South Mountainin taistelun jälkeen Lee ylennettiin prikaatikenraaliksi. Hän taisteli Antietamin taistelussa serkkunsa Fitzhugh Leen alaisena. Hän komensi 3. prikaatia Stuartin ratsuväendivisioonasta Fredericksburgin ja Chancellorsvillen taisteluissa. Hän haavoittui Brandy Stationin taistelussa Gettysburgin kampanjan alussa ja jäi Unionin joukkojen vangiksi Hickory Hillissä Virginiassa kaksi viikkoa myöhemmin ollessaan toipumassa.