În timpul Războiului Civil, guvernatorul Carolinei de Nord David Lowry Swain l-a convins pe președintele Confederației Jefferson Davis să scutească de încorporare câțiva studenți, așa că universitatea a fost unul dintre puținele de pe teritoriul Confederației care a reușit să rămână deschisă. Cu toate acestea, Chapel Hill a pierdut în timpul războiului o mare parte a populației sale decât orice sat din Sud și, ca urmare a faptului că numărul de studenți a rămas scăzut, universitatea a fost forțată să se închidă în timpul Epocii de Reconstrucție de la 1 decembrie 1870 până în 6 septembrie 1875.