În august 2009, Robben a fost cumpărat de Bayern München pentru 25 de milioane de euro, marcând două goluri la debut. În primul sezon jucat pentru echipa bavareză a reușit să câștige primul titlu în Germania, fiind al cincilea campionat câștigat de Robben în opt ani, el marcând în același sezon și golul câștigător al Finalei Ligii Campionilor 2013. Pentru performanțele reușite la Bayern în primul sezon, Robben a fost numit Fotbalistul Anului în Germania. În 2014, Robben a fost numit al patrulea cel mai bun fotbalist din lume de ziarul "The Guardian".