Après cette bataille, Juin repousse les Allemands de la tête de pont sur le fleuve Garigliano et descend dans la plaine avec ses troupes. Il prend une part active dans l'offensive sur Rome, bien que lui-même eût préféré rechercher une bataille d'anéantissement des Allemands plus à l'Est. Il libère dans les premiers jours de juin, les faubourgs orientaux de la Cité éternelle et entre dans la capitale aux côtés de Clark. Puis, Juin prend Sienne. En , appelé à Alger comme chef d'état-major de la Défense nationale, il transmet le commandement de ses troupes au général de Lattre, qui les conduira durant le débarquement de Provence. En tant que chef d'état-major (il le restera jusqu'en 1947), il est en communication avec de Gaulle et avec le Quartier général des forces alliées en Europe (Supreme Headquarters Allied Expeditionary Force ou SHAEF) bien que le général Koenig soit le principal représentant français au SHAEF. Le , il entre aux côtés du général de Gaulle dans Paris libéré.