В ноябре 1861 года был назначен ассистентом инспектора в ранге майора, прослужил несколько месяцев под Вашингтоном и в июле 1862 года стал бригадным генералом волонтеров. В том году он получил своё первое назначение: командиром кавалерийской бригады во втором корпусе Вирджинской армии. Он участвовал во втором сражении при Бул-Ран, где лично водил бригаду в атаку и получил несерьезное ранение в колено. Некоторые газеты даже сообщили о его смерти. После выздоровления он вернулся в армию и был определён на штабную должность, хотя стремился к полевой службе. Во время Мэрилендской кампании Бьюфорд участвовал в сражениях у южной горы и Шарпсберга, передав штабную должность Джорджу Стоунману. Когда командиром Потомакской армии стал Джозеф Хукер, он направил Бьюфорда в 1-ю дивизию кавалерийского корпуса, где Бьюфорд стал командовать резервной бригадой.