תחילת שנות ה-90 של המאה ה-20 בישרו על סופו של עידן ליברפול ותחילת עידן מנצ'סטר יונייטד. היונייטד זכו בגביע האנגלי לאחר ניצחון על קריסטל פאלאס, דבר שהציל את פרגוסון מפיטורים אחרי עונה כושלת בליגה. עונה לאחר מכן, הקבוצה הגיע לגמר גביע המחזיקות וניצחה את ברצלונה 2:1 משני שערים מרהיבים של מארק יוז. עונה לאחר מכן היונייטד סיימה את הליגה במקום השני אחרי לידס יונייטד. בעונה הבאה, עשתה לידס טעות נוראית ומכרה את אריק קנטונה למנצ'סטר יונייטד. השפעתו של קנטונה הייתה מידית והוא לקח את הקבוצה לעונה מצוינת ולזכייה באליפות בעונת 1992/1993, 26 שנה לאחר האליפות האחרונה של היונייטד. שנה לאחר מכן, קנטונה הוביל את הקבוצה לדאבל היסטורי. עונה לאחר מכן, קאנטונה הושעה לאחר הבעיטה המפורסמת באוהד של קריסטל פאלאס. בעקבות השעייתו של קאנטונה היונייטד סיימו את הליגה במקום השני במרחק של נקודה אחת מבלקברן רוברס ואף הפסידה בגמר גביע ה-FA לאברטון 0:1. בעונת ביצע פרגוסון מהפכה בהרכב כאשר העלה הרבה מאוד צעירים לקבוצה הבוגרת (דייוויד בקהאם, פול סקולס, פיליפ וגארי נוויל, ניקי באט וקית גילספי) והקבוצה זכתה שוב בדאבל לאחר חזרתו של קאנטונה. בסוף אותה עונה קנטונה החליט לפרוש מכדורגל, דבר שפגע קשות ביונייטד. אבל, עונת נחשבת לעונה הטובה ביותר בהיסטוריה של מנצ'סטר יונייטד: היא זכתה בטרבל. בעונה זו זכתה הקבוצה באליפות לאחר מאבק אדיר עם ארסנל; זכתה בגביע האנגלי לאחר משחק חוזר עם ארסנל בחצי הגמר, וזכתה בליגת האלופות לאחר מהפך שנחשב לאחד מהמהפכים הגדולים בהיסטוריה של הכדורגל, בניצחון 1:2 בגמר על באיירן מינכן באצטדיון קאמפ נואו בברצלונה, לאחר שני שערים בתוספת הזמן, של טדי שרינגהאם ושל אולה גונאר סולשיאר.