Nel maggio 2016 interpreta per la terza volta il ruolo di Magneto nella pellicola "X-Men - Apocalisse", diretto da Bryan Singer e secondo film della trilogia prequel degli X-Men. Nel mese di settembre esce nelle sale il film "La luce sugli oceani", adattamento dell'omonimo romanzo di M. L. Stedman, di cui è protagonista assieme alla fidanzata Alicia Vikander e a Rachel Weisz, le cui riprese si sono svolte nell'autunno del 2014. Il film viene presentato in concorso alla 73ª Mostra internazionale d'arte cinematografica di Venezia. Nello stesso anno è protagonista del film "Codice criminale", presentato al Toronto International Film Festival, dove interpreta il ruolo Chad Cutler, uomo proveniente da una famiglia malavitosa ma che fa di tutto per abbandonare la sua vecchia vita e offrire un futuro diverso ai suoi figli. Grazie a questo ruolo ha ottenuto una nomination come miglior attore ai British Independent Film Awards. Inoltre è stato il protagonista del film "Assassin's Creed" accanto a Marion Cotillard uscito il 21 dicembre 2016 nelle sale americane. La pellicola non ebbe molto successo, incassando 240 milioni di dollari a fronte di un budget di produzione di 125 milioni.