Пасля асляплення свайго бацькі і ўзурпацыі ўлады Аляксеем III пражываў у Канстанцінопалі ў якасці палоннага. У 1202 годзе бег да сваёй сястры Ірыны, жонкі караля Філіпа Швабскага. Падчас чацвёртага крыжовага паходу вярнуўся ў сталіцу імперыі і быў каранаваны суправіцелем свайго бацькі, якому крыжакі вярнулі ўладу.