Nochtans beraamden hij, zijn oudere broer Christiaan, hertog van Sleeswijk-Holstein-Sonderburg-Augustenburg en zijn neef Frederik politieke en militaire plannen voor een afscheuring van Sleeswijk uit Denemarken. Tot afschuw van de Denen pleegde hij, in Deens militair uniform, een overval op het Deense fort Rendsburg (1848). Het werd het begin van de eerste Duits-Deense oorlog (1848-1853), waarbij de opstandelingen wonnen. Frederik trad toe tot de rebellenregering in Sleeswijk-Holstein. Hij werd er minister van Oorlog. Na de Tweede Duits-Deense oorlog (1864) bezetten Pruisen en Oostenrijk Sleeswijk-Holstein. Voor Frederik (en zijn familie) was er geen rol meer tijdens de bezetting door Pruisen. Als troostprijs gaf keizer Frans Jozef van Oostenrijk hem de titel van "prins van Noer" (1864).