Wegens zijn ervaring bleef hij na de moord op Willem in 1584 op verzoek van de Staten van Holland luitenant-generaal. Maurits was namelijk nog te jong om zijn vader op te volgen. Hohenlohe was een moedig, maar roekeloze aanvoerder. Bovendien was hij drankzuchtig. Nadat Maurits kapitein-generaal werd van de Republiek, werd de verhouding tussen hem en Hohenlohe geleidelijk aan slechter. Maurits vond hem onbetrouwbaar; Hohenlohe kon geen geheimen bewaren. Aan de slechte verhouding heeft echter ook een privé-zaak bijgedragen. Hohenlohe had in 1582 van Willem van Oranje toestemming gekregen om te trouwen met zijn oudste dochter, Maria van Nassau. Het huwelijk had nog niet plaatsgevonden vanwege de financiële situatie van beiden. Er ontstond na de moord onenigheid over de erfenis van Willem van Oranje. De rechtmatige erfgenaam van Willem van Oranje was Filips Willem, maar hij zat gevangen in Spanje. Maria, tweede in lijn, had sinds 1584 het beheer over zijn bezittingen gevoerd, en na de verovering van Breda, onderdeel van de bezittingen, zou Maria eindelijk voldoende financiën verkrijgen om te kunnen trouwen. Hohenlohe zou na het huwelijk met Maria, het beheer over een belangrijk deel van de erfenis van Willem van Oranje overnemen. Maurits was het daar niet mee eens, en in 1591 splitste de Staten-Generaal de bezittingen. Maria van Nassau kreeg alleen de via moederszijde geërfde bezittingen, de Burense goederen (Buren, Leerdam, IJsselstein, Sint Maartensdijk met het verdronken land van Noord-Beveland). Jarenlange juridische strijd leverde niets meer op. Hohenlohe trouwde in 1595 met Maria van Nassau.