Pierwsze nabożeństwo po latach przerwy odbyło się w świątyni w 1991, gdy patriarcha moskiewski i całej Rusi Aleksy II służył w budynku molebień i akafist do św. Tatiany. W 1993 Rada Naukowa Uniwersytetu Moskiewskiego podjęła decyzję o odnowieniu świątyni akademickiej. Między majem 1994 a styczniem 1995 trwał konflikt o przyszłość budynku między zwolennikami ponownego otwarcia cerkwi i teatrem akademickim, który zajmował obiekt od 1958. Ostatecznie w kwietniu 1995 w świątyni odbyła się pierwsza po latach Święta Liturgia, zaś 6 maja ustawiono na niej krzyż. W 2000 poświęcona została dolna cerkiew św. Filareta, rok później na fasadzie budynku ponownie wykonano pierwotny napis „Światło Chrystusa oświeca wszystkich”, zaś w 2004 patriarcha Aleksy II wyświęcił główny ołtarz. Stale prowadzone były prace konserwatorskie i dekoracyjne przywracające budowli wygląd sprzed rewolucji październikowej.