בשנת 1963, שנתיים אחרי נפילת הרפובליקה הערבית המאוחדת, תפסה מפלגת הבעת' את השלטון בסוריה בהפיכה צבאית. מנהיגי המהפיכה מינו את סלאח א-דין אל-ביטאר לעמוד בראש ממשלה חדשה שהורכבה מחברי מפלגת הבעת' ומנאצריסטים, ואיבראהים מאח'וס מונה לתפקיד שר הבריאות. עם חוסר היציבות בהנהגת סוריה בשנות השישים, והסכסוכים בין פלגים שונים במפלגת הבעת', הממשלות התחלפו לעיתים קרובות; מאח'וס נשאר בתפקידו בממשלת אמין אל-חאפז שהחליפה את ממשלת אל-ביטאר בנובמבר 1963, אבל נותר מחוץ לממשלת אל-ביטאר השנייה במאי 1964. בספטמבר 1965 מונה יוסוף זועין לראשות הממשלה, ומאח'וס קיבל את תפקיד שר החוץ. הממשלה הוחלפה שוב בדצמבר עם חזרת אל-ביטאר לראשות הממשלה, עד הפיכת 1966 שבה תפס סופית את ההנהגה הפלג השמאלי הרדיקלי של המפלגה, שאליו השתייך מאח'וס.