João Paulo II foi o primeiro líder mundial a descrever como genocídio o massacre de tutsis por hutus no país de maioria católica de Ruanda, que começou em 1990 e atingiu seu auge em 1994. Ele apelou para um cessar-fogo e condenou os massacres em 10 de Abril e 15 de maio de 1990. em 1995, durante sua terceira visita ao Quênia, antes de uma audiência, João Paulo II pediu o fim da violência em Ruanda e Burundi, pedindo perdão e a reconciliação como uma solução para o genocídio. Ele disse aos refugiados de ambos os países que ele "estava perto deles e partilhava a sua imensa dor".