Під часДругої світової війни виступав проти незалежности Словацької Республіки вважавши новостворену Республіку нацистською маріонеткою, чотири рази заарештовувався і відпускався. Незрозумілим фактом у його біографії в цей час є його тісна дружба з лідером словацьких фашистів Олександром Махом та їхня спільна поїздка до окупованого СРСР в Катинь. Гусак згодом стверджував, що Мах змусив його поїхати за допомогою погроз. Під час протидержавногоСловацького Народного Повстання був заступником голови Словацької Народної Ради, яка координувала повстання.