Буниа находится в центре Итурийского конфликта между местными нилотами ленду (FNI — Фронт националистов и интеграционистов) и банту хема (UPC — Союз конголезских патриотов). Во время Второй конголезской войны в городе неоднократно случались военные столкновения между ополчением и силами Уганды, в результате чего отмечалось большое количество жертв среди гражданского населения Буниа. В городе была открыта миссия ООН (одна из крупнейших штаб-квартир на северо-востоке ДРК). В качестве основной причины конфликтов в Буниа называют наличие в области богатых золотых приисков.