Во время Второй чеченской войны, с 4 по 7 февраля 2000 года, село бомбила российская авиация. В результате, по разным данным, было убито от 46 до 167 человек более половины из которых были мирными жителями. В решении от 2 декабря 2010 года Европейский суд по правам человека обязал Россию выплатить 1.720.000 € жертвам бомбардировки Катыр-Юрта — 29 заявителям в компенсацию за их раны или смерть близких.