Rispetto alla prima crisi, la seconda fu di più breve durata: Enrico infatti, il 26 febbraio 1456, si ristabilì. Pur tenendo York come consigliere, il rapporto tra l'instabile sovrano e il potente duca di York fu sempre meno amichevole ed improntato ad una cordiale ostilità. Dopo che il 25 marzo 1458 si tenne una sorta di cerimonia di pacificazione tra la fazione reale e quella yorkista, nell'estate 1459 Riccardo, sempre più insofferente per la sempre più crescente ostilità di Margherita nei suoi confronti, si schierò definitivamente contro Enrico VI. Nonostante poco dopo fossero stati sconfitti prima a Blore Heath e poi a Ludford Bridge (23 settembre e 12 ottobre), gli yorkisti (riparati momentaneamente in Irlanda) raccolsero le forze rimaste, sbarcarono a Sandwich nel giugno 1460 e, nella battaglia di Northampton (10 luglio 1460), trionfarono sui Lancaster. Conquistata Londra e fatto prigioniero re Enrico, Riccardo convocò in ottobre il parlamento che, dopo avergli negato la corona, lo ricompensò nominandolo erede di Enrico al momento della sua morte, eliminando dalla successione il legittimo erede Edoardo di Lancaster. Nel frattempo la regina Margherita, con l'appoggio degli scozzesi, aveva raccolto nel nord un imponente esercito che, riunitosi nello Yorkshire, si avviava verso sud. Riccardo affrontò i lancasteriani a Wakefield (30 dicembre 1460), ma fu sconfitto e nella battaglia perse la vita. L'eredità di Riccardo fu raccolta dal figlio poco meno che ventenne Edoardo che, dopo essersi riunito alle truppe sconfitte di Warwick, batté alla Battaglia di Mortimer's Cross (2 febbraio 1461) i lancasteriani, aprendosi le porte di Londra (26 febbraio). Enrico fu deposto il 4 marzo 1461 e suo cugino Edoardo fu eletto re per acclamazione divenendo re Edoardo IV di Inghilterra. Edoardo IV inseguì i lancasteriani e li sconfisse a Towton, il 28 marzo 1461, senza riuscire a catturare Enrico e la regina, i quali riuscirono a fuggire in Scozia.