בעונת , תחת סאקי, זכתה מילאן באליפות איטליה, הראשונה בקריירה של מסארו. מסארו אמנם רשם כמות גבוהה של הופעות ליגה, אך תופקד מחוץ לעמדתו הטבעית, מה שהוביל לחילוקי דעות טקטיים בין החלוץ למאמן, שלא האמין ביכולותיו של מסארו. חילוקי הדעות הובילו את מסארו לעונת השאלה ברומא. הוא שב למילאן בתום עונה אחת, והחל להשתלב בצורה טובה יותר בהתקפת הקבוצה. בעונת החזרה שלו, , זכה עם מילאן בגביע אירופה לאלופות, לאחר שנכנס כמחליף בדקה ה-75 של משחק הגמר מול בנפיקה ליסבון, זכייה שהובילה גם לזכיות בתוארי הסופר קאפ האירופי והגביע הביניבשתי. לאחר עונה נוספת תחת סאקי, הגיע לקבוצה המאמן פאביו קאפלו. יחד איתו זכו מסארו ומילאן בשלוש אליפויות רצופות. כמו כן, הגיעה הקבוצה שלוש פעמים ברציפות לגמר ליגת האלופות. בגמר ליגת האלופות 1993 נוצחה מילאן, עם מסארו בהרכב, בתוצאה 1-0 על ידי אולימפיק מרסיי. אחד ממשחקי השיא של מסארו בקריירה היה גמר ליגת האלופות 1994, בו הביסה מילאן 4-0 את ברצלונה. מסארו כבש את שני שעריה הראשונים של קבוצתו במשחק, וקבע את תוצאת המחצית על יתרון 2-0 לקבוצתו. גמר ליגת האלופות 1995 היה היחיד מבין שלושת הגמרים בו מסארו לא סיים את המשחק, לאחר שהוחלף בדקה ה-88 של ההפסד 1-0 לאייאקס אמסטרדם. לאחר שש שנים בקדנציה השנייה שלו, ושמונה שנים סך הכל, במדי מילאן, סיים מסארו בן ה-34 את דרכו בקבוצה. מסארו רשם 306 הופעות במדי מילאן בכל המסגרות, בהן כבש 70 שערים.