את הופעת הבכורה בנחרת ספרד הבוגרת ערך גויקוצ'אה ב-12 בספטמבר 1990, במשחק ידידות עם . הוא השתתף עם הנבחרת במוקדמות יורו 1992, אך נבחרתו כשלה בהעפלה לטורניר הגמר. לאחר מכן השתתף עמה במוקדמות מונדיאל 1994 ועזר לה להעפיל לטורניר הגמר שנערך בארצות הברית. הוא נכלל בסגל הנבחרת, אותה אימן חבייר קלמנטה, והוא השתתף בכל משחקיה במהלך הטורניר. הוא הבקיע את שעריו הראשונים בטורניר - הראשון היה בתיקו 2-2 עם והשני בתיקו 1-1 עם . ספרד הגיעה עד לרבע הגמר, שם הפסידה ל 2-1. במשחק ידידות עם ב-30 בנובמבר 1994 נכנס כמחליף והבקיע את שערו השלישי בנבחרת. הוא שיחק עם הנבחרת במוקדמות יורו 1996 והבקיע את שערו הרביעי והאחרון בניצחון על ב-26 באפריל 1995, אך הוא לא זומן לטורניר הגמר, ודרכו בנבחרת תמה במשחק ידידות עם ב-15 בנובמבר 1995. בסך הכול הבקיע 4 שערים ב-36 הופעות במדי נבחרת ספרד.