לאחר קרב שילה, העיתונים בצפון ביקרו את גרנט על מספר הקורבנות הרב ועל "שכרותו", לכאורה, במהלך הקרב. שילה היה הקרב הקטלני ביותר בתולדות ארצות הברית עד אז, כש-23,800 חיילים נהרגו. האלק הגיע לאזור ב-9 באפריל והעביר את גרנט מתפקידו, מתוך רצון לכבוש את קורינת'. גרנט שקל להתפטר, אולם בריגדיר גנרל ויליאם שרמן, אחד ממפקדי המחלקות שלו, שכנע אותו להישאר. לינקולן ביטל את הביקורת על גרנט, וטען שלא יוכל לוותר עליו. האלק החזיר את גרנט לתפקיד המפקד ב-11 ביולי. ב-19 בספטמבר, ניצח צבאו של גרנט את הקונפדרציה בקרב יוקה, והגן על קורינת' בהצלחה, כשהאויב סופג אבדות קשות. ב-25 באוקטובר, תפס גרנט פיקוד על מחוז נהר טנסי. בנובמבר, לאחר הצהרת האמנציפציה הראשונית של לינקולן, פקד גרנט על היחידות שלו לשלב עבדים נמלטים במאמץ המלחמתי, ולספק להם ביגוד, מקלט ושכר בעבור שירותיהם.