Le nouveau roi, Jean III, accorde de nombreux privilèges à la noblesse. Dans le domaine religieux, il tente de parvenir à un compromis entre catholiques et luthériens, sans succès. Son fils Sigismond, élu roi de Pologne en 1587, lui succède à sa mort en 1592. La noblesse accepte difficilement ce nouveau souverain catholique. Dès 1593, la noblesse réunie en synode à Uppsala adopte définitivement le luthéranisme et contraint le roi à le reconnaître comme religion d'État. Durant un séjour de Sigismond en Pologne, en 1595, le duc Charles se fait reconnaître comme régent par le Riksdag. La situation s'envenime, et une brève guerre civile éclate en 1598. Vaincu, Sigismond retourne en Pologne et Charles, reconnu roi par les États dès 1600, prend le nom de Charles IX en 1604.