Dopo l'attentato dell'11 settembre 2001, Bin al-Shibḥ è stato arrestato a Karachi (Pakistan) nel 2002 e fa parte della trentina di «"detenuti fantasmi"» che la CIA custodisce nel più stretto segreto nella sua rete di carceri segrete fuori degli Stati Uniti, al fine di sottrarli alle normali procedure giudiziarie del sistema statunitensi, in forza del Patriot Act approvato subito dopo gli attentati del settembre 2001.