En poste à Pékin à la veille de la Seconde Guerre mondiale, il est replié en janvier 1940 dans la concession française de Chang-Haï, où un petit bataillon mixte (Européens et Annamites) maintient la présence militaire française malgré l'occupation de la ville par les troupes japonaises. Mais en 1940, à la suite du coup de force japonais en Indochine, le bataillon, depuis longtemps coupé de la Métropole et dont il est devenu l'adjoint du chef de corps, sera interné dans ses propres casernements, le drapeau est maintenu... Lors de la capitulation japonaise, les Français récupéreront les armes qui ont échappé aux fouilles et reprendront une certaine autonomie, vivant à crédit jusqu'à l'arrivée des autorités « gaullistes ». Objet de suspicions et considérés comme « collaborateurs » des Japonais, les officiers du bataillon devront remplir un questionnaire détaillé au sujet de leurs activités durant la période 40/46... Trinquier, à la suite du suicide de son chef de corps et moralement affecté, refusera et remettra même sa démission. Le général Raoul Salan le convainc de rester et il se porte immédiatement volontaire pour l'Indochine. De ce fait son avancement sera compromis durant quelques années.