Во время Второй мировой войны, в 1943 году, часть скамей и орган Адальберткирхе были повреждены в результате попадания в здания зажигательной бомбой — мессы пришлось перенести в других помещения; только в день Пятидесятницы 1944 года службы вернулись в здание. В 1945 году в здание попала вторая бомба и храм стал полностью непригоден для использования. В то же время, по сравнению с другими берлинскими церквями, храм не получил значительных повреждений — в связи с тем, что был малозаметен в плотной застройке окружающего его жилого района. После взятия Красной армией Берлина церковь использовалась в качестве конюшни. Церковная утварь и некоторые ценности были заблаговременно спрятаны или зарыты прихожанами. Между 1946 и 1948 годами церковь была отремонтирована; следующий ремонт состоялся к конце 1980-х годов.