Il Lyngby vince il secondo titolo al termine della Superliga 1991-1992; il torneo è articolato in due parti, e la squadra si classifica prima nel girone finale davanti al B 1903. Tra i protagonisti di quella stagione ci sono Henrik Larsen, Claus Christiansen, Torben Frank e Peter Nielsen, che in estate diventano campioni europei con la nazionale danese, e Larsen, che sarà ingaggiato nuovamente dal Pisa, è uno dei capicannonieri della manifestazione. Nella stagione successiva il Lyngby partecipa alla Champions League 1992-1993, ma viene eliminato nel primo turno dai Rangers. Nelle stagioni successive militano nel club giocatori come Niclas Jensen, Dennis Rommedahl, Claus Jensen e il capocannoniere 1996-1997 Miklos Molnar: la squadra alterna stagioni di alto livello, culminate con due brevi partecipazioni alla Coppa UEFA, ad altre meno esaltanti, terminate nella metà inferiore della classifica.