L'Australie est un pays membre de la Commission baleinière internationale et s'oppose fermement à la chasse à la baleine. Toutes les espèces de cétacés sont protégées dans ses eaux territoriales. L'Australie est également signataire de la CITES et interdit l'exportation d'espèces en danger. Des zones protégées ont été créées dans chaque État et Territoire afin de protéger et de préserver les écosystèmes uniques du pays. Ces zones protégées incluent les parcs nationaux, les réserves, ainsi que 64 zones humides enregistrées selon les termes de la Convention de Ramsar et seize sites inscrits au patrimoine mondial de l'UNESCO. En 2002, 10 % du territoire australien, soit , étaient classés comme zone protégée. De nombreuses zones marines protégées ont été créées afin de sauvegarder la biodiversité marine. Ces zones couvraient en 2002 environ 7 %, soit , des eaux territoriales australiennes. La Grande barrière de corail est gérée par la "Great Barrier Reef Marine Park Authority", selon une législation fédérale et locale spécifique. Certaines pêcheries australiennes sont déjà sur-exploitées et des quotas ont dû être instaurés pour la pérennité de la pêche de certaines espèces.