1973 putschte das chilenische Militär General Augusto Pinochet an die Macht. Die Organisation Christen für den Sozialismus musste fortan im Untergrund handeln und löste sich zum Teil auf. Die Diktatur und die Amtskirche tolerierten Fernando Castillos moderne Gedanken in ihrem System nicht und zwangen ihn dazu, auszuwandern. Er ging nach Deutschland und vollendete sein Doktorat unter Johann Baptist Metz, dem er als Assistent und Freund zur Seite stand. Darüber hinaus schloss er ein Postgraduiertenstudium der Soziologie in England ab. Er war in Deutschland, Österreich und der Schweiz tätig und hielt Gastvorlesungen, Vorträge und Seminare in Münster, Freiburg und Wien.