Les sous-marins britanniques, néerlandais et américains participèrent à l'échec de la défense de la Malaisie britannique et des Indes néerlandaises à la fin de 1941 et au début de 1942. En décembre 1941, cinq sous-marins néerlandais attaquèrent la flotte d'invasion japonaise au large de la Malaisie. Ces sous-marins coulèrent deux navires marchands japonais et en endommagèrent quatre autres, pour le prix de trois sous-marins perdus. Les deux sous-marins néerlandais survivants furent retirés pour défendre les Indes néerlandaises où ils assistés par deux sous-marins britanniques, qui avaient été transférés de la flotte méditerranéenne, ainsi que plusieurs bateaux américains. La force sous-marine de la flotte asiatique américaine quitta Surabaya pour Fremantle, en Australie-Occidentale, le mars. À cette date, les 27 sous-marins de la flotte asiatique avaient coulé 12 navires japonais pour la perte de quatre bateaux américains. À la suite de la chute des Indes orientales, seule une poignée de sous-marins britanniques et néerlandais furent basés dans l'océan Indien, et ceux-ci eurent peu d'impact sur les forces japonaises dans la région.