In 1208 het Pous Innocentius III te staan gekom voor die groeiende katarisme en het hy 'n beroep gedoen op die baronne uit die noorde om die Albigensiese Kruistog uit te voer. Die Graaf van Toulouse, wat van kettery aangekla is, en sy hoofvasal, die burggraaf van Trencavel was die hoofteiken van die aanval. Op 1 Augustus 1209 is die Cité beleër deur die kruismag. Raymond-Rogier Trencavel is spoedig gevangene geneem, op 15 Augustus in ruil vir die lewens van die inwoners. Die burge onder die stadsmure is vernietig. Die burggraaf het waarskynlik aan disenterie beswyk in die tronk van sy eie kasteel op 10 November 1209. Sommige bronne meen dat 'n sluipmoord deur Simon de Montfort georkestreer is, maar dit is nie seker nie. Die Cité het hierna gedien as die hoofkwartier van die kruistog se troepe.