Током рата у Босни и Херцеговини (1992-1995), Вођеница се налазила у саставу тадашње територије Републике Српске. Током септембра 1995. године у здруженој операцији хрватских и бошњачких снага под називом Маестрал, Босански Петровац долази под контролу 5. корпуса Армије БиХ, и Вођеница коју је прије тога напустило локално српско становништво бива спаљена и опљачкана.