Krimin sodan puhjettua Napier nimitettiin helmikuussa 1854 Itämerelle lähetetyn laivaston komentajaksi. Pitkästä urastaan huolimatta hänellä ei ollut aiempaa kokemusta ylipäällikkyydestä. Häneen kohdistettiin suuria odotuksia, mutta Britannian yleinen mielipide kääntyi häntä vastaan, kun hän ei hyökännytkään odotetusti Kronstadtiin. Napier risteili useita kuukausia päämäärättömästi Suomenlahdella ja kääntyi takaisin sekä Viaporin että Kronstadtin edustalta haluttomana vaarantamaan laivastoaan hyökkäyksellä vahvoja merilinnoituksia vastaan. Hän onnistui kuitenkin saartamaan Venäjän satamat Itämerellä sekä valtaamaan ja tuhoamaan Bomarsundin linnoituksen Ahvenanmaalla yhdessä Ranskan laivaston ja kenraali Achille Baraguey d’Hilliersin komentamien maihinnousujoukkojen kanssa. Palattuaan talveksi kotimaahan Napier joutui voimakkaan ryöpytyksen kohteeksi ja hänen tilalleen nimitettiin kontra-amiraali Richard Saunders Dundas. Katkera Napier erosi laivastosta ja asettui ehdolle parlamenttivaaleissa. Hänelle ei tämän jälkeen enää tarjottu komentajantehtäviä, mutta hän sai vuonna 1858 amiraalin arvon.