Το Ζαχαράτο βρίσκεται βόρεια του Κιλκίς σε απόσταση 4 χλμ. από το κέντρο της πόλης. Η παλιά ονομασία του χωριού ήταν "Σεκερλί" ή Σεκερλί με την οποία αναφέρεται το 1919 στο ΦΕΚ 48Α-05/03/1919 να προσαρτάται στην τότε κοινότητα Κιλκίς. Το χωριό χαρακτηρίζεται αμιγώς προσφυγικό, μετά τους Βαλκανικούς πολέμους και την ανταλλαγή πληθυσμών, η Επιτροπή Αποκατάστασης Προσφύγων (ΕΑΠ) εγκατέστησε 64 οικογένειες προσφύγων (213 άτομα), αρκετοί από τους οποίους ήταν από τη Νικόπολη (Γαράσαρη) του Πόντου και ορισμένοι αρμενόφωνοι. Μετονομάστηκε σε Ζαχαράτο το 1927 και το 1934 αποσπάσθηκε από το νομό Θεσσαλονίκης και προσαρτήθηκε στο νομό Κιλκίς. Σύμφωνα με το πρόγραμμα Καλλικράτης, μαζί με το Κιλκίς, την Αργυρούπολη, την Κολχίδα, το Μεταλλικό, τη Ξυρόβρυση και το Σεβαστό αποτελούν την δημοτική κοινότητα Κιλκίς που ανήκει στη δημοτική ενότητα Κιλκίς του δήμου Κιλκίς και σύμφωνα με την απογραφή 2011 έχει πληθυσμό 196 κατοίκους.