En , il fait ses débuts en sélection gabonaise contre le Brésil à Libreville pour l'inauguration du Grand stade de Libreville. En , il est retenu par le sélectionneur national pour disputer la Coupe d'Afrique des Nations organisée conjointement par le Gabon et la Guinée-Équatoriale. Au mois de , Rémy Ebanega compte dix sélections pour le Gabon dont notamment trois lors de la Coupe d'Afrique des Nations 2012 organisée dans son pays où le Gabon arrive en quart de finale.