Весной 1918 года, будучи уполномоченным Литовской Тарибой, Сидзикаускас организовал возвращение литовских студентов и преподавателей обратно в Вильнюс. Первое литовское правительство было сформировано только после Компьенского перемирия в ноябре 1918 года. Леонас стал министром юстиции и пригласил Сидзикаускаса присоединиться к своему недавно созданному ведомству. Сидзикаускас согласился и был назначен директором Административного департамента 1 февраля 1919 года. В марте Сидзикаускас, как представитель Демократической национальной лиги свободы, был членом комиссии из шести человек, которая вела переговоры о формировании коалиционного кабинета премьер-министра Миколаса Слезевичюса. Из-за нехватки кадров Сидзикаускас также исполнял обязанности директора Департамента гражданского и уголовного права и тюрем. В этом качестве он должен был бороться с коммунистическими тюремными бунтами и организовывать обмен пленными с Литовской Советской Республикой. 24 июля Сидзикаускас лично отправился в на литовско-советский фронт, чтобы обменять 35 коммунистов на 15 видных литовцев, в том числе Мечисловаса Рейниса, Людаса Гиру, Фелицию Борткявичене и Антанаса Туменаса.