C’est cependant lors des guerres que la Grèce traverse à la fin du que Sophie se montre la plus active sur le plan social. En 1897 éclate ainsi la guerre de Trente Jours qui oppose Grecs et Ottomans à propos de la possession de la Crète et qui débouche sur une humiliante défaite hellène. Durant ce conflit, Sophie et les autres membres féminins de la famille royale travaillent activement avec la Croix-Rouge grecque dans le but de porter secours aux soldats blessés. À Athènes comme sur le front thessalien, la princesse héritière met ainsi en place des hôpitaux de campagne, rend visite aux blessés et administre même directement des soins aux victimes des combats. Sophie facilite par ailleurs l’arrivée d’infirmières anglaises en Grèce et participe également à la formation des jeunes femmes volontaires pour apporter leur aide aux soldats blessés.