Während des Französisch-Russischen Krieges 1812 übernahm Heim die schwere Aufgabe, die MGU aus Moskau zu evakuieren. Besondere Schwierigkeiten bereiteten die unsinnigen Anweisungen des Kurators Pawel Iwanowitsch Golenischtschew-Kutusow und die mangelnde Unterstützung durch den Moskauer Generalgouverneur Fjodor Wassiljewitsch Rostoptschin. Immerhin gelang es ihm nach dem Abtransport der wertvollsten Sammlungen und Geräte der MGU, Pferde zu beschaffen, um mit den Professoren und Studenten 10 Stunden vor dem Einzug der Grande Armée Moskau verlassen zu können. Nach 18 Tagen ohne Geld und Vorräte erreichte der MGU-Treck Nischni Nowgorod, wo sie im Gouvernementsgymnasium unterkommen konnten. Unmittelbar nach dem Abzug der Grande Armée schickte Heim den Kandidaten der MGU Tit Alexejewitsch Kamenezki nach Moskau, um die momentanen Probleme zu bewältigen. Ende 1812 leitete Heim selbst die Interimskommission zur Regelung der Universitätsangelegenheiten und schonte nicht die Kräfte für die Wiederherstellung der Universität. Als er von der Rettung seiner persönlichen Bibliothek vor dem Brand erfahren hatte, übergab er sie der Universität, wo sie der Grundstock für eine neue Büchersammlung war.