Am 19. Juni 1979 wurde Traoré bei den ersten Wahlen zur Bestätigung seiner inzwischen elfjährigen Präsidentschaft erstmals demokratisch bestätigt. Der CMLN wurde am 28. Juni 1979 formell aufgelöst. Ende 1985 eskalierte ein Streit mit dem Nachbarstaat Burkina Faso zum Krieg um den Agacher-Streifen, ein Gebiet, das nur wenige Quadratkilometer umfasste. Dieser Konflikt wurde jedoch bereits nach zehn Tagen eingestellt und schließlich durch einen von beiden Staaten akzeptierten Urteilsspruch des Internationalen Gerichtshofs in Den Haag beigelegt. 1989 lag die Auslandsverschuldung bei 2,2 Milliarden US-Dollar. 1988 wurden die islamische Stadt von Djenné und das historische Stadtbild von Timbuktu in die UNESCO-Weltkulturerbe-Liste aufgenommen.