Muitos militantes do CGIL fugiram do Afeganistão quando os EUA invadiram aquele país em 2001. Após a Invasão do Iraque em 2003, o GCIL enviou muitos militantes para combater as tropas norte americanas, de modo que os líbios chegaram a formar o segundo maior grupo de voluntários islâmicos em combate. O CGIL atuava em estreita colaboração com Abu Mussab al-Zarqawi, chefe da Alcaida no Iraque até sua morte em 2006.