Under andre verdenskrig ble det bygd baser for hæren og marinen på øya, og innbyggertallet økte til over i en periode. Etter krigen ble marinebasen omgjort til en base for kystvakten. En tsunami som oppsto som følger av Langfredagsjordskjelvet i 1964, ødela forretningsdistriktet og områdene langs kyststripen. I 1968 var byen gjenoppbygd. Kodiak fikk eget bystyre den 11. september 1940.