Jakůbek reprezentoval Česko na šesti Mistrovstvích světa mezi lety 2002 a 2012. Patří tak k hráčům s nejvyšším počtem účastí a má čtvrtý nejvyšší počet odehraných zápasů v reprezentaci. Na Mistrovství v roce 2004 získal zatím jedinou českou stříbrnou medaili. V roce 2010 přidal ještě bronzovou medaili, a po Radimu Cepkovi se stal druhým florbalistou, který odehrál v české reprezentaci přes 100 zápasů. Byl v širší nominaci ještě v roce 2014, ale na mistrovství se nakonec nedostal.