אפואל זכתה בכל אליפויות הליגה הקפריסאית בין העונות 1935/1936 ו-1939/1940. בעקבות מלחמת האזרחים ביוון פוצלו שחקני ואוהדי המועדון לשני מחנות, ובשנת 1948 הקימו מספר שחקנים קבוצה מתחרה, אומוניה ניקוסיה, אשר עד היום נחשבת ליריבתה המרה של אפואל ניקוסיה. למרות הפיצול זכתה אפואל באליפויות של השנים 1947, 1948 ו־1949.