Nedůkladná narychlo provedená christianizace Prusů se nesetkala s trvalým úspěchem, protože krutá nadvláda a nová násilně vštěpovaná víra se Prusům zajídala. Pohanství Prusů nezaniklo hned, ale stmelilo se s křesťanstvím v synkretismus a poslední zbytky pohanské víry a pohanských praktik vymizely až v 16. století. Řád pokračoval i nadále ve svých výbojích proti pohanům a tentokrát svou pozornost plně upřel na nedaleké území Žmudi, obývané kmeny Žemaitů a nacházející se zhruba mezi oběma řádovými státy, německým a livonským. V bitvě u Durbeského jezera dne 13. červenec 1260 byli němečtí rytíři spolu se Švédy, Dány a livonskými rytíři Žemaity poraženi. Tímto mýtus o neporazitelnosti řádových vojsk padl. Ke slovu se dostali nyní porobení Prusové, vyčkávající na vhodnou příležitost k další vzpouře. V letech 1260–1274 vypuklo na celém území řádu již v pořadí druhé pruské povstání s přívlastkem velké. V jeho čele stanul pruský povstalec Herkus Monte, v moderní době později oceňován jako národní hrdina, vlastenec a bojovník proti německé nadvládě. Původně jen s malou ozbrojenou skupinou dopomohl rozhořet povstání, které se rozšířilo a zasáhlo celé území řádu. Povstání výrazně podporoval také pomořanský vévoda Swantopolk II., neboť řád mimo jiné zasahoval i do dynastických sporů o trůn v sousedním Pomořansku a to ve prospěch Swantopolkových bratrů. Řádu se ale nakonec podařilo povstání potlačit a naneštěstí po něm byli Prusové zčásti vyhubeni, zbylí pozvolna asimilováni a poněmčeni – germanizováni. Prusko spravované řádem bylo postupně přeměněno v německé území, když bylo domorodé baltské etnikum Prusů vytlačeno a postupně nahrazeno novým německým obyvatelstvem (kolonisty) hovořícím němčinou. Od 14. století se dochovaly i nemnohé písemné památky pruského jazyka, jeho nejrozsáhlejším svědectvím je překlad Lutherova katechismu, vydaný roku 1561 v Královci. Pruština definitivně vymřela na sklonku 17. století.