Tahun 1999, Downer turut serta dalam negosiasi masuknya pasukan perdamaian INTERFET ke Timor Timur. Ia juga melakukan sebuah negosiasi atas migas di Celah Timor, di tengah tuduhan bahwa persetujuan tersebut merugikan Timor Timur.  Sebagai Menteri Luar Negeri, Downer memainkan peranan penting dalam perselisihan diplomatik yang dikenal dengan Tampa affair tahun 2001, dimana Australia menolak izin mendaratnya MV Tampa di Pulau Christmas yang memuat pengungsi.