De to regerende fyrster i Slesvig efter 1580, den danske konge/hertug i København og hertugen på Gottorp Slot, skulle i princippet regere hertugdømmerne i fællesskab. Dette gik rimeligt godt i en del år, men da kong Christian 4. fik kongeriget og hertugdømmerne involveret i Trediveårskrigen i 1625, begyndte det at gå galt. Helt galt blev det, da hertugen giftede sin datter Hedvig Eleonora bort til den svenske konge, og i det hele taget støttede sig kraftigt til Sverige, som i mellemtiden var blevet Danmarks fjende. Under Torstenson-krigen 1643-44 fik hertugen ved en aftale med svenskerne sine områder erklæret neutrale, men det var en neutralitet, som han måtte betale for, og som klart var til svenskernes fordel. Under Karl Gustav-krigene, som tog deres begyndelse i 1657, var Gottorp-hertugen fra starten klart på sin svigersøns, den svenske konges, side. Da svenskerne vandt første akt og kunne diktere freden i Roskilde i 1658, var et af vilkårene, at hertugen af Gottorp skulle være løst fra sit lensforhold til den danske konge, og at hans slesvigske besiddelser derfor skulle betragtes som en suveræn stat. Anden akt af krigen fra 1658 til 1660 endte uafgjort, men ændrede ikke på forholdene i Slesvig. De mange krige var gået slemt ud over hertugdømmet Slesvig. Lige som i kongeriget måtte man her under Karl Gustav-krigene sande, at de svenske fjender var slemme, men de polske og brandenburgske tropper, der kom som forbundsfæller, var dog endnu værre. Herefter eksisterede del-hertugdømmet Gottorp som en lilleputstat, der omfattede adskilte områder i Slesvig og i Holsten. Til trods for sin størrelse havde denne stat stor indflydelse, fordi den dynastisk var forbundet først med Sverige og siden også med Rusland.