Първият отбор, воден от Навалка, е третодивизионният Суит Кшешовице. След това Навалка започва работа в школата на Висла, като в отделни периоди води и първия отбор. След това последователно е треньор на ГКС Катовице и Гурник Забже. На 26 октомври 2013 президентът на Полския футболен съюз Збигнев Бонек обявява, че Навалка ще бъде новият национален селекционер. Под ръководството на Навалка отборът на Полша успява да се класира на европейското първенство през 2016, като в квалификациите записва победа над световния шампион Германия.