4 января 2002 в товарищеском матче против сборной Бахрейна Хейккинен дебютировал за сборную Финляндии. Он был одним из лучших опорных полузащитников Финляндии. В 2010 году после того, как Ханну Тихинен завершил карьеру, Маркус был переведен на позицию центрального защитника. Хейккинен принимал участие отборочных компаниях к чемпионатам Мира 2006, 2010 и чемпионатам Европы 2008 и 2012. В 2011 году завершил карьеру в национальной команде.