Au début de l’année 1941, il dirige la même division (qui est devenue une division motorisée) en Yougoslavie puis au début de l'opération "Barbarossa", l'invasion de l’Union soviétique. Pour ses services sur le front de l'Est, Hausser reçoit la croix de chevalier de la croix de fer en 1941, à laquelle s'ajoutent les feuilles de chêne en 1943. Sévèrement blessé, il perd un œil.