Michael Fassbender naît d'un père allemand et d'une mère irlandaise, arrière-petite-neveu de Michael Collins, l'un des dirigeants de la Guerre d'indépendance irlandaise. Alors qu'il n'a que deux ans, ses parents, Josef et Adele, emménagent à Killarney dans le comté de Kerry en Irlande, pays dans lequel il grandit et fait ses études. Avec sa sœur, ils passent leurs vacances en Allemagne où ils apprennent à parler couramment la langue.