Войска под командованием Сергея Трофименко участвовали в оборонительных боях в Карелии, Демянской операции 1943 года, Курской битве и Белгородско-Харьковской операции, в освобождении Украины, в Ясско-Кишинёвской, Дебреценской, Будапештской, Балатонской, Венской и Грацко-Амштеттенской операциях. За успешные боевые действия воинские объединения, возглавляемые генералом Сергеем Трофименко, 20 раз отмечались в приказах Верховного Главнокомандующего.