El 18 de enero de 1942, Malinovski y el Frente Suroeste, bajo el mando del mariscal Semión Timoshenko, lanzaron un ataque conjunto en la Segunda batalla de Járkov, haciendo retroceder a los alemanes 100 kilómetros aunque Timoshenko sobreestimó la habilidad del Ejército Rojo para la guerra ofensiva y sufrió una dura derrota. A pesar de que Stalin, a pesar de la oposición de sus altos consejeros militares, apoyó la funesta ofensiva de Járkov, sospechó que Malinovski había hecho fallar intencionadamente a sus tropas (temía que hubiera establecido y mantenido conexiones con intereses extranjeros durante su estancia durante la Primera Guerra Mundial en Francia). En julio de 1942, el Frente Sur fue puesto fuera de combate, sus unidades y personal transferidos al Frente del Cáucaso Norte como Grupo Operacional del Don bajo el mando de Malinovski (que además fue nombrado vice-comandante del Frente). Stalin le ordenó a Malinovski detener el avance del Grupo de Ejércitos A de la Wehrmacht hacia Rostov del Don y los vitales campos petrolíferos del Caucaso; los alemanes tenían superioridad numérica y doblaban la capacidad técnica de Malinovski, consiguiendo penetrar sus débiles defensas. Como consecuencia, la Stavka disolvió el Grupo Operacional del Don en septiembre.