2005年9月1日、ハリケーン・カトリーナによる被害に対する海軍特別対策本部の旗艦として出航する。ハリー・S・トルーマンは9月4日にメキシコ湾に到着、ニューオーリンズを始めとする被災地復興作業に従事する。第10空母打撃群司令官ジョセフ・キルケニー少将は湾岸統合任務部隊 ("Joint Task Force (JTF) Gulf Coast") の副司令官に任命され、艦は湾内に停泊してヘリコプターを用いて真水の供給を行った。湾岸統合任務部隊の中心は強襲揚陸艦のイオー・ジマ ("USS Iwo Jima, LHD-7") であった。ハリー・S・トルーマンは5週間に及ぶ救援作業の後、2005年10月に母港へ帰還した。