Zurück in Frankreich bekämpfte Dubois unter Jean-Baptiste Camille de Canclaux, später unter Lazare Hoche, den Aufstand der Vendée. Es konnte sich durch Tapferkeit auszeichnen und es folgten einige Beförderungen und Versetzungen. Als Offizier im Stab von General Jean-Baptiste Jourdan (→Armée de Sambre-et-Meuse) kämpfte er u. a. vor Würzburg (1./3. September 1796) und wurde dort auch verwundet.