ダバオは1937年3月16日に正式に市となった。しかし数年後、太平洋戦争の開戦で日本人社会はアメリカ領フィリピンの中で厳しい目にさらされ、日本人はフィリピン人やアメリカ人たちによって強制収容された。ミンダナオ島に日本軍が上陸し、日本の軍政が始まると日本人移民は解放され、逆に多くのフィリピン人が殺された。街の日本化が進む一方、アメリカによるフィリピン・コモンウェルス政府を通じた間接支配で事実上自治を手にしていたフィリピン人は日本人や日本軍に対して敵愾心を抱き、1944年にフィリピン奪回を開始したアメリカ軍を熱狂的に迎えゲリラ活動に参加した。ミンダナオ島の戦いでダバオ市、とりわけ日本人街ミンタルは最激戦地となった。日本軍と民間人は山岳部に退却したが、戦闘やゲリラ襲撃、病気や飢餓で山中を彷徨していた兵士・民間人数万人が死亡した。以後、生き残った日本人移民は抗日運動を恐れ日本人である証拠を消し、戦後相当の年月がたつまでフィリピン人としてひっそりと暮らすことになる。