På landslagsnivå spelade Aron Winter 84 landskamper (6 mål) för Nederländerna. Han gjorde landslagsdebut i en EM-kvalmatch mot Grekland i mars 1987 och spelade sin sista landskamp mot Italien i EM 2000. Han var även med i EM 1988 (spelade inga matcher), 1992 och 1996 samt VM 1990, 1994 och 1998.