Dans la saison 1996-1997, les Bulls manquent de peu d'atteindre la barre des 70 victoires, finissant avec un bilan de 69 victoires pour 13 défaites. Cependant, cette année, Jordan est battu par Karl Malone pour le trophée de MVP. L'équipe accède encore aux finales NBA, après leurs victoires successives sur les Bullets de Washington , les Hawks d'Atlanta et le Heat de Miami. Les finales se jouent contre le Jazz de l'Utah où les Bulls rencontrent justement Malone, qui avec John Stockton forme un duo prolifique. La série contre le Jazz est un des moments les plus mémorables de la carrière du joueur, de par la pression qu'il a sur les épaules. Les Bulls remportent le premier match sur un panier décisif de Jordan. Arrivé au match avec deux victoires de part et d'autre, Jordan doit jouer malgré une forte fièvre et une déshydratation lié à un virus à l'estomac ou, selon le biographe Roland Lazenby, des séquelles d'une soirée trop festive. Dans ce match, connu sous le nom de « "Flu Game" » (« jeu de la grippe »), Jordan marque 38 points dont un panier à trois points décisif alors qu'il reste moins d'une minute avant la fin. Finalement, les Bulls remportent la série en six matchs. Pour la cinquième fois en autant de finales, Jordan reçoit le trophée de NBA Finals Most Valuable Player. Au cours du All-Star Game 1997, Jordan réussit le premier triple-double de l'histoire du All-Star Game, mais ne reçoit pas le trophée de NBA All-Star Game Most Valuable Player qui revient au joueur des Hornets de Charlotte Glen Rice pour ses 26 points en 25 minutes.