Донован је најбољи стрелац свих времена репрезентације САД-а, постигао је 57 голова и дели прво место са Клинтом Демпсијем. Дебитовао је за А репрезентацију 25. октобра 2000. у мечу против Мексика и постигао погодак. Учествовао је на Светском првенству 2002. године, где је постигао два гола и био најбољи млади играч турнира. Учествовао је и на Светским првенствима 2006. и 2010. године. Одиграо је своју 100. репрезентативну утакмицу, 8. јуна 2008. године, са само 26 година. Укупно је наступио 157 пута за селекцију САД.