Byl součástí mládežnického reprezentačního týmu ČR do 20 let, který na Mistrovství světa hráčů do 20 let 2007 konaného v Kanadě získal stříbrné medaile, když ve finále podlehl Argentině 1:2. Marek se zapsal do historie osmifinále proti Japonsku, které skončilo výsledkem 2:2 po prodloužení. V penaltovém rozstřelu svůj pokus proměnil, ČR jej zvládla poměrem 4:3 a postoupila do čtvrtfinále proti Španělsku. Penaltový rozstřel musel určit vítěze i v tomto utkání (1:1 po prodloužení), Marek byl neomylný i při této exekuci, která skončila opět 4:3 ve prospěch ČR. Jako jediný hráč z České republiky byl komisí FIFA vybrán do All stars U20.