Après la guerre, Canby commande divers départements militaires, restant en fonction en Louisiane de 1864 à ; au département de Washington (c'est-à-dire Delaware, Maryland, le District de Columbia, et Alexandria et le comté de Fairfax en Virginie) de à , quand il est assigné au commandement du deuxième district militaire, comprenant Caroline du Nord et du Sud. En , il reprend brièvement son poste à Washington, mais part pour le cinquième district dès novembre. Là, il se concentre surtout sur la reconstruction du Texas. Il quitte le Texas pour la Virginie, le premier district militaire, en , et y demeure jusqu'en juillet 1870. Chacun de ces postes a lieu pendant la Reconstruction et met Canby au centre des conflits entre Républicains et Démocrates, Blancs et Noirs, gouvernements des États et gouvernement fédéral. De nouvelles constitutions sont soit en train d'être écrites, soit en train d'être ratifiées ou appliquées dans chacun des districts qu'il doit commander et il ne peut éviter d'offenser l'un ou l'autre camp, et souvent les deux. Pourtant, Charles W. Ramsdell qualifie Canby de . Même des opposants politiques, comme le gouverneur de la Caroline du Nord, Jonathan Worth admet que Canby est sincère et honnête.