1946 gründete die ägyptische Muslimbruderschaft einen palästinischen Zweig in Ostjerusalem. Unter den etwa 1000 Gründungsteilnehmern hatten sich viele am arabischen Aufstand in Palästina von 1936 bis 1939 beteiligt. Sie erklärten die Beschneidung der Rechte arabischer Palästinenser zur Gefahr für alle Muslime. Sie lehnten den UN-Teilungsplan für Palästina von 1947 ab und bereiteten daraufhin einen als Dschihad aufgefassten bewaffneten Kampf gegen jüdische Siedler vor. Diese Mudschahedin nahmen 1948 am Palästinakrieg von sechs arabischen Staaten gegen das neugegründete Israel teil. Nach der Niederlage der Angreifer und dem Zustrom von über 700.000 Flüchtlingen in die von Jordanien und Ägypten eroberten Gebiete konzentrierten sich die Muslimbrüder dort auf den allmählichen Aufbau eines Netzwerks zur religiösen Erziehung, die sie als Mittel zur einstigen Rückgewinnung der von Israel eroberten Gebiete ansahen. Sie lehrten Islam und Rückkehr in die verlorene Heimat als gleich wesentlich für palästinensische Identität.