El regimiento de Clayton luchó en la Batalla de Stones River a principios del invierno como parte de la brigada del general Zachariah Deas. Clayton sufrió una herida grave, pero se recuperó y fue ascendido a general de brigada en abril de 1863. Se le asignó el mando de una brigada anteriormente dirigida por Alexander P. Stewart que constaba de los regimientos 18, 32, 36, 38 y 58 de Alabama. Clayton participó activamente en varias campañas y batallas posteriores, incluidas Chickamauga y Chattanooga. Su brigada jugó un papel destacado en varias luchas durante la campaña de Atlanta de 1864. Después de la Batalla de la Iglesia Nueva Esperanza, Clayton fue ascendido a mayor general y se le asignó el mando de la división de Stewart en el Ejército de Tennessee, donde participó en la fallida Campaña Franklin-Nashville.