ב-1 בינואר 1837 פקדה את הגליל רעידת אדמה קשה ביותר. רעידת האדמה גרמה להרס ניכר במצודה, ומאז היא לא שוקמה עוד. שרידי המצודה הופקרו לכל החפץ בהם, ותושבי צפת נטלו ממנה אבנים ועפר כדי לבנות את בתיהם. הבזיזה השיטתית העלימה שרידים אדריכליים ממאות שנות קיומה של המצודה. רעידת האדמה בשנת 1931 מוטטה שרידים רבים נוספים שעמדו עדיין על תילם.