1939 kam er als Kriegsberichterstatter zur deutschen Wehrmacht und nahm am Balkanfeldzug 1941 mit der Luftlandeschlacht um Kreta teil. Neben seiner normalen Kamera arbeitete er zusätzlich mit einer stereoskopischen Kamera und benutzte zeitweise damals noch seltene Farbfilme. Kriegsberichterstattern war die Aufgabe zugedacht, dem nationalsozialistisch geführten Propagandaministerium Fotos zu liefern, die ausschließlich ein positives, möglichst heroisches Bild der deutschen Sicht des Krieges zeichneten. Franz-Peter Weixler hielt sich nicht unbedingt daran.