Nel sud della Germania, gli Alemanni subirono l'influsso dell'attività missionaria di San Colombano e di San Gallo; nell'VIII secolo sorsero centri ecclesiastici in tutta la loro regione e la "Lex Alemannorum" della prima metà del secolo VIII presuppone una struttura e un ordinamento ecclesiastico diffuso. I Bavari furono cristianizzati completamente verso la fine del 700, e centri ecclesiastici importanti furono Ratisbona, Salisburgo, Frisinga e Passavia. Difficilissime furono la missione e la conversione dei Sassoni, che si dimostrarono ben presto gli unici concorrenti dei Franchi quale popolo germanico dominante. La lunga e sanguinosa lotta condotta contro di essi da Carlo Magno portò al loro definitivo assoggettamento e alla conseguente forzata cristianizzazione.