מערך החבלה של משטרת ישראל נחשב לגוף שהתפתח תוך כדי תנועה. הוא הוקם זמן קצר לאחר קום המדינה. חבלני המשטרה פעלו לסילוק פצצות שנותרו לאחר מלחמת העצמאות ובתקופה זו דניאל קריגר נפל במהלך פעולה בבאר שבע. בגל הטרור הגדול של שנות ה-70 של המאה ה-20 שבו הופעלו לא אחת מטעני חבלה כנגד אוכלוסיות אזרחיות, בלב ריכוזי קהל ועוד. מפקדיו הראשונים היו קצינים שהושאלו ממערכות צבאיות. יוסף ורצמן שיפר באופן מהותי את יכולת חבלני המשטרה להתמודד עם מטעני חבלה. הבולט בין הקצינים שהובאו מצה"ל היה רב-ניצב (בגימ.) וסא"ל (בדימוס) שלמה אהרונישקי, לימים מפכ"ל המשטרה. גוף זה נבנה תוך כדי תנועה, ותוך כדי העבודה השוטפת כתב תורת לחימה משלו ופיתח אמצעי חבלה מתקדמים. מערך החבלה נשלח לא אחת לזירות אלו ואחרות כדי לחקור אותן. דוגמאות מייצגת לכך היו בארגנטינה. הפיגוע בשגרירות ישראל בארגנטינה באפריל 1992 והפיגוע בבניין הקהילה היהודית בארגנטינה ה-AMIA ב-1995.