W reprezentacji Boliwii Fernández zadebiutował 1998 roku. W 1999 uczestniczył w Copa América. Na turnieju w Paragwaju Fernández wystąpił we wszystkich trzech meczach z Paragwajem, Peru i Japonią. W tym samym roku uczestniczył również w Pucharze Konfederacji 1999. Na turnieju w Meksyku Fernández wystąpił we wszystkich trzech meczach z Egiptem, Arabią Saudyjską i Meksykiem. W 2004 po raz drugi uczestniczył w Copa América. Na turnieju w Peru Fernández był rezerwowym i nie wystąpił w żadnym meczu.