W 1989 roku miasto nawiedziło trzęsienie ziemi Loma Prieta o sile 7,1 stopni w skali Richtera, które spowodowało straty i ofiary w całym rejonie Zatoki. W San Francisco wstrząsy uszkodziły Marina District i South of Market, a także spowodowały uszkodzenia autostrad miejskich: Embarcadero oraz Central Freeway, które następnie rozebrano (Central Freeway częściowo). Uszkodzony, a w rezultacie przebudowany, został także Bay Bridge.