Ваїт Талгаєв розпочав тренерську кар'єру в своєму рідному клубі «Хімік» відразу ж після закінчення кар'єри футболіста, спочатку був одним із тренерів клубу, а в 1990 році очолив його тренерський штаб. Талгаєв тренував джамбульський клуб до 1992 року, коли він був перейменований у «Фосфор», і розпочав виступи у чемпіонаті незалежного Казахстану. У 1993 році Ваїт Талгаєв, після приїзду до батьків у Чечню, отримав запрошення очолити грозненський клуб «Ерзу», яким опікувався сам Джохар Дудаєв, і який сам неодноразово відвідував матчі клубу. У команді вдалось підібрати досить сильний склад, у ній грали легіонери з Азербайджану і Туркменістану, і за рік команда вийшла з другого російського дивізіону до першої ліги, в якій також виступав досить успішно, зайнявши четверте місце в зоні першої ліги. Проте після початку війни в Чечні Талгаєву довелось покинути територію Чечні, й він навіть не встиг вивести звідти всі свої речі.