14 января 2017 года он забил гол в ворота «Лас-Пальмаса», этот соперник стал 35-й командой, в ворота которой Месси забивал в рамках чемпионата Испании — Лионель сравнялся с рекордом Рауля. 4 февраля Месси забил свой 27-й гол со штрафного удара за «Барселону», что позволило аргентинцу обойти рекорд Рональда Кумана как самого результативного исполнителя штрафных ударов в клубе. 23 апреля в матче Примеры Лионель забил два мяча в ворота мадридского «Реала», благодаря чему «сине-гранатовые» победили со счётом 3:2. Победный гол Месси стал для него 500-м за «Барселону» в официальных играх. Во время своего празднования аргентинец снял свою футболку и показал её разгневанным фанатам «Реала» — его фамилия и номер были обращены к трибунам. 27 мая аргентинец забил гол в финале Кубка Испании, что помогло «Барселоне» одержать победу над «Алавесом» со счетом 3:1. Лионель Месси завершил сезон 2016/17, имея в своём активе 54 гола и 16 голевых передач во всех турнирах, а 37 его голов в чемпионате Испании позволили Месси в четвёртый раз получить «Золотую бутсу» и трофей Пичичи.