Videla capeggiò il colpo di Stato del 24 marzo 1976 con cui "Isabelita" fu sostituita da una giunta militare, formata da Leopoldo Galtieri in rappresentanza dell'esercito, dall'ammiraglio Emilio Eduardo Massera per la marina e dal generale Orlando Ramón Agosti per l'aviazione, dando inizio a quello che essi chiamarono Processo di Riorganizzazione Nazionale. il 29 marzo assunse la carica di Presidente. Suoi collaboratori erano anche Jorge Eduardo Acosta e Alfredo Astiz.