Während des Feldzuges gegen Dänemark nahm Knipping an den Gefechten bei Schleswig, Bilschau, an den Düppeler Höhen, an der Windmühle von Nübel, Stendrup, Osterdüppel und Ulderup teil. In dieser Zeit wurde er am 9. November 1849 zum Hauptmann II. Klasse befördert. Am 16. Dezember 1851 kam er als Kompaniechef in das 4. Infanterie-Regiment und war von April 1855 bis Mai 1859 als Adjutant der 2. Infanterie-Division kommandiert. Bis Ende Mai 1861 avancierte Knipping zum Oberstleutnant und kämpfte 1866 im Krieg gegen Preußen bei Langensalza und Mechterstedt.