Michael continuou a ser um goleador consistente pelo Liverpool, e em 2001, ajudou o clube a conquistar a mais gloriosa temporada em vários anos. O time ganhou a Copa da Liga, a Copa da Inglaterra e a Copa da UEFA, com Owen marcando dois gols nos últimos minutos contra o Arsenal na final da Copa da Inglaterra, para transformar o resultado completamente, e o que aparentava terminar por 1 a 0 foi uma virada de 2 a 1. Surpreendentemente, Owen não marcou na incrível vitória de 5 a 4 sobre o Alavés na final da Copa da UEFA, e foi substituído no decorrer da partida.