В конце сезона Хайнкес покинул свой пост, главным тренером был назначен Луи ван Гал. Изначально он вернул Швайнштайгера на фланг, однако после покупки крайнего полузащитника Арьена Роббена вновь перевёл Бастиана в центр поля. Под руководством нидерландского тренера «Бавария» неудачно начала &lt;a href="%D0%A4%D0%9A%20%C2%AB%D0%91%D0%B0%D0%B2%D0%B0%D1%80%D0%B8%D1%8F%C2%BB%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202009/2010"&gt;сезон 2009/10 года&lt;/a&gt;, однако ситуацию удалось стабилизировать в том числе благодаря удачному партнёрству Швайнштайгера и ван Боммела в центре поля. По итогам сезона «Баварии» удалось одержать победу в чемпионате, а также выиграть Кубок Германии, в финале которого против «Вердера» забил в том числе и сам Швайнштайгер. Помимо этого мюнхенский клуб дошёл до финала Лиги чемпионов, в котором встретился с итальянским «Интернационале». Однако «Бавария» потерпела поражение в этой игре со счётом 0:2. Как отмечал бывший футболист мюнхенского клуба Пауль Брайтнер, игра на разных позициях позволила Швайнштайгеру улучшить свои качества центрального полузащитника, так как он мог наблюдать за игрой с разных сторон. Летом 2010 года в трансфере Швайнштайгера были заинтересованы «Реал», «Челси» и «Ювентус», однако он продлил контракт с «Баварией» до 2016 года. В &lt;a href="%D0%A4%D0%9A%20%C2%AB%D0%91%D0%B0%D0%B2%D0%B0%D1%80%D0%B8%D1%8F%C2%BB%20%D0%B2%20%D1%81%D0%B5%D0%B7%D0%BE%D0%BD%D0%B5%202010/2011"&gt;сезоне 2010/11 года&lt;/a&gt; Швайнштайгер преимущественно выполнял функции плеймейкера и отличался важными голами. Он забил оба гола во втором раунде Кубка Германии против «Вердера», благодаря которым «Бавария» победила и прошла дальше.