Zachęcał inne narody do rozwiązywania konfliktów na drodze dyplomacji i pojednania. Zgodnie z teorią Mbekiego, według którego miał mieć wówczas miejsce "afrykański renesans", aktywnie zaangażował się w problemy kontynentu. Początkowo przyjął łagodne podejście dyplomatyczne względem junty wojskowej Sani Abacha w Nigerii, w późniejszym czasie po tym gdy reżim ten zaczął łamać prawa człowieka na większą skalę, stał się czołowym krytykiem Abacha i wzywał do międzynarodowych sankcji względem junty. W 1996 został mianowany przewodniczącym Wspólnoty Rozwoju Afryki Południowej (SADC) i zainicjował nieudane negocjacje w celu położenia kresu I wojnie domowej w Zairze (obecnie DR Konga).