John Clifford Pemberton (10 augustus 1814 - 13 juli 1881) was luitenant-generaal tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog, in het Geconfedereerde leger van Robert E. Lee. Hij is vooral bekend van het Beleg van Vicksburg, waar hij meer dan een maand het leger van Grant wist af te houden maar zich uiteindelijk toch moest overgeven.