I løpet av Makedonerkrigene ble en konflikt mellom Roma og Trakia uunngåelig. Ødeleggelsen av de herskende gruppene i Makedonia destabiliserte gresk autoritet i Trakia, og stammehøvdinger begynte igjen å handle uavhengig. Etter slaget ved Pydna i 168 f.Kr. fikk romerne autoritet over Makedonia og styringen over Trakia ble overtatt av Roma. Hverken trakerne eller makedonerne hadde underkastet seg romersk dominans, og flere opprør skjedde i denne overgangstiden. Opprøret til Andriscus, også kalt for Fjerde makedonerkrig, i 149 f.Kr. fikk det meste av sin støtte fra Trakia. Flere fiendtlige streiftog fra lokale stammer inn i Makedonia fortsatte i mange år, skjønt det var også flere trakiske stammer som villig allierte seg med Roma, eksempelvis bessere. Etter den Tredje makedonerkrig anerkjente Trakia stort sett romersk autoritet.