Guerra nacque in Mozambico, quando era ancora una colonia del Portogallo, il 22 agosto 1931, da genitori portoghesi. Studiò in una scuola di cinema a Parigi nel 1952. Nel 1958 iniziò la sua carriera come assistente alla regia in molti film francesi. Successivamente diresse il suo primo lungometraggio "Os Cafajestes" nel 1962. Nel 1964, Guerra diresse anche "I fucili". Dopo diresse anche "Tendres Chasseurs" nel 1969 e "Os Deuses e os Mortos" nel 1970. A causa del tumultuoso panorama politico del 1970 Guerra fu costretto a interrompere le riprese fino al 1976, quando diresse "La caduta". Nel 1980 tornò in Mozambico dove girò "Mueda, Memória e Massacre", il primo lungometraggio in quel paese. Nel 1982 Guerra fece "Erêndira" in Messico, sulla base dei lavori di Gabriel García Márquez. Egli diresse inoltre la commedia musicale "A Ópera do Malandro" nel 1985, basato sul libero adattamento teatrale di Bertold Brecht "L'Opera da tre soldi". Nel 2000 presentò in concorso al 53º Festival di Cannes il film "Estorvo".