Il lago Kyzyltaš era il lago naturale più grande per il raffreddamento dell'acqua per il reattore; ma fu rapidamente contaminato dal sistema a ciclo aperto. Il lago Karačaj era situato molto più vicino, ma troppo piccolo per provvedere al raffreddamento dell'acqua, perciò venne trasformato in una discarica molto conveniente per la massiccia produzione di rifiuti altamente radioattivi che erano troppo "caldi" per essere depositati in cisterne di stoccaggio sotterraneo della struttura. Il progetto, in origine prevedeva di utilizzare il lago come deposito per il materiale energetico finché non sarebbe potuto ritornare nelle cisterne di cemento della struttura di Mayak, ma ciò risultò impossibile a causa del livello altamente letale di radioattività. Il lago fu usato per questo scopo fino al disastro di Kyštym nel 1957, in cui le cisterne sotterranee esplosero a causa di un difetto nel sistema di raffreddamento e contaminarono irrimediabilmente l'intera area di Majak (nonché una grande porzione del territorio a nord-est). Ciò ha portato ad una maggiore cautela da parte delle amministrazioni, per paura di attirare l'attenzione internazionale e ha causato il riversamento del contenuto della discarica in un raggio molto ampio (inclusi molti laghi, il fiume Techa e molti centri abitati circostanti).