En 2009, il est le lanceur partant des Dodgers au match d'ouverture de la nouvelle saison, le 6 avril à San Diego. Durant l'année, Kuroda est à l'écart du jeu à quelques reprises. Le 15 août, il est atteint à la tempe par une balle frappée en flèche par Rusty Ryal, des Diamondbacks de l'Arizona, et quitte le terrain sur une civière. Un scan ne révèle rien d'anormal et il obtient son congé de l'hôpital le lendemain. Malgré les blessures, il débute 20 parties des Californiens cette année-là. Sa fiche est de 8-7 avec une moyenne de 3,76. En séries éliminatoires, il effectue une très difficile sortie en Série de championnat, accordant six points en une manche en un tiers lancée et encaissant la défaite face aux Phillies.