9 августа 1945 года началась Советско-японская война. 19 августа 1945 года Кононенко в свой первый и единственный боевой поход. В ходе этого боевого похода Кононенко совершил две торпедные атаки. В результате атаки 22 августа 1945 года был поврежден транспорт «Шинкё-Мару № 2» (2577 брт). 23 августа 1945 года был потоплен японский транспорт «Tetsugo Maru» ().