Von Kothen valmistui vuonna 1822 ylioppilaaksi ja opiskeli lakitiedettä Turun akatemiassa, kunnes siirtyi vuonna 1826 Venäjän armeijan palvelukseen. Hänet määrättiin aliupseerina Henkikaartin Moskovan-rykmenttiin, missä hän sai 1827 alivänrikin, 1828 vänrikin, 1831 aliluutnantin ja 1833 luutnantin arvon. Hän osallistui kaartin mukana Turkin sotaan vuonna 1828 ja Puolan kapinan kukistamiseen vuonna 1831. Hyvien suhteiden avulla von Kothen eteni nuoresta iästään huolimatta urallaan nopeasti, mikä herätti myös kateutta. Vuonna 1833 Suomen kenraalikuvernööri Aleksandr Menšikov nimitti hänet adjutantikseen. Vuonna 1840 von Kothen hoiti Ruotsi-Norjan kanssa käytyjä neuvotteluja lappalaisten poronhoito- ja kalastusoikeuksista. Hän sai vuonna 1837 alikapteenin ja vuonna 1840 kapteenin sekä everstiluutnantin arvon, ja hänet siirrettiin 1840 Suomen kaartin upseeriluetteloihin. Von Kothen oli kenraalikuvernöörin kanslian vt. päällikkönä vuosina 1840–1843 ja vakinaisena päällikkönä 1843–1844. Vuonna 1843 hän sai myös eron armeijasta ja kollegineuvoksen arvonimen.