Kenenisa voitti Dublinin maastojuoksun MM-kisoissa MM-kultaa sekä pitkällä että lyhyellä matkalla. Ratakauden hän oli sivussa akillesjännevamman vuoksi. Seuraavana vuonna Kenenisa uusi molemmat mestaruutensa Lausannen maastojuoksun MM-kisoissa. Samana vuonna Pariisin MM-kilpailuissa hän voitti 10 000 metrillä kultaa ajalla 26.49,57 ja 5 000 metrillä pronssia ajalla 12.53,12. Kauden lopussa hän voitti 3 000 metrin juoksun ajalla 7.36,98. Vuonna 2004 Kenenisa rikkoi 10 000 metrin ulkoratojen maailmanennätyksen ja 5 000 metrin ennätykset sekä sisä- että ulkoradoilla. Ulkoratojen ennätykset hän vei muutaman sekunnin erolla maanmieheltään Haile Gebrselassielta. Lisäksi hän voitti samana vuonna Ateenan olympialaisissa 10 000 metrillä kultaa ja 5 000 metrillä hopeaa, kun kultamitali meni yllättäen Marokon Hicham el-Guerroujille.