משנת 1906 עד 1912 ושוב מ-1916 עד 1918, שירת סקלטון בשירות הצוללות הוא קיווה להתמנות לסגנו של סקוט במשלחת טרה נובה בשנים 1910–1913 אבל סקוט העדיף את אדוארד אוונס, שתכנן משלחת משלו לאנטארקטיקה אבל הסכים להצטרף למשלחת של סקוט, בתנאי שיוצע לו תפקיד המשנה למפקד. בתקופת מלחמת העולם הראשונה הוענק לסקלטון אות השירות המצוין (DSO) על פעולותיו בקרב יוטלנד, 31 במאי 1916. בשנת 1919 קיבל את אות הצטיינות (CB) על עבודתו בצפון רוסיה והמשיך לעלות בדרגות בשירות הצי המלכותי אחרי המלחמה, כאשר הוצב בארכנגלסק, לקונסטנטינופול, לתחנת הים התיכון ולתחנה האטלנטית. הוא התמנה לתת-אדמירל להנדסה בשנת 1923, לסגן-אדמירל להנדסה בשנת 1928 ולמהנדס ראשי של הצי, אדמירליות, בין 1928 ל-1932. בטקס הענקת התארים של ראש השנה 1931 קיבל תואר אבירות ובשנת 1932 פרש מן השירות.