Le commerce dans la baie de Manille remonte au moins du 9e au 12e siècle, lorsque Manille faisait du commerce avec les pays voisins, dont la Chine et le Japon, avec des liens avec l'Inde au travers de régions qui sont maintenant la Malaisie et l'Indonésie. Pendant l'ère coloniale espagnole, Manille commerçait alors avec la Chine et d'autres pays d'Asie du Sud-Est, avec le Mexique, avec les pays arabes et directement avec l'Espagne. De la fin du commerce du galion, en passant par l'ère coloniale américaine et l'indépendance des Philippines, et jusqu'à aujourd'hui, le port de Manille a été le principal port des Philippines pour le commerce intérieur et international.