Villepigue commande une brigade à la deuxième bataille de Corinth, en , dans la division du major général Mansfield Lovell, sous le commandement global du major général Earl van Dorn. Il se distingue à la fois en réussissant à ouvrir l'attaque et couvrant la retraite finale. La pénibilité de la nature de la campagne le terrasse avec de la fièvre, cependant, et, avec la promesse d'une commission de major général, il est envoyé à Port Hudson, en Louisiane, pour récupérer. Malheureusement, à peine arrivé là, son état se détériore et il meurt d'une pneumonie.