Fabius kreeg landelijke bekendheid door zijn betrokkenheid bij de affaire Fred Spijkers en de Srebrenica-affaire. Spijkers was een maatschappelijk werker die aan de kaak stelde dat een bepaald type landmijn niet veilig was (een militair, Ovaa, was omgekomen), maar enkel tegenwerking vanuit het leger ontmoette. Fabius was verantwoordelijk voor het in de doofpot stoppen van het productieverbod uit 1970 en het niet naar buiten brengen van relevante informatie. Ook werden er onder zijn verantwoordelijkheid frauduleuze processen-verbaal van de marechaussee verspreid die de slachtoffers van de granaat als schuldigen aanwezen. Na het fatale ongeluk met Ovaa in 1984 hoorde Fabius een aantal getuigen in het kader van een justitieel onderzoek. In het door hem op 12 april van dat jaar ondertekende "proces-verbaal van bevindingen" stelt Fabius dat mijntester Ovaa zelf schuldig was aan het ongeval en dat de mijn op zich goed functioneerde. Een jaar eerder waren twee onderofficieren door het Hoger Militair Gerechtshof niet vervolgd voor dood door schuld, omdat Fabius de conclusie had getrokken dat alleen de omgekomen instructeur verantwoordelijk was voor het ongeluk. Beide onderzoeken werden later door de Nationale Ombudsman gekraakt.