Nilis pelasi Belgian maajoukkueessa vuosina 1988–2000 56 ottelua ja teki niissä 10 maalia. Hän edusti Belgiaa MM-kilpailuissa vuosina 1994 ja 1998 sekä Belgiassa ja Alankomaissa järjestetyissä EM-kilpailuissa vuonna 2000.