Als Sitz des Islamischen Zentrums München spielte die Moschee eine wesentliche Rolle für den politischen Islam in Europa und wird daher zu den bedeutendsten Moscheen überhaupt gezählt. Ursprünglich sollte sie im Kalten Krieg nach gemeinsamen Plänen Gerhard von Mendes und des Bundesnachrichtendienstes als Verbindung zur islamischen Welt fungieren, um den Sowjetkommunismus politisch zu schwächen. Mit Unterstützung des US-Geheimdienstes CIA setzte sich schließlich die Muslimbruderschaft um Said Ramadan gegen die deutschen Pläne durch und übernahm die Leitung des Moscheebau-Projekts. Die Moschee wurde zum Anlaufpunkt für Muslimbrüder aus aller Welt. Auch Mahmud Abouhalima, einer der Drahtzieher des Bombenanschlags auf das World Trade Center 1993, besuchte die Freimann-Moschee regelmäßig. Wie später Mamduh Mahmud Salim, genannt Abu Hadscher, ein enger Vertrauter Osama bin Ladens, suchte er regelmäßig den Kontakt zum dortigen Imam Ahmed al-Khalifa. Mehrfach war die Moschee in den vergangenen Jahren Ziel polizeilicher Razzien und Ermittlungen wegen vermuteter krimineller Handlungen zugunsten islamistischer Bestrebungen.