Zia päätti uudistaa Pakistanin poliittisen järjestelmän. Hän uskoi että uskonnon perinteiden tuli ohjata Pakistanin instituutioita. Neuvostoliiton hyökkäys Afganistaniin vahvisti Zian uskoa siihen että vain islamilaisista perinteistä muslimit voivat saada yhteisen kannan taistelussa ulkomaiden aggressioita vastaan. Islamilaistamisohjelman yhtenä tavoitteena oli myös vahvistaa Zian oman valta-aseman laillisuutta. Iranin islamilainen vallankumous ja shaahin vallan kukistuminen vahvistivat samaa kehitystä myös Pakistanissa. Zia otti valtakautensa alussa käyttöön islamilaiset lait ja perusti šaria-tuomioistuimet. Islamilaistamiskehitys tiesi naisten oikeuksien polkemista ja naisten jo saavutettuja etuoikeuksia karsittiin. Valtaa alkoi saada Zian kaudella Jamaat-i-Islam -puolue, joka ei koskaan ollut saanut enempää kuin viisi prosenttia äänistä.