До Реформации собор епархии Дауна и Коннора находился в Даунпатрике. В начале XIX века Белфаст быстро развивался, и в 1825 году новый епископ Уильям Кролли переместил туда епископский престол. Собор Святого Петра изначально задумывался как приходская церковь для растущего числа католиков Белфаста после Великого голода. Место под строительство было предоставлено богатым белфастским торговцем мукой и филантропом Бернардом Хьюзом; проект церкви разработал отец Иеремия Райан Маколи, который учился на архитектора до того, как стать священником.