Nach weiteren Einfällen in Schottland erlitt ein starkes englisches Heer am 27. Februar 1545 in der Schlacht bei Ancrum Moor eine vernichtende Niederlage gegen Arran. Im nächsten Jahr suchte Heinrich VIII. den Kardinal Beaton beseitigen zu lassen, der dann auch am 29. Mai 1546 von jungen Adligen ermordet wurde. Ein Anhänger Maries, George Gordon, 4. Earl of Huntly, wurde Beatons Nachfolger als schottischer Lordkanzler. Trotz des am 28. Januar 1547 erfolgten Todes Heinrichs VIII. ging der schottisch-englische Konflikt weiter und der mittlerweile zum Lordprotektor und Herzog von Somerset erhobene Edward Seymour fügte Arrans Heer am 10. September 1547 die schwere Niederlage bei Pinkie Cleugh zu. Die Engländer besetzten anschließend große Teile Südschottlands und rückten nach Stirling Castle vor, um die Auslieferung Maria Stuarts zu erzwingen. Diese wurde allerdings auf Anordnung ihrer Mutter in das Kloster Inchmahome Priory auf einer Insel im Lake of Menteith in Sicherheit gebracht.