След като научава, че кралят и кралицата очакват наследник, Елизабет напуска нездравословната среда на Париж и се премества да живее във Фонтенбло. Там тя научава за масовото клане над протестантите в нощта на Свети Вартоломей през август 1572 г., но въпреки пренебрежението си към тях, тя никога не изказва одобрение за пролятата кръв на толкова невинни хора. Малко след тези събития Елизабет ражда дъщеря – Мари-Елизабет, родена на 27 октомври 1572 г.