בינואר 2021, בעת מבצע "לתת כתף" לחיסון מפני נגיף הקורונה, הורה לחסן את כלל סגל שירות בתי הסוהר לפני חיסון האסירים, בנימוק שסגל בתי הסוהר יוצא ונכנס מבית הסוהר, והוא מקור ההדבקה העיקרי. המהלך נעשה בניגוד לתעדוף משרד הבריאות וחרף פנייתם של המשנה למנכ"ל משרד הבריאות, איתמר גרוטו, היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט, ונשיא המדינה ראובן ריבלין. הם סברו שעליו לפעול לפי תיעדוף משרד הבריאות המנחה לחסן מבוגרים קודם צעירים. נגד הנחייתו של אוחנה הוגשו עתירות לבג"ץ. העתירות נדחו משום שבינתיים חוסנו האסירים, אך שלושת שופטי בג"ץ מתחו ביקורת על אוחנה וקבעו שחרג מסמכותו.