V první sezoně hrál skvěle, ale v posledním kole proti Perugii za silného deště Juve prohrál 0:1. Zambrotta dostal červenou kartu a Juventus skončil na konečném 2. místě. Příští sezoně obsadil s týmem opět 2. místo a prvenství v Serii A se dočkal až při své třetí sezoně v roce 2002. Na MS 2002 se při jednom utkání vážně zranil. Na trávník se dostal až v průběhu sezony, místo na kraji pravé zálohy na postu levého obránce, kde se mu dařilo. Během této sezony získal opět prvenství v lize a dosáhl finále &lt;a href="Liga%20mistr%C5%AF%20UEFA%202002/03"&gt;Ligy mistrů 2002/03&lt;/a&gt;.