Najgłośniejszą akcją, przeprowadzoną w tym czasie przez NKWD było zabójstwo Lwa Trockiego. Jeszcze przed wybuchem II wojny światowej Trocki zaczął publicznie ostrzegać o możliwości zawarcia paktu Stalin-Hitler, który zmaterializował się ostatecznie 23 sierpnia 1939 jako Pakt Ribbentrop-Mołotow. Po wybuchu wojny Trocki jako potencjalny konkurent polityczny Stalina, ostatni z żyjących członków leninowskiego Biura Politycznego był traktowany przez Stalina jako zagrożenie do natychmiastowej eliminacji, zwłaszcza po kapitulacji Francji w czerwcu 1940, co pozostawiło Stalina sam na sam z Hitlerem na kontynencie europejskim.