Bald aber war Brownes schönes Vermögen verloren, da Irland in das Chaos des Krieges der zwei Könige gestoßen wurde. Als Katholik unterstützte er die jakobitische Sache wurde Colonel in der jakobitischen Armee. Aus den Eisenminen auf seinem Land bei Westport versorgte er die Armee mit Kanonenkugeln und Waffen. Die Niederlage der jakobitischen Armee bei den Schlachten von Aughrim und Limerick 1691 brachte ihm den finanziellen Ruin durch die folgenden Konfiszierungen. Als er 1711 starb, waren seine Ländereien auf die Ruine "Cathair-na-Mart" und einige Hundert Hektar drum herum geschrumpft. Die "Penal Laws" (Strafgesetze), die folgten, ließen seinem Enkel, "John IV.", keine andere Wahl, als zur vorherrschenden Religion zu konvertieren, in der Hoffnung, die Konfiszierungen und politischen Umwälzungen zu überleben.