Kotowski pochodził ze Żmudzi z rodziny czerpiącej dochody głównie z karier wojskowych członków rodziny. Gałąź rodu Konstantego Kotowskiego osiadła w XVII wieku w powiatach starodubowskim i mozyrskim. Brał udział w wojnie polsko-rosyjskiej i w latach 1654–1655 był porucznikiem chorągwi kozackiej Aleksandra Hilarego Połubińskiego, pisarza polnego litewskiego. Po sformowaniu przez Połubińskiego królewskiej chorągwi husarskiej był dowódcą chorągwi kozackiej Krzysztofa Paca, chorążego litewskiego. Na czele swojej chorągwi wyruszył na Podlasie odmawiając wykonywania rozkazów hetmana Janusza Radziwiłła, który rozpoczął latem 1655 układy ze Szwedami. 23 sierpnia przystąpił do konfederacji wojsk litewskich w Wierzbołowie i został jej konsyliarzem, opowiadając się za królem Janem Kazimierzem. Kotowski był zaliczany do najgorszych wrogów Radziwiłłów i w swoim liście z dnia 26 lipca Janusz Radziwiłł pisząc do Bogusława Radziwiłła nakazywał mu go zabić lub wywieźć do Prus.