Во время Великой французской революции Вовилье был назначен руководством Парижской коммуны комиссаром по продовольствию, и на этом посту проявил незаурядный организаторский талант, сумев значительно снизить цены на хлеб и фактически спасти Париж от голода. Впоследствии был арестован по обвинению в заговоре, но два состава трибунала признали его невиновным, после чего Вовилье был избран в состав Совета пятисот, но после переворота 18 фрюктидора 1797 года отправлен в отставку. В это время Огюст Шуазёль-Гуфье, знавший Вовилье по Академии надписей и изящной словесности и живший в эмиграции в Российской империи, пользуясь своим влиянием при дворе, сумел добиться у императора Павла I приглашения Вовилье в Россию, где последний был удостоен тёплого приёма и избран в Академию наук. После свержения Павла I в 1801 году Вовилье запросил у французского правительства разрешения вернуться на родину, на что получил согласие, но тяжело заболел и скончался в июле 1801 года в Санкт-Петербурге.