A 2002-es világbajnokságon selejtezőiben Oroszországgal, Jugoszláviával, Svájccal, Feröerrel és Luxemburggal kerültek egy csoportba. Zahovič ismét kulcsszerepet játszott a szlovénok teljesítményében, négy gólja mellett több gólpasszt osztott ki. Ezzel pedig hozzájárult ahhoz, hogy Szlovénia ismét megszerezte a pótselejtezőt érő második helyet. A pótslejtezőben Románia ellen léptek pályára. A forgatókönyv kísértetiesen hasonlított az ukránok ellen játszott mérkőzésekre. Az első találkozóra Ljubljanában került és ismét a vendég csapat szerzett vezetést, de Milenko Ačimovič és Milan Osterc góljaival fordítottak a szlovénok és 2–1-s győzelemmel utazhattak a visszavágóra. Bukarestben az első félidő 0–0-val zárult, majd az 55. percben Mladen Rudonja vezetéshez juttatta a szlovénokat. Tíz perccel később Cosmin Contra révén a románok ugyan egyenlíteni tudtak, de az eredmény a hátralévő időben már nem változott. Szlovénia ezzel története első világbajnokságára készülhetett.