Pasado este periodo, en el que podría haberse reencontrado con Al Qaeda, se cree que huyó a Irak, a petición de la propia organización, tras perder una pierna durante un ataque estadounidense contra su base. Su presencia en Irak en aquella época fue muy discutida, ya que no se confirmó hasta su aparición en un vídeo en abril de 2006. Mientras las autoridades jordanas le señalaban como el responsable de ataques terroristas en su país de origen, Colin Powell utilizaba su presencia en el país para argumentar las relaciones de Sadam Husein con Al Qaeda, y justificar el ataque de 2003.