Ciò nonostante Ravanelli fa presto dimenticare il tutto disputando un buon biennio iniziale in maglia biancazzurra, in cui spicca in particolare la stagione 1998-1999 quando le 13 reti dell'italiano, inserito dal tecnico Rolland Courbis in un tridente d'attacco che vede anche Dugarry e Maurice, portano i marsigliesi a sfiorare la vittoria in Division 1: in un epilogo "thrilling" di campionato che vede, all'ultima giornata, lo scontro diretto al vertice contro il capoclassifica , l"OM" è virtualmente campione di Francia sino all'89' quando il pareggio dei girondini consegna a questi il titolo. Nel 1999 raggiunge inoltre la sua terza finale di Coppa UEFA (in cui tuttavia è costretto a saltare l'atto conclusivo per la squalifica rimediata nella semifinale di ritorno a Bologna), persa a Mosca contro il Parma. Negativa è invece l'annata seguente, con la squadra impantanata nella "bagarre" della zona retrocessione e Ravanelli che fa le valigie nella sessione invernale di mercato, lasciando Marsiglia dopo 84 presenze e 31 reti.