Nigeria reagerede først med en økonomisk blokade, men begyndte 6. juli 1967 at angribe militært. Den efterfølgende borgerkrig, ofte kaldet Biafrakrigen, medførte, at Biafra i 1970 var et krigshærget land med udbredt mangel på fødevarer. Ojukwu flygtede fra landet og resterne af republikkens territorier blev atter optaget i Nigeria. Mellem 2 og 3 millioner mennesker menes at have mistet livet i konflikten, de fleste på grund af sygdom og hungersnød.