Pada saat terjadi pembantaian massal anti-komunis yang dimulai pasca-G30S mahasiswa anggota HMI dilibatkan pihak universitas dalam proses skrining dan pembersihan kampus untuk menunjuk siapa pengajar atau mahasiswa yang dianggap komunis, anggota PKI, atau aktif dalam organisasi mahasiswa kiri seperti CGMI. Mereka yang tidak lolos proses skrining ini dipecat, sebagian menjadi tahanan politik, hilang, atau dibunuh. Beberapa anggota HMI dilatih oleh RPKAD untuk membunuh.