En 1940, la ciudad se convirtió en la sede del municipio especial de Tablas, creado en virtud de la Ley de la Commonwealth No. 581 (autor del congresista Leonardo Festin), que cubría toda la isla. Permaneció así durante toda la ocupación japonesa de Filipinas desde 1941 hasta 1945. Durante ese tiempo, Odiongán fue elegido como la sede del movimiento de resistencia en la provincia, bajo el liderazgo del teniente coronel Enrique Jurado. El 4 de septiembre de 1943, un cañonero japonés bombardeó la ciudad para obligar a las guerrillas a salir de su escondite. Esto fue seguido al mes siguiente por un desembarco de las fuerzas japonesas de Panay, que masacró las diversas ciudades de Tablas, Romblon y Sibuyan, incluyendo Odiongán.