2003年底，王鹏曾经入选了中国国家队，不过在2004年亚洲杯之前因伤退出。之后三年时间内，王鹏都没有再次入围，直至2007年，才再次入选奔赴马来西亚参加了2007年亚洲杯，不过中国队小组赛即遭淘汰，王鹏并未获得上场机会。