Током Бечког рата (1683-1699) читаво подручје Метохије је било захваћено жестоким борбама између хабзбуршких и турских снага. Православни Срби са тог подручја одметнули су се од турске власти и пристали су уз аустријску војску. Српски патријарх Арсеније III је 1689. године морао да се уклони из Пећи, али се убрзо вратио након аустријског запоседања града. Иако је хришћанска војска тада заузела велики део Пећког санџака, турска војска је 1690. године под заповедништвом пећког санџакбега Махмуда Хасанбеговића успела да поврати власт у тој области. Тада је дошло до сурове одмазде над хришћанским становништвом, чиме је подстакнута Велика сеоба Срба, током које је велики део српског православног становништва напустио подручје Пећког санџака. Исто се поновило за време Аустријско-турског рата (1737-1739), када је тадашњи српски патријарх Арсеније IV такође избегао из Пећи. Упоредо са сталним одливом српског становништва, на подрућју Пећког санџака је забележен знатан прилив Албанаца чиме је дошло до трајних промена у етничкој структури те области.