Perubahan pemerintah Indonesia, bersama-sama dengan tekanan internasional yang meningkat, melihat Presiden Indonesia BJ Habibie mengumumkan referendum bagi rakyat Timor Timur untuk memilih pada otonomi. Orang Indonesia juga mengumumkan bahwa jika otonomi ditolak, yang akan membuka pintu untuk kemerdekaan. Militer Indonesia menyediakan senjata untuk milisi pro-Indonesia untuk "mendorong" penduduk untuk memilih mendukung otonomi. Pada 10 Agustus 1999 Gusmão memerintahkan FALINTIL untuk tetap berada di penampungan dan menolak semua provokasi militer Indonesia dan milisi bersenjata, dan tidak terlibat dalam kerusuhan sipil yang diatur oleh militer Indonesia. Perintah ini umumnya dipenuhi oleh FALINTIL, dengan para pejuang mereka yang tersisa di kamp-kamp rahasia mereka selama proses referendum. Pada tanggal 30 Agustus voting dalam referendum berlangsung dengan 98% dari pemilih terdaftar mematikan. Dengan 4 September PBB mengumumkan bahwa 78,5% telah menentang Otonomi, karena itu mulai proses kemerdekaan. Hari berikutnya, 5 September, Militer Indonesia dan milisi pro-otonomi, dalam menanggapi referendum, memulai kampanye besar-besaran penjarahan dan kekerasan terhadap rakyat Timor Timur. Gusmão dan kepemimpinan CNRT menyatakan bahwa FALINTIL harus menahan diri untuk bergabung memerangi dan tetap berada di penampungan mereka. Pada 20 September INTERFET, yang tentara Australia - yang dipimpin, PBB - kekuatan militer sanksi, mendarat di Timor Timur untuk melawan kegiatan milisi bersenjata dan berusaha untuk memulihkan perdamaian. Salah satu mandat INTERFET adalah untuk melucuti semua berbagai faksi di Timor Timur termasuk FALINTIL. Di bawah nasihat dari sekarang baru ini merilis Xanana Gusmão, INTERFET dan PBB diperbolehkan FALINTIL tetap bersenjata, tetapi dalam penampungan mereka, sampai perdamaian dipulihkan pada saat itu mereka akan menyerahkan senjata mereka.