Après la Restauration, Jacques fut nommé lord-grand-amiral et commanda la "Royal Navy" durant les deuxième (1665 – 1667) et troisième guerres anglo-néerlandaise (1672 – 1674). À la suite du raid sur la Medway de 1667, Jacques supervisa la modernisation des fortifications de la côte sud. La fonction de lord-grand-amiral, associée à ses revenus issus du service postal et des taxes sur les vins (accordés par au moment de la Restauration), donna à Jacques les moyens d'entretenir une large cour.