W 1803 roku został generałem brygady. W tym czasie zajmował się zwalczaniem rojalistycznych spisków, m.in. Georges'a Cadoudala, przywódcy szuanów, którzy zamierzali w zamachu bombowym zabić Bonapartego. W 1804 Savary, na rozkaz Bonapartego, był jedną z osób bezpośrednio zaangażowanych w porwanie i egzekucję księcia Ludwika d’Enghien, pochodzącego z rodu Kondeuszy, spokrewnionego z rodziną Burbonów, rzekomo zamieszanego w spisek przeciwko Bonapartemu. 1 lutego 1805 Savary został mianowany generałem dywizji. Podczas kampanii w 1805 roku walczył pod Austerlitz. Tuż przed bitwą pod Austerlitz, Napoleon wysłał Savary'ego z misją do cara Aleksandra I, dowodzącego wojskami rosyjskimi. Savary przez trzy dni przebywał w obozie rosyjsko-austriackim, dzięki czemu uzyskał i przekazał informacje o stanie wojsk nieprzyjaciela.