W reprezentacji Czechosłowacji wystąpił 58 razy, zdobywając 9 goli. Większość z tych goli zdobył głową, wykorzystując swój wysoki wzrost w walkach o górne piłki. Wraz z Czechosłowacją wywalczył złoto na Euro 1976 w Jugosławii, gdzie Ondruš odegrał wielką rolę zdobywając gola w półfinałowym spotkaniu z Holandią (strzelił także również gola samobójczego, nie miał on jednak znaczenia, bowiem Czechosłowacja wygrała 3:1) oraz wykorzystując rzut karny w serii jedenastek w finale z RFN. Drugim jego sukcesem było także wywalczenia brązu na Euro 1980 we Włoszech, gdzie w meczu o trzecie miejsce Czechosłowacja pokonała gospodarzy po serii rzutów karnych 9:8. Jednym ze strzelców jedenastek był właśnie Ondruš, który pokonał Dino Zoffa.