เดิมธงชาติทรานส์นีสเตรียคือธงชาติของสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตมอลเดเวีย ต่อมาเมื่อสหภาพโซเวียตล่มสลายในปี พ.ศ. 2534 มอลเดเวียได้ประกาศเอกราชเป็นประเทศมอลโดวาและกำหนดใช้ธงของตนเองขึ้นใหม่ แต่ดินแดนทรานส์นีสเตรียบางส่วนไม่ยอมรับอำนาจของมอลโดวา จึงยังคงใช้ธงของมอลเดเวียในความปกครองของสหภาพโซเวียตเป็นสัญลักษณ์ต่อไปและได้รับความนิยมจากประชาชนในดินแดนแถบนี้ ภายหลังธงนี้จึงได้รับการรับรองเป็นธงชาติสำหรับดินแดนทรานส์นีสเตรียอย่างเป็นทางการในปี พ.ศ. 2543