Maldini gab am 31. März 1988 unter Azeglio Vicini beim 1:1-Unentschieden gegen Jugoslawien sein Debüt in der italienischen Nationalmannschaft. Bei der EM 1988 hatte er als jüngster Turnierteilnehmer vier Einsätze, schied aber mit den Azzuri im Halbfinale gegen die UdSSR aus. Er war von 1994 bis 2002 Kapitän seines Landes und mit 126 Länderspielen bis 2009, als ihn Fabio Cannavaro ablöste, Rekordnationalspieler Italiens.