En 1862, il devient brigadier général. Après un bref commandement dans la cavalerie, il est réaffecté dans l'infanterie. Blessé à Cross Keys, Steuart est hors de combat pendant près d'un an, le temps qu'il récupère d'une blessure à l'épaule. Il est réaffecté dans l'armée de Lee, peu de temps avant la bataille de Gettysburg. Steuart est capturé lors de la bataille de Spotsylvania Court House, et est échangé au cours de l'été de 1864. Il occupe un commandement dans l'armée de Virginie du Nord pendant le reste de la guerre. Steuart est parmi les officiers de Robert E. Lee, quand il se rend à Ulysses S. Grant à Appomattox Court House.