Después de la Guerra de Bosnia, fue elegido miembro serbio de la Presidencia tripartita de Bosnia y Herzegovina en septiembre de 1996 y ocupó ese cargo desde octubre de 1996 hasta octubre de 1998. Perdió su intento de reelección frente a Živko Radišić en 1998. En 2006, Krajišnik fue declarado culpable de crímenes de lesa humanidad durante la Guerra de Bosnia (1992-95) por el Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia (TPIY) y condenado a 20 años de prisión. El 30 de agosto de 2013, al cumplir las dos terceras partes de su condena, le fue concedida la libertad condicional, y regresó a su residencia de Pale.