Dort besuchte Malinowski das Lycée Louis-le-Grand und studierte anschließend ab 1834 an der École polytechnique und ab 1836 an der École nationale des ponts et chaussées. Nach seinem Abschluss 1838 arbeitete er an der Eisenbahnstrecke Paris–Pontoise, wurde nach Bône und Algier entsandt und war an der Maas-Regulierung tätig. Während des Krakauer Aufstands verließ er Frankreich. Nach einer Zeit in Leipzig und Baden kehrte er 1849 nach Frankreich zurück. Dort war er im Département Loir-et-Cher mit Wasserbauarbeiten befasst.