Encore en convalescence, Scherger est d'abord nommé "Air Member for Personnel" au quartier général de la RAAF à Melbourne, de janvier à . Le , il reprend le commandement de l'Australian First Tactical Air Force après le licenciement de Cobby à la suite de la mutinerie de Morotai. Il retourne dans le service actif durant la bataille de Tarakan ; les équipes de maintenance de l'aérodrome de la TAF sont chargées d'ouvrir la piste de l'île de Tarakan dans la semaine suivant l'atterrissage des Alliés, mais les contretemps importants avant l'invasion et les conditions météorologiques défavorables retardent l'opération jusqu'à la fin du mois de juin. Scherger dirige par la suite la TAF durant la bataille du Bornéo du Nord ; il débarque à terre dans l'après-midi du pour établir son poste de commandement. En juillet, lors de la bataille de Balikpapan, qui est la dernière offensive des Alliés durant la campagne de Bornéo, la TAF atteint un effectif d'environ bien que ce chiffre ait été réduit à la fin des hostilités le par le transfert de quelques unités au Groupe récemment formé.