В 1853 году Панфилов был произведён в контр-адмиралы и назначен командиром 1-й бригады 4-й флотской дивизии и на том же корабле принимал блестящее участие в Синопском бою, за отличие в котором награждён орденом Св. Владимира 3-й степени с мечами.