Im schmalkaldischen Krieg zog die Stadt Teile des Kirchenschatzes ein, um ihre militärischen Verpflichtungen zu finanzieren, und selbst die Geistlichen wurden zu militärischen Hilfsdiensten herangezogen. Ende 1546 erkannte der Rat, dass die Stadt nicht militärisch gegen den Kaiser zu verteidigen war und verlegte sich auf die Diplomatie. Am 29. Dezember 1546 öffnete sie ihre Tore den kaiserlichen Truppen und opferte ihre lutherische Bundestreue. Dafür sicherte sie sich die kaiserlichen Privilegien, welche die Grundlage für den Wohlstand und die politische Bedeutung der Stadt bildeten.