A construção da atual igreja iniciou-se em 1842, por iniciativa do Marquês do Paraná, Presidente da província, que solicitou recursos à Assembleia Legislativa. Em 1854, em visita oficial a Niterói, o Imperador Dom Pedro II assistiu a benção do templo. Porém sua conclusão foi em 1885.Foi decorada internamente em 1929 pelo artista italiano Colossi e seu órgão foi inaugurado solenemente em 1947. Foi bombardeada na Revolta da Armada e sofreu várias reformas no século XX.