Části nivy jsou od roku 1996 součástí významné přírodní rezervace Mokřady Liběchovky a Pšovky, zapsané jako lokalita chráněného mokřadu v Ramsarské úmluvě. Oblast mokřadů u pramenů potoka byla v roce 1995 vyhlášena jako přírodní památka Prameny Pšovky. Oblasti na dolním toku u Mělníka jsou chráněné jako národní přírodní památka Polabská černava a přírodní památka Dolní Pšovka.