Con questa sconfitta, l'Islam sunnita incominciò a considerare seriamente la minaccia cristiana e il sultano di Baghdad inviò un esercito, per recuperare la città, guidata dal generale iracheno Kirbogha. I Bizantini non aiutarono i crociati nella difesa della città poiché Stefano d'Inghilterra asserì che la città fosse oramai persa. In seguito alle ingenti perdite patite nell'attraversamento del deserto e per la carestia accusata nella città assediata, i crociati tentarono di negoziare la resa, ma trovarono il rifiuto di Kirbogha, che voleva annientarli completamente. All'interno della città il morale si rafforzò quando Pietro Bartolomeo affermò di aver scoperto la Lancia Sacra. Bartolomeo esortò i compagni che l'unica opzione fosse un combattimento aperto e lanciò un contrattacco contro gli assedianti. Nonostante la superiorità numerica, l'esercito di Kirbogha, diviso in fazioni e sorpreso dall'impegno e dalla dedizione dei Franchi, si ritirò e abbandonò l'assedio. Successivamente, i crociati si fermarono per alcuni mesi per decidere a chi spettasse il territorio catturato. Ciò si concluse solo quando arrivarono le notizie che i fatimidi egiziani avevano preso Gerusalemme dai turchi e quindi divenne imperativo attaccare prima che gli egiziani potessero consolidare la loro posizione. Boemondo rimase in Antiochia, mantenendo la città nonostante il suo precedente giuramento che questa sarebbe tornata sotto il controllo bizantino, mentre Raimondo guidò l'esercito crociato a sud verso la costa a Gerusalemme. Un attacco iniziale alla città fallì anche per via della scarsità di risorse dei crociati e l'assedio andò in stallo. Tuttavia, l'arrivo di artigiani e di forniture trasportate dai genovesi a Giaffa ruppe l'equilibrio a loro favore. I crociati costruirono due grandi macchine d'assedio: quella comandata da Goffredo riuscì a violare le mura della città il 15 luglio 1099. Così, dopo un assedio durato poco più di un mese Gerusalemme capitolò.