Harnik olisi ollut edustuskelpoinen myös Saksan maajoukkueeseen, mutta pelasi Itävallan maajoukkueessa junioreista asti. Hän debytoi A-maajoukkueessa elokuussa 2007 Tšekkiä vastaan ja teki samassa ottelussa myös maalin. Hän kuului Itävallan joukkueeseen vuoden 2008 EM-kilpailuissa ja pelasi Itävallan kotikisoissa kaikissa alkulohkon otteluissa. Hän oli mukana myös vuoden 2016 EM-kilpailuissa.