Am 1. April 1932 erhielt Hans Ueberschar einen Ruf nach Leipzig. Hier wurde er zum Extraordinarius für „Sprache und Kultur des modernen Japans“ berufen und leitete das am 25. Februar 1933 eröffnete Japan-Institut der Leipziger Universität. Die Gründung des Japan-Instituts erfolgte mit Hilfe einer Stiftung des Herausgebers mehrerer großer japanischer Tageszeitungen, Motoyama Hikoichi. Die Wahl des Standortes Leipzig stand im Zusammenhang mit Ueberschaars langjähriger Tätigkeit von Japan nach Deutschland. Im Oktober 1932 trat Ueberschaar in die NSDAP ein. Ein Jahr darauf, im November 1933 unterzeichnete er das Bekenntnis der deutschen Professoren zu Adolf Hitler. Auch zeigte er in seiner nach außen getragene Gesinnung in mehreren Veranstaltungen, die der „Vorbereitung des deutschen Volkes auf die XII. Olympischen Spiele 1940“ in Tokio dienten, eine systembekennende Haltung. An seine, noch aus der Zeit in Japan herrührenden Kontakte und wissenschaftlichen Orientierungen knüpfte er 1935 wieder an. So erschien im OAG-Verlag seine Publikation „Basho (1644–1694) und sein Tagebuch ‚Oku no hosomi‘“. Doch bereits im folgenden Jahr holte Hans Ueberschaar die Realität des Alltages unter dem NS-Regime in Deutschland mit voller Härte ein. In der Öffentlichkeit wurden gegen ihn Anschuldigungen und Schmähungen wegen einer angeblich homosexuellen Veranlagung laut. Noch 1936 verließ er deswegen Leipzig. Im April 1937 wurde Überschaar wegen angeblichen Vergehens gemäß § 175 Strafgesetzbuch, der Homosexualität unter Strafe stellte, seines Amtes enthoben. Er trat aus der NSDAP aus und ging wieder nach Japan. Hans Ueberschaar kehrte trotz seiner späteren Rehabilitation nicht mehr nach Deutschland zurück. Sein Leipziger Lehrstuhl für „Sprachen und Kultur des modernen Japans“ blieb zunächst unbesetzt.