O Sismo e Tsunami de Tohoku de 2011 que devastou grande parte da costa nordeste da ilha de Honshu foi sentido em Tóquio. Porém, devido a infraestrutura possuir maior resistência a terremotos, os danos à Tóquio foram menores se comparados a áreas diretamente atingidas pelo tsunami; ainda assim, os edifícios de Tóquio foram sacudidos com força e algumas atividades foram suspensas, entre elas, o funcionamento das linhas telefônicas e do sistema de metrô. A subsequente crise nuclear causada pelo tsunami não afetou Tóquio significativamente, apesar de terem ocorrido alguns aumentos no seu nível de radiação.