Der 1880 über dem mittelalterlichen Sockelbau aufgemauerte neue Turm mit gleich hohen Turmhelmen ersetzte den historischen Einzelturm. Bei den Endkämpfen des Zweiten Weltkriegs wurden die Turmhelme zerstört. Anlässlich der Vorbereitungen zur 750-Jahr-Feier der Stadtgründung Berlins im Jahr 1987 wurde die Rekonstruktion der Doppelspitze beschlossen. Die neuen oktogonalen Knickhelme der 1980er-Jahre orientieren sich weitgehend an der Form der einzigen Turmspitze der Fassade, wie sie bis zur historistischen Umgestaltung der Kirche in den Jahren 1876/1878 existierte, und weniger an der Gestaltung der beiden neogotischen Turmspitzen von 1876/1878 mit ihren insgesamt acht Ecktürmchen. Die acht Dreiecke der beiden oktogonalen Spitzen der 1980er-Jahre sind auch nicht mehr gleich groß wie bei den beiden Vorgängermodellen ausgeformt, sondern breitere und schmalere Dreiecke wechseln einander ab. Die vorherigen Turmkreuze setzte man bei der Rekonstruktion nicht mehr auf. Die modernen Turmspitzen wurden auf einem am Erdboden befindlichen Betonsockel fertig montiert, wo sie zwei Drittel der Eindeckung über einer Spezialstahlkonstruktion und eine Kupferhaut erhielten. Die südliche Spitze erhielt auf ihrem Turmhelm eine Nachbildung des historischen Berliner Stadtwappens als Wetterfahne – zur Erinnerung daran, dass sich hier der ursprünglich einzige Kirchturm der Nikolaikirche aus dem Mittelalter befand. Die andere Spitze erhielt eine vergoldete Kugel, die als Blitzableiter dient. Für das Aufsetzen der neuen, 53 Tonnen schweren Turmspitzen hatten Baufachleute auf den stabilisierten Turmfragmenten zuvor einen Stahlbetonringanker aufgebracht. Ein Mobilkran des VEB Industriemontagen Merseburg hob die fertigen Spitzen am frühen Morgen des 20. August 1982 in die Höhe und setzte sie millimetergenau auf dem Ringanker ab, wo sie dauerhaft verschraubt wurden. Das Aufsetzen je einer Spitze dauerte 35 Minuten.