Un moment très discuté de la finale est la réaction de colère de Zinédine Zidane à la suite d'insultes du défenseur italien Marco Materazzi. À quelques minutes de la fin du match, le Français donne un coup de tête — sans rapport avec le jeu — au thorax de son adversaire. L'arbitre Horacio Elizondo ne voit pas la confrontation mais exclut Zidane après avoir parlé au quatrième arbitre Luis Medina Cantalejo (qui dispose de la vidéo mais niera s'en être servi), ce qui fait du numéro 10 le quatrième joueur dans l'histoire des finales de coupe du monde à être expulsé, après Pedro Monzón et Gustavo Dezotti en 1990 et Marcel Desailly en 1998. Cette expulsion met également un terme d'une façon brutale à la carrière de Zidane, puisqu'il avait annoncé avant la coupe du monde qu'il arrêterait sa carrière après le tournoi. Le joueur français quitte le football sur un carton rouge, le de sa carrière.