Zanim dotarł do Paryża, 9 czerwca 1572 zmarła jego matka. Henryk odziedziczył po niej królestwo Nawarry. Do stolicy dotarł 8 lipca. Datę ślubu odwlekano ze względu na brak dyspensy papieskiej, ostatecznie ze względu na zwłokę papieża problem zignorowano. Zaręczyny odbyły się 17 sierpnia, ślub – 18 sierpnia. Małżeństwa Małgorzacie i Henrykowi udzielił stryj pana młodego – kardynał Karol de Bourbon, którego okłamano, że dyspensa jest w drodze. Na pytanie, czy chce wyjść za mąż za Henryka, Małgorzata milczała, w związku z czym jej brat nachylił jej głowę, co potraktowano jako zgodę. Przez całą ceremonię Henryk IV jako kalwinista stał z nakrytą głową. Już po zakończeniu uroczystości weselnych, w nocy z 23 na 24 sierpnia 1572, doszło do rzezi hugenockiej szlachty, przybyłej na ślub Małgorzaty i Henryka. Sam Henryk nie znalazł się na liście proskrypcyjnej; razem ze swoim bratem stryjecznym Henrykiem de Condé został zamknięty w gabinecie króla Karola IX.