Em 1959, seguindo os passos de quatro irmãos mais velhos, ingressou na Faculdade de Direito da Universidade de São Paulo. Em seu ano de calouro, envolveu-se com a política estudantil ao tornar-se o segundo-tesoureiro do Centro Acadêmico (CA) XI de Agosto. No ano de 1962, concorreu à presidência do CA, mas foi derrotado por uma diferença de 82 votos. Um ano depois, graduou-se em direito pela USP. Temer manteve-se neutro diante do golpe de 1964, e, com o início da ditadura, afastou-se do movimento estudantil. Mais tarde, em relação ao seus anos como estudante na USP, declarou: "Confesso que durante a faculdade fiz muita política universitária, então embora estudasse, sobrava pouco tempo para estudar para não ser reprovado."