Die Geburt von Leopold Johann am 13. April 1716 um 19:30 Uhr wurde mit großem Prunk des spanischen Hofzeremoniells gefeiert. Zum Zeitpunkt der Geburt führte Österreich, zusammen mit der Republik Venedig, Krieg gegen die Türken. Als zukünftiger Thronfolger des Herrscherhauses Habsburg erhielt er mit der Geburt den Orden vom Goldenen Vlies, da sein Vater selbst Großmeister des Ordens in Österreich war. Die Taufe am 14. April 1716 im Rittersaal der Wiener Hofburg erfolgte mit Jordanwasser aus dem Heiligen Land. Seine Namen "Leopold Johann Anton Joseph Franz de Paula Hermengild Rudolph Ignatius Balthasar" weisen auf die habsburgische Familientradition und die Heiligenverehrung der damaligen Zeit hin. Die Taufe wurde vom päpstlichen Nuntius zusammen mit dem Domprobst von Sankt Stephan und dem Schottenabt durchgeführt. Anwesend waren außerdem der Erzbischof von Prag, Franz Ferdinand von Kuenburg, und der Erzbischof von Valencia sowie acht weitere Bischöfe und neun Äbte. Taufpate war König Johann V. von Portugal, der mit Maria Anna von Österreich, einer Tante von Leopold Johann, verheiratet war. Johann ließ sich dabei von dem kaiserlichen Feldmarschall und Prinzen Maximilian Wilhelm von Braunschweig und Lüneburg vertreten.