Під час повстання лівих есерів у Москві в липні 1918 Железняков висловив їм співчуття і виступив за знищення Раднаркому як органу влади. Потім у нього почався конфлікт з Миколою Подвойським (з питання про постачання полку), який закінчився тим, що Подвойський наказав заарештувати Железнякова. Завдяки таємній підтримці друга-Кіквідзе матрос Желєзняк арешту уникнув, але в його полку почалося бродіння, і солдати розбіглися. Незабаром Железняков був звинувачений в катастрофі поїзда Подвойського і оголошений поза законом. Він втік з-під розстрілу і з допомогою лівих есерів зник у Тамбові. Але в жовтні 1918 потрапив під амністію, був призначений командиром 1-ї радянської кінної батареї і співробітником культурно-просвітницького відділу в Елані.