Vuonna 1828 Runeberg muutti Helsinkiin, kun yliopisto määrättiin Turun palon myötä siirtymään pääkaupunkiin. Hänestä tuli vuonna 1830 kaunopuheisuuden dosentti. Tehtävään kuului klassillisten ja uusien kielten opetusta. Vuonna 1833 hän haki yliopiston Rooman kirjallisuuden apulaisen virkaa. Yliopistotoveriensa kanssa Runeberg perusti myös uuden oppikoulun Helsingfors lyceumin.