Die Wahrheitskommission ist für die fehlende Strafverfolgung von Tätern kritisiert worden. Ihr Schwerpunkt lag allein auf der Feststellung der Schuld von Institutionen. Außerdem wurden schwere Menschenrechtsverbrechen sehr eng als „Verschwindenlassen“ definiert und die Untersuchung auf den Zeitraum von 1956 bis 1999 begrenzt und fielen somit aus dem Mandat der IER heraus. Aktuelle Menschenrechtsverbrechen, wie beispielsweise Pressezensur und Folter von Islamisten nach den Anschlägen 2003, gehörten nicht zu den Aufgaben der Wahrheitskommission.