Heuer Fernandes besitzt die deutsche und die portugiesische Staatsbürgerschaft. Sein erstes Spiel für die portugiesische U-21-Nationalmannschaft absolvierte er am 15. Oktober 2012 im Freundschaftsspiel in Moreira de Cónegos gegen die Ukraine. Im Sommer 2015 nahm er mit der portugiesischen U-21-Nationalmannschaft an der Europameisterschaft 2015 teil; er war als Spieler des VfL Osnabrück dabei der einzige Spieler im Turnier, der bei einem Drittligisten unter Vertrag stand. Als Ersatztorhüter erreichte Heuer Fernandes das Endspiel, das man nach Elfmeterschießen gegen Schweden verlor.