Der Beginn des Zweiten Weltkriegs führte nur zu einer kurzen Unterbrechung des Fährdiensts. Dies machte es den Truppen der Wehrmacht beim Überfall auf Dänemark leicht, mit der fahrplanmäßig am frühen Morgen des 9. April 1940 eintreffenden "Mecklenburg" und der bald danach folgenden "Schwerin" Invasionstruppen in Gedser anzulanden und den Hafen zu besetzen. Dabei fiel die "Danmark" in deutsche Hand. Sie brachte in der Folge, ebenso wie die beiden deutschen Fährschiffe "Schwerin" und "Mecklenburg" und die in Kopenhagen erbeutete "Prins Christian", im Pendelverkehr weitere Truppen von Warnemünde nach Gedser. Auch nach der Besetzung Dänemarks wurde die Fährverbindung zwischen Warnemünde und Gedser (einschließlich Personenzüge) weiterhin betrieben, wobei allerdings militärische Verschiffungen Vorrang hatten.