עקב הקלות היחסית שבה ניתן להשיג את חומרי הגלם הדרושים להרכבת פצצה תרמובארית, בניגוד לקושי בהשגת חומרי נפץ מרסקים תקניים, ועקב אפקט ההרס וההשפעה הפסיכולוגית של פצצה כזו, קל לארגוני טרור לפתח פצצות תרמובאריות ולעשות בהן שימוש. בין פיגועי הטרור בהם השתמשו במנגנון דומה לפצצה תרמובארית ניתן למנות את הפיגועים בבסיסי הכוח הרב-לאומי בביירות (1983), הפיגוע במגדלי התאומים (1993) והפיגוע בבאלי (2002) שבוצע על ידי "אל-ג'מאעה אל-אסלאמיה".