Les seves relacions amb el sultà otomà Baiacet II van ser inicialment amistoses, però es van tornar tibants a partir de 1492, desembocant en una guerra oberta el 1499. Els mercaders venecians d'Istanbul van ser arrestats, mentre que les tropes bosnianes envaïen Dalmàcia i arribaven a Zara. La flota veneciana va ser derrotada a la batalla de Zonchio, i la República va perdre la seva base a Lepant. A aquesta derrota li van seguir les de Modona i Corona, fet que per a les naus venecianes va significar la pèrdua de totes les parades intermèdies en el camí cap a Llevant.