В 2000-е и 2010-е годы наиболее известными операциями ВМС Израиля были перехваты грузов оружия — Карин А, операция «Четыре вида», Виктория (контейнеровоз), Операция «Полное разоблачение». В 2010 году при перехвате пытавшегося прорвать морскую блокаду сектора Газы пассажирского корабля «Мави Мармара» было убито 9 человек из пассажиров; инцидент вызвал широкую международную реакцию и ожесточённые споры о законности и правомерности предпринятых Израилем и организаторами флотилии действий.