Di saat KOMPAK sering berfungsi sebagai agen lokal JI, kepemimpinan mencerminkan perbedaan strategi jangka panjang dalam melancarkan jihad serta ketidaksabaran jangka pendek. Fatwa Al-Qaeda pada tahun 1998 mengenai serangan terhadap sasaran-sasaran Barat diambil oleh para pengikut Riduan Isamuddin, termasuk mereka yang terlibat dalam bom Bali tahun 2002 dan pengeboman Hotel Marriott tahun 2003. Peristiwa profil tinggi ini dilihat oleh mayoritas jihadis Indonesia sebagai sebuah kesalahan bagi wilayah tersebut, yang merongrong tujuan membangun negara fundamentalis melalui konversi agama.