Pekhart ha rappresentato la sua nazione a livello giovanile. In seguito ha rappresentato il suo Paese nella Coppa del Mondo U-20 del 2007 in Canada come il giocatore più giovane nella sua squadra avendo solo 18 anni. Ha giocato tutte e 7 le partite del torneo compresa la finale contro l'Argentina, persa poi dai cechi grazie a un goal di Zarate a 4 minuti dalla fine.