През март 1906 г. Атанас Саев е арестуван и е осъден на 101 години затвор. Изпратен е на заточение на остров Родос. След Хуриета от юли 1908 година е амнистиран и се завръща в Македония, като отново става учител, първоначално в село Моноспитово (1908 - 1909), Струмишко, а после и в град Мехомия (1909 - 1910). Участва в Балканската война (1912-1913) и Междусъюзническата война (1913) като доброволец в Македоно-одринското опълчение. Взима участие и в Първата световна война (1915 – 1918).