בספטמבר 2012 הציע מוחמד בריאיון לטלוויזיה המצרית לתווך בין העולם המערבי לבין ארגוני הטרור האסלאמיים. הוא היה מעורב בארגון המחאה מול שגרירות ארצות הברית בקהיר בספטמבר 2012. כמו כן ארגן מחאה מול שגרירות צרפת, לאחר התערבותה הצבאית במאלי, וקבע כי צרפת נלחמת באסלאם. למעשה, מוחמד א-זוואהירי הוא מנהיג הזרם הסלפי-ג'יהאדיסטי במצרים, ונחשב למנהיג של פעילי הטרור המזהים עצמם כסלפים ג'יאהדיסטים (א-סלפיה אל-ג'יהאדיה) בחצי האי סיני. באוגוסט 2013, לאחר הדחתו של נשיא מצרים מוחמד מורסי, נעצר מוחמד, ובאפריל 2014 הועמד לדין על הקמת ארגון טרור שמטרתו לפגוע בביטחון מצרים.