Krátce po vypuknutí husitských bouří roku 1419 opustili město ostrovští benediktini, kteří se do něj již nikdy nevrátili, a do města přišli reformní kněží strany podobojí. Slaný dokonce patřil mezi tzv. šest vyvolených husitských měst, která měla být spasena při nadcházejícím konci světa očekávaném radikálními kazateli. V květnu 1420 došlo ke zvratu, kdy město obsadila Zikmundova vojska a navštívil ho dokonce sám panovník, který zakročil proti příznivcům husitství. V březnu 1421 však otevřeli měšťané brány opět husitskému vojsku a stali se součástí pražského městského svazu. V něm zůstali až do dobytí a vyplenění města vojskem radikálnějšího táborského svazu pod vedením Jana Roháče z Dubé v dubnu 1425, jehož součástí se potom stali na dalších deset let. Po porážce táboritů v bitvě u Lipan roku 1434 se město poddalo vládě panské jednoty a roku 1436 přijalo Zikmunda za krále. Slaný nadále patřil k umírněnému utrakvistickému proudu, roku 1452 podpořil volbu Jiřího z Poděbrad zemským správcem. Král Jiří z Poděbrad pak městu věnoval mnoho výsad.