Im Zuge der Dreyfus-Affäre setzte er sich mit dem Minister für Handel, Industrie, Post und Telegrafie Alexandre Millerand und Kriegsminister Gaston de Galliffet bei Premierminister Pierre Waldeck-Rousseau für die Begnadigung von Alfred Dreyfus ein, die schließlich am 20. September 1899 von Staatspräsident Émile Loubet unterzeichnet wurde. Am 28. Januar 1900 wurde Jean Dupuy im ersten Wahlgang mit 552 von 699 Stimmen im Département Hautes-Pyrénées wieder zum Senator gewählt. Am 11. Juni verteidigte er die französischen Weizenproduzenten in der Kammer während der Erörterung eines Gesetzes über den Import und Export von Weizen und Mehl. Zu Beginn des Jahres 1902 betrug die Auflage des "Petit Parisien" erstmals mehr als eine Million Exemplare. "Le Petit Parisien" veröffentlichte am 4. April 1904 einen neuen Untertitel mit der Angabe „Die größte Auflage einer Zeitung auf der ganzen Welt“. Im Mai und Juni 1905 war er inoffizieller Verhandlungsführer zwischen der französischen Regierung und dem deutschen Botschafter in Frankreich, Hugo Fürst von Radolin, in Bezug auf die durch die Rivalität Frankreichs und des Deutschen Reiches ausgelöste Erste Marokkokrise.