Raphael Hardy Filho, assim como seu colega Sylvio de Vasconcellos e outros professores da Universidade Federal de Minas Gerais, sofreram denúncias de "esquerdismo" ao Departamento de Ordem Política e Social (DOPS) após 1962. No caso de Sylvio, houve uma denúncia assinada pelo Diretório Acadêmico da Escola de Arquitetura em 4 de abril de 1964, poucos dias depois do Golpe de Estado no Brasil, levando-o a se exilar no Chile por alguns anos. Após seu retorno voltou a lecionar na UFMG, mas se aposentou em 1969. Por conta da ditadura, o ensino da Escola de Arquitetura da UFMG sofrera consideráveis mudanças, incluindo a perda de professores célebres. Hardy Filho permaneceu na instituição até 1977, quando se aposentou.