In Uganda il presidente Obote, alleato della Tanzania socialista, fu scalzato nel 1971 dal colpo di Stato del generale Idi Amin Dada, che vi stabilì una dittatura militare filooccidentale. Il progetto di federazione delle tre ex-colonie britanniche nella Comunità dell'Africa Orientale (EAC) segnò una lunga battuta d'arresto, per le contrapposizioni dovute all'appartenenza a schieramenti opposti nella Guerra fredda. A seguito dell'invasione ugandese della Tanzania, Idi Amin fu sconfitto e tornò al potere Obote, instaurando un governo autoritario. Anche Julius Nyerere ebbe una svolta autoritaria in Tanzania, con la revisione costituzionale del 1982 che impose il partito unico. Nel 1985 vi fu un secondo colpo di Stato contro Obote, del generale Okello, ma Yoweri Museveni, che già aveva combattuto Idi Amin a fianco di Obote, sconfisse anche Okello e prese il potere. Contro di lui, nel nord dell'Uganda si formò un partito fondamentalista cristiano guidato da Kony.