In den Jahren 1630–1635 ließ Richard Boyle, 1. Earl of Cork, Maynooth Castle restaurieren, nachdem seine Tochter George FitzGerald, 16. Earl of Kildare, geheiratet hatte. Allerdings wurde ein Großteil des Gebäudes in den 1640er-Jahren, während des elfjährigen Krieges, wieder zerstört. Nur das Torhaus (an dem man heute noch die vereinigten Wappen der "Boyles" und der "FitzGeralds" sehen kann) und der "Solar Tower" blieben erhalten. Die "FitzGeralds" verließen Maynooth Castle endgültig und machten zunächst Kilkea Castle und dann Carton House zu ihrem Familiensitz.