Am 6. September 2011 machte er beim EM-Qualifikationsspiel gegen die Färöer sein 100. Länderspiel. Infolge der verpassten Qualifikation für die Europameisterschaft 2012 trat Stanković am 12. Oktober 2011 aus der Nationalmannschaft zurück. Ein letztes Mal spielte er für die Nationalmannschaft am 11. Oktober 2013 in Novi Sad beim 2:0-Sieg im Test-Länderspiel gegen die Auswahl Japans und löste Savo Milošević als nationalen Rekordnationalspieler ab.