Luego de pelear bajo el mando del conde de Tilly contra Cristián IV de Dinamarca y tomar la ciudad de Wolfenbüttel pensó que como recompensa obtendría Brunswick-Wolfenbüttel, cosa que no sucedió. En 1628 obtendría el título de conde. Estuvo presente en el saqueo de Magdeburgo, donde sería acusado junto al conde de Tilly de mostrar una excesiva crueldad. Sin embargo sería derrotado junto a Tseracles en la batalla de Breitenfeld por Gustavo Adolfo II y poco a poco los católicos perderían terreno ante los protestantes, sin embargo Pappenheim lograría recuperar el sur del Rin y del Wesser actuando con cautela en gloriosas operaciones militares, la captura de esas áreas fueron catastróficas para el rey sueco, puesto que necesitaba las zonas propiamente dichas para recibir más refuerzos. Esos hechos convertirían así a Gottfried von Pappenheim, un simple conde alemán, en la peor pesadilla de Gustavo Adolfo II de Suecia, quien poseía el ejército más potente de Europa en esos años.