Durant la Guerra dels Farrapos, la vila de Laguna va ser ocupada pels revolucionaris i allí va ser proclamada la República Juliana, que va durar de 22 de juliol a 15 de novembre de 1839. En el altiplà, Lages va adherir a la denominada "revolta del charque", però es va sotmetre al govern imperial l'any 1840. En 1845, la província de Santa Catarina, ja pacificada, va rebre la visita de l'emperador Pere II del Brasil i de l'emperadriu Teresa Cristina. Durant el govern de João José Coutinho, entre 1850 i 1859, van ser fundades colònies d'immigrants en Blumenau (1850), Joinville (1851) i Brusque (1860).