Im Kongress war Gowdy zuerst Mitglied im Ausschuss für Bildung und Arbeit und wurde später Mitglied im Justizausschuss, im Committee on Oversight and Government Reform und im Ethikausschuss. Ab 2014 leitete er den Ausschuss zur Untersuchung des Bengasi-Anschlags. Daneben ist bzw. war er noch Mitglied in mehreren Unterausschüssen. Nach dem Rückzug des Abgeordneten Jason Chaffetz übernahm er Mitte 2017 den Vorsitz im "Committee on Oversight and Government Reform".