En septembre 1828, il participe ensuite en tant que lieutenant-colonel et commandant du génie, à l’expédition de Morée en Grèce, lors de la guerre d'indépendance grecque. Sous le commandement du maréchal Maison, Audoy libère à la tête des sapeurs du génie, les villes du Péloponnèse Navarin, Modon et Coron en octobre 1828, puis prend le « château de Morée » de Patras (le 30 octobre 1828) aux troupes d'occupation turco-égyptiennes d'Ibrahim Pacha. Au cours de cette campagne, le 22 février 1829 à Navarin, le roi Charles X le fait Commandeur de la Légion d’honneur.