Szczur palmowy jest uznawany za gatunek narażony na wyginięcie, ze względu na ograniczony zasięg występowania. Szczury te występują na obszarze mniejszym niż 1200 km². Nie jest znana liczebność populacji ani trend jej rozwoju. Rozbudowa siedzib ludzkich po zniszczeniach spowodowanych tsunami z 2004 roku może grozić ich siedliskom, ale równocześnie rozwój plantacji palm kokosowych może przynieść korzyści temu gatunkowi. Nie jest chroniony, ustawa o ochronie przyrody z 1972 roku uznaje go za szkodnika.