En 2011, il est à nouveau appelé au poste de sélectionneur, afin de succéder à Jo Tong-sop. Il démarre ce second mandat alors que la Corée du Nord vient de participer à la phase finale de la Coupe d'Asie des nations 2011, achevée prématurément dès le premier tour. La première mission assignée au technicien par la fédération est de remporter l'AFC Challenge Cup 2012, afin d'assurer la participation des "Chollimas" à la prochaine Coupe d'Asie des nations, organisée en Australie en 2015. Yun relève le défi puisque ses hommes gagnent la compétition, réservée aux équipes dites "en développement", après avoir notamment battu la Palestine en demi-finale puis le Turkménistan en finale, à Katmandou au Népal. Son mandat s'achève en , à la suite de sa suspension pour un an, décidée par l'AFC, après un comportement anti-sportif lors de la finale du tournoi de football des Jeux asiatiques. La fédération rappelle Jo Tong-sop sur le banc nord-coréen pour prendre sa place.