Malgré la scission de l’université en une université tchèque et une allemande qui eut lieu en 1882 et l’indépendance de la faculté des sciences naturelles en 1920, la faculté a joué un rôle clé dans le cadre de toute l’université et ce, jusqu’à sa fermeture, associée à la persécution des enseignants et des étudiants, par les occupants nazis en 1939. Après la libération, en 1945, la faculté des lettres a vécu quelques années fécondes qui ont été violemment interrompues en 1948 par la montée du régime communiste. À la suite du départ forcé de dizaines d’excellents pédagogues et à l’introduction de cours marxistes-léninistes, le prestige de l’établissement diminua. Dans les années soixante, la faculté commença lentement à s’ouvrir à des personnalités importantes de son époque, mais le processus réformateur fut interrompu par l’occupation soviétique de 1968 et par la normalisation de la société tchécoslovaque qui en suivit. Jan Palach, étudiant de cette faculté, s’immola par le feu pour protester contre la passivité et le conformisme de la plupart du peuple tchèque.