באפריל, נאלץ היטלר להתערב במערכה בבלקנים שבמסגרתה נוהלו הפלישה הגרמנית ליוגוסלביה ומלחמת איטליה–יוון. המערכה שנוהלה בהמשך בקרב על כרתים תוך כדי אבדות גרמניות כבדות, גרמו להיטלר להסיק שהצנחות מעבר לקווי האויב אינן מעשיות ללא גורם ההפתעה. הוא הכיר בכך שסיכויי ההצלחה של פעולות אוויריות מסוג זה נמוכים מאוד והוא עמד במילתו, בהמשך לא בוצעו עוד פעולות כאלה. היו לכך השלכות חשובות על המצב במלטה, שתקיפתה בוצעה תוך כדי נטילת סיכון על ידי כוחות הציר. ביוני תקף היטלר את ברית המועצות במבצע ברברוסה. מטוסי גיס האוויר העשירי הוסטו לכוון החזית המזרחית וחיל האוויר המלכותי האיטלקי נותר כדי להמשיך ולנהל את התקפותיו הבלתי יעילות על מלטה בחודשים הבאים. גייסלר, שפיקד על שאריות הגיס יכול היה להסתמך רק על מטוסי כנף 4 שלו שהטילו מוקשים ימיים ועל מטוסי השטוקה שביצעו תקיפות ליליות. מצב האספקה היה גרוע. הכוח הגרמני המצומצם שנותר בזירה נאלץ לנטוש אותה ב-22 באפריל 1941. עד לראשית מאי הוציא הלופטוואפה 1,495 גיחות, מתוכן 1,444 גיחות קרביות ו-132 משימות סיור ואיבד רק 44 מטוסים. כנף 30 וכנף 1 ביצעו התקפות ליליות מעטות במהלך אפריל.