Während der Novemberpogrome wurde sein Geschäft am 9. November 1938 verwüstet. Littner lebte fortan in einem Versteck, bevor er München am 1. März 1939 zunächst in Richtung Prag verließ. Als die Stadt wenig später von der Wehrmacht besetzt wurde und es zur Zerschlagung der Tschechoslowakei kam, floh er über Krakau schließlich ins Umland von Tarnopol, das im September 1939 zunächst von sowjetischen Truppen besetzt wurde. Nach dem Einmarsch der Wehrmacht in die Sowjetunion im Juli 1941 wurden Littner, seine Lebensgefährtin Janina Korngold und deren Sohn Richard mit rund 5000 weiteren Juden in einem von der SS eingerichteten Ghetto in der Kleinstadt Sbarasch zusammengefasst, aus dem ihnen im Juni 1943, unmittelbar vor dessen Liquidierung, die Flucht gelang. Gegen Bezahlung kamen sie bei einem polnischen Grundbesitzer unter und lebten bis zur Rückeroberung des Gebietes durch die Rote Armee im März 1944 versteckt in dessen Keller.