Les élections fédérales du 27 septembre 2009 confirment la perte de soutien du parti sur le territoire bavarois : que cela soit les 6,5 % au niveau fédéral ou les 42,5 % au niveau régional, il faut remonter aux élections du 14 août 1949 pour trouver pire résultat. Les quatre années qui suivent, Seehofer s'attache à relancer le parti, . Cela conduit à sa réélection lors du scrutin du 15 septembre 2013, au cours duquel le parti réalise un score de 47,7 %.