El 31 de mayo de 2010, Haneen Zoabi participó en la denominada Flotilla de la Libertad, una expedición de seis barcos que se dirigía a la Franja de Gaza con 10.000 toneladas de ayuda humanitaria y que fue asaltada por la Marina de Israel en aguas internacionales con resultado de diez cooperantes muertos. Zoabi iba a bordo del MV "Mavi Marmara," el más grande de los barcos y el único asaltado por los comandos israelíes, tras lo que fue arrestada e interrogada por las autoridades. En una rueda de prensa tras su liberación, Zoabi calificó el asalto de criminal y afirmó haber presenciado cómo dos pasajeros se desangraron hasta la muerte tras serle negada ayuda médica por parte de los israelíes. También declaróː "Estaba claro por las dimensiones de la fuerza con que el Ejército de Israel abordó el barco que el propósito no era detenerlo, sino causar el mayor número de bajas para impedir futuras iniciativas similares".