Etter angrepet på Norge 9. april 1940 fortsatte legasjonen sin virksomhet. Minister Scheel anbefalte det ikke ble gjort væpnet motstand. Den 13. april var Scheel i møte med Hitler og utenriksminister Joachim von Ribbentrop. Den 19. april ble Norges minister bedt om å forlate Tyskland og legasjonens virksomhet opphørte. Scheel reiste da tilbake til det okkuperte Norge.