Im September 1865 stellte man Scheliha kurzzeitig zur Verfügung des Gouvernements in Schleswig. Ab Februar 1866 war er wieder Adjutant der 2. Artillerie-Inspektion. Unter Belassung in dieser Stellung wurde er am 17. März 1866 zum Großen Generalstab kommandiert, kurz darauf in den Generalstab des I. Armee-Korps versetzt und am 7. Juni zum Major befördert. In dieser Eigenschaft nahm er im gleichen Jahr während des Krieges gegen Österreich an den Kämpfen bei Trautenau, Tobitschau und Königgrätz teil. Seine Leistungen wurden durch die Verleihung des Kronenordens III. Klasse mit Schwertern gewürdigt.