Cena kembali pada WrestleMania 32, membantu The Rock menangkis Keluarga Wyatt. Cena kemudian kembali sepenuhnya pada edisi Memorial Day "Raw" pada 30 Mei, empat bulan lebih awal dari yang diharapkan untuk jenis cederanya. Dia dihadapkan oleh AJ Styles, hanya untuk dikhianati oleh Styles, yang bergabung dengan mantan rekan satu tim Klubnya Luke Gallows and Karl Anderson dalam menyerang Cena. Ini mengatur kecocokan antara Cena dan Styles di Money in the Bank, yang dimenangkan Styles dengan gangguan dari Gallows dan Anderson. Pada episode 4 Juli "Raw", Cena kembali diserang oleh Klub, tapi diselamatkan oleh Enzo Amore and Big Cass. Selanjutnya, pertandingan tim tag enam orang terjadi antara kedua tim untuk Battleground. Pada episode 19 Juli "SmackDown" di 2016 WWE draft, Cena direkrut dengan merek Smackdown, sementara juga mengalahkan anggota Klub Luke Gallows menggunakan pinfall dalam kontes single. Cena, Amore dan Cass mengalahkan The Club di Battleground setelah Cena menyematkan Styles. Cena melanjutkan perseteruannya dengan Styles, yang mengakibatkan dia kalah dalam pertandingan mereka di SummerSlam pada 21 Agustus 2016. Dengan Styles kemudian memenangkan Kejuaraan Dunia WWE yang berganti nama, Cena menantangnya dan Dean Ambrose dalam pertandingan ancaman tiga kali lipat untuk gelar di No Mercy. Dia kalah dalam pertandingan setelah disematkan oleh Styles, yang datang setelah Ambrose dan Cena secara bersamaan membuat Styles tunduk, oleh karena itu memulai kembali pertandingan. Cena mengambil cuti panjang dari WWE ke film "American Grit" musim 2.