Les territoires encore sous contrôle pontifical restent sous la protection des troupes françaises. Ces dernières ne sont attaquées qu'en 1870, après la défaite et la capture de Napoléon III à Sedan lors de la guerre franco-prussienne. Après la bataille de la Porte Pia le , le plébiscite du suivant confirme l’annexion de Rome au royaume d’Italie. Après Turin en 1861, puis Florence en 1865, la capitale de l’Italie est installée à Rome en juin 1871. Le pape Pie IX excommunie Victor-Emmanuel II, jetant ainsi les prémices du « "non expedit" » qui sert de règle à la vie politique des catholiques pendant près d'un demi-siècle. Réfugié au Vatican, où il se considère comme prisonnier, le souverain pontife déclenche la controverse politique relative au rôle dévolu à la « Ville éternelle », à la fois capitale politique et temporelle : c’est le début de la "Question romaine", laquelle sera définitivement réglée en 1929 par les accords du Latran.