Rakel Hönnudóttir fait ses débuts internationaux seniors pour l'Islande lors de l'Algarve Cup 2008 dans une victoire 2-0 contre la Pologne. Lors de l'Euro 2009, elle participe aux trois matches de l'Islande, éliminée au premier tour. Quatre ans plus tard, elle est sélectionnée par dans l'équipe islandaise pour l'Euro 2013. Elle conserve sa place dans l'équipe nationale pour l'Euro 2017, mais ne joue cette fois aucun match.