Después de nacer futbolísticamente en el Club Atlético Progreso en Uruguay, participando en 1999 en el 7º Torneo Internacional de Shanghái con la selección B de Uruguay, donde clasificó como campeón, y en ese mismo año el mundial sub-20 de Nigeria y luego con Peñarol, fichó en julio de 2003 por el Valencia de Rafael Benítez. Llegó para reemplazar a Kily González, que se iba al Inter de Milán. Benítez consideró que no necesitaba a un jugador como Canobbio en su plantilla, afeándole el fichaje al presidente del club con esta frase: "Pido una mesa y me traen una lámpara". El apodo de "lámpara" le persiguió durante toda su estancia en España. El técnico lo veía como un interior izquierdo, el sustituto de Vicente, y sus minutos en aquel Valencia campeón de Liga fueron muy pocos; marcó un solo tanto en toda la temporada, el gol del empate a dos contra Celta de Vigo.