Verwoestingen vonden plaats in 1624 door Staatse troepen en in 1672 door Franse troepen. Door de gestage uitbreiding van de buitenwerken van de vesting Maastricht, met name in het gebied De Kommen, moesten delen van Sint Pieter herhaaldelijk worden gesloopt, omdat ze het schootsveld vanaf de vesting belemmerden. De bisschop van Luik protesteerde vergeefs hiertegen. Bij het Beleg van Maastricht in 1673 werd het landhuis La Motterie afgebroken om vrij zicht op de vijandelijke activiteiten te waarborgen (zie: Claude van Lannoy). Om diezelfde reden moest in 1747, voorafgaand aan het Beleg door Maurits van Saksen tijdens de Oostenrijkse Successieoorlog, de kerk wijken. Twee jaar later werd op deze plek de voorganger van de huidige Sint-Lambertuskapel gebouwd. De parochiekerk werd herbouwd op een zuidelijker locatie, ver van de vestingwerken van Maastricht.