Damals war Mattocks Mitglied der Demokratisch-Republikanischen Partei. Zwischen 1807 und 1824 war er mehrfach mit einigen Unterbrechungen Abgeordneter im Repräsentantenhaus von Vermont. Während des Britisch-Amerikanischen Kriegs von 1812 war Mattocks Brigadegeneral der Miliz. Bei den Wahlen des Jahres 1820 wurde er erstmals in den Kongress gewählt. Dort absolvierte er zwischen dem 4. März 1821 und dem 3. März 1823 eine Legislaturperiode. Im Jahr 1824 kehrte er nach einer zweijährigen Unterbrechung in den Kongress zurück. In seiner zweiten Amtsperiode zwischen März 1825 und März 1827 war er Vorsitzender des Ausschusses zur Kontrolle der Ausgaben des Kriegsministeriums. Von 1833 bis 1834 fungierte John Mattocks als Richter am Vermont Supreme Court. Im Jahr 1836 war er Mitglied einer Konferenz zur Überarbeitung der Staatsverfassung.