Alle 21-vuotiaiden maajoukkueessa Arajuuri debytoi 19-vuotiaana 3. kesäkuuta 2008 Jyväskylässä pelatussa maaottelussa Suomi–Puola. Arajuuri kuului Suomen vakiomiehistöön vuoden 2011 alle 21-vuotiaiden EM-kisojen karsintaotteluissa. Arajuuri pelasi yhteensä 12 nuorten maaottelua.