לאחר נפילת אמין, הייתה תקופת מעבר בה שלט יוסוף קירונדה לול ולאחריה חזר מילטון אובוטה למדינה וכיהן שוב כנשיא בין השנים 1980–1985, במהלכן נלחמו קבוצות שונות על השלטון במדינה. ב-1985 הודח אובוטה בידי גנרל טיטו אוקלו, ושנה אחר כך הובס אוקלו בידי מפקד צבא ההתנגדות הלאומית, יוורי מוסווני. למרות פלישות חוזרות ונשנות של קבוצות מורדים, ובפרט צבא ההתנגדות של האל, הצליח מוסווני בדרך כלל להשליט סדר במדינה ולשקם בסיוע המערב את הכלכלה המתפוררת. ב-1994 נבחרה אספה מכוננת והוכנסה לתוקף חוקה חדשה. ב-1996 נבחר מוסווני לנשיאות ברוב גדול.