En marzo de 1829 intentó regresar nuevamente a Buenos Aires, al saber que había vuelto a estallar la guerra civil. Permaneció a bordo de incógnito, aunque fue descubierto. Su antiguo subordinado, el general Juan Lavalle, había derrocado y fusilado al gobernador Manuel Dorrego, pero ante la imposibilidad de vencer en la contienda, ofreció a San Martín la gobernación de la provincia de Buenos Aires, pero este juzgó que la situación a que había llevado el enfrentamiento solamente se resolvería por la destrucción de uno de los dos partidos. Respondió a Lavalle que: «El general San Martín jamás desenvainará su espada para combatir a sus paisanos».