Seperti Majlis, dari masa ke semasa Jawatankuasa Tentera juga bermesyuarat pada peringkat tertinggi, terutamanya diperingkat Ketua Pertahanan, iaitu pegawai tentera paling kanan dalam setiap angkatan tentera negara anggota. Sehingga tahun 2008 Jawatankuasa Tentera mengecualikan Perancis, kerana keputusan negara itu pada tahun 1966 mengundurkan diri dari struktur ketenteraan bersepadu NATO, yang kemudian menyertai semula pada tahun 1995. Sehingga Perancis menyertai semula NATO, ia tidak diwakili dalam Jawatankuasa Perancang Pertahanan, dan ini menyebabkan konflik antara Perancis dan anggota NATO. Begitulah kes yang membawa kepada Operasi Iraqi Freedom.