שוג'אע ח'אן נותר בהודו הבריטית למשך שלושים שנה, במהלך זמן זה נפלה האימפריה הדוראנית למלחמת אזרחים והוקמה אמירות אפגניסטן תחת שלטון דוסת מוחמד ח'אן, אמיר אפגניסטן משושלת ברקזאי שהנהיג מדיניות כיבוש אגרסיבית לתוך פנג'אב. מדיניות זאת הביאה את אמירות אפגניסטן למאבק נגד הודו הבריטית, שפעלה להשתמש באפגניסטן בתור חוצץ בין האימפריה הרוסית לבין תת-היבשת ההודית (ראו המשחק הגדול). מאבק אינטרסים זה הוביל בסופו של דבר למלחמה האנגלו-אפגנית הראשונה, במסגרתה הדיחו הבריטים של דוסת מוחמד ח'אן מתפקידו ומינו את שאה שוג'אע לכס האפגני בניסיון להשיב את שושלת דוראני לכס בעודה שבויה לרצון האימפריה הבריטית. שוג'אע שלט באפגניסטן בין השנים 1839–1842. שלטונו הסתיים כאשר מאבקים פנימיים הובילו בסופו של דבר לרציחתו בשנת 1842. לאחר מכן השיבו הבריטים את שושלת ברקזאי ומינו את וזיר אכבר ח'אן, בנו של דוסת מוחמד ח'אן, להיות לאמיר החדש לאחר שנשבע אמונים לכתר הבריטי.