года президент Виейра отправил начальника генерального штаба бригадного генерала Ансумане Мане в отставку, обвинив его в подготовке военного переворота, однако Мане был поддержан вооружёнными силами, что привело к гражданской войне, в которой на стороне правительства принимали участие войска соседних Гвинеи и Сенегала, и продлившейся до мая 1999 года. года президент Вийера бежал. Мане в качестве верховного командующего военной хунты взял власть в стране в свои руки, года он передал гражданскую власть спикеру Национальной народной ассамблеи Маламу Бакаи Санье, который, в свою очередь, года, впервые передал полномочия лидеру оппозиционной Кумбе Яле. года президент Яла и назначенный им премьер-министром были отстранены от власти в ходе бескровного , организованного начальником генерального штаба генералом Вериссимо Сеаброй, возглавившим "Военный комитет по восстановлению конституционного и демократического порядка" (). Столкнувшись, несмотря на общенациональную поддержку, с международным осуждением он года передал власть гражданскому лицу — бизнесмену Энрике Розе. В 2005 году президентом вновь стал Виейра. Когда года произошедшим взрывом в армейском офисе был убит начальник генерального штаба его сторонники возложили ответственность на президента; на следующий день солдаты атаковали президентский дворец, застрелив Виейру во время штурма.