Tra il 1965 e il 1969 fu occupato dalla composizione del grande affresco di "La Transfiguration de Notre Seigneur Jésus-Christ" (La Trasfigurazione di Nostro Signore Gesù Cristo). L'opera, enorme per organico (coro misto di cento elementi divisi in dieci voci, grande orchestra e sette solisti strumentali per un totale di circa duecento esecutori) e struttura (quattordici movimenti suddivisi in due gruppi di sette, per una durata di circa cento minuti), è una lunga meditazione sulla trasfigurazione di Cristo e il suo testo è attinto principalmente dal Vangelo secondo Matteo e dalla Summa Theologiae di Tommaso d'Aquino. Poco dopo ricevette una commissione dalla filantropa americana Alice Tully per la creazione di un'opera che celebrasse il bicentenario della Dichiarazione di indipendenza degli Stati Uniti. Messiaen decise allora di partire per gli Stati Uniti nella primavera del 1972 per visitare il Bryce Canyon nello Utah, dove annotò i colori del luogo e, come d'abitudine, il canto degli uccelli.