В первых декадах XVII века иезуиты крестили многие племена, жившие на территории современного Синалоа. В их числе были индейцы яки и майо. В 1733 году Синалоа и Сонора были выведены из состава провинции Новая Бискайя. Яки и майо мирно сосуществовали с испанцами в первой половине XVII века, однако, плохой урожай 1739—40 годов привёл к нехватке продовольствия, хотя в предыдущие тучные годы склады монахов иезуитов были полны зерна. В августе 1740 года испанцы, убив более 5 000 индейцев, подавили мятеж. Период колониальной истории в Синалоа является временем экономического эксперимента. Здесь сочетались горная добыча, сельское хозяйство и портовая торговля. Это происходило в сочетании со сложными условиями общения с колониальным центром неофициальной торговлей через порты Синалоа. В 1781 году была создана интенденсия Сонора, в состав которой вошёл Синалоа. Революция 1810 года в Синалоа пришла немного позже и нашла своё отражение в событиях в Росарио и Сан-Игнасио.