Gülenörelsen samarbetade i början av 2000-talet med det blivande regeringspartiet AKP. Båda rörelserna önskade större möjligheter för den enskilde att offentligt uttrycka sin religiösa tillhörighet i det strängt sekularistiska Turkiet. Med tiden uppstod en allt djupare klyfta mellan gülenisterna och AKP. I mars 2016 tog den turkiska regeringen kontrollen över "Zamans" redaktionslokaler. Tidningen beskylldes för oegentligheter, men aktionen ses som en del av den pågående konflikten mellan president Erdoğan och Gülen. Liknande åtgärder har även drabbat en av tv-stationerna. Efter militärens misslyckade kuppförsök i juli 2016 anklagades rörelsen för att ligga bakom detsamma, men utan att några konkreta bevis lades fram. Fethullah Gülen fördömde kuppen och förnekade all inblandning i den.