Với đội quân bị suy yếu bởi bệnh dịch — chủ yếu là dịch hạch — và nguồn quân nhu nghèo nàn, Bonaparte không thể hạ các pháo đài ở Akko và trở lại Ai Cập vào tháng Năm. Để tăng tốc cuộc hành quân, ông ra lệnh bỏ lại những người lính ốm yếu vì dịch hạch và bắt họ uống thuốc độc. Tuy nhiên, những người Anh chứng kiến đã ghi chép lại rằng hầu hết những người này sống sót và không bị đầu độc. Những người ủng hộ ông lập luận rằng điều này là cần thiết để đối phó với các trận tập hậu của quân Ottoman, và thực tế những người bỏ lại còn sống thường bị tra tấn và chặt đầu bởi kẻ địch. Trở lại Ai Cập, vào ngày 25-7, Bonaparte đánh bại cuộc tấn công đổ bộ của Ottoman trong trận Abukir.