בשנת 1906 הוחלט על שלטון משותף של בריטניה וצרפת בוונואטו, בשנת 1980 הם העניקו לה את עצמאותה. היחסים בין צרפת וונואטו התנדנדו על ידי סדרת משברים בשנות ה-80, והתערערו לחלוטין בכמה הזדמנויות, כאשר ונואטו גירשה את שגריר צרפת בשנת 1981, בשנת 1984 ובשנת 1987. בשנת 1980, ונואטו גינתה את הניסויים הגרעיניים של צרפת בפולינזיה הצרפתית. בשנת 1985, האונייה ריינבו וורייר של גרינפיס התקבלה על ידי ממשלת וולטר ליני בפורט וילה, ופקיד בכיר מוונואטו אף נותר על סיפונה במהלך מסע המחאה של הספינה למורורואה. לאחר הטבעת האונייה ריינבו וורייר באוקלנד האשים ליני את צרפת בגלוי כי ביצעה "מעשה טרור". היחסים השתפרו משנות ה-90 ואילך, והיום, צרפת מספקת סיוע בפיתוח ונואטו. שתי המדינות חולקות גם יחסים כלכליים ותרבותיים טובים; שתי המדינות חברות בארגון הבינלאומי של לה פרנקופוני.