Незважаючи на указ короля про зрівняння нових християн із португальцями, частина духівництва та більшість населення країни продовжувала вважати їх євреями й негативно ставилася до них. Їх зневажливо називали «людьми [відомої] нації» (). У травні 1504 відбулися погроми нових християн в єврейських кварталах Лісабона, а в квітні наступного року — в Еворі. У квітні 1506 стався новий Лісабонський погром, під час якого загинуло 2 000 євреїв. Король Мануел І покарав провідників і частину учасників погромів, і видав новий указ від 1 березня 1507, яким дозволив новим християнам вільно емігрувати, вивозити nf продавати майно. Після цього багато марранських родин покинули Португалію; деякі осіли в Османській імперії, Нідерландах, Марокко й Італії. Закордоном емігранти відкрито повернулися до юдаїзму, утворивши окремі спільноти звані «португальські конгрегації». Багато марранів виїхали до колоній у Новому Світі — Бразилії, Суринаму, Ямайки, Кюрасао, Барбадосу та Антильських островів. У деяких країнах тогочасної Європи, Азії й особливо Америки цих португаломовних євреїв називали «португальцями». Серед їхніх відомих нащадків були філософ Барух Спіноза й економіст Давид Рікардо.