W 2001 roku Mascherano grał na Mistrzostwach Świata U-17. Argentyna odpadła w półfinałach po porażce z Francją i ostatecznie zajęła czwarte miejsce, a on sam zagrał we wszystkich sześciu meczach swojego zespołu. Mascherano wystąpił także na Mistrzostwach Świata U-20 w 2003 roku.