Devenu ainsi Premier ministre, John Howard, chef du Parti libéral, le nomme vice-Premier ministre et ministre du Commerce extérieur. D'un physique « imposant », connu pour son chapeau Akubra, il s'exprime avec une légère trace de bégaiement, se passionne pour les chemins de fer des pays qu'il visite et est fréquemment décrit par les médias australiens comme étant un personnage « singulier ». En tant que ministre du Commerce extérieur, il promeut le développement des relations commerciales de l'Australie avec les États d'Asie, politique initiée par le gouvernement travailliste dans les années 1980. À cet effet, il se constitue « un réseau substantiel d'alliés et d'amis en Thaïlande, à Singapour et en Indonésie », et visite une soixantaine de pays en trois ans, contribuant à « ouvrir des marchés en Chine, en Inde et même en Iran ». En tant que vice-Premier ministre, après la tuerie de Port-Arthur en , il soutient la décision de John Howard d'introduire un contrôle strict et une restriction des armes à feu, bien que cette décision suscite l'opposition farouche de nombreux électeurs ruraux du Parti national. Sillonnant les zones rurales, il s'efforce d'en expliquer le mérite aux habitants de ces régions. Par sa décision de principe, il suscite un respect transpartisan à la Chambre des représentants, tandis que le gouvernement achète aux citoyens, et détruit, les quelque 700 000 armes à feu désormais interdites. Dans les années qui suivent, la Coalition est défiée sur sa droite par l'émergence du parti de droite populiste Une nation, fondé par Pauline Hanson. Tim Fischer s'oppose fermement au racisme qu'expriment des représentants de ce parti.