В мае 1944 года дивизия под его командованием была переброшена на 1-й Прибалтийский фронт, и участвовала в наступлении на Рижском направлении. С октября 1944 года в составе 2-го Белорусского фронта дивизия Малюкова участвовала в Восточно-Прусской и Восточно-Померанской наступательных операциях.