Während des Pazifikkriegs kommandierte Gotō ab dem 10. September 1941 die 6. Kreuzerdivision, die am 23. Dezember desselben Jahres die japanische Einnahme der Insel Wake deckte (→ Schlacht um Wake). Im Mai 1942 befehligte er einen Teil der Hauptunterstützungsflotte mit dem Flugzeugträger Shōhō, die die Invasion der Insel Tulagi, nördlich von Guadalcanal in den Salomonen vor alliierten Gegenangriffen schützte. Kurz darauf scheiterte der Versuch, Port Moresby auf Neuguinea, einzunehmen an der Schlacht im Korallenmeer. Die Kreuzer des Admiral Gotō lagen während dieser Schlacht außer Reichweite der amerikanischen Träger und konnten nicht eingreifen.