Im Ersten Weltkrieg nahm Rupnik am Angriff der österreichisch-ungarischen Armee auf Serbien teil. 1915 kam er an die Front am Isonzo und ab 1916 an die Front in Russland. An allen Fronten wurde er für seine Tapferkeit ausgezeichnet, wobei er auch des Ritterkreuz des Leopold-Ordens erster Klasse erhielt. Das Kriegsende erlebte er als Generalstabschef in der Bucht von Kotor.