Vid ett kyrkomöte i Uppsala år 1536 avskaffades den kanoniska rätten. Vid Uppsala kyrkomöte (1572) antogs sedan den "Svenska kyrkoordningen", vilket kulminerade i den" "liturgiska striden (1574–1593). Denna avgjordes med det av riksföreståndare hertig Karl inkallade Uppsala kyrkomöte (1593), som antog den lutherska, augsburgska trosbekännelsen. I samband med hertig Karls seger i avsättningskriget mot den romersk-katolske kung Sigismund (1598-1600) ratificerades Uppsala kyrkomöte, de sista svenska katolska klostren och skolorna inklusive kontakt med Rom upphörde, och "Svenska kyrkan" befästes definitivt som en evangelisk-luthersk folkkyrka.