הפלישה המונגולית לגאורגיה במאה ה-13 והפלישות הטימוריות לגאורגיה במאות הארבע עשרה והחמש עשרה פילגו את הנצרות הגאורגית. בין המאות החמש עשרה והשמונה עשרה, היו גם הכנסייה והמדינה שתיהן מחולקות לשני חלקים, מזרח גאורגיה ומערב גאורגיה ולפיכך נוהלה הכנסייה על ידי שני פטריארכים. בשנת 1801 סופחה הממלכה המזרח-גאורגית, ממלכת כארתלי-קאחתי לאימפריה הרוסית. ב-18 ביולי 1811, בוטל המעמד האוטוקפלי של הכנסייה הגאורגית על ידי השלטונות הרוסיים, חרף האופוזיציה הכבדה בגאורגיה, והכנסייה הגאורגית הוכפפה לשלטון סינודי (מועצתי) של הכנסייה האורתודוקסית הרוסית. הליטורגיה הגאורגית נדחקה הצידה והוחלפה בליטורגיה רוסית.