Durante la Guerra del Líbano de 1982, Yalón se unió a Sayeret Matkal como comandante. Luego se volvió a unir a la Brigada de Paracaidistas y fue elegido comandante del 890.º Batallón. Durante este tiempo, fue herido en la pierna mientras lideraba una persecución de combatientes de Hezbolá en el Líbano.