Bei der Mobilmachung anlässlich des Zweiten Weltkriegs wurde Schroeter im Sommer 1939 an die Westfront versetzt. Zum Ende des Frühjahrs 1940 führte er das Infanterieregiment 482 dann im Divisionsverband in den Westfeldzug. Ab September 1940 wurde sein Regiment zur Besetzung Polens eingesetzt. Zum Sommerbeginn 1941 führte er sein Infanterieregiment im Ostfeldzug beim Angriff auf Südrussland. Am 24. Dezember 1941 wurde ihm das Deutsche Kreuz in Gold verliehen. Zum 1. Januar 1942 wurde er zum Generalmajor befördert und am 22. April 1942 als Nachfolger von Generalleutnant Friedrich von Amann zum Kommandanten von Breslau ernannt. Nach den Ereignissen während des Attentats vom 20. Juli 1944 auf Adolf Hitler musste er am 25. Juli 1944 sein Kommando abgeben. Er wurde auf Anordnung von Heinrich Himmler und Gauleiter Karl Hanke verhaftet und zur Festung Germersheim gebracht.