Treitschke führte 1848 als Oberst und Kommandant das 1. Infanterieregiment „Prinz Albert“. Sein Kommando war nur von kurzer Zeit, denn bereits 1849 übernahm er auf Bitten des Königs Friedrich August II. wesentliche Aufgaben für das sächsische Heer. Dies waren zum einen die strategische Ausrichtung des Heeres als Bundeskontingent von 6000 Mann zur Operationsarmee nach Schleswig-Holstein unter Führung des preußischen Feldmarschalls Friedrich Graf von Wrangel. Zum anderen war Eduard Heinrich von Treitschke 1849 Chef des Generalstabes des königlich sächsischen Generalleutnants Herzog Ernst II. von Sachsen-Gotha, des Kommandeurs der Reservebrigade im Feldzug in Schleswig-Holstein (1848/51). Dort hatte Treitschke 1848 durch eine situationsbedingte Befehlsgewalt einen wesentlichen Anteil an der Ausschaltung und Gefangennahme der dänischen Flotte im Gefecht bei Eckernförde. Dafür wurde er am 4. Juli 1849 mit dem Ritterkreuz des Militär-St.-Heinrichs-Ordens ausgezeichnet.