Als im Oktober 1638 Christopher Beeston starb, vermachte er seiner zweiten Frau Elizabeth und William das Theater, einige Grundstücke und die Geschäftsanteile an den Beeston’s Boys. Trotz tatkräftiger Unterstützung seiner Stiefmutter bewies William aber kein gutes Händchen in der Führung. So brachten seine Beeston’s Boys im Frühjahr 1640 ein Theaterstück auf die Bühne, welches beleidigende Inhalte gegenüber dem Umfeld von Königin Henrietta darbot. Namentlich sollen in der Aufführung – es wird vermutet, dass es sich um das Stück "The Court Beggar" von Richard Brome handelte – der Höfling und Poet John Suckling und William Davenant satirisch kritisiert worden sein. (Anderen Quellen zufolge soll die Niederlage des Königs bei der Niederschlagung der schottischen Presbyterianer im sogenannten Bischofskrieg 1639 Ziel des Spotts gewesen sein.) Obgleich Beeston seit Längerem den für das Theater- und Zensurwesen zuständigen Behördenleiter, Master of the Revels Henry Herbert, mit Zuwendungen bedachte (u. a. ein Paar Samthandschuhe für seine Frau zu 20 Schillingen) kam dieser nicht umhin, Beeston am 5. Mai 1640 ins Marshalsea-Gefängnis zu überstellen. Am 27. Juni 1640 setzte er per königlichem Dekret William Davenant, der sich zuvor schon vergeblich um einen Theaterneubau in der Fleet Street bemühte, als Leiter des Cockpit-Theaters ein. Jedoch war der königsergebene Davenant auch politisch recht umtriebig, plante sogar eine Gefangenenbefreiung und die gewaltsame Besetzung des Towers (siehe Army Plots (1641)) und hatte wenig Zeit für die Leitung des Theaters. Folgerichtig waren die Vorstellungen der Beeston’s Boys nicht so erfolgreich, wie unter ihrem Namensgeber. Die Behörden sahen dies natürlich nicht voraus. Als Davenant im Jahr darauf aus England fliehen musste, waren die Behörden gezwungen, William Beeston wieder einzusetzen. Gegen Kaution wurde dieser aus dem Gefängnis entlassen und übernahm wieder die Geschäfte des Phoenix (Cockpit).