Avec la fin du nomadisme, le cheval perd naturellement de son utilité, et son élevage devient inutilement coûteux. Selon l'association française de la race, de près de à la fin du , on passe à un effectif d'environ au milieu du . D'après Carole Ferret, , tels V. P. Šamborant (créateur d'un haras dans le Daghestan) ou M. D. Čerkezova (zootechnicienne soviétique arrivée à Achgabat en 1924, dont elle prend la tête de la station d’élevage), qui ont contourné une politique d'extermination concertée de la race. Elle met en doute l'existence d'une volonté soviétique unanime d'éradication de l'Akhal-Teké, dans la mesure où . Le maréchal Semion Boudienny aurait nourri une détestation de cette race de chevaux en raison de son usage par les Basmatchis du Turkestan durant les années 1920 ; cependant l'administration soviétique compte aussi des défenseurs de l'Akhal-Teké.