В конце XVI века Баннермэны оказались замешаны в клановой вражде между Гордонами и Форбсами, будучи на стороне последних. Но в 1608 году Маргарет Баннермэн вышла замуж за Джорджа Гордона, сына сэра Джона Гордона, верного сторонника короля (впоследствии он был казнен ковенантерами). Брат Маргарет, Александр, также поддерживал короля Карла I и его политику относительно преобразования пресвитерианской церкви. Во время Гражданской войны он лишился почти всех своих владений. В 1644 году между Александром и его зятем, Джорджом Гордоном, состоялась дуэль, во время которой Гордон был ранен. Фамильные владения вернулись к Баннермэнам во времена короля Карла II, а 28 декабря 1682 года старшему сыну Александра, которого тоже звали Александр, королевским указом был дарован титул баронета Новой Шотландии — это была награда за верность клана королю во время Гражданской войны.