אחרי שובו מן החוג הארקטי ב-1899, שלח ברוס מכתב ארוך לחברה הגאוגרפית המלכותית בלונדון, ובו הגיש מועמדות למשרה מדעית במשלחת חשובה לאנטארקטיקה (שנודעה בהמשך בשם משלחת דיסקברי), שהחברה הגאוגרפית ארגנה אותה עת. הודות לניסיון הרב שצבר סמוך לאותו מועד "לא היה זה סביר, שלאיזה שהוא אדם אחר באיים הבריטיים בזמן ההוא יש כישורים טובים יותר לכך". מכתבו של ברוס, שפירט את כל כישוריו הנוגעים לעניין, אושר אך לא נענה כראוי עד שעברה למעלה משנה. במועד זה, רחקו רעיונותיו של ברוס מן הציפייה המקורית למשרה זוטרה בסגל המדעי. עכשיו הציע ספינה שנייה למשלחת, במימון נפרד ממקורות סקוטיים, שתעשה את עבודתה במעוין ים ודל בעוד שהספינה הראשית תתבסס בים רוס. את ההצעה הזאת הוקיע נשיא החברה הגאוגרפית המלכותית, סר קלמנטס מרקהם, כ"זדונית" וברוס גמר אומר, לאחר חילופי מכתבים נזעמים, להתקדם באופן עצמאי. כך נולד רעיון גיבושה של משלחת סקוטית לאומית נפרדת לאנטארקטיקה. ברוס נהנה מתמיכתה של משפחת קואטס, התעשיינים העשירים, שהיו מוכנים לממן בלב שלם וביד רחבה משלחת סקוטית בהנהגתו. יוזמה זו הקימה עליו את מרקהם כאויב עד יומו האחרון.