W 1736, w wieku 14 lat, został studentem Harvard College i zaczął studiować teologię. W czasie studiów jego zainteresowania skupiły się raczej na polityce i filozofii politycznej. Po otrzymaniu w 1740 tytułu "Bachelor of Arts", kontynuował studia na Harvardzie. Jego poglądy na temat brytyjskiej władzy i prawa kolonistów kształtowały w tamtym czasie takie dzieła jak „Dwa traktaty o rządzie” ("Two Treatises of Civil Government") Johna Locke’a, w którym autor usprawiedliwia burżuazyjny przewrót, jaki dokonał się w 1688 w czasie bezkrwawej „Chwalebnej Rewolucji” w Anglii. Locke pisał, że każdy człowiek rodzi się z naturalnymi prawami do „życia, zdrowia, wolności i własności”. Rząd miał służyć do ochrony tych praw. Adams był oczarowany pismami Locke’a i innych, w swej pracy dyplomowej napisał, że „dla ochrony wspólnego dobra, nawet opór wobec władzy jest słuszny.”