Durante la Copa Confederaciones de 2009, Onyewu formó en la defensa junto con Jay DeMerit debido a la lesión de su habitual compañero, Carlos Bocanegra, quién no pudo jugar la fase de grupo. Onyewu jugó bien contra , ayudando a EE. UU. a vencer por 3-0 y dándole así la clasificación a la semifinal. También tuvo una notable actuación en la victoria 2-0 sobre en la semifinal.