Während die Zaghawa im Sudan im anhaltenden Darfur-Konflikt das Zentrum der Aufstandsbewegung gegen die Regierung bilden, dominieren sie das politische System im Tschad. Die seit 2003 in Darfur operierende Rebellengruppe JEM unter ihrem Anführer Khalil Ibrahim besteht hauptsächlich aus Zaghawa-Kobe. Die zweite große, im Februar 2003 gegründete Rebellengruppe der SLA hatte anfangs zwei Führer, Abdalwahid Muhammad al-Nur, einen Fur, und Minni Arcua Minnawi, einen Zaghawa-Wogi. Ihre Mitglieder setzen sich aus Fur, Zaghawa und Masalit zusammen. Von der JEM spaltete sich 2004 die aus Zaghawa-Kabka bestehende Gruppe "National Movement for Reform and Development (NMRD)" ab, die dann durch enttäuschte Offiziere der tschadischen Armee aus der Volksgruppe der Zaghawa-Kobera Zulauf erhalten haben soll. Die SLA spaltete sich ebenfalls, wobei mit SLA/M der Minnawi-Flügel bezeichnet wird. Die andere Truppe nennt sich SLA-Unity. Sie ist seit 2007 die stärkste Rebellenfraktion und besteht mehrheitlich aus Zaghawa-Wogi. In der Hinwendung zum konservativen Islam der "Nationalen Islamischen Front" (NIF, einer Parteigründung der Muslimbrüder), als diese Regierungspartei wurde, sahen einige Zaghawa in den 1980er Jahren eine Möglichkeit, sich ihrer Marginalisierung zu entziehen. Der zwischenzeitlich von der Regierung ausgeschlossene Chefideologe der Muslimbrüder Hasan at-Turabi wird verdächtigt, die JEM zu unterstützen, als Teil seines Kampfes gegen die Regierung und um die islamistische Glaubensfront nach Darfur zu erweitern.