Στο Τσάμπιονς Λιγκ 2005-06 έφτασε μέχρι τον γ' προκριματικό γύρο, διεκδικώντας την πρόκριση στους ομίλους της διοργάνωσης. Ωστόσο, αποκλείστηκε με δύο ήττες από τη Ρέιντζερς Γλασκώβης. Στον β΄ προκριματικό γύρο είχε αντιμετωπίσει την τουρκική Τραμπζονσπόρ, την οποία και απέκλεισε. Ήταν η πρώτη φορά που τέθηκαν αντιμέτωπες μια κυπριακή και μια τουρκική ομάδα (το 1986 ο ΑΠΟΕΛ κληρώθηκε με την Μπεσίκτας αλλά αρνήθηκε να αγωνιστεί). Δεδομένου της τουρκικής κατοχής της Κύπρου και του γεγονότος ότι η Ανόρθωση ήταν προσφυγική ομάδα, το παιχνίδι απέκτησε και εθνικό χαρακτήρα για τους Ελληνοκύπριους. Η Ανόρθωση κέρδισε 3-1 εντός έδρας. Στον επαναληπτικό έχασε με 1-0 εξασφαλίζοντας όμως την πρόκριση. Το γεγονός αυτός πανηγυρίστηκε έντονα στην ελεύθερη Κύπρο από όλους τους κατοίκους, ανεξαρτήτως ομάδας.