נבחרת יפן ערכה את הופעת הבכורה שלה בגביע העולמי בשנת 1998. יפן הוגרלה לבית ח' של הטורניר יחד עם נבחרות , ו, אולם הפסידה בכל משחקיה והודחה מהטורניר. בשנת 1999 הוזמנה יפן להשתתף בקופה אמריקה, ובכך הפכה לנבחרת הראשונה והיחידה עד כה מחוץ ליבשת אמריקה שמשתתפת בטורניר. שנה מאוחר יותר, זכתה יפן בגביע אסיה לאחר ניצחון בתולדה 1-0 על . בשנת 2001 הגיעה יפן לגמר גביע הקונפדרציות בו הפסידה בתוצאה 1-0 ל.