Στις 16 Απριλίου 1881 αποφασίσθηκε η ίδρυση ναυστάθμου στη Σαλαμίνα στη θέση Αράπη (σημερινή θέση του ναυστάθμου). Η συνολική έκταση περίπου 3.000 στρεμμάτων που απαιτείτο για τη δημιουργία του, παραχωρήθηκε δωρεάν από τον Δήμο Σαλαμίνας και από ιδιοκτήτες γης του νησιού. Η παραχώρηση αυτή, που έγινε πρωτίστως για την εξυπηρέτηση των εθνικών συμφερόντων, έμελλε να αποφέρει και σημαντικά οφέλη στο νησί. Από το 1881 άρχισε σταδιακά η οικοδόμηση του Ναυστάθμου Σαλαμίνας και ταυτόχρονα η μεταφορά των εγκαταστάσεων που υπήρχαν στον Πόρο και στη Μονή Φανερωμένης. Από τα πρώτα κτίσματα που κατασκευάστηκαν στον υπό ανέγερση ναύσταθμο ήταν και ο ναός του Αγίου Νικολάου (τέλη του 1882). Κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων, της Μικρασιατικής εκστρατείας και των παγκοσμίων πολέμων, ο Ναύσταθμος Σαλαμίνας πρόσφερε ανεκτίμητες υπηρεσίες στο ελληνικό έθνος. Μετά την αποχώρηση των Γερμανών κατακτητών από την Ελλάδα (Οκτώβριος 1944), ο ναύσταθμος είχε υποστεί σημαντικές ζημιές. Οι εργασίες ανασυγκρότησής του άρχισαν το Νοέμβριο του 1944 και σταδιακά αποκατέστησαν τη λειτουργία του.