В марте 1992 года в стране началась гражданская война. Началом этому послужил арест оппозиционного мэра Душанбе Максуда Икромова. Поначалу люди требовали «демократических» преобразований, принятия новой конституции и возвращения генерала Мамадаёза Навджуванова на должность министра внутренних дел, незаконно обвинённого и снятого с должности. Президент Набиев и спикер парламента Кенджаев восстановили его в должности. Вскоре начинают звучать требования отставки спикера, всего парламента, а затем и президента. В Душанбе проходят антиправительственные митинги на главной площади, вскоре на другой стороне площади организуется проправительственный митинг в поддержку Правительства. У обеих сторон появилось оружие, после чего по городу прокатились беспорядки, оппозиция захватила президентский дворец и вокзал Душанбе. Милиция объявила нейтралитет, фактически перейдя на сторону оппозиции. Спешно созданная Президентская Гвардия во главе генерал-майора Бахрома Рахмонова со всем вооружением, танками и БТР-ами перешла на сторону оппозиции. 11 мая 1992 года под давлением оппозиции Набиев согласился на создание коалиционного правительства с её участием.