Po vzniku nezávislého Československa byla její kapacita zmenšena na maximální kapacitu 45 lůžek. Během okupace Československa během druhé světové války se lůžková oddělení přesunula do sousední budovy nalezince, byla také poškozena během bojů při Pražském povstání roku 1945. Roku 1953 zde pak bylo zřízeno sídlo Fakulty dětského lékařství Univerzity Karlovy.