Κατόπιν από τον 1ο αιώνα π.Χ. και έπειτα η Φαναγορία έγινε τμήμα του βασιλείου του Πόντου. Κατά την βασιλεία του Μιθριδάτη ΣΤ´ του Μέγα, η πόλη υποστήριξε τους Ρωμαίους κατά τον Γ´ Μιθριδατικό πόλεμο και υπήρξε η τοποθεσία όπου τον ανέτρεψε, καθώς ο Μιθριδάτης μαζί με τους γιούς του ήταν οχυρωμένος στο φρούριο της πόλης και τελικά αναγκάστηκε να παραδοθεί. Για κάποιο χρονικό διάστημα η πόλη μετονομάστηκε σε "Αγριππεία" προς τιμή του Μάρκου Βιψάνιου Αγρίππα ο οποίος ήταν θετός γιος του καίσαρα Οκταβιανού Αυγούστου.