Percy unterstützte Königin Isabelle, als diese im September 1326 in England landete und erfolgreich gegen ihren Mann König Eduard II. und die Herrschaft von dessen Günstlingen, den Despensers, rebellierte. Als wenige Wochen nach der Krönung des neuen Königs Eduard III. im Februar 1327 die Schotten einen neuen Überfall über die Grenze führten, wurde Percy am 27. Februar mit der Verteidigung von Nordengland betraut, wofür ihm 100 Men-at-arms zusätzlich zu seinen eigenen Kräften zur Verfügung gestellt wurden. Kurz darauf wurde er zum Hüter der Scottish Marches ernannt. Am 5. September 1327 wurde sein Amt als Hüter der Scottish Marches bis Weihnachten verlängert. Am 9. Oktober wurde er zu einem der beiden Gesandten ernannt, die einen endgültigen Frieden mit Schottland schließen sollten, worauf er mit das Abkommen von Edinburgh und Northampton aushandelte. Während der Verhandlungen verfolgte er dabei zweifelsfrei auch eigene Interessen. Noch am 28. Juli 1326 hatte ihm der schottische König Robert Bruce Ländereien in Schottland, die seinem Vater gehört hatten, vor allem die Baronie Urr in Galloway sowie "Red Castle" in Angus, zugesprochen. Percy gehörte damit zu den sogenannten "Enterbten", die wegen des Krieges Ländereien in Schottland verloren hatten oder zumindest dort Ländereien beanspruchten. Percys Ansprüche waren dabei rechtlich sehr zweifelhaft. Am 3. Juni 1331 zahlte er dem rechtmäßigen Erben der Ländereien 200 Mark, damit er auf seine Ansprüche verzichtete. Dies zeigt aber auch, dass er wenigstens für kurze Zeit über die beanspruchten Ländereien verfügen konnte.