Неджати Атеш дебютировал за сборную Турции на Кубке конфедераций 2003 года во Франции, трижды сыграв на этом турнире. 26 марта 2005 года он забил свой первый гол за национальную команду, отличившись в домашнем победном матче со сборной Албании, проходившем в рамках отборочного турнира чемпионата мира 2006 года. Неджати Атеш также играл в решающих и неудачных для турок матчах плей-офф этого турнира против Швейцарии в ноябре 2005 года.