تعرضت مدينة جوبا إلى القصف سنة 1956م في الحرب الأهلية السودانية الأولى من قبل قوات الجيش التابعة لحكومة سودان بحجة مساعدتهم لالحركة الشعبية لتحرير السودان, وتعرضت أيضاً إلى عمليات قصف وهدم المباني خلال الحرب الأهلية السودانية الثانية منها في عام 1999م خلال عملية كبيرة شنتها قوات الحكومة السودانية على الحركة الشعبية لتحرير السودان, و قد أدى ذلك مقتل حوالي 750 شخص في جنوب سودان, منهم 79 في مدينة جوبا.