У той же час сербські православні єпархії в Боснії і Герцеговині залишалися під верховною церковною юрисдикцією Константинопольського патріархату, але після австро-угорської окупації (1878) цих провінцій місцеві єпархії отримали внутрішню автономію, регульовану Конвенцією 1880 р., підписаною представниками австро-угорської влади та Константинопольського патріархату. У південних єпархіях, що залишилися під османською владою, сербські митрополити були призначені до кінця XIX століття.