Pesten i London 1665 var en omfattende epidemi, som drepte opp mot en femtedel av Londons befolkning. Den spredde seg også utenfor byen, blant annet ved at smitten fulgte med en del av de som flyktet. Til Eyam kom pesten på annen måte, gjennom en infisert bunt med tekstiler som ble levert til skredderen George Vicars. Han døde før det hadde gått en uke. Flere dødsfall fulgte, og landsbyboerne henvendte seg til sin sogneprest William Mompesson og den puritanske forstanderen Thomas Stanley. De innførte flere tiltak for å begrense spredning av sykdommen, blant annet at familier skulle gravlegge sine egne døde, og at gudstjenester skulle flyttes fra sognekirken St. Laurence til Cucklett Delph slik at man kunne dele folk i flere grupper. Det mest drastiske tiltaket var å sette hele landsbyen i karantene for å hindre ytterligere spredning mot områder lenger nord. Pesten herjet i landsbyen i seksten måneder og drepte minst 260. Til slutt var bare 83 av de opprinnelig omkring 350 innbyggerne i live.