Président du Parti de la liberté et de la justice, formation issue des Frères musulmans, il représente le parti islamiste à l'élection présidentielle qui suit la révolution de 2011. Il l'emporte au second tour face à l'ancien Premier ministre Ahmed Chafik, avec 51,7 % des voix, et devient ainsi le premier président élu démocratiquement en Égypte et le premier civil à occuper ce poste.