Durante todo o seu patriarcado, Germano lutou para restabelecer a sua autoridade como líder do então espatifado mundo ortodoxo, ao mesmo tempo em que apoiava Vatatzes em sua luta para reconquistar a sua herança imperial perdida. Assim, Germano se chocou com os prelados do Despotado de Epiro por conta da da defesa deles aos governantes de Epiro e, especialmente, com o arcebispo de Ácrida, Demétrio Comateno, que tinha presidido a coroação de Teodoro Comneno Ducas como imperador em Tessalônica, em direto confronto com a posição de Niceia. Após a derrota de Epiro na Batalha de Klokotnitsa em 1230, porém, os bispos dali foram gradualmente conquistados pelo grupo de Germano. Em 1232, o cisma estava superado, com a Igreja de Epiro reconhecendo sua autoridade, ao que se seguiu uma viagem pela região por Germano em 1238.