Le , Malinine fut distingué par le titre de Héros de l'Union soviétique. Il fut ensuite chef d'état-major du Groupe des forces soviétiques en Allemagne jusqu'en 1948, puis chef d'état-major de l'Armée soviétique. De 1950 à 1952, il servit comme inspecteur en chef adjoint, puis inspecteur en chef de l'Armée. Il s'éleva ensuite au rang de premier vice chef d'état major des Forces armées soviétiques, un poste qu'il conserva jusqu'à sa mort, en 1960. À ce titre, il participa à l'écrasement de la révolution hongroise de 1956. Le , il fut promu au grade de général d'armée.