Solo en el curso de la Guerra de los Treinta Años recibió Magdeburgo un arzobispo católico, cuando Cristián Guillermo de Brandeburgo (1598-1631) fue capturado en 1631 después del sitio y saqueo de Magdeburgo y apresado en Viena, donde se acercó a la Iglesia católica. Fue sustituido, llevado por las tropas imperiales católicas ocupantes, por Leopoldo Guillermo de Habsburgo (1631-1638), pero no hubo una recatolización de la población de la archidiócesis. Tras la Paz de Praga (1635), el cabildo del arzobispado de Magdeburgo eligió como administrador laico protestante al duque Augusto de Sajonia-Weissenfels (1638-1680), de la Casa de Wettin gobernante en el Electorado de Sajonia. En el Tratado de Westfalia (1648), se acordó que el Estado imperial del arzobispado de Magdeburgo sería otorgado a Brandeburgo-Prusia dentro del margraviato de Brandeburgo, tras la muerte Augusto. Cuando el príncipe de Sajonia murió en 1680, el arzobispado fue secularizado por parte de Brandeburgo y convertido en el ducado de Magdeburgo.