Pada tahun 2004, pilihan raya sehari yang terbesar di dunia diadakan, dengan Susilo Bambang Yudhoyono tampil sebagai presiden baru Indonesia. Pemerintah baru ini pada awal penggalnya menghadapi pengalaman yang pahit seperti gempa bumi besar di Aceh dan Nias pada Disember 2004 yang membinasakan sebahagian Aceh serta gempa bumi di Sumatera pada bulan Mac 2005.