Po zavraždění novináře Jána Kuciaka neznámými pachateli dne 4. března 2018 vznikla na Slovensku politická krize; po velkých demonstracích obyvatelstva a v důsledku tlaku opozičních stran odstoupil ze své funkce nejprve ministr vnitra Robert Kaliňák a po dohodě s koaličními partnery strany SMER-SD podal dne 15. března 2018 premiér Robert Fico demisi celé své vlády. Následně prezident Andrej Kiska pověřil Pellegriniho sestavením nové vlády, kterou jmenoval 22. března 2018. Ve funkci byl do 20. března 2020, kdy po prohraných volbách podal do rukou prezidentky Zuzany Čaputové demisi své vlády. Následující den prezidentka jmenovala vítěze voleb Igora Matoviče novým premiérem.