בליל ה-24 באפריל 1915 פקד שר הפנים טלעת פאשה על גירוש שכבת העילית הארמנית מאיסטנבול למחנות ריכוז ליד אנקרה. קומיטאס נכלל בקבוצה שנשלחה ברכבת מיוחדת לצ'אנירי (Çankırı). בהתערבות ידידיו, המשורר הטורקי מהמט אמין יורדקול (Mehmet Emin Yurdakul) והסופרת האלידה אדיב אדיוואר (Halide Edib Adıvar), פנה שגריר ארצות הברית, הנרי מורגנטאו לממשלה הטורקית, שגרמה לטלעת פאשה להוציא צו לשיחרורו המיידי של קומיטאס (ו-14 איש נוספים). על אף שהותו הקצרה של קומיטאס ברכבת הגירוש ובמחנה הריכוז, הוא סבל מהתעללות קשה שגרמה לו נזקים נפשיים חמורים ולחרדות קשות בהמשך חייו.