Η πόλη μετά τους Μηδικούς πολέμους απετέλεσε μέλος της ομοσπονδίας της Δήλου. Αργότερα κατά τον Πελοποννησιακό πόλεμο τάχθηκε με τη Σπάρτη γενόμενη έτσι σπουδαίο ορμητήριο των Σπαρτιατών. Από τότε εκ της στρατηγικής σημασίας της, η Άβυδος αποτελεί σε ρόλο το Γιβραλτάρ του Αιγαίου. Προ του θαλάσσιου χώρου αυτής έγιναν στην αρχαιότητα δύο ναυμαχίες το 411 π.Χ. και το 410 π.Χ.. Στη πρώτη οι Αθηναίοι΄υπό τον Θρασύβουλο και τον Θράσυλο νίκησαν τους υπό τον Κλέαρχο Σπαρτιάτες, εις δε τη δεύτερη, οι εξελίξεις υπήρξαν δραματικότερες εκ της συμμετοχής των Περσών (Ναυμαχία της Αβύδου).