Em resposta ao ataque terrorista de 11 de setembro de 2001, foi lançada a operação "Enduring Freedom" ("reforçando a liberdade") em outubro de 2001. İncirlik serviu como principal centro de apoio logístico e base para missões de apoio à guerra no Afeganistão, incluindo transporte aéreo humanitário, missões de operações especiais com MC-130 Hercules, missões de reabastecimento com KC-135 e operações de suporte às forças no terreno. O movimento aéreo da base cresceu 6 vezes durante o auge do conflito. Só quando ficaram operacionais as principais bases no Afeganistão e Uzbequistão é que o movimento desceu a níveis sustentáveis a longo prazo.