В 1935 году Филинту Мюллер жёстко подавлял коммунистическое Ноябрьское восстание (в котором, наряду с коммунистами, участвовали его бывшие соратники-тенентисты). По приказу Мюллера была арестована и депортирована в Третий рейх Ольга Бенарио-Престес — жена Луиса Карлоса Престеса (в 1942 году она была убита при испытании отравляющего газа в нацистской экспериментальной клинике). Судьба Ольги Бенарио-Престес считается худшим преступлением Филинту Мюллера. В то же время сторонники Мюллера утверждают, что он лишь выполнял приказ главы государства, утверждённый к тому же высшей судебной инстанцией.