La isla fue conquistada por los turcos otomanos a la República de Venecia y anexionada al Imperio otomano en 1455, durante el reinado de Mehmed II. Desde entonces, salvo la toma veneciana entre julio de 1656 y julio de 1657 y la ocupación rusa en 1807, fue territorio turco. Conquistada por la armada griega en octubre de 1912, durante las guerras balcánicas, pero por el Tratado de Londres (1913) fue restituida como parte del Estado otomano. La Primera Guerra Mundial impidió que la isla fuese devuelta a los turcos, y Grecia la administró de facto hasta el 12 de noviembre de 1922. El Tratado de Paz de Lausana (1923) reconoció la soberanía turca de la isla y la devolvió a la República de Turquía, sucesora del desaparecido Imperio otomano. El 20 de septiembre de 2013, el pueblo de Bozcaada celebró el 90 Aniversario de la Liberación.