Впоследствии Гонатас, первоначально как начальник штаба корпуса армии, а затем как командир дивизии, в звании полковника, принял участие в Балканских войнах, в Украинском походе греческой армии, совершённом по просьбе Антанты в поддержку Белого движения и в малоазийском походе, также инициированном Антантой.