30 июня 1862 года во время сражения при Уайт-Оак-Свемп Джонс был ранен осколком в колено и вывезен в ричмондский госпиталь. Там он заразился тифом, из-за чего его выздоровление растянулось на несколько недель. В первых числах сентября он смог вернуться к командованию. В это время начиналась Мэрилендская кампания, и Северовирджинская армия вошла в Мэриленд. Джонс нагнал армию во Фредерике, и там узнал, что Джексон назначает его командиром дивизии вместо Уильяма Тальяферро, который был ранен во втором сражении при Булл-Ран. Дивизия Джонса состояла из четырёх пехотных бригад: