Von Anfang an konnte Duncan bei den "Demon Deacons" überzeugen und gehörte zu den besten Spielern der relativ starken Atlantic Coast Conference. Duncan deklassierte Marylands Joe Smith, der im selben Jahrgang wie Duncan war und 1995 als an erster Stelle in der NBA Draft ausgewählt wurde. Duncan dagegen entschied sich, auf dem College zu bleiben. Auch 1996, als er die Chance gehabt hätte, vor Allen Iverson an erster Stelle in der Draft gewählt zu werden. Im selben Jahr wurde er zum „Spieler des Jahres“ in der ACC gewählt, und ebenso im Jahr darauf. Damit ist er einer der wenigen Spieler, die diese Auszeichnung mehrfach gewinnen konnten. Wake Forest zog zu Duncans Ehren die Trikotnummer 21 zurück. Er verließ das College als bester Rebounder der NCAA-Geschichte (dieser Rekord wurde erst 2011 von Kenneth Faried gebrochen).