En 2009, Ruiz produit 43 points et réussit un nouveau record personnel de 9 circuits en une saison. Il se distingue en éliminatoires : il frappe dans une moyenne au bâton de, 308 avec trois points produits en quatre matchs contre les Rockies en Série de division, frappe pour, 385 avec un circuit et quatre points produits en Série de championnat face aux Dodgers et maintient une moyenne de, 333 en Série mondiale 2009 contre les Yankees. Les Phillies perdent toutefois la finale.