Musim terakhir Peugeot menjadi pemasok mesin untuk Prost memperlihatkan sedikit optimisme. Prost kemudian merekut teman satu timnya di Ferrari musim 1991, Jean Alesi untuk menjadi pembalap utama dan juara Formula 3000 tahun 1999 asal Jerman, Nick Heidfeld untuk menemaninya. Musim ini ternyata kembali menjadi satu bencana lagi, di mana AP03 terbukti tidak dapat diandalkan dan sulit untuk dikendalikan. Hal semakin buruk ketika kedua pembalap terlibat dalam kecelakaan di Grand Prix Austria. Direktur teknik yang baru direkrut, Alain Jenkins, dipecat di pertengahan musim. Prost kemudian merestrukturisasi tim, dan merekerut Joan Villadelprat selaku direktur pengelola tim, serta merekrut Henri Durand selaku direktur teknik tim yang baru untuk menggantikan Jenkins.