לאחר סיום המערכה הצרפתית החל ליסט להכין את צבאותיו לקראת מבצע ברברוסה, אך הסיבוכים הפוליטיים שיצרה מלחמת איטליה–יוון, הביאה את היטלר להחלטה על פלישה ליוגוסלביה וליוון. ליסט נשלח בחשאי לדון עם ראשי הצבא הבולגרי והגיע עמם להסכמה שאיפשרה מעבר חופשי של הוורמאכט דרך בולגריה אל יוגוסלביה ויוון. ב-28 בפברואר 1941 נכנס ליסט בראש הארמייה ה-12 לבולגריה, וזו הצטרפה אל ההסכם התלת-צדדי, ואל מדינות הציר. ב-6 באפריל 1941 החלה הפלישה ליוון וליוגוסלביה. הארמייה ה-12 בראשות ליסט, כללה ארבע דיוויזיות משוריינות ו-11 דיוויזיות חי"ר ממוכנות, ונהנתה מעליונות מוחלטת על יריביה, היוגוסלבים, היוונים, וכוח המשלוח הבריטי. בלגרד נכבשה ב-13 באפריל, ואתונה ב-27 באפריל. המבצע הסתיים עם פינוי הכוחות הבריטיים מאדמת יוון ב-28 באפריל.