Zunächst wissenschaftlicher Oberassistent in der Abteilung Militärgeschichte am Leipziger Institut für Deutsche Geschichte übernahm er schließlich die Leitung der an das Institut für Geschichte der Deutschen Akademie der Wissenschaften zu Berlin verlegten Abteilung. Im Oktober 1968 erfolgte in Leipzig seine Habilitation zur Kriegsführung des preußischen Generalstabs vor der Reichseinigung. 1970 war Helmert als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Deutschen Institut für Militärgeschichte in Potsdam und 1984 an der Außenstelle Leipzig des Zentralinstituts für Geschichte der Akademie der Wissenschaften der DDR tätig.