У 1907 році його призначили на службу у провінцію Сіньцзян. Згодом він став одноосібним лідером усунувши посади міністра Алтаю, радника Тарбагатая та генерала Ілі. Опорою влади Яна Цзенсіня була армія місцевих мусульман під керівництвом суфія Ма Юаньчжана. Після Синьхайської революції він укріпив свою владу, а повстання жорстко придушував за допомогою армії мусульманів. Його правління тримало регіон відносно мирним у порівнянні з іншими частинами Китаю, які були зруйновані війною . Однак він керував диктаторським режимом і стратив багатьох дисидентів. З іншого боку він знизив податки для казахів, уйгурів та інших меншин. Ян в значній мірі покладався на народ хуей — китайських мусульман — для забезпечення свого правління в Сіньцзяні. Їх не любили як ханьці, так і уйгури, оскільки вони мали високі посади в сіньцзянському уряді того часу.