В 1998 году Нейра попал в заявку сборной Чили на участие в Чемпионате мира во Франции. На турнире он был запасным и не сыграл ни минуты. В 2001 году Мануэль принял участие в розыгрыше Кубка Америки. На турнире он сыграл в матчах против команд Колумбии и Мексики.