Moutinho kuului Euroopan-mestaruuden voittaneeseen Portugalin joukkueeseen Ranskassa 2016. Hän pelasi yhtä vaille kaikissa joukkueensa otteluissa. Loppuottelussa Ranskaa vastaan hän tuli vaihdosta kentälle. MM-kilpailuissa 2018 hän pelasi kolmessa ottelussa.