Protestantský vládca princ Viliam I. Oranžský (1533 – 1584) sa usiloval o nezávislosť pre celé španielske Nizozemsko, ale južné provincie (Belgicko) zostávali katolicizmu a španielskej vláde verné. V roku 1579 protestantské severné provincie uzavreli Utrechtskú úniu a následne pod Viliamovým vedením vyhlásili nezávislé Spojené nizozemské provincie. Belgicko potom stratilo ďalšie územia v tridsaťročnej vojne (1618 – 1648). V roku 1700, keď zomrel Karol II. (1661 – 1700), posledný zo španielskych Habsburgovcov, padla zostávajúca časť územia do francúzskych rúk. Oblasť bola následne okupovaná Nizozemskom a Angličanmi počas Vojny o španielske dedičstvo (1702 – 1713). Rakúska vláda bola obnovená v roku 1748. Za habsburskej cisárovnej Márie Terézie (1740 – 1780) priniesla modernizácia poľnohospodárstva novú prosperitu a podnietila rozvoj nových priemyselných odvetví. V tomto období boli vybudované vodné cesty. V roku 1792 však vypukla vojna medzi revolučným Francúzskom a Rakúskom. V júni 1794 Francúzi Rakúsko porazili a Belgicko bolo Francúzskom anektované. Po Napoleonovej porážke pri Waterloo (v Brabantsku južne od Bruselu) spojil Viedenský kongres Belgicko a Holandsko. Konfliktné záujmy a odlišné vierovyznanie ale viedli k nepokojom.