Morgenstern var med i det österrikiska laget som vann två VM-guld 2005 i lagtävlingar i Oberstdorf. Österrikiska laget med, Wolfgang Loitzl, Andreas Widhölzl, Thomas Morgenstern och Martin Höllwarth, vann guldet i normalbacken 6,5 poäng före Tyskland och 41 poäng före Slovenien. I stora backen vann Österrike före Finland (14,4 poäng) och Norge (23,8 poäng). I de individuella tävlingarna blev Morgenstern nummer 18 i normalbacken och nummer 15 i stora backen. Under VM 2007 i Sapporo vann det österrikiska laget igen guld i lagtävlingen, nu med Andreas Kofler på laget i stället för Andreas Widhölzl. Laget vann med klar marginal (46,9 poäng) till Norge och bronsmedaljörerna (94,3 poäng). Morgenstern vann en bronsmedalj i normalbacken bara 1,0 poäng efter Simon Ammann som vann silveret och 12,5 efter guldvinnaren Adam Małysz från Polen.