Vanaf 1925 het hy baie tyd afgestaan om Armeense vlugtelinge wat slagoffers van die Armeense volksmoord was, aan die hand van die Ottomaanse Ryk gedurende die Eerste Wêreldoorlog, en verdere mishandeling daarna gely het, te help. Sy uiteindelike doel was die stigting van ’n nasionale tuiste vir hierdie vlugtelinge binne die grense van Sowjet-Armenië. Sy assistent gedurende hierdie onderneming was Vidkun Quisling, die toekomstige Nazi-medewerker en hoof van die Noorse marionetregering gedurende die Tweede Wêreldoorlog. Nadat hy die gebied besoek het, het Nansen ’n beskeie plan aan die Vergadering voorgelê vir die besproeiing van 36,000 ha waarop 15,000 vlugtelinge gevestig kon word. Die plan het uiteindelik misluk omdat daar, selfs met Nansen se aanhoudende voorspraak, geen geld beskikbaar was nie. Ten spyte van hierdie mislukking bly sy reputasie onder die Armeniërs goed.