В сезоне 1999/2000 Ламбьель впервые стал обладателем медали на юниорском уровне, завоевав бронзу в Японии, а также стал седьмым в Норвегии. Следующим стартом для швейцарского фигуриста явился чемпионат мира среди юниоров, который стал дебютным для Стефана. Он занял там лишь десятое место.