Ponieważ Republika rzymska rywalizowała ze sobą, Rzymscy generałowie ponownie zbudowali silną flotę. Sekstus Pompejusz, w swoim konflikcie z Oktawianem, otrzymał dowództwo nad italską flotą przez senat w 43 p.n.e. i kontrolował ważny politycznie przewóz zboża z Sycylii do Rzymu. Po porażce Sekstusa w 42 p.n.e., Oktawian zapoczątkował ogromne morskie zbrojenia, wspomagane przez jego najbliższego współpracownika, Marka Agrypę. Statki zostały zbudowane przy Rawennie i Ostii, zbudowano nowy port, Portus Julius, zwerbowano wielu żołnierzy i wioślarzy, wliczając w to ponad 20 000 niewolników. Agrypa również wprowadził nowe morskie rodzaje broni, takie jak katapulty strzelające hakami ("harpago") i wieże na końcu każdego statku. W końcu, Oktawian i Agrypa zwyciężyli Sekstusa w Bitwie pod Naulochus w 36 p.n.e., kładąc kres całemu oporowi Pompejusza. Siła Oktawiana ponadto była zademonstrowana przeciwko połączonym flotom Marka Antoniusza i Kleopatry, królowej Egiptu, w bitwie pod Akcjum w 31 p.n.e. gdzie Antoniusz zgromadził 230 statków przeciwko 400 statkom Oktawiana. Ta ostatnia morska bitwa republiki rzymskiej ostatecznie ustaliła Oktawiana jedynym panem Rzymu i Morza Śródziemnego. Po tym zwycięstwie, zreformował struktury floty, zakładając kilka kluczowych portów w rejonie Morza Śródziemnego (patrz poniżej). W pełni profesjonalna wtedy flota miała główne zadanie ochraniać statki przed piractwem, eskortować żołnierzy i patrolować europejskie rzeki.