במהלך מלחמת העצמאות היוונית עזבו רבים מבני הקהילה את האי והיגרו לאיזמיר שבתחומי האימפריה העות'מאנית. ב-1881 חרב הגטו היהודי במהלך רעדת האדמה החזקה שפקדה את האי ובמהלכה נהרגו 29 מבני הקהילה ו-24 נפצעו. ב-1885 מנתה הקהילה 200 נפשות, בעיר כיוס הוקם בית כנסת חדש ובהמשך הוקמו שני בתי ספר לבני הקהילה במימון ותמיכת רשת אליאנס-כל ישראל חברים. ב-1892 תועד אירוע עלילת דם ופגיעות בבני הקהילה תועדו גם במהלך המלחמה היוונית-עות'מאנית (1897).