Рођен је 1916. године у месту Пол Ру, провинција Слободна Држава Орање. Отац му је био командос који се борио против Британаца у Другом бурском рату, а мајка је током рата била заточена у британском концентрационом логору. Након завршене основне и средње школе, 1934. је уписао право на универзитету у Блумфонтејну. Радио је за Националну странку као политички организатор, а након почетка Други светски ратДругог светског рата постао је члан десне африканерске националистичке групе која је симпатизирала Трећи рајхнацистичку Немачку. Међутим, с поразом сила Осовине, Бота се одрекао групе, осудио њено деловање и усвојио хришћански национализам као лично уверење.