Засновником пресвітеріанської організації церкви вважається Ендрю Мелвілл, шотландський релігійний реформатор середини XVI століття. Вперше рішення про створення пресвітерію було прийнято шотландським парламентом в 1578 р. Однак проти ліквідації єпископату послідовно виступали королі Шотландії. В результаті боротьба між прихильниками пресвітеріанської і єпископальної моделі шотландської церкви тривала понад століття: лише після Славної революції 1688 року пресвітеріанська модель остаточно утвердилася в Шотландії, а згодом була перейнята і пресвітеріанськими церквами Англії, Ірландії, США та інших країн.