После инцидента Керри вернулся в Индиану и продолжил учёбу. В 1979 году он участвовал в в Форт-Лодердейле, где поставил новые рекорды Австралии на дистанциях 100 и 200 м на спине с результатами 56.50 и 2:02.61 соответственно. Он стал недоволен работой своего тренера Дока Консилмэна, который, по его ощущениям, больше сосредоточился на делах бизнеса, чем на спорте. Вскоре Марк перевёлся в Университет Южной Калифорнии, в котором тренировался под руководством наставника Джона Нэйбера . Представляя свой новый университет, Керри выиграл золотую медаль на Универсиаде-1979 на дистанции .