Il provoque aussitôt le massacre de la population française restée sur l'île, à l'exception de quelques personnes pratiquant un métier utile pour le nouvel État. Le , il prend un décret ordonnant le massacre des Blancs. Des exclusions concernant certaines professions (médecins, prêtres, ou toute autre pouvant être utile à la population haïtienne), ainsi que les déserteurs polonais (issus de l'expédition de Leclerc) et les fermiers allemands (ayant fondé une colonie dans de nord-ouest de l'île, avant la révolution) sont prévues. Si les femmes et les enfants sont d'abord censés être épargnés, Dessalines décide finalement de les éliminer également.