С 1798—1799 годах Жюно участвовал в Египетском походе. 9 января 1799 года Бонапарт произвёл его в бригадные генералы (окончательно он был утверждён в этом звании лишь 27 июня 1800 года), а на следующий день назначил командующим французскими войсками на Суэце. Именно Жюно сообщил Наполеону о неверности его жены Жозефины, что по мнению историков, Бонапарт так и не смог простить своему лучшему другу.