Apraxin stammte aus einem Adelsgeschlecht tatarischen Ursprungs. Im Jahre 1693 wurde Apraxin zum Wojewoden und Gouverneur von Archangelsk – des einzigen damaligen Hafens Russlands – ernannt. Unter seiner Aufsicht wurden die Stadtbefestigungen erneuert und die Handelsbeziehungen Russlands mit dem Ausland gestärkt. Auch der Bau eines der ersten russischen Handelsschiffe wurde von ihm dort beauftragt. Er kontrollierte das Schiffsbauwesen in Woronesch, wo die erste russische Flotte entstand. Zudem war einer der Begründer der Schule für Navigationswissenschaften in Moskau. Im Jahre 1707 wurde er zum Präsidenten der Russischen Admiralität ernannt. Er war der erste in Russland ernannte Generaladmiral. Im folgenden Jahr wurde er zum Oberbefehlshaber in Ingermanland ernannt, um das neu errichtete Sankt Petersburg vor schwedischen Angriffen zu schützen. Im Zuge des Großen Nordischen Kriegs schlug er dort 1708 den Angriffsversuch des schwedischen Generals Georg Lybecker zurück und eroberte 1710 Wyborg in Karelien. Für die Stadteroberung wurde er vom Peter I. mit dem Orden des Heiligen Andreas und dem goldenen Degen mit Brillanten ausgezeichnet. Er befehligte die Flotte während des von Karl XII. 1711 angefachten Türkenkriegs auf dem Schwarzen Meer. Im Jahre 1713 kämpfte er an der Spitze der Galeerenflotte mit den Landungstruppen gegen die Schweden, zerschlug sie und eroberte Helsingfors (Helsinki), wobei er die Schweden des letzten Stützpunktes im Finnischen Meerbusen beraubte. In der Seeschlacht bei Hanko (Gangut) am 25.–27. Juli 1714, bei der er die Galeerenflotte kommandierte, gab er im entscheidenden Augenblick das Signal zum Angriff. Der Enterangriff der Seeleute von Apraxin gab den entscheidenden Ausschlag für das siegreiche Ende der Schlacht zugunsten der Russen. Er begleitete den Zaren noch zweimal auf dessen Feldzügen am Kaspischen Meer und gegen Persien.