Католицизам је постао државна религија Малте. Острво је потпадало под јурисдикцију сицилијанске бискупије Палермо. Династија Хоенштауфен управља острвом од 1194. до 1266. године. Цар Фридрих I је 1224. године протерао муслиманско становништво са Малте. Малтом потом накратко влада Анжујска династија која је, због прекомерних пореза, била непопуларна. Карло I Анжујски 1275. године пљачка острво Гоцо. Након Сицилијанског вечерња, краљевина се дели на Напуљску и Сицилијанску краљевину. Заједно са Сицилијом, Малта је потпала под власт Арагона. Рођаци владара Арагона владају Малтом до 1409. године, када она постаје део Круне Арагона. Деца арагонских краљева именована су кнежевима Малте. Септембра 1429. године Хафсиди покушавају да освоје Малту, али су одбијени од стране Малтежана. Ипак су успели да заробе 3000 хришћана.