Статус автокефалии де-факто имеет с 1448 года, когда собор в Москве поставил на Русскую митрополию (с центром в Москве) рязанского епископа Иону без санкции Константинополя, заключившего унию с Римом. Хотя формально вхождение в состав Константинопольской патриархии было восстановлено после изгнания в 1453 году османами униатов из Константинополя, с 1448 по 1589 год Русская православная церковь (без Киевской митрополии) управлялась фактически независимыми митрополитами. Начиная с царствования Иоанна III, в Русском государстве была принята концепция, согласно которой вследствие духовного (из-за Ферраро-Флорентийской унии) упадка и гибели Византии единственным оплотом вселенского православия становилась Москва, которая получала достоинство «Третьего Рима». В несколько модифицированном виде эта идея была формально закреплена в "Уложенной Грамоте" 1589 года от имени Константинопольского Патриарха Иеремии II. В 1589—1593 годах Московские митрополиты получили достоинство Патриархов и окончательное признание автокефалии от восточных патриархов. При этом Московский патриархат был вынужден признать отделение от него Киевской митрополии, которая сохранила свое прежнее положение как часть Константинопольского патриархата. Эти принципы, установленные Московским собором 1589 года с участием Патриарха Константинопольского Иеремии, были затем подтверждены Константинопольскими всеправославными Соборами 1590 и 1593 годов.