Jair Bolsonaro també és conegut per afirmar que la dictadura va ser una època "«gloriosa»" de la història del Brasil i del Cop de 1964 va ser una "«intervenció democràtica»" fruit de la "«pressió popular»", i que el 1968, els grups opositors van començar a atacar amb tàctiques guerrilleres. En una carta publicada al diari "Folha de S. Paulo", es va referir a l'era militar com "«20 anys d'ordre i progrés»". També va dir, durant una discussió amb els manifestants al desembre de 2008, que "«l'error de la dictadura va ser torturar i no matar»". Bolsonaro va ser criticat pels mitjans de comunicació, els polítics i pel moviment Tortura Mai Mais (Tortura mai més), especialment després d'haver penjat a la porta del seu despatx un cartell que deia als familiars dels desapareguts de la dictadura militar que "«només busquen ossos els gossos"». El 17 d'abril de 2016, Jair Bolsonaro felicitar al diputat Eduardo Cunha per la forma de dirigir l'impeachment de Dilma Roussseff i va utilitzar el seu discurs de vot sobre l'impediment de rendir honors a Carlos Alberto Brilhante Ustra, en primer militar a ser reconegut pels tribunals com un dels torturadors durant la dictadura militar. En la seva defensa, Bolsonaro va afirmar que les declaracions durant la votació sobre l"'impeachment" estaven protegides per la immunitat parlamentària. En una entrevista de 2018, va defensar de nou a Ustra, dirigint-se a ell com un "«heroi nacional»".