Partes do exército indonésio foram fortemente contra a independência de Timor-Leste e passou grande parte de 1998 e 1999 armando partidários pró-Indonésia e organizando ataques a grupos independentistas. Poucas horas após os resultados do referendo serem anunciados pelo enviado especial da ONU a Timor-Leste, Jamsheed Marker, os militares indonésios decretaram um plano de terra queimada no território, destruindo mais da metade da infraestrutura fixa do território, matando cerca de mil e quinhentos timorenses e deslocando outras trezentas mil pessoas ao longo das próximas semanas, até que uma força de manutenção da paz da ONU liderada pela Austrália chegou ao país a 20 de setembro de 1999.