Stílusához egyébként sokkal jobban illett a portugál bajnokság, egyre jobb formában játszott, amire jó példa volt a 2000-es Európa-bajnokság is. A tornán ugyan hiába futballozott és küzdött kiválóan társaival együtt, a csoportból sem jutottak tovább, de azért vigaszképpen lőtt egy gólt a későbbi győztes franciáknak - ennek ellenére óriási csalódásként élték meg hazájában, hogy sem akkor nem voltak képesek maradandót alkotni, sem az angliai remeklést követő két világbajnokságra nem tudták kvalifikálni magukat. Pechjére hiába volt sok remek, sőt, klasszisnak mondható társa Lisszabonban hiába volt kiváló edzőjük a német Jupp Heynckes személyében, a sikerek messze elkerülték őket. A portugálok egyébként anyagilag sem álltak akkoriban szilárd lábakon, Poborsky árát például csak nagysokára, többszöri felszólítás után fizették ki az angoloknak, pedig elégedettek lehettek a szezonok végén egyszer ezüstérmet, kétszer bronzérmet ünnepelő sztárral, akit 1999-ben a drukkerek a klub legjobbjának választottak meg.