De broers Kirkpatrick hielpen Wellesley het Franse garnizoen te ontmantelen. Toen Haiderabad terug in de Britse invloedssfeer kwam, was de weg vrij om ook Mysore aan te pakken. Kirkpatrick werkte mee aan de voorbereiding van een nieuwe oorlog en na de overwinning aan het verdelen van de buit. In 1801 werd hij benoemd tot resident aan het hof van de peshwa in Poona, maar wegens zijn slechte gezondheid kreeg hij al in hetzelfde jaar verlof om naar Engeland te varen.