No entanto, grandes revisões foram feitas em sua classificação. Uma análise de sequências de genes foi realizada em 1996, o que o colocou no grupo Stramenopiles. Outros Stramenopiles incluem algas marrons, míldio, diatomáceas, o organismo que causou a Grande Fome da Irlanda e o organismo responsável pela doença da morte súbita do carvalho . No entanto, a posição de "Blastocystis" dentro dos estramenópilos permanece enigmática.