Santo Domingo se convirtió nuevamente en una nación libre, cuando los dominicanos obtuvieron su independencia de la dominación haitiana el 27 de febrero de 1844 ideada por el héroe nacional dominicano Juan Pablo Duarte. La ciudad fue un premio disputado por diversas facciones políticas en las décadas venideras de inestabilidad. Además, el país tuvo que librar múltiples batallas con Haití, la Batalla del 19 de marzo, la Batalla del 30 de marzo, la Batalla de Las Carreras, y la Batalla de Beler, son algunos de las batallas más destacadas, dichos conflictos se mencionan en el himno nacional, también existen calles de la ciudad con el nombre de ellos. En 1861 el país regresó a manos españolas, quienes llegaron a un acuerdo con el líder dominicano Pedro Santana por el que este último ganó numerosos títulos honoríficos y privilegios, a cambio de la anexión de la joven nación a España. La Guerra de Restauración Dominicana comenzó en 1863 sin embargo, en 1865 el país estaba libre nuevamente después que España se retirara.