Počas nacistickej okupácia Česka a prvej Slovenskej republiky bola strana v ilegalite. Najvyšší funkcionári sa vysťahovali do ZSSR (Moskvy). Po napadnutí ZSSR (1941) a jeho vstupu do vojny sa KSČ stala významnou silou domáceho aj zahraničného protinacistického odboja. Počas vojny zahynulo približne 30 000 čs. komunistov. Jan Šverma ako zástupca moskovského vedenia KSČ sa zúčastnil SNP a pri ústupe zahynul počas prechodu cez Chabenec. Ako jediný poslanec predvojnového Národného zhromaždenia položil svoj život v aktívnom boji proti fašizmu.