El malestar causado por la privatización casi destruye a Chubáis: después del revés que significó para el gobierno las elecciones parlamentarias de 1995, Yeltsin lo despidió. Sin embargo, a las puertas de las elecciones presidenciales de 1996, decidió nombrarlo como su jefe de campaña, y contra todo pronóstico ganó las elecciones. Desde entonces Chubáis fue parte fundamental de su gobierno. En una ocasión Chubáis declaró que "Para que una sociedad logre la democracia, se debe establecer una dictadura dentro del gobierno".