Under Berlin-konferansen i 1884 ble området tildelt Tyskland som en del av Tysk Øst-Afrika sammen med Burundi og Tanzania, noe som markerte begynnelsen på kolonitiden. Den første europeeren som besøkte Rwanda var østerrikske Oskar Baumann tidlig i 1890-årene. Den tyske oppdagelsesreisende Gustav Adolf von Götzen var den første europeeren som i betydelig grad utforsket landet, da han i 1894 reiste fra Tanganyika til Kivusjøen i vest, og møtte kongen underveis. Den tyske kolonimakten styrte Rwanda indirekte gjennom det eksisterende monarkiet, og landets sosiale struktur ble ikke nevneverdig forandret. Tyskerne fremmet idéen om at tutsiene var den overlegne rasen i landet, noe som bidro til økt skille mellom hutuene og tutsiene.