Уроженец Авейру, Самуэл выступал за молодёжные команды клубов «Бейра-Мар», «Гафанья» и «Палмейрас», пока не стал игроком футбольной академии «Браги» в 2016 году. 2 ноября 2019 года дебютировал в составе «Браги B» в матче против «Брагансы». В том же месяце подписал с «Брагой» профессиональный контракт до 2023 года. 25 июля дебютировал в основном составе «Браги» в матче португальской Примейра-лиги против «Порту».