Già dall'estate del 2000 la si assicura, dalla squadra friulana, le prestazioni sportive di Fiore assieme a quelle di Giuliano Giannichedda, rimasti in prestito per una stagione ai "bianconeri". A Roma ritrova come allenatore Dino Zoff, tecnico con il quale Fiore aveva giocato in Nazionale agli Europei del 2000. Nel primo anno colleziona 30 presenze e 3 reti in campionato e vive il cambio di allenatore: già dalla quarta giornata la squadra viene affidata ad Alberto Zaccheroni che non riesce a impiegarlo con efficacia. La situazione cambia con l'avvento sulla panchina laziale di Roberto Mancini, allenatore emergente che riesce a trovare per Fiore più spazio. Nelle due stagioni sotto la guida del tecnico di Jesi, nel 2002-2003 la Lazio arriva alla semifinale di Coppa UEFA e al quarto posto in campionato al quale Fiore contribuisce con 33 presenze e 6 marcature, risultando, così, determinante nella conquista del diritto a disputare i preliminari di Champions League della stagione seguente. In questa stagione (2003-2004) i "biancocelesti" si classificano al sesto posto in campionato e Fiore, oltre a collezionare 32 presenze e 8 reti in campionato, li trascina alla vittoria della Coppa Italia: nella finale di andata che si disputa a Roma, la Lazio batte la per 2-0 e Fiore realizza entrambe le reti del successo, con il suo nome che entra nel tabellino dei marcatori anche nella finale di ritorno a Torino poiché fissa il punteggio sul 2-2 completando così la rimonta (da 0-2) della sua squadra ai danni della compagine di Marcello Lippi. Con 7 presenze e 6 reti risulta essere un protagonista della manifestazione laureandosi capocannoniere del torneo.