Stejně jako rodiny pánů z Cabaret, Saissac a Durban je i jméno Peyrepertuse úzce spojeno s katarismem. Pevnost hrála často úlohu útočiště pronásledovaných rytířů nebo katarů během událostí křížové výpravy. 22. května 1217 se Guillaume de Peyrepertuse podřídil hraběti Šimonovi IV. z Montfortu. Tato epizoda byla poznamenána sporem mezi hrabětem a papežským nunciem a opatem Arnaudem Amaurym o titulu vévody z Narbonne, který si každý z nich nárokoval, aby dočasně využil moci spojené s městem. Arcibiskup šel tak daleko, že v roce 1211 Šimona IV. z Montfortu exkomunikoval. Guillaume de Peyrepertuse odmítl respektovat své závazky a byl v roce 1224 rovněž exkomunikován. Hrad se stal jedním z hlavních míst katarského odporu společně s Béziers, Carcassonne, Minerve a hrady Montségur a Quéribus. Všechna tato místa byla časem dobyta a kataři upáleni jako kacíři. Smlouva z Meaux (nazývaná též Pařížská smlouva) jmenuje v roce 1229 Guillaumeho jako "takzvaného lorda Peyrepertuse". Po neúspěšném Languedockém povstání a obléhání Carcassonne se Guillaume de Peyrepertuse nakonec 16. listopadu 1240 spolu s Raimondem II. Trencavelem vzdal a hrad se stal francouzským majetkem.