עונת 2005/2006 החלה עם זכייה בסופר קאפ הספרדי הודות לניצחון בתוצאה המצטברת 2–4 על ריאל בטיס. ב-2 בדצמבר 2005, במהלך אימון, קרע צ'אבי את אחת מהרצועות בברך השמאלית, ופציעה זו השביתה אותו ממשחק במשך 5 חודשים. חזרתו למשחק הייתה ב-29 באפריל 2006, כשנכנס כמחליף בניצחון ברצלונה 0–1 על קדיס. ברצלונה זכתה באותה עונה באליפות שנייה ברציפות. בליגת האלופות זכתה ברצלונה לאחר שגברה במשחק הגמר 2-1 על ארסנל. צ'אבי לא שותף במשחק הגמר ונשאר על ספסל הקבוצה במשך כל 90 הדקות. בסך הכול באותה עונה השתתף צ'אבי ב-16 משחקי ליגה וב-4 בליגת האלופות, בהם לא הצליח לכבוש שער.