С националния отбор на Испания Пеп прави дебюта си през 1992 година. До 2001 г. записва 47 участия и 5 гола с фланелката на „Ла Фурия Еспаньола“. Гуардиола участва в Олимпийските игри през 1992 г., проведени в Барселона (златен медал), на Световното първенство през 1994 г. в САЩ (1/4 финал) и „Евро 2000“ в Белгия и Холандия (1/4 финал).