Myöhemmin Smirnov valittiin alueen korkeimman neuvoston puheenjohtajaksi paikallista kommunistipuolueen vastaan ja tässä asemassa hän julisti Transnistrian moldovalaisen tasavallan itsenäiseksi valtioksi 2. syyskuuta 1990. Alun perin alue oli Moldovalainen Transnistrian sosialistinen neuvostotasavalta. Myöhemmin hän julisti itsensä tasavallan presidentiksi noin kuukausi ennen Neuvostoliiton hajoamista. Transnistrian ja keskushallituksen välillä käytiin lyhyt aseellinen konflikti.