Nach dem Jahr 1419 zog Johann von Pfalz-Neumarkt mit einem Heer von Kreuzrittern gegen die Heeresgruppen der Taboriten. Er konnte ihnen 1422 beim Entsatz von Bischofteinitz, am 11. September 1426 bei Klattau, 1429 bei Neunburg vorm Wald und 1427 bei Bärnau Einhalt bieten, als deren Heerführer Andreas Prokop der Große am 4. August 1427 in der Schlacht bei Mies ein Heer der Kreuzfahrer besiegt hatte und Heeresgruppen der Hussiten nach Bärnau bei Tirschenreuth vordrangen. 1429 konnte er 300 hussitsche Reiter in Höll bei Waldmünchen in die Flucht schlagen. Am 14. September 1432 gelang ihm die Rückeroberung der Burg Reichenstein. Am 21. September 1433 besiegte Johann von Pfalz-Neumarkt eines ihrer Heere in der Schlacht bei Hiltersried. 1434 war er daran beteiligt, deren Belagerungsring vor Pilsen zu durchbrechen, um die Stadt zurückzugewinnen. Allerdings musste er sich in Teilfriedensschlüssen durch Tributzahlungen an die Hussiten (1418, 1420, 1430) Ruhe erkaufen, was seine dauernde Finanznot entsprechend vergrößerte.