Nach dem Ausbruch der Zweiten Intifada, auch al-Aqsa-Intifada genannt, fuhr Yasin fort, Israel aggressiv verbal anzugreifen und zu Mordanschlägen gegen das Militär und Zivilisten aufzurufen. Zu den Anschlägen vom 11. September 2001 in den Vereinigten Staaten äußerte sich Yasin, „es stimme ihn zwar traurig, aber die Anschläge auf Israel“ seien „etwas ganz anderes“. Am 13. Dezember brach Israel offiziell alle Kontakte zu Arafat ab. In der Folge verlor Arafat immer mehr an Ansehen. Um dennoch seine Macht zu demonstrieren, stellte er Yasin am 24. Juni 2002 unter Hausarrest. Es kam zur Protestdemonstration und zu gewalttätigen Auseinandersetzungen zwischen etwa 150 Hamas-Anhängern und palästinensischen Polizisten; und Yasin nannte Arafat „Überläufer“ und „Verräter“. Arafats Behörde musste die Maßnahme gegen den Scheich beide Male auf den massiven Druck der Bevölkerung hin wieder aufheben.