Pela Seleção Brasileira, Taffarel tem o maior número de jogos de um goleiro da história. Foram 123 aparições, com 113 jogos pela seleção principal. Cláudio Taffarel soma quatro jogos oficiais restritivos pela seleção dos Jogos Pan-Americanos de 1987 em Indianápolis e seis jogos nos Jogos Olímpicos de Verão de 1988. Jogou também as Copas do Mundo de 1990 na Itália, 1994 nos Estados Unidos e 1998 na França. Taffarel sofreu 15 gols nos 18 jogos em que defendeu o Brasil nas Copas do Mundo. Seu grande ápice na Seleção Brasileira foi a campanha rumo ao título na Copa do Mundo de 1994, defendendo a cobrança de Daniele Massaro na disputa por pênaltis contra a Itália em plena final. Também disputou a final de 1998, perdida para a França, após defender dois pênaltis, de Phillip Cocu e Ronald de Boer, na disputa por pênaltis na semifinal contra a Holanda.