Jméno města je keltské a znamenalo „bitevní pole“. Od 1. století byla na místě pozdějšího "Abbaye aux hommes" římská osada, kterou koncem 3. století zničily nájezdy barbarů. V 7. století sem přišli misionáři z Bayeux a postavili patrně několik drobných kostelíků. Město se poprvé připomíná roku 1027 a Vilém Dobyvatel zde po roce 1060 vystavěl hrad a dva kláštery s románskými kostely sv. Štěpána (kde byl také pohřben) a sv. Jiljí. Roku 1092 zde uzavřel anglický král Vilém II. Ryšavý se svým bratrem, normanským vévodou Robertem II. smlouvu, která ukončila jejich spory. Na začátku stoleté války roku 1346 město dobyl a vyplundroval anglický král Eduard III., který odtud táhl k vítězné bitvě u Kresčaku (Crécy), kde padl také český král Jan Lucemburský. Roku 1417 dobyl Caen anglický král Jindřich V. a město zůstalo v anglickém panství do roku 1450. Jindřich VI. dal roku 1432 založit v Caen univerzitu, která funguje dodnes.