Začátkem 9. století se Pernik stal součástí Bulharské říše jako vojenská pevnost. Název Pernik se pravděpodobně skládá ze jména slovanského boha Peruna a přípony -nik (nebo -ik) a je poprvé zmíněno právě v 9. století. Středověké město bylo během válek mezi bulharským carem Samuelem a Byzantskou říší v 11. století významnou pevností. V té době bylo kontrolováno zdejším šlechticem Krakrou Pernickým, který odrazil mnoho byzantských obléhání. Město si udrželo svoje postavení až do roku 1396, kdy se stalo součástí Osmanské říše. Kvůli ztrátě vojenského významu přestalo město být i správní centrem. Na druhé straně nepřítomnost Turků v oblasti umožnila obyvatelům udržovat blahobyt, zejména proto, že v prvních stoletích osmanské nadvlády mělo statut vojnuků a bylo tak osvobozeno od některých daní. V souvislosti s tím se zejména rozvinulo pastevectví. Podle českého historika Konstantina Jirečka zde během velké turecké války v roce 1690 hrabě Schenkendorf zrekvíroval přes 7 000 kusů dobytka. Tato katastrofa nesmírně postihla místní hospodářství. V suvislosti s plánováním železnice zde v roce 1869 rakouský geolog Ferdinand Hochsteter objevil ložisko uhlí. Poprvé ho využila italská komise, která v roce 1873 vyměřovala trasu železnice Sofie-Kjustendil.