Suomen sodan puhjetessa talvella 1808 Ehrnrooth toimi Savon jalkaväkirykmentissä pataljoonankomentajana. Savon prikaatin perääntyessä pohjoiseen sekä myöhemmin edetessä takaisin hän osallistui muun muassa Jynkän, Leppävirran, Revonlahden, Lapuan, Alavuden, Ruonan ja Vähänkyrön taisteluihin. Alavuden taistelussa hänen joukkonsa valtasivat pääosan venäläisten kuormastoa. Merkittävin Ehrnroothin panos oli kuitenkin Oravaisten taistelussa 14. syyskuuta 1808, jossa hänen taitavat liikkeensä pelastivat Länsipohjan rykmentin joutumasta vihollisen saartamaksi. Hän haavoittui tässä taistelussa ja joutui jäämään joksikin aikaa syrjään sotatoimista. Kuningas myönsi hänelle Miekkaritarikunnan suurristin erityisesti Oravaisilla osoitetuista ansioista. Talvella 1809 Ehrnrooth komensi Ruotsin armeijan etuvartiojoukkoja Tornionjokilaakson Kaakamajoella. Taisteluissa Merenkurkun yli Ruotsin puolelle edenneitä Mihail Barclay de Tollyn komentamia venäläisjoukkoja vastaan Ehrnrooth onnistui viivyttämään vihollisen etenemistä yhdellä päivällä.