Po pádu Konstantinopole do rukou křižáků roku 1204 systém pronií dále pokračoval na území Nikájského císařství, kde vládli císaři v exilu. Jeden z nikájských císařů Jan III. Dukas Vatatzes přišel s novinkou: začal udělovat pronie i šlechtičnám a církvi, což dříve běžné nebylo. Po znovudobytí Konstantinopole císařem Michaelem VIII. Palaiologem se pronie stala dědičnou, čímž přiblížila byzantský správní systém evropským feudálním státům. Zároveň systém pronií revidoval, aby tak lépe odpovídaly současné situaci, protože Byzantská říše na rozdíl od 11. století ztratila značné množství území i příjmů. Za dynastie Palaiologů mohli být proniariové lépe organizováni do vojenských jednotek v případě, že císař potřeboval jejich službu. Císař také mohl z jakéhokoliv důvodu pronii odejmout. Například Andronikos II. využil peníze od proniariů na financování vojenských výprav proti Bulharům, ale nežádal od nich vojenskou službu. V této době také mohli proniariové přilákat potenciální stoupence tím, že jim pronie sami dali. Nábor pronoiariů pomohl sjednotit po roce 1261 zbytky Byzantské říše, avšak tentokrát mohl císař postavit pouze několik tisíc vojáků. Přestože si tito vojáci platili za sebe sami, nemohli si již císaři dovolit dostatečně silnou armádu či námořnictvo na ochranu říše. Zchudlé císařství mělo pouze malé daňové výnosy a proniariové začali vybírat od rolníků dávky, čímž se vrátili k původnímu systému themat. Byzantská říše dále ztrácela území ve prospěch Osmanské říše a nakonec roku 1453 padla i Konstantinopol. Systém pronií však pod změněnými názvy přežil zánik říše a existoval dále v říši Osmanské a Ruském carství až do novověku.