Avec l'équipe de France, Lizarazu est d'abord demi-finaliste de l'Euro 1996. Une fois installé dans l'équipe, il remporte la Coupe du monde 1998 ainsi que le Championnat d'Europe 2000 et deux Coupes des confédérations. Le Basque fait partie d'une des meilleures défenses de l'histoire des Bleus avec Blanc, Desailly et Thuram.