21 Nisan 2012 tarihinde "kazanan şampiyon" olarak nitelendirilen maçta Barcelona, Real Madrid'e evinde 2-1 yenildi ve şampiyonluk yolunda büyük yara aldı. Real Madrid, bu sonuçtan sonra farkı koruyarak ligi şampiyon olarak tamamladı. Messi, Avrupa'da asist krallığında ise 15 asistle, 17 asist ile Avrupa'da asist kralı olan Türk asıllı Alman futbolcu Mesut Özil'in gerisinde kaldı. Sezonun 73. golünü ise; 2012 Copa del Rey Finali'nde Athletic Bilbao karşısında attı ve Barcelona, kupanın sahibi oldu. Messi, böylece sezonu 73 golle ve kırdığı rekorlarla tamamlamış oldu. Lionel Messi, Rayo Vallecano maçında 2 gol atarak profesyonel futbol yaşamındaki 301. gole ulaşmış oldu.