幕末時日本諸藩當中，以薩摩藩和長州藩最具政治上的影響力高喊高舉「攘夷」大旗，兩藩對於「開國」的幕府不滿，與朝廷聯手逼迫幕府轉向「攘夷」，繼而不惜主動挑起與西洋諸國的事端。薩摩與幕府對長州作戰，種下傳統武士的不滿加深日後武力討伐幕府的種子。1866年1月21日，在坂本龍馬的中介下，薩摩藩與長州藩締結同盟，決定在倒幕上合作。1867年11月9日，幕府将军德川庆喜眼見薩長同盟的威脅，決定先行上奏明治天皇，提出大政奉还，翌日获得敕许，将260年来由德川幕府掌握的政权交还天皇，並创设以德川家為中心的新政府，德川家将作为政治中枢继续掌握实权。公家的岩仓具视和萨摩藩的大久保利通等讨幕派見此，策劃政变以阻止亲德川派建立以德川家為中心的新政府。在1868年1月3日明治天皇召开的最后一次朝议後，萨摩等五個藩的军队封鎖了京都御所的九门，禁止亲德川派的摄政二条齐敬和贺阳宫朝彦亲王进宫。随后，明治天皇在京都御所内学问所发布了「王政复古大号令」，並在当天进行的小御所会议上，决定了要幕府将军德川庆喜向天皇交还内大臣官职和领地。此事刺激了德川庆喜，更激化了德川庆喜與讨幕派的对立。1868年1月中，亲德川派的会津藩、桑名藩以谒见天皇为名，从大坂向京都进军。同时，以萨摩和长州两藩军队为主力的讨幕軍亦在京都重兵集结，双方在京都南郊的鸟羽、伏见爆发武装冲突，即鸟羽伏见之战，內戰戊辰戰爭爆發。讨幕派的萨长军获得鸟羽伏见之战的胜利。德川庆喜战後於庆应4年1月6日放弃大阪城，並由海路逃往江户。1月31日，天皇发布讨伐德川庆喜的命令，並在2月3日剥夺了德川的官职。以萨摩、长州等藩兵为主力的讨幕军，相继从京都出发。3月12至13日，讨幕军隊到達江户城外。經過一連場談判後，讨幕军统帅西乡隆盛成功劝服德川庆喜投降，於4月21日和平接收江户。事後德川庆喜遭到软禁，江戶時代結束。