Desde el día 9 de noviembre de 2006, Velayatí se encuentra imputado en la causa por el atentado contra la sede de la Asociación Mutual Israelita Argentina(AMIA) a cargo del Juez Dr. Rodolfo Canicoba Corral. Velayati, quien para la fecha de los sucesos investigados revestía el rango de Ministro de Relaciones Exteriores de la República Islámica de Irán, fue imputado por «[...] su intervención en la reunión en la cual tuvo lugar la resolución final que se adoptó el 14 de agosto de 1993 en el Consejo Supremo de Seguridad Nacional de Irán de atentar contra la Republica Argentina, materializada poco tiempo después en el atentado contra la sede de la A.M.I.A. [...] ».