Der Zweite Weltkrieg war deutlich einschneidender für Frederikshavn. 1940 wurde Dänemark von deutschen Truppen besetzt. Diese errichteten Bunker und Verteidigungsanlagen am "Pikkerbakken" und am "Nordstrand". Der Hafen wurde als Basis von Kriegsschiffen genutzt, die in Schlachten auf dem Skagerrak und gegen Norwegen eingesetzt wurden. Westlich von Frederikshavn wurde ein Flugplatz ("Flughafen-Stützpunkt-Kommando 8/XI") angelegt. Am Hafen und rund um die Stadt baute man zahlreiche Bunker, Panzergräben und Minensperren. Frederikshavn erhielt den Status eines "Verteidigungsbereichs". Lediglich drei andere Städte in Dänemark erhielten diesen Status, Hanstholm, Esbjerg und Aalborg. Frederikshavn war Bestandteil des Atlantikwalls, Generalfeldmarschall Rommel inspizierte 1943 die Anlagen in Frederikshavn, von denen Stellungen in ganz Vendsyssel koordiniert wurden. Von den 350 Anlagen in Stadtareal von Frederikshavn sind heute noch etwa 250 erhalten.