Vzhledem k vysokohorskému povrchu většiny bosenského území měla válka charakter pozičních střetů a bojů o jednotlivé důležité výšiny a města. Klíčovým střetem se stala bitva o město Brčko, ležící v průsmyku podél řeky Sávy spojujícím západní oblasti Bosny se srbským územím na východě. Zde se Srbům podařilo prolomit protivníkovy linie a udržet koridor umožňující přísun zásob a posil z vlastního Srbska. Během těchto střetů došlo na obou stranách k masovým vraždám, z nichž největší spáchali Srbové na muslimech vojácích i civilistech a vojácích 28. divize, zajatých v enklávě Srebrenica. Oficiální čísla Srebrenického masakru hovoří o 8000 muslimských obětí.