À la suite de l’éclatement de la Seconde Guerre mondiale et à l’attaque italienne contre la France, les autorités fascistes mettent sous séquestre l’institut. L’IFF est contraint de fermer ses portes et de « mettre en veille » ses activités – qui ne reprendront qu’en , grâce à la libération de Florence. Les années qui suivent sont marquées par une idée de renaissance dans une ville gouvernée par une classe politique nouvelle profondément liée à la société locale en plein renouvellement. En témoignent les interventions présentées lors du cinquantenaire de l’Institut, par exemple celui de l’ex directeur Pierre Ronzy : .