W 1940 dowodził wojskami niemieckimi w Danii, Norwegii i Francji. 19 lipca 1940 został awansowany do stopnia feldmarszałka i otrzymał zadanie przeprowadzenia ataku na ZSRR. W 1941 dowodził działaniami Wehrmachtu na Bałkanach i atakiem na Związek Radziecki. Brauchitsch został obarczony przez Adolfa Hitlera winą za niepowodzenia pod Moskwą i 19 grudnia 1941 r. zdymisjonowany. W latach 1942-1945 mieszkał głównie w zameczku myśliwskim Tři Trubky na poligonie Brdy koło Przybramia (czes. Příbram).