Kaudeksi Boutsen siirtyi Williamsin kilpakuljettajaksi. Alkukauden ongelmien jälkeen kuudennessa osakilpailussa, Kanadan GP:ssa, tuli vihdoin Boutsenin kauan tavoittelema voitto. Sadesäässä ajetussa kilpailussa Williams otti kaksoisvoiton, kun Riccardo Patrese ajoi toiseksi. Voitto oli myös Williamsille ensimmäinen Renault-moottereilla. Boutsen ajoi vielä kolmanneksi Unkarissa, Italiassa ja Japanissa. Kauden päätösosakilpailuun, Australiaan, tultaessa mestaruus oli jo ratkennut McLarenin Alain Prostille. Kilpailun aikana olosuhteet olivat samanlaiset kuin Kanadassa: kylmää ja märkää. Prost päätti vetäytyä kilpailusta. Ayrton Senna lähti paalupaikalta ja johti kilpailua 13 kierrosta, kunnes törmäsi Martin Brundlen autoon. Tämän jälkeen Boutsen nousi Williamsillaan kärkeen ja ajoi virheitä välttäen ruutulipulle ensimmäisenä. Kauden päätteeksi Boutsen sijoittui kuljettajien MM-sarjassa viidenneksi 37 pisteellään, joka on Boutsenin toiseksi paras MM-sijoitus.Kyseinen kausi oli pisteiden puolesta Boutsenin paras kausi.