Nederland var vertsnasjon i EM 2000, og var en av de store favorittene. Etter å ha gått videre fra «dødens gruppe», tapte de til slutt for Italia i semifinalen. Bergkamp scoret ikke under turneringen, men spilte allikevel en viktig rolle i dette laget. Etter semifinaletapet annonserte Bergkamp at han ville gi seg på landslaget fordi neste turnering, VM 2002 kom til å bli spilt i Japan og Sør-Korea, og på grunn av Bergkamps flyskrekk ville det bli umulig å komme seg helt ned til Asia. Han spilte ikke i kvalifiseringskampene fordi han mente det ville være «urettferdig».