Som et aktivt medlem i Norges Godtemplar Ungdomsforbund (NGU) og leder for Trondheimsavdelingen, var Carsten Wærdahl sammen med tvillingbrødrene Tormod og Øistein Johansen leder for organisasjonen lokalt. og ved Tyskland invasjon av Norge under Operasjon Weserübung 9. april 1940, organiserte disse seg med mål om å etablere et aktivt motstandsarbeid mot tyskerne.