En 1644, les armées coalisées de Bavière et du Saint-Empire, respectivement sous les ordres de Mercy et de Jean de Werth libèrent Überlingen par Charles-Christophe de Mazancourt, et Fribourg-en-Brisgau de l'occupation par les Français et finalement, battent l'armée française de Condé et Turenne à la bataille de Fribourg. Le , Mercy a encore l'occasion de vaincre les Français à la bataille de Mergentheim. Mais le 3 août, Mercy et Jean de Werth sont en revanche battus par Condé et Turenne à la bataille d'Alerheim. Ce jour-là, Mercy reçoit une balle de mousquet en pleine tête et fait partie des quelque huit mille morts. Enterré près du champ de bataille, on grave sur sa tombe cette épitaphe : "Sta, viator, heroem calcas" (« Arrête-toi voyageur, tu marches sur [les cendres d']un héros »).