Nach der Glorious Revolution und dem nach dem Aufstand in Boston 1689 folgenden Sturz von Andros wurde im Jahr 1692 für die Kolonie eine neue Charta herausgegeben, die – neben einigen organisatorischen und rechtlichen Änderungen im Vergleich zur alten Charta – Massachusetts mit der Plymouth Colony vereinigte. Mather kehrte daraufhin gemeinsam mit dem von ihm ausgewählten neuen Gouverneur William Phips nach Massachusetts zurück, wo sie am 14. Mai 1692 eintrafen.