4 sierpnia 1941 Anders został zwolniony z więzienia po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej i podpisaniu układu Sikorski-Majski. Wsiewołod Mierkułow uważał, że z Andersem jako byłym oficerem armii rosyjskiej "rozprawić się nie będzie trudno". W tym czasie Anders był zdecydowanym zwolennikiem porozumienia między rządem RP na uchodźstwie a ZSRR (w liście do generała Sikorskiego pisał o akcji sprzeciwu kierowanej przez generała Sosnkowskiego: „Podobna akcja dziś graniczy bodaj ze zdradą.”). 10 sierpnia 1941 otrzymał nominację na stanowisko dowódcy Armii Polskiej w ZSRS. 11 sierpnia 1941 został awansowany do stopnia generała dywizji. W porozumieniu z władzami radzieckimi próbował przerzucać do okupowanego przez Niemców kraju podległych mu oficerów (np. ppłk Józefa Spychalskiego i ppor. Antoniego Iglewskiego), co spowodowało stanowczy zakaz ze strony gen. Sikorskiego podejmowania przez Andersa jakichkolwiek działań zmierzających do nawiązania kontaktów z podziemiem w kraju i prób kierowania nim. Wobec postawy władz radzieckich, które zmniejszyły ilość racji żywnościowych dla Armii Polskiej niemal o dwie trzecie, Anders uważał, że należy szybko ewakuować żołnierzy polskich z ZSRS i postawił Naczelnego Wodza gen. Sikorskiego przed faktami dokonanymi. Ewakuację części oddziałów ustalił podczas bezpośredniej rozmowy ze Stalinem w marcu 1942 roku bez wiedzy Sikorskiego.