Depuis le sacre de 1992, le RCT semble porté par une nouvelle génération très talentueuse, à l'image des futurs internationaux Christophe Dominici et Michel Périé (tous deux d'origine varoise), Marc de Rougemont et Yann Delaigue. Pourtant, à partir de la saison 1996-1997, le club connaît toutes sortes de difficultés. En début de saison, on découvre un déficit de de francs. Le RCT évite de justesse la relégation en battant le Racing Club de France le . Les saisons 1997-1998 et 1998-1999 voient le malaise s'aggraver. À l'intersaison 1998, une douzaine de joueurs de l'équipe première quittent le club. Le virage du professionnalisme est difficilement pris par les dirigeants. Le , une SAOS (société anonyme à objet sportif) est créée pour gérer la section professionnelle. Durant la saison 1998-1999, le RCT réalise un exploit en infligeant à Brive l'unique défaite à domicile de sa saison régulière (40-35). En phase qualificative, il termine à égalité de points avec Grenoble, qui n'a pris aucun carton rouge durant la saison : c'est Grenoble qui est qualifié pour les quarts de finale.