После гражданской войны Мерритт остался в кавалерии и служил на фронтире. 28 июня 1866 года он стал подполковником новосозданного 9-го кавалерийского полка, а в июле 1867 был отправлен в форт Дэвис в Техасе. 1 июля 1876 года он стал полковником 5-го кавалерийского полка и командовал им в сражении при Слим-Бьюттс во время индейских войн. Он был одним из участников трибунала, который в 1879 году расследовал поведение майора Маркуса Рино во время сражения при Литтл-Бигхорн.