Al producirse la Anexión a España en el año 1861, proclamada por Pedro Santana, se declaró en contra de ésta y organizó el primer levantamiento en Hato Mayor del Rey el 2 de octubre de 1863, sin más credencial que el atrevimiento y la bravura, siendo éste el guerrillero más destacado en la luchas por la Restauración Nacional, llegando a luchar en algunas batallas que se produjeron en su ciudad natal, como la Batalla de Mata Palacio y Batalla de la Plaza, en la cual se encontraba prestando servicios bajo la bandera española, su propio hijo Cesáreo Guillermo, quien fue apresado tan pronto como se inició el ataque y luego desterrado, permaneciendo prisionero, no obstante los afanosos esfuerzos de su madre doña Rosalía Bastardo de Guillermo, hasta que, retirados los españoles, tuvo lugar el 22 de julio de 1865 en Puerto Plata el canje de prisioneros, entre los cuales figuró. En esta última, la plaza no pudo ser tomada, pero Pedro Guillermo, los comandantes Quintino Peguero y Genaro Díaz y los demás restauradores que le acompañaban, se replegaron hacia la loma de Yerba Buena, desde la cual hostilizaban sistemáticamente a los españoles. El 22 de octubre de 1864 fue designado jefe de Operaciones del cantón de Yerba Buena, con grado de coronel.