Durante el Golpe de Estado de julio de 1936 en Sevilla, Barneto intentó convencer al gobernador civil Varela Rendueles para que entregara armas al pueblo, algo que finalmente logró cuando era demasiado tarde para que este reparto se produjera. Tras el triunfo de la sublevación militar hubo de esconderse durante algún tiempo. Barneto logró huir de Sevilla y alcanzar la zona republicana, convirtiéndose en uno de los hombres más buscados por los militares rebeldes en Andalucía. Peor suerte corrieron otros conocidos de Barneto que quedaron en Sevilla. Su hermana, su mujer, su hija y su suegra fueron detenidas y estuvieron encarceladas durante toda la contienda en pésimas condiciones. Su madre de 72 años, una católica devota, fue detenida, interrogada y —tras ser obligada a presenciar un fusilamiento— asesinada en plena calle. El cadáver quedó tendido en la calle durante todo un día. Un colaborador directo de Barneto, Carlos Nuñez, sería detenido y fusilado en la Plaza Nueva.