Un aplazamiento indefinido de la acción sobre Berlín Occidental era inaceptable para Jrushchov ya que por ninguna otra razón Alemania Oriental (RDA) estaba sufriendo una continua "fuga de cerebros" ya que los alemanes orientales con un alto nivel de educación estaban huyendo a Occidente a través de Berlín Occidental. Mientras que la frontera entre ambos Estados alemanes había sido fortificada en otros lugares, Berlín, administrada por las cuatro potencias aliadas, se mantuvo abierta. Envalentonado por las declaraciones del exembajador de los Estados Unidos en Moscú, Charles E. Bohlen y el presidente del Comité de Relaciones Exteriores del Senado de Estados Unidos J. William Fulbright acerca de que Alemania Oriental tenía todo el derecho a cerrar sus fronteras, algo que no fue desautorizado por la administración Kennedy, Jrushchov autorizó al líder de la RDA, Walter Ulbricht a iniciar la construcción de lo que sería conocido como el Muro de Berlín, que rodeaba a Berlín Occidental. Los preparativos de la construcción se hicieron en secreto, y la frontera fue cerrada en las primeras horas del domingo, 13 de agosto de 1961, cuando la mayoría de los trabajadores de la capital de la RDA, Berlín Oriental, quienes ganaban divisas por trabajar en el oeste de Berlín, estaban en sus casas. El muro fue un desastre propagandístico y marcó el fin de los intentos de Jrushchov por concluir un tratado de paz entre las cuatro potencias y los dos Estados alemanes. Este tratado no sería firmado hasta septiembre de 1990, como preludio inmediato a la reunificación alemana.