Лео Айтінгер народився в Ломніці, Моравія, в той час місто в Австро-Угорській імперії . Зараз це Південноморавський край (Jihomoravský kraj) у Чехії . Він виріс як наймолодший із шести братів і сестер у єврейському будинку середнього класу як син Соломона Айтінгера (1877—1942) та Гелени Курц (1885—1936). Він вивчав медицину в Брноському університеті імені Масарика, який закінчив у 1937 році. Він втік від нацистських переслідувань євреїв і приїхав до Норвегії як біженець за допомогою паспорта Нансена, після німецької окупації Чехословацької Республіки в березні 1939 року. Після приїзду до Норвегії, він організував для єврейських дітей втечу з Чехословаччини до єврейського дитячого будинку в Осло. Він отримав дозвіл на роботу в якості мешканця у психіатрії в Норвегії в Боде, але дозвіл був відкликаний нацистами після вторгнення Німеччини в Норвегію в 1940 році.