Pendant ce temps, des négociations avec Marvel Studios révèlent que Taika Waititi est choisi pour diriger le film centré sur Thor. C’est également le premier film de Waititi dans lequel il ne participe pas à l’écriture du scénario, celui-ci étant confié à Christopher Yost, Stephany Folsom et Craig Kyle. Filmé en 2016, ' sort fin 2017. L'accueil est enthousiaste et place le film en tête des entrées parmi la trilogie des Thor. Waititi est ainsi impliqué dans la production d", afin d'assurer la continuité de l'arc scénaristique du personnage. Waititi travaille ensuite à la réalisation de "Jojo Rabbit", un film basé sur le roman "Le ciel en cage" (en version originale : "Caging Skies") de Christine Leunens. Le film raconte l'histoire de Johannes, un jeune viennois membre des Jeunesses hitlériennes dont les péripéties l'amènent à découvrir une jeune juive cachée chez sa mère. Pris entre la propagande nazie et l'absence de son père, Johannes s'invente un père imaginaire qui prend la forme d'Adolf Hitler. Le film, dans lequel Taika Waititi joue Adolf Hitler aux côtés de Scarlett Johansson, Sam Rockwell et Rebel Wilson, est tourné en République tchèque et sort en salles à l'automne 2019 en Amérique du Nord. Il reçoit le Prix du public lors du Festival international du film de Toronto, puis l'Oscar et le Bafta du meilleur scénario adapté en 2020.