Чалханоглу сыграл за все юношеские и молодёжные сборные Турции. В 2013 году в составе сборной Турции до 20 лет он участвовал в чемпионате мира среди молодёжных команд. В матче третьего тура против австралийцев (2:1) он забил гол, который помог его сборной выйти в 1/8 финала. Однако турки проиграли французам (1:4) и вылетели из турнира. Осенью 2013 года Хакан получил предложения от национальных футбольных ассоциаций Германии и Турции.