Die Schirmherrschaft über das Kloster lag bei der Reichsstadt Schwäbisch Gmünd, wobei das Kloster schon 1309 von Abgaben und Steuern durch König Heinrich VII. befreit worden war. 1659 kam es dann zum Prozess, bei dem das Kloster den Gmündern vorwarf, ihren Pflichten nicht nach zu kommen. 1449 wurde das Kloster im Städtekrieg so schwer beschädigt, dass das Kloster in den folgenden Jahren zu Notverkäufen gezwungen war. 1525 wurde das Kloster von Bauern überfallen und zum Teil niedergebrannt, 1546 durch hessische Soldaten, sodass es zu umfangreichen Ausbesserungsarbeiten und Neubauten kam. 1609 kam es abermals zu einem Brand, der zwar als "erschröckliche Brunst" beschrieben wurde, dessen Ausmaße aber sich in Grenzen gehalten haben mussten, denn schon 1610 waren die Beschädigungen wieder behoben. Im 18. Jahrhundert wurde das Kloster um einen schlossähnlichen Repräsentationsflügel im Westen erweitert.