Sau World Cup 2006, Villa tiếp tục là sự lựa chọn hàng đầu trên hàng công đội tuyển Tây Ban Nha tại vòng loại Euro 2008. Suốt vòng loại, anh đã ghi được 6 bàn và cũng là người ghi nhiều bàn thắng nhất ở vòng loại cho đội tuyển Tây Ban Nha. Anh còn ghi bàn trong trận giao hữu gặp đội tuyển Ý vào ngày 26 tháng 3 năm 2008 và chính thức có tên trong 23 cầu thủ dự Euro 2008 của huấn luyện viên Luis Aragones.