El torneo masculino de waterpolo contó con la participación de 12 selecciones y el mismo sistema de Seúl 1988: fase de grupos, semifinales y final. La vigente campeona mundial, Yugoslavia, no participó por las sanciones internacionales de la guerra de los Balcanes. Y Croacia, que se había independizado el año anterior, no llegó a tiempo a la fase clasificatoria. La lucha por las medallas se dirimió en las piscinas Picornell.