Po agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939 aresztowany przez NKWD przy próbie przekroczenia granicy polsko-węgierskiej. Był więziony we lwowskich Brygidkach, latem 1940 w Starobielsku, następnie w Kijowie i w moskiewskiej Łubiance, skąd wywieziony został do łagru na Kołymę. Po ataku III Rzeszy na ZSRR uwolniony przez władze sowieckie w wyniku układu Sikorski-Majski w 1942, wstąpił do Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR formowanych pod dowództwem gen. Władysława Andersa. Kierował Biurem Studiów przy II Korpusie, zbierając relacje więźniów Gułagu i deportowanych, a także materiały i świadectwa dotyczące zbrodni katyńskiej i generalnie ZSRR.