Die FARDC hat sowohl mit starken Organisations- als auch Moralproblemen zu kämpfen. Die Soldaten sind unzureichend ausgebildet und ausgerüstet, der Sold wird nur unregelmäßig ausbezahlt und reicht nicht aus, um den Lebensunterhalt zu bestreiten. Die Moral der Truppe ist entsprechend schlecht und die Desertationsrate hoch. Bei Kämpfen im Kivu kam es immer wieder zu Massendesertationen tausender Soldaten. Zahlreiche Menschenrechtsverletzungen gehen auf Kräfte der FARDC zurück, regelmäßig kommt es zu Übergriffen auf Zivilisten mit Plünderungen und Vergewaltigungen seitens der Angehörigen der FARDC.