Po zajęciu Czechosłowacji przez Niemcy 14 marca 1939 roku Moravec ze swym sztabem zbiegł do Wielkiej Brytanii, gdzie podjął współpracę z wywiadem brytyjskim. Odegrał ważną rolę w planowaniu zamachu na Reinharda Heydricha w Czechosłowacji. Za zasługi dla alianckiego wywiadu w II wojnie światowej został odznaczony amerykańską Legią Zasługi oraz Orderem Imperium Brytyjskiego. Po wojnie powrócił do Czechosłowacji. Po przewrocie komunistycznym w lutym 1948 wyjechał do Stanów Zjednoczonych, gdzie mieszkał do końca życia.