1964 sera une grande année pour Jan Janssen, avec tout d'abord une victoire dans Paris-Nice (classement général et classement par points) ainsi qu'une nouvelle deuxième place sur la Flèche wallonne. Il revient sur le Tour de France, y remporte deux succès d'étape et le maillot vert. Enfin, il conquiert le maillot arc-en ciel de champion du monde sur le circuit de Sallanches.