Le , il remplace, à la tête de la Flotte aérienne, le vice- amiral Tsukahara, malade, qui en avait assuré le commandement avec succès pendant toute l'offensive japonaise dans le Pacifique du sud-ouest. La mission de la Flotte aérienne, est alors d'assurer le soutien aérien des opérations aéronavales, autour de Guadalcanal, où la  du vice-amiral Mikawa est engagée dans une campagne d'attrition, depuis l'Opération Watchtower lancée par l'U.S. Navy, au début du mois d'. Depuis leurs bases de Rabaul, en Nouvelle-Bretagne et dans les îles avoisinantes, les forces du vice-amiral Kusaka affrontent pour le contrôle de l'espace aérien situé au-dessus de Guadalcanal, la "Cactus Air Force" alliée, qui opère depuis le terrain d'Henderson Field, tenu par les "U.S. Marines". La position de ce terrain d'aviation, à la pointe Lunga, constitue un avantage considérable, dans la mesure où il assure la supériorité aérienne américaine, de jour, sur cette zone, alors que les forces japonaises ne vont être capables ni de le détruire ni de le reprendre et vont devoir recourir à ce que la presse américaine a appelé le « Tokyo Express ». Trois mois après la prise de commandement du vice-amiral Kusaka, après cinq batailles navales acharnées (bataille du Cap Espérance le , bataille des îles Santa Cruz du 25 au , batailles navales de Guadalcanal, les 12-13 et 14-, bataille de Tassafaronga le ) pendant lesquelles les ,  et Flottes japonaises ont affronté les forces aéronavales américaines du Pacifique Sud que commande l'amiral Halsey, le , toutes les forces navales de Nouvelle-Guinée et des îles Salomon sont réunies pour former la Flotte de la Zone du Sud-Est, mise sous le commandement du vice-amiral Kusaka. Les Japonais évacuent Guadalcanal, en , des avions venus de Rabaul coulant encore un croiseur lourd, l', à la bataille de l'île de Rennell, les 29-.