Torres đánh dấu trận đấu thứ 60 cho Tây Ban Nha ở vòng loại World Cup 2010 sau chiến thắng trước đội tuyển Thổ Nhĩ Kỳ vào ngày 28 tháng 3 năm 2009, trở thành cầu thủ trẻ nhất đạt được kỉ lục này. Trong một mùa giải bị dính nhiều chấn thương, anh đã bỏ lỡ nhiều trận đấu ở vòng loại, nhưng vẫn ghi bàn trong trận tiếp đội tuyển Chile sau khi vào sân thay Villa ở hiệp hai. Anh được chọn cho đội tuyển Tây Ban Nha ở FIFA Confederations Cup 2009 vào tháng 6. Anh ghi một cú hattrick trong 17 phút ở trận đầu tiên tiếp đội tuyển New Zealand vào ngày 14 tháng 6, đồng thời cũng là cú hattrick nhanh nhất của một cầu thủ cho đội tuyển Tây Ban Nha. Anh đá trong trận thắng 2-0 trước đội tuyển Mĩ, cũng như ở trận tranh giải 3, khi Tây Ban Nha thắng 3-2 sau hiệp phụ.