Puchar Świata w biathlonie 1998/1999 jest 22 sezonem w historii tej dyscypliny sportu. Pierwsze zawody odbyły się 11 grudnia 1998 r. w austriackim Hochfilzen, zaś sezon zakończył się 14 marca 1999 w norweskim Holmenkollen. Najważniejszą imprezą sezonu były mistrzostwa świata w Kontiolahti.