Sakakini guidò un movimento di riforma volto a cambiare la Chiesa greco-ortodossa di Gerusalemme, iniziativa per la quale nel 1913 scrisse un opuscolo intitolato "Il Rinascimento ortodosso in Palestina", che portò alla sua scomunica dalla Chiesa. Le autorità ottomane lo arrestarono l'ultimo giorno del dominio ottomano a Gerusalemme nel 1917, dopo aver dato rifugio ad un concittadino gerosolimitano di origine statunitense. Dopo il rilascio, Sakakini si unì alla Rivolta araba, per la quale compose un inno.