Dirigió la administración del «programa de eutanasia» nazi Aktion T-4 de 1939 y estuvo involucrado en la experimentación criminal con seres humanos junto con su ayudante Werner Heyde. Después de la Segunda Guerra Mundial, Brandt fue procesado en Núremberg y declarado culpable de crímenes contra la humanidad. Su abogado defensor fue Robert Servatius. Fue ejecutado en la horca en la prisión de Landsberg el 2 de junio de 1948.