1943年11月，美军发动吉爾伯特及馬紹爾群島戰事，将反攻的前锋推进到了内南洋地区。11月底美军发起塔拉瓦戰役，攻占了塔拉瓦环礁；1944年1月底，夺取了瓜加林環礁。2月17日，美军发起冰雹行動，楚克群島（特鲁克岛）的指挥机能瘫痪。联合舰队主力被迫转移到帕劳，但2月底的又对帕劳的设施造成重创。至此日军已经丧失了内南洋的制海权，第四舰队的舰队根据地守备队已经失去了意义。3月4日，日本海军组建中部太平洋方面艦隊，司令部设在塞班岛。第四舰队也转隶属于中部太平洋方面艦隊下。6月塞班島戰役开始，中部太平洋方面艦隊司令部全灭，孤悬海外的第四舰队与日本本土失去了联系，只能依靠各地守军自行筹备补给，直至战争结束。