A temporada 2008-09 é considerada a melhor de Xavi até hoje em toda a sua carreira, devido à partidas espetaculares, sendo fundamental ao Barcelona na conquista da tríplice coroa daquela temporada. Ele foi um dos principais jogadores da equipe durante esta conquista, atuando com excelência nas três competições: marcou um gol de falta na final da Copa do Rei, o quarto na vitória por 4 a 1 sobre o Athletic Bilbao. Pelo Campeonato Espanhol, entre as muitas boas atuações, talvez a mais lembrada seja a vitória por 6 a 2 contra o Real Madrid, no chamado "El Clásico", realizado em 2 de maio de 2009. Nesta partida, Xavi deu assistências para quatro dos seis gols de sua equipe (uma para Carles Puyol, uma para Thierry Henry e duas para Lionel Messi). O resultado do Barcelona no "El Clásico" foi crucial para a conquista do título da liga naquela temporada. Na reta final da temporada, Xavi ainda ajudou o Barcelona a vencer a final da Liga dos Campeões contra o Manchester United, que terminou com o resultado favorável de 2 a 0 para os catalães, dando assistência para o segundo gol, de cabeça, marcado por Messi, aos 70 minutos de jogo. Xavi quase marcou o seu gol num forte chute de fora da área, que acertou em cheio o travessão. Ao final do torneio, Xavi foi eleito o melhor meio-campista da Liga dos Campeões de 2008–09, somando este prêmio ao título coletivo da equipe do Barcelona na competição. Ao fim da temporada 2008–09, Xavi renovou seu contrato com o clube até 2014. O novo contrato fez do seu salário um dos maiores dentre os jogadores do clube na época, recebendo cerca de 7,5 milhões de euros por ano.