Po Wenecjanach przyszli Turcy przynosząc 200-letnie rządy imperium osmańskiego (z przejściowym okresem zwierzchności Egiptu w latach 1832–1840). Nie była to zmiana bezkrwawa: podczas gdy cała Kreta została przez Turków opanowana w latach 1645–1648, Candia broniła się przed oblężeniem przez 22 lata, w ciągu których zginęło ok. 30 tys. Kreteńczyków i ok. 120 tys. Turków. W konflikt wmieszane były także Hiszpania i Francja. Miasto zostało poddane 27 września 1669, gdy w sierpniu Francja wycofała swój garnizon. Nazwę miasta zmieniono na Megalo Kastro (gr. „Wielki Zamek”). W czasach władzy tureckiej zatoka uległa zamuleniu, w związku z czym większość działalności handlowej została przeniesiona na zachód, do Canei (obecnie Chania).