ג'פרסון שימש כנשיא האגודה במשך שמונה עשרה שנה, כולל במהלך כהונתו כנשיא. הוא קישר בין מריווד'ר לואיס לאגודה, ומלומדים רבים לימדו אותו לפני משלחת לואיס וקלארק. הוא התפטר ב-20 בינואר 1815, אולם נשאר פעיל בה.