Une guerre civile éclate en 1990 entre les partisans de son gouvernement et le Front patriotique rwandais (FPR), un groupe rebelle dirigé par des Tutsi. En 1993, Habyarimana signe les accords de paix d'Arusha avec le FPR. Mais il est assassiné dans des circonstances mystérieuses un an plus tard, quand un avion le transportant lui et le président du Burundi, Cyprien Ntaryamira, est abattu par un missile. Son assassinat est l'événement déclencheur du génocide des Tutsi au Rwanda.