Im Inneren des Tempels liegt ein unüberdachter Hof, der in Inschriften als Adyton bezeichnet wird. Im Westen des Hofes finden sich die Fundamente eines Baus mit einer Größe von 8,24 m × 14,23 m. Dieser kleine tempelartige Bau wird auch Naiskos genannt (griechisch für "kleiner Tempel"). Den Naiskos errichtete man um 300 v. Chr. Das war nötig, weil Seleukos I. zu dieser Zeit den sog. Kanachos-Apollon aus Susa zurück nach Didyma schickte. Diese Apollon-Statue diente als Kultbild und man stellte sie im Naiskos auf, wie kaiserzeitliche Münzen zeigen. Gefertigt hatte diese spätarchaische Bronzestatue der Bildhauer Kanachos und die Perser hatten sie nach dem Ionischen Aufstand geraubt. Sie stellte Apollon stehend mit einem Hirsch in der rechten und einem Bogen in der linken Hand dar. Das eigentliche Kultmal des Apollonheiligtums bildete aber eine Quelle, die zur Orakelerteilung benutzt wurde. Ursprünglich befand sich diese Süßwasserquelle im Bereich des hellenistischen Apollon-Naiskos. Später versiegte sie und man legte einen Brunnen im nordöstlichen Bereich des Innenhofes an. Die Bedeutung dieser Quelle erschließt sich daraus, dass Didyma auf einem wasserarmen Kalkplateau liegt.