Efter Afghanistankrigets slut 1992 lämnade han landet i avsky över de inbördes stridigheter som bröt ut i Afghanistan. Han flyttade till norra Sudan där han byggde motorvägar som bistånd till denna islamistiska republik. Västerländska regeringar anklagade honom för att organisera träningsläger åt terrorister i Sudan och ville att den sudanesiska regeringen skulle lämna ut honom. Nu var det också krig på Balkanhalvön och Bosnien och Hercegovina sågs på den tiden som en fristad för terrorister efter att det visat sig att militanta delar av den tidigare regeringen i Sarajevo skyddade extremister och terrorister, några med anknytning till Usama bin Ladin. Enligt rapporter finansierade Bin Ladin små konvojer av rekryter från den arabiska världen genom sina företag i Sudan.