Zurück in Japan, avancierte Mori in den folgenden beiden Jahrzehnten zum Generaloberarzt des Heeres. Zu Beginn des Japanisch-Chinesischen Krieges (1894–1895) war er in der Mandschurei, im Folgejahr in Taiwan eingesetzt. Seit 1899 diente er in Kokura auf Kyūshū, 1902 wurde er nach Tokio versetzt.