El 14 de agosto empezó la ofensiva franquista en Santander, que al cabo de pocos días se había convertido en un desastre para las tropas republicanas, aunque las tropas vascas del sector oriental mantuvieron sus posiciones. Pero ante el hundimiento de la retaguardia del XIV Cuerpo de Ejército, Prada recibió órdenes de retirarse hacia Asturias pero se encontró con la insubordinación de los batallones nacionalistas vascos, que se retiraron por su cuenta hacia la localidad de Santoña. Allí se produjo el llamado Pacto de Santoña, por el que estas tropas vascas se rendían a las tropas italianas del CTV con la intención de conseguir ciertos privilegios, aunque luego no fuera respetado y cayeran en manos de Franco. Así, una buena parte de las unidades del XIV Cuerpo causaron baja y dejaron a la formación en una situación crítica, debiendo retirarse hacia Asturias con las pocas unidades que todavía le quedaban, como por ejemplo el Batallón Isaac Puente. En medio de la retirada, Prada fue nombrado jefe supremo del Ejército republicano del Norte y le sustituyó en su puesto el Teniente Coronel Francisco Galán, otro militar de probada eficacia.