בשנת 1990 התחולל משבר נוסף בארגון כתוצאה מפלישת עיראק לכווית וניסיונה לספח את כווית לשטחה. הארגון קיבל החלטה המגנה את עיראק, ומאוחר יותר שיתף פעולה עם ארצות הברית ששלחה כוחות צבא לכווית ולעיראק. עם התחדשות המשבר בעיראק ב-2003 התנגד הארגון לפלישה המחודשת של ארצות הברית לעיראק ולהחזקת כוחות צבאיים אמריקניים בה, אך לא הצליח להוציא מקרבו פעולה ממשית, למרות הסכמים בינערביים המכוונים למקרים מסוג זה ממש (הסכם ההגנה ההדדית). לוב הכריזה, על רקע זה, על כוונתה לפרוש מהארגון באוקטובר 2002 עקב התנגדותו של מנהיגה, מועמר קדאפי, למדיניות הארגון, ועקב רצונו לשתף פעולה עם מדינות וארגונים אפריקניים תוך צמצום הזיקה למדינות ערב האחרות. לאחר משא ומתן אינטנסיבי שניהלו מזכ"ל הליגה, עמר מוסא, ושל נשיא מצרים, חוסני מובארכ, חזרה בה לוב מכוונת הפרישה, אף שהיא ממשיכה למחות על פעולותיה ומחדליה.