Trong những năm 1920 và 1930, nhiều hoạt động của ONI được dành riêng cho Nhật Bản, đây là một lực lượng hải quân ngày càng tiến bộ và hiếu chiến. Văn phòng đã điều tra các công sự của Nhật Bản ở Thái Bình Dương, thu thập thông tin về máy bay và vũ khí của quân đội Nhật Bản, và hợp tác với Phòng Tình báo Quân đội(MID) của Quân đội Mỹ và Cục Điều tra Liên bang(FBI) để theo dõi các phần tử có khả năng lật đổ trong cộng đồng người Mỹ gốc Nhật; Giám đốc của ONI, Chuẩn đô đốc Walter Stratton Anderson, đã gặp gỡ hàng tuần với các đối tác của ông tại FBI và MID để thu thập và chia sẻ thông tin về các mối đe dọa nội bộ bị nghi ngờ. Năm 1929, Trưởng phòng hoạt động hải quân William D. Leahy đã thực hiện các chức năng thường trực của ONI với tư cách là một văn phòng tình báo, trong khi vào năm 1939, Tổng thống Franklin D. Roosevelt đã trao quyền cho văn phòng về các vấn đề an ninh nội địa.