Kun Itävalta oli 1938 liitetty natsi-Saksaan, Alma ja juutalainen Werfel joutuivat lähtemään Itävallasta Ranskaan. He asuivat Sanary-sur-merissä Ranskan Rivieralla kesästä 1938 kevääseen 1940. Kun Saksa oli hyökännyt Ranskaan ja miehittänyt sen ja juutalaiset ja poliittiset vastustajat oli viety keskitysleireille, Alma ja hänen miehensä eivät enää olleet turvassa Ranskassa, joten he yrittivät varmistaa pääsyn Yhdysvaltoihin. Heihin otti Marleille'ssa yhteyttä yhdysvaltalainen toimittaja Varian Fry, joka edusti yksityistä amerikkalaista järjestöä, joka avusti monien älymystön jäsenten ja taiteilijoiden pakenemista maasta. Fry järjesti Alman ja Franzin jalkapatikassa Pyreneiden yli Espanjaan, jotta he välttyisivät kohtaamasta ranskalaisia rajaviranomaisia, koska tarpeellisten maastapoistumislupien saanti osoittautui mahdottomaksi. Espanjasta he siirtyivät Portugaliin ja nousivat siellä New Yorkiin lähtevään laivaan. He asettuivat lopulta Los Angelesiin, jossa jo hiukan kirjailijana Yhdysvalloissa mainetta saanut Werfel nousi valtavaan suosioon romaanillaan "Das Lied von Bernadette", josta tehtiin elokuva Bernadetten laulu pääosassa Jennifer Jones. Werfel oli kärsinyt sydänvaivoista koko maanpakolaisuusajan ja kuoli sydänkohtaukseen Kaliforniassa 1945. Alma sai Yhdysvaltojen kansalaisuuden 1946. Myöhemmin hän muutti New Yorkiin, jossa hän oli tunnettu kulttuuripersoona kuolemaansa asti vuoteen 1964.