Com o colapso do comunismo, em 1989-1990, a Jugoslávia mergulhou numa onda de nacionalismo extremo, no quadro dum processo intencional externamente estimulado com vista ao desmembramento da Jugoslávia. Depois de a Croácia abandonar a federação, em 1991, os croatas bósnios e os eslavos muçulmanos aprovaram um referendo a favor da criação de uma república multinacional e independente. Mas os sérvios bósnios recusaram separar-se da Jugoslávia, que nessa altura se encontrava sob o domínio da Sérvia. Em 1992, a Bósnia-Herzegovina foi arrastada para uma guerra civil sangrenta e devastadora conhecida como a Guerra-Civil da Bósnia ( ou abreviando Guerra da Bósnia ), em que as populações acabaram por ser saneadas das regiões tomadas por cada nacionalidade. Em 1995 foi assinado o Acordo de Dayton e desde essa altura as forças da Organização das Nações Unidas encontram-se no território para garantir o cumprimento dos acordos de paz.