В ночь с 23 на 24 июля 1918 года Богословский покинул расположение штаба 3-й армии и перешел к белым, прихватив оперативные документы. Уже 28 июля он стал начальником штаба Средне-Сибирского корпуса, а на следующий день был «зачислен в резерв по штабу формирования Народной армии». Между 18 и 22 августа 1918 года (разные источники приводят разные даты) назначен исправляющим должность начальника штаба Восточного фронта Радолы Гайды. С 12 или 19 октября занимал должность начальника штаба Екатеринбургской группы войск, а 24 декабря произведён в генерал-майоры и назначен временно исправляющим должность начальника штаба Сибирской армии, сформированной на основе Екатеринбургской группы. 25 декабря в результате успешных действий командования Народной армии и лично Богословского войска Народной армии захватили Пермь. В благодарность за взятие города Александр Колчак наградил Богословского орденом Святого Георгия 4-й степени и 4 января утвердил в должности начальника штаба Сибирской армии.