Avec l'équipe d'Espagne des moins de 17 ans, Manu Morlanes inscrit un doublé contre la Pologne en , lors des éliminatoires du championnat d'Europe des moins de 17 ans. Il est ensuite sélectionné afin de participer à la phase finale du Championnat d'Europe 2016 des moins de 17 ans qui a lieu en Azerbaïdjan. Il est titulaire et même capitaine lors de cette compétition. Il s'illustre en délivrant deux passes décisives, face à l'Italie lors du premier tour, puis face à l'Angleterre en quart de finale. L'Espagne se hisse jusqu'en finale, en étant battue aux tirs au but (6-5) par le Portugal, après que les deux équipes se soient neutralisés (1-1).