Am 29. November 1989 wurde die Sonderverwaltung Bergkarabachs aufgehoben, woraufhin es zu erneuten Demonstrationen mit Todesopfern kam. Im Dezember und Januar kam es zu Übergriffen an den Grenzen der Autonomen Republik Nachitschewan zum Iran und der Türkei, ein Vereinigtes Aserbaidschan wurde gefordert. Nach Zusagen der Regierung zu Reiseerleichterungen und Landnutzung in Grenznähe beruhigte sich die Lage. Nachdem der Oberste Sowjet Armeniens und der Nationalrat von Bergkarabach am 1. Dezember 1989 die Vereinigung von Karabach mit Armenien erklärt hatten, folgten Proteste von aserbaidschanischer Seite und am 13. und 14. Januar 1990 kam es zu Pogromen gegen Armenier in Baku, Xanlar, Schahumjan und Lənkəran mit mehr als 90 Todesopfern. Am 15. Januar wurde über Karabach und angrenzende Gebiete das Kriegsrecht verhängt. Nach Ausrufung eines Generalstreiks in Baku rollten zum 20. Januar sowjetische Panzer in die Stadt, es kam zu 150 Todesopfern und der Ausnahmezustand wurde verhängt. Daraufhin protestierten Nachitschewan und der Oberste Sowjet Aserbaidschans. Russische und armenische Familien flohen aus Baku, bis zu diesem Zeitpunkt flohen insgesamt 500.000 Menschen. Bis August kam es zu weiteren Übergriffen auf armenische und aserbaidschanische Dörfer, vorrangig durch paramilitärische Verbände. In Aserbaidschan erstarkten die OMON, Milizen des Innenministeriums, denen viele Flüchtlinge aus Armenien beitraten.