ভারত-পাকিস্তান যুদ্ধ ১৯৬৫-তে আফজাল নৌবাহিনী প্রধান ছিলেন এবং তিনি ভারতীয় নৌবাহিনীর বিরুদ্ধে নৌযুদ্ধ পরিকল্পনা প্রণয়ন করেছিলেন যার ফলশ্রুতিতে ভারতীয় নৌবাহিনীর অনেক ক্ষতি হয়েছিলো; যুদ্ধের পর তিনি রাষ্ট্রপতি আইয়ুব খানের কাছ থেকে হিলাল-এ-জুরাত পদক প্রাপ্ত হয়েছিলেন। পাকিস্তান নৌবাহিনীর ইতিহাসে আফজাল ছিলেন সবচেয়ে বেশি মেয়াদে থাকা নৌবাহিনী প্রধান, তিনি ১৯৬৬ সালের ২০শে অক্টোবর অ্যাডমিরাল সৈয়দ মোহাম্মদ আহসানের কাছে নৌবাহিনীর শীর্ষ ক্ষমতা হস্তান্তর করেন এবং নৌবাহিনী থেকে অবসর গ্রহণ করেন। এরপর তিনি আইয়ুব প্রশাসনের বেসামরিক দায়িত্বে নিয়োজিত হন এবং '৬৯ সালে জেনারেল ইয়াহিয়া খানের সামরিক আইন জারির পর সরকারি দায়িত্ব থেকে অব্যাহতি প্রাপ্ত হন।