Waters vietti nuoruutensa Cambridgessa. Watersin isä Eric Fletcher Waters oli kommunisti. Hän osallistui toiseen maailmansotaan ja kuoli Anzion maihinnousussa vuonna 1944 Rogerin ollessa vasta vuoden ikäinen. Rogerin isän kuolema vaikutti lopulta erittäin vahvasti koko Pink Floydin tuotantoon, varsinkin "The Wall" ja "The Final Cut" -albumeilla. Vaikutuksen voidaan kuitenkin katsoa alkaneen jo Pink Floydin toisella albumilla, jonka kappale "Corporal Clegg" kertoo korpraalista, joka "voitti" itselleen puujalan vuonna 1944.