Dans la guerre qui s'ensuit, les confédérés et leurs alliés polonais mettent plusieurs années avant de pouvoir sérieusement inquiéter les chevaliers teutoniques. Mais le temps joue contre ces derniers, qui doivent se résoudre à signer le Traité de Thorn (1466). Les villes prussiennes qui, au terme de ce traité, sont parvenues à s'affranchir de l'autorité des teutoniques, forment avec la Prusse royale autonome une union personnelle avec le roi de Pologne.