Maria Eek oli porvarisperheen tytär isostavihasta toipuvassa Turussa. Hän oli raatimies Henric Eekin tytär ja hovioikeudenneuvos Johan Eekin sekä rykmentinvälskäri Henrik Abraham Eekin sisar. Hänen sisarensa Elisabet Eek oli naimisissa tullaajan kanssa, kun taas toinen siskoksista Anna Christina Eek pysyi Maria Magdalenan tavoin naimattomana.