В 1453 году Ричард стал лордом-протектором при безумном короле. Куртене это не помогло: чтобы контролировать юго-запад страны герцог опирался на заметно усилившегося Бонвилла. Когда внутриполитический кризис перерос в гражданскую войну между Йорками и Ланкастерами, известную впоследствии как "Войны Алой и Белой розы", сэр Томас встал на сторону Ланкастеров. Накануне первой битвы при Сент-Олбансе (май 1455 года) он играл роль посредника на переговорах, а в битве сражался за короля. Генрих VI оказался в плену у герцога, Куртене проводил его в Лондон. Предложение Ричарда Йоркского о союзе граф отверг. В последующие годы он находился в своих владениях и крепил связи с ланкастерской партией: в частности, своего старшего сына сэр Томас женил на двоюродной сестре королевы.