1861 wurde Waterhouse Mitglied des Royal Institute of British Architects, deren Präsident er zwischen 1888 und 1891 war. Er gewann den großen Preis für Architektur auf der Weltausstellung in Paris 1867. 1878 bekam er die Royal Gold Medal des Royal Institute of British Architects und gehörte zur Royal Academy of Arts. 1885 wurde er dann Vollmitglied und 1898 Schatzmeister der Kunstinstitution. Er war außerdem Mitglied an verschiedenen Akademien (Wien, Brüssel, Antwerpen, Mailand, Berlin, Académie des Beaux-Arts, Paris). Nach 1886 wirkte er oft bei Architekturwettbewerben als Sachverständiger mit und 1887 war er Mitglied einer internationalen Jury, die über das Aussehen der Westfront des Mailänder Doms entschied.