Ved krigsutbruddet i april 1940 gikk «Thorshammer» til Trinidad og deretter til Halifax, der hun ble utrustet for sesongen 1940/41. 14. januar 1941 slo den tyske hjelpekrysseren Pinguin til i Sørishavet og oppbrakte kokeriene «Ole Wegger», «Solglimt» og «Pelagos», mens «Thorshammer» unnslapp til Sør-Georgia etter å ha blitt varslet av norske hvalbåter. «Thorshammer» fortsatte fangsten gjennom nesten hele krigen som eneste norske hvalkokeri. Mellom sesongene i Sørishavet fanget hun ved Peru 1941–43.