Quando Maria Amelia aveva soltanto venti giorni, suo padre lasciò la Francia in testa ad un'armata liberale al fine di invadere il Portogallo e spodestare suo fratello Michele. Per quasi due anni, la principessa visse dunque sola con sua madre e la sua sorellastra, la regina Maria II, che aveva 12 anni, a Parigi, mentre il regno lusitano era colpito dalla guerra civile. Finalmente, dopo la notizia della presa di Lisbona da parte delle forze di Pietro I, arrivata in Francia, Amelia di Leuchtenberg lasciò Parigi con sua figlia e la figliastra per installarsi in Portogallo. Dopo qualche giorno di viaggio e un breve soggiorno nel Regno Unito, arrivarono nella baia di Lisbona il 22 settembre 1833 e sbarcarono all'alba.