In der 3. Bergiselschlacht am 13. August 1809 bildeten die von Peter Mayr befehligten Kompanien aus Süd- und Nordtirol das Zentrum des tirolischen Aufgebotes. Nach der Befreiung des Landes kehrte er als „anerkannter Unterkommandant“ heim. Als dann am 1. November 1809 die letzte Bergiselschlacht verloren ging und Andreas Hofer aufgeben wollte, setzte sich Peter Mayr mit anderen Schützen bei der Zusammenkunft vom 5. November 1809 in Steinach am Brenner für die Fortsetzung des Kampfes ein. Er rückte mit Eisacktaler Schützen ins Pustertal vor und schlug die Truppen General Ruscas an der Mühlbacher Klause dreimal zurück, musste aber beim vierten Ansturm weichen und zog sich ins Sarntal zurück. Als er erfuhr, dass Andreas Hofer noch einmal zum Weitermachen umgestimmt worden war, wagte Peter Mayr einen Versuch zur Befreiung Brixens, musste aber schließlich einsehen, dass jeder weitere Widerstand aussichtslos geworden war.