Le major général Ambrose Burnside succède à McClellan et nomme Comstock ingénieur en chef de l'armée du Potomac. Au cours de la campagne de Fredericksburg, Comstock est confronté à la difficile tâche de la construction de ponts flottants sur la rivière Rappahannock, une débâcle qui s'avère être l'un des plus grands défis de sa carrière. En raison de la confusion à Washington, DC au ministère de la Guerre, les matériaux nécessaires à la construction des ponts n'arrivent pas à Falmouth, en Virginie, en même temps que l'armée du Potomac. Malgré les télégraphes et les messages urgents de Comstock, qui restent sans réponse, il faut près d'un mois pour que les pontons arrivent au moment où l'armée de l'Union a complètement perdu l'élément de surprise, l'armée des Confédérée est enterrée à Fredericksburg, en Virginie, et le moral au sein de l'armée du Potomac a chuté. Lorsque les matériaux de construction des ponts arrivent enfin, Comstock dirige personnellement les hommes du 50th New York Engineers veillant à la construction. En assemblant les ponts sur la rivière Rappahannock, Comstock et les autres soldats sont dangereusement exposés au feu ennemi.