Tuttavia, le condizioni spaventose della ritirata dalla Russia lo segnarono per sempre. Il suo carattere si fece triste ed egli invecchiò prematuramente. La defezione di Gioacchino Murat lo lasciò a capo dei resti della Grande Armata, ormai ridotta a poche migliaia di uomini. In sessanta giorni egli riuscì ad eseguire una ritirata magistrale, sfuggendo all'accerchiamento nemico e riuscendo ad unirsi ai nuovi coscritti inviati da Napoleone. Egli raggiunse in seguito l'Italia, dove dovette sedare le rivolte in corso e cercare di mantenere la sicurezza. Ma, dopo la disfatta in Sassonia, gli austriaci minacciavano ormai la pianura del Po. Date le oscillazioni di Murat tra la fedeltà e il tradimento, Eugène era in pratica solo ad affrontare gli eserciti austriaco e napoletano. Tuttavia, egli resistette alle pressioni del suocero Massimiliano, che lo istigava a tradire Napoleone con la promessa di metterlo a capo del Regno d'Italia. Anche se il fatto che Eugène non avesse dato seguito ad un invito di Napoleone, nel gennaio del 1814, di lasciare l'Italia, gli valse un'accusa di tradimento da parte di alcuni generali. Con la battaglia sul Mincio, l'8 febbraio 1814, sconfisse gli austriaci del feldmaresciallo Bellegarde.