Cette période est marquée par les mouvements sécessionnistes au sein du Royaume, notamment de la part des Croates. La fédération yougoslave est finalement dissoute en 1939 et remplacée par trois associations, respectivement croate, slovène et serbe, chapeautées par un conseil « suprême ». Kika et Simonović assurent la gestion de la sélection yougoslave en alternance, qui dès lors évolue surtout avec des joueurs serbes, d'autant qu'une équipe de Croatie est lancée en 1940. En , pour le officiel de la sélection et l'inauguration du "BSK stadion", l'Angleterre est battue à Belgrade grâce à Glišović et Perlić (2-1). En septembre, la Seconde Guerre mondiale débute en Europe mais la Yougoslavie reste épargnée par les combats, de sorte que la sélection poursuit son activité : cinq matchs sont disputés en 1940, dont deux victoires sur l'Allemagne à Vienne puis à Zagreb. Cette période de calme relatif prend fin avec la signature en d'une alliance du Royaume et de l’Allemagne nazie. Le régent Paul est destitué par un coup d'État militaire anti-allemand, qui impose un nouveau roi. Le mois suivant, l’Allemagne et l’Italie envahissent la Yougoslavie, conduisant au démantèlement du Royaume. L'équipe de l'État indépendant de Croatie s'affilie à la FIFA et dispute une vingtaine de matchs amicaux entre 1941 et 1945.