El castillo Nagahama fue construido entre 1575 y 1576 por Toyotomi Hideyoshi en un poblado llamado Kunitomo, renombrando el área como Nagahama. Después de la Batalla de Shizugatake de 1583, Yamanouchi Kazutoyo tomó el control del castillo y fue reemplazado por Naito Nobunari después de la Batalla de Sekigahara del año 1600. En 1615, el castillo fue demolido y muchas de sus construcciones se utilizaron en la edificación del castillo Hikone.