Viimeinen merkittävä Ming-keisari oli Wanli, joka hallitsi vuosina 1572-1620. Hänen valtakaudellaan maan hallinto oli vakaata ja Ming-armeijä pystyi torjumaan Toyotomi Hideyoshin johtamien japanilaisten hyökkäykset Koreaan 1590-luvulla. Korean sotaretket tulivat kuitenkin kalliiksi ja niitä jouduttiin rahoittamaan veronkantoa tehostamalla. Yksi suurimmista valtion menojen aiheuttajista oli kuitenkin liian suureksi paisunut Ming-hovi. Verojen korotukset aiheuttivat levottomuuksia, mitä pahensivat 1610-luvulla koetut katokaudet ja niitä seurannut nälänhätä. Keisari Wanli turvautui valtakautensa loppuvaiheessa yhä vahvemmin eunukkeihin. Ming-kauden lopulla eunukit käytännössä hallitsivat maata. Wanlin kuoltua vuonna 1620 Ming-hovi ajautui sekasortoiseen ja heikompien keisarien aikaan. Lisäksi valtakunnan rauha alkoi järkkyä sisästen kapinoiden myötä.