I begynnelsen av Borgerkrigen i Jugoslavia oppstod det en hel del forvirring med tanke på hva JNA stod for og for hvem. Ca 80 % av ledelsen i JNA var serbiske og det faktum at krigen foregikk i to forskjellige land, Bosnia og Kroatia, gjorde at det oppstod store splittelser i styrken. I forbindelse med oppløsningen av Den sosialistiske føderale republikken Jugoslavia og opprettelsen av Den føderale republikken Jugoslavia i april 1992 ble JNA offisielt oppløst, og delt opp i flere avdelinger. Men JNA ble og blir fortsatt brukt som en betegnelse på styrkene som kjempet for Jugoslavia under hele konflikten.