Через две недели после того, как Мусевени предъявил ультиматум, поступило сообщение о том, что боевики LRA пересекли северную границу и с одобрения Хартума создали базы на юге Судана. Помощь Судана стала ответом на поддержку Угандой повстанческой Народно-освободительной армии Судана, ведущей гражданскую войну на юге страны. Кроме того, будучи убеждённым, что ачоли теперь сотрудничают с правительством Мусевени, Кони начал нападать на мирных жителей с возросшей военной силой. Нанесение увечий стало обычным явлением (особенно отрезание ушей, губ, носа), а в 1994 году произошло первое массовое похищение детей и молодежи.