Karabatić var en del af det franske landshold, der i 2006 blev europamestre efter finalesejr over Spanien. Ved EM i 2008 vandt han bronze, blev delt topscorer sammen med blandt andet danske Lars Christiansen, og blev slutteligt kåret til turneringens MVP. Han blev også olympisk mester med Frankrig i 2008 ved OL i Beijing, og verdensmester i Kroatien ved VM 2009. I 2010 blev det til endnu en guldmedajle ved EM i Østrig. Han kom også med på All-star holdet som den bedste playmaker. Ved VM 2011 blev det til endnu én guldmedalje for Karabatic og det franske landshold, da de slog Danmark med 37-35.