Le colonel Andrew J. Grigsby prend le commandement de la brigade de Stonewall lorsque son commandant, le colonel William Baylor est tué lors de la deuxième bataille de Bull Run. À Antietam, la perte du brigadier général John R. Jones et du brigadier général William Starke laisse Grigsby responsable de l'ensemble de la division, deux niveaux de commandement au-dessus de son grade. Malgré cela, Jackson refuse de lui donner un commandement permanent supérieur à celui d'un régiment. Le , Paxton est promu de commandant à brigadier général et reçoit le commandement de la brigade de Stonewall. C'est une décision que n'est pas bien accueilli par les hommes devant qui il passe, les officiers ayant plus d'expérience et d'ancienneté. Paxton est le choix de Jackson et la publication est faite directement par le président confédéré Jefferson Davis. Bien que Jackson dévie rarement du protocole des promotions, sa justification pour la sélection de Paxton est qu'aucun des commandants subalternes dans la brigade de Stonewall est pour ce poste, parce que . Paxton assume le commandement de la brigade, le 15 novembre. Grigsby est et démissionne en signe de protestation.