Înainte de a părăsi orașul după ce Congresul și-a suspendat lucrările în martie 1865, Stevens l-a îndemnat pe Lincoln să pună presiune militară mare asupra Sudului, deși războiul era pe sfârșite. Lincoln i-a răspuns: „Stevens, încercăm să prindem un mistreț mare și să-l și ținem după ce-l vom fi prins. Trebuie să avem grijă să nu ne scape”. El nu avea să se mai întâlnească cu Lincoln, și a plecat doar cu „o metafora familiară, dar fără certitudinea de a-și fi lăsat măcar o urmă asupra politicii lui Lincoln.” În seara zilei de 14 aprilie 1865, Lincoln a fost asasinat de simpatizantul confederat John Wilkes Booth. Stevens nu a participat la ceremonii când trenul funerar al lui Lincoln s-a oprit în Lancaster; se spunea că este bolnav. Trefousse specula că s-ar putea să fi evitat ceremoniile din alte motive. Potrivit biografului lui Lincoln, , Stevens ar fi stat la un pod de cale ferată și și-ar fi scos pălăria.