Nach dem Ende des Weströmischen Reiches gehörte der Hafen vom 6. bis zum 8. Jahrhundert zum Byzantinischen Reich. Um das Jahr 800 wurde "Centumcellae" wiederholt von Sarazenen angegriffen, die 849 in der Seeschlacht von Ostia unterlagen. Aus Sicherheitsgründen ließ Papst Leo IV. die Einwohner des Ortes 854 auf einen leichter zu verteidigenden Hügel umsiedeln. Als um das Jahr 1000 das Gebiet um den alten Hafen wieder besiedelt wurde, bekam es den Namen "Civita Vetula" oder „Alte Stadt“.