În 1526 armatele maghiare au fost învinse de Imperiul Otoman în Bătălia de la Mohács, și regele Ludovic al II-lea a murit pe câmp. Tronul vacant al Ungariei a fost pretins de unchiul soției lui Joachim, care a fost încoronat ca Ioan I al Ungariei. Totuși habsburgii pretindeau pentru ei coroana și au decis să riposteze în fața armatelor turcești care au invadat regatul ungar. În 1542 Joachim l-a asistat pe fratele împăratului Ferdinand I în lupta împotriva turcilor în Asediul de la Buda (1541). El a comandat o armată de trupele austriece, maghiare, germane, italiene, boemiene și dalmate, însă Electorul nu era un războinic experimentat și în cele din urmă a bătut în retragere. El a fost învins din nou de către otomani în Asediul de Pesta în 1542.