В 1811 году Бонами вернулся на службу и был назначен командиром 3-й бригады 1-й дивизии 1-го армейского корпуса Великой армии. В 1812 году он выступил в Российский поход. В Бородинском сражении Бонами возглавил атаку 30-го линейного полка 1-й пехотной дивизии Морана на батарею Раевского в центре позиции, получив несколько штыковых ран был взят в плен фельдфебелем Золотовым. Желая спастись, Бонами назвал себя королем неаполитанским Мюратом. Генерал А.П. Ермолов, руководивший контратакой на батарею Раевского, принял личное участие в судьбе Бонами, отправив того на лечение в дом своего отца в городе Орел, Орловской губернии. "Дивизионный оный генерал, видевший гренадера, хотевшего заколоть его штыком, назвал себя королем; он, взявши его за шиворот, и привел к главнокомандующему, за что тут же получил Георгиевский крест""."В плену Бонами находился до самого окончания Шестой коалиционной войны, после чего был отпущен на родину.