Резиденция александрийского православного патриарха была перенесена в Константинополь (Стамбул), что способствовало окончательному закреплению византийской литургии в богослужении Александрийской церкви. Патриарх Иоаким I Афинянин добился у турецких властей гарантий патриарших привилегий, но египетские православные приходы находились в тяжёлом финансовом положении и выживали только благодаря помощи других восточных патриархов и православных государств, прежде всего России. После тяжёлого поражения турецкого флота в битве при Лепанто от объединённых сил Священной лиги (1571 год) по Египту прокатилась волна христианских погромов.