El 1994, indignada pel que ella va anomenar "genocidi del poble txetxè", Bónner va renunciar a la Comissió de Drets Humans de Ieltsin i es va convertir en una oberta opositora a la participació armada russa a Txetxènia, criticant el Kremlin per haver suposadament tornat a l'autoritarisme a l'estil KGB sota Vladímir Putin. També va ser crítica amb la solució de dos estats del "quartet" internacional per al conflicte palestino-israelià i va expressar els seus temors sobre l'augment de l'antisemitisme a Europa. El 1999, Ielena Bónner va rebre la Medalla Truman-Reagan de la Llibertat.