В конце марта 1945 года в соответствии с планом штурма Кёнигсберга получил назначение на должность коменданта Кёнигсберга. 7 апреля 1945 года была сформирована комендатура и Смирнов стал первым советским руководителем города. 10 мая при комендатуре Кёнигсберга создаётся Временное управление по гражданским делам. Во главе управления поставлен заместитель коменданта Кенигсберга по гражданскому управлению полковник Михаил Максимович Залётов. Он же был и заместителем начальника временного управления по гражданским делам. Деятельностью управления руководили также помощники военного коменданта Кенигсберга по хозяйственной части полковник Энштейн (в мае) и подполковник Андрей Георгиевич Антонов (с 26 мая).