Отправляясь в Ланже, чтобы выйти замуж за Карла, Анна демонстративно взяла с собой из Ренна две кровати, в знак того, что не собирается (всегда) спать вместе с французом, насильственно взявшим её в жёны (по-видимому, это было и политической демонстрацией для Максимилиана). Со временем, впрочем, Анна сделалась весьма привязанной к супругу (см. записки Заккарии Контарини, посла Венеции ко двору Карла VIII в 1491 г.). 8 февраля 1492 года Анна была помазана и коронована как королева-супруга в Сен-Дени, причём муж запретил ей носить наследственный герцогский титул Бретани, претендуя на него в своём праве. 9 декабря 1493 года король упразднил Канцелярию Бретани, введя в герцогстве прямое правление. Отправляясь на Итальянские войны, Карл сделал регентшей не жену, как это обычно делалось, а свою сестру Анну де Божё, что можно было счесть унижением (впрочем, Анна де Божё уже и раньше успешно справлялась с регентством, в то время как королева была ещё очень юна). Почти всё правление Карла Анна прожила в замках в Амбуазе, Лоше или Плесси-ле-Тур, или же (когда Карл был в Италии) на юге — Лионе, Гренобле или Мулене. После того, как Карл взял Неаполь, Анна номинально стала королевой Неаполя и Иерусалима в первый раз. Однако, поскольку Карл короновавашись, вынужден был спешно возвращаться во Францию, а также из-за того, что основные политические силы Апеннинского полуострова объединились против него в Итальянскую лигу, королевский статус по отношению к Неаполю не был закреплён. Второй раз она действительно получила этот титул уже благодаря Людовику XII, когда тот совместно с Фердинандом Арагонским захватил это королевство в период с 1501 по 1503 годы.