Pendant les Guerres balkaniques (1912-1913) et la Première Guerre mondiale (1914-1918), Salih Budka poursuit son combat en faveur de l’indépendance de l’Albanie et de l’intégration de l’Épire à ce pays. Proche des Austro-Hongrois, en qui il voit des partisans de l’indépendance albanaise, il combat les Français et le régime que ces derniers mettent en place dans la région de Korçë pendant la Grande guerre. C’est également à cette époque, en 1916, qu’il organise la destruction de la ville de Moscopole (ou Voskopojë), un important centre culturel grec et aroumain en Albanie..