Arrière-arrière-petit-fils du roi Frédéric-Guillaume III de Prusse et de la célèbre reine Louise, le prince Frédéric-Charles est le fils de Frédéric-Léopold de Prusse et de son épouse Louise-Sophie de Schleswig-Holstein-Sonderbourg-Augustenbourg. Troisième des quatre enfants du couple princier, il porte le prénom de son grand-père le prince Frédéric-Charles de Prusse qui fut un héros des guerres que mena la Prusse de 1864 à 1871 contre le Danemark, l'Autriche puis la France et se distingua notamment lors de la Bataille de Saint-Privat. Cependant le jeune prince n'a pas connu ce grand-père héroïque décédé avant sa naissance en 1885.