Cuando los nazis inician la invasión de la Unión Soviética en junio de 1941, cambia la política de emigración hacia el exterminio. Copartícipes de este genocidio fueron Heydrich, quien era el superior de Eichmann, y demás líderes militares y administrativos presentes en la Conferencia de Wannsee el 20 de enero de 1942, organizada por Eichmann hasta el último detalle. Eichmann y su equipo fueron los responsables de la deportación y exterminio de los judíos en los campos de concentración, donde las víctimas fueron gaseadas. Alemania invadió Hungría en marzo de 1944 y Eichmann supervisó la deportación de la población judía. Muchas de las víctimas fueron enviadas al campo de concentración de Auschwitz, donde cerca del 75% fueron asesinadas en el momento de su llegada. Cuando fueron detenidos los transportes en julio de 1944, 437.000 judíos húngaros habían sido asesinados. El criminal nazi Dieter Wisliceny testificó en el juicio principal de Núremberg que Eichmann le había dicho en febrero de 1945 que saltaría riéndose en su tumba porque la sensación de que tenía a cinco millones de personas en su conciencia sería para él una fuente de extraordinaria satisfacción.