Fu promosso a Contrammiraglio il 6 dicembre 1899. Dal febbraio 1900 fu capo di una commissione per il miglioramento dello stato di artiglieria navale e due anni più tardi divenne comandante della scuola di artiglieria navale per la flotta russa del Baltico a San Pietroburgo. Durante la guerra russo-giapponese, Fölkersam fu nominato comandante della II divisione corazzata della II flotta del Pacifico. Lo squadrone partì dal Mar Baltico, il 15 ottobre 1904 al comando dell'ammiraglio Zinovij Petrovič Rožestvenskij in un viaggio intorno alla punta meridionale dell'Africa, attraverso l'Oceano Indiano e il nord dello Stretto di Tsushima nel tentativo di alleviare il blocco giapponese di Port Arthur. Fölkersahm era già gravemente malato di cancro. Rožestvenskij era a conoscenza della condizione di salute di Fölkersam, e quando la flotta raggiunse Tangeri, gli assegnò il comando indipendente costituito da cinque navi da guerra più grandi e diversi mezzi di trasporto, che transitarono dal Canale di Suez per raggiungere la flotta principale a Nossi Bé in Madagascar.