Cory Emmerton spielte zunächst in unterklassigen kanadischen Juniorenligen, bevor der Angreifer ab 2004 für die Kingston Frontenacs in der kanadischen Juniorenliga Ontario Hockey League aufs Eis ging. In seiner Debütsaison gelangen ihm 38 Scorerpunkte in 58 Spielen, jedoch qualifizierte sich das Team mit dem vorletzten Platz der Eastern Conference nicht für die Playoffs. In seiner zweiten Spielzeit gehörte Emmerton bereits zu den wichtigsten Spielern der Frontenacs. Er war punktbester Spieler des Teams mit 26 Toren und 64 Assists und belegte den elften Platz in der Scorerwertung der OHL. In den Playoffs erzielte er zwei Treffer und sein Team schied in der ersten Runde aus. Im April 2006 spielte Emmerton mit der kanadischen Junioren-Nationalmannschaft bei der U18-Junioren-Weltmeisterschaft, wo sie den vierten Platz belegten.