Tras instaurarse la dictadura autodenominada revolución libertadora, luego de un bombardeo a la sede de su organización, ubicada en San Martín y Avenida Corrientes en Buenos Aires. El 21 de septiembre las fuerzas armadas golpistas recibieron desde Córdoba, la orden de eliminar ese foco de resistencia en el corazón de la city porteña y avanzaron sobre él con cañones y dos tanques Sherman, enviando un emisario para que se rindieran. Los cañones y los tanques dispararon y unos cincuenta hombres, encabezados por Guillermo Patricio Kelly, se rindieron. Los que quedaron dentro murieron bajo los escombros del edificio de tres pisos, destruido acañonazos. Se ignora el número de muertos que algunos, elevan a más de 400. Tras ello fue detenido por la dictadura y trasladado a la cárcel de Río Gallegos, donde una noche de 1957 protagonizó una fuga cinematográfica junto con John William Cooke, Jorge Antonio y Héctor Cámpora y otros presos políticos logró escapar, tras lo cual solicitó asilo político en Chile, pero éste le fue denegado. Cuando estaba a punto de ser remitido a la Argentina, volvió a fugarse, esta vez vestido de mujer, a Venezuela donde se encontraba Perón. Cuando partió de Chile con destino a Caracas, usaba una nueva identidad: era el "doctor Vargas, psicoanalista".