Après le pacte Molotov – Ribbentrop, les institutions germano-baltes, dont la Société littéraire estonienne, sont fermées. En 1940, par le biais d'un règlement du Conseil des commissaires du peuple de la RSS d'Estonie, les autorités soviétiques nationalisent tous les musées, permettant la création d'un musée national d'histoire naturelle à Tallinn le .