У національній збірній Нігерії Агахова дебютував на домашньому Кубку африканських націй 2000 року у віці 17 років, ставши наймолодшим учасником в історії змагань. На тому турнірі нападник вразив ворота збірної Марокко, а також записав на свій рахунок дубль у матчі проти збірної Сенегалу і допоміг своїй команді пробитися у фінал. У тому ж році Агахова разом зі збірною Нігерії дійшов до чвертьфіналу Олімпійських ігор у Сіднеї, на яких забив один гол. На думку всесвітньо відомого видання «World Soccer», Агахова входив до числа 50-ти висхідних зірок світового футболу.