Јена се по први пут помиње 1182. године. Јена је позната по Универзитету Фридрих Шилер, који похађа више од 20.000 студената. Универзитет је основан 1558. Универзитет је постао посебно познат од краја 18. века и постао је центар идеалистичке флозофије, са професорима Хегелом, Фихтеом, Шилером и Шелингом. Јена је (1672–1690) била центар војводства Саксе-Јена, а онда је постала део војводства Саксе-Ајзенах, а од 1741 до 1918. је у саставу је Великога војводства Саксонија-Вајмар. Наполеон је 14. октобра 1806. остварио велику победу у бици код Јене над пруском војском и тиме је елиминисао Пруску из антифранцуских коалиција све до 1813.