В мае 1853 года, архимандрит Софония отправился по служебному назначению в Россию на недолгий срок, но начавшаяся после этого Русско-Турецкая война помешала ему вернуться обратно. В связи с этим, вплоть до 1855 года Архимандрит Софония находился в Санкт-Петербурге в Александро-Невской лавре.