Während des Krieges gegen Preußen nahm er 1866 an den Gefechten bei Hundheim, Werbach und Gerchsheim teil. Dafür erhielt er am 5. Dezember 1866 die Schwerter zum Ritterkreuz des Ordens vom Zähringer Löwen. Nach dem verlorenen Krieg wurde Keller am 12. November 1867 Kommandeur der neuerrichteten 3. Infanterie-Brigade und am 10. März 1868 zum Generalmajor befördert. Am 1. Mai 1868 kommandierte man ihn nach Berlin, um dort das Gardekorps zu begutachten.