בזמן השלבים האחרונים של המצור על ויקסבורג, החל מייג'ור ג'נרל ויליאם רוזקרנס מן האיחוד במערכת טולהומה, ובתוך עשרה ימים דחק את צבאו של בראג ממרכז טנסי, ולאחר מכן מן העיר האסטרטגית צ'טנוגה. בראג השיג ניצחון משמעותי מול רוזקרנס בקרב צ'יקמוגה (19–20 בספטמבר), אולם הובס בידי גרנט במערכת צ'טנוגה בנובמבר. עקב התבוסה התפטר בראג מפיקוד על ארמיית טנסי ונסע לריצ'מונד לשמש יועץ צבאי לנשיא. דייוויס הציע את הפיקוד לוויליאם הארדי , מפקד הגייס הבכיר, אולם הוא סירב. דייוויס שקל את מינויו של פ.ג.ט. בורגארד, עוד גנרל עימו היו לו יחסים רעועים, ואת רוברט אדוארד לי, אשר סירב לעזוב את וירג'יניה. לי המליץ בתחילה על בורגארד, אולם כאשר ראה את חוסר הנוחות של הנשיא מהצעה זו, שינה את המלצתו לג'ונסטון. לאחר לבטים קשים, ב-27 בדצמבר 1863, מינה דייוויס את ג'ונסטון למפקד ארמיית טנסי, בדאלטון, ג'ורג'יה.