Bereits im Zuge des Paneuropa-Picknicks hatte Otto von Habsburg angemerkt, dass Slowenien und Kroatien ihr Selbstbestimmungsrecht erhalten müssten. Bei seinem ersten offiziellen Besuch in den unabhängigen Staaten Slowenien und Kroatien am 18. Jänner 1992 wurde Alois Mock frenetisch bejubelt. Wenig überraschend ist es daher, dass auch die Friedensverhandlungen zur Beilegung der Kampfhandlungen zwischen Bosnien und Kroatien in Wien stattfanden. Doch auch im Bosnienkonflikt wurde Alois Mock aktiv: So war er maßgeblich daran beteiligt, dass das „Washingtoner Abkommen zur Gründung der Bosnisch-Kroatischen Föderation in Bosnien und Herzegowina“ ratifiziert wurde, das den Kroatisch-bosniakischen Krieg beendete. Der "Casus Belli" war die Unabhängigkeitsbestrebung der Kroatischen Republik Herceg-Bosna. Unterzeichnet wurde das Friedensabkommen vom bosnischen Ministerpräsidenten Haris Silajdžić, dem Vertreter der bosnischen Kroaten Krešimir Zubak und dem kroatischen Außenminister Mate Granić.