独ソ戦勃発後、赤軍に召集され、バキン高射砲学校に送られた。1942年、促成訓練課程終了後、アルハンゲリスクで小隊長を務めた。1944年、アガグセイノフの部隊は、第1白ロシア戦線に配属され、ヴィスワ＝オーデル攻勢とベルリンの戦いに参加した。