Er hebben in Houwerzijl minstens vier zijlen gelegen, waarvoor men telkens bij een volgende bedijking een nieuwe plek koos. Het huidige dorp is ontstaan rond een zijl uit 1571, die vermoedelijk in 1626 (tijdelijk) is afgedamd. Men heeft ten minste in dat laatste jaar een nieuw kanaal gegraven, dat verder oostelijk via het Vlakke Riet bij boerderij 'De Nieuwe Ewer' in zee uitmondde. Niet zoveel later was het Hooge Slijck al zover opgehoogd, dat er een kadedijk om dit gebied werd gelegd en men terugkeerde naar de oorspronkelijke uitwatering door het dorp zelf. In 1717 waren er vergaande plannen om zich aan te sluiten bij het Schouwerzijlvest. Dit omdat de buitengeul naar het Reitdiep onder invloed van eb en vloed verzandde. Na de Kerstvloed van datzelfde jaar raakte de zijl in het dorp definitief in onbruik. Toen de edelman Onno Tamminga Alberda van Nijenstijn hier de Oude Zuurdijkster Uiterdijkspolder liet aanleggen (voltooid 1729), heeft men ervoor gekozen het zijlvest voortaan te laten aansluiten bij de uitwatering via Schouwerzijl. De resten van de sluis werden in 1728 verwijderd.