Nach dem Tod Sacharows im Dezember 1989 setzte Bonner ihre Menschenrechtsaktivitäten fort. Im August 1991 schloss sie sich den Verteidigern des russischen Parlaments gegen einen kommunistischen Putsch an. Sie unterstützte den russischen Präsidenten Boris Jelzin in der Verfassungskrise 1993 und wurde von ihm in die Menschenrechtskommission berufen. 1994 gab sie aus Protest gegen die Tschetschenien-Politik Russlands ihren Sitz in dem Gremium auf. In russischen und US-amerikanischen Zeitungen schrieb sie regelmäßig über Menschenrechte und Demokratie in Russland. Sie setzte sich für das Recht auf Selbstbestimmung in der umstrittenen Region Bergkarabach und für die Völker der früheren Sowjetunion ein.