Con il collasso degli Abbasidi e l'avvento dei Fatimidi tutto questo cambiò e i porti principali divennero quelli di Quseir e 'Aydhab con rotte commerciali verso l'India ed il trasporto di pellegrini verso la Mecca. I primi riscontri storici di Suakin si ebbero nel X secolo da al-Hamdani il quale disse che era già una città antica. Al tempo, Suakin era già un agglomerato begio che incominciò a crescere con l'abbandono del porto di Badi, situato più a sud. Con le Crociate e le Invasioni Mongole l'incremento delle rotte commerciali in questa regione si fece sentire, con mercanti veneziani che iniziarono a stanziarsi nelle città di Suakin e Massaua nel XIV secolo.