La guerra de Independencia griega comenzó en 1821 y la participación de Creta fue amplia. Un levantamiento de cristianos se encontró con una feroz respuesta de las autoridades otomanas y la ejecución de varios obispos, considerados cabecillas. Entre 1821 y 1828, la isla fue escenario de repetidas hostilidades. Los musulmanes fueron expulsados a las grandes ciudades fortificadas de la costa norte y parece que hasta el 60% de ellos murieron de peste o hambruna mientras estaban allí. Los cristianos cretenses también sufrieron gravemente, perdiendo alrededor del 21% de su población. Durante la gran masacre de Heraclión el 24 de junio de 1821, recordada en la zona como "el gran devastador" ("ο μεγάλος αρπεντές", "o megalos arpentes"), los turcos también mataron a la metrópoli de Creta, Gerasimos Pardalis, y cinco obispos más.