Selekcjoner reprezentacji Belgii René Vandereycken zauważył w 2006 roku udane występy Stijnena w lidze i powołał go do kadry. Stijn swój debiut w drużynie narodowej zaliczył 11 maja w wygranym 2:1 towarzyskim spotkaniu z Arabią Saudyjską. W eliminacjach do Euro 2008 wygrał rywalizację z bramkarzem Anderlechtu, Silvio Proto.