O programa terminou sua segunda temporada com 21,07 milhões de espectadores no total e uma participação de 6,9 ​​no público-alvo de 18 a 49 anos. A temporada ganhou a aclamação da crítica, como a maioria concordando em uma melhoria significativa nas linhas da história. Na temporada, vários membros do elenco e da equipe receberam prêmios e indicações em cerimônias como a 58.ª edição dos Prêmios Emmy e o 64.º Globo de Ouro. Katherine Heigl e Chandra Wilson foram os membros do elenco com mais indicações por suas interpretações de Izzie Stevens e Miranda Bailey, respectivamente. A série foi escolhida entre as dez primeiras para várias listas de "melhores da televisão" de 2006, incluindo o "USA Today", o "San Jose Mercury News", "TV Guide" e o "Orlando Sentinel".