Nach dem Putschversuch in der Türkei 2016 verurteilte Stoltenberg den Putschversuch und äußerte stattdessen Unterstützung für die gewählte Regierung unter Präsident Recep Tayyip Erdoğan. Im Oktober 2019 forderte er, dass die türkische Offensive in Nordsyrien beschränkt gehalten werden soll, um die Region nicht weiter zu destabilisieren.