Dopo gli Attentati dell'11 settembre 2001, l'ONU registra l'ETIM come organizzazione terroristica su richiesta dei governi di Cina, Afghanistan, Kirghizistan e Stati Uniti. L'infrastruttura del gruppo fu paralizzata dopo l'invasione statunitense dell'Afghanistan e il bombardamento delle basi di al-Qāʿida nelle regioni montuose lungo il confine con il Pakistan. Il leader dell'ETIM Hasan Mahsum fu ucciso da un raid pakistano in un campo di Al-Qaida nel 2003.