La laguna del Rincón está integrada en la Red Europea Natura 2000 (Zona de Especial Protección para las Aves y Zona Especial de Conservación). La laguna se localiza bajo la ruta migratoria que siguen muchas aves hacia el continente africano y el noreste de Europa. Se encuentra desde 1989 incluida en la Lista de Humedales Ramsar de Importancia Internacional bajo la denominación “Lagunas del Sur de Córdoba”. Las Zonas Húmedas del Sur de Córdoba cuentan con un Plan de Ordenación de los Recursos Naturales. En este Plan se quedan reguladas las actividades que se puedan realizar estando prohibida la pesca, el baño, y determinadas actividades agrícolas precisan ser autorizadas. Las Zonas Húmedas del Sur de Córdoba cuentan con un Patronato (órgano de representación) con la presencia de Ayuntamientos, asociaciones agrarias y ecologistas, propietarios de terrenos, investigadores y representantes de la Universidad de Córdoba, etc.