Unter dem Eindruck der Französischen Revolution kam es 1797 zu internen Auseinandersetzungen, die eine Revision des Landbuchs zur Folge hatten. Als Promotoren der Neuorientierung taten sich insbesondere die Textilfabrikanten Hans Konrad Bondt und Johann Ulrich Wetter hervor. Mit dem Einmarsch der französischen Armee in die Schweiz im Januar 1798 überstürzten sich die Ereignisse. Erneut entzweiten sich die beiden Landesteile: Im April sprach sich die Landsgemeinde «hinter der Sitter» für die helvetische Verfassung aus, die Landsgemeinde «vor der Sitter» lehnte sie hingegen ab. Als die konservativen Landeshäupter Anfang Mai die Flucht ergriffen, wurden in den Gemeinden neue Führungsgremien sowie in Herisau, Teufen und Wald drei Distriktsverwaltungen etabliert. Mit der Einsetzung des ersten Regierungsstatthalters am 21. Juni 1798 hörte das Land Appenzell Ausserrhoden auf zu existieren und machte dem neuen Kanton Säntis der Helvetischen Republik Platz. Die folgenden Jahre waren durch militärische und politische Umstürze sowie die vorübergehende österreichische Besetzung und die zeitweilige Rückkehr des früheren fürstäbtlichen Landesherrn geprägt. Unter dem Eindruck der instabilen Lage verblassten zahlreiche Neuerungen wie die Einführung von Freiheitsrechten oder die Förderung des öffentlichen Schulwesens.