Во время осады Петерсберга он командовал второй бригадой первой дивизии Х корпуса у Чаффинс-Фарм и в Дербитауне. После реорганизации армии под его командованием оказалась вторая бригада 2-й дивизии XXIV корпуса, которая участвовала во втором сражении за форт Фишер и захвате Уилмингтона. 25 января 1865 президент США Авраам Линкольн присвоил ему временное звание бригадного генерала добровольческой армии (задним числом от 15 января 1865) за заслуги при сражении за форт Фишер. На последних этапах войны Эббот находился в Уилмингтоне.