במהלך מלחמת האזרחים בניגריה כתב הסופר מאמר בו הציע הפסקת אש עם המורדים מביאפרה ובעקבות כך הוא נעצר ב-1967 על ידי השלטונות הניגרים והואשם בשיתוף פעולה עם האויב. סויינקה היה לאסיר פוליטי והיה אסור בכלא הניגרי במשך שנתיים. ב-1969 הוא שוחרר מהכלא.