Nach ihrer Umrüstung wurde die Sloop in das Gebiet von Port Moresby geschickt. Neben U-Boot-Abwehr-Patrouillen war ihr Hauptaufgabe das Eskortieren von Konvois zwischen Neuguinea und Australien. Diese Aufgabe erfüllte sie bis Mitte 1944, unterbrochen von einer längeren Überholung des Schiffes in Brisbane von Juni bis September 1943. Der einzige Feindkontakt, den sie dabei hatte, war der ergebnislose Angriff eines vereinzelten japanischen Flugzeugs am 23. Februar 1943. Schließlich wurde die "Warrego" im Dezember den alliierten Seestreitkräften zugeteilt, die im Januar 1945 als Teil der Rückeroberung der Philippinen die Landung auf Luzon durchführten. Bis Mai 1945 führte die "Warrego" in den Philippinen Geleitschutz- und Erkundungsmissionen durch. Danach kehrte sie wieder in das Gebiet von Neu-Guinea zurück; sie beschoss unter anderem im Juni Wewak zur Unterstützung der dort kämpfenden australischen Bodentruppen und nahm im Juli an der Rückeroberung Borneos durch die Alliierten teil. Zum Zeitpunkt der Kapitulation Japans befand sich die Sloop in Sydney zur Überholung.