Nadat Californië in Amerikaanse handen was gekomen en de Californische goldrush begon, startte de United States Army een onderzoek naar de mogelijkheden om van Alcatraz een militaire vestiging te maken. In 1850 gaf president Millard Fillmore in nasleep van de Mexicaans-Amerikaanse Oorlog officieel het bevel om van Alcatraz een militaire vestiging te maken. In 1853 werd onder toezicht van Zealous B. Tower begonnen met het bouwen van een militair fort. Het werk duurde tot 1858. Tegen het einde van dat jaar werd het eerste garnizoen van ongeveer 200 soldaten op het eiland gevestigd. Toen in 1861 de Amerikaanse Burgeroorlog uitbrak, werd het eiland geschikt gemaakt om als strijdlocatie te dienen. Alcatraz had destijds 85 kanonnen, maar vanwege gebrek aan manschappen kon maar een klein deel hiervan tegelijkertijd worden ingezet. In praktijk hoefde er nooit vanaf het eiland te worden geschoten als offensief. Wel werden op het eiland krijgsgevangenen opgesloten.