В национальной сборной Того дебютировал в 2000 году. В составе команды выступал как вице-капитан и как капитан. Участник Кубка африканских наций 2006 в Египте. Нибомбе был заявлен под 2 номером. В своей группе сборная Того заняла последнее 4 место, уступив Анголе, ДР Конго и Камеруну и покинула турнир.