כמפקד יחידות גולגולת המת, המשיך תיאודור אייקה בארגון מערכת המחנות. מחנות קטנים, כמו ליכטנבורג וזקסנבורג אוחדו עם מחנות גדולים יותר, ונסגרו. באוגוסט 1937 היו בגרמניה רק ארבעה מחנות ריכוז גדולים: דכאו, זקסנהאוזן, בוכנוואלד וראוונסבריק. ב-1938, לאחר האנשלוס (סיפוח אוסטריה לרייך השלישי) פיקח אייקה על הקמת מחנה ריכוז באוסטריה, מאוטהאוזן.