Il 14 febbraio 2017 viene ceduto dagli Orlando Magic ai Toronto Raptors in cambio di Terrence Ross e una prima scelta al Draft 2017. Al debutto con i canadesi Ibaka parte titolare e segnò 15 punti contribuendo alla vittoria in casa per 107-97 contro i Boston Celtics il 25 febbraio 2017. Il 4 novembre 2018 migliora massimo di punti in carriera realizzandone 34 nella vittoria contro i Los Angeles Lakers (121-107). Diventa, inoltre, il primo giocatore dal 2006 a segnare 14 canestri consecutivi in una partita.