Ursprünglich "Nioac" geschrieben, einem Wort aus den Tupí-Guaraní-Sprachen, wurde die am Rio Nioaque gelegene, entweder am 22. April oder 22. Mai 1848 gegründete "Vila de Nioac" in Nioaque umbenannt. Im Mato-Grosso-Feldzug wurde der Ort durch paraguayische Truppen erobert.