Le , Joseph de Banyuls est mis à la tête du de Chasseurs de l'Ariège. Il est ensuite muté au Régiment de La Tour d'Auvergne, qui devient par la suite le régiment-Étranger. Incorporé dans l'armée d'Aragon sous les ordres du maréchal Suchet, il fait de 1809 à 1811 les campagnes d'Aragon et de Catalogne. Il prend part notamment au siège de Saragosse, au siège de Lérida, au siège de Tortose, au siège de Tarragone, et au siège de Valence. Il passe dans la division napolitaine en 1812 et obtient le le grade de major. Il combat dans les rangs de l'armée d'Italie jusqu'à la chute de l'Empire.