САФА вошла в состав ФИФА в 1992 году после падения апартеида и прекращения спортивной изоляции ЮАР, что позволило сборной ЮАР участвовать в отборочных и финальных этапах Кубка африканских наций и чемпионата мира ФИФА. За время деятельности ассоциации ЮАР провела несколько розыгрышей Кубка КОСАФА, розыгрыш Кубка африканских наций 1996 года и чемпионат мира 2010 года.