Die Slowakei dagegen wurde, bis auf einen kleinen Streifen entlang Mährens (bis zu den östlichen Rändern der Kleinen und Weißen Karpaten sowie des Javorník-Gebirges), nicht von deutschen Truppen besetzt. Sie musste in der Folge mit Deutschland nur einen „Schutzvertrag“ abschließen. Verschleppungen von nichtjüdischen Slowaken und Roma fanden nicht statt. Die jüdischen Slowaken wurden aber nach ständigem Druck Deutschlands in "Arbeitslager" ins Ausland verschleppt. Nachdem jedoch publik wurde, um welche Art von Lagern es sich in Wirklichkeit handelte, wurden die Transporte gestoppt. Sie wurden aber Ende 1944 wieder aufgenommen. Ursache hierfür war der Slowakische Nationalaufstand. Viele Slowaken waren im August 1944 in diesem militärisch gescheiterten, aber für die Nachkriegszeit wichtigen Aufstand gegen Hitler beteiligt. Hitler hatte deswegen beschlossen, auch die Slowakei militärisch zu besetzen.