"Corps Mariniers" kemudian dileburkan ke dalam TNI AD Divisi Diponegoro dengan nama "Resimen Samudera" yang terbagi menjadi lima batalion. Sedangkan tentara laut yang ingin tetap berada di TNI AL, harus mengajukan surat permohonan kepada Menteri Pertahanan dan Panglima Besar Angkatan Perang Mobil. Baru pada 9 Oktober 1948, keluar Surat Keputusan No. A/565/1948 dari Menteri Pertahanan, di mana surat itu menetapkan pembentukan Korps Komando di lingkungan TNI AL. Kendati begitu, penerimaan personelnya baru dilakukan pasca-Konferensi Meja Bundar (KMB) pada 1949. Seleksi penerimaannya dihelat di Pangkalan Utama Surabaya pasca-diserahkan pada Indonesia sebagai dampak KMB. Sekira 1.200 personel yang terpilih akan jadi Pasukan Amfibi TNI AL.