Οι τάφοι απογυμνώθηκαν από τον Αλέξιο Δ΄Άγγελο, προκειμένου να πληρωθούν οι σταυροφόροι της Δ΄ Σταυροφορίας, οι οποίοι επίσης λεηλάτησαν την εκκλησία, σπάζοντας και καταστρέφοντας τάφους. Ό,τι απέμεινε καταστράφηκε από τους δερβίσηδες μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1453, οι οποίοι λέγεται ότι επί δεκατέσσερις ώρες κατέστρεφαν με ρόπαλα και λοστούς ό,τι είχε σωθεί από την καταστροφή που επέφεραν οι σταυροφόροι.