Er wurde 1612 Hofmeister und Geheimer Rat am Hof von Enno von Ostfriesland. 1615 nahm er unter dem Befehl von Friedrich von Solms am Entsatz Braunschweigs teil. Seit 1617 war er Administrator des Kollegiums der ostfriesischen ritterschaftlichen Gemeinen Landeskollekten. Er wurde 1618 auch hamburgischer Hauptmann und war bis 1620 Kommandant der ganzen Garnison Hamburg. 1625 avancierte Inn- und Knyphausen zum dänischen Generalquartiermeister. In der Schlacht bei Lutter geriet er in Gefangenschaft, wurde aber ausgelöst. 1627 nahm er seinen Abschied aus dänischen Diensten und übernahm wieder die hamburgische Garnison. In dieser Stellung stieg er 1632 zum Obristleutnant auf. Nunmehr bewährte er sich 1630 im Krieg mit Dänemark und hielt seinen Posten bis 1643.