Templet ble oppført i 528, men ble seinere forlatt. Det ble gjenoppbygget i 751 under Gim Daesong for å berolige foreldrenes sjeler. Byggverket stod klart i 774 og templet fikk sitt nåværende navn. Templet ble renovert av kongedømmene Goryeo og Joseon. Under Japans invasjon mellom 1592 og 1598 ble bygningene brent ned til grunnen. En gjenoppbygning ble påbegynt i 1604, fulgt av cirka 40 renoveringer fram til 1805. Som med mange kloster, forfalt det på 1800-tallet på grunn av Koreas undertrykkelse av buddhismen. Men templene tiltrakk seg allikevel japanske forskeres interesse, og den japanske okkupasjonsmyndigheten gjennomførte en stor restaurering i 1924. Etter andre verdenskrig ble tempelet neglisjert før en gjennomførte restaurering av enkelte deler i 1966. Med den store restaureringen mellom 1969 og 1973 under president Park Chung-hee, fikk Bulguksa sitt nåværende utseende.