Науковий музей Нікітського ботанічного саду був створений в 1892 році спочатку як музей наочних посібників при училищі садівництва та виноградарства. У 1927 році його будинок був зруйнований землетрусом. 16 грудня 1972 року до 160-річного ювілею Саду музей знов відкрився в спеціально збудованому для нього приміщенні на території арборетума Саду.