2013 wurde die Allrounderin Knauer erneut sechsfache deutsche Meisterin, jetzt als Juniorin: im Straßenrennen sowie in den Bahndisziplinen Punktefahren, Einerverfolgung, Zeitfahren, im Teamsprint (mit Sabina Ossyra) und in der Mannschaftsverfolgung (mit Kattinger, Stock und Tatjana Paller). Bei den Junioren-Bahnweltmeisterschaften im selben Jahr in Glasgow wurde sie Weltmeisterin im Omnium. Die Trainerin des Bayerischen Radsportverbandes, Elisabeth Lutzke, bezeichnete Anna Knauer 2013 als „echtes Ausnahmetalent, wie man es nicht alle Jahre im Leistungssport hat“.