Након што се Мексико изборио за независност 1821. године, Шпанија је почела да директно управља Манилом. Под директном шпанском управом, банкарство, индустрија и образовање развијени су више него у претходна два века. Отварање Суецког канала године 1869. омогућило је директну трговину и комуникацију са Шпанијом.