Desde a queda de Singapura, os Japoneses enviaram milhares de prisioneiros de guerra britânicos e australianos para campos em Bornéu, como o Campo de Batu Lintang. Do Campo de Sandakan, por exemplo, apenas 6 dos 2.500 prisioneiros sobreviveram após uma caminhada forçada, conhecida como a Marcha da Morte de Sandakan. Ademais, do total de 17.488 trabalhadores Javaneses trazidos pela ocupação japonesa, apenas 1.500 sobreviveram, mortes envolviam desde fome extrema a condições de trabalho péssimas e maus tratos. Os Dayak e outros povos indígenas tiveram um importante papel nas táticas de guerrilha empreitadas como resistência, particularmente na Divisão de Kapit. Eles temporariamente reviveram as tradições de caça de cabeças com os japoneses ao findar da guerra, juntamente com a Unidade Especial Z, dos aliados, ajudando-os. A Austrália contribuiu significativamente para a liberação de Bornéu. A Força Imperial Australiana foi enviada a Bornéu para lutar contra os Japoneses. Juntos com outros grupos de Aliados, a ilha foi completamente liberada em 1945.