Der HVO kämpfte zunächst mit der verbündeten bosnischen Regierungsarmee (ARBiH) gegen die Armee der bosnischen Serben (VRS). Im April 1993 eskalierte ein Konflikt zwischen den Verbündeten im kroatisch-bosniakischen Krieg. Mit der Unterstützung Zagrebs forderte die HVO den Rückzug der bosnischen Regierungstruppen aus den Gebieten welche nach dem Vance-Owen-Plan von den Kroaten kontrolliert werden sollten. Als Izetbegović ablehnte, begann die HVO die Gebiete zu besetzen und führte ethnische Säuberungen durch.