A universidade foi fundada em 1943 como uma instituição jesuíta pela hierarquia católica, mas com significativa ajuda do reitor da Universidade Nacional Autónoma de México, Rodolfo Brito Foucher. Brito Foucher, advogado e chefe da faculdade de Direito da UNAM antes de se tornar reitor, era de opinião que isso não era contrário à Constituição da proibição de 1917 do envolvimento católico na educação, uma vez que o artigo não especificava o ensino superior, mas apenas o ensino fundamental e médio. Um grupo-chave na fundação da Ibero foram ex-ativistas estudantis da Unión Nacional de Estudiantes Católicos (UNEC). A fundação ocorreu no momento em que as relações Igreja-Estado no México haviam melhorado no final dos anos 1920, durante a Guerra Cristera, e nos anos 30, quando o governo tentou implementar a educação voltada para o socialismo nas universidades mexicanas.