汉考克身在佛罗里达州期间，第三次塞米诺尔战争已接近尾声，他的职责主要是军需工作，所以没有参与实战。随着佛罗里达州的局势开始缓和，汉考克又被派往堪萨斯州利文沃思堡（）。堪萨斯内战期间，他驻守西部，并在犹他战争结束后随第6步兵团驻守犹他领地。当地冲突解决后，汉考克于1858年11月进驻南加州。艾莉与两个孩子前来相聚，一家人在这里生活到1861年内战爆发，汉考克以上尉和助理军需官职务入伍，部队指挥官阿尔伯特·西德尼·约翰斯顿（）之后将成为南方邦联将领。汉考克在加利福尼亚州与多位南方军官成为朋友，这其中最知名的就是弗吉尼亚州的路易斯·亚米斯德。内战爆发后，亚米斯德与其他南方军官离开加州前去加入南方邦联陆军，而汉考克则继续效忠北方联邦。