El Guerrouj kom sterkt tilbake og ble verdensmester på distansen i Athen i 1997 og i Sevilla i 1999. 14. juli 1998 satte han ny verdensrekord på 1500 meter med tiden 3:26,00. Året etter satte han verdensrekorder på en engelsk mil (3:43,13) og på den lite løpte distansen 2000 meter (4:44,79). Disse tidene er fremdeles gjeldende verdensrekorder (juli 2021).