Marat vaikutti taustalla elokuun 1792 Tuileries’n palatsin valtaukseen, jonka seurauksena Ranskan monarkia kumottiin. Hänet valittiin uuden Pariisin kommuunin asettamaan pahamaineiseen ”valvontakomiteaan” ("comité de surveillance"), jonka tehtävä oli etsiä ja kitkeä vastavallankumouksellisia. Pian tämän jälkeen tapahtuivat niin sanotut syyskuun murhat, kun väkijoukot surmasivat Pariisin vankiloissa tuhansia vangittuja yläluokan ja papiston edustajia vallankumouksen vihollisina. Vaikka Marat’n ei tiedetä olleen suoraan vastuussa näistä tapahtumista, monet pitivät häntä syyllisenä joukkomurhiin, sillä hän oli yllyttänyt lehtikirjoituksissaan ihmisiä vastaavaan väkivaltaan. Marat valittiin Pariisin edustajana uuteen parlamenttiin, kansalliskonventtiin, jossa hän oli lähellä radikaalien tasavaltalaisten muodostamaa vuoripuoluetta. Hän kohosi yhdeksi konventin tunnetuimmista nimistä, joskin vuoripuolueen johtajat eivät halunneet antaa hänelle todellista valtaa. Hän puolusti konventissa sosiaalisia reformeja kuten progressiivista tuloveroa, valtion ammattikouluja ja asepalveluksen lyhentämistä. Hän kannatti myös tilapäisen diktatorisen hallituksen perustamista vallankumoussodasta selviämiseksi. Muutamaa päivää tasavallan julistamisen jälkeen, 25. syyskuuta 1792, Marat muutti lehtensä nimeksi "Journal de la république française" (”Ranskan tasavallan lehti”).