Звёздным часом Йенса стала игра против сборной Австрии 12 сентября 1990 в шведской Ландскруне: его коллега по сборной Торкил Нильсен забил первый и единственный гол в матче против австрийцев, а сам Кнудсен взял все удары от австрийцев и стал героем матча, принеся стране сенсационную победу. В то время фарерская команда состояла из любителей, и он подрабатывал водителем вилочного погрузчика на заводе по производству консервов в Рунавике. Журналисты назвали Кнудсена сразу же «вратарём в шапке с помпоном», и это прозвище закрепилось за ним. Прощальный матч Йенс провёл 14 мая 2006 против сборной Польши. В рейтинге игроков с наибольшим количеством игр за сборную Фарерских островов Йенс удерживает 3-е место.