Après la fin de la guerre civile éthiopienne, Fikre Selassie était l'un des 46 anciens dirigeants du PDRE qui ont été jugés en personne à partir du 19 avril 1996 pour meurtre, génocide et crimes contre l'humanité par la république fédérale démocratique d'Ethiopie ; 22 autres personnes, y compris Mengistu en exil, ont été accusées par contumace lors du même procès. Le procès s'est terminé le 26 mai 2008 et Fikre Selassie Wogderess a été condamné à mort. En décembre 2010, le gouvernement éthiopien a commué la peine de mort prononcée contre Fikre Selassie et 23 autres responsables du Derg. Le 4 octobre 2011, il est libéré avec 16 autres de ses anciens collègues après vingt ans d'incarcération. Le gouvernement éthiopien a libéré presque tous les fonctionnaires du Derg emprisonnés pendant 20 ans.