1999 року був вдруге призначений головним тренером збірної Югославії. Під його керівництвом команда здобула путівку на чемпіонат Європи. На полях Бельгії і Нідерландів югослави подолали груповий бар'єр, але в чвертьфіналі поступилися команді Луї ван Галя. Після континентальної першості Бошков залишив збірну, але вже влітку наступного року повернувся. Разом з Іваном Чурковичем і Деяном Савичевичем тренував команду Югославії в кваліфікації до чемпіонату світу. Потім мешкав поблизу Генуї, інколи викладав у місцевій тренерській школі.