また、勝てる位置につけながらミスや不運で逸したレースが幾度かあり、1987年のポルトガルGPではトップ走行中に単独スピンし、プロストに当時のF1最多勝記録更新（28勝）を達成させることとなった（スピンの原因については、後方から接近する2位プロストのプレッシャーがブレーキングミスにつながったと自伝の中で語っている）。1990年のカナダGPでは、マクラーレン移籍後初の快走を見せトップでチェッカーを受けたもののフライングが発覚・決勝タイムに1分加算されるペナルティを受け優勝を逃した。同年の日本GPでは、セナとプロストがスタート直後の第1コーナーで絡んで両者リタイアした後、次の周の1〜2コーナーでトップで進入したベルガーだったが単独スピンを喫しグラベルにストップしリタイヤ。ベルガーは、自らのミスを恥じピットに帰らずにホテルへ直帰したという。地元レースとなるホンダにとってはスタート後わずか2分で2台とも失いレースを終える最悪のレースとなった。1995年のイタリアGPでは、同僚アレジの背後に着けワン・ツー走行中、前方を走るアレジ車から落下した車載カメラがベルガー車を直撃してリタイアという出来事もあった。