Musulmano del gruppo religioso minoritario degli alauiti, Baššār è malvisto dai militanti sunniti, che già nel settembre del 1982 si erano ribellati nella città di Hama contro il governo del padre. Baššār al-Asad è malvisto in particolare dagli ambienti legati ai Fratelli musulmani, tanto che, nell'incendio della rappresentanza consolare a Damasco della Danimarca a seguito della pubblicazione nel 2005 di alcune vignette satiriche nel quale era talora tratteggiata la figura di Maometto, alcuni osservatori hanno immaginato vi fosse una responsabilità non tanto del governo siriano, quanto dei Fratelli Musulmani, desiderosi di mettere in difficoltà il regime agli occhi degli Stati Uniti d'America e dell'Unione europea.