1865年5月にエイブラハム・リンカーン大統領が暗殺された後、副大統領のアンドリュー・ジョンソンが大統領に就任した。ウェイドは他の急進派共和党員と共にジョンソンを厳しく批判した。解放奴隷局や公民権法案を支持し、公民権はコロンビア特別区に拡大することに成功した。アメリカ合衆国憲法修正第14条（公民権の保証）成立を強く推進した。ネブラスカ州とカンザス州の連邦加盟を強く推進することで議会における共和党の力を高めた。こうした行動で第40期（1867年）アメリカ合衆国議会の初めには著名な人物となっており、上院議長代行に就任した。この地位にあることは、大統領不在の場合に当時の法で承継順位の第1位にあることを意味していた。副大統領から昇格したジョンソンは承継順位第1位となる副大統領がいなかった。