Auch während des chilenischen Unabhängigkeitskrieges hatte die Festung Maullín eine wichtige Bedeutung, sie war zuletzt eine der wenigen Festungen im Süden, die von den spanischen Royalisten kontrolliert wurde. Nach der Schlacht von El Toro fiel die Festung allerdings am 29. März 1824 in die Hände der chilenischen Patrioten. 1861 wurde das Gebiet von der Provinz Chiloé in die Provinz Llanquihue eingegliedert. Dort war Maullín zunächst Teil von Carelmapu. 1891 erhielt Maullín offiziell den Status einer Gemeinde, die zunächst auch Territorien der heutigen Kommunen Fresia und Los Muermos umfasste. Anfang des 20. Jahrhunderts war in Maullín/Carelmapu ein wichtiger Seehafen, dessen Bedeutung mit dem Bau des Panamakanals abnahm.