Weygand occupa il posto di ministro della Difesa nel governo di Vichy, per tre mesi (da giugno a settembre 1940). In seguito alla battaglia di Mers el Kébir in cui una parte della flotta francese è affondata dagli inglesi, si oppose a quelli che auspicavano un rovesciamento di alleanze ed uno schieramento a fianco dei tedeschi. Il 16 luglio, si oppose anche ai tedeschi che richiedevano delle basi aeree nel Marocco, l'utilizzazione dei porti del Nordafrica, così come l'uso della ferrovia Rabat-Tunisi o l'impiego della flotta mercantile francese.