Před příchodem Řeků byla Iónie domovem paleoanatolského etnika. Řecký kmen Iónů se zde začal usazovat přibližně od 13. století př. n. l. a do Iónie přišel pravděpodobně z dnešního Řecka. Ostrov Lesbos však osídlil kmen Aiólů. Iónové zde založili mnoho měst a následně se smísili s původním obyvatelstvem, které tvořilo část obyvatelstva (fýly) ve městech. Na některých místech se smísili i s aiólským obyvatelstvem, jako například ve Smyrně. Kromě nich se smísili i s Dóry a řeckými Pelasgy, všechno toto obyvatelstvo se v pozdějším období ionizovalo. Nejznámější města Iónů zde byla Milétos, Smyrna, Priéné, Keos, Efesos, Kolofón, Lebedos, Teos, Klazomenai, Erythrai, Fókaia, Chios, Samos a aiólská Mytiléna. Iónská města se sdružila do iónské dodekapole. Maloasijští Řekové z Iónie byli vyspělí, dostávali se do kontaktu s vyspělými orientálními civilizacemi, hlavně s Lýdy, a proto právě zde vznikla klasická řecká antická kultura. Pocházel odsud pravděpodobně i Homér, právě v Iónii se zrodila řecká literatura, epos a řecká filozofie. Město Milétos patřilo k nejvýznamnějším řeckým městům a bylo nejaktivnější během řecké kolonizace. Miléťané založili mnoho osad po celém Středomoří. Iónští Řekové však byli v častém ohrožení, čelili útoku Kimmeriů, později podlehli Lýdům a nakonec Persii, proti níž i povstali. Oblast byla osvobozena až Alexandrem Velikým. V následujícím helénistickém období města opět prosperovala, podobně jako i v římské době, přestože zde v 1. století př. n. l. Řekové pod vedením Mithridata proti Římu povstali, byli však poraženi. Vyspělá kultura přetrvala i během římské doby, zvýšila se prosperita Smyrny, významný byl i Efesos. Přibližně od helénistické doby se pojmenování Iónie začalo používat i na přilehlá území s městy jako Sardy, Filadelfia, Pergamos, Magnesia či Thyatira vzhledem k tomu, že se zde usadilo řecké obyvatelstvo a celé území bylo helenizováno. Od 1. století se zde rozšířilo křesťanství, které postupně vytlačilo pohanské kulty.