V letech 1853 až 1949 byl kostel v držení Kongregace Šedých sester III. řádu sv. Františka, kterým byl po komunistickém puči zabaven a v době komunismu byl využíván jako skladiště a postupně chátral. V Bartolomějské ulici, nesoucí jméno kostela, v době totality sídlila nechvalně známá Státní bezpečnost, dnes je zde sídlo policie a kriminální policie.