Anfänglich veröffentlichte er nebenher noch weitere Soloalben, als ihm der Banderfolg dafür aber nicht mehr genug Zeit ließ, beschloss er, sich von den Fleet Foxes zu trennen und seine Solokarriere unter dem neuen Namen "Father John Misty" neu zu starten. Beim Indie-Label Sub Pop erschien 2012 das erste Misty-Album "Fear Fun". Auf Anhieb schaffte er damit den Sprung in die US-Charts. Es war aber nur ein Achtungserfolg mit musikalischer Anlehnung an die Fleet Foxes. 2015 heiratete er die Künstlerin Emma Elizabeth Garr und er schaffte den Solodurchbruch mit dem zweiten, autobiografisch geprägten Album "I Love You, Honeybear". Es kam in die Top 20 in USA und in den britischen Charts und erreichte Platz 1 der US-Indie- und Platz 3 der US-Rock-Alben. Der Song "Chateau Lobby #4 (In C for Two Virgins)" war ein kleinerer Radiohit. Danach wurde er in der Kategorie "Internationaler Solokünstler" für einen BRIT Award nominiert. Außerdem wurde Tillman, der auch Wert auf seinen gesamten künstlerischen Auftritt legt, für die Deluxe-Vinyl-Ausgabe seines Albums für einen Grammy Award für Album-Sonderausgaben nominiert.