当舰队大部受到混乱的困扰时，海军准将安德烈亚斯·米歇尔森组织了一个集群，将攻击任何企图在舰队混乱期间占便宜的英国人。他拼凑了大约60艘舰船，其中包括柯尼斯堡号和其它几艘小巡洋舰。11月9日，有关英国人在活动的报告促使柯尼斯堡号和几艘小巡洋舰进行了扫荡。在报道被证实有误之后，区舰队回到了博尔库姆，并在那里得知了德皇退位的消息。当终结战事的《康边停战协定》签署后，柯尼斯堡号搭载着海军少将前往斯卡帕湾，与大舰队总司令、海军上将戴维·贝蒂就德国舰队的拘禁地点展开磋商。该舰悬挂白旗，于11月15日抵达斯卡帕湾。一致认可的安排是公海舰队先在北海与协约国联合舰队会合，然后前往福斯湾，继而再转移至斯卡帕湾——它们将被拘禁在那里。公海舰队的大部分舰只，包括柯尼斯堡号的姊妹舰卡尔斯鲁厄号、埃姆登号和纽伦堡号，都在罗伊特的指挥下被关押在斯卡帕湾的英国海军基地。但柯尼斯堡号却留在了德国，在舰队被关押之前，莫伊雷尔已从与贝蒂的谈判中返回。1919年6月21日，罗伊特下令凿沉了舰队。