Hij speelde op het wereldkampioenschap voetbal onder 20 - 2007. Havenaar maakte op 2 september 2011 zijn debuut voor het Japanse elftal, nadat bondscoach Alberto Zaccheroni hem had opgeroepen als gevolg van het geblesseerd afhaken van Keisuke Honda. Tijdens het WK-kwalificatieduel tegen Noord-Korea kwam hij na zeventig minuten binnen de lijnen. Mike maakte zijn basisdebuut tegen Tadzjikistan op 11 oktober 2011, in deze wedstrijd scoorde hij zijn eerste twee goals voor het nationale elftal. Hij maakte deel uit van de Japanse selectie op de FIFA Confederations Cup 2013.