In 1874, toen Ohiyesa 15 jaar was en hij zich gereed maakte om op oorlogspad te gaan en de dood van zijn vader te wreken, werd het resterende gezin zo onverwacht herenigd. Met zijn vader en oudere broer John verhuisde hij naar een grote boerderij in North Dakota, waar een gemeenschap van gekerstende indianen was ontstaan. Zijn vader stond erop dat de jonge Charles kennis zou maken met de cultuur van de blanken. Zijn eerste onderwijs kreeg hij op de Flandreau Santee Normal Indian School van een presbyteriaanse missionaris. Hij won een studiebeurs voor een opleiding aan een college in Wisconsin, en koos voor een carrière als medicus als "the best way to be of service to my race". Hij deed eindexamen op Dartmouth College in 1887 en behaalde een medische graad aan de Boston University in 1889. In 1890 was Eastman de enige dokter die beschikbaar was voor de gewonden van het Bloedbad van Wounded Knee.