Dopo il suo rilascio nel 1759 venne promosso capitano della "HMS Eurus" (20 cannoni) e prese parte alla presa di Quebec. Nel 1761 ottenne il comando della "HMS Richmond" sino alla sua cattura e successiva distruzione da parte della nave francese "Félicité" presso Scheveningen. Sul finire di quello stesso anno Elphinstone catturò due navi di pirati francesi. Nel 1762 la "Richmond" salpò verso le Indie Occidentali ed Elphinstone venne incaricato dei trasporti di servizio durante l'assedio dell'Avana. Nell'operazione catturò la nave spagnola "Infanta" (70 cannoni).