Lors de la saison 2006-2007 faisant suite au scandale du championnat italien, le Milan purge une peine de huit points de pénalité retirés dès le début de saison. Le club réalise une saison quelconque en championnat et se rabat sur la Ligue des Champions. Dans cette compétition, Nesta montre qu'il n'a rien perdu de ses qualités, en signant notamment un retour spectaculaire en 1/4 de final retour contre le Bayern Munich et en se montrant impérial face aux attaquants de Manchester United Cristiano Ronaldo et Wayne Rooney lors de leur double-confrontation en demi-finale. Quelques semaines plus tard, l'AC Milan bat Liverpool 2-1 à Athènes et remporte sa septième Ligue des Champions.