V průběhu Balkánských válek propukla v bojujících zemích epidemie skvrnitého tyfu. Proto byl Prowazek spolu s Dr. Heglerem vyslán roku 1913 do Srbska aby zde organizovali boj proti nákaze. V létě roku 1914 byl spolu s brazilským lékařem Henriquem da Rocha Limou vyslán do Konstantinopole aby zamezili šíření tyfu v jednotkách turecké armády. Po vypuknutí 1. světové války hrozilo zavlečení tyfu i do Německa. V zajateckém táboře poblíž Chotěbuzi propukl tyfus mezi ruskými válečnými zajatci. Prowazek s Dr. da Rocha Limou přijeli na místo začátkem ledna 1915. Okamžitě zavedli přísná protiepidemická opatření, zároveň studovali mechanismus přenosu nákazy. Během práce se Prowazek nakazil tyfem, kterému 17. února 1915 podlehl.