Pereira teki ensiesiintymisensä Uruguayn maajoukkueessa 26. lokakuuta 2005 ystävyysottelussa Meksikoa vastaan. Tämän jälkeen hän on edustanut maajoukkuetta muun muassa vuosien 2010, 2014 ja 2018 MM-kilpailuissa sekä vuosien 2007, 2011, 2015 ja 2016 Copa Américassa.