Први наступ у репрезентацији СР Југославије је имао у пријатељском мечу против Кине, у мају 2000. године, у коме је и постигао гол. Селектор Вујадин Бошков је уврстио Кежмана у тим за Европско првенство у фудбалу 2000. у Белгији и Холандији, али је у јединој утакмици коју је одиграо против Норвешке добио црвени картон након тридесетак секунди игре због старта над Ериком Микландом.