John Jr. žil v Bielom dome počas prvých troch rokov svojho života. Jeho otca zavraždili 22. novembra 1963 a štátny pohreb sa konal o tri dni neskôr, na tretie narodeniny Johna Jr. Lyndon B. Johnson ako prezident, napísal svoj prvý list Johnovi Jr. a povedal mu, že na svojho otca „môže byť vždy hrdý“.