I cantoni rurali individuarono nella Riforma un movimento cittadino e vi si opposero. La vittoria cattolica nella Seconda guerra di Kappel (1531) segnò l'arresto del movimento riformato nella Svizzera centrale. Nel 1536 Giovanni Calvino cominciò la Riforma a Ginevra e si accordò con le città zwingliane per una confessione elvetica comune (Confessiones Helveticae, 1536 e 1566). I cantoni cattolici, poco popolati (circa un terzo della popolazione), ma più numerosi, tennero il controllo della Dieta e imposero ai baliaggi comuni (i territori soggetti sia ai cantoni cattolici, sia a quelli protestanti) la religione cattolica. I contrasti confessionali nei territori dell'Impero, sfociati nella guerra dei trent'anni, spinsero la Confederazione ad allontanarsi sempre di più dal potente vicino e cementarono l'alleanza militare fra cantoni (codificata nel "Defensionale di Wil" del 1647) nonostante le differenze religiose: nel 1648 anche l'Impero riconobbe l'indipendenza svizzera. Nel 1674 la Dieta, in risposta all'occupazione francese della Franca Contea, proclamò la "neutralità armata", che dura tuttora. Se, con la Seconda guerra del Toggenburgo del 1712, si chiusero definitivamente i conflitti religiosi, si acuirono quelli economici e sociali: le campagne svilupparono una precoce modernizzazione e tolleravano sempre meno i privilegi dei patriziati urbani.