Während des spanischen Erbfolgekriegs war Marsigli Unterkommandant (stellvertretender Kommandeur) der Festung Altbreisach. Als er 1703 nahezu kampflos die Festung an Ludwig von Frankreich, Herzog von Burgund übergab, um so das Leben seiner Soldaten zu schonen, wurde er durch ein kaiserliches Kriegsgericht des Landesverrats angeklagt, 1704 degradiert und unehrenhaft aus der Armee entlassen.