Когда началась Гражданская война, Манфорд предложил свои услуги Конфедерации и 8 мая вступил в армию, где стал подполковником 30-го Вирджинского Добровольческого полка. Полк был конным и им командовал Джубал Эрли. В составе этого полка Манфорд принимал участие в первом сражении при Булл-Ран. Вскоре кавалерия была реорганизована, 30-й был переименован во 2-й Вирджинский кавалерийский полк ("2nd Virginia Cavalry"), а Манфорд стал его полковником. Весной 1862 года он служил в долине Шенандоа в бригаде Тёрнера Эшби. После гибели Эшби Манфорд временно принял командование бригадой и командовал ею в сражении при Кросс-Кейс.