O processo de acusação a Hess ficou a cargo de Mervyn Griffith-Jones e teve início a 7 de Fevereiro de 1946. Ao basear-se nos discursos de Hess, Griffith-Jones tentou demonstrar que ele tinha conhecimento, e concordava com, os planos de Hitler de conduzir uma guerra de agressão violando o direito internacional. Griffith-Jones afirmou que, como Hess tinha assinado importantes decretos governamentais, como o que determinava o serviço militar obrigatório, as leis raciais de Nuremberga, e um decreto que incorporava os territórios polacos conquistados no Reich, então também partilhava da responsabilidade dos actos do regime. Griffith-Jones salientou que a altura escolhida para a viagem de Hess à Escócia, apenas seis semanas antes da invasão alemã da UNião Soviética, só podia ser vista como uma tentativa de Hess de manter os britânicos fora da guerra. Hess acabou o julgamento mostrando, de novo, sintomas de amnésia, em Fevereiro.