주전으로 입지를 굳힐 수 없었던 카니사레스가 가장 많이 출전한 시즌은 1997-98 시즌으로 26경기에 출전했지만, 보도 일그너가 그 시즌 가장 중요한 경기인 UEFA 챔피언스리그 결승전에서 문지기를 맡았고, 카니사레스는 1998년에 발렌시아로 이적하여 앞서 은퇴를 선언한 안도니 수비사레타의 일을 넘겨받았다. 그는 이적 첫 해에 발렌시아를 도와 1999년에 코파 델 레이와 수페르코파 델 에스파냐를 우승하도록 도왔다. 이어서, 1999–2000 시즌과 2000–01 시즌에 연달아 UEFA 챔피언스리그 결승전에 연달아 올려놓았는데, 후자의 결승전에서는 정규 시간에 바이에른 뮌헨의 메멧 숄이 찬 페널티 킥을 막아냈지만, 승부차기 패배까지 막지는 못하였다. 그 후로, 2001–02 시즌과 2003–04 시즌에는 리그 우승을 거두었는데, 두 번째 리그 우승을 거둔 해에는 UEFA컵과 UEFA 슈퍼컵도 석권했다. 2003–04 시즌 이후, 34세의 카니사레스는 "동지"와의 계약 기간을 2년 더 연장하였다.