Під час німецької окупації Католицька церква зазнала утисків з боку нацистської влади. У цей час було закрито багато католицьких монастирів, освітніх установ Католицької Церкви. Багато віруючих Католицької Церкви в цей час активно чинили опір окупаційній владі. Символом громадянської непокори став Франц Ягерштеттер, котрий відкрито заявляв про своє неприйняття нацистських поглядів. У 2007 році Франц Ягерштеттер був зарахований Римсько-Католицькою Церквою до лику блаженних.