Kaarle II:n kauden alussa sattui kaksi pahaa onnettomuutta: suuri ruttoepidemia 1665 ja Lontoon suuri palo heti seuraavana vuonna (tosin ruttoa levittäneet rotat ilmeisesti tuhoutuivat tulipalossa sukupuuttoon). Myöhemmin Kaarlelle aiheuttivat ongelmia sodat Hollannin kanssa sekä se, että häntä epäiltiin – osin syystäkin – aikeista palauttaa maa katoliseksi, mihin liittyivät vehkeilyt Ranskan Ludvig XIV:n kanssa.