Huayna Capac verdubbelde het Inca-rijk tijdens zijn regeerperiode. Zijn imperium strekte zich uit van het huidige Colombia via het Andes gebergte tot halverwege Chili. Hij kwam tot de overtuiging dat een gebied 'zo groot als Frankrijk, Italië, Zwitserland, België en Nederland bij elkaar' onmogelijk door een man onder controle kon worden gehouden. Vlak voor zijn dood, veroorzaakt door een uit Europa overgekomen pokkenepidemie, verdeelde hij, na het overlijden van de vorige kroonprins Ninan Cuyochi, het rijk onder zijn twee zonen, Atahualpa en Huáscar. Hierdoor maakte hij de twee broers tot vijanden en schiep hij een rivaliteit tussen Quito en Cuzco. Dat werd beide steden noodlottig. In de daaropvolgende machtsstrijd, in de Oorlog van de Twee Broers, was Atahualpa de uiteindelijke overwinnaar. Atahualpa werd door Francisco Pizarro gevangengenomen en in 1533 terechtgesteld, waarna een broer, Túpac Huallpa, als stroman op de Inca troon werd gezet. Toen Túpac Huallpa korte tijd later in 1534 stierf, kreeg een andere broer de kroon toebedeeld, Manco Inca. Die ontvluchtte op een gegeven moment Cuzco, begon een opstand en vestigde een Neo-Incastaat, die tot 1572 standhield.