Però el més fatídic para Prússia va ser l'actitud del rei cap a l'exèrcit i la policia. L'exèrcit va ser el veritable fonament de l'estat Prussià, una veritat que Frederic Guillem I i Frederic el Gran havien comprès plenament; l'exèrcit havia estat la primera cura d'aquests i la seva eficiència havia estat mantinguda per la constant supervisió del seu personal. Frederic Guillem, a qui no agradaven els afers militars, va posar la seva autoritat com a "Kriegsherr" (Senyor de la Guerra) en mans d'una comissió depenent d'un suprem col·legi de guerra, sota l'adreça del Duc de Brunswick i del general Richard Joachim Heinrich von Möllendorf. Això va ser el començament del procés que va acabar en 1806, en la Batalla de Jena.