Στις 11 Νοεμβρίου 1918, η Ανακωχή της Κομπιέν έφερε το τέλος του πολέμου και την ήττα των Κεντρικών δυνάμεων. Μετά από αυτό, ο Λερ παρέμεινε σε ενεργό υπηρεσία στον νέο Ομοσπονδιακό Στρατό της Αυστρίας ("Österreichisches Bundesheer"). Την επόμενη της παράδοσης ονομάστηκε αντιπρόσωπος του Διοικητή του 11ου Τμήματος του Κρατικού Γραφείου Υποθέσεων του Στρατού, θέση την οποία κράτησε ως τις 31 Δεκεμβρίου 1918. Την επόμενη μέρα έλαβε τη θέση που θα κρατούσε για τα επόμενα οκτώ χρόνια: αυτή του Αντιπροσώπου της Διαχείρισης, Οργάνωσης και Στρατιωτικών Υποθέσεων των Αεροπορικών Υποθέσεων στο Κρατικό Γραφείο, και αργότερα, με την διάσπαση της Αυστροουγγαρίας, στο αντίστοιχο Ομοσπονδιακό Γραφείο. Εν τω μεταξύ, το 1919, νυμφεύθηκε την Κριστίνε Γιοχάνε ή Γιοχάνα Φέλνερ (Christine Johanna ή Johanne Fellner) (γενν. 1891), με την οποία απέκτησε μια κόρη.