Po útěku z vězení se zapojil do partyzánského boje. Na konci září 1941 přešel do Srbska. V březnu 1942 spolu s Edvardem Kardeljem získal falešné dokumenty, díky nimž se mohli vydat na cestu vlakem do Lublaně. Po příjezdu byl Maček jmenován politickým komisařem hlavního štábu slovinských partyzánů. V říjnu 1942 byl jmenován velitelem hlavního štábu, následně vedl protiofenzivu proti Bílé gardě a v zimě se zúčastnil bitvy na Neretvě.