1567-ben V. Piusz pápa kívánságára hazatért Franciaországba, hogy a hugenották ellen harcoljon. Lectoure városánál csatlakozott Blaise de Monluchoz. Részt vett vele Mont-de-Marsan ostromában. A hugenották által felégetett Golfech templomának újjáépítésére és harangjainak beszerzésére komoly összeget adományozott, majd 1570 júniusában csatlakozott a keresztény flottához, amely szeptemberben legyőzte a törököket a lepantói csatában. Marcantonio Colonna admirális a pápának írt levelében a győzelem építészének nevezte Mathurin Romegast. Miután visszatért Rómába, kinevezték a pápai flotta legfőbb parancsnokának, és Piusz elhalmozta kegyeivel.