Az Anschluss (1938) után Wilhelm Habsburg Bécsben maradt. Tuberkulózisban szenvedett, idejének java részét gyógykezeléseken töltötte. A második világháború során a Gestapo megfigyelés alatt tartotta, az ukránokkal való kapcsolatai miatt. A náci politikai vezetés 1939-ig, a szovjet–német barátsági és megnemtámadási szerződés létrejöttéig támogatója volt az ukrán ügynek, utána azonban egyszerre kellett udvarolnia a szövetséges Magyarországnak, és a baráti Szovjetuniónak, ami az ukrán "„nacionalizmus”" erőteljes elítélését tette szükségessé. Visivanijt különösen szorosan figyelték 1941 után, amikor a német csapatok által elfoglalt Ukrajna német helytartója "(Reichskomissar)" tömeges kivégzéseket rendezett, és dicsőítette a Sztálin által előidézett éhínség „hatékonyságát”. Wilhelm Habsburg, aki korábban sok támogatást kapott a berlini kormánytól az ukrajnai éhezők megsegítésére, most nyíltan hangot adott felháborodásának.