Durante los últimos meses de la URSS y los primeros años de la Federación de Rusia, Yeltsin y sus colaboradores se enfrentaron al constante problema de la integridad territorial de Rusia. En los años 90, el principal desafío interior al que tuvo que enfrentarse la federación fue las dos guerras libradas en Chechenia, territorio que declaró la independencia unilateral en 1991, poco antes de la disolución de la URSS.