Şehzade Selim babasının son seferi olan 1566 son Avusturya Seferi'ne katılmadı. Selim Kütahya yakınlarında Sıçanlı sahrasında avda iken, babasının Zigetvar Kuşatması sırasında 7 Eylül'de öldüğünü, bu ölümü herkesten gizleyen Sadrazam Sokollu Mehmed Paşa'nin güya "fetihname" olarak gönderdiği, gizli mektubundan öğrendi. Hemen lalaları Hüseyin Paşa, Hoca Ataullah ve muhasibi Celal Bey ile birlikte bir alayla İstanbul'a hareket etti. 30 Eylül'de Üsküdar'a vardı. Herkes sultanın ölümünden habersizdi. Üsküdar İskelesi'ne saltanat kayığı ile gelen Bostancıbaşı Davut Ağa, Sultan Selim'in padişahlığını ilk tanıyanlardan biri olarak, onu saltanat kayığı ile Topkapı'ya geçirdi. O sırada Tersane ve Tophane'den saltanat topları atılıp yeni sultanın tahta geçtiği halka ilan edildi. Sultan Selim Köşk İskelesinden şehir kapısına kadar özel murassa giyimle at üzerinde alayla geçti ve yolda etraftan gelen halka paralar saçıldı. Saraya gelen Selim tahta oturtuldu ve İstanbul'da bulunan devlet ricali (İstanbul Muhafızı İskender Paşa, Şeyhülislam Ebussuud Efendi vb.) tarafından egemenliği tanındı. Bu sırada yapılan harcamaları karşılamak için, devlet hazinesi açılmadı ve ablası Mihrimah Sultan tarafından borç verilen 50.000 altın kullanıldı.