Il 10 ottobre 1947 si aprì a Norimberga il processo contro il RuSHA e il Lebnsborn che durò sino al marzo 1948. Gregor Ebner fu accusato di crimini contro l'umanità, crimini di guerra, e dell'adesione a un'organizzazione criminale. Riconosciuto colpevole per il terzo capo d'imputazione fu condannato a due anni e otto mesi di reclusione.