Lane est blessé lors de la bataille de Cold Harbor le et Barry est nommé brigadier général (temporairement) pour le remplacer. Cependant, le , lors de la bataille de Deep Bottom, Barry au commandement de la brigade de Lane et du 23rd Tennessee Infantry, fait face aux troupes de Foster, les 100th New York Infantry, 24th Massachusetts Infantry soutenus par le 11th Maine Infantry et une section du 1st Connecticut Light Artillery. Barry est blessé à la main droite. La blessure lui fait perdre deux doigts à la suite d'une amputation. Parce qu'il est invalide et après le retour de Lane pour mener la brigade, la nomination temporaire de brigadier général est annulée le . En , Barry reçoit l'ordre de commander un département en Caroline du Nord.