Das bedeutendste Ereignis zu Beginn des Zweiten Weltkrieges war für die Juden die sowjetische Besetzung Ostpolens 1939–1941, wodurch 2,17 Millionen Juden neu unter sowjetischen Einflussbereich gerieten. Zunächst wurde an der Universität Wilna ein Lehrstuhl für jiddische Sprache und Literatur errichtet; bald darauf wurden aber jüdische Schulen geschlossen und viele Flüchtlinge aus dem westlichen Polen wurden nach Sibirien deportiert. Nach den Massenverhaftungen von Juden und Nichtjuden im Frühling 1941 berichtete die sowjetische Presse kaum über die Gräueltaten Deutschlands im Generalgouvernement Polen und im Deutschen Reich, mit dem Stalin einen Nichtangriffspakt unterzeichnet hatte, so dass nur wenige Juden in der Sowjetunion auf die kommenden Ereignisse vorbereitet waren.