V počiatkoch sa cirkev snažila katarov od ich učenia odvrátiť rôznymi „presvedčovacími kampaňami.“ Po opakovaných neúspechoch priviesť odpadlíkov na pravú vieru, pápež sa rozhodol vykoreniť toto učenie silou. V roku 1205 Inocent vyzval najmocnejšieho veľmoža v kraji, Raymonda IV., grófa z Toulouse, aby proti katarom poslal vojsko. Napriek grófovmu prísľubu sa tak nestalo. Preto o tri roky neskôr pápež rozhodol o zorganizovaní krížového ťaženia proti albigéncom. Nasledujúce dve desaťročia obe strany zvádzali boje, veľakrát sprevádzné masakrovaním obyvateľstva.