Hänen avioliittonsa kiivasluonteisen Sarah Jenningsin, Annan hyvän ystävän, kanssa varmisti Marlborough’n nousun ensin brittiarmeijan kenraalikapteeniksi ja sitten herttuaksi. Hänestä tuli liittoutuneiden "de facto" ylipäällikkö Espanjan perimyssodassa ja hänen voittonsa Blenheimin (1704), Ramilliesin (1706), Oudenarden (1708) ja Malplaquet’n (1709) taisteluissa varmistivat hänen paikkansa historiassa yhtenä Euroopan suurimmista sotapäälliköistä. Mutta hänen vaimonsa myrskyisä suhde kuningattareen ja tämän hovista erottaminen olivat keskeinen osa hänen omaa tuhoaan. Jouduttuaan Annan epäsuosioon ja Tory- ja Whig-puolueiden väliin, Marlborough, joka oli tuonut loistoa ja menestystä Annan valtakauteen, pakotettiin eroamaan virastaan, minkä jälkeen hän meni vapaaehtoisesti maanpakoon. Hän palasi Englantiin ja vaikutusvaltaan Hannover-suvun alle Yrjö I:n valtaannousun myötä vuonna 1714.