Dies bedingte auch für Mattighofen jahrzehntelang Konflikte mit den bayerischen Herzögen. 1602 versöhnten sich die Grafen mit den Herzögen wieder. Im Gegenzug mussten sie allerdings die Herrschaft für 102.000 Gulden an die Wittelsbacher veräußern. Durch den Frieden von Teschen im Jahre 1779/80 kam das gesamte Innviertel mit Mattighofen zu Österreich. Während der Napoleonischen Kriege wieder kurz bayrisch, gehört der Ort seit 1816 (Vertrag von München) endgültig zu Oberösterreich. Nach dem Anschluss Österreichs an das Deutsche Reich am 13. März 1938 gehörte der Ort zum „Gau Oberdonau“. Nach 1945 erfolgte die Wiederherstellung Oberösterreichs. Mattighofen wurde 1986 von der oberösterreichischen Landesregierung zur Stadt erhoben. Im Jahr 2012 war Mattighofen gemeinsam mit Burghausen und Braunau ein Austragungsort der Oberösterreichischen Landesausstellung, welche eine der besucherstärksten in der Geschichte der Landesausstellungen war. In Mattighofen war die Landesausstellung im Schloss beheimatet, das nach der Ausstellung zum neuen Stadtamt umgestaltet wurde und als solches seit 2013 in Betrieb ist.