La cattedrale originale fu gravemente danneggiata nel Grande terremoto del Kantō del settembre 1923. Il campanile principale cadde sulla cupola, facendolo crollare, causando così gravi danni alla Cattedrale. La ricostruzione divenne un compito importante per l'allora arcivescovo Sergius (Tikhomirov), che successe a San Nicola dopo la sua morte nel 1912. Poiché la Russia non era più una fonte di finanziamento, l'arcivescovo Sergius dovette cercare finanziamenti in Giappone . Una notevole quantità di fondi è stata ottenuta da numerosi concerti del coro della cattedrale, guidato da Victor A. Pokrovsky. La Cattedrale ricostruita fu ri-consacrata il 15 dicembre 1929, con un campanile più corto, una cupola modificata e un interno meno decorato, secondo il progetto di Okada Shinichiro.