Il 13 luglio 2009 viene ceduto insieme a Walter Sharpe ai Denver Nuggets in cambio di una seconda scelta al draft 2011 e di una trade-exception. Il 10 febbraio 2011 realizza un tiro della vittoria in faccia a Shawn Marion, che ha permesso alla sua squadra di battere i Dallas Mavericks per 121-120. I Nuggets erano in svantaggio per 110-119 a 2 minuti dalla fine prima della miracolosa vittoria; Afflalo ha condotto la squadra alla vittoria praticamente da solo, grazie ai 19 punti realizzati nel quarto quarto.