Фукідід установив собі дуже суворі правила добору матеріалу, й іноді вони змушували його проминати події, які сучасний історик не міг би залишити осторонь, не викликаючи дорікань на свою адресу. Так, він згадує, що Гіпербол зазнав остракізму лише тоді, коли описує смерть цього демагога на Самосі у 411 до н. е., і жодним словом не згадує про хитромудрий хід, за допомогою якого Алківіад домігся вигнання цього політика, в той час як Гіпербол сам прагнув вигнання Алківіада. Фукідід не розглядає спеціально економічних проблем, хоча вкладає до вуст Перикла перелік ресурсів, на які могли розраховувати афіняни до початку війни, доводячи таким чином, що на той час вони були взмозі слушно розраховувати на остаточну перемогу. Перикл не міг передбачити моровицю, після якої афінянам залишалося сподіватися у кращому випадку на нічийний результат.