С 1937 по 1944 годы Йон работал юрисконсультом авиакомпании «Люфтганза», где его шефом был Клаус Бонхёфер, через которого О.Йон установил контакты с германским движением Сопротивления. Имеются сведения, что во время войны О.Йон сотрудничал с британской разведкой MI6. Йон принимал участие в подготовке покушения на Гитлера 20 июля 1944 года. После провала покушения был казнён брат Отто Йона, Ганс, а сам Отто сумел через Мадрид и Лиссабон бежать в Великобританию, куда он прибыл в ноябре 1944 года.