Op het moment dat de regering van president Tolbert middels een staatsgreep ten val was gebracht door een groep militaire samenzweerders (12 april 1980) bevonden vicepresident Warner en zijn familie zich in de Verenigde Staten van Amerika. Daarmee ontliep hij waarschijnlijk de doodstraf die veel andere leden van de regering-Tolbert kregen opgelegd door de nieuwe Liberiaanse regering. Aanvankelijk ging Warner naar Ivoorkust waar hij naar verluidt een poging ondernam om een regering-in-ballingschap te vormen. Toen pogingen hiertoe mislukten vestigde hij zich permanent in de VS. De Liberiaanse Methodistische Kerk ontnam hem - mogelijk onder druk van de regering - zijn bisschopsambt. In de Verenigde Staten was Warner pastor in Oklahoma City, waar hij ook doceerde aan de "Oklahoma City University". Later was pastor in Syracuse, New York en superintendent van de United Methodist Church van Camden District, Arkansas.