Nach Antietam kämpfte Hill weiter als Divisionskommandeur unter Jackson, so zum Beispiel in der Schlacht von Fredericksburg. Während der Schlacht bei Chancellorsville übernahm er nach Jacksons Verwundung kurzzeitig den Befehl über das Korps, wurde aber selbst verwundet und übergab das Kommando an James Ewell Brown Stuart. Hill erholte sich schnell wieder von seiner Verwundung und wurde nach dem Tod von General Jackson am 24. Mai 1863 zum Generalleutnant befördert. Lee übergab ihm das neuaufgestellte III. Korps der Nord-Virginia-Armee, das er unter anderem in der Schlacht von Gettysburg, während des Mine-Run-Feldzuges 1863 und 1864 während Grants Überland-Feldzug und der Belagerung von Petersburg befehligte. Er soll einmal gesagt haben, dass er nicht den Wunsch habe, den Zusammenbruch der Konföderation zu erleben. Tatsächlich wurde er bei einem Ritt zur Front am 2. April 1865, als die Unionstruppen die Stellungen der Nord-Virginia-Armee vor Petersburg durchbrachen, von einer Kugel des Obergefreiten John W. Mauk vom 138. Pennsylvania-Infanterie-Regiment tödlich getroffen.