An ihrer heutigen Stelle wurde die Steinkirche von Viru-Jaagupi im zweiten Viertel des 15. Jahrhunderts mit Unterstützung des Ordensvogts von Wesenberg errichtet. 1453 wurde sie erstmals urkundlich erwähnt. Sie ist dem Apostel Jakobus geweiht. Das Kirchengebäude wurde im Livländischen Krieg zerstört und 1667 wieder aufgebaut. 1703 wurde es im Nordischen Krieg zwischen Schweden und Russland verwüstet, wobei das Kircheninterieur verbrannte. Aus mittelalterlicher Zeit sind drei Joche im Langhaus und der Chorraum erhalten.