15 Tage nach dem Zusammenbruch des Baath-Regimes infolge des Irakkrieges, am 24. April 2003, stellte sich Aziz der Kriegskoalition unter Führung der US-Amerikaner. Seither befand er sich mit Zustimmung der irakischen Regierung in US-amerikanischer Haft, bis er im Juli 2010 an die irakischen Behörden überstellt wurde. Unmittelbar nach seiner Verhaftung 2003 zeigten sich seine Angehörigen zuversichtlich über eine baldige Freilassung. Weder Hilfegesuche bei der französischen Regierung noch beim damaligen Papst brachten die erhoffte Haftverschonung. Im Januar 2006 ließ Aziz durch seine Anwälte für den Fall der Freilassung bei der italienischen und der kroatischen Regierung Asylgesuche stellen. Während die Italiener eine Prüfung des Gesuches zu gegebener Zeit zusagten, lehnte Kroatien dies ab. Im Januar 2010 erlitt Aziz nach Angaben seines Sohnes einen Schlaganfall. Auch nach seiner Verhaftung stand Aziz loyal zu Saddam Hussein.