W reprezentacji Korei Południowej Lee zadebiutował 19 lutego 1995 roku w zremisowanym 0:0 spotkaniu Marlboro Dynasty Cup z Chinami. W 1998 roku był w drużynie koreańskiej na Mistrzostwa Świata we Francji. Na tym mundialu zagrał w trzech spotkaniach: przegranych 1:3 z Meksykiem, 0:5 z Holandią oraz zremisowanym 1:1 z Belgią. W 2002 roku został powołany przez Guusa Hiddinka do kadry na Mistrzostwa Świata 2002, których gospodarzem była Korea Południowa. Tam zagrał we dwóch ostatnich spotkaniach Korei: półfinale z Niemcami oraz meczu o 3. miejsce z Turcją (2:3). Ostatni mecz w reprezentacji rozegrał w 2004 roku. Łącznie w kadrze narodowej wystąpił 66 razy i zdobył 2 bramki.