Yao se lesionó al final de la temporada 2005-06 de la NBA, por lo que peligró su participación en el Mundial de la FIBA de 2006. Sin embargo, se recuperó antes del inicio del campeonato, y en el último partido de la ronda preliminar anotó 36 puntos y recogió 10 rebotes en la victoria ante Eslovenia, liderando así a China a los dieciseisavos de final. En su primera ronda final, China fue eliminada por Grecia, "a posteriori" la finalista del torneo. Los promedios finales de Yao fueron de 25.3 puntos, primero en el campeonato, y 9 rebotes por encuentro, cuarto en general.