Po zakończeniu kariery sportowej rozpoczął przygodę szkoleniową. Pracował w kilku nigeryjskich klubach, a w latach 1998-2000 był selekcjonerem reprezentacji Kenii. W 2002 roku, po Mundialu, objął stery drużyny narodowej Nigerii. Niespodziewanie reprezentacja przegrała eliminacje do mistrzostw świata 2006 z Angolą i pierwszy raz od 1994 roku zabrakło jej na światowym czempionacie. Chukwu podał się do dymisji po zakończeniu kwalifikacji, w listopadzie 2005 roku.