Johnson voltou a Maryland e continuou seu trabalho na Assembleia do estado quando a Declaração da Independência dos Estados Unidos foi assinada. Em 1775, redigiu a declaração de direitos adotada pela assembleia de Maryland e posteriormente incluída como a primeira parte da primeira constituição do estado. Foi adotada para Maryland pela convenção constitucional do estado em Annapolis em 1776. Também serviu como general de brigada na milícia de Maryland. Thomas Johnson e seus irmãos apoiaram a revolução fabricando munições e possivelmente canhões. Sua antiga fábrica, Catoctin Furnace, agora faz parte de um parque estadual perto de Camp David, ao norte de Frederick, Maryland.