Fala konwersji, która następowała w wyniku prześladowań, często była motywowana chęcią zachowania życia i majątku; konwertyci (zwani marrani) nierzadko praktykowali judaizm w ukryciu. Spowodowało to podejrzliwość wobec nich oraz prawa wymierzone w „nowych chrześcijan”, które przybrały "de facto" rasowy charakter. Potomków Żydów nie przyjmowano do stanu kapłańskiego i zgromadzeń zakonnych oraz poddawano kontroli inkwizycji. Szczególnie aktywnie tropiła „kryptojudaizm” inkwizycja hiszpańska, która prowadziła rejestry konwertytów i ich potomków i chętnie wszczynała procesy na podstawie donosów dotyczących np. podejrzanego unikania wieprzowiny. Portugalscy konwertyci zamieszkujący Lizbonę padli w kwietniu 1506 roku ofiarą krwawego pogromu. Od 1536 roku tamtejsi „nowi chrześcijanie” byli natomiast represjonowani przez inkwizycję.