En , il embarque vers la Terre sainte avec son beau-père, , pour une croisade. Le , avant de partir, il nomme son frère Henri vice-roi de Navarre, et s'embarque depuis Marseille avec son épouse, Isabelle de France, le . Cette croisade prend un tour funeste quand le roi de France trouve la mort à Tunis le . Thibaud de Navarre et Charles d'Anjou continuent le combat entre et , mais rembarquent le vers Trapani en Sicile, qu'ils rejoignent le . Thibaud y meurt au bout de deux semaines, après avoir contracté la peste, avant même d'avoir atteint la péninsule Ibérique. Il est alors impossible de rentrer par la mer. Le nouveau roi, fait ramener sa dépouille en France avec celle de son père , mort à Tunis le , et celle de son frère Jean Tristan de France mort le , également de la dysenterie. Le convoi remonte la Calabre. Mais l'épouse de , Isabelle d'Aragon, meurt quatre mois plus tard, le , blessée dans une chute de cheval, dans le sud de l'Italie, dans la vallée de Crati. Elle était enceinte de de son et faisait partie de la délégation de retour de la . Le frère de Thibaud, Henri, lui succède au titre de roi de Navarre et comte de Champagne.