ヘレニズム期にはペルガモンのアッタロス朝と密接な関係にあり、アッタロス朝の滅亡と共にローマの直接的な支配下に入った。紀元前74年、ポントス王国のミトリダテス6世は30万人の軍勢でローマ人の立てこもるキュジコスを包囲した（第三次ミトリダテス戦争）。しかしキュジコスはこれに耐え、ルクッルスが包囲を解いた。これによってキュジコスはいくつかの特権を獲得し、領土も拡大した。ローマはそれらを認め、キュジコスの自治を認めた。キュジコスは北ミュシアを代表する都市となった。