1809 wurden im Verlauf der Schlacht bei Regensburg alle Gebäude des bischöflichen Gymnasiums St. Paul und auch die Kirche zerstört. Die Gebäude lagen zwischen Obermünsterstraße und Petersweg und damit dicht hinter der auf dem "Petersweg" verlaufenden Stadtmauer, wo am Beginn der Schlacht die napoleonischen Truppen versuchten in die Stadt einzudringen und deshalb Stadtmauer und Gebäude heftig beschossen. Nach den Kämpfen fanden die Schüler des bischöflichen Gymnasiums zunächst Aufnahme im leer stehenden Dominikanerkloster.