Tras la aprobación de la permanencia de España en la OTAN (referéndum del 12 de marzo de 1986), la masiva movilización en su contra se expresó políticamente en la fundación de Izquierda Unida el 27 de abril. El PORE, reducido ya a unas decenas de militantes, con su centro en Barcelona y manteniendo una minúscula agrupación en Madrid, solicitó su adhesión pero fue vetado por el PCE y el PCPE. En la década siguiente, el PORE mantuvo posiciones hostiles hacia IU, concurriendo en solitario a las elecciones generales de 1986 (5.126 votos, 0,03%), 1989 (7.906 votos, 0,04%), 1993 (8.667 votos, 0,04%), y retirando su candidatura al Congreso de los Diputados durante la campaña electoral de 1996 en la que pidió el voto para Herri Batasuna. Concurrió a las elecciones europeas de 1987 (30.157 votos, 0,16%), 1989 (candidatura PST-PORE, 38.690 votos, 0,24%) y 1994 (16.144 votos, 0,09%).