След избухването на Втората интифада шейх Ясин продължава и задълбочава своите устни атаки срещу Израел, призовавайки дори към убийства на военни и цивилни израелци. По това време се изострят и отношенията му с Арафат, който се опитва без особен успех да постави под домашен арест Ясин.