Il governo fantoccio così eletto proclamò il 21 luglio 1940 la costituzione della Repubblica Socialista Sovietica di Estonia e richiese all'unanimità l'annessione all'URSS. L'annessione e occupazione estone, come per le altre repubbliche baltiche, non incontrò mai il riconoscimento da parte delle potenze occidentali, in accordo alla dottrina Stimson. Le autorità sovietiche, dal canto loro, avendo ottenuto il totale controllo del territorio, instaurarono subito un regime del terrore: solo nel primo anno di occupazione furono arrestate oltre ottomila estoni, tra cui i vertici dell'esercito e dei partiti. Circa duemila e duecento degli arrestati furono giustiziati mentre il più dei rimanenti estoni furono deportati nei gulag in Urss. Il 14 giugno 1941, quando iniziarono le grandi deportazioni di massa in tutti e tre gli stati baltici, circa diecimila civili estoni furono trasferiti in Siberia, o in altre remote aree della Russia, nelle quali quasi la metà di essi morì. Sotto il pretesto della leva obbligatoria dovuta all'Operazione Barbarossa lanciata dai tedeschi, trentaduemilacento uomini estoni furono trasferiti dai sovietici, in Russia nel 1941: quasi il 40% perì entro l'anno successivo per fame, freddo e troppo lavoro.