Nach der Niederlage der Tokugawa-Seite kam Ōtori ins Gefängnis, wurde aber 1872 begnadigt. Er leitete dann die Adelsschule, die sich später zur Gakushūin-Universität entwickelte. Er vertrat Japan ab 1889 in China, dann ab 1893 in Korea und spielte eine wichtige Rolle in Japans Außenbeziehungen bis zum Japanisch-Chinesischen Krieg 1894 bis 1895.