Kiedy w 1997 r. Partia Pracy wygrała wybory Dobson został ministrem zdrowia. Na tym stanowisku był jednym z pomysłodawców utworzenia sieci szpitali finansowanych z prywatnej kieszeni. Ministrem zdrowia był do 1999 r. W 2000 r. Dobson startował w wyborach na burmistrza Londynu, ale zajął dopiero trzecie miejsce. Był przeciwnikiem angażowania się Wielkiej Brytanii w wojnie w Iraku.