Im Jahr 1123 war jedoch die Verehrung der Heiligen Quirze (Cyriacus), Andreas und Benedikt zum Stillstand gekommen. Die Abtei wurde daher von Bischof Berenguer Dalmau aus Girona in Beisein der Bischöfe Arnaud von Carcassonne und Peter von Elne ein zweites Mal geweiht, gleichzeitig erfolgte auch die Weihe an der benachbarten Kirche Santa Maria de Colera. Diese spirituelle Erneuerung war mit einer territorialen Konsolidierung und einer Ausdehnung nach Norden einhergegangen. Im 13. Jahrhundert versicherten dann mehrere päpstliche Bullen der Abtei ihren Rechtsanspruch, beispielsweise durch Papst Honorius III. im Jahr 1219 und durch Papst Innozenz IV. im Jahre 1246. Dennoch litt sie im Jahr 1285 im Zusammenhang mit dem Kreuzzug gegen Aragon unter den Truppen Philipps III. und im Jahr 1287 unter den Truppen Jakobs II. Unter dem Abt Berenguer de Vilatenim (1297 bis 1320) konnte sich die Abtei von den erlittenen Kriegsschäden jedoch wieder erholen. In dieser Periode neuen Glanzes wurde im Jahr 1303 eine neue Außenbefestigung erbaut. Ein katastrophaler Rückschlag kam im Jahr 1348 mit der Pest, die einen Großteil der ortsansässigen Bevölkerung hinwegraffte. Dennoch überlebte die Mönchsgemeinschaft.