Efter maktövertagandet såg partisanerna till att snabbt rensa ut alla som kunde stå i vägen. I Vojvodina mördades tusentals medlemmar av den ungerska och tyska minoriteten. Många som hade samarbetat med den kroatiska och serbiska lydstaten flydde norrut in i Österrike. Den 15 maj 1945 överlämnade sig 200 000 flyktingar till den brittiska armén i Bleiburg i Österrike. Britterna valde dock att skicka tillbaka många till partisanerna och under maj och juni mördades mellan 30 000 och 200 000 kroater av partisanerna. Dessa massarkebuseringar har kommit att kallas för Bleiburgmassakern. Ytterligare tusentals kroater dog i en dödsmarsch genom Jugoslavien. Ante Pavelić lyckades fly till Argentina där han levde i många år innan han utsattes för ett mordförsök av Titos agenter. Pavelić blev då allvarligt sårad och avled senare i Spanien, dit han förts för att få bättre vård.