Marmont divenne poi aiutante di campo di Napoleone, seguendolo anche nella spedizione in Egitto, dove si distinse ed ottenne la promozione a generale di brigata. Nel 1799 fece ritorno sul suolo europeo con Bonaparte; fu presente al colpo di Stato del 18 brumaio ed organizzò l'artiglieria per la spedizione in Italia, che comandò con successo a Marengo (1800), dove si guadagnò la promozione a generale di divisione. Nel 1801 divenne ispettore generale d'artiglieria e nel 1804 grand'ufficiale della Legion d'Onore, la più alta onorificenza dell'Impero. Rimase tuttavia contrariato per non essere stato incluso nella lista degli ufficiali promossi al grado di maresciallo.