Schäfer växte upp i en katolsk familj i Schlesien. Under första världskrigets sista månader tjänstgjorde han i ett infanteriregemente. År 1919 ingick han i gränsbevakningen i Oberschlesien och deltog i kväsandet av det första polska upproret. Det område där Schäfer bodde inkorporerades i det polska riket efter första världskriget och han blev polsk medborgare innan han naturaliserades 1925. År 1920 inledde Schäfer juridikstudier vid Breslaus universitet. Som medlem av ett studentkompani bekämpade han polska insurgenter vid St. Annaberg. Under 1920-talets första år var Schäfer medlem av Marinebrigade Ehrhardt, som 1919 hade deltagit i kväsandet av Bayerska rådsrepubliken. I mars 1925 inträdde han i den paramilitära organisationen Stahlhelm, som ville skapa ett stortyskt rike och bekämpa det judiska inflytandet. I augusti samma år lade Schäfer fram sin avhandling "Die Pflichten des Pfandgläubigers" och promoverades till juris doktor. Schäfer kom att verka vid kriminalpolisen i Potsdam och kom där i kontakt med Nationalsocialistiska tyska arbetarepartiet (NSDAP). I mars 1928 lämnade han Stahlhelm och en månad senare utträdde han ur Katolska kyrkan och blev protestant. Schäfer avslutade sin polisutbildning och anställdes vid Breslaus polisdirektion. År 1931 blev Schäfer "Förderndes Mitglied der SS", stödjande medlem i SS.