A família real portuguesa fugiu para o Brasil em 1808 e se estabeleceu no Rio de Janeiro. As colônias hispano-americanas viraram alvos fáceis já que estavam tomadas por tumultos e assoladas por guerras de independência contra o Império Espanhol. D. João, Príncipe Regente (futuro rei D. João VI), ordenou em 1811 a invasão da Banda Oriental, que fazia fronteira com a agora capitania de São Pedro do Rio Grande do Sul. A tentativa de conquistar toda a região foi um fracasso. João lançou outra invasão alguns anos depois em 1816, que teve a participação do pai e avô de Marques de Sousa. Ele pediu permissão ao avô em 1817, então com apenas treze anos, para poder lutar na guerra. O Marques de Sousa mais velho concordou e permitiu que o mais jovem aprendesse táticas de guerrilha a cavalo perto da cidade de Jaguarão.