В трудные годы Борьбы за Македонию начала XX века, Емилиан оказывал сопротивление попыткам турецких властей насадить священников Болгарской экзархии в греческих церквях. Получил известность эпизод, когда Емилиан с паствой закрылся в церкви села Клабутиста, препятствуя передаче церкви болгарской экзархии и отвечая окружившим церковь турецким жандармам что только мёртвым его выведут из церкви.