Après la conquête ottomane, Mehmed II (de 1444 à 1446 puis de 1451 à 1481) trouva le complexe en ruines. Il entreprit, en réutilisant les matériaux, la construction d’un nouveau palais impérial, le palais de Topkapi qui servit de 1465 à 1853, de résidence urbaine, principale et officielle, du sultan ottoman.