В 2000 году Ван Мейр принял участие в домашнем чемпионате Европы. На турнире он также был в роли запасного и не выходил на поле. В 2002 году Эрик в третий раз принял участие в первенстве мира. На турнире он сыграл в матчах против сборных России, Туниса и Японии. Сразу после мундиаля он завершил карьеру в сборной. За национальную команду Эрик сыграл 35 матчей и забил 1 гол.