Il Werder acquista poi Diego e Mesut Özil, ma, pur piazzandosi costantemente nelle prime posizioni in Bundesliga, non riesce più a passare la fase a gruppi della Champions League. Prosegue comunque sempre in Coppa UEFA, arrivando a disputare la semifinale nell'edizione 2006-2007, dove viene battuto dall', e, dopo aver eliminato anche , e , la finale nel 2008-2009: a Istanbul è però lo a sollevare il trofeo.