Die armenische Gemeinde ist in Damaskus bereits lange präsent. An der Stelle der heutigen armenischen apostolischen Kathedrale stand vor der arabisch-islamischen Eroberung von Damaskus 636 ein syrisch-orthodoxes Kloster, dessen Kirche den Märtyrern Sergios und Bakchos geweiht war. "Sarkis" ist die armenische und arabische Namensform von "Sergios", allerdings wird in Armenien insbesondere der Märtyrer Sergius Stratelates verehrt, bei dem es sich um eine andere Person handelt. Unter den Mamluken teilten sich im fünfzehnten Jahrhundert die Armenier und die syrischen Christen das Kloster, das schließlich in die Hand der Armenier überging. Im 17. und 18. Jahrhundert wurde die Kirche mehrmals restauriert. 1860 wurde die Kirche beim Massaker im Christenviertel von Damaskus gebrandschatzt, 1866 aber in ihrer heutigen Form mit der Kuppel in der Mitte wieder aufgebaut und die Wände mit Wandgemälden der Heiligen Sergios und Bakchos geschmückt. Die jetzige Residenz des Bischofs wurde aus einer mittelalterlichen Karawanserei hergerichtet.