Док је играо за Партизан, Миланич је стекао и статус репрезентативца и стигао је да наступи пет пута за репрезентацију Југославије. Дебитовао је 8. августа 1991. против Чехословачке (0:0). И у току распада СФРЈ je наставио да игра за државни тим. Последњи пут je обукао “плави” дрес 25. марта 1992. против Холандије (0:2) у Амстердаму, у припремној утакмици за Европско првенство 1992. са којег је репрезентација враћена услед санкција УН-а.