Папа Иноћентије III је позвао на крсташки поход против њих, који је прерастао у четрдесетогодишњи рат против домаћег становништва Лангдока. Током овог периода масакрирано је око 500.000 лангдокшких мушкараца, жена и деце, а њихова земља је окупирана и припојена Француској. Током тог сукоба догодила се и опсада тврђаве Каркасон, након чијег је пада катарско становништво буквално голо протерано из града. Инквизиција је уведена да искорени и последње остатке катарских уверења. Последњи познати катарски префект (совршитељ) је погубљен у Лангдоку 1321. године. Катарски покрет је касније послужио као основ за црквену реформацију до које ће доћи у Европи у 16. веку.