Após a conquista otomana de Constantinopla o monastério, conhecido pelos turcos como "Kızlar Kilisesi" ("igreja das mulheres"), continuou a ser habitada por um tempo. Entre 1486 e 1491 o "Kapicibaşi" (e depois grão-vizir) , executado em 1512, converteu a igreja em uma mesquita. Alguns anos depois, o edifício do monastério foi doado por seu genro, Şeih Çelebi Efendi como "tekke" dos dervixes da ordem khalwati. Os dervixes eram então liderados pelo mestre sufista Sümbül Efendi. Sua "türbe", um destino popular para peregrinos muçulmanos, fica ao lado da mesquita, que também foi nomeada em sua homenagem. No início do , havia rixas entre o sultão e Şeih Çelebi, uma vez que o sultão queria derrubar parte do mosteiro para a construção do palácio de Topkapı. Ele morreu em 1559, tendo ele e sua esposa Safiye Hatun sido enterrado em um "türbe" no pátio da mesquita, perto da "türbe" de Mustafá Paxá. Vários xeques khalwati foram enterrados no cemitério atrás do mosteiro.