Selepas bersara menjadi pemain, Fandi berkhidmat sebagai jurulatih. Beliau bermula sebagai pembantu kepada jurulatih kebangsaan negara, Vincent Subramaniam, untuk Sukan SEA 1999, di mana Singapura tamat di tempat keempat. Pada 2000, beliau menjadi jurulatih pasukan SAFFC di mana beliau membimbing pasukan itu untuk menjuarai pertandingan S. League, dan beliau memenangi Anugerah S. League Coach of the Year. Di bawah bimbingan Fandi, SAFCC menamatkan musim 2001 tanpa memenangi trofi dan merupakan juara S. League 2002 dengan margin 20 mata. Pada tahun 2001 juga Fandi telah dilantik sebagai Anggota Majlis Persatuan Bolasepak Singapura sekaligus menjadi anggota yang termuda dan bekas pemain bolasepak pertama yang berjaya menyandang jawatan tersebut.