Maailmancupkaudella 2003–2004 Kuitunen voitti ensimmäisen maailmancupin osakilpailunsa (ensimmäinen suomalainen maailmancup-voitto normaalimatkoilla sitten Lahden doping-skandaalin), sijoittui kolme kertaa palkintokorokkeelle ja oli loppupisteissä kuudes. Seuraavalla kaudella 2004–2005 hän oli Oberstdorfin MM-hiihtojen yksi suosikeista, koska oli voittanut sprintin maailmancupin osakilpailun juuri kilpailujen alla, mutta sairastelu vaikeutti Kuitusen kisoja eikä hän päässyt sprintissä mitalikantaan. Kuitenkin päätösmatkalla 30 kilometrillä Kuitunen voitti MM-hopeaa. Hän voitti kilpailujen jälkeen toisenkin maailmancupin osakilpailun sprintissä, oli sprintticupin pisteissä toinen ja kokonaiscupissa kolmas.