Po rezygnacji w marcu 2003 r. Robina Cooka ze stanowisk rządowych w związku z jego obiekcjami odnoście brytyjskiego udziału w inwazji na Irak, Reid objął jego stanowiska przewodniczącego Izby Gmin i Lorda Przewodniczącego Rady. Sprawował je jednak tylko trzy miesiące, po czym został mianowany ministrem zdrowia. Jego autorytarny styl kierowania resortem wywoływał krytykę ze strony liderów Narodowej Służby Zdrowia. Starał się możliwie ograniczyć proponowany zakaz palenia w miejscach publicznych do miejsc, gdzie podawane jest jedzenie. Następczynią Reida w ministerstwie zdrowia, Patricia Hewitt, doprowadziła ostatecznie do wprowadzenia całkowitego zakazu palenia.