Nedvěd, Lazio ile ilk maçına 7 Eylül 1996 tarihinde deplasmanda 1-0 yenildikleri Bologna karşısında çıktı. Ligdeki ilk golünü 20 Ekim 1996 tarihinde Cagliari'ye attı. 1996-97 sezonunu yedi golle bitirdi. 1997-98 sezonunda ilk üç maçta dört gol atarak kanadının vazgeçilmezi hâline geldi. Kulüp Kasım 1997'den Nisan 1998'e kadar 24 maçlık bir yenilmezlik serisi yakaladı. Juventus ile yaptıkları seriyi bitiren lig maçında oyundan atıldı. O sezon Lazio 1997-98 Coppa Italia'yı kazandı ve 1997-98 UEFA Kupası'nda finale kaldı. Nedvěd ve Lazio 1998-99 sezonuna Juventus ile yaptıkları Supercoppa Italiana maçının zaferiyle başladı. Maçta bir gol attı ve Juventus'u 2-1 yendiler. Lazio'nun Kupa Galipleri Kupası'nı almasına katkıda bulundu. İlk turda Lausanne'ye, çeyrek finalde Panionios ile yaptıkları iki maçta da birer gol attı. 1999 UEFA Kupa Galipleri Kupası Finalinde Mallorca'ye attığı golle 2-1 kazandılar ve kupayı aldılar. Böylece kapanan turnuvanın son golünü atmış oldu.