1983年、ガランは表向きは北部政府での地位に移転することに抵抗していた第105大隊の約500人の南部政府の兵士の仲介をするためにボルへ行った。しかし、ガランはすでに第105大隊の反政府軍としての離反を手配していた南部の司令部の将校らによる陰謀に加わっていた。政府軍が5月にボルを攻撃し大隊が撤退したとき、ガランは別の経路からエチオピアの反乱軍の拠点に合流した。7月末までにガランは新たに設けた、軍事政権とイスラム法による支配に反対する、スーダン人民解放軍/運動 (SPLA/M) の兵士として3,000人以上を率い、政府のイスラム法導入に抵抗する他の部隊を支援した。これが20年以上にわたり150万人の死者を出した第二次スーダン内戦の発端と広く看做されている。ガランはキリスト教徒で南部スーダン人の大半は非ムスリム（多くはアニミズムとキリスト教徒）だが、彼はこの戦争の宗教的な面に焦点を当てなかった。