Van januari 1943 tot het einde van de Tweede Wereldoorlog, evenals tijdens de Slag om Berlijn, was Flegel een verpleegster van Hitlers entourage. Ze werkte samen met Dr. Werner Haase in het ziekenhuis van de Humboldtuniversiteit. Eind april 1945 werd ze overgebracht naar de Rijkskanselarij. Daar werkte ze op een noodpost in de grote kelder, boven de Vorbunker en de Führerbunker. In de laatste maanden van de oorlog werkte ze fulltime in de bunker en waren er meer dan 500 gewonde SS'ers.