フィレンツェ公会議では当初、東方教会と西方教会との合同に賛成していたが、師マルコスの説得により自己の過ちを認めて意見を変え、師マルコスの死後、時のコンスタンディヌーポリ総主教（ミトロファニス2世: 1440-1443、グリゴリオス3世: 1443-1450）が合同賛成派であった際に、合同反対派のリーダーとなった。グリゴリオス3世によって職を追われた後、修道士となり修道名ゲンナディオスを受ける（グリゴリオス3世はその後、1451年にローマに亡命した）。東西教会合同反対派リーダーとしてのゲンナディオスの立場は、その後も変わらなかった。