Im Frühjahr 1941 erlitt die Gruppe große Verluste. Nach der Verhaftung von Balabán im April 1941 gelang es der Gestapo, auch Mašín auszuschalten. Am 13. Mai 1941 trafen sich Mašín, Morávek und der Funker der Gruppe František Peltán in einer konspirativen Wohnung in Prag, um mit ihrem Kurzwellensender die Verbindung mit der Exilregierung in London aufzunehmen. Ein Gestapo-Kommando überfiel die Wohnung. Während sich Morávek und Peltán aus dem Fenster im dritten Stockwerk retten konnten, wurde Mašín durch einen Schuss verletzt und verhaftet. Im Prager Gefängnis Pankrác war er mehrere Monate lang harten Verhören und Folter ausgesetzt. Die Exilregierung in London versuchte, ihn gegen einen gefangenen Kapitän eines deutschen U-Bootes auszutauschen, doch dies wurde durch die deutschen Stellen abgelehnt. Nach dem Attentat auf Reinhard Heydrich im Mai 1942 wurde Mašín durch ein Standgericht am 30. Juni 1942 zum Tode verurteilt und noch am selben Abend hingerichtet.