V sezóně 2011/12 vyhrál s Lyonem Coupe de France (francouzský fotbalový pohár). Na začátku sezóny 2012/13 se klub utkal v Trophée des champions (francouzský Superpohár) s vítězem Ligue 1 - týmem Montpellier HSC, kterého zdolal až v penaltovém rozstřelu poměrem 4:2. Fofana hrál v základní sestavě a v penaltovém rozstřelu svůj pokus neproměnil, z hráčů Lyonu šel kopat jako první. Jeho zaváhání však spoluhráči - zbývající exekutoři napravili.