הג'יהאד האסלאמי, בהשראתם של ד"ר פתחי שקאקי והשיח' עבד אלעזיז עודה, הביע תמיכה נלהבת בח'ומייני ובמהפכה האסלאמית באיראן והאוריינטציה הפרו־איראנית הפכה לסימן ההיכר של הארגון. בתקופה זאת התגלע סכסוך בין הג'יהאד האסלאמי לבין האחים המוסלמים, אשר התנגדו לתמיכת הג'יהאד האסלאמי במהפכה האסלאמית השיעית באיראן וראו בה משום "סטייה מהדרך".