Avec le début de la Seconde Guerre mondiale, au , la Reichsbahn a garanti le déploiement rapide des forces de la Wehrmacht à l'invasion de la Pologne, puis à l'attaque sur le Danemark et la Norvège ("Unternehmen Weserübeung") en avril 1940, à la bataille de France en mai/, et à la campagne des Balkans en 1941. Le , à la suite de l'annexion de l'Alsace et d'une partie de la Lorraine consécutive à l’armistice du 22 juin 1940 qui acte la défaite française, le réseau Alsace-Lorraine, dépendant de la SNCF, est rattaché à la Deutsche Reichsbahn. Les chemins de fer de tous les pays occupés, réseau et matériel roulant, ont été intégrés dans son système. Encore en décembre 1944, lors de la préparation de la bataille des Ardennes, il a été possible de déployer des dizaines de milliers de soldats en peu de temps. Durant la période suivante, les forces de la 6. Panzerarmee sont transférées à la Hongrie.