С началом боевых действий на территории Чеченской Республики участвовал в сопротивлении Вооружённым силам России. Был назначен командующим вооружёнными подразделениями Северо-Западного фронта Вооружённых сил Ичкерии. На протяжении зимы 1994 — весны 1995 года отрядам под его руководством удалось осуществить ряд крупных боевых операций в центральной части Аргунского ущелья, в частности, по разгрому подразделений Вооружённых сил России у посёлка Долинский под Грозным, успешной обороне станицы Петропавловская в районе Горагорска и захвату Аргуна во время очередного этапа мирных переговоров весной 1995 года. Активно участвовал в нападении на Грозный в марте 1996 года, являлся одним из разработчиков операции штурма города в августе того же года. После заключения Хасавюртовских соглашений летом 1996 года назначен комендантом Старопромысловского района Грозного. Одним из первых распоряжений Арсанова в этой должности стал приказ открыть коридор для окружённых в Старопромысловской комендатуре российских военных частей на условиях полной сдачи ими оружия и немедленного отбытия из города. В начале декабря 1996 года был выдвинут в качестве кандидата на пост президента Чечни Партией национальной независимости, тогда же заключил соглашение с Асланом Масхадовым, став в паре с ним кандидатом в вице-президенты самопровозглашённой республики Ичкерия.