בפרוץ מלחמת העולם השנייה התנדב לצבא הבריטי. בקשותיו לשרת בחיל האוויר המלכותי הבריטי נדחו, וכרבים מבני היישוב העברי גויס ליחידת הקומנדו 51. בקיץ 1941 השתתף בפעולות מיוחדות במערכה על שפך הליטני בלבנון. בשל ידיעת הערבית צורף בסתיו 1941 ליחידת קומנדו 11 ("הסקוטי") כמתורגמן ולקח חלק בפשיטה מעבר לקווי האויב בצפון אפריקה (מבצע פליפר). המבצע, שנועד ללכידת הגנרל הגרמני ארווין רומל, לא השיג את מטרתו והלוחמים ברובם נלכדו בידי כוח שיטור איטלקי. עד חודש יוני 1942 נחשב לנעדר. אבישלום שהה בשבי שלוש וחצי שנים, תחילה בדרום איטליה, ואחרי פלישת בעלות הברית לשם בספטמבר 1943 הועבר לשבי הגרמני.