El 23 de abril de 2019, Céspedes fue convocado a la Selección Sub-17 de Costa Rica del técnico Cristian Salomón, para disputar el Campeonato de la Concacaf de la categoría. Sergio fue suplente al comienzo de la fase de grupos contra Panamá (2-2), Curazao (0-3) y pudo ser titular en el último duelo ante Surinam (0-6). El 9 de mayo su selección venció a Nicaragua por 2-1 en los octavos de final, pero tres días después cayó en penales frente a Canadá, por lo que se quedó sin la oportunidad de asistir al Mundial de Brasil de ese año.