Les difficultés économiques graves vécues pendant la guerre et ses politiques autoritaires ont dégradé largement son image auprès de la population. Des milliers de Juifs ont immigré clandestinement en Palestine pendant la Seconde Guerre mondiale (les chiffres varient de 12 000 à 100 000), grâce à une action conjointe des autorités turques et des organisations sionistes, mais certains épisodes ont donné lieu à des interprétations divergentes et à des polémiques. Ainsi, en , les roumains du "Struma", qui espéraient passer en Palestine, périssent noyés dans la mer Noire lors du torpillage accidentel de leur navire par un sous-marin soviétique ; certains historiens font porter la responsabilité sur les autorités tant britanniques que turques, d'autres, essentiellement sur les autorités britanniques. Le , la Grande Assemblée nationale turque vota la création d’un impôt sur la fortune, le "Varlık Vergisi" ; face à l’ampleur de la fraude, les inspecteurs réévaluèrent arbitrairement le montant à percevoir, de façon plus élevée pour les non-musulmans que pour les autres, et utilisèrent la contrainte par corps au cours de l’année 1943. Le , cet impôt fut abrogé, les sommes encore dues annulées et les derniers contribuables incarcérés remis en liberté.