Veliteľ Iónskych Grékov Aristagoras, ktorý povedal, že zaplatí výdavky na túto vojenskú kampaň, stratil dôveru Peržanov a následne vyvolal povstanie Iónov proti nim. Povstanie trvalo do roku 494 pred Kr., kedy perzské loďstvo rozdrvilo grécke v Bitke pri Ladé. Aristagoras bol zabitý v boli proti Trákom v Trácii po svojom úteku z Iónie. Dareios sa chcel pomstiť aj Eretrii a ténam za vojenskú pomoc Iónskemu povstaniu. V roku 490 pred Kr. zozbieral veľké loďstvo v počte približne 600 lodí, z ktorých 300 boli vojnové lode alebo trirémy a zvyšok transportné lode. K loďstvu sa pridala armáda ľahko ozbrojených 20 - 30 000 mužov.