La glasnost, en libérant la mémoire historique et en encourageant la critique des défauts du système, contribue également à déstabiliser en profondeur l'Union soviétique. Gorbatchev a en effet, dans le cadre de son programme de réformes, sous-estimé le facteur national : dans presque toutes les Républiques socialistes soviétiques, des revendications identitaires se manifestent sur les champs les plus divers, allant de la reconnaissance du statut de la langue nationale à l'indépendantisme. Le , l'anniversaire de la signature du pacte germano-soviétique provoque des manifestations de masse dans les pays baltes : deux ans plus tard, la protestation prend de l'ampleur et s'exprime notamment par une gigantesque chaîne humaine, la , qui réclame l'indépendance des trois Républiques. En mars 1990, la Lituanie proclame son indépendance, défiant ouvertement le gouvernement soviétique qui réagit par un blocus économique. La Lettonie et l'Estonie imitent à leur tour la Lituanie. En janvier 1991, les troupes soviétiques interviennent dans les pays baltes pour tenter d'en reprendre le contrôle. Un litige territorial éclate entre l'Arménie et l'Azerbaïdjan sur la question du Haut-Karabagh.