-kisojen jälkeen Lee siirtyi Espanjaan Real Sociedadin joukkueeseen. Hän oli ensimmäinen korealainen pelaaja Primera Divisiónissa. Heikon kauden jälkeen hänet lainattiin Numanciaan, josta hän palasi takaisin kotimaahansa Ulsanin joukkueeseen. Koreassa Lee johdatti Ulsanin maansa mestaruuteen vuonna 2005 ja hänet valittiin K-liigan arvokkaimmaksi pelaajaksi. Kesällä 2007 hän siirtyi Alankomaiden pääsarjassa, Eredivisiessä pelaavan Feyenoordin joukkueeseen.