Durante su breve Gobierno, se produjeron los enfrentamientos armados entre los dos sectores en que se dividieron a las Fuerzas Armadas argentinas luego de derrocar al Gobierno constitucional de Juan Domingo Perón, conocidos como Azules y Colorados. Sin estar facultado y bajo presión militar, declaró «en receso» al Congreso de la Nación, para ejercer también el poder legislativo nacional y, también sin estar facultado, disponer la intervención federal de las provincias que aún no estaban intervenidas para asumir los poderes ejecutivos y legislativos de las mismas. Convocó a elecciones presidenciales en 1963 en las que no le permitió participar a los partidos Peronista, Comunista y Unión Popular, ni a los expresidentes Juan Domingo Perón y Arturo Frondizi, ni a Vicente Solano Lima y a Raúl Matera.