I det Første slag ved Bull Run i juli 1861 bragte Johnston styrker fra Shenandoah dalen til slagmarken, men overlod ledelsen af slaget til den lavererangerende brigadegeneral P.G.T. Beauregard, da han ikke var bekendt med stedets topografi. Det lykkedes ham dog at få en del af æren for Sydstaternes sejr. Efter Bull Run hjalp Johnston Beauregard og William Porcher Miles med at designe og fabrikere Sydstaternes kampflag. Det var Johnstons ide at gøre flaget kvadratisk.