Bald nach dem Fall von Fort Sumter wurde er Kapitän im 8. US-Infanterie-Regiment und am 29. Oktober 1861 zum Oberst im 41. Ohio-Infanterieregiment befördert. Ab Januar 1862 kommandierte er unter Generalmajor Don Carlos Buell eine Brigade in der Army of Ohio. Er kämpfte mit seinen Truppen in der Schlacht von Shiloh, wo Buells Armee am zweiten Tag (7. April 1862) eintraf, um den Sieg der Union zu erreichen. Im Herbst 1862 kämpfte Hazen in der Schlacht von Perryville. Seine Brigade wurde unter Generalmajor William Starke Rosecrans im Verband des XIV. Corps (später Army of Cumberland) reorganisiert. Hazen wichtigstes Engagement im Krieg erfolgte 31. Dezember 1862 in der Schlacht am Stones River gegen die Streitkräfte der Konföderierten unter General Braxton Bragg. Als die gesamte Front von Rosecrans bereits 5 km zum Stones River zurückgedrängt war, hielt nur Hazens Brigade auf einem Gelände stand, dass später als „Hell's Half-Acre“ verklärt wurde. Hazen wurde bei der Verteidigung im 'Round Forest' an der Schulter verwundet und für seine Tapferkeit zum Brigadegeneral befördert. Von seinen Veteranen wurde auf dem kleinen Unionsfriedhof nahe dem Kampfgelände ein Monument errichtet, das für das erste Denkmal des Bürgerkrieges gilt.