Pokój w Schönbrunn, którego nie przyjęto w Tyrolu, został uznany przez Tyrolczyków za zdradę ich interesów przez cesarza Austrii Franciszka I i pchnął Hofera do wznowienia wojny przeciwko Francuzom. Powstanie zakończyło się 1 listopada 1809 r. klęską w trzeciej bitwie pod Bergisel. Kolejne wezwanie do walki z 11 listopada nie wzbudziło entuzjazmu wśród ludności. Hofer musiał uciekać, został jednak zdradzony i 28 stycznia 1810 r. wzięty do niewoli. Przewieziono go do Mantui, gdzie po rozprawie sądu wojennego został rozstrzelany 20 lutego 1810 r. na specjalny rozkaz Napoleona. Zaś pozostawienie Tyrolczyków ich własnemu losowi, wobec wcześniejszego ich zachęcania do powstania, stało się kompromitacją dla Austrii.