Schirdewan stand trotz dieser hohen Position Ulbricht kritisch gegenüber – laut zeitgenössischen Berichten sogar mit regelrechtem Hass. Nach eigener Aussage wurden seiner Meinung nach aus dem Aufstand am 17. Juni 1953 nicht die notwendigen Lehren gezogen. Nach dem Tode Stalins 1953 und der einsetzenden Entstalinisierung erhoffte sich Schirdewan in der DDR ebenfalls eine kritische Auseinandersetzung mit der Stalin-Ära, das wurde aber von Ulbricht unterdrückt. Außerdem trat Schirdewan für die Option eines vereinigten Deutschlands ein, er konnte sich aber innerhalb der SED mit diesen Vorstellungen nicht durchsetzen. Ihm wurde vorgeworfen, die Deutsche Frage zu einseitig zu beurteilen, der Parteilinie nicht ausreichend zu folgen und den ungarischen Volksaufstand 1956 zu verharmlosen.