Parafie gauchów podlegały biskupstwu w Rio de Janeiro, które wprowadzało wiele barier w funkcjonowaniu kościoła w nowo powstałej republice, gdyż nowe państwo odcięło się od sądów cesarskich. 22 czerwca 1838 roku kaznodzieja Chagas podczas spotkania z wikariuszem apostolskim wymówił posłuszeństwo biskupowi w Rio de Janeiro tworząc rozłam w Kościele katolickim w Rio Grande do Sul. Ojciec Chagas niezależnie mianował księży oraz udzielał dyspens. Został z tego powodu ekskomunikowany i wszelkie jego działania zostały uznane przez biskupa Rio de Janeiro za nielegalne. Większość duchownych w republice dołączyła do nowej władzy kościelnej. Sytuacja taka trwała do końca powstania, kiedy ksiądz Chagas pojednał się z biskupem Rio de Janeiro. Po zakończeniu rewolucji biskup zlecił, aby ksiądz Fidêncio José Ortiz przejrzał wszystkie dokumenty uważane za nielegalne, wydane przez Chagasa.