Las relaciones volverían a ser tensas en 1978 cuando el presidente Rodrigo Carazo Odio (1978-1982) permitió a los sandinistas operar en el norte del país en su lucha contra Anastasio Somoza Debayle. Durante la presidencia de Luis Alberto Monge Álvarez (1982-1986) los papeles se invertirían y ahora las tensiones serían a raíz de que Monge permitió a contrarrevolucionarios nicaragüenses operar en el país en su lucha contra el gobierno sandinista. Durante la primera presidencia de Óscar Arias Sánchez (1986-1990) iniciaría el proceso de paz en Centroamérica con reuniones de los presidentes de los cinco países centroamericanos, incluyendo a Daniel Ortega, a pesar de las presiones de Washington y Londres porque fuera excluido. Gracias a esto se puso fin a la guerra mediante el Acuerdo de Esquipulas.