Na het WK voetbal 2002 zocht de Japanse voetbalbond een opvolger voor de vertrekkende bondscoach Philippe Troussier. Men zag in Zico zijn ideale opvolger, ondanks zijn gebrek aan ervaring als coach. Troussier lag steeds in de clinch met de bond en Zico die zich thuis voelde in Japan en zich de cultuur eigen had gemaakt was zeer populair. Volgens de Japanse voetbalbond kon hij de job wel aan. De eerste interland met Zico als bondscoach ging echter met 4-1 verloren tegen Argentinië. In 2003 liet het zich positief aanzien ten tijde van de FIFA Confederations Cup, maar in het begin van 2004 kwam men maar met moeite langszij Oman in een kwalificatieduel voor het WK voetbal 2006. Enkele spelers werden zelfs geschorst vanwege een alcoholincident. Hoewel Japan negen wedstrijden op rij niet verloor, gingen er verhalen de rondte dat Zico ontslag zou nemen. Een kleine groep fans demonstreerde zelfs in de straten van Tokio om zijn ontslag op te eisen en hij kreeg een aanbod om trainer te worden van de Engelse amateurclub Garforth Town.