Im Deutschen Krieg 1866 war Reuß ä. L. aufgrund historischer Verbindungen (unter anderem war Heinrich XIII. kaiserlich-österreichischer Generalfeldzeugmeister) und dynastischer Beziehungen Verbündeter Österreichs. Während der Kriegshandlungen lag das Fürstentum abseits von den Geschehnissen. Die preußische Kriegserklärung erfolgte am 21. Juni, erst am 11. August 1866 kam es zur militärischen Besetzung durch zwei Kompanien. An eine Aufnahme eines selbständigen Reuß ä. L. in den von Preußen neu gegründeten Norddeutschen Bund war dabei noch nicht gedacht. Vielmehr sollte dieser Staat im Rahmen eines Gebietsaustausches zwischen Preußen (Kreis Ziegenrück) und Reuß jüngerer Linie aufgeteilt werden. Allerdings bewahrte die Fürsprache des Großherzogs von Sachsen-Weimar-Eisenach beim preußischen König Wilhelm I. das Fürstentum vor diesem Schicksal. Auch bezüglich Abtretungen erkannte man, dass Reuß ä. L. zu klein war, um noch kleiner gemacht zu werden. Daher erfolgte an Stelle von Landabtretung eine Geldzahlung von 100.000 Talern, welche je zur Hälfte das Fürstenhaus und das Land trugen. Am 26. September 1866 wurde dann in Berlin der Friedensvertrag unterzeichnet, durch den Reuß ä. L. zwangsweise dem Norddeutschen Bund beitrat. Nach dem Beitritt besaß es nur noch eine eingeschränkte Souveränität. Dies bedeutete insbesondere, dass die Außenpolitik und Militärhoheit an Preußen überging, während die Innen- und Kulturpolitik im eigenen Verantwortungsbereich verblieb. Mit der Reichsgründung 1871 übertrug man das „preußische System“ des Norddeutschen Bundes auf den neugeschaffenen deutschen Nationalstaat und Reuß ä. L. war fortan Bundesstaat im Deutschen Kaiserreich. Als 1880 die Bundesstaaten verpflichtet wurden, beim Bundesrat in Berlin ständige Vertretungen einzurichten, übertrug das Fürstentum seine Vertretung auf das Großherzogtum Mecklenburg-Schwerin. Nach dem Tod von Heinrich XXII. übernahm dies das Großherzogtum Sachsen-Weimar-Eisenach.