日本在攻陷威海衛（2月2日）之前，便有攻下澎湖當作海軍基地，殲滅清朝在南中國海的艦隊的打算，於1月13日便下令伊東祐亨準備攻澎。日方於1895年2月初組成進攻澎湖的陸軍混成支隊，但從實際登陸到攻佔澎湖只花了三天的時間。而在後來的臺灣乙未戰爭中，已為日本控制的澎湖便成為日軍集結軍力進攻臺灣本島南部地區的基地。