"Anomalisa" dinominasikan untuk Film Fitur Animasi Terbaik (Oscar) (film berrating R pertama yang dinominasikan), Film Fitur Animasi Terbaik (Golden Globe), dan lima Annie Awards. Film tersebut menjadi film animasi pertama yang memenangkan Penghargaan Juri Besar di Festival Film Internasional Venesia ke-72, setelah tayang perdana di Festival Film Telluride pada 4 September 2015.