Die erfolgreiche Arbeit Frau Poelzls wurde jäh durch die nationalsozialistische Machtübernahme in Österreich unterbrochen. Sie wurde als Direktorin abgesetzt und durch den Nationalsozialisten Max Langer ersetzt. Immerhin ist es aber ihrem Einfluss zu verdanken, dass man den jüdischen Schülerinnen toleranter als andernorts begegnete und einige sogar die Matura erfolgreich ablegen konnten. Im Schuljahr 1938/39 fand sich aber dann keine jüdische Schülerin mehr an der Schule. Ein langjähriges Ziel des Frauenbildungsvereins war die Übernahme der Schule durch den Staat. Das ist in der NS-Zeit vollzogen worden. Dies war aber wohl die einzige positive Neuerung aus dieser schrecklichen Zeit, allerdings blieben jene Persönlichkeiten, die sich im Frauenbildungsverein für die Schaffung, die Finanzierung und den Erhalt der Schule höchst verdient gemacht haben, von den neuen Machthabern unbedankt. 1943 musste der Schulstandort im Rahmen der Kinderlandverschickung nach Kirchberg am Wechsel verlegt werden. Die alliierten Bombenangriffe auf Wiener Neustadt ließen einen geordneten Schulbetrieb in der Stadt als zu gefährlich erscheinen. Die Schülerinnen wurden in Gasthäusern untergebracht und mussten in der Küche bzw. bei der Feldarbeit helfen. Als die sowjetischen Truppen immer näher rückten, wurde der Unterrichtsbetrieb im März 1945 eingestellt. Viele Eltern schafften es nicht mehr, ihre Kinder abzuholen. So mussten die Mädchen mit den Lehrerinnen flüchten. In insgesamt vier Gruppen kam man dabei ins Salzkammergut, nach Kärnten und eine Gruppe sogar nach Bayern. Erst etliche Wochen nach Kriegsende konnten die Mädchen dann den Eltern übergeben werden.