Znane były jego kłótnie (1777 rok) jako dowódcy z innym generałem (Philip Schuyler), dowódcą Północnego Departamentu Armii Kontynentalnej. Po klęsce tego ostatniego pod fortem Ticonderoga (1777) przejął dowództwo nad armią kolegi. Gates wraz z Benedictem Arnoldem dowodzili wojskami amerykańskimi w czasie zwycięskiej bitwy pod Saratogą nad brytyjskim wojskami dowodzonymi przez Johnem Burgoyne.