In het voorjaar van 1997 ging hij met pensioen en verhuisde hij met zijn vrouw naar een boerderij in het pittoreske waterdorp Kalenberg in de kop van Overijssel. Ze verbouwden de boerderij gedurende 4 jaar. In 2001 sloeg de bliksem in de zorgvuldig verbouwde boerderij die vervolgens tot op de grond afbrandde. Van Altena en zijn vrouw overleefden de brand. In 2004 overleefden Ferdinand van Altena en zijn vrouw Thérèse van Altena-Laurant (choreografe bij het Internationaal Danstheater) ternauwernood de tsunami in Sri Lanka. Kort daarop werd darmkanker bij hem geconstateerd. Ferdinand van Altena overleed op 12 december 2006 op 70-jarige leeftijd. Hij regisseerde zijn afscheid van a tot z en maakte van zijn crematie zijn laatste voorstelling.