Tras la conquista de Constantinopla por parte de los otomanos, el monasterio, conocido por los turcos como "Kızlar Kilisesi" («iglesia de las mujeres»), continuó habitado durante un tiempo. Entre 1486 y 1491, el "Kapicibaşi" (y posteriormente Gran Visir) Koca Mustafa Pasha, ejecutado en 1512, convirtió la iglesia en una mezquita. Algunos años después, su yerno, Şeih Çelebi Efendi como Tekke de los derviches de la orden de los "Halveti", donó el edificio del monasterio. En aquella época, los derviches tenían como líder al maestro sufí Sünbül Efendi. Su mausoleo, conocido destino para los peregrinos musulmanes, se encuentra junto a la mezquita, la cual se llama como él. A principios del siglo XVI, se produjeron desavenencias entre el sultán Selim I y Şeih Çelebi, ya que el sultán quería derribar parte del monasterio para construir el palacio de Topkapı. Murió en 1559 y, junto con su mujer, Safiye Hatun, fue enterrado en un mausoleo en los jardines de la mezquita, cerca de la tumba de Mustafa Paşa. Varios jeques de la orden Halveti fueron enterrados en el cementerio que se encuentra detrás de la mezquita.