В 2000 году Эмерик Женей главный тренер сборной Румынии включил Йонела в состав сборной на Евро 2000. Румыны попали в группу A вместе с португальцами, англичанами и немцами. В первом матче со сборной Германии, который закончился ничьей со счётом 1:1, Ганя так и не появился на поле. В следующем матче со сборной Португалии Ганя вышел на поле на 69-й минуте вместо Виорела Молдована при счёте 0:0, но на 94-й минуте матча португалец Коштинья забил гол и принёс своей команде победу с минимальным счётом. В последнем матче группового этапа румынам нужна была только победа над англичанами. Ганя вновь начал матч на скамейке запасных и вышел на поле лишь на 74-й минуте заменив Адриана Илие при счёте 2:2. На 88-й минуте защитник сборной Англии Фил Невилл сфолил в своей штрафной на Виореле Молдоване. Румыния получила право на пенальти, который уверенно реализовал Йонел Ганя. Своим голом Йонел принёс своей сборной победу со счётом 3:2 и выход в четвертьфинал. В четвертьфинале румыны попали на сборную Италии, которым проиграли со счётом 0:2. Ганя вновь не появился в стартовом составе и появился на поле на 54-й минуте. На этом турнир для Гани и его сборной был закончен.