Au retour de la campagne de Russie (1812), promu chef de bataillon et ingénieur en chef au corps du génie militaire, Audoy fait la campagne de Saxe (1813) où il fortifie Dresde, puis participe en janvier 1814 la défense de Metz. Le 9 novembre 1814, il est élevé au rang d’Officier de la Légion d’honneur. Le 18 juin 1815, il participe à la bataille de Waterloo, où il est blessé.