В 1976 году Юдойоно вернулся в Индонезию, где стал командиром взвода 305-го батальона, расквартированного в Восточном Тиморе — регионе, незадолго до того оккупированном Индонезией. В 1977 году его назначили командиром миномётного взвода; с 1977 по 1978 год он был оперуполномоченным по воздушно-десантной бригаде, с 1979 по 1981 год — командиром батальона Кострад, с 1981 по 1982 год служил в штаб-квартире армии. Впоследствии Юдойоно, как и многих других офицеров, служивших в Восточном Тиморе, критиковали за совершение индонезийской армией военных преступлений против местного населения, однако обвинения в конкретных преступлениях ему никогда не предъявлялись.