En 1790, Seymour est appelé au commandement du navire HMS "Canada", croisant au large de l'île de Wight. En passant en eau peu profonde, Seymour ordonne l'utilisation d'une sondage à main pour mesurer la profondeur de l'avant, mais est accidentellement frappé à la tête par le poids de plomb alors que les sondages sont en cours. Bien qu'il n'ait pas semblé blessé, pendant le tir d'une salve de plusieurs jours plus tard, Seymour subit soudainement de graves effets indésirables et doit aller à terre pour un traitement médical d'urgence. La blessure à la tête le rend incapable de supporter le bruit et des lumières vives et pendant trois années, il vit comme un invalide dans sa propriété de campagne à Hambledon. Le commandement du HMS "Canada" passe au capitaine Sir Erasmus Gower, un ami proche. En 1793 Seymour est suffisamment rétabli pour reprendre du service, et escorte Lord Hood sur la Méditerranée dans le HMS "Léviathan". Il conduit l'occupation, la défense et le retrait de Toulon pendant le siège de la ville. À la suite de l'effondrement des défenses de la ville, Seymour est envoyé en Angleterre avec des dépêches, mais revient peu de temps après pour ramener le "Léviathan" en Grande-Bretagne.