Во время восстания Пугачёва генерал-майор Скалон под руководством Ивана Деколонга организовал борьбу с повстанцами. После отбытия Деколонга на Оренбургскую линию для борьбы с пугачёвцами, Скалон оставался командующим войсками на Сибирской линии. Выполняя приказ Деколонга, в январе 1774 он отправил двенадцатую и тринадцатую лёгкие полевые команды на помощь Челябинску. Для умиротворения крестьян Исетской провинции и Сибирской губернии, 13 марта 1774 года Скалон разослал объявление к населению, в котором обещал прощение сдавшимся повстанцами и призывал их доставлять властям нераскаявшихся товарищей. Однако данное объявление не имело успеха среди населения и волнения продолжились. В начале апреля по инициативе Скалона было разослано «Увещевание находящимся в Оренбургской и Сибирской губерниях башкирами, мещерякам и татарам», в котором от имени соплеменников, состоящих на службе на Сибирской линии, население призывалось к повиновению. Увещевание также не имело успеха. Александр Дмитриев-Мамонов связывал эту неудачу с одновременным распространением воззвания генерала Рейнсдорпа. Последний обещал награду за поимку Пугачёва, в то время как в увещевании говорилось, что самозванец уже пойман. Противоречия в объявлениях подрывали их авторитет и демонстрировали слабость власти в подавлении мятежа. После того как Пугачёв покинул Сибирь и спокойствие было установлено, генерал Деколонг решил отбыть в Омскую крепость. Он вызвал к себе генерала Скалона и 2 августа передал ему командование войском. Однако, в связи с появившейся информацией, что разбитый под Казанью Пугачёв планирует вновь вторгнуться в Башкирию, Деколонг решил временно остаться во главе войска. Известно, что Скалон получил войско в командование ещё до разгрома бунтовщиков у Солениковой ватаги.