El 9 de agosto de ese mismo año, presionado por un George W. Bush comprometido con promover la democracia en Oriente Próximo tras el caos posterior a la invasión estadounidense de Irak, Abbas anunció que las elecciones parlamentarias que originalmente habrían tenido que ser convocadas para el 15 de julio tendrían lugar finalmente en enero de 2006. El 20 de agosto concretó la fecha de estas elecciones: las primeras elecciones desde 1996 se celebrarían el 25 de enero. Se realizaron cambios en el sistema electoral para favorecer a las candidaturas de Fatah, el partido de Abbas. Hamás, aunque mostró su oposición a estos cambios, decidió finalmente presentarse a las elecciones centrando su discurso en la corrupción, el nepotismo, el caos y los sobornos característicos de los últimos años de gobierno de Fatah. El 15 de enero de 2006, Abbas declaró que no cambiaría la fecha de las elecciones a pesar de los disturbios que estaban teniendo lugar en la Franja de Gaza, siempre y cuando Israel permitiese a los palestinos de Jerusalén Este votar en dichas elecciones. Las grandes potencias occidentales esperaban que una victoria amplia de Fatah y Abbas fortaleciesen y legitimasen a este último para retomar el proceso de paz con Israel. Las elecciones se celebraron en la fecha prevista y resultaron en una abrumadora victoria de Hamás. Los palestinos rápidamente compararon a Abbas con Chadli Bendjedid, el presidente argelino que convocó elecciones en 1991 esperando ganarlas fácilmente, las perdió ante partidos islamistas y fue depuesto por un golpe de estado militar que dio comienzo a la sangrienta guerra civil argelina.