Úspěch čtvrté křížové výpravy způsobil rozpad Byzantské říše na řadu malých států a zároveň byl vodou na mlýn muslimským a kočovným národům. Chersonésos, stejně jako jiné regiony zaniklé Byzantské říše, ovládlo Trapezuntské císařství. To vše mělo velmi neblahé důsledky pro Chersonésos. V 1. polovině 13. století ovládali Černé moře Turci, kteří si podmanili veškerý obchod. Roku 1223 podnikla svůj první nájezd na Krym vojska Číngischánovy Mongolské říše a zároveň jižní břeh poloostrova napadli Turci. V roce 1299 jižní a jihozápadní Krym vyplenila vojska tatarského chána Nogaje. Neobstál před ním ani Chersonésos. V 2. polovině 13. století se obchodní cesty posunuly více na východ poloostrova, kde Janované založili opevněné faktorie Kafu (dnes na území Feodosie), Soldaja (dnes Sudak) a poblíž Chersonésu Čembalo (dnes Balaklava).