Atlético mocht het in de Supercopa de España van 2013 opnemen tegen FC Barcelona. Godín speelde volledige negentig minuten in beide wedstrijden, die beide in een gelijkspel eindigde. Barcelona scoorde echter in tegenstelling tot Atlético een uitdoelpunt. Op 1 november 2013 ondertekende Godín een nieuw contract, dat hem tot 2018 bij de club bond.. Op de laatste speeldag van de Primera División bezocht Atlético Camp Nou voor een beslissend duel voor de landstitel tegen FC Barcelona. Godín kopte op aangeven van Gabriel Fernández de 1-1 binnen, wat genoeg was voor de tiende landstitel in de geschiedenis van Atlético Madrid. Atlético Madrid behaalde de finale van de Champions League, waar rivaal Real Madrid de tegenstander was. Godín speelde de volledige wedstrijd en was opnieuw trefzeker. Toch won Real Madrid na verlenging. Op 9 januari 2015 werd Godín opgenomen in het "UEFA.com users' Team of the Year". Op 22 augustus 2014 won Atlético Madrid, met Godín in de basis de Supercopa de España van 2014. In de uitwedstrijd werd er 1-1 gelijkgespeeld, waarna de thuiswedstrijd met 1-0 werd gewonnen. In 2016 bereikte Atlético Madrid opnieuw de finale van de Champions League. Net als twee jaar daarvoor was Real Madrid de tegenstander. Na 120 minuten was het duel nog niet beslist, waarna Atlético Madrid onderuit ging in de strafschoppenserie. Godín werd voor 2016 genomineerd voor de Ballon d'Or.