Bei den Deutschen Meisterschaften 2019 wiederholte die Thüringer Staffel mit Fratzscher ihren Vorjahreserfolg. Im ersten Rennen des &lt;a href="IBU-Cup%202019/20"&gt;IBU-Cups 2019/20&lt;/a&gt; feierte er im Sprint in Sjusjøen seinen zweiten Karrieresieg. Auch in den beiden weiteren Rennen dort erreichte er das Podium. Bei der übernächsten IBU-Cup-Station in Obertilliach wurde er im Kurzen Einzel Zweiter und siegte gemeinsam mit Stefanie Scherer in der Single-Mixed-Staffel. Fratzscher ging als klar Führender der Gesamtwertung in die Weihnachtspause und wurde wie im Vorjahr für den Weltcup in Oberhof im Januar nominiert, wo er mit erneut vier Schießfehlern nur Platz 86 erreichte. Zurück im IBU-Cup wurde er mit der deutschen Mixed-Staffel Zweiter in Osrblie. Im Februar in Martell erreichte er drei weitere Einzel-Podeste und zwei weitere Top-10-Platzierungen. Die kurzfristig erneut nach Minsk verlegten Europameisterschaften 2020 verliefen wieder weniger gut, Fratzscher konnte keine Medaille erreichen. Beim anschließenden IBU-Cup-Finale an gleicher Stelle gelangen ihm in beiden Sprints Ergebnisse unter den besten zehn. Mit einem 13. Platz im abschließenden Massenstart konnte er seine Führung in der Gesamtwertung mit nur einem Punkt Vorsprung vor Endre Strømsheim verteidigen und sich die große Kristallkugel sichern. Zusätzlich gewann er die Sprintwertung. Daraufhin wurde er für den Weltcup in Kontiolahti nominiert, wo er allerdings in Sprint und Verfolgung keine Punkte erreichte. Das anschließende Saisonfinale in Oslo wurde aufgrund der COVID-19-Pandemie ersatzlos gestrichen.