W reprezentacji Brazylii Emerson debiutował w 1997 i występował w niej do 2006. Grał na Mistrzostwach Świata we Francji w 1998. Z powodu kontuzji nie wystąpił na mistrzostwach w 2002, ale już cztery lata później udało mu się zagrać na mistrzostwach świata w Niemczech. W 2005 zdobył Puchar Konfederacji.