Bereits 1592 wurde mit einem Gutachten des Breslauer Bischofs Andreas von Jerin, der zugleich das Amt des schlesischen Oberhauptmanns bekleidete, festgestellt, dass der Kauf von Jägerndorf durch Erbrecht erfolgt und bestätigt worden sei, dass man jedoch einer Entfremdung durch die Hohenzollern vorbeugen müsse. 1608 schließlich wies Kaiser Rudolf II. die Ansprüche der Hohenzollern als unbegründet zurück. Dieser Sachverhalt führte zur sogenannten "Jägerndorfer Frage", mit der das spätere preußische Königshaus seinen Anspruch auf Jägerndorf begründete und die schließlich 1740 mit zum Ausbruch des Ersten Schlesischen Kriegs führte. Als Folge dieses Krieges fiel der größte Teil Schlesiens 1742 nach dem Vorfrieden von Breslau und dem nachfolgenden Frieden von Berlin an Preußen. Der nördliche Teil des Herzogtums Jägerndorf wurde dem Herzogtum Oppeln im nun preußischen Schlesien eingegliedert. Der südliche Teil des Herzogtums und die Stadt Jägerndorf selbst verblieben bei Böhmen und wurden dem neu geschaffenen Österreichisch-Schlesien zugeschlagen.