In der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts kam unter dem Einfluss der Reformation die Wallfahrt zum Erliegen. Nach dem Dreißigjährigen Krieg wurde die Wallfahrt neu belebt. Um die wachsende Zahl der Gläubigen aufnehmen zu können, wurde eine neue, größere Kirche gebaut. Mit der Ausführung wurde im Jahr 1686 der Wessobrunner Klosterbaumeister Johann Schmuzer betraut, 1687 fand die Grundsteinlegung statt. Im Jahr 1692 konnte die neue Kirche durch den Augsburger Weihbischof Johannes Eustache Egolf von Westernach geweiht werden, nur die Türme waren noch unvollendet. Der Spanische Erbfolgekrieg verzögerte die Bauarbeiten, der Südturm wurde erst 1732 durch Joseph Schmuzer fertiggestellt, der Nordturm wurde nicht mehr errichtet.