Es folgte ein vierjähriger Aufenthalt in Siebenbürgen (1650–1654). Im Jahr 1654 kehrte dann Comenius als Zweiundsechzigjähriger nach Lissa zurück und kurz danach folgte für ihn der nächste Schicksalsschlag. Die Stadt wurde 1656 in den Wirren des schwedisch-polnischen Krieges niedergebrannt und Comenius verlor zum zweiten Mal in seinem Leben seinen ganzen Besitz, seine Bibliothek und alle wertvollen Manuskripte. Als völlig Mittelloser fand er Zuflucht bei Familie Geer in Amsterdam, wo er am Ende seines Lebens einige ruhige Jahre verbringen konnte. Hier schrieb er "Die Stimme der Trauer" (1660), als vierter Teil des "Trauernden", in der er von seiner Gemeinde Abschied nimmt.