同年4月10日、第一南遣艦隊・第二南遣艦隊・第三南遣艦隊を統轄する南西方面艦隊が新編され、第二南遣艦隊司令長官が南西方面艦隊司令長官を兼務した。1943年（昭和18年）4月15日、第二南遣艦隊司令部と南西方面艦隊司令部が分離した。インドネシア各地に陸戦部隊を駐留させたが、大規模な戦闘を経験せぬまま本土との航路が途絶した。フィリピン攻防戦においてルソン島マニラ所在の南西方面艦隊（第三南遣艦隊司令部兼務）がルソン島地上戦に巻き込まれて機能を失うと、日本海軍は1945年（昭和20年）2月5日附で第十方面艦隊（司令長官福留繁海軍中将）を新編した。第二南遣艦隊は第十方面艦隊の隷下となり、兵力部署としては東印部隊となった。こうして第二南遣艦隊は遊兵となって終戦を迎えた。太平洋戦争を経験した三代の「第三艦隊」の中で、終戦まで艦隊としての地位を維持した唯一の部隊である。