Comme c'était prévisible, la répression du soulèvement de Lyon, dirigée en septembre par Collot d'Herbois puis Fouché, fut atroce et inaugura les grandes saignées de la Terreur. Dans la presse internationale, dans les chancelleries, la France fut mise à l'index des pays civilisés et personne pas même les neutres (Suède ou Turquie) n'ose entreprendre de reconnaître la "république de Marat".