Bohužel nově vzniklý stát nezdědil pouze státní symboly, ale i nevyřešené územní spory, a to především s Ázerbájdžánem. Oblast Náhorního Karabachu pod ázerbájdžánskou správou, avšak s arménskou populací, se stala opět předmětem sporu. Vypukla Karabašská válka, která se táhla do roku 1994. Konflikt skončil porážkou Ázerbájdžánu a přičleněním Karabachu a dalších území k Arménii. Dnes existuje na území Náhorního Karabachu Náhorně-karabašská republika, která není mezinárodně uznaná a je podřízená Arménii. Po válce připadla Arménii celá 1/3 ázerbájdžánského území a situace tak zůstává do dnešní doby velmi napjatá.