С 7 мая 1942 года полковник Синкевич был назначен командиром 43-й стрелковой дивизией, части которой оборонялись в полосе от Октябрьской ж. д. до реки Нарва. С 10 по 25 февраля 1943 года дивизия под его командованием в составе 55-й армии отличилась в Красноборско-Смердынской операции, в ходе которой совместно с 63-й гвардейской стрелковой дивизией овладела Красным Бором и нанесла поражение 250-й пехотной дивизии противника. С 25 апреля она вошла в состав 67-й армии и передислоцировалась в район озера Большое. В июле её части вели бои по овладению южными скатами Синявинских высот. В конце сентября была выведена из боёв во второй эшелон армии и сосредоточена в районе Марьино, Шлиссельбург. С 23 по 27 декабря 1943 года дивизия на судах КБФ была переброшена на Ораниенбаумский плацдарм в состав 2-й ударной армии и в январе 1944 года принимала участие в Красносельско-Ропшинской наступательной операции, в боях по овладению г. Ропша. 20 января «за невыполнение дивизией боевой задачи… и понесенные потери» генерал-майор Я. П. Синкевич был отстранён от командования с преданием суду военного трибунала, после которого состоял в распоряжении Военного совета Ленинградского фронта, затем Ставки ВГК.