După triumful revoluționar al lui Fidel Castro din 1959, Presidio Modelo a rămas în funcțiune. Până în 1961, din cauza condițiilor supraaglomerate (până la 4000 de prizonieri la un moment dat), a fost locul diverselor revolte și greve ale foamei, mai ales chiar înainte de invazia americană în Golful Porcilor, când s-au dat ordine de a umple tunelurile de sub întreaga închisoare cu câteva tone de TNT.