A játék erőszakossága és sátánizmusa csakhamar több vitát szült, vallási és civil szervezetek egyaránt támadták miatta. A Yahoo! Games minden idők 10 legvitatottabb játéka közé válogatta. Washington állam szenátora Phil Talmadge a "Doom"-ra hivatkozva próbálta engedélykötelessé tenni az akkoriban terjedő Virtual reality-készülékek használatát. A játék erőszakossága figyelembe került az 1999-es Eric Harris és Dylan Klebold által elkövetett Ámokfutás a Columbine High Schoolban kapcsán is. A két gyilkos "Doom"-rajongó volt. Harris egy videófelvételen azt mondta a mészárlás előtt, hogy az olyan lesz, "„mint a kibaszott Doom”", valamint hogy a fegyvere "„egyenesen a játékból”" származik. Az eset kapcsán olyan hírek terjedtek, hogy Harris készített néhány "Doom"-os pályát, amelyek az iskola csarnokát ábrázolták, benne Harris osztálytársaival és tanáraival, amelyeket újra és újra végig játszott, mintegy gyakorlásképpen. Bár valóban készített "Doom"-pályákat, de azok nem a középiskolát ábrázolták.