Происходил из семьи небогатых, но знатных идальго. Два года изучал право в университете Саламанки, однако предпочёл военную карьеру. В 1504 году переехал на Эспаньолу, в 1510—1514 годах участвовал в экспедиции по покорению Кубы под началом Диего де Веласкеса. В 1519—1521 годах по собственной инициативе предпринял завоевание Мексики. В 1522—1526 годах занимал пост генерал-капитана вновь образованной колонии Новая Испания, проводя независимую политику, но из-за ожесточённой борьбы за власть в 1528 году вернулся в Европу. Король Карл V пожаловал ему в 1529 году титул маркиза Оахаки (). В 1530 году Кортес возвратился в Мексику в звании военного губернатора, но уже не имел реальной власти. В 1540 году навсегда вернулся в Европу, участвовал в неудачном походе на Алжир 1541 года. Скончался и похоронен в Испании, в 1566 году прах был перенесён в Мексику. В 1560-е годы его потомки попытались захватить власть в Мексике, но переворот завершился провалом.