Cuando se produjo el golpe de Estado de 1930, Bermann fue el primer preso político universitario de la dictadura, resultando expulsado de su cátedra y restablecido dos años después. Durante la llamada "Década Infame" (1930-1943) fue candidato a gobernador de la provincia de Córdoba en las elecciones de 1931, por la alianza entre el Partido Socialista y el Partido Demócrata Progresista, en elecciones cuestionadas por el fraude electoral masivo realizado por la dictadura gobernante. Como candidato a intendente de la capital, lo acompañó Deodoro Roca, otro de los jóvenes protagonistas de la Reforma Universitaria de 1918. En 1933 fundó y dirigió el Instituto Neuropático de Córdoba, que funcionó hasta 1995 en el Castillo Bermann, dirigido por su hijo Claudio Bermann. En 1936 volvió a ser expulsado de su cátedra discriminado por sus ideas políticas de izquierda. Ese mismo año fundó la revista "Psicoterapia".