Сразу после начала Великой Отечественной войны, в конце июня 1941 года, капитан С. Н. Гречко назначен заместителем начальника штаба 27-й истребительной авиационной дивизии Закавказского фронта. В конце августа 1941 года участвовал в операции по вводу советских войск в Иран.