Die größte Zahl von Kirchen errichtete die Herrscherdynastie der Komnenen im 1204 gegründeten Kaiserreich Trapezunt. Es entstand nach der Eroberung der byzantinischen Hauptstadt Konstantinopel durch westeuropäische Kreuzfahrer, gemeinsam mit anderen byzantinischen Exilreichen wie dem Kaiserreich Nikaia und dem Despotat Epirus. Bauherr der Hagia Sophia war Kaiser Manuel I., der das kleine Kaiserreich von 1238 bis 1263 regierte. Bei Manuels Amtsantritt lag der Verlust der alten Reichshauptstadt schon mehr als eine Generation zurück, und die vermeintlich provisorische Residenz in Trapezunt erwies sich als dauerhafter als zunächst erwartet und sollte nun einer kaiserlichen Hauptstadt würdig ausgebaut werden. So orientierte Manuel die Kirche bewusst an ihrem berühmten Vorbild in Konstantinopel, Justinians großer Kathedrale Hagia Sophia aus dem 6. Jahrhundert.