Tuvo siete hermanos varones, el sucesor Juan III de la Cueva y Benavides (c. 1495-1522) —III señor de Solera y regidor de Úbeda que falleció durante la lucha contra las Germanías de Valencia—, Manuel, Diego, Beltrán de la Cueva —los tres murieron jóvenes luchando en Argel, Fuenterrabía e Italia, respectivamente—, Gabriel de la Cueva —I señor de Bedmar—, Cristóbal (c. 1500), Alonso (c. 1502) y Francisco de la Cueva (c. 1498-entre 1521 y 1524) —fallecido en el asedio a dicha fortaleza—.