Trotz der bei der Kapitulation von Granada garantierten Religionsfreiheit begann schon nach 1502 die Zwangsbekehrung der Mudéjares durch die Katholische Kirche und die Enteignung der muslimischen religiösen Institutionen. Nach einem Aufstand in Granada um 1499 ordnete die Monarchie die Zwangsbekehrung der Muslime oder deren Deportation an. In der Folgezeit traten zwar viele Muslime, Morisken genannt, zum Christentum über, übten den Islam aber im Geheimen weiter aus und sahen sich der Verfolgung durch die Inquisition ausgesetzt.