Durante la Guerra Civil el segundo Marqués de Huntly fue un feroz realista y sus seguidores han pasado a la historia como el "Caballo de Gordon," interviniendo destacadamente en las campañas del marqués de Montrose. La caballería del Clan Gordon luchó en apoyo de los realistas en la Batalla de Auldearn en 1645 donde ayudaron a derrotar a los Covenanters de Lord Seaforth. El Clan Gordon luchó en la Batalla de Alford en 1645, dirigidos por George Gordon, II Marqués de Huntly. Su primogénito, George Gordon cayó en esta batalla. También en 1645, Lewis Gordon, jefe de clan y III Marqués de Huntly incendió el castillo de Brodie, propiedad del Clan Brodie.