В 2001 году Вилья во второй раз принял участие в Кубке Конфедераций. На турнире он был запасным и на поле не вышел. В 2002 году Херман во второй раз попал в заявку на участие в чемпионате мира. На турнире в Японии и Южной Корее он был запасным и на поле не вышел.