Zijn belangrijkste geschriften stammen uit de jaren 20. Dr. Mora's voornaamste bronnen van inspiratie waren John Locke, Benjamin Constant en Gaspar Melchor de Jovellanos. Hij was voorstander van een republikeins systeem maar verzette zich tegen het principe van volkssoevereiniteit, dat volgens hem tot de bloedige excessen van de Franse Revolutie had geleid. In plaats daarvan was hij voorstander van een constitutionalistisch systeem, waarbij de belangrijkste vrijheden werden beschermd tegen zowel de regering als de willekeur van de massa. Mora was een tegenstander van alle vormen van demagogie maar zag de opstand van Miguel Hidalgo die in 1810 de Mexicaanse Onafhankelijkheidsoorlog inleidde als een noodzakelijk kwaad. Hij bekritiseerde de Mexicaanse grondwet van 1824 als te onsamenhangend en vanwege het ontbreken van godsdienstvrijheid.