Περί τον Δέκατο αιώνα η Πάτμος φαίνεται να έχει υποστεί πολλά δεινά από τους πειρατές, όπως όλα τα νησιά του Αιγαίου και μνημονεύεται ως άσημος και σχεδόν έρημος νήσος. Ο 11ος αιώνας βρίσκει την Πάτμο να λαμβάνει νέα ζωή. Τον 11ο αιώνα ιδρύεται η μονή του Αγ. Ιωάννου Θεολόγου από τον μοναχό και μετέπειτα όσιο Χριστόδουλο, ο οποίος πέθανε αργότερα στην Λίμνη Ευβοίας, όπου υπάρχει από τότε ομώνυμο προσκύνημα. Η μονή υπέστη στα τέλη του 12ου και στον 13ο αιώνα φοβερές λεηλασίες και διαρπαγές από Βενετούς και Δυτικούς πειρατές μεταξύ των οποίων ο ελληνικής καταγωγής Μαργαρίτης Βρεντεσίνος, ο οποίος αποπειράθηκε να μεταφέρει στο Brindisi το σκήνωμα του αγίου. Μετά την πτώση της Κωνσταντινούπολης (1453) στο νησί κατέφυγαν πολλοί πρόσφυγες από την «Πόλη» και συν-αναπτύχθηκε ολόκληρος οικισμός, η Χώρα Πάτμου, όπου αργότερα προστέθηκαν και άλλοι πρόσφυγες προερχόμενοι από την Κρήτη. Η άφιξη μορφωμένων στο νησί και η παρουσία εξαιρετικών προσωπικοτήτων μεταξύ των μοναχών, καθώς και το προνόμιο που είχαν από τον αυτοκράτορα Αλέξιο να διατηρούν αφορολόγητο πλοίο δημιούργησαν τις προϋποθέσεις για την δημιουργία μετοχίων στον Στύλο της Κρήτης και στη Νάξο. Οι επαφές των μοναχών με την Δύση και τα λατινοκρατούμενα νησιά άνοιξαν νέους ορίζοντες και μετέφεραν τα καλλιτεχνικά ρεύματα με έργα από τους πιο περίφημους εκπροσώπους στο νησί. Έτσι στην Πάτμο βρίσκεται μεγάλος αριθμός εξαίρετων εικόνων από τον 14ο αιώνα κ.ε., καθώς και το πρώτο ξυλόγλυπτο τέμπλο με Αναγεννησιακά θέματα.