De abdij is in het midden van de 17e eeuw door oorlogsgeweld verwoest, in de barokstijl herbouwd en uitgebreid met een bibliotheek. In de 18e eeuw is de abdij versterkt met verdedigingsmuren en torens aan de voet van de rots. Deze verdedigingswerken zijn later gemoderniseerd met bastions. In 1737 verleende het Concordaat van Wschowa de Poolse koning het recht om de abt voor Tyniec te benoemen. De abdij werd tussen 1771–1772, tijdens de Confederatie van Bar, opnieuw verwoest. De herstelwerkzaamheden vonden onder leiding van abt Florian Janowski plaats. Het 18e-eeuwse zwart marmeren altaar in de abdijkerk is door Francesco Placidi ontworpen.