קרן הפנסיה הרוסית חוותה שלושה שינויים גדולים מהמערכת הסובייטית לזו המודרנית לאורך שנות התשעים ותחילת שנות האלפיים. הראשון הוא מעבר מהפנסיה שנשלטת לחלוטין על ידי התקציב הסובייטי. צעד ראשוני זה יצר את קרן הפנסיה בנפרד מתקציב המדינה בשנת 1990 אף על פי שנתמכה על ידי ממשלת רוסיה כמעבר ממדינות ברית המועצות שכמעט קרסה, היו למערכת מעט מאוד אחזקות. לאורך שנות התשעים הוגשו נגד הקרן טענות על ניצול לרעה של כוח ופיזור, כאשר הדומה סירבה לא פעם להתייחס לנושאים המוסדיים הרחבים הקשורים לקרן. הנושאים העיקריים נתפסים כחוסר ריכוזיות, והיעדר הנחיות מובנות כיצד יש לשלם פנסיה.