Nel V secolo a.C. la Beozia fu coinvolta nelle guerre persiane. Già nel 519 a.C. Platea si era staccata dalla lega beotica alleandosi con Atene e fu l'unica alleata di Atene durante la prima guerra persiana (490 a.C.). Alla ripresa della guerra (Seconda guerra persiana) anche i Beoti aderirono alla lega ellenica antipersiana; nel 480 a.C. Tebe tuttavia si arrese a Serse, dopo l'annientamento dei trecento Spartani di Leonida nella battaglia delle Termopili, mentre il resto della Beozia fu devastato dai Persiani, come l'Attica. Pertanto, dopo la battaglia di Platea (479 a.C.), Tebe fu invasa da un esercito panellenico guidato da Pausania e il governo oligarchico venne sostituito da un governo democratico. Atene costrinse tutte le città della Beozia a riconoscere la sua supremazia.