Während der kurzen Zeit der Aufhebung des Klosters St. Gallen 1527–1532 standen ihm dessen Archiv und Bibliothek längere Zeit zur Verfügung. In Erwartung, dass die Stadt an die Stelle des Klosters trete, verfasste er 1529–1532 die "Grössere Chronik der Äbte," die den Zeitraum 1199–1491 umfasste, formal in der Tradition der klösterlichen Geschichtsschreibung stand, aber inhaltlich mit ihr brach und sich sprachlich an ein breiteres Publikum richtete. Nach der Niederlage der Reformierten in dem Zweiten Krieg von Kappel 1531 legte Vadian dieses Werk 1532 unvollendet beiseite. Historische und theologische Forschungen mit Schwergewicht auf der regionalen Geschichte sowie auf der Kirchengeschichte trieb er aber weiter. Seine Werke aus dieser zweiten Lebensphase blieben weitgehend ungedruckt. Seine Texte wie die "Kleinere Chronik der Äbte" für die Schweizer Chronik von Johannes Stumpf, die 1547–1548 gedruckt wurde, wurden stark gekürzt und auf seinen Wunsch anonym publiziert.