L'occupazione sovietica della Polonia orientale nel settembre 1939 e degli Stati baltici nell'agosto 1940 ebbe poco da invidiare all'analoga occupazione tedesca: l'NKVD sovietica attuò ondate di arresti nei confronti di intellettuali, uomini d'affari, politici e funzionari pubblici, molti dei quali in seguito furono assassinati. Tra l'aprile e il maggio 1940 più di ufficiali e militari polacchi furono trucidati in segreto nella foresta di Katyn' dall'NKVD; quando poi la regione fu occupata dalla Wehrmacht e le tracce del massacro furono rese pubbliche, i sovietici incolparono i tedeschi del fatto. Tra il febbraio 1940 e il giugno 1941 circa 2 milioni di polacchi e baltici furono deportati in Siberia o in Asia centrale; migliaia di essi perirono per malnutrizione e malattie. Le comunità ebraiche presenti nei territori di nuova acquisizione furono trattate duramente: le autorità furono arrestate e deportate, le associazioni e i movimenti giovanili furono chiusi e le pratiche religiose fortemente osteggiate; gli ebrei tedeschi che avevano trovato rifugio in URSS negli anni 1930 furono in gran parte rastrellati e riconsegnati alla Germania.