Etter nesten 20 år med vanstyre forsøkte Museveni å gi sin regjering en bred etnisk base og forhindre fraksjonering. Han fikk bred støtte internasjonalt. I forhold til hans forgjengere ble landet roligere og utviklet seg stort sett positiv. Han har problemer med interne konflikter, særlig med acholi-folkegruppen i nord og deres svært kontroversielle Herrens motstandsarmé. dessuten deltok Uganda under hans ledelse i den første og andre Kongokrigen.