Ситуація змінилася після того, як Б. Хмельницький скерував сюди три полки на чолі з М. Нестеренком, П. Шумейком та Я. Вовченком (Володченком). У вересні 1648 р. ці війська підійшли до Кодака й щільно його блокували. Опинившись у скрутному становищі, обложені пішли на переговори. 1 жовтня були укладені почесні умови капітуляції гарнізону, який покинув Кодак озброєним, залишивши в фортеці лише артилерію і прапори, і пішов на Чигирин. Разом з військовиками йшли їхні сім'ї, а також ченці. З гарнізоном до Чигирина доправлялося і тіло померлого від ран після Жовтоводської битви С. Потоцького. Не всі умови капітуляції були, однак, до кінця виконані. За наказом Б. Хмельницького, у зв'язку з порушенням польською стороною на іншій ділянці фронту певних домовленостей, вояків кодацького гарнізону роззброїли й арештували, а потім обміняли на українських полонених.