Пабло Ернандес був у розширеному списку кандидатів у національну збірну на чемпіонат Європи 2008 року, але в підсумку опинився в числі відсіяних. Наступний виклик до збірної півзахисник «Валенсії» отримав перед Кубком конфедерацій, коли тренерам національної команди знадобився гравець, здатний замінити травмованого Андреса Іньєсту. На цьому турнірі 21 червня Пабло Ернандес і дебютував у збірній Іспанії, вийшовши на поле на 60-й хвилині замість свого одноклубника Давида Вільї у матчі проти господарів турніру збірної ПАР (2:0). В підсумку цей матч для Ернандеса став єдиним на тому турнірі, а збірна здобула бронзові нагороди.