บาดาโฆซถูกชาวมัวร์เข้ายึดครองในคริสต์ศตวรรษที่ 8 ต่อมาได้กลายเป็นศูนย์กลางของอาณาจักรบาดาโฆซซึ่งเกิดขึ้นหลังอาณาจักรกาหลิบแห่งกอร์โดบาล่มสลาย นับตั้งแต่ที่ชาวคริสต์สามารถพิชิตดินแดนคืนได้จากชาวมุสลิม บริเวณเมืองนี้ก็ตกเป็นข้อพิพาทระหว่างสเปนกับโปรตุเกสอยู่หลายศตวรรษ ทั้งสองได้ผลัดเปลี่ยนกันเข้ามามีอำนาจและก่อให้เกิดการสู้รบหลายครั้งไม่ว่าจะเป็นสงครามการสืบราชบัลลังก์สเปน (ค.ศ. 1705), สงครามคาบสมุทร (ค.ศ. 1808–1811), การล้อมบาดาโฆซ (ค.ศ. 1812) หรือสงครามกลางเมืองสเปน (ค.ศ. 1936) ร่องรอยของประวัติศาสตร์สเปนได้ปรากฏให้เห็นอย่างกว้างขวางในเมืองนี้