„Like a Prayer” nie znalazł się w stałym programie kolejnej trasy Madonny, Rebel Heart Tour, odbytej w 2015 i 2016 roku. Madonna wykonała go jednak podczas niektórych występów, po raz pierwszy 27 października 2015 roku w Inglewood. Utwór znalazł się w trzecim akcie koncertu, a piosenkarka początkowo grała na gitarze akustycznej, a następnie odkładała ją i prosiła publiczność o wspólne śpiewanie. „Like a Prayer” pojawił się między innymi 14 listopada 2015 podczas występu w Sztokholmie, poprzedzony przemową o zamachach w Paryżu z poprzedniego dnia i dedykowany jego ofiarom. Wykonanie z trasy Rebel Heart Tour, zmontowane z występów w różnych miastach, znalazło się jako utwór bonusowy na albumie koncertowym "Rebel Heart Tour". 10 grudnia 2015 roku Madonna wraz z gitarzystą Montem Pittmanem i synem Davidem Bandą wykonała „Like a Prayer” podczas spontanicznego występu na Placu Republiki w Paryżu, również dedykowanemu ofiarom zamachów. 7 listopada 2016 roku piosenka była częścią koncertu, który Madonna zagrała w nowojorskim Washington Square Park w ramach poparcia dla Hillary Clinton w wyborach prezydenckich w Stanach Zjednoczonych.