Ydígoras was afgestudeerd als ingenieur en was onder Jorge Ubico (1931-1944) gouverneur van het departement San Marcos en directeur van het wegennetwerk. Na de val van Ubico was hij militair attaché in ambassades in Washington D.C. en Parijs en vervolgens ambassadeur in Colombia. In 1950 nam hij deel aan de presidentsverkiezingen, maar werd verslagen door Jacobo Arbenz. In 1954 steunde hij Operatie PBSUCCESS waarbij Arbenz uit het zadel werd gestoten en Carlos Castillo Armas als militair dictator werd geïnstalleerd.