Она вышла замуж за Феодора Комнина Дуку во время пребывания Феодора при дворе Феодора I Ласкариса. Феодор был сыном севастократора Иоанна Дуки и Зои Дукини. После того, как крестоносцы во время Четвёртого крестового похода захватили Константинополь в 1204 году, он последовал за Ласкарисом в Малую Азию, где Ласкарис основал Никейскую империю. Приблизительно в 1210 году сводный брат Михаил I Комнин Дука пригласил Феодора в Эпир, где Михаил основал независимое греческое государство. Михаил хотел заручиться поддержкой Феодора, поскольку его единственный сын, будущий Михаил II, был несовершеннолетним и незаконнорождённым, в то время как другие сводные братья Михаила считались не способными управлять. Согласно историку Константину Варзосу, первенец Марии и Феодора должен был родиться приблизительно в 1206 году.