Серед відомих випускників були дослідник Арктики Отто Шмідт, анатом і педагог Володимир Бец, мікробіолог, еколог і ґрунтознавець Сергій Виноградський, письменник і кіносценарист Лев Гольденвейзер, математик Олександр Кулішер, економіст Ісаак Левін, економіст і поет Павло Чубинський — автор слів національного гімну «Ще не вмерла Україна», історик-антикознавець Федір Мищенко, літератор і громадський діяч Максим Славинський, поет Семен Надсон, композитор Рейнгольд Глієр, художник Володимир Орловський, історик і педагог Микола Стороженко, філософ Густав Шпет, філолог і педагог Володимир Науменко, історики Дмитро Багалій та Никандр Молчановський, сходознавець і поет Агатангел Кримський (продовжив навчання в Колегії Павла Ґалаґана), інженер та вчений-гідродролог Микола Максимович, педагог та історик Олексій Андрієвський, історик та етнограф Микола Левченко, архітектор Василь Осьмак, історик і громадський діяч Лев Дейч, громадський діяч Іван Бохановський, хімік Олексій Бах, мовознавець Іван Шаровольський, учасники бою під Крутами Павло Кольченко та Микола Ганкевич, фізик Малиновський Андрій Едуардович.