Mimo služby Halder udržiaval styk s prepusteným generálom Beckom, ktorý v tomto období pripravil viacero atentátov namierených na Hitlera. Po neúspešnom atentáte na Hitlera 20. júla 1944 bol Halder ako podozrivý zo sprisahania voči Hitlerovi zatknutý gestapom a držaný v koncentračnom tábore Flossenburg a Dachau. Spolu s ním bola dobrovoľne uväznená aj jeho žena Gertruda. Koncom apríla 1945 bolo asi 120 prominentných väzňov (viacerí s rodinami) presunutých z nacistických táborov do Tirolska. 27. apríla 1945 pri obci Niederdorf boli stráže SS zastavené oddielom vojakov Wehrmachtu a väzni oslobodení. Vojaci nemeckej armády oslobodili väzňov aj kvôli faktu, že medzi nimi spoznali Haldera. Viacerým z nich tak zachránili život, pretože Himmler nariadil strážam aby 29. apríla väzňov zlikvidovali. 4. mája 1945 bol spolu s ostatnými väzňami odovzdaný do rúk amerických vojsk. Následné dva roky strávil v zajatí.