У 1996 році Манхарін потрапив у заявку збірної на участь у чемпіонаті Європи у Англії. На турнірі він зіграв у матчах проти збірних Румунії, Англіїта Франції. У поєдинку проти румунів Хав'єр відзначився забитим м'ячем.