שֶר החליף את הולצנדורף כראש המטה הכללי של הצי ב-11 באוגוסט 1918, לאחר שהולצנדורף לקה בליבו; היפר החליף את שֶר בפיקוד על צי הים הפתוח. למרות המצב המחמיר והולך של גרמניה, וכניסתה של ארצות הברית למלחמה, התעקש שֶר על המשך לוחמת הצוללות נגד מדינות ההסכמה, בעיקר נגד בריטניה. הוא יזם תוכנית חירום לייצור 450 צוללות חדשות. ואולם, הלחץ האמריקני עשה את שלו, והקיסר הורה, ב-20 באוקטובר, להפסיק את לוחמת הצוללות. הנסיך מקס פון באדן, שהתמנה לקנצלר, שאף להגיע למשא ומתן מול ארצות הברית; שֶר הגיב באומרו: "הצי אינו זקוק לשביתת נשק". ואולם, ב-21 באוקטובר הורה שֶר לצוללות לחזור לנמליהן ולתקוף רק אוניות מלחמה של האויב.