Syn wojewody płockiego Stanisława i Agnieszki z Siebieńskich. W młodości przebywał na dworze Zygmunta Augusta, potem gospodarował na dziedziczonych dobrach na Mazowszu, był posłem na sejmy. 2 maja roku 1576 został mianowany starostą przasnyskim i ciechanowskim. W wojnie inflanckiej odegrał znaczącą rolę jako dowódca zaciężnej jazdy konnej. Po rozejmie w Jamie Zapolskim w 1582 zajął się gospodarką w majątkach starostwa ciechanowskiego i przasnyskiego. Zakładał kuźnice żelaza i zajmował się rozwijaniem bartnictwa. Działalność gospodarcza Niszczyckiego doprowadziła jednak do konfliktu z poddanymi. Poseł płocki na konwokację 1587 roku. W czasie elekcji 1587 roku głosował najpierw na "Piasta", potem na Zygmunta Wazę. W roku 1597 i 1605, reprezentował szlachtę mazowiecką na sejmach.