Чаще в сборной Каньисарес был вторым вратарём. Из 45 своих матчей за «красную фурию» лишь 5 он сыграл на мировых и европейских первенствах. Один матч Сантьяго провёл на чемпионате мира 1994, 3 на Евро-2000 и ещё один на чемпионате мира 2006 года. Также он был включён в заявку на Евро-1996, чемпионат мира 1998 года и Евро-2004, но ни одного матча на этих турнирах не сыграл — в 90-х был дублёром Субисарреты, в 2004 — Касильяса.