W okresie II wojny światowej społeczność ormiańska w Polsce poniosła dotkliwe straty. Eksterminowani zarówno przez Sowietów (jako warstwa inteligencka i bezkompromisowo propolska), jak i hitlerowców (którzy z powodu egzotycznego wyglądu często brali ich za Żydów). Ormianie, deklarujący ścisły związek z kulturą i państwowością polską padli również ofiarą rzezi wołyńskiej oraz Czystki Etnicznej w Małopolsce Wschodniej (19 kwietnia 1944 nacjonaliści ukraińscy z UPA wymordowali mieszkańców kresowej miejscowości Kuty nad Czeremoszem, w tym kilkuset Ormian). Mimo to wielu polskich Ormian wykazało się wspaniałą postawą patriotyczną, np. ks. Dionizy Kajetanowicz, ostatni administrator archidiecezji lwowskiej obrządku ormiańskiego, który uratował setki Żydów, wydając im fikcyjne metryki chrztu w obrządku ormiańskim, a wielu, jak ppłk Walerian Tumanowicz, wstąpiło do AK. Leon Krzeczunowicz działał w organizacji Uprawa.