Il periodo di declino finì con l'ascesa del clan Tokugawa con i quali si schierarono durante la campagna di Sekigahara. I Kyōgoku entrarono in possesso del castello di Ōtsu, ma lo persero nel 1600 per mano di Tachibana Muneshige (vedi Assedio di Ōtsu). Dopo la battaglia di Sekigahara a Kyōgoku Takatsugu fu assegnato un feudo a Obama con reddito di circa 90.000 "koku". Il clan rimase lì solo due generazioni, trasferendosi nello han di Matsue e poi in quello di Marugame. Nel frattempo, un altro ramo della famiglia, discendente dal fratello di Takatsugu, Takatomo, venne insediato negli han di Tanabe, Miyazu, Mineyama e Toyooka.