За рукометну репрезентацију Југославије је наступао средином деведесетих година када се вратила на међународну сцену после укидања спортских санкција. Освојио је бронзану медаљу на Европском првенству 1996. у Шпанији. Бранио је за репрезентацију на Светском првенству 1997. године у Јапану (9 место). На оба такмичења Стојановић је био капитен репрезентације.