ביולי 2014 הפסיקה הרכבת לפעול באופן זמני למספר ימים בשכונות פסגת זאב, בית חנינא ושועפאט, בשל נזקים גדולים שנגרמו לתשתית הרכבת במהלך הפגנות מהומות אלימות שערכו ערביי ירושלים בעקבות רצח מוחמד אבו ח'דיר. הנזקים שנגרמו לתשתיות הוערכו בעשרות מיליוני ש"ח. עקב כך תחנת גבעת המבתר הייתה התחנה הפעילה הצפונית ביותר בימים אלה. בהמשך שנת 2014 אירעו מקרים רבים של יידוי אבנים על ידי ערבים לעבר הרכבת, בעיקר בשכונות ערביות במזרח ירושלים, דבר שגרם לנזקים כבדים לרכבת ולהוצאת כשליש מכלל קרונות הרכבת משימוש עקב הנזקים.