Bojan Samardžija begann 1999 mit dem Biathlonsport, seit 2003 war er Teil des Nationalkaders seines Landes. Er wurde von Tomislav Lopatić trainiert und startete für "Romanija Pale". 2002 bestritt er seine ersten internationalen Rennen im Europacup der Junioren. Nachdem er nicht wie geplant bei den Juniorenweltmeisterschaften 2002 in Kościelisko antrat, wurden die Juniorenrennen der Junioreneuropameisterschaften des Jahres in Forni Avoltri zum Saisonhöhepunkt des Bosniers. Im Einzel erreichte er den 46., im Sprint den 43. und im Verfolger den 44. Platz. Im weiteren Jahresverlauf startete Samardžija bei den Juniorenrennen der Sommerbiathlon-Weltmeisterschaften 2002 in Forni Avoltri und wurde dort 19. des Sprints und 21. des Verfolgungsrennens. In Haute-Maurienne startete er 2004 erstmals bei Juniorenweltmeisterschaften, bei denen er 40. des Einzels wurde und sich als 58. des Sprints für den Verfolger qualifizierte, zu dem er jedoch nicht antrat. Letztmals nahm er 2005 in Kontiolahti an Juniorenweltmeisterschaften teil. Samardžija belegte den 50. Rang, wurde 36. des Sprints und 39. der Verfolgung. Seine letzten Junioreneinsätze hatte er bei den Sommerbiathlon-Weltmeisterschaften 2006 in Ufa. Bei den Wettkämpfen im Crosslauf erreichte er Platz 26 im Sprint, auf Skirollern 17. Im Verfolger wurde er überrundet.