Sodan loputtua hän työskenteli jonkin aikaa Yhdysvaltain maavoimille ja keräsi tietoa Nürnbergin oikeudenkäyntejä varten. Wiesenthal perusti Linziin, Itävaltaan, dokumenttikeskuksen, jossa kerättiin laajan avustajaverkoston kokoamia tietoja natseista. Mielenkiinto Wiesenthalin työtä kohtaan kuitenkin väheni kylmän sodan voimistuessa, ja keskus suljettiin vuonna 1954. Wiesenthal kuitenkin avasi keskuksen uudelleen Wienissä vuonna 1961.