Chmurnou kapitolou athoských dějin je vpád křižáků (včetně římského duchovenstva) na Athos v roku 1204 při IV. křížové výpravě. Papež Inocenc III. připojil celý athoský poloostrov ke svým osobním pozemkům. Poslal tam svého zplnomocněnce s příkazem, aby všechny násilím obrátil na římsko-katolickou víru. Nastal krutý teror. Svatou Horu osvobodil bulharský car Jan Asěn II.