Во время Гражданской войны в России он в конце 1918 года воевал на стороне белых в составе 28 Донского казачьего полка. В декабре Фомин взбунтовал полк и повёл его в тыл, где в январе 1919 года взял Вёшенскую. Через 2 месяца там началось восстание, и Фомин бежал в войска Филиппа Миронова. Дослужившись до командира дивизии, Фомин вместе с Мироновым был арестован, позже они были помилованы.