Dopo la guerra di secessione ("la grande ribellione" scrisse nella sua autobiografia) Custer mantenne il brevetto di maggior generale dei volontari fino al loro congedo definitivo nel 1866. Riassunto il grado di capitano che per progressione di carriera gli spettava, venne promosso tenente colonnello del 7th Cavalry Regiment nel luglio del 1866; nel 1867 fu invece destinato nell'ovest per prendere parte alle guerre indiane. Il 27 novembre 1868 si rese responsabile del massacro del Washita, ai danni di un accampamento di indiani Cheyenne.