Po rozwiązaniu 9 Dywizji pozostał w konspiracji. W końcu sierpnia 1944 roku wznowił łączność radiową z Zachodem. Był poszukiwany przez NKWD. Został aresztowany 22 listopada 1944 roku. Wojskowy Sąd Garnizonowy w Lublinie skazał 2 lutego 1945 roku Kujawińskiego i współpracującego z nim Leonarda Melaniuka na karę śmierci. W czasie słynnego uwolnienia przez podziemie niepodległościowe z Zamku Lubelskiego w dniu 19 lutego 1945 roku grupy akowców skazanych na karę śmierci, nie udało się dobrać kluczy do celi, w której przebywał Kujawiński. Karę śmierci w drodze łaski zamieniono mu na 10 lat więzienia. Następnie był więźniem więzienia na Butyrkach w Moskwie (gdzie planowano wykorzystanie go w procesie szesnastu, do czego nie doszło) i Wronek. W wyniku starań żony postanowieniem Naczelnej Prokuratury Wojskowej z 13 listopada 1945 roku zmniejszono mu karę do 5 lat więzienia, a 14 grudnia tego roku Wojskowy Sąd Okręgowy w Lublinie na podstawie amnestii wynikającej z dekretu z 2 sierpnia 1945 roku zawiesił warunkowo wykonanie kary na 2 lata. 27 grudnia 1945 roku Kujawiński znalazł się na wolności.