En 1768 apoyó el movimiento nacional polaco, aglutinado alrededor de la Confederación de Bar, que luchaba contra la intervención del Imperio ruso en Polonia. Los rusos lo capturaron e internaron en Kazán y después lo enviaron al destierro a Kamchatka. Beňovský y otros prisioneros lograron escapar de allí y empezaron un viaje descubridor por el norte del Pacífico (Beňovský se considera el primer europeo en navegar en este territorio).