Tras la Conquista de Navarra por parte de la Corona de Castilla se produce un aumento de la población de Ujué. El Cardenal Cisneros dio orden de derribo de la fortaleza, orden que no se cumplió en cuanto a la iglesia con sus dos torres almenadas y la casa parroquial o palacio de Carlos II. Son lo único que se conserva en la actualidad tal y como estaban antes de la conquista. El resto de edificaciones sí que quedaron desmochadas.