Durante prácticamente toda su existencia, pero en particular después de la proclamación del FRELIMO como un partido marxista-leninista en mayo de 1977, el gobierno del FRELIMO debió enfrentar una creciente insurgencia anticomunista por parte de distintos grupos rebeldes, que se organizaron en la Resistencia Nacional Mozambiqueña (RENAMO), desatando una feroz guerra civil. La RENAMO, aunque compuesta mayormente por excombatientes de la guerra de independencia que se oponían al socialismo, estaba fuertemente respaldada y financiada por los regímenes racistas blancos de Sudáfrica y Rodesia (actual Zimbabue). El régimen del FRELIMO, por su parte, fue apoyado por los gobiernos afines de Tanzania y Zambia (Zimbabue, después de la caída del régimen racista, se convertiría también en un aliado importante), y dio apoyo territorial a las fuerzas de resistencia negra de Sudáfrica y Rodesia, el ANC y la ZANU. Debido al conflicto armado, aunque preservó y mantuvo durante toda la guerra su control sobre los grandes centros urbanos, el gobierno comunista nunca tuvo la totalidad del territorio mozambiqueño bajo su control, y la RENAMO dominó con éxito gran parte de las zonas rurales.