אחרי פיגועי 11 בספטמבר 2001 בארצות הברית, חכמתיאר, שנטען עליו כי שיתף פעולה באופן הדוק, עם ראש אל-קאעידה, אוסאמה בן לאדן בשנות ה-90 המוקדמות, הביע גינויו למסע הצבאי האמריקאי באפגניסטן ומתח בקורת על פקיסטן על תמיכתה בארצות הברית. אחרי הקמת הברית נגד הטליבאן בראשות ארצות הברית ונפילת משטר הטליבאן בהמשך, דחה חכמתיאר את ההסכם שנחתם ב-5 בדצמבר 2001 על הקמת ממשלה אפגנית זמנית. אחרי לחתצים מארצות הברית ושל ממשלת חאמיד כרזאי שהוקמה בקאבול, מצא לנכון המשטר האיטוללות של איראן לסגור את משרדי חיזב-א אסלאמי של אפגניסטן באיראן וגרשו את חכמטיאר. הוא עבר בהמשך בחשאי לשטח אפגניסטן.