Op 9 april 2018 volgde Bolton Herbert McMaster op als Nationaal Veiligheidsadviseur op voordracht van president Donald Trump. Binnen de regering-Trump gold hij meteen al als "havik". Zo zorgde een opmerking van hem over de denuclearisatie van Noord-Korea ervoor dat de Amerikaans-Noord-Koreaanse top over dit onderwerp in gevaar kwam.