Kurz vor dem NBA Draft 2008 wurde Yi zusammen mit Bobby Simmons zu den New Jersey Nets getradet. Im Austausch wechselt Richard Jefferson zu den Milwaukee Bucks. Yi sah den Tausch nicht kommen, aber er bezeichnete es als Ehre den Nets beitreten zu dürfen. In seinen ersten 37 Spielen mit den Nets erzielte Yi 10,5 Punkte und 6,2 Rebounds für sein neues Team, doch am 9. Januar 2009 brach er sich den kleinen Finger seiner rechten hand und musste sechs Wochen lang aussetzen. In der Wahl zum NBA All-Star Game 2009 hatte Yi die drittmeisten Stimmen unter den Forwards der Eastern Conference – mehr Stimmen als etabliertere Spieler wie Paul Pierce und Chris Bosh – was zu Gerüchten führte, er würde von den chinesischen Fans bloß aufgrund seiner Nationalität gewählt werden. Nach seiner Genesung kehrte Yi auf das Spielfeld zurück, doch er wurde aus der Startaufstellung der Nets entfernt und musste fortan von der Bank ins Spiel kommen.