1474-ben, amikor a szczecini hercegi dinasztia kihalt, a słupski herceg, X. Bogusław került hatalomra, aki 4 évvel később egyesítette a nyugati Pomerániát is, és 1491-ben Szczecinbe helyezte fővárosát. 1532-ben azonban a hercegséget újra felosztották, és a város a Szczecini Hercegség fővárosa lett. 1570-ben Szczecinben írták alá az Oroszország és Lengyelország között kitört ún. északi hétéves háború végét jelentő békét. 1630-ban a harmincéves háború során Nyugat-Pomerániát elfoglalták a svédek, a város Svéd-Pomeránia tartomány fővárosa lett (1720-ig). A svéd háborúk alatt a gazdaság visszafejlődött. 1713-ban a várost Poroszországhoz csatolták, ezt a stockholmi béke 1720-ban megerősítette. 1723-ban Stettinben született a későbbi orosz cárnő, II. (Nagy) Katalin. 30 évvel később itt született I. Pál cár második felesége, Mária Fjodorovna. A 18. század közepétől nagy gazdasági és kulturális fejlődés indult meg. 1806 és 1812 között Szczecin francia megszállás alatt volt. 1816-ban Police a város határain kívülre került.