В начале восстания Костюшко Ежи Грабовский вместе с генерал-майором Яном Якубом Майеном 19 июля во главе 350 солдат регулярной армии и около тысячи вооруженных мещан, вооруженных пиками и косами, защищал Вильно от русской армии. 26 июня участвовал в неудачном сражении с русскими под Солами. 29 сентября в Гродно Тадеуш Костюшко назначил Ежи Грабовского командиром наднаревской дивизии. Он попытался организовать восстание против пруссаков в Мазовии, но после поражения повстанческой армии в битве при Мацеёвицах 1 ноября капитулировал под Пёнками. Эмигрировал из Польши в Париж.