W 1981 rozpoczął pracę dla wytwórni Mosfilm. Pierwszym filmem zrealizowanym dla niej przez Panfiłowa była "Walentyna", ekranizacja sztuki Aleksandra Wampiłowa "Zeszłego lata w Czulimsku". Rozpoczęła ona serię adaptacji realizowanych przez reżysera. Kolejną była "Wassa Żeleznowa" z 1983 na podstawie sztuki Maksima Gorkiego "Wassa Żeleznowa". Obraz przedstawiający upadek silnej jednostki został nagrodzony Złotym Medalem na 12. MFF w Moskwie. W 1989 zekranizował Hamleta Williama Shakespeare’a oraz powieści Maksima Gorkiego. Ekranizacja "Matki" Gorkiego została zaprezentowana w konkursie głównym na 43. MFF w Cannes, gdzie przyniosła reżyserowi nagrodę za wkład artystyczny. W 2000 Panfiłow wyreżyserował obraz "Carska rodzina Romanowów", do którego scenariusz stworzył wraz z Inną Czurikową.