Flanagan is een verdedigster gespecialiseerd in de strafcorner. Op 18-jarige leeftijd debuteerde ze in de Australische hockeyploeg in een vriendschappelijke wedstrijd tegen Zuid-Korea. Ze maakte deel uit van de selectie die deelnam aan de Olympische Spelen van 2012 waar de vijfde plaats werd behaald. Ze speelde mee op het WK hockey 2014 in Den Haag. In de finale werd verloren met 2-0 van Nederland. In hetzelfde jaar speelde ze ook in de Champions Trophy-finale tegen Argentinië. Ook deze werd verloren, met 3-1 via shoot-outs nadat de reguliere wedstrijd in 1-1 eindigde.