En 2006, il semble retrouver des couleurs puisqu'il remporte un seizième titre de classement lors de l'Open de Chine. Quelques jours après ce titre, Williams atteint les quarts de finale du championnat du monde en surclassant Anthony Hamilton au premier tour (10-1) et en éliminant Mark Selby au deuxième tour (13-8). Williams s'incline ensuite contre le futur vainqueur, Ronnie O'Sullivan. Cette défaite n'est que positive pour Williams puisqu'il parvient à accrocher le numéro deux mondial et ne s'incline que sur le score de 13-11.