Honda tiếp tục có tên trong đội hình đội tuyển Nhật Bản tham dự Cúp bóng đá châu Á 2011 tại Qatar. Anh ghi bàn ấn định tỉ số trong chiến thắng 2–1 trước Syria từ chấm phạt đền ở lượt trận thứ hai vòng bảng ngày 13 tháng 1. Trong trận bán kết với Hàn Quốc, quả phạt đền của anh ở phút 97 bị thủ môn Jung Sung-Ryong đẩy ra nhưng đồng đội của anh là Hosogai Hajime đã ập vào đá bồi kịp thời nâng tỉ số lên 2–1. Tuy nhiên sau đó trong loạt sút luân lưu, Honda đã thực hiện thành công quả phạt đền của mình. Nhật Bản giành thắng lợi 3–0 sau loạt sút luân lưu để vào chung kết gặp Úc. Trong trận chung kết, Nhật Bản tiếp tục đánh bại Úc 1–0 để chính thức giành ngôi vô địch.