Po návrate byzantskej delegácie domov boli vyhlásené výsledky rokovaní a reakcia odporcov únie na seba nenechala dlho čakať. Vodcom jej tábora sa stal efezský biskup Marek a hlasným odporcom boli hésychastickí mnísi. Odpor voči latiníkom bol obrovský a možno ho charakterizovať citátom, ktorý niektorí historici pripisovali poslednému byzantskému ministrovi Lukasovi Notaratovi: „"Radšej sultánsky turban, než kardinálsky klobúk."“ Podobne ostatné východné patriarcháty odmietli výsledky koncilu a hoci ruský metropolita Izidor dekrét o únii prijal, cár Vasiľ III. myšlienku zavrhol a Izodora zajal. Ruská cirkev sa následne na byzantskú začala pozerať skepticky a začali silnieť požiadavky o jej osamostatnenie - autokefalitu. Významní východní klerici, ktorí sa pôvodne priklonili k únii začali byť na Východe nepohodlní a hľadali uplatnenie na Západe. Kardinálmi sa tak stali napr. Bessarion, ktorý počas koncilu prečítal grécky text dekrétu, a kyjevský metropolita Izidor. Výsledkom koncilu bola reakcia Západu na požiadavky vojenského ťaženia proti Osmanom, ktorá však bola pomalá a nedostatočná. Iniciatívu prevzali najmä stredoeurópske krajiny Uhorsko a Poľsko. Všetky významné pokusy ale ukončila potupná porážka kresťanských síl pri Varne v roku 1444.