Eingesetzt wurden die Maschinen ab November 1942 bei der &lt;a href="Transportgeschwader%205"&gt;I./KG z. b. V. (zur besonderen Verwendung) 323&lt;/a&gt; im Mittelmeerraum zum Nachschubtransport für die in Nordafrika kämpfenden deutschen und italienischen Truppen. Das geschah häufig in größeren Gruppen von bis zu 100 Maschinen (zusammen mit &lt;a href="Junkers%20Ju%2052/3m"&gt;Ju 52/3m&lt;/a&gt;), die von Bf 110 begleitet wurden. Da die alliierten Luftstreitkräfte in diesem Gebiet im Laufe der Monate die Luftüberlegenheit errangen, kam es zu teilweise schweren Verlusten. So wurden allein am 22. April 1943 14 Me 323 eines Betriebsstofftransports bei Cap Bon abgeschossen.