かくして多難な幕開けとなった共和国だが、クロムウェル率いるニューモデル軍はほとんどの敵を排除していった。まず5月に平等派の反乱を鎮圧、続いて8月にアイルランド侵略を行い虐殺を伴う苛烈な進軍で王党派を含む反対派を蹴散らした。1650年6月にクロムウェルは議会の命令でイングランドへ帰国するとフェアファクスに代わりニューモデル軍司令官となり、今度は7月にチャールズ2世と組んだスコットランドへ遠征（）、9月3日のダンバーの戦いでスコットランドに大勝、翌1651年9月3日のウスターの戦いでも決定的勝利を飾りチャールズ2世を亡命に追いやった。こうして外敵をほぼ排除したクロムウェルはロンドンに凱旋、共和国は一応安定を得た。