Digby pozostał w marynarce po zakończeniu wojny. Początkowo zajmował się nielegalnym handlem przez kanał La Manche. W 1803 r. objął dowodzenie nad starym i słabo uzbrojonym okrętem HMS „Africa”. Razem ze swoim okrętem brał udział w bitwie pod Trafalgarem 21 października 1805 r. Nelson, obawiając się, że „Africa” nie poradzi sobie w starciu z francuską flotą, nakazał Digby'emu wyprowadzić okręt z akwenu bitwy. Plan się nie powiódł i „Africa” uwikłała się w wymianę ognia z okrętami francuskimi i hiszpańskimi, w wyniku czego została ciężko uszkodzona, jednak nie zatonęła.