Nel 2018 prende parte al campionato mondiale giocato in Russia. L'Uruguay supera il negli ottavi, ma esce sconfitto ai quarti di finale contro la poi campione del mondo. Il 25 marzo 2019, in occasione della vittoria della "Celeste" contro la in amichevole, Godín diventa il calciatore con più presenze nella storia della nazionale uruguaiana. È convocato anche per la Coppa America del 2019 in Brasile, dove la "Celeste" viene eliminata ai quarti di finale contro il dopo i calci di rigore.