Mimo iż niepodległość "nowej" Jugosławii ogłoszono 28 kwietnia 1992 roku, to z powodu międzynarodowych sankcji nałożonych na ten kraj z powodu wojny w Bośni reprezentacja pierwszy mecz zagrała dopiero w grudniu 1994 roku. Do 1996 roku rozgrywała wyłącznie spotkania towarzyskie, gdyż z eliminacji do Mundialu 1994 i Euro 1996 została wykluczona. Wcześniej jeszcze przed rozpadem "starej" Jugosławii reprezentacja zdołała się zakwalifikować po sportowej walce na Euro 1992, jednak także z powodu międzynarodowych sankcji reprezentacja została wykluczona z mistrzostw, a jej miejsce zajęła druga w swojej grupie eliminacyjnej Dania, która później zdobyła mistrzostwo Europy.