Am 7. Mai 1945 übergab Rainer seine Amtsgeschäfte an einen Vollzugsausschuss und flüchtete in die Gegend um den Weißensee. Nach Hinweisen aus der Bevölkerung verhafteten ihn britische Soldaten. In Nürnberg sagte Rainer im Verfahren gegen die 24 Hauptkriegsverbrecher als Zeuge im Prozess gegen Arthur Seyß-Inquart aus. Im Februar 1947 wurde Rainer nach Jugoslawien ausgeliefert und in Ljubljana vor dem Militärgericht der 4. Armee angeklagt. Ihm wurde die Verpflichtung zur Zwangsarbeit, die Zwangsrekrutierung jugoslawischer Staatsbürger zur Wehrmacht, die Anweisung zum Niederbrennen von 35 Dörfern, die Duldung von 864 Geiselerschießungen und die Inhaftierung und Deportation von Slowenen in Konzentrationslager vorgeworfen, wobei er das Ziel verfolgt habe, die kulturellen, materiellen und wirtschaftlichen Grundlagen des slowenischen Volkes zu zerstören. Er berief sich auf Befehle von Hitler und Himmler und argumentierte im Schlussplädoyer, er hätte versucht, Hitlers Germanisierungsbefehl abzuschwächen. Er wurde am 19. Juli 1947 zum Tode verurteilt. Das Urteil wurde im August 1947 bestätigt und nach offiziellen Angaben am 18. August 1947 vollstreckt.