بحران دریاچه‌های بزرگ پناهندگان () نام مشترکی است برای بیان وضعیتی که در اواخر ۱۹۹۴ بدنبال خروج حدود دو میلیون نفر از قبیله هوتو به کشورهای همسایه رخ داد. در این بحران آمار بالایی از قبیله هوتو، از میان غیرنظامیان و کسانی که در نسل‌کشی رواندا نقش داشتند، به کشورهای همسایه و جمهوری دموکراتیک کنگو که آن زمان زئیر خوانده می‌شد پناه بردند.