В края на управлението на император Павел генерал Витгенщайн изпада в немилост и е принуден да подаде оставка. При възкачването на Александър I е възстановен на служба и се издига още във военната йерархия. През лятото на 1812, при нахлуването на Наполеон в Русия, Витгенщайн оглавява силите, които преграждат пътя на французите към Санкт Петербург на река Западна Двина. В сражението при Клястици през юли удържа победа, с която спасява столицата от нашествениците. През октомври преминава в настъпление, за да пресече отстъплението на основните френски сили от Москва. Печели битките при Полоцк и Чашники, но при Березина допуска Наполеон да се изплъзне от обкръжение. Пренасяйки войната в Германия, през февруари 1813 Витгенщайн превзема Берлин. След смъртта на Кутузов през април е назначен за главнокомандващ съюзните руско-пруски войски. След неуспешните сражения с наполеоновите войски при Лютцен и Бауцен месец по-късно отстъпва поста на генерал Барклай-де-Толи. До победата над Наполеон през 1814 командва корпус в Германия и Франция.