Nachdem der Irak infolge des Ausbruchs des Zweiten Weltkrieges die diplomatischen Beziehungen zu Deutschland abbrach, kehrte Steffen im September 1939 nach Berlin zurück. Dort wurde er im Oktober 1939 zunächst als Büroangestellter und ab 1. April 1941 als wissenschaftlicher Mitarbeiter in das Nah-Ost Referat (Pol VII b, Presse) des Auswärtigen Amtes übernommen. Wegen seiner Arabischkenntnisse stellte das Wehrmeldeamt Charlottenburg ihn auf Antrag des Auswärtigen Amtes bis zum Kriegsende vom Wehrdienst frei. Unter der politischen Leitung des Gesandten Grobba nahm er im Mai 1941 im Irak an dem erfolglos durchgeführten „Sonderkommando Junck“ zur Unterstützung des Staatsstreiches durch den achsenfreundlichen Politiker Raschid Ali al-Gailani teil. Am 1. April 1943 ernannte ihn das Auswärtige Amt zum Leiter des Nah-Ost Referates (Pol VII b, Presse).