I votanti rifiutarono la proposta di autonomia speciale, portando alla separazione del paese dall'Indonesia, e questo portò a violenze di massa e alla distruzione di alcune infrastrutture nel paese, prima che il Consiglio di sicurezza delle Nazioni Unite ratificò, il 15 settembre, la risoluzione, per la formazione di una forza multinazionale, la INTERFET, incaricata di ripristinare l'ordine e la sicurezza e porre fine alla crisi umanitaria. Alla fine, il Timor Est avrebbe visto la sua indipendenza pienamente riconosciuta il 20 maggio 2002.