Avec Félix Deheza comme sélectionneur, de retour après un premier mandat avant la Coupe du monde 1950, la Bolivie s'inscrit dans les éliminatoires pour la Coupe du monde 1958, organisée en Suède. Les éliminatoires se disputent selon un calendrier ramassé puisque les Boliviens affrontent l'Argentine et le Chili en matchs aller et retour sur une période de quatre semaines. Les Andins gagnent leurs deux rencontres jouées au stade Hernando Siles et s'inclinent à Santiago et Buenos Aires. C'est l'Argentine d'Omar Sívori qui se qualifie pour la phase finale. En 1959, la sélection bolivienne fait son retour en Copa América lors de l'édition jouée en Argentine. Le tournoi est une succession de défaites, avec en ouverture un revers 0-7 contre le pays organisateur. Les hommes du sélectionneur Vicente Arraya terminent bons derniers, n'accrochant qu'un match nul lors de leur dernière rencontre contre le Pérou. Deux ans plus tard, les éliminatoires pour la Coupe du monde 1962 au Chili tournent court puisque les Boliviens sont éliminés après un duel en aller-retour contre l'Uruguay. Ils terminent l'année avec une double confrontation face au Paraguay lors de la traditionnelle "". Arraya laisse sa place au Brésilien Danilo Faria Alvim, qui a pour objectif principal de bien figurer lors de la Copa América 1963, la première de l'histoire à se jouer en Bolivie.