Nach dem Rücktritt Reventlows wurde er 1710 auf Empfehlung des Generaladjutanten Bendix von Meyer Oberbefehlshaber der dänischen Armee. Im Lauf des folgenden Jahres leitete er eine Reorganisation der Streitkräfte ein, die in den vergangenen Kämpfen des Großen Nordischen Krieges deutliche Verluste hatten hinnehmen müssen. 1711 marschierten dänische Truppen in Schwedisch-Pommern ein. Obwohl die Eroberung Stralsunds nicht gelang, wurde Jobst Scholten vom König Friedrich IV. mit dem Elefanten-Orden ausgezeichnet. Im Jahr 1712 gelang zunächst die Eroberung der Festung Stade und damit des schwedischen Bremen-Verden, es folgte die Niederlage in der Schlacht bei Gadebusch. Die nächsten Jahre brachten wieder Erfolge, wie die Eroberung der Festung Tönning, Schwedisch-Pommerns und Wismars. Zusammen mit seinem König ging Jobst Scholten 1716 nach Seeland, wo, unterstützt von russischen Truppen, eine Landung in Schonen vorbereitet wurde.