El-Mohamedi 2007 augusztusában, 20 évesen debütált az egyiptomi válogatottban, Elefántcsontpart ellen. A 2008-as afrikai nemzetek kupája előtt az egyiptomiak kilenc meccséből nyolcon pályára lépett, az egyiptomi válogatott győzelmével végződő tornán azonban csak csere volt. Később megszilárdította helyét a csapatban és a 2010-es világbajnokság selejtezői során már állandó tagja volt a válogatottnak. A 2009-es konföderációs kupán már az első meccsen, Brazília ellen kiállították, amiért kézzel hárított egy kapu felé tartó labdát. A 2010-es afrikai nemzetek kupáján fontos tagja volt a tornát megnyerő egyiptomi csapatnak.