שנה אחרי השתחררותה של גאורגיה מברית המועצות ב-1991, סמגרלו הפך למוקד מלחמת אזרחים. הסיבה לכך הייתה תמיכתם הגורפת של תושבי החבל בנשיא זוויאד גמסחורדיה, מגרלי במוצאו, שהודח על ידי אופוזיציה חמושה בגלל מאמציו לריכוז בלתי-חוקתי של סמכויות. גם אחרי שתומכיו המגרלים והלאומנים הובסו בסיוע הצבא הרוסי, סמגרלו היה אזור פורע-חוק במהלך כל תקופת נשיאותו של אדוארד שוורדנדזה (1992–2003). מה שהוסיף למתח הפוליטי הייתה העובדה, שמלחמת אזרחים נוספת שהתנהלה באבחזיה מיד עם העצמאות הגאורגית גרמה לעקירתם של כ-200,000 גאורגים מן החבל הבדלני, מרביתם מגרלים. הזעם על מה שנתפש כטיהור אתני של אחיהם הצטרף לאידאולוגיה הגאורגית-הלאומנית של הנשיא המודח בן-החבל והקשה על השלטת סדר בסמגרלו. נשיאה השלישי של גאורגיה, מיכאיל סאקשווילי, שהבטיח לפתור את הסכסוך עם האבחזים בדרכי שלום, אף נאלץ ב-2004 לפרוק מנשקן קבוצות מיליטנטיות של מגרלים, שניסו לנהל מלחמת גרילה נגד הבדלנים מן החבל השכן על ידי חדירות מסמגרלו.