Assad trat 1947 als Jugendlicher der panarabistisch-sozialistischen Baath-Partei bei. Während der Vereinigten Arabischen Republik wurde Assad nach Ägypten versetzt. Er gründete in Kairo mit vier anderen baathistischen Offizieren (Salah Dschadid, Ahmed al-Meer, Mohammed Umran, Abelkarim al-Dschundi) das "Militärkomitee der Baathpartei". Diese innerhalb der Partei geheime Junta hatte das Ziel, Syrien auf einem panarabisch-sozialistischen Kurs zu halten. 1961, nach dem erfolgreichen Putsch in Syrien gegen die ägyptisch-syrische Union, wurde Assad zunächst von den ägyptischen Behörden inhaftiert. Da sich der Verdacht einer Beteiligung am Putsch nicht erhärtete, wurde er nach vierundvierzig Tagen freigelassen und durfte nach Syrien zurückkehren. Der neue syrische Staatspräsident Nazim al-Qudsi versuchte, die pro-unionistischen Offiziere, darunter auch Assad, aus dem Militär zu entfernen, da er einen gewaltsamen Umsturz fürchtete. Assad spielte bei der Machtübernahme der Baathpartei 1963 eine führende Rolle. Als Luftwaffenoffizier brachte er die Dumayr-Luftwaffenbasis bei Damaskus für die Partei unter Kontrolle, auf der die gesamte Luftwaffe des Landes stationiert war. Assad wurde nach der Machtübernahme vom Hauptmann zum Generalleutnant ernannt, in den Revolutionären Kommandorat des baathisten Staates erhoben und de facto Luftwaffenkommandeur.