Podczas wojny sześciodniowej w 1967 roku wioskę zajęły wojska izraelskie. An-Nabi Samu’il znalazła się na okupowanym przez Izrael terytorium Zachodniego Brzegu Jordanu. W latach 70. XX wieku rozebrano większość tutejszych domów, a osadnicy żydowscy usiłowali przejąć pełną kontrolę nad grobowcem proroka Samuela. W wyniku zawartego w 1993 roku Porozumienia z Oslo, utworzono Autonomię Palestyńską. Wioska An-Nabi Samu’il weszła wówczas w skład "Strefy C", w której cywilną administrację oraz sprawy bezpieczeństwa sprawowali Izraelczycy. Po upadku w 2004 roku arabskiej intifady Al-Aksa, Izraelczycy przystąpili do tworzenia strefy buforowej oddzielającej ziemie gminy Jerozolimy od obszaru muru bezpieczeństwa, który oddziela terytorium Izraela od Autonomii Palestyńskiej. An-Nabi Samu’il znalazła się w obrębie tej strefy buforowej. Ze względów bezpieczeństwa wojskowego w wiosce zakazana jest działalność budowlana. Również swoboda działalności gospodarczej została bardzo mocno ograniczona. Wpłynęło to na sytuację mieszkańców, którzy żyją w ubóstwie. Wielu młodych mieszkańców wyjeżdża w poszukiwaniu pracy do pobliskiego miasta Ramallah. Władze izraelskie usprawiedliwiają swoją politykę twierdzeniem, że ich działania mają na celu zachowanie historycznego i religijnego charakteru An-Nabi Samu’il.