Nach der Unabhängigkeit stieg er in der jungen Republik Tadschikistan schnell in die politische Elite des Landes auf. 1992 war er bereits stellvertretender Vorsitzender des Kabinetts und mit der Überwachung und Koordinierung der Energiebehörden des Landes beauftragt. Am 20. November 1992, in der Frühphase des bis 1997 andauernden Tadschikischen Bürgerkriegs, wurde der heutige Präsident Tadschikistans, Emomalij Rahmon, der aus der gleichen Region wie Ubaidullojew kommt, zum Parlamentspräsidenten ernannt. Ubaidullojew unterstützte Rahmon dabei ausdrücklich und galt zu dieser Zeit als einer der wichtigsten Anhänger Rahmons. Nachdem sich Rahmon im Bürgerkrieg mit Hilfe von Usbekistan und Russland vorerst durchsetzen konnte, wurde er 1994 offiziell Präsident Tadschikistans und Ubaidullojew in der neuen Regierung stellvertretender Ministerpräsident. Im Jahr 1996, noch während des Bürgerkriegs, wurde Ubaidullojew Bürgermeister Duschanbes. In dieser Funktion war Ubaidullojew an den Verhandlungen über ein Friedensabkommen mit der tadschikischen Opposition beteiligt, die am 27. Juni 1997 mit der Unterzeichnung eines Friedensvertrags endeten.