שקיעתו של המנזר החלה זמן קצר לאחר טבח כיוס ב-1822 במהלך מלחמת העצמאות היוונית. המנזר נבזז, ומאז לא חזר לגדולתו. ב-1881 נגרם לכנסייה הראשית נזק נוסף כתוצאה מרעידת אדמה, ובעקבות זאת קרסה הכיפה, בעוד שבניינים אחרים, כגון מגדל הפעמונים מ-1512, חרבו. בעקבות מחסור בנזירים הפך נאה מוני למנזר המיועד לנזירות ב-1952. לפי מפקד אוכלוסין שנערך ב-2001 המנזר היה מאוכלס על ידי שלוש נזירות בלבד.