Lors de la saison 2005-2006 la Fiorentina retrouve des couleurs, sous l'impulsion du nouvel entraîneur Cesare Prandelli et d'un recrutement prometteur qui voit arriver notamment Luca Toni, Sébastien Frey ou encore Stefano Fiore. La donne change également en défense où Tomáš Ujfaluši est repositionné arrière droit par Prandelli, ce dernier lui préférant la paire Dario Dainelli-Alessandro Gamberini dans l'axe. Cette saison-là la "Viola" fait un bon parcours en Serie A, terminant 4e du championnat et Ujfaluši fait une saison pleine de 41 matchs pour un but. Cependant le club est impliqué dans le scandale du Calciopoli et 15 points leur sont retirés, ils se retrouvent alors 9e.