Šuker pelasi Jugoslavian maajoukkueessa vuonna 1991 kaksi ottelua ja teki niissä yhden maalin. Hän edusti Jugoslaviaa vuoden 1990 MM-kisoissa. Šuker oli myös mukana Jugoslavian nuorten maailmanmestaruuden voittaneessa joukkueessa vuonna 1987. Kroatian maajoukkueessa hän pelasi vuosina 1990–2002 69 ottelua ja teki niissä 45 maalia. Šuker on Kroatian maajoukkueen kaikkien aikojen paras maalintekijä. Hän edusti Kroatiaa vuoden 1998 MM-kisojen lisäksi vuoden 1996 EM-kisoissa ja vuoden 2002 MM-kisoissa.