El 15 de marzo de 1899, Bruce escribió a Sir Clements Markham de la RGS ofreciéndose para un puesto entre el personal científico de la Expedición Antártica Nacional que en esos momentos estaba en las primeras fases de la planificación. La respuesta de Markham fue de cortesía, acusando recibo y sin comprometerse a nada, tras esa respuesta Bruce no volvió a saber nada durante un año. Se le dijo entonces, indirectamente, que solicitase un puesto de ayudante científico. El 21 de marzo de 1900, Bruce le recordó a Markham que ese puesto lo había solicitado un año antes, y que en ese momento tenía otras intenciones que pasó a revelarle: "No tengo ninguna duda de que seré capaz de recaudar fondos para incluir en la expedición un segundo barco británico". A los pocos días le mandó otra carta informándole de que ya estaba asegurada la financiación para el segundo barco, haciendo su primera referencia explícita a la "Expedición Escocesa". Eso alarmó a Markham, que le respondió con cierta acritud: "Lo que propone sería perjudicial para la expedición [...] Un segundo barco no es necesario en ningún caso [...] Podría estar provocando una rivalidad maliciosa". Bruce respondió a vuelta de correo negando la rivalidad, y afirmaba: "Si mis amigos están dispuestos a darme dinero para llevar a cabo mis planes, no veo por qué no debo aceptar que [...] lo que otros sostienen, que un segundo barco es muy conveniente". Eso no aplacó a Markham que le escribió de nuevo: "Estando yo haciendo todo lo que estaba en mi mano para conseguir su nombramiento (para la Expedición Antártica Nacional) tenía derecho a pensar que no tomaría esa medida [...], sin antes consultarme ". Él continuó: "Debería suspender la Expedición Nacional [...] para conseguir su nombramiento".