Après la fondation de la République de Chine en 1912, Kinmen est intégrée à la province de Fukien mais gagne en autonomie en 1915 avec la création du comté de Kinmen. L’île est occupée par l’armée impériale japonaise entre 1937 et 1945, pendant la seconde guerre sino-japonaise. Après la proclamation de la République populaire de Chine en 1949, les communistes et les nationalistes revendiquent tous deux la souveraineté sur Kinmen. En , la tentative avortée de débarquement sur Kinmen par l’armée populaire de libération, mise en échec lors de la , empêche les communistes de venir définitivement à bout des nationalistes : Kinmen toujours contrôlée par la République de Chine empêche la République populaire de débarquer sur l’île de Taïwan. Durant la première et la seconde crise du détroit de Taïwan, en 1954-55 et 1958, l’armée populaire de libération bombarde Kinmen, sans parvenir à s’en emparer. Elle fut au centre de dissensions majeures aux États-Unis entre Kennedy et Nixon dans les années 1950. Les États-Unis iront jusqu’à menacer la République populaire de Chine d'utiliser l'arme nucléaire si elle s'attaquait à cette île.