Auch in Freiburg übernahmen 1933 die Nationalsozialisten die Macht. Unter dem Rektorat Martin Heideggers wurde die Universität gleichgeschaltet. 1938 wurde in der Reichspogromnacht auch die Freiburger Synagoge in Brand gesteckt. 1940 wurden im Rahmen der sogenannten Wagner-Bürckel-Aktion die in Freiburg noch verbliebenen Juden mit einem Sammeltransport ins südfranzösische Internierungslager Gurs deportiert.