4 Ocak 1942'de, Donanma'nın çocuklarını güvenli bir yere götürme ve Avustralya'da yapılan özel ekipmanla geri dönme emriyle, Dr. Alexander ve çocukları, Short S23 C uçan gemi ile Yeni Zelanda'ya tahliye edildi. 15 Şubat'ta Singapur'un Düşüşü'nden sonra Yeni Zelanda'da mahsur kaldı. Altı ay boyunca kocası hakkında hiçbir bilgi alamadı ve sonra öldüğü konusunda kendine yanlış bilgi verildi. Alexander, Yeni Zelanda'da iken, 1942'de Wellington'daki Radyo Geliştirme Laboratuvarı'nda Kıdemli Fizikçi ve Operasyonel Araştırma Bölümü Başkanı oldu ve 1945'e kadar burada kaldı. Burada, Washington Eyalet Koleji ile birlikte radyo meteorolojisinde öncü çalışmalardan, mikrodalga radar programının geliştirilmesini ve savaş sonrası uluslararası "Canterbury Projesi"'ne dönüşecek anormal yayılma araştırmalarını içeren çoğu radyo ve radar araştırmasından sorumluydu. 1945'te Alexander, "Norfolk Adası Etkisi"ni güneş radyasyonu olarak tanımladı. Savaşın bitmesiyle sözleşmesi bitip Yeni Zelanda'dan ayrıldıktan sonra bu keşfi Avustralya radyo-astronomisinin başlangıcı oldu.