Tijdens de Bosnische Burgeroorlog en de belegering van Sarajevo werd de Geboortekathedraal zwaar beschadigd. Erediensten vonden er van 1992 tot 1996 niet meer plaats. De woning van de metropoliet, die zich in de nabijheid van de kathedraal bevindt, werd in 1992 gebombardeerd en leeggeroofd. In hetzelfde jaar brandde een deel van het gebouw af, waaronder de historisch waardevolle bibliotheek en het historische archief. Gedurende de oorlog vluchtten ongeveer 200.000 Serviërs uit Sarajevo en kwamen terecht in gebieden die tevoren door troepen van de Bosnische Serviërs "etnisch gezuiverd" waren.