Trotzki trug mit seinem energischen und gnadenlosen Vorgehen entscheidend zum militärischen Sieg der Bolschewiki bei. Er organisierte die Umwandlung der bisher zerstreuten, desorganisierten Roten Garden in ein straff geführtes Territorialheer; unter anderem ließ er wieder militärische Ränge, Abzeichen und die Todesstrafe in der Armee einführen. Vom August 1918 bis ins Jahr 1920 mischte sich Trotzki an Bord seines Panzerzuges direkt in die Geschicke der Roten Armee ein. Im August 1918 befahl er darüber hinaus, dass bei einem aus Sicht des Oberkommandos unnötigen Rückzug einer Einheit zuerst der Kommissar und dann der militärische Befehlshaber sofort hinzurichten seien. Das Kommandopersonal wurde bis dahin von den Soldaten gewählt. Dieser demokratische Ansatz behinderte aber die Umwandlung in eine neue, zentral geführte Armee. Trotzki schaffte die demokratischen Strukturen daher großteils ab, entließ die konservativen Kosaken aus der Kavallerie und verband die Verteidigung der neuen Regierung mit dem Freiheitskampf verschiedener unterdrückter Nationalitäten des ehemaligen Zarenreiches. Bereits im September 1918 zeigte die Rückeroberung der Stadt Kasan, dass Trotzkis Maßnahmen erfolgreich waren.