Saxén kutsuttiin vuonna 1943 Suomen Punaisen Ristin asiantuntijana jäseneksi kansainväliseen tutkijaryhmään, jonka saksalaiset pyysivät propagandatarkoituksessa tutkimaan löytämiään Katynin joukkomurhan uhrien joukkohautoja. Tutkijoiden raportissa todettiin puolalaisten upseerien joukkomurha vuonna 1940 suoritetuksi, mikä osoitti Neuvostoliiton olleen vastuussa siitä. Sodan jälkeen liittoutuneiden valvontakomissio alkoi vuonna 1945 painostaa Saxénia muuttamaan lausuntoaan, mistä hän kuitenkin kieltäytyi. Tämän seurauksena hän leimautui saksalaismieliseksi ja hänet yritettiin erottaa yliopistosta. Hän joutui tilapäisesti lähtemään maasta ja asumaan muutaman vuoden Ruotsissa. Puolan hallitus myönsi vuonna 2007 postuumisti Saxénille komentajakunnan ansioristin hänen panoksestaan Katynin tapahtumien selvittämisessä.