Suurin osa Joonian kaupungeista antautui Aleksanteri Suurelle Granikosjoen taistelun jälkeen vuonna 334 eaa. Miletos ei kuitenkaan antautunut, vaan Aleksanterin armeija valtasi sen piirityksen jälkeen. Aleksanteri teki Miletoksesta demokratian, ja pian kaupunki alkoi jälleen kukoistaa. Miletoslaiset alkoivat suunnitella Didyman temppelin jälleenrakennusta. Vuoteen 331 eaa. mennessä oraakkeli oli jälleen toiminnassa. Kallistheneen mukaan pyhästä lähteestä, joka oli aikaisemmin kuivunut, alkoi jälleen virrata vettä. Kallisthenes kertoo lisäksi, että miletoslaiset toivat Aleksanterille oraakkelin ennustuksia, kun tämä oli Egyptissä. Ennustukset kertoivat muun muassa, että Aleksanteri oli Zeuksen poika. Oraakkeli ennusti myös Aleksanterin tulevan voiton Gaugamelassa, Dareios III:n kuoleman ja Spartan kapinan. Näitä ennustuksia voidaan pitää jokseenkin aitoina. Didyman oraakkeli ennusti luultavasti Aleksanterin voittavan persialaiset. Ennustusten tavoite oli luultavasti saada Aleksanterin tuki temppelin jälleenrakentamiselle. Aleksanteri määräsi temppelin jälleenrakennettavaksi, mutta todellisuudessa tämä tapahtui vasta Seleukos I:n aikana.