Maschadov si sposò a 17 anni. Sua moglie Kusama ha una laurea in pedagogia. Ebbero due figli: un maschio, Anzor, che prese parte alle azioni militari durante la Prima guerra cecena e una femmina, Fatima. I Maschadov hanno un nipote, nato il 4 maggio 1994 e chiamato Šamil in memoria dell'Imam Shamil, e una nipote.