Clistene ebbe un ruolo di primo piano nella Prima guerra sacra. La città di Delfi, volendosi liberare dal controllo di Cirra (o Crisa) che imponeva dazi sulle merci e imposte sui pellegrini diretti a Delfi, chiese aiuto all'Anfizionia (Atene, Sicione e la Tessaglia), che intervenne a sostegno di Delfi. Clistene fu nominato comandante e abbatté il controllo del mare di Cirra intorno al 590 a.C. Cirra fu assediata, ma un oracolo aveva annunciato che non sarebbe stata presa finché il mare non avesse toccato il territorio sacro, che era lontano dal mare; Clistene (o Solone secondo altre fonti) fece allora consacrare il terreno della città, in modo che il mare bagnasse il territorio sacro, quindi riuscì a conquistarla con un altro stratagemma: interruppe l'acquedotto che riforniva la città e lo riattivò solo quando gli assediati furono stremati per la sete e dopo aver contaminando l'acqua con l'elleboro, che indebolì gli abitanti e gli permise di impadronirsi della città. Cirra fu rasa al suolo e per celebrare la vittoria furono riorganizzati i Giochi pitici. Clistene, che vinse la gara dei carri durante la prima edizione dei Giochi riformati, organizzò anche a Sicione dei Giochi pitici dedicati ad Apollo, sebbene Pindaro ne attribuisca il merito ad Adrasto; fece costruire a Delfi due templi, un monoptero e un tholos, mentre a Sicione, con il bottino di Cirra, costruì un porticato.