این دوره همزمان با دوران حکومت امپراتوری سلجوقی بود. در این دوران، نظام‌الملک جنبش‌های مدرسه‌سازی و رقابتهای مذهبی-سیاسی را رواج داد، بنابراین تاریخ حوزه علمیه شیعه در این دوران چندان روشن نیست. اگرچه "حسین سلطان‌زاده" نویسنده کتاب "تاریخ مدارس ایران" از شش مدرسه در این عصر نام برده است، اما شیعه بودن آنها مورد شک است. می‌توان گفت که ایران از نیمه دوم قرن پنجم قمری، از حمله مغول (۱۲۱۹ تا ۱۲۵۶ میلادی، از ۶۱۶ تا ۶۵۴ هجری قمری) تا زمان غازان خان (۱۲۹۵ تا ۱۳۰۴ میلادی، ۶۹۴ تا ۷۰۳ هجری قمری)، یکی از پادشاهان ایلخانی، در آشفتگی سیاسی و فرهنگی بوده است. تا اینکه غازان خان به قدرت رسید و از آیین بودایی به اسلام گروید و نام خود را به "محمود" تغییر داد و از امپراتوری بزرگ مغول مستقر در چین سرپیچی کرد. غازان خان برای بهبود وضعیت کشور، مجموعه‌ای از اصلاحات وسیع و قوانین و مقررات را وضع کرد که نتایج درخشانی به بار آورد. به پیروی از غازان خان، نزدیک به ۱۰۰۰۰۰ مغول مسلمان شدند، و جانشین وی نیز، اولجایتو(۷۰۳ - ۷۱۶ قمری، ۱۳۰۴ - ۱۳۱۶ میلادی)، توسط شیعیان به مناسبت گرویدن او به مذهب شیعه به محمد خدابنده معروف شد. بنابراین، تا زمان انقراض سلسله ایلخانی ایران، اسلام دین رسمی دولت ایلخانان بود و سلطنت آنان بر اساس قوانین و آداب اسلامی بود.