W okresie dyskusji i działań władz austriackich na rzecz utrakwistyczności (dwujęzyczności) Uniwersytetu, Twardowski, który nie miał uprzedzeń antyukraińskich, był zdecydowanym rzecznikiem polskiego charakteru Uniwersytetu Lwowskiego. W latach 1900–1910 opublikował na ten temat dwa artykuły. Wśród jego uczniów, seminarzystów i doktorantów było jednak wielu Ukraińców, m.in. Stefan Baley. Podczas walk z Ukraińcami o Lwów w latach 1918–1919 uczestniczył w patrolowaniu ulic Lwowa.