Під час Кримської війни 1853-1856 років командував бригом «Меркурій» (1853), а потім завідував п'ятьма канонерськими човнами і п'ятьма козацькими баркасами (1854-1855 роки). Брав участь у 18 морських кампаніях, за що був нагороджений орденом святого Георгія, Сергій Фадейович й по закінченню війни залишився служити на флоті.