В июле 1919 года призван в ряды РККА, после чего состоял в резерве комсостава при штабе Восточного фронта, а затем — Южной группы войск этого же фронта и при штабе 24-й стрелковой дивизии. С сентября того же года служил в составе 210-го стрелкового полка на должностях адъютанта батальона и полка, заведующего разведкой полка, начальника команды разведчиков, командира роты и батальона. В августе 1922 года назначен на должность командира 3-го батальона в составе 12-го Туркестанского стрелкового полка. В период с 28 марта по 10 апреля 1923 года, находясь на должности начальника Самаркандского боевого участка и начальника Южной обходной колонны в составе 4-й Туркестанской стрелковой дивизии участвовал в боевых действиях по ликвидации бандформирования под командованием Матчинского, за что М. А. Кузнецов 15 апреля 1924 года был награждён Орденом Красного Знамени. Вскоре, находясь на должности командира этого же батальона в составе 12-го Туркестанского стрелкового полка, принимал участие в боевых действиях против басмачества.