John Isner se dirige ensuite vers Londres pour y disputer les Jeux Olympiques. Il bat pour commencer Olivier Rochus (7-6, 6-4) ainsi que Malek Jaziri, adversaire qu'il bat sans encombre (7-60, 6-2). À noter que lors de ce match, il remporte le tie-break de la saison, le consécutif, pour 39 joués. En 1/8 de finale, il affronte la tête de série , Janko Tipsarević, et crée une petite surprise en le battant (7-5, 7-6) en ayant sauvé plusieurs balles de set au tie-break. En quart, il se donne le droit d'affronter Roger Federer, récent vainqueur de Wimbledon sur cette même pelouse. Le mondial remporte ce match (4-6, 6-7) serré sur un let imprenable pour l'Américain. Le très bon parcours de John Isner aux Jeux Olympiques s'arrête donc en quart de finale.