Tras el gobierno provisorio de una Junta de Gobierno presidida por Andrés de Santa Cruz, el mariscal José de la Mar fue elegido presidente por el Congreso Constituyente, el 9 de junio de 1827. Durante su mandato promulgó la Constitución Liberal de 1828. Ocurrió también el terremoto de Lima de 1828. En el aspecto internacional, un ejército peruano al mando del general Agustín Gamarra invadió a Bolivia, donde puso fin a la influencia bolivariana, expulsando al presidente de ese país, el mariscal Antonio José de Sucre (1828). Asimismo, el Perú libró una guerra con la Gran Colombia, conflicto que fue desatado por Bolívar, irritado por el fin de su influencia en el Perú y Bolivia; otra razón fue su ambición por ocupar los territorios peruanos de Tumbes, Jaén y Maynas. La guerra tuvo dos escenarios, el marítimo y el terrestre. En el primero de ellos, el Perú triunfó y ocupó Guayaquil, pero en el segundo no le fue bien, sufriendo un revés en la batalla del Portete de Tarqui (27 de febrero de 1829), que si bien no fue una derrota decisiva, motivó que se abrieran las negociaciones de paz, pues ambas naciones no tenían interés en proseguir las hostilidades. Se firmó así el llamado Convenio de Girón. Se hallaba La Mar todavía en plena negociaciones con los colombianos, cuando fue derrocado por el general Agustín Gamarra y desterrado a Costa Rica, en junio de 1829. Gamarra firmó un armisticio con los grancolombianos y enrumbó hacia Lima, donde asumió el gobierno de manera provisoria. Luego se hizo elegir presidente constitucional e instauró un gobierno conservador.