Javi García war während seine Juniorenzeit fester Bestandteil diverser spanischer Nachwuchsnationalmannschaften. Seinen größten Erfolg feierte er durch den Sieg bei der U-19-Fußball-Europameisterschaft 2006. Darüber hinaus erreichte er mit seinem Team das Finale bei der U-17-WM 2003 sowie der U-17-EM 2004, wo die Spanier jeweils an Brasilien bzw. Frankreich scheiterten. Mit den Iberern nahm er auch an den Endrunden der U-20-WM 2007 und der U-21-EM 2009 teil.