1564 bildete der dänischen König Friedrich II., aus Gebieten in den Herzogtümern Schleswig und Holstein ein neues Herzogtum für seinen jüngeren Bruder Johann: Sonderburg, Norburg, Arrö, Plön und Ahrensbök. Da Alsen allerdings zum Leibgedinge der Königswitwe gehörte, gelangte Johann erst um 1580 in den Besitz der Insel. Als er 1622 starb, wurde das Land unter seinen Söhnen aufgeteilt, sie wurden wie ihr Vater zu den sogenannten abgeteilten Herren. So geriet der nördliche Teil von Alsen zunächst an Johann Adolf, der damit zum ersten Herzog von Schleswig-Holstein-Sonderburg-Norburg wurde. Nach seinem frühen Tod fiel das Gebiet an seinen Bruder Friedrich. Im zweiten Nordischen Krieg wurde das Land verwüstet. 1665 brannte das Schloss nieder. Darauf folgte 1669 der Staatsbankrott und der dänische König übernahm das Land.