En 1582, la conversion de Gebhard Truchsess von Waldburg, Prince-Electeur archevêque de Cologne au Luthéranisme mène à la Guerre de Cologne entre Gebhard, qui refuse d'abandonner l' Archidiocèse et le duc Ernest de Bavière, qui a été élu comme son successeur. Gebhard tente de convertir l'archidiocèse au luthéranisme et s'allie avec la très belle comtesse Agnes von Mansfeld-Eisleben. Jacques combat dans ce conflit sous les ordres du général impérial Alexandre Farnese duc de Parme. Il sert ensuite sous le commandement du duc catholique Charles III de Lorraine.