16 января 1945 года вслед за Гитлером переехал в Фюрербункер. После того как его начальник покончил с собой, 2 мая в составе группы покинул рейхсканцелярию. Совершил самоубийство вместе с доктором Людвигом Штумпфеггером на мосту близ Лертского вокзала. За военные преступления и преступления против человечества на Нюрнбергском трибунале был заочно приговорён к смертной казни через повешение. В 1972 году при ремонте дороги были обнаружены останки Бормана. Экспертиза ДНК, проведённая в 1998 году, окончательно доказала, что это труп Бормана.