1992 blev Sarajevo huvudstad i den nu självständiga republiken Bosnien och Hercegovina. Den serbiskkontrollerade jugoslaviska armén i Bosnien överlämnade då sina vapen till den nybildade bosnienserbiska armén (då dessa ville införliva delar av Bosnien i Serbien). Man hade redan före Bosnien-Hercegovinas självständighetsförklaring bott i bergen runt Sarajevo och belägrade nu staden helt. Befolkningen organiserade massiva protester för fred i början av april 1992. Trots de omfattande fredliga demonstrationerna var kriget ett faktum när den bosnienserbiska armén sköt mot demonstranterna och dödade Suada Dilberović och Olga Sučić. Dessa två kvinnor blev de första sarajevoborna som föll offer för kriget. Kort tid därefter skar bosnienserbiska styrkor av tillförseln av mat och förnödenheter till staden och lät stänga av dess elektricitet. Bosnienserbiska armén hade tillgång till mycket tyngre vapen än stadens försvarare, som främst bestod av dess invånare, muslimska poliser samt de så kallade gröna baskrarna (se Bosniska armén). Stadens försvarare lyckades ändå hålla belägrarna stången från stadens centrum. 10 000 Sarajevobor dödades, varav 1621 barn upp till 14 år (se Belägringen av Sarajevo). Efter fyra års belägring skrevs ett fredsavtal under. Bosnienserberna lämnade sina historiska delar av staden, Grbavica och bergen runt Sarajevo men behöll en del som fick namnet Istočno Sarajevo, "östra Sarajevo". Sarajevo har återuppbyggts efter kriget, och är den snabbast växande staden i Bosnien och Hercegovina.