До 11. века древна грађевина је потонула на најмање 3 метра испод нивоа тла, са блокираним вратима и прозорима, и служила је као складиште за робу и воду. Током овог века, организација амалфитанских трговаца населила се у Јерусалиму и заузела југозападни угао Хадријановог зида, где су основали ходочаснички хоспициј, заједно са болницом и црквом. Нова црква је подигнута изнад древне грађевине, која је постала њен подрум и диктирала трослојни распоред читаве цркве. Ову цркву држали су бенедиктинци. Године 1099. у болници су лечени витезови крсташи повређени током опсаде Јерусалима, а након опоравка почели су да постају редови витезова болнице Свети Јован од Јерусалима, названог по цркви, познати и као Витезови болничари. Након што је Саладин освојио Јерусалим 1187. године, подрум је очигледно био испуњен отпадом.