Ses relations avec Angela Merkel sont si tendues que, dès octobre 2012, le "Spiegel" s'interroge sur la pérennité de l'alliance franco-allemande ; il note également que si son prédécesseur Nicolas Sarkozy pouvait également avoir des divergences avec la chancelière, ils parvenaient à se mettre d'accord sur une position commune avant un sommet européen, alors que les relations sont devenues bien plus conflictuelles avec François Hollande. Angela Merkel s’inquiète aussi que le PS français puisse soutenir le SPD allemand lors des élections allemandes de 2013 après qu'elle a pour sa part pris position pour Nicolas Sarkozy lors des élections françaises de 2012. La coopération franco-allemande s'améliore ensuite, avec la décision d'un plan commun pour l'emploi des jeunes officialisé après le sommet franco-allemand de mai 2013. François Hollande et Angela Merkel s'accordent sur un mécanisme de taxe sur les transactions financières, qu'ils cherchent à imposer aux autres pays européens avant les élections européennes de 2014.