Com a deserção de parte do contingente desta expedição, Atanagildo foi afastado do Regimento de Curitiba e, logo após este episódio, foi incorporado, como capitão, na tropas militares da Província do Rio Grande do Sul para comandar o Corpo de Guerrilhas e combater o caudilho José Gervasio Artigas na chamada Guerra contra Artigas.