Nel 1938, in seguito all'annessione dell'Austria alla Germania, il campionato austriaco divenne un campionato regionale del Terzo Reich, al quale furono ammesse, per la prima volta, anche le squadre al di fuori di Vienna e della Bassa Austria. Nella stagione 1938-39 il Linz, vincendo il campionato regionale, ottenne il diritto di disputare la massima serie austriaca, alla quale decise di rinunciare per la stagione 1939-40, pur conservando il diritto di potervi partecipare la stagione successiva. Nel 1940-41 debuttò nella massima serie, chiudendo ultima e retrocedendo.