Elokuussa ja syyskuussa vuonna 1980 Banisadr selviytyi kahdesta helikopterionnettomuudesta Iranin ja Irakin välisellä rajaseudulla. Banisadr ja Khomeini riitautuivat samana vuonna toisinajattelijoiden surmaamisen vuoksi. Khomeinin mukaan Banisadr ei hoitanut kunnolla Iranin ja Irakin välistä sotaa ja Khomeini syrjäytti hänet puolustusvoimien komentajan paikalta.