Posilování vlivu armády způsobily také bombové útoky perónistických skupin, které začaly v roce 1959. Frondizi následně přenechal rozhodování a trestání těchto útoků na armádě. Na začátku roku 1959 se uskutečnila Kubánská revoluce, když komunističtí povstalci svrhli proamerickou vládu. Frondizi se krátce po revoluci setkal s čelným představitelem Kubánské revoluce a argentinským občanem Che Guevarou. To se však vůbec nelíbilo armádě, která už jen čekala na záminku k odstranění prezidenta. Následně během zasedání Organizace amerických států se argentinská delegace vyslovila proti vyloučení Kuby, což však armáda považovala za jasný signál komunistické kontrarevoluce. Aby Frondizi zabránil hrozícímu zásahu armády, přerušil diplomatické styky s Kubou. V roce 1962 se měly uskutečnit volby. Frondizi chtěl povolit účast perónistů, protože byl přesvědčen, že je porazí. Sice tyto volby vyhrál, ale pouze těsně a perónisté získali několik provincií.. To vzbudilo nelibost armády, která požadovala zrušení výsledků voleb v provinciích, kde perónisté vyhráli. Zároveň vyslali do těchto provincií vojenské jednotky. Prezident Frondizi podlehl tlaku armády a vojenské přesuny schválil. Dne 28. března 1962 vyzvali členové generálního štábu armády prezidenta Frondiziho k rezignaci. Ten ji odmítl, armáda tak druhý den oficiálně prohlásila, že prezidenta sesadila. Ještě týž den byl Frondizi umístěn do vězení na ostrov Martín García.