Sukarno puuttui myös naapurimaiden sisäpolitiikkaan. Vuonna 1962 perustettiin Malesian liittovaltio, johon liittyivät Malaija, Pohjois-Borneo, Sarawak ja Singapore. Alkujaan Malaijan pääministerin Tunku Abdul Rahmanin ehdottamaan liittoon ehdotettiin myös Bruneita, joka kuitenkin jättäytyi sen ulkopuolelle. Sukarno ei hyväksynyt Borneon pohjoisten osien Sarawakin ja Pohjois-Borneon liittämistä Malesiaan, vaan hänen näkemyksensä mukaan alueet kuuluivat Indonesian vaikutuspiiriin, ja hän vaati alueita liitettäväksi Indonesiaan. Kun Bruneissa syttyi kapina joulukuussa 1962 maan hallinnon ja kapinallisten välillä, Sukarno asettui tukemaan kapinallisia. Brittijoukot kuitenkin kukistivat kapinan nopeasti.