En , il déclare qu’il renonce à sa dernière année universitaire pour pouvoir se présenter à la Draft de la NBA. Il est sélectionné en par les Bobcats de Charlotte. Il commence sa carrière professionnelle de très belle manière en étant nommé MVP de la ligue d'été de "". Il se blesse en décembre, ce qui mit fin à sa saison rookie. Il dispute ainsi vingt-trois rencontres, dont une dans le cinq de départ, pour des statistiques de 8,2 points, 4,7 rebonds et 1 passe en 17 minutes 3. La saison suivante, il dispute trente-cinq rencontres, pour des moyennes de 11,9 points, 6,7 rebonds et 1,9 passe. Le , il annonce qu'il a décidé d'avoir recours à la chirurgie pour une micro-fracture du genou droit, ce qui par conséquent l’empêche de disputer la saison NBA 2007-2008. Les effets de la chirurgie effectuée sur lui la saison précédente ne lui permettent pas de jouer à cause de problèmes de conditionnement physique due à la fatigue et à des tendinites. Le , il est jugé inapte physiquement à jouer avec les Bobcats par l’entraîneur Larry Brown qui le place sur la liste des joueurs inactifs. Durant cette saison 2008-2009, il dispute un total de vingt-quatre rencontres dont douze en tant que titulaire, marquant 3,9 points, captant 2,9 rebonds et délivrant 0,4 passe. Le , la chaîne d'information sportive ESPNews indique que les Bobcats de Charlotte décident de ne pas prolonger le contrat de Sean May pour une quatrième année ce qui fait de lui un agent libre.