La sua posizione conservatrice e clericale spinse Cantù ad aderire alla tesi neoguelfa propugnata da Vincenzo Gioberti nel "Primato morale e civile degli italiani" secondo cui né la tradizione cattolica né i principi dell'illuminismo e della rivoluzione francese potevano costituire la chiave di volta per un processo di unificazione in Italia, per raggiungere il quale sarebbe occorso ricorrere ad una specifica filosofia politica nazionale. Cantù, che nel 1844 e nel 1845 visitò prima le altre regioni italiane, e l'anno successivo Londra e Parigi, ritornò in Lombardia nel 1846, dove le sue posizioni antiaustriache si esacerbarono ulteriormente agli albori dei moti del 1848. Sospettato dalla polizia, il 21 gennaio di quell'anno fu costretto alla fuga da Milano per riparare a Torino, per poi ritornare a Milano durante le cinque giornate e la prima guerra d'indipendenza. In seguito al rientro delle armate austriache del Radetzky, il Cantù dovette nuovamente riparare per breve tempo all'estero, in Svizzera, da dove rientrò nuovamente a Milano in seguito all'amnsitia nei confronti degli esuli politici, fatto che non gli venne perdonato da molti patrioti in futuro. Durante gli anni '50, infatti, Cantù giunse a collaborare col governo austriaco e a sognare un Lombardo-Veneto indipendente con Massimiliano d'Asburgo come re in contrapposizione ad un Piemonte che, guidato da Cavour, stava attuando una politica legislativa antiecclesiastica che il cattolico Cantù non poteva accettare.