In de 17e eeuw en 18e eeuw vonden twee burgeroorlogen plaats in het Eedgenootschap. Van 1654 tot 1655 vond de Eerste Villmergeroorlog plaats. De protestantse kantons probeerden door de rooms-katholieke gebieden te veroveren om zo die gebieden over te kunnen laten gaan op het Protestantisme. De protestantse kantons en gebieden, onder leiding van het kanton Zürich begonnen aan een slecht georganiseerde veldtocht en werden bij Villmergen (Freie Ämter) verslagen. De rooms-katholieke gebieden waren de winnaars. Het graafschap Baden speelde een belangrijke rol tijdens deze godsdienstoorlog. Het in Baden gelegen Vesting Stein bewees haar strategische nut. Ondanks fel protest van de protestantse gebieden besloot Baden na de Villmergeroorlog de vesting sterk uit te breiden met bastions en versterkte muren.