I biancorossi, dopo la stagione 1928-1929 in Divisione Nazionale (categoria in cui il Liberty è stato promosso prima della fusione), vengono retrocessi nella neo istituenda Serie B a causa della riorganizzazione dei campionati, iniziando un'alternanza fra le due serie maggiori che li vede in Serie A, la nuova massima serie inaugurata nel 1929, nel biennio 1931-1933 e nel sessennio 1935-1941, quest'ultimo finora il periodo più lungo disputato dal Bari nell'anzidetta categoria. In questi anni il club lancia sul panorama calcistico nazionale giovani giocatori, soprattutto baresi. Dal 1934 la squadra gioca nel nuovo stadio della Vittoria. Nella stagione 1940-1941 la società, carente di liquidità, retrocede in Serie B. Nel campionato seguente i galletti, allenati prima da András Kuttik e poi da Stanislao Klein si laureano per la prima volta campioni della serie cadetta, ma l'anno successivo retrocedono ancora, dopo gli spareggi-salvezza.