В 1923 году М. С. Филипповский окончил Курсы усовершенствования командного состава (КУКС) при Военной академии РККА, командовал 20-й стрелковой дивизией Туркестанского фронта, участвовал в боях с басмачами. В то время разделял взгляды троцкистской оппозиции, выступал в парторганизации дивизии в защиту взглядов Троцкого. С 1924 года — помощник командира 13-го стрелкового корпуса того же фронта, затем помощник начальника и вр.и.д. начальника управления Кавказской армии, военный руководитель Закавказского коммунистического университета.