Bosnia ja Hertsegovinan A-maajoukkueessa Muslimović debytoi vuonna 2006 ystävyysottelussa Ranskaa vastaan. Sittemmin hän vakiinnutti paikkansa joukkueen runkomiehistössä ja lukeutui sen kantaviin voimiin EM-kisojen 2008 karsinnoista. Hän pelasi kaikkiaan 31 maaottelua ja teki niissä 12 maalia. Viimeisen maaottelunsa hän pelasi vuonna 2011.