Църквата е градена преди и по време на Първата световна война и е осветена в 1926 година. Първоначален архитект е Дамян Андреев, който обаче не успява да я завърши. Била е разположена на мястото, където днес отчасти е Централният площад, отчасти Градският търговски център. В земетресението от 1963 година църквата пострадва, но не сериозно, за да бъде разрушена. Въпреки това в началото на 70-те години е разрушена. На 11 ноември 2012 година е положен темелният камък на новия храм, който се възобновява недалече от оригиналното му място, до Дома на Армията на Република Македония. Осветяването е извършено от главата на Македонската православна църква архиепископ Стефан Охридски и Македонски в съслужение с митрополит Иларион Брегалнишки и свещеници от Скопската епархия, в присъствие на премиера Никола Груевски, министри и градоначалниците на Скопие.