Efter Bysantinska rikets sönderfall kom staden under olika herrar. Under namnet "Scutari" tillhörde staden 1396-1479 republiken Venedig, därefter Osmanska riket. Den albanska folkstammen Bushati gjorde staden självständig år 1760. Efter 1831 undertryckte Osmanska riket dess självständighet och gjorde Shkodra till huvudstad i vilajeten med samma namn. Efter att Prizrenligan nedkämpats 1881, spelade Shkodra en framträdande roll under den albanska frihetsrörelsen. Under ledning av kung Nikolaus intog Montenegro Shkodra 22 april 1913 under Andra Balkankriget, men efter starka påtryckningar från stormaktshåll tvingades den montenegrinska armén att utrymma staden redan 9 maj. Skhodra kom därmed att tillhöra det nybildade Albanien.