Après la paix connue sous l’Union ibérique, Olivenza renoue avec une période conflictuelle dans le cadre de la guerre de Restauration portugaise de 1640. Conquise en 1657 par le duc de Saint-Germain, après quatre tentatives infructueuses, Olivence revient au Portugal avec la signature du traité de Lisbonne de 1668, qui reconnaît officiellement l’indépendance de ce royaume.