Han vitnet mot de tiltalte i Nürnbergprosessen. Bach-Zelewski ble i 1951 tiltalt og dømt til ti års fengsel for mord på politiske motstandere tidlig i 1930-årene. Han ble også tiltalt for drapet på SS-offiseren Anton von Hohberg und Buchwald under de lange knivers natt. Han fikk for dette drapet fire og et halvt års fengsel. I 1952 snakket han åpent om forbrytelsene han hadde beordret eller medvirket til, uten at det utløste tiltale. Han begynte ikke soningen før 1958. I 1961 (eller 1962) ble han dømt til ytterligere ti års fengsel for drap på ti kommunister tidlig på 1930-tallet. Ingen av dommene hadde tilknytning til hans aktiviteter i Polen under andre verdenskrig eller til hans rolle under Holocaust, selv om han åpent omtalte seg selv som en massemorder. I 1961 ble han dømt til fire år i fengsel for medvirkning til drapene på Ernst Röhm og andre ledere i SA. Fra fengselet vitnet han mot Adolf Eichmann i Jerusalem og uttalte ved den anledningen at Hitler i oktober 1944 hadde sent ham til Budapest. Bach-Zelewski nevnte ikke at han og Eichmann hadde medvirket til å innsette en fanatisk antisemittisk regjering i Ungarn.