在2014年3月3日下午开幕的政协第十二届全国委员会第二次会议上，全体与会人员为云南昆明火车站暴力恐怖事件遇难的群众默哀。马长庆并未起立，现场图片被发布到网上，引发民众的质疑和愤怒。不过，马长庆表示过对此次暴力袭击事件的谴责。后经记者核实，马长庆腿部有伤，进出会场都需要坐在轮椅上，并由两名工作人员帮忙。