בשנת 1990, מיד לאחר איחוד גרמניה, היה קירסטן מראשוני הכדורגלים המזרח-גרמנים שעברו לקבוצה מערב-גרמנית, וחתם בבאייר לברקוזן. קירסטן כבש 182 שערים ב-350 הופעות בבונדסליגה במהלך 13 עונות בבאייר לברקוזן. נתונים אלו ממקמים את קירסטן במקום הראשון בדירוג המבקיעים של באייר לברקוזן בכל הזמנים, במקום השני בטבלת שיאני ההופעות של באייר לברקוזן בבונדסליגה בכל הזמנים, לאחר השוער רודיגר פולבורן, ובמקום השישי בטבלת המבקיעים של הבונדסליגה בכל הזמנים. עם זאת, באייר לברקוזן לא זכתה בתארים בתקופתו של קירסטן, למעט גביע מקומי בשנת 1993. קירסטן הגיע עם באייר לברקוזן לגמר ליגת האלופות בשנת 2002, בו הפסידה באייר לברקוזן 1–2 לריאל מדריד, במשחק בו נכנס כמחליף. בשנת 2003, פרש קירסטן ממשחק פעיל.