"Homogenic" получил несколько наград и номинаций от авторитетных музыкальных премий. Он был номинирован в категории «Лучший альбом альтернативной музыки» на церемонии «Грэмми» 1998 года, но проиграл диску "OK Computer" группы Radiohead. Мишель Гондри был номинирован как режиссёр клипа к «Bachelorette» в номинации «Лучшее короткое музыкальное видео» на церемонии «Грэмми» 1999 года, но проиграл Юнасу Окерлунду с его видео к песне Мадонны «Ray of Light». "Homogenic" помог Бьорк получить награду в категории «Лучшая иностранная певица» на премии BRIT Awards.