Berger startet sin karriere som junior i Sparta Praha i 1989, men i 1991 gikk han til rivalene Slavia Praha og proffkontrakt. I 1995/96-sesongen gikk han til Borussia Dortmund, som vant Bundesligaen samme sesong. Etter bra spill for i fotball-EM 1996 ble han hentet til Liverpool FC for 3,25 millioner britiske pund.