Κατά τη διάρκεια της Νεολιθικής παρουσιάζεται μια σημαντική αλλαγή στη σχέση των ανθρώπων με τα ζώα και τα φυτά. Η διατροφή βασίζεται όλο και περισσότερο σε ζώα και φυτά των οποίων την ανάπτυξη ελέγχουν οι άνθρωποι (μέσω σταβλισμού των κοπαδιών και καλλιέργειας της γης). Ο έλεγχος αυτός είχε επίπτωση και στη φυσιολογία των ζώων και των φυτών, κάτι στο οποίο βασίζονται οι αρχαιολόγοι για να αναγνωρίσουν ποια είδη ήταν άγρια και ποια εξημερωμένα. Ο Αυστραλός αρχαιολόγος Βερ Γκόρντον Τσάιλντ χρησιμοποίησε τον όρο "Νεολιθική επανάσταση" για να περιγράψει αυτή τη διαδικασία, τα τελευταία χρόνια όμως υπερισχύει η άποψη ότι η εξημέρωση των ζώων και των φυτών ήταν σταδιακή και υπόκειτο σε τοπικές διεργασίες. Πολύ συχνά με την εξημέρωση των ζώων και των φυτών συνδέεται η μόνιμη εγκατάσταση, αλλά φαίνεται πως δεν υπάρχει αποκλειστική σχέση μεταξύ των δύο φαινομένων, όπως φαίνεται από τα στοιχεία των οικισμών που ανασκάφηκαν στις Σιδηρές Πύλες του Δούναβη. Εκεί, αν και φαίνεται πως οι οικισμοί ήταν μόνιμες εγκαταστάσεις, οι κάτοικοι ήταν τροφοσυλλέκτες, ενώ χρησιμοποιούσαν και κεραμική.