Tras la marcha de Pepe Reina al Bayern de Múnich, Rafael se volvió inicialmente el portero titular del Napoli. El 22 de diciembre fue protagonista en la victoriosa final de la Supercopa de Italia 2014 contra la Juventus de Turín (empatada 2-2 tras los tiempos suplementarios), tapando los tiros de Chiellini y Padoin en la tanda de los penalties. Sin embargo, después de la derrota en la liga contra el Palermo el 14 de febrero de 2015, Rafael perdió la titularidad siendo reemplazado por el argentino Andújar.