Тем не менее, противостояние между консерваторами и либералами продолжалось. 8 апреля 1859 года Конгресс принял закон, в соответствии с которым президент получил право смещать губернаторов штатов и назначать их по своему выбору. Закон от 10 мая 1859 года дал президенту право создавать в штатах Административные департаменты, контролирующие расходование ресурсов штатов. Либералы объявили эти законы неконституционными, и в 1860 году разразилась гражданская война, которая завершилась в 1862 году, когда видный либерал, экс-президент Новой Гранады генерал Томас Сиприано де Москера арестовал президента конфедерации, объявил президентом себя, перенёс столицу в Боготу и назначил временное правительство. В 1863 году были образованы Соединённые Штаты Колумбии.