Um 1835 zählte der Stamm etwa 1.500 Angehörige. Im Winter 1837/1838 suchte eine Pockenepidemie die gesamte Region heim, an der auch viele Sioux starben. Einige Wahpeton beteiligten sich 1862 im Sioux-Aufstand in Minnesota. Im Jahr 1867 wurden die Wahpeton gemeinsam mit den Sisseton in die Lake Traverse Reservation umgesiedelt. Seit dieser Zeit gibt es nur noch Bevölkerungszahlen, die beide Stämme einschließen. 1909 wurden 1.916 Stammesangehörige ermittelt und die Volkszählung 2000 ergab 5.115 Sisseton-Wahpeton.