Iniesta, İspanya'nın genç yaş kategorilerinde de forma giydi. İspanya formasıyla ise 2006 FIFA Dünya Kupası'nda yer aldı. Bu turnuvada sadece bir maç yapabildi ve İspanya, son 16 turunda kupaya veda etti. 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda ise millî formayla hem şampiyonluk yaşadı, hem de yılın takımında yer aldı. 2010 FIFA Dünya Kupası'nda ise finalde uzatmaların 117. dakikasında gol atarak millî takım formasıyla ilk FIFA Dünya Kupası'nı kazandı ve maçın yıldızı seçilip yılın takımında yer aldı. 2012 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda ise millî formayla 2. kez Avrupa şampiyonluğu yaşadı ve turnuvanın en iyi oyuncusu seçildi.