V roku 2003 sa zúčastnil MS hráčov do 20 rokov, kde sa Slovensko U-20 prebojovalo do osemfinále. Filip sa zapísal do streleckej listiny v úvodnom zápase proti hostiteľom šampionátu Spojeným arabským emirátom (4 : 1) . Pri debute v seniorskej reprezentácii zažil víťaznú premiéru, 3. septembra 2005 v Bratislave na Tehelnom poli bol pri triumfe nad Nemeckom 2 : 0. Prvý reprezentačný gól zaznamenal na tom istom štadióne 16. novembra 2005, v odvetnom barážovom stretnutí o postup na MS 2006 skóroval proti Španielsku (1 : 1). Bol členom kádra, ktorý vybojoval postup na MS 2010, na šampionáte v Južnej Afrike nastúpil ako striedajúci hráč v zápasoch s Novým Zélandom (1 : 1) a Paraguajom (0 : 2). V roku 2014 v prípravnom stretnutí proti Fínsku (2 : 1) otvoril skóre už v 36. sekunde , bol to jeden z najrýchlejších gólov nášho národného tímu. V úspešnej kvalifikácii o postup na ME 2016 odohral len jeden zápas proti Macedónsku (2 : 1), ktorý bol jeho posledným vystúpením v reprezentačnom drese. Pred blížiacim sa európskym šampionátom dal prednosť klubovým povinnostiam .