Заняв пост премьер-министра, Бадольо оказался в очень сложном положении. Он не мог сразу же перейти на сторону союзников, так как немцы сразу бы оккупировали страну. Бадольо ввёл военное положение и подавил выступления коммунистов, которые бы могли спровоцировать немцев. Благодаря ему состоялись мирные переговоры между Италией и союзниками, в июле 1943 года в Лиссабоне, которые затем продолжились в Сицилии, где 3 сентября 1943 года были подписаны условия безоговорочной капитуляции. Однако 8 сентября Италия была оккупирована немцами. 13 октября 1943 года под руководством Бадольо Италия объявила войну Германии. В первый период участия Италии в войне на стороне союзников в 1943—1944 Бадольо возглавлял правительство Италии, включавшее все антифашистские партии, в том числе Итальянскую коммунистическую партию, лидер которой Пальмиро Тольятти стал министром в правительстве в марте 1944. В июне 1944 года итальянская армия, американские и британские войска вошли в Рим. В июне 1944 года Бадольо уступил пост премьер-министра Иваноэ Бономи.