Subì alcuni danni durante la Guerra d'indipendenza di Rákóczi (1703-1711). Fu ricostruita sempre in forme barocche fra il 1732 e il 1740. Dopo che la Compagnia di Gesù fu soppressa nel 1773, l'imperatrice Maria Teresa d'Austria concesse ai cattolici di rito bizantino di prendere possesso della chiesa. Nel 1779 fu ricostruita a cura dell'architetto Gilebrand. Nel 1799 fu realizzata l'iconostasi. Maria Teresa diede alla chiesa un generoso contributo e le donò paramenti e vasi sacri. La cattedrale fu consacrata il 15 ottobre 1780, in coincidenza con il genetliaco della regina.