Putinia on arvosteltu lännessä ja Venäjällä eniten Tšetšenian sodasta, jota Venäjä piti/pitää virallisesti sotana kansainvälistä terrorismia vastaan. Tšetšeenit kaappasivat Dubrovka-teatterissa Moskovassa lähes 1000 panttivangikseen. Kaappaus päättyi turvajoukkojen hyökkäykseen, jossa kuoli 129 panttivankia ja 44 tšetšeeniterroristia. Turvajoukkojen uskotaan toimineen liian kovakouraisesti, kun he muun muassa käyttivät hyvin voimakasta kaasua, joka tappoi panttivankeja. Terrorismin on väitetty mahdollistavan kansalaisvapauksia rajoittavan poliisivaltion luomisen. Huhtikuussa 2006 Venäjällä astuikin valtaan kansalaisjärjestöjen toimintaa rajoittava laki.