Mychajlo Chanenko entstammte als Sohn von Stepan Chanenko einer bekannten Kosakenoffiziersfamilie und nahm 1648–1657 als Unterstützer von Bohdan Chmelnyzkyj an dem von diesem geführten Aufstand gegen Polen-Litauen teil. Von 1656 bis 1660 und von 1664 bis 1669 war er Oberst des "Umanj-Regiments" und unterstützte in dieser Rolle die pro-polnischen Hetmane Jurij Chmelnyzkyj und Pawlo Teterja.