Der Mosambikanische Bürgerkrieg führte schließlich mit fortschreitender Destruktion inländischer Verhältnisse doch zu einer Absenkung des Warenflusses von und zum Hafen. Nur kleine Mengen von Agrargütern wurden hier jährlich bis zu dessen Beendigung im Jahr 1992 verladen. Der jährliche Gesamtumschlag belief sich beispielsweise 1987 auf 750.000 Tonnen. Noch im Februar 1979 schloss Südafrika mit Mosambik ein Eisenbahnabkommen ab, womit die bereits praktizierten Wartungsleistungen der Eisenbahnstrecke und die gängige Unterstützung der Frachtverladeprozesse im Hafen Maputo durch südafrikanische Experten nachträglich signiert wurden. Aus diesem Anlass erklärten offizielle Vertreter Mosambiks in Johannesburg, dass „Maputo und Matola die beiden natürlichen Häfen“ von Transvaal seien.